תוך זמן קצר צמח מספר חסידיו של איליִין וכללו את ללטין, סוחרים עשירים, מאמינים ותיקים לשעבר, את האחים וולג'ין ואחרים. הופעתה של הכפירה החדשה לא נעלמה מן העין, והרשויות האזרחיות והדתיות פתחו בחקירה בנושא הפעילות של איליִין ושל חבריו. איליִין וכמה מחסידיו הואשמו ב"פיתוי נשמות מהנצרות האורתודוקסית". איליִין נשלח למנזר סולובצקי לשם "תיקון רוחני". מנזר סולובצקי היה הכלא-מנזר הגדול ביותר באותה העת, לצד תריסר בתי-כלא-מנזרים אחרים ברוסיה. על פי פרוגבין, חוקר ידוע של הכפירות הדתיות ברוסיה, בצטטו את אחד האסירים לשעבר במנזר, כלא סולובצקי היה אכן מקום בלתי נסבל. החלונות היו נעולים תמיד, וקשה היה לנשום, המזון היה גרוע והאסירים שמחו כאשר ניתן להם לחם טרי. השימוש בנרות היה אסור על האסירים אפילו בזמן לילות הצפון הארוכים. המדיניות הפנימית של הכלא אסרה על האסירים לתקשר עם הנזירים ועם אחרים ללא רשותו של אב המנזר (ארכימנדריט); חלופת מכתבים, שליחת חבילות וכסף היו אסורים אף הם.
לא התאפשר לו לעזוב את המנזר, לראות מבקרים, אפילו בני משפחה, להתרועע עם אסירים אחרים, לבחור ספרים אותם רצה לקרוא או להתכתב באופן חופשי עם מישהו. הוא נדרש להאזין ל"הדרכה הרוחנית" של הנזירים שנעשתה על מנת לגרום לו לשוב בתשובה. לאחר עתירות בלתי מוצלחות רבות, בתו של איליִין, נטליה, קיבלה את הרשות לבקר את אביה בשנת 1868.
אף על פי שגישת מבקרים לאסירים בכלא סולובצקי לא הותרה, עיתונאי, היסטוריון וטייל בריטי בשם ויליאם הפוורת' דיקסון הצליח לארגן פגישה קצרה עם ניקולאי איליִין בשנות השישים של המאה התשע עשרה בעת מסע ארוך ברחבי רוסיה. וכך תיאר דיקסון את איליִין: "גבר נאה, מבוגר, הדומה לקושוט, מזנק בתדהמה ממושבו; אין הוא רגיל, כך נדמה, להפרעה כזו של תאו. שולחן קטן, כמה ספרים, מיטת משטח הם הריהוט היחיד בחדרו, שחלונו היה אטום ומסורג בברזל... על שולחן מונחות כמה פיסות של ספרים ומגזינים, אותם רשאי האסיר לקבל ולשמור, אף על פי שאיננו רשאי הוא לשלוח החוצה אפילו שורה אחת כתובה."
דיקסון אף ניסה לעתור למען האסיר, אך תחינתו נדחתה לאחר בדיקת תיקו של איליִין במשרד הפנים הרוסי.[4] דיקסון הביע את הערכתו ואת הערצתו כלפי איליִין במילים הבאות: "עם זאת גברים כמו ניקולס איליִין הם מלח הארץ; גברים אשר ילכו באש ובמים בעבור דעתם; גברים אשר יעדיפו לחיות חיי אמת בצינוק מאשר חיי שקר בארמונות העשירים ביותר בעולם."
בשנת 1873 הועבר איליִין למנזר ספסו-אבפימייב בעיר סוזדל, שהיה הכלא-מנזר השני בגודלו ברוסיה, משום שמצב בריאותו התדרדר במהרה באקלים הקר והלח של איי סולובצקי. בסך הכל שהה איליִין במאסר במנזר עשרים שנה (1859–1879). למרות הבקרה הקפדנית, הוא ניצל כל הזדמנות לכתוב לחסידיו ולתקשר עמם, והמשיך לכתוב בכל עת שיכל. יצירה חשובה מאוד שנכתבה על ידי ניקולאי איליִין במנזר נקראת: "לוֹך סְבֵטַה דְלִיָה רַסְבַטָה" (קרן אור בעבור השחר). הספר מכיל תשעה חלקים, ומוקדש למגוון רחב של שאלות דוקטרינליות ומעשיות, מנבואות אפוקליפטיות למבנה הפנימי ולקוד ההתנהגות של חברי האחווה הצדיקה. למעשה, בערך בזמן בו הועבר לסוזדל התחיל איליִין לקרוא לרעיו המאמינים יהוויסטים.
