מכסי המגן היה אחד הנושאים המרכזיים בבחירות. הריסון התנגד להפחתה במכסים, עמדה שזיכתה אותו בתמיכת התעשיינים ועובדי המפעלים, בעוד שקליבלנד תמך בהפחתה במכסים הגבוהים וטען שהם פוגעים בצרכנים. התנגדותו לתשלום פנסיה לוותיקי מלחמת האזרחים ולגרימת אינפלציה גרמו לאובדן קולות בקרב יוצאי צבא וחקלאים. מצד שני, קליבלנד היה חזק בדרום ובמדינות הגבול, ומשך קולות מצד רפובליקנים שלא היו שבעי רצון ממפלגתם.
הריסון ניצח ברוב מדינות הצפון והמערב התיכון (למעט קונטיקט וניו ג'רזי), וגם הצליח לנצח במדינות המתנדנדות: ניו יורק (מדינת מגוריו של קליבלנד) ואינדיאנה (מדינת מגוריו) בהפרש זעום של כפחות מאחוז, והשיג את רוב האלקטורים. בניגוד לבחירות 1884, כוח המנגנון המפלגתי בניו יורק סיטי, הטמאני הול, עלה לקליבלנד בניצחון בניו יורק.
זאת הייתה מערכת הבחירות השלישית מבין חמש שבה הנשיא הנבחר לא קיבל את מרב הקולות. הפעם הראשונה הייתה ב-1824, כשג'ון קווינסי אדמס נבחר בידי בית הנבחרים, למרות שיריבו, אנדרו ג'קסון, זכה ברוב קולות הבוחרים וברוב האלקטורים. הפעם השנייה הייתה רק 12 שנים לפני בחירות 1888 ב-1876, והפעם הבאה תהיה 112 שנים לאחר מכן, בשנת 2000, כשאל גור, זכה ביותר קולות מג'ורג' ווקר בוש. הפעם האחרונה הייתה בבחירות לנשיאות ארצות הברית 2016 כאשר הילרי קלינטון זכתה ביותר קולות מדונלד טראמפ. הבחירות יוצאות דופן גם כיוון שרק שתי מדינות (ניו יורק ואינדיאנה) עברו בין המפלגות פעמיים רצופות. רק ב-2012 שתי מדינות (אינדיאנה וקרוליינה הצפונית) החליפו מפלגות בשתי מערכות בחירות רצופות.
מועמדים.
מועמדים דמוקרטים.
הוועידה הדמוקרטית הלאומית שהתרחשה בסנט לואיס ביוני 1888 הייתה מאוחדת. הנשיא היוצא קליבלנד נבחר להיות המועמד הנשיאותי פה אחד בלי סיבוב הצבעה. זאת הייתה הפעם הראשונה שנשיא דמוקרטי יוצא נבחר להיות מועמד פעם נוספת מאז מרטין ואן ביורן ב1840.
אחרי שקליבלנד נבחר מחדש, הדמוקרטים היו צריכים למצוא מחליף לתומאס הנדריקס. הנדריקס היה מועמד לא מוצלח לתפקיד סגן הנשיא ב-1876 לפני שזכה בתפקיד יחד עם קליבלנד ב-1884. הנדריקס שירת בתפקיד רק שמונה חודשים לפני שמת ב-25 בנובמבר 1885. הסנאטור לשעבר אלן ת'רמן מאוהיו נבחר להיות המועמד כשהוא גובר על אייזיק גריי. גריי הפסיד בהצבעה בגלל שהיה רפובליקני לשעבר.
המצע הדמוקרטי הגן על ממשל קליבלנד, תמך בהפחתת המכסים הכלליים ובהפיכת הטריטוריות במערב למדינות מן המניין.
מועמדים רפובליקניים.
המועמדים המובילים היו הסנאטור לשעבר בנג'מין הריסון מאינדיאנה, הסנאטור ג'ון שרמן מאוהיו, ראסל אלג'ר, מושל מישיגן לשעבר, וולטר גרשם מאינדיאנה, מזכיר האוצר לשעבר, ויליאם אליסון מאיווה, וצ'אנסי דפיו, נשיא רכבת הניו יורק סנטרל.
כשהרפובליקנים נפגשו בשיקגו בין ה-19 ל-25 ביוני, ג'יימס בליין פרש מהמירוץ כיוון שהאמין שרק אספה רפובליקנית מאוחדת תוכל להביא מועמד רפובליקני חזק מספיק שינצח את קליבלנד. בליין הבין שהמפלגה תיאבק בעצמה אם הוא ינסה להיבחר. אחרי שפרש, בליין תמך בבנג'מין הריסון ובג'ון שרמן. הריסון נבחר בסיבוב השמיני.
