בשנת 1992 העפילה הפועל חיפה לליגה הראשונה בפעם השלישית. את העונה ההיא ליוו שמועות בדבר איש עסקים אלמוני אשר פרש את חסותו על המועדון. עם הזמן התבררו השמועות כנכונות והתבררה זהותו של האלמוני: רובי שפירא, איש עסקים אשר עשה את מירב הונו בעסקי הדיג בניגריה. שפירא הזרים כספים רבים לקופת המועדון שהצילו את המועדון מקריסה. בכספים אלה נרכשו שחקנים מובילים רבים, אך הקבוצה לא הגיעה לכל הישג בולט ואף הייתה בסכנת ירידה. בעקבות שורת הפסדים ארוכה בעונת 1993/1994 החליט שפירא להפוך את חסותו על המועדון לבעלות עליו, והוא רכש אותו מידי ההסתדרות. בעונת 1994/1995 הגיעה הקבוצה לגמר הגביע והפסידה 0–2 למכבי חיפה, בפעם השנייה בה שוחק הדרבי החיפאי בגמר הגביע.
בשנים הראשונות תחת בעלותו של שפירא הובאו לקבוצה שחקנים ומאמנים מהטובים בארץ, אך הקבוצה לא הצליחה לזכות בתארים. בעונת 1997/1998 הצליחה הפועל חיפה לסיים במקום השלישי תחת הדרכתו של המאמן אלי גוטמן, אשר המשיך במועדון גם בעונת 1998/1999. בראשית עונה זו סומנה הקבוצה כקבוצת צמרת אך לא כמועמדת לאליפות. אף על פי כן החלה הקבוצה את העונה בסערה ולאחר שורת ניצחונות מרשימים מצאה עצמה הקבוצה במקום הראשון בטבלה בפער גדול על כל שאר הקבוצות. הקבוצה בלטה בצורת המשחק הטקטית והיעילה שלה שאף גרמה ללא מעט גורמים להעביר ביקורת על צורת המשחק שלה, שכונתה "גרמנית". עם הזמן רק הלך וגדל הפער בין הפועל חיפה לשאר הליגה, כשהקבוצה במקום השני מתחלפת אחת לכמה זמן. ב-8 במאי 1999 התמודדה הפועל חיפה באצטדיון קריית אליעזר במסגרת המחזור ה-27 כנגד הקבוצה שערב המחזור דורגה במקום השני, מכבי תל אביב. בסיום המשחק, בו ניצחה הפועל חיפה 3–2 (צמד של אורן זיתוני ושער של אורן נסים), הוכתרה הפועל חיפה כאלופת המדינה בכדורגל בפעם הראשונה והיחידה בתולדותיה. לרגל הזכייה באליפות נכתב השיר "אדום עולה עולה".
בקיץ 1999 הייתה הפועל חיפה לקבוצה הישראלית הראשונה המעפילה לסיבוב השלישי במוקדמות ליגת האלופות, כאשר בסיבוב המוקדמות השני עברה את בשיקטאש הטורקית לאחר תיקו 1–1 באיסטנבול ו-0–0 בגומלין בקריית אליעזר, אולם הפסידה לקבוצה הספרדית ולנסיה בסיבוב המוקדמות השלישי. בסיבוב הראשון בגביע אופ"א עברה הפועל חיפה את קלאב ברוז' הבלגית לאחר ניצחון 3–1 בקריית אליעזר והפסד 2–4 בבלגיה, והייתה לקבוצה הישראלית הראשונה המעפילה לסיבוב השני בגביע אופ"א. בסיבוב השני פגשה הקבוצה את אייאקס אמסטרדם ההולנדית. במשחק הראשון בישראל הפסידה הפועל חיפה 0–3, ובגומלין באמסטרדם ניצחה 1–0 אך הודחה מהמפעל. בליגה סיימה את עונת 1999/2000 במקום השביעי, זאת על אף שלמראית עין הקבוצה התחזקה עם בואם של השחקנים דוד אמסלם, ניר סביליה ועמיר תורג'מן, אך את הקבוצה עזבו שניים משחקני המפתח בעונת האליפות: לירון בסיס עבר למכבי תל אביב ונג'ואן גרייב עבר לאסטון וילה.
שנות ה-2000: הפירוק והירידה לליגת המשנה.
