בעוד שהמיסים המיוחדים שהוטלו על הד'ימים נשארו על כנם עד המאה ה-20, הרי שיישומן של המגבלות האחרות היה נתון לשינויים בהתאם לזמן ולמקום. האינטרסים השונים של השליטים המוסלמים השונים הם שקבעו האם יתעלמו מהם או לחלופין יאכפו אותם בקפידה ואף יוסיפו עליהם מגבלות נוספות. אחד הגורמים לשונות הרבה, היה מידת העוצמה או החולשה של המדינה המוסלמית. בזמנים חזקים יותר גילו השלטונות סובלנות רבה יותר מאשר בזמני חולשה (כמו, למשל, בזמן מסעי הצלב). גורם אחר היה המידה שבה שושלת מסוימת רצתה להציג את עצמה כשומרת האסלאם, שושלות ששמו על כך דגש מיוחד רדפו לעיתים באלימות את האוכלוסייה היהודית שלהן.
היהודים על פי רוב חיו כמיעוט וכקהילה שבינה לבין החברה המוסלמית היו לא מעט גדרות, ובדרך כלל ניהלו מידה מסוימת של אוטונומיה. הם היו כפופים למרות המנהיגים שלהם (נגידים, דיינים), דבר שאיפשר להם לנהל את ענייני המשפחה, האישות והדת על פי תורתם. בתקופות מסוימות השלטון הורה ליהודים כמה מיסים הוא רוצה מהם, ובהתאם לכך הקהילות היהודיות היו אחראיות לגבייה של המיסים, שנמסרו אחר כך לשלטונות. אף על פי שבדרך כלל פנו היהודים לבתי הדין היהודיים, ששפטו על פי ההלכה היהודית היו מקרים נדירים שבהם הם פנו גם לבתי דין מוסלמים, אם הם חשבו שהדין המוסלמי יטיב איתם בנושא הספציפי שבו הם דנו.
למעט חג'אז, ואזורי קדושה מעטים אחרים, ליהודים התאפשרה תנועה חופשית. רק במרוקו החל מהמאה ה-15, ולעיתים גם בפרס, הוגבלו הד'ימים לגטאות (במרוקו נקראו מלאח). במקומות אחרים, בהם היהודים (וגם הנוצרים) נטו להתיישב בשכונות נפרדות בערים, הדבר נעשה כחלק מהתפתחות חברתית טבעית ולא רק כתוצאה ממגבלות חברתיות.
היהודים (וגם הנוצרים) שחיו תחת השלטון המוסלמי, לא נדרשו בדרך כלל למות על קידוש השם. עם זאת מקרים של מוות על קידוש השם התרחשו לאורך ההיסטוריה של היהודים בארצות האסלאם, כאשר שושלות מוסלמיות שונות רדפו את היהודים והעמידו בפניהם את הבחירה בין מוות להתאסלמות. הרמב"ם, שחי בתקופה בה יהודים בספרד, צפון אפריקה ותימן עמדו בפני מוות או התאסלמות, כתב באיגרת תימן שליהודים מותר להתאסלם ולא להיהרג על קידוש השם ובלבד שהם ימשיכו לשמור על הדת היהודית בסתר, ויחזרו ליהדות כשיוכלו. הרמב"ם הוסיף באותה איגרת שהיהודים נמצאים בגלות ישמעאל בגלל עוונותיהם וחטאיהם כלפי אלוהים, ושסבלם רב בגלות זו שכן הישמעאלים רודפים אותם, אך אל להם לאבד תקווה שכן תקופת הגאולה עוד תגיע.
השפעות הדדיות.
ניתן לדבר על השפעות הדדיות בין היהדות ובין האסלאם, כאשר לרוב קשה להצביע מי המשפיע ומי המושפע. העתקת סיפורי המקרא אל תוך הקוראן כמעט בשלמותם ואימוץ הנביאים היהודים (ב"גרסה" אסלאמית שלהם) היא דוגמה להשפעה של היהדות על האסלאם. מנגד, הספרות הפילוסופית והתאולוגית היא דוגמה לתחום שבו התקיימו השפעות הדדיות. פילוסופים מוסלמים כגון אל-פאראבי, אבן סינא, אבן באג'ה ואחרים השפיעו על הוגים יהודים רבים וחשובים. משוררים יהודים הושפעו מתבניותיה של השירה הערבית הקלאסית. יהודים תרמו תרומה חשובה לתור הזהב המוסלמי של ימי הביניים והיו שותפים למפעל התרגומים של ספרות עתיקה (כולל ספרות יוון העתיקה) לערבית ודרך כך לשימור הידע הפילוסופי והמדעי העתיק ופיתוחו.
על סמך השפעות הדדיות אלו, היסטוריונים יהודים אירופים בני המאה ה-19 כגון צבי גרץ השתמשו במונחים כגון "הרמוניה" ו"סימביוזה" כדי לתאר את היחסים בין יהודים למוסלמים בימי הביניים. בצורה זאת הם גם ביקרו כדרך אגב את היחס כלפי יהודים בחברה האירופית הנוצרית בת זמנם. אולם מקובל בקרב חוקרים בני ימינו להתייחס להשקפה היסטורית זאת כמיתוס, תוך אזכור מעמדם החברתי והמשפטי הירוד של יהודים, ורדיפות נגדם בתקופות שונות.
בפרספקטיבה רחבה של 1,400 שנות היסטוריה מוסלמית, ניתן לראות כי "במאות השנים הראשונות לח'ליפות אפשר לדבר על התקדמות לעבר סובלנות גדולה יותר. מימי הנביא עד ימי הח'ליפים הראשונים, ומעבר להם עד האימפריה האוניברסלית של האומיים והעבאסיים, קיים גידול שאין לטעות בו בסובלנות שהוענקה ללא-מוסלמים. למן המאות השתים-עשרה והשלוש-עשרה לערך קיימת תזוזה ניכרת לכיוון ההפוך". במאות הראשונות לאסלאם נפוצו רדיפות נגד יהודים באזורים שונים, בעיקר בספרד, צפון אפריקה, פרס ותימן בתקופות של אי יציבות אזורית.
לתופעה זו של שינוי יחס המוסלמים כלפי הד'ימים ניתנו מספר הסברים. אחד מהם, של שלמה דב גויטיין, מדבר על כך שבימי החברה הבורגנית של ימי הביניים הקלאסיים, הסוחר והמסחר מילאו תפקיד חשוב, והבדלי הדת לא היו כל כך חשובים. שקיעת הבורגנות העירונית וכינונם של משטרים סמכותיים מבחינה מדינית וכלכלית גרמו לעוינות רבה יותר למיעוטים דתיים. הסבר נוסף נוגע למאבקים שניהל האסלאם הסוני נגד הנצרות, האסלאם השיעי והמונגולי. מאבקים אלה גרמו לאסלאם הסוני להיות יותר שמרן ופחות סובלני לגיוון דתי. עם זאת, דיכוי האוכלוסייה היהודית לא היה מיוחד לתקופה האסלאמית המאוחרת, אלא התקיים באזורים ובתקופות מסוימות גם במאות הראשונות לאסלאם.
המאה ה-7 עד המאה ה-12.
בארצות האסלאם המזרחיות היו ליהודים ארבעה ראשים - ראש הגולה וגאוני בבל (ישיבת פומבדיתא וישיבת סורא) וארץ ישראל. לכל אחד מהם היה אזור אחריות משלו - "הרשות". ספרד וארצות המגרב היו מחוץ לאזורי הרשות, אך בכל זאת היה קשר הדוק בין הישיבות לארצות אלה.
שלושה עניינים היו מוקד עיסוקן של הישיבות: הנהגה, חקיקה ושיפוט עליון. ראשי הישיבות, שנקראו גאונים, וראש הגולה מינו את חברי הישיבה לכהן כנציגיה בקהילות שבתחום הרשות של כל אחת מהן. ברוב ימות השנה היו הרבנים עסוקים בקהילות בפריפריה, כאשר אחת לכמה זמן הגיעו להתכנסות בישיבת האם. בארץ ישראל בהושענא רבה, ובבבל ב"ירחי כלה" - החודשים אלול ואדר.
תפקיד ראשי הרשות היה למנות ראשי קהילות (בדרך כלל היו דיינים), כאשר אל ראש הקהילה הצטרפו שני דיינים נוספים מהקהילה המקומית, ויצרו את בית הדין המקומי. הפקידות של הקהילה המקומית (שמשי בית הכנסת, מוהלים, שוחטים וכיוצא בזה) התמנו על ידי ראש הקהילה המקומית.
ראשי הגולה עד תחילת המאה ה-9 שימשו נציגיו של הציבור היהודי אצל השלטון המוסלמי המרכזי. בסוף הרבע הראשון של אותה מאה השתנה מעמדם וראש הגולה הפך מעתה לבעל "רשות" במקביל לשלוש הרשויות האחרות של גאוני בבל וארץ ישראל.
