לפי דו"ח של האו"ם, במהלך ניסיונותיו של הטליבאן להשתלט על המחוזות הצפוניים של אפגניסטן שהיו בשליטת "החזית המאוחדת" הארגון טבח בשיטתיות אוכלוסייה האזרחית. נציגי האו"ם ציינו שבין 1996 ל-2001 הם גילו ראיות ל-15 טבחים באוכלוסייה האזרחית, וטבחים אלה "במידה רבה נערכו באופן שיטתי ומקושרים ישירות למשרד ההגנה של הטליבאן ואף למולא עומאר (מנהיג הטליבאן) עצמו". הטליבאן פגע במיוחד בני הזרם השיעי ובאנשים ממוצא אתני הזארי. כחלק מכיבוש העיר מזאר-י שריף על ידי כוחות הטליבאן בשנת 1998, כ-4000 אזרחים הוצאו להורג ורבים אחרים עברו עינויים. בין אלה שנהרגו במזאר-י שריף היו מספר דיפלומטים איראנים, ומספר נציגים איראנים נוספים נחטפו על ידי הארגון. איראן בתגובה העמיסה כ-150,000 חיילים על הגבול עם אפגניסטן וכמעט והחלה מלחמה אזורית, אך בהמשך הטליבאן הודה שהוא הרג את הדיפלומטים האיראנים והחזיר את גופותיהם לאיראן. בכך מלחמה אזורית נמנעה, אך המתיחות בין הטליבאן לאיראן נמשכה גם בעתיד.
מסמכים שונים חשפו את מעורבותם של חיילים ערבים ופקיסטנים בהרג ובמתקפות שערך הטליבאן. כך למשל, "פלוגה 055" של אל-קאעידה הייתה אחראית גם כן להרג המוני של אזרחים אפגנים. הדו"ח של האו"ם מצטט עדי ראייה שתיארו לוחמים ערבים שנשאו סכינים ארוכות ובעזרתם שיספו גרונות של אנשים ועשו מעשי זוועה אחרים. בנוגע למעורבות פקיסטן ישנם דיווחים שרמטכ"ל הצבא הפקיסטני באותה תקופה, פרבז מושארף, היה אחראי לשליחתם של אלפי חיילים פקיסטנים להילחם לצד הטליבאן ואל-קאעידה וכנגד כוחותיו של אחמד שאה מסעוד והחזית המאוחדת. הסך הכולל של אזרחים פקיסטנים שהשתתפו בלחימה באפגניסטן מוערך ב-28,000 איש. מתוכם כ-20,000 היו חיילים סדירים של צבא פקיסטן וה-8,000 הנותרים היו מיליטנטים שגויסו במדרסות בפקיסטן ולחמו כחלק מכוחות הטליבאן. המספר הכולל של לוחמי הטליבאן הוערך ב-25,000, כך שהמגויסים הפקיסטנים היו חלק נכבד מהכוח הצבאי הטליבאני. לפי מסמך של משרד החוץ האמריקאי מ-1998 אכן "בין 20–40 אחוז מהחיילים הסדירים של הטליבאן הם פקיסטינים". המסמך מוסיף שהוריהם של אותם פקיסטנים בדרך כלל "לא יודעים דבר על המעורבות הצבאית של בניהם בטליבאן עד שהם חוזרים בשק גופות חזרה לפקיסטן". בצורה דומה, כ-3000 חיילים נוספים של הטליבאן היו ממוצא ערבי או מרכז-אסייתי. משנת 1996 עד 2001 אל-קאעידה בראשות אוסמה בין לאדן ואיימן א-זוואהירי נהפך למדינה בתוך מדינת הטליבאן. מתוך כלל 45,000 חיילי צבא פקיסטן, הטליבאן, ואל-קאעידה שנלחמו בכוחותיו של אחמד שאה מסעוד ו"החזית המאוחדת", רק כ-14,000 היו אפגנים בעצמם.
הלחימה הצבאית בין הטליבאן לעבדול ראשיד דוסטום באה לסיומה עם כיבוש מזאר-י שריף ב-1998 על ידי הטליבאן. כוחותיו של דוסטום הובסו ואחמד שאה מסעוד נותר האופוזיציה הצבאית היחידה לטליבאן. קודם לנפילתו של דוסטום כוחותיו נלחמו בטליבאן תוך כדי עבירה על הדין הבינלאומי גם על ידיהם. כך למשל, לפי הארגון משמר זכויות האדם בשנת 1997, בקרב קודם על העיר מזאר-י שריף, היו אלה כוחותיו של דוסטום שהוציאו להורג חיילי טליבאן באופן סיטונאי.
אחמד שאה מסעוד ייסד בשטחים שהיו בשליטתו מאז 1996 מוסדות דמוקרטיים, וחתם על האמנה לזכויות האישה. הארגון "משמר זכויות האדם" לא ציין בדו"ח שלו אף עבירת זכויות אדם על ידי כוחותיו של מסעוד בשטחים שבשליטתו. כתוצאה מכך, ברחו אזרחים רבים מאזורים אחרים באפגניסטן לאזורים שבשליטתו של מסעוד. נשיונל גאוגרפיק ציינו בסרטם הדוקומנטרי "בתוך הטליבאן": הטליבאן באופן חוזר ונשנה הציע למסעוד תפקידים בכירים בתמורה לכך שיפסיק את התנגדותו להם, אך מסעוד דחה את ההצעות. הוא הסביר בראיון אחד:
מסעוד רצה לשכנע את הטליבאן להצטרף לתהליך פוליטי שיוביל לבחירות דמוקרטיות בעתיד הנצפה לעין. כמו כן מסעוד הצהיר:
בתחילת שנת 2001 נאם אחמד שאה מסעוד בפני הפרלמנט האירופי בבריסל, וביקש מהקהילה הבינלאומית לספק סיוע הומניטרי לעם האפגני. הוא הצהיר שהטליבאן ואל-קאעידה מציגים "השקפה מאוד שגויה על האסלאם" ושללא תמיכת פקיסטן, הטליבאן לא יצליח להמשיך בקמפיין הצבאי שלו יותר משנה אחת. לפי דיווחים שונים, במהלך ביקורו זה באירופה, שקדם לפיגועי 11 בספטמבר, הוא גם הזהיר שהמודיעין שלו אסף מידע שמתוכננת התקפה רחבת היקף על אדמת ארצות הברית.
