מרכז העידן - הממלכה הקדומה, 500 שנים בקירוב, סביבות 2686 עד 2181 לפני הספירה: תיעוד שגשוג הנדסי ואומנותי מהמרשימים בעולם העתיק בתחילת מבני אמונת "חיי הנצח" לשליטים המכונים "פרעונים" ובסגידת העם להם כאלים, ועליית מפלס הנילוס וכן החקלאות. זאת במסגרת השושלות השלישית עד השישית עם הגעה לשגשוג שלטוני יחד עם שיא תרבות ואומנות של בנייה ופולחן בשושלת הרביעית. בתוך כך בנייה איכותית ועצומה בגודלה של פירמידות אבן שבראשן אלו שבגיזה וארונות קבורה מאבן. בין מוצגי המוזיאון המרשימים של התקופה ושל העידן בכלל נמנית הספינה של ח'ופו, מלך השושלת הרביעית שלו נבנתה הפירמידה הגדולה ביותר בגיזה ובמצרים בכלל. הספינה, באורך 43.6 וברוחב 5.9 מטר, הוטמנה בצד הפירמידות בגיזה באותה עת עתיקה ועד עת העברתה למוזיאון. פריטים נוספים מתקופה זו המיוחסים בין החשובים במוזיאון כולו הם צלחת מלבנית לשבעה שמנים ששימשה לטקסי קבורה, עם שולחן מאבן גיר להגשת מנחות, ועליו שלושה פסלונים של מלכי השושלת הרביעית כשלושה דורות - של מייסד השושלת סנפרו, בנו מקים הפירמידה הגדולה ח'ופו, ובנו ג'דפרע. יוצגו גם פסלים המתוארים בתור "דמויות מוארכות מוזהבות".
תקופת ביניים ראשונה, 130 שנים בקירוב, סביבות 2181 עד 2055 לפני הספירה: תיעוד פיחות במי הנילוס ובתנאי החקלאות עד רעב, עם היקרעות הממלכה הקדומה באי סדרים ומאבקים לחזרת שלטונות נפרדים מקבילים, חזרת ממפיס כבירה בצפון בשושלות שביעית ושמינית והחלפתה בהרקליאופוליס מגנה כמרכז אומנותי ובירה חדשה בשושלות התשיעית והעשירית תחת השתלטות קבוצת מלכים אחרת, ולעומת תבאי כבירה בדרום, הנאבק בשלטון הצפון והעולה בכוחו כפתיחת ומהלך השושלת ה-11 שיביא בסוף לאיחוד מחודש למצרים כעידן התיכון. המצגים כוללים התייחסות לבנייה ציבורית-פולחנית מוגבלת מאוד תחת שלטונות בצפון ואיכות ירודה ומבנים קטנים בהרבה במסגרת בניית קברים פרטיים לעומת הממלכה הקדומה, בניית קברים חצובים בסלע וללא עיטורים לעומת ציורי דמויות בצבעים בהירים ובעיוותי גוף האדם להדגשת אומנות נבדלת תחת שלטונות הדרום.
העידן התיכון.
תיעוד כלל מהלך קצה האלף השלישי עד אמצע האלף השני לפני הספירה. מצגים למסגרת שמן ממלכה מאוחדת מחדש לישות מצרית אחת, עד נדודי אוכלוסיות להשתלטות זרה בצד שלטונות מקומיים עם הרחבת מרות על אזורים סמוכים לעומת מאבקים והתפרקות לתקופת ביניים שנייה.
מרכז העידן - הממלכה התיכונה, 350 שנים בקירוב, סביבות 2055 עד 1700 לפני הספירה: עליית מפלס הנילוס כמו גם הייצור החקלאי, עם ניצחון שלטון מצרים התחתונה לאיחוד חזרה עם העליונה תוך חיזוק העיר תבאי כמרכז ממהלך שושלת 11, שיא חוזקה המדיני והאומנותי של הממלכה בשושלת 12 עם השתלטות על התרבויות הסמוכות והמשך קשרי מסחר עם הרחוקות, ובעיקר תחת המלך אמנמחת השלישי, עד היחלשות מהירה של יציבות הממלכה בשושלת 13 והתפרקותה בהשתלטות זרה על מחוזות מסוימים. זאת בתווך קשרי מסחר והשפעה בארץ פונט וסיפוח ואיבוד נוביה מדרום, בלימת שבטי ליבו שהם ייסוד מדינת לוב והתרחבות מערבה לנאות המדבר ולשטחם, השתלטות מזרחה דרך חצי האי סיני לקצה המערבי של חצי האי ערב, ולחימה מצפון עם דרום אזור לבנט לעומת ביסוס קשרים עד אזור סוריה בעיר אוגרית. המצגים יתייחסו לפריחה מחודשת של בניית פירמידות מושקעת מלבנים עשויים חרס בחיפוי אבן גיר ופסלי אלים ומלכים בהשראת הנדוס פירמידות האבן וסגנון הפיסול בממלכה הקדומה, קבירת חפצים עם המתים וספרות הנכתבת לראשונה לא רק לאמונה ופולחן אלא גם לבידור ולהחכמה. בין הפריטים פסלים הנחשבים ייחודיים בהיותם עשויים עץ צבעוני.
תקופת ביניים שנייה, 150 שנים בקירוב, סביבות 1700 עד 1550 לפני הספירה: תנאי רעב במהלך שושלות 13, 14, תיעוד חוזר לכך בשושלת 16, תוך נדידת אוכלוסיות ממערב אסיה, בהם כאלו שהתקבלו ככוח עבודה נוסף. עליית מהגרים אלו לשלטון החיקסוס במחוזות שונים תוך היחלשות השלטון המרכזי מלנהל את כלל מצרים במהלך שושלת 13 לכדי קרעים חוזרים לממלכות שונות במצרים ובהם היווצרות שלטון החיקסוס במזרח דלתת הנילוס ממהלך שושלת 14, ומחוזות נבדלים תחת שליטים מקומיים ותחת החיקסוס באזורים שונים במהלך שושלות 15 עד 17 כממלכות לאוזרים שונים בזמנים מקבילים. הפלת אלו כתום שושלת 17 היא שהחזירה שלטון מקומי מרכזי לאיחוד מחודש למצרים שהביא לעידן החדש.
העידן החדש.
מסגרת הממלכה החדשה כשיא מעצמתי דרך פילוג בצד שלטון זר לתקופת ביניים שלישית וכלה באיחוד שלטוני תחת מלכים מקומיים וזרים לתקופה המאוחרת.
מרכז העידן - הממלכה החדשה, 500 שנים בקירוב, סביבות 1550 עד 1069 לפני הספירה: איחוד שלישי לממלכה לאחר גירוש שלטון החיקסוס הזר ואיחוד השלטונות המקומיים, העיר תבאי ובצידה המקדשים בכרנך ממזרח לנילוס כבירה החזקה המשגשגת בצד עמקי קבורת השליטים ממערב לנילוס, עבודת אל אחד תחת המלך אחנתון וביטולה לאחר מותו בידי כוהני בנו המלך תות ענח' אמון בשושלת 18, שמירת יחסי שלום בלבד וקשרי המסחר הידועים ביותר עם פונט תחת המלכה חתשפסות, ושלטון מלכי רעמסס ובראשם רעמסס השני כמלך הנמרץ ביותר בהאדרת הממלכה עם השתלטות מצרים העתיקה למרחב הגדול בתולדותיה - דרומה לעומק נוביה עד גבול פונט והשפעה עליה, מערבה לשטחי הברברים עמוק לתוך המדבר המערבי, שליטה חוזרת מזרחה דרך חצי האי סיני עד קצה חצי האי ערב, וצפונה דרך כל כנען ופיניקיה כאזור לבנט עד גבול מעצמות מסופוטמיה ולחימה עד הסכם שלום עם המעצמה הכובשת החיתית באנטוליה. המוצגים יתייחסו לשיא עוצמתה, גודלה, עושרה ואומנותה של מצרים העתיקה, עם חפצי ערך, איפור, בשמים ותכשיטים, תקופה של עבודת אל אחד לראשונה, וקברים ומקדשים ענקיים ומפוארים בעמק המלכים והמלכות לרבות קבר תות ענח' אמון ושטח הקבורה והפולחן הגדול בתולדות מצרים העתיקה. בין המוצגים אבן חול עם דמות מלך השושלת ה-18 אחנתון אוחז בשרביט.
תקופת ביניים שלישית, 400 שנים בקירוב, סביבות 1069 עד 664 לפני הספירה: במסגרת תקופת הברונזה המאוחרת, בתווך התמוטטות וקרעים בתרבויות המזרח הקרוב, מזרח אגן הים התיכון, תקופת החושך של יוון, המאופיינת במצריים במהלכי התפרקות לסביבות עשרה אזורי שליטה בצמוד לנילוס ובדלתה בעיקר תחת מנהיגים זרים לאורך שושלות 21 עד 25 ועד השתלטות אשור במסופוטמיה על מצריים וסיום תקופת ביניים זו בישות. תקופת השיא של הממלכה החדשה מסתיימת כתום שושלת 20 תוך איבוד אחיזה בתבי שבדרום והפיכת טאניס בדלתה לבירת הצפון והמרכז הפולחני לאמון ולקבורה שאף מחליף את עמק המלכים בתבאי, בצידה בובסטיס כבירת הדרום למצרים העילית. איחוד נוסף של מצרים תחת שושנק הראשון משבט "משווש" מאזור לוב לשושלת 22. התפרקות חוזרת לשתי ממלכות תחת המשך שליטים ממשווש בדרום כשושלת 23 ובמקביל לניצול הפילוגים במצרים גם לאורך שושלת 24 בצפון, והשתלטות ממלכת נוביה על דרום מצרים בידי פ-ענח'י כשושלת 25, ועד השתלטות אשור. המוצגים יתייחסו לרמת פעילות ורושם המחווירה לעומת זו של שיא תקופת הממלכה החדשה הקודמת, אך ממחישים המשך ויצירת מרכזים חדשים במצרים לאומנות פולחן ומרכזי קבורה גדולים עם פולחן בולט לאל אמון.
התקופה המאוחרת, 330 שנים בקירוב, סביבות 664 עד 332 לפני הספירה: תהפוכות שלטוניות רבות ומהירות מתרבויות שונות, עם עתות סובלנות דתית לאורחות מצרים העתיקה לעומת התנכרות עם הגבלת הקצאת משאבים, ולקיחת כוח כישרוני מצרי לבנייה החוצה ממצרים, ולעומת עתות בהם המצרים רצו להראות נאמנות במראם ומנהגיהם לשליטים הזרים החדשים. השתלטות אשור ממסופוטמיה כשושלת 26 תוך דחיקת השליטים מנוביה מדרום מצרים והשליטים המקומיים בצפון שעלו בתקופת הביניים הקודמת, במקביל להגעת יהודים רבים בבריחה מהתרחבות והשתלטות בבל ממסופוטמיה על ממלכת יהודה והגליית תושביה. דחיקת האשורים בהשתלטות הממלכה האחמנית של פרס כשושלת 27 עם יחסה המשתנה לדת ואומנות מצרים ולקיחת כוח עבודה לבניית מקדשים בפרס. דחיקת הפרסים בחזרת השתלטות מלכים מצרים תוך עזרת לוחמים יוונים כשושלות 28 עד 30. תום שלטון מקומי על מצרים העתיקה כסיום שושלת 30, בהתנכרות המצרים ליוונים, תגובת חבירת אלו כסיוע לפרס להשתלטות חוזרת כשושלת 31, והשתלטות יוונית הן על מצרים והן על פרס לפתיחת העידן הבא והאחרון. המצגים יתייחסו לעתות פולחן עשיר יותר ופחות בבניית מקדשים ופסלי אלים, עתות התדרדרות באומנות הכללית ובהנדוס הבנייה, אומנות פולחן בולט של חניטת חיות, ולבוש והתקשטות המצרים בבגדים ובתכשיטים בסגנון הפרסים.
העידן הגרקו רומי.
תיעוד שמן שליטה זרה נוספת של שלטון מתרבות יוונית לתקופת מצרים התלמיית אך בשגשוג אומנותי מתמשך של כלל מנהגי מצרים העתיקה ואף פיתוח הממלכה כמרכז מוביל בתחום המדע והספרות בעולם העתיק, עד השתלטות חיצונית ומהפך לאימוץ דתות אל אחד כמושבה תחת הקיסרות הרומית, היטשטשות אורחות התרבות והיעלמותה, אבל בצד השארת חותם תרבותי על שלהי העולם העתיק ועל אומנות ועיצוב התקופה הביזנטית כהשראה לתרבויות יוון, רומא והלאה, בכלל מהלך שלהי האלף הראשון לפני הספירה לאמצע האלף הראשון לספירה.