לקראת שנת 1152, כשהוא בן עשרים וחמש, ניגש בלדווין לפוליטיקה הפנימית של ממלכת ירושלים. אף על פי שבשבע שנות מלכותו הראשונות לא הראה עניין בניהול הממלכה, עתה דרש אחריות רבה יותר. המלכה הייתה בעלת השפעה רבה בחצר, כמעט בלעדית, ורוב האצילים ורוזני הממלכה נטו לצידה; כבר קודם ניסו הללו להכשיל את בלדווין במעשיו. המלכה הייתה אהודה מאוד על העם, בגלל פועליה הרבים - בשנת 1149, שנת היובל לכיבוש העיר בידי הצלבנים, חנכה ושיפצה המלכה את כנסיית הקבר, בסיוע ידידה הפטריארך הלטיני פולכר (Fulcher); בהמשך חילקה מליסנדה את סופו של רחוב סטפאן הקדוש, הרחוב הראשי של ירושלים הצלבנית (אשר משער שכם עד שער ציון), בו היה הקארדו הרחב, לשלושה שווקים צרים, מקבילים (במערך הקיים עד ימינו), והוסיפה קירוי מסוגנן לכל שוק; היא נודעה כ"פטרונית האמנים", ותרמה רבות לכנסייה וסעיפיה. לעומתה, לבלדווין הצעיר לא היו עדיין הישגים כגון אלו, והוא השתדל לצבור הישגים בהסגות פולשים בגבולותיו.
מליסנדה ובנה החלו מתנכרים זה לזו סביב שנת 1150, ובתחילת שנת 1152 דרש בלדווין מהפטריארך פולכר הכתרה שנייה בכנסיית הקבר, נפרדת מזו שבה הוכתר לצד אמו. הפטריארך סירב לבקשתו, וכמעין הכתרה עצמית רכב בלדווין דרך רחובות ירושלים עם זר עלי דפנה לראשו. פעולה זאת נעשתה לאחר שבלדווין האשים את אחד מעושי דבריה של המלכה בניסיון לשכנעה בצורך לנשלו מתפקיד המלך; קרוב לוודאי שבלדווין התייחס בדבריו למנשה דה ירז', הקונטאבל של הממלכה ומנאמניה המובהקים של המלכה.
בלדווין ואמו הסכימו להעלות את נושא המלוכה בפני ה"הוּט קוּר", המועצה המלכותית. החלטת המועצה, שהורכבה מנציגים פאודליים ומאנשי משפט, עמדה על חלוקת המדינה לשני אזורי שלטון: בצפון, הכולל את עכו וצור האסטרטגיות, ימשול בלדווין בעוד שמליסנדה תשלוט על יהודה והשומרון העשירות, כמו גם על שכם וירושלים עצמה, ובפועל גם על נחלתו של בנה אמלריך רוזן יפו. אמנם, אף לא אחד מהפונים היה שבע רצון מההצעה: בלדווין רצה לשלוט בממלכה בשלמותה, ואמו חששה מחלוקת משאבי הממלכה, שתפתח פתח להתפוררותה, אך כדי למנוע מלחמת אזרחים הסכימו בלדווין ומליסנדה להצעה, וזו התקבלה בסופו של דבר.
