תחת הנהגתו הפכה חסידות גור לאחת החסידויות הגדולות בפולין, ואולי הגדולה שבהן. על פי אומדנים הגיע מספר החסידים ערב השואה ליותר ממאה אלף. כדי להנהיג את העדה הגדולה ברחבי פולין ובארצות אחרות נעזר רבי אברהם מרדכי באחיו ובבני משפחתו ששימשו כרבנים ובתפקידים נוספים. הוא עודד את חסידיו למעורבות בחיים הציבוריים בתוך הקהילה ומחוצה לה. הקשר עם חסידיו הרבים נשמר גם על ידי אגרות ששלח בעניינים ציבוריים ופרטיים.
בשבתות ובחגים הייתה העיירה גור מתמלאת באלפי חסידים. קו רכבת מיוחד שהעמידה ממשלת פולין המה חסידים שמגמת פניהם הייתה לגור בעיקר ערב החגים ובימים הנוראים. רבי אברהם מרדכי היה ידוע בייחסו המיוחד לבחורים ולילדים רכים אותם טיפח במיוחד ודאג לחינוכם. אחד המשפטים המפורסמים שנאמרו בתקופת הנהגתו היה: על חינוך האברכים הצעירים היה מופקד בנו, רבי ישראל אלתר שהיה החוט המקשר בין האדמו"ר לראשי החבורות ("קומנדנטים") בבתי החסידים של גור ברחבי פולין.
הנהגת החסידות.
הדבר הראשון שעשה כאדמו"ר היה להנהיג תפילת שחרית בזמן המתאים לפי ההלכה, ולא כמנהג שהשתרש עוד מימי פשיסחא וקוצק לדחות את התפילה עד לשעה מאוחרת כדי לאפשר הכנה מתאימה. תקנה נוספת שתיקן ונהוגה עד היום היא ההפסקה באמצע התפילה בשבת לצורך לימוד תורה. שינויים אלו לא התקבלו בכל מקום בבת אחת, אך בכוח מנהיגותו הפכו במשך הזמן להרגל. הוא עצמו היה מודע לקושי בקבלת התקנות והבין את הצורך שלא לכפות את שינוי הסדרים באופן מיידי. במכתב משנת תרפ"ו הוא כותב לחסידיו באחת העיירות: "והנני לדרוש ולבקש לבל לגרום זה איזה מחלוקת, כי יודע אני כי לא בכל המקומות יש לנהוג כן ולא כל האנשים".
בשנת תרס"ח פנה בקול קורא לחסידיו גם לאלו "הטרודים רוב היום בפרנסה", לקבוע שיעור גמרא בכל יום בין מנחה למעריב. בפנייתו הוא מבקש "ולא יראה ולא ימצא על כל פנים בשעה זו בבתי החסידים שום הולך בטל, ואפילו הקובעים עיתים לתורה שעות הרבה בלילה אל יוציאו את עצמם מהכלל בשעה זו". במכתב אחר פנה לחסידיו ש"יקבעו שיעור בלימוד ביום שבת קודש" וביקשם "להודיענו אם מתמלא מבוקשי בכל הנ"ל".
אחד הדברים עליהם הקפיד במיוחד הוא מניעת מחלוקות ומריבות. לחסידיו במכתב משנת תרפ"ט כתב: "באתי הפעם לבקש מכולכם דרישה אחת ששקולה עלי נגד הרבה דרישות ובקשות... והוא האהבה ואחוה ושלום שיהיה ביניכם... כי הכל תלוי באחדות".
אגודת ישראל.
האדמו"ר היה מהתומכים הבולטים של אגודת ישראל עם היווסדה. כתב בעניין: "אגודת ישראל נוסדה על מנת לחזק את היהדות... מקום שיש בו מסית ומדיח, מן ההכרח להעמיד כנגדו את כוח הרבנים". כלומר תפקידה העיקרי היה להיאבק בחילון שגבר בימיו. כתב לרב יוסף יצחק שניאורסון, האדמו"ר מחב"ד, שהתנגד לאגודת ישראל: "נתייסדה בוורשא ויתר ערי פולין אגודת האורתודוקסים הנקראת אגודת שלומי אמוני ישראל ומטרתה לשמור ולהכן בכל ענייני הדת שיהיה השגחה במאי דאפשר ומבלי לזוז בקוצו של יוד משמירת תורתנו הקדושה ומבלי להתחבר עם שונים ורשעים אפילו בדבר מצווה. ומצאתי לנכון להיות חבר לאגודה זו ולהשתדל גם אצל מכירי ליכנס בה ולקיים הפסוק "חבר אני לכל אשר יראום". הוא סבר שהמאבק העיקרי צריך להתנהל בזירה החינוכית ולכן פעל להקמת ישיבות, בתי ספר ותנועות נוער המחנכים ברוח אגודת ישראל.
