היהודים נהנו מאוטונומיה קהילתית וניהלו את חייהם. הם גם שמרו על קשרים עם קהילות יהודיות בערים וארצות אחרות, קשרי מסחר וחיתון. לצורכי המסחר ושמירת הקשרים למדו היהודים שפות נוספות, לכן היו מבוקשים כמתורגמנים ויכולתם לבקר ואף לעקור מארץ לארץ הייתה עדיפה.
מרבית יהודי בבל זנחו את עבודת האדמה, עברו לערים והשתלבו במעמד הבינוני והגבוה. משורות יהודי מצרים יצאו אדמיניסטרטורים שעלו לגדולה והפכו נושא לקינאת המוסלמים. הרווחה הכלכלית, ממנה נהנו היהודים בתור הזהב של יהודי ספרד, אפשרה להם להתפנות לאומנויות, היסטוריה, פילוסופיה, אסטרונומיה ומחקר בסיסי וכך התבלטו יהודים, כמו הרמב"ם, יצחק בן יוסף הישראלי, רבי לוי בן גרשון ואברהם זכות, אך גם בארצות אחרות בלטו יהודים מלומדים, כמו עמנואל טוב עלם, אסטרונום ומתמטיקאי שיזם את השימוש בשברים עשרוניים.
הכימאי וההיסטוריון ג'אורג' סרטון, הנחשב למייסד תחום ההיסטוריה של המדע טען שבין השנים 1150 - 1300 כ-15% ממלומדי התקופה היו יהודים (95 מתוך 626).
קנאה ופרעות.
הצלחת היהודים ועלייתם במדרג הכלכלי הפכה אותם למושא לקינאת המוסלמים. חלק מיהודי מצרים נהגו באורח חיים בזבזני ועוררו עוד יותר את קינאת המוסלמים. משורר מצרי אלמוני כתב:
גם בגרנדה הצלחת היהודים עוררה קנאה עזה והמשורר אבו אסחאק אל-תוג'יבי האלבירי חיבר שיר התקפה על היהודים, שקרא בין היתר לרצוח את יהוסף הנגיד ונאמר בשיר:
מצב זה גרם במאה העשירית ובמאה האחת עשרה לשלושה גלים של פרעות ביהודי מצרים ולפרעות גרנדה, שבמהלכן נרצח יהוסף הנגיד.
רכוש של מגורשים.
היהודים היו בעבר מיעוט נסבל בעל זכויות פחותות יחסית לרוב בארצות בהן ישבו ולעיתים, שינו השלטונות את טעמם וגירשו את היהודים. בדרך כלל לגירוש נלווה גם גזל רכוש היהודים וכך נאלצו היהודים לעבור לארץ אחרת ולהתחיל מחדש. במסעי הצלב ובמיוחד בגזירות תתנ"ו יהודים רבים איבדו את חייהם והניצולים היו אלה שהצליחו לברוח וכשברחו, ברחו על נפשם, ללא רכושם. בשנת 1420 הואשם אחד מפרנסי העיר היהודים בעיר אנס שבאוסטריה עילית הואשם בעלילת שווא של חילול לחם הקודש. עלילה זו גרמה לכך שהקיסר אלברכט החמישי, ארכידוכס אוסטריה פקד לאסור את כל יהודי אוסטריה. 270 יהודים הועלו על המוקד בפומבי והשאר גורשו מאוסטריה בחוסר כל. בכך הייתה אוסטריה הראשונה בין מדינות מרכז אירופה שגירשה את תושביה היהודים. היהודים למדו מהתנסויות אלה שהרכוש היחיד, שלא יכולים לגזול מהם, זה הידע שרכשו ובהתאם לכך השקיעו יותר ברכישת ידע עבורם ועבור צאצאיהם. דוגמה טובה היו מגורשי ספרד ופורטוגל, שהתקבלו בזרועות פתוחות באימפריה העות'מאנית בזכות הידע הרב שהביאו איתם.
הגבלות בתעסוקת יהודים.
בארצות רבות הוגבלו היהודים ותעסוקתם ובעיקר נמנעה מהם האפשרות לרכוש אדמה חקלאית. בתקופות בהן 90% או יותר מהתושבים היו חקלאים זו הייתה מגבלה רצינית מאוד. גם הצטרפות לגילדות מקצועיות הייתה בעייתית, כי הגילדות היו מאורגנות על בסיס דת משותפת וכך נדחקו היהודים אל המקצועות שבני הרוב לא חפצו בהם מסיבות שונות, כמו הלוואה בריבית וחכירת גביית המיסים ותחומים בהם היה להם יתרון ברור, כמו חלפנות כספים ורפואה. במהלך מסעי הצלב הגיעו סוחרים נוצרים ממערב ומדרום אירופה למזרח התיכון והחלו לעסוק במסחר, שקודם לכן היה בידי היהודים וכך דחפו אותם עוד יותר אל העיסוק בהלוואה בריבית. הוונציאנים, שרצו לדחוק את ידי היהודים מהמסחר, תבעו מהם להתנצר ולא, לאסור על היהודים לנגוע בכל חפץ שיש בו סימן הצלב, סימן שהיה נפוץ מאוד בכל הסחורות.
החינוך היהודי העצמאי.
מצוות לימוד התורה לא נשתכחה מהיהודים וחשיבותה בלטה מאוד על רקע החברה המוסלמית והחברה הנוצרית בהן יודעי הקרוא וכתוב היו מיעוט קטן. המצווה הוטלה על האב, אך בהדרגה, בקהילות היהודיות, היא הפכה לחובה חברתית והמוסדות הקהילתיים הקימו מוסדות חינוך, בעיקר למען בני העניים, שידם לא השיגה את הממון הדרוש לחינוך הילדים.
באותם בתים בהם האב שכר מלמד לבניו, הלימוד נעשה בבית וגם הבנות זכו לשמוע את החומר הנלמד וחלקן למדו קרוא וכתוב. בבתי הספר, בנוסף ללימודי הדת, לימדו קריאה וכתיבה, חשבון ובארצות ערב גם את השפה הערבית. החברה היהודית פיתחה מנהגים ומסורות שנועדו לעודד את הלימוד, החל מהמפגש של הילד הקטן עם אותיות אלפבית טבולות בדבש ועד למתן כבוד של קריאה בתורה בפני הקהל בבית הכנסת.
בחברה היהודית לימודי התורה נמשכו גם לאחר בית הספר ומבוגרים רבים נהגו להקדיש זמן, בעיקר בחגים ובשבתות, אך גם בימי חול ללימוד סוגיות בתורה וכך יצרו לעצמם הרגלי למידה. בקהילות היהודיות בגולה, ההנהגה הייתה נתונה בידי תלמידי חכמים, שנהיו רבנים בולטים בזכות עצמם, וזה היה איתות נוסף לכבוד שרכשו היהודים ללימודים. בעוד שבקהילות יהודיות שהתקיימו באירופה הנוצרית של ימי הביניים נוצר "חדש אסור מן התורה" בנוגע לחידושים הלכתיים, בקהילות היהודיות בארצות המזרח התיכון נפוצה החשיבה העצמאית והתחדשות הלכתית.
האמנציפציה והשלכותיה.
מאז חורבן בית המקדש השני ואובדן העצמאות היהודית היהודים היו למיעוט בעל מעמד נחות יחסית לרוב השליט במדינות בהן הם חיו. חוסר השוויון התבטא במיסוי עודף ובכל מיני חוקים ותקנות, כמו חובת לבוש מיוחד, הטלאי הצהוב, כובע היהודים, שבועת היהודים, הגבלת אזורי המגורים, הדרה מהשירות הצבאי וממוסדות החינוך הממלכתיים ועוד. ב-1787 זכו קרוב ל-2500 יהודי ארצות הברית לשוויון זכויות וכעבור ארבע שנים, ב-1791, האספה הלאומית הצרפתית קיבלה את "חוק שוויון היהודים הכללי" ומכאן נפתחה הדרך למתן שוויון זכויות ליהודים בכל מקום אליו הגיעו צבאות נפוליאון.
היהודים, ששנים רבות התחרו בתחומים שונים עם יתר תושבי אותן ארצות, כשהם באים מעמדה נחותה, נהנו מאוד מהמצב החדש המאפשר להם תחרות יותר שוויונית (עדיין היו מגבלות שנבעו ממסורות, ממנהגים ומעצם היות היהודים מיעוט) ואנרגיות חדשות הובילו אותם להשגת עמדות מפתח בארצותיהם.
הלא יהודים לא נשארו אדישים לשינוי, חלק מהם היו מודאגים מהתחרות הנוספת מצד היהודים, תחרות על משרות בשירות הציבורי, באקדמיה ועוד, משרות שעד האמנציפציה היו סגורות בפני היהודים וכעת נפתחה דרכם אליהן. במצב זה התעוררה אנטישמיות ואפילו הגיעו הדברים לכדי פרעות, כמו פרעות "הפ-הפ", שהתפשטו על פני כל הקונפדרציה הגרמנית. בפרעות אלה השתתפו ואפילו הובילו אותן אינטלקטואלים גרמנים, פרופסורים וסטודנטים, שחששו מהתחרות היהודית.
