מאז עצמאותה מברית המועצות באוגוסט 1991, התפתחה וילנה במהירות והפכה לעיר מערבית לכל דבר.
כערים אחרות מתקופת ימי הביניים, התפתחה וילנה סביב לבניין העירייה. הרחוב הראשי, רחוב פיליס, מחבר את ארמון המושל עם בית העירייה. ממנו מתפצלים רחובות אחרים לשפע בתים עתיקים של עשירי העיר, כנסיות, חנויות ובתי מלאכה.
העיר העתיקה, מרכזה ההיסטורי של וילנה, משתרעת על 3.6 קמ"ר והיא בין הגדולות במזרח אירופה. בה מרוכזים רוב הבניינים בעלי החשיבות ההיסטורית ובהם מגדל גדימינאס וקתדרלת וילנה. העיר הוכרה כאתר מורשת עולמית של אונסק"ו ב-1994, ובשנת 1995 הוצב בה הפסל היחיד בעולם של פרנק זאפה, אשר פוסל בידי קונסטנטינאס בוגדנאס, שהתמחה קודם לכן בפיסול פרוטומות של לנין.
כלכלה.
וילנה היא המרכז המסחרי הגדול ביותר בליטא, ואחד מהמרכזים המסחריים הגדולים ביותר במדינות הבלטיות. על אף שהעיר היא ביתם של רק כ-15% מתושבי ליטא, היא מייצרת בערך 35% מהתמ"ג בליטא. בהתבסס על נתונים אלו, התמ"ג לראש בווילנה, על פי שווי כוח הקנייה, הוא כ-$33,100 בשנת 2005, שהוא מעל לממוצע האיחוד האירופי.
וילנה תרמה מעל ל-4.6 מיליארד ליטאס לתקציב הליטאי בשנת 2005, שהם מעל ל-37 אחוזים ממנו. קובנה, העיר השנייה בגודלה במדינה, תרמה לתקציב כ-1.5 מיליארד ליטאס בלבד. וילנה מקבלת חזרה כ-360 מיליון ליטאס מהתקציב, שהם כ-7.7% בלבד ממה שתרמה לו. נבדלות זו גורמת למספר סכסוכים בין העיר לממשלת ליטא מכיוון שווילנה דורשת לקבל החזר גדול יותר עבור ההון אותו תרמה.
בווילנה מתפתחת בשנים האחרונות תעשייה מקומית מתקדמת בתחומי הלייזר וביוטכנולוגיה שחלק ממוצריה מיוצאים למדינות אחרות.
תחבורה.
נמל התעופה הבינלאומי של וילנה הנמצא דרומית לעיר הוא הגדול ביותר במדינה ומשרת כ-2.9 מיליון נוסעים בשנה. מערכת התחבורה הציבורית בעיר עצמה מבוססת על מערכת קווים ענפה של אוטובוסים וטרוליבוסים המונעים באמצעות חשמל. על פי מחקר שנערך בשנת 2003 כ-45 אחוז מתושבי העיר משתמשים בתחבורה ציבורית, אחוז גבוה ביחס למדינות אחרות ביבשת אירופה.
יהדות וילנה - "ירושלים דליטא".
יהדות וילנה הייתה אחת הקהילות היהודיות החשובות בעולם, בגלל היותה בתקופות ארוכות מרכז דתי ותרבותי ליהודים שהשפיע גם על יהודים ממקומות אחרים. השפעתה של הקהילה חרגה מעבר לתחומי העיר. הייתה מרכז של תנועת "המתנגדים" שיצאו נגד החסידות, ומצד שני גם מרכז חשוב של ההשכלה היהודית שביקשה לשלב זהות יהודית עם רעיונות מודרניים, ומאוחר יותר גם מרכז חשוב לתנועת הבונד היהודית סוציאליסטית.
תחילתה של קהילת היהודים בווילנה במאה ה-16, במועד מאוחר יותר מקהילות יהודים בערי ליטא אחרות, שכן תושבי העיר התנגדו למתן זכות ישיבה ליהודים בעיר מחשש לפרנסתם. כתב זכויות שקיבלו תושבי ליטא מהמלך זיגמונט הראשון ב-1527 אסר על ישיבת יהודים בעיר ומסחר היהודים בה.
עם זאת, תושבי העיר לא יכלו לעצור את הצורך של דוכסי ליטא בבעלי ההון היהודים, במלווים, בסוחרים ובחוכרי המכס. בשנת 1551 התיר המלך זיגמונד-אבגוסט לשני סוחרים יהודים מקרקוב ומשפחותיהם לחכור בווילנה בתי מגורים וחנויות, לעסוק בה במסחר ובהלוואת כספים. היתר זה פתח את הדלת בפני הגירת יהודים נוספים לעיר. באופן זה התלקטו סביבם יהודים נוספים ויסדו את הקהילה.
