בסוף הכיבוש היו אלה האמריקאים שלחצו להתחמשות מחדש של יפנית בעוד שממשלת יפן התנגדה לחימוש מחדש בשם החוקה שנכתבה בהשראה האמריקאית. היפנים הסכימו לבסוף לפשרה המינימלית שהאמריקאים קיבלו, שהיא יצירת "שמורת משטרה לאומית", כוח צבאי למחצה של 75,000 איש להגנה על האיים היפנים. ב-1952 אשרר הקונגרס האמריקאי את הסכם השלום שסיים רשמית את הכיבוש האמריקאי של יפן. במקביל הוא אשרר את 'אמנת הביטחון של ארצות הברית-יפן'. אמנה זו אפשרה לצבא האמריקני להמשיך ולהשתמש בבסיסים חשובים ביפן להגנת המזרח הרחוק ולהתערב ביפן כדי למגר התקוממות פנימית אם ממשלת יפן תבקש סיוע כזה. הסכם זה ומעמדה הצבאי של יפן הפכו לנושא למחלוקת ציבורית ופוליטית.
בתחילת שנות ה-80 הגיעו רוב המפלגות הפרלמנטריות לכדי תמיכה בברית ההגנה עם ארצות הברית. גם לתוך המאה ה-21 ארצות הברית מחזיקה בסיסים צבאיים מטעמה ביפן אשר חיוניים למעמדה האסטרטגי במזרח אסיה, וממשלת יפן ממשיכה לראות בבסיסים אלו חיוניים להגנה על יפן. ממשלת יפן משלמת חלק ניכר מההוצאות עבור הבסיסים האמריקאים על שטחה. סעיף 9 אינו אוסר רק שימוש בכוח ליישוב סכסוכים בינלאומיים, אלא אף אוסר על קיום צבא, חיל ים וחיל אוויר. לפיכך, מבחינה משפטית, כוחות ההגנה העצמית של יפן אינם כוחות לוחמים אלא זרועות של המשטרה הלאומית. לחלוקה זו השפעות רבות בנושאי מדיניות חוץ והביטחון. לפי ממשלת יפן, הכוונה ב"פוטנציאל מלחמתי" הוא לכוח העוקף את הצורך הבסיסי בהגנה עצמית, וכל כוח מתחת לצורך זה אינו מהווה פוטנציאל מלחמתי. בית המשפט העליון חיזק את חוקיות כוחות ההגנה העצמית במהלך השנים במספר פסיקות, וקבע שליפן זכות להחזיק כוחות להגנה עצמית בלבד.
החל במאה ה-21, מהלכים פוליטיים ומדיניים בינלאומיים קידמו את יפן לקראת האפשרות של תיקון חוקתי בעניין סעיף 9. בין המהלכים הללו פרוץ המלחמה העולמית בטרור, המאבק בשוד ימי לחופי סומליה, איומים רקטיים וגרעיניים של קוריאה הצפונית וסכסוך טריטוריאלי בדבר גורלם של איי סנקאקו מול סין העממית. עקב כך, ממשלותיו של שינזו אבה (מהמפלגה הליברלית-דמוקרטית) ניסו מספר פעמים להביא לקידום שינוי חוקתי שיאפשר מרחב תמרון צבאי רחב יותר.
באביב 2012, המפלגה הליברלית-דמוקרטית פרסמה טיוטה של ​​חוקה מתוקנת המאשרת במפורש את זכותה של יפן להגנה עצמית ואת התפקיד הלגיטימי של הכוחות המזוינים של יפן, ששמה ישונה לכוח ההגנה הלאומי. טיוטת סעיף 9 המתוקן של הליברלים-דמוקרטים משמרת את העיקרון הפציפיסטי בסעיף הקיים, אך היא מוחקת חלקו האוסר על יפן לשמור על פוטנציאל צבאי לקראת מלחמה אפשרית. במקומו רשום מתווה למטרתו ותפקידיו הבסיסיים של הצבא. לעומתה, המפלגה הדמוקרטית באופוזיציה הכריזה על תמיכה בשימור הסעיף כמות שהוא. למרות הרוב הפרלמנטרי של אבה, לא הייתה לו תמיכה מספקת להעביר שינוי לחוקה (הדורש רוב של שני שלישים בפרלמנט) - במיוחד לאור קשיים מתמשכים שהעיבו על ממשלתו במהלך העשור השני של המאה ה-21. גם ללא חקיקה, בינואר 2019 פרשנה ממשלת אבה את הסעיף כלא מונע מיפן להחזיק טילי שיוט.
ב-1990 דורגה יפן במקום השלישי בעולם בהוצאות ההגנה שלה, אחרי ברית המועצות וארצות הברית, והאחרונה קראה לה לקחת חלק גדול יותר בהגנה על האוקיינוס השקט. בעקבות זאת איבד סעיף 9 מחשיבותו, אך נותר על כנו על מנת למנוע התרחבות צבאית נוספת. בנוסף, על אף השנים שחלפו מאז המלחמה, נותרה דעת הקהל ביפן בעד הסעיף. סקר על עמדת הציבור ביחס לחוקה שנערך על ידי תאגיד השידור הלאומי NHK באפריל 2016 מצא תמיכה נמוכה יחסית לתיקון של סעיף 9. רק 22.1% מהנסקרים ענו כי "יש צורך בתיקון [של סעיף 9]", בעוד 39.2% השיבו כי "התיקון מיותר". תומכי סעיף 9 הדגישו שהסעיף נוגע גם לאנרגיה גרעינית, וכי על יפן להימנע מהקמת תחנות כוח גרעיניות, בייחוד על רקע האסון בתחנת הכוח הגרעינית פוקושימה 1 בעקבות רעידת האדמה בסנדאי ב-2011.
פרק ג': זכויות וחובות של העם.
סעיף 10; אזרחות יפנית.
בהמשך לקביעה בחוקה, ב-1950 עברה בפרלמנט הצעת חוק שהוצגה מטעם משרד המשפטים בעניין ההתאזרחות והלאום, הצעת חוק זו מוכרת בתור 'חוק הלאום היפני'. החוק קובע שילד שלפחות אחד מהוריו אזרח יפני מקבל באופן מיידי אזרחות יפנית. לצד זאת, ילד הנולד ביפן אינו בהכרח אזרח יפני אלא אם כן מצד שכזה מביא לכך שאותו הילד חסר שיוך לאומי. תושבים זרים יכולים לעבור התאזרחות יפנית כעבור לפחות חמש שנים של מגורים ביפן ובתנאי של ביטול כל אזרחות זרה למדינה אחרת. ב-2008, חבר בית הנבחרים טארו קונו ניסה לקדם הצעת חוק שילד שאחד מהוריו יפניים יוכל להיות בעל אזרחות כפולה. לפי החוק היפני המונח יפני מבוסס אך ורק על הלאום ולא על מוצא אתני. החוק היפני לא מבצע הפרדה בין קבוצות אוכלוסין על בסיס אתני ומתוך כך אין רישומי אוכלוסין על בסיס אתני.
מערכת המקלט והפליטים של יפן פועלת להימנע מהענקת מעמד של פליט לתושבים. בשנת 2018, משרד המשפטים קיבל 10,493 בקשות לקבלת מעמד של פליט, בעיקר על ידי אנשים מנפאל, סרי לנקה וקמבודיה. המשרד הכיר ב-42 בני אדם כפליטים, בעוד ש-40 מבקשי מקלט נוספים סווגו כזקוקים לסיוע הומניטרי, מה שאפשר להם להישאר ביפן. באוקטובר, קבוצת עורכי דין הגישה תביעה לקבוצת העבודה של האו"ם נגד נוהלי המעצר הממשלתיים של מהגרים בלתי-חוקיים, שאינם מצריכים את נחיצות המשפט עבור קיום המעצר ועלולים להימשך שנים.
בעוד יפן סובלת החל בעשור השני של המאה ה-21 במחסור חמור בכח עבודה, באפריל 2020 נכנס לתוקף חוק הגירה מתוקן, המאפשר ליותר מ-300,000 זרים לקבל אשרות עבודה במגזרים הכוללים חקלאות, דיג וסיעוד. בעבר, יפן קיבלה רק עובדים זרים מיומנים; בעוד עובדים זרים בעלי צווארון כחול נדרשו בדרך כלל להגיש בקשה לוויזה כמתמחים או כסטודנטים. בנפרד לכך המשיכה הממשלה את "תוכנית ההשתלמות הטכנית של זרים", הקושרת עובדים למעסיקיהם המממנים ללא אפשרות לשנותם. חוק זה נקבע כדי לגייס עובדים זרים נוספים, רובם מדרום-מזרח אסיה. התוכנית הובילה לביקורת ציבורית על הפרות זכויות אדם בידי מעסיקים של עובדים זרים, לרבות תשלום שכר תת-מינימלי, שעות נוספות לא חוקיות, החזרה כפויה של חושפי שחיתויות למדינות מולדתם ותנאי עבודה מסוכנים או לא היגייניים. במרץ 2020, משרד המשפטים קבע כי 171 "חניכים" (עובדים זרים) מתו בין 2012 ל-2017, 17 מהם בהתאבדות.
סעיפים 11, 12 ו-13; זכויות האזרח.
סעיף 11:
סעיף 12:
סעיף 11 למעשה קובע את היות זכויות האדם אבסולוטיות ועומדות בראש סדר העדיפויות של החוק באופן שהם מוגנות בצורה חד משמעית בידי החוקה. סעיף 12 מהווה קריאה לעם עצמו לשמר את זכויות האדם כפי שהן קבועות בתוך החוקה. לחוקת יפן יש מגילת זכויות משוכללת. היא מגינה על זכויות הפרט כ"זכויות אדם בסיסיות", והגנה כזו אכן נתפסת כאחד מעקרונות היסוד של החוקה. ההכרח בהגנה על זכויות אדם בסיסיות עמד כבר במדיניות של כוחות הכיבוש האמריקאים והיה גלום באחד משלושת העקרונות היסודיים הכלולים בהערות שהכין הגנרל מקארתור לטיוטה של ​​כוחות הכיבוש עבור החוקה. רעיון 'זכויות האדם הבסיסיות'. עקרון זה היה מושרש בפילוסופיית המשפט הטבעי והתאימה לעמדה שנמצאה בהכרזה לכל באי עולם בדבר זכויות האדם, שלפיה כל אדם מוגן בידי זכויות אדם אוניברסליות מסוימות. אכן, עצם המושג "זכויות אדם יסודיות" עצמו היה ביטוי ברור לטבען האוניברסלי שלהן.
סעיף 11 משקף הבנה זו בהצהרה כי "אסור יהיה לשלול מבני העם אף אחת מזכויות האדם היסודיות". לפיכך, בניגוד לזכויות העם המוצגים על פי חוקת מייג'י, זכויות אדם בסיסיות מוקנות לכל הפרט כזכויות טבעיות שהיו קיימות לפני חקיקת החוקה. הם אוניברסליים וטבועים לכל בני האדם מרגע שנולדו על בסיס ההכרה שלהם כאוניברסליים ולא תלויים בדבר.
סעיף 13:
יתרה מקביעת האוניברסליות בשני הסעיפים הקודמים, ההכרזה ש"כל בני העם יכובדו כיחידים" בסעיף 13 עוררה את הדעה כי חוקת יפן הציבה יחידים לפני המדינה או החברה, יציאה מוחלטת מהעבר כאשר בני העם נאלצו להקריב את עצמם למען טובת המדינה או למען החברה. סעיף 13 הוא למעה קביעת כבוד האדם של החוקה היפנית. אינדיבידואליזם נתפס כעיקרון מנחה של החוקה. יתרה מזאת, כיבוד הפרט נתפס כמחייב את כבוד האדם על כל התושבים, ובכך ממקם את כבוד האדם כערך העליון בחוקה החדשה, במקום המדינה והקיסר בחוקת מייג'י.
ההגנה על זכויות אדם בסיסיות אינה נושאת כל הגבלה ספציפית במסגרת הצורך להגנתה. עם זאת, סעיף 12 קובע כי על העם לשמור על הזכויות ולמנוע ניצול שלהן לרעה. משמעות הדבר היא שהשמירה על הזכויות כאשר הן אינן מפריעות לרווחת הציבור, היא השיקול העליון בחקיקה ובעניינים ממשלתיים אחרים. אף על פי שבית המשפט העליון של יפן הפעיל שני סעיפים אלה (12 ו-13 לחוקה) כדי לאפשר לממשלה להגביל זכויות אדם בסיסיות על מנת כדי להגן על רווחת הציבור, רוב כולל בציבור היפני ובקהילה המשפטית של העולם המערבי מסכים על כך שצורך הפרט עולה על צורך החברה.
סעיף 14; שוויון אזרחי בפני החוק.
כמו בחוקות רבות אחרות של מדינות דמוקרטיות, החוקה היפנית קובעת בסעיף 14 כי כל היפנים זכאים לזכות לשוויון.