זמן קצר לאחר שוך הקרבות, בחסות הצבא, הגיעו למוזיאון הארכאולוגים פרופ' אברהם בירן, ששימש אז מנהל אגף העתיקות והמוזיאונים הישראלי, פרופ' נחמן אביגד מהאוניברסיטה העברית בירושלים ויוסף אבירם, מנהל החברה לחקירת ארץ-ישראל ועתיקותיה. נמצא שהמוזיאון על תצוגתו, מחסניו וספרייתו ניזוק באופן מועט ביותר מאירועי הקרבות שהתנהלו בתחומו.
ב-2 באפריל 1968, לאחר מלחמת ששת הימים, נפתחה התערוכה הראשונה במוזיאון. היא נקראה "המתיישבים הקדומים בעמק הירדן" וכללה ממצאים מתל יריחו שער הגולן, תל עלי וחורבת מנחה ליד קיבוץ גשר. התערוכה כללה ממצאים מחפירותיהם של קתלין קניון, משה שטקליס ז'אן פרו ומשה פראוסניץ.
מבנה המוזיאון.
למתחם מוזיאון רוקפלר עולים מהכביש העובר במקביל לחומת העיר העתיקה וקרוי "רחוב הצנחנים" על שם חטיבת הצנחנים שנלחמה באזור במלחמת ששת הימים. כביש הגישה מוביל לרחבת הכניסה הראשית שצורתה אליפטית המשתרעת מול החזית המזרחית של הבניין שצורתו כמצודה אירופאית - צלבנית.
בניין המוזיאון בנוי על-פי תוכנית כמעט סימטרית. צירו המרכזי של המבנה עובר משער הכניסה דרך חצר מרכזית, סביבה נבנו אולמות התצוגה המלבניים.
חצר זו שימשה השראה לחצר המרכזית של בניין בית המשפט העליון בירושלים. משני צדי אולם הכניסה הראשי יוצאות שתי זרועות אלכסוניות: באחת נמצאת הספרייה, ובשנייה אולם הכנסים. בנקודת המפגש של אולם הכניסה הראשית עם הזרועות האלכסוניות ואולמות התצוגה, בנויים חללים מתומנים שבצלעותיהם גומחות לתצוגה של חפצים גדולים.
חדרי המנהלה והמשרדים נבנו לאורכם של מסדרונות צרים וארוכים.
עץ האורן העתיק של השיח' אל-חלילי והבית הדו-קומתי קצר אל-שיח' נשמרו ונמצאים בחלקו האחורי של המבנה. עץ האורן קרס בשלג של שנת 2000.
הכניסה הראשית.
הכניסה הראשית למוזיאון היא דרך שער רחב, שאליו עולים בשני גרמי מדרגות ישרים מימין ומשמאל. מעל אולם הכניסה נישא מגדל הצריח המרכזי שצורתו מתומנת ועל ראשו כתר עם עבודת אבן בצורת כיזאן. במגדל נקבעו חלונות דמה האופייניים יותר לאדריכלות בארוק אירופאית.
אולמות התצוגה.
אולמות התצוגה של המוזיאון בנויים סביב לחצר הפנימית, על מנת לאפשר לאוצר המוזיאון לסדר את המוצגים לפי סדר כרונולוגי מגובש. האולמות מאופיינים על ידי תבנית מלבנית, תקרות גבוהות וחלונות שנקבעו בסמוך לתקרה ומכניסים אור יום מרוכך. תקרת האולמות עוצבה תוך שימוש באלמנטים מהאדריכלות הרומית.
החצר המרכזית.
החצר הפנימית, המרכזית, היא מרכז הכובד האדריכלי של מבנה המוזיאון. חצר זו מצויה במרכז ציר האורך של הבניין ומשתרעת על שלושה מפלסים מדורגים. במרכזו של המפלס הנמוך ביותר ישנה בריכת נוי מלבנית הניזונה ממי בורות האגירה המצויים בשני קצותיה.
החצר תחומה בשלוש אכסדראות שהן מקשתים (ארקדות) בדומה לקלויסטר של מנזר מימי הביניים. במפתחי הקשתות מוצבים מוצגים גדולים, כגון הסרקופגים הרומיים מתל מבורך ומתורמוס עיא. בקצה הבריכה מצוי חדרון קטן הדומה למחראב - גומחה בקיר מסגד, המצביעה על הכיוון אל מכה (מַכַּה אלְמֻכַרַּמַה), אליו צריכים מוסלמים לפנות בעת התפילה. קירות הגומחה מחופים באריחים של קרמיקה ארמנית מרהיבה, הנושאת עיטורים נטוריאליסטיים.
בחלל זה הותקנה מזרקה, שפורקה בימי השלטון הירדני, שמימיה מילאו בריכה מתומנת קטנה. ההשראה לחצר המרכזית באה מארמון אלהמברה בגרנדה שבספרד, אתר מורשת עולמית ואחד משיאי האדריכלות אסלאמית.
חצר זו השפיעה לאחר שנים על תכנון "חצר השופטים" בבניין בית המשפט העליון בירושלים. האדריכלים קשרו את בניין בית המשפט לאופי הירושלמי על ידי שילוב אלמנטים מבניינים בולטים, ותכנון החצר משקף ומצטט מתוך מאגר הדימויים של מוזיאון רוקפלר. במאמר של מיכה לוין (מרצה בפקולטה לאדריכלות בטכניון) הוא מציין כי:
אולם הכנסים.
האולם בן שתי הקומות נבנה בעיקר לאירוח של כנסים מדעיים. מתחת למפלס הבמה נבנו חדרי אירוח ושירותים עבור המבקרים. באולם 15 שורות שבכל אחת מהן 14 מקומות ישיבה.
חדר הישיבות.
חדר הישיבות המתומן הוא המרשים שבחדרי אגף המנהלה. קירו החיצון של החדר מעוגל ומראהו כשל מגדל שמירה. תקרת החדר מקורה בכיפה, ומתחתיה, בחלקו העליון של הקיר, ולכל אורכו, מצוירת על אריחי קרמיקה כתובת ביוונית:
המהווה את תשובתו של היפיאס, תלמידו של סוקרטס, לשאלת רבו מה הם הנושאים האהובים על הציבור בפניו הוא עתיד לנאום. האריסון בחר בפסוק הזה מדברי אפלטון (מסוף המאה הרביעית לפסה"נ) משום שנזכרת בו לראשונה המילה "ארכאולוגיה", במשמעות של חקר דברי ימי קדם.
הספרייה.
הספרייה בנויה כבזיליקה - חלל מלבני אורכי שבקצהו אפסיס הפונה למזרח, ומשני צדדיו חדרי שירות. הכניסה אל האולם היא דרך פתח קטן. חלל האולם מקורה בקמרונות צולבים ומחודדים. הכניסה גם מרוצפת באריחי שעם, שנועדו לעמעם את רעש הקהל המבקר בספרייה. משני צדי האולם טורים של חלונות, המשמשים לאולם כמקור האור היחיד. מתחת לאולם הקריאה מצוי מרתף ובו נמצא מחסן הספרים וכתבי-העת. אולם הקריאה מחובר לארכיון.
עם חלוקתה של ירושלים בעקבות מלחמת העצמאות, נותרה מחלקת העתיקות הישראלית ללא ספרייה, ועל כן החלה בהקמה מחודשת של ספרייה. עם איחוד העיר לאחר מלחמת ששת הימים, ומעבר אגף העתיקות למשכנו החדש-ישן, אוחדו מחדש גם הספריות. נכון לתחילת המאה ה-21 מחזיקה הספרייה כ-25,000 ספרים ודו"חות חפירה, מעל 1,000 כתבי עת שונים, ובסך הכול מספר הכותרים בה עולה על 100,000. הספרייה הפכה לספרייה הארכאולוגית החשובה במזרח התיכון. בשנת 2016 מתכננת רשות העתיקות להעביר את הספרייה לבית רשות העתיקות.
המוזיאון במאה העשרים ואחת.
כחלק מתהליך איחוד העיר הועברו המשרדים הראשיים של אגף העתיקות והמוזיאונים (לימים רשות העתיקות) לאזור המנהלה שבבנין. בהמשך סונף המוזיאון למוזיאון ישראל, ובין השנים 2010-2007, כשהאגף הארכאולוגי במוזיאון ישראל היה סגור, הוצגו רבות מהעתיקות שלו במוזיאון רוקפלר.
במוזיאון נותרה התצוגה הקבועה של ממצאים ארכאולוגיים שנחשפו בתחילת המאה העשרים בארץ ובמקום מוצגות גם תערוכות מתחלפות המתייחסות למחקר ארכאולוגי בן זמננו. למרות יופיו של המבנה וחשיבות התצוגה הוא נותר במידה רבה מחוץ לתחום המטיילים, וזאת בשל מיקומו הבעייתי במזרח העיר והיותו מוזיאון ישן ומיושן, וכן בשל חוסר חניה במקום.
