פארק ציין גם כי "כדי לצפות לקבל אפילו מולקולה אחת של החומר ה"רפואי" שמצוי לכאורה בגלולות 30X, יש לצרוך כ-2 מיליארד מהן, שיכילו כאלף טונות לקטוז, פלוס הזיהומים שהלקטוז הכיל". חוקי הכימיה קובעים כי יש גבול לדילול שניתן לבצע לפני שמאבדים כליל את החומר המקורי. גבול זה, הקשור למספר אבוגדרו, שווה בערך לעוצמות הומאופתיות של 12C או 24X (חלק אחד ב-1024).
חקר היעילות הרפואית.
יעילות ההומאופתיה נמצאת במחלוקת מאז יצירתה, וחוקרים העמידו את השיטה במבחנים קפדניים. את אחד המחקרים המוקדמים ביותר בעניין ההומאופתיה מימנה ממשלת בריטניה בעת מלחמת העולם ה-2. במחקר בחנו מתנדבים יעילות רמדי הומאופתי נגד כוויות גז חרדל בריכוז נמוך. מחקרים קליניים מבוקרים מאוחרים יותר אינם משכנעים במיוחד. לדברי המרכז הלאומי לרפואה משלימה ואלטרנטיבית של ממשלת ארצות הברית:
חלק מהמחקרים מצאו תוצאות חיוביות, אך תוצאות אלו לא אומתו מספיק בניסויים נוספים. לדוגמה, בעוד חלק מהמחקרים הציעו כי טיפול הומאופתי באלרגיה יעיל יותר מפלצבו, מחקרים אחרים הטילו ספק במסקנות אלה.
הומאופתיה נבחנה גם בשיטות מטא-אנליזה, בה קבוצות מחקרים גדולות עוברות אנליזה משותפת, ונעשה ניסיון להסיק מסקנות על סמך כל המחקרים יחדיו. ניתוחי מטא-אנליזה מוקדמים בנושא הראו תוצאות חיוביות במקצת במחקרים אותם בדקו, אך הזהירו כי בלתי-אפשרי להסיק מסקנות ברורות עקב איכות מתודולוגית נמוכה וקושי בבקרה על הטיית פרסום (publication bias) במחקרים שנבדקו. אחד מניתוחי המטא-אנליזה החיוביים, מאת Linde ועמיתים, תוקן מאוחר יותר על ידי הכותבים, שהסבירו:
מטא-אנליזה של מבדקים קליניים בנושא יעילות ההומאופתיה, שבוצעה ב-2001, הגיעה למסקנה כי מבדקים מוקדמים הראו סימני חולשה משמעותיים במתודולוגיה ודיווח, וכי מבדקים הומאופתיים הקפידו פחות על הקצאה אקראית (רנדומיזציה) ודיווחו פחות על נשירת נבדקים מאשר מבדקים מסוגים אחרים.
ב-2005, סקירה מערכתית של פרסומים הציעה שלכתבי עת מהזרם המרכזי הייתה הטיית פרסום נגד מבדקים קליניים שהראו תוצאות חיוביות, להפך בכתבי עת של רפואה אלטרנטיבית, אף על פי שסביר להניח שמדובר בהטייה לא-מכוונת. הסקירה הציעה גם הטיית-הגשה, לפיה חוקרים שהגיעו לתוצאות חיוביות נטו יותר להגיש את מאמריהם לכתבי עת לרפואה אלטרנטיבית, ואלה שהגיעו לתוצאות שליליות – לכתבי עת מהזרם המרכזי. כותבי הסקירה ציינו גם כי הסקירות בכל כתבי העת ניגשו לנושא באופן בלתי-משוחד, אם כי רוב הסקירה בכתבי עת לרפואה משלימה נמנעו מלציין את נושא חוסר הסבירות, בניגוד לסקירות בכתבי עת מהזרם המרכזי, שכמעט תמיד ציינו זאת.
בשנת 2005 פרסם כתב העת הרפואי לנסט מטא-אנליזה של 110 מבדקים הומאופתיים מבוקרי-פלצבו, ו-110 מחקרי רפואה קונבנציונלית תואמים. האנליזה בוצעה כחלק מ"תוכנית הערכת הרפואה האלטרנטיבית" של הממשלה הפדרלית של שווייץ. בסיכום הסקירה כתבו המחברים כי תוצאותיה תואמות להצעה לפיה ההשפעות הרפואיות של הומאופתיה נובעות מאפקט הפלצבו בלבד.
