המתופף קרוסן עזב את הלהקה מעט לפני השקתו של אלבום הבכורה Ten (ששמו מציין את מספר השחקן של מוקי בליילוק בניו ג'רזי נטס). הוא הוחלף בידי מאט צ'מברלין. לאחר שהשתתף במספר הופעות שאחת מהן תועדה בווידאו (הקליפ לשיר Alive), עזב צ'מברלין והצטרף ללהקת הליווי של תוכנית האירוח סאטרדיי נייט לייב. בהמלצתו של צ'מברלין הצטרף ללהקה המתופף דייב אברוזיס, שהקליט עם הלהקה את שני אלבומיה הבאים.
1991-1995.
פרל ג'אם הפכה לאחת מהלהקות המזוהות ביותר עם פריצתה של מוזיקת הגראנג'. קורט קוביין התבטא בזעם כנגד פרל ג'אם בראיונות מאותה התקופה ותיאר את המוזיקה שלה כממוסחרת, כאשר יש המאמינים כי קוביין דיבר מתוך קינאה מאחר שהלהקה עברה במצעדי מכירות האלבומים את נירוונה. קוביין התפייס לבסוף עם ודר והם הפכו לחברים, למרות שחוסר ההערכה של קוביין כלפי אמנט וגוסארד, על רקע סכסוכם עם חברו מרק ארם (ראו גרין ריבר), נותר בעינו.
אלבום הבכורה של פרל גאם, Ten, כולל אחד עשר שירים העוסקים בנושאים אפלים כגון דיכאון, התאבדות, בדידות ורצח. האלבום יצא ב-1991 והפיק שלושה להיטים גדולים: "Even Flow" ,"Alive" ו-"Jeremy". הווידאו קליפ ל"Jeremy" היה להיט גדול ב-MTV וזכה בארבעה פרסי "וידאו מיוזיק" בטקס המסורתי של הערוץ.
אלבומה השני של הלהקה, .Vs, קבע שיא כאשר מכר 950,000 עותקים בשבוע הראשון לצאתו וכלל את הלהיטים "Daughter" ,"Dissident" ,"Go" ו-"Animal". האלבום נקרא במקור Five Against One, שם שנלקח מתוך מילות השיר "Animal", אך שמו שונה ל-.Vs מעט לפני צאתו.
האלבום השלישי, Vitalogy, יצא ב-1994 והפך לשני הנמכר ביותר בהיסטוריה כשמכר מעל 877,000 עותקים בשבוע הראשון לצאתו. השיר "Spin The Black Circle" זכה בפרס גראמי ב-1996 על שיר ההארד רוק הטוב ביותר. להיטים נוספים מתוך האלבום היו "Not For You" ,"Corduroy" ,"Immortality" ו-"Betterman".
ב-1994 פיטרה פרל ג'אם את אברוזיס על רקע חילוקי דעות מקצועיים וב-1995 החליפה אותו בג'ק איירונס, המתופף שהכיר בין ודר ללהקה. באותה השנה ליוותה הלהקה את ניל יאנג באלבומו Mirror Ball. מחויבויות חוזיות מנעו מן הלהקה מלהדפיס את שמה על עטיפת האלבום, אך שמות כל חבריה נכללו ברשימת הקרדיטים. יאנג החזיר טובה ללהקה כשניגן במיני-אלבום בן שני השירים שלהם, Merkin Ball.
1996-2002.
הפופולריות של הלהקה החלה לרדת במשך השנים הבאות, בין השאר בשל החלטתם שלא להפיק וידאו קליפים וכן בשל תביעה (שנכשלה לבסוף) כנגד חברת הפצת הכרטיסים להופעות טיקטמאסטר. ב-27 באוגוסט 1996, חמש שנים בדיוק לאחר יציאתו של Ten, פרל ג'אם הוציאה את אלבומה הרביעי, No Code, שאמנם פתח במקום הראשון ברשימת האלבומים הנמכרים אך מכירותיו הואטו מאוד מיד לאחר מכן. No Code כלל את הסינגלים "Hail, Hail" ,"Who You Are" ו-"Off He Goes" וזכה להצלחה בקרב גרעין המעריצים האדוק ביותר של הלהקה בלבד.
ב-1998 הוציאה הלהקה את אלבומה החמישי Yield, שהוצג כחזרה של הלהקה לצליל הגראנג' המקורי שלה, אך היה לאלבום הראשון של פרל ג'אם שלא פתח במקום הראשון במצעד מכירות האלבומים של בילבורד מאז אלבום הבכורה Ten מ-1991. האלבום פתח במקום השני, אך בדומה ל-No Code, מכירותיו הואטו באופן דרסטי מיד לאחר מכן. למרות זאת, האלבום הגיע לבסוף למעמד של אלבום פלטינה בארצות הברית לאחר מכירה של מעל למיליון וחצי עותקים. הלהקה הפיקה וידאו קליפ לראשונה מאז 1993, כאשר הזמינה את אמן הקומיקס טוד מק'פרליין על מנת ליצור וידאו קליפ מצויר לשירם "Do the Evolution". עוד כלל האלבום את הסינגלים "Given to Fly" ו-"Wishlist".
בשנה שלאחר מכן החליפה פרל ג'אם את המתופף שלה פעם נוספת, כאשר ג'ק איירונס נאלץ לפרוש מן הלהקה בנסיבות בריאותיות. הוא הוחלף בידי מתופף סאונדגארדן לשעבר מאט קמרון, שעבד בעבר עם חברי הלהקה במסגרת הפרויקט טמפל אוף דה דוג. נכון ל-2010, קמרון נותר בלהקה. באותה השנה הקליטה הלהקה גרסת כיסוי לבלדה "Last Kiss" של ויין קוקרן מ-1950. השיר הוקלט בתקציב נמוך ויצא בתחילה כסינגל שהופץ דרך מועדון המעריצים של הלהקה בלבד, אך בעקבות לחץ מצד המעריצים יצא כסינגל רגיל ונכלל מאוחר יותר באלבום קומפילציה שהכנסותיו הוקדשו לפליטי קוסובו. השיר הגיע למקום השני במצעד של בילבורד.
במאי 2000 יצא האלבום השישי והראשון של פרל ג'אם עם מאט קמרון, Binaural, שכלל את הסינגלים "Nothing As it Seems" ו-"Light Years". במהלך סיבוב ההופעות לקידום האלבום ועקב הפופולריות של הופעות שהוקלטו בצורה בלתי חוקית, החליטה הלהקה להקליט באופן מקצועי כל אחד ואחד מהקונצרטים של סיבוב ההופעות. הכוונה המקורית הייתה להפיץ את "הבוטלגים החוקיים" במסגרת מועדון המעריצים בלבד, אך החוזה של הלהקה מנע ממנה מלעשות זאת, והיא הפיצה את האלבומים בחנויות התקליטים במקביל. הלהקה הקליטה 72 אלבומי הופעה, רבים מהם אלבומים כפולים, וקבעה מספר שיא של אלבומים ללהקה אחת במצעד מכירות האלבומים. 72 אלבומים נוספים הוקלטו במהלך סיבוב ההופעות של 2003, ומנהג זה נמשך במידה פחותה בהופעות הבאות.
סיבוב ההופעות האירופאי של פרל ג'אם מ-2000 הסתיים ב-30 ביולי בטרגדיה, לאחר אסון שבו נמחצו למוות תשעה מעריצים במסגרת הופעה בפסטיבל בדנמרק. כתוצאה מהאירוע שקלה הלהקה ברצינות להתפרק ואף הואשמה בתחילה באסון, עד שנוקתה מאוחר יותר מכל אחריות לאחר שנמצא כי אמצעי הבטיחות באצטדיון לא היו הולמים. מספר חודשים לאחר מכן פתחה הלהקה בסיבוב הופעות צפון-אמריקאי מצליח.
בנובמבר 2002 הוציאה פרל ג'אם את אלבומה השביעי, Riot Act, שכלל את הסינגל "I Am Mine". האלבום מכר חצי מיליון עותקים בלבד, פחות מכמות העותקים אותם מכרו האלבומים Vitalogy ו-.Vs בשבועות הראשונים לצאתם. האלבום כלל נגיעות פולקיות ומוזיקה ניסיונית יותר, שבלטו במיוחד בנוכחותו של הקלידן בום גאספר. הפעילות הפוליטית של הלהקה באה לידי ביטוי בטקסטים של האלבום, כאשר הבולט ביותר הוא השיר "bu$hleaguer", שכולל ביקורת על הנשיא ג'ורג' ווקר בוש. הקטע האינסטרומנטלי "Arc" הוקדש להרוגי האסון בדנמרק.
2003-2009.
