חלק מהבעיות שהשפיעו על ה-F-FDTL בכל שנות קיומה נגרמו על ידי התהליך לצורך הקמת כוח. ליקוי מרכזי בתהליך זה היה הפיקוד העליון של FALINTIL שהורשה לבחור מועמדים מחברי ה-FALINTIL ללא ביקורת חיצונית. כתוצאה מכך, הבחירה נערכה, במידה רבה, על בסיס נאמנות פוליטית של המועמדים, מה שהוביל ותיקי FALINTIL רבים להרגיש כי הם הוצאו באופן לא הוגן מן הצבא כדי לצמצם מעמד ציבורי של הכוח. יתר על כן, ה-UNTAET לא הקים יסודות מתאימים למגזר הביטחוני במזרח טימור על ידי פיתוח מסמכי החקיקה והתכנון, סידורי תמיכה ניהולית ואת מנגנוני השליטה הדמוקרטית של הצבא. מחדלים אלה נותרו ללא תקנה עד לעצמאות המדינה ב-20 במאי 2002.
ה-F-FDTL לקח בהדרגה את האחריות על הביטחון במזרח טימור מכוח שמירת השלום של האו"ם. המחוז Lautém היה האזור הראשון לעבור לרשות ה-F-FDTL ביולי 2002. לאחר הכשרה נוספת, ה-F-FDTL לקח על עצמו את האחריות לביטחון חוץ של המדינה כולה ב-20 במאי 2004, אם כי כמה משקיפים זרים נותרו במזרח טימור עד אמצע 2005. הפעולה הראשונה של ה-F-FDTL בוצעה בחודש ינואר 2003, כאשר יחידת הצבא נקרא לדכא פעילות פלילית שנגרמה על ידי כנופיות ממערב טימור במחוז Ermera. בעוד ה-F-FDTL פעלו "באופן ממושמע יחסית ומסודר" במהלך פעילות זו, נעצרו באופן בלתי חוקי קרוב ל 100 אנשים ששוחררו 10 ימים לאחר מכן בלא כל אשמה.
ה-F-FDTL סובלת מבעיות רציניות במורל ומשמעת מאז הקמתה. בעיות אלו היו מונעות על ידי חוסר ודאות על תפקידו של ה-F-FDTL, בתנאים קשים של שירות שהמשאבים שלו מוגבלים, מתחים הנובעים מן המעבר של FALINTIL מארגון גרילה וכמה יריבויות צבאיות ופוליטיות. המורל הנמוך של ה-F-FDTL ובעיות המשמעת גרמו למשבר, אף על פי שהממשלה של טימור המזרחית הייתה מודעת לבעיות אלה לפני משבר 2006, אך לא הצליחה לתקן זאת עקב המורל נמוך.
המתיחות בין ה-F-FDTL ו-PNTL צמצמו גם את האפקטיביות של שירותי הביטחון של מזרח טימור. במהלך 2003 ו-2004, אנשי משטרה ו-F-FDTL התנגשו בכמה הזדמנויות, בקבוצות של שוטרים וחיילים שתקפו אחד את השני בספטמבר 2003 ודצמבר 2004. מתחים אלה נגרמו על ידי התפקידים חופפים של שני שירותי הביטחון וחילוקי דעות בין חברי ההנהגה של מזרח טימור.
משבר 2006.
המתחים בתוך ה-F-FDTL הגיעו לשיאם בשנת 2006. בחודש ינואר, 159 חיילי רוב יחידות ה-F-FDTL התלוננו בעתירה לנשיא דאז (Xanana Gusmão) כי חיילי מזרח המדינה קיבלו טיפול טוב יותר מאשר חיילי המערב. העותרים קיבלו רק תגובה מינימלית ולכן עזבו את הצריפים שלהם, לאחר שלושה שבועות נוספים הם השאירו גם את כלי הנשק שלהם מאחור. אל חיילים אלו הצטרפו מאות חיילים אחרים. ב-16 במרץ מפקד ה-F-FDTL דאז, הגנרל Taur Matan Ruak, פיטר 594 חיילים, שהיוו כמעט מחצית הכוח. הגנרל פיטר לא רק את העותרים, וכלל כ-200 קצינים וחיילים שהיו נעדרים כרוניים בלי אישור של חודשים ושנים לפני מרץ 2006.