ב-2006 בוצעה מטא-אנליזה של שישה מבדקים, שבחנו טיפולים הומאופתיים להפחתת תופעות הלוואי של טיפול במחלת הסרטן, לאחר רדיותרפיה וכימותרפיה. האנליזה מצאה ראיות "מעודדות אך לא משכנעות" לטובת הטיפול ההומאופתי. האנליזה סיכמה כי "אין מספיק ראיות כדי לתמוך ביעילות הרפואית של טיפול הומאופתי בטיפול בחולי סרטן".
ב-2007 בוצעה מטא-אנליזה שעשתה סקירה מערכתית לבדיקת השפעת ההומאופתיה על ילדים ונוער. התגלה שהממצאים לגבי הפרעת קשב ולגבי שלשולים היו מעורבים. לא נמצא הבדל מהשפעת פלצבו לגבי פוליפים, אסתמה או זיהומים בדרכי הנשימה העליונים.
ספריית קוקרן לא מצאה מספיק ראיות קליניות להערכת יעילות הטיפולים ההומאופתיים באסתמה או דמנציה, או לטיפול הומאופתי לעידוד צירי לידה. חוקרים אחרים לא מצאו כל ראייה ליעילות טיפול הומאופתי באוסטאוארתריטיס, מיגרנות, או כאב שרירים מעוכב (delayed-onset muscle soreness).
ארגוני בריאות כמו שירות הבריאות הלאומי של בריטניה, האיגוד הרפואי האמריקאי והתאחדות האגודות האמריקאיות לביולוגיה ניסיונית פרסמו את מסקנותיהם בעניין, לפיהן אין ראיות מדעיות משכנעות התומכות בשימוש בטיפולים הומאופתיים ברפואה.
חלק מהמטפלים ההומאופתיים ביקרו את המחקרים בתחום, בטענה כי אינם רלוונטיים, מכיוון שאינם בוחנים את ה"הומאופתיה הקלאסית". בניגוד לכך, בוצעו מספר מחקרים בתחום ההומאופתיה המותאמת-אישית (קלאסית). בסקירה משנת 1998, נמצאו 32 מחקרים שתאמו את קריטריוני ההכללה של הסקירה, כאשר 19 מתוכם היו מבוקרי-פלצבו, וסיפקו מספיק מידע למטא-אנליזה. לאותם 19 מחקרים היה יחס סיכוי מאוחד של 1.17 עד 2.23 לטובת הומאופתיה קלאסית מול פלצבו, אך כאשר האנליזה הוגבלה למחקרים הטובים ביותר מתודולוגית, היתרון נעלם. החוקרים סיכמו כי "תוצאות המחקרים האקראיים הזמינים מציעות כי להומאופתיה מותאמת-אישית יתרון על פלצבו. הראיות, עם זאת, אינן משכנעות, עקב בעיות מתודולוגיות וחוסר-עקביות."
ד"ר ג'ון קילן, סגן מנהל בפועל של המרכז הלאומי לרפואה משלימה ואלטרנטיבית, אמר כי הומאופתיה "היא מעבר להבנה הנוכחית של כימיה ופיזיקה". הוא הוסיף, "לידיעתי, אין מצב רפואי עבורו הוכחה יעילות הטיפול ההומאופתי."
בפברואר 2016 פורסם כי קבוצת מחקר במועצה הלאומית לבריאות ורפואה בבריטניה, שביצעה 176 ניסויים של הומאופתיה ב-68 מצבים בריאותיים, כדי לבדוק אם הטיפול יעיל. הממצאים לא הצביעו על שום ראיה לפיה תרופות הומאופתיות אפקטיביות יותר מפלציבו.
חקר ההשפעות במערכות ביולוגיות אחרות.
במהלך השנים פורסמו מספר מאמרים, לפיהם לתמיסות הומאופתיות בדילול גבוה במיוחד השפעה מובהקת סטטיסטית על תהליך אורגניים, ביניהם גידול תבואה, שחרור היסטאמין על ידי תאי דם לבנים, ותגובות אנזימטיות, אולם ראיות אלה נמצאות במחלוקת, וניסיונות לשכפל את תוצאות הניסויים נכשלו.
בשנת 1987 הגיש האימונולוג הצרפתי ז'ק בנווניסט, עובד מכון המחקר INSERM, מאמר לכתב העת Nature. לפי המאמר, גילה בנווניסט כי באזופילים הפרישו היסטאמין כאשר נחשפו לדילול הומאופתי של אנטי-אימונוגלובולין E, סוג של תא דם לבן. עורכי כתב העת פקפקו בתוצאות, וביקשו לחזור על המחקר במעבדה נפרדת. לאחר שהמחקר בוצע בארבע מעבדות נפרדות, המאמר פורסם. עורכי כתב העת נותרו ספקניים ביחס לתוצאות, ולכן הרכיבו צוות חקירה עצמאי, לקביעת דיוק המחקר. בצוות השתתפו עורך Nature, הפיזיקאי ג'ון מאדוקס, חוקר ההונאות המדעיות האמריקני, הכימאי ולטר סטוארט, והספקן והקוסם ג'יימס רנדי. לאחר חקר התוצאות המתודולוגיה של הניסוי, מצא הצוות כי הניסויים סבלו מ"בקרה סטטיסטית ירודה" וכי "הפרשנות סבלה מאי הכללה של מדידות שסתרו את הטענה". הוא סיכם: "אנו מאמינים כי המידע הניסיוני הוערך באופן לא-ביקורתי, והליקויים בו לא דווחו כראוי."
בנווניסט עמד מאחורי תוצאותיו, והשווה את החקירה לציד המכשפות בסיילם. הוא טען "ייתכן שכולנו שוגים, בתום לב. אין כאן פשע, אלא מדע רגיל, ורק העתיד יבחין". ג'יימס רנדי הצהיר כי אינו חושב שהייתה הונאה מודעת, אלא שהחוקרים נתנו ל"הרהורי לבם" להשפיע על פירוש המידע.
אתיקה ובטיחות.
רמדי הומאופתי נחשב בדרך כלל לבטוח, מכיוון שהוא מכיל ברוב המקרים רק מים, אלכוהול או שילוב של שניהם. רק במקרים נדירים מצויים החומרים המקוריים ברמות ניתנות לגילוי. במקרה אחד מסוג זה, תמיסת אבץ גלוקונט בדילול נמוך במיוחד (2X, או 1:100), ששווקה כתרסיס לאף ("Zicam Nasal Spray"), גרמה לכאורה לאיבוד חוש הריח אצל אחוז קטן מהמשתמשים. חלק מהם תבעו את החברה, ו-340 תביעות יושבו מחוץ לכותלי בית המשפט, תמורת סכום כולל של 12 מיליון דולר אמריקני.
מבקרי ההומאופתיה ציטטו חששות אחרים בעניין רמדים הומאופתיים. החמור ביותר ביניהם נוגע למקרים בהם חולים נמנעו מלקבל טיפול למחלות אותן נטען שאפשר היה לאבחן או לרפא ברפואה קונבנציונלית. מספר סקרים הראו כי חלק מההומאופתים (במיוחד אלה שאינם, בנוסף, גם רופאים) מייעצים למטופליהם נגד חיסונים.
חלק מההומאופתים טוענים כי ניתן להחליף את החיסונים ב"נוזודות" מדוללות לרמה הומאופתית, אותן יצרו מתמיסות של גורמים ביולוגיים – ביניהם חומרים כמו קיא, צואה, או רקמה אנושית נגועה. האנמן עצמו התנגד לתכשירים מסוג זה, אך הומאופתים מודרניים משתמשים בהם לעיתים, ואין כל ראייה שיש להם השפעה חיובית כלשהי.
נמצאו גם מקרים של הומאופתים שיעצו נגד שימוש בתרופות נגד מלריה. עצות מסוג זה מעמידות בסכנה חמורה את הנוסעים לאזורים טרופיים, מכיוון שרמדי הומאופתיים חסרי תועלת נגד טפיל המלריה.
בשנת 1978, אנתוני קמפבל, אז רופא יועץ בבית החולים ההומאופתי המלכותי בלונדון, ביקר הצהרות שפרסם ג'ורג' ויתולקס כדי לקדם את הטיפולים ההומאופתיים שלו. ויתולקס הצהיר כי כאשר מטפלים בעגבת בעזרת אנטיביוטיקה, היא מתפתחת לעגבת שניונית ושלישונית, המערבת את מערכת העצבים המרכזית. קמפבל תיאר זאת כהצהרה לא אחראית באופן מובהק, העלולה לגרום להדיוט חסר-מזל לסרב לטיפול רפואי קונבנציונלי. הצהרה זו של ויתולקס משקפת את הרעיון לפיו טיפול במחלה בעזרת תרופות חיצוניות לטיפול בתסמינים תניע את המחלה עמוק יותר לתוך הגוף. רעיון זה סותר את המחקרים המדעיים, לפיהם טיפול בפניצילין מביא לריפוי מלא של עגבת ביותר מ-90% מהמקרים.