בספטמבר 2015 החל גל טרור שהתאפיין בטרור יחידים שבוצע בעיקר באמצעות פיגועי דקירה ודריסה, אך גם בפיגועי ירי קטלניים. כדי להתמודד עם גל הטרור גויס לראשונה כל מערך המילואים של מג"ב בצווי 8. במסגרת ההתמודדות עם גל הטרור הוגדל מאוד מג"ב ירושלים וכוחותיו ביצעו פעילות יזומה רחבת היקף כדי לפגוע במחבלים. בנוסף, הוקמה במג"ב מפקדה משימתית של אנשי מילואים שמטרתה אבטחה של כביש 6 באזור מחוזות מרכז וחוף. הימ"מ ביצע פעולות רבות של מעצרים ויירוט מחבלים, שעליהן זכה לצל"ש מפכ"ל משטרת ישראל. פיגועים רבים בוצעו בגזרת ירושלים ואחד ממוקדי החיכוך העיקריים היה שער שכם. במהלך גל הטרור נטרלו שוטרי מג"ב מחבלים רבים והיוו את קו ההגנה האחרון אל מול המחבלים. במהלך גל הטרור נהרגו לוחם ולוחמת מג"ב בפיגועים ונפצעו עוד כמה. באמצע 2016 החל לדעוך גל הטרור, ורמת הטרור חזרה לרמה השגרתית.
גם בהמשך התמודד מג"ב עם הטרור הפלסטיני. בשנת 2017 נהרגו שלושה שוטרי מג"ב בפיגוע בשער שכם ובפיגוע בהר הבית. בחילופי האש שהתפתחו שוטרים הרגו את המחבלים.
לאור האיומים החדשים על מדינת ישראל נערכו במג"ב בשנים 2016 ו-2017 כמה שינויים ארגוניים, במטרה שיוכל לתת להם מענה יעיל יותר. בשנת 2016 הופרדה מפקדת מג"ב עוטף ירושלים ממג"ב ירושלים והפכה למרחב נפרד של מג"ב. בשנה שלאחר מכן אוחדו כמה יחידות ארציות של מג"ב והוקמה "החטיבה הטקטית", כוח שמתמחה בהתערבות מהירה באירועי טרור ובאירועי חדירת מחבלים לתוך שטח ישראל, ובנוסף, יועד לפעול במבצעים יזומים כנגד פשיעה חמורה.
בנובמבר 2020 שודרה בתוכנית המקור תחקיר בשם "כנופיית מג"ב" בו נחשפה חבורה של 5 חיילים במשמר הגבול שנהגו לתפוס שב"חים, לגנוב מהם סכומי כסף ולאחר מכן להכות אותם באלימות כדי שלא יתלוננו. הם צילמו סרטונים בהם הם נראים מרביצים, מתעללים ומשפילים פלסטינים שתפסו. הוגש נגדם כתב אישום. בעקבות התחקיר, מפקד משמר הגבול, ניצב קובי שבתאי, עצר באופן חריג את כל האימונים והקורסים כדי שכל שוטרי מג"ב יצפו בתחקיר וכתב כי "מחובתנו לעקור תופעות פסולות מהשורש ולהבטיח כי כל חריגה תטופל ביד קשה ובאפס סובלנות"... "כמי שמפקד על החיל בארבע השנים האחרונות וצמח מתוכו, אני מודה שמזה שנים רבות לא נראו אירועים חמורים כדוגמת האירוע הזה".
בעקבות המהומות בישראל (2021) הועברו מאות לוחמי מג"ב לעיר לוד וגויסו לוחמי מג"ב נוספים, לשם סיוע למשטרה בהשלטת סדר באזורי המהומות.
מבנה משמר הגבול.
משמר הגבול הוא חיל בעל מעמד של מחוז משטרתי, שבראשו עומד קצין בדרגת ניצב, הכפוף ישירות למפכ"ל המשטרה. החיל מחולק לעשר מפקדות: שבעה מחטב"ים (מפקדות חטיבה) מרחביים, החטיבה הטקטית, בה"ד מג"ב (בסיס הדרכה) והימ"מ. לכל אחת משש המחט"בים ישנה גזרה שעליה היא אחראית, בכפוף למפקד המחוז המשטרתי, או למפקד צה"ל באזור. במג"ב ישנם סוגים רבים של יחידות המתאימות למשימות המגוונות להן נדרש החיל, כמה מן היחידות נחשבות ליחידות מיוחדות.
מרחבי מג"ב ומפקדותיו.
מג"ב דרום.
בשנת 1954 הוקם גדוד 1 של מג"ב שמנה שתי פלוגות והיה אמון על שמירת הגבולות בגזרה הדרומית ביותר של מג"ב - אזור ירושלים. לאחר מבצע קדש ב-1958 פורק גדוד 1 והשוטרים שבו שולבו בגדוד 2, שהיה אחראי מאז גם על אזור הדרום וגם על אזור מרכז הארץ. בשנת 1969 הפך גדוד 2 למחט"ב מג"ב דרום והמשיך לפעול בגזרתו. בשנת 1994 פוצל מג"ב מרכז ממג"ב דרום ומאז שטח האחריות של מג"ב דרום הוא רק דרום הארץ, חופף לשטח מחוז דרום של משטרת ישראל, והוא הגדול בשטחו מבין מרחבי מג"ב. במרחב יחידות כפריות, סמ"ג יחידת שחר 101, ויחידת מסתערבים. מפקדת מרחב זו האמונה על פעילות מג"ב באזור הדרום, יושבת בבית גוברין. מפקד המרחב הוא קצין בדרגת ניצב משנה.
מג"ב עזה-רמון-ערבה.
בשנת 1989, בשל אירועי האינתיפאדה הראשונה, הוקם מחט"ב נפרד לאזור חבל עזה. במג"ב עזה פעלו מספר פלוגות ויחידת מסתערבים. בשל הלחימה העזה ברצועת עזה בשנות האינתיפאדה השנייה הוחלט להעביר את האחריות ברצועה על צה"ל ומג"ב עזה פורק ב-2003. כוחות מג"ב עזה עברו לגבול ישראל מצרים, נקראו מג"ב רמון ועסקו באבטחת גבול ישראל מצרים - מניעת הברחות והסתננויות. מג"ב רמון היה למג"ב ערבה בשנת 2008 ועבר לאבטח את גבול הערבה עד שפורק ב-2011.
מג"ב מרכז.
בשנת 1994 התחדדה מסקנה כי שטח מג"ב דרום רחב מדי ובשל כך פוצל מג"ב מרכז ממג"ב דרום והיה למחט"ב עצמאי. מג"ב מרכז אחראי על תחומי אחריות מג"ב באזור המרכז, בחופף לשטח מחוז מרכז ומחוז תל אביב של משטרת ישראל. מפקדתו יושבת בבסיס אייל. במחט"ב יחידות סמ"ג, יחידות שחר 101, יחידות כפריות, (שפלה ושרון) ימ"ר אלמוג (יחידה מרכזית) ופלוגה לאבטחת נציגויות בתל אביב (פלוגה י"ג). מפקד המרחב הוא קצין בדרגת ניצב משנה.
מג"ב צפון.
בשנת 1954 הוקם גדוד 3 של מג"ב שמנה שתי פלוגות והיה אחראי על הקטע הצפוני של גבול ישראל ירדן ועל גבול הצפון. בשנת 1969 הוקם על בסיס גדוד זה מחט"ב מג"ב צפון, שמאז ועד היום אחראי על משימות מג"ב באזור הצפון. שטח האחריות של מג"ב צפון חופף ברובו לשטח מחוז הצפון למעט רמת הגולן, בעבר היו פלוגות מג"ב שפעלו ברמה, אולם היום למעט מקרים חריגים אין פעילות של מג"ב בשטח זה. מפקדת מג"ב צפון יושבת בבסיס גן נר. במחט"ב יחידות כפריות ויחידת שחר 101. מפקד המרחב הוא קצין בדרגת ניצב משנה.
מג"ב חוף.
בשנת 2011, לצורך יצירת התאמה עם המשטרה הכחולה שהקימה את מחוז חוף פוצל מג"ב חוף ממג"ב צפון והפך למחט"ב עצמאי שמפקדתו יושב בחריש. מג"ב חוף אחראי על משימות מג"ב בשטח מחוז חוף. במחט"ב יחידה כפרית, סמ"ג, יחידת שחר 101 ומספר יחידות אבטחת מתקנים. מפקד המרחב הוא קצין בדרגת ניצב משנה.
מג"ב ירושלים.
בשנת 1976 כחלק מהערכות מחודשת של משמר הגבול, הוקם מג"ב ירושלים. המחט"ב אחראי על משימות מג"ב בשטח מחוז ירושלים ואף מעט מעבר לו, בשטחי עוטף ירושלים. מפקדת המחט"ב יושבת בבסיס יהודאי, סמוך למטה הארצי של המשטרה. מג"ב ירושלים הוא הגדול במרחבי מג"ב מבחינת מספר השוטרים. במחט"ב פלוגת בט"ש לעיר העתיקה (פלוגה ג'), יחידות 101 בט"ש, יחידת שחר 101, יחידת סמ"ג ויחידות כפריות. מפקד המרחב הוא קצין בדרגת תת-ניצב.
