תקופת אדו הייתה אחת מהתקופות בהן שרר שלום יחסית תחת שלטונה של שוגונות טוקוגאווה, שלום כפוי שנשמר באמצעות שורה של אמצעים שהחלישו את הדאימיו והבטיחו את נאמנותם לשוגונות. שלום טוקוגאווה הופרע רק לעיתים נדירות וכן לזמן קצר לפני התקופה האלימה שהייתה בתקופת רסטורציית מייג'י בשנות השישים של המאה ה-19.
המצור על אוסקה, שהתרחש בין השנים 1614 – 1615, היה למעשה האירוע שסיים ככל הנראה את חייו של טויוטומי הידיורי, יורשו של הידיושי, ואת השפעתה של קבוצת שבטים וקבוצות אחרות שהתנגדו לשוגונות. כקרב סמוראי בקנה מידה גדול, במונחים של אסטרטגיה, מתכונת, שיטות לחימה והרקע הפוליטי מאחוריו, היה זה הקרב שנחשבה לעימות האחרון של תקופת סנגוקו.
למעט המצור על אוסקה, ולהוציא את העימותים האחרים של שנות החמישים והשישים של המאה ה-19, מעשי איבה שהתרחשו בתקופת אדו היו מוגבלים להתנגשויות קטנות ברחובות, מרידות איכרים ולאכיפת מדיניות הסאקוקו. המתחים החברתיים בתקופת אדו הובילו לפרוץ כמה מרידות, כשהגדול מבניהם היה מרד שימבארה. בקצה הצפוני של הארץ, היה האי הוקאידו מיושב על ידי כפריים בני האיינו ועל ידי מתיישבים יפנים. ב-1669 הוביל מנהיג האיינו מרידה כנגד שבט מטסומאה ששלט באזור והייתה זו המרידה העיקרית האחרונה כנגד השליטה היפנית באזור והיא דוכאה ב-1672. ב-1789 דוכאה באי מרידה נוספת.
הופעתה ביפן של דיפלומטיית ספינות התותחים בשנות החמישים של המאה ה-19 וכפיית פתיחתה של יפן (בקומטסו) על ידי מעצמות המערב, הדגישו את חולשתה של השוגונות והובילו לקריסתה. אף על פי שסופה הממשי של השוגונות והקמתה של הממשלה הקיסרית בסגנון המערבי נוהלו בדרכי שלום, השנים שלפני ואחרי אירוע זה לא היו נטולות מעשי שפיכות דמים לחלוטין. בעקבות סיום דרכה הרשמי של השוגונות התנהלה בין השנים 1868 – 1869 מלחמת בושין בין צבאה של שוגונות טוקוגאווה ובין מספר פלגים שלהלכה היו תומכי הכוחות הקיסריים.
התקופה המודרנית.
לאחר תקופה ארוכה של שלום, התחמשה יפן מחדש על ידי יבוא, ולאחר מכן ייצור של כלי נשק מערביים ובסופו של דבר ייצרה כלי נשק בעיצוב מקומי. במהלך מלחמת רוסיה–יפן, בין השנים 1904 – 1905, הייתה יפן לאומה האסיאתית המודרנית הראשונה שניצחה מעצמה אירופאית. ב-1902 היא הייתה האומה האסיאתית הראשונה שחתמה על הסכם הגנה הדדי עם מעצמה אירופאית, בריטניה.
יפן הייתה המעצמה האחרונה שנכנסה למרוץ העולמי של הקולוניאליזם. כשתעשיותיה המתפתחות פיגרו אחר אלו של המעצמות המערביות, פתחה יפן במלחמה כנגד ארצות הברית במהלך מלחמת העולם השנייה כשיכולותיה התעשייתיות היו בהיקף של פחות מעשירית מאלו של ארצות הברית.
אף על פי שיפן מחזיקה כיום כוח הגנה חזק, חוקתה, שבמקור כוננה תחת הנחיותיו של גנרל דאגלס מקארתור ב-1945, מתנערת רשמית ממלחמות ומשימוש בכוח צבאי למטרות תקיפה. יפן גם מחזיקה במדיניות שמתנגדת לייצוא ביטחוני.
בספטמבר 2015 הכניסה ממשלת המפלגה הליברלית-דמוקרטית בראשותו של שינזו אבה את החוקה ואפשרה ליפן לעשות שימוש בכוח צבאי כדי לסייע לבעלות בריתה. חוקיותם של שינויים אלו שנויים במחלקות בעיניהם של אנשי אקדמיה ואזרחים רבים.
תקופת מייג'י.
הקמתו של הצבא המודרני.
