בתי הספר מגישים למשרד החינוך את רשימת נבחני המשנה הבוגרים באופן ממוחשב, עד תאריך מסוים שנקבע מראש. עבור כל נבחן מונפקת מדבקת נבחן, שבלעדיה לא ניתן בדרך כלל להיבחן. במקרה של תלמידי תיכון, מונפקות מדבקות נבחן לכל התלמידים בכיתות המתאימות, והיבחנותם מותנית רק בהזמנת מספר מספיק של שאלונים.
בחינת בגרות אורכת מספר שעות ואורכה נקבע על ידי משרד החינוך בהתאם למשתנים כמו: מקצוע, רמה, כמות החומר, כמות השאלות שנדרש לענות (לעיתים ישנה בחירה: הבחירה יכולה להיות בין פרקים, בין שאלות ובין סעיפים בשאלה, לדוגמה נדרש לענות על 2 סעיפים בשאלה. לעיתים ישנו גם פרק חובה, ובין שאר הפרקים יש בחירה כאשר חובה לענות על מספר מסוים של פרקים) וכדומה. במהלך חצי השעה הראשונה של הבחינה נאסרת יציאה של נבחנים אל מחוץ לחדר הבחינה. לאחר חצי שעה, היציאה היא בליווי משגיח תורן בלבד. נבחן שהגיע באיחור עד חצי השעה הראשונה לאחר תחילת הבחינה יורשה להיכנס לחדר הבחינה רק לאחר שיופנה על ידי רכז הבחינות ויקבל את אישורו לכך. ככלל לא יאושר זמן נוסף עקב האיחור, אלא אם יתקבל אישור ממטה הבחינות. לנבחן המאחר מעל חצי שעה אין לאפשר כניסה לבחינה, אלא באישור מטה הבחינות. כמו כן, המורים המגישים לבגרות באותו מקצוע גם הם מקבלים את שאלון הבגרות בתחילת הבחינה, על מנת שיוכלו לזהות בעיות בבחינה (בניסוח, ברמה, שגיאות בפתרון השאלה וכו') ולדווח על כך למשרד החינוך, כדי לבצע שינויים ולעדכן את הנבחנים.
בחינות הבגרות מתקיימות בשני מועדים עיקריים: מועד קיץ (בחודשים מאי עד יולי) ומועד חורף (בחודשים ינואר ופברואר). מועד הקיץ הוא המועד העיקרי, ובו מתקיימות כל בחינות הבגרות. במועד חורף מתקיימות בחינות במקצועות החובה בלבד (כולל הרמות הגבוהות של מתמטיקה ואנגלית), ולנבחנים אקסטרניים גם ב־3 יחידות בגאוגרפיה. בחינות החורף לתלמידי יא' בוטלו החל מ־2015. בתי הספר נוהגים להגיש את תלמידיהם לרוב הבחינות במועד קיץ, בסוף שנת הלימודים, ומועד חורף יכול לשמש עבור שיפור הציון (אם כי ניתן להשתמש לצורך זה גם בכל מועד אחר). באמצע יולי, לאחר מועד קיץ, מתקיימות בחינות מועד ב' במקצועות מתמטיקה ואנגלית, ועל כן נוהג משרד החינוך לפרסם את ציוני מועד קיץ במקצועות אלה לקראת בחינת מועד ב' (אך לא תמיד לפני תום ההרשמה), כדי לאפשר לנבחנים להחליט האם לגשת לבחינה.
שאריות שנותרות מהבחינה (טופסי משגיחים, שאלונים ומחברות בחינה) נותרות בידי בית הספר, שלרוב מאחסן אותם במקום המיועד לבחינות הבגרות. בשאלוני הבגרות נעשה שימוש לאחר מכן לשם הכנה של נבחנים בשנים הבאות, על ידי המורים המגישים לבחינה.
קיימת אפשרות להיבחן בבחינות הבגרות בחו"ל. הבחינות בחו"ל נערכות במועד קיץ בלבד, ונערכות בנציגות הרשמית של ישראל הקרובה למקום מגוריו של הנבחן. ההרשמה לבחינות נערכת מ־1 בינואר ועד 15 במרץ. פתיחת התיק תעשה באמצעות שלוחות הבחינות והתיקים יועברו לשלוחת ירושלים. התעריף ליחידת בחינה גבוה מזה שבישראל, ויש לברר מהו לפני כל מועד רישום. בדומה לכך, באקדמיה, האוניברסיטה הפתוחה, כמוסד לימודי המאפשר למידה מרחוק, מאפשר להיבחן גם מחוץ לישראל, דרך נציגויות ישראל בחו"ל (שגרירויות או קונסוליות).
ההתנהלות בבחינת בגרות.
קיימים שני סוגים של בחינות בגרות: בחינה תאורטית (בכתב או מתוקשבת) ובחינה מעשית. פסקה זו תתאר את ההתנהלות בבחינה תאורטית בכתב. עבור בחינה מתוקשבת ראו פסקה בהמשך.
בחינת הבגרות מתנהלת בצורה דומה לבחינות אקדמיות בקורסים הנערכות במוסדות להשכלה גבוהה, כגון אוניברסיטה. בכיתה הנבחנת מוצב משגיח שאיננו מורה של מקצוע הבחינה. בחדר הבחינה יש לציית להוראות שיפרט המשגיח, וכפי שכתוב על גבי עטיפות מחברות הבחינה, שאלוני הבחינה, לוח הבחינות, ב"איגרת לנבחן החיצון", או בכל דרך אחרת. ליד כל שולחן יושב נבחן יחיד (לכן יש רק נוסח אחד לבחינה, למעט הבחינה באנגלית שלה קיימות שתי גרסאות הנבדלות בסדר התשובות הסגורות). סדר הישיבה בחדר הבחינה נקבע מראש ומופיע בדו"ח המשגיח. בעבר המשגיח היה מתעד את סדר הישיבה בעזרת מדבקות הנבחנים ולנבחנים הייתה בחירה במקום הישיבה. בתחילת הבחינה הנבחנים מתבקשים להניח כל ציוד שאינו מותר בשימוש (כמופיע ב"חומר עזר מותר בשימוש" בדף הראשי של השאלון) ליד המשגיח. בחלק מבתי הספר היה נהוג בעבר הוצאת שאלות של נבחנים למורים בעת הבחינה והחזרת תשובות המורים לנבחנים, אך זה הופסק בשנת 2010, כיוון שלמשגיחים לא הייתה תמיד אפשרות לוודא שהתשובות שהועברו הן כלליות או הבהרות ואינן תשובות לשאלות.
מחברת הבחינה.
כל נבחן מקבל מחברת בחינה שעליה הנבחן עונה על הבחינה. המחברת מורכבת מ־19 גליונות כתיבה ונספח לשאלונים רב־ברירתיים. בעבר היה ניתן לצרף אליה דפי כתיבה נוספים, אך בעקבות כך שהמחברות כעת נסרקות בצורה אוטומטית, כעת מחולקת מחברת נוספת לפי דרישה. על הכריכה כתובים החוקים להתנהגות בזמן בחינת בגרות, כגון טוהר הבחינות, ועליה מדביקים שתי מדבקות (יפורט בהמשך). על גב המחברת מודבקת גם מדבקת משגיח הנושאת את מספר הזהות של המשגיח בבחינה.
הנבחן יכול לסמן עמודים מסוימים שאינו רוצה שייבדקו כטיוטה על ידי סימון קו לאורך העמוד או כתיבת המילה "טיוטה" בראש העמוד. בעבר ההנחיה לנבחנים הייתה שצדה הימני של המחברת משמשת כטיוטה. במצב שבו הנבחן ענה על יותר ממספר השאלות הנדרש בבחירה, תיבדקנה השאלות הראשונות לפי סדר הופעתן במחברת. יוצא דופן לכך הן בחינות הבגרות במתמטיקה ל־3 יחידות שפועלות בשיטת הצבירה – נבדקות כל השאלות שנענו וניתן לקבל עד 150 נקודות, ובכל מקרה בו הציון מעל 100, הציון הסופי ייחשב כ־100. הנבחן נדרש לשמור על שלמות המחברת כדי למנוע את פסילת הבחינה. ניתן לענות בעט כחול או שחור בלבד ואסור להשתמש בעיפרון או בטיפקס.
המחברות נארזות ונמסרות למשגיחים במנת מחברות בצירוף דוח בחינה על פי סדר הישיבה בחדרי הבחינה, כך שניתן יהיה לבדוק ולספור את מספר המחברות בזיקה לתלמידים ולמספרי תעודת הזהות שלהם.
סריקת מחברות.
החל משנת 2012 שונה עיצוב המחברות, כחלק מהחלטת משרד החינוך לבצע סריקה של המחברות על ידי מחשב בטרם תיבדקנה, לדפי המחברת נוספו שוליים אפורים מודגשים, עליהם אסור לכתוב, כיוון שאינם מופיעים בסריקה. הסריקה נעשית באמצעות סורק רובוטי תעשייתי "TREVENTUS ScanRobot" המיועד לסריקת ספרים. השינוי אמור להקל על בדיקת הבחינות על ידי המעריכים, העברתם למעריכים ובין מעריכים, מניעת אובדן של מחברות (עלול לגרום לדרישה לבחינה חוזרת לנבחן) ושמירת הנתונים עבור ערעורים. בהמשך הוסף למחברת מזהה ייחודי, כנהוג בחלק מן האוניברסיטאות, על מנת לסייע בסריקה – כאשר נבחן זקוק למחברת נוספת, תודבק מדבקה עם מזהה המחברת למחברת הקודמת.
השאלון.
הדף החיצוני כולל מידע על השאלון ואת הוראות הבחינה: סוג הבחינה (בגרות לבתי ספר על יסודיים, בגרות לנבחנים אקסטרניים, גמר לבתי ספר לטכנאים ולהנדסאים), מועד הבחינה, סמל השאלון (קוד בן 6 ספרות), נספח, מקצוע, רמה (יחידות לימוד), משך הבחינה, מבנה השאלון ומפתח ההערכה, חומר עזר מותר בשימוש, הוראות מיוחדות והערות (אם יש). השאלון נשאר בדרך כלל אצל הנבחנים בסוף הבחינה, ולכן גם אסורה הכתיבה על גבי השאלון, למעט בבחינות בהן השאלון ומחברת הבחינה משולבים ("שאלון מובנה"), למשל באנגלית, לשון ובחלק מהשאלונים במתמטיקה.
שאלון מובנה.
בשאלונים בהם התשובות הן קצרות ואינן דורשות יותר ממספר שורות למענה, לרוב במקצועות הומניים, ואינן דורשות טיוטה לחישובים, בדרך כלל ישולבו השאלון ומחברת הבחינה, כלומר המענה הוא על גבי השאלון במקומות המיועדים לכך. עבור כל שאלה יוקצו שורות ריקות למענה. השאלון המובנה הוא למעשה שאלון, הכרוך בכריכה של מחברת הבחינה, שהותאמה לגודל השאלון. הוספת הכריכה מאפשרת לשאלון להכיל את מדבקת הנבחן ובמקום של הצבת מדבקת השאלון יודפס תוכנו, כך שלא תידרש מדבקה. לרוב, הכריכה תהיה זהה לכריכה של המחברת, למעט בשאלונים באנגלית, בהם הטקסט בכריכה צבוע בצבע שונה בהתאם לשאלון, ומופיע בצד ימין למעלה ריבוע באותו הצבע ועליו מופיעה האות המייצגת את הרמה (Module). כמו כן, השאלונים 182 ו־381 במתמטיקה הם השאלונים היחידים שאינם במקצועות הומניים שמשתמשים בשאלון מובנה. בהם יש אחרי כל שאלה דף משבצות המוטבע בשאלון עבור חישובים.
נספחים.
נוסף לשאלון הבחינה יכול להיות מצורף לשאלון נספח כחלק מהבחינה שנדרש לענות עליו או כחומר עזר לנבחן. נספחים נפוצים בבגרות הם נוסחאון, קטע קריאה וגיליון תשובות לקריאה אופטית עבור שאלון רב־ברירתי.
נוסחאון.
בבחינות במקצועות שבהן יש צורך בנוסחאות (כגון מתמטיקה, פיזיקה וכימיה) מקבלים נוסחאון, חוברת המכילה את הנוסחאות המשמשות במקצוע הבחינה. הנוסחאון אינו מכיל את כל הנוסחאות של המקצוע שנדרשות לשימוש על ידי הנבחנים בבחינה. בין הסיבות לכך: הנוסחאון עשוי לכלול נוסחה כללית, דומה לנוסחה המבוקשת או נוסחה מסוימת המתקבלת מנוסחה כללית (כגון נוסחאות חישוב בסטויכיומטריה, לפעמים נדרשות נוסחאות מתמטיות המתקבלות מהנוסחאות הסטויכיומטריות), או שהנבחן נדרש לזכור נוסחאות מסוימות בעל פה (לדוגמה, נוסחאות לחישוב אינטגרל של פונקציה). קיימים הבדלים בנוסחאון בהתאם למספר יחידות הלימוד (במתמטיקה יש נוסחאון נפרד לכל אחת מהרמות – 3, 4 ו־5 יחידות), ובמקצועות מסוימים יש דף נוסחאות מורחב שניתן כהקלה לתלמידים בעלי לקויות למידה, וכולל נוסחאות נוספות שלא נכללו בדף הנוסחאות הרגיל.
מדבקות על גבי מחברת הבחינה.
מדבקת שאלון.