לאחר הכרזת העצמאות שלטה למעשה בפרגוואי חונטה צבאית מקומית. הנהגתה של החונטה הייתה בדילמה באשר ליחסי פרגוואי - ארגנטינה. האיחוד לו הסכימו נראה עתה בלתי כדאי, והיטמעותה של פרגוואי הקטנה על ידי ארגנטינה הגדולה והחזקה, נראתה בלתי נמנעת אם יימשך המצב כמות שהוא. אנשי החונטה חיפשו דרך להתנתק מארגנטינה. בשלב זה התבלט הדיפלומט חוסה גספר רודריגס דה פרנסיה, אשר השתלט על אנשי החונטה הצבאית, ובספטמבר 1813 הביא לישיבה של הקונגרס של פרגוואי, בה הוכרז באופן סופי על "הרפובליקה של פרגוואי", בנוכחות נציג ממשלת ארגנטינה, שנשלח על מנת לנהל "משא ומתן" עם אנשי פרגוואי. במעמד זה הוכרז פרנסיה ל"קונסול ראשון" בנוסח, שנלמד היטב מממשלו של נפוליאון מעבר לים. כוחו של פרנסיה לא הסתמך מעתה על האליטה הצבאית, כי עם על תמיכתם הישירה של המוני העם.
פרנסיה היה בקיא בכתבי הפילוסופים הצרפתים של תקופתו, והתיימר לבסס את שלטונו על האמנה החברתית בנוסח ז'אן-ז'אק רוסו ועל מורשת המהפכה הצרפתית. בפועל דמה יותר לרובספייר ולנפוליאון. שלטונו היה שלטון דיקטטורי, והוא כינה עצמו "קאודיליו" (Caudillo), כלומר שליט צבאי ופוליטי, כינוי שנעשה בו שימוש בשלטונו של פרנקו בספרד ושלטונם של רודנים צבאיים רבים במדינות אמריקה הלטינית. בבסיס שלו עומדת ההיסטוריה של מדינות האזור, אשר שוחררו מהשלטון הזר בידי צבא מונהג על ידי גנרלים, מה שיצר בתודעה הציבורית את הציפייה שהמצביא בעל הדרגות הוא זה שיביא סדר ויציבות, ואל דמות כזאת היו פונים כל אימת שהיה מתקיים מסבר. שלטון אישי דיקטטורי זה נמשך עד למותו של פרנסיה בשנת 1840, והוא היווה צורת ממשל מאשר מנה לא הצליחה פרגוואי להשתחרר באופן מתמשך עד לשנות התשעים של המאה ה-20
פרנסיה היה מצד אחד בעל תפיסת עולם שוויונית וליברלית מאוד יחסית לאותה תקופה, בהשראת הפילוסופים של "המאה של האורות" באירופה, ומצד שני פעל על מנת למנוע קיום מרכזי כוח שיאתגרו את השליטה שלו במדינה הצעירה, ובהם אינטלקטואלים, אנשי דת ומשפחות בעלות עוצמה. שילוב זה יוצר תערובת ייחודית של צעדים שחלקם פונים לכיוונים הנראים כסותרים זה את זה.
חוסה גספר רודריגס דה פרנסיה הוציא אל מחוץ לחוק את החינוך הגבוה, אך הרחיב את מערכת בתי הספר. הוא ביטל את העיתונות ואת הדואר. הוא ביטל את העבדות (והיה הראשון ביבשת דרום אמריקה, שעשה כן) וייסד משטרה חשאית. הוא הלאים את רכושה של הכנסייה הקתולית, וייסד על אדמותיה חוות חקלאיות קולקטיביות, אשר היו להצלחה. הוא הכריז על עצמו כראש הכנסייה בפרגוואי, ובתגובה לכך הכריז האפיפיור על נידויו מן הכנסייה. כראש הכנסייה החליט פרנסיה, כי הוא אישית ינהל את כל טקסי הנישואין במדינה, והטיל מיסוי כבד והגבלות מרובות על הנישואין. בין היתר אסר על המעמד הגבוה מן המוצא הספרדי הטהור להתחתן בינם ובין עצמם. לשם שמירת היציבות בפרגוואי וחדירת השפעות מן החוץ שיציבו אתגר של שליטה בפני שלטונו הכריז פרנסיה על גבולותיה של המדינה כסגורים, ונמנע מלקיים יחסים דיפלומטיים עם מדינות זרות.
כיום יש הרואים בפרנסיה את האחראי לבנייתה של פרגוואי חזקה ועצמאית מבחינה מדינית וכלכלית, ולכך שכוחן של האליטות הישנות, מן המוצא הספרדי הטהור דעך. הכנסייה איבדה את אחיזתה במדינה, דבר שאיפשר את איחודה של פרגוואי לידי ישות מדינית אחת. יש הרואים בו דיקטטור אכזר ובעל מוזרויות, אב טיפוס לדיקטטורים מסוגו בכל אמריקה הלטינית.
שלטונה של משפחת לופז.
קרלוס אנטוניו לופז.
לאחר מותו של פרנסיה עלה לשלטון בפרגוואי אחיינו, קרלוס אנטוניו לופז. שלטונו היה תקופה שלווה של שגשוג ויציבות לאחר הנחת המסד לעצמאות על ידי דודו המנוח. למרות שבאופן רשמי, היה נשיא של רפובליקה, שפעל על פי החוקה, היה זה למעשה שלטון אישי דיקטטורי, אשר מבחינה זאת לא היה שונה בהרבה מבחינה זו משלטונו של פרנסיה. לעומת זאת הוא פנה לדרך חדשה בכך שפתח את המדינה לקשרים בינלאומיים, מן הסתם על מנת לפתח את הכלכלה שלה בעזרת מסחר בינלאומי, ולאפשר מעורבות של פרגוואי בפעילותן של מדינות אחרות. על מנת להימנע מהכפפה של מדינתו לכוחן של מדינות אחרות, אחד הדברים שגרמו חשש לשליט שקדם לו, הוא השקיע מאמץ בבניית צבא שימנע זאת.
עקב כל אלה תחת שלטונו של לופז נפתחה פרגוואי לעולם ופיתחה קשרים עם מדינות שכנות, כמו גם עם מדינות שמעבר לים ועם ארצות הברית. הוא התערב בנעשה במדינות שכנות ולעיתים העמידה פעלתנותו המדינית של לופז את המדינה בסכנת מלחמה, עם זאת הצליח לופז לשמור על השלום בתקופתו, ובנה צבא חזק, חמוש ומאומן היטב, שנתן לפרגוואי כוח ועמידה גדולים בהרבה מהמתבקש עקב הגודל המצומצם שלה בשטח וכוח אדם, וכוח יחסי זה והמורשת של ארגון צבאי יעיל המשיכו ללוות אותה לאורך המשברים שנכונו לה בימי השליטים הבאים.
פרנסיסקו סולנו לופז.
עם מותו של קרלוס אנטוניו לופז בשנת 1862 עלה לשלטון בנו פרנסיסקו סולנו לופז. בן זה היה רדוף שגעון גדלות, וחזיונות על תהילה צבאית, כמו גם נתון להשפעתה של הרפתקנית אירית בשם "מאדאם לינץ'", אשר הביא עמו מאחד ממסעותיו באירופה. עד מהרה הפכה מאדאם לינץ' לאישה העשירה והמשפיעה ביותר בפרגוואי. לופז הבן המשיך במשטר העריצות של אביו, ובחיזוק הצבא. מאוכלוסייה של כחצי מיליון איש, גויסו כחמישים אלף גברים. היה זה הישג יוצא דופן, כי בדרך כלל חברות לא מסוגלות לגייס יותר מאחוזים בודדים מאזרחיהן לצבא. אפילו ארצות הברית גייסה רק כ-7% מאזרחיה בימי מלחמת העולם השנייה. צבא זה היה החזק ביותר באזור, אך גם בו לא היה די על מנת להגשים את חזיונותיו של לופז.
מלחמת הברית המשולשת.
ברקע המלחמה עמדה מתיחות גאו פוליטית ששטפה את האזור.
מצד אחד, כבר מתקופת פרנסיסקו סולנו לופז, הייתה פרגוואי מעורבת בסכסוכי גבול עם שכנותיה ארגנטינה וברזיל. מן העבר השני התעוררה באורוגוואי שאיפה להשתחרר מהשליטה בידי מעצמות אלו, במיוחד ארגנטינה, מה שהציב את פרגוואי בקרבת אינטרסים אל כוחות השחרור של אורוגוואי.
ב-1864 התערבה ברזיל בענייניה הפנימיים של אורוגוואי, וסייעה למנהיג מפלגת ה"קולורדוס" להדיח את מנהיג מפלגת "הבלנקוס". לופז, מנהיג פרגוואי, ראה בכך הפרה של מאזן הכוחות באזור ואולי אף זיהה חולשה של ברזיל והכריז עליה מלחמה.
בתחילת הלחימה הייתה ארגנטינה נייטרלית במאבק זה, אך לאחר שכוחות פרגוואי חדרו לשטחה בדרכם אל אזורי הקרבות, ולאחר שבאורוגוואי חל מהפך במאזן הכוחות הפנימי וכוחות ה"קולורדו" הפרו-ברזילאים השתלטו על המדינה והכריזו אף הם מלחמה על פרגוואי, הכריז ברטולומה מיטרה, נשיא ארגנטינה, על ברית משולשת עם ברזיל ועם אורוגוואי, וב-1 במאי 1865 הכריזה הברית מלחמה על פרגוואי. מלחמה זו זכתה לכינוי מלחמת הברית המשולשת La guerra de la triple alianza.
שליט פרגוואי הכריז על משטר צבאי במדינה ורתם את כל משאביה ואנשיה לטובת הלחימה. מרבית הגברים גויסו, וכל משאבי המדינה גויסו למען הכוחות הלוחמים, גם כאשר פירושו הדבר היה להותיר את האוכלוסייה האזרחית בלי מזון. אנשים שסירבו להתגייס, סירבו לתת את תוצרתם למדינה או ערקו מהצבא הוצאו להורג.
בתחילת המלחמה זכו הכוחות הפרגוואיים, אשר נהנו ממשאבים רבים מאוד ביחס לגודל מדינתם, להישגים צבאיים והביסו את הכוחות שניצבו מולם, אך בהמשך הלחימה, לאחר שההתמודדות מול כוחות עדיפים פי כמה ומשאבים גדולים בהרבה שחקה את משאביה המידלדלים של המדינה, הובסו מול כוח האדם העודף של יריבותיה. בפברואר 1868 פרצו ספינות מלחמה משוריינות ברזילאיות את הגנת פרגוואי במצודת הנהר הומאיטה, ליד שפך הנהרות פרנה ופרגוואי, ופרצו לבירה אסונסיון והחלו להפגיז אותה. במערכה המכונה "לומס ולנטינס", בחודש דצמבר, הושמד הצבא הפרגוואי בצורה מלאה. הנשיא לופז נמלט לצפון המדינה, וניהל משם מלחמת גרילה בראש הכוחות הנותרים עד שנהרג ב-1 במרץ 1870.
המלחמה, אשר הציבה את הכוחות הפרגוואים מול צבאות גדולים בהרבה מצד אחד ומול כוחות המשטר של לופז מצד שני, בלי יכולת כניעה או הימלטות גם כאשר המצב היה נואש ואבוד, הקטינה את אוכלוסיית פרגוואי מאוכלוסייה בת 525,000 איש עם פרוץ המלחמה, לאוכלוסייה בת 221,000 איש ב-1871, מהם רק 28,000 היו גברים. לא רק הלחימה עצמה הכתה באוכלוסיית פרגוואי. במהלך המלחמה סבל העם גם מרעב, מחלות והפגיעה מצד כוחותיו של לופז, אשר החרימו את המזון ועינו ורצחו את מי שהתנגד או ניסה להשתמט מכך.
זיכרון המלחמה הזאת וההרג וההרס שהיא הטילה על פרגוואי צרובים בזיכרון תושבי המדינה עד עצם היום הזה כשואה שעברה עליהם ואסון בממדים היסטוריים אשר לעיתים קרובות הם משווים אותו לשואה של העם היהודי תחת שלטונו של היטלר.
שלטון הקולורדוס.
במשך חמש שנים בין 1871 ו-1876 איבדה פרגוואי את עצמאותה, וצבאות זרים חנו בשטחה. בשנת 1876 יצאו הצבאות הברזילאיים מפרגוואי, ומגעים עם ארגנטינה הובילו לנסיגת צבאות ארגנטינה, ולהעברת הסכסוך הטריטוריאלי עם ארגנטינה (שנגע לחבל הצ'אקו) לבוררות בינלאומית כאשר הבורר שנבחר היה נשיא ארצות הברית, ראת'רפורד בירצ'רד הייס.
בשנת 1878 הכריע הייס בבוררות, כי חבל הצ'אקו הוא חלק בלתי נפרד מפרגוואי. על כך נערץ עד היום הייס כגיבור לאומי בפרגוואי ואחד הגדולים במחוזותיה נקרא "פרזידנטה הייס" על שמו (וזאת על אף שלא הותיר חותם משמעותי בהיסטוריה של ארצו הוא).