ביום הקרב על שחרור חיפה נפצע חושי ברגלו בעת שבא לערוך ביקור בבניין הדואר המרכזי, שבו התכוון לפגוש את הפועלים הערביים ולשכנעם להמשיך לשתף פעולה על מנת לשמור את הקשר הטלפוני בין העיר חיפה לבין שאר חלקי הארץ. הוא אושפז בבית חולים "בתר" בהדר הכרמל.
ביומנו מיום 26 באפריל 1948 כתב דוד בן-גוריון:
ב-1 במאי 1948 הגיע בן-גוריון לחיפה, וביקר אצל אבא חושי בבית החולים. חושי אמנם לא התמנה למושל, אולם המשיך לנהל את ענייני העיר באמצעות מועצת הפועלים כפי שהדבר היה בטרם שחרור העיר, ובפועל בן-גוריון התייחס אליו כמושל העיר. כך היה, לדוגמה, כאשר נדרשה חיפה לסייע בארגון השיירות לירושלים הנצורה, וב-7 במאי 1948 כתב בן-גוריון לחושי:
זאת, אף שחושי לא היה מרכז ועדת המצב.
פרשת ראש הש"י.
מקור העוינות של איסר בארי ראש שירותי המודיעין (הש"י) נגד חושי היה אירוע משנת 1947, כאשר החוליה לחבלה ימית רצתה לפוצץ סירות של המשטרה הבריטית שעגנו בנמל חיפה וטמנה מוקשים בבטן המשחתות הבריטיות. חושי שלל את הפעולה, משום שחשש שתגרום נזק למעמד היהודים בחיפה ומשום שהיה לו הסדר עם ראש המשטרה הבריטית, אשר הרשה לו לנהל את העיר היהודית בתמורה לשמירה על שקט. כתוצאה מהמידע נמצא המוקש ופורק.
ב-12 במאי 1948 נעצר ג'ול (יהודה) אמסטר בידי הש"י. אמסטר שעלה מפולין בשנת 1920 והפך עם השנים לבעל חברת מוניות ואיש עסקים חיפני, היה לידיד של אבא חושי. לאחר מעצרו פנו עורכי הדין של משפחתו ללוי אשכול, שהיה עוזרו של דוד בן-גוריון במשרד הביטחון, ואל התובע הכללי של צה"ל, בבקשה לברר היכן אמסטר. בדיקות שערך אשכול העלו שאמסטר נחקר על ידי הש"י בעקבות חשדות שלפיהם קיים חושי קשרים קרובים מדי עם הבריטים, ואף חשדות לפיהם העביר לבריטים תוכניות של נתיבי ספינות מעפילים. כנגד אמסטר עצמו נטען שבזז אוצרות כסף שהשאירו ערביי חיפה שעזבו את העיר במלחמת העצמאות. איסר בארי היה סבור כי יש אמת בהאשמות נגד אמסטר ויש להמשיך ולהחזיק אותו במעצר כדי לבדוק את קשריו של חושי לפרשה. בדיקה שערך התובע הכללי של צה"ל העלתה כי אין כל בסיס להאשמות נגד אמסטר והורה לשחררו ב-30 ביולי 1948. לאחר שחרורו התברר כי אנשי הש"י עינו את אמסטר – עקרו את שיניו ואת ציפורניו, כיבו עליו סיגריות – וכי עיקר העינויים היו בניסיון להכריח אותו לשקר ולטעון שחושי העביר מידע סודי לקצינים בריטיים. בסוף שנת 1964, החליטה ממשלת ישראל, בעקבות פנייה של אמסטר לראש הממשלה לוי אשכול, להעניק לו פיצויים בעד הסבל, העלבון והפגיעות בו בקשר עם מעצרו ומאסרו בחודש מאי 1948.
ביוני 1949 הציג בארי לבן-גוריון שתי האשמות נוספות נגד אבא חושי – האחת, שהסתיר מטען נשק שהיה מיועד להגיע לידי ההגנה, והשנייה, שבשבת השחורה הוזהר חושי מראש על ידי הבריטים ועל כן לא נמצא בחיפה. שתי טענות אלה נבדקו על ידי אפרים רייזנר, שמונה על ידי בן-גוריון למטרה זו, ושתיהן נמצאו שקריות.
בארי התעקש שיש להמשיך לחקור את מעשיו של חושי. הוא הציג בפני הרמטכ"ל, יעקב דורי, שני מברקים אשר לפי תוכנם היה חושי מודיע של הבריטים אשר שלטו בארץ לפני הקמת המדינה. הרמטכ"ל ביקש מראש שירותי המודיעין כי יעדכן בנושא את שר הביטחון וראש הממשלה, דוד בן-גוריון. בן-גוריון מינה את שאול אביגור, אשר כיהן אותה עת בתפקיד סגן שר הביטחון, לבדוק את החשד. הבירור העלה כי המברקים היו מזויפים. הם הוכנו על ידי סרן חיים יערי (ולדנר), מנהל המחלקה הטכנית של המודיעין. הוא עשה זאת לבקשת ראש שירותי המודיעין – בארי. בעקבות גילויים אלה המליץ הפרקליט הצבאי הראשי, אהרון חוטר ישי לרמטכ"ל, לפטר את בארי ולשלול את זכויותיו. בעקבות פרשת טוביאנסקי, בארי נשפט ונמצא אשם, וגזר דינו היה סילוקו מן הצבא.
בדיעבד הודו הן איסר בארי (במכתבו מיום 27 בנובמבר 1949 שנשלח לג'ול אמסטר) והן דוד הכהן כי לא היה כל ממש בחשדות נגד אמסטר ונגד חושי.
הקשר לחיל הים.
הקשר בין חיפה לחיל הים היה הדוק מאוד. אבא חושי הוזמן לאירועים שונים בחיל הים, וצוותי הפריגטות שחזרו ממבצע קולומבוס (הפלגה של אוניות השייטת הגדולה של חיל הים לארצות הברית ב-1951) ערכו מסדר בחצר העירייה.
חבר הכנסת.
בשנת 1949 נערכו במדינת ישראל הבחירות הראשונות, שנועדו לבחור את האספה המכוננת שתכין עבור המדינה חוקה. בבחירות אלה נבחר אבא חושי מטעם מפא"י לכנסת הראשונה, שבה כיהן עד ראשית 1951, והשתתף בוועדת התקנון, בוועדת הפנים, בוועדת הכלכלה ובוועדת הכספים. ב-14 בינואר 1951 הוא נבחר לראשות עיריית חיפה ועל כן התפטר מתפקידו כחבר הכנסת (על אף שהחוק באותה עת לא חייבו לכך), מאחר שסבור היה שאין זה ראוי לכהן בשני התפקידים גם יחד, וכי עליו להיות פנוי כולו לניהול העיר.
כראש עיריית חיפה.
אבא חושי כיהן כראש עיריית חיפה משנת 1951 ועד לפטירתו בשנת 1969. במהלך כהונתו פעל רבות לשינוי פני העיר חיפה: הקים את הכרמלית, את תיאטרון חיפה ואת אוניברסיטת חיפה. בעקבות מעמדו החזק בעיר רכש לעצמו אויבים רבים, ובהם אורי אבנרי, שפרסם סדרת מאמרים בשבועון "העולם הזה", שבהם תקף את השחיתויות הרבות שבהן היה מעורב חושי לטענת העיתון. בדיקות שנעשו מאוחר יותר על ידי רשויות ביקורת העלו שבטענות לא היה כל ממש. אבנרי יצר את הכינוי של חיפה באותה עת – "חושיסטן". מבקר המדינה שבדק, לבקשת אבא חושי, את טענות אבנרי קבע מפורשות בדו"ח מיום 19 במאי 1955 כי אין שחיתות בעיריית חיפה.
צעדיו הראשונים כראש עיר.
צעדו הראשון של חושי כראש העיר, בישיבת העירייה שנערכה ב-22 בינואר 1951, היה לקבוע כי ישיבות מועצת העירייה ייערכו בדלתיים פתוחות, וזאת על מנת שכל הדיונים יהיו פומביים. עד החלטה זו היו כל ישיבות העירייה נערכות בדלתיים סגורות. כמו כן הורה באותה ישיבה כי צבע הרקע של סמל העיר חיפה, שהיה צהוב עד אותה עת, ישונה לכחול. לדבריו, הצבע הצהוב מסמל את הגטאות, ואילו הצבע הכחול מסמל את הקוממיות הישראלית.
יום האם.
בישיבת הנהלת העירייה שנערכה ב-31 באוקטובר 1951 הציע אבא חושי (בעקבות רעיון של אשתו, חנה חושי):
אגדה אורבנית בחיפה מספרת שיום האם נקבע ביום השני של חנוכה משום שזהו יום הולדת של ליבה, אמו של אבא חושי.
הסטטוס קוו הדתי בחיפה.
על אף דרישות המפלגות הדתיות בחיפה לשמירת השבת ולהפסקת התחבורה הציבורית בשבת, ועל אף העובדה שחושי הכיר בחשיבות מתן שירותי הדת על ידי העירייה לאוכלוסייה הדתית, הוא התעקש כי אין לפגוע באורח חייהם של תושבי העיר החילונים בגין כפייה דתית. בלחצו של חושי הגיעו המפלגות השונות במועצת העיר לפשרה, לפיה חלק מקווי התחבורה הציבורית (הנוסעים לחופי הרחצה) ימשיכו לפעול בשבתות. בדיון בשאלת פתיחת תחנות דלק בחיפה, הוסכם כי התחנה המצויה בשטח שבו מתגוררת אוכלוסייה דתית תישאר סגורה, ואילו יתרת התחנות יפעלו (ויתופעלו על ידי עובדים לא יהודים). מאבקים רבים בנושאי דת התקיימו בתקופתו. סגנו מטעם מפלגת פא"י ח"כ יעקב כ"ץ קיים הפגנות רבות בעיר למען סגירת הכרמלית לתנועה בשבת. אולם למרות החיכוכים הרבים בינו לבין המפלגות הדתיות דאג תמיד לשמור על קשר עם המיעוט הדתי בחיפה. בשנותיה הראשונות של המדינה ביקשו גורמים בעיריית חיפה להתיר מכירת בשר חזיר בחיפה. משלחת רבנים בראשות הרב יהושע חנן טורצ'ין נפגשה עם אבא חושי שטען שלמרות שגם אביו התנזר מבשר דבר אחר, יש לאפשר
לתושבים הלא יהודיים לקנות את מה שהם רוצים, ובפרט שחביריו למפלגה דורשים ממנו להתיר זאת. הרב טורצ'ן הצליח לשכנע את אבא חושי כי חובות האדם למקום קודמים לחובותיו לחברה כמאמר הפסוק "והייתם נקיים מה' ומישראל" ובעקבות כך הסיר אבא חושי את ההצעה מסדר היום.
הבאת אנשי רוח, סופרים, משוררים ואמנים לחיפה.
אחת ההצעות שהעלה אבא חושי בפני הנהלת העירייה הייתה למשוך אנשי רוח סופרים משוררים ואמנים לבוא ולחיות בחיפה. חושי היה סבור שתפקיד העירייה ותפקידו של העומד בראשה הוא לא רק לדאוג לניקיון הרחובות ולגינון, אלא גם לחיי החברה והתרבות של תושבי העיר.
מקורו של הרעיון בפגישה שערך עם המשורר ש. שלום, שסיפר לו שסופרים ומשוררים מגיעים לעיתים עד פת לחם, ואף מתקשים במציאת מקום מגורים ראוי. ש. שלום עצמו אמר כי יעבור לגור בחיפה אם יעמידו לרשותו דירת חדר. חושי העביר במועצת העירייה תקציב עבור רכישת דירת חדר עבור המשורר, ובהמשך יצר קשר עם אגודות הסופרים, וב-22 ביולי 1953 נערכה הנחת אבן הפינה של "בית הסופרים", שנועד להכיל דירות מגורים עבור סופרים. מאחר שסופרים רבים רצו להתגורר בבית זה, ורבים פנו ו"המליצו" על סופרים (בין היתר נשלחו אליו מכתבים מאשת נשיא המדינה רחל ינאית בן-צבי אשר פנתה אליו בבקשה לשכן את אחד הסופרים), החליט חושי להקים ועדה במסגרת מחלקת התרבות של העירייה, אשר תיקבע מי ישוכן בבית הסופרים ומי ישוכן בדירות אחרות. העיקרון המרכזי שעמד בבסיס חלוקת הדירות היה שסופרים ומשוררים במצב כלכלי קשה, ושאינם בעלי דירה אחרת, יוכלו לקבל דירה. בין הסופרים שקיבלו דירה היו יעקב אורלנד, גרשון שופמן, יהודה בורלא, אברהם קריב, ש. שלום, ושמשון מלצר. בית הסופרים היה ברחוב חנה סנש בחיפה. בשנת 1965 התרשם אבא חושי מיצירתו של הצייר צבי ברגר, יליד העיר, הזמינו לחזור לחיפה והעמיד לרשותו סטודיו רחב ידיים ומואר בקרבת מקום מגוריו.
תזמורת הנוער העירונית.