בניגוד למדינות קולוניאליסטיות אחרות, הבריטים התייחסו לאימפריה שלהם בראש ובראשונה כאל בעיה כלכלית, והציפייה הייתה שהמושבות יניבו רווחים עבור הממלכה. המקומות המשתלמים ביותר במאלאיה היו באופן טבעי מכרות הזהב והבדיל, אולם בעלי מטעים בריטים החלו לעשות ניסויים בצמחים טרופיים – טאפיוקה, אונקאריה, פלפל וקפה. אולם, ב-1877 הובא לאזור צמח הגומי שמקורו בברזיל, והגומי הפך במהרה למוצר הייצוא העיקרי של מאלאיה, וזאת בעקבות הדרישה ההולכת וגוברת מהתעשייה האירופאית. מאוחר יותר נוסף גם שמן דקלים כמוצר המיוצא ברווח גדול.
כל התעשיות הללו דרשו כוח עבודה גדול וממושמע, והבריטים לא נתנו אמון בילידי המקום כעובדים טובים. הפתרון היה הבאתם של עובדי אדמה מהודו, ובייחוד דוברי טמילית מדרום הודו. קיומם של המכרות, המטחנות ונמלי הים גרם להגירתם של מהגרים רבים מדרום סין. תוך זמן קצר נוצר מצב של רוב סיני בערים כגון סינגפור, פנאנג ואיפוה, כפי שהיה בקואלה לומפור, שנוסדה כמרכז לכריית בדיל ב-1857. בשנת 1891, כאשר נערך מפקד האוכלוסין הראשון במאלאיה, בפראק ובסלאנגור (המדינות שבהן התרחשה רוב כריית הבדיל) היה רוב סיני.
רוב הסינים שהגיעו היו עניים, אולם הרגלי העבודה שלהם והעזרה ההדדית שהייתה נהוגה אצלם סייעה להם להתעשר במהירות. בשנות ה-90 של המאה ה-19 יאפ אה לוי, שהחזיק בתואר קפיטן סין של קואלה לומפור, היה לאדם העשיר ביותר במאלאיה, ובבעלותו היו מכרות, מטעים וחנויות.
מתחילת קיומן נוהלו תעשיות הבנקאות והביטוח על ידי סינים, ואנשי העסקים הסיניים, בסיוע של חברות מלונדון, הפכו במהרה לכוח הכלכלי העיקרי. כיוון שסולטאני מאלאיה נטו לבזבזנות יתר, הם היו חייבים כספים לבנקאים הסינים, ודבר זה נתן לסינים כוח פוליטי בנוסף לכוחם הכלכלי. בתחילת ההגירה רוב המהגרים הסינים היו גברים, ורובם התכוונו לחזור לסין כאשר הם ירוויחו מספיק כסף. רבים חזרו לסין, אולם רבים אחרים נשארו, כאשר בהתחלה הם התחתנו עם נשים מלאיות, והובילו ליצירה של קהילה סינית-מאלאית מעורבת. אולם, לאחר זמן מה הם החלו להביא כלות מסין, הקימו קהילות סיניות קבועות, בנו בתי ספר ומקדשים.
בתקופה הראשונית שלאחר הגעתם המהגרים ההודים לא הצליחו כמו הסינים, כיוון שבניגוד אליהם ההודים הגיעו למטעי הגומי ללא ניסיון קודם, והיו להם פחות הזדמנויות כלכליות מאשר לסינים. כמו כן, הקהילה ההודית הייתה פחות מאוחדת, כיוון שהם היו מחולקים מבחינת שפה וקאסטה להינדים ומוסלמים. מעמד הסוחרים והעובדים ההודי החל להתבסס בראשית המאה ה-20, אולם רוב ההודים נותרו עניים וחסרי חינוך באזורי גידול הגומי הכפריים.
לחברה המאלאית המסורתית היו קשיים בהתמודדות עם אובדן הריבונות הפוליטית לבריטים והריבונות הכלכלית לסינים. יתר על כן, בתחילת המאה ה-20 הייתה אפשרות שהמאלאים יהפכו למיעוט במדינתם שלהם. הסולטאנים, שנחשבו כמשתפי פעולה עם הבריטים והסינים, איבדו חלק מהיוקרה שלהם, ובייחוד בקרב המאלאים שקיבלו חינוך מערבי, אולם האוכלוסייה המאלאית הכפרית המשיכה לאהוד את הסולטאנים ולפיכך הם היו גורם מסייע חשוב לשלטון הקולוניאלי.
