את גרסתו למאורעות, שקדמו לתחילתה של מלחמת יום הכיפורים פרסם בספר "מלחמת יום כיפור - מיתוס מול מציאות" (הוצאת ידיעות אחרונות, 1993). מהדורה זו, שאושרה על ידי הצנזורה הצבאית, הזכירה את "המקור המצרי הבכיר" שהתריע על המלחמה, אך ללא אזכור שמו. מהדורה שנייה של הספר יצאה לאור בשנת 2004, ונקראה "מיתוס מול מציאות - מלחמת יום הכיפורים: כישלונות ולקחים". בספר עשה זעירא מאמצים ניכרים לטיהור שמו, והאשים אחרים באחריות למחדל. בין השאר טען זעירא שהמקור המצרי הבכיר שהופעל על ידי "המוסד" היה סוכן כפול (הדעות חלוקות לגבי תקפותה של טענה זו), שהוליך שולל את ישראל. כמו כן תוקף הספר את התנהלותה של ועדת אגרנט. עוד טען זעירא כי ראש הממשלה, גולדה מאיר, הסתירה מידע מוועדת אגרנט, ובין השאר לא דיווחה שפגשה בארבע עיניים את חוסיין מלך ירדן, עשרה ימים לפני יום הכיפורים, כאשר זה ביקש להתריע בפניה על המלחמה המתוכננת. לפי צבי זמיר, זו עלילה וגולדה כן העידה על פגישתה עם המלך חוסיין לפני ועדת אגרנט, שהתחייבה לשמור על סודיות.
מחדל אי הפצת תוכניות המלחמה של הסורים והמצרים.
תוכניות המלחמה המדויקות של המצרים והסורים הגיעו לידי אמ"ן חודשים לפני המלחמה והופצו לרמות הגבוהות, אך אלופי הפיקודים למשל, לא ידעו על תוכניות אלה. ועדת אגרנט מתחה ביקורת על אמ"ן על שבפועל הצבא לא התכונן למלחמה לפי תוכניות אלה: "אילו היה אמ"ן רואה אל נכון את ריכוזי הכוחות של האויב, שלא היו דוגמתם, על רקע תוכניות האויב שהיו בידינו, ומחדיר תודעה זו אצל הפיקוד העליון, אפשר היה להתכונן כראוי לקראת הבאות."
חלקו בפרשת אשרף מרואן.
בשנת 2004 יצא ראש "המוסד" בתקופת מלחמת יום הכיפורים, צבי זמיר, בהאשמה חמורה לפיה חשף זעירא, שנים לאחר תום המלחמה, את זהותו של המקור הבכיר ביותר של ישראל במצרים באותה עת, ובכך גרם נזק חמור ליכולתה של ישראל לגייס סוכנים (על-פי מקורות שונים, הסוכן שבו מדובר הוא אשרף מרואן, חתנו של נאצר). את תלונתו העביר זמיר לטיפולו של היועץ המשפטי לממשלה, על מנת שיפתח בחקירה בעניין זה. זמיר אינו לבד בהאשמה זו. יחד איתו חתמו על התלונה שני קצינים בכירים, ששירתו באמ"ן תחת פיקודו של זעירא: עמוס גלבוע ויוסף לנגוצקי. את החקירה ביקשו "לצורך הפקת לקחים ומסקנות למניעת גילויים מעין אלה בעתיד". אורי בר-יוסף, חוקר העוסק במלחמת יום הכיפורים, כתב: "ראש אמ"ן במלחמה, אלי זעירא, שזה שנים הפך למסגיר סדרתי של סודות המודיעין הכמוסים ביותר שהופקדו בידיו לגורמים בלתי מוסמכים בישראל ומחוצה לה" (הארץ, 17.11.04).
השופט בדימוס תיאודור אור, שמונה לבורר בסוגיה זו, קיבל ב-27 במרץ 2007 את גרסתו של זמיר וקבע כי זעירא הדליף מידע לארבעה עיתונים וחשף את זהותו של אשרף מרואן. כמו כן חייב את זעירא לפצות את זמיר ולשאת בעלויות הבוררות. אור כתב בהחלטתו כי "לזעירא היה עניין לחשוף את זהות הסוכן כדי לנסות ולבסס את התאוריה שלו שמדובר בסוכן כפול שעבד עבור מצרים. באמצעות תאוריה זו קיווה להטיל חלק מהאחריות על המחדל על המוסד שגייס את הסוכן."
