לאחר המונדיאל הפך לואיס אנריקה לשחקן קבוע בסגל הנבחרת והוא הרבה לפתוח במשחקיה. במהלך מוקדמות יורו 1996 הבקיע לואיס אנריקה פעמיים, בניצחונות ספרד על ב-16 בנובמבר 1994 ועל ב-17 בדצמבר. לואיס אנריקה פתח ב-8 משחקים מתוך 10 בשלב המוקדמות וסייע לנבחרתו להעפיל לטורניר הגמר מהמקום הראשון בביתה. ביורו, שנערך באנגליה, פתח לואיס אנריקה בשני המשחקים הראשונים בשלב הבתים, הראשון מול והשני מול , שניהם הסתיימו בתיקו 1:1. קלמנטה, מאמן הנבחרת, החליט לא לשתף את לואיס אנריקה בהמשך הטורניר. בלעדיו, ניצחה ספרד במשחק השלישי ועלתה לרבע הגמר, בו הודחה על ידי בדו-קרב בעיטות עונשין.
לואיס אנריקה הוסיף להיות פעיל במדי הנבחרת גם במוקדמות מונדיאל 1998. במחזור הראשון, ב-4 בספטמבר 1996, כבש את השער הראשון בניצחון ספרד 6:2 על . במחזור השלישי ב-13 בנובמבר נגד כבש שער נוסף שעזר לנבחרתו לנצח 4:1. ב-11 באוקטובר 1997 כבש צמד לרשתה של נבחרת איי פארו, וספרד ניצחה 3:1. בסך הכול בשלב המוקדמות, מתוך 10 מחזורים, פתח לואיס אנריקה ב-8 ונכנס כמחליף באחד נוסף. נבחרת ספרד העפילה למונדיאל, שנערך בצרפת, מהמקום הראשון בביתה. לואיס אנריקה פתח בשלושת משחקיה של ספרד בשלב הבתים. במשחק הראשון הפסידה ל, בשני סיימה בתיקו עם . במשחק השלישי נגד היה ללואיס אנריקה תפקיד משמעותי. הוא הבקיע שער, בישל נוסף ועבירה שבוצעה עליו הביאה לבעיטת עונשין לזכות נבחרתו. ספרד ניצחה 6:1, אך ספרד סיימה במקום ה-3 בלבד והודחה מהטורניר כבר בשלב זה.
1998–2002: עם קמאצ'ו.
ב-5 בספטמבר 1998, במשחק הראשון במוקדמות יורו 2000, בו פתח לואיס אנריקה בהרכב, הפסידה ספרד ל. בעקבות הפסד זה פוטר קלמנטה מאימון הנבחרת ומונה במקומו חוסה אנטוניו קמאצ'ו. ב-5 ביוני 1999 הבקיע לואיס אנריקה שלושער ראשון ויחיד במדי הנבחרת, במשחק בו הביסה ספרד את 6:0. ב-4 בספטמבר כבש שער לרשתה של ועזר לספרד לנצח 3:1. לואיס אנריקה פתח ב-6 מ-8 משחקי שלב המוקדמות ועזר לנבחרתו להעפיל לטורניר הגמר מהמקום הראשון בבית. מנובמבר 1999 ספרד החלה להתכונן ליורו באמצעות מספר משחקי ידידות, בהם פתח לואיס אנריקה, עד שנפצע ונותח במרץ 2000. בשל השיקום מהניתוח, שנמשך מספר חודשים, נאלץ להיוותר מחוץ לסגל נבחרתו לטורניר.
מעמדו של לואיס אנריקה בנבחרת החל לדעוך לאחר היורו, בעיקר בשל פציעות שהתמודד עמן. במהלך מוקדמות מונדיאל 2002 פתח לראשונה בהרכב הנבחרת רק במחזור ה-5, נגד ב-2 ביוני 2001. לאחר מכן פתח בשני משחקים ועלה כמחליף במשחק נוסף, ועזר לנבחרתו להעפיל למונדיאל מהמקום הראשון בביתה פעם נוספת. לואיס אנריקה אמנם לא השתתף במשחקי הידידות שלקראת הטורניר, שנערך בקוריאה הדרומית ויפן, מכיוון שהיה פצוע, אך קמאצ'ו הכליל את לואיס אנריקה בסגל הנבחרת בכל זאת. בשלב הבתים, בו ניצחה ספרד את כל 3 משחקיה, פתח לואיס אנריקה בשני המשחקים הראשונים ונכנס כמליף בשלישי. בשמינית הגמר נגד שיחק לואיס אנריקה במשך כל המשחק, שלאחר שהסתיים בתיקו 1:1 בתום הזמן החוקי, המשיך להארכה ולדו-קרב בעיטות עונשין, בו ניצחה ספרד 3:2. ברבע הגמר נגד נכנס כמחליף בדקה ה-80. גם משחק זה המשיך להארכה, אחרי 0-0 בתום 90 הדקות. בדו-קרב בעיטות העונשין שנערך לאחר ההארכה הפסידה ספרד 5:3 והודחה מהטורניר.
