עם העלייה המתמדת בייצור בכל מחנות החוץ של מאוטהאוזן-גוזן, גדל גם מספר העצורים ומספר מחנות החוץ עצמם. אף שבתחילה שירתו מחנות מאוטהאוזן וגוזן בעיקר את המחצבות המקומיות, מ-1942 ואילך הם החלו לשמש גם את מכונת המלחמה הנאצית. כדי להכיל את עובדי הכפייה, שמספרם הלך וגדל, נבנו מחנות חוץ (בגרמנית: Außenlager) רבים נוספים של מאוטהאוזן בכל חלקי אוסטריה. בסוף המלחמה נמנו 101 מחנות (בהם 49 מחנות חוץ גדולים) בכל רחבי אוסטריה (בגבולותיה הנוכחיים), ממיטרזיל שמדרום לזלצבורג לשווכאט שממזרח לווינה, ומפאסאו, שלפני המלחמה הייתה על גבול אוסטריה-גרמניה, ועד ללויבל פאס על הגבול עם יוגוסלביה. מחנות החוץ חולקו למספר קטגוריות, על פי שימושם העיקרי: Produktionslager לעובדי מפעל, Baulager לבנייה, Aufräumlager לפינוי הריסות בערים שהופצצו על ידי בעלות הברית, ו-Kleinlager (מחנות קטנים) שבהם עבדו האסירים במיוחד עבור האס אס.
מאוטהאוזן-גוזן כעסק כלכלי.
התפוקה של מאוטהאוזן-גוזן עלתה על זו של כל אחד מחמשת מרכזי עבודת הכפייה הגדולים האחרים: אושוויץ-בירקנאו, פלוסנבירג, גרוס-רוזן, מרבורג ונאצוויילר-שטרוטהוף במונחים של מכסת תפוקה ושל הכנסות. רשימת החברות שהשתמשו בעבודת כפייה ממערכת מחנות מאוטהאוזן-גוזן ארוכה וכוללת הן תאגידים ציבוריים והן מפעלים ועסקים מקומיים קטנים. חלקים מהמחצבות הפכו למפעלי הרכבה של אקדחי מאוזר. ב-1943 נבנה בגוזן מפעל תת-קרקעי עבור חברת שטייר דיימלר פוך. מפעל דומה הוקם עבור יצרנית המטוסים מסרשמיט סמוך לכפר סנקט גאורגן. בסך הכל, 45 חברות נטלו חלק בהפיכתו של מחנה הריכוז מאוטהאוזן-גוזן לאחד ממחנות הריכוז הרווחיים ביותר של גרמניה הנאצית, עם רווחים של יותר מ-11,000,000 רייכסמארק בשנת 1944 בלבד. בין החברות:
האסירים גם הועבדו מחוץ למחנה כעובדי כפייה, ונוצלו בדרכים שונות, כגון בעבודה בחוות מקומיות, בהקמת דרכים, בחיזוק ובייצוב גדות הדנובה, בהקמת אזורי מגורים גדולים בסנקט גאורגן, ובעבודות כפייה באתרי חפירות ארכאולוגיים בשפילברג.
כאשר מבצע ההפצצות האסטרטגיות של בעלות הברית החל לפגוע בתעשיית המלחמה הגרמנית, החליטו מתכננים גרמנים להעביר את הייצור למתקנים תת-קרקעיים שיהיו מוגנים מפני הפצצות האוויר של בעלות הברית. בגוזן I הוטל על האסירים להקים מספר מנהרות גדולות מתחת לגבעות שהקיפו את המחנה. עד סוף המלחמה חפרו האסירים שטח תת-קרקעי בגודל של 29,400 מ"ר לצורך מפעל נשק קטן. לאחר 1944 הוקמו מנהרות דומות גם תחת הכפר סנקט גאורגן על ידי אסירים ממחנה החוץ גוזן II. הם חפרו כ-50,000 מ"ר, כך שחברת מסרשמיט תוכל להקים בו מפעל להרכבת מטוסי מסרשמיט Me-262 וטילי V-2. נוסף להרכבת מטוסים שימשו 7,000 מ"ר ממנהרות גוזן II כמפעלים לייצור חומרי מלחמה שונים.
בסוף 1944 עבדו כ-11,000 מאסירי גוזן I וגוזן II במתקנים תת-קרקעיים. 6,500 אסירים נוספים עבדו בחפירות להרחבת הרשת התת-קרקעית של המנהרות והאולמות. ב-1945 הושלמה העבודה על מטוס Me 262, והגרמנים היו יכולים להרכיב 1,250 מטוסים בחודש. היה זה מפעל המטוסים השני בגודלו בגרמניה, אחרי מחנה הריכוז מיטלבאו-דורה שהיה גם הוא תת-קרקעי.
החודשים האחרונים: 1945.
במהלך החודשים האחרונים לפני שחרור המחנה, נערך מפקד המחנה פרנץ ציראייס להגנה נגד מתקפה סובייטית אפשרית. רוב האסירים האוסטרים והגרמנים "התנדבו" ל-SS-Freiwillige Häftlingsdivision ("יחידת אסירים מתנדבים") - יחידת אס אס שהורכבה בעיקר מאסירים לשעבר במחנות הריכוז, ושבראשה עמד אוסקר דירלוואנגר. האסירים הנותרים נשלחו בחיפזון לבנות קו מכשולי גרניט נגד טנקים ממזרח למאוטהאוזן. אסירים שלא עמדו בעבודה הקשה וסבלו מתת תזונה ומחלות חוסלו, כדי לפנות מקום לאסירים חדשים שהגיעו במשלוחי הפינוי של מחנות ריכוז אחרים, בהם רוב מחנות החוץ של מאוטהאוזן-גוזן במזרח אוסטריה.
בחודשיה האחרונים של המלחמה פסקה אספקת המקור העיקרי לקלוריות, חבילות המזון שנשלחו באמצעות הצלב האדום הבינלאומי, והקצבות המזון לאסירים התדלדלו. האסירים שהועברו ל"מחנה בית החולים" קיבלו חתיכת לחם אחת לכל 20 אסירים וכחצי ליטר מרק מדי יום. כתוצאה מכך, החלו חלק מהאסירים להתחיל להכין תוכניות להגנת המחנה למקרה שהאס אס ינסה להשמיד את כל האסירים הנותרים. לא ברור מדוע האסירים של גוזן I ו-II לא הושמדו חרף הוראה ישירה מהיינריך הימלר. תוכניתו של ציראייס התבססה על כך שהאסירים יועברו במהירות למנהרות המפעלים התת-קרקעיים של קלרבאו, והכניסות יפוצצו. התוכנית נודעה לאחד מארגוני ההתנגדות הפולנים, ובעקבות כך החלו בתוכנית שאפתנית להשיג כלים שיאפשרו לחפור פתחי אוויר בכניסות.
ב-28 באפריל, תחת מסווה של התראה בדיונית על הפצצה אווירית, הועברו כ-22,000 אסירים ממחנה גוזן למנהרות. לאחר מספר שעות של שהייה במנהרות, הרשו לכל האסירים לצאת מהן ולשוב למחנה.
סטניסלב דובוסייביץ', מחבר המונוגרפיה המונומנטלית על קומפלקס מאוטהאוזן-גוזן, מסביר שאחד הגורמים האפשריים לכישלון התוכנית הגרמנית היה שאסירים פולנים הצליחו לחתוך את פתיל המרעום של הפצצות. ציראייס עצמו כתב ב-25 במאי שהייתה זו אשתו ששכנעה אותו לא לבצע את ההוראות מלמעלה. על אף שהתוכנית ננטשה, חששו האסירים שהאס אס ינסה לטבוח בהם בדרכים אחרות. כיוון שכך תכננו אסירים פולנים, סובייטים וצרפתים לתקוף את קסקרטין שומרי האס אס על מנת שיוכלו להשיג את הנשק הדרוש ללחימה. תוכנית דומה תוכננה על ידי אסירים ספרדים.
ב-3 במאי החלו שומרי האס אס ושומרים אחרים להיערך לפינוי המחנה. ביום שלמחרת הוחלפו שומרי האס אס בחיילים לא-מזוינים של "צבא העם" (Volkssturm) ויחידה מאולתרת שהורכבה מקציני משטרה קשישים וכבאים שפונו מווינה. קצין המשטרה שהיה אחראי על היחידה הסכים ל"ממשל עצמאי של האסירים" כרשות העליונה במחנה, ומרטין גרקן, שהיה עד אז הקאפו בעל הדרגה הגבוהה ביותר במנהל של גוזן (בדרגת Lagerälteste, "זקן המחנה"), הפך למפקד החדש דה פקטו. הוא ניסה לתמרן את האסירים ליצירת ועדת אסירים בינלאומית שתהיה הגוף שישלוט זמנית על המחנה עד שישוחרר על ידי אחד מצבאות בעלות הברית, אך הואשם בגלוי בשיתוף פעולה עם האס אס, והתוכנית נגנזה. כל העבודה במחנות החוץ של מאוטהאוזן פסקה, והאסירים התמקדו בהכנות לשחרורם או בהגנה על המחנות נגד התקפה אפשרית של דיוויזיות אס אס שהתרכזו באזור. שרידים פעילים שנותרו מתוך כמה דיוויזיות גרמניות אכן תקפו את מחנה החוץ של מאוטהאוזן, אך נהדפו על ידי אסירים שהשתלטו על המחנה. מתוך כל מחנות החוץ של מאוטהאוזן-גוזן רק גוזן III פונה.
ב-1 במאי נלקחו האסירים לצעדת מוות לכיוון סט. גאורגן, אך קיבלו הוראה לשוב למחנה לאחר מספר שעות. פעולה זו חזרה על עצמה ביום שלמחרת, אך בוטלה זמן קצר לאחר מכן. ביום שלמחרת נטשו שומרי האס אס את המחנה והשאירו את האסירים לגורלם.
כניסת כוחות בעלות הברית: מאי 1945.
מחנות מאוטהאוזן-גוזן שוחררו אחרונים במלחמת העולם השנייה. ב-5 במאי 1945 הגיעו אל המחנה במאוטהאוזן חיילים אמריקאים מיחידת איסוף המידע ה-41 של הדיוויזיה המשוריינת האמריקאית ה-11. יחידת איסוף המידע הובלה על ידי אלברט ג'י. קוזיאק. כוחותיו פרקו מנשק את השוטרים ועזבו את המחנה. בזמן השחרור, רוב אנשי האס אס של מאוטהאוזן ברחו כבר. אסירים מהמחנה חיסלו כ-30 אנשי אס אס שנותרו; לינץ' במספר דומה של אנשי אס אס נעשה בגוזן II. עד 6 במאי שוחררו כל מחנות החוץ הנותרים של קומפלקס מחנה מאוטהאוזן-גוזן על ידי כוחות אמריקאים, למעט שני מחנות בלויבל פאס.
האסירים.
מוצא האסירים וזהותם.
עד תחילת 1940 רוב האסירים היו גרמנים, אוסטרים, סוציאליסטים צ'כוסלובקים, קומוניסטים, אנרכיסטים, הומוסקסואלים ואנשים ממוצא צועני. קבוצות אחרות שנרדפו אך ורק מטעמים דתיים היו "כיתתיים", הכינוי הנאצי לקבוצות כמו עדי יהוה או "פרשני המקרא" (גרמנית: Bibelforscher). הסיבה למאסרם הייתה סירובם המוחלט לשבועת נאמנות להיטלר ולשירות צבאי כלשהו.
בתחילת 1940 הועברו מספר גדול של פולנים לקומפלקס מאוטהאוזן-גוזן. הקבוצות הראשונות הורכבו בעיקר מאמנים, מדענים, חברי תנועת הצופים, מורים ופרופסורים, שנעצרו במסגרת מבצע אה בה.
בהמשך המלחמה השתייכו כל האסירים החדשים לקטגוריות שונות של "לא רצויים", בדגש על המשכילים והאינטלקטואלים, ואסירים פוליטיים היוו את הקבוצה הגדולה ביותר מבין כל האסירים עד סוף המלחמה.
בהמשך הועברו גם רפובליקנים ספרדים למאוטהאוזן ולמחנות החוץ שלו. רובם היו פעילים או חיילים רפובליקנים לשעבר שנמלטו לצרפת לאחר ניצחונו של פרנקו ואז נתפסו על ידי כוחות גרמנים אחרי כניעת צרפת ב-1940 או נמסרו לגרמנים על ידי ממשלת וישי. הגדולה שבקבוצות אלו הגיעה לגוזן בינואר 1941.
בתחילת 1941 הועברו כמעט כל הפולנים והספרדים, למעט קבוצה קטנה של מומחים במפעל האבן של המחצבה, ממאוטהאוזן לגוזן.
לאחר הפלישה הגרמנית לברית המועצות ב-1941 התחילו להגיע למחנות מספר גדול של שבויי מלחמה סובייטים. רובם הוחזקו בבקתות נפרדות משאר המחנה. האסירים הסובייטים היו חלק גדול מן הקבוצות הראשונות שהומתו בתא הגז החדש שהוקם בתחילת 1942.
ב-1944 נשלחה למחנה קבוצה גדולה של יהודים הולנדים והונגרים. בדומה לכל קבוצות האסירים האחרות שהועברו למחנה מאוטהאוזן-גוזן, רובם מתו כתוצאה מהעבודה ומהתנאים הקשים, או הושלכו לתחתית מחצבת מאוטהאוזן (שומרי האס אס והקאפואים כינו את דופן המחצבה "חומת הצנחנים" - אלו שהושלכו למחצבה כונו בלגלוג "צנחנים ללא מצנח").