בשנת 1592 היה כבר בית כנסת אחד בווילנה, והרחוב שלו נקרא "רחוב היהודים". בשנה זו גם התחוללו מהומות עת שהתושבים הנוצרים תקפו את בית הכנסת ואזורי היהודים, תוך גרימת נזקים גדולים.
המלך זיגמונד השלישי, מלך פולין נתן כתב זכויות ליהודים, לפיו הותר ליהודים לשכור ולקנות בתים בעיר, לסחור בה ולייסד מוסדות קהילה כבית עלמין ובית מרחץ. המלך גם אישר את בעלות היהודים על הנכסים שקנו ועל בית הכנסת. בפברואר 1663 קיבלה הקהילה היהודית כתב זכויות שהתיר לה לעסוק בכל ענפי המסחר שאינם מאוגדים בגילדות, אך הגביל את מושבם לאזורים מסוימים.
במחצית הראשונה של המאה ה-17 גדלה הקהילה עד לכ-3,000 איש (מתוך סה"כ 15,000), ברובם משכילים ואמידים שהגיעו מפראג, פרנקפורט ופולין. בשנת 1652 קיבלה הקהילה מעמד של "קהילה ראש בית דין" במסגרת "ועד ליטא". בשנת 1794, בעת המרד הליטאי כנגד רוסיה, השתתפו יהודים מהקהילה בקרבות ונתמכו בתרומות מקהל היהודים בווילנה. לאחר כיבוש העיר בידי הרוסים חל שיפור במצב היהודים בתחומי המסחר.
וילנה הפכה במאה ה-17 למרכז של לימוד תורה. מלומדים רבים נולדו או עברו אליה ובהם: ר' יהושע השל בן יוסף, שבתי הכהן (הש"ך), ר' משה בן ר' יצחק יהודה לימא ומאוחר יותר במאה ה-18 גם הרב אריה לייב שפירא (1701–1761), מחבר "נחלת אריאל" ו"מעון אריות" על מסכת סופרים ורבי ברוך כהנא "החריף" וצבי הירש קאידנובר, מחברי "ראש יוסף".
מעל כולם התנשא מאמצע המאה ה-18 הגאון מווילנה, שלו השפעה מכרעת על היהדות עד ימינו אלו. תלמידיו וממשיכיו הרבים הפכו את וילנה למרכז דתי ורוחני יהודי גדול (בעיקר של זרם ה"מתנגדים") עד שכונתה "ירושלים דליטא".
כוחם של ה"מתנגדים" בווילנה היה גדול, ובשנת 1772 הם אף פרסמו איסור ונידוי כלפי קהילת החסידים. עם זאת, ב-1798 אסר השלטון הרוסי על "קהל וילנה" להטיל קנסות ועונשים עליהם. לאחר מאסרו של שניאור זלמן מלאדי, מנהיג החסידים, חל משבר ביחסים בין החסידים למתנגדים, אך ה"קהל" החדש שנבחר ב-1799 כלל נציגים משתי הקבוצות, והחסידים הורשו להקים מסגרות קהילה משל עצמם.
במאה ה-19 החלה מסתמנת וילנה גם כמעוז חשוב של תנועת ההשכלה, וסופרים רבים קבעו בה את מושבם. מגמת ה"רוסיפיקציה" הממשלתית של היהודים רוכזה בווילנה, וב-1847 אף נוסד בה סמינר ממשלתי לרבנים, שהיה בהמשך למרכז פעילות סוציאליסטית יהודית.
בשנת 1881 התחוללו פרעות כנגד היהודים, אך הקצבים היהודים התארגנו להגנה והסגירו את הפורעים למשטרה. בשנת 1897 נמנו בווילנה 63,891 יהודים, כ 42% מתושבי העיר. בשל הצפיפות החלה מתגברת ההגירה מווילנה.
לקראת סוף המאה ה-19 התגברו בווילנה הזרמים הסוציאליסטיים היהודים, ונוסדה בה בשנת 1897 מפלגת הבונד, שווילנה הייתה למרכז פעולתה. גם הציונים קבעו את מרכזם בה, "חובבי ציון" נועדו בה, והמשרד הראשי של הארגון הציוני ברוסיה שכן בה עד 1911. שמריהו לוין נבחר כנציג וילנה ב"דומה" (הפרלמנט) הרוסי והרצל ביקר בה ב-1903 וזכה לקבלת פנים חמה.
בתקופת מלחמת העולם הראשונה ולאחריה סבלו היהודים בווילנה מהכיבוש הגרמני שחוקק חוקים מגבילים לאוכלוסייה, וכן מהמאבק בין הפולנים לליטאים על השליטה בעיר שגרם למהומות, בהן נהרגו גם 80 יהודים באפריל 1919 על ידי יחידות צבא פולניות. למרות הקשיים, בתקופה שבין שתי מלחמות העולם פרחה וילנה כמרכז תרבותי יהודי ונוסדה בה רשת בתי ספר ששפת הלימוד בהם הייתה עברית, ומכון מחקר לשפת היידיש ותרבותה.
באוקטובר 1939, מעט אחרי פרוץ מלחמת העולם השנייה, פלשה ברית המועצות לווילנה ומסרה אותה לליטא. יהודים רבים הגיעו אליה כפליטים מפולין המחולקת. ביוני 1940 סופחה ליטא כולה לברית המועצות וכתוצאה מכך נסגרו מוסדות ציוניים ויהודיים רבים, תוך הגליה של ציונים, בונדיסטים ויהודים אחרים שלא נשאו חן בעיני הקומוניסטים אל מחנות מעצר בברית המועצות. השלטון הקומוניסטי הגלה גם פולנים רבים למחנות מעצר. בתקופה זאת עדיין הצליחו ארגוני סיוע יהודיים לפעול בליטא כל עוד נמשך זרם הכסף מהמערב. הם ודיפלומטים זרים אף סיעו ליהודים בעלי אשרות מתאימות להגר משם. כך הצליחו אלפי יהודים, בהם תלמידי ישיבת מיר, לברוח מליטא אל המזרח הרחוק.
בספטמבר 1939 ברחה קבוצת חברי קן "השומר הצעיר" בוורשה לווילנה והצטרפה ל"ריכוז וילנה" במתכונת של קיבוץ. לאחר סגירת המוסדות הציוניים והיהודיים התפזר הריכוז וחבריו המשיכו בבריחתם לעומק ברית המועצות.
ב-24 ביוני 1941 לאחר שהחל מבצע ברברוסה כבשו הנאצים את וילנה מידי ברית-המועצות. יותר מכל סבלו מהכיבוש יהודי העיר. יהודי וילנה, מנו באותו זמן כ-80,000 איש. עוד בטרם רוכזו יהודי העיר וסביבתה בגטו וילנה, נרצחו כ 35,000 איש מהם בפונאר הסמוכה לעיר.
בינואר 1942 התאחדו היהודים הנותרים והקימו את "הארגון הפרטיזני המאוחד" (FPO) שפיקדו עליו אבא קובנר, יוסף גלזמן ויצחק ויטנברג על מנת להילחם בגרמנים בגטו. הארגון הצליח להשיג תחמושת, להוציא עיתון מחתרתי ולבצע מעשי חבלה, אך ב-5 ביולי 1943 נתפס ויטנברג על ידי משטרת הגטו היהודית אך שוחרר בפעולה צבאית של חבריו למחתרת והסתתר בגטו. הגרמנים הציבו אולטימטום להסגרתו, פן יחוסל הגטו כולו. ויטנברג הסגיר עצמו ולמחרת נמצא מת בתאו, על פי גרסתה של ציפורה (פייגלה) קופרברג (מילשטיין), הוא בלע כדור ציאניד שנמסר לו עוד בהיותו בגטו, ועל פי גרסה שנייה הוא מת בעינויים בידי אנשי הגסטפו. שאר אנשי הארגון החליטו להימלט ליערות.
באוגוסט 1943 גירשו הנאצים אלפי יהודים מגטו וילנה למחנות עבודה באסטוניה.
הנאצים החלו בחיסול הגטו ב-1 בספטמבר 1943. ראש היודנראט, יעקב גנס, הפציר בהם לעזוב ואכן כך היה. 15 ימים לאחר מכן הוא נרצח בידי הגסטפו לאחר שהואשם בסיוע ל-FPO. ה-FPO קרא בגלוי ליהודים להתקומם ולהתנגד לגירוש. באותה עת נותרו כ-12,000 יהודים בגטו. 3,700 יהודים גורשו בתחילת ספטמבר למחנות עבודה באסטוניה וכ-4,000, לסוביבור. ב-15 בחודש הוקף הגטו שוב וב-23 צוו היהודים להתכונן לגירוש האחרון. בסך הכול נספו כ-100,000 יהודים בגטו וילנה בתקופת השואה.