יישובים נאטופיים גדולים מחוץ לאזור הגלעין הופיעו רק בתקופה הנאטופית המאוחרת, אך גם הם היו קטנים יחסית לאתרי הבסיס, ותפקדו כתחנות לקבוצות ניידות של ציידים–לקטים. אתרי הבסיס הגיעו לגדלים מרשימים של עד כ־1,000 מטרים רבועים, ועשרות הבתים שנמצאו בהם התאימו למגורי קבוצות גדולות המונות כ־200 נפש.
החידוש המשמעותי באתרים הנאטופיים הוא הופעת ארכיטקטורת האבן. באתרים הנאטופיים של אזור הגלעין נתגלו קירות תמך גדולים, מבנים מעוגלים, סגלגלים או בצורת חצי עיגול, ומתקנים בנויים רבים. קוטר הבית הנאטופי הממוצע לא עלה על שישה מטרים וצורתו השכיחה הייתה מעגלית. הבתים נבנו לתוך האדמה ולפרקים לצלע המדרון בבניית טראסה. היישובים נבנו במערות, פתחי מערות ואזורים פתוחים. רצפותיהם נעשו מריצוף אבן או עפר כבוש, ולעיתים נמצאו בבתים מוקדי אש ותושבות לעמודים. בין הבתים נמצאו מתקנים שאולי שמשו לאחסון, אבל אלו נדירים למדי. הבנייה נעשתה בעיקר באבן גוויל, ונמצאו עדויות מעטות לשימוש בטיח.
בתים יוצאי דופן בגודלם, צורתם, הרכבם האדריכלי או ממצאיהם יכולים להתפרש כמגורי מנהיג, או אתר בעל שימוש טקסי–דתי כלשהו. מתקני מגורים הפכו לעיתים למתקני עבודה למיניהם, והשימוש במתקן כלשהו תם כאשר נקבר בו אדם. לעיתים ננטשו אתרים, ומעליהם נבנו מחדש שכבות יישוב נוספות. במקרים אחרים קיים רצף ארוך של יישוב ותיקון מתקני המגורים.
תעשייה.
מכלולי צור.
המיקרוליתים, כלים קטנים אשר יוצרו מנתזי צור, בולטים במכלולי התקופה האפיפלאוליתית. יצור המיקרוליתים בארץ ישראל החל כבר בתקופה הפלאוליתית המאוחרת, אולם במעבר לאפיפלאולית חלו שני שינויים מורפו־טכנולוגיים עיקריים בתעשיות המיקרוליתיות: הנהגת תקניות במאפיינים פנים-תעשייתיים והקהיה ניכרת של צידי הכלי. הגורם המקובל לשינוי זה הוא המעבר האפיפלאוליתי לכלים מורכבים בעלי ידית, כמו המגל. לצורך התאמת הכלי לידית הוחלקו צדדיו.
המיקרוליתים של תעשיות ותרבויות שונות נבדלים זה מזה בצורתם, גודלם וטכניקות יצורם. אי לכך, שימשו בעבר המאפיינים הללו כקריטריונים להפרדת ישויות שונות בתקופה האפיפלאוליתית. יתרה מזאת, הבדלים מיקרוליתיים יעילים גם בחשיפת ישויות פנים תרבותיות בחברה מורכבת, דוגמת החברה הנאטופית, והפרדה של שלבים שונים בכרונולוגיה של החברה. בר־יוסף רואה בנוכחות טכניקת הנקר המיקרוליתי, אורך הסהרונים ואופני גימורם, טיפוסי הגרעין לייצור המיקרוליתים ושיעורם הכללי ביחס לכלים אחרים קריטריונים עיקריים לזיהוי ישויות ותקופות בנאטופית.
בדומה לקודמיהם הרבו הנאטופים להשתמש במיקרוליתים למטרות הציד והלקט. ברם, בנאטופית נראים חידושים בטכנולוגיה המיקרוליתית אשר לא נצפו בקרב הכבארים הגאומטריים. לצד החידושים נערכה הקצנה בניצול המשאבים וייצור הכלים, כפי שמעידה העובדה שמטר מעוקב באתר נאטופי מכיל יותר מיקרוליתים מאשר כל מ"ק באתר קדום יותר. צמיחת האוכלוסייה שהמשיכה את המגמה הפלאוליתית, הכתיבה, כפי הנראה, את השימוש הנכבד והבלתי־בזבזני במשאבי הכלים.
התעשייה התבססה על סיתות להבים ולהבונים מנתזי צור אשר גרעיניהם השתנו מהתקופה הקודמת. מהלהבונים יצרו הנאטופים את המיקרוליתים הגאומטריים. הצורה השכיחה בתעשיית המיקרוליתים היא זאת של הסהרון. עיצוב המיקרוליתים נעשה בשיטת השברור הדו־פני ("שברור חילואן") והשברור הזקוף, בנאטופית הקדומה והמאוחרת בהתאמה. נעשה שימוש בטכניקת הנקר המיקרוליתי לעיצוב כלים אלו, והשימוש בה התגבר לכל אורך התקופה הנאטופית. המיקרוליתים שולבו בכלי ציד ודיג, וכלי צור אחרים דוגמת מרצעים ומגרדים שנוצלו לעיבוד החיות שניצודו או יצירת כלים אחרים.
מהלהבים עוצבו סכינים ששימשו כלהבי מגל. להבי המגל הופיעו לראשונה בימי התרבות הנאטופית, וסייעו בביסוס הטענה שהנאטופים עסקו בקצירת עשבוניים או דגניים היות שהברק עליהם נוצר מהתגובה הכימית בין הצורן בצמחים למיקרולית עשוי הצור. הסכין הוצמד למגל עץ או עצם בעזרת ביטומן, שרף וחרסית. מגלים אלו שימושיים יותר מכלי ליקוט קודמים, ומחזקים את דפוס הקצנת ניצול המשאבים בנאטופית. נוסף למגלים ולהביהם, חוקרים רבים רואים במפסלות, גרזנים עתיקים עשויי צור, חידוש נאטופי.
אבן ועצם.
בשעה שרוב התרבויות אשר קדמו כרונולוגית לנאטופים עשו שימוש מועט בכלי אבן (הכוונה לכלים שלא סותתו מצור), אנו עדים לשימוש רב בכלים אלו אצל הנאטופים. שני סוגים עיקריים של חומרי גלם עמדו לרשותם: אבן גיר ובזלת. ממצא זה בא להעיד על סחר וקשרים בין הנאטופים לתרבויות שונות או על נדידה עונתית לאזור הגולן. על כל פנים, טיפוסי הכלים השכיחים הם המכתשים והעליים, הקערות והספלולים. כלי האבן אופייניים ליישובים גדולים ששכנו בהם לעיתים קרובות, והם נוצלו לכתישת מזון, גיר ואוכרה. כלי אבן נוספים הם "מיישרי חניתות": פיסות אבן (בעיקר חלוקים) שחורצו במרכזן, דרכם הועברו חצים וכלים דומים עד ליישורם.
כמו עם חומרי גלם אחרים, הנאטופים עשו שימוש רחב בהרבה מקודמיהם בעצם. יש הטוענים כי שימוש זה היה הרחב ביותר בארץ ישראל אי פעם. באתרי הגליל והכרמל אותרה הכמות הגדולה ביותר של כלי עצם. מחטים, חודים, מרצעים, צלצלים, חכות, נטיפות, ידיות מגל ומחליקי עורות הם עיקר טיפוסי כלי העצם בנאטופית. חלקם שימשו בציד ובדיג, אולם אחרים בבוּרְסְקָאוּת, קליעה ופעולות יום־יום אחרות. העצמות היו ברובן של צבי מצוי, יחמור פרסי, אייל הכרמל וחוגלה.
עיטורי גוף ואמנות.
התכשיטים הנאטופיים רבים ומגוונים. למעשה, נפוץ שסוגי תכשיטים אחדים שכיחים באתר אחד, אך כמעט נעדרים באחר. לשוני זה השלכות חברתיות. על יריעת התכשיטים הנאטופית הענפה נמנים חרוזים מקונכיות. מינים שונים של קונכיות, בהן תדירה ביותר קונכיית שן הים (דֶנְטַלִיוּם בלעז), נמצאו באתרים נאטופיים. רובן נאספו בים התיכון, אולם ים סוף, הנילוס ואף האוקיינוס האטלנטי נמצאו כמקור של חלקן. חומרי גלם אחרים היו הירקן, המלכיט, האובסידיאן, הגיר והבזלת. עצמות ושיני טורפים הוסבו לתכשיטים, ועולה על הדעת כי חומרים כלים כעץ ונוצות שימשו גם כן. אנה בלפר-כהן מצביעה על הדמיון בין עיטורי הגוף הנאטופיים לאלו של הפלאולית המאוחר האירופי. מרבית התכשיטים שהתגלו נמצאו על שלדי הקבורים, ושמשו כתליונים, חגורות, צמידים ועיטורי ראש.