ב-2003 הכריזה הלהקה על היפרדותה מחברת התקליטים אפיק רקורדס (בבעלות סוני), שאיתה עבדו במשך 12 שנים. באותה השנה יצא אלבום כפול של קטעים נדירים ובי-סיידס בשם Lost Dogs. ב-2004 הוציאה חברת סוני את אלבום האוסף הכפול Rearviewmirror, שמרכז שירים של פרל ג'אם שיצאו בין 1991 ו-2003.
ב-2003 ביקש הבמאי טים ברטון מהלהקה להקליט שיר עבור סרטו "סיפורי דגים", והלהקה הקליטה עבורו את השיר "Man of the Hour" שהיה מועמד לפרס גראמי. במהלך 2000 תמכה הלהקה בגלוי במועמד דאז לנשיאות רלף ניידר, וב-2004 הביעו חברי הלהקה בריאיון לרולינג סטון תמיכה בג'ון קרי. פרל ג'אם גם השתתפה בסיבוב ההופעות Vote for Change, שנערך על מנת לשכנע אמריקאים להצביע נגד הנשיא בוש.
האלבום השמיני של הלהקה, Pearl Jam, יצא ב-2 במאי 2006. ודר ציין כי הוא מעוניין שהמעריצים ישמעו לראשונה את השירים במסגרת האלבום, ולכן רק שני שירים מתוכו בוצעו לפני כן במסגרת הופעות. הסינגל הראשון מתוך האלבום הוא "World Wide Suicide" והוא כולל שירה דומיננטית של ודר המזכירה את אלבומיה הראשונים של הלהקה. השיר מותח ביקורת על הנשיא בוש ("כשאתה מביט בעיניהם של הנופלים, אתה חייב לדעת שישנה דרך אחרת... זוהי התאבדות כלל-עולמית"). הסינגל והאלבום זכו להצלחה ולביקורות טובות.
ב-20 בספטמבר 2009, יצא אלבומם התשיעי של הלהקה Backspacer, שזכה הן לביקורות חיוביות והן להצלחה מסחרית.
2010-היום.
ב-2011 הלהקה הוציאה את אלבום ההופעה החיה "Live On Ten Legs", לכבוד 20 שנה ליציאת האלבום הראשון שלהם, Ten. באותה שנה הלהקה הוציאה את הסרט הדוקומנטרי PJ20, ובסרט מופיעים בין היתר כריס קורנל מסאונדגארדן, ניל יאנג וקורט קוביין מנירוונה בקטעי ארכיון.
ביולי 2013, פרל ג'אם הודיעו על יציאת אלבום חדש בשם "Lightning Bolt" באוקטובר באותה שנה, ועל סינגל מתוכו בשם "Mind Your Manners". האלבום יצא בתאריך 9 באוקטובר 2013. לאחר מכן שוחרר הסינגל השני מתוכו, "Sirens".
בשנת 2018 יצאה הלהקה למסע הופעות ברחבי ארצות הברית באצטדיוני ענק. ההופעות קיבלו את השם "The Home Shows" ו- "The Away Shows". לקראת שתי הופעות שלהם בסיאטל באוגוסט 2018 יצאה הלהקה בקמפיין לסיוע לחסרי בית והעלאת המודעות. הלהקה הצליחה לגייס יותר מ-11 מיליון דולרים למטרה זו בשיתוף עסקים מאזור סיאטל.
פרל ג'אם וישראל.
חברי הלהקה, ללא הסולן אדי ודר, הופיעו בעבר בישראל בתור להקת הליווי של ניל יאנג, במהלך סיבוב הופעות בשנת 1995.
קמפיין להבאת הלהקה להופעה בישראל בפעם הראשונה הוכרז בינואר 2013, ביזמת שדרן הרדיו בן רד (88FM). הקמפיין הפיח רוח אופטימית במעריצי הלהקה בישראל, וכלל אלמנטים אינטראקטיביים רבים - עמוד פייסבוק, סרטוני תדמית, גרסאות כיסוי (בהשתתפות האמנים גבע אלון, אורפנד לנד, מלכה באיה, הפיל הכחול ועוד) והפקת "כרטיס אדי ודר". במהלך הקמפיין היו מספר מגעים עם חברי הלהקה שהביעו נכונות להגיע להופעה בישראל, אם כי היה חשש גדול שוודר, מנהיגה של הלהקה, יימנע מלהגיע לישראל עקב חברותו הקרובה עם רוג'ר ווטרס, המחזיק בדעה כי על ישראל להיות מוחרמת תרבותית.