שבועיים לאחר נאומו של מוסווני חצו כוחות של ה-LRA את הגבול לסודאן, בעידוד הממשלה המקומית, והחלו להקים בה בסיסים. הסיבה לכך שסודאן, מדינה ערבית-מוסלמית, תמכה בתנועה נוצרית-דתית, נעוצה בכך שממשלת אוגנדה תמכה בארגון ה-SPLA ("צבא השחרור העממי של סודאן"), שפעל בדרום סודאן. מלבד הנוחות שבבסיסים המוגנים מפני הצבא האוגנדי, נהנה ה-LRA גם מאספקת תחמושת, מוקשים וציוד מממשלת סודאן. בתמורה, נלחם ה-LRA גם נגד ה-SPLA, לעיתים בשיתוף פעולה עם צבא סודאן.
קוני, שהיה משוכנע בשלב זה שבני האצ'ולי משתפים פעולה עם הממשלה, החל לנקוט טקטיקה חדשה, במסגרתה הפנה את מרצו להתקפות ישירות על אזרחים בצפון אוגנדה. ילדים רבים נחטפו וגויסו בכפייה ל-LRA. תפיסתו הייתה שילדים יהיו נוחים יותר לסור למרותו. הוא אף מצא לכך הצדקה מוסרית - מאחר שהוכח כי לא ניתן לבטוח בבני האצ'ולי הבוגרים, יש לטהר אותם וליצור חברה חדשה המבוססת על הילדים. ההתקפות על מטרות אזרחיות נועדו גם לטהר את האזור מאוכלוסייה אזרחית, ובכך להבטיח שתנועות ה-LRA בשטח לא יתגלו. בנוסף, סבר קוני כי באמצעות ההתקפות ישכנע את התושבים בכך שהממשלה לא מגנה עליהם, ובכך יעורר את חמתם עליה. עם זאת, הדבר לא תורגם לתמיכה ב-LRA.
בכמה מקרים הגיעו ממדי הפעולות של ה-LRA לכדי טבח. ב-22 באפריל 1995 נהרגו בין 170 ל-220 אזרחים בהתקפה באָטִיאָק, מבלי שצבא אוגנדה נחלץ לעזרת התושבים. ב-8 במרץ 1996 הותקפה שיירה של 20 כלי רכב, שלוותה בכוח של 14 חיילים. בין 50 ל-110 אזרחים נהרגו, חלקם לאחר שסירבו לצאת מהאוטובוסים, אליהם הושלכו מטעני חבלה. ביוני אותה שנה תקף ה-LRA כפר של פליטים סודאנים שניהלה נציבות האו"ם לפליטים, בצפון קיטגום. כ-100 פליטים נהרגו במתקפה זו. בין ה-7 ל-12 בינואר 1997 טבחו אנשי ה-LRA בתושבי הנפות לוֹקוּנְג ופָּלָאבֶּק. 412 אזרחים נהרגו בטבח, רבים מהם הוכו למוות.
אחת ההתקפות הידועות של ה-LRA באותה תקופה הייתה ההתקפה על פנימיית סנט מרי באָבּוֹקֶה. בליל ה-10 באוקטובר 1996, פשטו 200 מאנשי ה-LRA על הפנימייה, על מנת לגייס את תלמידותיו. 139 תלמידות בנות 13 עד 16 נשבו. עד שעות הבוקר ניהלה סגנית המנהלת משא ומתן עם ה-LRA, בסיומו שוחררו 109 מהנערות. מתוך שלושים החטופות, חמש מתו בשבי, ורוב הנותרות הצליחו לברוח במהלך 10 השנים הבאות.
גם כמה מפעולותיה של הממשלה באותה העת היו שנויות במחלוקת. ב-31 באוגוסט 1995 נורו למוות 13 אזרחים במהלך התקפה של הצבא על אנשי LRA בלוקונג, חלקם כאשר היו כפותים. הממשלה טענה כי מותם של האזרחים היה תאונה. במקרה אחר, ב-16 באוגוסט 1996, המון זועם הכה למוות ארבעה חשודים בהשתייכות ל-LRA, בעת שהיו בידי הצבא האוגנדי. לפי עדויות מקומיות, הארבעה הועברו להמון במכוון על ידי קציני הצבא.
צמצום פעילות ה-LRA.
לקראת סוף שנות ה-90 אירעו מספר התפתחויות שהביאו לשינויי מגמות.
אנשי האצ'ולי החלו להכיר בכך שלא יהיה פתרון צבאי לסכסוך, וכי יש להגיע לכדי משא ומתן מדיני. אחד הגורמים לכך היה תחושתם כי קורבנותיהם של שני הצדדים הם ילדים חפים מפשע - ה-LRA גייס אותם בכפייה, וכלוחמים בו, הפכו למטרה של הצבא.
התפתחות שנייה חלה בסודאן, שממשלתה הגמישה את מדיניותה כלפי ה-SPLA. הדבר נבע משני טעמים עיקריים: הצבא הצליח להשתלט על שדות נפט שהיו עד אז בשליטת ה-SPLA, והממשלה הייתה מעוניינת בשמירת השקט, על מנת להבטיח יציבות בייצוא הנפט. סיבה שנייה נעוצה בלחץ שהפעילה ממשלת ארצות הברית על ממשלת סודאן בעקבות הפיגועים שביצע אל-קאעידה בשגרירויות ארצות הברית בדאר א-סלאם ובניירובי ב-1998, ושעקבותיהם הוליכו לסודאן. כתוצאה מהפחתת מאמצי הלחימה ב-SPLA, צמצמה ממשלת סודאן גם את תמיכתה ב-LRA. במקביל, החל מ-1999 יזם מרכז קארטר משא ומתן בין ממשלות אוגנדה וסודאן, שהביא לחידוש היחסים הדיפלומטיים בין המדינות ב-2001.
בשנת 2000 חוקק הפרלמנט האוגנדי את חוק החנינה הכללית. לפי הוראות החוק, מורד שיניח את נשקו ויסגיר עצמו לוועדת החנינות שהוקמה לשם כך, יזכה לחנינה. אף שהחוק לא שם קץ ללוחמה, בכמה מהאזורים באוגנדה הושב השקט.
כמה מיחידות ה-LRA יצרו באופן מפתיע קשר עם נציגי הממשלה ביוני 2001, במטרה לנהל משא ומתן. הצבא הקים אזור מפורז לשם ניהול השיחות. בסופו של דבר, שבו אנשי ה-LRA לסודאן ללא תוצאות.
לפיגועי 11 בספטמבר היו השלכות גם על הלחימה באוגנדה. לאחר הפיגועים נשמעו טענות כלפי סודאן, שכן העניקה לאוסאמה בן לאדן מקלט במהלך שנות ה-90. ב-5 בדצמבר 2001 הכריזה מחלקת המדינה של ארצות הברית על ה-LRA כארגון טרור. וממשלת סודאן, שרצתה להיראות כמי שמשתפת פעולה עם המאבק העולמי בטרור, הודיעה על הפסקת הסיוע לארגון. עם זאת, בסיסי ה-LRA בסודאן לא פורקו.
כתוצאה מהפסקת הסיוע הסודאני, פחתו התקפות ה-LRA בצפון אוגנדה, ותושבים רבים החלו לשוב לבתיהם.
מבצע "אגרוף הברזל".
במרץ 2002 יצא צבא אוגנדה במתקפה על בסיסי ה-LRA בדרום סודאן במבצע שכונה "אגרוף הברזל". המבצע תואם עם ממשלת סודאן, שנתנה את הסכמתה לכניסת הצבא לשטחה, עד לכביש המחבר בין ג'ובה לטוֹריט. ההסכם בין המדינות כלל גם את הסכמתה של אוגנדה להסיג את כוחותיה מהרפובליקה הדמוקרטית של קונגו.
המבצע הסתיים בכישלון. בתקופה בה הסתייע ה-LRA בממשלת סודאן, הוא הספיק להצטייד בתחמושת ובאספקה, שאפשרו לו להתגונן מפני הצבא. הצבא גם לא הצליח לחסל את כל בסיסי ה-LRA. בעקבות המבצע, חידש ה-LRA את התקפותיו באוגנדה, ואף הרחיב אותן לאזורים חדשים, שבהם לא שהה קודם לכן.
במהלך 2003 היה ניסיון של LRA לכבוש את העיר סורוטי, באזור התרחשו קרבות אך בסופו של דבר הצבא הצליח להביס את התוקפים.
ניסיונות לחידוש המשא ומתן.
במהלך 2003 נכשלו מספר ניסיונות לחידוש המשא ומתן. הסיבה העיקרית לכישלון הייתה אי האמון ששרר בין הצדדים. הממשלה סברה שה-LRA מגלה עניין במשא ומתן רק כאשר הוא מעוניין להרוויח זמן, מה גם שהארגון התקשה להגדיר את יעדיו במשא ומתן. ה-LRA, מצידו, לא האמין שהממשלה מתכוונת לכבד הסכמות, בהתבסס על מספר מקרים שבהם יחידות שונות של הצבא תקפו את כוחותיו במהלך הפסקות אש.
באותה שנה החלה הממשלה להקים מיליציות, בדומה להקמת "קבוצות החץ" בשנות ה-90, לאחר שהפיקה לקחים מאותו הפיאסקו - לתושבים חולקו רובים במקום חצים וקשתות. יש הסבורים שלהפצת נשק חם באזור תהיה השפעה שלילית בטווח הרחוק.
בדצמבר פנה הנשיא מוסווני לבית הדין הפלילי הבינלאומי בהאג, בבקשה לחקור פשעי מלחמה שביצע ה-LRA. החקירה החלה בינואר 2004. עד מהרה נוכח מוסווני כי הרשעה אפשרית של קוני ואנשיו עלולה להכשיל את המאמצים להגיע להסדר שלום כולל, והחל לחפש דרכים למשוך את פנייתו לבית הדין. ארגון אמנסטי מתח עליו ביקורת בשל כך.
ב-21 בפברואר 2004 תקף ה-LRA את מחנה הפליטים בָּארְלוֹנְיוֹ שבמחוז לירה, דרומית לאזורים שהדרך כלל תקף. בהתקפה נהרגו 200 אזרחים. בתוך ימים ספורים פרצו בבירת המחוז, לירה טאון, הפגנות מחאה כנגד אוזלת ידה של הממשלה בכל הנוגע לדיכוי ה-LRA. במהלך ההפגנות נהרגו תשעה אזרחים נוספים.
בהמשך השנה הגבירה ממשלת אוגנדה את הלחץ הצבאי על ה-LRA, וכתוצאה מכך פחתו פעולותיו. ב-15 בנובמבר הכריזה הממשלה על הפסקת אש חד צדדית, במהלכה הציעה את חידוש המשא ומתן. מוסווני נקט צעד זה לאחר גישושים דומים מצד בכירים ב-LRA בחודשים הקודמים. עם זאת, גם הפעם עלה המשא ומתן על שרטון. ב-11 בדצמבר נהרגו שבעה אזרחים סודאנים בהתקפה של אנשי LRA, שככל הנראה פעלו על דעת עצמם. בהמשך החודש הודיעה הממשלה כי תקפה כוח בפיקודו של ג'וזף קוני עצמו בצפון המדינה. בעקבות אירועים אלה, שב ועלה אל פני השטח אי האמון בין הצדדים, וב-31 בדצמבר הסתיימה הפסקת האש.
כניעה חלקית.
ב-3 בפברואר 2005 שוב הכריז מוסווני על הפסקת אש, לתקופה של 18 ימים. המשא ומתן שוב הסתיים ללא תוצאות, אך הפעם מסיבה שונה - ב-7 בפברואר הודיע נציג ה-LRA למשא ומתן, סאם קולו, על כניעתו.
ב-8 בפברואר הוציא בית הדין הבינלאומי הפלילי בהאג 12 צווי מעצר, לראשונה בתולדותיו, נגד בכירי ה-LRA. דובר בית הדין לא שלל את האפשרות שייחקרו גם פשעי מלחמה מצד הצבא, אך ציין כי "פשעי ה-LRA חמורים בהרבה". ביגומבה דרשה מבית הדין שלא יממש את הצווים, והודיעה כי הממשלה תזנח לחלוטין את הנתיב המדיני אם לא תֵענה דרישתה. בהיעדר משטרה משל עצמו, התקשה בית הדין לאכוף את צווי המעצר, וב-2 ביוני 2006 נענה האינטרפול לבקשתו, והוציא צווי מעצר שהופצו ב-184 מדינות.
במהלך חודש מרץ המשיכו כמה מפעילי ה-LRA לתקוף מטרות אזרחיות, במהלכן נהרגו 12 אזרחים ונחטפו 50. חלק מההתקפות בוצעו לאחר הצהרות של הממשלה בדבר כניעתו המוחלטת של ה-LRA.
ה-LRA בקונגו.
הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו, מדינה ענקית השוכנת מערבית לאוגנדה, נמצאת במצב של אי-סדר, לאחר תקופה ארוכה של מלחמות אזרחים, ומידת השליטה של ממשלתה בנעשה בשטחה מוגבלת. אנשי ה-LRA ביקשו לנצל מצב זה ולהפכה לכר לפעולותיהם. כארבעים פעילים של ה-LRA, בהנהגתו של וינסנט אוטי, חצו בספטמבר 2005 את הגבול מסודאן לקונגו, באזור הפארק הלאומי גרמבה. שתי קבוצות נוספות עשו את דרכן לקונגו בהמשך החודש, אחת מהן כללה, על פי הערכות, את קוני. בתוך זמן קצר נפגשו אנשי ה-LRA עם נציגי האו"ם וצבא קונגו, שהודיעו להם כי עליהם להתפרק מנשקם כתנאי מוקדם לשיחות ביניהם. מוסווני הודיע לממשלת קונגו שעליה לפרק את אנשי ה-LRA בשטחה מנשקם, ושאם לא תעשה כן, יפלוש צבא אוגנדה לקונגו ויעשה זאת בעצמו. צבאותיהן של שתי המדינות נפרסו לאורך הגבול. בין שתי המדינות שררה גם כך עוינות, מאז מלחמת קונגו השנייה.