לאחר מותו של גרסיה השני עלה מלך חדש, אנטוניו הראשון, שפתח במלחמה עקובה מדם בינו ובין הפורטוגזים. מלחמה על שליטה במבווילה שנודעה כקרב על מבווילה ושבה הוא, שריו, ואנשי חצרו חוסלו על ידי הפורטוגזים. לאחר תבוסה זו לא נמצא יורש לאנטוניו הראשון ושני הבתים קינלאזה וקימפאנזו חילקו את המדינה ביניהם. בתקופה זו של היחלשות השלטון המלוכני בקונגו והתחזקות הסויו רשויות השלטון פנו ללואנדה על מנת לבקש עזרה. מכיוון שהסויו עשו ככל העולה על רוחם בקונגו ביקשו הרשויות מלואנדה לתקוף את שבט הסויו. אך היו אלה דווקא הפורטוגזים שתקפו את שבט הסויו ב-18 באוקטובר 1670 בקרב הידוע בשם הקרב על קיטומבו שבו הפסידו הפורטוגזים. אך דווקא הודות לקרב זה קונגו נשארה עצמאית. אבל מבחינת הפורטוגזים התבוסה הייתה כה משפילה שהיא גרמה להם לסגת עם כוחותיהם מאזור ההשפעה של קונגו לתקופה שתימשך עד סוף המאה ה-19.
בינתיים האיבה גברה בין שני הבתים שנלחמו על הירושה עד כדי כך שהחברים בהם שרפו את בירתם שלהם. ובמקביל האוכלוסייה הצטמצמה באזורים הקרובים לבירה והתפזרה להרים וליערות בשליטת הבתים היריבים. ידוע מאותה תקופה על שתי מנהיגות יריבות, אחת היא היורשת לבית קימפאנזו, ד סוזנה דה נוברגה שקיבלה מקלט באזור מבולה או למבה, והשנייה היא ד אנה אפונסו דה לאאו שריכזה את כוחותיה בנהר מבידיזי שבאזור נקונדו. ידוע שד אנה אפונסו פקדה על קרוביה להשיב את הממלכה תחת חסותם אפילו שרצונה היה לפייס בין הסיעות הלוחמות.
במקביל סוחרי עבדים צרפתים, פורטוגלים, הולנדים ואנגלים ניצלו את חוסר הסדר שסרר בקונגו כדי ללכוד עבדים כאשר העבדים הלכודים נלקחו לאזור צפונית ללואנגו, שסוחריה היו ידועים בשם "מובירס". המובירס היו מובילים את העבדים בשני נתיבים, או לאנגליה והולנד או לברזיל. בפנים המדינה הסויו (שהעניקו לעצמם את התואר "נסיכים דגולים") המשיכו לחולל שמות, והנזק מהתקפותיהם סיים את תור הזהב של קונגו.
התאוששות.
מלחמת האזרחים המשיכה ב-30 השנים הבאות, כאשר הקרבות העיקריים מתרחשים באזור מבולה (הידוע גם בתור למבה) והבירה סאו טומה הרוסה. אך ב-1704 מנהיג אחד הפלגים, פדרו הרביעי נוסאמו א מוומבה נפגש עם אישה מסתורית בשם קימפה וויטה, שהייתה ידועה גם כדונה ביאטריז. אותה אישה טענה שהיא נשלטת על ידי רוחו של אנטוניוס הקדוש והציעה לפדרו עזרה באיחוד המדינה, הצעתה נענתה בשלילה. לאחר שהאחרון דחה את הצעתה פנתה קימפה למנהיג הבית היריב נזוזי א נטמבה שכינה את עצמו קאו השלישי. אך לאחר שגם הוא דחה את הצעתה פנתה קימפה וויטה לבירה ההרוסה וייסדה שם תנועת מאמינים תחת הנהגתה שמנתה אלפים. התנועה איחדה את הממלכה באופן לא רשמי. כביכול תחת הדרכתו של אנטוניוס הקדוש. לאחר צעדים אלה הכריזה ביאטריז שמריה, פרנסיס הקדוש ואפילו ישו היו שם נוסף לקונגו שנסונדי הייתה בית לחם המקורית וסאו סלוודור הייתה ירושלים המקורית. פדרו הרביעי מצדו מיהר לדכא את המרד, במיוחד לאחר שביאטריז נכנסה להריון (כי הוא פחד שיהיה לה ממשיך), לכד אותה פדרו, ערך לה משפט מהיר שבו הואשמה בהיותה מכשפה וכופרת ושרף אותה על המוקד.
