בבית המשפט העליון נודע מקלין כמתנגד לעבדות בארצות הברית ולעיתים קרובות הוזכר שמו כמועמד מטעם מפלגות שונות לנשיאות והוא זכה לתמיכתם של נציגי הוועידה הארצית של המפלגה הוויגית ב-1848 ושל נציגי הוועידה הארצית של המפלגה הרפובליקנית ב-1856 וב-1860. הוא היה אחד משני השופטים שהוציא את חוות דעת המיעוט בפסק דין דרד סקוט נגד סנדפורד. מקלין כיהן בבית המשפט העליון עד למותו ב-1861.
ראשית חייו.
ג'ון מקלין נולד במחוז מוריס שבניו ג'רזי, כבנם של פרגוס מקלין וסופיה בלקפורד. לאחר שהתגוררה ברציפות בעיירות הספר מורגנטאון, וירג'יניה; וניקולאסוויל ומייסוויל, קנטקי; התיישבה המשפחה ב-1797 ברידג'וויל, אוהיו. כאן רכש מקלין את השכלתו הפורמלית והחל לגלות עניין במשפטים. ב-1806 הוא סיים את לימודיו באוניברסיטת הרווארד. ניתן לומר שבאותה תקופה התגבשו דעותיו כמתנגד העבדות, לאור העובדה שהוא גדל על ברכי האמונה המתודיסטית בדגש על ערכי השוויון. אחיו ויליאם היה גם הוא פוליטיקאי מצליח באוהיו ואחיו השני פיניס היה פוליטיקאי בקנטקי, שניהם היו גם הם חברי בית הנבחרים של ארצות הברית.
מקלין למד משפטים באופן עצמאי וב-1807 הוא התקבל ללשכת עורכי הדין. באותה שנה הוא ייסד את העיתון השבועי The Western Star שפעל בעיירה לבנון, מקום מושב מחוז וורן שבאוהיו. ב-1810 הוא העביר את הבעלות על העיתון לאחיו נתניאל והחל לעבוד כעורך דין עצמאי. ב-1812 הוא נבחר לבית הנבחרים של ארצות הברית וייצג בו את אוהיו החל מ-1813 ועד להתפטרותו ב-1816, עת מונה כשופט בבית המשפט העליון של אוהיו במקומו של ויליאם ו. אירווין.
שופט בית המשפט העליון של אוהיו.
מקלין כיהן כשופט בבית המשפט העליון של אוהיו עד 1823, עת התמנה לתפקיד בממשל הפדרלי. התיק הבולט ביותר שבו הוא פסק היה "מדינת אוהיו נגד תומאס ד. קרניל" (The State of Ohio v. Thomas D. Carneal). תיק זה, שנדון ב-1817, בישר את דעת המיעוט של מקלין בפסק דין דרד סקוט נגד סנדפורד. בתיק זה עתר עבד שחור מקנטקי בשם ריצ'רד לנספורד להוצאת צו הביאס קורפוס כדי לזכות בחרות ממעבידו, תומאס ד. קרניל. חוקת אוהיו משנת 1802 אסרה על קיומה של העבדות בתחומי המדינה, והסוגיה שעמדה לדיון בבית המשפט הייתה האם עבדים שנוסעים בתחומי אוהיו זוכים בחרותם והאם עבד שמתגורר בקנטקי יכול להישלח לעבוד באוהיו מבלי לזכות בחרותו. לנספורד, כעבד שנשלח לעבוד באוהיו על בסיס קבוע, הגיש את העתירה על רקע הטענה שברגע שהוא שלח אותו לעבוד לתקופות של יותר משבוע בסינסינטי, חדל קרניל מלהיות בעליו. בית המשפט פסק, על פי דעתו של מקלין, שמאחר שקרניל מכר את לנספורד לג'יימס רידל, האדם מסינסינטי שאליו נשלח לנספורד לעבוד, הוא למעשה איבד את זכותו כבעליו של לנספורד. החלק העיקרי בפסק הדין הייתה חוות דעתו של מקלין, שהדגישה את סלידתו ממוסד העבדות: "האם היה ראוי לשקול זאת, שבית המשפט, על בסיס העקרונות שהוכרו על ידי החוקה והחוקים, לא יכול להסס ולהכריז שעבדות (ההדגשה במקור), למעט מקרה של ענישה על פשעים, היא הפרה של הזכויות המקודשות של האדם: זכויות שהוקנו לו על ידי בוראו, ושהן בלתי ניתנות לערעור".
בממשל הפדרלי.
מקלין התפטר מבית המשפט העליון של אוהיו ב-1822 כדי לקבל על עצמו את מינויו על ידי הנשיא ג'יימס מונרו כנציב משרד הקרקעות הכללי. בתפקיד זה הוא שימש עד 1823, כאשר מינה אותו הנשיא מונרו לתפקיד המנהל הכללי של דואר ארצות הברית. הוא כיהן בתפקיד זה מדצמבר 1823 ועד מרץ 1829, תחת מונרו ותחת הנשיא הבא, ג'ון קווינסי אדמס. הוא ניהל את ההתרחבות המשמעותית של מחלקת הדואר אל המדינות והטריטוריות החדשות במערב.
שופט בית המשפט העליון של ארצות הברית.
בעת כהונתו כמנהל הכללי של הדואר, תמך מקלין באנדרו ג'קסון כאשר הוא התמודד לנשיאות. ג'קסון הציע למקלין את תפקיד מזכיר המלחמה ולחלופין את תפקיד מזכיר הצי. מקלין דחה את ההצעות לשני התפקידים, ותחת זאת מינה אותו ג'קסון כשופט בית המשפט העליון של ארצות הברית. מקלין מונה כשופט ב-6 במרץ 1829 במקומו של רוברט טרימבל שנפטר. למחרת היום אושר המינוי בסנאט ובו ביום הושבע מקלין לתפקידו.
כמי שנודע כ"פוליטיקאי של בית המשפט העליון", היה מקלין מזוהה עם כל המפלגות על הקשת הפוליטית. הוא שינה את השקפתו מדמוקרט תומך ג'קסון, לדמוקרט מתנגד ג'קסון, לחבר במפלגת מתנגדי הבונים החופשיים, לחבר במפלגה הוויגית, לחבר במפלגת הארץ החופשית ולבסוף היה לחבר במפלגה הרפובליקנית. במהלך שנות ה-30 וה-40 חוזר מקלין כמועמד פוטנציאלי לנשיאות על ידי המפלגה הוויגית. הנשיא ג'ון טיילר הציע לו את תפקיד מזכיר המלחמה, אך הוא דחה את ההצעה. בשל עמדותיו נגד הרחבת העבדות, הוא נחשב על ידי המפלגה הרפובליקנית שהוקמה אז כמועמדה לנשיאות בבחירות של 1856, אך בסופו של דבר נבחר כמועמד המפלגה ג'ון פרימונט. בבחירות של 1860 הוא התמודד שוב על מועמדות המפלגה, אף על פי שבמרץ אותה שנה מלאו לו 75 שנים. בסבב ההצבעה הראשון בוועידת המפלגה הוא זכה ב-12 קולות ובסופו של דבר נבחר כמועמד המפלגה לנשיאות אברהם לינקולן.
גרובס גנד סלאותר.
נטייתו של מקלין לכלכלה לאומית נראתה בפסיקותיו בתיקים כמו "גרובס נגד סלאותר" (Groves v. Slaughter). בתיק זה אישר מקלין את זכותה של מיסיסיפי להגביל את הכנסתם של עבדים ממדינות אחרות. אף על פי שזה לא היה חיוני להכרעה בתיק, הכריז מקלין שוב על גישתו הלאומית כאשר קבע שהסמכות לפקח על הסחר נמסר בלעדית לקונגרס. "הצורך ברגולציה מסחרית אחידה, יותר מכל שיקול, מוביל לאימוץ החוקה הפדרלית... ובלעדיו הסמכות תהיה לא רק עליונה, אלא גם בלעדית, החוקה תיכשל בהשגת אחד מהעקרונות הראשיים של כינונה", כתב מקלין.
פסק הדין גרובר נגד סלאותר נגע לאדם ממיסיסיפי שרכש כמה עבדים, אך האמין שהוא יכול היה להמלט מבלי לשלם לסוחר העבדים על בסיס סעיף בחוקת מיסיסיפי שלכאורה אסר על יבוא עבדים למכירה בתוך המדינה לאחר תאריך מסוים. בבית המשפט הסוגיה הפכה לשאלה האם הקונגרס החזיק באופן בלעדי את הזכות לפקח על הסחר הבין-מדינתי. אם כך הדבר, האם אין באפשרותן של המדינות לפקח מבחינה חוקתית על סחר העבדים? יותר מכך, האם בית המשפט יכול היה להשיב באופן חיובי על סמך מה יכולה המדינה לבטל את העבדות? מקלין, שביקש להגביל את הפיקוח הלאומי בנוגע לעבדות, זנח באופן פרדוקסלי את עמדתו לטובת הכלכלה הלאומית וטען, "הסמכות על העבדות שייכת למדינות. הסוגיה היא מקומית במאפייניה ובהשפעותיה". גישה זו התיישבה עם חששם של אנשי מפלגת הארץ החופשית שאם המדינות יאבדו את סמכותם לפקח על העבדות, מה יעצור את התפשטות העבדות למדינות הצפון החופשיות? מקלין החזיק בעמדה שיש לתת למדינות את הזכות להגן על עצמן "מתאוות הממון וההתערבות של סוחרי העבדים". את כל זאת הוא טען בעודו מחזיק בעמדתו בה הוא הדגים את התפשרותו על שתי השקפות פוליטיות נאו-פדרליסטיות, שבמקרה זה סתרו זו את זו: האחת העדיפה ממשלה לאומית בעלות גבוהה, והשנייה גינתה את העבדות.
פריג נגד פנסילבניה.
בפסק הדין "פריג נגד פנסילבניה" החזיק מקלין בדעת המיעוט. על פי ההגיון שלו, היה זה חיוני שפריג ייקח את מורגן אל בית המשפט כדי להוכיח שהיא למעשה שפחה. מתוקף כך, לפריג לא הייתה התואנה החוקית להעביר את מורגן מפנסילבניה, מבלי להשיג קודם לכן אישור משפטי לכך. על בית המשפט היה להחליט שמורגן היא שפחה של פריג מבחינה טכנית כדי שהוא יוכל להעביר אל מעבר לתחומי המדינה. מקלין טען שתהליך זה הוא הדרך היחידה שתהיה הוגנת כלפי השפחה, כלפי בעליה, המדינה החופשית, וכלפי מדינת העבדות שממנה הגיע השפחה, בציינו ש"דעתו, לפיכך, לא נשענת כל כך על חוק מסוים של פנסילבניה, אלא יותר על הסמכות הריבונית והבסיסית של המדינה, להגן על הסמכות השיפוטית שלה ועל שלום אזרחיה, בכל מצב ומצב ששיקול דעתה מכתיב, ושלא יעמוד בסתירה לסמכות מוגדרת של הממשלה הפדרלית".
תיקי הנוסעים.
גישתו הלאומית של מקלין נראתה שוב בפסק הדין שלו ב"תיקי הנוסעים" משנת 1849. כוותיק השופטים באותה עת, החל מקלין את חוות דעתו בהערכת הוויכוח בנוגע לאופיו של . מקלין טען שסעיף הסחר "מוקנה באופן בלעדי לקונגרס". על פי השקפה זו, אם הממשלה הפדרלית לא מפקחת על תחום מסוים של סחר חוץ או בין-מדינתי, פרוש הדבר שהמדיניות הפדרלית קובעת שתחום זה צריך להישאר בלתי מפוקח, לא שלמדינות יש את הזכות לכפות את הפיקוח בעצמן. מבחינתו של מקלין, רק רשות אחת יכולה ליישם כל סמכות שהיא, ותפקיד המערכת השיפוטית הוא להגדיר אם סוגיה מסוימת מוגדרת בתחום סמכותה של הממשלה הפדרלי או בזה של המדינות. הוא הכחיש את האפשרות שהמדינות יכולות לקחת על עצמן סמכות אלא אם כן הממשלה הפדרלית בוחרת ליישם את אותה סמכות, באותה הזדמנות שבה הפיקוח מטעם המדינה מועדף על ידי פעולה של הממשל הפדרלי. אף על פי שמקלין הכיר בכך שהן הקונגרס והן המדינות יכולות להטיל מיסים על אותה תכלית, הוא עמד על כך שמיסים אלו נובעים מהפעלת סמכויות נפרדות והם לא מייצגים שם יישום מקביל של אותה סמכות.
פסק דין דרד סקוט נגד סנדפורד.