בין השנים 1958 ל-1971 ייסד וניהל את מרכזי קהילת התרבות הראשונים - בית רוטשילד ובית הגפן בחיפה. מרכזים עירוניים אלו נוהלו לראשונה על ידי קהילות חברים שהתארגנו כעמותות עצמאיות והנהיגו והנחו את עשרות הפעילויות והחוגים החברתיים שפעלו בהם, כולל הסינמטק החיפאי, שנבנה בתחום בית רוטשילד. בשנים אלו הרצה מלכין בתחום האסתטיקה והרטוריקה במחלקה ללימודים הומניסטיים ואמנויות של הטכניון, ובפקולטה לארכיטקטורה ובינוי ערים.
מלכין ערך מספר סיורי הרצאות על יהדות בספרות העולם: בשנת 1960 באוסטרליה, ב-1965 בארצות הברית וב-1970 בצרפת.
בשנת 1963 מלכין כתב והקריא את קטעי הקריינות בסרט בירושלים של הבמאי דוד פרלוב.
בין השנים 1971 ל-1981 ייסד וניהל את המכללה הקהילתית ”מטה יהודה“ שם למדו התלמידים במסלולי לימוד אישיים בנושאים לפי בחירתם. בשיתוף עם ”אמפייר סטייט קולג‘“ של אוניברסיטת מדינת ניו יורק (SUNY), שם החלה שיטה הלימודים האישיים לפעול לראשונה, סוגלה השיטה לתנאים ולאופני הלימוד בישראל ולדרישות הייחודיות לסטודנטים עובדים ביישובי אזור מטה יהודה.
מ-1969 ועד 1994 לימד באוניברסיטת תל אביב אסתטיקה וביקורת של התיאטרון והקולנוע. ב-1971 ייסד, יחד עם דיקן הפקולטה החדשה לאמנויות, פרופ' משה לזר, את החוג לקולנוע וטלוויזיה באוניברסיטת תל אביב, ופעל כנציג האוניברסיטה בצוות ההקמה וההפעלה של סינמטק תל אביב, וכעורך "דפי הסינמטק“ ביחד עם אורי קליין. "דפי הסינמטק“ היו מאמרי ביקורת שהוגשו לצופים לפני כל סרט שהוקרן עם תחילת פעילותו של סינמטק תל אביב.
מלכין כיהן כעורך הראשי של כתב העת "יהדות חופשית: כתב עת ליהדות כתרבות", שאותו ייסד ב-1995 ושיצא לאור בדפוס עד 2004. מלכין כיהן עד יום מותו בתור המנהל האקדמי (”פרובוסט“) של המכון הבינלאומי ליהדות חילונית-הומניסטית אשר מרכזיו בירושלים ובדטרויט. המכון מכשיר בעלי תואר אקדמי ראשון לתפקידי מדריכי קהילות ובעלי תואר שני ושלישי לתפקידי רבנים במסלול לימודים ועבודה עצמית במשך ארבע שנים.
משפחה.
בשנת 1950 נישא מלכין לציירת פליס פזנר מלכין, והתגורר עמה עד מותו בירושלים. לשניים נולדו שני ילדים: עירד מלכין, פרופסור להיסטוריה באוניברסיטת תל אביב, חתן פרס ישראל בהיסטוריה (2014), והרב סיון מלכין-מס, דקאנית "תמורה" (ירושלים), המכון להכשרת רבנים חילונים ומנהיגות קהילתית של המכון הבינלאומי ליהדות חילונית-הומניסטית.
עבודתו.
כתבי יעקב מלכין התמקדו בעיקרי האתיקה ההומניסטית הלא דתית שהובעו לטענתו באורחות החיים של רוב היהודים בישראל ובעולם. מלכין תפס את היהדות כתרבות פלורליסטית - חילונית ודתית. הוא טען כי הפלורליזם אפיין את היהדות מאז עידן התנ"ך, אז התאפיינה תרבות העם היהודי בריבוי אלים, דתות, פולחנים, אמונות ודעות. מאז העידן ההלניסטי התפתחו ביהדות תרבויות, אמונות ודעות שונות ביהדויותיה.
בניגוד להוגים אתאיסטים כדוגמת ריצ'רד דוקינס, כריסטופר היטצ'נס, וסם האריס, שראו באתאיזם ”אי אמונה“, מלכין הקדיש את כתביו לאמונות ההומניסטיות הרווחות בציבור הלא דתי במערב באופן כללי, ובעם היהודי בכלל זה. מלכין טען כי אין בעולם ”אנשים לא מאמינים“, אלא בני אדם המביעים באורחות חייהם ומעשיהם מגוון אמונות. אלו כוללות אמונות דתיות, המתאפיינות במחויבות לציית למנהיגי הדת המדברים לכאורה בשם האלוהים, ואמונות לא-דתיות, הכוללות אמונה באדם כריבון לחייו וכמעצב את כללי התנהגותו, כיחיד וכחברה, מתוך שאיפה להגשים את מטרת החיים האנושיים - האושר.
בספריו "במה מאמינים יהודים חילוניים?“, “היהדות החילונית - אמונה, ערכים ורוחניות“ ו“האמונה האתאיסטית של יהודים חילוניים“ הביע מלכין את השקפתו על האמונה ההומניסטית באדם כריבון לחייו, ממנה נובעות הן התודעה הלאומית והן האמונה בזכויות כל אדם וכל עם. מלכין סבר כי אמונה זו נוגדת את ה"דתות אלוהיות", המחייבות את המאמינים בשמירת כל צווי מנהיגיהן, כולל אלה המנוגדים לעיקרי ההומניזם והצדק האוניברסלי. האמונה ההומניסטית גם נוגדת ”דתות חילוניות אידאולוגיות“ כקומוניזם ונאציזם אשר גם המאמינים בהן מחויבים לציית לכל הצווים, המצוות וההוראות של מנהיגיהם בשם המטרה המקדשת את האמצעים, גם כשאלה גורמים לשואה או לגולאג.
האמונות ההומניסטיות הלא דתיות באדם כריבון כוללות אגנוסטים כסוקרטס, דאיסטים כאפיקורוס, פנתאיסטים כשפינוזה ואיינשטיין, ואתאיסטים כג'ון סטיוארט מיל וברטראנד ראסל המשוחררים ממחויבות לדת אלוהית או אידאולוגית. אמונות אלו גם שונות מהרלטיביזם הפוסט מודרני בהיותן מחויבות למצוות האתיקה ההומניסטית וכללי הצדק האוניברסליים כפי שנוסחו על ידי קונפוציוס והלל הזקן: לא יעשה אדם לזולתו את מה שהוא שונא שיעשו לו. מכללי צדק אלו נובעים ערכי המוסר של שוויון, חירות, וזכויות אדם לכל אדם ולכל עם.
ספרים שכתב.
יהדות.
מלכין חוקר את אמונת היהודים החילונים המאמינים באדם כריבון לחייו וחופשי לבחור את דרכו, והבוחרים לראות את היהדות כתרבות. בהאמינם בזכויות כל אדם וכל עם לחירות, שוויון ועצמאות, הם מחויבים לכללי צדק, מוסר ודמוקרטיה המאפשרת הבטחתם. מכאן אמונתם של יהודים חילונים בחופש ממיצוות מנהיגי דת הנאמרות בשם אל על טבעי.
הספר דן בזיקת אמונתם של יהודים חילוניים להשקפת עולמם ההומניסטית. הספר שואל מאילו בחינות עליונים הערכים הנובעים מההומניזם על מיצוות הדת היהודית והאמונות באלוהים כיצירה אנושית לעומת האמונות בסמכותו כבורא האדם והעולם. הספר דן ביישום האמונות בכללי התנהגות המעצבים את אורח החיים, בצורה חדשה לחגים המסורתיים וביצירת חגים חדשים. הספר כולל מילון מושגי מפתח בשיח על יהדות כתרבות העם היהודי ותולדותיה.
בספר זה דן מלכין בפלורליזם שאפיין את היהדות כבר בעידן התנ"ך - בו עבדו היהודים אלים רבים, ויצרו יצירות חילוניות כ"שיר השירים" ו-”מגילת אסתר“ או יצירות ספקניות ואפיקוריאניות כ"איוב“ ו“קהלת“ בצד יצירות שהביעו אמונה באל בלעדי, צודק ושולט בעולם כולו. התנ"ך, אנתולוגיה המייצגת את היהדות כתרבות העם היהודי בעת היווצרו, מציג את המונותאיזם המוסרי של הנביאים, ויצירות מופת ספרותיות על גיבורים ספרותיים ורבי פעלים וחטאים, כמו כל הגיבורים הספרותיים ביצירות מופת בספרות העולמית, וכמו אלוהים, אברהם, יעקב, משה ודוד.
