בשעה שדוד בורח מפני שאול, ומגיע לנוב, הוא מבקש לחם מאחימלך הכהן הגדול, ומקבל ממנו "לחם קודש", ובתנאי ש"נשמרו הנערים אך מאשה". דוד משיב שאכן כך הוא, שכן כבר יצאו לדרכם מתמול שלשום, וגם כליהם טהורים. עוד מסופר בספר שמואל אודות בת שבע, שהייתה "מתקדשת מטומאתה" בשעה שנלקחה לבית דוד.
עדות לקיומן של הלכות מצורע מתקבלת גם מספר מלכים. בזמן המצור של ארם על העיר שומרון בימי המלך יהורם בן אחאב, היו ארבעה מצורעים בשער העיר.
מצורע אחר שהתפרסם הוא עוזיהו מלך יהודה, שנכנס להיכל כדי להקטיר קטורת, בניגוד להלכה האוסרת על מי שאינו כהן לעשות כן, ונצטרע בו במקום. הוא נאלץ לעזוב את ירושלים ולהתגורר במקום מבודד ("בית החפשית") עד סוף ימיו, ויותם בנו מילא את מקומו. לאחר פטירתו, נקבר בשדה הסמוך לקברי המלכים.
עם עלות חזקיהו המלך על כיסא מלכותו, פתח במבצע מקיף לטהרת המקדש, הכהנים והעם, לאחר ההזנחה בימי אביו אחז. הוא קיווה להספיק לטהר את העם לקראת הקרבת קרבן הפסח, אך רבים מהעם, בפרט משרידי עשרת השבטים שגלו תקופה קצרה לפני כן, לא הספיקו להיטהר: "מַרְבִּית הָעָם רַבַּת מֵאֶפְרַיִם וּמְנַשֶּׁה יִשָּׂשכָר וּזְבֻלוּן לֹא הִטֶּהָרוּ, כִּי אָכְלוּ אֶת הַפֶּסַח בְּלֹא כַכָּתוּב, כִּי הִתְפַּלֵּל יְחִזְקִיָּהוּ עֲלֵיהֶם לֵאמֹר: ה' הַטּוֹב יְכַפֵּר בְּעַד". אירועי חג הפסח והטהרה לקראתו היו פתיח למהלך מקיף של שיבה לקיום התורה בישראל, עד שאמרו חז"ל, שבימי חזקיהו: "בדקו מדן ועד באר שבע - ולא מצאו עם הארץ; מגבת ועד אנטיפרס - ולא מצאו תינוק ותינוקת, איש ואשה, שלא היו בקיאין בהלכות טומאה וטהרה".
ימי הבית השני.
עם שיבת ציון בראשית ימי הבית השני, היה צורך לשחזר את מסורת חיי הטהרה. מן הכתובים נראה שהכהנים התרשלו בדבר, וחגי הנביא ערך להם מבחן על הלכות אלו, ומשכשלו בו - קבע שקרבנותיהם טמאים.
לטהרה מטומאת מת השתמשו ישראל באפר פרה אדומה שלקחו עמם למשמרת בבבל, ומלבד זאת נעשו בימי הבית השני שמונה פרות אדומות, הראשונה שבהן בפיקוחו של עזרא הסופר.
ברבות השנים, הקושי בקיומן של הלכות טומאה וטהרה יצר הבדלי מעמדות בין החברים לבין עמי הארץ: ה"חברים" הקפידו על קיום הלכות הטהרה במלואן, ואף חלקם השתדלו לאכול את מזונם הרגיל ("חולין") בטהרה, בעוד עמי הארץ שמרו על דברים בסיסיים בלבד. הדבר גרם לכך שהחברים נאלצו שלא לנגוע בבגדיו של עם הארץ, מחשש שנטמאו כ"משכב ומושב" (ראו לעיל: דרכי ההיטמאות: משכב ומושב הזב), והיו מהלכים בצידי הרחוב, כדי שלא להתחכך בעוברים ושבים. ריחוק זה היה בין הגורמים לשנאה כלפי ה"חברים", שנחשדו בהתנשאות. על חומרת הטומאה שיוחסה לעמי הארץ חלוקות הדעות, וככל הנראה לא החמירו להחשיבם כ"אב הטומאה" המטמא אדם במגעו.
בזמן העלייה לרגל הקלו חכמים להחשיב את עמי הארץ כטהורים, הן משום שעמי הארץ אכן השתדלו יותר להיטהר לקראת העלייה למקדש, והן כדי לשמור על אחדות האומה, "כדי שלא יהא כל אחד ואחד הולך ובונה במה לעצמו, ושורף פרה אדומה לעצמו". כמליצה אמרו חז"ל: "ירושלים הבנויה, כעיר שחוברה לה יחדיו - עיר שהיא עושה כל ישראל חברים", כלומר, מחשיבה את כולם כמעמד של "חברים". מכל מקום, לאחר הרגל היו הכהנים מטהרים את כל כלי המקדש, מחשש שנטמאו במהלך החג. הצדוקים לגלגו על כך, כמסופר בתלמוד הירושלמי: "פעם אחת הטבילו את המנורה. אמרו צדוקים: ראו פרושים מטבילין גלגל חמה!".
בשלהי תקופת בית שני, הייתה ההקפדה בטהרה בבית המקדש ברמה גבוהה יחסית להקפדה על מצוות אחרות ביהדות, וחז"ל ראו זאת כשיבוש של סולם הערכים היהודי. כך מסופר בתלמוד:
התלמוד מסיק, שההקפדה על טהרת הכלים כשלעצמה הייתה ראויה, אבל הייתה זו זילות של שפיכות דמים.
יוסף בן מתתיהו מתאר את כת האיסיים שהתקיימה בתקופה זו, וניהלה אורח חיים מחמיר בנושאי טהרה. הם נהגו, למשל, לטבול אחרי הפרשת צרכים. בספרות התנאים אין התייחסות מפורשת לנוהגי הטומאה של כת זו, בניגוד לצדוקים והכותים.
אחרי חורבן הבית השני.
לאחר חורבן בית המקדש (70 לספירה) וביטול עבודת הקרבנות, פחתה בהדרגה השמירה על הלכות הטהרה. אמנם עדיין היה צורך להיטהר לצורך קיום מצוות התרומות והמעשרות (ראו לעיל: חובת הטהרה), אבל בהדרגה הידלדל מאגר אפר הפרה האדומה, ובהיעדר מקדש - לא ניתן היה לעשות פרה אדומה נוספת. תהליך זה לא היה חד ומהיר, אלא התמשך כמאתיים שנה לפחות. בזמן התנאים שלאחר החורבן עדיין נשמרה הטהרה בקפדנות רבה, ואף הוסיפו בה סייגים. במקורות מסופר על אישים מרכזיים ששמרו על הלכות הטהרה בביתם ואף עסקו בהוראה למעשה לזולתם, כמו רבן גמליאל, רבן שמעון בן גמליאל הזקן ורבי יהודה הנשיא.
גם בזמן האמוראים הננו מוצאים שמירת טהרה, אם כי הייתה כנראה נחלתם של יחידים בלבד: רבי אמי ורבי אסי, שהיו כהנים, היו אוכלים תרומה. בתלמוד הירושלמי נאמר, שרבי חייא הורה לרב, אחיינו: "אם אתה יכול לאכול במשך כל השנה חולין בטהרה - אכול, ואם לא, תהא אוכל שבעה ימים בשנה". על פי הפרשנות המקובלת, הכוונה לשבעה ימי חול בין ראש השנה לבין יום הכיפורים, מלבד הזהירות בטהרה בראש השנה ויום הכיפורים עצמם (). ב"משך חכמה" לרבי מאיר שמחה מדווינסק () סובר שהכוונה לשבעה ימים טובים בשנה. העדות המאוחרת ביותר על קיום הלכות הטהרה היא זו של האמורא עולא (המאה השלישית), המספר על כך שבזמנו עדיין "ה"חברים" (שומרי הטהרה, ראו לעיל) מטהרים בגליל", כנראה באמצעות אפר הפרה האדומה שנשמר בידי כהנים תושבי הגליל. ואמנם, בחפירות ארכאולוגיות בעיר ציפורי נמצאו כלי אבן (שאינם מקבלים טומאה) שתוארכו עד לתקופה הרומית המאוחרת במאה הרביעית לספירה.
הממצא הארכאולוגי.
בדורות האחרונים, התווסף למקורות ההלכתיים ממצא ארכאולוגי עשיר ומגוון המעיד על שמירה על טהרה בקרב הציבור היהודי בשלהי תקופת הבית השני. המחקר השיטתי בנושא זה בא בעקבות החפירות הנרחבות בעיר העתיקה של ירושלים לאחר מלחמת ששת הימים. מדובר בשני סוגי ממצאים עיקריים:
השלכות מעשיות בימינו מהלכות טומאה וטהרה.
כל עוד בית מקדש עומד בחורבנו אין צורך בקיום הלכות הטהרה במלואן. יתירה מזו: גם אין אפשרות לקיים אותן כהלכתן, מפני שאין לנו אפר פרה אדומה. די לו לאדם שיוולד בבית חולים, ובמהלך שהותו שם יהיה במקום מת (ואפילו הפלת עובר) - נטמא אדם זה עד סוף ימיו, ללא אפשרות להיטהר מכך. עם זאת, קיימים כמה תחומים בהלכה בהם יש יישומים של הלכות הטומאה והטהרה גם בימינו.
