במאה ה-11 חל זינוק נוסף במעמדה של היהדות בצרפת. ישיבות ומרכזי תורה רוחניים רבים קמו, וראשיהם החלו להתפרסם בכל קצוות העולם היהודי, ביניהם רבי שלמה בן יצחק (רש"י), רבנו גרשום בן יהודה מאור הגולה ורבי אליהו הזקן בן מנחם ממאנש, אשר כתב את האזהרות.
מסעות הצלב.
האידיליה של התקופה הקרולינגית הסתיימה בעקבות סכסוכים פנימיים בשושלת המלוכה, דבר שנתן לגיטימציה לכנסייה הנוצרית לצמוח ולהכפיל את כוחה פי כמה וכמה. בתקופת מסעי הצלב התגברה האנטישמיות הנוצרית בכל רחבי צרפת, וכמרים אשר הטיפו ל"שחרורה של ירושלים מידי הכופרים" הסיתו לעיתים קרובות נגד היהודים. הכנסייה הנוצרית דרשה לסווג את האדם על פי השתייכות גזעית או דתית, והטילה על היהודים את החובה לשאת טלאי על בגדיהם במקומות ציבוריים. נקודה זו הייתה מכרעת במצבם של יהודי צרפת; דרכי מסחר נסגרו בפני יהודים רבים, אפיקי הפעילות היהודית בחקלאות פחתו בצורה דרסטית, והממשל ומקצועות המלאכה לא ביקשו כוח עבודה מידי יהודים. המגבלות הרבות הביאו את חלקם לזנוח את עסקי המסחר והייעוץ לטובת עיסוקים כמו ספסרות, חלפנות והלוואה בריבית. אחת הדוגמאות הבולטות להתנכלויות מהן סבלו היהודים היא הפצתה של שמועה בכל רחבי העיר אורליאן, לפיה היהודים בארץ ישראל מסייעים לשולטן אל-חכים לפגוע בכנסיית הקבר בירושלים. בעקבות העלילה הזאת גורשו יהודי אורליאן מהעיר. בין מסע הצלב השני ומסע הצלב השלישי נערכו פוגרומים בקהילות היהודיות בצרפת. לשם דוגמה עלילת הדם בבלואה ב-1171.
ב-1182 פיליפ השני, מלך צרפת שהיה בן 17 שנה בלבד, היה עוין ליהודים, וזאת בהסתמך על יועציו. הוא גירש אותם מנחלותיו המלכותיות באיל-דה-פראנס. היהודים הורשו למכור את רכושם, להוציא נכסי דלא ניידי, שעברו לרשות הכתר הצרפתי. בתי הכנסת עברו לרשותה של הכנסייה הקתולית. כל חובותיהם של הנוצרים ליהודים בוטלו והיהודים הוכרחו לשלם לאוצר המדינה סכום השווה לחמישית מחובות אלה. רוב היהודים עברו להתגורר בקהילות אחרות בצפון צרפת בשמפאן, בורגונדיה, פואטו ונורמנדיה שלא היו כפופות למלך צרפת ונשלטו על ידי שליטים מקומיים. ב-1198 התיר פיליפ השני ליהודים לשוב לצרפת תמורת מס שהוטל על כל עסקיהם. הוא קבע להם את שיעורי הריבית המותרים בניגוד להוראות הכנסייה הקתולית, ועל כך ספג ביקורת מצדו של האפיפיור אינוקנטיוס השלישי.
תהליך הריכוזיות שעבר על צרפת במרוצת המאה השלוש עשרה שהגביר את שליטתם של המלכים החמיר את מצבם של היהודים והגדיל את השפעתם של הכמרים המקומיים, שהיו בדרך כלל אנטישמים. ב-1236 ושוב ב-1239 התגברו הרגשות האנטישמיים יחד עם הקריאה לצאת למסע הצלב השביעי. הקהילות היהודיות באנז'ו, פואטו וברטאן הותקפו, וזאת אף על פי שהאפיפיור גרגוריוס התשיעי שבדרך כלל היה עוין ליהודים, הורה לבישופים בצרפת לגנות תקיפות אלה. אדיקותו הרבה של לואי התשיעי, מלך צרפת השפיעה על יחסו ליהודים. הוא הסכים לשתף פעולה עם דרישותיו של האפיפיור גרגוריוס התשיעי שלפיהן יוחרמו כל ספרי היהודים מבתי הכנסת, בתנאי שתינתן ליהודים האפשרות ללמד סנגוריה עליהם. בחודש יוני 1240 נערך משפט פריז לעיני המלך לואי התשיעי. בראש חבר השופטים ישבה המלכה בלאנש מקסטיליה ולצידה אנשי כמורה קתולים. בעקבות משפט זה הועלו באש כ־12,000 עותקים של כתבי יד של התלמוד בכיכר קתדרלת נוטרדאם בפריז (17 ביוני 1242) והיהודים חויבו לשאת טלאי מיוחד על בגדיהם. בעת מסע הצלב השמיני (1270) הוציא לואי התשיעי צו גירוש על כל יהודי צרפת, אך צו זה נשמר רק בנחלותיו של המלך.
ב-1289 היהודים גורשו מאנז'ו, מיין, נוור וגסקוניה. רובם של יהודים אלה עברו להתגורר בפריז התקבלו על ידי פיליפ הרביעי, מלך צרפת, אם כי הוטלו הגבלות על עסקיהם. אולם, גירוש היהודים מאנגליה ב-1290 הותיר את רישומו על צרפת, ועד מהרה פיליפ הרביעי שינה את דעתו. ב-1291 ושוב ב-6 ביוני 1299 הוא פקד על גירוש היהודים מצרפת, אך הוראותיו לא יצאו אל הפועל. בשנת 1306 הוא פרסם שוב צו אשר אסר על יהודים להתגורר על אדמת צרפת, וזאת על מנת לזכות בממונם וברכושם. בעקבות צו זה נמלטו כ-100,000 יהודים בבהלה מן המדינה כדי לחפש מקלט במדינות אירופה השכנות. רוב היהודים נמלטו לפלנדריה, פרובאנס, אראגון ולממלכת נווארה. אחרי שהיהודים גורשו הוא מינה פקידים מלכותיים כדי לגבות את ההלוואות שניתנו על ידי היהודים והכסף עבר לאוצר הכתר הצרפתי. אולם תוכניתו זו לא עלתה יפה כי הלווים לא היו מרוצים מפקידיו של המלך וביקשו להחזיר את היהודים.
ב-1315 לואי העשירי, מלך צרפת שהיה בנו של פיליפ הרביעי, החזיר את היהודים לצרפת תמורת תשלום חד פעמי לתקופה של שתים עשרה שנה שבה הם היו אמורים להיות חופשיים מכל התערבות ממשלתית בעסקיהם. אולם למעשה הם לא הורשו להלוות כספים, אם כי הותר להם לעסוק במשכון. הם הוכרחו לענוד טלאי שהעיד על יהדותם. ב-1322 היהודים גורשו שוב על ידי שארל הרביעי, מלך צרפת (בנו הצעיר של פיליפ הרביעי) שלא היה מרוצה מן ההכנסות שקיבל מן הקהילות היהודיות. היהודים הספורים שנותרו סבלו מרדיפות, וב-1348–1349 בוצע בהם טבח המוני אחרי שכמרים בכל רחבי צרפת האשימו את היהודים בהפצת המגפה השחורה אשר הפילה מיליוני חללים באירופה. הטבח התרחש על אף שהאפיפיור קלמנס השישי, שישב באביניון, דחה את ההאשמות הללו ואף פרס על היהודים את חסותו.
בתקופתו של ז'אן השני, מלך צרפת ב-1359 ושוב ב-1361 נעשו ניסיונות לאפשר ליהודים להתיישב שוב בצרפת. ניתנה להם ערובה לביטחונם למשך עשרים שנה, והם הורשו אפילו לגבות ריבית גבוהה על הלוואות. בנו של ז'אן השני, שארל החמישי, מלך צרפת ניסה להגן על היהודים במשך כל ימי מלכותו, ואף האריך בעשרים שנה את הערובה לביטחונם ואת זכותם להתגורר בצרפת - זכויות שניתנו לראשונה בתקופתו של אביו. אך ב-1365–1366 חוגים מסוימים ניסו להשפיע עליו לגרש את היהודים. ב-6 בינואר 1367 הוא נאלץ לחתום על צו גירוש שלא יצא לפועל, וציווה לערוך רשימה של נכסי היהודים. (צווים דומים הוצאו על ידו ב-1368 וב-1370). אחרי מותו של שארל החמישי ב-1380, ההמון תקף את היהודים. רבים מהם נרצחו וילדים יהודים נחטפו. ראש עיריית פריז איג אובריו ניסה למנוע את הפוגרום ביהודים, ואפילו החזיר מספר ילדים להוריהם, אך הוא פוטר והושם בכלא. ב-1382, איג אובריו והיהודים היו קורבנות של מהומות "מרד הפטישאים" נגד הכתר הצרפתי.
