ג'ון מילטון נולד בצ'יפסייד, לונדון. אביו היה מלחין שהתפרנס ברווחה כלבלר, מלווה ומתווך, בן למשפחה קתולית אדוקה (סבו של המשורר, ריצ'רד, נודה מכנסיית אנגליה ונקנס בסכומים כבדים) שנידתה אותו משאימץ את הדת האנגליקנית. מילטון למד בבית הספר היוקרתי "סנט פול" בלונדון וחונך באופן פרטי שם. לאחר מכן למד ב"כרייסט קולג'" בקיימברידג'. בתחילה רצה להיות כומר, אך זנח את שאיפתו זו והעדיף להקדיש זמנו לשירה. בקיימברידג' כתב מסות ושירים שזכו לשבחים. הוא למד שפות זרות ושפות קלאסיות (לטינית, יוונית, עברית, צרפתית, ספרדית ואיטלקית), ושלט בהן היטב. ככל הנראה, בהיותו בקיימברידג כתב חלק מיצירותיו הנודעות הקצרות כמו "בבוקרו של לידת המשיח", "אלגרו" ו-"פנסרוסו". אחרי כן המשיך את לימודיו בבית אביו, במשך שבע שנים. אז גם כתב את שיריו "ליסידאס" ו-"קומוס""." שיריו המוקדמים פורסמו ב-1645.
ב-1638 יצא לטיול ארוך בצרפת ובאיטליה, שם פגש אנשי שם, כמו גלילאו והפילוסוף ההולנדי הוגו גרוטיוס, שהשפיעו על כתיבתו. באיטליה שהה בפירנצה, ברומא, בסיינה, ובנאפולי. בעת שהותו שם כתב שירה באנגלית ובלטינית. עם פרוץ מלחמת האזרחים באנגליה בשנת 1639, אף על פי שתכנן להמשיך ליוון, מילטון הרגיש מחויב לחזור לאנגליה. כשחזר לאנגליה ניהל בית ספר פרטי. ב-1640 חיבר טיוטת תוכנית של יצירתו הגדולה. ב-1641, מתוך עמידה על חופש הביטוי והמחשבה, החל לחבר קונטרסים שנויים במחלוקת בהם הביע את דעותיו הפוליטיות והדתיות. בראשונים שכתב צידד בעמדה הפוריטנית-פרסביטריאנית נגד קיום משרת הבישוף בכנסייה האנגליקנית, ונגד הארכיבישוף מקנטרברי ויליאם לואד בפרט, שנחשד בנטייה לקתוליות ולטקסיות.
ב-1642 נשא לאשה את מרי פאוול, שהייתה אז בת 16, אבל היא חזרה לבית אביה אחרי חודש. בתגובה לכך מילטון כתב סדרה של פמפלטים, באחד מהם קרא להקלה בחוקי הגירושין של הכנסייה. טענותיו אלה הביאו לפרסומו כפולמוסן, וגם לביקורת מהממסד הדתי. כתגובה לביקורת מילטון כתב את המאמר "אראופגיטיקה", בו קרא לביטול (חלקי) של הצנזורה. מרי פאוול חזרה אליו ב-1646 וילדה לו שלוש בנות (אן, מרי, דבורה) ובן (ג'ון).
בסיומה של מלחמת האזרחים השנייה, שבה המלך צ'ארלס הראשון הודח והוצא להורג, כתב מילטון פמפלטים התומכים בשלטון הפרלמנטרי החדש. ב-1649 מילטון התמנה למזכיר ללשונות זרות של מועצת הקהילייה, אחראי על התכתובת בלטינית של המדינה, ובפועל גם שימש כמזכירו המדיני של קרומוול, תפקיד ציבורי בו החזיק עד לשנת 1660. מילטון חלה כנראה במחלת גלאוקומה, וב-1652 היה עיוור לחלוטין. הוא המשיך לעבוד בסיועם של עוזריו, כולל המשורר המפורסם לימים, אנדרו מרוול. בשנה זו פקדו אותו אסונות קשים - תחילה מתה אשתו אחרי לידת בתו הצעירה דבורה, ואחר כך מת בנו ג'ון בגיל 15 חודש. ב-1656 נשא לאישה את קתרין וודקוק, שמתה שנתיים לאחר מכן, פחות מארבעה חודשים אחרי שילדה את בתם קטרינה. מילטון הקדיש סונטה מרגשת לאשתו - "על אשתו המנוחה".
אחרי מותו של קרומוול ב-1658, צ'ארלס השני שב לכס המלכות. בתקופה של חילופי הממשל בשנת 1660 מילטון איבד את משרתו, נאלץ להתחבא מהשלטונות, ואף נעצר ונכלא. הוא שוחרר כשניתנה חנינה כללית, נעצר שנית, ושוחרר רק אחרי התערבותם של חברים בעלי השפעה, כולל אנדרו מרוול שנבחר בינתיים כחבר בפרלמנט. בשנת 1663 מילטון נשא לאישה את אליזבת' מינשול, שהייתה בת 24, והיא טיפלה בו בערוב ימיו.
בתקופה זו יצר את האפוס שהעניק לו את עיקר פרסומו - "גן העדן האבוד", שנכתב בשנים 1658–1664 ופורסם ב-1667. היצירה, שנכתבה בחרוז לבן (בלי חריזה), עוסקת בתאולוגיה ובמוסר, אך גם משקפת את אכזבתו מכישלון המהפכה וביטחונו בפוטנציאל האנושי. עם פרסומה, היצירה זכתה לשבחים מופלגים מ-דריידן, ולקיתונות של בוז מ-וולר. בהדרגה "גן העדן האבוד" הלך והתקבל כיצירת מופת.
ב-1671 פרסם מילטון את "גן העדן המוּשב" וגם את "שמשון המתאבק" (המבוסס על הסיפור התנכ"י של שמשון). הוא המשיך לכתוב בשנותיו האחרונות עד למותו מאי-ספיקת כליות, ב-1674.
שירתו.
שירי מילטון מתחלקים לשלוש קבוצות: שיריו המוקדמים, הסונטות, ויצירותיו המאוחרות הגדולות. השירים המוקדמים מאופיינים בליריקה קלאסית, הסונטות במבע אישי או פוליטי, היצירות האחרונות בכובד-ראש ובנשגבות. במשך שנים רבות שיריו הקצרים לא היו מוכרים כלל לציבור הרחב. רק לאחר ש-"גן העדן האבוד" נודע לתהילה כיצירת מופת, הלך וגבר העניין בשאר שיריו.
אלגרו ופנסרוסו.
במהלך חופשה מלימודיו באוניברסיטת קיימברידג', או לאחר שעזב את קיימברידג' ושב להורטון, מילטון חיבר את השירים הלירים הארוכים: אלגרו (האיש העלץ) ופנסרוסו (האיש ההוגה). שני השירים דומים זה לזה במבנם, מתייחסים זה לזה בתוכנם, עשירים בציורי נוף אידיאלים התואמים את האופי והרגשות של המתבונן, ומשקפים שתי דרכי חיים יסודיות של השירה הקלאסית או שני מצבי-רוח יסודיים, המנוגדים זה לזה, של המשורר הצעיר. כל שיר מתאר יום אידיאלי בן עשרים וארבע שעות, ומורכב מעשרה חלקים. אלגרו עוסק במנעמי חיי כפר פסטורלים שהעליצות יכולה לתת, פנסרוסו בהנאות מחיי פרישות הגותיים שנותנת המלנכוליה. די ברור שהשיר "פנסרוסו" קרוב יותר ללבו של מילטון. אלו שיריו הפשוטים הידידותיים והשלווים ביותר, הקריאים ביותר והכי נקראים. כעבור יותר ממאתיים שנה מזמן חיבורם, פאלגרייב כללם באוסף אוצר הזהב של השירה הלירית האנגלית, והעיר: "זו הוכחה מהממת לכוחו המדהים של מילטון, ששירים אלו, ליריקת הנוף הגדולה המוקדמת ביותר בשפתנו, עדיין נשארו נעלים בסגנונם בעבור היקף, מבחר, ויופי מלודי".
כתב מקולי: "באף אחת מצירותיו, האופן המיוחד של מילטון לא מוצג טוב יותר מאשר ב-אלגרו וב-פנסרוסו. אי-אפשר להעלות על הדעת שניתן להביא את מנגנון השפה לדרגה נבחרת יותר של שלמות. השירים האלו נבדלים מאחרים, כהבדל בין שמן ורדים לסתם מי ורדים, בין מהות הדוקה לבין תערובת מהולה ודלילה. באמת, הם אינם שירים, אלא אוסף של רמזים, שמכל אחד מהם הקורא יכול ליצור לעצמו שיר."
קומוס.
בשנת 1634 מילטון חיבר את יצירתו הגדולה הראשונה. המסכה "קומוס", מעין מחזה לירי קצר בשבח המתינות והצניעות: צעירה חסודה ושני אחיה הולכים לאיבוד ביער, האחים הולכים לחפש מזון עבור אחותם העייפה ונעלמים, הצעירה פוגשת את הדמון קומוס המתחזה לאיכר שמציע לה להוליכה אל אחיה, הוא מוליכה לארמונו, מושיבה על כיסא מכושף המשתק את גופה, ומציע לה לשתות מכוס משקה שיחזקה, מתוך כוונה להופכה מאדם לחיה (משל לתאווה שהיה נפוץ בספרות הרנסאנס), הצעירה בשכלה הישר עומדת בפיתוי, כאשר בד בבד רוח מן השמים בדמות רועה-צאן נשלחת להדריך את האחים אל הארמון, ובעזרת הנימפה סברינה הם משחררים את אחותם ושבים לשלום לבית הוריהם. היצירה נסמכת על יצירות קודמות ובמיוחד על המחזה "הרועה הנאמנה" מאת ג'ון פלטשר ועל המחזה "הסערה" מאת שייקספיר. היא כתובה בלשון פיוטית נשגבת, ובחרוז לבן - המנגנון שעתיד לשמש את מילטון ב-"גן העדן האבוד" כבר נמצא כאן במלוא שכלולו. אף על פי שביחס ליצירה הרעננה והחיננית של פלטשר, "קומוס" סובלת ממלאכותיות, בכל זאת מבחינה שירית היא נחשבת לאחת מפסגות היצירה של מילטון.
כתב האלאם: "די היה בקומוס כדי לשכנע כל בעל טעם ורגש שמשורר גדול קם באנגליה, כזה שבאופן חלקי מיוסד על אסכולה אחרת משל עמיתיו. רבים מהם יצרו פסקאות דמיוניות מאד יפות, אבל אף אחד מהם לא הפגין אמת-מידה קלאסית, לא התעלה לשלמות כה סדירה... בתולה אצילית ואחיה הצעירים, המיוצגים במסכה, דרשו התעלות, טהרה, איזו בהירות רגשית, שאף משורר באותה תקופה לא יכל לתת מלבד מילטון".
ליסידאס.
בשנת 1637, אדוארד קינג, חבר מוערך של מילטון ללימודיו בקיימברידג', טבע עם ספינתו בים. חבריו של קינג הוציאו קובץ שירים לזכרו, לו מילטון תרם את הקינה האלגורית הפסטורלית "ליסידאס". מילטון מביע את צערו על פטירתו בטרם עת של חברו, באופן המחבר בין רוח דתית לעולם דימויים קלאסי, תוך ציור אידיאלי של חיי כפר פסטורלים (כמשל לחיי האוניברסיטה), המצטרפים לשיר מלא פאתוס הדר ונחמה. זה שירו היפה והמוזיקלי ביותר של מילטון מבין שיריו המוקדמים, ומילטון המשיך לשפרו במהלך חייו. עיקר השיר איננו הבעת רגש של מילטון, אלא לימוד אמנותי, בדרך מסורת השירה הפסטורלית, כזה היאה לחברו שהיה מלומד ומשורר מבטיח. אגב השיר, מילטון ביקר באחד הקטעים את השחיתות של הכנסייה האנגליקנית, שבתגובה החרימה את השיר.
הסונטות.
מילטון חיבר בשנים 1630–1658 עשרים ושלוש סונטות, מהן חמש בלשון איטלקית. עשר סונטות יצאו לאור לראשונה באוסף שיריו המוקדמים בשנת 1645, ותשע סונטות אחרות באוסף שיריו שיצא לאור בשנת 1673. מפאת תוכנן הפוליטי השנוי במחלוקת, ארבע סונטות נוספות לא יצאו לאור אלא בשנת 1694. במשך שנים רבות הסונטות של מילטון לא הוערכו כראוי. כולן חוברו בצורת הסונטה הפטררקית, המורכבת משני חלקים, אחד בן שמונה שורות ואחד בן שש שורות, ודורשת איזון של מחשבה ומשקל על מנת להגיע לאחדות. כתב פאלגרייב: "זו צורה, שבשפה כמו שלנו, שאינה עתירה בחרוזים, מעמידה קשיים גדולים; החרוזים נוטים להיות מאולצים, או התוכן שגרתי. אולם, בטיפול מוצלח, יש לה אחדות ויופי של השפעה המציב את הסונטה המוקפדת מעל שיטות, פחות הדוקות ופחות ליריות, שאומצו על ידי שייקספיר, סידני, ספנסר, ומשוררים אליזבתנים אחרים."