הקריירה שלו נפגעה על ידי מספר אירועים שנויים במחלוקת ובעיות משמעת, כולל קטטה עם חברו לקבוצה אוזמן דבו שהובילה לסוף הקריירה שלו במנצ'סטר סיטי. הוא נעצר באשמת תקיפה, בכך נמנע ממנו להשתתף במשחק נגד צ'לסי, ומאוחר יותר שוחרר בערבות.
ביוגרפיה.
שנותיו הראשונות.
ג'ואי ברטון גדל בהויטון, עיירה במרזיסייד. בתור ילד הוא צפה במשחקי כדורגל בתור אוהד של אברטון מהעיר ליברפול. גיבור הכדורגל שלו היה פיטר ריד, קשר עקשן ששיחק בעבור אברטון בשנות השמונים.
ברטון הוא האח הבכור מבין ארבעה אחים. הוריו נפרדו כאשר היה בן 14, וכתוצאה מכך עבר לגור עם אביו אצל סבתו. הוא הצהיר כי השפעת סבתו עזרה לו להישאר הרחק מתרבות הסמים של הויטון, ומייחס את מוסר העבודה לאביו. אביו, ששמו ג'וזף כמו בנו, עבד כמתקן גגות, ושיחק כדורגל חצי-מקצועי בעבור נוריץ' ויקטוריה. ברטון הצטיין בשיעורי החינוך הגופני בבית הספר וייצג את בית ספרו במספר תחרויות ספורט. הוא עזב את בית הספר לאחר שסיים את חטיבת הביניים.
ברטון שאף להגשים את חלומו להיות שחקן כדורגל מקצועי ולכן הצטרף למערכת הנוער של אברטון, אך שוחרר מהמועדון כשהיה בן 14. הוא ניגש לבחינות בנוטינגהאם פורסט, אך נדחה מפני שהוחלט שהוא צעיר מדי בשביל להיות כדורגלן. מאז ברטון אמר שהדחיות שלו על ידי מועדונים רק דרבנה אותו להצלחה ולהוכיח שהם טעו. כשבארי פוינטון, צייד כישרונות לשעבר של אברטון, שמע שקבוצתו הקודמת שחררה את ברטון, הוא הזמין אותו לבחינות במנצ'סטר סיטי. ברטון הרשים והוצע לו חוזה במערכת הנוער להיות חניך במועדון. הוא התאמן 12 שעות ביום במגרש, ושכרו היה 72.50 פאונד לשבוע. הוא ערך את ההופעה הראשונה שלו בקבוצה עד גילאי 17 בשנת 1999 ושיחק ברמה אקדמית במשך שלוש שנים. הופעתו הראשונה כשחקן בקבוצת המילואים הייתה בשנת 2001, בשנתו האחרונה כמתלמד. במועדון תכננו לשחרר אותו מכיוון שלא היו בטוחים לגבי היכולת העתידית שלו, אך שינו את דעתם ונתנו לו חוזה מקצועי בסיום העונה, בקיץ 2001. במשך השנתיים הבאות, הוא הצליח במעבר מהקבוצה עד גילאי 19 לקבוצת המילואים. הוא קודם לקבוצה הבוגרת בעונת 2002/03.
קריירה בוגרת.
הופעת הבכורה של ברטון בקבוצה הבוגרת של סיטי הייתה צריכה להיות בנובמבר 2002 במשחק נגד מידלסברו, אך הוא שכח את חולצתו על ספסל המחליפים במחצית. בסופו של דבר הופעת הבכורה שלו הייתה במשחק נגד בולטון וונדררס ב-5 באפריל 2003. השער הראשון שהבקיע הגיע שבועיים לאחר מכן בניצחון הקבוצה 0–2 על טוטנהאם ביום שישי הטוב. הוא סיים את עונת 2002/03 עם רצף של שבעה משחקים בהם פתח.
לאחר שהרשים בעונתו הראשונה בסיטי, הוצע לברטון חוזה לשנה על ידי המאמן קווין קיגן, שעליו חתם באפריל 2003. הוא שיחק בקבוצה הראשונה בתדירות גבוהה יותר בעונת 2003/04, ולאחר שהבקיע את שער הפרמייר ליג השני שלו זכה ברטון לזימונו הראשון לנבחרת הצעירה של אנגליה לקראת משחקיה במוקדמות יורו 2004 לנבחרות צעירות נגד מקדוניה ופורטוגל.
במשחק בגביע האנגלי נגד טוטנהאם הוטספר ברטון קיבל את הכרטיס האדום הראשון שלו בקריירה מסיבות משונות: בהפסקת המחצית, בזמן שקבוצתו הייתה בפיגור 0–3, הוא התווכח עם השופט ונשלח לחדר ההלבשה אף על פי שהמשחק היה בהפסקה. במחצית השנייה, על אף המחסור בברטון, חבריו הצליחו להבקיע ארבעה שערים ולנצח בתוצאה המדהימה 4-3. ברטון עזב את אצטדיון סיטי אוף מנצ'סטר בזעם ב-17 באפריל, לאחר שלא נקרא לסגל הקבוצה במשחק נגד סאות'המפטון. הוא סיים את העונה עם 39 הופעות ושער אחד. יכולתו הרשימה את אוהדי סיטי, ובסוף עונת 2003/04 זכה בפרס השחקן הצעיר של השנה במועדון.
ברטון הצית תגרה במשחק ידידות של הקבוצה נגד דונקסטר רוברס ב-25 ביולי 2004 לאחר שחתך שחקן יריב. אף על פי שחתם על חוזה חדש ב-22 בספטמבר 2004 שהבטיח את הישארותו במועדון עד 2007, המועדון תכנן להדיח את ברטון מהקבוצה בדצמבר 2004 אחרי מאורע אלים במסיבת חג המולד הקבוצתית. הוא דחף סיגרייה דלוקה לעינו של שחקן הנוער ג'יימי טנדי, לאחר שתפס את טנדי מנסה להצית את חולצתו. כתוצאה מכך ברטון התנצל על מעשיו ונקנס בשכר של שישה שבועות, כ-60,000 פאונד.
בקיץ שלאחר מכן, ברטון נשלח הביתה מטורניר קדם-עונה שנערך בתאילנד, משום שתקף אוהד בן 15 של אברטון, שהתגרה בברטון על ידי קללות ובעיטה ברגלו. חברו לקבוצה ריצ'רד דאן מנע ממנו להמשיך באלימות יתרה. ברטון הוכנס לסדנה לעצבים ונקנס ב-120,000 פאונד על ידי המועדון. בסתיו 2005, ברטון החל בתוכנית בת שבעה ימים לשליטה בהתנהגות בקליניקה לספורט, קליניקה שנועדה במיוחד לעזור לספורטאים מטרידים ובעייתיים.
ברטון הגיש בקשה לעבור קבוצה בינואר 2006, אך המועדון דחה את בקשתו. למחרת, המועדון דחה הצעת קנייה מילולית של ברטון על ידי מידלסברו, כאשר סטיוארט פירס טען שעסקה שתשאיר את ברטון במועדון עדיין תוכל להתקיים. במשך השבוע שלאחר מכן, ברטון הודיע שהיה "קצת פזיז" בכך שביקש העברה והסכים להחל במשא ומתן לגבי חוזה חדש במנצ'סטר סיטי. המשא ומתן השתלם, והוא סיכם על חוזה שאורכו ארבע שנים, עליו חתם ב-25 ביולי ובכך סיים חשדות לגבי עתידו.
נראה כי התנהגותו השתפרה לאחר השתתפותו בקליניקה לספורט. למרות זאת, ב-30 בספטמבר 2006, מצלמות טלוויזיה צילמו את ברטון חושף את אחוריו לקבוצת אוהדי אברטון, לאחר שסיטי הצליחה להשוות את התוצאה ברגעי הסיום של המשחק בגודיסון פארק. ברטון קיבל יחס מעליב מהקהל במשך כל המשחק, וה"מחווה" של ברטון תוארה כ"לא פוגעת" ו"קלילה" על ידי אנשים המעורבים בכדורגל. משטרת מרזיסייד חקרה את האירוע, אך הודיעו באוקטובר שלא יבוצע שום צעד נוסף, אף על פי שברטון נקנס ב-2,000 פאונד משום שהביא למשחק שם רע והוזהר לגבי עתידו על ידי ארגון הכדורגל האנגלי.
סוכנו של ברטון, ווילי מקיי, חשף בינואר 2007 שאם כל קבוצה תציע בתמורה לו 5.5 מיליון פאונד, זה יוציא לפועל את סעיף השחרור בחוזהו שמשמעותו שסיטי תיאלץ לאפשר לברטון לדון עם המועדון המעוניין בו. כתוצאה מכך, מנג'ר אברטון, דייוויד מוייס, פנה לסיטי בשאלת זמינותו של ברטון למכירה. אף על פי כן, ביום שלמחרת ברטון הצהיר "אנשים מנסים להכניס בי חוסר שקט, אך אני שמח להישאר כאן".
בעקבות כושר טוב במשחקי הקבוצה, ברטון זומן לראשונה לנבחרת הבוגרת של אנגליה ב-2 בפברואר 2007 בשביל להשתתף במשחק ידידות נגד ספרד, למרות ביקורתו על שחקנים מסוימים בנבחרת על הוצאת אוטוביוגרפיות לאחר שלא הרשימו במונדיאל 2006. הוא רמז ששחקנים כאלה הרוויחו כסף על חשבון חוסר ההצלחה של הנבחרת.
ברטון קיבל חיזוק על ביקורתו ואפילו סטיבן ג'רארד, אחד השחקנים אותם ברטון ביקר, שיבח אותו על כנותו. בניגוד לג'רארד, פרנק למפארד, שהוציא אוטוביוגרפיה בסמוך לטורניר, הפגין את חוסר הסכמתו למילותיו של ברטון בפומבי. הופעת הבכורה של ברטון בנבחרת הייתה ב-7 בפברואר 2007, לאחר שהחליף את למפארד בדקה ה-78 בהפסד לספרד באולד טראפורד.
ברטון יצא בהצהרות פרובוקטיביות שוב ב-22 באפריל 2007 כשביקר בפני הציבור את היכולת הירודה של סיטי בעונת 2006/07, וכן תיאר כמה מהשחקנים שהמועדון החתים כ"תת-רמה". לאחר מילותיו, סטיוארט פירס, מאמנה של סיטי, אסר עליו לדבר בפני התקשורת.
ברטון נקנס ב-100,000 פאונד והושעה מהמועדון עד סוף העונה ב-1 במאי 2007, בעקבות מאורע במגרש האימון בו ברטון תקף את חברו לקבוצה אוזמן דבו. דבו הצהיר כי נפגע מספר פעמים ונאלץ להתפנות לבית החולים מכיוון שסבל מפגיעות בראשו, כולל חשד לקריעת הרשתית. דבו ביקש שהמשטרה תגיש אישומים נגד ברטון, וכתוצאה מכך ברטון נעצר ותוחקר על ידי משטרת מנצ'סטר. הריב הזה סימן את סופו של ברטון בסיטי, אף על פי שציין כי משבר ביחסיו עם המאמן הוא הסיבה העיקרית לעזיבתו. ברטון ישב בכלא עד אוגוסט ולאחר מכן הואשם בתקיפה, האשמה אותה העתיר.
ניוקאסל יונייטד.
לאחר הצעות מווסטהאם וניוקאסל יונייטד, הצטרף ברטון לניוקאסל ב-14 ביוני 2007 ששילמה עליו 5.8 מיליון פאונד. הוא הצהיר כי שאיפתו לזכות בגביעים עודדה אותו בהחלטתו, בנוסף לחיבתו לסם אלרדייס, מאמנה של ניוקאסל. בזמן תקופתו במנצ'סטר סיטי, ברטון הבקיע יותר מבכל עונה; אלרדייס ציין שאחת הסיבות לכך שרכש את ברטון הייתה היכולת שלו להבקיע שערים. ברטון ערך את הבכורה שלו במגפייס במשחק ידידות נגד הרטלפול יונייטד ב-17 ביולי 2007. ארבעה ימים לאחר מכן, הוא הושבת לשבעה שבועות אחרי סדק בעצם ברגלו השמאלית שהתרחש במשחק נגד קרלייל יונייטד. הוא נפצע שוב באוקטובר 2007, פציעה שנמשכה חודש. משחקו הראשון בפרמייר ליג עם ניוקאסל הגיע בסופו של דבר ב-22 באוקטובר 2007 כאשר נכנס כמחליף בניצחון הקבוצה על טוטנהאם הוטספר. בדרבי הצפון-מזרח אנגלי שלו, במשחק נגד סנדרלנד, ברטון הרים את רגלו באופן מסוכן בזמן תיקול עם שחקן הקבוצה היריבה, ומשום כך בעיתון "חדשות העולם" נכתבה כותרת "נדו אותו". למרות זאת, ארגון הכדורגל החליט לא לקחת שום צעד וברטון התנצל על התיקול. בראשית דצמבר, הוא תקף אוהדי ניוקאסל מאחר שקיללו את המאמן סם אלרדייס ושחקנים אחרים בקבוצה. כתגובה הוא טען שאמירותיו הובנו לא כהלכה.
במאי 2008 נגזר על ברטון חצי שנת מאסר על אותה תקיפה בדצמבר. בסך הכול לאותה עונה שיחק ברטון ב-23 משחקים בלבד והבקיע שער בודד. ברטון שב למגרשי הכדורגל בסוף אוגוסט אותה שנה, עת נכנס כמחליף במשחק מול ארסנל.
קווינס פארק ריינג'רס.
ב-26 באוקטובר 2011 חתם בקווינס פארק ריינ'גרס.