באוגוסט 1943 נפטר המלך בוריס השלישי, ולאחר מותו פסקו ניסיונות גירוש היהודים אל מחוץ לבולגריה. הצלחותיו של הצבא האדום והתקדמותו המהירה הובילו לשינוי מדיניותה של בולגריה כלפי הקהילה היהודית. ב-9 בספטמבר 1944 התחוללה בבולגריה הפיכה בחסות הצבא האדום, אשר הובלה על ידי חזית המולדת הבולגרית וקימון גאורגייב מונה לראש הממשלה. כמה ימים קודם להפיכה בוטל החוק להגנת האומה, ולאחריה שוחררו כל עובדי הכפייה והותר למגורשים לשוב לבתיהם. מקצת ממגורשי סופיה נותרו בערי השדה ולא שבו לבירה. רובם הגיעו לעיר והחלו בניסיונות לשקם את חייהם ולהשיב את רכושם. וניה פומרנץ אשר היה חבר המשלחת הארץ ישראלית בקושטא שפעלה במסגרת ועד ההצלה של הסוכנות היהודית ונכנס לבולגריה ב-13 בספטמבר, תיאר את המראות הראשונים בסופיה שלאחר השחרור:
שלטון חזית המולדת הבולגרית היה שלב ביניים בין משטר מלוכני פרו גרמני ומשטר טוטליטרי פרו סובייטי ובחלון זמן זה פעלה הנהגת הקהילה לשיקומה ולמתן היתרי עלייה לישראל. בני הקהילה נתונים היו במצב כלכלי קשה. חלקם הצליחו בהדרגה לקבל בחזרה את בתיהם שיושבו על ידי משפחות בולגריות, אם מרצון או בהתערבות המשטרה הבולגרית. בני הקהילה שבתיהם נחרבו בהפצצות שוכנו ברובע העוני יוצ'בונאר במבנים ארעיים או נטושים, או בבתים שהתגוררו בהם יהודים ובצפיפות קשה. חלקם הסתייעו בבתי תמחוי שהוקמו ביוזמת הנהגת הקהילה ובפריטי לבוש ותרופות אותם אישרה הממשלה הבולגרית לייבא עבורם מארצות הברית במחירי קרן. ממון רב הושקע על ידי ארגון הג'וינט, עניין שהוביל להתאוששות מסוימת במצבם הכלכלי של בני הקהילה. מרבית יהודי סופיה השתלבו במעגל העבודה השכירה.
בדצמבר 1944 ביקר בסופיה דוד בן-גוריון ונאם בפני יותר מ-10,000 מבני הקהילה, תוך שהוא מציין את חשיבות העלייה והקמת מדינת ישראל העצמאית. נאומו הופסק פעמים רבות בתשואות ובקריאות "רוצים לעלות לישראל", שכוונו גם לאוזניהם של נציגי הקומוניסטים היהודים שישבו באולם. בן-גוריון נלקח לסיור בשכונת העוני יוצ'בונאר והזדעזע מהמראות. ביומנו כתב שמדובר בחרפה ולאחר שובו ציין שמראות של דלות כה קשה לא ראה מימיו.
בתקופה זו התחולל מאבק אגרסיבי על הנהגתה של בולגריה ובתוכה על הנהגתה של הקהילה היהודית בין הציונים ובין הקומוניסטים חברי חזית המולדת היהודית בראשות הפרופסור ז'אק נתן. המאבק בקהילה אשר לפרקים נשא אופי אלים, אם כי פחות במידה ניכרת מהמאבק על הנהגת בולגריה, הוכרע בסופו של דבר לטובת הקומוניסטים. אך היה זה ניצחון פירוס, שכן הקומוניסטים ניצחו, אך נותרו כמעט ללא קהילה, מאחר שמרבית יהודי סופיה החלו לעלות לישראל. בינואר 1947 הגיע לסופיה שייקה דן שליח המוסד לעלייה ב' ונפגש עם בכירי חזית המולדת הבולגרית במטרה לארגן את תהליך העלייה לישראל. נמסר לו שבולגריה מסכימה עקרונית לעניין, אך יש להמתין עד לסיכומו של חוזה פריז שיסדיר את מעמדה של בולגריה מול המעצמות. בהמשך, הצטרפו לשייקה דן גם אפרים שילה ובנימין ירושלמי, הם ביקרו בבולגריה עוד מספר פעמים לצורך תאום מבצע העלייה והגיעו לסיכומים עם ההנהגה הבולגרית. בראשית 1948 התעצם גל העלייה ולאחר הקמת מדינת ישראל עלו ארצה בסיוע השלטונות הבולגרים מרבית יהודי סופיה.