לקראת שלהי שנות השבעים של המאה ה-19, מצב בריאותו של איליִין הורע עד מאוד. הוא סבל מכאבי ראש קשים ומתשישות עצבים. יום אחד הניחה אחות עלוקה קרוב כל-כך לעינו של איליִין, דבר שגרם לעיוורון חלקי. תחת התנאים הללו, משפחתו של איליִין וחבריו המשיכו לעתור למענו, ולבסוף, ביולי 1879 שוחרר איליִין ונכפה עליו להתיישב בעיירה בשם פלנגן במחוז קורלנד שהיה בעיקרו לותרני (עכשיו לטביה) במטרה ספציפית למנוע מאיליִין להפיץ את רעיונותיו בקרב האוכלוסייה האורתודוקסית. לאחר זמן מה הותר לאיליִין לעקור לעיר מיטאו (עכשיו ילגבה, לטביה) באותו אזור.
שחרורו של המנהיג גרם לתחושת הקלה ועודד את היהוויסטים בהרי אורל. עלונים חדשים הגיעו לברנצ'ה, ניזניי טגיל וערים אחרות בהרי אורל, בעוד שכסף שנאסף על ידי יהוויסטים נשלח למיטאו, מאחר שמצבו הכלכלי של איליִין לאחר שחרורו היה קריטי. מכתביו של איליִין לחסידיו במקומות שונים באימפריה מראים שערך התרומות החד-פעמיות שנשלחו למיטאו נע בין שני רובלים צנועים לחמישים רובל (משכורת חודשית ממוצעת של עובד מפעל באותה תקופה), תלוי בגודלה של הקבוצה היהוויסטית ששלחה את התרומה וברווחתה הכלכלית. איליִין השתדל להניע את זרימת הכסף על מנת שיהוויסטים מבודדים ועניים יכלו לקבל תמיכה כלכלית. הוא גם עודד מנהיגים מקומיים להקים נאמנויות כספיות ולאגור קופות משותפות כדי לעזור לנזקקים ביותר בקרב האחים.
איליִין המשיך לכתוב ספרים ולשלוח אותם לחסידיו בהרי אורל ולמספר קוראים בפועל ופוטנציאלים ברחבי האימפריה הרוסית ומחוצה לה. רבים מכתביו באותה עת הסתיימו בהזמנה ליצור קשר עם המחבר בנוגע לשאלות כלשהן או אם נזקקו הקוראים לעותקים נוספים. כבר בימי חייו של איליִין התבססו קהילות של יהוויסטים בצפון קווקז (פיאטיגורסק) ובאזורי עבר הקווקז, בעוד שמשפחות ומאמינים בודדים מבודדים ניתן היה למצוא במחוזות שונים של האימפריה הרוסית. חסידיו הפיצו את חוברותיו באדיקות, בעשותם תלמידים בקרב פועלי בתי החרושת ואחרים, והכעיסו את הרשויות המקומיות.
משפט חדש של היהוויסטים-איליִיניים החל ביקטרינבורג בשנת 1886. בשנת 1887 נעצר איליִין שוב ונשלח לאקטרינבורג להתייצב בפני בית המשפט, מאחר שכל האסירים האחרים התגוררו באותו אזור. כחודשיים לאחר מכן, ב־30 באוגוסט 1887, שוחרר איליִין בערבות. הוא ניצל את החירות הבלתי-צפויה שלו והלך לניזניי טגיל ולברנצ'ה לבקר את רעיו ולעודדם. ביקור פתע זה גרם לפרץ של חדווה ואופטימיות בקרב חסידיו של איליִין, שהיו מדוכאים למדי בעקבות המשפט ומעצרם של יהוויסטים רבים. היהוויסטים קיוו כי אחיהם ישתחררו במהרה. למעשה, עם זאת, איליִין נעצר שוב ב־13 בספטמבר מאחר שהרשויות ידעו כי היה מעודד את חסידיו ומקיים עמם אספות, והוא נשלח שוב לכלא אקטרינבורג.
ניקולאי איליִין עבר בדיקה רפואית בינואר 1888, ונמצא בלתי-כשיר לעמוד בהליכים משפטיים נוספים כלשהם. המשפט נדחה עד להחלמתו. איליִין נשלח חזרה למיטאו בתחילת שנת 1889 והושם באופן מידי תחת השגחה משטרתית קפדנית. עם שיבתו לקורלנד המשיך איליִין לכתוב ולשלוח עלונים למרות מצב בריאותו הרופף. ההחלמה לא הגיעה וניקולאי איליִין הלך לעולמו במיטאו ב־3 ביולי 1890. מקום קבורתו אינו ידוע.
