במהלך שנות המלחמה ירד כוחם של תומכי הציונות הלבנונים בשל השתלטות צרפת של וישי ולאחר מכן הכיבוש הבריטי בלבנון, שעודד את ירידת מחנה אמיל אֶדֶה הציוני ועליית מחנה בשארה אל-ח'ורי הפרו-ערבי. עם זאת, המשיכו המגעים להקמת 'אגודת ארץ ישראל - לבנון' ולבניית סכר בליטני. מחנה אל-ח'ורי האמין כי לא ניתן להילחם בערבית ובאסלאם, ולכן יש לנסות לחיות עמם בשלום. לכן התאים עצמו המחנה לעמדה הערבית והתנגד לציונות.
הקהילה היהודית לא נפגעה כלל ממשטר וישי הקצר, והמנהיג הרוחני של יהודי לבנון בן ציון ליכטמן היה פעיל בענייני ארץ ישראל ונפגש ב-1945 עם ראשי המזרחי וראשי אגודת ישראל, הרב יצחק מאיר לוין והרב משה בלוי. הוא תמך בבקשות הרבנים יצחק הרצוג ויהודה לייב מימון לסיוע למוסדות תורניים בישראל, ועל פי דרישתו אספו בני קהילתו כסף לסיוע למעפילים. במהלך מלחמת העולם השנייה, המשיך הפטריארך המרוני ערידה לגנות את מעשי הנאצים ביהודים, וכן תמך ביחסים עם הציונות והעניק את חסותו ל'אגודת לבנון - ארץ ישראל'.
ב-1943 קיבלה לבנון עצמאות, ואל-ח'ורי הפן-ערבי נבחר לנשיא לבנון. הדבר קבע את יחסה השלילי של ההנהגה המדינית הלבנונית כלפי ישראל בשנים הבאות.
הכרזת החלוקה והקמת מדינת ישראל המתוכננת איימו על האיזון העדין בין הנוצרים למוסלמים בלבנון, מכמה טעמים: האפשרות שגורמים מרונים יתמכו בישראל ויביאו לקרע עם העולם הערבי, האפשרות שישראל תתחרה כלכלית בלבנון ותביא להתמוטטות המשק הלבנוני, והאפשרות שישראל תאיים טריטוריאלית על לבנון (אפשרות שהפכה מוחשית מאוחר יותר, כשבמבצע חירם כבש צה"ל שטחים עד הליטני). אל-ח'ורי עצמו קרא בעצרת האו"ם לבטל את הצעת החלוקה, כדי שיתאפשר "ליהודים ולערבים לחיות בארץ-יששראל יחדיו בדיוק כפי שיהודים וערבים חיים בלבנון", וייתכן שהאמירה מבטאת חשש, שמא הצלחת החלוקה בארץ ישראל תוביל לחלוקה דומה בין המוסלמים לנוצרים בלבנון.
לעומת אל-ח'ורי, הכמורה המרונית תמכה בציונות. הפטריארך ערידה העיד בועדת החקירה האנגלו-אמריקאית, וגם ארכיבישוף ביירות איגנאטיוס מובארכּ הביע את צערו על שלא עלה בידו להופיע בפני הוועדה, ושלח תזכיר בו טען שהתנגדות השלטונות הלבנוניים לציונות נובעת מלחץ ערבי בלבד, הערבים הם כובשים ופולשים שמנסים לדכא את הזהויות המקוריות בארץ ישראל ובלבנון, הציונות אחראית להפיכת הארץ משוממה וענייה לפורייה ומשגשגת, ושיש צורך להקים בית לאומי יהודי הן מבחינה מוסרית והן מבחינת ההגנה על המיעוטים במזרח התיכון מפני הערבים והאסלאם.
במהלך מלחמת העצמאות הישראלית.
לאחר הכרזת העצמאות בעיצומה של מלחמת העצמאות, הכריזו צבאות מדינות ערב מלחמה על ישראל והכינו כוחות ללחום בה. לבנון, תחת שלטון בשארה אל-ח'ורי, לא פלשה בפועל, אך הכריזה על עצמה כצד לוחם. לפי תוכנית החלוקה, רוב הגבול הדרומי של לבנון גובל במדינה הערבית, ולכן לבנון סייעה לצבאות ערב ולצבא ההצלה מדרום לה. צבא לבנון סייע בכיבוש מלכיה, וחמישה חודשים לאחר מכן, במהלך מבצע חירם באוקטובר 1948, כבש צה"ל את כל הגליל וכן 14 כפרים בלבנון, עד נהר הליטני. צבא לבנון, לעומת זאת, כבש את ראש הנקרה.
הסכם שביתת הנשק בין לבנון לבין ישראל.
הסכם שביתת הנשק בין לבנון לבין ישראל בתום מלחמת העצמאות היה פשוט יחסית. שלא כמו בהסכמי שביתת הנשק האחרים, לא היה שום סעיף ששרטט את הגבול הבינלאומי עם לבנון, וההסכם המשיך להתייחס לקו הגבול בין המנדט הבריטי לבין המנדט הצרפתי בסוריה ובלבנון כאל הגבול הבינלאומי הקבוע בין המדינות. 14 הכפרים שישראל כבשה וכיבושי לבנון בראש הנקרה פונו. שלא כמו בארצות ערב אחרות, האוכלוסייה היהודית גדלה בלבנון לאחר קום מדינת ישראל.
לאחר מלחמת העצמאות.
לאחר הסכמי שביתת הנשק ועד מלחמת האזרחים בלבנון היו יחסי ישראל-לבנון קורקטיים. יהדות לבנון מנתה כ-10,000 יהודים, רובם גרו בביירות, בשכונת ואדי אבו ג'מיל. הותר לאזרחים לבנונים להיכנס לישראל דרך מעבר ראש הנקרה לביקורי משפחות, וצלינות אך היציאה מלבנון נאסרה על אזרחים יהודים. בכירים בכנסייה המרונית ובכנסייה היוונית-קתולית ביקרו בישראל, ביניהם גם קרוב משפחה של בשארה אל-ח'ורי, כדי לבקר את בני עדתם, לפעול למען חזרת עקורי ברעם לכפרם ולהתרשם מההישגים ומהקִדמה במדינת ישראל.
ב-1959 דיווח המכון לעניינים יהודיים של הקונגרס היהודי העולמי, כי לבנון היא המדינה היחידה מבין 11 מדינות מוסלמיות במזרח התיכון, שלא הפלתה את היהודים לאחר קום המדינה. יהודים גם יכלו לרכוש קרקעות בכל רחבי המדינה ללא הגבלה.
במהלך מלחמת האזרחים בלבנון ב-1958, ישראל תמכה בממשלת לבנון בראשות כמיל שמעון, וסייעה לו ולתומכיו, באמצעות מטוס מסוג DC-3 דקוטה של חיל האוויר האירָני שהעביר במשך חודש שלל ממלחמת סיני לידי אנשיו של שמעון.
לבנון לא נטלה חלק במלחמת ששת הימים או במלחמת יום הכיפורים. לפני מלחמת ששת הימים, במהלך חודש מאי 1967, פעלה לבנון למנוע את המלחמה בתיווך צרפתי. ב-2 ביוני הודיע לבנון שלא תיכנס לברית הגנה עם מצרים כפי שעשתה ירדן. שבוע לאחר המלחמה העבירה ישראל ללבנון אזהרה שיש כוונה לפגוע בקהילה היהודית בביירות, בעקבות הניצחון הישראלי. וממשלת לבנון שלחה כוחות משטרה להגן על הרובע היהודי. לאחר המלחמה נחשף כי רמטכ"ל צבא לבנון סירב לתקוף את ישראל, למרות פקודה שקיבל מראש הממשלה המוסלמי רשיד כראמי, ושהמנהיגים המרונים פואד שהאב, כמיל שמעון ופייר ג'ומאייל ביקרו בפריז, לונדון ווושינגטון לפני המלחמה, והשיגו ערבות לשלמות הטריטוריאלית של לבנון. בנוסף הועברו מקו הגבול עם ישראל קצינים שהושפעו מהתעלומה הערבית והיו להוטים לתקוף. ב-22 ביוני 1967 הודיעו מנהגי הפלנגות שעל לבנון להיות מדינה נייטרלית. לאחר המלחמה חזרה כלכלת לבנון לשגשג תוך זמן קצר.
בראשית שנות הששים חיו בלבנון כ־9,000 יהודים. עם השנים גברה הגירתם מהמדינה, בעיקר לקנדה, ארצות הברית וברזיל. בשנת 1968 נותרו בלבנון 3,000 יהודים. ב-1971 נחטף בביירות בידי סוכנים סורים מזכיר הקהילה היהודית הלבנונית, פרופסור אלברט אליה, בן ה־69. הוא הוחזק בדמשק, והוצא שם להורג. כשהחלה מלחמת האזרחים בלבנון, ב-1975 נשארו בקהילה היהודית רק כ־1,800 נפש. במהלך הקרבות בין המוסלמים והנוצרים, שכונת ואדי אבו ג'מיל, שהייתה קרובה לאזור החיץ בין האזורים שבשליטת המוסלמים לאזורים שבשליטת הנוצרים, נפגע קשה ורבים מהיהודים נטשו אותה. באפריל 1976 דווח כי נותרו רק 400 יהודים בלבנון.
