חברת מרגלית זכתה בהמשך במערך התחבורה הציבורית למודיעין שזה מקרוב נוסדה.מאז, ועד ראשית שנות ה־2000 היוו הקואופרטיבים "אגד" ו"דן" מונופול בתחום האוטובוסים הציבוריים באזורי זיכיון קבועים אשר חולקו ביניהם. לאורך המאה ה-20 צורת התשלום המועדפת לנסיעה באמצעי התחבורה הציבורית השונים הייתה במזומן ובאוטובוס עצמו (Manual fare collection), אם כי ניתן היה לרכוש כרטיסי נסיעה גם בתחנות מרכזיות. שיטה זו יצרה עיכוב רב בזמן הנסיעה עקב עמידה ארוכה של האוטובוס בתחנות, בעת שנוסעים המתינו לתורם לשלם לנהג והנהג טיפל בקבלת התשלום וניפוק כרטיס לנוסע. על מנת לקצר את משך זמן העצירה בתחנות, הכניסו לשימוש כרטיסיות נייר אשר הפחיתו את מספר הפעמים שנוסע צריך לשלם על נסיעה. לרוב כרטיסייה כללה נסיעה אחת או יותר בחינם ובכך הייתה משתלמת יותר. הסדר תשלום נוסף שהונהג היה "חופשי חודשי".
לקראת סוף שנות ה-90 של המאה ה-20, בממשלת נתניהו הראשונה, החל משרד התחבורה בהכוונת ראש הממשלה בתהליך של פתיחת שוק התחבורה הציבורית לחברות נוספות באמצעות מכרזים אזוריים, במטרה להוריד את המחירים ולהרחיב את שעות הפעילות ומגוון הקווים. צעד שנתקל בהתנגדות עזה מחברת אגד.
בשנת 2002 הבשיל התהליך להוצאת אשכולות של קווי שירות מידי אגד ודן לחברות נוספות באמצעות מכרזים. החברות התחרו במכרז על התעריף הנמוך ביותר שיגבו לדמי נסיעה, או על דמי הסבסוד הממשלתי הנמוכים ביותר שיזדקקו לו, או על העלות הכוללת של תפעול השירות.
תהליך הרפורמה שמבצע משרד התחבורה נתקל בחששות וביקורת, בכך שבעצם היא אינה אלא החלפה של מונופול אחד במונופול חדש, לעיתים אף ללא הוזלה משמעותית ותוך פגיעה משמעותית ברמת השירות, בגלל התנאים שמכתיב משרד התחבורה. על פי הביקורת, משרד התחבורה מטיל במכוון הגבלות הפעלה על חברות באות קו מאחר שהדבר מנוגד לעקרון הרשת התחבורתית. הפעלת קו תח"צ על ידי שני מפעילים בו זמנית מביא לתקלות תפעול רבות תוך השפעה על כל הרשת. לכן התחרות הקיימת בין מפעילים היא על אזורי פעילות כאשר הרגולטור מונע פגיעה בין המפעילים (מפעיל שנכנס לתל אביב אינו יכול לאסוף בה מאחר שהוא פוגע בהכנסות חברת דן). מחקר שנערך בשנת 2006 עבור משרד התחבורה על ידי הפרופסורים יורם שיפטן וניר שראבי, הראה כי ברוב האשכולות שעברו את המכרזים של הרפורמה עלו מצד אחד היקף השירות והיקף הנסועה, ומצד שני ירדו מחירי הכרטיסים.
ב-2010 אימץ שר התחבורה את מסקנות ועדת הבדיקה בנושא הפרדה מגדרית בקווי מהדרין והוחלט לאפשר את ההפרדה באופן התנדבותי ומנגד על הנהגים הוטלה האחריות לוודא שלא מטרידים נוסע.
בראשית 2012 הוטלו מגבלות על נסיעת חיילים ברכבת בימי ראשון ונחנך מערך הסעה חלופי.
בתחילת העשור השני של המאה ה-21 הוכנס לשימוש כרטיס הרב-קו שנועד ליישם בישראל כרטוס משותף והשימוש בו מבוסס על שיטות הקיימות במדינות שונות בעולם. בשלב ראשון של הכנסת המערכת, היא החליפה את כרטיסי הנייר-כל ההסדרים, כולל כרטיסיות, הוטענו באופן אלקטרוני לכרטיס.
