הסקר הארכאולוגי, ביסודו, הוא מיפוי של כל האתרים ההיסטוריים. עורכי הסקר מודדים אותם, רושמים את הממצאים ומצלמים את עיקרם. לבסוף, מנסים לתארך את תולדות האתר באמצעות איסוף מדוקדק של החרסים על פני השטח. לעיתים, באתרי מפתח, עורכים גם חפירות.
לאחר המיפוי נאספים נתונים על גורמי הטבע: המסלע, הקרקע, המים, הטופוגרפיה, תנאי המעבר - התחבורה; וכן גורמי אנוש: חברה, שבט, דת, פולחן ולאום.
אחד מחידושי הסקר היא ההתייחסות לכל אתר ואתר לפי 24 אפיונים קבועים, ובהם:
וכן תיאור כללי של האתר, ממצאים מיוחדים ואזכורים היסטוריים. הנתונים נקלטו במאגר נתונים ואיפשרו את ניתוח האפיונים. גם זה אחד מהחידושים של הסקר.
ייחודו של הסקר.
סקירת הממצאים של הסקר לפי האתרים, כפי שתיעשה בהמשך, מצביעה על השימוש שנעשה בהתייחסות לכל אתר ואתר לפי 24 אפיונים שונים. לאור האפיונים ניתן היה להגיע להערכות לגבי המועדים שבהם חלו התפתחויות של היישוב, הן מבחינת שטחי העיבוד והן מבחינת היקף האוכלוסיות שהתגוררו בהם. אינדיקטור חשוב התגלה בסקירת מקורות המים של האתר: מרחקם ממקור טבעי ומספרם של בורות המים בו. איתור ממצאי העיבוד החקלאי והשוואה לשיטות העיבוד הנוכחיות, שאמנם השתנו מאז, אך עדיין נשאר דמיון ביניהם. המסקנה הסופית אליה הגיעו עורכי הסקר הייתה לגבי זיהוי אפשרי של האתר, זיהוי התואם מקורות מחקריים והיסטוריים. הזיהוי שנמצא בעבר הושווה עם הזיהוי אליו הגיעו עורכי הסקר - לעיתים הוא אומת ולעיתים הוא נדחה.
לאור הסקר בוצעו סקרי משנה: על סוגי המטבעות שהתגלו בכל אזור, על הממצאים הפריהיסטוריים - כלי הצור, על סוגי המתקנים החקלאיים ועוד.
הר המנשה.
על פי החלטתו של זרטל תחומי הסקר חופפים את נחלות השבטים על סמך התיאור המקראי. בחירה זו מתבססת על הערכה כי אלו יחידות גאומורפולוגיות. החלוקה של ארץ ישראל ליחידות שבטיות היא קדומה וטבעית. היא נמשכה גם בתקופות אחרות ויש לה הדים גם בימינו..
חלק א: קער שכם.
התחום המרכזי בנחלת שבט מנשה מוגדר במחקר כקער שכם ואותו סוקר חלק א'. ב"קער שכם" נסקרו 282 אתרים ארכאולוגיים אשר סווגו ל-11 יחידות נוף. בתחום הנסקר התגלו אתרים עירוניים בתקופה הרומית: ניאפוליס, סבסטיה, קיסרי והטופארכיה של נרבתא.
להלן יחידות נוף בקעת שכם:
לפרקים שלושה נספחים: החוקר אנדרה למייר סוקר את רשימת הכתובות שנמצאו, יעקב ינאי - את אוסף המטבעות ומלכה מוסברג - את צלמיות הנשים. במוספים נכללים רשימת מקורות המים בהר מנשה, רשימת השמות הגאוגרפיים לכל התקופות, רשימת מתקנים חקלאיים ורשימה מפורטת של הכפרים הערביים ונתונים על האוכלוסייה שלהם.
חלק ב: העמקים המזרחיים וספר המדבר.
בכרך השני של הסקר, על חלקו המזרחי-צפוני של השומרון, נוספו עדכונים כלליים שלא הופיעו בחלקו הראשון של הסקר. בין השאר:
מלבד זאת, בכרך זה 115 צילומי אוויר (לעומת 15 - בכרך הראשון). במקרים אחדים, כמו במבני הגלגלים, רק צילומי אוויר הביאו לחשיפתם.
על היקף הסקר תעיד העובדה כי נסקרו בו 261 אתרים, מתוכם 191 או 73% אתרים חדשים. השוואת סקר זה עם סקרים קודמים שנעשו בשומרון מצביעה על יתרונו: בסקר הבריטי התגלו 48 אתרים, בסקר החרום משנת 1966 - עוד 24 אתרים ובסקר 1972 - 36 אתרים.
כמו הסקר הקודם האזור חולק ליחידות נוף, עשר במספר:
סקר זה הוא מקור מידע חשוב ביותר על אזור גאוגרפי זה של ארץ ישראל.
ממצא הצור בעמקים המזרחיים.
הכרך השני כולל נספח מיוחד שנערך ביוני 1994 על אודות ממצאי אבן הצור שנאספו באזור הסקר. לדעת החוקר, חיים וינט, : "ניתוח העשוי להאיר את תולדותיהן ואופיין של החברות האנושיות הקדומות באזור, שכמעט לא היו ידועות עד לתחילת הסקר". בעקבות סקר הר מנשה, נערך סקר מפורט בשנים 1993/1994 בארבעה אתרים: "ח'ירבת אל-מליח", "ג'למת אל-אחמר", "עיראק אל-חמרה" וחלק מאתרי "ראס אל ח'רובה".
באזור ראס ח'רובה, נמצאו פריטים רבים מתקופת האבן הקדומה או התקופה הפלאוליתית - תיכונה - החוקרים הגיעו למקור אבן הצור בשכבות התחתונות של הגיר מתקופת אאוקן - תצורת צרעה. שם הוא מופיע כעדשות אקראיות בתוך שכבות אבן גיר. צבעו חום בהיר עד חום אפרפר. בתקופה הנאוליתית ובהתקופה הכלקוליתית רוב כלי הצור נעשו מצור בהיר יותר, חלקו גירני, בגוונים של חום ובז. הלהבים הכנענים עשויים מצור בהיר. החוקר מוסיף כי ייתכן שלהבי המגל ומגרדי המניפה הגיעו לאתרים בדרכי מסחר.
הכלים והטכנולוגיות ששימשו לזיהוי בתקופות השונות היו:
מתקופת הפאלאוליתית התיכונה אתרים וריכוזי צור רבים בתחום : בדרום : בכביש 57 מ"צומת אדם" במזרח עד "צומת מכורה" במערב - כביש הגישה ליישוב חמרה ובצפון: הואדיות: א-ג'ופה, אום ח'רז ואבו סדרה. "מספר האתרים מצביע על נוכחות אנושית ניכרת בתקופה הזאת". עוד תופעה מעניינת, האתרים נמצאו במקומות גבוהים מעל פני השטח ואינם קרובים למקורות מים.
מספר הממצאים יכול להעיד את היקף העבודה: באתר "ח'ירבת אל-מיתה" התגלו 903 כלים ופסולת תעשיית אבן הצור - ביניהם להבים כנעניים מגוונים. ב"ח'ירבת אל- מליח" נמצאו למעלה מ-1,000 פריטים מהם 498 ללא כל שבר. נערכה השוואה עם ממצאים מאתרים בנגב ובהר סיני.
עורך הסקר מציין כי באזור זה יש עוד 50 אתים עם כלי צו שאינם כלולים בסקר המנשה.
חלק ג: מנחל עירון לנחל שכם.
הכרך השלישי של הסקר מקיף את השטח שבין נחל עירון - הגבול הצפוני של נחלת שבט מנשה - לבין נחל שכם בדרום. הוא משלים מבחינה ארכאלוגית והיסטורית את החלק הצפוני-מערבי של הנחלה, אחרי שהחלק המרכזי - קער שכם - נסקר בחלק הראשון והחלק המזרחי - העמקים המזרחיים וספר המדבר - נסקר בחלק השני של הסקר. שותף לחלק השלישי של הסקר גם ניבי מרקם.
החלק השלישי של הסקר נכתב בשנת 2000, כאשר רובו של האזור עבר לשליטה פלסטינית ונמנעה כניסה לאתרים בשומרון. 400 הקמ"ר של השוליים הצפוניים-מערביים הוא חבל ארץ הררי, הנושק לשפלת החוף. לכן ניתן להגדיר אותו בתור "מבצר השומרון". אל נרבתא נסו יהודי קיסריה בתקופה הרומאית, אל אתר אל-אחוואט הגיעו גויי הים ואולי גם עלילת ספר יהודית התרחשה בה. מעטים היו המבקרים שעברו באזור בעבר הרחוק. הוא היה מחוץ להתעניינות של תיירים, צליינים, נוסעים וחוקרים. אין באזור מקומות קדושים. גם הגישה למקומות אינה קלה. רק החלקים הסמוכים לעמק דותן ונחל עירון זכו לביקור החוקר המודרני.
