בחודש מאי 2012 הקימה הממשלה את הוועדה לקידום השוויון בנטל, בראשות חבר הכנסת יוחנן פלסנר כדי לגבש חלופה לחוק טל, באופן שיבטל את דחיית גיוסם של בני הישיבות ללא הגבלה במספרם, הוועדה כללה נציגים ממפלגות הקואליציה למעט נציגי המפלגות החרדיות שהחרימו את הוועדה, והודיעו כי לא ישתפו פעולה עמה. לקראת סיום עבודתה כחודש וחצי לאחר שהוקמה, הודיע ראש הממשלה על פירוק הוועדה, זאת לאחר שמספר נציגים ממפלגות הקואליציה פרשו ממנה, לאחר שהתנהלות הוועדה הייתה שלא לרוחם.
לאחר ביטול חוק טל, פרסמו ראשי הישיבות הוראה לתלמידיהן לא לחתום על מסמכים בלשכת הגיוס מעבר לאישור הפרטים האישיים, וחלק אף הורו לא להתייצב כלל עם קבלת זימון ללשכת הגיוס.
ועדת פרי.
לאחר הקמת ממשלת נתניהו השלישית במרץ 2013, הוקמה ועדת שרים בראשותו של יעקב פרי, שהמליצה על תוכנית גיוס אשר לפיה יהיו פטורים מגיוס רק 1,800 "מתמידים" בכל שנתון. הוועדה קבעה כי יוטלו סנקציות כלכליות על ישיבות שלא יעמדו ביעדי הגיוס, ואילו ישיבות בעלות אחוזי גיוס גבוהים יתוגמלו כספית. כמו כן המליצה הוועדה כי אם יעדי הגיוס לא יתממשו, ייפתחו הליכים פליליים כנגד המסרבים להתגייס.
ביולי 2013 הניחה הממשלה על שולחן הכנסת שתי הצעות חוק: להסדרת גיוסם של בני ישיבות לצה"ל ולשילובם בשירות אזרחי.
ועדת שקד.
לאחר שוועדת פרי הגישה את מסקנותיה, ולאחר שהחוק עבר בכנסת בקריאה ראשונה, קמה הוועדה המיוחדת לדיון בהצעת החוק בעניין השוויון בנטל בשירות הצבאי, בשירות האזרחי ובשוק העבודה, ולהסדרת מעמדם של תלמידי הישיבות בראשות חברת הכנסת איילת שקד מהבית היהודי ("ועדת שקד"), שתפקידה להכין את הצעת החוק לקריאה שנייה ושלישית. בוועדה נכחו נציגי החרדים שהשמיעו את התנגדותם לחובת גיוס תלמידי ישיבות, בשאר המפלגות נתגלעו ויכוחים שונים, הבולט מביניהם היה מחלוקת בין סיעת "יש עתיד" לסיעת "הבית היהודי", האם יש להטיל על המשתמטים מגיוס סנקציות כלכליות או פליליות. בפברואר 2014 לאחר התערבותו של ראש הממשלה בנימין נתניהו, אישרה ועדת שקד את סעיף הסנקציות הפליליות בחוק השוויון בנטל. בתגובה לאישור המלצות ועדת שקד, התקיים כינוס של מנהיגי כל הפלגים של הציבור החרדי, ובו הוחלט להכריז מלחמה נגד המלצות הוועדה.
ב-12 במרץ 2014 הוצג בכנסת חוק הגיוס של ועדת שקד ובעקבות החרמת ההצבעה על ידי האופוזיציה, אושר בקריאה שנייה ושלישית ברוב גדול מול מתנגד אחד (יוני שטבון). לאחר העברת החוק המשיכו תלמידיו של הרב שמואל אוירבך וכן חוגים בעדה החרדית לדבוק בגישה שלפיה גם כשבני הישיבות יכולים לקבל דחיית שירות מהצבא, אסור להם להתייצב בלשכת הגיוס ולבקש אותה, משום שיש בכך שיתוף פעולה עם החוק החדש. הרב אוירבך אף תקף את ועד הישיבות שעוסק בהסדרת המעמד מול הצבא. בספטמבר 2014 נערך בירושלים כינוס רבנים המתנגדים להתייצבות, ובהם ראשי ישיבות ליטאים המזוהים עם "בני תורה", רבני העדה החרדית, אדמו"רים ורבנים ספרדים, ובהם הרב דוד בצרי והרב בן ציון מוצפי. לעומתם רוב בני הישיבות המשתייכים לחוגים המיוצגים על ידי הסיעות החרדיות בכנסת, וכן חלק מבחורי הישיבות המשתייכים לעדה החרדית, המשיכו להסדיר את מעמדם.
תיקון חוק שירות ביטחון.
בנובמבר 2015, לאחר כניסתן המחודשת של המפלגות החרדיות לקואליציה, הוכנסו תיקונים נוספים לחוק שעבר ב-2014, בין היתר הם מאריכים בכמה שנים את תקופת ההסתגלות, ודוחים את האפשרות להטלת סנקציות פליליות על תלמידי ישיבות עד 2023, אז יוכל להחליט זאת שר הביטחון אם לא יתמלאו יעדי הגיוס. התיקון עבר ברוב של 49 מול 36 מתנגדים. אנשי הפלג הירושלמי והעדה החרדית גינו בחריפות את תמיכת הח"כים החרדים בתיקון החוק.
ב-12 בספטמבר 2017, ברוב של שמונה מתוך תשעה שופטים, פסל בג"ץ גם את הסדר הגיוס המבוסס על התיקונים 19 ו-21 לחוק שירות ביטחון (פרק ג'1: שילוב בוגרי ישיבות ומוסדות חינוך חרדיים לחוק), וקבע שבטלות הפרק תיכנס לתוקף כעבור שנה ממתן פסק הדין, על מנת לאפשר לכנסת לחוקק חוק מתוקן. את העתירה נגד התיקון לחוק הגישו התנועה למען איכות השלטון בישראל ומפלגת "יש עתיד".
בפברואר 2018 הקים שר הביטחון אביגדור ליברמן ועדה המורכבת מנציגי צה"ל ומשרד הביטחון, משפטנים ברובם, במטרה להציע נוסח חוק שיעמוד במבחן בג"ץ. ביוני פורסמו המלצות הוועדה של משרד הביטחון, הכוללות יעדי גיוס המעוגנים בחוק והעמידה בהם מהווה תנאי להמשך תחולתו, וכן סנקציות כלכליות במקרה של אי עמידה זמנית ביעדים. היעדים עולים משנה לשנה עד שלאחר כעשור מחייבים בגיוס את רוב השנתון של גברים חרדים. ב-3 ביולי 2018 אושרה בכנסת בקריאה ראשונה הצעת חוק מתוקנת המבוססת על הצעת הוועדה. הסיעות החרדיות הצביעו נגד הצעת החוק, וסיעת "יש עתיד" הצביעה בעדה מהאופוזיציה. בג"ץ נעתר חלקית לבקשתו של שר הביטחון החדש בנימין נתניהו והאריך את תוקפו של החוק הקודם עד ל-15 בינואר 2019. בדצמבר יאיר לפיד הודיע שבקריאה שנייה ושלישית "יש עתיד" לא תתמוך בחוק, ועל רקע הקושי בהעברתו החליטה הקואליציה להקדים את הבחירות לאפריל 2019. בעקבות כך בג"ץ אישר דחייה נוספת של ביטול החוק, ל-28 ביולי 2019. גם לאחר הבחירות לכנסת העשרים ואחת נותרה הצעת החוק סלע מחלוקת, מנעה הקמת ממשלה חדשה, וחודש לאחר תחילת כהונתה גם הכנסת העשרים ואחת החליטה על פיזורה.
במקביל פעלה בכנסת, בין יוני 2018 לאפריל 2019, הוועדה המיוחדת להסדרת מעמדם של תלמידי ישיבות ושילובם של בוגרי ישיבות בשירות צבאי, בשירות לאומי-אזרחי ובתעסוקה.
קווי היסוד של ממשלת ישראל השלושים ושש כללו תמיכה במתווה משרד הביטחון כפי שאושר בקריאה ראשונה בכנסת ה-20, כולל הוראת שעה לתקופת המעבר, כך שגיל הפטור יעמוד על 21. בינואר 2022 חוק הגיוס החדש עלה לקריאה ראשונה, החוק אינו עבר ועמד על שוויון כתוצאה מכך שחברת הכנסת רינאווי זועבי ממרצ הצביעה נגד החוק כמחאה על חוק האזרחות ובכך הוא נפל. כעבור שבועיים הצליחה הקואליציה לאשר את חוק הגיוס בקריאה ראשונה. ביולי 2022, בעקבות ההחלטה על פיזור הכנסת העשרים וארבע, בג"ץ אישר דחייה נוספת של ביטול החוק עד שנת 2023.
