פעילות מעצרים של פעילי טרור בדרגים השונים, החל ממפקדים ומנהיגים, עבור באנשי לוגיסטיקה ופעילי שטח וכלה במחבלים העומדים לבצע פיגוע, היא הכרחית למניעת טרור. השמה במעצר של מנהיגים מרכזיים, לעיתים נוטלת את עוקצו של ארגון הטרור, שעשוי למצוא את עצמו מתקשה למצוא תחליפים ראויים. במקרים רבים מבצעי מעצרים באים בעקבות מודיעין מוצלח, אך לעיתים מבוצעים גם מעצרי מנע כנגד חשודים בטרור ללא התרעה קונקרטית. לעיתים יש אף שימוש במעצר מנהלי כנגד חשודים בטרור. את העצורים חוקרים על מנת להפיק מודיעין לומד ומסכל. את המעצרים מבצעים בדרך כלל יחידות מיוחדות של המשטרה (כאשר המחבלים מסתתרים בשטח השיפוט של המדינה היוזמת את המבצע) או הצבא (כאשר המחבלים מסתתרים מחוץ לשטח השיפוט שלה, למשל: בארץ אחרת).
ישראל משתמשת בשיטה זו כדי למגר את הטרור הפלסטיני ומבצעת באופן שוטף מעצרים של מחבלים, בעיקר ביהודה ושומרון. ישראל עצרה אלפי מחבלים, כולל מספר רב של פעילי חמאס בכל הדרגים (כולל מנהיגים, מפקדים בכירים, מפקדי שדה ופעילי שטח), במטרה למנוע את נפילת יהודה ושומרון בידי חמאס. את המעצרים מבצעות יחידות של צה"ל ומג"ב בעזרת מודיעין של השב"כ. ארצות הברית מבצעת אף היא מעצרים של חשודים בטרור. בהקשר למעצרים התפרסם מתקן המעצר בגואנטנמו בו מוחזקים מספר רב של עצורים בבסיס הצי האמריקאי במפרץ גואנטנמו שבקובה. ממשלת סרי לנקה השתמשה בשיטה זו במלחמתה כנגד הנמרים הטמילים, דבר שלא אפשר לארגון להתאושש, לאחר המתקפה הגדולה נגדו. אף ממשלת טורקיה השתמשה בכך, כאשר עצרה את עבדוללה אג'לאן מנהיג ה-PKK, דבר שמיתן מאוד את האידאולוגיה המוצהרת של אג'לאן, ואת פעילות הארגון כנגד טורקיה, עד לקריאתו של אג'לאן ללוחמיו "להשתיק" את הרובים, ולהתכונן לנסיגה לבסיסם בעיראק.
פעולות צבאיות ישירות.
דרך ידועה ומקובלת להילחם בטרור היא באמצעות פעולות צבאיות ישירות: מתפיסת אנשי הטרור ועד לפגיעה פיזית בהם, ואף הריגתם, החל ממבצעים נקודתיים לתפיסת או חיסול איש טרור מסוים, עבור במבצעים רחבי היקף, ועד למערכות גדולות ומלחמות של ממש. בשל אופי פעילותם של ארגוני הטרור, מלחמות גדולות ומבצעים גדולים לרוב אינם יעילים לבדם בניסיון להדברת הטרור, אם כי ישראל וארצות הברית פיתחו מספר טקטיקות יעילות לפגיעה בארגוני טרור. כדי להשיג הצלחה בהדברתם הצבאית יש להתמיד בפעילות צבאית ממושכת ואינטנסיבית של פעולות מעצרים, מנע וסיכול טרור.
מלחמת אפגניסטן היא ככל הנראה המלחמה הגדולה ביותר שהוקדשה להכחדת ארגון טרור, מבחינת היקף הכוחות, גודל השטח והתמשכותה. מלחמת צ'צ'ניה השנייה היא דוגמה בולטת למלחמה אגרסיבית למיגור של הטרור הצ'צ'ני ברוסיה. בישראל מלחמת לבנון הראשונה הייתה המלחמה הגדולה והממושכת ביותר בארגוני טרור. דוגמה למערכה צבאית ששילבה מבצעים גדולים עם פעילות מתמשכת היא הלוחמה בטרור בזמן האינתיפאדה השנייה: ישראל הצליחה למגר כמעט לחלוטין את הטרור ביהודה ושומרון אחרי מספר מבצעים גדולים (מבצע חומת מגן ומבצע דרך נחושה ב-2002) שבעקבותם באה השתלטות על השטח ופעילות מעצרים ומנע יומיומית.
בדרך כלל את הפעילות הצבאית כנגד הטרור מובילים יחידות מיוחדות (קומנדו ומסתערבים למשל) ובהמשך כוחות חיל רגלים רגילים (בישראל הוקמה במהלך האינתיפאדה השנייה חטיבת כפיר שהיא חטיבת חי"ר שיועדה להילחם בטרור באיו"ש) הנתמכים בידי כוחות הנדסה קרבית (שלצד לחימה נגד הטרור הם חיוניים נגד מטענים ומלכודות), כוחות שריון וכלי טיס קרביים (בעיקר מסוקי קרב וכטב"מים המשמשים לתצפיות ומודיעין קרבי, אך גם לביצוע תקיפות אוויריות מדויקות).
במהלך השהות ברצועת הביטחון בשנות ה-80 ושנות ה-90 של המאה ה-20 פיתח צה"ל טקטיקה של פגיעה במחבלים באמצעות ירי חימוש מונחה מדויק מכלי טיס: מטוסי קרב, מסוקי קרב וכטב"מים חמושים.
כך למשל חוסל ב-1992 מנהיג חזבאללה עבאס מוסאווי מירי טילים ממסוק קרב מדגם AH-64 אפאצ'י. בשנות ה-2000, בעקבות התפרצות העימותים האלימים עם הפלסטינים וגל הטרור (שכלל גם הרבה פיגועי התאבדות) הבשילה טקטיקה זו למדיניות הסיכולים הממוקדים, באמצעותה חוסלו מאות פעילי טרור, בהם בכירים (כגון אחמד יאסין, מייסד החמאס), באמצעות ירי חימוש מונחה מדויק מכלי טיס אחרי מעקב מודיעיני על היעד. בעקבות הצלחת הטקטיקה, מדינות אחרות - בהן ארצות הברית - החלו להשתמש בה בעימותים שלהן עם ארגוני טרור וגרילה. ארצות הברית במלחמתה באל-קאעידה שכללה שיטה זו ועשתה בה שימוש מסיבי מאוד, בגזרות רחבות ברחבי העולם, ובמיוחד באסיה ואפריקה.
הרציונל העומד מאחרי שיטה זו הוא שבכל ארגון טרור יש מעט אנשי מפתח בעלי ידע וכישורים ייחודים, שנזקקים לשנים ארוכות לפיתוח וליטוש מיומנותם, כך שפגיעה בהם עשויה לשתק או לפחות להפוך יכולות מסוימות של ארגון ללא אפקטיביות. לעיתים מתברר שיש תחליף למי שחוסל (והוא אף עולה על קודמו למשל בחיסול של עבאס מוסאווי כאשר חסן נסראללה עלה במקומו, ובחיסול של אבו מוסעב א-זרקאווי כאשר עלה במקומו אבו בכר אל-בגדאדי), ולפעמים לארגון קשה מאוד להתאושש ולחזור ליכולותיו הקודמות (למשל לאחר חיסולו של מקצוען כמו עימאד מורנייה, או כאשר מדובר במנהיג מייסד כדוגמת אחמד יאסין).
"טרור" נגד טרור.
פרופ' דוד פסיג מציע שיטה של לוחמה בטרור בשיטות של טרור. להבנתו היתרון של טרור הוא מציאת מבנה אולטימטיבי: מערכות זמינות, גמישות ומשתנות בקצבים מהירים. ולכן מבחינת ניתוח מערכות, המדינות צריכות למצוא את החסרונות ונקודות התורפה שבתאים אלו ולנצל אותן. זאת באמצעות יצירת תאים קטנים וחשאיים, שהמבנה שלהם דומה, אבל פועלים על פי הערכים המערביים, שאותן יפעילו המדינות נגד ארגוני טרור בדומה למתואר בסדרת הטלוויזיה 24, כדי לסכל תאי ופעילות טרור.
יחידות מיוחדות למלחמה בטרור.
