יצירת השיר "אדומה שלי" הייתה התחלתו של שיתוף הפעולה בין איינשטיין למיכה שטרית. בינואר 2001, זמן קצר לפני הבחירות לראשות הממשלה, הוציאו את הסינגל המשותף "פרנצ'סקה פוליטיקה". השיר יצא כסינגל בלבד, ולא נכלל באלבום אולפן של איינשטיין. בחודש מאי יצא הסינגל "ואת חוזרת לשלכת", שהלחין שטרית על פי מילים של יעקב רוטבליט. בסוף אותה שנה הוציא כסינגלים שני שירים שהלחין ארקדי דוכין: "שחורה שלי", שכתב איינשטיין, ו"זה אני", שכתב דוכין. שירים אלו נכללו באלבומו של איינשטיין "שמש רטובה", שראה אור בפברואר 2002. שטרית הלחין חמישה שירים באלבום, ובעיבודי השירים השתתפו מוזיקאים רבים. האלבום נמכר בכ־15 אלף עותקים בתוך חודשיים.
באוגוסט באותה שנה הגיש איינשטיין תביעה אזרחית נגד המפיק והאמרגן מיכאל תפוח, שעמו עבד במשך 24 שנים. תביעה זו הולידה מערכת השמצות והכפשות הדדיות, וחשפה מערכת יחסים עכורה שפרצה בין השניים, שהיו ידידים וחברי נפש. בכתב התביעה נטען כי איינשטיין נוצל על ידי אמרגנו, שחי כביכול על חשבון רווחיו העצומים של הזמר. האמרגן, בכתב ההגנה, טען כי איינשטיין דווקא הרוויח ממון רב, והציג את עצם הגשת התביעה כחלק מבעיותיו האישיות של הזמר כ"אדם תלותי ומפונק". הסכסוך הסתיים בשנת 2009 בהסכם גישור.
בסוף 2002 החל איינשטיין בעבודה על אלבום חדש, והוציא כסינגל את השיר "חמלה", שהלחין ארקדי דוכין על פי מילים של איינשטיין. העבודה על האלבום נמשכה כשנה, ובאוקטובר 2003 יצא הסינגל "בואנס נוצ'ס", שכתב איינשטיין והלחין ברי סחרוף. בנובמבר 2003 יצא הסינגל "מילים מילים", שכתב יעקב רוטבליט והלחין פיטר רוט.
בדצמבר 2003 הוציאה חברת NMC אוסף הכולל 38 שירים בשם "המיטב" הכולל ביצועים חיים ואף ביצועים שלא ראו אור. לאחר יציאת האוסף התברר כי האלבום יצא ללא ידיעתו של איינשטיין, שכעס על החברה איתה עבר 25 שנים. איינשטיין טען בתקשורת כי החברה הוציאה את אוסף זה כ"נקמה" על כך שעבר לחברה המתחרה הד ארצי איתה בחר הוציא את האלבום "שתי גיטרות בס תופים" וזאת לאחר שNMC חלקה על הקו האומנותי שבו בחר איינשטיין. בתגובה החליטה החברה להפסיק לשווק ולמכור את האוסף והודיעה על גניזתו של האוסף בדצמבר 2003, מה שהפך אותו לפריט לאספנים בלבד.
האלבום "שתי גיטרות בס תופים", יצא ב־22 בינואר 2004. השיר "חמלה" נכלל באלבום בגרסה שונה מזו שיצאה בסינגל. לצד "בואנס נוצ'ס" נכללו באלבום עוד כמה לחנים של ברי סחרוף, ובהם שיר הנושא, "תודה אנשים טובים" ושירה של לאה גולדברג "תוף בודד", שאותו הקליט איינשטיין בעבר בלחן שונה. יהודה פוליקר הלחין עבור האלבום את השיר "זה לא בדיוק געגוע", שכתב איינשטיין בהתבסס על זכרונות מתקופת ילדותו. שיר זה זכה גם לקליפ, שבו שולבו באנימציה ממוחשבת צילום של איינשטיין עם תמונות עבר שלו. כמו כן נכללה באלבום גרסתם של איינשטיין ורוני אלטר לשירו של בני ברמן "פרידת מלח", שנקראה באלבום "פנסי העיר דולקים עדיין".
ב־6 בפברואר 2005 הוכרז על זכייתו של איינשטיין בפרס אקו"ם על מפעל חיים בפזמונאות העברית. באותה שנה החל בעבודה על אלבום משותף עם המוזיקאי פיטר רוט, ובחודש אוגוסט הוציא סינגל ראשון מהאלבום, "משהו טוב", שהלחין רוט למילים של דן תורן. באוקטובר יצא הסינגל השני, "פרידה קצרה", שכתב והלחין יהלי סובול. האלבום המלא יצא ב-3 בינואר 2006, ביום הולדתו ה-67 של איינשטיין, ונקרא "רגעים". האלבום התאפיין בעיקר בשירים שקטים ונוגים כמו "פרידה קצרה" וגרסה מחודשת לשירו של שמוליק צ'יזיק "אף אחד לא מזיל דמעה", אך נכלל בו גם שיר הומוריסטי בשם "אחד עשר מטר". רוט הלחין את רוב שירי האלבום, ועיבד את כולם עם המוזיקאי אלדד גואטה. האלבום הגיע למעמד אלבום זהב כעשר שנים לאחר יציאתו.
בחודש יציאת האלבום "רגעים" קיבל איינשטיין פרס מיוחד על תרומה רבת שנים למוזיקה הישראלית בטקס פרסי עמ"י של ערוץ 24. באותה שנה הופיע איינשטיין באולפן ליגת האלופות המשודר בערוץ הספורט, דבר הנחשב נדיר במיוחד. איינשטיין שר את שירו "אחד עשר מטר".
בסוף אוגוסט 2006 יצא הספר "זו אותה האהבה/ביוגרפיה בראשי פרקים" בעריכת עלי מוהר. הספר, המבוסס על עשרות שעות שיחה בין מוהר לאיינשטיין, מביא אנקדוטות מחייו של איינשטיין, המיטב של שיריו (אלה שכתב ואלה שביצע), מילים של מערכונים מיתולוגיים ודיאלוגים מסרטים, תמונות, פוסטרים, עטיפות של תקליטים ומאמר פותח של עלי מוהר, המנסה לפצח של "סוד קסמו של הקול של אריק איינשטיין". את הספר מלווה תקליטור, המכיל חלקים נבחרים מהשיחות שערכו השניים בליווי נגינת פסנתר של יוני רכטר. באותה שנה הקליט דואט עם דוד ד'אור לשירו של יהודה עמיחי "אהבנו כאן" שהלחין ד'אור והופיע באלבומו "כמו הרוח".
שותפו המוזיקלי הבא של איינשטיין היה גיא בוקאטי. באוקטובר 2006 יצא כסינגל שירם המשותף הראשון, "רגע לפני", שהלחין בוקאטי למילים של יעקב רוטבליט. לאורך 2007 הוציאו איינשטיין ובוקאטי כמה סינגלים נוספים, וב־6 בספטמבר 2007 יצא אלבומם המשותף, שנקרא "כל הטוב שבעולם". פרט ל"רגע לפני", בוקאטי כתב והלחין את כל השירים באלבום. שיר אחד, "רוקד את הטנגו לבד", כתב במשותף עם איינשטיין. את השירים עיבדו בוקאטי ועדי גולדשטיין. בין השירים הבולטים באלבום היו "שוב אותו העצב", "איפה שלא תהיי" ו"פה אצלנו". אלבום זה הפך לאלבום האולפן האחרון שהוציא איינשטיין במהלך חייו.
במסגרת חגיגות השישים למדינת ישראל נבחר איינשטיין ל"זמר השישים" בהצבעה שערכו הערוץ הראשון ורשת גימל. לקראת יום הולדתו ה-70 של איינשטיין, בדצמבר 2008, ייחדו לו אמצעי תקשורת רבים כתבות מיוחדות. מוספי התרבות "גלריה" של עיתון הארץ ו"7 לילות" של ידיעות אחרונות הקדישו את גיליונותיהם לאיינשטיין, וכללו מאמרים הסוקרים את דרכו האמנותית וכן התרשמויות אישיות של כותבים רבים. כמו כן הקדישו לו תחנות הרדיו ימי שידורים מיוחדים עם שיריו.
העשור השני של המאה ה-21.
בשנת 2010 היה איינשטיין האמן המושמע ביותר בתחנות הרדיו בישראל, לפי נתוני אקו"ם.
עוד בשנה זו העניק איינשטיין ריאיון טלוויזיוני נדיר בתוכנית הטלוויזיה "זו אותה האהבה", לרגל הפצת הסרט "כבלים" על גבי DVD. בתוכנית שביים והגיש גורי אלפי ושודרה בערוץ 2 התראיין איינשטיין עם מוני מושונוב וצבי שיסל.
