ביום 20 בנובמבר יצא הצבא הצלבני לכוון קהיר, יומיים לאחר מכן מת הסולטאן המצרי אלמלך אצאלח ואלמנתו שג'ר א-דור הסתירה את מותו למנוע אנרכיה בעוד היא קוראת ליורש העצר אלמלך אלמועזם תוראן שאה לחזור מגלות ולקחת את מושכות השלטון. הצלבנים המשיכו להתקדם בלווית צי לאורך קו המים של פלג דמיאט כשהם הולכים בעקבות לוחמי מסע הצלב החמישי. ביום 21 בדצמבר הגיעו הצלבנים אל מול אל מנצורה והצבא המצרי שעמד מולם כאשר תעלות הנילוס מפרידות בין המחנות. לאחר דו-קרב ארטילרי חצו הצלבנים ב-8 בפברואר 1250 את תעלת אשמום הפתיעו את המחנה המצרי הרגו בו ורדפו אחרי הניצולים אל תוך העיר אל מנצורה. כאן נתקלו הצלבנים בהתנגדות ובקרב בתוך השטח הבנוי נהרגו כל התוקפים.
במשך חודשיים עמדו הצלבנים מול חומות אל מנצורה כאשר הם נצמדים לעמדותיהם וכוחם נחלש. כשלושה שבועות לאחר קרב אל-מנצורה, ב-28 בפברואר, תפס את הפיקוד על הצבא יורש כס הסולטנות תוראן שאה ופעולתו הראשונה הייתה ניתוק הצלבנים באל-מנצורה מבסיסם בדמיאט על ידי צי מצרי ששט במורד הנילוס.
קרב פארסכור.
בחודש מרץ, הגבירו המצרים את הלחץ על הצבא הנוצרי,
ממקום זה, בעוד קולות במחנה קוראים ספק ותגר על מסע הצלב מאחר ש"ברור לעין כי האלוהים אינו תומך בו" יצאו שליחים מטעם המלך אל הסולטאן המצרי, בין השליחים פיליפ ממונפורט האביר הצלבני מצידון ובעל נחלות בצרפת גופא, ועימם הצעה לסיים את העימות על ידי החלפת דמיאט שבידי הצלבנים בירושלים שבידי המוסלמים שנדחו על ידי הסולטאן.
בלילה בין 5 באפריל ל-6 באפריל החליט לואי התשיעי על נסיגה לכוון דמיאט. במצב ארגוני קשה ביותר, במורל נמוך ובתמיכה עלובה של צי חסר יכולת תמרון של ממש החל הצבא הצלבני בנסיגה בחושך, על פני שטח קשה לתנועה וחשוף להתקפות הצי המצרי על הנילוס. התוצאה הייתה התפרקות מוחלטת של הכוח הצלבני, המרדף והטבח נמשך עד לעיר פראסכור – הנמצאת על פלג הנילוס כשני שלישים מהדרך לדמיאט – מהלך יומיים צעידה.
הצבא המצרי בהנהגת הכוחות הממלוכים החל בטבח שיטתי של החיילים הנוצרים, וניצלו רק הצלבנים שניכר כי הם אצילים וכי ניתן יהיה לקבל עבור שחרורם - במועד מאוחר יותר - דמי פדיון גבוהים. ב-6 באפריל נכנע המלך כשהוא באפיסת כוחות מלאה וחייו בסכנה, הוא הובל לשרמסאח, הושם בכבלים והובל לפני הסולטאן במנצורה.
משא ומתן.
עם תום הקרבות, החל משא ומתן בין המצרים המנצחים לבין הצרפתים הנתונים בשבי. למרות היקף הניצחון המצרי – המוחלט, לא היו הצרפתים חסרי קלפי מיקוח, ובראשם העיר דמיאט שנותרה בידם.
במשא ומתן שנוהל עבור המלך על ידי פיליפ ממונפורט, סירב המלך לוותר על שטחים מארץ ישראל (ומבחינה חוקית לא יכול היה לעשות ויתורים כלשהם בשם המדינה הצלבנית) ובסופו של דבר התחייב לפנות את דמיאט ובתשלום דמי כופר אדירים בגודלם של חצי מיליון ליברות של טור עבור כל השבויים הנוצרים. שחציים ישולם לפני שהמלך הצרפתי ואציליו ישוחררו, למוסלמים יימסרו מחסני האספקה שבעיר דמיאט. שבויים מוסלמים חלקם בשבי ממסע הצלב החמישי (1221) ישוחררו. ב-6 במאי נמסרה דמיאט לכוחות מוסלמיים ובאותו יום ממש שוחרר המלך הצרפתי משביו עלה על ספינה גנואזית והפליג לעכו שם נחת עם ראשוני הניצולים ממפלת מסע הצלב והשבי המצרי.
