קולצ'ק נע ברכבת מאומסק לאירקוטסק, איפה שתוכנן כי ייפגש עם שרי ממשלתו. באמצע הדרך נודע לו על כך שהצ'כוסלובקים יצאו בהצהרה כי הם מפסיקים את כל פעילותם בעד ממשלת קולצ'ק וכי פרץ מרד של פעילי הס"ר בוולדיווסטוק שנתמך בידי הגנרל הצ'כוסלובקי רדולה גאידה. המוצב הצ'כוסלובקי העירוני לא תמך במרידה של פעילי הס"ר והכריז על הנייטרליות שלו, פעולה שאפשרה לכוחות הקוזאקים בעמק נהר האמור להשיב אש ולמוטט את המרידה. מנהיגי הס"ר שהפיצו את המרידה נסו למצור מחסה בחלקה של העיר שנשלט בידי הצבא האמריקאי. מעבר למרידה בוולדיווסטוק, החלו יריביו הפוליטיים של קולצ'ק, שפעלו במחתרת עד אותה העת, להרים את ראשם לנוכח נפילתה של אומסק ונסיגתם של הכוחות הלבנים. פרעוה התקוממויות בטומסק, קאנסק וערים נוספות.
בינתיים, מועצת השרים ניהלה משא ומתן עם פעילי ס"ר לשיתוף כוחות לנוכח התקדמותם של הבולשביקים, וזאת על גבי העובדה שכל צד במשא ומתן חשד באחר וקולצ'ק אף לא לקח חלק במשא ומתן. קולצ'ק המשיך בתנועתו האיטית לאורכה של מסילת הברזל עד אשר הגיע לעיירה טייגה ב-8 בדצמבר. בהגעתו לטייגה פגש בוויקטור פפליאייב, שהחליף את וולוגודסקי בראשות הממשלה. פפליאייב ניסה לשכנע את קולצ'ק לבצע שינויים בדרג הפיקודי אך קולצ'ק הסכים רק להחלפה אחת, זאת של סחארוב מהפיקוד על הארמייה המערבית שהתפזרה לנוכח הנסיגה. לנוכח הנסיגה הממושכת, התקדמותם של האדומים, פרוץ ההתקוממויות הרבות והקיפאון בחורף הסיבירי, רוב יחידות הצבאות הלבנים במזרח התפזרו במהלך "צעדת הקרח הסיבירית הגדולה".
יאן סירובי, מפקד הלגיון הצ'כוסלובקי, יצר קשר עם מוריס ז'נין והדגיש כמה קריטית התנועה של הלגיון הצ'כוסלובקי לוולדיווסטוק כדי להתפנות דרכו מרוסיה. סירובי האיץ בז'נין כאשר טען כי הלגיון על סף התקוממות. בתוך זמן קצר הועבר לידי הלגיון שליטה מלאה על מסילת הברזל הטרנס-סיבירית והיה ברשותם לקבוע כי קודם כל תאופשר נסיגת מדינות ההסכמה למזרח, ורק לאחר מכן נסיגת הכוחות הלבנים של קולצ'ק. הצ'כוסלובקים מנעו פינוי של כוחות רוסים מזרחית לנובו-ניקולייבסק קודם לפינוי הכולל של כוחותיהם שלהם וכוחות מדינות ההסכמה. עיכוב זה התגלה כבעל השפעה חריפה על הכוחות הלבנים והותיר את המשלחת של קולצ'ק בקרסנויארסק למספר ימים. הצ'כוסלובקים נשארו מחופרים בעמדתם על אף ההתנגדות של הכוחות הלבנים. דרך ההחלטה שלהם, הצ'כוסלובקים עיכבו 120 רכבות מלאות בחיילים לבנים נסוגים למשך בין 10 ל-20 ימים שבמהלכם התקדמו הכוחות האדומים ברחבי סיביר. כל אותה העת קולצ'ק המשיך לנוע עם המשלחת שלו כאשר הצ'כוסלובקים התירו לו. לאחר שז'נין הורה על מעצרו של קולצ'ק ב-17 בדצמבר בקרסנויארסק הצליח זה האחרון לקבל אשרה מהגנרל הצרפתי להמשיך בתנועתו ב-21 בדצמבר.
זמן קצר לאחר שיצא קולצ'ק עם המשלחת שלו מקרסנויארסק, נפל בשבי של אנשי "המרכז הפוליטי" שהקיפו את משלחתו כמו גם כוחות צ'כוסלובקים נותרים. תנועת "המרכז הפוליטי" אשר היו מבין המתקוממים נגד קולצ'ק היו חברי תנועה סוציאל-רבולוציונרית אשר מזה זמן רב התנגדה לשלטונו של קולצ'ק דרך פעילות מחתרתית. לאחר עצירתו בידי "המרכז הפוליטי" והצ'כוסלובקים הועבר קולצ'ק באופן זמני עם המשלחת שלו לעיירה ניז'אודינסק.
