בוריין מציין בזכרונותיו כי על אף שבני דורו של נפוליאון כוולטר סקוט טענו כי מטרת מסעו של נפוליאון הייתה הכתרתו של "קצין התותחנים הקטן" כ"מלך ירושלים", אין הדבר כך, וכי חלומותיו של נפוליאון היו נשגבים בהרבה.
הטבח ביפו.
נפוליאון וצבאו הגיעו אל יפו, אחד מיעדיו הראשיים, ב-3 במרץ 1799. יפו הייתה עיר נמל מבוצרת, ובמשך ארבעה ימים החזיקו חומות העיר מעמד אל מול תותחי נפוליאון, וביום הרביעי, ב־7 במרץ, הצליחו אנשי נפוליאון לבקע את החומה ולפרוץ אל העיר.
החיילים המתוסכלים, אשר המצעד דרך המדבר ותלאות הדרך, כמו גם מגפת הדבר החלו נותנים בהם את אותותיהם, השתוללו ברחובות יפו תוך שהם הורגים את כל הנקרה בדרכם - יהודים, מוסלמים ונוצרים. אלפי תושבים תמימים נהרגו בידי החיילים, ורכוש רב נבזז.
בה בעת התבצרו אלפים מחיל המצב העות'מאני, בפיקודו של אגא אחמד עבדאללה, במתחם מבוצר בראש "גבעת יפו". שני שליחים צרפתים נשלחו על מנת לנהל משא ומתן עם המתבצרים: אז'ן דה בוארנה (בנה של ז'וזפין, אשתו של נפוליאון) וקרוסייה. המתבצרים איימו כי אם לא תתאפשר כניעתם ויובטח להם כי חייהם יינצלו, יירו על השלישים שבאו לנהל עמם משא ומתן, ויגנו על מתחמם המבוצר עד האיש האחרון. השלישים קיבלו את כניעתם.
נפוליאון, עם זאת, לא ראה את כניעת המשמר בעין יפה. ישנם נתונים סותרים באשר למספר הנכנעים באירוע זה, אך הוא עומד על בין 2,000 ל-4,000 נפשות. לאחר שהשבויים הוחזקו כשהם כפותים בחצר במשך שלושה ימים, הורה נפוליאון על רציחתם, בתירוץ כי רבים מהם היו בין אלו ששוחררו באל עריש ונשבעו שלא לשוב ולהילחם בנפוליאון. כפי הנראה השיקול שעמד מאחורי הרצח היה הצורך לחסוך באספקה ובמינהלה של החזקת אלפי שבויים במהלך מסע המלחמה שעמד אך בתחילתו.
וולטר סקוט כתב, לדברי בוריין, כי הצבא הצרפתי הוכה בדבר כעונש משמים בשל הטבח ביפו. האמת היא כי כאשר הגיע בוריין ליפו, ב-4 במרץ, מספר ימים לפני הטבח, נמנע מפקד חיל החלוץ, הגנרל גרסיו, מללחוץ את ידו, בשל התפרצות מחלת הדבר. מקרים ראשונים של דבר נראו כבר במצרים, והמחלה ליוותה את אנשי נפוליאון בדרכם. התפרצות הדבר ביפו גבתה מאות קורבנות.
הרופאים הצבאיים שהביא עמו נפוליאון, דומיניק ז'אן לארי ורנה ניקולא דז'נט, עשו כל שביכולתם כדי לבלום את המגפה. במסע נפוליאון הונח היסוד לרפואה הצבאית המודרנית, בין השאר הם הנהיגו שימוש בתחבושות מאריג כותנה קל ולשם כך השתמשו בבד שנארג בארץ ישראל באותם ימים הנקרא בד עזה ומכאן המונח Gauze pads. עבודתם החלוצית והאמיצה של זוג הרופאים לא הספיקה לבלום את המגפה בכלים שהיו ידועים בסוף המאה ה-18.
נפוליאון נקט בצעד יוצא דופן. ב־11 במרץ 1799 ביקר במנזר ניקולאס הקדוש בו שהו החיילים החולים, וכדברי הרופא דז'נט (בזכרונותיו בשנת 1802):
ככל הנראה, הפגנת מנהיגות אישית זו סייעה להרים את המוראל הירוד של החיילים, וללכד את השורות לקראת המשך המערכה.
קרב קאקון.
מיפו היה על נפוליאון להמשיך צפונה, אל חיפה ועכו. בעוד הוא פונה צפונה, הרגישו מפקדיו באיום מכיוון הרי השומרון. נפוליאון עצמו סירב, בשלב מוקדם יותר של המסע, לפנות אל תוככי ההרים פנימה, מחשש פן יוטרד חילו על ידי המקומיים בדרכים הרריות משובשות, כשבסופה של הדרך יחכו הפרשים שיכריעו את המערכה נגדו. חייליו כקלבר ולאן, היו חסרי מנוחה, ושאפו להישגים אישיים. אלו העלו את החשש, שכאשר יעלה עיקר הצבא צפונה הם יותקפו בידי פרשים ממלוכים מההרים, ויקשה עליהם להחזיק ביפו שהמשך ההחזקה בנמלה היה תנאי להמשך מוצלח של המערכה. אך אל מול דעתו של קלבר, שסבר כי שכם צריכה להיות היעד הבא, היה נפוליאון נחוש בדעתו להמשיך צפונה.
נפוליאון חידש את התקדמות כוחותיו ב־14 במרץ. בעוברו על גִ'סְר אֶל-הַדָּאר, גשר האבן בעשר טחנות צפונית מזרחית ליפו על דרך יפו-שכם ההיסטורית, עקף ממזרח את חוף השרון המוצף מי גשמים וביצות וב־15 במרץ ניהל קרב עז באזור קאקון. קאקון הוא כפר בשרון ובו מבצר צלבני, שחרב במלחמת העצמאות ושכן סמוך למושב גן יאשיה של היום. קרב קצר ועז נגד הפרשים הממלוכים שנפרסו על הגבעות הסמוכות לכפר, לא הצליח להביא להשמדת הכוח הממלוכי. הכוח הממלוכי ביצע נסיגה מסודרת לתוך ההרים לכיוון שכם, כשהם גוררים אחריהם את חיל הפרשים המובחר של לאן. בוריין מציין כי לאן פעל "בניגוד לפקודות", רדף אחרי אנשי ההרים ונקלע למארב. רוב ההרוגים הצרפתיים בקרב זה נהרגו בהרפתקה זו אליה נגרר לאן. בוריין מתאר את תגובת נפוליאון במילים אלו:
תוצאת הקרב הייתה כי על אף שכוח הממלוכים לא הושמד, שוב לא היוו אנשי ההרים סכנה של ממש במסע המלחמה עד תומו.
המצור על עכו - השלב ההתחלתי.
מן השרון עלה נפוליאון אל הכרמל. קלבר נשלח לכבוש את חיפה, שהייתה אז פחותה בחשיבותה מעכו, וכבש את העיר ללא קרב ב-20 במרץ 1799. עם זאת, מפלה צרפתית חמורה אירעה כאשר כוחותיו של האדמירל הבריטי סידני סמית הצליחו לתפוס את האוניות הצרפתיות, בפיקוד הקפיטן סטנדלה, שנשאו את תותחי המצור הכבדים שנשלחו ממצרים בדרך הים. תותחים אלו שימשו לאחר מכן את מגיני עכו, תחת שישמשו את הצרים עליה.
סידני סמית היה תת-אדמירל בריטי, ששימש באותה תקופה מיופה הכוח האנגלי בחצרו של הסולטאן, ובעל סמכויות אוטונומיות בחלק זה של הים התיכון. הרפתקן מטבעו, עמד סמית בראש צי של עשר ספינות, שתיים מהן ספינות הדגל שלו "תזאוס" ו"טייגר", והאחרות היו ספינות שנלקחו שלל מציו של סטנדלה. הטייגר והתזאוס הוצבו בקצוות המנוגדים של נמל עכו, והרעישו את הצרים על העיר. עיקר נזקם היה ברעש שהקימו, וכך שיבשו את הקשר בין הלוחמים הצרפתים. כן נהגו לירות ברובים על הצרפתים הרוחצים בים. במהלך המצור על עכו גרמה השליטה הימית של העות'מאנים והאנגלים לכך שהנצורים נהנו מאספקה של מזון, נשק ותחמושת, בעוד שהצרפתים הצרים נאלצו לקצוב את תחמושתם, וסבלו ממחסור תמידי באבק שרפה.
סידני סמית הגיע לעכו אך ארבעה ימים לפני תחילת המצור הצרפתי ב־20 במרץ. ייתכן והיה בדעת אל ג'זאר להיכנע, כפי שנכנע מפקד חיפה, אך סמית, כשעימו צי של עשר ספינות, ואנטואן דה פיליפו, קצין תותחנים צרפתי בן מחזורו של נפוליאון באקדמיה הצבאית, שעקב נטיותיו המלוכניות עבר לצידם של סמית ואל ג'זאר, הצליח להפיח רוח לחימה באנשי אל ג'זאר, שמאורעות הטבח ביפו העלו בהם את החשש מגורל דומה. בואו של סמית עודד את אל ג'זאר עד כדי כך שמצא לנכון לכרות את ראשו של מיילי דה שאטו ריינו, השליח הצרפתי שנשלח לדרוש את כניעתו, ולהציבו בחומות העיר.
עכו הייתה מוקפת בחומה מכל עבריה. העיר היא מעין חצי אי החודר אל הים כלשון, וכך הייתה מוקפת בים משלושה כיוונים, דבר שהפך את החדירה לאפשרית מצד היבשה בלבד, בשל השליטה בים של סמית ואנשיו. מצד היבשה יצרה החומה מעין זווית. החומה הייתה בנויה על שרידי חומה צלבנית ישנה, אשר שוקמה בידי דאהר אל עומר ולאחר מכן הורחבה ובוצרה על ידי אל ג'זאר. חפיר יבש מנע גישה אל החומה עצמה, ובקירותיה עמדו צלפים אלבנים, אשר ידעו היטב את מלאכתם וזרעו מוות בשורות הצרים על העיר (כך נהרג קצין ההנדסה הראשי של נפוליאון, לואי מארי דה קאפארלי, אשר נורה בידו, וגסס במשך שמונה-עשר ימים מנמק).
תחילה סבר נפוליאון כי יוכל לכבוש את העיר בקלות, כשם שכבש את יפו. הוא התוודה בפני בוריין כי תוכניותיו היו לכבוש את העיר, לחמש באוצרו של ג'זאר 300,000 איש (ביניהם המיעוטים האתניים הדרוזים, המארונים והבדואים שהמתינו לתוצאות המצור בטרם יחליטו לאיזה צד להצטרף), לכבוש את דמשק, ולעלות משם לקונסטנטינופול. משם, ראה נפוליאון אפשרות לשוב לפריז דרך אדריאנופול ווינה לאחר שיכריע את בית הבסבורג בכוח העצום של אנשי המזרח שיביא עמו.
הסתערות ראשונה על העיר כשלה ב-28 במרץ 1799. רבים מלוחמי נפוליאון מצאו את מותם בחפיר, והחומה לא נפרצה. עתה החל מצור המלווה בירי הדדי והסתערויות. בהיעדרם של תותחי המצור, אשר שימשו עתה את מגיני העיר תחת שישמשו את הצרפתים הצרים עליה, השתמש נפוליאון בארטילרית שדה, אשר לא הייתה אפקטיבית דיה אל מול ביצוריה של עכו. הצדדים השתמשו בטכניקות מצור קלאסיות - ניסיונות לחפירה מתחת לחומות, הנחת מוקשים, וכיוצא בזה, ושני הצדדים גילו תושייה רבה, אך חומת העיר לא הובקעה.
הקרב מול הר תבור.
בעודו צר על עכו, היה על נפוליאון להגן על עורפו, כמו גם להבטיח אספקה לכוחותיו. מכיוון שכך נשלחו כוחות צרפתים לכבוש את אזור הגליל. בצפון הגיעו אנשים אלו עד צור ובמזרח, תפסו את גשר בנות יעקב והגיעו אף עד קוניטרה. כנגדם התאסף בעמק יזרעאל כוח אדיר של כ-20,000 חיילים ולמולו ניצב כוח צרפתי קטן בן 2,500 חיילים בפיקודו של ז'אן-בטיסט קלבר. בין הצדדים היריבים התחוללו מספר קרבות, ועם עלות השחר, ב־16 באפריל, עמד קלבר אל מול הכוח העיקרי. קלבר החזיק מעמד מספר שעות, בעודו בנחיתות טקטית ומספרית, אך בשעות אחר הצהריים הגיע לזירה נפוליאון עצמו, כשהוא עומד בראש כוח של 2,000 צרפתים, ועימו עשרים תותחי שדה, והתנפל על הפרשים הממלוכים היגעים מיום הקרב. הפרשים נפוצו לכל עבר, והגיעו עד הר תבור אשר נתן לקרב את שמו. עתה היה נפוליאון חופשי להמשיך את המצור על עכו ללא כל איום.
סיום המצור על עכו.
בתחילת חודש מאי, כחודש וחצי מתחילת המצור על עכו, ולאחר שהביס את הצבאות הממלוכים בהר תבור, היה נפוליאון חופשי לחדש את המצור על העיר ללא הפרעה. תגבורת של תותחי מצור הגיעה בדרך היבשה, אך הסתערויות חוזרות ונשנות של הצרפתים המותשים על חומות העיר לא צלחו.