החלוקה בין הרשויות הייתה כדלקמן - ישיבת ארץ ישראל הייתה אחראית על הקהילות שבארץ ישראל, מצרים, סוריה ולבנון. ישיבות בבל ממונות על הקהילות שבעיראק, פרס ותימן. ראש הגולה היה אחראי על קהילות בפרס ובעיראק. בין שני המרכזים, בבל וארץ ישראל, ניטש מאבק על הבכורה, כאשר עד תחילת המאה ה-11 שכך המאבק.
החל מהמאה ה-9 היו תנועות הגירה נרחבות מארצות המזרח (איראן ועיראק) לארצות המערב (מצרים וארצות המגרב). הגירות אלה הפגישו יהודים בעלי מנהגים ונוסחי תפילה שונים. הדבר הוביל במקומות מסוימים לאיחוד מנהגים ומסורות, ובמקומות אחרים לארגון קהילתי על בסיס "רשות". כך, למשל, ניתן למצוא בקהילה אחת שני קהלים - בית כנסת של ה"ארצישראלים" (כמו זה שנתגלה בו גניזת קהיר) ובית כנסת של הבבלים. עד סוף המאה ה-12 התקבל המנהג הבבלי כמעט בכל מקום.
הקהילות ממערב למצרים היו, כאמור, מחוץ לתחומי ה"רשויות", אבל עדיין הכירו בסמכותן של ישיבות בבל, ושלחו אליהן שאלות ותרומות. החל מהמאה ה-9 החל תהליך ארגונן של קהילות המגרב והקמת מוסדות לימוד מפותחים. ניתן להבין זאת לאור אירועי התקופה: בני משפחת אומיה שהודחו מהשלטון על ידי העבאסים, הקימו נסיכות עצמאית בספרד. בצפון אפריקה נוסדה במאה ה-10 ח'ליפות פאטימית שיעית. הפיצול הפוליטי בעולם האסלאמי דחף את הקהילות היהודיות לעצמאות גדולה יותר מהמרכז התורני הבבלי. לזה מצטרף ריחוק גאוגרפי, התחזקות כלכלית של אותן קהילות, והגירתם של חכמים רבים מבבל, מצרים ואיטליה אל המגרב וספרד. אמנם הכפיפות היחסית למרכז הבבלי נשמרה, אבל כבר במאה ה-9 ענו רבנים מקומיים ברחבי המגרב על שאלות הלכתיות לא מעטות. משנות ה-70 של המאה ה-10 זכו קהילות אלה לפריחה מואצת.
יהודי ארצות האסלאם היוו את החלק הגדול והפעיל של העם היהודי במשך מרבית ימי הביניים. לפי ההיסטוריון ברנרד לואיס, אותם יהודים "שחיו בארצות נוצריות, כלומר באירופה, היו מיעוט, ומיעוט חסר חשיבות יחסית. כל מה שהיה יצירתי ומשמעותי בחיי היהודים, פרט לדברים מעטים יוצאים מן הכלל, התרחש בארצות האסלאם. קהילות היהודים באירופה פיתחו מעין תלות תרבותית ביהודי העולם המוסלמי המתוחכם והמתקדם הרבה יותר, עולם שהשתרע מספרד המוסלמית במערב ועד עיראק, איראן, ומרכז אסיה במזרח. בימי הביניים המאוחרים - לא ניתן לקבוע כרונולוגית מדויקת - חל שינוי משמעותי בתחום זה. יהודי האסלאם ירדו במספרם, גם מבחינה יחסית וגם מבחינה מוחלטת, ומרכז הכובד של העולם היהודי עבר ממזרח למערב, מאסיה לאירופה, מן האסלאם לנצרות".
המנהיגות.
המנהיגות היהודית שאבה כוחה משלושה מקורות סמכות:
על דמות המנהיג כותב שלמה דב גויטיין: "רק תלמיד חכם (או מישהו שקנה לו שם של תלמיד חכם) יכול היה להיות מנהיג קהילה. היהדות הרבנית הייתה דת לנפשות תאבות לימוד. נתמזל מזלה של היהדות הרבנית, שתחיקתה והקנוניזציה שלה - בין רבינו סעדיה גאון - רס"ג (נפטר בשנת 942) לרבבינו משה ב"ר מימון - הרמב"ם (נפטר בשנת 1204) - התחוללו בתחום ההשפעה של האסלאם, שטיפח אידיאלים דומים".
חברה וכלכלה.