יהוה מוזכר בכתובות היסטוריות רבות, בעיקר מיהודה ומישראל. בכמעט כל האזכורים החוץ מקראיים (כמו גם המקראיים) הברורים שנמצאו מתקופת הברזל - השם "יהוה" מוזכר בהקשר לאלוהי ישראל (יוצא מן הכלל הוא למשל אסטלות ספירה בהן מוזכר "יהוה", ככל הנראה כשם אלוהות). עם זאת, במאה ה-14 לפנה"ס, ברשימת מקומות בכתב חרטומים על קיר מקדש מצרי בנוביה (סודאן של היום) מימי אמנחותפ השלישי, נזכרת קבוצה של נוודי המדבר ("שוסו") הנקראת "שסו יהוה" או "שסו יהו". לא ברור כיצד בדיוק בוטאה המילה, והאם מדובר בשם של מקום או אל. אותו שם נזכר גם ברשימות עמים כבושים במבנה מימי רעמסס השני (המאה ה-13 לפנה"ס) מאמארה המערבית (Amara West), אף הוא בנוביה, בסמוך לשם "שסו סרר", אשר הוצע כמקביל לשעיר במקרא. יש המזהים את שסו-יהו או את חלקם עם עם ישראל, אך אחרים שיערו שמדובר בשבטים שישבו באזור מדין או אדום והאמינו באלוהות "יהוה". עוד שנויה במחלוקת הופעתה של התבנית "יהו" או "יה" בשמות מלכים נוכריים, שכן אם מדובר בשמות תיאופוריים היא עשויה להעיד על קיומו של האל יהוה בפנתאונים כנעניים מאות רבות של שנים לפני הופעתו של עם ישראל. כך, בארכיון אבלה, המתוארך לסביבות שנת 2500 לפנה"ס, מופיעים מספר שמות בעלי הסיומת "יה" או "יהו", ובהם מיכיה, עבדויה, פטריה, ושומיהו.
היסודות הקדומים לעבודת יהוה אינם ברורים דיים. לפי ההשערה המדיינית-קינית בחקר המקרא, מקורה באלוהות דרומית שנעבדה באזור הר שעיר על ידי שבטים של מדייניים, עם נודד שמטבע הדברים לא השאיר אחריו כתבים, וייתכן שכונה על ידי המצרים בשם "שסו יהו" או "שסו יהוה". בין הדוגלים בגרסאות שונות של ההשערה חוקרי המקרא ישראל קנוהל, תומאס רמר ויגאל בן-נון, האגיפטולוג דונלד ב. רדפורד, והארכאולוג ויליאם דיוור. לפי ההשערה, יתרו המקראי – כהן גדול המקריב קורבן לאלוהי ישראל, וחותן משה – מייצג השפעה מדיינית זו; כמו כן, במספר מקומות בתנ"ך מצוין יהוה בצורה שניתנת להתפרש בכך שהיה לו מוצא דרומי. כך בספר דברים: , בשירת דבורה , ובספר חבקוק: . החוקר ניסים אמזלג, הציע שמקורו של יהוה באל חרשי המתכת הכנעני.
משמעות השם "יהוה" במקרא.
במקרא מופיע השם יהוה לצד שמות נוספים, כאלוהים, אדני ועוד. על פי השערת התעודות, ספרי המקרא נכתבו בידי ארבעה או חמישה מקורות שונים. אחד המקורות המזוהה במיוחד עם השם יהוה נקרא על שמו המקור היהוויסטי" (J).
על פי הנאמר במקרא, אלוהים לא התגלה בשמו המפורש לאברהם, יצחק ויעקב, ורק למשה ולעם ישראל הוא התגלה בשם זה המיוחד לו:
הפירוש הלשוני המקובל ביהדות לשם "יהוה" הוא היה, הווה ויהיה תמידי, על פי השורש הלשוני הי"ה.
היחס לשם "יהוה" והגייתו.
