בין בוני ירושלים העיקריים בתקופה הביזנטית והשליטים שטבעו בה את חותמם, נמנית גם אייליה אאודוקיה (401–460), אשת תאודוסיוס השני, שיזמה את שיקום חומות העיר בצפונה ובמערבה, ואולי אף את הקמת החומה הדרומית שלה.
אאודוקיה הגיעה לירושלים כגולה, עקב מעורבותה במלחמת המפלגות בבירת האימפריה בשנים 441–443. המלחמה ניזונה מהפילוג הכריסטולוגי בנצרות, בין המונופיזיטיזם לנצרות האורתודוקסית. אאודוקיה, שהאמינה במונופיזיטיזם, ניצבה במפלגה ובדעה המנוגדת לזו של בעלה הקיסר. עם ניצחונה של מפלגת הקיסר האורתודוקסית, יצאה אאודוקיה לגלות בירושלים. אאודוקיה, שהייתה בעלת השפעה ויכולת ביצוע (הקימה אוניברסיטה בקונסטנטינופול, השפיעה על אוסף החוקים שנקרא על שם בעלה "קודקס תאודוסיאנוס" ועוד), גייסה את יכולותיה לטובת העיר שאליה גלתה. במשך 17 שנות שהותה בעיר בנתה ארמון גדול לה וליובנאליס, בישוף ירושלים, הקימה את כנסיית השילוח ליד בריכת השילוח, את כנסיית סטפנוס הקדוש מצפון לשער שכם, ויזמה הקמתם של אכסניות, בתי מחסה לעניים ובתי חולים. כאמור, היא גם יזמה את שיקום חומות העיר. אאודוקיה גם פיתחה חיי חצר, שבהם השתתפו המלומד שהוגלה מרומא הירונימוס, ונשים עשירות, כדוגמת מֵלָנִיה, איקיליה (שמימנה את הקמת הקתיסמה בדרך חברון) ופוֹאֶמְניָה (שמימנה את הקמת כנסיית העלייה על הר הזיתים).
הנהגתה של אאודוקיה הייתה עצמאית ממדיניות השלטון המרכזי, שאף שלח קוֹמֶס (תואר של משרה בכירה בפקידות הממשל הביזנטי) על מנת להתנקש בשניים מאנשיה. היא עודדה את המונופיזיטים, גם לאחר שאולצה לחזור בה מהתמיכה בהם, וכן העניקה זכויות-יתר ליהודים (ראו להלן), כגון אפשרות להתפלל בעיר לא רק בתשעה באב אלא גם בימי חג, ואפשרה עלייה לרגל המונית בסוכות של שנת 438. אולם לאחר שהעלייה לרגל הסתיימה במהומות דמים שעוררו נזירים נוצרים, וייתכן אף שעקב התקרבותה של אאודוקיה לחוגי נזירים, נשללו שוב זכויות-היתר שהעניקה ליהודים.
פיתוח העיר בימי יוסטיניאנוס.
הבנאי החשוב השלישי בתולדות ירושלים היה יוסטיניאנוס הראשון, שהקים את הכנסייה הגדולה ביותר של ירושלים הביזנטית, כנסיית הניאה, והרחיב ושיפץ את הקארדו.
בימי יוסטיניאנוס הייתה ירושלים לאחת הערים הגדולות והעשירות ביותר באימפריה, ואף הגיעה לנקודת שיא בהתפתחותה כעיר קדושה. בשל כך, ובשל השקט והשלום היחסי בתקופה זו, זרמו אליה עולי רגל מכל רחבי העולם. העיר הייתה צריכה להתמודד בתקופה זו עם גידול ניכר במספר עולי הרגל המגיעים אליה. יוסטיניאנוס הרחיב את העיר דרומה ככל האפשר על מנת ליצור מרחב בין כנסיית הקבר להר ציון. היה זה גם מרחב קדוש (ששימש לתהלוכות וכדומה) וגם מרחב לחיים אזרחיים, במיוחד בנוגע לעולי הרגל ולשירותים שניתנו להם בעיר. כנקודת ציון מרכזית באזור החדש, הקים יוסטיניאנוס את "הכנסייה החדשה על-שם מרים אם ישו", היא כנסיית הניאה.
בתקופת יוסטיניאנוס חלה התרחבות של פולחן מרים בכנסייה. במיוחד התחדד הוויכוח האם מריה היא אם האלוהים או אמו של בשר-ודם. יוסטיניאנוס הדגיש שהכנסייה שהוא מקים כוללת גם אכסניה ובית חולים לעולי הרגל הזרים, בדומה לכנסיית התיאוטוקוס (מילולית: "יולדת האל"), וכך נקט עמדה מכריעה בוויכוח. באותם ימים רווחה כבר הסברה שאם האלוהים נפטרה בהר ציון, וזוהי סיבה נוספת מדוע התאים הר ציון כמקום לבניית כנסייה על שמה.
באמצעות בניית כנסייה אדירה באזור "חדש", שבו לא הייתה קודם לכן נוכחות בולטת של מונומנט אחר, ביקש יוסטיניאנוס לטבוע את שמו לדורות. הוא דאג להנציח את שמו במקומות רבים באימפריה שלו, על ידי בנייה מאסיבית ועל ידי פיתוח מקומות שלפני כן היו שוממים.
הכיבוש הפרסי וההתפוררות.
בשנת 611 ביקש ח'וסרו השני, מלך ממלכת פרס והאימפריה הסאסאנית, לצאת למסע מלחמה נגד האימפריה הביזנטית, בתואנה של נקמה על רציחתו של הקיסר הביזנטי בעל-בריתו, מאוריסוס, על ידי פוקאס, יורשו על הכס. המטרה הלא מוצהרת של מסע הנקמה הייתה מילוי הקופות הריקות של הממלכה הפרסית באמצעות שוד, ביזה והטלת מס על התושבים בכל מקום שייכבש. בפרט נשא כוסרו את עיניו לירושלים, שנתפסה כמקור העושר באזור וכבסיס לקיום הנוצרי של אויבו, וקיווה כי כיבוש ירושלים ישים ללעג את קיומה של האימפריה הביזנטית; שוד הצלב האמיתי (הצלב המקורי שעליו נצלב ישו על פי האמונה הנוצרית) אמור היה להשפיל עוד יותר את הדת הנוצרית ואת ישו. הצבא הפרסי הגיע לשערי ירושלים ב-614, ולאחר 20 ימי מצור, שבהם קרא מפקד הצבא הפרסי לתושבי העיר לפתוח בפניו את השערים, נפלה ירושלים ביד הצבא הפרסי.
בעולם הנוצרי החלו לטעון שהעיר נפלה בגלל חטאי התושבים, ושאפילו נבואות הנזירים הכוזבות, שלפיהם העיר לא תיפול, היו חלק ממערך הענישה האלוהית. הפרסים ערכו טבח בעיר (לפי דיווח תומאס הקברן, שסייע בקבורת המתים, היו בין 30,000 ל-65,000 הרוגים בעיר ובסביבתה), וכן הרסו ושרפו כנסיות רבות, כך שלא נותרה אף כנסייה בלתי פגועה. הם שלחו את צלב העץ "האמיתי" מכנסיית הקבר לח'וסרו השני, הגלו את מנהיגי הציבור הנוצרי מהעיר, ובהם גם את זכריה, פטריארך ירושלים.
במקביל לכיבוש העיר, התחולל בארץ ישראל מרד יהודי בהנהגת בנימין מטבריה, שסייע לפרסים מול הנוצרים אויביהם. במשך חמש שנים נתנו הפרסים ליהודים את השלטון על ירושלים. המרד נקרא "מרד הרקליוס" על שם הרקליוס, קיסר האימפריה הביזנטית. הרקליוס יצא לשחרר את ירושלים ב-625, ובתגובה לכך הבינו היהודים שאל להם להמשיך ולתמוך בפרסים והפכו לבעלי-בריתם של הביזנטים. ב-628 ניצח הרקליוס את כוסרו וכרת ברית עם יורשו. במסגרת הסכם השלום הושבה ירושלים לחזקת הביזנטים, והפטריארך מודסטוס החל לשקם את כנסיותיה. ב-21 במרץ 630 נכנס הרקליוס לירושלים בתהלוכת ניצחון, החזיר את הצלב האמיתי לכנסיית הקבר וחנך אותה מחדש.
במהלך עשר השנים הבאות ידעו כנסיות ירושלים תקופות של שיקום, אך התעוררות האסלאם מחד וחולשת השלטון הביזנטי מאידך, דיללו את הצליינות לעיר והקשו על שיקומה. באוגוסט 636 הפסיד הצבא הביזנטי בקרב הירמוך, מול צבאות הראשידון של הח'ליפה עומר בן אל-ח'טאב, ובכך נפתח הפתח לכיבוש ארץ ישראל על ידי המוסלמים. במשך שנתיים הייתה ירושלים נצורה ומבודדת, כאשר בינה ובין מרכז השלטון הביזנטי השתרע מרחב הכבוש כולו על ידי המוסלמים. לבסוף, בסוף שנת 637, נכנעה העיר לפני צבאו של אבו עוביידה בן ג'ראח, והחלה התקופה הערבית-מוסלמית בתולדותיה.
מבנה העיר.
גאוגרפיה וטופוגרפיה.
ככלל, מוסכם על ידי החוקרים כי העיר הביזנטית התקיימה על בסיס תבנית העיר הרומית איליה קפיטולינה (שהמאפיינים הבולטים שלה היו שני רחובות האורך מצפון לדרום: הקארדו מקסימוס, משער שכם דרומה, והקארדו המשני - קארדו ולנסיס - לאורך גיא הטירופיאון, וכן רחוב הרוחב ממערב למזרח, הדקומנוס). במהלך השנים התפתחה העיר בעיקר דרומה, לכיוון הגבעה המערבית (הר ציון) ועיר דוד, ובמידה פחותה צפונה, לשער שכם. בין החוקרים חלוקות הדעות האם ומתי הוקמה חומה סביב החלק הדרומי של העיר. לפי דעת חלק מהחוקרים, הנתמכת בעדויות ארכאולוגיות, החומה הוקמה במאה ה-5 ביוזמת אשת הקיסר, אייליה אאודוקיה. ככלל, היקף העיר לא היה קטן מהיקפה בשיאה בתקופת בית שני.
המקור החשוב ביותר להבנת מבנה העיר, ובפרט להבנת חשיבותם היחסית של המרכזים השונים בה, הוא מפת מידבא, מפת פסיפס מהמאה ה-6 או ה-7, שנועדה לשימושם של צליינים. למקור זה מתלווים מקור כתוב מאת "תומאס הקברן", שהוא תיאור של קבורת קורבנות הכיבוש הפרסי בשנת 614, וריבוי של ממצאים ארכאולוגיים.
המרכז הדתי של העיר היה כנסיית הקבר. סמיכותה לקארדו, ולהצטלבותו עם הדקומנוס, הפכה את האזור למרכז שוקק פעילות במשך כל ימות השנה בכלל, ובימי החג הרבים בפרט. מוקד עירוני חשוב בין כנסיית הקבר והדקומנוס היה בריכת חזקיהו, שנקראה אז "בריכת הפטריארך", וכך גם הייתה כנסיית יוחנן המטביל.
הכיוון שאליו הוליכו רחובות האורך (הקארדו) היה מכיכר שער שכם (שנקרא שער סטפנוס הקדוש) דרומה, כיוון ההתפתחות העיקרי של העיר. הקראדו המרכזי, שהוביל לכיוון הר ציון, היה בתקופה הרומית מפותח רק עד ההצטלבות עם הדקומנוס, ובמהלך התקופה הביזנטית נמשך הלאה. עם הקמתה של כנסיית הניאה במאה ה-6 על ידי יוסטיניאנוס, שופץ והורחב הקארדו המרכזי, בנתיב שמכנסיית הקבר ועד כנסיית הניאה. הקארדו המזרחי הוביל לכנסיית השילוח (דרך שער האשפות של ימינו, בקירוב). בשני הנתיבים פעלו שווקים, ובקארדו המרכזי התקיימו גם התהלוכות הדתיות, כיוון שחיבר בין אתרים קדושים וכנסיות.
שרידים רבים מצפון לשער שכם ועד תוואי החומה השלישית, ובהם כנסיית סטפנוס הקדוש, קפלה שהתגלתה ב-1937, ו"פסיפס הציפורים", מעידים על התיישבות עירונית מצפון לקו החומה הצפוני של ימינו. ריכוז כנסיות נוסף מחוץ לחומות העיר היה על הר הזיתים. עולה הרגל תיאודיסיוס העיד בראשית המאה ה-6, שעל ההר לבדו היו מצויות 24 כנסיות.
שיעור האוכלוסין.