כמקובל בסיפורי חסידים, גם בסיפור שלפנינו צדיק גוזר והקב"ה מקיים: "היה שם הרב אור החיים וקללם שלא תעלה ישיבתם ולא יזכו למניין. מכאן ואילך אין מגיע מהם לירושלים שאין מוציאים מהם כנגדו מת". כן משולבים בסיפור סיפורי נסים של צדיקים כגון הנס שאירע על הדנובה לרבי שמעלקי מניקלשפורג ותלמידו רבי משה לייב מסאסוב.
הרמזים אינטר-טקסטואלים לארון הספרים היהודי היו מאוד נפוצים בספרות של עידן ההשכלה ועידן התחייה ואף בספרות ימי הביניים. קהל הכותבים והקוראים בעברית הגיע בדרך כלל מהעולם התורני ושמר זיקה גדולה למקורות היהודיים של תרבותו. האלוזיות המקראיות והתלמודיות סיפקו את החיבור לגרסה דינקותא מחד גיסא, ואת העשרתה של העברית המתחדשת מאידך גיסא. עגנון במיוחד בלט בייחודו התוכני והסגנוני, אשר שאב את מקורותיו מלשון חז"ל והמדרשים.
בסיפור "בלבב ימים" משובצים ביטויים רבים שמקורם בתנ"ך, בסידור ובמרכיבים נוספים של הספרות התורנית. בהיותו סיפור חסידים, מופיעים ביטויים אלה לא רק בשפתו ותיאוריו של המספר, אלא משולבים בשיחתם של הנלבבים ומשקפים את עולמם הרוחני, כמו גם את הזדהותו של עגנון עם עולם זה. דוגמאות אחדות:
מקורות לעלילה.
גרשם שלום ציין כי "סיפורי עגנון מרובים בהם גלגולי מוטיבים שבאו לידו מדברי ראשונים, פשטו צורה ולבשו צורה ונעשו דבר חדש ואחיד בידיו. סיפורי האגדה הקטנים שלו הם חטיבות ספרותיות מושלמות, ששלמות צורתם משכיחה את גלגוליהם ברוחו של האמן מעניין לעניין". דברים אלה יפים גם לסיפור זה.
דוגמאות לאגדות יהודיות ולאגדות זרות הנרמזות בסיפור "בלבב ימים":
מצוות.
לבו של הסיפור הוא מסע הנלבבים לארץ ישראל, לשם קיום מצוות יישוב ארץ ישראל, השקולה כנגד כל המצוות. סיפוריהם של הנלבבים, ואף תיאוריו של המספר, ספוגים בתיאורי מצוות נוספות, הממלאות את עולמם של חסידים. דוגמאות:
כיוון שחלק ניכר מהמסע נערך בים, מצוינים מנהגי תפילה היאים למסע כזה:
אהבת ארץ ישראל.
הסיפור, העוסק במסע שמטרתו היא עלייה לארץ ישראל, ספוג באהבת ארץ ישראל. "כמה קדושה ארץ ישראל אפילו בחורבנה ומה כחו של גוף אפילו בגבורתו" נאמר בתחילת הסיפור. לאחר שהנלבבים הביעו רצונם לעלות לארץ ישראל חרף האזהרות ששמעו על תלאות הדרך, אמר רבי שלמה: "אשריכם שנדבקתם בארץ ישראל, שלא נבראה ארץ ישראל אלא בשביל ישראל ואין קבועים בארץ ישראל אלא ישראל".
האהבה בולטת בהסבר מדוע ישיבת ארץ ישראל שקולה כנגד כל המצוות:
בעת שהייתם בקושטא פגשו הנלבבים חכם ספרדי, שתיאר באוזניהם את שבחיהן של ארבע ערי הקודש, ירושלים, חברון, טבריה וצפת, שבהן התרכזו באותה עת מרבית יהודי ארץ ישראל.
שמואל ורסס מציין כי "בתגובות הראשונות על הסיפור 'בלבב ימים', שנתפרסם לראשונה בשנת 1934, בולטת הנטייה לאקטואליזם אידאי ברוח הססמאות של הציונות המגשימה ואידיאל העלייה לארץ". הוא מביא דוגמאות אחדות להמחשת דבריו אלה.
כיצד ישראל נגאלין.
בסיפור "בלבב ימים" מתייחס עגנון למחלוקת המתקיימת ביהדות עד היום (ראו אתחלתא דגאולה), האם שיבת ציון תבוא בדרך נס או בפעולה אנושית לא פלאית. חבורת הנלבבים לא המתינה לנס, אלא קמה ועלתה לארץ ישראל. עם זאת גם בסיפור זה לנס ולהשגחה האלוהית מקום מרכזי:
בסיפור אחר של עגנון, "מעשה העז", הגאולה מגיעה בדרך נס, באמצעות עז המכירה קפיצת דרך לארץ ישראל, אך גם בסיפור זה, ליוזמתו של הנגאל חשיבות רבה.
השטן.
לאחר שהסביר מדוע ישיבת ארץ ישראל שקולה כנגד כל המצוות, מוסיף המספר: "לפיכך רוצה יהודי לעלות מיד עומד לו השטן בדרך ואינו מניחו". בעקבות זאת מספרים אחדים מהנלבבים כיצד ניסה השטן להדיח כל אחד מהם מכוונתו לעלות לארץ ישראל, וכיצד גבר על השטן ולא נתפתה.
גם לאחר שהחלו הנלבבים במסעם לארץ ישראל, לא נח השטן מניסיונותיו להדיחם. בתחילת המסע מגיע השטן אל הנלבבים ומנסה לפתותם להעדיף ביקור ביריד של לשקוביץ על פני נסיעה לארץ ישראל. לגברים הוא מציג את תלאות הדרך ולעומתן ההזדמנות להרוויח ממון ביריד. לנשים הוא מציג את הבגדים שיוכלו לקנות ביריד. בהנהגתו של רבי שלמה גברו הנלבבים על השטן והמשיכו בדרכם.
דב לנדאו מעיר כי "בסוף הסיפור הם זוכים אף להכיר שהנה כל עניין שוק לשקוביץ לא היה אלא פיתוי שווא, שכל אותם מעילים ובגדי עורות שהנשים נתאוו להם בעוברם ליד לשקוביץ אין בהם כל צורך בארץ ישראל שהיא חמה כתנור. מכאן ברורה מסקנתן שלא הייתה כוונת השטן אלא לעכבם בדרך."
המפגשים עם השטן מתנהלים בצורת דיאלוג, שבו מעלה השטן שאלות שנועדו לערער את ביטחונו של האדם בצדקת דרכו. מבנה זה של פעולת השטן מופיע גם בתיאור המופיע בבראשית רבה (סדר וירא, פרשה נו) למפגש של השטן עם אברהם ויצחק בלכתם לעקדת יצחק, וכן בתיאור במדרש תנחומא (פרשת נח, סימן י"ג) של מפגש בין השטן לנח, שבו התפתה נח ובעקבות זאת השתכר: "כשבא נח ליטע כרם בא שטן ועמד לפניו, א"ל מה אתה נוטע, א"ל כרם, א"ל מה טיבו, פירותיו מתוקים בין לחים בין יבשים ועושין מהן יין המשמח לבבות דכתיב ויין ישמח לבב אנוש (תהלים קד) א"ל שטן בא ונשתתף שנינו בכרם זה, א"ל לחיי".
אסתר פוקס רואה את אפיונו של השטן בסיפור זה כפארודי:
דמויות בסיפור.
ארנולד בנד מחלק את הדמויות בסיפור לשלוש קבוצות נפרדות:
חנניה.
חנניה, בנוכחותו ובהיעדרו, הוא הדמות המרכזית בסיפור. שמו, חנניה, הוא שם סמלי, המשקף את הכישורים שבהם חנן אותו האל ואת הנס שאירע לו על הים. כישוריו של חנניה מעוררים את התפעלותם של חבריו, אך הוא מצטנע:
במהלך המסע בים חנניה נעדר, משום שלא עלה לספינה כאשר החלה במסעה בים השחור. את היעדרותו גילו הנלבבים אגב קיום מצווה: "כיון שעמדו להתפלל ראו שחסר אחד למנין. חנניה זה שהיה מתלבט אתם כל הדרך נעלם". במהלך השיט, בים השחור ובים התיכון, מרבים העולים להזכיר את חנניה ולהצטער על שאינו עמם. במהלך ההפלגה, הנלבבים "כל אימת שמציצים בים רואים כנגדם שביבין של אור יוצאים מן הים ומטפחת צפה לה כאניה בלב ים, ואדם יושב על המטפחת ופניו כלפי מזרח", אך הנלבבים לא זיהו שאדם זה הוא חנניה. המספר מגלה לקוראים מדוע איחר חנניה להגיע לספינה: עסוק היה בהתרת עגונה מעגינותה.
לאחר שהנלבבים וחנניה הגיעו לארץ ישראל, הם נפגשו בירושלים. חנניה האריך ימים יותר מכל חבריו, "בן ק' היה כבן כ' למצוות ולמעשים טובים ולא ניכר בו לא חולשה ולא עיפוי".
שמואל ורסס עמד על מקומו של ספר תהילים בעולמו של חנניה: "צרור הוא במטפחתו, וחנניה נוהג לקרוא בו בדבקות עוד לפני הצטרפותו למסע של החבורה (עמ' תפז). אף בשבתו בקרון הנוסעים 'הוציא ספר תהלים ממטפחתו וקרא לאור הלבנה' (עמ' תק). פטירתו האידיאלית מתרחשת אף היא כשהגיע בתפילתו לפרק קטו, טז (עמ' תקנ)."
דב לנדאו ציין כי "חנניה נעשה מעין אידיאל אליו כדאי להידמות בכל, כגון: תיקון הכלים ובעיקר בעניין זה של דבקות בארץ ישראל. יכולנו לומר שהוא מין עולה אידיאלי." ומוסיף: "בסיפור שלפנינו חנניה לא רק מצטרף לעולים, אלא יש בהצטרפותו משום השלמה. במעשיו ובנוכחותו הוא מביא תיקון עליהם ועל כליהם."
סיפורו של חנניה המפליג בים על גבי מטפחת הוא בעקבות הסיפור החסידי, המספר כי בעת שהבעש"ט היה בקושטא ולא מצא ספינה המפליגה לארץ ישראל אשר בה יהודים, הציע לפרוש מטפחתו על הים כדי להגיע באמצעותה, אך מזכירו ר' צבי מנעו מלעשות זאת.
גדליה נגאל מצא קווי דמיון נוספים בין קורותיו של חנניה ובין תולדות הבעש"ט, כפי שהם מופיעים בספר "שבחי הבעש"ט": המפגש עם הגזלנים והסירוב להסתייע בהם לעלייה לארץ ישראל.
שרה כ"ץ סבורה שקווים בדמותו של חנניה נוצרו על סמך דמותו של רבי יהודה הלוי, שניסה אף הוא לעלות לארץ ישראל דרך הים, ומציינת: "הדמיון הבולט מכול הוא, כמובן, אמונתם השלמה של שני האישים וחפצם העז לעלות לארץ ישראל, ולו גם בסיכון חייהם."
לדעת זיוה שמיר חנניה הוא בן דמותו של חיים נחמן ביאליק, ומציגה סימנים אחדים לכך, ובהם:
למטפחת מקום מרכזי בסיפורו של חנניה: בתחילת הסיפור הוא מגיע לבוצץ כשכל רכושו צרור במטפחת; במהלך השיט רואים הנלבבים אדם, הוא חנניה, שט בים על גבי מטפחת; בסוף הסיפור חנניה מובל לקבורה והמטפחת מכסה את עיניו. למטפחת חשיבות סמלית, ולדברי ארנולד בנד היא מהווה כיסוי מגונן לנשמה החשופה, אולי אהבת ארץ ישראל, אולי אמונה בלתי מעורערת בקב"ה ואולי התורה. לעומתו, אברהם רגלסון סבור שהסיפור היה משתבח אם מחברו היה מסתפק בנס פחות מובהק מנס המטפחת שאירע לחנניה:
רבי שמואל יוסף בנו של רבי שלום מרדכי הלוי.
עם חברי הקבוצה נמנים רבי שמואל יוסף בנו של רבי שלום מרדכי הלוי ואשתו אסתר - שמות אלה זהים לאלה של עגנון ואשתו. גם במאפייניו מזכיר רבי שמואל יוסף את אלה של עגנון – הוא "בקי באגדות ארץ ישראל" והוא מספר אותן לחבורת הנלבבים. סיפוריו מעודדים את הנלבבים בשעות קשות – כאשר הותקפו על ידי יתושים מסופר: "ברם זכור רבי שמואל יוסף בנו של רבי שלום מרדכי הלוי לטוב שהיה ממתיק להם את צערם בסיפורי מעשיות של ארץ בני משה. ... גדולים מעשי השם. אשרי מי שנותנם על לבו ויודע להטעימם לאחרים. אשרי רבי שמואל יוסף שיודע כל שעה לספר מה הטובות שהקדוש ברוך הוא עושה עם ישראל".
בעת שהנלבבים המתינו בקושטא לספינה שתיקח אותם לארץ ישראל, לא כילה זמנו לריק, אלא "אותם ימים היה רבי שמואל יוסף בנו של רבי שלום מרדכי הלוי יושב לפני חכמי קונשטנדינא והיה קורא בכל הספרים הגדולים והקטנים הטובים והישרים המלאים יראת שמים וחכמה. והוסיף יראה וחכמה בנגלה ובנסתר בדקדוק ובמליצה בדרכי הלשון ובסודותיה".
זושא.