לקראת סוף המאה ה-13 האימפריה המונגולית החלה להתפצל לחלקים. תחילה השושלת האילח'אנית הייתה זו ששלטה על חלק ניכר מאפגניסטן. שושלת מונגולית זו התאסלמה, ובכך השלימה את המהפך שהמונגולים עברו לאחר תקופה ממושכת של התקרבות לדת של נתיניהם החדשים, האסלאם. לאחר שושלת זו עלתה השושלת הטימורית (1370–1507 לספירה) שהובלה על ידי הכובש המונגולי טימור לנג, צאצאו של ג'ינגיס חאן. העיר הראט באפגניסטן הייתה אחת מערי הבירה של האימפריה הטימורית ונכדו של טימור לנג גם הפך את העיר קנדהר למקום מושבו. טימור לנג בנה מחדש את רוב הערים והתשתיות באפגניסטן שנהרסו על ידי אבותיו, והאזור התפתח תחת שלטונו. השושלת הטימורית החלה לדעוך בתחילת המאה ה-16 עם עלייתו של באבור, השליט החדש של קאבול, מונגולי שעתיד להקים אימפריה רחבה ששלטה על הודו. ההשפעה המשמעותית ביותר של השושלת הטימורית על אפגניסטן הייתה השילוב שהם ערכו בין התרבות הנוודית הטורקית לבין הציוויליזציה והתרבות הפרסית, וזו מורשת שניכרת באפגניסטן עד היום. בנו של טימור לנג הפך את העיר הראט לעיר הבירה שלו, ולאחד המרכזים החשובים והידועים של יצירה תרבותית בעולם באותה תקופה. כאשר באבור, כמאה שנים לאחר מכן, הגיע להראט, הוא כתב: "בכל העולם המיושב אין עיר כמו העיר הראט".
במהלך 300 השנים הבאות, שבטים אפגנים פלשו לעיתים לאזור הודו והקימו אימפריות הינדו-אפגניות. עד המאה ה-16, חזרה שוב לשליטה פרסית כאשר היא נכבשה על ידי האימפריה הספווית.
היסטוריה מודרנית (1504–1973).
המוגולים והספווים.
מהמאה ה-16 ועד המאה ה-18 אפגניסטן הייתה מחולקת לשלושה חלקים עיקריים. הצפון נשלט על ידי ח'אנאת בוכרה, המערב נשלט על ידי האימפריה הספווית השיעית, והמזרח נשלט על ידי האימפריה המוגולית הסונית מהודו. אזור קנדהר בדרום שימש כאזור חיץ בין המוגולים לספווים. האפגנים המקומיים שינו לעיתים קרובות את הנאמנויות שלהם בין צד אחד למשנהו.
ב-1504 באבור, צאצא של טימור לנג, הגיע מהאזור של אוזבקיסטן בימינו ועבר לעיר קאבול. עם צבאו הוא החל לכבוש שטחים מסביב לקאבול כשהעיר משמשת כבסיס העיקרי שלו. השאיפות של באבור היו בקשר לתת היבשת ההודית, ובפרט לאזור הידוע בשם קאבולסטן, ולא לפרס כמו קודמיו. בשנת 1526 הוא יצא עם צבאו וכבש את סולטנות דלהי שבאותה נקודה נשלטה על ידי שושלת דולי. לאחר שהביס את אברהים דולי, הוא הפך את דלהי לעיר הבירה של האימפריה המוגולית החדשה שלו. באבור סייר ברוב ערי אפגניסטן לפני מסע הכיבושים שלו בהודו, וניתן למצוא ציור קיר אישי שלו בהר הצ'ילזינה בקנדהר.
שושלת הותכּ.
בשנת 1704 מינה השאה הספווי חוסיין את ג'ורג' ה-11 ("גורגין ח'אן") הגאורגי למשול על מחוז קנדהר הגדול של אפגניסטן. הוא היה מושל אכזרי, אשר כלא והוציא להורג אפגנים מקומיים רבים, בעיקר כאלה שהיו מעורבים בתכנון מרידות. אחד מהעצורים היה מירוויס הותכּ שהיה בן למשפחה רבת השפעה בקנדהר. מירוויס נשלח כאסיר לבית ספר פרסי באספהאן, אך האשמות כנגדו בוטלו על ידי המלך, וכך הוא חזר לארצו כאדם חופשי.
באפריל 1709 מרדו מירוויס והצבא השבטי שלו כנגד המושל והאימפריה הספווית בעיר קנדהר. המרד החל כאשר בהריגת המושל ג'ורג' ה-11 ומלוויו כשאלה חזרו מטיול, כאשר המארב תוכנן על ידי מירוויס בחוותו שנמצאה בגבולות העיר. כארבעה ימים לאחר מכן הגיע צבא מאומן היטב של חיילים גאורגים כדי לנקום את הריגתו של המושל, אך מירוויס וכוחותיו הצליחו להגן בהצלחה על העיר מפניהם. בשנים 1710–1713 הביסו הכוחות האפגנים מספר צבאות פרסיים גדולים שיצאו כנגדם מאספהאן, עיר הבירה של הספווים. הצבאות הספווים כללו חיילים גאורגים וקיזילבאשים רבים.
הצבאות הפרסים הובסו לחלוטין ודרום אפגניסטן הפכה לממלכה פשטונית עצמאית. לאחר שסירב לתואר של מלך, מירוויס הותכּ כונה "הנסיך של קנדהר וגנרל של הכוחות הלאומיים" על ידי בני ארצו האחרים. הוא נפטר בנסיבות טבעיות בנובמבר 1715 ויורשו היה אחיו עבד אל-עזיז הותכּ. עבד אל-עזיז נהרג כשנתיים מאוחר יותר על ידי בנו של מירוויס, מחמוד הותכ, כביכול מכיוון שהוא תכנן להחזיר את הריבונות על קנדהר בחזרה לפרס. מחמוד הוביל צבא אפגני לתוך פרס בשנת 1722 והביס צבא פרסי בקרב גלונאבאד. האפגנים כבשו את אספהאן, עיר הבירה הספווית, ומחמוד נהפך לשאה החדש של פרס וכונה "שאה מחמוד".
מחמוד החל בשלטון טרור כנגד נתיניו הפרסים ולבסוף נרצח ב-1725 על ידי בן דודו, אשרף הותכּ. במקורות אחרים נאמר שהוא נפטר לאחר שלקה במחלה נפשית. אשרף נהפך לשאה האפגני החדש על פרס, בעוד שעל אפגניסטן עצמה נשלטה על ידי האח הצעיר של מחמוד, חוסיין הותכּ. אשרף הצליח להבטיח שלום עם האימפריה העות'מאנית בשנת 1727, אך האימפריה הרוסית ניצלה את אי-היציבות השלטונית בפרס כדי לכבוש שטחים נוספים עבור עצמה, ובכך צמצמה את כמות השטחים שתחת שלטונו של השאה. שושלת הותכּ הייתה שושלת אלימה ורוויית בעיות שהייתה מצויה בסכסוך תמידי, ולכן היה קשה לה לייסד שלטון יציב. השושלת חוותה סערות רבות שנבעו ממאבקי שליטה ומאבקי ירושה אלימים, ואחיזתה בכס השלטון נחלש כתוצאה מכך. לאחר טבח באלפי אנשים בעיר אספהאן, כולל למעלה מ-3000 אנשי דת, אצילים, ואנשי המשפחה הספווית, הציבור הפרסי מרד כנגד השלטון האפגני. השלטון של שושלת הותכּ נמשך באזור אפגניסטן עד שנת 1738, כאשר השאה חוסיין הותכּ הובס על ידי נאדר שאה מפרס. השושלת ההותכּית הוסרה מהשלטון של פרס עד שנת 1729. הם הובסו על ידי נאדר שאה, השליט של השושלת האפשארית, בקרב דאמע'אן ונדחפו מפרס לאזור דרום אפגניסטן. השליט האחרון של השושלת ההותכּית, שאה חוסיין, שלט באזור עד שנת 1738 שבה הוא הובס בקנדהר על ידי כוחות אפשארים ופשטונים דוראנים.
