החל מעונת החל ג'ונסון לקחת על עצמו את הנהגת הלייקרס באופן בלעדי יותר, כאשר עבדול-ג'באר החל לרדת ביכולתו והיה קרוב לפרישה. בעונה זו הוא קלע 23.9 נקודות בממוצע למשחק - שיא קריירה בעבורו - וכן השיג ממוצעים של 12.2 אסיסטים ו-6.3 ריבאונדים, וזכה לראשונה בקריירה בתואר ה-MVP של העונה הסדירה, בו זכה בירד בשלוש העונות הקודמות. ג'ונסון הוביל את הלייקרס להופעה שלישית בסדרת הגמר מול בוסטון. בשנייה האחרונה של המשחק הרביעי בסדרה קלע את סל הניצחון לזכות קבוצתו בזריקת וו מעל שני שחקניה הגבוהים של בוסטון, פאריש וקווין מקהייל. הסל נחשב למפתיע במיוחד, בשל כך שסגנון זריקה זה היה אופייני לג'באר ולא לג'ונסון. הלייקרס זכתה באליפות בתום שישה משחקים, וג'ונסון זכה בפעם השלישית בתואר ה-MVP של סדרת הגמר, לאחר שהשיג בסדרה ממוצעים גבוהים מהרגיל של 26.2 נקודות, 13 אסיסטים ו-8 ריבאונדים למשחק.
עונת נודעה בשל הצהרתו של ריילי עוד לפני פתיחתה כי קבוצתו תגן על תואר האליפות, על אף ששום קבוצה לא זכתה בשתי אליפויות רצופות מאז 1969. ג'ונסון חווה עונה מוצלחת נוספת כשהשיג ממוצעים של 19.6 נקודות, 11.9 אסיסטים ו-6.2 ריבאונדים למשחק. במשחקי הפלייאוף הצליחה הלייקרס לעבור סדרות של שבעה משחקים מול יוטה ג'אז ודאלאס מאבריקס, ופגשה בסדרת הגמר את דטרויט פיסטונס, קבוצה שנודעה בסגנון המשחק האגרסיבי שלה וכונתה "בד בויז" (Bad Boys). לאחר שהקבוצות חלקו ביניהן את הניצחונות ששת המשחקים הראשונים, השיג ג'יימס וורת'י טריפל דאבל במשחק השביעי והוביל את הלייקרס לניצחון. ג'ונסון, שלקח גם הוא חלק חשוב בניצחון הקבוצה, זכה באליפות החמישית בקריירה שלו.
בעונה הבאה, , השיג ג'ונסון ממוצעים של 22.5 נקודות, 12.8 אסיסטים ו-7.9 ריבאונדים, וזכה בפעם השנייה בתואר ה-MVP של העונה הסדירה. הוא הוביל את הלייקרס להעפלה נוספת לסדרת הגמר, מול דטרויט. עם זאת, ג'ונסון נפצע במיתר הברך במהלך המשחק השני והושבת עד לסיום הסדרה. בלעדיו הפסידה קבוצתו בכל ארבעת המשחקים ולא הצליחה לזכות באליפות.
בעונת שיחק ג'ונסון לראשונה ללא עבדול-ג'באר שפרש ממשחק. הוא זכה בפעם השלישית בקריירה בתואר ה-MVP העונתי, לאחר שהשיג ממוצעים של 22.3 נקודות, 11.5 אסיסטים ו-6.6 ריבאונדים למשחק. עם זאת, הלייקרס הודחה כבר בחצי גמר המערב על ידי פיניקס סאנס, ובכך נחלה את הדחתה המוקדמת ביותר מהפלייאוף מזה תשע שנים. בעונה הבאה, 1990/1991, המשיך ביכולתו הטובה והשיג ממוצעים של 19.4 נקודות, 12.5 אסיסטים ו-7 ריבאונדים למשחק, וסייע לקבוצתו להעפיל לסדרת הגמר מול שיקגו בולס. בסדרה זו נפגש ג'ונסון לקרב מתוקשר עם הקלע מייקל ג'ורדן, שנחשב לשחקן הטוב בליגה באותה תקופה. עם זאת, במהלך הסדרה הוא נתקל בשמירה מוצלחת מצידו של סקוטי פיפן. על אף שהשיג טריפל דאבל בשני משחקים שונים, הפסידה קבוצתו בסדרה בתוצאה 1–4, וג'ונסון לא הצליח לזכות באליפות בסדרת הגמר האחרונה בה השתתף.
נשיאת HIV ופרישה.
לפני עונת גילה ג'ונסון כי נשא את נגיף ה-HIV, הגורם למחלת האיידס. במסיבת עיתונאים שערך ב-7 בנובמבר 1991 חשף את קיום הנגיף, והודיע על פרישתו המיידית ממשחק. הוא ציין כי לאשתו, ולבנם שטרם נולד, אין סימני HIV, וכי הוא יקדיש את חייו למאבק במחלה. על אף שטען בתחילה כי אינו יודע את סיבת המחלה, הוא גילה בהמשך כי זו נבעה מיחסי מין שקיים עם שותפות שונות. הודעתו של ג'ונסון הפכה לשיחת היום בארצות הברית, וב-2004 דורגה על ידי ESPN כרגע השביעי הזכור ביותר במדינה ב-25 השנים הקודמות. רבים ברחבי המדינה ראו בג'ונסון גיבור, ונשיא המדינה לשעבר, ג'ורג' ווקר בוש, אף אמר: "עבורי, מג'יק הוא גיבור, גיבור בשביל כל מי שאוהב ספורט".
על אף פרישתו, נבחר ג'ונסון על ידי האוהדים לחמישייה הפותחת במשחק האולסטאר של 1992, והחליט להשתתף במשחק מבלי לקחת חלק במשחקי הליגה המקבילים. החלטתו הגיעה על אף טענותיהם של חבריו לקבוצה לשעבר, ביירון סקוט ואיי סי גרין, כי הוא אינו צריך לשחק. ג'ונסון הוביל את נבחרת המערב לניצחון 113–153, שהיווה את ההפרש הגבוה בתולדות משחקי האולסטאר, וזכה בתואר ה-MVP של המשחק לאחר שקלע 25 נקודות, מסר תשעה אסיסטים והוריד חמישה ריבאונדים (הייתה זו זכייתו השנייה בקריירה בתואר, אחרי שקיבל אותו בסיום משחק האולסטאר של 1990). בסיום המשחק נכנסו שחקני שתי הקבוצות למגרש ובירכו את ג'ונסון.
ג'ונסון נכלל בסגלה של נבחרת ארצות הברית לאולימפיאדת ברצלונה בקיץ 1992. הוא היה חלק מהנבחרת שכונתה "דרים טים" (Dream Team), בשל ריבוי כוכבי ה-NBA שבה והיכולת המרהיבה שהציגה. ג'ונסון זכה עם נבחרתו במדליית הזהב מבלי להפסיד אף משחק; בשל בעיות בברכו הוא לא שותף במשחקים באופן קבוע, אך זכה לקימת כבוד מהקהל במגרשים.
לקראת עונת הודיע ג'ונסון על כוונתו לחזור לשחק ב-NBA. לאחר שהתאמן והשתתף במספר משחקי טרום-עונה, הודיע מחדש על פרישתו, בשל המחלוקות וההתנגדויות לחזרתו בקרב מספר שחקנים. לאחר הפרישה כתב ג'ונסון ספר שעסק ב"סקס בטוח", פתח מספר עסקים, עבד כשדר ברשת הטלוויזיה NBC, ונסע לאסיה ולאוסטרליה יחד עם קבוצת כדורסל שהורכבה משחקנים לשעבר במכללות וב-NBA.
ג'ונסון החליף את רנדי פונד כמאמנה של לוס אנג'לס לייקרס לקראת סיום עונת . לאחר שהקבוצה הפסידה חמישה מששת המשחקים הראשונים תחתיו, הודיע על עזיבתו בסיום העונה. במקביל החליט לרכוש בעלות על חמישה אחוזים ממניות הקבוצה. במהלך עונת , בגיל 36, חזר ג'ונסון פעם נוספת ללייקרס בתור שחקן. הוא שיחק בעמדת הפאוור פורוורד והשיג ממוצעים של 14.6 נקודות, 6.9 אסיסטים ו-5.7 ריבאונדים ב-32 המשחקים האחרונים של העונה. לאחר שהקבוצה הפסידה ליוסטון בסיבוב הראשון של משחקי הפלייאוף, הודיע ג'ונסון על פרישתו הסופית.
מחוץ לכדורסל ולאחר הפרישה.
ג'ונסון הפך לראשונה לאב ב-1981 ממליסה מיצ'ל, לה לא היה נשוי. בנם שנולד, אנדרה, גדל אצל אמו, אך ביקר את ג'ונסון בכל קיץ. נכון לאוקטובר 2005 הוא עובד כמנהל שיווקי בחברת "מפעלי מג'יק ג'ונסון". ב-1991 התחתן ג'ונסון עם ארלית'ה קלי, ממנה נולד לו בן בשם ארווין השלישי (1991) ובת בשם אליסה (1995) אותה אימצו.
לאחר שהודיע בנובמבר 1991 על המצאות בגופו של וירוס ה-HIV, הגורם למחלת האיידס, החל ג'ונסון לפעול ברחבי העולם על מנת להגביר את המודעות למחלה. הוא הקים את קרן מג'יק ג'ונסון על מנת לסייע במאבק במחלה, אף שמאוחר יותר ייעד את הקרן למטרות צדקה אחרות. ב-1992 הוא הצטרף לוועד הלאומי של ארצות הברית למאבק באיידס, אך עזב כעבור שמונה חודשים בטענה כי הוועד לא פועל מספיק למניעת המחלה. באופן מסורתי קושר וירוס ה-HIV למתמכרים לסמים ולהומוסקסואלים, אך ג'ונסון ניהל קמפיינים שנועדו להראות שסכנת ההידבקות אינה מוגבלת דווקא לקבוצות אלו. הוא שימש כדובר הראשי של האומות המאוחדות במהלך כנס יום האיידס העולמי ב-1999. בנוסף, שימש כאחד מ"שליחי השלום" של האומות המאוחדות.
ב-1998 החל ג'ונסון לארח תוכנית טלוויזיה לילית בשם "השעה של מג'יק" (The Magic Hour), אך התוכנית נסגרה כעבור חודשיים בשל אחוזי צפייה נמוכים. בנוסף, הוא עומד בראש "מפעלי מג'יק ג'ונסון", חברה עם רווח נקי של כ-700 מיליון דולר שבבעלותה מספר בתי קולנוע ומסעדות ברחבי ארצות הברית. ג'ונסון שימש במשך שבע שנים כשדר משחקי NBA ברשת TNT, בטרם הפך לפרשן ב-ESPN בשנת 2008. ב-1994 רכש ג'ונסון חלק קטן מהבעלות על לוס אנג'לס לייקרס, לאחר ששילם למעלה מעשרה מיליון דולר תמורת מניותיו. באוקטובר 2010 הוא מכר את חלקו בבעלות על הקבוצה. כיום הוא אף נושא בתואר סגן הנשיא של המועדון.
ב-2012 נכלל ג'ונסון בקבוצת משקיעים שרכשה את קבוצת ה-MLB לוס אנג'לס דודג'רס תמורת 2 מיליארד דולר.
בתחום הפוליטיקה, ג'ונסון ידוע כתומך של המפלגה הדמוקרטית. ב-2005 הוא הביע תמיכה ציבורית במינויו של פיל אנגלידס למושל קליפורניה, וב-2007 תמך בקמפיין של הילרי קלינטון לנשיאות ארצות הברית. ב-2010 הוא תמך בברברה בוקסר בבחירות החוזרות לסנאט של ארצות הברית.
מורשת.
ג'ונסון שיחק בהצטיינות בעמדת הרכז על אף גובהו הרם, 2.06 מטרים, המתאים לשחקנים בעמדות מתחת לסל. הוא שילב במשחקו כישורי החזקה בכדור, ניהול משחק ומסירת אסיסטים יצירתיים המאפיינות רכז; יכולת התמודדות מתחת לסל ולקיחת ריבאונדים המאפיינות פאוור פורוורדים וסנטרים; וכן יכולות מגוונות של קליעת סלים והתמודדות פיזית מול השחקנים היריבים, המאפיינות סווינגמן. בשל הצטיינותו הרבה בכל תחומי המשחק הוא נחשב עד היום לרכז הטוב בתולדות הכדורסל. בזכות יכולותיו המגוונות הוא יכול היה לשחק בכל העמדות על המגרש במקרה של פציעות או הרחקות של שחקנים. ג'ונסון נודע ביכולתו להשיג "טריפל דאבל", והוא שלישי במיקום של כל הזמנים בהחזקת הטריפל דאבל; במקום הראשון, ניצב ראסל ווסטברוק, במקום השני אוסקר רוברטסון ושלישי מג’יק עם 138.