קרל גראהם פישר , שהיה אחראי לעיקר הפיתוח של מיאמי ביץ', רכש ב-1916 את האי אדמס קי , שהיה קרוי פעם קוקולובו קי (Cocolobo Key), ובנה עליו את מועדון קוקולובו קי ב-1922. במבנה בן הקומתיים היו עשרה חדרי אורחים, חדר אוכל ואכסניית נופש נפרדת. אורחים במועדון כללו את וורן הרדינג, אלברט פול , ט. קולמן דו פונט , הארווי פיירסטון , ג'ק דמפסי, צ'ארלס קטרינג , ויל רוג'רס ופרנק סיברלינג . המועדון הידרדר לאחר המפולת בוול סטריט ב-1929, אבל חודש ב-1934 על ידי גארפילד ווד , תעשיין בתחום ספנות. לנסלוט וארתור ג'ונס, בניו של ישראל ג'ונס, יצאו מעסקי גידול הליים לאחר שתחרות מצד מגדלי ליים מקסיקנים הפכה את העסק שלהם לפחות רווחי, ולאחר סדרה של הוריקנים הרסניים בשנת 1938 הם הפכו למדריכי דיג במשרה מלאה במועדון. בין הלקוחות של האחים ג'ונס היה הרברט הובר, שהיה דייג נלהב, ובני משפחתו. האחים ג'ונס גם סיפקו למועדון דגים, לובסטרים וסרטנים. ארתור ולנסלוט ג'ונס היו בעלי הקרקע השניים בגודל השטח בבעלותם באיים של דרום מפרץ ביסקיין והדיירים הקבועים היחידים עליהם במהלך שנות ה-60 של המאה ה-20. ווד מכר את מועדון קוקלובו קי ב-1954 לקבוצה של משקיעים בראשות בנקאי ממיאמי בשם בבה רבוזו , ששינה את שם המועדון ל"מועדון הדיג קוקו לובו" (Coco Lobo Fishing Club). לקוחות שנעזרו בשירותי האחים ג'ונס כללו את הסנאטורים דאז, ג'ון פיצג'רלד קנדי, לינדון ג'ונסון, ריצ'רד ניקסון, הרמן טאלמדג' וג'ורג' סמאתרס במהלך שנות ה-40 וה-50.
במהלך המלחמה הקרה שימש שטח הפארק העתידי כמקום אימונים לגולים קובנים לאימונים למשימות בקובה של פידל קסטרו. האי אליוט קי שימש במיוחד את סוכנות הביון המרכזית כאזור אימונים בתחילת שנות השישים כהכנה לקראת הפלישה למפרץ החזירים. המתקן הגדול ביותר היה אכסניית לדברי (Ledbury Lodge), המלון היחיד שנבנה אי פעם על האי. בסוף 1988 נעצרה קבוצה של גולים קובנים כאשר ניסו להשתמש באי לדמות נחיתה. הרחק צפונה משם היה לנשיא ונצואלה הגולה מרקוס פרס חימנס בית באי סולג'ר קי עד שהוסגר בשנת 1963.
הצעות לפיתוח.
ככל שקהילות מודרניות המשיכו לצמוח בסביבות מיאמי, החלו יזמי נדל"ן לבדוק אפשרויות להקים פרויקטים חדשים בדרום מחוז דייד. האיים שלא עברו כל פיתוח מדרום לקי ביסקיין נחשבו לשטח נדל"ן פוטנציאלי ראשון במעלה. החל בשנות ה-90 של המאה ה-19 קידמו יזמים מקומיים את הרעיון לבנות סוללה שתחבר את האיים עם היבשת. הצעה אחת כללה בניית כביש מהיר המחבר בין האיים של מפרץ ביסקיין לכביש המהיר שמעל לים בקי לארגו, ולאיי המחסום המפותחים בצפון. במקביל גבר הלחץ להסכים לפיתוח תעשייתי בדרום פלורידה. דבר זה הוביל לתחרות בסדרי העדיפויות בין אלו שביקשו לפתח את האזור לשימוש למגורים ופנאי לבין אלו שהיו בעד פיתוח התעשייה והתשתית. ב-6 בדצמבר 1960 הצביעו 12 מתוך 18 בעלי הקרקעות שהעדיפו את הפיתוח להקים את העיירה איילנדיה על אליוט קי. העיירה הקימה מועצה מקומית על מנת לעודד את מחוז דייד לשפר את הגישה בייחוד לאליוט קי, שבעלי קרקע קיוו שיהיה מתחרה פוטנציאלי למיאמי ביץ'. העיירה החדשה הפעילה שתדלנות להקמת סוללה לגישה לאי והקימה גוף לניהול משא ומתן במטרה למשך יזמים פוטנציאליים. ב-1962 הוצע להקים נמל תעשייתי לחופי היבשת של מפרץ ביסקיין, שייקרא סידייד (SeaDade, מילולית "הים של דייד"). הרעיון להקמת נמל סידייד, שהיה אמור לכלול בית זיקוק, קיבל את תמיכתו של המיליארדר ואיל הספנות דניאל לודוויג . בנוסף למבנים הפיזיים, היה צורך לחפור תעלה בעומק 12 מטרים לרוחב המפרץ על מנת לאפשר לספינות גדולות להגיע אל בית הזיקוק. התעלה המתוכננת הייתה צריכה לחתוך דרך שונית האלמוגים כדי להגיע למים העמוקים. ב-1963 הודיעה חברת החשמל פלורידה פאוור אנד לייט , הידועה בראשי תיבות שמה כ-FP&amp;L, על תוכניות להקמת שתי תחנות כוח בהספק של 400 מגה ואט הפועלות על מזוט על קרקע שטרם עברה פיתוח בטרקי פוינט.
