נדודי הטורקים שהחלו במאות ה-10 וה-11, והכיבושים הגדולים של המונגולים במאה ה-13, החריבו את החליפות האיסלאמית ויצרו עידן חדש ברחבי העולם המוסלמי. בראשית תקופה זו היו שישה מרכזי כוח בעולם המוסלמי: הודו, אסיה התיכונה, איראן, טורקיה, מצרים וסוריה, וצפון אפריקה. חמישה מתוכם נשלטו על ידי שושלות וצבאות טורקיים. התפשטות האימפריה העות'מאנית שצמצמה את מספר מרכזי האסלאם, הגיעה לשיאה בראשית המאה ה-17.
היו בתקופה הנדונה שתי קבוצות יהודים גדולות בעולם האסלאמי - האחת ערבית והשנייה איראנית. על זו האחרונה נמנו קהילות דוברי פרסית באיראן, ובשטחים המהווים את אפגניסטן ומה שהיה מרכז אסיה הסובייטית (בוכרה). עד המאה ה-16 היו יהודי דוברי פרסית קהילה אחת, והם התפלגו לשתיים עם הקמת הממלכה השיעית הצפונית. פיצול נוסף אירע במאה ה-18 עם הקמת מדינות בוכרה ואפגניסטן. קהילות אלה היו מבודדות יחסית משאר קהילות היהודים, וגם בינן ובין עצמן. על קבוצת היהודים הערבית נמנו קהילות יהודים מעיראק ועד למרוקו. היו אלה הקהילות שבתקופות קודמות יצרו ושמרו את המסורת היהודית-אסלאמית.
קבוצה קטנה נוספת היו יהודי הקיסרות הביזנטית לשעבר, באסיה הקטנה ובדרום מזרח אירופה, אשר מעולם לא היו תחת שלטון ערבי או פרסי. הם מעולם לא אימצו את הלשון הערבית או הפרסית ומרביתם היו ככל הנראה דוברי יוונית ומקצתם את השפה הטורקית. עם הזמן קהילה זו גדלה והתחזקה, בעקבות הגירתם של יהודים אליה, בעיקר ממגורשי ספרד ופורטוגל.
היהודים העות'מאנים - הראשונים והוותיקים הם היהודים הרומניוטים, הילידים דוברי היוונית - באסיה הקטנה, בקושטא, ביוון ובערים אחרות בבלקן. הטורקים מצאו יהודים אלה כאשר כבשו את הפרובינקיות המקוריות שמהן הורכבה המדינה העות'מאנית.
המהגרים הראשונים מאירופה, בעיקר יהודים אשכנזים מגרמניה ומצרפת שהגיעו בתחילת המאה ה-15. מספרם התגמד לחלוטין לנוכח ההגירה הגדולה של יהודים ספרדים מחצי האי האיברי, החל מסוף המאה ה-15. אלה הגיעו לרחבי האימפריה העות'מאנית כתוצאה מגירוש ספרד ופורטוגל, במספרים הולכים וגדלים. לאחר התרחבות האימפריה העות'מאנית לעבר הסהר הפורה ומצרים, וכן צפון אפריקה, נכללו בתוך האימפריה העות'מאנית קבוצה גדולה של יהודים דוברי ערבית. יהודים מאירופה הנוצרית המשיכו להגר לרחבי האימפריה העות'אמנית בזכות סיפורים ושמועות המדברות על הסובלנות הרבה יותר, ועל אפשרויות תעסוקה טובות יותר שמציע השלטון העות'מאני. לעיתים התבצעה הגירה פנים-עות'מאנית מכפיה, בשל שיקולים כלכליים או פוליטיים. היהודים נחשבו לאוכלוסייה חזקה מבחינה כלכלית ונאמנה מבחינה פוליטית, ולכן לעיתים נדרשו קהילות להגר בהתאם למה שנתפס כטובת האימפריה (למשל, בצו קיסרי יהודים יושבו בבירה החדשה, אסתאנבול).
התרומה התרבותית של היהודים ברחבי האימפריה העות'מאנית לחיי התרבות הטורקיים הייתה מצומצמת למדי, והייתה מוגבלת בעיקר לתחומי הרפואה, אומנויות המשחק והדפוס. תרומה גדולה יותר הייתה ליהודים לחיי הכלכלה. היהודים ניצלו את ההיכרות עם הלשונות והתנאים האירופיים, ועסקו במספרים גדולים במקצועות שדרשו ידע זה, למשל מסחר. במאות ה-15 וה-16 היהודים היו מבוססים היטב כסוחרים ויצרנים, ואחדים מהם אף צברו עושר רב. תחום נוסף בו עסקו, אף בטרם ההגירה של מגורשי ספרד, היה תחום המיסים - מוכסים, פקחים וחוכרים. החל מהמאה ה-18 חלה הרעה כללית בתנאי היהודים ברחבי האימפריה העות'מאנית. היחס ליהודים הפך לעוין יותר, וחלה דעיכה כלכלית.
מחוץ לאימפריה העות'מאנית היו שני מרכזים אסלאמיים חשובים - מרוקו ואיראן. בשני מרכזים אלה מצב היהודים היה גרוע בצורה ניכרת ממצב היהודים ברחבי האימפריה העות'מאנית. במרוקו הדבר היה תוצר של שלטונם הדכאני של אל-מוואחידון שדיכא ורדף את היהודים קשות, והותיר הלך רוח עוין כלפיהם בקרב המוני העם. אף לאחר שלטון אל-מוואחידון, ונתן את אותותיו ביהודי מרוקו. ב-1438 נוסדה בפז שכונת המלאח הראשונה במרוקו, שכונות אשר בתחילה נועדו להגן על היהודים, ובהמשך גם לבודד ולהעניש. בסוף המאה ה-15, ובמהלך המאה ה-16 היגרו רבים מיהודי ספרד ופורטוגל למרוקו, ועד מהרה, כמו במקרה ברחבי האימפריה העות'מאנית, תפסו עמדה של עליונות על פני היסוד היהודי המקומי.
משלהי המאה ה-18 ובמשך כל המאה ה-19 סבלו יהודי ארצות האסלאם לא רק מעוני אלא גם מאיבה פעילה - גירושים, התפרצויות אלימות וטבח. בין 1770 ל-1786 גורשו היהודים מג'דה, ומרביתם נמלטו לתימן. מעשי טבח אירעו ב-1790 ביהודי טטואן, שבמרוקו; ב-1828 ביהודי בגדאד; ב-1839 ביהודי משהד שבאיראן ועל אלה שנותרו בחיים נגזר להתאסלם; ב-1867 ביהודי ברפורוש. ב-1834 נעשו מעשי אלימות וביזה בצפת. במהלך המאה ה-19 סבלו יהודי האימפריה העות'מאנית ממספר רב של עלילות דם, אשר המקור להם כמעט תמיד בקהילות נוצרית שגרו בסמיכות. המפורסם שבהם אירע ב-1840 בדמשק. על פי רוב, השלטונות העות'מאניים עשו מאמץ להגן על הנתינים היהודים מפני האוכלוסייה המקומית.
בשלהי השלטון העות'ומני עת התעוררות הציונות באירופה ותחילת העלייה הראשונה.
נהלו שתי משפחות שלוש ואמזלג, שהיו קונסולים של מדינות אירופאיות בא"י את קניית הקרקעות למען בניית המושבות הראשונות, ותרמו תרומה חשובה להתבוססות הציונות המודרנית.
העת החדשה - עותמאנים והקולוניאליזם האירופי.
מסוף המאה ה-18 החלה תקופת הקולוניאליזם במזרח התיכון וצפון אפריקה. השלטונות המוסלמיים בארצות השונות לא היו עוד עצמאיים באופן מלא, אלא היו נתונים להשפעתן ושליטתן של המעצמות האירופאיות. כיבוש ארצות האסלאם בידי המעצמות האירופיות נתן את אותותיו גם בקרב יהודים. בעקבות לחץ אירופאי ונסיבות פנימיות, האימפריה העות'מאנית ערכה את רפורמות הטנזימאט במהלך המאה ה-19, והצהירה שהיא מחויבת להגנה על הלא-מוסלמים ורכושם. כחלק מרפורמות אלה הורחבה גם המסגרת המשפטית מילט, והיהודים זכו להכרה כקהילה רשמית ומונה מקרבם חכם באשי שהיה הרב הראשי ומייצג היהודים מול מוסדות השלטון העות'מאני. במהלך תקופה זו ועד תחילת המאה ה-20 השלטונות המוסלמיים בארצות השונות הפסיקו לאכוף את מס הג'יזיה, וחוקי עומר נזנחו תחת לחץ אירופאי. כמו כן יהודים רבים קיבלו אזרחות אירופאית ונהנו מאותן קפיטולציות שמהן נהנו אזרחים אירופאים אחרים בארצות האסלאם.
המדיניות של המעצמות האירופאיות כלפי היהודים הייתה שונה בין ארץ לארץ. בדרך כלל הקולוניאליזם הצרפתי (צפון אפריקה, לבנון וסוריה) היה חודרני ומשפיע יותר על כלל תחומי החיים מאשר הקולוניאליזם הבריטי (עיראק, מצרים וישראל וירדן). יהודי אלג'יריה קיבלו באופן גורף את האזרחות של המעצמה הקולוניאלית צרפת בשנת 1870 וכתוצאה מכך מעמדם המסורתי בחברה המוסלמית כמי שנמצאים בתחתית המדרג החברתי התהפך, וכאזרחים אירופאים הם נהנו מפריווילגיות. בארצות אחרות היהודים לא קיבלו את האזרחות של המעצמות האירופאיות, אך בכל זאת לעיתים זכו להעדפה על ידי השלטונות הקולוניאליים. בתי הספר הרבים שנפתחו על ידי הארגון כל ישראל חברים ממרוקו עד איראן גם כן השפיעו על היהודים באזורים שונים של המזרח התיכון וצפון אפריקה לקבל את השפה והתרבות הצרפתיים.
חדירת מעצמות אירופה למזרח התיכון נשאה עמה גם בשורות שליליות עבור היהודים. בתקופה זאת, היהודים החלו להדחק מהתפקידים הכלכליים החיוניים שהם מילאו קודם לכן באימפריה העות'מאנית (כגון תרגום, תיווך ודיפלומטיה, בנקאות ועוד) על ידי המיעוטים הנוצרים המקומיים כגון היוונים והארמנים. כמו כן, לנוכח העלייה במעמדם המשפטי של היהודים גברה הטינה כנגדם. לקראת סוף המאה ה-19 התגברה הופעתן של מסות אנטישמיות בערבית. ההיסטוריון ברנרד לואיס מונה למעלה מ-30 תקריות של עלילות דם במהלך המאה ה-19 בשטחי האימפריה העות'מאנית. גורם נוסף שהחיש את האיבה והאנטישמיות הערבית החל מהמאה ה-20 הוא בעיית ארץ ישראל והסכסוך היהודי-ערבי.