מנגד עמדו בפני לינקולן שתי אפשרויות פעולה: האחת תגבורה של פורט סאמטר אשר תראה בעיניים דרומיות כהתגרות ו השנייה פינוי המצודה אשר תראה בעיניים צפוניות ככניעה. כך התרכז לינקולן בהחלטה הקריטית ביותר בקריירה שלו כבר בתחילת תקופת כהונתו. הגנרל המפקד של הצבא, וינפילד סקוט, הודיע ללינקולן כי על מנת לפרוץ בכוח אל מפרץ צ'ארלסטון יהיה צורך בכוח צבאי וימי רב יותר מכפי שיכל הצבא להעמיד, מלבד העובדה כי האחריות לפרצתה של המלחמה תוטל על כתפי ממשלת ארצות הברית. רוב חברי הקבינט, בראשם מזכיר המדינה סיוארד, יעצו ללינקולן כי יורה על פינוי פורט סאמטר על מנת לשמור על השלום ולמנוע ממדינות הדרום העליונות מלפרוש ולחבור לאחיותיהן בקונפדרציה. אך שר הדואר מונטגומרי בלייר, הצהיר כי נסיגה פירושה הכרה פורמלית בקונפדרציה, הכרה אשר פירושה פירוק האיחוד וקץ הממשל הפדרלי. בעמדה זו נטה לינקולן לתמוך.
לינקולן התווה קו מדיניות וקיבל החלטה. המפתח להצלחת המדיניות החדשה הייתה הפרדת שאלת האספקה משאלת התגבור. הנשיא הורה לשגר אספקה למצודה הנצורה אולם להשאיר את הכוחות ואת ספינות המלחמה מחוץ למימי המפרץ ובידיהם פקודות להיכנס לקרב רק אם כוחות הקונפדרציה ינסו למנוע מספינות האספקה לתספק את סאמטר, כמו כן הוא יודיע לשלטונות המדינה על כוונתו לשלוח אספקה לנצורים, ואם תותחי הקונפדרציה ירו אל עבר ספינות אספקה בלתי חמושות, הדרום יואשם בתקיפת "משלחת הומניטרית המביאה מזון לאנשים רעבים".
ב-4 באפריל הורה לינקולן על שיגור משלחת אספקה בפיקודו של גמלאי הצי גוסטב פוקס אשר תכנן נחיתה לילית עם סירות נחיתה קטנות. פקודותיו של פוקס היו לנחות בסאמטר עם אספקה בלבד ואם יתקל בהתנגדות מצד הדרומיים להגיב בכוח ספינות המלחמה שהוקצו לו. כאשר יצא ניסיון אספקה זה אל הפועל עודכן אנדרסון בתוכנית אך לא במועד הביצוע, וב-6 באפריל העביר לינקולן מסר לפיקנס כי . הודעתו של לינקולן הועברה ישירות למושל פיקנס ולא לממשלת הקונפדרציה אותה ביטל לינקולן כאמור כלא לגיטימית. פיקנס התייעץ עם בורגארד, מפקד כוחות הקונפדרציה באזור וזה בתורו קיבל הוראות מדייוויס לחזור על תביעותיהם לפינויה של המצודה, ואם יתקבל בתשובה שלילית - להשמידה בטרם תגיע משלחת האספקה ליעדה. קבינט הקונפדרציה אשר התכנס ב-9 באפריל אשרר את הוראותיו של דייוויס כאשר רק חבר קבינט אחד, מזכיר המדינה רוברט תומבס, התנגד לכך.
ב-11 באפריל נשלחו שלושה קצינים מטעמו של בורגארד לסאמטר על מנת להציב אולטימטום אחרון לפינויה של המצודה. אנדרסון סירב, אולם אמר לשליחים - . השליחים שבו לצ'ארלסטון ודיווחו לבורגארד. ב-12 באפריל, בשעה 01:00, נשלחו השליחים בשנית לסאמטר עם מסר מאת בורגארד: לאחר התייעצות עם קציניו הבכירים הודיע אנדרסון כי יפנה את המצודה עד צהרי ה-15 באפריל אלא אם יקבל הוראות אחרות מוושינגטון או אספקה נוספת. קולונל צ'סנוט, הבכיר מבין שלושת שליחיו של בורגארד, מצא את תשובתו של אנדרסון בלתי מספקת וכתב בחזרה תגובה אשר נמסרה לאנדרסון בשעה 03:20: אנדרסון ליווה את השליחים לסירתם ונפרד מהם בלחיצת יד.
מהלך הקרב.
בשעה 04:30 נורתה פצצת מרגמה אחת מפורט ג'ונסון אל עבר פורט סאמטר והתפוצצה מעל המצודה, ובכך היוותה את האות לפתיחתה של הפגזתם של 43 תותחי הקונפדרציה אשר הוצבו סביב המצודה. האש, אשר נורתה מפורט מולטרי, הסוללה הצפה, הסוללות שלצידה, פורט ג'ונסון וקומברינג פוינט, תוזמנה בקצב של פגז כל שתי דקות, כנגד כיוון השעון, התזמון נקבע למעשה על מנת לחסוך בתחמושת לתותחים שאותה העריך בורגארד שתספיק ללא יותר מ-48 שעות הפגזה.
אנדרסון נצר את האש בהמתינו לשעות האור, העיר את חייליו בשעה 06:00 והחל לאייש את העמדות. הוא לא יכול היה לאייש את כל עמדות התותחים שכן היה חסר בכוח אדם מספיק והורה כי התותחים אשר הוצבו במפלס השלישי הגבוה לא יאוישו משום סכנת פגיעה של צוותיהם מאש הדרום אשר נורתה לעברם. לרוע המזל, תותחי המפלס השלישי היו התותחים הטובים ביותר במצודה וניתן היה לכוונם אל עבר עמדות הקונפדרציה, דבר שלא ניתן היה לעשות בתותחי המפלס הראשון אשר אויש במהלך הקרב. המצודה תוכננה לעמוד בפני מתקפות ימיות, ובעוד שספינות המלחמה של התקופה ההיא לא היו מסוגלות לייצר אש תלולת מסלול אשר תעבור את חומות המצודה, התותחים היבשתיים אשר אוישו בידי כוחות הקונפדרציה יכלו גם יכלו. חיל המצב לעומת זאת יכל היה לאכלס רק את תותחי המפלס התחתון, אשר היו נתונים בעמדות אבן ולא יכלו לירות אש תלולת מסלול אשר תפגע כהלכה ותאיים על עמדות הקונפדרציה. בנוסף לכך, אף על פי שבמהלך הנסיגה מפורט מולטרי לפורט סאמטר לקח איתו אנדרסון אספקה ותחמושת ככל שניתן היה להעמיס על הסירות, היה מחסור חמור בתחמושת במצודה עד אשר בסופו של הקרב מצבור התחמושת רוקן כמעט לגמרי.
ספינות האספקה של פוקס החלו להגיע ב-12 באפריל, הראשונה - ספינת הדגל של פוקס, ספינת הקיטור יו אס אס באלטיק אשר הגיעה ב-15:00 וכל היתר עגנו עד השעה 18:00. סירות הנחיתה הוכנו ושוגרו אולם חזרו לאחר שספגו מטחי אש ארטילרית לעברם. פוקס החליט להמתין לחסות החשיכה ולהגעתן של ספינות מלחמה נוספות אך באותו הלילה וכך גם ביום שלמחרת גלים גבוהים מנעו את הנחיתה ופוקס המתין בתקווה כי אנדרסון וחייליו יחזיקו מעמד יום נוסף עד לערבו של ה-13 באפריל.
סאמטר הייתה מצודה עשויה אבן, אולם בתוכה נבנו מספר מבנים עשויים עץ, ביניהם מגורי החיילים והסגל. מטחי הדרום כוונו אל עבר מבנים אלו וירו פגזים אשר חוממו לטמפרטורות גבוהות בתנורים ובכך הציתו שריפות במקום פגיעתם. גשם שהחל לרדת ב-19:00 כיבה את הדלקות הללו וחיילי האיחוד נצרו את אישם למשך הלילה בפקחם עין מפני פשיטה אמפיבית אפשרית של חיילי הדרום, ואילו סוללות הקונפדרציה הפחיתו את קצב יריותיהם ל-4 פגזים בשעה. עם עלות החמה חודשה אש התותחים ועד לשעות הצהריים רוב מבני העץ עלו באש אשר החלה לאיים על מחסן אבק השרפה של המצודה שם אוכלסו 300 חביות מלאות. חיילי האיחוד ניסו להרחיק את החביות מהאש, אולם בשלב מסוים הורה אנדרסון על סגירתו של המחסן והתרחקות ממנו מחשש להתפוצצותו, והורה על השלכת החביות אל מימי המפרץ. אנדרסון הורה על הכפלת המאמצים לפגוע בסוללות הדרום אך ללא הועיל. על אף זאת, ואולי בזכות זאת, רבים מחיילי הדרום העריצו את אומץ לבם של מגיני המצודה ואת התמדתם, ובכל פעם שחודשה האש אשר נורתה מן המצודה זכו לקריאות עידוד ומחיאות כפים בקרב חיילי הדרום.