בימי השלטון הקומוניסטי.
בראשית 1948 החל מפעל התרמה בקהילות בולגריה לתמיכה כספית בארגון ההגנה ובסוף מרץ הודיע ועד קהילת סופיה על איסופם של כ-250,000 לבות למען הארגון. הרב הראשי אשר חננאל הכריז על 13 במרץ 1948 כיום צום ותפילה לאות הזדהות עם לוחמי ההגנה. יום הקמת מדינת ישראל נחוג בעצרות ובתהלוכות שמחה ברחבי סופיה, ללא כל הפרעה מצד השלטונות ובהשתתפות ראשי חזית המולדת אשר נאמו בפני קהל החוגגים. 30 מעולי סופיה נפלו במלחמת העצמאות.
ב-28 במאי 1949 בשלהי גל העלייה המרכזי, ערכו חברי הקונסיסטוריון מפקד אוכלוסין ובסופיה נמנו 5,062 יהודים, פחות מחמישית ממספר בני הקהילה בשיאה. באותה השנה הועבר "בית העם" בסופיה לחזקת המדינה ובראשית 1950 נמסר גם בית החולים היהודי לרשות השלטונות בשל "חוסר בפציינטים יהודיים" והאנדרטה לזכר הנופלים היהודים במלחמות הבלקן נהרסה. בית החולים אשר צויד בציוד מתקדם לתקופתו וכלל גם מחסן תרופות שרובן יובאו מארצות הברית ומערב אירופה, הוסב לבית חולים לבכירי הממשל הבולגרי. לאחר משפטי פראג ומשפט הרופאים חלה התמרמרות בחוגי היהודים הקומוניסטים שנותרו בבולגריה, חלקם הקטן ביקש לעלות לישראל, מקצתם עזבו את תפקידיהם הרשמיים כפקידי ממשל וחלקם סולקו מתפקידם ונעצרו על ידי השלטונות. עליית יהודים מבולגריה ובכלל זה מסופיה נמשכה עד שלהי 1952 ולאחר מכן לא ניתנו היתרים על ידי השלטונות. בעת אירועי המרד ההונגרי העיר וולקו צ'רבנקוב במהלך נאום הערות אנטישמיות בדבר אחריותם של חברי המפלגה הקומוניסטית ממוצא יהודי בהונגריה, לליבוי אירועי המרד. ראשי הקונסיסטוריון וחזית המולדת היהודית מסופיה, העבירו לפוליטביורו מכתב מחאה חריף נגד צ'רבנקוב ובמסגרתו נתבקשה ההנהגה הבולגרית למנוע מצב בו יוגבל מינוי יהודים לתפקידים במנגנון המפלגה רק בשל יהדותם. בתגובה, פורקה הקונסיסטוריה היהודית והוחלפה במועצה ממונה מטעם המדינה.
ב-1967, לאחר ניתוק היחסים הדיפלומטיים הורע עוד הקשר עם בני הקהילה היהודית שנותרו בעיר. לקהילה לא היו רבנים וחיי הקהילה כמעט ופסקו. שבועון הקהילה אברייסקי וסטי היה מקור המידע העיקרי על התנהלותה. באמצע שנות ה-70 חלה הגמשה מסוימת במדיניותה של בולגריה כלפי ישראל וב-1977 ביקרה בסופיה משלחת פרלמנטרית מישראל וראש הקהילה ישראל סלוואטור נהג להופיע כמשקיף בכינוסי הקונגרס היהודי העולמי. ב-1985 החזירו שלטונות בולגריה את מבנה בית החולים היהודי לרשות הקהילה.
לאחר תום השלטון הקומוניסטי.
לאחר קריסת השלטון הקומוניסטי היה גל עלייה של יהודים מבולגריה למדינת ישראל ומעריכים שבין 1989 ל-2002 עלו כ-3,000 יהודים מבולגריה לישראל, חלקם בני קהילת סופיה. עוד עולה כי חלק ניכר מבני הקהילה שנותרו בעיר נשואים בנישואי תערובת, אם כי נרשמה חזרה לפעילות קהילתית וחידוש פעילותם של ארגוני נוער יהודיים. בני הקהילה מאוגדים תחת ארגון "שלום".
דמוגרפיה.
על פי תעודות עות'מאניות העוסקות בגביית מיסים עולה, כי ב-1544 התגוררו בסופיה 126 יהודים שהיוו 7.7 אחוזים מכלל האוכלוסייה. בין 1560 ל-1570 התגוררו בסופיה 130 משפחות בנות 650 נפשות.
