במהלך חמש העונות הבאות לא הצליחה הקבוצה לעבור את השלב הראשון בפלייאוף. ב-1988/89 הוחלף פיץ' בדון צ'ייני, גם הוא שחקן עבר של הסלטיקס. 1990/91 הייתה העונה הטובה יותר עבור צ'ייני, שזכה בתואר "מאמן השנה", לאחר שהביא את הקבוצה למאזן 30–52, למרות היעדרותו של אולאג'ואן מ-25 משחקים עקב פציעה. במחצית העונה הבאה עמד מאזן הקבוצה על 26-26 וצ'ייני פוטר ובמקומו מונה רודי טומג'נוביץ', שחקן העבר של הקבוצה ועוזר המאמן באותה עת. הרוקטס לא הגיעו לפלייאוף באותה עונה, אך בעונת 1992/93 הקבוצה שיפרה את מאזנה ב-13 נצחנות כשהשיגה 55 ניצחונות וחזרה לפלייאוף. הרוקטס הגיעו לחצי הגמר האזורי, אך הפסידו בסדרה לסיאטל סופרסוניקס לאחר 7 משחקים.
1993–1995: עונות האליפות.
ב-30 ביולי 1993 רכש לסלי אלכסנדר את הקבוצה תמורת 85 מיליון דולר. בפתיחת העונה השנייה של טומג'נוביץ' כמאמן ראשי השוותה הקבוצה את שיא הליגה כאשר השיגה 15 ניצחונות רצופים וקבעה שיא מועדון כשסיימה את העונה עם 58 ניצחונות. בסיום העונה נבחר האקים אולאג'ואן ל-MVP וגם לשחקן ההגנה של העונה. בסיבוב השני של הפלייאוף הצליחה הקבוצה לחזור מפיגור של 2 משחקים מול פיניקס סאנס ולהמשיך עד הגמר. גם בגמר נקלעה הקבוצה לפיגור 2–3 מול ניו יורק ניקס, אך הקבוצה ניצחה בשני המשחקים האחרונים וזכתה בתואר האליפות הראשון שלה. אולאג'ואן נבחר ל-MVP של סדרת הגמר, כאשר קלע 27 נקודות והוריד 9 ריבאונדים בממוצע למשחק.
המאבק להגנה על התואר לא היה פשוט - בעונת 1994/95 מצאה את עצמה הקבוצה נאבקת קשות וסיימה את העונה הרגילה עם 47 ניצחונות בלבד, 11 ניצחונות פחות מהעונה הקודמת. במהלך העונה הצטרף לקבוצה קלייד דרקסלר שעבר בטרייד תמורת אוטיס ת'ורפ. הקבוצה סיימה את העונה במקום השישי במערב, אך הצליחה לנצח בסיבוב הראשון את יוטה ג'אז שסיימה במקום השלישי. בסיבוב השני נקלעה יוסטון לפיגור 1–3 בסדרה מול פיניקס סאנס, אך הצליחה לנצח בשלושת המשחקים האחרונים. בגמר המערב גברה הקבוצה על סן אנטוניו ספרס בשישה משחקים ופגשה בגמר את אורלנדו מג'יק, בהובלת שאקיל אוניל. יוסטון ניצחה בסדרה בסוויפ של 4 משחקים וזכתה בתואר אליפות שני ברציפות.
1996–2002: בנייה מחדש.
הרוקטס ניצחו 48 משחקים בעונת 1995/96 במהלכה הפך אולאג'ואן למלך החסימות של הליגה בכל הזמנים. הם ניצחו את לוס אנג'לס לייקרס בסיבוב הראשון של הפלייאוף, אך הפסידו בסוויפ לסיאטל סופרסוניקס. באוגוסט 1996 החתימה הקבוצה את צ'ארלס בארקלי תמורת 4 שחקנים שנשלחו לפיניקס סאנס, ביניהם סם קאסל ורוברט הורי. "שלושת הגדולים" - אולאג'ואן, דרקסלר ובארקלי הובילו את הקבוצה ל-52 ניצחונות והגעה עד לגמר המערב, בו הפסידו ליוטה ג'אז בשישה משחקים.
עונת 1997/98 לוותה במספר פציעות של שחקנים והקבוצה סיימה את העונה הסדירה במקום השמיני במערב במאזן 41-41. בסיבוב הראשון של הפלייאוף פגשה הקבוצה שוב את יוטה ג'אז שניצחה בסדרה 2–3. בסיום העונה הודיע קלייד דרקסלר על פרישה והרוקטס הביאו במקומו את סקוטי פיפן. עונת 1998/99, הייתה עונה מקוצרת עקב שביתת שחקנים והרוקטס סיימו אותה במאזן 19–31, אך הפסידו ללייקרס בסבוב הראשון של הפלייאוף. לאחר דראפט 1999 ביצעה יוסטון טרייד עם ונקובר גריזליס שהעבירה לרוקטס את סטיב פרנסיס, הבחירה השנייה בדראפט, תמורת 4 שחקנים ובחירת סיבוב ראשון עתידית. הקבוצה העבירה את פיפן לפורטלנד ואילו בארקלי סבל מפציעות שסיימו עבורו את הקריירה. הקבוצה המתחדשת השיגה רק 34 ניצחונות במהלך העונה והחמיצה את הפלייאוף, בפעם השנייה בלבד ב-15 עונות.
