ב-16 בינואר 1847, מונה פרימונט למושל קליפורניה. הפקודות מפולק דרשו שסטפן קרני יהיה המושל הצבאי. פרימונט סירב לפנות את תפקידו, ונעצר על כך. פרימונט הואשם במרידה.
הנשיא פולק החליט לחון את פרימונט, שעבר לקליפורניה ורכש שם שטח אדמה גדול.
מסע חקר רביעי.
ב-1848 פרימונט וחותנו, בנטון, החליטו לקדם את רעיון היעוד הגלוי ולשקם את המוניטין של פרימונט. הסנאטור בנטון השיג תמיכה מהסנאט להקמת מסילת רכבת בין סנט לואיס וסן פרנסיסקו. לאחר שמימון פדרלי לא הושג, השיג פרימונט מימון פרטי. באוקטובר 1848, הוא הוביל מסע אל נהרות מיזורי, קנזס וארקנסו.
רוב חברי המשלחת ביקשו לעצור במבצר בנט, עקב השלג הכבד, אולם פרימונט ביקש להציג את מסילת הרכבת כמסילה שתפעל כל השנה. הוא המשיך הלאה.
פרימונט פנה דרומה מנהר ארקנסו, והקור הנורא הוביל לעזיבת רבים מחברי המשלחת. אחרים נהרגו.
אף על פי שרבים טענו שהמסילה לא מעשית, פרימונט המשיך. פרימונט המשיך לצעוד דרומה, בשלג הכבד, ובקצב איטי. החיות החלו למות. רק ב-22 בדצמבר הכיר פרימונט בצורך לארגן מחדש את המשלחת שלו. הם הלכו לטריטורית ניו מקסיקו. עשרה כבר מתו. מעטים מתוכם המשיכו אל קליפורניה.
ב-1850, קיבל פרימונט מדליה על מסעות החקר שלו.
מסע החקר החמישי.
בסתיו 1853, החל פרימונט בעוד מסע חקר לצורך הקמת מסילת הרכבת. המשלחת טיילה בין מיזורי וסן פרנסיסקו, במטרה לעבור את הרי הרוקי וסיירה נבאדה במהלך החורף המושלג.
פרימונט הצליח להגיע לעמק סן לואיס בקולורדו בדצמבר, ואז המשלחת פנתה צפונה אל מרכז יוטה. השלג הקשה עליהם.
ההתקדמות הייתה איטית, ציוד ננטש ואיש אחד מת לפני שהמשלחת הגיעה אל יוטה בפברואר. לאחר עוד שבועיים של מנוחה, המשלחת המשיכה באזור האגן הגדול. פרימונט פנה דרומה וחצה את הסיירה נבאדה.
פרימונט הגיע לסן פרנסיסקו ב-16 באפריל 1854, והיה בטוח שמסילת הרכבת תצליח גם היא לעבור בהרי הרוקי.
חברה למציאת זהב.
ב-1849, הבין פרימונט שזהב נמצא בקליפורניה. פרימונט רכש חלקת קרקע ושכר מקסיקנים שיעבדו במציאת זהב. בתוך כמה שבועות, התעשר פרימונט כתוצאה ממציאת זהב בשטח. לאחר מכן רכש פרימונט חלקת אדמה גדולה בסן פרנסיסקו וחי בה בעושר.
סנאטור.
ב-1847, לפני מסע החקר הרביעי שלו, היה פרימונט מושלה הצבאי של קליפורניה. לאחר שקליפורניה צורפה לאיחוד ב-1850, פרימונט נבחר כדמוקרט לסנאט, והיה משני הסנאטורים הראשונים מקליפורניה. הוא שירת 175 ימים, החל מ-10 בספטמבר 1850, עד 4 במרץ 1851. הוא התנגד לעבדות, וכך לא נבחר לכהונה נוספת בידי המפלגה.
מועמד רפובליקני לנשיאות.
ב-1856, הפך פרימונט (בגיל 43) למועמדה הנשיאותי הראשון של המפלגה הרפובליקנית החדשה. מתנגדי העבדות במפלגה הדמוקרטית רצו שיהיה המועמד גם כן. פרימונט הכריז שהוא בעד צירוף קנזס לאיחוד כמדינה חופשית והתנגד לחוק העבד הנמלט. המנהיגים הרפובליקנים הצליחו לצרף אותו למפלגתם. הסלוגן שלו היה "אדמה חופשית, אנשים חופשיים, ופרימונט".
המועמדים, כנהוג, נשארו בביתם ולא דיברו יותר מדי. הדמוקרטים הדגישו את ממזריותו של פרימונט והפיצו שמועה שהוא קתולי. בנוסף, הם ביקרו את ניסיונו הצבאי של פרימונט והזהירו מפני מלחמת אזרחים. חותנו של פרימונט תמך בג'יימס ביוקנן.
