לצד הסנאטורים טד קנדי ממסצ'וסטס ואורין האץ' מיוטה, שימשה קלינטון כוח מניע של תוכנית ביטוח הבריאות לילדים. ב-1997 הגישה הצעת חוק פדרלית שהעניקה תמיכה ממלכתית לילדים שהוריהם לא יכלו לספק להם ביטוח בריאות, והפעילה מאמצים להרשמת ילדים לתוכנית ברגע שעוגנה בחוק. קלינטון קידמה חיסון לאומי נגד מחלות ילדות ועודדה נשים מבוגרות לבצע בדיקת ממוגרפיה לאיתור סרטן השד, עם כיסוי שהעניקה תוכנית המדיקר. היא הגדילה את המימון למחקר סרטן הערמונית ואסתמה אצל ילדים במכונים הלאומיים לבריאות. כמו כן, היא קידמה חקירת דיווחים על מחלה שהשפיעה על יוצאי מלחמת המפרץ, ונודעה בשם "תסמונת מלחמת המפרץ".
הרפורמה בתחום הרווחה הייתה יעד מרכזי בנשיאותו של ביל קלינטון, אך בשעה שהגיעו מהקונגרס בעל הרוב הרפובליקני שתי הצעות חוק ראשונות בנושא אשר חסרו הגנות על נתמכי הרווחה, דחקה הילרי בבעלה להטיל וטו נשיאותי על הצעות החוק, וכך היה. הצעת חוק שלישית בנושא, שעלתה במהלך הבחירות לנשיאות ארצות הברית 1996, החזירה חלק מההגנות על הנתמכים, אך קיצצה את היקף ההטבות בתחומים אחרים. בנקודה זו החלו רבים, ובהם המנטורית שלה מהקרן להגנת הילדים מריאן רייט אדלמן, ללחוץ עליה שתדחוק שוב בבעלה להטיל וטו על ההצעה. חרף זאת, קלינטון החליטה לתמוך בהצעת החוק, שעברה ועוגנה בשם "רפורמת הרווחה של 1996", כפשרה הפוליטית הטובה ביותר. תמיכתה של קלינטון בהצעת החוק הובילה לקרע בינה לבין אדלמן, שאותו כינתה הילרי מאוחר יותר "עצוב וכואב".
בשיתוף פעולה עם התובעת הכללית של ארצות הברית, ג'אנט רינו, סייעה קלינטון לייסוד "המשרד לאלימות נגד נשים" במחלקת המשפטים של ארצות הברית. ב-1997 יזמה את חוק האימוץ והמשפחה המוגנת (Adoption and Safe Families Act), שבו ראתה את הישגה הגדול ביותר כגברת הראשונה. קלינטון נסעה ל-79 ממדינות העולם בתקופת כהונתה, ושברה את שיאה של הגברת הראשונה פט ניקסון. היא לא החזיקה בגישה למידע מסווג או לקחה חלק בדיוני המועצה לביטחון לאומי של ארצות הברית, אך מילאה תפקיד בדיפלומטיה האמריקאית. במהלך מסע שערכה בחמש מדינות בדרום אסיה ללא בעלה, לפי בקשת מחלקת המדינה של ארצות הברית, ביקשה לשפר את יחסי ארצה עם הודו ועם פקיסטן. קלינטון הייתה מוטרדת ממצוקתן של הנשים שבהן נתקלה, והתקבלה בחום בידי תושבי המדינות בהן ביקרה. באותה העת החלה לפתח מערכת יחסים קרובה עם אנשי העיתונות האמריקאית.
בנאום שנשאה בספטמבר 1995 בכנס האומות המאוחדות הרביעי לנשים בבייג'ינג, קלינטון הפגינה עמדה תקיפה נגד מנהגים ומסורות המתעללים בנשים ברחבי העולם בכלל וברפובליקה העממית של סין בפרט, והכריזה כי "אין זה מקובל עוד לדון בזכויות האישה בנפרד מזכויות האדם". באוזניהם של נציגים מ-180 מדינות שונות אמרה קלינטון אמרת כנף, שהתפרסמה בהמשך: בעשותה כן, היא עמדה כחומה בצורה הן נגד הלחץ הפנימי שהפעיל עליה ממשל בעלה והן נגד הלחץ שהפעילה עליה ממשלת סין במטרה לרכך את דבריה. הנאום הפך לרגע מרכזי בהעצמת נשים, וכעבור שנים, נשים ברחבי העולם החלו מדקלמות את אמרת הכנף של קלינטון. בשנות התשעים המאוחרות הייתה קלינטון לאחת הדמויות הבולטות ביותר בעולם שדיברו נגד יחס הטליבאן לנשים באפגניסטן. היא ייסדה את הארגון "קולות חיוניים" (Vital Voices), יוזמה בינלאומית בחסות ארצות הברית לעידוד השתתפותן של נשים בתהליכים הפוליטיים במדינותיהן. לימים יעיד ג'ורג' מיטשל, אז השליח המיוחד של ארצות הברית לצפון אירלנד, כי הגברת הראשונה קלינטון דחפה את הבית הלבן לעודד מעורבות נשים בתהליך המדיני בצפון אירלנד.
פרשות וייטווטר וטרבלגייט.
בתקופת היותה הגברת הראשונה קלינטון הייתה מושא של חקירות אחדות של משרד התובע העצמאי במחלקת המשפטים של ארצות הברית, של ועדות שונות בקונגרס האמריקאי ושל העיתונות בארצות הברית.
פרשת וייטווטר זכתה לתשומת לב רבה בעיתונות באמריקה החל מהפרסום על הפרשה בעיתון "ניו יורק טיימס" במהלך מסע הבחירות לנשיאות ארצות הברית 1992 ובמשך כל שנותיה כגברת הראשונה. וייטווטר הייתה עסקת נדל"ן כושלת מסוף שנות השבעים, עת ביל קלינטון היה התובע הכללי והתמודד על תפקיד מושל ארקנסו. בני הזוג קלינטון השקיעו במיזם לפיתוח דירות נופש על חלקת קרקע לא מפותחת על גדת "הנהר הלבן" בצפון ארקנסו (הרי האוזרק). היזם היה ג'ים מקדוגל, עמיתו הפוליטי של ביל ולקוח המשרד של הילרי ואשתו סוזן. שני הזוגות נכנסו למיזם משותף שנקרא "החברה לפיתוח וייטווטר". בני הזוג קלינטון הפסידו כ-35,000 דולר במיזם.
באותו הזמן ניהלו ג'ים וסוזן מקדוגל את "בנק מדיסון להלוואה וחיסכון", שהיה לקוח של משרד עורכי הדין "רוז". הטענה שנבחנה בחקירה הייתה כי הבנק סבסד את הפסדי עסקת וייטווטר בצורה שגויה. מאוחר יותר כשל הבנק (במסגרת משבר הבנקים להלוואה וחיסכון של סוף שנות השמונים), ותקופתה של קלינטון במשרד עורכי הדין "רוז" נבחנה. קלינטון הצהירה שעשתה רק עבודה מינימלית עבור הבנק. התובעים העצמאיים רוברט פיסקה וקנת' סטאר זימנו את דו"חות החיוב של קלינטון, והיא מסרה שהם לא ברשותה מכיוון שאבדו. לאחר חיפוש בן שנתיים, נמצאו הדו"חות בחדר הספרים של הגברת הראשונה בבית הלבן ונמסרו לחוקרים בראשית 1996. מציאתם המאוחרת של הדו"חות עוררה עניין רב בחקירה נוספת על האופן בו הגיחו ומקום אחסונם. הסגל של קלינטון ייחס את הבעיה לשינויים מתמשכים באזורי הבית הלבן מאז המעבר של הנשיא ורעייתו מאחוזת מושל ארקנסו. קלינטון העידה בפני חבר מושבעים פדרלי חוקר. לאחר שתובעים עצמאיים אחדים ערכו חקירות, פורסם בשנת 2000 דו"ח סופי, בו נכתב כי אין די ראיות לכך שפעולותיה של קלינטון היו פליליות. התובע המיוחד סטאר הרחיב את החקירה לפרשת מוניקה לווינסקי (ראו למטה).
פרשת לשכת התיירות ("טראבלגייט") החלה בעקבות ביקורת ספרי חשבונות במהלכה התגלו בעיות אחדות בניהול החשבונות של הלשכת הנסיעות של הבית הלבן. בעקבות כך פוטרו ב-מאי 1993 שבעת עובדי הלשכה. הבדיקה נערכה מלכתחילה בגלל תלונות שהושמעו באוזני הגברת הראשונה קלינטון על כך שהלשכה אינה נוקטת בקיום מכרז לשם חכירת מטוסים להטסת כתבים המתלווים רשמית למסעות הנשיא מחוץ לארצות הברית. לימים נפתחו שש חקירות נפרדות לבחינת אופן הטיפול בפיטורים, ובסופו של דבר הואשם ראש לשכת הנסיעות אך זוכה, ואיש מבין המעורבים בפרשת "טרבלגייט" לא הואשם בפשע. בעקבות פרשת הפיטורים הוטחו האשמות בבית הלבן לפיהן בכירים בו ובראשם הילרי עשו שימוש באי-סדרים כספיים כתירוץ להחלפת את סגל הלשכה במקורביהם מארקנסו. התגלותו ב-1996 של תזכיר רשמי בן שנתיים של הבית הלבן גרם לכך שהחקירה בנדון תתמקד בשאלה האם קלינטון ניהלה את הפיטורים הלא-תקינים ואם ההצהרות שמסרה בפני החוקרים על תפקידה בהליך הפיטורים היו אמיתיות. הדו"ח הסופי של התובע העצמאי מ-2000 הגיע למסקנה שקלינטון הייתה מעורבת בפיטורים וכי היא הצהירה "הצהרות כוזבות עובדתית", אך אין די ראיות לכך שהצהירה הצהרות כוזבות ביודעין על-מנת להעמיד אותה לדין.
פרשת מוניקה לווינסקי.
פרשת מוניקה לווינסקי החלה ביחסים מיניים בין ביל קלינטון ומוניקה לווינסקי, מתמחה בבית הלבן בת 22. הזוגיות המינית בין השניים התקיימה בין השנים 1995 עד 1997 והתגלתה לציבור בתחילת 1998. התסבוכת המשפטית מבחינת ביל קלינטון הייתה כי הגיש תצהיר כוזב בתביעה אזרחית שניהלה נגדו פולה ג'ונס ובו הכחיש את היחסים. הדבר הוביל לפתיחת הליך הדחה על ידי בית הנבחרים של ארצות הברית אשר האשימו בעדות שקר אולם הוא זוכה לאחר משפטו בסנאט.
בתחילת חשיפת הפרשה הכחיש ביל קלינטון את יחסיו המיניים עם לוינסקי ואמר עם סיום נאום שנשא בפני הטלוויזיה האמריקנית כי "לא קיימתי יחסי מין עם האישה הזו". לאחר מכן לאור ראיות פורנזיות נאלץ להודות בדבר.
כאשר הטענות נגד בעלה פורסמו לראשונה, התייחסה אליהן קלינטון בתוכנית אירוח של NBC: היא אפיינה את האישומים של לווינסקי כאחרונים מבין סדרת אישומים ארוכה, מאורגנת ושיתופית של אויביו הפוליטיים של ביל, ועמדה לימין בעלה וטענה לחפותו. מאוחר יותר היא סיפרה כי הטענות הראשוניות נגד בעלה העלו כי לא התרחש רומן כלל וכלל. לאחר שהוכחו המפגשים המיניים של קלינטון ולווינסקי פרסמה קלינטון הצהרה פומבית המאשרת את מחויבותה לנישואיהם, אך באופן פרטי דווח כי היא זועמת עליו והעלתה ספקות האם היא באמת רוצה להמשיך את נישואיהם. סגל הבית הלבן הבחין במתח ניכר בין בני הזוג בתקופה זו.
התגובה הציבורית לפרשה הייתה מגוונת. מחד גיסא, נשים העריצו רבות את הכוח והנינוחות שהפגינה בכל הנוגע לעניינה הפרטיים שפורסמו בפומבי, והזדהו עמה כקרבן להתנהגות חסרת הרגישות של בעלה. מאידך גיסא, נשים אחרות מתחו עליה ביקורת על היותה גורם לחוסר שיקול הדעת של בעלה ובתלות שיתופית, ושהאשימו אותה בהישארות כפויה מרצון בנישואים כושלים כדרך לשמור או אפילו להגביר את שאיפותיה הפוליטיות. דירוגי התמיכה הציבוריים בקלינטון בעקבות הפרשה האמירו לכדי 70%, אחוז התמיכה הגבוה בה אי-פעם. בספר זיכרונותיה מ-2003, "לחיות את ההיסטוריה", ייחסה קלינטון את החלטתה שלא להתגרש מביל ל"אהבה בת עשרות שנים" והוסיפה: .
תפקידים מסורתיים של הגברת הראשונה.