שאיפתו של הובר הייתה לשנות את המצב, ולהפוך את מחלקת המסחר למחלקה שתהיה אחראית לצמיחה וליציבות האומה. הוא דרש וקיבל מהרדינג סמכות לתאם בין עניינים כלכליים בממשלה. הוא יצר תת-מחלקות וועדות, ופיקח על הכל- מנתוני ייצור, הרדיו, ועד לתחבורה אווירית. הוא חדר לתחומי אחריות של מזכירים אחרים שסבר שלא ביצעו את עבודתם נאמנה. הוא נחשב לאחד מהאנשים הבולטים בממשל, כשהוא מתבלט מעל הנשיאים הרדינג וקולידג'.
הובר השתייך לזרם ההגותי והפוליטי שכונה "מתקדם" (forward-looking) או "פרוגרסיבי". כמהנדס מכרות מצליח בעברו, היה שותף לתפישה הרווחת כי הממשלה יכולה וכשירה לנהל את המדינה באופן מדעי, יעיל ומדויק, ממש כפי שמנהלים מכרה או פרויקט הנדסי. כרבים אחרים, סבר אף הובר כי ביישום נכון, ניתן להבטיח שגשוג כלכלי מתמיד וחופש משפל כלכלי.
לתפישותיו של הובר היה גם קשר למסורת ארוכת שנים של המפלגה הרפובליקנית בארצות הברית. מפלגה זו דגלה, עוד מגלגולה כמפלגה הוויגית תחת הנהגתו של קליי, בפעולות יזומות של "שיפור פנימי" (internal improvement, עבודות יזומות ומיזמי בנייה, תחבורה ותשתית), במדיניות של הזרמת כספים מוגברת על ידי בנק מרכזי, ובהעלאה ניכרת של מכסי המגן.
בתקופת כהונתו כשר המסחר, תחת ממשלי הרדינג וקולידג', התבלט הובר בתמיכתו ב"תחרות יעילה". לדידו, תחרות כזו הייתה צריכה להיות מבוססת על הסכמה ושיתוף פעולה בין עסקים, במקום תחרות "בזבזנית". כינון קרטלים ומונופולים בחסותה ובפיקוחה של המדינה, סבר, ישפרו את איכות השירות והמוצרים וימנעו את הבזבוז, לתפישתו, הכרוך בתהליך ההתחרות.
כמזכיר, וכנשיא לאחר מכן, שינה הובר את מערכת היחסים בין העסקים והממשלה. בניגוד לעמדתם של רוזוולט, של ויליאם הווארד טאפט ושל וודרו וילסון, שדגלו בייעוץ עסקי בלבד, רצה הובר להפוך את מחלקת המסחר לארגון שירותים עוצמתי, שיוכל לאכוף שיתופי פעולה בין הממשלה והעסקים. מחלקת המשפטים וועדת הסחר הפדרלית התנגדו למטרותיו של הובר, אולם בית המשפט של ארצות הברית קבע שמדיניותו שירתו את טובת הציבור, והובילו למחירים נמוכים יותר ללא בזבוז.
מרבית מעשיו של הובר כמזכיר המסחר התמקדו בחיסול הבזבוזים והעלאת היעילות בעסקים ובתעשייה. הוא הקטין את הפסדי הפועלים מסכסוכי סחר ומשברים עונתיים, הקטין את ההפסדים התעשייתיים מתאונות ופציעות, והקטין את כמויות הנפט שבוזבזו במהלך הפקה ושינוע. הוא הצליח לקדם תקנים למוצרים, וקידם סחר בינלאומי כשפתח משרדים מעבר לים, לייעוץ לאנשי עסקים. הובר היה נחוש גם לקדם את סרטי הוליווד מעבר לים.
מדיניותו של הובר קידמה את בעלות האזרחים על בתיהם. הוא עבד עם בנקאים ותעשיית החסכונות כדי להגמיש את הכללים למתן משכנתאות והרחיב את הבנייה של בתים למכירה. רבים טענו שהיה מזכיר המסחר הטוב ביותר בתולדות המדינה. הוא היה הנשיא האחרון שמונה לתפקיד לאחר עבודה במשרה מלאה בקבינט.
מתנגדיו של הובר טענו שלא ביצע שינויים בקונגרס לאחר מפקד האוכלוסין של 1920, שהראה על עלייה באוכלוסייה העירונית והמהגרת. היה זה מפקד האוכלוסין היחיד שבעקבותיו לא שונו יחסי הכוחות בקונגרס. דבר זה השפיע על הבחירות הנשיאותיות ב-1928.
ועידות רדיו.
ועידות הרדיו של הובר היו מרכזיות בארגון, פיתוח ופיקוח על שידורי הרדיו הראשוניים. לפני חוק הרדיו של 1927, מזכיר המסחר לא יכול היה להתערב בשידורי הרדיו או למנוע מתן רישיונות לשידור. לבסוף הביא הובר את הנושא אל הסנאט. הוא דרש יותר כוח כדי לשלוט ברגולציה של תחנות הרדיו (היו 732 תחנות ב-1927). לבסוף, חוק הרדיו עבר. החוק אישר לממשלה להתערב ולבטל תחנות רדיו שלא היו שימושיות לציבור. לא כל חברי הקונגרס תמכו בהובר, והוא זכה להתנגדות חריפה בסנאט ומבעלי תחנות רדיו. אולם תרומותיו השפיעו על מערכת הרדיו המודרנית.
הובר תרם לפרויקטים מרכזיים לבקרה על שיטפונות והפקת חשמל. כשהתעשייה האווירית התפתחה, ארגן הובר וועידה כדי לקדם כללים בטיסה. הוא ארגן תרומות כדי לקדם חינוך בריא בבתי ספר.
אף על פי שהמשיך לחשוב שהרדינג לא מתאים לנשיאות, הם הפכו לחברים. הובר ליווה את הרדינג בטיולו האחרון למערב ב-1923. הוא התקשר לרופא שיבוא לבדוק את הנשיא החולה, והוא התקשר לבית הלבן כדי לדווח על מותו של הנשיא. הוא הוביל את שיירת המקוננים שליוו את גופתו של הרדינג בחזרה אל הבירה.
עם סוף כהונתו של הובר כמזכיר המסחר, הוא העלה את מעמד התפקיד. עם ממשל רוזוולט, נבנו למחלקת המסחר משרדים מודרניים.
ועידות תחבורה.
כמזכיר המסחר, ארגן הובר שתי ועידות לאומיות בנושא תחבורה ציבורית, ב-1924 וב-1926 (אחת שלישית התכנסה ב-1930, במהלך תקופתו כנשיא). מטרתו הראשית הייתה לדון בנושא קורבנות תאונות הדרכים, אולם מהר מאוד הוועדה אימצה תקנים לכלי תחבורה, כללי נסיעה וכללים לשליטה בתחבורה עירונית. הוא הותיר לקבוצות השונות לדון בינן ובין עצמן ולהסכים על הכללים, שהוגשו לרשויות. איגודי סחר המכוניות, שהיו מאורגנים, הצליחו לשמור על האינטרסים שלהם בהמלצות הוועידות. הוועידות המליצו על מודל לוחיות רישוי אחיד ועל תקנות תעבורה אחידות.
השיטפון במיסיסיפי.
השיטפון הגדול במיסיסיפי ב-1927 הוביל לקריסת הסכרים בנהר המיסיסיפי ולהריסת בתיהם של מיליון וחצי אנשים. האסון לא היה בסמכות מחלקת המסחר, אולם מושלי שש המדינות שנפגעו ביקשו את עזרתו של הובר באופן אישי. הנשיא קולידג' שלח את הובר לארגן את הרשויות, הצבא, המהנדסים, משמר החופים ואת הצלב האדום.
עם עזרה מצד תאגיד רוקפלר, ארגן הובר יחידות רפואיות שיעבדו באזורים המוצפים במשך שנה. העובדים חיסלו מחלות שונות באזורים רבים. עבודתו בנושא הביאה לו כותרות. לטענתו, ההצלחה הגדולה בעבודת הצדקה לא הייתה אספקת עזרה ממשלתית, אלא עזרה לאזרחים פרטיים לארגן את מרב העזרה האפשרית.
נושא השחורים סיכן את מעמדו של הובר. הקצינים המקומיים פגעו בחקלאים שחורים ומנעו מהם לעזוב את מחנות ההצלה. העזרה שיועדה לחקלאים ניתנה לבעלי הקרקע הלבנים, והשחורים הועסקו בעבודות כפייה באיומים. הובר ידע ששאיפותיו להיות נשיא יפגעו מכך, והחליט לחתום על עסקה עם רוברט רוסה מוטון, יורשו של בוקר טי. וושינגטון במכון טסקיגי. בתמורה להשתקת סבל השחורים, הבטיח הובר השפעה חסרת תקדים לאוכלוסייה השחורה כשיבחר לנשיאות. מוטון הסכים, והסתיר את המידע מהתקשורת.
הבחירות לנשיאות ארצות הברית 1928.
הבחירות במפלגה הרפובליקנית.
בעקבות הודעת של קולידג' שלא יתמודד על תקופת כהונה נוספת בבחירות הנשיאותיות של 1928, הודיע הובר על התמודדותו על המועמדות הרפובליקנית לנשיאות ארצות הברית, ומיד היה למועמד המוביל, למרות העובדה שקולידג' לא חיבב אותו במיוחד. קולידג' לא רצה להתנגד למזכיר המסחר האהוד ולפלג את המפלגה.
המתמודד העיקרי נגדו היה פרנק לואדן, מושל אילינוי לשעבר, אך הובר הפופולרי גבר עליו בקלות. העיתונות תמכה בו, והניסיון, האהדה והמוניטין שלו אפשרו לו להיבחר כבר בסיבוב הראשון.
הצירים שקלו למנות את סגן הנשיא צ'ארלס דוז לסגנו של הובר. קולידג' (ששנא את דוז) הכריז שזה ייחשב בעיניו לעלבון. הוועידה בחרה בסנאטור צ'ארלס קרטיס מקנזס.
אף על פי שרץ לנשיאות, הובר לא התפטר מתפקידו כמזכיר המסחר עד 21 באוגוסט, חודשיים לאחר מינויו לתפקיד המועמד.
הבחירות הכלליות.
בבחירות לנשיאות התמודד הובר נגד אל סמית' הדמוקרטי, ותמך ביעילות ובשגשוג הרפובליקני. גם סמית' היה מוכר כתומך ביעילות מתקופתו כמושל ניו יורק. שני המתמודדים תמכו באנשי העסקים והבטיחו לסייע לחקלאים, לשנות את חוקי ההגירה ולשמר את הבדלנות של ארצות הברית ביחסי החוץ. הם נבדלו ביחס לחוק היובש. סמית' קרא לביטול חוקי היובש בעוד הובר קבע שחוק היובש הוא ניסוי עם כוונות נאצלות. השימוש במילה "ניסוי" קבעה שהחוק אינו קבוע. היותו של סמית' קתולי הביאה לו קולות קתוליים בערים, אך הביא להובר קולות של מתנגדי הקתוליות, ללא שהובר התייחס לנושא.
היסטוריונים טוענים שלאור הפופולריות שלו ברפורמת הכלכלה שיזם, וריבוי השסעים במפלגה הדמוקרטית בנוגע לחוק היובש ולדתו של סמית', הבטיחו את ניצחונו של הובר בבחירות עם 58% מהקולות, תוך זכייה בכמה ממדינות הדרום, פלורידה, צפון קרוליינה, וירג'יניה, טקסס וטנסי, שהיו מאחזים של המפלגה הדמוקרטית. הדרום העמוק המשיך לתמוך בסמית' כמועמד הדמוקרטי. הייתה זאת הפעם הראשונה בה מועמד רפובליקני ניצח בטקסס. הובר תמך באסטרטגיית בחירות לבנה יחסית, שהצליחה לשקם את מעמד המפלגה בדרום, תוך שהוא מונע משחורים להוביל את המפלגה בדרום. המנהיגים השחורים זעמו, נטשו את המפלגה הרפובליקנית והחלו לתמוך במנהיגים שתמכו בזכויות האזרח במפלגה הדמוקרטית. ב-1956, ויליאם אדוארד בורגהרד דו בויז, מייסד ה-NAACP, טען שהשחורים היו חלוקים ב-1928, כיוון שלא סמית' ולא הובר תמכו בשחורים והעליבו אותם.
נשיאותו (1933-1929).
הובר ערך מסיבת עיתונאים ביומו הראשון בתפקיד, והבטיח "עידן חדש ביחסים עם העיתונות". הוא ביקש מהעיתונאים לבחור נציגים מקרבם שימליצו על שיפורים במערכת מסיבות העיתונאים של הבית הלבן. הובר לא השתמש בדובר, וביקש מהכתבים לצטט אותו ישירות, כשהוא מביא להם פתקים עם תגובותיו מראש. בארבעת החודשים הראשונים שלו בתפקיד, הוא ערך יותר מסיבות עיתונאים מכל נשיא אחר, לפניו או אחריו. לאחר נפילת הבורסה, הוא שינה את מדיניותו, סינן כתבים והופיע פחות.
לו הובר הייתה גברת ראשונה פעילה. היא הפגינה את תכונותיה של האישה החדשה לאחר מלחמת העולם הראשונה: אינטליגנטית, חסונה ומודעת לאחריותה.