הפארק הלאומי ביסקיין משתרע על שטח של 700 קילומטרים רבועים במחוז מיאמי-דייד בדרום-מזרח פלורידה. הפארק משתרע מעט דרומית מהאי קי ביסקיין דרומה עד מעט צפונית מהאי קי לארגו, וכולל את האיים סולג'ר קי , ראגד קיז , סנדס קי , אליוט קי , טוטן קי ואולד רודס קי , כמו גם איים קטנים יותר המהווים את השלוחה הצפונית ביותר של פלורידה קיז. פתח צר רדוד רחב בשרשרת האיים, השוכן בין ראגד קי לקי ביסקיין מעט צפונית לגבול הפארק מכונה "שסתום הביטחון" (the Safety Valve), מכיוון שהוא מאפשר זרימה של מי נד סופה הנוצרים לאחר מעבר של סופות טרופיות מתוך המפרץ החוצה. הגבול המזרחי של הפארק הוא קו עומק עשרה פאתום (כ-18 מטרים) באוקיינוס האטלנטי על שונית פלורידה. הגבול המערבי של הפארק הוא פיסת אדמה ביבשת, המשתרעת כמה מאות מטרים לתוך היבשת בין רכס קטלר ונקודת מנגרוב (Mangrove Point). הגישה היחידה מהיבשה לפארק היא במרכז המבקרים קונויי פוינט (Convoy Point Visitor Center), בסמוך למטה הפארק. הגבול הדרום-מערבי גובל בתחנת הכוח הגרעינית טרקי פוינט והרשת של תעלות הקירור שלה.
החלק הדרומי של מפרץ ביסקיין משתרע בין אליוט קי והיבשת ונתיב המים התוך-חופי עובר דרכו. הפארק גובל במפלט הימי הלאומי פלורידה קיז בצדו המזרחי והדרומי ובפארק המדינתי שונית האלמוגים ג'ון פנקמפ בצדו הדרומי. רק 36.7 קילומטרים רבועים משטח הפארק הם אדמה, כשמתוכם האיים משתרעים על 17.2 קילומטרים רבועים וביצות המנגרובים על היבשת הן שאר ה-19.5 קילומטרים רבועים. משום שהפארק הוא בפועל שלוחה של המערכת האקולוגית של האווגליידס, הייתה הצעה המקורית לכלול אותו בפארק הלאומי אוורגליידס, אבל הוחלט שלא לכלול אותו במטרה להשיג הסכמה רחבה להקמת פארק לאומי באוורגליידס ב-1947.
אקלים.
האקלים הטרופי של הפארק הלאומי ביסקיין משקף את מיקומו בקצה הדרומי של פלורידה. האקלים של מחוז מיאמי דייד מוגדר כסוואנה טרופית (סיווג Aw בשיטת קפן). את האקלים השנתי ניתן לחלק לשתי עונות: עונה יבשה בין נובמבר לאפריל ועונה גשומה בין מאי לאוקטובר. הטמפרטורות הממוצעות בעונה היבשה נעות בין 19°C ל-24°C וכמות המשקעים ממוצעת של 53 מילימטרים בחודש. הטמפרטורות הממוצעות בעונה הגשומה נעות בין 24°C ל-29°C וכמות המשקעים ממוצעת של 137 מילימטרים בחודש. העונה הגשומה מקבילה פחות או יותר לעונת ההוריקנים , ומלווה בסופות רעמים לעיתים תכופות.
הפארק הלאומי ביסקיין מושפע מהוריקנים מדי כמה שנים, כמו מקומות רבים בדרום פלורידה. מרבית הסופות גורמות לסגירה זמנית של הפארק ומדי פעם לתיקונים במתקני הפארק. פגיעה ישירה של הוריקן עוצמתי יכולה לגרום לתוצאות חמורות, בעיקר בשל ההשפעה שלו על ההתערבות האנושית בסביבה יותר מאשר על הסביבה הטבעית של הפארק, המותאמת היטב לאירועים כאלו. הוריקנים משמעותיים שפגעו באזור הפארק כוללים סופות ב-1926, 1929, 1935, 1941, 1945, 1948, 1950, 1960 והוריקן אנדרו ב-1992. נכון ל-2018 הסופה האחרונה שגרמה נזקים בפארק הייתה הוריקן אירמה בספטמבר 2017.
