לאחר כיבושה של פולין, ניתנו על ידי אדולף היטלר שני צווים (ב-8 באוקטובר וב-12 באוקטובר 1939) אשר סיפחו לגרמניה חלקים נרחבים ממערב פולין. חלקים אלו כללו את אזור המסדרון הפולני והעיר החופשית דנציג, וכן את פרוסיה המערבית ושלזיה העילית, שסופחו לפולין בהסכם ורסאי, אך גם חלקים אשר היו פולנים ללא עוררין, הן מבחינת ההיסטוריה שלהם והן מבחינת הרכב אוכלוסייתם, לרבות העיר לודז', שהייתה העיר השנייה בגודלה בפולין. שטחם של חלקים אלו היה 94,000 קמ"ר ואוכלוסייתם 10 מיליון נפש, רובם הגדול פולנים.
על פי תנאי הסכם ריבנטרופ מולוטוב, אשר אושררו בהסכם מיום 28 בספטמבר 1939, סיפחה ברית המועצות לשטחה את כל השטח שממזרח לנהרות פיסה, נַרֶב, הבוג המערבי וסן, פרט לאזור שמסביב לוילנה אשר נמסר לליטא, ואזור סובאלקי אשר סופח אף הוא לגרמניה. באזורים אלו חיה אוכלוסייה מעורבת של פולנים, אוקראינים, בלארוסים ויהודים. השטח הכולל (לרבות השטח שנמסר לליטא) של השטחים שבשליטת ברית המועצות היה 201,000 קמ"ר, ואוכלוסייתו 13,500,000 נפש. רצועת אדמה צרה שהייתה חלק מהונגריה לפני 1914 ניתנה לסלובקיה.
לאחר ההתקפה הנאצית על ברית המועצות, בשנת 1941, המכונה "מבצע ברברוסה", חולקו טריטוריות אלו כדלקמן:
הממשל הכללי.
לאחר סיפוח חלקים מפולין לגרמניה ולברית המועצות, נותר חבל ארץ גדול במרכז פולין שבו הונהג "ממשל כללי" (בגרמנית "גנרלגוברנמן"), שבירתו הייתה קרקוב. הממשל הכללי כלל ארבעה מחוזות – ורשה, לובלין, ראדום וקרקוב.
המשפטן הנאצי הנס פרנק מונה למושל הממשל הכללי ב-26 באוקטובר 1939. תחת ממשלו של פרנק בוצעו פשעים שהיו מן האיומים שביצעו הנאצים. יהודי הערים הוכנסו לגטאות, ולאחר מכן הושמדו, ויהודי הכפרים נורו ב"אקציות" יזומות. האוכלוסייה הפולנית שימשה בעבודות כפייה בתעשיית הנשק הגרמנית.
עם ייסודו כללה אוכלוסיית הממשל הכללי כשנים עשר מיליון נפש, בשטח של 94,000 קמ"ר, אך מספר זה עלה כאשר כ-860,000 פולנים ויהודים גורשו מן השטחים שסופחו לגרמניה. מבצעי השמדה שננקטו הן כנגד האוכלוסייה היהודית, והן כלפי האינטליגנציה הפולנית, וחלקים אחרים באוכלוסייה אשר לא תאמו את עולם "הסדר החדש" שראו הנאצים בחזונם, כמו גם תנאי תברואה ותזונה לקויים במתכוון, הביאו לירידה מתמדת במספר האוכלוסין. גירושים לעבודת כפייה במפעלי הנשק בגרמניה אף הם תרמו לירידת מספר אוכלוסי הממשל הכללי. כמיליון פולנים גורשו לגרמניה, ורבים מהם מתו בתנאים האיומים ששררו במקומות בהם הועסקו עובדי כפייה.
היחס הגרמני לאוכלוסייה הפולנית.
הייתה זו מדיניותם של הגרמנים, במסגרת האידאולוגיה של "מרחב מחיה" ואמונתם בנחיתותו של "הגזע הסלאבי" לפיה פולנים שאינם ממוצא יהודי ייהפכו לצמיתים, ולבסוף יוחלפו במתיישבים גרמנים. במחוזות הממשל הכללי נאסר החינוך, פרט לחינוך יסודי, וכן נאסרו חיי התרבות והאומנות. האוניברסיטאות נסגרו, ואנשי האליטה האינטלקטואלית הפולנית – מרצים, סופרים, אנשי ממשל, עורכי דין, נרדפו והוצאו להורג. בשנת 1943 בחרו הנאצים בחבל זמושץ' הסמוך לעיר לובלין כמקום שיועד להתיישבות גרמנית. תוכננו יישובים גרמניים, והאוכלוסייה הפולנית המקומית גורשה בשיטות אכזריות, אך מעטים היו הגרמנים שאכן הגיעו להתיישב במקום.
