במהלך נאום שנשא ב-16 ביוני 1999, בקרתגו, טנסי, הכריז גור רשמית על מועמדותו לנשיאות. הנושא העיקרי שלטענתו עמד על הפרק בהליך המועמדות שלו היה לדבריו הצורך לחזק את מוסד המשפחה האמריקאית. בנאום, גור גם התרחק מביל קלינטון, שלדבריו שיקר לו. גור "נעצר לזמן קצר" על ידי מפגינים שהיו פעילים בתחום מחלת האיידס בטענה שגור עובד עם תעשיית התרופות כדי למנוע גישה של מדינות עניות לתרופות והועלו שלטים שעליהם נכתב "תאוות הבצע של גור הורגת." נאומים נוספים נקטעו גם על ידי המפגינים. גור הגיב, "אני אוהב את המדינה הזו. אני אוהב את התיקון הראשון (חופש הביטוי)... הרשו לי לומר בתגובה לאלה שאולי בחרו בדרך לא הולמת להביע את עמדתם, שלמעשה משבר האיידס באפריקה הוא כזה שאמור לשבות את תשומת הלב של אנשים בארצות הברית וברחבי העולם." גור גם פרסם הצהרה שבה אמר כי הוא תומך במאמצים להוזיל את העלות של תרופות האיידס, בתנאי שהן "נעשות באופן העולה בקנה אחד עם הסכמים בינלאומיים."
בעוד שדירוג התמיכה של ביל קלינטון עמד על כ-60%, מחקר שנערך באפריל 1999 של מרכז המחקר פיו מצא שהמשיבים סבלו מ"עייפות קלינטון" שבה "נמאס להם מכל הקשיים הקשורים בממשל קלינטון" כולל שערוריית לוינסקי ומשפט ההדחה. מושל טקסס והמועמד הרפובליקני לנשיאות, ג'ורג' ווקר בוש, הוביל על גור ב-54% לעומת 41% בסקרים באותה העת. יועציו של גור האמינו ש"שערוריית לוינסקי מנכרת מצביעים עצמאיים - במיוחד אמהות שעמדו על ערכים מסורתיים של שמרנות חברתית." כתוצאה מכך, הקמפיין הנשיאותי של גור הרחיק לכת להבדיל את עצמו מביל ומהמוניטין שלו והתקשה לנצל את ההצלחות הלגיטימיות של ממשל קלינטון. בנוסף, מועמדותה של הילרי קלינטון למושב הסנאט הפתוח בניו יורק החריפה את "המתחים המשולשים שניכרים בבית הלבן מאז 1993".
גור התמודד עם אתגר מוקדם בבחירות המקדימות למועמדות הדמוקרטית מצד הסנאטור לשעבר מניו ג'רזי ביל בראדלי. בראדלי היה המועמד היחיד שהתנגד לגור ונחשב ל"פנים חדשות" לבית הלבן. גור אתגר את בראדלי לסדרה של עימותים. גור יצא למתקפה במהלך הדיונים הללו והוביל לירידה בסקרים עבור בראדלי. בוועידת איווה האיגודים המקצועיים הבטיחו את תמיכתם בגור, על אף השקעתו של בראדלי במדינה זו. גור המשיך וניצח בפריימריז בניו המפשייר 53%–47%. לאחר מכן גור סחף את כל הפריימריז ביום שלישי הגדול, בעוד שבראדלי סיים שני בהפרש רחב בכל מדינה. ב-9 במרץ 2000, פרש בראדלי מהמירוץ וצידד במועמדותו של גור לנשיאות. גור המשיך בסופו של דבר לזכות בכל מועמדויות הבחירות המקדימות, ובמרץ 2000 אף זכה בבחירות המקדימות הראשונות שנערכו אי פעם דרך האינטרנט, הפריימריז הנשיאותי למועמדות הדמוקרטית של אריזונה. עד אז, הוא הבטיח לעצמו את המועמדות של מפלגתו.
מערכת הבחירות הכלליות.
