בממשלה הזמנית שהוקמה במאי 1948 לא הוקם משרד חינוך ולא נבחר שר חינוך. משרד החינוך הוקם רק במרץ 1949 כהמשך של מחלקת החינוך של הוועד הלאומי ובראשו הועמד זלמן שזר. המבנה הארגוני הראשוני של המשרד כלל את אגף התרבות ואגף החינוך. מערכת החינוך בעת הקמת המדינה הייתה חצי פרטית, כאשר רובם הגדול של בתי הספר השתייכו לאחד מארבעה זרמי חינוך: זרם העובדים, זרם כללי, זרם דתי והחינוך העצמאי של אגודת ישראל. בשנת 1949 נחקק ביוזמת משרד החינוך חוק לימוד חובה, שחייב תלמידים ללמוד אך ורק בבתי ספר מוכרים. עם קליטת העלייה ההמונית, הקים משרד החינוך בתי ספר משלו במחנות העולים ובמעברות ואסר על הקמת בתי ספר מתחרים. גורמים דתיים טענו שבמקרים רבים בתי ספר אלו אינם מאפשרים לתלמידים ללמוד תורה לפי רצונם, מודחים כנגד שמירת המצוות ואף נשמעו האשמות חמורות יותר, למשל שבמעברות מסוימות חויבו התלמידים לגזוז את פאותיהם. האשמות אלו גרמו למשבר חריף בממשלה ולהקמת ועדת חקירה (ועדת פרומקין). הוועדה אישרה את ההאשמות באופן חלקי והביאה להתפטרות של מספר בכירים במשרד החינוך.
בשנת 1953, הוביל משרד החינוך בראשות פרופ' בן-ציון דינור לחקיקת חוק חינוך ממלכתי, שהלאים את בתי הספר של שלושת הזרמים איחד את בתי הספר של זרם העובדים והזרם הכללי למערכת החינוך הממלכתית והפך את בתי הספר של הזרם הדתי למערכת החינוך הממלכתי-דתי.
1960–1977.
בשנות השישים החל החינוך לעבור שינוי מתבנית של חינוך אידאולוגי לתבנית של חינוך מדעי. בשל קליטת העולים הרבים שהגיעו לארץ ולא הסכימו "ליישר קו" לפי הנורמות המקובלות שניסה בית הספר להנחיל להם, ובעקבות הפיכת החינוך לחינוך ממלכתי, החלו בתי הספר לעסוק פחות בחינוך ויותר בהקניית ידע שיאפשר לתלמידיו להתמצא במדע וטכנולוגיה ברמות גבוהות. במסגרת זו הוארכו שנות החינוך החובה (לבני 14–16), פותחה ההשכלה הגבוהה, ונוצרו תוכניות לתלמידים טעוני טיפוח. שר החינוך זלמן ארן הוביל רפורמה גדולה בחינוך, במסגרתה הוקמו חטיבות ביניים אזוריות בהם הונהגה אינטגרציה, רחב החינוך העל – יסודי בעיירות הפיתוח ופותח החינוך המקצועי.
בעקבות מפקד אוכלוסין שנערך בישראל ב-1961 נמצא שיעור אנאלפביתיות גבוה ועל כן הוצא לפועל "המבצע לביעור הבערות" במסגרתו נעשתה השלמת השכלה למבוגרים, בתחום השפה, הקריאה והכתיבה. באמצע שנות ה-70 היוזמה הוחלפה בתוכנית תהיל"ה.
1977–2006.
בשנות ה-90 ולאחריהן היו מספר שביתות מורים, לדוגמה שביתת ארגון המורים ב-2008. בעקבות השביתות נחתמו מספר הסכמי השכר והוצעו לפועל מספר רפורמות כדוגמת רפורמת עוז לתמורה. כן הושקה רפורמה בשם אופק חדש המבוססת על דו"ח ועדת דוברת.
ב-2003 הושקה התוכנית 100 מושגי יסוד אשר בוטלה ב-2006.
מאז 2006.
במסגרת הקמת ממשלת ישראל ה-31 הופרדו תיקי התרבות והספורט מתיק החינוך, והועברו למשרד המדע והטכנולוגיה. לתפקיד שרת החינוך בממשלה זו מונתה פרופ' יולי תמיר, וכשר המדע, הטכנולוגיה, התרבות והספורט כיהן אופיר פינס. גם בממשלה ה-32 נשמרה ההפרדה בין החינוך לבין התרבות והספורט. לתפקיד שר החינוך מונה גדעון סער, ותחומי התרבות והספורט הופרדו למשרד עצמאי בראשותה של לימור לבנת, מחוץ למשרד המדע. בממשלה ה-33 שי פירון כיהן כשר החינוך ולימור לבנת המשיכה לכהן כשרת התרבות והספורט, ובממשלה ה-34 נפתלי בנט כיהן כשר החינוך ומירי רגב מכהנת כשרת התרבות והספורט. בעקבות אי הצלחה להקים ממשלה לאחר הבחירות באפריל 2019 וקיום בחירות חדשות בספטמבר 2019, פוטר נפתלי בנט ובמקומו מונה רפי פרץ לשר החינוך בממשלה הזמנית.
עם השבעת הממשלה ה-35 מונה יואב גלנט לתפקיד שר החינוך, כאשר במקביל תחום ההשכלה הגבוהה פוצל ממשרד החינוך והועבר למשרד ההשכלה הגבוהה והמשלימה בראשותו עמד זאב אלקין עד התפטרותו והצטרפותו למפלגת תקווה חדשה.
מדיניות ויוזמות בשנות ה-2000.
משרד החינוך היה המשרד הראשון בישראל ומשרד החינוך הראשון בעולם שהפעיל מערכת מחשוב ענן לבתי הספר.
בתשע"א גובשה תוכנית התקשוב הלאומית במטרה לקדם פדגוגיה ולמידה בבתי הספר תוך שימוש בטכנולוגיות מידע ותקשורת והטמעתן בתוכנית הלימודים.
פעילות ארגונים בבתי ספר.
בשנים 2013–2014 קידם משרד החינוך את הסדרת הפעילות של גורמים חיצוניים בתוך בתי הספר הממלכתיים, בשיח בין המשרד, השלטון המקומי, נציגי הורים, המגזר העסקי וגורמים פילנתרופיים, במסגרת מה שכונה "השולחן העגול הבינמגזרי במשרד החינוך". במסגרת ההסדרה גיבש המשרד מאגר של תוכניות חיצוניות שלהן שותפות כלשהי עם נציג ממטה משרד החינוך.
ב-2019 הוגשה עתירה מצד ארגוני יהדות פלורליסטית נגד משרד החינוך בשל נוהל המפחית בעשרות אלפי שקלים את התמיכה בפעילות ארגונים אלה בבתי ספר. באפריל 2021 פסל בג"ץ את הנוהל המדובר, ואף הדגיש את החשיבות ליישום עקרונות דו"ח ועדת שנהר להוראת היהדות בחינוך הממלכתי. בנובמבר 2021 פורסם כי משרד החינוך אינו מיישם את פסיקת בג"ץ וכי הפגיעה באותם הארגונים נמשכת.
תקציב משרד החינוך.
בשנת 2016 היה תקציב משרד החינוך 50.9 מיליארד שקל, כש-70% ממנו מיועד לתשלום שכר של עובדי הוראה. בתקציב המדינה לשנת 2019 הפך תקציב המשרד לשני בגודלו מבין משרדי הממשלה, אחרי משרד הביטחון.
מבנה המשרד ויחידותיו.
הנהלת המשרד.
יחידות המשרד כוללות:
המדען הראשי.
משרת המדען הראשי במשרד החינוך אוישה לראשונה בשנת 1974 על ידי פרופ' עוזר שילד.
המדען הראשי עוסק בעיצוב מדיניות המחקר בתחום החינוך, קביעת קריטריונים להקצאת משאבים למחקר, קביעת עדיפויות מחקר בתחומי החינוך השונים ויצירת מסגרות ונהלים מתאימים לביצוע יעיל של מחקרים והפצת ממצאיהם. בנוסף אמון על שילוב ידע ומדע בשירות המדיניות, סיוע בקביעת מדיניות ובקבלת החלטות על בסיס ידע מדעי, איתור בעיות אשר לצורך טיפולן ראוי להסתייע בידע מדעי וקביעת המדיניות בנוגע לפעולות ההערכה של מדיניות המשרד ותוכניותיו.
למשרת המדען ממונה בדרך כלל איש אקדמיה בכיר מתחום מדעי והערכת החינוך, בין המדענים הראשיים של משרד החינוך היו פרופ' פרלה נשר מבית הספר לחינוך באוניברסיטת חיפה, פרופ' יוסף באשי, פרופ' זמירה מברך מבית הספר לחינוך באוניברסיטת בר-אילן, פרופ' דוד נבו מבית הספר לחינוך באוניברסיטת תל אביב, ופרופ' סידני שטראוס מבית הספר לחינוך באוניברסיטת תל אביב.
