מצבו הכלכלי של סמית המשיך להידרדר, במידה רבה בשל ניהול כושל של נכסיו: רכישת הבית ליד באת' בו התגורר לעיתים נדירות, שכירת בית בלונדון היקרה, ואחרי שזה עלה באש – שכירת בית גדול ויקר יותר. על אף מצבו הכלכלי הקשה דחה סמית את מכירת אוסף המאובנים שלו על-מנת שיוכל לשלם את חובותיו, אולם ב-1817 נאלץ למכור אותו ואת הקטלוג המצורף למפה, "Stratigraphical System of Organized Fossils" – למוזיאון הבריטי תמורת 700 ליש"ט. מכירה זו רק דחתה את המשבר הכלכלי אליו נקלע, וב-1819 נכלא למשך כמה שבועות בבית כלא לבעלי חוב – משם השתחרר לאחר שמכר את נכסיו ליד באת'. באותה שנה אושפזה אשתו, שלקתה במחלת נפש.
אחרית ימיו.
לאחר שחרורו מהכלא פנה צפונה. אחיינו כתב מאוחר יותר כי סמית ובכל-זאת, לא היה זה קיום דל.
סמית המשיך בעבודתו והפיק חתכים גאולוגיים לכמה ממחוזות אנגליה ב-1817, שפורסמו בשנים 1819–1824 כאטלס גאולוגי. מפות בקנה-מידה קטן יותר – אינץ' ל-15 מיל – יצאו ב-1820 וכללו עדכונים עד למהדורה האחרונה ב-1828.
סמית פרש לסקרבורו בצפון יורקשייר וחבר לקבוצה של גאולוגים נלהבים – אחד מהם אף שכר אותו לייעוץ בנכסיו – וסייע בייסוד החברה הפילוסופית של סקרבורו ובהקמת מוזיאון רוטונדה. המוזיאון נבנה על-פי תוכניות שסיפק סמית ומכיל אוסף מרשים של 5,500 מאובנים ו-3,000 מינרלים. סמית התקיים מעריכת סקרים ומהרצאות בסיוע אחיינו, ג'ון פיליפס.
הכרה מאוחרת.
במהלך תקופה זו סייע סמית לגאולוגים אדם סדג'וויק ורודריק מרצ'יסון בהיכרות עם השימוש במאובנים לצרכים סטרטיגרפיים. סיוע זה הניב פירות בקביעת תורים גאולוגיים: דבון וקמבריון (סג'וויק) וסילור (מרצ'יסון).
במהלך השנה שלאחר כליאתו – תחת השפעת המפה שפרסם – שינו חברי החברה הגאולוגית את גישתם לסמית ולעבודתו והוסיפו למפה שלהם מידע מבוסס-מאובנים של סמית. עם זאת טען גרינאו כי השימוש במאובנים "הוערך יתר על המידה". סמית ותומכיו טענו לזכות-ראשונים בכמה הזדמנויות, אך זו לא הוכרה עד שחלו חילופי-גברי בחברה הגאולוגית.
עבודתו נסקרה והוערכה בספר "Outlines of the Geology of England and Wales" פרי עטם של הגאולוגים ויליאם קוניבר וויליאם פיליפס, שסקר התפתחויות בסטרטיגרפיה של אנגליה. גם חוקר הטבע הצרפתי ז'ורז' קיווייה קיבל את תצפיותיו של סמית בעניין רב, ואף הציע כי סלעים בצרפת המכילים מאובנים דומים לסלעים בני-גילם באנגליה שהכילו אותם מאובנים. מכאן נולד הרעיון כי סוגים מסוימים של מאובנים התקיימו במשך תקופת-מה בכדור הארץ, וכי שכבות סלע המכילות אותם מתואמות במקומות שונים בעולם – גם אלה הנמצאים מרחק רב זה מזה.
קשריו של סמית עם אדם סג'וויק ורודריק מרצ'יסון השתלמו בסופו של דבר, וב-1831 הוכרה לבסוף תרומתו של סמית למחקר הגאולוגי: החברה הגאולוגית העניקה לו את המדליה הראשונה על-שם וולאסטון, שכיהן כנשיא החברה ב-1820. סדג'וויק – שהיה באותה עת נשיא החברה – הכיר בחובו האישי לסמית וכינה אותו "אבי הגאולוגיה האנגלית". בהעניקו את המדליה לסמית אמר סדג'וויק:
הענקת המדליה היוותה חותם רשמי על ערכה הרב של עבודתו, מה שסייע גם לשפר את מצבו הכלכלי: בשנה שלאחר מכן החל סמית לקבל קצבה ממשלתית שנתית של 100 ליש"ט, שהוענקה לו על ידי המלך ויליאם הרביעי.
ב-1835 השתתף סמית בפגישה של אגודת המדע הבריטית בדבלין, וטריניטי קולג' המקומי העניק לו תואר LL.D.. שלוש שנים אחר-כך מונה לאחד מחברי הוועדה לבחירת אבני בנייה לארמון וסטמינסטר.
בימיו האחרונים היה סמית אדם מאושר, וייתכן ולא היה מודע לכך שגאולוגים חדשים חלפו על פניו. אחיינו של סמית, ג'ון פיליפס – שהיה לימים גאולוג מוכשר בזכות עצמו: חבר באגודה המלכותית ופרופסור באוניברסיטת אוקספורד וזוכה מדליית וולאסטון כדודו – כתב לאחר מות דודו: ועדיין, הוסיף פיליפס, אם סמית היה חי,
החוקר הנמרץ – שהיה פעיל כמעט עד יומו האחרון – לקה בהצטננות ולאחר כמה ימים הלך לעולמו. סמית – שהיה בדרכו לוועידה מדעית בברמינגהאם – שהה אותה עת בנורת'האמפטון, שם גם נקבר.
מורשתו של סמית.
השאלה שעמדה ביסוד מחקרו של סמית נפתרה באמצעות החתכים הסטרטיגרפיים שיצר, המראים את שכבות המסלע בדרום אנגליה בסדרם הנכון, במקום בו הן יוצרות "עוגת שכבות" סטרטיגרפית. מומחיותו העיקרית התבטאה בסטרטיגרפיה של שכבות משקע מהמזוזואיקון, ובהחלפת החלוקה הליתולוגית הקודמת בהכרה כי לכל שכבה מאפיינים מאובנים משלה. סמית נתקל לעיתים בבעיות זיהוי, אך כחלוץ שהיה – טעויות כשלו היו צפויות בראשית המחקר הביוסטרטיגרפי.
בריאה וזמן גאולוגי.
לאורך הקריירה שלו התעניין סמית בארגון הגאומטרי של הסלעים, בשל חשיבותו לצורכי חקלאות וכרייה ולצרכים הנדסיים. קיומו הכלכלי של סמית היה תלוי בידיעת סדר זה. עם זאת, אף שזה היה עניינו הראשוני, הוא שאל את עצמו מדוע קיים הארגון הזה כפי שהוא, כיצד נוצרו השכבות וכמה זמן ארכה היווצרותן.
אמונתו הדתית של סמית הייתה כנראה דומה לזו של בני-זמנו, והוא נהג לבטאה גם בכתיבתו: ב-1817 טען כי "פנים כדור הארץ... נוצר על-פי העקרונות החכמים והטובים ביותר", וכי הנטייה של השכבות היא עדות לעיצוב כזה המאפשר שימוש אנושי בסוגי סלעים שונים. עוד טען כי מאובנים חייבים "להדהים את מעריצי הטבע במידה של יראת כבוד והכרת תודה לבורא הכל-יכול". קודם-לכן, בהקדמה לספר שהחל לכתוב ב-1802 ומעולם לא פורסם, תמך סמית ברעיון מהמאה ה-17 כי נטיית השכבות נוצרה כתוצאה מסיבוב כדור הארץ, כאשר החומרים היו עדיין "במצב רך או עיסתי". אך סמית נטש רעיון זה, הרומז כי סדר סטרטיגרפי אינו מייצג סדר כרונולוגי.
עוד קודם-לכן, ב-1795 – כפי שמתבטא ברשימות שערך פיליפס ב-1844 – חשב סמית כי "כל השכבות הושקעו ברציפות על קרקעית הים, והכילו בתוכן את המינרליזציה של מיני היצורים האורגניים שהיו קיימים אז". טיוטה של סמית מ-1806 מציעה כי סמית חשב על ההשתרעות הנרחבת של "הזמן הנחוץ להשלמה ולרקבון, וכתוצאה מכך להיווצרות התצורה, בתוך מסלע שבבירור נוצר בתוך מים עמוקים ושקטים", וכי זמן גאולוגי כזה "היה מערער את אמונתם של רבים". הרצאותיו של סמית בלידס ב-1825 הפנו באופן מיוחד לראיות גאולוגיות על קיום המבול. נראה שהוא התרשם מטענותיו של ויליאם בקלנד – ב"Vindiciæ Geologiæ; or the Connexion of Geology with Religion explained" שפורסם ב-1820 – על ראיות שנמצאו במערות ביורקשייר התומכות בקיום המבול.
סמית המשיך לתהות על היווצרות המסלע "מהמרה כימית של נוזלים וגזים למצב מוצק, ... ההשתכבות היא תוצאה של עודף מרכיבים לא-מתרכבים של אחד החומרים בשכבה שנוצרה אז, והסדקים האנכיים שנוצרו בשכבה הם תוצר של התמצקות". אולם בהמשך הרצאותיו ובעבודותיו האחרונות הוא שב לרעיונותיו המוקדמים על זיהוי סדר השכבות באמצעות המאובנים שבהן והתועלת בידע מסוג זה.
השפעת עבודתו של סמית.
כאשר נולד סמית, אנשים עדיין תהו על טבעם של המאובנים. בעת מותו ידעו מדענים לא רק מה היו המאובנים אלא גם – הודות למאמציו של סמית – כיצד להשתמש בהם ולקבוע מתי הושקעו הסלעים המצויים מתחת לרגליהם.
סמית היה לא רק צופה מיומן אלא בעל יכולת לשלב את תצפיותיו לתאוריה שלמה. יכולת זו הייתה כל-כך משמעותית, שגאולוגים עדיין משתמשים בטכניקות שיצר כדי ליצור מפות גאולוגיות, השונות מאלה של סמית רק בפרטים קטנים. גם שינויים אלה חייבים את קיומם לסמית, מאחר שהם מבוססים על עקרון רצף הפאונה שלו – אחד מעקרונות היסוד של הגאולוגיה.
המפה של 1815 – המוצגת בחברה הגאולוגית בלונדון – היוותה תרומה גאולוגית חשובה וחסרת-תקדים, שבמידה רבה הושגה על ידי סמית לבדו. כמה מן הצבעים והשמות בהם בחר סמית לציון סוגי סלעים מסוימים משמשים גם במיפוי המודרני. המפה הגאולוגית המודרנית של בריטניה מבוססת על עבודתו המקורית של סמית. יתרה מכך, החתכים הסטרטיגרפיים שיצר עומדים בעינם עד היום והחלוקה הסטרטיגרפית שלו יצרה תבנית עבודה לחוקרים ברחבי העולם.
להשערותיו על זמן ועל אותם תהליכים נודעה השפעה רבה על התפתחות הגאולוגיה, וסמית נודע כאחראי למהפכה גאולוגית חשובה – קביעת גילן של שכבות סלע ויצירת היסוד לבניית לוח הזמנים הגאולוגי. על-פי גודלם וסוגם של המאובנים הגדיר סמית 3 עידנים גאולוגיים חשובים:
למעשה חינך סמית – בדרכו שלו – דור חדש של גאולוגים, שכל אחד מהם הרים תרומה חשובה לגאולוגיה המודרנית של בריטניה. אחד מהם הוא אחיינו של סמית, שערך את רשימות דודו והוציאן לאור ב-1844. אחיין זה, ג'ון פיליפס, היה לאחד הגאולוגים והפלאונטולוגים המובילים באנגליה של המאה ה-19, ולזכותו נזקפת קביעת מרבית יחידות הזמן הגאולוגי הנמצאות בשימוש עד היום. פיליפס כיהן כנשיא החברה הגאולוגית בשנים 1858–1860. בין הרבים הנוספים ניתן למנות את אדם סדג'וויק ורודריק מרצ'יסון – גם הם כיהנו כנשיאים של החברה הגאולוגית.
בנוסף, סמית מוכר כמי שלמעשה יסד את ענף הגאולוגיה ההנדסית בשל מומחיותו בניקוז קרקעות, ייצוב מפולות ותכנון מסלולן של תעלות, ונחשב לגאולוג ההנדסי הראשון של העולם המודרני.
עקרון רצף הפאונה.
לעיסוקיו של סמית נדרשה רכישת ידע מפורט על שכבות סלע. במהלך עבודתו הבחין כי שכבות שונות – קירטון, פחם ואחרות – חזרו על עצמן באותו סדר במקומות שונים – גילוי בעל חשיבות מרובה לחיפושי פחם, אך גם לצרכים אחרים. עוד הבחין, כי אותם מאובנים שהופיעו בשכבות סלע מסוימות – חזרו על עצמם באותו סדר במקומות אחרים, כפי שקבע בעקרון רצף הפאונה: