בבחירות המקדימות שנערכו במפלגה הרפובליקנית, זכה פלטשר ב-53% מהקולות, וגבר על נון, שופטת מחוז ג'פרסון רבקה ג'קסון וחבר הסנאט של קנטקי וירג'יל מור. בבחירות המקדימות של המפלגה הדמוקרטית ניצח בן צ'נדלר, התובע הכללי של קנטקי, את יושבת ראש בית הנבחרים של קנטקי ג'ודי ריצ'רדס. צ'נדלר, נכדו של מושל קנטקי לשעבר האפי צ'נדלר, נפגע בימים הסופיים של מסע הבחירות במפלגה הדמוקרטית כאשר מתמודד שלישי, איש העסקים ברוס לאנספורד פרש מן המירוץ והביע את תמיכתו בריצ'רדס. צ'נדלר זכה במועמדות הדמוקרטית רק בפער של 3.7 אחוזים ונאלץ לארגן מחדש את מסע הבחירות שלו. כתוצאה מכך, פלטשר נכנס למסע הבחירות הכללי כמועמד שידו על העליונה.
בשל מימון שקיבל מאגודת המושלים הרפובליקנים, הוביל פלטשר על צ'נדלר מבחינת מימון בחירות. שערורייה בה היה מעורב המושל הדמוקרטי המכהן פול פאטון במסגרתה קיבל שוחד מיני תמורת טובות הנאה, כמו גם מחסור צפוי של 710 מיליון דולר בתקציב הקרוב, פגעה בכל הסיכויים של המפלגה הדמוקרטית לנצח בבחירות הקרובות. פלטשר הפיק תועלת ממגרעות אלה, והבטיח "לנקות את הבלגן" בבירה פרנקפורט, וזכה בבחירות כשלו 596,284 קולות בעוד צ'נדלר זכה ב-487,159 קולות. בסך הכל, הרפובליקנים כבשו ארבעה מתוך שבעת המשרדים הציבוריים שקיומם עוגן בחוקת קנטקי ב-2003; טריי גרייסון נבחר למזכיר המדינה וריצ'י פארמר נבחר לנציב החקלאות. פלטשר התפטר מתפקידו כחבר בבית הנבחרים של ארצות הברית ב-8 בדצמבר 2003 והושבע לתפקידו עוד באותו היום. ניצחונו של פלטשר הפך אותו למושל הרפובליקני הראשון של קנטקי מאז 1971.
מושל קנטקי.
מיד עם כניסתו לתפקיד, שם פלטשר את פיתוח כלכלת קנטקי בראש מעייניו, וקנטקי דורג במקום הרביעי מבין כל מדינות ארצות הברית במספר המשרות שנוצרו במהלך כהונתו. אחת הפעולות הראשונות שלו כמושל הייתה לארגן מחדש את הרשות המבצעת, תוך הרחבת מזכירי המחלקות בממשלת קנטקי מתשעה לארבע עשר. הוא פיזר את ועדת מרוצי סוסים של קנטקי ובמקומה ייסד את רשות מרוצי סוסים של קנטקי במטרה לקדם ולהסדיר את תעשיית מרוצי הסוסים במדינתו. כדי לשפר את ניהול תוכנית המדיקייד בקנטקי, הוא ביטל את תוקפן חלק מדרישות התוכנית וחשף תוכנית להתמקדות בשיפורים במערכת הבריאות, בניהול תועלת ובטכנולוגיה. פלטשר גם השיק את קמפיין "הופכים את קנטקי לבריאה!", יוזמה לקידום אורח חיים בריא עבור תושבי קנטקי.
מחלוקת התקציב ב-2004.
במשך כל תקופת כהונתו של פלטשר, הסנאט של קנטקי נשלט בידי הרפובליקנים, בעוד הדמוקרטים שלטו בבית הנבחרים של קנטקי. כתוצאה מכך התקשה פלטשר להעביר חוקים שנתקבלו בבית המחוקקים. בתחילת הדיון על תקציב מדינת קנטקי ב-2004, הוא הציג תוכנית רפורמה במסים, שלדבריו יחוללו נייטרליות ומודרניות במערך המיסים של המדינה. התוכנית גובשה בשיתוף פעולה עם עוד שבעה מחוקקים דמוקרטים בבית הנבחרים, אך אף אחד מהם לא היה בתפקיד הנהגתי, ובעקבות זאת הוטחו בפלטשר ביקורות על כך שהוא ניסה לעקוף את מנהיגות בית הנבחרים. ככל שהפולמוס על אודות התקציב נמשך, הרפובליקנים התעקשו לקשור את חבילת הרפורמה במס לתקציב המדינה המוצע, ואילו הדמוקרטים רצו להצביע על הצעדים בנפרד. למרות ניסיונות של הרגע האחרון לפשרה בסיום הישיבה, לא העביר בית המחוקקים את חבילת הרפורמה במס ולא את תקציב המדינה. הפגישה הווכחנית הסתיימה עם הישגים בודדים, בהם חיקוק "חוק הרג העובר", חוק נגד מחירים מופקעים, וכן חוק האוסר על וועדת השירות הציבורי של המדינה לאסדר ספקי אינטרנט בפס רחב מעבר להגבלות רשות התקשורת הפדרלית.
מושב בית המחוקקים לשנת 2004 היה המושב השני ברציפות שבו לא הצליח בית המחוקקים להעביר תקציב דו-שנתי; הפעם הראשונה הייתה בשנת 2002 בימי המושל פול פאטון. כאשר השנה הפיסקלית הסתיימה ללא תקציב מאושר, האחריות על הוצאות המדינה נפלה על פלטשר. כפי שהיה ב-2002, ההוצאות פוקחו ונשלטו בידי תוכנית הוצאות ביצועיות שנוצרה על ידי משרד המושל. התובע הכללי של קנטקי, גרג סטמבו הדמוקרטי, הגיש תביעה לבית המשפט וביקש לקבוע את מידת הסמכויות של פלטשר ללא תימוכין חקיקתי. תביעה דומה, שהוגשה לאחר מושב בית המחוקקים לשנת 2002 הגיעה למבוי סתום, והוגשה לבית המשפט כאשר בית המחוקקים העביר תקציב בישיבה מיוחדת לפני תום התביעה. ביקורת שיפוטית שניתנה בידי שופט בית המשפט המחוזי של מחוז פרנקלין אישרה את תוכנית ההוצאות של פלטשר, אך אסרה הוצאות על פרויקטים ותוכניות הון חדשות. בשלהי דצמבר 2004, קבע שופט אחר כי התוכנית של פלטשר יכולה להמשיך לשלוט בהוצאות עד סוף שנת הכספים ב-30 ביוני 2005.
ב-19 במאי 2005, בית המשפט העליון של קנטקי פסק ברוב של 3–4 כי בית המחוקקים פעל בניגוד לחוקה בכך שלא העביר תקציב וכי פלטשר פעל מחוץ הסמכות החוקתית שלו בכך שעשה שימוש בכספים ציבוריים שלא שהוקצו באופן ספציפי על ידי בית המחוקקים. דעת הרוב דחתה את החריג של בית משפט קמא ל"שירותים חיוניים ספציפיים", בטענה שאם בית המחוקקים לא יצליח להקצות את הכספים הדרושים להפעלת הרשות המבצעת ברמה מתבקשת של שירותים בסיסיים, על הרשות המבצעת לשרת את האזרחים כמיטב יכולתה אם הם יראו את השירותים הללו כלא-מספקים". נשיא בית המשפט העליון ג'וזף למברט התנגד, בטענה כי תוכנית ההוצאות הביצועיות הייתה הכרחית. שני שופטים אחרים, בחוות דעת נפרדת, הסכימו עם הרוב כי המנדט החוקתי הפדרלי והממלכתי עדיין צריך להיות ממומן בהיעדר תקציב. בהתנגדותם טענו כי האיום של השבתת הממשל יפעל כתמריץ לבית המחוקקים לעסוק בתקציב המדינה. במסגרת ההחלטה לא ננקטו צעדים רטרואקטיביים לשינוי הפעולות אותן הגדירה כ"לא חוקתיות", אבל היא שימשה תקדים לכל מקרים עתידיים של אי-העברת תקציב.
המשך כהונתו.
ביוני 2004, מטוסו הרשמי של פלטשר גרם לבהלה ביטחונית שגרמה לפינוי קצר של משכן הקפיטול ובית המשפט העליון של ארצות הברית. זמן קצר לאחר ההמראה בדרך לטקסי האשכבה של נשיא ארצות הברית לשעבר רונלד רייגן, הטרנספונדר במטוס של פלטשר תפקד בצורה לקויה, והוביל את פקידי נמל התעופה רונלד רייגן וושינגטון נשיונל לדווח על מטוס בלתי-מורשה שנכנס למרחב האווירי המוגבל של מחוז קולומביה. שני מטוסי F-15 איגל שוגרו לחקור את המטוס, המטוס של פלטשר לווה ליעדו על ידי שני מסוקי UH-60 בלק הוק. המטוס בן שלושים השנים מסוג קינג אייר, היה הבכור במודל שלו. חקירה של רשות התעופה הפדרלית מצאה כי צוות מטוסו של פלטשר שמר על קשר רדיו עם פקידי התנועה האווירית וקיבל אישור להיכנס למרחב האווירי המוגבל. החקירה קבעה כי שגיאות אנוש פקחי התנועה האווירית עוררו את הבהלה, ובעקבות האירוע אימצה רשות התעופה הפדרלית מדיניות למניעת טעויות עתידיות בעלות אופי דומה.
חודש לאחר מכן הכריז פלטשר על תוכנית לאיחוד סמלי המדינה, זאת במטרה לשפר את תדמיתה הציבורית. זמן קצר לאחר ההכרזה, הקומיקאים קרייג קילבורן וג'יי לנו הציעו מספר הצעות תוך התלוצצות לסיסמה החדשה של קנטקי בתוכניות שלהם The Late Late Show ו-The Tonight Show בהתאמה. כתגובה, כתב פלטשר מכתב לשני הקומיקאים על אודות ההלצות שהריצו בתוכניותיהם והוזמן להופיע בשתי תוכניות האירוח. משום שללנו היה קהל צופים גדול יותר ותוכניתו שודרה מוקדם יותר מתוכניתו של קילבורן, הסכים פלטשר להופיע ב-The Tonight Show, שם הוא העניק ללנו מחבט בייסבול תוצרת חברת "לואיוויל סלאגר" וסיפר בדיחות עוקצניות על היתרונות היחסיים של קנטקי ולוס אנג'לס, משום שאולפני התוכנית שכנו בלוס אנג'לס. בסופו של דבר, ארבע סיסמאות עלו להצבעה באינטרנט וגם במרכזי טיולים בין-מדינתיים. בדצמבר 2004 נבחרה הסיסמה "קנטקי: רוח חסרת מעצורים" כסיסמה המנצחת והודפס על שלטי חוצות, מסמכים רשמיים ומזכרות. מחקר שנערך ב-2007 קבע כי 88.9% מתושבי קנטקי הרגישו לנכון להזדהות עם הסיסמה ועם הסמליל הנלווה אליה. יתר על כן, 64% מהנסקרים באזור של 10 מדינות זיהו את הסיסמה ואת הסמליל, האחוז הגבוה ביותר של זיהוי מותג אחר שנבדק במחקר.
במחצית השנייה של 2004 הציע פלטשר שינויים בהטבות הבריאותיות לעובדי מדינת קנטקי ולגמלאים. תוכניתו של פלטשר כללה הנחות לעובדי מדינה וגמלאים שהפגינו התנהגות בריאה, במסגרת מה שכינה מעבר מיוזמות חולי ליוזמות בריאות. מתוך הכרה כי הרפורמה תהא כרוכה בהוצאות כספיות ממקורות שוטפים, הציע פלטשר להגדיל ב-1% את שכרם של עובדי המדינה והגמלאים במטרה לקזז את העלויות הנוספות. שכירים עובדי המערכות הציבוריות, ובמיוחד המורים בבתי הספר הציבוריים, התנגדו נחרצות לתוכנית של פלטשר, ו"אגודת מחנכי קנטקי" אף קראה לשביתה ללא הגבלה, שתחילתה ב-27 באוקטובר 2004. כדי להתמודד עם ההתנגדות לרפורמה, כינס פלטשר מושב מיוחד של בית המחוקקים כדי להתחיל את הרפורמה ב-5 באוקטובר 2004. אף על פי שהמדינה עדיין פעלה תחת תוכנית ההוצאות הביצועיות, הוא לא כלל את התקציב או את הצעת הרפורמה במס על סדר היום של כינוס בית המחוקקים, מהלך שזכה לשבחים משני צדי המפה הפוליטית, מה שאפשר להם להתמקד רק בחששות לגבי רפורמת הבריאות. במושב מיוחד בן 15 יום העביר בית המחוקקים תוכנית שהקצתה 190 מיליון דולר אמריקני נוספים לביטוח הבריאות של עובדי המדינה והחזירה רבות מן ההטבות הנפוצות ביותר בתוכנית הביטוח הקודמת. מיד לאחר שהכינוס המיוחד תם, איגוד מחנכי קנטקי הצביעו בעד ביטול השביתה שהציעו.