חלפו כ-20 שנה מאז תום הסדרה מקורית הפרולוג מראה לנו את בורוטו בן ה-16 וקאווקי נלחמים על סלעי ההוקגה וקונואה הרוסה קוואקי אומר לבורוטו שישלח אותו אל המקום שאליו שלח את ההוקגה השביעי וישמיד את עולם השינובים בורוטו שם את מגן המצח של סאסקה ואומר שהוא עדיין שינובי . בורוטו הגיבור הראשי מספר את סיפורו מה קרה 4 שנים לפני . נארוטו, שהגשים את חלומו להיות ההוקאגה נשוי להינאטה ולהם שני ילדים; כאשר הבכור מביניהם הוא בורוטו והקטנה היא הימאוורי. בתור יתום שלא זכה לדמות אב, נארוטו לא ממש יודע איך לתפקד כאבא ומעדיף במקום זאת להשקיע את עצמו בעבודת ניהול הכפר. כתוצאה מכך, בורוטו לא אוהב את זה שאביו הוא ההוקאגה. היחסים שלהם עכורים בהתחלה,אבל אחרי שבורוטו למד על עברו של אביו הוא התחיל לכבד אותו יותר כאשר נארוטו הראה כמה בורוטו חשוב לו, בורוטו רוצה להיות כמו יריבו של אביו סאסקה,לסאסקה וסאקורה יש בת שרוצה להיות ההוקגה. בניגוד לדור של נארוטו שגדל בקשיים ותקופות מלחמה שאילצו אותם להתחזק, דורו של בורוטו גדל בתנאים טובים ובתקופה של שלום ושגשוג, מה שמנע מהם את הדחף לנסות להתחזק ולהבין את ערכו של השינובי, מה שגורם להבדלים ברצונות ובפערי הכוחות בין הדור הישן לדור החדש. בבורוטו האויבים המרכזיים הם החייזרים משבט אוטסוצקי החייזר המרכזי הוא אישיקי אוטסוצקי שיוצא מג'וגן שהוא מנהיג הקארה.
דמויות ראשיות מנארוטו.
צוות 7
צוות 8
צוות 10
צוות גאי
נבלים.
אורוצ'ימארו - חברם לשעבר של טסונאדה וג'יראיה ותלמידו לשעבר של הירוזן סארוטובי (ההוקאגה השלישי). אורוצ'ימארו הוא נינג'ה מדען ששולט במאות ג'וטסויים. המגדר של אורוצ'ימארו אינו ברור אם כי מתייחסים אליו כבן. פיתח את הג'וטסו האסור הנצחי שבעזרתו הוא יכול להרוג אדם מסוים ולהשתלט על גופו כך שהוא לא מזדקן. הרג את הקאזקאגה הרביעי (אביו של גאארה) והתחזה אליו עד ההתקפה על כפר העלה הנסתר בנארוטו. הוא שולט חלקית בטכניקת האדו טנסיי בעזרתה הוא החזיר לחיים (באופן זמני) את ההוקאגה הראשון והשני שילחמו איתו נגד ההוקאגה השלישי, מה שהוביל לאיבוד ידיו ולהריגת ההוקאגה. בנוסף לכך הוא המאסטר של מאנדה, אחד מהסנינים האגדיים של כפר העלה הנסתר והנבל הראשי של הסדרה הראשונה. בעבר אורוצ'ימארו היה באקאטסוקי עד שאיטאצ'י סילק אותו מהארגון עקב ניסיון התנקשות בחייו. בבורוטו משמש כהורה למיטסוקי.
קאבוטו יאקושי - נינג'ה רפואי והעוזר של אורוצ'ימארו. גדל בבית יתומים בכפר העלה הנסתר, אבל אחר כך הוא נשלח לפעול בתור מרגל של הכפר, עד שהצטרף לאורוצ׳ימארו ועבד איתו על פיתוח טכניקות אסורות. אחרי שאורוצ'ימארו מת, קאבוטו הזריק לעצמו את התאים שלו ובכך קיבל את יכולותיו. הוא השלים את טכניקת האדו טנסיי ובעזרתה הוא החזיר לחיים דמויות רבות מנארוטו וביניהם מאדרה אוצ׳יהא.
חברי האקאטסוקי.
הידאן - נינג'ה מכפר המים החמים הנסתר וחבר באקאטסוקי. בן אלמוות המשתמש בדם היריב כדי להפעיל פולחן הפוגע ביריב אשר הדם שלו לקוח על ידו. מה שגורם לזה שאם הידאן פוגע בעצמו במקום מסוים בגופו גם היריב יפגע באותו המקום בגוף. הרג את אסומה סארוטובי על ידי כוחו. במהלך הקרב שלו מול שיקאמארו, שיקאמארו עבד עליו והביא לו את דמו של קאקוזו, חברו באקאטסוקי, וכתוצאה מכך קאקוזו נוטרל ושיקאמארו פוצץ את הידאן לחתיכות וקבר אותו.
קונאן - נינג'ה מכפר הגשם הנסתר והאישה היחידה שחברה באקאטסוקי. קונאן מומחית בשימוש בניירות אשר היא מחדירה לתוכם את הצ'אקרה שלה. מה שמאפשר לה לשנות את מבנה גופה לנייר, לפוצץ את הניירות שלה ועוד. קונאן הייתה חברה של יאהיקו ונאגאטו אשר למדה איתם אצל ג'יראיה כאשר הוא נסוג מקרב עם מנהיג כפר הגשם הנסתר, האנזו. קונאן הייתה אחת ממייסדי האקאטסוקי אשר שרדה זמן רב. מתה על ידי אוביטו אוצ'יהא.
דיידארה - נינג'ה בן 19 מכפר האבן הנסתר וחבר באקאטסוקי. שותפם לשעבר של סאסורי ושל טובי (אוביטו). דיידארה מומחה באלמנט האדמה ובחימר, יש לו פיות בכפות הידיים אשר מסייעות לו להכין את מה שהוא רוצה מהחימר שברשותו, הוא מסוגל לתמרן את הצ'אקרה הנמצאת בחימר לארבע רמות: C3, C2, C1 ו-C4. דיידארה נלחם נגד גאארה והביס אותו, וכתוצאה מכך, גאארה איבד את חייו (לכאורה) ונלקח ממנו האיצ'יבי (אחד הזנב). דיידארה התאבד בניסיון להרוג את סאסקה אך הוא זימן את מאנדה וניצל מהתאבדות שלו.
קאקוזו - נינג'ה מבוגר מכפר המפל הנסתר וחבר באקאטסוקי. שותפו לשעבר של הידאן. קאקוזו נלחם בעבר נגד ההוקאגה הראשון האשירמה סנג'ו והפסיד אך שרד. קאקוזו בעל 5 לבבות אשר מקנים לו חמש פעמים חיים (כלומר הוא מסוגל להיהרג אבל לשוב לחיים 5 פעמים). כל לב שלו שולט באלמנט אחר וקאקוזו עצמו שולט באלמנט האדמה. קאקוזו אף מסוגל לתפור איברים ולפצל את איבריו מגופו הראשי. קאקוזו נהרג על ידי נארוטו אשר ניסה עליו את טכניקת הראסנ-שוריקן החדשה שלמד.
סאסורי - נינג'ה מכפר החול הנסתר וחבר בכיר באקאטסוקי. שותפם לשעבר של אורוצ'ימארו ושל דיידארה. סאסורי גדל בעיקר אצל סבתו מכיוון שהוריו נרצחו על ידי אבא של קאקאשי, סאקומו, במהלך מלחמת הנינג'ות השלישית. סאסורי אהב מגיל צעיר לשחק עם בובות דמויות-אנוש ולשלוט בהם בג'וטסו מיוחד שלמד מסבתו, בגלל האהבה הזאת סאסורי התחיל לבנות עוד ועוד בובות (כמו הבובות של אביו ואימו) עד שהמציא את הבובות האנושיות, מדובר בעצם בגופות מתות אשר הוסבו לבובות אשר סאסורי מנפיש אותן ושולט עליהם ועל כל הטכניקות שאותו אדם למד במהלך חייו. בגיל 16 בלבד סאסורי חטף ורצח את הקאזהקאגה השלישי, שהיה החזק ביותר מבין הקאגה שהיו אי פעם בכפר והנפיש אותו לבובה אנושית. סאסורי נהרג על ידי סבתו, צ'יו, ועל ידי סאקורה בסוף קרב מתיש במיוחד.
קיסאמה הושיגאקי - נינג'ה חזק מכפר הערפל הנסתר וחבר בכיר באקאטסוקי. שותפו של איטאצ'י אוצ'יהא. קיסאמה הוא בעל חרב חזקה במיוחד בשם סמאהאדה השואבת צ'אקרה ויכולה להתמזג עימו ליצור חסר-מעצורים (מכאן כינויו: ביג'ו חסר-זנב). קיסאמה נחשב לחבר האקאטסוקי שיש לו הכי הרבה צ'אקרה מכולם (אפילו מנאגאטו\פיין). קיסאמה התאבד במהלך בריחה מיאמאטו.
פיין\נאגאטו - נינג'ה חזק ביותר מכפר הגשם הנסתר, חברם הטוב של קונאן ויאהיקו ומנהיגה השני של הארגון אקאטסוקי. נאגאטו הוא בעל עיני רינגאן אשר קיבל אותם ממאדארה אוצ'יהא בסוף מלחמת הנינג'ות השלישית, בעזרתן הוא מסוגל לתפעל ולשלוט בשש גופות מונפשות אשר בתוכן יש מקלות צ'אקרה (ביניהן הגוף של יאהיקו המתפקד כגוף הראשי של פיין) הנקראות שש דרכי הכאב (שזה באנגלית: Pain, מכאן השם פיין) לכל אחת מהגופות יש יכולת רינגאן אחת שונה, לדוגמה יש לפיין גוף אחד שמסוגל לזמן חיות לעזרתו של פיין. נאגאטו הוא בעל צ'אקרה גבוהה אשר הוא מחלק אותה בין שש הגופות של פיין באמצעות מקלות הצ'אקרה אשר הוא משדר אליהן צ'אקרה גבוהה. פיין הושמד על ידי נארוטו והקיובי ונאגאטו התאבד כדי להחזיר לחיים הרבה אנשים שמתו בשעת הפלישה של פיין אל כפר העלה ביניהם קאקאשי, אביו של צ'וג'י, שיזונה(=העוזרת של טסונאדה) ועוד.
איטאצ'י אוצ'יהא - נינג'ה חזק ביותר מכפר העלה הנסתר וחבר בכיר מאוד באקאטסוקי. שותפו של קיסאמה ואחיו הגדול של סאסקה. איטאצ'י עלה כבר בגיל 12 לדרגת אנבו הפועל ישירות תחת ההוקאגה השלישי. כשהיה בגיל 7 הוא עורר את השארינגאן ובגיל 13 הוא כבר עורר את המנגיקיו שארינגאן עקב מותו של חברו הטוב, שיסוי אוצ'יהא אשר נהרג בידי דאנזו (שאף לקח לשיסוי אוצ'יהא את המנגיקיו שארינגאן שלו). איטאצ'י מתואר כאחד מהחברים הכי חזקים באקאטסוקי, אך בגלל מחלתו הוא לא החזק ביותר. איטאצ'י הרג בפקודת הכפר את כל שבט האוצ'יהא (ביחד עם אוביטו שקרא לעצמו מאדארה באותו זמן). איטאצ'י נכנע למחלה שלו בזמן הקרב עם סאסקה והוא מת ליד אחיו. איטאצ'י חזר לחיים על ידי קאבוטו לאחר שהתבררה האמת עליו והצליח להינצל משליטת האדו טנסיי באמצעות עין המנגיקיו שארינגאן שקיבל משיסוי אוצ'יהא.
אוביטו (טובי\מאדארה) אוצ'יהא - נינג'ה חזק מכפר העלה הנסתר והמנהיג השלישי של ארגון האקאטסוקי. כשהיה קטן, אוביטו היה בצוות מינאטו ביחד עם קאקאשי ורין. במהלך משימה להציל את רין בשטח כפר האבן הנסתר שהייתה במלחמת הנינג'ות השלישית, אחד מהנינג'ות מכפר האבן מוטט עליהם את המערה שבתוכה רין הייתה שבויה וחצי מגופו של אוביטו נמחץ וקאקאשי איבד את עינו, לכן אוביטו נתן לו את עין השארינגאן השמאלית ובעזרת רין הם הצליחו להשתיל לקאקאשי את השארינגאן אך אוביטו ניצל ממוות על ידי זטסו השחור שבפקודתו של מאדארה הציל אותו ואז מאדארה שטף את מוחותיהם של הנינג'ות מכפר הערפל הנסתר שיחתמו ברין את הסאנבי, רין ידעה שברגע שתגיע לכפר הסאנבי ישתלט עליה ויגרום לה להרוס את הכפר והתאבדה בכך שרצה אל הצ'ידורי של קאקאשי, אוביטו שראה את זה נשבר באותו הרגע ונהיה נבל ומאז אוביטו מתחזה למאדארה מאחורי מסכת פנים. כאשר קאקאשי הרג בשוגג את רין וקיבל את המנגיקיו שארינגאן גם אוביטו קיבל מנגיקיו שארינגאן כי שתי העיניים הללו קשורות אחת לשנייה. אוביטו מסוגל (וגם קאקאשי) מסוגל בעזרת המנגיקיו שארינגאן לקחת חלקים מסוימים מגופו ולשגר אותם למימד אחר באופן זמני ובסוף שיפודן אוביטו הופך לג'ינצ'וריקי של עשרת-הזנבות (הג'ובי), נהרג על ידי קאגויה אוטסוטסוקי וזטסו השחור. אחרי שמת הוא נתן את עיני המנגיקיו שארינגאן שלו לקאקאשי ובכך קאקאשי היה יכול להפעיל לראשונה את הסוסאנו, בנוסף הוא קיבל מנגיקיו שארינגאן נצחי באופן חלקי.