בעלות העבדים היא דוגמה נוספת לאיזון המשולש של הממשל, בעבדו עם המיעוט היהודי בביזנטיון: בעלות עבדים פרמה את טיעון "העדות החיה" על ניצחון הנצרות, אך הייתה דרישה פרגמטית של אותם הימים, ואסירתה לא יכלה להיאכף לגמרי, היות שחופש לא תמיד היה רצונו של עבד שבעליו התייחסו אליו היטב.
המגבלה השלישית החשובה על היהדות – בנוסף לעמדות ציבוריות ובעלות עבדים – הייתה, שהדת היהודית, אף שהותרה להתקיים, לא הותרה לשגשג. מבחינה תאולוגית, את ניצחון הנצרות ניתן היה לפרסם על ידי שמירתה של קבוצה קטנה של יהודים באימפריה, אך לאפשר להם לגדול יתר על המידה, פירושו היה לסכן את המונופול הדתי של הכנסייה האורתודוקסית ברחבי האימפריה. אחת מהשלכותיה החשובות של מדיניות זו הייתה האיסור על בניין בתי כנסת חדשים באימפריה, אף כי שיפוצם של בתי כנסת ישנים הותר. את האיסור הזה קשה היה לאכוף, והוכחות ארכאולוגיות מארץ ישראל מראות, כי בניין בלתי חוקי של בתי כנסת נמשך במאה השישית. את בית הכנסת המשיכו לכבד כמקום פולחן שאין לחללו עד שלטונו של יוסטיניאנוס.
החל בתקופה הזאת, רוב החקיקה הנוגעת ליהודים – אפילו זה שהרחיבה את זכויותיהם – פתחה "בביטויים מובהקים של שנאה ובוז ליהדות."
קודקס יוסטיניאנוס.
קודקס יוסטיניאניוס הגביל אף יותר מבעבר בעלות עבדים נוצרים על ידי בעלים לא-נוצרים. הוא ביטל את הפיצויים למי שרכש עבד נוצרי בניגוד לחוק, והוסיף קנס של 30 ליברות זהב לעבירה זו. יהודי שהיה בעליו של עבד נוצרי באותה התקופה, עלול היה להיענש במיתה.
בשנת 545, ביטל יוסטנטיניאנוס את זכות הקיום של כל בית כנסת על שטח ששייך למרכז דת נוצרי. הוא היה הקיסר הראשון שהורה על המרת בתי כנסת קיימים לכנסיות. אך ישנה רק דוגמה אחת למין המרה כזאת שהתרחשה בכוח: בית הכנסת בבורם. בית הכנסת הזה, סביר להניח שהמירו אותו מסיבות צבאיות, לנוכח מקומו האסטרטגי בגבול עם השבטים הברברים. למעשה, יוסטיניאנוס אסר על כל בתי פולחן בלתי-נוצריים בצפון אפריקה, בחקיקה שכללה יהודים עם עובדי אלילים וכופרים. החקיקה הזאת, כמעט ולא אכפו אותה, אם היא יצרה תקדים ליכולת חילולם של בתי כנסת, וטשטוש ההבדל החוקי שבין יהודים ובלתי-נוצרים אחרים. שוב עלתה התחרות בין שיקוליה התאולוגים של האימפריה, למטרותיה הפרגמטיות, ויכולה לאכוף את סמכותה. כישלונה של אכיפת החוק מרמז שהגורם השלישי עזר לרסן את שני הראשונים, שבמקרה נדיר זה, התקבצו לאינטרס אחד.
גם בתפקידים חוקיים טקסיים, היהודים מצאו עצמם בין הבלתי-נוצרים האחרים לבין הרוב הנוצרי. למשל, יוסטיניאנוס דרש שחג הפסח יודגש כנחות לחג הפסחא; בשנה שבה חל הפסח לפני הפסחא, לא ניתן היה ליהודים לחגוג אותו בעיתו, והיו חייבים לדחות אותו. לא היה ניתן ליהודים להעיד בקשר לנוצרים בבתי משפט, מגבלה שהחלה בימי הקודקס תסולוניוס, למרות שיוסטיניאנוס הקל על המגבלה בשנת 537, ואפשר להם להעיד במשפטים בין נוצרים לבין המדינה. לזכות הזו לא נהנתה אף קבוצה בלתי-נוצרית אחרת באימפריה, וכך הרי המדינה שוב הקריבה את ההכנעה הדוקטרינלית של היהודים כדי לממש את האינטרסים הפרקטיים שלה, במקרה זה עדות נגד מי שעמד נגדה במשפט.
שאלות פנים-יהודיות, אשר תחת קודקס תאודוסיוס ניתן היה להכריען רק בבתי דין יהודיים, הותרו להכרעה על ידי המדינה תחת קודקס יוסטיניאנוס, ויוסטיניאנוס לא היסס להשתמש בסמכות זו. למשל, בשנת 553, קבע שהקראות פומביות של החומש יוכלו להתבצע גם בשפה המדוברת ולא רק בעברית, ואסר כליל את לימוד המשנה. יוסטיניאנוס לא רק הגביל את חופש הדת ליהודים, אלא גם הרחיב את כוחו שלו, כדי לחזק את העיקרון, כי "בתאוריה, אין תחום הקיים מחוץ למרות חקיקתה של האימפריה." אולם מגבלותיו אילו של יוסטיניאנוס לא נאכפו היטב, ותוצרה האירוני של אכיפתם המוגבלת, היה פריחה מובהקת בתרבות היהודית ובספרותה. לדוגמה, איסורה של קריאת המשנה בפומבי, עודד את בעלי התורה של אותה תקופה לכתוב פיוטים ששאבו את רוב תוכנם מהמשנה, היות שאלה לא נאסרו על ידי החוק האזרחי, ואיפשרו בכך ליהודים לעקוף את האיסור. צורת הבעה זו שגשגה תחת שלטונו של יוסטיניאנוס.
סובלנות מנוקדת ומסעות הצלב.
למרות שהקודקס יוסטיניאנוס עמד בעינו באימפריה המזרחית עד המאה התשיעית, התקופה שאחרי שלטונו של יוסטיניאנוס אופיינה באופן כללי בסובלנות כלפי בלתי-נוצרים, ובמיוחד כלפי היהודים. קיסר אחד יוצא דופן בעניין זה היה הרקליוס, אשר שלט משנת 610 עד 641, והיה הקיסר הראשן שכפה התנצרות על היהודים. אחרי מותו, ועד 1204, עברו על היהודים באימפריה רק שלוש רדיפות על ידי המדינה, שארכו בסך הכל כחמישים שנה בלבד. קיים אפילו דיון אם הראשונה שביניהן, שהתגלמה בחוקים האנטישמים שעברו תחת משטרו של לאו השלישי, באמת הייתה רדיפה לשמה. השנייה, תחת משטרו של בסיליוס הראשון, בין השנים 867-886, שברה קצרות את סובלנות המאה התשיעית. הרדיפה האחרונה אירעה תחת שלטונו של יוחנן הראשון צימיסקס, אשר שלט משנת 969 ועד 976. לפיכך, לא נרשמו רדיפות יהודים כמעט מאתיים וחמישים שנה לאחר משטרו.
במאה השתים-עשרה, נרשמה אוכלוסייה יהודית בסדר גודל של 2,500 בקונסטנטינופוליס, 2,000 בתבאי ו-500 בסלוניקי. בהלמירוס, ריידסטיוס, כיוס ורודוס, נרשמו אוכלוסיות יהודיות שמנו כל אחת כ-400 חברים, כ-300 נמנו בקורינתוס וסמוס, וכ-200 בגליפולי.
במאה השתים-עשרה, הצלבנים זרעו הרס רב בקהילות היהודיות של האימפריה, במצב-קדם למה שהלטינוקרטיה, הכיבוש הלטיני של האימפריה המזרחית, עתידה הייתה להביא גם על הנוצרים הביזנטים. למרות שרוב קבוצות הצלבנים לא אימצו מדיניות של אלימות או כפייה דתית נגד היהודים, מסע הצלב הראשון בהחלט אימץ טבע אנטי-יהודי בקהילות מסוימות. היות שכך שמסע הצלב אומץ מתוך מטרה "להכניע את כל הבלתי-מאמינים לנצרות," צלבנים רבים אנסו יהודים להתנצר, תחת איומי הרג, וישנם מקרים רבים מתועדים של התאבדויות רבות-משתתפים בקהילות יהודיות, ובעיקר בקרב בתולות יהודיות, כדי להימנע מנתנצרויות שכאלה.
כיבוש לטיני.
מסע הצלב הרביעי הביא להידרדרות במצבה של הקהילה היהודית בביזנטיון. מדינות קטנות התפצלו מהאימפריה, שנחלשה באותה תקופה, ושליטיהם יכלו לאכוף את מרותם יותר משלטון המרכזי הביזנטי. חוסר יכולתה של האימפריה לאכוף את חוקיה, שהיו משענת ההגנה החזקה ביותר של היהודים, נמוגה לפתע. תיאודורה דוקס, שהכתיר עצמו לקיסרה של נסיכות אפירוס לאחר שכבש את תסלוניקה, היה ידוע במדיניות של רדיפות יהודים. על אף סלידתו של תאודורה מהיהודים, רדיפתו אותם החלה רק ב-1229, חמש שנים לאחר שכבש את תסלוניקה והכתיר עצמו לקיסר ושנה לפני סוף שלטונו, כך שייתכן שלאו דווקא האנטישמיות הייתה המניע המרכזי מאחורי צוויו האנטי-יהודיים. נראה שמניעיו היו קשורים יותר בשאיפתו להפקיע רכוש יהודי, בתקופה שבה הייתה האימפריה שלו דלת משאבים. מזאת ניתן להסביר הן את הפקעות רכוש היהודים תחת משטרו של תיאודורה, והן את הימנעות משטרו מרדיפה דתית כשלעצמה.
יוחנן וטצס, קיסר אימפריית ניקאה, החל ברדיפת היהודים בשנת 1253. בשונה מתיאודורה, וטצס הורה על התנצרותה של יהודת ניקאה, אך לא על הפקעת רכושה. למרות שהחל מדיניות זו רק כשנה לפני מותו, נראה שוטצס הציב תקדים שבנו, תיאודורה השני לסקרסיס, דבק בו.
באווירה רוויית-רדיפות זו, עלתה שושלת פלאיולוגוס לשלטון האימפריאלי. מיכאל השמיני פלאיולוגוס הפסיק את רדיפת היהודים ברובה. בומאן מסביר:
עלייתו של מיכאל לשלטון אירעה תחת נסיבות שמעמדן החוקי היה נתון בספק, וכתוצאה מכך היו לו אויבים רבים. בנוסף, הוא משל באימפריה שהייתה לה תלות גדולה במעצמות זרות, והיה לה צורך עז בזהב, כדי לממן את הוצאותיה הצבאיות הגדולות. לפיכך, אין זה מפתיע שפנה ליהודים ולקבוצות מיעוט אחרות (כגון, הארמנים) כמקור של תמיכה במצבו הנואש, ובמיוחד מכיוון שהרוב האתני והאליטה היו ברובם עוינים כלפיו.
אימפריה בדעיכה.
אנדרוניקוס השני פלאיולוגוס הלך בעקבות אביו. סובלנותו של אנדרוניקוס הייתה רחבה למדי, ואפילו קנתה לו את גינויו של הפטריארך אתנסיוס השלישי מאלכסנדריה, אשר ראה בה סובלנות "יתרה" ליהודים ולבלתי-נוצרים אחרים, ובמיוחד על כך שמותר להם לחיות בקרב נוצרים." תלונותו של הפטריארך מורה כי, למרות סובלנותם הגדולה של הפלאיולוגים, השגרה באימפריה באותם הימים הייתה איסור חוקי על שכנות בין נוצרים ובלתי-נוצרים. ההפרדה בין אוכלוסיות האימפריה, המובנת ממכתב זה, נתמכת על ידי מכתב שנכתב בידי יוחנן הגמון סיטרוס, בחצי השני של המאה השתים-עשרה, שהכריז כי, "אנשים מלשונות ואמונות נוכריות, כגון היהודים, הישמעאלים, ההגרים ואחרים כדוגמתם הותרו מימים ימימה לשכון בארצות ובערים נוצריות, ואולם נדרש שיחיו לחוד, ולא עם הנוצרים."
עד המאה הארבע עשרה, השאלה היהודית בביזנטיון הפכה בעיקר לשאלת היהודים הוונצים. וונצים כבר באו לשכון באימפריה במספרים רבים עד אמצע המאה, והסכמים בין האימפריה הביזנטית וונציה העניקו לוונצים באימפריה, ובהם יהודים ממוצא וונצי, זכויות מסוימות, וכמו כן גם אי אילו מגבלות כלכליות קטנות. תחת חסותם של הסכמים אלו, יכלו יהודי וונציה לקנות, למכור או לשכור קרקע בכל קונסטנטינופול. הם גם נהנו ממבנה מיסים יותר נוח מאזרחים ביזנטים, וכמו כן גם מחופש התנועה וההתיישבות בכל האימפריה כולה.