לאחר שנעצר בשנת 1937, שהה ב-1938 בלבנון, מחוץ לארץ ישראל המנדטורית. הוא נסע מביירות לפיראוס ומשם לוורשה. הרעייה והבן הצטרפו אליו, והמשפחה שהתה כשנה בפולין. הם חזרו בשיירת כמאה ארצישראלים, ובהם אורי צבי גרינברג, לארץ ישראל, ימים אחדים לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה. הוריו שרה ואייזיק גייסנוביץ נשלחו לגטו בוברויסק ונרצחו שם על ידי הנאצים.
בשנת 1939, לאחר חזרתה לארץ ישראל, התיישבה המשפחה בירושלים, בשכונת רחביה, בדירת קרקע ברחוב אלפסי 25, עד 1942. לימים התגוררה שם משפחת מנחם בגין. לאחר מכן התגוררו בדירת קרקע ברחוב הטורים 28 בשכונת מקור ברוך. בתקופת מלחמת העצמאות היה אחימאיר חבר ב"משמר העם". לאחר המלחמה עברה המשפחה לדירה שכורה ברחוב שיינקין 92 בגבעתיים. בשנת 1952, עברה המשפחה לביתה ברחוב ניצנים 12, ב"שיכון וותיקים" ברמת גן.
אחימאיר נפטר לפתע מהתקף לב, בערב שבועות תשכ"ב, ב-6 ביוני 1962, בהיותו בבית בתו ברמת אביב. מסע הלווייתו עבר ליד בית הכנסת הגדול בתל אביב בדרכו אל בית הקברות נחלת יצחק. רעייתו סוניה נפטרה בינואר 2006 ונטמנה לצדו.
הגות ומאבק מדיני.
1929-1924 – בשנות יצירה ותמורה.
עד שנת 1928 היה חבר מפלגת הפועל הצעיר ופרסם בעיתונות מפלגות הפועלים, בין השאר ב"הפועל הצעיר", "קונטרס" ו"דבר", וכן בעיתון "הארץ". אחימאיר יצר קשרים פוריים והדוקים עם סופרים עבריים ואנשי מחקר והגות, בהם שמואל יוסף עגנון, יוסף קלוזנר, אברהם שבדרון ועמנואל הרוסי.
הוא עקב בדאגה, כמו רבים ביישוב, אחר נסיגתה של בריטניה מהבטחותיה להקים בית לאומי לעם היהודי בהצהרת בלפור, וסבר כי יש להיאבק בכך בנחישות ובגלוי. דעותיו ועצמאותו קוממו עליו את חבריו בשמאל הציוני. יחד עם המשורר אורי צבי גרינברג ויהושע ייבין הצטרף לתנועת ז'בוטינסקי ולברית הציונים הרוויזיוניסטים (הצה"ר). משנת 1927 החלו השלושה "לדרוש מהנהלת הצה"ר לאמץ את המאבק הגלוי נגד הבריטים".
אחימאיר היה ממחנכי הצעירים הבולטים במחנה הרוויזיוניסטי. הוא הרצה ולימד את חניכי תנועת הנוער בית"ר בארץ ישראל הגות ציונית וכללית ואת תפיסת עולמו המדינית. הוא הגיע למעמד של השפעה רבה על הדור הצעיר של הבית"רים בראשית שנות השלושים.
ב-1928 פרסם אחימאיר סדרה של שמונה מאמרים בעיתון דאר היום, בעריכתו של איתמר בן-אב"י, שנשאו את הכותרת "מפנקסו של פשיסטן". לקראת בואו של זאב ז'בוטינסקי לארץ פרסם מאמר ברכה למנהיג מפלגתו בשם "בקשר עם בואו של הדוצ'ה שלנו". בפאשיזם הוא ראה בעיקר את האנטי-תזה למשטר הקומוניסטי ממנו סלד ובו נלחם כל ימיו. בהשפעת ז'בוטינסקי חזר בו מתמיכתו בפאשיזם.
1948-1929 – בשנות המרד והמאבק.
לאחר מאורעות תרפ"ט ביקר ישירות את התקווה לשיתוף פעולה עם הבריטים, תקווה שבתחילה הייתה קיימת אצל הרוויזיוניסטים ואצל ז'בוטינסקי, ונהג לטעון כי את הרעיון הלאומי-ציוני יש להגשים, כמו אצל כל העמים שלחמו לעצמאותם, רק בפעולות אקטיביות, תוך נכונות להקרבה אישית. ארגון "ברית הבריונים", שהקים עם חבריו כדי להיאבק בשלטון הבריטי עד לעזיבתו את הארץ, נקרא על שם ה"בריונים" שהוזכרו בין הלוחמים לחירות ישראל ברומא בעת העתיקה. הוא פרש בפומבי את עמדותיו, ובמיוחד דיבר על הצורך בהתמקדות נחושה בהקמת ריבונות יהודית בארץ ישראל. כך למשל כתב בפומבי:
"ברית הבריונים" הייתה לניצוץ שהדליק את אש המרד של אצ"ל ולח"י בשנות הארבעים. ב-8 באוקטובר, חול המועד סוכות תרצ"א, יצא בראש קבוצה, שכללה את משה צבי סגל, אפרים בן-דוד ואריה טגנסקי, להפגין נגד נציג בכיר של המדיניות הבריטית בארץ ישראל המנדטורית, סגן שר המושבות הבריטי ד"ר דרומונד שילס, שהגיע לביקור והתאכסן במלון פלטין ברחוב נחלת בנימין בתל אביב. הבריטים הכו את המפגינים ועצרו אותם.
בקיץ 1931 פעל נגד מפקד האוכלוסין שיזמה ממשלת המנדט ונאסר בפעם השנייה. כך נאסר עוד פעמים אחדות בשל ארגון פעולות מחאה והפגנות כנגד התנערותה של ממשלת המנדט מהבטחותיה לחבר הלאומים, לעם היהודי ולהסתדרות הציונית בהצהרת בלפור ובכתב המנדט. בראשית שנות השלושים כתב אחימאיר מסה בשם "מכתב לנוער הציוני", שפורסמה בעיתון דאר היום ב-21 באוקטובר 1930, ובה תבע מהנוער היהודי מהפכנות לאומית, תחת המהפכנות הסוציאליסטית שעליה דובר בתנועת העבודה.
זאב ז'בוטינסקי חלק לו דברי שבח על ארגונן של ההפגנות בתל אביב ובירושלים, במאמרו "על אוואנטוריזם" (1932):
עיתון התנועה הרוויזיוניסטית, "חזית העם", בעריכתו ובעריכת יהושע השל ייבין, החל לראות אור בשנת 1932, והוא תרם לו מאמרי מסה ופובליציסטיקה רבים. בפברואר באותה שנה הוביל אחימאיר הפגנה של חברי תאי הסטודנטים הלאומיים נגד נורמן בנטוויץ' והארגון שהנהיג, "ברית שלום", בעת פתיחת ה"קתדרה לשלום בינלאומי" על שמו באוניברסיטה העברית בהר הצופים ירושלים.
אחימאיר היה בין הנאשמים שהועמדו לדין באשמת הפרעה להרצאה באוניברסיטה. התובע השווה את ההפרעה להתפרעויות הנאצים בגרמניה והסנגור, צבי אליהו כהן, השיב על כך: "לולא האנטישמיות של היטלר, לא היינו מתנגדים לתורתו. היטלר הציל את גרמניה". "חזית העם" ציטט את הדברים וקבע כי הסנגור השמיע "נאום מזהיר".
אחימאיר יצא לוועידת הרוויזיוניסטים בווינה ואחר כך למסע הרצאות על חזונה של הציונות הרוויזיוניסטית ברחבי פולין, והתקבל בהערכה ובהערצה.
בשנת 1933 הקים את "הסתדרות הציונים הרוויזיוניסטים בארץ ישראל". לאחר עלייתם של הנאצים לשלטון בשנת 1933 היה אחימאיר למתנגדה החריף של גרמניה הנאצית, אך לא מיד עם כינונה. עד לעליית הנאציזם הזכיר במאמריו מינוחים המתקשרים לפשיזם האיטלקי. בשל חששו הכבד וסלידתו העמוקה מהמשטר הבולשביקי ברוסיה, ראה בפשיזם כוח שכנגד, שיוכל לבלום את ההשפעה הסובייטית בעולם.
בסוף מרץ 1933, חודשיים לאחר עליית היטלר לשלטון, צידד אחימאיר בפרישה מהתנועה הציונית וכתב: "מפחידים אותנו בדחליל ו'פירוד' שמו. אולם בדרך של פירוד הלכו התנועות הלאומיות הקשורות בשמות המזהירים של אתא-טורק, מוסוליני, פילסודסקי, דה-ואלירה, היטלר". משפט זה נוצל נגדו בחריפות בידי יריביו ובראשם דוד בן-גוריון, אלא שבאומרו "מזהירים" כוונתו של אחימאיר הייתה ל"מפורסמים".
