שוויון זה הופר באמצעות הכללת הסינגפורים, שהגדיל את מספר התושבים הסיניים לכ-40%. ה-UMNO וה-MCA היו מודאגות מהאפשרות שמפלגת פעולת העם (PAP, שנתפסה כמפלגה סוציאליסטית רדיקלית) תזכה לתמיכה במאלאיה, וניסו להקים מפלגה בסינגפור על מנת לקרוא תיגר על מעמדו המקומי של לי שעמד בראש ה-PAP. בתגובה, לי איים להריץ מועמדים מטעם ה-PAP בבחירות הפדרליות שנערכו במאלאיה ב-1964, תוך הפרת הסכם שהיה חתום עליו. דבר זה גרם לטונקו עבדול רחמן לדרוש את הוצאתה של סינגפור ממלזיה, כפי שאכן קרה באוגוסט 1965.
הנושאים הבעייתיים ביותר לאחר קבלת העצמאות היו חינוך והפער הכלכלי בין הקבוצות האתניות השונות. כיוון שלא הייתה מפלגת אופוזיציה פעילה, נושאים אלה טופלו בעיקר בתוך הקואליציה הממשלתית, שזכתה בכל המושבים מלבד אחד בבחירות הראשונות לפרלמנט שנערכו לאחר קבלת העצמאות.
שני הנושאים היו קשורים, וזאת כיוון שהיתרון הסיני בחינוך היווה גורם מסייע ביכולתם לשמור על כוחם הכלכלי שמנהיגי ה-UMNO היו נחושים להפחית. מנהיגי ה-MCA התלבטו בין הצורך להגן על האינטרסים של קהילתם לבין הצורך בקיום יחסים טובים עם UMNO. בסופו של דבר התפתח משבר ב-MCA ב-1959, כאשר קבוצה אסרטיבית בהנהגתו של צ'ונג או קראה תיגר על הנהגת המפלגה בנושא החינוך, ונאלצה לוותר על דרישותיה לאחר שעבדול רחמן איים לפרק את הקואליציה.
ניצחונה של ה-UMNO בסוגיית החינוך קיבל חיזוק בדמות חוק החינוך (1961). החל מקבלת החוק חלה חובה על בתי הספר התיכונים ללמד במאלאית ואנגלית בלבד, ובתי הספר היסודיים היו צריכים ללמד במאלאית בלבד. אף על פי שלקהילה הסינית ולקהילה ההודית היו בתי ספר יסודיים שבהם למדו במנדרינית ובטמילית, כל התלמידים שלמדו בהם נדרשו ללמוד גם מאלאית, כאשר תוכנית הלימודים הייתה לפי "סילבוס מאלאי".
יתר על כן, בחינת הכניסה לאוניברסיטת מאלאיה (שעברה מסינגפור לקואלה לומפור ב-1963) נערכה רק במאלאית, אף על פי שעד לשנות ה-70 לימדו בה באנגלית. דבר זה גרם להדרתם של סטודנטים סיניים רבים. במקביל, בתי הספר המאלאים קיבלו סובסידיות גדולות, וננקטה מדיניות של העדפה מתקנת לטובת המאלאים. הכשלונות הללו של ה-MCA גרמו להיחלשות מעמדה בקרב הקהילה הסינית.
בזמן קבלת העצמאות למאלאיה היו יתרונות כלכליים רבים. מאלאיה הייתה אחת מהיצרניות המובילות של שלוש סחורות חשובות: גומי, בדיל ושמן דקלים. כמו כן, מאלאיה הייתה יצרנית עפרות ברזל חשובה. רווחי תעשיות הייצוא הללו נתנו לממשלת מאלאיה את היכולת להשקיע בהתפתחות תעשייתית ובפרויקטים הקשורים לתשתיות. בדומה למדינות מתפתחות אחרות בשנות ה-50 ושנות ה-60, מאלאיה (ומאוחר יותר, מלזיה) שמה דגש על תכנון המדינה, אף על פי שה-UMNO לא הייתה אף פעם מפלגה סוציאליסטית.
כתוצאה מתוכנית החומש המאלאית הראשונה (1956–1960) והשנייה (1961–1965) הואצה הצמיחה הכלכלית באמצעות השקעות מדינה בתעשייה ובתיקון תשתיות כגון דרכים ונמלים, שהוזנחו וניזוקו במהלך תקופת החירום. הממשלה חתרה לכיוון הפחתת התלות של מאלאיה במוצרי ייצוא, שגרמה למדינה להיות תלויה במחירים משתנים. כמו כן, הממשלה הייתה מודעת לכך שהביקוש לגומי טבעי יירד כאשר יגבר השימוש והייצור של גומי מלאכותי. כיוון ששליש מכוח העבודה המאלאי הועסק בתעשיית הגומי, הייתה חשיבות רבה בפיתוח מקורות תעסוקה אחרים. משמעותה של התחרות בשוקי הגומי של מאלאיה הייתה שרווחיות התעשייה תלויים ברמת שכר נמוכה, מה שגרם להתגברות העוני באזורים הכפריים.