ב־6 באפריל 2011 יצא אלבום אוסף של איינשטיין בשם "שר יצחק קלפטר", המסכם את שיתוף הפעולה בינו לבין יצחק קלפטר. האלבום כלל שיר אחד חדש בשם "מעבדות לחירות", שכתב יעקב רוטבליט והלחינו יצחק קלפטר וגיא בוקאטי, וכן גרסה מחודשת של איינשטיין לשירו של קלפטר "צליל מכוון". באותה שנה יצא אלבומו של המתופף מאיר ישראל "יש ימים", ובו דואט של ישראל ואיינשטיין בשם "אולי את לא יודעת (Love you)". השיר הוקלט כבר ב־2004 אך נזנח, ואיינשטיין הקליט אותו לבדו לאלבומו "רגעים" משנת 2006. לאלבום "יש ימים" השלים ישראל את עריכת השיר בגרסת הדואט עם איינשטיין.
ב-18 באוקטובר 2011 הוציא איינשטיין את השיר "עכשיו כשאתה כאן", שכתב והלחין גיא בוקאטי לרגל חזרתו של החייל החטוף גלעד שליט. ב־7 בפברואר 2012 יצא לאור בסינגל דואט של איינשטיין ושלמה ארצי בשם "חוזרים הביתה", שכתב והלחין ארצי. שיתוף הפעולה בין איינשטיין לארצי, הנחשבים לשניים מהבולטים בזמרים בישראל, זכה לעניין רב בכלי התקשורת. השיר היה לשיר הפותח את אלבומו של ארצי "אושר אקספרס".
בנובמבר 2013 נודע כי איינשטיין יחל לכתוב טור חדש במעריב, ומספר שעות לפני מותו סיים לכתוב את הטור הראשון. הטור המלא התפרסם במהדורה מיוחדת לזכרו.
מותו.
ב-26 בנובמבר 2013 בשעות הערב נפטר איינשטיין בבית החולים איכילוב בתל אביב, ממפרצת באבי העורקים, שהובילה לדימום פנימי כבד, דבר שהביא למותו. מנהל בית החולים, פרופסור גבי ברבש, בישר לכלי התקשורת על מותו של איינשטיין באומרו: "אין מי שישיר לנו יותר".
מותו של איינשטיין הכה באבל ובתדהמה את הציבור הישראלי ובפרט את תעשיית התרבות הישראלית. למחרת פטירתו, בשעות הצהריים, הוצב ארונו בכיכר רבין בתל אביב, ונערך לו טקס אשכבה. עשרות אלפים מאוהביו באו לחלוק לו כבוד אחרון, בטקס שרו חבריו המוזיקאים שלום חנוך וקורין אלאל, ונשאו דברים ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו, ראש עיריית תל אביב רון חולדאי, השחקן ידידו הקרוב מוני מושונוב ושרת התרבות והספורט לימור לבנת.
אריק איינשטיין הובא למנוחות בבית הקברות טרומפלדור בתל אביב. בטקס הלוויה ספד לו חברו ומחותנו, הרב אורי זוהר.
ב-26 בפברואר 2014, שלושה חודשים אחרי מותו, יצא הסינגל "אדם בחדרו", שהלחין גיא בוקאטי למילים של אברהם חלפי. השיר נכלל בהוצאה המחודשת של האלבום "משירי אברהם חלפי", שיצאה ב-11 במרץ 2014. למהדורה זו נוספו גם שני שירים שהלחין יוני רכטר והקליט איינשטיין בשנות התשעים: "ולמות" ו"על ענף", ועוד שני שירים שהקליט איינשטיין זמן קצר לפני מותו: "נותרו שנים ספורות" בלחן של בוקאטי ו"אימי" בלחן של עומר קליין. עוד נכללו בה שירים של חלפי ששר איינשטיין באלבומיו האחרים.
ב-29 באוגוסט 2014 יצא האלבום "ריח של ים" של מיקי גבריאלוב, שאת אחת הרצועות בו, "הנך יפה רעייתי", שר גבריאלוב בדואט עם איינשטיין. השיר הוקלט כסקיצה כמה חודשים לפני מותו של איינשטיין, כחלק מעבודה משותפת חדשה של איינשטיין וגבריאלוב.
לציון ארבע שנים למותו של איינשטיין עלתה לשידור סדרה תיעודית בשם "שיר אהבה סטנדרטי", הסוקרת את חייו ופועלו. הסדרה זכתה בפרס האקדמיה לטלוויזיה בקטגוריית סדרת התעודה.