אחוז ההכרה בפליטים מאריתריאיה ומסודאן במדינת ישראל נמוך מאוד בהשוואה להכרה בהם במדינות אחרות. עם זאת, כאמור, ישראל העניקה למסתננים משתי המדינות "הגנה קבוצתית" במשך שנים, עד 2018, והעניקה מעמד של "תושב ארעי" לכאלף יוצאי דרפור. בדצמבר 2021 לאחר פסיקת בג"ץ בעתירת טאגאל נגד שר הפנים פרסמה רשות האוכלוסין בהתאם להוראת בג"ץ רשימה נוספת של 2426 אנשים יוצאי חבל דרפור הזכאים למעמד של תושב ארעי. בשווייץ, לשם השוואה, מעמד של מבקש מקלט מקבלים כ-35-55% מהאריתראים, הגנה משלימה מקבלים כ-25%, והחלטה שלילית המחייבת עזיבת שווייץ כ-20-25%.
הקמת גדר בגבול מצרים.
בינואר 2010 אישרה הממשלה את בנייתה של גדר גבול חלקית בין ישראל למצרים שכוללת חיישנים. העבודות על הגדר החלו בנובמבר 2010 והושלמו בסוף 2012 (למעט קטע מורכב מבחינה הנדסית, באזור אילת). עלותה המשוערת כ-1.5 מיליארד ש"ח. במהלך הקמת הגדר ירד במידה ניכרת מספר המסתננים, וההסתננות נבלמה כמעט לחלוטין עם השלמת הגדר.
פעולות בתחום הכלכלי.
ביוני 2013 אישרה הכנסת את החוק למניעת הסתננות (עבירות ושיפוט) (הוראת שעה), התשע"ג-2013, המגביל מסתננים בהוצאת רכוש וכסף מישראל, כדי "להביא להקטנת הכדאיות הכלכלית שבהסתננות ועל ידי כך לצמצם את התמריץ להסתננות לישראל, וכן לעודד מסתננים לצאת מישראל".
בהתאם ל, שנכנס לתוקף ב-1 במאי 2017, נדרשים מעסיקי מסתננים לנכות 20% מהשכר המשולם למסתנן, ולהפקידו, בתוספת הפרשת מעסיק של 16%, בקרן שאותה יקבל המסתנן רק כאשר יצא מישראל. ניתן יהיה לחלט חלק מהסכום שנצבר אם המסתנן לא יעזוב במועד שנקבע לו. בהודעת המדינה לבג"ץ ביוני 2019 נאמר שמספר המסתננים הדורשים את כספי הפיקדון עולה על ציר הזמן ושיש בכך ראיה לכך שהחוק מועיל לצמצום מספר המסתננים. באפריל 2020 ביטל בג"ץ ביטל את הסעיף בחוק המחייב הפקדת 20% משכר המסתננים בפיקדון. עם זאת, דחה בג"ץ את העתירה לבטל גם את חלקו של המעסיק בפיקדון.
מעצרים והגבלות תנועה.
בתחילת 2012 אושר בכנסת תיקון (מס' 3) לחוק למניעת הסתננות (עבירות ושיפוט). עיקר התיקון, שעניינו ההליכים המנהליים לטיפול במסתננים והחזקתם במשמורת, נקבע כהוראת שעה לשלוש שנים, עד ראשית 2015, כדי לבחון את השפעתו.
ביוני 2012 הודיעו ראש הממשלה ושר הפנים כי מעתה מסתננים שייכנסו לישראל יישארו במשמורת במתקן סהרונים ולא ישוחררו בדרום תל אביב כפי שהיה נהוג עד אז. במתקן שהו גם כמה ילדים לצד אמותיהם.
בספטמבר 2013 קבע בג"ץ כי החוק המאפשר משמורת של מסתננים במתקן סגור לתקופה של 3 שנים איננו חוקתי (בג"ץ אדם נגד הכנסת). בעקבות כך, אישרה הכנסת בדצמבר 2013 תיקון (מס' 4) לחוק למניעת הסתננות, במקום החוק שבוטל. לפי החוק החדש, ניתן לשים מסתננים שנכנסו לישראל לאחר תחילת החוק במשמורת למשך שנה. מסתננים שכבר נמצאים בישראל ניתן להעבירם למרכז שהייה שבו יסופקו להם תנאי מחיה, כולל שירותי בריאות, רווחה ודמי כיס. לצורך כך הוקם מתקן חולות, אף הוא בקציעות, שהחל לקלוט מסתננים שהועברו אליו מבית סוהר סהרונים. המתקן תוכנן להכיל בעתיד כ-9,000 מסתננים. השוהים בו קיבלו דמי כיס של 500 שקל בחודש. הם יכלו לצאת ממנו, אולם הוטל עליהם לחתום נוכחות שלוש פעמים ביום. חלק מהשוהים במתקן נטשו אותו כשהם יוצאים לצעדת מחאה ובהמשך הוסעו באופן מאורגן לירושלים. חלקם הוחזרו למתקן המשמורת סהרונים בשל הפרת כללי המשמעת.
