מספר ידיעות של גילויים קודמים נקשרו לשמו של האזור. אוריגינס, שערך את ההכסאפלה במאה השלישית לספירה, בו הוא השווה ארבעה נוסחים ביוונית עם נוסח עברי, מספר על התחקותו אחר נוסח עברי מהימן. הוא מספר על מציאת נוסח נוסף לספר תהילים: "הנוסח הששי נמצא יחד עם ספרים אחרים עבריים ויוונים אחרים בכד חרס ליד יריחו בימי שלטונו של אנטוניוס בן סורוס". אוסביוס כתב על כך בספרו "היסטוריה כנסייתית": "(אוריגנס) רכש כתבים מקוריים באותיות עבריות שרווחו בין היהודים. כן התחקה על עקבות התרגומים האחרים של כתבי הקודש, מחוץ לשבעים, וגילה אחדים השונים מן המקובל... והעלה אותם מחדש לאור העולם לאחר שהיו גנוזים ימים רבים במקומות סתר בלתי ידועים".
ידיעה נוספת מתקופה מאוחרת יותר מתוארת במכתבו של טימותיאוס הראשון, הפטריארך של סלאוקיה (726–819 לספירה), בו הוא מספר ששמע מפי יהודים מומרים על מספר ספרים שנתגלו כעשר שנים לפני כן "בתוך מבנה חצוב בסלע ליד יריחו", ובהם ספרי תנ"ך וספרים אחרים הכתובים בעברית. היהודים המומרים סיפרו לו כיצד נתגלו הספרים - בדומה מאוד לגילוי המגילות במאה ה-20: כלבו של צייד ערבי נקלע למערה ולא יצא ממנה. בעליו נכנס אליה וגילה חדר, שבסלעי קירותיו טמונים ספרים רבים. הצייד חזר לירושלים וסיפר על כך ליהודים "והללו נהרו למקום בהמוניהם ומצאו ספרי תנ"ך וספרים אחרים, הכתובים בכתב העברי". הפטריארך חקר את המומרים "על מספר רב של פסוקים המיוחסים לתנ"ך ומצוטטים בברית החדשה, אלא שאינם מצויים בנוסח המקרא, לא בהעתקים שבידי היהודים ואף לא באלה שבידי הנוצרים". לטענתו תשובתם על כך הייתה חיובית ואחד היהודים, שהיה "מלומד הבקי בספרות", אף הוסיף שמצא בספרים "למעלה ממאתיים מזמורי תהילים לדוד". הפטריארך כתב על כך למטרופוליט של דמשק, אולם לא קיבל תשובה. ידיעה זו משמשת ראיה לכך שרבים מהספרים שנתגלו במערות הללו כבר בסוף המאה ה-8, הגיעו לידי יהודים באותה תקופה וכך השפיעו על הספרות של המאה ה-9 ואילך. ייתכן מאוד שאחד הספרים שנתגלה אז הוא ספר "ברית דמשק", משום שהעתקים ממנו נתגלו לאחר מכן בגניזת קהיר. יש מקום לשער שגילוי המגילות באותה תקופה השפיע גם על הספרות הקראית, בשל הדמיון הרב בין המגילות לבין כמה ספרים קראיים מאותה התקופה. זמן לא רב לאחר מכתבו של טימותיאוס במאה ה-9, פירט הפרשן הקראי קירקיסאני באחד מספריו את הכיתות השונות שביהדות הקדומה וביניהן כת הנקראת "כת המערות", המכונה כך "מפני שספריהם נמצאו במערה". קרקסאני מציין שכת זו נבדלה מיתר הכיתות בכך שיש לה לוח שנה מיוחד וספריה עוסקים בין השאר גם בפירושים שונים ומוזרים על כתבי הקודש. לדעת יגאל ידין, הידיעות על הגילויים המוקדמים הללו מסבירות את העובדה שכמה מן המערות נמצאו ריקות ממגילות, אף על פי שנתגלו בהן שרידי כדים רבים.
בשנת 1883 פרסם סוחר העתיקות מוזס וילהלם שפירא כי בידיו 15 מגילות קלף קדומות שרכש מבדואים שמצאו אותן במערה באזור ים המלח. הוא תיארך את המגילות למאה השביעית לפנה"ס. במגילות הופיעה גרסה שונה במקצת מזו המוכרת לנו של ספר דברים, שכללה את עשרת הדיברות בשינויים קלים. שפירא הציע למכור את המגילות תמורת מיליון ליש"ט. החוקר הצרפתי שארל קלרמון גנו פרסם כי המגילות מזויפות, בעיקר בשל העובדה כי לא היו כתובות כתב עברי עתיק, אלא בכתב מרובע, שהיה נפוץ רק לאחר שיבת ציון. העסקה נפלה, שפירא התאבד כעבור חודשים מעטים, והמגילות נמכרו במכירה פומבית ואבדו. לאור גילוי מגילות ים המלח יש יסוד להאמין כי מדובר במגילות אותנטיות.