היהוויסטים לפני המהפכה.
במהלך חייו של איליִין ובעקבות הפצת חוברות בכמויות גדולות הן על ידי איליִין והן על ידי חסידיו של איליִין, הוקמו קבוצות של איליִיניים באזורים שונים של האימפריה הרוסית. לב התנועה לפני המהפכה נותר באורל אולם קבוצות יחידות התבססו גם בעבר הקווקז, בצפון הקווקז ובאוקראינה. האיליִיניים נרדפו מעת לעת, ולעיתים קרובות נענשו על ידי הגליה לאזור מרכז אסיה ולאזורים אחרים של האימפריה הרוסית. במאה התשע עשרה ובמאה העשרים אכלסו רוסים המאה אזורים מסוימים של קזחסטן וצפון קירגיזסטן. בקרב המתיישבים היו גם יהוויסטים, אשר גילו עד מהרה כי מקומות חדשים הציעו להם חופש דת רב יותר מאשר המחוזות הרוסיים.
יהוויסטים בתקופה הסובייטית.
האיליִיניים התייחסו למהפכה של שנת 1917 באדישות; תורתם אוסרת עליהם לפעול בעימותים צבאיים ובהרג. אולם האיליִיניים ציפו לקבל חופש דת רב יותר לאחר המהפכה. בשנת 1939, מרכז סודי של האיליִיניים התגלה ונסגר על ידי הנ.ק.וו.ד. בעיר ניז'ני טגיל בהרי אורל. בעת התקופה הסובייטית, נאלצו האיליִיניים להסתיר את פעילותם; חלקם נרדפו, נעצרו; הספרות הדתית שלהם הוחרמה. לעיתים קרובות סירבו גברים צעירים לשרת בצבא, דבר שהביא להעמדה לדין פלילי, ובמקרים מסוימים לעונש מוות. אף-על-פי-כן, היהוויסטים-איליִיניים המשיכו להפיץ את חוברותיו של איליִין, הן אלה שהודפסו בחשאי והן אלה שנכתבו ביד או הועתקו על ידי נייר העתקה. היהוויסטים אינם ארגון רשום, בהאמינם כי אין צורך ברישום עם הרשויות השייכות לשטן. כתבים דתיים אודות היהוויסטים שיצאו לאור במהלך התקופה הסובייטית נדירים ומכילים נתונים שגויים על היהוויסטים. צוין בהם כי האיליִיניים חדלו להתקיים כתנועה דתית והם גם ניסו לייצג את היהוויסטים כחלק או כפלג של עדי יהוה, דבר שאיננו נכון כלל.
היהוויסטים כיום.
תנועת היהוויסטים (המכונה לעיתים קרובות על ידי חבריה בשם אחווה) ממשיכה להתקיים בחלקים מברית המועצות לשעבר , ובמיוחד בקזחסטן, בקירגיזסטן, בדרום רוסיה, ובאוקראינה. מרבית היהוויסטים הם רוסים אתניים, אם כי אחוז החברים שאינם רוסיים גדל בעקבות הפיכתם למאמינים. התקופה מאופיינת באופנים חדשים של הפצת הספרות הדתית, בפרט משתמשים היהוויסטים באופן פעיל באינטרנט, בתרגום יצירותיו של איליִין לשפות אחרות. האיליִיניים מפעילים אתר אינטרנט רב-לשוני: http://svetoch.org המציע הן את מסמכי המקור ברוסית, המיועדים לציבור הרחב, והן תרגומים לשפות אנגלית, גרמנית, עברית, יוונית, פולנית וקירגיזית. הזמנות לבקר באתר מתפרסמות מעת לעת בפורומים ובאתרים אחרים במגזר הרוסי של האינטרנט.
אוכלוסיית היהוויסטים אינה גדולה ואין הערכות מדויקות בנוגע למספרם של היהוויסטים-איליִיניים משום שזהו ארגון דתי סגור. האיליִיניים אינם מספקים לעולם מידע כלשהו לגבי האוכלוסייה שלהם, כמו גם לגבי החיים פנימיים של הקהילות ופעילותן. האוכלוסייה שלהם גדלה, כך סבורים, בשל הפצת האמונה.
תורת היהוויסטים.