נחלי החוף בישראל קיימו בעבר אוכלוסיות גדולות של דגים ממינים שונים, ממוצא אפריקני וממוצא אסייתי. לאחר זיהום הנחלים האלה נעלמו מהם אוכלוסיות הדגים כמעט כליל. נחל הירקון, על אף שגם הוא סבל מבעיות זיהום ומהפחתת הזרימה בשל שאיבת יתר ממקורותיו, מקיים עד היום חברה מגוונת של דגים, החיים בשלושת קטעי הנחל. במעלה הנחל שהוא הקטע הנקי מתקיימים לבנוני הירקון, שפמנונים, קרפיונים, צלופחים, אמנונים וגמבוזיות. בקטע הירקון התיכון שהוא גם המזוהם, מתקיימים קרפיונים, שפמנונים, אמנונים, צלופחים וגמבוזיות. בקטע המלוח של הירקון מתקיימים קיפונים, צלופחים ואמנונים, בעיקר סמוך לגדות הנחל, באזורים עם תשתית אבן ומקומות מסתור.
הדגים המצויים כיום בירקון הם:
פרויקט השבת לבנון הירקון.
בקיץ 1999 התייבשו לחלוטין מספר קטעים מנחל הירקון כתוצאה מהבצורת החמורה. המין לבנון הירקון ("Acnthobrama telavivensis") עמד בפני סכנת הכחדה. רשות נחל הירקון, הגן הזואולוגי של אוניברסיטת תל אביב ורשות הטבע והגנים יזמו פרויקט להצלת המין על ידי שימור גרעין הרבייה וריבויו במערכת מנוטרת של מכלים ואקווריומים שהוקמה בגן הזואולוגי. בסוף 1999 מנה גרעין הרבייה 100 דגים שנאספו מן הירקון.
בדצמבר 2005 נחנכה לצד הירקון בריכה המשמשת כמערכת חצי טבעית, מימיה מי הירקון, אך תנאיה מבוקרים - איננה מאפשרת יציאת לבנונים לנחל או חדירה של מיני דגים מן הנחל לבריכה. הבריכה תאפשר ניטור ומעקב אחר דגי הלבנון מגרעיני הרבייה של הגן הזואולוגי ותסייע בפתרון חידת אי התרבותם של הדגים המושבים בסביבתם הטבעית - הירקון.
בתחילת 2002 הושבו לירקון העליון ולאגמונים בגני יהושע 2,000 דגים צעירים. באביב 2003 הושבו 600 דגים בוגרים נוספים. ההצלחה הייתה חלקית. הדגים שרדו רק בחלק הנקי של הנחל. ב-2012 נמצאו, בפעם הראשונה לאחר עשרות שנים, דגי לבנון הירקון גם בקטע המרכזי של הנחל שהיה בעבר מזוהם במיוחד. וב-2016 גם באזור תל אביב, למעט הקטע בו זורמים מי ים.
יונקים, עופות וזוחלים בבית הגידול.
לאורך נחל הירקון מצויות הנוטריות שניזונות מצמחי מים הגדלים בנחל ומצמחי גדות. בריכת הנופרים במעלה הירקון זכתה להיקרא כך משום שהנוטריות אוכלות את כל הצמחייה הטבולה האחרת, מלבד צמחי הנופר. במעלה הנחל ישנה גם אוכלוסייה של חתולי ביצות וגם של דַרְבָּנים. לאורך הנחל חיים מינים רבים של עופות ימיים. מבין היציבים בולטים הסופיות, אנפות לילה ופרפור עקוד. בירקון חורפים מינים אחדים של אנפות: לבנית גדולה, לבנית קטנה, אנפה אפורה, קורמורנים ושלדג גמדי. בסביבת הנחל, בצמחייה ובעצים, מצויים עורבים, בזים, דררות וציפורי שיר רבות. בפארק הירקון נמצא הצפארי ממנו נמלטות מדי פעם ציפורים אקזוטיות, כמו המיינה המצויה שהתנחלה באזור ובהדרגה פולשת לשטחים נוספים. בנחל הירקון חיים צבים רכים בכל הקטעים, כולל בזה המלוח, ואילו צבי ביצה מצויים רק בקטעים שבהם זורמים מים מתוקים ומי קולחים.
בסוף העשור הראשון של המאה ה-21 שבו ונצפו תנים זהובים באזור פארק הירקון. מספר התנים בפארק הוא כשלושים פרטים. הם ניזונים בעיקר מאשפה ומבני אדם המאכילים אותם, ועל כן אוכלוסייתם משגשגת. לאחר תלונות של חלק מתושבי השכונות הצמודות לפארק ברמת גן ובתל אביב, רשות הטבע והגנים החלה לנסות ללכוד את התנים ולהעבירם לאזורים פחות מיושבים, אך בעקבות התנגדות לפעילות זו היא הופסקה.
חברת חסרי החוליות.
הטיית המקורות, שינוי איכות המים ומשטר הזרימה גרמו לפגיעה ולהיעלמות מינים רבים של חסרי חוליות מנחל הירקון. מעלה הירקון היווה מקור מפלט למינים של חסרי חוליות שהתקיימו בנחל בעבר בכל קטעיו, ושרדו בו באוכלוסיות מצומצמות בחלקו הנקי. במהלך השיקום האקולוגי של הירקון נעשה מאמץ להביא להתחדשות פאונת חסרי החוליות בירקון בשל חשיבותם במארג המזון.
מעלה הירקון: קטע זה עני יחסית במגוון מינים של חסרי חוליות, בהשוואה לנחלים אחרים שהם בלתי מזוהמים. בולט במיוחד מיעוטם של מיני חרקי מים. כמו כן, האוכלוסיות של מרבית המינים דלילות. אם הם עדיין קיימים, הרי הם מוגבלים לבתי גידול מצומצמים, כמו הישחוריים, שנמצאו בריכוזים גדולים יחסית באזורי זרימה. בהופעת כמה מהמינים ניכרת עונתיות. הסיבה למיעוט מיני חסרי החוליות ודלילות אוכלוסיותיהם בקטע זה אינה ברורה. ישנה השערה שזו תוצאה משולבת של לחץ טריפה גבוה מצד דגים וכושר רבייה נמוך. ככל הנראה מושפעים תנאים אלה משינויים במשטר הזרימה ובאיכות המים.
נפוצים תולעי ריסים (Turbellaria), תולעים דל זיפיות (Oligochaeta), 16 מיני חלזונות (Gastropoda), תולעים נימיות (Nematoda), סרטנים שווי רגליים (Isopoda), צדפונאים (Ostracoda), דפנאים (Cladocera), שטרגליים (Copepoda), זחלי זבובאים (Diptera) של ימשושיים (Chironomidae), ישחוריים (Simulidae) וזבוב חופיים (Ephydridae), אקריות מים (Hydracrina), חיטחביים (Bryozoa), עלוקות (Hirudinea), סרטן הנחלים, בריומאים (Ephemeroptera), זחלים של שעירי כנף (Trichoptera) מהסוג שעירנית (Hydroptila), ושישה מיני צדפות ובהם צדפה זעירה מהסוג פיסידיום (Pisidium).
הירקון התיכון: קטע זה עשיר בחסרי חוליות האופייניים לתנאי זיהום אורגני, ביניהם ריכוזים של החד-תא המושבתי פעמונית (Vorticella), תולעים נימיות (Namatoda), תולעת הצינורות (Tubifex) וזחלי הימשוש מהסוג כירונומוס (Chironomus). כמו כן נמצאו סרטנים מהדפנאים והציקלופסיים (Cyclopida), חיטחביים, צדפונאים, והחילזון פיסלה (Physella acuta). כמו במעלה הירקון, גם בקטע המזוהם, קיימת עונתיות בהופעת חלק מהמינים. מיעוט המינים מתאפיין בחלקו באוכלוסיות צפופות ביותר. דלות המגוון הביולוגי ועושר האוכלוסיות הם מאפיין טיפוסי למערכת אקולוגית הנתונה בתנאים קיצוניים באופן טבעי, או כתוצאה של מעשה ידי אדם כגון פיזור רעל או שימוש בדשנים כימיים. המינים המעטים שהם בעלי סבילות גבוהה לתנאים קיצוניים נהנים בשל כך משפע מזון, חוסר תחרות ולחץ טריפה נמוך, המאפשרים התפתחות אוכלוסיות צפופות. המינים הבולטים ביותר מבחינה זו הם תולעת הצינורות והימשוש כירונומוס, הידועים ביכולתם להתקיים בתנאי לחץ חמצן נמוך, הודות להמוגלובין מיוחד המומס בנוזל גופם. מינים אלה גם משמשים אינדיקטורים ביולוגיים לתנאי עומס אורגני גבוה במים.
