בשנת 2000 אישר הקונגרס האמריקני השקעות פדרליות באוורגליידס במסגרת התוכנית המקיפה לשיקום האוורגליידס (Comprehensive Everglades Restoration Plan - CERP), שמטרותיה הן . ובמסגרתה נטען כי היא תוכנית השיקום הסביבתי הגדולה ביותר בהיסטוריה. התוכנית הייתה שנויה במחלוקת; מתנגדיה טענו שהיא . תומכי התוכנית כללו את חברת אודובון הלאומית, שהואשמה על ידי הארגונים הירוקים ידידי האוורגליידס והקרן המשפטית למען מגוון ביולוגי (Biodiversity Legal Foundation) כי הם נותנים עדיפות לאינטרסים חקלאיים ועסקיים.
במסגרת התוכנית בוצעו מספר פרויקטים שמטרתם להסיט 6.4 מיליארד ליטר של מים מתוקים בכל יום, לאחסן אותם במאגרים תת-קרקעיים ולשחרר אותם ב-16 מחוזות בדרום פלורידה. כמו כן, להציף שטח בגודל 144 קילומטרים רבועים במטרה שישקעו בו מזהמים המצויים במים לפני שהם ממשיכים בדרכם לאוורגליידס, ולהרוס 390 ק"מ של תעלות המסיטות את המים מהפארק. במהלך חמש השנים הראשונות של יישום התוכנית נרכש שטח בגודל 840 קמ"ר בעלות של מיליארד דולרים. במהלך 30 השנים הראשונות ליישום התוכנית אמורים מבצעיה להוציא סכום של 10.5 מיליארד דולרים, המאגדים 50 פרויקטים שונים שאמורים לעמוד בלוחות זמנים המבוססים על תוכניות חומש.
פארק אוורגליידס נפגע באופן ישיר מסופות ההוריקן קתרינה, וילמה וריטה ב-2005. הסערות הללו מהוות חלק טבעי במערכת האקולוגית של הפארק; פגיעתו של הוריקן דונה בשנות ה-60 הותירה במנגרובים רק "עשבים מתים עומדים" על שטח שרוחבו כמה קילומטרים, אך בשלושים השנים לאחר מכן השתקם האזור לחלוטין. כצפוי, הנזק הכבד ביותר במהלך סופות ההוריקן של 2005 נגרם למבנים. ב-2009 נפגעו מרכז המבקרים והאכסניה בפלמינגו באופן בלתי ניתן לתיקון מרוחות במהירות 201 קילומטרים בשעה ומנחשולי ים בגובה 2.4 מטרים. האכסניה במקום פעלה במשך 50 שנה עד שנהרסה ואין כוונה לבנותה מחדש. ב-2017 נפגע אתר פלמינגו שוב, והפעם מהוריקן אירמה.
כלכלת הפארק.
תקציב הפארק בשנת 2005 היה למעלה מ-28 מיליון דולרים. 14.8 מיליון מתוך התקציב הגיעו מתקציבו של שירות הפארקים הלאומיים, ויתרת התקציב ממקורות שונים כולל CERP, תרומות ומענקים. נכון ל-2018 עולה הכניסה לפארק 8 דולר לאדם המגיע ברגל או באופנים, 25 דולר לרכב פרטי ו-200 דולר עבור אוטובוס. 38,000 מתוך מיליון המבקרים בפארק לנו בו במשך לילה אחד לפחות, בעלות שבין 15 דולרים ללינה בשטח ל-20 דולרים ללינה באתר מחנאות. המבקרים הוציאו 2.6 מיליון דולרים בתוך הפארק, ו-48 מיליון בשוק הכלכלי המקומי. בתפעול וניהול הפארק מועסקים כ-900 אנשים, והפארק מניב רווחים של 35 מיליון דולרים לכלכלה המקומית.
פעילויות.
שיא עונת התיירות הוא בין דצמבר למרץ, כאשר הטמפרטורות נמוכות יחסית ופעילות היתושים נמוכה. בפארק יש ארבעה מרכזי מבקרים:
בנוסף יש מרכז מידע כקילומטר מהכניסה מכיוון הומסטד הקרוי "תחנת מידע וחנות ספרות רויאל פאלם" (Royal Palm Information Station and Bookstore) שבו יש הדרכה של שומרי הפארק על אפשרויות הטיול בקרבת מקום.
שבילים.
באזור פיין איילנד (Pine Island) ישנם מספר שבילים הנבדלים זה מזה במידת הקושי שלהם, והמבקרים ההולכים בהם עוברים דרך אזורי חורשות העצים רחבי העלים הטרופיים, אדמות האורנים וביצות המים המתוקים. שביל אנהינגה (Anhinga Trail, "שביל הנחשון האמריקני") מתחיל במרכז המידע רויאל פאלם, אורכו הוא כ-800 מטרים וניתן ללכת בו גם ללא מדריך. בשביל הזה, העובר בערבה המכוסה במכבד הביצות, ניתן לצפות באליגטורים, עופות ביצה ועופות מתבוססים, צבים ומטפסים ממשפחת הברומליים (משפחה של צמחים אפיפיטים שבה נכלל האננס). השביל מהווה יעד תיירות פופולרי בגלל נגישותו וקרבתו לעיר הומסטד. שביל גומבו לימבו (Gumbo Limbo Trail, שמו באנגלית של העץ בורסרה סימרובית), שגם בו ניתן לצעוד ללא מדריך, מתפתל דרך אזור של חורשות העצים רחבי העלים כגון בורסרה סימרובית, דקל רוסטויניה, פיקוס חונק ("Ficus aurea"), ומגוון אפיפיטים.
מתחם המחנאות לונג פיין קי (Long Pine Key), כ-11 קילומטרים מהכניסה מכיוון הומסטד, הוא נקודת ההתחלה של שבילים באורך כולל של 45 קילומטרים המתאימים היטב לרכיבה של אופני הרים דרך אזורי אדמות האורנים הסלעיות באזור הטבע הבראשיתי מרג'ורי סטונמן דאגלס (Marjory Stoneman Douglas Wilderness Area). המבקרים בפארק יכולים לחצות את יער הטקסודיון באמצעות שני שבילי קורות עץ העוברים דרך פא-האי-או-קי (Pa-Hay-O-Kee). בשבילים הללו יש מצפה בגובה שתי קומות, ושביל נוסף באזור חורשת המהגוני (Mahogany Hammock, בהתייחס לעץ מהגוני ספרדי ("Swietenia mahagoni")) החוצה את היער הצפוף שבמרכז ערבת החוואר של מים מתוקים. בקרבת פלמינגו יש שבילים שההליכה בהם קשה יותר החוצים את ביצות המנגרובים לאורך מפרץ פלורידה. ניתן לצפות בעופות מתבוססים ובעופות חוף בינות למנגרובים לאורך השבילים כריסטיאן פוינט (Christian Point Trail, נקודת הנוצרי), סנייק בייט (Snake bight מפרצון הנחש), ראודי בנד (Rowdy Bend Trail, הסיבוב הפרוע) וקואסטל פריירי (Coastal Prairie Trail, ערבת החוף). חלקים מהשבילים נסגרים לאחר סופות הוריקן לצורך תיקון נזקים. סיורים בהדרכת הריינג'רים (שומרי הפארק) נערכים רק בחודשים העמוסים של עונת התיירות.
שבילים פופולריים נוספים יוצאים ממרכז המבקרים שארק ואלי וכוללים את אוטר קייב המוק (Otter Cave Hammock, חורשת מערת הלוטרה) ובובקט בורדווק (Bobcat Boardwalk, שביל השונר). מאותו מרכז יוצא שביל מעגלי (Scenic loop) באורך 24 קילומטרים המומלץ לרכיבת אופניים והמסתיים במצפה.
מחנאות ופנאי.
בפארק הלאומי אוורגליידס יש אתרי מחנאות הפתוחים בכל השנה. אתר המחנאות לונג פיין קי (Long Pine Key), הכולל כמה מתקני שירותים, שוכן בקרבת מרכז המבקרים ארנסט פ. קו, ויש בו 108 אתרים עבור מכוניות. ליד מרכז המבקרים פלמינגו יש 234 אתרי מחנאות שגם בהם יש מתקני שירותים. באתרים הללו ניתן לחנות גם ברכבי RV, אך אין בהם את כל השירותים הדרושים. לינה בחיק הטבע באוהלים אפשרית בכמה אזורים (Wilderness Waterway, אתרים ב-Gulf Coast, ואתרים על איונים שונים), אבל מחייבת לקבל היתרים (בתשלום בחורף, בחינם בקיץ). חלק מאתרי הלינה הם במבני צ'יקי (Chickee, משטח מוגבה מעל המים שיש לו גג, אבל אין לו קירות), מקומות אחרים הם חוף הים או על קרקע יבשה.
ניתן להיכנס לתוך הפארק בסירות מנוע נמוכות-עוצמה, אך הכניסה למרבית אזורי המים המלוחים אסורה בשל גלי הסירות, במטרה להגן על תחש הנהרות ובעלי חיים ימיים אחרים מפגיעה. הכניסה לפארק אסורה לכל סוגי אופנועי ים, ורחפות. הדיג מותנה בקבלת רישיון ממדינת פלורידה. בפארק ניתן לרכוש רישיונות לדיג במים המלוחים בלבד. השחייה בתחום הפארק איננה מומלצת. נחשי מוקסין המים, צב נשכן מצוי, אליגטורים ותנינים שורצים במים המתוקים, כרישים, דגי ברקודה, ואלמוגים קוצניים מסוכנים נפוצים במים מלוחים. הראות הן במים המתוקים והן במים המלוחים מוגבלת מאוד.
הפארק הלאומי אוורגליידס הוא חלק חשוב בשביל הצפרות הגדול של פלורידה (Great Florida Birding Trail). יש בפארק מגוון גדול מאוד של מינים של עופות עבור צפרים או צלמי טבע.
איומים על המערכת האקולוגית בפארק.
פגיעה בזרימת ואיכות המים.
פחות ממחצית משטחי האוורגליידס, כפי שהיו קיימים לפני ניסיונות הניקוז נשארו ללא פגע. אוכלוסיות העופות המתבוססים התמעטו לכדי עשירית מגודלן המקורי בין שנות ה-40 לסוף המאה ה-20. הסטת המים לאזורים המטרופוליטניים ההולכים וגדלים של דרום פלורידה היא האיום הגדול ביותר על הפארק הלאומי אוורגליידס. בשנות ה-50 וה-60 נבנו 2,300 ק"מ של תעלות וסוללות, 150 שערים ומברצים, ו-16 תחנות שאיבה, כדי להסיט את המים לעבר הערים, והרחק מהאוורגליידס. מפלס המים היורד גרם לכך שהדגים הפכו טרף קל לזוחלים ועופות, וכאשר מכבד הביצות מתייבש הוא עלול לעלות באש או לנבול, דבר הגורם למותם של חלזונות התפוח ובעלי חיים אחרים שהעופות המתבוססים ניזונים מהם. גודל אוכלוסיות העופות עולה ויורד. דו"ח מ-2016 מציין שכמות הקנים של עופות מתבוססים ירד בין 2010 ל-2016 בממוצע של 27% בהשוואה לעשור שבין 2000 ל-2009.
הערים לאורך החוף המערבי של פלורידה מסתמכים על התפלת מים כמקור למים מתוקים. הביקוש למים בהם עולה על ההיצע הטבעי. החנקות במערכות מי התהום והריכוזים הגדולים של כספית משפיעים גם כן על איכות המים המתוקים הזורמים אל הפארק. ב-1998 נמצאה גופת נקבת פומת פלורידה בביצת שרק ווטר (Shark Water), ובניתוח נתגלה שרמת הכספית בכבד שלה הייתה מסוגלת להרוג גם אדם. בדיקות שנערכו גילו כי המקור של מספר המקרים ההולך וגובר של פריחת אצות במפרץ ביסקיין ובמפרץ פלורידה הוא בכמויות המים המשוחררים בצורה מבוקרת מאגם אוקיצ'ובי. בעלון שחולק לכל המבקרים בפארק ב-2005 נכלל המשפט .
התפשטות הערים.