בשביתה היו מעורבים מנכ"ל משרד החינוך דאז, ד"ר שמשון שושני, שהצדיק את קיצור ימי החופשה, אך עם זאת הצדיק את התלמידים על תחושת התסכול שלהם ועל תחושת הקיפוח שחשו בהתעלמות מהם. תופעת שביתה על ידי תלמידים זעזעה את משרד החינוך וגררה תגובות נזעמות ביותר של מנהלים ומורים כאחד.
הקמת יחידת מועצות תלמידים ונוער.
בשנת 1994 הוחלט לאחד בין שני גופי התלמידים, ובגוף המאוחד הושם דגש על קיום "ועדת נוער וקהילה" שתפעל למען בני הנוער בקהילה וחברה.
בשנת 1995, עם ההכרה שזכתה המועצה בגופי מערכת החינוך והממשל הוחלט על הקמת יחידת המועצות-גוף בין תחומי שירכז ויאגד את עבודת הליווי, ההנחיה וההכשרה של נציגי הנוער מחד ושל מלווי-מנחי המועצות מאידך. כחלק מכך החליטה מועצת התלמידים הארצית גם על הקמת גוף על, "וועידה", שכולל נציגים מכלל המועצות, שתפקידו גיבוש מדיניות, החלטת החלטות וגיבוש עמדה המחייבת את כלל נציגי המועצות והנוער בכלל.
בחירת המועצה.
בחירת המועצה בבתי הספר.
על פי תקנון העל של מועצות התלמידים והנוער, נציג מועצה נבחר באופן דמוקרטי וחשאי על ידי הארגון אותו הוא מייצג, במקרה של נציג במועצת התלמידים הנבחר הוא התלמיד והבוחרים הם שאר תלמידי הכיתה, לכל תלמיד קיימת הזכות להיבחר לייצג את כיתתו במועצת התלמידים.
גלגל המועצות.
גלגל המועצות הוא מונח המתאר את המערך הארצי של המועצות המקושרות זו לזו בשרשרות של נציגות נבחרת. ראשיתה במועצות התלמידים הבית-ספריות, דרך המועצות הרשותיות והמחוזיות וכלה במועצת התלמידים והנוער הארצית. שיטת הבחירות לנציגות במועצות היא מחזורית ולכן לכל מועצה בגלגל אורך קדנציה (תקופת כהונה) של שנה אחת.
מועצות התלמידים בבתי הספר, שנציגיהן נבחרים על ידי התלמידים, בוחרות נציגים מטעמן למועצות נוער רשותיות. מועצות אלו הן לעיתים עירוניות ולעיתים אזוריות ומאגדות בתוכן מספר ישובים. במועצות הרשותיות מיוצגים גם גופים נוספים שבהם פועלות קבוצות התנדבות נוער, כגון מרכזי נוער, תנועות נוער וארגוני נוער. המועצות הרשותיות פועלות בשיתוף פעולה עם העיריות והרשויות המקומיות והן מקדמות פרויקטים למען הנוער והקהילה בתחומן.
מועצות הנוער הרשותיות בוחרות נציגים מטעמן למועצות התלמידים והנוער המחוזיות. שש מן המועצות המחוזיות הן על־פי חלוקה גאוגרפית (מחוז ירושלים, מחוז תל אביב, מחוז חיפה, מחוז צפון, מחוז דרום ומחוז מרכז) ולמועצה של המגזר ההתיישבותי (כפרי) שיישוביה מפוזרים באזורים גאוגרפיים שונים ונמצאים תחת המינהל לחינוך התיישבותי במשרד החינוך. הנציגים מן הרשויות נבחרים למועצות המחוזית על־פי מפתח נציגות, בהתאם לגודל היישוב. במועצה המחוזית ההתיישבותית אין בתי ספר בחלק מהיישובים, ולפיכך אין במחוז ההתיישבותי רשויות, אלא הנציגים נבחרים מתוך בתי הספר למועצה המחוזית.
תפקידן של המועצות המחוזיות הוא לסייע בפעילותן של המועצות הרשותיות, להקים מועצות חדשות ביישובים שבהם לא קיימת מועצה רשותית, ולייצג את בני הנוער של המחוז במשרד החינוך ומול כלי התקשורת. כל מועצה מחוזית בוחרת נציגים מטעמה למועצת התלמידים והנוער הארצית על־פי מפתח נציגויות הנקבע על־פי גודל המחוז.
