מבנים טקסיים הידועים כקיוות נבנו בהתאמה למספר החדרים בפואבלו. בממוצע נבנתה קיווה אחת קטנה עבור כל 29 חדרים. בתשעה מכלולי מגורים הייתה קיווה גדולה, שקוטרה היה עשוי להגיע עד ל־19 מטרים. כל הקיוות הצ'אקואניות הן בעלות מאפיינים אדריכליים דומים, כולל דלתות בצורת T ומשקופי אבן. אף על פי שנבנו קירות מורכבים ופשוטים, אלו שבבתים הגדולים היו בעיקר בצורת המכונה "ליבה וציפוי חיצוני קישוטי": תחילה נבנו שני קירות תמך מקבילים מאבן חול המכוסה בשכבת טיח. במרווח ביניהם שפכו חצץ, שהיווה את ליבת הקיר. לאחר מכן הקירות כוסו בציפוי חיצוני של אבני חול קטנות, שנדחסו לתוך שכבת הבוץ. לעיתים נהגו לשבץ את האבנים כך שנוצרו דפוסים ייחודיים. כאשר מסכמים את עלויות הבנייה של כל המבנים, הבנייה הצ'אקואנית ניצלה למעלה מ־200,000 עצים מחטניים, שבדרך כלל נכרתו מרכסי הרים במרחק של עד 113 ק"מ.
הצ'אקואנים בנו את מתחמי המגורים שלהם בקרקעית הקניון לאורך קטע של 14 ק"מ. תשעה בתים גדולים נבנו לאורך הצד הצפוני של נחל צ'אקו, כשהם צמודים לבסיס מסה מסיבית מאבן חול. בתים גדולים אחרים נמצאים על פסגות המסה או באזורי הנחלים ואגני הניקוז הסמוכים. סך הכל זוהו 14 בתים גדולים, המקובצים להלן לפי המיקום הגאוגרפי ביחס לקניון.
מרכז הקניון.
בחלק המרכזי של הקניון נמצאים מתחמי הצ'אקו הגדולים ביותר. המתחם הנחקר ביותר הוא פואבלו בוניטו (Pueblo Bonito – בספרדית "הכפר היפה"), מבנה בצורת האות D המשתרע על פני 8,000 מ"ר, והכולל לפחות 650 חדרים, והוא הבית הגדול ביותר; בחלקים מסוימים של המתחם הוא בנוי בארבע קומות. השימוש בשיטת "ליבה וציפוי חיצוני קישוטי" ובנייה לגובה של ארבע קומות חייבה בניית קירות שעוביים מגיע עד למטר אחד. פואבלו בוניטו מחולק לשני חלקים על ידי קיר החוצה אותו במדויק מצפון לדרום, ועובר דרך הכיכר המרכזית. קיווה גדולה הוצבה בכל צד של הקיר, ויצרה תבנית סימטרית הנפוצה בבתים צ'אקואנים גדולים רבים.
בסמוך לפואבלו בוניטו נמצא פואבלו דל ארויו (Pueblo del Arroyo – בספרדית "כפר נחל האכזב"); פואבלו זה נוסד בין 1050 ל־1075, הושלם בתחילת המאה ה־12, ושוכן בפתח של ערוץ המכונה "הפער הדרומי". קאסה רינקונאדה (Casa Rinconada) הוא אתר שבו נמצאת קיווה גדולה, והוא מבודד יחסית לאתרים אחרים בקניון. אתר זה נמצא בצד הדרומי של קניון צ'אקו, בסמוך לדרך הצ'אקואנית המובילה לקבוצת מדרגות תלולות המגיעות לראש מסה צ'אקרה. הקיווה ניצבת בבדידות, ללא כל מבני מגורים או חומות תמך צמודים; בעבר היה בה מעבר באורך 12 מטרים שהוביל מהקרקע אל החלקים העליונים. צ'טרו קטל (Chetro Ketl – בנאוואחו "בית פינתי"), השוכן ליד פואבלו בוניטו, הוא מבנה בצורת האות D הדומה למתחמים מרכזיים אחרים בקניון, אך קטן יותר בהשוואה אליהם. בנייתו החלה בין 1020 ל־1050, ו־450–550 החדרים שבו חולקים רק קיווה אחת גדולה. המדענים מעריכים כי נדרשו 29,135 שעות עבודה על מנת להקים את צ'טרו קטל בלבד; יואיט העריך שנדרשו 5,000 עצים ו־50,000,000 גושי אבן.
קין קלסטו (Kin Kletso - בנאוואחו "הבית הצהוב") היה מתחם בגודל בינוני במרחק 800 מטרים מפואבלו בוניטו, ויש בו עדויות מוצקות לבנייה ומגורים של בני הפואבלו מצפון אגן סן חואן. הצורה והתכנון הריבועיים שלו שייכים לקבוצה התרבותית המכונה "פואבלו 2" ולא לסגנון "פואבלו 3" או הגרסה של קניון צ'אקו לסגנון זה. במתחם זה יש כ־55 חדרים, ארבע קיוות קרקעיות, ומגדל עגול דו־קומתי שייתכן כי שימש כקיווה או כמרכז דתי. בסמוך לכפר התגלו עדויות לתעשיית ייצור הקשורה לזכוכית געשית, שהחלה לפעול בין 1125 ל־1130.
פואבלו אלטו (Pueblo Alto – בספרדית "הכפר הגבוה") הוא בית גדול המכיל 89 חדרים, והוא שוכן בפסגת מסה ליד מרכז הקניון, במרחק קילומטר אחד מפואבלו בוניטו. בנייתו החלה בין 1020 ל־1050, בתקופה בה הייתה תנופת הבנייה בכל רחבי הקניון. רוב תושבי אגן סן חואן יכלו לצפות בפואבלו בגלל מיקומו הגאוגרפי; בפואבלו היה מרכז לעיבוד חרוזים וטורקיז, ייצור כלים מצור היה נפוץ גם הוא. במחקר שנערך על ידי הארכאולוגים טום וינדס באתר התברר כי ככל הנראה רק קומץ משפחות (חמש עד עשרים) התגוררו בפועל במתחם; הדבר עשוי לרמז כי תפקידו העיקרי של פואבלו אלטו לא היה מקום מגורים. בית גדול נוסף, נואבו אלטו (Nuevo Alto – בספרדית "הגבוה החדש"), נבנה על המסה הצפונית בסמוך לפואבלו אלטו; הוא הוקם בשלהי המאה ה־12, בערך בתקופה שהאוכלוסייה הצ'אקואנית בקניון החלה להצטמק.
שולי הפארק.
בשוליים הצפוניים של הקניון נמצא מקבץ בתים גדולים נוסף; בין הגדולים שבהם ניתן למנות את קאסה צ'יקיטה (Casa Chiquita – בספרדית "בית קטן"), שהוא כפר שנבנה ב־1080 בקירוב כאשר היה גשם רב והתרבות הצ'אקואנית התפשטה. מתאר הכפר היה ריבועי וקטן יותר; כמו כן, לא היו בו כיכרות פתוחים וקיוות נפרדות בהשוואה לכפרים שקדמו לו. במהלך הבנייה נעשה שימוש בגושי אבן יותר גדולים ורבועים; הקיוות עוצבו לפי מסורת המסה ורדה הצפונית. במרחק של כשלושה קילומטרים במורד הקניון שכן פנייסקו בלאנקו (Peñasco Blanco – בספרדית "צוק לבן"), שהיה מתחם קשתי שנבנה על פסגת המצוק הדרומי של הקניון בחמישה שלבים שונים בין שנת 900 ל־1125. משערים כי ציור סלע סמוך (המכונה פלטוגרף הסופרנובה) מתעד את הצפייה בסופרנובה SN 1054 שנצפתה מכדור הארץ ב־5 ביולי 1054.
אונה וידה (Una Vida – "חיים אחד") שוכן עמוק יותר בקניון, והוא אחד משלושת הבתים הגדולים הקדומים ביותר, כשבנייתו החלה סביב שנת 900. בבית זה היו שתי קומות ו־124 חדרים, והוא בצורת קשת בדומה לפנייסקו בלנקו ופואבלו בוניטו, אך בניגוד אליהם הוסף לו חלק קטן בצורת רגל של כלב בגלל התנאים הטופוגרפיים. בית זה שוכן באחד מערוצים העיקריים הנשפכים לקניון, ליד נחל גאלו, והורחב בצורה משמעותית לאחר שנת 930. הבית הגדול, הקטן ביותר, נקרא ויג'יג'י (Wijiji בנאוואחו שם הצמח "Sarcobatus"), והוא כולל כ־100 חדרים בקירוב. הבית נבנה בין 1110 ל־1115, והוא היה הבית הגדול האחרון שנבנה על ידי הצ'אקואנים. הבית היה מבודד במקצת כיוון ששכן בתוך נחל צר, ומרחקו מאונה וידה היה שני קילומטרים.
האנגו פאווי (Hungo Pavi – בנאוואחו "כפר מעיין הקנה") נמצא במרחק 2 קילומטרים מאונה וידה, ההיקף המכלול 266 מטרים. במחקרים הראשוניים נחשפו 72 חדרים בקומת קרקע, כאשר גובה המבנים מגיע עד לארבע קומות, וכן זוהתה קיווה מעגלית אחת בעלת מידות גדולות. אתר נוסף שהתגלה היה קין נאהאסבאס (Kin Nahasbas) שנבנה במאה ה־9 או במאה ה־10, ושכן במרחק קצר צפונית לאונה וידה, למרגלות המסה הצפונית. באזור זה נערכו מעט חפירות משמעותיות.
טסין קלצין (Tsin Kletzin – בנאוואחו "מקום הפחם") מתחם השוכן על מסה צ'אקרה וממוקם מעל לקאסה רינקונאדה, כ־3.7 קילומטרים דרומית לפובאלו אלטו, בצדו השני של הקניון. הוא שוכן בסמוך לסכר וריטוס (Weritos), סכר עפר עצום שהמדענים מאמינים כי סיפק לטסין קלצין את כל צריכת המים. הסכר חסם מי שיטפונות באגם מאחוריו. עם זאת, כמויות גדולות של סחף שהצטברו במהלך השיטפונות אילצו את התושבים להגביה את הסכר ולחפור את השטח מאחוריו.
בכיוון צפון שכנו קהילות מרוחקות יותר, כולל האתרים הידועים כחורבות סלמון (Salmon Ruins) וחורבות האצטקים, הנמצאים כיום לאורך הנהרות סן חואן ואנימאס בקרבת פרמינגטון; בניית האתרים החלה בתקופה עשירה בגשמים בשנת 1100, ונמשכה כשלושה עשורים. בקרבת הדרך הדרומית הגדולה ובמרחק 100 ק"מ דרומית לקניון צ'אקו נמצא מקבץ קהילות מרוחקות נוסף. הקהילה הגדולה ביותר באזור זה היא קין ניז'וני (Kin Nizhoni), השוכנת בפסגת מסה בגובה 2,100 מטרים.
תפקיד.
בניית הבניינים המעוצבים בקפידה שאפיינו את המתחמים הגדולים בקניון החלה רק ב־1030. הצ'אקואנים שילבו עיצובים אדריכליים שתוכננו מראש תוך התאמת כיוון הבניינים על פי כללים אסטרונומיים, גאומטריה, עיצוב נוף והנדסה אזרחית שמטרתם להקים מרכז עירוני עתיק המאופיין על ידי סגנון אדריכלי ייחודי. החוקרים הסיקו כי ייתכן ובמתחם לא התגוררו תושבים רבים, כאשר רק באירועים שנתיים ובטקסים נכחו במתחם אנשים רבים. אתרים קטנים יותר היו ככל הנראה למטרות מגורים, והיו פזורים ליד הבתים הגדולים וברחבי קניון צ'אקו.
בערך באותה תקופה חוו אנשי הפואבלו הקדמוניים תנופת בנייה וגידול אוכלוסייה. לאורך המאה ה־10 התפשטו שיטות הבנייה הצ'אקואניות בהדרגה מהקניון לאזורים הסמוכים. עד לשנת 1115 נבנו לכל הפחות 70 פואבלוס עם מאפייני אדריכלות צ'אקואנית ברדיוס של 65,000 קמ"ר באגן סן חואן. החוקרים חלוקים בנוגע לתפקיד הבניינים, כיוון שחלקם מספיק גדולים על מנת להיחשב לבתים גדולים בפני עצמם. חוקרים אחדים הציעו כי היה מדובר ביותר מקהילות חקלאיות, וככל הנראה היו אלה תחנות מסחר או אתרים טקסיים.
שלושים אתרים מרוחקים כאלה המפוזרים על פני שטח של 168,000 קמ"ר מחוברים ביניהם ולקניון המרכזי באמצעות רשת של שש מערכות דרכים צ'אקואניות. אורך הדרכים מגיע לעיתים עד ל־97 ק"מ בקווים ישרים, ונראה כי הם תוכננו והונדסו בקפדנות רבה. הדרכים אופיינו בדרך כלל במשטח נארי ברוחב תשעה מטרים; קצות המשטח הוגדרו באמצעות שוליים מאדמה או סלע, ולעיתים אף באמצעות קירות נמוכים. כאשר היה צורך הבנאים השתמשו בגרמי מדרגות אבן תלולים ובכבשי סלע על מנת להתגבר על מכשולים גדולים כגון צוקים. ייתכן כי אף פעם לא יתברר מה היה התפקיד האמיתי של הדרכים, אך ארכאולוגים שונים טוענים כי הן שימשו להובלת העץ.
אדם שיף