מפלגת העבודה בראשות שמעון פרס, התמודדה לראשונה מאז הקמתה ללא מפ"ם. היא נקטה שיטת בחירות ייחודית שכונתה "העשיריות". בסיבוב הראשון נבחר במרכז המפלגה בהצבעה חשאית בקלפי סגל של 50 מועמדים. באופן מפתיע זכו במקומות הראשונים אורה נמיר ולובה אליאב מהאגף השמאלי במפלגה, והקדימו את ראשי המפלגה פרס ורבין. חברי המרכז התבקשו לדרג בסיבוב השני של הבחירות החשאיות את המועמדים לכנסת בעשיריות. שיטת הבחירות החדשה הביאה לגיבוש חבורת צעירים שאפתנים שכונתה "השמינייה", אשר החליפו חלק מהדור הצעיר. חברי השמינייה נחשבו לסמן השמאלי במפלגה, ותמכו במשא ומתן ישיר עם הפלסטינים ולא עם ירדן. מקצתם הזדהו עם תנועות משמאל למערך כמו "שלום עכשיו". בנוסף, התגבשה קבוצת ההסתדרות, שהונהגה בידי מזכ"ל ההסתדרות לשעבר יצחק בן אהרן. אנשיה טענו שהזנחת נושאי החברה והכלכלה לטובת הנושא המדיני תבריח מצביעים אל הליכוד. כדי לפשר בין המחנות, הובטח מעמדו של רבין במסע הבחירות. במערכת הבחירות פרס הוצג כאיש שיביא את השלום, ורבין הוצג כ"מר ביטחון". 1,200 חברי המרכז בחרו רשימה מייצגת, שכללה צעירים רבים, ניצים ויונים כאחד.
בליכוד בראשות יצחק שמיר, התמודד לראשונה כמפלגה מגובשת ולא כאיחוד של כמה תנועות. בתנועה התגבשה שיטה שנקראה "השביעיות". לפי שיטה זו התגבש סגל של 35 אנשים שנבחרו בהצבעה. לאחר שבוע דורגו השמות על פי התמודדות בחמש "שביעיות". ההתמודדות, שהתקיימה ביוני 1988, הביאה לעלייתו של כוכב חדש בשמי הליכוד: בנימין נתניהו. עבורו הייתה זו ההתמודדות הראשונה, והוא נבחר למקום החמישי ברשימת הליכוד, לאחר ששב מתפקידו כשגריר ישראל באומות המאוחדות. נתניהו היה גורם חשוב במסע הבחירות של הליכוד, ונאם בכנסים רבים. יכולתו התקשורתית הובילה לביקוש רב להרצאותיו בכנסי ליכוד.
מהלך מערכת הבחירות.
בחירות אלה היו הבחירות הראשונות שבהן חל התיקון ל, לפיו ועדת הבחירות המרכזית מוסמכת לפסול רשימות השוללות את קיומה של ישראל כמדינתו של העם היהודי, שוללות את האופי הדמוקרטי של המדינה, או מסיתות לגזענות. ועדת הבחירות המרכזית פסלה את רשימתו של מאיר כהנא, שבחירתו לכנסת לאחר הבחירות לכנסת האחת עשרה גרמה לדאגה והייתה מקור לפרובוקציות ולסכסוכים עם המיעוט הערבי. בנוסף, הוגשה בקשה לפסילת הרשימה המתקדמת לשלום, רשימה ערבית-יהודית קיצונית בהשתתפות אנשי שמאל כמוחמד מיעארי, מתי פלד ואורי אבנרי, אך הבקשה נדחתה ברוב של 20 מול 19 מחברי הוועדה.
רשימת כ"ך ערערה לבית המשפט העליון. בית המשפט דחה את טענת כ"ך בדבר פסלות הסעיף וקבע שיש לפרשו פרשנות מצמצמת ולהשתמש בו רק במקרים קיצוניים, אך הוא קבע שבמקרה זה הוכח שאכן הרשימה שוללת את אופייה הדמוקרטי של ישראל ומסיתה לגזענות גם לפי המבחנים המחמירים, ולכן יש לפסול אותה. בנוסף, רבע מחברי ועדת הבחירות המרכזית ערערו לבית המשפט העליון על ההחלטה לאשר את הרשימה המתקדמת לשלום, אך בית המשפט פסק (ברוב של שלושה שופטים מול שניים) שלא הובאו ראיות ברורות, חד-משמעיות ומשכנעות לכך שהרשימה שוללת את קיום מדינת ישראל כמדינת העם היהודי.
