באביב 1942 החל להתקדם מזרחה קורפוס אפריקה בפיקודו של הגנרל ארווין רומל בצפון אפריקה, לכיוון תעלת סואץ. ב"יישוב" השתררה חרדה. דומה היה שלאחר הניצחונות הגדולים של הנאצים באפריקה באביב 1942 אין כוח שיוכל לבלום אותם בשערי תעלת סואץ, ואזי הדרך לארץ ישראל תהיה פתוחה בפניהם והארץ תכבש על ידם. באותה עת הייתה השמדת יהודי אירופה בעיצומה, וידיעות אודותיה החלו להסתנן למנהיגי היישוב. היה חשש כי אם יכבשו הגרמנים את הארץ, הם יכחידו את יהודי ארץ ישראל וישימו קץ למפעל הציוני.
במצרים הוקמה יחידת איינזצגרופה מצרים. היחידה כללה 24 חיילי אס אס בפיקודו של ולטר ראוף, קצין האס אס שהיה אחראי בסוף 1941 ובראשית 1942 על ייצורן של משאיות להמתה באמצעות גז הפליטה שלהן, שהוזרם לתא מטען אטום, אליו מוכנסים הקרבנות. המשאיות הועברו דרך צפון אפריקה וכבר המתינו במצרים. השמדת חמש מאות אלף היהודים בארץ ישראל אמורה הייתה להתבצע באותם האמצעים והשיטות שבהם בוצע רצח יהודי אירופה, דהיינו הפעלת האוכלוסייה המקומית, הלא-יהודית, כמבצעי הרצח השיטתי, בהדרכתו ובפיקודו של צוות גרמני מצומצם. תוכנית זאת תואמת את ההבטחה שהגרמנים נתנו למנהיג ערביי ארץ ישראל חאג' אמין אל-חוסייני, ששהה בגלות בברלין, בדבר מחויבתם להשמדת היישוב היהודי בארץ ישראל.
גם שלטונות המנדט הכירו בסכנת כיבוש הארץ. רבים מערביי ארץ ישראל נקטו עמדה אוהדת כלפי גרמניה וציפו לבואם של צבאות היטלר, אותו כינו "אבו עלי", בתקווה שיביס את הבריטים. עם זאת, חלק קטן מערביי הארץ נקטו בגישה פרו-בריטית ו-6,000 מהם אף התגייסו לצבא הבריטי. ההיסטוריון מרדכי נאור מספר (בספרו "הטור השמיני"), על פי חוויות משפחתו, שהתגוררה באותה עת בגן יבנה: "ביישובי דרום הארץ הסתובבו ערבים מהכפרים הסמוכים וחילקו ביניהם את הבתים ואת הנשים". מאחר שהיישוב היה הגורם היחיד עליו יכולים היו הבריטים לסמוך בעת צרה זו, הגיע שיתוף הפעולה בין הנהגת היישוב לבריטים לשיאו בתקופה זו. הפלמ"ח, שנוסד בשיתוף עם הבריטים עוד בשנת 1941 ובתוכו הוקמה המחלקה הגרמנית במטרה לשמש כוח גרילה במלחמה נגד הנאצים אם יכבשו את הארץ, היה בתקופה זו בכוננות גבוהה. ב-27 באפריל 1942 ניתנה לפלוגות הפלמ"ח פקודה לגייס את כל חבריהם בגיוס מלא ולעמוד בכוננות עליונה. בשיא התקדמותם של כוחות רומל, כשפריצתם לאזור הדלתה של הנילוס ותעלת סואץ נראתה בלתי נמנעת וכוחות הצבא הבריטי עמדו בפני נסיגה לעבר הירדן ולעיראק, יצאה פקודה ממטה ההגנה להורדת פלוגות הפלמ"ח לדרום הארץ ולנגב. ברדתם לדרום נתברר כי אין בידיהם כלי נשק בכמות מספקת. עד אז עמדו לרשותם רק כלי נשק לאימונים. הפלמ"ח תבע ממטה ההגנה לצייד את אנשיו בכלי נשק, אך הדבר התעכב. יש סברה כי הסיבה לכך נבעה מהתוכנית להחזרת החיילים הארץ ישראליים בצבא הבריטי ממצרים עם כלי נשקם והעמדת חלק ממנו לרשות הפלמ"ח. על רקע זה נכתבו בשירו של חיים חפר "רבותי ההיסטוריה חוזרת" המילים:
התגובה היהודית לאיום הצפוי.
