במצב של מונופול, חברות מסחריות פרטיות החלו להפסיד כספים בתחרות מול הממשלה. הממשלה לא רק שלא שילמה מיסים אלא גם גבתה את כל ההכנסות הפוטנציאליות. חברות אלה זעמו על ההגבלות הסחר החופשי, שוועידת ברלין הגנה עליו בהחלטותיה.
באוקטובר 1892 עשה ליאופולד מספר ויתורים לחלק מהחברות המסחריות. לכל חברה ניתנה כמות גדולה של שטחים במדינה שמהם יכלו לאסוף גומי למכירה באירופה. חברות אלה הורשו לעצור אפריקנים שלא עבדו מספיק קשה, וכן לקחת לעצמם את כל מוצרי היער משטחים אלה. בתמורה לוויתורים, החברות האלה שילמו דיבידנדות שנתיות למדינה. בשיא הביקוש העולמי לגומי, משנת 1901 ועד 1906, הדיבידנדות האלה מילאו גם את קופת המלוכה.
אזור הסחר החופשי בקונגו היה פתוח ליזמים של כל מדינה אירופאית, שהורשו לקנות חוזי מונופול של 10 ו-15 שנים על כל דבר בעל ערך: שנהב, שטחי מחוז או זיכיון הגומי. השאר - שני שלישים מקונגו - נחשבו לנכס פרטי ובלעדי של המדינה.
פרשת קטנגה.
בראשית שלטונו של לאופולד טופלה הבעיה השנייה - התפשטותה של דרום אפריקה הבריטית לדרום אגן קונגו. ממלכת ייקה בקטנגה שבנהר לולאבלה העליון לא חתמה על שום אמנות והייתה ידועה כעשירה בנחושת ובזהב, והרוויחה הרבה מפעילותה בסחר העבדים. סירי השליט החזק של ממלכה זו דחה את האמנה שהביא אלפרד שארפה מטעם ססיל רודוס. בשנת 1891 שלח ליאופולד השני משלחת צבאית חמושה, בראשות הקפטן הבריטי-קנדי ויליאם סטארס, כדי להשתלט על קטנגה.
שליט ממלכת ייקא, ניסה לתמרן בין מדינת קונגו החופשית וססיל רודוס. כאשר התקיים המשא והמתן, המשלחת הצבאית הניפה בכל זאת את דגל קונגו החופשית ונתנה לשליט אולטימטום. המשלחת הצבאית רדפה אחרי מלך הייקא, ופגעה בו. ראשו נכרת ונתלה על עמוד כפי שעשה לא פעם לאויביו. פעולה זו באה כדי להרשים את המקומיים, שיבינו ששלטונו של מלכם באמת הסתיים, יורשו חתם על האמנה עם קונגו החופשית.
מלחמה סוחרי העבדים.
הבעיה השלישית, שעמדה לפני לאופולד היו סוחרי העבדים הערבים כמו אלה שהתרכזו בזנזיבר, ומשם שלטו על החלקים המזרחיים של קונגו שהיו בפיקוח צבאי חלש.
בתחילת 1887 הגיע הנרי מורטון סטנלי לזנזיבר והציע להעניק לאחד מסוחרי העבדים הגדולים טיפו-טיפ (אחמד בן מוחמד בן ג'ומה) תואר של מושל אזורי במדינת קונגו, באזור מפלי סטנלי. גם לאופולד השני וגם סוחר העבדים הסכימו למינוי זה וב־24 בפברואר 1887.
בטווח הארוך ברית זו בין המלך הבלגי לסוחר העבדים הייתה גרועה. ליאופולד השני ספג ביקורת קשה מצד דעת הקהל האירופית על התנהלותו עם סוחר העבדים. בבלגיה נוסדה בשנת 1888 "האגודה הבלגית נגד העבדות", בעיקר על ידי אינטלקטואלים קתוליים בראשות הרוזן היפוליט ד'ארסל, שמטרתה הייתה לבטל את סחר העבדים הערבי. יתר על כן, סוחר העבדים והמלך ליאופולד הפכו ליריבים מסחריים: כל עבד שהוא תפס, וכל קילו של שנהב שהעביר לזנזיבר היו הפסד עבור המלך. הפסדים כספיים אלה וכן והתחייבויות ההומניטריות שנתן לאופולד בוועידת ברלין - לשים קץ לעבדות, משמעותם הייתה שמלחמה בין הבלגים לערבים הייתה בלתי נמנעת.
המלך ארגן משלחת צבאית בראשות לואי צ'לטין ופרנסיס דהניס, שאליהם הצטרף ריצ'רד מוהון. הקרבות פרצו בסוף נובמבר 1892. שני הצדדים נלחמו באמצעות כוחות צבאיים. נערכו מספר קרבות לאורך הנהר ובעומק השטח בחלק המזרחי של הקונגו. כמו כן הם חימשו אוכלוסיות מקומיות שתמכו בהם. בתחילת 1894 הובסו הכוחות של סוחרי העבדים במזרח קונגו ומלחמת ערב קונגו הגיעה לסיומה.
כלכלה בתקופת ליאופולד.
עד שנת 1890 עמד לאופולד בפני קשיים כלכליים ניכרים. שכרם של פקידי המחוזות הופחת למינימום, והסתכם בתשלום עמלה על בסיס הרווחים שהעבירו לליאופולד. לאחר ביקורת נרחבת, מערכת ראשית זו הוחלפה בשיטה אחרת בה הוענק חלק גדול מהתשלום, בסיום השירות, רק לאותם אנשים שהתנהלותם נחשבה מספקת על ידי הממונים עליהם. פירוש הדבר היה שבפועל דבר לא השתנה. התושבים הילידים נדרשו לספק לפקידי המדינה מכסות גומי ושנהב במחיר קבוע ומוסמך על ידי הממשלה ולתת מזון לאנשי הממשל.
תוך הפרה ישירה של הבטחותיו לסחר חופשי בתוך קונגו בהתאם לאמנת ברלין, לא רק שהמדינה הפכה לגוף מסחרי במישרין, אלא גם ליאופולד אימץ לאט לאט שיטת המונופול על כמות נכבדה של סחר שנהב וגומי על ידי הטלת מיסי יצוא על המשאבים הנסחרים על ידי סוחרים אחרים. מבחינת התשתית, החל משטרו של לאופולד התחיל בבניית קו הרכבת שתחבר את החוף לעיר לאופולדוויל (קינשאסה). פרויקט זה, "רכבת מטאדי - קינשאסה" הסתיים רק אחרי שנים רבות.
כבר בעשור האחרון של המאה ה-19, המצאתו של ג'ון בויד דאנלופ בשנת 1887 של צמיגי אופניים מתנפחים מגומי, והפופולריות הגוברת שלהם הגבירה באופן דרמטי את הביקוש העולמי לגומי. כדי להפוך למונופול חוקק ליאופולד שלושה חוקים בשנים 1891 ו-1892 שהפכו את האוכלוסייה הילידית לצמיתים. חוקים אלה אילצו את הילידים למסור את כל השנהב והגומי שהם אספו או מצאו לפקידי המדינה. הגומי הופק מצמחים מטפסים (דמויי גפן) בג'ונגל, בשונה מהגומי מברזיל (Hevea brasiliensis), שהופק מעצים.
צבאו הפרטי של ליאופולד, שימש לאכיפת מכסות הגומי. בתחילת הדרך שימש הצבא בעיקר למאבק נגד סחר העבדים הערבי בקונגו העליונה, וכדי להגן על האינטרסים הכלכליים של ליאופולד ולדכא את ההתקוממויות התכופות במדינה. הקצינים של הכוח היו רק אירופאים (חיילים קבועים ושכירי חרב בלגיים וממדינות אחרות). בנוסף לכך ליאופולד עודד למעשה את סחר העבדים בקרב ערבים בקונגו העליונה, ובתמורה גייס חלק מהעבדים לשורות הצבא. במהלך שנות ה-90 של המאה ה-19, תפקידו העיקרי של הצבא היה לנצל את הילידים כפועלים לאיסוף הגומי.
רבים מהחיילים המקומיים היו מאנשים שהתגוררו באזורים רחוקים במזרח קונגו. כמו כן חיילים אחרים נחטפו כילדים בפשיטות על כפרים והובאו למנזרים קתוליים. שם גדלו וקיבלו הכשרה צבאית בתנאים הקרובים לעבדות. חמושים בכלי נשק מודרניים ומסורתיים חיילי הכוח הצבאי לקחו ועינו באופן שגרתי בני ערובה, שחטו משפחות של מורדים, והטילו טרור והתעללות בחיי התושבים. תיאור אופייני של המצב: "תמיד היינו מסתובבים ביער למצוא את גפני הגומי, היינו הולכים בלי אוכל ונשותינו נאלצו לוותר על טיפוח השדות והגנים. ואז הורעבנו... כשנכשלנו וכמות הגומי שלנו הייתה קטנה, החיילים הגיעו לכפרים והרגו בנו. רבים נורו, לחלקם נחתכו האוזניים. אחרים היו קשורים בחבלים סביב צווארם ונלקחו משם."
החיילים שרפו כפרים שלמים, ומעל לכל נהגו לכרות את ידיהם של ילידי קונגו, כולל ילדים. הידיים האנושיות נאספו בהוראת הקצינים להראות כי לא בוזבזו כדורי רובים. הקצינים חששו כי פיקודיהם עשויים לבזבז את התחמושת שלהם בציד בעלי חיים, ולכן הם חייבו את החיילים להביא יד אחת לכל כדור שירו. כריתת ידיים שימשה גם להטיל אימת טרור על התושבים.
אסון הומניטרי.
מסעי הטרור וההרג שליוו את המכסות שהטילו השלטונות, היה רבי ממדים. אי עמידה במכסות הביא כאמור לשריפת כפרים, להרג תושבים, לכריתת ידיים ולעינויים קשים. על מנת לעמוד במכסות, התנהלו גם קרבות בין התושבים עצמם, והיה סחר גדול בידיים כרותות בין אנשי הצבא לכנופיות של מקומיים.
ההרג הרב הביא לצמצום אוכלוסיית קונגו. דלדול האוכלוסייה ניכר על ידי כל מי שהשווה את נתוני המדינה בראשית שלטונו של ליאופולד עם הנתונים בתחילת שלטון המדינה הבלגית בשנת 1908, אך הערכות מניין ההרוגים משתנות במידה ניכרת.
הערכות של כמה חוקרים בהווה מראים כי האוכלוסייה פחתה במחצית בתקופה זו. לדברי אדמונד ד. מורל, אוכלוסיית קונגו החופשית מנתה בראשיתה 20 מיליון נפשות. מכאן שהמספר שמארק טוויין הזכיר של עשרה מיליון מקרי מוות, היה הגיוני. על פי הדיפלומט הבריטי רוג'ר קאסמנט, לאוכלוסייה זו היו ארבעה גורמי מוות עיקריים: "מלחמה ללא הבחנה", רעב, צמצום לידות ומחלות. מחלת שינה הייתה גם סיבה חשובה לתמותה באותה תקופה. לדעת מתנגדי שלטונו של ליאופולד הממשל עצמו יכול להיחשב כאחראי להפצת המגפה.
בהיעדר מפקד אוכלוסין בסיסי אין מידע לגבי גודל אוכלוסיית המדינה החופשית של קונגו (המפקד הראשון היה בשנת 1924) למעשה אי אפשר לכמת את שינויי האוכלוסייה בתקופה הנדונה. למרות זאת, לאחרונה, פורבאת טען כי צמצום האוכלוסייה היה לפחות חמישה מיליון. אדם הוכשילד ויאן ונסינה נוקטים במספר 10 מיליון. האנתרופולוג יאן ונסינה ואחרים, הבוחנים מקורות מקומיים (רישומי משטרה, רישומי דת, מסורות בעל פה, יוחסין, יומנים אישיים), מסכימים בדרך כלל עם הערכת הוועדה של ממשלת בלגיה משנת 1919: בערך מחצית האוכלוסייה נספתה בתקופת המדינה החופשית. מאז המפקד הרשמי הראשון של הרשויות הבלגיות בשנת 1924 שהעריך את האוכלוסייה ב-10 מיליון, גישות שונות אלה מציעות הערכה גסה של כ־10 מיליון הרוגים.
אין הסכמה מדעית על מספרי האוכלוסייה בתקופת מדינת קונגו החופשית, אך ברור שמדובר במיליוני בני אדם שנהרגו או מתו.
ביקורת בינלאומית.
ליאופולד התמודד עם חובות גבוהים בהשקעותיו בקונגו לפני תחילת שגשוג הביקוש העולמי לגומי בשנות ה-1890. המחירים עלו לאורך העשור כאשר התעשיות גילו שימושים חדשים בגומי בצמיגים, צינורות, בידוד לטלגרף וכבלי טלפון וחיווט. בסוף שנות ה-90 של המאה ה-19 עלתה התמורה מגומי הבר הרבה יותר מזו של השנהב כמקור ההכנסות בקונגו. שנת השיא הייתה 1903, כאשר הגומי הביא את הכנסה הגבוהה ביותר וחברות הזכייניות זכו ברווחים שמנים.