כנגד שארית הפליטה, העושה דרכה בים בספינות רעועות, הפעילו את הצי המלכותי הבריטי שהיה הגדול והחזק ביותר באזור, וכלל שתי סיירות, שש משחתות, שלוש אוניות גירוש. הצי המלכותי הבריטי הקים בבניין מגדלור בכרמל "מפקדת קצין ימי בכיר לפלשתינה". במסגרת המטה האימפריאלי למזרח התיכון הועמד גנרל מק-ניל גרהם ובראש הכוח הימי הועמד קצין ימי בדרגת קומודור, אנטוני פאן דה סאליס מפקד שייטת משחתות לשעבר. בשנת 1946 פרסמה ממשלת בריטניה בלא שמץ בושה יפעלו כנגד פליטי חרב כמו נגד הנאצים והפאשיסטים.
כלי שיט נוספים בצי המלכותי בים התיכון עסקו במעקב אחרי אוניות חשודות בהעפלה או בהובלת רכש ביטחוני ליישוב, בקרבת נמלי המוצא מאירופה לארץ ישראל. במאי 1947 חיבל קומנדו ימי בריטי באונייה פאן קרסצנט בנמל ונציה. בדצמבר 1947, לאחר צאת הפאנים עם המעפילים על סיפוניהן, הן יורטו על ידי שתי פריגטות ושייטת שכללה שתי סיירות ושש משחתות בפיקוד אדמירל.
מול הכוח הימי החזק והמקצועי של בריטניה התמודדה התנועה הציונית באמצעות כוחות וארגונים כמו הפלי"ם, המוסד לעלייה ב' והחבל הימי לישראל. המדיניות הציונית הייתה להימנע מלדרדר את המאבק בבריטים למצב של לחימה כדי לשמור על הכוח לקראת הלחימה בערבים.
כלי השיט הבריטים.
רשימת אוניות הצי המלכותי הבריטי שהשתתפו בפעילות כנגד ההעפלה בשנות המלחמה:
, Chequers , Virago , Venus, Volage, Mauritius, Empire Rival, Chivalrous, Marauder, Verulam,Mermaid, Octavia, Ocean Vigour, Cheviot, Childers, Cardigan Bay, Ajax, Phebe, St Brides Bay, Runnimede Park, Widemouth Bay, Marauder, Verulam, Pelican, St Austele Bay, Auryalos
המשך המצור בריטי.
הצי הבריטי המשיך לקיים את הסגר הימי על חופי ארץ ישראל עד לסיום המנדט ב-15 במאי 1948. לצורך השלמת הפינוי המשיך להחזיק את הנמל ושדה התעופה בחיפה עד 30 ביוני 1948. ולא אפשר פריקת מעפילים או אוניות הנושאות חימוש עד יציאתו. אף כי בריטניה הכריזה שהיא מתנתקת מהמנדט בארץ ישראל, הראתה הפעילות הבריטית כוונות להכשיל את היישוב היהודי. ב-13 במרץ 1948 מצטט דוד בן-גוריון את דבריו של מפקח האו"ם הקולונל הנורווגי לונד
האונייה הבריטית האחרונה שעזבה הייתה נחתת טנקים HMS STRIKER. הצי הבריטי המשיך לסייר במזרח הים התיכון לאחר הפינוי מארץ ישראל. הסיורים בוצעו על ידי משחתת, שאחד מתפקידיה היה לאבטח את תנועת העולים ממחנות המעצר בקפריסין לישראל. וזאת משום שנוצר אינטרס משותף, לישראל ולבריטניה, לפנות את מחנות המעצר בזמן קצר.
ההעפלה בתקופת מלחמת העצמאות.
בשלהי מלחמת העולם השנייה ואחריה שהו מאות אלפי עקורים ביבשת אירופה בחוסר כל. חוסר הברירה מחד, והתקווה היחידה שנותרה מאידך, הובילו לארץ ישראל. היישוב בארץ ישראל וחלקי העם היהודי שלא נפגעו ישירות בשואה הרגישו חובה לאפשר הגעתם. הדבר היה מנוגד לתוכניות של ממשלת בריטניה, שכבר לפני המלחמה הגבילה את העלייה. עם עליית מפלגת הלייבור לשלטון בבריטניה, כבר היה ברור שההתחייבות להקים בית לאומי ליהודים בארץ ישראל לא תתמלא. מתוך כך הפכה ההעפלה לא רק פתרון מעשי למצוקת העקורים, אלא מנוף רב עוצמה במאבק להקים את הבית היהודי בארץ ישראל הלכה למעשה. במילים אחרות, עניין ההעפלה לחוד החנית של המאבק הפוליטי בזירה הבינלאומית. על רקע זה נמשכו המאמצים בהעפלה, על אף ההצלחות המועטות בחדירת המצור היעיל שהושת על ידי הבריטים.