ב-24 באוגוסט 1992 הגיע הוריקן אנדרו לחוף מעט דרומית למיאמי, כשהוא חוצה את הפארק הלאומי ביסקיין כשמהירות הרוחות הגיע ל-227 קילומטרים בשעה עם משבי רוח של 272 קילומטרים בשעה. נד הסופה הגיע לגובה של 5.2 מטרים מעל גובה פני הים. היה זה הוריקן מצומצם מקטגוריה 3 בסולם ספיר-סימפסון. הסופה קרצפה את קרקעית מפרץ ביסקיין גרמה לעכירות ולנזק לשוליים של יערות המנגרובים. דליפות מספינות שניזוקו וממרינות זיהמו את המפרץ בדלק, כשהפליטות נמשכו קרוב לחודש לאחר מעבר ההוריקן. שלט הנצחה הוצב על מרכז המבקרים דנטה פסל (Dante Fascell Visitor Center) ב-2002 על מנת להנציח את המחיר של אנדרו לבני האדם ולסביבה, ולהתברך בהתאוששות של האזור מהשפעות הסופה.
הידרולוגיה.
מפרץ ביסקיין הוא לגונה רדודה סגורה למחצה שעומקה הממוצע כ-3 מטרים. הן שולי היבשת של המפרץ והן האיים מכוסים ביער מנגרובים. הפארק כולל את החלק הדרומי של מפרץ ביסקיין, שבו אזורים של משקע דק המכונה "קרקעית קשה" (hardbottom) שבהם לא יכולים צמחים לטעת שורשים וחיים בו אלמוגים רכים, ספוגים וחסרי חוליות. ואזורים שבהם הקרקעית עבה יותר שבהם גדל עשב ים מסוג "Thalassia testudinum" (באנגלית turtlegrass), "Halodule wrightii" (באנגלית Shoal grass) ו-"Syringodium filiforme" (באנגלית Manatee grass).
בעקבות המאמצים לשלוט במשאבי המים בפלורידה ופרויקטים לניקוז האוורגליידס בתחילת המאה ה-20, השתנתה זרימת המים למפרץ ביסקיין בשל בניית תעלות. תעלות אלו מובילות מים מאזור הדרומי-מזרחי של אוורגליידס המשמשים כיום לחקלאות לתוך המפרץ. לפני בניית התעלה, רוב המים המתוקים שזרמו למפרץ הגיעו מגשמים ומי תהום, אך התעלות שינו את פרופיל המליחות של המפרץ, כשהם נושאים משקעים ומזהמים וגרמו לחדירה של מים מליחים לאקוויפר ביסקיין (Biscayne aquifer). מיזם תוכנית השחזור המקיפה של האוורגליידס (Comprehensive Everglades Restoration Plan בראשי תיבות CERP) יצא לדרך בשנת 2000 כדי לצמצם את ההשפעות של התערבות אנושית בזרימת המים הטבעית של האוורגליידס. מטרתו העיקרית של מיזם זה היא לשחזר את דפוסי המים ההיסטוריים לתוך הפארק הלאומי אוורגליידס. המיזם גם יטפל בבעיות הנובעות מהטיה של מים מדרום האוורגליידס לתוך מפרץ ביסקיין. מיזם ביצות החוף של מפרץ ביסקיין (Biscayne Bay Coastal Wetlands Project, בראשי תיבות BBCW) הוא רכיב במיזם CERP המיועד לחלק מחדש את המים כך שמים מתוקים מוזרמים בהדרגה דרך ערוצים וביצות במקום שחרור קצר של כמויות גדולות של מים דרך תעלות הניקוז.
מכיוון שהגובה של כל אדמות הפארק אינו עולה על מטרים ספורים מעל פני הים, הם פגיעים לעליית פני הים. המחקרים של שירות הפארקים מעריכים שרוב השטח היבשתי של הפארק יאבד במאתיים השנים הבאות. צופים שפני הים במפרץ ביסקיין יעלו בין 8 ל-18 סנטימטרים עד 2030 ו-23 עד 61 סנטימטרים עד 2060. צופים שהתרוממות פני הים בין 8 ל-15 סנטימטרים תגדיל את חדירת מי הים המלוחים לאקוויפר ביסקיין. התרוממות גדולה עוד יותר תהפוך את האוורגליידס הדרומי לביצת של מים מלוחים, תוך שינוי האקולוגיה של האזור.
גאולוגיה.
מפרץ ביסקיין מסמן את המרחב הדרומי ביותר של איי המחסום של חוף האוקיינוס האטלנטי, המיוצג על ידי קי ביסקיין, ואת המרחב הצפוני ביותר של הפלורידה קיז המתחילים באליוט קי. איי הקיז נבדלים מאיי המחסום בהרכבם, אבן גיר שמקורה באלמוגים המגיעה כמעט עד פני השטח של האיים ומכוסה ציפוי דק של שכבת הקרקע העליונה, בעוד שבאיי המחסום שכבת אבן הגיר מכוסה בשכבת חול עבה שהגלים השקיעו. מפרץ ביסקיין שוכן בין הרכסים הנמוכים של אבן גיר מיאמי (Miami Limestone) האואוליטית במערב היוצרים את רכס קטלר ואבן הגיר קי לארגו (Key Largo Limestone) שמקורה באלמוגים שמתחת לאליוט קי ואיי הקי שמדרום. אבן גיר מיאמי הושקעה במערבולות של מי לגונה. אבן גיר קי לארגו היא שונית אלמוגים מאובנת ונוצרה בתקופה בין עידני הקרח המכונה סנגמוניאן (Sangamonian) שלפני 75,000 עד לפני 120,000 שנים. תצורת מיאמי (Miami Formation) התעצבה מעט מאוחר יותר, במהלך עידן הקרח כאשר המשקעים בלגונה התגבשו ועבור מילוט במים מתוקים. אבן הגיר קי לארגו היא סלע מחוספס שנוצר מאלמוגי אבן שעוביו בין 21 ל-61 מטרים. החופים של אליוט קי ואולד רודס קי סלעיים, תוצאה של מקור היווצרותם כשונית אלמוגים. חופים חוליים של ממש קיימים רק בסנדס קי.
אקולוגיה.
דרום פלורידה היא אזור מעבר בין שתי סביבות אקולוגיות יבשתיות: האזור הנארקטי והאזור הנאוטרופי, וכתוצאה מכך יש בה מגוון רחב של צמחיים ובעלי חיים. מפגש הסביבות האקולוגיות מאפשר למבקרים בפארק לראות מינים, במיוחד עופות, שאינם נראים במקומות אחרים באמריקה הצפונית. הפארק כולל ארבע מערכות אקולוגיות שונות, שכל אחת מהן תומכת בצמחייה ובעלי החיים משלה. ביצות מנגרובים, לגונה, האיים ובתי הגידול של השוניות מול החוף מאפשרים קיום של מגוון מינים. בסביבה טרופית למחצה זו, עונות השנה נבדלות בעיקר על ידי כמות הגשמים. הקיצים גשומים, חמים עד לוהטים ומדי פעם יש סופות טרופיות. החורפים נוטים להיות יבשים יחסית, וקרירים רק מעט יותר מהקיצים. מליחות המפרץ משתנה בהתאם, עם רמות מליחות נמוכות יותר בקיץ הגשום, כשהמים מתוקים יותר בצד המערבי שאליו זורמים מי גשמים.
מאות מינים של דגים חיים במימי הפארק. ויותר מחמישים מינים של סרטנאים, החל משווה-רגלאים וכלה בסרטן הענק "Cardisoma guanhumi" (באנגלית Blue land crab), כמאתיים מינים של עופות וכ-27 מיני יונקים, הן יבשתיים והן ימיים. רכיכות כוללות מגוון של צדפות, חלזונות יבשתיים וימיים, ארנבות ים, חשופיות ים ושני מיני סילוניות, מין התמנון: "Octopus briareus" (באנגלית Caribbean reef octopus) ומין הדיונון: "Sepioteuthis sepioidea" (באנגלית Caribbean reef squid).