פורפיריוס ידוע כמגן הפגאניות. חיבורו "פילוסופיה מאורקלים" (ביוונית: Περὶ τῆς ἐκ λογίων φιλοσοφίας; בלטינית: De Philosophia ex Oraculis Haurienda) כלל במקור שלושה ספרים וישנה מחלוקת באשר לזמן כתיבתו - אם נכתב בצעירותו, כדברי אונאפיוס, או סמוך יותר לזמן רדיפת הנוצרים תחת שלטונם של דיוקלטיאנוס וגלריוס. קטעים מהחיבור מצוטטים רק בכתבים נוצריים, במיוחד של אוסביוס, תאודורטוס , אוגוסטינוס ויואנס פילופונוס. קטעים אלה מספרים על מנהגי הקרבת קורבנות, על אופיו של הגורל האסטרולוגי ועל נושאים אחרים הקשורים בדת היוונית והרומית במאה ה-3 לספירה. ישנה מחלוקת בקרב החוקרים בנוגע לשאלה אם חיבור זה סותר את מאמרו המגן על צמחונות, שהזהיר את הפילוסוף וקרא לו להימנע מהקרבת בעלי חיים.
פורפיריוס, שהעריץ את פיתגורס שהטיף לצמחונות, כתב את החיבור "על הימנעות ממאכלי חיות" (ביוונית: Περὶ ἀποχῆς ἐμψύχων; בלטינית: De Abstinentia ab Esu Animalium), שבו התריע נגד "אי ההגינות שברצח בעלי חיים למטרת אכילה".
פורפיריוס טוען כי "למרות שאנו אוסרים מלחמה על חיות טרף בשל סיבות מוצדקות, עדיין אנחנו נמנעים מאכילת בעלי חיים החיים לצד בני האדם. זו הסיבה שהיוונים אינם אוכלים כלבים או סוסים או חמורים, אולם אוכלים חזירים וציפורים. מכיוון שחזירים הם חסרי תועלת אלא כמזון".
פורפיריוס טוען כי הקרבת בעלי חיים מתרחשת תחת לחץ חברתי ומעמת את הכניעה ללחץ עם עמידתם של היהודים בפני רדיפות על רקע סירובם לאכול חזיר: "וגם כאשר מלכים רבים התאמצו לשנותם הם העדיפו למות ולא לעבור על החוק, אנחנו בוחרים לעבור על חוקי הטבע ועל הצווים האלוהיים בשל פחד מבני אדם או מלשון הרע שעשויה לצאת מפיהם".
פורפיריוס היה אחד המלומדים המגוונים ביותר בעת העתיקה המאוחרת.
על פי עדותו של אוסביוס מקיסריה, פורפיריוס עסק גם בהיסטוריה של יוון. הוא עסק גם באסטרולוגיה, תאולוגיה ומוזיקה. הוא כתב "היסטוריה של הפילוסופים" (Philosophos historia) שכללה ביוגרפיות של פילוסופים ובהם פיתגורס ומורו של פורפיריוס, פלוטינוס. ספרו "חיי פלוטינוס" (Vita Pythagorae) שרד עד ימינו אלה. הביוגרפיה על אפלטון מהספר הרביעי שרדה רק בציטוטים אצל קירילוס האלכסנדרוני. פרשנותו על החיבור "הרמוניה" של האסטרונום תלמי (Eis ta Harmonika Ptolemaiou hypomnēma) היא מקור חשוב לתולדות התאוריה של ההרמוניה העתיקה.
כתבי פלוטינוס.
פורפיריוס כתב את מאמריו של פלוטינוס, ה"אנאדות" (Ἐννεάδες), במשך שנים. מ-253 לספירה עד לכמה חודשים לפני מותו בהערכה. פלוטינוס לא יכול היה לערוך את כתביו בעצמו בשל ראייתו הגרועה אך כתביו היו צריכים עריכה דחופה. כתב ידו של פלוטינוס היה גרוע מאוד, הוא לא הפריד כיאות בין המלים, והיה אדיש כלפי כתיב נכון. הוא לא אהב את המשימה של כתיבה מחדש, ולכן העביר אותה לפורפיריוס, שתיקן את הכתבים וסידר אותם.
פורפיריוס על היהדות והנצרות.
על היהדות.
פורפיריוס הפגין בכתביו התעניינות רבה ביהדות.
בספר הראשון של "פילוסופיה מהאורקלים", פורפיריוס מציין את "חכמת העברים" בין אומות אחרות הידועות בחכמתן, ומייחס לאורקל של אפולו את האמירה: "רק כשדים ועברים חכמה מצאו בסגידה טהורה לאל יציר-עצמו".
בחיבור "חיי פיתגורס", פורפיריוס מצטט את הסופר אנטוניוס דיוגנס, שכתב "שפיתגורס ביקר אצל המצרים, הערבים, הכלדיים (האשורים) והעברים, מהם למד את מדע החלומות".
בחיבור "נגד הנוצרים" לעומת זאת, כתב פורפיריוס שהמיתולוגיות של היהודים "הן בעלות שם רע בין כל בני האדם".
אחד האלמנטים העיקריים בעבודתו של פורפיריוס הוא טבעה המדעי של הביקורת שלו כלפי הברית הישנה, וכך הוא בעצם מבשר רחוק של מבקרי המקרא המודרניים. פורפיריוס גם תוקף את שיטת הפירוש האלגורי של כתבי הקודש. בחיבור "נגד הנוצרים" הוא מבטא את דעתו על אי-היתכנותו של סיפור בליעתו של יונה הנביא על ידי דג.
בחיבור "פילוסופיה מהאורקלים" מזהה פורפיריוס את האל היהודי עם הדמיורג, שבהתאם לתורת האורקלים הכלדיים, מזוהה כאל השני, כלומר האינטלקט שמעצב את העולם.
בחיבור "על מערת הנימפות" הביא פורפיריוס ציטוט ישיר של נומניוס מאפאמיאה, שציטט את הפסוק "רוח אלוהים מרחפת על פני המים" מספר בראשית והזכיר את משה בכנותו אותו "הנביא".
אם החיבור "Ad Gaurum" הוא אכן פרי עטו של פורפיריוס, גם בו נעשה שימוש בספר בראשית, שם הוא מצטט את "התאולוג של העברים" בהקשר להשקפה שכאשר גוף האדם נוצר, "אלוהים נשף אוויר מעצמו אל תוך הגוף כדי שנשימתו תשמש כנשמה חיה".
אוסביוס מקיסריה ציין בהקדמה לכרוניקון שלו, כי בספר הרביעי של החיבור הזה פורפיריוס מיקם כרונולוגית את משה כמעט 850 שנה לפני מלחמת טרויה, וזאת למרות שלדברי אוסביוס, מוסכם על סופרי ההיסטוריה העתיקה כי משה חי בתקופת אינכוס (מלכה הראשון של ארגוס) ואילו זה קדם למלחמה ב-500 שנה בלבד.
ביקורת על ספר דניאל.
כל הספר ה-12 של החיבור "נגד הנוצרים" הוקדש לביקורת על חזיונות דניאל. חלק ניכר מהחומר והטענות שהוא כלל השתמרו בפירוש של הירונימוס לדניאל. טענתו העיקרית של פורפיריוס הייתה שספר דניאל לא חובר על ידי אדם בשם זה, אלא על ידי יהודי מזמנו של אנטיוכוס אפיפנס, ומשום כך אינו נבואה. הוא סבר שספר דניאל הוא זיוף ולא היה שייך לכתבים העבריים, אלא המצאה שחוברה ביוונית. זאת הוא הסיק מהעובדה שבמעשה שושנה, כאשר דניאל מדבר אל הזקנים, ישנם ביטויים הכוללים משחקי מילים המתאימים יותר ליוונית מאשר לעברית, אולם לא ידע כי קטע זה אינו מופיע במקור העברי, אלא בספר חיצוני על נבואת חבקוק.
פורפיריוס טוען כי סופר ספר דניאל לא חזה את העתיד אלא כתב על אירועים שכבר קרו, ושכתב את הספר כדי להפיח את תקוותיהם של בני עמו.
פורפיריוס פירש בעקביות את הטקסט של ספר דניאל לאורם של אירועים אמיתיים בהיסטוריה הפוליטית של התקופה ההלניסטית, בהתבססו על מספר היסטוריונים יוונים בשביל העובדות ההיסטוריות.
הירונימוס ציין שפורפיריוס, כמו היהודים, חשב שהמלכות הרביעית הנזכרת בנבואה ב כזו שאמורה באחרית הימים לשלוט לנצח, מתייחסת לעם ישראל.
פורפיריוס מזהה בנבואה בדניאל את האירועים שהתרחשו בתקופת שלטונו של אנטיוכוס ובהם גם פרוץ מרד החשמונאים.
הוא סבר שהמילים "עזר מעט" מתייחסות למתתיהו החשמונאי, אולם טעה כשכתב שמתתיהו נהרג בקרב.
פורפיריוס הוא המקור היחידי הטוען כי אנטיוכוס הציב בבית המקדש בירושלים פסל של עצמו.
כרוניקון ועל הימנעות ממאכל חיות.
נראה כי לאחר מותה של קלאופטרה השלישית, יהודי מצרים, שתמכו בה באדיקות, נותרו נאמנים לבנה הצעיר תלמי אלכסנדר, שככל הנראה חיזק את שלטונו בעזרת קשרים קרובים עם נתיניו היהודים הרבים, כנגד אחיו הגדול, תלמי סוטר לתירוס. האירועים הללו נובעים מדברי פורפיריוס, שגורס כי תמיכת היהודים הייתה סיבה עיקרית לעוינותם של האלכסנדרונים לתלמי אלכסנדר, שהתבטאה במחיקת שנות שלטונו מהכרוניקות וצירופן לאלו של אחיו. עם זאת, מקורות אחרים המתייחסים לגירושו של תלמי אלכסנדר אינם מזכירים את חלקם של קשריו עם היהודים.
בספר הרביעי של החיבור "על הימנעות ממאכלי חיות", פורפיריוס מציין חיבור שיוסף בן מתתיהו כתב "נגד היוונים", אותו יש לזהות עם "נגד אפיון", ומצטט בפרפרזה מתוך הספר השני בחיבורו מלחמת היהודים, כאשר להקדמתו לתיאור הסערות והרדיפות שסבלו מהן היהודים תחת אנטיוכוס והרומאים, יש נימה אוהדת. הוא מזכיר את שלוש הכיתות של היהדות בתקופת בית שני (פרושים, צדוקים ואיסיים), כאשר על האיסיים הוא מצטט קטע שלם מיוספוס. הוא אף מדגיש את נחישותם של היהודים בהימנעותם ממאכלי בשר שונים: חזיר, דגים ללא קשקשים וכל בעל חיים שאינו בעל שסע; ומציין את האיסור על הריגת בעלי חיים שמצאו מקלט בביתם ועל הרג חיות יחד עם צאצאיהן, ואת המצווה לחוס על בעלי חיים המסייעים לאדם בעבודתו, אפילו בארץ אויב. הוא מסביר שהמחוקק "לא חשש שבעלי החיים שאסורים לקורבן יתרבו ויגרמו לבני האדם רעב, כי הוא ידע שבעלי החיים המתרבים הם בעלי תוחלת חיים קצרה, ושרבים מהם ימותו אם לא יקבלו תשומת לב אנושית ושישנן חיות אחרות התוקפות את אלו המתרבות".
בחיבורו זה סבר פורפיריוס כי היהודים (והפיניקים) נמנעו מאכילת חזיר "משום שבמקומותיהם לא היו כלל חזירים בנמצא".
על הנצרות.
בחיבור "פילוסופיה מהאורקלים", פורפיריוס מבטא את ההשקפה שהיהדות עולה על הנצרות.
גישתו כלפי היהדות, כפי שמתבטאת בחיבורו "נגד הנוצרים", היא אופיינית לפולמוסנים האנטי-נוצרים הפגאנים הגדולים, מקלסוס והלאה. אהדתו של פורפיריוס נתונה למסורת היהודית על פני תורתו של פאולוס. ניתן לצפות לגישה זו מפורפיריוס, שגרס כי אדם צריך לעבוד את האלוהות על פי המסורת הלאומית.
פורפיריוס נודע כמתנגד לנצרות, והגן על פילוסופיה הנובעת מבת קולם של האלים. בחיבורו "נגד הנוצרים" כתב: "האלים הכריזו על ישו כירא שמים, אך הנצרות היא דת רעה ומבולבלת." הוא חשב כי מנקודת מבט פילוסופית, האמונה הנוצרית מהווה השקפה אבסורדית ולא הגיונית על האלוהות. השקפתו האנטי נוצרית גרמה לאיבה מצד סופרים נוצריים ובהם אוסביוס מקיסריה, שכינה אותו "אויבם של הנוצרים".
ב"פילוסופיה מהאורקלים" פורפיריוס אף מצדיק את הוצאתו להורג של ישו.
ב"נגד הנוצרים" פורפיריוס טוען לגבי פסוק מהברית החדשה האומר כי בתורת משה נכתב על ישו, כי הוא "מלא טיפשות", מאחר שלדבריו חיבוריו של משה נשרפו עם חורבן בית ראשון. לטענתו, כל מה שנחשב כחוקיו של משה, בעצם נאסף על ידי עזרא הסופר, וגם אם אכן חוברו על ידי משה, פורפיריוס מציין כי אין בהם שום רמז לאלוהותו של ישו או למות בצליבה.