כתב מקולי: "השירים יוצאי הדופן האלו, המבקרים המעיטו בערכם כי לא הבינו את טיבם. אין להם סוף שנון. אין בהם לא מהפיקחות של פיליקיה במחשבה, ולא מהזיגוג הקשה והמבריק של פטרארקה בסגנון. אלו רישומים פשוטים אך מפוארים של רגשות המשורר, לא מקושטים בעבור עיני הציבור, כמו היו יומנו... אחדות הרגש וחומרת הסגנון המאפיינים את היצירות הקטנות הללו מזכירים לנו אנתולוגיה יוונית, או אולי אפילו יותר: תפילות אנגליות... הסונטות, פחות או יותר, מרשימות בהתאם לעד כמה מעניינים האירועים שחוללו אותן. אך כולן, כמעט בלי יוצא מן הכלל, נכבדות ביישוב הדעת וגדולה שכלית שאיננו יודעים היכן למצוא כמוהם".
להלן פירוט הסונטות של מילטון:
וורדסוורת', שסבר שצורת הסונטה מגוחכת, והחל להעריכה ולחבר סונטות רק לאחר שאחותו הקריאה לו את הסונטות של מילטון, חיבר סונטה בשבח צורת הסונטה, בה כתב על הסונטות של מילטון:
וכשקרירות
נפלה על שבילו של מילטון, בידו
הדבר היה לחצוצרה, לתקיעות
של ניגוני נשמה, אבוי - כה מעטות! -
גן העדן האבוד.
כבר בנערותו מילטון התכוון לחבר בעתו יצירה גדולה שתעסוק בנושא נעלה. מאחר שכל אוצרות השירה והמחשבה של המערב היו מוכרים לו היטב, הוא התלבט האם צורת היצירה תהיה אפוס או טרגדיה, דרמה פסטורלית או דיאלוג; והתלבט מה יהיה נושאה, עד שלבסוף בחר שתעסוק בנפילת האדם. בשנת 1640 מילטון החל לתכנן בפועל את יצירתו, ובשנת 1642 חיבר כמה שורות מיצירתו, אולם במהירה עזב אותה בגלל לחץ פוליטי, ושב לחברה, או התחיל לחברה כפי שהיא מוכרת לנו, רק בשנת 1658, אז היה לו פנאי להקדיש את עצמו לשירה. למרות עיוורונו, מילטון הצליח להשלים את חיבור האפוס בשנת 1663. המהדורה הראשונה של "גן העדן האבוד", המחולקת לעשרה ספרים, וללא טיעונים בפרוזה, יצאה לאור בשנת 1667 ונמכרה ב-1,300 עותקים. מהדורה שנייה, מחולקת לשנים-עשר ספרים, עם טיעונים בפרוזה המקדימים כל פרק, תוך שינויי טקסט קטנים, יצאה לאור בשנת 1674. מהדורה שלישית ורביעית יצאו לאור בהתאמה בשנים 1678 ו-1688.
מילטון חיבר יצירה אוניברסלית, מתוך כוונה להצדיק את דרכי א-להים לבני האדם. "גן העדן האבוד" נסמך על ספר בראשית ומלא במאות אזכורים והתייחסויות לפסוקים מן המקרא. כמו כן יש קוי דמיון עלילתיים, מבניים, צורניים וסגנוניים בין "גן העדן האבוד" לבין "האיליאדה" וה-"אודיסיאה" של הומרוס, ה-"אינאיס" של ורגיליוס, ו-"ירושלים המשוחררת" של טאסו; וניכרת גם השפעה של סופוקלס ושל אוריפידס, של ספנסר ושל אסכולת השיר הספנסרית, על אמנותו. לטענת מבקרים איטלקים, "גן העדן האבוד" מבוסס ברעיונו על המחזה "אדם" של המחזאי האיטלקי ג'מבטיסטה אנדריני. מילטון ואנדריני התמודדו עם אותם קשיים בעיבוד סיפורו של האדם הראשון ליצירה שירית.
