בתחילת המאה ה-17 הופיע גורם חדש בזירה, ההולנדים. ב-1606 שלחה חברת הודו המזרחית ההולנדית צי בן 11 ספינות בניסיון משותף עם סולטנות ג'והור לכבוש את מלאקה. הם הטילו מצור על מלאקה, אך הפסיקו אותו כאשר הפורטוגזים שלחו צי בן 20 ספינות מגואה. בקרב הימי שהתפתח מול כף רשדו (Cape Rachado) שבסמוך למלאקה, איבד כל צד שתי ספינות, וההולנדים החליטו לסגת.
ב-1628 הצליחה סולטנות אצ'ה לכבוש את מלאקה, אך שנה אחר כך הצליח כוח משותף של הפורטוגזים וסולטנות ג'והור לכבוש מחדש את העיר, תוך הסבת אבדות כבדות לסולטנות אצ'ה.
ההולנדים לא ויתרו על תוכניתם לכבוש את העיר. ב-1619 הם הקימו את באטוויה (כיום ג'קרטה). היישוב הפך בהדרגה למרכז המסחר החשוב ביותר באזור, אבל קיומה של מלאקה מנע יצירת מונופול בתחום זה. ההולנדים גם חששו שגורם אירופאי נוסף ישתלט על מלאקה, ולכן תקפו שוב ב-1640. כמו בפעם הקודמת הם הטילו מצור על העיר, וכמו בפעם הקודמת הייתה סולטנות ג'והור בת בריתם כשהשלימה את המצור הימי של ההולנדים במצור יבשתי. ב-14 בינואר 1641, לאחר מצור ממושך בן 8 חודשים, כשהפעם לא בא איש לעזרם, נכנעו הפורטוגזים במלאקה.
לא נותרו כמעט מבנים מתקופת השלטון הפורטוגזי במלאקה, אך הנוכחות בת 130 השנים השאירה את חותמה בדרכים אחרות. המדיניות הפורטוגזית הייתה לעודד את המלחים והלוחמים לשאת נשים מקומיות, והמשפחות שהוקמו באופן זה יצרו קהילה נוצרית הקיימת עד ימינו, ומכונה קריסטנג (Kristang). בני הקהילה דוברים פורטוגזית, לחבריה שמות פורטוגזיים והם מתגוררים ביחד בפרבר של מלאקה.
"סג'אראה מלאיו" - "ההיסטוריה (של) המלאים" - "תולדות המלאים".
הספר המפורסם מאת תון סרי לאלאנג הוא ספור תולדות ממלכת מלאקה, אבל סביר שנכתב מחוץ לה, כי באותו זמן נשלטה המדינה בידי פורטוגל, שתי גרסאות נכתבו, הראשונה בשנת 1536 והשנייה בשנת 1612. הספר כתוב במאלאית קלאסית בכתב ג'אווי ונחשב לאחד מ 3 האוצרות הספרותיים הגדולים ביותר של השפה המאלאית.
שלטון הולנדי (1795-1641, 1825-1818).
תקופת השלטון ההולנדי הייתה תקופה רגועה בהשוואה לתקופת השלטון הפורטוגזי, בין השאר משום שההולנדים השכילו לקשור ברית עם סולטנות ג'והור, שהייתה האויב המר ביותר של הפורטוגזים. המושלים ההולנדים מטעם חברת הודו המזרחית ההולנדית עשו מאמצים להחיות את מלאקה כמרכז הסחר האזורי והבינלאומי, אך נסיונותיהם כשלו בשל התנגדות מנהלי החברה, שהתכוונו שמרכז המסחר של החברה יהיה העיר בטאוויה (כיום ג'קרטה) באי ג'אווה. בנוסף, נפגעה הכלכלה של מלאקה מהתחרות מול נמל המסחר של אצ'ה ומאוחר יותר מול נמל ריאו באי בינטאן (כיום באינדונזיה). התפקידים שמנהלי חברת הודו המזרחית ייעדו למלאקה היו לתת שירות למרכז בבטאוויה, לשמור על הביטחון במצר מלאקה, לשמר את הקשרים הדיפלומטיים עם השליטים המלאים, ולספק בדיל מהמכרות העשירים שבקרבת מלאקה עבור המסחר העשיר שבין מדינות אסיה.
העיר שגשגה למרות הפגיעה בכלכלתה. עדות לכך הם המבנים שנותרו עד ימינו. ב-1645 הקימו תושבים סיניים את מקדש צֶ'נְג הוּן טֶנְג (Cheng Hoon Teng), אחד המקדשים הסינים העתיקים ביותר במלזיה. ב-1650 הוקם "בית העירייה" (Stadthuys בכתיב הולנדי עתיק) עבור המושל ההולנדי וסגנו, ובין השנים 1741 ל-1753 הוקם בניין הכנסייה המרכזי (אז Bovenkerk - הכנסייה במעלה הגבעה בהולנדית, כיום כנסיית Christ Church), הכנסייה הפרוטסטנטית העתיקה ביותר במלזיה שעדיין פועלת.
מתחילת המאה ה-18 היגרו תושבים מדרום סולאווסי, שהייתה נתונה במלחמת אזרחים, למקומות שונים בארכיפלג, ובסופו של דבר התיישבו בתחומי סולטנות ג'והור. תושבים אלו השתייכו לעם הבוּגיס (Bugis) והיו ידועים בכישוריהם הימיים וביכולתם כלוחמים. הם התחזקו והפכו לשליטים האמיתיים של סולטנות ג'והור. ב-1756 פנה הסולטאן סולימאן (Sulaiman) אל ההולנדים במלאקה בבקשה לסייע לו במלחמתו בבוגיס והבטיח תמורה חומרית וסיוע צבאי אם ההולנדים יתקפו את הבוגיס במבצרם בלינגי (Linggi, כיום במדינת נגרי סמבילן). הבוגיס לא חיכו להולנדים ותקפו ראשונים. מלאקה הושמה במצור, והבוגיס שרפו בתים בפרברי העיר, ומדי פעם פרצו לעיר עצמה. באמצע 1757 הגיע הצי ההולנדי למלאקה ותקף בדצמבר את לינגי. הבוגיס נאלצו לחתום על הסכם שלום שכלל העברת חסות על שטחים בחצי האי המלאי לידי ההולנדים. העימות עם הבוגיס חזר 30 שנים אחר כך. בתקופה זו הפכו הבוגיס את נמל ריאו למרכז סחר משגשג באופיום, בדיל, בדים ופלפל שחור. ב-1784 הטילו ההולנדים מצור על ריאו ונסוגו לאחר 3 חודשים. בתגובה תקפו הבוגיס את מלאקה. הצי, בפיקודו של יקוב פיטר ואן ברם (Jacob Pieter van Braam), הביס את הבוגיס וגרש אותם מריאו.
בינואר 1795, לאחר שהצבא הצרפתי המהפכני נכנס להולנד, הוקמה בהולנד הרפובליקה הבטאווית על פי המודל של הרפובליקה הצרפתית. הסטאדהאודר, הנסיך וילם החמישי, נמלט לאנגליה והקים שם ממשלה גולה. ממעונו הזמני שבארמון קיו בלונדון כתב הנסיך סדרה של מכתבים למושלים של המושבות של הולנד ובו ביקשם "למסור את מושבותיהם לידי הבריטים לשם שמירה עד שהצרפתים יובסו". ב-15 באוגוסט 1795 הופיע צי בן 15 אוניות מלחמה בריטיות ובהן 3,500 לוחמים מול מלאקה. מפקד הצי, סיר הנרי ניוקומן (Henry Newcomen), העביר למושל מלאקה אחד ממכתביו של וילם החמישי וכן את הדרישה להיכנע. לאחר התנגדות סמלית קיבל אברהם קופראוס (Abraham Couperus), מושל מלאקה, את התביעה ומלאקה עברה לידי הבריטים.
הבריטים שלטו במלאקה עד 1818. מצבה הכלכלי של העיר הורע תחת השלטון הבריטי, מכיוון שהבריטים ידעו כי בסיום המלחמה עם צרפת הם יצטרכו להשיב את העיר לידי ההולנדים, ולא היה להם עניין בהשארת מתחרה כלכלי למושבה שלהם באי פינאנג. ב-1807 הורה מושל פינאנג לקפטן ויליאם פארקור (William Farquhar) להרוס את המצודה שנבנתה על ידי הפורטוגזים וחוזקה על ידי ההולנדים, ולפנות את כל 15,000 תושבי העיר לפינאנג. בהריסת המצודה השתתפו כמה מאות פועלים והיא כמעט והושלמה בשנת 1808. למזלם של בני מלאקה שהה אז בעיר סטמופרד ראפלס (Stamford Raffles), מייסד סינגפור לעתיד, בחופשת מחלה. הוא הצליח לבטל את הוראת ההרס ופינוי האוכלוסייה, כשקיבל לכך את הסכמתו של מושל הודו הלורד מינטו (Lord Minto). ההסכמה התקבלה מאוחר, וראפלס הצליח לשמר רק את השער של המצודה, ששרד עד ימינו.
