בשיאם בפלאוזואיקון היו בין בוני השונית ומסנני המזון הנפוצים ביותר, והתיישבו בגומחות אקולוגיות אחרות, כולל מינים שפיתחו יכולת תנועה (שחיה בסגנון הנעת הסילון האופיינית כיום לצדפות ממשפחת המסרקיים - Pectinidae). עם זאת, לאחר הכחדת פרם-טריאס, המכונה, בלתי רשמית, "המוות הגדול", הצליח רק שליש ממיני הברכיופודים קודם להכחדה להתאושש. היה נהוג לחשוב שהברכיופודים היו בכל מקרה במגמת ירידה, והובסו בתחרות עם הצדפות. עם זאת, בשנות ה-80 של המאה ה-20 הסיק מחקר סטטיסטי שערכו סטיבן ג'יי גולד וקלווי (Calloway) שהן מספר מיני הברכיופודים והן מספר מיני הצדפות גדל בין הפלאוזואיקון לתקופה המודרנית, אבל מספר מיני הצדפות גדל מהר יותר. הכחדת פרם-טריאס הייתה חמורה עבור הצדפות אבל הייתה הרסנית עבור הברכיופודים, ולראשונה הם היו מגוונים פחות מאשר הצדפות, ומגוון המינים שלהם לאחר הפרם החל לגדול מבסיס נמוך מאוד. אין שום עדות שהצדפות הביסו את הברכיופודים בתחרות, וגידול או קיטון במגוון המינים התרחשו בשתי הקבוצות במקביל.
בשנת 2007 הסיקו נול ובמבך (Knoll and Bambach) שהברכיופודים היו אחת מכמה קבוצות שהיו פגיעות במיוחד להכחדת פרם-טריאס. המשותף לכולן היו חלקים קשים גירניים (עשויים מפחמת הסידן), קצב מטבוליזם נמוך ומערכות נשימה חלשות.
מאובני ברכיופודים שימושו מאובנים מנחים שימושיים לשינויי אקלים במהלך עידן הפלאוזואיקון. כשהטמפרטורות הגלובליות היו נמוכות, כמו ברוב תור האורדוביק, הבדל הטמפרטורות הגדול בין קו המשווה לקטבים יצר מקבצים שונים של מאובנים בקווי רוחב שונים. מצד שני בתקופות חמות יותר, כמו במרבית הסילור, היו הבדלים קטנים יותר בטמפרטורות בען האזורים השונים, וכל הימים בקווי הרוחב הנמוכים עד קווי הביניים יושבו על ידי אותם מיני ברכיופודים מועטים.
עץ משפחה אבולוציוני.
שניוני הפה או קדמוני הפה.
משנות ה-40 של המאה ה-20 עד שנות ה-90 מיקמו עצים משפחתיים המבוססים על מאפיינים אמבריולוגיים ומורפולוגיים את הברכיופודים כחלק משניוני הפה, על-מערכה הכוללת את המיתרניים ואת קווצי העור, או כקבוצת אחות. בחינה מדוקדקת חשפה קשיים בהנחות על פיהם הברכיופודים קשורים לשניוני הפה:
נילסן רואה בברכיופודים ובבעלי חיים מהמערכה פורונידה, שהם קרובי משפחה או תת-קבוצה של הברכיופודים, כקשורים למחלקה פטרוברנכיה (Pterobranchia) השייכת לשניוני הפה, משום שהלופופור שלהם מונע על ידי ריסון אחד לכל תא, בעוד שאצל החיטחבים, אותם הוא משייך לקדמוני הפה, יש כמה ריסונים לכל תא בלופופור. עם זאת, פטרוברנכיה שייכת למערכת מיתרני הפה וקרוב לוודאי שהיא קרובת משפחה של קווצי העור, ואין שום הוכחה שהאב הקדמון של הפטרוברנכיה ומיתרני פה אחרים, או האב הקדמון האחרון של מיתרני הפה וקווצי העור, היה בעל חיים ישיב וניזון בעזרת משושים.
מ-1988 והלאה מחקרים המבוססים על פילוגנטיקה מולקולרית, המשווה מאפיינים ביוכימיים כדוגמת דמיון ב-DNA, מיקמו את הברכיופודים בלופוטרוכוזואה, על-מערכה בקדמוני הפה הכוללת רכיכות, תולעים טבעתיות ותולעים שטוחות, אבל אינה כוללת את האקדיסוזואה, על-מערכת אחרת של קדמוני הפה, שבה כלולים פרוקי הרגליים. למסקנה זו הגיעו פה אחד כל המחקרים הפילוגנטיים המולקולריים, הבוחנים מגוון רחב של גנים: rRNA, גני הוקס, גנים של החלבונים של המיטוכונדריון, גנים של חלבון בודד של גרעין התא וקבוצות של גנים של חלבונים של גרעין התא.
