ב-1396 השלים את לימודי המוסמך והחל להרצות באוניברסיטה. בשנתיים הראשונות עסק באריסטו; יצא לו מוניטין של דובר רהוט, וקהל סטודנטים גדול נהר לשמוע אותו. הוא עלה בסולם הדרגות האקדמי, והופקד על חינוך תלמידי הבוגר ולאחר מכן, המוסמך. מ-1398 הקדיש את שיעוריו לוויקליף. ב-1400 (כנראה ב-3 באפריל) נסמך לכמורה והחל ללמוד לדוקטורט בפקולטה לתאולוגיה, אותו לא השלים. הוא נשא את דרשתו הראשונה בכנסיית מיכאל הקדוש בערך ב-1400. ב-15 באוקטובר 1401 בחרו בו עמיתיו לדיקאן הפקולטה לאמנויות. באותה תקופה החל לעסוק לעומק בפילוסופיה הוויקליפית והצטרף למעגל הקטן סביב מפיצה הראשי בפראג, הפרופסור סטניסלב איש זנוימה.
לפי זכרונותיו, בערך בתקופה זו לפני וסביב הסמכתו לכמורה, עבר מהפך דתי. הוס טען כי קודם היה איש קריירה ששאף לחיי עושר בחיק הכנסייה, אך דעותיו השתנו כליל והוא אימץ בלב ובנפש את האידיאלים של חוג הרפורמטורים.
ב-14 במרץ 1402 ניתן לו התפקיד ממנו בנה את השפעתו, והוא מונה למטיף בקפלת התמימים הקדושים בית-לחם – כנסייה בת 3,000 מקומות, שנותרה בחזקת קפלה כי לא נערכה בה מיסה. מייסדיה, שהיו מקורבים לתנועת התיקונים, השלימו אותה ב-1394 במטרה שיטיפו בה בצ'כית עבור המון העם. בעשר השנים הבאות נשא הוס קרוב ל-3,500 דרשות בשפה המקומית, אותן הכין בלטינית. הוא נדרש לדבר פעמיים ביום בחגים; נאום רגיל מנה 3,000 מילה בממוצע, ונאום חגיגי כלל 8,000. הוס משך קהל גדול מכל שכבות האוכלוסייה, ודרשותיו נעשו חריפות וביקורתיות יותר ויותר עם השנים. הוא נהנה גם ממעמד בממסד: ב-1405 נקרא על ידי הארכיבישוף להשתתף בחקירת כת בברנדנבורג, והוא נבחר לשאת את הדרשה בסינוד פראג ב-1405 וב-1407.
ב-1403 נחשף שוב המתח בין הגרמנים לצ'כים באוניברסיטת פראג. הנזיר הדומיניקני יוהאן היבנר תבע מארכיבישוף העיר, סְבּינְקוֹ לֶפּוּס (זְבּינְייֵק זאייֶץ) דה הַזְמְבּורְקָה, לאסור דיון בארבעים וחמישה נושאים, או תזות, בהגותו של ויקליף. כמחציתן גונו כבר באנגליה ב-1382, והיבנר ביקש שגם היתר יוכרזו ככפירה. הוס אומנם נקט עמדה מתונה יותר מהוויקליפים המובהקים, שהגנו עליהן בשלמותן, וטען בעיקר שהוצאו מהקשרן. הוא התעמת עם היבנר בדיון פומבי ב-1404 והאשים אותו בסילוף הדברים ובהתקפה לא-מוצדקת על תאולוג שמעולם לא הוכרז רשמית ככופר. הדיון נמשך עוד שנים, והוכרע בלחץ האפיפיור ברומא גרגוריוס השנים עשר. ב-1407 זומנו לוותיקן זנוימה ויאן פאלץ', שני תומכיו המובהקים של ההוגה האנגלי, ואולצו לחזור בהם. כאשר שבו לפראג, הפכו למבקריו החריפים, והשינוי אפשר לארכיבישוף להיעתר להיבנר ב-1408. המחנה הוויקליפי הסכים להצהיר, בניסוח חמקני, שלא יגונן על התזות "בפרשנותן הכפרנית והמוטעית." הזמבורקה, שנטה קודם בעד הרפורמטורים, חשש מהתנופה שצברו מתנגדיהם בוותיקן והחל לנטות נגדם. ב-1408 כתב לו הוס שעליו להמשיך בקו נגד השחיתות וצבירת העושר, ולהפנות עורף ליועציו.
באותן שנים התמיד הוס בעיסוקיו האקדמיים: בינואר 1406 השלים פרשנות מקפת לשבע מהאפיסטולות הקנוניות, וב-1407 הוציא ביאור על תהלים ק"ט-קי"ח. בערך באותה תקופה יצא בעילום שם החיבור "Orthographia Bohemica" (על סדרי הכתיב הצ'כי), בו הוצעה לראשונה מערכת אחידה ומפושטת לאיות השפה, שהתבססה על שימוש רב בדיאקריטים. על פי רוב מייחסים את הספר להוס.
הקרע באפיפיורות.
בינתיים, תמך המלך וצלאב בניסיון של קבוצת חשמנים לגשר על הקרע באפיפיורות בין גרגוריוס השנים עשר ובנדיקטוס השלושה עשר. המלומדים הגרמנים, שרובם ציפו להמשיך בקריירה שלהם בארצות מולדתם שהיו נאמנות לגרגוריוס, תמכו באחרון. בתגובה, הוציא המלך ב-18 בינואר 1409 צו בקוטנה הורה צו שחיסל את זכויות היתר של הגרמנים באוניברסיטת קארל בפראג והעניק רוב קולות לבוהמים, שנותרו נייטרליים ברובם, בענייניה. בין רוב הסטודנטים ואנשי הסגל (לפי הערכות שונות, עד 80%) עזבו את המוסד, שמעמדו האקדמי נפגע מאוד. הדבר חיזק את מעמד הוויקיליפיטים, שנותרו רוב. ב-17 באוקטובר אותה שנה נבחר הוס לרקטור; הקולות שניתנו לו הגיעו גם ממחנה מתנגדי הרפורמה, לאחר שבנאומו הדגיש את הצורך בעליונות דוברי הצ'כית בארצם, עוד עניין שצידד בו. בינתיים, הוסיף לקרוא בדרשותיו הפופולריות לתיקונים בכנסייה ולתיקון השחיתות. הדבר קומם עליו את בעלי העניין בסדר הקיים יותר ויותר, והארכיבישוף החל לגלות עוינות כלפיו.
הוס ומרבית הבוהמים מיהרו להצהיר אמונים לאפיפיור השלישי החדש שנבחר ב-1409, אלכסנדר החמישי. הזמבורקה נותר נאמן לגרגוריוס במשך כמה חודשים של היסוסים, אך לבסוף הכפיף עצמו לאלכסנדר בספטמבר. הארכיבישוף ספג מספר השפלות בנדון בשל תמיכת וצלאב באויבי גרגוריוס, בתקופה שבה הוס והרפורמטורים צידדו במלך ללא עוררין. הדבר חיזק את המתח בינו לבינם. הוא פנה לאלכסנדר בבקשה לדכא את הוויקליפים. ב-20 בדצמבר 1409 הוציא האפיפיור החדש בולה שהחרימה של כל כתבי ויקליף, גינתה את תורתו ואסרה על הטפתה החופשית. לאחר פרסום הבולה פנה הוס לאפיפיור, אך לשווא. ב-9 במרץ 1410 נשרפו 200 מספריו ומכתבי היד יקרי הערך של ויקליף, והוס וחסידיו הוחרמו. מהלך זה חולל מהומה גדולה בבוהמיה, שהגיעה במקומות מסוימים לכדי התפרעויות המוניות.
ב-1410 אלכסנדר החמישי מת והוחלף על ידי יוחנן העשרים ושלושה.
הממשלה ניצבה בשלב זה לצדו של הוס, וכוחם של חסידיו הלך וגדל מיום ליום. הוא המשיך להטיף בכנסיית בית–לחם, ודרשותיו הפכו לחריפות יותר ויותר בביקורתן על הכנסייה. האפיפיור החדש, יוחנן העשרים ושלושה, הוציא בפברואר 1411 בולה להוצאת צו נידוי כלפי פראג ולגירושו של הוס מהכנסייה, אך כל זאת ללא הועיל.
אחרי מותו של הארכיבישוף דה הזמבורקה ב-1411 התגבר העימות הדתי בבוהמיה ועלה לשלב חדש שבו החל עימות סביב האינדולגנציות, שהיו כתבי מחילה שנמכרו לחוטאים תמורת תשלום. בשנת 1411 הכריז יוחנן העשרים ושלושה על "מסע צלב" נגד המלך לדיסלב מנאפולי, שתמך ביריבו הפוליטי, האפיפיור הנבחר שברומא, גרגוריוס השנים עשר. גם בפראג הטיפו למען מאבק זה, ומוכרי האינדולגנציות קראו לאנשים ללכת לכנסיות ולרכוש כתבי מחילה למימון המאבק. הוס, בעקבות וייקליף, יצא כנגד המסחר המושחת בכתבי מחילה, אך לא הצליח לגייס את אנשי האוניברסיטה לצדו. בשנת 1412 התנהל עימות פומבי בנושא, שבו הציג הוס את ניתוחו ודעותיו בנושא כתבי המחילה (Quaestio magistri Johannis Hus de indulgentiis), שהועתק למעשה מהפרק האחרון ב"האקלסטיקה" של וייקליף, ואת המסה שלו "המחילה על אשמה ועונש" (de absolutione a pena et culpa). לפי וייקליף והוס, לאף אפיפיור או בישוף אין זכות להרים חרב בשם הכנסייה, ותפקידם של אנשי הדת הוא לנהוג כמצוות הנצרות ולהתפלל בעד אויביהם ולברך את מקלליהם. מחילה נוצרית נקנית באמצעות חרטה הבאה מן הלב, ולא באמצעות כסף. מומחי התאולוגיה של הפקולטה השיבו להוס, אך בלא הצלחה. מספר ימים אחר כך שרף המון את הבולות האפיפיוריות שהוצאו נגד הוס, וקרא לעם לציית להוס ולא לנוכלים רודפי הבצע והנואפים של הכנסייה. שלושה אנשים מהמעמדות הנמוכים שהפריעו למטיפים מהכנסייה בעת דרשותיהם וכינו את כתבי המחילה שהכנסייה סוחרת בהם 'מרמה', הוצאו להורג וראשיהם נערפו, והם הפכו למרטירים הראשונים של הכנסייה ההוסיטית. הפקולטה לתאולוגיה באוניברסיטה דרשה מהוס להעביר את נאומיו ואת תורותיו לדיקן האוניברסיטה לבחינה, אך הוא סירב. הפקולטה גינתה את ארבעים וחמישה הסעיפים שהציג הוס פעם נוספת, והוסיפה תזות כפירה אחרות שמקורן היה ברעיונותיו של הוס. המלך אסר על הוראת סעיפים אלו בפקולטה, אך הוס והאוניברסיטה כאחד לא קיבלו את הגינוי בהליך מזורז שכזה, ודרשו הוכחה כי לסעיפים אלו אין יסוד בכתובים.
סטיות נוספות.
המהומות בפראג חוללו שערורייה קשה בכנסייה הקתולית, ושליחי האפיפיור והארכיבישוף החדש אלביק ניסו לשכנע את הוס לחזור בו מהתנגדותו לבולות, אך לשווא. גם המלך נכשל בניסיונו לפייס בין הצדדים. במקביל, הגיעו שליחי הכמורה של פראג לרומא והעלו את טענותיהם בפני האפיפיור, וזה הורה לקרדינל של כנסיית סנט אנג'לו לפעול נגד הוס בנחרצות וללא רחמים. הקרדינל הטיל עליו את חרם הכנסייה הגדול, וקבע כי יש לעוצרו ולהביאו בפני הארכיבישוף, ולהחריב את הכנסייה שלו. הצעדים הקשים שננקטו נגד הוס וחסידיו, צעדי הנגד של ההוסיטים, והפניות של הוס אל האפיפיור להטיל, כביכול, על ישו הנוצרי לשמש כשופט העליון במקרהו, רק העצימו את סערת הרוחות, והובילו את המלך לדרוש מהוס לעזוב את פראג. אך בניגוד לציפיות, הסערה לא דעכה עם עזיבתו.
המלך, שדאב על שערוריית הכפירה שנקשרה בשם מדינתו ועל המהומות שהתחוללו, ניסה לפייס פעם נוספת בין הצדדים והכריז על קיום סינוד בצ'סקי ברוד ב-2 בפברואר 1412. בסופו של דבר התקיים הסינוד בארמון הארכיבישוף בפראג, מה שהוציא מכלל חשבון את השתתפותו של הוס עצמו במהלך. הועלו הצעות שונות, אך הוס עמד על דרישותיו, ובמיוחד על כך שלבוהמיה תינתן חירות דומה לזו שניתנה לארצות אחרות בתחום הדתי, וכי אישור או גינוי יבוצעו רק בהסכמת המלך. אנשי האוניברסיטה, לעומתו, תבעו המשך ציות מוחלט לרומא. ברקע דברים אלו עמדה השאלה האם בוהמיה חזקה מספיק לעמוד בפני מתקפות רומא ובמתקפות אפשריות של מלכים במרכז אירופה, שששו לעוט על ההזדמנות לכבוש את בוהמיה באמתלה של הגנה על הדת. הסינוד לא הגיע לתוצאות כלשהן, אך המלך הורה לו להמשיך בעבודתו ולנסות להגיע בכל זאת לפשרה.