כתב דייוויד מייסון: "גן העדן האבוד הוא אפוס. אך הוא איננו, כמו האיליאדה או האינאיס, אפוס לאומי; גם איננו אפוס לפי כל סוג אחר ידוע. זהו אפוס של כלל המין האנושי, - אפוס של עולמנו כולו, או באמת של היקום האסטרונומי בכללותו. שם השיר, גם אם הוא הטוב ביותר שאפשר היה לבחור, כמעט שלא מצביע מראש על היקפו המלא של הנושא... בקיצור, זהו ייצוג פיוטי, המסתמך על רמזים מספר בראשית ומחלקים אחרים של התנ"ך, של הקשר ההיסטורי בין הזמן האנושי לבין האינסוף הראשוני והנצחי, או בין עולמנו הנברא לבין היקום הבלתי מוגבל והבלתי נתפס של מציאות קדם אנושית".
אך על פי שבתחילה "גן העדן האבוד" התקבל באנגליה בקרירות, הרי שבתחילת המאה ה-18 כבר נחשב ליצירה הגדולה של הפרוטסטנטיות, או לאפוס השירי הגדול ביותר אי פעם. בין השנים 1705 ל-1800 יצאו באנגליה יותר ממאה מהדורות של "גן העדן האבוד", הרבה יותר מכל יצירה אחרת"." הפירוש הראשון ל-"גן העדן האבוד" נכתב על ידי פטריק יום, מורה סקוטי, ויצא לאור בשנת 1695. בשנת 1734 יצא לאור פירוש של הצייר והתאורטיקן ג'ונתן ריצ'רדסון ושל בנו, מלומד קלאסי, בדגש על הסברים תאולוגים ואסתטים. בשנת 1749 יצאה המהדורה המפוארת של תומאס ניוטון הכוללת הערות של מלומדים רבים. מהדורות חשובות שיצאו לאור מהמאה ה-19 ואילך הן אלו של טוד, קייטלי, ברידג'ס, מייסון, וריטי, ופאולר.
כתב ארתור וילסון וריטי: "יש לתפוס היכן מונחת הגדולה של 'גן העדן האבוד', ולהבין שכל ההשאלות שבעולם לא יכלו לתרום מאומה לאיכויות שעשו את האפוס ל-'קניין נצחי'. מה שמפיח בשיר רוח-חיים איננו הסיפור, למרות הציור האצילי של היריבות בין צדק לבין עוול, ושל תבוסת הרשע; גם לא המבנה, אף על פי שהוא די ארכיטקטוני; גם לא הלמדנות, על אף שהיא עצומה; גם לא אפיון הדמויות, עבורו יש מרחב קטן: לא הדברים האלו, אם כי כולם משמעותיים לגדולה של השיר, ובכולם מילטון מתרומם למעלת טיעונו – אלא נשגבות הסגנון שאין כמוה, "הרוח מלבישת-צורה של הדמיון", וההוד המוזיקלי."
כתב ג'ונתן ריצ'רדסון: "אם אי-פעם היה שיר באמת פיוטי, אם אי-פעם היה שיר מלא על גדותיו בשירה, זה "גן העדן האבוד". איזו הרחבת דברים מזרע קטן של תולדות! אלו מילים מומצאות, איזה עיטורי טבע על גבי מה שחושינו מציגים לנו! דברים שמיימיים מוצגים לדמיוננו באופן נאצל יותר, נשגב יותר, מאשר בכל שיר אחר; רעיון יפה יותר ניתן לטבע מאשר כל משורר אחר ניסה לעשות... השיר פותח את מעיינות הידע, האדיקות, ומידות נעלות, ויוצק עמם יובלים של שלום, נחמה ושמחה, לאלו שיכולים לרדת לסוף דעתו של הכותב, לשמוע להאזין לשירו".
שמשון המתאבק.
בפרקים האחרונים של "גן העדן האבוד" ניכרת השפעה של המחזאים היוונים הקלאסים. בצעירותו מילטון רשם שורה של מחזות העוסקים בנושאים תנכיים, אותם התכוון לחבר. לבסוף, בשנותיו האחרונות, מילטון הוציא לפועל את השקפתו על הטרגדיה במחזה הטרגי הלירי "שמשון המתאבק", מיועד לקריאה ולא להצגה, שיצא לאור בשנת 1671. המחזה עוסק בשמשון, עיוור מעונה ורצוץ, כלוא בבית אסורים פלישתי בעזה, כשמנוח אביו מבקרו ומודיע לו שבכוונתו לשחד את שרי הפלשתים כדי שישחררוהו ויוכל לשוב לישראל, ומאוחר יותר אשתו דלילה מבקרת אותו ומבקשת ממנו סליחה ומפצירה בו שיסכים לשוב לביתם על מנת שתטפל בו, אלא שאמונתו של שמשון בא-להים מביאה להתעוררות הדרגתית של רוחו לבצע את שליחותו האחרונה ולהביס את אויביו. המחזה כתוב בצורה קלאסית תוך שמירה על אחדות העלילה, המקום והזמן; אך בסגנון לא סדיר התואם את הנושא. מילטון אף משתמש, כבמחזות הקלאסים, במקהלה המביעה רגשי צדק ואמרי חכמה. דמותו של שמשון מצוירת בצביון עברי קדום, אך במידת-מה גם מזכירה את העזות של פרומתאוס, ואת הטרגיות של אדיפוס. "שמשון המתאבק", גדוש ברעיונות נשגבים וברגשות עזים, לא נופל ממיטב המחזות של שייקספיר, וכתוב בפשטות שלא מאפיינת את קודמו. במבוא למחזהו מילטון כתב:
טרגדיה, כפי שחיברוה הקדמונים, מאז ומעולם נחשבה לנכבד ביותר, למוסרי ביותר, למועיל ביותר, מכל השירים; לפיכך נאמר על-ידי אריסטו שיש לה כוח לעורר רחמים ופחד, או אימה, לטהר את השכל מרגשות כאלו ודומיהן, כלומר, למתן ולצמצם את הרגשות האלו למידה נכונה עם איזה נועם, המתעורר כשקוראים או כשרואים את הרגשות האלו בחיקוי מוצלח.
כתב ניוטון: "שמשון המתאבק הוא הטרגדיה היחידה שמילטון השלים, אף על פי שרשם תוכניות לכמה מחזות. ואנו מניחים שהוא היה נחוש לבחור בנושא המיוחד הזה בגלל הדמיון בין נסיבותיו לבין אלו של שמשון, עיוור בינות לפלשתים. לדעתי, זוהי האחרונה שביצירותיו השיריות; והיא כתובה ממש ברוח הקדמונים, ומשתווה, ואולי אף מתעלה, לכל אחת מהטרגדיות המושלמות ביותר שהוצגו אי פעם על במת אתונה כשיוון הייתה בשיא תפארתה". (זו הייתה גם דעתם של קולרידג' ושל גתה).
כתב ארתור וילסון וריטי: "ככל שבוחנים את היצירה יותר מקרוב, כן נעשים מודעים יותר למעלותיה - הסימטריה, האחדות העדינה של גדולה וחן, האיפוק והבהירות של האמנות... ב'שמשון הנאבק' הרשמים ברורים, מוחלטים, מדויקים: תולדה של דמיון מיושב וממושמע השמח לשמש, לעולם לא למשול, הכרת הדברים הנחרצת של המשורר היוצרת אמנות שהיא נאמנה, בהירה, שלמה כשלעצמה - האמנות של העיר של כתר הארגמן (אתונה)".
חיבוריו בפרוזה.
כתב ג'ון האוורד ברטרם מאסטרמן:
"החיבורים החשובים בפרוזה של מילטון, כמעט כולם נכתבו בין פגישת הפרלמנט הארוך בנובמבר 1640 לרסטורציה. בכללם עשרים וחמישה פמפלטים, עשרים ואחד בלשון אנגלית, ארבעה בלשון לטינית, וקצת כתבים שחיבר בשנותיו האחרונות. פרק הזמן הזה היה התקופה הגדולה ביותר של פמפלטים בתולדות אנגליה. כאשר ממסדים ישנים נבנו מחדש, מסורות ישנות התערערו, אמונות ישנות קיבלו צורה חדשה, כל אדם שהיה לו, או שסבר שהיה לו, מה לתרום לגיבוש דעת הקהל או אמונה דוגמטית, פנה באופן טבעי לחיבור פמפלטים כפי שבדורות מאוחרים יותר פנו להתכתבויות בירחונים."
"חירות הוא הרעיון המנוח ביסוד הפמפלטים של מילטון; אולם לא חירות שהורתה בהיעדר חוק, אלא שחרור מחוק שפל למען ציות מושלם יותר לחוק אחר טוב יותר. חוזק התפיסה הזו העביר את מילטון מהפרסביטריאנים למפלגה העצמאית, ואפילו מעבר לעצמאים המתונים לעמדה תאולוגית כמעט לגמרי אנטינומיאנית. האדם חייב לציית לא-להים, וכל הניגודים לחובה העליונה הזו אינם אלא עריצות, לא מוצדקים, בלתי נסבלים, ובכל הדרכים יש למחות נגדם ולבטלם."