מפלגות חדשות התמודדו לראשונה על קולו של הבוחר. רחבעם זאבי הקים את תנועת מולדת והתמודד עמה לראשונה בבחירות אלו. צומת, תנועתו של רפאל איתן, פרשה מן התחיה והתמודדה בצורה עצמאית. באגף השמאלי של המפה התמודדה מפ"ם באופן עצמאי לראשונה מאז שנת 1969, ואילו במגזר החרדי התפצלה אגודת ישראל לשתי מפלגות, כאשר לראשונה תמך המחנה הליטאי במפלגה נפרדת - דגל התורה.
תעמולת המפלגות נסבה בעיקר בנוגע לאינתיפאדה, השטחים ואש"ף. בעוד הליכוד הציע להמשיך עם תוכנית האוטונומיה של הסכמי קמפ דייוויד, גורמים ימניים יותר (כרוני מילוא ואריאל שרון) הציעו לספח את השטחים. המערך הדגיש את הסכנה הדמוגרפית ואובדן הרוב היהודי בעקבות סיפוח השטחים, וטען שעל ישראל לוותר על האזורים המאוכלסים בצפיפות בערבים בשטחים. בנוסף, הם טענו שהמשך ההחזקה בשטחים יפגע בביטחון ובדמוקרטיה, דבר הפוגע במטרת הציונות להקמת מדינה יהודית ודמוקרטית. המערך גם תקף את הליכוד כמפלגה המתנגדת לשלום, וטען שאף על פי שהליכוד השיג את השלום עם מצרים, "שמיר זה לא בגין", ואף התנגד להסכם השלום בכנסת. בנוסף לכך, צוות אלופים במיל' תכנן תוכנית ביטחונית לגבולות בני הגנה לאחר יציאה מהשטחים, כולל "גדר ביטחון אלקטרונית". פרס ורבין הוצגו כמנהיגים מנוסים, והצעירים כאנשי העם שמחוברים אל הקשיים שלו, שיוכלו להוביל את ישראל לשלום ולצמיחה.
בתחום הכלכלי, המערך הציג את הצלחת פרס בהעברת תוכנית הייצוב הכלכלית של 1985, לעומת כישלונותיו של הליכוד בשבע שנות שלטונו, שכללו בזבוז כספים בלבנון ובשטחים במקום בערי פיתוח. בנוסף הודגש תפקידן של ההתיישבות העובדת וההסתדרות, והמערך טען שרק גופים אלה יצליחו לנווט את הכלכלה בבטחה. אולם אז כור תעשיות, הקונצרן הגדול במדינה, נכנס למשבר. המנכ"ל החדש בני גאון חשף שורת כשלים בארגון. תחת איומי פיטורין ופשיטות רגל, הליכוד טען שממשלת מערך תעלה מיסים כדי לממן את מפעלי ההסתדרות. הדבר פגע מאוד במסע הבחירות של המערך.
בנוסף, גם המצע המדיני של המערך נפגע: גל האלימות בשטחים חיזק את טענת הליכוד שפרישה מהשטחים תביא להרס מדינת ישראל. המערך טען שדחיית שיחות השלום תוביל להתגברות האלימות ושיש לתת לירדן לשלוט בשטחים, אולם אז נחתה המכה החזקה מכולן. חוסיין מלך ירדן הכריז על ניתוק הזיקה בין ממלכת ירדן לגדה המערבית. למערך נותרו שלוש אפשרויות: תמיכה באוטונומיה של הליכוד, משא ומתן עם הפלסטינים כפי שהציעו המפלגות משמאלה לו, או לטעון שחוסיין יסכים לקבל את הגדה אם ישראל תישא ותיתן איתו. במסגרת הניסיון האמריקני להניע את תהליך השלום, שיגר רונלד רייגן הזמנה לשרי החוץ של ישראל ומצרים לבוא לוועידה משולשת בניו יורק. הליכוד טען שמדובר בתרגיל בחירות לטובת המערך ואילו המערך טען שיש לאפשר לפרס ללכת לוועידה. בנוסף, הודיע חוסיין שירדן תהיה מוכנה להשתתף בוועידה בינלאומית. גם כאן, טען הליכוד שהמערך מערב גורמים זרים במערכת הבחירות.
בעוד שהמערך שלל משא ומתן עם אש"ף (והעדיף משא ומתן עם ירדן ועם נציגות פלסטינית שתיבחר בבחירות חופשיות), גורמים בתוכו (בעיקר עזר ויצמן, אך גם מנכ"ל משרד החוץ אברהם טמיר) היו מוכנים לדון עם ערפאת ועם אש"ף. הליכוד תקף את המערך על כך וטען שגם שמעון פרס מוכן לדבר עם ערפאת, ושויצמן התבטא "בזכות האינתיפאדה" בעיתון א-סנארה. סקרים פנימיים הראו שבתוך שתי המפלגות, כמעט חצי מתומכי המפלגה תמכו בהידברות עם אש"ף. אש"ף עצמו טען שעל הציבור בישראל להצביע למפלגות שמוכנות לדבר איתו, כולל המערך. דבר זה חיזק את טענות הליכוד, בעוד שהמערך טען שאש"ף רוצה שהליכוד ינצח כדי שיוכל להשתלט על השטח ללא הסדר. בתחילת אוקטובר, התעקשותו של פרס לוועידת בוררות בינלאומית בנוגע למעמדה של טאבה הובילה לפסיקה שהעיירה תעבור למצרים, וחיזקה את טענת הליכוד שוועידה בינלאומית רק תפגע בישראל.
כתגובה לכך, טען המערך שכל הצבעה למפלגות השמאל רק תגביר את הפער בין המערך לליכוד ותעזור לו לנצח. חיזוק המערך על חשבון הליכוד יאפשר לו לצרף גם מפלגות דתיות לקואליציה.
בעיה חמורה התגלתה במגזר הערבי, שתרם כארבעה מנדטים למערך בבחירות הקודמות. מדיניותו של רבין פגעה במעמד המערך בציבור זה. פרישת חבר הכנסת הערבי של המערך, עבד אל-והאב דראושה, מהמפלגה לטובת מפלגה עצמאית, אף על פי שהצהיר על תמיכתו בקואליציה בראשות המערך, גם היא פגעה במערך בציבור הערבי. הליכוד טען ש"המערך רצ שמאלה", וטען שממשלת מערך לאחר הבחירות תיתמך בידי מפלגות קיצוניות כחד"ש, הרשימה המתקדמת ודראושה, שיגרמו לחזרה לקווי 67. בנוסף, חברי הכנסת הפופולריים ביותר של המערך במגזר הערבי היו בדרך כלל אנשי מפ"ם, שפעלו באופן עצמאי בבחירות אלו, או יוסי שריד, שעבר לרצ. הטיעון הדמוגרפי לא קסם לאזרחים הערבים שהוצגו כחלק מהבעיה הדמוגרפית. לבסוף, דווקא הליכוד הצליח להשיג תמיכה בקרב הערבים, כיוון שמשה ארנס, שהיה השר לענייני המיעוטים, צבר פופולריות רבה בקרבם. כתגובה לכך, שלח המערך את ויצמן ואת שר החינוך יצחק נבון, יחד עם פרס ועם מועמדים ערביים ברשימה, כדי לצבור קולות. המערך טען שהוא הרשימה היחידה שיכולה להשיג שלום ולדאוג לאזרחים הערביים. הוא גם עדכן את תוכניתו המדינית: בחירות חופשיות בשטחים לבחירת נציגות שתהיה חלק במשלחת ירדנית-פלסטינית בוועידה הבינלאומית.
המערך ניסה להשיג מצביעים גם בקרב הציבור הדתי, שברובו תמך בליכוד הניצי והמסורתי, למשוך את הגורמים המתונים במפד"ל וגם לזכות בתמיכת אגודת ישראל, היונית יותר, בעזרת פגישה עם רבנים. התעמולה למגזר הדתי הדגישה את הסכנה לדמותה היהודית של המדינה בעקבות סיפוח השטחים ואת העובדה שמלחמה בשטחים תפגע בעיקרון קדושת החיים.
המפלגות האחרות גם הן ניסו לזכות בתמיכת הציבור: אגודת ישראל ניסתה לחייב מצביעים להצביע עבורה באמצעות נדרים, דבר שגרם לרב עובדיה יוסף להופיע בתשדיר של ש"ס ולהתיר את כל הנדרים. מפלגת התחיה דרשה טיפול תקיף באינתיפאדה, בעוד רצ הודיעה שיש לוותר על השטחים לטובת ביטחון ישראל. המפד"ל הדגיש את הסכנה ליהדות המדינה מפני השמאל, כששינוי מודיעה שרק היא תמנע ממשלת מערך שתפגע בחופש הדת ובכלכלה החופשית. מולדת הציעה טרנספר כפתרון לסכסוך, ואילו מפ"ם התמקדה בנושא הכלכלי ודרשה תוכנית סוציאליסטית למשק.