אקווריום מים מלוחים דורש צרכים מסוימים ודרישות נוספות שלא קיימות כלל באקווריומי מים מתוקים, ובעלי החיים שבו בדרך כלל יקרים יותר. כתוצאה מכך, ענף זה נוטה למשוך יותר מגדלים מנוסים. אקווריום מים מלוחים יכול להיות יפה ביותר, בשל ריבוי צבעים וצורות של אלמוגים ושל הדגים המאכלסים אותם. דגי ים מאזורים טרופיים מצריכים קירור מאחר שהם לא יכולים לגדול בטמפרטורת החדר. המגדל יהיה חייב לספק לדגים טמפרטורה נמוכה באמצעות מיקום במקומות קרירים (כגון מרתף) ובמידה ורוצה לגדל אותם בחדר יצטרך לספק להם מערכת קירור באמצעות מקרר.
מגדלי אקווריום מים מלוחים לעיתים קרובות ינסו לשחזר שונית האלמוגים באקווריום שלהם, באמצעות כמויות גדולות של סלעים חיים, סלעים נקבוביים מצופים אצות קרולינה, ספוגים, תולעים ושאר אורגניזמים ימיים קטנים. גידול אלמוגים, כמו גם שרימפס, סרטנים, קווצי עור, רכיכות יתווספו מאוחר יותר, לאחר שהאקווריום יקבל וותק, כמו גם מגוון רחב של דגים קטנים. אקווריום המכיל בתוכו רק דגים ללא אלמוגים נקרא לפעמים 'אקווריום מרינה'.
מים מליחים.
אקווריום מים מליחים משלב אלמנטים מסוגים אחרים, עם מליחות מסוימת המשלבת בין זה של מים מתוקים ומי ים. דגי מים מליחים מגיעים מבתי גידול שונים עם המליחות, כגון סביבת מנגרובים ושפכי נהרות, ולא יכולים לשגשג במים מתוקים לזמן רב. אף על פי שאקווריום מים מליחים אינם מוכרים למגדלים חסרי ניסיון, מינים רבים מעדיפים מים מליחים, כולל מספר מינים של מולים, גובים רבים, ונפוחיתיים רבים, מונו וסקטים.
תחזוקת אקווריום.
אקווריום אידיאלי משחזר את האיזון בטבע בתוך מערכת סגורה של אקווריום. בפועל, זה כמעט בלתי אפשרי לשמור על איזון מושלם. כדוגמה, יחסי טורף-נטרף כמעט ובלתי אפשריים לשימור אפילו באקווריום הגדול ביותר. בדרך כלל, מגדל האקווריום חייב לשמור באופן פעיל על האיזון במערכות האקולוגיות שקיימות באקווריום.
יצירת מערכת מאוזנת קלה יותר בנפחים גדולים יותר של מים מקטנים והשינויים בה פחות קיצוניים, לדוגמה: מותו של דג במיכל 10 ליטר גורמת שינויים דרמטיים במערכת, בעוד מוות של אותו דג ב-400 ליטר באקווריום שמכיל דגים רבים עשוי להיגרם רק שינוי קטן. מסיבה זו, חובבים מעדיפים לעיתים קרובות מיכלים גדולים ככל האפשר, שכן הם דורשים פחות תשומת לב אינטנסיבית. אותו מושג נכון גם על מערכת הסינון, ועל מערכות חיצוניות (מחוץ למיכל) בפרט. ככלל, ככל שהמערכת סינון גדולה יותר בהתאם לאקווריום אותו היא מסננת, כך היא תהיה מסוגלת יותר לשמור על מערכת יציבה. מערכות סינון חיצוני מספקת גם יתרון נוסף של הגדלת נפח המים הכולל לשם דילול השפעה של שינויים. לדוגמה, אקווריום חיצוני של 190 ליטר עם מסנן שמכיל 40 ליטר, יוצר 230 ליטר מים במערכת, ועלייה של מעל עשרים אחוז.
באקווריום מתבצעים מספר רב של מחזורים ביוגיאוכימיים; חמצן מומס נמצא על פני קו המים ונכנס אליהם על ידי משאבת אוויר או תנועה כלשהי על פני המים כמו גלים בסביבה טבעית, והפחמן הדו-חמצני מתמוסס לאוויר. מחזור הפוספט, ומיחזור אקולוגי, שבו גופרית וברזל- יסודות קורט המזינים את המערכת ומגיעים מהמזון יוצאים כפסולת. טיפול נאות במחזור החנקן, יחד עם אספקת מזון מאוזנת ומסה ביולגית יציבה, בדרך כלל מספיקים כדי לשמור על מחזורים אלו באיזון.
תנאי מים.
החומרים המומסים במים הם אולי ההיבט החשוב ביותר של תנאי המים. תוכן המלח, או מליחות, הוא הערך הכי בסיסי ומהווה סיווג של תנאי המים: אקווריום מים מתוקים (מליחות של 0.5 PPT), המדמה סביבה של אגם או נהר; מים מליחים (מלח ברמה של 0.5 עד 30 PPT), המדמים סביבות ביניים בין מים מלוחים ומלוחים, כגון שפכי נהרות; מים מלוחים (רמה של 30-40 PPT), המדמה סביבה של אוקיינוס או ים. מלח בריכוזים גבוהים יותר משמש לגידול אורגניזמים מסוימים שחיים ברמות מליחות גבוהות במיוחד.
מספר תכונות מים אחרות נובעות מחומרים מומסים במים וחשובים לדימוי מדויק של סביבות טבעיות. במים מלוחים ה־PH בה בדרך כלל אלקלית, בעוד במים מתוקים ה־PH משתנה בהתאם למיקום המים.
"קשיות" מודדת את מודד את כמות התוכן המינרלי המומס, מים קשים או רכים עשויים להיות מועדפים בהתאם לסוג הדגים שנבחר לגדל. מים קשים בדרך כלל אלקליים, בעוד מים רכים בדרך כלל נייטרלים או חומציים. התוכן האורגני המומס והגזים המומסים גם הם גורמים חשובים.
אקווריומים ביתיים משתמשים בדרך כלל במי ברז המסופקים דרך רשת אספקת המים המקומית שלהם. בגלל הכלור המשמש לחיטוי אספקת מי שתייה לצריכה אנושית, לא ניתן להשתמש במי ברז באופן מיידי. בעבר, היה ניתן "לטהר" את המים ופשוט לתת להם לעמוד במשך יום או יומיים, דבר שגורם לכלור להיעלם. עם זאת לאחרונה, החלו רשויות המים להשתמש בכלוראמין לחיטוי המים משום שנשאר יותר זמן במים ופעולתו אפקטיבית יותר. על מנת לטפל בבעיה קיימים תוספים בשם 'אנטי כלור' המסירים כלור וכלוראמין ומאפשרים להשתמש במי ברז. אקווריום מים מליחים או מלוחים דורש תוספת של תערובת של מלחים ומינרלים נוספים.
במערכות מתקדמות יותר נהוג לשלוט אף באלקליניות המים, קשיותם וריכוז החומר האורגני בהם. זה יכול להתבצע על ידי תוספים כגון סודיום ביקרבונט כדי להעלות את ה-pH. חלק מהמגדלים משתמשים באוסמוזה הפוכה לטהר את המים, אמצעי נוסף אך הרבה פחות נפוץ ממנו הוא בעזרת דיוניזציה. לעומת זאת, אקווריום ציבורי עם נפח מים גדול צריך לעיתים קרובות לאתר לעצמו מקור מים טבעי (כגון נהר, אגם או אוקיינוס) כדי לקבל גישה קלה למים הדורשת טיפול מינימלי בלבד.
טמפרטורת המים מהווה את הבסיס לאחד משני הסיווגים החשובים ביותר באקווריום: טרופי לעומת מים קרים. רוב הדגים ומיני צמחים יכולים לסבול רק טווח מוגבל של טמפרטורות מים: אקווריום טרופי שבו שומרים על טמפרטורה ממוצעת של כ 25 °C, דגים טרופיים הם בין הפופולריים ביותר. ומים קרים שבו מקפידים לשמור על טמפ' נמוכה מטמפ' החדר. אחר מהדברים החשובים ביותר, הוא טווח טמפרטורת עקביות; רוב האורגניזמים אינם מורגלים לשינויים פתאומיים בטמפרטורות, דבר אשר יכול לגרום הלם ולהוביל למחלות. טמפרטורת המים יכולה להיות מווסתת על ידי מד חום וחימום.
זרימות באקווריום גם הם דבר חשוב בעיקר במערכת המדמה מערכת אקולוגית טבעית. הדגים עשויים להעדיף זרימות כמעט לא מורגשות עד מהירות, המדמות זרמים. תנועת מים יכולה להיות נשלטת באמצעות אוורור ממשאבות אוויר, ראשי כח, משאבות ותכנון של זרימת מים (כגון מיקום מערכת סינון נקודות של כניסה ויציאה).
מחזור החנקן.
דגים הם בעלי חיים היוצרים פסולת אחרי שהם מעכלים את המזון, אשר בו המגדלים צריכים לטפל. דגים, חסרי חוליות, פטריות וחיידקים מסוימים מפרישים חנקן בצורת אמוניה (או לחלופין אמוניום במים חומציים) אשר מפורקת על ידי מחזור החנקן. אמוניה מופקת גם באמצעות הפירוק של הצמח והפרשות בעלי חיים, כולל צואה ופסולת אחרת. מוצרי פסולת חנקן הופכים רעילים לדגים ולתושבי אקווריום אחרים מעל ריכוז מסוים.
התהליך.
מיכל מאוזן היטב מכיל אורגניזמים המפרקים את הפסולת שמייצרים הדגים. האמוניה במיכל עוברת מטבוליזם על ידי חיידקי ניטריפיקציה המפרקים את האמוניה לניטריט. גם הניטריט רעיל מאוד לדגים בריכוזים נמוכים, אך פחות מן האמוניה. חיידקים נוספים, מסוג "Nitrospira", ממירים את הניטריט לניטראט. תהליך זה מכונה בקרב החובבים כתהליך ה'סייקל'.
באקווריום צמחייה, צמחי מים יכולים לצרוך אמוניום וחנקה כחומרים מזינים ולהסיר אותם מן עמודת מים בעיקר דרך העלים. אך יכולים גם לצרוך חלק מן החומרים מזינים דרך השורשים שלהם, בתוך או על המצע או באמצעות שורשי אוויר הנמצאים בעמודת המים. בנוסף, חנקן וחומרים מזינים אחרים, זמינים עבור ספיגת שורשים על ידי פירוק החומר האורגני במצע כמו גם פירוק של בוצה. בעוד כמויות קטנות מאוד של עלים נרקבים עשויים להתפרק במחזור החנקן ולשמש כחומר מזין לאקווריום צמחייה, בפועל מגדלים רבים נוהגים לגזום ולהסיר כמויות ניכרות של עלים רקובים.
שמירה על מחזור החנקן.
אף על פי שנקרא "מחזור החנקן" על ידי חובבים, המחזור אינו מוחלט: חנקן חייב להיות מוסף תמידית (בדרך כלל בעקיפין, דרך האוכל) להפך לחנקות ולקיים את מחזור החנקן.
חובבים מתחילים בדרך כלל מפעילים אקווריום שבו עדיין לא קיים המחזור, דבר שיכול לגרום לתמותת דגים ולמחלות. אחת מהדרכים להתמודד עם הבעיה היא להחליף מים באופן קבוע וכך לדלל את כמות החנקות במים עד התבססות המערכת וריבוי החיידקים.
בפילטר באקווריום קיים סינון ביולוגי: 'מדיות' המיועדות במיוחד ליישוב על ידי חיידקי הניטרפיקציה.
בנוסף קיים גם סינון כימי: פחם פעיל וחומרים אחרים, כגון סופח אמוניה המפסיקים לפעול כאשר כל הנקבוביות שלהם מלאות, ולכן רכיבים אלה צריך להיות מוחלפים מעת לעת.
באקווריומים חדשים לעיתים קרובות יש בעיות הקשורות למחזור החנקן עקב חוסר חיידקים מועילים, אשר ידוע כ-"תסמונת האקווריום החדש". לכן, מיכלים חדשים צריך להתבסס לפני שמתחילים לאכלס אותם בדגים. ישנן שלוש גישות בסיסיות: ללא דגים, "המחזור השקט", ואכלוס איטי.