עוד בימים הראשונים שלאחר שוך הקרבות, הגיעו חוסיין ובכירי משטרו למסקנה כי מטרתה הראשונה במעלה של ירדן לאחר המלחמה היא השגתו של אזור הגדה המערבית מחדש. הדבר לא נבע אך מרצונם הברור למחות את זכר המפלה הקולוסאלית, או מרצון לשוב ולזכות במעמדם הבינלאומי הרם כשליטי המקומות הקדושים. המלך ובכיריו חששו במיוחד מההשפעה שתהיה לאבדן הגדה המערבית על הגדה המזרחית, ובמיוחד על האוכלוסייה הפלסטינית שהיגרה לשם במהלך שני העשורים הקודמים. בחודש יוני 1967, ובעקבות ההגירה רחבת ההיקף מהגדה המערבית, שיעורם של הפלסטינים מקרב תושבי הגדה המזרחית נמדד בקירוב בכ-40%, כאשר חלקם הגדול שכן בצפון המדינה, באזור העירוני והמפותח ביותר של ירדן. כתוצאה מכך, עלה החשש מצד המלך ובכירי המשטר, עשויה האוכלוסייה הפלסטינית בגדה המזרחית, בעקבות הזעם על אובדן מולדתם ההיסטורית, להפנות אצבע מאשימה כלפי המשטר הירדני, ובגיבוי תומכיהם מקרב האוכלוסייה הירדנית, וכן בתמיכת מדינות ערב השכנות, אשר רבות האשימו את המשטר הירדני בבגידה באן-ערביות ובאוריינטציה מערבית, לפעול להפלת המשטר בצורה אלימה. במצב עניינים זה, ובנוסף למאמציה הבינלאומיים של ירדן לגבש תמיכה בינלאומית בהסדר אזורי כולל, אשר יחזיר לרשותה את הגדה המערבית, וכן בחידוש המגעים למול גורמים ישראלים לשם השגת אותה מטרה, הקפיד הממשל הירדני להדגיש את הקשר הבלתי ינותק בין שתי גדות הירדן. בין היתר, המשיכו הירדנים לשלם את משכורותיהם של עובדי מדינה בגדה המערבית, וכן להעביר כספי סיוע לגורמים שונים בגדה, בעיקר אלו אשר היו מוכרים כתומכיו של המשטר ההאשמי. עם זאת, השסע הירדני-פלסטיני, אשר הועתק זה מכבר לגדה המזרחית של הירדן במסגרת הפיצול בין הצפון לדרום, לא זו בלבד שלא הועם, אלא הלך והתגבר, ובעיקר כתוצאה מירידת כוחו של אש"ף, הארגון אשר זוהה, יחד עם מנהיגו אחמד שוקיירי, כעושה דברם של מדינות ערב, וקיים שקט מתוח עם הממשל ההאשמי, ביוזמת מצרים.
את כוחו של אש"ף בזירה הפלסטינית-ירדנית תפסו שורה של ארגונים פלסטיניים מיליטנטים, אשר תבוסת 1967 אך חיזקה את עמדתם שהדרך להביס את ישראל כרוכה במאבק מיליציוני, בהובלת ארגונים צבאיים לא סדירים, וזאת על טהרת העם הפלסטיני. אחד מארגונים אלו היה הפת"ח, ארגון לאומי פלסטיני אשר על פי מרבית המקורות נוסד בשנת 1957 בכווית, ודגל במאבק מזוין חסר פשרות למול ישראל. בעבור פת"ח, שימשה מלחמת 1967 נקודת קפיצה להשגת עמדת מנהיגות אמיתית עבור בני הפזורה הפלסטינית. בעקבות המלחמה נאלץ שוקיירי, יושב ראש אש"ף, ובין מתנגדיה הבולטים של פת"ח, להתפטר מתפקידו בשל אופוזיציה גוברת והולכת בתוך אש"ף. הפגיעה ביוקרתן של מדינות ערב בעקבות הפסדן, יחד עם ניהול מספר פעולות צבאיות בארגון פת"ח כנגד מטרות ישראליות (כדוגמת פעולת כראמה ב-21.3.1968), הובילו להתחזקות כוחו ויוקרתו של פת"ח על חשבון המנהיגות הקיימת באש"ף, ולאימוץ תפיסתו של הארגון לפיה יש לפעול לייסוד הנהגה פלסטינית עצמאית אשר תוביל את המאבק כנגד ישראל. התפתחויות אלו, וכמו כן עליית יוקרתו של ראש פת"ח יאסר ערפאת כמנהיג המאבק העממי החמוש, הובילו לבחירתו של ערפאת כמנהיגו של אש"ף, בפברואר 1969.
מבחינתה של ירדן, עליית כוחו של פת"ח, אשר דגל במאבק עצמאי למען שחרור פלסטין מבלי להסתמך על מדינות ערב השכנות, ובהקמתה של מדינה פלסטינית עצמאית מתכתיביו של גורמים חיצוניים, וכן התמיכה הציבורית ההולכת וגוברת לה זכה הארגון בקרב הפלסטינים בשטח ירדן, הייתה איום על יציבותה ועל עצם קיומה של ירדן בהרכבה הנוכחי. כמו כן, בתקופה הראשונה שלאחר המלחמה, ובעקבות פעולותיהם של גורמי הביטחון הישראלים בשטח הגדה המערבית, הגיעו פעילים רבים בארגונים הפלסטינים המיליטריסטים לירדן, שם הצטרפו לפעילים הפלסטינים אשר שוחררו מהכלא הירדני במסגרת החנינה הכוללת שניתנה לאחר המלחמה כביטוי לסולידריות הלאומית הירדנית. ארגונים אלו, אשר החלו בגיוס נרחב של צעירים פלסטינים מקרב אזרחי ירדן והפליטים החדשים, יצרו לקראת סוף שנת 1967 תשתית ארגונית יציבה באזורים הסמוכים לנהר הירדן, ומשם פעלו תדיר כנגד מטרות ישראליות מזדמנות. פעולות אלו הביאו לתגובות צבאיות ישראליות, ששיאן בפעולת כראמה (מרץ 1968), אשר הובילה ללחימה רחבת היקף בין צה"ל לצבא ירדן, ולאבדות כבדות לירדנים. קרב זה, חרף התיקו מבחינה צבאית טהורה, הועלה על נס הן על ידי הארגונים הפלסטינים והן על ידי צבא ירדן כניצחון מוחץ על הישראלים, כאשר מבחינתם של הארגונים הפלסטינים היה זה ניצחון פסיכולוגי טהור, אשר הגביר את הפופולריות שלהם בדעת הקהל בירדן, והגדיל את כוחם בשטח. מצב עניינים זה הקשה על המשטר הירדני, אשר ביקש למנוע מתקפות שכאלו מהגבול הירדני ובכך לחשוף את ירדן למתקפה ישראלית, לפעול כנגד הארגונים, אשר נהנו מבסיס תמיכה מוצק בדעת הקהל הירדנית ובעולם הערבי.
אירועי ספטמבר השחור.
לכל אורך השנים 1968–1970, הגבירו הארגונים הפלסטינים את פעולותיהם, ובתמיכה רחבה של הפלסטינים בירדן, יצרו למעשה "מדינה בתוך מדינה", כאשר אזורים מסוימים בירדן, בעיקר בערי ירדן בצפון המדינה כגון זרקא, סלט ואירביד, וכן במחנות הפליטים הפלסטינים כגון מחנה אל-וחדאת מדרום לבירה עמאן, הפכו למעשה לאזורים מחוץ לתחום עבור נציגי המשטר הירדני. בעוד שהמלך חוסיין, יחד עם בכירים במשטר ורבים בקרב האוכלוסייה הירדנית, חשו שפעילותם של הארגונים הפלסטינים, אשר דוגלים במטרות שונות מאשר אלו של המשטר הירדני, ובפעולותיהם הופכים את ירדן עצמה כמטרה לתוקפנות הישראלית, מסכנים את עצם קיומה של ירדן, הם נמנעו בתחילה מפעולה צבאית כנגד הארגונים, בחשש מפתיחתה של מלחמת אזרחים ירדנית, בה מדינות ערב יסייעו לארגונים הפלסטינים במטרה להפיל את המשטר. לחלופין ביקש המשטר הירדני לנהל משא ומתן עם הארגונים הפלסטינים, בניסיון להכפיפם ככל האפשר למרות השלטון הירדני. במהלך שנת 1968, בעקבות משא ומתן קדחתני בין נציגי המשטר הירדני לבין הארגונים הפלסטינים, נקבע כי