לבסוף הצאר יצא מן המשחק תמורת כמה הטבות טריטוראליות מצידו של מקסימיליאן.
למרות התמיכה של האפיפיור ושל ראשי הכנסייה הקתולית בפולין בקיסר, המצב הגאופוליטי החדש גרם לחששות רבים בקרב פולנים רבים (שהתאחדו לא מזמן עם ליטא במדינה אחת בעקבות איחוד לובלין ב-1569) שהרוסים והגרמנים יחלקו ביניהם את הממלכה המאוחדת, בעוד הטורקים ימשיכו מצידם להוות איום מדרום.
באותה תקופה סוכן של באטורי באיסטנבול, בשם ראץ, הפיץ שם שמועות על סיכוייו כביכול של איוואן האיום להיבחר כמלך פולין, מה שגרם לווזיר הגדול מהמט סוקולו להזכיר לפולנים כי האימפריה העות'מאנית מעוניינת לומר דבר או שניים לגבי בחירת מלך פולין. הווזיר הורה לטטרים בפיקודו של הביי מפילק לבצע כמה פשיטות לשטח הממלכה הפולנית-ליטאית במטרה זו. הסוכן ראץ שכנע את הווזיר הגדול כי לבאטורי יש סיכויים טובים בקרב האצולה הפולנית. בנסיבות אלה הוסיף השליח של סוקולו בפולין את שמו של באטורי לרשימת המועמדים הנהנים מתמיכת השער הנשגב.
בהשפעת הנציג של האפיפיור, הנונטיוס ויצ'נצו לאורו והקרדינל יאקוב יוחנסקי, הסנאט של פולין,
שהתכנס ב-12 בדצמבר 1575, בחר במקסימיליאן למלך. לעומת זאת באטורי, שהיה ידוע בסובלנותו הדתית היחסית בטרנסילבניה, זכה לתמיכת האצולה הבינונית הפולנית, ובמיוחד של האצילים האוהדים את הרפורמה הפרוטסטנטית ואחדים מהם אפילו את הסוציניאניזם, שפחדו מאוד ממדיניות הרפורמה הנגדית של בית הבסבורג ורצו למנוע דריסת רגל של השושלת הזאת בפולין.
אחרי יומיים של סערת רוחות ציבורית, שבה חלק מהאצולה ובראשה יאן זאמויסקי איימה במלחמת אזרחים אם לא ייבחר מלך פולני שורשי מבית פיאסט, אומצה החלטה אחרת, מיוזמתו של הקסטלן מבייץ', סטניסלב שפרנייץ: לבחור באנה יאגיילונקה למלכת פולין ולחתנה עם המועמד הסביר יותר מבחינת האינטרסים של פולין, סטפאן באטורי. באטורי הסכים מיד.
לפיכך, על אף שהאצולה העליונה יחד עם הכמורה הצביעו בעד מקסימיליאן וההבסבורגים, באספה שהתקיימה ביידזייוב, על יד ורשה, 15 בדצמבר 1575, קולות האצולה הבינונית הכריעו את הכף לטובת בחירתם של אנה ושל באטורי.
נציגי ליטא עזבו במחאה את הפרלמנט ולא השתתפו בהצבעה.
ב-18 בינואר 1576 הגיע מידזייוב לקרקוב כוח צבאי של כ-20,000 לוחמים והטילו אימה על נאמני ההבסבורגים בעיר ובאקדמיה היאגיילונית. בחירתו של באטורי קיבלה אישור סופי.
ב-16 בפברואר 1576 חתם סטפאן באטורי, בעיר מדיאש, את ההסכם pacta conventa
שבו התחייב בפני האצולה הפולנית, בין השאר, להחזיר לפולין את השטחים שסופחו על ידי רוסיה במלחמת ליבוניה. כעבור חודש, ב-16 במרץ חצה את גבול פולין על מנת להגיע אל מחנה תומכיו בקראקוב.
ב-1 במאי 1576 באטורי התחתן עם אנה יאגיילונקה והוכתר בקתדרלת ואוול למלך פולין בשם סטפאן הראשון. הטקס נוהל אל ידי הבישוף של קויאוויה, סטניסלב קארנקובסקי, שהשתכנע מאמונתו הקתולית של באטורי, בעוד הקרדינל הפרימאט של פולין, יאקוב אוכנסקי סירב לעשות זאת.
ב-24 במאי הצליח כוח צבאי בשרות המלך החדש להתגבר על מגיני הטירה בלאנצקורונה של אלברט לאסקי, הפלטין משייראדז, שנמנה עם התומכים הכי גדולים של ההבסבורגים.
