במהלך תקופת הכיבוש הגרמני, הונהג בבלגיה משטר צבאי, בתחילה בראשות גנרל אלכסנדר פון פלקנהאוזן ואגרט רידר עד יולי 1944, כשהרייכקומיסר יוזף גרו החליף אותם עד השחרור. ממשלת גרמניה פיצתה על עלויות הכיבוש הצבאי במיסים על האוכלוסייה, תוך שהיא דורשת גם מס "עלויות כיבוש חיצוניות" (ידוע גם בשם "חיוב אנטי-בולשביקי") לתמיכה במבצעים במקומות אחרים. בסך הכל, בלגיה נאלצה לשלם כמעט שני שלישים מהתוצר הלאומי שלה בשל מיסים וחיובים אלו, נתון שווה ערך ל-5.7 רייכסמארק.
בדומה לכל המדינות הכבושות באירופה, גם בבלגיה התנהל משטר קיצוב קפדני במזון, דלק, וביגוד. על אף ההקצבה המחמירה, המזון שהאזרחים היו זכאים להם לא היו זמינים תמיד; בשל משטר זה הפך השוק השחור לנפוץ, וסיפק מזון באופן לא-חוקי לאלו שיכלו לשלם את המחירים הגבוהים. השליטה הקפדנית במדינה הייתה קיימת גם בתחומים אחרים, ובהם המדיה, שהוגבלה מאוד על ידי השלטון. עם זאת, מכירותיהם של עיתונים ששיתפו פעולה עם השלטון והצנזורה נותרו גבוהות, לצד מספר רב של עיתונים מחתרתיים שהתפרסמו בחשאי גם כן, למשל, העיתון המחתרתי "לה ליברה בלגיה" הגיע לתפוצה של 30 אלף קוראים.
במהלך כיבושה הפכה בלגיה ליעד הפצצות מטוסי בעלות הברית, ובעיקר מחילות האוויר האמריקאי והבריטי. פעילות זו הביאה למספר גבוה של אבדות בקרב התושבים במקרים בהם פספסו המפציצים את מטרותיהם ופגעו באזורים מיושבים. לדוגמה, בגיחה שנערכה באפריל 1943 נגד מפעלי חברת מינרבה בעיירה הבלגית מורטסל (בסמוך לאנטוורפן), רק שתיים מהפצצות שהוטלו על ידי מטוסי ה-B-17 של חיל האוויר השמיני האמריקאי פגעו ביעדן. יתר ה-24 טון פצצות שהוטלו נפל על חלקים מיושבים בעיירה, והביא למותם של 936 בלגים ו-1,600 פצועים בתוך שמונה דקות בלבד. מדיניות ההפצצות של בעלות הברית גונתה על ידי דמויות מובילות שונות בבלגיה.
כ-375 אלף בלגים לקחו חלק בתוכניות העבודה של גרמניה במהלך המלחמה בתחומי התעשייה והחקלאות. על אף שלפני תחילת הגיוס ב-1941 נרשמו 180 אלף בלגים, רובם גויסו לאחר מכן ועבדו בעבודות כפייה.
לצד עובדי הכפייה, כ-200 אלף שבויי מלחמה בלגים מ-1940 הועברו גם כן לגרמניה. רובם הפכו לעובדי כפייה וקיבלו שכר זעום. כ-80 אלף אסירים (רובם פלמים) הוחזרו לבלגיה בין 1940 ל-1941, אולם רבים אחרים נותרו בשבי עד סוף המלחמה. פעמים רבות הם הוחזקו בתנאים ירודים מאוד ולפי ההערכות כ-2,000 מהם מתו בתקופה זו.
שיתוף הפעולה.
במהלך תקופת הכיבוש הגרמני, מול ההתנגדות המחתרתית לגרמנים, היו גם רבים ששיתפו פעולה עם הכוחות הזרים במדינה. עוד טרם המלחמה, וביתר שאת במהלכה, היו הן בפלנדריה ובוולוניה ארגונים פרו-נאצים, המשמעותיים שבהם היו דה-ולאג, ורדינסאו בוולוניה, האגודה הלאומית הפלמית (VNV) בפלנדריה והתנועה הקתולית רקסיזם שפעלה בשטחי ולוניה. כל אחת מהתנועות הללו פעלה בנפרד על פי האידאולוגיה הייחודית לה, וקיימה פעילות פרלמנטרית ועיתונות עצמאית. ארגונים אלה היוו גם גורם יעיל בעידוד הבלגים להתגייס לוורמאכט. בניגוד לאופי הגרמני של דה-ולאג., האגודה הפלמית נטתה לכיוון פלמי בדלני, אף שמסר זה לא היה ליבת הפעילות שלה. במאבק בין כלל התנועות, האגודה הפלמית ודה-ולאג היו בולטות.
בכלליות, הממשל הבלגי התנהל באופן כנוע ושיתף פעולה במידה רבה עם הכוחות הגרמניים. בדו"ח משנת 2007 שנכתב על ידי מכון מחקר בלגי נכתבה מסקנה כי בלגיה הציעה את "שיתוף הפעולה הממוסד המקסימלי". במחקר זה נכתב גם על שיתוף הפעולה בדרגים גבוהים בפלנדריה כחלק מהניסיון להשתלבות ב"סדר גרמני-פלמי חדש". במקרה אחר, נכתב על בריסל ולייז' כי הן "נותרו [בדרך כלל] פטריוטיות ועיונות באופן מכריע נגד גרמניה". במחקר נכתב גם כי רשויות רבות בבלגיה שיתפו פעולה במדיניות גירוש היהודים מהמדינה.
שתי יחידות של הוואפן אס אס, הלגיון הפלמי והלגיון הוולוני הורכבו מחיילים בלגים במהלך תקופת הכיבוש. לאון דגרל, מייסד המפלגה הרקסיסטית, שירת כמפקד הלגיון הוולוני שנלחם נגד ברית המועצות בחזית המזרחית. בסך הכל, כ-15 אלף בלגים לחמו לצד גרמניה בחזית המזרחית; במהלך קרב קורסון-צ'רקאסי ב-1944 הלגיון הוולוני כמעט הושמד לחלוטין.
לאחר המלחמה, כ-400 אלף בלגים נחקרו בחשד לשיתוף פעולה עם הגרמנים. מתוכם, כ-56 אלף הועמדו לדין. מתוכם, הרוב קיבלו עונשי מאסר, וכמה מאות מהם הוצאו להורג.
ההתנגדות.
מול שיתוף הפעולה מצד ארגונים שונים בבלגיה, הייתה גם תנועת התנגדות שהורכבה מתומכים מכל רחבי המדינה. עם זאת, התנועה הייתה מפולגת מאוד והייתה מוגבלת לאזורים מסוימים. הממשלה הגולה של בלגיה הצליחה להוביל רק כמה מהקבוצות בתנועה כמו הפרטיזנים הבלגים, אך גם לקבוצות אלו היו אידאולוגיות פוליטיות שונות. חלק מהקבוצות היו בצד השמאלי הרדיקלי כמו קבוצת הפרטיזנים הקומוניסטים, לצד קבוצות ימניות קיצוניות כמו התנועה הלאומית הרויאליסטית והארמייה החשאית שתמכה בפאשיזם.
ההתנגדות לכיבוש הגרמני התבטאה בעיקר בסיוע לחיילי בעלות הברית להימלט מהשבי בעת שמטוסם נפל בשטחי בלגיה, והוקמו מספר קווים שסייעו במאמץ הזה; לדוגמה, קו קומט שסייע בפינוים של 700 אנשי בעלות הברית לגיברלטר. הקו כלל מספר בתים בטוחים ברחבי בלגיה. לחיילי בעלות הברית ניתנו בגדים אזרחיים עם הגעתם לבית ולעיתים קרובות הם הועברו מבית לבית למשפחות שתמכו בתנועת ההתנגדות. כמו כן הוענקו להם מסמכים מזויפים והם הובלו לטריטוריה נייטרלית או שהוחזקה על ידי בעלות הברית.
כמו במדינות אחרות באירופה, בוצעו גם מבצעי חבלה בנכסי הצבא והכלכלה של הגרמנים, כשקווי הרכבת והגשרים היו מטרות נפוצות. הפעילות של קבוצת סטודנטים קטנה שנקראה Group G והייתה חסרת אידאולוגיה פוליטית ברורה עלתה לבדה לגרמנים בכ-10 מיליון שעות עבודה לתיקון הנזקים שנגרמו מפעולותיה. התקפות ישירות על ריכוזי צבא ומתקנים צבאיים היו שכיחות פחות, אולם לפי אחת ההערכות, מספר החיילים הגרמנים שנהרגו על ידי תנועת ההתנגדות הבלגית ב-1941 היה גבוה יותר מאשר בכל רחבי צרפת באותה שנה.
ביחסה ליהודים ולצוענים, תנועת הרזיסטאנס סייעה להצילם ומנעה את גירושם למחנות ההשמדה, כך למשל בוצעה ב-19 באפריל 1943 פעולת המילוט היחידה מרכבת שילוחים במהלך השואה בנסיעתה של הטרנספורט העשרים. במהלך פעולה זו הצליחו להימלט מהרכבת 231 איש. נוסף על כך, רבים בבלגיה הסתירו אסירים פוליטיים ויהודים מפני הנאצים, ולפי יד ושם יש במדינה 1,751 חסידי אומות העולם. לצד מאמצי ההסתרה של יהודים ואחרים, תנועת ההתנגדות כללה גם שכבת התנגדות בעצימות נמוכה, לדוגמה ביוני 1941 סירבה מועצת העיר של בריסל לספק טלאי צהוב ליהודים בקרבה.
ההתנגדות לכיבוש הגרמני הביאה לתגובת נגד מצד הגרמנים, ולעיתים קרובות בוצעו במדינה פעולות תגמול. למשל, באוגוסט 1944 נהרגו 20 אזרחי בלגיה על ידי כוחות התנועה הרקסיסטית שנקמו על תקיפה של פוליטיקאי מהתנועה במהלך הטבח בקורסל.
שואת יהודי בלגיה.
טרום מלחמת העולם השנייה התגוררו בבלגיה בין 65 ל-70 אלף יהודים, מתוך אוכלוסייה של 8 מיליון איש. רבים מהם מצאו במדינה מקלט לאחר שעזבו את מקומות מגוריהם הקודמים בעיקר במזרח אירופה, והחל מ-1933 גם בגרמניה, והתגוררו בעיקר בבריסל ואנטוורפן. דבר זה הותיר רק 6% מהם אזרחים בלגים.
תחת הנהגתו של אגרט רידר שהיה אחראי על ענייני היהודים בבלגיה, מאוקטובר 1940 החלו להיחקק חוקים נגד היהודים. הראשון שבהם, שהגדיר את זהות היהודים במדינה, וקבע כי אסור ליהודים לשמש בתפקידי רפואה, עריכת דין, הוראה ומנהל. עד 1943 נחקקו 18 חוקים שהפלו את היהודים. בשנת 1941 התרחשו מספר פוגרומים נגד היהודים בעיקר באנטוורפן והוחרמו נכסים בבעלות יהודית. במאי 1942 חויבו כל היהודים בבלגיה להסתובב עם טלאי צהוב.
החל מיוני 1942, במסגרת הפתרון הסופי נצטוו יהודים המתגוררים בבלגיה להתייצב במחנה המעבר מכלן. מי שלא עשה זאת באופן עצמאי נשלח לשם על ידי המשטרה. בין אוגוסט 1942 ליולי 1944 יצאו מבלגיה בסך הכל 26 רכבות ועליהן 25 אלף יהודים, וכן 350 צוענים למזרח אירופה. רובם נשלחו למחנה ההשמדה אושוויץ, לצד אלו שנשלחו לברגן-בלזן וויטל.
מתוך 25 אלף יהודים שגורשו מבלגיה, למעלה מ-24 אלף נרצחו על ידי הנאצים ועוזריהם. פחות מ-1,000 מהם עדיין היו בחיים כשבעלות הברית שחררו את המחנות.
מבצר ברנדונק, ליד מכלן, שימש את הנאצים למעצר וחקירה של יהודים, אסירים פוליטיים וחברי המחתרת. מבין 3,500 אסירים בין 1940 עד 1944, 1,733 מתו. במחנה המעבר מתו כ-300 איש, כשלפחות 98 מהם מתו מרעב או עינויים.
בלגיה החופשית.
ממשלת בלגיה בגלות.
לאחר התבוסה, רבים בצבא ומכל רחבי בלגיה ברחו לבריטניה והצטרפו למהגרים בלגים שעזבו לבריטניה ולקנדה לפני המלחמה וייסדו את צבא בלגיה החופשית. ממשלת בלגיה, שכללה שרים קתולים, סוציאליסטים וליברלים בהובלתו של ראש הממשלה איבר פיירלו עברה בתחילה לפריז, ולאחר תבוסת צרפת ללונדון יחד עם ממשלות ממדינות אחרות שנכבשו על ידי הנאצים (כמו הולנד ולוקסמבורג), שם היה מקום מושבה עד שחרור בלגיה ב-1944.
הממשלה הגולה התיימרה לייצג את כל אזרחי בלגיה, ובהובלת שר החוץ הבלגי פול-אנרי ספאק היא הצהירה כי "כל שנותר מבלגיה החוקית והחופשית, כל שרשאי לדבר בשמה, נמצא בלונדון".