הסמכות העליונה בכנסייה שייכת לסינוד, אספת כל בישופי הדיוקסיות בעלי מעמד מיטרופוליט. שמו המלא הוא "הסינוד הקדוש של כנסיית יוון" (Ἱερὰ Σύνοδος τῆς Ἐκκλησίας τῆς Ἑλλάδος - יירא סינודוס טיס אקלסיאס טיס אלאדוס). בראשו עומד כחוק הפרימאט, הארכיבישוף אתונה ושל כל יוון. הסינוד הזה דן בכל הסוגיות הכלליות של הכנסייה. "הסינוד העומד" העוסק בניהול השוטף, והמשמש לקדנציה אחת על בסיס רוטציה, מורכב מן הפרימאט העומד בראשו ותריסר בישופים.
הכנסייה מאורגנת ב-81 דיוקסיות. 36 מתוכן, השוכנות בצפון יוון ובאיים העיקריים בצפונו ובצפון-מזרחו של הים האגאי, נמצאים באופן רשמי ומבחינה רוחנית תחת סמכותו של ה פטריארך האקומני של קונטנטינופול, השומר על כמה פריבילגיות היחס אליהן ובתוכן, למשל על הבישופים שלהן לציין בתפילות את שם הפטריארך כפרימאט שלהן. דיוקסיות אלה מכונות ביחד "האדמות החדשות" (Νέαι Χώραι - נאֶאה חורֶה), מכיוון שנספחו למדינה היוונית המודרנית רק אחרי מלחמות הבלקן (1912–1913) והן מיוצגות על ידי 6 מתוך 12 הבישופים של ה"סינוד העומד". בחירתו של כל בישוף ב"אדמות החדשות" חייבת לקבל את אישורו של פטריארך קונסטנטינופול לפני כניסתו לתפקיד.
דיוקסיות אלה מנוהלות בפועל על ידי כנסיית יוון ולבישופים שלהם זכות לערעור ("אקלטון") בפני הפטריארך.
הדיוקסיות של כרתים - כנסיית כרתים - ושל איי דודקנז וכן מדינת המנזרים שעל ההר אתוס נשארו תחת סמכותו הישירה של פטריארכיית קונסטנטינופול ואינן נחשבות לחלק מכנסיית יוון. לכנסיית כרתים (או הארכידיוקסיית כרתים) במיוחד יש מעמד חצי-אוטונומי: הבישופים שלה נבחרים על ידי סינוד מקומי מכהן, בעוד שארכיבישוף כרתים מתמנה על ידי הפטריארך האקומני מתוך רשימה של שלושה מועמדים ("טריפרוסופון") מוצגת בפניו על ידי משרד החינוך הלאומי ולענייני דת, הנבחרים מבין המיטרופוליטים המכהנים באי.
כמרים ונזירים.
בדומה לכנסיות אורתודוקסיות אחרות, בוגרים זכרים של סמינרים המנוהלים על ידי הכנסייה (והממומנים על ידי המדינה היוונית) יכולים להיות מוסמכים כדיאקונים ואחר כך ככמרים. הם רשאים להתחתן לפני הסמכתם כדיאקונים, אבל לא אחר כך. רוב רובם של כמרי הפרוכיות הם נשואים. אחרת הם יכולים להצטרף למנזרים או לנדור נדרי נזירים. נזירים בעלי הסמכה ככמרים שהם גם בעלי תואר אקדמי בתאולוגיה, הם בחירים לתפקידים של ארכימנדריטים או בישופים. נשים הנודרות נדרי נזירות והופכות לנזירות לא יכולות לקבל הסמכה ככמרים.
המנזרים משתייכים או לדיוקסיה מקומית או ישירות לאחת הפטריארכיות האורתודוקסיות. במקרה האחרון הם נקראים מנזרים "סטברופגיאקים" (ביוונית - סטברופגיאקא - "מעיינות הצלב").
הדבקים בלוח השנה הישן.
בשנת 1924 חל פילוג בכנסייה ביום שבו החליט הסינוד הקדוש להחליף את הלוח השנה הישן (יוליאני) בלוח שנה היברידי - המכונה "לוח שנה יוליאני מתוקן" - ששמר שיטת תיארוך יוליאנית מתוקנת תוך כדי קביעת תאריכים גרגוריאנים עבור החגים הקבועים. סרבני שינוי זה ידועים כ"דבקים בלוח הישן" (קלנדריסטים ישנים או "פלאו-אימרולוגיטים") ושומרים של השיטה היוליאנית הישנה במלואה. בתוכם חלו פילוגים נוספים והם אינם משתייכים לכנסייה אחת בלבד. הם קוראים לעצמם "נוצרים אורתודוקסים לפי הסגנון המקורי" והקבוצה הגדולה ביותר בקרבם היא הסינוד של הארכיבישוף כריסוסטומוס השני קיוסיס. סינוד זה הוכר על ידי הממשלה ככנסייה אורתודוקסית תקפה, אולם אינו שייך לכנסיית יוון או לכנסיות אורתודוקסיות אחרות.
היסטוריה.
תולדות הכנסייה האורתודוקסית היוונית ידעה ארבעה שלבי התפתחות.
שלוש המאות הראשונות עד לתקופתו של קונסטנטינוס הגדול ידועות כתקופה האפוסטולית (של השליחים) והקדומה.
תקופת ימי הביניים נמשכה כאלף שנה עד לנפילת קונסטנטינופול לידי העות'מאנים המוסלמים.
תקופת הכיבוש הטורקי המוסלמי ("טורקוקרטיה") התחילה במאה ה-15 ונמשכה לפחות לגבי חלק מיוון בערך עד שנת 1830. אחר כך התחילה התקופה המודרנית.
התקופה הקדומה והאפוסטולית.
יוון היא אחד המרכזים המוקדמים של הנצרות. לפי המסורת הנוצרית, בשורת הדת הזאת הובאה ליוון על ידי השליח פאולוס בשנת 49. הוא הקים קהילות נוצריות (כנסיות) בפיליפי, תסלוניקה, וריה, אתונה (שנת 52), קורינתוס וניקופוליס.
(הברית החדשה, מעשי השליחים, י"ז, כ"ב-כ"ג - בתרגום לעברית מאת פרנץ דליטש).
ביוון כתב פאולוס את אגרותיו אל קהילות קורינתוס, תסלוניקי ופיליפי. שתי האגרות לקהילות תסלוניקי נחשבות לספרים העתיקים ביותר שבברית החדשה.
השליח אנדראס הטיף גם הוא את ברית החדשה ביוון והוצא להורג כקדוש מעונה בעיר פטרס. חבר של פאולוס, טיטוס, היה הבישוף הנוצרי הראשון בכרתים. השליח פיליפוס ביקר והטיף באתונה. לוקאס הוצא להורג בתבאי, לזרוס מבית עניה היה לבישוף בקיטיון שבקפריסין, ו"יוחנן התאולוג" המזוהה תכופות עם יוחנן בן זבדי הוגלה לאי פטמוס, בה קיבל את ספר חזון יוחנן, האחרון שבברית החדשה. מרים, אם ישו עצמה ביקרה לפי המסורת, בהר אתוס בשנת 49 והפכה לפטרונית ההר. יוון הייתה לפיכך הארץ האירופית הראשונה שבה התקבלה בשורתו של ישו.
בימיה הראשונים כנסיית יוון כללה דיוקסיה אחת - אכאיה, ומרכזה קורינתוס.
אירוע חשוב נוסף עבור הנצרות היוונית היה ביקורו באתונה של התאולוג אוריגנס. הוא השאיר רושם עז על המאמינים הנוצרים באתונה וסייע בפתרונן של כמה סוגיות שהטרידו את הכנסייה המקומית.
בימי השלטון הרומי על אף הרדיפות נפוצה הדת הנוצרית ברחבי כל יוון. הבישוף הראשון של אתונה היה דיוניסיוס אראופגיטוס והמיטרופוליט הראשון של תסלוניקי היה דימיטריוס לאונידיס.
אחרי צו סובלנות ראשון של הקיסר הרומי המזרחי גלריוס בשנת 311, בשנת 313 הוציא הקיסר קונסטנטינוס הגדול (יחד עם שותפו אז לשלטון במערב, ליקיניוס) את צו מילאנו שהכריז על הנצרות "דת מותרת" בכל האימפריה.
ימי הביניים: האימפריה הביזנטית כולל שנות הכיבוש הצלבני (האימפריה הלטינית).
אחרי צו הסובלנות ראשון של הקיסר הרומי המזרחי גלריוס בשנת 311, בשנת 313 הוציא הקיסר קונסטנטינוס הגדול (יחד עם שותפו אז לשלטון במערב, ליקיניוס) את צו מילאנו שהכריז על הנצרות "דת מותרת" בכל האימפריה. קונסטנטינוס הכין את השטח להפיכת הנצרות לדת הרשמית של האימפריה הרומית המאוחרת ואחר כך של האימפריה הרומית המזרחית או הביזנטית.
מן הרגע שבנה הקיסר קונסטנטינוס הגדול את קונסטנטינופול כבירתו החדשה (330-324) בביזנטיון העתיקה, הפכה קונסטנטינופול למרכז המדיני-דתי של החלק המזרחי של האימפריה הרומית.
אחרי שלוש מאות שנים של רדיפות וקיום מחתרתי באימפריה הרומית, זו הייתה הקהילה הנוצרית היוונית, השפה היוונית והמיסיונרים היוונים שהביאו את בשורת הנצרות במזרח ובמערב.
יוון הייתה ידועה כדיוקסיה אוטונומית בשם "איליריקום המזרחי".
במאה הרביעית התבססה הכנסייה היוונית כנפרדת מהכנסייה הרומית. קונסטנטינופול פיתחה את פולחנה הליטורגי העצמי - הפולחן הביזנטי - מתוך הליטורגיה של יעקב הקדוש, בהתחלה בהשראת בזיליוס הגדול ואחר כך בהשפעת השינויים שהביא יוחנן כריסוסטומוס.
בוועידת אפסוס הכירה כנסיית יוון באוטונומיה של כנסיית קפריסין. היא אושרה בשנת 488 על ידי הקיסר.
במאה השמינית בימי הקיסר לאון השלישי האיסאורי נכנסה האימפריה הביזנטית לעידן האיקונוקלאזם - איסור התמונות (האיקונות) בפולחן. אחרי איסור האיקונוקלאזם בוועידת ניקיאה השנייה בשנת 787 ידעה תנועה זו עדנה נוספת בתחילת המאה התשיעית ונאסרה סופית בשנת 843.
בשנת 733 בימי אותו קיסר לאון השלישי, כנסיית יוון הפכה לחלק מתחום סמכותה של הפטריארכיה האקומנית של קונסטנטינופול אחרי שקודם לכן הייתה כפופה לבישופים של רומא (האפיפיורים)
אחרי הסכיזמה, הפילוג הגדול בין כנסיית המזרח לזו של המערב בשנת 1054 לא קיבלו הנוצרים היוונים הביזנטים את סמכות האפיפיור. פטריארך קונסטנטינופול הוכר כראשון בין ראשי כנסיות המזרח.
אחרי כיבוש קונסטנטינופול על ידי הצלבנים והקמת האימפריה הלטינית של קונסטנטינופול בשנת 1204 הוצא הפולחן הביזנטי ביוון מחוץ לחוק. אותם הבישופים שלא הכירו בסמכות האפיפיור אולצו לעזוב את משרותיהם והוחלפו בכמרים רומיים-קתוליים. בשנת 1213 שליח האפיפיור בשם פלאגיוס די אלבנו הורה על עונש מוות למי שישמור על הפולחן הביזנטי. בסופו של דבר מחאה המונית של העם ושל אצולה היוונים עצרה את יישום החלטה זו.
תקופת הכיבוש העות'מאני המוסלמי.
בימי שלטון הקיסרים הביזנטים ואחר כך בעת הכיבוש הטורקי של יוון (ה"טורקוקרטיה") הכנסייה האורתודוקסית ביוון הייתה מנוהלת על ידי הפטריארכיה האקומנית של קונסטנטינופול.
השלטון העות'מאני לא התערב בניהול הכנסייה.
במדינה היוונית המחודשת.
תוך כדי מלחמת העצמאות של יוון (1832-1821) התחיל הנשיא הזמני של יוון, יואניס קפודיסטריאס (1831-1776) במשא ומתן עם הפטריארך בנוגע לעצמאותה של כנסיית יוון שהייתה למעשה עובדה מוגמרת החל משנת 1821.
ההחלטה הסופית בקשר למעמד הכנסייה ביחס לקונסטנטינופול נלקחה בשנת 1833 על ידי העוצר הבווארי פון מאורר שפעל בשם המלך הקטין עדיין אותון (1867-1815) מתוך חשש כי הממשל העות'מאני יוכל להשפיע על המדיניות של יוון באמצעות הפטריארך של קונסטנטינופול. ב-23 ביולי 1833 בסינוד שהתכנס בנאפפליו הוכרזה כנסיית יוון לכנסייה אוטוקפלית על כל שטחי הממלכה,
חופשית ועצמאית". בראש הכנסייה הועמד מלך יוון (רומי-קתולי בדתו) כסמכות -על ניהולית. הוחלט על הקמת סינוד קבוע מורכב מכמרים ממונים על ידי המלך.