משרד החוץ הישראלי החליט כבר אז שאין צורך לכונן עם הפיליפינים יחסים דיפלומטיים מלאים והסתפק במינוי קונסול כבוד ישראלי בפיליפינים בלבד. לתפקיד זה מונה ארנסט סימקה, יהודי ותיק, ידוע, שחי במנילה. ב-6 בפברואר אישר משרד החוץ של הפיליפינים את מינויו של סימקה לתפקיד. בחודש אוגוסט 1954 קודם סימקה והפך מקונסול כבוד לקונסול כללי של כבוד. בספטמבר של אותה השנה מינתה ממשלת הפיליפינים את גרשון מרון כקונסול כללי מטעמה בתל אביב-יפו ואת זאב סלומון כקונסול בחיפה.
קשרים מעשיים בין שתי המדינות החלו להתפתח בהדרגה. בשלהי שנת 1949 ביקרה בפיליפינים משלחת ידידותית מישראל. ב-1950 ביקרה בישראל משלחת תעופה פיליפינית לשם חתימת חוזה תעופה קבוע שנועד לבוא במקום הזכויות הזמניות שניתנו לחברת הדגל של הפיליפינים שהפעילה קו תעופה ממנילה לנמל התעופה בן-גוריון בלוד. ההסכם האווירי נחתם ב-1951.
ישראל הוזמנה לשגר לפיליפינים משלחת של רצון טוב. כמו כן, בישראל ביקרו אישי ציבור רבים מהפיליפינים, ביניהם שר האוצר של הפיליפינים. משלחת מסחרית מטעם ישראל ביקרה בפיליפינים מ-28 בפברואר עד 5 במרץ 1955. חברי המשלחת נמנו עם המשלחת בראשותו של דוד הכהן שביקרה קודם לכן ברפובליקה העממית של סין. באותה התקופה רכשה ישראל מהפיליפינים מוצר אחד בלבד - קופרה - בעוד הפיליפינים לא קנתה מישראל דבר. אותה משלחת בדקה את האפשרות שייחתם הסכם מסחרי בין שתי המדינות ובני-שיחה מהפיליפינים ביקשו מישראל שתשגר מומחים להשקיה וחקלאות באמצעות האומות המאוחדות או במישרין.
באותם ימים ראשונים של התפתחות יחסי הפיליפינים-ישראל אירע אירוע שהביך את משרד החוץ. קונסול הכבוד, ארנסט סימקה, הודיע למחלקת אסיה של משרד החוץ הישראלי כי שר החוץ הפיליפיני, גנרל קרלוס פ' רומולו, שנודע בעמדתו האנטי-ישראלית עוד מתקופת כהונתו כנציג מדינתו באומות המאוחדות, הופיע בחודש מרץ 1954 בארצות הברית בהרצאות שונות מטעם המגבית היהודית המאוחדת וקיבל תשלום שנע בין 700 ל-1,000 דולר אמריקני להרצאה. שגרירות ישראל בוושינגטון אישרה את אמיתות הידיעה ודיווחה שרומולו מתאר בנאומיו את ישראל כמבצר הדמוקרטיה במזרח התיכון וקרא לסייע לה.
הפיליפינים הייתה המדינה האסייתית הראשונה (וכמעט היחידה) שבה היו יכולים ספורטאים ישראלים להופיע. בין התאריכים 1–9 במאי 1954 נערכו במנילה משחקי אסיה. השתתפו במשחקים אלו משלחות ספורט מרוב מדינות אסיה פרט לארצות ערב האסיאתיות. גם ארצות אסיה המוסלמיות השתתפו במשחקים. ישראל שיגרה משלחת זעירה שמנתה שלושה ספורטאים, ואלו זכו בשתי מדליות זהב, מדליית כסף אחת ומדליית ארד אחת. קונסול ישראל בפיליפינים ארנסט סימקה אמר: אי לכך הייתה חשיבות לנוכח החרמת ישראל באירועי ספורט אסייאנים בתקופה מאוחרת יותר. עם זאת, הייתה למשרד החוץ (ולראש ממשלת ישראל משה שרת) דעה שלילית על אופן התנהגות הפיליפינים כלפי ישראל מאז הדיונים באומות המאוחדות ב-1947 ועד ועידת באנדונג.
משנת 1956 עד לשנות השישים.
בעקבות מסעו של משה שרת לאסיה וביקורו במנילה ב-28 בספטמבר 1956 חלה התקדמות משמעותית ביחסים בין שתי המדינות. בשיחה בינו לבין נשיא הפיליפינים, ראמון מאגסאיסאי, הוסכם על כינון יחסים דיפלומטיים בין שתי המדינות. באותה תקופה היו לישראל רק שתי נציגויות דיפלומטיות תושבות באסיה: בטוקיו שביפן ובראנגון (כיום יאנגון), אז בירת בורמה. בפיליפינים לא רצו שהציר הלא-תושב של ישראל יבוא מטוקיו, מכיוון שזכר הכיבוש היפני במלחמת העולם השנייה היה עודנו טרי. לפיכך הוטל תפקיד ייצוגה של ישראל בפיליפינים על יעקב שמעוני, הציר בראנגון. הוא הגיש את כתב האמנתו לנשיא הפיליפינים ב-13 במרץ 1957. יעקב שמעוני סיים את תפקידו בראנגון, והוחלף על ידי דניאל לוין, שהגיש את כתב האמנתו כציר לא-תושב ב-20 בפברואר 1958. ישראל אף פתחה משרד במנילה, בראשותו הזמנית של דוד גולן. שגריר הפיליפינים ברומא הגיש את כתב האמנתו לנשיא מדינת ישראל יצחק בן-צבי בחודש אוגוסט 1957. למרות פתיחת המשרד הישראלי בפיליפינים, הפיליפינים לא פתחה משרד בישראל.
בימי שהותו במנילה לשם הגשת כתב האמנה חתם דניאל לוין ב-26 בפברואר 1958 על מזכר ידידות. המשא ומתן שקדם לחתימת המזכר נוהל על ידי קונסול הכבוד ארנסט סימקה עוד משלהי שנת 1955. העיכובים באשרור המזכר נבעו מהתנגדות חריפה מתמדת של סנאטור מוסלמי, אך המזכר אושר בסנאט הפיליפיני ב-21 במאי 1963. בעיני ישראל היה למזכר זה חשיבות כיוון שבאמצע שנת 1955 חתמה הפיליפינים על הסכם ידידות ופרוטוקול מסחרי עם מצרים, שהייתה אז מדינה עוינת לישראל. ממשלת הפיליפינים גילתה עניין רב בארצות ערב בתקופה זו. ב-1956 נפתחה בקהיר קונסוליה פיליפינית ובאותה שנה נשלח למצרים ציר ראשון מטעם הפיליפינים, שהיה מוסלמי. תוך זמן לא רב החליטה ממשלת ישראל לשלוח לפיליפינים ציר תושב וקבוע במטרה לבסס את היחסים בין שתי המדינות. הציר הראשון, יחיאל אילסר הגיש את כתב האמנתו לנשיא קרלוס פ. גרסיה ב-23 ביוני 1960. בימים הבאים נשלחו מישראל לפיליפינים מומחים ישראלים בתחום החקלאות ומשתלמים מהפיליפינים הגיעו ללימודים גבוהים בישראל.
בתאריכים 25 – 29 בינואר 1962 ביקרה שרת החוץ הישראלית גולדה מאיר בפיליפינים במסגרת סיורה ביבשת אסיה. בסיום ביקורה פורסמה הצהרה משותפת מטעמה ומטעם סגן נשיא הפיליפינים שכיהן גם כשר החוץ. ההצהרה פירטה תוכניות לשיתוף פעולה בין שתי המדינות בתחומי פיתוח כלכלי-חקלאי, קואופרציה, חינוך, בריאות, מדע ותרבות. בהצהרה זו נכללה גם הכרזה על העלאת דרג היחסים לשגרירויות. יחיאל אילסר קודם באותו הרגע מציר לשגריר. בהצהרה נאמר כי שגרירות הפיליפינים בישראל תיפתח בירושלים, אך לחץ מצד חברי פרלמנט מוסלמים הביא לכך שהשגרירות נפתחה בחודש אפריל בתל אביב-יפו. מהפיליפינים הגיע שגריר תושב לישראל. בעקבות ביקורה של גולדה מאיר נוסדה "האגודה לידידות הפיליפינים-ישראל".