סמוך לראשית 2014 החל משרד הפנים לזמן למתקן "חולות" גם מסתננים ותיקים השוהים בערים בישראל, שאשרת השהייה שלהם פגה. בעקבות כך פתחו אלפי מסתננים בינואר 2014 בשביתות ובהפגנות בתל אביב ומול הכנסת בדרישה שיוחל עליהם מעמד של פליטים בארגון ההפגנות השתתפו גם ארגוני סיוע ובפרט ארגון א.ס.ף, הקרן החדשה לישראל, שהעבירה כסף למימון הפגנת המסתננים בכיכר רבין, ורופאים לזכויות אדם. במהלך המחאה תועדו מקרים אחדים שבהם מסתננים שוברי שביתה הותקפו על ידי מסתננים אחרים ומקרים שבהם נמנע ממי שאינו נמנה עם הנהגת המחאה לדבר בפני התקשורת.
בעקבות עתירה לבג"ץ נגד תיקון מס' 4 קבע בג"ץ ב-22 בספטמבר 2014 כי גם תיקון זה אינו חוקתי וביטלו והורה לסגור את מתקן "חולות". בתגובה, אושר בכנסת ב-8 בדצמבר 2014 חוק המגביל את החזקת המסתננים במתקן חולות לתקופה של 20 חודשים וקובע כי חובת ההתייצבות לשוהים במקום תעמוד על פעם אחת ביום. בעקבות עתירה שהוגשה לו, קיצר בג"ץ את התקופה המרבית להחזקה במרכז השהייה ל-12 חודשים, וקבע ששוהים השוהים במרכז השהייה ביום מתן פסק הדין 12 חודשים או יותר, ישוחררו ממנו לאלתר.
הוצאות על הטיפול במסתננים.
מחקר של מרכז המחקר והמידע של הכנסת משנת 2017 אמד את ההוצאות של גופים ציבוריים על שהיית המסתננים בישראל לשנת 2016. לפי המסמך ההוצאות כללו 335 מיליון ש"ח מתקציב המשרד לביטחון הפנים. סכום זה כלל בעיקר את הוצאות ההפעלה של מתקני סהרונים וחולות וכן הוצאות של משטרת ישראל. עיריית תל אביב הוציאה באותה שנה 120 מיליון ש"ח על טיפול באוכלוסיית הזרים. הוצאות אלה כללו בין היתר שירותי טיפת חלב, מועדוניות, בינוי מעונות והפעלת גני ילדים. משרד הבריאות הקציב עבור שירותי רפואה לזרים 76 מיליון ש"ח. שירותים אלה כללו טיפולים בבתי חולים שהזרים סירבו לשלם עבורם, שירותים רפואיים הניתנים לזרים ללא עלות, הפעלת מרפאות ייעודיות לזרים בתל אביב במימון חלקי של המשרד ועוד. שני התקציבים האחרונים, של משרד הבריאות ושל עיריית תל אביב, מתייחסים לכלל הזרים ולאו דווקא למסתננים מאפריקה.
המסמך מציין כי לא ניתן להעריך הוצאות נוספות של הגופים האמורים ושל גופים ציבוריים אחרים, וכן עלויות כלכליות אחרות, כגון הורדת המשכורות של ישראלים המועסקים ברמות שכר נמוכות וירידת מחירי נדל"ן בשכונות המגורים.
עזיבת מסתננים בהסכמה וגירושם.