קבוצה קטנה של אינטלקטואלים מאלאים לאומנים החלה להתפתח בראשית המאה ה-20, והייתה התעוררות של האסלאם בתגובה לנוכחותן של דתות אחרות שהגיעו לאזור, ובייחוד הנצרות. למעשה, מאלאים מעטים בלבד המירו את דתם לנצרות, לעומת הסינים שכן המירו ברובם. האסלאם נותר דומיננטי באזורים הצפוניים, שהושפעו פחות מהרעיונות המערביים, והוא דומיננטי בהם גם כיום.
אחד ממקורות העידוד עבור הגאווה המאלאית היה שהבריטים אפשרו להם לקיים מונופול וירטואלי בעמדות הבכירות של המשטרה ויחידות הצבא המקומיות, כמו גם במשרות הניהול שהיו פתוחות ללא-אירופאים. בעוד שברוב המקרים הסינים בנו ושילמו עבור בתי הספר והמכללות שלהם, הביאו מורים מסין, הממשלה הקולוניאלית דאגה לחינוך עבור המאלאים. ב-1905 היא פתחה את המכללה המאלאית הראשונה והקימה את שירות הניהול המאלאי ב-1910. ב-1922 הוקמה מכללה להכשרת מורים, ומכללת נשים הוקמה ב-1935. דברים אלו שיקפו את המדיניות הבריטית הרשמית שמאלאיה שייכת למאלאים, ושבני הלאומים האחרים הם תושבים זמניים. השקפה זו לא התאימה למציאות, והיוותה את הזרע של בעיות עתידיות.
בשנים שלפני מלחמת העולם השנייה הבריטים הזניחו את ההתפתחות החוקתית במאלאיה. בהתאמה למדיניות שלהם של שלטון לא ישיר, הם התמקדו בחיזוק הסמכות של הסולטאנים ובדיכוי כל פעולה בכיוון של מאלאיה כמדינה עצמאית או בעלת ממשל עצמי. לא נעשו מהלכים שמטרתם הקמת ממשלה מאלאית אחת, ולמעשה ב-1935 התפקיד גנרל תושב של מדינות הפדרציה בוטל, וסמכויותיו פוזרו למדינות השונות.
בעקבות נטייה לסטריאוטיפים בנושאי גזע, הבריטים התייחסו למאלאים כאל אנשים חביבים אך עצלנים ולא חכמים, שאינם מסוגלים לנהל מדינה, אם כי בעלי יכולת להיות חיילים טובים תחת פיקודם של קצינים בריטים. הם התייחסו לסינים כחכמים אך מסוכנים – ואכן, במהלך שנות ה-20 ושנות ה-30 הקוומינטנג והמפלגה הקומוניסטית של סין הקימו ארגונים מקבילים במאלאיה, מה שגרם לבעיות בערים הסיניות. באותה תקופה הבריטים לא ראו כל אפשרות שאוסף המדינות והגזעים שהרכיבו את מאלאיה יהיו מדינה אחת, לא כל שכן מדינה עצמאית.
מלחמה וחירום.
בריטניה ומאלאיה לא היו מוכנות בזמן תחילת הקרבות באוקיינוס השקט בדצמבר 1941. במהלך שנות ה-30, בעקבות התגברות האיום מצד הצי היפני, הם בנו נמל צבאי גדול בסינגפור, אולם לא צפו שמאלאיה תיאלץ להתמודד עם פלישה מהצפון. בעקבות צורכי המלחמה באירופה, כמעט ולא הייתה נוכחות בריטית אווירית במזרח הרחוק. היפנים תקפו מבסיסיהם בהודו-סין הצרפתית ללא סיכון, ולמרות התנגדות עיקשת של כוחות בריטים, אוסטרלים והודיים, מאלאיה נכבשה על ידי היפנים בתוך כחודשיים. סינגפור, שהייתה חסרת הגנה יבשתית, כיסוי אווירי ואספקת מים נאלצה להיכנע ב-1942, ופגעה בצורה קשה ביוקרה הבריטית. צפון בורנאו הבריטית וברוניי נכבשו גם כן.
היפנים יישמו מדיניות גזענית בדומה לבריטים. הם התייחסו למאלאים כאל קולוניאליסטים שהשתחררו מהשלטון הבריטי האימפריאלי, ואפשרו מידה מוגבלת של לאומנות מאלאית, מה שסייע להם בהשגת מידת מה של שיתוף פעולה מצד השירותים האזרחיים והאינטלקטואלים המאלאים (רוב הסולטאנים שיתפו פעולה עם היפנים, אף על פי שמאוחר יותר הם טענו שעשו זאת בכפייה).