בהחלטת האו"ם מ-29 בנובמבר נאמר שיקבע נמל בחוף ארץ ישראל אשר יהיה פתוח לקבל מעפילים יהודים. אך ממשלת המנדט סברה שהדבר יעורר מהומות של הערבים בארץ ישראל ואינו ניתן לביצוע. הבריטים קיבלו לכך תמיכה ממזכיר המדינה של ארצות הברית, ג'ורג' מרשל, שדרש מאנשי הסוכנות היהודית בארצות הברית להפסיק את ההעפלה. לא רק שלא נקבע נמל לפריקת מעפילים אלא הצי הבריטי לא קיבל הוראות להמשיך במניעת ההעפלה. ההעפלה הייתה בעלת חשיבות לאומית חזקה יותר מנושאי כלכלה והיוותה מרכיב בתפיסת הביטחון. האפקט הציבורי בעולם של רצון היהודים לעלות היה חשוב לפני ההחלטה באו"ם, אך גם אחריה היה נכון להמשיך ולהדגיש אותו.
בתקופה שמאז 29 בנובמבר 1947 עד 30 ביוני 1948 המשיך זרם שארית הפליטה לנסות להגיע לארץ ישראל באוניות מעפילים. בשלב זה שונתה המדיניות של המוסד לעלייה ב' בכל האמור להתנהגות המעפילים לאחר תפיסתם על ידי הכוחות הבריטים ושילוחם למחנות המעצר בקפריסין. הוחלט כי התנגדות המעפילים והאוניות לגירוש לקפריסין תעשה באפן סמלי בלבד. מטרת ההעפלה לא הייתה רק פתרון לשארית הפליטה הנדים בחוסר כל באירופה, אלא גם פעולת הסברה של הפתרון לעם היהודי בדמות בית לאומי לעם היהודי בארץ ישראל. מטרה שרבים בעם היהודי היו מאוחדים בה. לאור זאת ניתן לראות את ההעפלה כמוצלחת. המגורשים ואזרחי היישוב ראו בגירוש לקפריסין שלב ביניים לקראת עלייתם הקרובה לארץ ישראל.
אנשי היחידה הימית, הפלי"ם, שעסקו בהעפלה, המשיכו בתפקידיהם. האחריות והביצוע היו באחריות המוסד לעלייה ב'.
במהלך המלחמה הועברו 17 אוניות מעפילים מחופים שונים באירופה. מתוכן רק שתי אוניות הצליחו לפרוץ את המצור. האונייה "הפורצים" הנחיתה בתל אביב 167 מעפילים ב-4 בדצמבר 1947, והאונייה "האומות המאוחדות" הגיעה לחוף לנהריה בצהרי 1 ינואר 1948 עם 537 מעפילים.
מעפילי שאר 13 האוניות נתפסו על ידי הבריטים והועברו למחנות המעצר בקפריסין. הפאנים, שתי אניות גדולות - פאן יורק ופאן קרסצנט, הופנו בהסכמה ישירות לקפריסין. ב-18 ביוני 1948 עזבו הפאנים את פמגוסטה והגיעו למפרץ חיפה ללא מעפילים. הבריטים שטרם פינו את הנמל השתלטו על האוניות ועצרו אותן. שתי אוניות מעפילים: "לניצחון" עם 189 מעפילים ו"מדינת ישראל", ועל סיפונן 243 מעפילים הגיעו לחוף תל אביב לאחר הכרזת המדינה, ולא הופרעו על ידי הבריטים.
הבריטים אפשרו להעביר את המעפילים ממחנות המעצר בקפריסין לישראל אך את הגברים בגיל שירות צבאי החזיקו כעצורים עד ינואר 1949.
פעילות ערביי ארץ ישראל.
לערבים תושבי עכו, חיפה, יפו והכפרים במישור החוף היו כלי שיט רבים, שעסקו בדיג ובהברחות סחורה ובני אדם. במשך תקופת המלחמה לא הייתה פעילות עוינת שלהם בים. ייתכן שהסיבה לכך נעוצה בנוכחות המוגברת של משטרת החופים והצי הבריטי נגד מבצעי ההעפלה. ב-18 באפריל 1948 הגיעו ידיעות שהערבים מיפו מתכוננים לתקוף את נמל תל אביב בדרך הים. האיום היה מוחשי כדי להפחיד אוניות זרות מלפעול בנמל אך המתקפה לא יצאה אל הפועל. עם התפתחות המלחמה לרעת הערבים, שימשו כלי השיט המקומיים לבריחה ללבנון, לעזה ולמצרים.
היישוב היהודי והתעבורה בים.
היישוב היהודי החדש בארץ ישראל התפתח כשמרכזו בשפלת החוף. סביבו היו מדינות עוינות. הים התיכון היה נתיב בעל חשיבות עליונה למילוי האינטרסים החיוניים של המדינה, ובכלל זאת קשר כלכלי עם מדינות העולם, תנועה חופשית לתגבור כוח האדם ומקלט לשארית הפליטה וערוץ לרכישת חימוש לקראת הלחימה. על כן היה צורך באבטחת היישובים בקו החוף מפני הפגזות מהים והנחתת כוחות אויב.
לפני מלחמת העולם השנייה פעלו שתי חברות בשירות לארץ ישראל: הלויד הימי הארץ ישראלי והחברה לשירות ימי עתיד. בעלי החברה חשבו כי לאחר מלחמת העולם תהיה להם זכות ראשונים בהובלה, אך החלטת הסוכנות היהודית הייתה לחזק חברה שתעמוד בעקרונות: העסקת ימאים יהודים, תישא דגל עברי, תהיה בבעלות יהודים, תשתמש בציוד המיוצר בארץ ישראל ותפעל בקווים החיוניים ליישוב היהודי בארץ ישראל. לכן הוקמה חברת צים ולה ניתנה העדיפות.
מצב החימוש של הכוח הצבאי של היישוב היהודי היה ירוד ביותר. באותה תקופה, אירופה הייתה מלאה בעודפי ציוד צבאי, שנותרו לאחר מלחמת העולם השנייה. פעילי הרכש של היישוב באירופה קנו כמויות גדולות של נשק ותחמושת, אך העברתם לארץ ישראל חייבה הברחה בדרך הים. אחד התפקידים שהוטלו על הצי הבריטי היה למנוע הברחת ציוד צבאי לצדדים היריבים בא"י דרך הים התיכון, אולם לפחות במקרה אחד איבטח הצי הבריטי, העברת ציוד צבאי, שנקנה על ידי הערבים באירופה, לארץ ישראל . בתקשורת בבריטניה נכתב, שלאחר סיום המנדט הבריטי בארץ ישראל, צפוי שם תוהו ובוהו. ייתכן אף שלממשלת בריטניה היה אינטרס ליצור מצב כזה. כדי להשלים את החלשת היישוב היהודי המשיכה ממשלת המנדט את המחדל בשמירה על הגבולות היבשתיים, ומאות אלפי ערבים ממצרים, ירדן וסוריה נכנסו לארץ ישראל. זאת לפי עדות של קצין נורווגי מוועדת האו"ם. היה ברור שהשלטון הבריטי מסייע לתבוסת היישוב היהודי בארץ ישראל בעימות העתידי עם הערבים.
פרשת מארין קארפ.
אוניית הנוסעים האמריקאית "מארין קארפ" שייטה בקו קבוע מניו יורק דרך נמלי בירות, חיפה, אלכסנדריה וחזרה. ב-16 במאי 1948, למחרת הכרזת העצמאות, הגיעה האונייה לנמל ביירות, כאשר בין נוסעיה היו גם עולים יהודיים בדרכם לארץ ישראל. צבא לבנון ערך חיפוש על סיפון האונייה, ועצר 69 נוסעים יהודיים בגיל צבא. האניה המשיכה בדרכה והגיעה לנמל חיפה, שם ירדו משפחות העצורים. העצורים הוחזקו כשבויים בלבנון, עד ששוחררו במסגרת הסכם שביתת הנשק בין ישראל ולבנון.
הספנות העברית בתקופת המלחמה.