בתמורה להכרה ירדנית בזכותם של הארגונים לפעול כנגד ישראל, זאת בכפוף לתנאים מסוימים, ימנעו הארגונים מנשיאת נשק ברחובות הערים בירדן ומפעולות לא חוקיות בשטח ירדן לשם חיזוק כוחם. עם זאת, הסכם זה, בדומה להבנות נוספות בין ירדן לבין הארגונים, לא מומשו, בעיקר עקב התנגדותם של פעילי הארגונים, אשר התנגדותם למשטר ההאשמי הלכה וגברה, ואשר חלקם החלו לראות במשטר הירדני כגוף עוין, אשר לטובת העניין הפלסטיני יש להפילו. אמנם, בראייה לאחור נדמה כי מבחינה צבאית לא ניתן להשוות בין שני הצדדים, שכן הצבא הירדני נהנה מעליונות מכרעת בנשק כבד ובתשתית לוגיסטית, מה שמעלה ספק גדול האם היה בכוחם של הארגונים, אם היו בוחרים בכך, להפיל את המשטר הירדני לחלוטין, אך בשנים 1968–1970, אפשרות זו נראתה לרבים מאזרחי ירדן כממשית בהחלט, בין היתר כתוצאה מהתמיכה הבלתי מעורערת של פלסטינים רבים בארגונים, ובהכרזותיהם הפומביות על כך. לאור האמור, בתחילת שנת 1970 חשו רבים מאזרחי ירדן, בין אם תומכי הארגונים ובין אם תומכי השלטון ההאשמי, שהגיע העת להכרעה בשאלה מיהו הריבון בממלכת ירדן, ולמי הסמכות העליונה בעריה וברחובותיה.
החשש של בכירי המשטר הירדני ושל המלך חוסיין מפעולותיהם של הארגונים הפלסטינים הוביל לבסוף לפיצוץ בין הצדדים בשנת 1970. המשבר החל בחודש פברואר 1970, כאשר הממשלה הירדנית הוציאה צו המורה על איסור נשיאת נשק בפומבי עבור כל ירדני שאינו נמנה עם הכוחות המזוינים של ירדן. צו זה אימץ למעשה את הבנות 1968 בין ירדן לארגונים הפלסטינים, אשר לא כובדו על ידי הארגונים, והפך אותם לצו רשמי. מבחינתם של הארגונים הפלסטינים, הדבר נחשב כקריאת תיגר ישירה כנגד כוחם, ובתגובה החלו חילופי אש בין פעילי הארגונים לחיילים ירדנים ברחבי ירדן. בשל החשש מהתדרדרות נוספת, בחרה ממשלת ירדן להקפיא את יישום הצו, וזאת עד אשר יהיה בידה זמן להכין תשתית צבאית מתאימה לניטרול כוחם של הארגונים החמושים. גם מבחינתם של פעילי הארגונים, הקפאתו של הצו לא הייתה אלא הפוגה זמנית, כאשר במהלכה הכינו עצמם הפעילים למאבק כנגד השלטון הירדני. המשבר סימל בצורה הברורה ביותר, הן בעבור שני הצדדים והן בעבור העם הירדני, כי לא ניתן עוד להסכין למצב הלימינאלי, וכי הגיעה השעה להכרעה. רבים מאזרחי ירדן, אשר חשו מושפלים בשל מה שנראה ככניעתו של המלך למול הארגונים הפלסטינים, תבעו כעת את כבודה של ירדן, ואת חיסול כוחם של הארגונים הפלסטינים אחת ולתמיד. מספר קצינים מצבא ירדן אף העלו רעיון לבצע הפיכה צבאית בממלכה ולהעלות לשלטון את אחיו של חוסיין, הנסיך חסן, אשר נתפס כמי שיגאל את ירדן מהשפלתה. רעיון זה, אף שלא יצא לפועל, מהווה הוכחה נוספת להקצנה במחנה הירדני, אשר תרמה להחלטת המלך לצאת למתקפה כוללת כנגד הארגונים.