תחת קמרון, זכתה מחלקת המלחמה בכינוי "בית המשוגעים" (lunatic asylum). המחלקה זכתה לכבוד מועט מאנשי הצבא ומפקידי הממשל ובאופן שגרתי הייתה התעלמות מסמכויותיה. הגנרלים של הצבא החזיקו בידיהם את עיקר נטל הסמכות המבצעית בצבא בעוד שהנשיא ומחלקת המלחמה התערבו רק במקרים יוצאים מן הכלל. למחלקת המלחמה היו גם יחסים מתוחים עם הקונגרס, במיוחד עם ג'ון פוקס פוטר, יושב ראש "הוועדה לנאמנות העובדים הפדרליים" של בית הנבחרים, ששאפה לסלק את אוהדי הקונפדרציה במוסדות הממשלה. פוטר דרבן את קמרון לסלק כחמישים עובדים שנחשדו באהדה לקונפדרציה, אך זה לא הקדיש לו שום תשומת לב.
ב-20 בינואר הושבע סטנטון לתפקידו. מיד לאחר מכן הוא פעל לשיקום היחסים בין הקונגרס לבין מחלקת המלחמה. ביומו הראשון לכהונתו הוא קיים פגישה עם פוטר ובאותו יום פוטרו ארבעה עובדים מהמחלקה. היה זה מספר נמוך לאין ערוך מחמישים האנשים שפוטר דרש את פיטוריהם קודם לכן, אך עדיין הוא היה שבע רצון. סטנטון נפגש גם עם הסנאטור בנג'מין וייד ועם הוועדה המשותפת של הקונגרס לניהול המלחמה שהוא עמד בראשה. הוועדה הייתה בעלת ברית חיונית ופורייה מבחינתו של סטנטון. הייתה לה סמכות לזמן עדים, ולפיכך היא הייתה מסוגלת להשיג מידע שסטנטון לא היה מסוגל לקבלו וכך התאפשר סילוקם של עובדים בעייתיים של מחלקת המלחמה. וייד והוועדה שמחו למצוא בעל ברית ברשות המבצעת והם קיימו פגישות עם סטנטון באופן תדיר מכאן והלאה. סטנטון ערך מספר שינויים ארגוניים במחלקת המלחמה. הוא מינה את ג'ון טאקר, שהיה מנהל בחברת הרכבת "פילדלפיה ורידינג" ואת פיטר ה. ווטסון, שותפו בתיק מק'קומריק נגד מאני, למזכיריו האישיים והרחיב את סגל המחלקה ביותר משישים עובדים. יותר מכך, סטנטון פנה לסנאט להשהות את המינויים לתפקידי קצונה בצבא עד שהוא יוכל לבחון יותר מ-1,400 איש שהיו מועמדים לקידום. עד אז, מערכת הקידומים בצבא הייתה מושחתת ואנשים שמצאו חן בעיני הממשל זכו בקידום, ללא קשר לסגולותיהם האישיות. שיטה זו הופסקה על ידי סטנטון.
ב-29 בינואר הורה סטנטון שכל החוזים עם יצרני ציוד עבור הצבא שמחוץ לארצות הברית יבוטלו ויוחלפו בחוזים עם יצרנים מקומיים. הוא גם הורה שלא יחתמו יותר חוזים עם יצרנים מחברות זרות. הוראה זו עוררה חששות בקבינט. הממלכה המאוחדת וצרפת רק חיפשו סיבה להכיר בקונפדרציה ולתמוך בה וההוראה הזאת של סטנטון סללה את הדרך לכך. מזכיר המדינה סיוארד סבר שהוראה זו תגרום ל"סיבוכים ביחסי החוץ". סטנטון התעקש והוראתו נותרה על כנה.
בינתיים, פעל סטנטון ליצור מערכת תחבורה ותקשורת יעילה בכל רחבי הצפון. מאמציו התמקדו במערכת הרכבות ובקווי הטלגרף. הוא פעל בשיתוף פעולה עם וייד לקדם את קבלת הצעת החוק בקונגרס שתגדיר את יכולותיהם של הנשיא ושל הממשל לתפוש בכוח קווי רכבת וטלגרף לצורכיהם. חברות הרכבות בצפון התאימו לצרכיה של הממשלה הפדרלית ברוב המקרים והחוק הופעל במקרים נדירים בלבד. סטנטון גם דאג להבטחת השימוש של הממשלה בטלגרף. הוא העביר את פעילות הטלגרפיה הצבאית ממפקדת הארמייה של מק'קלן למחלקת המלחמה, החלטה שלא הייתה לסבירות רצונו של הגנרל. צעד זה נתן לסטנטון שליטה הדוקה יותר על פעילות התקשורת של הצבא והוא ניצל זאת. הוא כפה על כל נציגי העיתונות לעבוד דרך עוזרו ווטסון, ולעיתונאים בלתי רצויים לא התאפשרה גישה לתכתובות ממשלתיות רשמיות. אם אחד מהעיתונאים הללו פנה לגורם אחר במחלקת המדינה הוא הואשם בריגול.
טרם כניסתו של סטנטון לתפקיד חילק הנשיא לינקולן את האחריות על ביטחון הממשלה כנגד בגידה ומעשים דומים לכמה מחברי הקבינט, בעיקר מזכיר המדינה סיוארד, שכן הוא לא בטח בתובע הכללי בייטס ובמזכיר המלחמה הקודם קמרון. תחת סטנטון, קיבצה מחלקת המלחמה לאחריותה את כל הסמכויות הנוגעות לביטחון הפנים. חלק מרכזי באסטרטגיה של סיוארד לשמירת ביטחון הפנים, היה ביצוע מעצרים שרירותיים וסטנטון המשיך בכך. הדמוקרטים מתחו על כך ביקורת חריפה, אך הנשיא לינקולן קבע שזו אחריותו העיקרית לשמור על טוהר המידות ועל ביטחון הממשלה, ושההמתנה עד שיבוצעו בפועל מעשי בגידה תגרום נזקים. בהוראתו של סטנטון החזיק סיוארד במעצר רק את העצירים שמהם נשקפה הסכנה הברורה ביותר ושחרר את האחרים.
הגנרל המפקד.
בסופו של דבר עייף הנשיא לינקולן מחוסר המעש של הגנרל ג'ורג' מקללן, בעיקר לאחר שהוראתו מה-27 בינואר 1862 לקדם מתקפה כנגד הקונפדרציה בחזית המזרחית הובילה לתגובה צבאית מועטה מצדו של מקללן. ב-11 במרץ שחרר הנשיא את מקללן מתפקידו כגנרל המפקד של צבא ארצות הברית, הותיר בידיו רק את הפיקוד על ארמיית הפוטומק והחליפו בסטנטון. צעד זה גרם לתהום עמוקה ביחסים בין סטנטון לבין מקללן והוביל את תומכיו של מקללן לנסות לשכנעו לטעון שסטנטון "חטף" את תפקיד הגנרל המפקד ושמזכיר המלחמה צריך להיות כפוף למפקדים הצבאיים. לינקולן התעלם מקריאות אלו והותיר את הסמכויות הצבאיות בידיו ובידי סטנטון.
בינתיים ביצע מקללן הכנות לפעולה הצבאית העיקרית הראשונה בחזית המזרחית, מערכת חצי האי. ב-17 במרץ החלה ארמיית הפוטומק בתנועה אל חצי האי וירג'יניה. הפעולה הראשונה במערכה הייתה ביורקטאון, וירג'יניה. לינקולן רצה שמקללן יתקוף את העיירה באופן מידי, אך סקירתו של מקללן את הביצורים של הקונפדרציה שם אילצה אותו להחליט על הטלת מצור על העיירה. הפוליטיקאים בוושינגטון זעמו על החלטתו של מקללן לדחות את המתקפה. מקללן מצדו ביקש תגבורות לצורך המצור, 11,000 איש מהדיוויזיה של ויליאם פרנקלין מהגיס של אירווין מקדואל. סטנטון רצה שהגיס של מקדואל יישאר כיחידה אחת ויצעד לריצ'מונד, אך מקללן התעקש ובסופו של דבר נעתר לו סטנטון.
המערכה שהוביל מקללן נמשכה כמה חודשים. אף על פי כן, לאחר שהגנרל רוברט אדוארד לי היה למפקד של כוחות צבא הקונפדרציה המקומיים ב-1 ביוני, הוא שיגר סדרה של מתקפות כנגד ארמיית הפוטומק, שבאותה עת הייתה ממוקמת קילומטרים אחדים מבירת הקונפדרציה, ריצ'מונד. בנוסף, סטנטון הורה למקללן להעביר את אחד הגיסות שלו מזרחה לטובת הגנתה של וושינגטון. מקללן והארמייה שלו נדחקו לנסיגה לכוון נקודת הנחיתה של האריסון בווירג'יניה, שם הם הגנו על ספינות התותחים של האיחוד. בוושינגטון, האשים סטנטון את מקללן בתבוסה בפני העיתונות והציבור. ב-3 באפריל השעה סטנטון את מאמצי הגיוס לצבא על סמך התרשמות שגויה שמערכת חצי האי של מקללן תגרום לסיום המלחמה. כאשר נסוג מקללן והאבדות במערכה החלו להיות כבדות, הצורך ביותר ויותר אנשים עלה באופן משמעותי. ב-6 ביולי, כאשר תבוסתו של מקללן בחצי האי הייתה ברורה, חידש סטנטון את מבצעי הגיוס, אך הנזק כבר נעשה. העיתונות, שזעמה על צעדיו הקיצוניים של סטנטון בנוגע לדיווח העיתונאי, שחררה את נחשול הביקורת כלפיו, והוסיפה את הסיפור על כך שהוא היה המכשול היחידי לניצחונו של מקללן.
מתקפות אלו הכאיבו לסטנטון, והוא שקל להתפטר, אך הוא נשאר בתפקידו על פי בקשתו של לינקולן. כשהתגבר הצורך בהגנה יעילה, ביקש לינקולן לתת פקודות לדיוויזיות המפורדות בווירג'יניה. הוא החליט לאחד את הפיקוד של כוחותיהם של הגנרלים אירווין מקדואל, ג'ון פרימונט ונתניאל בנקס לארמיית וירג'יניה, שעליה פיקד מייג'ור גנרל ג'ון פופ. לינקולן עצמו גם השתכנע שצבא הצפון זקוק לרפורמות בדרגות הגבוהות. הוא וסטנטון היו מפקדי צבא האיחוד בפועל ונשאו על כתפיהם יותר מדי, והיה ברור שלינקולן יזקק למפקד מיומן. הוא בחר בהנרי האלק. האלק הגיע לוושינגטון ב-22 ביולי וביום המחרת אושר מינויו לתפקיד הגנרל המפקד של צבא ארצות הברית.
התרחבות הלחימה.
בימים האחרונים של אוגוסט 1862 הנחיל הגנרל לי לאיחוד את תבוסתו השנייה בצומת מנסס בקרב בול ראן השני. הפעם ניצבו נגדו מייג'ור גנרל פופ וארמיית וירג'יניה. כמה אנשים, כולל מייג'ור גנרל האלק וסטנטון, סברו שלי ישים פעמיו לוושינגטון. תחת זאת פתח לי במערכת מרילנד. המערכה נפתחה ב-4 בספטמבר בקרב מייל היל, והמשיכה בקרב הארפרס פיירי. לינקולן, מבלי להתייעץ עם סטנטון, כנראה בשל ידיעתו שהוא יתנגד, מיזג את ארמיית וירג'יניה של פופ עם ארמיית הפוטומק של מקללן. עם 90,000 איש שעמדו לפקודתו, שיגר מקללן את הארמייה שלו לקרב אנטיאטם, בו הוא נחל הצלחה ודחק את ארמיית וירג'יניה הצפונית בחזרה לווירג'יניה ושם קץ ביעילות למתקפת מרילנד של לי. הצלחתו של מקללן בקרב אנטיאטם עודדה אותו לדרוש שלינקולן והממשלה יחדלו להפריע לתוכניותיו, שהאלק וסטנטון יפוטרו ושהוא ימונה לגנרל המפקד של צבא האיחוד. בינתיים, הוא סירב לפעול באגרסיביות כנגד לי וכנגד ארמיית וירג'יניה הצפונית, שביצעו נסיגה לכוון ריצ'מונד. בקשותיו הבלתי הגיוניות של מקללן המשיכו, כפי שהמשיכה הנרפות שלו, ועד מהרה פקעה סבלנותו של הנשיא כלפיו. ב-5 בנובמבר הוא הדיח אותו מהפיקוד על ארמיית הפוטומק וכמה ימים החליפו מייג'ור גנרל אמברוז ברנסייד. ברנסייד, לבקשתו של האלק, הגיש תוכנית לביצוע הסחה בקלפר ובגורדונסוויל שבווירג'יניה, בעוד שעיקר הכוח כבש את פרדריקסבורג, ואז נע לכוון ריצ'מונד. תגובתו של האלק נשלחה ב-14 בנובמבר: "הנשיא זה עתה נתן את הסכמתו לתוכניתך. הוא סבור שהיא תצליח, אם תנוע במהירות. ואם לא תעשה כן, היא תיכשל". קרב פרדריקסברג שבא אחר כך היה אסון, וארמיית הפוטומק הובסה בקלות.