הקריירה שלו שגשגה וב-1838 הוא נשא לאישה את אנג'לה מורנו, בת למשפחה עשירה דוברת ספרדית שחיה בפנסקולה, פלורידה. הזוג הביא לעולם תשעה ילדים, מתוכם חמישה מתו בצעירותם. אלה שהגיעו לבגרות היו שתי הבנות מרגרט ("מגי") ורובי, ושני הבנים סטיבן ראסל הבן ("באדי") ואטילה ("אטי"). באדי הלך בעקבות אביו אל הפוליטיקה ולימים כיהן כסנאטור.
מלורי שימש בכמה תפקידים ציבוריים שוליים, החל משנת 1832, אז נבחר לשמש כמרשל של העיירה. אחת מהמשרות הראשונות בשכר בהן הוא החזיק הייתה קצין מכס, משרה בה הוא הרוויח שלושה דולרים ליום. בהמשך מינה אותו הנשיא ג'יימס פולק כגובה מכס. לפני נישואיו, התגייס מלורי לצבא והשתתף במלחמת הסמינול (1837-1835). הוא גם נבחר כשופט של מחוז מונרו וכיהן בתפקיד זה בין השנים 1837 – 1845.
ב-1850, הבדלי ההשקפה שבסופו של דבר הציתו את מלחמת האזרחים הובילו לכינוסה של ועידה בנאשוויל, טנסי למטרת הגדרתה של מטרה משותפת לפעולה לכל מדינות העבדות בדרום. אף על פי שמלורי לא החזיק בשום משרה ברמה מדינתית, הוא היה בעל מעמד מספיק במפלגה הדמוקרטית כדי שיבחרו בו כנציג חלופי לוועידה. שיקולים אישיים מנעו ממנו מלהשתתף, אך הוא הביע את הזדהותו עם מטרות הוועידה במכתב שהודפס בעיתוני פלורידה.
סנאטור.
תקופת כהונתו של הסנאטור מפלורידה דייוויד לוי יולי תמה ב-1850. הוא שאף להיבחר מחדש, אך הוא היה מזוהה עם תומכי העבדות ועורר את חמתם של כמה בעלי אינטרסים כלכליים במדינה. המתונים בפלורידה שהעדיפו לשתף פעולה עם האיחוד עדיין שלטו במפה הפוליטית במדינה ועלה בידם להביא לבחירתו של מלורי במקומו של יולי הרדיקלי. תהליך הבחירה בבית המחוקקים של פלורידה היה בלתי מסודר ויולי הביע את מחאתו, כולל בסנאט עצמו. הסנאט קבע שבית המחוקקים פעל על פי סמכותו ובחירתו של מלורי אושרה.
את רוב פועלו של מלורי בסנאט ניתן לתאר כמתן חסות טיפוסית לחקיקה שתפיק תועלת למדינתו. בחסותו של מלורי העביר הסנאט הצעת חוק שהביאה תועלת למסילות הברזל של פלורידה, ואחרת שאישרה את מכירת כמה משמורות האלונים שהוחזקו על ידי הממשל הפדרלי עבור הצי. שתי הצעות חוק אלו נפלו בבית הנבחרים. להצלחה רבה יותר הוא הגיע בהצעות חוק שמטרתן הייתה המשך המערכה המתמשכת נגד שבטי הסמינול, אם כי נראה שבעיה זו חרגה מעבר לתחומיה של פלורידה. הצעות חוק אלו אמורות היו לקבוע תשלומי פיצויים לאנשים שסבלו ממתקפותיהם של האינדיאנים ובהמשך הגדירו את התהליכים של גירושם מהמדינה. מלורי גם הגיש הצעות חוק להקמתם של בתי חולים בערי נמל בפלורידה. אף אחת מהצעות חוק אלו לא נחשבה ליוצאת מן הכלל באותה תקופה.
יושב ראש הוועדה לענייני הצי.
מלורי הוצב בוועדת הסנאט לענייני הצי. תפקידו זה נעשה משמעותי כאשר הנשיא מילרד פילמור המליץ במסר שלו לקונגרס ב-13 בדצמבר 1851 לפעול בשני נושאים. העניין הראשון היה בעיית הקצינים הבלתי יעילים של הצי. באותה תקופה, הקידום היה מבוסס אך ורק על ותק ולא הייתה קיימת שום מדיניות להעברה מתפקידם של קצינים שלא היו כשירים או שלא מילאו את תפקידיהם כראוי. העניין השני היה סוגיית המשמעת. עונש המלקות הוצא מחוץ לחוק כבר בקונגרס הקודם, ורבים מרבי החובלים הוותיקים סברו שהמשמעת בספינותיהם התדרדרה. הם ביקשו לשוב לאמצעים הישנים להשלטת המשמעת או לכל הפחות שיונהג תחליף סביר שיאפשר להם להשליט את מרותם.
בנאומו הראשון של מלורי בקונגרס הוא הביע את תמיכתו בחזרה לעונש המלקות, שלטעמו היה נחוץ כדי שרבי החובלים יהיו מסוגלים לשלוט על אנשיהם בקרב. עמדתו זכתה להתנגדות בכל רחבי האומה והקונגרס סירב לבטל את האיסור על עונש המלקות. דעותיו אלו, לטוב ולרע, נשכחו כאשר הוא השקיע את מרצו בהצעה השנייה של הנשיא פילמור, הרפורמה בסגל הקצונה של הצי. באותה עת הוא כבר נבחר כיושב ראש הוועדה לענייני הצי של הסנאט, והחוק שהקונגרס העביר זוהה ככזה שחוקק ביוזמתו. החוק יזם את הקמתה של מועצת פרישה של קצינים בכירים בצי, שבחנו את כישוריהם של כל הקצינים האחרים. אלו שנחשבו חסרי יכולת או בלתי ראויים לשמש בתפקידם הוכנסו לרשימת פרישה, הסדר פרישת החובה הראשון בהיסטוריה של הצי. על פי רוב הדיווחים הוועדה פעלה באופן אמין, אך רבים מהקצינים שהושפעו מעבודת הוועדה לא הסכימו עם קביעה זו. בין אלו שאולצו לפרוש מוקדם היה מת'יו מורי, שעקב פגיעה קשה בברכו לא היה מסוגל לצאת עוד לים, אך מחקריו על זרמי הים הפכו לבסיס לתחום חדש במדע האוקיינוגרפיה. מורי וכמה פורשים אחרים גייסו סנאטורים אחרים לתמיכה בעניינם והוויכוח התחדש. בסופו של דבר, עמדתו של מלורי גברה, עדות למיומנויותיו הפרלמנטריות. האיבה שבין מורי לבין מלורי נמשכה כל ימי חייהם ושיבשה את פעולותיהם במלחמת האזרחים כאשר שניהם השתייכו לקונפדרציה.
תקופת כהונתו של מלורי בוועדת הצי התרחשה במהלך תקופה של חידושים גדולים בלוחמה הימית. הוא הקפיד להתעדכן בחידושים בציים אחרים ווידא שצי ארצות הברית יוכל לשלב אותם בספינותיו החדשות. בריטניה וצרפת, שהציים שלהם היו המתקדמים ביותר בעולם באותה תקופה, היו בתהליך של הסבת הציים שלהם מאניות מפרשים לאניות קיטור ומאניות משוטה לאניות המונעות במדחפים. ב-1853 המליצה הוועדה על העברת הצעת חוק שתאפשר הוספת שש פריגטות מדחף חדשות לצי וכשהן נמסרו, היו שהחשיבו אותן כפריגטות הטובות בעולם. ב-1857 שכנעה הוועדה את הסנאט לאפשר את רכישתם של 12 סלופים מלחמתיים. אלו נכנסו לצי בראשית 1858, על סף פרוץ מלחמת האזרחים.
חידוש נוסף שנשקל אז היה הכנסת השימוש באניות מחופות שריון. מלורי הקדים במידה מסוימת את זמנו, כשהוא תמך בהתלהבות בחיפוי האניות בברזל לפני שתעשיית המתכות בארצות הברית הייתה מסוגלת לספק אותו בכמויות הדרושות. שום אנייה משוריינת לא נכנסה לשירות כאשר היה מלורי בסנאט, מאחר שכל רגע צץ פגם אחר. הוא דיבר בעד הרחבת ההקצבה לאניות מחופות שריון שהיו מיועדות להגנת נמל ניו יורק, שנקראו "מערכת סטיבנס" על שם מי שעיצב ובנה אותן, רוברט ל. סטיבנס. השדריות שלהן הונחו ב-1842 אך הן בנייתן לא הושלמה ב-1853 כאשר מלורי העלה את הטיעון שלו. הטיעון שלו היה בלתי מוצלח, שכן הסנאט לא הסכים להמשיך ולממן את המיזם, אך בנאום התמיכה שלו במיזם הוא הביע כמה מהעקרונות שהנחו את החשיבה שלו כאשר בהמשך הוא היה למזכיר הצי של הקונפדרציה.
משבר הפרישה.
כמי שייצג מדינה שנמצאת בדרום עמוק, לא יכול היה מלורי להימנע מלנקוט עמדה בסוגיות שפילגו את האומה האמריקאית. השאלה צצה כאשר הסנאט שקל את קבלתה של קנזס לאיחוד. הצעת "חוקת לקומפטון" אפשרה את העבדות בקנזס והיו כאלו שהתנגדו להנהגת העבדות בטריטוריות החדשות. סנאטור פרסטון קינג מניו יורק נשא נאום תוקפני של שעתיים על החוקה ועל המדיניות הדרומית בכלל ובעקבותיו מלורי השיב במה שהביוגרפים שלו תיארו כ"נאום המרשים ביותר שלו בסנאט". קטע אחד בנאומו הציג את ההיגיון של בעלי העבדים באי-רצונם לקבל את דעת הרוב. בהתייחסו לשאלה אם החוקה אושררה על ידי העם, הוא אמר: "למדינות הוענק, ותמיד ניתן להעניק להן, את הכוח הפוליטי כלפי מיעוט. הן תמיד יכולות לפסול את החוקים הנוגעים להחזקת אחוזות, על תשלום מס, על הקצאת המיליציות או בנוגע לצבע העור. אך מי שהמדינה בוחרת להעניק לו את הסמכות שלה, הוא העם". הוא חזה את שקיעת כוחן היחסי של מדינות העבדות, אף על פי שבאותה תקופה הוא לא האמין שפרישה תהיה הכרחית. הוא סיכם את הערותיו בהבטחה לדבוק בהחלטת הדרום בכל מקרה: "אין זה תפקידי להתוות את הדרך שהדרום, בחוכמתו, יבחר. אך אדוני, ...אני עם הדרום בלב שלם ואני אתמודד עם זה ללא כל התלבטות".
על אף רצונו להיות נאמן לעמדת הדרום בסוגיות שפילגו את האומה, מלורי לא היה דמות בולטת בתנועת הפרישה. הוא דחף לפיוס כמעט עד לרגע כאשר פלורידה קיבלה את ההחלטה לפרישה. צעד זה אירע ב-10 בינואר 1861, וכך הייתה פלורידה המדינה השלישית, לאחר קרוליינה הדרומית ומיסיסיפי, לפרוש מן האיחוד. ב-21 בינואר נשא מלורי את נאום הפרידה שלו מהסנאט.
בימים לפני השבעתו של אברהם לינקולן לנשיאות, נסובו מחלוקות במדינות הפורשות בנוגע לדרך הפעולה הראוי בקשר למבצרים הפדרליים שבתחומיהן. בפלורידה נותרו שלושה מבצרים בידיו של צבא ארצות הברית: פורט זאכרי טיילור בקי וסט, פורט ג'פרסון בדריי טורטוגס ופורט פיקנס ליד פנסקולה. כמה מתומכי הפרישה הקיצוניים ביותר הציעו להשתלט עליהם מידית, ואם יהיה צורך, לעשות שימוש בכוח, החל מפורט פיקנס. המתונים יותר קיוו ששפיכות דמים תמנע ושהמבצרים יועברו לדרום באמצעות משא ומתן. הם תלו הרבה במילות הפיוס של ויליאם סיוארד שכבר נבחר למזכיר המדינה בממשל החדש. מלורי והסנאטור השני של פלורידה, דייוויד לוי יולי, ושני הסנאטורים מאלבמה שלחו מברקים למושלי המדינות שלהם והתרו בהם לנקוט בצעדי זהירות. סנאטורים אחרים מהדרום הביעו את תמיכתם, והנשיא הנבחר של הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס נטה להסכים. בסופו של דבר גברה ידם של המתונים ושום מתקפה לא בוצעה בפורט פיקנס. אף על פי שמלורי לא היה יחיד בדעתו, עשו מתנגדיו הפוליטיים שימוש בעמדתו שכביכול תמכה באיחוד, כאמצעי לתקוף אותו.
מזכיר הצי של הקונפדרציה.