החל משנת 1867 הזמינה יפן מגוון של משלחות צבאיות מערביות כדי לסייע לה לחדש את צבאה. המשלחת הצבאית הזרה הראשונה הייתה המשלחת הצרפתית שהגיעה באותה שנה. קפיטיין ז'ול ברונה, שבתחילה שימש כיועץ לענייני ארטילריה לממשלה היפנית המרכזית, התייצב בסופו של דבר לצדם של צבא השוגונים כנגד הכוחות הצבאיים הקיסריים במלחמת בושין. מאחר שההבחנות המעמדיות בוטלו כמעט כליל בניסיונות לחדש וליצור דמוקרטיה ייצוגית, איבדו הסמוראים את מעמדם כגורם היחיד בעל זכויות היתר הצבאיות.
ב-1873 חוקקה הממשלה הקיסרית חוק גיוס חובה והקימה את הצבא היפני הקיסרי.
מלחמת סין–יפן הראשונה (1895-1894).
במלחמת סין–יפן הראשונה נלחמה יפן כנגד כוחות של שושלת צ'ינג בחצי האי הקוריאני, במנצ'וריה ובחופי סין. היה זה העימות הצבאי העיקרי הראשון בין יפן לבין מעצמה צבאית זרה בתקופה המודרנית.
הסכם שימונוסקי שנחתם בין שתי המדינות שם קץ למלחמה. במסגרת הסכם זה אילצה יפן את סין לפתוח את נמליה לסחר בינלאומי ולהעביר ליפן את מחוז ליאונינג ואת האי טאיוואן. סין נאלצה גם לשלם פיצויי מלחמה כבדים. כתוצאה ממלחמה זו חדלה קוריאה להיות מדינת חסות של סין ועברה לתחום השפעתה של יפן. אף על פי כן, רבים מההישגים החומריים של מלחמה זו אבדו ליפן בעקבות ההתערבות המשולשת.
הפלישה היפנית לטאיוואן (1895).
הפלישה היפנית לטאיוואן נתקלה בהתנגדות קשה מצדם של גורמים שוני באי והיא הושלמה רק לאחר מערכה צבאית בהיקף מלא שהצריכה את מעורבותן של דיוויזיית המשמר הקיסרי ושל הדיוויזיות המחוזיות השנייה והרביעית. המערכה החלה בסוף מאי 1895 עם נחיתת היפנים בעיר ג'ילונג שעל חופה הצפוני של טאיוואן והסתיימה באוקטובר 1895 כאשר היפנים כבשו את טאינאן, בירת הרפובליקה של פורמוזה. היפנים הנחילו תבוסה לעוצבות סיניות סדירות ולעוצבות מקומיות באופן קל יחסית, אך טורי הכוחות שלה הוטרדו לעיתים קרובות על ידי כוחות גרילה. היפנים הגיבו בפעולות תגמול ברוטליות ומעשי התנגדות לא סדירים המשיכו עד 1902.
מרד הבוקסרים.
ברית שמונה האומות הייתה קואליציה צבאית בינלאומית שהוקמה כתגובה למרד הבוקסרים בסין. שמונה האומות היו: יפן, האימפריה הרוסית, האימפריה הבריטית, הרפובליקה הצרפתית השלישית, ארצות הברית, הקיסרות הגרמנית, ממלכת איטליה והאימפריה האוסטרו-הונגרית. בקיץ 1900, כאשר הותקפו נציגויות שמחוץ לתחום השיפוט בבייג'ינג על ידי המורדים הבוקסרים שקיבלו תמיכה מממשלתה של שושלת צ'ינג, שיגרו כוחות הקואליציה את צבאותיהם, בשם "ההתערבות ההומניטרית", כדי להגן על אזרחיהן, וכן על מספר של סינים נוצרים שביקשו לקבל מקלט בתחומי השגרירויות. המלחמה הסתיימה בניצחון מדינות הקואליציה ובחתימת פרוטוקול הבוקסרים.
מלחמת רוסיה–יפן.
ניצחונה של יפן במלחמת רוסיה–יפן שהתנהלה בשנים 1904 – 1905 ציין את עלייתה של יפן כמעצמה צבאית. יפן הוכיחה שהיא מסוגלת לעשות שימוש בטכנולוגיה מערבית, את המשמעת של חייליה, ואת היישום היעיל של האסטרטגיות והטקטיקות שלה.
תקופת טאישו ומלחמת העולם הראשונה.
ב-1914 הייתה יפן לחברה בברית מדינות ההסכמה במהלך מלחמת העולם הראשונה וכגמול לכך היא קיבלה את השליטה על מושבותיה של גרמניה באוקיינוס השקט. כוח צבאי יפני שמנה 70,000 איש השתתף בהתערבות מדינות ההסכמה במלחמת האזרחים ברוסיה והעניק תמיכה לפלגים אנטי-קומוניסטים, אך כשל בהשגת מטרותיו ונאלץ לסגת. מספר קטן של סיירות ומשחתות השתתף גם הוא במשימות שונות באוקיינוס ההודי ובים התיכון.
תקופת שווה ומלחמת העולם השנייה.
הרקע לכניסתה של יפן למלחמת העולם השנייה.
כאשר הוא כבר שלט על האזור לאורך מסילת הברזל של דרום מנצ'וריה, פלש צבא קוואנטונג ב-1931 למנצ'וריה (צפון-מזרח סין) בעקבות תקרית מוקדן, שבה טענה יפן ששטחים שלה הותקפו על ידי הסינים. ב-1937 הייתה יפן לאחר סיפוחם של כל השטחים שמצפון לבייג'ינג, ובעקבות תקרית גשר מרקו פולו החלה פלישה יפנית רבתי לסין. עליונותה הצבאית של יפן על פני צבאה החלש ונטול המורל של הרפובליקה הסינית, אפשרה את התקדמותם המהירה של היפנים לאורך חופיה המזרחיים של סין והובילה לנפילתן של שאנגחאי ושל נאנג'ינג (אז בירת הרפובליקה) באותה שנה. הסינים ספגו אבדות כבדות הן בקרב צבאם והן בקרב האוכלוסייה האזרחית. ההערכות מדברות על 300,000 אזרחים שנהרגו בנאנג'ינג במהלך השבועות הראשונים של הכיבוש היפני של העיר, במהלך טבח ננקינג.
בספטמבר 1940 חתמו גרמניה הנאצית, איטליה הפשיסטית ויפן על ההסכם התלת-צדדי. גרמניה, שכבר קודם לכן אימנה את הצבא הסיני ושיגרה אליו אספקה, הפסיקה את שיתוף הפעולה שלה עם סין והחזירה את יועצה הצבאי שם, אלכסנדר פון פולקנהאוזן. ביולי 1940 אסרה ארצות הברית על העברת דלק מטוסים ליפן, ובספטמבר פלש הצבא הקיסרי להודו-סין וכבש שם בסיסים ימיים ואוויריים.
באפריל 1941 חתמו יפן וברית המועצות על הסכם נייטרליות ויפן הגבירה את לחציה על מושבות צרפת של וישי והולנד בדרום-מזרח אסיה כדי שישתפו אתה פעולה בפעילותה הכלכלית. בעקבות סירובה של יפן לסגת מסין ומהודו-סין, הטילו ארצות הברית, בריטניה והולנד ב-22 ביולי 1941 אמברגו על משלוחי דלק, בעוד שמשלוחי מתכות ממוחזרות, פלדה וחומרי גלם אחרים פסקו כמעט לחלוטין. בינתיים הגדילה ארצות הברית את תמיכתה הכלכלית בסין.
מלחמת העולם השנייה.
בעקבות המתקפה על פרל הארבור והמתקפות היפניות על ארצות נוספות ב-7 – 8 בדצמבר 1941, הכריזו ארצות הברית, בריטניה ושאר בעלות בריתן מלחמה על יפן. מלחמת סין–יפן השנייה הפכה לחלק ממלחמת העולם השנייה. בתחילה נחלו הכוחות היפניים הצלחה גדולה בפעולותיהם כנגד בעלות הברית במערכה באסיה ובאוקיינוס השקט וכבשו את תאילנד, הונג קונג, מלאיה, סינגפור, איי הודו המזרחיים ההולנדים, הפיליפינים ורבים מאיי האוקיינוס השקט. הם גם החלו במתקפה רבתי בבורמה ושיגרו מתקפות ימיות ואוויריות כנגד אוסטרליה. באמצע 1942 חל מפנה לטובתן של בעלות הברית במלחמה בים, בקרב מידוויי. כוחות היבשה היפניים המשיכו להתקדם בגינאה החדשה ובאיי שלמה, אך נחלו תבוסות או אולצו לסגת בקרב מפרץ מילן, בקרב שביל קוקודה ובקרב גוודלקנל. במערכה על בורמה חל מפנה כאשר ספגו הכוחות היפניים אבדות כבדות בקרב אימפהל ובקרב קוהימה, שהיה לתבוסה הגדולה ביותר בהיסטוריה היפנית עד לאותה עת.