יום לאחר רסלמניה 27, סיכמו סינה ודה רוק על קרב ברסלמניה 28. במשך שנת 2011 סינה היה במרכזו של עימות בין שני חלקים של הקהל - הקהל הבוגר שהכיר ואהב את הרוק כשהיה בשיאו, והקהל הצעיר שמכיר רק את סינה ואוהב אותו. בנובמבר, באירוע סדרת ההישרדות סינה ודה רוק נלחמו יחדיו נגד המיז ו-R טרות'. במהלך הקרב נוצרו עימותים בין השניים ובסוף הקרב, דה רוק ביצע על סינה את מהלך הרוק בוטום.
לאחר האירוע תא ההדחות, החלו סינה ודה רוק להתכתש ביניהם לקראת רסלמניה. בתוכנית Raw שהתקיימה ב-12 במרץ, סינה לעג לדה רוק באמצעות הופעה כמו בתחילת דרכו שגילם בדמות ראפר, ואילו רוק לגלג בחזרה על סינה באמצעות ראפ, שבו תוכן השירים נועד ללעוג לסינה.
ברסלמניה 28, בקרב המרכזי שהתקיים בין סינה לבין דה רוק, סינה הפסיד בקרב. ג'ון סינה זכה ברויאל ראמבל 2013, בעוד שדה רוק הביס את CM פאנק וזכה באליפות ה-WWE, ולאחר מכן נקבע שברסלמניה 29 דה רוק יגן על האליפות נגד ג'ון סינה. ג'ון סינה הביס את רוק וזכה באליפות. לאחר מכן, הם לחצו ידיים וסיימו את הפיוד ביניהם.
יריבות נגד ברוק לסנר, ג'ון לאורנייטיס וביג שואו.
בתוכנית שלאחר רסלמניה, סינה דיבר על הפסדו ובאמצע נשמעה מוזיקת הכניסה של ברוק לסנר. ברוק נכנס לבמה וביצע על סינה את מהלך הסיום שלו המכונה "F5". שבוע לאחר מכן, סינה ולסנר התקוטטו אחד עם השני ולכן רוב מתאבקי ה-WWE נאלצו לעצור אותם מלפצוע זה את זה. בקרב המרכזי של אותה תוכנית, ניצח סינה את דייוויד אוטנגה. לאחר הקרב, תקף לסנר את סינה פעם נוספת.
סינה ולסנר נלחמו זה מול זה באירוע חוקי אקסטרים בקרב שנחשב בעיני רבים לטוב ביותר של שנת 2012, ובסופו ג'ון סינה ניצח באמצעות מהלך הסיום שלו על מדרגות הברזל. בתוכנית Raw, שבוע אחרי האירוע, סינה הפסיד בקרב ללורד טנסאי והקרב בינו לבין לסנר שונה לקרב חוקי אקסטרים. בסוף התוכנית Raw שבוע לאחר מכן, סינה ולסנר חתמו חוזה לקרב ביניהם ואם לסנר מנצח בקרב, סינה מחויב לפרוש מה-WWE. שבוע לאחר מכן, סינה הגיע לתוכנית עם גבס בידו. ג'ון לאורנייטיס ולורד טנסאי תקפו את סינה ולאורנייטיס הודיע שבאירוע Over The Limit 2012 הוא ילחם נגד סינה.
ב-Over The Limit 2012, סינה נלחם נגד לאורנייטיס, אך הפסיד בשל התערבות של ביג שואו בקרב. בעקבות ההתערבות של ביג שואו, נקבע בינו לבין סינה קרב כלוב לאירוע No Way Out 2012 בתנאי שאם סינה מנצח, לאורנייטיס מפוטר מתפקידו כיושב הראש של Raw. באירוע ניצח סינה את ביג שואו באמצעות בריחה מהכלוב ועזרה של כמה מתאבקים נוספים, מה שגרם לפיטוריו של לאורנייטיס על ידי יושב הראש של ה-WWE, וינס מקמהן.
מר כסף בבנק לשנת 2012.
לאחר היריבות נגד לאורנייטיס וביג שואו נקבע שבאירוע כסף בבנק ילחם סינה בפעם הראשונה בהיסטוריה בקרב "כסף בבנק", שהמנצח בקרב זוכה בחוזה לאליפות ה-WWE, קרב על אליפות ה-WWE בכל זמן ובכל מקום. בנוסף, בקרב זה השתתפו כריס ג'ריקו, הביג שואו, קיין והמיז. בקרב זה סינה אכן ניצח וקיבל הזדמנות לקרב על אליפות ה-WWE בכל זמן ומקום שהוא רוצה בתוקף לשנה.
סינה הודיע בטוויטר מספר שעות לפני הפרק של Raw שיש לו הודעה חשובה, וההודעה הייתה שהוא יפדה את המזוודה בפרק האלף של Raw בקרב ישר והוגן מול CM פאנק על אליפות ה-WWE. באמצע הקרב פרץ ביג שואו לזירה ותקף את סינה ו-CM פאנק לא התערב. לאחר מכן, ביג שואו יצא מהזירה והלך ואז פאנק התלבט אם להצמיד את סינה לספירת שלוש והוא עשה זאת, אך סינה חמק מהפסד. סינה השתלט על הקרב ואז ביג שואו תקף אותו בשנית והקרב הופסק כתוצאה מפסילה ופאנק נשאר אלוף. סינה הפך למתאבק הראשון שלא זכה באליפות כלשהי מפדיית מזוודת הכסף בבנק.
בתוכנית של Raw שבוע לאחר מכן, נקבע קרב בין סינה לבין ביג שואו ושהמנצח בקרב זה יזכה להילחם נגד CM פאנק על אליפות ה-WWE באירוע סאמרסלאם. באמצע הקרב, ביג שואו זרק את סינה על פאנק (שהיה באותו זמן בשולחן השדרנים) ואז ביג שואו הכניס את סינה לזירה ופאנק הפריע לקרב ותקף את שניהם. פאנק אמר שהוא לא ילחם נגד אף אחד מהם. AJ לי, יושבת הראש של התוכנית Raw הכריזה כי CM פאנק יצטרך להילחם נגד שניהם. בסאמרסלאם 2012, CM פאנק ניצח את ג'ון סינה ואת ביג שואו ושמר על אליפות ה-WWE בידיו.
יריבות עם CM פאנק, רייבאק ודולף זיגלר.
לאחר סאמרסלאם, החל פאנק לדרוש כבוד מכל עולם ה-WWE ובמיוחד מג'ון סינה, בגלל היותו אלוף ה-WWE תקופה ממושכת. העניין כלל גם תקיפות ופגיעות בחבר היכל התהילה והשדר ג'רי לולר, כמו כן גם עלבונות כלפי ברט הארט ורודי פייפר. סינה הטיח בפאנק שהוא מתנהג בצורה מתנשאת ומזלזלת כלפי אחרים בגלל היותו אלוף ה-WWE, אך בו זמנית הוא מצפה שכולם יכבדו וישתחוו לו.
סינה הבטיח לפאנק שאם ינצח אותו באירוע לילה של אלופים שהתקיים בעיר מגוריו של סינה, בוסטון שבמסצ'וסטס, אז יזכה לכבוד הראוי לו. בינתיים לקראת הקרב החליט פאנק לחבור לפול היימן, שהיה המייצג של ברוק לסנר. הקרב עצמו הסתיים בתיקו לאחר בדיקה שנערכה, ובה נראה ששני המתאבקים היו מוצמדים לרצפה לאחר מהלך "סופלקס" אחורי של סינה לפאנק (למרות הניצחון שניתן בתחילה לסינה), ולכן פאנק נשאר האלוף. לאחר מכן, וינס מקמהן החליט על קרב גיהנום בכלוב של פאנק מול רייבאק או ג'ון סינה, ולבסוף נבחר רייבאק. בקרב פאנק ניצח על פי החלטת השופט בראד מדוקס. באירוע סדרת ההישרדות נקבע קרב משולש על אליפות ה-WWE בין רייבאק, ג'ון סינה ו-CM פאנק. בקרב רייבאק תקף את סינה ועמד לנצח, אך באמצע הקרב שלישיית "המגן" תקפו את רייבאק, והטיחו אותו על שולחן השדרנים. פאנק חזר לזירה והצמיד את סינה לניצחון. באותה תקופה היו שמועות ש-AJ וג'ון סינה במערכת יחסים.
באחד הפרקים של Raw, דולף זיגלר תקף את סינה וכמעט גרם לקרע בשריר המיניסקוס של סינה. לבסוף, זיגלר תקף אותו פעם נוספת ופצע אותו קלות.
בפרק של סמאקדאון סינה תקף את זיגלר כאשר הוא נכנס לזירה. הוחלט לקיים קרב בין השניים כדי לראות מי הטוב ביותר מבין השניים. בסוף הקרב, סינה ניצח. לאחר ניצחונו של סינה נקבע קרב נוסף ביניהם באירוע כאשר מזוודת הכסף בבנק של זיגלר מונחת על הפרק בקרב סולמות. קרב זה נקבע מפני שהייתה יריבות בין השניים ורייבאק פצע והשבית את אלוף ה-CM ,WWE פאנק.