הקדמה מאת הרב שרוין ויין
הספר דן באמונות יהודים חופשיים מדת בעלי תפיסות שונות של האלוהים, במחויבות לערכים מוסריים ובהבדל ביניהם לבין מצוות הדת, בזהות היהודית הלאומית הנבדלת מהזהות היהודית הדתית, ברוחניות המתלווה לחיי התרבות וחוויותיה החברתיות, הפיוטיות והתבוניות ביהדות החילונית ביחס לאלוהים וגיבורים ספרותיים אחרים בתנ"ך.
הספר דן בעיקרי הגות אפיקורוס והשפעת האפיקוריאניות בעידן ההלניסטי על תרבויות העמים והיהדות, ייצוגה ביצירות "קהלת" ו"איוב", והעדויות על התפשטות האפיקורסיות ביהדות, התרבות היחידה שאימצה את שם אפיקורס ככינוי למאמינים בריבונות האדם. על התרבות האפיקורסית ביהדות מימי בית שני מעידים פסקי דין מות שהוצאו נגדם על ידי רבנים וכתב הפולמוס של סעדיה גאון נגד חיוי הבלכי (חז"ל הגדירו את אמונת האפיקורסים באמרם כי "אוטומטון הוא העולם").
הספר דן בפילוסוף אפיקורוס ובאמונתו האתיאיסטית-הומניסטית באדם כמידת כל הדברים, אמונה בהגשמת זכותו של האדם לחיים, לחופש, לשוויון, להנאה ולחתירה לאושר. הספר הוא נוסח מחודש ומתוקן לפרק "אפיקורוס ואפיקורסים: השפעת אפיקורוס היווני ו'אפיקורסים' יהודים על היהדות", בתוך יעקב מלכין (עורך), 'תרבות היהדות החילונית – הגות חדשה בישראל' (כתר וספריית היהדות החילונית, 2006).
אמנות, תיאטרון וקולנוע.
דיון השוואתי ביצירות צ'ארלי צ'פלין וברטולט ברכט, ודרכם בעיצוב דמויות ייחודיות וחיות ביצירות סאטיריות וחושפניות של הטבע האנושי, תוך ביטויי ביקורת חריפה כלפי תופעות חברתיות ופוליטיות.
על סרטי פדריקו פליני - לה דולצ‘ה ויטה, שמונה וחצי, וסרטי אלן רנה - הירושימה אהובתי והמלחמה נסתיימה, וגישת הקולנוע כספרות זמננו לאהבה חופשית ממוסרות המסורת, והמצוקות הרוחניות של בני דורם של היוצרים בעולם המבוכה אחר מלחמת העולם השנייה.
מסה באסתטיקה עם ציורי פליס פזנר מלכין
דיון בצד השווה בין חויית האהבה של האני לאת ואתה (בעקבות מרטין בובר) לחויית האהבה ליצירת אמנות ייחודית.
דיון במאפייני התסריט כסוגה חדשה בספרות העולם ובתפקידיו החיוניים בעיצוב וברמת היצירה הקולנועית המבוססת עליהם. כולל תסריטים: תותי בר, האזרח קיין, כלב אנדלוזי, יצרים, לאט יותר, ופרסום ראשון של תסריט מאת שלום עליכם: ”טוביה אינו מתייאש“ (נכתב במקורו ברוסית).
רטוריקה, חינוך, לימודי קהילה.
הספר מציג לראשונה בעברית את "הדגם הרטורי“ - שבעת רכיבי היסוד של טעון המארגן את המחשבה לנאום או הרצאה המורכבת מנאומים, ומשמש לניתוח וביקורת טקסטים. דגם זה משמש בסיס למדריכים לדיבור בציבור, וכדומה.
הספר בוחן את תרומת החיים בקהילה לאיכות החיים של חבריה לעומת חיי הסובלים ממצוקת ניכור ובדידות בחברה מודרנית בה התפוררו הקהילות המסורתיות. קהילות אלו, טוען הספר, הוקמו לראשונה ביהדות, אחרי חורבן מקדשיה וממלכותיה, כאשר ייסדו את בית הכנסת - מוסד דתי חסר תקדים שהיווה מרכז תרבות השייך ומונהג על ידי קהילה, ללא פולחן קרבנות. בספר כלול סיפור הקמתם והפעלתם של מרכזי קהילת תרבות חילונית בחיפה - בית רוטשילד, בית הגפן - מרכז קהילה יהודי ערבי, ובית נגלר בקרית חיים.
מדריך מעשי ליצירה והרצאה של נאומים והרצאות במסגרת שעורים ודיונים בבית הספר ובמסגרות חינוכיות אחרות, תוך שימוש ב“דגם הרטורי“ שהוצע בספר ”אומנות ההרצאה“.