כעבור חודש, באוגוסט, נפגש אל-חוסייני עם הקונסול האמריקני ג'ורג' וודסוורת' והביע בפניו את אמונתו בדבר היותה של ארצות הברית רחוקה משאיפות אימפריאליסטיות ומשום כך גם יכולה להבין שהציונות "מייצגת תוקפנות עוינת ואימפריאליסטית המכוונת כנגד ארץ מיושבת". ב-31 באוגוסט שוב נפגש לריאיון עם וודסוורת', בו הביע את חששותיו שההשפעה היהודית בארצות הברית עלולה לשכנע את המדינה לתמוך בציונים. באותה תקופה גם חיזר אחר ממשלת צרפת, כאשר הביע את רצונו לסייע לה באזור.
ב-26 בספטמבר 1937 נרצח מושל הגליל לואיס אנדרוס. כאשר נודע על הרצח, התחבא המופתי בביתו הצמוד למתחם הר הבית.
ב-30 בספטמבר הורה המפקד הצבאי הבריטי על פיזור הוועד הערבי העליון ועל מעצרם של חבריו. כמה מחבריו ששהו בארץ ישראל, נעצרו וגורשו לאיי סיישל. בהתאם לצו צבאי, הודח אל-חוסייני ממשרתו כנשיא המועצה המוסלמית העליונה, ובאופן רשמי הוא נותר עם התואר "מופתי" בלבד, שעל פי הנוהג העות'מאני ניתן לכל החיים. הוא חשש ממעצר ונותר במתחם הר הבית. הכניסות למתחם נשמרו על ידי כוחות משטרה, אולם הם לא העזו להיכנס אליו, כדי שלא לחלל את המקום הקדוש.
ראשי המפלגה החוסיינית והפעילים הלאומיים קראו לציבור לחדש את השביתה הכללית בתגובה על פיזור הוועד הערבי העליון וההגליות של אנשיו. אולם ההיענות הייתה דלה וב-3 באוקטובר פרסם אל-חוסייני הודעה שבה קרא לציבור לחזור לעבודה.
ב-12 באוקטובר החליט אל-חוסייני לברוח. הוא עבר לבית הספר "רודת אל-מעארף" בחומה הצפונית של הר הבית, התחפש לבדואי בזהות חדשה של "מוחמד אל-ג'פאר", ובערב ירד בחבל מחלון שגובהו כ-20 מטרים אל גן מחוץ לחומה, שבעליו אותת לו כי אין חשש מסיורי הבריטים. חבר נאמן הסיע אותו במכונית ליפו, שם התקבל בביתו של ידידו יוסוף אל-דג'אני על חוף הים. בחצות הלילה יצא בסירה מנמל יפו לנמל אבו זאבורה, כ-40 קילומטר צפונית ליפו, לשם הגיע עם שחר. בלילה המשיך לחיפה ובלילה שאחריו המשיך לצור, שם נתפס על ידי משמר החופים הצרפתי. הוא הובל למפקד המשטרה הצרפתי, והבטיח לו שלא יישאר זמן רב בלבנון וייסע לדמשק.
אל-חוסייני טען בזיכרונותיו, כי ברח לאחר שנודע לו שהבריטים הביאו יחידת צבא מוסלמית מהודו כדי לפרוץ למתחם המסגדים ולאסור אותו. ייתכן גם שהאמין שחופש פעולה מחוץ להישג ידם של הבריטים חשוב מקרבה פיזית למוקד הפעילות, ושתחת המצור הבריטי המתהדק על מתחם המסגדים, ייהפך לאסיר ללא יכולת לפעול.
ביום בריחתו, 14 באוקטובר 1937, פרץ גל טרור שנמשך חודשים רבים וזכה לברכתו.
בלבנון 1937–1939.
בלבנון התגורר המופתי בקומה השלישית בביתו של סאמח אל-פאחורי, ראש המועצה המוסלמית העליונה בביירות. לבקשת הבריטים, היה הבית תחת השגחה קבועה של כוח צבאי צרפתי. לאחר זמן מה, הועבר המופתי לאזור מבודד יותר. מוד פארג'אללה, אשת חברה ידועה בביירות וידידה ותיקה של אל-חוסייני, מצאה לו בית בקאסליק, והשיגה לכך אישור מהנציב העליון הצרפתי. מארמון זה הניחו לו הצרפתים להמשיך לנהל את המרד בבריטים בעזרת שליחים.
השלטונות הצרפתיים הורו לו לשהות בכפר הנוצרי אל-ד'וק , מצפון לביירות. הוא עסק בתעמולה, ארגון פוליטי, איסוף כספים ורכישת נשק. שלטון המנדט הצרפתי שם שמירה על ביתו.
החל מסתיו 1937 ועד סוף המרד היה למורדים מטה עורפי בדמשק, שכונה "הוועדה המרכזית של הג'יהאד", שפעלה על פי הוראותיו של אל-חוסייני.
בסוף נובמבר 1938, עקב המחסור של המורדים בארץ ישראל בכסף ונשק, פנה אל-חוסייני אל הקונסול הגרמני בביירות בבקשה לקבל מגרמניה בדחיפות ציוד צבאי למורדים, אולם משרד החוץ הגרמני סירב לבקשה, כדי לא להיכנס לעימות עם בריטניה.
לקראת ועידת השולחן העגול בלונדון בתחילת 1939, החלו מגעים להרכבת משלחת פלסטינית. אמין אל-חוסייני נטה בתחילה לסרב להשתתף בוועידה, אולם מהר מאוד שינה את דעתו והודיע בעיתונות הלבנונית, כי התנאי לקיום הוועידה הוא שהוועד הערבי העליון בראשותו ירכיב את המשלחת, ואם הוא או נציג מטעמו לא יוזמנו, היא לא תתקיים. כמו כן, הוא הודיע כי הוא מוכן לנהל משא ומתן עם הממשלה בלבד ולא עם היהודים. במקביל, הורה לאנשיו למנוע הרכבת משלחת שתכלול את יריביו הנשאשיבים.
ממשלת בריטניה נקטה במדיניות פיוס וביקשה מצרפת שתרשה לחוסייני לחדש את פעילותו הפוליטית בביירות, לטובת ההכנות לוועידה, וזאת בניגוד גמור למדיניות הבריטית הקודמת, שבמסגרתה במשך חודשים רבים מחתה בפני צרפת על עמדתה הנוחה כלפי המנהיגים הפלסטינים שברחו לסוריה וללבנון. שינוי זה בעמדה הבריטית הביא לחיזוק מעמדו של חוסייני בציבור הערבי, למרות תבוסתן של הכנופיות במרד הערבי. עצומות רבות הוגשו לממשלה, שהפצירו בה להתיר לו לבוא לוועידה בלונדון, ושגרירי בריטניה בבירות ערב הרבו להסביר לממשלה, כי לא תוכל להתעלם ממנו, מאחר שבכל מקרה הוא זה שישפיע על המשלחת הערבית.
במלחמת העולם השנייה 1939–1945.
חאג' אמין נודע זמן רב בקשריו עם איטליה וגרמניה. בשבועות הראשונים של מלחמת העולם השנייה, שהה אל-חוסייני עדיין בלבנון. משרד המלחמה הבריטי הציע לממשלה לתבוע מצרפת את הסגרתו, אולם משרד החוץ טען שצעד כזה יפגע ביחסים איתה ועם ערביי ארץ ישראל. ממשלת המנדט עשתה ככל יכולה כדי ששמו לא יוזכר בעיתונות, משום שהעריכה כי כל התייחסות אליו, אפילו שלילית, רק תגביר את כוחו. אל-חוסייני חשש שהפיקוח הצרפתי יצר את צעדיו, ושבמקרה והמלחמה תסתבך, הוא ומקורביו יהפכו לבני ערובה.
ב-13 באוקטובר 1939 הוא הצליח להימלט מלבנון, לאחר ששיחד את המפקד הצרפתי ב-500 ליש"ט. הוא התחפש לאשה - בשמלה ובצעיף שכיסה את פניו, והגיע כעבור שלושה ימים לבגדאד, שם התקבל בכבוד רב.
בעיראק 1939–1941.
אל-חוסייני בחר להגיע לעיראק, משום שהמצב הפנימי בה היה מעורער והייתה בה אופוזיציה פאן-ערבית ואנטי בריטית חזקה, שלא סביר שהייתה מתירה את הסגרתו לבריטים. ראש ממשלת עיראק, נורי א-סעיד, ידע אמנם כי המנהיג הפלסטיני יושב בבירת המדינה ויוצר קשרים עם חוגים שאינם נאמנים לממשלה, אולם הכיר בכך שבואו של אל-חוסייני חיזק את מעמדה של ממשלת עיראק בעולם הערבי והפחית את הביקורת כלפיה מצד החוגים הפרו-נאצים על קשריה ההדוקים עם בריטניה. הוא התחייב שלא לגרש אותו, ובית הנבחרים העיראקי הקציב לגולה הפלסטיני מענק של 72,000 דולר. במקביל, הקציבו לו כסף גם שירותי המודיעין העיראקיים: 2% ממשכורתו של כל פקיד ממשלתי בעיראק נוכו לטובת "העניין הפלסטיני". מלבד הקצבה זו, קיבל אל-חוסייני סכומי כסף גם ממפלגות פוליטיות וממוסדות צדקה, וכן גם מהגרמנים, מהאיטלקים, מהמלך אבן סעוד ומעשירי מצרים. על ידי הענקת כספים לאנשים ששירתו אותו, רכש לעצמו השפעה רבה בקרב הפקידים, הקצינים וראשי המשטרה העיראקיים, וכך הצליח להגיע לעמדת מפתח בנוגע למינויים החשובים במנגנון הממשלה.
הגולה הפלסטינית בעיראק קיבלה אותו בשמחה. היא אספה כספים ל"מטרות לאומיות" ושלחה את צעיריה לאימונים במחנות הצבא העיראקי. בקיץ 1940 הגיעו שליחיו מעיראק לארץ ישראל, וביחד עם סוכניו בארץ, בדקו את סיכוייה של התקוממות חדשה. באותו זמן שקלו גורמים ממשלתיים בלונדון את האפשרות לחסל אותו, או לפחות לחטוף אותו ולהעבירו לקפריסין.
מגעים עם גרמניה.
אל-חוסייני ניהל בעיראק תעמולה למען מדינות הציר, בה תוארה גרמניה "כמגינת העולם המוסלמי" והיטלר הוצג כ"מגן האסלאם, אשר שם לעצמו מטרה להקים פדרציה ערבית חופשית מעול הבריטים".
ב-21 ביוני 1940, לאחר שנפלה פריז בידי גרמניה הנאצית, שיגר אל-חוסייני לשגריר גרמניה בטורקיה פון פאפן איגרת עבור היטלר, "המנהיג והמדריך הגדול", בה הביע "רגשי שמחה ותודה ממעמקי הלב", "בשם האומה הערבית כולה", ובעיקר בשמו ובשם רשיד עאלי אל-כילאני.
ב-20 בינואר 1941 כתב איגרת אישית להיטלר, בה תיאר את בריטניה כאויבת של הערבים וטען כי היא הפקירה את פלשתינה "ליהודי העולם כולו", שהם "אויבים מסוכנים", אשר "נשקם הסודי" הוא "ממון, שחיתות ותככים". באיגרת טען כי עזרה שתוגש לערבים "במלחמתם נגד השאיפות הציוניות" תביא לכך ש"תיפול רוחם של היהודים, ובייחוד של יהודי ארצות הברית, בראותם כי חלומם מתנפץ לרסיסים, עד כי יחדלו לתמוך בהתלהבות בבריטניה, ויחזרו בהם לפני השואה". אל-חוסייני הדגיש כי "אהדתם החמה ביותר של עמי ערב לגרמניה ולציר היא עובדה קיימת", ושהם יהיו מוכנים "למלא את חלקם בהנחלת תבוסה מוצדקת לקואליציה האנגלית-יהודית". אל-חוסייני הודה להיטלר על שהואיל להעלות "בכמה וכמה הזדמנויות בנאומים עזי-רושם את הבעיה הפלשתינאית". הוא הדגיש כי "העם הערבי רוחש רגשות ידידוּת, אהדה והערצה להוד מעלתו, הפיהרר הגדול ולעם הגרמני האמיץ" והציע לו "שיתוף פעולה כן ונאמן בכל השטחים". מזכיר המדינה של היטלר במשרד החוץ, ארנסט פון וייצקר, השיב לו כי גרמניה מוכנה להגיש עזרה צבאית וכספית במקרה ויתפתח מאבק נגד הבריטים.
בקיץ 1940 ושוב בפברואר 1941, הגיש אל-חוסייני לממשלת גרמניה טיוטת הצהרה על שיתוף פעולה גרמני-ערבי, הכוללת את הנספח: "גרמניה ואיטליה מכירות בזכותן של הארצות הערביות לפתור את בעיית היסודות היהודיים, הקיימת בפלשתינה ובארצות הערביות האחרות, על פי דרישת האינטרסים הלאומיים והאתניים (völkisch) של הערבים, וכפי שנפתרה הבעיה היהודית בגרמניה ובאיטליה".
מרד רשיד עאלי 1941.