אף ששלטונות מצרים הקפידו בראשית התקופה להמשיך ולתמוך בממשלת כל פלסטין, לפחות באופן רשמי, הרי שככל שעבר הזמן הלכו וגברו ההגבלות שהוטלו על אל-חוסייני, ובד בבד הלך וגבר הניכור בין שלטונות מצרים לממשלה שבראשותו, בין היתר בשל יחסיו של אל-חוסייני עם גורמי אופוזיציה לשלטון החדש, ובעיקר עם תנועת האחים המוסלמים, אשר בעיני השלטון נחשבה לאופוזיציה העיקרית להמשך שלטונם במדינה. היחסים בין אל-חוסייני לשלטון המצרי, ובעיקר עם נשיא מצרים גמאל עבד אל נאצר הגיעו בסופו של דבר למבוי סתום בעקבות ניסיון ההתנקשות בחיי נאצר מצד האחים המוסלמים בשנת 1954, כאשר בעקבות קשריו עם האחים המוסלמים נחשד אל-חוסייני בחוסר נאמנות לשלטון המצרי.
בשנת 1952 טען בראיון למגזין אמריקאי כי "ארצם של הערבים הפלסטינים" הייתה בעבר "שייכת לעמים הלא-יהודים של פלסטין".
בדצמבר 1953 ביקר אל-חוסייני בסוריה, ביקור שעורר חשדות שהגיע להמריץ הסתננות של פליטים לישראל. באותו חודש כונסה "הוועידה האיסלאמית" בירושלים המזרחית, והשלטון הירדני לא הירשה לו להיות נוכח בה. בדצמבר 1954 ביקר אל-חוסייני בביירות, ולמודיעין הירדני נודע כי הוא מתכנן ליצור אירועים ביטחוניים בישראל שמטרתם לסבך את ירדן, ומתכנן גם להתנקש בחייו של מוסא אל-עלמי, שישב ביריחו. על פי מודיעין הלגיון הירדני, בקיץ 1955 פעלו מדמשק שתי כנופיות, שאחת מהן הונהגה ישירות על ידי אל-חוסייני. ייתכן שהן ביצעו באותה שנה פעולת טרור בישראל, אולם נראה כי שתיהן חדלו לפעול כבר באותו קיץ. בתחילת 1956 פעל אל-חוסייני לקידום הקמת חטיבה פלסטינית, המורכבת מלוחמים פלסטינים ב-1948 וממומנת על ידי סעודיה.
עם טשטוש הצביון הפלסטיני של הגדה המערבית על ידי ממלכת ירדן והימנעותה של מצרים ממתן עצמאות מדינית לפלסטינים ברצועת עזה, חיפש אל-חוסייני הזדמנות מדינית שתסייע לו להחזיר את הנושא הפלסטיני אל ראש סדר היום הערבי. ביולי 1958 התחוללה הפיכה בעיראק ואל-חוסייני ניסה לזכות בתמיכת המשטר החדש במאבק הפלסטיני לעצמאות. בסוף אותה שנה, עקב הניסיונות המצריים להטיל על עיראק את מרותה של קע"ם, הפכו היחסים בין המשטר העיראקי ובין השלטון המצרי לעוינים, וכתוצאה מכך גרמו המגעים של אל-חוסייני עם המשטר העיראקי למתיחות מחודשת בינו לבין השלטון המצרי. השלטונות המצריים דאגו לפרסומן של כתבות עוינות בעיתונות על תפקידו בנכבה, נושא שזכה זה מכבר להתייחסויות רבות ברחבי העולם הערבי. המופתי נאלץ בסופו של דבר לעזוב את ביתו ברובע הליופוליס בקהיר ולצאת ממצרים ללבנון. באוגוסט 1959 העביר את משרדי המוסד הערבי העליון לסוק אל-ע'רב בביירות. ממשלת כל פלסטין המשיכה להתקיים רשמית עד 1959, אולם לא הייתה לה שום משמעות מדינית.
בלבנון 1959–1974.
קשרים עם עיראק 1959–1963.
