בתגובה לחטיפת גלעד שליט, אמר "בצלם" כי "נסיבות תפיסתו של שליט והדרך שבה הוא מוחזק בידי שוביו, ככל הנראה ברצועת עזה, מצביעות בבירור על היותו בן ערובה", וכן כי "לקיחת בני ערובה נחשבת לפשע מלחמה שכל המעורבים בביצועו נושאים באחריות פלילית אישית. על הנהגת חמאס חלה חובה לשחרר את שליט לאלתר וללא תנאים". הארגון הוסיף כי "העובדה שזכותו של שליט לביקורים נשללה, מהווה הפרה בוטה של המשפט הבינלאומי, והיא מטילה צל כבד על טענותיו של חמאס כאילו מצבו של שליט טוב".
ב-2010 עוררה מנהלת אגף המידע של הארגון, ליזי שגיא, סערה כשכתבה בבלוג האישי שלה פוסט שבו השוותה את ערכי ישראל לערכי הנאציזם וטענה שישראל גורמת לזוועות מהקשות ביותר של האנושות. כמו כן קראה ליום הזיכרון "קרקס פורנוגרפי". בעקבות הביקורת הציבורית על התבטאויותיה, התפטרה שגיא מכל תפקידיה בארגון. מנכ"ל "בצלם", ג'סיקה מונטל, הביעה זעזוע מדבריה של שגיא ואמרה ש"בצלם" אינו תומך בעמדות שהביעה.
ב-2014, בעקבות מבצע צוק איתן, הוציא "בצלם" הודעה לתקשורת לפיו אין לו אמון ברשויות החוק והחקירה הקיימות של ישראל וצה"ל (בפרט בפרקליטות הצבאית, בפצ"ר וביועץ המשפטי לממשלה) ונימק זאת בניסיון העבר של מבצע עופרת יצוקה ומבצע עמוד ענן. בהודעה נוספת נאמר כי
בעקבות מעצרם של פעילי ימין קיצוני בצו מעצר מנהלי פרסם "בצלם" הודעה השוללת אמצעי זה הפוגע קשות בחירותו של אדם, בזמן שלשם הגנה על הפלסטינים ניתן להשתמש באמצעים שגרתיים.
בינואר 2016 פורסם בתוכנית "עובדה" תחקיר המבוסס על צילומים של עמותת "עד כאן – צעירים למען ישראל" המתעד את נסר נוואג'עה, איש השטח של "בצלם" בדרום הר חברון, מעביר למנגנוני הביטחון הפלסטיניים שמות של פלסטינים שמעוניינים למכור אדמות ליהודים, ובכך מעמיד אותם בסכנה של רצח בעינויים. בתגובה לתחקיר פרסם "בצלם" הודעה שבה אמר כי נוואג'עה נקט באפיק הפעולה הלגיטימי היחיד עבור פלסטינים. שרת המשפטים איילת שקד גינתה במליאת הכנסת את הארגון, לצד ארגוני שמאל נוספים, בשל חלקם בפרשה.
"בצלם" אינו מגדיר את חמאס כארגון טרור. בריאיון לשרון גל נמנע מנכ"ל "בצלם" חגי אלעד מלהגדיר את חמאס כארגון טרור ואמר שמדובר רק ב"ארגון פלסטיני חמוש". דוברת "בצלם" שרית מיכאלי אמרה ששאלה זו נועדה להשמיץ את "בצלם" והסכימה לומר רק שהזרוע הצבאית של חמאס מבצעת מעשי טרור כשהיא מפגיזה אזרחים ישראלים, וכי ארגונה גינה זאת בעבר.
בפברואר 2019 פרסם "בצלם" דו"ח המותח ביקורת על בג"ץ בעניין פסקי דין המאשרים הריסת בתי פלסטינים שנבנו ללא היתר. לדברי הדו"ח:
בינואר 2021 פרסם "בצלם" נייר עמדה בשם "משטר של עליונות יהודית מהים עד הירדן: זהו אפרטהייד", הקובע כי ישראל מנהלת משטר אפרטהייד בכל השטח שבשליטתה, כאשר בכל יחידת שטח העיקרון המארגן הוא קידום והנצחת עליונות היהודים על פני הפלסטינים. לפי נייר העמדה, ישראל מקדמת עקרון זה בארבעה תחומים עיקריים, והם קרקע, אזרחות, חופש תנועה והשתתפות פוליטית.
פעילות הארגון.
"בצלם" פרסם עשרות דו"חות העוסקים בהפרת זכויות האדם של פלסטינים בשטחים, ובהם דו"חות בנוגע לעינויים, ירי קטלני בידי כוחות הביטחון, הגבלות על תנועה, הפקעת קרקעות, אפליה בתכנון ובנייה במזרח ירושלים, מעצרים מנהליים, ואלימות של מתנחלים.
בשנים האחרונות החל "בצלם" להפיק סרטי וידאו קצרים העוסקים בנושאים שונים של הפרת זכויות האדם של פלסטינים בשטחים.
הארגון מדווח גם על מקרים שבהם ארגונים ואזרחים פלסטינים פגעו בישראלים, בפלסטינים או באזרחים זרים.
הארגון מפרסם דו"ח שנתי על מספר ההרוגים בסכסוך הישראלי-פלסטיני, ומסווג אותם ללוחמים ולמי שלא השתתף בלחימה.
בספטמבר 2009, בעקבות מבצע עופרת יצוקה, הסבירה שרית מיכאלי, דוברת "בצלם", את שיטותיו של הארגון לסווג הרוגים לאזרחים או אנשי חמאס, ואמרה:
לשם הבחנה בין הרוגים שהשתתפו בלחימה לכאלה שלא השתתפו בלחימה, קובע הארגון כי "אדם הממלא 'תפקיד לחימה מתמשך' ייחשב כמטרה לגיטימית גם אם באותו הרגע הוא אינו לוקח חלק ישיר בלחימה", ולעומתו "אדם שאינו ממלא 'תפקיד לחימה מתמשך' הוא יעד לגיטימי להתקפה רק בעת שהוא נוטל חלק ישיר בלחימה (לדוגמה, בדרכו לשיגור רקטה, בזמן הפעולה ובדרך חזרה מן הפעולה)". עוד מציין "בצלם" כי "בכל מקרה בו קיים ספק בנוגע למעשיו של אדם, יפעל הספק לטובתו והוא ייחשב כאזרח שאסור שיהיה יעד להתקפה".
בספטמבר 2008 פתח הארגון משרד בוושינגטון, לשם מסירת מידע על מצב זכויות האדם בשטחים לממשל האמריקני ולקונגרס.
במאי 2016 הודיע "בצלם" שיפסיק לשתף פעולה עם צה"ל ולשלוח תלונות וחומרים לפרקליטות הצבאית. הארגון נימק את דבריו במיעוט התלונות שמסתיימות בהרשעה ובכך ששיתוף הפעולה "משרת את המשך הצדקת הכיבוש במקום להוביל לשיפור זכויותיהם של הפלסטינים".
ב-2018, בעקבות אירועי צעדת השיבה הגדולה ב-30 במרץ 2018, שבהם נורו למוות 18 פלסטינים, רובם מחבלים, השיק "בצלם" קמפיין סרבנות שבו קרא לחיילים לסרב פקודה ולא לירות במתפרעים סמוך לגדר הגבול סביב רצועת עזה.
פרויקט "חמושים במצלמות".
בינואר 2007 החל הארגון בפרויקט "חמושים במצלמות", שבמסגרתו סופקו למעלה מ-100 מצלמות וידאו לפלסטינים באזורים מועדים לעימותים. הפרויקט נועד לתעד את שגרת החיים והפרת זכויות האדם של פלסטינים, ולאפשר שימוש בחומר המצולם לצורך הגשת תלונות וכבסיס ראייתי. ב-2008 הוצג הפרויקט בפסטיבל סאנדנס, ב-2009 הוא זכה בפרס "One World Media", וב-2012 זכה בפרס פורום היוצרים הדוקומנטריים בקטגוריה "תעודה חופשית".
מאז תחילת הפרויקט תועדו במסגרתו עשרות מקרים של אלימות מצד חיילי צה"ל ומתנחלים וכמה מהם שודרו בהבלטה בתקשורת הישראלית. במסגרת הפרויקט תועדה מריבת שכנים בתל רומיידה שבחברון, שבמהלכה נקטה המתנחלת יפעת אלקובי ניבול פה כלפי פלסטינית. צילום הווידאו פורסם ב-ynet וגרר גינוי חריף מצד ראש הממשלה, אהוד אולמרט, הקמת ועדת שרים בראשות עמיר פרץ וחקירה של אלקובי. אירוע נוסף שתועד בפרויקט וגרר זעזוע ציבורי וחקירה משטרתית הוא "הפורעים מסוסיא". באירוע נוסף תועד ירי כדור גומי לעבר כף רגלו של עציר כפות ומכוסה עיניים בכפר נעלין, אשר גרר את העמדתם לדין של החייל היורה ושל מפקד הגדוד שהחזיק את העציר ואשר דבריו לחייל הביאו לירי.
ב-2014 הפיק הארגון את הסרט התיעודי הקצר "אם תחייך העולם יחייך אליך", סרט תיעודי שיתופי שיצרו משפחת אל-חדאד מחברון, איהאב טרביה ויואב גרוס, יוצרי קולנוע ואנשי פרויקט "חמושים במצלמות". הסרט הוקרן בפסטיבל הקולנוע הבינלאומי בברלין, בפסטיבל "הוטדוקס", פסטיבל הקולנוע הבינלאומי בירושלים, וזכה בפרס הסרט הקצר הטוב ביותר בפסטיבל הקולנוע של מילאנו.
הצילום המפורסם ביותר במסגרת זו היה זה שהוביל לפרסום פרשת אלאור אזריה. ב-24 במרץ 2016 צילם עימאד אבו שמסייה, פעיל הארגון בחברון, את הירי של החייל אזריה במחבל עבד אל-פתאח א-שריף ששכב פצוע על הקרקע לאחר שביצע פיגוע דקירה. הארגון העביר את הסרטון לכלי התקשורת ובעקבות כך נעצר אזריה, הועמד לדין והורשע בהריגה. "בצלם" פרסם גם כי לפי עדויות שגבה מתושבי תל-רומיידה, גם המחבל השני שהשתתף בניסיון הפיגוע, רמזי עזיז א-קסראווי תמימי, לא נורה מיד למוות, כפי שנמסר על ידי צה"ל, אלא לאחר ששכב פצוע ניגש לעברו חייל וירה "בראשו או בצווארו שתי יריות מטווח של מטרים ספורים".
בדצמבר 2017 הופץ ברשתות החברתיות באינטרנט סרטון וידאו שצילמו בני משפחת תמימי המתעד את בתם, עאהד, תוקפת במכות ובסטירות חיילי צה"ל שהגיבו באיפוק. לאחר שהסרטון הפך לוויראלי נחשף כי הצלמים, הוריה של עאהד, היו חברים בפרויקט "חמושים במצלמות". המשפחה אמרה שקיבלה את המצלמות ואת ההדרכה כיצד לצלם מ"בצלם", והדוד של עאהד, בילאל תמימי, אמר שהמשפחה ו"בצלם" משתפים פעולה דרך איש קשר ברמאללה. "בצלם" אישר שבני המשפחה התנדבו בארגון, אך לדבריו כיום אין להם קשר אליו.
מבצע צוק איתן.
עם תחילת מבצע צוק איתן, ב-21 ביולי 2014, פנו "בצלם" ועוד תשעה ארגוני זכויות אזרח (בהם האגודה לזכויות האזרח בישראל, , מחסום Watch ועדאלה) ליועץ המשפטי לממשלה וטענו שיש חשד להפרות חמורות של הדין ההומניטרי הבינלאומי בפעילות צה"ל בעזה.
בצלם ביחד עם מספר ארגוני שמאל פנו ב-22 ביולי 2014 אל מועצת זכויות האדם של האו"ם בבקשה לגנות את הפגיעה הנרחבת באזרחים בעזה וברכושם, ולהקים ועדת חקירה בינלאומית עצמאית לחקירת מבצע צוק איתן בעזה. דו"חות "בצלם" צוטטו על ידי דו"ח האו"ם על מבצע צוק איתן שהזמינה מועצת זכויות האדם של האו"ם.
באוגוסט 2014 דחה בג"ץ עתירה של "בצלם" נגד רשות השידור, על שזו סירבה לשדר תשדיר של "בצלם" המונה את שמות הילדים הפלסטינים שנהרגו ברצועת עזה במבצע צוק איתן. בג"ץ נימק את החלטתו בכך שאין מדובר במידע אינפורמטיבי בלבד אלא בעניין פוליטי שאין מקומו בפרסומת.
באוגוסט 2014, במהלך המבצע, הודיע מנכ"ל רשות השירות הלאומי-אזרחי, שר-שלום ג'רבי, על ביטול ההקצאה של מתנדבי שירות ל"בצלם". ג'רבי נימק זאת בין היתר בכך שהארגון פועל כנגד מדינת ישראל וכנגד חיילי צה"ל בישראל ומחוצה לה ובכך שמנכ"ל הארגון, חגי אלעד, סירב להגדיר את חמאס כארגון טרור. החלטתו של ג'רבי בוטלה בהוראה המשנה ליועץ המשפטי לממשלה, דינה זילבר.