בשנת 1995, שבר לני וילקינס את שיא הניצחונות למאמן (שהוחזק קודם על ידי רד אאורבך) עם 939 ניצחונות בקריירה. ההוקס השיגו שתי עונות נוספות של 50 ניצחונות ויותר במהלך העונה הסדירה בשנים 1997, 1998, כאשר הסנטר, דיקמבה מוטומבו, זוכה בפרס שחקן ההגנה של העונה ב-NBA בשתי עונות אלה, הפאוור פורוורד אלן הנדרסון זכה בפרס השחקן המשתפר של השנה. בעונת 1999 שהייתה מקוצרת עקב שביתת השחקנים הצליחו ההוקס להשיג מאזן של 31 ניצחונות, אך ההוקס לא הצליחו להתקדם מעבר לסיבוב השני של הפלייאוף בשנים אלה.
בשנת 1999, ביצעו ההוקס טרייד על סטיב סמית' לפורטלנד טרייל בלייזרס תמורת אייזיאה ריידר וג'ים ג'קסון. סמית' היה אחד מהשחקנים הפופולריים ביותר של ההוקס במהלך שנות ה-90 ולא מכבר זכה בפרס האזרחות על שם ג'יי. וולטר קנדי בעבור פעילויות הצדקה הרבות שנטל בהן חלק. בניגוד לו, סבל ריידר מהיסטוריה של בעיות התנהגות בתוך ומחוץ למגרש. התנהגותו הבעייתית של ריידר המשיכה לאחר הגיעו לאטלנטה. ריידר החמיץ את יום מחנה אימונים הראשון ואחר לשני משחקים. לאחר שנפוצו שמועות כי עישן מריחואנה במלון באורלנדו במהלך מסע משחקים בחודש ינואר, תבעה הנהלת הליגה כי ישתתף בייעוץ לגמילה מסמים, וקנסה אותו ב-200,000 דולר עד שהסכים להשתתף. כאשר הופיע באיחור למשחק בחודש מרץ, שחררה אותו הנהלת המועדון. שנה לאחר מכן העבירו ההוקס גם את ג'קסון. הטריידים של סמית' וריידר שלחו את ההוקס לסחרור מטה; והם לא הצליחו לחזור אל הפלייאוף במשך תשע העונות הבאות.
בשנת 2001, בחרו ההוקס את הכוכב הספרדי פאו גאסול כבחירה השלישית בדראפט, אך הזכויות עליו הועברו לממפיס גריזליס בטרייד שכלל את שריף עבדור-רחים. בחודש פברואר, 2004, שיחק עבור ההוקס שחקן האול סטאר ראשיד וולאס משחק אחד. וואלאס הועבר להוקס מפורטלנד טרייל בלייזרס יחד עם וסלי פרסון תמורת עבדור-רחים, ת'יאו ראטליף, ודן דיקאו. במשחקו היחיד בעבור ההוקס, השיג וולאס: 20 נקודות, 6 ריבאונדים, 5 חסימות, 2 אסיסטים, חטיפה אחת, בהפסדם של ההוקס לניו ג'רזי נטס. לאחר משחק זה הועבר וואלאס לדטרויט פיסטונס בטרייד שכלל גם את בוסטון סלטיקס. בתורם, שלחה דטרויט את הגארד בובי סורה, ואת הסנטר ז'ליקו רבראצ'ה, ובחירת סיבוב ראשון בדראפט לאטלנטה. הסלטיקס שלחו גם את הפורוורד כריס מילס לאטלנטה כדי להשלים את העסקה. בשנת 2003, ארחה אטלנטה את משחק האול סטאר, האחרון שנערך באזור המזרח בתשע השנים האחרונות.
2004–2013: תקופת ג'ו ג'ונסון וג'וש סמית'.
במרץ 2004, מכרה טים וורנר (שירשה את ההוקס יחד עם אטלנטה ברייבס במיזוג עם חברת טרנר ברודקסטינג סיסטם, בשנת 1996) את המועדון לקבוצת משקיעים בשם אטלנטה ספיריט LLC יחד עם קבוצת ההוקי אטלנטה טראשרס, איתם חלקו ההוקס את האולם פיליפס ארנה, שהחליף את אולם האומני. לאחר השינוי בבעלות על המועדון המשיכו ההוקס לדשדש. בעונת 05–2004, היו ההוקס לקבוצה עם המאזן הגרוע בליגה עם 13 ניצחונות בלבד (חמש פחות מהקבוצה החדשה שארלוט בובקאטס וניו אורלינס הורנטס החלשה). היה זה בשנה זו שג'וש סמית' מההוקס זכה בתחרות ההטבעות במשחק האול סטאר. למרות מאזנם הגרוע בתום העונה הסדירה, זכו ההוקס רק בבחירה השנייה בדראפט של שנת 2005 (הבחירה הראשונה הלכה למילווקי באקס). עם הבחירה השנייה, בחרו ההוקס את מרווין ויליאמס מאוניברסיטת קרוליינה הצפונית. שנה קודם לכן, בחרו ההוקס את ג'וש צ'ילדרס ואת ג'וש סמית'. בדראפט של שנת 2006, בחרו ההוקס את כוכב של אוניברסיטת דיוק, שלדן ויליאמס, כבחירה החמישית של הסיבוב הראשון.
בקיץ של שנת 2005, השלימו ההוקס עסקה של "החתם והעבר" (sign and trade) עם פיניקס סאנס כדי לקבל את ג'ו ג'ונסון תמורת בוריס דיאו ושתי בחירות דראפט עתידיות ראשונות. כמו כן החתימו ההוקס את זאזה פאצ'וליה ממילווקי באקס. שינויים אלה התרחשו לאחר מה שנראה כמאבקי כוח בין הבעלים של המועדון שנמשכו כמעט שלושה שבועות לפני שהעסקאות נחתמו.
תקווה וגאולה ממצבה העגום של הקבוצה החלו להופיע באופק בתחילת שנת 2007. כאשר ההוקס זכו במקום השלישי בבחירת הדראפט של אותה שנה, ההוקס הטיבו ובחרו את אל הורפורד מאוניברסיטת פלורידה. הורפורד כמעט והצליח להשיג ממוצעים דו ספרתיים בעונת הרוקי שלו, והוא היה היחיד שנבחר פה אחד לנבחרת הרוקיז של העונה, כמו כן, הוא היה מועמד לפרס רוקי השנה. העונה נפתחה בצורה חיובית כאשר ההוקס גברו במשחק הראשון על דאלאס מאבריקס 101-94, ומעלים את רף התקווה של אוהדי הקבוצה. הפעם האחרונה בה הצליח המועדון לנצח במשחק פתיחת העונה היה בשנת 1998, שהייתה גם העונה האחרונה בה הגיעה המועדון למשחקי הפלייאוף. לכבוד עונת 08–2007, עדכנו ההוקס את צבעי המדים שלהם לכחול, אדום ולבן, מציינים את הפעם הראשונה בה השתמש המועדון בצבעים אלה מאז ימיהם בסנט לואיס.
באמצע העונה ביצעו ההוקס טרייד שהעביר אליהם את מייק ביבי, שהעלה את תקוותיהם לגבי הפלייאוף. בזמן שהתבצע הטרייד היו ההוקס במאזן של 22–28, ולאחר מכן הם הצליחו לנצח 15 מ-32 המשחקים האחרונים של העונה וסיימו את העונה הסדירה במאזן של 37–45. אף על פי שההוקס סיימו את העונה במאזן שלילי, הם הצליחו להתברג לפלייאוף לראשונה מאז שנת 1999. היה זה במהלך הפלייאוף שההוקס התחילו להראות שיפור, דוחפים את מי שלאחר מכן הפכה לאלופת ה-NBA בוסטון סלטיקס לשבעה משחקים. ההוקס הצליחו לנצח בכל שלושת משחקי הבית שלהם בפיליפס ארנה, שאירח לראשונה את משחקי הפלייאוף והתמלא עד אפס מקום לראשונה בתולדות המועדון.
עונת 09–2008 ראתה את ההוקס מנצחים 47 משחקים, ומסיימים את העונה במאזן חיובי לראשונה מאז שנת 1999. עם סגל שחקנים שנותר כמעט ללא שינוי מהעונה הקודמת הצליחו ההוקס לקחת צעד נוסף קדימה בהתפתחות שלהם. גם הפעם נדחפו ההוקס לסדרה בת שבעה משחקים, בסיבוב הראשון של הפלייאוף, אך הפעם נהנו מיתרון ביתיות במשחק המכריע, את יתרון זה נצלו כדי לנצח בסדרת הפלייאוף לראשונה מאז שנת 1999 נגד מיאמי היט. ההוקס הודחו בסוויפ בידי קליבלנד קאבלירס 4-0 בחצי גמר המזרח.
עונת 10–2009 הראתה שיפור נוסף אצל ההוקס, הקבוצה נצחה 53 משחקים במהלך העונה הסדירה, עונה ראשונה עם 50+ ניצחונות לראשונה משנת 1997. אל הורפורד נבחר לראשונה בקריירה למשחק האולסטאר, ויחד עם ג'ו ג'ונסון, סימנה בחירה זו כי ההוקס שלחו לראשונה מאז שנת 1998 שני שחקנים למשחק האול סטאר. הפלייאוף, לעומת זאת, היה חזרה על השנה הקודמת. ההוקס גברו על מילווקי באקס בסדרה ארוכה וקשה לאחר שבעה משחקים, אך הם הובסו 0–4 בידי אורלנדו מג'יק בחצי גמר המזרח, כאשר כל אחד מהמשחקים היה חד צדדי לחלוטין. לאחר העונה, פיטרו ההוקס את המאמן מייק וודסון ומינו במקומו את לארי דרו.
בעונת 11–2010 נסוגו ההוקס צעד לאחור, כשסיימו את העונה הסדירה עם 44 ניצחונות, אף על פי שהורפורד וג'ונסון נבחרו לנבחרת האול סטאר של המזרח. באמצע העונה העבירו ההוקס את מייק ביבי לוושינגטון ויזארדס תמורת קירק היינריך. אך המצב רק הורע כאשר ההוקס הפסידו בששת המשחקים האחרונים של העונה. למרות זאת, בפלייאוף ההוקס המריאו שוב, כאשר הם נוקמים באורלנדו מג'יק על ההפסד בעונה הקודמת בסדרה של שישה משחקים. אך, ההוקס נעצרו שוב בחצי גמר המזרח לאחר שהפסידו לשיקגו בולס בשישה משחקים.
נכון להיום ההוקס מחזיקים במקום השני (לאחר סקרמנטו קינגס) ברצף השנים ללא תואר אליפות. כל ההופעות בסדרת הגמר והאליפות היחידה של המועדון התרחשו כאשר הקבוצה הייתה בסנט לואיס. בינתיים, המועדון נכשל לעבור את מחסום חצי הגמר האזורי (הסיבוב השני של הפלייאוף) מאז עברו לאטלנטה, שעתה עומד על 44 עונות. סיבה עיקרית לכישלונות הרבים של המועדון ניתן לתלות בהיסטוריה העגומה של ההוקס בבחירות דראפט. מאז שנת 1980, בחרו ההוקס סך הכל שלושה שחקנים שנבחרו למשחק האול סטאר (דוק ריברס, קווין ויליס, ואל הורפורד; דומיניק וילקינס נבחר למעשה על ידי יוטה ג'אז והועבר להוקס כמה חודשים לאחר הדראפט). למעשה, הורפורד הוא שחקן ההוקס היחיד ששיחק במשחק האול סטאר מאז שנבחר ויליס בשנת 1984, והוא גם השחקן הסיבוב הראשון היחיד שנבחר מההוקס בתשע שנות הבצורת ממשחקי הפלייאוף שחווה המועדון.
באוגוסט, 2011, נודע כי איש העסקים מקליפורניה אלכס מרואלו יהפוך לבעל רוב המניות של המועדון, בנובמבר, עקב שביתת השחקנים, התבטלה העסקה.
2013–2018: תקופת מייק בודנהולצר.
לאחר מספר שנים של דשדוש וחוסר הצלחה, הוחתם ב-2012 דני פרי, שהיה סגן נשיא סן אנטוניו ספרס, ובעונת 2013–2014 מינה את מייק בודנהולצר, שהיה עוזר מאמן בסן אנטוניו, למאמן.
כבר בעונתו הראשונה הוביל את ה"הוקס" לפלייאוף, שם נפגשו עם המדורגת ראשונה במזרח, אינדיאנה פייסרס. ההוקס, שהיו מדורגים במקום השמיני, הצליחו למתוח את הסדרה מול הקבוצה מהמקום הראשון לסדרה של שבעה משחקים, אך בסופם גברה אינדיאנה.
את עונת , סיימו ההוקס עם המאזן הטוב ביותר במזרח והטוב בתולדות הקבוצה. הצלחתו של בודנהולצר מתעצמת מכיוון שבקבוצה לא שיחקו שחקנים שנחשבים מהטופ העולמי, ושחקנים דוגמת קייל קורבר, ג'ף טיג ופול מילסאפ הצטיינו תחת שרביטו. בסיום העונה נבחר בודנהולצר למאמן השנה. בפלייאוף הגיעו ההוקס עד לגמר המזרח בו הפסידו לקליבלנד קאבלירס בתוצאה 0–4.
2018–הווה: תקופת טריי יאנג.
בדראפט ה-NBA 2018 בחרו ההוקס את לוקה דונצ'יץ' בבחירה השלישית, ומיד העבירו אותו בטרייד לדאלאס מאבריקס תמורת טריי יאנג (שנבחר חמישי) ובחירת דראפט עתידית. בהמשך אותו הדראפט צירפה הקבוצה גם את קווין הרטר (בחירה 19). את עונת 2018/2019 סיימו ההוקס במאזן 29–53 ובמקום ה-12 במזרח.