בעונת 2000/01 הקבוצה שיפרה את מאזנה והשיגה 45 ניצחונות, אך באותה עונה 7 קבוצות במערב השיגו לפחות 50 ניצחונות והקבוצה הייתה רחוקה 2 משחקים מהגעה לפלייאוף. בסיום העונה הודיע אולאג'ואן בן ה-38 על רצונו לעבור לקבוצה אחרת. הרוקטס ניסו לשכנע את הסנטר להישאר, אך לבסוף הוא הועבר לטורונטו ראפטורס. בלעדיו סיימה הקבוצה את העונה עם 28 ניצחונות בלבד.
2003–2011: עידן יאו מינג.
בדראפט 2002 קיבלה יוסטון את הבחירה הראשונה ובחרה בסנטר הסיני יאו מינג. בעונתו הראשונה בליגה הקבוצה אמנם שיפרה את מאזן הניצחונות ב-15, אך החמיצה את הפלייאוף במשחק אחד. בעונת 2003/04 עברה הקבוצה לשחק באולמה החדש -הטויוטה סנטר והציגה עיצוב חדש ללוגו ולמדים. לפני פתיחת העונה הודיע רודי טומג'נוביץ' על פרישה מאימון הקבוצה, לאחר שאובחן כחולה בסרטן הדם. טומג'נוביץ' הוחלף על ידי סטן ואן גנדי. הרוקטס סיימו את העונה במאזן 37–45 והגיעו לפלייאוף לראשונה מאז 1999, אך הפסדיו את הסיבוב הראשון ללוס אנג'לס לייקרס.
ביוני 2004 ביצעה הקבוצה טרייד גדול במסגרתו הגיע טרייסי מקגריידי מאורלנדו מג'יק, יחד עם שני שחקנים נוספים תמורת מעבר של סטיב פרנסיס וקטינו מובלי למג'יק. בעונת 2004/05 מקגריידי ומינג הובילו את הקבוצה למאזן של 51 ניצחונות, המאזן הטוב מזה 10 עונות, אך הפסידו בסיבוב הראשון של הפלייאוף לדאלאס מאבריקס בשבעה משחקים. העונה הבאה עמדה בסימן של פציעות, כאשר מינג ומקגריידי הפסידו ביחד 70 משחקים במהלך העונה. הקבוצה ניצחה רק ב-34 משחקים והחמיצה את הפלייאוף. בעונת 2006/07 שיפרה הקבוצה את מאזן הניצחונות ב-18 והגיעה ל-52 ניצחונות, אך הפסידה בסיבוב הראשון של הפלייאוף ליוטה ג'אז לאחר 7 משחקים. בעקבות ההפסד פיטרה הקבוצה את המאמן ואן-גנדי שהוחלף על ידי ריק אדלמן. בעונתו הראשונה כמאמן הצליחה הקבוצה להשיג רצף של 22 ניצחונות, הרצף השני באורכו בתולדות הליגה וזאת למרות פציעה של מינג, שסיימה עבורו את העונה בשלב מוקדם. הקבוצה הגיעה לפלייאוף, אך שוב הודחה על ידי הג'אז בסיבוב הראשון. לקראת עונת 2008/09 החתימה הקבוצה את רון ארטסט ששיחק בסקרמנטו קינגס. מקגריידי החמיץ את רוב העונה בשל פציעה, אך יוסטון הצליחה לסיים במקום החמישי במערב. בסיבוב הראשון של הפלייאוף הצליחה הקבוצה לנצח את פורטלנד טרייל בלייזרס בשישה משחקים ולעבור לסיבוב השני, לראשונה מאז שנת 1997. בסיבוב השני הפסידה הקבוצה ללוס אנג'לס לייקרס לאחר 7 משחקים. במהלך המשחק השלישי בסדרה נפצע מינג בכף רגלו, פציעה שגרמה לו להחמיץ את כל עונת 2009/10.
בסיום העונה עזב ארטסט ללייקרס ובמקומו החתימה הקבוצה את טרבור אריזה. בפברואר 2010 עזב גם מקגריידי את הקבוצה, במסגרת עסקה משולשת ששלחה אותו לניו יורק ניקס והעבירה במקומו את קווין מרטין וג'ורדן היל מסקרמנטו. בסיום העונה נבחר ארון ברוקס, שחקן הקבוצה, לשחקן המשתפר של העונה, אך הקבוצה לא הצליחה להעפיל למשחקי הפלייאוף.