מועצת התלמידים והנוער הארצית וכן שאר המועצות בגלגל והוועידה הארצית פועלות תחת משרד החינוך. במינהל חברה ונוער של משרד החינוך הוקמה היחידה למועצות תלמידים ונוער שתפקידה לכוון ולסייע לפעילות המועצה, בין היתר בהקצאת כוח אדם ומשאבים מתאימים ובהכשרת מנחי ומלווי מועצות.
הרכב המועצה.
המליאה.
מליאת מועצת התלמידים והנוער הארצית מורכבת מנציגים, ממלאי מקום ופעילים. במועצת התלמידים והנוער הארצית 47 נציגים על־פי מפתח הנציגויות, כאשר ישנו מקום שמור אחד עבור נציג בדואי ואחד עבור נציג דרוזי ומקום שמור אחד עבור נציג מהעיר ירושלים, מהעיר תל אביב ומהעיר חיפה. כמו כן, נבחרים מכל מחוז שני ממלאי מקום המתפקדים כנציגים לכל דבר אך זכות הצבעה ניתנת להם רק במקרה של היעדרות אחד הנציגים הקבועים. במועצה הארצית חברים גם פעילים, כלומר בני נוער אשר אינם נבחרים למועצה הארצית, ועליהם להיות חברי מועצה מחוזית. מליאת המועצה הארצית מתכנסת כאחת לחודש בבית הספר הארצי לעובדי חינוך ונוער בפתח תקווה - סמינר שיין.
מזכירות המועצה.
הגוף המוביל את המועצה הארצית הוא מזכירות המועצה. המזכירות המצומצמת כוללת בתוכה את כל בעלי התפקידים במועצה הארצית. בראש מזכירות המועצה עומד יו"ר המועצה והוא מנהל את ישיבות המליאה ומתפקד כמייצג רשמי שלה בפני כל גוף חיצוני. לצידו פועל סגן יו"ר המסייע לו בפיקוח על פעילות הוועדות. מזכ"ל (מזכיר כללי) המועצה אחראי על ניהול הפעילות השוטפת של המועצה, על הקשר עם חברי המועצה וביניהם, וכן על רישום, ריכוז והפצה של פרוטוקולים. דובר המועצה, המתמקד בעיקר בתדמית המועצה בכלי התקשורת ובאמירת דברו של הנוער בכל פורום רלוונטי, משמש גם כיו"ר ועדת פרסום. במזכירות המצומצמת חברים גם יתר יושבי ראש הוועדות (אתיקה ומשפט, נוער וקהילה) ומבקר המועצה. המזכירות המצומצמת נבחרת אחת לשנה בחודשים יוני או יולי.
המזכירות המורחבת של המועצה הארצית.
המזכירות המורחבת של המועצה הארצית היא גוף הכולל בתוכו את כל חברי המזכירות המצומצמת וכן את יושבי ראש המועצות המחוזיות. המזכירות המתכנסת היא מצומצמת ומורחבת לסירוגין ונפגשת כאחת לשבועיים, אך בעת הצורך גם לעיתים תכופות יותר ומקום מושבה אינו קבוע.
תפקידי המזכירות המורחבת של המועצה הארצית הם להוות פורום רחב יותר מהמזכירות הארצית לקבלת החלטות; לקבל, להתאים ולהתוות מדיניות ארצית לכל מועצות התלמידים והנוער בארץ; לקבל פניות ממועצות מחוזיות ורשותיות בארץ ולקבוע מענה להן; לאשר כל שימוש בגלגלי המועצות ועוד.
מבקר המועצה וועדת הביקורת.
למועצה קיים גם גוף נפרד שהוא חיצוני למליאת המועצה והוא ועדת הביקורת. חברי ועדת הביקורת, נבחרים אחד מכל מחוז ואינם חברי מועצה ארצית. רק יו"ר ועדת הביקורת, מבקר המועצה הארצית, חייב להימנות על חברי המועצה הארצית. גוף נייטרלי זה מפרסם דו"ח ביקורת אחת לשלושה חודשים והוא מטפל בכל תלונה או פנייה מכל בן נוער על תפקוד של גורם בגלגל המועצות, כערכאה עליונה.
מבקר המועצה הוא חבר במזכירות המועצה, אך אין לו זכות הצבעה בה.
הוועדות ופעילותן.
כל חברי המועצה הארצית שותפים לפעילות ועדות המועצה. לפי תקנון המועצה, על הוועדות להתכנס לפחות פעם אחת בין כל שתי ישיבות מליאה.
ועידת המועצות, תקנון העל ואמנת המועצות.
אחת לשנה מתכנסת ועידת מועצות התלמידים והנוער. זהו גוף עליון שהחלטותיו מחייבות את כל המועצות בגלגל. הוועידה מונה כ-700 צירים נבחרים (נציגים), תלמידי כיתות ז' עד י"ב מרחבי הארץ, המייצגים כ-925,000 בני נוער בישראל. בכל שנה מתכנסת הוועידה במחוז אחר והיא מתווה את המדיניות הכללית של כל המועצות בארץ לשנה הקרובה. לקראת כינוסה של הוועידה הארצית, הצירים העתידים להשתתף בה נוטלים חלק בוועידה מכינה מחוזית. מועצת התלמידים והנוער הארצית בוחרת בכותרת אשר תכניה נבחרים על ידי הצירים בוועידות המכינות. הוועידה מתקיימת בדרך כלל בחודש מאי והחלטותיה מנוסחות על ידי ועדה מתמדת, הנבחרת במהלך יום הוועידה, ובסיומו מתקיימת עליהן הצבעה.
בשנת 1997 חיברה ועידת מועצות התלמידים והנוער את "תקנון העל" המקנה שפה משותפת ואחידה לכל המועצות בגלגל ומחייב את כולן. תקנון זה מכיל את התנאים המינימליים לקיומה של מועצה חוקית ומהווה מעין חוקה למועצות. תקנון העל נפתח לדיון אחת לחמש שנים בוועידה ארצית. הוא עודכן בשנים 2001, 2006, 2012, ו-2014.
אמנת המועצות, שחמישת עקרונותיה הם ייצוגיות, מעורבות, אחריות כבוד הדדי ואמינות חוברה אף היא על ידי ועידה ארצית והיא מנחה את נציגי המועצות בכל הארץ. האמנה נקבעה ב-1995 עם הערכים ייצוגיות, מעורבות, אחריות וכבוד הדדי ובשנת 2016, ועידת המועצות אישרה הוספת ערך נוסף - ערך האמינות. ערך זה משקף את הפעילות השקופה של המליאה כלפי קהל הבוחרים, הליך ביקורת אובייקטיבי וייצוגיות אחראי הלא מונעת ממניעים אישיים.
בשנת 2018, במהלך התכנסות הוועדה המתמדת, התעורר ויכוח סביב אחד מסעיפי מסמך הוועידה. בעקבות הוויכוח נוצרה תסיסה בקרב נציגים רבים שהוביל לאי אישור מסמך הוועידה לראשונה. בשנת 2019 שוב לא אושר מסמך הוועידה ולא אושרו הצעות לשינוי תקנון העל.
בשנת 2020, לראשונה מעת כינוס ועידת מועצות התלמידים והנוער הראשונה, בוטלה הוועידה בעקבות מגפת הקורונה שמנעה את קיומה.
בשנת 2021 התקיימה הוועידה הארצית בעיר נשר, בצל משבר מגפת הקורונה במתכונת היברידית (פיזית ומקוונת) בהשתתפות צמרת משרד החינוך ולראשונה שודרה כולה באופן מקוון. בשנה זו מסמך הוועידה אושר ברוב שיא של 95%.
פעילות.
חוק זכויות התלמיד.
המועצה הארצית פעלה בוועדות הכנסת ובזירה הציבורית, למען חקיקתו של חוק זכויות התלמיד, שאושר בכנסת בשנת 2000 והוא הראשון מסוגו בעולם. הוא מאגד בתוכו מספר זכויות חשובות כגון: הזכות לערער לפני העברה לצמיתות ממוסד חינוך, הזכות למידע, איסור הפליה וסעיפים נוספים המונעים מתלמידים עונשים מבישים או משפילים, מונעים ענישת תלמיד בשל מעשי הוריו ומאפשרים נוכחות יו"ר מועצה מחוזית בוועדת שימוע הדנה בערעורו של תלמיד על הרחקתו לצמיתות ממוסד חינוך. כמו כן, חוק זה מציין שהוא רואה בעין יפה הקמת מועצת תלמידים בכל מוסד חינוך.
הורדת גיל הבחירות.