תושבים מקומיים רבים ופוליטיקאים תמכו בהקמת הנמל סידייד כי הוא היה יוצר מקומות עבודה נוספים, אבל קבוצה של ראשוני אנשי איכות הסביבה חשבו שהמחיר לסביבה גבוה מדי. הם לחמו נגד פיתוח המפרץ והקימו את "אגודת הקידמה הבטוחה" (Safe Progress Association). בהנהגתו של לויד מילר (Lloyd Miller), נשיא הסניף המקומי של ליגת אייזק וולטון , ארגון אמריקני לשמירת הסביבה, חואניטה גרין (Juanita Greene) כתבת העיתון "מיאמי הראלד" וארט מרשל (Art Marshall), הציעו מתנגדי התיעוש להקים יחידה של שירות הפארקים הלאומיים שתגן על השוניות, האיים והמפרץ. לאחר הספקנות הראשונית, קיבלה הצעת הפארק את תמיכתם של עורכי מיאמי הראלד, כמו גם את תמיכתם של נציג פלורידה בקונגרס דנטה פאסל (Dante Fascell) ומושל פלורידה קלוד קירק (.Claude R. Kirk, Jr), ונתמכה באמצעות מאמצי שתדלנות של אנשי עסקים אוהדים, כולל הרברט הובר הבן (.Herbert Hoover, Jr).
חזון אחד של איילנדיה, שנתמך על ידי בעלי הקרקעות, היה לחבר את האיים הצפוניים של פלורידה מקי ביסקיין לקי לארגו - באמצעות גשרים ויצירת איים חדשים מעפר החפירות של התעלה המובילה לנמל סידייד. אף על פי שתוכניות נמל סידייד של לודוויג לא נתמכו על ידי פוליטיקאים באזור מיאמי או מדינת פלורידה, תומכי איילנדיה המשיכו לפעול למען תמיכה בפיתוח. ב-1968, כשהתחוור שהאזור עומד להפוך למונומנט לאומי, סללו תומכי איילנדיה כביש מהיר רחב בן שישה נתיבים לאורך מרכז האי, והשמידו את היער לאורך 11 קילומטרים. בעלי הקרקעות של איילנדיה קראו רשמית לכביש בשם "שדרת אליוט קי" (Elliott Key Boulevard), אבל כינו אותו באופן פרטי "הכביש המהיר דווקא" (Spite Highway). הם קיוו שכיוון שיש כל כך הרבה נזק סביבתי, אף אחד לא ירצה להפוך את המקום למונומנט לאומי. עם הזמן גדל היער בחזרה באקלים הקרוב לטרופי ומסלול ההליכה המשמעותי היחיד על אליוט כיום עוקב אחר מסלולה של "שדרת אליוט קי".
תחנות הכוח הפועלות על מזוט בטרקי פוינט (Turkey Point) הושלמו בשנים 1967–1968 וחוו בעיות מיידיות מהזרמת מי קירור חמים למפרץ ביסקיין, שם החום קטל את עשב הים. בשנת 1964 הודיעה FP&amp;L על תוכניות לבנות שני כורים גרעיניים בהספק של 693 מגה ואט כל אחד באתר טרקי פוינט אשר היו צפויים להגדיל משמעותית את בעיית הזרמת המים החמים למפרץ. בגלל הרדידות של מפרץ ביסקיין, היו צפויות תחנות הכוח לצרוך חלק ניכר ממי המפרץ בכל יום לשם קירור המתקנים. לאחר משא ומתן נרחב והתדיינות משפטית עם המדינה ועם לודוויג, שהיו בעלי קרקעות הדרושות לחפירת תעלות למי הקירור החמים, נבנתה מערכת תעלות של לולאה סגורה מדרום לתחנות הכוח והיחידות הגרעיניות החלו לפעול בתחילת שנות השבעים של המאה ה-20.
חלקים מהפארק הנוכחי שימשו לפעילויות נופש עוד לפני הקמת הפארק. הפארק "הומסטד בייפרונט" (Homestead Bayfront Park), שעדיין מופעל על ידי מחוז מיאמי דייד מעט דרומית לקונווי פוינט (Convoy Point), הקים חוף נפרד ל"שחורים בלבד" עבור אפרו-אמריקנים באתר הנוכחי של מרכז המבקרים דנטה פאסל. החוף הנפרד פעל במהלך שנות החמישים עד תחילת שנות השישים לפני שבוטלו המתקנים הציבוריים הנפרדים עם סיומה של ההפרדה הגזעית.
הקמת הפארק וההיסטוריה שלו.
ההצעות המוקדמות ביותר להגנה על מפרץ ביסקיין נכללו בהצעה של אדריכל הנוף ארנסט פ. קו (Ernest F. Coe) שעמד בראש ועדת הפארק הטרופי הלאומי אוורגליידס שנועדה לבחון את הקמת הפארק הלאומי אוורגליידס. קו כלל בגבולות פארק האוורגליידס המוצע את מפרץ ביסקיין, את האיים שבו, את האזור היבשתי, כולל האזור שבו שוכנים היום הפרוורים של מיאמי הומסטד ופלורידה סיטי ואת קי לארגו. על מנת לצמצם את ההתנגדויות להקמת הפארק הלאומי אוורגליידס לא נכללו מפרץ ביסקיין, קי לארגו והאזורים היבשתיים הסמוכים בפארק הלאומי אוורגליידס בעת הקמתו בשנת 1947. כאשר הועלו הצעות לפיתוח אליוט קי בשנת 1960, ביקש לויד מילר ממזכיר הפנים של ארצות הברית סטיוארט יודול לשלוח צוות סיור של שירות הפארקים כדי לסקור את אזור מפרץ ביסקיין במטרה לבחון את הכללתו במערכת הפארקים הלאומיים. הצוות פרסם דו"ח חיובי, ובסיוע כספי של הרברט הובר הבן גויסה תמיכה פוליטית לרעיון, במיוחד מאיש הקונגרס פאסל. שטח בן 360 דונם באליוט קי כבר היה בתקופה זו חלק ממערכת הפארקים של מחוז דייד. בדו"ח משנת 1966 צוין כי הפארק המוצע מכיל את שטחי היער הטרופיים הטובים ביותר שנותרו בפלורידה, ושילוב נדיר של "חיים יבשתיים, ימיים ואמפיביים", כמו גם פוטנציאל משמעותי לפעילויות נופש. הדו"ח מצא כי היתרונות המשמעותיים ביותר של הפארק הפוטנציאלי היו "המים הצלולים, הבוהקים, בעלי החיים הימיים והאדמות המוצפות של מפרץ ביסקיין והאוקיינוס האטלנטי, כאן במים הרדודים יש ארץ פלאות אמיתית".
ב-18 באוקטובר 1968 חתם הנשיא לינדון ג'ונסון על החוק הציבורי מספר 90–606 להקמת מונומנט לאומי, "המונומנט הלאומי ביסקיין" (Biscayne National Monument). המונומנט הורחב ב-1974 תחת חוק ציבורי מספר 93–477, והורחב שוב כאשר המונומנט שודרג למעמד של פארק לאומי באמצעות חוק של הקונגרס מספר 96–287, נכון ל-28 ביוני 1980. ההרחבה של 1980 הרחיבה את גבולות הפארק כמעט עד קי ביסקיין וכללה את האיים בוקה צ'יטה קי וראגד קיז ואת אזור השרטונות המכונה "שסתום הביטחון", יחד עם השוניות שמעבר לאיים וחלק ניכר ממרכז מפרץ ביסקיין.