משתלמים מהפיליפינים, יחידים וקבוצות, החלו להגיע לישראל ב-1958. הם השתתפו בקורסים של המכון האפרו-אסיאתי של ההסתדרות, במרכז ההכשרה לנשים על הר הכרמל ובהשתלמויות שונות אחרות ובלימודים אקדמיים. גם מומחים מישראל הגיעו לפיליפינים. ממשלת הפיליפינים עשתה ניסיונות רבים לשלב מומחי חקלאות ישראלים בפיתוח אזורי באי מינדנאו שבדרום המדינה. הממשלה עודדה מתיישבים נוצרים מן האיים הצפוניים צפופי האוכלוסייה להתנחל בדרום המוסלמי המאוכלס בדלילות. לפי דו"ח שהגישו סוקרים ישראלים ששהו בפיליפינים, נראה כי הם לא הבחינו במתיחות האתנית-דתית בדרום הפיליפינים. בכל מקרה, ישראל הייתה בת מזל בכך שלא הסתבכה באזור הדרום שמרד בממשלה הנוצרית. בקיץ 1963 נחתם הסכם לשיתוף פעולה במחקר גרעיני לצורכי שלום והסכם ידידות נוסף בין שתי המדינות. שלוש שנים לאחר חתימת ההסכם הציע שר החוץ אבא אבן לשגריר ישראל במנילה להגיע לשיתוף פעולה עם הפיליפינים בתחום הרפואה, תחום בעייתי פחות מהתחום הגרעיני ונחוץ יותר למדינה המתפתחת.
משנות השישים עד לשנות השבעים.
תקופת נשיאותו של דיוסדאדו מאקאפאגאל במחציתו הראשונה של העשור השישי של המאה ה-20 הייתה תקופה פרו-ישראלית מובהקת. מאגאפאגאל ורעייתו ביקרו בישראל בחודש אפריל 1960, כאשר עדיין כיהן כסגן הנשיא. יחסו החם והאוהד כלפי ישראל בא לידי ביטוי בעת ביקורה של שרת החוץ גולדה מאיר בפיליפינים בחודש ינואר 1962 כאשר שידר נאום ברדיו למשתתפי "יריד המזרח הבינלאומי" בתל אביב-יפו. בנאום הוא דיבר על שיתוף פעולה בין ישראל לפיליפינים, נאום רווי ביטויי הוקרה לישראל. הנשיא מאגאפאגאל דאג בנוסף לאשרור הסכם לסיוע טכני בחקלאות ובפיתוח כפרי ב-16 במרץ 1964.
בתאריכים 25-23 באפריל 1964 ביקר במנילה שר העבודה יגאל אלון. כבר באותו היום בו נחת בפיליפינים התקבל אלון לשיחה אצל הנשיא מאגאפאגאל ואף נפגש עם שר החוץ וסגנו, עם שר ההגנה ועם מפקד הכוחות המזוינים של הפיליפינים. עם הנשיא דיבר אלון על דרכים לביצוע ההסכם לסיוע טכני שנחתם כאמור ב-16 במרץ של אותה השנה. הן הנשיא והן שר החוץ וסגנו ביקשו סיוע מישראל לביצוע תוכנית התיישבות באי מינדנאו. שר ההגנה ומפקד הכוחות המזוינים של הפיליפינים ביקשו לרכוש נשק בישראל ולשלוח לשם קצינים להשתלמות בלוחמה זעירה ובלוחמה ניידת וכן ללמוד מניסיונה של ישראל בניהול הצבא מבחינה טקטית, טכנית וארגונית. אנשי הממשל הפיליפיני התעניינו גם במבנה של חטיבת נוער חלוצי לוחם. ראש המטה הכללי יצחק רבין ביקר גם הוא בפיליפינים בחודש מרץ 1966, במסגרת סיור במדינות מזרח אסיה. בשיחה בין רבין לנשיא הפיליפינים הועלו אפשרויות לשיתוף פעולה בעניינים הקשורים בחינוך למטרת פעולות התיישבות בנוסח חטיבת הנח"ל. בנוסף לכך, הרמטכ"ל רבין הרצה בפני הקצינים והחניכים של בית הספר לפיקוד ומטה של הפיליפינים.
התקררות היחסים.