לאחר הקמת מדינת ישראל מערכת החינוך עברה מאחריות הוועד הלאומי לאחריות הממשלה הזמנית. בשנת 1949 נחקק חוק לימוד חובה לפיו כל ילד מגיל 5 ועד גיל 13 מחויב ללמוד במוסד חינוך רשמי מתוך ארבעת הזרמים. בשלב זה המפלגות לא הגיעו עוד להסכמה לגבי הקמת בית ספר אחיד לכל ילדי ישראל. התומכים בכך היו מפא"י לצד מפלגות הימין והציונים הכלליים, המתנגדים היו מצד אחד המפלגות הדתיות והחרדיות אשר חששו מאופיו החילוני של בית הספר האחיד ומהצד השני מפלגות השמאל אשר חששו מפגיעה בפגיעה בערכי העבודה. במקביל, מכיוון שחוק לימודי החובה לא חל על ילדי מחנות העולים, ילדי העולים התחנכו על ידי הסוכנות היהודית אשר הקימה רשת לחינוך אחיד, מה שהוביל לביקורת על כפייה אנטי-דתית מצד העולים מתימן ומינוי ועדת פרומקין. המשבר שנוצר בעקבות הוויכוחים על סמכות המפלגות הדתיות על החינוך הביאה להתפטרותו של בן-גוריון מראשות הממשלה ונפילת ממשלת ישראל השנייה.
ב-12 באוגוסט 1953 נחקק חוק חינוך ממלכתי אשר למעשה איחד רק את זרם הכללי וזרם העובדים. זרם המזרחי התמסד והפך לחינוך הממלכתי דתי. הזרם של אגודת ישראל נשאר אוטונומי וזאת בשל הסכם מכתב הסטטוס קוו והוכר כחינוך העצמאי של הציבור החרדי.
מאחורי החוק עמדה תפיסת הממלכתיות ותפיסת כור ההיתוך שהנהיג בן-גוריון בהקמת המדינה.
מימון החינוך היסודי והעל יסודי בישראל.
מימון החינוך היסודי והעל יסודי בישראל מורכב מארבעה מקורות:
ההוצאה הלאומית בישראל על חינוך גדלה ברבות השנים. בראשית שנות ה-70 עמדה ההוצאה על כ-7.4-7.7% מהתל"ג ובסוף שנות ה-70 היא הגיעה לכ-8.5%. בתחילת שנות ה-80, בעקבות המצב הכלכלי ירדה ההוצאה לכ-8%, אולם בסוף שנות ה-80 שבה ההוצאה ועלתה למעל 8.5% מהתל"ג. בשנים 1995–1996 הייתה עליה גדולה בהוצאה לחינוך והוא עלה בסוף שנות ה-90 למעל 9% מהתמ"ג. בהמשך שנות ה-2000 ירד אחוז ההוצאה על חינוך לכ-8.1%. אחוז ההוצאה הלאומית על חינוך גבוה במדינה יחסית למדינות OECD. לעומת זאת, ההוצאה לכל תלמיד נמוכה בהשוואה למדינות ה-OECD, בגלל השיעור הגבוה של צעירים במדינת ישראל. בשנת 2013 היה חלקה של הממשלה במימון החינוך 71% ואת היתרה 29% סיפקו משקי הבית ותרומות. חלקם של ההורים במימון החינוך גדל בהתמדה משנת 2009 אז עמד חלקו של הציבור במימון על 21.7% בלבד. בעקבות המחאה החברתית בשנת 2011 והמלצות ועדת טרכטנברג הוחלט על בניית גני ילדים ציבוריים לגילאי 3–4 במגמה להקטין את הנטל על משקי הבית אך גם צעד זה לא בלם את העלייה בשיעור המימון הפרטי הגבוה משמעותית מהמקובל במדינות ה-OECD (כ-16% על פי נתוני שנת 2010). במונחי כוח קנייה, ההוצאה השנתית לתלמיד בישראל נמוכה משמעותית מביתר מדינות ה-OECD כך ההוצאה לתלמיד בגן ילדים הייתה 3,910 דולר בשנת 2010, לעומת ממוצע ה–OECD שהיה 6,762 דולר. בחינוך היסודי ההוצאה לתלמיד עמדה על כ-5,800 דולר לעומת ממוצע OECD של כ 8,000 דולרים.
