בדראפט 1999 לקחו ההורנטס בבחירה השלישית את בארון דייוויס, ששימש בעונת הרוקי כמחליפו של הרכז דייוויד וסלי. ב-12 בינואר 2000 אירע אסון בקבוצה כאשר הקלע המחליף, בובי פילס, מת בתאונת דרכים. כחודש לאחר התאונה, ב-9 בפברואר, העלו ההורנטס את גופיית המשחק של פילס עם המספר 13 לתקרת האולם, כהוקרה על תרומתו לקבוצה. בסיום העונה הסדירה חזרה שארלוט לפלייאוף, לאחר היעדרות של שנה, כשהעמידה מאזן 49:33 ודורגה במקום הרביעי במזרח. בפלייאוף הודחו ההורנטס כבר בסיבוב הראשון על ידי פילדלפיה 76' של אלן אייברסון, בתוצאה 3:1. לאחר שנים בהן ממוצע תפוסת הקהל במשחקי ההורנטס היה מהגבוהים ב-NBA, נרשמה לאורך עונת 1999/2000 ירידה משמעותית בנתון זה לממוצע של 17,874 צופים במשחק, שהציב את הקבוצה במקום ה-11 בליגה.
בעונת צירפה שארלוט את ג'מאל משבורן ופי. ג'יי. בראון שעזרו לקבוצה לסיים את העונה הסדירה במאזן 46:36, אשר הציב אותה במקום השישי באזור המזרחי. בפלייאוף הביסו ההורנטס בתוצאה 3:0 את המדורגת שלישית, מיאמי היט, שהובלה על ידי שחקני ההורנטס לשעבר אלונזו מורנינג, אדי ג'ונס ואנתוני מייסון. בסיבוב השני הפסידה שארלוט למילווקי באקס של ריי אלן וגלן רובינסון, בסיומה של סדרה צמודה שנגררה לשבעה משחקים. למרות הצלחתה היחסית של הקבוצה נרשמה ירידה נוספת בנתוני תפוסת הקהל, שהיו מהנמוכים בליגה.
בעונה העוקבת רשמה הקבוצה העפלה שלישית ברציפות לשלב הפלייאוף, לאחר שרשמה מאזן חיובי 44:38 בעונה הסדירה. בפלייאוף שיחזרו ההורנטס את הישג העונה הקודמת, כאשר ניצחו בסיבוב הראשון את אורלנדו מג'יק אך הפסידו בשלב הבא לניו ג'רזי נטס. באותה עונה, ממוצע הקהל במשחקי ההורנטס ירד לשפל של 11,286 – הממוצע הנמוך בליגה. אחת ההשערות לסיבת מיעוט הקהל הייתה הניכור של תושבי שארלוט כלפי בעלי הקבוצה, ג'ורג' שין, אשר הועמד לדין באשמת אונס בשנת 1997. הבעלים עצמו הפנה אצבע מאשימה כלפי אולם ה"שארלוט קולוסיאום" המיושן ומיעוט תאי הכבוד שהכיל. לקראת סיום העונה אישרה ליגת ה-NBA מעבר של המועדון ההורנטס לניו אורלינס, לואיזיאנה, כבר בעונה הבאה. הבעלים של ההורנטס, כמו גם הנהלת הקבוצה וסגל הקבוצה, נשארו בתפקידם עם מעבר הקבוצה לניו אורלינס, ובהתאם עברה גם היסטוריית הקבוצה (מאזנים, סטטיסטיקות וכו') לקבוצת ניו אורלינס הורנטס החדשה. בשנת 2014, עם החזרת הכינוי "הורנטס" לקבוצת "שארלוט בובקאטס", הוחלט כי ההיסטוריה של המועדון בשנים 1988–2002 תעבור מניו אורלינס פליקנס לשארלוט הורנטס, בעוד הישגי הקבוצה מאז המעבר לניו אורלינס ייחשבו כעברה של ניו אורלינס פליקנס.
2002–2004: הקמת הבובקאטס.
