סמוחה שב לישראל ב-1974 והתמנה למרצה לסוציולוגיה באוניברסיטת חיפה. ב-1978 הועלה למרצה בכיר עם קביעות, ב-1983 לפרופ' חבר וב-1990 לפרופסור מן המניין. הוא לימד מספר שנים כמורה מן החוץ באוניברסיטת תל אביב, במכללת תל-חי, במכללת עמק יזרעאל ובמרכז האקדמי רופין שבו גם שימש כיועץ אקדמי לחוג ללימודי מדעי ההתנהגות. הוא שהה בשבתונים כפרופסור אורח באוניברסיטת מדינת ניו יורק בבינגהמפטון, באוניברסיטת בראון, באוניברסיטת מישיגן ובאוניברסיטת קליפורניה שבלוס אנג'לס. כמו כן, הוא כיהן כעמית מחקר בכיר במכון Arnold-Bergstraesser-Institut (ABI) בפרייבורג שבגרמניה, במכון Annenberg Research Institute בפילדלפיה, במרכז Oxford Centre for Hebrew and Jewish Studies באוקספורד, במכון למחקר מתקדם בברלין, במרכז יצחק רבין לחקר ישראל בתל אביב ובמרכז European Centre for Minority Issues (ECMI) בפלנסבורג שבגרמניה. בשנה האקדמית 2010-2009 הוא שוהה בשנת שבתון בוושינגטון די סי כעמית מחקר בכיר במרכז United States Institute of Peace (USIP).
סמוחה כיהן בתפקידים שונים במערכת של כתבי העת וביניהם "מגמות", "סוציולוגיה ישראלית", "Ethnic and Racial Studies" ו-"Nations and Nationalism".
באוניברסיטת חיפה סמוחה כיהן בשנים 1983–1986 כראש החוג לסוציולוגיה ואנתרופולוגיה ובשנים 2006–2009 כדיקן הפקולטה למדעי החברה. בשנת 2008 נבחר לנשיא האגודה הסוציולוגית הישראלית וגם זכה לפרס ישראל לסוציולוגיה לשנת תשס"ח.
למרות היותו סוציולוג ביקורתי ורגיש לבעיות חברתיות ולאי-שוויון, סמוחה אינו פעיל חברתי. מצד אחד הוא בעד מעורבות חברתית של אנשי אקדמיה, ומצד אחר הוא מאמין שבתור חוקר עליו להשתדל להפריד בין עבודתו המדעית לבין ערכיו והאג'נדה הפוליטית שלו, אף על פי שזוהי משימה קשה להשגה במדעי החברה והרוח.
בשנות השמונים הוא פעל באופן חריג בתנועת צל"ש, שבראשה עמדה ויקי שירן. התנועה נלחמה נגד יצוג בלתי הולם של המזרחים בתוכנית הטלוויזיה "עמוד האש". התנועה הגישה בג"ץ אך בית המשפט העליון דחה את עתירתה. סמוחה חבר המועצה הציבורית של ארגון בצלם.
בשנת 2019 קבל פרס סמי מיכאל.
בשנת 2021 נבחר לאקדמיה הלאומית הישראלית למדעים.
סמוחה מתגורר בחיפה ונשוי לצופיה, פסיכולוגית קלינית והתפתחותית, ולהם שלושה ילדים.
מחקרים.
הגישה הפלורליסטית.
עד שנות השבעים של המאה העשרים שלטה בסוציולוגיה הישראלית גישה אשר ניתחה את החברה הישראלית כחברת מהגרים-מתיישבים אשר הקונפליקט העיקרי בה נע בין מגמות כוחניות ובירוקרטיות לבין האתוס החלוצי וההשתתפות התנדבותית, וקונפליקטים בין תושבים ותיקים ועולים חדשים ובשל פערי דורות. לפי הגישה הממסדית, ישראל הינה מדינת לאום יהודית מודרנית אשר יצרה תצורות חברתיות מקוריות (הקיבוץ, המושב, הסתדרות העובדים, צה"ל). בראש זרם מרכזי זה בסוציולוגיה עמד שמואל נח אייזנשטדט
ואחר כך תלמידו משה ליסק.
החברה הישראלית נוסחה ברוח ציונית-יהודית בה הקונפליקטים הפנימיים משניים ביחס למטרת העל של הקמה מדינה יהודית בישראל וקיבוץ הגלויות וללא ההשפעה הפורמטיבית של הסכסוך הקיומי הממושך עם הפלסטינים.
בשנות השבעים החלו לצמוח גישות חדשות אשר ביקרו את הזרם המרכזי.
אחת מהן הייתה הגישה הפלורליסטית שאותה פיתח סמוחה בעקבות החוקרים האמריקנים סמית', קופר, ון-דן ברג ושרמרהורן. היא מתמקדת בחברות קולוניאליות, פוסט-קולוניאליות ואחרות בעלות שסעים אתניים ולאומיים חמורים ובודקת הן את התהליכים המובילים לסכסוכים אלימים ולנפילת משטרים פוליטיים והן את המנגנונים המבטיחים שילוב אתני ויציבות פוליטית. היא גורסת שהבנה טובה של חברה מסוימת מחייבת מחקר משווה של חברות. סמוחה יישם את הפרספקטיבה של החוקרים האמריקאים במחקר הסוציולוגיה הישראלית, תוך שימוש במושגים כגון פלורליזם תרבותי וחברתי, אי-שוויון, קונפליקטים, אפליה, הדרה, וקבוצות פריפריה הנאבקות על מנת לפלס את דרכן למרכז. בניגוד לאסכולות התרבותית והמעמדית, גישה זו אינה מאמינה בדטרמיניזם כלכלי, פוליטי, ערכי, או אחר, אלא מחפשת הסברים רב-סיבתיים והיסטוריים.
בנוגע למקרה הישראלי, הגישה הפלורליסטית מדגישה את ההשפעה המעצבת והמכרעת הן של האידאולוגיה הציונית והן של הסכסוך הישראלי-ערבי על צביון המדינה. סמוחה טוען כי לעומת ה"שסע האתני", עדיין קיימת סולידריות בין אזרחיה היהודים, מה שלא קיים ביחס שבין המיעוט הערבי והרוב היהודי.
יחסי העדות היהודיות בישראל.
סמוחה יישם את הגישה הפלורליסטית על החברה הישראלית בעבודת הדוקטורט שלו שעובדה וראתה אור כספר בהוצאת אוניברסיטת קליפורניה ורוטליג' "ישראל: פלורליזם וקונפליקט" (Israel: Pluralism and Conflict). ספר זה הוא המחקר המדעי המקיף הראשון על הבעיה העדתית מנקודת מבט ביקורתית. בספר זה הוא ניסח לראשונה את התאוריה הדיכוטומית של ה"שסעים בחברה הישראלית", בה השווה את השסע העדתי עם השסע הדתי-חילוני והשסע הערבי-יהודי וטען שהשסע העדתי הוא משמעותי וממושך אך פחות חמור משני השסעים האחרים. הוא השווה את המזרחים בישראל עם "הלבנים האתניים" בארצות הברית (יוצאי ארצות מזרח ודרום אירופה שאינם ואספים - White Anglo-Saxon Protestant).
סמוחה הציג בספרו את החברה הישראלית כמורכבת ממדרג של קבוצות אוכלוסייה: בראש ניצבים האשכנזים כקבוצה מייסדת ושלטת, הרחק מתחתם ממוקמים המזרחים שנחשבים לחלק אינטגרלי ונאמן אך לא מספיק מוכשר ומתורבת, ואילו האזרחים הערבים מצויים למטה בהיותם מזוהים עם האויב, מתנגדי משטר ולא מערביים. הערבים הפלסטינים שמעבר לקו הירוק אינם שייכים לחברה הישראלית אך לכיבוש הישראלי שהם נתונים תחתיו יש משמעות והשפעה לגבי הישראלים ולכן אין להתעלם מהם בניתוח החברה הישראלית.
במספר פרסומים הבחין סמוחה בין ארבע גישות ליחסי העדות היהודיות בישראל: הגישה התרבותית של הזרם המרכזי (אייזנשטדט, ליסק, פרס, בן-רפאל), הגישה המעמדית (סבירסקי, ברנשטיין, פלד, בן-פורת), הגישה הפוסט-קולוניאלית (שוחט, שנהב, יונה, מוצפי-האלר) והגישה הפלורליסטית שעימה הוא מזדהה.