מורד הירקון: בקטע המלוח מצויים חסרי חוליות ימיים שחדרו עם מי הים, כדוגמת סרטני הבולטים (Balanidae) ותולעים רב זיפיות (Polychaeta). קיים עושר יחסי גדול יותר של סרטנים לעומת מיעוט חרקי מים. ב"כיסי" מים מתוקים אשר במים המליחים (Brackish water) אפשר שימצאו חסרי חוליות של מים מתוקים.
צמחיית הירקון.
מיני הצומח בירקון כוללים את אגמון האגם, אגמון החוף, גומא הירקון, גומא הפפירוס, ליסימכיה מסופקת, מדד זוחל, נהרונית צפה, נופר צהוב, נורית המים, ניידת החוף, נימפיאה תכולה, סוף רחב עלים, עדשת המים, ערידת הביצות, שבטבט ענף, קנה מצוי, פטל קדוש, ועוד.
בעבר היו צמחי המים הטבולים, הצפים והמזדקרים שבירקון מרובים ומגוונים. בעקבות הפיתוח המואץ שנעשה בסביבות הנחל ובאגן הניקוז שלו, ולאחר שהחלו להזרים את מקורות הירקון משנת 1955 ואילך אל הנגב, החלו לחול שינויים גדולים במערכת האקולוגית הטבעית של הנחל. לא רק שהתמעטו כמויות המים שזרמו בירקון, אלא שבקטעיו השונים החלו זורמים מי ביוב ביתיים, שפכים תעשייתיים וחומרי דישון חקלאי. השינויים הללו גרמו בהכרח לערעור מאפיינים כימיים ופיזיקליים בבית הגידול, שהם בעלי חשיבות ממדרגה ראשונה ליכולת הקיום של צמחי המים.
תפוצתם של מינים רבים, שבעבר השתרעה על פני חלקים רבים בירקון, הצטמצמה והוגבלה רק למעלה הנחל. גם צמחיית המים לאורך הקטע הנקי של הירקון נפגעה חמורות. כיום, מגוון מיני הצמחים גדול במידה רבה בקטעי הנחל הנקיים לעומת הקטעים המזוהמים, כאשר גם לזיהום העונתי יש השפעה מכרעת על מגוון המינים. שינויים גדולים ביותר התרחשו בהרכב המינים שגדלו בגוף המים. ככל שהצמחים טבולים יותר במים, כך הם תלויים בטיבם. כל המינים הטבולים והצפים נמצאו רק בקטעי הנחל הנקיים יחסית. צמחי מים מזדקרים, לעומתם, כוללים מינים אדישים לזיהום ומינים הרגישים לו. היעלמות המינים הרגישים לזיהום בקטעים המזוהמים אפשרה למיני צמחים לא רגישים לזיהום להתפרש על פני שטחים נרחבים לאורך הנחל. בקטעים הנקיים יחסית ישנה חוקיות מסוימת בחיגור הצמחים, אך בקטעים המזוהמים כמעט שנעלמה חוקיות זו, וניכרה חדירה בולטת של עשבים שוטים של שדות מעובדים וצמחים הגדלים בצדי דרכים.
רוב המינים שמופיעים רק בקטע הנקי של הנחל נעלמו מהקטעים האחרים בגלל זיהומם. השפעת דטרגנטים בריכוז 15 חל"מ היא הבולטת והמהירה בין מרכיבי הזיהום, כי בתוך זמן קצר נצרבים הצמחים קשות ונרקבים. גם אמון בריכוז 40 חל"מ ומעלה, גורם לפגיעה בחלק ממיני הצמחים, משום השפעתו העקיפה עליהם, בכך שהוא מעודד התפתחות כמות רבה של אצות, הגורמות לעכירות גבוהה שפוגעת בצמחי המים.
מלבד הרגישות לזיהום, משפיעות גם נסיבות סביבתיות נוספות, כגון:
האוכלוסייה המקורית של צמחיית הירקון מוצאת מקלט בגנים הבוטניים של אוניברסיטת תל אביב, ושם עוסקים בחקר האקופיזיולוגיה והריבוי של המינים. נופי מים אפשר לשקם במהירות רבה ובמסגרת התוכנית לשיקום הנחל, החלה רשות הירקון להשיב לקטע הנקי חלק מהמינים שנעלמו משם במהלך השנים.
הירקון בתרבות.
הירקון מהווה רקע למספר רב של סרטים ישראלים, בין היתר: