באותה השנה (1936) עלה לארץ ישראל, והחל לעבוד בבית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי. בבית הספרים ניהל מספר מחלקות, בהן הכריכייה ומחלקת המוזיקה. בנוסף, היה אחד מהאחראים בספרייה לרכישת כתבי יד וספרים יקרי מציאות. במסגרת תפקיד זה נשלח בשנת 1947, יחד עם ספרן נוסף, חיים שלמה שפירא, לבדוק כתבים עבריים שהיו בידי הפטריארך האשורי-סורי בירושלים, אתנסיוס שמואל, ובכך היו שפירא והוא לישראלים הראשונים שבחנו את מגילות מדבר יהודה. משנוסד בית הספר לספרנות באוניברסיטה העברית, בשנת 1956, היה אחד ממוריו. מאוחר יותר, היה גם חבר המערכת של מפעל הביבליוגרפיה העברית. כמו כן, היה חבר ועדת הספרייה של בית הכנסת ישורון ופרסם מספר מאמרים בכתב העת מטעמו, "טורי ישורון".
בשנת 1962, לאחר למעלה מ-25 שנים בהן עבד בבית הספרים הלאומי פרש לגמלאות, אך דווקא אז החל ביתר שאת במלאכת ההוצאה לאור של סידורים ומחזורי תפילה במהדורה מדעית. ב-1970, הוציא לאור את הכרכים של ימים נוראים ממחזור לפי מנהגי בני אשכנז לכל ענפיהם‎. הוא נפטר בשנת 1972, בעודו עובד על "מחזור סוכות, שמיני עצרת ושמחת תורה, לפי מנהגי בני אשכנז". חלק מהארכיון של גולדשמידט, הכולל רבות מעבודותיו, בכתב ידו ובדפוס, מצוי במכון ליאו בק, בניו יורק.
בתו של גולדשמידט, החוקרת חוה גולדשמידט-פרנקל, נישאה ליונה פרנקל, חתן פרס ישראל לחקר ספרות התלמוד לשנת תש"ס. היא נפטרה בשנת 1995. חתנו זה המשיך את מפעלו המחקרי לאחר מותו.
אברהם פרנקל, נכדו, הפקיד את ארכיונו של גולדשמידט בספרייה הלאומית.
עבודתו ומחקריו.
פרסומיו המוקדמים בלועזית.
גולדשמידט נודע בעיקר במהדורות המדעיות של המחזורים וסידורי התפילה שהוציא לאור, אולם קודם התעניינותו בתחום זה, גילה עניין בלימודים קלאסיים, וכאמור בתחום זה כתב את עבודת הדוקטורט שלו (על כתביו של המדינאי היווני, הרטוריקן, אייסכינס). גם פרסומו הראשון (לאחר הגשת הדוקטורט) עסק באייסכינס, ואף לאחר שהחל להתמקד במחקריו בתחום התפילה והפיוט, לא זנח את נשוא מחקרו הראשון, ובשהותו בחו"ל בשנת שבתון מעבודתו בבית הספרים, הכין מהדורה מדעית לכתבי אייסכינס, אם כי לא הספיק לסיימה.
בתקופה זו הוא גם כתב, כאמור, את הערכים על האינקונבולים העבריים, במסגרת פעילותו ב"קטלוג הכללי של האינקונבולים" (Gesamtkatalog der Wiegendrucke), ובמקביל כתב, לרוב בלועזית, מאמרי ביקורת על מחקרים אחרים, בתחומים שלא היו קשורים ליהדות.
ה'הגדה של פסח'.
מהדורות ה'הגדה'.
בשנת 1936, שנת עלייתו לארץ ישראל, הופיע בברלין, בהוצאת שוקן, חיבורו הראשון הקשור ליהדות. המדובר בספרו "סדר הגדה של פסח" אליו צרף מבוא, תרגום לגרמנית והערות. בשנה שלאחר מכן (בשנת 1937) הופיעה מהדורה שנייה לספר. בשנת 1947 יצאה לאור המהדורה העברית של הספר, שנדפסה אף היא בשנית, בשנת 1948. מספר שנים אחר כך, בשנת 1953, יצאה לאור גם מהדורה אנגלית, המתבססת על הערותיו ופירושו של גולדשמידט. בשנת 1960 הוציא לאור מהדורה עברית חדשה, והיא כוללת את שכתב במהדורות הגרמנית והעברית וממצאים נוספים. מהדורה זו זכתה להצלחה גדולה ונדפסה שמונה פעמים נוספות. לאחר הופעת המהדורה העברית משנת 1960, יצאו לאור שלוש מהדורות נוספות באנגלית: מהדורה מתוקנת בשנת 1969, מהדורה מתוקנת (נוספת) בשנת 1979, ומהדורה מורחבת בשנת 1989, שאף זכתה להדפסות חוזרות.
הביקורת על ה'הגדה'.
על ההוצאה הראשונה של ההגדה, משנת 1936, כתב החוקר אפרים אלימלך אורבך:
ובהמשך הדברים, בהקשר למהדורה משנת 1960, הוסיף:
המהדורה העברית במתכונתה הנוכחית (הקיימת מאז שנת 1960), מורכבת משלושה פרקים: בפרק הראשון מנתח גולדשמידט את חלקי ההגדה, דן בסדר הבאתם ומשווה בין הנוסחים השונים, בעיקר על פי האמור בספרי הלכה, כתבי יד קדומים, תעודות מהגניזה הקהירית ומנהגי העדות השונות. בסוף הפרק דן גולדשמידט בסדר עריכתה של ההגדה; בפרק השני הוא עוסק בהגדה העתיקה ביותר שבידנו (מהגניזה הקהירית); בפרק השלישי מפרט את ההרחבות של ההגדה בימי הביניים; בסוף הספר, מלבד פרק מילואים, מובאת גם הגדה של פסח בהתאם לנוסח שתוקן על ידי גולדשמידט עצמו, וכן 40 צילומים מתוך הגדות שונות, כתובות ומודפסות, לרבות צילום כתב יד הגדה מן הגניזה. הנוסח שקבע גולדשמידט בספר זה נחשב לנוסח מהמדויקים ביותר.
מחקרו של גולדשמידט הפריך מספר פירושים תאולוגיים שהיו קיימים טרם זמנו וכן סברות היסטוריות-מדיניות מפי חוקרים אחרים, וכל העוסק בתחום חקר ההגדה, לרבות מי שאינו מסכים לקביעותיו, נזקק לחיבור זה. כך למשל, הפריך גולדשמידט את דעתו של פרופ' לואיס פינקלשטיין כי המדרש לפסוקי התורה המתחילים במילים: "ארמי אובד אבי" הוא מדרש קדום שנתחבר בזמן שלטון התלמיים, בשנת 220 - 240 לפני הספירה, ומוכיח כי דווקא הדעה המקובלת, לפיה המדובר במדרש תנאים, היא הדעה הנכונה.
החוקר יוסף היינימן שיבח את החיבור וציין כי "כל הניגש לנושא מכאן ולהבא בעל כרחו יזקק למחקריו (של גולדשמידט)", וכן כי "לפנינו ספר נאה מכל הבחינות, שהמעיין בו יפיק ממנו תועלת והנאה כאחת". עם זאת הוא מבקר את ההחלטה לצרף לחיבור הן את נוסח ההגדה מן הגניזה הקהירית (אשר נועד לדעת היינימן לאנשי המדע) והן את הנוסח הרגיל ותצלומי הגדות מימי הביניים (אשר נועד לקהל הרחב) וקורא לכך "תערובת מין בשאינו מינו". בנוסף, הוא מצביע על שגיאות דפוס שונות שנפלו במהדורה זו.
אשר לתוכן הספר, כותב היינימן כי "על אף היקפו המצומצם, הרי הוא מועט המחזיק את המרובה. נידונים בו לא רק הבעיות הנוגעות בהגדה של פסח במישרין אלא הרבה נושאים מכל תחומי ", אך הוא גם חולק על כמה מחידושיו. בין היתר, הוא אינו מקבל את קביעתו של גולדשמידט כי סדר השאלות ב"מה נשתנה" הוחלף במספר נוסחאות ("במקום להתחיל בטיבול לפי מהלך הסעודה, התחילו בחמץ ומצה"), וטוען כי "אין שאלת הטיבול מוסבת אלא על הטיבול השני לשם קיום מצות אכילת מרור, ואין שם אסמכתא להנחה שאכן הקדימו את אכילת מרור לאכילת (פסח ו)מצה". טענה אחרת של גולדשמידט אותה הוא דוחה, היא קביעתו שהפיוט "אתה גאלת" הוא "מהפיוטים העתיקים ביותר", מימי הגאונים הראשונים. במקרה זה נסתמך גולדשמידט על צונץ, והיינימן מציין כי כיום לא מסתמכים על צונץ בנושא זה ונוטים להקדים פיוטים אלה במאות שנים לתקופת הגאונים הראשונים. לבסוף, ובקשר לניסיונותיו של גולדשמידט למצוא את הנוסח המקורי של כל ברכה, מזכיר היינימן כי לא תמיד אכן קיים לברכה נוסח מקורי אחד.
פרסומים נוספים בנושא.
בנוסף לספריו הגדולים על ההגדה של פסח, פרסם גולדשמידט גם מספר מאמרים בנושא, השתתף בהוצאה המחודשת של "הגדת ראשי הציפורים", וכן כתב את הערך על ה"הגדה" באנציקלופדיה העברית ובאנציקלופדיה יודאיקה.
תנ"ך, מהדורת קורן.
בשנת תשכ"ב-1962 יצאה לאור, בהוצאת קורן ובגופן מיוחד, מהדורה חדשה של ספר התנ"ך. לדברי אליהו קורן, מייסד בית ההוצאה לאור ומעצב הגופן החדש, המטרה בהפקת מהדורה זו הייתה הוצאה לאור של "התנ"ך הראשון, שנערך, עוצב, יוצר ונכרך בידי יהודים בארץ ישראל", ולשנות בכך את המצב, הקיים מזה מאות שנים, שבו נדפס התנ"ך בבתי דפוס של נוצרים, בעיקר באירופה, והם שקבעו את נוסחו וצורתו (למשל החלוקה לפרקים במקום החלוקה היהודית לפרשיות, לסדרים או לפרשות השבוע, ופיצול חלק מהספרים). עם צאתה לאור, זכתה מהדורת קורן להצלחה רבה ומאז היא מודפסת מדי שנה בשנה. במשך השנים היא יצאה במספר גדלים ועם תוספות שונות.
גולדשמידט, הברמן ומי שהיה מזכיר האקדמיה ללשון העברית, מאיר מדן, היו אחראים על קביעת הנוסח והגהתו, ואף כי הם לא כתבו מבוא המפרט את המקורות עליהם הסתמכו בקביעת הנוסח, ידוע כי בקביעת נוסח התורה הם התבססו על החומש של רוו"ה (ר' ווֹלף (בנימין) בן שמשון היידנהיים), ובקביעת נוסח נביאים וכתובים הלכו בעיקר על פי נוסח הדפוס הראשון של מקראות גדולות (ונציה רפ"ד-רפ"ו), בתיקוניהם של מנחת שי ואור תורה.
מחזורים וסידורי תפילה.
מידע כללי.
בשנת תש"א החל לפרסם רשימות ומחקרים בתחום התפילה והפיוט, ובפרט בקשר למחזורים ולסידורי התפילה של העדות השונות. לצד רשימות ביקורת, כתב מחקרים רבים העוסקים במספר נושאים בתחום, ובין היתר, תיאר מנהגי תפילה ונוסחי ברכות, כתב השלמות למחזורים ולסדרי תפילה שונים ועוד. בנוסף, כתב ערכים שונים באנציקלופדיה העברית ואנציקלופדיה יודאיקה בתחום זה. לאחר מותו כונסו מרבית מאמריו בנושא, בכרך שיצא לזכרו, "מחקרי תפילה ופיוט".