מלחמת הקיום שמתאר דרווין מהווה עבור התאוריה שלו את הכוח המניע את הברירה הטבעית. לא הכול יכולים לשרוד, ולפיכך שורדים רק הכשירים ביותר. ברוח התקופה הוויקטוריאנית, שבה נחשב ניוטון למודל לחיקוי למדענים, הייתה מלחמת הקיום לתאוריה של דרווין מה שהיה כוח המשיכה לתאוריה של ניוטון: היא הייתה הסיבה שמכוחה יוצאים חוקי ההשתנות המותאמת והברירה הטבעית אל הפועל.
פרסום הספר "שרידים מן ההיסטוריה הטבעית של הבריאה".
בשנת 1844 פורסם באופן אנונימי הספר "שרידים מן ההיסטוריה הטבעית של הבריאה" (בהמשך גילה רוברט צ'יימברס כי הוא זה שכתב אותו). הספר הציג תאוריית אבולוציה כוללת שהתייחסה להשתנות המינים, למוצא האדם ולראשית כדור הארץ. בתחום בעלי החיים והצומח, הזכירו הרעיונות שבספר את התאוריה שאותה היה דרווין עתיד להציג ב"מוצא המינים". הספר זכה לפופולריות ועורר תגובות קיצוניות הן מצד התומכים בו והן מצד אלו שהתנגדו לו. אמנם, הרעיונות שהוצגו בו היו דומים לאלו שהיו לדרווין באותה תקופה, אך לספר חסר כמעט כל ביסוס מדעי. עובדה זו גררה ביקורת קשה מצד הממסד המדעי, ואפילו דרווין עצמו ציין כי: .
בעקבות התגובות הסוערות לספר זה, שקד דרווין ביתר שאת על ניסויים ומחקרים בתחומים שיסייעו לו בהשלמת תאוריית האבולוציה שלו. המחקר המרכזי שלו בתקופה זו עסק בזיפרגליים (בלוטי ים). מחקר זה העסיק אותו במשך שמונה שנים, ודרווין מצא בו בין השאר עדויות לווריאציות הרבות הקיימות בטבע. הוא פרסם את החיבורים על בלוטי הים ב-1852 וב-1854.
הקשר היסטורי.
ראשית המאה ה-19 עמדה בסימן המהפכה התעשייתית בבריטניה. סימנים ל"מלחמת מעמדות" נראו בשטח. רעיונות אבולוציוניים נתפסו כמהפכניים וכחותרים תחת מעמד האצולה. כך לדוגמה, תאוריית הלאמארקיזם שהגיעה מצרפת הייתה מזוהה עם המהפכה הצרפתית; תפיסת התאולוגיה הטבעית נתפסה בעת לימודיו של דרווין בקיימברידג' כמחסום יעיל נגד תסיסה חברתית.
למהפכה התעשייתית היו הן השפעות טכניות והן השפעת מהותיות על התאוריה. מבחינה טכנית, התפתחות הדפוס סייעה מאוד להפצת הספר ולהרחבת השיח הציבורי עליו. מבחינה מהותית, התאוריה של דרווין ועקרון הברירה הטבעית שואבים במידה מסוימת מרוח התקופה. התאוריה המלתוסיאנית, שטענה כי התרבות בלתי נשלטת של האוכלוסייה תביא לקטסטרופה כלכלית, ואשר היוותה השראה לדרווין, התגבשה על רקע המציאות החברתית בבריטניה באותה תקופה. קיימת טענה שלפיה "עקרון ההסתעפות" של דרווין, הגורס כי "הברירה הטבעית מעדיפה כנראה בעלי חיים שיש בהם גיוון והסתעפות", אנלוגי לתהליך ההתמקצעות שאפיין את המהפכה התעשייתית. דרווין מתייחס לעיקרון זה ב"מוצא המינים", ואף בניסוח שיכול לעורר את ההקשר התעשייתי: .
מבחינה דתית, לקראת אמצע המאה ה-19 החלו תהליכי חילון בחברה הוויקטוריאנית. הוגים רבים הטילו ספק בדוקטרינות הכנסייתיות ובכוחו הפלאי של האל. "מוצא המינים" פורסם על רקע תהליך זה. נראה כי על אף שהיה ל"מוצא המינים" מקום מרכזי ב"הוצאת האל מעולם הטבע", לא היה זה הטקסט היחיד שיצא כנגד התפיסות התאולוגיות שהיו נחלת הכלל עד כמה שנים קודם לכן. מבחינה מדינית וכלכלית, לקראת אמצע המאה ה-19 נהנתה בריטניה מתקופה של שגשוג ושלום. תנאים אלו תרמו לשיח הציבורי הער בשאלות המדעיות שהתעוררו עם פרסום "מוצא המינים".