מדינות רבות (מערביות ולא מערביות כאחד) מחזיקות ומאמנות יחידות מיוחדות, הן צבאיות והן משטרתיות, שיעודן הוא להגיב לאיומי טרוריסטים, ולנהל את התגובה לפיגועים ואירועי טרור. מלבד כוחות ביטחון שוטף, ישנן גם יחידות מובחרות שתפקידן הוא ליצור מגע ישיר עם הטרוריסטים ולמנוע את התקפותיהם. יחידות אלו מכונות יחידות לוט"ר (ובאנגלית: Counter-Terrorism Units, או בקיצור CT). יחידות כאלה מבצעות פעולות מנע נגד ארגוני טרור, מנהלות אירועי חטיפה ובני ערובה, ומגיבות לאירועים חבלניים תוך כדי התרחשותם. רוב היחידות האלה הוקמו בשנות ה-70 של המאה ה-20, בעקבות גל טרור בינלאומי של ארגוני טרור פלסטינים שהתבטא בחטיפות מטוסים, החזקת בני ערובה והטמנת פצצות. עד אז, היחידות שהיו מגיבות לאירועים חריגים היו יחידות הקומנדו הצבאיות (כגון אריות הים, בעיקר צוות 6 של אריות הים, וכוח דלתא האמריקאיות, SAS הבריטית, יחידת אלפא הרוסית וסיירת מטכ"ל).
חיילי יחידות הלוחמה בטרור (לוט"ר) מאומנים ומצוידים במיוחד למטרות לחימה נגד טרור, עם דגש על לוחמת פנים מול פנים, לוחמה בשטח בנוי, לוחמה זעירה, ירי סלקטיבי, עבודת צוות, חשאיות, מהירות ושימוש רחב בכלי נשק ואמצעים מיוחדים. יחידות אלה זוכות לרמה גבוהה של הכשרה ואימונים, ובדרך כלל מורכבות מאנשי קבע המתאמנים באופן קבוע ומתמחים במקצועם. לוחמי היחידות המיוחדות כוללים מלבד יחידת הפריצה גם צלפים, חבלנים, לוחמי טג"ח, סוכני ביון, ומפעילי כלבי תקיפה.
היחידות המיוחדות של הלוט"ר נחלקות לשני סוגים או שני תפקידים, אך יש יחידות המבצעות את שניהם:
בישראל.
במדינת ישראל עוסקות כל זרועות הביטחון השוטף במניעת פיגועי טרור. למרות שיש לישראל יחידות ייעודיות ללוחמה בטרור, במקרים רבים התגובה הראשונית ניתנת בשטח דווקא על ידי שוטרים רגילים, חיילים במדים ואף אזרחים מן השורה, שמצליחים לנטרל את המחבלים.
מבחינה מודיעינית, שירות הביטחון הכללי (השב"כ) הוא הגוף העיקרי שאחראי להספקת מידע מודיעיני על ארגוני טרור בתוך שטחי ישראל והרשות הפלסטינית ואף על התארגנויות יחידים לביצוע פיגועים. המודיעין שהשב"כ אוסף כולל הן מודיעין לומד ובסיס נתונים ענק, והן מודיעין מסכל שמיתרגם להתרעות ממוקדות ואיכון מחבלים. גם המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים מסייע בלחימה בטרור, בעיקר כאשר יש לכך היבט בינלאומי (כגון תא טרור המופעל מחו"ל). גם גופי מודיעין משטרתי מסייעים ללחימה בטרור.
בישראל קיימות חמש יחידות השתלטות: סיירת מטכ"ל, שייטת 13 (בים ועל כלי שיט) ולוט"ר אילת (במילואים) של צה"ל, הימ"מ של משטרת ישראל ומשמר הגבול שמהווה את יחידת ההשתלטות הלאומית, ויחידת מצדה, שמהווה יחידת השתלטות של שירות בתי הסוהר. לצד יחידות ההשתלטות והתגובה מפעילים צה"ל ומשמר הגבול יחידות מיוחדות לפעולות מנע כנגד טרור, בהן יחידות מסתערבים היודעות להסוות את עצמן ולהיטמע בלב אוכלוסייה ערבית עוינת ולבצע מעצרים כנגד פעילי טרור בשטחם הם. בין יחידות אלו נמנות הגדעונים (משטרת ישראל), ימ"ס (משמר הגבול) ויחידת דובדבן (צה"ל).
בין יחידות ההתערבות נכללות היס"מ של משטרת ישראל, סמ"ג והחטיבה הטקטית של משמר הגבול ומספר יחידות מובחרות בצה"ל.
בית הספר לקליעה, צליפה ולוחמה בטרור הוא הגוף בצה"ל המכשיר את כלל יחידות ההשתלטות והלוחמה בטרור בצבא, ובנוסף מכשיר גם לוחמים ביחידות מובחרות הנדרשים למיומנויות אלו.