מלחמת העצמאות.
בפברואר 1948 הפך ארגון ההגנה לצה"ל. ברוקמן גויס לחיל הים ועל סמך הלימודים בבית הספר הימי והיותו מדריך ימאות ותיק קיבל דרגת סגן.
ברוקמן מונה לימאי הבכיר והאיש הטכני של יחידת החבלה הימית של הפלי"ם בשייח מוניס. במסגרת זו שוקם טורפדו ה"כריש".
בהמשך מונה ברוקמן למפקד כלי השיט הראשון של היחידה. סירת מנוע שהייתה שייכת בעבר למשטרת המכס של נמל חיפה. בסיס הספינה היה נמל תל אביב, והשם שנתנו לה
היה 'פוזה'. בתפקיד זה יצא ב-18 ביולי 1948 לחלץ גופות של אנשים שנרצחו בחוף הים של נבי רובין - כיום פלמחים. הנרצחים היו נוסעי מטוס פייפר שהגיע מבית הערבה, ונחת נחיתת אונס בגבעות בקרבת חוף הים.
יחידת סירות הנפץ.
באוגוסט 1948 הגיעו שש סירות נפץ מאיטליה. יוחאי בן-נון חזר לפיקוד יחידת החבלה. ברוקמן עלה עם היחידה שהתמקמה בטיילת בטבריה לצורך אימוני הפעלה. לצורך כסוי נקראה היחידה "סירות הצלה" וכאילו לחיזוק הכיסוי במהלך האימון נחת בדרום הכנרת מטוס ימי ישראלי. הסירות יצאו לחילוץ אך המטוס שקע והטייסים טבעו.
עם סיום האימונים תוכננה היחידה לעבור לנמל יפו. ברוקמן נשלח למספנת חיל הים בחיפה להכשיר אנייה שתוכל לקלוט על סיפונה את הסירות ולהתקין אמצעי הרמה והורדה עבורן. האנייה שנבחרה אח"י מעוז (ק-24) התאימה ליחידת החבלה, היות שהיה לה סיפון ירכתיים גדול ונמוך שאיפשר להעמיס ולהוריד את הסירות בקלות יחסית. ב-10 באוקטובר התקבלה הוראה להעביר את הסירות מטבריה ליפו ולהכינן לפעולה.
ב-21 באוקטובר התקבלה הוראה לחמש את סירות הנפץ ולהעלותן לאח"י מעוז (ק-24). בעת הפלגה דרומה התגלו שתי אוניות מצריות. ברוקמן היה בין חמשת הלוחמים שבחר יוחאי בן-נון לביצוע הפעולה. עוד לפני שהספיקו להוריד את הסירות לים התקבלה הודעת ביטול עקב ההפוגה שנכנסה לתוקפה ב-22 באוקטובר בצהריים. אבל מאוחר יותר התקבלה הוראה לתקוף את האניות בגלל הפרת ההפוגה על ידי המצרים.
בפעולה השתתפו 3 סירות נפץ וברוקמן נהג את סירת האיסוף. זלמן אברמוב וזאב ורדי תקפו את אל-אמיר פארוק ויוחאי בן-נון יצא לעבר שולת המוקשים כאשר ברוקמן בסירת האיסוף שט בעקבותיו. בסירת האיסוף היה גם יעקב ריטוב שתפקידו להרים בלולאת חבל תוך כדי נסיעה את הלוחמים מהמים. הלוחמים הראשונים פגעו בפארוק, והאנייה החלה לטבוע, ואולם משולת המוקשים כוונו זרקורים לכיוון סירת החילוץ ונפתחה ממנה אש מקלעים. הסירה של יוחאי בן-נון פגעה בשולת המוקשים והתפוצצה ותוך כמה שניות נאסף בן-נון וסירת האיסוף פנתה לכיוון הלוחמים
האחרים כדי לאסוף אותם. שולת המוקשים שהייתה בנויה מעץ סירבה לשקוע והמשיכה לירות לעבר שובל הסירה. ברוקמן שייט בזיגזגים והצליח להגיע
אל שני הלוחמים האחרים, שהיו מוקפים כבר במאות חיילים מצריים שקפצו למים מהפארוק.
הלוחמים עלו לסירה. המצרים חשבו שזו סירה שבאה לאסוף גם אותם והחלו לקרוא לעברם. ברוקמן השיט את הסירה עם כל הלוחמים לאח"י מעוז (ק-24) שהמתינה במקום ההורדה.
קורס סירות שני - בנובמבר 1948 מונה ברוקמן למפקד הקורס השני של לוחמי יחידת החבלה. גם הקורס הזה נערך בטבריה ונמשך חודשיים. בתחילת 1949 הגיעו עוד שש סירות מאיטליה, ועם סיום הקורס הוטל על ברוקמן לקלוט אותן ולהכין אותן לפעולה.
בחיל הים.
בסיס בעתלית - בחודשים יוני יולי 1949 התחילו לבנות ליחידה את הבסיס המרכזי בעתלית. ברוקמן מונה לקצין הטכני של יחידת החבלה. עם הצטרפות יחידת הצוללים קיבלה היחידה את שמה שייטת 13. ברוקמן קיבל על עצמו את התיאום של כל עבודות הבינוי לפי הצרכים המיוחדים של היחידה בבסיס שנבנה בעתלית וכן את הרכש בישראל ומחוצה לה ואת האחזקה השוטפת.
במסגרת אחריותו על רכש אמצעי לחימה, יצא ברוקמן בקיץ 1950, לאיטליה באניות חיל הים שיצאו להספנה ולתיקונים ורכש עבור הצוללים מכשירי צלילה דיסקרטיים מדגם קְרסי. מכשירים אלה שימשו שנים רבות את צוללי השייטת.
בשנת 1951, בנוסף לכל תפקידיו האחרים, עסק גם בהדרכת הלוחמים החדשים והוותיקים בימאות ושימש כמפקד ספינת האימונים אח"י דרור (מ-21). בספינה זאת ערך הפלגות אימון בחופי ישראל.
באזרחות.
בצי המסחרי.
ב־2 ביולי 1951, השתחרר ברוקמן מהצבא בדרגת רב-סרן. כמה חודשים אחרי השחרור
עלה כעובד מכונה על אחת מאניות צים שהפליגה לאנגליה במחשבה לראות שם את תערוכת הענק הבינלאומית אקספו. אך לפני הפלגת האנייה פרצה שביתת הימאים (1951) הגדולה בהנהגתם של רבי החובלים אייק אהרונוביץ' ונמרוד אשל, אנשי ההעפלה לשעבר. שערי הנמל היו סגורים. הימאים אפשרו לברוקמן לרדת בכבוד ולהגיע בזמן לחתונתו.
כמדריך ימאות.
בשנת 1952 עבד ברוקמן כשנה בהחבל הימי לישראל כרכז ימי מקצועי בכל הארץ. הדריך כיתות בבתי הספר ובאגודות הספורט הימיות ונעזר במדריכים מקצועיים בשכר שהדריכו בהשטת סירות משוטים ומפרש.
קבלן בנייה.
בסוף 1952אותה שנה ביקש שמשון ברוקמן את יצחק ברוקמן להצטרף ולעבוד יחד איתו. כקבלן עסק שמשון ברוקמן בהקמת מתקני דלק גדולים ובבניית מבנים למשרד הביטחון. בין היתר בנה אתמגדל הצלילה בבסיס השייטת בעתלית. שמשון ברוקמן בנה גם בתי מגורים שבאחד מהם גרה המשפחה.
באחת השבתות באוגוסט 1953, כשהיה ברוקמן בהפלגת אימונים במסגרת שירות מילואים, טבע אביו שמשון ברוקמן, כשניסה להציל בחורה שטבעה בחוף דדו בחיפה. הבחורה ניצלה אך שמשון ברוקמן טבע בגיל 51 . מפקד חיל הים שלח טרפדת בפיקודו של יוסף יריב כדי להחזיר את ברוקמן לישראל.
אחרי מות אביו לקח על עצמו ברוקמן את עול הפרנסה. המשיך את העבודות שהיו באמצע, טיפל בנכסים של אביו ובכל העניינים המשפחתיים. במקביל לעבודותיו פעל גם בשייטת 13 כמדריך לוחמים ונקרא למילואים כל שנה למשך ארבעים יום וכשהייתה מתיחות שירת גם תקופות ארוכות יותר.
ברוקמן עבד בכל חלקי הארץ בעבודות שיפוץ מכלי דלק גדולים ובעבודות בינוי אחרות
עבור משרד הביטחון. בשנת 1956 עבד בהקמת מתקני מפעל הפוספטים ליד מצפה רמון, ובין העבודות שביצע הייתה הרמתה והצבתה של ארובה בגובה חמישים מטר ומשקל שישים וחמישה טון. אמצעי ההרמה של אז היו דלים ביותר והצריכו תכנון מדויק ותושייה רבה.
בשנת 1958 התחילו לבנות את מתקני מסוף פי גלילות. ברוקמן ושותפו פסח בילו בנו את אחד המכלים הראשונים עם גג צף במסוף. בשנים שלאחר מכן המשיך בעבודות שונות כולל בניית תחנות דלק ומתקני דלק לחברות דלק שונות ולמשרד הביטחון.
בשנים 1965 עד פרוץ מלחמת ששת הימים היה בישראל מיתון והדבר השפיע לרעה על הכנסותיו של ברוקמן מעבודתו הקבלנית.
בשירות מילואים.
ב־15 בדצמבר 1960 במסגרת שירות המילואים קיבל ברוקמן כתב מינוי למפקד המחנה הקטן בשייטת 13.
כאשר פרצה מלחמת ששת הימים. גויס ברוקמן למילואים בשייטת 13 ונשלח לאילת, שם קיבל ספינת ברטראם, חוליית לוחמים מהשייטת התמקמו על ציודם בספינה. היו התרעות שמשחתות מצריות עומדות להגיע לעקבה או להפגיז את אילת. בסירה סיירו הלוך ושוב, עם שלוש סירות נפץ, מאילת עד הגבול ירדני סעודי וחזרה.
לקראת סוף המלחמה הצטרף לכוח בפיקודו של אל"ם אברהם בוצר ונכנס ראשון לשארם א-שייח'. ברוקמן נשאר מגויס כחודשיים וסייר עם סירת הברטרם בפיקודו בעיקר באזור שארם א-שייח'.
שדות הנפט בסיני.
באוגוסט 1967, לאחר שחרורו מהמילואים, הציעו לברוקמן מנהלי נתיבי נפט, החברה שהפעילה את השדה באבו רודס, לעבוד שם כקבלן בשיקום והפעלת מכלי הדלק שנפגעו בידי חיל האוויר בזמן המלחמה.
ברוקמן ושותפו פסח בילו עם צוות עובדים שיקמו ארבעה מיכלים גדולים, שיכלו לקלוט את תחילת הזרמת הדלק מהשדות הימיים והיבשתיים למיכלים. לאחר שיקום המכלים הציע המנכ"ל פרידמן לברוקמן הישאר בתפקיד סגן מנהל השדה והמנהל הטכני. המנהל הראשי של השדה היה אלישע רואי.
בניהול שדה הנפט באבו רודס ראה ברוקמן את השיא של עבודותיו הקבלניות. השדה היבשתי והימי מציב כל הזמן אתגרים טכניים קשים. בזכות עבודתו עם אביו שמשון ברוקמן בבניית מיכלים, קווים ומתקני דלק, נעשה בעל ניסיון עשיר, שגם העובדים האיטלקים והאמריקאים המנוסים ידעו להעריך.
ברוקמן הוסמך על ידי חברת הביטוח לויד להעביר דוברות מקידוח לקידוח. ידע להעביר דוברות זו ליד זו במרחק של חמישה מטר זו מזו, כדי שאפשר יהיה להניח משטח הליכה ביניהן ולעבור. הכניס לעבודה בשדה את שותפו ואנשיו מהחברה הקבלנית. באוגוסט 1968 סיים ברוקמן את עבודתו בנתיבי נפט וחזר להפעיל את החברה הקבלנית הפרטית.
הנצלה בנמל אילת.
ב-5 בפברואר 1970 חדרו צוללנים מצריים שיצאו מעקבה לנמל הצבאי באילת והצמידו מוקשי עלוקה לשתי אוניות וחמקו לעקבה בלי שיתגלו. אחת האניות הייתה הנחתת אח"י בת שבע והשנייה אניית האספקה אח"י בת גלים (ת-81).
ברוקמן שבאותה העת הייתה לו עבודה קבלנית בחברת קו צינור אילת אשקלון באילת. לתכנון החילוץ גויסו מהנדסי אניות מקרב מערך המילואים. את אח"י בת שבע הושטה על ידי צוותה לחוף הצפוני הרדוד. שם באמצעות מערכת גלגלות וכבלים ובעזרת ציוד מכני כבד. נמשכה מהים ליבשה. החילוץ ארך כחודשיים, וכל זאת במסגרת המילואים.
אח"י בת גלים (ת-81) שהייתה טבועה כליל והפוכה על צדה לא הסכים לחלץ במסגרת המילואים, אלא כקבלן של משרד הביטחון בשיטת . עבודת החילוץ של אח"י בת גלים (ת-81) ארכה למעלה משישה חודשים. במהלך עבודת החילוץ, ב-15 במאי 1970 פעלו החבלנים המצרים שוב באילת. הניחו מטעני חבלה בקרבת האונייה הטבועה עם מנגנוני השהיה. כשירדו הצוללים לעבודה, אירעו שני פיצוצים. צולל שהיה בקרבת המטענים נהרג ו-2 הצוללים שהיו בבטן האנייה נפגעו קל. אחרי האירוע נמשכה עבודת ההנצלה לאטום את אח"י בת גלים (ת-81)