מתחילת שנת 1804 סוגיית השכנת האימפריה נראית בלתי נמנעת. הקנוניה של ז'ורז' קדודאל שכנעה את דעת הקהל שעל מנת להבטית את שמירת ההישגים הרפובליקניים וכי להגן על צרפת מפני חזרת המשטר הישן חייבים להעניק לבונפרטה שלטון מונרכי תורשתי. בהתחלה הסתייג קמבאסרס מתהליך כזה, אולם לבסוף השלים עם הרעיון. ב-18 במאי 1804 בתור יושב ראש הסנאט הוא הציג בפני נפוליאון בונפרטה את הסנאטוס קונסולטום המכריז אותו לקיסר הצרפתים. הטקס התקיים בגלריית אפולון בטירת סן-קלו. באותו יום ארבעה גברים הועלו לדרגת בכירים של האימפריה:קמבאסרס התמנה לארכישנסלייה (ארכיקנצלר), תואר שהיה ירושה מהאימפריה הרומית הקדושה.
תפקידיו, כפי שהוגדרו בסעיף 40 של חוקת שנת XII, היו סמליים בעיקר, אולם הוא שמר את אמונו של נפוליאון ובפועל, נשאר אחריו, האדם השני באימפריה. אם במישור הפרוטוקולרי, הדמות השנייה במדינה היה הנסיך ז'וזף בונפרטה, קמבאסרס קיבל בידיו את ניהול ענייני המדינה, מה שהפך אותו ל"יותר ממספר שניים, פחות ממספר אחד".
הסעיף 45 של החוקה ציין שהארכישנסלייה עמד בראש קולגיום הבחירות של בורדו. בנוסף לסמכויותיו השונות, היותו בכיר האימפריה הפך אותו אותומטית לחבר בסנאט, במועצת המדינה, במועה הגדולה של הקיסר, ובמועצתו הפרטית, כמו כן חבר במסדר לגיון הכבוד. כל יום רביעי שרי המשפטים, הפנים, הכספים, האוצר והדתות, התכנסו בלשכתו כדי להציג בפניו על דו"חות משרדיהם שאחר כך נמסרו לקיסר. על אף שינוי התפקיד, נשאר קמבאסרס אלד מיועציו הקרובים ביותר של נפוליאון, שהעדיף אותו על דמויות ידועות כתככנים ובלתי אמינים כמו פושה וטליראן.
כמו בימי הקונסולאט החליף מילא קמבאסרס את מקומו של נפוליאון בניהול ענייני המדינה בעת מסעותיו של הקיסר ברחבי אירופה:היה אחראי לניהול הסנאט, ניהולן של המועצה הגדולה למנהל, הממשלה (מועצת השרים) ומועצת המדינה, תוך כדי כיבוד במקביל של סמכויות הנסיך ז'וזף. הוא ניהל התכבתותקבועה עם הקיסר על מנת לידע אותו על הענייני דיומא ולאפשר לו לקחת בעצמו את ההחלטות חרף המרחק, כשרק מצבי חירום משטרתיים הצדיקו פטור מפרוצדורה זאת. סמכויותיו זיכו את קמבאסרס בעליית מדרגה בתפקידו הייצוגי. בהתאם לתפקידיו השתדל לחזק את מעמדו הפרוטוקולרי ולהיראות כשומר המסורות של מאות השנים של צרפת, עד כדי כך שהיו היסטוריונים שהחשיבו אותו לחלק מ"ארגז הקישוטים שעשו את פאר האימפריה".
בסוף שנת 1804 השתתף קמבאסרס במידה שווה לשאר יועצי הקיסר בהכנות להכתרתו ובטקס עצמו נשא איתו את שרביט "יש המשפט" של המלכים. הרעיון שלו היה לבחור בדבורה כסמל של נפוליאון, על מנת לסמל את המצב של צרפת אז כרפובליקה מאוחדת סביב המנהיג שלה. כבר מהרגעים הראשונים של האימפריה, היה איפוא קמבאסרס איש חזק המצוי במרכז הכוח של השלטון. הופקד עליו גם כן להכין את עריכת שני קודקסים חדשים:קודקס הפרוצדורה האזרחית וקודקס המסחר, וכן לערוך את הסנאטוס קונסולטום שהורה על החזרת לוח השנה הגרגוריאני החל מ-1 בינואר 1806.
ממלא מקום של נפוליאון.
ב-25 בספטמבר 1806 עזב הקיסר את פריז כדי לעמוד בראש צבאות צרפת במלחמה נגד הקואליציה הרביעית. בפקודה שחתם ערב נסיעתו שהושלמה על ידי צו ב-21 במרץ בשנה הבאה, 1807, האציל נפוליאון לקמבאסרס את חלק מהסמכויות העיקריות בהנהגת המדינה.
עם זאת, הוא לא היה אמור להחליט לבד.על מבקר מטעם מועצת המדינה הוטל התפקיד להביא את הפקודות החשובות ביותר לחתימת הקיסר וחהעביר את הדו"חות של הארכישנסלייה ושל השרים,אל המטה הכללי של נפוליאון. לפיכך יכול היה נפוליאון לשנות החלטות מסוימות של קמבאסרס אם וכאשר לא מצאו חן בעיניו.
שיטה זו זכתה בהסכמתו המלאה של הארכישנסלייה, שהצהיר:
עם זאת, אין להפחית בחשיבות תפקידו של קמבאסרס באותה תקופה מכיוון שכפי שציין ההיסטוריון טיירי לנץ, בזמן היעדרות הקיסר, אכן ניהל הארכישנסלייה את ענייני צרפת "על ידי ביצוען של התוכניות שהושקו טרם יציאתו של הקיסר למסע, או על ידי החלטות מינוריות, או על ידי ניהולם של מצבי משבר"
נפוליאון דאג מאוד שבהיעדרו הפרויקטים אותם תכנן לא ייעצרו ושהמכונה הממשלתית לא תפסיק לעבוד. לכן המשיך קמבאסרס בעבודות לייפוי עיר הבירה, על אף שביתת הפועלים בתחילת החודש אוקטובר 1806 וכן פיקח על דיוני הסנהדרין הגדולה לגבי ניסוחו של תקנון עבור יהדות צרפת. במישור משפטי הבטיח את כניסתו לתוקף בתאריך 1 בינואר 1807 של הקודקס האזרחי ופיקח על הדיון במועצת המדינה סביב קודקס המסחר שפורסם ב-11 בספטמבר 1807. הוקפד עליו גם להכין את החוקים
הנוגעים להקמת בית המשפט לבקורת (Cour des comptes)
קמבאסרס נאלץ להתמודד גם עם כמה מצבים משבריים שהיוו סכנה לביטחון המדינה. באוקטובר 1806, בזמן שהאנגלים תקפו את הנמלים בולון-סור-מר וקאלה הוא הורה למרשל מונסה, המפכ"ל הראשון של הז'נדרמריה הלאומית להיות מוכן לפקד על הכוחות שנמצאו באזור על מנת לסייע לגנרל גיום ברין, כמו כן, באישור הקיסר, ארגן את גיוסם של המשמרות הלאומיים בכמה מחוזות לאורך תעלת למאנש. בתחילת שנת 1807 אחרי כמה מתקפות אנגליות נגד מספר מבצרים קטנים לאורך החוף, הקים קמבאסרס מחנות צבאיים בחבל מורביאן, כמו כן על יד ארקשון ובסרבל-ד'אולון. .
קמבאסרס דאג גם לתעמולת המשטר. ארגן אספות קריאה ציבורית והדבקת מודעות על חומות הבניינים הציבוריים בפריז ובספר עם גליונות "ביטאון הצבא הגדול" (Bulletin de la Grande Armée) שהעלו על נס את מעשי הקיסר ושל חייליו. לבקשת נפוליאון, ציווה לתרגם ביטאונים אלה גם לטורקית ולערבית והזמין את כתיבת כמה ספרי היסטוריה לשם הצדקת המסעות הצבאיים, למשל "תולדות שלוש חלוקותיה של פולין" מאת הרוזן ד'אוטריב. (d'Hauterive) .
אחרי שובו של נפוליאון לפריז בסוף החודש יולי 1807, , חזר קמבאסרס למקומו בצל הקיסר. נדרש לנסח ולהציג בסנאט את התקנונים החוקתיים של אצולת האימפריה. . השתדל להשתמש בפעילות זו במונחים מותאמים לעידן החדש, כדי לא לפגוע ברגשות הרפובליקנים של חלק גדול מהסנאטורים.
