עקב הקשיים שנבעו מכך ש-22 יישובים קשורים אל הנחל בצורה זו או אחרת, הוקמה בשנת 1988 רשות נחל הירקון, המאגדת בתוכה אנשי שלטון מקומי מן היישובים שלאורך הירקון, אנשי סביבה וטבע, ואנשים בעלי ידע טכני בשיקום נחלים. מטרתם הייתה להפסיק בהדרגה את הזרמת השפכים לירקון, לנקות ולשקם חלקים ממנו, ולהשיב לו חלק מערכי הטבע וההיסטוריה שהיו בו. במשך שנתיים וחצי נוקה הנחל, ובשנת 1992 הסתיימו עבודות השיקום, חורף גשום במיוחד השלים את המלאכה והזרים כמויות עצומות של מים לנחל שלא נראו זה 50 שנה ונגרמו הצפות למספר שכונות. עם זאת, הזרמת השפכים לנחל נמשכה גם שנים לאחר מכן. בקיץ 1997 התרחש "אסון המכביה", כאשר גשר הספורטאים קרס וחברי הנבחרת האוסטרלית נפלו למי הנחל המזוהמים, ארבעה מהם נהרגו ועשרות נפצעו והורעלו. אירוע טראומתי זה העלה את המודעות למצבו הגרוע והמסוכן של הנחל, והוגברו המאמצים להפסקת זיהום המים.
בשנת 2003 אישרה המועצה הארצית לתכנון ולבנייה את תוכנית המתאר המחוזית לנחל הירקון במחוז מרכז (תממ 3/10) ובמחוז תל אביב (תממ 5/2), לפיתוח לאורך הירקון כריאה ירוקה וציר מרכזי לפעילות פנאי ונופש.
תחילה שוקם החלק העליון של הירקון ובו אתרים היסטוריים (טחנת אבו רבאח, טחנת הקמח מיר, מבצר אנטיפטריס, כפר הבפטיסטים, בית הבטון ועוד). שיקום חלקו המרכזי (מנחל קנה ועד אזור שבע טחנות) שהיה המזוהם ביותר, ובו התרחש אסון המכביה, ארך שנים רבות. במסגרתו המים עוברו תהליך טיהור, דרך מערכת בריכות שנקראת "אגנים ירוקים", שתוכננה כמרכיב הגנה על הנחל מפני תקלות במתקנים לטיפול בשפכים. בבריכות נשתלו מגוון צמחים, כולם שייכים לאזור הירקון, כדי לסייע בטיפול במים וכדי לייצר בית גידול כפי שהיה בשנותיו היפות של הנחל.
חלקו האחרון (מאזור שבע טחנות ועד מוצא הירקון לים) מהול במי ים חמים שמוזרמים מתחנת הכוח רדינג, וסובל מזיהומים תקופתיים שמקורם בחלקו המרכזי, בעיקר בעונת החורף.
ב-10 בנובמבר 2008 הזרים מפעל חברת סנו כמות גדולה של סבון אל הנחל, כתוצאה משרפה. הזרמה זו גרמה לזיהום קשה, קצף וריחות כלור חריפים בנחל, שגרמו למותם של דגים במשקל 100 טון. הפגיעה גרמה להפרת האיזון בשרשרת המזון-מצד אחד לפגיעה בחי ומצד אחר לריבוי זחלי יתושים. כתוצאה מכך החלה חברת מקורות להזרים כמויות נוספות של מים לנחל כדי לדלל את הזיהום.
במאי 2017 המשטרה הירוקה פתחה בחקירה פלילית כנגד איגוד ערים דרום השרון המזרחי לביוב עקב הזרמת שפכים לא מטופלים לנחל ממכון טיהור השפכים שבאחריותו.
אסון המכביה.
בתאריך ה-14 ביולי 1997, בטקס הפתיחה של המכביה ה-15, התמוטט גשר ארעי שהוקם כדי לאפשר את מעבר משלחות המכביה לאצטדיון רמת גן. בשל קריסת הגשר נפלו למי נחל הירקון המזוהמים רוב חברי המשלחת האוסטרלית וחלק מחברי המשלחת האוסטרית. תוצאות האירוע: ארבעה מחברי המשלחת האוסטרלית קיפחו את חייהם, 69 ספורטאים נוספים נפצעו בדרגות שונות של פציעה, בין היתר עקב חומרים רעילים ממי הירקון.
שיקום, סינון וטיהור המים.
למעלה מ-85 מיליון ש"ח תוקצבו לתוכנית אב לשיקומו של הנחל. במסגרת הפעולות לשיקום הנחל הוקמה בשנת 2004 מערכת ניסיונית של בריכות אקולוגיות בגדה הדרומית של אתר שבע טחנות. משאבה המחוברת לצינור שהושקע מזרחית לסכר של שבע טחנות שואבת מים מן הנחל ומזרימה אותם אל הבריכות שעל הגדה. בבריכות נשתלו מיני צמחים בעלי תכונות לסינון המים מן המתכות, הפסולת האורגנית ומרכיבים רעילים אחרים, וניצולם לתועלת הצמח. המטרה היא לטהר את המים לרמה שתאפשר להשקות בהם את פארק הירקון ובכך לשחרר את המים המושבים המשקים כיום את הפארק לשימושים אחרים. חזון השקיית הפארק במים המטופלים קשור קשר בל ינתק בנכונותה של חברת מקורות להקצות כמויות נכבדות נוספות של מים שיוזרמו לערוץ הנחל בסמוך למקורותיו.
כחלק מהעלאת המודעות למיזם טיהור מי הירקון (אגנים ירוקים) התראיין רון חולדאי במרץ 2011 לתקשורת וכשנישאל האם כעת יקפוץ לשחות בירקון, השיב שיעשה זאת בקרוב. כעבור מספר חודשים, בקיץ אותה שנה קיים חולדאי את הבטחתו ולעיני המצלמות קפץ ראש העיר לתוך הירקון וביצע שחיית חתירה במימיו.
על אף זאת, מי הירקון עודם מזוהמים ומסוכנים לשחיה. משנת 2016 מובילה עמותת השכנים של הירקון מתווה לשיקום הנחל תוך דרישה לשימוש במי המקור של הירקון והחזרתם לנחל. חברי העמותה טוענים כי הדבר יאפשר שיקום מהיר ומלא של נחל הירקון ואף שחיה במימיו. העמותה פועלת מאז הקמתה לעצור הזרמת מי קולחין ברמת טיפול נמוכה לנחל ומי ביוב שמזהמים את הירקון. חבריה נאבקים לשמור על ערכי הטבע ובעלי החיים במקום ובריאות הציבור. חזון העמותה הוא להפוך את נחל הירקון לרצועת החוף השנייה של גוש דן. לחץ ציבורי שהפעילו חברי השכנים של הירקון, הביא בשנת 2017 לפתיחת חקירה פלילית נגד מנהלי מט"ש דרום שרון מזרחי על חלקם בזיהום נחל הירקון.
רשות נחל הירקון.
בשנת 1988 הוקמה על ידי המשרד להגנת הסביבה "רשות נחל הירקון", כתאגיד סטטוטורי, שמטרתו לשקם את המערכת האקולוגית של נחל הירקון ויובליו, לשמור על המבנים הארכאולוגיים לאורך הנחל ועוד. כמו כן, הרשות מאגדת בתוכה 18 גופים שונים, בהם 7 רשויות מקומיות הנמצאות לאורך הנחל, משרדי ממשלה ותאגידים נוספים.
פעילות בירקון.
פעילות שיט וספורט ימי מתקיימות בחלק המערבי של הירקון, משבע טחנות עד לים.
בית זבולון.
על גדתו הדרומית של הירקון, ברחוב אוסישקין 9, נמצא בית זבולון המשמש את אגודת יורדי ים זבולון. האגודה הימית הראשונה בארץ ישראל החליפה את משכנה בחוף גורדון לצד הבית האדום והקימה את בית הסירות הראשון על מגרש שניתן לה על ידי ראש העיר דאז מאיר דיזנגוף והפעילה בו בית ספר ימי ראשון ביישוב. הוכשרו בו מאות בני נוער שהפכו ימאי הצי העברי ולימים, הצטרפו לצי הסוחר הבריטי וממנו לקראת מלחמת העולם השנייה אף התנדבו אל הצי המלכותי הבריטי. במקביל לקחו חלק בהעפלה כפעילות הסקציות הימיות של תנועות כמו זבולון מכבי ובית"ר, הפועל וצופי ים, ואף בהגנה ובפלי"ם הפלוגה העשירית של הפלמ"ח. בני נוער אלה כקודמיהם ייסדו את הצי הישראלי ובכלל זה את חיל הים ומפקדיו. מאז פועלת האגודה במקום וסניף המרכז כמו 11 סניפים בישראל שהתחדשו בשנת 2006, מפעילים מאות בני נוער בפעילות ימית ענפה.
מועדון השייטים.
מועדון השייטים ת"א נוסד ב-1935 בגדה הדרומית של הירקון. מייסדי המועדון היו יהודים שברחו מגרמניה הנאצית. עם הזמן התפתח המועדון ונהיה למועדון הדומיננטי והמצליח בארץ ומרבית חברי נבחרת ישראל באו ממועדון זה. רביעייה ממועדון זה (דני רוטנברג, דורון סרטנה, רם גולומביק ורזי פלד) העפילה לאולימפיאדת מוסקבה (1980), אך בעקבות החרם של מדינות המערב נבצר מרביעייה זו לייצג את ישראל באולימפיאדה.
צופי-ים תל אביב.
שבט תל אביב של תנועת הנוער הימית צופי ים ממוקם בגדה הדרומית של הירקון. הוא השבט הגדול והוותיק מבין שבעה שבטים בארץ והוקם עוד בשנות השלושים של המאה הקודמת. חניכים בצופי ים לומדים בכיתה ה' לחתור בנחל הירקון בסירות של כ-6 חניכים ומדריך ולאחר מכן לומדים להפליג בסירות מפרש בים ואף מחוץ לארץ. בכיתה י' הופכים החניכים למדריכים ועושים זאת במשך שלוש שנים בהתנדבות. בצופי הים לא לובשים מדים כמו בתנועת הצופים והדגש הוא על ימאות ועבודת צוות. אחוז המסיימים שממשיכים לשנת שירות לפני הצבא הוא מהגבוהים בתנועות הנוער.
מרכז דניאל עמיחי לשיט וימאות.
מרכז דניאל עמיחי ללימודי חתירה וימאות נחנך בגדה הצפונית של הנחל בשנת 2003, ע"ש דניאל עמיחי מרכוס חותר מועדון השייטים ת"א שנהרג בתאונת דרכים. הבניין מעוצב כסירה הפוכה. במרכז פועלות קבוצות חתירה אקדמית. למתכנן המבנה, האדריכל אולריק פלסנר, הוענק פרס רוקח לאדריכלות על תכנונו.
פעילות שיט פרטית.
לאורך הנחל ממוקמות תחנות להשכרת סירות פדלים, חתירה ומנוע להנאת הנופשים המבלים בפארק הירקון.
הידרולוגיה.
אפיק הירקון מתחיל בבריכת הנופרים, באזור מעיינות ראש העין. רום פני הקרקע בתחילת הנחל הוא 17 מטר. אורך האפיק ממוצא הנחל ועד השפכו לים בחופה של תל אביב הוא 27.5 ק"מ. השיפוע הממוצע הוא אם כן כ–0.6 פרומיל. המרחק בקו אווירי הוא כ–15 ק"מ.
שטח אגן ההיקוות של הירקון הוא כ-1,800 קמ"ר והחלק המישורי הוא כרבע ממנו. נחל הירקון מנקז אזור המשתרע מקו פרשת המים הארצית בהרי יהודה והרי השומרון ועד לים התיכון, יובלי הנחל יוצאים רובם בהר ועוברים בשפלה ובמישור החוף. אגן ההיקוות מחולק לשני תת-אגנים: ירקון ואיילון. שניהם מנקזים שטח דומה, כ-900 קמ"ר כל אחד. היובלים העיקריים של תת-אגן הירקון הם הנחלים: קנה, רבה ושילה. היובלים העיקריים של תת-אגן איילון הם הנחלים: בית עריף ונטוף.
מבחינת כמויות המים הזורמים בירקון, הוא שני רק לנהר הירדן בישראל. מבחינת שטח אגן ההיקוות, הירקון נמצא במקום שלישי אחרי אלה של נהר הירדן ונחל הבשור.
הממוצע הרב שנתי של הגשם באגן הוא כ-600 מ"מ באזור המערבי ו-500 מ"מ באזור המזרחי. בעבר זרמו בירקון כ-25 אלף מ"ק לשעה של מי מעיינות, קרי 220 מיליון מ"ק לשנה. כיום אין שפיעה כי מפלס מי התהום הוא נמוך מרום הנביעה משום שאיבת יתר מהאקוויפר.
מקורות המים.
הירקון ניתן לחלוקה של שלושה קטעים על פי איכות המים:
בעלי חיים בירקון.
הדגה בירקון.