סיומו של הקרב.
ב-13 באפריל בשעה 13:00 הצליחו פגזי הקונפדרציה לפגוע בתורן הראשי של המצודה, עליו התנוסס דגל ענקי ולהפילו. הפלתו של הדגל גרמה לכוחות הקונפדרציה לחשוב כי מגיני המצודה נכונים להיכנע. קולונל לואיס וויגפול, הסנאטור הטקסני לשעבר וכעת קולונל בשירות הקונפדרציה, עלה על דעת עצמו על סירה לכיוון המצודה הנצורה בחשבו כי המגנים סבלו מספיק והניף מטפחת לבנה בקצה חרבו. בפגשו באנדרסון אמר וויגפול אנדרסון התעודד מהעובדה כי וויגפול השתמש במונח "לפנות" ולא "להיכנע", הוא היה חסר בתחמושת, השריפות במצודה היו על סף יציאה מכלל שליטה וחייליו היו מורעבים ותשושים. מרוצה מכך שהגן בכבוד על המצודה הסכים אנדרסון להפסקת אש בשעה 14:00.
ממחטתו הלבנה של וויגפול הונפה על תורן המצודה בעוד שוויגפול הפליג בחזרה למוריס איילנד שם התקבל כגיבור. המטפחת נצפתה בצ'ארלסטון ומשלחת נציגיו של בורגארד יצאה לכיוונה של המצודה ללא כל ידיעה על ביקורו של וויגפול. אנדרסון רתח מזעם כאשר נודע לו כי וויגפול לא ייצג את בורגארד ותנאיו לא התקבלו, השליחים איימו על חידושה של המתקפה. במקביל שיגר בורגארד משלחת נוספת אשר הציגה לאנדרסון תנאים דומים לתנאים אשר הושגו עם וויגפול, כך נותרה הפסקת האש בעינה.
בשעה 14:00 מסר חיל המצב הצפוני את המצודה לכוחות הקונפדרציה והקרב הסתיים ללא כל נפגעים לשני הצדדים. במסגרת טקס הורדת דגל האיחוד מראש התורן הורה אנדרסון על מטח כבוד של 100 פגזים כהצדעה לדגל, אולם במטח ה-50 התפוצץ אחד התותחים ובהתפוצצות נהרג חייל אחד ונפצעו שישה מחיילי האיחוד, ובכך נעצר מטח הכבוד. חיילי וקציני חיל המצב הושמו על ספינת קיטור ונלקחו ביום למחרת לספינותיו של פוקס אשר עגנו מחוץ למפרץ. אנדרסון לקח איתו את הדגל אשר הורד מראש התורן, דגל אשר סימל את הקרב והפך לסמל לאומי במדינות הצפון.
לאחר הקרב.
הפצצתה של המצודה הייתה יריית הפתיחה של מלחמת האזרחים האמריקנית. בתגובה למסירתה של המצודה לידיים דרומיות קרא לינקולן לגיוסם של 75,000 מתנדבים לתקופה של 90 ימים על מנת להכניע את המרד עליו הכריזו מדינות הדרום, קריאה אשר הובילה בתורה להכרזה על פרישתן של 4 מדינות עבדים נוספות, וירג'יניה, קרוליינה הצפונית, ארקנסו וטנסי, וחבירתן לשורות הקונפדרציה. המלחמה נמשכה ארבע שנים עד לכניעתה של ארמיית צפון וירג'יניה בפיקודו של הגנרל רוברט לי לצבאו של יוליסס גרנט.