בשנת 2002 הוקמה בו מפקדת משנה: 'מג"ב עוטף ירושלים' העוסקת באבטחת השטחים שסביב לעיר ובאבטחת גדר ההפרדה, בשנת 2016, בשל הגודל הרב של מג"ב ירושלים והיקף פעילותו הופרדה מפקדת עוטף ירושלים ממג"ב ירושלים והפכה למפקדה נפרדת. בשנת 2013 הוקמה במסגרת מג"ב ירושלים 'תחנה ירוקה' - תחנת משטרה לה אחריות טריטוריאלית בשטח המועצה אזורית מטה יהודה המורכבת משוטרי מג"ב בלבד.
מג"ב עוטף ירושלים.
מג"ב עוטף ירושלים הוקם בשנת 2002 בשל אירועי האינתיפאדה השנייה, כדי להגיב בצורה יעילה לפיגועי הטרור והפרות הסדר. בשנת 2016 בעקבות גל הטרור הפלסטיני במסגרתו הוגדל מג"ב ירושלים והיקף הפעילות בו היה גדול, הופרדה מפקדת העוטף ממג"ב ירושלים והפכה למרחב עצמאי. במג"ב עוטף ירושלים פלוגות בט"ש רבות ומפקדתה יושבת בבסיס מצודת אדומים. מפקד המרחב הוא קצין בדרגת ניצב משנה.
מג"ב איו"ש (אזור יהודה ושומרון).
קצת לאחר מלחמת ששת הימים, בשנת 1967 הוקם גדוד 4 של מג"ב, שתפקידו היה להשליט סדר בשטחי יהודה ושומרון שנכבשו. הקמת הגדוד באה להחליף את כלל פלוגות מג"ב שנכנסו לשטחי יהודה ושומרון ופעלו שם מיד לאחר המלחמה ולאפשר להן לשוב לגזרותיהן. בשנת 1975 הפך גדוד 4 למחט"ב מג"ב איו"ש והמשיך בפעילותו בשטחי הגדה המערבית. כוחות מג"ב איו"ש כפופים לאוגדת איו"ש, לפיכך מג"ב איו"ש הוא מרחב מג"ב היחידי הכפוף לצה"ל ולא למחוז משטרתי, מסיבה זו אין במג"ב איו"ש יחידות המתעסקות בלחימה בפשיעה. שטח האחריות של מרחב זה הוא כמעט כל שטחי יהודה ושומרון, למעט שטחי מזרח ירושלים ועוטף ירושלים. במג"ב איו"ש פלוגות בט"ש רבות ויחידת מסתערבים. מפקדת המרחב יושבת בבסיס בית אל. מפקד המרחב הוא קצין בדרגת תת-ניצב.
החטיבה הטקטית של משמר הגבול.
בשנת 2017 הוקמה במג"ב חטיבה טקטית שמטרתה לתת מענה מידי ויעיל לאירועי טרור ופשיעה קשה בתוך שטח ישראל. ייעודה הוא לשמש ככוח התערבות מהיר, לסייע בביטחון הפנים, בבט"ש ובלוחמה בטרור, לטפל באירועי פח"ע ובההפרות סדר חריגות בעוצמתן, לאסוף מודיעין שדה אודות מחבלים ועבריינים, להיאבק בפשיעה החמורה, לעצור עבריינים מסוכנים ולסייע בעת הצורך ליחידות המשטרה האחרות. את החטיבה הטקטית הקימו על בסיס שתי היחידות הארציות של מג"ב להפרות סדר - ספיר וקורל, יחידת תצפיות, כלבנים ויחידות נוספות. מפקד החטיבה הטקטית הוא קצין בדרגת ניצב משנה.
בה"ד מג"ב.
עם הקמת משמר הגבול עברו שוטרי מג"ב הכשרה בבסיס האימונים של משטרת ישראל בשפרעם. ב-1964 הוקם לראשונה בסיס אימונים של מג"ב בראש העין. בתחילת שנות השבעים של המאה העשרים הוקם בסיס האימונים של מג"ב בבית חורון. למג"ב בסיס הדרכה נוסף, סמוך למעלה מכמש, המשמש כבסיס אימונים.
בבה"ד מג"ב מוכשרים לוחמי מג"ב, נערכים הקורסים החיליים של מג"ב כגון: קורס מכ"ים, קורס ימ"ס וקורס קציני מג"ב. בבה"ד ישנן כמה מגמות אימונים מתקדמות כגון מגמת לוט"ר ומגמת הפס"ד. הבה"ד הפעיל בעבר שתי יחידות מבצעיות: יחידות הפרות סדר ארציות (ספיר וקורל), אך יחידות אלו הועברו לחטיבה הטקטית של משמר הגבול. מפקד בה"ד מג"ב הוא קצין בדרגת תת-ניצב.
מטה מג"ב.