בינואר 1994 העביר מפקד כוחות האו"ם ברואנדה, הקנדי רומאו דלייר , מסר ליועץ הצבאי של מזכ"ל האו"ם לפיו בני הוטו מתכננים השמדה של בני הטוטסי. על פי מידע שהעביר מודיע מקרב האינטראהאמווה, 1,700 חברי המיליציה התאמנו במחנות של הצבא. לדבריו, הורו לו לערוך רישום של כל בני הטוטסי המתגוררים בעיר הבירה קיגאלי. בקשת מפקד כוחות האו"ם להתערב נדחתה על ידי מטה האו"ם משום שהיא חרגה מהמנדט שנקבע לכוחות. תחת זאת הסתפק האו"ם באזהרה לנשיא רואנדה.
עד לפרוץ רצח העם צמחו כוחות המיליציה לכ-30 אלף איש שהיו פרוסים בכל רחבי המדינה. ראש הממשלה ז'אן קאמבאנדה סיפר מאוחר יותר בעדותו בפני בית הדין הפלילי הבינלאומי לרואנדה, כי התוכניות לרצח העם נדונו בגלוי בישיבות הממשלה באותה תקופה. בנוסף, מתכנני רצח העם כללו אנשי צבא ומשטרה בכירים וראשי ערים.
רצח העם.
העילה המיידית לתחילתו של רצח העם הייתה הפלת המטוס שבו טסו נשיא רואנדה, ז'ובנל הביארימנה, ונשיא המדינה השכנה בורונדי, סיפריין נטאריאמירה, ב-6 באפריל 1994. שני הנשיאים נהרגו בהתרסקות המטוס ליד קיגאלי. לא ברור מי היו האחראים להפלת המטוס והאשמות הופנו הן ל-RPF של בני הטוטסי והן לקיצונים מבני ההוטו.
למחרת נרצחה ראש ממשלת רואנדה, אגתה אווילינגימאנה, שהתכוונה לשדר מסר מרגיע ברדיו, בידי המשמר הנשיאותי. יחד איתה נרצחו באכזריות עשרת חיילי האו"ם הבלגים שהיו אמורים להגן עליה. פקידי ממשל מתונים אחרים, שתמכו בהסכמי ארושה, נרצחו גם הם.
אנשי צבא וחברי המיליציות של בני ההוטו אספו בני טוטסי וכן אישים פוליטיים מתונים מבני ההוטו ורצחו אותם. מאות מחסומי דרכים הוקמו. תחנת הרדיו הממשלתית RTLM שידרה תעמולה והסתה בגנות הטוטסי, בני ההוטו המתונים ואף נגד כוח האו"ם המוצב ברואנדה ונגד מפקדה. עד מהרה פשט רצח העם מהבירה קיגאלי לכל רחבי רואנדה.
אנשי המיליציות רצחו את קורבנותיהם בעיקר בסכיני מצ'טה (שנקנו בעיקר מסין על ידי סוחרים מרואנדה). אנשי הצבא השתמשו גם בנשק חם. מנהיגים מקומיים קראו לאזרחים מן השורה לרצוח את שכניהם בני הטוטסי. מי שסירבו להשתתף ברצח, לעיתים נרצחו בעצמם. אנשי כמורה קתוליים (ברואנדה יש רוב קתולי) וכן אזרחים ניסו בכמה מקרים להסתיר אנשים מפני הרוצחים. עם זאת, במקרים רבים אנשי הכנסייה לא היו מסוגלים לעצור את הרוצחים או שהשתתפו בעצמם ברצח. באחד המקרים, יותר מ-5,000 בני אדם, רובם בני טוטסי, הסתתרו בכנסייה בעיירה נטאראמה. אנשי המיליציות ירו לתוך הכנסייה והשליכו פנימה רימוני יד, ורצחו את כל האנשים שהיו בתוכה, למעט 25 ניצולים. במקרה אחר הסתתרו 1,500 בני טוטסי בכנסייה בקיוומו. תושבים מקומיים שהצטרפו למיליציה השתמשו בבולדוזר כדי להפיל את הבניין על יושביו. מי שניסו להימלט החוצה נטבחו במצ'טות.
במהלך הטבח בוצעו מעשי אונס רבים בנשות הטוטסי. כוחות המליציה של ההוטו גם נהגו לכרות את איברי המין של קרבנותיהם ולהציגם לראווה. על פי הערכות שונות, תוך שלושה חודשים וחצי נרצחו ברואנדה בין 800 אלף למיליון בני אדם.
נקודה בעלת משמעות רבה בדרבון ובשלהוב ההמון היה השימוש הנרחב והמקיף בתעמולה. כרזות, עיתונות, פרסומי רדיו ואמצעי תיקשורת רבים שימשו כלי אדיר להפצת השנאה ולהשרשתה, תוך מתן לגיטימציה מוחלטת ועידוד הרצח השיטתי. יתרה מכך, כלי התקשורת השתמשו במנגנון של הפחדה, בהגדירם כל בן הוטו אשר אינו לוקח חלק פעיל בטבח כבוגד, ולפיכך כמטרה בפני עצמו. רגשות הנחיתות של בני ההוטו, אשר במהלך עשרות שנות קולוניאליזם אירופאי סבלו מקיפוח ומהדחקה שולהבו באמצעות כלי התקשורת.
המניעים לרצח העם.
ניתן לזהות בקרב בני ההוטו שלושה מניעים מרכזיים לרצח העם. ראשית, רגש הנקמה שבמשך עשרות שנים הושתק ודוכא, תחת שלטון קולוניאלי אשר העצים והחמיר את הפער המעמדי, תוך רמיסה ממוסדת של כבוד בני ההוטו. לפיכך, תפסו בני ההוטו, שניכוו פעמים חוזרות ונשנות בעבר, ב"הזדמנות" זו, מתוך ראייה מגמתית של "עין תחת עין".
שנית, פקטור הדעה הקדומה בה החזיקו ההוטו כנגד הטוטסי, המושרשת עמוק בקרב מודעות ההוטו עוד מתקופת שלטון גרמניה. עם השנים, פותחה הדעה הקדומה והועצמה לממדים של שנאת האחר, מתוך תפיסת "אפקט המראה” בו האחר מצטייר כאויבך המושבע. לבסוף, אלמנט הפחד המדבק מפני שלטונות ההוטו הוחדר אף הוא למשוואה וגרם לציות עיוור מתוך אינטרס אישי למען שמירה על החיים, שכן חלק מהתעמולה הופנתה גם כאזהרה כלפי בני הוטו אשר יסרבו לציית ולקחת חלק פעיל בטבח.
מניעים נוספים לרצח נראו בתאוות הבצע והחמדנות, שכן תופעת הביזה הייתה דבר שבשגרה באותם מאת ימי רצח העם, עניים רבים ניצלו את מצב החירום לשם טובתם האישית.
התכנון והבצוע.
רצח העם היה מפעל מתוכנן ומאורגן היטב, אשר בוצע באופן יעיל ושיטתי על ידי אליטות פוליטיות, מנהליות, צבאיות (interahamwe) ואינטלקטואליות מקרב בני ההוטו. אמצעי הלחימה בהם עשו ההוטו שימוש במהלך המלחמה היו פרימיטיביים ופשוטים (ביניהם מצ'טות ורובים) ומרביתם חולקו לכוחות על ידי כוחות השלטון הפורמלי. מרבית מעשי הטבח התבצעו בכפרים המקומיים ובבתים, לעיתים רבות על ידי השכנים עצמם או על ידי כוחות מאורגנים שהוכוונו למקום על ידי אותם שכנים. דוגמה לכך ניתן לראות בטבח בכנסייה הקתולית שבעיירה ניינג'. במהלך חודש אפריל התחבאו בכנסייה זו למעלה מ-1,500 בני טוטסי. בני האינטראהאמווה המקומי עלו על הכנסייה ורמסו אותה בעזרת בולדוזרים, תוך גיבוי מלא וסנכרון עם הרשויות. מקרה דומה אירע בבית הספר הטכנולוגי במוראמבי, שם הובטחה הגנת הצרפתים לטוטסי אשר תרו אחר מקלט. לאחר מספר ימים בהם הצליחו הם להגן על עצמם, על-אף המחסור החמור במים ובחשמל, החליט הכוח הצרפתי לסגת מעמדתו כמגן הטוטסי, ואלו נטבחו על ידי האינטראהמווה המקומי, כאשר כ-45,000 בני טוטסי מצאו את מותם. כיום, מהווה מבנה בית הספר את מוזיאון הג'נוסייד, שכולל תצוגה מזעזעת של גוויותיהם וגולגולותיהם של הנרצחים.
תגובות הקהילה הבינלאומית לרצח העם.
עם התגברות האלימות ברואנדה מיהרו מדינות רבות לפנות את אזרחיהן מהבירה קיגאלי ולסגור את שגרירויותיהן. במשך רוב התקופה הורה האו"ם למפקד כוחות האו"ם ברואנדה להתמקד בסיוע לפינוי האזרחים הזרים מהמדינה.
קיים הבדל בין המניעים של ארצות הברית לאי-התערבות לעומת סין ורוסיה. ארצות הברית ניסתה ככל יכולתה להשפיע על מועצת הביטחון של האו"ם כדי שלא יגדירו את הנעשה ברואנדה "רצח עם" מכיוון שהחלטה שכזו הייתה מחייבת אותה לשלוח כוח צבאי לרואנדה. צרפת, סין ורוסיה התנגדו להתערב במה שנתפס כ"עניינים פנימיים" של רואנדה, בעיניהן המתרחש ברואנדה היה תוצאה של מלחמת אזרחים ולא יותר. רק בלגיה ביקשה להרחיב את המנדט של כוח האו"ם ברואנדה, אולם לאחר הרצח של עשרת החיילים הבלגיים שהגנו על ראש ממשלת רואנדה בראשית אפריל, החליטה בלגיה להפסיק את השתתפותה בכוח האו"ם. בעקבות זאת נסוגו הכוחות הבלגיים מבית ספר טכני שבו הסתתרו 2,000 פליטים. לאחר עזיבת החיילים הבלגים, נכנסו אנשי המיליציות לבית הספר וטבחו בפליטים, ובהם מאות ילדים. לאחר ארבעה ימים החליטה מועצת הביטחון של האו"ם לצמצם את כוח האו"ם ברואנדה ל-260 איש מקנדה, גאנה והולנד. כוח האו"ם התרכז באזורים מוגנים יחסית ולזכותו נזקפת הצלתם של כ-20 אלף בני טוטסי.
נציג רואנדה במועצת הביטחון של האו"ם אמר אז שהטענות על רצח עם מוגזמות ושממשלתו עושה ככל יכולתה להפסיק את האלימות. לבסוף, ב-29 באפריל 1994 הודה האו"ם ש"ייתכן שברואנדה בוצעו מעשים של רצח עם". על פי הערכות של הצלב האדום, כ-500 אלף רואנדים כבר נרצחו עד אז. האו"ם הסכים לשלוח לרואנדה 5,500 חיילים, רובם ממדינות אפריקה. אולם הצבת הכוחות התעכבה בגלל ויכוחים על מימונם. כך למשל, ארצות הברית דרשה שהאו"ם יממן את הטסתם של נגמ"שים לרואנדה.
ב-22 ביוני 1994, לנוכח העובדה שכוח האו"ם טרם הוצב ברואנדה, התירה מועצת הביטחון של האו"ם לצרפת להנחית כוחות בעיר גומא שבשטח זאיר (כיום הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו) לצורך סיוע הומניטרי. הכוחות הצרפתיים התפרסו בדרום-מערב רואנדה והצליחו להפסיק את האלימות שם, אולם במקרים רבים הגיעו הכוחות רק לאחר שבני הטוטסי כבר נרצחו או גורשו, ואף גרוע מכך: ידוע על מקרים אבסורדיים של רוצחים מהמיליציות שהגיעו לגומא במסווה של פליטים, קיבלו סיוע נדיב מארגוני הסיוע, וחזרו לרואנדה עם אספקה להמשיך לרצוח.
העיר גומא הפכה למחנה פליטים אדיר ממדים. תוך כמה שבועות, אוכלוסייתה, שמנתה כ-50,000 תושבים במקור, גדלה פי 20 למיליון, וזהו גם האומדן המשוער של התושבים נכון ל-.
בשנת 2008, התפרסם דוח של ועדת חקירה רואנדית ממלכתית, המאשים את צרפת בסיוע לוגיסטי, צבאי ודיפלומטי למבצעי רצח העם וכלל המלצה להעמדה לדין של 33 בעלי תפקידים בכירים בצבא ובממשל הצרפתיים, בהם ראש הממשלה דומיניק דה וילפן. בדצמבר 2017, פרסמה ממשלת רואנדה דו"ח חקירה נוסף, אשר הוכן על ידי פירמת עורכי דין עצמאית מוושינגטון. בשנת 2021 צרפת ורואנדה פרסמו דוחו"ת שקבעו כי אף שצרפת לא השתתפה באופן ישיר ברצח העם ברואנדה, היא נושאת אחריות משמעותית ביחס אליו.
לאחר רצח העם.
עם פרוץ רצח העם חידשה החזית הפטריוטית הרואנדית (RPF) את מלחמתה נגד הממשלה של בני ההוטו. מנהיג ה-RPF, פול קגאמה, פיקד על כוחות החזית ממדינות שכנות כגון אוגנדה וטנזניה והוביל את כוחותיו לפלישה לרואנדה. המלחמה נמשכה כחודשיים, במקביל לרצח העם שהתחולל אז.