נראה כי בתקופות קדומות אנשים לא נמנעו מלכתוב את השם על איגרות רגילות (גם כאלו העלולות להיזרק), וככל הנראה גם הגו אותו ככתבו. כך, למשל, בחרסי לכיש מופיע כמה פעמים יהוה בכתיבת חולין רגילה, ואף בהבלעת אותיות עם מילה קודמת, דבר הרומז לכך שקראו אותו בקול, בצורה שמבליעה את האותיות. כמו כן במשנה במסכת ברכות נאמר שחכמים התקינו לברך האחד את השני באזכור שמו של האלוהים (אם כי לא פורש במשנה האם תקנת חכמים האמורה התירה להשתמש בשם המפורש, "יהוה", או שמא רק בכינוי שלו, כפי שנוהגים להגותו בימינו "אדני" או "אלהים"):
בתקופת בית שני נוצר ריחוק גדול יותר מהשם, אשר הלך והתגבר עם הזמן. כך, השם היה נהגה ככתבו בבית המקדש בלבד. הכהן הגדול היה מזכיר את השם המפורש בעבודת יום הכיפורים עשר פעמים. ועל פי המסופר במשנה (מסכת יומא, ), העם היה נופל על פניו כאשר היה שומע את השם המפורש. בדורות הראשונים היה מגביה את קולו, כיוון שירדו ממעלתם והיו ביניהם אנשים שאינם הגונים – היה אומרו בקול נמוך כדי שלא ישמעו השם המפורש (רמב"ם, משנה תורה, ).
גם שאר הכוהנים היו רשאים לומר את השם המפורש, בעת שהיו מברכים ברכת כהנים בבית המקדש (). לאחר שמת הכהן הגדול שמעון הצדיק, הפסיקו הכוהנים להזכיר את השם המפורש בברכת כהנים אף בבית המקדש, מפני שלא זכו יותר לגילוי שכינה ולא היו ראויים לכך, וכן חששו שמא ילמד אותו אדם שאינו הגון (; רש"י ותוספות).
גם מבחינת הממצא הכתוב ניכר תהליך הריחוק. כך, בחלק מהמגילות הגנוזות, כמו מגילת התהלים הגדולה, הכתובה כולה בכתב מרובע, נכתב יהוה באלפבית העברי הקדום, ככל הנראה עקב קדושתו (הדעות חלוקות האם הכתיבה בכתב זה הייתה בשל הקדושה המיוחסת לכתב הקדום, במקביל לקדושת השם, או שמא להפך – השתמשו בו ככתב חולין, כדי שהמגילה לא תתקדש, כדוגמת כתיבת ה' בימינו. מכיוון שבמגילת התהלים השם נוקד כדי לסמן מחיקה, מסתבר כמו האפשרות הראשונה). כמו כן, בפפירוסים שונים מהמאות הראשונות לספירה, אשר מופיעים בהם קטעים מהמקרא בתרגום ליוונית, נכתב השם "יהוה" באותיותיו העבריות ללא תרגום.
כן ניכרת נטייה להחליף את שמות "יהוה" בשמות שנחשבו קדושים פחות – כמו "אדוני" ו"אלוהים". כך, בספרי המקרא המאוחרים ישנו שימוש פחות בהרבה בשם המפורש, לעומת השמות האחרים. במזמור ו שבספר תהילים למשל, ישנו שימוש כמעט בלעדי בשם אלוהים, וכאשר משווים למזמורים מקבילים במקומות אחרים נראה שהוחלפו שמות "יהוה" בשמות אלוהים – ייתכן שמטעם זה. נטייה זאת קיימת גם בשמות אחרים כמו בכינוי "צבאות" אם כי מטעמים הפוכים, של שירוש שמות המזוהים עם פולחן זר.
במשנה כתוב ש"במקדש אומר את השם ככתבו ובמדינה בכנויו", כלומר, רק במקדש מותר לומר את השם ככתבו. בתלמוד מוסיפים שמותר גם לומר את השם המפורש כדי להתלמד בהגייתו, אבל לא בפרהסיא. במשנה ובתוספתא מובאים דברי התנא אבא שאול שמונה את ה"הוגה את השם באותיותיו" בין אלו שאין להם חלק לעולם הבא. הרמב"ם פירש שהכוונה לשם יהוה. על מהות איסור להגות את השם באותיותיו (או בגרסה משנה דפוס ונציה כתוב הוגה את ה' באותיותיו) סובר רש"י כי מדובר על השם בן מ"ב אותיות ואילו תוספות סבור כי הכוונה אל שם יהוה בלבד. בעל ספר הערוך פירש שהמושג "הוגה" הוא מלשון ליעוג וצחוק. הרמ"ע מפאנו משווה את הקורא את השם ככתבו (בתפילה) לאיסור כינוי אביו או רבו בשמם הפרטי. יש שכתבו שחברי אבא שאול חלקו עליו ודבריו לא התקבלו להלכה, שהרי הרמב"ם לא הביא את ההוגה את השם באותיותיו בין אלו שאין להם חלק לעולם הבא, אלא רק כאיסור גרידא, וגם הרי"ף ורבינו אשר לא כתבו את דברי אבא שאול בעניין בפסקיהם ההלכתיים.
לא ברור באיזה תקופה חל השינוי, אבל בימינו נהוג לקרוא את השם כאילו כתוב "אדוֹנָי". בכתבים שאינם חלק מהמקרא או מסידור התפילה, וכדי שלא לגרום למישהו לקרוא את השם כפי שהוא נכתב, נהגו עד ימי הביניים לכותבו בשניים או שלושה יודים רצופים. ולאחר מכן ועד היום, מאמיני יהדות נוהגים לכותבו באמצעות האות ה' או ד' (עם גרש ה', ד'). בשל האיסור להזכיר את שם ה' ללא צורך, שלא תוך כדי תפילה או קריאה בתורה הוא נקרא לרוב בצורה "השם".
החלפתו בכינויים.
השם יהוה ושמות נוספים של האל נחשבים קדושים, ישנו איסור הלכתי למוחקם ונהוג להימנע או לצמצם את השימוש בהם. בקריאת פסוקים בהם מופיע השם יהוה נהוג להחליפו בכינוי אדונָי, המשמש ככינוי לאל גם בפסוקים, לעיתים יחד עם יהוה ולעיתים כשלעצמו . מאחר שגם אדוני הוא אחד משבעת השמות הקדושים, בדיבור חופשי נהוג לומר "השם" או כינוי אחר, ובכתב לכתוב "ה'" או לעיתים "ד'" - גימטריה של מספר האותיות. בחיבורים שונים השם יהוה והשם אלוהים (ומאוחר יותר גם השם אדוני) הוחלפו בסימנים מוסכמים כמו 'י"י' או 'הוי"ה' במקום יהוה, והליגטורה ﭏ, בה הלמ"ד מחוברת לאל"ף במילים 'אל' 'אלוה' ו'אלהים'. לחלופין נוסף מקף או גרשיים בתוך השם על מנת להפסיק בין אותיותיו - לדוגמה י-ה או אדנ"י, או אף בחילופי אותיות - 'אלוקים' וכן 'ידוד', או בראשי תיבות - ד', ה' וכן י' או א'. מחייתה במים של פרשת סוטה, הכוללת את השם יהוה, כלולה במצוות השקיית הסוטה, ועל סמך כך התיר רבי ישמעאל גם מחיקת השם שנכתב בספרי הנוצרים: "מה אם להטיל שלום בין איש לאשתו אמר המקום ספר שנכתב בקדושה ימחה על המים, ספרי מינין שמטילין איבה בין ישראל לאביהם שבשמים על אחת כמה וכמה שיימחו הן והזכרותיהן."
בסידורי תפילה ובהגדות של פסח, נהגו לכתוב י"י. בספרי הקבלה העוסקים בשם המפורש נהוג לכנותו "שם הוי'ה". הגרש נוסף לביטוי מאחר שגם הסיומת שלו, "יה", שהיא תחילת השם יהוה, היא אחד משבעת השמות הקדושים. יש המוסיפים לו גרש או מחליפים את האות ה' באות א' גם כשהצירוף משמש למטרת חולין, למשל את השם 'יהודה' כותבים "יהוד'ה" או "יאודה".
מחיקת השם.
על פי ההלכה היהודית יש איסור למחוק את השם לאחר שנכתב, ואם כבר נכתב ונמצא מיותר, יש לגונזו. יש האוסרים גם לקלוף את השם בשלמותו ולהשתמש במקומו. לרוב הדעות אין בעיה הלכתית בכתיבת ובמחיקת השם מעל גבי המחשב.
שימושים בשם המפורש.
הכהן הגדול בבית המקדש היה עונד על מצחו ציץ זהב, שעליו היו מובלטות המילים קודש ליהוה, דבר שעל פי הבטחת הנביא זכריה, יהיה לעתיד לבוא על מצילות הסוס. על פי הכתוב בספר הזוהר, על חרבו של דוד המלך היה חקוק השם המפורש. דבר שיש לו סימוכין בדברי דוד לגוליית שם: (אם כי בזמן מלחמתו בגוליית לא הייתה חרב בידי דוד). ישנה אגדה יהודית המתארת כי על מטהו של משה היה חקוק השם המפורש, ובעזרתו עשה את הנסים במצרים, אגדה נוספת מתארת את החרב של מתושלח ואברהם שהיה חקוק בה שם המפורש, ובחרב זו הם ניצחו במלחמות.
במיסטיקה.