במהלך המלחמה קיבלו מחנות מאוטהאוזן-גוזן אסירים חדשים במשלוחים קטנים על בסיס יומי, בעיקר ממחנות ריכוז אחרים באירופה הכבושה. רוב האסירים במחנות החוץ הוחזקו באתרי מעצר שונים לפני שילוחם ליעדם הסופי. הבולטים במרכזים אלו שבהם הוחזקו האסירים באופן זמני עד שנשלחו למאוטהאוזן-גוזן היו המחנות הידועים לשמצה בדכאו ובאושוויץ. המשלוח הראשון מאושוויץ הגיע בפברואר 1942. המשלוח השני שהגיע ביוני אותה שנה היה גדול בהרבה וכלל כ-1,200 אסירים. קבוצות דומות נשלחו מאושוויץ לגוזן-מאוטהאוזן באפריל ונובמבר 1943 ובינואר ופברואר 1944. בסופו של דבר, לאחר שאדולף אייכמן ביקר במאוטהאוזן במאי אותה שנה, מחנה הריכוז מאוטהאוזן-גוזן קיבל את הקבוצה הראשונה של כ-8,000 יהודים הונגרים מאושוויץ, הקבוצה הראשונה שפונתה ממחנה זה לפני ההתקדמות הסובייטית. בתחילה, הקבוצות שפונו מאושוויץ הורכבו מעובדים שנועדו לעבוד במפעל ההולך וגדל של קומפלקס מחנה מאוטהאוזן-גוזן, אך עם הימשכות הפינוי קבוצות אנשים אחרות הועברו גם למאוטהאוזן, גוזן, וינה ומלק.
עם הזמן הפסיק כמעט מחנה אושוויץ לקבל אסירים חדשים והרוב הופנו למאוטהאוזן במקום זאת. הקבוצה האחרונה, שמנתה כ-10,000 אסירים, פונתה בגל האחרון בינואר 1945, מספר שבועות לפני שתפסו הסובייטים את קומפלקס אושוויץ-בירקנאו. ביניהם הייתה קבוצה גדולה של אזרחים שעצרו הגרמנים לאחר כישלון מרד ורשה, אולם לא יותר מ-500 נותרו בחיים בעת השחרור. בסך הכול הגיעו במהלך החודשים האחרונים של המלחמה, 23,364 אסירים ממחנות ריכוז אחרים לקומפלקס מאוטהאוזן-גוזן. רבים נוספים מתו במהלך צעדות המוות, שבהן אסירים צנחו תחתיהם ומתו מתשישות, או בקרונות רכבת שבהם הוחזקו האסירים בטמפרטורות מתחת לאפס - ללא מספיק מזון ומים - במשך מספר ימים לפני ההגעה. משלוחי אסירים נחשבו חשובים פחות משירותים אחרים.
רבים מאלו ששרדו את המסע מתו לפני שהספיקו להירשם, בעוד שאחרים קיבלו את מספרי האסיר של אסירים שכבר מתו. הרוב שוכנו אז במחנות או במחנה אוהלים שהוקם זה לא כבר סמוך למחנה חוץ של מאוטהאוזן, שם אולצו כאלפיים איש להידחס לאוהלים שיועדו ללא יותר מ-800 אסירים, ובהמשך רעבו למוות.
כבשאר מחנות הריכוז הגרמנים, לא כל האסירים היו שווים. הטיפול בהם היה תלוי במידה רבה בקטגוריה אליה שויך כל אסיר, כמו גם בהתאם ללאום ולדירוג במערכת. הקאפואים, או אסירים שגויסו על ידי שוביהם כדי לפקד על האסירים האחרים, קיבלו יותר מזון ושכר גדול יותר בדמות תלושי מחנה ריכוז שניתן היה להמיר בסיגריות ובסכו"ם. כמו כן, בעקבות הוראת הימלר ביוני 1941 נפתח בית בושת עבורם ב-1942 במחנות מאוטהאוזן וגוזן I (כחלק ממערך בתי בושת במחנות הריכוז של גרמניה הנאצית) רוב הפרומיננטים (גרמנית: Prominenz), אסירים שזכו לטיפול מועדף מזה של אסיר ממוצע, היו הקאפואים.
נשים וילדים במאוטהאוזן-גוזן.
קומפלקס מחנה מאוטהאוזן-גוזן היה בעיקרו מחנה עבודה לגברים, אולם בספטמבר 1944 הוקם בו מחנה-נשים עם המשלוח הראשון של אסירות מאושוויץ. בהמשך הגיעו למאוטהאוזן עוד נשים וילדים ממחנות הריכוז וההשמדה: ראוונסבריק, ברגן-בלזן, גרוס-רוזן ובוכנוואלד.
