בשנת 1998, שנתיים לאחר בחירתו הדמוקרטית של דבי לנשיא, החלה מהפכה מזוינת בצפון המדינה תחת הנהגתו של יוסוף טוגואימי. טוגואימי כיהן כשר הביטחון בממשלתו של הנשיא דבי, עד אשר הקים באותה השנה (בתמיכתה של לוב), תנועת נגד מחתרתית בשם MJDT (תנועת הדמוקרטיה והצדק של צ'אד). תנועה זו ניסתה במשך כ-5 שנים להפיל את שלטונו של דבי, אך כשלה. לאורך כל התקופה, נעשו ניסיונות רבים להגיע להסכמי שלום (כולל ניסיון של לוב בשנת 2002 לעצירת הלחימה), אך כולם נחלו כישלון. השינוי במצב המדיני החל בשנת 2003, בעימות בחבל דארפור, אשר זלג לתוך גבולות צ'אד. בעקבות העימות נוצרה מציאות של מחנות פליטים המלאים בפליטים מצ'אד עצמה ומשכנתה סודאן. מציאות זו נוצרה כתוצאה מניסיונות בריחה כושלים של פליטים דרפורים, אשר נרדפו על ידי ממשלת סודאן, ושל אזרחי צ'אד אשר מאסו באלימות המורדים ומהלחימה במדינה. סודאן, מתוך אינטרס לפגוע בדרפורים, התערבה במאזני הכוחות בפנים צ'אד, וסיפקה למורדים הצ'אדיים נשק וסיוע צבאי-כלכלי. כתגובת נגד, החלה ממשלת צ'אד לתמוך במורדים הסודנים הנלחמים בשלטון המקומי.
גורמים לפרוץ המלחמה.
הקרב בבירת צ'אד נג'מנה בתחילת דצמבר 2005, התרחש באופן לא מפתיע והיווה את תחילת המלחמה. בשנים שקדמו לפרוץ המלחמה ניסתה ממשלת סודאן להפיל את נשיא צ'אד, אדריס דבי, תוך שימוש בקבוצות מורדים צ'אדיות. הקרבות האכזריים בין קבוצות המורדים הצ'אדיות, קבוצות המורדים הדרפוריות וממשלות צ'אד וסודאן נמשכו כ-5 שנים. מלחמה זו הייתה תוצאה של מספר גורמים;
ראשית, המלחמה היוותה המשך ישיר של הקונפליקט בין דארפור וצ'אד. קונפליקט שכלל מאבקים על כוח וטריטוריה.
נוסף על כך, המתחים הפנימיים בצ'אד עם חזרתו של דבי לשלטון צבאי יחיד, וצמיחת הפוליטיקה האזרחית בנג'מנה יצרו גם כן קרקע פורייה למלחמת אזרחים. דבי נשען במידה רבה על מעגל צר מאוד של קרובים ממשפחתו, תוך שימוש בכספי המדינה כרכושו האישי, ומתן סיוע בתמורה לנאמנות אזרחית של תומכיו. שיטת פעולה זו שלו הקימה לו מתנגדים רבים מהאוכלוסייה הערבית הצ'אדית, אשר נפגעה מכך שנידה שרים ערביים ממשלתו, וכן השיק קמפיין המגנה את הקבוצות הערביות ומציב אותן כחלק מהג'נג'וויד ()וכשכירי חרב בידי ממשלת סודאן. (האג'נדה של דבי הייתה להציג עצמו כפרו-מערבי, המשמש כחומת מגן מפני סודאן, המאיימת על המערב בתהליכי הערביזציה ואיסלמיזציה אותם היא מקדמת. ההתנערות מהקבוצה הערבית הגדילה את הסיכון להעתקת הפערים האתניים בין ערבים ללא ערבים הקיימים בדארפור גם לצ'אד).
גורם שלישי היה האסטרטגיה הסודנית לניהול ביטחון גבולותיה, תוך התייחסות למדינות החלשות שמסביבה כלא יותר מאשר שטח פוטנציאלי להרחבת גבולותיה.
בשנת 1990 הרחיבה מדיניותה הביטחונית של סודאן את הלגיטימציה של דבי לשלטון צבאי, ובמקביל הובילה לתהליכים מיליטריסטיים דומים במדינות כמו אריתריאה, אתיופיה, אוגנדה, הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו, והרפובליקה המרכז אפריקאית. באופן דומה למהלכיה של סודאן לשליטה באליטות הפרובנציאליות בדרפור באמצעות שילוב של פעולות תגמול וסחיטה כלכלית, פעלה סודאן גם לטובת השליטה במעברי הגבול האחרים שלה. התחרות האזורית על דומיננטיות במרחב העצום של מרכז אפריקה, נשלטה לרוב בפועל על ידי אליטות מקומיות, ורק לעיתים נדירות על ידי סמכויות המדינה. אזור זה נמצא במרכז המתח בין מדינות האזור שכללו את צ'אד, הרפובליקה המרכז אפריקאית, צפון הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו, וחלקים מטריפולי, אשר התחרו גם הן על השליטה וההשפעה האזורית בדומה לסודאן.
יסודות המתח בין דארפור וצ'אד.
מערכת היחסים בין צ'אד וחבל דארפור שבסודאן, רווייה, לאורך העשורים האחרונים, בעליות ובמורדות. חבל דארפור נמצא במרכז הסכסוך שבין המדינות במרחב הגאוגרפי שבו הוא מצוי, וסובל מדחיקת הכוחות המורדים אליו לאורך ההיסטוריה.
הנשיא אדריס דבי עלה לשלטון ב-1990, על בסיס הסכמה משותפת עם ח'רטום (שנמשכה 12 שנים), לפיה כל אחת מהמדינות תמנע מלתמוך במורדי השלטון במדינה האחרת.
כאשר המורדים הסודנים מחבל דארפור החלו להתארגן לפעילות אנטי שלטונית רחבה בשנים 2002 ו-2003, ניסה דבי, כחלק מההסכם עם ממשלת סודאן, לנתק עצמו מהם. במסגרת זו, בניסיון לערער את המורדים ולפצלם, השתתף במספר פעולות צבאיות כנגדם וכן תיווך את הפסקת האש הראשונה במלחמת אבצ'ה בספטמבר 2003 ונג'מנה באפריל 2004. ניסיונות אלו לא צלחו. אך מפני שדבי יזם משא ומתן ותהליכי שלום עם המורדים, הוא הצטייר כתומך ישיר של המורדים מדארפור. בנוסף לכך, קבוצות המורדים הדארפוריות פעלו גם בשטחי צ'אד הגובלים עם סודאן וכדי לפתור את החזית הזו נאלץ הנשיא דבי לתמוך בצבא לשחרור סודאן () ובתנועה לצדק ושוויון (). לפיכך, הפר דבי בפעם הראשונה את ההסכם עם סודאן, ובאמת תמך בגלוי במורדים סודנים הלוחמים כנגד ממשלתם. בתגובה, החלה הממשלה הסודנית בדצמבר 2005 לתמוך במורדים הצ'אדיים, שתקפו את עיר הגבול אדרה. בשל כך נוצר מצב בו כל מדינה תומכת במורדים של שכנתה ובעצם ישנו מצב של לחימה לא ישירה בין שתי המדינות.
שנה לאחר מכן הכריז דבי כי סודאן וצ'אד נמצאות במצב של מלחמה. מלחמה זו השפיעה באופן מכריע על השתלשלות המרד בצ'אד, וזאת משום שממשלת סודאן סיפקה למורדים הצ'אדים משאבים כלכליים ונשק שלא יכלו לאפשר לעצמם בעבר. כתוצאה מכך, התגברה מלחמת האזרחים הצ'אדית והגיעה לשיאה עם התקוממות המורדים על נג'מנה באפריל 2006. בתקיפה זו ניסתה ממשלת סודאן להשתלט על נג'מנה, להחליש את דבי, ולהרחיב את כוחה באזור. קרב זה הסתיים באופן מפתיע וחריג לטובתו של הנשיא הצ'אדי, אשר זכה לתמיכה מארגון JEM הסודני בתוך גבולותיה של צ'אד.
מאבקי הכוח בין שלטונות צ'אד וסודאן היוו רכיב מרכזי במלחמת האזרחים השנייה בצ'אד, כאשר כוחות JEM בתמיכתו של דבי חומשו על מנת להדוף את כוחות האופוזיציה והמורדים, שחומשו על ידי ממשלת סודאן.
הכוחות שהשתתפו במלחמה.
בלחימה השתתפו כוחות ממשלת צ'אד, מספר קבוצות מורדים צ'אדיים וקבוצות מורדים סודאנים. החזית המאוחדת לשינוי דמוקרטי () הייתה קבוצת מורדים דומיננטית, אשר הורכבה מאיחוד של שמונה קבוצות מורדים קטנות. האיחוד התרחש במזרח צ'אד בדצמבר 2005, בהנהגת מוחמד נור עבד אל כרים. כוחותיו מנו כ־1,000 ילדים לוחמים מכלל הלוחמים הפעילים. ב-24 בדצמבר 2006 נחתם הסכם שלום בין דבי לבין עבד אל כרים שסיים את הלחימה וכיהן בממשלת צ'אד בתור שר ההגנה למשך 9 חודשים בשנת 2007.
איחוד הכוחות למען דמוקרטיה ופיתוח () היא קבוצת מורדים גדולה נוספת אשר הוקמה באוקטובר 2006 בהנהגתו של מוחמד נור. ב-22 באוקטובר באותה שנה. האיחוד בהנהגת נור הנחיל מכה קשה וכבש את העיר גוז ביידה במזרח צ'אד.
קבוצת מורדים נוספת שקמה בשנת 2006 ולקחה חלק בלחימה, היא איחוד הכוחות הדמוקרטיים () בהנהגת טימנה ארדימי, אחיינו של דבי. 12,000 חיילים היו תחת הנהגתו של ארדימי באותה תקופה, ולקחו חלק בלחימה. בנוסף לכוחות אלו, גם מיליציות הג'אנג'וייד המורכבות משבטים ערבים סודנים וכוחות מורדים קטנות לקחו חלק בלחימה. לטענתה של ממשלת צ'אד, סודאן תמכה במורדים במהלך הלחימה באמצעות אספקת נשק והעברת כספים. לוב ודיפלומטיים רבים ממדינות אחרות ניסו לגשש, להרגיע את רוחות הלחימה ולחתור לתהליך של שלום בין המורדים לבין ממשלת צ'אד.
קרבות העיקריים.
הפשיטה שלSCUD על גוארדה (2005)
ב-7 בדצמבר 2005, תקפו מורדים צ'אדים את גוארדה, כ -120 ק"מ צפונית לאדרה, והותירו עשרה הרוגים וחמישה פצועים. ההתקפה מיוחסת לקבוצת מורדים שערקו מצבא צ'אד (SCUD). התקפה זו סימנה את תחילתה של חדירת המורדים מדאפור לצ'אד, ולאחריה גינתה ממשלת צ'אד את סודאן על תמיכתה במורדים.
הפשיטה של RDL על אדרה (2005)
ב-18 בדצמבר 2005 התקיפו ה-L (קבוצת מורדים צ'אדים שבסיסה בדארפור), את עיר הגבול אדרה שהיוותה מפתח אסטרטגי להגנה הצ'אדית מפני התקיפות הסודאניות. בשנת 2005, בין החודשים אוקטובר – דצמבר, ולפני התקיפה ב-18 בדצמבר, תגבר נשיא צ'אד, אידריס דבי, את הכוחות באדרה, כמו גם באבצ'ה, בירת מחוז וואדאי.
פשיטה זו, בצירוף הניצחונות הקודמים של המיליציות הצ'אדיות נגד המשטר, הובילו להקמת ארגון FUC (החזית המאוחדת לשינוי דמוקרטי) שאיחד תחת שורותיו שמונה ארגונים אנטי-ממשלתיים שבראשם עמד מחמוד נור עבד אל כרים.
הקרב הראשון על נג'מנה:
ב-13 אפריל 2006, ה-FUC בראשות מחמוד נור עבד אל-כרים, הטילו מצור על נג'מנה. כ-1500 מורדים ב-56 טנדרים רכבו מאות קילומטרים ברחבי צ'אד (מבסיסי האם שלהם הממוקמים בדרפור וברפובליקה המרכז אפריקאית), כדי להילחם ב-FUC ולתמוך בדבי. כאשר הגיעו הכוחות התפתח קרב ארוך, קשוח וקטלני בינם לבין כוחות הביטחון הצ'אדים ברחובות הבירה. הלחימה נמשכה משעה 5 לפנות בוקר ועד לשעה 11 בצהריים, והיא כללה כלי נשק כבדים רכובים, נגמ"שים וטנקים. הלחימה התרכזה בפרברים הדרום-מזרחיים ובאזור הפרלמנט של צ'אד. המורדים, שלא הכירו את תוכנית המתאר של העיר, חשבו בטעות שהפרלמנט הוא ארמון הנשיאות, ועל כן ריכזו שם את המאמץ המלחמתי. טעות זו הייתה טעות אסטרטגית מודיעינית, אשר גרמה להפסד של כוחות אלו בקרב.