לואיס אנריקה נולד וגדל בחיחון, ובילדותו הצטרף למערכת הנוער של הקבוצה המקומית, ספורטינג חיחון. כששיחק בנוער קיבל את הכינוי "לוצ'ו", על שם כינויו של לואיס פלורס, חלוץ מקסיקני ששיחק בקבוצה הבוגרת. את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הבוגרת ערך לואיס אנריקה בגיל 19, כשנכנס כמחליף במשחק הליגה בו הפסידה חיחון 1:0 למאלגה ב-24 בספטמבר 1989. הייתה זו הופעתו היחידה לעונת 1989/1990. בעונה הבאה צורף לואיס אנריקה לסגל הקבוצה הבוגרת באופן מלא, והוא הפך במהרה לשחקן משמעותי בקבוצה, בעיקר כחלוץ. ב-9 בספטמבר 1990 נכנס לואיס אנריקה כמחליף במשחק נגד ריאל ואיאדוליד, כבש את שער הבכורה שלו בחיחון ועזר לקבוצתו לנצח 4:0. בהמשך הדרך פתח בהרכב ונכנס כמחליף לסירוגין. ב-24 בפברואר 1991 נכנס כמחליף כשאתלטיק בילבאו מובילה 1:0 על חיחון. לואיס אנריקה כבש צמד שהעניק ניצחון לקבוצתו. ב-2 ביוני, במחזור לפני האחרון, כבש שלושער בניצחון 3:0 על אספניול, ובמחזור האחרון שבוע מאוחר יותר כבש את השער היחיד בניצחון 1:0 על ולנסיה במסטאיה, ניצחון שבזכותו הגיעה חיחון למקום ה-5 והעפילה לגביע אופ"א. סך הכול בעונת 1990/1991 כבש לואיס אנריקה 14 שערים במהלך 35 משחקים בהם השתתף, 27 מהם בהרכב.
ריאל מדריד.
הצלחתו תפסה את עיניה של הקבוצה ריאל מדריד, מהקבוצות הבכירות בליגה הספרדית. בקיץ 1991 שילמה ריאל מדריד לספורטינג חיחון 250 מיליון פסטות תמורת העברת לואיס אנריקה לשורותיה. בתחילת דרכו במדריד, הציבו מאמני הקבוצה רדומיר אנטיץ' ובניטו פלורו את לואיס אנריקה בעיקר בתפקידים הגנתיים, כמגן ימני או כקשר ימני. בעונתו הראשונה במדריד, עונת 1991/1992, פתח לואיס אנריקה ב-18 משחקים ונכנס כמחליף ב-11 נוספים. הוא כבש 4 שערים, הראשון שבהם היה בניצחון 0–3 על לוגרונייס ב-27 באוקטובר 1991, והרביעי בדרבי של מדריד נגד אתלטיקו מדריד ב-16 במאי 1992, בו ניצחה ריאל 2–3. על אף שהובילה את הליגה במרבית מחזוריה, הפסידה מדריד במשחק האחרון נגד טנריפה, בו נכנס לואיס אנריקה כמחליף, וברצלונה זכתה באליפות. בגביע אופ"א הגיעה קבוצתו לחצי הגמר, שם הודחה על ידי טורינו. בשני משחקי חצי הגמר עלה לואיס אנריקה כמחליף. עונתו השנייה במדריד התנהלה באופן דומה לקודמתה. בליגה כבש לואיס אנריקה פעמיים, במהלך 20 משחקים כשחקן הרכב ו-15 כמחליף. ריאל מדריד הובילה את הטבלה במחזוריה האחרונים של העונה, אך הפסד לטנריפה במחזור האחרון פעם נוספת הביא לכך שברצלונה זכתה באליפות. לואיס אנריקה הבקיע שער בודד בגביע אופ"א, וקבוצתו הגיעה לרבע גמר הטורניר, שם הודחה על ידי פריז סן-ז'רמן. ריאל מדריד זכתה בגביע המלך, אך לואיס אנריקה לא שותף במשחק הגמר נגד ריאל סרגוסה.
בעונת 1993/1994, במהלכה פוטר פלורו והוחלף על ידי ויסנטה דל בוסקה, השתפר במידת מה מעמדו של לואיס אנריקה. בליגה פתח ב-27 משחקים, בהם כבש פעמיים, וקבוצתו סיימה במקום ה-4. בדצמבר 1993 היה שותף עם מדריד בזכייתה בסופר קאפ הספרדי, אחרי שגברה על ברצלונה בתוצאה המצטברת 4:2. בגביע המחזיקות הודחה מדריד ברבע הגמר. בקיץ 1994 התמנה חורחה ולדאנו לתפקיד מאמן הקבוצה, ועמו השתפר הן מצבה של הקבוצה והן מצבו של לואיס אנריקה. ולדאנו הציב את לואיס אנריקה לרוב בצד הימני של הקישור ההתקפי. הקבוצה זכתה באליפות לראשונה מזה 5 שנים. לואיס אנריקה פתח ב-34 משחקי ליגה וכבש 4 שערים. אחד מהשערים היה בקלאסיקו בו הביסה ריאל מדריד את ברצלונה 5:0 ב-7 בינואר 1995.
עונת 1995/1996 הייתה מנוגדת לקודמתה, כשקבוצתו חוותה צניחה ספורטיבית. ברמה הקבוצתית, היא התקשתה בליגה במשך רוב שלביה, ולדאנו פוטר בינואר והוחלף במאמן זמני, והקבוצה סיימה במקום ה-6 בלבד. בליגת האלופות, בה השתתף לואיס אנריקה לראשונה בקריירה, הודחה ריאל מדריד ברבע הגמר על ידי יובנטוס. ברמה האישית, לפני פיטוריו של ולדאנו, הידרדרה מערכת היחסים של השניים לאחר שהמאמן לא זימן את לואיס אנריקה למשחק ליגה נגד אלבסטה באוקטובר. לאחר נקודה זו החזיר ולדאנו את לואיס אנריקה לסגל הקבוצה ושיתף אותו במספר משחקים, אך בדצמבר גרע אותו באופן מוחלט, ובחודש ינואר פוטר כאמור. ויסנטה דל בוסקה שב לאמן את הקבוצה, אך כעבור זמן קצר הוחלף על ידי אסנסיו איגלסיאס. חוזהו של לואיס אנריקה במדריד היה עד יוני 1996, ובמהלך העונה כשלו הצדדים להגיע להסכם לגבי חודש החוזה, ככל הנראה בשל מערכת היחסים העכורה עם ולדאנו. במרץ עלו דיווחים בתקשורת שלואיס אנריקה עבר בדיקות רפואיות וסיכם על חוזהו הבא דווקא ביריבתה המרה ברצלונה, מה שהביא לתגובות מחאה אלימות מהקהל המדרידאי, כגון שריקות בוז וקללות בעת משחקים ואף ריסוס כתובות נאצה בכניסה לבניינו. אף על פי כן, המשיך לואיס אנריקה לשחק ברוב משחקי הקבוצה ובסך הכול הבקיע באותה עונה 3 פעמים, האחרון שבהם היה שער ניצחון ב-5 במאי נגד דפורטיבו לה קורוניה.
ברצלונה.
שנות השיא.
שלושה ימים לאחר תום העונה, ב-28 במאי, המעבר, שהיה לכאורה סודי, הפך לגלוי, ולואיס אנריקה הצטרף לברצלונה במהלך הקיץ. לואיס אנריקה חבר לעמיתו הוותיק מספורטינג חיחון, אבלרדו. בהתחלה זכה ליחס חשדני מצד האוהדים הקטלאנים, אך זכה במהרה באהדתם בזכות המחויבות שלו על המגרש. בעונתו הראשונה בברצלונה, עונת 1996/1997, שיחק תחת המאמן האנגלי בובי רובסון, שהציב את לואיס אנריקה בקישור ההתקפי, בעיקר במרכז ולעיתים באגפים. תחילת הדרך של לואיס אנריקה בברצלונה הייתה מוצלחת: במשחקיו הרשמיים הראשונים עזר לקבוצתו לזכות בסופר קאפ הספרדי עם ניצחון בתוצאה מצטברת 6:5 על אתלטיקו מדריד, ובהופעת הבכורה בליגה, ב-1 בספטמבר 1996, כבש צמד לרשתה של ריאל אוביידו, וסייע לברצלונה לנצח 4:2. בליגה, בה הגיעה ברצלונה למקום ה-2, כבש לואיס אנריקה 17 שערים ב-35 משחקי ליגה בהם שותף. בין היתר כבש שלושער בניצחון 4:2 על ריאל בטיס ב-19 בינואר 1997 וצמד בניצחון 3:1 על אקסטרמדורה ב-5 במאי. בגביע המלך כבש שער בחצי הגמר נגד לאס פאלמס ועזר לקבוצתו להעפיל לגמר עם תוצאה מצטברת 7:0. בגמר, בו לואיס אנריקה פתח, גברה ברצלונה על ריאל בטיס בתוצאה 3:2 וזכתה בתואר. יתר על כן, היה לואיס אנריקה שותף לזכייתה של ברצלונה בגביע המחזיקות, כשהיא מנצחת בגמר את פריז סן-ז'רמן בתוצאה 1:0.
רובסון פוטר והוחלף על ידי לואי ואן חאל ההולנדי. עמו, בעונת 1997/1998, כבש לואיס אנריקה כמות שיא של שערים בקריירה שלו. בקלאסיקו שנערך בסנטיאגו ברנבאו ב-1 בנובמבר 1997 הבקיע לואיס אנריקה שער, אותו חגג באופן דומה לשער שכבש לשער של ברצלונה שנתיים לפני כן, כהתרסה לאוהדים המקומיים. בליגה כבש לואיס אנריקה 18 שערים, ביניהם צמדים בניצחונות על ספורטינג חיחון, קבוצת נעוריו, ואתלטיקו מדריד, והוא עזר לברצלונה לזכות באליפות. בליגת האלופות, ממנה הודחה ברצלונה כבר בשלב הבתים, כבש לואיס אנריקה לראשונה בקריירה שלו: שער בהפסד לניוקאסל ב-17 בספטמבר וצמד בתיקו עם פריז סן-ז'רמן ב-1 באוקטובר. ב-8 בינואר 1998 במשחק הראשון של הסופר קאפ האירופי נגד בורוסיה דורטמונד, כבש לואיס אנריקה שער וברצלונה ניצחה 2:0. ברצלונה זכתה בסופר קאפ לאחר שהגומלין הסתיים בתיקו 1:1. בגביע המלך עזר לברצלונה להעפיל לגמר עם הבקעת 3 שערים: אחד בשמינית הגמר נגד ולנסיה, שני ברבע הגמר נגד מרידה ושלישי בחצי הגמר נגד ריאל סרגוסה. בגמר נגד ריאל מיורקה ב-29 באפריל פתח לואיס אנריקה בהרכב. המשחק הגיע להארכה לאחר תיקו 1:1 בתום 90 הדקות, ולואיס אנריקה הוחלף בדקה ה-106 של המשחק. ברצלונה זכתה בגביע לאחר שגברה על יריבתה בדו-קרב בעיטות עונשין. בסך כל המסגרות בעונה זו כבש לואיס אנריקה 25 שערים ב-47 הופעות.
עונת 1998/1999 החלה עם הפסד הסופר קאפ הספרדי לריאל מיורקה. בחודשיים הראשונים לעונה זו כבש שער אחד בלבד, בתיקו 3:3 עם מנצ'סטר יונייטד בליגת האלופות. לואיס אנריקה אף החמיץ בעיטת עונשין במשחק הליגה נגד סלמנקה ב-17 באוקטובר שהסתיים בתוצאת תיקו 1:1. לואיס אנריקה נקע את ברכו הימנית במשחק ליגה נגד ריאל סוסיאדד ב-31 באוקטובר 1998. פציעה זו השביתה את לואיס אנריקה ממשחק במשך 6 שבועות, ולאחר חזרתו כבש צמד במשחק בו הביסה ברצלונה את אלאבס 7:1 ב-3 בינואר 1999. ב-14 בפברואר, בקלאסיקו בקאמפ נואו, כבש לואיס אנריקה צמד נגיחות לרשתה של ריאל מדריד ועזר לברצלונה לנצח 3:0. בדרבי של ברצלונה ב-14 במרץ שבר לואיס אנריקה את רכס הכסל (עצם באגן) והושבת ממשחק למשך חודש. לואיס אנריקה היה שותף בעונה זו לזכייה שנייה ברציפות באליפות, לה תרם בסך הכול 11 שערים ב-26 הופעות. מליגת האלופות הודחה ברצלונה בשלב הבתים פעם נוספת, ובגביע הגיעה הקבוצה לרבע הגמר, שם הודחה על ידי ולנסיה.