להוציא את אוסטרליה המערבית, לכל המושבות היה צי משלהן. ב-1856 ויקטוריה קיבלה את ספינת הצי הראשונה שלה "ויקטוריה" ומסעה לניו זילנד להשתתף במלחמת טארנקי, הייתה הפעם הראשונה שספינת מלחמה אוסטרלית השתתפה במשימה מעבר לים. חילות הים של המושבות הורחבו בהדרגה באמצע שנות השמונים וכללו מספר ספינות תותחים וספינות טורפדו להגנת הנמלים והנהרות יחד עם כוחות נחיתה שאיישו ספינות ומבצרים. למושבה ויקטוריה היה את הצי החזק ביותר עם עשרה כלי שיט. ניו סאות' ויילס יצרה כוח ימי ב-1863 ועם ראשית המאה העשרים היו ברשותה שתי סירות טורפדו קטנות וקורבטה אחת. הכוח הימי של קווינסלנד הוקם ב-1885 ואוסטרליה הדרומית הפעילה ספינה אחת. לטסמניה היה כוח קטן של טרפדות והגנת החופים של אוסטרליה המערבית התבסס על כוח של תותחי חוף. כוח אדם מהציים של ניו סאות' ויילס ושל ויקטוריה לקח חלק בדיכוי מרד הבוקסרים בסין ב-1900 בעוד ספינה של אוסטרליה הדרומית נשלחה לשם אך לא השתתפה בקרב. המושבות החזיקו כוחות צבא וצי נפרדים עד לאיחוד אוסטרליה ב-1901 ואז התמזגו והוכפפו לממשלת הדומיניון של אוסטרליה.
סודאן 1885.
בראשית שנות השמונים של המאה ה-19 המשטר המצרי בסודאן שנתמך על ידי הבריטים, היה תחת איום של מרד בהנהגתו של המהדי. ב-1883 כחלק מהמלחמה המהדית, ממשלת מצרים שלחה צבא כדי לדכא את המרד אך הם הובסו וניהלו קרב קשה לחילוץ הכוחות. הבריטים הנחו את המצרים לעזוב את סודאן ושלחו את גנרל צ'ארלס גורדון כדי לתאם את הפינוי, אך הוא נהרג בינואר 1885. כשהגיעו החדשות על מותו לניו סאות' ויילס בפברואר 1885, הממשלה הציעה לשלוח כוחות לסיוע. חיל המשלוח כלל גדוד חיל רגלים של 522 חיילים ו-24 קצינים וסוללת ארטילריה של 212 איש. הכוח הפליג מסידני ב-3 במרץ 1885.
חיל המשלוח הגיע לסודאן ב-29 במרץ וסופח לחטיבה שאנשיה היו סקוטים. הם השתתפו לבסוף בקרב בטמאי (Tamai) במערך של 10,000 איש. לאחר הקרב נשלח רוב הכוח לעבודות הנחת מסילת ברזל לכפר ברבר (Berber) על הנילוס. האוסטרלים הוצבו בתפקידי שמירה ולאחר מכן הוקמה יחידת גמלים של 50 איש. לאחר מספר קרבות החליטה ממשלת בריטניה שמסע המלחמה בסודאן לא שווה את המאמץ והושאר רק חיל מצב בנמל סואקין (Suakin). חיל המשלוח האוסטרלי הפליג חזרה הבייתה ב-17 במאי והגיע ב-19 ביוני 1885 לסידני. כ-770 איש שירתו בסודאן. תשעה מתו ממחלות במהלך המסע חזרה ושלושה נפצעו בקרבות.
מלחמת הבורים השנייה 1899 - 1902.
הפלישה הבריטית לשטחים בדרום אפריקה שכבר היו מיושבים על ידי הבורים והתחרות על המשאבים ועל הקרקע, הובילו לפתיחתה של מלחמת הבורים השנייה ב-1899. הגורם למשלוח כוחות צבא בריטים הייתה הכרזת המלחמה של הרפובליקות הבוריות של מדינת אורנג' החופשית והרפובליקה הדרום-אפריקאית ב-11 באוקטובר 1899 וחדירתם לתוך הטריטוריות של נטאל ומושבת הכף. עם פרוץ המלחמה, התוכניות לשגר חיל משלוח אוסטרלי מאוחד הונחו בצד על ידי משרד המלחמה הבריטי וכל אחת משש המושבות שלחה כוח נפרד להצטרף לכוח הבריטי. הכוחות האוסטרלים הראשונים היו נושאי רומח("Lancers") של ניו סאות' ויילס שאומנו בבריטניה לפני פרוץ המלחמה ונותבו להגיע לדרום אפריקה. ב-22 בנובמבר הכוחות ספגו אש בפעם הראשונה ליד בלמונט (Belmont) ונסוגו לאחר שספגו אבדות כבדות.
לאחר כמה ניצחונות קטנים, הבריטים נחלו תבוסה קשה במהלך דצמבר 1899, על אף ששום כוח אוסטרלי לא היה מעורב באירועים אלה. חיל משלוח שהגיע מארבע מהמושבות נחת בקייפטאון ב-26 בנובמבר וכונה הרגימנט האוסטרלי תחת פיקודו של קולונל ג'ון צ'ארלס הוד (John Charles Hoad). כדי לענות על הצורך לניידות, הם הוסבו לכוח פרשים. יחידות נוספות הגיעו בדצמבר ומיד נשלחו לחזית. האבדות הראשונות היו ב-1 בינואר 1900 לאחר ש-250 פרשים מקווינסלנד וכוחות ארטילריה בריטים וקנדים תקפו מחנה בורי בבלמונט. כוח של 500 חיילים מקווינסלנד והכוח מניו סאות' ויילס שהגיע מאנגליה השתתפו במצור על קימברלי בפברואר 1900.
לאחר כמה תבוסות בשטחי מושבת הכף ומצור על העיר ליידיסמית' (Ladysmith) במהלך חודש ינואר, ארגנו הבריטים פלישה למדינת אורנג' החופשית בפברואר. בפלישה השתתפו דיוויזיית פרשים בריטית, יחד עם נושאי הרומח מניו סאות' ויילס, כוח חיל הרגלים הרכוב מקווינסלנד ויחידת רפואה מניו סאות ויילס. הכוח הנחיל שורה של תבוסות לבורים ונכנס לבלומפונטיין ב-13 במרץ 1900 ובמקביל הוסר המצור על ליידיסמית'. בקרב על פרטוריה השתתפו יותר מ-3000 אוסטרלים, יוהנסבורג נפלה לפני הכוחות הבריטים ב-30 במאי והבורים נסוגו לבסוף מפרטוריה ב-3 ביוני.
למרות תבוסתם, הקימו הבורים יחדות קומנדו קטנות וניהלו מלחמת גרילה כדי להפריע לתנועותיהם של הכוחות הבריטים ולשבש את קווי האספקה. שלב זה בהתנגדות של הבורים הובילה לגיוס נוסף במושבות האוסטרליות. תוך כדי שהותם של חיילות המשלוח של המושבות בדרום אפריקה, התרחש איחודה של אוסטרליה ב-1 בינואר 1901. 8 גדודי רוכבים של הצבא האוסטרלי שזה עתה הוקם נשלחו גם הם לדרום אפריקה, אך הם לא חוו קרבות רבים עד לסוף המלחמה. חלק מהחיילים האוסטרלים הצטרפו ליחידות של צבא דרום אפריקה במקום לחזור הביתה. חיילים אלה היו חלק מהצבא הבריטי.
במצור קשה שנמשך 11 ימים, צרו 3000 לוחמי גרילה בורים על מוצב במערב טרנסוואל שעליו הגנו 300 אוסטרלים ו-200 רודזים. לאחר שהומטרו על המקום יותר מ-1800 פגזים ואחרי שנקראו להיכנע עמדו המגינים בגבורה והבורים נסוגו ב-16 באוגוסט. היה זה אחד מקרבות הגבורה המשמעותיים ביותר במלחמה שבהם השתתפו כוחות אוסטרלים.
בתגובה למצור נקטו הבריטים בטקטיקות נגד לדיכוי הבורים, כולל מדיניות "אדמה חרוכה" שכללה שריפת בתים ותבואות, הקמת מחנות ריכוז לנשים וילדים והקמת מערכת עמדות מבוצרות ומכשולים כדי להגביל את ניידותם של הבורים ולהגן על מסילות הברזל. צעדים אלה הצריכו הוצאות רבות וגרמו למרירות כלפי הבריטים אבל הם השיגו את מטרתם. עד אמצע שנת 1901 רוב הלחימה הסתיימה. יחידות פרשים בריטיות ביצעו תקיפות לילות על בתי חווה ומחנות בורים בהפתיעם אותם בעליונותם המספרית. בחודשי הלחימה האחרונים בסוף שנת 1901, נושאי הרומחים של ניו סאות' ויילס עברו כמעט 3000 ק"מ והיו מעורבים ב-13 התנגשויות, הרגו 27 בורים, פצעו 15 ושבו 196. האבדות שלהם הסתכמו בחמישה הרוגים וב-19 פצועים.
אף על פי שבחודשי הלחימה האחרונים נחלו האוסטרלים לא מעט תבוסות וספגו אבדות בנפש, הסתיימה המלחמה בתבוסת הבורים ב-31 במאי 1902. 16,175 אוסטרלים שירתו במערכה בדרום אפריקה ועוד כ-10,000 נוספים התגייסו במסגרת צבאות אחרים של האימפריה הבריטית. 251 אוסטרלים נהרגו בקרב, 267 מתו ממחלות, 43 נעדרו בקרבות ו-735 נפצעו. שישה אוסטרלים עוטרו בצלב ויקטוריה.
מרד הבוקסרים 1900 - 1901.
מרד הבוקסרים בסין החל ב-1900 וכמה מדינות מערביות, כולל רבות ממדינות אירופה, ארצות הברית ויפן, שלחו כוחות כדי להגן על האינטרסים שלהם. בחודש יוני ממשלת בריטניה ביקשה את רשותם של המושבות להפנות ספינות מהאגף האוסטרלי של הצי המלכותי הבריטי לטובת המאמץ המלחמתי בסין. המושבות נעתרו ואף הציעו עזרה נוספת, אך רוב הכוחות הצבאיים שלהם היו עדיין עסוקים במלחמה בדרום אפריקה והיה עליהם להסתמך על כוח האדם של הצי. חיל המשלוח לסין כלל 200 חיילים מוויקטוריה, 260 מניו סאות' ויילס וספינה אחת מאוסטרליה הדרומית. רוב הכוחות שימשו ככוחות נחיתה ימיים שהורכבו מחיילי מילואים.
הכוח מניו סאות' ויילס הפליג ב-8 באוגוסט 1900 והגיע לטיינג'ין. 300 אוסטרלים הצטרפו לכוח רב לאומי שכלל 8000 איש שמשימתו הייתה ללכוד את המצודות במחוז פי-טאנג (Pei Tang) ששלטו על מסילת ברזל חשובה. הם הגיעו מאוחר מדי כדי להשתתף בקרב אך היו מעורבים בהתקפה על אחת המצודות. הכוח מוויקטוריה הצטרף לכוח שמנה 7500 איש בצעדה של עשרה ימים לכיבוש המצודה וגם הם הגיעו לאחר שזו נכנעה. לאחר שוך הקרבות שימש הכוח מוויקטוריה כחיל מצב בטיינג'ין ואילו הכוח מניו סאות' ויילס שימש כחיל מצב בבייג'ינג. הספינה מאוסטרליה הדרומית נטלה על עצמה בעיקר משימות סקר, תובלה ושליחות לפני ששבה הביתה בנובמבר. כוח הנחיתה הימי נשאר עד החורף ובחוסר רצון ביצעו תפקידי שיטור ושמירה. הם עזבו את סין במרץ 1901 לאחר שהשתתפו במעט קרבות, בפעולות עונשין ובהשבת הסדר האזרחי. שישה אוסטרלים מתו ממחלה ומפציעות, אך אף אחד מהם לא נהרג בקרב.
אוסטרליה המאוחדת.
הכוחות הצבאיים לאחר איחוד אוסטרליה 1901.
הדומיניון של אוסטרליה הוקם ב-1 בינואר 1901 כתוצאה מאיחודם של המושבות האוסטרליות. על פי חוקת אוסטרליה, האחריות לביטחונה הייתה עכשיו על הממשלה הפדרלית. ההתמודדות של אוסטרליה מול האינטרסים של גרמניה הקיסרית באוקיינוס השקט הייתה אחד המניעים מאחורי ההחלטה על האיחוד וכתוצאה מכך מהר מאוד הוקם משרד ההגנה ו"הכוחות הצבאיים של הדומיניון" (Commonwealth Military Forces), הגוף שקדם לצבא אוסטרליה ו"הכוח הימי של הדומיניון" (Commonwealth Naval Force) הוקמו גם עד מהרה.