דרכים ותוואי-מעבר עברו בהר מנשה שהיה צומת דרכים טבעי למעבר בין שפלת החוף לבין עמק יזרעאל, בין דרום הארץ והנגב לבין צפון ההר ועמק יזרעאל ובין עבר הירדן המזרחי לחוף הים התיכון. שלוש דרכים ראשיות חצו את האזור:
באזור הסקר נמנו יחידות הנוף הבאות:
כרם חצוב.
בסקר התגלה ממצא מעניין ויחודי: כרם חצוב בשיטה חקלאית בלתי ידועה מהתקופה הרומית-ביזנטית. סוקרי הר מנשה נתקלו מפעם לפעם "בריכוזי פירים ריבועים ועמוקים, חצובים בסלע". הם התפרסו על שטחים רחבים בצפון השומרון והסברה הייתה כי אלו קברים. אדם זרטל הגיע למסקנה כי הפירים נועדו לגידול גפנים על גבי משטחי סלע שאינם ראויים לעיבוד אחר.
הפירים נתגלו בין העמקים הפנימיים סאנור וא-ראמה בדרום לבין הרכס הגבוה של אום אל-פחם, עד למישור החוף במערב ועד לספר המדבר במזרח. כאן בא לידי ביטוי הניצול של הסדקים והחללים המבתרים את הסלעים לאורך ולרוחב. החללים נוצרו כתוצאה מסחיפה והתמלאו בחלקם בקרקע.
השיטה הייתה: החללים בסלע נוצלו כמצע לשרשי הגפן, החללים התמלאו בקרקע סחף והפכו בסיס למצע גידול. כך הפכו בעלי הכרם החצוב את חללי הסלע לשיטת גידול מבוקרת. גם היום, במקומות שאינם מעובדים, צומחים מחללים אחה עצי תאנה, זית ושיחים ועצים של החורש הים תיכוני.
זרטל סבור כי הייתה שיטה בבניה הכרמים החצובים: עשרות ומאות פירים עמוקים נמצאו. החציבות מרוכזות בקבוצות על משטחי הסלע. הכרם החצוב כולל ארבעה מרכיבים:
ההנחה היא שבעפר שהוטמן בפיר היה גם זבל, החלל הספיק להתפתחות שתיל הגפן, אשר המשיך לבקע את הסלע ולהרחיב את החלל. מטרת ההדליה על הספלולים הייתה להרחיק אשכולות הגפנים המתפתחות מהמגע עם הסלע הלוהט בקיץ.
לפי ההערכה, ההשקעה בהקמת הפירים הייתה רבה אך התחזוקה הייתה קלה. צוות שניסה את השיטה הגיע למסקנה כי חציבת פיר והכנתו לנטיעה דורשת 3 עד 6 שעות.
זרטל מצא סימוכין לשיטה במקורות וכך כתוב במשנה מסכת כלאיים: "גפן שהיא נטועה בגת או בנקע, נותנין לה עבודתה וזורע את המוצר. רבי יוסי אומר: אם אין שם ארבע אמות לא יביא זרע לשם. והבית שבכרם, זורעים בתוכו" (ה' ,ד'). כלומר, מדובר בגפן שאינה נטועה בקרקע אלא בגת או בנקע. במקר נוסף כתוב: "הגת שבכרם עמוקה עשר ורחבה ארבעה; רבי אחיעזר אומר זורעים בתוכה:" (ה',ג'). הוא גם סיוע לדעתו כי ה"גת" הוא כל מתקן מלבני חצוב בסלע.
בסקר משנת 1978 נמצאו באזור תענך 117 גתות, המייצגות 8,000 דונם. לפי מחקרים אחרים היחס הוא בין 45 - 80 דונם גפנים לגת אחת.
חלק ד: מנחל בזק עד הסרטבה.
הכרך הרביעי של הסקר הוא הגדול ביותר, יותר מ-800 עמודים. הוא נכתב בשנת 2005 והוקדש לזכרו של הארכאולוג ניבי מרקם שהיה שותף לסקר. בסקר נחקר שטח של 250 קמ"ר, שבו אותרו למעלה מ-200 אתרים. תחומו הוא בקעת הירדן הצרה בין נחל בזק בצפון לסרטבה בדרום, הכוללת בבקעת הירדן את הרצועות המכונות בערבית: "ע'ור" - החלק העליון המערבי והרחב של הבקעה ו"זור" - הרצועה התחתונה הסמוכה לנהר הירדן, המשטחים של חוואר הלשון ליד נהר הירדן, צוקי ראס ח'רובה והרמה הנישאת של הסרטבה. מכלול השטחים אינו יחידה אורגנית אחת אלא ארבע יחידות נוף המשלימות את הכרך השני. שלוש יחידות הנוף הראשונות: