הפריימריס של "שינוי" נערכו באווירת מרד מצד האופוזיציה הפנימית בראשי המפלגה, טומי לפיד ואברהם פורז, על רקע סקרים שחזו ירידה ל-4 מנדטים למפלגה. אף על פי שלפיד נבחר לראשות המפלגה, הייתה זו בחירה ברוב דחוק, שהזהירה מפני העתיד לבוא. ואכן, בהתמודדות על המקום השני מועצת "שינוי" העדיפה את רון לוינטל, חבר מועצת עיריית תל אביב ושדרן רדיו לשעבר, על פני אברהם פורז, שר הפנים. מיד לאחר היוודע הדבר הסירו כל הח"כים הקרובים ללפיד ולפורז את מועמדויותיהם.
כעבור ימים מספר, ב-25 בינואר, פרשו לפיד ומקורביו מן המפלגה באופן רשמי והאשימו את שרון בהתפוררות המפלגה, המפלגה התפרקה לחלקים: 2 ח"כים שלא פרשו (אהוד רצאבי ואילן ליבוביץ') נשארו ב"שינוי" המקורית, 2 אחרים (אליעזר זנדברג וחמי דורון, שנחשבו תמיד כאגף הימני בתוך שינוי) הקימו את סיעת "הבית הלאומי" שהתמזגה מאוחר יותר לתוך ה"ליכוד", יגאל יאסינוב עבר לישראל ביתנו, ושאר 9 הח"כים הנותרים הפכו לסיעה בשם "הסיעה החילונית". מאוחר יותר, ב-5 בפברואר 2006, הקימו בסיוע חבר הכנסת לשעבר אלכסנדר צינקר שהיה בעל "מפלגת המדף" אזרח ומדינה עם אוריינטציה רוסית שהתמודדה לכנסת ה-16 ללא הצלחה, מפלגה חדשה בשם "חץ" - מפלגה חילונית ציונית בראשותו של אברהם פורז, אשר זכתה לתמיכתו של טומי לפיד שהוצב בה במקום סמלי בסוף הרשימה (המקום ה-61), עקב הכרזתו על פרישה מהחיים הפוליטיים. מלבד הבדלים פרסונליים, לשתי המפלגות היה מצע דומה, ושתיהן היו מפלגות מרכז שפנו למעמד הבינוני, התנגדו לכפייה דתית וניסו להציג את עצמם כיורשיה האמיתיים של מפלגת שינוי.
איחוד ופיצול במפלגות הימין.
לקראת הבחירות ובעקבות ההתנתקות ואירועי עמונה, החליטו מפלגות האיחוד הלאומי והמפד"ל על התמודדות ברשימה מאוחדת. ב-8 בפברואר נחתם הסכם איחוד רשמי ביניהן ליצירת רשימת האיחוד הלאומי-מפד"ל. בהסכם האיחוד הוחלט שסדר היום של הרשימה המאוחדת לא יתמקד רק בפן המדיני אלא גם בפן החברתי (חינוך, צביונה היהודי של המדינה ועוד). חלוקת המקומות הייתה כמעט שוויונית, כאשר ח"כ בני אלון, יו"ר האיחוד הלאומי עומד בראש הרשימה, וח"כ זבולון אורלב, יו"ר המפד"ל ממוקם שני, אך יבחר ראשון את תפקיד השר אם תכנס הרשימה לממשלה שתוקם לאחר הבחירות. נציגי המפד"ל שובצו במקומות 2, 4, 7, 10, 11 ברשימה המשותפת.
בנוסף לכך, עוד קודם לכן התפצלה ישראל ביתנו, מפלגתו של אביגדור ליברמן, מהאיחוד הלאומי והחליטה להתמודד ברשימה נפרדת. בסך הכל, מסיעת האיחוד הלאומי-ישראל ביתנו בכנסת היוצאת, שמנתה 9 ח"כים (כולל 2 חברי מפלגת ציונות דתית לאומית מתחדשת שפרשו מהמפד"ל במהלך הכנסת ה-16), 6 התמודדו כחלק מהאיחוד הלאומי ברשימה המשותפת עם המפד"ל, ח"כ מיכאל נודלמן פרש, התפטר מהכנסת והצטרף למפלגת קדימה, ו-3 הח"כים של ישראל ביתנו התמודדו מטעם "ישראל ביתנו" כמפלגה עצמאית, יחד עם יגאל יאסינוב שפרש מ"שינוי".
שינויים במפלגות הערביות.
מפלגת תע"ל של אחמד טיבי פרשה מהרשימה המשותפת עם חד"ש והצטרפה לרע"ם, שבראשותה ניצב אברהים צרצור מראשי התנועה האיסלאמית בישראל.
רשימת "יהדות התורה".
המפלגה החרדית יהדות התורה קבעה את רשימת המועמדים שלה, כנהוג, על ידי מנהיגיה הרוחניים, סמוך למועד הגשת הרשימות. אגודת ישראל ודגל התורה התמודדו גם הפעם יחדיו במסגרת הרשימה המשותפת, "יהדות התורה".
נציגי אגודת ישראל הוצבו במקומות 1, 3, 5 ו-6, ואלה של דגל התורה במקומות 2, 4 ו-7. הח"כ לשעבר ישראל אייכלר, שהיה אמור להיות מוצב במקום השישי, התנגד בתוקף לקיום רוטציה בינו לבין נציג דגל התורה, אורי מקלב, שהוצב במקום השביעי, ולפיכך לא נכלל ברשימה, ובמקומו הוצב במקום השישי יעקב כהן, חבר מועצת העיר בני ברק.
עתירות לפסילת מפלגות.
במערכת בחירות זו הוגשה רק בקשה אחת לפסילת רשימה מלהתמודד בבחירות לפי . מפלגות הימין הגישו בקשה לפסול את רשימת רע"ם-תע"ל, בהסתמכם על דבריו של יו"ר הרשימה, השייח' אברהים צרצור, אשר צוטט כאילו הוא אומר שיש להקים במדינת ישראל משטר איסלאמי (מה שסותר את היות המדינה יהודית). ועדת הבחירות המרכזית דחתה את הבקשה, בקבלה את טענות רשימת רע"מ-תע"ל כי דברי השייח' צרצור עוותו והוצאו מהקשרם.
ניצחון החמאס בבחירות לרשות הפלסטינית.
ב-25 בינואר 2006, לאחר שנדחו מספר פעמים, נערכו בחירות למועצה המחוקקת הפלסטינית. הסוקרים הפלסטינים ושרות המודיעין הישראלי צפו ניצחון דחוק לפת"ח של אבו מאזן על פני "רשימת הרפורמה והשינוי" של תנועת החמאס בראשות אסמאעיל הנייה וסגנו מוחמד אבו טיר. ההערכות בעיתונות הישראלית והפלסטינית היו שממשלת ישראל מסייעת לפת"ח בבחירות, כדי למנוע את עליית החמאס. אף על פי כן, תנועת החמאס הפתיעה וזכתה ברוב גדול (75 מושבים בפרלמנט לעומת 43 של הפת"ח) בבחירות דמוקרטיות שקטות שפוקחו על ידי נציגות בינלאומית. בין הסיבות לעליית החמאס ניתן למנות את השחיתות והאנרכיה ברשות שמזוהה עם בכירי תנועת הפת"ח, אי האפקטיביות של מדיניות אבו מאזן כלפי גדר ההפרדה, המחסומים ונוכחות צה"ל בשטחים, תפישת הציבור הפלסטיני לגבי תרומת המאבק המזוין של החמאס למהלך ההתנתקות ותמיכת הציבור הפלסטיני בהמשך הטרור והמאבק להשמדת ישראל. התוצאות הובילו להתפטרות מיידית של ראש הממשלה הפלסטיני אבו עלא ושל שריו.
ניצחון חמאס יצר מבוכה רבה בישראל ובעולם. לאחר הבחירות, שרי מפלגת השלטון "קדימה" הונחו על ידי ראש הממשלה בפועל, אהוד אולמרט, שלא לשוחח בתקשורת בנושא ניצחון החמאס עד אשר תקבע עמדה רשמית של הממשלה בהתייעצות חירום. התבטאויות שונות בישראל ומחוצה לה, ובהן של משה קצב, נשיא מדינת ישראל, העניקו לגיטימציה לחמאס בתנאי שתזנח את קריאתה להשמדת ישראל. מולם, דווקא בשמאל הישראלי, נשמעו קולות להחרים את התנועה, מצד מפלגת מרצ-יחד בהנהגת יוסי ביילין ומצד עמיר פרץ, מנהיג מפלגת העבודה. בימין הישראלי קראו לממשלה להילחם עד חורמה בחמאס ולסרב להכיר בו, אפי איתם אף קרא "להפוך את רשימת החמאס הנבחרת לרשימת חיסול של צה"ל". באיחוד הלאומי ובליכוד האשימו את "קדימה", שרון ואולמרט בעליית החמאס. בסופו של דבר, אהוד אולמרט הודיע ש"רשות פלסטינית בהנהגת החמאס איננה פרטנר" והצהיר שעמדתה הרשמית של מדינת ישראל היא ש"אם תקום ממשלה בהשתתפות או בהנהגת החמאס, תהפוך הרשות הפלסטינית לרשות טרור, ונתייחס אליה ככזו. העולם וישראל יתעלמו ממנה ויהפכו אותה ללא רלוונטית".
פינוי הבתים בעמונה.
לאחר שורה ארוכה של דחיות בוצע ב-1 בפברואר צו לפינוי 9 מבני קבע במאחז עמונה. אף על פי שהעיתוי של המועד האחרון לביצוע הצו נקבע על ידי בג"ץ לפני התחלת מערכת הבחירות, הרי מועד הפינוי הפך אותו לחלק מהמערכה. הפינוי האלים שבו היו פצועים רבים הביא להאשמות הדדיות בין כל הגורמים במערכת הפוליטית לגבי ניסיון לנצל את האירוע לתעמולה. ההאשמות היו הן לגבי הבחירה בפינוי בכוח (תוך האשמת ממלא מקום ראש הממשלה אהוד אולמרט בבחירה בכוחניות ולא בהידברות) והן לגבי ההתנגדות האלימה (תוך האשמה של ראשי האיחוד הלאומי והמפד"ל בניסיון לקצור רווחים פוליטיים מתמיכתם בהתנגדות לפינוי). הפציעה של שני חברי כנסת מהימין במקום הביאה להאשמות סותרות רבות ולכך שחברי כנסת רבים הביעו זעם על התנהגות המשטרה וטענו לפגיעה בדמוקרטיה, האירוע החמור גרר בעקבותיו את חברי הכנסת מהימין לדרוש את הקמת ועדת חקירה ממלכתית, ומשזו לא אושרה, עברה ברוב בכנסת החלטה על הקמת ועדת חקירה פרלמנטרית לחקר אירועי עמונה.
תעמולת הבחירות.
לאור שינויים שחלו בחוק העמותות, תעמולת הבחירות, במיוחד זו שהייתה נהוגה ברחובות הערים, הייתה קטנה באופן משמעותי מזו של שנים קודמות. תשדירי הבחירות בטלוויזיה זכו לאחוזי צפייה נמוכים, וזכו לביקורות על תוכנם ורמתם. עם זאת, עלות הקמפיינים של המפלגות באינטרנט היוותה לראשונה חלק ניכר מתקציב הפרסום.
תעמולת המפלגות הגדולות עמדה בחציה הראשון בהשמצה הדדית בין שלוש המפלגות הגדולות: אהוד אולמרט שתואר כמושחת ו"עיוור לסכנה" של ניצחון החמאס, בנימין נתניהו שתואר כשר אוצר חסר לב ואדם לחיץ, ועמיר פרץ שתואר כפופוליסט שלא מסוגל להיות ראש ממשלה. הליכוד הקדיש את מרב זמנו לתקיפת מפלגת קדימה ובייחוד את ראשה אהוד אולמרט, בעוד שמפלגת קדימה התמקדה בתקיפת בנימין נתניהו והליכוד.
מפלגת העבודה ביססה את הקמפיין של על הנושא החברתי-כלכלי ועל תוכניתו של פרץ להעלות את שכר המינימום ל-1,000 דולר
מפלגת ש"ס שילבה קמפיין חברתי עם קמפיין דתי ושידרה תשדירים בהם הרב יצחק כדורי והרב עובדיה יוסף קוראים להצביע ש"ס ומברכים את המפלגה ובוחריה. כמו כן תקפה ש"ס את בנימין נתניהו על רקע מדיניות קיצוץ הקצבאות שהנהיג כשר אוצר.
ישראל ביתנו ביססה את הקמפיין שלה על דמותו של אביגדור ליברמן ועל תוכניתו לבצע חילופי שטחים בהם יועברו ערביי ישראל באום אל-פחם וכפרי המשולש לשליטה פלסטינית תמורת גושי התנחלויות וכן על דרישתם לקבל את המשרד לביטחון פנים כדי להביא למיגור הפשע. סיסמת הבחירות של ישראל ביתנו הייתה "דא ליברמן" ("כן ליברמן" ברוסית).
האיחוד הלאומי-מפד"ל ניסו למצב את עצמם כ"ימין חדש עולה" אחרי האיחוד בין האיחוד הלאומי הנצית למפד"ל החברתית. הקמפיין נע בעיקר סביב תוכנית ההתנתקות ונושאים חברתיים-יהודיים.