תוך ניסיון להשתלט על טרנסילבניה, בשנת 1565 גייס מקסימיליאן כוחות צבאיים בפיקודו של לאזאר פון שוונד. שוונד יחד עם באלאשה ניצחו את לוחמיו של הנסיך-מלך יאנוש ז'יגמונד ואילצו אותו להסכים לפתיחת משא ומתן. אישטוואן באטורי ניהל את המשלחת הטרנסילבנית וחתם בסאטמר על הסכם שלום זמני.
כשהטורקים, בני ברית של יאנוש ז'יגמונד, יצאו למתקפה רבת עוצמה נגד ההבסבורגים ובני בריתם בטרנסילבניה, מקסימיליאן ראה בכך הפרת ההסכם בסטמאר והורה לעצור את באטורי ששהה שוב כשגריר בווינה. הוא נכלא למשך לא פחות משנתיים במעצר בית בתוך אכסניה וינאית.
בהיעדרו של באטורי, יריבו, גאשפאר בֶּקֶש, רכש את אמונו של יאנוש ז'יגמונד והפך ליד ימינו. כשבאטורי חזר ב-1567 מהמאסר באוסטריה, השליט גרש אותו מהחצר.
בחירתו לשליט טרנסילבניה.
האוסטרים, שחתמו בפברואר 1568 הסכם שלום באדירנה עם הסולטאן סלים השני, השתכנעו כי המעצמה העות'מאנית לא תאפשר להם לכבוש את טרנסילבניה.
בנסיבות אלה בשנת 1570 גאשפאר בקש נשא ונתן עם ההבסבורגים והוביל לחתימת הסכם חשאי בשפייר בין הקיסר מקסימיליאן ובין יאנוש ז'יגמונד סאפויאי. הסכם זה קבע כי יאנוש ז'יגמונד ויתר על כתר הונגריה לטובת הקיסר, ובתמורה הכיר בו מקסימיליאן כנסיך של טרנסילבניה. הסכם שפייר נתן בפועל גושפנקה לחלוקת הממלכה ההונגרית לשעבר לשלושה חלקים: החלק המערבי בשליטת קיסר האימפריה הרומית הקדושה שקרא לעצמו גם מלך הונגריה, החלק המרכזי בשליטת האימפריה העות'מאנית (הפאשאליק של בודה ובאנאט) ובמזרח - הנסיכות העצמאית של טרנסילבניה, בהנהגה של אצילים הונגרים ובמידה רבה בחסות טורקית.
במרץ 1571 מת הנסיך יאנוש ז'יגמונד ולפי ההסכם בשפייר טרנסילבניה הייתה אמורה לעבור לידי הקיסר מקסימיליאן, כשגשפאר בקש, שר האוצר, עמד להתמנות ל"וויווד" בחסות ההבסבורגים.
מהלך זה לא היה ישים בגלל העות'מאנים. ב-25 במאי 1571 אספת האצילים ההונגרים הטרנסילבנים (הדיאטה) שהתכנסה בבירה אלבה יוליה בחרה בבכיר האצילים, אישטוואן באטורי, כשליט. גם הטורקים העדיפו את בחירתו כנגד זו של היריב הפרו-הבסבורגי, בקש. נוכח העובדות בשטח החליט הסולטאן סלים השני להכיר בבאטורי באמצעות צו -"אתנאמה"- שנמסר על ידי שליח (צ'בוש) בשם אמהט, שבו הכריז כי טרנסילבניה נמצאת כמו הונגריה המרכזית בתחום חסותו, אבל הוא הסמיך את באטורי לנהל אותה כווייווד מטעמו.
מקסימיליאן לא יכול היה מיד אחרי ההסכם באדירנה להתערב צבאית בטרנסילבניה. בשנת 1572 אף הסכים הסולטאן לתת גושפנקה למעמדו של אישטוואן באטורי כיורש החוקי של כתר טרנסילבניה במקום המלכים ממשפחת סאפויאי. ברוח הכרה זו, באטורי היה רשאי אפילו להוריש את כסאו לבני משפחתו.
בחשאי, בדומה לקודמו, יאנוש ז'יגמונד, באטורי נשבע אמונים גם לקיסר מקסימיליאן. כעבור זמן מסוים, מקסימיליאן נאלץ להשלים עם בחירתו של באטורי. להשלמה זו לכאורה יכלו לשרת גם נימוקים דתיים: בסופו של דבר, אם יאנוש ז'יגמונד המנוח הפך לחסיד של הכנסייה היוניטרית החדשה, השנואה על המונרכיה האוסטרית, אישטוואן באטורי נשאר לפחות קתולי טוב.
תאריו בטרנסילבניה.
בלטינית
מלוכתו בטרנסילבניה - ווייבוד, אחר כך נסיך - 1571 - 1586.
מלחמת אזרחים.
היחסים הטובים עם הקיסר לא ארכו ימים. כבר ב-1573 חידש מקסימיליאן את תמיכתו בבני בריתו בתוך טרנסילבניה בראשותו של גאשפאר בקש. באטורי הצליח לנצח אותו ולכבוש את מבצרו בפגראש. בקש נמלט לאזורים שבשליטה הבסבורגית, גייס כוחות טריים וחזר איתם לטרנסילבניה, כשבמקביל מנסה להסית נגד השליט גם את הסקלרים ואת הסקסונים המקומיים. כשהתפנה כיסא המלכות בפולין, מקסימיליאן הציג את מועמדות בנו, ארנסט. אחיזה עתידית בטרנסילבניה רק יכלה לחזק את מעמדו ולשפר את סיכוייו בזירה הפולנית.
אבל בקש, נאמנו, הובס על ידי אישטוואן באטורי בקרב קֶרֶלֶא-סֶנטפּאל (Kerelőszentpál) ב-8 ביולי 1575. בקרבות נגד בקש - בראדנוט ובקרלא-סנטפאל הצטיין האציל מוזש סֵיקיי (כלומר "מוזש הסקלר").
באטורי מינה אותו למפקד משמרו האישי. חמישה אצילים אויבים שנתפסו בשדה הקרב הוצאו להורג בתליה ב-8 באוגוסט 1575. 34 לוחמים סקלרים נענשו על ידי כריתת אפיהם ואוזניהם. כעבור חודש, באישור הדיאטה הוציא באטורי להורג עוד 43 מאנשיו של בקש, כולל שבעה אצילים נוספים וסקלרים רבים. עם הנופלים בשבי נמנה גם המשורר הנודע באלינט באלאשי, אחיין של מנהרט באלאשה המנוח, והוא הוחזק בחצרו של באטורי עד שנת 1577.
מרקם היחסים עם הסולטאן.
שלטונו של באטורי התחזק ורבו סיכוייו לזכות בעצמו בכתר של פולין.
במישור יחסיו עם השער העליון באטורי נאלץ לנהל מדיניות זהירה. הסולטאנים ביקשו לכפות בהדרגה על טרנסילבניה את משטר החסות שנהגו כלפי הנסיכויות הרומניות ולאכיה ומולדובה. על מנת ללחוץ על באטורי, אף לא נרתע הסולטאן סלים השני לאיים כי יתמוך ביריבו, גשפאר בקש.
באטורי נאלץ להסכים להרבה מן התנאים המשפילים והעושקים של הטורקים. בין היתר באוגוסט 1575, אחרי שגבר על בקשי, עליו היה להסכים לתשלומי דמי חסות שהועלו על ידי הסולטאן מורד השלישי מ-10,000 ל-15,000 פלורינים לשנה. היה צריך גם לספק לסולטאן כוח צבאי במקרה מלחמה.
כאמצעי סחיטה החזיק הסולטאן באיסטנבול אציל הונגרי, טוען לכתר בכוח בשם פאל מארקהאזי, לפי המנהג הסחטני שנהג כלפי שליטי הנסיכויות הרומניות בוולאכיה ומולדובה.
בנסיבות אלה דאג גם באטורי לשחד פקידים בכירים בחצר העות'מאנית, ריסן את שומרי הגבול שלו מלבצע תקיפות נגד האזורים שנצאו בשליטה טורקית, ורדף אחרי בוגדן, שליט רומני שנמלט מפני הטורקים.
בעת העימות בין הטורקים ובין שליט אחר של מולדובה, יון האיום או האמיץ, ריכז באטורי כוחות על יד הגבול עם מולדובה, עקב אחרי האירועים ונמנע מלבוא לעזרת הטורקים בתירוץ שהוא נזקק לחיילים במאבקו נגד גשפר בקש.
ההיסטוריונים הטורקים חלוקים לגבי יחסיו של באטורי אל האימפריה העות'מאנית. חלק מהם נוטים להחשיבו כבלתי נאמן ו"כפוי טובה". בפועל, בזמן שלטונו לא פרצו מלחמות בין שני הצדדים. לא היו סיבות שבאטורי יכרות בריתות נגד הטורקים עם שני האויבים העיקריים של הסולטאן באותה תקופה - האימפריה ההבסבורגית, שהייתה עוינת לו, ורוסיה, שהייתה יריבתה של פולין. זאת אף-על-פי שהיו לו חלומות ארוכי טווח על התקוממות נגד העות'מאנים.
בכמה מקרים באטורי הוציא להורג מפקדים קוזקים ואצילים פולנים שהעזו לפלוש לשטחי החסות בח'נות של קרים, בת בריתם של הטורקים מצפון לים השחור.
מדיניות הפנים בטרנסילבניה.
במישור הפנימי לקח אמצעים לחזק את השלטון המרכזי של המדינה הצעירה. בחן מחדש את זכויות הבעלות על האחוזות הגדולות, פיתח את המסחר ואת תעשיית המכרות. השתדל שלא להפר את הסטטוס קוו של שלום בין-דתי בקרב האתניות המועדפות - הונגרים והגרמנים (בין קתולים ובין הרוב הפרוטסטנטי) שהתקיים באותו זמן בטרנסילבניה אך התכוון לחזק את מעמד הדת הרומית-קתולית. אסר על הקמת תנועות רפורמיות חדשות ולקח אמצעים נגד הכנסייה האוניטריאנית החדשה. את הבישוף שלה, פרנץ דוד, שלח לבית הסוהר בעיר דווה.
באטורי, שבינתיים עבר להיות מלך בפולין, והיה מעוניין בהתפתחות החינוך, פתח ב-1579 את שערי הנסיכות למסדר הישועים והקים אוניברסיטה בניהולם בעיר קלוז' (קולוז'וואר). כמו כן קמו בתי ספר ישועיים גם באלבה יוליה ובמנשטור.
עם זאת יחסו לכנסייה האורתודוקסית הרומנית היה חיובי. באטורי הורה בשנת 1571 על חופש פעולה של המטיף הירומונאך איפטימיה בקרב האוכלוסייה הרומנית. כעבור שנה, ב-1572 אישר את מינויו כבישוף. יש משערים כי יחס זה לאורתודוקסים ביקש מצד אחד להחליש את האחיזה וההתפשטות של הדת הפרוטסטנטית, ומצד שני להבטיח שביעות רצונם של הרובאים הרומנים שבצבא הטרנסילבני.
הקיף עצמו באצילים מלומדים, חלקם בוגרי אוניברסיטת פדובה. בזמנו עלו קרנן של משפחות כמו וסלני (Wesselényi) ובתלן (Bethlen) שתשחקנה תפקיד חשוב בעתיד האזור.
אדם מלומד ושוחר אמנויות, הצטיין הנסיך גם בכישוריו ככותב מאמרים פוליטיים בסגנון משובח. בשעות הפנאי נהג לנגן בכלי המקלדת הידוע כ"וירג'ינל", אחד מאבות הפסנתר.
שנות מלכותו נחשבות לאחת מתקופות הפריחה של נסיכות טרנסילבניה.
בחירתו למלך פולין. מעבר השלטון.
עם מותו של זיגמונט השני אוגוסט ללא ילדים וסופה של שושלת יוגאילה בפולין (1572), מדינה זו עברה לשיטת הבחירה החופשית של המלך.
באפריל 1573, אנה יגיילונקה (1596-1523), אחות המלך המנוח, שכנעה את הסיים לבחור בנסיך אנרי לבית ולואה, אחיו הצעיר של המלך הצרפתי שארל התשיעי, למלך פולין. נישואים בינה ובין אנרי היו עשויים לחזק את חוקיות המהלך.
האצולה הפולנית חתמה עם המלך הזר החדש את ההסכם הידוע כ"ארטיקולי אנריקאני" (""Articuli Henricani"), שנתן תוקף להחלשת סמכויות המלך לטובת האריסטוקרטיה. אולם אנרי לא מיהר להתחתן עם אנה יאגיילונקה וכעבור שנה בלבד מאז בחירתו ולאחר ארבעה חודשי מלוכה בפועל - ב-12 ביוני 1574 - ברח מפולין, אחרי מות אחיו הבכור, על מנת לתפוס את כס המלכות בצרפת.
בנסיבות אלה המצב בפולין חזר להיות בלתי יציב והתחרות על כתר המלוכה התעוררה מחדש למשך חצי שנה. מועמד בעל סיכויים טובים ביותר נחשב בהתחלה הקיסר הגרמני ומלך הונגריה, מקסימיליאן השני, שהתכוון להפקיד את כתר פולין לידי בנו, הארכידוכס ארנסט.
טוען אחר לכתר פולין היה הצאר של רוסיה, איוואן הרביעי, הידוע גם כאיוואן האיום. שליח של הסולטאן מוראט השלישי נאם בפני האצילים הפולנים והמליץ לבחור בין שלושה מועמדים: יאן קוסטקה, פלטין של סנדומיר, יוהאן השלישי, מלך שוודיה, ואישטוואן באטורי, שליט טרנסילבניה.