לאחר שעזב רוטנברג את המועדון, ולדימיר פרוניצ'ב מונה לנהל את המועדון, ו-VTB הודיעה על כוונתה להשיב לאגודת דינמו 74% ממניות המועדון. המשימה לעונת 2015/16 הייתה להיכנס לשלושת הראשונים באליפות ולזכות בגביע הרוסי. על פי פורטל Sports.ru, בעונת 2015/16 התקציב של דינמו היה 55 מיליון דולר. שנה קודם לכן, תחת רוטנברג, הוא הגיע ל-160 מיליון דולר. בקיץ עזבו שחקני כדורגל רבים את הקבוצה, בעיקר זרים (דאגלס, ויליאם וואנקר, בלאז' ג'ודז'אק, מתיו ולבואנה, קווין קוראני) וחלק מהכדורגלנים הרוסים שחוזיהם לא הוארך (ארתור יוסופוב, ולדימיר גרנט, פיודור סמולוב). הם הוחלפו על ידי שחקנים רוסיים אחרים כמו ויטאלי דיאקוב, אנטון סוסנין, פאבל פוגרבניאק ושחקני קבוצת הנוער, שזכו פעמיים באליפות המדינה בקטגוריית הגיל שלהם תחת דמיטרי חוחלוב. השחקנים העיקריים היו הקשרים רומן זובנין ואלכסנדר טשאייב, אנטולי קטריץ', דמיטרי ז'יווגליאדוב, גריגורי מורוזוב שקיבלו מקום קבוע בהרכב. שחקנים בעלי שכר גבוה (כמו יורי ז'ירקוב, אלכסנדר קוקורין, אלכסנדר בוטנר) המשיכו לעזוב את הקבוצה בחלון ההעברות בחורף, או שחקנים מנוסים מקבוצות רוסיות אחרות (אנדריי ישצ'נקו, סטניסלב דראגון) וזרים לא מוכרים (פאטוס בחיראי, סבסטיאן הולמן) באו במקומם. אליפות 2015/16 התבררה כאסון עבור דינמו - היא עפה מהגביע הרוסי אחרי תבוסה לאמקר וצברה 8 תבוסות במחצית השנייה של העונה. קובלב הודח בתחילת מאי 2016 לאחר התבוסה לספרטק מוסקבה (0:3) בדרבי. סרגיי צ'יקישב, שעמד בראש קבוצת הנוער, מונה למאמן הראשי בפועל. ב־21 במאי 2016, במחזור ה-30, דינמו במשחק המכריע הפסידה לזניט (0:3) ולראשונה בתולדותיה ירדה לליגת המשנה הרוסית, כשסיימה במקום 15 בטבלת האליפות בעונה העגומה ביותר בתולדותיה, עם 5 ניצחונות בלבד מתוך 30 משחקי העונה.
העונה הראשונה בהיסטוריה של דינמו בליגת הכדורגל הלאומית של רוסיה החלה תחילה בשינוי בהנהגת הקבוצה, רומן אורשצ'וק הצטרף לקבוצה כמנהל ספורטיבי ויורי קליטווינצב מונה למאמן ראשי. ליו"ר החדש של אגודת דינמו מונה עמיתו לשעבר של ולדימיר פוטין בק.ג.ב., מנכ"ל לשעבר בנורילסק ניקל, ולדימיר סטרצ'אלקובסקי. המנכ"ל לשעבר של מועדון הכדורגל קובאן יבגני מוראביוב מונה למנכ"ל המועדון. ההנהגה החדשה נאלצה להציל לא רק את מועדון הכדורגל, אלא גם את החברה המנהלת של דינמו, שהוצאותיה חרגו מההכנסות. את הקבוצה עזבו שאר השחקנים עם שכר גבוה (גבולוב, גובוצ'אן, איאונוב, סמבה, זובנין, דניסוב) ובמקומם הגיעו רוסים מנוסים (בלורוקוב, טמניקוב, לוצנקו, פנצ'נקו) ושחקנים ששיחקו בעבר בדינמו (ריקוב, סאפטה, וילקשייר).
2016—2019: תחת אגודת דינמו.
ב-29 בדצמבר 2016, הוכרז על מכירת נתח השליטה לאגודת דינמו תמורת רובל סמלי, בעוד שבנק VTB נשאר נותן חסות. ב־13 בינואר 2017 הודיע הבנק על מתן תרומת חסות לחברה בסך 10.62 מיליארד רובל לתקופה שבין 1 בינואר 2017 ל-31 בדצמבר 2019. ב-12 באפריל הבטיחה לעצמה דינמו חזרה לליגת העל בסוף עונת 2016/17. במשך שבעה מחזורים לפני הסיום, הפער בין דינמו מוסקבה למקום השלישי היה 22 נקודות.