שילוב שירות צבאי בלימודים בישיבה.
ישיבות הסדר.
מסלול ההסדר משלב לימודים תורניים גבוהים עם שירות צבאי מקוצר בן 17 חודשים. הוא מיועד לתלמידי ישיבות תיכוניות ולתלמידים הניגשים לבחינת בגרות מורחבת בגמרא. ישיבות ההסדר הן ישיבות ציוניות המשתייכות ברובן המכריע לזרם הדתי לאומי, ומהוות בחברה זו שילוב בין החובה הדתית ללמוד תורה ולהתפתח רוחנית, לבין תפיסתה את המחויבות לשרת בצה"ל ולהשתלב בחברה הישראלית. תלמידי ישיבות ההסדר (המכונים בני"שים - בני ישיבות) מגיעים ברובם מהזרם הציוני דתי, לאחר סיום הלימודים בתיכון דתי או ישיבה תיכונית. נכון ל-2011, קיימות 68 ישיבות הסדר ברחבי הארץ, ובהן כ-8,500 תלמידים, מהם כ-5,400 נמצאים במסלול ההסדר.
מעמדן החוקי של ישיבות ההסדר התקבע בתקנות שהוציא שר הביטחון. בסיסו של ההסדר ברעיון הקמת נח"ל תורני, אולם בעקבות החלטת בג"ץ ב-1999 כי יש לקבוע את הסדר דחיית השירות לחרדים בחוק, עוגן בחוק גם הסדר השירות הצבאי המקוצר.
הגדרתה של ישיבה כישיבת הסדר נעשה בהמלצת איגוד ישיבות ההסדר. ארגון זה גם מייצג את ראשי ישיבות ההסדר במגעים, דיונים, ובקשות מול צה"ל ומשרד הביטחון בנושא שירות וזכויות חיילי הסדר. מספר ישיבות אינן חברות באיגוד והן מתנהלות מול צה"ל בצורה עצמאית.
הסדר מרכז.
מסלול הישיבות הגבוהות הציוניות (הסדר מרכז) הוא מסגרת השירות הצבאי המקוצר של תלמידי ישיבות גבוהות ציוניות שאינן ישיבות הסדר. מקור השם בישיבת מרכז הרב, שם הופעל לראשונה ההסדר וגם כיום הוא מאושר דרכה. השירות יכול להיות מיושם בכל ישיבה שהוגדרה כישיבה גבוהה וחפצה להצטרף להסדר בתיאום עם ישיבת מרכז הרב.
מסגרת "הסדר מרכז" מיועדת לבחורי ישיבות בשיעור ד' או מגיל 22 ואילך שדחו עד עתה את שירותם הצבאי בתור תלמידי ישיבות שתורתם אומנותם. ההסדר הוא כזה שבחור הישיבה מתגייס לצה"ל, ולאחר שירות מקוצר בצבא נדחה המשך השירות על מנת שיוכל לחזור ללמוד בישיבה. בעבר הונהגו הסדרים שונים לגבי השחרור הסופי של החיילים מן התוכנית, שהיו תלויים במצבם המשפחתי, אך בשנת 2010 הוחלט שחייל ששירת במסגרת "הסדר מרכז" ישוחרר מחובותיו כלפי הצבא כאשר יגיע לגיל 26. משך השירות הוא בין 6–15 חודשים, תלוי ביחידה שאליה בוחר החייל להתגייס.
שילוב.
שילוב הוא מסלול גיוס מיוחד הכולל שירות צבאי מלא של שלוש שנים בצה"ל, ושנתיים לימוד בישיבה, עם אפשרות ללימודי המשך. התלמידים מתחילים בשנת הלימודים הראשונה מיד לאחר סיום בית הספר התיכון ובסופה מתגייסים לשנה וחצי. לאחר השנה וחצי חוזרים התלמידים לעוד שנה בישיבה, ולאחריה משלימים עוד שנה וחצי בצבא. בניגוד לשירות במסגרת של ישיבות ההסדר התלמידים אינם משרתים במחלקות נפרדות, ויכולים להתגייס לכל יחידה בצה"ל.
ישיבת הקיבוץ הדתי עין צורים, שנסגרה בתחילת ה'תשס"ט, הייתה הישיבה הראשונה שפעלה במסלול זה. שתי ישיבות פועלות במסלול זה: ישיבת מעלה גלבוע, השייכת אף היא לתנועת הקיבוץ הדתי, והישיבה החילונית שמופעלת על ידי ארגון בינה.
קורס רבנים צבאיים.