בסך הכל, קולצ'ק המשיך במדיניות הפוליטית והכלכלית של הממשלה הסיבירית הזמנית., שאת מנהיגה, וולוגודסקי, שמר במשרת ראש הממשל ונעזר בו כסמל ללגיטימציה. לריכוז הסמכויות הפוליטיות והצבאיות של קולצ'ק הייתה השפעה על המצב בחזית; הארגון המחודש בדרג הצבאי תרם לסדרת ניצחונות צבאיים על האדומים שהשיבו לשליטת הצבא הלבן את הנחלות שנכבשו מידיה בעמק נהר הוולגה בסתיו 1918. התנועה האנטי-בולשביקית גם כן התאחדה ברובה לגוף מדיני אחיד לאחר הפיכת ה-18 בנובמבר, כאשר רוב הפוליטיקאים קבעו כי המאבק באדומים נושא בחשיבות גדולה יותר מאשר המאבקים הפנימיים בפלגים הפוליטיים השונים בתוך התנועה הלבנה.
לאחר ההפיכה הסתיימו המאבקים הפנימיים בין הדומות המקומיות ברחבי האזורים האוטונומיים שנשלטו בידי גורמים מהתנועה הלבנה. קולצ'ק קיווה שבהרמת הדגל נגד האדומים יאחד את הפלגים השונים של המחנה הלבן תחת פיקודו, ועל כן קידם מדיניות צבאית התקפית. ההישג המכריע ביותר של הצבא הלבן במתקפת נגד זאת היה כיבוש העיר פרם, המהווה מרכז אסטרטגי ולוגיסטי. בינואר פגש קולצ'ק בגנרל ולדימיר אוסקרוביץ' קאפל. קאפל היה מועמד מזה זמן רב לקידום צבאי אשר עוקב פעם אחר פעם והותיר אותו לשרת בסיביר, בעורף המערכה. בפגישה אישית עמו השיג קולצ'ק רושם חיובי מקאפל ומינה אותו לראש מחלקת המילואים האסטרטגיים של מטה קורפוס הוולגה הראשון של הצבא הלבן.
עם לקיחת משרת ההנהגה של המנהיג העליון, ניסה קולצ'ק לשמור על תדמית ציבורית של אדם צנוע. הוא עבר להתגורר בשכירות בביתו של פעיל ציבורי שפרש מתפקידו, על גדות נהר אירטיש. הבית המושכר היה לאחוזה קטנה ברחוב ברגובאיה באומסק וקולצ'ק התגורר בו בין ה-15 בדצמבר 1918 ל-12 בנובמבר 1919. אשתו של קולצ'ק וילדיהם יצאו לגלות בצרפת, וקולצ'ק שלח עבורם קצבת מחייה בת 30,000 פרנקים צרפתים. בין סוף מאי לתחילת יוני 1919 הכריזו שני מפקדים על צבאות לבנים עצמאיים על כך שפעילותם נעשית בחסות קולצ'ק וכי הם מכירים בהיותו המנהיג העליון של רוסיה: יבגני קרלוביץ' מילר בצפון רוסיה וניקולאי יודניץ' בצפון-מערב. היה זה בהמשך יוני שגם אנטון דניקין הכיר בקולצ'ק כמפקדו לאחר שמזה זמן רב פעל להשוות בינו לבין קולצ'ק.
ב-17 ביוני 1919 הכריז קולצ'ק על מינויו הרשמי של דניקין למשרת ממלא מקום מפקד הכוחות העליון של הצבאות הלבנים, ובכך מינה אותו ליורשו המיועד בפיקוד הצבאי. דניקין ניהל את רוב השטחים שתחת שליטתו הצבאית בדרום רוסיה (צפון הקווקז, דונבאס והאזורים הסובבים) כנחלותיו האישיות והסדיר שלטון יד ברזל שכלל פרעות באוכלוסייה היהודית עליו הייתה לקולצ'ק השפעה מעטה. למעשה, לדניקין היה חופש פעולה במנהל האזרחי המקומי, הנהגת צבאו והסדר מדיניות ביחס למדינות ההסכמה. קולצ'ק שמר על סמכויותיו כחוק העליון בעניין מנהל פנים וחוץ כלליים, שאלת החזקת הקרקעות שהובילה לתסיסה אזרחית ומדיניותה הכלכלית של המדינה הרוסית.
הדת והמדינה.