לאחר ההדחה מהמונדיאל הודיע לואיס אנריקה על פרישתו מהנבחרת. בסך הכול, במשך 11 שנים, הופיע לואיס אנריקה ב-62 משחקים והבקיע 12 שערים, כולם במשחקים רשמיים.
קריירת אימון.
ברצלונה ב'.
בקיץ 2008 שב לואיס אנריקה לברצלונה. הוא מונה למאמן בקבוצת המשנה של המועדון, ברצלונה אתלטיק. ברצלונה אתלטיק עלתה בעונה שלפני כן מהליגה הרביעית לליגה השלישית תחת הדרכת המאמן ז'וזפ גוארדיולה, שמונה בעצמו לתפקיד מאמן הקבוצה הבוגרת. עונתו הראשונה כמאמן, עונת 2008/2009, החלה עם מספר קשיים והקבוצה אף הייתה במקום ה-19 מתוך 20 במהלך אוקטובר. אף על פי כן, הצליח לואיס אנריקה להדריך את הקבוצה במעלה הטבלה, והיא סיימה בעונה זו במקום ה-5, במרחק נקודה מפלייאוף ההעפלה להליגה השנייה. תחתיו בלטו בעונה זו שחקנים כגון פדרו, נוליטו, ז'פרן, טיאגו אלקנטרה, גיא אסולין ואנדראו פונטאס.
גם עונת 2009/2010 נפתחה עם מהמורות, וברצלונה אתלטיק הפסידה ב-3 מ-6 משחקי הליגה הראשונים. מנקודה זו יצרה הקבוצה רצף של 14 משחקים ללא הפסד, מתוכם ניצחה 12, ובזכות כך עלתה עד למקום ה-2. ברצלונה אתלטיק הצליחה לשמור על המקום ה-2 עד סוף העונה, ובזכות כך הגיעה לפלייאוף ההעפלה לליגה השנייה. הקבוצה גברה על 3 יריבותיה והיא הצליחה לשוב לליגה השנייה לאחר היעדרות של 11 שנים. בעונה זו נתן לואיס אנריקה תפקיד משמעותי לשחקנים כגון מרטין מונטויה, מארק בארטרה, פונטאס, סרג'י רוברטו, אוריול רומאו, נוליטו וג'ונתן סוריאנו, ולצד זה החל לשלב בקבוצה שחקנים כדוגמת ג'ונתן דוס סאנטוס ומארק מונייסה.
לקראת עונת 2010/2011 שונה שמה של קבוצת המשנה לברצלונה אתלטיק. לואיס אנריקה שמר על שלד הקבוצה ללא שינויים משמעותיים. הקבוצה פתחה את העונה היטב והייתה במקום ה-4 כעבור 11 מחזורים. אולם, בשלושת החודשים שלאחר מכן הצליחה הקבוצה לנצח פעם אחת בלבד מבין 12 משחקים והיא ירדה למקום ה-9. הקבוצה התאוששה ואף סיימה את העונה במקום ה-3 בליגה, הישג שיא בהיסטוריה של ברצלונה ב'. המקום ה-3 בליגה השנייה מוביל לפלייאוף העפלה לליגה הראשונה, אך החוקים בספרד לא מאפשרים לקבוצות משנה לשחק באותה הליגה כמו קבוצת האם ובשל כך גם להשתתף בפלייאוף. בנוסף לשחקנים שבלטו בעונת 2009/2010, ניתן למנות את כריסטיאן טייו שהצטרף לקבוצה בקיץ והחל להשתלב בה תחת הדרכתו של לואיס אנריקה.
רומא וסלטה ויגו.
לואיס אנריקה עזב את ברצלונה ב' בתום העונה, וביוני 2011 חתם על חוזה לשנתיים כמאמן רומא. תחילת דרכו במועדון הייתה קשה. רומא הפסידה בפלייאוף ההעפלה לליגה האירופית אחרי הפסד 1:0 בחוץ ותיקו 1:1 בבית. לואיס אנריקה ספג ביקורת על כך שהותיר את קפטן הקבוצה פרנצ'סקו טוטי מחוץ להרכב במשחק הראשון ובגומלין החליף אותו במהלך המחצית השנייה. המשך הדרך הוסיפה להיות מסובכת עבור לואיס אנריקה ועבור הקבוצה, שהתקשתה לנצח באופן עקבי. רומא הודחה מהגביע האיטלקי ברבע גמר על ידי יובנטוס ובליגה הגיעה למקום ה-7, שאינו מספיק במטרה להעפיל למסגרת אירופית כלשהי. לואיס אנריק החליט לעזוב את הקבוצה בתום העונה, על אף שנותרה עונה נוספת בחוזהו בקבוצה.
כעבור הפסקה של שנה, ב-9 ביוני 2013 התמנה לואיס אנריקה לתפקיד המאמן בסלטה ויגו, מהליגה הספרדית, שם עוזרו היה חואן קרלוס אונסואה. בקבוצה שיחקו תחתיו מספר שחקנים שאימן בברצלונה ב' – נוליטו, ראפיניה, אנדראו פונטאס, לצד מספר שחקני מפתח נוספים כגון צ'ארלס, פביאן אורייאנה, אוגוסטו פרננדס וגוסטבו קברל. לואיס אנריקה השתמש ברוב משחקיו בסלטה ויגו במערך 4-3-3. חציה הראשון של העונה הייתה קשה, והקבוצה אף הייתה במקום ה-18, שמוביל לירידה לליגה השנייה, כעבור 18 מחזורים. בחציה השני התגברה הקבוצה על הקשיים, ולקראת סוף העונה רשמה ארבעה ניצחונות רצופים, אחד מהם היה ניצחון 2:0 על ריאל מדריד שהתמודדה על האליפות. לבסוף, הצליחה סלטה ויגו לסיים את העונה במקום התשיעי בליגה.
ברצלונה.
ב-16 במאי 2014 הודיע לואיס אנריקה על עזיבתו את סלטה ויגו, על אף שנותרה שנה נוספת בחוזהו במועדון. זמן קצר לאחר מכן חתם לואיס אנריקה על חוזה לשנתיים כמאמן ברצלונה. גם בברצלונה השתמש לואיס אנריקה במערך 4-3-3, תחילה עם ליונל מסי בעמדת החלוץ המזויף, כשלאחר סיום השעייתו של לואיס סוארס הסיט את מסי לעמדת הקיצוני הימני, בה שיחק בתחילת הקריירה שלו, ואת סוארס הציב כחלוץ מרכזי. המערך אמנם נותר זהה לזה שהקבוצה שיחקה בו בשנים שלפני כן, אך הטקטיקה שלה השתנתה תחת לואיס אנריקה. המשחק התבסס על מסירות מהירות וארוכות יותר לעבר אחד משלושת שחקני ההתקפה – מסי, סוארס וניימאר, שהשתמשו במהירות ובזריזות שלהם על מנת לגבור על שחקני ההגנה שמולם וליצור הזדמנויות הבקעה.
פתיחת העונה של ברצלונה בליגה הייתה טובה, כשהיא לא ספגה ב-8 המחזורים הראשונים וניצחה ב-7 מהם, עד ההפסד בקלאסיקו לריאל מדריד ב-25 באוקטובר. לאחר תיקו עם חטאפה בדצמבר והפסד לריאל סוסיאדד בינואר, נקלעה הקבוצה למשבר, במהלכו פוטר המנהל הספורטיבי של המועדון אנדוני זוביזארטה והוכרזו בחירות לנשיאות המועדון בסוף העונה. מיד לאחר מכן החל רצף של 11 ניצחונות בכל המסגרות, שיא היסטורי של המועדון. בפברואר עקפה ברצלונה את ריאל מדריד בראשות הטבלה. היא הצליחה לשמור על המקום הראשון עד סוף העונה, ובזכות כך זכתה באליפות ספרד עם 94 נקודות לזכותה. בגביע המלך זכתה ברצלונה אחרי שניצחה את כל משחקיה בטורניר, כשבגמר ניצחה את אתלטיק בילבאו בתוצאה 3:1. אחרי שגברה בשלב הנוק-אאוט על מנצ'סטר סיטי, פריז סן-ז'רמן ובאיירן מינכן, ניצחה ברצלונה את יובנטוס במשחק הגמר בתוצאה 3:1, זכתה בליגת האלופות ובכך השלימה טרבל. הייתה זו הזכייה השנייה בטרבל בהיסטוריית ברצלונה.