ב-1880, לאחר עצמאות בולגריה, ערך ופרסם שר החוץ והדתות הבולגרי דראגן צאנקוב את "התקנון הזמני לניהול הקהילות הדתיות של הנוצרים, המוסלמים והיהודים". במסגרת התקנון הוגדרו קבוצות מתפללים בבית כנסת מסוים כיחידה דתית המנהלת את ענייניה בפיקוח השלטון. הרב הראשי לסופיה גבריאל אלמושנינו הוגדר כרב הראשי לכל יהודי הנסיכות. התפקיד זכה למעמד רשמי בבולגריה, והרב קיבל משכורת שנתית בסך 1,000 לבות מקופת המדינה. בעת הזו היו בסופיה חמישה בתי כנסת. שלושה של הספרדים, אחד של האשכנזים ואחד שהוקם על ידי הקהילה הרומניוטית עוד במאה ה-14, כונה "דה לוס גריגוס", אם כי במועד זה כבר לא התפללו בו בנוסח הרומניוטים אלא בנוסח הספרדים. שלושת בתי הכנסת הספרדים ובית הכנסת הרומניוטי התאחדו תחת הנהלה אחת בת חמישה חברים ובית הכנסת האשכנזי התנהל תחת הנהלה נפרדת.
בהמשך, חוקק בבולגריה "חוק הנוהל האזרחי", אשר צמצם את סמכויות הרבנים ובית הדין הרבני לטיפול רק בנושאים בעלי השלכה דתית כגון מתן גט, ובסוגיות אזרחיות הועברו הסמכויות לבתי המשפט. ב-1885 התפטר הרב אלמושנינו מתפקידו מפאת גילו ומחמת מצב בריאותו, לתפקיד מונה באופן זמני הרב יצחק יקיר פרסיאדו בקיש ואברהם דוידצ'ון לוי מונה על ידי ראשי הקהילות השונות כנציגם לאיתור מועמד מתאים לכהונת הרב הראשי מקרב קהילות אירופה השונות. ב-1887 הוצע התפקיד לד"ר סימון דנקוביץ מבוהמיה וב-1889 נבחר רשמית לתפקיד. דנקוביץ היה הראשון בסדרה של רבנים אשכנזים משכילים, אשר הובאו מחוץ לבולגריה כדי לכהן במשרת הרב הראשי לקהילה שברובה המוחלט הייתה ספרדית. ב-1888 הוקמה בסופיה הרבנות הראשית ליהודי בולגריה. בהמשך, נפגש דוידצ'ון לוי עם הרב הראשי ליהודי צרפת צדוק כהן אשר הציע לו לנהל את קהילות בולגריה באמצעות קונסיסטוריה. ההצעה הובאה לאישור השלטונות ואושרה על ידי שר הפנים דימיטר גרקוב. בשלהי 1891 נאלץ הרב דנקוביץ' להתפטר ובמקומו מונה ד"ר מוריץ גרינוולד. גרינוולד עסק בחינוך ובמחקר על תולדות היהודים בבולגריה, תוך שהוא מסייר ברחבי הנסיכות. בתקופה זו תוקנו תקנות לכהונת הרב הראשי ובהן נקבע כי על הרב הראשי להיות בוגר סמינר לרבנים ובעל תואר דוקטור, גילו יהיה לפחות 35 שנים והוא כיהן לפחות 5 שנים כרב או כמורה בסמינר לרבנים. הרב נבחר על ידי הקונסיסטוריון ברוב מיוחס של 75 אחוזים. ב-1895 התפטר גרינוואלד מתפקידו, יצא ללונדון ושם נפטר. ראשי הקונסיסטוריון ניהלו מגעים עם מספר אישים כדי שיאותו לקבל את התפקיד ובכללם אהרן קמינקא ואלכסנדר קיש מפראג שאף נאות לקבל את התפקיד ובהמשך חזר בו. לבסוף, ב-1900 מונה לרב הראשי מרדכי אהרנפרייז.
