קבוצות הסרייה א' האיטלקית העפילו לשבעה גמרים רצופים, אך ניצחו רק ב-2. בגמר של 1992, שנערך בוומבלי, גברה ברצלונה של המאמן יוהאן קרויף על סמפדוריה משער של רונאלד קומאן בהארכה, אחרי 0:0 בסיום 90 דקות.
לפני עונת 1992/1993 שונה שם המפעל ל"ליגת האלופות". מרסיי ניצחה בגמר של 1993 את מילאן, בתוצאה של 1:0, אך הושעתה מהמפעל בשנה שלאחר מכן לאור שערוריית שחיתות, כיוון שאליפות צרפת נשללה ממנה לאחר שהתברר כי טאפי ביצע עבירות בספרי החשבונות שלה. מרסיי היא הקבוצה הצרפתית היחידה (נכון ל-2017) שזכתה בטורניר.
ב-1994 גברה מילאן על ברצלונה בתוצאה 4 - 0, וזאת אף על פי שלפני המשחק נחשבה כבעלת סיכויים נמוכים לנצח בגלל היעדרם של שחקני מפתח בהגנה. מרסל דסאי, מגן מילאן, שיחק במרסיי כשזו גברה על הקבוצה האיטלקית ובכך קבע שני תקדימים: הוא היה השחקן הראשון שזוכה בתואר במשך שנתיים רצופות עם שתי קבוצות שונות, והוא היה גם השחקן הראשון שמנצח עם קבוצה אחת, עובר לקבוצה השנייה ואז מנצח גם איתה.
מילאן העפילה גם לגמר שלישי ברציפות ב-1995, אך הפסידה בתוצאה 0 - 1 לאייאקס אמסטרדם ששיחקה עם החלוץ בן ה-19 פטריק קלייברט. היה זה הניצחון הראשון של הקבוצה ההולנדית מאז 1973, אז ניצחה בשלושה גמרים ברציפות, וחלק משמעותי מהסגל שהוביל את אייאקס לניצחון בגמר שיחק גם במדי נבחרת הולנד. אייאקס העפילה גם לגמר של 1996, אך הפסידה ליובנטוס בדו-קרב פנדלים אחרי 1:1 בסיום 90 דקות.
לאחר קבלת חוק בוסמן.
בתקופה זו נאלץ עולם הכדורגל להסתגל לשינויים הרדיקליים שנכנסו לתוקף בגלל חוק בוסמן, שלפיו שחקנים לאחר תום חוזה רשאים לעבור לקבוצות אחרות ללא צורך לשלם סכום העברה תמורת כרטיס השחקן שלהם. המשמעות המרכזית של החוק עבור קבוצות ליגת האלופות הייתה ביטול מכסת השחקנים הזרים ממדינות האיחוד האירופי, כיוון שהם לא נחשבו יותר לזרים ויכלו לשחק בחופשיות בכל אחת ממדינות האיחוד.
בורוסיה דורטמונד תחת אימונו של המאמן אוטמר היצפלד זכתה בגביע היחיד בתולדותיה ב-1997 לאחר שניצחה את מנצ'סטר יונייטד בחצי הגמר ואת האלופה המכהנת יובנטוס בגמר בתוצאה של 3:1, וזאת אף על פי שנחשבה כבעלת סיכויים נמוכים לנצח בגמר.
כעבור שנה החליטה אופ"א לאפשר גם לקבוצות שסיימו במקום השני בליגה שלהן להתחרות בטורניר. הבסיס להחלטה זו היה הרצון לכלול קבוצות בכירות נוספות ובכך להגביר את הפופולריות של הטורניר. למרות השינוי הייתה זו ריאל מדריד, אלופת ספרד, שזכתה בגביע ראשון מאז 1966 לאחר שניצחה את יובנטוס שהעפילה לגמר שלישי ברציפות.
עונת 1998/1999 זכורה בתור עונת ה"טרבל" של מנצ'סטר יונייטד. יונייטד סיימה ללא הפסד את משחקי הבית המוקדם שכלל את ברצלונה ובאיירן מינכן, ואז הדיחה את האיטלקיות אינטר ויובנטוס. לפני הגמר זכתה היונייטד באליפות הפרמייר ליג ובגביע ה-FA. הקפטן רוי קין היה מושעה מהגמר, והחליף אותו השוער הדני פטר שמייכל ששיחק את משחקו האחרון בקבוצה.
