בשנים עד 1000 לספירה, היו כבר כמה ישויות מדיניות קיימות באיים, אבל לא הייתה ישות מדינית מאחדת המקיפה את כל הארכיפלג הפיליפיני. במקום זאת, האזור היה מנוקד על ידי מספר רב של ישויות אוטונומיות למחצה (הנעות בגודלן מכפרים ועד למדינות-ערים). הן נשלטו על ידי אצילים ושליטים מקומיים בעלי תארים שונים כראג'ים או סולטנים שהתחרו אחת בשנייה. במקרים מסוימים המבנה היה פאודלי בשליטת ממלכות רחבות יותר כמו ממלכת מנילה,
מערכת הקסטות.
Datu - הייתה האצולה שעמדה בראש החברה בעמים הפיליפינים השונים, בתקופה הטרום קולוניאלית.
Maharlika - היו בני המעמד הלוחם של עם הטאגאלוג. בעת מלחמה הם היו משרתים את datu שלהם בקרב. הם היו צריכים להתחמש על חשבונם, אבל מותר היה להם לשמור על השלל שהם לקחו. אף על פי שהיו קשורים באופן חלקי לאצולה, הלוחמים היו פחות חופשיים מבחינה טכנית מאשר בני קסטות אחרים, משום שלא יכלו לעזוב את השירות לאציל שלהם, מבלי לשלם לאציל סכום כסף גדול בזהב.
טימאווה - היו פשוטי העם החופשיים של לוזון שהיו יכולים להחזיק את אדמתם, ולא היו צריכים לשלם דמי חכירה קבועים, אם כי מעת לעת הם נאלצו לעבוד באדמת האציל ולעזור בפרויקטים ואירועים קהילתיים. הם היו חופשיים לשנות את נאמנותם לאציל אחר אם הם נישאו עם בני קהילה אחרת או אם החליטו לעבור ממקומם.
אליפין - בהווה, המילה alipin (או oripun) פירושה "עבדים", וכך גם הספרדים תרגמו את המונח. האליפינים לא היו עבדים במובן המערבי של המילה. הם לא נחטפו ונמכרו בשווקים. נכון יותר יהיה לקרוא להם אריסים. הם יורשים את חובות הוריהם, וניתן להעביר את חובותיהם מאדון אחד למשנהו. עם זאת, הייתה להם אפשרות לקנות את החופש שלהם. עניים יכלו להיות אליפינים מרצון, כי ראו בכך צורה של הגנה וסיוע ולא ענישה.
במאה ה-15 הביאו מיסיונרים וסוחרים ערביים והודים ממלזיה ואינדונזיה את האסלאם לפיליפינים, שם החליפו את הדתות המקומיות. לפני כן, אמונת שבטי הילידים של הפיליפינים הייתה תערובת של אנימיזם, הינדואיזם ובודהיזם.
כפרי ילידים, שנקראו "ברנגים", היו מאוכלסים על ידי מקומיים בכמה מעמדות חברתיים - אצולה, חופשיים, מעמד ביניים, אריסים, משרתים ועבדים. הם נשלטו על ידי שליטים שכונו בתוארים שונים: ראג'ה, דאטוס וסולטאנים. היו מעמדות של אצילים קטנים וכן של לוחמים. מסורת זו נמשכה גם בקרב הסוחרים הספרדים והפורטוגלים, אשר נישאו גם הם לאוכלוסייה המקומית.
היישוב והשלטון הספרדי (1521–1898).
הגעתו של הנוסע הפורטוגזי פרדיננד מגלן בשנת 1521 מסמלת התחלת תקופה של ההתנחלות האירופית. בתקופת הקולוניאליזם הספרדי היו הפיליפינים חלק מ"ספרד החדשה", שנשלטה ממקסיקו סיטי. המתיישבים הספרדים הראשונים היו בעיקר חוקרים, חיילים, פקידי ממשלה ומיסיונרים דתיים שנולדו בספרד ובמקסיקו. רוב הספרדים שהתיישבו היו ממוצא אנדלוסי, אבל היו גם מתנחלים קטלאניים, מוריים ובסקים. מושלים ילידי ספרד, בעיקר ממוצא קסטיליאני, התיישבו באיים כדי לשלוט על הטריטוריה שלהם. רוב המתיישבים התחתנו עם בנותיהם של ראג'ים, דאטנים וסולטנים כדי לחזק את הקולוניזציה של האיים. בני המעמדות העליונים בתקופה הפרה-ספרדית, המשיכו להיות מעמד האצילים לאחר ההתיישבות הספרדית. במאות ה-16 וה-17, אלפי סוחרים יפנים היגרו גם הם לפיליפינים והשתלבו באוכלוסייה המקומית.
כחלק ממלחמת שבע השנים, כבשו הכוחות הבריטים את מנילה בין השנים 1762 ו-1764. החלק היחיד של הפיליפינים שהבריטים החזיקו בו היה אזור מנילה והנמל הימי העיקרי של קאוויט, שניהם ממוקמים במפרץ מנילה. המלחמה הסתיימה בחוזה פריז (1763) ב-1763. בסוף המלחמה לא ידעו החותמים על ההסכם שמנילה נכבשה על ידי הבריטים ומנוהלת כמושבה בריטית. כתוצאה מכך, לא נוסח בחוזה פריס, סעיף ספציפי בעניין הפיליפינים. והם נכללו בקטגוריה הכללית: "כל שאר האדמות שלא הוגדרו אחרת יוחזרו לאימפריה הספרדית". חיילים הודים רבים ומפקדיהם הבריטים נותרו במנילה ובחלקים נוספים של האיים. רובם התבוללו באוכלוסייה המקומית.
הגעתם של הספרדים לפיליפינים משכה גלי מהגרים חדשים מסין, והמסחר הימי פרח בתקופה הספרדית. הספרדים גייסו אלפי מהגרי עבודה סיניים שנקראו "סנגל" לבנות את התשתית הקולוניאלית באיים. מהגרים סינים רבים התנצרו, נישאו לא אחת עם המקומיות, אימצו שמות ומנהגים של הספרדים והתבוללו, אם כי הילדים שנולדו מנישואים בין פיליפינים וסינים המשיכו להיות מסומנים ברשומות רשמיות כ"מסטיסו דה סנגלי". בני התערובת הסיניים היו מוגבלים ברובה לאזור בינונדו עד המאה ה-19. בסופו של דבר הם התפשטו על פני שאר האיים, והפכו לסוחרים, בעלי קרקעות ומלווים בריבית.
כ 110 אוניות ביצעו את הסחר הימי מהפיליפינים למקסיקו בין 1565 ו 1815. עד 1593, כשלוש אוניות היו מפליגות מדי שנה מכל נמל להביא את העושר של הארכיפלג לספרד. קריאולים, אירופאים, מסטיסו, פורטוגלים, צרפתים, ומקסיקנים בעיקר מאמריקה הלטינית באו במגע עם הפיליפינים. נוצרים יפנים, הודים וקמבודים שנמלטו מרדיפות דתיות גם התיישבו בפיליפינים במהלך המאה ה-17 עד המאה ה-19.
עם חנוכת תעלת סואץ בשנת 1867, פתחה ספרד את הפיליפינים לסחר בינלאומי. המשקיעים האירופיים, מאירופה: בריטניה, הולנד, גרמניה, פורטוגל, רוסיה, איטלקייה וצרפת היו בין אלה שהתיישבו באיים ככל שהמסחר פרח. רבים מהמהגרים האירופאים נישאו ביניהם או עם מסטיזוס מקומיים והתבוללו באוכלוסייה הפיליפינית.
התקופה המודרנית.
לאחר התבוסה של ספרד במהלך מלחמת ספרד–אמריקה ב-1898, הגנרל הפיליפיני, אמיליו אגוינלדו הכריז על עצמאות ב-12 ביוני, בעוד הגנרל וסלי מריט הפך למושל האמריקאי הראשון של הפיליפינים. ב־10 בדצמבר 1898 הסתיימה המלחמה, כאשר ספרד ויתרה על הפיליפינים ועל מושבות אחרות לטובת ארצות-הברית תמורת 20 מיליון דולר.
המלחמה הפיליפינים-אמריקאית, שפרצה לאחר מכן, גרמה למותם של לפחות 200,000 אזרחים פיליפינים.כמה הערכות טוענות למספר גדול הרבה יותר - כמיליון אזרחים פיליפינים. לאחר המלחמה הפיליפינית-אמריקנית, הממשל האזרחי של ארצות הברית הוקם בשנת 1901, כאשר ויליאם הווארד טאפט התמנה כמושל האמריקאי. אמריקנים החלו להתיישב באיים ואלפי נישואים בין גזעים בין אמריקנים לפיליפינים התרחשו מאז. בשל מיקומם האסטרטגי של הפיליפינים, כ-21 בסיסים ו-100 אלף אנשי צבא הוצבו שם מאז שארצות הברית כבשה לראשונה את האיים ב-1898. בסיסים אלה הוצאו ב -1992 לאחר תום המלחמה הקרה, והותירו שם אלפי ילדים ממוצא מעורב אמריקאי-פיליפיני. המדינה זכתה בעצמאות מארצות הברית ב-1946. קרן המחקר העולמית ע"ש פרל ס. באק העריכה כי 52,000 ילדים מעורבים מתגוררים ברחבי הפיליפינים. על פי מרכז מחקר אחר ייתכן שיש כ-250,000 אמר-אסייתים מתגוררים בערים סביב מנילה, קלארק, ואולוגאפו. בנוסף לכך, גברים פיליפינים רבים התגייסו לחיל הים האמריקאי ועשו שם קריירה, ולעיתים קרובות התיישבו עם משפחותיהם בארצות הברית. כמה מבני הדור השני או השלישי שלהם חזר לפיליפינים.
בעקבות העצמאות, הגיעה לפיליפינים הגירה בעיקר של אמריקנים, אירופאים, סינים ויפנים. לאחר מלחמת העולם השנייה המשיכו להגיע מהגרים מדרום אסיה. רובם התבוללו ונמנעו מהסטיגמה החברתית המקומית שנקבעה על ידי הספרדים הראשונים. תהליך זה נכון גם לגבי המהגרים הערבים והסינים, שרבים מהם באו לאחר המלחמה. הגירה חדשה יותר היא של קוריאנים, פרסים, ברזילאים ואזרחים אחרים. כל אלה תרמו להעשרת הנוף האתני, השפה והתרבות של הפיליפינים. מאות שנים של הגירה, גלות, הטמעה ומגוון תרבותי הפכו את רוב הפיליפינים לתומכים בנישואים בין-גזעיים ורב-תרבותיות.
החוק הלאומי הפיליפיני מבוסס כיום על העיקרון של אזרחות על פי מוצא ההורים - זוהי השיטה העיקרית של רכישת אזרחות לאומית. מי שנולד בפיליפינים להורים זרים, אינו זכאי לאזרחות פיליפינית, אף על פי שישנה אפשרות בתהליך מנהלי מסוים. לפיליפינים ממוצא אתני מעורב עדיין מתייחסים כמסטיזוס. עם זאת, בשפה היומיומית, המושג מסטיזו מתייחס לפיליפינים המעורבבים עם ספרדים או כל מוצא אירופי אחר.
בפילפינים הייתה הבחנה גזעית מפורטת מאוד, בעיקר לגבי בני הגזעים המעורבים ילידי הפיליפינים שאחד מהוריהם ממוצא מקומי והאחר מהגר מאסיה או שייך לגזע הלבן והיגר מאירופה או ארצות הברית. היו כ-12 קבוצות גזעיות עיקריות שהתושבים סווגו לפיהם. לכל קבוצה היה שם נפרד, וזכויות שונות. במנילה הוקפדה ההפרדה הגזעית, בעיקר במרכז העיר שהיה מוקף חומה והכניסה אליו הייתה מותרת לגזעים מסוימים לצורכי עבודה וסגרגציה ברורה במגורים.
לתוך הסיווג הגזעי נלקחה בחשבון גם ההשתייכות לדת הקתולית, ומי שלא קיבל את הקתוליות כדת היה מחוץ לסדר החברתי, חלקם כונו "שודדים" "פראים", ועוד שמות שהגדירו אותם מחוץ למרכז החברתי שיצרה תרבות הקולוניאליזם הספרדי. השיוך הגזעי שלהם היה נגריטו. מאחר שהפליפינים היו קשורים מנהלתית למרכז אמריקה הספרדית, אנשים שהיגרו ממקסיקו לפיליפינים כבני תערובת - מסטיזו, שמרו על הגדרתם המשפטית גם בפיליפינים.