לאחר מותה על מנת למנוע מרידות בעתיד כבש פדרו הרביעי מחדש את הבירה ואיחד את המדינה.
אף על פי שלא קיבל תמיכה רבה פדרו הרביעי חילק את השלטון ב-1716 בין שני הבתים היריבים קינלאזה וקימפנזו וכך השיב למדינה שקט שלא נראה בקונגו כבר 61 שנה. גם התנועה של דונה ביאטריז לקחה חלק חשוב בהשבת השלום על כנו שכן אפילו שפדרו הרביעי חיסל את מנהיגתם הוא נתן להם חלק בשלטון.
שקיעתה של ממלכת קונגו.
עם בואה של המאה השמונה עשרה גדלה במדינה האמונה שממלכת קונגו היא למעשה חלק בלתי נפרד מהעולם הנוצרי ושהיא חיונית להיסטוריה שלו על אמונה זו מעידים צלבים שנוצרו בתקופה אשר מתארים את ישו כאפריקני וגם סיפור לפיו הקתדרלה ההרוסה למחצה של סאו סלוודור (שבמקור נבנתה על ידי מסדר הישועים) נבנתה בנס על ידי מלאכים, מה שהעניק לה בפי המקומיים את שם החיבה "נקולומבימבי". לאחר מותו של פדרו הרביעי ב-1718 עלה לשלטון מנואל השני. בשנות שלטונו שבט הסויו המרדן היה למעשה עצמאי למחצה, נסונדי ואזור הצפון השיגו גם הם עצמאות למחצה הגם שמבחינה רשמית היו תחת שלטונו של בית קימפנזו ואפילו במחוזותיה הנותרים של ממלכת קונגו התרחשו מאבקים מפעם לפעם.
סדרת מלחמות אזוריות לאורך תקופה זו מטלטלת את הדמוגרפיה המקומית. על פי מפקד אוכלוסין מסוף המאה ה-18 כמות הגברים המקומית הייתה מחצית מכמות הנשים.
בסופו של דבר המאבקים הובילו לפיצולה מחדש של קונגו כאשר ב-1764 אלוורו האחד עשר מבית קינלאזה הביס את יריבו פדרו החמישי ולקח את מושכות השלטון אך כתבים באותה תקופה מזכירים גם בית מלוכה עצמאי באזור סמבו שסירב להכיר באלוורו האחד עשר בשל ההפיכה שביצע. יותר מאוחר ב-1780 עוצר בחצרו של חוזה הראשון החל במרד נגד אדונו אך חוזה ניצח בסופו של דבר בעימות המכריע שנערך בסאו סלוודור ב-1781. על מנת להעניש את יריבו המובס שלל ממנו חוזה קבורה נוצרית. היה ברור לכל שאפילו שחוזה ניצח הניצחון היה חסר משמעות שכן המחוזות למבה ומאטארי היו תחת שלטונו של בית קינלאזה היריב. היה גם בית מלוכה נוסף ששלט באזורים הסמוכים להר קיבאנגו במשך כל המאה השמונה עשרה. שמו של הבית היה אגואה רוסאדה וחבריו טענו שהם צאצאים לשני הבתים קימפאנזו וקינלאזה.
שלטונו של חוזה הסתיים ב-1785 ובמקומו עלה לשלטון אפונסו החמישי. אך שלטונו של זה היה קצר והסתיים במוות, כנראה מהרעלה, שוב פרץ מאבק על השלטון אשר הסתיים בהכתרתו של אנריקו הראשון ב-1794. מכיוון שאנריקו לא השתייך בבירור לאחת מהסיעות הלוחמות הכריזו גרסיה החמישי ואנדרו השני (שהדיח את גרסיה החמישי) על עצמם כמלכים ושוב חילקו את הארץ.
שלטונו של אנדרו השני נקטע ב-1842 לאחר שאציל קרוב משפחה מהדרום בשם אנריקו השני הדיח אותו מכס המלוכה. אך האחרון לא ויתר וברח עם נאמניו לכפר קטן בשם מבנזה מפוטו ליד סאו סלוודור משם המשיך לשלוט על נתיניו הנותרים. שלא כמו אנדרו, אנריקה השני שלט בקונגו עד מותו, שלטון שנמשך מ-1842 עד 1857.
ב-1839 תחת לחץ אנגלי הסכימה ממשלת פורטוגל להפסיק את סחר העבדים שפגע באפריקה בכלל ובמרכז אפריקה בפרט. את סחר בבני אדם שהופסק החליף הסחר במוצרים כמו שעווה, גומי, שנהב ובוטנים שנמצאו באפריקה בשפע. השינוי היה מהפכני מהסיבה שלפני כן סחר העבדים והסחר בכלל נוהל על ידי השלטונות הזרים והמקומיים כאחד או האצולה. במסחר החדש לעומת זאת, כולם יכלו להשתתף. לתופעה היו שתי השלכות: האחת היא שהרבה אנשים הפכו לסוחרים וייצאו את סחורותיהם דרך הנמלים. ההשלכה השנייה הייתה גידול בבניה הפרטית והבנייה בכלל באפריקה ללא קשר למעמד האנשים.
בתקופה הזאת הופיעו ארגונים סמליים בלבד בשם מאקאנדה כחלק מהשינויים החברתיים של התקופה. המאקאנדה שהיו פשוטי עם הקימו שורה של כפרים שהיו קשורים זה לזה באמצעות קשרי משפחה דמיוניים לאורך נתיבי הסחר. בקרב תושבי קונגו ובמיוחד בקרב ארגוני המאקאנדה החלו להתפשט אגדות וסיפורים שונים המתארים בצורה דמיונית את ייסודה של ממלכת קונגו. חלק מהאגדות תיארו את מקורה של הממלכה בימים שבהם אפונסו הראשון פיזר את השבטים השונים וגרם לנדידתם מארצם המקורית לכפרים שבהם הם חיו. בהרבה כפרים הסיפורים על נדידות השבטים באו במקום ההיסטוריה האמיתית של הממלכה, מה שהעיד על הקצב המהיר שבו ממלכת קונגו התפוררה.
אנריקה השני היה הלכה למעשה המלך האחרון ששלט בממלכת קונגו בשלמותה. לאחר מותו התפלגה הממלכה לאינספור שבטים ומשפחות אצולה שהקימו כל אחד ממלכות זעירות ששרדו זמן קצר ביותר. היו מלכים שהמשיכו לשאת את התואר מאניקונגו אך האחרון הפך לסמלי בלבד בלי כוח ממשי מאחוריו. במקביל סייעה להתפוררות של ממלכת קונגו העובדה שמעצמות אירופיות תמרנו את השבטים השונים לתועלתם כאשר כל מעצמה תמכה בשבט כזה או אחר. לאחר ועידת ברלין שהתרחשה בשנים 1884–1885 חולקה מרכז אפריקה בין האירופים, ובכך מחקה את מה שנשאר מקונגו העצמאית. לפי ההסכם חלק גדול מקונגו נמסר לידי שלטון הפורטוגזים, אך לאחר מרד בפורטוגזים ובמלך הבובה שהם המליכו, נמחק שמה של ממלכת קונגו אפילו כממלכה סמלית ובכך בא הסוף על ממלכת קונגו.
מבנה פוליטי ואוכלוסייתי.
מקורה של השיטה הפוליטית בממלכת קונגו נמצא בראשית הממלכה בהסדר בין ממלכת מבטה וממלכת מפמבה קאסי. מכיוון שאחת ממטרותיו של ההסדר היה להגן רשמית בחוק על מעמדם של בניו של נימי א נזימה כיורשים, הובטח השלטון לאחיינו של נימי א לוקני במקום לבנו. לאחר מכן, לפי ההסדר, יועבר השלטון לאחיין שני בדרגה ורק אחריו יעלה לשלטון בנו של נימי א לוקני.
ידוע שבמאה ה-16 הייתה למאניקונגו זכות למנות או לפטר את מושלי המחוזות
הכבושים או לקבל ולדחות כראות עיניו מועמדים שהוצעו למשרת המושל על ידי מלכים ממחוזות שהצטרפו לממלכה בהתנדבות. חשוב לציין שהמלך נתן לעיתים קרובות את משרת מושל המחוז לקרוביו או לחבריו וכתוצאה מכך שליטי הממלכות שנכבשו או הצטרפו מרצון לממלכת קונגו איבדו את כוחם ולבסוף ממלכותיהם נבלעו בממלכת קונגו.
לבירה מבאנזה קונגו היה תפקיד חשוב בריכוז השלטון בממלכה הודות לעובדה