בנובמבר 1959, שלח אמין אל-חוסייני בשם המוסד הערבי העליון תזכיר לכל ממשלות ערב, בו תבע מהן "לטפל בבעיה הפלסטינית" במטרה לממש את השאיפה "לשרש את התוקפנות היהודית נגד פלסטין ולטהר אותה מציונות", ושיש להקים צבא פלסטיני, שיהיה הראשון מבין צבאות ערב "אשר יצעדו כדי לשחרר את פלסטין". ראש ממשלת עיראק, עבד אל-כרים קאסם, הגיב מיד לתזכיר ועל פי הוראתו גויסו צעירים פלסטינים מתוך כ-5000 פליטים שחיו בעיראק ואומנו על ידי הצבא העיראקי. בינואר 1960 הביע אל-חוסייני את תמיכתו בתוכניתו של קאסם בעניין הקמתה של רפובליקה פלסטינית. ירדן ראתה בחומרה את פעילותו של אל-חוסייני למען הקמת מדינה פלסטינית בגדה המערבית ודרשה ממשלת לבנון לאסור עליו להמשיך את פעולתו ממנה. לבנון נענתה לדרישה ואסרה עליו פעילות פוליטית, אולם אל-חוסייני המשיך את פעילותו מביירות, ממנה יצא מספר פעמים לבגדאד, כדי לעקוב אחר אימוני הצבא של הפלסטינים.
קאסם העניק למופתי סיוע כספי, בנוסף על זה שקיבל מסעודיה, שאפשר לו לנהל מנגנון הסברה ולנהל פעילות פוליטית בקרב ריכוזי הפלסטינים בארצות ערב. כלי התקשורת העיראקיים פרסמו בהרחבה את פעילותו המדינית ואת הודעותיו הרבות. בעקבות ביקור של אל-חוסייני בבגדאד ביולי 1961, נפתח בעיר משרד הוועד הערבי העליון. בתום ביקורו בבגדאד ב-8 במאי 1962, אמר אל-חוסייני כי "תוכנית קאסם לשחרור פלסטין, שלפיה יוטל על העם הפלסטיני עצמו לשחרר את ארצו בתמיכת המדינות הערביות, היא תוכנית נכונה העולה בקנה אחד עם רצונו של העם הפלסטיני". מבגדאד יצא המופתי למכה, ל"ועידת האגודה המוסלמית", בה הבטיח קבלת החלטה ששללה את הניסיונות ליישב את הפליטים הפלסטינים בארצות ערב. בסוף מאי חזר לבגדאד ועמד בראש "הקונגרס האסלאמי העולמי". באוקטובר 1962 הגיע לאלג'יריה בראש משלחת פלסטינית שהשתתפה בחגיגות העצמאות שנערכו במדינה. בשנת 1962, עדיין בתור יו"ר הוועד הערבי העליון, פרסם אל-חוסייני את אמנת הוועד. אמנה זו היא האמנה הפלסטינית הראשונה אשר עקרונותיה שימשו מאוחר יותר כבסיס לאמנות המוכרות יותר של אש"ף (הנוסח עודכן ב-1968).
בתחילת 1963 תפסה את השלטון בעיראק מפלגת הבעת'. במסיבת עיתונאים אמר השר לענייני נשיאות האשם ג'ואד שהשלטון החדש יפסיק את הקשרים המיוחדים עם אל-חוסייני. היחס השלילי כלפיו מצד השלטון החדש נבע הן מקשריו עם השלטון הקודם והן מהרצון ליצור יחסי הבנה עם נאצר.
היריבות עם אש"ף והקשרים עם ירדן 1964–1969.
לתעמולתו של חאג' אמין הייתה השפעה רבה על הופעת ארגונים פלסטיניים מיליטנטיים במדינות ערב, ובשנות ה-60 התחולל מהפך בפוליטיקה הפלסטינית: ביוני 1964 הוקם "הארגון לשחרור פלסטין" (אש"ף), שבראשו העמיד נשיא מצרים, גמאל עבד אל נאצר, את אחמד שוקיירי. אל-חוסייני לא היה חלק מהארגון. לקראת כנס היסוד של הארגון בירושלים, עשה אל-חוסייני מאמצים רבים למנוע את קיומו ולשלול את הלגיטימיות שלו, וטען כי הנציגים בוועידה צריכים להיבחר ולא להתמנות. באמצע חודש מאי ארגן בלבנון כנס בהשתתפות כ-300 פלסטינים, שנועד להטות את דעת הקהל הפלסטינית כנגד אש"ף, בו הוחלט "כי העם הערבי הפלסטיני...יתנגד לתוכנית (של הליגה הערבית ושל שוקיירי) לחיסול בעיית פלסטין". אל-חוסייני ארגן הפגנות כנגד הישות הפלסטינית של אש"ף. שוקיירי ניסה לפייסו והציע לו להיות נשיא המועצה הפלסטינית העתידית, אולם אל-חוסייני והוועד הערבי העליון סירבו להשתתף בוועידה בירושלים. אל-חוסייני כעס על כך שמדינות ערב העדיפו על פניו את שוקיירי, וביטא את כעסו בהתקפה עליהן, על כך שלא מנעו את "גזילת המים הערביים" על ידי ישראל, בהפעלתה את המוביל הארצי.
לאחר העברת תמיכת הליגה הערבית לאש"ף באופן רשמי כמייצגם של ערביי פלסטין, בוטל מינויו של אל-חוסייני כיו"ר הוועד הערבי העליון. הקמת אש"ף, אשר לראשונה מאז מלחמת 1948 והקמת ממשלת כל פלסטין היוותה איום על טענתו של אל-חוסייני לייצוג בלעדי של בני העם הפלסטיני למול גורמי העולם, הובילה אותו לראשונה לשקול ברית עם אויבו ההיסטורי, בית המלוכה ההאשמי. החשש המשותף של אל-חוסייני ושל המלך חוסיין מפני כוחו של אש"ף הביאה אותם לפעול יחדיו. עוד בספטמבר 1963 שלח אל-חוסייני איגרת למלך חוסיין, שהובלטה בעיתונים של רבת עמון, ובה כתב לו כי קיומה של ממשלת ירדן הוא תנאי לפתרון שאלת פלסטין. בכך שינה אל-חוסייני את עמדתו רבת השנים שהתנגדה לקיומה של ממלכת ירדן, והוא החל פתאום לדבר על פתרונות שאין בהם ויתור על שטחים מצדה. לאחר שהתגלה קרע ב-1967 בין המלך חוסיין לבין יושב ראש אש"ף, אחמד שוקיירי, התייצב אל-חוסייני בגלוי לצד המלך נגד שוקיירי ונאצר. בתחילת פברואר 1967 הודיעה ירדן לליגה הערבית על החלטתה שלא להכיר באש"ף ולהחרים ועידות בהשתתפות שוקיירי. נאצר תקף בחריפות את המלך חוסיין, וזה החליט להזמין באופן רשמי את אמין אל-חוסייני לעמאן. בסוף פברואר, לאחר שהוקיע את המלך חוסיין במשך שנים רבות כאויב הלאומיות הפלסטינית, שיבח אותו חאג' אמין בגילוי דעת שפרסם, בו הסביר את תפנית שיתוף הפעולה שלו עם ירדן, בצורך להיאבק בתוכנית להפריד את הגדה המערבית מירדן, ובכך "להפוך אותה לרפובליקה חלשה ורופפת, מפורקת מנשק", שבסופו של דבר תתמזג "לתוך המדינה היהודית", לאחר שהיהודים יכבשו אותה "במועד הנוח להם".
ב-1 במרץ 1967 ביקר בירושלים המזרחית, לראשונה מאז שברח ממנה ב-1937. הוא נתקבל על ידי מושל מחוז ירושלים, מפקדי הצבא והמשטרה האזוריים ונכבדים פלסטינים. לאחר מכן המשיך להר הבית, שם עלה לקברים שעל ההר, ולאחר מכן התפלל במסגד אל-אקצא, בו הריעו לו המתפללים. בהתאם להסכם עם השלטון הירדני, הוא נמנע מלנאום במקומות בהם ביקר. המלך העמיד לרשותו מכונית-שרד מלכותית ובערבו של אותו יום נסע לעמאן ונפגש עם המלך. בפגישתו עם המלך, כינה את אנשי אש"ף "כוחות הרשע". למחרת ביקר בבית הווקף בירושלים. בירושלים הוא שהה למשך שבועיים והמלך העמיד לרשותו את ארמון הקיץ שלו בבית חנינא. ב-15 במרץ יצא מירדן למכה ובאמצע אפריל המשיך משם בחזרה לביירות.