מרלבורו לא זכה להצלחה רבה בתחילת 1706, כאשר הגנרלים של לואי הארבעה עשר השיגו ניצחונות באיטליה ובאלזס. הוא נאלץ בעקבות הכישלונות הללו לשנות את תוכניותיו, ולבסוף החל בפלישה לתוך שטח האויב. לואי הארבעה עשר, שהיה נחוש לנקום על בלנהיים, הנחה את מרשל וילרואה לרדוף באופן אישי את "מיסייה מרלברו". קרב ראמיאי, שנערך לאחר מכן ב-23 במאי, היה ככל הנראה אחת מהצלחותיו הגדולות ביותר של מרלבורו. הוא איבד פחות מ-3,000 אנשים, וגרם לצרפתים לאבדות של 20,000 נפגעים ולתבוסה קשה. קרב זה היה הפתיחה לשרשרת הצלחות עבור מרלבורו, שבמהלכה כבשו כוחות הברית בפיקודו עיר אחרי עיר. ביחד עם ניצחונו של הנסיך אויגן על הצבא הצרפתי בטורינו, שנת 1706 הפכה למוצלחת מאוד עבור כוחות הברית.
הדעיכה במעמדו.
במקביל ללחימתו בארצות השפלה חל שינוי במזלו של מרלבורו כתוצאה מפעילותם של יריביו האישיים והמפלגתיים. הוויגים, שתמכו במלחמה, תקפו בחריפות את ידידו הטוב גודולפין ודרשו כי בתמורה לתמיכתם בממשלה ימונה רוזן סנדרלנד, חתנו של מרלבורו, למזכיר המדינה. המלכה, שרחשה איבה לסנדרלנד ולקבוצת הוויגים שאליה השתייך, סירבה להיות נשלטת על ידי מפלגה אחת, והתנגדה למהלך; גודולפין, שנתמך על ידי שרה צ'רצ'יל והיה תלוי בתמיכת הוויגים, לחץ עליה בהצלחה להיענות לדרישותיהם, אך מערכת היחסים המיוחדת בינה לבין שרה וגודולפין התערערה במידה רבה, והיא החלה לנטות לכיוון אביגייל מאשם - בת דודתה של שרה. אן החלה להתקרב גם לרוברט הארלי, שטען כי המדיניות הפייסנית של מרלבורו וגודולפין כלפי הוויגים איננה נחוצה.
מרלבורו חזר לאנגליה לאחר ניצחונו בראמיאי, וזכה לקבלת פנים חמה מהפרלמנט; תאריו ונכסיו הפכו לברי ירושה על ידי צאצאיו, גברים ונשים כאחד. אולם, ב-1707 חל מפנה במלחמה עם התקדמות הצבא הצרפתי בכל החזיתות, והחזרה לחוסר החלטיות פוליטית בקרב חברות הברית. גם המלחמה הצפונית הגדולה היוותה איום. הצרפתים קיוו לגרום לקרל השנים עשר, מלך שוודיה, לתקוף את אנגליה. מרלבורו ביקר את קרל במטהו שבאלטרנשטאדט, והצליח לשכנעו להימנע מלהתערב במלחמה. בנוסף לכך, הנסיגות הגדולות בספרד ולאורך הריין גרמו למרלבורו מצוקה רבה, שהתגברה לאחר שההולנדים התמידו בחוסר שיתוף פעולה והטילו וטו על כל תוכניותיו לבצע מהלך נרחב בארצות השפלה. נסיגתו של אויגן בקרב טולון, שהייתה מטרתו העיקרית של מרלבורו ב-1707, גרמה לגניזת התקוות לסיום המלחמה באותה שנה.
מרלבורו חזר מהקרבות הללו לתוך סערה פוליטית באנגליה, שבמסגרתה נמתחה ביקורת על הניהול הכולל של המלחמה. מרלבורו וגודולפין הסכימו לחקור את "התוכנית המחודשת" עם הארלי, אך כעסו מאוד כאשר הוא מתח ביקורת על ניהול המלחמה בספרד בפגישה פרטית עם המלכה, וכאשר שותפו הנרי סנט ג'ון העלה את הנושא בפרלמנט. הם היו משוכנעים שהארלי זומם נגדם דבר מה, ואיימו על המלכה בהתפטרות אם לא תפטר אותו. אן התנגדה בחריפות לפיטוריו של אחד השרים המועדפים עליה, אך כאשר דוכס סומרסט ורוזן פמברוק סירבו לפעול ללא "הגנרל או שר האוצר", החליט הארלי להתפטר, והוחלף על ידי הנרי בויל בתפקיד מזכיר המדינה. מרלבורו אמנם ניצח במאבק הזה, אך היה זה בסופו של יום ניצחון ויגי והוא איבד את רוב השפעתו על המלכה.