כמו בחינוך, האג'נדה הלא כתובה של ממשלת UMNO בתחום ההתפתחות הכלכלית הייתה להעביר את הכוח הכלכלי מהסינים למאלאים. שתי תוכניות החומש, ותוכנית החומש המלזיאנית הראשונה (1966–1970), הסיטו משאבים רבים לפיתוחים שיועילו בעיקר לקהילה המאלאית הכפרית, כגון בתי ספר כפריים, דרכים כפריות, מרפאות ופרויקטים בתחום ההשקיה. הוקמו מספר סוכנויות על מנת לאפשר לבעלי הבתים המאלאים לשדרג את יכולת הייצור שלהם ולהגדיל את הכנסותיהם.
רשות פיתוח האדמה הפדרלית (FELDA) סייעה למאלאים רבים לקנות חוות או לשדרג חוות שבבעלותם. כמו כן, המדינה סיפקה הלוואות בתנאים משופרים לעסקים מתחילים, והממשלה העדיפה חברות מלאיות במכרזיה, מה שגרם לתופעת "מלזיציה" של הנהלות החברות. כל הפעולות האלה הקטינו את הפער בין תנאי המחיה הסינים למאלאים, אף על פי שיש הטוענים שזה בכל מקרה היה מתרחש בעקבות הגידול במסחר וברווחה של מלזיה.
משבר 1969.
שיתוף הפעולה בין MCA ל-MIC בנושאי המדיניות הללו גרם לירידת התמיכה בהן בקרב הסינים וההודים. במקביל, וכתוצאה ממדיניות ההעדפה המתקנת של הממשלה שננקטה בשנות ה-50 וה-60, נוצר מעמד של מאלאים משכילים שמיעוט מתוכם עובד. היה זה שילוב מסוכן, והוא הוביל ליצירתה של מפלגה חדשה ב-1968 שנקראה תנועת העם המלזי. בזמן הקמתה, המפלגה לא הייתה בעלת אופי קהילתי, והצטרפו אליה אנשי איגודי סחר, אינטלקטואלים ומנהיגים סינים והודים. במקביל החלו שתי מפלגות נוספות לצבור תמיכה על חשבון UMNO ו-MCA: המפלגה האסלאמית של מלזיה (PAS) ומפלגת הפעולה הדמוקרטית (DAP), שחבריה היו סינים בעלי דעות סוציאליסטיות.
בבחירות הפדרליות שנערכו במאי 1969 המפלגות UMNO, MCA ו-MIC הצליחו להשיג רק 48% מכלל קולות המצביעים, אם כי הן הצליחו לשמור על רוב ברשות המחוקקת. ה-MCA איבדה את רוב המושבים של נציגי הסינים למועמדי תנועת העם המלזי או ה-DAP. התוצאה הייתה הפגנות אנטי-ממשלתיות שנערכו על ידי הסינים בקואלה לומפור, שגררו תגובה מאלאית קשה שהתדרדרה במהירות למה שכונה תקרית ה-13 במאי שבה נשרפו למעלה מ-6,000 בתים ועסקים סיניים ו-184 אנשים נהרגו. הממשלה הכריזה על מצב חירום, ומועצת מבצעים לאומית, שבראש עמד סגן ראש הממשלה עבדול ראזאק חוסיין, נטלה סמכויות מהממשלה בראשותו של עבדול רחמן, שנאלץ לפרוש לטובת עבדול ראזאק בספטמבר 1970.
באמצעות שימוש בחוק ביטחון הפנים (מלזיה) (ISA), הממשלה החדשה השעתה את פעילות הפרלמנט והמפלגות, הפעילה צנזורה על העיתונות והטילה הגבלות חמורות על הפעילות הפוליטית. לפי החוק הממשלה הייתה מוסמכת לכלוא כל אדם ללא משפט או הגבלת זמן. סמכויות אלה נוצלו בהרחבה על מנת להשתיק את המבקרים, ומעולם לא בוטלו. החוקה שונתה על מנת שכל ביקורת על המונרכיה המלזית, מעמד המאלאים במדינה, או המעמד של המאלאית כשפה הלאומית תהיה בלתי חוקית (אפילו בפרלמנט).
ב-1971 הפרלמנט התכנס מחדש, והוקמו ממשלה וקואליציה חדשות בראשות החזית הלאומית. בקואליציה החדשה היו חברות גם UMNO, MCA, MIC ותנועת העם המלזי (שנחלשה מאוד), כמו גם מפלגות אזוריות בסבה וסאראוואק. ה-DAP נותרה מפלגת האופוזיציה המשמעותית היחידה. כמו כן, ה-PAS הצטרפה לחזית אך סולקה ממנה ב-1977. עבדול ראזאק נשאר בתפקידו עד שמת ב-1976. יורשו היה חוסיין און, בנו של מייסד UMNO, ולאחריו מאהאטיר בן מוחמד, שהיה שר החינוך מאז 1971. במהלך השנים הללו ננקטה מדיניות שהובילה לשינוי מהיר בכלכלה ובחברה המלזיות.
מלזיה המודרנית.
ב-1970 כ-75% מהמלזים שחיו מתחת לקו העוני היו מאלאים, רובם עדיין היו עובדים כפריים, והם לא היו בעלי השפעה על הכלכלה המודרנית. תגובת הממשלה הייתה נקיטת מדיניות הכלכלה החדשה ב-1971, שאמורה הייתה להיות מיושמת באמצעות ארבע תוכניות חומש רצופות מ-1971 עד 1990. לתוכנית היו שני יעדים: חיסול העוני, בייחוד באזורים הכפריים, וניתוק הקשר בין גזע למעמד כלכלי. מטרה זו הובנה כאמצעי להסיט את הכוח הכלכלי מהסינים למאלאים.
העוני טופל באמצעות מדיניות חקלאית שבמסגרתה הועברו 250,000 מאלאים לאדמות חווה טריות, השקעות גדולות יותר בתשתית הכפרית, והפיכת אזורי הכפר לאזורי סחר חופשי על מנת ליצור מקומות עבודה חדשים. במהלך שנות ה-70 ושנות ה-80 אכן חלה ירידה בעוני באזורי הכפר, בייחוד בחצי האי המלאי, אולם מבקרי התוכנית טענו שהדבר קרה בגלל צמיחה כלכלית כללית (שהתרחשה בעקבות גילוי מרבצי נפט וגז טבעי) ובגלל הגירה של תושבי הכפרים לאזורים העירוניים. נעשה מעט על מנת לשפר את תנאי החיים של עובדי המטעים (שמשכורתם הייתה נמוכה), אם כי אחוז העובדים הללו מכלל כוח העבודה ירד.
בתחילת שנות ה-90 האזורים העניים ביותר (שפיגרו אחרי שאר מלזיה) היו סבה הכפרית וסאראוואק. בעשור זה חל גידול מהיר בערים המלזיות, ובייחוד קואלה לומפור, שהפכו למוקד משיכה עבור מהגרים ממאלאיה הכפרית וממדינות שכנות עניות יותר כגון אינדונזיה, בנגלדש, תאילנד והפיליפינים. העוני העירוני הפך לבעיה בפעם הראשונה. מסביב לערים החלו להתפתח שכונות צריפים.
החלק השני של מדיניות הממשלה, שהונהג בעיקר על ידי מאהאטיר (בהתחלה כשר חינוך ולאחר מכן כראש ממשלה), היה העברת הכוח הכלכלי למאלאים. מאהאטיר הגדיל במידה רבה את בתי הספר התיכוניים והאוניברסיטאות בכל המדינה, ואכף מדיניות של לימוד במאלאית ולא באנגלית. פעולה זו גרמה להיווצרותו של מעמד עובדים מאלאי חדש. כמו כן, נוצר "מחסום" בפני הסינים כאשר הם ניסו להתקבל למוסדות האקדמיים, כיוון שמעט סינים דיברו מאלאית בצורה שוטפת. מסיבה זו משפחות סיניות רבות בחרו לשלוח את ילדיהן לאוניברסיטאות בסינגפור, אוסטרליה, בריטניה וארצות הברית. לדוגמה, בשנת 2000 היו 60,000 מלזים שהחזיקו בתואר אקדמי מטעם אוניברסיטאות אוסטרליות. התוצאה הבלתי צפויה של מהלך זה הייתה חשיפתם של מלזים רבים לסגנון החיים המערבי, מה שהיווה מקור לחוסר שביעות רצון. מאהאטיר הרחיב את ההזדמנויות בתחום ההשכלה עבור נשים מלאיות – בשנת 2000 מחצית מהסטודנטים היו נשים.