בשנת 1150 התאגדה קהילת מיינץ יחד עם קהילות שפייר וורמס לקהילות שו"ם (שפירא, וורמייזא ומגנצא). לקהילות אלו הייתה בימי הביניים השפעה מייסדת על היווצרות יהדות אשכנז, במובן הדמוגרפי והרוחני כאחד. הכינוסים של רבני הוועד התקיימו במיינץ (בשנים 1150, 1223, 1245, 1307 ו-1381) ופסקי ההלכה שלהם והחלטותיהם, הידועים כ"תקנות שו"ם", הוכרו על ידי שאר הקהילות בגרמניה ואף מחוצה לה. בראש הכניוס של הקהילות משנת 1223 עמד רבי דוד בן קלונימוס ממינצנברג, והשתתפו בה רבי ברוך בן שמואל ממגנצא, רבי חזקיה מבופארד ורבי אלעזר בן יהודה "הרוקח". בכינוס בשנת 1307 דנו רבני הקהילות במס שהוטל על יהדות גרמניה בעקבות הגעת פליטים רבים שהגיעו מצרפת לאחר גירוש צרפת הגדול.
בשנת 1259 (ה'י"ט) נצטוו יהודי מגנצא לענוד טלאי צהוב מזהה על בגדיהם כדי לבזותם.
פרעות, רדיפות ועלילות דם.
בשנת 1281 (ה'מ"ג) הייתה עלילת דם במיינץ. בפרעות שנערכו בעקבותיה בחודש יוני (סיון) של אותה שנה נהרג רבי מאיר בן אברהם הכהן, בית הכנסת נשרף וחוללו ספרי תורה.
בעלילת דם נוספת והפוגרום בעקבותיה שנערכו בערב פסח, 19 באפריל 1283, נהרגו עשרה יהודים שהואשמו ברציחת נער נוצרי.
בשנת 1285 (המ"ה), כמה מיהודי מיינץ, יחד עם יהודים מהקהילות השכנות של שפייר, וורמס ואופנהיים, נטלו חלק בניסיון הכושל לעלות לארץ ישראל בהנהגתו של רבי מאיר בן ברוך מרוטנבורג בעקבות העלאת תשלומי המיסים של היהודים. רכושם של אלה שהצליחו בפועל הוחרם, ורבי מאיר נתפס ונכלא עד סוף ימיו. בחילוקי דעות בין מועצת העיר וארכיבישוף להיכן ילך הכסף המוחרם, גברה ידם של מועצת העיר והארכי בישוף הסתפק בפיצוי של 122 מארק אותו חויבו היהודים לשלם מאז מדי שנה.
בשנת 1286 (ה'מ"ו) נחנך מחדש בית הכנסת שנשרף בעלילת הדם.
בעת המגפה השחורה, בשנת 1349 (ה'ק"ט), שוב נערכו פוגרומים ביהודי מגנצא שהואשמו בהפצת המגפה על ידי הרעלת בארות המים כחלק מהאנטישמיות בימי המוות השחור. בפוגרומים נהרגו כמעט כל יהודי מיינץ. כ-6,000 התאבדו בבית הכנסת לאחר שהרגו כמאתיים פורעים, והגטו היהודי נשרף באש. הנותרים ברחו לפרנקפורט דמיין ולבכרך.
לאחר זמן מה, בשנת 1357 (ה'קי"ז) חזרו היהודים למיינץ ובנו מחדש את בית הכנסת. המהרי"ל (רבי יעקב מולין הלוי) שימש כאב בית דין במגנצא בין השנים 1387–1420 (ה'מ"ז-ה'ק"פ). בזמן זה פרחה הקהילה ושבה יחד עם "ישיבת מגנצא" להיות מרכז התורה באירופה.
בשנת 1363 העניק הרוזן של מחוז פפאלץ לרופא יהודי בשם יצחק ולמשפחתו זכויות מפליגות, לרבות זכות מגורים בטירתו.
המיסים שחויבו היהודים לתת, שהושתו על הקהילה ב-1295 וחודשו ב-1366, העיקו על היהודים יותר ויותר. ב-1385 הקהילה אולצה לשלם מס בשווי של 3,000 גולדן, כ"ביטוי של הכרת טובה" על הגנה מפני פורעים במקומות שונים.
תשעים שנה לאחר חידוש ההתיישבות, בשנת 1438 נהרסו בית הכנסת ובית הקברות.
בשנת 1414 הורשו לשוב למיינץ בחסות הארכיבישוף דיתר, וגורשו בשנת 1462 (ה'רכ"ג) על ידי הארכיבישוף אדולף יחד עם מהר"ם מינץ. לפי הכנסייה הם גורשו "לעולם" אך הם חזרו כארבעה חודשים לאחר מכן. בשנת 1472 (ה'רל"ג) הם גורשו שוב ב-1472 בידי הארכיבישוף אדולף השני מנסאו , ובשנת 1473 הוסב בית הכנסת לכנסייה, ומצבות מבית הקברות היהודי נגזלו ושימשו לבנייה.
בשנת 1492 (ה'רנ"ב) ניתן הרשות למשפחת יהודית אחת להתיישב במגנצא, וליהודי יצחק להחזיק את "המקווה" שהייתה בבעלות המדינה במשך עשרים שנה, ולקבור מתים יהודים בבית הקברות הנקרא "יודענזאנד". בשנת 1513 (ה'רע"ג) הותר למשפחה נוספת, ובשנת 1516 (ה'רע"ו) למספר משפחות נוספות.
עיקר פרנסת היהודים במיינץ עד המחצית השנייה של המאה ה-12 הייתה במסחר פנימי ועם ארצות חוץ. מסוף המאה ה-12 התחילו לעסוק היהודים בכספים והלוואות בריבית, גם לכנסיות ומנזרים.
יהדות מיינץ בעת החדשה.
תקופת פריחה.
בתחילת העת החדשה חיו רק יהודים בודדים במיינץ. המעטים הללו גורשו בשנת 1579 (ה'של"ט) יחד עם כל יהודי מחוז הריין, אך קהילה חדשה הוקמה מחדש בשנת 1583 (ה'שמ"ג) מחוזקת על ידי הגירה מפרנקפורט (1614), וורמס (1615) והנאו. בשנה זו בנו במיינץ בית כנסת. בשנת 1594 (ה'שנ"ד) בנו עוד בית כנסת. בשנת 1630 (ה'ת"נ) גדלה הקהילה לכמאה משפחות, ובשנה זו מונה באישור השלטונות רב רשמי לקהילה, בשם רבי יהודה ליוא מפרנקפורט דמיין, שכיהן במשך שלוש שנים. הוקם בית כנסת שנבנה בשנת 1639. בית כנסת נוסף נבנה בשנת 1673, הורחב ושופץ בשנת 1717, ושוב בשנת 1773. הוא הוסב מאוחר יותר למרכז קהילתי.
בשנת 1800 (ה'תק"ס) נמנו בעיר 1,156 יהודים.
הכיבוש הצרפתי הראשון והחזרה הגרמנית.
בין השנים 1644–1648 היהודים סבלו מהגבלות חמורות תחת הכיבוש הצרפתי, עקב כך צומצם מספרם ל-20 משפחות שהורשו לדור ברחוב אחד, בעקבות גזירה של הבוחר יוהאן פיליפ ב-8 בדצמבר 1662. מספר זה הצטמצם לעשרה בלבד בשנת 1671. אלה נאלצו לעבור לרחוב יהודים מחדש ולהיכנע למגבלות משפילות ביותר, היהודים שהורשו להתיישב ביישובים הסמוכים נפגעו באותה מידה. אף על פי שהנבחרים הבאים אפשרו באופן רשמי ליהודים לגור במיינץ, רק 101 יהודים "מוגנים" הורשו לשהות שם במהלך כהונת הבוחרים הבאים.
בשנת 1775 (ה'תקל"ה) שימשו את הקהילה בית כנסת, מקווה, ספרייה, מושב זקנים, בית חולים, אכסניה, מאפייה, קצבייה, בית קפה ושני בתי מלון.
בהשפעת ה"טולנראנזפטנט" ("צו הסובלנות"), שהוציא הקיסר יוסף השני ב-1781, שהרחיב את חופש הדת של נוצרים לא קתולים תושבי ממלכת קרואטיה (ההבסבורגית), היטיב הארכיבישוף-אלקטור את מעמדם המשפטי של היהודים, ואפשר להם לפתוח בתי הספר יהודיים וגם לשלוח את ילדיהם לבתי ספר ממלכתיים. בשנת 1783 הותר למאה ואחת משפחות יהודיות להתגורר בעיר.
בסוף המאה ה-18 הוטב מעט מצב היהודים במיינץ, ובהשפעת יוזף השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה בשנת 1784 הוענק כתב זכויות ליהודים, כך השתפר מעמדם. ניתנת להם הרשות לפתוח בתי ספר, וכמו כן לשלוח את ילדיהם לבתי ספר כלליים.
המהפכה הצרפתית והשוויון ליהודים.
המהפכה הצרפתית וכיבושה של מיינץ בידי נפוליאון בונפרטה (7 בנובמבר 1791) הובילו לשינוי דרמטי במעמדם של יהודי מיינץ. היהודים זכו לזכויות אזרח מלאות ובוטל מס הגולגולת (ה"לייבזול"), מס מיוחד שהיהודים נאלצו לשלם ברוב מדינות אירופה מימי הביניים ועד ראשית המאה התשע עשרה.
הכיבוש הצרפתי הסתיים בשנת 1793 (ה'תקנ"ג) ועקב יחסם המסויג של היהודים אליו ראשי הקהילה במיינץ ברכו על חזרת הקיסר הגרמני.
הכיבוש הצרפתי חודש מספר שנים לאחר מכן בשנת 1798 (ה'תקנ"ח). ביום הראשון של ראש השנה ה'תקנ"ט (12 בספטמבר 1798) הוסרו שערי הגטו היהודי, ויהודים החלו לרכוש בתי מגורים בקרב האוכלוסייה המקומית. בעקבות הסרת שערי הגטו הוצבו שם חיילי שמירה עד שנת 1862 (ה'תרכ"ב).
קהילת מיינץ שלחה צירים לכנס סנהדרין של נפוליאון שנערכה בפריז בשנת 1806. בראשות המשלחת עמד רבי אברהם נפתלי הירץ שייאר. הוא אף קידם בברכה את פני נפוליון בנאום תודה בעברית ובשיר שהכין לכבודו. אולם כשהשלטון הקים את ארגון ה"קונסיטוריה" - מועצה דתית יהודית, ודרש הקלות הלכתיות בדיני כשרות ושבת לחיילים היהודיים שבצבא צרפת, הוא הסתייג. הוא סירב בשנת תקס"ז להגיע לפאריס לסנהדרין של נפוליון. מאוחר יותר אף השתחרר מתפקידו כרב העיר ובמקומו מינו את הרב שמואל הילמן הלוי מוורמס. עם פטירת הרב לוי בשנת 1814 (י"ח בתשרי ה'תקע"ד) ולאחר החלפת השלטון הצרפתי, שב הרב הירץ שייאר לרבנות.
ב-1820 הם קיבלו אזרחות, ובשנת 1841 שוויון מלא כאזרחי הרפובליקה הצרפתית. ברשומות שפורסמו נראה שבשנים אלו יהודים רבים עסקו במסחר ובמקצועות נוספים.
לאחר מלחמת השחרור הגרמנית, תבוסתו של נפוליון ונסיגת הצרפתים ממיינץ בשנים 1813–1815 סופחה מיינץ לרוזנות הסן-דרמשטאדט, אך היהודים לא זכו לזכויות אזרח מלאות.
תחילה הממשלה החדשה לא שינתה את המצב הקיים. רק בשנת 1847 בוטלו ההפליות. שירות המדינה עדיין נשלל מהיהודים.
חילוקי דעות בקהילה.
אחד מגדולי הלוחמים בתנועה הרפורמית שהרימה ראש בזמן זה במיינץ היה רבי הירץ שייאר, משנת 1778 עד 1782 הוא הנהיג את "ישיבת מגנצא" שם כיהן כראש ישיבה במשך ארבעים שנה ובשנת 1811 התמנה לרבה של העיר, הוא מילא תפקיד זה במשך 19 שנה. תלמידיו תפסו מקומות מובילים בהנהגה היהודית, חלקם נבחרו לכהן כרבני קהילות בצרפת ובגרמניה ובתוכם אחד מגדולי התורה החשובים בגרמניה, הרב יעקב אטלינגר.
בשנת 1814 הקים הפדגוג היהודי ומאוחר יותר המורה בפילנתרופ הפרנקפורט המפורסם, מיכאל קרייזנך, בית ספר במיינץ כדי להעניק ידע ושפות זרות לתלמידים יהודים.
כבר בשנת 1819 החזירה הקהילה היהודית מחדש את הכללים המסדירים את הבחירות לדירקטוריון ב־1750. הדירקטוריון כלל חמישה אנשים, בראשות הנשיא. פקודה משנת 1830 קבעה כי על משרד המחוז למנות את חברי הדירקטוריון לאחר ששמע את לשכת ראש העיר. הקהילות נשאו כעת את הכינוי הרשמי "קהילות דתיות ישראליות" והייתה להן הזכות לגבות תרומות מחבריהן.
בשנת 1831 (ה'תקצ"ה) נכנסה לתוקפה תקנת בית כנסת חדשה, כאשר נכנסו למועצת קהילת מיינץ חברים חדשים, ששינו מספר ממנהגי הקהילה:
הם גם אסרו על רבי ליב עטלינגר, רב העיר, לדרוש ברבים.
בשנה זו הוזמן ד"ר מיכאל קרייצנך, יליד מיינץ ומראשי הזרם הרפורמי, לדרוש בבית הכנסת של מיינץ לרגל יום הולדתו של הדוכס האזורי.
בשנת 1832 תקנת הלוויה חדשה.