האי הגדול ביותר בארכיפלג הוא הירטה, אי ששטחו 6700 דונם, המחזיק כ-78% משטחי האדמה בארכיפלג. האיים הגדולים ביותר לאחר הירטה מבחינת שטחם הם סואיי ששטחו 990 דונם, ובורראיי ששטחו 770 דונם. סואיי שוכן במרחק חצי קילומטר בכיוון צפון-מערב להירטה, ובורראיי שוכן במרחק שישה קילומטרים בכיוון צפון-מזרח. האיונים קטנים והסטאקים בארכיפלג הם סטאק אן ארמין, סטאק לי וסטאק לווניש. האי דאן, המגן על מפרץ וילג' מפני רוחות הנושבות מכיוון דרום-מערב, היה מחובר בעבר להירטה באמצעות קשת טבעית. מקלין טען ב-1972 כי הקשת נשברה לאחר שנפגעה על ידי ספינה מהארמדה הספרדית, אך לפי מקורות אחרים (מיצ'ל ופלמינג), הקשת קרסה לאחר שנפגעה בסופה עזה.
הנקודה הגבוהה ביותר בארכיפלג נמצאת בגובה 430 מטרים על האי הירטה, צפונית למפרץ הכפר. בדרום מזרח הארכיפלג נמצאת אויסבל (Oiseval - 290 מטרים), ומאלאך מאר (361 מטרים) נמצאת מערבית לקונאצ'ייר. רויבאל (Ruival - 137 מטרים) ומאלאך בי (Mullach Bi - 358 מטרים) הן הנקודות הגבוהות ביותר בצוקים המערביים. הגובה המרבי של בורראיי (Boreray) הוא 384 מטרים, ושל סואיי (Soay) הוא 378 מטרים. גובה הסטאקים באן ארמין (Stac an Armin) ובלי (Stac Lee) הוא 196 ו-172 מטרים בהתאמה, והם הסטאקים הימיים הגבוהים ביותר בבריטניה הגדולה.
בתקופה המודרנית היישוב היחיד בסנט קילדה היה במפרץ וילג' שבהירטה. בגלין מאר שבהירטה ובבורראיי נמצאים השרידים של יישובים קדומים יותר. הצד הצפוני של קונאצ'ייר (Conachair) הוא צוק אנכי שגובהו 427 מטרים, והוא הצוק הימי הגבוה ביותר בממלכה המאוחדת.
על אף שהמרחק שהאי הקרוב ביותר לסנט קילדה הוא במרחק 64 קילומטרים, ניתן לצפות בו אף מרכס קאילין (Cuillin) הנמצא במרחק 129 קילומטרים. האקלים בארכיפלג הוא אקלים אוקיינוס עם כמות גשמים ורמת לחות גבוהות. הטמפרטורות אינן גבוהות, ונעות בין 5.6°C בינואר ל-11.8°C ביולי. הרוחות החזקות, ובייחוד אלו שבחורף, נושבות מכיוון דרום ודרום-מערב. מיקום האיים באוקיינוס מגן עליהם מפני השלג, היורד במשך ימים בודדים בכל שנה.
מבחינה מנהלית סנט קילדה היה חלק מקהילת האריס במחוז אינוורנס-שייר ההיסטורי, אך כיום הוא שייך לרשות היוניטרית קומהיירל נאן איילין סיאר (האיים המערביים).
פאונה ופלורה.
סנט קילדה משמש כבית גידולם של עופות מים רבים. בסנט קילדה נמצאת המושבה הגדולה ביותר בעולם של סולה צפונית, ובה חיים כ-30,000 פרטים, המהווים כרבע מהאוכלוסייה העולמית. בסנט קילדה מקננים 49,000 זוגות של יסעורונים אטלנטיים, והם מהווים כ-90% מהאוכלוסייה האירופית של עוף זה; כמו כן, בסנט קילדה מקננים למעלה מ-250,000 תוכיי ים אטלנטיים (כ-30% מהאוכלוסייה בממלכה המאוחדת), ו-67,000 פרטים של פולמרים מהמין "Fulmarus glacialis", המהווים כ-13% מהאוכלוסייה הכוללת בממלכה. דאן הוא בית הגידול של מושבת הפולמרים הגדולה ביותר בבריטניה. לפני 1828 סנט קילדה היה המקום היחיד בממלכה שבו הם קיננו, אך הם התפשטו והקימו מושבות במקומות אחרים. האלקה הגדולה האחרונה שנצפתה בבריטניה נהרגה בסטאק אן ארמין (Stac an Armin) ביולי 1840. בשנת 2007 תועדה התנהגות חריגה של אוכלוסיית החמסן הגדול ("Stercorarius skua"), במהלך מחקר שבו נבדקה הירידה החדה במספר היסעורונים. האקולוגים השתמשו באמצעי ראיית לילה והבחינו שהחמסנים צדים את היסעורונים בלילה, דבר המהווה אסטרטגיית ציד ייחודית עבור עופות ימיים.
ישנם שני מינים של בעלי חיים אנדמיים בסנט קילדה: תת-מין של גדרון מובהק ("Troglodytes troglodytes hirtensis"), ותת-מין של יערון קטן ("Apodemus sylvaticus hirtensis") המכונה גם "עכבר השדה של סנט קילדה". הטקסון האנדמי השלישי בסנט קילדה, שהוא תת-מין של הגדרון המובהק, נעלם לחלוטין לאחר פינוי האוכלוסייה האזרחית, כיוון שהוא היה קשור באופן הדוק לבני האדם ולמבנים שהם אכלסו. בסנט קילדה יש אוכלוסייה של כלבי ים אפורים, אך היא לא הייתה קיימת לפני הפינוי ב-1930.
תושבי סנט קילדה גידלו כ-2000 כבשים שפונו יחד עם התושבים, אך 107 כבשים הועברו מהאי סואיי להירטה, וכיום הן חיות בצורה חופשית בטבע. כבשי סואיי הן זן פרימיטיבי מאוד שאין צורך לגזוז את הצמר שלו. גודל האוכלוסייה בהירטה הוא בין 600 ל-1,700 פרטים, ובסואיי נותרו 200 פרטים . מספר כבשים יוצאו לצורכי הרבעה במדינות אחרות, היכן שהן זוכות להערכה בשל גודלן הקטן. הכבשים מעדיפות לרעות באזורי הלחך, שגדלים היטב באזורים מסוגו של סנט קילדה. הכבשים שנותרו בבורראיי הן הכלאה בין שני מינים חסרי צמר על הפנים או הרגליים התחתונות, אך עם צמר עבה יותר מאשר הזן הגדל סואיי.
בידודו של הארכיפלג גרם למגוון ביולוגי קטן. באיים קיימים רק 58 מינים של פרפרים ועשים, בהשוואה ל-367 מינים שתועדו בהברידיים החיצוניים. אוכלוסיית הצומח מושפעת באופן מהותי מריכוז המלח באוויר, הרוחות החזקות ואדמות הכבול החומציות. בארכיפלג לא גדלים עצים, על אף שישנם למעלה מ-130 מינים של בעלי פרחים, 162 מינים של פטריות ו-160 מינים של בריופיטים (צמחי קרקע שאינם וסקולריים). ישנם 194 מינים של חזזיות, חלקם נדירים. אצות חומיות משגשגות באזורים הימיים המקיפים את סנט קילדה, שבהם קיים מגוון חסרי חוליות ימיים.
החוף במפרץ וילג' חריג בכך שרצועת החול הקצרה הקיימת בקיץ נסוגה בחורף, וחושפת את הסלע שמתחתיה. בסקר שנערך בחוף ב-1953 נמצא בעל חיים אחד בלבד, הסרטן שווה הרגליים "Eurydice pulchra".
אורחות חיים.
אחד ממאפייני החיים הבולטים בסנט קילדה היה הבידוד. כשביקר הסופר הסקוטי מרטין מרטין באיים ב-1697, הדרך היחידה להגיע אליהם הייתה בסירה פתוחה, מהלך כמה ימי שיט בחתירה ובמפרשים בים הפתוח, שלא נתאפשרה כלל בחודשי הסתיו והחורף. גלים שגובהם עד 12 מטרים הצליפו בחוף וילג' ביי, ואפילו בימים רוגעים יותר הייתה הנחיתה בחוף על הסלעים החלקים מסוכנת. תושבי המקום כמעט ולא ידעו על מה שהתרחש ברחבי העולם וביבשת כיוון שהיו מנותקים בגלל מזג האוויר והמרחק. לאחר קרב קלודן ב-1746 נפוצה שמועה שצ'ארלס אדוארד סטיוארט וכמה מעוזריו היעקוביטים הבכירים ברחו לסנט קילדה. הוקמה משלחת חיפוש, ובתוך זמן קצר הורדו בסירות אל חוף הירטה חיילים בריטיים. החיילים מצאו את הכפר נטוש, כיוון שתושבי סנט קילדה, שחששו משודדי ים, ברחו למערות שבמערב האיים. כאשר התושבים שוכנעו לשוב לבתיהם החיילים גילו כי אין להם כל מידע על הנסיך צ'ארלס, וכי הם לא שמעו מעולם על המלך ג'ורג' השני.
אפילו בשלהי המאה ה-19 יכלו תושבי האיים לתקשר עם שאר העולם רק באמצעות משואה שהודלקה על פסגת קונאצ'ייר, בתקווה שאונייה חולפת תבחין בה, או על ידי "סירת הדואר של סנט קילדה". הסירה הייתה פרי המצאתו של ג'ון סנדס, שביקר במקום ב-1877. במהלך שהותו נחלצו והגיעו לחוף תשעה מלחים אוסטרים שאונייתם נטרפה. בפברואר אזל מלאי המזון, וסנדס הצמיד הודעה לגלגל הצלה שנפלט לחוף מהספינה הטרופה והשליך אותו לים. תשעה ימים לאחר מכן נמצא המצוף ונאסף באי בירסיי שבאורקני ואורגנה משלחת הצלה. תושבי סנט קילדה אימצו את הרעיון, יצרו מעץ סירונת קטנה, חיברו אליה נאד מעור כבש ובתוכה הניחו בקבוק או קופסת פח קטנה ובהם הודעה. את "סירת הדואר" הטילו לים כשהרוח נשבה מצפון-מערב. שני שלישים מההודעות הגיעו לחוף המערבי של סקוטלנד, אך לעיתים הרחיקו והגיעו עד חופי נורווגיה.
מאפיין נוסף של החיים בסנט קילדה היה הדיאטה. תושבי האיים גידלו כבשים ומספר ראשי בקר, והיה ביכולתם לגדל על הקרקע בווילג' ביי כמות מוגבלת של יבולי מזון כגון שעורה ותפוחי אדמה. סמואל ג'ונסון דיווח כי במאה ה-18 תושבי סנט קילדה הפכו את חלב הכבשים לחתיכות גבינה קטנות. תושבי האיים התנזרו מדיג בגלל הגודל העצום של הים, ובגלל חוסר היכולת לנבא את מזג האוויר. מקור המזון העיקרי שלהם היה המספר הגדול של העופות באיים, ובעיקר סולה צפונית ויסעור שחפי. תושבי המקום ניצלו את העופות הללו באמצעות לקיחת הביצים שלהם. תוכים ימיים (פרטרקולה) נלכדו גם כן באמצעות שימוש במוטות חדים. אולם, למאפיין הזה של דרך החיים המקומית היה מחיר. כאשר הנרי ברוגהאם ביקר במקום ב-1799 הוא ציין כי "האוויר מלא בריח כמעט בלתי נסבל - תרכובת של דגים רקובים, זוהמה מכל הסוגים ועופות ים מסריחים". בחפירות שנערכו בטאיג אן ט-סיטהיץ' ("בית הפיות") ב-1877 על ידי סאנדס נחשפו שרידים של סולה צפונית, כבשה, בקר וצלחית, ביחד עם כלי אבן. גיל המבנה הוא בין 1,700 ל-2,500 שנים, ומכך הסיקו כי התזונה של תושבי סנט קילדה כמעט ולא השתנתה במילניום האחרון. ואכן, הכלים זוהו על ידי התושבים המקומיים שהצליחו לתת להם שמות של כלים דומים שעדיין היו בשימוש.
לצורך ביצוע פעילויות הציד הללו המקומיים נדרשו להפגין כישורים גבוהים בטיפוס, ובייחוד על סטאקי הים התלולים. אחת מהמסורות החשובות באיים בהקשר זה הייתה "גבירת האבן", שהיא פתח דמוי-דלת הנמצא בסלעים הצפון-מערביים של רויוואל, מעל לערוץ. האנשים הצעירים מהאיים היו צריכים לבצע שם טקס על מנת להוכיח כי הם מתאימים לעבוד על הצוקים, וכי הם ראויים לשאת אשה. מרטין מרטין כתב: