הצעד הראשון של רובסון היה החתמת הברזילאי רונאלדו. בעונתו היחידה במועדון הבקיע רונאלדו 34 שערי ליגה, שיא שערים לשחקן שלא נשבר במשך עשור. באותה עונה זכה המועדון בגביע המחזיקות ובגביע המלך. למרות ההצלחה באותה עונה ספג רובסון ביקורת על שגיאות טקטיות בניהול המשחק והסתמכותו הרבה על רונאלדו, ופוטר מתפקידו.
לאחר מכן חתם במועדון המאמן ההולנדי לואי ואן חאל. רונאלדו עבר לאינטר מילאנו, ריבאלדו חתם בקבוצה והמועדון זכה בשתי אליפויות רצופות בשנתיים הראשונות של ואן חאל בתפקיד. במהלך עונת 1997/1998 נחגגו מאה שנים להקמת המועדון, והשחקנים שהובילו את הקבוצה לזכייה בדאבל היו ריבאלדו, ז'וזפ גוארדיולה, לואיס אנריקה, לואיש פיגו (הקפטן הזר הראשון בתולדות המועדון), ופיליפ קוקו. בניגוד להצלחת הקבוצה בזירה המקומית, לא זכתה הקבוצה להישגים באירופה. בעונת 1999/2000 הודחה ברצלונה בחצי גמר ליגת האלופות על ידי ולנסיה, ובאליפות זכתה דפורטיבו לה קורוניה. ביקורת קשה הוטחה בהתנהלות המועדון, והנשיא ז'וזפ ליואיס נונייז והמאמן ואן חאל התפטרו בשנת 2000.
בתחילת שנות האלפיים נבחר ז'ואן גספארט, סגן הנשיא במשך 22 שנה, לנשיא המועדון. בתקופת כהונתו נחל המועדון כישלונות בכל המפעלים. מאמן הקבוצה לורנס סרה פרר הוחלף על ידי קרלס רשאק לאחר הפסד לריאל סרגוסה באמצע העונה. הקבוצה סיימה את העונה במקום הרביעי, המוביל למוקדמות ליגת האלופות, רק לאחר שריבאלדו הבקיע שער במספרת לרשתה של ולנסיה בדקות הסיום של מחזור הליגה האחרון. גם בעונה שלאחריה סיימה הקבוצה במקום הרביעי. בקיץ 2002 הוחזר ואן חאל. תחת הדרכתו כשלה הקבוצה, ושחקן המפתח חואן רומן ריקלמה מיעט לשחק. גם ואן חאל הוחלף באמצע העונה, על ידי רדומיר אנטיץ'. גספארט עצמו התפטר חודש לאחר מכן. על אף אי בהירות בנוגע למצב המועדון, הוביל אנטיץ' את הקבוצה מהמקום ה-15 עד למקום השישי.
עידן השיא של ברצלונה.
ביולי 2003 נבחר ז'ואן לאפורטה לנשיא המועדון, ולאחר מכן החלה תקופה מוצלחת נוספת בתולדות המועדון.
עם הגעתו החתים לאפורטה את שחקן הכדורגל רונאלדיניו ואת המאמן ההולנדי פרנק רייקארד. לאפורטה הנחיל שיטת ניהול חדשה שהחזירה את ההצלחה למועדון. חובות העבר של המועדון שולמו, ובעונת 2003/2004 סיים המועדון במקום השני, אף על פי שבמהלך העונה דורג בתחתית הטבלה. בעונת 2004/2005 הצטרפו לקבוצה סמואל אטו ודקו, ששיתפו פעולה עם הברזילאי רונאלדיניו והובילו את הקבוצה לזכייה באליפות ה-17 ב-14 במאי 2005, ובגביע הסופר קאפ הספרדי השישי בתולדותיה ב-20 באוגוסט.
הקבוצה הודחה על ידי צ'לסי בשמינית גמר ליגת האלופות, אך למרות זאת האמינו השחקנים והאוהדים כי החל תור הזהב השלישי של המועדון. הקבוצה שיחקה במערך 4-3-3 התקפי, עמו הגיעה להישגים כגון ניצחון חוץ 3–0 על ריאל מדריד ב-19 בנובמבר 2005. בעונת של ליגת האלופות עברה ברצלונה את צ'לסי ואת מילאן בדרכה לגמר, בו התמודדה מול ארסנל. ז'וליאנו בלטי כבש בגמר את שערו היחיד במועדון, בזכותו ניצחה ברצלונה 2–1 וזכתה בליגת האלופות בפעם השנייה בתולדותיה. בהמשך השנה הושלמה בנייתו של מבנה הספורט על שם ז'ואן גאמפר, והמועדון חתם על הסכם עם יוניצ"ף. ההצלחות הללו הביאו לעליית מספר חברי המועדון עד כדי 150,000.
בעונות 2006/2007 ו-2007/2008 לא זכתה הקבוצה באף תואר, למרות הצטרפותם של שחקנים מקדמת הכדורגל העולמי, בהם תיירי הנרי וליליאן תוראם הצרפתים והאיטלקי ג'אנלוקה זמברוטה. את האליפות בעונה הראשונה איבדה לאחר שהובילה את הטבלה במשך רוב העונה. למרות מספר נקודות זהה לזה של ריאל מדריד, מדריד היא זו שהוכתרה כאלופה עקב מאזן חיובי במפגשים בין שתי הקבוצות. העונה שלאחר מכן הייתה גם סוף תקופתם של רונאלדיניו ורייקארד במועדון עקב ביצועים דלים של הקבוצה בכלל ושל רונאלדיניו בפרט. במאי 2008 הצהיר המועדון על עזיבתו של רייקארד והחלפתו על ידי ז'וזפ גוארדיולה, קפטן הקבוצה בשנות ה-90 של המאה ה-20.
תקופת ליאו מסי.
עונת 2008/2009 הייתה העונה הגדולה ביותר בתולדות המועדון. ברצלונה ניצחה את אתלטיק בילבאו 4–1 בגמר גביע המלך, ושלושה ימים לאחר מכן ניצחה את יריבתה ההיסטורית ריאל מדריד 6–2 במגרשה הביתי, מה שהבטיח את אליפות הליגה לברצלונה. ברצלונה סיימה את העונה בניצחון 2–0 על מנצ'סטר יונייטד בגמר ליגת האלופות משעריהם של סמואל אטו וליונל מסי, ובכך השלימה טרבל ראשון בתולדותיה, שהיה גם הראשון של קבוצה ספרדית. בהמשך, ברצלונה זכתה גם בסופר קאפ הספרדי והאירופי עם ניצחונות על אתלטיק בילבאו ושחטאר דונצק בהתאמה. בדצמבר 2009 זכתה הקבוצה באליפות העולם לקבוצות, ובכך השלימה זכייה בכל ששת התארים האפשריים בשנה אחת, בפעם הראשונה בהיסטוריה של הכדורגל. שחקני ברצלונה הציגו יכולת שיא הן מבחינת התקפית והן מבחינה הגנתית - הקבוצה הבקיעה 154 שערים וספגה 54 בלבד בעונה זו, בכל המסגרות. בדרכה לזכייה בתארים, הביסה ברצלונה פעמים רבות בצורה מרשימה את יריבותיה, כולל ניצחונות בליגת האלופות 5–2 על אולימפיק ליון ו-4–0 על באיירן מינכן, כשהשיא היה בליגה: ניצחון 6–2 על ריאל מדריד באצטדיונה הביתי, במשחק שלמעשה הכריע את זהות אלופת הליגה. את הקבוצה הובילו שחקני בית כגון קרלס פויול, צ'אבי, אנדרס אינייסטה וליונל מסי לצד שחקנים זרים כסמואל אטו ותיירי הנרי.
בעונת 2009/2010 זכתה ברצלונה באליפות בפעם השנייה ברציפות עם שיא של 99 נקודות ליגה. בליגת האלופות הודחה ברצלונה בחצי הגמר על ידי אינטר בזכות שיטת משחק הגנתית ומגביע המלך הודחה הקבוצה כבר בשלב שמינית הגמר. ביוני 2010 סיים לאפורטה את כהונתו ולנשיאות ברצלונה נבחר סנדרו רוסל. רוסל החתים את דויד וייה מולנסיה תמורת 40 מיליון יורו ואת חאבייר מסצ'ראנו מליברפול תמורת 19 מיליון יורו. במונדיאל 2010 לקחו שחקני ברצלונה תפקיד מרכזי בזכייתה של ספרד. בגמר המונדיאל פתחו בהרכב ספרד שבעה שחקני ברצלונה והשתתפו בו שבעה בוגרי לה מאסיה, כאשר אנדרס אינייסטה כבש את שער הניצחון מול הולנד.
