כן פעל והשפיע במגוון תחומים, כמו בתחום הפוליטי-מדיני, החינוכי והמשפט העברי. וכן בחיזוק מעמדה וסמכותה של הרבנות, אשר על כך נאבק גם לאורך כל השנים שאחרי סיום כהונתו בה. מעמדו המרכזי הושפע בין השאר מכך שהיה רבם של אלפי בוגרים שהוציאה ישיבת מרכז הרב לאורך שנותיה, שעסקו בנושאים רבים ומגוונים, כאשר רבים מהם הקפידו לשמור על קשר עם הישיבה בכלל והרב שפירא בפרט, כך שכמעט בכל תחום הייתה לדעתו השפעה על ידי העוסקים בתחום שהתייעצו איתו.
תורה וחינוך.
הרב שפירא עודד וסייע להקמת ישיבות רבות, גבוהות ותיכוניות, אולפנות וכן כוללים בידי תלמידיו, ושלח אברכים לפעילות תורנית וחינוכית בחוץ לארץ. כן הדריך ושלח תלמידים רבים לתפקידי רבנות, דיינות וחינוך. תמך במפעל הישיבות קטנות. הרב מרדכי אליהו אמר עליו: "יש היום בכל הארץ ישיבות עם ראשי ישיבות – כולם יצאו מבית מדרשו".
ארץ ישראל.
עודד וטיפח התיישבות היהודית ברחבי הארץ. לאחר ההסכמי אוסלו פנה חנן פורת אל הרב שפירא בבקשה שישלח אברכים מהישיבה ללמוד דרך קבע בקבר רחל כדי לחזק את האחיזה היהודית במקום, וכך הוקם הכולל של הישיבה במקום. בתקופתו של הרב שפירא הקימו אנשי הישיבה את המאחזים גבעת אסף וחרשה. ראשי ההתיישבות נועצו בו והודרכו על ידו דרך קבע. שימש כנשיא של תנועת קוממיות.
המאבק בהסכמי אוסלו.
בזמן הסכמי אוסלו הוביל הרב שפירא את המאבק הרבני בהסכם, כשלצדו הרבנים שאול ישראלי ומשה צבי נריה. הוא והרב נחום אליעזר רבינוביץ הקימו "איחוד הרבנים למען ארץ ישראל" שהיה לגוף הרבני המוביל במאבק, באמצעות פרסום הוראות וכרוזים, יצירת לחצים ציבוריים, ארגון כנסי רבנים ועוד. האיחוד קבע שמסירת שטחים שבשליטת ישראל לנכרים, אפילו תמורת הסכם שלום, מנוגדת להלכה, וכי יש לסרב לפקודה כזו (ראה להלן). פסיקה זו עוררה פולמוס רב. בהמשך התבלט גם במאבק בהסכם חברון כאחד הקולות הרבניים הנחרצים ביותר נגד מסירת שטחים.
המאבק בתוכנית ההתנתקות.
עם פרסום תוכנית ההתנתקות הוביל הרב שפירא, יחד עם הרב מרדכי אליהו, את המאבק הרבני בתוכנית. השווה את ביצועה לכל איסורי דאורייתא אחרים שאין להישמע לפקודה המצווה לעשותם, וקרא לסירוב פקודה, בהתאם לכך. מאה וחמישים רבנים הצטרפו אליו וקראו להישמע לפסיקתו. כמו כן השתתף בעצרות תמיכה ביישובי ואנשי הגוש ובעצרות מחאה כנגד הממשלה. לאחר הפינוי שמר על קשר עם המגורשים לאורך השנים.
כאשר פורסם ראיון עם הרב הצבאי הראשי ישראל וייס בו התנגד לסירוב פקודה וקבע כי יש לשתף פעולה. זאת לאחר שהצהיר כי הוא תלמידו של הרב שפירא ופועל לפי התייעצות עימו. שלח לו הרב שפירא מכתב בו הוא חוזר ומדגיש את דעתו כי מדובר באיסור תורה שאסור לבצעו, וביקש: "אם כפי שאתה טוען שאתה תלמידי, בבקשה ממך תשמע לדעתי ולא תורה הפוך ממני, ואם אינך כך, אל נא תשתמש בשמי למילוי משימותיך... אל תהיה שותף לדבר עבירה!".
מכתבו האחרון, עליו חתם לצד הרב מרדכי אליהו ימים ספורים קודם לפטירתו, עוסק אף הוא באיסור על פינוי שטחי ארץ ישראל.
כפוסק.
דרכו ההלכתית.
הרב שפירא ראה את ההלכה כחובקת את הכל ומקיפה את כל תחומי החיים. בניגוד לרבנים אחרים מהציונות הדתית ייחס בפסיקת ההלכה מעט מאוד חשיבות, אם בכלל, לשיקולים מטא-הלכתיים, וראה בלימודי ההגות והמחשבה כלי לחיזוק קיום ההלכה ולא דבר המשפיע על ההלכה.
הוא אמנם נתן מקום לחקיקה חדשה של המדינה מתוקף תקנות הקהל המוכרות על ידי ההלכה בתנאי שאינן סותרות את ההלכה, ולתקנות של הרבנות כאשר הדבר נדרש, כגון בבעיות שהתחדשו בדורינו, בין השאר בעקבות קיומה של המדינה, כשאין לגביהם ניסיון היסטורי או ספרות הלכתית ישירה. אבל העדיף את הדרך השמרנית יותר של פרשנות הלכתית והתרחקות ככל הניתן משינויים וחידושים במקומות שחשש שיבואו לפסוק בעקבותיו פסיקות מרחיקות לכת מדי. כך למשל, אמר שלמרות הצורך לכסוף לבניין המקדש ולהקרבת קרבנות, אין לעלות להר הבית ואין לאהבה לקבוע הלכה. עם זאת, למרות גישתו השמרנית נכנס בעובי הקורה של ענייני השעה שהעלו בעיות מחודשות, והכריע בהם באומץ. בין השאר קבע חידושים בנושא שבת ורפואה, שהיום הם בגדר מובן מאליו, אם כי נמנע מלפסוק בעניינים חדשניים כאשר חשש שאינו בקיא מספיק בהיבטים המדעיים הנצרכים.
פסיקת ההלכה שלו הושפעה רבות מרבה של ירושלים הרב צבי פסח פרנק שעימו עמד בקשר קרוב בצעירותו ולמד ממנו דרכי הוראה. הרבה לומר שאף אחד מפוסקי דורו שלו אינו מגיע לרמתו של הרב פרנק, ובמקרים רבים הורה לנהוג כפי הכרעת הרב פרנק.
פסיקות בולטות.
הלכות שונות.
הורה לדחות ליום ראשון הלווית תלמיד חכם שנפטר בשבת, גם כאשר מדובר בעיר ירושלים, כדי לאפשר השתתפות קהל רב בהלוויה. זאת על אף שיש מצווה שלא להלין את המת, ובארץ ישראל מקפידים עליה במיוחד, ובירושלים לא מלינים אפילו לכבודו של המת. מפני כבודה של תורה שדוחה זאת. על פי פסק הלכה זה נהגו בלווייתו שלו, לאחר שנפטר ביום טוב
לגבי רכישת כרטיסי פיס סבר שאין בזה חשש גזל של "המשחק בקוביא", משום שחז"ל אסרו רק כשהפרס מונח לפני המהמרים והם מטילים גורל מי יקבל את הכסף, ובמצב כזה המהמר מניח שכספו המונח לפניו יוחזר לו עם תוספת הרווח; ואילו כאן המפקיד את הכסף יודע שכסף זה לא יוחזר אליו, והדבר דומה יותר להשקעה בעסק.
חידש שבמקרה בו אשה שתבעה מבעלה או גרושה דמי מזונות והוצרכה לשם כך להיעזר בעורך דין, אם נפסק שהוא אכן חייב במזונותיה - נכלל בחיוב גם שכרו של עורך הדין. זאת מפני שכיוון ועבור השגת המזונות הוצרכה להוציא הוצאה זו, הרי שהיא נחשבת בחלק מהוצאות המזונות עצמן. וכפי שאין הבעל יכול להיפטר בנתינת חומרי גלם ללא כלים או אפשרות להכינם לאכילה. היות שבתשלום המזונות נכלל כל מה שהיא נצרכת לו כדי שתוכל אכן להשתמש במזונות.
שמיטה.
עודד את השימוש בהיתר מכירה כל עוד שיש בכך צורך עבור חוסנה של החקלאות הישראלית. אך סירב ללכת אחריו "באופן עיוור", ובכל שמיטה מחדש בדק אם עדיין קיים הצורך. כדי להפגין את מעמד ההיתר כל עוד שהוא נצרך הנהיג בישיבת מרכז הרב עצמה לאכול מיבול היתר מכירה. עם זאת, לקראת שנת השמיטה ה'תשס"א, פעל יחד עם עמיתו הרב מרדכי אליהו, ותלמידיו הרב יעקב אריאל והרב דב ליאור, להקמת מיזם "אוצר הארץ", המעודד ומספק גידולי חקלאות יהודית כשרה מאוצר בית דין, כדי לתמוך בחקלאות היהודית ולחזק את שמירת השמיטה וקדושת שביעית, עד כמה שניתן לעשות זאת שלא על ידי היתר המכירה. לקראת שנת השמיטה ה'תשס"ח, חתם עם הרב מרדכי אליהו ועוד על קריאה ציבורית להצטרף למיזם.
בתי דין.
ראה את מערכת בתי הדין הרבניים כהמשך המסורת של "בית דין קבוע" שהיה בכל עיר בגולה, אשר להם סמכות של מרא דאתרא. התייחס באופן אמביוולנטי לכהונת אנשים דתיים בבתי המשפט, כאשר מצד אחד - יש בכך הזדמנות לקידום פסיקה על פי המשפט העברי, אך מצד שני קיים חשש "שמא יאלץ לפסוק על כורחו לפי החוק שהוא בבחינת גזל בעיני ההלכה".
כדיין בבית הדין הרבני הביע את עמדתו שבתי הדין צריכים להתרכז בטיפול בנושאי נישואים וגירושין כדי למנוע סחבת לבאים בפניהם. על כן, הוא סירב לדון בנושא הגנת הדייר, בו חוקי מדינת ישראל לא נתנו לבתי הדין סמכויות אכיפה, בטענה שספק אם הצדדים יבצעו את פסק הדין, ועל כן הדיון בנושא אינו אלא בזבוז זמן שיפוטי.
מודרנה.
בהתייחסות לפיתוח טכנולוגי הלכתי לא שלל את הפיתוח, אך הדגיש ש"הסתדרו בעבר גם בלעדיו". עם זאת, בעת כהונתו כרב ראשי התמודד עם בעיות סבוכות, כגון ההיתר שנתן לבצע השתלת לב במגבלות הלכתיות, וכן העלאתם ארצה של יהודי אתיופיה, וזאת בניגוד לדעתם של רבנים אחרים. פסיקה בולטת נוספת שלו היא שרגע המוות אינו בזמן הפסקת פעולת הלב, כדעות רבות בהלכה, זמן שכבר אי אפשר לבצע בו השתלות, אלא כמה דקות קודם, כשגזע המוח נהרס, ויכולת הנשימה באופן עצמי נהרסה. כקודמיו בתפקיד הרב הראשי, הוא נלחם בניסיונות להכניס רפורמים לתוך המועצות הדתיות. כן התנגד ופעל למנוע הכנסת נשים אליהן מפני ענייני צניעות, עם זאת, כאשר נשאל לגבי התמודדותה של דניאלה וייס לראשות מועצה מקומית קדומים אמר שיש לבחור במועמד המתאים ביותר לתפקיד, ולא להימנע מבחירתה בשל היותה אשה
ארץ ישראל.
בזמן הסכמי אוסלו קרא לחיילים שלא להישמע לפקודות המורות למסור שטחים לנכרים, בהן ראה פקודות שסותרות את התורה. על פסק-הלכה זה היו חתומים גם הרב משה צבי נריה והרב שאול ישראלי, כאשר לפניהם הוציא הרב שלמה גורן פסק דומה. כולם חברי איחוד הרבנים למען ארץ ישראל שהקים יחד עם הרב נחום אליעזר רבינוביץ לשם המאבק בתוכנית. בראיון שנערך עמו תהה הרב שפירא איך אדם שמפנה יישובים או שקורא לפנות יישובים יכול לקרוא לעצמו "דתי" אם באותו זמן הוא סבור שפינוי שכזה מנוגד להלכה. על פסיקתו זו חזר בסמוך ליישום תוכנית ההתנתקות, ובראיון עמו קבע כי יש איסור תורה גמור להעביר קרקע של ישראל לנוכרי ואסור להשמע לפקודה כזו ואף לסייע לה. קרא לסרב פקודה באופן אקטיבי ומוצהר - מפני שמדובר באיסור ככל איסורי דאורייתא: כמאה וחמישים רבנים תמכו בפסק הלכה זה.