כיבוש אימפריית סונגהאי על ידי מרוקו בשנת 1598 שחררה גם חלק ניכר ממרכז חבל סודאן, ומספר סולטאנים של האוסה בהנהגת אריסטוקרטיות שונות צמחו ומילאו את החלל הפוליטי. שלוש החשובות ביותר להתפתחות היו הסולטנות של גוביר, קבבי (שניהם בעמק נהר רימא) וזמפארה, כולם בניגריה של ימינו. ממלכות אלה עסקו בלוחמה סדירה זו בזו, במיוחד על שליטה בסחר העבדים. כדי לשלם עבור המלחמה המתמדת, הם הטילו מיסים גבוהים על אזרחיהם.
האזור שבין נהר הניגר לימת צ'אד היה מאוכלס ברובו בשבטי ההאוסה, הפולאני וקבוצות אתניות אחרות שהגיעו לאזור כמו הטוארג. חלק גדול מאוכלוסיית האוזסה התיישבה בערים והפכה לעירונית. לעומת זאת, אנשי הפולאני נשארו קהילה פסטורלית, בה רעיית בקר, עזים וכבשים היה מקור הפרנסה העיקרי. הפולאני אכלס את שטחי הסוואנה בין העיירות ברחבי האזור. עם התגברות הסחר, חלק לא מבוטל מהפולאני התיישבו בעיירות והיוו מיעוט מובהק.
חלק גדול מהאוכלוסייה התאסלם במאות הקודמות. עם זאת, אמונות לאומניות ופגאניות המשיכו בתחומים רבים, במיוחד בקרב האצולה. בסוף המאה ה-18 חלה עלייה בחדירת האסלאם בכל ממלכות האוסה. מלומדי מליקי הוזמנו או נסעו מאזור המגרב לארצות האוסה והצטרפו לחצרות של הסולטנים כמו בקאנו. מלומדים אלה הטיפו לחזור למסורת האיסלאמית. החשוב מביניהם הוא מוחמד אל-מג'ילי, שהביא את תורת המשפט של מליקי לניגריה.
תנועת הג'יהאד.
אוסמן דן פודיו, מלומד אסלאמי ופולאני עירוני, חינך והטיף בעיר גוביר באישור ותמיכתה של הנהגת האוסה בעיר. עם זאת, כאשר יונפה, סטודנט לשעבר של דן פודיו, הפך לסולטאן של גוביר, הוא הגביל את פעילותו של דן פודיו, ובסופו של דבר אילץ אותו לגלות לגודו. מספר גדול של אנשים עזבו את גוביר והצטרפו לדן פודיו, שהחל גם הוא לאסוף תומכים חדשים מאזורים אחרים. יונפה חש מאוים על ידי מורו לשעבר, והכריז מלחמה על דן פודיו ב־21 בפברואר 1804.
אוסמן דן פודיו נבחר ל"מפקד המאמינים"(אמיר אל-מומינין) על ידי חסידיו, אירוע שמסמל את תחילתה של מדינת סוקוטו. אוסמן דן פודיו הכריז אז על מספר נושאי דגלים בקרב הבאים אחריו, ויצר מבנה פוליטי מוקדם של האימפריה. בהצהרת ג'יהאד נגד מלכי האוסה, דן פאודיו הכין את "מלומדי הלוחמים" של הפולאני בראש ובראשונה למאבק נגד גוביר. אף על פי שספגו כמה הפסדים מוקדמים, כוחותיו של דן פודיו החלו להשתלט על ערי מפתח משנת 1805. הפולאני השתמשו בלוחמת גרילה כדי להפוך את הסכסוך לטובתם, וזכו לתמיכה מהאוכלוסייה האזרחית, שהתמרמרה על השלטון הבזוי והמיסים הגבוהים של מלכי האוסה. אפילו כמה מאנשי הפולאני שלא היו מוסלמים החלו לתמוך בדן פודיו. המלחמה נמשכה משנת 1804 עד 1808 והביאה לאלפי הרוגים. כוחותיו של דן פודיו הצליחו לתפוס את מדינות קצינה ודאורה, ממלכת קאנו החשובה בשנת 1807,ולבסוף כבשו את גוביר בשנת 1809. באותה שנה הקים מוחמד בלו, בנו של דן פודיו, את העיר סוקוטו והפך אותה לבירת מדינת סוקוטו.
עד שנת 1900 היו במדינת סוקוטו לפחות מיליון ואולי עד 2.5 מיליון עבדים, במקום השני לאחר דרום ארצות הברית, שהיו בה 4 מיליון בשנת 1860. עם זאת, הייתה בסוקוטו פחות הבחנה בין עבדים לאדוניהם.
