בשנות ה-80 החלה סוכנות הסקר הגאולוגי של ארצות הברית לבצע מחקר שיטתי יותר של הקרחונים הנותרים, מחקר הנמשך עד היום. בשנת 2005 נותרו רק 27 קרחונים, ורוב המדענים מסכימים שאם אפקט החממה ימשיך במתכונתו הנוכחית, כל הקרחונים בפארק ייעלמו עד שנת 2030. נסיגת הקרחונים תואמת לדפוס העולמי שהואץ מאז שנות ה-80. נסיגת הקרחונים הנרחבת שנצפתה בפארק הלאומי גליישר, כמו גם באזורים אחרים בעולם, מהווה סמן מרכזי לשינויים האקלימיים בקנה מידה עולמי. ללא שינוי אקלימי נרחב שבמהלכו ישוב מזג האוויר הקר והלח יותר ואף יתמיד, יופר האיזון בין קצב היווצרות הקרחונים וקצב היעלמותם, והם ימשיכו להיעלם עד שבסופו של דבר יוותרו סלעים חשופים בלבד.
מסוף עידן הקרח הקטן, ב-1850, נמשכה הנסיגה המתונה של הקרחונים עד סוף העשור הראשון של המאה ה-20. קצב נסיגת הקרחונים התגבר במהירות בין 1917 ל-1926, ואף הואץ במהלך שנות ה-30. במשך תקופה קצרה שנמשכה מ-שנות ה-40 עד 1979 היה מזג האוויר קר יותר, והוא סייע בהאטת קצב הנסיגה ובמספר מקרים הקרחונים אף התקדמו בכמה עשרות מטרים. אולם, החל משנות ה-80, החלו הקרחונים שבפארק להצטמצם באופן רציף, ומגמה זו נמשכת לתוך שנות ה-2000. ב-1850 השתרעו הקרחונים שבאזור קרחוני בלקפוט וג'קסון על שטח של 21.6 קמ"ר, אך ב-1979 שטחם היה רק 7.4 קמ"ר, ובסך הכול נמסו 73% משטח הקרחונים. בזמן הקמת הפארק היה קרחון ג'קסון חלק מקרחון בלקפוט, אך ב-1939 הם התפצלו לשני קרחונים נפרדים.
השפעתה של נסיגת הקרחונים על המערכות האקולוגיות של הפארק טרם התבררה במלואה, אך הצמחים ובעלי החיים התלויים במים קרים עלולים לסבול כתוצאה מאובדן בית הגידול. הירידה בהתמוססות הקרחונים העונתית עלולה להשפיע גם על ספיקת המים הזורמים בנחלים בקיץ ובסתיו, ירידת מפלס מי התהום והגדלת הסיכון לשריפות יער. אובדן הקרחונים גם יפחית מכוח המשיכה החזותי שהם מהווים לתיירות.
אקלים.
אזורים רבים בפארק נגישים רק בקיץ, ולעיתים גם בשלהי האביב ותחילת הסתיו, על פי מצב השלג וגובה האזור. עונת התיירות שבקיץ גשומה מאוד, וכמות הגשם נעה בין 50 ל-75 מ"מ בחודש. שלג עשוי לרדת בכל אחד מחודשי השנה, אפילו בקיץ, ובייחוד באזורים הגבוהים. הזמן המועדף לביקור בפארק, מבחינת מזג האוויר, הוא בתחילת הקיץ. באביב הטמפרטורות בבוקר ובערב נמוכות מאוד, ושבילים הנמצאים בגובה רב, כולל נתיב האגם הסמוי הפופולרי שבמעבר לוגן, עשויים להיות מכוסים בשלג. בקיץ תדירותן של סופות הרעמים היא גבוהה, ויש צורך לנקוט באמצעי התגוננות נגד הברקים והברד. רכסי ההרים שבפארק מונעים ברוב המקרים את התרחשותן של סופות הטורנדו. בחורף עשויים להגיע אל הפארק גלי קור ארוכים, ובייחוד בצד המזרחי של קו פרשת המים. כמות השלגים היורדת במהלך החורף היא משמעותית, וניכרת בעיקר במערב הפארק. בעונת התיירות הטמפרטורות ביום הן בין 15 ל-25°C, ובלילה הן יורדות עד ל-7°C, כאשר באזורים הגבוהים הן עוד נמוכות יותר. עם זאת, בעמקים הנמוכים עשויות הטמפרטורות להגיע לכדי 32°C ומעלה בשעות היום.
באזור נמדדו שינויי טמפרטורה מהירים. השינוי המהיר ביותר נמדד בבראונינג הנמצאת בשמורת האינדיאנים בלקפיט מזרחית לפארק, כאשר נמדדה ירידת טמפרטורה של 56°C בתוך 24 שעות בלילה שבין ה-23 ל-24 בינואר 1916. התרמומטרים מדדו שינוי טמפרטורה מ-7°C עד למינוס 49°C, שיא עולמי בירידת טמפרטורה.
בפארק מתנהלת תוכנית מחקר מקיפה, שבה נחקרים שינויים אקלימיים בקנה מידה עולמי. סוכנות הסקר הגאולוגי של ארצות הברית ערכה מספר מחקר מדעיים על שינויים אקלימיים ספציפיים מאז 1992. בנוסף לחקר הקרחונים הנסוגים, מתמקדים המחקרים גם בחקר מודלים של יערות שבהם מנותחים שריפות יער ושינוי בתי גידול. בנוסף מתעדים המדענים את השינויים בצמחייה האלפינית, חוקרים את הטמפרטורה ומשטר זרימת המים בתחנות מדידה נייחות, ומבצעים מחקרים אטמוספיריים שבהם נבדקים לאורך זמן עוצמת הקרינה האולטרה סגולה, עובי שכבת האוזון וכמות הגזים האטמוספיריים האחרים. מחקרים אלו סייעו להבנה מעמיקה יותר של השינויים האקלימיים המתרחשים בפארק. המידע נאסף, ובהשוואתו למידע שנאסף ממקורות אחרים ברחבי העולם ניתן לבצע התאמה של השינויים האקלימיים בקנה מידה עולמי.
איכות האוויר והמים שבפארק נחשבת לגבוהה מאוד. בקרבת הפארק אין ריכוזי אוכלוסייה גדולים, וההשפעות התעשייתיות מצטמצמות למינימום בגלל נדירותם של מפעלים וגורמים מזהמים אחרים. אולם האגמים העקרים והקרים הפזורים ברחבי הפארק מזדהמים בקלות בחומרים מזהמים הנישאים באוויר ומגיעים אליהם ברדת גשם או שלג, ועדויות למזהמים אלו נמצאו במימי הפארק. רמת הזיהום הנוכחית נחשבת לזניחה, ודירוג איכות המים במאגרי המים שבפארק הוא A-1 (הדירוג הגבוה ביותר הניתן על ידי מדינת מונטנה).
חיי הבר ואקולוגיה.
הפארק הלאומי גליישר הוא חלק ממערכת אקולוגית גדולה יותר הידועה בשם "הכתר של המערכות האקולוגיות היבשתיות", ורוב המערכת היא אזור טבע בראשיתי. כל הצמחים ובעלי החיים שהתקיימו בפארק כאשר הגיעו החוקרים הלבנים הראשונים, נמצאים בפארק גם כיום.
פלורה.
ברחבי הפארק זוהו ותועדו כ-1,132 מינים של צמחים. היער המחטני הוא בית למגוון מינים של עצים כגון אשוחית אנגלמן, אשוח דאגלס, אורן גמיש ("Pinus flexilis") וארזית מערבית ("Larix occidentalis"), שהיא מחטן נשיר המייצר אצטרובלים, אך מאבד את המחטים שלו בסתיו. Cottonwood ו-Aspen (שני תת-סוגים בסוג צפצפה) הם העצים הנשירים הנפוצים יותר, וניתן למצוא אותם בגבהים נמוכים, ובדרך כלל ליד אגמים ונחלים. גובה קו העצים של הצד המזרחי של הפארק נמוך בכ-244 מטרים מאשר הצד המערבי של קו פרשת המים, וזאת בעקבות החשיפה לרוחות הקרות ומזג האוויר של המישורים הגדולים. בכיוון מערב מקו פרשת המים היער הופך ליותר לח ומוגן מהשפעות החורף, דבר המאופיין בצפיפות וגובה עצים גדולים יותר. מעל העמקים המיוערים ומדרונות ההרים שולטים תנאים של טונדרה אלפינית, כאשר הצמחים גדלים באזור הנהנה משלושה חודשים בלבד שבהם אין שלג. בפארק וביערות הלאומיים המקיפים אותו התגלו שלושים מינים של צמחים. "Xerophyllum tenax", צמח בעל פרחים גבוה, נמצא בדרך כלל ליד מקורות לחות, ועיקר שגשוגו הוא ביולי ואוגוסט. פרחי בר כגון שושנת גליישר, Mimulus ועשב להבה נפוצים גם כן.
האזורים המיוערים של הפארק מתחלקים לשלושה אזורים אקלימיים עיקריים. האזור המערבי והצפון-מערבי נשלטים על ידי אשוחית ואשוח, והאזור הדרום-מערבי נשלט על ידי ארז אדום מערבי ("Thuja plicata") ומינים בסוג צוגה ("Tsuga"); באזורים שממזרח לקו פרשת המים של אמריקה יש שילוב בין אזורי אורן, אשוחית, אשוח ואזורי ערבה. חורשות הארז והצוגה שלאורך עמק אגם מקדונלד הן הדוגמאות המזרחיות ביותר למערכת האקולוגית בעלת אקלים פסיפי הזו.
אוכלוסיות אורן לבן-קליפה ספגו פגיעה קשה כתוצאה מהשפעות הפטרייה הפולשת "Cronartium ribicola". כ-30% מעצי האורן לבן-הקליפה בגליישר ובאזורים שמסביבו מתו, ולמעלה מ-70% מהעצים הנותרים נדבקו בפטרייה. עצי האורן הללו מספקים זרע עתיר שומן (צנובר) שהוא המאכל המועדף של סנאים אדומים ("Sciurus vulgaris") והעורב קיק אגוזים אמריקאי. ידוע כי דובי הגריזלי והדובים השחורים האמריקנים פושטים על מצבורי הצנוברים של הסנאים, וכי מדובר באחד המאכלים המועדפים על הדוב. בין 1930 ל-1970 נעשו מאמצים לשלוט בהתפשטות הפטרייה "Cronartium ribicola" שלא הצליחו, וההרס המתמשך של האורנים עדיין נמשך, ומשפיע בצורה שלילית על המינים התלויים בעצים הללו.
פאונה.
כל מיני בעלי החיים והצמחים שתועדו בפארק, מלבד הביזון האמריקאי ואייל הצפון, עדיין מצויים בו והם מספקים לביולוגים אפשרות לחקור את המערכת האקולוגית של הפארק. בפארק ישנם שני מינים של בעלי חיים המצויים בסכנת הכחדה: דוב גריזלי ושונר קנדי. הגם שמספרם לא נמוך באופן חריג הם נחשבים כמצויים בסכנת הכחדה כיוון שבכל האזורים של ארצות הברית מחוץ לאלסקה הם מאוד נדירים. הדובים תוקפים בני אדם בין פעם אחת לפעמיים בממוצע בכל שנה; מאז הקמת הפארק ב-1910 התרחשו עשרה מקרי מוות הקשורים לדובים. מספר דובי הגריזלי והשונרים בפארק לא ידוע בוודאות, אך הביולוגים החוקרים את הפארק משערים כי אוכלוסיית הגריזלי מונה כ-350 פרטים, ובמחקר שנערך ב-2001 הצליחו לקבוע את מספר השונרים. במחקר נוסף שנערך התברר כי בפארק עדיין קיימת אוכלוסייה של גרגרן, שהוא מין נדיר נוסף של יונק בארצות הברית היבשתית. הדעה הרווחת היא כי בפארק מתקיימים 800 דובים שחורים. הדוב השחור פחות תוקפני בהשוואה לגריזלי, ומחקר עדכני שכלל שימוש ב-DNA על מנת לזהות דוגמיות שיער הצביע על כך שאוכלוסיית הדובים השחורים גדולה פי שישה מאוכלוסיית הגריזלים. יונקים גדולים אחרים הגדלים בפארק הם צפיר הקורדילרים (הסמל הרשמי של הפארק), כבש גדול-קרניים, אייל קורא, אייל קנדי, אייל פרדי שחור-זנב, אייל פרדי לבן-זנב, זאב ערבות והפומה. כל המינים הללו נפוצים. בניגוד לפארק הלאומי ילוסטון, שבו נערכה תוכנית להחזרה של זאבים בשנות ה-90, הזאבים בפארק גליישר התקיימו ברציפות מאז שהגיעו לאזור לראשונה. בסך הכול תועדו בפארק 62 מינים של יונקים כולל סמורים, לוטרה צפון-אמריקאית, סמרן מקריס, חורפן צפון אמריקאי, דלק קליפורני, שישה מיני עטלפים ומספר יונקים קטנים אחרים.