בשנת 1534 כבשו העות'מאנים את העיר, אך קרל החמישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה לקח אותה מידיהם שנה לאחר מכן והשיב את השלטון בה לידי החאפיזים. העות'מאנים שבו לתוניס ב-1569 אך נהדפו ממנה בידי הספרדים לאחר קרב לפנטו ב-1571. אולם השלטון הספרדי היה קצר ימים והעות'מאנים השתלטו על העיר בשלישית בשנת 1574, והפעם נמשך שלטונם, לפחות באופן רשמי, עד שנת 1881. בשנותיו המוקדמות של השלטון העות'מאני ידעה העיר שגשוג ופריחה, אך ב-1591 התמרד חיל היאניצ'רים המקומי, והחליף את השליט מטעם הסולטאן בשליט מטעמו שכונה דיי. הדיי שלט בחופה של תוניסיה, כביכול מטעמו של השלטון העות'מאני המרכזי, ובפנים הארץ שלט ביי. תוניסיה כולה הפכה זירה למאבקים בין הדיי, הביי, שבטי הברברים, תושבי ערי החוף, ושודדי הים שהקימו בה מעין אוטונומיה. בשנת 1705 השתלט ביי חוסיין אבן-עלי על כל שטחה של המדינה, והיה לביי הראשון של תוניסיה. להלכה, המשיכה תוניסיה להיות ואסאל של האימפריה העות'מאנית, הדרשות בתפילות יום השישי הזכירו את שמו של הסולטאן, המטבעות הוטבעו בשמו, ואחת לשנה הופיע בחצר הסולטאן שליח מתוניסיה שהעניק לו מתנות. במציאות הייתה תוניסיה מדינה עצמאית לחלוטין, ובירתה שוב ידעה שנות פריחה והתפתחות.
בעקבות מחלוקות פנימיות, כבשו האלג'יראים את העיר ב-1756, אך בתחילת המאה ה-19 הצליח הביי חמודא להשתחרר מחסותם ואף הדף התקפה של הצי הונציאני. העיר המשיכה להתרחב, וב-1860 החלה הריסת החומה שהקיפה אותה. שערי החומה נפתחו ב-1870 ובתי העיר התפשטו סביב למדינה ההיסטורית והגיעו עד לגדותיו של אגם תוניס. ב-1860 החלה בנייתה של מערכת לאספקת מים, ב-1872 החל השימוש בתאורת גז ושנה לאחר מכן הונהג פינוי אשפה.
השלטון הצרפתי.
קונגרס ברלין ב-1878 העניק לצרפתים את השלטון בתוניסיה, ואלה מימשו את זכותם ב-1881, לאחר שהאיטלקים רכשו את מסילת הרכבת בין תוניס ללה גולט. כוחות צרפתיים פלשו לתוניסיה בתואנה שחיילים תוניסאים חצו את הגבול לאלג'יריה, ותוניסיה הייתה למדינת חסות צרפתית. בתקופה זו חלו בעיר תמורות קיצוניות. לצד העיר העתיקה, שבה התגוררה בעיקר אוכלוסייה ערבית ותיקה, נוסדה עיר חדשה שבה התיישבו תושבים חדשים, חלקם הגדול צרפתים ואירופים, ואשר פיתחו כלכלה מודרנית לפי הדגם הקולוניאלי. לאחר מלחמת העולם הראשונה נוסדו ערי הלוויין הראשונות סביב לעיר, והחלה מתפתחת בה תעשייה מודרנית ממוכנת.
מאז עצמאות תוניסיה.
לאחר עצמאותה של תוניסיה בשנת 1956 הייתה תוניס לבירת המדינה, וחוקת המדינה מ-1959 אישרה את מעמדה. שינויי המשטר הביאו לעזיבה רחבת היקף של תושביה האירופים של העיר, ואת מקומם תפסו תושבים שהגיעו מחלקיה האחרים של המדינה, ואשר טשטשו את ההבדלים בין שני חלקי העיר. ב-12 ביוני 1979, לאחר חתימת הסכמי קמפ דייוויד וגירוש מצרים מהליגה הערבית, ירשה תוניס את מקומה של קהיר כמקום מושבה של הליגה הערבית, והיא נשאה בתפקיד זה עד 1989. ב-1979 הוכרזה המֶדינה בתוניס כאתר מורשת עולמית.
בעיר פועלות מספר מוסדות להשכלה גבוהה. אוניברסיטת א-זיתונה הוקמה הבשנת 1956. בשנת 1982 הוקם המכון הגבוה למוזיקה בתוניס שהוא בית ספר גבוה נושא מוזיקה.
המֶדינה בתוניס.
תכנון ותוואי.
המדינה בתוניס נוסדה בשנת 689 על "כיפת תוניס" בין אגם תוניס ממזרח ואגם סבחת סג'ומי ממערב. היא התפתחה במהלך ימי הביניים לכיוון צפון (רובע באב סוויקה - Bab Souika) ודרום (רובע באב אלג'זירה - Bab El Jazira). המֶדינה משתרעת על שטח של כשלושה קמ"ר ומדורגת מבחינת שטחה במקום השישי בין רבעי העיר. מתגוררים בה למעלה מ-100,000 איש, שהם כעשירית מתושבי תוניס.
לכאורה הרובע נעדר תוכנית תכנונית ועל כן תואר פעמים רבות על ידי הצרפתים כ"כאוטי", "אנרכי" ואף "מסוכן", אולם מחקרים שהחלו בשנות השלושים של המאה ה-20 הצביעו על תכנון סוציו-תרבותי ועל הקשרים תכנוניים בין המבנים לבין עצמם ובינם לבין השטחים הציבוריים. הקשרים אלה הושפעו מייעודם של המבנים למגורים או לצרכים ציבוריים, לשימושים מסחריים או למגורים ולייעוד דתי בניגוד לחילוני. בנוסף, יש במדינה רשת רחובות הנמשכים מצפון לדרום, גם אם אלה אינם ישרים לחלוטין, כאשר הם נפגשים עם ציריים רוחביים המובילים ממזרח למערב.
במרכזה של המדינה ניצב מסגד זייתונה (جامع الزيتونة, Mosquée Zitouna - "מסגד הזיתים"), המכונה גם "המסגד הגדול" והנחשב למסגד המרכזי והגדול בתוניס. המסגד הוקם בשנת 732 ונבנה שוב מחדש ב-834. אורכו 75 מטר ורוחבו 60 מטר, ולאורך החצר הפנימית שלו ניצבת ארקדה עתיקה ובה 184 עמודים. החצר משתרעת על שטח של 1,344 מ"ר ומסוגלת להכיל כ-2000 איש.
מבנה חשוב נוסף במדינה הוא מדרסת סלימניה (المدرسة السليمانية, Médersa Slimania) הצמודה למסגד זייתונה. המדרסה הוקמה ב-1754 בסגנון עות'מאני על ידי עלי הראשון ביי לזכר בנו סולימאן. לאחר הכרזת עצמאותה של תוניס, הוקמה במקום אוניברסיטת אז-זיתונה.
סביב למסגד ולמדרסה ממוקמים שווקיה של המדינה שמחולקים לפי ייעודם - בדים, בשמים, פירות יבשים, ספרים, תכשיטים וצמר בקרבת המסגד, ואילו חרשי הברזל, הקדרים ומוכרי הדגים מרוחקים ממנו מעט. עוד בסמוך למסגד נמצאת כיכר אשר שימשה כשוק עבדים עד אמצע המאה ה-19.
חומות המֶדינה ושעריה.
מאז הקמתה נחשבה המדינה לא רק כמקום יישוב, אלא גם כמעוז צבאי, ובמאה ה-9 אישר הגאוגרף וההיסטוריון אחמד אל-יעקובי כי תוניס הייתה מוקפת חומת לבנים, למעט בצידה הפונה אל הים בו הייתה החומה עשויה אבנים. החומה נפגמה או אף נהרסה לחלוטין מספר פעמים במהלך ימי הביניים, אולם היא נבנתה מחדש ושמרה על תוואי קבוע.
בחומה נקבעו מספר שערים. העתיק שבשערי החומה הדרומית הוא ככל הנראה באב אל ג'זירה (باب االجزيرة, Bab El Jazira - "שער האי") שהוביל לדרום תוניסיה ולבירתה ההיסטורית קירואן. באב קרתג'נה (Bab Cartagena - "שער קרתגו") הוביל מזרחה לקרתגו אשר ממנה הובאו חומרי בנייה לבניין העיר. באב סוויקה (باب سويقة, Bab Souika - "שער השוק הקטן") ניצב בפינה הצפונית של המדינה עד שנת 1861 עת נהרס. באב מנארה (باب منارة, Bab Menara) קיבל את שמו בשל מנורת שמן (منارة או Fanal) שנקבעה בו כדי להאיר את דרכם של העוברים דרכו.
