דירבורן היה נשוי שלוש פעמים. ב-1771 הוא נשא לאישה את מרי ברטלט, ב-1780 הוא נשא לאישה את דורקס (אוזגוד) מרבל וב-1813 את שרה בוודין, אלמנתו של ג'יימס בוודין שהיה מושל מסצ'וסטס. בנו מאשתו השנייה היה הנרי אלכסנדר סקמל דירבורן, פוליטיקאי בזכות עצמו.
מלחמת העצמאות של ארצות הברית.
כאשר החלו קרבות מלחמת העצמאות של ארצות הברית, לחם דירבורן עם הצבא הקונטיננטלי כקצין בדרגת קפטן ברגימנטים ה-1 וה-3 של ניו המפשיר ועד מהרה הוא הועלה לדרגת לוטננט קולונל. ביולי 1781 הוא מונה לסגן קצין האספקה הראשי ושירת במטהו של ג'ורג' וושינגטון בווירג'יניה. בגיל 23 הוא ארגן את כוח מיליציה מקומי של שישים גברים באזור בוסטון ופיקד עליו, שם הוא השתתף ב-17 ביוני 1775 בקרב גבעת בנקר כקצין בדרגת קפטן ברגימנט ה-1 של ניו המפשייר בפיקודו של קולונל ג'ון סטרק. דירברון העיר שבמהלך הקרב "שום קצין או חייל מהכוחות הקונטיננטליים שהשתתפו בו לא לבש מדים, כל המשתתפים לבשו בגדים אזרחיים פשוטים, ואף אחד המקצינים לא רכב על סוס". שנים לאחר מכן האשים דירבורן את ישראל פטנאם על שכשל בתפקידו במהלך הקרב ובכך עורר מחלוקת קשה וידועה.
בספטמבר 1775 התנדב דירבורן לשרת תחת קולונל בנדיקט ארנולד במסגרת המסע הקשה לקוויבק. מאוחר יותר כתב דירבורן ביומן המלחמה שניהל על המצב והתנאים הכלליים: "היינו אכן כוח קטן כדי שנוכל לחשוב על כניסה לקוויבק. אך במצב בו אספקתנו כמעט ואזלה לחלוטין, היה ברור שנמות אם ננסה לשוב על דרכנו ומצבנו לא יהיה גרוע יותר אם נמשיך בנתיבנו".
בקטע האחרון של המסע הוא חלה קשות וחומו עלה, כך שהוא נאלץ להישאר מאחורי קוטג' על גדות נהר שודייר. מאוחר יותר הוא חבר לכוחות המשולבים של בנדיקט ארנולד ושל גנרל ריצ'רד מונטגומרי, בדיוק בזמן כדי לקחת חלק בתקיפה על קוויבק. יומנו של דירבורן מהווה מקור חשוב על מערכה זו. במהלך המסע נעשו הוא וארון בר לידידים. יחד עם כמה קצינים נוספים, נשבה דירבורן ב-31 בדצמבר 1775, במהלך קרב קוויבק, וישב בשבי במשך שנה. במאי 1776 הוא שוחרר, אך חילופי השבויים לא בוצעו עד מרץ 1777.
לאחר שהשתתף במצור על מבצר טיקונדרוגה ביולי 1777, הועלה דירבורן לדרגת מייג'ור והוצב ברגימנט בפיקודו של אלכסנדר סקמל.
בספטמבר 1777 הועבר דירבורן לרגימנט הראשון של ניו המפשייר, תחת פיקודו של ג'וזף סיליי. הוא לקח חלק בקרב סרטוגה נגד הגנרל הבריטי ג'ון בורגוין בקרב חוות פרימן. בקרב הראשון השתתפו בעיקר כוחות מניו המפשייר, שממנה הגיע דירבורן. בריגדת ניו המפשייר בפיקודו של גנרל פור ופלוגת חיל הרגלים בפיקודו של דירבורן, שיחד מנו כ-300 איש, יחד עם פלוגות ממיליציה אחרת ועם הריינג'רים של וייטקומב, שיתפו פעולה עם דניאל מורגן בהדיפת מתקפתו של הגנרל הבריטי סיימון פרייזר. הגנרל הזהיר הורשיו גייסט הורה באי רצון לכוח הסיור שכלל את כוח הרובאים הארעי של מורגן ואת כוח הרגלים הקל של דירבורן לתצפת על אזור רמות במיס. מאוחר יותר ציין גייטס לטובה בדיווחו את תפקודו של דירבורן כחייל וכקצין. לאחר מכן הצטרף דירבורן לכוח העיקרי של הצבא הקונטיננטלי בפיקודו של ג'ורג' וושינגטון בוואלי פורג' שבפנסילבניה כקצין בדרגת לוטננט קולונל, שם הוא בילה את חורף 1778-1777.
ב-1778 השתתף דירבורן בקרב מונמאות' בניו ג'רזי, שהתנהל בעקבות הפינוי הבריטי של פילדלפיה והנסיגה לניו יורק, בקרב העיקרי האחרון בזירה הצפונית ובקיץ 1779 הוא התלווה למייג'ור גנרל ג'ון סאליבן במשלחת שהוביל נגד שבטי האירוקוי בצפון מדינת ניו יורק. הוא גם השתתף בקרב נגדם בוויומינג שבפנסילבניה.
במהלך חורף 1778–1779 הוא חנה במה שהיום נקרא פארק הזיכרון פטנאם שברדינג, קונטיקט. ב-1781 הצטרף מחדש דירבורן למטה של הגנרל וושינגטון, שם הוא שימש כסגן קצין האספקה הראשי ופיקד על הרגימנט הראשון של ניו המפשייר בקרב יורקטאון, אז נשא כבר דרגת קולונל. הוא גם נכח בכניעתו של הגנרל הבריטי צ'ארלס קורנווליס באוקטובר אותה שנה.
ביוני 1783 שוחרר דירבורן מהצבא הקונטיננטלי והתיישב בגרדינר שבמיין, שם הוא היה למייג'ור גנרל במיליציה של מיין. הוא קיבל מוושינגטון מינוי של המרשל של מחוז מיין. בין השנים 1793 – 1797 כיהן דירבורן כחבר בבית הנבחרים של ארצות הברית מטעם מחוז מיין, שהיה אז חלק ממסצ'וסטס.
יומני המלחמה.
במהלך מלחמת העצמאות של ארצות הברית ניהל דירבורן שישה יומנים שונים בהם הוא תיעד מערכות שונות, קרבות ואירועים חשובים אחרים במלחמה מנקודת מבטו. ספרו "יומני מלחמת העצמאות של הנרי דירבורן, 1783-1775" מספקים להיסטוריונים של ראשית ימי ארצות הברית מידע רב ערך ממקור ראשון מנקודת מבטו של קצין שהיה מעורב במגוון של קרבות ושל האירועים הקשורים אליהם. היומנים פורסמו לראשונה ב-1939 על ידי מועדון קקסטון משיקגו ונערכו מכתבי היד המקוריים על ידי ההיסטוריונים לויד א. בראון והווארד הנרי פקהאם. הפרסום כולל מאמר ביוגרפי אודות דירבורן מאת הרמון ד. סמית'. ששת היומנים הם:
יומן 1 – המסע לקוויבק
יומן 2 – מערכת ברגוין (מערכת סרטוגה)
יומן 3 – המבצעים במושבות המרכזיות
יומן 4 – המשלחת אל האינדיאנים של סאליבן
יומן 5 – מערכת יורקטאון
יומן 6 – המשא ומתן לשלום.
דירבורן גם כתב את המאמר "דין וחשבון על קרב גבעת בנקר". כמה חוקרים ציטטו את המאמר הזה כחשוב מבחינה תרבותית וככזה שתרם משמעותית לבסיס הידע על ההיסטוריה האמריקאית המוקדמת.
לאחר מלחמת העצמאות.
ב-1787 הוצב דירבורן כבריגדיר גנרל במיליציה של מסצ'וסטס וב-1789 הוא קודם לדרגת מייג'ור גנרל. באותה שנה הוא מונה על ידי ג'ורג' וושינגטון לתפקיד המרשל הראשון של ארצות הברית במחוז מיין על פי החוקה החדשה של 1787. את המחוז הזה הוא ייצג בקונגרסים השלישי והרביעי מטעם המפלגה הדמוקרטית-רפובליקנית בין השנים 1793 – 1797.
מזכיר המלחמה.
ב-1801 מינה נשיא ארצות הברית השלישי, תומאס ג'פרסון את דירבורן לתפקיד מזכיר המלחמה, משרה בה הוא החזיק במשך שמונה שנים עד 7 במרץ 1809. דירבורן ייעץ לג'פרסון בסוגיות של ניהול כוח האדם הצבאי כאשר ג'פרסון ניסח את "חוק הממסד הצבאי לעתות שלום" (Military Peace Establishment Act) של 1800–1801, שהתווה את מערכת החוקים והמגבלות החדשים לצבא וגם הוביל לייסוד האקדמיה הצבאית של ארצות הברית בווסט פוינט. באפריל 1801 ביקש דירבורן מג'ורג' ברון, אנגלי שהיה ידידו ממיין, לקבל על עצמו משרת לימוד מתמטיקה בווסט פוינט. דירבורן אף הציע את משרת המפקח הכללי של האקדמיה לג'ונתן ויליאמס שתרגם לאנגלית כמה מאמרים על ארטילריה ועל ביצורים.
במהלך השנים 1801 ו-1802 ניהלו דירבורן וג'פרסון תכתובת ענפה בה הם דנו בסוגיות פוליטיות וצבאיות שונות. הסוגיה הבולטת ביניהן הייתה הדוח של דירבורן מה-12 במאי 1801 על מחלקת המלחמה, והמלצתו ל"סימון קו הגבול בין ארצות הברית לבין הנחלות הבריטיות השכנות, באופן כזה שיימנה סכסוכים כלשהם בעתיד...".
במהלך תקופת כהונתו כמזכיר המלחמה סייע דירבורן לג'פרסון להתוות את המדיניות בנוגע לאינדיאנים בארצות הברית. המטרה הייתה להתוות גבול מערבי באמצעות רכישת אדמות לאורך נהר המיסיסיפי.
ב-1805, כאשר אירועי "שערוריית בר" החלו להתפתח, תכננו לכאורה ארון בר ומושל טריטוריית לואיזיאנה, ג'יימס וילקינסון, לפתוח במלחמה נגד מקסיקו, מתוך מטרה להקים מדינה נפרדת בדרום-מערב ארצות הברית. במכתב לדירבורן האיץ בו וילקינסון לתקוף את מערב פלורידה הספרדית מכוון באטון רוז'. על רקע השמועות שרווחו על מלחמה הממשמשת ובאה, הורה לו דירבורן לשלוח שלוש פלוגות לפורט אדמס שבמערב פלורידה כאמצעי זהירות. וילקינסון עשה שימוש בסיכויי המלחמה להצדקת שליחת משלחת גישוש צבאית אל שטחי דרום-המערב כדי לאתר נתיב שישמש לאספקת הציוד למלחמה שתתנהל על הגבול שבין ארצות הברית לבין מקסיקו הספרדית. במאי הורה דירבורן לווילקינסון להגיע לטריטוריית אורלינס והנחה אותו "להדוף כל פלישה לארצות הברית מזרחה מנהר סבין או צפונה או מערב מעבר לגבולות של מה שהיה קרוי מערב פלורידה...". בהמשך טען דירבורן שכל תנועה שכזאת מעבר לקווי גבול אלו תהווה "פלישה של ממש אל הזכויות הטריטוריאליות שלנו". הן לבור והן לווילקינסון הייתה זו ההזדמנות שהם קיוו שתתרחש, מתוך מחשבה שהממשל הספרדי יהיה על סף עימות עם ארצות הברית שיתדרדר במהירות למלחמה. בכל אופן, כאשר וילקינסון ביקש מדירבורן לשלוח משלחת צבאית אל אזורי הדרום-מערב, השיב לו דירבורן ש"אתה, בר, וכו', נעשים מקורבים מדי... שמור כל אדם חשוד מעבר לטווח היד". באותה עת הזהיר גם דירבורן את וילקינסון ש"שמך הוזכר לעיתים קרובות מאוד בנשימה אחת עם שמו של בר". זמן קצר לאחר מכן נעצר בר באשמת בגידה.
במרץ 1809 מונה דירבורן על ידי הנשיא ג'יימס מדיסון לתפקיד הגובה של נמל בוסטון, תפקיד בו הוא החזיק עד ה-27 בינואר 1812, כאשר הוא מונה להגנרל המפקד של צבא ארצות הברית.
מלחמת 1812.