באמנות הנאטופית ניכרים מאפיינים טבעיים שמקורם באומנות פלאוליתית עתיקה. אף על פי כן, נמצאו מספר צלמיות אנושיות, כמו ראשי האדם ממערת הנחל ועינן והפסלון מעין סח'רי המתאר, כפי הנראה, זוג המקיים יחסי מין. כלים שחרותות עליהם דוגמאות שונות, או לוחות עם חריתות בצורת בעלי חיים הם מרכיב נוסף של האמנות הנאטופית. נתזי אבן גיר, קרניים, עצמות וידיות מגל עשויות עצם הוסבו למיני יצירות. הדמויות הנפוצות הן של בעלי חיים כצבאים, ינשופים, פרים, צבים ומעלי גרה למיניהם.
כלכלה.
ציד.
מרכיב מרכזי בכלכלה הנאטופית הוא ציד של מגוון רחב ביותר של בעלי חיים. הנאטופים עשו שימוש, כפי הנראה, באמצעים טכנולוגיים כקשתות ורשתות לציד. ייתכן כי כלבים שולבו בציד, אך חסרים ממצאים לבסס טענה שכזאת. שינויים בדפוסי הציד בין התקופה הנאטופית לקודמותיה בולטים כאשר בודקים קבוצות בעלי חיים לפי ערכם הכלכלי ולפי אסטרטגיית הבריחה שלהם (דהיינו התועלת שבהשגתם מול העלות – הקושי לתופשם). מונרו מחלקת את הפאונה הנאטופית לשלוש קבוצות:
הראשונה בהן, קבוצת מכפילי הפרסה ומפריטי הפרסה, מונה כתשעה זנים עיקריים: צבי מצוי, יחמור פרסי, אייל אדמוני, אייל הכרמל, שור הבר, חזיר בר, עז הבר, פרא וסוס רמכי. על הקבוצה השנייה, קבוצת הטורפים, נמנים השועל המצוי, חתול הביצות, גירית מצויה וסמור.
בקבוצה השלישית, קבוצת "בעלי החיים הקטנים", היינו בעלי חיים צמחוניים שמשקלם לא עולה על חמישה ק"ג, שכיחים ביותר צב היבשה המצוי, הארנבת המצויה, חוגלת הסלעים, מספר דורסי יום ועופות מים. מהמחקר בטראסת מערת הנחל עולה בעל חיים נוסף שלא הופיע בחלוקה של מונרו: החולד הארצישראלי.
בקבוצה הראשונה נפוץ ביותר הצבי המצוי. הוא מרכיב כ־90 אחוזים מהמכלול הנאטופי של הפרסתנים: עלייה של כ־20 אחוזים בהשוואה לתקופה הכבארית. הזינוק בכמות הצבאים בא על חשבון היחמור הפרסי שצנח מכ־20 לכ־2 אחוזים. הנאטופית עוברת את קודמותיה גם בשיעור הניצול של צבאים צעירים, דהיינו אלו שגילם נמוך מ־18 חודשים. הסבר מקובל לתופעה היא הוצאת הצבאים מאיזון אוכלוסייתי, והכנסתם לשלבי התאוששות המתאפיינים באוכלוסיות צעירות. הנאטופים אפוא לא העדיפו צעירים, אך אחוז המפגשים עימם עלה ואיתו עלו סיכויי הציד. ייתכן שהעדפה על בסיס מגדרי הייתה קריטריון ציד נאטופי, כפי שמעיד מחקרו של בר־עוז המתווסף למחקרים קודמים, וגורס כי אחוז הנקבות בפאונת הצבאים נמוך ביותר. כל זה עשוי להעיד על ניצול אינטנסיבי יותר של הצבאים, שהעמיד את אוכלוסיותיהם במצב של לחץ.
הועלתה בעבר תאוריה לפיה הנאטופים אף עסקו בפרוטו־ביות של הצבאים, וזאת על סמך זהות הצבאים שניצודו ונתוניהם הגופניים. טענה זאת הופרכה אחר סקירה מחודשת של הנתונים. יתרה מכך, האופי של הצבאים מקשה מאוד על רעייתם והגנתם, ועל כן פוגם ברווח המופק מהם. אף על פי כן, ישנן עדויות לביות אחר בנאטופית, ביות הכלבים. עד כה נתגלו ארבע קבורות כלבים, והמפורסמת בהן נמצאת בקבורה 104H בעינן. גורי הכלבים, או הזאבים, נקברו בסמוך לאנשים. אלו, כאמור, אולי סייעו בציד, וכנראה התגוררו בסביבה האנושית.