שאלת ארץ ישראל.
רבי אברהם מרדכי אלתר נודע בגישתו החיובית כלפי התיישבות חרדית בארץ ישראל ובפעולותיו להגשמת מטרה זו, אך התנגד לציונות ולתנועת המזרחי. כבר בשנת ה'תרע"ג (1913) בכינוס אדמו"רי פולין שנערך בעיירה גרבטקה (מחוז ראדום) הביא להחלטה על הקמת יישובים חסידיים בארץ ישראל. בקול קורא שפורסם בשבט תרע"ח (1918) נאמר כי אחת ממטרות אגודת ישראל בפולין תהיה "להשתדל לטובת יישוב ארץ ישראל על ידי פעולות מעשיות" באמצעות הקמת מחלקה מיוחדת לצורך יישוב הארץ ברוח התורה. את הכרוז ניסח רבי יצחק מאיר לוין, חתנו של רבי אברהם מרדכי, שהיה החותם הראשון על הכרוז.
הראשון מבין חמשת ביקוריו בארץ ישראל היה באביב ה'תרפ"א (1921). מטרות הביקור היו הכנות מעשיות להתיישבות חרדית בארץ (ולצורך זה הצטרפו למשלחת אנשי מקצוע בתחום המסחר והתעשייה), חיזוק מעמד החרדים בארץ והשכנת שלום במחלוקות שנתגלעו בקרב הציבור החרדי בארץ, כדוגמת המחלוקת בין אנשי הרב קוק ובין ועד העיר האשכנזי. בביקור זה נפגש עם הנציב העליון הרברט סמואל, עם הרב קוק ועם הרב יוסף חיים זוננפלד. את רשמי הביקור ניתן למצוא במכתבו לחסידיו שכתב בז' באייר "מעל הספינה" בדרכו חזרה: בביקורו זה הראשון רכש קרקע שעליה נבנו מחסנים בשכונת עג'מי ביפו. מאוחר יותר מושכן הנכס, הועמד למכירה פומבית ב־1942 ונקנה בידי אחד החסידים.
בהמשך המכתב סיפר על מפגשו עם הנציב העליון ועל ביקוריו בירושלים ובחברון. המכתב פורסם לראשונה ב"דגלנו", ביטאון צעירי אגודת ישראל בפולין ועשה רושם רב. באותה שנה החלה גם הפעילות להקמת העיר בני ברק ורבי אברהם מרדכי עודד את יצחק גרשטנקורן מייסד העיר להמשיך בתוכניותיו על אף הקשיים, והבטיח לעודד את חסידיו שיצטרפו לאגודה שהקים גרשטנקורן.
השתתף בכנסייה הגדולה הראשונה ב־1923, ודבריו שם פורשו כגישה מתונה יחסית המעודדת את השלום בעולם היהודי ואף מתירה שיתוף פעולה אפשרי עם תנועת המזרחי. עודד חסידים בעלי יכולת כלכלית לעלות לארץ ישראל, ובהשפעתו עלו מאות משפחות מחסידי גור בתקופת העלייה הרביעית. מנגד, פעילות זו שלו ושל אגודת ישראל הביאה להתנגדות מצד האדמו"ר מחב"ד, רבי יוסף יצחק שניאורסון שסבר כי אין לשתף פעולה כלל עם התנועה הציונית החילונית. גם האדמו"ר מבעלז הביע התנגדות לעלייה ולהתיישבות בארץ, וכן התנגד האדמו"ר ממונקאטש.
בשנת ה'תרפ"ד (1924) ביקר פעם נוספת בארץ, והסביר כי "כמו חסיד שמוכרח למדי פעם לבקר את רבו" כך הוא "מוכרח בכל כמה שנים לבקר את האם - ארץ ישראל". לנסיעה זו הצטרפו גיסו רבי חנוך צבי לוין מבנדין, חתנו יצחק מאיר לוין והאדמו"ר מסוקולוב-קוצק רבי יצחק זליג מורגנשטרן. ביקור זה נמשך כשישה שבועות. הם ביקרו בירושלים, צפת, טבריה, חברון, ותל אביב ועודדו את החסידים העולים שנתקלו בקשיי פרנסה. במהלך הביקור רכש יחד עם חסידיו מקרקעין בשכונת קריית שמואל בטבריה, ומלוויו השתתפו בסיור במקומה העתידי של בני ברק יחד עם מייסד המקום, יצחק גרשטנקורן. לאחר חזרתו לפולין אמר: "דעתי היא שאם יעלו עכשיו לארץ ישראל כחמש מאות משפחות אמידות מאנשי שלומנו, נכבוש את הארץ בחומר וברוח". במהלך ביקורו זה ניסה ללא הצלחה לפשר במחלוקת בין הרב קוק והרב זוננפלד.
בביקוריו בארץ קשר קשרי ידידות עם הרב קוק, אף שלא הסכים עם דרכו. לאחר ביקורו הראשון בארץ, כתב עליו במכתבו המפורסם מהאנייה בז' באייר ה'תרפ"א: "והרב הגאון רבי אברהם קוק שיחיה הוא איש האשכולות בתורה ומדות תרומיות. גם רבים אומרים כי הוא שונא בצע. אולם אהבתו לציון עוברת כל גבול, ואומר על טמא טהור ומראה לו פנים, כאותו שאמרו חז"ל בפרק קמא דעירובין על מי שלא היה בדורו כמותו ומטעם זה לא נקבע הלכה כמותו, ומזה באו הדברים הזרים שבחיבוריו".
בתקופה זו הוציא איסור כנגד קרן קיימת לישראל. ב־1925 מונה לנשיא תנועת אגודת ישראל.
בשנת ה'תרפ"ז (1927) ביקר פעם נוספת בארץ ישראל יחד עם גיסו רבי צבי חנוך לוין. במהלך הביקור ערך את חתונת אחיינו בירושלים, וכן ערך ביקור בצפת, מירון, חיפה ובבני ברק. במהלך הביקור בירושלים הוציאו נגדו קיצונים פשקוויל בשל קשריו עם הרב קוק. הרב יוסף חיים זוננפלד ואנשי "ועד העיר האשכנזי" שייצגו את סניף אגודת ישראל הירושלמית התנערו מפשקוויל זה. גם בביקורו זה חיזק חסידי גור שנתקלו בקשיי פרנסה. הוא הורה להם לא לעזוב את ארץ ישראל כל זמן שנותר חלק מכספם, מאחר שארץ ישראל נקנית בעקשנות.
בשנה זו פרסם בפומבי מכתב כנגד המזרחי, שבו ראה סכנה ליהדות. לדברי הרב זאב גולד, שהיה ממנהיגי תנועת המזרחי, האמרי אמת (יחד עם הרב דושינסקי) התנגד להסכם שיתוף פעולה בין תנועת המזרחי לתנועת אגודת ישראל שהתגבש באמצע שנות ה־30, והתנגדות זו, אף שהייתה דעת מיעוט בקרב מועצת גדולי התורה, סיכלה את ההסכם
ב־1928 הצטרף למתנגדים לחברות בכנסת ישראל, וקרא לכל 'ירא וחרד' לפרוש ממנה.
בשנת ה'תרצ"ב (1932) ביקר בארץ בפעם הרביעית. בפעם הזו הגיע דרך היבשה, דרך ווינה, קושטא וחיפה. לנסיעה הצטרף בנו רבי ישראל אלתר והיא נמשכה כחמישה שבועות. במהלך ביקורו בירושלים ביקר גם בוועד הלאומי ובבית הרב קוק, וכן בחברון, בתל אביב ובטבריה.
בקיץ 1935 התערערה בריאותו, ובעצת רופאיו החליט לעבור למשך החורף לארץ ישראל החמה. באלול תרצ"ה (1935) הגיע לארץ ישראל בפעם החמישית, כשאליו הצטרפו בניו מאיר וישראל (בנו הלב שמחה התגורר בתקופה זו בארץ). במהלך הנסיעה ביקר במערת המכפלה ובמקום התרחשה קטטה שבה נעצרו כמה מחסידיו, הועמדו לדין ונידונו לקנס. במהלך שהותו הגיש בקשה שהתקבלה לקבלת רישיון ישיבת קבע בארץ, ובפסח תרצ"ו (1936) נמנע מלחגוג יום טוב שני של גלויות כיון שראה עצמו כתושב ארץ ישראל. עם זאת לאחר הפסח שב לפולין, שם נשאר בלחץ חסידיו ועל רקע התדרדרות המצב הביטחוני בארץ עם פרוץ המרד הערבי הגדול.
בתחילת 1938 דווח בעיתונות על תפיסת כנופיית עבריינים שניסתה לחטוף את האמרי אמת למטרת כופר, בזמן ביקורו בעיר לודמיר.
תקופת השואה - מבצע ההצלה.