כפי שחשש בל, התפרץ סכסוך רוחבי ב-1849 כאשר קליפורניה הגישה בקשה להתקבל כמדינה בה תיאסר העבדות. בל תמך בכניסתה של קליפורניה לברית והתעמת על הסוגיה בסנאט עם עמיתיו מהדרום הסנאטורים ג'ון קלהון וג'ון מקפרסון ברין. הוא הציע פשרה שתאפשר לקליפורניה להיכנס לברית ושתפצל את ניו מקסיקו וחלק מערב טקסס לשלוש מדינות חדשות, באחת בה תיאסר העבדות ובשתיים בהן היא תותר. במאי נגנזה פשרה זו לטובת חבילת צעדי חקיקה שהוצעו על ידי הנרי קליי, שבהמשך נודעה כפשרת 1850. בל תמך בעיקר בפשרה של קליי, והצביע בעד כניסתה של קליפורניה ובעד ההסכם על גבולותיה של ניו מקסיקו, אך הוא הצביע נגד החוק שאסר על סחר העבדים בוושינגטון די. סי..
במהלך המחצית השנייה של תקופת כהונתו הראשונה בסנאט ניהל בל וויכוחים על שורה של הצעות חוק שנגעו לשיפור התשתיות, כלומר החוק שהסדיר את מימון סלילת מסילת הברזל המרכזית של אילינוי (שבו הוא תמך, אף על פי שהוא היה סבור שההכנסות ממכירות קרקעות צריכות להתחלק שווה בשווה בין המדינות) והחוק שמימן את בניית תעלת מפלי סנט מרי שלו הוא התנגד. הוא היה תומך איתן של מילרד פילמור שהיה לנשיא בעקבות מותו של זאכרי טיילור ב-1850 וביולי 1852 הוצעה לו משרת מזכיר הצי אך הוא דחה את ההצעה.
במהלך כהונתו השנייה של בל בסנאט, שהחלה בעקבות בחירתו מחדש ב-1853, הסנאט היה מפולג בסכסוכים חוצי מפלגות. המאבקים החלו בראשית 1854 על הצעת החוק שבסופו של דבר הייתה לחוק קנזס נברסקה. כדי להשיג את תמיכתם של הסנאטורים הדרומיים, כללה הצעת החוק תיקון שביטל חלק מפשרת מיזורי כדי לאפשר את קיום העבדות מצפון לקו הרוחב '36°30. בל התנגד לתיקון זה, והזהיר שביטול פשרת מיזורי תוביל למאבקים חסרי מוצא. בשל עמדתו זו תקפו אותו הסנאטורים הדרומיים והסנאטור רוברט טומבס מג'ורג'יה גידף אותו באולם הסנאט. בל היה אחד משני הסנאטורים הדרומיים היחידים (השני היה סם יוסטון) שהצביעו נגד נוסחו הסופי של החוק.
הפילוג בשורות המפלגה הוויגית בין הצפוניים לבין הדרומיים על סוגיית חוק קנזס נברסקה חרץ את גורלה של המפלגה, כשהוויגים הצפוניים עברו למפלגה הרפובליקנית החדשה. בראשית ספטמבר 1856 נבחר בל להיות נציג בוועידה הלאומית של המפלגה הוויגית. הוועידה בחרה בנשיא לשעבר פילמור, שכבר קיבל את המינוי מהמפלגה האמריקאית. בעודו מקדם את המועמדים של מפלגה זו, לא הביע בל את תמיכתו בעמדות היותר שנויות במחלוקת של המפלגה, כמו העמדה האנטי-קתולית שלה. עיתונים שונים, כמו Knoxville Whig, ה-Delta מניו אורלינס וה-Intelligencer מסנט לואיס, תמכו בבל כמועמדה של המפלגה האמריקאית לנשיאות, אך מועמדות המפלגה ניתנה בסופו של דבר למילרד פילמור.
ב-1857 השיגו הדמוקרטים את השליטה על בית הנבחרים של טנסי. הם בחרו באנדרו ג'ונסון כדי לאייש את מושבו של הסנאטור ג'יימס ג'ונס שכהונתו הסתיימה. אף על פי שכהונתו של בל הייתה אמורה להימשך עוד שנתיים, סלדו ממנו חברי בית הנבחרים והם הקדימו ובחרו במחליפו, אלפרד א. פ. ניקולסון, ודרשו מבל להתפטר. הוא המשיך לתקוף את הסנאטורים הדרומיים האחרים. בסוף אותה שנה הוא קרא לרוברט טומבס להתמודד עמו בדו-קרב לאחר שזה האחרון כינה אותו מתנגד לעבדות, אך הוא חזר בו מאמירתו. בפברואר 1858 היו בל וג'ונסון מעורבים בקטטה באולם הסנאט לאחר שג'ונסון הטיל ספק בנאמנותו של בל לדרום.
חודש לאחר מכן היה בל אחד משני הסנאטורים הדרומיים היחידים (השני היה ג'ון קריטנדן) שהצביעו נגד כניסתה של קנזס לברית על פי "חוקת לאוקופטון" , כשהוא מתעלם מההוראות של בית הנבחרים של טנסי. ב-1859, בישיבה האחרונה של הסנאט בה הוא השתתף, הצביע בל נגד ההצעה לרכוש את קובה מספרד, התנגד ל"חוקי הענקת הקרקעות" ותמך במתן הסבסוד למסילת הברזל הפסיפית.
מועמד לנשיאות.
מתוך מרמור על הסכסוכים המתמשכים חוצי המפלגות בסנאט, שקל בל במהלך שנות ה-50 של המאה ה-19 הקמת מפלגה שלישית שתמשוך אליה אישים מתונים, הן מהצפון והן מהדרום. ב-1859 הייתה המפלגה האמריקאית כבר בקריסה, אך הוויגים בטנסי התארגנו ל"מפלגת האופוזיציה" , שניצחה כמה פעמים בבחירות לבית הנבחרים של המדינה. כמה מתומכי מפלגה זו, ביניהם עורך ה-Knoxville Whig, ויליאם בראונלאו, המועמד לסגן הנשיא לשעבר אנדרו ג'קסון דונלסון והתובע הכללי של קליפורניה ביילי פייתון, האיצו בבל להתמודד על הנשיאות כנציג של מפלגה שלישית.
במאי 1860, התאספו בבולטימור וויגים לשעבר ממורמרים ואישים מתונים מאוכזבים מכל רחבי ארצות הברית, שם הם ייסדו את "מפלגת האיחוד החוקתי" . מצע המפלגה היה רחב מאוד ולא הוזכרה בו סוגיית העבדות. אף על פי שהיו כמה מועמדים לנשיאת מטעם המפלגה, שני המועמדים המובילים היו בל וסם יוסטון. ב-9 במאי הוביל בל את סבב הבחירות הראשוני עם 68 מצביעים בעדו, 59 בעד יוסטון ויותר מתריסר מועמדים אחרים חלקו ביניהם את שאר הקולות. עברו הצבאי של יוסטון זיכה אותו במוניטין לאומי, אך הוא הזכיר לוויגים של קליי שנכחו בוועידה את יריבם הוותיק אנדרו ג'קסון. למחרת גרף בל 138 קולות מול 69 הקולות של יוסטון והוא הוכרז כמועמד. כמועמד לסגן הנשיא נבחר אדוארד אברט.
בעוד שלבל היו תומכים בכל רחבי מדינות הצפון ובמדינות הגבול, רוב בעלי בריתו בצפון העניקו את תמיכתם למועמד הרפובליקני אברהם לינקולן או למועמד הדמוקרטי סטיבן דאגלס. לבל עצמו הייתה תמיכה מצומצמת מאוד בדרום, שם המועמד המוביל היה הדמוקרטי הדרומי ג'ון ברקינרידג'. העיתונים הדמוקרטים בדרום תקפו אותו כידיד של מתנגדי העבדות ושל הרפובליקנים. העיתון Union מנאשוויל, בהתייחסו למצע הבלתי מתחייב של מפלגת האיחוד החוקתי, לעג לבל כ"איש של אף אחד, שלא מחזיק במצע של אף אחד". בל גם נאבק כדי לקבל את קולות הצעירים על רקע היותו מבוגר מלינקולן בעשר שנים. בראותו שסיכוייו לנצח בבחירות באופן מוחלט כמעט ואפסו, קיווה בל שאף אחד משלושת המועמדים האחרים לא יזכה מספר הקולות הדרוש ושהבחירה תעבור לבית המחוקקים, שם הוא היה עשוי להיבחר כמועמד של פשרה. גם הוא וגם אברט לא ניהלו קמפיין אינטנסיבי.
בבחירות הכלליות שנערכו בנובמבר 1860 הצביעו עבור בל 592,906 מצביעים (13% מכלל המצביעים ו-39% מכלל המצביעים בדרום) והוא זכה ב-39 מכלל חברי חבר האלקטורים (13%). הוא ניצח את ברקינרידג' בווירג'יניה, קנטקי וטנסי ברוב דחוק, אך הובס על ידי ברקינרידג' על חודם של קולות מועטים במרילנד, קרוליינה הצפונית, ג'ורג'יה ולואיזיאנה ועל ידי דאגלס במיזורי. בדלאוור, פלורידה, אלבמה, מיסיסיפי, ארקנסו וטקסס הוא נחל מפלה קשה.
