בעת החדשה התפצלה הקהילה לאחר ויכוחים בין רפורמים לאורתודוקסים.
בתקופת השלטון הנאצי בגרמניה, 1,300 עד 1,400 יהודים ממיינץ נספו בשואה.
באוקטובר 1945, לאחר מלחמת העולם השנייה, הוקמה קהילה יהודית חדשה במיינץ שהגיעה לכאלף חברים. עם חנוכת בית הכנסת החדש בשנת 2010, באתר בית הכנסת הראשי לשעבר בהינדנבורגשטראסה, הקהילה היהודית במיינץ חוותה תנופה מחודשת.
בשנת 2021 הכירה אונסק"ו באתרים ההיסטוריים היהודיים במיינץ כאתר מורשת עולמית, בהכרזה משותפת לוורמס ושפייר – קהילות שו"ם – בשל היותן ערש התרבות היהודית באירופה.
יהדות מיינץ בימי הביניים.
עדויות קדומות ליהודים במיינץ.
ראשיתה של ההתיישבות היהודית במיינץ אינה ברורה. מסורת לקיום יהודים במיינץ כבר בזמן ישו הובאו על ידי מהרי"ל, הוא כתב כי מצא קובץ אחד שמובאת בו העתקה של מכתב ששלחו יהודי ארץ ישראל למיינץ בזמן ישו, בשביל שיתפללו לבטל הרשע. כמו כן מצא מהרי"ל מצבה בת אלף שנה במגנצא (כלומר מהמאה השלישית), שם נקברה "שפחה חרופה". יש מהחוקרים שהניחו שיהודים הגיעו לריין התיכון כבר בזמן הרומאים, לפני המאה החמישית, ואף הקימו שם רובע מגורים. אולם טענה זו לא הוכחה, מלבד הטענה כי כיוון שמיינץ הייתה מרכז סחר חשוב כבר במאה השביעית, ויהודי אותה תקופה היו נושאי סחר למרחקים ארוכים שניחנו בפריבילגיות קיסריות וחופש משמעותי, ייתכן מאוד שהם גם הגיעו למיינץ.
התיעודים המהימנים הראשונים של ההתיישבות היהודית במיינץ הם מראשית המאה ה-10, שנת ד'תר"ס-900. בשנים אלו החלה העלייה של משפחות יהודיות מדרום איטליה ומדרום צרפת. מסורות שונות תולות את ראשית לימוד התורה באשכנז בהגירתה של משפחת קלונימוס, אותה על פי המסורת הביא קרל הגדול למיינץ מהעיר לוקא שבאיטליה. על כך כתב הרוקח "וכשבא הגאון רבנא בן רבי משה מלוקא בן רבנא קלונימוס בימי המלך קרלו למדינת מגנצא, הוא היה מנהיג את בני דורו". בעקבות הגעתם של בני משפחת קלונימוס הפכה מיינץ למרכז המפורסם ביותר ביהדות אשכנז.
יהודי מיינץ נהנו מזכויות שניתנו על ידי השליטים, כך בשנת 906 הכריזה מועצת הכנסייה במיינץ כי ההורג יהודי בזדון ייחשב כרוצח לכל דבר.
סוף תקופת הגאונים ותחילת תקופת הראשונים.
בשנת 918 (ד'תרע"ח) הוקמה "ישיבת מגנצא" על ידי רבי משה בן קלונימוס. בישיבת מגנצא לימדו תורה גדולי רבני אשכנז, והיא הושוותה בימי זוהרה לישיבות סורא ופומבדיתא.
בשליש האחרון של המאה העשירית ובראשית המאה האחת עשרה חלה התפתחות מהירה במרכז התורה במיינץ. ישיבת מגנצא הגיעה לימי תפארתה בימי רבנו גרשום, שנולד במיינץ לפי מספר מקורות וודאי שפעל בה. ישיבת מגנצא הייתה הראשונה שאינה תלויה ב. במסגרת זו אף הטילו חכמי מגנצא קנסות בחוץ לארץ, בניגוד לדעת חכמי בבל. רבנו גרשום תיקן בעיר את תקנות חרם דרבנו גרשום, שקיבלו מעמד של פסק הלכה בכל רחבי יהדות אשכנז ותרמו למעמדה התורני החשוב של קהילת יהודי מיינץ.
על מעמדו של רבנו גרשום בישיבת מיינץ ניתן ללמוד מכך שרבי אלעזר מוורמייזא הציבו במכתב ששלח אליו כ"ראש חכמי התורה" של מיינץ, אף על פי שרבי שמעון בן יצחק היה קשיש ממנו.
לאחר מותו של רבינו גרשום לימדו בישיבת מגנצא שניים מתלמידיו, רבי אליעזר הגדול ורבי יעקב בר יקר. בישיבת מגנצא עסקו בעיקר בפרשנות התלמוד הבבלי, בניגוד לחכמי המזרח של אותו זמן שחתרו בעיקר להגיע אל המסקנה כלומר אל פסיקת ההלכה.
רש"י למד בין השנים 1060 ל-1067 בישיבת מגנצא אצל רבי יעקב בר יקר ורבי יצחק בן יהודה. ישנם שאלות הלכתיות שהופנו בתקופה זו מאיטליה אל מיינץ.
בתקופת בעלי התוספות הייתה העיר מרכז ללימוד תורה, וחכמים רבים פעלו בה.
כבר בשנת 937 הציע הארכיבישוף של העיר מיינץ "פרידריך" לאפיפיור לאלץ את היהודים לבחור בין גרוש להתנצרות, אולם רק בשנת 1012 (ד'תשע"ב) לאחר שכומר בעיר התגייר, פקד היינריך השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, קתולי אדוק, כי אלו אשר לא יקבלו עליהם את הנצרות, לפחות למראית עין, יגורשו. המגורשים הורשו לחזור שנה מאוחר יותר בעקבות השתדלותו של רבי שמעון בן יצחק והמשיכו לקחת חלק פעיל במסחר בעיר, שהייתה מרכז סחר על נהר הריין. בשנת 1084 פרצה שרפה גדולה בעיר, נשרפו בה בתי היהודים וחלק מבתי הגויים, היהודים נחשדו כגורמים לה ורבים גלו מהעיר. הם התיישבו בעיר שפייר בעידוד הבישוף רודיגר חוזמן, וסיעו לפריחת הקהילה היהודית שם. חלקם הקטן של המתיישבים בשפייר חזרו למיינץ כעבור זמן מועט. בעקבות אירועים אלו ירדה קרנה של מיינץ במאה ה-11.
בשנת 1093 התרחש במיינץ "פולמוס החתנים", פולמוס היכול ללמד על הלך הרוח בעיר. על הפולמוס סיפר רבי מנחם שושבינו של החתן הראשון. בפרשת כי תצא היו בעיר שני כהנים חתנים, ונוצרה בעיה כפולה שיצרה איבה בין המשפחות: הראשונה - שניהם כוהנים וזה יוצר בעיה לגבי העליות לתורה. השנייה - פרשת 'כי תצא' היא אחת מהשבע דנחמתא ואין דוחים בפרשיות שבכל מקרה יש להם הפטרות מיוחדות. ויכוח גדול התרחש, זה אומר יתפלל אחד מן החתנים הוא וסיעתו בבית אחד, וזה אומר יתפללו יחדיו. עד שרבי יצחק בן רבי אליעזר הגדול הביא ראיה מאביו שתיקן גם שליח ציבור וגם אמירת רשות לחתנים. ממעשה זה רואים שלא היה במיינץ בשנים אלו תלמיד חכם פוסק בעל סמכות שיכל להכריע בפולמוס זה.
גזירות תתנ"ו.
בראשית מסע הצלב הראשון, ב-27 במאי 1096 (ג' בסיון ד'תתנ"ו, שלושה ימים לפני חג השבועות), נפגעה הקהילה היהודית קשות על ידי הצלבנים בראשות אמיחו פון לייניגן שעברו בעיר בדרכם מזרחה. לאחר שטבחו הצלבנים ביהודי וורמס הם המשיכו אל מיינץ. תחילה מצאו 1,300 יהודים מחסה בבית הגמון העיר, תמורת סכום כסף רב (חמש מאות מארקים של כסף) ששילם ראש קהילת מיינץ, קלונימוס בן משולם. לאחר יומיים של משא ומתן בין הצלבנים לארכיהגמון הוא חזר בו מהתחייבותו ליהודים ופתח את שערי העיר בפני הצלבנים, כאשר יהודי הקהילה החמושים בראשות רבי קלונימוס לחמו אל מול הפורעים בחירוף נפש. כשהתברר שהפורעים מנצחים במערכה ברחו אנשי חיל המשמר ואף הארכיהגמון עצמו. כשהתברר שאין מנוס, בחרו יהודי הקהילה להתאבד ולא להפקיר את עצמם למוות באכזריות בידי הצלבנים. כמו כן הספיקו היהודים לשרוף בעצמם את בית הכנסת כדי שלא יחולל. הפליטים נרדפו ונטבחו ורק כ-60 מעשירי העיר כולל רבי קלונימוס בן משולם הוברחו אל מחוץ לעיר אולם גם הם נתפסו ונרצחו על ידי פורעים בהנהגתו של הרוזן אמיקו מפלונהיים, כאשר קלונימוס בן משולם התאבד. בפרעות אלה גם עלה באש בית הכנסת ורובו של הרובע היהודי בעיר. רק 53 יהודים הצליחו להמלט לעיר רידסהיים שעל הריין (Rüdesheim am Rhein).
רבי שלמה בן שמעון מנה 1,100 הרוגים במיינץ בגזירות תתנ"ו, אולם אחרים מנו 1,300. בין הרוגים נמנו הרבנים: יצחק בן משה, שמואל בן יהודה הכהן, יהודה בן יצחק בן יהודה, קלונימוס בן משולם בן משה הפרנס, בניו של רבי דוד הלוי: רבי מנחם רבי יהודה ורבי שמואל.
האנונימי ממיינץ תיעד את הפרעות בפרטי פרטים.
מותם של יהודי מיינץ הונצח בליטורגיה היהודית במאה ה-12 כדוגמה למוות על קידוש השם והתאבדותם הושוותה לזו של יהודי מצדה במרד הגדול. את ההתאבדות ההמונית תיאר שלמה בן שמעון שתיעד את הפרעות בשנת 1140 מפי זקנים. הוא כתב כי הנשים שחטו את ילדיהם ולאחר מכן התאבדו גם בעצמן "גם הנשים הטהורות בנות מלכים היו זורקות את המעות והכסף בעד החלונות אל האויבים, כדי שיהיו טרודים ללקט הממון ולעכבן מעט עד שיגמרו שחיטת בניהם ובנותיהן. וידי נשים רחמניות שחטו ילדיהן כדי לעשות רצון יוצרן. ויהי כאשר באו האויבים אל החדרים ושיברו את הדלתות ומצאום מפרפרים ומתגוללים בדם עדיין, וייקחו את ממונם ויפשיטום ערומים ויכו הנותרים ולא השאירו מהם שריד ופליט".
על גזירות תתנ"ו כתב רבי קלונימוס בן יהודה את קינת מי יתן ראשי מים.
רבי טוביה בר אליעזר מזכיר בספרו מדרש לקח טוב את גזירות תתנ"ו, בשנת 1096, בעיר מגנצא. הוא כתב בפירושו לפרשת אמור על הפסוק "הַמּוֹצִיא אֶתְכֶם מֵאֶרֶץ מִצְרַיִם לִהְיוֹת" : .
על הפוגרום ביהודי מגנצא כתב שאול טשרניחובסקי את הפואמה "ברוך ממגנצא". בשיר מתאר ברוך, הניצב על מקום קבורת אשתו, את שקרה לקהילת מגנצא, ובעיקר את שקרה לו במהלך הפוגרום, כאשר בניגוד לאשתו שנטבחה, לא עמד לו עוז רוחו והוא המיר את דתו, וכדבריו: .
חידוש ההתיישבות לאחר הפרעות.
זמן מועט לאחר הפרעות חודשה ההתיישבות היהודית ברובע היהודי במיינץ, היא שבה להוות את מרכז התורה באשכנז ואף נבנה בה בית הכנסת מחדש. היינריך הרביעי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה אף התיר ליהודים שהתנצרו בכפייה לשוב ליהדות, וקבע שגם היהודים ייהנו גם מהשלום הקיסרי, שהוכרז לראשונה במיינץ, שהסדיר מערכת שיפוטית ליישוב סכסוכים בדרכי שלום.
במהלכו של מסע הצלב השני (1147) נרצחו רבים מיהודי מיינץ על ידי הצלבנים בראשות הנזיר רדולף, כאשר פרעות גדולות יותר נמנעו על ידי מושל העיר בראנד מקליירוו.
באוגוסט 1187 אחד מתושביה הגויים של מיינץ התלונן בפני הארכיבישוף של מיינץ, קונראד הראשון, וטען כי יהודי ניסה לרוצחו בבית הקברות. היהודים נשבעו על חפותם ושילמו כופר נפש גבוה וכך ניצלו.
במסע הצלב השלישי (1189-1192), יהודי מיינץ לא נפגעו בזכות ההגנה הנחרצת של הקיסר פרידריך הראשון (פרידריך ברברוסה), קיסר האימפריה הרומית הקדושה. פרידריך ברברוסה אף הכריז על "השלום האימפריאלי הגדול", שהרחיב את השלום הקיסרי המקורי של הקיסר היינריך הרביעי והחיל אותו על כל האימפריה. את הצלת יהודי מיינץ מפרעות אלו תיאר הרוקח כהצלה שמימית "במגנצא ביום שישי, כ"ח בשבט, ד'תתקמ"ח, שנתקבצו להרוג אותנו ובא לנו עזר ממרום והצילנו".