התבססות ארגוני טרור פלסטיניים בדרום לבנון.
התקופה שלאחר מלחמת ששת הימים התאפיינה בפעולות טרור פלסטיני שנעשו מלבנון (ירי רקטות, פיגועי מיקוח ופיגועי רצח), ובתגובה צבאית ישראלית בעוצמות שונות.
פיגועים בולטים בתקופה זו:
מבצעי צה"ל בלבנון בתקופה זו:
אירועים נוספים שלא התפרסמו היו נפילות בשבי של טייסים ישראלים, שהוחזרו בשלום.
מלחמת האזרחים הלבנונית ומלחמת לבנון הראשונה.
מספר מיליציות ימניות היו בעלות בריתה של ישראל במלחמת האזרחים הלבנונית.
במהלך מלחמת לבנון הראשונה שיתפה ישראל פעולה באופן נרחב עם הפלנגות הנוצריות ואנשי צבא לבנון החופשית שישראל סייעה להם להפוך לצד"ל. ישראל העניקה סיוע נרחב למדינאים הנוצרים ולראשי המיליציות הנוצריות (החזית הלבנונית ואחרים) וקיימה קשרים פעילים עמם.
המלחמה שפרצה עקב המתקפות שביצעו ארגונים פלסטיניים לעבר שטחי ישראל, עקב מלחמת האזרחים הלבנונית, גרמה לנוצרים הלבנונים לחבור לישראל במאבקם נגד השלטון המוסלמי. במהלך תקופה זו ישראל ספגה ביקורת נוקבת על חשדות בדבר השתתפותה במעשי טבח סברה ושתילה, שערכו אנשי הפלנגות הנוצריות בין 16 בספטמבר לבין 18 בספטמבר 1982, במאות מתושבי מחנות הפליטים סברה, שתילה, בורג' אלבראג'נה ושכונת אלפאכהאני שבמערב ביירות. כוחות הפלנגות נכנסו למחנה כחלק מהשתלטות צה"ל על מערב ביירות ולכן רבים טענו שכוחות צה"ל אף הם השתתפו בטבח.
באותן שנים היה ידוע על ניסיונה של ישראל להביא למינויו של בשיר ג'ומאייל כנשיא לבנון, שאף נבחר ב-23 באוגוסט 1982 אם כי נרצח טרם היכנסו לתפקיד ב-14 בספטמבר 1982.
ג'ומאייל שימש כמנהיג פוליטי וצבאי של "הכוחות הלבנוניים" (איגוד המיליציות הנוצריות) והוא פעל להפוך אותם לכוח הצבא הנוצרי היחיד בלבנון באמצעות פירוק שאר המיליציות הנוצריות והפלנגות הנוצריות שבראשותו ביצעו התקפות נרחבות על מיליציות אחרות ובין האירועים המכוננים ביותר של הפלנגות היה "יום הסכינים הארוכות" - מתקפת הפלנגות ב-7 ביולי 1980 כשאנשי הפלנגות הנוצריות תקפו את מפקדת מיליציית הנמרים של כמיל שמעון. באירוע נרצחו כ-200 מתוך 500 לוחמי המיליציה, והשאר נותרו בתוך "הכוחות", אף שפיקודם הנפרד בוטל וכך הפכו הכוחות הלבנוניים לנאמנים לפלנגות והורכבו מאנשיהם והמיליציה המשיכה ליהנות מתדמית של ארגון כלל-נוצרי.
אחרי שאש"ף סולק מביירות בקיץ 1982, טס באשיר ג'ומייל לעיר החוף נהריה כדי להיוועד עם מנחם בגין ואריאל שרון. בגין ושרון הציעו כי ישראל ולבנון יכוננו יחסים דיפלומטיים מלאים, אך ג'ומייל הציע מעין הסכם אי-תוקפנות רשמי. כששרון הזכיר לג'ומייל כי ישראל שולטת במרבית שטחי לבנון באותה עת, וכי יהיה זה נבון לעקוב אחרי ההוראות של ישראל ג'ומייל הושיט את ידיו והשיב "שים אזיקים על ידיי... אני לא צמית שלך". ג'ומייל עזב את הארץ מבלי לבצע כל הסכם רשמי וכעבור שבועיים נרצח על ידי לאומן סורי.