בספר תקף פיילי בחריפות את סחר העבדים ותמך בביטולו.
התקפתו את העבדות סייעה למשיכת תשומת לב ציבורית רבה לנושא. מספר רעיונות נוספים של פיילי בנושאים פוליטיים, סוציאליים וכלכליים היו חדשניים ומתקדמים להפליא; הוא הגן על זכותם של העניים לגנוב, במיוחד אם הם זקוקים למזון. הוא הציע מערכת מיסוי מדורגת שתפקח ותגביל הצטברות של העושר בידי מעטים. גם לגבי נשים עמדותיו של פיילי פרצו גבולות; הוא תמך בזכותן של הנשים לעבוד ולפתח קריירה, במקום שיהיו תמיד תלויות בנכסים וברכוש שבבעלות הגברים. (יש להבחין כי פיילי לא היה פמיניסט, הוא דגל בדירוג הסולם החברתי כפי שהיה קיים בימיו וסבר כי נשים נמוכות יותר מגברים במדרג. אך עם זאת סבר כי ניתן להכשיר את נשות מעמד הביניים למלא תפקידים בכלכלה).
המשל המפורסם והשנוי במחלוקת בספר זה הוא "משל היונים" (Fable of The Pigeons), אשר בו מופיעה ביקורת חריפה על מערכת בעלות הרכוש ועל האמצעים הדרקוניים אשר מנוצלים כדי להגן עליה. ג'ון לו ניסה להניע את פיילי מלפרסם את קטע זה, מחשש כי זה ימנע ממנו להפוך לבישוף. פיילי סירב.
שנתיים בלבד לאחר צאת הספר הוא הפך לספר חובה בסילבוס ובחומר הבחינות בקיימברידג'.
חמש שנים לאחר מכן הופיע ספרו השני של פיילי - "Horae Paulinae", ספר זה היה אוסף של מסות בתחום האפולוגטיקה הנוצרית.
Horae Paulinae.
ספר זה של פיילי אשר פורסם ב-1790 הוקדש לג'ון לו שהיה אז הבישוף של קילאלה. הספר ביקש לאמת את איגרות פאולוס על ידי השוואה בין האיגרות לבין ספר מעשי השליחים. כל פרק בספר בוחן איגרת שונה מאיגרות פאולוס, כאשר ניסיונו של פיילי היה להראות כי בלתי סביר שאיגרות אלו נגזרות מספר מעשי השליחים. כמו כן הספר בא להתעמת עם טענה שאיגרות פאולוס מזויפות.
יש הטוענים כי ספר זה הוא המקורי ביותר מעבודותיו של פיילי.
היבטים על העובדות של הנצרות.
"היבטים על העובדות של הנצרות" (A View of the Evidences of Christianity, 1794) הפך אף הוא במהרה לספר מצליח ביותר ונכנס גם הוא לתוכנית הלימודים בקיימברידג'. הספר נשאר כחלק מתוכנית הלימודים עד-1920.
לאחר הוצאת הספר הוענקו לפיילי משרות בכירות ותוארי כבוד מהבישופים של לינקולן, דרהאם ולונדון בשל מה שכונה "הגנת האמונה". ההכנסה שהוא שאב מעמדות אלה בלבד הפכוהו לאחד הכמרים העשירים בבריטניה.
בספר זה התמודד פיילי עם התגשמות הנבואה; עם הניסים ובמיוחד תחייתו של ישו, עם מוסריות הבשורות ודמותו של ישו. פיילי ביקר את האסלאם והצלחתו המהירה. כמו רבים מבני תקופתו פיילי חשב כי זוהי דת שקרית שאין להשוותה לנצרות. לטענתו הצלחתו המהירה והתפשטותו הנרחבת של האסלאם, היו קשורים לכיבושים בלבד ולא לאמת דתית כלשהי.
תאולוגיה טבעית.
"תאולוגיה טבעית", האחרון בספריו של פיילי, נכתב במהלך שנות התשעים של המאה השמונה-עשרה ויצא לאור ב-1802. ספר זה מחולק לפרקים תמטיים, הכוללים בתוכם דוגמאות רבות אשר נועדו לשכנע את הקורא כי העולם עוצב על ידי האל. על מנת שדוגמאות אלו יתפשו כאמיתות וכהוכחות השתמש פיילי במטפורות ואנלוגיות רבות. יש להניח כי שימושו של פיילי במטאפורות ואנלוגיות כאמצעים רטוריים נבע מאהבתו ליצירותיו של קיקרו, כפי שמספר בנו- אדמונד פיילי בספר שכתב על אביו.
"תאולוגיה טבעית" נפתח באנלוגיה המפורסמת בין העולם ושעון הכיס. פיילי טען כי אם אדם הולך לתומו בשדה ונתקל באבן, יהיה סביר לחשוב כי אבן זו הייתה שם מאז ומעולם. לעומת זאת, אם אדם ילך בשדה ויתקל לפתע בשעון המונח על האדמה, מסקנתו הטבעית והמתבקשת של אותו אדם תהיה כי השעון עוצב על ידי מעצב אינטליגנטי. אנלוגיה זו מלווה את הספר, אשר מתאר את העולם כ"שעון ענק" אשר נוצר על ידי האלוהים. טענתו המרכזית של פיילי היא כי הטבע על כל מורכבותו וסדירותו מעיד על קיומו של בורא. טיעון זה מכונה גם הטיעון הטלאולוגי ובבסיסה מונחת ההנחה כי כשם שהשעון נוצר בכוונת מכוון כך גם העולם:
תפיסת הטבע שבה דגל הספר היא תפיסה של הרמוניה, שבה לכל אחד ישנו מקומו הטבעי, והיא עולה בקנה אחד עם אידאולוגיה חברתית שמרנית שבה לכל אדם מקומו הטבעי - תפיסה הנפוצה בקרב האליטה האנגלית המשכילה באותם הימים. לפי פיילי, האורגניזמים נוצרו על ידי האל כך שאבריהם מותאמים בצורה מושלמת לתפקודם. שרשרת המזון בטבע בנויה גם היא בהרמוניה. כך למשל, הנמר הורג את טרפו במהירות רבה, המונעת ממנו סבל מיותר. תפיסה זו מנוגדת לזו שיציע דרווין מאוחר יותר, שרואה את הטבע כמקום אכזרי שבו מתקיימת מלחמת קיום בין מינים ובין פרטים מאותו מין.
ביקורת על כתביו של פיילי.
רבים מאנשי המדע בתחילת המאה התשע-עשרה היו באופן כללי תומכים של פיילי, אשר אימצו השקפות עולם פנתיאיסטיות או דאיסטות. אך לא כולם העריצו את פיילי או האמינו לו והיו לו מבקרים רבים מתוך העולם הדתי ומחוצה לו.
עמדות המוסר התועלתני שלו לא התקבלו על ידי אנשי כנסייה רבים. פיילי מעולם לא היה פופולרי באוקספורד, שם תאולוגיה כנסייתית גבוהה ומדעים העוסקים ברוח ובאנושיות היו במרכז. מנגד, בקיימברידג' אשר נתפס כמקום מתמטי ומדעי יותר, היה לפיילי מקום של כבוד.
הפרויקט של תמיכה בדת ובקיום האל דרך הוכחות מהטבע קוממו אנשים כמו סמואל טיילור קולרידג'. קולרידג', משורר ופילוסוף אנגלי, טען כי כהנחת בסיס יש להניח את קיומו של האל ומכאן, לדידו ניתן לדבר על ההרמוניה ועל היופי שבטבע. אך כל ניסיון להסיק את קיום האל דרך חקר מדעי או דרך התבוננות בטבע, נדמתה בעיניו כאשליה וכשקר.
בדומה להשקפתו של קולרידג' הייתה גם השקפתו של תומאס גיזבורן (Gisborne). גיזבורן, כומר אנגליקני, משורר וסופר היה חבר בקבוצה כיתתית אשר קראה לביטול סחר העבדים באנגליה. ארבע שנים לאחר יציאת ספרו הראשון של פיילי, "עקרונות הפילוסופיה המוסרית והפוליטית", הוציא גיזבורן את ספרו "עקרונות בפילוסופיה של המוסר" (Principles of Moral Philosophy, 1789) בו תקף ישירות את ספרו של פיילי. גיזבורן שלמד בקיימברידג' ובאוקספורד יצא כנגד טענות התועלתנות של פיילי וגרס כי מוסר הוא צו קטגורי.
ב-1818 הוציא גיזבורן ספר המתכתב עם "תאולוגיה טבעית" של פיילי - "עדויות של תאולוגיה טבעית לנצרות" (Testimony of Natural Theology to Christianity). בספר זה מסרב גיזבורן לקבל את השקפתו האופטימית של פיילי. הוא מציג את העולם באור קודר כמקום של עונש על חטאי המין האנושי.
