הפיקוד על השייטת המוסלמית ניתנה לממלוכים הכורדים, מושל ג'דה לשעבר אמיר חוסיין אל-כורדי. השייטת כללה לא רק ממלוכים מצריים, אלא גם מספר גדול של שכירי חרב טורקיים, נוביים ואתיופים וכן תותחים ונציאנים. מכאן, שרובם של חיילי הקואליציה היו קשתים, שהפורטוגזים יכלו להכניע אותם בקלות.
הצי עזב את סואץ בנובמבר 1505 עם למעלה מ אלף חיילים. הם הצטוו לבצר את ג'דה נגד מתקפה פורטוגזית אפשרית וסביב סוקין ומכה. הם נאלצו לבלות את עונת המונסון באי קמרן. משם הגיעו לעדן בקצה הים האדום, והסתבכו בפוליטיקה מקומית עם האמיר טהיריד, לפני שהם חצו את האוקיינוס ההודי. מכאן שרק בספטמבר 1507 הגיעו לדיו, עיר בשפך מפרץ חאמבט, במסע שיכול היה להימשך רק כחודש במפרש מלא.
דיו ומאליק אייאז.
בזמן הגעתם של הפורטוגזים להודו, היו אנשי גוג'ראט, הסוחרים העיקריים למרחקים ארוכים באוקיינוס ההודי, ושימשו כמתווכים חיוניים בסחר מזרח – מערב, בין מצרים למאלקה, וסחרו בעיקר בבדים ותבלינים. במאה ה-15 מינה הסולטאן מגוג'ראט את מליק אייאז, עבד לשעבר ממוצא גרוזיני או דלמטי, כמושל העיר דיו ( Diu). שליט ערמומי ופרגמטי, מליק אייאז הפך את העיר לנמל הראשי של גוג'ראט (הידוע לפורטוגזים בשם קמביה) ואחד היזמים המרכזיים בין הודו למפרץ הפרסי, תוך הימנעות מסכסוך עם הפורטוגזים על ידי ניהול מדיניות נבונה - עד שחוסיין אל כורדי הפליג במפתיע לדיו.
מליק אייאז קיבל את חוסיין בצורה יפה, אך מלבד הזמורין של קליקוט, שליטים אחרים של תת-היבשת ההודית לא התייצבו נגד הפורטוגזים, בניגוד להבטחה שהשליחים המוסלמים ממצרים הבטיחו. אייאז עצמו הבין שהפורטוגזים הם כוח ימי אימתני והוא לא רצה להתנגד אליו. עם זאת, הוא לא יכול היה לדחות את חוסיין מחשש לתגמול מהסולטאן החזק מגוג'ראט - בעת שכוחותיו של חוסיין עצמו כבר בתוך העיר. אייאז, שנתפס בין הפטיש והסדן, החליט לתמוך בזהירות רק בחוסיין.
קרב סעול.
במרץ 1508 השייטת של חוסיין ואייאז הפליגו דרומה והתעמתו בהפתעה עם אוניות פורטוגזיות בקרב ימי במשך שלושה ימים בנמל סעול (Chaul ). המפקד הפורטוגזי היה לורן קאו דה אלמיידה, שהוטל עליו לפקח על העמסת ספינות סוחר של בעלות הברית באותה העיר וללוות אותם בחזרה לקוצ'ין.
אף על פי שהפורטוגזים נתפסו לא מוכנים לקרב, והוא הסתיים כניצחון למוסלמים, אבל המוסלמים ספגו אבדות והרס עצום ולא יכלו להתקדם לעבר המרכז הפורטוגזי בקוצ'ין. אף על פי שהטביעו את ספינת הדגל הפורטוגזית, שאר הצי הפורטוגזי נמלט, וחוסיין עצמו בקושי שרד את המפגש מכיוון ששותפו מאליק אייאז לא היה מוכן לקרב. לחוסיין לא נותרה ברירה אלא לחזור לדיו עם מליק אייאז ולהתכונן לפעולת התגמול פורטוגזית. חוסיין דיווח על קרב זה בחזרה לקהיר כניצחון גדול. בין ההרוגים היה בנו של המשנה למלך, לורנצו, שגופתו מעולם לא נמצאה.
הכנות פורטוגזיות.
לאחר ששמע בקוצ'ין על מות בנו היחיד, היה דום פרנסיסקו דה אלמיידה בהלם, ופרש למגוריו במשך שלושה ימים, לא מוכן לראות אף אחד. נוכחותו של צי ממלוכי בהודו היווה איום חמור על הפורטוגזים, אולם המשנה למלך ביקש עכשיו לנקום באופן אישי על מות בנו.
מאחר שהמונסון התקרב ואיתו הסערות שעיכבו את כל הניווט באוקיינוס ההודי עד ספטמבר. רק אז יכול היה המשנה למלך לקרוא לכל הספינות הפורטוגליות הזמינות לתיקונים במעגן יבש ולהרכיב את כוחותיו בקוצ'ין.
בטרם יכלו לצאת, ב־6 בדצמבר 1508 הגיע אפונסו דה אלבוקרקי לקננור במפרץ הפרסי עם הוראות ממלך פורטוגל להחליף את אלמיידה כמושל. לדום פרנסיסקו הייתה בעיה אישית נגד אלבוקרקי, שכן אלבוקרקי הוקצה לפקד על אזור חוף ערב כדי למנוע שייט מוסלמי לעבר ים סוף או ממנו. עם זאת, לאלמיידה הייתה כוונה להשמיד את הצי המוסלמי באופן אישי כנקמה על מות בנו, מה שהפך לסוגיה כל כך אישית, עד שהוא סירב לאפשר ליורשו המיועד להיכנס לתפקיד. בכך, המשנה למלך מרד באופן רשמי נגד סמכות המלוכה בפורטוגל, והוא שלט בהודו הפורטוגזית במשך שנה נוספת. ב-9 בדצמבר יצא הצי הפורטוגלי לדיו.
הארמדה של הודו.
לראשונה עברו הפורטוגזים מקוצ'ין לקליקוט, בתקווה ליירט את צי הזמורין, אך הוא כבר עזב לדיו. הארמדה עגנה בבטיקה, כדי לכפות סכסוך בין מאלקה לטימוג'ה שליט הודי מקומי בעל ברית של הפורטוגזים. שם נפגשו הפורטוגזים עם טימוג'ה עצמו, שהודיע לאלמיידה על תנועות האויב. כשהם שם, האוניות הפורטוגזיות הרסו את הצי ששייך לזמורין של קליקוט.
דאבול.
מאנגדיבה הפליגו הפורטוגזים לעיר הנמל דאבול, שהייתה מבוצרת, ועיר חשובה השייכת לסולטנות של ביז'פור. קברניט "סאו מיגל", פאיו דה סוזה, החליט לבדוק את הנמל ולפלוש לחוף, אך הוא עלה על מארב ונהרג, יחד עם פורטוגזים אחרים. יומיים לאחר מכן הוביל המשנה למלך את כוחות השריון הכבדים שלו לחוף וקטל את חיל המצב שהוצב על שפת הנהר. העיר דאבול שילמה ביוקר את מעשה ההתגרות, לפי הוראות המשנה למלך פורטוגל, העיר נהרסה. כולל היישובים שסביב לנהר וכמעט כל התושבים נהרגו, יחד עם הבקר ואפילו כלבים תועים כנקמה.
סעול ובומבי.
מדאבול הפליגו הפורטוגזים לסעול, שם הורה דום פרנסיסקו למושל העיירה להכין מחווה שתאסף עם שובו מהקרב בדיו. כשהם עברו בסמוך לבומבי, מצאו את העיירה נטושה.
בבומבי קיבל דום פרנסיסקו מכתב ממאליק אייאז. ללא ספק הוא היה מודע לסכנה העומדת בפני עירו, הוא כתב מכתב לפייס את המשנה למלך, וקבע כי יש לו כמה שבויים, וסיפר כמה בנו נלחם באומץ, והוסיף גם מכתב מהאסירים הפורטוגזים שאישרו כי טופלו היטב.המשנה למלך ענה למאליק אייאז במכתב מנומס אך מאיים, ובו ציין את כוונתו לנקום, שעדיף שיצטרף לכל הכוחות ויתכונן למלחמה או שהוא ישמיד את העיר דיו.
קשיים בצד המוסלמי.
בעשרת החודשים שבין קרב סעול וקרב דיו התרחשו התפתחויות חשובות בצד המוסלמי. חוסיין ניצל את ההזדמנות לטפל בספינותיו וחיזק אותן, עם עוד 300 איש. עם זאת, היחסים בין חוסיין לאייאז החמירו, כאשר גילה חוסיין את שפלותו של אייאז, שהשתלט על האסירים הפורטוגזים בסעול - שכנראה חוסיין התכוון להעבירם לקהיר. הוא לא הצליח לשלם לחייליו, ונאלץ למשכן לאייאז את כלי הארטילריה שלו. יש להניח שרק התקווה לכוחות חיזוק או הפחד מתגובת הסולטאן מנעו ממנו לחזור למצרים.
בשלב זה, אם מאליק אייאז היה מסייע לאמיר חוסיין, הוא היה מסכן את עירו ואת חייו. אם היה בוחר להפיל את חוסיין, הסולטן עשוי היה לערוף את ראשו של אייאז. אם חוסיין היה נשאר במקומו, הוא היה מסתכן בהשמדה ואם היה נסוג, הוא הסתכן בהוצאה להורג על ידי הסולטן של מצרים. במצב מסובך זה, הם התמודדו עם הכוחות הפורטוגלים.
קרב דיו.
הצי הפורטוגזי כלל 17 אוניות מלחמה בגדלים שונים, 800 חיילים פורטוגזים שאליהם צורפו עוד כ 400 חיילים זרים. מולם עמד הצי המוסלמי שכלל 46 אוניות בגדלים שונים, ועוד כמה עשרות סירות מלחמה. השתתפו בקרב 450 חיילים ממלוכים, ועוד כ 4000 חיילים מוסלמים הודים.
ב-2 בפברואר התקרבו הפורטוגזים לעיר דיו. כשהם התקרבו, עזב מאליק אייאז את העיר והשאיר את הפיקוד הכללי לחוסיין. הוא הורה לספינות המשוטים להטריד את הצי הפורטוגזי לפני שהם יספיקו להתאושש מהמסע. עם זאת המוסלמים לא עברו מעבר לטווח התותח של המבצר. עם ירידת הלילה נסוג הצי המוסלמי לתעלות המים בתוך הנמל, בעוד שהמשנה למלך הזעיק את כל קברניטיו להחליט על דרך הפעולה.
כשעלה הבוקר יכלו הפורטוגזים לראות שהמוסלמים החליטו לנצל את נמל דיו המוגן על ידי מבצרו, והציבו את ספינותיהם קרוב לחוף לחכות למתקפה הפורטוגזית, ובכך ויתרו על היוזמה. הכוחות הפורטוגזים היו אמורים להיות מחולקים לארבעה: קבוצה אחת שתעלה על הספינות של הממלוכים לאחר הפגזה ראשונית, קבוצה אחרת תתקוף את הריכוזים הממלוכים הנייחים מהאגף, ו'קבוצת הפגזה' שתתמוך בשאר הצי. ספינת הדגל עצמה, לא תשתתף בתוך הקרב, אלא תמקם את עצמה במצב נוח לתמוך בכוח האש העצום שלה.
מפקדי הקרב הספרדים עברו בין האוניות והסבירו את הסיבות שבגללן הם חיפשו את האויב, ואת התגמולים שיינתנו במקרה של ניצחון: תואר אבירות לכל החיילים, תוארי אצולה לאבירים, פושעים יזכו לחנינה ועבדים ישוחררו תוך שנה.
מהלך הקרב.
שהרוח שינתה כיוון בסביבות השעה 11:00 לפני הצהריים, הונף הדגל המלכותית מעל אוניית הדגל "פלור דו מאר" שירתה ירייה אחת שסימלה את תחילת הקרב. הפורטוגזים החלו את הקרב, כאשר הספינה "סאו מיגל" פרצה בראש לעבר התעלה. הפרטוגזים הפגיזו בגובה נמוך, ישירות מעל המים ופגעו בספינות המוסלמיות.
כאשר אוניות המלחמה משני הצדדים התנגשו, ספינת הדגל של חוסיין התמודדה מול הקרוול "סנטו אספריטו". קבוצת חיילים בפיקודו של רוי פררה הסתערה לעבר אוניית האויב, והצליחה להשתלט על מרכז האונייה. עוד לפני שהשתלטו על ספינת הדגל, הגיעה לעזרה אונייה ממלוכית נוספת, ותקפה את "סנטו אספריטו" מהצד הנגדי. חוסיין חיזק את כוחותיו עם מספר רב של חיילים מגוג'ראט, שהוצבו בכל הספינות. רוי פריירה נהרג, אך ברגע מכריע זה, ספינת "הריי גרנדה" נגחה שוב את ספינת הדגל של חוסיין, הסתערה עליה, מה ששינה את הכף לטובת הפורטוגזים.