למרות הניצחון, אפילו כמה רפובליקנים שתמכו במטרות חוק זכויות האזרח פקפקו אם לקונגרס היה כוח חוקתי להפוך אותם לחוקים. הרפובליקנים הרדיקלים והמתונים החליטו לפעול להגנה חוקתית על העבדים המשוחררים, במקום להסתמך על רוב פוליטי זמני. בסוף 1865, הציעה וועדה משותפת של הקונגרס תיקון חוקתי שיקבע שכל אזרח שנפסלה זכותו להצביע על בסיס גזעי לא ייחשב במסגרת ייצוג המדינה. החוק עבר בבית הנבחרים אולם הסנאט חסם אותו בתמיכת הרפובליקנים הרדיקלים. חוק נוסף, שנועד להסמיך את הקונגרס להגן על חייהם, חירותם ורכושם של כל האזרחים, לא עבר בבית הנבחרים. באפריל 1866, הוצע חוק ששילב את שתי ההצעות, והתייחס לתשלום חובות הקונפדרציה ולזכויות ההצבעה של תומכיה. בית הנבחרים העביר את החוק, והסנאט תיקן כמה פסקאות מתוכה. בית הנבחרים הסכים לכך.
ג'ונסון התנגד לתיקון, שראה בו פגיעה בממשלו. למרות התנגדותו, שני בתי הקונגרס אישרו אותו והוא נשלח לאישור המדינות. בקיץ 1866, כשהקונגרס התפזר, ניסיונו של ג'ונסון לצרף את מדינות הדרום ללא הגנה לעבדים המשוחררים, הייתה בצרות.
בחירות אמצע הכהונה של 1866.
עם ההתנגדות בקונגרס, ניסה ג'ונסון לחזק את תומכיו בבחירות לקונגרס של 1866. באוגוסט 1866, ערך ועידה לאומית של תומכיו, תחת השם "האיחוד הלאומי". הוא ערך מסע נאומים רחב בשיקגו, סנט לואיס, אינדיאנפוליס וקולומבוס, אולם הנאומים שלו כללו משפטים שנויים במחלוקת, כמו השוואתו לישו הנוצרי. הוויכוחים שנכנס אליהם עם צופים בנאומיו הורידו ממעמדו, והרפובליקנים ניצחו בקלות בבחירות. ג'ונסון טען שהדמוקרטים לא העניקו לו תמיכה חזקה מספיק.
שיקום רדיקלי.
גם לאחר ניצחון הרפובליקנים בבחירות של 1866, סבר ג'ונסון שהוא במצב חזק. רק טנסי (שצורפה מחדש לאיחוד עם אשרור התיקון ביולי 1866) אישרה את התיקון ה-14 לחוקת ארצות הברית, וקנטקי, דלאוור ומרילנד דחו אותו. כיוון ששלושה-רבעים מהמדינות נאלצו לאשר את התיקון לחוקה, ג'ונסון האמין לחלוטין שיצליח להיבחר מחדש. הקונגרס התכנס שוב בדצמבר 1866, והתחיל להעביר חוקים מעל הוטו הנשיאותי. החוקים העניקו זכות הצבעה לשחורים במחוז קולומביה וצירוף נברסקה לאיחוד (וכך העלאת מספר הסנאטורים הרפובליקנים והעלאת המדינות שאישרו את התיקון). הוטו שהטיל על צירוף קולורדו לאיחוד נשאר בתוקף, כיוון שהסנאטורים סירבו להכיר במחוז עם 30,000 תושבים כמדינה.
בינואר 1867, העביר חבר הקונגרס תדיאוס סטיבנס חוק שפירק את הממשלות בדרום וחילק את הדרום לחמישה מחוזות צבאיים, תחת ממשל צבאי. המדינות יתחילו שוב באמצעות כינוס ועידות חוקתיות. השחורים יוכלו לבחור ולהיבחר, ואילו תומכי הקונפדרציה לא. הקונגרס טען שלאחר אישור התיקון לחוקה, המדינה תוכל לחזור לאיחוד. ג'ונסון ניסה לשיג פשרה, ולהעביר תיקון מרוכך יותר ללא מניעת השתתפות מתומכי הקונפדרציה ועם פחות זכות הצבעה לשחורים. הרפובליקנים התעקשו. ג'ונסון ניסה להטיל וטו על החוק אולם הקונגרס ביטל זאת עוד באותו היום. בנוסף העביר הקונגרס חוק שכינס את הקונגרס החדש במרץ 1867, ולא בדצמבר.
חוק השיקום הראשון קבע מינוי של חמישה מפקדים צבאיים על מדינות הקונפדרציה פרט לטנסי. ג'ונסון מינה את הגנרלים בתיאום עם גרנט.
אחד מהחוקים הראשונים שהעביר הקונגרס היה חוק שיקום שני, למרות הוטו של ג'ונסון. החוק קבע רישום מצביעים נאמנים לאיחוד בלבד, וכינוס ועידות שייצרו את הממשלות החדשות. למרות זאת, היה ברור שהממשלות האזרחיות שהקים ג'ונסון היו השליטות, ולא הממשל הצבאי של הקונגרס.
הקונגרס התכנס מחדש ביולי והעביר חוק שיקום שלישי, שקבע את עליונות הממשל הצבאי ואפשר לו לפטר עובדי מדינה. לאחר שמזכיר המלחמה אדווין סטנטון התנגד להחלטת הוטו של ג'ונסון, החליט ג'ונסון לפטר אותו, מה שהכין את הקרקע לקראת הקרב בחצי השני של נשיאותו.
הקונגרס העביר חוק שיקום רביעי ב-27 בפברואר 1868. ג'ונסון סירב לחתום עליו, והקונגרס ביטל את הוטו ב-11 במרץ. החוק קרא לאשרור החוקות החדשות בדרום בתמיכת רוב המצביעים, ולא רוב המצביעים הרשומים. החוק הוביל למה שהקונגרס רצה: ב-21 ביולי 1868, אימצו שבע מדינות דרומיות (ארקנסו, פלורידה, קרוליינה הצפונית, לואיזיאנה, קרוליינה הדרומית, אלבמה וג'ורג'יה) חוקות חדשות, הקימו ממשלות חדשות, ואשררו את התיקון ה-14 (מה שהוביל לאישורו), וסללו את דרכן להצטרפות מחדש לאיחוד. וירג'יניה נכנעה באוקטובר 1869, ומיסיסיפי וטקסס ב-1870.
ניסיון ההדחה.
העימות עם סטנטון.
ב-2 במרץ 1867, למרות הוטו של ג'ונסון, העביר הקונגרס חוק בנוגע לבעלי תפקידים. ג'ונסון הצהיר במסע הבחירות של 1866 שבכוונתו לפטר חברי קבינט לא נאמנים. החוק דרש את אישור הסנאט לצורך פיטורי חברי קבינט במהלך כהונתו של הנשיא שמינה אותם וחודש אחד לאחר מכן. זאת אף על פי שרוב חברי הקבינט של ג'ונסון מונו בתקופת לינקולן.
מזכיר המלחמה, אדווין סטנטון, היה אדם קשה. ג'ונסון שקל לפטר אותו, אולם כיבד אותו על תפקודו במלחמה. למרות זאת, סטנטון וגרנט עבדו ביחד בניסיון לפגוע במדיניות השיקום. סטנטון סירב להתפטר למרות אי ההסכמה עם הנשיא.
הקונגרס החדש התכנס במרץ 1867, וניסה לבדוק האם יש סיבות להדחת ג'ונסון. הוועדה שהוקמה לכך זימנה חברי קבינט להעיד נגדו, ובחנה את חשבונות הבנק שלו. לאחר שג'פרסון דייוויס שוחרר בערבות, הוועדה חקרה האם הנשיא היה מעורב בכך. ג'ונסון רצה שדייוויס יישפט, ולכן הוועדה החליטה לבטל את ניסיון ההדחה והתפזרה ב-3 ביוני.
ביוני, התעמתו ג'ונסון וסטנטון בנוגע לשאלה האם המפקדים הצבאיים יכלו לבטל את החלטות הרשויות האזרחיות בדרום. ג'ונסון והתובע הכללי טענו שלא. ג'ונסון בחן האם סטנטון יתמוך בו, או שיתנגד לו ולשאר הקבינט. סטנטון נמנע מהנושא. כשהקונגרס התכנס ביולי, הוא העביר חוק שיקום כנגד דעתו של ג'ונסון, ולאחר מכן שוב עקף את הוטו שלו. החוק הבהיר את סמכויות הגנרלים בדרום וגם מנע מהנשיא שליטה על הצבא בדרום. הקונגרס יצא לפגרה עד נובמבר, ולכן ג'ונסון החליט לפטר את סטנטון ולהחליף כמה מפקדים צבאיים בדרום, למרות התנגדות גרנט. ב-5 באוגוסט, דרש ג'ונסון שסטנטון יתפטר, אולם סטנטון סירב להתפטר כשהקונגרס לא נמצא, ולכן השעה אותו ג'ונסון עד שהקונגרס יתכנס. יוליסס סימפסון גרנט שימש כמחליף זמני.
גרנט מילא את פקודותיו של ג'ונסון, למרות מחאתו, והחליף גנרלים שהתנגדו אליו. הנשיא גם חנן את רוב תומכי הקונפדרציה, ופטר את אלו שהיו בתפקיד רשמי מטעמה או שכיהנו בממשל הפדרלי לפני המלחמה מלעמוד לדין.
הרפובליקנים זעמו על כך, אולם הבחירות המקומיות ב-1867 היו טובות לדמוקרטים. הבוחרים סירבו להעניק זכויות בחירה לשחורים. התוצאות הצליחו לעצור את ניסיונות הרפובליקנים להדיח את ג'ונסון. הקונגרס התכנס בנובמבר, והוועדה החליטה להגיש ניסיון הדחה כנגד ג'ונסון. לא הייתה תחושה שהנשיא ביצע פשע חמור, ולבסוף 108 נציגים התנגדו לכך.
ג'ונסון יידע את הקונגרס על השעיית סטנטון ועל מינויו של גרנט. הסנאט סירב להכיר בכך בינואר 1868, והחזיר את סטנטון לתפקידו. הם טענו שהנשיא הפר את החוק. ג'ונסון פיטר את סטנטון והחליף אותו, לקול מחאותיו של גרנט, אולם אז סירב סטנטון לעזוב את המשרד. ב-24 בפברואר 1868, הרשיע בית הנבחרים את הנשיא בהפרת החוק, ברוב של 128 לעומת 47. בית הנבחרים האשים את ג'ונסון באחד-עשר סעיפי אישום שונים, כולל פקפוק בסמכות הקונגרס.
משפט ההדחה.
ב-5 במרץ 1868, החל משפטו של ג'ונסון בסנאט, ונמשך שלושה חודשים. בין התובעים היו בנג'מין באטלר ותדיאוס סטיבנס. ההגנה טענה שכיוון שסטנטון מונה בימי לינקולן, החוק לא הגן עליו, ושבנוסף, הנשיא יכול לבחון את חוקיות פעולות הקונגרס. ג'ונסון לא הופיע בציבור או הגיב בנוגע להליכים, פרט לכמה ראיונות באפריל.
במסגרת ניסיונותיו להשיג זיכוי, הבטיח ג'ונסון לחברי קונגרס שלא יתערב בניסיונות השיקום, ושהחוקות שהרפובליקנים הרדיקלים העבירו בקרוליינה הדרומית ובארקנסו יועברו לאישור הקונגרס. המתונים הסכימו לתמוך בזיכויו. בנוסף, סנאטורים אחרים סירבו לתמוך בהליך ההדחה, כדי למנוע מהנשיא הזמני של הסנאט של ארצות הברית, בנג'מין ווייד, להחליף את ג'ונסון, שכן ווייד נחשב לרדיקלי שתמך בזכויות הצבעה לנשים. בנוסף, רצה גרנט להיבחר לנשיאות בעצמו.
ג'ונסון היה בטוח בניצחונו, והעיתונות דיווחה שהרדיקלים בהנהגת סטיבנס ויתרו. ב-16 במאי, הצביע הקונגרס על סעיף האישום האחד-עשר, הפרת החוק ופיטורי סטנטון. שלושים וחמישה סנאטורים תמכו בהרשעה, ותשעה-עשר בלבד תמכו בזיכוי. כדי להרשיע נשיא, היה צורך ברוב של שני שלישים מהסנאט, ולכן היה חסר עוד קול אחד כדי שההדחה תהיה תקפה. שבעה רפובליקנים תמכו בזיכוי ג'ונסון. לאחר מכן המפלגה הרפובליקנית בחרה ביוליסס סימפסון גרנט כמועמדם לנשיאות, וב-26 במאי הסנאט הצביע בנוגע לסעיפים השני והשלישי בכתב האישום. התוצאה הייתה דומה, ואויבי ג'ונסון הפסיקו עם הליכי ההדחה. סטנטון פרש מתפקידו מאוחר יותר באותו היום.
בדיעבד הסתבר שלא היה בסיס להאשמות, והיה זה ניסיון של הרפובליקנים הרדיקלים להדיחו, בניסיון להפוך את הנשיאות למשרה הכפופה לרצון הקונגרס. למרות זאת, כמה אנשים טענו שג'ונסון שיחד חברי קונגרס לתמוך בו.
ג'ונסון היה הנשיא הראשון שעמד בפני משפט הדחה בסנאט, והיחיד עד לניסיון הדחתו של ביל קלינטון ב-1998.
לאחר מכן.