בשנת 1000, אישטוון, נסיך הונגריה נשבע אמונים לרומא, אימץ את הדת הקתולית כדת המדינה, והפך למלך אישטוון הראשון של הונגריה. גיולה, שליט טרנסילבניה שהיה דודו מצד אמו של אישטוון עורר את זעמו של אישטוון בכך שנתן מקלט ליריביו. סיבה נוספת לטינה של אישטוון כלפי גיולה הייתה המונופול על מכרות המלח בעלי החשיבות הכלכלית של טרנסילבניה. ב-1003 פלש צבאו של אישטוון לטרנסילבניה וגיולה נכנע ללא קרב.
כיבוש זה איפשר את החלוקה של טרנסילבניה למחוזות קתוליים שהסתיימה ב-1009, כשהבישוף של אוסטיה ביקר את אישטוון כנציג האפיפיור ויחדיו הם אישרו את החלוקה למחוזות בישופות ואת גבולותיהם. שלטונם של מלכי הונגריה על טרנסילבניה התגבש במאות ה11 וה-12.
במאה ה-12 ובמאה ה-13 יושבו אזורים בדרום ובצפון מזרח טרנסילבניה בידי מתיישבים גרמנים הקרויים (אז ועתה) סקסונים. שמה הגרמני של טרנסילבניה זיבנבורגן הוא על שם שבע ערים מבוצרות שהוקמו על ידי הסקסונים. ההשפעה הגרמנית הפכה מוחשית יותר במאה ה-13 כשהמלך ההונגרי אנדראש השני קרא לעזרתם של אבירי המסדר הטבטוני על מנת להגן על טרנסילבניה בפני פלישת הקומנים (שבט טורקי), ופלישת המונגולים שבאה בעקבותיהם (1241). הקומנים המירו את דתם לנצרות קתוליות, ואחרי שהובסו ביד המונגולים הם חיפשו מחסה בטרנסילבניה. ארז'בת (Erzsebet), נסיכה קומנית נישאה לאישטוואן הרביעי ב-1254.
הממשל בטרנסילבניה היה בידיו של ווֹיווֹד (voievod מילה סלאבית שפירושה מושל מחוז) שבאמצע המאה ה-13 שלט על כל האזור. לאחר דיכוי (1437) מרד האיכרים (מרד בובלנה – Bobâlna) בוסס השלטון על איחוד שלושת הלאומים (Unio Trium Natiorum), איחוד שנעדרו ממנו הרומנים האתניים. החברה הייתה מחולקת בין שלושה לאומים בעלי זכויות, המדיארים, הסקלרים (מדיארים אתניים אשר אינם נמנים עם אלה שהוביל ארפאד אל הונגריה) והסקסונים. עם זאת, לאומים אלה שקפו חלוקה חברתית ודתית ולא חלוקה אתנית. על אף שהמעמד חסר הזכויות של הצמיתים כלל בעיקר רומנים, הוא כלל גם אנשים ממוצא סקסוני, סקלרי ומדיארי. מצד שני כמה רומנים אתניים הצליחו לחדור למעמד האצולה לאחר שהמירו דתם לקתוליות.
דמות מרכזית שבלטה בהיסטוריה של טרנסילבניה במאה ה-15 הייתה יאנוש הוניאדי (ברומנית יון קורבין מחונדוארה), שהיה ממוצא רומני. הוניאדי שהיה בנו של וויצ'קו (ואיק) נסיך ולאכי זכה במספר אחוזות ומושב במועצה המלכותית עקב שירותיו למלך הונגריה זיגמונד. הודות לתמיכתו במועמדותו של ולדיסלב השני, מלך פולין לכס המלוכה ההונגרי הוא קיבל ב-1440 פיקוד על מצודת בלגרד ואת משרת מושל טרנסילבניה. מסעותיו הצבאיים כנגד העות'מאנים קידמו את מעמדו כמושל הונגריה מ-1446 והכרה אפיפיורית בו כנסיך טרנסילבניה (1448).
טרנסילבניה כישות עצמאית.
כשעיקר הצבא ההונגרי והמלך לאיוש השני נטבחו על ידי העות'מאנים בקרב מוהאץ' (1526) ניצל יאנוש זאפויה, שליט טרנסילבניה את כוחו הצבאי והעמיד עצמו כראש המחנה ההונגרי הלאומי, שהתנגד לכך שפרדיננד מאוסטריה (מאוחר יותר הקיסר פרדיננד הראשון) ירש את כס המלוכה ההונגרי. כיאנוש הראשון הוא נבחר למלך הונגריה, בעוד שמחנה אחר הכיר בזכותו של פרדיננד. בעימות שהתפתח עקב כך קיבל זפוליה את תמיכתו של הסולטאן סוליימן הראשון, שלאחר מותו של זפוליה (1540) כבש את מרכז הונגריה בתואנה שבא להגן על בנו של זפוליה, יאנוש השני. הונגריה הייתה מחולקת לשלושה חלקים: מערב הונגריה, תחת השלטון האוסטרי; מרכז הונגריה תחת שלטון טורקי וטרנסילבניה העצמאית למחצה, שבמשך מאתיים השנים הבאות הייתה לסירוגין תחת השפעה טורקית או אוסטרית.
טרנסילבניה הייתה עתה מחוץ לתחום השליטה הדתית הקתולית, ולכן פרחו בה מגמות לותרניות וקלוויניסטיות. ב-1563 מונה גיאורגיו בלאנדראטה כרופא החצר, ורעיונותיו הדתיים הרדיקליים השפיעו בהדרגה הן על המלך הצעיר יאנוש השני והן על הבישוף הקלוויניסטי פרנסיס דוד ובסופו של דבר גרם להמרת דתם לאמונה האוניטארית. בוויכוח פומבי רשמי גבר פרנסיס דוד על הקלוויניסט פטר מליוס ועקב כך אושר ב-1568 הצו של טורדה (Turda) המאשר את חופש הפולחן הדתי האישי (החוק הראשון המקנה חופש דת באירופה הנוצרית).
משפחת באטורי שעלתה לשלטון לאחר מותו (1571) של יאנוש השני, שלטה בטרנסילבניה כנסיכים תחת הטורקים, ולזמן קצר תחת הריבונות של בית האבסבורג עד 1602. סטפאן באטורי, הונגרי קתולי, התחייב לשמור על חופש הדת שהובטח בצו טורדה, אך פירש התחייבות זו באופן מוגבל יותר ויותר. בסוף תקופת שלטון באטורי התפתח עימות בן ארבעה צדדים בטרנסילבניה שכלל את האוסטרים, הטורקים והנסיך הרומני מיכאי האמיץ (ברומנית Mihai Viteazul) שליט מונטניה.
מיכאי האמיץ השתלט על טרנסילבניה ב-1599, לאחר קרב סלימבר שבו הביס את צבאו של אנדרה באטורי. במאי 1600 הוא השתלט גם על מולדובה ואיחד בפעם הראשונות את שלוש הנסיכויות מונטניה, מולדובה וטרנסילבניה, שבהם היה רוב רומני. אך האיחוד הרומני לא החזיק מעמד זמן רב, שכן מיכאיל האמיץ נרצח על ידי שכירי חרב ולונים תחת פיקודו של הגנרל ההבסבורגי גיורגיו באסטה באוגוסט 1601. באסטה הכניע את טרנסילבניה ב-1604 והחל שלטון טרור שבו ניתנה לו הרשות להעביר אנשים בכוח לדת הקתולית, לקבוע את הגרמנית כשפה השלטת ולהחרים את הקרקעות של האצילים.
בין השנים 1604 - 1606 הוביל איל ההון ושליט מחוז ביחאר, אישטוון בוצ'קאי מרד מוצלח כנגד השלטון האוסטרי. בוצ'קאי נבחר כנסיך טרנסילבניה ב-5 באפריל 1603, ונסיך הונגריה חודשיים מאוחר יותר. שני ההישגים העיקרים של תקופת שלטונו הקצרה של בוצ'קאי (הוא מת ב-29 בדצמבר 1606) היו שלום וינה (23 ביוני 1606) ושביתת הנשק של זסיטואטורוק (Zsitvatorok) (נובמבר 1606). בשלום וינה השיג בוצ'קאי חופש דת ואוטונומיה מדינית, החזרת כל האחוזות שהוחרמו, ביטול כל פסקי הדין המוטים וחנינה מלאה לכל ההונגרים בשטחה של הונגריה, מלבד ההכרה בריבונותו כנסיך עצמאי של טרנסילבניה המורחבת. חשובה לא פחות הייתה שביתת הנשק של זסיטואטורוק שנמשכה עשרים שנה ושבוצ'קאי ניהל את המשא ומתן שהוביל לחתימתה בין הסולטאן לקיסר.
תור הזהב של טרנסילבניה היה תחת יורשיו של בוצ'קאי במיוחד גאבור בתלן וגיירג' הראשון ראקוצי. גאבור בתלן ששלט מ-1613 עד 1629 סיכל את כל מאמציו המתמשכים של הקיסר לדכא את נתיניו או לעקוף את סמכותו, וזכה לתהילה באירופה כמגן הרעיון הפרוטסטנטי. שלוש פעמים הוא ערך מסעות מלחמה כנגד הקיסר, פעמיים הוא הוכרז מלך הונגריה ובשלום ניקולסבורג (31 בדצמבר 1621) הוא השיג עבור הפרוטסטנטים אישור של חוזה וינה, ועבור עצמו שבעה מחוזות נוספים בצפון הונגריה. אף יורשו של בתלן, גיירג' הראשון ראקוצי נחל הצלחות. הישגו העיקרי היה שלום לינץ (16 בספטמבר 1645), הניצחון המדיני האחרון של הפרוטסטנטיות ההונגרית, שבו אולץ הקיסר לאשר שוב את סעיפי החוזה של שלום וינה. גאבור בתלן וגיירג' הראשון ראקוצי תרמו רבות לחינוך ולתרבות, ותקופתם קרויה בצדק תור הזהב של טרנסילבניה. הם העתירו כסף על ייפוייה של בירתם אלבה יוליה (בהונגרית Gyulafehervár) שהפכה מעוז הפרוטסטנטיות במזרח אירופה. בזמן שלטונם הייתה טרנסילבניה אחת הארצות האירופיות היחידות שבהם חיו בסובלנות הדדית קתולים, קלוויניסטים, לותרנים, ואוניטארים. עם זאת, נשלל שוויון זכויות מרומנים אורתודוקסים. למרות מאמציו של הבישוף היווני-קתולי אינוצ'נטי מיקו-קלין לא קוימה גם ההבטחה לתת מעמד של לאום לאותם רומנים שהמירו את דתם לקתוליות.
השלטון האוסטרי והאימפריה האוסטרו-הונגרית.
לאחר תבוסת העות'מאנים בשערי וינה ב-1683 החלו שליטי בית הבסבורג לכפות בהדרגה את מרותם על טרנסילבניה העצמאית לשעבר. מלבד חיזוק השלטון והממשל המרכזיים, קידמו האוסטרים את הכנסייה הקתולית, הן ככוח מאחד, והן ככלי לצמצם את השפעת האצולה הפרוטסטנטית ולהחליש את האחוזות על ידי יצירת עימות בין גורמים פרוטסטנטיים וקתולים. בנוסף הם ניסו לשכנע אנשי כהונה אורתודוקסים להצטרף לכנסייה היוונית-קתולית שאומנם שמרה על הפולחן והמנהגים האורתודוקסים אך קיבלה על עצמה ארבעה עיקרים של הדוקטרינה הקתולית והכירה בסמכות האפיפיור. ב-1699 ו-1701 הכיר הקיסר לאופולד הראשון בכנסייה היוונית-קתולית הרומנית בטרנסילבניה או "הכנסייה הרומנית המאוחדת עם רומא" כבעלת זכויות שוות עם הכנסייה הרומית-קתולית. רבים, אם כי רק חלק מבין הכמרים האורתודוקסים הרומנים הצטרפו לכנסייה החדשה.
ב-26 בינואר 1699, נחתם הסכם קרלוביץ, שעל פיו הועבר השלטון בטרנסילבניה מהאימפריה העות'מאנית לאוסטריה.
מ-1711 ואילך התהדקה השליטה האוסטרית בטרנסילבניה והנסיכים של טרנסילבניה הוחלפו על ידי מושלים אוסטרים. ההכרזה של טרנסילבניה ב-1765 כנסיכות גדולה הייתה אקט רשמי בלבד. לחץ השלטון הבירוקרטי האוסטרי שחק בהדרגה את העצמאות המסורתית של טרנסילבניה. ב-1791 פנו הרומנים בעצומה לקיסר לאופולד השני להכרה בהם כלאום הרביעי של טרנסילבניה ולקבלת חופש דת, אך בית המחוקקים (הדיאט) הטרנסילבני דחה את דרישותיהם והחזיר בכך את הרומנים למעמדם הקודם.
בתחילת 1848 ניצל בית המחוקקים ההונגרי את ההזדמנות שנוצרה עקב מהפכת אביב העמים על מנת לחוקק תוכנית רפורמה מקיפה, הקרויה חוקי אפריל, ביניהם נכלל סעיף הקורא לאיחוד טרנסילבניה עם הונגריה. בתחילה תמכו הרומנים של טרנסילבניה במהפכה כשהם מאמינים כי ירוויחו מהרפורמות הליברליות. עם זאת, עמדתם השתנתה עקב התנגדותם של אצילי טרנסילבניה לרפורמות כדוגמת שחרור הצמיתים, וכישלונם של המנהיגים המהפכניים ההונגרים להכיר בשאיפות הלאומיות הרומניות.