אולם, היפנים התייחסו לסינים כאל אזרחי אויב, והעניקו להם יחס נוקשה ביותר: במהלך הסוק צ'ינג (טיהור באמצעות סבל) נהרגו כ-40,000 סינים במאלאיה וסינגפור. עסקים סיניים הופקעו ובתי הספר שלהם נסגרו. באופן צפוי הסינים, בעידודה של המפלגה המאלאית הקומוניסטית, נתנו את התמיכה הרבה ביותר לצבא העם המאלאי האנטי יפני (MPAJA), שבסיוע בריטי הפך לכוח המחתרתי היעיל ביותר במדינות אסיה הכבושות. אולם, היפנים פגעו בלאומיות המאלאית בכך שאפשרו לתאילנד, שהייתה בעלת בריתם, לספח מחדש ארבע מדינות צפוניות: קדה, פרליס, קלאנטאן וטרנאגנו. אובדן שוקי הייצוא של מאלאיה גם לעלייה באבטלה שהשפיעה על כל הקבוצות האתניות וגרמה לירידה נוספת בפופולריות היפנית.
מסיבות אלו המאלאים היו מרוצים מחזרתם של הבריטים ב-1945, אולם מצב הדברים השתנה לעומת התקופה שלפני המלחמה. הבריטים היו בחובות כספיים וממשלת הלייבור הייתה מעוניינת להסיג את כוחותיה מהמזרח בהקדם האפשרי. המאפיינים החדשים של המדיניות הבריטית היו שלטון עצמי בחסות קולוניאלית ועצמאות. מגמת הלאומניות הגיעה במהרה למאלאיה.
אולם, רוב המאלאים היו עסוקים בהתנגדות למפלגה המאלאית הקומוניסטית (MCP) שרוב חבריה היו סינים, מאשר בדרישה מהבריטים לתת להם עצמאות – ואכן, חששם העיקרי היה שהבריטים ייסוגו ויותירו אותם לבדם מול הקומוניסטים החמושים של הצבא העממי האנטי-יפני, שהיה הכוח החמוש הגדול ביותר במדינה. במהלך השנה האחרונה של המלחמה היו מספר עימותים חמושים בין הסינים והמאלאים ומאלאים רבים נהרגו על ידי הקומוניסטים. הכוחות הבריטים שחזרו למאלאיה מצאו מדינה על סף מלחמת אזרחים.
ב-1946 הבריטים הכריזו על תוכנית לאיחוד מאלאיה, שיהפוך את המדינות הפדרטיביות והלא-פדרטיביות, כולל פנאנג ומלאקה (אך לא סינגפור), למדינה אחת שלאחר מספר שנים תהפוך לעצמאית. לפי התוכנית תיווצר אזרחות מאלאית אחת ללא קשר לגזע. המאלאים היו מאוד לא מרוצים מכך שהסינים וההודים יהיו חלק שווה וקבוע בעתידה של מאלאיה, והתנגדו לתוכנית. הסולטאנים, שלאחר הצגת התוכנית תמכו בה, נסוגו והתייצבו בראש המתנגדים. ב-1946 נוסד ארגון המאלאים המאוחדים הלאומי (UMNO) על ידי לאומנים מאלאים בהנהגתו של און ג'אאפר, השר הראשי של ג'והור. הארגון תמך בעצמאות למאלאיה רק אם המדינה החדשה תנוהל באופן בלעדי על ידי המאלאים. בעקבות ההתנגדות הנחרצת הבריטים זנחו את התוכנית.
במקביל, הקומוניסטים החלו בהכנות לקראת מרידה כוללת. צבא העם פורק בדצמבר 1945, והמפלגה הקומוניסטית התארגנה כמפלגה חוקית, אם כי כלי הנשק של הצבא נשמרו לשימוש עתידי. מדיניותה הרשמית של המפלגה הייתה קבלת עצמאות מיידית ושוויון זכויות מלא לכל הגזעים. משמעות הדבר הייתה גיוסם של מאלאים רבים. כוחה של המפלגה היה ניכר באיגודים המקצועיים שנשלטו על ידי הסינים (בייחוד בסינגפור), ובבתי הספר הסינים, היכן שהמורים (שרובם היו ילידי סין) ראו את המפלגה הקומוניסטית של סין כמובילת התחייה הסינית הלאומית.