במאי 2012 פרסם משרד החוץ חוות דעת שלפיה אין מניעה לגרש את אזרחי דרום סודאן לארצם. ביוני אותה שנה הודיעה רשות ההגירה והאוכלוסין כי תרחיק כארבעת אלפים מסתננים - כאלף ושש מאות מתוך כאלפיים אזרחי חוף השנהב, כאלף וחמש מאות דרום סודנים וכאלף אפריקאים ממדינות אחרות. ב-7 ביוני 2012 התיר בית המשפט המחוזי בירושלים לגרש את אזרחי דרום סודאן חזרה לארצם, בהתאם להחלטת שר הפנים, אלי ישי, להפסיק את ההגנה הקולקטיבית עליהם. רשות האוכלוסין וההגירה הודיעה מיד לאחר פסק הדין, כי היא נותנת שבוע לאזרחים מדרום סודאן השוהים בישראל לעזוב את המדינה מרצונם, ושלושה ימים לאחר ההודעה החל מעצר של זרים מדרום סודאן. כאלף וחמש מאות אזרחי דרום סודאן הוחזרו לארצם, וחלקם סבל שם מסכנות שונות. לפי דיווח של ארגוני סיוע משנת 2013, תוך פחות משנה מתו כעשרים ילדים ומבוגרים מתוך המגורשים עקב מחלות מידבקות. על פי מקור שהובא ב"הארץ" כמאה מהמגורשים לסודאן נהרגו. הפרויקט הישראלי "Come True" מממן לימודים בתנאי פנימייה בבית ספר באוגנדה לילדים שמשפחתם גורשה לדרום סודאן.
נוסף לצעדים האמורים, הממשלה מעודדת את המסתננים לצאת מישראל על ידי מתן מענק כספי ליוצאים. סכום המענק לעוזבים מרצון הועלה לסך של 3,500 דולר וכן תשלום כרטיס טיסה. אלפי מסתננים עברו מרצון למדינות אפריקאיות, בפרט לרואנדה ולאוגנדה, שאיתן חתמה ישראל על הסכם. בפברואר 2014 עזבו 1,705 מסתננים את ישראל, לעומת 765 בינואר 325 בדצמבר ו-63 בנובמבר. ראש הממשלה בנימין נתניהו אמר כי רואנדה כבר קלטה 180 אלף מהגרים בחסות ובפיקוח האו"ם, שמחשיב אותה כאחת המדינות הבטוחות באפריקה.
לדברי יוסי אדלשטיין, ראש מנהל אכיפה וזרים, מבקשי מקלט שעוזבים מרצון לא נתקלים בקשיים במדינות החדשות שאליהן הגיעו. ולדבריו ישראל מנהלת בקרה מול כל מי שיוצא באופן ישיר ועל ידי נציגים שמגיעים למדינות הזרות ובודקים, כפי שהמדינה התחייבה בפני בג"ץ.
בכתבה ב"הארץ" משנת 2015 הובאו עדויות של מסתננים שהגיעו מישראל לרואנדה ולדבריהם הם שהו בה כמה ימים והוברחו משם, בהכוונת השלטונות, לאוגנדה. עד מחצית 2017 עזבו מרצון כ-25,000 מסתננים. לפי נציבות הפליטים של האו"ם, בין העוזבים לרואנדה נותרו בה רק כשבעה. בחדשות ערוץ 2 בדצמבר 2017 הובאו ראיונות עם של עוזבים שהצליחו להגיע לאירופה. בראיונות אלה, ובעדויות נוספות שנאספו, סיפרו על התעמרות שלטונות רואנדה בהם ולחץ לעזוב את המדינה. עוד תיארו כיצד לאחר שעזבו את רואנדה חוו בדרכם לאירופה קשיים שכללו הכאה, אונס ומוות. עם זאת, בית המשפט המחוזי בבאר שבע ובית המשפט העליון הטילו ספק במהימנות העדויות האמורות, וקבעו כי רואנדה ואוגנדה בטוחות. השופטת רחל ברקאי קבעה כי יש למצהירים אינטרס לטעון שאולצו לעזוב את המדינה השלישית כדי לקבל היתרי שהייה במדינות אחרות. נשיאת בית המשפט העליון, מרים נאור, כתבה בפסק הדין שכוונתם של רבים מהמורחקים הייתה מלכתחילה לצאת מהמדינה השלישית ולעבור למדינות מסוכנות, ומשבחרו לעשות כך פקעה אחריותה של מדינת ישראל. מדוח של ה-OECD וארגון העבודה העולמי עולה כי מהגרי עבודה מקבלים ברואנדה שכר מעל הממוצע, אך שיעור האבטלה שלהם גבוה מן הממוצע. נציבות האו"ם לפליטים ורואנדה אף חתמו בספטמבר 2019 על הסכם להעברת פליטים סודנים וסומלים מלוב למקום מבטחים ברואנדה. גל הפליטים הראשון שעבר לתחומי רואנדה מנה 66 בני אדם כולל נשים וילדים בדרגת סיכון ופגיעות גבוהה ביותר.