פליפה רודריגש למד בפקולטה לרפואה בסלמנקה ועסק במקצועו בעיר ליסבון. הוא התחתן עם חרונימה דה-פונסקה, בת למשפחת רופאים ידועה, ככל הנראה מליסבון. אב המשפחה מנואל דה-פונסקה המר את דתו בהמרת הדת הכללית בפורטוגל בשנת 1497, הוא היה גיסם של פרנסיסקו דה-ויטוריה, הארכיבישוף הראשון של מקסיקו ושל דייגו פרז דה-קוסטא, שנודע גם כיעקב קוריאל, מתלמידיו של האר"י. בנו של מנואל – לופו דה-פונסקה, היה הרופא האישי של קתרין מלכת פורטוגל. לזוג פליפה וז'רונימה רודריגש נולדו חמישה ילדים: תאומים, שמתו מיד לאחר היוולדם, והבנים רפאל, יצחק ומשה. תאריכי לידתם אינם ידועים.
שנים ספורות לפני תום המאה ה-16 עבר מונטאלטו לעיר ליוורנו שבאיטליה, שהייתה אז חלק מהדוכסות הגדולה של טוסקנה. פרדיננד הראשון – הדוכס הגדול של טוסקנה (שלט בשנים 1587 - 1609), אישר לאנוסים מספרד ופורטוגל להתגורר בליוורנו בחופש יחסי ולעסוק במקצועות חופשיים, אם כי לא התיר להם להמיר את דתם חזרה ליהדות: "נוסף על כך רצוננו הוא, כי במשך הזמן האמור לא תהיה חקירה, בדיקה, מסירה, או האשמה נגדכם או נגד בני משפחותיכם, אפילו חיו בעבר, מחוץ למחוזותינו, במסווה של נוצרים או בשם נוצרים."
בשנות שהותו בליוורנו עסק מונטאלטו במקצועו ואף הרצה בפקולטה לרפואה. בעיתות הפנאי, למד יהדות. החברותא שלו, דניאל פרנקו, שחזר לאחר זמן לפורטוגל, נתפס על ידי האינקוויזיציה הפורטוגזית והועלה למוקד.
בשנת 1605 או 1606 יצא מונטאלטו לארצות השפלה. בדרכו חזרה לאיטליה התעכב בפריז והוזמן לחצר המלכות כדי לטפל בגבירה ליאונורה גליגאי (Léonora Galigaï), בת לווייתה (Lady in waiting) של המלכה מארי דה מדיצ'י (1573–1642) (Maria de'Medici), אשתו של המלך אנרי הרביעי (1553–1610). ליאונורה גליגאי גדלה מילדות עם מארי דה מדיצ'י בפירנצה, נישאה לקונצ'ינו קונצ'יני, לימים המרשל ד'אנקרה, וליוותה את גבירתה לחצר המלכות הצרפתי. היא סבלה ממרה שחורה (bulbus hystericus). מונטאלטו גירש את הנזירים והכמרים שישבו בחדרה והתפללו לשלומה, הטיל עליה דיאטה חריפה וגזר עליה להתנזר ולא להתראות עם בעלה למשך ארבעים יום. הטיפול המהפכני הצליח וגליגאי החלימה. למונטאלטו הוצע להישאר כרופא בחצר המלכות אולם המלך אנרי IV הטיל וטו ולמעשה גירש את מונטאלטו מפריז. הסיבה שניתנה היא, שמונטאלטו הוא יהודי בהסתר ולכן אי אפשר לתת בו אמון. מונטאלטו חזר לאיטליה ומונה לפרופסור בפקולטה לרפואה של פיזה (אף היא חלק מהדוכסות הגדולה של טוסקנה). חודשים מספר לאחר מכן מת פרופסור ג'ירולאמו מרקוריאל, דיקן הפקולטה לרפואה של פיזה ורופאו האישי של פרדיננד הראשון ומונטאלטו נחשב אחד המועמדים הרציניים לרשת את מקומו. למרות הדעה המקובלת, שהוא היה הרופא האישי של הדוכס הגדול, מועמדותו למשרה נכבדה זו לא אושרה לבסוף.
מפנה גדול בחייו של מונטאלטו התרחש בסוף שנת 1607. הוא עזב במפתיע את עיר מגוריו, פיזה, בחשאי, המיר את דתו ועבר להתגורר בגטו בוונציה, כיהודי. כה פתאומית ומסתורית היא עזיבתו עד שהמנגנון הממשלתי של הדוכסות הגדולה פנה לחפשו באיטליה ואולי גם מחוצה לה.
בזמן שהותו בוונציה, הפך להיות אחד ממנהיגי הקהילה. סביר שמונטאלטו זכה כאן בגטו בכבוד ובהוקרה שלא זכה להם מעולם בעולמו הקודם. בוונציה מונטאלטו שינה את שמו הפרטי הלטיני מ-פליפה (פיליפוס) (אוהב הסוס) לפילוטיאוס (אוהב אלוהים) ואימץ את השם העברי אליהו, שניתן לראות בו תרגום של שמו הלטיני החדש. למרות זאת, אין הוא משנה את שם משפחתו או מאמץ שם משפחה עברי. אף אשתו חרונימה מאמצת לה שם עברי רחל.
בשנת 1612 מונטאלטו ייצג את הקהילה היהודית בויכוח פדובה עם נזיר דומיניקני שנערך באוניברסיטת פדובה, שנגמר בעזיבתו הפתאומית של הנזיר. זמן קצר לאחר אותו ויכוח חל מהפך נוסף בחייו של מונטאלטו. הוא קיבל פנייה מחצר המלכות הצרפתית לשמש כרופאה האישי של המלכה: מארי דה-מדיצ'י. כאמור, היה זה מונטאלטו שטיפל בהצלחה 5 שנים קודם לכן בבת לווייתה, ליאונורה גליגאי.
מונטאלטו העמיד מספר תנאים: קבלת רשות מהאפיפיור להתגורר בצרפת כיהודי, (דרישה חצופה, יען כי הוא כופר למעשה בסמכותם של המלך והמלכה לשלוט בארצם) רשות להביא עמו לפריז עוד 10 יהודים (היכולת להתפלל במניין) ושאחד מהם יהיה שוחט (כדי שיוכלו לאכול בשר משחיטה כשרה) והסכמה שלא לעבוד בימי שבת. במכתב מ-6 במאי 1611 פירט מונטאלטו את דרישותיו וציין שהוא סירב כבר להצעות שהגיעו מאוניברסיטאות בולוניה, מסינה ופיזה וגם סירב לשמש כרופאו של הדוכס הגדול פרדיננד. להפתעתו דרישותיו התקבלו והוא עקר לפריז.
ב-19 בספטמבר 1612, הוא קיבל את כתב מינויו ל-Consiliarus et Medicus Ordinarius (יועץ ורופא לחצר המלכותית). באופן טבעי היה מונטאלטו מגן לאותם אנוסים או נוצרים חדשים שנתגלו מדי פעם בצרפת. הוא מנע את חיסול קהילת נוצרים חדשים מבורדו, דרישה שהעלה לאנקרה, חבר הפרלמנט של בורדו ב-1615. כן מנע גירושם של מספר אנוסים שהתגלו באותה שנה, מקיימים את סדר פסח בפריז.
בעת שהותו בפריז בשנת 1614, פרסם מונטאלטו את ספרו השני -"ארכיפתלוגיה" (Archipatalogia), המוקדש להוד מלכותה מארי דה-מדיצ'י, סיכום עבודתו הרפואית בשנות שבתו בגטו בוונציה.
בשנת 1615 הוא הצטרף למשפחה המלכותית במסעה לספרד, שם השיאו את המלך לואי השלושה עשר לבת המלך הספרדי פיליפ III - אן (אן מאוסטריה) הקטינה ואת אחותו אליזבט לנסיך פיליפ. (28 בנובמבר 1615) בדרכם חזרה, ליד העיר טור (עיר) (Tours), הוא נפל למשכב ובטרם הגיעה עזרה רפואית מפריז הוא נפטר בתאריך כ"ט בשבט ה'שע"ו (17 בפברואר 1616). הוא ציווה שיקברוהו באמשטרדם, עיר מגוריהם של בניו. הטעם לכך הוא שלעיר יש בית קברות יהודי כהלכה: בית הקברות "בית חיים" באדורקרק, בניגוד לפריז. מארי דה-מדיצ'י הגדילה לעשות והורתה לחנוט את גופתו, מעשה זה זכה לרושם עז ואף ציינו זאת על מצבת קברו (ראו להלן). כנראה שגם מימנה את הקמת הקבר המפואר (ראו ציור בראש הערך). את הארון ליוו הבן משה מונטאלטו והמזכיר/תלמיד שאול לוי מורטירה.
הוצאתם להורג של קונצ'ינו קונצ'יני ושל ליאונורה גליגאי.
כשנה לאחר מותו של ד"ר מונטאלטו חולל המלך 'הפיכת חצר': ב-24 באפריל 1617, שלח לואי השלושה עשר, או מי מאנשיו, מרצחים אחרי קונצ'ינו קונצ'יני, המרשל ד'אנקרה, איש אמונה של המלכה מארי דה מדיצ'י וראש מועצת השרים. זממם עלה בידם והמרשל הוגה מדרכם. רעייתו, ליאונורה גליגאי הואשמה במעשי כשפים והועמדה למשפט, כמקובל באותם ימים. קשריה עם המאראני - ד"ר פליפה מונטאלטו בשנת 1607 וספרים עבריים שנמצאו בביתה – "ארבעת הטורים" לר' יעקב בן אשר ו"בית הכנסת היהודי" (De Synagoga Judaica) ליוהאן בוקסטורף, שיצא לאור אך שנים מועטות קודם לכן, היוו הוכחות מכריעות להרשעתה. התביעה טענה שמונטאלטו עסק באומנויות המאגיה השחורה והלבנה וליאונורה גליגאי הייתה עזר כנגדו. ההגנה טענה שהספרים שנמצאו בביתה – אם אכן נמצאו – אינם ספרים קבליים, כלל ועיקר גם פיליפ ד'אקווין, פרופסור לעברית באוניברסיטת פריז (מרדכי קרקש - לפני התנצרותו) העיד במשפט כי מונטאלטו דן עמו ב'ספר יצירה' – עבודה קבלית ידועה, וכי התרשם שידיעותיו בנושא הקבלה מועטות וקלושות. אפילו המלכה, מארי דה מדיצ'י העידה, שהאפיפיור, בכבודו ובעצמו, התיר בצו מיוחד למונטאלטו לחיות כיהודי בצרפת, זכות שלא הייתה מוקנית לו, לו שמץ של רבב דבק בו. אולם העדויות לא עמדה לזכות ליאונורה גליגאי ולאחר משפט שארך מספר חודשים היא הורשעה, ראשה נכרת במחוות 'רחמים' והיא הועלתה על המוקד כמכשפה במוצאי שבת, 8 ביולי 1617. (המלכה מארי דה מדיצ'י עצמה הוכרחה לצאת לגלות ב-2 במאי 1617 לעיר בלואה בעמק הלואר).
השם מונטאלטו.
מונטאלטו אינו שם שיהודים לקחו לעצמם, ככלל. זהו שמם של שני קרדינלים קתולים ידועים. הקרדינל מונטאלטו שהיה לאפיפיור סיקסטוס החמישי (1585–1590) ושל נכדו של אחיו, שהיה פטרון האומנויות. פרש את חסותו על הצייר הפלמי פטר פאול רובנס בעת ביקורו ברומא ב-1600 והיה בקשרי ידידות עם בית דה-מדיצ'י, פטרוניו של מונטאלטו. ברורה הסתייגות היהודים מהשם. למרות זאת, המשיך אליהו מונטאלטו לשאת אותו בגאווה גם לאחר שחזר ליהדות, התגורר בגטו בוונציה ועברת את שמו לאליהו ואת שם אשתו לרחל. בניו המשיכו לשאת את השם מונטאלטו כפי שמעידות הכתובות על קבריהם אולם בחיי היום-יום העדיפו את שם המשפחה דה-לונה. בני הדור השלישי כבר לא השתמשו בשם מונטאלטו.
אין יודעים מדוע בחר מונטאלטו בשם זה, לאחר שוויתר על השם "רודריגז דה קסטלו-ברנקו", מתי באילו נסיבות ומדוע דבק בו לאורך חייו.
מכתב מונטאוטו.
אסדרובל ברבולאני די-מונטאוטו, ציר בית מדיצ'י לוונציה, כתב ב-29 בדצמבר 1607 למזכיר הדוכסות הגדולה בפירנצה בליסריו ווינטה, כי לפי בקשתו הוא חיפש אחר הרופא הפורטוגלי ד"ר מונטאלטו ולהפתעתו הוא מצא אותו בגטו בוונציה, נחוש בדעתו לחיות כיהודי. די-מונטאוטו אינו מקבל טיעון זה ושואל את מונטאלטו אם אכזבתו מאי מינויו לרופא האישי של הדוכס הגדול היא היא שגרמה לבריחתו מפיזה. מונטאלטו עונה בשלילה ומצהיר כי הסיבה היחידה לצעדו זה היא רצונו לחיות בין בני עמו ולפי הלכות דתו. הוא מעדיף לחיות בעוני כיהודי, נאמן לעקרונותיו מאשר כנוצרי ולעשות שקר בנפשו.
שכנוע אנוסים לשוב ליהדותם.