בשנת 2003 החלה ישראל גם בהקמתה של גדר הפרדה, שתחצוץ בין השטחים שבהם מתגוררים הפלסטינים ביהודה ושומרון ובין שטחי ישראל. המטרה הייתה לצמצם את האפשרות של מחבלים מתאבדים להיכנס לשטחי ישראל שבתוך הקו הירוק. הקמת הגדר עוררה ביקורת משני כיוונים: מהצד הישראלי, היה חשש שתוואי הגדר ישמש בהמשך בסיס לחלוקה "דה פקטו" של הארץ. כמו כן, הועלתה הטענה שהסתגרות מאחורי גדרות אינה הדרך הנכונה ללחום בטרור ולבסוף נטען שהגדר תגרום להפניית הפיגועים כלפי ההתנחלויות. בצד הפלסטיני, המתנגדים טענו שחלקים מהגדר תוכננו להקמה ממזרח לקו הירוק ובחלק מהמקרים היא אף תוכננה לחצות יישובים פלסטינים, תוך איבוד שטחים חקלאיים שלהם. הטענות הפלסטיניות הביאו לכך שהתוכניות תוקנו בחלקן, וכיום רק כ־6% משטחי יהודה ושומרון אמורים להישאר ממערב לגדר. קטעי הגדר שהוקמו נחשבים להצלחה מבחינה ביטחונית, שכן הקמת הגדר בצפון השומרון, יחד עם פעולות צה"ל השוטפות בעומק השטח, הובילו לכך שמספר הפיגועים כנגד צפון מישור החוף והעמקים קטן באופן משמעותי כמעט לאפס ולהסטת מאמצי המפגעים דרומה למשך תקופה מסוימת (בשל אי השלמתה של הגדר במקטעים האחרים).
במהלך שנות העימות, צה"ל פיתח ושכלל טקטיקות ללוחמה בשטח בנוי הכוללת השגת מודיעין, שימוש בצלפים לפגיעה כירורגית במחבלים חמושים, שימוש בטנקים ונגמ"שים בשטח עירוני, הפעלת דחפורי D9 משוריינים טקטית להשגת יתרון בשטח הלחימה וכן סיוע אווירי צמוד ממזל"טים ומסוקי קרב. שיטות לוחמה אלה זכו להצלחה בכך שהפחיתו את מספר ההתקפות על ישראלים וצמצמו את האבדות בנפש בקרב חיילי צה"ל, אולם ספגו ביקורת בשל ההרס הרב שהותירו, ובשל הפגיעה באזרחים לא חמושים. טקטיקה צבאית נוספת, הייתה פעולות חישוף נרחבות בשטחים, שבהן תוואי שטח מנוקה לחלוטין ממכשולים ועצמים העלולים לחסום את שדה הראייה או לספק מחסה למחבלים - לרבות צמחייה, מטעים, פרדסים ומבנים. עיקר פעולות החישוף בוצע ברצועת עזה, שם חושפו שטחים גם על מנת למנוע ירי של רקטות נ"ט ופצמ"רים על ידי מחבלים. פעולות החישוף הורידו את כמות פיגועי הירי והמטענים בדרכים, אך הוקעו על ידי פעילי שמאל וארגוני זכויות אדם כעונש קולקטיבי המסב נזק רב לאוכלוסייה חפה מפשע.
כדי לטפל במחבלים שמתבצרים בבתים פיתח צה"ל שתי טקטיקות:
שני הנהלים הוכיחו את עצמם כיעילים ביותר והקטינו באופן ניכר את האבדות לכוחות צה"ל ואת האבדות הפלסטיניות במצור על בתי מחבלים, אם כי נמתחה עליהם ביקורת (בעיקר על נוהל שכן) מצד ארגוני שמאל וזכויות אדם.
אחרי מבצע דרך נחושה החל צה"ל בביצוע פשיטות יומיומיות על הערים והכפרים הפלסטיניים ובהם נעצרו אלפי פעילי טרור פלסטינים. העצורים הועברו לחקירה בשב"כ לצורכי הפקת מודיעין וסיכול פיגועים העומדים לצאת. לצד כוחות צה"ל פעלו גם כוחות של משמר הגבול, בעיקר הימ"מ (היחידה המיוחדת ללוחמה בטרור של משטרת ישראל), ימ"ס (יחידות המסתערבים של מג"ב), מתיל"ן וחבלני מג"ב.
