תכנון המוזיאון היה כרוך במחשבה לפיתוח סביבת מישור גיזה ולקישור תחבורתי והשתלבות בשיפור העיר והתיירות עם מיזמים נוספים שנבנו לפני ובמקביל בכרך קהיר. אלו כוללים מגורים, בילוי ועסקים, ובעיקר ביחס לנגישות המוזיאון, אמצעי תחבורה יבשתיים ואוויריים שנבנו באותה תקופה של בניית המוזיאון. קו רכבת תחתית חדש יעבור לצד המבנה עם תחנה למוזיאון, ויחבר אזורים נוספים ממערב לנילוס עם מרכז קהיר ועם דרכי המזרח המרוחק עשרות קילומטרים ממזרח לנילוס של שכונות ומתחמי העיר קהיר החדשה שגם בהקמתה הוחל בשנות האלפיים. הרחבת הרכבת נועדה לעקיפת תנועת התחבורה האיטית מאוד בכבישים העמוסים במרכז קהיר, כמו גם הוספה בכלל של קווי תחבורה ציבורית שלא היו קיימים קודם לגישור בין אזורי הבינוי החדשים בכרך קהיר. בצפי להגעת מיליוני מבקרים למוזיאון בכל שנה, משופרות גם דרכים קיימות המגיעות למתחם המוזיאון ולמתחם הפירמידות, ביניהן דרך "פאיום" שמסלול נתיביה יורחב פי ארבעה לכמות המכוניות הצפויות להגיע לשני המתחמים הקרובים. המוזיאון גם הוקם סמוך לכביש הטבעת המהיר של כרך קהיר, ונסיעה קצרה מנמל התעופה הבינלאומי ספינקס שנפתח באופן רשמי לטיסות פנימיות בין ערי מצרים בראשית שנת 2019 ונפתח לטיסות בינלאומיות בראשית שנת 2020, כשנת הפתיחה המתוכננת הרשמית של המוזיאון. מתואר כי גם הכבישים הפנים-ארציים הוותיקים יותר עושים את הנסיעה קלה דיה מהמוזיאון עד לחופי ים סוף במזרח המדינה, כך שמטיילים השוהים באתרי נופש לאורך חופים אלו הידועים כאהודים מאוד, ואלו השוהים בקהיר, יכולים גם לעשות טיול יום לכל אחד משני המקומות.
הקמת המוזיאון כרוכה בעלות שבסביבות מיליארד דולר. ממשלת מצרים קיבלה הלוואה של 460 מיליון דולר מממשלת יפן. המוזיאון הוכרז בשנת 1992, בחלקו כרעיון להתמודדות עם "מה שנחשב למבחר די לא מספק של מוסדות שהציגו את מורשת מצרים". המיקום, בשולי כרך קהיר, נבחר על מנת לעקוף את חוויית ניידות המבקרים דרך "התנועה הידועה לשמצה של מרכז קהיר", אך גם בהתייחסות משרד הארכיטקטים מאירלנד "הנגאן פנג" לתנאים החיוניים לשמירה על הפריטים, ולמניעת צפיפות מבקרים ומתן תהודה טובה לשמע בחלל המבנה החדש. טקס הנחת אבן הפינה, על ידי נשיא מצרים דאז חוסני מובארכ, נערך בשנת 2002, וב-2003 הוחל בתחרות להגשת תרשימים ועיצובים למבנה עם קבלת 1,557 הצעות מחברות מהנדסים ומעצבים מ-82 מדינות. הבנייה נדחתה מ-2006 לאור מהומות ומצב ביטחוני עם דחיית הפתיחה במספר שנים. הבנייה החלה ב-2012 בעבודה הכוללת 7,000 פועלים לערך בבינוי ו-400 במעבדות לשימור המוצגים
. פתיחת המוזיאון הרשמית פורסמה, גם לאחר דחיות, ל-2022, עם ניצול ההזדמנות להכרזתה תחת מאה שנה לגילוי אוצרות תות ענח' אמון. לבסוף הוקדם הצפי שוב, תוך הצלחת פתיחה מוגבלת לסיורים במוצגים שכבר הועברו ובעבודות השימור והבנייה המתמשכות מסוף 2018, ותכנון טקס פתיחה רשמי בקנה מידה עולמי בשטח המוזיאון בשנת 2020, בהשתתפות ראשי מדינות ואנשים חשובים נוספים מרחבי העולם.
הנהלת המוזיאון צופה הגעה של חמישה מיליון מבקרים כבר בשנתו הראשונה ושואפת בהמשך לעבור רף של שבעה מיליון בשנה, כמספר המשתווה והגובר על כמה מהמוזיאונים הגדולים והאהודים בעולם דוגמת מטרופוליטן בארצות הברית. מחיר כרטיס יהיה כמה עשרות שקלים, בהתאם לדמי הכניסה הנגבים במוזיאונים הגדולים והמבוקרים בעולם שבתשלום קבוע דוגמת לובר בצרפת. המוזיאון המצרי בכיכר תחריר בלב קהיר ימשיך להתקיים, וברגע שיסתיים תהליך ההעברה ההדרגתי של כמעט כלל מוצגיו למוזיאון החדש, גם למבנהו מתוכנן שיפוץ מקיף. הוא צפוי לעורר פחות עניין בינלאומי ותיירותי, להיות מבוקר בעיקר על ידי אנשים עם עניין עמוק בתרבות מצרים העתיקה, ואנשים הלומדים והעוסקים בתחום. עם זאת, הוא יאכלס כמות כלשהי של מוצגים בעלי ערך רב השווים בחשיבותם למוצגים בולטים במוזיאון החדש ובאמות המידה של מוזיאוני העתיקות החשובים בעולם. ראש התחום הארכאולוגי של המוזיאון המצרי החדש, אלטייב עבאס, חווה כי "יהיה יותר ממספיק מקום בשבילנו לקבל בברכה את העולם ולהראות להם את מיטב תרבותנו העתיקה".
האוסף רוכז על ידי רשות העתיקות של מצרים, כאמור בעיקר מהמוזיאון המצרי שבכיכר תחריר אך בצד פריטים רבים ממוזיאונים ומקומות אחסון שבערים לוקסור, סוהאג, אסיוט, אל-מניא, בני סויף ופיום שבהתאמה מדרום לצפון לאורך הנילוס, עד לאתרים שנמצאו בסביבת קהיר, וצפונה מקהיר ממוזיאונים שביישובי אזור דלתת הנילוס עד העיר אלכסנדריה לשפת הים התיכון, כמו גם אותם המקומות שהיו מרכזי התרבות העתיקה. הפריט הראשון שהועבר לרשות המוזיאון ולמעשה נקבע באדמה החולית כשלאחריו וסביבו נבנה המוזיאון ואף הריצוף הסובב, הוא של רעמסס השני הניצב בחלל הכניסה ולאחריו העברה הדרגתית של פריטי תות ענח' אמון במקביל למוצגים אחרים. טיפול דקדקני בשיקום ושחזור כל פרט ופרט על פני המוצגים נעשה במעבדות במרכז השימור של המוזיאון. כן מתאפשרים סיורים בהזמנה לקבוצות קטנות, לצפייה בעבודת המעבדות שבמרכז השימור, בעיקר שחזור ושיקום פריטי תות ענח' אמון, צפייה בפסל רעמסס השני, ובעבודות הבנייה המתמשכות. הממשלה ורשות העתיקות של מצרים עושות מאמצים להשיב למדינה פריטים שהועברו, נרכשו או נגנבו ממוזיאונים בעולם ומאוספים פרטיים, ולאסוף פריטים נוספים מחפירות לגילויים מתמשכים.
אוסף.
