בינואר 2000 תבעה המדינה את פלאפון בגין הפרת התחייבויותיה במסגרת הרישיון הסלולרי שקיבלה, לתשלום תמלוגים בסך של 8% מהכנסותיה השנתיות, בין ינואר 1994 לפברואר 1996. בכתב ההגנה טענה פלאפון כי קיבלה את הרישיון רק בתחילת 1996, ולכן אינה חייבת בתשלום על התקופה שקדמה לשנה זו. כמו כן, טענה כי שילמה למדינה בספטמבר 1996 כ-46 מיליון שקל אשר יש להפחית מסכום התביעה וכי בהסכם פשרה שבין בזק למדינה בסוף 1995, כבר שולמו התמלוגים הרלוונטיים לתקופה שבין ינואר לאוקטובר 1994. בית המשפט המחוזי מרכז (הש' אסתר שטמר) קיבלה את תביעת המדינה כמעט במלואה ופלאפון הגישה ערעור לבית המשפט העליון, אשר נדחה באוגוסט 2012, ופלאפון חויבה בתשלום 150 מיליון ש"ח למדינה.
התארגנות עובדי החברה.
בשנת 2012 התחילה התארגנות עובדים להקמת ועד עובדים בחברת פלאפון, מדובר בהתארגנות עובדים ראשונה בענף הסלולר. בספטמבר 2012 הכריז ועד הפעולה כי ברשותו שליש מחתימות העובדים הנדרשות להפיכת ההסתדרות לארגון היציג של עובדי החברה, וקרא להנהלת החברה להיכנס עימם למשא ומתן להסכם קיבוצי. הנהלת החברה סרבה להכיר ביציגותו של הוועד.
הנהלת החברה פעלה נגד ניסיון ההתארגנות על ידי שליחת מנהלים להחתים עובדים מאוגדים על טופסי ביטול, הקרנת מצגות במוקדים השונים נגד הקמת ועד העובדים. מנכ"ל החברה, גיל שרון, שלח מייל הקורא לעובדי החברה שלא לעסוק בשיחות על נושא הקמת הוועד במהלך שעות עבודתם. למהלך ההתאגדות קמו גם מתנגדים מבין עובדי החברה ונעשה ניסיון להקמת ועד פנימי.
ההסתדרות עתרה כנגד חברת פלאפון לבית הדין הארצי לעבודה, בבקשה לפסיקה תקדימית הקובעת כי הבעת עמדה של מעסיק כלפי התארגנות עובדיו היא בגדר "פגיעה בהתארגנות ראשונית" האסורה בחוק. היועץ המשפטי לממשלה הביע עמדה דומה לעמדת ההסתדרות בדיון זה.
ב-26 בנובמבר 2012 הכריזה ההסתדרות על סכסוך עבודה בחברת פלאפון על רקע סירוב ההנהלה להיכנס עימה למשא ומתן, ובהמשך הכריזה ההסתדרות על שביתה בחברת פלאפון, השביתה הראשונה בשוק הסלולר.
במהלך השביתה התפרסמו בתקשורת דיווחים סותרים על ידי הוועד ועל ידי ההנהלה באשר להיקפה ולהשפעתה, בין השאר פורסמו תמונות של מוקדים ריקים ומלאים. עובדי פלאפון השובתים הפגינו מול סניפי החברה, המטות השונים ומול בתיהם של מנהלים בכירים בחברה וביתו של הבעלים שאול אלוביץ'. מול הפגנות הוועד נערכו גם מספר הפגנות של עובדים המתנגדים להקמת ועד העובדים אשר לטענת הוועד הפגינו על חשבון שעות עבודתם ונשלחו על ידי החברה. במהלך השביתה החרימה החברה את רכביהם של חברי ועד הפעולה, תוך גרירתם מהחניות הפרטיות בביתם ומחניית בניין הוועד הפועל של ההסתדרות.
ב-14 בדצמבר 2012 הכריז יו"ר ההסתדרות עופר עיני כי ההסתדרות תשלם שכר לעובדי פלאפון השובתים באמצעות קרן השביתה של ההסתדרות.
ב-6 בינואר 2013 הסכימה הנהלת פלאפון לספור את טופסי ההצטרפות של העובדים, לאחר 28 ימי שביתה, יחד עם נציגי הוועד וההסתדרות. בערב אותו יום הכירה החברה ביציגות הוועד והצהירה כי תכנס עמו למשא ומתן.
ב-17 בדצמבר 2013 הודיעו ועד העובדים וההנהלה כי נחתם הסכם קיבוצי, שעלותו מוערכת בכ-50 מיליון ש"ח לשנה. בסוף אפריל 2017 נחתם הסכם קיבוצי שני בחברה.
תקלת הרשת ב-2013.
ב-3 בפברואר 2013 אירעה תקלה ברשת אשר מנעה קבלת שיחות והוצאתם למרבית לקוחות החברה, וכן ללקוחות רמי לוי תקשורת והוט מובייל המשתמשות בתשתית של פלאפון. במקביל, נוצר עומס על הרשתות הסלולריות המתחרות ונתקבלו דיווחים על תקלות בשיחות גם ברשת אורנג'.
התקלה הזכירה באופיה ובהיקפה תקלה דומה שהתרחשה בסלקום בשנת 2010. התקלה התאפיינה בשיתוק השיחות, אך יתר שירותי הרשת כמו אינטרנט, הודעות, וואטסאפ וכדומה, המשיכו לפעול ללא הפרעה. מחברת פלאפון נמסר שהתקלה הייתה במסד הנתונים המרכזי (HLR) ולקח מעל ארבע שעות לאתר את התקלה ולפתור אותה. עוד נמסר כי אנשי החברה אינם חושדים שמקור התקלה בחבלה מכוונת.
למחרת התקלה, החליטה החברה לפצות את הלקוחות בדומה לאופן בו התמודדה סלקום עם המשבר.
פרויקט אלפא.
בשנת 2018 החלה בזק את פרויקט "אלפא" במטרה למזג את שלוש חברות הבת שלה, בזק בינלאומי, yes, ופלאפון, כך שתפעלנה תחת הנהלה אחת, תוך ייעול בכוח העובד בחברות וסינרגיה בין השירותים המוצעים בחברות. כתוצאה מהליך ההתייעלות, פוטרו מאות מעובדי "בזק בינלאומי".
בשנת 2021, בעקבות החלטת משרד התקשורת לבטל את ההפרדה בין ספק האינטרנט והתשתית, ועקב היחלשות בזק בינלאומי מאז תחילת הפרויקט, הוחלט דווקא בבזק לא למזג את שלוש חברות הבת, אלא לאחד בין בזק בינלאומי ו-yes, כש-yes תהיה זו שמובילה את החברה המאוחדת. לפי תוכנית זו, פלאפון תישאר עצמאית ותעבוד בנפרד לחברה הממוזגת החדשה.
בעקבות המהלך, במאי 2021 התאחדו וועדי העובדים בפלאפון ובבזק בינלאומי, והקימו גם וועד עובדים מאוחד תחת השם 'וועד עובדי אלפא' - מהלך תקדימי של חיבור וועדי עובדים בחברות שונות בקבוצה.
שיווק ומסחר.
מיתוג ופרסום.
בניגוד לחברות הסלולר אורנג' וסלקום שביצעו שינויים מעטים בסמליל שלהן, פלאפון החליפה את הסמליל פעמים רבות במהלך שנות פעילותה. מ-2004 נעשה שימוש בסמליל כחול בצורת האות "P", שהיא האות הראשונה במילה Pelephone באנגלית. פלאפון ממותגת בשימוש בצבע כחול כמו שאר המותגים של בזק והחברות הבנות (בזק בינלאומי, פלאפון ו-yes הטלוויזיה בלוויין), ובדומה למיתוג פרטנר בטורקיז, סלקום בסגול, הוט מובייל וגולן טלקום באדום.
תקציב הפרסום של פלאפון מנוהל על ידי משרד הפרסום אדלר-חומסקי, ובשנת 2011 החליטה פלאפון על שפה תקשורתית חדשה אשר כללה מראה ויזואלי וסלוגנים חדשים פרסומים שלה. המהלך בוצע בעקבות השקת רשת ה-UMTS שלה.
בשנת 2014 פלאפון החלה לשווק את רשת ה-LTE תחת השם "High Speed 4G".
מגזרי לקוחות.
בנוסף ללקוחות פרטיים, פלאפון מספקת שירותים למספר ארגונים גדולים, ביניהם עובדי המדינה לאחר שזכתה בשנת 2010 במכרז החשב הכללי אשר כולל מעל 100 אלף עובדים.
GoNext.
פורטל האינטרנט הסלולרי הראשון בישראל GoNext, שהוקם בשנת 1999 על ידי חברת פלאפון תקשורת וחברת סאני-קום מבית סאני אלקטרוניקה. שניהם הקימו יחדיו את הפורטל שהציע מגוון שירותים כגון: שדרוג הטלפון הסלולרי, חדשות ומזג אוויר, כלכלה ועסקים, שליחת SMS בתור אימייל בחינם וקבלה, בידור ופנאי, משחקים, ספורט, הכרויות, קניות, ספר טלפונים, בניית אתר סלולרי אישי, מוצר הדגל של חברת גונקסט "zaza box" (שירות תוכן אינטראקטיבי בדומה לשירות obox של אורנג' ותמך ברוב מכשירי חברת פלאפון, מוזיקה והורדות, צ'אט, קהילות ומנוע חיפוש בתוך הפורטל. כל שירותים הלו היו בנויים ב-SHTML וטכנולוגיית WAP עם קובצי WML בעיקר.
באוקטובר 2002 חברת פלאפון רכשה 49% מחברת GoNext בהן החזיקה סאני ובכך הפכה גו-נקסט לפלטפורמת שירותי התוכן הייחודי והרשמי של חברת פלאפון. בפברואר 2003 נסגרה חברת GoNext עקב חוסר רווחיותה לחברת האם (פלאפון), ולפי דברי יו"ר חברת פלאפון דאז אמנון נויבך "הקמת גו-נקסט הייתה טעות".
משרדי החברה היו ממוקמים ברמת גן, דרך בן-גוריון 30 (בבניין "תפוז אנשים") עד מכירתה לחברת פלאפון.
בינואר 2003 השיקה פלאפון את מותג הצעירים חדש שנקרא Esc (אסקייפ). המותג הציע תכנים בלעדיים ללקוחותיו: מוזיקה, משחקי Java סלולרים, הומור ובידור, ערוצי TV הושק רדיו 99Esc ומכשירים סלולריים לרכישה ברשת פלאפון. כמו כן הושקה רשת CDMA 1X אשר מאפשרת העברת נתונים במהירות של עד 144Kbps. Esc זכה להצלחה, ובתום שלוש שנים הצטרפו אליו למעלה מ-450 אלף לקוחות.
בתחילת שנת 2007 הופסק השימוש במותג Esc, והופסקו פעילויות החברה לצעירים במסגרתו, כמו "העיר האדומה" והחסות על תחנת "רדיו 99".
YouPhone.
YouPhone (אלון סלולר) הייתה חברת תקשורת שהפעילה רשת סלולרית וירטואלית, במתווה MVNO. היא הוקמה כחברה בת של אלון רבוע כחול ישראל, אך החל מ-2015 היא עברה לבעלות חברת פלאפון תקשורת ופעילותה מוזגה גם כן לתוך פלאפון.
Hii Mobile.
ב-11 באפריל 2016 השיקה פלאפון בשיתוף עם חברת לונאמי (בבעלות יעקב קדמי) מותג סלולר חדש בשם היי מובייל. מותג זה פונה בעיקר לצעירים, חיילים וסטודנטים עם חבילות והצעות אטרקטיביות עבור קהל יעד זה.
סאווה.
מותג סלולר למגזר הערבי.
Pmobile.
במאי 2016 השיקו פלאפון ורשת חנויות באג את מותג הסלולר Pmobile. המותג מציע את שירותי רשת פלאפון במחירים נמוכים משמעותית מהרגיל.
k-Mobile.
בינואר 2017 השיקו פלאפון וקרביץ את מותג הסלולר k-mobile. רשת הציוד המשרדי הגדולה בישראל תספק ללקוחותיה פתרון סלולר כולל: מכשירים סלולריים, ציוד קצה וכן מסלול סלולר חדש.
בשנת 2019 המותג נסגר.
וואלה! mobile.
בסוף 2017 נוצר שירות בשם זה שהתארח על רשת פלאפון, נמכר בצומת ספרים, ונסגר מאוחר יותר.
טכנולוגיה ושירותים.
קידומות.
בראשית דרכה החברה התחילה עם קידומת 050. עם השנים נוספו קידומות 051, 056 ו-068. כששונו הקידומות של חברות הסלולר ולמספרי המנויים התווספה ספרה שביעית, נקבעה הקידומת של פלאפון כ-050. מכשירי "פלאפון כשר" מתחילים בספרות 41.
בנובמבר 2013 השיקה החברה את "פלאפון דיגיטל", פלטפורמת שירותים דיגיטלית. המצטרפים למסלול יוכלו לקבל את כל השירותים באמצעים דיגיטליים כגון חשבוניות במייל, שירות לקוחות בצ'אט, רכישת מכשירים, מידע ותמיכה טכנית ועוד. אתר פלאפון המחודש שהושק לצורך המהלך, כולל הצגת מידע מותאם אישית ללקוחות הרשומים באתר, גלישה מותאמת לטאבלטים כולל חוויית טאצ' מלאה, ניווט ידידותי מהיר ונוח באמצעות 3 קטגוריות: חנות, פלאפון שלי ומידע ותמיכה.