הוספת דגים רבים מהר מדי גורמת לזה שלחיידקים אין מספיק זמן בשביל להתבסס בתוך הפילטר מה שיכול לגרום לרמות אמוניה גבוהות. זה לא תמיד קטלני אבל יכול לגרום למוות של הדגים באקווריום. כמה ימים לאחר הוספת הדגים הראשונים לתחילת תהליך הסייקל, חשוב לעקוב אחר הדגים כדי לחפש סימנים של אמוניה גבוהה. סימנים אלה כוללים חוסר תנועה, חוסר תיאבון, דלקת, אדמומיות על זימים, סנפירים, הגוף, ולעיתים הדג מתנשף בכבדות על פני המים. האחרון יכול להיות גם לייחס לחוסר אוורור, אשר יכול להיות מנוטרל על ידי הפעלה של משאבת אוויר.
אוכלוסיית הבקטריות הגדולה ביותר מתגוררת בפילטר. לפעמים, ניקוי הפילטר מספיק כדי לשבש את האיזון של החיידקים. השיטה הטובה ביותר היא להשתמש במים מהאקווריום כשמנקים את הפילטר בשביל לנקות את הפסולת הנמצאת בו, שיטה נוספת היא לנקות כל פעם רק חצי אחד של הפילטר בכל פעם וכך לאפשר לחצי השני שנותר עם חיידקים לאכלס את החצי שניקו.
תכולת המיכל.
מסה ביולוגית היא מדד לנטל שהוטל על המערכת האקולוגית של האקווריום על ידי תושביה החיים. מסה ביולוגית גבוהה יותר מייצגת אקולוגיה מורכבת יותר, מה שהופך את שיווי משקל קל יותר לחוסר איזון. שטח פני המים שנחשף לאוויר מגביל את החמצן הנמס. אוכלוסיית החיידקים המחמצנים מוגבלת על ידי המרחב הפיזי הזמין, הכולל את כל המשטחים באקווריום, כגון פני השטח הפנימיים, פני השטח של מצע סלע וכל חפץ כגון סלעים גדולים או פיסות עץ.
גודל מיכל וכמות הדגים שבו.
כמות הדגים המאכלסים את האקווריום קשורה לנפחו. קיימים מספר גורמים מגבילים לכמות הדגים שניתן לאכלס במיכל כוללים את הזמינות של חמצן במים ואת הקצב שבו הפילטר יכול לעבד פסולת. חובבים משתמשים במספר כללי אצבע להערכת גודל האוכלוסייה; הדוגמאות להלן הם למיכל מים מתוקים בעל דגים קטנים. דגי מים מתוקים גדולים יותר זקוקים לנפחים גדולים בהרבה. כמה מהחובבים טוענים כי הגדלת עומק המים מעבר למינימום מסוים אינה משפיעה על הקיבולת, משום שהדגים לא מנצלים את כל השטח.
מגדלים מנוסים מסייגים כללים אלו, משום שהם לא מתייחסים לנושאים חשובים אחרים כגון קצב הצמיחה, רמת הפעילות, התנהגות חברתית, וכדומה. ברגע שהמיכל מתקרב לכמות הדגים המרבית שהוא יכול לאלכס השיטה הטובה ביותר היא להוסיף את שאר הדגים על פני תקופה של זמן, תוך פיקוח על איכות המים.
כמות הדגים יכולה להיות משופרת על ידי תנודה של פני המים וזרימת מים באמצעות אוורור, אשר לא רק משפר את חילופי חמצן, אלא גם את הפירוק של חומרי פסולת. כמות הדגים יכולה לגדול יכול גם עם תוספת של סינון חיצוני אשר מגביר את הנפח הכולל של המים במערכת.
גורמים אחרים.
קיימים משתנים נוספים המשפיעים על קיבולת מיכל. דגים קטנים יותר צורכים יותר חמצן לכל יחידה של משקל הגוף מאשר דגים גדולים יותר. דגים ממשפחת האנאבסיים יכולים לנשום חמצן אטמוספירי, וצריכים פחות שטח (עם זאת, חלק טריטוריאלי, ולא יסבול צפיפות). בארבים דורשים יותר שטח מאשר טטרה של בגודל דומה. נוכחות של חומרי פסולת נחשבת גם היא כמשתנה, הפירוק צורך חמצן שהיה יכול להיות זמין לדגים. חמצן מתמוסס פחות בקלות במים חמים יותר, ואילו מים חמים הדגים פעילים יותר, מה שגורם שהם צורכים יותר חמצן.
