בחודש יולי 1948 הגיע לרומניה מרדכי נמיר כשליח מיוחד של ממשלת ישראל, כדי לנסות ולהשיג את הסכמת ממשלת רומניה להתיר יציאת יהודים מתחומה. נמיר נפגש עם שרת החוץ הרומנית אנה פאוקר וסיכם עמה כי ממשלת רומניה תתיר יציאת 5,000 יהודים בחודש, 70% מהם צעירים בגילאים 17–36. ממשלת רומניה לא עמדה בהתחייבותה זו, ומיד עם נסיעתו של נמיר הטילו על הוועד הדמוקרטי היהודי (ארגון יהודי שהיה עושה דברו של השלטון הקומוניסטי) לארגן את העלייה, זאת בניגוד לעמדת נציג ישראל ברומניה, משה אגמי, שרצה שיעסקו בכך הארגונים הציוניים. הוועד, באמצעות הפדרציה של הקהילות היהודיות, ארגן את עלייתם לישראל של 3,600 יהודים, שקיבלו הדרכה פוליטית פרו-קומוניסטית, כדי שיתמכו במאבק של המפלגה הקומוניסטית הישראלית, למניעת כניסתה של ישראל למעגל ההשפעה האמריקאי. 2,400 יצאו בדצמבר 1948 ו-1200 בינואר 1949. בהמשך, על סמך אישורים של משרד הפנים הרומני, יצאו כמאה עולים בחודש ולקראת סוף 1949 הקצב עלה ל-500–600 לחודש. בשנת 1950 המשיך קצב העלייה לעלות: 1,500 בינואר 2,000 בפברואר 3,000 במרץ, עוד 3,000 באפריל 4,000 במאי 5,000 ביוני 7,000 ביולי, גם באוגוסט ובספטמבר 7,000 בכל חודש, באוקטובר הקצב ירד ל-4,000, נובמבר ודצמבר סיפקו 3,000 בכל חודש. השינויים במספר העולים נבעו גם מכך שהספינה טרנסילבניה, שהובילה את העולים, הייתה בעלת קיבולת אכסון והובלה שונה בעונת החורף לעומת הקיץ, כי חלק מהנוסעים היו ישנים על מזרנים שנפרשו על הסיפונים - בקיץ הפליגו בספינה כאלף וחמש מאות נוסעים ובחורף שלוש עד ארבע מאות בלבד.
השלטונות הרומניים תמכו בהתחלה ביציאת היהודים מטעמי פוליטיקה גלובאלית (חיזוק האלמנט הקומוניסטי בישראל), אך לאחר שהיהודים הרומנים, שהגיעו לישראל, "שכחו" את ייעודם ולא הצטרפו למפלגה הקומוניסטית הישראלית, חזרו בהם והכבידו מאוד על מתן אישורי יציאה מרומניה. שליחים ישראלים הצליחו לשנות עמדה זו על ידי ייזום עסקה של ציוד להפקת נפט תמורת תירס רומני, עסקה שהותנתה באישור יציאתם של היהודים מרומניה. רומניה נזקקה מאוד לציוד להפקת נפט עבור שדות הנפט של פלוישט שניזוקו ונבזזו במלחמה. ברית המועצות החרימה את ציוד הקידוח הרומני והעבירה אותו אליה. ניקולאה מאלאקסה סיכם בארצות הברית, ב-1947, חוזה של 8 מיליוני דולרים לרכישת ציוד קידוח, אולם תפיסת השלטון ברומניה על ידי המפלגה הקומוניסטית נענתה במדיניות אמברגו של ארצות הברית ומנעה מהם את הגישה לציוד הדרוש. הישראלים התחייבו להשיג עבור הרומנים את מבוקשם, בתנאי שתיפתח הדלת ליציאת יהודי רומניה. העסקה הושלמה על ידי אפרים אילין, יצחק בן-אפרים ושייקה דן.
יציאת יהודי רומניה התאימה לשלטונות גם לשם התמודדות עם האנטישמיות העממית ברומניה והזיהוי שנעשה בין השלטון הקומוניסטי ובין היהודים (בגלל ריבוי היהודים בקרב צמרת המפלגה הקומוניסטית), אך שלטונות אלה נבהלו מעוצמת הגל שהתפתח וניסו לעצרו על ידי פעולות הסברה, איומים ותעמולה בקרב היהודים. בדיון של הנהגת המפלגה הקומוניסטית הרומנית הציעו אנה פאוקר, שרת החוץ, וואסילה לוקה, שר האוצר, לכלוא את היהודים, שלא משתלבים במשטר החדש, במחנות ריכוז. ההצעה קיבלה רק 4 קולות, כי גאורגה גאורגיו-דז' לא הסכים והיה בדעה שליהודים אלה אין פתרון חוץ מהגירה לישראל. שני שליחים סובייטים, שנכחו בישיבה, ביקשו שהות לבדוק את הנושא ובהמשך נתנו אישור לעמדתו של גאורגיו-דז'.
לשם דיכוי גל העלייה נקטו השלטונות הקומוניסטים גם בפעולות משטרתיות/משפטיות - ב-28 באוקטובר 1948 פרצה משטרת רומניה למשרדי הקרן הקיימת לישראל וקרן היסוד, בבוקרשט, החרימה מסמכים רבים, נעלה את המשרדים ועצרה פעילים מרכזיים. כעבור חודש נערכה פלישה דומה למשרדי המפלגות והתנועות הציוניות ולסניפי ההכשרה לעלייה. ב-12 בדצמבר שודרה ברדיו בוקרשט החלטת הוועד הפועל של מפלגת הפועלים הרומנית, לפיה הציונות "...על כל גווניה תנועה ריאקציונרית-לאומית של הבורגנות היהודית הנתמכת על ידי האימפריאליזם האמריקני ומנסה לבודד את המוני היהודים מן העמים שבתוכם הם חיים". בעקבות פעולות אלה, ב-20 בדצמבר, החליט הוועד הציוני המרכזי להפסיק את פעילות מוסדות ההסתדרות הציונית. סניפי ההכשרה של תנועת החלוץ ומפ"ם המשיכו לפעול עד 2 במרץ 1949, כשנסגרו בעקבות הוראה של שר הפנים הרומני. בהמשך יזמו השלטונות הרומניים את משפטי הציונים ברומניה, שנערכו להנהגה הציונית של יהדות רומניה.
המוני יהודי רומניה כמהו לעלייה וכל מה שהיה כרוך במדינת ישראל, שרק קמה, הצירות הישראלית בבוקרשט והשמועות על העלייה השפיעו עליהם מאוד. ב-28 בינואר 1949, בעקבות שמועה על כך שניתן להגיש בקשות לעלייה בבית צירות ישראל, התכנסו יותר מ-15,000 יהודים לידי גדרות בית הצירות והגישו עשרות אלפי בקשות. כשהצירות הודיעה שתקבל בקשות רק בדואר, התחילו להגיע יום יום 6,000 עד 7,000 מכתבי בקשה לעלייה. בצירות מילאו חדר אחד עם מכתבים שלא נפתחו ומספר המכתבים שנפתחו עלה על 150,000.
בסוף שנת 1949 השתנה לפתע יחס השלטונות לעליית היהודים, ומבלי שנוהל משא ומתן עם ממשלת ישראל ניתן מספר גדול של היתרי יציאה. מפנה זה התקיים תקופה קצרה בלבד וכבר בראשית 1950 ירד מספר העולים. במהלך השנים 1950–1951 הגיעו עיקר העולים מרומניה באונייה "טרנסילבניה", שהפליגה בין קונסטנצה לחיפה פעמיים בחודש ועל סיפונה כ-700–800 עולים בכל הפלגה.
הגבלות כלכליות על היוצאים מרומניה.
ביולי 1950 החליטה ממשלת רומניה להטיל מגבלות על הרכוש שיכולים המהגרים מרומניה לקחת איתם. בהחלטה נכתב על מהגרים לכל ארץ שהיא, אבל בפועל הכוונה הייתה להגירת יהודים לישראל. המגבלות נכנסו לתוקף מ-8 ביוני וכללו:
קשיים שהובילו להפסקת העלייה.
במהלך שנת 1950 ערכו השלטונות הרומניים אסיפות אנטי-ציוניות במקומות העבודה, שבהן עודדו את העובדים, יהודים ולא יהודים, למחות נגד אלה שנרשמו לעלייה ולהשפיע עליהם למשוך חזרה את בקשותיהם. המעטים שנענו ללחצים ומשכו חזרה את בקשותיהם התבקשו לחתום על מכתבים שפורסמו בעיתונות, שבהם נימקו את מעשיהם בכך, שהתברר להם שהולכו שולל ובישראל מצפה להם מצב גרוע.
בשידור בקול ישראל, ב-10 בפברואר 2008, טענה פרופ' אורה כהן שהסיבה לעצירת עליית יהודי רומניה בתקופה זו הייתה נעוצה בכך, שישראל הוצפה בגלי עולים, בעיקר מעיראק ומרומניה. לדבריה (ולדברי משתתפים נוספים בדיון הרדיופוני), לממשלת ישראל לא היו מספיק משאבים לקליטת הגל האדיר, לכן ניסתה להאט ולווסת את העלייה ובישיבה משותפת של ממשלת ישראל והסוכנות היהודית הוחלט להעדיף את עולי עיראק על פני עולי רומניה ולהפסיק את הבאת היהודים מרומניה. העדפת יהודי עיראק הייתה על רקע החשש הגדול יותר לגורלם בארץ מוצאם, לעומת החשש ליהודי רומניה.
ב-1952, ברומניה, השלטון נקט בצעד כלכלי קיצוני, החלפת שטרות הכסף. הצעד ננקט כדי להקטין את עודפי הנזילות במטבע המקומי ובאותה הזדמנות לפגוע בבעלי הממון, כי כל הכסף הישן איבד את ערכו ותמורתו ניתנה כמות קטנה וקצובה של כסף חדש. הצעד הזה פגע בשתי דרכים ביהודים, שהתכוננו לעלות ארצה, ראשית אלה שמכרו את רכושם וצברו כסף כדי לשלם את המיסים והאגרות מצאו עצמם ללא רכוש וגם ללא כסף מספיק לתשלום המיסים ושנית, אלה שעדיין לא מכרו את רכושם, התקשו כעת למצוא קונים בעלי ממון, שיקנו את רכושם.
אלפים רבים מיהודי רומניה, שכבר קיבלו אישור יציאה מהשלטונות, "נתקעו" ברומניה והשלטונות הפסיקו לתת אישורי יציאה נוספים. בשנת 1952 יצאו מרומניה לישראל רק 3,712 עולים לעומת 47.041 בשנת 1950 ו-40.625 בשנת 1951 ובשנים 1952–1957 בסך הכול 1,809. במהלך התקופה הזאת, יהודים שהגישו בקשות לעלייה בתקופה הקודמת נדחקו לשולי החברה על ידי פיטורים ושיבוץ לעבודות בעלות סטטוס נמוך, אי העלאה בדרגה וכן הלאה. זה לא שינה את העמדה הבסיסית של יהודי רומניה וכשנפתח שוב הצוהר, לקראת סוף 1959, נרשם גל אדיר נוסף לעלייה.
המאבק לחידוש העלייה.
עולי רומניה לא השלימו עם הפסקת העלייה וניסו בדרכים שונות להפעיל לחצים לשינוי רוע הגזרה. יהודים הפגינו בישראל לפני הקונסוליה הרומנית למען מתן היתרים לבני משפחתם להתאחד איתם בארץ. אידוב כהן תבע דיון בכנסת על כך. ב-23 במאי 1954, לפני בית הכנסת הגדול, נפתחה שביתת רעב שכוונה נגד ניהול משפטי הציונים ברומניה ולמען מתן חופש עלייה ליהדות רומניה. העיתון הישראלי בשפה הרומנית, Adevarul (האמת), תבע את ביטול הליגה לידידות ישראל-רומניה ושאל למה לא קיים ברומניה מוסד מקביל.
בתחילת 1957 מינו שתי המדינות דיפלומטים חדשים ובהזדמנות זו הוגשה לשגריר הרומני החדש, פטרו מנאה, רשימה עם שמותיהם של המקרים הטרגיים ביותר, כדי להביא לאיחוד המשפחות.
1958–1966.
לפי נתוני הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה, במהלך השנים 1958–1966 עלו מרומניה לישראל יותר מ-106,000 יהודים, כשהשנים 1961 (20,800 עולים) ו-1964 (24,244 עולים) בולטות במיוחד.
ב-1958, במהלך ביקורו של ניקיטה חרושצ'וב ברומניה, התייעץ איתו גאורגה גאורגיו-דז' בסוגיית היהודים, שתמורתם הישראלים מוכנים לספק סחורות לרומניה. חרושצ'וב השיב בחיוב, אך התנה זאת "רק סחורות, לא כסף". בהרשמה שנערכה ליהודים המעוניינים לעלות לישראל, בין אוקטובר 1958 ובין מרץ 1959, התפקדו 130,000 מיהודי רומניה.