המשבר הסלים לאלימות בסוף אפריל. ב-24 באפריל העותרים וחלק ותומכיהם קיימו הפגנה של ארבעה ימים מחוץ לארמון הממשלה המחייבת הקמת ועדה עצמאית לטיפול תלונותיהם. האלימות פרצה ב-28 באפריל, כאשר חלק מן העותרים וכנופיות של צעירים שהצטרפו למחאה תקף את ארמון הממשלה. ה-PNTL לא הצליחו לעצור את המחאה ואת הנזק הרב שנגרם לארמון. אחרי כן האלימות החלה להתפשט לאזורים אחרים של דילי, ואז ביקש ראש הממשלה דאז, מארי אלקטירי כי F-FDTL תעזור להחזיר את הסדר. חיילים ללא ניסיון גויסו ונפרסו באזור דילי ב-29 באפריל ושלושה מקרי מוות נגרמו כתוצאה מכך. ב-3 במאי סרן Alfredo Reinado, מפקד יחידת המשטרה הצבאית של ה-F-FDTL, ורוב החיילים שלו כולל סגן Gastão Salsinha נטשו את עמדותיהם במחאה על מה שהם ראו כמו ירי מכוון של הצבא על אזרחים.
הלחימה פרצה בין שרידי כוחות הביטחון של מזקח טימור לבין המורדים והכנופיות בסוף מאי. ב-23 במאי קבוצת המורדים Reinado פתחו באש על אנשי ה-F-FDTL וה-PNTL באזור פאטו אחי. ב-24 במאי F-FDTL שוטרים הותקפו על ידי קבוצה של מורדים ואזרחים חמושים. התקפה נגמרה כאשר אחד ספינות סיור רכיב ה-F-FDTL של חיל הים ירו על התוקפים. במהלך המשבר, הקשר בין ה-F-FDTL וה-PNTL הידרדר עוד יותר, וב-25 במאי חברים של ה-F-FDTL תקפו את מטה ה-PNTL, בהתקפה זו נהרגו תשעה שוטרים לא חמושים.
בעקבות האלימות הגואה הממשלה נאלצה לערער על כוחות השלום הבינלאומיים. סך של 37 בני אדם נהרגו בלחימה בחודשים אפריל ומאי ו-155,000 נמלטו מבתיהם. חקירה של האו"ם מצאה כי שרי הפנים וההגנה ומפקד ה-F-FDTL העבירו באופן בלתי חוקי נשק לאזרחים בשעת משבר והמליצה ​​כי הם יועמדו לדין.
פיתוח תוכניות הכוח.
משבר 2006 עזב את ה-F-FDTL "חרב". הכוח של ה-F-FDTL ירד מ 1435 בחודש ינואר 2006 ל-715 בספטמבר באותה השנה. בשיעור האחוזים של המערב בצבא ירד מ-65 אחוז ל-28 אחוז. F-FDTL החל בתהליך שיקום בסיוע כמה מדינות והאו"ם, אך אינו היה מוכן לחדש את האחריות לביטחון החיצוני של מזרח טימור.
בשנת 2004 מפקד ה-F-FDTL הקים צוות, שכלל קבלנים בינלאומיים, כדי לפתח מסמך ארוך טווח בעל ראייה אסטרטגית צבאית. מחקר זה נתמך על ידי ממשלת אוסטרליה. המסמך הושלם בשנת 2006 ופורסם לציבור בשנת 2007. המסמך מפרט את החזונות "השאפתניים" לפיתוח FDTL-F לשנת 2020. היא מציעה להרחיב את הכוח הצבאי של 3,000 אנשי רגילים בטווח הבינוני באמצעות הקדמה של הגיוס. כמו כן, קובע מטרות ארוכות טווח כגון הקמת מרכיב אוויר רכישת כלי נשק מודרניים, כמו נגד שריון נשק, נגמ"שים וספינות טילים, בשנת 2020.
בעוד תוכנית 2020 שנויה במחלוקת, נראה כי אומצה על ידי הממשלה של מזרח טימור. התוכנית זכתה לביקורת על ידי האו"ם, ממשלות אוסטרליה וארצות הברית כתוכנית שמעבר להישג היד של מזרח טימור והעולה על הצרכים של מזרח טימור. אך הנשיא חוסה רמוס הורטה הגן על התוכנית, בטענה כי האימוץ שלה יתן ל-F-FDTL תוקף מקצועי המסוגל להגן על הריבונות במזרח טימור ולתרום ליציבות של המדינה. מערכת הביטחון של מזרח טימור הדגישה כי תוכנית 2020 היא תוכנית לטווח ארוך, ואינה מציעה לרכוש נשק מתקדם כבר כמה שנים. נכון לתחילת 2008 התוכנית לא אושרה על ידי הפרלמנט, אך התוכניות נעשו לביצועו.
ההשלכות של משבר 2006 ממשיך להיות מורגשות. ב-11 בפברואר 2008, קבוצה של מורדים בראשות Alfredo Reinado ניסו להרוג או לחטוף את הנשיא חוסה רמוס הורטה, וראש הממשלה Gusmão. אך רק אחד מהשומרים שלהם נפצע קשה, התקפות אלה לא היו מוצלחות ו Reinado ועוד מורדים נהרגו. הפקודה משותפת של ה-F-FDTL וה-PNTL המשיכה להתממש והצבא והמשטרה הוכיחו רמה גבוהה של שיתוף פעולה במהלך פעולה זו. הפקודה משותפת התפרקה ב-19 ביוני 2008. לפירוק הפיקוד המשותף תרם הכניעה של רבים בסביבתו של Reinado, שטען כי חברי הפקודה ביצע הפרות של זכויות אדם. ביוני 2008 הממשלה הציעה להעניק פיצוי כספי לעותרים שביקשו לחזור לחיים האזרחיים. הצעה זו התקבלה, וכל העותרים חזרו לבתיהם עד אוגוסט באותה השנה.
F-FDTL עדיין בתהליך של בנייה מחדש בגלל אירועי 2006. הוא נשאר תחת כוח, ועדיין לא הוחלטה רפורמת האימונים שלה ותקני המשמעת. הממשלה של המדינה מציבה בעדיפות גבוהה את הקמת ה-F-FDTL מחדש ולפתח אותו ככוח המסוגל להגן על המדינה.
כיום.
מדינות זרות משחקות תפקיד מכריע בתמיכה בצבא ואף הגנה על המדינה עד שצבא טימור יהיה מסוגל להגן עליה באופן מלא. האו"ם שלח כוח משימה למזרח טימור במטרה לתמוך במדינה. נכון לינואר 2008 נמצאים במדינה כ-1,400 חיילי או"ם, 1,444 שוטרים מטעם האו"ם וכ-32 משגיחים. כוח האו"ם אף נתמך על ידי כוח אוסטרלי, אשר נפרס במזרח טימור בשנת 2006- הכוח כולל יחידות מהצבא האוסטרלי ומצבא ניו זילנד. הכוח כולל 750 חיילים אוסטרליים, כ-150 חיילים מניו זילנד וכ-200 חיילים מפורטוגל (החיילים הפורטוגזיים אינם נמצאים תחת פיקודו של הכוח האוסטרלי).
הסדרי הפיקוד.
החוקה של מזרח טימור קובעת כי הנשיא הוא המפקד העליון של כוחות הביטחון ויש לו את הכוח למנות את מפקד ה-F-FDTL ואת הרמטכ"ל. מועצת השרים (הפרלמנט) אחראים למימון ה-F-FDTL ולקביעת מדיניות הביטחון במזרח טימור. ראש הממשלה Gusmão משמש גם כראש הנוכחי של ההגנה והביטחון. המועצת הביטחון הוקמה בשנת 2005 כדי להודיע ​​על נשיא הביטחון ומדיניות הביטחון ולהחליט על מינויים ופיטורים של אנשי צבא בכירים. המועצה בראשות הנשיא כוללת את ראש הממשלה, שר הביטחון, שר המשפטים, שרי הפנים והחוץ, ראשי ה-F-FDTL וה-PNTL, קצין הביטחון הלאומי של המדינה ושלושה נציגים של הפרלמנט הלאומי. תפקידה של המועצה אינו ברור לגמרי, אך עם זאת, לא הם ולא פיקדו על ההחלטה של מספרי כוח האדם של ה-F-FDTL בשנת 2006. ועדה פרלמנטרית נוספת מספקת פיקוח על המגזר הביטחוני של מזרח טימור. האלוף Lere Anan Timor הוא המפקד הנוכחי של ה-F-FDTL.