בשנת 1967, לאחר מלחמת ששת הימים, נרתם השב"ס לעזרתו של צה"ל בכליאת אסירים ביטחוניים ולשם כך הוכשרו בתי כלא נוספים בישראל וביהודה ושומרון. למרות הפעלת בתי הסוהר הביטחוניים על ידי השב"ס, לא הוקצה להם תקציב נוסף לכוח אדם ולכן נאלץ השב"ס לצמצם את כוח האדם במתקנים שבתוך תחומי הקו הירוק ולהעביר סגל רב אל המתקנים שמחוץ לתחומי הקו הירוק. רק בשנת 1968 אושרה הקצאת כוח אדם נוסף של 360 משרות לשב"ס ומרגע האישור החל גיוס דחוף שכלל גם קבלת מועמדים ללא כישורים מתאימים. עקב ריבוי האסירים הביטחוניים, וההתמקדות בבעיות הביטחוניות, נזנחה מדיניות הרווחה והשיקום גם אצל האסירים היהודים.
בשנה 1968 החליט נציב בתי הסוהר אריה ניר להקים בסמוך לכלא נווה תרצה "בית ספר ארצי לסוהרים ולקצינים", ומינה למפקדו הראשון את דב גולדברד. לאחר מותו של ניר נקרא בית הספר על שמו בית הספר עבר לאחר מכן למתחם הקרוב לבסיס מג"ב ב"אייל", בשנת 1994 חזר בית הספר לרמלה, למתחם הצמוד לנציבות שב"ס. בשנת 2017 עבר מתחם "בית הספר לקצינים וסוהרים" למתחם ייעודי גדול ומתקדם שמתאים לצורכי התפתחות וגידול הארגון, מתחם "שערי אברהם" המחודש הסמוך לצומת קסטינה מכיל חדרי לימוד מחודשים, חדרי שינה, מגרשי ספורט, וחדרי לימוד "קרב מגע", וכן מבנה המשמש "מדמה אגף" הבנוי כאגף בבית הסוהר ללימוד מעשי לעבודת הסוהר.
במהלך שנות ה-60 וה-70 ליוו את שב"ס בעיות צפיפות, ותנאי מחיה קשים של האסירים, מה שגרם לאלימות רבה מצד האסירים ולניסיונות בריחה מהכלא. גם בבתי הכלא החדשים נאלצו האסירים לישון על רצפת הכלא ובתנאי צפיפות קשים.
בליל 8 בינואר 1979 ברחו מבית הסוהר המרכזי ברמלה שמונה אסירים. בריחתם עוררה דאגה רבה בשל מסוכנותם של האסירים וגם בשל הקלות שבה ברחו מבית הסוהר השמור ביותר במדינה. בעקבות הבריחה הוקמה ועדת חקירה שמצאה כי חילופים תכופים של קצינים בכירים בכלא, כמו קצין הביטחון וקצין המודיעין, גרמו לירידת המשמעת של האסירים ולליקויים משמעותיים ברמת הביטחון של הכלא. בנוסף, המפקד האחרון שמונה לכלא רמלה קיבל הכשרה לקויה מפאת קוצר הזמן. גם סגל הסוהרים באותה תקופה היה חסר השכלה נאותה ולא עבר קורסים והכשרות המתאימים לתפקידם.
ועדת קנת.
בעקבות המצב הירוד בבתי הכלא קיבלה ממשלת ישראל החלטה על הקמת ועדת חקירה לבדיקת המצב בבתי הסוהר במדינה. הוועדה, בראשותו של השופט מרדכי קנת, מונתה ב-31 בינואר 1979 והגישה את טיוטת הדו"ח הראשון ובו מסקנותיה במאי 1981. הוועדה ערכה ביקורים רבים בבתי הסוהר וסקירה של תקנות בתי הסוהר ושל עדויות שנגבו על ידי הוועדה מבעלי תפקידים בשב"ס. הוועדה התייחסה לליקויים שמצאה בהתנהלות השב"ס, גיוס והכשרה מקצועית, בעיית הצפיפות, זכויות האסירים ועוד. להלן כמה ממצאי הוועדה:
הממשלה אימצה את מסקנות הדו"ח הראשון, אך מרביתן לא יושמו באופן מעשי בשטח. הוועדה לא סיימה את החקירה שלה ומעולם לא הגישה דו"ח סופי, למרות התחייבותה לכך. לפיכך, לא יישמו את מסקנותיה בפועל.
שנות ה-80.
בתחילת שנות ה-80, לאחר פרסום ממצאי ועדת קנת, החלו לשים דגש בשירות בתי הסוהר הן על השכלת האסירים והן על השכלת הסוהרים. מרכז החינוך הראשון הוקם בכלא רמלה בשנת 1984 ולאחר מכן הוקמו מרכזים נוספים בבתי הסוהר השונים. ביוזמתו של הנציב ד"ר מרדכי ורטהיימר ובשיתוף עם משרד החינוך נפתחו כיתות לימוד להשלמת השכלה לסוהרים, שעד לשנת 1980 רק 11% מהם היו בעלי השכלה תיכונית ומעלה. בנוסף הייתה הקפדה על גיוס סוהרים ואנשי סגל בוגרי 12 שנות לימוד והלאה.
לאחר תקופת היד הקשה של חיים לוי, שנות ה-80 התחילו עם שני נציבים ששמו דגש על שיקום וטיפוח האסירים. דוד מימון השיב לשירות מדיניות ששמה דגש על סדר ומשמעת.
בשנת 1987 הוחלט לחלק את השב"ס ל-4 גושים: גוש צפון, גוש מרכז, גוש שרון וגוש דרום כאשר לכל גוש מונה מפקד שכפוף לנציב, באמצע שנות ה-90 נערך שינוי נוסף כאשר חולק הארגון ל-3 מחוזות צפון, מרכז ודרום כאשר גוש שרון נכלל במחוז מרכז, בנוסף הוחלט להוסיף תפקיד חדש בשב"ס - סגן נציב בדרגת גונדר. באותה שנה נחקק חוק שמחליף את המאסר, במקרים מסוימים, בעבודות שירות ובעבודות לתועלת הציבור. חוק זה תרם לירידה בכמות האסירים.
שנות ה-90.
התאפיינו בהתרחבות מתקני הכליאה של שירות בתי הסוהר, התפתחות הגישה השיקומית והקלה בבעיית הצפיפות בבתי הסוהר.
בשנות ה-90 נבנו שני בתי כלא חדשים ומודרניים שפועלים באוריינטציה שיקומית, בית הסוהר צלמון, בית הסוהר חרמון, ובית מעצר הדרים שהוקם מתוך תפיסה חדשנית הדוגלת בהחזקת האסירים על פי חוק כבוד האדם וחירותו.
בית סוהר חרמון, הוא המרכז הטיפולי הגדול בארץ, הבנוי כולו ממחלקות הטיפוליות המתנהלות במתכונת של קהילה טיפולית המונה עד 40 מטופלים.
בעקבות חתימת הסכמי אוסלו נסגרו כמה מבתי הסוהר הביטחוניים שבשטחים וכמה מהם נמסרו לידי הרשות הפלסטינית. כתוצאה מכך השתפרו תנאי האסירים ובעיית הצפיפות, שאפיינה שנים רבות את בתי הכלא בישראל, זכתה להקלה.
בעקבות עתירה לבג"ץ שהוגשה בנושא התייחדות אסירים, ובעצת מומחים מתחום הקרימינולוגיה, החליט שירות בתי הסוהר לאפשר מפגשי התייחדות של אסירים ואסירות, שאינם זכאים לחופשה, עם בני או בנות זוגם בתדירות של אחת לחודש.
לראשונה בשנת 1998 החליט הנציב עמוס עזאני לקבוע מטרות ומדיניות של השב"ס לטווח הארוך. עזאני הסתייע במומחים מהאקדמיה, באנשי הסגל הבכיר ובסוהרים ויחד גיבשו תוכניות עבודה בתחומים של מדיניות כלפי אסירים, מדיניות הארגון ועוד. עמוס עזאני מתאר:
המאה ה-21.
בעקבות האינתיפאדה השנייה שפרצה בשנת 2000 אוכלוסיית האסירים הביטחוניים גדלה בקצב מהיר ואיתה חזרה גם בעיית הצפיפות והמחסור במקומות כליאה. בעקבות כך נפתח מחדש כלא דמון שאכלס שוהים בלתי חוקיים מהרשות הפלסטינית. גם אגפים מסוימים בבתי הכלא, שיועדו לאסירים פליליים, הוכשרו לקלוט אסירים ביטחוניים.
עשור זה מתאפיין גם בבנייה מואצת של בתי סוהר בארץ כאשר חלקם מיועדים לאוכלוסיות מיוחדות.
בשנת 2001 נפתח בית סוהר מג"ן, המיועד לאסירים פגועי נפש וטעוני פיקוח, בו שמים דגש על טיפול מקצועי וחינוך.
בשנת 2003 נפתח כלא אופק לאסירים קטינים עד גיל 18, שעד אז שוכנו באגפים מיוחדים בבית סוהר השרון. בית הסוהר פועל במתכונת טיפולית ושיקומית תוך מתן מענה לצרכים המיוחדים של הנערים הכלואים.
בין השנים 2005–2006: בתי סוהר ביטחוניים, כלא מגידו, כלא קציעות וכלא עופר שהיו בשליטת צה"ל, עברו לידי שירות בתי הסוהר. במקביל הועברו בית מעצר קישון, בית מעצר תל אביב ובית מעצר ירושלים מידיה של משטרת ישראל גם כן לידי שירות בתי הסוהר. שינויים אלו במתקני הכליאה הצבאיים שהחזיקו אסירים ביטחוניים, דרשו גיוס כוח אדם לשירות בתי הסוהר וב-14 בפברואר 2005 התקבל תיקון לחוק שירות ביטחון שמסמיך את שר הביטחון להורות על מעבר של חיילי חובה מצה"ל לשב"ס.
פעולות אלו הפכו את השב"ס לארגון הכליאה הלאומי הבלעדי בישראל.
בשנת 2005 עברה אל מטה שירות בתי הסוהר ברמלה שלוחה של המטה הארצי של משטרת ישראל ששכנה לפני כן בבניין המשטרה הבריטית ביפו.
ב-2 בדצמבר 2010, באסון הכרמל בו שרפת ענק כילתה עשרות אלפי דונמים של יער ואף יישובים בסביבת הר הכרמל, נספו 37 סוהרים אחרי שאוטובוס בו נסעו בדרכם לפינוי כלא דמון נלכד באש והתלקח. רוב ההרוגים היו צוערים בקורס הקצינים של השב"ס. סוהר נוסף נפטר מפצעיו לאחר 9 ימים.
ב-23 בפברואר 2014 בבית הסוהר רימונים ירה האסיר סמואל שיינביין בשלושה סוהרים ולאחר מכן התבצר בתא השירותים. סוהר אחד נפצע קשה ושניים במצב קל. כוחות מיחידת מצדה של השב"ס יחד עם אנשי הימ"מ שפרצו לכלא ירו בו למוות. בוועדת חקירה שהקים שב"ס התברר כי שיינביין ככל הנראה הבריח את הנשק אל תוך הכלא בעת שהיה בחופשה שבוע קודם לכן, בשב"ס נבדק גם מצב שבו היה שיתוף פעולה של שיינביין עם אחד מעובדי בית הסוהר.
באוקטובר 2015 מונתה לראשונה נציבה מתוך הארגון, רב-גונדר עפרה קלינגר.
בינואר 2021 מונתה קטי פרי לנציבת שירות בתי הסוהר. במהלך כהונתה, ב-6 בספטמבר 2021, ארעה הבריחה מבית הסוהר גלבוע.
נתונים.
כלואים.
בשלהי העשור השני של המאה ה-21, מוחזקים בשב"ס כ־65% (10,300) אסירים פליליים מתוכם 45% שפוטים ו-20% עצורים. וכ-35% (5,600) אסירים ביטחוניים, מתוכם 21% שפוטים ו-14% עצורים.
בחלופות כליאה כגון עבודות שירות ישנם כ-2100 אסירים ברישיון וכ-767 אסירים בפיקוח אלקטרוני. מספר האסירים כפוף ל"תקן כליאה" שאמור להורות למערכת כמה אסירים ועצירים מערכת הכליאה יכולה להכיל. אם מספר האסירים (שמוחזקים בפועל) עובר את התקן רשאית הנציבה להורות על קיצור עונשם של אסירים השפוטים לתקופות מאסר של עד 4 שנים ואסירים השפוטים מעל 4 שנים וזכו בשחרור מוקדם על ידי ועדת השחרורים, וכל זאת על פי התקופות הנקובות בחוק, על מנת להקל על העומס והצפיפות בבתי הסוהר. שחרור כזה קרוי "שחרור מנהלי".
תקציב.
תקציב שב"ס לשנת 2018 עמד על 3.4 מיליארד ש"ח. התקציב כלל הוצאות שכר במעט מעל 2 מיליארד ש"ח עבור 9,020 עובדים, כ-530 מיליון ש"ח לפנסיות, ו-823 מיליון ש"ח קניות, מתוכם 275 מיליון ש"ח לתחבורה ולוגיסטיקה, 124 מיליון ש"ח לאחזקת מבנים, וכ-124 מיליון ש"ח לתיקון, שיקום וחלופות כליאה.
כח אדם.
לשירות בתי הסוהר כ-9,500 אנשי סגל, מתוכם 20% נשים, ביניהם גם בנות שירות לאומי. בתוך הסגל כלולים חיילים בשירות חובה בצה"ל, הפועלים בשירות בתי הסוהר על פי סעיף 24 לחוק שירות ביטחון התשמ"ו-1986 המהווה הוראת שעה שמוארכת מדי כמה שנים על ידי הכנסת.