את התגובה היהודית לנוכח הסכנה המתקרבת ניתן לחלק לעמדה הפאסיבית, המתגוננת ולעמדה האקטיבית. לאורך כל הדיונים ניתן לראות את המגמה ה'אופטימית' הפועלת מתוך אמונה כי יש סיכוי סביר לעמידה מול האיום, ולעומתה העמדה ה'ההרואית' הגורסת כי אמנם אין סיכוי להצלחה אך יש ערך לנפילה בכבוד וצורך לעמוד עד הרגע האחרון לשם האידיאה היהודית הציונית.
כניעה
בדיוני הוועדות השונות נשמעו קולות שסברו כי על היישוב לנהוג כמו עמים כבושים אחרים באירופה, כלומר להשתדל להגיע להסכמים ולהסתדר עם הכובש הנאצי בכך שיועילו לו בתחומים שונים כגון עבודה וייצור חקלאי ותעשייתי למענו עד בא הניצחון. מחשבות אלו נשענו על סברה כי "הנאצים שיבואו לארץ לא יהיו כל כך אכזרים... יכול להיות שהתייחסו כך ליהודי פולין וגרמניה... אבל פה ימצאו יהודים בכפר, בתעשייה ויהיה להם כבוד ליהודים האלה" דעות אלו התריעו אף בפני הסכנה שבהליכה בדרך הקיצונית, שעלולה להגביר את שנאת הגרמנים וכי "אולי בפיוס והשתדלות נשיג יותר. דעות אלו ברובן לא נתקבלו במוסדות ואף זכו לגינוי על כך שהן מגבירות את התבוסתנות בציבור.
בפועל, נעשה ניסיון בו משלחת של ראשי היישוב הגיעה אל הנציב הבריטי בהצעה ודרישה שממשלת בריטניה תפנה אל ממשלות ה'ציר' בדרישה והתראה כי יינתן ליישוב היהודי בארץ מעמד של 'שבויי מלחמה', על כל הזכויות הכרוכות במעמד זה וכי הממשלה הבריטית תתרה בממשלת היטלר כי אם יתירו מעשה השמדה ביהודים, יפגעו הבריטים אף בהם בשבויים גרמנים שברשותם. כמו כן הועלתה ההצעה לבקש מהצלב האדום לתת חסות ליהודי הארץ ולאוכלוסייה בלתי לוחמת. כל אלו הצטרפו לניסיונות לקדם את פני הרעה ולהציל את היישוב באמצעות דרכים דיפלומטיות ולא לחימה.
הסתתרות.
מתוך עדויות מהתקופה ניתן לראות שני יעדים עיקריים בניסיון למצוא מקומות מסתור, בעיקר לילדים. היעד הראשון הוא חיפוש חדרים במנזרים ובהוספיסים גרמניים בכל הארץ ובמיוחד בירושלים. היעד השני הוא חיפוש והתקשרות עם ידידים ערביים בבקשה שישמרו ויסתירו אצלם ילדים. במקרים מסוימים היו ערבים שמיוזמתם הציעו עזרה זו ליהודים.
התאבדות.
מספר עדויות מהתקופה אף מגלות על ניסיונות להשגת רעל, כפי שניתן לראות בעדות הבאה: "החלטתי שאיש מאיתנו לא יפול חי בידי הגרמנים או הערבים. לכן רכשנו שש צנצנות ציאנקלי תכולה של אחת מהן לבד הייתה מספקת למנוע את נפילת שלשתינו... הרעל שמור עמנו עד היום..."
פינוי.
סביב סוגיית הפינוי פרץ ויכוח עז בקרב מקבלי ההחלטות, בין חשיבות ההצלה, ולו חלקית של היישוב לבין חשיבות העמידה עד הסוף גם במחיר של מוות, וגנות נגד רעיון עזיבת הארץ.
באופן פרטי החלו יהודים בעלי אמצעים החלו מוכרים את בתיהם לערבים לקראת פינוי, ונערכו ניסיונות לקבל דרכונים זרים בכל מחיר. יהודים בעלי נתינות כפולה ניצלו את הדרכון הנוסף ועזבו את הארץ.
באופן מוסדי, עם תחילת המלחמה היו חברים שסברו כי מוטב למלט מן הארץ מבעוד מועד את הנהגת היישוב, או לפחות חלקים ממנה על מנת שימשיכו לפעול מחו"ל. לעומת גישה זו, היו חברים שסברו כי יש למלט דווקא את הצעירים שיוכלו בכוחם ובמרצם לכונן מחדש את היישוב.
גם ללא כיבוש הארץ כולה, נשקפה לישובי הצפון סכנה. לפיכך נערכו בסוף מאי 1941 דיונים בשאלת פינוי היישובים מנשים ומילדים. ואכן עובדה תוכנית לפינוי 14 משקים (800 נפש) ושלוש מושבות (200 נפש) מן הגליל העליון המזרחי והמערבי. מולם קמו קולות חזקים שראו בכך צעד תבוסתני וטענו כי פינוי ילדים הוא מעשה אנטי חינוכי, ערכי ומוראלי, וכדבריו של טבנקין "אולי זה רעיון נבון, אבל אני שולל... איני רוצה לחנך את ילדי לכך שהוא צריך לצאת לאמריקה כדי שיוכל אחר כך לשוב לארץ... כי המקום שיש בו ילדים יעמוד ביתר כוח.." דעות אלו סברו כי על נקודות ההתיישבות לפעול כתל חי. ואכן בעדותו של משה שרתוק מופיע ניגוד זה: "ניתנה פקודת פינוי גמור לכפר גלעדי, וכפר גלעדי סירב למלא את הפקודה...כתוצאה מדין ודברים זה באה פשרה, שיוציאו את הילדים והנשים הדרושות לילדים וכן את הזקנים...ושלחו לתל יוסף..." . כמו כן בדיוני המוסדות עלתה הצעה לבקש מבעלות הברית להעביר את ילדי ישראל לקנדה או לשוודיה, ולבקש אוניות לפנות את הנשים והילדים.
העמדה האקטיבית.
העמדה האקטיבית ראתה בכל הניסיונות הפאסיביים רפיון ובגידה הגורמים להחלשת העם. אך גם בתוכה היו חילוקי דעות. בהנהגת היישוב וארגון ההגנה התרוצצו רעיונות שונים בשאלה איך לנהוג אם הארץ תיפול בידי הגרמנים. מחד הייתה העמדה שבוטאה על ידי דוד בן-גוריון שאמר ב-1942:
עמדה זו ביטאה את הרעיון כי במקרה של נסיגה בריטית יש לפנות את עיקר הכוחות הלוחמים של ההגנה ואת הנהגת היישוב, עם הצבא הבריטי הנסוג, עד להודו ולשוב לארץ עם הכוחות שיכבשו אותה מחדש בהתהפך גלגל המלחמה.
מנגד הייתה העמדה הנחרצת שבוטאה, עוד קודם לכן בשנת 1941, על ידי יצחק טבנקין שאמר:
העמדה השנייה הובילה לרקימת תוכנית לריכוז כל האוכלוסייה היהודית במובלעת באזור חיפה והגליל, כשיסוגו הבריטים מן הארץ, ולהילחם עד האיש האחרון. התוכנית, שקווי היסוד שלה היו דומים לתוכנית הארץ ישראלית שקדמה לה, נקראה במטה ההגנה בשם "תוכנית חיפה" וניתן לה הכינוי "מצדה על הכרמל" (או "תוכנית הצפון"' גם "חיפה-מצדה-מוסה דאג"). התוכנית תוכננה על ידי יוחנן רטנר ויצחק שדה (שהיו עם הקמת המדינה לאלופים בצה"ל). לפי התוכנית אמורים היו חיפה ושרשרת הרי הגליל שמסביב לעמק יזרעאל, להפוך למרחב מוגן בעל סיכוי להתנגדות ועמידה בפני הפולש, שהתבסס על כוחות שריון שיתקשה בתנועה באזור ההררי, דוגמת עמידת מובלעת טוברוק בצפון אפריקה.
על פי התוכנית תרוכז האוכלוסייה היהודית בארץ במובלעת, ויחידות גרילה תצאנה אל מחוץ למובלעת לעיכוב התקדמותו של האויב או להטרדתו. התוכנית הביאה בחשבון את הצטרפותם של מתנדבי היישוב ששירתו בצבא הבריטי אל הכוחות המגנים. הוקמו גם גופי הגנה אזרחית למחצה כדוגמת משמר העם בחיפה ומשמר המולדת בתל אביב, במטרה להכשיר אזרחים בלוחמה זעירה ולוחמת קרב פנים אל פנים.
היה ברור למתכננים כי בסופו של דבר אף אם יצליחו לעכב את התקדמות הפולש, סופם של המגנים ושל האוכלוסייה האזרחית שבמובלעת נחרץ. עצם השם, "מצדה על הכרמל", ביטא את האמונה בחוסר סיכויי עמידתו של היישוב.
האצ"ל רקם תוכנית אחרת, סמלית במהותה, במקרה של פלישת הגרמנים לארץ ישראל: כוונת הארגון הייתה לכבוש את העיר העתיקה בירושלים, להתבצר בתוך החומות, ולנהל משם את הקרב האחרון תוך כדי הכרזה על ריבונות יהודית סמלית מעל הר הבית.