במאה ה-16 גדלה השפעת תורתם של חכמי צפת בתימן. מקורה של השפעה זו בנוסעים בני התקופה, תימנים ואחרים, ובספרים שנדפסו בצפת והחלו להגיע לתימן. ההשפעה התבטאה בעיקר בהגעתה של קבלת האר"י, שניכרה בכל תחומי החיים: החל במנהגים ובהלכה, וכלה בשירה ובמדרשים. המדרשים המאוחרים של יהודי תימן גדושים בדברי זוהר וקבלה, ומשופעים בדברים מן הפרדס (פשט, רמז, דרש וסוד) ומן הג"ן (גימטריה ונוטריקון). עקבות הקבלה בתחומי הפיוט הדתי ניכרים מאוד בפיוטיו של רבי שלום שבזי.
השבתאות הגיעה לתימן דרך מצרים, וגם מארץ ישראל. רבים מיהודי תימן התכוננו לעלות לארץ ישראל, אך הם נפגעו מתושבי תימן האחרים. בגלל התפתחות השבתאות בתימן, שלמה ג'מל, נגיד יהודי מצרים, נאסר והוצא להורג כאשר בא לתימן כדי להטיף לטובת השבתאות.
בתחילת תהליך ההשפעה, לא תפשו היהודים בתימן את היחס בין מסורתם הפילוסופית לבין המסורת הקבלית המיסטית שהובאה מארץ ישראל כסתירה. במהלך השנים, התפצל נוסח התפילה לשני מנהגים מרכזיים:
מבחינת פסיקת ההלכה, בחלק מהזרם השאמי נטו להסתמך יותר על השולחן ערוך, ובזרם הבלדי על הרמב"ם, אך בכל מקרה הן הזרם הבלדי והן השאמי קיבלו את סמכות הישיבה המרכזית בצנעא ובפרט את בית הדין בצנעא כפוסקת בכל דבר ועניין. בית דין זה היה הסמכות לכל יהודי תימן והוא פסק בדרך כלל על פי הרמב"ם אלא אם כן היה מדובר בדין שלא הזכירו הרמב"ם בחיבוריו, אז פסקו על פי השולחן ערוך.
לקראת סוף המאה ה-19 ניכרו תמורות בחיי הרוח של קהילת צנעא. בהשפעת נוסעים וחוקרים יהודיים, התעוררה התנגדות לקבלה ולמיסטיקה. מאוחר יותר הקים שם הרב יחיא קאפח את תנועת דור דעה ("דרדעים"), תנועה שדגלה בגישה רציונליסטית ברוחו של הרמב"ם והתנגדה לקבלה ולמיסטיקה. ה"דרדעים" סברו שעל יהודי תימן ללכת בשיטת הרמב"ם. לפיכך הם השמיטו מהתכלאל הבלדי תוספות רבות שנוספו לו בהשפעת הקבלה וסידורי ספרד, וביקשו לחזור לנוסח המקורי של הרמב"ם.
מסורות ייחודיות ליהדות תימן.
בגלל בידודה היחסי של תימן משאר היהודים במשך שנים ארוכות, שימרה המסורת בתימן, בעיקר זו הבלדית, מאפיינים ייחודיים, ואף עתה היא נחשבת לעדה שלישית, לצד הספרדים והאשכנזים. הדבר בא לידי ביטוי במנהגים שונים שמייחדים אותם, גרסאות משלהם לכתבי יד, ניקוד מילים בעברית ובארמית ועוד.
עם הבאת הדפוס האיטלקי לתימן, וביתר שאת עם העלייה לארץ ישראל והידוק הקשר עם קהילות יהודיות אחרות, נטשטשו מעט ההבדלים, אולם המסורת התימנית הייחודית ממשיכה להישמר בקהילות רבות של יוצאי תימן בישראל.
עוד מסורת ייחודית ליהודי תימן היא המנהג להתעטף בטלית בכל התפילות, כמו שכתב הרמב"ם: (). בתימן עצמה הטלית הייתה חלק מהלבוש היהודי, כך שבימי חול כשאדם היה יוצא מביתו הטלית הייתה מונחת מקופלת על כתפו, ובשבת גם ברחוב היו מעוטפים. בארץ התבטל המנהג לחלוטין.
על פי המסורת של יהודי תימן, ראשית גלות תימן התחילה כבר בסוף תקופת בית ראשון. באורח חייהם נשתמרו מנהגים המעידים על השפעה מארץ ישראל בתקופה קדומה, ביניהם בבית הכנסת, בסידור התפילה, בקריאת התורה ועוד. לדוגמה:
לשון.
הגייה תימנית.
ליהדות תימן מסורת הגייה ייחודית של העברית, המכונה "הגייה תימנית" או "הברה תימנית" (נקראת הג'ה בפי בני העדה). מסורת הגייה זו שימשה כאופן הביטוי של השפה העברית בפי יהודי תימן בתקופת הביניים של העברית. הגייה זאת נחשבת בעיני רבים למדויקת שבהגיות. ככל הגיות העברית בימי הביניים, אף היא לא שימשה ברובה לדיבור עברי, שכמעט לא התקיים אז, אלא בעיקר לצרכים ליטורגיים ובמהלך לימוד תורה.
המאפיינים העיקריים של ההגייה התימנית הם הקפדה על הגיית העיצורים הגרוניים (כגון ח ו-ע) והנחציים (צ, ט, ו-ק), שימור ההבחנה בין עיצור סותם לעיצור חוכך בכל אותיות בג"ד כפ"ת, ומערכת של שש תנועות.
תימנית-יהודית.
תימנית־יהודית היא דיאלקט של ערבית יהודית שמדובר על ידי יהודי תימן. זוהי שפה מעורבת, שמורכבת ברובה מהשפה הערבית המדוברת בתימן, אך מכילה גם יסודות עבריים. ניב זה של ערבית נכתב, כמו ניבי ערבית־יהודית אחרים, בכתב עברי. היו הבדלים ברורים בין מחוזות ואזורים שונים בתימן, שלכל אחד מהם היה דיאלקט משלו.
ערבית תימנית.
ערבית תימנית היא קבוצת ניבים של הערבית שנמצאים בשימוש בתימן, בסומליה ובחלק מסעודיה. ניבי הערבית התימנית נחשבים "שמרניים" בשל מאפיינים קלאסיים שלא קיימים בניבים האחרים של הערבית. את הערבית התימנית מקובל לחלק לשלושה דיאלקטים מרכזיים: צפון ומרכז (אזור בירת תימן צנעא), דרום (תעיז, חוגריה ועדן) והמזרח (חצרמוות, שבווה).
הקהילה וסדריה.
הקהילה בעבר.
קהילת יהודי תימן הוא הגוף הארגוני לשם סיפוק הצרכים החברתיים והדתיים של היהודים בתימן. כמו כן, קהילת יהודי תימן דאגה ליהודים גם בהקמת מוסדות לימוד, פיקוח על המלמדים בתלמודי התורה והישיבות ולעיתים אף סיפוק הצרכים של לימודי התלמידים העניים שבאותו האזור. ברוב קהילות היהודים בתימן היו מוסדות חסד, דהיינו מוסדות לגמילות חסדים, מוסדות למען היתום והאלמנה (חלק מהמוסדות הללו אף התמחו בהברחת והסתרת יתומי היהודים בתימן) ולמען פדיון שבויים. היו קהילות בתימן, שאף הקימו בתי תמחוי, מעין קופות חולים ואכסניות שונות. הקהילה גם הכשירה את בתי העלמין ואנשי "חברה קדישא".
הנהגת הקהילה חולקה לשניים:
נשיאי הקהילה התימנית, נעזרו באנשים, שנקראו ה"ממונים", והם היו אחראים על ניהול מתוקן של חיי הקהילה, לדוגמה מינוי נשיאים ורבנים, שכירת שוחטים לקהילה, בחירת מלמדים בתלמודי התורה ובישיבות. הממונים הללו נבחרו על ידי "אנשי המעמד", קבוצה מנכבדי הקהילה. ועידת אנשי המעמד התכנסה בדרך כלל פעמיים בשנה, ואז הם דנו בכל ענייני הקהילה היהודית שבתימן. כדי לשמור על פיקוח מתוקן ומלא על הפרנסים, אנשי המעמד ושאר האנשים שהשפיעו באופן קבוע על הקהילה, ניסחו בוועידה תקנות וחוקים שונים יחד עם הרב ועם ראש הקהילה. לתקנות אלו קראו גם "הסכמות" כי התקנות קיבלו תוקף רק לאחר הסכמת רוב חברי הקהילה. מי שעבר על הסכמות אלו, שהיו כמו דין תורה מחייב, היה צפוי לעונש, לעיתים קנס, ולעיתים (במקרים חמורים יותר, בעבירה על תקנות משמעותיות ביותר) אף נידוי וחרם.
מכיוון שכל התפקידים הרבים הללו חייבו כסף רב, הטילו הממונים מיסים שונים על הקהילה, כגון "מס הגאבילה", אותו שילם כל יהודי שקנה מצרכים כשרים. מקורות הכנסה נוספים היו מתנות אנשי הקהילה לקהילה, כגון בתים או חנויות, שהיו נקראים הקדש.
שיטת ארגון יעילה זו של הקהילה, למדו התימנים ממגורשי ספרד ופורטוגל, שהתיישבו באימפריה העות'מאנית, ושמנהגם התפשט לארצות אחרות, בהם גם תימן.
החינוך היהודי בתימן.
החינוך היהודי-תימני מיוחד גם מבחינת תוכנו, וגם מבחינת שיטת ההוראה שלו.
רק הבנים למדו. בתחילה היה מסור חינוך הבנים בידי האב, אך משום קשיי הפרנסה לא יכלו רוב האבות להקדיש את זמנם לחינוך הבנים בצורה מסורה. מסיבה זו נפתחו תלמודי התורה שנקראו "כניס" (מונח המתאר גם את בתי הכנסת), "מדרש" או, כמו במקבילות המוסלמיות, "מעלאמה". המלמד היה נקרא "מארי" (נהגה מורי, ובמלעיל). כדי להבדיל בין מלמד התינוקות לבין הרב (לו קראו בתימן גם כן "מארי"), היו מכנים את מלמד התינוקות "מארי אלעיאל" ("המארי של הילדים").
מלמד התינוקות קיבל אליו תלמידים מגיל 3 ומעלה ללימודים שנמשכו כשמונה שנים. תחילה למדו, לאחר שנה או שנתיים של הכנה, בני הארבע והחמש, קריאה וכתיבה של האלפבית וניקוד. בוגרים יותר למדו קריאה מתוך סידור, וקבוצה שלישית למדה את קריאת פרשת השבוע (יחד עם התרגום) וההפטרה. ספרי הלימוד היו יקרים ונדירים, ולכן כמה תלמידים למדו יחד מספר אחד, שעליו הסתכלו כל אחד מכיוון אחר. בגילאים אלו התמקדו הלימודים בעיקר בתנ"ך, אולם מחוץ למסגרת זו שמע הילד שעורי תורה בחברת המבוגרים. יום הלימודים נמשך מכשעה וחצי אחר הזריחה ועד לשקיעת השמש, במשך כל השבוע, וכלל הפסקת צהריים. רוב המלמדים היו עניים מרודים שלא יכלו להתפרנס אחרת. המלמד קיבל מהורי הילדים תשלום שבועי, ולעיתים קיבל גם מאכל קטן או הוזמן לאכול בבית המשפחה.
לפי החינוך התימני, עוד לפני הגיעו לגיל בר מצווה הילד היה אמור להיות מסוגל להצטרף אל עולם המבוגרים ("גבר בגוברין"). אחד הדברים העיקריים שאותם צריך הילד לעשות בתור "מבוגר", הוא נטילת חלק בפעילות בית הכנסת (אמירת התפילות, קריאת פרשת השבוע והפטרות) ובשיעורי התורה. עוד בהיות הילד בתלמוד תורה הוא הלך עם אביו יום יום לתפילות ולשיעורים הניתנים בבית הכנסת על ידי הרב. כך רכש לו הילד ידע במשנה, הלכה (רמב"ם ושו"ע), אגדה (עין יעקב, אגדות התלמוד) ואף בגמרא. לאחר גיל הבר מצווה, המשיכו ללמוד בחברת המבוגרים בשיעורים היומיומיים שהיו בכניס ערב ובוקר. שם היה ניכר מיהו הבקי, הבקיאים קיבלו הכשרה כדי לשמש כ"כלי קודש", דהיינו כשוחט, חזן, מוהל ודיין. מדי שבוע היה מקבל ה"מורי אלעיאל" (מלמד הילדים) מאב התלמיד את שכר הלימוד בתור צדקה, כדי שלא לעשות את התורה "קרדום לחפור בה". היו מקומות בהם המורי קיבל את שכרו בתור ארוחות אותם אכל בתורנות בבתי התלמידים.
רב הקהילה שנקרא כאמור לעיל "מורי", לא קיבל משכורת כלל אלא היה מתפרנס ממעשה ידיו. אף על פי של"מורי" לא היה איפוא זמן פנוי ללמוד כמו לרבנים בארצות אחרות (שהתפרנסו מהציבור וכל שעותיהם היו פנויות ללימוד), רמת תלמודם של רבני תימן הייתה מן הגבוהות, כפי שסיפר הנוסע הירושלמי (יליד פולין) הרב יעקב ספיר שביקר בתימן בשנת 1859 בהגיעו לעיירה ג'רואח:
כלכלת יהודי תימן.