הרפובליקנים בחרו בהריסון בגלל ניסיונו במלחמה, הפופולריות שלו בקרב יוצאי הצבא, יכולתו להביע את השקפת העולם הרפובליקנית ובגלל שהוא גר באינדיאנה. הרפובליקנים קיוו לזכות ב-15 האלקטורים של אינדיאנה שקליבלנד זכה בהם לפני ארבע שנים. לוי פ. מורטון, בנקאי מניו יורק, נבחר להיות המועמד לסגנות הנשיאות.
מפלגת האיסור.
מפלגת האיסור התכנסה בפעם החמישית באינדיאנפוליס. 1,029 צירים מכל המדינות פרט לשלוש הגיעו.
המפלגה בחרה בקלינטון פיסק וג'ון ברוקס. המפלגה השיגה כמעט רבע מיליון קולות, כשהתמיכה בחקיקת חוק היובש צוברת תאוצה.
מפלגת איגוד העובדים.
הוועידה של מפלגת איגוד העובדים התכנסה בסינסינטי. המפלגה נוצרה ב-1887.
מפלגת העבודה המאוחדת כינסה ועידה משל עצמה באותו הזמן, אולם לא הצליחה לגרום לאיחוד בין שתי המפלגות.
המפלגה בחרה באליסון סטריטר, ובסמואל אוונס כסגנו. אוונס דחה את ההצעה, ובמקומו נבחר צ'ארלס קאנינגהאם.
מפלגת איגוד העובדים הצליחה להשיג כמעט 150,000 קולות אבל לא קיבלה תמיכה רחבה. לעומת זאת, היא זכתה בשתי מחוזות.
מפלגת העבודה המאוחדת.
הוועידה של מפלגת העבודה המאוחדת התכנסה בסינסינטי, אוהיו. 90 צירים התכנסו. המפלגה התכנסה כדי לטפח את רעיון ה"מס היחיד" של הנרי ג'ורג'.
לאחר שלא הצליחו להתאחד עם מפלגת איגוד העובדים, המפלגה בחרה ברוברט קאודרי. ו.ה.ט ווייקפילד מקנזס נבחר להיות סגנו.
מפלגת השטרות.
מפלגת השטרות הייתה בדעיכה במהלך ממשל קליבלנד, וזכתה רק במושב אחד בבית הנבחרים. בבחירות 1886, רק שישה מועמדים ניסו להיבחר. רק ג'יימס ווייבר הצליח לנצח. המפלגה נשארה פעילה במישיגן.
בתחילת 1888, לא היה ידוע אם המפלגה תנסה להתמודד שוב. הוועידה התכנסה ב-16 במאי, עם מעט צירים. ב-12 בספטמבר, הוועידה התכנסה בפעם השנייה, כשרק שבעה צירים הגיעו. לאחר הכישלון בבחירת מועמד, המפלגה הפסיקה להתקיים.
המפלגה האמריקנית.
המפלגה האמריקנית כינסה את הוועידה הלאומית השלישית והאחרונה שלה בוושינגטון די.סי. המפלגה האנטי-מייסונית השתמשה בשמות רבים בצפון.
בוועידה היו 126 צירים, מתוכם 65 מניו יורק ו-15 בקליפורניה. הצירים התאחדו כדי לשלוט בוועידה וגרמו לצירים האחרים לעזוב. כשההצבעה החלה, נותרו רק 64 צירים.
הוועידה בחרה בג'יימס קרטיס כמועמד לנשיאות ובג'יימס גריר כסגנו. גריר סירב, ופיטר וויגינטון מקליפורניה החליף אותו.
מפלגת הזכויות השוות.
הוועידה השנייה של מפלגת הזכויות השוות התכנסה בדס מוינס, איווה. בוועידה, נספרו קולות שהגיעו גם בדואר. 310 מתוך 350 צירים תמכו בבלווה לוקווד כמועמדת לנשיאות ובאלפרד לאב כסגנה, למרות שהוא הוחלף לאחר מכן בידי צ'ארלס וולד.
מפלגת הרפורמה התעשייתית.
ועידת מפלגת הרפורמה התעשייתית התכנסה בוושינגטון די.סי, עם 49 צירים.
אלברט רדסטון נבחר להיות המועמד.
מסע בחירות.
נושאים.
קליבלנד התחיל את הבחירות בכך שהציע הורדה דרמטית של תעריפי המכס בנאומו השנתי לקונגרס ב-1887. קליבלנד אמר שמכסי המגן גבוהים מדי ושמיסוי לא נחוץ הוא לא חוקי. הרפובליקנים אמרו שמכסים גבוהים מגנים על התעשייה האמריקנית מפני תחרות זרה, ומבטיחים משכורות גבוהות, רווחים גבוהים וצמיחה גבוהה.
הוויכוח בין תומכי הפרוטקציוניזם לתומכי הסחר החופשי סביב גובה המכס היה ויכוח עתיק, עוד מאז חקיקת חוקי מכס ב-1816. בפועל, המכס לא השפיע על תעשיות, כיוון שארצות הברית הציעה מחירים נמוכים ברוב התעשיות (חוץ מתעשיית הצמר) והתעשיות האירופאיות הפחות יעילות לא יכלו לנצח אותה בתחומים אלו. אך למרות זאת המכס הניע את הקמפיין של שתי המפלגות.
חוץ מהוויכוח הכלכלי, בעיית מכסי המגן כללה גם ויכוח אתני. באותה תקופה, מדיניות הסחר החופשי נתמכה על ידי האימפריה הבריטית, ולכן לכל מועמד פוליטי שתמך בסחר החופשי הייתה סכנה שיתוייג כפרו-בריטי ולפיכך יאבד קולות מהקהילה האירית. קליבלנד ביטל את התיוג הזה על ידי יוזמת סכסוך עם קנדה הבריטית על שטחי דיג.
הריסון קיבל מימון מפעילי המפלגה וניהל מסע בחירות מאוד אנרגטי יחסית לאותו הזמן, ונאם נאומים ממרפסת ביתו באינדיאנפוליס שזכו לתשומת לב תקשורתית. קליבלנד, באופן מסורתי, סירב לערוך מסע בחירות ואסר על חברי הקבינט שלו לערוך מסע בחירות. לכן ת'רמן היה צריך לעשות את מסע הבחירות בעצמו.
שוחד בחירות.
ויליאם דאדלי, עורך דין מאינדיאפוליס, החליט לתמוך במפלגה הרפובליקנית ולחשוף שערוריות במפלגה הדמוקרטית. ב-1888, הריסון מינה את דאדלי להיות הגזבר של הוועידה הרפובליקנית הלאומית. הקמפיין היה מתוח מאוד ובאינדיאנה היה שוויון בין שני המועמדים. דאדלי כתב מכתב שבו הוא הציע לשחד את הקולות הצפים באמצעות כסף. הדמוקרטים גילו את המכתב והפיצו אותו. בגלל המוניטין המפוקפק של דאדלי, מעט מאוד אנשים האמינו להכחשותיו. בסופו של דבר, לקולות המשוחדים באינדיאנה לא הייתה השפעה ממשית על הבחירות. הדמוקרטים הפיצו שמועה שהריסון מנסה לקנות את הבחירות, וכך התחילה תנועה לאומית למען מעבר להצבעה חשאית.
מכתב מורצ'יסון.
רפובליקני מקליפורניה בשם ג'ורג' אוסגודבי כתב מכתב לשגריר הבריטי בארצות הברית, סר ליונל סאקסביל ווסט תחת השם הבדוי "צ'ארלס פ. מורצ'יסון". "מורצ'יסון" כתב שהוא בריטי לשעבר שהתגורר בקליפורניה ושאל את השגריר למי הוא אמור להצביע. סר ליונל כתב בחזרה ואמר בפתיחות שקליבלנד הוא המועמד המועדף מבחינת בריטניה.
הרפובליקנים פרסמו את המכתב הזה שבועיים לפני בחירות, והוא השפיע על האירים-אמריקניים כמו אמרת ה"רום, רומאיות ומרד" האנטי קתולית בבחירות הקודמות. קליבלנד אכן הפסיד בניו יורק וסאקסביל-ווסט התפטר מתפקידו כשגריר.
תוצאות.
הבחירות התמקדו בניו יורק, ניו ג'רזי, קונטיקט ואינדיאנה. הריסון ניצח בניו יורק ובאינדיאנה וקליבלנד זכה בקונטיקט וניו ג'רזי.
הבחירות היו הפעם השלישית בהיסטוריה בהן המנצח קיבל פחות קולות ממי שהגיע למקום השני. קליבלנד השיג כ-90,000 קולות יותר מהריסון. הריסון זכה ב-233 אלקטורים לעומת 168, בעיקר הודות לניצחון שלו בהפרש של אחוז אחד במדינת מגוריו של קליבלנד, ניו יורק. אם קליבלנד היה זוכה בניו יורק, הוא היה מנצח בבחירות עם 204 אלקטורים לעומת 197. קליבלנד הוא האדם השלישי מבין חמישה שזכו ביותר קולות מיריביהם, אולם עדיין הפסידו (אנדרו ג'קסון, סמואל טילדן, אל גור והילרי קלינטון הם המועמדים הנוספים).