באמצע המאה ה-9 לפנה"ס, ייתכן שברית בין אחאב לבין בן חדד השני מדמשק הצליחה להדוף את הפלישות של המלך האשורי שלמנאסר השלישי, בעקבות הניצחון בקרב קרקר (854 לפנה"ס). תל דן מספרת על מותו של מלך ישראל, כנראה יורם, על ידי מלך ארמי. ממצאים נוספים מצביעים על הפסדן של ישראל ויהודה לארם-דמשק ועל שינויים גאופוליטיים באזור על רקע מלחמות אזוריות, אולם מנגד מצביעים על כך שלאחר תום סדרת המלחמות, נכנסה ממלכת יהודה לתקופת של התפשטות והתרחבות, גם על חשבון ממלכות אחרות שנופלות בתקופה זו, וגם מבחינת התפתחות חסרת תקדים של פקידות, מערכת מנהל, עושר, מותרות ומעמד אליטה. בתקופה זו מתחדדים ההבדלים בין הממצאים של ממלכת יהודה לעומת אלו של ממלכות שכנות כמו מואב או אדום.
מאמצע המאה ה-8 לפנה"ס ישראל נכנסה לעימות גובר עם האימפריה הנאו-אשורית המתרחבת. תגלת-פלאסר השלישי חילק את שטחה של מדינת ישראל לכמה יחידות קטנות יותר ולאחר מכן הרס את בירתה שומרון (722 לפנה"ס). לפי המקורות התנ"כיים והאשוריים בוצע גירוש מאסיבי של יושבי ישראל אשר הוחלף במספר לא מבוטל של מתיישבים שגורשו למקום בכפייה מחלקים אחרים של האימפריה האשורית - חילופי אוכלוסין אלה היו חלק מהמדיניות של האימפריה האשורית, כאמצעי לשבירת מבנה הכוח הישן - ובשל כך ממלכת ישראל לא חזרה להיות ישות פוליטית עצמאית. חלק מפליטי מאבקים אלו ברחו משטחי ישראל אל ממלכת יהודה. על פי חלק מההערכות, בין פליטים אלו היו מלומדים ישראלים שהביאו איתם מסורות צפוניות, וייתכן שהתרחשות זו הייתה בין הגורמים שהולידו "עם יהודי" מאוחד של אנשי ישראל ויהודה גם יחד. גירוש זה גם הוליד במסורת את הרעיון של השבטים האבודים של ישראל. העם השומרוני טוען שהם צאצאי ניצולי הכיבוש האשורי.
החותם של אחז (אשר חי בסביבות 732–716 לפנה"ס) אשר התגלה בחפירות ארכאולוגיות, מאמת שהוא היה מלך ממלכת יהודה. המלך האשורי סנחריב, ניסה לכבוש את יהודה. מנסרת סנחריב מספרת על כך שהוא החריב 46 ערים מוקפות חומה וערך מצור על ירושלים, אך עזב לבסוף בתמורה למחווה. בתקופת שלטונו של חזקיהו (שחי בסביבות 687–716 לפנה"ס) בולטת עלייה בכוחה של מדינת יהודה אשר בא לידי ביטוי באתרים ארכאולוגיים ובממצאים כגון החומה הרחבה, ונקבת השילוח בירושלים.
יהודה שגשגה במאה ה-7 לפני הספירה, ככל הנראה בעקבות הסדר עם האשורים, שהפך את יהודה לווסל אשורי (למרות מרד שכשל נגד שלטון המלך האשורי סנחריב).
בסוף המאה ה-7 לפני הספירה האימפריה האשורית החלה בתהליך התמוטטות, ולתקופת ביניים קצרה לא הייתה יהודה כפופה למרותה של אימפריה חיצונית. תקופת ביניים זו היא הרקע לרפורמות של יאשיהו, שמלך על יהודה באותה התקופה. רפורמה זו סימנה שינוי דרמטי מבחינה אידאולוגית ותאולוגית, והתמקדה באופן מעשי בעקירת פולחן האלילים, וריכוז הפולחן לה' בירושלים תוך הריסת מקומות הפולחן ברחבי הארץ. על פי השערת התעודות, עוד קודם לכן החלה להתגבש כחלק מהאליטה של יהודה קבוצה אידאולוגית אשר מזוהה עם "האסכולה הדויטרונומיסטית", וחוקרי מקרא רבים מקשרים את תקופה זו לתחילת כתיבתו של ספר דברים.
תקופת ביניים זו נמשכה שנים ספורות בלבד, ולאחריהן נשלטה יהודה באופן זמני וחלקי על ידי מצרים, עד שהובס הצבא המצרי בידי נבוכדנצר השני שהומלך למלך בבל, והשלים את השתלטות הבבלים על השטחים שהיו שייכים בעבר לאשורים, ביניהם ממלכת יהודה.
בתקופת גלות בבל (586 - 538 לפנה"ס).
נפילתה הסופית של ממלכת יהודה הייתה בשנת 586 לפנה"ס, כאשר כבש המלך נבוכדנצר השני מבבל את יהודה. על פי המקרא הוא החריב את בית המקדש הראשון והגלה את היהודים לבבל. האירוע מתועד גם על ידי ממצאים ארכאולוגיים מבבל. על פי תפיסה נפוצה, כללה הגלות בפועל בעיקר של האליטה היהודית ואת יושבי ירושלים.
יהודה תחת שלטון בבל סבלה מדעיכה בכלכלה ובכמות האוכלוסייה. ירושלים, על אף שכנראה לא ננטשה לחלוטין, הייתה בהרבה יותר קטנה מבעבר, והעיירה מצפה, שבתחום שבט בנימין באזור הצפוני יחסית של הממלכה, הפכה לבירת המחוז הבבלי החדש יהוד מדינתא. (זה היה נוהג בבלי סטנדרטי - כאשר נכבשה העיר הפלשתית אשקלון ב-604, האליטה הפוליטית, הדתית והכלכלית - אך לא רוב האוכלוסייה - גורשה והמרכז המנהלי עבר למקום חדש). ייתכן מאוד גם שבמשך רוב התקופה או התקופה כולה המקדש בבית אל החליף את המקדש בירושלים, והעלה את יוקרתם של כוהני בית אל (אהרונים) על כוהני ירושלים (צדוקיים), אשר היו באותה העת בגולה בבבל.
הכיבוש הבבלי היה כרוך לא רק בחורבן ירושלים ובית המקדש הראשון, אלא גם בהרס כל התשתית של ממלכת יהודה שהתקיימה במשך מאות שנים. הנפגע המשמעותי ביותר היה האידאולוגיה של "תאולוגיית ציון" לפיה יהוה, אלוהי עם ישראל, בחר בירושלים כמקום משכנו ושהשושלת של בית דוד תמשיך להתקיים שם לנצח. נפילת העיר וסיום מלכות בית דוד אילצו את מנהיגי הקהילה הגולה - מלכים, כוהנים, סופרים ונביאים - לנסח מחדש את מושגי הקהילה, האמונה, הפוליטיקה ואת האתוס ההיסטורי של העם המתגבש. בעקבות כך חלק ניכר מהתנ"ך מוקדש לגלות בבל - ספר ישעיהו, ספר יחזקאל, הגרסה הסופית של ספר ירמיהו, המקור הכהני, והגרסה הסופית של תולדות ישראל מספר דברים ועד ספר מלכים. מבחינה תאולוגית הם היו אחראים לגיבוש דוקטרינות של אחריות אישית ואוניברסלית (הרעיון שאל אחד שולט בעולם כולו), ועל הדגש המוגבר על טוהר וקדושה. הטראומה של הגלות הובילה לפיתוח תחושה חזקה של זהות כעם נבדל מיתר העמים, וכן שמה דגש מוגבר על מנהגים כגון ברית מילה וקיום שבת אשר מסייעים למנוע היטמעות באוכלוסייה הלא יהודית.
כמו כן, במהלך תקופה זו היהודים הפסיקו בהדרגה לכתוב באמצעות האלפבית הפליאו-עברי ובמקום זאת החלו להשתמש באלפבית הארמי לכתיבת טקסטים בשפה העברית, אשר הפך בהדרגה לאלפבית ייחודי לקהילות היהודיות כאשר החלו להשתמש בסגנון מרובע ייחודי של האלפבית הארמי כדי להאיץ את מלאכת הכתיבה של ספרי התורה.
התקופה הקלאסית (538 לפנה"ס - 636 לספירה).
בתקופה הפרסית (538 - 332 לפנה"ס).
בשנת 538 לפנה"ס, כורש הגדול, מלכה הראשון של הממלכה הפרסית, כבש את בבל והשתלט על כל שטחי האימפריה הבבלית. כורש פרסם את "הכרזת כורש" אשר אפשרה לכל העמים תחת מלכותו לחזור לפולחן אלוהיהם. כמו כן, ליהודים שהוגלו לבבל עם חורבן הבית הראשון אפשר כורש אף לחזור לארץ ישראל ולהקים בה ממשל עצמי יהודי. בעקבות כך, בעוד שרוב היהודים שהוגלו נשארו בבל, קבוצה גדולה - על פי המקרא, בסביבות 50,000 גולים יהודים מבבל, אשר הונהגו על ידי זרבבל בן שאלתיאל - חזרו לאזור ארץ ישראל בתמיכה ובעידוד האימפריה הפרסית, התיישבו במחוז יהוד מדינתא, והחלו להקים מחדש את בית המקדש, אשר הקמתו הושלמה בשנת 516 לפנה"ס.
בסביבות השנים 458 לפנה"ס, ו-445 לפנה"ס שתי קבוצות נוספת שמנו בסביבות 5,000 גולים יהודים מבבל, ואשר הונהגו על ידי עזרא ונחמיה שבו ליהודה. לעזרא ולנחמיה הייתה השפעה רבה על היישוב היהודי בארץ ישראל באותה התקופה שכן המלך הפרסי ארתחששתא העביר לעזרא סמכויות בתחום השיפוט והדת, אשר באמצעותן עזרא חוקק חוקים חדשים, שתכליתם הייתה שמירה מפני נישואי תערובת עם יתר העמים, החדרת התורה וקיום מצוותיה לתודעת העם ביהודה. בנוסף לכך, נחמיה, אשר היה שר המשקים בממלכת פרס ובן-אמון של המלך ארתחששתא, עלה לארץ ישראל במטרה לבנות מחדש את חומות ירושלים ולצורך כך המלך הפרסי ארתחששתא מינה את נחמיה לשליט הבלעדי מבחינה מדינית של פחוות יהוד.
מחוז יהוד מדינתא המשיך להיות פחווה של האימפריה הפרסית עד אשר אלכסנדר מוקדון כבש את האזור בשנת 332 לפנה"ס.
התקופה ההלניסטית והחשמונאית (332 - 64 לפנה"ס).
בשנת 332 לפנה"ס כבש אלכסנדר מוקדון את האזור מידי האימפריה הפרסית. לאחר מותו של אלכסנדר מוקדון בשנת 322 לפנה"ס התנהל מאבק ירושה מר בין הגנרלים הבכירים של צבאו על שטחי האימפריה של מוקדון. מריבות עזות ניטשו בעיקר בין בית סלאוקוס שמרכזו בסוריה לבין בית תלמי המצרי.
בשנת 301 לפנה"ס השתלט תלמי הראשון על יהודה לתקופה של כמאה שנה. בית תלמי העניק ליהודה אוטונומיה, הכיר בפריווילגיות שניתנו ליהודים במהלך תקופת השלטון של האימפריה הפרסית ותקופת השלטון של אלכסנדר מוקדון, והכיר במעמדה ההנהגתי של הכהונה הגדולה ומועצת הזקנים.
בשנת 200 לפנה"ס, במהלך המלחמה הקואלה-סורית החמישית, הצליח שליט האימפריה הסלאוקית, אנטיוכוס השלישי, לכבוש את ארץ ישראל. אנטיוכוס השלישי העניק ליהודים מגילת זכויות חשובה ב־198 לפנה"ס, אשר העניקה ליהודים מידה רבה של אוטונומיה, וחיזקה את מוסד הכהונה.
הפסד של הסלאוקים לרומאים בשנת 191 לפנה"ס בקרב תרמופילאי הכניס את הסלאוקים לחובות כבדים מול האימפריה הרומית, והם שינו את גישתם כלפיי העמים שתחת שליטתם, והגבירו ניסיונות אגרסיביים להשיג ממון רב ככל האפשר, מהלך שבירושלים הגיע לשיא, על פי המתואר בספר מקבים ב', בניסיון כושל לבזוז את בית המקדש.
את משבר זה בקרב הסלאוקים, ניצלו בעלי עניין שחשקו בתפקיד הכוהן הגדול, דוגמת יהושוע מבין חוניו, שכרתו הסכם עם אנטיוכוס הרביעי "אפיפנס" שיקבלו את התפקיד בתמורה לסכומי כסף גדולים.