בשנת 2021, על פי מחקר של ד"ר עידן דרשוביץ, נטען כי אלה מגילות מקוריות, והן כתב היד המקראי העתיק ביותר שהתגלה אי־פעם, שאף כולל גרסה חלופית לעשרת הדיברות.
גילוי המגילות.
רוב מגילות ים המלח נמצאו ב-11 מערות מוסתרות בסמוך לשרידי היישוב קומראן. בקירות חלק מהמערות חצובים מעין מדפים, מה שמחזק את ההשערה שהן שימשו ספריות-קבע לחכמי הקהילה, והוסתרו שם בזמן המרד הגדול.
את המגילות הראשונות גילה מוחמד א-דיב, רועה צאן בדואי, שזרק אבן לתוך מערה בניסיון להוציא ממנה עז שהתחבאה בה. האבן פגעה בכד חרס שנמצא במערה והכיל שלוש מגילות. המגילות נלקחו למאהלו, חלקן שימשו כחומר בערה והיתר נמכרו לאיברהים איג'חה, סוחר עתיקות מבית לחם - אולם הוא השיב את המגילות לאחר שחשד שהן נגנבו מבית כנסת. א-דיב מכר את המגילות לחליל אסקנדר שאהין, אשר ביקש לבקר באתר גילוי המגילות וגילה מגילה נוספת. המגילות נמכרו לגאורג ישעיה, כומר סורי, וזה מכרן לבישוף מאר סמואל (בין המגילות שנמכרו לו היו מגילת ישעיהו, סרך היחד, פשר חבקוק והמגילה החיצונית לבראשית). בעקבות מכירת המגילות הגיע שמען לפרופסור אלעזר ליפא סוקניק מהאוניברסיטה העברית.
בנובמבר 1947 פנה אל סוקניק מכרו, סוחר עתיקות ארמני, ובפגישתם משני עברי גדר התיל שהפרידה בין אזורים אסורים לכניסה בירושלים, הראה לו הסוחר "חתיכת עור ועליה אותיות עבריות". ב-28 בנובמבר נסעו יחד באוטובוס לבית לחם ונפגשו עם סוחר העתיקות פאידי צלאחי בעליית הגג בביתו, וזה הראה לו קטעים נוספים ואת שני הכדים הגליליים שבהם המגילות נמצאו. סוקניק רכש את קטעי המגילות בכסף שקיבל מד"ר יהודה לייב מאגנס, נשיא האוניברסיטה.
סוקניק רכש בעצמו את מגילת מלחמת בני אור בבני חושך, מגילת ההודיות והעתק נוסף של ספר ישעיהו. הוא ביקש לרכוש ממאר סמואל את המגילות שבידיו, אולם זה הראה אותן ב-21 בפברואר 1948 לד"ר ג'ון טרוור מבית הספר האמריקאי לחקר המזרח אשר צילם את המגילות והשווה את מגילת ישעיהו לפפירוס נאש. בעקבות פרוץ מלחמת העצמאות העביר הבישוף סמואל את המגילות לביירות.
בעקבות גילוי המערה הראשונה (לעיל) החלו בדואים שהתגוררו באזור לחקור מערות נוספות. במערה השנייה התגלו 300 מקטעי מגילות ובהם ספר היובלים וספר בן סירא; במערה השלישית התגלתה במרץ 1952 "מגילת הנחושת" על ידי משלחת משותפת של מוזיאון רוקפלר, בית הספר האמריקאי לחקר המזרח ובית הספר הצרפתי למקרא ולארכאולוגיה; במערה הרביעית התגלו כ-90% מהמגילות הידועות - המערה הכילה 15,000 קטעי מגילות מ-500 ספרים שונים. במערות 5–10 התגלו מקטעים מועטים שחלקם בשפה היוונית; במערה ה-11 התגלו "מגילת המקדש" (הארוכה שבין המגילות - אורכה 8.15 מטרים), מגילת התהילים הגדולה וקטעים נוספים..
ב-1 ביוני 1954, בזמן שהותו בארצות הברית, הובאה לתשומת לבו של יגאל ידין, בנו של אליעזר סוקניק, מודעה קטנה במדור "שונות למכירה" בעיתון הוול סטריט ג'ורנל: "ארבע מגילות ים-המלח... מתנה נפלאה למוסד חינוכי או דתי מטעם קבוצת אנשים או יחיד". ידין החל במשא ומתן ובסידורים לרכישת המגילות מידי המטרופוליט האשורי - ספר ישעיהו, "מגילת פשר חבקוק", "מגילת סרך היחד" ו"מגילת למך" (המגילה החיצונית לבראשית). ב-13 בפברואר 1955 הודיע ראש הממשלה משה שרת כי מדינת ישראל רכשה את ארבע המגילות.
בעקבות הממצאים מסביבות קומראן הרחיבו הארכאולוגים את חיפושיהם באזור מדבר יהודה. במהלכם התגלו ממצאים, תעודות וקטעי מגילות לרוב. במערות מורבעת התגלו מגילות שונות, ובהן מגילות הנושאות לראשונה במפורש את שמו של "שמעון בן כוסבה נשיא ישראל".
בעקבות הגילויים של המשלחות הזרות, החלו גם משלחות ארכאולוגיות ישראליות לחקור את מערות מדבר יהודה הדרומיות שבשטחי מדינת ישראל, באופן שיטתי, והגיעו לממצאים רבים. במערה שבנחל צאלים נמצאו קטעי פפירוסים וקלף תפילין עתיק. בנחל משמר התגלה בידי פסח בר אדון מטמון כלי נחושת מן התקופה הכלקוליתית. בנחל חבר, במשלחת חיפושים של יגאל ידין בשנת 1960, נתגלו במערת האימה ממצאים ושלדים מתקופת מרד בר כוכבא, ובמערת האיגרות נחשפו בנוסף לשלדים ולרכוש רב גם הארכיון של בבתא בת שמעון ואוסף אגרות ששלח בר כוכבא באופן אישי למפקדי עין גדי מטעמו, יהונתן בן בעיה ומסבלה בן שמעון. במצדה נתגלו קטעי מגילות מהמקרא ומהספרים החיצוניים, ובהם חלקים מספרי בראשית, ויקרא, דברים, יחזקאל, תהילים, ספר בן סירא, ספר היובלים וספר שירות עולות השבת.
פרופ' אהרון בלר, נוירוכירורג מבית החולים הדסה סייע לפתיחת המגילות הגנוזות מקומראן באמצעות מכשירים ששימשו בניתוחי מוח.
בשנת 2016 נחשף פפירוס מהמאה השביעית לפני הספירה, המזכיר לראשונה את שמה של ירושלים בעברית, ואשר נשמר גם כן באחת ממערות מדבר יהודה.
בשנת 2017 התגלו במערה במצוק ההעתקים ממצאים שונים מתקופת בית שני, ביניהם פיסת עור ריקה המעידה על היותה מערת מגילות נוספת.
זיופים.
החל משנת 2002 הופיעו בשוק העתיקות העולמי קטעים קטנים שהוצגו כקטעים ממגילות ים המלח. 16 ממקטעים אלו נרכשו על ידי מוזיאון התנ"ך בוושינגטון אשר לאחר בדיקות מרובות של צוות מומחים בלתי תלוי קבע שכולן זיופים.
בעלות.
רוב המגילות נותרו במוזיאון רוקפלר בירושלים ועברו לידי מדינת ישראל במלחמת ששת הימים ב-1967. באותה שנה, הוטל על יחידה 504 לאתר מגילות נוספות ולהביאן לרשות מדינת ישראל. קציני היחידה, בראשות המפקד שמואל גורן, מפקד בסיס ירושלים רפי סיטון, סמי נחמיאס ויגאל סימון, פעלו בדרכים מתוחכמות, שבסיומן נלקחו המגילות מסוחר העתיקות בבית לחם כנדו, שהחזיק בהן למעלה מ-20 שנים.
בשנת 2010 תבעה ירדן בעלות על מגילות ים המלח. לדבריהם, המגילות נגנבו ב-1967 ממוזיאון שהיה בשטח ירדני במזרח ירושלים. בשנת 2017 תבעה הרשות הפלסטינית בעלות על מגילות ים המלח, וביקשה להכיר בהן כחלק מהמורשת הפלסטינית. לדבריהם, המגילות התגלו במערות קומראן בתקופת המנדט, וכיום שטח זה הוא חלק מהשטחים הפלסטיניים.
תוכן המגילות וחשיבותן.