למרות חוסר הבהירות לגבי נסיבות האובדן, התקבלה החלטה עוד בשבוע של האירוע להמשיך להפליג ולצלול עם הצוללת אח"י לויתן, אף על פי שנהוג במקרים של תקלות לעצור את פעילותם של כל הכלים מאותה סדרה עד בירור מהות התקלה ויישום הלקחים הנדרשים. לקבלת ההחלטה תרם מפקד הלוויתן מיכאל ברקאי, שאחיו היה בין הנעדרים; הוא הודיע בקשר עם התקרבותו לחיפה, כי . ברקאי חשש שעצירת הצלילות תפגע בביטחון הצוות. העובדה שאחיו הצעיר היה בין הנעדרים נתנה לבקשתו גם משמעות מוסרית. אברהם בוצר, אז ראש מחלקת ים , העריך את המצב, קיבל את הערכתו של ברקאי ואישר את הצלילה שהתבקשה. ובהמשך ניתן לכך גיבוי גם על ידי מפקד חיל הים שלמה אראל. עם זאת, במשך כל החיפושים נמצאה "לויתן" על פני המים, כדי לא לבלבל את המחפשים.
בשייטת הצוללות ובחיל הים ננקטו צעדים שיכולים להיחשב כלקחים הנוגעים לאירוע: צלילה נעשתה רק על מנועים חשמליים; הפלגה בשילוב ישיר של מנועי הדיזל לציר המדחף הורשתה רק בתנועה על מימית; גזרות הפעולה של הצוללות חולקו לריבועים והצוללת נדרשה לדווח על חריגה מהריבוע המתוכנן; תקופות השירות בין השיפוצים קוצרו; מספר אנשי הצוות בדור הבא של הצוללות הועמד על שליש ממספרם בצוללות ה-T. בנוסף, בהפלגותיהן של הצוללות הבאות לארץ, העיקרון המנחה חזר להיות "הגעה בטוחה במועד" (Safe and Timely Arrival), שמקורו עוד מימי השיירות במלחמת העולם השנייה.
עם הזמן ולאחר המעבר לצוללות הגל וצוללות דולפין עבר התוקף של חלק מהלקחים הטכניים, אך נושא "דקר" המשיך להימצא במודעות המיידית של הצוללנים. ההכרה ש"לטעות קטנה בצוללת עשויה להיות השפעה קריטית" הוטמעה.
מציאת מצוף הסימון.
ב-9 בפברואר 1969 הוזעק סגן מפקד בסיס אשדוד, רס"ן שמואל שבח, על ידי הממשל הצבאי בעזה בעקבות דיווח של דייג מקומי על מוקש גדול שנמצא בחוף ח'אן יונס. אנשי חיל הים הגיעו למקום בשעות הערב וזיהו במרחק 20 מטר מקו המים מצוף נטוי על צידו וחציו קבור בחול. המצוף הוצא מן החול בחפירה ידנית והובא לבסיס אשדוד. לבקשה, בדיעבד מיותרת, שהגיעה ממפקדת חיל הים הוטל המצוף למים ודווח כי הוא אכן צף.
המצוף זוהה על סמך שלטי המתכת שעליו כמצוף האחורי של "דקר". ההתרגשות מקבלת האות מהצוללת האבודה הייתה גדולה. לצוללת דקר היו שני מצופי סימון חירום, קדמי ואחורי, שאוחסנו מחוץ ל מתחת לסיפון העליון. תפקיד המצופים היה לסמן את מקום הצוללת אם היא על הקרקעית ואינה יכולה לעלות לפני הים. המצוף הוא גליל פח צבוע באדום שבמרכזו מכל אטום ומותקנים בו משדר ומצבר. בעת חירום יכול היה הצוות לשחרר את המצוף, בפעולה ידנית; המצוף היה קשור לצוללת בכבל שאורכו 200 מטרים. בעת השחרור הייתה משתחררת אנטנה הקבועה במצוף, ושחרורה היה מפעיל משדר המכוון לשידור אוטומטי בתדר המוקצה לכל צוללת, ומשדר אותות מצוקה.
לבסיס אשדוד הגיעו קצינים ממטה החיל ולקחו את המצוף לבדיקות בטכניון ובמכון לחקר ימים ואגמים.
במכון לחקר ימים ניסו להעריך לפי מקום המצאו של המצוף איזה זרמים בים הובילו אותו לשם ומכאן לשער מאין נפלט מהצוללת ומכאן היכן היא טבעה. אולם, כפי שהתברר לראש צוות החוקרים של המכון, ראש מחלקת הפיזיקה של הים, דר' ארטור הכט, רק שנים רבות אחר-כך, אחד הנתונים החשובים ביותר לעריכת בדיקה מעין זו לא נמסר לצוות החוקרים של המכון. הנתון החסר היה שהמצוף נמצא כשהוא חצי-קבור, משמע הוא שכב על החוף לפחות מסוף הקיץ . כיוון שלא ידעו נתון זה, בדקו החוקרים את הזרמים בתקופת החורף בלבד מתוך הנחה שהמצוף ניתק מהצוללת רק זמן קצר לפני שהגיע לחוף.
בטכניון נבדק המצוף בלחצים הולכים וגוברים, ונמצא כי בלחץ המתאים לעומק מים של 326 מטרים יקרסו גלילי האלומיניום שבמצוף, המספקים את כושר הציפה, וכי בלחץ המתאים לעומק של 86 מטרים יתחילו להיכנס מים למכל האטום. מסקירת הנזקים למצוף, כמו האנטנה שנמשכה ונקצצה, בורגי תפיסת מכסה המשדר שנמעכו, ארבעת החסרות וקטע באורך 65 ס"מ מכבל עגינת המצוף, הסיקו שהמצוף ניזוק כבר בעודו נמצא מתחת למכסה הסיפון. מדגימות החול, התולעים והצדפים הסיקו כי המצוף היה עגון תקופה מסוימת מול החוף המצרי, ומקצות הכבל הסיקו כי חלקם נחתך במכה יחידה כשנה לפני שנמצא, ושאר החוטים נשחקו במשך השנה, עד שהמצוף נותק סופית רק כארבעה שבועות לפני שנמצא.
בדיקות הלחץ וחקירות התולעים והצדפים שנעשו בפירוט רב תפסו את כל תשומת הלב. לא הוצג הסבר מה גרם לנזקים על המצוף. מהעובדה שהכבל נשחק הסיקו שהכבל היה תקופה מסוימת מתוח ולכן הסיקו שנשאר מחובר לצוללת. הדו"ח התעלם מאפשרויות אחרות, כמו האפשרות שאירוע אלים שסימניו נראים על המצוף הסיר את כל מכלול המצוף מהצוללת, ולפיכך ייתכן שהצוללת עצמה שקועה במקום אחר ובעומק אחר. במסמך חקירת המצוף שהוגש על ידי החוקרים הייתה מסקנה יחידה ונחרצת שבדיעבד נמצאה שגויה לחלוטין: "דקר" נמצאת מול החוף המצרי, בעומק רדוד מ-326 מטרים ועמוק מ-86 מטרים. המסקנה אף הוצגה על המפה כרצועה באורך של 160 וברוחב 10 מיילים ימיים, לאורך חוף סיני ומצרים, שבה אמורים להימצא שברי ה"דקר".
מסקנת החקירה שהדקר בחוף המצרי התבססה על הממצאים מהמצוף. לחיזוק המסקנה הועלתה הסברה שאישור מפקדת חיל הים להקדמת הכניסה ניתן למחרת המועד שביקש רענן. נעשו הערכות שאת הזמן הפנוי ניתן היה להפנות לסיור במצרים. מספר קצינים בחיל שהכירו את רענן כאדם מיוחד ובעל יזמה לא שללו אפשרות כזאת.
בדיעבד, ניתן לומר כי המסקנה לא התאימה להערכות ונתונים אחרים שהיו בידי חיל הים:
דו"ח המצוף הופיע בעת שיאה של מלחמת ההתשה עם מצרים, ולפיכך לא ניתן היה לבחון את מסקנות המחקר ולגבש פעילות בעקבותיו. הדו"ח תויק, ולא שימש בסיס לפעילות עד כעשר שנים מאוחר יותר.
רק לאחר מציאת הצוללת, בעת חקירת השברים בשנת 2000 התבררה תעלומת המצוף. בית המצוף נמצא ללא התוף שעליו היה גלול הכבל. נראה שבעת הקריסה נתלש התוף מגוף הצוללת ונשאר מחובר למצוף כמשקולת מאזנת. הכבל נפרש אנכית והשאיר את המצוף מרחף מתחת לפני המים. הכבל והמצוף נעו עם הזרמים לאזור מים רדודים בו התוף שימש כעוגן. לאחר זמן נשחק הכבל ונקרע, המצוף השתחרר והגיע לחוף בו נמצא.
החיפושים אחרי שברי הדקר.
ניהול החיפושים.
המסקנה לגבי מיקום השברים בחוף המצרי, שהגיעה מחוקרי המצוף, עמדה בסתירה למסקנות שבדו"ח אראל. דו"ח אראל היה מסווג ומרבית אנשי החיל מודרו ממנו. המסקנה החדשה נתקבלה ללא ערעור והוצגה כעובדה לחיל הים. הדבר פגע בביטחון העצמי של החיל, והיוותה מכשול להמשך תהליך החיפושים. באותן שנים עסק חיל הים במלחמת ההתשה, ובתהליך של הסבת חיל הים ממשחתות וטרפדות מיושנות לספינות טילים ודבורים חדישים. הפעולות המבצעיות הרבות בים התיכון ובים סוף היו עיקר עניינו של חיל הים, ופענוח תעלומת "דקר" נותר בתחום אחריותה של שייטת הצוללות. על יכולת החיפוש במים עמוקים עוד לא היה ידוע בישראל, ולמעשה לא ניתן היה לעשות דבר.
האלופים אברהם בוצר, בנימין תלם ומיכאל ברקאי לא דחו את דו"ח המצוף, אך גם לא ראו בו בסיס לעבודה לנוכח אי הסבירות של מסקנותיו. ברקאי, שהכיר היטב את הנושא (כמפקד אח"י "לוויתן", כידידו הטוב של יעקב רענן וכאחיו של סגן המפקד), העריך ש"דקר" נמצאת על הנתיב המתוכנן בעומק הים. במשך השנים הועברה חקירת הטביעה משייטת הצוללות לטיפולו האישי של מפקד חיל הים. כל אחד ממפקדי החיל, במשמרתו, הביא את התובנה שלו ואת סגנון הפיקוד שלו לנושא. מתחילת שנות ה-80 ואילך מונו קצינים שהיו אחראים לנושא, ואלו פעלו בכפיפות ישירה למפקד חיל הים. היו אלה לפי הסדר: סא"ל יואב עיטם, תא"ל מיל הדר קמחי, תא"ל מיל גדעון רז, ובשלב המחקר אל"ם מיל דורון עמיר.
העיקרון המנחה בחיל היה לא להביע הערכות והשערות שאין להן ראיה חותכת. הדבר נבע מתפישת האחריות המקצועית, אך לא מעט גם מהרגשת המחויבות לחברים שאבדו ב"דקר". למעשה, לא נערך תחקיר בפורום קציני חיל הים לאירועי הדקר. הדבר היה מתוך המגמה הלא מוצהרת לכוון את הקצינים שיעסקו בעניינים הנוגעים לאחריותם.
משפחות צוות ה"דקר" התארגנו ליצירת לחץ שיביא להמשך חיפוש הצוללת. התארגנותן אכן סייעה לשמירת המוטיבציה לחיפושים, אך לא הייתה להן אפשרות לשקול את המידע שהגיע אליהן. התקשורת שמחה לשתף עמן פעולה ולהגביר את העוצמה של כל פנייה מהמשפחות. גם קודם לכן ובאופן טבעי שרר בחיל הים הרצון שלא להוסיף לכאבן של המשפחות, שהפך כעת לשיקול בעל משקל רב. מידור נושא הדקר ננקט מסיבה מוצהרת שלא להכאיב למשפחות, ולא מסיבה של מניעת מידע לאויב. סיבה אחרת ולא מוצהרת הייתה לאפשר עבודה שקולה. היות שנושא ה"דקר" היה סוחף בעוצמתו, וכדי שמפקדים וקציני החייל יוכלו לרכז את תשומת לבם למשימות הכרוכות בביטחון השוטף ובהכנות ללחימה מודרו גם הם, במכוון, מעיסוק בנושא. מדיניות המידור הצליחה מבחינת קציני חיל הים, ומיקדה את עבודתם במשימות המבצעיות, אך יצרה חשדנות אצל המשפחות.
לפי תפישת חיל הים החיפושים באתרים השונים היוו חלק מתהליך מתכנס, שבו נעשה בכל עת מה שניתן היה להיעשות באותה תקופה. מונו אנשים מתאימים שהשקיעו את מלוא מחשבתם ומרצם, חלקם בהתנדבות וכולם בתחושת שליחות. המאמצים למציאת השברים, שנעשו על ידי כל המעורבים בנושא, הניבו לבסוף פרי. לדעת חיל הים קוימה התחייבותו של שר הביטחון משה דיין לחיפוש שרידי הצוללת במלואה.
החיפושים במצרים.
בתחילת שנות השבעים התפרסמו בעיתוני מצרים ידיעות שונות, שבהן התפארו קציני צי בכך שפגעו בצוללת. זאת, למרות הודעת הממשלה המצרית מפברואר 1968 שלכוחותיה לא היה קשר לנושא. התיאורים שהתפרסמו לא תאמו את המיקום וגם לא בתאריך והתקבלו בגיחוך בחיל הים.