פעילות אחרת של צה"ל, שנעשתה מקובלת במהלך מאבק זה, היא הסיכול הממוקד. הטענה הרשמית של ישראל היא שהסיכול הממוקד מונע הרג של חפים מפשע במהלך קרבות גדולים. בפועל נמנו אזרחים הרוגים רבים גם במהלך סיכולים ממוקדים (גם אם הרבה פחות מאשר בפעולות דומה של צבאות אחרים). השיטה הזאת יצרה דה-מורליזציה בקרב ארגונים פלסטינים, ושיבשה את פעולותיהם, וזו, ככל הנראה, הייתה רוב תועלתה הצבאית. לטענת השמאל הישראלי, הסיכולים יצרו מעגל דמים, שהעלה את כמות הפיגועים ופגע ברצון הפלסטיני להוריד את גובה הלהבות.
לאורך כל שנות האינתיפאדה נוהג השב"כ לפרסם את מספר ההתרעות לפיגועים, מספר זה הגיע לשיא של 60 התרעות ליום לאחר ועידת עקבה בעיצומה של ההודנה. מספר ההתרעות הממוצע בשנים 2000–2003 היה 40 ליום, כאשר מבצע חומת מגן הביא לירידה של 80% בהתרעות אולם עלה במהירות, ב־2004 גדל מספר ההתרעות הממוצע אולם ב־2005 ירד (בעיקר בשל תוכנית ההתנתקות). עם זאת מספר ההתרעות לפיגועים שמתממשות בפועל הוא זעיר, כך למשל רק אחוז אחד מההתרעות לפיגועים בגדה ב־2004 התממשו, רובן בשל פעילות כוחות הביטחון. ההשפעות העיקריות של ההתרעות היו בתוך תחומי הקו הירוק, הידוק אבטחת קו התפר והטלת עוצר/סגר/כתר על יישובים פלסטינים.
לחצים כלכליים.
לאורך כל האינתיפאדה הפעילה ישראל לחצים כלכליים שונים על הפלסטינים:
כל הצעדים הנ"ל נומקו על ידי ישראל בנימוקי ביטחון ובעיקר בניסיון למנוע הברחת כלי נשק ומחבלים בין אזורים שונים בשטחים ולתוך תחומי הקו הירוק.
רצועת עזה.
המדיניות הישראלית ברצועת עזה לאורך כל שנות האינתיפאדה הייתה שונה מהותית מזו שננקטה ביהודה ושומרון. בעוד שביהודה ושומרון נקטה ישראל יותר ויותר גישה של השתלטות על שטחים מאוכלסים, מעצר מבוקשים ופירוק הרשות הפלסטינית, הרי שברצועת עזה ננקטה מדיניות של פיצול השטח הפלסטיני לחלקים על ידי השתלטות על שטחים לא מאוכלסים ואיסור כניסת פלסטינים לתוכם (שנאכף בקשיחות רבה), דבר שלמעשה פיצל את הרצועה. ההבדל בגישה הישראלית נבע מכך שההתנחלויות ברצועה היו מבודדות יחסית ואת הרצועה מקיפה מאז ימי הסכמי אוסלו גדר שמנעה כמעט לחלוטין חדירה פלסטינית לתוך הקו הירוק.
אלוף פיקוד הדרום, ד"ר יום טוב סמיה, שחזה את פריצת האינתיפאדה עוד ב-1999 מיגן את המוצבים ברצועה והקים מערך פילבוקסים ממוגנים כדי להגן על חיילי צה"ל השומרים ברצועה על ההתנחלויות ועל המעברים לישראל.
כדי למנוע מטענים בצירי התנועה בין ההתנחלויות ברצועת עזה לישראל, וכדי למנוע ירי על כוחות צה"ל בציר פילדלפי ביצע חיל ההנדסה הקרבית פעולות חישוף נרחבות, שבשיאן כללו הריסת אלפי בתים ברפיח ועשרות בתים בחאן יוניס. פעולות החישוף הקטינו באופן ניכר את המטענים ומארבי הירי בצירים אלו. כנגד פעולות החישוף נטען שהם גורמות נזק לא-מידתי לפלסטינים ומהוות עונש קולקטיבי לאוכלוסייה, שלא כולה מעורבת בטרור.
מאחר שברצועת עזה לא בוצע מבצע טיהור בסדר גודל של מבצע חומת מגן, זה היה כמעט בלתי אפשרי להכניס כוחות קרקע שיבצעו מעצרים של בכירי טרור. אי לכך, ישראל נקטה ברצועה במדיניות סיכולים ממוקדים בה חוסלו מהאוויר בכירים בארגוני הטרור, בעיקר מהחמאס אך גם מהג'יהאד האסלאמי וועדות ההתנגדות העממית.
מימוש תוכנית ההתנתקות היווה למעשה את שיאה של ההפרדה במדיניות כאשר ישראל החליטה למעשה להפריד הפרדה מוחלטת בין המדיניות בגדה (שנותרה כשהייתה) לזו שברצועה. במסגרת ביצוע תוכנית ההתנתקות החל צה"ל להכשיר את ציר הוברס - מערך ביצורים וגדרות שמוקם סביב רצועת עזה ומטרתו למנוע חדירת מחבלים.
ברם, התגברות הירי תלול מסלול בידי הפלסטינים אחרי ההתנתקות אילצה את צה"ל לנקוט יוזמות התקפיות ולא להתבצר מאחורי הגדר. בהתחלה הפעיל צה"ל תקיפות מהאוויר ובירי ארטילרי על חוליות קסאם, לצד המשך הסיכולים הממוקדים, אך למרות זאת הירי לא פסק והפלסטינים אף הגבירו את התקפותיהם על ציר הוברס, באחת מהן נחטף החייל גלעד שליט. כתוצאה מכך החל צה"ל בפעולות קרקעיות נקודתיות (ראו למשל את שלל המבצעים שבוצעו במסגרת מבצע גשמי קיץ) בתוך רצועת עזה שעיקר מטרתן הוא הגנה על הגדר, חשיפת מנהרות הברחה וגביית מחיר מארגוני הטרור.
הלחימה בין ישראל לפלסטינים ברצועת עזה נמשכה גם לאחר סיום האינתיפאדה השנייה ב-2005 וביצוע תוכנית ההתנתקות באותה שנה.
הטקטיקה של הפלסטינים.
הפלסטינים פועלים נגד ישראל בעיקר באמצעות ארגוני טרור בעלי משנה אידאולוגית סדורה המקבלים סיוע מהרש"פ וגורמי חוץ שונים, ביניהם:
בנוסף לארגונים אלה פועלות גם חמולות מקומיות וקבוצות חמושים, שלעיתים מבצעות התקפות טרור והברחות אמל"ח תמורת תשלום.
טקטיקות שהפעילו הפלסטינים כוללות:
פעילות הטרור הפלסטינית גרמה ללמעלה מ-1,115 הרוגים ישראלים, רובם הגדול אזרחים ורק מיעוטם חיילים קרביים שנהרגו בעת לחימה. בעימותים הצבאיים עם כוחות צה"ל הייתה ידם של הפלסטינים על התחתונה, וברוב המבצעים הגדולים ספגו הפלסטינים אבדות כבדות לעומת האבדות שהסבו לכוחות צה"ל.
אמצעי לחימה.
אמצעי הלחימה העיקריים של הפלסטינים הם חגורות הנפץ (רובן כללו גם רסס) שבהן חומשו מחבלים מתאבדים שיצאו לפוצץ את עצמם במקומות הומי אדם בלב ערי ישראל. בניגוד לאינתיפאדה הקודמת, עקב אמצעי הביטחון הנוקשים שהנהיגה ישראל, החלו הפלסטינים להשתמש גם בנשים וילדים כמחבלים מתאבדים. הדבר גרר ביקורת קשה בעולם וגם בקרב החברה הפלסטינית, אך הביקורת לא הייתה נוקבת במידה שתוביל להפסקת המנהג.
פיגועי ההתאבדות הם הגורם העיקרי לנרצחים ישראלים.
בנוסף, המחבלים הפלסטינים חמושים גם בכלי ירייה ונשק קל שנועדו לפגוע בחיילי צה"ל ובמכוניות שבהן נוסעים מתנחלים. להלן רשימה של אמצעי לחימה נפוצים בקרב הפלסטינים:
בנוסף, הרבו הפלסטינים להטמין מטעני חבלה: מטעני צד, מטעני גחון ומטעני קלע כנגד כלי רכב משוריינים של צה"ל. מספר מטענים גדולים כאלה גרמו נזק רב לארבעה טנקים של צה"ל (ואף הרגו את רוב אנשי הצוות) וכן השמידו מכונית של צוות דיפלומטי אמריקני.
כלי נשק חדשים שהפעילו הפלסטינים במאבק זה, מרצועת עזה בלבד, הם פצצות מרגמה, טילי נ"ט ורקטות קסאם וגראד. כלי נשק אלה כוונו בעיקר כנגד יישובים אזרחיים ישראליים ברצועת עזה (בעיקר גוש קטיף) ובסביבותיה.
בנוסף לפיגועי ההתאבדות, פיגועי הירי, המטענים, הרקטות והמרגמות, השתמשו הפלסטינים גם במכוניות תופת, פיגועי חטיפה ומיקוח (שהסתיימו רובם בלינץ' או רצח ללא ניסיון משא ומתן) וכן פיגועי סכינאות (ניסיון לדקור אזרחים, שוטרים וחיילים).
למרות שרוב הפיגועים היו פיגועי ירי ומטענים, רוב ההרוגים הישראלים נגרמו מפיגועי ההתאבדות.