להגנתו טען זעירא שהוא לא נקב בשמו של מרואן לפני שנת 2004. שמו של מרואן נחשף בעיתונות המצרית בשנת 2002. הפרסום במצרים צוטט בעיתוני העולם, ומאוחר יותר גם בישראל, וזעירא הסתמך על פרסומים אלה כשחשף את שמו מרואן בשנת 2004, במהדורה השנייה של ספרו.
ביולי 2012 החליט היועץ המשפטי לממשלה, יהודה ויינשטיין, לסגור את התיק. אחד מנימוקיו היה: "הוא היום כבן 84, והוא אדם עתיר עשייה במאבק על הקמת המדינה ובשמירת ביטחונה".
ועדת העורכים
ועדת העורכים הייתה גוף לתיאום בין התקשורת הכתובה והמשודרת בישראל לבין ראשי מערכת הביטחון במדינה. בוועדה היו חברים נציגים של כלי התקשורת העבריים בישראל ושל ה"ג'רוזלם פוסט", והיא נפגשה באופן סדיר עם ראש הממשלה, שרים, קצינים ופקידים במערכת הביטחון, שהיו מעבירים לוועדה מידע בתמורה להבטחה שגופי התקשורת לא יפרסמו אותו, גם אם יקבלו אותו ממקור אחר.
הקמת הוועדה.
הוועדה נוסדה בסוף 1943, בעקבות תקרית חיפוש הנשק ברמת הכובש, בה משטרת המנדט ערכה חיפוש אלים בקיבוץ רמת הכובש. האירוע לא הגיעה לידיעת הציבור בגלל איסור הצנזורה הצבאית. ב-17 בנובמבר 1943 התכנסו כל עורכי העיתונים היהודים והחליטו כי כל העיתונים היהודים יפרסמו למחרת הודעה מפורטת ואחידה "על מעשה ההתעללות ביישוב העברי" ברמת הכובש תוך התעלמות מהצנזורה. רק "פלסטיין פוסט" קבל הוראה להימנע מכך על מנת שישאר עיתון יהודי אחד חופשי אם יחליטו הבריטים לסגור את כל העיתונים היהודים. הבריטים הגיבו בסגירת כל העיתונים היהודים ל-11 ימים. עורך "פלסטיין פוסט" נתבע לפרסם את ה"הודעה הרשמית" של השלטונות הבריטים אך הוא סירב, כל עוד לא יותן לו לפרסם גם את הגרסה היהודית במלואה. הבריטים ניסו להוציא עיתון יומי בעברית בשם "חדשות היום" ובו גרסתם על המאורעות ברמת הכובש אבל היהודים החרימו את העיתון. בעלי הקיוסקים סירבו לקבל אותו ובכל מקום שאליו הגיעו הגליונות הם נשרפו על ידי הקהל. בעקבות האירוע הוקמה "ועדת התגובה", ועדה משותפת של עורכי העיתונים, שמטרתה לתאם שיתוף פעולה נגד הצנזורה הבריטית.
בפברואר 1948, שלושה חודשים לפני הקמת המדינה, נקבע הסדר פורמלי ראשון של צנזורה מרצון, הסדר "ששה-עשר הלאווים", שכלל איסור דיווח על תנועות הצבא ועל תנועות ראשי היישוב, מיקום של מתקנים רגישים וכו'. העורכים מחו רק נגד סעיף אחד - איסור פרסום ידיעות שעשויות לעורר בהלה.
ועדת העורכים בראשית ימי המדינה.
במאי 1948, עם הקמת מדינת ישראל, ירשה הממשלה את תקנות ההגנה (שעת חירום) המנדטוריות, ואת סמכויות הצנזורה הנרחבות שהקנו לה. הצנזור הצבאי השתמש בסמכויותיו בצורה נרחבת. ב-20 באוגוסט התכנסה "ועדת העורכים" למחות על סגירת דפוס "ידיעות אחרונות" לשלושה ימים, במה שנתפס כניצול הצנזורה לצרכים פוליטיים. הכתבה שבגללה נסגר העיתון הייתה על מאסר בכירי האצ"ל, בעקבות פרשת אלטלנה, בבית שאן (במה שהעיתון "הבקר" של הציונים הכלליים כינה "אסירים פוליטיים במחנה ריכוז בבית שאן") ודרשה את שחרורם. הקבוצה שוחררה ממאסרה בכל מקרה כמה ימים אחר כך, וערכה מסיבת עיתונים בתל אביב. "ועדת העורכים" נפגשה עם היועץ המשפטי לממשלה ועם דוד בן-גוריון שהבטיח שהצנזורה תונהג רק על עניינים צבאיים ולא פוליטיים. על רקע זה נוצר הסכם בין העיתונים לבין שלטונות צה"ל, שנועד להסדיר את יחסי העיתונים עם הצנזורה הצבאית. לפי ההסכם, הצנזורה מיועדת למנוע הסתננות מידע ביטחוני באופן העשוי לפגוע בביטחון המדינה, ופעילותה נעשית בשיתוף פעולה עם העיתונים. ועדה מיוחדת הוקמה כדי לברר חילוקי דעות בין הצנזורה לבין העיתונים ("ועדת השלושה"). את ההסכם ניסח חיים הרצוג שהיה ראש אגף המודיעין. על פי ההסכם, כל עוד העיתונים יעמדו בתנאיו, הם לא יסגרו בהוראת הצנזורה.
ב-3 בנובמבר נדחתה, בהסכמה עם "ועדת העורכים", סגירת העיתונים "דבר" ו"הבוקר" על עבירות על חוקי הצנזורה, אך כמה ימים אחר כך נסגר העיתון "קול העם" ליום אחד, ללא בירור מוקדם, בניגוד להסכם. זאת למרות שאסתר וילנסקה, עורכת העיתון, הייתה חברה ב"ועדת העורכים". אחר כך הייתה הסכמה בשתיקה ש"קול העם", שהיה העיתון של המפלגה הקומוניסטית הישראלית (מק"י), אינו חלק מההסכם. כך לדוגמה הוא נסגר שוב בהוראת הצנזורה ביולי 1952 לשבוע, ובינואר 1953 נסגר מסיבות פוליטיות לעשרה ימים (עניין שהוביל לבג"ץ קול העם).
על בסיס הסכם זה התהדק שיתוף הפעולה בין העיתונות לבין ממשלות ישראל, ובמשך השנים הפעילו העיתונאים צנזורה עצמית במספר רב של מקרים. בחלק מהמקרים נתפסה הצנזורה, בדיעבד, כבעייתית. כך לדוגמה, המשפטן משה נגבי האשים, במאמרו על הצנזורה העצמית שהימנעות העיתונות מלפרסם ידיעות שהיו בידה בשנת 1973 על ההיערכות המצרית והסורית לאורך גבולות ישראל הייתה אחד הגורמים לשאננות שקדמה למלחמת יום הכיפורים ולהפתעת הצד הישראלי.
מספר עיתונים סירבו להשתתף ב"ועדת העורכים", דוגמת "העולם הזה", ואחר כך "חדשות". עורך "העולם הזה" אורי אבנרי סיפר שסירב לשתף פעולה עם הממסד, וכינה את חברי הוועדה "אנשים עלובים וקטנים". "העולם הזה" נהג לפרסם ידיעות ש"ועדת העורכים" הסכימה לא לפרסם, תוך שימוש בשמות בדויים או רמיזות, בכדי לעקוף את מגבלות הצנזורה. העיתון נהג לדווח על השימוש בשירות הביטחון הכללי (השב"כ) לצרכים פוליטיים, תוך שימוש במילה "מנגנון החושך" (באותן השנים דיווח ישירות על פעילות השב"כ היה אסור). "העולם הזה" היה הראשון לחשוף את דבר מאסרו של איש המודיעין מרדכי קידר, "האסיר X הראשון", שהיה כלוא בישראל במשך שנה מבלי שאיש ידע, עד יוני 1958. "ועדת העורכים" הסכימה לא לפרסם על כך במשך חודשים רבים.
ב–9 ביולי 1963 נפגשה "ועדת העורכים" עם ראש הממשלה לוי אשכול וסגן שר הביטחון שמעון פרס והסכימו לא לפרסם יותר ידיעות (כולל מאמרי דעה) על תוכנית הגרעין של ישראל. עד אז דווח העניין בהרחבה בעיתונות הישראלית.
התערערות מעמד הוועדה.