רבים מהמטבעות הבר כוכבאיים שנתגלו במערכות המסתור הם למעשה "מטבעות רומיים ממוחזרים": המורדים הטביעו מחדש מטבעות כסף רומיים, ובכך הוציאו אותם מכלל שימוש. שימוש משני שכזה נתגלה על מטבעות של נירון קיסר ועד אדריאנוס, וכן על מטבעות מקומיים של אשקלון ועזה. החוקרים עמוס קלונר ויגאל טפר גורסים כי מוצא רוב מטבעות בר כוכבא שהגיעו לשווקים בעקבות שוד עתיקות הוא ממערכות המסתור, אך הדבר אינו ניתן להוכחה מדעית.
התקופה הקצרה יחסית שחלפה בין המרד הגדול למרד בר כוכבא מקשה על תארוך מדויק של התקנת מערכות המסתור, אולם הממצאים מלמדים כי נעשה בהן שימוש ודאי במרד השני. בשל כך, ובשל השוני בתיאורים ההיסטוריים בין יוסף בן מתתיהו ודיו קסיוס, סוברים רוב החוקרים כי מערכות המסתור הותקנו ביי אנשי בר כוכבא, בעוד שמיעוטם (גדעון פרסטר למשל) טוען כי לא ניתן להוכיח שהם לא עשו שימוש חוזר במערכות מסתור מימי המרד הגדול. כך או כך, הכל מסכימים כי מערכות המסתור שימשו יהודים במרידותיהם נגד הרומאים בתקופה הרומית. מאחר שמערכות המסתור נתגלו, כאמור, רק מתחת לשרידי יישובים ולא ביניהם, ניתן להסיק כי יישובים אלה היו יהודיים באותה עת, ולכן גם לא פלא שחלק מהם פרחו ושגשגו עד המאה השנייה לספירה, ולאחריה, כנראה בעקבות דיכוי המרד, סבלו מפגיעה קשה.
משקולת.
במחקר ידוע על שימוש במשקולות שהיו בשימוש בזמן מרד בר כוכבא, קיום משקולות אלו מצביע על שלטון מרכזי מסודר בעל מערכת מנהלתית סדורה. מתוך שבע משקולות שנמצאו עד עתה, שש משקולות מקורן בשוק העתיקות, ורק אחת מהן נתגלתה בסקר ארכאולוגי ופורסמה על ידי עמוס קלונר. המשקולת עשויה עופרת נמצאה בשנת 1987 במערכת מסתור תת-קרקעית בחורבת אלים שליד בית גוברין. משקלה 803 גרם, מעוטרת בורדה מסוגננת ומוקפת בכתובת באלפבית עברי מרובע: . במרכז המשקולת צוירה רוזטה. קלונר הזכיר במאמרו משקולת נוספת שנקנתה בשנת 1967 עבור מוזיאון ארץ ישראל ונגנבה ממנו בשנת 1976. המשקולת שקלה כ-400 גרם. עד למציאת המשקולת על ידי קלונר ב-1987, לא היה ידוע כי משקולת זו הייתה שייכת לתקופת בר כוכבא. גם על משקולת זו ניתן לקרוא באלפבית עברי מרובע: , ובמרכזה צוירה רוזטה.
מבנה מערכות המסתור.
המסלע הבונה את רוב שפלת יהודה הוא סלע קירטון רך, המכוסה בקרום קשה בשם נארי, שעוביו מגיע עד שני מטרים. הקירטון היה שימושי ביותר עבור תושבי שפלת יהודה בכל התקופות, ובעיקר בתקופה ההלניסטית, שכן מסלע הקירטון הרך איפשר להם לחצוב את אבני בתיהם בצד אתר הבנייה ולא במחצבה מרוחקת, דבר שהוזיל את עלות הבנייה. כדי להימנע ממאמץ מיותר בחציבת שכבת הנארי, פערו בה המקומיים פתחים צרים, והרחיבו את חציבתם כאשר הגיעו אל הקירטון הרך. המבנה המיוחד, של חללים רחבים בעלי פתחים צרים ויציבים בתקרתם, איפשר שמירה על לחותו של הקירטון, ובכך מנע את התפוררותו. חללים אלה, המצויים עדיין בשפע בשפלת יהודה, נקראים בשם מערות פעמון. מערות מלאכותיות אלו נוצלו על ידי התושבים כמחסנים וכמתקנים תת-קרקעיים בעלי מגוון רחב של שימושים כמו בורות מים, מחסנים, בתי בד, אורוות, מתקני קולומבריום ועוד. השימוש הרב במתקנים תת-קרקעיים מסוג זה הביא לקיומן של אלפי מערות ובורות באזור שפלת יהודה, עד הפיכתן של גבעות רבות למעין "גבינה שווייצרית" מחוררת.
מורדי בר כוכבא, שרבים מהם התגוררו ביישובים בשפלת יהודה, ניצלו את המתקנים התת-קרקעיים, כדי ליצור בהם מערכות מסתור, כעין "שימוש משני". הם סתמו את פתחי המוצא של המתקנים התת-קרקעיים, וחיברו אותם במחילות ובמעברים צרים, עד יצירת מערכות ארוכות, המבוססות על המתקנים המקוריים. ביסוס מערכות המסתור על המתקנים התת-קרקעיים חסך עבודת חציבה מיותרת וזמן רב. כן איפשר הדבר את הסתרתן של מערכות המסתור תחת יישובים קיימים, באופן שהקשה על הרומאים להתחקות אחר עקבותיהן.
חלק מן המתקנים הקדומים נוצל בעת המסתור בתפקיד המקורי, כבורות מים, מחסנים וכדומה. מתקנים אחרים עברו שינוי ייעוד, ושימשו את המסתתרים למטרות שונות, כמו אולמות התכנסות, חדרי מגורים וכדומה. הפקעת מתקנים קדומים לטובת מערכות המסתור שיבשה בוודאי את אורח החיים התקין של היישוב, ומכאן ניתן להסיק כי אנשי היישוב שיתפו פעולה עם המורדים, וכי המורדים היו נחושים במלחמתם, גם על חשבון האפשרות לשקם בעתיד את חיי היישוב התקינים.
חלקי מערכות המסתור.
סקירת מערכות המסתור מעלה כי ישנם מכנים משותפים רבים, ואפילו זהים, לכל מערכות המסתור שהותקנו לקראת מרד בר כוכבא. עמוס קלונר ויגאל טפר, שחקרו מערכות מסתור רבות, סיכמו באופן ממצה את מרכיבי מערכות המסתור לסוגיהם:
פיר כניסה.
ברוב מערכות המסתור הייתה הגישה דרך פיר כניסה אנכי, אליו ניתן היה להיכנס רק בעזרת סולם או חבל. פיר הכניסה היה למעשה מחילה מפותלת, שכללה פיר אנכי, מחילה אופקית קצרה ופיר אנכי נוסף, כך שגם אם פתח הכניסה למערכת המסתור נתגלה על ידי האויב, לא התאפשרה לו כניסה מידית פנימה. מעניין כי במערכות המסתור בגליל נחצב פיר הכניסה באופן זהה, אף על פי ששם היה המסלע שונה לגמרי. יעילותו של פיר הכניסה הייתה בניטרולו של האויב המסתנן, שכן צורת הפיר חייבה את הנכנס להשתלשל פעמיים, כשידיו ורגליו נאחזות בקירות, והוא אינו יכול להשתמש בנשק או להתגונן. עומק הפיר העליון היה בדרך כלל בעומק שכבת הנארי הקשה, והמחילה האופקית והפיר השני נחצבו בשכבות הקירטון.
מתחת לפיר הכניסה הייתה לרוב נקודת הסתעפות של מחילות לכיוונים שונים. במקרה שבו חוברו שני מתקנים קדומים גדולים למערכת מסתור אחת, הותקן פיר הכניסה בדרך כלל בתווך. במערכות מסתור גדולות נבנה ממש חדר מתחת לפיר הכניסה, וממנו התפצלו המחילות לכיוונים שונים. חדר כזה נקרא בפי החוקרים בשם 'חדר מבוא', והוא נדיר במערכות הקטנות.
פיר הכניסה התאפיין בשלושה סוגי מתקנים: מתקן הסוואה, מתקן טיפוס ומתקן נעילה: הפתח הוסווה על ידי עץ גדול או שיח רחב; בפיר העליון נחצבו שקעים קטנים לכל האורך, כנקודות אחיזה לידיים ולרגלים בעת טיפוס פנימה או החוצה; ובמעבר מפיר הכניסה אל תוך המחילה האופקית נקבע מתקן נעילה: דלת אבן, שהקיר שמאחוריה הורחב מעט, כדי לאפשר הצבתם של אביזרי תמיכה עבורה מבפנים. פירי הכניסה נועדו להיסתם במהירות המרבית במקרי חירום. כל פתחי המוצא של הפירים סתומים היום, ברובם על ידי בנייה מכוונת, או בשל מפולות. הכניסה למערכות אפשרית, אם כן, דרך פרצות מאוחרות.
מחילות.
המחילות נועדו לקשר בין אגפי מערכת המסתור, והן מרכיבות את רובה. המחילות נמוכות וצרות, ולכן מחייבות זחילה על ארבע. רק במקרים חריגים ניתן להלך במחילות בהליכה שפופה. צורתן ומידותיהן של המחילות דומות ברוב המערכות: מהלכן בדרך כלל אופקי ומידותיהן הן 60X70 ס"מ בקירוב. קלונר וטפר גילו כי במקרים בהם ניכר שינוי משמעותי ברוחב או בגובה המחילה, יש לבדוק אם מדובר במחילת אוורור צרה, או לחלופין - במחילה שהורחבה לצורך שילוב מתקן נעילה.
המחילות נועדו לקשר בין חללים שונים, ולכן הושקעו מחשבה ותכנון מדוקדקים מאוד בחציבתן, כדי להקשות ככל האפשר על אויב פוטנציאלי. לשם כך נתיבן לעולם אינו ישר, אפילו במקרים בהם, לכאורה, יכלו החוצבים להתקין מחילה פשוטה וישרה מחלל אחד למשנהו. חלק מהן כוללות הבדלי מפלסים דרך פירי מעבר אנכיים, שהתקנתם נוצלה כדי לשלב מתקני נעילה, או פשוט בורות עמוקים, המהווים מלכודת מוות למי שאינו מכיר את המחילה.
חדרים.
החדרים הם חללים רחבים יחסית למחילות, ואשר הותקנו כחלק ממערכת המסתור כולה. יש להבדיל בינם ובין המתקנים הקדומים, ששולבו במערכת בשימוש משני, וכן בינם ובין האולמות (להלן). ברוב המקרים שימשו החדרים למגורים ולאחסון. חלקם נחצבו בצורה מסודרת ונאה, וחלקם בצורה מרושלת וחפוזה, כנראה בהתאם לזמן חציבתם (מקובל לראות באחרונים פעולות מסופו של המרד). גובה התקרה בחדרים הוא כקומת אדם ממוצעת, ולעיתים מעט נמוך יותר. גובה זה, בנוסף לשטחם הקטן של החדרים, מעיד כנראה על חישוב המידות לפי הצורך המינימלי לשהיית בני אדם בתוכם, לעיתים עד כדי הליכה ועמידה שפופה. חישוב זה נבע, כנראה, מן הצורך לחסוך כמה שאפשר בזמן ובמאמץ שהיו כרוכים בהתקנת מערכות המסתור. ישנן מערכות מסתור בעלות חדרים לא מושלמים, וכן מערכות שבהן מחילות קטועות, שאינן מובילות לשום מקום ("מחילות עיוורות"). כמעט לכל החדרים שבמערכות המסתור, אלה ששימשו למגורים ואלה ששימשו כמחסנים, נחצב פתח הדומה בצורתו לפתחי הבתים ביישוב שמעל: משקוף, אבן סף, מזוזות ולעיתים אף מתקן נעילה לדלת. בדפנות החדרים ניתן לזהות בבירור בשקעים וגומחות לנרות, בדרך כלל לנר אחד או שניים בכל חדר.
בחלק מהחדרים נתגלו גומחות חצובות בפתחי החדרים בצד ימין, ולעיתים בצד שמאל עבור מה שנראה כמו בתי מזוזות. אם הנחה זו נכונה, הרי שמדובר בממצא הקדום ביותר לקביעת מזוזות בפתחי חדרים ובתים, המקדים את הממצא המוכר מיישובי דרום הר חברון בכמה מאות שנים. מקורות ארצישראליים אינם עוסקים במנהג קביעת המזוזה בצד הדלת, לעומת המקורות הבבליים, המלמדים כי נוהג זה היה פופולרי מאוד בבבל באותה עת. קביעת בתי המזוזה במערכות המסתור בצד שמאל או ימין לפתחי החדרים ללא הבחנה, מעידה, כנראה, על הכרעת ההלכה בעניין זה רק בשלב מאוחר יותר.
אולמות.