מלחמת האזרחים.
בחודשים לאחר בחירתו של לינקולן לנשיאות, נותר בל עקבי בתמיכתו באחדות הברית. במהלך חודש מרץ 1861 הוא נפגש עם הנשיא לינקולן, שעל פי בל, אמר שאין לו כל כוונה להשתמש בכוח נגד מדינות הדרום. עם זאת, לאחר קרב פורט סאמטר באפריל, הלין בל (אף על פי שהמשיך להאמין באי-חוקיותה של הפרישה) על כך שהוא חש שהוא הולך שולל על ידי לינקולן. בעודו ממשיך לתמוך בשימור הברית ככל האפשר, הוא ציין שאם הכוחות הפדרליים יפלשו לטנסי, יש להתנגד להם. לפיכך, ב-23 באפריל הוא התנגד בגלוי ללינקולן וקרא למדינתו להצטרף אל הקונפדרציה וטען שיש צורך להכין את המדינה לקראת פלישה שכזאת.
עריקתו של בל אל הקונפדרציה הכתה בתדהמה את מנהיגי היוניוניסטים. עורך העיתון Louisville Courier, ג'ורג' ד. פרנטיס, כתב שהחלטתו של בל גרמה ל"השפלה בלתי ניתנת לתיאור, גועל וכעס" לתומכיו הוותיקים. הוראס גרילי קונן על "הסוף המביש" לקריירה הציבורית של בל. עורך ה-Knoxville Whig (ולימים מושל טנסי) ויליאם בראונלאו לעג לבל כ"כהן המכהן" במזבח "אלוהי הכזב של הפירוד".
ביוני 1861 נסע בל לנוקסוויל בתקווה לחולל שינוי בגישתם של מנהיגי היוניוניסטים בעיר כלפי הבדלנות ולגרום אולי לשינוי ברגשות במזרחה של המדינה, שם רוב האנשים תמכו בהמשך האיחוד. ב-6 ביוני נשא בל נאום לפני קהל של תומכי ההיפרדות בבית המשפט של מחוז נוקס. לאחר הנאום הוא חצה את הרחוב אל משרדו של עורך הדין הוותיק אוליבר פרי טמפל, שם התאספו טמפל ומנהיגים תומכי האיחוד נוספים. ביניהם היו בראונלאו, פרז דיקינסון וויליאם רול. מאוחר יותר נזכר טמפל:
בראונלאו תמך בבל במשך יותר משני עשורים והוא קרא לאחד מבניו על שמו. הוא זכר את המקרה במשרדו של טמפל כאשר ב-1862 הוא ניגש לכתוב את ספרו, בו הוא ציין שהוא מתח ביקורת על בל באותו לילה עם "כאב גדול", ונזכר שהוא ובל "נפרדו בדמעות". טמפל היה סבור שהחלטתו של בל לתמוך בקונפדרציה הייתה מבוססת על פאניקה, שכן "לא הייתה טיפה אחת של דם בלתי נאמן בעורקיו".
ב-8 ביוני, לאחר שטנסי פרשה מהאיחוד, פרש בל מהחיים הפוליטיים, אם כי בניו וחתניו תמכו באופן פעיל בקונפדרציה. כאשר כבש צבא האיחוד את טנסי ב-1862, נמלט בל להאנטסוויל, אלבמה ומאוחר יותר לג'ורג'יה. לאחר המלחמה הוא עבר למחוז סטיוארט שבטנסי, שם הוא ניהל את מפעלי הברזל שבבעלות משפחתו. ג'ון בל נפטר בדובר שבטנסי ב-10 בספטמבר 1869 ונטמן בבית הקברות מאונט אוליב שבנאשוויל.
משפחתו.
בל התחתן עם אשתו הראשונה, סאלי דיקינסון, ב-1818. עד למותה ב-1832 נולדו להם חמישה ילדים. סאלי הייתה אחותו של חבר הקונגרס דייוויד דיקינסון, נכדתו של הארדי מרפרי שלחם במלחמת העצמאות של ארצות הברית ודודתה של הסופרת מרי נואלס מרפרי. ב-1835 נשא בל לאישה את ג'יין ארווין יטמן, אשת החברה הגבוהה ואלמנתו של איש העסקים האמיד תומאס יטמן.