דייוויס קיבל עידוד מאחיו ג'וזף לכתוב את זיכרונותיו כבר עם שחרורו מן הכלא, אך הוא ענה שאין לו כוח נפשי או פיזי לעשות כן. עוזרו מימי המלחמה, פטרסון ג'ונסון, הפציר בו גם להעלות את זיכרונותיו על הכתב שלוש שנים לאחר מכן. ב-1869, כאשר החל דייוויס לחשוב ברצינות על כתיבה, הוא הוציא את ספרו הראשון "מטרתנו" (Our Cause), שבאמצעותו הוא קיווה לשכנע אחרים בצדקתה של הקונפדרציה. ב-1875 ביקש דייוויס מוויליאם ט. וולטהול, קצין לשעבר בצבא הקונפדרציה וסוכן בחברת הביטוח קרוליינה ממוביל, אלבמה, לאתר עבורו מוציא לאור לספרו. וולטהול יצר קשר עם הוצאת "ד. אפלטון ושות'" מניו יורק והעורך ג'וזף דרבי הסכים לשלם לוולטהול 250 דולר לחודש כמקדמה עד להשלמת כתב היד מתוך כוונה שכל אחד משני הכרכים של הספר לא יחזיק יותר מ-800 עמודים. דייוויס ביצע בספר כמה שינויים והמוציא לאור אישר אותם.
ב-1877 שרה אן אליס דורסי, אלמנה עשירה וסופרת, שדייוויס ורעייתו הכירו עוד מילדותה ושהעניקה תמיכה ל"מטרה האבודה" , הזמינה אותם להתארח באחוזתה "בובואר" שעל חוף מפרץ מקסיקו, בבילוקסי, מיסיסיפי. בעלה של דורסי, סמואל דורסי ממרילנד, רכש את האחוזה ב-1873 ושנתיים לאחר מכן נפטר. דורסי רצתה לתת לדייוויס מקום שקט שבו הוא יוכל לכתוב את ספרו עבור הוצאת אפלטון. היא סיפקה לו בקתה לשימושו וכן סייעה לו בכתיבה באמצעות עזרה בארגון, הכתבה, עריכה ועידוד. דייוויס סירב לקבל צדקה באופן גלוי, אך הסכים לרכוש את הבקתה במחיר צנוע. בינואר 1878 כתבה דורסי, בהכירה את מצבה הבריאותי (היא חלתה בסרטן השד), את צוואתה בעזרתו של וולטהול, בה היא ציוותה את שלוש האחוזות הקטנות שנותרו לה בלואיזיאנה וכמה נכסים פיננסיים בשווי של 50,000 דולר (1.27 מיליון דולר בערכים של המאה ה-21) לדייוויס, אם הוא יחיה אחריה ואם הוא ילך לעולמו לפניה, לבתו ויני. דורסי נפטרה ב-1879 ובאותה עת התגוררו דייוויס ובתו בבובואר. קרובי משפחתה של דורסי הגישו ערעור על הצוואה שנישלה אותם. הם טענו שדייוויס השפיע עליה בצורה בלתי הוגנת. במרץ 1880 דחה בית המשפט את תביעתם.
עם חתימת החוזה עם הוצאת אפלטון, שלח דייוויס מכתבים לשותפיו לשעבר בקונפדרציה בהם ביקש מהם מסמכים שיסיעו לו בכתיבה. ב-1878, כאשר שלח וולטהול שני פרקים לדוגמה לניו יורק, הם הוחזרו בצירוף הערה שאין צורך בחזרה על ההיסטוריה החוקתית הארוכה ועדיף להתמקד בתיאור מעשיו של דייוויס כנשיא הקונפדרציה. לאחר מכן שלח המוציא לאור את ויליאם ג'. טני, בעל השקפה דמוקרטית, תומך בזכויות המדינות וחבר בצוות ההוצאה, לערוך ביקור בבובואר כדי לשוות לכתב היד הבעייתי נוסח המאפשר את פרסומו. כאשר טני התמהמה, נסע דרבי בעצמו למיסיסיפי בפברואר 1880. עד לאותה עת שילם כבר דרבי 8,000 דולר דמי קדימה, אך דייוויס התוודה שהוא כתב עמודים מעטים מתוך הנחה ששאר הדפים ייכתבו על ידי וולטהול. מאחר שדייוויס לא היה מעוניין לוותר על כתיבת הספר ולא להשיב את המקדמה, הוא הסכים שטני יתגורר בקוטג' בבובואר. במאי 1880 ניתק דייוויס את כל קשריו עם וולטהול שהתקדם מעט מאוד בכתיבה במשך השנתיים שעברו. שנה לאחר מכן השלימו דייוויס וטני את כתיבת הספר "עלייתה ונפילתה של ממשלת הקונפדרציה" (The Rise and Fall of the Confederate Government) שהכיל שני כרכים ובסך הכול 1,500 עמודים.
אף על פי שהכרך הראשון הדגיש בעיקר את הלגיטימיות החוקתית של הפרישה והנספחים שלו כללו את הנאומים של דייוויס, הספר השיב את שמו הטוב של דייוויס בקרב אנשי הקונפדרציה לשעבר. דייוויס השמיט את העבדות כסיבה לפרישה, ותחת זאת האשים את הצפון בניהול מלחמה הרסנית ובלתי תרבותית.
ב-1876 נוסדה "החברה ההיסטורית הדרומית" (Southern Historical Society) על ידי הכומר ג'. ויליאם ג'ונס והגנרל ג'ובל א. ארלי. ג'ונס היה המזכיר בשכר של החברה ועורך המגזין Southern Historical Review. ארלי היה נשיא החברה וראש הוועד המנהל שלה. הם העניקו לדייוויס חברות לכל החיים בחברה וסייעו לו ללקט חומר עבור ספרו. ב-1882 הם ניסו לארגן עבורו מסע בו הוא היה אמור לנאום על ספרו, אך דייוויס דחה את ההצעה בשל מצב בריאותו ונשא נאום אחד בלבד בניו אורלינס. ארלי גם ערך ביקורים אצל דייוויס בבובואר. כמו יהודה בנימין, יעץ ארלי פעמים רבות לדייוויס לא להתבטא בלשון נקמנית בספרו. עם זאת, כאשר התבקש לנאום בטקס ההקדשה של המאוזולאום של הגנרל לי בלקסינגטון, קנטקי, סירב דייוויס לכך כאשר הבין שהגנרל ג'וזף א' ג'ונסטון מצבא הקונפדרציה, שכתב אף הוא ספר בו מתח ביקורת קשה על דייוויס, יעמוד בראש הטקס. דייוויס גם התעמת עם הגנרל ויליאם שרמן בנאום שנשא בסנט לואיס ב-1884 ובמכתב ארוך לעורך וכן מתח ביקורת על הפוליטיקאי הצעיר מניו יורק, תאודור רוזוולט, שהשווה אותו לבנדיקט ארנולד.
בעת שתר דייוויס את הדרום בשנים 1886 ו-1887, הוא השתתף בטקסים רבים של "המטרה האבודה" וההמונים הרעיפו עליו חיבה רבה והמנהיגים המקומיים הציגו אותו בנאומים נרגשים בהם הם הוקירו את ההקרבה שלו למען האומה הדרומית. על פי העיתון Meriden Daily Journal, בקבלת פנים שנערכה במאי 1887 בניו אורלינס, עודד דייוויס את הדרומיים להיות נאמנים לאומה – "מאוחדים אנחנו כעת, ואם הברית תישבר אי פעם, יהא זה הצד השני שישבור אותה". הוא המשיך במתן תשבחות לאנשי הקונפדרציה שלחמו בהצלחה למען זכויותיהם על אף נחיתותם המספרית במהלך מלחמת האזרחים וטען שההיסטוריונים הצפוניים התעלמו מנקודת מבט זו. דייוויס האמין בכל ליבו שפרישת הקונפדרציה הייתה מוצדקת חוקתית והיה אופטימי בנוגע לשגשוגה של אמריקה ובנוגע לדור הבא.
בקיץ 1888, ג'יימס רדפת', עורך המגזין North American Review ויריב פוליטי לשעבר של דייוויס שהפך למעריצו כאשר נפגש עמו, שכנע את דייוויס לכתוב סדרה של מאמרים תמורת תשלום של 250 דולר לכל מאמר וכן לכתוב ספר נוסף. דייוויס נעתר להצעה ובאוקטובר 1889 השלים את ספרו האחרון "היסטוריה מקוצרת של קונפדרציית המדינות של אמריקה" (A Short History of the Confederate States of America).
מותו וקבורתו.
ב-6 בנובמבר 1889 עזב דייוויס את בובואר בדרכו לביקור באחוזת בריירפילד. הוא עלה על אוניית קיטור בניו אורלינס שהפליגה בגשם כבד ובמהלך ההפלגה הוא חש ברע, כך שבתחילה הוא לא חש מספיק בטוב כדי לרדת ביעדו והוא בילה לילה במעלה הנהר בוויקסבורג לפני שעשה את פעמיו לאחוזה ביום המחרת. הוא סירב לקרוא לרופא במשך ארבעה ימים עד ליציאתו למסע בחזרה. בינתיים שלחו המשרתים מברק לורינה והיא עלתה על רכבת לניו אורלינס ומשם עלתה על ספינה שבסופו של דבר פגשה את הספינה בה עשה דייוויס את דרכו בחזרה. לבסוף קיבל דייוויס טיפול רפואי כאשר שני רופאים עלו על הספינה בהמשך הדרך ואבחנו אצלו דלקת סימפונות חריפה עם סיבוך של מלריה. בהגיעם לניו אורלינס שלושה ימים לאחר מכן, נלקח דייוויס לביתו בשכונת גרדן דיסטריקט של צ'ארלס פנר, קצין לשעבר בצבא הקונפדרציה ואז שופט בבית המשפט העליון של לואיזיאנה. פנר היה חתנו של ידידו הוותיק של דייוויס, ג'. מ. פיין. רופאו של דייוויס, סטנפורד צ'יילי קבע שמצב בריאותו של דייוויס לא מאפשר לו לנסוע לבובואר. ארבעה סטודנטים לרפואה שהיו בניהם של ותיקי צבא הקונפדרציה ונזירה קתולית ליוו אותו באמבולנס אל ביתו של פנר. דייוויס נותר מרותק למיטתו, אך מצבו היה יציב במשך השבועיים הבאים. בראשית דצמבר המצב החל להחמיר. על פי פנר, כאשר נראה היה שמצבו משתפר, הוא איבד את ההכרה בערבו של 5 בדצמבר. ג'פרסון דייוויס נפטר באותו לילה, רבע שעה אחר חצות, ב-6 בדצמבר 1889, כשוורינה מחזיקה את ידו וסביב מיטתו נכחו כמה ידידים.
הלווייתו של דייוויס הייתה אחת הגדולות שנערכו בדרום והעיר ניו אורלינס עטפה את עצמה באבל כאשר ארונו הוצב בבניין העירייה במשך כמה ימים. הוועדה המנהלת של טקס ההלוויה החליטה להדגיש את קשריו של דייוויס לארצות הברית, וכך הוחלט שדגל ארצות הברית יונח על גבי דגל הקונפדרציה שעטף את ארונו של דייוויס ושבסמוך יונפו שני סוגי הדגלים לסירוגין. גופתו של דייוויס הולבשה בחליפת מדים אפורה חדשה של צבא הקונפדרציה שניתנה על ידי ג'ובל ארלי וורינה הניחה על הכן שעליו ניצב הארון את החרב שדייוויס נשא במהלך מלחמת בלאק הוק. עיטור פשוט בשלב הראשון של ההלוויה היה דגל אמריקאי קטן מורכן עם תמונתו של דייוויס במרכז. ל"צבא הגדול של הרפובליקה" , אחוות ותיקי צבא האיחוד, היה תפקיד מרכזי בטקס, אף על פי שהמרשל הגדול של הטקס היה ג'ון ג. גלין, ראש המשמר הלאומי של לואיזיאנה ומושל ג'ורג'יה וראש ארגון ותיקי צבא הקונפדרציה, ג'ון גורדון, היה המרשל הגדול של כבוד. בעוד שהממשל הפדרלי התעלם ממותו של דייוויס, רבים מפעמוני הכנסיות בדרום צלצלו, ותיקי צבא הקונפדרציה קיימו תהלוכות רבות וסנאטורים וחברי קונגרס חצו את נהר הפוטומק כדי להצטרף לבכירי ממשל הקונפדרציה לשעבר וגנרלים בצבא הקונפדרציה בטקס ההספד שנערך באלכסנדריה שבוירג'יניה.