אולם השער הידוע ביותר בחומות המדינה ניצב במרכז החומה המזרחית ומכונה באב באחר (باب البحر - "שער הים") או Porte de France ("שער צרפת"). לפי האגדה זכה השער לשמו מכיוון שמי הים הגיעו עד אליו, אך אגדה זו כמובן אינה נכונה והשער קיבל את שמו מכיוון שהוא פונה אל הים התיכון ואל הגדה המערבית של אגם תוניס. השער ניצב על תילו עד היום והוא אחד המראות הידועים של המדינה ושל תוניס בכלל. מכל שעריה של המדינה נשתמרו רק שלושה - באב באחר, באב אלחאדרה ובאב סעדון. במרכז החומה המערבית יש כיום פתח גדול המוביל אל הקסבה של תוניס.
אוכלוסייה.
אוכלוסיית תוניס גדלה באופן משמעותי במהלך המאה ה-20 והכפילה את עצמה בין 1946 ל-1975, ובמהלך המאה ה-20 כולה גדלה פי 14. מגמה זו נמשכה ואף התחזקה עם קבלת עצמאותה של תוניסיה ב-1956 ואת מקומם של הזרים אשר עזבו את העיר תפסו מהגרים מרחבי המדינה. על פי אומדן רשמי מתאריך 1 בינואר 2022 אוכלוסיית העיר עצמה מונה 602,560 בני אדם ובמטרופולין כולה מתגוררים מעל 2 וחצי מיליון בני אדם. חרף מעמדה המרכזי של העיר בתחומי הכלכלה והחינוך, עומד שיעור האבטלה בקרב תושבי העיר בגילאי 18 עד 24 על כ-35% ושיעור האנאלפביתיות נותר גבוה (12% בקרב גברים ו-27% בקרב נשים).
כלכלה.
תוניס היא המרכז השלטוני, הפיננסי, הכלכלי, התעשייתי והתרבותי של תוניסיה. בעיר מרוכזים כ-65% מהפעילות הכלכלית וכ-85% מהתעשייה במדינה. השטחים שסביב לעיר מעובדים באופן אינטנסיבי וכוללים גידולי דורום, גפן, זית, פירות וירקות. בנוסף תופסת גם התיירות מקום חשוב בכלכלת העיר.
תחבורה.
מערכת התחבורה הציבורית של העיר מופעלת על ידי "החברה לתחבורה של תוניס" (Société des transports de Tunis או STT) המפעילה למעלה ממאתיים קווי אוטובוס וחמישה קווי רכבת קלה קבועים אליהם מצטרפים שני קווים נוספים בשעות העומס. הקמתו של קו הרכבת הקלה הראשון החלה ב-1981 והוא החל לפעול ב-1985. מאז הקמת המערכת מתבצעות עבודות להארכת הקווים הקיימים ומאז 2005 נערכות עבודות להקמת קו רכבת קלה שישי.
בתוניס פועל קו רכבת פרברים המוביל מאז 1905 לאורך 19 ק"מ ממרכז העיר אל חוף הים. קו זה המכונה קו "תוניס-גולט-מרסה" (Tunis-Goulette-Marsa או TGM) חוצה את אגם תוניס לאורכו של הסכר העובר דרכו, ומשך הנסיעה בו הוא כ-45 דקות.
פרויקט ה"רשת המסילתית המהירה" (Réseau ferroviaire rapide או RFR) רחב ההיקף, להקמת מערכת הסעת המונים על בסיס מסילות הרכבת הקיימות, נמצא בתכנון ואמור להתחיל לפעול בשנת 2009.
נמל התעופה הבינלאומי תוניס-קרתגו ממנו יוצאות טיסות לאפריקה, למזרח התיכון, לאירופה ולאמריקה. (Aéroport international de Tunis-Carthage או مطار تونس قرطاج الدولي) ממקום לחופו הצפוני של אגם תוניס כ-8 ק"מ צפונית-מזרחית למרכז העיר. השדה החל לפעול בשנת 1940 בשם תוניס-אל אעוינה (Tunis-El Aouina) ומאוחר יותר הוסב שמו על שמה של קרתגו שחורבותיה נמצאות על חוף הים ממזרח לו. השדה הוא מרכז פעילותן של מספר חברות תעופה תוניסאיות ובהן חברת הדגל תוניסאייר (Tunisair). בשדה שני מסלולי המראה ונחיתה ובית הנתיבות הפעיל החל לפעול בשנת 1972 והורחב ב-1997. השדה מסוגל לטפל בתנועה של 4.4 מיליון נוסעים בשנה ועבודות להרחבתו אמורות להגדיל את קיבולתו השנתית ל-6 מיליון נוסעים. בשנת 2006 נחנך בית נתיבות נוסף המשמש לטיסות שכר.