הרחבת מדינת סוקוטו.
משנת 1808 עד אמצע שנות השלושים של המאה העשרים התרחבה מדינת סוקוטו, וסיפחה בהדרגה את המישורים ממערב וחלקים מרכזיים ביורובלנד. היא הפכה לאחת המדינות הגדולות באפריקה, שנמתחה מבורקינה פאסו המודרנית לקמרון וכוללת את רוב צפון ניגריה ודרום ניז'ר. בשיאה, מדינת סוקוטו כללה מעל 30 אמירות שונות במבנה הפוליטי שלה.
המבנה הפוליטי של המדינה היה מאורגן על ידי הסולטאן השולט בחליפות מהעיר סוקוטו. המנהיג של כל אחת מהאמירות מונה על ידי הסולטאן לנושא הדגל של אותה עיר, וקיבל עצמאות ואוטונומיה רחבה. המבנה הפוליטי הזה כונה "אוסמנויה" וסייע ליציבות יחסית של החליפות לאורך זמן.
חלק גדול מצמיחת המדינה התרחש באמצעות הקמת מערכת נרחבת של אמירויות כחלק ממדיניות האיחוד של מוחמד בלו, הסולטאן השני. הוקמו מספר ערים חדשות עם מבצרים, בתי ספר, שווקים ומבנים אחרים. אלה הוכיחו חשיבות מכרעת בהתפשטות החליפות דרך פיתוח ערים חדשות, יישובם של אנשי הפולאני הפסטורליים ותמיכה בגידול מטעים שהיו מכריעים לכלכלה. בשנת 1837, אוכלוסיית מדינת סוקוטו הייתה בערך 10 מיליון תושבים.
מבנה ניהולי.
מדינת סוקוטו הייתה מאורגנת ברובה סביב מספר אמירויות עצמאיות שהתחייבו לנאמנות לסולטאן סוקוטו. ממלכות האוסה לפני אוסמן דן פודיו נוהלו ברובן ברצף תורשתי. השליטים הראשונים של סוקוטו, דן פודיו ובלו, ביטלו את שיטת המשך השלטון דרך הירושה, והעדיפו מנהיגים שנבחרים מכוח השכלתם האסלאמית ומעמדם המוסרי.
האמירים מונו על ידי הסולטאן, ומדי שנה הם הגיעו לסוקוטו כדי להפגין נאמנות ולהביא מיסים בצורת גידולי שדה ועבדים. כאשר סולטאן היה נפטר או פרש מהשלטון, הייתה מתכנסת מועצת האמירים והייתה בוחרת במחליף. קשרי ירושה ישירים ברובם לא השפיעו על בחירת הסולטאן, אף על פי שכל סולטאן טען שמוצא הוא ישיר מהסולטאן הראשון דן פודיו.
החלוקה המנהלית העיקרית הייתה בין סוקוטו לאמירות גוונדו. בשנת 1815 פרש אוסמן דן פודיו מהשלטון במדינה וחילק את השטח שהשתלט עליו במהלך מלחמת הפולאני. אחיו עבדולאהי דן פודיו קיבל את השטח במערב עם אמירות גוונדו ובנו מוחמד בלו השתלט על ניהול סולטנות סוקוטו עצמה. האמיר בגוונדו שמר אמונים לסולטנות סוקוטו ולהדרכה הרוחנית מהסולטאן. האמיר ניהל את האמירות בנפרד, תחת פיקוחו של הסולטאן.
המבנה המינהלי של נאמנות רופפת של האמירות לסולטאן לא תמיד פעל בצורה חלקה. הייתה סדרת מהפכות של אצולת האוסה בשנים 1816–1817 בתקופת שלטונו של מוחמד בלו, אך הסולטאן סיים אותן בכך שהעניק לאותם מורדים תארים ונכסים באדמות. אבל היו עוד משברים מרובים שהתעוררו במהלך המאה ה -19 בין סולטנות סוקוטו לחלק מהאמירות הגדולות, במיוחד אמירות אדמווה ואמירות קאנו. מרד גדול התרחש בשנת 1836 במדינת גוביר, שנמחצה על ידי מוחמד בלו בקרב גוואקוקה.
קהילת הסופים בכל האזור הוכיחה חשיבות מכרעת בממשל המדינה, הם סיפקו קבוצה חברתית המקשרת בין האמירויות לסמכותו של הסולטאן. המלומדים ברנהאם ולאסט טוענים כי קהילת המלומדים האיסלאמית הזו סיפקה "ביורוקרטיה עוברית" שקשרה בין הערים ברחבי מדינת סוקוטו.