טהרת המשפחה - מבין אבות הטומאות שקבעה התורה, חשובות במיוחד הנידה והזבה, מפני שהתורה קבעה להן גם איסור בקיום יחסי אישות. מחשש לטעויות בחישוב ימי הנידה, נקבע שכל אשה הרואה ולו טיפת דם אחת נחשבות כזבה, ועליה לשמור "שבעה נקיים" לאחר תום הדימום, ורק אז יכולה היא להיטהר. מלבד ההגבלה על קיום יחסי אישות, מופיעות בהלכה "הרחקות" שונות, שנועדו לצמצם את החשש לגלישה לאיסור התורה, אך אין כוונתן להימנע מלהיטמא מחמת הנידה. במקורות שונים מצוין מנהג מתקופת הגאונים בארץ ישראל להיזהר ממגע במשכב הנידה ומושבה גם בזמן הגלות, כזכר לדיני הטהרה, אך בהלכה המאוחרת יותר מנהג זה לא התקבל.
השלכה צדדית מהלכות נידה נוגעת להלכות כלים המקבלים טומאה. על פי הדין, אשה שמוצאת כתם החשוד כדם שיצא מגופה - נחשבת כנידה, בתנאים מסוימים, ובהם התנאי, שכתם זה יתגלה על דבר שמקבל טומאה. אם נמצא הכתם על דבר שאינו מקבל טומאה - האשה טהורה. סביב זה דנו הפוסקים על אביזרי היגיינה וריהוט הקיימים בימינו, האם הם מקבלים טומאה.
טומאת כהנים - כאמור (לעיל: חובת הטהרה), התורה אסרה על הכהנים להיטמא למת. איסור זה אינו תלוי דווקא בהיותם עובדים בפועל בבית המקדש, ולכן הוא נוהג גם בימינו (גם כהן שכבר נטמא וטרם נטהר - אסור להיטמא שנית). לכן, כהנים נמנעים מלהיכנס לבית קברות. בעקבות זאת, מקובל לקבור כהנים בחלקה מיוחדת שמאפשרת גישה נוחה של בני המשפחה עד סמוך לקבר. כניסתם לבתי חולים מעוררת בעיה, מפני שכיחות הנפטרים בהם, והפסיקה ההלכתית המקובלת היא שעל הכהנים להשתדל להימנע מכניסה לבית חולים שלא לצורך. בבתי חולים שונים קיימים הסדרים מיוחדים או למתן התראה לכהנים על נוכחותו של מת, או לחציצה בפני הטומאה: אם יש מת בבניין, והכהן נמצא בחדר פנימי (שהמת לא אמור לעבור דרכו בהוצאתו אל מחוץ לבניין) שדלתו סגורה - הכהן לא נטמא; בכמה בתי חולים הותקנו במסדרונות דלתות כפולות, כדי לוודא שתמיד אחת מהן תהיה סגורה. שאלה מיוחדת התעוררה על טיסה של כהנים, בגלל מעבר המטוס מעל בתי קברות או בגלל הובלת נפטרים בתא המטען.
נטילת ידיים לסעודה - לפני אכילת לחם קיימת חובה ליטול ידיים, כלומר, לשפוך מים מכלי על כפות הידיים. הלכה זו במקורה נועדה לכהנים האוכלים תרומה, והידים הטמאות מטמאות את התרומה, ולפיכך עליהם לטהר את הידיים לפני האכילה (ראו לעיל: הלכות שהוסיפו חכמים: טומאת ידיים). ההלכה הרחיבה את החיוב לכל יהודי האוכל לחם, גם אם אינו כהן, כדי לשמר ולהזכיר לכהנים את חובתם לגבי תרומה.
סעיף מיוחד בהלכה זו, שאינו ידוע לרבים, הוא הצורך ליטול ידיים לפני אכילת כל מאכל רטוב ("דבר שטיבולו במשקה", גם אם אינו לחם). דין זה שנוי במחלוקת, האם חובה לקיימו גם בימינו, ועל פי הדעה המקובלת יש ליטול ידיים ללא ברכת "על נטילת ידיים". סביב הלכה זו התפתח דיון נרחב בפוסקים בשאלה מה נחשב "אוכל" ומה "משקה" במקרים גבוליים (גלידה, מאפה עם דבש, קרח, ועוד).
כשרות הסכך לסוכה - בהלכות סוכה קיים דין, שסכך כשר רק אם הוא עשוי מדבר שאינו מקבל טומאה. סביב הלכה זו התפתח דיון נרחב על חפצים מסוימים, האם הם מקבלים טומאה.