לרגע איחוד לובלין נראה כעומד להתבטל, בגלל התנגדותם של נציגי ליטא ששקלו ברצינות לבחור בקיסר מקסימיליאן כדוכס גדול של ליטא. אחרי משא ומתן קדחתני והבטחות כי ליטא תמשיך לשמור על זכויותיה במסגרת ה"רפובליקה" הוכר גם סטפאן באטורי כדוכס גדול של ליטא, דוכס של רוטניה וסמוגיטיה.
כגמול להכרתו, הקים סטפאן, בעזרת הישועים, את אוניברסיטת וילנה -
Alma Academia et Universitas Vilnensis Societatis Iesu.
נסיך טרנסלבניה.
על אף שהפך למלך פולין, לא ויתר באטורי, בהסכמת הסולטאן (שבאה ליד ביטוי בפירמן ב-23 בינואר 1576),על השליטה בטרנסילבניה. בני חבל ארץ זה שבו נולד, תפסו מקום נכבד בחצרו ובצבאו. בין פולין ובין טרנסילבניה נוצר מצב של "אוניה פרסונלית". סטפאן באטורי אימץ לעצמו את התואר של נסיך טרנסילבניה (בדומה ליאנוש ז'יגמונד סאפויאי בעבר) ומינה ל"וייבוד" של טרנסילבניה וכממלא מקום שלו שם, את אחיו הבכור, קרישטוף באטורי.
אחרי מותו של זה ב-1581 מינה במקומו את בנו של המנוח, ז'יגמונד באטורי. מפני שז'יגמונד היה קטין, מינה לצידו את יאנוש גיצי כמושל ועוד יועצים נוספים כדי שינהלו בפועל את הנסיכות.
כנסיך של טרנסילבניה, החליש באטורי את כוחה של הדיאטה וחיזק את השלטון המרכזי
נקט במדיניות לא פופולרית, לטובת האצילים. בשנת 1577 הורה על החזרתם בכוח של הצמיתים העריקים לאחוזות אדוניהם. כמו כן דיכא ללא רחמים את מרידות הסקלרים.
התושבים העניים שילמו מחיר כבד על השתתפות טרנסילבניה במאמציה הצבאיים של פולין נגד רוסיה. הוטלו מיסים כבדים ואלפי לוחמים טרנסילבנים, רובם סקלרים, השתתפו במלחמה בתקווה להיחלץ מהחיים הקשים בבית.
אצילים הונגרים מטרנסילבניה בחצר הפולנית.
באטורי הקים לעצמו בקרקוב "קנצלריה" בראשותו של מרטון ברזביצי, שאחרי מותו של קרישטוף באטורי ניהל בפועל את עיניני טרנסלבניה, כשההקנצלריה המקומית בטרנסילבניה בראשותו של פרקש קובאצ'וצי, הייתה כפופה לה. עם אנשי המלך שליוו אותו לפולין, נמנו אנדראש באטורי, בולדיז'אר באטורי, ז'יגמונד פורגאץ',מיקלוש אורבאי ויאנוש צ'פי, מוזש סקיי, איש צבא, כמו כן פרנץ וסלני, שמבלאן, שהיה היחיד שנשאר בפולין עד מותו של המלך, ולא עורר עוינות בקרב הפולנים ופרקש קובאצ'וצי, ראש הקנצלריה של טרנסילבניה, שהשנתיים בהן שהה בקרב האריסטוקרטים הפולנים היו לדבריו שנות סבל. בין אצילים הארנסילבנים ששהו בפולין ניתן לציין גם שמות כמו בולדיז'אר קארוי, בולדיז'אר קמן, בני משפחת באנפי (אישטוואן, קרישטוף וגיירג'), פרנץ בזרדי, גאבור מאילאט, גיירג' איריני, שצאצאיהם עוד ישחקו תפקידים חשובים בהיסטוריה של טרנסילבניה והונגריה.
מלוכתו של סטפאן באטורי בפולין וליטא.
שאיפותיו של באטורי והאינטרסים הפולניים.
באטורי שאף לקבל את כתר הונגריה. בחירתו של באטורי בפולין הייתה כרוכה בחפיפה חלקית בין שאיפותיו הפוליטיות והאינטרסים של הממלכה פולנית. באטורי שאף לטווח ארוך לנהל מלחמת שחרור נגד הטורקים העות'מאנים ובו זמנית לחבל בתביעות ההבסבורגים לכתר הונגריה. סיכוייו למלוך בפולין חוזקו על ידי מות יריבו, מקסימיליאן השני בנובמבר 1575.
האצולה הפולנית חששה שלא ישים את יעדיו בהונגריה מעל האינטרסים של פולין.
המצור על גדנסק.
בהתחלה נקלע באטורי במצב פוליטי וכלכלי קשה. המדינה נפגעה מאוד מתקופת האינטרגנום. הקיסר מקסימיליאן השני התעקש לממש את בחירתו על ידי הסנאט הפולני, תמך בהתנגדות פנימית ובברית עם רוסיה, התכונן לפעולה צבאית.
אולם מותו הפתאומי עקב מחלה גרם להתהפכות המצב.
העיר שהפגינה ההתנגדות הכי עזה לשלטונו של סטפאן הייתה גדנסק, בגרמנית דנציג. עתירת נכסים, כחברה בברית ההאנזה ובתור נהנית מהתמיכה החשאית של דנמרק ושל הקיסר הגרמני, דנציג תמכה בבחירתו של מקסימיליאן והייתה נחושה שלא להכיר בבאטורי.
אחרי מצור של שישה חדשים, הצבא של דנציג, שכללה 5,000 שכירי-חרב נוצחה בקרב בשדה פתוח ב-16 בדצמבר 1577.
אך מפני שצבאו לא היה מסוגל לכבוש את העיר בכוח, ומכיוון שלא הצליח להשיג מספיק כסף מהאצולה הפולנית, נאלץ באטורי להגיע לפשרה:
הסכים להכיר במעמד המיוחד של העיר ובפריבילגיות שלה, כפי שהוכרו על ידי מלכי פולין הקודמים. יתרה מזו, ביטל את הצ'רטר שהעניק לכתר הפולני מונופול על המדיניות הימית ושהבטיח את שלטון פולין בנמל. בתמורה הכירה בו העיר כשליט של פולין ושילמה לו סכום עתק של 200,000 גולדנים בתור פיצויים.
בהמשך גדנסק נשארה נאמנה לפולין בימי המלחמות עם שוודיה ועם רוסיה וסיפקה לרפובליקה את הסיוע הנדרש.
עם זאת לטווח ארוך הוויתורים לגדנסק נחשבו להחלטה מזיקה. הם החלישו את הקשרים החוקיים בין פולין לדנציג ופגעו בזכויות הכתר הפולני לבנות צי צבאי בים הבלטי מבלי לקבל את אישור שלטונות הנמל.
חיזוק השלטון המרכזי.
הניצחון בדנציג איפשר לסטפאן לחזק את סמכותו המלכותית, בתמיכת הקנצלר שלו, יאן זמויסקי, שהיה פוליטיקאי מוכשר. שניהם הצליחו לגבור על סיעות השלאכטה הליטאית והפולנית
על ידי הטלת מיסים גבוהים יותר על אדמות הכתר ועל הרכוש המלכותי שהוחכרו לאצילים.
באטורי הודיע שלא יגביר את סמכויות הסיים והעדיף לפנות ישירות לאסיפות מחוזיות שיכלו להשתכנע יותר בקלות לתמוך במלך.
סטפאן באטורי ארגן מחדש את הצבא הפולני. בין החידושים שהנהיג היה הקמת כוח רגלי חצי-מקצועי, המורכב מאיכרים מאומנים בלחימה רגלית ובהנדסה קרבית. הוא הצליח לגייס גם את הקוזקים מאוקראינה ומגדות הדנייפר בתוך כוח צבאי סדיר שהיווה מחסום נגד הטטרים, הטורקים והצבא הרוסי. בזמנו הונהג התפקיד של יסאול, סגן האוטמאן, בצבא הקוזאקים.
בעמדות מפתח בצבא, וגם במנהל, מינה באטורי אנשים מחוץ לממסד והפחית בדרך זו את תלותו באצולה ואת יכולתה לכפות עליו ויתורים.
לעומת זאת הוא עודד את צמיחת כוחן של כמה משפחות אצילים שחבו למלך את עושרם ואת מעמדם, כגון משפחת זמויסיקי.
הוא ביצע גם רפורמה של המוסדות המשפטיים על ידי הקמת בתי משפט לערעורים - בפולין ב 1578 ובליטא ב-1580.
באטורי תמך בהקמת בתי דין של האצולה, מה שהפחית את כוח המלך מול האצולה אך הרגיע את חששותיה ועזר להשגת תמיכתה ביעדי המלך.
כדוגמה להפעלת החוק והסדר הורה באטורי להוציא להורג את האציל סמואל זבורובסקי שהוגלה בעבר בגלל אשמת רצח ושהעז תוך הפרת צו ההגליה, לחזור למדינה. באטורי נקט בענישה זאת על אף שמשפחתו של זבורובסקי סייעה לבחירתו למלך פולין.