בחיבוריו המאוחרים יותר, מכנה יוספוס את יצירתו זו "מלחמת היהודים". עם זאת, כתבי היד המוקדמים ביותר של החיבור הם מימי הביניים, וניתנו להם אז כותרות שונות, בהן (מלבד "מלחמת היהודים") "ההיסטוריה היהודית של כיבוש ירושלים". לשם "כיבוש ירושלים" ישנן עדויות כבר בכתבי המתרגם והחוקר הנוצרי הירונימוס, אולם ייתכן שכותרת זו פשוט משקפת את תחום העניין של המלומדים הנוצרים בחורבן ירושלים כהגשמת נבואתו של ישו. הכותרת "מלחמת היהודים" משקפת נקודת מבט רומאית.
מבנה הספר.
המשפט הראשון בהקדמה של הספר הוא משפט הפתיחה הארוך ביותר בכל הספרות ההיסטוריוגרפית ששרדה מן העת העתיקה, והוא נועד להרשים את הקורא בכל הנוגע למיומנותו של המחבר כסופר והיסטוריון וכ"עד ראייה למאורעות".
החלק הראשון (עד פרק י"ד בספר ב'), שהוא שליש מהספר, משמש מבוא היסטורי לחלקו השני, העיקרי. החלק הראשון כולל סקירה מהתקופה שבין האירועים בירושלים שקדמו לגזירות אנטיוכוס הרביעי החל משנת 170 לפנה"ס לערך, ועד מעשי הרצח והשוד של הנציב גסיוס פלורוס, שהם לדעת יוספוס, הסיבה הישירה למרד, סוף שנת ג'תתכ"ו (66). חלק זה מהווה תקציר של האירועים שפורטו על ידו מאוחר יותר בספרים 11–20 של קדמוניות היהודים, אשר מסתיים באירוע עליית גסיוס פלורוס, שם מוסר יוספוס שעל אירועי המלחמה שפרצה ניתן לקרוא בספר שכתב על מלחמת היהודים.
החלק השני, העיקרי, הוא פרשת המלחמה עצמה. מראשית המרד בשנת 66 ועד כיבוש מבצרי היהודים האחרונים, בשנת 73. יוספוס כותב בפרוטרוט את תולדות המלחמה, כעד־משתתף וכאדם שככל הנראה כתב רשימות בזמן אמת.
הוא מדבר על עצמו בגוף שלישי, לפי המנהג בתקופתו.
הוא משבץ את תיאורו בתיאור מאורעות חשובים שקרו בעולם באותו זמן כגון מרידות הגאלים והגרמאנים, מלחמות בארמניה ועוד.
החיבור כולל שבעה "ספרים". כל אחד מהם נכתב במקור על מגילת פפירוס נפרדת.
חלוקת הספרים לפרקים אינה של המחבר, אך היא קדומה, אולי אף בימיו, ונעשתה בידי עורכים. בשלב מאוחר יותר הוסיפו עורכים כותרת לכל פרק (לטינית: Epitome), הכותרת כוללת תקציר המחולק לסעיפים. אולם סעיפים אלה אינם זהים לסיעוף הפנימי של הפרקים, המופיע במהדורות הדפוס. נראה שזו עדות לכך שהיו שתי שיטות סיעוף שאחת שרדה בכותרות והשנייה בהוצאות הדפוס, לצד הטקסט.
במספר הוצאות מודרניות (למשל הוצאת מסדה, 1968) ויתרו על הסיעוף בכותרת על-מנת שלא לבלבל את הקורא.
ההוצאה המדעית הראשונה של הספר היא הוצאת ניזה (Niese), ברלין 1894. בהוצאה זו נוספה לכל ספר משבעת הספרים חלוקה פנימית רציפה לפסוקים. לפיכך, ציטוטים ניתנים לעיתים בציון הספר ומספר הפסוק, או בציון הספר, מספר הפרק ומספר הסעיף.
מקורותיו של יוספוס.
ב"מלחמת היהודים" ניכרות מאוד השפעותיהם של ההיסטוריונים היווניים תוקידידס (המאה ה-5 לפנה"ס) ופוליביוס (המאה ה-2 לפנה"ס), שתולדות חייו דומות לאלו של יוספוס: עירו השתייכה לליגה האכאית שהתנגדה לרומאים, הוא עצמו נתפס והובא לרומא כבן ערובה, קשר שם קשרי ידידות עם מדינאים רומיים בכירים, השתכנע שהאימפריה הרומית בלתי מנוצחת, וכתב את תולדותיה, הכוללות גם את האירועים שהתרחשו בימיו ובארצו, במטרה להרתיע את נתיניה מלמרוד בה.
יוספוס אינו מציין את המקורות ששימשו אותו בכתיבת "מלחמת היהודים", אך אין זה משום שניסה ליצור עמימות. חיבורים מן העת העתיקה נכתבו במגילות, מה שהציב מגבלה טכנית על פירוט המקורות המצוטטים, ובנוסף על כך היה מקובל בימים ההם לכתוב היסטוריה בסגנון רטורי. היסטוריונים מהעת העתיקה ציטטו את מקורותיהם לרוב רק במסגרת פולמוס עם מחברים אחרים. רבים מהם העדיפו להסתמך על מקור אחד, או לכל היותר על מקורות ספוּרים והעדיפו להתבסס על חיבור שכבר התפרסם.
יוספוס הכיר את ספר מקבים א', שעמד בפניו בעת שכתב את ספריו. ספר חשוב נוסף שהיווה לו מקור הוא רשימותיו של ניקולאוס איש דמשק, מזכירו של המלך הורדוס. ניקולאוס מדווח על התקופה של אחרית ימי החשמונאים וכל תקופת שלטונו של הורדוס. יוספוס חי בתקופת הנציבות השנייה (66-44 לספירה). גם כאן סביר שנעזר בכרוניקות שונות שלא הגיעו לידינו, אך המקור החשוב והבולט לספר, שמיחד אותו כספר היסטורי מרתק במיוחד, היא עדות יוסף עצמו. בדבר המרד היה שותף מרכזי ופעיל הן בהכנת הגליל למלחמה והן בפרשת הקרב על יודפת, שאותה היה יכול למסור בפרטי פרטים משום שהיה מפקד היהודים בקרב. לאחר נפילתו בשבי הוא מפסיק לשחק תפקיד משמעותי בעלילה אך עדיין היה עד ממקור ראשון לרוב ההתרחשויות.
בעת שהותו במחנה הרומאים בזמן המצור על ירושלים, ניהל לדבריו תיעוד מסודר של האירועים וראיין עריקים מן העיר.
יוספוס מדגיש שקרא את ספרי הזיכרונות של הקיסרים. ספרי הזיכרונות הללו הם הקומנטרים (commentarii, רשומות) הקיסריים (ההיפוֹמְנֶמָטָה). ייתכן ומדובר בספר זיכרונות שכתב אספסיאנוס, אולם סביר יותר שמדובר בדוחו"ת-שדה של המפקדים הצבאיים. הקומנטרים הללו נזכרים בחיבוריו 3 פעמים. אף על פי שב"מלחמת היהודים" אין הוא מזכיר אותם כלל, אין ספק שהם היו לנגד עיניו בעת כתיבתו. ייתכן והסיבה לכך הייתה רצונו להדגיש את מעמדו כמחבר שהוא עד ראייה ולא קומפילאטור בלבד המסתמך על עדותם של אחרים.
מניעים לכתיבת הספר.
המניע העיקרי לכתיבת הספר הוא הנצחת הסיפור ההרואי והמזעזע של חורבן יהודה, ירושלים והמקדש, והאסון הנורא שאירע לעם ישראל.
עוד היבט בספרו הוא הסכלות שבניסיון ההתנגדות לרומא, הוא מתאמץ להראות שהרומאים ברובם הם עם שנוהג באדיבות עם העמים שחיים תחת שלטונם, במובן זה הספר משמש כשופר תעמולה לשושלת הפלבית שיוספוס ישב בחצרם ברומא והוא מרבה בשבחיו לקיסרים אספסיאנוס וטיטוס.
אף על פי כן, בולט היחס החם לטיטוס בהשוואה לאובייקטיביות כלפי אספסיאנוס. שמו של הספר עצמו, "מלחמת היהודים", מבטא את נקודת המבט הרומאית על המלחמה, שכן הרומאים נהגו לקרוא את מלחמותיהם על שם העמים שבהם נלחמו (למשל: "המלחמה הגאלית" או "המלחמה הפונית").
ההיבט היהודי ניכר בספרו בכך שהוא מבקש להראות שהיהודים הם עם שוחר שלום המעדיף להימנע מאלימות.
את האחריות לפריצת המרד הוא תולה במיעוט קטן ותוקפני בתוך האומה היהודית שגרר את העם למרד חסר סיכוי ברומאים, בעוד שהרוב התנגד בתוקף למלחמה.
