המים הפתוחים המוגנים של המפרץ ושל שרשרת האיים המרוחקים מספקים אזורי מנוחה לציפורים נודדות בדרכם בין אמריקה הצפונית, האיים הקריביים ואמריקה הדרומית. עופות יבשה רבים עוצרים בדרכם דרומה בסתיו בפארק המדינתי קייפ פלורידה על שם ביל בגס , מעט צפונית לפארק על קי ביסקיין, לפני שהם מעיזים לחצות את המים הפתוחים של מפרץ ביסקיין. באופן דומים נחים עופות הנודדים צפונה באביב על אליוט קי. מרבית ציפורי השיר הנודדות הקטנות הם מינים של סבכי העולם החדש, בעיקר סבכון חכלילי ("Setophaga ruticilla"), סבכון הדקלים ("Setophaga palmarum"), "Seiurus aurocapilla" (באנגלית Ovenbird), "Geothlypis trichas" (באנגלית Common Yellowthroat), "Setophaga discolor" (באנגלית Prairie warbler), "Helmitheros vermivorum" (באנגלית Worm-eating warbler) ו-"Setophaga caerulescens" (באנגלית Black-throated blue warbler). דורסים נודדים כוללים עקב קצר-זנב ("Buteo brachyurus"), "Accipiter striatus" (באנגלית Sharp-shinned Hawk), בז גמדי, בז נודד, דיה זנב סנונית, בעוד שעיטם לבן-ראש ושלך מקננים בפארק. הן פתון לבן-זנב והן פתון אדום-זנב נצפו בפארק, כמו גם פלמינגו אמריקני, כשחלק מהפרטים של האחרון הם ככל הנראה עופות שנמלטו משבייה.
קו החוף וביצת המנגרובים.
קו החוף של היבשת נשלט על ידי אזור מעבר ביצתי שבו גדלים בעיקר "Rhizophora mangle" (מנגרוב אדום או גם ריזופורת מנגלס) ו-"Avicennia germinans" (מנגרוב שחור) הגדלים במים הרדודים ו-"Laguncularia racemosa" (מנגרוב לבן) הגדל בחוף. המבנה שנוצר משורשי האוויר של העצים מהווה בית גידול מוגן לסרטנים, דגים וציפורים מתבוססות. המים החומים בתוך חורשות המנגרוב הם אתרי רבייה לדגים, רכיכות ופגיות של סרטנים הדורשים סביבה מוגנת שקטה לפני שבעלי החיים שטרם בגרו יכולים להתפזר למים הפתוחים. המנגרובים משירים עלים במשקל שבין 450 ל-900 קילוגרם לדונם, המהווים מזון לדגים, תולעים וסרטנים. מכיוון שהפחמן שבעלים נבלע על ידי בעלי החיים מעריכים כי לביצות המנגרוב יש את היכולת לאגור פחמן בין פי 2 לפי 3 מאשר לעצים הגדלים ביבשה. יער המנגרובים במפרץ ביסקיין הוא הארוך ביותר בקו החוף המזרחי של פלורידה. ביצות המנגרובים של קו החוף והאיים, יחד עם המפרץ, מהווים אתר רבייה משמעותי לבעלי החיים הימיים של דרום-מזרח פלורידה.
יער המנגרובים העמיד למליחות התפשט לתוך היבשה, כאשר מי הגשמים שזרמו למפרץ תועלו לשימוש האדם, והחליף את הערבות של מכבד הביצות ("Cladium mariscus"). L-31E, סוללת נד הסופה החופית השוכנת בתוך היבשה מערבית לגבול הפארק שיחקה תפקיד חשוב בבידודם של ערבות העשב של מים מתוקים ממקורות המים שלהם. במקביל, מי גאות אינם מגיעים לפנים שולי היבשה, דבר שגורם להגבלה בתחלופה בין המערכות האקלוגיות של מים מתוקים ומים מלוחים.
עופות החיים בקו החוף כוללים אנפת לילה אמריקאית, חנקן לודוויקיאנוס, סבכי מהמין "Setophaga discolor" ועופות חוף. את מין הקוקייה "Coccyzus minor" (באנגלית Mangrove cuckoo), הידוע בכך שקשה מאוד לצפות בו, אפשר לראות בקונווי פוינט ובבלאק פוינט. הפארק כולל את אחד הריכוזים הגדולים ביותר של מין זה.
