קיימות עדויות לכך שהממלכה היהודית גיירה את העמים השמיים שנכבשו על ידה, ביניהם היטורים בגולן ובחורן (סוריה) והאדומים שישבו בדרום הר חברון, דבר שהבליט את העוצמה האזורית של הממלכה החשמונאית. המגויירים נחשבו, לפחות להלכה, ליהודים ואזרחים שווי זכויות. בני משפחות המגויירים האדומים הנכבדות, למשל, אף הגיעו לתפקידים בכירים בממשל בירושלים.
בשלהי התקופה, החל משנת 67 לפנה"ס, פרץ ריב אחים מר בין יורשיו של אלכסנדר ינאי, אריסטובולוס השני והורקנוס השני. הצדדים פנו אל הכובש הרומאי שהגיע לאזור, פומפיוס, וביקשו ממנו להכריע מי ישלוט בארץ. פומפיוס החליט לתמוך בהורקנוס (למעשה באנטיפטרוס, בן בריתו), ואריסטובולוס ונאמניו נמלטו והתבצרו בהר הבית. פומפיוס צר עלהם, ובשנת 63 אבדה הריבונות היהודית בארץ ישראל כאשר פומפיוס נכנס לבסוף בחיל רב אל בית המקדש. כעשרים וחמש שנים מאוחר יותר, בשנת 37, התמנה בנו של אנטיפטרוס, הורדוס, למלך יהודה, בחסות רומא.
המצב הדתי־חברתי במדינת החשמונאים.
בתקופה זו התחילו להיווצר בירושלים המפלגות - הצדוקים והפרושים, וביניהם מחלוקות רבות ועמוקות. הצדוקים, בני המעמד הגבוה בדרך כלל, כללו את רוב משפחות הכהנים, בעיקר את אלו שנטו לפתיחות לתרבות יוון. מרכזם המובהק והיחיד היה בית המקדש, ועניינם הדתי המרכזי היה בהלכות טומאה וטהרה ובהלכות העבודה בבית המקדש. הפרושים, לעומתם, אנשי הפלג שהונהג על ידי חכמי הדת, היו בעלי זיקה חברתית המקרבת גם את מעוטי היכולת. מרכז עניינם הדתי היה פירוש הלכות התורה, והפיכתה לתורת חיים. הפלג הפרושי יכול היה להתקיים גם ללא מקדש, שכן טיפח יצירה דתית עצמאית שאינה תלויה במעמד הכהונה. מנהיגי הפרושים היו הזוגות.
החשמונאים, החל מהדור השני (מ־130 לפנה"ס לערך, זמנו של יוחנן הורקנוס) התחילו להתייוון, לפחות בסממנים חיצוניים כתרבות, מנהגי שלטון ומגורים, לבוש ושפת הדיבור. הדבר ניכר במיוחד באימוץ השמות היווניים. בעוד בדור הראשון לחשמונאים היו השמות יוחנן, יונתן, יהודה ודומיהם, החל מהדור השני נקראו המנהיגים בשמות הורקנוס, אריסטובולוס, אלכסנדר וכגון אלו. המלך אלכסנדר ינאי בלט במיוחד בביטוי האופי ההלניסטי של הממלכה. הוא קירב את הצדוקים ודחה את הפרושים, שדרשו שינאי יפריד בין כתר המלוכה לכתר הכהונה הגדולה. כאשר סירב ינאי וסילק את הפרושים מהסנהדרין נפתחה מלחמת אחים, שבה עשה ינאי שימוש בשכירי חרב גויים נגד תומכי הפרושים. יוספוס פלאביוס (מלחמות היהודים א' ד') דיווח על חמישים אלף הרוגים במלחמת אחים זו, שהסתיימה בפשרה שהושגה על ידי שמעון בן שטח, המנהיג הפרושי, אב בית הדין של הסנהדרין ואחיה של אשת-המלך שלומציון המלכה, שמלכה אחרי מות ינאי. בימי שלומציון שב לזמן קצר האיזון בין המלוכה לפרושים, ששלטו בסנהדרין, אך לאחר לכתה הלך הקרע והתרחב, עד למצב של מלחמת אחים מתמדת.
המצב הפיזי של ירושלים במדינת החשמונאים.
בימי בית חשמונאי החלו בירושלים להתגשם דברי הנביא: "שְׂאִי-סָבִיב עֵינַיִךְ, וּרְאִי--כֻּלָּם, נִקְבְּצוּ בָאוּ-לָךְ; בָּנַיִךְ מֵרָחוֹק יָבֹאוּ, וּבְנוֹתַיִךְ עַל-צַד תֵּאָמַנָה." (ישעיהו ס, ד). בתקופה זו התעוררה תנועת עלייה לרגל לירושלים בחג ומועד, וכן מגמה של התיישבות קבע והשתקעות בעיר, מתוך הארץ ואף מחוצה לה. לפיכך, עלה הצורך בהרחבת גבולות העיר ובביצורם, כראוי לעיר בירה של ממלכה ועם. לשלטון העצמאי שקם נדרשו גם מוסדות שלטון, מצודות וארמונות, ובנייתם ניכרה ברחבי העיר.
העיר החלה להתרחב בעיקר כלפי הגבעה המערבית, שם גם נבנה ארמון החשמונאים. המקום התאפיין בסגנון בנייה יוקרתי, ועל תושביו נמנו העשירים והמכובדים, מה שישאיר עיצוב זה גם לעתיד. השטח החדש, שעם הרחבתו והתבססותו למערב, החל להתרחב אף צפונה, כונה העיר העליונה, וסביבו נבנתה חומה חדשה, היא "החומה הראשונה", שהקיפה למעשה את העיר התחתונה יחד עם העיר העליונה. שניהם היוו למעשה את חלקה העיקרי של ירושלים עד סוף ימי הבית.
חומות וביצורים בירושלים החשמונאית.
מיום היותה של ירושלים שוב לבירת המדינה היהודית העצמאית, החל מפעל רב־ממדים של יישוב העיר העליונה וביצורה בהיקף רחב. בספר חשמונאים א' י, יא מסופר: "וישב יונתן בירושלים. ויחל לבנות ולחדש את העיר ויאמר לעושי המלאכה לבנות החומות" ובחשמונאים א' י״ג, י' נאמר על שמעון: "וימהר לכלות את חומות ירושלים ויבצרה מסביב". הדברים אמורים בחומה הראשונה (ראה מפה לעיל). כלומר, בין 142-134 לפנה"ס לערך, נבנתה החומה החשמונאית שהקיפה וביצרה את שטח הגבעה המערבית והעיר העליונה (שייתכן שהיו גם קודם מיושבות בדלילות, אך פרוזות). אין מדובר בבנייה בלבד אלא גם בשיפוץ, כלומר שימוש בביצורים קדומים (כמו המגדל הישראלי) ושילובם במערכת המיגון החשמונאית. מתקופה זו ואילך העדיפו עשירי ירושלים לגור באזור העיר העליונה. החומה נמתחה מאזור "מגדל דוד" דהיום (מגדל היפיקוס) מזרחה, לכיוון הר הבית, בתוואי נחל צולב; ודרומה, מהמצודה דרך הר ציון אל בריכת השילוח, ושוב צפונה, עד שפגשה בחומת הר הבית (ראה מפה לעיל).
שרידים מהחומה הראשונה נמצאים במקומות הבאים:
מצודה וארמון.
בימי החשמונאים נבנו בירושלים שני בתי-מידות שלא נותר מהם כיום כל שריד. האחד הוא מצודת הבירה, אשר שכנה בדיוק במקום בו הקים הורדוס את מצודת אנטוניה, בפינה הצפון-מערבית של הר הבית: "את המצודה הזו בנו המלכים הכהנים הגדולים לבית חשמונאי לפני הורדוס וקראו לה בירה" (קדמוניות היהודים טו, 403). כשבנה הורדוס את המצודה שלו במקום, כדרכו ועל פי סגנונו, לא הותיר זכר מן המבנה הקודם.
בקשר לבירה, כותב יהודי בן אלכסנדריה בשם אריסטיאס (כנראה על סמך עדויות שמיעה בלבד ולא עדות ראייה שלו-עצמו):
המבנה השני אותו ניסו חוקרים לחפש לשווא, הוא ארמון החשמונאים. יוספוס (מלחמות היהודים ב, טז, ג) מציג מראה מקום מדויק: "ארמון החשמונאים, הבנוי מעל ללשכת הגזית לעבר העיר העליונה". כלומר, ניתן לאתר במדויק את הנקודה בה עמד בעיר העליונה, מול המקדש ממש, מעט מצפון לגבול הצפוני של הרובע היהודי של ימינו. הדבר הגיוני מבחינה טופוגרפית (נקודה גבוהה ונישאה) ומבחינת הארגון העירוני (סמוך לבתי הכהנים בעיר העליונה). הארמון צפה אל המקדש, והמלך (שהוא גם כהן גדול) יכול היה לפקח על עבודת הכהנים ממרפסת ארמונו.
סביר שהיו בעיר מבני שלטון נוספים, אך אלו לא הוזכרו במקורות שהגיעונו.
קבורה במדינת החשמונאים.
ירושלים של ימי בית שני הייתה מוקפת מכל עבריה בבתי קברות. בשל קדושת העיר ובשל טומאת המת הותרה הקבורה רק מחוץ לחומות העיר ובמרחק סביר ממנה: ; . כאשר העיר התרחבה הורחקו חלקות הקברים (). האמונה בתחיית המתים הביאה לשמירת עצמותיו של כל אדם בנפרד. המתים נקברו בתחילה במערות למשך כשנה, עד שנותרו העצמות בלבד, ואלה לאחר-מכן בגלוסקמאות.
החשמונאים החלו בבניין מערות קבורה מונומנטליות לבני המעמד האריסטוקרטי (בעיקר ממשפחות הכהונה) בנחל קדרון (קבר בני חזיר, קבר זכריה ויד אבשלום) ובעיר (מצבת יוחנן הורקנוס ומצבת אלכסנדר ינאי). גם עשירים ירושלמיים וסוחרים מתייוונים הקימו מבני קבורה מפוארים, כדוגמת קבר יסון. היכלות קבורה מרשימים ומפוארים אלו נבנו בסגנון הלניסטי.
בירושלים התפתח מנהג ייחודי של עיטור הגלוסקמאות בעיטורי פרחים, בעיקר פרח השושן וענפי דקלים. הגלוסקמאות הונחו במערות הקבורה המשפחתיות שנחצבו בסלע או במבנים בנויים. מאות מערות הקבורה מימי בית שני פרושות בעיקר בצפון ירושלים (אזור סנהדריה), מזרחה (גדות נחל קדרון), ומדרום לעיר העתיקה (גיא בן הינום וכתף הינום), ומהוות נקרופוליס ("עיר מתים"). בצידה המערבי של העיר נמצאו מעט קברים, בעיקר לאורך דרך עזה ושכונת רחביה דהיום.
מפעלי המים במדינת החשמונאים.
ירושלים ענייה במקורות מים, אך ככל שגדלה העיר גברו צורכי המים שלה עבור אדם ובהמה. לשם כך הוקם מפעל להולכת מים אל בריכת אגירה באזור הצפון-מערבי של הר הבית, הנקרא כיום "המנהרה החשמונאית" או "מוביל המים החשמונאי" (כיום בסוף מנהרות הכותל). תקופת כרייתו לא הובררה, ויש המקדימים את זמנו אף לימי בית ראשון, אך ודאי שהוא מוקדם לימיו של הורדוס. מפעל זה ניקז את מימי נחל בית זיתא והטירופיאון אל בורות בשטח מצודת הבירה או הר הבית. אורך המנהרה 80 מ', רוחבה 1.20 מ' וגובהה בשיא - 12 מ'. המנהרה נחשפה בחפירות משרד הדתות ב-1985.
בנוסף לבורות מים חצובים ומטוייחים, שהיו כמעט בכל חצר בירושלים, השתמשו גם במי בריכות אגירה. בין אלה בריכות הצאן, הכוללות את בריכת בית חסדא וברכת ישראל בצפון הר-הבית, ובריכת המגדלים (הקרויה גם בריכת חזקיהו) שמצפון למצודה הקרויה כיום מגדל דוד. הבריכות שמצפון להר הבית שימשו כנראה גם לצורכי המקדש, כמו שטיפת המזבח והרחבה מדם הקרבנות, והשקיית הצאן בטרם הפך לקרבן. לא ברור מתי בדיוק נחצבו הבריכות, אך ברור הוא שהעיר החשמונאית, אשר נזקקה לכמויות מים גדולות, הרחיבה אותן מאד.
בנוסף נחצבה בתקופה החשמונאית (כנראה בתקופת ינאי) האמה התחתונה (המכונה גם בשם "האמה החשמונאית") ששימשה להובלת מי מעיין עין עיטם המרוחק (ליד בית לחם) אל הר הבית. מפעל הנדסי זה היה מסובך ומתוחכם כיוון שגבהו של עין עיטם רק 30 מטרים מעל לרחבת הר הבית, ובנוסף האמה עוברת מספר רכסים ולכן היא מפותלת ביותר, מה שחייב הקפדה על שיפוע ירידה מתאים לכל קילומטר של אמת המים. לקיצור הדרך נחצבו שתי מנהרות - האחת באורך של 360 מטרים העוברת בגבולה המזרחי של בית לחם, והשנייה באורך של 400 מטרים מתחת לרכס הנקרא כיום "ארמון הנציב". מנהרות אלה מצביעות אף הן על יכולת טכנית והנדסית בלתי מבוטלת.