בנוסף, מנסה יוספוס להצדיק את מעשיו בתקופת המרד ובמיוחד את מעברו למחנה הרומאים.
הספר נועד לא רק לספר על העבר, אלא גם מכוון לעתיד: להזהיר את היהודים היושבים מעבר לפרת (באמצעות גרסתו הארמית המוקדמת של הספר), את היהודים בארצות הפזורה ההלניסטית שהיו שרויים בתסיסה, ואת יהודי ארץ ישראל, לבל ינסו למרוד שנית ברומא.
חשיבותו של הספר.
לדברי ההיסטוריון מנחם שטרן, החיבור "מלחמת היהודים" הוא חלק מה"התפתחות הכללית של ההיסטוריוגרפיה היוונית, מאז ימות תוקידידס" וניתן לראות בו "דוגמה כמעט מושלמת של היצירה ההיסטוריוגרפית היוונית בעידן הקיסרות הרומית". לדעתו, במאה ה-1 לאחר תקופת אוגוסטוס, לא ניתן "להצביע על דמות של היסטוריון יווני שישווה בעצמת כתיבתו ליוספוס של 'מלחמת-היהודים'". לדעת שטרן, מדובר ב"ספר גדול מבחינה ספרותית ואמנותית", ואף אולי "ספר הפרוזה המזהיר ביותר של הספרות היהודית הלניסטית ויצירה גדולה ללא ספק גם לפי הממדים היווניים רומיים באותם דורות".
מלחמת היהודים הוא העדות היחידה כמעט, והמפורטת ביותר, למרד הגדול. בספר זה נמסרת תמונה מדויקת של ירושלים וארץ ישראל של התקופה. יוספוס הוא כותב בהיר ומפורט מאוד. כתיבתו הסדורה והמדויקת, הנעדרת סיפורי מעשיות (אך אינה חפה מאינטרסים) מתאימה מאוד להנחיית המחקר המודרני.
בכל הקשור לתיאורי הארץ יוספוס הוא כותב אמין ומדויק, ככל שהמחקר הארכאולוגי מתפתח מתגלים ממצאים שמאששים את התיאורים של יוספוס. המחקר הארכאולוגי גם יוצא נשכר מהבחנתו של יוספוס וציונו המדויק את הטופוגרפיה. הטופוגרפיה אינה משתנה באופן ניכר והיא מאפשרת לחופרים להבין את המפה אותה מצייר יוספוס.
אולם בכל הקשור לתיאור המרד ניתן להבחין במשנתו של יוספוס שמבקש לתאר את המרד כאי הבנה: פעולתם של מיעוט קיצוני שהצליח לגרור אחריו את כל העם בעקבות התנהגותם המושחתת של הנציבים הרומאים. ישנה ביקורת במיוחד על תיאורו את חורבן בית המקדש. המבקרים טוענים שהמניע העיקרי לתיאור זה הוא רצונו לנקות את פטרונו, הקיסר טיטוס, שביקש לשדר תדמית של קיסר נאור ומיטיב מאשמת החרבת מקום פולחן דתי - דבר שנחשב טאבו בעולם העתיק. בחברה היהודית במיוחד נהוג להוקיע את טיטוס משום החשבון ההיסטורי של העם היהודי עם קיסר זה, אך תיאורו של יוספוס את טיטוס כמי שלא רצה לשרוף את המקדש תואם את רוב המקורות הלא יהודיים מתקופתו, ואינו בלתי אמין בהכרח.
תיאור מצעד הניצחון (טריומף) ברומא (ספר ז, סעיפים 123–157) הוא התיאור המפורט ביותר של מצעד ניצחון רומי בכל הספרות הקלאסית.
בספרו "נגד אפיון", מספר יוסף כי העניק את ספרו על המלחמה לאספסיאנוס וטיטוס, וכן גם למספר יהודים חשובים, "אנשים משכילים בחכמה יונית", כמו יוליוס ארכלאוס (בעלה של מרים בת אגריפס הראשון), הורדוס הנאור, והמלך אגריפס השני.
חלקים מתיאור המרד הגדול בספר עומדים בסתירה לתיאורו בספרו האוטוביוגרפי של יוספוס "חיי יוסף", שנכתב בערוב ימיו.
תרגומים וגרסאות.
התרגום הקדום ביותר לשפה שאינה יוונית הנמצא בידינו הוא תרגום הספר השישי, לסורית. תרגום זה נמצא בסוף כתב יד המכיל גם את הפשיטתא. יש חוקרים המשערים כי תרגום זה נעשה הישר מן המקור העברי או הארמי.