אנצאר בית אל-מקדס (בערבית: أنصار بيت المقدس, בעברית: "תומכי ירושלים") שחברים בו בין1,000 ל-2,000 פעילי טרור, הוקם לאחר ההפיכה במצרים בשנת 2011 והוא ארגון הטרור המרכזי בסיני. הארגון מזרם הג'יהאד הסלפי, ומטרת הקמתו – ביצוע פעולות טרור נגד גורמים ממשלתיים מצריים ונגד מדינת ישראל. מנהיג הארגון הוא שאדי אל-מניעי, בן לאחד השבטים הבדואיים שבצפון סיני. רוב החברים בארגון הם משבט הבריקאת, הידוע בתמיכתו בג'יהאד העולמי. הארגון הגביר מאוד את פעולות הטרור נגד הממשלה והצבא המצרי לאחר הדחתו של הנשיא מטעם תנועת האחים המוסלמים מוחמד מורסי. לטענת נביל נעים, בכיר בג'יהאד האסלאמי המצרי, ח'יירת א-שאטר ממנהיגי תנועת האחים המוסלמים, מימן את הארגון. הארגון נחשב לגדול ביותר מבין ארגוני הטרור בסיני. אנצאר בית אל-מקדס אחראי בין היתר לפיצוץ צינור הגז בין ישראל למצרים פעולות שהגדיר כ"ג'יהאד כלכלי". חבר בארגון, קצין לשעבר, אחראי על ניסיון ההתנקשות בשר הפנים המצרי מוחמד איברהים מוסטפא בספטמבר 2013 בקהיר. הארגון גם אחראי לירי טילים על אילת ולעוד מספר רב של התקפות ופעולות טרור בסיני ואף בתוך מצרים. ב-10 בנובמבר 2014 נשבע הארגון אמונים למדינה האסלאמית ולמנהיגה אבו בכר אל-בגדאדי ושינה את שמו ל"מחוז סיני של המדינה האסלאמית".
מועצת השורא של לוחמי הג'יהאד בסביבות ירושלים.
מג'לס שורא אל-מוג'אהדין פי אכנאף בית אל-מקדס (בעברית: مجلس شورى المجاهدين في أكناف بيت المقدس) הוקם ב-18 ביוני 2012.
מקור שמו של הארגון מקבוצות המזוהות עם אל-קאעידה הפועלות בעיראק. מנהיג הארגון הוא עבדאללה אל-אשקר המכונה אבו אל-מחתסב אל-מקדסי. הארגון מהווה למעשה חבירה של כמה קבוצות סלפיות המזוהות עם אל-קאעידה והג'יהאד העולמי.
חברי ארגון מג'לס שורא אל-מוג'אהדין פרסמו סרטון שבו הודיעו על הקמת הארגון "לאחר שהופל "פרעה" (חוסני מובארכ) במצרים, ולאחר שמתערערת "הרודנות העלווית" (משטרו של נשיא סוריה בשאר אל-אסד), וכאשר בלבנון ובירדן ניכר חוסר שביעות הרצון של המוסלמים הסונים – "רוח הייסורים נושבת לעבר היהודים מחצי-האי סיני וממרגלות הר סיני". הדובר בסרטון קרא לאומה האסלאמית ולפלסטינים "לאחד את השורות ולהתכונן לשלב הבא" שהוא "השבת שלטון אללה". בסרטון הודיע הדובר, כי על רקע התהפוכות בעולם הערבי הוחלט על הקמת "מועצת השורא של לוחמי הג'יהאד בסביבות ירושלים" כבסיס לפעילות ג'יהאדית, שמטרתה השבת הח'ליפות האסלאמית. ההודעה הסתיימה באיומים כלפי ישראל: "...מהכוס שבה השקתם את המוסלמים ברחבי ירושלים נשקה אתכם ברעל יעיל... אנו לא נשיב [את חרבותינו] אל נדנן אלא לאחר שתהיינה מוכתמות בדמכם, לאחר שנכלה אתכם...".
ביום הקמת הארגון, חדרו שלושה פעילי הארגון לשטח ישראל, סמוך ליישוב באר מילכה, שבקרבת גבול ישראל-מצרים. שלושת המחבלים, שחצו את הגבול במקום בו עדיין לא נבנתה גדר הביטחון, פתחו באש מנשק קל וטילי RPG לעבר שני כלי רכב של קבלנים הבונים את גדר הגבול בין ישראל למצרים. כתוצאה מכך נהרג אזרח, אשר הועסק על ידי משרד הביטחון. שני מחבלים נהרגו במהלך הפיגוע. מאז הקמתו ביצע הארגון מתקפות טרור רבות נגד הצבא והממשלה המצרית. אפשר שהארגון אחראי למתקפת הטרור בגבול מצרים וישראל באוגוסט 2012. הארגון אחראי לרוב ירי הרקטות שנורו לישראל.
ב-11 בפברואר 2014 נשבעו חברי הארגון אמונים ל"מדינה האסלאמית בעיראק ובשאם" (דאעש) - הידועה כיום בשמה הרשמי "המדינה האסלאמית".
צבא האסלאם.
צבא האסלאם (בערבית: جَيش الإسلام; תעתיק: 'ג'יש אל-אסלאם') הוא ארגון טרור שהוקם ברצועת עזה בשנת 2006, על ידי בני חמולת דע'מש מהעיר עזה. מנהיג הארגון הוא מומתאז דע'מש, והאידאולוגיה של הארגון זהה לחלוטין לזו של אל-קאעידה העולמית, יש המכנים את ג'יש אל אסלאם "אל קאעידה בעזה". לארגון שלוחות רבות ברחבי חצי האי סיני ומיוחסים לו ניסיונות למתקפות טרור על ישראל, שאמורות היו לצאת מסיני.
ב-17 בנובמבר 2010 חוסל בתקיפה מהאוויר על ידי צה"ל אסלאם יאסין בכיר בארגון, לאחר שניסה לארגן פיגוע חטיפה של ישראלים בסיני. בינואר 2011 הודיע משרד הפנים המצרי כי ארגון הטרור ג'יש אל-אסלאם ותא טרור הפועל במסגרת הארגון א-תכפיר ואלהיג'רה, הם האחראים לפיגוע ההתאבדות שגרם למותם של 23 נוצרים קופטים ליד כנסייה בעיר אלכסנדריה בראש השנה האזרחית. לדעת המודיעין המצרי, הארגון אחראי יחד עם ארגון הטרור תכפיר ואל היג'רה למתקפת הטרור באוגוסט 2012 שבוצעה נגד מצרים וישראל, ובמהלכה נהרגו 16 שוטרים מצרים. הקשרים של חמאס עם הארגון והעובדה שהוא מתיר לפעול מעזה למרות פעולות הטרור שאחראי להם הארגון בסיני, היוו גורם משמעותי בסכסוך בין צבא מצרים לחמאס.
א-תכפיר ואל-היג'רה.
א-תכפיר ואל-היג'רה (בערבית: التكفير والهجرة, תעתיק מדויק: אלתכפיר ואלהג'רה) הוא תא טרור הפועל ברחבי סיני ומטרתו ביצוע פעולות טרור נגד הממשלה המצרית. הארגון פועל על פי המורשת של א-תכפיר ואל-היג'רה שהוקם ב-1960 במצרים כשלוחה של תנועת האחים המוסלמים. הארגון המקורי הפסיק את פעילותו לאחר שהשלטונות המצרים נלחמו בו בעקבות רצח שר ההקדשים המצרי ב-1977. המורשת של הארגון ממשיכה עד היום כאידאולוגיה של פעילים אסלאמיים קיצוניים ברחבי העולם, כיום ארגון שמזהה עצמו כארגון א-תכפיר ואלהיג'רה פועל במצרים ובסיסו בסיני. הארגון שותף לרצח 23 איש בפיגוע בכנסייה הקופטית באלכסנדריה ב-2012. כמו כן לדעת המודיעין המצרי אחראי הארגון יחד עם ארגון ג'יש אל-אסלאם למתקפת הטרור באוגוסט 2012, ולעוד מתקפות טרור רבות במצרים ובסיני.
קבוצות נוספות.
בנוסף לארגוני הטרור הבולטים, פועלים בסיני עוד למעלה מעשרה ארגונים קטנים ששותפים למאבק בצבא ובממשלה המצרית. הארגונים פועלים בשיתוף פעולה הדוק עם הארגונים הגדולים והאידאולוגיה שלהם היא לרוב זהה.
חמושים בדואים.
האוכלוסייה הבדואית היא מרכיב חשוב בתשתית הארגונית ובפעילות הטרור בסיני. הבדואים בסיני הם אוכלוסייה ענייה שנזנחה לגורלה על ידי הממשל המרכזי במצרים שאינו משקיע משאבים לפיתוח האזור. בשל הפיקוח הביטחוני הרופף של המצרים משום אופיו המדברי, המבודד של השטח ובשל המצוקה הכלכלית היו צפון חצי האי ומרכזו לנתיב הברחת סמים והברחת אמצעי לחימה לרצועת עזה. ישנם טענות אף על סחר באיברים של פליטים מאפריקה המנסים להגיע לישראל דרך סיני. הבדואים הבריחו כמויות אדירות של נשק ותחמושת מסודאן ומלוב לרצועת עזה דרך המנהרות. פעילי הג'יהאד שניצלו את המצב המיוחד בסיני, התיישבו באזורים שאינם שייכים לשבטים הבדואים, הקימו בסיסי אימונים, והבדואים באזור היו מבצעים בשבילם הברחות ופעילויות אחרות תמורת תשלום. בהמשך נסחפו בדואים רבים לאידאולוגיה האסלאמית הקיצונית שמטרתה להקים בסיני מדינת שריעה, והצטרפו לפעילות הטרור נגד המצרים שבמקביל החלו לראות בבדואים גורם שמערער את הביטחון באזור. השבטים הבדואים ששמם נקשר לפעילות הטרור הם הסווארכה, התיאהא, האחוואט, הבריקאת וטראבין.
מאבק ישראל בטרור בסיני.
בהסכם השלום בין ישראל למצרים שנחתם ב-1979 סוכם בין הצדדים על הגדרת חצי האי סיני כשטח מפורז שאסור לכניסת הצבא ורק משטרה מצרית תוכל לפקח על האזור. מצב זה גרם לפריחת הטרור וחוסר הביטחון בסיני, דבר שכמובן השפיע על גבולה הדרומי של ישראל. מכיוון שבאופן רשמי ישראל אינה יכולה לתקוף פעילי טרור שנמצאים בשטחה של מדינה ריבונית אחרת, לישראל היה אינטרס ברור שמצרים תטפל בקיני הטרור שנוצרו בסיני. לכן ישראל אישרה למצרים בעקבות מתקפת הטרור באוגוסט 2011, להכניס כוחות צבא מוגבלים לסיני. עם זאת, מצרים הכניסה כוחות רבים מעבר למה שישראל אישרה ואף לא ביקשה בכל פעם שהכניסה כוחות לסיני את הסכמתה של ישראל. פעולות אלו גרמו לחשש בקרב ישראל שמצרים תנצל את המצב לביסוס כוח צבאי בסיני. באוגוסט 2012 אמר שר החוץ אביגדור ליברמן כי "אסור לוותר למצרים על הפרות השלום.. וכי מדובר במדרון חלקלק בשמירה על הסכם השלום". למרות החשש הישראלי מהעצמאות המצרית בהקשר של הכנסת הכוחות לסיני, ישראל הביעה שביעות רצון מהמאבק המצרי בטרור בסיני והיא אף מספקת למצרים מידע מודיעיני.
פעילות ישראל בשטח חצי האי סיני.
שלא כמו ברצועת עזה שם ישראל תוקפת פעילי טרור שמוגדרים כ"פצצה מתקתקת" (קרי העומדים לבצע פעילות טרור באופן מיידי), בסיני ישראל אינה יכולה לפעול בשטח נגד פעילות טרור מכיוון שמדובר בשטח ריבוני מצרי. עם זאת במתקפת הטרור בדרום ישראל ב-2011 חדר מסוק תקיפה ישראלי לשטח סיני במהלך המרדף אחר המחבלים והרג חמישה חיילים מצרים שככל הנראה ירו לעברו טיל. מצרים בתגובה דרשה התנצלות ישראלית על הרג החיילים המצרים. באוגוסט 2013 דווח כי מטוס ללא טייס ישראלי תקף פעילי טרור ברפיח המצרית שעמדו לירות רקטות מסיני לשטח ישראל. ישראל לא אישרה את הדיווחים אך גם לא הכחישה. בהמשך הכחיש דובר צבא מצרים כי הייתה תקיפה ישראלית, גורם צבאי מצרי טען כי מדובר בתקיפה של מסוק אפאצ'י מצרי.
בתחום המודיעיני ישראל הגבירה מאוד את המעקב שלה על הנעשה בסיני. ב-2013 דווח כי השב"כ הקים חטיבה מיוחדת לסיכול טרור שמקורו בסיני. בין ישראל ומצרים קיים גם שיתוף פעולה מודיעיני, שגבר מאוד לאחר הדחתו של מוחמד מורסי והעברת השליטה במצרים לידי הצבא.
בתחילת שנת 2018 דיווח העיתון "הניו יורק טיימס" כי חיל האוויר הישראלי תקף מטרות של שלוחת דאעש בסיני למעלה ממאה פעמים במשך השנתיים הקודמות, באישורו של נשיא מצרים.
בתחילת שנת 2019, בריאיון לתוכנית "60 דקות" אישר נשיא מצרים, עבד אל-פתאח א-סיסי, שצבא מצרים וישראל משתפים פעולה במלחמה נגד דאעש.