ב-1 במרץ 1808 הקים נפוליאון מועצה משפטית ("מועצת החותם") שבראשות קמבאסרס נועדה לבחון את הבקשות בנוגע לתוארי האצולה ולזכויות הבכורה (majorat) בהורשת הנכסים . במהלך מסעות הצבא הגדול, הציג קמבאסרס בפני הסנאט את מערכות הגיוס החדשות. . על מנת להביע את הכרת התודה על פעולו העניק לו נפוליאון את התואר "דוכס פארמה".
. תואר זה נוסף למחוות רבות אחרות, למשל, קבלת עיטור הנשר השחור מידי מלך פרוסיה, פרידריך-וילהלם השני כאות תודה על ארגון טקסי האבל של החצר הקיסרית אחרי מות המלכה פרדריקה - לואיזה מהסן-דרמשטאט ב-1805.
ירידה בהשפעתו.
בסופו של דבר הופיעו עם זאת אי הסכמות בין הקיסר לארכישנסלייה שלו. נוכח התנגדותו של כיבוש ספרד, הורחק קמבאסרס מההחלטות לגבי המבצעים הצבאיים שניהלה צרפת בחצי האי האיבר . אפ על פי כן בספטמבר 1808 נאלץ לסנגר עליהם על בימת הסנאט תוך הטחת האשמות באנגליה שמתכננת להרוס את האינטרסים המשותפים של ספרד ושל צרפת.
בשנת 1809 בשנפוליאון שהה באוסטריה בראש צבאו, לאהיה בכוחו של קמבאסרס להתנגד ליוזמתו של ז'וזף פושה לגייס, בניגוד לדעת הקיסר, את רוחות המשמרות הלאומיים של מחוזות הצפון, של בלגיה ושל הולנד, על מנת לעצור את המסע האנגלי בוואלכרן, בחבל זלנד.
נפוליאון זעם על קמבאסרס על שלא השתמש בסמכויות שהעניק לו.. בחדשים הבאים עצותיו של קמבאסרס מצאו פחות ופחות אוזן קשבת אצל הקיסר. כשנפוליאון הודיע לו על כוונתו להתגרש מהקיסרית ז'וספין על מנת להוליד יורש לכתר, קמבאסרס העז להתנגד לרעיון וסינגר על הז'וזפין מול נפוליאון והקלאן בונפרטה. לבסוף נאלץ להשלים עם המצב ולקחת על עצמו את התפקיד לערוך את הסנאטוס קונסולטום ב-16 בדצמבר 1809 שגזר באופן רשמי על הגירושים. היה עליו לנהל את המשא ומתן על פירוש נישואי הקיסר מול רשויות פריז. בחדשים הבאים, בעוד שרוב יוצעי נפוליאון צידדו בנישואים עם נסיכה אוסטרית, המשיך קמבאסרס לתמוך בנישואים עם נסיכה רוסית. הקלף האוסטרי ניצח ונפוליאון נשא לאישה את מריה לואיזה מאוסטריה. ב-1 באפריל 1810 הנישואים האזרחיים של הקיסר הוכרזו בפני עם ועדה על ידי קמבאסרס ועל ידי מזכיר המדינה איג-ברנאר מארה הגלריה הגדולה של ארמון טווילרי בנוכחות המשפחה הקיסרית וכל החצר.
פרשת ניסיון ההפיכה של הגנרל מאלה בזמן שנפוליאון ניהל את המסע הצבאי ברוסיה בסוף שנת 1812החלישה את מעמדו של קמבאסרס. נפוליאון התרעם נגד בכירי משטרו מכיוון שהפרשה חשפה את חולשת הלגיטימיות הקיסרית:אף אחד, לרבות קמבאסרס, לא חשב, ברגע שהקושרים הודיעו על מותו של נפוליאון ברוסיה, להכריז על בנו, נפוליאון, מלך רומא, כקיסר, מה שהיה מעיד על המשכיות השושות.
פרשת מאלה ציינה התחלתה של התרחקות מסוימת בקשרים בין נפוליאון לארכישנסלייה. נפוליאון החליט על צורת ממשל חדשה במקרה שייעדר מצרפת על ידי מינויה של הקיסרית מאריה לואיזה כעוצרת, ולצידה מועצת עוצרות מורכבת מבכירי האימפריה
בכל זאת נשאר קמבאסרס קרוב לשלטון ("כמו מונרך ללא כתר") והפך במהרה לאחד היועצרים הכימקרובים לקיסרית הצעירה וחסרת הניסיון על מנת לסייע בידיה במשימה הכבדה.