האמנציפציה של היהודים באירופה התקדמה בהדרגה מזרחה ומשאביה הגיעו גם למדינה החדשה, רומניה. השליט של רומניה, אלכסנדרו יואן קוזה, רצה להעניק זכויות אזרח ליהודים, אך בגלל ההתנגדות העזה מצד חוגים רחבים מאוד של הציבור הרומני, הודיע שתהיה זאת אמנציפציה הדרגתית. קוזה נקט אומנם בכמה צעדים ראשונים של אמנציפציה, אך הדחתו בראשית 1866 שמה סוף לתהליך. יון ברטיאנו, המנהיג הרומני הליברלי הבטיח אזרחות ליהודים, אבל שוב התקוממו החוגים האנטישמים, בעת הדיונים על החוקה יצאו המוני רומנים לרחובות בוקרשט והרסו את בתי הכנסת. לחצם נשא פרי והחוקה שהתקבלה בשנת 1866 שללה בסעיף 7 את האפשרות של הענקת אזרחות רומנית למי שאינו נוצרי. גם מינויו של ברטיאנו לראש ממשלה כמה שנים מאוחר יותר לא שינה את המצב והיהודים מצאו עצמם במצב גרוע מכפי שהיה לפני כן - הם היו במעמד של חסרי אזרחות כלשהי וחייבים בכל חובות האזרחים הרומנים, כולל שירות צבאי.
נומרוס קלאוזוס.
האמנציפציה פתחה את שערי בתי הספר התיכונים והאוניברסיטאות בפני היהודים והם נהרו אליהם בהמוניהם.
בהונגריה, ב-1910 היו 18,264,533 תושבים ו-911,227 מתוכם היו יהודים, פחות מחמישה אחוזים, אולם בשורות הסטודנטים באוניברסיטאות היהודים היו 29,6%, פי שישה מחלקם באוכלוסייה הכללית. ב-1913, באוניברסיטת בודפשט, בפקולטות למדעים היו 34,1% יהודים ובפקולטות לטכנולוגיה וכלכלה 31,9% יהודים. 48,5% מרופאי הונגריה היו יהודים, 58,11% מהמוציאים לאור ו-60,96% מהסוחרים היו יהודים.
ההונגרים החליטו לשנות את המצב וחוקקו ב-1920 את חוק נומרוס קלאוזוס, החוק האנטישמי הראשון באירופה במאה העשרים. החוק, שקבע מכסות לפי חלקם באוכלוסייה של הקבוצות השונות, היה מכוון נגד היהודים, אף על פי שהיהודים לא הוזכרו במפורש. התוצאה הייתה ירידה חדה באחוזי היהודים בחינוך האוניברסיטאי. יהודים רבים, שלא הצליחו להתקבל ללימודים, היגרו מהונגריה, לבדם או עם משפחותיהם, אל ארצות בהן יוכלו ללמוד.
גם בפולין הופעל כלי הנומרוס קלאוזוס, כדי לצמצם את כמות הסטודנטים היהודים והוא הוריד את כמות הסטודנטים היהודים מ-24,6% בשנת הלימודים 1921 - 1922 ל-13,2% בשנת הלימודים 1935 - 1936.
ברומניה שלאחר מלחמת העולם הראשונה, כשהיהודים זכו סוף-סוף בהתאזרחות, האנטישמיות, שניזונה במידה רבה מהתחרות על מקומות העבודה של בוגרי בתי הספר התיכוניים והאוניברסיטאות, התעצמה, בעיקר משום שהכמות היחסית של היהודים, באוניברסיטאות באופן כללי ובפקולטות לרפואה במיוחד, הייתה גדולה בהרבה מחלקם באוכלוסייה הכללית. בשנת הלימודים 1920–1921 למדו רפואה באוניברסיטת בוקרשט 1,808 סטודנטים, כש-537 מתוכם היו יהודים (29,7%) - באותה תקופה אחוז היהודים באוכלוסייה הרומנית נע סביב 4%. בהונגריה השכנה הייתה תופעה דומה והשלטונות הנהיגו שם נומרוס קלאוזוס, הסטודנטים הרומנים שאפו אפוא להנהיג גם ברומניה הגבלות דומות.