באוגוסט 2000 בחר בג'ו ליברמן, סנאטור יהודי מטעם קונטיקט, כמועמדו לתפקיד סגן הנשיא. מבקרים רבים טענו שבחירתו של גור בליברמן נועדה להרחיק אותו עוד יותר מהשערוריות של הבית הלבן של קלינטון. בתו של גור, קארנה, יחד עם שותפו לשעבר של אביה לדירה בהרווארד, טומי לי ג'ונס, הציעו רשמית את גור כמועמד הדמוקרטי לנשיאות במהלך הוועידה הלאומית הדמוקרטית ב-2000 בלוס אנג'לס, קליפורניה. גור קיבל את מועמדות מפלגתו ודיבר על הנושאים העיקריים של מסע הבחירות שלו, והצהיר במיוחד על תוכניתו להרחיב את מדיקר לשלם עבור תרופות מרשם ולפעול למען מערכת בריאות אוניברסלית. זמן קצר לאחר הכינוס, גור עלה על שביל הקמפיין הלאומי לצידו של ליברמן. גור ובוש היו נתונים באותה העת במבוי סתום בסקרים. הם השתתפו בשלושה עימותים בטלוויזיה. בעוד ששני הצדדים טענו לניצחון אחרי כל אחד מהם, גור ספג ביקורת קשה יותר לעומת בוש.
בליל הבחירות, רשתות חדשות קראו לראשונה כי גור ניצח בבחירות בפלורידה, מאוחר יותר חזרו בהן מהתחזית המוקדמת, ואחר כך נטען כי בוש ניצח בפלורידה, לפני שלבסוף חזרו בהן רשתות התקשורת גם מתחזית זו. מזכירת המדינה הרפובליקנית של פלורידה, קתרין האריס, אישרה בסופו של דבר את ספירת הקולות של פלורידה עם רוב בעבור בוש. גור תבע את הרשות המבצעת של פלורידה על כך והוביל לספירה מחדש של קולות הבחירות בפלורידה בתוך ארבע מחוזות צמודות במיוחד שקבעו את גורל הבחירה של כל המדינה. עקב התוצאות הצמודות בחבר האלקטורים במסגרת הבחירות, ספירה מחודשת זאת נועדה לקבוע מי הוא הנשיא הנבחר של ארצות הברית.
הספירה החוזרת בפלורידה נעצרה כמה שבועות לאחר מכן על ידי בית המשפט העליון של ארצות הברית. בפסק הדין, פסק דין בוש נגד גור, השופטים קבעו כי הספירה החוזרת של פלורידה נוגדת את חוקת ארצות הברית וכי לא ניתן היה להשלים ספירה חוזרת בעלת תוקף חוקתי מעבר למועד האחרון של 12 בדצמבר, אשר למעשה סיים את הספירה החוזרת. הצבעה 7–2 זו של שופטי העליון קבעה כי הסטנדרטים שבית המשפט העליון בפלורידה סיפק לספירה חוזרת נוגדים את החוקה עקב הפרות של סעיף ההגנה השוויונית של התיקון הארבעה עשר, ובנוסף קבע בפסיקה של 5–4 כי לא ניתן להשלים ספירה חוזרת בעלת תוקף חוקתי לאחר ה-12 בדצמבר. תיק משפטי זה למעשה העניק לג'ורג' ווקר בוש ניצחון של 537 קולות הפרש בפלורידה, וכתוצאה מכך את 25 הקולות האלקטורליים של פלורידה ואת הנשיאות. תוצאות ההחלטה הביאו לכך שגור ניצח בהצבעה העממית בהפרש של כ-500,000 קולות ברחבי ארצות הברית, אך קיבל 266 קולות אלקטורליים לעומת 271 של בוש ( אלקטור אחד במחוז קולומביה נמנע).
ב-13 בדצמבר 2000, הודה גור בהפסד הבחירות. גור חלק מאוד על החלטת בית המשפט, אך בנאום הזיכיון שלו קבע כי "למען אחדותנו כעם וחוזקה של הדמוקרטיה שלנו, אני מביע את הוויתור שלי על המרוץ." בעקבות הפסדו בבחירות גור פרש מהחיים הציבוריים.