בתקופתו של אהרנפרייז, התחולל מאבק על מעמדה של הרבנות הראשית כגוף המוביל בניהול מוסדות הקהילות והנהגתן בבולגריה בכלל ובסופיה בפרט. אהרנפרייז התנגד למדיניותה של הנהגת התנועה הציונית בבולגריה ונקלע לעימות מולה. הרב טען שהתנועה הציונית לא אמורה לעסוק בפעילות קהילתית, תוך ניסיון לנהל את ענייניהן של הקהילות השונות. העימות החריף ולווה בפרסומים בעיתונות המקומית, תוך שחלק מהקהילות מאיים בהפסקת התמיכה הכספית ברבנות. ב-1907 גלש העימות לפסים אלימים, כאשר במהלך נאום של אהרנפרייז בבית הכנסת של רובע העוני יוצ'בונאר הוא נגע בשאלת השתתפותם של היהודים בחיים הפוליטיים בבולגריה. ראש הוועד הציוני המרכזי יהושע כלב אשר נכח בכינוס, העיר לרב שאין לדון בנושאים פוליטיים בבית הכנסת. בתגובה תקפו חלק מהמתפללים את כלב ושאר חברי הוועד הציוני והכו אותם מכות נמרצות. האירוע הסתיים רק בהתערבות המשטרה הבולגרית. בהמשך, החל אהרנפרייז להפיץ עיתון עצמאי בשם "לה לוז" (האור) ששם לו למטרה לקעקע את מעמדה של ההנהגה הציונית החילונית בבולגריה. הקונסיסטוריה של יהודי בולגריה המשיכה במאמציה לצמצם את סמכויות הרבנות הראשית לענייני דת בלבד ובהדרגה, תוך התחזקות מעמדה של התנועה הציונית הצליחה בכך.
ב-1914 נאלץ אהרנפרייז להתפטר ועזב את בולגריה. לאחר התפטרותו הפסיקה הרבנות הראשית להיות גוף דומיננטי בניהול חיי הקהילות ותפקידה הצטמצם לתחום הדתי בלבד. ב-1920 קיבלה סוגיה זו משנה תוקף, עת נערך בסופיה הכינוס הארצי של נציגי הקהילות בבולגריה ובו נקבע שהארגון הארצי של יהודי בולגריה יהיה חילוני ודמוקרטי. עוד נקבע, כי הרב הראשי לא יתערב בפעילות הקונסיסטוריון וישתתף בישיבות כיועץ בלבד.
בית הכנסת המרכזי.
ב-1903 החליט הוועד המרכזי של קהילת סופיה על הקמת בית כנסת מרכזי לקהילה ובראש צוות ההקמה הועמד אברהם דוידצ'ון לוי שהיה מקורב לחוגי ממשל וקשריו אלו סייעו בהתרת סבכים בירוקרטיים. בתחילה התנגדו ראשי התנועה הציונית בעיר למיזם מתוך נימוק שראשית יש להשקיע בשיפור מוסדות החינוך היהודיים בעיר ואחר כך להשקיע ממון רב בהקמת בית הכנסת. ראשי הקהילה עמדו על רעיון הקמת בית הכנסת ולבסוף הוסכם על הקמתו. התכנון היה להקים מבנה כדוגמת בית הכנסת טמפלגאסה בווינה, בעל 1,170 מקומות ישיבה ותקציב הפרויקט עמד על 438,000 לבות. ב-23 בספטמבר 1909 נחנך בית הכנסת בטקס ממלכתי. המלך פרדיננד הראשון התכבד ב"גזירת הסרט" ובאירוע נכחו גם רעייתו המלכה מריה לואיזה, ראש הממשלה אלכסנדר מלינוב, שרי ממשלה ופקידים בכירים וכן סגן ראש הכנסייה הבולגרית המטרופוליט פארטניי. בשלהי 1943 נפגע בית הכנסת בהפצצה שערכו מטוסי בעלות הברית על סופיה. ב-1955 הוכרז בית הכנסת כאתר מורשת לאומית בולגרית ובראשית שנות ה-90 הוקם במקום מוזיאון.
בית הקברות היהודי.
ככל הנראה בראשית המאה ה-17 הוקם בית קברות ספרדי באזור "שוק המלח" הישן בסופיה. בית הקברות פעל עד 1898 עת הופקע על ידי שלטונות נסיכות בולגריה לצורך פיתוח עירוני. בבית הקברות המרכזי בסופיה הוקצתה חלקה היהודית ובה נקברי הנפטרים מקרב הקהילה היהודית מאז 1898. שטח החלקה היהודית כ-50,000 מטר רבוע ומצויים בה כ-7,000 מצבות שהכיתוב עליהן בעברית, בבולגרית ובלאדינו.
מלחמת העולם השנייה ולאחריה.
לאחר הפיכת חזית המולדת הבולגרית והקמת הממשלה החדשה בראשות קימון גאורגייב, הותר מחדש חופש הפולחן ליהודי בולגריה. השתלטותם ההדרגתית של הקומוניסטים על המדינה והפיכתה לטוטליטרית בשילוב העלייה ההמונית של בני הקהילה לישראל הובילו לצמצום הדרגתי בחיי הדת, תוך שבהדרגה מוטלות מגבלות שלטוניות על חופש הדת. חיי הדת הצטמצמו עוד, כאשר הרבנות והקונסיסטוריה הוכפפו למשרד החינוך הבולגרי והיו נתונים לפיקוחו ההדוק.
הרב הראשי ד"ר אשר חננאל ניסה לשמר את חיי הדת ולהמשיך ולהפעיל את בית הכנסת בסופיה. ב-1961 הוחרם בית הכנסת על ידי השלטונות הקומוניסטים ומחאותיו של הרב חננאל הובילו למעצרו בידי המשטרה הבולגרית. בהמשך, נכלא הרב חננאל ללא משפט בידי השלטון הקומוניסטי. מאסרו של הרב עורר תרעומת רבה בארץ ומחוצה לה ונעשו מספר פניות לבולגרים לשחררו. בין הפונים אריה טרטקובר יושב ראש הקונגרס היהודי העולמי וישראל ברודי הרב הראשי של בריטניה. המחאות לא הועילו, ולבסוף הועמד הרב חננאל לדין ונדון לשלוש וחצי שנות מאסר. במהלך מאסרו חלה הידרדרות ניכרת במצב בריאותו ולחץ כבד שהופעל על השלטונות הבולגרים הוביל ל"משפט חוזר" ושחרורו מהכלא. ב-1964, זמן קצר לאחר שחרורו, הלך הרב חננאל לעולמו.
בראשית שנות ה-90, לאחר קריסת השלטון הקומוניסטי חודשה הרבנות הראשית והרב בכור כחלון מונה לרב הראשי של יהודי סופיה ובולגריה. בית הכנסת שב לפעילות ומקווה הטהרה הסמוך לו שופץ. כמו כן, פועל בסופיה בית חב"ד.
החינוך היהודי.
התקופה העות'מאנית.
בתקופה העות'מאנית התבסס החינוך על בתי למידה שכונו מלדארי. במסגרת זו למדו ילדי הקהילה קריאת תפילות וחומש בדרך כלל בלאדינו. שיטת ההוראה התבססה על שינון והמלדארי חסרו תנאי למידה ותנאים סניטריים בסיסיים המתאימים לחינוך מודרני ובהיקף של יום שלם. לאחר מספר שעות לימוד מצומצם, עברו התלמידים לעבוד כשוליות בקרב בעלי המלאכה בעיר. בנות הקהילה לא למדו קרוא וכתוב. בתי למידה אלו נסמכו על תרומות ותשלומי הורים, כך שרק בניהם של יהודים אמידים יחסית יכלו ללמוד בהם. להבדיל מאזורים אחרים באירופה, לא היו ישיבות גבוהות בבולגריה וכך נותר חינוך ילדי הקהילה במתכונתו הבסיסית והמצומצמת. עשירי הקהילה המופלגים המעטים, נהגו לשלוח את בניהם למוסדות להשכלה גבוהה מחוץ לבולגריה.
לאחר עצמאות בולגריה.
בנסיכות בולגריה.
לאחר עצמאות בולגריה החלה רשת אליאנס לפתוח בתי ספר ברחבי בולגריה, ב-1879 נפתח בסופיה בית ספר לבנים ושנתיים מאוחר יותר גם לבנות. בבתי ספר אלו שהעניקו השכלה יסודית לימדו בצרפתית, כאשר לימוד התורה נוהל בעברית ולאדינו. בראשית פעולתם של בתי הספר בסופיה הייתה תוכנית לימוד ארבע שנתית (כיתות א'-ד') ובהמשך נוספו שלוש כיתות נוספות (ה'-ז'). בתי הספר של אליאנס חוללו מהפכה בחינוך בני קהילת סופיה ורבים ממנהיגי הקהילה לעתיד למדו בהם.