וילסון אשר עמד בפני הסיכוי להילכד על ידי הגרמנים שפעלו מכיוון סלוניקי, בעודו מוקף בכוחות השריון הגרמני היורד מבעד ל"פרצת מונסטיר". ב-13 באפריל הוא משך את כל הכוחות הבריטים לנמל האליאקמון, ולאחר מכן הציב אותם במעבר הצר של תרמופילאי. ב-14 באפריל הקימה דיוויזיית הפאנצר ה-9 גשר מעבר לנהר האליאקמון, אך ניסיון להתקדם מעבר לנקודה זו נבלם באש עזה. להגנה זו היו שלושה מרכיבים עיקריים: אזור המנהרה של פלאטמונאס בין אולימפוס לבין הים, מעבר האולימפוס עצמו ומעבר סרוויה לדרום-מזרח. על ידי ניתוב ההתקפה דרך שלושת המעברים הללו, הקו החדש הציע כוח הגנה גדול בהרבה. ההגנות של מעברי האולימפוס והסרוויה כללו את החטיבה הניו זילנדית ה-4, החטיבה הניו זילנדית ה-5 והחטיבה האוסטרלית ה-16. במשך שלושת הימים הבאים, ההתקדמות של דיוויזיית הפאנצר ה-9 נעצרה מול עמדות אלה.
טירה הרוסה שלטה על הרכס שדרכו עבר מעבר החוף שהוביל לפלטמונאס. בליל ה-15 באפריל תקף את הרכס גדוד אופנועים גרמני שנתמך על ידי גדוד טנקים, אך הם נהדפו על ידי הגדוד הניו זילנדי ה-21 בפיקודו של לוטננט קולונל ניל מאקי שספג אבדות כבדות. מאוחר יותר באותו היום הגיע רגימנט משוריין גרמני ופגע ביחידות החוף וביחידות הפנימיות של הגדוד, אך הניו זילנדים החזיקו מעמד. לאחר חיזוקם בליל ה-15/16 בחודש, כללו הכוחות הגרמנים גדוד טנקים, גדוד רגלים וגדוד אופנועים. כוח הרגלים תקף את האגף השמאלי של הניו זילנדים עם שחר, בעוד הטנקים התקיפו לאורך החוף כמה שעות לאחר מכן. הניו זילנדים מצאו את עצמם במהרה מכותרים משני הצדדים, לאחר כישלונו של צבא מקדוניה המערבית להגן על העיר קוריצה האלבנית, אשר נפלה ללא התנגדות לארמייה האיטלקית התשיעית ב-15 באפריל, ואילצה את הבריטים לנטוש את העמדות בהר אולימפוס, וכתוצאה מכך נפלו בדבי 20,000 חיילים יוונים.
הגדוד הניו זילנדי נסוג, חצה את נהר פיניוס, ועם רדת החשכה הגיעו ליציאה המערבית של ערוץ פיניוס, וסבלו רק מאבדות קלות. מאקי התבשר כי "זה חיוני להחזיק את הערוץ נקי מאויב עד ה-19 באפריל, גם אם זה יגרום להכחדת הכוח". הוא הטביע את המעבורת מעבר לקצה המערבי של הערוץ, לאחר שכל אנשיו חצו את הנהר והקימו הגנות סביבו. הגדוד ה-21 חוזק על ידי הגדוד האוסטרלי ה-2/2 ומאוחר יותר גם על ידי הגדוד ה-2/3. כוח זה נודע בשם "כוח אלן" על שם מפקדו בריגדיר "טובי" אלן. הגדודים ה-2/5 וה-2/11 עברו לאזור אלתיה מדרום מערב לערוץ והצטוו להחזיק את היציאה המערבית למשך שלושה או ארבעה ימים.
ב-16 באפריל פגש וילסון את פאפאגוס בלמיה והודיע לו על החלטתו לסגת לתרמופילאי. לוטננט גנרל תומאס בליימי חילק את האחריות בין הגנרלים מאקי לפרייברג במהלך הנסיגה לתרמופילאי. כוחו של מאקי הוקצה להגנה על האגפים של החטיבה הניו זילנדית, דרומה כקו מזרח-מערב דרך לריסה, ולפקח על הנסיגה דרך דומוקוס לתרמופילאי של כוחות סייביג וזרקוס ולבסוף של כוח לי; הבריגדה הראשונה של הבריגדיר הבריטי הרולד שרינגטון הייתה אמורה לחפות על נסיגתו של כוח סייביג ללריסה, ולאחר מכן על נסיגת הדיוויזיה האוסטרלית ה-6 שתחת פיקודה יבוא; ולפקח על נסיגת כוח אלן שהיה אמור לנוע באותה דרך כמו החטיבה הניו זילנדית. הכוחות הבריטיים, האוסטרלים והניו זילנדים נותרו תחת התקפה במהלך הנסיגה.
בבוקר ה-18 באפריל, הקרב על עמק טמפה, המאבק על ערוץ פיניוס, הסתיים, כאשר חיילי חיל הרגלים הגרמני חצו את הנהר בגשר סירות, וכוחות הדיוויזיה ההררית ה-6 פילסו את דרכם סביב הגדוד הניו זילנדי, שהתפזר לאחר-מכן. ב-19 באפריל נכנסו כוחות הקורפוס ה-18 הראשונים ללריסה והשתלטו על שדה-התעופה, שם השאירו הבריטים את מלאי המזונות שלהם. התפיסה של עשר משאיות של מנות מזון ודלק אפשרה ליחידות החוד להמשיך ללא הפסקה. נמל וולוס, שבו החזירו הבריטים מחדש יחידות רבות בימים האחרונים, נפל ב-21 באפריל; שם תפסו הגרמנים כמויות גדולות של סולר יקר ונפט גולמי.
נסיגה וכניעה של ארמיית האפירוס היווני.
כשהגרמנים הפולשים התקדמו עמוק לתוך שטח היווני, ארמיית האפירוס של הצבא היווני שפעל באלבניה לא הסכימה לסגת. באמצע מרץ, בייחוד לאחר התקפת הטפלין, סבל הצבא היווני, לפי הערכות בריטיות, 5,000 נפגעים, והוא התקרב במהירות לתום הסיוע הלוגיסטי שלו.
צ'רצ'יל מתח ביקורת גם על מפקדי הצבא היווני על התעלמות מההמלצה הבריטית לנטוש את אלבניה ולהימנע מהכיתור. ב-11 באפריל הקורפוס הממונע ה-41 של גנרל גאורג שטומה תפס את המעבר של פלורינה-ויוי, אבל מזג אוויר מושלג וחד-פעמי עצר את התקדמותו. ב-12 באפריל הוא חידש את ההתקדמות, אבל בילה את כל היום בלחימה מול חטיבת השריון הראשונה של בריגדיר צ'רינגטון בפראסטיון. רק ב-13 באפריל החלו הכוחות היווניים הראשונים לסגת לעבר הרי פינדוס. נסיגתן של בעלות הברית לתרמופילאי חשפה נתיב מעבר להרי פינדוס, שדרכו יכלו הגרמנים לאגף את הצבא ההלני בפעולת מאסף. על חטיבת האס אס "לייבשטנדרטה אדולף היטלר" הוטלה המשימה לנתק את קו הנסיגה של צבא האפירוס היווני מאלבניה, על ידי התקדמות מערבה אל מעבר מטסובון ומשם ליואנינה. ב-13 באפריל מטוסי תקיפה מהטייסות 21, 23 ו-33 של חיל האוויר היווני (RHAF), תקפו עמדות איטלקיות באלבניה. באותו יום התקיימה לחימה כבדה במעבר קליסורה, שם הדיוויזיה ה-20 היוונית שחיפתה על הנסיגה היוונית, נאבקה בנחישות, ועיכבה את התקדמותו של שטומה כמעט יום שלם. הנסיגה נמשכה לאורך כל החזית האלבנית, והאיטלקים רדפו אחרי היוונים בהיסוס. ב-15 באפריל מטוסי חיל האוויר המלכותי האיטלקי תקפו את בסיס ה-RHAF בפארמייתיה, 30 ק"מ מדרום לגבול יוון עם אלבניה, והשמיד או הוציא מכלל פעולה 17 מטוסי VVKJ שהגיעו לאחרונה מיוגוסלביה.
הגנרל פאפאגוס העביר יחידות יווניות למעבר מטסובון, שם היו אמורים הגרמנים לתקוף. ב-14 באפריל נערך קרב בין מספר יחידות יווניות לבין חטיבת LSSAH שעד אז הגיעה לגרבנה. הדיוויזיות ה-13 והפרשים היוונייות חסרו את הציוד הדרוש להילחם ביחידה משוריינת, ולבסוף, ב-15 באפריל כותרו ונכנעו. ב-18 באפריל, הגנרל וילסון בפגישה עם פאפאגוס, הודיע לו כי הכוחות הבריטים וכוחות חבר העמים הבריטי בתרמופילאי ימשיכו להילחם עד לשבוע הראשון של חודש מאי, בתנאי שהכוחות היוונים מאלבניה יוכלו להתכנס מחדש ולהגן על האגף השמאלי. ב-21 באפריל המשיכו הגרמנים בהתקדמותם, כבשו את יואנינה, וניתקו את ציר האספקה האחרון של צבא האפירוס היווני. העיתונים של בעלות הברית תיארו את גורל הצבא היווני כטרגדיה יוונית מודרנית. ההיסטוריון וכתב המלחמה לשעבר, כריסטופר באקלי, תיאר את "גורל הצבא ההלני", ואמר כי "הוא חווה קתרזיס אריסטוטלי אמיתי, תחושה מעוררת השתאות של חוסר התוחלת של כל המאמץ האנושי וכל האומץ האנושי".
ב-20 באפריל הכיר מפקד הכוחות היווניים באלבניה - גנרל גאורגיאס צולאקוגלו - בחוסר התקווה של המצב והציע שצבאו, שהכיל אז ארבע-עשרה דיוויזיות, ייכנע. פפאגוס גינה את החלטתו של צולאקוגלו להיכנע, אף על פי שהגנרל יואניס פיצ'יקאס והגנרל גאורגיוס באקוס הזהירו אותו שבוע קודם לכן, כי המורל הירוד של צבא אפירוס הירוד ותשישות חייליו, גורמים לעריקה המונית שאילצה את הפיקוד היווני להוציא להורג עריקים שנתפסו. ההיסטוריון ג'ון קיגן כותב כי צולאקוגלו "היה כל כך נחוש ... כדי לשלול את האיטלקים את שביעות רצונם מניצחון שלא הרוויחו אותו ... הוא פתח במשא ומתן לא מורשה לחלוטין עם מפקד חטיבת האס אס הגרמני מולו, זפ דיטריך, כדי לארגן כניעה לגרמנים בלבד". על פי פקודות קפדניות של היטלר, המשא ומתן נשמר בסוד מהאיטלקים והכניעה התקבלה. זועם על החלטה זו הורה מוסוליני על התקפות-נגד נגד הכוחות היווניים, שנהדפו, אך במחיר כלשהו למגינים. הלופטוואפה התערב בלחימה המחודשת, ויואנינה נהרסה כמעט בידי מטוסי השטוקה. היה זה ייצוג אישי ממוסוליני להיטלר, לארגן את השתתפות איטליה בשביתת הנשק שהסתיימה ב-23 באפריל. חיילים יוונים לא נאספו כשבויי מלחמה והורשו לחזור הביתה לאחר שחרור יחידותיהם, בעוד שהקצינים שלהם הורשו להחזיק בנשקם.
קרב תרמופילאי.
כבר ב-16 באפריל הבין הפיקוד הגרמני כי הבריטים מפנים כוחות על אוניות בוולוס ובפיראוס. לאחר מכן המערכה קיבלה אופי של רדיפה. עבור הגרמנים הייתה זו עכשיו שאלה של שמירה על קשר עם הכוחות הבריטים הנסוגים וסיכול תוכניות הפינוי שלהם. דיוויזיות חי"ר גרמניות נסוגו בשל ניידותם המוגבלת. דיוויזיות הפאנצר ה-2 וה-5, הרגימנט הממונע ה-1 של האס אס ושתי דיוויזיות הרריות פתחו במרדף אחרי כוחות בעלות הברית.