כלכלה.
לאחר הקמת החליפות הגיעו עשרות שנים של צמיחה כלכלית בכל האזור, במיוחד לאחר גל של מרידות בשנים 1816–1817. היה להם סחר משמעותי בקווים הטרנס-סהריים.
לאחר מלחמת הפולאני הוכרזו כל האדמות באימפריה כאדמות וואקף או בבעלות הקהילה כולה. עם זאת, הסולטאן הקצה אדמות ליחידים או משפחות, וכך גם עשו האמירים. קרקע כזו יכולה לעבור בירושה על ידי בני משפחה אך לא ניתן היה למכור אותה. המסחר התבסס ברובם על סחר בעבדים, פרות או זהב. גידולים עיקריים שהופקו כללו כותנה, אינדיגו, אגוזי קולה, דגנים, אורז, טבק ובצל.
העבדות נותרה חלק גדול מהכנסות החליפות, אף כי השפעתה השתנתה בעקבות סיום סחר העבדים האטלנטי. עבדים הושגו באמצעות פשיטה ובאמצעות שווקים כפי שפעלו קודם לכן במערב אפריקה. מייסד החליפות התיר להפוך לעבד רק מי שאינו מוסלמי. עבדות נתפסה כתהליך הכנסת עמים כאלה לקהילה המוסלמית. כמחצית מאוכלוסיית החליפות הייתה משועבדת במאה ה -19. התרחבות המטעים החקלאיים בשטח החליפות הייתה תלויה בעבודות העבדים. אזורי גדולים של ייצור חקלאי התמקמו סביב ערי האימפריה. מוסד העבדות תווך על ידי היעדר מחסום גזעי בין העמים, ועל ידי מערכת יחסים מורכבת ומשתנה בין בעלים לעבדים. מערכת זו כללה את הזכות של העבד לצבור רכוש על ידי עבודה בחלקותיו. עבור החלקות, העבדים המירו דתם והפכו לחברים בקהילה האסלאמית. ישנם רישומים היסטוריים של עבדים שהגיעו לרמות גבוהות של ממשל ומינהל בחליפות סוקוטו. השגשוג המסחרי שלה התבסס גם על מסורות איסלאמיסטיות, שילוב שוק, שלום פנימי ורשת ענפה של סחר יצוא.
השכלה אסלמית.
ההשכלה האיסלאמית הייתה היבט מכריע בחליפות מיום היווסדה. הסולטאן אוסמן דן פודיו, הסולטאן מוחמד בלו, האמיר עבדולאהי דאן פודיו, הסולטאן אבו בכר אטיקו וננה אסמאו הקדישו זמן משמעותי לתולדות האסלם, כתיבת שירה ומחקרים אסלאמיים. ישנם מספר כתבי יד המספקים מידע היסטורי חשוב ועדויות על טקסטים רוחניים חשובים. התפקיד ההשכלתי הלך פחת לאחר שלטונם של בלו ואטיקו.
הירידה וסוף החליפות.
תשומת הלב האירופית התמקדה באזור בזמן ההתפשטות הקולוניאלית, בחלק האחרון של המאה ה -19. במיוחד הצרפתים שלחו לאזור החליפות משלחות חקר מרובות כדי להעריך הזדמנויות קולוניאליות לאחר 1870.
בתחילת שנות ה-80 של המאה ה-19 הגיעו אל חליפות סוקוטו מהגרים מהדיסטים מאזור סודאן שדגלו בגישה אסלאמיסטית קיצונית ושאפו לעורר את האוכלוסייה המקומית לג'יהאד באופן שערער תחת הסדר הפוליטי המקומי וגרם לאיבוד זמני של השלטון באזורים מסוימים. ההנהגה הוותיקה שיתפה פעולה עם הכוחות הקולוניאליסטים הגרמנים כדי להשיב את השלטון לידיהם. בהמשך העשור חתמה סוקוטו על מספר הסכמים לשיתוף פעולה עם הכוחות הבריטים-מצרים שפעלו בסמוך - הסכמים שיופרו בהמשך.
החוקר הצרפתי פרפייט-לואי מונטיל ביקר בסוקוטו בשנת 1891 וציין כי החליפות נמצאת במצב מלחמה עם האמיר ארונגו, והביסה אותו בשנה שלאחריה. מונטיל טען כי כוחם של הפולאני נחלש בגלל המלחמה והצטרפותו של החליף הלא פופולרי דן אבו בכר.