אך כעבור שבועות אחדים מחלוקת הממלכה, הנהיג בלדווין, שלא הסתפק בחצי הממלכה, מתקפה על הדרום. שכם נפלה במהרה, והמלך שעט אל ירושלים; אך מנשה דה ירז', שהמלך הורידו מתפקידו, חסם את דרכו לירושלים כאשר הוא מתבצר במג'דל יאבא שבסניוריית איבלין ורמלה. לאחר מצור נכנע מנשה והוגלה מהמדינה, ובלדווין פנה אל ירושלים. יהושע פראוור מסביר כי החשש מהמלחמה בשילוב זכות המורשה הפיאודלית שהייתה קבועה היטב בתודעתם ל האנשים גרמו לתושבי ירושלים לפתוח פתחו את שערי העיר בפני בלדווין, והמלך נכנס אליה כמנצח. מליסנדה ואמלריך, אחיו הצעיר של בלדווין שנטה לצד המלכה, נמלטו למגדל דוד. הכנסייה, שמאז ומעולם העדיפה את צד המלכה, נשאה ונתנה עם בלדווין, וההסכם שנתקבל התיר למליסנדה לשלוט בשכם למשך חייה אם תישבע לבלדווין לא להפריע לשלום. לתפקיד בכיר מינה כעת בלדווין את המפרי השני מטורון, רוזן בניאס שבסניוריה הגלילית של טורון. למרות "פרישתה", שמרה המלכה כוח רב בחצר המלוכה, ורבים מהאצילים שלא ראו בעין יפה את נטייתו של בלדווין למלוך כשליט עצמאי ובלתי תלוי באביריו, נטו לצידה. מליסנדה הייתה גם מדינאית מוכשרת, ואהודה על העם; בלדווין לא הרחיק את אמו מהחצר, וב־1154 התפייס עמה וסמכותה הוכרה (גם אם תחת שלטון בלדווין). פיוס זה סייע לבלדווין הן עקב העובדה שהמלך בילה זמן רב בקרבות, ונזקק לעזרת אמו כדי לנהל את מדיניותו, והן עקב קשרי המלכה עם אחותה ואחייניתה שמנסיכות אנטיוכיה, הודיירנה ומליסנדה מטריפולי, שסייעו לו מצפון בתקופה מתוחה זו, כשעזרתה של דמשק אבדה לו.
בזמן המסעות הצבאיים של בלדווין, כיהנה אמו כעוצרת; מליסנדה נטלה חלק פעיל במרביתם של תהליכי קבלות ההחלטות בממלכה, והופיעה לצד בנה בטקסים הרשמיים. בשנת 1156 הגיעה המלכה לידי הסכם שותפות עם צי הסוחרים של פיזה שתרם רבות לכלכלת הממלכה, בעוד בלדווין שומר על איזון המצב בצפון מול נור א-דין, ובשנת 1157, בעוד בלדווין ורוזני פלנדריה ואנטיוכיה מנחילים מפלות לשליט הערבי ומשחררים את שטחי צפון אנטיוכיה הכבושה, ניהלה מליסנדה קרבות לכיבוש נקודות משלט בנסיכות עבר הירדן מול שבטי התורכמאנים. העם שמח להתפייסות, ובלדווין התחבב עליו עוד יותר.
המלחמות והכיבושים.
לאחר מות אביו נאלץ מוג'יר א-דין, שהיה שליט חלש בהרבה מקודמו, להעלות מס לשליטי ממלכת ירושלים תמורת ההגנה מפני נור א-דין, מס אשר נחשב למשפיל ובלתי נסבל מצד תושבי דמשק המוסלמים. כוחו של מוג'יר א-דין החל מתדרדר במהרה, ובזמן מלחמת האזרחים, בשנת 1154, עלה בידי נור א-דין להדיחו מכיסאו ולהשתלט על דמשק שסופחה לנחלת בית זנגי. לראשונה שלט מושל אחד על כל שטחה של סוריה, למן אדסה בצפון ועד לחבל חורן בדרום. אובדן המשקל המוסלמי בצפון לטובת נור א-דין היה אסון מדיני גדול לממלכת ירושלים, אם כי נור א-דין נמנע מלצאת מיד למלחמה בממלכת ירושלים ואף המשיך להעלות לה את המס. ובכן, מצפון הייתה חסומה הדרך לכיבושים, אליהם שאף כעת המלך הצעיר על מנת להוכיח את יכולותיו, כאשר סוריה מאוחדת תחת שליט אחד ומסע הצלב השני נחל כישלון חרוץ; ירושלים יכולה רק להרחיב את השפעתה לכיוון דרום, לעבר מצרים.
מצרים נכנסה אז לתקופה של תוהו ובוהו עם רציחתו של הווזיר אלאפדל. מהומה שררה בארץ, ובשלטון הפאטימי הוחלפו הווזירים שוב ושוב בתככי החצר, כאשר הם נרצחים או מודחים ומדרדרים את מצרים למלחמת אזרחים. מצבה הפנימי של מצרים קרץ לצלבנים, והם הידקו את אחיזתם בדרום ואת טבעת החנק סביב אשקלון. בשנים 1149–1150 הקים בלדווין השלישי מבצר בעזה, שנמסר לידי מסדר הטמפלרים. כתגובה כרתו המצרים ברית עם נור א-דין ושלחו צי של שבעים אוניות להטריד את הנמלים הצלבניים לאורך החוף בקיץ של 1151 מיפו דרך צור וטריפולי.
כיבוש אשקלון.
ביום 25 בינואר 1153 עלה צבא ממלכת ירושלים על אשקלון ושם עליה מצור, כאשר לצורך כיבוש העיר אסף בלדווין את כל הכוחות הצבאיים של ממלכת ירושלים מכל קצוותיה, כולל המסדרים הצבאיים, וכן האצילים בעלי הקרקעות וראשי הכנסיות. למרות זאת היה מספר הלוחמים בחיל המצב המצרי לפחות כמספר התוקפים, אם לא למעלה מזה, וברשותם היו מאגרי מזון גדולים. בלדווין ציווה גם לקנות ספינות צליינים שעגנו ביפו, ומתרניהן וקרשיהן נבנו מכונות מצור אדירות. לאורך שבעה חודשים התנהלו ההתקפות משני הצדדים ללא הפסקה, אך מבלי שהצליחו הצלבנים לפרוץ אל תוך העיר; אשקלון הותקפה גם מצד הים - צי צלבני של 15 אוניות שמקורו לא נהיר סגר עליה ממערב עד שנהדף לאחר חמישה חודשים על ידי צי מצרי בן 70 אוניות. עם סיום בניית מגדל המצור פרצו הצלבנים את מערכת החומות החיצונית והתקרבו לחומה העיקרית של העיר, וכאשר הצליחו מגני העיר לשרוף את המגדל, גרמו בכך לחומת העיר להתמוטט כתוצאה מחום הבעירה. אל תוך הפרצה זינקו האבירים הטמפלרים, מתוך תקווה לזכות בתהילה ובביזה המובטחת לכובשי העיר, אך כוח מצרי גדול הדף אותם. קרב אמיץ התחולל בעיר, ובסופו נתלו גופותיהם של כל הטמפלרים מחומות העיר, עד האחרון שבהם.
רוח הצבא נפלה, אך בסופו של דבר, ב-19 באוגוסט נפרצו חומות העיר, ולחימה עזה השתוללה בסמוך לפרצה; בשלב זה איבדו אנשי העיר תקווה, וב-22 באוגוסט ביקשו המגינים להיכנע תמורת ההבטחה כי יינתן להם לצאת למצרים. פרופ' יהושע פראוור ציין (בספרו "תולדות ממלכת הצלבנים בארץ ישראל") כי בעיר הייתה קהילה יהודית גדולה, עם בית דין משלה, שכללה פליטים מערים אחרות בארץ ישראל שברחו מאימת השלטון הצלבני; תמיד היו היהודים רעים למוסלמים באיבתם את הנוצרים. קהילה זו נצטרפה לפליטים המוסלמים שיצאו מאשקלון בלווי פרשים צלבנים עד לאל עריש. אשקלון הפכה לעיר צלבנית וארץ ישראל כולה הייתה בשליטת הצלבנים - ללא מובלעות מוסלמיות. נור א-דין מיהר לדהור דרומה אל אשקלון, אך מוג'יר א-דין לא אפשר לו לעבור עם צבאו בשטחי דמשק לעזרת המוסלמים הנטבחים, וכך סיכל את הצלתם והחלשת ממלכת ירושלים. לאחר הכיבוש הפך המסגד של אשקלון לכנסיית פאולוס הקדוש, ומסגד "אל-חדרא" (הירוק) הפך ל"כנסית מרים הירוקה". בלדווין נתן את אשקלון לאחיו אמלריך לנחלה, ובכך הכפיל את שטחה של רוזנות יפו.
נפילת העיר הכתה גלים במצרים ובסוריה; ביצורי העיר אשקלון וגבורת מגיניה היו לאגדה לאחר חמישים שנות הלחימה שלהם כנגד המתקפות הצלבניות, וכיבושה היווה מהלומה מוראלית אדירה לארצות האסלאם כולן. דמשק מיהרה לשוב ולשלם מס למלך בלדווין, והמצרים נהגו כמותם.
כיבושיו של בלדווין בדרום סייעו לאחיו וממשיך דרכו, המלך אמלריך, לפשוט על מצרים, למוטט את שלטונה וצבאה ולכבשה בפרק זמן קצר.
כיבושים מצפון.
בשנת 1152 הביס בלדווין את הפולשים התורכמאנים משושלת אורטוקיד שפלשו אליו מצפון סוריה.