עם האסירות באו שומרות נאציות אחדות. ידוע על עשרים ששירתו במחנה מאוטהאוזן ושישים בקומפלקס המחנות. שומרות שירתו גם במחנות החוץ של מאוטהאוזן בהירטנברג, לנצינג (מחנה החוץ אשר היווה את מחנה הנשים העיקרי באוסטריה) וסט. למברכט. המפקחת הראשית הראשונה במאוטהאוזן הייתה מרגרטה פריינברגר ולאחר-מכן יאנה ברניגאו. כמעט כל המפקחות אשר שירתו במאוטהאוזן גויסו בין ספטמבר 1944 לנובמבר 1944 מערים אוסטריות. בתחילת אפריל 1945 התווספו למעלה מ-2,500 אסירות ממחנות חוץ של נשים באמשטטן, סט. למברכט, הירטנברג, וממחנה החוץ של פלוסנבירג בפרייברג.
סטטיסטיקת האסירים הזמינה של מאוטהאוזן מאביב 1943 מראה 2,400 אסירים מתחת לגיל 20, אשר היוו 12.8 אחוז מהאוכלוסייה שמספרה היה 18,655 נפש. בסוף מרץ 1945 מספר האסירים הצעירים במאוטהאוזן זינק ל-15,048, אשר היוו 19.1 אחוז מאוכלוסיית האסירים שנאמדה ב-78,547 נפש. מספר הילדים-אסירים גדל פי 6.2 בעוד שמספר האסירים המבוגרים, במהלך אותה התקופה, גדל רק פי ארבעה. מספרים אלו משקפים את השימוש הגובר בצעירים פולנים, צ'כים, רוסים וילידי הבלקן לעבודת כפייה, עם המשך הלחימה בחזיתות השונות. נתונים סטטיסטיים, המציגים את הרכב האסירים הצעירים, זמן קצר לפני שחרורם, מצביעים על הקבוצות העיקריות של ילדים-אסירים: 5,809 אזרחים זרים, 5,055 אסירים פוליטיים, 3,654 יהודים ו-330 שבויי מלחמה רוסים. בנוסף היו 23 ילדים צוענים, 20 ילדים שהשתייכו ל"אלמנטים אנטי חברתיים", שישה ספרדים ושלושה המשתייכים לעדי יהוה.
עבודות כפייה וענישה.
אף שלא היה זה המחנה היחיד שבו יישמו הגרמנים את רעיון ההשמדה באמצעות עבודה (Vernichtung durch Arbeit), מאוטהאוזן-גוזן היה אחד מהמחנות האכזריים והקשים ביותר. התנאים במחנה נחשבו לקשים במיוחד, אפילו בהשוואה לסטנדרטים הרגילים של מחנות ריכוז. האסירים סבלו לא רק מתת תזונה, צפיפות בבקתות, התעללויות והתנכלויות קבועות מצד השומרים והקאפואים, אלא גם מעבודה קשה באופן חריג. משום שהיו יותר מדי אסירים במאוטהאוזן מכדי שכולם יעבדו במחצבה באותה העת, רבים הועבדו בבתי מלאכה או בעבודות כפיים אחרות, בעוד שחסרי המזל שנבחרו לעבוד במחצבה היו שם רק כעונש על "פשעיהם" במחנה. הסיבות להשמה בעבודה ב"יחידת הענשה" היו פעוטות, וכללו "פשעים" כדוגמת אי-הצדעה לגרמני.
העבודה במחצבות - לעיתים תכופות בחום בלתי נסבל או בטמפרטורות נמוכות עד כדי 30 מעלות צלזיוס מתחת לאפס - הובילה לשיעורי תמותה גבוהים במיוחד. הקצבות המזון היו מוגבלות, ובתקופה שבין השנים 1940–1942 אסיר ממוצע שקל 40 ק"ג. ההערכה היא כי תכולת האנרגיה הממוצעת בהקצבות המזון ירדה מכ-1,750 קלוריות ביום במהלך התקופה שבין 1940–1942 לתחום של בין 1,150 ל-1,460 קלוריות בתקופת ההמשך. ב-1945 תכולת האנרגיה הייתה נמוכה אף יותר ולא עלתה על 600 עד 1,000 קלוריות ליום; זוהי כמות הפחותה משליש מהנדרש על ידי עובד ממוצע בתעשייה כבדה. התוצאה הייתה הרעבתם של אלפי אסירים.
האסירים במחנות אוטהאוזן, גוזן I וגוזן II היו בעלי גישה למחנה חוץ נפרד לחולים (Krankenlager). על אף העובדה שכ-100 רופאים מתוך האסירים עבדו שם, הם לא קיבלו תרופות ויכולים היו לספק רק עזרה ראשונה. מחנה בית החולים - כפי שנקרא על ידי הרשויות הגרמניות - היה, לאמיתו של דבר, התחנה האחרונה לפני המוות לאלפי אסירים, ורק למתי מעט היה סיכוי להחלים.
מחצבת האבן של מאוטהאוזן הייתה בתחתית "מדרגות המוות" הידועות לשמצה. האסירים אולצו לשאת גושי אבן מסותתים סיתות גס, ששקלו לעיתים קרובות למעלה מ-50 ק"ג, במעלה 186 מדרגות, בזה אחר זה. כתוצאה מכך, אסירים רבים שהגיעו לאפיסת כוחות קרסו ונפלו על האסירים שמאחוריהם בשורה, ואלה בתורם נפלו על אסירים אחרים, כך שנוצר אפקט דומינו מחריד; לעיתים קרובות נפלה כל שורת האסירים אל תחתית המחצבה.
אכזריות שכזו לא הייתה מקרית. שומרי האס אס כפו לעיתים קרובות על אסירים - מותשים משעות של עבודה קשה ללא מזון ושתייה מספיקים - להתחרות מעלה במדרגות בנשיאת גושי אבן. אלו ששרדו את החוויה הוצבו לעיתים קרובות במסדר בקצה צוק שנודע כ"קיר הצנחן" (גרמנית: Fallschirmspringerwand). תחת איומי אקדח אולץ כל אסיר להכריע בין האפשרות שיירו בו, או לדחוף אסיר שמולו מן הצוק. שיטות נוספות שהיו מקובלות להשמדת אסירים שהיו חולים או לא כשירים לעבודה, או כאמצעי עונש קולקטיבי או לאחר ניסיונות בריחה, כללו:
באופן פרדוקסלי, עם גדילת תעשיית עבודת הכפייה במחנות חוץ שונים של מאוטהאוזן-גוזן, מצבם של חלק מהאסירים השתפר באופן משמעותי. בעוד הקצבות המזון הוגבלו יותר ויותר כל חודש, התעשייה הכבדה הצריכה מומחים מיומנים ולא עובדים ללא הכשרה, והוטלו מגבלות על אכזריותם של שומרי האס אס והקאפואים. בעוד שאסירים עדיין הוכו על בסיס יומי והאסירים שעל סף רעב עדיין הושמדו, מתחילת 1943 הורשו חלק מעובדי המפעל לקבל חבילות מזון ממשפחותיהם (בעיקר פולנים וצרפתים). זה הציל רבים מהם מסכנת מוות ברעב, ואף איפשר להם לסייע לאסירים אחרים שלא היו להם קרובים מחוץ למחנות או שלא היו מורשים לקבל חבילות.
השמדה באמצעות עבודה.
ה"תפקוד הפוליטי" של המחנה נמשך במקביל לתפקודו הכלכלי.
לפחות עד 1942 שימש המחנה למאסר ולהרג של האויבים הפוליטיים והאידאולוגיים של גרמניה, הן אמיתיים והן מדומים. המחנה שימש את דרישות מכונת המלחמה הגרמנית וביצע גם "השמדה באמצעות עבודה", אחד מעקרונות שיטת המחנות הנאצית. כשהגיעו האסירים לכדי אפיסת כוחות מוחלטת, לאחר שעבדו בחציבות 12 שעות ביום, או כשהיו חולים או חלשים מדי מכדי לעבוד, הם הועברו ל-Krankenrevier ("מחנה החולים") או לאתרי השמדה אחרים. בתחילה לא היו במחנה תאי גזים משלו, והמוזלמנים, או האסירים שהיו חולים מכדי לעבוד לאחר שהתעללו בהם, הועברו למחנות ריכוז אחרים לצורך השמדה (בעיקר לטירת הרטהיים הידועה לשמצה, שהייתה במרחק של 40.7 ק"מ), או הומתו בזריקת רעל ונשרפו במשרפה שהייתה במקום. המספר הגדל של אסירים הפך את השיטה ליקרה מדי, והחל מ-1940 היה מאוטהאוזן לאחד המחנות הבודדים במערב שהשתמשו בתאי גזים באופן קבוע. בתחילה הייתה משאית גז מאולתרת, שצינור המפלט שלה חובר פנימה, נעה הלוך ושוב בין מאוטהאוזן וגוזן. תא גזים קבוע, שיכול היה להרוג 120 אסירים בפעם אחת, הושלם בדצמבר 1941.
אומדני הנרצחים במחנה.