באוקטובר השתנה המצב הפוליטי באופן חד, כשהבולשביקים בראשות ולדימיר לנין הפילו את ממשלת קרנסקי ותפסו את השלטון בפטרוגרד. רוסיה כולה שקעה לתוך מלחמת אזרחים: הצבאות הלבנים, נאמני המשטר הקודם, התקדמו לכיוון מרכזי השליטה הבולשביקיים תוך קרבות עם הצבא האדום המהפכני. בתווך, תנועות עצמאות ואינספור כוחות מקומיים הקימו צבאות משלהם, לעיתים קרובות מבין מיליוני העריקים, וכל זאת בעת שמעצמות המרכז ומדינות ההסכמה מתערבות מבחוץ. באנרכיה הגמורה התמוטט הסדר החברתי ואלימות פרצה מכל עבר, כשמלבד הצבאות קמות כנופיות מקומיות לאינספור. מעמד בעלי הקרקעות הפולנים במרכז אוקראינה, שהחזיק באדמות שם מאות שנים, חוסל כמעט לגמרי; קהילות המנוניטים הפציפיסטיות נפלו קורבן לפרעות שבהן מצאו את מותם 1,230 בני אדם. עשרות אלפי איכרים נהרגו בידי הבולשביקים, במרידות או במחאות נגד מדיניות החרמת התבואה הנוקשה שאכפו הללו בשטחיהם. רבים מאוד מתו ברעב ובמגפות שפשטו בתנאים הקשים. ב-20 בנובמבר הכריזה הראדה על ריבונות הרפובליקה העממית האוקראינית.
חלק מההתפרצות כוּון גם כלפי היהודים: המזכירות הלאומית של זילברפרב תיעדה 60 פוגרומים ב-1917, שאירעו רובם ככולם בנובמבר ודצמבר ונערכו בחבל ווהלין, קרוב לחזית. כבר באוקטובר הוציאו שר הפנים של הראדה, וולודימיר ויניצ'נקו , ושר הצבא סימון פטליורה, הודעות גינוי נחרצות והורו לכוחות הנאמנים להם לשמור על הסדר. המנהיג הציוני יוסף שכטמן התלונן שהפרעות נובעות במיוחד עקב היעדרם של הגברים היהודים הכשירים שגויסו לצבא, והציע הקמת יחידות הגנה עצמית יהודיות נפרדות. פטליורה תמך ברעיון, והראדה פרשה את חסותה על "איחוד החיילים היהודים הכל-רוסי" שנוסד בקייב בתחילת אוקטובר על ידי יוסף טרומפלדור. זילברפרב ומרבית הסוציאליסטים היהודים, כמו משה רפס ומקס שץ-אנין, התנגדו לפעילות האיחוד, הן מטעמים אידאולוגיים של שוויון אך בעיקר בשל כך שהארגון היה ציוני בפועל. הם המליצו על צירוף מגויסים יהודים ליחידות כלליות לשמירת הסדר. בדצמבר גינתה המועצה הלאומית היהודית את היוזמה. היא חזרה בה כעבור חודשיים כשהדיווחים על התעצמות הפוגרומים החלו להצטבר, אך בשלב זה הידרדרו השטחים שהרפובליקה תבעה בהם ריבונות לכדי תוהו ובוהו גמור.
הממשל הבולשביקי לא התעתד להסכין עם אובדן אוקראינה, שנמצאו לו תומכים מרובים בשטחה; מיד לאחר המהפכה התחוללו התקוממויות קומוניסטיות בכל רחבי הארץ. ב-12 בדצמבר 1917 הוכרזה בחרקוב רפובליקה סובייטית, וזו קראה לעזרתה את הצבא האדום, שעלה בהרבה על הכוחות הלא-מאורגנים של הראדה. בתגובה, זנחה המועצה האוקראינית סופית את החתירה לפדרציה כלשהי עם רוסיה והעבירה ב-25 בינואר 1918 החלטה שקבעה כי אוקראינה תהיה עצמאית לגמרי. אף על פי שכל המפלגות היהודיות, ואפילו הבונד, גינו את הפלישה וראו בקומוניסטים אויב, הן העדיפו רוסיה רב-לאומית ופדרטיבית על פני רפובליקה אוקראינית שבה יהיה רוב שליט ברור. סירוב רוב הנציגים היהודיים להצביע בעד ההחלטה (הבונד הצביע נגד והיתר נמנעו) עורר התמרמרות בראדה, בייחוד מאחר שרק שבועיים קודם הוענק לכל המיעוטים הלאומיים וליהודים בכלל זה מעמד אוטונומי בחוק. החלו לעלות האשמות על כך שהיהודים נייטרליים כלפי הבולשביקים ואינם נאמנים בלי פשרות. בראשית פברואר הגיעו החילות הקומוניסטיים עד קייב והראדה נאלצה להתפנות לז'יטומיר. הנציגים היהודים לא הצטרפו אליה ונותרו בבירה, לטענתם בשל תקשורת לקויה. הדבר תרם למתיחות. הייצוג הבולט של יהודים במשטר הסובייטי – בין היתר, 75% מאנשי הצ'קה בקייב היו יהודים – הצטרף לאנטישמיות העממית הרווחת ויצר דימוי שלהם כפרו-קומוניסטים בכוח, דימוי שרווח בכל שדרות החברה. כולם החלו להיתפש כבעלי-ברית וסייענים של הבולשביקים.
ב-9 בפברואר, הראדה הגולה חתמה על שלום נפרד עם מעצמות המרכז, ואלו כבשו את אוקראינה בתוך שבועות ספורים והפכו אותה למדינה גרורה בשליטה נומינלית של הראדה. מסע המלחמה היה מלווה בפרעות נגד יהודים שנערכו על ידי היחידות הלאומניות הסדירות-למחצה. בברדיצ'ב נטבחו כ-20, ובקייב נהרגו 22 ואחרים נעלמו, נאנסו ועונו. ב-3 במרץ נכנעו הסובייטים לדרישות הפולשים וחתמו על חוזה ברסט-ליטובסק, שבו ויתרו על אחיזתם כמעט בכל אוקראינה ובטריטוריות מערביות אחרות. הנוכחות הגרמנית-אוסטרית ייצבה את הסדר הציבורי במדינה. ההתפרעויות והמהומות, ובכללם נגד יהודים, שככו, אם כי לא חדלו. כ-80 פוגרומים התחוללו במהלך כל השנה. המשרד לעניינים יהודיים והמועצה הלאומית היהודית בממשלה הוסיפו לפעול לכל אורך אותה העת, גם כשההטמאן הסמכותני פבלו סקורופדסקי תפס את השלטון בהפיכה באפריל, חיסל את הראדה והנהיג משטר ריכוזי ואנטי-ליברלי בתמיכת הכובשים. בקיץ נערכו בחירות ארציות למוסדות היהודיים, שבהן הטילו קול 187,485 איש בלבד, כ-10% מהאוכלוסייה היהודית הכללית – עדות נאמנה לפער בין השכבה המשכילה הקטנה להמונים המסורתיים והאדישים פוליטית. הבחירות הביאו לשליטה ציונית, ברוב קטן, במוסדות; הפעם היו אלה הסוציאליסטים השונים שסירבו לקבל את החלוקה והם החרימו את הוועדות השונות. השיתוק בנציגות היהודית היה גמור, ועתיד היה למלא תפקיד ניכר בחוסר היכולת להפעיל את הכוח הפוליטי היהודי ברפובליקה האוקראינית בעת הפוגרומים.
בנובמבר תמה מלחמת העולם הראשונה. הגרמנים והאוסטרים נסוגו בבהילות והותירו את המדינה האוקראינית חשופה. הפוליטיקאים הפרוגרסיבים, בראשות וולודימיר ויניצ'נקו וסימון פטליורה, הדיחו את סקורופדסקי והקימו דירקטוריום לאומי. הבולשביקים ברוסיה הכריזו על ביטול חוזה ברסט-ליטובסק ופלשו שוב. לצדו של הממשל החדש והחלוש עמדו להלכה כ-100,000 חיילים, אך אלו היוו אוסף של כוחות עצמאיים בפיקוד מנהיגים מקומיים, "אטמנים", הרבה יותר מאשר צבא מאורגן. הם חסרו כל הבנה או הזדהות עם המדיניות הליברלית של הדירקטוריום. ההנהגה בקייב הייתה תלויה בהם תכופות יותר מאשר להפך, וויניצ'נקו עצמו התלונן על כך ללא הרף וטבע את המושג ההיסטוריוגרפי "עידן אילי המלחמה" (отаманщина, אוֹטַמָנְשְצִ'ינָה) ששימש מאז לתיאור התקופה בה שלטו מצביאים עצמאיים-למעשה בשטחים נרחבים בארץ. יחידות לאומיות אוקראיניות שהקימו עריקים עם התמוטטות הצבא האוסטרו-הונגרי הכריזו על צירוף גליציה המזרחית למדינה העצמאית, וגררו את צבא פולין הצעירה לסייע לפולנים בחבל. בדרום-מזרח המדינה קם הצבא האנרכיסטי של נסטור מאכנו, שהתנגד לשלטון כלשהו. באזור הדוֹן ואודסה התארגן צבא לבן רוסי אנטי-מהפכני בראשות הגנרל אנטון דניקין למלחמה בבולשביקים.
מדצמבר 1918 שוב שררו באוקראינה כאוס ומלחמת כול בכול. ריצ'רד פייפס כתב: עם התמוטטות הסדר החברתי התחדשו הפרעות ביהודים, בקנה מידה שעלה בהרבה על כל מה שהתרחש קודם.
הפוגרומים של 1919 ו-1920.
בראשית ינואר 1919 התחולל הפוגרום המשמעותי הראשון באוברוץ' שבווהלין, כשאנשיו של האטמן האוקראיני הלאומני אוֹלֶכּסי קוזיר-זירקה כבשו אותה מידי הבולשביקים. 80 יהודים נהרגו. בשבועיים הבאים חולל קוזיר-זירקה פרעות נוספות ביישובים סמוכים. מעשי טבח אחרים נערכו כמעט במקביל בז'יטומיר, בברדיצ'ב ובמספר כפרים על ידי האטמנים ווֹלִינֶץ וניקיפור הריהורייב.
הנציגות הפוליטית היהודית בממשל ציפתה לתגובה מהירה של ההנהגה כלפי הפורעים. ב-11 בינואר הוציא הדירקטוריון הודעה שנחתמה על ידי היו"ר ויניצ'נקו, שר הצבא פטליורה ואחרים, וכללה גינוי חמור למבצעי הפוגרומים ופקודה לעצור ולשפוט אותם. החותמים האשימו את תומכי סְקוֹרוֹפַּדסקי, את הצבא הלבן ואת הבולשביקים במעשי האלימות נגד היהודים וטענו כי אלה היו פרובוקציות שנועדו לפגוע בכבודו של צבא הרפובליקה; אך ההכרזה כללה גם פסקה שבה קראו המנהיגים ל. מספר נציגים יהודים ביקשו מוויניצ'נקו להסיר את הפסקה, שהשתמע ממנה קישור בין "האומה היהודית" לבולשביקים, אך הוא הסביר כי היא נדרשה דווקא מפני שהמסיתים טענו לקשר גורף כזה. הטון של ההצהרה הכעיס את הפוליטיקאים היהודים, והמועצה הלאומית היהודית מחתה וקבעה כי "ההכרזה לא מספקת... ותגרום להגברת האיום על היהודים." בעיניהם, ניתן בזאת ביסוס מגבוה להשוואה בין יהודים לבולשביקים שרווחה בהסתה הציבורית ובפקודות שהוציאו אטמנים מקומיים. במהלך פברואר ומרץ, בעת ששטף את הארץ גל של פוגרומים, משלחות יהודיות עלו אל פטליורה ועתרו בפניו שיוציא צווים נוספים נגד הפורעים. הדירקטוריום לא נענה. הרפובליקה הייתה בעיצומו של משבר צבאי חמור, וויניצ'נקו התפטר מתפקיד היו"ר והוחלף על ידי פטליורה. ב-5 בפברואר כבשו הבולשביקים את קייב שוב, והממשלה האוקראינית נמלטה לחרסון. המפלגות היהודיות איבדו בהדרגה את אמונן בה, וראו אותה כחסרת אונים לכל הפחות, אם לא אדישה ממש, לטבח של אלפי יהודים בידי כוחות תומכיה. רק 'פועלי ציון' הוסיפה לתמוך בממשלה באופן מלא.
ב-15 בפברואר 1919 אירע בפרוסקורוב אחד הפוגרומים הקשים ביותר במלחמת האזרחים, לאחר שהבולשביקים ניסו לארגן התקוממות. אנשי האטמן איוואן סמסנקו, שהיה נאמן לרפובליקה, טבחו בתוך מספר שעות יותר מ-1,600 יהודים ופצעו עוד אלף. ב-18 בחודש טבח סמסנקו בעוד 500 יהודים בפלשטין. פרעות נוספות התחוללו בפלך פולטבה; בעיירה לובני מנעה יחידה אוקראינית מחיילים אחרים ומן ההמון לבצע פוגרום, ו-14 מאנשיה נהרגו. בין ה-22 ל-25 במרץ נטבחו יותר מ-300 יהודים בז'יטומיר על ידי יחידות האטמן המקומי וההמון.