שארל השישי, מלך צרפת נכנע ללחץ ההמון, וב-17 בספטמבר 1394 (שבע שנים לפני שפקעה התקופה של עשרים שנה שבה ניתנה ליהודים ערבות לביטחונם על ידי אביו שארל החמישי) הוציא צו לגירושם המוחלט של היהודים מכל נחלותיו. הוא הכריז כי הגיעו לאוזניו תלונות על היהודים שביצעו עבירות נגד הנוצרים וכי התובעים מטעמו שחקרו בעניין מצאו כי היהודים לא עמדו בהסכם שנחתם בינם לבינו. ניתנה ליהודים שהות כדי למכור את רכושם ולשלם את חובותיהם. כמו כן הוטל על כל אלה שלוו מן היהודים להשיב להם את ההלוואות. הוא נתן להם שומרים שליוו אותם בדרכם עד שחצו את גבול צרפת במשך החורף של 1395. אחרי הגירוש המלך שחרר את הנוצרים מכל התחייבות ליהודים. הלחץ לגרש יהודים הלך וגדל גם במחוזות עצמאיים, שהיו נוחים באופן מסורתי ליהודים הגרים בהם, דוגמת פרובאנס. ב-1498 בוצע הגירוש האחרון של יהודים ממחוזות אלה, ויהודים נותרו רק באיים בודדים של סובלנות במזרח צרפת ובדרומה, בעיקר בעיר הגדולה אביניון.
יהדות פרובאנס.
בימי הביניים צרפת הייתה רק חלקו הצפוני של האזור המכונה בשם זה בימינו, בעוד שחלקו הדרומי כונה פרובאנס ובפי היהודים כונה פרובינצא. צרפת ופרובאנס היו ארצות שונות לחלוטין הן מבחינה פוליטית, תרבותית ולשונית. יהודי פרובאנס דיברו בשפה מקומית - פרובנסלית יהודית. שפה זו קרובה מאוד לצרפתית אך כוללת גם אלמנטים רבים מספרדית. פרובאנס קרובה מבחינה גאוגרפית הן לצרפת והן לספרד, ובשל כך המנהגים של יהודי פרובאנס ובעיקר נוסח התפילה שלהם הושפע באופן שווה משתי המדינות. ישנה גם השפעה איטלקית מסוימת. יהודי צרפת התפללו בנוסח צרפת הקרוב יותר לנוסח אשכנז, ומנהגיהם (שהמקורות העיקריים לתיעודם הם מחזור ויטרי, סידור רש"י ומקורות נוספים) היו דומים בעיקר למנהגי יהדות אשכנז, אם כי היו הבדלים לא מבוטלים.
באותה תקופה, פרחה קהילה יהודית גדולה ותוססת בפרובאנס, וכבר בתחילת האלף השני לספירה התקיימה בה יצירה יהודית מקורית. באותה העת התגורר בפרובאנס בעיר נרבונה רבי משה הדרשן אשר לקט ואף יצר ספרי מדרשים על התורה. יהדות פרובאנס יצרה הגות ופרשנות מקרא מיוחדת, עסקה בפילוסופיה וגם בקבלה. עם יוצריה המרכזיים, שזכו לשם הכולל חכמי פרובנס, נמנים המאירי, הרד"ק, רלב"ג, רבי יהונתן הכהן מלוניל, רבנו זרחיה הלוי (בעל המאור), הראב"ד, בנו רבי יצחק סגי נהור ועוד רבים. בהקדמתו למסכת אבות כותב המאירי שחיו בנרבונה חכמים לאלפים. בחיבורי חכמי צרפת ואשכנז מצויים אזכורים שונים לחכמי נרבונה.
בניגוד ליהודי צרפת שגורשו ממנה באופן סופי בשנת 1394, יהודי פרובאנס, שהשתייכה לבית אנז'ו, המשיכו להתגורר שם, אך סבלו מרדיפות קשות. על כך מעידים הפוגרומים שנערכו ביהודי קאוויון (1456), קרפנטרה (1459) (ראו גם הקהילה היהודית בקרפנטרה) ואביניון (1471). ב-1481 כאשר לואי האחד עשר, מלך צרפת הצליח לספח את פרובאנס לנחלותיו צו הגירוש של 1394 נכנס לתוקפו גם שם. אולם המלך שעה לתחנוניהם של יהודי מרסיי, ארל, אקס-אן-פרובאנס, טאראסקון וסלון-דה-פרובאנס וחידש את זכותם להתגורר בפרובאנס. ב-1484 פרצו פוגרומים נגד היהודים בערי פרובאנס, ובהן טאראסקון וארל.