העיכוב בפרסום הספר.
רבים טוענים כי לא חל שינוי משמעותי ברעיונותיו של דרווין במהלך שני העשורים שלאחר 1838. תימוכין לכך ניתן למצוא גם בדברי דרווין עצמו באוטוביוגרפיה שלו. נשאלת השאלה מדוע דרווין, חוקר טבע שאפתן שלהבנתו מצא את התשובה לאחת השאלות הגדולות בעולם המדע של אותה תקופה, לא פרסם את הספר קודם לכן.
החוקרים אינם מכריעים בשאלה זו. חלקם מייחסים זאת לחששות של דרווין מהתגובות לספר: בהקשר החברתי-פוליטי, הספר היה עשוי להיתפס כתומך ברעיונות אנרכיסטיים וחתרניים. בפן המדעי, דרווין לא יכול היה לדעת כיצד יתקבל ספרו. בפרט, אפשר שדרווין חשש מתגובותיהם של מורי הדרך שלו בצעירותו, אדם סדג'וויק וויליאם פיילי, שפסלו תורות טרנסמוטציה מכל וכל. דעה נוספת מייחסת את העיכוב בפרסום ליושרו המדעי של דרווין, שלא הסתפק ברעיונות אלא שקד על מציאת הוכחות, עריכת ניסויים וגיבוש מלא של התאוריה ככל שניתן. במיוחד הדברים אמורים על רקע התגובות לספר "שרידים מן ההיסטוריה הטבעית של הבריאה". ישנה טענה כי את העיכוב בפרסום יש לזקוף לנסיבות חייו של החוקר: בתו בת ה-10 מתה ממחלה בשנים אלו, והוא עצמו היה חולה כרוני. טענה אחרת הייתה כי בהיותו בן למשפחה מבוססת ומכובדת הרשה דרווין לעצמו לעסוק במחקרים שעניינו אותו יותר מאשר העיסוק הדקדקני של כתיבת ספר מדעי. נטען גם שאפשר שהוא עצמו לא שיער שאותם מחקרים יגזלו ממנו זמן רב כל כך.
מכל מקום, העבודה הארוכה כל כך על הספר הביאה בסופו של דבר לכך שרמתו האקדמית של "מוצא המינים" הייתה גבוהה בהרבה מכל ספר מדעי אחר שיצא לאור באותה תקופה.
פרסום הספר.
האיגרת מוולאס - 1858.
ביוני 1858 שלח חוקר הטבע הבריטי, אלפרד ראסל וולאס, כתב יד לדרווין ובו פרש גרסה עצמאית לרעיון האבולוציה באופן של ברירה טבעית. וולאס ביקש את חוות דעתו של דרווין בנושא. דרווין זיהה בבירור כי גרסתו של וולאס דמתה דמיון רב לתאוריה שלו עצמו. הוא התלבט בשאלה כיצד לנהוג, שכן לפי 'כללי הכבוד הג'נטלמני', היה על דרווין לאפשר לוולאס זכות ראשונים על התאוריה. אך, בעצתם של ידידיו לייל והבוטניקאי ג'וזף הוקר, שידעו כי דרווין עסק ברעיונות אלו מזה שנים רבות, התפרסמה הודעה משותפת לדרווין ולוולאס בדבר רעיון האבולוציה. וולאס עודכן על הפרסום רק בדיעבד, שכן שהה באותה העת במזרח הרחוק. הפרסום לו זכה דרווין בעקבות "מוצא המינים" לעומת האנונימיות של וולאס מעלה את התחושה כי וולאס לא זכה לקרדיט המגיע לו, ואפשר שאכן כך הדבר. היסטוריונים המחזיקים בעמדה זו נוטים לציין כסיבה לכך את שייכותו של וולאס למעמד נמוך בחברה הוויקטוריאנית, אשר בתוכה פעלו הוא ודרווין. לא ברור אם וולאס עצמו הרגיש כך, ומכל מקום הוא נשאר עמיתו של דרווין למחקר והשניים חלקו זה לזה שבחים הדדיים.
פרסום הספר.
לאחר ההודעה המשותפת הסתגר דרווין בביתו וסיים לסדר ולערוך את הספר. כעבור כ-13 חודשים, ב-24 בנובמבר 1859, יצא לאור הספר "מוצא המינים בדרך הבירור הטבעי, או השארת גזעים מחוננים במלחמת החיים", או בשמו המקוצר "מוצא המינים". פרסום הספר עורר גל תגובות בקרב המלומדים וההמון כאחד, סערה זו הייתה בין הסערות המדעיות הראשונות שגלשו אל תחום החברה בכללותה.
תוכנו של הספר.
הספר מחולק לשלושה חלקים מרכזיים. בחלק הראשון, פרקים 1–5, מציג דרווין את העקרונות שעליהם מושתתת התאוריה שלו. בפרקים 6–9, מציג דרווין את הקשיים שמעוררת התאוריה, ומציג את תשובותיו לכל אחד מהם. חלק זה הוא ייחודי ושונה מספרי מדע שנכתבו באותה העת. בפרקים 10–14 דרווין מציג תופעות שונות בטבע שהתאוריה שלו מסוגלת להסביר. הפרק האחרון מהווה סיכום שלו לטענות שהועלו בספר.
הפרקים השונים.
פרק 1 – "ההשתנות בתנאי ביות": בפרק זה מפרט דרווין אודות השינויים שעוברים בעלי חיים וצמחים בתנאי ביות. דרווין טוען כי שינויים אלו מתבצעים על ידי תהליך ארוך, חוזר ונשנה, של ברירת הפרטים הרצויים לאדם לצורך תכלית כלשהי. הוא מציג בפרק זה את הבסיס לאנלוגיה המרכזית שאליה הוא חותר בפרקים הראשונים – הברירה הטבעית מבצעת לאורגניזמים בטבע את מה שמגדלים וחקלאים מבצעים לאורגניזמים השונים בתנאי ביות.
פרק 2 – "השתנות בטבע": פרק זה עוסק ברובו בגיוון הרב הקיים בטבע, ובקושי שבהבחנה שבין 'זנים' ל'מינים' של אורגניזמים שונים. דרווין טוען כי קושי כה גדול, שהוא נחלת חוקרי הטבע כולם, יש בו הן כדי לערער על התפיסה של "קביעות המינים" (פיקסיזם), והן כדי לתמוך ב'השתנות הדרגתית' שמהווה בסיס לתאוריה שלו.
פרק 3 – "מלחמת הקיום": בפרק זה מציג דרווין את הסיבה המניעה לשיטתו את תהליך הברירה הטבעית: האורגניזמים כולם תלויים זה בזה. ישנם מאבקי הישרדות בין המינים ובקרב כל מין, מאבק על הרבייה ומאבק בקשיים שמציבים תנאי הטבע, כגון אקלים. החיים בטבע הם מאבק מתמיד על הישרדותו של כל פרט ופרט. הוא מציין כי אם לא מכירים במלחמת הקיום, .
פרק 4 – "הברירה הטבעית או הישארות המסוגלים ביותר": בפרק זה מציג דרווין את עקרון הברירה הטבעית, ומנסה להראות כיצד עיקרון זה עשוי להסביר תופעות שונות הנצפות בטבע. דרווין טוען כי "הברירה הטבעית" משמרת את השינויים המועילים לאורגניזם מבין כל אותם השינויים המופיעים אצל אורגניזמים בטבע. שינוי מועיל מסייע לפרט לשרוד, וכך משתמרים אותם שינויים מועילים. דרווין גם מתייחס ל"ברירה זוויגית", המשמרת את השינויים שמועילים לאורגניזם בתחרות מול בני מינו על הרבייה. כך דרווין: .
פרק 5 – "חוקי ההשתנות": בפרק זה מתאר דרווין את העקרונות המביאים לשינויים הקטנים שהם "חומר ביד הברירה הטבעית". בפרק זה מוצגים עקרונות רבים ששימשו גם את לאמארק – עקרון השימוש/אי שימוש והורשת תכונות נרכשות. כמו כן, דרווין מציין כי השתנות המין תלויה בשני דברים: בטיב (יכולת) ההשתנות של המין עצמו, ובתנאי הסביבה. אך מעל לכל מקפיד דרווין להדגיש את בורותם של חוקרי הטבע כולם בתחום חוקי ההשתנות, ומתייחס לרבים מרעיונותיו כהשערות בלבד: .
פרקים 6–9 – קשיים בתאוריה. בפרקים אלו מתייחס דרווין להתנגדויות הצפויות להתעורר לתאוריה שלו, ומציע את תשובותיו אליהן מבעוד מועד. דרווין בחר להתייחס לקשיים שאליהם יש לו מענה, והותיר בלא פתרון שאלות שונות - הן מתחום המדע כגון שאלת התורשה, והן מתחום התאולוגיה.