התיק אוחד עם תיק אחר דומה, מחוז חינוך אבינגטון נגד שמפ," "והתביעה הגיעה לבית המשפט העליון של ארצות הברית ב-1963. בית המשפט הצביע 1–8 לטובת שמפ, החלטה תקדימית שלמעשה אסרה על חיוב תלמידים בדקלום פסוקי תנ"ך בבתי הספר. החלטה זו באה זמן קצר לאחר שחובת תפילה נאסרה על ידי בית המשפט בפסיקת אנגל נגד ויטאלה ב-1962.
התביעה המשפטית הבאה של אוהייר הייתה ב-1968, נגד נאס"א, בהקשר של קריאת פרק מבראשית במשימת אפולו 8. התביעה נדחתה על ידי בית המשפט העליון מטעמים טכניים. עם זאת, הייתה לתביעה השפעה - נאס"א ביקשו מבאז אולדרין להימנע מלצטט את התנ"ך במשימת אפולו 11, אך הוא כן הורשה לנהל את טקס הקדושה הראשון בחלל.
אוהייר הופיעה בתוכנית האירוח של פיל דונהיו מספר פעמים, ודונהיו אמר שאוהייר התנהגה באופן בלתי נעים ולעגה לו אחרי הצילומים על היותו קתולי, למרות שאחרי מותה של אוהייר הוא גם תיאר את המסר האתאיזם שלה כ"חשוב מאוד".
אוהייר תמכה במועמדותו של ג'ימי קרטר לנשיאות בשנת 1976 בגלל התנגדותו לתפילות בבתי הספר, תמיכתו בחינוך מיני בבתי ספר ציבוריים, ועמדתו לגבי סוגיות אקולוגיות.
ארגון "אתאיסטים אמריקאים".
באוסטין, טקסס, הייר יסדה את ארגון "אתאיסטים אמריקאים", "תנועה ארצית אשר תגן על זכויות האזרח של לא-מאמינים, תפעל למען הפרדת הדת מהמדינה, תעסוק בסוגיות של התיקון הראשון לחוקה". היא הייתה מנכ"לית הארגון הראשונה, והייתה לפנים הציבוריות של תנועת האתאיזם בארצות הברית במהלך שנות ה-60 וה-70. ב-1965, בראיון ב"פלייבוי", היא תיארה את הדת כ "קביים" ו"הסתמכות בלתי-רציונלית על אמונות טפלות ושטויות על-טבעיות".
אוהייר גם תארה רשימה ארוכה של מקרים של הטרדה, הפחדה, ואף איומים ברצח נגדה ונגד משפחתה, בשל אמונותיה. היא הקריאה מספר מכתבים שהיא קיבלה בדואר, בעלי תוכן אלים. היא אמרה שהיא עזבה את בולטימור בגלל רדיפות מצד התושבים, לרבות קבלת דואר המכיל תמונות מרוחות בצואה, רצח החתלתולה של בנה גארת, וזריקת אבנים על ביתה על ידי תושבי השכונה, תקרית אשר היא האמינה גרמה להתקף הלב הקטלני שגרם למותו של אביה.
היא הגישה מספר תביעות משפטיות בנושאים שהאמינה שיש בהם הפרת חוקת ארצות הברית כתוצאה מקשירת קשר בין הכנסייה והמדינה. תביעה אחת כזו הייתה נגד עיריית בולטימור, בדרישה כי זו תגבה מיסים על רכוש בבעלות הכנסייה הקתולית.
אוהייר אירחה תוכנית רדיו שבה ביקרה דת ותאיזם, וכן תוכנית טלוויזיה "הפורום האתאיסטי האמריקאי", ששודר ביותר מ-140 ערוצי כבלים.
אוהייר נשארה פעילה גם בשנות ה-80. היא הייתה כותבת הנאומים של לארי פלינט כשהוא רץ לנשיאות ב-1984, והמשיכה להופיע בתוכניות אקטואליה ואירוח. בינתיים, בנה ג'ון מארי נטל את ראשות ארגון האתאיסטים; הוא לא היה אהוד בארגון, ומספר סניפים פרשו מהקבוצה הראשית. ב-1991, יתר הסניפים המקומיים התפרקו.
בנה ויליאם ג'יי מארי הפך לנוצרי ב-1980, ואוהייר התנערה ממנו לחלוטין והצהירה שזהו דבר החורג מעבר לגבולות הסליחה.
בשנת 1990, ארגון "אתאיסטים אמריקאים" מנה רק את אוהייר, בנה ג'ון מארי, ונכדתה רובין מוריי אוהייר, בנוסף לצוות קטן. רובין הייתה בתו של ביל, שלאחר שהתנצר ניתק קשרים עם המשפחה, ומדלין אמצה אותה באופן רשמי. שלושת בני המשפחה חיו ביחד בביתה של אוהייר. הם הלכו למשרד יחד, חזרו הביתה ביחד, ואף יצאו ביחד לחופשות.
תיקים בבית המשפט.
בנוסף לתיקים המשפטיים המפורסמים של אוהייר, היא הגישה עוד מספר תביעות. זו רשימת התביעות העיקריות שהייתה מעורבת בהם סביב נושאי אתאיזם וחוקה:
פמיניזם.
בראיון בשנת 1965, אוהייר תיארה את עצמה כ"פמיניסטית מיליטנטית", הביעה חוסר שביעות רצון בשל אי-השוויון במעמדן של נשים באמריקה, ואמרה במהלך הראיון ש"הגבר האמריקאי ממשיך להשתמש בה מינית בשביל דבר אחד: אמצעי לשפיכה. זה לא עולה בדעתו שעשוי להיות לה ערך משל עצמה, או לדאוג לסיפוק המיני שלה... אמריקה היא עדיין חברה בשליטה גברית. רוב הגברים האמריקאים מרגישים מאוימים מינית אם הם לא יותר גבוהים מאישה, יותר אינטלקטואלים ממנה, מרוויחים יותר ממנה, ובעלי סטטוס תעסוקתי יותר גבוה משלה. הם חייבים להיות הסמכות, המילה האחרונה... ובכן, לי קשה לראות גברים או נשים בעמדה נחותה, כי יחסים מהסוג הזה הם ... סוג של רעל. ולפי דעתי, אף גבר לא ירצה אישה שנחותה ממנו אלא אם כן יש לו רגשי נחיתות משל עצמו."
עם זאת, הייתה לה גם ביקורת כלפי תנועת הנשים באוסטין, מכיוון שהרגישה שהווייתן לא הייתה במאבק לשינוי, אלא בהעצמה אישית בתוך המסגרת הקיימת, ושאין בכך להביא למהפכה או שחרור.
הרצח.
ב-27 באוגוסט 1995, אוהייר, בנה ג'ון, ונכדתה רובין נעלמו. על דלת המשרד הנעול של "אתאיסטים אמריקאים" היה פתק מודפס (לכאורה בחתימתו של ג'ון) לפיו, "משפחת מארי אוהייר הוזעקו אל מחוץ לעיר למקרה חירום. בזמן כתיבת מזכר זה, איננו יודעים לכמה זמן ניעדר." בביתה של אוהייר נשארו על השולחן שאריות ארוחת הבוקר; תרופות הסוכרת שלה היו על הדלפק במטבח, והכלבים נותרו ללא השגחה. בשיחות טלפון כמה ימים מאוחר יותר, השלושה אמרו כי הם בסן אנטוניו, טקסס בעניינים "עסקיים". לאחר כמה ימים נוספים, ג'ון הזמין מטבעות זהב בשווי $600,000 מתכשיטן, וקיבל משלוח של $500,000 מהן.
עד ל-27 בספטמבר, עובדי "אתאיסטים אמריקאים" קיבלו מספר שיחות טלפון מרובין וג'ון, אך אלו לא הסבירו למה עזבו או מתי יחזרו, ואף על פי שאמרו שהכל כשורה, הם נשמעו מתוחים ומוטרדים. החל מ-28 בספטמבר, לא הייתה מהמשפחה כל תקשורת נוספת.
אף אחד לא התקשר למשטרה, ואפילו כאשר עברו חודשים, נציגי הארגון טענו אל מול שמועות שהחלו שמדלין היא ללא שום ספק בחיים, אך סירבו להגיד על סמך מה הביטחון הזה. בין השמועות שרק התרבו בתקופה זו, היו שהמשפחה ברחה עם כסף של הארגון לניו זילנד, שמדלין רצתה להתבודד כדי למות בשלווה לאחר שבריאותה התדרדרה, וכן שג'ון ורובין רצו להשתחרר מהתלות המשפחתית. בין יתר השמועות, היו תאוריות שהמשפחה נפלה קורבן לאלימות. במהלך הקריירה שלה, אוהייר צברה אויבים, ועיתונאים שסקרו את המקרה בתקופה זו לא התקשו למצוא אנשים שידברו בגנותה.
ועדיין לא הייתה חקירה משטרתית, ואפילו היו פעילים אתאיסטים שגילו אהדה כלפי היעלמותה, מכיוון שלא אהבו את הסגנון הבוטה של אוהייר. וכן, בזמן היעדרות המשפחה, יו"ר הדירקטוריון של "אתאיסטים אמריקאים", טייסון, עבר לגור בביתם, וכן היה לארגון אינטרס להסתיר את המצב האמיתי שלו, מאחר שהסתבר שבמקום מעל 50 אלף חברי ארגון שאוהייר טענה להם, היו פחות מ-2500. מצידו, ביל מארי חשש שאם ידווח למשטרה על העלמות המשפחה, הוא יואשם בניסיון להשתלט על נכסיהם, וזה אכן מה שקרה, ומשם התפתחו האשמות הדדיות בין נציגי הארגון למארי.
החקירה.
באוקטובר 1995, נמצאה גופתו הערומה והמרוטשת של גבר, כרותת ראש וידיים, שנזרקה לשדה קוצים מבודד בדאלאס. לא היו לגופה סימנים מזהים, והיא נקברה בקבר אלמוני. המקרה נותר פתוח.
בינתיים, עברה שנה מהעלמות משפחת מארי אוהייר, ולא נשמע מהם דבר. עיתונאי בשם ג'ון מקורמק מונה לכתוב על המקרה לרגל יום השנה, והוא החל לבדוק את פרטי המקרה. הסודיות והחשאיות של "אתאיסטים אמריקאים" עוררו בו חשד שההיעלמות לא הייתה כשורה. הוא המשיך לחקור את המקרה, ולבסוף הארגון הודה שנעלמו כספים, וחשפו את דבר חצי מיליון הדולר שהועברו לג'ון שנה קודם לכן. תגלית זו עוררה את עניין רשות המיסים, אשר ביטלה את הסטטוס של הארגון כמלכ"ר, ואחזה בנכסי הארגון ונכסיה של אוהייר, ופינו את טייסון מביתה.
השתלשלות אירועים זו עוררה חשדות מחודשים לגבי פעילות פלילית מצד הנעדרים, אך גם לגבי היעלמותם. מקורמק חבר לבלש פרטי בשם טים יאנג, ושניהם ביצעו חקירה מקיפה לגבי כל האירועים לפני ומאז היעלמותם של מדלין, ג'ון ורובין. בין האנשים שדיברו איתם היה עובד לשעבר של ארגון "אתאיסטים אמריקאים", דייוויד ווטרס. ווטרס היה המקור של חלק מהסיקורים העיתונאיים המובילים במקרה. פושע מורשע, ווטרס השיג את אמונה של אוהייר, והיה למנהל לשכת הארגון. לאחר שגנב מהארגון כספים, ומשום מה מערכת המשפט נתנה לו את הקלים בעונשים, אוהייר ניהלה נגדו קמפיין יחצנות כדי שדבר מעילתו יוודע ברבים, והיא גילתה גם שהוא רצח נער אחר כשהיה בן 17. ווטרס היה מאחורי הטענה שהשלישייה ברחה לניו זילנד עם כספי הארגון.
מקורמק החל לחשוד בסיפורו של ווטרס. חקירתו התנהלה כבר מזה שלוש שנים, והוא נודע כסמכות מובילה בנושא. ב-1998, הוא קיבל טלפון ממקור אנונימי, שסיפר לו שהיעלמותו של פושע בשם דני פריי עשויה להיות קשורה להיעלמותם של בני משפחת מארי אוהייר. פריי, מסתבר, הסתובב עם ווטרס בתקופה הרלוונטית, וסיפר למקורביו שהוא מעורב ב"תוכנית שתעשיר אותי". ארוסתו דאז סיפרה שפתאום הוא נהיה עצבני ומרוחק, וסירב להמשיך לדבר על התפתחות התוכנית המדוברת. ואז הוא נעלם.
מקורמק הרגיש שהוא מתקרב לפתרון התעלומה, אך היו חסרות לו הוכחות. ווטרס הכחיש כל קשר לדבר, ואילו המשטרה טענה שללא גופות או ראיות פיזיות אחרות אין בידם לקבוע שאירע פשע מלכתחילה.
אך כשמקורמיק השיג את רשומות שיחות הטלפון של פריי, התגלה שאכן היה בקשר צמוד עם ווטרס, ושווטרס שיקר לגבי הדבר. הוא גם השיג ראיות להוצאות כספיות גדולות במזומנים של ווטרס ופריי, שמקורם לא ידוע.