תעשיית דגי הנוי.
גידול דגי הנוי ברחבי העולם עומד על היקף של מיליארדי דולרים בשנה. שוק דגי הנוי הגדול ביותר הוא בארצות הברית, כשאחריה אירופה ויפן. ב-1993 מצאה לשכת האוכלוסין של ארצות הברית כי 10.6% מבתי האב בארצות הברית מחזיקים בבעלותם דגי נוי של מים מתוקים או דגי ים, עם ממוצע של 8.8 דגים לכל משק בית. ב-1993, ערך השוק של דגי הנוי בארצות הברית היה 910 מיליון דולר. בשנת 2002, נתוני המפקד הצביעו על כך שמוצרי האקווריום והדיג היוו 684 מיליון דולר.
ספקי הדגים.
מ-1989 עד 1992, כמעט 79% מדגי הנוי של כל ארצות הברית יובאו מדרום-מזרח אסיה ויפן. סינגפור, תאילנד, הפיליפינים, הונג קונג ואינדונזיה היו חמש המדינות המייצאות. דרום אמריקה הייתה אזור הייצוא השני בגודלו, המהווה 14% מהשווי השנתי הכולל. קולומביה, ברזיל ופרו היו הספקים העיקריים.
בשנת 1992, כ-200 מיליון דגים בשווי 44.7 מיליון יובאו לארה "ב. דגים אלה מורכבים מ-1,539 מינים שונים ; 730 מינים של מים מתוקים ו-809 מינים של מים מלוחים. דגי מים מתוקים היוו כ-96% של הנפח הכולל ו-80% מסך ערך היבוא. 32 מינים מהם עלו מעל 10,000 דולר. המינים המיובאים ביותר היו של מים מתוקים והיוו 58% מסך ערך היבוא. המינים הפופולריים ביתור היו מינים של גופי, ניאון טטרה, פלאטי, דג קרב, אוכלי אצות סיאמים, ודג זהב. בהתחשב ב-91.9 מיליון משקי בית בארצות הברית בשנת 1990, יוצא ש-9.7 מיליון הם מגדלי דגים. 8.8 דגים לכל משק בית מרמזים על סך אוכלוסיית הדגים באקווריום של כ-85.7 מיליון, דבר המצביע על כך שאוכלוסיית דגי האקווריום בארצות הברית מסופקת רק מדגים מיובאים.
ממבחינה היסטורית, דגים וצמחים עבור האקווריומים המודרניים הראשונים נאספו מן הטבע והובלו (בדרך כלל על ידי הספינה) לאירופה ולאמריקה. בתחילת המאה ה-20 מינים רבים של דגים טרופיים קטנים יוצאו מנאוס, ברזיל; בנגקוק, תאילנד; ג'קרטה, אינדונזיה; האנטילים ההולנדיים; כלכותה, הודו; ומדינות טרופיות אחרות. היבוא של דגי טבע, צמחים וחסרי חוליות לאקווריום ממשיך היום ברחבי העולם. מינים רבים לא עברו בהצלחה רבייה בשבי. במדינות מתפתחות רבות, המקומיים מתפרנסים על ידי איסוף דגימות של זנים חדשים עבור סוחרי דגי נוי המוכרים אותם לשוק.
רווחת בעלי חיים.
דגים רבים מוחזקים לעיתים בתנאים לא מתאימים על ידי מגדלים חסרי ניסיון, אשר לעיתים קרובות מגדלים דגים רבים מדי במיכל אחד, או מוסיפים דגים מהר מדי לאקווריום לא בוגר, והורגים רבים מהם. זה נתן לתחביב מוניטין רע בין כמה קבוצות צב"ח, כגון PETA, המאשימים את המגדלים שמטפלים באקווריום שהם מתייחסים לדגים כמו צעצועים זולים שאפשר להחליף כאשר הם מתים.
דגי זהב ודגי קרב בפרט, לעיתים קרובות גודלו בקערות קטנות או אקווריומים קטנים מדי בשביל הצרכים שלהם. במקרים מסוימים, דגים הוחזקו בכל מיני אובייקטים לא הולמים כגון "AquaBabies" ,"מיקרו אקווריום", ו"דג באגרטל", אשר בכולן מתגוררים דגים החיים במים לא מסוננים ובלתי מספיקים. זה האחרון משווק לפעמים כמערכת אקולוגית שלמה, כי הצמח כלול בצוואר האגרטל. כמה מוכרים טוענים שהדגים אוכלים את שורשי הצמח. עם זאת, דגי קרב הם טורפים הזקוקים למזון חי או מזון יבש. הם לא יכולים לשרוד על שורשי צמחים. בעיה נוספת היא כי הצמח לפעמים חוסם את המעבר של דג הקרב אל פני המים. הדג הוא ממשפחת האנבאסיים וצריך לנשום אוויר אטמוספירי, כדי להימנע מחנק.
מוצרים כאלה מכוונים עבור אנשים המחפשים מתנה לא שגרתית. ומגדלים רבים פועלים לגנות את התופעה. באופן דומה, הענקת דג זהב כפרסים בירידים נחשב לדבר מסורתי בחלקים רבים של העולם, אך כיום יש ביקורת על תופעה זאת. בשנת 2004 בריטניה הוציאה מחוץ לחוק פרסים של בעלי חיים כגון דג זהב.
השימוש לחיות טרף כדי להאכיל טורפים דגים כמו דגי פיראנה גם מפנה ביקורת.
הנדסה גנטית בדגים.
הנדסת דגים כדי להפוך אותם לאטרקטיביים יותר נחשבת כשנויה במחלוקת. מבחינה היסטורית, צביעה מלאכותית של דגים הייתה נפוצה- דגים שקופים במיוחד, להם הזריקו לעיתים קרובות צבעי ניאון. המגזין הבריטי ,"Fish Fish Practition", פעל למען הסרת הדגים מהשוק על ידי חינוך קמעונאים ומגדלים לסיכון של הדגים ולאכזריות הנובעת מכך, כמו גם לבעיות הבריאותיות שהדבר גורם.
ב-2006 פרסם מגזין הדגים הסינגפורי "FishFish" מאמר שחשף את הטכניקות לביצוע ניתוחים קוסמטיים על דגי אקווריום, ללא הרדמה, הזנב מנותק וצבע מוזרק לגוף. המאמר כלל גם את הראיות המתועדות הראשונות שהוכיחו כי לדגי התוכי מוזרק צבע. בהונג קונג ספקים מציעים שירות שבו דגים יכולים להיות מקועקעים עם לוגו החברה או הודעות באמצעות לייזר צבע, בבריטניה הדגים נמכרו בשם 'גורמי קליידוסקופ'.
דגים היברידיים כמו הציקלידים פלוואר-הורן ותוכי דם בפרט שמבנה גופו מונע ממנו לשחות רגיל ומקשה עליו לאכול ולהתרבות. הדאגה הגדולה ביותר עם דגים היברידיים זה שהם יכולים להתרבות עם מינים אחרים, מה שהופך את זה קשה עבור חובבים המנסים לזהות ולהרבות מינים מסוימים. קיימים מספר מוטציות קיצוניות ביותר, בעיקר זנים של דגי זהב המהונדסים כל כך מה שמונע מן הדגים שחייה, ראייה, או האכלה כראוי.
דגים מהונדסים גנטית כגון דגים זוהרים צפויים להיות זמינים יותר ויותר, במיוחד בארצות הברית ובאסיה. אף על פי שדגים זוהרים לא נפגעים מהשינויים הגנטיים שלהם, הם נשארים בלתי חוקיים במקומות רבים, כולל האיחוד האירופי, אם כי לפחות חלק מהם הוברחו לאיחוד האירופי, ככל הנראה מטאיוואן, דרך הרפובליקה הצ'כית.
בישראל, בעקבות עצומה בנושא, נאסר למכור דגים צבועים.
רביית דגים.
רביית דגים הוא אתגר שמושך מגדלים רבים. בעוד מינים מסוימים מתרבים באופן חופשי באקווריום, רוב המינים דורשים תנאים מיוחדים לפני שהם יתרבו. הרוב המכריע של הדגים מטילים ביצים, שמהם בוקעים דגיגים היוצאים קטנים מאוד, וצריכים מזון חי או תחליפים כדי לשרוד. מספר לא מבוטל של דגי אקווריום פופולריים הם בעלי חיים המייצרים מספר קטן של צאצאים גדולים יחסית. אלה בדרך כלל אוכלים מזון רגיל מן הקרקע מיד.
שימור.