אאודנארדה ומלפלקה.
הכישלונות הצבאיים נמשכו גם ב-1708 עם עריקתן של ברוז' וגנט לצד הצרפתי. מרלבורו היה מודאג מהמצב הכללי, אך תקוותיו התגברו עם הגעתו לזירה של הנסיך אויגן, שותפו לפיקוד בבלנהיים. מרלבורו החל לפעול למען השגה מחדש של היוזמה האסטרטגית של כוחותיו. תוכניתו התבססה על הפלישה הכפולה שנערכה בשנה הקודמת, אך בפעם זו הוא תכנן לרכז את עיקר כוחותיו בארצות השפלה. לאחר שכוחות הברית חצו את נהר סכלדה באזור העיירה אאודנארדה, במקביל לכך שהצבא הצרפתי בפיקודם של הדוכס מוונדום ושל דוכס בורגונדי חצה את הנהר בנקודה צפונית יותר על מנת להטיל מצור על העיירה. מרלבורו נע במהירות לכיוון הצבא הצרפתי. ניצחונו בקרב אאודנארדה ב-11 ביולי 1708 גרם לערעור הצבא הצרפתי שבפלנדריה, ובמהלך הקרב הוא יישם פעם נוספת את כושר ההתמצאות שלו, התזמון וידיעת האויב.
מרלבורו תכנן להסתער לכיוון פריז, אך קיבל את עצתו של אויגן שבעלות הברית יטילו מצור על העיר ליל, שהייתה אחד המבצרים החזקים ביותר באירופה. מרלבורו פיקד על כוחות החיפוי, ואויגן פיקד על המצור עד לכניעת ליל ב-22 באוקטובר; אולם, רק ב-10 בדצמבר נכנע בופלר שהגן על המבצר. 1708 הייתה מוצלחת מבחינת מרלבורו למרות הקשיים של מצור החורף. בעלות הברית השתלטו מחדש על ברוז' ועל גנט, והצרפתים גורשו כמעט מכל ארצות השפלה הספרדיות.
במקביל להצלחותיו של מרלבורו השלימו הוויגים את סילוקם של הטורים הנותרים מהקבינט. מרלבורו וגודולפין, שכבר לא היו מקורבים למלכה אן, נאלצו לציית להחלטותיהם של השרים הוויגים, ואילו הטורים הכועסים ציפו לנפילתו של מנהיגם לשעבר. בנוסף לכך הצליחה שרה, שהונעה על ידי שנאתה להארלי ולאביגייל, להרוס את שרידי הידידות בינה לבין אן. היא שמרה על תפקידה בארמון המלוכה רק ככורח המציאות, ועל מנת לא לפגום במעמדו של בעלה המנצח כראש הצבא.
צרפת הייתה על סף קריסה לאחר תבוסותיה והחורף הקשה שחוותה. שיחות השלום שהחלו בהאג באפריל 1709 נכשלו כאשר צרפת דחתה ביוני את הדרישה שלואי יוותר על ספרד בתוך חודשיים או שהמלחמה תתחדש. הוויגים, ההולנדים, מרלבורו ואויגן כשלו מסיבות אישיות ופוליטיות להגיע להסכם שלום עדיף מבחינתם, ולא הצליחו ליישם את גישת "אין שלום ללא ספרד". במקביל לכך החל הארלי לצבור כוח פוליטי רב.
מרלבורו חזר לקרבות בארצות השפלה ביוני 1709. לאחר שהטעה את מרשל וילאר וגרם לו לכבוש את העיירה טורנה ב-3 בספטמבר תוך ספיגת אבדות קשות, הפנה מרלבורו את כוחות הברית לכיוון מונס על מנת לשמור על הלחץ הרצוף על צרפת. לואי היה נואש לשמור על העיירה, ופקד על וילאר להתקדם לכיוון הכפר הזעיר מלפלקה ב-9 בספטמבר 1709 ולהתבצר שם. כעבור יומיים פרץ הקרב. באגף השמאלי הוביל נסיך אוראנז' את חייליו לתבוסה מוחצת, ובאגף השני ספג אויגן אבדות דומות. כתוצאה מכך נחלש מרכז הכוח של וילאר, ובזכות כך הצליח מרלבורו לפרוץ את קווי ההגנה שלו ולנצח. המחיר היה גבוה מאוד, ולפי מקורות אחדים כוחות הברית איבדו מספר כפול של חיילים לעומת יריביהם. מרלבורו כבש את מונס ב-20 באוקטובר, אך כשחזר לאנגליה ניצלו יריביו את האבדות במלפלקה על מנת להכפיש את שמו. הארלי, שהתמנה בינתיים למנהיג המפלגה הטורית, עשה כל שביכולתו על מנת לשכנע את עמיתיו שהוויגים תומכי המלחמה, ומתוך כך גם מרלבורו וגודולפין שתמכו במדיניות הוויגית, יובילו את המדינה לאבדון, ואף רמז על כך שמרלבורו תומך בהמשך הלחימה על מנת להתעשר.
לאחר כישלון הסבב השני של שיחות השלום בין לואי לבעלות הברית החלה מגמה של שינוי פוליטי באנגליה, שהסתיימה בבחירות שלאחריהן הרכיבו הטורים את הממשלה החדשה. למרות שמרלבורו היה גיבור לאומי ובעל יוקרה בינלאומית, נדרשו מאמצי שכנוע רבים מצד אויגן וגודולפין על מנת שהוא לא יתפטר מתפקידו.
סוף המערכה.
במרץ 1710 התחדשו שיחות השלום, אך גם הפעם עלו על שרטון. מרלבורו תמך בקו הפעולה הממשלתי באופן פומבי, אך בשיחות פרטיות הביע את חששו מהלחץ על הצרפתים לקבל הסכם משפיל מבחינתם. הוא היה רק משקיף בשיחות, אך כישלונן נתן ליריביו אפשרות לתקוף אותו בטענה שהוא מאריך את המלחמה לצורך רווח אישי. באביב של אותה שנה הוא חזר למערכה ללא התלהבות, והצליח לכבוש מספר יישובים. בתקופה זו המדיניות הוויגית הפרו-מלחמתית איבדה את שרידי התמיכה שלה. הקבינט היה מפולג ומסוכסך, ולבסוף פוזר על ידי אן לפי עצתו של הארלי. סנדרלנד שוחרר מתפקידיו ביוני, וגודולפין (שסירב לנתק את קשריו עם שרה) באוגוסט. תוצאת הבחירות הכלליות איששה את מדיניות השלום. מרלבורו עצמו נותר בראשות הצבא. השרים החדשים, שידעו כי הם ניצבים בפני קרבות נוספים, דרשו ממנו להמשיך ללחוץ על האויב עד שיוכלו להגיע לתנאי שלום נוחים מבחינתם.
יחסיו עם אן התדרדרו עד לחזרתו לאנגליה בנובמבר, כאשר היא סירבה להעניק לו דרגת קפטן-גנרל לכל החיים והתערבה במינויים בצבא. הנזק שנגרם למעמדו של מרלבורו היה ניכר מאוד. עם זאת, הבעיה המרכזית באותה עת הייתה רצונה של אן לפטר את שרה, שהפגינה עוינות כלפי הארלי ואביגייל. מרלבורו ביקר את אן בשלהי ינואר בניסיון אחרון להציל את תפקידה של אשתו, אך אן סירבה להשתכנע ודרשה כי שרה תתפטר מתפקידה בתוך יומיים.
למרות כל זאת חזר מרלבורו להאג בשלהי פברואר על מנת להתכונן למה שיהיה הקרב האחרון שלו, ואחד מהגדולים ביותר. הוא התמודד פעם נוספת מול וילאר, אך הפעם באזור אראס. מרלבורו נקט בתרגיל מוצלח של הונאה פסיכולוגית, שכללה צעידה לילית שבה עברו כוחותיו 64 קילומטרים ב-18 שעות, והצליח להוביל את כוחות הברית לפריצת קווי הביצורים החזקים ללא אבדות; מרלבורו היה בעמדה נוחה לפתוח במצור על מבצר בושאן (כיום בנור-פה דה קאלה), ותמרוניו לא אפשרו לווילאר להתערב, כך שהמבצר נכנע ללא תנאי ב-12 בספטמבר.