יאו מינג חזר לשחק בתחילת עונת 2010/11, אך נפצע במהלך המשחק החמישי של העונה, פציעה שהשביתה אותו לאורך העונה כולה והובילה אותו להודיע על פרישה בסיומה של העונה. ללא מינג הפצוע הצליחה הקבוצה לנצח 43 משחקים ושוב לא הפעילה לפלייאוף. בסיום העונה,עם סיום החוזה של ריק אדלמן החליטו הצדדים על סיום עבודתו בקבוצה ובמקומו מונה קווין מקהייל למאמן.
2012–2021: עידן ג'יימס הארדן.
בקיץ שלפני עונת 2011/12 לווה בשינויים משמעותיים בסגל הקבוצה. בדראפט בחרה הקבוצה בשלושה שחקנים בסיבוב הראשון - ג'רמי לאמב, רויס וייט וטרנס ג'ונס. הרוקטס ביצוע טרייד מפתיע עם אוקלהומה סיטי ת'אנדר במסגרתו הועברו ג'יימס הארדן, הזוכה בתואר "השחקן השישי של העונה" ושלושה שחקנים נוספים לרוקטס תמורת קווין מרטין, ג'רמי לאמב, 2 בחירות סיבוב ראשון ובחירת סיבוב שני עתידית. בנוסף, צורפו לקבוצה ג'רמי לין, עומר אשיק ודונטאס מוטיאיונאס שנבחר בדראפט של השנה הקודמת. הארדן, שהפך משחקן שישי לקלע הפותח קלע 25.9 נקודות בממוצע לאורך כל העונה ואף נבחר לקבוצת האולסטאר שהתקיים בעיר באותה שנה. הסגנון ההתקפי שהוביל מקהייל הכתיב קצב משחק שכלל ריצה מהירה, התקפות מעבר וקליעות לשלוש נקודות ויוסטון הפכה לאחת הקבוצות המובילות בליגה בקליעת נקודות למשחק. בסיבוב הראשון של הפלייאוף פגש הארדן את קבוצתו לשעבר, שניצחה בסדרה בשישה משחקים.
עם דוויט הווארד.
במטרה להתחזק לקראת העונה הבאה החתימה יוסטון את דווייט הווארד שבוע וחצי לאחר מכן חתם בקבוצה גם הסמול פורוורד הישראלי עומרי כספי. למרות הניסיונות, גם בעונת 2013/14 לא הצליחה הקבוצה לעבור את הסיבוב הראשון של הפלייאוף, כשהיא מפסידה לפורטלנד טרייל בלייזרס.
לקראת עונת 2014/15 נעשו שוב שינויים גדולים בסגל הקבוצה. ג'רמי לין נשלח ללוס אנג'לס לייקרס ועומר אשיק ועומרי כספי לניו אורלינס פליקנס וצ'נדלר פארסונס עזב לדאלאס מאבריקס. טרבור אריזה, ששיחק בקבוצה בעבר, שב לקדנציה שנייה. בדצמבר התחזקה העונה בקורי ברואר ממינסוטה ובג'וש סמית' מדטרויט. במהלך העונה הצטיין הארדן ואף קלע 50 נקודות מול דנוור ו-51 נקודות מול סקרמנטו, הראשון בתולדות המועדון שקולע 50 נקודות פעמיים בעונה אחת. הארדן היה מועמד לזכייה בתואר ה-MVP, אך הסתפק במקום השני. הקבוצה סיימה את העונה בראשות הבית הדרום-מערבי, זכייה ראשונה בראשות הבית מאז עונת האליפות ב-1994. בסיבוב הראשון של הפלייאוף גברה על המאבריקס 1-4, בסיבוב השני נקלעה לפיגור 1–3 מול לוס אנג'לס קליפרס, אך הצליחה לנצח בשלושה משחקים רצופים ועלתה לגמר האזורי. בגמר פגשה הקבוצה את גולדן סטייט ווריורס, שניצחה בסדרה ב-5 משחקים ואף זכתה באליפות.
פתיחת עונת 2015/16 התאפיינה בחוסר יציבות ולאחר שהקבוצה ניצחה רק ב-4 מ-11 משחקיה הראשונים פוטר המאמן קווין מקהייל. בסופו של דבר סיימה הקבוצה במקום ה-8 במערב עם מאזן 41-41 ועלתה לפלייאוף לשחק נגד גולדן סטייט ווריורס. הקבוצה הפסידה בסיבוב הפלייאוף הראשון בתוצאה 1–4 והודחה.