כאשר שארלוט הורנטס שינו מיקום ועברו לניו אורלינס בשנת 2002, הבטיחה הנהלת ה-NBA לקברניטי העיר שארלוט כי העיר תקבל קבוצת הרחבה לליגת ה-NBA בעונת . כמה קבוצות ניהול, כולל אחת בהובלתו של כוכב בוסטון סלטיקס לשעבר לארי בירד, הגישו הצעות לזיכיון על המועדון. ב-18 בדצמבר 2002, קבוצת משקיעים ברשות איש העסקים רוברט ג'ונסון זכתה בזיכיון על המועדון, זכייה שאפשרה לו להיות האפרו-אמריקאי הראשון בעל רוב במניות קבוצת ספורט מקצוענית בארצות הברית. הראפר נלי היה שותף נוסף במועדון. אף על פי שנכשלו בהצבעה על בניית אולם חדש בשארלוט, פוליטיקאים מהעיר הוציאו לפועל החלטה על מיסוי המלונות והפנאי בעיר כדי לממן בניית אולם חדש.
בחודש יוני 2003, ניתן לקבוצה החדשה השם בובקאטס (שונר בעברית), על שם בעל החיים המצוי בשתי מדינות קרוליינה. העיר שארלוט, שהייתה כבר ביתם של הקרוליינה פנתרס מליגת ה-NFL, הפכה את שמה הקשור למשפחת החתולים לבחירה טבעית לקבוצת הכדורסל המייצגת את האזור.
2004–2007: ליגת ה-NBA חוזרת לשארלוט.
לפני תחילת עונת , מינו הבובקאטס את ברני ביקרסטאף לתפקידי המאמן הראשי והג'נרל מנג'ר של המועדון. בדראפט ההרחבה של שנת 2004, שנערך ב-22 ביוני 2004, בחרו הבובקאטס 19 שחקנים בסך הכול, ביניהם הסמול פורוורד ג'רלד וולאס והסנטר פרימוז ברזץ'. בדראפט 2004 ניצלה שארלוט את הבחירה השנייה כדי לבחור את הסנטר אמקה אוקפור מאוניברסיטת קונטיקט.
משחקם הראשון של הבובקאטס נערך ב-4 בנובמבר באולם שארלוט קולוסיאום, והסתיים בהפסד 103:96 לוושינגטון ויזארדס. יומיים לאחר מכן, ניצחו הבובקאטס בפעם הראשונה בהיסטוריית המועדון כאשר גברו על האורלנדו מג'יק, 111:100. כמו קבוצות ההרחבה נוספות בעבר, התמודדו הבובקאטס עם מאבקים בתחתית הליגה, והם סיימו את העונה הסדירה במאזן של 18:64, כשהם אינם מצליחים לנצח יותר משני משחקים ברציפות. באופן אישי, הרוקי אמקה אוקפור הציג יכולת מצוינת בעונתו הראשונה, העמיד ממוצעים של 15.1 נקודות ו-10.9 ריבאונדים למשחק וזכה בתואר רוקי העונה.
בדראפט 2005 בחרו הבובקאטס את ריימונד פלטון (בחירה חמישית) ושון מיי (בחירה 13), שניהם מאוניברסיטת קרוליינה הצפונית. עם פלטון ומיי, כתוספת לאוקפור ווולאס, קיוו במועדון לבנות בסיס צעיר ויציב להצלחה עתידית. את עונתם השנייה בליגת ה-NBA פתחו הבובקאטס בניצחון בהארכה כפולה על הבוסטון סלטיקס באולמם החדש, שארלוט בובקאטס ארנה. אף על פי ששוב השתרכו מאחור במשך רוב שלבי העונה, הצליחו הבובקאטס לסיים את העונה הסדירה עם ארבעה ניצחונות רצופים שהביאו אותם למאזן של 26:56, שיפור של שמונה ניצחונות מהעונה הקודמת. לאחר העונה, הודיעו הבובקאטס כי אגדת ה-NBA ויליד קרוליינה הצפונית, מייקל ג'ורדן, קנה מיעוט של מניות ניהול במועדון, והפך לבעל המניות השני בגודלו במועדון וראש מחלקת פעולות הכדורסל.
הבובקאטס המשיכו והראו השתפרות מסוימת במהלך עונת , תוך שהם מציגים במהלך חודש פברואר מאזן של 22:33 שעורר תקוות מסוימות להגעה למשחקי הפלייאוף. בהמשך העונה נחלשה הקבוצה ואף סבלה מסדרה של שמונה הפסדים רצופים שדרדר את מאזנם ל-22:41 בתחילת חודש מרץ. בעקבות התדרדרות זו, הודיע מייקל ג'ורדן כי המאמן הראשי ברני ביקרסטאף לא ימשיך לאמן את הקבוצה בעונה הבאה, אך ימשיך ויסיים את העונה הנוכחית. ביקרסטאף סיים את חוזהו בבוקאטס בצורה מרשימה עם 11 ניצחונות ב-19 המשחקים האחרונים של העונה הסדירה, שהביא את הבובקאטס למאזן 33:49 בסיום העונה. בשלוש עונותיו עם הבובקאטס, החזיק ביקרסטאף במאזן של 77 ניצחונות ו-169 הפסדים.
במהלך פגרת שנת 2007 התמקדה הנהלת הבובקאטס במינויים מקצועיים, כשהציבה את רוד היגינס בתפקיד הג'נרל מנג'ר, ומינתה את סם וינסנט לתפקיד מאמן הקבוצה. בדראפט 2007 בחרה שארלוט את ברנדן רייט כבחירה השמינית, ושלחה אותו מיד לגולדן סטייט ווריורס בעסקה שכללה את ג'ייסון ריצ'רדסון שנשלח לשארלוט. הבובקאטס לא הצליחו ליצור תנופה ממהלכי הפגרה וסיימו את עונת במאזן מאכזב של 32:50. הקבוצה, ששרר בה הביטחון כי ניתן לסיים את העונה בהופעת פלייאוף ראשונה, נאלצה להיאבק בשמועות עקשניות כי השחקנים הסתכסכו עם המאמן, שפוטר בסיום עונתו היחידה בשארלוט.
2007–2010: תקופת לארי בראון.
ב-29 באפריל 2008, הגיעו הבובקאטס להסכם עם חבר היכל התהילה של הכדורסל לארי בראון כמאמן הראשי של הקבוצה. עם הבחירה התשיעית בדראפט 2008, בחרו הבובקאטס את הרכז די. ג'יי. אוגוסטין מאוניברסיטת טקסס. בדצמבר 2008, מעט יותר מחודש לאחר פתיחת העונה, העבירו הבובקאטס את הקלעי המוביל שלהם, ג'ייסון ריצ'רדסון יחד עם ג'ארד דאדלי לפיניקס סאנס תמורת בוריס דיאו וראג'ה בל. הטרייד התברר כמוצלח כאשר הקבוצה התקרבה להופעת הפלייאוף הראשונה בתולדות הבובקאטס במהלך עונת , אך סיימה בפיגור של ארבעה ניצחונות מהמקום השמיני במזרח עם מאזן של 35:47. בסיום העונה הודיע הבעלים של הקבוצה, רוברט ג'ונסון, כי הוא מעמיד את המועדון למכירה.
במהלך הפגרה, ג'רלד הנדרסון נבחר במקום ה-12 של דראפט 2009. כמו כן ביצעו הבובקאטס טרייד על אמקה אוקפור תמורת הסנטר של ניו אורלינס הורנטס טייסון צ'נדלר, ודרך טריידים נוספים רכשו את סטיבן ג'קסון ואייסי לאו מגולדן סטייט ווריורס. ב-27 בפברואר 2010 נודע כי רוברט ג'ונסון החליט למכור את המועדון למייקל ג'ורדן, עסקה שהפכה את ג'ורדן לשחקן העבר הראשון שיש לו רוב בבעלות על קבוצת NBA. במהלך עונת נבחר ג'רלד וולאס להשתתף במשחק האולסטאר, לאחר שהעמיד ממוצעים של 18.2 נקודות ו-10.0 ריבאונדים למשחק. בכך הפך וולאס לשחקן האולסטאר הראשון (ובדיעבד גם האחרון) שמייצג את שארלוט בתקופתם כ"בובקאטס". ב-9 באפריל 2010 הצליחו הבובקאטס להעפיל לראשונה בתולדותיהם אל משחקי הפלייאוף לאחר שגברו על ניו אורלינס הורנטס בתוצאה 104:103, והקבוצה סיימה את העונה הסדירה במאזן חיובי של 44:38. לפלייאוף העפילו הבובקאטס מהמקום השביעי במזרח, והובסו בתוצאה 4:0 על ידי אורלנדו מג'יק.
2010–2013: השנים האחרונות כשארלוט בובקאטס.