עד 2015 הונהגה בגוש דן ובחלק הקווים הבין-עירוניים לגוש דן שיטת "ערך צבור", בה הנוסע מטעין סכום עגול (מ-30 עד 200 ש"ח) בכרטיס שברשותו ומקבל תוספת של 25% לסכום שהטעין, בהתאם להנחה של פרופיל הנוסע. הטענת סכום עגול לכרטיס מפשטת את התשלום (נמנע הצורך להתעסק בעודף) וכך מקצרת את זמן העמידה בתחנה. בשיטה הזו, התשלום באמצעות הכרטיס לטובת נסיעה בגוש דן, היה מזכה את הנוסע למעבר חופשי בין הקווים, במהלך ה-90 דקות שעברו מהעלייה לאוטובוס הראשון. בפרק זמן זה, הטענת ערך צבור בתל אביב לא הייתה שימושית בחיפה, גם אם היה מדובר באותו סכום נסיעה ואותה חברה. באותן שנים לכל חברה היה כרטיס רב קו משלה ולעיתים היו תקלות שונות בתפעול ורכישת הסדרי נסיעה מחברות שונות. לדוגמה, בחלק מהאוטובוסים לא היה ניתן להטעין הסדר ערך צבור באוטובוסים, אלא רק לנצל סכום שהוטען. כמו כן, הטענת ערך צבור בגוש דן לא הייתה שמישה לרכישת נסיעות בערים אחרות, גם במקרים בהם העלות הייתה זהה.
ב-1 בינואר 2016 הורחב ההסדר למטרופולינים נוספים (רפורמת התעריפים) וערים נוספות בסביבתן כך שהטענת סכום בגוש דן הייתה ניתנת לשימוש גם בחיפה, ירושלים, באר שבע ובפריפריה של אותם מטרופולינים. בנוסף, בערים שונות בוטלו הכרטיסיות והוחלפו בשיטת הערך הצבור.
חוקים ותקנות.
רישיון הקו - כל התחבורה הציבורית בישראל מתוכננת ברשת אחת עליה ממונה הרגולטור. לא ניתן להפעיל קו תח"צ ללא רישיון. רישיונות אלו מפרטים את הגדרת הקו, לוחות הזמנים, מסלול, תחנות, קודי מחירון. מערך הרישיונות מצוי במאגר מידע אינטרנטי הפתוח לכל מפתחי האפליקציות בתחום.
כל המפעילים בישראל מחויבים בהפעלת מערכת רב-קו וכרטוס חכם בשילוב מערכת ניהול צי רכב מבוססת לוויין.
עלויות וסבסוד.
ברוב המכרזים משרד התחבורה קבע את המחירים בעצמו ולא מאפשר לחברות לקבוע אותם וזאת בשל סיבה ברורה: מחירי הפעלת התחבורה הציבורית יקרים בפועל, הרבה יותר מהתשלום אותו מבצע הנוסע (מערך התח"צ בישראל מסובסד עד לרמה של 50% מסך המחזור הכספי), לפיכך מחירי הנסיעה נקבעים על ידי המדינה באופן בלעדי וזאת באמצעות צו הפיקוח למחירים המתפרסם פעמיים בשנה.
אמצעי תשלום.
באמצעי התחבורה הציבורית ניתן לשלם באמצעות כרטיס רב קו, בהטענתו מראש בערך צבור או במנוי תקופתי, באמצעות מזומן או בכרטיס אשראי. את ההטענה ניתן לבצע דרך מכונות טעינה, אפליקציות (בסמארטפונים בהם קיימת טכנולוגיית תקשורת טווח אפס) או במחשב. ניתן לקרוא גם את נתוני הכרטיס (אילו הסדרים קיימים וכמה) באופן עצמאי באמצעות הסמארטפון.
ניתן לשלם גם באמצעות אפליקציות ייעודיות שלא באמצעות רב קו, כאשר התשלום עבור כל הנסיעות מתבצע בחיוב בדיעבד בסוף החודש דרך כרטיס אשראי.
החל מ-1 באוגוסט 2022, במסגרת רפורמת "דרך שווה" בוטלה האפשרות לשלם במזומן אצל הנהג באוטובוס. אך עדיין קיימת אפשרות לקנות כרטיס נייר לנסיעה בודדת ברכבת בלבד.
פותחה גם אפליקציה ייעודית לציבור שאין לו גישה לאינטרנט לטעינה בעמדות נגישות שנמצאות בבתי הכנסת 'קהילות'. שם ישנה אפשרות לטעינה עצמאית באמצעות כרטיסי אשראי או מוזמן.
תעריפי הנסיעות.
כחלק מהשליטה הממשלתית המוחלטת על ענף התחבורה הציבורית, נקבעים מדי תקופה תעריפי הנסיעות השונים (לפי קוד מחיר), סוגי הכרטיסים אותם רשאית כל חברה למכור באזורים שונים, וקוד המחיר המשויך לקטעי נסיעה שונים. כל אלו נקבעים בצו פיקוח על מחירי מצרכים ושירותים המוצא למחירי הנסיעה בקווי השירות באוטובוסים, דמי נסיעה ברכבת ומחירי נסיעה במוניות (מוניות ספיישל ומוניות שירות). צו זה נחתם על ידי שר התחבורה ושר האוצר, ולחברות התחבורה הציבורית אין יכולת להעלות מחירים או להעניק הנחות מעבר לצו.
במהלך השנים בוצעו מספר שינויים ורפורמות בתעריפי הנסיעה:
בתחילת 2016 נערכה רפורמה בתעריפי הנסיעה בתחבורה הציבורית במטרופולינים (חיפה, תל אביב, ירושלים ובאר שבע).
ב-1 בפברואר 2016 הוזלו תעריפי הנסיעה באוטובוסים וברכבות ב-14.5%, באמצעות הגדלת הסובסידיה הממשלתית לחברות התחבורה. בחלק מהמקומות, למשל בבאר שבע, ההוזלה נעשתה, למרות ההבטחה המפורשת של שר התחבורה, מהמחיר המוטעה של הרפורמה ולא מהמחיר הקיים, מה שלמעשה ייקר את התעריפים בצורה משמעותית.
ב-28 במרץ 2018 נערכה רפורמה נוספת, הפעם בתעריפי הנסיעה הבינעירוניים, בה הוצעו חוזי נסיעה בינעירוניים תקופתיים ובעיקרם חופשי יומי וחופשי חודשי, וכן חוזה חופשי יומי וחודשי כלל-ארצי במחירים מוזלים. חוזים אלה מאפשרים שילוב ומעבר חופשי בין כל אמצעי התחבורה הקיימים (אוטובוס, רכבת, רכבת קלה, מטרונית ועוד) באזורים המוגדרים.
ב-1 באוגוסט 2022 נכנסה לתקופה רפורמת "דרך שווה", הרפורמה מבטלת את כל התעריפים הקודמים שהיו בתוקף ובונה מבנה תעריפים חדש המבוסס על מרחק הנסיעה (ק"מ) בין המוצא ליעד. כמו כן הרפורמה מאחדת את כל המנויים התקופתיים שהיו בתוקף (חופשי-חודשי, חופשי-שבועי, חופשי-יומי), למספר מצומצם של מנויים תקופתיים חדשים כגון: חופשי-ארצי: המאפשר נסיעה לכל החודש בכל האוטובוסים ברחבי הארץ, למעט אילת. חופשי-אזור 1: המאפשר נסיעה לכל החודש בכל האוטובוסים במרחק של עד 40 ק"מ, בין יישובים נבחרים (אזור 1 לפי מפת הרפורמה), וכן קיימים מנויים תקופתיים המשלבים חופשי-ארצי (אוטובוסים בכל רחבי הארץ), משולב עם נסיעות ברכבת ישראל (לפי מרחק הנסיעה). וכן גם מנויים של חופשי-יומי.
על פי הרפורמה ועל פי צו המחירים, מוענקות הנחות לנוסעים שונים (נכון לאוגוסט 2022):
ישנם הזכאים לנסיעה חופשית בתחבורה ציבורית ללא תשלום:
המימון הממשלתי.
התשלומים של הנוסעים בעת הנסיעה באוטובוס מועברים על ידי חברות האוטובוסים למשרד התחבורה, ובמקביל משרד התחבורה מתקצב את חברות אוטובוסים ללא קשר למספר הנוסעים.
המרכיב העיקרי בקביעת גובה התשלום שמשרד התחבורה מעביר לחברות האוטובוסים הוא מספר הקילומטרים. כתוצאה מכך לחברות האוטובוס יש אינטרס כלכלי להפעיל אוטובוסים שגומאים קילומטרים רבים עם מינימום עצירות, ולמשרד התחבורה שהוא הגוף שמאשר את מסלולי התחבורה הציבורית בסופו של דבר יש אינטרס לקצר קווים בשל כך.
הנגשת המידע לנוסעים.