רוב ההיסטוריונים מותחים ביקורת קשה על דייוויס על האסטרטגיה הצבאית הפגומה שלו, על בחירת ידידיו לתפקידי פיקוד צבאיים ועל ההזנחה מצדו של המשברים בעורף. עד השלבים האחרונים של המלחמה הוא התנגד למאמצים למנות מפקד עליון לצבא שימלא את התפקידים הללו בעצמו. "רוב מפקדי צבאו, אנשי הקונגרס והציבור הרחב תיעבו אותו, עוד לפני שהקונפדרציה מתה במשמרת שלו", והגנרל בורגארד כתב: "אם הוא היה מת היום, כל המדינה תשמח על כך".
ב-31 בינואר 1865 מונה לי לתפקיד זה, אך היה זה כבר מאוחר מדי. דייוויס התעקש על אסטרטגיה שתנסה להגן על כל הטריטוריות של הדרום במאמץ שווה לכאורה. גישה זו גרמה לדלדול המשאבים המוגבלים של הדרום והפכה אותו פגיע למתקפות אסטרטגיות משולבות של הצפון בזירה המערבית הרגישה, הווה אומר, כיבושה של ניו אורלינס בראשית 1862. דייוויס קיבל החלטות אסטרטגיות נוספות שהיו שנויות במחלוקת, כמו האישורים שנתן ללי לפלוש לצפון ב-1862 וב-1863 בשעה שהארמיות המערביות היו תחת לחץ עצום. כאשר נחל לי תבוסה בגטיסברג, נפלה גם ויקסבורג בו-זמנית והאיחוד השיג את השליטה על נהר המיסיסיפי ופיצל את שטחה של הקונפדרציה. בוויקסבורג, הכישלון לתאם את פעולתם של כוחות רבים משני עברי הנהר נגרם בעיקר בשל חוסר יכולתו של דייוויס לגרום למחלקות הממשל שלו לעבוד בשיתוף פעולה או לאלץ גנרלים כמו אדמונד קירבי סמית', ארל ואן דורן ותאופיליוס ה. הולמס, לשלב ידיים לטובת המאמץ המלחמתי. למעשה, במהלך השלבים המאוחרים של מערכת פרנקלין-נאשוויל, הזהיר דייוויס את בורגארד שקירבי סמית' לא ישתף פעולה עם שום הצעה שתועלה על ידו.
דייוויס הואשם בניהול גרוע של הגנרלים שלו ובתיאום לקוי ביניהם. זה כלל את אי רצונו לפתור את העימותים בין ליאונידס פולק, ידיד אישי שלו, לבין ברקסטון בראג, שהובס בקרבות חשובים ואיבד את אמון פקודיו. באותו אופן הוא היסס להרגיע את ג'וזף א' ג'ונסטון המוכשר אך הזהיר יתר על המידה, עד אשר לאחר כמה אכזבות שפורטו במכתב שהוא שלח ב-1 במרץ 1865 לקולונל ג'יימס פלאן ממסיסיפי, הוא החליפו בג'ון בל הוד, בן מדינתו קנטקי, שהיה שותף להשקפותיו של דייוויס על מדיניות צבאית תקיפה.
דייוויס נשא נאומים בפני החיילים ובפני פוליטיקאים, אך בדרך כלל הוא התעלם מפשוטי העם, שהתמרמרו על ההעדפה שהוא הפגין כלפי העשירים ובעלי הכוח. כך כשל דייוויס ברתימתם לטובת הלאומיות של הקונפדרציה. אחד ההיסטוריונים מדבר על "ההתערבות הקשה של ממשלת הקונפדרציה". ההתערבות בכלכלה, בחקיקה ושליטת המדינה בכוח האדם, בייצור ובמערכת התחבורה היו בדרום בהיקף רחב יותר בהשוואה לאלו שבצפון. דייוויס לא עשה שימוש במעמדו כנשיא כדי להוביל את האנשים ברטוריקה שתעורר אותם. תחת זאת הוא קרא לאנשים להחזיק בגישה פטליסטית ולהקריב את חייהם למען ארצם. חוץ ממסע של חודשיים ברחבי הקונפדרציה בו הוא פגש מאות אחדות של אנשים, נישאר דייוויס במשך כל תקופת כהונתו בריצ'מונד, שם היו איתו במגע מעט מאוד אנשים. לעיתונים בדרום הייתה תפוצה מוגבלת ורוב תושבי הקונפדרציה לא קיבלו הרבה מידע אודותיו.
כדי לממן את המלחמה, מכרה בתחילה ממשלת הקונפדרציה איגרות חוב, אך היקף ההשקעה של הציבור בהן לא ענה אף פעם על הדרישות. בטקסס היקף גיוס הכספים היה בשפל וההשקעות מאירופה היו גם הן בלתי מספיקות. עם התקדמות המלחמה, הן ממשלת הקונפדרציה והן המדינות עצמן הדפיסו יותר ויותר שטרות כסף. האינפלציה זינקה משיעור של 60% ב-1861 ל-300% ב-1863 ול-600% ב-1864. נראה היה שדייוויס לא עמד על חומרת הבעיה.
באפריל 1863 גרם המחסור במזון למהומות בריצ'מונד, בהן העניים שדדו ובזזו מזון ממספר רב של חנויות עד שדייוויס נשבר והשיב את הסדר על כנו. דייוויס וסגנו נטרו איבה זה לזה, וחמור מכך, הוא התעמת עם מושלי המדינות רבי הכוח שהביאו את זכויות המדינות כטיעונים לעיכוב שיתוף המיליציות שלהם ועצרו את תוכניות הגיוס.
יעילותו של דייוויס כמנהיג מדינה במלחמה הוערכה כלקויה בהשוואה לזו של לינקולן, אף על פי שלדייוויס היה ניסיון צבאי רב יותר בהשוואה ליריבו. דייוויס היה מעדיף להיות גנרל בצבא ולרוב הוא ניהל את העניינים הצבאיים בעצמו. לפי אחד ההיסטוריונים השניים פעלו בדרכים שונות לחלוטין:
לניצחון האיחוד על הקונפדרציה היו גורמים רבים ודייוויס הבין כבר מההתחלה שהדרום היה בעמדת נחיתות, אך בסוף, לינקולן תרם להשגת הניצחון בעוד שדייוויס תרם לתבוסה.
ימי הקונפדרציה האחרונים.
במרץ 1865 הוצאה פקודה כללית מספר 14 לגיוס העבדים לצבא, עם הבטחת חירות תמורת שירות. הרעיון הועלה כבר שלוש שנים קודם לכן, אך דייוויס לא יישם אותו עד השלבים האחרונים של המלחמה ומעט מאוד עבדים גויסו.
ב-3 באפריל, כשכוחות צבא האיחוד בפיקודו של יוליסס סימפסון גרנט היו מוכנים לכבוש את ריצ'מונד, נמלט דייוויס לדנוויל, וירג'יניה, יחד עם שרי הקבינט. ארבעים שעות לאחר מכן הגיע לינקולן ללשכתו של דייוויס בריצ'מונד. מה-3 ועד 10 באפריל הוא השתכן במעונו של ויליאם סתרלין. ב-12 באפריל לערך הוא קיבל לידיו את מכתב הכניעה של רוברט א. לי. הוא הוציא את הכרזתו הרשמית האחרונה כנשיא הקונפדרציה ויצא דרומה לגרינסבורו שבקרוליינה הצפונית.
לאחר כניעתו של לי, נערכה אספה ציבורית בשריבפורט שבלואיזיאנה ובה תמכו רבים מהדוברים בהמשך המלחמה. הוכנו תוכניות להימלטות ממשלתו של דייוויס להוואנה, קובה, שם היו אמורים מנהיגי הקונפדרציה להתארגן מחדש ולהגיע לאזור שבשליטת הקונפדרציה שמעבר לנהר המיסיסיפי דרך ריו גראנדה. אף אחת מהתוכניות הללו לא יושמה.
ב-14 באפריל נורה לינקולן ומת ביום המחרת. דייוויס הביע צער על מותו. מאוחר יותר הוא אמר שהוא האמין שלינקולן היה נוקשה פחות כלפי הדרום בהשוואה ליורשו, אנדרו ג'ונסון. לאחר מכן הכריז ג'ונסון על פרס של 100,000 דולר על לכידתו של דייוויס והוא האשים אותו בסיוע לתכנון הרצח. כשהמערכת הצבאית של הקונפדרציה נכנסה לאי-סדר מוחלט, החיפושים אחר דייוויס התחדשו ביתר שאת.
ב-5 במאי 1865 קיים הנשיא דייוויס פגישה אחרונה עם חברי הקבינט בוושינגטון, ג'ורג'יה ופיזר את הממשלה באופן רשמי. הפגישה התקיימה בבית הרד, ששימש כסניף המקומי של בנק ג'ורג'יה, ובה נכחו 14 פקידי ממשל. ב-10 במאי נעצר דייוויס על ידי כוחות האיחוד באירווינוויל שבג'ורג'יה יחד עם ורינה רעייתו ובני לווייתו.
ורינה דייוויס תיארה את נסיבות המעצר של בעלה: "רק יום קודם לכן תקף האויב את המחנה שלנו כשהם צורחים כמו שדים... התחננתי לפניו שיאפשר לי לכסות אותו במעיל גשם גדול שלעיתים קרובות שימש אותו כאשר חלה במהלך הקיץ ושקיוויתי שהוא יוכל לכסות בו את עצמו באפרוריות הבוקר כך שלא ניתן יהיה לזהותו. כאשר הוא פנה לדרכו זרקתי על ראשו צעיף שחור קטן שהיה על כתפי והוא אמר שהוא לא מצא את כובעו. שלחתי אחריו את המשרתת שלי עם דלי מים מתוך תקווה שהוא לא יזוהה".
בעיתונות נפוצו דיווחים שדייוויס נמלט כשהוא מכוסה במעילה של רעייתו. ידיעות אלו הובילו לשמועות שהוא ניסה להימלט כשהוא לבוש בבגדי אישה, שהעניקו השראה לקריקטורות שבהן הוא הופיע כך. יותר מארבעים שנה לאחר מכן נטען במאמר בעיתון The Washington Herald שצעיפה הכבד של ורינה דייוויס הונח על בעלה שהיה "תמיד רגיש לאוויר קר", כדי להגן עליו מ"האוויר הקר של שעות הבוקר המוקדמות" על ידי העבד ג'יימס הנרי ג'ונסון, משרתו האישי של דייוויס ושל משפחתו במהלך המלחמה ואחריה. בינתיים הוסעו חפציו האישיים של דייוויס ברכבת לסדר קי, פלורידה. בתחילה הם הוסתרו באחוזתו של הסנאטור דייוויד לוי יולי ולאחר מכן הועברו להשגחתו של סוכן חברת הרכבות בוולדו. ב-15 ביוני נלקחו מסוכן זה חפציו של דייוויס על ידי חיילי צבא האיחוד יחד עם כמה מתיקי המסמכים של ממשלת הקונפדרציה. במקום זה הוקם לוח זיכרון המתאר את האירוע. ב-1939 נפתח אתר ההנצחה לג'פרסון דייוויס כדי לציין את המקום בו דייוויס נשבה.
מאסרו.
ב-19 במאי 1865 נכלא דייוויס בפורט מונרו שעל חוף וירג'יניה. בהוראתו של הגנרל נלסון מילס, מפקד המבצר, הונחו אזיקים על רגליו. לדייוויס לא הותר לקבל מבקרים והוא לא הורשה להחזיק שום ספר למעט התנ"ך. מצב בריאותו החמיר והרופא במבצר התריע שחייו של דייוויס בסכנה, אך הוא המשיך להיות כלוא בתנאים אלו במשך כמה חודשים עד לסוף הסתיו של אותה השנה כאשר תנאי כליאתו שופרו. באמצע 1866 סיים גנרל מילס את תפקידו במקום והיחס לדייוויס שופר עוד יותר.
לאחר שלמד על דבר כליאתו של דייוויס, שלח לו האפיפיור פיוס התשיעי דיוקן שלו שעליו נכתבה הכתובת בלטינית "Venite ad me omnes qui laboratis, et ego reficiam vos, dicit Dominus" (פְּנוּ אֵלַי כָּל־הָעֲמֵלִים וְהַטְּעוּנִים וַאֲנִי אָנִיחַ לָכֶם, הבשורה על-פי מתי, 11, 28). נאמר שכתר קוצים הקשור לדיוקן זה נוצר על ידי האפיפיור, אך ייתכן שהכתר נוצר על ידי ורינה, רעייתו של דייוויס.