כמה מחקרים משולבים ב-2000 וב-2001, שהשתמשו הן במידע מולקולרי ומורפולוגי, תמכו בברכיופודים כחלק מהלופוטרוכוזואה, בעוד שאחרים ב-1998 וב-2004 הגיעו למסקנה שהברכיופודים הם שניוני פה.
הקשר לבעלי חיים אחרים מהלופוטרוכוזואה.
בעלי חיים מהמערכה פורונידה, ניזונים בעזרת לופופור, חופרים מחילות או בונים ציפוי חיצוני, ובונים צינורות משלוש שכבות עשויות מרב-סוכר, ככל הנראה כיטין, מעורב עם חלקיקים מחומר בקרקעית הים. מסורתית הם הוגדרו כמערכה נפרדת, אבל מחקרים פילוגנטיים מולקולריים מפורטים בין 1997 ל-2000 הגיעו למסקנה שהם תת-קבוצה של הברכיופודים. עם זאת, מחקר ב-2005 דווקא הגיע למסקנה שהם תת-קבוצה של החיטחבים.
בעוד שכל המחקרים הפילוגנטיים המולקולריים וכמחצית מהמחקרים המשולבים עד 2008 הגיעו למסקנה שהברכיופודים שייכים ללופוטרוכוזואה, הם לא היו מסוגלים לזהות איזו מערכה בלופוטרוכוזואה היא הקרובה ביותר לברכיופודים, למעט הפורונידה, שהם תת-קבוצה של הברכיופודים. ב-2008 שני מחקרים מצאו שהקרובים ביותר לברכיופודים בלופוטרוכוזואה הם תולעי החוטם (nemertea). מחברי המחקר הופתעו מהתוצאה, כיוון שאצל תולעי החוטם ההתלמה ספירלית בשלבים הראשונים של התחלקות התאים והפגית שלהם היא טרוכופור, פגית המסוגלת לשחות במים באמצעות הנעה של מספר קבוצות ריסונים (Cilium), בעוד שלברכיופודים יש התלמה רדיאלית ופגית שאינה מראה סימנים כי התפתחה מטרופוכור. מחקר נוסף ב-2008 הגיע למסקנה שהברכיופודים קרובים לתולעי החוטם, תוך הטלת ספק ברעיון שהברכיופודים שייכים לענף לופופורטה (Lophophorata), בעלי החיים הניזונים בעזרת לופופור, בתוך קבוצת הלופוטרוכוזואה.
שי ניצן
שי ישעיהו ניצן (נולד ב-29 בנובמבר 1959) הוא עורך דין ישראלי. שימש כפרקליט המדינה, משנה ליועץ המשפטי לממשלה לתפקידים מיוחדים ומשנה לפרקליט המדינה לתפקידים מיוחדים.
ביוגרפיה.
ניצן נולד בירושלים. הוריו, חוה ויעקב, עלו לארץ ישראל מהונגריה וצ'כוסלובקיה ב-1934. ניצן גדל בבית דתי, בשכונת קריית משה בירושלים, והתחנך בישיבת בני עקיבא נתיב מאיר שבעיר. בשנת 1978 התגייס לצה"ל, התנדב לצנחנים, ושובץ בגדוד 890. עבר מסלול הכשרה כלוחם, קורס מ"כים חי"ר והשתתף בפעילות מבצעית במסגרת הגדוד והחטיבה. בגיל 23 הוריד את הכיפה, אך ממשיך לשמור שבת ולנהל אורח חיים דתי.
בשנת 1985 סיים בהצטיינות תואר ראשון במשפטים ובהיסטוריה של עם ישראל באוניברסיטה העברית בירושלים והתמחה בבית המשפט העליון אצל השופט אהרן ברק (לימים נשיא בית המשפט העליון). בשנת 1987 התמחה אצל עו"ד יעקב רובין, ראש לשכת עורכי הדין לשעבר. בשנת 1989 השלים תואר שני במשפטים באוניברסיטה העברית, אף הוא בהצטיינות. ניצן הוא גם בוגר המכללה לביטחון לאומי (1999) ובעל תואר שני במדע המדינה מאוניברסיטת חיפה (1999) בהצטיינות.
