בימי הביניים השונים הוגים מערביים וביזנטיים שונים החשיבו את מוחמד לנביא שקר ואפילו לאנטיכריסט. כמה מהם, כמו התאולוג והנזיר הדומיניקני תומאס אקווינס, מתחו ביקורת על ההבטחות של מוחמד על הנאת הבשרים בחיים שלאחר המוות.
הביקורות בעת המודרנית מצד גורמים דתיים וחילוניים מתמקדת בעיקר במוסריותו של מוחמד, בכך שהיו בבעלותו עבדים, ביחסו לאויביו, בנישואיו, ובמצבו הפסיכולוגי. מוחמד הואשם בין היתר בסדיזם ובחוסר רחמים - בפרט במקרה בו כבש ורצח את כל הגברים בשבט בני קוריט'ה שחיו בצפון חצי האי ערב - בכך שקיים יחסי מין עם עבדיו, ועל נישואיו לעאישה כשהיא הייתה בת שש.
עבדות.
שלא בדומה לחברות המערביות בהן התנגדותן לעבדות הולידה את התנועה לביטול העבדות, תנועות כאלו לא התפתחו מעולם בחברות המוסלמיות. רק בתחילת המאה ה-20 (לאחר מלחמת העולם הראשונה) העבדות הוצאה מחוץ לחוק בהדרגה במדינות המוסלמיות, בעיקר בשל הלחץ שהופעל על אותן המדינות מצד מעצמות מערביות כמו בריטניה וצרפת.
נושא העבדות בעולם האיסלאמי בעת החדשה הוא שנוי במחלוקת. לאורך השנים תועדו של מקרים באזורי מלחמה כמו סודאן וסומליה בהם מתקיימים מקרים של עבדות. בכתב העת הדיגיטלי "Dabiq" של ארגון המדינה האסלמית משנת 2014 נטען במפורש כי ישנה הצדקה דתית לשעבוד נשים יאזידיות.
כפירה.
על פי חוק האסלאם כפירה נחשבת ככזו בעיקר כאשר אדם מוסלמי נוטש באופן מודע את האסלאם. עד סוף המאה ה-19, הרוב המכריע של המשפטנים הסונים והשיעים טענו שעבור גברים מבוגרים מעשה כפירה נחשב פשע, חטא, ומעשה בגידה אשר העונש עליו צריך להיות עונש מוות, כאשר בדרך כלל ניתנה לכופר תקופת זמן בה הוא היה מורשה לחזור לאסלאם בטרם הוצא להורג. מסוף המאה ה-19 השימוש בעונשים פליליים בגין כפירה דעך.
לטענת עבדול ראשיד עומאר רוב המשפטנים המוסלמים המודרניים ממשיכים לראות בכפירה כפשע אשר ראוי לתת עליו עונש מוות. לטענת ח'אלד אבו אל פאדל מוסלמים מתונים אינם נוטים להאמין שיש להעניש כופרים. המבקרים טוענים כי עונש מוות או עונש אחר על כפירה באסלאם מהווה פגיעה בזכויות האדם האוניברסליות ואינו מאפשר חופש דת וחופש מדת לאנשים שהוגדרו ככופרים.
נכון ל-2014 במדינות שונות בעלות רוב מוסלמי עדיין קיימים עונשי מוות או מאסר בפועל לאנשים שמוגדרים ככופרים. בשנים 1985–2006 שלוש מדינות שונות הוציאו להורג ארבעה כופרים על האסלאם - אדם אחד הוצא להורג בסודאן על כפירה ב-1985, שניים הוצאו להורג באיראן על כפירה ב-1989 וב-1998, ואדם אחד הוצא להורג על כפירה בסעודיה ב-1992. נכון לשנת 2013 היו ב-23 מדינות מוסלמיות חוקים כלשהם נגד כופרים. על פי סקר של מרכז המחקר פיו התמיכה הציבורית בעונש מוות על כפירה בקרב מוסלמים נע בין 78% באפגניסטן לפחות מאחוז אחד בקזחסטן.
היחס לכופרים על פי שריעה (הדין האסלאמי).
לטענת המזרחן הבריטי-אמריקני ברנרד לואיס:
לטענת המזרחן הישראלי יוחנן פרידמן מצוקתם האמיתית של המוסלמים המודרניים אינה קיומם של חוקים נוקשים נגד כפירה בספרים עתיקים מימי הביניים אלא העובדה שהאשמות בכפירה והדרישות על ענישה בשל כפירה נשמעות שוב ושוב מגורמים מוסלמים קיצוניים שונים בהווה.
אי התאמה בין האסלאם לבין הצהרת זכויות האדם של האו"ם.
לטענת מבקרים כגון אייאן חירסי עלי ורוברט ספנסר קיים פער בין השריעה לבין הצהרת זכויות האדם של האו"ם משנת 1948 וכי משום כך מספר מדינות בעלות רוב מוסלמי כמו מלזיה וסעודיה סירבו לאשרר את ההצהרה. מוסלמים רבים סבורים שהסתירה מהווה בעיה מהותית. ב-1990 פרסמה הוועידה האסלאמית הצהרה נפרדת בקהיר לזכויות אדם, אשר תואמת את השריעה.
חילול הקודש.
נכון לשנת 2012 ב־33 מדינות היו חוקים כלשהם נגד חילול הקודש. מתוכם 21 מדינות הם מדינות עם רוב מוסלמי - אפגניסטן, אלג'יריה, בחריין, מצרים, אינדונזיה, איראן, ירדן, כווית, לבנון, מלזיה, האיים המלדיביים, מרוקו, עומאן, פקיסטן, קטר, ערב הסעודית, סומליה, איחוד האמירויות הערביות, וסהרה המערבית. במדינות הללו, קיומם של החוקים נגד חילול הקודש הובילו במקרים רבים לרדיפה, לרצח או למעצר של אנשים שונים לאחר שהועלו נגדיהם האשמות בגין חילול הקודש. במדינות מוסלמיות מסוימות חילול הקודש נחשב לפשע הכרוך בעונש מוות.
בשנים האחרונות הוצאו פאטוות נגד סלמאן רושדי ותסלימה נסרין . הפאטוות וכמו גם חוקים הנוגעים לחילול הקודש שנויים במחלוקת ברחבי העולם וגם בעולם המוסלמי.
אלימות.
פיגועי 11 בספטמבר בארצות הברית ופעולות טרור בולטות אחרות שבוצעו במהלך המאה ה-21 על ידי ארגוני טרור מוסלמים קיצוניים גרמו לכך שרבים החלו להחשיב את האסלאם לדת אלימה. בפרט, הכתבים בקוראן שעוסקים במלחמה ושלום הפכו לנושאים שעוררו דיונים סוערים בתחילת המאה ה-21. מצד אחד, ישנם מבקרים שטוענים כי פסוקים מסוימים בקוראן קוראים לביצוע פעולות צבאית נגד כופרים - הן במהלך תקופת חייו של מוחמד והן באופן כללי. בקוראן כתוב "הילחם בשם הדת שלך באלה שנלחמים בך." לעומת זאת, רוב החוקרים המוסלמים, כולל אחמדיה, טוענים כי המבקרים שמתייחסים לפסוקים הללו אינם קוראים אותם בהקשר הנכון, וכי כאשר קוראים את הפסוקים בהקשר הנכון מובן בבירור שהקוראן למעשה אוסר על תוקפנות, ומאפשר לחימה רק מתוך הגנה עצמית.
מבקרים כמו רוברט ספנסר מאמינים שלא רק האסלאם הקיצוני הוא שמטיף לאלימות אלא גם האסלאם עצמו. הוא טוען כי אף על פי שהאסלאם אינו מטיף במפורש לג'יהאד מזוין, העובדה שמוסלמים מתונים טוענים שמוסלמים קיצוניים אינם פועלים בהשראת הקוראן איננה קבילה. לטענת ספנסר, החשיבות של שמירה על זכויות אדם והיטמעות בחברות המערביות אליהם מהגרים אוכלוסיות מוסלמיות דורשת בפועל שאוכלוסיות מוסלמיות מתונות ידחו היבטים מסורתיים של האסלאם, כגון ג'יהאד, דהימיטות ושריעה.
חוק חובה לפי השרעיה אשר מתקיים במדינות כמו איראן, ערב הסעודית ובבתי הדין השרעיים המקומיים בצפון ניגריה. מבקרים שונים, כולל מבקרים מוסלמים, מחשיבים עונש זה כאכזרי וברברי.
במדינות מוסלמיות מסוימות נהוג על פי החוקים המקומיים לכרות יד גנב אשר גנב פריט/פריטים ששווים יותר מערך של דינר אחד בהסתמך על כך שכתוב בקוראן לעשות זאת. מבקרים שונים, כולל מבקרים מוסלמים, מחשיבים עונש זה כאכזרי וברברי.
עריפת ראשים הייתה שיטת הוצאה להורג סטנדרטית במשפט האיסלאמי לפני העידן המודרני, בדומה למשפט האירופי לפני העידן המודרני. עד סוף המאה ה-20 מרבית המדינות המוסלמיות הפסיקו להוציא להורג אנשים באופן זה. כיום רק בערב הסעודית נהוג להוציא להורג אנשים על ידי עריפת ראשם. עריפת ראשים חוקים גם בקטר, ובתימן, והייתה קיימת גם באיראן עד ל-2001 כאשר בוצע בה ההוצאה להורג האחרונה באופן זה.
במהלך העשור השני של המאה ה-21 ארגוני טרור מוסלמיים קיצוניים כגון המדינה האסלאמית החלו להוציא להורג שבויים רבים על ידי עריפת ראשיהם. הדבר זכה לפרסום רב בעולם לאחר שהארגון המדינה האסלמית פרסמה תמונות וסרטוני עריפת ראשים של שבויים באינטרנט.
עמדות האסלאם כלפי הומוסקסואלים.
מבקרים כמו הפעילה הלסבית אירשאד מנג'י ומוסלמים לשעבר כמו הפוליטיקאי האיראני-הולנדי אחסן ג'אמי והפוליטיקאית לשעבר ההולנדית-סומלית אייאן חירסי עלי מתחו ביקורת על עמדות האסלאם כלפי הומוסקסואלים. רוב ארגוני זכויות האדם הבינלאומיים כגון ארגון Human Rights Watch וארגון אמנסטי אינטרנשיונל מגנים את החוקים האסלאמיים שמגדירים כפשע אקטים הומוסקסואלים. מאז 1994 ועדת האו"ם לזכויות אדם קבעה שחוקים אלה פוגעים בזכות לפרטיות המובטחת בהכרזה לכל באי עולם בדבר זכויות האדם ובאמנה הבינלאומית בדבר זכויות אזרחיות ומדיניות.
ב-10 מדינות שונות בעולם אשר בעלות רוב מוסלמי ניתן להעניש אנשים על אקטים הומוסקסואליים, אם כי בחלקם העונש מעולם לא מיושם.
לטענת המוסלמי לשעבר איבן וואראק על אף שהקוראן מגנה הומוסקסואליות בפועל החברה המוסלמית נוהגת לרוב להתעלם מהאספקט הזה וכי עד לאחרונה העולם המוסלמי היה הרבה יותר סובלני להומוסקסואליות מאשר החברות הנוצריות.
פסוקי החרב.
באופן מסורתי המוסלמים מדברים על "פסוק החרב", בגוף יחיד. לפי דיפאק קוטה, "חלק גדול מההצדקה הדתית לאלימות נגד אנשים לא מאמינים (דר אל כופר) על ידי מובילי הג'יהאד מבוססת על פסוקי החרב מהקוראן".
הקוראן מכיל קטעים אשר ניתן לפרש כדי לאשר ולעודד אלימות, בהם קוראן 2:191, 4:76, 9:5 ו49:9.
חוקרי הקוראן טוענים כי ההקשר של הפסוק הוא מלחמה הגנתית. לאחר שהסכם החודיבייה הופר על ידי שבט בני בקר שהיה בעל ברית של שבט קורייש איתו נכתם ההסכם, כאשר השבט תקף את שבט בני ח'זאעה שהיה בברית עם המוסלמים.
בתגובה שלח הנביא מכתב לקורייש, פרשו מהברית עם בני בקר או שלמו כופר. קורייש דחו את שתי הצעותיו, ובכך הפרו את ההסכם. כמו כן מוסכם כי הפסוק מתייחס רק לאלו ששברו את הברית.
בשל כך נהוג לטעון כי לחימה מותרת רק למטרת הגנה.
בפסוקים 2:191 ו 8:39 בקוראן, ישנן שתי נקודות הגרומות לוויכוח. הראשונה היא, שרצח אחרים מורשה במקרה של "רדיפה". השנייה היא שלחימה עשויה להימשך עד ש"הדת תהיה כולה לאללה בלבד" ואין יותר "פיטנה" (לפיטנה יש פירושים אפשריים רבים, ככל הנראה "רדיפה", " דיכוי", או "כישוף", איך יש המפרשים זאת כ"חוסר אמונה ועבודת אלים אחרים פרט לאללה"