באפריל 1920 הגיש ראש האגודה בירושלים, מוחמד א' דרוויש, מנהל "המועדון הערבי", קובלנה לאלנבי, בה מחה נגד הפעילות הציונית וכוונותיה. בין היתר נכתב בסעיף 1: "אנו מצהירים, שאין אנו יכולים לקבל את היהודים בארצנו!... נילחם בהם עד מוות!... אנו מצהירים, שאין אנו מקבלים את היהודים לא כאורחים ולא כשכנים... אף אין אנו מסכימים או חפצים, שישתמשו בלשונם במשרד כלשהו. איך ייתכן להכיר בשתי לשונות, הערבית והעברית בתורת שתי השפות הרשמיות של ארץ, שהיא ארץ־מכורתה של אומה אחת, האומה הערבית - בו בזמן שבקרב היהודים עצמם אך מעטים הם היודעים לדבר עברית. מזה ימים רבים הלשון הרשמית של ארץ זו הייתה והנה הלשון הערבית, וכך היא צריכה להישאר עד אחרית הימים". בסעיף 3 נכתב: "הואיל שאנו מכירים בארץ־ישראל רק בתורת חלק מסוריה... והואיל והוד־מעלתו, האמיר פיצל, נבחר למלוך עליה - מבקשים אנו שתוקם הממשלה בהתאם לדעת מלכנו [פיצל] ובירתנו [דמשק] המהוללים".
בעקבות פעילות ההגנה של זאב ז'בוטינסקי בירושלים במהלך מאורעות תר"פ באפריל 1920, דרשה האגודה המוסלמית-נוצרית את פיטוריו של סטורס ודרשה לפרוק את היהודים מנשקם.
ב-13–14 ביולי 1920, אפשרו השלטונות הבריטיים לאגודות לקיים שביתה כללית בת יומיים, במחאה נגד המנדט והתנהגות הצבא.
ב-11 בנובמבר 1921, פרסמה האגודה של ירושלים הצהרה המוחה על גזרי הדין הקשים שניתנו למפגינים ערבים בהשוואה לאלה שניתנו ליהודים שנעצרו.
ביוני 1922 פוטר עארף א-דג'אני מנשיאות הוועד הפועל הערבי. הפיטורים הללו הביאו גם להרחקתו מהאגודה הירושלמית ומאז היא נוהלה למעשה על ידי מזכיר הוועד הפועל, ג'מאל אל-חוסייני.
שכם.
אמ"ן שכם הייתה עמוד התווך של התנועה הלאומית הפלסטינית. היא הייתה דומה בהרכבה להרכב "המועדון הערבי" בעיר והייתה שותפה לניהול ההתעוררות המחודשת של הפעילות הלאומית שהחלה בספטמבר 1919.
האגודה הייתה פעילה מאוד לא רק בשכם עצמה, אלא גם במחוז שכם ובפעילות ארצית-כללית. היא הייתה היחידה מבין האגודות, שראשיה ניסו לטפל בהקמת סניפים בעיירות ובכפרים הסמוכים. הם ראו עצמם כמנהיגי המחוז כולו וניסו לקדם את הפעילות הלאומית גם בג'נין, טולכרם וכפרי המחוז.
נשיא האגודה היה חג' תופיק חמאד, ומנהל ענייניה (מעתמד אל-ג'מעיה) היה חאפז אע'א טוקאן. במחצית הראשונה של שנות ה-20, היא הצליחה ללכד בתוכה את רוב נכבדי העיר.
אמ"ן שכם הייתה גורם חשוב בהכשלת הבחירות למועצה המחוקקת שהציעה ממשלת המנדט הבריטי.
האגודה בשכם לחצה באופן קבוע על הוועד הפועל הערבי בירושלים לנקוט צעדים קיצוניים, ומספר פעמים אף נקטה ביוזמות משלה, מבלי להיוועץ בו.
באפריל 1924 רצו אנשי האגודה בשכם לערוך תהלוכה נפרדת בחגיגות נבי מוסא, בשל קרע עם המועצה המוסלמית העליונה ומשפחת חוסייני, וב-1925 לא שלחו את דגליהם לתהלוכה ולא לקחו חלק בחגיגות. בעקבות הירידה בתמיכת החוגים הלאומיים של שכם בו, הקים נציג מחוז שכם במועצה המוסלמית העליונה, עבד אל-לטיף צלאח, אגודה חדשה, "חזב אל-אהאלי", שהתחרתה באמ"ן שכם. התפתחות זו סייעה לדחוף את ראשי אמ"ן שכם אל מחנה מתנגדיו של נשיא המועצה המוסלמית העליונה, חג' אמין אל-חוסייני, ובכך עבר סניף האגודה אל שורות האופוזיציה.
עוד בסוף 1922 החל נשיא אמ"ן שכם, תופיק חמאד, להתרחק משורות ההנהגה, וב-1925 הודיע על פרישתו מפעילות פוליטית.
ב-1926 הצטרפה אמ"ן שכם אל האופוזיציה במאבקה נגד שליטתה של ההנהגה החוסיינית במועצה המוסלמית העליונה. היה זה שיא הישגיה ועוצמתה. התפתחות זו הייתה ככל הנראה הגורם לכך שבסוף שנות ה-20 החלה להתפתח בעיר מסגרת לאומית אלטרנטיבית: "ועדת הוועידה הערבית" (לג'נת אל-מואתמר אל-ערבי). האגודה המוסלמית-נוצרית המשיכה להתקיים בשכם עד 1931. ביולי אותה שנה, החליטה האגודה לשנות את שמה ל"אגודה הערבית הלאומית" (אל-ג'מעיה אל-ערביה אל-וטניה). שינוי זה הדגיש את המגמה המיליטנטית שהחלה להתפשט בארץ באותה שנה. בתקופה זו, מזכיר אמ"ן שכם היה עזת דרוזה. ב-31 ביולי, כשבועיים לאחר שינוי השם, כונס בשכם כנס ארצי, שבו דרשו משתתפיו להתכונן למאבק מזוין למען המטרות הלאומיות.
ערים אחרות.
במקומות שבהם קמו סניפים, הייתה הפעולה הפוליטית בתנועה הלאומית מאורגנת יותר וניתן היה בקלות יותר לאסוף כספים למימון הפעולות הארציות. בכל המקומות הללו הורכבו האגודות מנציגי הגורמים השונים שבאליטות המקומיות: המשפחות החשובות, אנשי הדת והשייח'ים של הכפרים סביב העיר. עם זאת, השתתפות השייח'ים הללו הייתה מוגבלת לאזור יהודה ושומרון בלבד, משום ששם היו קיימות מסגרות הנהגה כפריות מקובלות בעלות שורשים היסטוריים.
אף על פי שעזה שלחה נציגים לקונגרס הערבי-פלסטיני כבר בוועידה הלאומית הראשונה ב-1919, העדות הראשונה שבידינו על קיומה של אגודה מוסלמית-נוצרית בעיר היא רק מדצמבר 1920. אמ"ן עזה הצליחה באופן מלא בפעולתה להכשלת הבחירות למועצה המחוקקת.
על אף היותה של חיפה מרכז חשוב של פעילות לאומית, לא קמה בה אגודה מוסלמית-נוצרית מאוחדת, ככל הנראה משום שבשלהי התקופה העות'מאנית הוחרפו בה מאוד היחסים בין שתי העדות. במקום זאת, הוקמה בשנת 1918–1919 "אגודה מוסלמית", שפעלה כארגון לאומי, וכשנה לאחר מכן הוקמה "אגודה נוצרית", שפעלה במקביל. בדרך כלל, הן פעלו במשותף – שליחת מברקי מחאה לממשלה, החתמת עצומות שנמסרו למושל והפגנות, אך הן ארגנו בנפרד את ייצוג האוכלוסייה בוועידות הלאומיות. כפי הנראה, רק במחצית השנייה של שנות ה-30 קמו בחיפה מסגרות לאומיות על-עדתיות.
אף על פי שנצרת לא השתתפה בשלב הראשון של התנועה הלאומית (מלבד משלחת לוועידה הלאומית הראשונה), הוקמה בה אגודה מוסלמית-נוצרית שהתבססה בעיקר על היריבים של משפחת אל-פאהום ממשפחת זועבי. ביוני 1923 שלחה האגודה צירים לוועידה הלאומית השישית.
אמ"ן טבריה השתתפה במפגש הארצי של האגודות הלאומיות שנערך ב-27 בנובמבר 1919 בחיפה. היה זה ניסיון ראשון לארגן את כל האגודות במסגרת ארצית אחת. מפגש זה הסתיים בהקמת "הוועדה העליונה של האגודות הפלסטיניות" ובהגשת עצומת מחאה מטעמה לשלטונות, אולם שתי האגודות הראשיות של אמ"ן (ירושלים ויפו) לא השתתפו בו. האגודה הטבריינית לא עשתה פעילות רבה ואין עליה עדויות לאחר 1923.
נציגי אזור חברון לא השתתפו בתנועה הלאומית בשנותיה הראשונות. רק בקיץ 1922 השתתפה לראשונה משלחת של העיר בקונגרס הערבי-פלסטיני, בוועידה החמישית. מתקופה זו ישנן העדויות הראשונות לקיומה של אמ"ן בעיר, אולם ללא פעילות רבה.
עם התפתחות התנועה הלאומית הערבית לאחר הכיבוש הבריטי, היו היהודים סובלים מהצקות יומיומיות מידי הערבים: גידופים והתנפלויות ברחוב, ילדים מיידים אבנים בחלונות ומפריעים לתפילה ליד מערת המכפלה. ב-1923 ייחס ועד יהודי חברון את התקריות הללו לפעילותה של האגודה המוסלמית-נוצרית והדגיש את אופייה הפוליטי. הוועד כתב כי אנשי האגודה זורעים שנאה בלב ההמון, ובין היתר מלמדים את הילדים לשיר שירים מבזים כלפי היהודים ומסיתים אותם להתגרות בהם.
אמ"ן צפת הוקמה בחורף 1923, והמשיכה להתקיים עד סוף שנות ה-20. ישנה עדות להקמת אמ"ן בבית שאן מסוף 1924. היא המשיכה להתקיים עד סוף שנות ה-20, אולם ללא פעילות רבה.
עוד ביוני 1922 נעשה ניסיון להקים את אמ"ן באל-בירה, אולם הוא לא צלח.
בעקבות מאורעות 1929 חלה התעוררות לאומית ברחבי הארץ. בתקופה זו הוקמו אגודות מוסלמיות-נוצריות בעיירות רמאללה ורמלה, ונעשה גם ניסיון להקים אגודה בלוד. אולם בשלוש עיירות גדולות לא קמו אגודות מוסלמיות-נוצריות כלל: טולכרם, ג'נין ועכו.
האופוזיציה.
ראש המחלקה המדינית של הסוכנות היהודית, קולונל פרדריק קיש, הקדיש חלק ניכר מזמנו לקשרים ממומנים עם משתפי פעולה ערבים, שתפקידם היה להפיץ את ההכרה בקרב ערביי ארץ ישראל כי הציונות תנצח.
"האגודה המוסלמית הלאומית" הייתה הארגון האופוזיציוני הראשון בפוליטיקה הערבית הפלסטינית והיא הייתה מכוונת כנגד האגודות המוסלמיות-נוצריות, שהחלו להתגבש בהדרגה לתנועה לאומית.
התארגנות האגודה קמה סביב התנגדות למשלחת הפלסטינית הראשונה ללונדון שיצאה לשם ביולי 1921. לצורך הקמת הארגון הזה, השתמש ראש המחלקה הערבית של ההנהלה הציונית, חיים מרגליות קלווריסקי, בשיטות של מתן מענקים אישיים למייסדי האגודות במקומות השונים ומימון הוצאותיהן. האגודה המוסלמית-נוצרית עשתה כמיטב יכולתה להציג חזית מאוחדת של המוסלמים והנוצרים הערבים נגד הציונות, ואילו קלווריסקי ניצל את קיומה של מורת הרוח המוסלמית כנגד הנוצרים על חלקם הלא-פרופורציונלי במינהל הממשלתי וטענו כי הארגון הזה, הכולל בתוכו נוצרים, משמש ככלי שרת בידיהם. אגודות אמ"ן הפעילו לחץ ציבורי ואישי על חברי האגודה המוסלמית הלאומית, במטרה להניא אותם מלהשתתף בה. נעשו גם פניות רבות לממשלה בדרישה לאסור על קיומה. הממשלה לא קיבלה את הדרישה הזו, אולם רצתה למנוע סכסוכים בתוך הציבור הערבי, ובמקרים רבים פעלו פקידי ממשלה ערבים נגד האגודה ופעיליה. אנשי אמ"ן ידעו על עמדה זו של הממשלה והדבר חיזק אותם במאבקם. במהלך שנת 1923 נעלמה "האגודה המוסלמית הלאומית" כליל מהבמה הפוליטית.