האוכלוסייה הפולנית המקומית סבלה מן הכיבוש הגרמני במספר צורות. רבים גורשו מאזורים שיועדו להתיישבות גרמנית, והוכרחו להתיישב באזורי הממשל הכללי. מאות אלפים גורשו לגרמניה לעבודות כפייה בתעשיית הנשק ובחקלאות, ורבים מהם נספו שם בתנאי ההיגיינה והתזונה הירודים. מחסור כללי באוכל, דלק להסקה ותרופות שרר בארץ, וכתוצאה מכך גדל מאוד שיעור התמותה בקרב האוכלוסייה. אלפים נוספים נספו בפעולות תגמול אכזריות שיזמו הגרמנים מסיבות שונות. בסך הכל, נספו שלושה מיליוני פולנים (שאינם יהודים) כתוצאה מן השלטון הגרמני בפולין, בשיעור של 10% מן האוכלוסייה לפני המלחמה. כאשר מוסיפים למספר זה את שלושת מיליוני היהודים הפולנים שנרצחו, מגיעים לתוצאה לפיה למעלה מאחד מכל חמישה פולנים איבד את חייו כתוצאה מן הכיבוש הגרמני.
רוב הפולנים שאינם יהודים מתו כתוצאה מרעב, בריאות לקויה, או עבודות כפייה, או בהוצאות להורג אינדיבידואליות במקום הימצאם, ולא כתוצאה ממשלוח למחנות ריכוז. פרט לאושוויץ ששת מחנות ההשמדה בפולין שימשו במיוחד להרג יהודים. היה מספר רב של "מחנות עבודה" ("Gemeinschaftslager") לפולנים על אדמת פולין. רבים נספו במחנות אלו. אך רבים הם אף הפולנים שנספו במחנות הריכוז וההשמדה. האסירים הלא גרמנים הראשונים באושוויץ היו פולנים, שהיוו את רוב האסירים עד 1942, כאשר החלה ההשמדה השיטתית של היהודים במחנה זה. למעשה, הראשונים שהומתו בגז באושוויץ היו 300 פולנים ו-700 שבויי מלחמה רוסיים. פולנים רבים נשלחו למחנות ריכוז מחוץ לתחומי פולין – דכאו, ראוונסבריק, מאוטהאוזן וזקסנהאוזן.
השואה בפולין.
רדיפת היהודים בפולין החלה מיד לאחר הכיבוש הגרמני. במשך השנתיים הראשונות הסתפקו הגרמנים בגזל הרכוש היהודי, ודחיסת היהודים בגטאות, ומשלוחם לעבודות כפייה. בתקופה זו פעלו הגרמנים בקרב היהודים באמצעות "מועצות יהודים" (יודנרט), כאשר עוד ב-28 בנובמבר 1939 פרסם הנס פרנק צו המורה על כינון מועצות נבחרות בקרב הקהילה היהודית. בניגוד לפולנים שנאסרה עליהם כל צורה של ייצוג עצמי, נזקקו הגרמנים לאנשי היודנרט, על מנת לבצע את תוכניתם הזדונית להשמדת היהודים. חברי היודנרט מצאו עצמם במצב בלתי אפשרי, בו שמשו כלי בידי האויב המשמיד, אל מול ציפיות קהילתם כי ייצגו אותם נאמנה כלפי השלטונות הגרמנים, ויקלו על הגזרות שהושתו עליהם.
עם כיבוש חלקי פולין שהוחזקו על ידי ברית המועצות, ביוני 1941, החלו יחידות השמדה מיוחדות בשם איינזצגרופן לפעול בשטחים אלו, ולהרוג יהודים, לרוב ליד בורות ירי.
במהלך ועידת ואנזה ב-20 בינואר 1942 הציע הד"ר יוזף ביהלר, שהיה "מזכיר המדינה" בשטחי הממשל הכללי, לריינהרד היידריך להתחיל ב"פתרון הסופי של בעיית היהודים" בשטחי הממשל הכללי. עם זאת, ההמתות הראשונות בגז החלו במחנה חלמנו עוד בדצמבר 1941. בתקופה זו החלה השמדתם השיטתית של יהודי אירופה, והראשונים שנבחרו לכך היו יהודי הממשל הכללי. שישה מחנות השמדה הוקמו – אושוויץ, בלזץ, חלמנו, מאידנק, סוביבור, וטרבלינקה, ובהם הושמדו מיליוני יהודים. מתוך אוכלוסייה של שלושה מיליוני יהודים לפני המלחמה, שרדו כשלוש מאות ושמונים אלף יהודים לאחריה. מתוכם כחמישים וחמישה אלף יהודים בפולין עצמה, אשר הסתתרו ביערות ובקרב פרטיזנים, והיתר שבו מברית המועצות, נמצאו במחנות בגרמניה או לחמו בשורות הצבאות הפולנים – צבא אנדרס והצבאות ששיתפו פעולה עם הצבא האדום. כן כלולים במספר זה יהודים שהצליחו לצאת לארצות המערב בתחילת המלחמה.
השתתפות פולנים בהשמדת יהודים.
קיימת מחלוקת בדבר תפקידם של הפולנים בהשמדת היהודים. לאחר נפילת המשטר הקומוניסטי בפולין החל דיון חופשי וגלוי בנושא רגיש זה, בו השתתפו מפלגות פוליטיות פולניות, הכנסייה הקתולית, וארגונים יהודים בפולין ומחוצה לה.
לפני המלחמה היווה המיעוט היהודי בן שלושת מיליוני האנשים, כעשרה אחוזים מכלל האוכלוסייה. פולין הייתה ארץ קתולית אדוקה, וקיומו של מיעוט לא נוצרי כה גדול היה תמיד מקור למתח, ולעיתים לאלימות. האנטישמיות בפולין לבשה לעיתים אופי ממלכתי (כבזמנו של ראש הממשלה ולדיסלב גרבסקי) ולעיתים קיבלה עידוד מאת הכנסייה ומאת מפלגות פוליטיות. בסוף שנות השלושים צברה האנטישמיות הפולנית תנופה. את המאורעות בפולין בזמן השואה יש לראות על רקע זה.
במהלך הכיבוש הגרמני רוב הפולנים היו נתונים במאבק על עצם קיומם. לא היה ביכולתם להתנגד באופן פעיל להשמדת היהודים אף אם רצו בכך. היו מקרים רבים של פולנים שסיכנו את חייהם בניסיון להציל משפחות יהודיות ולסייע ליהודים (פעולה שגררה בעקבותיה עונש מוות לאדם שביצע אותה ולכל משפחתו, ולעיתים אף לשכניו). בשנת 1942 נוסד בפולין ארגון חשאי בשם זגוטה (ראשי תבות בפולנית של הוועד לסיוע ליהודים) בידי סופיה קוזאק. אין לדעת כמה הצליח הוועד לסייע ליהודים, אך בנקודת זמן אחת, ב-1943 היו תחת השגחתו 2,500 ילדים יהודים בורשה לבדה.
בפולין לא הייתה ממשלה מקומית של משתפי פעולה, כשם שהוקמה במקומות אחרים. מעט מאוד שיתוף פעולה ניתן לנאצים מן האוכלוסייה המקומית, פחות בהרבה מזה שניתן, לדוגמה בצרפת. הייתה זו תוצאה של היחס השלילי שנתנו הנאצים לאוכלוסייה, וכוונתם לרוקן את פולין מתושביה וליישבה בגרמנים. מכיוון שכך לא חפצו הנאצים בגיוס האוכלוסייה המקומית לעזרתם כמשתפי פעולה. כך, עובדי הכפייה הלא יהודים במחנות הריכוז, היו לרוב פולנים. תנועות המחתרת הפולנית – "ארמייה קריובה" הלאומית, ו"ארמייה לודובה" הקומוניסטית, אסרו על השתתפות בהשמדת היהודים, והענישו את המשתתפים בעונש מוות. בשנת 1943 נשלח נציג הארמייה קריובה, יאן קרסקי לדווח לבעלות הברית על השמדת היהודים בפולין.