האימפריה הדוראנית.
נאדר שאה והצבא האפשארי שלו הגיע לעיר קנדהר בשנת 1738, הביס את חוסיין הותכּ וכבש על שטחים נרחבים באזור. בשנת 1747 התנקשו בחייו של נאדר שאה והאימפריה שלו התפרקה. בעוד שהפרסים נלחמו אחד בשני באיראן, אחמד דוראני הצעיר בן ה-25 קרא באפגניסטן ל"התכנסות גדולה" כדי לבחור מנהיג מקרב העם. האפגנים התכנסו ליד קנדהר באוקטובר 1747 ובחרו בו מקרב כל המועמדים האחרים להיות ראש המדינה שלהם. אחמד שאה דוראני קיבל כעת את הכינוי "פּדשה דוריאי דווראן" שמשמעותו "המלך, הפנינה של התקופה", והשבט העבּדלי שממנו בא נודע מאז כ"השבט הדוראני". שאה דוראני לא רק שאיחד את שבטו אלא את כלל השבטים הפשטונים בארצו. עד שנת 1751 הצליחו שאה דוראני וצבאו האפגני לכבוש את כל השטח שכיום מרכיב את האזורים אפגניסטן, פקיסטן, ח'וראסאן ודלהי (הודו). הוא הביס את האימפריה המראטהית ההודית בשנת 1761 בקרב פּניפּט.
באוקטובר 1772 פרש אחמד שאה לביתו, שם מת בנסיבות טבעיות. ירש אותו בנו, טימור שאה דוראני, שהעביר את עיר הבירה של האימפריה הדוראנית מקנדהר לקאבול. טימור נפטר בשנת 1791 וירש אותו בנו זמאן שאה דוראני. לזמאן שאה ואחיו היה קשר חלש למורשת שהותירו להם אבותיהם ומייסדי האימפריה. הם פתרו את המחלוקות ביניהם דרך "סבבים של גירושים, עקירות עיניים והוצאות להורג" שגרמו להיחלשות השלטון האפגני על שטחיה הנרחבים של האימפריה הדוראנית, ובפרט שטחים כגון קשמיר. אחיו של זמאן, שוג'ה שאה דוראני נמלט מהזעם של אחיו והחביא את עצמו בין הסיקים. זמאן שאה פלש פעמים רבות לאזור שבו חיים הסיקים, מחוז פּנג'אב, הרס את הארימנדיר סאהיב המקדש הקדוש להם ביותר ואף שפך בתוך חלקים ממנו דם של פרות בשנת 1757. בשנים מאוחרות יותר, לאחר השפלות האלה, הסיקים דווקא הצליחו לכבוש חלקים נרחבים מהאימפריה הדוראנית, כולל כמעט כל שטחה של פקיסטן של היום. בשנת 1837 הצבא האפגני עבר דרך מעבר ח'ייבר ותקף כוחות סיקים באזור ג'ורמוד. הסיקים נתמכו על ידי חברת הודו המזרחית הבריטית עד שמאוחר יותר פרצו מלחמות גם בין הסיקים לבריטים שידועות בשם "המלחמות האנגלו-סיקיות" (המלחמה האנגלו-סיקית הראשונה והמלחמה האנגלו-סיקית השנייה).
שושלת בארקזי וההשפעה הבריטית.
ההתנגשות האינטרסים בין האימפריה הבריטית לאימפריה הרוסית באזור מרכז אסיה השפיעה בצורה משמעותית על אפגניסטן במהלך המאה ה-19. התנגשות זו כונתה פעמים רבות בשם "המשחק הגדול", כינוי שמרמז על היותן של אפגניסטן והארצות המרכז-אסייתיות האחרות לא יותר מפיון במאבק בין האימפריות השונות באותה תקופה.