תקופת בית מדיצ'י.
קוזימו דה מדיצ'י הפך למנהיגה הלא רשמי של העיר בשנת 1434 וניצל את השפעתו כדי לשפר את מצבם של היהודים. סבורים כי הדמויות של אישי התנ"ך, בדלתות המזרחיות של הבפטיסטריום של פירנצה, הנקראות שער גן העדן, עוצבו לאחר התייעצות עם פילוסופים יהודיים. הללו קיימו מגעים עם תאולוג פלורנטיני, אמברוג'יו טרוארסאר אשר הנחה את הפסל האיטלקי לורנצו גיברטי ב-1452 כיצד לפסל את אחת היצירות, אשר נודעו כאחת היצירות הידועות של תקופת הרנסאנס.
שיתוף הפעולה נמשך גם בימיו של לורנצו דה מדיצ'י (1449-1492). הפילוסוף היהודי-הומניסטי יוחנן אלימנו שהיה תושב פירנצה, מעתיר שבחים על דה מדיצ'י במבוא לספרו "חשק שלמה", ורואה אותו כמנהיג האידיאלי. דה מדיצ'י אף מנע את גרושם של יהודי פירנצה בשנת 1477 בשל התעוררות רגשות אנטי-יהודיים בעקבות דרשותיו של המטיף בּרנארדינוֹ דה פֶילטרֶה (Bernardino da Feltre), מגדולי הדרשנים והמטיפים בימיו. בּרנארדינוֹ היה זה אשר הוביל את עלילת הדם בטרנטו בצפון איטליה בשנת 1475. בשנת 1488 הוא דרש בפירנצה, לפני הפסחא ועורר התלהבות רבה. התוצאה הייתה שהמון של אלפיים עד שלושת אלפים פורעים התקיפו את הבנק היהודי של מנואל דה קאמרינו. התערבות לורנצו דה מדיצ'י הביאה לכך שחייליו גרשו את ההמון והמטיף נאלץ לעזוב את העירּ
בשנת 1494 הודח בית מדיצ'י מהשלטון וג'ירולמו סבונרולה, שהוקיע את לורנצו דה מדיצ'י על מנהגיו המנוגדים לנצרות הפך לשליט העיר לתקופה קצרה. הוא החל בפעילות נמרצת נגד יהודי העיר. ממשל העיר נדרש לגרש את היהודים ולאפשר קיום עסקי בנקאות רק לבנק של הכנסייה "מונטי די פייטה". (Monti di Pieta). סבונרולה הפך את העיר ל"דמוקרטיה תאוקרטית". ב-25 בדצמבר 1495 יצאה פקודה בדבר הקמת ה"מונטי די פייטה". ליהודים ניתנה אורכה של שנה לסידור ענייניהם עד העזיבה. המטרה הרשמית לגרוש היהודים הייתה לשים קץ ל"תהום המביאה דֶבר" ול"תולעת הממאירה" של הריבית. הטענה הייתה כי היהודים הרוויחו לא פחות מ-50 מיליון פלורינים במשך 60 השנים שחלפו "דבר שאינו אפשרי" לפי ההיסטוריון בצלאל רות. כך חוסלו זמנית מוסדות ההלוואה היהודיים בפירנצה.
הרנסאנס לא הביא למפנה ביחס ליהודים. אמנם גירושם מהעיר נדחה. אבל הם המשיכו להיות חייבים בנשיאת סימן היכר ולא הורשו לחדש את עסקי ההלוואות. הם הורשו להישאר בעיר, תמורת תשלום מס שנתי. כאשר חזר בית מדיצ'י לשלטון בשנת 1514 היהודים פתחו שוב את עסקיהם הפיננסיים. כאשר בית מדיצ'י גורש שנית בשנת 1527 הבנקאיים היהודיים גורשו עמו. אך בשנת 1530 הם שבו, יחד עם בית מדיצ'י ומאז קיים יישוב רצוף של יהודים בפירנצה.
יוצאי גלות ספרד.
החל מסוף המאה ה-15, נפוצו יהדות ספרד ויהדות פורטוגל למדינות רבות, בעקבות גירוש ספרד משנת 1492. עוד קודם לכן הייתה הגירה של אנוסים אשר נרדפו בשל היותם חשודים בכך שנשארו דבוקים בדת אבותיהם. הפליטים הגיעו לאחדות מערי איטליה במספר ניכר: רומא, גנואה, ליבורנו ופררה. היו שהתקבלו בחיבה רבה והיו - בחיבה מוגבלת. אחדים מהם הגיעו לפירנצה. העם כינה אותם "מאראני" האנוסים. בכתובים נמצא כתוב על ברטולומיאו די-קאזיס (ראו לעיל) "נער מהמאראנים הללו". לורנצו דה מדיצ'י כבר החליט לעודד את הגירתם של יוצאי יהדות ספרד לעיר במטרה לעודד את המסחר.
בשנת 1551 החלה תנועה ניכרת של סוחרים יהודיים מהלבנט, מארצות מזרח אגן הים התיכון לפירנצה. היה זה בעקבות הענקת זכויות היתר ליוצאי ארצות הלבנט על ידי קוזימו הראשון דה מדיצ'י, דוכס טוסקנה אשר שלט בשנים 1574-1537. דה מדיצ'י בקש לראות בשגשוג הסחר בין ארצו לבין מדינות המזרח. הוא קיים קשרים עם דונה בינווינידה אברבנאל אלמנתו של דון שמואל, יועץ הכספים של המשנה למלך נאפולי, דון פידרו מטולידו. היא הייתה גם ידידה ומורה של בתו, איליאונורה. אחד מבניה של דונה אברבנאל היה דון יעקב אברבנאל. דון יעקב גר בפררה, אבל בשל עסקיו הגיע לפירנצה. היה לו השפעה רבה על קוזימו, שהחליט לגרום לו נחת על ידי הענקת זכויות יתר ליהודים. וכך קוסימו החליט להעניק לסוחרים היהודים "גמילת טובות והגנה".
הגטו היהודי.
לקוזימו היה רגש כבוד כלפי הכנסייה הקתולית, והיו לו גם נימוקים מדיניים לשמירה על קשרים עם האפיפיור. כתוצאה מכך הוא הסכים להנהיג גם בפירנצה אמצעים חמורים כנגד היהודים. בשנת 1560 הכריז האפיפיור פיוס הרביעי על הקונטרה-רפורמציה. הרפורמציה הקתולית אשר הייתה תנועה של התחדשות הנצרות הקתולית, בין השאר בתגובה על הרפורמציה הפרוטסטנטית.
בשנת 1553 הוחרמו ונשרפו ספרי התלמוד. נאסר להביא ספרים חדשים מארצות הלבנט. נאסר על הנוצרים לסייע ליהודים בהחזקה, העתקה או הדפסה של ספרי התלמוד. המחסור בספרי הקודש היה חמור. הוא התבטא בתשובות הרבנים. בשנת 1566 כותב הרב יחיאל בן ניסים מפיזה בתשובה לשאלה "שאינו יכול להגיע אל הדברים המקוריים של התלמוד". רק כתב יד אחד, שהיה בסן מינואטו, נשמר, והוא נמצא היום בספריה הלאומית בפירנצה.
בשנת 1567 חודשה חובת נשיאת טלאי-הזיהוי המיוחד. בשנתיים שלאחר מכן גורשו היהודים ממדינות הכנסייה להוציא רומא ואנקונה, אך פירנצה לא יכלה לפתוח את שעריה בפניהם והם נאלצו לנדוד למרחקים. האיסור על מגורי יהודים הוחל גם על מחוז טוסקנה, אך כאן נמצא פתרון הולם יותר, יהודי האזור עברו לגור לפירנצה. בשנת 1570 נשללו מיהודי פירנצה כל הזכויות המיוחדות שהוענקו להם. שלב נוסף בהרעת תנאי החיים היה כאשר הוחלט לשלול מהיהודים את הידידות הקרובה עם האוכלוסייה, היות "שהיו עלולים להוות סכנה לאמונה".
בשנת 1571 הוצאה לפועל ההחלטה להגביל את תחום המגורים של היהודים לאזור מסוים - הגטו - כך הוא נקרא, כדוגמת הגטו היהודי בוונציה שהוקם כבר בשנת 1516 או גטו רומא משנת 1555.
נבחר האזור בין ככר הדואומו לבין כיכר הרפובליקה של ימינו. מקום בו היה "השוק הישן" (Mercato Vecchio) והוא הגיע עד לרחוב טוסינגי של ימינו. אזור זה היה בעבר מרכז העיר הרומית, היה למקום מושבן של משפחות אצילות, אבל בתקופת הקמת הגטו היה למקום מקלט לפושעים וגרו בו הזונות שבעיר. התכנון הוטל על אדריכל והעבודות להכנת הגטו לקליטת היהודית החלו.
גבולות הגטו נקבעו בין הרחובות: via de' Pecori, via Brunelleschi ו- via Roma. לגטו היו שתי כניסות: מ"פיאצה דלה רפובליקה" ומ"פיאצה דל-אוליו". בגטו היו שני בתי כנסת: בנוסח איטליה ובנוסח ספרדי-לבנטיני. דגם של הגטו היהודי מפלסטיק מצוי במוזיאון היהודי בבית הכנסת הגדול של העיר וכן במוזיאון "Museo di Firenze com'era".
העת החדשה.
הדוכס לאופולד הראשון (1765-1790) בטל את הגזרות נגד היהודים ובין השאר הרשה להם להיבחר למועצה העירונית. חובת המגורים בגטו הוסרה. חלק מהיהודים הועברו למבנים מיוחדים שהוקמו עבורם ידי קבוצת בעלי הון יהודיים. הקבוצה החלה לפתח את אזור הגטו, אשר נחשב למרכז העיר, עד היום. מאז הקהילה היהודית פזורה בכל רחבי העיר ואל בית הכנסת החדש מגיעים מכל מקום בעיר.
עם הקמת ממלכת איטליה היהודים הוכרו כבעלי זכויות שוות. לאחדים מהם היה מקום מכובד בצמרת הממשל האזרחי ואפילו הצבאי. מקומם באוניברסיטה היה מכובד. היציאה מהגטו והאמנציפציה ליהודים השפיעו רבות על הקהילה והחלה התבוללות. תופעה זו התרחבה מאוד בתקופה בין שתי מלחמות העולם.
קשר עם יהדות אתיופיה.
בשנת 1908 הגיעו לפירנצה צעירים יהודים מאתיופיה.
היה זה הניסיון הראשון לקרב את יהדות אתיופיה ליהדות העולם ביוזמת הרב שמואל צבי מרגליות. הוא הקים את הוועד למען הפלאשים בשיתוף ד"ר יעקב פייטלוביץ'. הוועד הביא כמניין צעירים יהודים מאתיופיה. הם התגוררו אצל משפחות של יהודי העיר ולמדו בבית הספר היהודי בפירנצה. הסתגלותם הייתה מהירה הן מבחינה החברתית והן מבחינה אינטלקטואלית. המפעל נכשל מסיבות בריאות, הילדים חלו בשחפת ומתו כעבור שנים ספורות. רק תאמרת עמנואל, שלמד בבית המדרש לרבנים, נשאר בחיים. לימים היה איש ציבור יהודי-אתיופי, פרופסור, רב ואיש השכלה. אחד מהאישים הבולטים ביותר שצמחו מקרב קהילת ביתא ישראל בתנועת ההשכלה היהודית ובעת החדשה מכונה לעיתים "מבשר התחייה".
בשנים 1937-1936, זמן קצר אחרי הכיבוש האיטלקי של אתיופיה, יצא קרלו אלברטו ויטרבו, עורך דין, עיתונאי ופעיל ציוני מפירנצה לשליחות באתיופיה מטעם איחוד הקהילות היהודיות באיטליה במטרה ליצור קשר עם האוכלוסייה היהודית המקומית. במשך חודשים ארוכים הנציח ויטרבו במצלמתו את אורחות חייהם של יהודי אתיופיה. הוא שהה באדיס אבבה במשך כמה חודשים וערך סיור באתיופיה עם תאמרת עמנואל, מנהל בית הספר היהודי המקומי ולימים יועצו של הקיסר היילה סילאסי. הם יצאו יחד למסע ארוך בגונדר ובאגם טאנה. בכינוס בינלאומי של העמותה למדעי יהדות אתיופיה (SOSTEJE) שהתקיים בשנת 2007 בפירנצה הוצג האוסף המהווה תיעוד ייחודי של הווי החיים והמנהגים של יהודים באתיופיה באותה התקופה. היום האוסף, המכונה "אוסף ויטרבו" נמצא בארכיון הציוני המרכזי. האוסף כולל כ-2,500 צילומים.
אפליה ושואה.
משנת 1938 עד שנת 1944 עברו על יהדות פירנצה כמו על שאר יהודי איטליה שתי תקופות. חוקי הגזע באיטליה שפורסמו בשנת 1938, באו כהפתעה על כולם. שכניהם וידידיהם של היהודים, בכל תחומי החיים, החלו להפנות אליהם עורף. היו מקרים של ייאוש אשר הוביל למוות. בשנת 2006, הסופר פאולו צ'אמפי תיאר את התלאות, הרגשות וגורלם המר של יהודי איטליה בימי השואה. בנוסף הייתה רשת הצלה שפעלה למען הצלת היהודים וסיוע במלחמה, רשת ההצלה בפירנצה, הוא כתב זאת בספר ביוגרפי "שם אחד"