ב-18 באוגוסט התפרסם בטיימס מכתבו של קלוד קונדר, מראשי הקרן וחוקר ארץ ישראל. במכתב הביע קונדר ספקות, על סמך היכרותו את ארץ ישראל, באשר לסיכויי ההשתמרות של יריעות עור בתנאי האקלים בארץ. ב-21 באוגוסט פרסם ה"טיימס" הלונדוני את חוות דעתו של שארל קלרמון-גנו, שטען כי המגילות הן זיוף נוסף מבית היוצר של שפירא, וכי אינן אלא רצועות שנגזרו משולי ספרי תורה ישנים והושרו בכימיקלים כדי לשוות להן חזות עתיקה. מספר ימים אחר כך התפרסמה חוות דעתו של מומחה המוזיאון הבריטי כריסטיאן דוד גינצבורג, המחזקת את חוות דעתו של קלרמון-גנו. מאוחר יותר התברר כי גם המומחים הגרמנים הגיעו למסקנות דומות.
עסקת מיליון השטרלינג קרסה, שפירא הוקע כזייפן ונוכל, והסערה הרעישה את עולם הארכאולוגיה וחקר התנ"ך בעולם. עיתוני לונדון נתנו תפוצה נרחבת לגילויים החדשים, מלווים בלגלוג על שפירא ועל המוזיאון הבריטי שנפל בפח, וקריקטורות שלא נעדרה מהן נימה אנטישמית. עלתה גם הסברה כי הגרמנים עיכבו במתכוון את פרסום מסקנותיהם, כדי לצחוק לאידם של הבריטים במפלתם.
שפירא עזב את לונדון בבושת פנים, כשהוא ממורמר ומושפל. במכתב לכריסטיאן דוד גינצבורג, כתב: "אינני חושב שאצליח לשרוד את הבושה הזאת. עדיין אינני משוכנע שמדובר בזיוף, אלא אם כן מסייה גנו עשה זאת". במהלך החודשים הבאים נדד ללא מטרה ידועה בערי אירופה, כשעל פי המשוער הוא הולך ומאבד את צלילות דעתו. עם זאת, מסמכים מהמוזיאון הבריטי מעידים כי במהלך חודשים אלה עדיין רכש המוזיאון משפירא מספר פריטי עתיקות. ב-9 במרץ 1884, במלון קטן ברוטרדם, הסתגר שפירא בחדרו ושם קץ לחייו ביריית אקדח.
אחרית דבר.
משפחת שפירא וביתה.
אשתו של שפירא ושתי בנותיו, מריה ואוגוסטה, שנותרו בירושלים, לא שמעו דבר ממנו משך חודשים והתבשרו על מותו באיחור. בהיעדר אמצעים לכלכל את עצמן, ובהצטברות חובותיו של שפירא הנעדר, נטשו את הבית הגדול בירושלים ועקרו לגרמניה. לפני עזיבת העיר עוד הספיקה רוזטה שפירא למכור את אוסף העתיקות שהשאיר שפירא בירושלים, וכלל בעיקר מטבעות עתיקים וכתבי יד, לאיל ההון היהודי-אמריקני אדולף סוטרו (לימים ראש עיריית סן פרנסיסקו), ששהה באותה עת בביקור בירושלים.
הבת מריה השתקעה לבסוף בצרפת, שם הייתה לסופרת ידועה: מרים הרי, כלת פרס פמינה היוקרתי. בשנת 1914 פרסמה את ספרה "בת ירושלים הקטנה", שבו סיפרה את סיפור ילדותה בירושלים בצל שערוריית זיוף העתיקות.
הבית בו התגוררו בירושלים הפך, לימים, לביתו ומרפאתו של רופא העיניים המפורסם ד"ר אברהם טיכו ובו התגורר עם אשתו הציירת אנה טיכו. כיום זהו מוזיאון בית טיכו, המסונף למוזיאון ישראל.
גורל המגילות.
שפירא עזב את לונדון ללא המגילות, כשהוא מותירן בידי המוזיאון הבריטי. ייתכן שקיווה לבדיקות נוספות של המוזיאון, שעוד יכשירו אותן. ביולי 1885 רכש סוחר ספרים בשם ברנרד קוואריץ' את "מגילות שפירא" מהמוזיאון הבריטי דרך בית המכירות הפומביות סות'ביס, תמורת הסכום הזעום של 10 לירות שטרלינג ו-5 פני. בשנת 1887 הציגם קוואריץ' בתערוכה למכירה במחיר נקוב של 25 ליש"ט, ומאז אפפה תעלומה את גורלן. במשך שנים רווחה ההשערה שהמגילות נקנו על ידי סר צ'ארלס ניקולסון , מייסד אוניברסיטת סידני, איל הון ואספן, ומאוחר יותר נכחדו בשריפה בביתו של ניקולסון בפאתי לונדון ב-1899. עם זאת נתפרסמו בשעתן גם ידיעות, שלא ברורה מהימנותן, שהרוכש היה דווקא כריסטיאן דוד גינסבורג, מומחה המוזיאון הבריטי שקבע אותן כמזויפות.
מחקרים מאוחרים יותר מצאו כי צ'ארלס ניקולסון אמנם רכש והחזיק כתבי יד עתיקים שמקורם בשפירא, אך אין מדובר במגילות אלה. גם לגבי כריסטיאן דוד גינסבורג, נמצא כי אמנם חשק לזמן-מה במגילות, אך לא רכשן לבסוף. ב-2011 מצא הספרן האוסטרלי מת'יו המילטון עדות לכך שרוכש המגילות מבית המסחר של קוואריץ' היה הרופא האנגלי פיליפ ברוקס מייסון מברטון-און-טרנט, אספן בתחביבו, וקיים תיעוד שמעיד כי ב-8 במרץ 1889 הציג מייסון את המגילות בפני קהל שהוזמן להרצאה בנושא. מייסון הלך לעולמו בשנת 1903, והוא האחרון שהחזיק במגילות - על פי הידוע כיום.
בחינה מחדש.
בשנות החמישים והשישים של המאה ה-20, לאחר גילוי מגילות מדבר יהודה, עלו קולות שקראו לבחון מחדש את פרשת מגילות שפירא. מציאת המגילות ערערה את אחת מההנחות המרכזיות של מלומדי המאה התשע-עשרה ביחס למגילות שפירא – ההנחה שלא ייתכן שמגילות קלף ישתמרו משך אלפי שנים במערה טחובה. לרשות החוקרים אז גם לא עמדו הכלים המדעיים שעמדו לרשות החוקרים המאוחרים יותר בבוחנם את המגילות. על דעתם של חוקרים שונים עלתה ההשערה שאף אם המגילות אינן מתקופה כה קדומה כפי שהציג זאת שפירא, הרי שייתכן כי מה שמצא שפירא היה חלק מן המגילות הגנוזות, מתקופת בית שני - חומר רב ערך בפני עצמו.
פרופ' מנחם מנסור, ראש המחלקה לעברית וללימודים שמיים באוניברסיטת ויסקונסין–מדיסון, פרסם ב-1956 מאמר המתעמת עם מסקנות החוקרים של 1883 וקורא לבחון את הנושא מחדש. באותה עת חלק על דעתו נמרצות הבלשן וחוקר המקרא פרופ' משה גושן-גוטשטיין מן האוניברסיטה העברית בירושלים. ב-1965 יצא חוקר "קרן מגילות מדבר יהודה" הבריטית ג'ון מרקו אלגרו מאוניברסיטת מנצ'סטר בקריאה דומה לזו של מנסור.
דעת החוקרים כיום בסוגיית אמיתות המגילות.
בדומה לכמעט כל החוקרים של המאה ה-19 ושל המחצית הראשונה של המאה העשרים, גם במאה ה-21 יש חוקרים (כגון פרופ' ישראל קנוהל), הסבורים שהמגילות מזויפות: לדעת חוקרים אלה, ניתוח כתב היד שבהעתקים - שבוצעו ידנית במאה ה-19 מתוך המגילות (שלא שרדו כיום) - מראה, כי הצורה - לפחות של האותיות שנמצאות בהעתקים הידניים ההם (ושלמעשה מתיימרות להיות בכתב עברי עתיק) - אינה דומה לזו של האותיות המצויות בכתובות אותנטיות (בכתב עברי עתיק) שהתגלו מאוחר יותר, וכי הטקסט עצמו של המגילות משתמש - הן בכמה מילים וביטויים שלא נמצאו בעברית מקראית אלא רק בלשון חז"ל כגון "עֵדֻת שקר" או "הֶחֱרֵתִךָ" (מהשורש ח.ר.ר במובן של השורש ש.ח.ר.ר) - והן בשיבושים תמוהים כגון "לתתוהת" במקום "לטוטפֹת".
מאידך גיסא, חוקרים אחרים - כגון פרופ' שלמה גיל (2017) ד"ר דוד שפירא (2021) ופרופ' עידן דרשוביץ (2021) - טוענים, כי גווילי המגילה שהוצגו על ידי שפירא היו אומנם אותנטיים, וכי ייתכן - שלא פרשת זיוף עתיקות הייתה כאן אלא אחת ההחמצות הגדולות בתולדות הארכאולוגיה. למשל, עידן דרשוביץ טוען כי הוכיח במחקריו (2021) כי, לא זו בלבד שלפי עדויותיהם של בני המאה ה-19 שצפו במגילות (שכאמור כתובות בכתב עברי עתיק) מתגלה דמיון עקבי - בין אופיין הפיזי כולל טיב השתמרותן ומקום איתורן - לבין תכונות פיזיות מקבילות של מגילות מדבר יהודה (הכתובות חלקן בכתב אשורי וחלקן בכתב עברי עתיק) שהתגלו רק כמה עשרות שנים מאוחר יותר ושהאותנטיות שלהן אושרה בבדיקות כימיות, אלא אף זו שמתוך מגילות שפירא מתקבל לראשונה אישור רטרוספקטיבי - שהוא או אותנטי בהנחה שהן אותנטיות או "נבואי" (כלומר באופן לכאורה בלתי סביר כלל) אילו הן היו מזויפות - עבור ממצאים הרבה יותר מאוחרים של הפילולוגים מסוף המאה העשרים (ואף מתחילת המאה ה-21) לגבי אופי הנוסח המקורי הקדום של ספר דברים (כולל התאמות בלתי צפויות מסוימות בין כתובת השילוח לבין מגילות שפירא שהתגלו לפניה כפי שעולה ממכתב שנשלח לשפירא מחוקר בשם קונסטנטין שלוטמן כשנתיים לפני גילויה).
בינואר 2022 טען פרופ' בנימין זאס מאוניברסיטת תל אביב במאמר בכתב העת Semitica כי מגילות שפירא אינן זיוף, וזאת על פי העובדה שהאות יו"ד בכתב העברי הקדום במגילות שפירא זהה לכתובות שהתגלו רק עשרות שנים מאוחר יותר בחפירות בתל רחוב, בתל חרור ובחרסי שומרון
מספר תעלומות נותרו בלתי פתורות:
המטוטלת של פוקו (ספר)
המטוטלת של פוקו (באיטלקית: Il Pendolo di Foucault) הוא רומן מאת הסופר אומברטו אקו שיצא לאור בשנת 1988. הנושא העיקרי בו הוא הפופולריות של תאוריות הקונספירציה לאורך השנים, ושכיחותן של דעות פסבדו־דתיות ופסבדו־מדעיות.
הסיפור מתאר מעין משחק אינטלקטואלי: שלושה חברים ערכו תוכנית בדיונית, "התוכנית", שמנסה לאגד את כל תאוריות הקשר שנוסחו לאורך ההיסטוריה, גם כאשר הן לכאורה מנוגדות זו לזו, ולהציגן כפי עטה של אגודת סתרים עליונה. עם התקדמות המשחק האינטלקטואלי של השלושה מאמצים חסידי תאוריות אזוטריות את התוכנית הבדיונית כלשונה ותופסים אותה כאמת לאמיתה, דבר הגורר השלכות קטלניות. הרומן גדוש בפרטי מידע בנושאים שונים: היסטוריה, דת, מדע, ספרות, מיסטיקה, אמונות טפלות ועוד.
מבנה הספר והציטוט הפותח.
הספר מורכב מעשרה חלקים המקבילים לעשר הספירות שבתורת הקבלה ("כתר", "חוכמה", "בינה", "חסד" וכו'). בכל חלק ישנה פיסקה המסבירה את הקשר בין הספירה לבין העלילה בחלק זה של הספר. בראש כל אחד מ־120 הפרקים שבספר, מובאות ציטטות הלקוחות מתחומים שונים המרכיבים את "התוכנית" ומהווים לה כעין ביבליוגרפיה הנטועה בקרקע המציאות.
הציטוט הפותח את הספר הוא בעברית מתוך ספר קבלה מאת רבי יצחק לוריא:
גרסה עברית.
הרומן תורגם מאיטלקית לעברית על ידי גאיו שילוני, וראה אור בשנת 1991 בהוצאת כנרת. פרופ' יוסף דן כתב הקדמה לספר שבה הוא סוקר את מטרותיו של אקו בספר אך גם חושף את מרבית התפניותיו העלילתיות.
עלילה.
בתחילת הספר המספר, קזוּבּוֹן, נמצא בקונסרווטוריון לאמנויות ואומנויות בפריז ("Conservatoire des Arts et Métiers" שבו נמצאת המטוטלת של פוקו). הוא מסתתר במוזיאון מפני הטמפלרים שחטפו, כך הוא מאמין, את חברו יַאקוֹפּוֹ בֶּלְבּוֹ.
הסיפור מסופר בטכניקת פלאשבק.