בראשית המאה ה-19 מנתה הקהילה 2,600 נפשות ובמועד זה, הושלם תהליך הטמעתן של הקהילות השונות בתוך הקהילה הספרדית הגדולה ואזכורים למוצאן המקורי ניתן לאתר לפי שמות משפחה כגון: פיזנטי ופאפו (רומניוטים), פרנקו, פרנסא וצרפתי (מגורשי צרפת), אשכנזי (מגורשי בוואריה), גרציאני ומיטרני (איטליה) ומג'אר (מגורשי הונגריה). בשלהי המאה ה-19 לאחר קבלת העצמאות הבולגרית היגרו יהודים אשכנזים מאזור מולדובה, אוקראינה ופולין והקימו קהילות עצמאיות. תהליך זה הואץ לאחר הסופות בנגב ולצד הקהילות הספרדיות קמה קהילה אשכנזית שמנתה כ-10% מאוכלוסיית יהודי העיר.
לאחר מלחמת העולם הראשונה התחולל בבולגריה משבר כלכלי, פוליטי וחברתי עמוק שלווה בתנועת הגירה פנימית ותהליך עיור משמעותי שלא פסח על הקהילות היהודיות. ההגירה המשמעותית ביותר הייתה לעיר סופיה. במפקד האוכלוסין שנערך ב-1920 נמנו בעיר 16,196 יהודים.
במסגרת מחקר כלכלי שבוצע בקרב בני הקהילה בשלהי 1939, עלה כי בסופיה התגוררו 26,092 יהודים. במאי 1943 גורשו יהודי סופיה לערי השדה ולפי נתוני משרד הפנים הבולגרי, במועד הגירוש עמד מספר בני הקהילה על 25,743 נפשות. ב-28 במאי 1949 עם תום השלב המרכזי בעליית יהודי בולגריה לישראל נערך מפקד ובסופיה נמנו 5,062 יהודים. ב-1951 עמד מספרם על 5,259 נפשות. ב-1964 נמנו בעיר כ-4,000 יהודים. ב-1989 לאחר קריסת השלטון הקומוניסטי היה גל עלייה נוסף של יהודים מסופיה למדינת ישראל. ב-2004 נמנו בעיר כ-3,000 יהודים וב-2009 התגוררו בסופיה כ-2,500 יהודים.
חיי הדת.
התקופה העות'מאנית.
הקהילה הממוסדת הראשונה שנוסדה בסופיה הייתה הקהילה הרומניוטית ששפתה הייתה היווניטיקה ולה בית כנסת מרכזי שהוקם עוד במחצית השנייה של המאה ה-14. בהמשך הגיעו קהילות ההונגרים והבווארים. לאחר הגעת מגורשי ספרד החלו להיווצר חילוקי דעות הלכתיים בין הספרדים לשאר הקהילות. בכמותם הרבה החלו מגורשי ספרד לשנות את פני הקהילה אשר החלה לקבל צביון ספרדי. לדוגמה, בספרות השו"ת מצויה תשובתו של הרב יצחק אדרבי לסוגיה שעלתה בסופיה והוא התיר ליהודי ספרד לנהוג בהלכות מסוימות שהיו שונות מהלכות היהודים ההונגרים אשר היו ותיקים מהם בעיר. הקהילות השונות נטמעו בהדרגה אל תוך הקהילה הספרדית הגדולה ובמהלך תהליך ההיטמעות זכו להגדרה או כינוי בתוך הקהל הספרדי. לדוגמה הרומניוטים כונו גְרִיגוֹס והאשכנזים טוּדֶסְקוֹס.
בראש כל קהילה מקהילות יהדות סופיה, עמד רב נבחר שהיה בעל סמכויות רחבות ופוסק בתחומי דת, אך גם יושב בדין בסכסוכים אזרחיים. פסיקתו הייתה מחייבת והפרת החלטתו עלולה הייתה להביא לנידוי ואף חרם של הקהילה כנגד מפר ההחלטה. השלטונות העות'מאנים ראו ברבני הקהילה גם מקור סמכות מנהלית ומייצגי הקהילה בפניהם והתירו להם לנהל את ענייניה. הדבר קיבל משנה תוקף לאחר מיסוד המילטים. במקרים רבים עבר תפקיד רב הקהילה בירושה מאב לבנו. בראשית ימי השלטון העות'מאני בבולגריה היו מרכזי ההלכה בסלוניקי, איסטנבול ואדירנה מקור סמכות הלכתית לקהילת סופיה, אך החל מהמאה ה-18 במקביל לתהליך שקיעתה של האימפריה, החל הקשר מתרופף ורבני הקהילה החלו במתן פסקי הלכה עצמאיים בנושאים שונים.
לאחר עצמאות בולגריה.