ב-1948 היו במרוקו 265,000 יהודים. העלייה ממרוקו הייתה הגדולה בעליות שהתרחשו ממדינות ערב, והיא מנתה בסך הכל 210,000 איש. עיקר העלייה נעשתה בשלושה גלים, הראשון מקום מדינת ישראל ועד מתן העצמאות למרוקו ב-1956, תקופה בה העלייה הייתה חוקית, השני מעצמאות מרוקו ועד מות המלך מוחמד החמישי, במהלכה הייתה העלייה בלתי חוקית, והשלישי החל מירושת הכתר בידי חסן השני, מלך מרוקו, ועד 1964, תקופה שעמדה בסימן חשאיות דרך הסכם מוסדר של ישראל עם מרוקו שנעשה מתחת לפני השטח.
קום המדינה עורר התרגשות רבה בקרב היהודים במרוקו, ולצד זאת בשנים אלה החמיר מצבם של היהודים בשל התגברות הטרור במדינה כחלק מהמאבק הלאומי המרוקאי. העיתונות הלאומית המרוקאית הייתה שופר מרכזי להסתה כנגד יהודים. המאורעות הקשים ביותר בתקופה זאת היו פרעות אוג'דה וג'ראדה שהתרחשו ביומיים 7–8 ביוני 1948. כדי להגן על יהודי צפון אפריקה בכלל, ומרוקו בפרט, מהפרעות, הוכשרה יחידה של עשרים מפקדים שליחי צה"ל והמוסד בראשות שלמה חביליו. היחידה נקראה "המסגרת", הכפופה לאגף "ביצור" במוסד, והוקמה לאחר סיור של חביליו במרוקו, תוניסיה ואלג'יריה במהלכה ביצע הערכת מצב. הפרעות הגבירו את קצב העלייה ואת חששם של היהודים לגבי עתידם במרוקו, ובין השנים 1948 ל-1956, כשמרוקו עדיין הייתה בשלטון צרפתי, עלו לישראל בין 85,000 ל-92,000 יהודים. הנציב העליון הצרפתי התנגד להגירה של היהודים ממרוקו והטיל הגבלות על אף תחינות מצד גורמים ישראלים שימנע מכך.
במקביל החלה פעילות של הקונגרס היהודי העולמי בנושא עלייתם של יהודי מרוקו. ב-1954 התמנה ג'ו גולן (גולדין) לאחראי מטעם הסוכנות על המגעים עם מרוקו להעלאת היהודים, כאשר הוא עצמו היה מכר, מתקופת לימודיו בפריז, של מנהיגים מרוקאים בכירים, בהם ראש הממשלה הראשון, מבארכ אל-בכאי, ושרים בכירים. בנוסף על אלו הוא גם יצר קשר עם יורש העצר, מולאי חסן, לימים המלך חסן השני. לקראת תן העצמאות, בתוך המוסד רווחה ההערכה כ ניתן יהיה להמשיך בתשתית העלייה החשאית גם עם מרוקו תקבל עצמאות. הערכות אלו התבדו כאשר בשנת 1956 קיבלה מרוקו את עצמאותה מצרפת, ואחת מפעולותיה הראשונות של הממשלה החדשה היה להגביל את העלייה של יהדות מרוקו לישראל. בפקודת הממשלה נסגרה יחידה של הסוכנות היהודית שפעלה בקזבלנקה, ו-13 שליחי הסוכנות גורשו ממרוקו. בשנת 1957 לאחר מכן מרוקו אסרה גם על כל פעילות ציונית בשטחה. עקב ההגבלות על העלייה פעלה המחתרת היהודית במרוקו בהנחיית המוסד הישראלי וניהלה מבצעי עלייה חשאית ממרוקו.
