שטחי המטעים הצמודים לבתים בפזורה, מושכים מיני חי וצומח טבעיים וכך מהווים מלכודות לאותם מינים הנפגעים באופן ישיר מציד של התושבים או חיותיהם. גם מינים המלווים את הפזורות, כמו יונים, תורים, דרורי בית ועורבים אפורים - חודרים ללב מערכות אקולוגיות דוחקים אף הם את המינים המקומיים. גידול והאכלת חיות משק גורמים להכנסה קבועה של מזון צמחי הגדל פרא ומביא להתבססות של צומח פולש. טיפול בחיות-בר המזיקות לחקלאות על ידי הרעלות, הגורמות לפגיעה בטורפים ולהרעלה משנית של עופות דורסים. החזקת עדרי צאן שגדולים מיכולת השטח לקיימם גורמת לרעיית יתר, עד כדי יצירת אזורים נרחבים ריקים מצומח.
ההשפעה המצטברת הורסת בתי גידול ומשאירה שטחים נרחבים ללא בעלי חיים או צמחייה. מינים ייחודיים לאזור כמו קטה, חוברה, שנונית באר שבע וכן אירוסים, נעלמו משטחים נרחבים אלו.
זיהום.
עשרות רבות של תחנות דלק פירטיות, מהוות סכנה לאיכות האוויר, הקרקע ולמי התהום מאחר שמיכליות הדלק אינן עומדות בסטנדרטים של שמירה על הסביבה תוך הבטחה כי הדלקים לא יחלחלו לקרקע ולמי התהום, כמו כן הדלק עצמו אינו עומד בתקנים סביבתיים. נוסף לכך על פי איתמר בן דודי מהחברה להגנת הטבע היעדר תשתיות ביוב ופינוי פסולת ושחיטה בלתי מוסדרת בפזורות הבלתי־חוקיות מביא להצטברות ולפיזור נרחב של פסולת, אשפה ביתית ושפכים שמוצאים את עצמם לערוצי נחלים, הגורמים למטרדי ריח, בעיות בריאות לתושבים, ולפגיעה בטבע.
יתרונות.
זכויותיהם האזרחיות של התושבים כבודדים אינן נפגעות - הם רשומים במרשם האוכלוסין וזכאים לקבל שירותים ביישובים מוכרים סמוכים. ביום הבחירות הם רשומים בקלפי הנמצאת ביישוב המוכר הסמוך. על פי עו"ד יורם בר סלע וכן על פי אבי דותן, מנהל היחידה הארצית לפיקוח על הבנייה, יש יתרונות למגורים בפזורה ושישנם הרבה בדואים החוזרים מהיישובים החדשים לפזורה "כדאי לזכור שברגע שאתה בפזורה יש המון בעיות כלכליות שנפתרות, הם לא משלמים מיסים, ארנונה, אגרות והיטלים". עוד דבר הוא שלא בכל היישובים אין תשתיות, החל משנת 1997, באמצעות עתירות לבג"ץ מקבלים חלק מהיישובים הלא-חוקיים שירותי בריאות, חינוך ותשתיות, ובתי-ספר נבנו לצד דרכים ראשיות וסמוך ליישובים בדואיים גדולים. כמו כן, המועצה האזורית אבו בסמה נותנת שירותי רווחה וחינוך גם ליישובים הבלתי מוכרים.
ניסיונות ההסדרים עם הבדואים בנגב.
בשנות השבעים המדינה ריכזה כל "תביעות הבעלות" של הנגב, ללא אישורים וללא הוכחות, וזאת רק לצורך רישום כל הטענות. הבדואים לעומת זאת ראו ברישום כהכרה של המדינה בטענות שלהם. כך הוגשו למעלה מ-3,000 תביעות לבעלות על שטחים בגודל של מעל 800,000 דונם, הכולל למעשה את כל השטח בין ב"ש-ערד-דימונה ועוד שטחים ברחבי הנגב כולו, כולל כאלו ששייכים לקיבוצים ולערים. בשנים הראשונות להסדר כל מי שתבע שטח של למעלה מ-400 דונם, קיבל את האפשרות לקבל 20% מהשטח בטאבו, ועל שאר השטח יקבל פיצוי כספי. מי שתבע פחות מ-400 דונם, קיבל רק פיצוי כספי. כמו כן המדינה פיצתה את הבדואים על כל בית, רפת, פחון ואף עץ, שהציבו בפיצוי גדול יותר משוויים בשוק ואף שעשו זאת בניגוד לחוק.
ב-20% מהתביעות הגיעה המדינה להסדר. במקביל לניסיונות ההסדרה נמשכו גם המאבקים המשפטיים, זאת למרות החלטה תקדימית של השופט אברהם חלימה, שקבע כי לבדואי, מעצם הגדרתו כנווד, לא יכולה להיות בעלות על אדמה. בכל 80 המקרים בהם תביעות הבדואים הגיעו לבית המשפט, פסקו השופטים לטובת המדינה, זאת מאחר שלא היה לבדואים שום מסמך המוכיח בעלות על הקרקע.
על פי הנתונים האחרונים שנמסרו לוועדה על ידי מנהלת הבדואים נותרו ביולי 2008, 2749 תביעות, ששטחן הכולל הוא לפחות 592,000 דונם.
במהלך השנים המדינה הקימה שבע עיירות: תל שבע (1969), רהט (1971), שגב שלום (1979), ערערה (1982), כסייפה (1982),לקייה (1985) וחורה (1989), שהיו אמורות לתת מענה לכמעט כל הבדואים השוכנים בפזורה, אלא שהעיירות הללו בפועל לא הניבו תוצאות מספקות ורק מעט יותר ממחצית עברו להתגורר בהן.
במסגרת המשא ומתן להקמת ממשלת ישראל השלושים ושש הושגה הסכמה בהסכם הקואליציוני עם הרשימה הערבית המאוחדת כי יישוב ח'שם זנה יוכר כחוקי תוך 45 ימים מכינונה, שזה כאמור ב-28 ביולי 2021.
הבעיות בהסדרת ההתיישבות.
אחת הבעיות הקשות בהסדרה היא החוק הבדואי השבטי הקובע שאסור לאדם להתיישב על קרקע שבדואי אחר טוען עליה בעלות. על פי ראש מועצת הכפרים הבלתי מוכרים - חסיין אבו פיע: "אם היא של אדם שהוא בתביעת בעלות, הוא לא יתקרב. הוא לא יעז. אפילו יושב במערה הוא לא יתקרב". כך יצא שלמרות שהממשלה לא הכירה בבעלות הבדואים על השטחים, היא כן פיצתה אותם בעבור השטחים, אך למעשה הבדואים עדיין המשיכו בתביעת הבעלות בכך שאסרו על תושבים חדשים להתגורר בשטחם. העיירה כסיפה, למשל בנויה כמעט כולה על שטחים ששבטים שונים טוענים עליהם בעלות, ושני שלישים ממנה ריקים. בשבע העיירות יחד ישנם יותר מ-7,300 מגרשים גדולים שהמדינה הכינה עבור כל מי שיחפוץ לגור בהם, אך הם נותרים ריקים. כ-45% מהשטחים של שבע עיירות הבדואים נמצאים ב"תביעת בעלות" על ידי משפחות שונות. בתביעת בעלות נמצאים גם 90% מ-13 יישובים שהמדינה החליטה להכיר בהם והם נמצאים בשלבי תכנון שונים.
בעיה קריטית נוספת היא שבדואים רבים לא מקיימים את ההסכמים עליהם חתמו מול המדינה. נפוצה התופעה של בדואים שקיבלו פיצויים ומקום ביישובים חדשים אך למרות זאת שבו לאדמות המדינה. כמו כן רבים מהבדואים קיבלו פיצויים בעבור ויתור על הבעלות מול המדינה, אך כאמור עדיין טוענים לבעלות על השטח מול בדואים אחרים.
עוד בעיה קשה היא שהמדינה הייתה נותנת לבדואים 20%-62% מהשטחים עליה תבעו בעלות. כך שהמדינה אינה יכולה לנצל את שטחי הנגב לצורכי פיתוח מאחר שהקרקע מנומרת בשטחים הרשומים בטאבו על שם בדואים. כך למשל לא ניתן לפתח את החלק המזרחי של מטרופולין באר שבע בגלל אותה סיבה.
על פי גורמים ממשלתיים יש קושי בכך שאין תאריך סופי למשא ומתן. על פי פרופ' סופר "הבדואים תמיד אומרים 'לא' לניסיון להגיע איתם לפשרה על האדמה שהם תובעים, כי הם יודעים שכל 'לא' רק מחזק אותם. אחת הבעיות המרכזיות בתוכנית הזו היא שאין לה תאריך סופי. צריך לקבוע תאריך שעד אליו אנחנו מוכנים לתת פיצויים מוגדלים למי שימחק את תביעת הבעלות שלו, ומשם והלאה אין יותר פשרות ומגיעים לעימות גם במחיר כואב".
על פי גורמים העוסקים בהסדרים ישנו חוסר אחידות בפיצויים. מנהלת הבדואים מנהלת משאים ומתנים עם כל שבט או משפחה בנפרד. כך כל אחד מצליח לקבל יותר מהשני. המשפחות הפייסניות מקבלות פיצוי אחד, ואילו המשפחות הסרבניות מקבלות פיצוי גבוה יותר (כך היה למשל בפינוי תראבין מליד עומר). המדינה גם הייתה נותנת פיצוי גבוה יותר למשפחות עם מנהיג שהיא צריכה לצדה, וכן למשפחות שהקרקע עליה הן תובעות בעלות חשובה יותר למדינה. גם משפחות המשתמשות באיומים או באלימות מקבלות פיצויים גדולים. אחת הסיבות לחוסר האחידות היא המשבר במנהיגות העדה הבדואית. כיום אין מנהיגות מוסכמת על הבדואים, בעניין הקרקעות, הבדואים מסרבים להציב נציגות בטענה כי אין לאף אחד סמכות לייצג את כל אחד מתובעי הבעלות.
כמו כן יש הטוענים שאחת הבעיות היא חוסר אחידות בתוכניות הממשלתיות. לדוגמה, מאיר דויטש פקח דרום מתנועת רגבים סובר שפסיקות בג"ץ אשר חייבו את המדינה לספק שירותים לתושבי הכפרים הלא חוקיים, סייעו להנצחת תופעת המאחזים הלא חוקיים, בכך שאפשרו למעשה את פיתוח היישוב, אכלוסו, וכן עודדו את הבדואים לעבריינות בנייה נוספת.
ראש המועצה המקומית לקיה לשעבר, אחמד אל-אסד, שהיה חבר בוועדת גולדברג, סיפר לעמיתיו על התוצאות של מדיניות המינהל שהסכים, במסגרת עסקות עם תובעי קרקע, להעניק מגרשים גם לילדים הקטנים שלהם: "היישוב (לקיה) נכשל. כמעט 60 אחוז מהמגרשים ריקים. המדינה לא מצליחה לשווק אותם וגם גורלם להישאר הרבה זמן ריקים. כי במסגרת הסדר קרקעות המדינה הגיעה לסיכום עם אותן משפחות שהרזרבה המגרשית תישאר להם לעוד 20 שנה, עד שיהיו להם זכאים... אתם רואים רחובות, מגרשים מפותחים, יש תשתיות, יש הכל, אבל מה, המגרשים האלה שמורים לדור הבא... ראיתי מקרה אחד שיש מגרש שנרשם על קטין בן שלוש שנים. אופציה. ואני מחויב לתת לאותו תושב עכשיו גם מדרכה ליד הבית, גם תאורה ונראה בית שומם לעוד 20 שנה".
בין הבעיות הנוספות ביישוב הבדואים, היא למשל סכסוכים שבטיים, על פי עו"ד איתי הבר פרקליט מחוז הדרום לעניינים אזרחיים, "לפעמים אי אפשר ליישב בדואי ליד בדואי אחר כי הבן שלו העליב אותו לפני 20 שנה"
על פי פייסל אל הוזייל, עוד סיבה לשמה הבדואים לא מוכנים לעבור ליישובים המסודרים היא ההכרח לעבור לצורת התיישבות עירונית.
ועדת גולדברג להמלצות ההסדרה ותוכנית בגין ליישומה.
במשך השנים הוקמו ועדות רבות בניסיון להסדיר את ההתיישבות בנגב. הוועדה האחרונה שהתקיימה ב-2007 בהחלטת ממשלת ישראל, הוקמה בראשות השופט אליעזר גולדברג, שופט בית המשפט העליון בדימוס ומבקר המדינה לשעבר. הוועדה הגישה את המלצותיה לאחר כשנה. היא מצאה כי (נכון לשנת 2007) מספר המבנים הבלתי חוקיים בכפרים הלא מוכרים בנגב עומד על 50,000, וכן כי מספר המבנים הנבנים מדי שנה בכפרים הללו נע בין 1,500 ל-2,000. הוועדה המליצה שבדואים יקבלו כשטח פרטי מחצית מתביעתם, והשאר יקבלו בפיצוי, וכן החליטה לחבר לתשתיות 50,000 בתים.
תוכניות ליישום ועדת גולדברג היו תוכנית פראוור (בראשות אהוד פראוור), תוכנית עמידרור (בראשות יעקב עמידרור), והתוכנית האחרונה: תוכנית בגין, בראשות בני בגין.
התנגדות לתוכנית מצד הבדואים.