קטלוניה התאחדה עם פרובאנס בשנת 1112 ובשנת 1137 התאחדה עם אראגון, והפכה ברצלונה לעיר הבירה של ממלכה מאוחדת שנקראה בשם כתר אראגון. מלכי כתר אראגון הרחיבו את הממלכה לארצות אוקסיטניות.
מאות 12 ו-13.
במאות ה-12 וה-13 פרחו בתי המדרש בקטלוניה. בעיר ג'ירונה שגשגו חכמי המקובלים האחים רבי עזרא ורבי עזריאל בני שלמה שהיו תלמידים של רבי יצחק סגי נהור (Isaac el Cec) בנו של הראב"ד מפּוֹשְקְיֶרָה. גם רבי יעקב בן ששת נמנה עם מקובלי ג'ירונה של אותה תקופה. מג'ירונה היו גם רבי אברהם בן יצחק חזן מחבר הפיוט אחות קטנה וגדול חכמי קטלוניה, רבי משה בן נחמן (רמב"ן) ששמו הרשמי בקטלאנית היה בונאסטרוק סה פורטה (Bonastruc ça Porta, מילולית: בן מזל־טוב השער).
בעיר ג'ירונה היה מרכז תורה חשוב ובית מדרש של חכמת הקבלה אבל העיר המרכזית הייתה ברצלונה, שם כיהן הרמב"ן כראש הקהילה. בתקופה זו פעלו בברצלונה רבי יונה ג'ירונדי ותלמידיו המפורסמים רבי אהרן בן יוסף הלוי מברצלונה (רא"ה) ורבי שלמה בן אדרת (רשב"א). גם פעלו בעיר ברצלונה רבי אשר בן יחיאל (רא"ש) ובנו רבי יעקב בן אשר (בעל הטורים), ורבי יום טוב בן אברהם אשבילי (ריטב"א), תלמידם של הרשב"א והרא"ה. בית המדרש של ברצלונה היה המרכז התורני החשוב ביותר של אותה התקופה.
במאה ה-13 התרחשו בקטלוניה מקרים רבים של עלילות הדם, היהודים הוכרחו להשתמש באות קלון (Rodella), ונאסר עליהם לשמש במשרות ציבוריות. הוכרחו להשתתף בוויכוחים פומביים עם נציגי הנצרות, כמו ויכוח ברצלונה שנערך בשנת 1263 בהשתתפותו של הרמב"ן כנציג של היהדות. היהודים היו רכוש פרטי של המלכים שגבו מהקהילות מיסים ובתמורה העניקו להם הגנה מול הכנסייה והאוכלוסייה הנוצרית.
מלכי כתר אראגון הרחיבו את הממלכה וכבשו את מיורקה, ולנסיה, איביזה ומנורקה. בשנת 1258 חתמו על הסכם קורביל (Corbeil) עם מלך צרפת ובו הקטלאנים ויתרו על זכויותיהם בארצות האוקסיטאניות, בתמורה הצרפתיים ויתרו על דרישותיהם על ארץ קטלוניה.
מאה 14.
במאה ה-14 התגברה הקנאות הנוצרית בכל חצי האי האיברי והחלו רדיפות כנגד היהודים, אבל למרות המצב הקשה המשיך בית המדרש הקטלאני לשגשג. אפשר למנות בין חכמי קטלוניה של אותה התקופה את רבי פרץ בן יצחק הכהן, שנולד בפרובאנס ופעל בברצלונה, רבי נסים בן ראובן ג'ירונדי (ר"ן) שכיהן כרבה של ברצלונה, רבי חסדאי בן יהודה קרשקש (הזקן), רבי יצחק בר ששת ברפת (ריב"ש), רבי חסדאי בן אברהם קרשקש (רח"ק), רבי יצחק בן משה הלוי (פְּרוֹפִייַט דוראן, האפודי), ורבי שמעון בן צמח דוראן (רשב"ץ). מאותה תקופה אפשר למנות את הקרטוגרף ממיורקה אברהם קרשקש והמשורר שלמה בן משולם דיפיארה.
בשנת 1348 נפגעה הקהילה היהודית של ברצלונה קשות מהמגפה השחורה ולאחר מכן הר"ן הצליח לחדש את פעולתה של הישיבה. בשנת 1370 היו יהודי ברצלונה מטרה לעלילת דם מפורסמת, כמה יהודים נהרגו ונאמני הקהילה הוחזקו במשך כמה ימים בבית הכנסת ללא מזון. בסוף המאה התרחשו גזירות קנ"א (1391) וכתוצאה מהפרעות יהודים רבים נאלצו להשתמד ולהמיר את דתם, רבים אחרים נרצחו על קידוש השם או נמלטו לצפון אפריקה (ביניהם הריב"ש והרשב"ץ), איטליה והאימפריה העות'מאנית. פרעות קנ"א היו הסוף של קהילות ולנסיה וברצלונה, קהילת מיורקה החזיקה מעמד עד לשנת 1435, בה הוכרחו היהודים להמיר את דתם לנצרות, והקהילה של ג'ירונה החזיקה מעמד, בקושי, עד גירוש רנ"ב (1492). באיגרת ששלח לקהילת אביניון, מסכם רבי חסדאי קרשקש את האירועים ומוסר לנו תיעוד על הפרעות. אפשר ללמוד מדבריו שהפרעות החלו בראש חודש תמוז שנת קנ"א (4 ביוני 1391) בסביליה, קורדובה, טולדו, ובעוד כשבעים עיירות אחרות. החל מז' באב (9 ביולי 1391) התפשטו בעוד קהילות בכתר אראגון: ולנסיה, ברצלונה, ליידה, ג'ירונה ומיורקה. בפרעות קנ"א נהרסו רוב הקהילות היהודיות בקטלוניה.
במאות ה-14 וה-15 הרחיבו מלכי כתר אראגון את הטריטוריה במדינות הים התיכון וכבשו את סיציליה, קורסיקה, אתונה, ניאופאטריה, סרדיניה ונפולי.
מאה 15.
המאה ה-15 הייתה מאוד קשה ליהודים ששרדו את פרעות קנ"א ונשארו במקום. הם נאלצו להתמודד עם לחץ גדול מצד הכנסייה והאוכלוסייה הנוצרית. המלכים היו במצב כלכלי קשה והטילו מיסים כבדים על שארית הקהילות. המצב היה קשה גם לאלה שהמירו את דתם לנצרות, הכנסייה כינתה אותם נוצרים חדשים ובחנה אותם בחשדנות כיוון שרבים מהם קיבלו את הנצרות רק כלפי חוץ ושמרו על יהדותם בסתר. מוסד האיקוויזיציה פעל על מנת לרדוף ולהעניש את הנוצרים החדשים ששמרו על מצוות היהדות.
בקטלוניה התרחש אחד מן הוויכוחים המפורסמים והארוכים שהיו בימי הביניים, ויכוח טורטוסה שהתנהל בין השנים 1413–1414. במאה ה-15 התגורר בקטלוניה המשורר רבי שלמה בן ראובן בונפיד.
בשנת 1469 נישאו פרננדו השני מלך אראגון ואיזבלה הראשונה מלכת קסטיליה ואיחדו את שתי הממלכות. בשנת 1492 השלימו את הרקונקיסטה עם הכיבוש של ממלכת גרנדה וגירשו את המוסלמים. באותה שנה גורשו כל יהודי ממלכות קסטיליה ואראגון שסירבו להתנצר.
הפזורה של יהודי קטלוניה.
הקבוצה הראשונה של מגורשי קטלוניה גלו בעקבות פרעות קנ"א ויצאו בעיקר לאיטליה (סיציליה, נאפולי, רומא, ליוורנו), האימפריה העות'מאנית (בעיקר לסלוניקי, קושטא וארץ ישראל), וכן לצפון אפריקה (אלג'יר). הקבוצה השנייה של מגורשים יצאה בעקבות צו הגירוש של המלכים הקתולים שהיה ב-31 לחודש מרץ שנת 1492 (רנ"ב). ניתן ליהודים זמן למכור את רכושם ולצאת עד ל-31 ביולי, שעל פי הלוח העברי הסתיים באותה שנה בליל ח' באב, סמוך לתשעה באב. יהודים רבים המירו את דתם על מנת להישאר במקום.
התיישבות באיטליה.
יהודים רבים שגלו מקטלוניה הגיעו לאיטליה ומצאו מקלט בסיציליה, בנאפולי, בליוורנו ובעיר רומא.
סיציליה.
בסיציליה התיישבו יהודים שהגיעו מחצי האי האיברי כבר במאה ה-11. המקובל המפורסם רבי אברהם אבולעפיה, שלמד שנים רבות בקטלוניה, השתקע בסיציליה בסוף ימיו ושם כתב רוב החיבורים שלו. סיציליה הייתה במשך שנים רבות חלק מכתר אראגון והקהילות היהודיות התקיימו שם עד סוף המאה ה-15, עם פרסום הצו לגירוש יהודי האי ב-18 ביוני 1492. יש לנו ידיעות על קהילה יהודית קטלאנית בסיציליה הודות לזיהוי כתב-יד כסידור בנוסח קטלוניה, קהילה שהייתה קיימת כבר במאה ה-14 לפני פרעות קנ"א. בשנת 2017 התגלה בעיר אג'ירה (Agira), בכנסיית סאלוואטורה, ארון קודש מאבן שהיה שייך לבית הכנסת של הקהילה היהודית הקטלאנית. בית הכנסת נבנה בשנת 1453 ואחרי גירוש יהודי סיציליה הפך לכנסייה.
רומא.
מגורשי קטלוניה מצאו מקלט בעיר רומא. בשנת 1517 הקהילה המאורגנת בנתה לעצמה בית כנסת של העדה הקטלאנית (Schola Hebreorum Nationis Catalanorum). בשנת 1519 האפיפיור ליאו העשירי נתן ליהודי קטלוניה אישור להרחיב את הקהילה ולהעביר את בית הכנסת לדירות חדשות ולהקים שם מניין תפילה לפי מנהגם. בסוף שנת 1527 הקהילה הקטלאנית והקהילה של יוצאי אראגון התאחדו. בית הכנסת המאוחד של קטלוניה ואראגון שינה את מקומו פעם נוספת בשנת 1549. בשנת 1555 החלה הקהילה בבניית בית כנסת חדש. יש עדויות שהקהילה הקטלאנית ניהלה מאבק על מנת לא להתמזג עם הקהילות של הספרדים. כל שאר הקהילות הספרדיות התמזגו לקהילה 'איברית' מאוחדת של רומא חוץ מהקטלאנים שהתאחדו עם יוצאי אראגון. לפי מפקד שנערך בשנת 1868, 838 יהודים היו שייכים אז לק"ק קטלוניה. בשנת 1904 בית הכנסת הקטלאני התאחד עם שאר בתי הכנסת של רומא לבית כנסת גדול מרכזי שנבנה על גדת נהר הטיבר, ומאז אין ידיעות על הקהילה.
התיישבות באימפריה העות'מאנית.
מגורשי קטלוניה הגיעו גם לאימפריה העות'מאנית, שם היהודים התארגנו לפי קהילות מוצא שנקראו 'קהלים'. היו קהלים קטלאנים באיסטנבול, אדירנה, סלוניקי וגם בצפת.
ק"ק קטלאן בסלוניקי.
מגורשי קטלוניה הקימו קהילה בסלוניקי בשם ק"ק קטלאן. למרות היותם מיעוט, היהודים הקטלאנים סירבו להתמזג עם הספרדים ושמרו בכל תוקף על מנהגם הקדום. המנהיגים הרוחניים של ק"ק קטלאן נקראו בשם 'מרביץ תורה' ולא בשם 'רב'. הראשון שידוע לנו הוא רבי אליעזר השמעוני שהגיע לסלוניקי בשנת 1492 ואחריו רבי משה קפסאלי. גם החכם רבי יהודה בן בנבניסטי הגיע אחרי הגירוש והקים ספרייה מאוד חשובה. עוד חכם מפורסם בקהילה הקטלאנית היה רבי משה אלמושנינו, מרביץ תורה, פרשן והוגה דעות. משה היה בנו של רבי ברוך אלמושנינו, שבנה מחדש את בית הכנסת הקטלאני אחרי השריפה שהייתה בשנת 1545.
בשנת 1515, בשל מריבות פנימיות, הקהילה התפרקה לשני קהלים שנקראו "קטלאן ישן" ו"קטלאן חדש".
בשנת 1526 הודפס לראשונה מחזור לימים נוראים בשם 'מחזור לנוסח ברצלונה מנהג קאטאלוניה'.
יהודי קטלוניה הוציאו כמה הדפסות מחודשות של המחזור במאה ה-19. בשנת תרכ"ג (1863) הודפס 'מחזור לראש השנה ויום הכפורים כמנהג ק"ק קאטאלאן ישן וחדש אשר בעירנו זאת שאלוניקי יע"א' על ידי הצעיר יצחק אמארילייו.
בשנת תרכ"ט (1869) הודפס 'מחזור כמנהג ק"ק קאטאלאן ישן וחדש' על ידי משה יעקב עייאש ורבי חנוך פיפאנו, הביאום לבית הדפוס דוד המכונה בכור יוסף ארדיטי, סעדי אברהם שאלתיאל.
הקהילה הקטלאנית בסלוניקי התקיימה עד לפני השואה במלחמת העולם השנייה. בשנת תרפ"ז (1927) הקהילה הקטלאנית הוציאה לאור בשלושה כרכים מחזור לימים נוראים כפי מנהג ק"ק קטלאן (מהדורה ממוספרת), הידוע בשם 'נוסח ברצלונא מנהג קטלוניא'. בכרך השני 'תפילת יעקב' יש הקדמה היסטורית ארוכה בלאדינו על תולדות הקהילה היהודית הקטלאנית ועל הוצאת המחזור, אותה הקדמה מתומצתת ובעברית נמצאת בכרך הראשון 'תפילת שמואל'. להלן קטע מהגרסה בעברית: