הקבוצה מתגייסת להתנקש בחייה של הקוסמת על ידי גנרל הממשל Galbadia. ההתנקשות מתוכננת ביום השבעת של אדיאה בעיר Delling, אליהם מצטרף צלף, אירוויין קינאס.
גנרל הממשל הוא אביה של רינואה (שנמצאת במחתרת נגד הממשל), הוא ביקש עזרה כיוון שהממשל רצה לעזר באדי כגוף מאיים. החבורה מבינה שבין האב לבתו יש עימות מתמיד מאז תאונת הדרכים של אמה במהלכה נפטרה. קוויסטיט, שנשארת עם חלק מהקבוצה, מתעמת עם רינואה לגבי שאיפתה להביס את אדי באמצעות חפץ מכושף ומנסה להסביר לרינואה על חומרת המצב.
הקבוצה משאיר את רינואה בביתה והולכים לבצע את משימת ההתנקשות. הזמן עובר וקוויסטיט חוזרת להתנצל על התנהגותה הנוקשה. היא מגיעה לחדרה יחד עם הקבוצה והם ננעלים בחדר בידי אביה של רינואה (שרצה למנוע מרינואה לצאת). רינואה, לעומת זאת, הולכת אל אדי להביא לה את החפץ שאמור להחליש אותה. התוכנית לא עובדת.
השעה 20:00 בדיוק ואירווין חוטף רגלים קרות, סקוואל מצליח לשכנע אותו לירות, אולם, אדיאה חוסמת את המתקפה עם לחש וסקוואל נאלץ להתמודד עם הבעיה בעצמו. הוא רץ בין ההמוני הישר אל אדיאה. סייפר שהפך להיות "אביר המכשפה", חוסם אותו ובין השנים נפתח דו-קרב. לאחר שהוא מביס את סייפר, מגיעים עוד שנים מחברי הקבוצה, יחד הם נלחמים מול אדי. בתום הקרב, אדי נעזרת בהתקפת הקרח של Limit Break שלה הפוגעת בחזהו של סקוואל.
דיסק שני.
סקוואל מתעורר בכלא המחוזי D, בו גם מוחזקים החברים שלו. הוא עובר עינויים בידי סייפר, הדורש לדעת את מטרתו האמיתי של SeeD. סקוואל מתעלף עקב הכאב. מומבס (דמות בצורת אריה), שחושב שהוא אדם בשם לגונה, משתחרר אותו. שאר חברי קבוצתו שנכלאו גם, מצליחים להשתחרר. הם נפגשים ומגלים כי Galbadians שיגרו טילים נגד Trabia Garden במסגרת התוכניות של אדי להשמיד את הגן. הגן שעומד להיות מושמד בזמן הקרוב הוא Balamb.
לכפיכך, הקבוצה מתחלקת לשתי קבוצת. קבוצה אחת בפיקודו של סקוואל, שתזהיר את הגן, וקבוצה שנייה בפיקודה של סלפי שינסו למנוע את שיגור הטילים. קבוצת של סלפי הצליחו רק למנוע פגיע ישיר על בית הספר ובקושי שורדים לאחר ההשמדה העצמית של המקום.
סקוואל מגיע אל Balamb Garden ומגלה מהומה. סטודנטים נלחמים זה נגד זה. מתוך המרקחה מבין סקוואל כי חלק מהסטודנטים נמנים בצדו של סיד המנהל וחלק אחר עם נורג, מאסטר הגן. סיד, מנהל הגן, הוא היזם להקמת האקדמיה שמטרתה להביס קוסמת מהעתיק. סיד מחליט להקים את האקדמיה בעקבות אשתו, אדי, שמספרת לו על מכשפה מהעתיד שמנסה להשתלט עליה במטרה לשנות את העבר.
כיוון שלסיד אין כסף, הוא נעזר בחברו, כשותף לעסק, נורג. נורג עזר לסיד לממן את הקמתו של הגן, הוא ראה בגן כיוזמה רווחית על אף, שמטרתה האמיתית של הגן היה להביס את הקוסמת. ניגוד העניינים הצית את המאבק הפנימי. לאחר תבוסות נורג, סקוואל מגלה כי ה"גן" יכול להתנייד, מה שמונע את הפגיעה בגן. הגן יוצא מכלל שליטה ופוגע בעיר הדיגים. בעיר הדיגים, נפגשים חברי החוליה עם קבוצתה של סלפי.
סקוואל נסער מהאירועים, אולם הוא שומר על קור רוח. לאחר התנצלות בפני ראש עיר הדייגים, הוא ממונה בידי סיד להיות מפקד הגן, הוא מקבל את התפקיד בהסתייגות. בעיר הדייגים, מתכננים חבריו של סקוואל קונצרט, לכבוד מינויו לתפקיד. אירווין מנסה לשדך בין רינואה לסקוואל.
סקוואל מחליט לחוזר אל גן אחר, Balamb Garden. שם, הוא מוצא כי Galbadians, תחת פיקוח חברי סיפר : פוג'ין וראיג'ין, כבשו את במקום בעקבות חיפוש אחר אישה בשם, אלון. סקוואל והחבורה משחררים את העיר ומשם עוברים אל גן אחר, Trabia Garden, גן הבית של סלפי.
Trabia Garden הוחרב בעקבות הפיצוץ, סלפי מתאבלת על חורבן ונפגשת עם ידידים. הקבוצה מטיילת בעיר והם נעצרים במפגרש כדורסל, שם סלפי, סקוואל, זל, אירווין וקוויסטיס, מתחילים בהדרגה להזכר שהם כולם חיו יחדיו בבית יתומים וטופלו על ידי אישה בשם מטרון, אדיאה. הם מסקים שהם שכחו את עברם כיוון שהם השתמשו ב-GF. איוורגין היחיד שלא השתמש ב-GF ולכן, לא שכח מעולם את הזיכרונות. לכן, כולם מחליטים לחזור לבית היתומים, רק כדי לגלות כי צבא Galbadia Garden הגיע לשם, ראשונה. הצבא התכונן לתקוף את האקדמיה ונפתח קרב. באמצע הקרב, סקוואל מציל את רינואה שנפלה בין מפולת אבנים. הם נעצרים ליד ספינת Galbadia. שם רינואה מחזירה לסקוואל את הטבעת שלו, אותה קיבלה מזל, לאחר נפילתה. לאחר השיחה השניים נכנסים לספינה ויחד עם שאר החברים נלחמים באדיאה. בתום הקרבות, אדיאה חוזרת למצבה הנורמלי, מנגד, רינואה נכנסת לתרדמת.
דיסק שלישי.
סקוואל הולך ל־estar למצוא את אלון בשביל להעיר את רינואה, על הדרך הוא מלווה את אדי לאריסטר אל ד"ר הודין, שמכין חפצים למכשפות כדי למנוע מאולטימיסיה להשתלט עליה שוב. כאשר הם מגיעים אל אסטר, הם שוב מגיעים ל"עולם החלום". כשהם מתעוררים, הם מדברים עם ד"ר אודין שמסכים לקחת אותם לחלל, בתנאי שעד שיגיעו ללונה גריט, שבחלל, הוא רוצה לבחון את רינואה. הם מתפצלים לשתי קבוצת, קבוצה אחת שומרת על אדיאה, קבוצה שנייה נמצאת בחלל.
באותו זמן, סיפר מחפש את לונטיפנדורה (תיבת שיכולה למשוך מפלצות מהירח לכדור הארץ) שהוחבא בים ומביא אותה לעיר טירזפוינט. בחלל הקבוצה רואה את " בכי הירח" (מפלצות מגיעות לכדור הארץ). הם פוגשים מדען בשם פייט ונפגשים עם אלון. לבינתיים, הלונה קרי, סוחפת את ספינת החלל ולכן, כולם מתבקשים להגיע לתא המילוט. סקוואל הולך לקחת את רינואה, אולם, אולטימיסיה השתלטה עליה (גם, רינואה היא מכשפה) כדי לשחרר את המכשף/ה עדאל. היא נוטשת אותה רינואה בחלל בתום שחרורו של עאדל. רינואה מתעוררת בחלל.
סקוואל אינו מבין מה קורה לרינואה שהחלה להלך בעצמה ולא מאפשרת מגע פיזי אליה. בתא המילוט, הוא מבקש מאלון לחזור בזמן בשביל שיוכל לראות מה קרה לרינואה. אלון עושה כדבריו, הוא מגלה שאולטימיסה היא זו שהשתלטה על רינואה. לכן, הוא מחליט לקפוץ לחלל ולרדוף אחרי רינואה. הוא תופס אותה ושם, הם רואים את ספינת החלל Ragnarok, שנסחפה בחלל.
בחללית, סקוואל ורינואה מתקשרים עם estar שרוצים לחתום את רינואה, מפני שהיא מכשפה. לראשונה, נוצר בין סקוואל לרינואה קשר עמוק מעבר לקשר ידידות. הבדידות ששניהם מרגישים מקשרת בניהם ומנחמת אותם.
סקוואל ורינואה מגיעים לכדור הארץ, שם איסטר לוקחים אותה אל ה"sorcerer's memorial".
עם יסורי מצפון, סקוואל חוזר לספינת החלל, שם פוגש את שאר החבורה. החבורה משכנעת אותו להשיב את רינואה חזרה. אכן, הוא חוזר אל ה-sorcerer's memorial ומשחרר את רינואה. לבקשת רינואה, הם נוסעים לביתה של אדי.
בביתה של אדיאה, סקוואל ורינואה מדברים בשדי הפרחים. רינואה מספרת לו על סיוט שחלמה. בחלום היא אמורה להפגש עם סקוואל, אולם, היא לא מוצאת אותו, למרות כל מאמציה. היא מתעוררת בבכי ומוצאת את עצמה במיטה. כפתרון מציע סקוואל, באותן מילים המופיעות, בשיר הפתיחה, שהוא יחכה לה בשדה הפרחים.
הקבוצה נוסעת לדבר עם לגונה, ב-estar. מתברר שלגונה הוא נשיא העיר. לגונה מסביר להם איך להביס את אולטימיסיה. באותו זמן, הם גם מגלים שאלון נחטפה מתא המילוט על ידי צבא גלבדיה. הם טסים אל לוניטיפנדורה שם הם נלחמים בסיפר כדי להציל את אלון. לאחר שהם מביסים את סיפר, הוא בורח וחוטף את רינואה ונותן אותה לאעדל שמתאחד עם רינואה חלקית.
אחרי שהם מביסים את אעדל, אלון מחזירה את אולטימיסיה שבראש אעדל, כדי ליצור "איחוד זמן", לאחד את העבר, ההווה והעתיד יחד. הדרך היחיד שהחבורה תוכל להישאר יחד, כאשר הם חוזרים לזמנם הוא קשר החברות בניהם. הם מגיעים לזמן המאוחד, נכנסים לבית של אדי ומגיעים לטירה של אולטימיסיה ומביסים אותה.
דיסק רביעי.
לאחר הניצחון על אולטימסיה, החבורה חוזרת בזמן, כל אחד לחוד. רינואה רצה אל שדה הפרחים. סקוואל נתקע בזמן, בתקופה בה היה ילד וברח מבית היתומים כדי למצוא את "סיס", אלון. הוא לא מוצא אותה ומרגיש לבד. מטרון (אדיאה), פוגשת את סקוואל הבוגר היא אומרת לו שאין זה זמנו ויש מקום רק לסקוואל אחד. הם רואים שם את אולטימסיה שמעבירה את כוחותיה לאדיאה. סקוואל אוזר כוח, מבטיח לעצמו כי הוא אינו כבר לבד וממשיך לחפש את זמנו. הזמן עובר והספקות ממלאות אותו. הוא נופל על האדמה. רינואה מוצאת אותו בשדה הפרחים. לבסוף, כולם נמצאים בחגיגה על הספינה. סיפר עובר לעסוק בדיג.
הסיפור של לגונה.
במהלך כל העלילה, סקוואל ומספר מחבריו חולמים ומגיעים ל"עולם החלומות". בעולם החלומות סקוואל מגולם בדמותו של לגונה, חייל בחיל Balamb Garden. הוא חולם לעשות כסף ולאחר מכן, לפרוש ולהיות עיתונאי שמסקר מקומות בעולם.
במהלך שירותו בצבא, הוא פוגש את ג'ולי, זמרת ופסנתרית בעיר דלינג. הם מתאהבים אולם לא זוכים להיות יחד כיוון שבאחד מהקרבות נפצע לגונה וחבריו, הם קופצים מהצוק והשאר חושבים שהוא מת.
בזמן שלגונה מבריאי מפצעיו, ג'ולי מתנחמת בזרועותיו של מפקדו של לגונה, אביה של רינואה לעתיד. לגונה שומע על ההודעה מקרוס, חברו. הוא מפתח קשר עם רי, מי שטיפלה בו במהלך חצי השנה האחרונה. לרי יש ילדה, אלון. הם מתארסים.
במהלך המשחק אלון נחטפת בידי חיילי estar. לגונה שולח את אלון חזרה לאמה ומצטרף למחתרת. באותה תקופה, רי יולדת בן מלגונה, עם זאת, היא לא מספרת לו על כך. לאחר הלידה, רי נפטרת ושני הילדים נשלחים לבית היתומים של מתרון (אדי).