מאורעות תרפ"ט באוגוסט 1929 חיזקו את מעמדו של אמין אל-חוסייני. כראש המועצה המוסלמית העליונה, הוא לקח על עצמו את ניהול הסעד לנפגעי המאורעות הערבים, והקים את "ועדת הסיוע המרכזית".
לאחר המאורעות החלו להתגלע סכסוכים על המנהיגות הלאומית בין המופתי וקרוב משפחתו, מוסא כאט'ם אל-חוסייני. בסתיו אותה שנה פרץ הסכסוך הראשון, באשר לפיקוח על כספי התרומות שהקרן לסיוע לנפגעי המאורעות הערבים אספה בארצות ערב. בתחילת 1930 אירעה התנגשות בין השניים, כאשר הוועד הפועל בחר ב-5 בינואר את אמין לנשיא המשלחת ללונדון במרץ אותה שנה. מוסא כאט'ם התפטר בתגובה מהוועד הפועל הערבי, מה שהביא להתכנסות נוספת של הוועד ולהתפטרותו של אמין מנשיאות המשלחת לטובת בחירת מוסא כאט'ם לתפקיד. רק חזית משותפת עם אנשי האופוזיציה הנשאשיבית הבטיחה בסופו של דבר את בחירתו.
בתחילת 1930 דרשו מנהיגי האופוזיציה בעכו וביפו מוועדת הסיוע המרכזית דין וחשבון על הוצאותיה והעלו חשד למעילות. לאחר מכן הצטרפו אליהם הנשאשיבים. הם דרשו לקיים בחירות למועצה המוסלמית העליונה והאשימו את המופתי בחלוקת טובות-הנאה כספיות לקרוביו מקרנות המועצה. בתחילת שנות ה-30 התערערו יחסיהם של מוסא כאט'ם ואמין, לאחר שהמנהיג הישיש האשים אותו במעילה בכספי המשפחה ובחלוקתם למקורביו. מוסא כאט'ם תמך בתביעת האופוזיציה שהממשלה תפקח על כספי האוקאף ובתי הדין השרעיים ותגביל את סמכותו של אמין אל-חוסייני בתחומים האלה.
בתקופה זו נוצרה התגבשות כוחות חדשה בציבור הפלסטיני: מוסא כאט'ם ואויבו לשעבר ראע'ב נשאשיבי, שהתבססו על הוועד הפועל וההנהגה המסורתית, מול אמין אל-חוסייני, שמחנה תומכיו החל להזדהות עם דור חדש של צעירים רדיקליים. מאורעות תרפ"ט זירזו את הופעתו של מחנה זה ככוח אלטרנטיבי למחנה המסורתי.
הקונגרס האסלאמי העולמי בירושלים 1930–1931.
בראשית שנות ה-30 פעל אל-חוסייני לזיהוי המאבק הלאומי הפלסטיני עם עקרונות דת מוסלמיים, ולחיזוק הלאומיות הפלסטינית.
אל-חוסייני רצה להשיג פעולות הזדהות מצד קהילות מוסלמיות בעולם, ולא רק בארצות ערב השכנות. לכן ביקש את תמיכת הקונגרס המוסלמי ההודי, שם נמצאה הקהילה המוסלמית הגדולה והחשובה ביותר באימפריה הבריטית, ובמקביל ביקש גם את עזרתן של הרשויות המוסלמיות בביירות, בגדאד, קהיר ועמאן, בפנייה אליו. עקב הפניות, החליט הקונגרס המוסלמי ההודי לקיים ב-1 במאי 1930 את "יום פלסטין". באוקטובר 1930 נסע המופתי לקהיר, שם נועד עם משלחת של מוסלמים מהודו בראשות שאוכת עלי, ממנהיגי המיעוט המוסלמי בהודו ואחיו של מוחמד עלי, חכם הדת החשוב ביותר בתת-היבשת. המשלחת הייתה בדרכה לוועידת "השולחן העגול" בעניין הודו והמופתי הפציר בחבריה להעלות בה את שאלת הכותל. בינואר 1931 מת מוחמד עלי, ובעקבות בקשתו בצוואתו להיקבר בירושלים, נערכה לו לוויה גדולה שהפכה להפגנת תמיכה בירושלים מוסלמית, והוא נקבר באחוזת קבר בדאר אל-ח'טיב, מאחורי החומה המערבית של החרם א-שריף (מצפון לרחבת התפילה של הכותל המערבי). ב-4 ביוני אותה שנה נקבר שם גם השריף חוסיין בן עלי. בתהלוכת הלוויה צעד המופתי לצד בנו של חוסיין, האמיר עבדאללה.
בדצמבר 1931 כינס יחד עם שאוכת עלי (ובתמיכת רשיד רדא) ועידה כל-איסלאמית עולמית בירושלים.
כדי לקבל תמיכה בקיום הוועידה, נסע אל-חוסייני למצרים ולסוריה (ביקר בדמשק ביוני 1931), אולם התקבל שם בחשדנות.
בשל השתתפותו של שאוכת עלי בייסוד הוועידה, חשש פואד הראשון, מלך מצרים, שהקונגרס יביע את תמיכתו בהחייאת הח'ליפות העות'מאנית, בזמן שהוא עצמו טען לכתר הח'ליפות. עקב כך, יצא אל-חוסייני למצרים כדי לשכנע את חצר המלוכה שהרעיון הזה הוא המצאה יהודית.
בחודשים אוקטובר-דצמבר, בזמן ההכנות לוועידה, ניהלה האופוזיציה מסע חריף נגד המופתי. היא הביעה את התנגדותה לדרך הפלגנית בה הוא ארגן את הוועידה ולניצולה על ידו לצרכים אישיים. אנשי האופוזיציה האשימו אותו בשימוש לרעה בכספים של המועצה המוסלמית העליונה ובהזנחת המקומות הקדושים לאסלאם. בין היתר, עלתה ההאשמה (אותה אישר שנים לאחר מכן הקבלן ברוך קטינקא) שתוך כדי בניית מלון פאלאס, חולל בית הקברות ממילא - בית קברות מוסלמי עתיק בו נקברו לוחמים שהשתתפו במלחמות בצלבנים, ונחפרה בו מחצבה. נציג מצרי בוועידה האסלאמית חזר על ההאשמה הזאת, שככל הנראה פגעה במעמדו של המופתי. ביטאון האופוזיציה, מראת א-שרק, תקף אותו בחריפות ואישים בולטים מתוכה (בהם אסעד אל-שוקיירי ופח'רי אל-נשאשיבי) ערכו פגישות ברחבי הארץ, בהן השמיעו את האשמותיהם. במסע זה העבירה האופוזיציה אל צדה את רוב המנהיגים הכפריים החשובים.
בהזמנות לוועידה הוסיף אל-חוסייני לעצמו את התואר "מופתי המקומות הקדושים" ("מופתי אל-דיאר אל-קודסיה").
בוועידה השתתפו לבסוף 130 צירים מכל העולם האסלאמי. אל-חוסייני הצליח לשתף בה גם את שייח' ע'יטא, אחד מגדולי ההוגים של הזרם השיעי, ובכך להעביר מסר כי שני הפלגים הגדולים באסלאם מאוחדים בשאלת פלסטין. על סדר יומה של הוועידה היה רעיון הקמת אוניברסיטה אסלאמית בירושלים, שתהיה בבחינת משקל נגד לאוניברסיטה העברית בירושלים. כינוס הוועידה נפתח ב-7 בדצמבר 1931. אל-חוסייני פתח את הקונגרס בנאום פוליטי ארוך, שהתמקד בסכנה המאיימת על המקומות הקדושים לאסלאם ועל פלסטין הערבית, מ"הקמת מולדת לאומית ציונית על האדמה הערבית המוסלמית הקדושה". הדיונים נסתיימו ב-17 בדצמבר, ובמהלך עשרת ימי הדיונים של הוועידה, הוא היה פעיל מאוד, בעיקר בוועדות המשנה ובהעברת החלטות רצויות לו. בין היתר, הצליח לבלום החלטות אנטי נוצריות שהעלו נציגי איראן ובכך מנע פיצול בין מוסלמים ונוצרים בתנועה הלאומית הפלסטינית. בוועידה הוכרזה קדושתו של הכותל המערבי למוסלמים, והוקעו הציונות ומכירת הקרקעות ליהודים. אל-חוסייני נבחר לנשיא הוועד הפועל של הוועידה. האופוזיציה ארגנה ועידה נגדית, "ועידת האומה המוסלמית הפלסטינית", שסירבה להכיר בוועידה של אל-חוסייני ובנשיאותו. הקונגרס של אל-חוסייני נחל אמנם כישלון במימוש החלטותיו, אולם מבחינת אל-חוסייני הקונגרס היה הצלחה, משום שהוא הצליח להעמיד את הנושא הפלסטיני במרכז הדיונים ולקרב אליו את העולם המוסלמי. המופתי נשא עתה תואר נוסף, "נשיא הקונגרס האסלאמי הכללי", שהעניק לו מעמד מרכזי בעולם המוסלמי ובמישור הבינלאומי.
1932–1934.
אל-חוסייני ותומכיו השתתפו בדיונים המוקדמים על הקמת מפלגת אל-איסתקלאל והוא היה אחד החותמים על ה"קול-קורא" לכינוס ועידה פן-ערבית כללית, אולם כאשר נתברר לו כי היוזמה החדשה מביאה ליצירת מפלגה שהיא אמנם פן-ערבית, אבל פלסטינית בלבד, נטש אותה עם תומכיו. באוגוסט 1933, כשביקרה אותו המפלגה על שיתוף הפעולה שלו עם הממשלה, תקף אותה אל-חוסייני בהאשמות-נגד.
בשנת 1933 ערך המופתי מסע לעיראק ולהודו. בזמן מאורעות אוקטובר 1933 שהה אל-חוסייני בהודו ועסק באיסוף כספים להקמת האוניברסיטה האסלאמית. הוא שב לארץ בנובמבר ותבע להפסיק את ההפגנות. בינואר 1934 שכנע את מארגני ההפגנות לבקש רישיון לקיומן ולהימנע מאפשרות של התנגשות עם השלטונות. אל-חוסייני טען בפני הפעילים כי התנגשויות כאלו עלולות לפגוע בתמיכת ידידי הערבים בבריטניה ושצריך לכוון את המאבק בשטח רק נגד היהודים, וכלפי השלטון הבריטי להפעיל רק לחץ עקיף באמצעות דעת הקהל והממשלות המוסלמיות. אולם בזמן שפעל למניעת ההתנגשויות, הסית ביטאונו נגד הממשלה. היעדרו מהארץ בזמן ארגון ההפגנות, ככל הנראה גרם לכך שהן נעדרו סממנים דתיים ואנטי-יהודיים.
ב-1934 החלו אל-חוסייני והמועצה המוסלמית העליונה במסע הסברה נרחב לשכנע את הציבור הערבי להפסיק את מכירות הקרקע ליהודים. בנובמבר אותה שנה, החל אל-חוסייני לבקר בעצמו במקומות שבהם ניסו היהודים לקנות קרקע והסביר לתושבים את הנזק הלאומי הכרוך במכירות, והדגיש כי מדובר במעשה בגידה ובחטא מבחינה אסלאמית. בשיאו של מסע ההסברה, נערך ב-29 בדצמבר 1934 כנס גדול בירושלים בהשתתפות נכבדים כפריים, בו קרא המופתי לפני הקהל פתווה מיוחדת שהכין בנושא, שהופצה לאחר מכן ברחבי הארץ. ב-27 בדצמבר 1934 כתב אל-חוסייני מכתב אל הנציב העליון, בו טען כי פקודת העברת הקרקעות החדשה שהוציאה ממשלת המנדט באוגוסט 1933 אינה יעילה בשל "שיטות המרמה" שהיהודים משתמשים בהן כדי לגרום לאריסים לעזוב את האדמה ולוותר על זכויות האריסות שלהם, ודרש חקיקה שתאסור לגמרי מכירות קרקע מערבים ליהודים.
קשרים עם גרמניה הנאצית.
כבר ב-28 במאי 1930 יצר המופתי קשר עם משרד החוץ הגרמני, מסר לו את מחאתו על התנהלות הבריטים בארץ ישראל וטען כי הם מגינים רק על האינטרסים של עצמם ושל הציונים. ב-31 במרץ 1933, חודשיים לאחר מינויו של אדולף היטלר לקנצלר גרמניה, ביקר המופתי את הקונסול הגרמני החדש, ד"ר היינריך וולף (Heinrich Wolff), בלשכתו בירושלים, והיה הראשון לברכו בבואו. במברק ששלח באותו היום אל משרד החוץ, מסר הקונסול כי אל-חוסייני אמר לו ש"המוסלמים בתוך פלסטין ומחוצה לה מקדמים בברכה את המשטר החדש בגרמניה ומייחלים להתפשטות שיטת הממשל הפשיסטית, האנטי דמוקרטית, גם לארצות אחרות". וולף ציטט את המופתי, שהביע בפניו, בשם הערבים, רצון להצטרף לחרם הנאצי נגד היהודים: "ההשפעה היהודית על הכלכלה והמדיניות מזיקה בכל מקום ויש להילחם בה. כדי לפגוע ברווחת היהודים, מצפים הערבים כי גרמניה תכריז חרם על היהודים בגרמניה, שאליו יצטרף בהתלהבות העולם המוסלמי כולו". אל-חוסייני הביע לפיכך את ציפייתו מהגרמנים שייצאו את סחורותיהם לארץ ישראל דרך יבואנים לא-יהודים.