מן המחנה המפואר שמנה בשיאו 3,000 אבירים הגיעו לעכו מאה בלבד ומחיל רגלים של כ-25,000 חיילים נותרו כ-12,000 שנמכרו לעבדות בשוקי מצרים והשאר מתו.
התמוטטות הסולטנות האיובית.
סיום מסע הצלב ועליתו לשלטון של סולטאן חדש חשפו מחדש את מאבקי הכוח בצמרת המצרית. מול הסולטאן עמדו הכוחות הממלוכים שהתנגדו לניסיונו למנות את אנשי שלומו ולמנוע מהם את הפרסים על חלקם בניצחון. הממלוכים הבח'ריים כרתו ברית עם אשת הסולטאן המנוח שג'ר אל-דור. ביום 2 במאי 1250, נרצח הסולטאן על ידי הממלוכים המצריים הבח'ריים. הסולטאנית החדשה-ישנה נטלה לידיה את סמכויות השלטון למשך 3 חודשים, במהלכם אימצה את התואר מלכת המוסלמים. בחודש יולי 1250 היא ויתרה על כסאה משנשאה לממלוכי הבח'רי עז א דין אייבך אלתורכמני. ובכך בא הקץ על השלטון האיובי במצרים, בעתיד יוותרו הממלוכים על חסות שליטי בובה איוביים ותפסו את כיסא הסולטנות בעצמם.
מסע הצלב של הרועים.
במהלך החודשים שהובילו לקרב פארסכור, מששקע מסע הצלב בבוץ המצרי החלו גורמים שונים להפיץ באירופה את השמועה כי מסע הצלב בראשות המלך השמיד את צבאו של הסולטאן בקרב מפואר וכבש את קהיר. בחודש מאי, לאחר המפלה הפיצו אבירי מסדר ההוספיטלרים מכתב מראש המסדר ובו פירוט מדוקדק של תאריכי הקרבות ומספרים של קורבנות האויב.
הידיעה על מפלת הצבא הנוצרי ונפילתו בשבי של לואי התשיעי זעזעה את אירופה והציתה מחדש את הוויכוח לגבי רצון האלוהים והשתקפותו בכישלונות מסעי הצלב. המלך לואי התשיעי עצמו לאחר חשבון נפש הגיע למסקנה כי הסיבה העיקרית לכשלונו הם היהודים המזהמים את ממלכתו בעיסוקם בהלוואות בריבית לנוצרים. על מנת לתקן את המעוות הוציא המלך ממקום שבתו בארץ הקודש, צו המורה על גירוש יהודי צרפת ועתיד היה להוציא את הצו מהכוח אל הפועל עם שובו לצרפת.
הפחד והבושה הצורבת על נפילת המלך הצרפתי בשבי ותבוסת צבא האצילים הצלבנים הציתו אש בתנועה צלבנית חדשה שהתיימרה לגאול את ארץ הקודש ולנקום את מפלת מסעי הצלב. התנועה העממית זכתה לשם מסע הצלב של הרועים (צרפתית: Croisade des Pastoureaux). מסע צלב עממי שאסף כוח ותומכים בצפון צרפת. מרואן פנו הצלבנים לפריז ומשם לאורליאן בראש ההמון עמד מסית אנטי יהודי בשם רוז'ר מהונגריה. הוא הכריז על עצמו כנביא ובמסגרת הטפותיו סיפר כי מרים, אם ישו היא שהורתה לו לאסוף גייסות של עניים שיבואו לעזרת מלך צרפת וארץ הקודש. התנועה נשאה קווי דמיון אידאולוגיים למסע הצלב של הילדים.
ומוסיף ההיסטוריון מתיה פאריס:
תחילה התנכלו הרועים הצלבנים לכנסייה ולכמרים ולאחר מכן החלו לגרום נזקים של ממש לכנסייות כשהם נעזרים בתושבים מקומיים נלהבים. באורליאן הטיל הבישוף של העיר חרם על התושבים שסייעו לפורעים. התנועה הלכה וצברה מומנטום והפכת לתנועת מרי אזרחי. תשומת לב מיוחדת הוקדשה ליהודים שסבלו מנחת זרועם של הרועים הצלבנים.
משהגיעו הצלבנים לעיר בורז' (צרפתית: Bourges) החלו לפרוע בקהילה היהודית ונתקלו בהתנגדות תושבי העיר, בעימות נהרגו רבים מה"רועים" ומיעוטם הגיע בסיכומו של דבר לעכו כצלבנים בצבאו של המלך לואי התשיעי.
ביצור ממלכת ירושלים.
משא ומתן עם המוסלמים.
לואי התשיעי שהה בארץ הקודש ארבע שנים לאחר שחרורו מהשבי המצרי, את רוב זמנו הקדיש המלך הצרפתי לביצור ערי ומצודות הצלבנים בארץ מתוך תקווה כי בכך תובטח שלומה של ממלכת ירושלים ומאידך לבסס ראשי גשר איתנים למסעי הצלב האמורים לבוא בעתיד - ולמעשה לעולם לא יבואו.
במקביל ניהל לואי התשיעי מערכת של דיונים ומשא ומתן עם כל הגורמים הפוליטיים והמדיניים באזור המזרח התיכון, משא ומתן זה התנהל באווירה המושפעת מאי היציבות במצרים שנבעה מהאימפקט של מסע הצלב השביעי חילופי השלטון שבאו בעקבותיו, והחרפת העימותים בין הפלגים המוסלמים השונים. גורם נוסף שצילו משפיע על התמונה המדינית הם המונגולים שלחצם הצבאי מתחיל להשפיע על אזור סוריה ומקרין על כל העולם המוסלמי. מצב זה שעשוי היה להציג אפשריות להישגים מדיניים מוחמץ על ידי הצלבנים המעדיפים לנקוט מדיניות של ישיבה על הגדר. מדיניות פאסיבית זו נובעת הן ממצבו הנפשי הירוד של מלך צרפת, מאי יכולתו לגייס עזרה מבחוץ ואובדן אנרגיה של ממלכת ירושלים.
עם האיובים שליטי דמשק וחלב ניהל לואי משא ומתן שכוון כנגד הממלוכים במצרים אך נגרר ולא הגיע לכדי הבשלה בגין דאגתו של המלך הצרפתי לשבויים שנותרו במצרים. מהצד השני היה לואי התשיעי בקשר רצוף עם הממלוכים שעשו כל שביכולתם להוציא אותו ממשוואת הכוחות האזורית. כך נערכו מספר עימותים צבאיים בין האיובים לממלוכים בשטח המוסלמי של ארץ ישראל מבלי שהצלבנים יטלו חלק בהם - הנוצרים הסתגרו במצודותיהם והמתינו להתבהרות המצב הפוליטי.
לאחר ביצור קיסריה חידש לואי את המשא ומתן עם הממלוכים שמצבם הן בתוך מצרים והן בעולם המוסלמי שהחשיב אותם לעבדים מתקוממים היה בכי רע, והגיעו להסכמה על חלוקת ארץ ישראל - על חשבון דמשק, שני האויבים לשעבר נדברו לחבור למערכה נגד סוריה אך ההסכם התמוסס משנסוגו המצרים מעזה תחת התקפה סורית.
שלב שלישי במשא ומתן החל במקביל לביצור יפו, בשלב זה מביא האיום המונגולי להסכם בין הממלוכים לאיובים של סוריה המביא לחלוקה מחדש של ארץ ישראל ומבטל הסכמים קודמים בין הצלבנים למוסלמים.
עם סיום ביצור העיר צידון עזב לואי התשיעי את ארץ ישראל בחותמו על הסכם שביתת נשק עם הנסיך היובי אלמלך אלנאצר מדמשק הסכם מינורי השומר על הסטאטוס קוו.
כך התמקד לואי בביצור ממלכת ירושלים, את עיקר מאמציו הקדיש המלך הצרפתי לעיר עכו והקיף בחומה את הרבעים הצפוניים של העיר המחוזקת בשורת מגדלים.
קיסריה.