בזמן מסע הבחירות, גר פרימונט בניו יורק. תהלוכות רבות נערכו ליד ביתו. פרימונט עצמו נוצח בבחירות, והגיע למקום השני. הוא לא ניצח בקליפורניה. הוא השיג 114 אלקטורים לעומת 174 לביוקנן, ו-1,341,264 לעומת 1,838,169 לביוקנן. פרימונט ניצח ב-11 מדינות. הדמוקרטים היו מאורגנים יותר, והרפובליקנים נאלצו להתמודד עם תקציב מוגבל. לאחר הבחירות, חזר פרימונט אל קליפורניה.
מלחמת האזרחים.
בתחילת מלחמת האזרחים האמריקנית, הנשיא לינקולן רצה למנות את פרימונט כשגריר בצרפת. אולם מזכיר המדינה ויליאם סיוארד התנגד לקיצוניותו של פרימונט.
לכן, מונה פרימונט למייג'ור גנרל בצבא האיחוד ב-15 במאי 1861, ואז למפקד המערב ב-1 ביולי. פרימונט היה מוכר בצבא, והתמקד בסילוק כוחות הקונפדרציה ממיזורי. הוא שוחרר מתפקידו ב-2 בנובמבר, לאחר האשמות על שחיתות בקו האספקה שלו. פרימונט ניסה להגן על אזור אילינוי ולאפשר לצבא האיחוד לשלוח חיילים דרומה. הוא האמין שיוליסס סימפסון גרנט היה הגנרל שיכול היה לנצח במלחמה.
מחלקת המערב (1861).
פיקוד וחובות.
ב-25 ביולי 1861, החל פרימונט לפקד על החזית המערבית. מיזורי עוד לא פרשה מהאיחוד. המפקד נתנאל ליון הכריז מלחמה על מושל מיזורי שתמך בפרישה, ובמהלך הקרב נהרגו אזרחים. ליון נלכד בספרינגפילד עם 6,000 אנשים בלבד. העיר קהיר באילינוי הייתה חיונית לצורך הקרב במערב. היו בה מעט חיילים. כוחותיו של פרימונט לא היו מאורגנים כשנכנס לתפקידו.
לפרימונט היו משימות רבות ומשאבים מוגבלים, ומיזורי עמדה לפרוש מהאיחוד. לכן פרימונט נאלץ לשמור על מיזורי ועל צפון-מערב המדינה. הוא ארגן, צייד והוביל את צבא האיחוד במורד נהר המיסיסיפי, פתח את נתיבי הסחר וניתק את החלק המערבי של הקונפדרציה. לפרימונט ניתנו 23,000 אנשים שהתנדבו לשלושה חודשים בלבד. חיילים חדשים לא קיבלו נשק בעקבות מחסור. התנאים היו קשים. גם המודיעין הוביל את פרימונט לחשוב שהמיליציה במיזורי וכוחות הקונפדרציה היו גדולים פי שניים ממה שהיו באמת.
פרימונט ניהל את המפקדה שלו כמו "דיקטטור אירופאי". השמועה טענה שהוא מתכנן להקים רפובליקה או אימפריה במערב המדינה. הוא ארגן לעצמו 300 שומרי ראש. קו האספקה שלו היה מלא בשחיתות. פרימונט הקיף את עצמו בנאמניו כדי שיוכל לקבל את האספקה שלו. לאחר מכן איבד פרימונט תמיכה רחבה מוושינגטון.
תגובה לאיום הקונפדרציה.
בעקבות האיום מצד המיליציות, גייס פרימונט גדודי מתנדבים, רכש נשק וציוד מהשוק, ושלח את אשתו לוושינגטון כדי ללחוץ על לינקולן להביא עוד תגבורת. ליון נסוג, ופרימונט שלח תגבורת אל קהיר ולא אל ליון. פרימונט האמין שהקונפדרציה תכננה לתקוף את קהיר. ליון החליט לתקוף את הקונפדרציה ומת. החזית נפרצה, והקונפדרציה ניצחה. מערב מיזורי הייתה פרוצה. פרימונט זכה לביקורת על כך.
כשפיקד על החזית המערבית, חיפש פרימונט בריגדיר גנרל לקהיר. הוא החליט לראיין את הבריגדיר גנרל יוליסס סימפסון גרנט. גרנט היה ידוע כשיכור ומופנם, אולם פרימונט הסיק שהוא היה קשוח ובעל עצבי ברזל. פרימונט בחר בגרנט ומינה אותו לתפקיד מפקד קהיר באוקטובר 1861. גרנט נשלח, עם 3,000 חיילים לא מאומנים, לעצור את הקונפדרציה. לאחר מכן נשלח לשמור על ג'פרסון סיטי. גרנט הצליח להשתלט על העניינים ופיקד על החיילים בכישרון רב. הקונפדרציה נסוגה.
לאחר מכן, החליט פרימונט לתקוף. הוא ידע שצריך להשתלט על נהר מיסיסיפי, והחליט להילחם מול צבא הקונפדרציה. בנקודת מפנה, ב-27 באוגוסט 1861, פרימונט פקד על גרנט לתקוף וללכוד את ממפיס, ויקסבורג וניו אורלינס, כדי להגן על מיזורי ועל אילינוי. ב-30 באוגוסט, גרנט הוביל את ההתקפה על מיסיסיפי בתמיכת פרימונט. גרנט לכד את קנטקי ללא קרב, וקנטקי החליטה לא לפרוש מהאיחוד.
פרימונט ביקש לפצות על הפסדי האיחוד, ויצא עם 40,000 חיילים להשתלט על ספרינגפילד. ב-25 באוקטובר הם כבשו אותה, בניצחון הראשון לאיחוד במערב. ב-1 בנובמבר ציווה פרימונט על גרנט לתקוף ספינת קיטור שהגיעה מקולומבוס.
מחלוקת שחרור העבדים.
ב-30 באוגוסט 1861, הכריז פרימונט, ללא התייעצות על לינקולן, על שלטון צבאי במיזורי. פרימונט החליט על שחרור העבדים כדי למשוך את העבדים אל הצפון. הוא אישר לחיילים להוציא להורג אזרחים, להחרים רכוש ולשחרר עבדים.
הנשיא אברהם לינקולן, שחשש מפרישה של מיזורי ומדינות עבדות אחרות, ביקש מפרימונט לשנות את הפקודה. פרימונט סירב, ושלח את אשתו ללחוץ על לינקולן. לינקולן טען שפרימונט הכניס את השחורים למלחמה וביטל את ההכרזה. הוא שחרר את פרימונט מתפקידו ב-2 בנובמבר 1861. למרות זאת, בינואר 1863, פרסם לינקולן הצהרת אמנציפציה משלו.
ההרים (1862).
במרץ 1862, פיקד פרימונט על ההרים בווירג'יניה, בטנסי ובקנטקי. בתחילת יוני 1862, רדף אחרי כוחות קונפדרציה במשך שמונה ימים, והתחיל מולם קרב ב-8 ביוני. פרימונט נאלץ לסגת לאחר שכוחות הקונפדרציה ניצחו.
כשצבא וירג'יניה נוצר ב-26 ביוני, פרימונט סירב לשרת עם ג'ון פופ, בטענה שהיה בכיר ממנו. הוא הלך לניו יורק סיטי ונשאר שם במשך שאר המלחמה.
מועמד לנשיאות מטעם הרפובליקנים הרדיקלים.
ב-1860, לינקולן נבחר מטעם הרפובליקנים לנשיאות וניצח. לינקולן ניסה להיבחר שוב ב-1864. הרפובליקנים הרדיקלים, שתמכו בביטול העבדות, התנגדו לעמדותיו של לינקולן בנוגע לעבדות ולפיוס עם מדינות הדרום. ב-31 במאי 1864, מפלגת הדמוקרטיה הרדיקלית בחרה בפרימונט (בגיל 51) לנשיאות. הפילוג במפלגה הרפובליקנית היה בין שני מחנות: הרפובליקנים הרדיקלים שתמכו בפרימונט והתנגדו ללינקולן, והרפובליקנים שתמכו בלינקולן.
שארית חייו.
ב-1864, הפרימונטים רכשו אחוזה בניו יורק. פרימונט פרש מהפוליטיקה.
מדינת מיזורי החלה בהקמת מסילת רכבת בפברואר 1866. ביוני 1866, המסילה נמכרה לפרימונט. הוא החל לארגן אותה באוגוסט. בתוך פחות משנה, כשפרימונט לא הצליח לשלם את מלוא הכסף על הרכישה, מיזורי החרימה ממנו את המסילה.
המשבר הכלכלי אילץ את פרימונט למכור את אחוזתו ב-1875 ולחזור לניו יורק סיטי.
פרימונט שימש כמושל טריטוריית אריזונה, לאחר שהנשיא רתרפורד הייז מינה אותו, והוא שירת בתפקידו בין 1888 ל-1881. פרימונט לא גר בטריטוריה, ולבסוף נאלץ להתפטר. המשפחה הסתמכה על כספי ההוצאה לאור של אשתו.
פרימונט גר בסטטן איילנד בזמן פרישתו.
מותו.