באיירן מינכן, יריבת היונייטד, הייתה מועמדת גם כן לזכייה בטרבל והצליחה להוביל במשחק כבר לאחר שש דקות בעקבות שער של מריו באסלר. נראה היה כי באיירן תנצח במשחק, וכאשר השופט פיירלואיג'י קולינה הורה על תוספת זמן של שלוש דקות כל השחקנים (כולל שמייכל) נעו לעבר רחבת העונשין של באיירן לפני שדייוויד בקהאם בעט את בעיטת הקרן. מהלך זה הוכיח את עצמו לאחר שהמחליף טדי שרינגהאם הצליח להבקיע את שער השוויון. כדקה לאחר מכן בעט בקהאם קרן נוספת, שבאמצעותה בישל שרינגהאם את שער הניצחון לאולה גונאר סולשייר הנורווגי. אלכס פרגוסון, מאמן היונייטד, אמר בראיון שלאחר המשחק "כדורגל, לעזאזל", בציטוט שמסמל את אותו הגמר. הייתה זו זכייתה הראשונה של יונייטד מאז 1968, והראשונה של קבוצה אנגלית מאז ליברפול ב-1984.
שנות ה-2000.
בעונת 1999/2000 הוכנסו הקלות חדשות בתנאי הכניסה לליגת האלופות, כאשר שלוש הליגות הראשונות בדירוג אופ"א (לה ליגה הספרדית, סרייה א' האיטלקית והבונדסליגה הגרמנית) שלחו ארבע נציגות כל אחת, ואילו שלוש הבאות בדירוג (הפרמייר ליג האנגלית, ליגה 1 הצרפתית וליגת העל ההולנדית) שלחו שלוש נציגות כל אחת.
בעונה זו חזרו הקבוצות הספרדיות לשלבים המתקדמים של הטורניר. לליגה הספרדית היו שלוש נציגות בחצי הגמר (ריאל מדריד, ברצלונה וולנסיה). הגמר בין ריאל מדריד לוולנסיה היה הראשון בהיסטוריה של הטורניר שבו שיחקו שתי קבוצות מאותה מדינה. בדרך לגמר הדיחה ריאל את האלופה מנצ'סטר יונייטד ברבע הגמר ואת סגניתה באיירן מינכן בחצי הגמר. בגמר עצמו ניצחה ריאל בתוצאה 3 - 0.
ולנסיה העפילה לגמר שני ברציפות והפסידה גם בו, הפעם לבאיירן מינכן שהדיחה את האלופה ריאל מדריד בחצי הגמר. המשחק הסתיים בתיקו 1 - 1, ודו-קרב הפנדלים בתוצאה 5 - 4 לטובת הגרמנים. בזכות הניצחון היה אוטמאר היצפלד מבאיירן למאמן הראשון שזוכה בטורניר עם שתי קבוצות, לאחר שב-1997 עשה זאת עם בורוסיה דורטמונד.
ריאל התמודדה בגמר של 2002 מול באייר לברקוזן, שהייתה הקבוצה הראשונה שמעפילה לגמר מבלי לזכות קודם לכן באליפות מקומית. הנהלת ריאל הנהיגה באותה תקופה מדיניות של החתמת כוכב כדורגל ("גלקטיקו") בכל שנה, ובאותה עונה היה זה זינדין זידאן שעבר לשורותיה תמורת 71 מיליון לירות שטרלינג. זידאן הגשים את הציפיות שתלו בו והוביל את ריאל לניצחון 2 - 1 ולזכייה תשיעית בתואר, לאחר ניצחון בחצי הגמר על ברצלונה. ספרד שוב נהנתה מדומיננטיות בחצי הגמר בפעם השלישית ברציפות, וזכייתה של ריאל הייתה השלישית בתוך חמש עונות.
הקבוצות האיטלקיות שבו לשלבים המתקדמים של הטורניר בעונה שלאחר מכן, וזאת ששפל המדרגה מבחינתן היה אפס נציגות ברבע הגמר של 2002. בגמר של 2003, שנערך באולד טראפורד במנצ'סטר, גברה מילאן על יובנטוס בתוצאה 3 - 2 בדו-קרב פנדלים, לאחר 0 - 0 בתום תשעים הדקות. ניצחון זה היה סמלי עבור הקפטן המנצח פאולו מלדיני, שהניף את הגביע 40 שנים בדיוק לאחר שאביו צ'זארה הניף את הגביע בלונדון. קלארנס סיידורף זכה בטורניר בפעם השלישית, לאחר שקודם לכן עשה זאת עם אייאקס (1995) וריאל מדריד (1998).
בגמר של 2004 גברה פורטו על מונקו בתוצאה 3 - 0. שתי הקבוצות לא היו מועמדות כלל להעפלה לגמר, ובדרך הצליחו להדיח את מנצ'סטר יונייטד, ריאל מדריד וצ'לסי. עונה אחת לפני הזכייה הצליחה פורטו לזכות בגביע אופ"א. הרוסי דמיטרי אלניצ'ב היה לשחקן השלישי (מלבד רונאלד קומאן ורונאלדו) שהבקיע בשני גמרים אירופיים שונים ברציפות, ואילו ויטור באיה היה לשחקן העשירי שזוכה בכל שלושת התארים האירופיים האפשריים.
ליברפול של המאמן רפא בניטז העפילה לגמר של 2005, לראשונה מאז אסון הייזל ב-1985. יריבתה מילאן העפילה לגמר שני בתוך שלוש שנים. במחצית הראשונה של המשחק הובילה מילאן בתוצאה 3 - 0 משער של מלדיני ושניים של הרנן קרספו, אך במחצית השנייה השוותה ליברפול משערים של סטיבן ג'רארד, ולדימיר שמיצר וצ'אבי אלונסו, ובכך כפתה הארכה. בזמן ההארכה הציל השוער הפולני דודק שני שערים מרגליו של אנדריי שבצ'נקו, ובדו-קרב הפנדלים שנערך בסיום ההארכה הציל שני פנדלים שבזכותם ניצחה ליברפול. ליברפול סיימה באותה עונה רק במקום החמישי שלא מקנה מקום בטורניר, אך בעקבות פסיקה מיוחדת של אופ"א נקבע כי הזוכה בטורניר תשתתף בו בשנה שלאחר מכן בכל מקרה.
בחצי הגמר של 2006 התמודדו ויאריאל, ארסנל, מילאן וברצלונה. ארסנל גברה על ויאריאל 1 - 0 בהייבורי, ובמשחק הגומלין בספרד הצליחה להשיג תיקו 0 - 0 שבזכותו העפילה לגמר ראשון בתולדותיה. בחצי הגמר השני הדיחה ברצלונה את מילאן. בגמר, שנערך ב-17 במאי בסטאד דה פראנס, הפך ינס להמן מארסנל לשחקן הראשון אי פעם שמורחק בכרטיס אדום לאחר שהכשיל את סמואל אטו מחוץ לרחבת העונשין, אם כי החלטה זו הייתה שנויה במחלוקת כיוון שהוא כבר לא החזיק בכדור ברגליו. למרות זאת הצליחה ארסנל לעלות ליתרון משער של סול קמפבל בדקה ה-37 לאחר הגהת כדור חופשי של תיירי הנרי, והצליחה להחזיק בו לאורך רוב המחצית השנייה. אטו השווה בדקה ה-76 מבישול של המחליף הנריק לארסון. חמש דקות לאחר מכן מסר שוב הנריק לארסון את הכדור לז'וליאנו בלטי, שהכניע את השוער המחליף של ארסנל מנואל אלמוניה והעניק את הניצחון לברצלונה.
ב-23 במאי 2007 נערך משחק הגמר בין ליברפול למילאן, בפעם השנייה בתוך שלוש שנים. מילאן ניצחה בתוצאה 2 - 1 מצמד של פיליפו אינזאגי, וליברפול הצליחה רק לצמק בדקה ה-89 משער של דירק קויט. בדרך לגמר הדיחה ליברפול את איינדהובן ברבע הגמר ואת צ'לסי בחצי הגמר. מילאן הדיחה ברבע הגמר את באיירן מינכן, ובחצי הגמר את מנצ'סטר יונייטד (עם הפסד באולד טראפורד 3:2 כשבדקה ה-5 פיגרה 1:0 משער עצמי של שוערה של מילאן דידה ואחר כך הובילה 2:1 מצמד של קאקא (22, 37) ואז צמד של וויין רוני (68, 89) קבע את תוצאת המשחק, אך מילאן החזירה עם 3:0 ענק בסן סירו) שנחשבה אז כמועמדת המובילה לזכייה בתואר.