בית הכנסת החורבה
בית הכנסת החורבה (או חורבת רבי יהודה החסיד, מכונה בקיצור החורבה) הוא בית כנסת במרכז הרובע היהודי בעיר העתיקה בירושלים, על יד כיכר החורבה ומול בית הכנסת צמח צדק. בית הכנסת נבנה לראשונה בתחילת המאה ה-18 על ידי קבוצת העולים עם רבי יהודה החסיד, נחרב בידי בוניו הערבים בשל אי תשלום חובות, נבנה בשנית באמצע המאה ה-19 על ידי קבוצה מתלמידי הגר"א, נחרב בשנית בידי הלגיון הערבי לאחר שכבש את העיר העתיקה ב-1948, ונבנה בשלישית בראשית המאה ה-21.
מקור שמו של בית הכנסת בתקופת חורבנו הארוכה בין בנייתו הראשונה והשנייה. בית הכנסת שימש מרכז הקהילה האשכנזית בירושלים עד אמצע ימי המנדט הבריטי, ונחשב לבית הכנסת האשכנזי החשוב והמרכזי בירושלים עד לחורבנו השני.
תולדות מתחם בית הכנסת.
מתחם בית הכנסת ממוקם במרכז "חצר האשכנזים" (בערבית: "דיר אל-שיכנז"), ההקדש של הקהילה האשכנזית בירושלים החל מראשית המאה ה-15 עת קנו יהודים מהקהילה האשכנזית את החצר ממשפחת א-שרף ובנו בה בית כנסת ומבנים נוספים. (גם חלקו הצפוני של המגרש שימש בוודאות כחצר האשכנזים כבר בשנת 1621, עם עליית רבי ישעיה הלוי הורוביץ (השל"ה), לירושלים), וצידו הדרומי גובל בבית כנסת המכונה בית כנסת הרמב"ן. החצר שימשה כהקדש יהודי-אשכנזי וגרו בה עניים מיהודי אשכנז אשר שהו בירושלים, והייתה החצר היהודית הראשונה המתועדת במפורש, ואולי אף הראשונה בכלל.
נקודות ציון בסביבה.
אברהם משה לונץ, תיאר בשנת תרנ"א (1890) מבנים נוספים בחצר בית הכנסת:
מול הישיבה גר הרב שמואל סלנט, שהיה רב קהילת האשכנזים הפרושים בירושלים, ואב בית הדין שלה.
בית הכנסת הראשון.
לעומת החצר, שהייתה הקדש לקהילה האשכנזית בלבד, בית הכנסת הקטן שנבנה שימש את כלל הקהילה היהודית, אשר הייתה רובה ירושלמית מקומית, ובחלקה הקטן אשכנזית או מאגן הים התיכון.
בית הכנסת הקטן לא ידע מנוח והיה נתון למתקפות פוליטיות, משפטיות ופיזיות לאורך שנים רבות. בהיסטוריוגרפיה היהודית מוטעמת רדיפה זו בסיפור שמתבסס על איגרת של רבי עובדיה מברטנורא. על פי הסיפור, שנים לא רבות לאחר רכישת החצר החליט אחד היהודים שגרו בה להתאסלם בעקבות סכסוך עם הקהילה היהודית. לאחר מותו, אמו שהייתה בעלת הבית הקדישה אותו לבניית מסגד, אשר עומד עד היום. עם זאת, מוג'יר א-דין, היסטוריון מוסלמי בן התקופה מציין שהמסגד נבנה כבר במאה ה-14, לפני רכישת בית הכנסת על ידי היהודים. בכל מקרה, מאחר שהמסגד היה בנוי צמוד לבית הכנסת היו חיכוכים בין מתפללי שני המבנים שגרמו לניסיונות חוזרים ונשנים מצד המוסלמים להפסיק את פעילותו: ב-1474 נהרס בית הכנסת לאחר שטענו שהיהודים בנו אותו בניגוד לחוקי עומר, אך מאוחר יותר באותה שנה הוא נבנה מחדש בצו של הסולטאן. הסכסוכים המשפטיים שבו וחזרו מספר פעמים עד שבתקופת השלטון העות'מאני הוציא המושל העות'מאני של ירושלים צו שאוסר שימוש בבית הכנסת, אם כי המבנה עצמו נותר על תילו. החצר עצמה המשיכה לשמש את הקהילה האשכנזית בירושלים, אך הפכה למוזנחת ועזובה בגלל עוניה ומסכנותה של הקהילה. מיקום המסגד בצידו של בית הכנסת מסביר את הקשיים המרובים שעברו על בית הכנסת הזה לאורך שנות השלטון המוסלמי בעיר, למרות שבתי כנסת אחרים לא סבלו באותו אופן.
בית הכנסת השני.