ב-7 באוקטובר 2017, דמיטרי חוחלוב, שהוביל בעבר את קבוצת הנוער של דינמו, החליף את יורי קליטווינצב והפך למאמן הראשי. לפני חופשת החורף שיחקה הקבוצה בצורה לא אחידה, אך באביב היו לה 2 הפסדים בלבד ב-10 משחקי אליפות והיא תפסה את המקום השמיני. הקבוצה לא הייתה פעילה בשוק ההעברות והחתימה רק את ז'ואזיניו ומיגל קארדוסו. העונה החדשה של דינמו התחילה בצורה חלקה למדי, אך בתחילת הסתיו הקבוצה הפסידה בשלושה מחזורי הליגה ברציפות ולא כבשה ולו שער אחד וירדה לאזור הפלייאוף התחתון. בחורף ובאביב המצב לא השתפר. כתוצאה מכך סיימה במקום 12 בלבד באליפות. ב-14 במרץ 2018 הודיעה אגודת דינמו על עזיבתו של יבגני מוראביוב מתפקיד מנכ"ל המועדון. רואי החשבון ראו כי העברת קונסטנטין ראוש לקבוצה לוותה בתשלום עמלה מול חברות שהיו קשורות אליו.
2019—ואילך.
ב־30 באפריל 2019 רכשה קבוצת VTB 99.9961% ממניות מועדון הכדורגל תמורת רובל אחד ונטלה על עצמה התחייבויות לבנות מחדש את חובות המועדון בסך 5.3 מיליארד רובל. כצפוי התרחשו שינויים בכוח האדם במועדון: לראש הדירקטוריון של המועדון מונה יורי סולוביוב, סגן הנשיא הראשון ויו"ר דירקטוריון הבנק ויורי בלקין, ששימש כחבר בדירקטוריון ויועץ למנכ"ל המועדון מונה לנשיא המועדון. הוא ישמש בתפקיד עד 28 במאי 2021.
ב-26 במאי שיחק המועדון את משחק הבכורה שלו באצטדיון הביתי החדש VTB ארנה — אצטדיון דינמו המרכזי על שם לב יאשין בפארק פטרובסקי. המפגש מול ארסנל טולה התקיים במסגרת המחזור האחרון באליפות רוסיה והסתיים בתוצאה 3:3. ב־9 באוגוסט 2019 הודיעה דינמו על החתמתו של חלוץ בורוסיה דורטמונד מקסימיליאן פיליפ. סכום העסקה עמד על כ־20 מיליון יורו. שיא ההעברות הקודם חולק על ידי העברות של בלאז ג'ודז'אק בעונת 2011/12 ואלכסנדר קוקורין בעונת 2013/14 (שניהם מאנז'י) תמורת 19 מיליון יורו. מוקדם יותר הצטרפו לקבוצה שארל קאבורה וסבסטיאן שימנסקי, החלוצים ראמיל שיידאייב וקלינטון נ'ז'י, המגנים רומן נוידשטטר, סרגיי פרשיווליוק, איוואן אורדץ, איגור קלינין וזאורבק פלייב. ב-5 באוקטובר פוטר חוחלוב ממשרת האימון.
ב-8 באוקטובר 2019 מונה קיריל נוביקוב לתפקיד המאמן הראשי של דינמו. מאז מינויו, הקבוצה יצרה רצף של 7 משחקים ללא הפסד והפסידה רק לזניט לפני פגרת החורף. לאחר מינויו של נוביקוב הצליחה הקבוצה לעלות מאזור הפלייאוף התחתון בטבלה לאזור המאפשר השתתפות בליגה האירופית. ב-1 בפברואר 2020, עוזרו לשעבר של יורגן קלופ, ז'לקו בובאץ' מונה למנהל ספורטיבי בדינמו. בחלון ההעברות בקיץ הצטרפו לסגל של דינמו ניקולה מורו, ניקולאי קומליצ'נקו, דניל לסובוי ודניל פומין. בנוסף להם, שחקני קבוצת הנוער היו מעורבים לא פעם באימונים עם הקבוצה הבוגרת. ב־19 ביולי, הקבוצה של נוביקוב ניצחה את קרסנודאר (2:0) במשחק שנדחה בשל מגפת הקורונה ברוסיה והבטיחה לעצמה את המקום הששי ובכך זכתה למקום ב. ב-29 בספטמבר פיטרה דינמו את קיריל נוביקוב מתפקידו כמאמן הקבוצה. המאמן עזב לאחר ההפסד במחזור התשיעי לחימקי (0:1). באותו זמן, דינמו חלקה את המקום החמישי עם קרסנודאר, רוסטוב ורובין קאזאן.
ב־14 באוקטובר 2020 הכריזה דינמו מוסקבה על מינויו של המאמן הגרמני סנדרו שוורץ. צוות המאמנים שלו כלל את השחקן לשעבר אנדריי וורונין ואת וולקן בולוט הגרמני. תחת סנדרו, ארסן זחריאן בן ה-17 והחלוץ בן ה-18 קונסטנטין טוקאווין ערכו את הופעת הבכורה שלהם באליפות ובהמשך אף זומנו לסגל נבחרת רוסיה בכדורגל. דינמו בהדרכתו הציגה כדורגל התקפי וסוחף.
בתום עונת 2019/2020 סיימה דינמו במקום הששי בליגה ובעקבות זכייתה של זניט סנקט פטרבורג בגביע קיבלה את הזכות להתמודד במפעלים האירופיים (לראשונה מזה 4 שנים) והיא פתחה את עונת 2020/2021 במוקדמות הליגה האירופית לאחר 5 שנות היעדרות מהמפעלים האירופיים, בהפסד 2:1 מול לוקומוטיב טביליסי. בעקבות מגפת הקורונה, לא נערך משחק גומלין ודינמו לא עלתה לשלב הבא ובהמשך הודחה גם משלב רבע גמר הגביע הרוסי בכדורגל אחרי הפסד מפתיע לקריליה סובייטוב סמרה.
את עונת 2021/2022 לראשונה מאז 2003, דינמו פתחה עם שלושה ניצחונות ברציפות וספגה תבוסה אחת בלבד בשישה מחזורים — מאחמט גרוזני הצ'צ'נית במחזור הרביעי (1:2). דינמו גם הוליכה את הטבלה לאחר הניצחון על אורל במחזור החמישי (1:0), אך בסופו של דבר ירדה למקום שני. עם זאת, דינמו נצמדה לצמרת הטבלה בפער של נקודות בודדות מהמוליכה בחלקה הראשון של העונה והמאמן סנדרו שוורץ אף הוכתר למאמן החודש של יולי-אוגוסט 2021. במחצית הראשונה של עונת 2021/2022, דינמו הייתה לקבוצה הפופולרית ביותר במוסקבה עם 72,051 צופים בסך הכל (וממוצע של 7,205 במשחקי הבית) ולקבוצה הטובה ביותר בליגה, כאשר סיימה במקום השני לפני פגרת החורף. באותה עונה, סנדרו שוורץ הוכתר שלוש פעמים למאמן החודש בליגה, כולם בעונת 2021/2022. בפעם הקודמת שדינמו יצאה לפגרת חורף באחד משלושת המקומות הראשונים הייתה בעונת 2014/15, אבל אז סיימה לבסוף במקום הרביעי, בפער של 10 נקודות מהמקום השלישי. בתום עונת 2021/2022 סיימה במקום השלישי.
בפברואר 2022 הבנק השיב את מניות השליטה במועדון חזרה לאגודת דינמו בשל הסנקציות המערביות שהוטלו עליו על רקע הפלישה הרוסית לאוקראינה. במאי 2022 העפילה לגמר הגביע הרוסי בכדורגל 2021/2022, אך הפסידה 2:1 ליריבתה המושבעת ספרטק.
סגל.
סגל השחקנים.
נכון ל-16 ביולי 2022
אצטדיונים ומתקנים.
אצטדיונים.
האצטדיון הביתי של דינמו מוסקבה הוא VTB ארנה שנבנה במקומו של אצטדיון דינמו ההיסטורי בפארק פטרובסקי, שהכיל 36,540 מקומות ישיבה. האצטדיון החדש נחנך בדצמבר 2018 ומכיל 25,716 מושבים. אף על פי שלא זכה באליפות הליגה במשך שלושים שנה, למועדון עדיין יש קהל אוהדים נרחב המגיע למשחקיו.
במשך כעשור משנת 2009 עד 2019 הקבוצה אירחה את משחקי הבית שלה בארנה חימקי המכיל 18,636 ושימש את הקבוצה עד לחניכת VTB ארנה.
מתקן האימונים.
בסיס האימונים של הקבוצה הוא "נובוגורסק-דינמו" שבמחוז מוסקבה, שנבנה על ידי VTB בשנים 2003–2008 ונחנך ב-14 במאי 2008. שטחו מגיע ל-6 הקטר וכולל 3 מגרשי כדורגל, שניים מהם בעלי חיפוי טבעי ואחד עם דשא מלאכותי. בצמוד לו ישנו מתחם אירוח בן 24 אלף מ"ר ובו 70 חדרי שינה, 2 מסעדות, מרכז רפואי ומרכז שיקום, סאונות, מרחצאות ובריכות שחייה. במקום גם מגרש חנייה עבור 50 כלי רכב.
קבוצות בת.
דינמו-2 ודינמו-D.