עם זאת, כבר בתקופת התנ"ך מסופר על מספר נשים שמילאו תפקידי מפתח. דבורה הנביאה שהייתה שופטת; יעל אשת חבר הקיני שהרגה את ראש הצבא סיסרא; חולדה הנביאה שהייתה יועצת יאשיהו המלך; עתליה שמלכה ביהודה; אסתר המלכה שהצילה את עם ישראל מהשמדה המונית; במקורות מאוחרים יותר מסופר על יהודית שהרגה את ראש הצבא הולופרנס; שלומציון המלכה שמלכה לאחר מות בעלה; ובתקופת התנאים על ברוריה שהייתה תלמידת חכם והשתתפה בדיוני בית המדרש.
ההבדל המוטמע ביהדות בין המעמדים הנובע משני מקורות אלה מצומצם ברמות שונות ביהדות של ימינו, בעיקר בזרמים לא אורתודוקסיים, כגון היהדות הקונסרבטיבית והרפורמית. כמו בהקשרים רבים אחרים בהם נטען שישנה אפליה, יש הטוענים שביהדות אין מדובר כלל באפליה (יחס שונה למי שהם שווים ביסודם), אלא בהבחנה (יחס שונה למי שהם שונים ביסודם).
בתרבות המוסלמית.
חוקרי האסלאם חלוקים בשאלה האם התפשטות האסלאם ברחבי חצי האי ערב שיפרה את מעמדן של הנשים, ברור כי חוקי האסלאם יצרו האחדה במעמד הנשים. חוקרים בולטים הראו כי לפני תקופת האסלאם התקיימו רציחות נשים רבות, נישואי פוליגיניה בלתי מוגבלים ועוד. החוקר ויליאם מונטגמרי ואט טען כי עם התפשטות האסלאם נוצרו חוקים שהסדירו גירושין, השכלה לנשים, ירושה והחזקת רכוש ובכך שופר מעמד האישה. לצד אלו קיימים גם חוקרים המצביעים על כך שבתקופה הקדם-אסלאם היו אלות ממין נשי וטוענים כי היה קיים שוויון במעמדם של נשים וגברים.
ישנם מגזרים מוסלמים, כמעט כולם באפריקה, שבהם מקובל לבצע בגיל הילדות מילת נשים בצורות שונות. ניתוח זה פוגע ביכולת האישה ליהנות מיחסי מין. המנהג אינו מוסלמי במקורו, אינו מקובל (ובמקרים רבים אף מגונה) בפסיקה המוסלמית ואינו נהוג ברוב העולם המוסלמי.
הדת המוסלמית מתירה פוליגיניה (נישואין של גבר ליותר מאשה אחת), וכתוצאה מכך פוליגיניה מקובלת יותר בחברות מוסלמיות מאשר בחברות אחרות, אם כי רובם הגדול של קשרי הנישואין אצל מוסלמים הם מונוגמיים. על פי האסלאם נשים אינן יכולות לכהן בתפקידי מפתח ותפקידי מנהיגות וניהול ומוטלות עליהן הגבלות שונות, כיום הלכה זו במחלוקת בתרבות המוסלמית וישנן חברות מוסלמיות המתירות לנשים לכהן בתפקידים רמי דרג. האסלאם מטיל מגבלות על לבושן של נשים, על חופש התנועה שלהן ועל יכולתן ליצור קשר עם גברים שאינם בני משפחתם. טיבן המדויק של המגבלות משתנה בין חברות מוסלמיות שונות ובין פוסקי הלכה שונים.
במספר מדינות מוסלמיות, כגון איראן וערב הסעודית, ההבדל בין מעמד האישה למעמד הגבר ניכר. בערב הסעודית למשל אין לנשים זכות בחירה, הן זקוקות לאישור מגבר (בעל או קרוב משפחה) כדי ללמוד, לעבוד או אף לקנות כרטיס טיסה, ורק בראשית 2008, לאחר ויכוח ממושך, הוחלט להתיר להן לנהוג במכונית.
בתרבות הנוצרית.
בנצרות הקתולית והאורתודוקסית, קיימת מידה של אפליה בין נשים לגברים, אמנם בין קדושי הנצרות קיימות גם מספר נשים. אולם, אישה יכולה לשמש לכל היותר "אם מנזר" של נשים ומעבר לכך נחסמת דרכה בהיררכיה ואין לה אפשרות לעלות לדרגת איש דת או מטיף, עבור ציבור גברי. אם כי בטקסי הכנסייה לא חל איסור על ישיבה מעורבת של נשים וגברים.
המקור לכך נובע מהחטא הקדמון של חוה, התופס מקום חשוב בחשיבה הדתית הנוצרית. בתאולוגיה הנוצרית נעשתה דה-הומניזציה של נשים, והן נחשבו לשטניות וטמאות, שעיקר מטרת בריאתן היא להיות שליח השטן בפיתוי הגבר והסטתו מדרך הישר. זאת מאחר שכבר מראשיתה מתאפיינת הנצרות ביחס שלילי באופן כללי למיניות, כשהנישואים הנוצריים הם הרע במיעוטו. המודל הנשי הבסיסי הוא זה של חוה, כאשר גופה הנשי אחראי על החטא הקדמון, מיניותה יצרה חטא שרובץ על האנושות כולה. המודל האלטרנטיבי הקתולי הוא זה של מריה הקדושה, אישה שגופה אינו קשור למיניות, בתוליה הם המקור לכוח ועוצמה מאגית. קיום יחסים עם אישה אף במסגרת חיי משפחה, נחשב לחטא הפוגם בשלמותו של הגבר. הגבר האידיאלי היה הנזיר שמתגבר על יצרו ואינו נזקק לקיים קשר עם נשים, ואילו מי שנזקק אף אם הדבר נעשה באופן ממוסד, נחשב לאדם מסוג ב'. לפיכך נאסר, על כל מי שמקדיש את חייו לכנסייה לשאת אישה כל ימי חייו. חוקרים רבים טוענים, כי הסיבה ליצירת אלוהותו של ישו ולאמונה כי אמו הייתה בתולה, נובעת גם היא מהאפליה הנשית וכי לא ייתכן שישו ייוולד כתוצאה מחטא.
נשים רבות הועלו על המוקד על ידי הכנסייה, בשל סיבות שונות. בין אם הואשמו בכישוף ובין אם הואשמו באי קבלת מרות הכנסייה ובלבישת מכנסים כז'אן ד'ארק. יש הטוענים כי ציד המכשפות שנערך באירופה בתקופת ימי הביניים ולאחריה, היה לא יותר ממזימה של הכנסייה הקתולית, לחיסולן של נשים משכילות ודעתניות.
הכנסייה הפרוטסטנטית שראשיתה ברפורמציה של הנצרות, יצרה בעיה עבור נשים. מחד, היא סילקה את פולחן הקדושים, המנזרים והכרח הפרישות לאנשי הדת והכמורה, והתירה את הנישואין באופן גורף. אך עם זאת, נעלם ממנה המודל הנשי ה"טהור". נשים דתיות נותרו מקושרות אך ורק לחטא הקדמון ונחשבו עדיין כנוצריות וכיצורים מסוג ב'. הביטוי הגרמני ילדים, מטבח, כנסייה (בגרמנית "Kinder, Küche, Kirche") מסכם היטב גישה "מסורתית" זו.
הכנסייה האוונגליסטית ביצעה מהפך בתפיסת נשים ומיניות וביטלה כליל את האפליה. הדימוי הנשי עבר דה-סקסואליזציה, בטענה כי האישה כיפרה בחרטה על החטא הקדמון, ולכן אינה מינית אלא אם משפחה טהורה. מכאן לאישה עליונות מוסרית על הגברים. הדגש על עליונות מוסרית של נשים הפך אותן לפעילות מאוד מאז המאה ה-19. השינוי בדוקטרינה האוונגליסטית הביא ל"פמיניזציה של הדת" - נשים הפכו לממונות המוסר החברתי, לפעילות בקהילות הדתיות ורבות מהן משמשות כמטיפות וכנשות דת בכנסייה.
בתרבות המזרח.
בסין היה נהוג לקשור את כפות רגליהן של הנשים ולנוונן לבל יגדלו ויצמחו, כדי לשמור על "חינניותן" ושבריריותן, וגם כדי שישמשו כאובייקט אירוטי במהלך האקט המיני. הדבר היה כרוך בכאבי תופת, ולפעמים בשבירת האצבעות וקיפולן, דבר שהגביל מאוד את יכולת התנועה של הנשים ועשאן לבעלות מום לכל ימי חייהן.
בהודו היה נהוג טקס הסאטי, שבו היו האלמנות נשרפות עם בעליהן המתים. לא ברור האם המטרה הייתה, שנשמת האישה תבדר את הגבר בעולם הנשמות, או שמא הדבר נועד למנוע מהאלמנה לרשת את נכסי בעלה ולהעבירם ממשפחתו. בהינדואיזם נשים נחשבות כפחותות מבחינה רוחנית ולא יכולות להגיע למוקשה בעודן נשים (הן יכולות להגיע למוקשה בתור גבר בגלגול מאוחר יותר).
ביפן מעמדו של הגבר לעומת האישה היה רם. אישה בוגדת ניתן היה להוציא להורג בידי בעלה ואנשיו ללא כל משפט, בעוד שהגבר היה יכול ל"השתעשע" עם גיישות חביבות כדבר שבשגרה מבלי שיואשם בדבר.
הדת הבודהיסטית, שביטלה את מערכת המעמדות ההודית, מתייחסת לנשים באופן שוויוני יותר מאשר הדת ההינדית.
אפליית נשים באקדמיה ובמחקר המדעי.
גם באקדמיה דרכן של הנשים לא הייתה קלה לאורך ההיסטוריה. במשך שנים רבות, נשים לא הורשו ללמוד במוסדות אקדמיים, וכאשר הורשו ללמוד לבסוף, לא קיבלו תעודות על לימודיהן, אף על פי שהיו זהים ללימודיהם של גברים. כאשר הן הצליחו לקבל תפקידים אקדמיים, הן אולצו להתפטר ברגע שנישאו "למען כבוד מקומה של האישה בבית" וכך בעצם לא הורשו להמשיך ולעסוק במדע.
דרכן של מדעניות רבות באקדמיה נחסם עקב היותן נשים. דוגמה בולטת הייתה כאשר מועמדותה של המדענית הנודעת, מארי קירי, שזכתה פעמיים בפרס נובל – ב-1903 על גילוי הקרינה הרדיואקטיבית וב-1911 בכימיה - לחברות באקדמיה הצרפתית למדעים, נדחתה בהצבעה על חודו של קול. דוגמה נוספת התרחשה בתחילת המאה ה-20, כאשר עדיין היו מוסדות אקדמיה ומעבדות, שבהם היו חדרים מיוחדים לגברים; חדרים אלו היו אזור שבו נאסר על נשים לשהות.
בנוסף, היו מקרים בהם תגליותיהן ועבודתן של נשים נוכסו על ידי עמיתיהן הגברים, או שהן לא הורשו לפרסם בשמן, או שתרומתן נמחקה על ידי הממסד המדעי או האקדמי. תופעה זו נקראת אפקט מטילדה, על שם מטילדה ג'וסלין גייג', סופרג'יסטית ופעילה למען זכויות ילידים אמריקאים מהמאה ה-19 שהייתה הראשונה לתאר את התופעה במאסה "האישה כממציאה". דוגמאות בולטות שמדגימות את התופעה מהמאה ה-20 כוללות את מארי קירי, נטי סטיבנס, ליזה מייטנר, רוזלינד פרנקלין וג'וסלין בל.
תאוריות העוסקות באפליית נשים.
תאוריית ההון האנושי.
את אחד מההסברים המקובלים להשפעה של היסטוריית התעסוקה של נשים ומעמדן בשוק העבודה על רמת התגמולים שלהן, מספקת תורת ההון האנושי. על פי גישה זו, מאחר שנשים קוטעות את פעילותן בשוק העבודה, לעיתים למספר שנים עם לידת ילדיהן, הן צוברות פחות ניסיון תעסוקתי מהגברים העובדים באופן רצוף. לפי תורה זו, מיומנויותיהן של הנשים מדלדלות ומאבדות מערכן בזמן היותן מחוץ לכוח העבודה, מה שמוביל לירידה בפריון עבודתן. כתוצאה מכך, כשהן חוזרות לשוק העבודה, הן נאלצות להסתפק בשכר נמוך. בנוסף לכך, תורת ההון האנושי טוענת כי עצם הפסקת העבודה מעידה גם על המחויבות הפחותה שלהן לשוק העבודה.
לפי השקפה זו, מעסיקים רבים רואים נשים עובדות כלא יציבות וכבעלות מחויבות נמוכה יותר לשוק העבודה. לכן אינם ששים להשקיע בהן מבחינה מקצועית או לקדם אותן למשרות שיש בהן אחריות ושכר גבוהים.