בשירות המדינה.
ניצן מילא תפקידים בכירים בפרקליטות המדינה. בין השנים 1989–1993 כיהן כעוזר אישי לפרקליטת המדינה, דורית ביניש. בין השנים 1994–2002 כיהן כפרקליט במחלקת הבג"צים, וטיפל בתיקים רגישים שהובאו בפני מחלקה זו. במקביל כיהן בין השנים 1997–2002 כממונה על עניינים ביטחוניים בפרקליטות המדינה. בין השנים 2002–2003 כיהן כמנהל תחום תפקידים מיוחדים בפרקליטות המדינה, ומיד לאחר מכן מונה למשנה לפרקליט המדינה לתפקידים מיוחדים.
במסגרת תפקידיו השונים בפרקליטות המדינה טיפל במספר רב של תיקים פליליים וביטחוניים מוכרים ורגישים ציבורית. בין היתר ייצג את עמדת המדינה בבג"ץ הסיכולים הממוקדים, בבג"ץ הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל (בעניין עינוי נחקרים בשב"כ), בפרשת בר-און חברון, בפרשת קצב ועוד.
במסגרת תפקידיו היה ממונה על אכיפת החוק ביהודה ושומרון. בעיני גורמי ימין, נתפס כמי שפוגע בהתנחלות ובמתנחלים. במשך תקופה התנהלו מול ביתו הפגנות, שבהן נכחו מספר פעילי ימין בולטים, בקריאה להדיחו מתפקידיו הציבוריים.
בחודש ינואר 2011 פורסם באינטרנט סרטון הסתה נגד ניצן, הקורא לרוצחו. בעקבות כך, הוחלט להצמיד לניצן אבטחה במשך תקופה מסוימת. מספר ימים לאחר הפצת הסרטון, נעצר תושב רעננה בחשד כי הוא האחראי ליצירתו והפצתו.
ניצן היה ממונה על ההיבט המשפטי של ביצוע תוכנית ההתנתקות, והקים בתי דין מיוחדים הסמוכים לבתי המעצר שבהם נשפטו עצורים רבים יחד.
ב-9 בספטמבר 2012 אישרה הממשלה את מינויו של ניצן למשנה ליועץ המשפטי לממשלה לעניינים מיוחדים, חרף התנגדותם של גורמי ימין.
בתקופה זאת, עסק גם במאבק בגזענות. בשנת 2019 אף אמר "המלחמה בשחיתות היא חשובה, אבל המלחמה בגזענות חשובה יותר".
בנובמבר 2013 המליצה ועדת איתור לפרקליט המדינה שניצן ימונה לתפקיד. חברי כנסת ממפלגות הימין (שחברות בקואליציה) מתחו ביקורת על ההמלצה, אך הממשלה אישרה את מינויו והוא נכנס לתפקידו ב-16 בדצמבר 2013, במקומו של משה לדור.
בתקופתו הורשע ראש הממשלה לשעבר, אהוד אולמרט, והורשעו ראשי הרשויות באשקלון, עמנואל, אור יהודה וישובים נוספים. בנוסף הוגש כתב אישום בעניינו של ראש הממשלה בנימין נתניהו. נחקרו גם פרשת ישראל ביתנו, פרשת ביביטורס, פרשת המניות של נתניהו, פרשת בזק, תיק 1803, פרשת הצוללות ועוד.
בשנתיים הראשונות לכהונתו ניהל ניצן, שגובה על ידי ארגון הפרקליטים, מאבק נגד נציבות הביקורת על הפרקליטות ורשויות התביעה שבראשה עמדה השופטת בדימוס הילה גרסטל. ניצן ואנשי הפרקליטות נחלו הצלחה כשהביאו לצמצום סמכויות נציבות הביקורת על הפרקליטות באופן שנשללה ממנה הסמכות לערוך ביקורת מערכתית.
על רקע עיסוקו בתיקים מסוימים, הוצמדה לו אבטחה.
ב-16 בדצמבר 2019 הסתיימה כהונתו בת שש השנים כפרקליט המדינה.
הביקורת על תפקודו.
בספטמבר 2014 קבעה שופטת בית משפט השלום בכפר סבא, נאוה בכור, כי הפרקליטות ושי ניצן נהגו באכיפה בררנית כלפי פעילי ימין. הקביעה בוטלה על ידי בית המשפט המחוזי.