נתיב ההפלגה בים התיכון עבר מדרום לכרתים ומצפון למלטה עד המעבר במצרי גיברלטר ב-22/23 בפברואר. הים התיכון המשיך להיות סוער בכל מהלך התנועה אך לא הייתה לכך השפעה על התקדמות האונייה. כדי להתרחק מסערות שהתחוללו בצפון האוקיינוס האטלנטי פנתה האונייה מגיברלטר לכיוון דרום מערב ועברה את איי מדירה מצפון. בקטע הקצר הזה השתפר מזג האוויר והזמן נוצל לתחזוקה ולעבודות על הספונים.
לאחר שעברה את איי מדיירה פנתה מצדה ל 270 והתקדמה מערבה על קו רוחב 32:30 צפון. החל מ-26 בפברואר הורגשה סערה באוקיינוס. הנתונים היו: רוח 10 בסולם בופורט וגלים בגובה 8–9 מטר. במברקים שנשלחו ממצדה בתאריכים 26 בפברואר, 1 במרץ ו-4 במרץ דיווח הקברניט על מזג אוויר סוער. כדי להתקרב לאיי ברמודה, שינה הקברניט את ה שכוון לנמל בולטימור לקורס 255. מזג האוויר הסוער נמשך כל העת ללא הפוגה.
ב-4 במרץ יצא החובל הראשון עם צוות לסגור את פתחי מחסן חרטום שנפרצו ולאבטח את ה במנוף הקדמי כיוון שהם יצאו מתושבותיהם והתרוצצו על הסיפון. על מבנה החרטום נמצאה עמדת השליטה של כננת העוגן מנופצת, כנראה מה שהכו בה בהתרוצצותם.
ב-6 במרץ דווח שוב על מזג אוויר סוער - נתוני הרוח 10 בסולם בופורט והגלים בגובה 13 מטר. כבש העלייה לאונייה, שהיה מאובטח למעקה הימני על הסיפון, נשטף לים.
נוהלי התנועה בים מחייבים מדידה יומית של גובה נוזלים במכלים ובשיפולי המחסנים. המדידה מתבצעת על ידי הנגר של האונייה שעובר על הסיפון הראשי לאורך הדפנות ומוריד חוט משקולת בצינורות המיועדים לכך. תנאי הים הקשים והסכנה שיצרו הגלים העוברים את הסיפון הוו סיכון עבור מבצע המדידות והגבירו את החשש שמא יישטף לים. על כן במשך כל השבוע מ-1 במרץ לא נעשתה הבדיקה. לקברניט האונייה לא היה מידע האם קיימת חדירת מים למדורי האונייה.
מהלך הטביעה.
חדירת המים לאונייה.
לפנות בוקר שבת, 7 במרץ, בשעה 02:30, הבחין קצין המשמרת בחדר המכונות שתעלת הצנרת העוברת בתחתית האונייה מחדר המכונות עד החרטום מלאה במים. המכונאים הוזעקו והחלה שאיבת מים מהתעלה. עם אור ראשון נצפתה מגשר האונייה תמונת מצב קשה: מחסן מספר 1 פרוץ ולא ניתן היה לראות את מכסהו; קצות ה ניתקו שוב מהתושבות שלהם; בתנועתם פגעו הדריקים בשני עמודי המאווררים שבין מחסן 1 למחסן 2 שנמצאו כרותים. בכך נוצרו פתחים בקוטר 50 ס"מ בגובה נמוך מעל הסיפון, ומים חדרו למחסן 2; דלת המבנה הקדמי הייתה פתוחה ומים עברו בה ויצאו ממנה; ומהמעקה שבצד שמאל נחתך קטע, מהחרטום עד מחסן 3, ונפל לים.
הקברניט לוין הסיק שהמכל הקדמי ומחסן מספר 1 מוצפים. הוא העריך שמצב הים הסוער אינו מאפשר לשלוח אנשים לביצוע בקרת נזקים, מחשש שהם ייסחפו לים. הוא החליט להמשיך לכיוון איי ברמודה שנמצאו במרחק כ-100 מיל ימי בהפלגה מול הגלים. הצעת החובל הראשון להפנות ירכתיים לגלים, ובכך למנוע חדירת מים דרך צינורות המאווררים, לא התקבלה.
הקברניט דיווח על המצב לרדיו פוארטו ריקו ולחברת צים. בהודעתו מסר שהאונייה נמצאת בנקודה 32:30 צפון 62:39 מערב; מחסן מספר 1 של האונייה מוצף; והאונייה מתקדמת ב 255 לכיוון ברמודה במהירות שלושה קשר. הוא אף ביקש לעמוד בכוננות לעזרתו. משמר החופים של ארצות הברית העביר את תוכן הדברים במברק למשרדי צים בחיפה ובלונדון.
בשעה 17:32 התקיימה שיחה בין מצדה לנמל ברמודה ובה שאל הקברניט אם יש כלי שיט שיכולים לסייע. לשאלת נמל ברמודה אם לבצע קריאת חירום, ענה הקברניט בשלילה. בשעה 23:30 התקיימה שיחה עם נציג צים בניו יורק. הקברניט דיווח שנגרם נזק בסיפון אך מצב המנוע וההגה תקינים. מאוחר יותר דיבר הקברניט עם אנשי צים בחיפה ועדכן אותם לגבי המצב.
סיוע על ידי גוררת - בנמלי ארצות הברית ישנן חברות המתמחות בסיוע לאוניות במצוקה. הצלת חיים היא חובה לכל אנשי הים. השקעת מאמצים להצלת גוף האונייה ומטענה נעשים לפי שיקולי כדאיות. החלטה על כך נעשית ברמת הבעלים והעבודה נעשית לאחר חתימת הסכם מסחרי Salvage Contract. לא נראה צורך בהוצאת גוררת מהחוף המזרחי של ארצות הברית, מרחק של 60 שעות הפלגה אל הים בסערה טרופית, בעוד שהאונייה בעלת כושר תנועה עצמית. גם ועדת החקירה לא ראתה צורך להתייחס לנושא.
החלטה על נטישה.
ביום ראשון 8 במרץ בבוקר אובחנה ירידת לחץ למשך 20 דקות במנהרת הצנרת. קציני המכונה הגיעו למסקנה שהדבר קרה מקריסת המחיצה שבין מחסן 1 למחסן 2. זמן קצר אחר כך, בשעה 07:30, ראה החובל הראשון את המכסים של מחסן מספר 2 עולים ממקומם ונשטפים לים. בדרכם חתכו המכסים את המאווררים שבין מחסן 2 למחסן 3. מכאן הסיק הקברניט שמחסן מספר 2 מוצף, והמים נכנסים גם למחסן 3.
הקברניט הורה לאסוף את הצוות ולהתכונן לנטישה. הוא הורה למכונאים להתפנות מחדר המכונות אך להשאיר את המדחף בפעולה. בהוראת הקברניט שלח קצין האלחוט קריאת Mayday: .
תוך מספר דקות החלה תחנת רדיו נמל ברמודה לשדר את קריאת המצוקה. התחנה נתנה את נתוני המיקום: 31:58 צפון, 62:55 מערב, וקראה לאוניות סוחר בסביבה לבוא לעזרת מצדה. תוך שעה מהקריאה נענו לה ארבע אוניות סוחר והודיעו שיגיעו לעזרה. משמר החופים של ארצות הברית העריך שלמטוס ייקח זמן רב להגיע מהיבשת לאזור הטביעה והעביר את ההודעה לצי ארצות הברית שהחזיק מטוס בברמודה.
אנשי צוות האונייה התכנסו בסיפון סירות ההצלה לבושים בחגורות ההצלה. הקברניט העריך שבמצב הים והרוח יהיה קשה מאוד לשרוד בסירות הצלה. הוא חשב לעכב את הורדת הסירות עד שאוניות ההצלה יתקרבו, ואולי גם קיווה למסוקים. לכן דחה את הפקודה לנטישה. האונייה המשיכה באיטיות כאשר חרטומה מופנה מול הגלים. בשעה 10:00 הבחין המכונאי הראשי שמכסה מחסן 3 מתרומם ונשטף מהאונייה ושהמחסן נראה מוצף מים. הקברניט נתן הוראה לנטישה, ובאונייה הושמעה אזעקה כללית.
נטישת מצדה וטביעתה.
מצדה הייתה מצוידת בשתי סירות הצלה שיכלו לשאת כל אחת 59 איש. הסירה בימין הירכתיים הייתה בעלת מנוע פנימי ועליה היה אמור לפקד הקברניט. הסירה השנייה שבצד שמאל הייתה סירת מפרש ומשוטים והיא יועדה לפיקוד החובל הראשון. כן נמצאו שתי רפסודות הצלה מתנפחות: הימנית ל-20 איש והשמאלית ל-15 איש. כל הסירות והרפסודות נמצאו בסיפון העליון בירכתיים. הצוות התרכז ליד סירות ההצלה כשכולם חגורים בחגורות הצלה אישיות.
גלי הים נשברו על הדופן השמאלית של האונייה. מצב זה אִפשר להוריד את סירת המנוע שבדופן הימנית אך מנע את הורדת הסירה השמאלית. לאחר שנוכח בפריצת המים למחסן 3 הסיק הקברניט שכבר אין זמן לסובב את האונייה כדי לתת מסתור בצד שמאל ולהוריד גם את הסירה השמאלית. ממקומו בגשר הפיקוד צעק לאנשים המיועדים לסירה השמאלית לעבור כולם אל הסירה הימנית.
הקברניט נשאר בגשר הפיקוד ולא הגיע לסיפון הסירות לפקד על ההורדה. בהיעדר פיקוד מקצועי אסרטיבי, תהליך ההורדה של הסירות ורפסודות ההצלה היה לא מסודר. בעת נטישת האונייה נאלצו אנשי הצוות להתמודד עם כוחות טבע עוינים: גלים גבוהים, רוח חזקה, וגשם זלעפות שניתך לפרקים. חוסר ההתארגנות מול הרוחות והגלים הגבוהים גרם לתוצאות קטלניות לגבי מרבית אנשי הצוות.
רפסודת ההצלה השמאלית הורדה ונסחפה מיד ברוח מבלי שאף ניצול נמצא בה. מרבית אנשי הצוות שיועדו לרדת בצד שמאל עברו והצטופפו בצד ימין, אך שלושה מהם שלא שמעו את ההוראה נשארו בצד שמאל, וכשנוכחו בטעותם קפצו למים ורק אחד מהם ניצל. החובל הראשון הגיע לסירה הימנית אך לא פיקד עליה, ככל הנראה כיוון שלא קיבל לכך הוראה מהקברניט. תרומתו בעת ההורדה וגם בהמשך הייתה מזערית.
הסירה הימנית הוצאה מעבר לדופן והורדה לגובה סיפון הנטישה, אך רק שישה אנשים נכנסו אליה. קצין האלחוט עודד את אשתו לקפוץ לסירה וכך נשארה יבשה יחסית. חלק מהאנשים ירדו לסירה בסולם חבלים.
מרבית אנשי הצוות קפצו למים מהסיפון. קפיצה עם חגורת הצלה מגובה 6 מטר מסוכנת אפילו בים שקט. לאלה שלא אטמו את אפם חדרו מי-ים לדרכי הנשימה. אם לא אחזו חזק בחגורת ההצלה קיבלו ממנה מכה שהממה אותם. האנשים שקפצו לים היו ספוגים במים. גם האנשים שנמצאו בסירת ההצלה נרטבו מהגשם ומהגלים. טמפרטורת המים הייתה פחות מ-20 מעלות צלזיוס. הרוח השורקת הגבירה את הקור, והאנשים שנרטבו חשו תשישות, חלקם עד כדי אובדן הכרה.
בסירת ההצלה, שהייתה ללא פיקוד מוגדר, נעשו טעויות שהפכו לקריטיות במצב הים הסוער:
בתום השלב הקריטי של נטישת מצדה נותרו בסירת ההצלה 16 איש בלבד מתוך 35 אנשי האונייה.
הטביעה - מצדה שקעה במים עם החרטום כלפי למטה בשעה 10:15 זמן ברמודה, 14:15 שעון גריניץ', כשמדחפה ממשיך להסתובב. אתר הטביעה היה כ-95 מיל ימי מזרחית לברמודה .
המכונאי הראשי פרנקו סרצן סיפר בעדותו כי סגר את ברז הדלק למנוע, ויחד עם הקברניט עזבו שניהם את האונייה ברגעיה האחרונים. טביעת האונייה יצרה מערבולת והם נשאבו לעומק גדול. סרצן היה אדם חזק ביותר ובצעירותו שירת בקומנדו הימי היוגוסלבי, כך שהוא הצליח לעלות על פני המים עם פגיעה בעור התוף בלבד. הקברניט גרא לוין לא שרד את הסחיפה לעומק, וטבע.
פעולות הצלה.
במקום הטביעה שררו תנאי סערה שהתבטאו ברוח חזקה וגלים גבוהים. תנאים אלה, בצירוף גשם זלעפות שניתך לפרקים, הקשו מאוד על פעילות ההצלה וגרמו להתמשכותה. בברמודה לא נמצאו מסוקים שיכלו לחלץ את אנשי הצוות. כלי ההצלה הקרובים ביותר נמצאו כשעתיים ממקום האירוע. מטוסים וכלי שיט שונים לקחו חלק בפעולות ההצלה: ארבע אוניות סוחר, מטוס, משחתת, שתי פריגטות, נושאת מטוסים וחמישה מסוקים של צי ארצות הברית. משמר החופים של ארצות הברית שלח מסוק נוסף, מהיבשת והגיע רק למחרת. כל אוניות הסוחר בסביבה הקימו קשר ופעלו לפי הנחיות מתאמי ההצלה.