ב-4 במרץ 1943 ערכו הבולגרים אקציה ברחבי תראקיה, עצרו את יהודי החבל, הובילו אותם ברכבות למחנות מעצר בבלגואבגרד ודופניצה ומשם כעבור מספר ימים שולחו לעיר הנמל לום אשר לגדות הדנובה. בנמל העיר נדחסו לתוך 4 מעבורות, דרך הדנובה הגיעו לווינה, ממנה ברכבות לקטוביץ שבפולין, ומשם אל מותם במחנה ההשמדה טרבלינקה. המידע על הגירוש המיועד של יהודי "בולגריה הישנה" דלף להנהגת הקהילה. לפי התכנון, ב-10 במרץ לפנות בוקר אמורה הייתה להתבצע אקציה בסופיה. בבוקר 9 במרץ נאספו מאות מיהודי סופיה בבית העם כדי לשמוע פרטים על המתרחש ממשלחת של ארבעה מנכבדי קיוסטנדיל, פטר מיכאלב, אסן סויצ'מזוב, איוואן מומצ'ילוב וולדימיר קורטב, אשר הגיעו לסופיה וביחד עם סגן יושב ראש הפרלמנט הבולגרי ובן עירם דימיטר פשב גמרו אומר להילחם לביטול הגירוש. בהמשך, נפגשו עם ראשי קהילת סופיה ומאוחר יותר לפגישה סוערת עם שר הפנים פטר גברובסקי, אשר בעקבותיה החליט השר להקפיא את צו הגירוש. הצו מעולם לא בוטל. גם ראש הכנסייה הבולגרית המטרופוליט סטפן הביע את מחאתו על הגירוש. ב-11 במרץ נערכה אקציה ברחבי מקדוניה ויהודי החבל נעצרו, הובלו למחנה המעצר "מונופול" בסקופיה, ובהמשך הובלו ממנו ברכבות אל מותם בטרבלינקה.
גירוש יהודי סופיה.
בכפוף להחלטת הממשלה הבולגרית החליטו ראשי הקומיסריון לשאלות יהודיות לפעול לביצוע צו הגירוש ליהודי סופיה. הוכנו שתי חלופות גירוש לקהילת סופיה. האחת גירוש בני הקהילה ישירות לפולין, והשנייה גירושם לערי השדה. המלך בוריס אישר את החלופה השנייה. ב-21 במאי החלו להימסר צווי הגירוש הראשונים. במקביל, הודיע הקומיסריון לבני הקהילה כי עליהם לקחת מטלטלין בכמות מוגבלת והשאר, ובכלל זה בתיהם, יועבר לידי הקומיסריון לפיקדון. במועד זה, לא ידוע היה לבני הקהילה שהגירוש עתיד להתבצע רק לערי השדה והם סברו שגורלם יהיה כשל יהודי תראקיה ומקדוניה. בקרב יהודי סופיה השתררה אנדרלמוסיה. רבים מהם מיהרו למכור את רכושם במחירי הפסד, ומאות מאיכרי הסביבה נהרו לעיר כדי לקנות במחירי מציאה מכל הבא ליד. מספר מועט של משפחות יהודיות בחרו להתנצר מתוך הנחה שכך יינצלו מהגירוש.
הנהגת הקהילה עשתה מאמץ נואש אחרון להצלת בניה. ראשי הקהילה בוקו לוי וז'אק פארדו פנו לחברי פרלמנט, שרים וראשי ממשלה לשעבר בבקשת סיוע במניעת הגירוש. הרב הראשי ד"ר אשר חננאל נפגש עם מקורבתו של המלך בוריס אקתרינה קרבלובה וביקש ממנה לפעול להצלת יהודי סופיה. קרבלובה העבירה מכתב נרגש מהרב חננאל למלך תוך שהיא מוסיפה את בקשתה אליו להימנע מפגיעה ביהודי סופיה. אברהם תג'ר פנה לראש הכנסייה המטרופוליט סטפן, והרב "השני" של סופיה הרב דניאל ציון שהיה מקורב לכת האחווה הלבנה האוניברסלית, פנה ליועצו של המלך בוריס הקולונל ליובומיר לולצ'ב שנמנה עם אוהדי הכת וביקש ממנו לסייע. אך המלך עזב את ארמונו לבקתת הצייד שלו בהרי רילה ולא ניתן היה לאתרו. ב-22 במאי העבירו דימו קזאסוב וצבטקו בובושבסקי מכתב למלך בוריס בשם קבוצת פוליטיקאים ובו אזהרה מפורשת בדבר אחריותו האישית של המלך, אם יגורשו יהודי סופיה אל מחוץ לגבולות הממלכה. הרב דניאל ציון הכריז על 24 במאי כיום צום ותפילה, וקהל אלפים התאסף ברובע יוצ'בונאר כדי לשמוע את דרשתו. משם המשיך ההמון בלווי קומוניסטים, במטרה להפגין מול ארמון המלך, אך הוא פוזר בידי המשטרה הבולגרית, ו-412 מבני הקהילה נעצרו. שנים מאוחר יותר ביצעה המפלגה הקומוניסטית בבולגריה אינדוקטרינציה של סיפור ההפגנה, תוך מיצובו של טודור ז'יבקוב כמוביל המחאה. ז'יבקוב כלל לא נכח במקום.
המשטרה הבולגרית ביקשה לעצור את הרב הראשי אשר חננאל, אך הוא מצא מחסה בביתו של המטרופוליט סטפן ולשם לא העזו השוטרים להיכנס. בהמשך, נעצר הרב ושוחרר על רקע היותו גיבור מלחמה בולגרי. בנוסף, ערכה המשטרה מצוד אחר יוסף גירון, ראש קהילת סופיה, אך הוא הוסתר בביתו של הפוליטיקאי דימו קזאסוב. הרב דניאל ציון נעצר, הוכה ובהמשך נשלח למחנה הריכוז בסומוביט שליד פלבן. ב-24 במאי יום "חג קירילוס ומתודיוס" נשא המטרופוליט נאום בפני קהל אלפי החוגגים ובכללם גם שרי ממשלת בולגריה ובמסגרתו מחה על רדיפת יהודי סופיה וציין שהיא איננה תואמת את המסורת ורוח העם הבולגרי. בהמשך שלח מברק אישי למלך בו נכתב: "אל תרדוף אחרים שכן ירדפו גם אותך". הפוליטיקאים ניקולה מושאנוב ופטקו סטאינוב נפגשו עם ראש הממשלה בוגדאן פילוב וביקשו לבטל את הגירוש. פילוב סרב. איגוד עורכי הדין בבולגריה שלח תזכיר ארוך ומנומק לשר הפנים פטר גברובסקי ובו טען שהגירוש המיועד פוגע בערכי המוסר של בולגריה. התנועה הקומוניסטית יצאה בסדרת מתקפות על הממשלה הבולגרית בשידורי הרדיו של התחנה המחתרתית "כריסטו בוטב" ובהם כונה המשטר הבולגרי "תלייניו של היטלר" והושמעו איומים אישיים כנגד ראשי השלטון. מנגד, הופצה בעיר חוברת תעמולה מטעם ארגון ראטניק בשם "הגליית היהודונים ללא מסווה" ובתוכה התקפה ארסית על מתנגדי הגירוש ובהם המטרופוליטנים סטפן וקיריל, המפלגה הקומוניסטית וגאורגי קיוסאיבנוב ראש הממשלה לשעבר שהתנגד לגירוש היהודים אל מחוץ לבולגריה. בחוברת נטען שאין תועלת בגירוש אל ערי השדה ויש לגרש את היהודים מבולגריה.
בין ה-26 במאי ל-7 ביוני 1943 גורשו 19,153 מקרב יהודי סופיה ל-20 ערי ועיירות שדה ברחבי בולגריה. בסופיה נותרו 6,590 יהודים, ומתוכם 3,500 שהו במחנות לעבודות כפייה והשאר היו נתינים זרים וגיבורי מלחמה. הגירוש זכה להדים בעיתונות האירופית הכתובה הן בגרמניה והן בשוודיה ובה צוינה גם כוונת הממשלה הבולגרית להחרים את רכוש הקהילה. הדירות של המגורשים נמסרו ברובן למשפחות מקרב האוכלוסייה הנוצרית ותכולתן בחלקה נשדדה ובחלקה נמכרה במכירה פומבית. אלכסנדר בלב הודיע לתיאודור דנקר, כי נשכרו 6 מעבורות שנועדו להעביר את המגורשים מחוץ לגבולות בולגריה החל מאמצע יוני. רבים מקרב הנהגת הקהילה, רבניה ופרנסיה נשלחו למחנה המעצר סומוביט וזאת במטרה להקטין את ההתנגדות המאורגנות לגירוש. עם זאת, הממשלה הבולגרית בהנחיית המלך, נמנעה מאישורו של המשך תהליך גירוש יהודי סופיה אל מחוץ לגבולות בולגריה, למרות תרעומת מצידם של נציגי גרמניה וראשי הקומיסריון לשאלות יהודיות.
במהלך הגירוש והשהייה בערי השדה, נתונים היו המגורשים באי ודאות מוחלטת לגבי גורלם, בשל העובדה שראו בו שלב ראשון לקראת גירושם אל מחוץ לגבולות בולגריה. בנוסף, בחלק גדול מהמשפחות נעדר ראש המשפחה שנשלח לעבודות כפייה, עניין שהוסיף עוד על הקושי. המספר הגדול של היהודים שהגיעו לערים, לעיירות ולכפרים השונים הוביל לא אחת לעימותים מול האוכלוסייה המקומית ולפרצי אנטישמיות כלפי המגורשים. בחלק גדול מהיישובים הוטלו על המגורשים מגבלות תנועה והם שהו בעוצר מרבית שעות היממה, להוציא שעתיים במהלכן הורשו להצטייד במצרכים חיוניים. מדיווח של השגרירות הגרמנית בסופיה עולה, כי 90 אחוזים מבני הקהילה צייתו לצו הגירוש והשאר נעצרו וגורשו בכוח כעבור מספר ימים. הגירוש התבצע ל-18 עד 20 יישובים בהם הורשו יהודי סופיה להתגורר. חלקם התגוררו בבתיהם של בני הקהילות היהודיות ביישובים השונים וחלקם במבני ציבור ובתי ספר. עוד צוין בדיווח שהמחסור במצרכים חיוניים ועליית מכירי השכירות ביישובים אליהם גורשו יהודי סופיה, הובילו לאי שקט חברתי. הגסטאפו דרש ממשרד החוץ הגרמני לדבוק בדרישתו לגרש את היהודים למחנות ההשמדה, שכן לטענתו, אם כוחות בעלות הברית יפלשו לבלקנים יהוו היהודים גיס חמישי.
מצבם החומרי של המגורשים היה קשה. רכושם הופקע או נמכר, חשבונות הבנקים שלהן נחסמו ורבים הגיעו לסף רעב בשל חוסר היכולת לרכוש מזון ומיעוט המצרכים החיוניים. הקומיסריון לשאלות יהודיות נאלץ לפתוח בתי תמחוי מרכזיים שהעניקו ארוחות במחיר של 18 לבות ליממה לנפש. ועד ההצלה של הסוכנות היהודית שפעל מאיסטנבול העביר לראשי הקהילה היהודית 3 מיליון לבות, כדי לסייע במימון רכישת המזון.
כ-6,000 מהמגורשים הגיעו לעיר פלבן ושוכנו במבני ציבור השייכים לקהילה היהודית בפלבן ובכללם בית הספר ובתי הכנסת. תנאי התברואה היו קשים שכן התשתיות לא היו ערוכות לקליטת מספר כה גדול של מגורשים וחלקם חלה במחלות זיהומיות. לאחר לחץ שהופעל ראשי הקומיסריון לשאלות יהודיות, הותר למגורשים להשכיר דירות בשכונות מסוימות בעיר. בהמשך, הורה המושל הצבאי של פלבן, הגנרל יונוב, לגרש את מגורשי סופיה מפלבן לכפרי הסביבה. רבים מהמגורשים הקימו מחנות ארעיים בפאתי הכפרים בשל חוסר במקום ולאחר מחאות נמרצות של ראשי היישובים השונים, הופסק הגירוש מפלבן והמגורשים הועברו לשכונה נטושה בכפר גיגן. עם סגירתו של מחנה הריכוז בסומוביט, הועברו חלק משוכניו בהדרגה למחנה קאייליקה ו-11 מהם נספו בדליקה שפרצה במקום ונגרמה ככל הנראה מהצתה. כ-2,000 מהמגורשים הגיעו לעיר פאזארדז'יק, ומהם גורשו כמה מאות לכפר צ'כלרה אשר הפך כולו למחנה ריכוז. כמה אלפי מגורשים הגיעו לווידין, ללום ולדופניצה וכאלף לקאזאנלק וממנה גורשו שוב לכפרי הסביבה. ביישובים אלו סבלו המגורשים במיוחד מיחס השלטונות וכן מחרפת רעב.
כמה יהודים הצליחו להישאר בעיר הודות לתעודות מזויפות. מלאדן איוונוב שסיפק מספר תעודות נעצר ונשפט לשנתיים.
לאחר מלחמת העולם השנייה.
שלטון חזית המולדת.