בעונת 2000/2001 הוחלף גוטמן בגיא לוי שהביא עמו ארבעה זרים: אלין מינטואן, אולג יילשב, מיכאל אניצ'יץ' וויקטור פאצ'ה שהצטרפו לדימיטרי אולינוב הוותיק. הקבוצה סיימה את העונה במקום השלישי לאחר שני ניצחונות בדרבי החיפאי מול מכבי (3-0 ו-1–3), ושלושה ניצחונות על האלופה היוצאת הפועל תל אביב (3-1, 1-0 בחוץ ו-0–2 בבית).
בקיץ 2001 החליט שפירא להפחית את השקעתו במועדון בצורה משמעותית. תקציב המועדון צומצם, עסקאות רכש שהיו מתוכננות בוטלו והשחקנים המובילים שוחררו. עם הזמן התברר כי מצבו הכלכלי של שפירא הידרדר וכי הוא נתון בחובות ועסקיו על סף פשיטת רגל. נכסי המועדון ובהם כרטיסי השחקן של כמה מהשחקנים הבולטים בקבוצה שועבדו לחברת דיג הולנדית לה היה חייב שפירא כספים. מצבו הכלכלי של שפירא הלך והתדרדר במהירות. ביום שישי, ה-14 בדצמבר 2001, התאבד שפירא ביריה מרובהו האישי בביתו שבניגריה. במרץ 2002, פסק בית המשפט המחוזי בחיפה כי הפועל חיפה תועבר לאחריות של מפרק זמני, מכיוון שהקבוצה הייתה חדלת פירעון עקב חוב של כ-8.3 מיליון שקל לשלטונות המס. בסיום אותה עונה ירדה הקבוצה לליגה השנייה, כאשר אחד המשחקים הזכורים באותה עונה היה הדרבי שנערך ב-18 בפברואר 2002, בו הפסידה הפועל 1–2 למכבי. המשחק זכור בגלל פרשת ישראל כהן, הבלם, אשר הכשלה שלו ברחבה הובילה לשער הניצחון של מכבי. כהן נחשד כמי ש"מכר" את המשחק, בשל הכשלות חוזרות במחצית השנייה. ב-2004 החליטה הפרקליטות לסגור את התיק נגד כהן בשל מחסור בראיות, אך הדגישה כי התנהגותו של כהן מעוררת תהיות רבות. במשך כמעט שלוש שנים נוהל המועדון על ידי 3 מפרקים זמניים מטעם בית המשפט שהצליחו להחזיק את הקבוצה בליגה השנייה ובמקביל לחפש רוכשים פוטנציאלים למועדון. אף על פי שהמועדון היה תחת פירוק, נחשבה עונת 2003/2004 כמוצלחת, בסיומה חזרה הקבוצה לליגה הבכירה, והיא העפילה לגמר גביע המדינה, בו הפסידה 1–4 לבני סכנין. בשנת 2004, עונה לאחר שהקבוצה חזרה לליגת העל, נרכש המועדון על ידי יואב כץ, איש עסקים ישראלי המתגורר בארצות הברית. הקבוצה נשרה בסיום העונה לליגה הלאומית, שם נשארה למשך 4 עונות.
בעונת , כשמאמן הקבוצה הוא שלומי דורה, עלתה הקבוצה לליגת העל שישה מחזורים לסיום העונה ומרחק של יותר משמונה עשרה נקודות מהמקום השישי בעונה של חמש עולות. במחזור ה-31 הובטח המקום הראשון לאחר ניצחון 1–2 על הפועל באר שבע, אך ההתאחדות לכדורגל החליטה לפסוק הפסד טכני להפועל חיפה במשחקה מול בני לוד בגין שיתוף שחקן שלא כחוק. במחזור האחרון סיימה הפועל חיפה בתיקו מאופס מול הפועל רמת גן והבטיחה רשמית את המקום הראשון. הפועל חיפה סיימה את העונה בלי לרדת מהמקום הראשון, והיא מוקמה שם מאז המחזור הראשון, וחזרה לליגה הבכירה לאחר היעדרות של ארבע שנים.
בעונת סיימה הפועל חיפה במקום ה-11 בליגת העל (מתוך 16), וזאת אחרי שהבטיחה את הישארותה במחזור ה-33 (מתוך 35) בניצחון ביתי 0–1 על הפועל רעננה במסגרת הפלייאוף התחתון של ליגת העל.
העשור השני של המאה ה-21.
בעונת 2010/2011 הגיע המאמן ניצן שירזי במקום דורה שפוטר. בעונה זו חל שיפור משמעותי במצב הקבוצה, כאשר היא חדלה מלהאבק על הישארותה בליגה והתברגה במרכז הטבלה. בסיום 30 המחזורים הראשונים הפועל חיפה סיימה במקום ה-7, כאשר באותו מחזור נקבע שתשחק בפלייאוף האמצעי ולא בפלייאוף העליון, לאחר שיריבתה העירונית מכבי חיפה סיימה בתיקו מול מכבי נתניה שעלתה למקום השישי.
בעונת 2011/2012 המאמן שירזי היה חשוד בפרשת הכדור המרכזי, מה שגרם להפרעה בהכנת הקבוצה לליגה והפך את הפועל חיפה לקבוצה שנלחמת על חייה בתחתית. באמצע העונה התפטר שירזי ובמקומו מונה טל בנין שהביא שינוי לקבוצה, ובמחזור הסיום של העונה נשארה הפועל חיפה בליגה אחרי שניצחה 1–2 על הפועל פתח תקווה וסיימה את העונה במקום ה-12 בליגה. סכסוך בין המאמן בנין לבין הבעלים יואב כץ, על רקע זהות צוות האימון ודרך ההתנהלות של הקבוצה, גרם לבנין לעזוב את הפועל חיפה לאחר ששרדה בליגה.
במקומו של בנין מונה ניר קלינגר למאמן הפועל חיפה לקראת עונת 2012/2013. ב-23 בינואר 2013 זכתה הקבוצה בפעם השנייה בתולדותיה בגביע הטוטו, לאחר ניצחון 0–1 על הפועל באר שבע בהארכה, ואת העונה סיימה במקום התשיעי בליגה.
לפני תחילת עונת 2013/2014 מונה שלומי דורה לקדנציה שנייה כמאמן הקבוצה. קפטן הקבוצה, אייל טרטצקי, שפרש ממשחק פעיל, מונה לעוזר המאמן.
לקראת עונת 2014/2015 עברה הקבוצה לארח את משחקי הבית שלה באצטדיון סמי עופר החדש, וראובן עטר מונה למאמן הקבוצה. ב-16 בפברואר 2015 פוטר עטר מתפקידו לאחר שהקבוצה לא הצליחה להתרומם מתחתית הליגה וטל בנין מונה שוב למאמן הקבוצה. לאחר שבנין הציל את הקבוצה מירידה לליגת המשנה הוארך חוזהו במועדון לעונת 2015/2016. בדצמבר 2015 פוטר בנין מתפקידו עקב חוסר הצלחה של הקבוצה, ולמשך כחודשיים החליף אותו עוזרו מאיר בן מרגי, עד מינויו של אלי כהן ב-15 בפברואר 2016. הקבוצה נשארה בליגה במחזור האחרון, ואלי כהן המשיך בתפקידו גם בתחילת עונת 2016/2017, אך בתום הסיבוב הראשון פוטר בעקבות חילוקי דעות עם הבעלים יואב כץ בעניין הטיפול המשמעתי בקפטן הקבוצה לשעבר אושרי רואש. במקומו מונה דני גולן למאמן על הקווים וניר קלינגר מונה למנג'ר והסמכות המקצועית העליונה בקבוצה. גולן התפטר אף הוא ב-25 במרץ 2017 ובמקומו חזר ניר קלינגר לעמדת המאמן.
עונת 2017/2018 הייתה הטובה ביותר של הקבוצה מאז עונת האליפות, ותחת הדרכתו של קלינגר היא העפילה לפלייאוף העליון וסיימה את העונה במקום הרביעי. ב-9 במאי 2018 זכתה הפועל חיפה בגביע המדינה הרביעי בתולדותיה, לאחר שגברה במשחק הגמר באצטדיון טדי 1-3 על בית"ר ירושלים לאחר הארכה, והעפילה למוקדמות הליגה האירופית לאחר היעדרות של כ-19 שנים מהמפעלים האירופאים.
בעונת 2018/2019 זכתה הפועל חיפה בתואר אלוף האלופים לאחר שניצחה 5–4 בדו-קרב פנדלים את אלופת המדינה הפועל באר שבע. אך בעונה הסדירה סיימה במקום השביעי לאחר תיקו 2-2 עם הפועל רעננה, מקום שלא הספיק לפלייאוף העליון.
בעונת 2019/2020, תחת חיים סילבס, העפילה הפועל חיפה לפלייאוף העליון וסיימה את העונה במקום השישי.
עונת 2020/2021 החלה עם המאמן חיים סילבס, אך זה פוטר ב-5 באפריל 2021 לאחר מאזן של שני ניצחונות ב-15 משחקים ואי ההעפלה לפלייאוף העליון. יממה לאחר כן מונה כמאמן אלישע לוי, והקבוצה סיימה את העונה במקום התשיעי.
סמל וצבע החולצה.