הגישה הפלורליסטית של סמוחה חושפת את הטמיעה התרבותית והחברתית יחד עם המשך אי-השוויון הניכר בחלוקת המשאבים בין העדות. בניגוד לתזת כור ההיתוך האחד והאחיד של הזרם המרכזי, סמוחה מבחין בין שלושה כורי היתוך בחברה הישראלית: כור ההיתוך של ישראלים אשכנזים יוצאי ארצות שונות, כור ההיתוך של ישראלים מזרחים יוצאי ארצות שונות, וכור ההיתוך של ישראלים מעורבים במוצאם. שני כורי ההיתוך התוך-עדתיים הם גדולים ופועלים בעצימות גבוהה, בעוד שכור ההיתוך של הקבוצה המעורבת הוא קטן ולא כל-כך נמרץ.
למרות חריפותה היחסית, הבעיה העדתית אינה פוגעת ביציבות החברתית ובשקט העדתי משום שפועלים בישראל מנגנוני לכידות חזקים למדי בקרב האוכלוסייה היהודית. הם כוללים את שותפות הגורל היהודית המסורתית, את האויב המשותף, את האידאולוגיה הציונית, את המשטר הדמוקרטי היציב, את מדינת הרווחה ואת המיעוט הערבי שהימצאותו מציבה את המזרחים באמצע ובעמדה מועדפת בהירארכיה האתנו-לאומית. כמו כן, העובדה שהתרבות של העולים מארצות האסלאם קרסה והם עברו תהליך מואץ של ישראליזציה, אף היא תורמת באופן פרדוקסלי לקרבה בין העדות למרות שהשאירה משקע קשה של דיכוי וקיפוח בזיכרון הקיבוצי של המזרחים ונתנה דחיפה להקמת ש"ס ותנועות מחאה מזרחיות אחרות.
דמוקרטיה אתנית.
בסוף שנות השמונים גיבש סמוחה את המודל "דמוקרטיה אתנית", ככלי אנליטי וביקורתי המסייע בחקר משווה של משטרים דמוקרטיים בחברות שסועות, לאחר שנוכח לדעת שהמשטר בישראל אינו תואם את טיב המשטרים הנהוגים במדינות המערב.
בספרות המחקר מובחנים שני דגמי משטר המנהלים באופן שונה את הסכסוך בין קבוצת המיעוט לקבוצת הרוב: דמוקרטיה ליברלית, הרווחת במערב, החותרת לישב את הסכסוך על ידי מתן שוויון זכויות פרט לכלל האזרחים תוך התעלמות מדתם וממוצאם. המשטר האחר הוא דמוקרטיה הסדרית (דו-לאומית) המתמודדת עם הסכסוך באמצעות מתן זכויות פרט וזכויות קיבוציות, הכרה במיעוט והגנה על תרבותו, ייחודו וזהותו.
המושג "דמוקרטיה אתנית", שטבע סמוחה, הוא הכללה של "מדינה יהודית ודמוקרטית". מודל זה מתייחס למדינות הרואות את עצמן והמערב רואה בהן מדינות דמוקרטיות אך בד בבד מציגות את עצמן בתור הבית הלאומי של הרוב הלאומי-אתני ומתפקדות ככלי שרת בידיו. שליטת הרוב במיעוט בדמוקרטיות אתניות מסוג זה נועדה לבלום איומים מצד המיעוט שחשות קבוצות רוב כמו תנועות פרישה, מרד עממי, מהפך דמוגרפי, פגיעה בתרבות ובזהות הלאומית, ושיתוף פעולה עם אויב. במשטר זה שזורה סתירה מהותית בין אופייה הדמוקרטי ואופייה האתני של המדינה.
בנוסף לישראל יושם מודל זה על צפון אירלנד, הודו, אסטוניה, לטביה וסלובקיה.
בהשראתו ובהשתתפותו של סמוחה נערך מחקר השוואתי בנושא הדמוקרטיה האתנית באירופה, שסוכם בספר The Fate of Ethnic Democracy in Post-Communist Europe, ונערך על ידי סמוחה ופריט יארבה.
בספר מובאים חקרי מקרה שבהם יושמה התאוריה של דמוקרטיה אתנית על שבע מדינות חדשות-ישנות בדרום-מזרח אירופה: גאורגיה, סרביה, קוסובו, מקדוניה, בוסניה והרצגובינה, אסטוניה ולטביה. סמוחה כתב את פרק המבוא המציג את מודל הדמוקרטיה האתנית ואת פרק הסיכום והמסקנות שמפרט את הלקחים מכל שבעת המקרים. בשנים שקדמו לפרויקט זה הוא ערך גיליון מיוחד של כתב העת Nations and Nationalism העוסק בנושא זה.