עד לתקופתו של סולימאן המפואר היה השלטון הטורקי המוסלמי סובלני כלפי בני דתות אחרות בשטחו, והתייחס לנוצרים כאחד מ"עמי הספר", התייחסות שזיכתה אותם במעמד של בני חסות, ושלטון ה"מילט א רום". כחלק ממדיניות ה"מילת" הטורקית לגבי עדות המיעוטים ברחבי האימפריה, שיטה שדגלה באוטונומיה פנימית ודתית רבה, יצר הסולטאן מהמט השני את משרת "מנהיג האומה" (ביוונית אתנארכוס, בטורקית מילט באשי). מהמט, בשנת 1453, אישר את מינויו של גנדיוס, או מינה אותו ישירות, למשרת הפטריארך האקומני של קונסטנטינופוליס והעניק לו סמכויות חדשות. סמכויות אלה הפכו אותו, ואת הכנסייה, למנהיגי כל היוונים ברחבי האימפריה העות'מאנית.
האימפריה הכירה בזכויותיה של הכנסייה היוונית לקיים מוסדות תרבות וחינוך, אישרה לה להשתמש בשפה היוונית לצורכי דת חינוך ומינהל, נתנה לה זכויות לגבות מיסים מקהילתם ולנהל את רכושה המשותף, ונתנה לה את הסמכות להקים בתי דין בעלי סמכויות אזרחיות שישפטו את הקהילה היוונית (כלומר כל משפט פרט למשפטים פלילים ומשפטים שנגעו לבגידה או פגיעה בביטחון האימפריה העות'מאנית). בתמורה היו אחראים ראשי הכנסייה בפני הסולטאן לסדר ומשמעת בקרב הקהילה הנוצרית, והפטריארך היה אחראי ישיר להתנהגותם הטובה של הנוצרים. בנוסף היו אחראיים ראשי הכנסייה על תשלום מס הגולגולת של הקהילה היוונית, ומיסים וחובות נוספות. האפטריארכים ראו לרוב את השלטון הסובלני יחסית של הטורקים, כעדיף על שלטונם של בני ונציה הקתולים, שאיימו על האמונה האורתודוקסית בדרכים שהעות'מאנים מעולם לא איימו.
הכנסייה היוונית שימשה כתוצאה מכך בשני תפקידים כפולים ומנוגדים במשך שלטון העות'מאנים ביוון. מצד אחד היא היוותה את מנהיגות העם היווני, משמרת הדת והשפה היווניות, ומבצרה של ההיסטוריה והתרבות ההלנית. מצד שני הייתה הכנסייה מכשיר שלטוני ביד השלטון העות'מאני הזר, מכשיר שבעזרתו דיכאו ושלטו הטורקים על היוונים.
בנוסף לשלטון העצמאי הדתי, ערים יווניות מסוימות, כגון רודוס ואתונה, שמרו על מידה מסוימת של שלטון מוניציפלי עצמאי, לעומת מספר ערים שהועמדו תחת שלטון ישיר של מושלים עות'מאנים. אזורים מסוימים כגון חצי האי מאני שבפלופונסוס נהנו מעצמאות כמעט מוחלטת, עקב השלטון הטורקי הרופף במיוחד שהיה שם.
כלכלה ומסחר.
ההשפעה הראשונה של הכיבוש העות'מאני על כלכלת יוון הייתה מזיקה. אובדן אוכלוסייה גדול והגירה של יוונים מחוץ לשטחה של הלאס הובילה לירידה נרחבת בהיקף הסחר והתפוקה החקלאית בשטחה. אולם עקב העובדה שהסחר נחשב בעיני טורקים רבים לבזוי, אימצו במהרה היוונים (והיהודים) את רוב המסחר באימפריה העות'מאנית. למעשה מימיו של מהמט השני עבר המסחר בין המזרח למערב, מידיהם של האיטלקים לידי הנתינים הלא מוסלמים של האימפריה העות'מאנית, ארמנים, יהודים ויוונים. היוונים ערכו מסחר פורח דרך הים והיבשה עם מערב אירופה ועם גרמניה ורוסיה.
היוונים שימשו למעשה כגשר כלכלי מסחרי בין העות'מאנים המוסלמים לאומות הנוצריות, דבר שהוביל להתעשרותם של רבים מהם. פריחה זו הגיעה לשיאה במהלך המאה ה-18, כאשר יושבי האיים היוונים נהנו ממנה במיוחד. העיסוק הכלכלי והימי הענף של היוונים, ביחד עם גלי הגירה מסוימים, הובילו להתפתחותם של מושבות יווניות באירופה המערבית ורוסיה, שהזרימו קשרי מסחר וכסף לתוך יוון העות'מאנית בפרט, והאימפריה העות'מאנית בכלל.
פתיחת שערי האימפריה העות'מאנית ליהודים מגורשי ספרד במאות ה-15 וה-16 המריצה את הכלכלה ואת המסחר בכל רחבי האימפריה העות'מאנית, ובייחוד ביוון, שם התיישבו מרבית האוכלוסייה היהודית.
חדירתם של יוונים לשורות הפקידות העות'מאנית ויצירת המעמד החדש של הפאנאריוטים (יוונים ששירתו בפקידות הגבוהה) הובילה לצמיחתה של מעמד עשיר יווני. גם מעמד הביניים העירוני חווה פריחה בהיבטים הכלכלים של חייו כתוצאה משלטונה של האימפריה העות'מאנית. בניגוד לכך, הכפריים העניים החלו לחוש יותר ויותר את העול הכלכלי והמדיני של הטורקים, ורבים מהם נמלטו להרים ונהפכו לשודדי דרך, דבר הפגע בתפוקה החקלאית של הארץ, ובביטחון דרכי המסחר שלה.
באיים הידרה, פסרה (Psara) וספצס היו במאות ה-18 וה-19 מרכזי סחר ימי חשובים והתגוררו בהם מספר רב של סוחרים עשירים, שהקימו מושבות עצמאיות למחצה של סוחרים ששלחו ידם הן במסחר לגיטימי והן בהברחות ושוד ימי. בעקבות הסכם קוצ'וק קאינרג'ה יכלו ספינות אלו לשוט תחת דגל רוסי.
השפעות תרבותיות.
שילובה של יוון אל תוך האימפריה העות'מאנית הוביל להשפעות תרבותיות מרחיקות לכת, השפעות שעדיין מורגשות ביוון של היום. בראש וראשונה יוון הייתה המקום הראשון באירופה בה השתרשה דת האסלאם, והיא שימשה כפתח להתפשטות האסלאם ברחבי הבלקן.
המגוון האתני של תושבי יוון השתנה והתרחב משמעותית עם הגירתם של מספר רב של אלבנים, בולגרים, ורומנים במהלך תקופה זו. בנוסף לכך טורקים רבים התיישבו והשתקעו בתרקיה. יהודים מגורשי ספרד, ניצלו את פתיחת הדלת של האימפריה העות'מאנית כלפיהם והתיישבו ברחבי יוון, רובם התיישבו בסלוניקי, שהפכה למרכז יהודי עיקרי בתקופה זו באימפריה העות'מאנית.
מחוזות יוונים רבים נעשו מבודדים ומנותקים משאר העולם, כאשר הגבלות על נסיעה (על יוונים שלא היו סוחרים) הוטלו על האוכלוסייה המקומית. התרבות היוונית הידרדרה כתוצאה מכך, ושיעורי האנאלפביתיות הלכו וגדלו, כאשר רק בכנסייה היוונית נשארו שרידים לתרבות היוונית, ורוב המשכילים היוונים.
הבידוד הפנימי הוביל לשבירתה של השפה היוונית למספר רב של ניבים מקומיים, שספגו לתוכם כמויות גדולות של מילים טורקיות וסלאביות.
אלמנטים של תרבות עממית כגון מוזיקה יוונית, ריקוד יווני, ובישול יווני הושפעו גם הם מהתרבות הטורקית, וספגו לתוכם מספר אלמנטים עות'מאניים מובהקים, שחלקם קיימים עד היום (2005).
יחד עם זו, עליית קרנו של הסוחר היווני בתוך האימפריה העות'מאנית הובילה להתפתחות מעמד זה, ולזרימתו של דם חדש בעורקיה של התרבות היוונית. קהילות יווניות ומושבות סוחרים חדשות ברוסיה ובמרכז אירופה טפטפו ליוון, ומיוון, זרמים אמנותיים והשפעות תרבותיות. הכנסייה הצליחה לשמור על אחדות ורוח לאומית מסוימת בקרב תושבי יוון הנוצרים, ואף שימרה את השפה היוונית.
עלייתם של מנהיגים מקרב היוונים בקרב המנהל המקומי של היוונים, ולאחר מכן בשורות הפקידות העות'מאנית, הובילה לצמיחתו של מעמד חברתי חדש ועשיר - ה"פאנאריוטים". במקביל התפתחו מקרב מעמד האיכרים הצמיתים קבוצות של שודדי הרים- הקלפטים.
במקביל לשינויים התרבותיים של תושבי יוון, חלה השפעה הפוכה על השלטון העות'מאני מצד התרבות היוונית, השפעה שהחלה מאז ימי מהמט השני (שהיה ידוע בכך שדיבר יוונית). יוונים רבים (וגם יהודים) שמשו במינהל העות'מאני, בצבא, ובצי העות'מאני. כמו כן נתקבלו לחצר הסולטאנים מהנדסים, בוני אוניות, ואדריכלים יוונים. קרבה זו של נושאי תרבות יוונים לסולטאן, ולמוקדי הכוח העות'מאנים, הביאו להשפעה ניכרת של תרבות יוונית על התרבות הטורקית. דוגמה מובהקת לכך אפשר למצוא באדריכלות העות'מאנית, כפי שהיא משתקפת במבנים טורקיים מהתקופה, שאפשר לראות עליהם בבירור את השפעת קודמיהם הביזנטים והיוונים.
במהלך המאה ה-18 התעוררה בקרב היוונים תנועה תרבותית וספרותית חדשה, שנושאי הדגל שלה היו אדמנטיוס קוראיס וקונסטנטינוס ריגס, תנועה שדגלה בתחייתה של תרבות ושפת יוון העתיקה. התנועה הזו הייתה בעלת השפעה גם מחוץ ליוון, והייתה אחת מהגורמים להתפשטותו של הפילהלניזם במערב אירופה וברוסיה.
דעיכתו של השלטון העות'מאני, והתעוררות הלאומיות היוונית.
לאחר שנת 1600 נכנסה האימפריה העות'מאנית לתקופה של דעיכה ארוכה. ההידרדרות הייתה מורכבת גם מדעיכה צבאית, שהתבטאה בכישלונות צבאיים חוזרים ונשנים מול כוחות אירופה ורוסיה הנוצרים, וגם מדעיכה פנימית, שביטוייה היו שחיתות הולכת וגוברת, אי יעילות ממשלתית, בירוקרטיה משתוללת, והגברת דיכוי המיעוטים הלאומים והדתיים שבתוכה.
נפילה זו בשלטונה של האימפריה הובילה לאי שביעות רצון, אי סדר, ומרידות מזדמנות ברחבי האימפריה, כמה אזורים התנתקו לחלוטין מהאימפריה. הטורקים, כתגובה, שינו את טיב המשטר שלהם באימפריה בכלל וביוון בפרט, וביססו משטר צבאי נוקשה, משטר שעודד את התגברות ההתנגדות היוונית לכיבוש הטורקי.
שינויה של המערכת הפיאודלית העות'מאנית הישנה, ממצב בו בעלי אדמות לא היו יכולים להוריש או למכור את אדמתם, ובמותם הייתה חוזרת האדמה לסולטאן, למצב בו בעלי אדמות יכלו להוריש ולמכור את אדמתם, דרדרו את האיכרים היוונים למעמד של צמיתים משועבדים לקרקע. השינויים האלה הובילו לעוני, ירידה בכמות האוכלוסייה, והפיכת חלקים גדולים מהכפריים היוונים לשודדי דרכים.
במקביל להתדרדרות המעמדות הנמוכים, השתפר מצבם של היוונים המיוחסים בתוך האימפריה במהלך המאות ה-16 וה-17, ומעמד הפאנאריוטים הגיע לשיא כוחו והשפעתו במאות האלה. הצורך הטורקי הגודל והולך באנשים מיומנים ומשכילים בתחומים ניהולים, טכניים וכלכלים, כדי להתמודד עם הכוחות המדיניים באירופה, הובילו לגיוס הולך וגובר של יוונים משכילים לשירות המדינה העות'מאנית. משנת 1700 והלאה החלו הפאנאריוטים למלא חלק מהמשרות הגבוהות ביותר של האימפריה העות'מאנית.
חלק מהפאנאריוטים שימשו כדיפלומטים, לארצות אירופה, ובמהלך שליחותם הם באו במגע עם האידאולוגיות של הליברליזם והלאומיות, שפרחו ברחבי מערב אירופה. כתוצאה מכך החלה לצמוח בקרבם, ובקרב הסוחרים היוונים שגם באו במגע עם מערב אירופה ורוסיה, תנועת הלאומיות המודרנית של היוונים.
התערבותם של גורמים זרים ביוון העות'מאנית.