ז'בוטינסקי ביקר בחריפות כמה מהמאמרים שפורסמו בעיתון "חזית העם". מאוחר יותר, לאחר כינון הברית בין משטרים פשיסטים לבין גרמניה הנאצית, התחרט אחימאיר, ויחד עם חבריו ב"ברית הבריונים" יצא למחות כנגד נציגי המשטר הנאצי בארץ ישראל. הם טיפסו במאי 1933 לגג קונסוליית גרמניה בירושלים והורידו את דגל צלב הקרס. כך עשו גם ביפו.
המשטר הנאצי אפשר ליהודים, בשנותיו הראשונות, לקנות סחורה גרמנית בכספם ולצאת איתה מגרמניה לארץ ישראל, וזאת באמצעות הליך מסודר שנקרא הסכם העברה, וכונה אז בפי כל "הסכם הטרנספר". אחימאיר וחבריו ביקרו בחריפות את המשא ומתן עם הגרמניה הנאצית וגינו את ראש המחלקה המדינית של הסוכנות היהודית, חיים ארלוזורוב, שקידם את ההסכם מעל דפי העיתון "חזית העם".
ב-16 ביוני 1933 בערב נרצח המנהיג הציוני חיים ארלוזורוב. השלטונות הבריטיים הטילו את האשמה על אנשי "ברית הבריונים". השלטונות הבריטיים הודיעו כי ד"ר אב"א אחימאיר נחשד בהסתה לרצח ועצרו אותו. בשל המעצר נמנעה ממנו ההשתתפות בקונגרס הציוני ה-18, שאליו נבחר כציר. הוא ישב כשנה במעצר בבית הסוהר המרכזי בירושלים. אחימאיר אמנם נוקה מההאשמה ברצח, אך הועמד לדין באשמת הסתה לרצח. במשפט הרצח עצמו הנאשם צבי רוזנבלט זוכה, ואילו הנאשם אברהם סטבסקי הורשע ברצח והוטל עליו עונש מוות שבוטל בערעור. אחימאיר לא שוחרר מהכלא, שבת רעב ארבעה ימים, ולאחר 80 שעות צום נעתר לבקשתו של הרב אברהם יצחק הכהן קוק והפסיקו. ואז הועבר לכלא עכו. ב-12 ביוני החל משפט הנאשמים בשייכות ל"ארגון בלתי חוקי", "ברית הבריונים" (לאחר שהוכרזה כארגון לא חוקי). בין הראיות להאשמה הובאה קריאתו:
ב-19 ביולי 1934 הוא נדון לעשרים ואחד חודשי מאסר בפועל "עם עבודת פרך", וב-30 בנובמבר קוצר גזר דינו ל-18 חודשי מאסר. חבריו מחוץ לכלא ציינו את שמו בהתוועדויותיהם. כך למשל, ב-8 בדצמבר 1934, בוועידה הארצית השמינית של בני הצה"ר בארץ ישראל, הוכרז שהיא "מברכת את ציר הכבוד שלה, את ד"ר אב"א אחימאיר, הנמק בכלא הממשלה בירושלים ומעודדת אותו ואת חבריו דבירי ואורנשטיין, בהכריזה כי סבלם מסמל את סבל התנועה כולה", וכך נהגו רבים אחרים. ב-18 החודשים בכלא עיין בספרים שהובאו אליו וכתב יומן כמעט מדי יום ביומו – "רפורטאז'ה של בחור ישיבה". פרקים מן היומן התפרסמו בעיתון "הירדן" בחתימת א. אסיר-ציון ובספר שראה אור בשנת 1946. הוא השתחרר מן הכלא באוגוסט 1935 והתקבל באהדה גדולה על ידי משלחת של מרכז הצה"ר בארץ ישראל וחברי בית"ר.
לאחר שחרורו מן המאסר פרש אחימאיר מפעילות פוליטית גלויה, ועסק בהגות ובכתיבה פובליציסטית. הוא כתב רבות בעיתונות הרוויזיוניסטית, ב"הירדן", "דאר היום" ו"המשקיף". הוא יצא למסעי הרצאות רבים, בהם לימד על הרעיון הציוני והמשנה הרוויזיוניסטית, ונפגש עם חברי אצ"ל ולח"י, חניכי תנועת בית"ר וחברי הצה"ר והצ"ח, בארץ ישראל ובקרב יהדות מזרח אירופה, בפולין ובליטא.
בשנת 1937, לאחר פעולות האצ"ל, נעצר יחד עם רבים ממנהיגי הצה"ר ובית"ר בכלא עכו לשלושה חודשים. באותם ימים ראה אור חיבורו, איגרת השמד, בירושלים.
1962-1948 – בשנות מדינת ישראל.