פרישתו מהפוליטיקה והמאבק בשינוי האקלים.
לאחר ההפסד בבחירות פרש גור מן החיים הפוליטיים, והתפנה לעסוק בנושאי איכות הסביבה ושינוי אקלים, להם הקדיש תשומת לב רבה כבר בעת כהונתו בבית הנבחרים – היה ממקימי ה"סופרפונד" (Superfund) ב-1980 – קרן המקציבה כספים לניקוי קרקעות מזוהמות ברחבי ארצות הברית. בסוף שנות השמונים ערך גור ביקורים בקוטב הדרומי, ביערות האמזונס ובמקומות נוספים כחלק מלמידת השפעות שינויי האקלים על הסביבה. ב-1992 חיבר את הספר "כדור הארץ על כף המאזניים – אקולוגיה ורוח האדם" (Earth in the Balance: Ecology and the Human Spirit) שהיה לרב-מכר. החל משנת 2001 משמש גור מרצה אורח באוניברסיטאות קולומביה, מרכז טנסי, קליפורניה ופיסק, ובאותה שנה מונה לסגן יושב ראש חברת ההשקעות האמריקנית מטרופוליטן וסט. בשנת 2003 מונה לחבר מועצת המנהלים של חברת אפל, ובשנת 2004 ייסד את חברת ההשקעות GIM. ב-2005 ייסד גור את רשת הטלוויזיה קארנט (Current), אשר פנתה לקהל צעיר. בינואר 2013 נמכרה הרשת לאל-ג'זירה. גור משמש כיועץ להנהלת חברת גוגל.
בנוסף לחיבורים שפרסם בנושאי הגנת הסביבה, מרבה גור גם לפעול ולהרצות בנושא. בשנת 2006 יצר וכיכב בסרט התיעודי "אמת מטרידה", העוסק בהתחממות הגלובלית הנגרמת על ידי בני האדם. הסרט, בהפקת חברת סרטי פרמאונט ובבימוי דייוויס גוגנהיים, זכה בפרס האוסקר לסרט התיעודי הטוב ביותר ובפרס נוסף לשיר הנושא הטוב ביותר. בדצמבר 2015 השתתף אל גור בוועידת פריז ולקח חלק בפעילות שקידמה את השגת הסכם פריז לבלימת שינויי האקלים. לאחר הבחירות לנשיאות בארצות הברית, וערב כניסתו של הנשיא הנבחר דונלד טראמפ לתפקידו, נפגש אל גור עם ביתו איוונקה, וניסה לשכנעה להמשיך ולתמוך בהסכם פריז. לאחר שטראמפ הודיע על פרישת ארצות הברית מההסכם, שב גור לבקר אותו ובנושא זה. בינואר 2017 עלה לאקרנים לראשונה סרט ההמשך ל"אמת מטרידה", בבימויים של בוני כהן וג'ון שנק, שהציג בעיקר פתרונות אפשריים לשינויי האקלים ולהתמודדות איתם.
מעורבות במערכות בחירות.
החל מ-2002 פנה גור בביקורת פומבית על פעולות שונות של ממשל בוש הבן. לאחר שהכריז שלא יתמודד בבחירות לנשיאות ארצות הברית ב-2004, גור תמך במושל ורמונט הווארד דין בדצמבר 2003, שבועות לפני הפריימריז הראשון של מחזור הבחירות. נגד גור הופנתה על כך ביקורת, מכיוון שהייתה ציפייה שיתמוך בליברמן (גור הפנה עורף כלפי ליברמן בעקבות תמיכתו של האחרון במלחמת עיראק). הקמפיין של דין הפך במהרה למטרה להתקפות ולבסוף התמוטת, כאשר התמיכה המוקדמת של גור נרשמה כגורם לנפילה. מאוחר יותר, ממרץ 2004, גור תמך בג'ון קרי ונתן לקרי 6 דולר מיליון כספי מימון קמפיין שנותרו מקמפיין 2000 של גור שלא צלח. גור גם פתח את הוועידה הלאומית הדמוקרטית של 2004.