בספר בראשית במקרא מופיע סיפור מבול המזכיר מאוד את הסיפורים המסופוטמיים, בהבדלים המתחייבים בעיקר מן האמונה באל אחד ביהדות. מתוך הפרטים הגאוגרפיים המעטים במקרא עשוי להשתמע מיקום הסיפור במסופוטמיה: הרי האררט נמצאים סמוך למקורות הפרת והחידקל, ולאחר סיפור המבול מופיע סיפור מגדל בבל. ניתן למצוא לכך גם רמזים בלשניים, למשל המילה "כֹּפֶר" הנזכרת בסיפור לציפוי התיבה אינה מופיעה באותו מובן בשום מקום אחר בתנ"ך, ועל מובן זה ניתן ללמוד מתוך המילה האכדית "כּוּפּרוּ" לאספלט או זפת, המופיעה בסיפור המסופוטמי באותו תפקיד. באכדית אף קיים הביטוי "כּוּפּרה כּפּרוּ" שתרגומו בעברית "לכפור בכופר" כפי שמופיע בסיפור המקראי. מילים יחידאיות נוספות בסיפור המבול הם "עצי גופר" שלא ברור אילו עצים היו, ו"צוהר" המפורש בדרך כלל כחלון, אך ייתכן שפירושו דווקא "מכסה". המילה "תיבה" מופיעה במקרא בשני סיפורים בלבד: בסיפור המבול ובסיפור משה בתיבה. פינקל משער שמילה זו מקורה במילה "טוּבּוּ", סוג של סירה באכדית. המילה "מבול" נזכרת בתנ"ך רק בהקשר לסיפור המבול ופעם אחת נוספת בהקשר מעורפל, והאטימולוגיה שלה בעברית אינה ברורה, אך יש שהציעו שמקורה בשורש השמי י.ב.ל, (כמו ב"יובלי מים") שממנו נגזר גם המונח האכדי בִּיבּוּלוּם שפירושו "שיטפון סוחף". לפיכך סבורים מרבית חוקרי המיתולוגיה ההשוואתית וחוקרי המקרא שמקור הסיפור המבול המקראי הוא בסיפורים המסופוטמיים, שהועלו על הכתב יותר מאלף שנים לפני התעודות המקראיות הקדומות ביותר, ונחלקות הדעות אם סופרי המקרא הושפעו מן הסיפור המסופוטמי דרך הכנענים באלף השני לפנה"ס, או בעת גלות בבל במאה השישית לפנה"ס.
מיד לפני פתיחת סיפור המבול מופיע במקרא מעשה בני האלוהים, סיפור סתום המזכיר את הרעיונות בסיפורים המסופוטמיים, ברשימת המלכים השומרית, וכן במיתוסי המבול הפרסי והיווני, שלפיהם תוחלת החיים לפני המבול הייתה ארוכה מאוד, והאלים קיצרו אותה. ואולם במקרא מסופר כי אלוהים קצב את שנות חיי האדם ל-120 עוד לפני המבול עצמו.
בחקר המקרא המודרני תכופות משערים שסיפור המבול בפרקים ו', ז', ח' וט' בספר בראשית הוא היתוך שתי גרסאות שונות במקצת לסיפור אחד על ידי עורך מאוחר יותר. לפי השערת התעודות בביקורת המקרא, אחת הגרסאות מיוחסת למקור היהוויסטי המסומן באות J, והשנייה למקור הכהני המסומן באות P. השערה זו מסבירה מספר חזרות וסתירות בסיפור. למשל בסיפור J האל נקרא בשמו המפורש, והוא מתואר כבעל רגשות ותחושות אנושיים: הוא מתעצב, מתחרט, אומר אל ליבו, ומריח את ניחוח הקורבנות, בעוד שבמקור P הוא נקרא "אלהים", והוא ענייני ומרוחק. לעומת זאת סיפור P מפרט את מבנה התיבה, ונוקב בתאריכים של המאורעות החשובים. בסיפור J נח מצטווה להכניס לתיבה "שבעה שבעה״ מהבהמות הטהורות ומן העופות הטהורים, ו"שניים איש ואשתו" מהבהמות הלא טהורות, והוא משלח ציפורים כדי לברר אם קלו המים, בעוד שבסיפור P הוא מכניס לתיבה "שניים שניים" מכל החיות, ואלוהים הוא זה שאומר לו לצאת מן התיבה. השערת ההיתוך מקובלת כיום על חוקרים רבים בחקר המקרא, אף כי לא הכל מסכימים על זיהוי סיפור J כיהוויסטי. ההסכמה על P כמקור כהני רחבה יותר.
בניגוד לסיפור המסופוטמי, ובדומה לסיפור היווני, הסיבה למבול במקרא היא חטאיהם של בני האדם. בסיפור J נאמר כי "רַבָּה רָעַת הָאָדָם בָּאָרֶץ וְכָל יֵצֶר מַחְשְׁבֹת לִבּוֹ רַק רַע כָּל הַיּוֹם", אך לא מפורט בפשט המקרא מה בדיוק כללו חטאים אלו. בסיפור P נרמז כי אף בעלי החיים היו שותפים לחטאים: "וַיַּרְא אֱלֹהִים אֶת הָאָרֶץ וְהִנֵּה נִשְׁחָתָה כִּי הִשְׁחִית כָּל בָּשָׂר אֶת דַּרְכּוֹ עַל הָאָרֶץ", ולפיכך אף הם נידונו לכליה: "וַיֹּאמֶר אֱלֹהִים לְנֹחַ קֵץ כָּל בָּשָׂר בָּא לְפָנַי כִּי מָלְאָה הָאָרֶץ חָמָס מִפְּנֵיהֶם וְהִנְנִי מַשְׁחִיתָם אֶת הָאָרֶץ".
הסיפור המקראי מפרט לגבי צורת התיבה ובנייתה, אף כי לא באותה מידה כמו "לוח התיבה" המסופוטמי, המקדיש לנושא זה בלבד 52 שורות. בעוד שאורך ורוחב "סירת הענק" בסיפור המסופוטמי שווים, התיבה המקראית היא באורך 300 אמה, רוחבה 50 אמה וגובהה 30 אמה. פינקל השווה אותה לגרסת אתרחסיס המתארת סירה מעגלית בשטח של 14,400 אמות מרובעות, ולגרסת אותנפישתים המתארת סירה בצורת קובייה, אך שטח בסיסה עדיין 14,400 אמות מרובעות. פינקל ציין כי אף על פי שצורתה הגאומטרית של התיבה המקראית שונה משל שתיהן, שטחה 300X50=15,000 אמות מרובעות עדיין דומה מאוד.
הסיפור המקראי מפרט יותר מן הגרסאות המסופוטמיות ששרדו לגבי החיות שעלו לתיבה, אף שגם ב"לוח התיבה" נזכרות כבדרך-אגב בהמות וחיות פרא שעלו "שתים שתים". נח מצטווה במפורש להעלות אל התיבה "איש ואשתו" מכל מין של חיה, בהמה, עוף, ואפילו רמש, "מכל הבשר אשר בו רוח חיים", במטרה "לחיות זרע על פני כל הארץ" לאחר המבול, וכן לצייד את התיבה ב"כָּל מַאֲכָל אֲשֶׁר יֵאָכֵל" כמזון לחיות ולמשפחתו.
בהיות נח בן שש-מאות שנה מזהיר אותו אלוהים לעלות לתיבה עם משפחתו והחיות כי "לְיָמִים עוֹד שִׁבְעָה" ימטיר מטר על הארץ "וּמָחִיתִי אֶת כָּל הַיְקוּם אֲשֶׁר עָשִׂיתִי מֵעַל פְּנֵי הָאֲדָמָה". ארכה זו זהה לארכה של שבוע שמקבל מן האל אאה/אנכי גיבור המבול המסופוטמי, אלא שהאחרון נדרש בפרק זמן זה גם לבנות את כלי השיט. לאחר שעלו נח ובני לווייתו לתיבה נאמר שאלהים "סגר בעדו", פרט המזכיר אך גם מנוגד לסיפור המסופוטמי שבו גיבור המבול משכנע איש מתושבי העיר לאטום את דלת התיבה מבחוץ לאחר שנכנסו כולם. גשם יורד במשך 40 יום דרך "ארובות השמים", ובנוסף נפתחים "מעיינות תהום רבה". המים גוברים במשך 150 יום ומכסים 15 אמות מעל "כָּל הֶהָרִים הַגְּבֹהִים אֲשֶׁר תַּחַת כָּל הַשָּׁמָיִם", וכל האדם והחיות על פני האדמה מתים פרט לאלו שבתיבה. אז נסגרים מעיינות התהום וארובות השמיים, והתיבה נחה על הרי אררט. בסיפור J, לאחר 40 יום נוספים פותח נח את חלון התיבה ומשלח עורב, עליו נאמר "וַיֵּצֵא יָצוֹא וָשׁוֹב עַד יְבֹשֶׁת הַמַּיִם מֵעַל הָאָרֶץ". בנוסף משלח נח יונה, אשר אינה מוצאת מקום לשבת עליו וחוזרת. נח משלח אותה פעם נוספת לאחר שבעה ימים והיא שבה עם עלה זית בפיה, ולאחר שבעה ימים נוספים אינה שבה עוד. סיפור זה מזכיר שני סיפורי שילוח ציפורים שונים במקצת בשתי גרסאות של סיפור המבול המסופוטמי. עוד בדומה לסיפור המסופוטמי, בסיפור J נח בונה מזבח ומקריב קורבן בצאתו מן התיבה, מן הבהמות הטהורות ומן העופות הטהורים, ומכך מובן מדוע רק בסיפור J נאמר לו לקחת לתיבה שבעה זוגות ממינים אלו, ולא זוג אחד כמו בסיפור P. כמו בסיפור המסופוטמי נאמר כי אלוהים "מריח את ריח הניחוח" של הקורבן, ואומר אל ליבו כי לא יוסיף לקלל את האדמה בגלל האדם, שכן "יֵצֶר לֵב הָאָדָם רַע מִנְּעֻרָיו".
לאחר הקורבן נכתב כי אלוהים כורת ברית עם נח ובניו. לפי ברית זו ניתנו כל בעלי החיים למזון לאדם, אך אין לאכול את דמם, וכן נאסר על אדם וחיה לשפוך את דם האדם, אשר נעשה בצלם אלהים. מבול לא ישחית עוד את הארץ, וכדי להזכיר את הברית נותן אלוהים את קשתו בעננים. הקשת בענן בסיפור זה נחשבת במחקר המיתולוגיה כדוגמה טיפוסית למיתוס אטיולוגי. היא גם מזכירה את המחרוזת שבה נשבעת האלה הבוראת נינטו בסיפור המסופוטמי כי לא תשכח את המבול. מיד לאחר מכן מסופר סיפור שכרות נח, המסתיים בכך שנח מטיל קללה על כנען בנו של חם כי יהיה עבד לשם וליפת. נכתב כי נח חי 350 שנה נוספות לאחר המבול, אך בניגוד לגיבור המסופוטמי אינו זוכה בחיי אלמוות. לאחר מכן מפורטים תולדות בני נח: רשימה גנאלוגית של העמים בעולם המקראי כצאצאי נח ובניו. הרשימה הגנאלוגית היא מאפיין שאינו נמצא בסיפור המסופוטמי, אך דומים לה נמצאים בסיפור המבול של דאוקליון במיתולוגיה היוונית, ובכמה מיתוסי מבול נוספים ברחבי העולם.
במיתולוגיה היוונית.
במיתולוגיה היוונית, כמו גם במיתולוגיה הרומית המושפעת ממנה, מוכר סיפור דאוקליון ופירה, ששרדו את המבול שהוריד זאוס אבי האלים, ונחשבים לאבות הקדמונים של היוונים. הסיפור נזכר כבר במאה החמישית לפנה"ס אצל פינדארוס והסיודוס, אך המקור היווני המוכר ביותר של הסיפור הוא הביבליותקה במאה הראשונה לספירה, והוא מסופר שוב בלטינית בשיר האפי מטמורפוזות מאת המשורר הרומי אובידיוס. הסיפור מראה דמיון לסיפור המבול המסופוטמי, העתיק בהרבה, וקרוב לוודאי נגזר ממנו.