בתגובה נשלח לאי בשנה שלאחר מכן צבא גדול על ידי פרידריך השני, שראה את קפריסין כחלק מהקיסרות ואת עצמו כצד בסכסוך, תחת פיקודו של פילנגיארי; הקיסר עצמו לא היה יכול לבוא, משום שהיה עסוק במלחמות נגד הכנסייה, שהתסיסה כנגדו כעת את אירופה כולה. הניסיון לכבוש את קפריסין מחדש לא צלח, והמלחמה התפשטה אל שטחי ממלכת ירושלים, כאשר במהלך מפתיע נחת הצי הקיסרי בביירות - מרכז הכוח האיבליני לשעבר ונחלתו של ז'אן, שנותרה ללא חיל מצב; העיר נכבשה ונמסרה לידי נציג הקיסר, אך מצודת העיר וארמונו של ז'אן מאיבלין נותרו תחת מצור. בעכו כינס נציג הקיסר אספה מיוחדת על מנת לדון במצב, אך הקרע היה בלתי ניתן לגישור, שכן מחד ראה הקיסר את ז'אן מאיבלין ותומכיו כבוגדים בכתר ודרש להחזיר לידיו את מושכות השלטון במדינה והכרה בשליחו כנציב עליון, ומאידך ראו האיבלינים את הקיסר כמי פוגע בזכויותיהם הפיאודליות ומנסה לשדוד את רכושם ודרשו הסרת המצור על ביירות ושמירת זכויותיהם. כאמור, הפער בדעות נבע בעיקר מההשקפות השונות של מלכי אירופה וממלכות הצלבנים.
הקרע בממלכת ירושלים.
בפברואר 1232, במטרה להסיר את המצור על מצודת ביירות ולהכריע את המאבק, הצליח ז'אן מאיבלין, אשף הפוליטיקה, לשכנע את אצילי קפריסין - יריביו, שכעת היו כפופים לו - כי האיום מצד הקיסר מקיף את זכויות כל הוואסאלים הצלבניים, וכאשר נענו לו, ארגן צי גדול בסיוע המלך אנרי, שכבר לא היה קטין כעת, ויחדיו נחתו הברונים בסמוך לטריפולי. כוחם הצבאי של תומכי ז'אן מאיבלין לא עמד לשחרר את הנצורים במצודת ביירות, והקרע בממלכת ירושלים מנע מהאיבלינים מלהשיג תמיכה גורפת לעמדתם; לכן וויתר ז'אן על ביירות, ופנה דרומה, לעיר עכו, שהייתה כזכור בירה למחצה של הממלכה. אנשיו סיפחו לרשותם את העיר, הקימו שם "קומונה", והציבו את ז'אן מאיבלין כרוזן העיר עכו ומיור הקומונה. הצלחה זו נמחקה חיש מהר כאשר נפגשו הצבאות בסמוך לאכזיב בשלישי במאי 1232; הצבא הקיסרי הביס את האיבלינים, ובמהלך מהיר השתלט על קפריסין כולה. הקערה נהפכה על פיה משחזר אנרי מלך קפריסין לממלכתו, ובקרב אגרידי (Agridi) המהולל לחמו אצילי ירושלים וקפריסין כנגד הצבא הקיסרי, כשבמאסף צועדים אנרי הראשון וז'אן מאיבלין-ביירות עצמם, ועל החזית מפקדים בניהם הצעירים של ז'אן הזקן (כבאליאן ובלדווין) ושל אחיו פיליפ (כז'אן ד'איבלין-ארסוף); הם מיגרו את הכוח הקיסרי על האי, ובאליאן השני זכה לתהילה כשחסם בפני אויביו את דרכם ועצר אותם עד להתמוטטותם המלאה בידי צבא האבירים. קפריסין הייתה כעת ברשות תומכי בית איבלין והמלך אנרי, אבל ממלכת ירושלים עצמה נחלקה כעת לשניים: נציגי הקיסר שלטו בערים חשובות לאורך מישור החוף, ואילו משפחת איבלין החזיקה בעכו, "בירת החוף". הקיסר היה אמנם השליט החוקי, אך צלבני ארץ ישראל תיעבו אותו וזכר בית איבלין נעור בהם במידה מספקת כדי לצדד בהם. ניסיונות הפשרה, אותם הוביל כפי הנראה ז'אן ד'איבלין-ארסוף, נדחו על הסף, ובהיעדר שליט מוסכם החזיקו בית איבלין ולוחמי גנואה בעמדות הכוח בממלכה, בסיועו של פיליפ דה מונפורט ואצילי הממלכה.
בהתערבות הכס הקדוש, שכעת היה במצב של רגיעה פושרת מול הקיסר שהיה עסוק במלחמות אזרחים נגד בנו הממזר היינריך השביעי, וביוזמת ראש המסדר הטבטוני מן הצד שכנגד, נשלח נציגו של האפיפיור גרגוריוס בשנת 1234 לעכו על מנת לפזר את הקומונה של עכו בראשה עמד ז'אן מאיבלין ולהשיב את השלום בממלכת ירושלים אל כנו. ז'אן מאיבלין, בתגובה, השכיל לנצל את המצב, המריד את התושבים נגד השליח הכנסייתי ועורר מהומות בכל עכו, במהלכם אף הוצת הרובע הצפוני של העיר. האפיפיור זעם, ונציגו הטיל האפיפיור נידוי על עכו ועל אדוניה, ז'אן מאיבלין, שנותר בראש הקומונה שלו. בשנת 1236 השתנו יחסי הכוחות באיטליה, כאשר החל פרידריך במלחמתו כנגד הליגה הלומברדית האיטלקית, והכס הקדוש מצא עצמו עומד - שוב - בעימות מול הקיסרות; גרגוריוס התשיעי, שהחזיק עצמו כאיש מלחמה אבל הובס שוב ושוב על ידי הקיסר המתוחכם, הורה לסלק את נציג הקיסר מארץ ישראל, ורכושו של ז'אן דה איבלין הוחזר לו במלואו.
ניצחון פירוס זה של ז'אן מאיבלין אכן חיזק את מעמדו, אך החליש את ממלכת ירושלים ורושש אותה מאמצעים; המאבק בין האיבלינים לבין הקיסר הזרים לוחמים ואנשי קומונות רבים נוספים לממלכת ירושלים, ובכך צבר תאוצה תהליך עליית כוחם של המסדרים הצבאיים והקומונות האיטלקיות, שהמאבקים ביניהם תרמו רבות לחורבן הממלכה בהמשך. היה זה גם ניצחונו האחרון של ז'אן – הוא נפטר בשנת 1236 בעכו, בעודו אוחז בממלכה כולה.
באותן השנים שירת את המשפחה הלוחם, הדיפלומט, המשורר והמשפטן הנודע פיליפ דה נוברה (1195–1265 לערך), שבאחרית ימיו כתב ספר על החוק הפיאודלי של ממלכת ירושלים; חיבורו השפיע רבות על מנהיג המשפחה הבא, בנו של פיליפ הראשון מאיבלין, ז'אן מאיבלין-ארסוף (להבדיל מדודו, ז'אן מאיבלין-ביירות), שבאחרית ימיו כתב גם הוא ספרי היסטוריה, בעודו שולט למעשה בממלכת ירושלים כולה.
המאבק האחרון על השלטון בממלכה.
בינתיים ניסתה אליס משמפאן להילחם על זכויות ירושת אביה במחוז שמפאן, ורק בשנת 1236 חזרה לקפריסין, כשהיא מעודדת ממותו הסמוך של אויבה המושבע, דודה ז'אן. אך המלך אנרי, בנה, סירב להעניק לה מקלט, והיא מצאה עצמה מנודה וחסרת כל מעמד במזרח. אז נודע לה על הפילוג בממלכת ירושלים, ואליס הבינה שבני איבלין לא מצליחים להשתלט לחלוטין על הממלכה רק מפני שאינם יכולים למצוא לגיטימציה לשלטונם. אליס ידעה שהיא מהווה לגיטימציה מספקת, בהיותה דודתה של אם המלך; לכן התחתנה אליס עם האציל ראול מסואסון בשנת 1241, חבְרה ליריביה לשעבר, בני איבלין, ועמם העלתה מחדש את תביעתה לכס ממלכת ירושלים.
ואכן, כעת צברו בני איבלין תומכים נוספים. כאשר ב-25 באפריל 1243 הגיע קונרד השני, מלך ירושלים לבגרות ומעמד העוצר נשלל מאביו פרידריך השני, נעדר קונרד מהטקס הקבוע על פי החוק הפיאודלי בממלכת ירושלים, בו מקבל המלך את שבועת הנאמנות הוואסאלית של אצילי הממלכה ומעניק להם בתמורה את האחוזות שלהם בחזרה כפיאודום; היעדרו של קונרד, בשל העובדה כי מעולם לא היה בממלכת ירושלים ואביו פרידריך היה זה ששלט בה, נתן לאצילים ולבית איבלין את העילה האחרונה להיפטר מהשלטון האימפריאלי ושליחיו, כעת כשהיה הכול מוכן להשתלטותם; בישיבה מיוחדת של אצילי ממלכת ירושלים, במעמד הארכיבישוף של צור, הועלתה תביעתה של אליס מקפריסין, שהייתה "הקרובה ביותר לכתר" בהיותה בתה של איזבל הראשונה, והיא ובעלה האציל מסואסון קיבלו את שבועת האמונים של אצילי הממלכה, ועימה את השלטון בממלכה.
שלטון בית איבלין בממלכת ירושלים.
למעשה, היו אליס ובעלה כלי שרת בלבד בידי האיבלינים, שכן בטרם התכנסה הוועידה גמרו בני משפחת איבלין ובני בריתם לקבל את דרישת אליס מקפריסין, אך בתמורה לקחת את השלטון בפועל כעוצרים. כתוצאה מהמהלך נתבטלו כל הצווים והמינויים של פרידריך בהיותו עוצר והוראותיו של קונראד כפי שניתנו על ידי נציגיו, וצבא שגויס על ידי משפחת איבלין עלה על העיר צור בה ישבו נציגי הקיסר, ובשל הסכם סודי עם בורגני העיר נפתחו בפניהם השערים; צבא איבלין דחק את הכוח הקיסרי אל מצודת העיר, ולאחר חודש של מצור נכנעו מגיני המצודה, ביום 10 ביולי 1243. בתקופה זו שלט בית איבלין שלטון ללא מצרים בממלכה כולה, ומשדרשו אליס וראול לקבל לידם את צור רבת החשיבות הודיעו להם האיבלינים כי מאחר ששאלת השלטון בממלכה לא נפתרה באופן סופי, יחזיקו הם בערים שכבשו עד שיהיה ברור למי עליהם למסור אותם.