סוקרנו קיבל עידוד מהניצחון באי איריאן, ולא בזבז זמן. הוא כבר ידע מן הסתם שבריטניה תכננה לספח את 3 המדינות סאבאה סאראואק וברוניי באי הקרוי בפי זרים בשם בורנאו, אל מאלאיה וליצור מדינה בשם מלזיה. כדי לא לקרוא לתוכניותיו בשם "מלחמה" בחר סוקרנו במילה אנגלית מסורסת "קונפרונתאסי" – "עימות". הוא כבר ניצל מחתרת קיימת של תומכי אינדונזיה, בשם TNKU, ראשי תיבות של "תנתארא נסיונאל קאלימאנתאן אותארא" שמשמעו "צבא לאומי (של) קאלימאנטן הצפונית". העימות החל לפני שהוכרז רשמית, במרידה של TNKU בברוניי ב-8 בדצמבר 1962. סוקרנו טען שחלק מצבא המורדים אומן בשטחו. ב-16 בדצמבר הגיעו הבריטים וכוחות חבר הלאומים הבריטי אל בסיס המורדים. ההמשך היה רדיפה אחרי 2 מנהיגי המרד. לפני 3 במאי 1963, ולפי ויקיפדיה בגרסה האינדונזית ב-17 באפריל 1963, נלכד אחד המנהיגים. השני אחמד מחמוד אזהארי נמלט תחילה אל הפיליפינים ומאז 1963 חי באינדונזיה, אבל העימות שהוכרז ב-20 בינואר 1963 נמשך. TNKU התבסס בחלק הנשלט בידי אינדונזיה של האי, וערך ניסיונות לפשוט על הגבולות של סאבאה וסאראואק. לאחר הקמת מלזיה ב-16 בספטמבר 1963, לבש העימות צביון צבאי של ממש גם אם יוזמיו לא קראו לו בשם מלחמה. חוליות מוטסות של צבא אינדונזיה הוצנחו בחצי האי מאלאיה ב-1964 ומסתננים הגיעו אל מאלאיה גם בדרך הים, המבצעים נכשלו ונציג מלזיה באו"ם גרם לשערורייה שם כשהציג פריטי נשק וציוד שנתפס במלאיה. מלזיה נעזרה בכוחות מן אוסטרליה בריטניה וניו זילנד וחיילי גורקא נפאליים. ב-28 ביוני 1965 תקפו כוחות אינדונזיים סדירים את חלקו הצפוני של האי המחולק סבטיק ונבלמו. סוהארטו שהיה ממפקדי צבא אינדונזיה בלחימה לא אהד את הדבר, בפרט שידע שזהו כישלון מצלצל. על פי ויקיפדיה בגרסאות המלזית והאינדונזית נקטלו 590 אינדונזים ו-114 מלסים, בריטים, אוסטרלים וניו זילנדים, ולפי מקורותיהם של הצבאות הללו שציטטה ויקיפדיה בגרסה האינדונזית, נקטלו בסביבות 2,000 אינדונזים ו-200 אנגלים ואוסטרלים, מבלי שאינדונזיה הצליחה באף אחד מהמקומות. רק אובדן העשתונות של סוקרנו בעקבות ניסיון ההפיכה הכושל של 30 בספטמבר 1965 הציל את אינדונזיה מהמשך הלחימה הכושלת. היוזמה המדינית הראשונה של סוהארטו לאחר שקיבל את רוב סמכויות השלטון לידיו היה לארגן ועידת שיחות שלום עם מלזיה.
הדחת סוקרנו (1965).
מאבקי כוח.
ב 11 במרץ 1966 אילץ סוהארטו את סוקרנו להעביר לידיו את רוב סמכויות השלטון.
סוהארטו החל לנהל מדיניות חוץ עצמאית כבר בשנת 1966. הוא השיב את אינדונזיה לחברות באו"ם והחל מ-28 במאי 1966 חיפש שלום עם מלזיה. אז נשלח אדם מליך אל בנגקוק לוועידת שלום. ב 11 באוגוסט 1966 הושג ההסכם, שבו הכירה אינדונזיה בקיום מלזיה ובשלמות שטחיה. בשובו של אדם מליך מבנגקוק בא סוהארטו אל סוקרנו כדי שסוקרנו יאשר את ההסכם. אבל סוקרנו שכינה את מלזיה בשם "מדינת בובה נאו-קולוניאליסטית, קולוניאליסטית, אימפריאליסטית" וברא את ראשי התיבות NEKOLIM, סירב לחתום. סוהארטו אישר את ההסכם בעצמו. ההסכם, שהתבסס על גבולות שקבעו הולנד ובריטניה בשנת 1891 הותיר את הגבול הימי בלתי תחום, דבר שגרם בהמשך לסכסוך על האיים סיפאדאן וליגיתאן שהביא להתנגשות ימית בין ספינות משתי המדינות ב-8 באפריל 2005 מול אמבאלאת במחוז קאלימאנטן המזרחית.
תקופת הסדר החדש (1967 – 1998).
מיסוד הסדר החדש.
ב-12 במרץ 1967 הפך סוהארטו ל"נשיא בפועל" דבר שאושר במג'לס. הנשיא המודח סוקרנו נשאר במעצר בית בבית הנופש שלו בבוגור, ומצבו הבריאותי הירוד היה בין התירוצים להדחתו מן הנשיאות.
הוקמו "יחידות לריסוק השחיתות" שעיסוקן היה בשפיטת אנשי משטרו של סוקרנו בשנות שלטונו האחרונות. המשפטים כונו בשם "מאהמילוב", ובין הנדונים היה גם סובאנדריו שהיה ראש "המעגל הפנימי", כפי שכונתה ממשלת אינדונזיה בשנים 1959 עד 1965. סובאנדריו הואשם על ידי בית משפט צבאי מיוחד, כמי שנטל חלק בתנועת ה 30 בספטמבר במעורבות בהפיכה הכושלת ב-1965, ונידון למוות. גזר דינו שונה אחר כך למאסר עולם. היו קריאות להעמיד לדין גם את סוקרנו, אבל סוהארטו שכיבד אותו נמנע מכך. הוא הסתפק במעצר הבית שנכפה על סוקרנו.
החל מ-27 במרץ 1968, שבו הפך סוהארטו לנשיא במלוא הסמכויות, שלט סוהארטו ב-2 בתי המג'לס כרצונו. החוקה, שעדיין נקראה UUD '45, ראשי תיבות שמשמעותם "חוקי-יסוד '45", קיבלה תוספות שהכשירו את שלטון היחיד של סוהארטו. ה-MPR בחר בו שוב ושוב כל 5 שנים עד לשנת 1998.
השנוי הכפוי במספר המפלגות.
בינואר 1973 אמר סוהארטו שהוא נגד פוליטיקה וכפה שינוי במספר המפלגות במדינה. מפלגות נוצריות ודמוקרטיות אוחדו ל"מפלגה הדמוקרטית האינדונזית" ובראשי תיבות PDI, של "פארתאי דמוקראסי אינדונזיה". מפלגות אסלאמיות אוחדו ל"מפלגת איחוד הפיתוח" ובראשי תיבות PPP של "פארתאי פרסאתואן פמבאנגונאן". מפלגת "גולקאר", שנוסדה בשנת 1964 בשם "סכרתאריאת ברסאמא גולונגאן כאריא" שמשמעותו "מזכירות משותפת (של) קבוצות העבודה" (ראשי התיבות הראשונים היו SEKBER GOLKAR ומאוחר יותר GOLKAR), טופחה על ידי סוהארטו כמפלגת שלטון, היו בה נציגים של כל איגודי העבודה המוכרים וגם של הצבא. GOLKAR נהנתה מרוב שנע בין 67% ל-73% במג'לס בכל תקופת שלטונו של סוהארטו.
נושאים כלכליים.
סוהארטו קרא למשכילים אינדונזיים שלמדו בחוץ לארץ לשוב אל אינדונזיה ולשקמה. בין השבים בשנת 1967 היה גם גאולוג חניך אוניברסיטת הוואי בשם לולו סותורו, אביו החורג של הנשיא לשעבר של ארצות הברית ברק אובמה. סותורו בא עם אשתו אן דנהם, אמו יולדתו של אובמה. אובמה שהגיע כשהיה בן 6, למד בג'קרטה במשך 4 שנים, לפני שנשלח להוואי.
בשנת 1967 הושלמה בנייתו של בניין הכל-בו הראשון של אינדונזיה. המיזם החל בימי סוקרנו ונתקע כשלד נטוש כמו שאר בתי הכל-בו המתוכננים. רק מעטים יכלו להרשות לעצמם לקנות שם. הציבור האינדונזי הצייתן היה ברובו מורגל בעוני, מאז ומתמיד המצוקות האישיות היו עניין פרטי והציבור הורגל בשתיקה לנוכח הדבר ומעשי השלטון והשחיתות. בשנת 1970 שונה ערך הרופיה, כאשר סדרות השטרות שקדמו לשנת 1970 הוצאו מן המחזור. היו מטבעות מחוזיים בשנים 1963 עד 1964 שנסחרו בארכיפלג ריאאו ובשנים 1963 עד 1973 נסחרה סדרה אחרת במערב גינאה החדשה. רשמית היו ערכיהם שונים זה מזה ויקרים בהרבה מערכה של הרופיה האינדונזית הכלל ארצית, אבל ערכה הממשי של הרופיה של "איריאן המערבית" היה כמו של 5 סנטים של הדולר של ארצות הברית. למרות זאת נשמרו ערכי ההמרה של המטבעות עד ביטולם בשנים 1964 ו-1973 בהתאמה: 14.70 רופיות אינדונזיות עבור רופיה אחת של ארכיפלג ריאאו ו-18.90 רופיות אינדונזיות עבור רופיה אחת של "איריאן המערבית". האינפלציה הייתה דבר קבוע גם תחת ממשלת סוהארטו והדבר היה ניכר בערכיהם של המטבעות החדשים שהפיצה ממשלת סוהארטו.
סוהארטו המשיך במרץ במדיניות העברת האוכלוסין מהאי ג'אווה המאוכלס ביותר בעולם, למקומות אחרים, סומטרה, קאלימאנטן, מערב גינאה החדשה תוך מתן תמריץ גדול: המפונים קיבלו 5 אקרים קרקע, בית עץ של 2 חדרים, מזון ודשנים לשנה. 3 מיליון בני אדם עברו למקומות חדשים עד שנת 1989, ומערב גינאה החדשה עברה תהליך של הטמעה מתוכננת כאשר אינדונזים בעלי יוזמה נהנו מהמדיניות השלטונית, אכלסו את המחוז הענק ודליל האוכלוסין וקבעו עובדות, שלא רק פפואנים יושבים שם. בשנת 1992 נסגר האי סומטרה לאכלוס. ניסיון לאכלס את טימור המזרחית במהגרים ממחוזות אחרים, דבר שסוהארטו הנהיג, נחשב לכישלון מראשית שלטון יורשו של סוהארטו בחרודין יוסוף חביבי.
היו אנשים שהתעשרו במקומות המגורים החדשים והמשיכו לעבוד במקצועם, וישנם גם מי שהגדילו את הכנסותיהם למעלה מפי 3. אבל האינפלציה, השחיתות וחוסר היעילות נוסח העולם השלישי גרמו לכך שעלות העברת משפחה, שהחלה ב-500 דולרים אמריקניים הגיעה עד ל-7,000 דולרים אמריקניים.
סוהארטו זכה לשקט כללי על מעשיו עד 14 בינואר 1974. באותו יום הגיע לביקור בג'קרטה ראש ממשלת יפן, תאנאקא קאקואי. סטודנטים באו להפגין נגד בואו וניסו לחדור אל שדה התעופה האלים פרדאנאכוסומא בו נחת. אחרי שנבלמו המפגינים מבחוץ, החלו ב-15 בינואר הפגנות אלימות בג'קרטה כאשר תושבי שכונות העוני השתתפו בהן, וכל המצוקות פרצו החוצה: הקנאה בעושרה של יפן, זיכרון הכיבוש היפני ומעורבות יפן באינדונזיה, לפי טענות המפגינים. המהומות כללו הצתות, כולל של מכוניות יפניות. המפגינים קראו לסוהארטו "ג'אנגאן בוסוק", "לעולם אל תהיה מושחת". כוחות הביטחון דיכאו את המהומות ובכל אותו הזמן היה ראש הממשלה היפני נצור אצל מארחיו. ב-17 בינואר היה תאנאקא אמור לעזוב, אבל במקום שיוסע במכונית אל שדה התעופה, זומן בשעה 8:00 בבוקר מסוק שהטיס אותו לשם. הדבר שגרם מבוכה קשה לסוהארטו, כונה מאז "מאלאפתאכא ג'אנוארי", "אסון ינואר" ובקיצור "מאלארי".