סקוט נתקל פעם נוספת במדלין פריור, אשתו לשעבר, שחזרה במפתיע בצורת רוח. פריור, שקראה לעצמה "המלכה האדומה", אספה קבוצת מוטאנטיות לה קראה "אחוות המוטאנטיות". הקבוצה שלה תקפה את האקס-מן, ומדלין גנבה קצוות שיער של ג'ין גריי שהייתה בחזקתו של וולברין, מתוך מטרה לאתר באמצעותה את ג'ין ולאכלס את גופתה, בכך להיוולד מחדש. סקוט שלח את דומינו להוציא את גופתה של ג'ין מהקבר ולהחליף אותה באחרת לצורך הטעיה. מדלין לא הייתה מודעת לשינוי וניסתה להשתלט עליה, אך לשווא. כתוצאה מכך, האנרגיה שלה התפוררה והיא נעלמה מהקיום.
אוטופיה/שלטון אפל.
לאחר הקרב עם מדלין ואחוות המוטאנטיות, חיה התעמת עם סקוט ואמה בנושא מעשיהם החשאיים (סקוט וקבוצת אקס-פורס שלו, ואמה והצטרפותה לקאבאל), ואמר להם כי ישוחח איתם בהמשך על כך באריכות, או שהסוד יפלג את קבוצת אקס-מן. בחוברת הקרוסאובר "Dark X-Men\Dark Avengers: Utopia", חוסר השקט הגובר בקרב אוכלוסיית המוטאנטים והצעת החוק של טראסק הובילו למהומות אלימות של מוטאנטים נגד "קואליציית אנושות עכשיו!" בסן פרנסיסקו. אף על פי שסייקלופס קיבל את תמיכתה של ראש העיר, הוא התקבל בעיני הציבור כמנהיג אוכלוסיית המוטאנטים וספג בעקבות כך את הביקורת השלילית. הוא נתפס כתומך במחאה אשר שלח את האקס-מן להובילה. טראסק ניצל את ההיסטריה ההמונית וצייר את "האנושות עכשיו!" כקורבנות כאמצעי להעביר את חקיקתה של הצעת החוק. נורמן אוסבורן שלח את קבוצת האוונג'רס האפלים שלו כדי לדכא את המהומות ולאסור את סייקלופס וחברי קבוצתו. זאת ועוד, הוא ביקש מאמה פרוסט להנהיג קבוצה חדשה של אקס-מן האפלים, אשר תענה אך ורק לו. היא הסכימה ונטלה את שם הקוד "המלכה השחורה". הדבר יצר פילוג משמעותי בינה לבין סקוט, שהגיע לבסיסו של אוסבורן באלקטרז כדי לשוחח עמו. אוסבורן אמר לו כי הם יכולים להפסיק את ההיסטריה ההמונית והעוינות כאן ועכשיו, אך סקוט פקד עליו להיכנע ולסגת מסן פרנסיסקו עם קבוצתו. כשאוסבורן סירב לכך, סייקלופס עזב, אך אוסבורן נשבע להרוג אותו בהזדמנות הראשונה שתקרה בדרכו. בעוד האקס-מן האפלים של פרוסט משליטים אט אט סדר בעיר, סייקלופס המשיך בתוכניתו לטפל בסיטואציה. הוא נתן לחברי האקס-מן משימות שונות, וביקש לפקח על קבוצתה של פרוסט מרחוק כשהיא מנסה לעצור זקיפי סנטינל המתקיפים את סן פרנסיסקו. כאשר הוא נשאל כיצד אפשר יהיה לעצור גם את האקס-מן האפלים וגם את האוונג'רס האפלים, סייקלופס עונה "מי אמר שאתם הקבוצה שאמורה לעצור את האוונג'רס?".
תוכניתו של סייקלופס נכנסה לשלבי יישום כאשר מג'יק שיגרה את קבוצת אקס-פורס לבסיס H.A.M.M.E.R באלקטרז. צוות התקיפה המיוחד נלחם באקס-מן האפלים ובאוונג'רס האפלים, בעוד מג'יק משגרת את המוטאנטים השבויים הרחק משם. אקס-פורס נעזרה בפרוסט ובנאמור, שהתגלו כסוכנים כפולים נגד אוסבורן. מיד לאחר מכן, סייקלופס ומועדון אקס הקימו את אסטרואיד M ממעמקי האוקיינוס. הוא הורה למג'יק ולפיקסי לשגר את כל האקס-מן ובני בריתם המוטאנטים לאי, לו קרא בשם "אוטופיה". במסיבת עיתונאים, סייקלופס הכריז רשמית כי הם עזבו את שטחי ארצות הברית והם מתנגדים לאוסבורן ולשיטותיו. בתקופה זו, סייקלופס חוכך בדעתו אם לאפיין את אוטופיה כאומה ריבונית. האי הותקף בידי איומים שונים, שתוארו באירועי "נקרושה", "אקס-אינפרנוס" ו"הפחד עצמו". אחרי חשיפתה של קבוצת אקס-פורס, חיה עזב את אוטופיה והאשים את סייקלופס בשיקולי דעת שגויים לגבי האופן בו הוא מנהל את אוטופיה.
הביאה השנייה ועידן הגיבורים.
לאחר אירועי אוטופיה, קייבל חזר למחוז וסטצ'סטר בניו יורק של זמן ההווה עם הופ סאמרס, התינוקת אותה האמינו למשיחת המוטאנטים. לא היה לו מושג שהאקס-מן עברו לאי אוטופיה, וסייקלופס שלח את קבוצתו לחפש אחריהם ולהצילם מידי קבוצת המטהרים וזקיפי הנמרוד העתידניים. במהלך ניסיון ההצלה, נייטקרולר נהרג כששיגר את הופ חזרה לאוטופיה. סייקלופס ערך הלוויה לחברו, היחיד שבאמת האמין בו לגבי משיחת המוטאנטים. חיה הגיע ללוויה והאשים את סייקלופס באבדנו של נייטקרולר. מעט לאחר מכן, שדה כוח בלתי חדיר נוצר לפתע מסביב לאוטופיה, וזקיפי סנטינל מהעתיד התחילו להתקיף את האי. סייקלופס נאלץ לשלוח קבוצת אקס-מן לזמן העתיד יחד עם קייבל, אך עם שובם סייקלופס והופ חזו במותו לכאורה של קייבל משילוב השפעותיהם של הווירוס הטכנו-אורגני ומסע בזמן. לאחר שזקיפי הנמרוד והמטהרים הובסו, סייקלופס ערך לוויה לבנו המת. אמה פרוסט עדה לסימן מכוח הפניקס שמתעורר בהופ, ורצה לספר על כך לסקוט, שקטע את דבריה וציין בפניה שמתקן האיתור סרברה גילה חמישה מוטאנטים חדשים ברחבי העולם. סייקלופס שלח את הופ כדי לגייס את המוטאנטים החדשים, והם הפכו לחברי קבוצתה החדשה, "האורות". לאחר מכן, הוענק לסייקלופס אות כבוד בידי קומנדר סטיב רוג'רס על פעולותיו.
הפחד עצמו.
על ג'אגרנוט השתלטו כוחות אסגרדיים, והוא נמלט משבי קבוצת ת'נדרבולטס. הוא עשה את דרכו מערבה מתוך מטרה להשמיד את אוטופיה או את סן פרנסיסקו, תלוי איזה צד יסגיר את השני. סייקלופס ניסה מספר פעמים לעצור את ג'אגרנוט אחוז הדיבוק, אך ללא הועיל. בניסיון אחרון, הוא שלח את מג'יק, קולוסוס ושאדוקאט להיפגש עם סיטוראק החוצן כדי לשכנע אותו לקחת את הכוחות אותם העניק לג'אגרנוט. סיטוראק הסכים לכך, בתנאי שיהפוך את קולוסוס לאווטאר החדש של הג'אגרנוט.
פילוג, בריאה מחדש.
בתחילת מאורעות "פילוג", סייקלופס הודה לוולברין על כך שתמיד היה שם בשבילו, והשניים מגיעים סוף כל סוף להסכמה וכבוד הדדי ביניהם לאחר שנים של יריבות ועימותים. בזמן ועידת נשק, קוונטין קווייר - המוטאנט שידוע בשם קיד אומגה - התחיל מתקפת טרור על השגרירים הנוכחים במקום. כתגובה, זקיפי סנטינל שוחררו, אך סייקלופס ווולברין הביסו אותם יחדיו. עקב חשש מתגבר על האיום המוטאנטי, מדינות ברחבי העולם החלו לשנע את כוחות הזקיפים שלהם. סייקלופס שלח את האקס-מן לטפל באותם איומים. מעט לאחר מכן, קיד אומגה הופיע באוטופיה וביקש חנינה על מעשיו. וולברין ניסה לתקוף אותו, אך סייקלופס עצר בעדו. כשקיד אומגה העליב את וולברין, סייקלופס הגן על וולברין ודרש מקוונטין להיות בשקט. מאוחר יותר, סייקלופס שלח קבוצה לתצוגת ראווה במוזיאון, אך מועדון הלפייר התקיף את המקום ונטרל אותה. בעוד סייקלופס ווולברין עשו את דרכם למוזיאון, אידי חברת "האורות" שאלה אם אפשר להרוג את חברי מועדון הלפייר. וולברין התנגד לכך נחרצות, אך סייקלופס אמר לה לעשות את מה שהיא חושבת לנכון. אידי הרגה כמעט את כל חברי מועדון הלפייר כדי להציל את חבריה לקבוצה. וולברין שלף את טופריו על סייקלופס בזעם, אך עצר בעצמו ברגע שהוא הבין את מעשיו.
אולם, מועדון הלפייר החדש הפעיל זקיף סנטינל ענק ממדים, אותו הוא שלח לעבר אוטופיה. כשרוב חברי האקס-מן נעדרו מן האי, הופ סאמרס ושאר המוטאנטים הצעירים התנדבו להצטרף לסייקלופס במלחמתו נגד הזקיף האימתני. וולברין התנגד לרעיון לשים ילדים בקו החזית, אך סייקלופס התעקש שכל מי שרוצה להילחם צריך לעשות זאת. וולברין הניח מטען נפץ באי ומאיים לפוצץ את אוטופיה כדי לגרום לצעירים לברוח ולהשמיד את הזקיף הענק. התיסכול הרב של סייקלופס ווולברין אחד מהשני התגבר כאשר סייקלופס הזכיר את שמה של ג'ין גריי. השניים נלחמו אחד בשני בזעם בעוד הזקיף מתקיף אותם. בסופו של דבר, הזקיף אילץ אותם לחבור יחדיו ולהצטרף להופ ולשאר הצעירים בקרב נגדו, שבסופו הוא הובס. אולם, ההבדלים האידאולוגיים בין סייקלופס לוולברין גרמו לאחרון להחליט לעזוב את אוטופיה ולקחת עמו את אלה שמעוניינים להצטרף אליו. השניים החלו לגייס את חבריהם לקבוצה - חלקם נשארו עם סייקלופס באוטופיה, וחלקם עזבו עם וולברין בחזרה לאחוזת אקס במחוז ווסטצ'סטר, שם הוא פתח מחדש את בית הספר לצעירים מחוננים על שמה של ג'ין גריי. אמנם וולברין לא עזב כאויבו של סייקלופס, אולם הוא הבהיר לו שעליהם לא להתערב אחד בענייניו של השני.
אוונג'רס נגד אקס-מן.
כאשר התגלה כי כוח הפניקס חוזר לכדור הארץ וככל הנראה מתעתד להשתמש בגופה של הופ סאמרס כמארח, סייקלופס האמין שהופ כפניקס יכולה "לאתחל מחדש" את אוכלוסיית המוטאנטים. קפטן אמריקה חשש שהפניקס תגיע לכדור הארץ ותשמיד את כל החיים על פני הכוכב. הוא הגיע לאוטופיה ופקד על סייקלופס למסור לידיו את הופ למעצר הגנתי. סייקלופס הבין שקפטן אמריקה לא יקבל תשובה שלילית כאופציה והתקיף אותו. קפטן אמריקה פקד על קבוצת האוונג'רס שנמצאה על סיפונה של נושאת המטוסים המרחפת של S.H.I.E.L.D להתקיף את האקס-מן. סייקלופס הכריז על האוונג'רס כאלה אשר תמיד הורידו מערכם של האקס-מן וראו בהם כ"ילדים חורגים ומכוערים", ואשר יבקשו לחתור תחתם אם ישיגו את ידם על משיחת המוטאנטים. במהלך הקרב, הופ נמלטה מאוטופיה והדבר הוביל להפסקת הלחימה. באמצעות שימוש בכוחות ההשתגרות של מג'יק, האקס-מן הערימו על האוונג'רס ונעלמו אף הם. סייקלופס פיזר את האקס-מן כדי להילחם בחוליות שונות של האוונג'רס ברחבי העולם, ומתוך ניסיון למנוע מהם למצוא את הופ. אולם, לאחר שהופ ערכה עסקה עם וולברין, סייקלופס וכמה חברים מהאקס-מן ערכו מסע לחלקו הכחול של הירח. איירון מן ניסה לנטרל את כוח הפניקס, אך לשווא, ובמקום להיאחז בהופ, כוח הפניקס התפצל לחמישה חלקים ונאחז בגופותיהם של חמשת חברי האקס-מן הנוכחים במקום – סייקלופס, אמה פרוסט, נאמור, קולוסוס ומג'יק.