מימון ישיר ממשרד החינוך.
לאורך השנים תקציב משרד החינוך היה השני בגודלו בישראל (אחרי משרד הביטחון), אך בתקציב הדו-שנתי לשנים 2016–2017 הפך משרד החינוך למשרד עם התקציב הגבוה ביותר במדינת ישראל. בשנת 2017 עמד תקציב מימון החינוך היסודי והתיכון בישראל על סך כ כ-57 מיליארד ש"ח (כולל תוספות). בשנת 2017 עמד תקציב מימון החינוך היסודי והתיכון בישראל על סך כ כ-60 מיליארד ש"ח (כולל תוספות). בין השנים 2012–2018 גדל תקציב משרד החינוך -ב-52%" ובין השנים 2000–2018 גדל תקציב משרד החינוך ב-163%.
מימון מהרשויות המקומיות.
המימון של הרשויות המקומיות מסכום אותו מוציאה הרשות המקומית מקופתה, וסכום נוסף אותו מעביר משרד החינוך לרשויות המקומיות לצורך זה. בשנת 2014 עמד הסכום אותו הוציאו הרשויות המקומיות מקופתן, על כ-6.5 מיליארד ש"ח.
בניגוד למימון הישיר של משרד החינוך, ייעוד התקציב שמגיע מהרשויות המקומיות נקבע לפי שיקול דעת הרשות המקומית.
תשלומי הורים.
קיימות הערכות שונות באופן מהותי לגבי גובה תשלומי ההורים עבור החינוך היסודי והתיכון בישראל; בדיון שנרך בוועדת החינוך של הכנסת בשנת 2016, העריך משרד החינוך כי גובה תשלומי ההורים עומד על כ-1.6 מיליארד ש"ח בשנה. אך מספר חודשים לאחר מכן דיווחה מנכ"לית משרד החינוך, מיכל כהן, על הערכתה כי הסכום עומד על כ-5 מיליארד ש"ח בשנה. בנוסף, אותה שנה רק כ-70% ממוסדות החינוך דיווחו למשרד החינוך במערכת "אפיק" על תשלומי ההורים שהם גובים.
תרומות.
חלק מהתרומות עבור מוסדות החינוך ניתן בידי פילנתרופים, וחלקו ניתן כתרומה בידי הורים לתלמידים.
למרות ניסיון משרד החינוך לאמוד את סכום כלל התרומות המגיעות למערכת החינוך בישראל, אין עדיין נתונים מהימנים על סך התרומות.
ישנן מוסדות חינוך בהם כברירת מחדל נגבית מההורים מדי חודש 'תרומה' בסכום קצוב, אם כי ההורים רשאים להודיע שאינם מעוניינים לתרום.
הפולמוס בנושא תשלומי הורים.
בישראל מתקיים לאורך השנים פולמוס נרחב בסוגיית תשלומי הורים למוסדות חינוך יסודיים ותיכוניים.
ישנם המתנגדים לחלוטין לגביית תשלום מההורים, מאידך ישנם המתנגדים לאיסור גורף בנושא ותומכים במודלים שונים בהם יתאפשר לגבות תשלום מההורים.
מערכת החינוך במגזר הערבי בישראל.
עוד מראשיתה נאלצה מערכת החינוך הערבית להתמודד עם קשיים חדשים רבים. אחד הניגודים המשמעותיים היה בין האוכלוסייה היהודית, העירונית ברובה, לערביי הארץ, אשר ברובם התגוררו בכפרים אשר לא התקיימו בהם מוסדות לימוד ראויים. בזהות הכפרית של מרבית ערביי ישראל, מצופים הילדים לעזור לפרנסת המשפחה על חשבון לימודיהם. זאת בניגוד לאוכלוסיית היישוב היהודי, בה הונחלה התפיסה התרבותית לפיה הצטיינות בלימודים מבטיחה עתיד טוב יותר. הבדלים אלו מתבטאים בחריפותם בנתונים, לפיהם בשנת 1935, בעוד שיעור התלמידים בבתי הספר בין הגילאים 5–15 בקרב המגזר היהודי עמד על שיעור של 81%, הרי ששיעור התלמידים בגיל זה בקרב המגזר הערבי עמד רק על 20%.
מלחמת העצמאות הביאה לכיבוש רוב ארץ ישראל המנדטורית תחת מדינת ישראל. בתום המלחמה, נסו רבים מתושבי הארץ הערבים לארצות ערב השכנות. אלו שנשארו נאלצו להתמודד עם זעזועי משנה בהם הגירה פנימית רחבה וכן הגירת משכילים ערבים למדינות זרות. מצב זה, וכן התפיסה היהודית אשר רווחה באותה תקופה, לפיה ערביי ארץ ישראל מהווים "אויב בפוטנציה", הובילה את המדינה לקחת תחת חסותה את מערכת החינוך במגזר הערבי. זאת במטרה בין היתר "להכיל את האיום" הנשקף למגזר היהודי. במהלך הממשל הצבאי (1948-1966) מרבית תוכניות הלימודים למגזר הערבי התבססו על תוכניות הלימודים למגזר היהודי, אשר תורגמו לערבית והועברו על ידי מורים מהמגזר הערבי או מורים יהודים שעלו מארצות ערב. חרף הקמת "המועצה לחינוך ערבי" בשנת 1952, אשר מטרתה הרשמית הייתה ייעוץ בשאלה איזה תכנים תרבותיים ערבים ראוי להכניס לתוכנית הלימודים, נדמה כי מדובר היה באפקט תעמולתי גרידא אשר נועד להדגיש את שיתוף הפעולה הערבי בקביעת תוכני הלימוד במגזר. בניגוד לחינוך היהודי, תוכניות הלימודים בחינוך הערבי ביקשו לנטרל את הפן הלאומי מתוכן הלימודים. הם התמקדו בלימוד פרטים טכניים ובלימודי תרבות אירופה, תוך התעלמות מערכי היסוד התרבותיים הקשורים לחברה הערבית. למעשה, מטרתה המוצהרת של מערכת החינוך הערבית תחת שלטון ישראל לא הייתה לתרום לפיתוח כישוריהם האקדמיים של התלמידים הערביים, אלא לחנכם לערכי שלום וכן לערכים אשר היו מקובלים על ידי האוכלוסייה היהודית. מאפיין נוסף ומשמעותי ביותר במערכת החינוך הערבית באותה התקופה היה הפיקוח ההדוק על תוכני הלימוד ועל העוסקים בהוראה. כאשר חשד כנגד מי מהם בדבר העברת תוכן לימודי "לא ראוי", היה מוביל להעברה מיידית מתפקידם ולסנקציות נוספות, בהתאם לכללי המשטר הצבאי.
ביטולו של המשטר הצבאי בשנת 1966 הוביל מבחינות מסוימות להקלה בקשיים מולה ניצבה מערכת החינוך הערבית. מחד, האוכלוסייה הערבית הישראלית נתפסה כפחות מאיימת על תושבי ישראל היהודים, ועל כן ניתן לה חופש פעולה מוגבר מבעבר, כאשר ביטוי לכך הוא ביטול הצורך באישור ביטחוני כתנאי להסמכת מורים במגזר. מאידך, מלחמת ששת הימים והקשר החדש של ערביי ישראל עם ערביי יהודה ושומרון ושאר מדינות ערב הוביל לראשונה להיווצרותו של מעמד משכילים רחב בחברה הערבית, אשר נוכח לדעת כי חרף השיפור במערכת החינוך הערבית, היא עודנה מפגרת בהרבה לאחר הישגי מערכת החינוך היהודית. כתוצאה מתחושה זו, אשר זכתה להד אף בקרב בכירים במערכת החינוך היהודית, פורסמו בשנת 1975 המלצות ועדת פלד, אשר בהן לראשונה התקיים (באופן הצהרתי) שוויון בהתייחסות לתלמידים הערבים ולתלמידים היהודים. כמו כן לראשונה הוכר הקשר בין ערביי הארץ לשפתם ולתרבותם. ניסיונות נוספים בשנים האחרונות, החל משנות ה-90 ואילך לצמצום הפערים בין המגזרים, כללו בתוכם החלה הדרגתית של חוק חינוך חובה חינם בקרב גילאי 3 ו-4, וכן את תוכנית החומש במערכת החינוך, אשר ביקשה לפעול לקידום ההישגים הלימודיים והחינוכיים של תלמידי מערכת החינוך הערבית והדרוזית, ואשר יישומה החל בשנת 1999.