קולצ'ק היה לאורך חייו נוצרי אורתודוקסי (על אף העובדה שהעמיק בחקר אמונות המזרח הרחוק מעולם לא נטש את אמונת אבותיו) ועם מינויו למנהיג העליון של רוסיה התקיימה החייאה בפעילותה של הכנסייה האורתודוקסית הרוסית בתוך סיביר. בעצת הבישופים של אופה, מנהל הכנסייה הגבוהה הזמני הוקם כאשר בראשותו עמד הארכיבישוף סילבסטר של אומסק. ב-27 בדצמבר 1918 הקים קולצ'ק את המנהל הראשי לענייני דת בתוך מסגרת מועצת השרים. לפי קביעת המנהל הראשי שב החינוך הדתי להיות מקצוע חובה בבתי הספר. מעל 2,000 כמרים נשלחו לחזית להעביר טקסי דת עבור הצבא הלבן. בהמשך קבעה מועצת בישופים את מינויו של קולצ'ק למשרת ראשה הזמני של הכנסייה האורתודוקסית הרוסית. המינוי היה זמני ותקף לתחומי שיפוטו של קולצ'ק והמדינה הרוסית הלבנה. בהמשך החליט המנהל הדתי באומסק לצרף את שמו של קולצ'ק במהלך טקסי דת רשמיים.
לצורך החזקת הנכסים של הכנסיות האורתודוקסיות ברחבי סיביר הוקצו 11 מיליון רובל מכספי האוצר הלאומי עבור קהילות דתיות ולשימור מנגנון הפעילות של הכנסיות האורתודוקסיות הוקצו בנוסף לכך עוד 1.2 מיליון רובל רוסים, גם הם מכספי המדינה.בשונה מהגנרל הלבן פיוטר וראנגל שנשען על הכנסייה עבור התמיכה האזרחית והצבאית בו ובמאבקו נגד הבולשביקים, קולצ'ק - בבחינת הרמה המדינית - סירב לקדם קישור מחודש ביחסי דת ומדינה. כמו כן קולצ'ק סירב לקשר את הכנסייה במאבק נגד הבולשביקים. יחסי מנהל הכנסייה האורתודוקסית הרוסית והמנהיג העליון קולצ'ק היו רשמיים בעיקרם ולא מעבר לכך. לא כל גורמי הכנסייה תמכו בקולצ'ק, ומספר כמרים אף קידמו מרידה נגד שלטונו שפרצה באירקוטסק בדצמבר 1919. למרד זה הייתה תמיכה משנית בלבד, והוא הופל במהרה בידי כוחות הצבא הלבן בסיביר הנאמנים לקולצ'ק.
חקר רצח משפחת הצאר, זהב ונושאים נוספים.
כאשר השתלט הלגיון הצ'כוסלובקי על יקטרינבורג ב-25 ביולי 1918, הסתיים השלטון הבולשביקי בעיר והחל חיפוש אחר משפחת המלוכה לבית רומנוב שהייתה נתונה למעצר תחת הבולשביקים. לאחר זמן מה התברר רצח משפחת הצאר בידי הבולשביקים. בפברואר 1919 הורה קולצ'ק על החלפת צוות החקירה ובראשו הועמד ניקולאי סוקולוב. החקירה התמקדה במספר שאלות כגון שאלת הניצולים האפשריים מתוך משפחת המלוכה וכגון מי האחראי שנתן את ההוראה על רצח משפחת הצאר, לנין, לאון טרוצקי או אחרים. לנוכח רצח משפחת הצאר נחלשה התנועה המלוכנית בתוך התנועה הלבנה אך עדיין נותרה אוחזת בהשפעה.
בין 1914 ל-1917, לאחר שליש מכלל עתודות הזהב של האימפריה הרוסית הועברו לאחסון בקנדה, שהייתה דאז דומיניון של האימפריה הבריטית. נוסף על כך, לערך מחצית מכלל עתודות הזהב הועברו מפטרוגרד לקאזאן. העברת עתודות הזהב נעשתה לנוכח המצב בחזית המלחמה. נכון לאוקטובר 1917 היו 500 טונות של עתודות זהב בקאזאן. לאחר ההשתלטות עליה בידי הצבא הלבן בראשות ולדימיר קאפל ב-7 באוגוסט 1918, הועברו עתודות הזהב לסמרה, איפה שהוקמה ממשלת קומוץ' הלבנה שהונהגה בידי חברי האספה המכוננת הרוסית. בסוף נובמבר 1918, עם מינויו למנהיג העליון של רוסיה ופיזור ממשלת קומוץ', קולצ'ק הורה על העברת העתודות לאומסק. במאי 1919 הגיעו משלוחי הזהב לאומסק איפה שנספרו ב-505 טונות של זהב, שווי ערך ל-650 מיליון רובל רוסי.
קולצ'ק הכריז ב-30 בנובמבר 1918 על שחזורם של מספר עיטורים, מסדרים אותות צבאיים מתקופת האימפריה הרוסית שבוטלו בידי הרפובליקה לאחר מהפכת פברואר. לצד זאת, קולצ'ק אסר על חגיגות המהפכה לזכרה של מהפכת פברואר. נכון לקיץ 1919, בהתערבותה הממושכת של הממשלה, תוקנו מסילות ברזל רבות, החלו רכבות לצאת ולחזור לפי לוח זמנים מדויק, ירדה כמות השביתות והמחאות של פועלי רכבות והחל לחדש פרויקט פיתוח של שימוש נרחב יותר בנתיב הים הצפוני. במהלך אותה השנה הורה קולצ'ק על משלחת חקר לים קארה שהונהגה בידי חבר קרוב שלו, מגלה הארצות וההידרוגרף בוריס אנדרייביץ' וילקיטסקי. לשכת החקר של האוקיינוס הקוטבי שהקים קולצ'ק הכינה אף תשתית מיועדת לבניית עיר נמל בדלתא של נהר יניסיי.
כדי להפחית את המתח החברתי נקטה ממשלת קולצ'ק באמצעים מיוחדים: על אף האינפלציה הבלתי נמנעת שהשתוללה במהלך פעולות האיבה מלחמת האזרחים, ועדה מיוחדת מטעם משרד העבודה אישרה שכר מינימום מיוחד שנקבע לפי מקצוע ופי אזור, ובהתאם אליהם, הממשלה מעת לעת ביצעה מדידות של שכרם של אזרחים. תחת קולצ'ק הונהג לראשונה שכר מינימום בסיביר.
המנהיג העליון של רוסיה: המערכה הצבאית.
מבצע פרם ומתקפת אביב 1919.
לקולצ'ק ואנשיו היה פיקוד ישיר על הצבאות הלבנים במזרח, ומטרה אסטרטגית מרכזית עבורם הייתה ההשתלטות על העיר פרם, היושבת בנקודת מפתח לוגיסטית ואסטרטגית. הגנרל בולדירב בזמנו הכין תוכנית למבצע השתלטות על העיר עבור הדירקטוריון. דרך פרם היה הצבא הלבן פורץ את הדרך לוולוגדה, ממנה יכול היה להתאחד עם הכוחות הלבנים המפוזרים בצפון רוסיה וארכנגלסק בפרט. על כן קבע קולצ'ק שוולוגדה היא המטרה הישירה של הצבאות הלבנים במזרח ולא מוסקבה (שנקבעה בידי הבולשביקים להיות לבירתם במקום פטרוגרד הקרובה לגבול), שהדרך לעברה הייתה מבוצרת ומחופרת בידי אנשי הצבא האדום. הרעיון המקורי של ההשתלטות על צפון רוסיה היה של הצ'כוסלובקים, ששיתפו אותו עם נוקס ובולדירב. הרעיון המקורי היה שאיחוד לוגיסטי של הצבאות הלבנים בין אומסק לבין ארכנגלסק ומורמנסק תאפשר העברת אספקה ותמיכה קלה יותר של מדינות ההסכמה עבור התנועה הלבנה.
מבצע פרם החל ב-27 בנובמבר, כאשר כוחותיו של הגנרל הלבן גריגורי ברזביטסקי עקפו את המעוז הבולשביקי בקושווה מימין. קושווה עצמה נכבשה מאוחר יותר בידי הלבנים במתקפה חזיתית ב-2 בדצמבר. ב-27 בנובמבר החלה תנועת הארמייה הסיבירית בהנהגת אנטולי ניקולאייביץ' פפליאייב (אחיו של ויקטור פפליאייב) לעבר פרם. כוחות הארמייה הסיבירית נעו בשלג עמוק בטמפרטורה של מינוס 20 מעלות צלזיוס עד שהשלימו 160 קילומטרים בתוך שבועיים וכבשו את העיירה קאלינו, דרום-מזרח לעיר פרם עצמה. כתוצאה מהאיגוף של הצבאות הלבנים בהנהגתם של ברזביטסקי ופפליאייב, הארמייה השלישית של הצבא האדום במזרח, בפיקודו של מיכאיל לשביץ', נקטעה לשתי יחידות.