המוזיאון יאורגן בחלוקת ארבעה עידנים לקורות מצרים העתיקה ולחיי תות ענח' אמון, ולפי תצוגות לשלושת הנושאים דת-"אמונות ונצח", שלטון-"מלוכה וכוח" וציבור-"חברה", בצד שימוש בעזרים חזותיים ובהמחשות ממוחשבות למציאות מדומה ב"שיטוט" בין חפצים, דמויות, מבנים וסביבות מתרבות מצרים העתיקה. זאת במצגי השפעת יחסי מסחר ושלטון במפגשי המזרח הקרוב ואגן הים התיכון על תרבויות מדבר סהרה בצפון אפריקה בהם מצרים, חבלי מסופוטמיה, לבנט ואנטוליה באסיה, ובלקן ועד חצי האי האפניני באירופה, בהיקף שמן גיבוש ישות מצרית במהלך התקופה הנאוליתית ועד היעלמותה כמושבה תחת התפשטות הנצרות כדת אל אחד לשלהי כלל העת העתיקה ומהלך התקופה הביזנטית. זאת למיקוד במצגי מרכזי הפולחן האלילי, המדע והאומנות שבראשם בסדר היסטורי פיום, אבידוס, ממפיס, תבאי ואלכסנדריה בעמק לצפון נהר נילוס כעורק חיי סהרה ותשתית התרבות, עם התיישבות למזרח הנהר כעליית השמש לחיים וקבורה למערבו כשקיעתה למוות, לאורך תהפוכות שלושים ואחד שושלות שלטון, ועד המחשת המשכיות תחת שליטים מתרבות יוונית. כל זאת עם הקדשת תצוגות ואשליות חזות ושמע לאלפי חפצי ותיעוד הסביבה, המלבושים, המזונות, ולוחות הזמנים של תות ענח' אמון שמלך במסגרת תקופת שיא מדינית ותרבותית של מצרים העתיקה.
העידן הקדום.
תיעוד כלל מהלך האלף השישי לקצה האלף השלישי לפני הספירה שמן התקופה הקדם-שושלתית בהתקבצות שבטים לחקלאות ויישובי קבע במרחב צפון עמק נהר נילוס ותחילת קשרים עם השבטים הסובבים במדבר סהרה וחבלי לבנט ומסופוטמיה עד גיבוש לשתי ממלכות, איחודן כתקופה השושלתית המוקדמת לכדי הממלכה הקדומה, ועד התפרקות מדינית לתקופת ביניים ראשונה.
קדם השושלות, 2,850 שנים בקירוב, סביבות 6,000 עד 3150 לפני הספירה: תיעוד תהליך מדבור סהרה בכלל צפון אפריקה המשאיר את הנילוס כמקור המים השופע היחיד ועורק החיים העיקרי בצפון היבשת, שהביא להתקבצויות ציידים-לקטים לחקלאות וליישובי קבע לצפון הנהר, ולאחריהם התגבשות כפרי החקלאים לערים ולשתי הממלכות מצרים העליונה בדרום שבירתה נחן ומצרים התחתונה בצפון שבירתה ממפיס עם תרבויות נבדלות. זאת במקביל לתחילת קשרי תרבות ומסחר עם שבטי נאות המדבר ממערב לנילוס, נוביה ופונט מדרום ועם אוכלוסיות אורוכ במסופוטמיה וכנען ופיניקיה בלבנט. הפריטים והתיעוד כוללים קבוצות דוגמת מרימדה, פיום, התרבות הבדרית ועד שלב נקדה, פריטים הממחישים שתי תרבויות חומריות שונות, ופריטי כלים וחפצי אומנות הכוללים והמושפעים סגנונית ממפגש אלו עם תרבויות שונות נוספות מאזורים אחרים.
השושלות הקדומות, 460 שנים בקירוב, סביבות 3150 עד 2686 לפני הספירה: מהלכי השתלטות מצרים העליונה על התחתונה לאיחוד תחת שרביט נערמר ובתוך כך ייסוד השושלת הראשונה, תוך קביעת ממפיס בצפון כבירת כלל מצרים במקביל להמשכיות אבידוס בדרום כמרכז פולחני, ובערש התרבות של המצאת הכתב בתרבויות מסופוטמיה שעלו מאות שנים לפני כן. כל זאת בזמן שנחשב עדיין כשלב טרומי לגיבוש ממלכה מצרית אחידה ראשונה, עד תום השושלת השנייה. הפריטים והתיעוד כוללים את פולחן סגידת אלים ומלכים בתור אלים בעיר ממפיס בצפון, סגידה המתמקדת בחיים ובאחר המוות במבני קבורה ובעבודת האל אוזיריס בעיר אבידוס בדרום, והתחלת הכתב בציורים עד סימני אותיות לתקשורת כתוצאה מהשפעה גדולה על תחומים רבים באזור מצרים באמצעות מפגשים ומסחר עם תרבויות שומר ואכד מדרום מסופוטמיה.