באירוע TLC: שולחנות, סולמות וכיסאות זיגלר ניצח ושמר את מזוודת הכסף בבנק אצלו. כמה ימים לאחר האירוע, סינה ושיימוס נלחמו בקרב זוגות מול זיגלר וביג שואו בתוכנית סמאקדאון. בקרב לא התקבלה הכרעה כאשר שואו ושיימוס יצאו מהזירה שהם רבים, וסינה הותקף על ידי ביג אי לנגסטון. AJ נכנסה לזירה ונישקה את זיגלר, ולכן הקרב לא הוכרע. בתוכנית Raw לאחר מכן, באירוע "פרסי הסלאמי", וסינה זכה בשני פרסים: נשיקת השנה (עם AJ) וכוכב השנה. את פרס כוכב השנה הוא החליט לתת לריק פלייר ואמר בתגובה, כי הוא נותן לפלייר את הפרס מתוך כבוד לדמותו ולמתאבק הגדול שהיה בזמנו. לאחר מכן בתוכנית מיוחדת לחג המולד בעקבות כך שאלברטו דל ריו דרס את מייק פולי המחופש לסנטה קלאוס, נקבע קרב בין דל ריו לבין סינה. במהלך הקרב, סינה הותקף על ידי עוזרו האישי של דל ריו, ריקארדו רודריגז. מייק פולי, המחופש לסנטה, הגיע ותקף את רודריגז, וביצע את מהלך הסיום שלו על דל ריו.
בעקבות כך סינה ביצע את מהלך הסיום שלו, ה-AA על דל ריו, הצמיד אותו לספירת שלוש וניצח. בפרק מיוחד לקראת 2013, סינה הוזמן להרים כוסית עם דולף זיגלר ו-AJ לכבוד 2013, אך הם עבדו עליו. סינה בתגובה צחק עליהם ואיחל שנה טובה לכולם.
זכייה בקרב הרויאל ראמבל ויריבות עם "המגן".
ברויאל ראמבל 2013 זכה סינה בקרב הרויאל ראמבל בפעם השנייה בקריירה שלו לאחר שהעיף את רייבאק מהזירה.
בפרק של Raw לאחר יום סינה אמר: "אני יודע שברסלמניה 2013 או CM פאנק או הרוק, אחד מהשניים, יהיה אלוף ה-WWE, שאת שניהם אין לי סיכוי לנצח. אך אני בוחר להתאבק ברסלמניה מול אלוף ה-WWE". לאחר דבריו של סינה הוא הותקף על ידי שלישיית "המגן" ("The Shield"), שנחשפו כעובדים עבור פול היימן, שהוא המייצג של CM פאנק. ב-Raw שבוע אחר כך סינה, שיימוס ורייבאק דרשו קרב מול "המגן",לו נאלצו לחכות עד ל-Raw שבוע לאחר מכן. באירוע "תא ההדחות" 2013 סינה, רייבאק ושיימוס נלחמו נגד ה"מגן" בקרב שלישיות אך הפסידו.
רסלמניה 29 ויריבות נגד דה רוק.
כשג'ון סינה נאם ב-Raw לאחר האירוע "תא ההדחות", התפרץ באמצע CM פאנק וליכלך על סינה.
סינה בתגובה קבע קרב ל-Raw שבוע אחר כך ומי שמנצח באותו הקרב ילחם נגד דה רוק באירוע רסלמניה 29. בסוף הפרק של Raw הרוק שינה את המראה של אליפות ה-WWE. בזמן שהרוק דיבר הוא טען שאליפות ה-WWE נראית כמו צעצוע. לבסוף הרוק ביקש שייקחו את החגורה הקודמת להיכל התהילה של ה-WWE ולבסוף כשסינה נכנס לזירה התברר כי CM פאנק לקח את החגורה הישנה ותקף בה את סינה. לבסוף פאנק ומייצגו, פול היימן, עמדו באותה הזירה עם סינה והרוק כאשר פאנק מניף את החגורה הישנה באוויר מול סינה ודה רוק.
ב-Raw סינה ניצח את פאנק ונקבע שסינה ילחם נגד הרוק ברסלמניה 29 על אליפות ה-WWE. ברסלמניה 29 ג'ון סינה הביס את הרוק לאחר קרב של 24 דקות אחרי שביצע עליו את תרגיל הסיום שלו, AA, וזכה באליפות ה-WWE בפעם ה-11 בקריירה שלו.
זכייה באליפות ה-WWE ויריבות נגד רייבאק ו"המגן".
סינה שמר על אליפות ה-WWE כפי שהרוק יצר אותה, אך עם כמה שינויים קלים.