תקוותיהם של שני הנאצים לפגוש בארץ את פייבל פולקס נכזבו. אף על פי שהיו בידיהם אשרות תייר, סירבו השלטונות הבריטים, שככל הנראה ידעו את תפקידיהם האמיתיים של העיתונאי והסטודנט, לתת להם היתר כניסה לארץ. לאחר שהות של לילה אחד בחיפה הם הפליגו בספינה לאלכסנדריה. מאלכסנדריה נסעו אייכמן והאגן לקהיר, ובה נערכה הפגישה עם פייבל פולקס, שלא הצליחו לקיימה בארץ ישראל. הפגישה התקיימה ב-10 וב-11 באוקטובר 1937. מקום הפגישה היה בבית הקפה "גרופי" בקהיר, בית קפה מהודר שלימים יהווה גם מקום מפגש למתנדבי היישוב לצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה.
אייכמן סיפר בחקירתו במשטרת ישראל ובעדותו במשפטו, כי פולקס אמר בפגישה שהחוגים היהודיים הלאומיים שבעי רצון מן המדיניות הגרמנית הקיצונית נגד היהודים, כיוון שעל ידי כך יגדל כוחה של האוכלוסייה היהודית בארץ ישראל עד כדי כך שבעתיד הקרוב ישיגו היהודים עליונות מספרית בארץ ישראל. חוקר השואה דן מכמן סבור שיש להטיל מקצת ספק בדיווחו של אייכמן על תוכן השיחה. לדעתו, פולקס ציין כי הגירת היהודים מגרמניה לארץ ישראל כתוצאה מהמדיניות הנאצית מועילה למטרה הציונית בארץ-ישראל. דבר לא סוכם בפגישה זו, ופולקס לא ראה עוד את אייכמן עד משפטו של אייכמן בירושלים בשנת 1961.
התעלומה וההכפשות מימין ומשמאל.
פרשת הפגישות של פולקס עם אייכמן לא הגיעה בזמנו לידיעת העיתונות העברית בארץ ישראל ודבר קיומה לא נודע עד שנת 1954. היה זה בעת שנערך בארץ המשפט שנודע בשם "משפט קסטנר". משפט קסטנר החל בכתב אישום שהגישה המדינה נגד מלכיאל גרינוולד בגין הוצאת דיבה על ד"ר ישראל קסטנר, דוברו של השר ד"ר דב יוסף במשרד המסחר והתעשייה, שהיה מועמד ברשימת מפא"י בבחירות לאספה המכוננת (הכנסת הראשונה) ולכנסת השנייה. ד"ר קסטנר היה לפני מלחמת העולם השנייה פעיל בתנועת העבודה הציונית ברומניה, ובשנת 1940, עם סיפוח אזור מגוריו בטרנסילבניה להונגריה, עבר לבודפשט, שבה מילא תפקיד בקרן היסוד, והחל משנת 1942 כיהן כסגן נשיא ההסתדרות הציונית בהונגריה ובזמן שואת יהודי הונגריה היה סגן היושב ראש של ועדת העזרה וההצלה בבודפשט. העילה להגשת כתב האישום הייתה שגרינוולד האשים את קסטנר בשיתוף פעולה עם הנאצים, ובסיוע להעלמת עובדת הפתרון הסופי מיהודי הונגריה, ודאג להציל רק אחדים ממקורביו.
סניגורו של גרינוולד שמואל תמיר הצליח להפוך את משפטו של גרינוולד למעשה למשפט נגד הנהגת היישוב ומפא"י על הפקרת יהודי הונגריה. צייד הנאצים שמעון ויזנטל, בחיפושיו אחר אייכמן, הגיע באותה עת לדו"חות הנאציים על פגישות פולקס עם אייכמן. ויזנטל, שראה עצמו ממתנגדיו של דוד בן-גוריון, סיפר על תגליתו בריאיון לעמוס קינן, שהיה אז כתב השבועון "העולם הזה" שבעריכת אורי אבנרי, מי שחבר בעת משפט קסטנר אל תמיר בהטחת האשמות בהנהגת המדינה, שהייתה אז בראשותם של מפא"י ובן-גוריון. הריאיון עם ויזנטל התפרסם בגיליון "העולם הזה" מ-27 באוקטובר 1954. על נסיבות עריכת הראיון סיפר קינן, כי ביקר בביתו של ויזנטל בעיר לינץ שבאוסטריה, וויזנטל סיפר לו שגילה סוכן של אייכמן שעבד גם עבור "ההגנה". ויזנטל התנה את חשיפת הפרטים על האיש, בכך שיוזמן לישראל וכרטיס נסיעתו ישולם. קינן כעס על כך, ותיאר את ויזנטל כיהודי עם עיניים ערמומיות המבקש להתעשר מסודות השואה, ובריאיון לא הצליח להוציא ממנו דבר על הסוכן והתרכז בגילויים על קסטנר. הראיון נפרש על פני עמוד שלם של השבועון, ונשא כותרת באותיות קידוש לבנה האומרת:
בראיון אמר ויזנטל בין היתר: "אני יודע הרבה. עסקתי במשך שנים באיסוף דוקומנטים הנוגעים בשואת יהודי אירופה. עבדתי במשפט נירנברג. ראיתי את כל הקורספונדנציה של המופתי עם הנאצים, וגם עם הרוסים. אני יודע הכל אודות אחד מסוכניו הראשיים של אייכמן, יהודי המתגורר בישראל." קינן המשיך וסיפר: "זה הדהים אותי. חזרתי ושאלתי אותו אם איננו טועה, אם אמנם מתגורר כיום בישראל יהודי שהיה סוכנו של אייכמן, האדם העיקרי האשם בהשמדת שישה מיליון איש. ויזנטל השיב בחיוב: 'ישנם בידי כל הדוקומנטים המוכיחים את אשמתו, ליקטתי אותם במשך שנים. אני יודע את שמו ואת כתובתו בישראל, ואני יכול לספר לך עוד משהו מעניין – הוא היה שליח של ההגנה.'" קינן שאל את ויזנטל מי הוא האיש וויזנטל השיב: "זאת לא אוכל לגלות לך, לא הגיעה השעה".
במשפט קסטנר זיכה השופט בנימין הלוי את גרינוולד מסעיפי האישום העיקריים וחייב אותו בתשלום קנס סמלי של לירה אחת, בגין טענתו שלא הוכחה, כי קסטנר השתתף בגזל כספי היהודים, ומאידך פסק כי קסטנר סייע בהשמדה ו"מכר את נפשו לשטן". לאחר מתן פסק הדין, ובעוד ערעור המדינה על הזיכוי טרם נשמע, הביא ויזנטל את תגליתו במכתב לעיתון השווייצרי "יודישה רונדשאו" ("Jüdische Rundschau"). תוכן המכתב הגיע לידיעת העיתון "ידיעות אחרונות". ב-20 בספטמבר 1955 יצא העיתון בכותרת ראשית, לרוחב כל עמודו הראשון, האומרת:
בגוף הכתבה נאמר, בין היתר:
בשני הפרסומים לא הקפיד ויזנטל על דיוק בעובדות, אך בחר שלא לחשוף את זהותו של מי שהיה לדבריו סוכנו של אייכמן בישראל, ובמשך שנים רבות היו פרשת המפגשים בין אדולף אייכמן לפייבל פולקס וזהותו של פולקס בגדר תעלומה. תום שגב בספרו "", שראה אור בשנת 1991, התייחס אליהם בקצרה וכתב, בין היתר:
והוסיף בהערת שוליים:
גם ההיסטוריון יואב גלבר, בספרו "שורשי החבצלת – המודיעין ביישוב, 1918-1947", שיצא לאור בשנת 1996, לא הסיר לחלוטין את מעטה החשאיות שאפף את פייבל פולקס, את זהותו של האיש ואת פעילותו בהגנה, אך תיאר אותו כאחד המקורות העיקריים של "ההגנה" בכל הנוגע למידע על הפעילות הגרמנית בארץ ישראל, ואת פגישותיו תיאר כניסיון להציל רכוש יהודי מגרמניה:
בהמשך תיאר גלבר את פולקס כפי שהשתקף בעיני הגרמנים:
גלבר המשיך ומסר את ההתרשמות שלו עצמו מהפרשה, את מה שעלה מבדיקתו בארכיון "ההגנה", מההתכתבות בין שאול אביגור (אז מאירוב) לבין אפרים דקל (אז קרסנר), ממפקדי הש"י, ומתגובתו המאוחרת של שאול אביגור כשניסו לימים לדלות ממנו פרטים על הפרשה:
תום שגב לא הסיר לחלוטין את מעטה המסתורין סביב פולקס, זהותו ופגישותיו עם אייכמן והאגן, גם כשני עשורים לאחר פרסום "המיליון השביעי". אפילו בעת שהופיע ב-2010 ספרו "ויזנטל – הביוגרפיה", ובו סיפור חייו של צייד הנאצים שמעון ויזנטל, לא גילה שגב את זהותו של פולקס, והביא תאוריה נוספת של ויזנטל על מטרת הפגישות. בפרק המספר על לכידתו של אייכמן סיפר שגב כי במהלך המרדף התגלגלו לידי ויזנטל מסמכים של שירות הביון הנאצי, שמהם עלה כי אנשיו חששו שארגונים יהודיים וציוניים יבקשו להתנקש בחייו של היטלר ובראשי המשטר הנאצי. החשש עלה לאחר שהיהודי דוד פרנקפורטר התנקש בחייו של מנהיג הנאצים בשווייץ וילהלם גוסטלוף, והמקור שממנו ביקשו הנאצים לדלות מידע על כוונות הציונים להתנקש בהיטלר היה פייבל פולקס, שתואר במסמכיהם כ"בכיר בארגון ההגנה" והם אף מימנו את נסיעתו לברלין. מסקנתו של שגב הייתה כי אין ספק שפולקס נסע באישור או בשליחות צמרת "ההגנה", אך לדברי שגב המידע הקיים – מסמכי פולקס בארכיון תולדות ההגנה, וכן תיאורו של יואב גלבר, מציגים תמונה חלקית בלבד של האיש ומטרת שליחותו.
ערפול זה, שניכר בו כי היה מכוון, על אודות מהלכיו של פייבל פולקס וזהותו, גרם לכך שהפרשה המשיכה להיות בגדר תעלומה ולהיזכר בספרים ובאתרי אינטרנט שבהם הוכפשו "ההגנה" ופולקס, מימין ומשמאל. מימין – בפורומים שבאתרים ישראליים – כהוכחה לקשר בין "ההגנה" לנאצים, שקדם לנסיעותיהם של נפתלי לובינצ'יק ונתן ילין-מור ללבנון ולסוריה לשם קשירת קשרים בין הלח"י לבין הנאצים; ומשמאל – באתרים זרים אנטישמיים וכאלו העוינים את מדינת ישראל – כראיה למה שהם מכנים "שיתוף הפעולה הציוני-נאצי". כותרות אופייניות הן "הברית הנאצי ציונית", או "שיתוף הפעולה הציוני-נאצי לפני מלחמת העולם השנייה". גם באתר חרדי נכתב על פגישת פולקס עם אייכמן תחת הכותרת "האם מדינת ישראל הולדתה בחטא והמשכה בפשע?".
סערת ה"דר שפיגל" וגרסתו של פולקס.
כחצי יובל שנים לפני שראה אור ספרו של תום שגב "המיליון השביעי", נחשפה ברבים זהותו של פייבל פולקס וגרסתו התפרסמה. היה זה בשנת 1966, כאשר השבועון הגרמני "דר שפיגל" פרסם סדרת כתבות על תולדות האס אס. בכתבה שהתפרסמה ב-19 בדצמבר 1966 סקר השבועון את יחס האס אס ליהודים, והאשים את התנועה הציונית כי שיתפה פעולה עם המשטר הנאצי בראשיתו וקידמה בברכה את עליית היטלר לשלטון. בהסתמך על ציטוטים מביטאון התנועה הציונית בגרמניה ומנאומיו של ד"ר יואכים פרינץ, מראשי התנועה הציונית בגרמניה באותה עת, כתב השבועון שציוני גרמניה בירכו על חילופי המשטר, מאחר שיביאו להתעוררות לאומית של היהודים ולעלייתם לארץ ישראל.
בכתבה נזכרו פגישותיהם של אייכמן והאגן עם פולקס. השבועון כתב שבעקבות המדיניות הגרמנית באותה עת, בטרם דגלה בהשמדת העם היהודי וכשרצתה לאלץ אותו להגר מגרמניה, החליטו אנשי האס אס לקשור קשרים עם ארגון "ההגנה". לדברי השבועון, את הקשר עם פולקס יצר הד"ר פרנץ רייכרט שארגן את הפגישות והציג את פולקס כאחראי על "ניהול מנגנון ההגנה-העצמית של יהודי פלשתינה" (בגרמנית: die Leitung des gesamten Selbstschutzapparates der palästinensischen Juden).