בשנת 2009 הועסק ד"ר גבי אביטל במסגרת תקופת ניסיון ופוטר ב-2010 על ידי שר החינוך, גדעון סער.
מאוקטובר 2013 עד 2016 כיהן בתפקיד פרופ' עמי וולנסקי מבית הספר לחינוך באוניברסיטת תל אביב. החליף אותו ד"ר איתי אשר שנפטר בספטמבר 2019 בעודו מכהן.
המזכירות הפדגוגית.
המזכירות הפדגוגית היא הסמכות העליונה במשרד החינוך בכל הנושאים הפדגוגיים של מערכת החינוך והזרוע להתוויית המדיניות הפדגוגית של המשרד.
פעילות המזכירות הפדגוגית: תכנון פדגוגי, סיוע לשר ולהנהלת המשרד בעיצוב המדיניות הפדגוגית, גיבוש מדיניות הוראת המקצועות ודרכי ההערכה, עידוד והפעלת ניסויים ויוזמות המשמשים כתשומה לגיבוש מדיניות כללית.
מקצועות הלימוד הנלמדים במערכת החינוך מגני הילדים ועד המכללות להכשרת מורים, נמצאים תחת אחריותה של המזכירות הפדגוגית ועומדים בלב פעילותה.
אחריות זו כוללת את מדיניות המקצוע, בניית תוכנית הלימוד, קביעת תוכני הלימוד, ליווי הכשרה ופיתוח של המורים המקצועיים, פיקוח ומעקב על הוראת המקצועות השונים הטמעתם ופיתוחם בשטח, בחינות הבגרות, חומרי הלימוד ועזרי ההוראה, חידושים מחקרים ופרויקטים, ייצוג המקצוע בישראל ומחוצה לה.
בין העומדים בראשות המזכירות הפדגוגית היו פרופ' יעקב כץ, פרופ' ענת זוהר, ד"ר צבי צמרת, פרופ' עפרה מייזלס, ד״ר ניר מיכאלי, ד״ר משה ויינשטוק. בראש המזכירות הפדגוגית עומדת החל מחודש אוגוסט 2018, ד"ר מירי שליסל.
מינהלים.
משרד החינוך מחולק למגוון מינהלים האחראיים על תחומים שונים:
מינהל חברה ונוער.
מינהל חברה ונוער אחראי על החינוך החברתי–ערכי של כלל תלמידי מדינת ישראל לאור מטרות החינוך (חוק חינוך 2000).
מינהל חברה ונוער מתמחה בפיתוח מיומנויות חברתיות, חיזוק החינוך לערכים, טיפוח החשיבה וההתנהגות המוסרית, חינוך למעורבות, לסולידריות ולאחריות חברתית.
אלה מהווים את ליבת התפיסה החינוכית של כל תחומי העשייה של המינהל, ומהם נגזרים התכנים, העקרונות המנחים ומסגרות הפעולה כאחד בעתות שגרה וחירום.
המינהל למדע ולטכנולוגיה.
יחידה מקצועית העוסקת בשלושה תחומים מרכזיים: חינוך למדעים, חינוך לטכנולוגיה וחינוך ליישומי מחשב בחינוך. שלושת התחומים משולבים באופן אינטגרטיבי האחד בשני במטרה להצמיח בוגרים של מערכת החינוך, שיהיו בעלי ידע ומיומנויות הנדרשות לשילוב בחברה, בתעשייה ובמחקר בעידן הידע.
במסגרת פעילויות המינהל, מתקיימות קייטנות קיץ דיגיטליות לתלמידים ברחבי ישראל החל מכיתות ד'. הקייטנות מועברות על ידי מורים מוסמכים, באמצעות למידה מרחוק.
מרכזי הדרכה.
משרד החינוך מפעיל מספר מרכזי הדרכה ברמה הארצית
הרשות הארצית למדידה והערכה בחינוך (ראמ"ה).
הרשות הארצית למדידה והערכה בחינוך (ראמ"ה) היא הגוף המוביל והמנחה המקצועי של מערכת החינוך בתחומי המדידה וההערכה. הרשות פועלת כגורם מקצועי, אובייקטיבי ובלתי תלוי, המשרת את כל בעלי העניין במערכת החינוך ומחוצה לה. כדי להבטיח שראמ"ה תוכל למלא את ייעודה היא הוקמה כרשות עצמאית פנים-ממשלתית, במעמד של יחידת סמך מתוגברת במשרד החינוך, המדווחת ישירות לשר החינוך, ופעילותה תעוגן בחוק ראמ"ה.
ונטו