ההלכה נפסקת כרבא בכל מחלוקותיו עם אביי, מלבד שישה דינים, המסומנים בראשי התיבות יע"ל קג"ם. אחד מהם הוא דין ייאוש שלא מדעת. אם נאבדה לאדם אבדה, ובשעה שבאה לידי המוצא, המאבד עדיין לא שם לב שהיא נאבדה ממנה. אמנם, אילו היה יודע שנאבדה ממנו היה מתייאש לבטח, ועל פי ההלכה הייתה האבדה מותרת לכל אדם, אולם כיוון שבשעת המציאה עדיין לא נודע לו, נמצא שבפועל לא היה כאן ייאוש מצדו. נחלקו אביי ורבא: אביי סבר שהאבדה אסורה למוצאהּ, כי לא די בייאוש בכוח, ורק ייאוש בפועל מפקיע את בעלותו של המאבד מן האבדה והמוצא זוכה בה. רבא סבר שדי לנו בייאוש בכוח כדי שיזכה בה המוצא. השאלה היא, האם אפשר לפעול על פי דעתו של האדם (בעניינים המחייבים זאת) כאשר האדם טרם נתן דעתו על הנידון, על סמך ידיעתנו הוודאית מה תהיה דעתו. בדומה, האם זה שעתה נודעה לנו דעתו החיובית על נושא כלשהו, מכשירה פעולות שנעשו לפני כן.
לדוגמה, אם אדם הפריש תרומות ומעשרות מפירות חברו, שלא ברשותו, ובחר לשם כך בפירות משובחים במיוחד. לאחר שבעל הפירות הסכים למפרע לפעולה זו, לדעת רבא הפרשת התרומות והמעשרות שרירה וקיימת, ולדעת אביי, לא עשה כלום ועל בעלי הפירות לשוב ולהפריש מהם את התרומות והמעשרות.
בעוד שדעת אביי מובנת כפשוטה, הרי להסבר דעתו של רבא נדרשו רוב האחרונים לבאר: כיצד יכול אדם להיחשב מיואש מחפץ, בו בזמן שהוא עדיין אינו יודע שהחפץ אבד לו ולמיטב ידיעתו החפץ נמצא ברשותו. ההסבר המקובל בדעת רבא הוא, שדין ייאוש המזכה את המוצא באבדה, הוא בעצם היתר של התורה, ללא מעשה פעיל מצדו של המאבד, בניגוד להפקר, פעולה בה הבעלים הוא העושה את המעשה המתיר לאחרים לזכות בחפץ. כתנאי להחלתו של הייאוש, נדרשת "ניחותא", כלומר אי התנגדות של הבעלים לכך שאחר יזכה. לענייננו אין צורך בניחותא בפועל, אלא מספיקה ניחותא בכוח, מפני שברור לנו שאילו היה הבעלים יודע על האבדה, היה מתייאש ממנה, ולכן המוצא זוכה בה. דרך אחרת להסביר דעתו של רבא היא, שאין צורך שאדם יחשוב ברגע מסוים על נושא מסוים כדי שנוכל לומר שדעתו, גם באותו רגע, היא ספציפית לאותו נושא. לדוגמה, על אדם המאמין באלוהים נוכל לומר שהוא "מאמין ברגע זה", גם אם באותו הרגע האיש לא חשב כלל על כך שהוא מאמין. כך גם במקרה דנן: העובדה שברגע המציאה הבעלים עדיין לא ידע על האבדה היא משנית בחשיבותה לעובדה היסודית, שאדם שיידע את המצב לאשורו, יתייאש מיידית מן האבדה, ועל כן אנו רשאים להחשיבו מיואש כבר מעכשיו, כי הסיבה שבפועל עדיין אינו מיואש היא טכנית בלבד - ברגע זה הוא לא חושב על כך.
אחד מהכללים שטבע רבא הוא דברים שבלב אינם דברים. בגמרא במסכת קידושין מובא מקרה שבו אדם המתגורר בחוץ לארץ מכר את נכסיו, כאשר בדעתו לעלות לארץ ישראל, אולם בשעת המכירה לא ציין זאת. אולם לאחר מכן נבצר ממנו לעלות, וכעת הוא רוצה לבטל את המכירה. על מקרה זה אמר רבא שהוא "דברים שבלב, ודברים שבלב אינם דברים". למטרתו בשעת המכירה אין משמעות הלכתית כי "דברים שבלב אינם דברים" והוא אינו יכול לדרוש את ביטול המכירה.
באיסורים.
בדין "קידושין שאין מסורין לביאה" נחלקו אביי ורבא: אביי סבור כי הקידושין יש להם תוקף של קידושין, ולעומתו סבור רבא כי אין לקידושין כל תוקף. שיטתו לקוחה מסברה שהסביר לו האמורא בר אהינא, ולפיה מהפסוק משמע שדווקא קידושין שמסורים ל"בעלה" נחשבות לקידושין, ואם לא אין קידושין אלו נכללים בפרשת "כי ייקח איש אשה" שהיא המקור היחיד לקנייני הקידושין. גם מחלוקת זו נמנית עם היע"ל קג"ם שבה ההלכה כאביי ולא כרבא. מחלוקת נוספת היא בדין לחי העומד מאליו, לדעת אביי לחי העומד מאליו נחשב ללחי, מכיוון שלפי שיטתו לחי הוא סוג של מחיצה אמיתית, ולכן גם אם לא ניכר שהוא קיים שם לשם לחי המחיצה קיימת מעשית. אולם לדעת רבא, לחי העומד מאליו - אינו נחשב ללחי, כי לפי שיטתו לחי הוא סוג של היכר לבני רשות היחיד לדעת שמדובר ברשות היחיד בכך שהיא נראית כמוקפת מכל רוחותיה, ובלחי העומד מאליו אין היכר. בעוד שבכל מחלוקותיהם נפסקה הלכה כרבא, בשישה מקרים בודדים נפסקה הלכה כאביי.
אחד מהכללים הידועים שטבע רבא, ואף נקרא על שמו, הוא חזקה דרבא, לפיה בן ובת שהגיעו לגיל הבגרות (גיל 13 לבן וגיל 12 לבת) - מניחים שגם הגיעו לבגרות גופנית, אף על פי שלא נבדקו, והם נחשבים כבוגרים מבחינה הלכתית ללא צורך בבדיקה (לדוגמה, לגבי יכולת להצטרף למניין). חזקה זו איננה מוחלטת, ובתחומים מסוימים בהלכה אין סומכים עליה.
חידושי הלכה.
במסכת מגילה קובע רבא 'חיב איניש לבסומי בפוריא עד דלא ידע' - חייב אדם להשתכר בפורים עד שלא ידע, כלומר עד שיאבד את המודעות או את שפיותו. הלכה זו, שאין לה מקור מפורש במשנה, ולכן נראית פרי יצירתו של רבא, עיצבה את אופיו של פורים במשך מאות שנים עד ימינו.
יחסיו עם חכמים אחרים.
עם מעריציו הגדולים של רבא נמנה רב אדא בר אבא, שהיה אומר לחכמים: עד שאתם מלקטים 'עצמות יבשים' (סברות דחוקות) אצל אביי, בואו לאכול 'בשר שמן' (סברות מובנות) אצל רבא. במקרה אחר הוא אמר: גדול מאוד המרחק ביני לבין רבי רבא. למרות זאת, כאשר רב אדא היה הולך לחנות הוא אמר לטבחים כי הוא קודם למשמשו של רבא בתור לקבל בשר כי הוא חכם בתורה יותר ממנו, ולכן כאשר נפטר רב אדא בר אבא בטרם עת דאג רבא וחשש שמא הוא הגורם למותו מכיוון שזלזל בכבודו.
עם רב הונא בר יהודה.
לפעמים הוא דן בהלכה עם חברו רב הונא בר יהודה. שניהם היו תלמידים של רב ששת ודנו בדבריו. כך למשל, הם נחלקו בדין אישה המורדת על בעלה, שבדינה קיימות שתי שיטות: לפי דעה אחת פוחתים מכתובתה שבעה דינרים לכל שבוע שהיא מורדת על בעלה, ובינתיים מנסים לשכנע אותה להפסיק למרוד בבעלה ולקיים את חיובי האישות המוטלים עליה. לפי גישה אחרת, אין טעם בהפעלת לחץ במשך זמן ארוך ובשכנועים, אלא בית הדין קוצבים זמן של ארבעה שבועות בלבד, ומפעילים עליה לחץ עצום באותם שבועות, על ידי פרסום מרידתה בבתי כנסיות ובבתי מדרשות בשבתות שבארבעת שבועות אלו (בשבת כל יהודי העיר מתכנסים בבית הכנסת, גם אלו שעסוקים באמצע השבוע בעבודה ואינם יכולים לבוא לבית הכנסת), ובית הדין מודיעים לה שלאחר ארבעת השבועות תפסיד את כל סכום כתובתה, גם אם הוא סכום ענק של מאה מנה. נחלקו רבא ורב הונא בר יהודה כמי פסק רבם רב ששת, לפי מה שקיבל רבא מרבו ההלכה היא שיש לנסות לשכנעה בדרכי נועם ולכן יש לחכות עד שידעו כי מוצו כל הדרכים לשכנעה, אלא שבינתיים קונסים אותה בסכום נמוך יותר של שבעה דינרים לשבוע, ואילו לפי מה שקיבל רב הונא בר יהודה מרבו ההלכה היא כפי השיטה האומרת שלאחר ארבעה שבועות הפסידה המורדת את כל דמי הכתובה.
בכמה מקומות בתלמוד מסופר כי רבא התארח לפעמים בביתו של רב הונא בר יהודה. כך, למשל, מסופר כי באחת השבתות התארח רבא בביתו של רב הונא בר יהודה, וכשהבדיל על היין במוצאי שבת בירך בראשונה ברכת בורא מיני בשמים על הבשמים, ורק לאחר מכן בירך על האש ברכת בורא מאורי האש. שאל אותו רב הונא בפליאה: במשנה במסכת ברכות אנו מוצאים שבין בית שמאי ובין בית הלל מודים שיש לברך על האש לפני הבשמים, וציטט את לשון המשנה: ? ענה רבא אחריו ואמר: אלו הם דברי רבי מאיר, אבל רבי יהודה אומר לא נחלקו בית שמאי ובית הלל על המזון שהוא בתחילה ועל הבדלה שהיא בסוף, על מה נחלקו - על המאור ועל הבשמים, שבית שמאי אומרים 'מאור' ואחר כך 'בשמים' ובית הלל אומרים 'בשמים' ואחר כך 'מאור'.
עם רבה בר מרי.
עם חבריו של רבא נמנה רבה בר מרי. מסופר כי רבא שאל את רבה בר מרי: מנין מקור ההנחה השגורה בפי החכמים כי פדיון שבויים היא מצווה מיוחדת וגדולה? השיב לו רבה בר מרי: כתוב , ואמר רבי יוחנן כל המאוחר בפסוק זה קשה מחבירו: הקל ביותר הוא מוות שקל יותר מחרב, הן מסברא שמת ללא שניבלו וחתכו את גופו, והן מהפסוק ; מיתת רעב חמורה יותר ממיתת חרב הן מסברא שהמת על ידי חרב מת באופן מיידי בניגוד למת מרעב שמיתתו איטית ומתמשכת, והן מהפסוק ; והקשה מכולם הוא שבי, שבו כלולות כל הצרות המנויות, שהרי השבוי מסור ביד השובים והם עושים בו כרצונם.
עם רב הונא בר חיננא.
רב הונא בר חיננא היה חברו של רבא. שניהם תלמידים של רב נחמן, ובמספר מקרים נחלקו לגבי דעתו.
בגמרא מובאים מספר מקרים שבהם נחלקו רב הונא ורבא לגבי הוראת הלכה למעשה. כך, למשל, כאשר ביקש ריש גלותא מרב הונא לתקן את בוסתנו ולהופכו לרשות היחיד על מנת שמותר יהיה לטלטל בו חפצים בשבת (הבוסתן אינו משמש למגורים ועל כן אין די במחיצותיו החיצוניות על מנת שיהיה מותר לטלטל חפצים בתוכו כרשות היחיד, כדין קרפף יותר מבית סאתיים שלא הוקף לדירה), הקים רב הונא במקום מחיצת קנים צפופים על בסיס עקרון לבוד, שייצרו ביתן מגורים עבור שומר הבוסתן. רבא שלא הסכים לתיקון הגינה באופן זה, מכיוון שסבר שאין משמעות לבניית ביתן מגורים לאחר שמחיצות הבוסתן החיצוניות כבר עומדות ("הוקף ולבסוף ישב"), עקר בעצמו את הקנים שהציב רב הונא.
במקרה אחר, התיר רב הונא לאכול תערובת דגים שבה היו קשקשי דגים (שהם סימן כשרות לדגים), אך רבא סבר שיש לאסור את הדגים מכיוון שיש חשש שמא חלק מהדגים טהורים (ומהם הקשקשים) אך חלק אחר טמאים. במקרה זה יצאו הכרזות פומביות סותרות על דין תערובת הדגים מצד רבא ומצד רב הונא.
במקרה נוסף, דנו בבית המדרש על גוי ששכשך את ידיו ביין. רבא התיר את היין למכירה לגוי, אך רב הונא בר חיננא אסרו בהנאה כדין סתם יינם. גם במקרה זה יצאו הכרזות הלכתיות פומביות סותרות מצד רבא ורב הונא. אך לבסוף חזר בו רבא מפסקו והודה לרב הונא.