בסופר קאפ הספרדי של שנת 2010 זכתה ברצלונה בפעם התשיעית והפכה לשיאנית הזכיות במפעל. בנובמבר 2010 ניצחה ברצלונה את יריבתה המושבעת ריאל מדריד 5–0 בקלאסיקו שנערך בקאמפ נואו. בטקס חלוקת פרס כדור הזהב שנערך בדצמבר, שלושת המועמדים הסופיים היו כולם שחקני ברצלונה, מסי, אינייסטה וצ'אבי. בסוף עונת 2010/2011 זכתה ברצלונה בליגה בפעם השלישית ברציפות עם 96 נקודות. באפריל, הפסידה ברצלונה בגמר גביע המלך לריאל מדריד. במאי ניצחה ברצלונה 3–1 את מנצ'סטר יונייטד בגמר ליגת האלופות 2011 שנערך באצטדיון ומבלי בלונדון, משעריהם של פדרו, מסי ווייה.
באוגוסט 2011 נרכש בוגר הלה מאסיה ססק פברגאס מארסנל. כמה ימים לאחר מכן ניצחה ברצלונה את ריאל מדריד בסופר קאפ הספרדי וזכתה בתואר בפעם השלישית ברציפות. עם הזכייה בתואר הגיע סך התארים הרשמיים של ברצלונה ל-73, כמספר התארים של ריאל מדריד. בסוף אוגוסט ניצחה ברצלונה את פורטו 2–0 בסופר קאפ האירופי משעריהם של מסי ופברגאס. הזכייה בתואר הפכה את ברצלונה לשיאנית התארים בספרד, ואת גוארדיולה למאמן ברצלונה המעוטר ביותר (12 תארים מתוך 15 אפשריים בשלוש שנים). בדצמבר זכתה ברצלונה בגביע העולם למועדונים בפעם השנייה, כשניצחה את סנטוס, מחזיקת גביע ליברטדורס, בתוצאה 4–0 מצמד של מסי ושערים של צ'אבי ופברגאס. חמשת הגביעים בה זכתה הקבוצה בשנת 2011 זיכתה אותם ב לשנת 2012. באותה עונה הפך מסי לכובש הגדול ביותר בתולדות המועדון כשעקף את ססאר רודריגס אלברס במספר השערים.
בעונת 2011/2012 הפסידה ברצלונה בחצי גמר ליגת האלופות לצ'לסי בתוצאה המצטברת 3–2 וגם איבדה את האליפות לריאל מדריד. גוארדיולה, שהיה נתון לביקורת על בחירותיו הטקטיות, הודיע כי יפרוש בסוף אותה עונה. משחקו האחרון של גוארדיולה כמאמן ברצלונה היה גמר גביע המלך בו ניצחה ברצלונה 3–0 את אתלטיק בילבאו. היה זה התואר ה-14 והאחרון של גוארדיולה כמאמן ברצלונה. לדעת רבים, ברצלונה של פפ גוארדיולה הייתה הקבוצה הגדולה ביותר בתולדות הכדורגל.
בקיץ 2012 מונה טיטו וילאנובה, עוזר המאמן של גוארדיולה, למאמן ברצלונה. את עונת 2012/2013 בליגה פתחה ברצלונה בצורה מדהימה, החזיקה בראש הטבלה למשך כל העונה, הפסידה רק פעמיים, וצברה שיא חדש של 100 נקודות. ברצלונה הוכתרה לאלופת הליגה ארבעה משחקים לפני תום העונה וסיימה את העונה 15 נקודות מעל סגניתה, ריאל מדריד. ליונל מסי היה מלך השערים כשכבש 46 שערי ליגה. למרות זאת, הפסידה ברצלונה בחצאי הגמר של גביע המלך וליגת האלופות, לריאל מדריד ובאיירן מינכן בהתאמה. כמו כן הפסידה ברצלונה לריאל מדריד את הסופר קאפ הספרדי 2012. ביולי 2013 התפטר וילאנובה שנאבק בסרטן הגרון, ממנו נפטר באפריל 2014. ב-2015 נקרא על שמו המגרש הראשי במתחם האימונים של ברצלונה.