אולי דווקא בשל היותו של "תאולוגיה טבעית" של פיילי ספר כה שנוי במחלוקת, הוא היה לאחד הספרים המפורסמים ביותר במאה התשע-עשרה.
השפעותיו של פיילי.
המאמרים של ברידג'ווטר.
עם תחילת המאה התשע-עשרה הייתה מהפכה מדעית שנייה בהתהוות - ההתמקצעות שהחלה להידרש מחוקרי המדע יצרה מצב בו האפשרות שסופר אחד יכסה את כל תחומי המדע נדמתה כאבסורדית. כדי לענות על השינויים אשר התרחשו בעולם המדע, הוריש הרוזן מברידג'ווטר סכום נכבד של כסף לחברה המלכותית. כסף זה נועד לתקצב מגוון חיבורים שיציגו את טובו וחוכמתו של האלוהים. בשנות השלושים של המאה התשע-עשרה פורסמו שמונה חיבורים כאלו על ידי מגוון של חוקרים בתחומי המדע השונים.
המאמרים של ברידג'ווטר (The Bridgewater Treatises) נחלו הצלחה מיידית. אתוס התאולוגיה הטבעית היה לאתוס מתפשט ונתפס כדרך טובה להעביר רעיונות מדעיים ופילוסופיים. הצלחתם של המאמרים עוררה עניין מחודש בספרו של פיילי. יתרונו של "תאולוגיה טבעית" היה היותו ספר בהיר ובעל סגנון קריא ומושך, בעוד המאמרים היו כתובים לעיתים בסרבול.
ב-1849 רוברט צ'יימברס, מו"ל אשר כתב בעילום שם את "עקבות טבע הבריאה" (vestige of the natural history of creation) הוציא יחד עם אחיו, מהדורת כיס של "תאולוגיה טבעית". מהדורות נוספות ורבות הפכו את הספר לזמין וזול יחסית. תאולוגיה טבעית היה אחד מהספרים הפופולרים והמפורסמים ביותר במאה התשע-עשרה, מהדורות חדשות ושונות הופיעו שוב ושוב, כאשר חלקם הוסיפו או השמיטו קטעים על מנת להתאים את הספר לקהלי יעד שונים בבריטניה ובאמריקה.
השפעתו של פיילי על דרווין.
הקורא המפורסם של תאולוגיה טבעית היה צ'ארלס דרווין, לכתביו של פיילי נחשף דרווין עוד כשהיה סטודנט צעיר בקיימברידג', תחילה כחלק מחומר הלימוד ובהמשך מתוך קריאה עצמית. הוא היה צריך לשנן את ספריו: "היבטים על העובדות של הנצרות", ו-"עקרונות הפילוסופיה המוסרית והפוליטית" לבחינות הגמר. לאחר קבלת התואר קרא את החלק האחרון בטרילוגיה, "תאולוגיה טבעית".
עמדה זו של תאולוגיה טבעית שלטה בקיימברידג' בכל התחומים והייתה הבסיס ללימוד מדעי הטבע. אלוהים לא נתפס כדמות של מלך אבסולוטי שמבצע ניסים וכשפים, אלא כדמות של אפוטרופוס הדואג לפעילותו התקינה של העולם. הממסד התרבותי בבריטניה ראה בתפיסה זו מחסום יעיל ביותר כנגד תסיסה חברתית; אם כל דבר תוכנן בידי יוצר למטרה מסוימת הרי שאפשר לשמור על היררכיה יציבה. עבודותיו של פיילי השפיעו עמוקות על דרווין שכתב באוטוביוגרפיה שלו שההיגיון של פיילי הסב לו עונג רב בדומה לעונג שהסב לו אוקלידוס.
כמו כן, הוסיף:
באותה תקופה דרווין לא הוטרד מהנחות היסוד של פיילי והוקסם מתיאוריו המשכנעים והיפים להפליא של מנגנון החיים מפורק למרכיביו. דוגמה מפורסמת של פיילי הייתה מורכבת העין של האדם והשוואתה למכשיר מעוצב כמו הטלסקופ, דוגמה מקובלת שדרווין השתמש בה מאוחר יותר. בכתביו של דרווין ניכר כי הוא שימר את תחושת הפליאה מהטבע אותה אימץ מפיילי, אך שינה את הנחת היסוד וזנח את תפיסת האל המתכנן.