בגידה, מעצר, והוצאה להורג.
ב-10 בינואר הגיע קולצ'ק על מסילת הברזל הטרנס-סיבירית לאירקוטסק לאחר מסע מניז'אודינסק. כל אותה העת היה קולצ'ק מוקף בטבעת משמר של המיליציה של "המרכז הפוליטי" ושל הכוחות הצ'כוסלובקים הנותרים. נודע לקולצ'ק שבערב קודם לכן עזבו הכוחות האחרונים של מדינות ההסכמה את העיר. הצ'כוסלובקים הסגירו אותו לחלוטין לידי אנשי "המרכז הפוליטי" בעוד הם המשיכו לעבר ולדיווסטוק. למעשה, אירקוטסק נשלטה בידי "המרכז הפוליטי" שעלה לשלטון זמן קצר קודם לכן דרך התקוממות וההסגרה של קולצ'ק נועדה כדי שהצ'כוסלובקים ישיגו הבטחה לביטחונם בתנועתם לוולדיווסטוק מידי "המרכז הפוליטי". בסביבות השעה 21:00 ב-15 בינואר 1920, מטה ההנהגה של "המרכז הפוליטי" הכריז באופן רשמי על מעצרם של אלכסנדר ואסילייביץ' קולצ'ק וויקטור ניקולאייביץ' פפליאייב. אנה טימירבה, שעזבה את אומסק ביחד עם קולצ'ק, נעצרה ביחד עם אהובה וניסתה להרגיע אותו. קולצ'ק מצידו היה נסער על כך שבעלי בריתו הצ'כוסלובקים היו אלו שבסופו של יום הסגירו אותו ליריביו הפוליטיים.
מפקד הכוחות היפנים באירקוטסק - שהיו האחרונים מבין כוחות מדינות ההסכמה בעיר - קולונל פוקודה, פנה בליל ה-15 בינואר ליאן סירובי בבקשה להעביר את קולצ'ק לחסות יפנית. סירובי הסביר לפוקודה שרק שעות ספורות קודם לכן הוסגר לידי "המרכז הפוליטי" וכבר לא היה נתון לחסותם של הצ'כוסלובקים. הגורם המרכזי לבגידת מדינות ההסכמה ובראשן המשלחת הצרפתית בקולצ'ק נגע למדיניותו בעניין עתודות הזהב, אותן סירב להפקיד מחוץ לרוסיה מחשש שישמשו את מדינות ההסכמה כקלף פוליטי להפוך את רוסיה בהנהגתו למדינת בובות. במהלך השבוע הבא השתלטו כוחות הצבא האדום על העיר אירקוטסק ורשויות השלטון בעיר עברו מידי "המרכז הפוליטי" לידי רוסיה הסובייטית, משמע שקולצ'ק הועמד במעצר בידי הבולשביקים. המפקד הסובייטי באירקוטסק היה אלכסנדר אלכסנדרוביץ' שיריאמוב. ביומנו כתב שיריאמוב על הסיבות והגורמים להסגרתו של קולצ'ק ובין לבין רשם על הכבוד שרכשו האדומים לקולצ'ק:
ב-21 בינואר, כאשר עדיין היה נתון תחת רשויות "המרכז הפוליטי", החלה החקירה של קולצ'ק בידי ועדה מיוחדת מטעם "המרכז הפוליטי". במשך מספר קטעים בחקירה לקח קולצ'ק אחריות על אירועים שלמעשה לא היה אחראי עליהם כדי לא להסגיר בעלי ברית, כביכול מכיוון שהאמין כי על כל מקרה יגזר מעליו גזר דין מוות. כמו כן, קולצ'ק השאיר את פרוטוקול החקירה כמקור ביוגרפי לתולדות חייו. כאשר הצבא האדום השתלט על העיר, הנציג הסובייטי, סמואיל גדאלביץ' צ'ודנובסקי, לקח פיקוד על החקירה. ועד החקירה המיוחד מטעם "המרכז הפוליטי" הוחלף בידי ועדה מיוחדת מטעם ההנהגה הבולשביקית אשר ייצגה את רוסיה הסובייטית.
הגנרל ולדימיר קאפל נותר נאמן לקולצ'ק ועם שארית הכוחות שבפיקודו יצא למבצע לחילוצו מאירקוטסק. קאפל, באמצע דרכו, נפל עם סוסו בין הקרחונים בסיביר ומת מפצעיו ב-26 בינואר. על אף מותו של קאפל, 5,000 חיילים לבנים המשיכו לנוע במסעם לחילוצו של קולצ'ק. הכוחות הלבנים הונהגו בידי סרגיי ניקולאייביץ' בויטסחובסקי, אשר תכנן להשתלט על אירקוטסק במתקפה חזיתית. ב-3 בפברואר השתלטו הכוחות על העיירה צ'רמחובו, הממוקמת 140 קילומטרים מאירקוטסק עצמה, והדיחו את המועצה המהפכנית הבולשביקית שעמדה בראשה. לאחר ששני הצדדים הטילו אולטימטומים זה על זה בשערי אירקוטסק הטילו הכוחות הלבנים מצור על העיר. במהלך הקרב על אירקוטסק לא נלקחו כלל שבויים משני הצדדים בעוד הבולשביקים שמרו על מערך החפירות שלהם. זמן קצר לפני פריצת העיר המיועדת בידי הלבנים התערבו הצ'כוסלובקים המוצבים באזור ומנעו את העברת השליטה בעיר לידי הלבנים.
בויטסחובסקי סירב לסגת מעמדות חייליו הצרים על העיר ונאבק בצ'כוסלובקים שלכל הפחות יתערבו עבור שחרור קולצ'ק. בלילה שבין ה-6 ל-7 בפברואר, לנוכח התקדמותם של הכוחות הלבנים הצרים על העיר, הועמדו קולצ'ק ופפליאייב בפני כיתת יורים והוצאו להורג ללא משפט. ההוצאה להורג הייתה תוצאה ישירה של הוראה מצידו של לנין במוסקבה. מוערך כי ההוצאה להורג התקיימה על גדות נהר אושקובקה על יד מנזר זנמנסקי לנשים שעמד בעיר. מעורבותו של לנין ושאר צמרת ההנהגה הסובייטית בהוצאה להורג מוטלים בספק. ב-7 בפברואר חתמו נציגים בולשביקים עם מקביליהם הצ'כוסלובקים כי קולצ'ק ישאר בחסות בולשביקית וזאת ללא ידיעת הצ'כוסלובקים כי הוא כבר הוצא להורג. כאשר נודע על הוצאתו להורג של קולצ'ק, בויטסחובסקי הורה לכוחותיו הצרים על אירקוטסק לסגת. לפי הפעיל הפוליטי האנטי-בולשביקי סרגיי מלגונוב, הוצאתו להורג של קולצ'ק סימלה את סיום המאבק הסדיר בסיביר במסגרת מלחמת האזרחים.
מורשתו של קולצ'ק.
היסטוריונים צבאיים מעריכים כי טעותו הגדולה ביותר של קולצ'ק באה כאשר הוא החל להיאבק שלטונית ואסטרטגית עם הלגיון הצ'כוסלובקי. בתחילה הצליחו הכוחות הלבנים בפיקודו להגיע להצלחה מסוימת. קולצ'ק לא היה בקיא בלחימה ביבשה והעביר את רוב התכנון האסטרטגי לידי גנרלים שונים בעוד פעל להתקרב לחזית כדי לחזות בהתרחשויות.
קולצ'ק עורר גם את סלידתם של בעלי ברית פוטנציאליים, כולל הלגיון הצ'כוסלובקי ובריגדת הרובאים החמישית הפולנית. הם החלו נסוגים ממעורבותם הישירה בסכסוך באוקטובר 1918 אך נותרו שומרים על נוכחות; היועץ הזר של מדינות ההסכמה, מוריס ז'נין ראה בקולצ'ק כלי בובה של הבריטים בעוד הוא עצמו היה בין תומכי הסוציאל-רבולוציונרים וניסה לחזק את השפעתה של צרפת על רוסיה. קולצ'ק גם סמך על סיוע יפני; היפנים חששו ממאמציו להשיב את השליטה הרוסית במזרח הרחוק ולכן ניסו להקים מדינות חסות קוזקיות במזרח הרחוק הרוסי כמדינות חוצצות. לערך 7,000 הכוחות האמריקניים בסיביר היו נייטרלים בקשר ל"פרשיות פנים רוסיות" ופעלו בעיקר כדי לשמר את השפעתם על מסילת הרכבת הטרנס-סיבירית ולהיאבק בבולשביקים עד מהלך 1919 בצפון רוסיה. המפקד האמריקני, הגנרל ויליאם ס. גרייבס, סלד באופן אישי מממשלת קולצ'ק, שאותה ראה כרודנית ותומכת המלוכה, השקפה שחלק בה עם הנשיא האמריקני וודרו וילסון.