במקביל לעמדה הרשמית האנטי-ישראלית שנקטו המנהיגים הלאומיים המרוקאים בתקופת המנדט הצרפתי ובהמשך לאחר שלקחו את השלטון ברבאט, מגעיו של גולן הניבו שלוש פגישות מוצלחות עם הסולטאן מוחמד החמישי, בתקופה שקדמה להכרזת העצמאות המרוקאית, ובמסגרתן קבע הסולטאן כי: "מעולם לא התנגדנו להקמת מדינה יהודים וגם לא לקיומה. אנחנו סבורים שצריך לעשות הכל כדי שלא לבודד את ישראל. במצב הנוכחי דעתנו היא שהמדינה הזאת יכולה להיות חלק ממכלול המדינות באזור." בהקשר לבעיה הפלסטינית אמר "אין לי שום נוסחה להציע [בנושא]", ובהקשר ליהודי מרוקו אמר: "יהודי מרוקו, בני הארץ הזאת ז אלפי שנים, ייהנו מאותן זכויות שיוענקו לאחיהם בני מרוקו, ומרוקו העצמאית תכבד את הצהרת זכויות האדם האוניברסלית." לחץ הליגה הערבית והאוכלוסייה המקומית הקשו על המלך מוחמד החמישי לממש את הבטחותיו, אך בלחץ ארצות הברית וצרפת קבע ב-1957 כי כל יהודי החפץ לעזוב את מרוקו רשאי לפנות ולקבל דרכון. ההצהרה שינתה מעט מאוד בשטח, ועיקר העלייה המשיכה להיעשות באופן חשאי. ב-1958 לחץ עממי על הממשלה והמלך ברבאט הובילו להצטרפותה של מרוקו לשורות הליגה הערבית. לשם תיאום פעילות חשאית, ביקר ראש המוסד איסר הראל במרוקו פעמים אחדות בסוף שנות החמישים.
מבצע יכין.
בשנת 1961 בעקבות אסון טביעת ספינת אגוז וחילופי השלטון בין המלך מוחמד החמישי לבנו חסן השני, נערך משא ומתן חשאי בין ישראל למרוקו והושגה הסכמה שאפשרה את יציאת היהודים מהמדינה. כחלק מההסכם ישראל התחייבה לשלם לממשלת מרוקו סכום של 50 דולר עבור כל יהודי שממשלת מרוקו תאשר את יציאתו מהמדינה, ובנוסף ישראל התחייבה לסייע למרוקו לשדרג את מנגנוני הביטחון הפנימיים שלה. היהודים הורשו להגר ממרוקו בתנאי שישראל לא הייתה היעד המוצהר שלהם, ובתנאי שהעלאתם נעשתה דרך גוף אחראי שאינו ציוני. הגוף שהיה אחראי לשם כך היה היא"ס (HIAS), ארגון יהודי-אמריקאי הומניטרי שנוסד במקור כדי לסייע לפליטים יהודים ב-1881. הארגון סייע ליהודים נתיני ארצות הברית להשיג רישיונות כניסה עבור קרוביהם שבאירופה, לעזור להם בצעדיהם הראשונים בארץ החדשה ולהילחם בחוקים המגבילים את אפשרות ההגירה של יהודים מארץ לארץ. כיום, מטרת ארגון היאס היא לסייע לכלל הפליטים (לאו דווקא יהודים) שנמצאים במצוקה קשה, לעזור להם לאיחוד משפחות, ולפעול למען ביטחונם.
בעקבות הסרת המגבלות על עזיבת מרוקו, רוב רובם של בני הקהילה היהודית במדינה עלו לישראל או היגרו לאירופה לאורך השנים הבאות. ערב מלחמת ששת הימים בשנת 1967 עוד נותרה במרוקו קהילה יהודית גדולה יחסית, בת 60,000 איש. בעקבות מלחמת ששת הימים והאיומים שהתגברו על הקהילה היהודית במרוקו, החל הגל האחרון של עלייה ממרוקו, כאשר חלק מהם עלו לישראל ישירות וחלק אחר לאחר שהיית פרק זמן מסוים בארצות אירופה. מספר העולים ממרוקו מתחילת שנות ה-70 עד תחילת שנות האלפיים עומד על כ-15 אלף. גל עלייה אחרון זה של יהודים ילידי מרוקו התאפיין ברמת השכלה ורקע סוציו-אקונומי גבוה של העולים, וכך למשל החל משנת 1972 שיעור האקדמאים בקרב עולים ילידי מרוקו עלה על שיעור האקדמאים בקרב יהודים ילידי ישראל. בין השנים 1961 ל-1971 עלו עוד 130,507 מיהודי מרוקו ארצה.
מיסוד קשרים חשאיים.
עוד בסוף שנות החמישים, בעוד נושא העלייה מופקד באחריותה של הסוכנות היהודית, שלח ראש ממשלת ישראל, דוד בן-גוריון, את הסופר ואיש החינוך נתן אנדרה שוראקי למרוקו, במסגרת שליחות מטעם משרד החוץ. במרוקו הוא נפגש עם מנהיגי ממשל ואופוזיציה, כולל אישים במפלגת אל-איסתקלאל האופוזיציונרית, במטרה להסדיר ביקור, אפילו חשאי, של בכיר מרוקאי בישראל. מאמציו לא הצליחו להביא למטרה שלשמם נשלח, ושוראקי נשלח לשליחויות נוספות במרוקו שמטרה להמשיך ולקדם מגעים, ויצר קשר בין היתר עם אישים כגון אל-מהדי בן ברכה ממפלגת אל-איסתקלאל וסגן ראש הממשלה עבד רחים בועביד. בכל המקרים הביעו המנהיגים שעימם נפגש שוראקי הערכה רבה כלפי ישראל, אך במקביל סלדו מביקור בה לנוכח אילוצים פנימיים בתוך ארצם. המוסד, במקביל לפעילותה של "המסגרת", הפעיל רשת איסוף תוכן מודיעיני, שנועדה לבלום את השפעתו של גמאל עבד אל נאצר במצרים ובין היתר גילתה תוכנית להתנקשות ביורש העצר חסן בעת מסע דיפלומטי של אביו המלך מוחמד החמישי. המוסד ביצע העברת פרטים לשלישו ואיש אמונו של המלך, מוחמד אופקיר, ניסה להשיג את אמונו, ודרכו להשפיע על עמדת המלך הרשמית ביחס לישראל וליהודים.
ב-1958, ביוזמת אלינור רוזוולט, ג'ו גולן וראש עיריית פירנצה, נערכה בעיר, באיטליה, ועידה בין ישראלים לערבים, שכללה אינטלקטואלים, פוליטיקאים ועיתונאים משני הצדדים, ונועדה להביא לקירוב לבבות ולהרגעת הסכסוך הישראלי-ערבי. בין נציגי המשלחת הישראלית היו ראובן שילוח, מוריס פישר, רוסתם בסתוני ומרטין בובר. במסגרת המשלחת המרוקאית נכללו בין היתר יורש העצר חסן השני, מנהיגי מפלגת אל-איסתקלאל בן-ברכה ועלאל אל-פאסי ודוקטור מוחמד דדון. באפריל 1960 ביקר בישראל סלאם גסוס, שהיה שותף לוועידה, וקרא לממשלת ישראל לשתף פעולה עם המלך ולחזק את משטרו, מפאת האפשרות שאם יתמוטט עלולה לעלות ממשלה סוציאליסטית שתרכין ראש למצרים של נאצר. לאחר הפגישה עם גסוס, התרחבו המגעים בין האחראים על נושא העלייה בסוכנות היהודית ליורש העצר חסן השני. שהעריך מחד כי פתיחת שערי העלייה עלולה לפגועה בתשתית הכלכלית של מרוקו, ובמקביל היה מודע כי מהלך כזה יפתח עבור ארצו אפשרויות כלכליות בארצות הברית ובאירופה. חסן גם היה מודע לכך ששיתוף פעולה עם ישראל יביא להדרה של מרוקו מהליגה הערבית. הוא עצמו אמר "אם הדבר היה נוגע רק למרוקו הייתי מציע לצרף את ישראל לליגה הערבית. אך אחיותינו חשות עצמן מאוימות והן חיות בתחושות עוינות שאין אנו יכולים להתעלם מהן." בפברואר 1961, בלחץ אמריקאי וצרפתי, הסכים המלך מוחמד החמישי להיפגש עם משלחת ישראלית, והחל מפנה במדיניותו, אך לפני שזה תפס תאוצה הוא נפטר וירש אותו בנו, חסן השני.
ב-1963 נרקמו יחסים בין אנשי שירותי הביטחון של שתי המדינות, אותם הובילו דוד שומרון ויעקב כרוז מהצד הישראלי ומוחמד אופקיר ראש שירות הביטחון המרוקאי. הקשרים הובילו לפגישה בין כרוז יחד עם ראש המוסד וראש אמ"ן מאיר עמית למלך חסן השני ולאחר מכן לפגישה נוספת של כרוז עם המלך, בה גובשה עסקת מכירת נשק למרוקו וכן לסיוע חקלאי שניתן על ידי היועצים לובה אליאב ואפרים שילה.
פרשת בן ברכה.
ישראל ומרוקו המשיכו לנהל יחסים חשאיים מאותה תקופה, ואלה באו לידי ביטוי גם בפרשת בן ברכה. ב-29 באוקטובר 1965 נחטף ונרצח אל-מהדי בן ברכה, פעיל פוליטי אופוזיציוני מרוקאי ומתנגד לבית המלוכה. על פי גילויים שהתפרסמו לאחר מכן, פגעו ביחסי ישראל–צרפת ועוררו סערה פוליטית בישראל, המוסד הישראלי היה זה שסיפק לשירותי הביטחון המרוקאיים את המידע על מקום הימצאו של בן-ברכה. היחסים הביטחוניים ההדוקים בין שתי המדינות נמשכו גם בתקופתו של המלך מוחמד השישי.
מלחמות ששת הימים ויום הכיפורים.