שולי הפארקים הם בית גידול לתנין אמריקני. בניית קילומטרים של תעלות קירור באדמות החוואר סמוך לחוף מאחורי תחנת הכוח טרקי פוינט והמים החמימים בתעלות מהווים סביבה כמעט אידיאלית לקינון של תנינים, והפכו את תחנת הכוח לאתר רבייה לרבים מהתנינים. אף שתנינים ואליגטורים חיים שניהם בקצה הדרומי של פלורידה, אליגטורים נדירים בפארק, מכיוון שאליגטורים בדרך כלל שוכנים במים מתוקים המצויים רחוק יותר בתוך היבשת, בעוד שתנינים יכולים לחיות במים המלוחים במקצת של שפכי הנהרות.
מי המפרץ.
המים הפתוחים מאוכלסים על ידי דגים, רכיכות וסרטנים הניזונים מעשב ים או שוחרים לטרף. הרדידות של הלגונה הופכת אותה לבית גידול מתאים לעופות הלוכדים דגים בצלילה כגון נחשון אמריקאי, קורמורנים וברווזי צלילה. המפרץ מהווה גם בית גידול לבעלי חיים צעירים, אשר עזבו את המקלט של חגורות המנגרובים. תחשי נהרות מגיעים לעיתים קרובות למים השקטים של המפרץ. במפרץ שוכנת אוכלוסייה קבועה של קורמורן מצויץ ("Phalacrocorax auritus"). עופות החורפים במפרץ כוללים סולה צפונית, שקנאי אמריקני וצוללן צפוני. במפרץ יש גם אוכלוסייה קבועה של דולפינן מצוי.
מפרץ ביסקיין הוא לגונה רדודה שבה אין מפל מליחות (salinity gradient) בשל חוסר עומק. במקום מפל אנכי, יש במפרץ מפל אופקי, כאשר מים מתוקים נכנסים מתעלות הניקוז בצד המערבי, ומי ים נכנסים דרך פערים בין האיים ודרך אזור השרטונות המכונה שסתום הבטיחות (safety valve). מליחות המפרץ מגיעה לשיאה בחודש יוני. לשינויים בדפוס המליחות של המפרץ היו השפעות שליליות על מינים שנמצאו בעבר בשפע, כגון מוסר בריכות ("Sciaenops ocellatus"). מפרץ ביסקיין ומפרץ פלורידה הם אתרי רבייה עיקריים עבור סוג הדקר "Epinephelus morio" (באנגלית red grouper) ו-"Lutjanus griseus" (באנגלית gray snapper). קרקעית הלגונה היא משכן לספוגים ואלמוגים רכים במקומות ששכבת הקרקע דקה מדי ואינה מאפשרת לעשב הים לטעת שורשים. שלושת המינים העיקריים של עשב ים הגדלים בשטח הפארק הם "Thalassia testudinum" (באנגלית turtlegrass), "Halodule wrightii" (באנגלית Shoal grass) ו-"Syringodium filiforme" (באנגלית Manatee grass). עשב הים השרוי בסיכון מהמין "Halophila johnsonii" (באנגלית Johnson's seagrass) מצוי גם הוא בכמויות קטנות במפרץ, שהוא הגבול הדרומי של תחום התפוצה של העשב. כ-75% מקרקעית מרכז המפרץ מכוסה בעשב ים. הצטלקות של ערוגות עשב הים כשסירות מתחככות בקרקעית או ממדחפים של סירות מהווה בעיה משמעותית. מדי שנה מתרחשים כ-200 אירועים כאלו, כשנדרשים 15 שנים על מנת שהעשב יגדל לממדיו הקודמים. המפרץ גם מושפע מדיג שרימפס מסחרי באמצעות מכמורת, המותר במימי הפארק. מעבר של רשתות המכמורת על הקרקעית אינו מזיק לעשב הים, אבל פוגע באלמוגים הרכים ובספוגים.
איים.
אליוט קי הוא האי הגדול ביותר בפארק, שטחו 6,700 דונם, אורכו כ-13 קילומטרים ורוחבו כקילומטר. האי השני בגודלו הוא אולד רודס קי, ששטחו 2,700 דונם, ואז סנדס קי (1,700 דונם), טוטן קי (1,500 דונם) וליטל טוטן קי (810 דונם), ועוד 37 איים קטנים יותר המסודרים בקו שכיוונו צפון-דרום במרחק של 8 עד 14 קילומטרים מזרחית מקו החוף של היבשת. הגאולוגיה של האיים משתנה מאיי מחסום שליבתם סלעי משקע של אבן גיר לבימות סלעים שנוצרו מאלמוגים. מנגרובים צומחים בשולי כל האיים, כשבפנים האיים יש צמחייה סובטרופית ויערות של עצים רחבי עלים, ובהם עצים מהמינים בורסרה סימרובית ("Bursera simaruba", באנגלית Gumbo-Limbo), מהגוני, "Krugiodendron ferreum" (באנגלית Black ironwood), "Amyris elemifera" (באנגלית Torchwood) ו-"Chrysophyllum oliviforme" (באנגלית Satinleaf). חרקים כוללים את מין זנב הסנונית "Papilio aristodemus" (באנגלית Schaus' swallowtail) המצוי בסיכון, כמו גם עננים צפופים של יתושים בעונה הגשומה, המהווים טרף לשפיריות. אוכלוסיית היונקים כוללת את מין ארנבון היער "Sylvilagus palustris" (באנגלית Marsh rabbit), דביבון מצוי, יחד עם חולדות ועכברים. הזוחלים כוללים עכסנים ומגוון של לטאות, כמו גם תנין מדי פעם.
האיים הם אזור מעבר המשמש משכן לעופות בלתי צפויים, לעיתים קרובות מינים מהקריביים שתעו בדרכם והתקרבו ליבשת. בפנים האיים שוכנים לעיתים קרובות סבכיים כמו גם נצים הצדים אותם. חופי האיים הם בית גידול לארנריה אדמונית וחופית זעירה ("Calidris minutilla"). שחפים ושחפיות כוללים שחפית מלכותית ("Thalasseus maximus"), שחף צוחק ושחף טבוע-מקור ("Larus delawarensis"), כששקנאי חום דג קרוב לחוף. החופמי "Charadrius wilsonia" (באנגלית Wilson's plover) מקנן על בוקה צ'יטה קי, שבו נסגרים אזורי הקינון לקהל בתקופת הרבייה.
צבי ים מקננים בחופי האי בפארק. צוות הפארק מסייע לקינון צבים על ידי הסרת פסולת מחופים שעלולים להוות מכשול למבוגרים או צעירים שבקעו מהביצה. צב ים חום הוא מין צב הים הנפוץ ביותר וכמעט כל הצבים המקננים בפארק שייכים למין זה. אתרי קינון מזוהים על ידי פטרולים כל בוקר לאורך החופים ומוגנים באמצעות רשת פלדה כנגד טריפה על יד האוכלוסייה הגדולה של הדביבונים. מאמצי ההגנה על הקינים הפחיתו טריפה מ-100% של הקינים לאף קן ב-2007, כשהממוצע הוא שיותר מ-50% מהקינים מתגלים על ידי הטורפים. לדוגמה, ב-2012 נתגלה על אליוט קי קן אחד לפני שהטורפים גילו אותו והוא הוגן באמצעות רשת, חמישה קינים נתגלו על ידי טורפים שזללו חלק מהביצים וקן אחד שבו נאכלו כל הביצים. על האי שוכן גם מין הדרימרכון "Drymarchon couperi" המצוי בסיכון.
מיני צמחים נדירים ומצויים בסיכון על האיים כוללים "Pseudophoenix sargentii" (באנגלית Sargent's cherry palm) ומין הקקטוס "Consolea corallicola" (באנגלית semaphore prickly-pear cactus). אוכלוסיית הקקטוס, שתואר כ"קרוב להכחדה", הצטמצמה ל-20 פרטים. מושבת שיבוטים של 570 קקטוסים נמצאה על אי אחד במפרץ ביסקיין ב-2001, האוכלוסייה הגדולה ביותר בעולם של מין זה. האוכלוסייה היחידה הגדלה בטבע של מין הדקל Pseudophoenix sargentii נמצאת באליוט קי. פחות מ-50 פרטים גדלו באי ב-1991. למרות המאמצים להרבות את הצמח נותרו ממנו רק 16 פרטים באליוט קי, ועוד 123 פרטים שגודלו בלונג קי.