מלחמת נאט"ו באפגניסטן (2001–2021).
ב-9 בספטמבר 2001 נהרג אחמד שאה מסעוד בהתנקשות על ידי 2 מחבלים מתאבדים ממוצא ערבי. יומיים לאחר מכן פיגועי 11 בספטמבר זעזעו את ארצות הברית וכ-3000 איש נהרגו. נשיא ארצות הברית ג'ורג' בוש האשים את אוסאמה בן לאדן באחריות לפיגועים, ולאחר שהטליבאן סירב להסגיר אותו לרשויות האמריקאיות, הורה על תחילת המבצע הצבאי כנגד בסיסי אל-קאעידה באפגניסטן. בשלב הראשון כוחות מיוחדים אמריקאים ובריטים נלחמו לצד כוחות ה"חזית המאוחדת" (שבשלב זה נודעה יותר בשמה "הברית הצפונית") כנגד הטליבאן. באותו זמן ארצות הברית הפציצה מטרות של הטליבאן ואל-קאעידה ברחבי כל אפגניסטן בעזרת טילי שיוט. צעדים אלה הובילו לנסיגת הטליבאן ואל-קאעידה ממזאר-י שריף ובהמשך גם מרוב חלקיה האחרים של אפגניסטן לעבר הגבול עם פקיסטן. בדצמבר 2001, לאחר שממשלת הטליבאן הופלה וממשלה אפגנית בראשות חאמיד כרזאי נוסדה, מועצת הביטחון של האו"ם החליטה על הקמת כוח בינלאומי שישהה באפגניסטן כדי לסייע לממשלת כרזאי ולספק ביטחון בסיסי לאזרחי אפגניסטן.
בזמן שהטליבאן ארגן מחדש את כוחותיו בתוך פקיסטן, חיילים נוספים מארצות נאט"ו נשלחו לסייע לכוחות הקואליציה באפגניסטן. משנת 2002 ניסו כוחות הקואליציה לבנות-מחדש את אפגניסטן ששרועה בהרס לאחר עשורים של מלחמה. מאז אותה שנה נעשתה התקדמות בבנייה של מערכת דמוקרטית באפגניסטן והייתה התקדמות מסוימת בתשתיות התחבורה, הכלכלה, החקלאות והבריאות במדינה. כוחות נאט"ו עורכים תוכניות שונות לאימון חיילי הצבא הלאומי האפגני וכמו כן את המשטרה האפגנית כדי שיוכלו לשלוט באופן אפקטיבי על טריטוריית המדינה בעצמם. כוחות הקואליציה בשיתוף עם צבא אפגניסטן ערכו מתקפות רבות כנגד הטליבאן אך לא הצליחו להביס אותו באופן סופי. עד 2009 חלקים מסוימים מאפגניסטן (בעיקר באזורים השבטיים וההרריים) חזרו להישלט על ידי כוחות מקומיים שמזוהים עם הטליבאן. בניסיון להביס את הטליבאן באופן סופי, בשנת 2010 נשיא ארצות הברית ברק אובמה החליט על פריסה מחדש של הכוחות האמריקאים באפגניסטן ושליחה של 30,000 חיילים אמריקאים נוספים למדינה.
ב-9 באוקטובר 2004 התקיימו בחסות ארצות הברית בחירות דמוקרטיות במדינה, אליהן נרשמו יותר מעשרה מיליון מצביעים (40 אחוזים מהם נשים). הבחירות נוהלו בליווי שורה של כשלים וחלק מהמפלגות החרימו אותן. חאמיד כרזאי ניצח ברוב של 55.4 אחוזים מהקולות.
בשנת 2018 נהרגו בקרבות פנימיים באפגניסטן, כ-3,800 אזרחים. נכון לשנת 2019 נמצאים באפגניסטן אלפי חיילי ארצות הברית (המוגדרים "יועצים") וכחצי משטח אפגניסטן נשלט בפועל בידי הטליבאן.
ב־29 בפברואר 2020 חתמו ארצות הברית וארגון הטאליבן על הסכם שלום בדוחה שבקטר, שנקרא באופן רשמי "ההסכם להבאת השלום לאפגניסטן". לא נחתם הסכם בין הממשלה האפגאנית לטאליבן.
בשנים 2021 ו-2020 כוחות ארצות הברית ובעלי בריתה החלו לסגת מאפגניסטן, מה שאיפשר לטליבאן להגביר את התנגדותה.
ב-29 ביוני, לחימה עזה בין מורדי הטליבאן לכוחות הממשלה הביאו להרג 28 אזרחים ופצעו 290 נוספים במהלך השבוע האחרון, על פי מנהל בית חולים בקונדוז, כאשר רוב ההרוגים הם ילדים, נשים וקשישים. לדברי המומחים הצבאיים, הטליבאן עבר מעבר למעוזיה הדרומיים והעצים את הלחימה בצפון.