ב-21 בספטמבר 1818 חזרה העיר לידי ההולנדים. שש שנים אחר כך חתמה הולנד על הברית האנגלית-הולנדית של 1824. על פי תנאי הברית ויתרה הולנד על כל נכסיה הטריטוריאליים צפונית למצר מלאקה (כולל מלאקה) בתמורה למושבה האנגלית בנקולן (Bencoolen, כיום בנגקולו - Bengkulu) באי סומטרה ומאחזים נוספים כמו האי סולטאנה ו"מבצר דייוויד הקדוש" שבו התחולל מרד נגד הבריטים. ב-8 באפריל 1825 חזרה מלאקה לידי הבריטים. כך מומש ההסכם.
ההולנדים שלטו במלאקה כ-160 שנים, יותר מאשר הפורטוגזים לפניהם והבריטים אחריהם, ועם זאת כמעט שלא הותירו חותמם על העיר. התרבות המלזית של ימינו (שפה, אדמיניסטרציה, חוקים) הושפעה הרבה יותר מהבריטים. כל שנותר מתקופה זו הם המבנים האדומים של "בית העירייה" וכנסיית "קרייסט צ'רץ" בכיכר ההולנדית של מלאקה, המושג "דוית" (Duit), כיום כינוי למטבע ולכסף במלאית שהיה במקור שמו של מטבע הולנדי של חברת הודו המזרחית ההולנדית שהיה סחיר גם במלאקה, וצאצאים של מתיישבים הולנדים שלא עזבו את העיר עם העברתה לידי הבריטים, או הצטרפו אליה מאוחר יותר כשהיגרו מציילון, אבל השפה השנייה שתושבי מלאקה דוברים (כמו שאר תושבי מלזיה) היא אנגלית ולא הולנדית.
שלטון בריטי (1818-1795, 1942-1825, 1957-1945).
מצב הכלכלה של מלאקה, שהחלה להידרדר עוד בתקופה ההולנדית (משום שההולנדים ריכזו את מאמציהם בבטאוויה- ג'קרטה), החמיר עוד יותר עם העברתה ב-1795 באופן זמני לידיים בריטיות. במקור התכוונו הבריטים להחריב את העיר על מנת למנוע תחרות עם פינאנג. הם ויתרו על תוכניתם, כאמור, בעקבות התערבותו של סטמפורד ראפלס, אבל גם כשקיבלו את העיר לידיהם באופן קבוע ב-1825 הם הגבילו את פיתוחה. הפקת משאבי הטבע של זהב ובדיל מהסביבה פחתה, והנמל של מלאקה איבד מחשיבותו, בייחוד לאחר שנפתח הנמל בסינגפור. ב-1826 חיברו הבריטים את מושבותיהם בפינאנג, מלאקה וסינגפור ויצרו את מדינת "מושבות המצרים" (Straits Settlements). פינאנג הייתה לבירת המושבה החדשה. ברבות השנים הלכה ופחתה חשיבותה של מלאקה. סינגפור, לעומת זאת, הלכה והתפתחה, וב-1832 הועברה אליה בירת המושבה. מושבות המצרים היו תחת שליטתו של המושל הכללי של הודו שבקולקטה, אך ב-1867 הופרדה המושבה מהודו והוכרזה "מושבת כתר" בשליטה ישירה של משרד המושבות בלונדון. מלאקה הפכה לעיר קטנה נידחת, למעט תקופה קצרה בתחילת המאה ה-20 כשגומי הפך לזמן מה למוצר חשוב מאוד, ולכן הנמל במלאקה (הקרובה למטעי הגומי) שגשג לתקופה קצרה. תושבי העיר היגרו לסינגפור ולקואלה לומפור, עיר שנוסדה ב-1850, אבל כבר ב-1896 הייתה לבירת פדרציית מדינות מלאיה.
במהלך מלחמת העולם השנייה כבשו היפנים את מלאקה ב-15 בינואר 1942. יחסם לאוכלוסייה המקומית המלאית היה סביר, זאת בניגוד ליחסם לתושבים ממוצא סיני בהם ראו אויבים בפוטנציה, והם דיכאו ביד קשה ניסיונות התמרדות. היפנים במלאקה נכנעו יחד עם כל הארמייה ה-7 ששלטה במלאיה ובבורנאו ב-15 באוגוסט 1945, לאחר הטלת פצצות האטום על הירושימה ועל נגסאקי.