עונת 1977/1978 נחשבת כעונה המוצלחת ביותר בתולדות מכבי נתניה, ובה זכתה בדאבל הראשון שלה, תחת הדרכתו של המאמן שמואל פרלמן נתניה זכתה באליפות כשהיא מקדימה את בית"ר ירושלים ב-5 נקודות, וכן זכתה בגביע המדינה לאחר ניצחון על בני יהודה תל אביב במשחק הגמר. בסוף אותה עונה, בה כיכבו בקבוצה שפיגלר, גדי ועודד מכנס, שרגא וחיים בר, דוד לביא, משה גריאני, ברוך חסן, גדעון קליינמן, אלברט גזל וגבי רוזנדורן, השתתפה הקבוצה בשלב הבתים של גביע האינטרטוטו, אז הוגרלה מול סלובודה טוזלה מיוגוסלביה, אלפסבורג השוודית ולילסטרום הנורווגית. לבסוף זכתה בראש הבית עם שלושה ניצחונות ושלוש תוצאות תיקו, אך באותן שנים לא נערכו שלבי נוקאאוט ולא הוכרזה זוכה במפעל.
בעונת 1978/1979 סיימה נתניה במקום השלישי בליגה והשתתפה שוב בגביע האינטרטוטו, כאשר הפעם התמודדה מול ורדר ברמן הגרמנית, ראפיד וינה האוסטרית וסטנדרד ליאז' הבלגית. בעונת 1979/1980 זכתה הקבוצה באליפות הרביעית שלה בהנהגתו של המאמן יעקב גרונדמן. בסוף אותה העונה השתתפה נתניה בשלב הבתים של האינטרטוטו, מול מכבי תל אביב, פ.צ. קופנהגן הדנית ואנטוורפן הבלגית, וסיימה בראשות הבית. בעונת 1980/1981 סיימה הקבוצה במקום העשירי בלבד, והשתתפה שוב בשלב הבתים של האינטרטוטו, מול קבוצות הפועל תל אביב, פ.צ. ליאז' הבלגית וויינר ספורטקלב האוסטרית.
עונת 1981/1982 זכתה בנתניה לכינוי "האליפות הגנובה". בעונה זו הובילה הקבוצה במשך מרבית העונה את ראשות הטבלה, כאשר אליה נצמדה בראש הטבלה קבוצת הפועל כפר סבא. חמישה מחזורים לסיום העונה התקיים משחק דרבי השרון שהפגיש את שתי הקבוצות הללו למפגש צמרת. המשחק שנערך בנתניה נפתח ביתרון 0–1 לכפר סבא אך נתניה עשתה מהפך וניצחה לבסוף 5–2. לאחר המשחק היו בטוחים כולם כי מכבי נתניה תזכה באליפות, אך במשחקים שנותרו לא הצליחה הקבוצה להשיג תוצאות טובות, וכפר סבא בסדרת ניצחונות הצליחה לצמצם את הפער מנתניה ועקפה אותה בסיום העונה בנקודה אחת בלבד.
עונת 1982/1983 הייתה עונת התהילה האחרונה של ימיה הגדולים של הקבוצה. מכבי נתניה זכתה באליפות החמישית בתולדותיה כשהיא פותחת בסיום העונה פער של 14 נקודות מהמקום השני. בנוסף השתתפה הקבוצה באינטרטוטו וזכתה בראשות הבית בו התמודדו עמה הקבוצות שמשון תל אביב, פ.צ. לוצרן השווייצרית וארהוס הדנית. באותה העונה אימן את הקבוצה מרדכי שפיגלר, שחקן העבר של הקבוצה, אשר טבע את המשפט "נתניה ועוד 15". בעונה שלאחר מכן סיימה נתניה במקום הרביעי בליגה, ובשלוש השנים שלאחר מכן סיימה במרכז הטבלה. בעונת 1987/1988 סיימה הקבוצה במקום השני כסגניתה של האלופה הפועל תל אביב.
שנות ה-90 (הירידה הממושכת לליגה השנייה).
בעונת 1989/1990 סיימה הקבוצה במקום השביעי בליגה, בראש טבלת הפלייאוף התחתון. בעונה שלאחר מכן הגיעה הקבוצה למקום הרביעי בטבלה אך מיקום זה לא סימן את חזרתה לצמרת הכדורגל הישראלי והיא סיימה בשלוש העונות שלאחר מכן במרכז הטבלה. בעונת 1991/1992 שיחקה הקבוצה באינטרטוטו לאחר שנעדרה מהמפעל למספר שנים, והוגרלה בשלב הבתים מול מכבי פתח תקווה, סלאביה פראג הצ'כוסלובקית ובאייר לברקוזן הגרמנית. בעונת 1993/1994 שיחקה הקבוצה שוב באינטרטוטו, בשנה האחרונה בה המפעל הונהג רק בשיטת הבתים, והתמודדה מול הפועל באר שבע, לוקומוטיב סופיה הבולגרית, סילקבורג הדנית והלמשטד השוודית.
עונת 1994/1995 הייתה החותם הרשמי לנפילתה של הקבוצה הגדולה של מכבי נתניה. כבר מתחילת העונה לא הצליחה הקבוצה להיחלץ מן התחתית ורצף של הפסדים סימן אותה כמועמדת לירידה. הפסד למכבי הרצליה במחזור הסיום בקרב ישיר נגד הירידה הוריד את הקבוצה לליגה השנייה כאשר סיימה במקום ה-16 והאחרון. בעונתה הראשונה בליגת המשנה סיימה נתניה במקום התשיעי וניצלה מירידה לליגה השלישית. עונה לאחר מכן הצטרפה נתניה למאבק בצמרת הליגה השנייה, תחת הדרכתו של המאמן גדעון (גיגי) כהן, וצירפה לשורותיה שחקנים מנוסים כמו לאסלו צה ואלכסנדר גיידוק, אך סיימה במקום השלישי, שתי נקודות מהמקום השני אשר הוביל לליגה הבכירה. בעונת 1998/1999 הוחתם אורי מלמיליאן כמאמן הקבוצה והובאו שחקנים רבים ובהם לאסלו צה שחזר לקבוצה, ערן שייזינגר, גיא שרעבי, נועם שוהם ודניאל דומיטרסקו. הקבוצה סיימה במקום הראשון והעפילה לליגת העל לאחר ארבע עונות בליגת המשנה.
שנות ה-2000 (החזרה המחודשת לליגה הבכירה).
בתחילת עונת 1999/2000 מונה מוטי איווניר למאמן, והקבוצה פתחה את עונת החזרה שלה לליגת העל בהפסד 0–6 למועדון ספורט אשדוד. לאחר רצף של הפסדים לאורך תחילת העונה חזר מלמיליאן לתפקיד מאמן הקבוצה, והחתים את הקשר הוותיק איציק זוהר. הקבוצה הצליחה לברוח ממאבקי התחתית ולסיים במקום העשירי בליגת העל. בשנתיים שלאחר מכן סיימה הקבוצה פעמיים במקום השביעי כאשר היא מנצחת לא פעם קבוצות הנחשבות בכירות ממנה. סגל הקבוצה מנה באותן שנים מספר שחקנים מובילים בארץ באותה תקופה, ובהם אמיר שלח, גיא צרפתי, אישטוון האמר, אורי אוזן ולירון וילנר.
עונת 2002/2003 הייתה עונת החזרה של מכבי נתניה לצמרת הליגה לאחר שנים רבות ונתניה הגיעה למקום הרביעי בראשות המאמן גילי לנדאו והשחקנים ישמעאל אדו, ראובן עטר, אימורו לוקמן, אדריאן דן גמאן וישראל זביטי. בעקבות העונה המוצלחת חזרה נתניה להשתתף במפעל האינטרטוטו, הפעם במתכונתו החדשה הכוללת מספר משחקי גומלין. נתניה הוגרלה בסיבוב הראשון נגד קבוצת פרטיזן טירנה האלבנית, לה הפסידה 0–2 באלבניה, ועל אף שניצחה 3–1 בגומלין (במשחק שנערך בעיר ורנה שבבולגריה עקב המצב הביטחוני בישראל), היא הודחה מהמפעל.
בעונת 2003/2004 ירדה מכבי נתניה לליגה הלאומית לאחר שסיימה במקום ה-11, ובשל כך עזבו אותה מספר שחקנים, ביניהם אורי אוזן, רביד גזל ואימורו לוקמן. לקראת עונת 2004/2005 מונה ראובן עטר למאמן הקבוצה, אשר התבססה בעיקר על מספר שחקני בית, וביניהם ישראל זביטי, לירון וילנר, אמייה טגה ואסי וסיהון, ועל שחקני הרכש אבי פרץ, אורן נסים, ולירון בסיס. בעונה זו זכתה בגביע הטוטו לליגה הלאומית, ובסופה העפילה בחזרה לליגת העל.
בעונת 2005/2006 שיחקה הקבוצה בליגת העל תחת המאמן ראובן עטר והסגל נבנה ממספר רב של שחקני בית שהיו עם הקבוצה בעונה שלפני כן, וכן צורפו אלן מסודי, פפי קימוטו, טל בנין, דקל קינן, עופר טלקר וליאוניד קרופניק. הקבוצה סיימה באותה עונה במקום השביעי, כאשר לכל אורכה נעשו ניסיונות למכירת הקבוצה מבעליה הקודמים, אשר אלון, דובל'ה לנד ומאיר אוזן, לידיו של דניאל יאמר. לבסוף נחתמה עסקה זו בסופה של אותה עונה.
עידן דניאל יאמר (2010-2006).
בסוף עונת 2005/2006, לאחר משא ומתן מתמשך, קנה את הקבוצה איש העסקים הגרמני-יהודי דניאל יאמר. מיד לאחר קניית הקבוצה מינה את אייל ברקוביץ' למנג'ר הקבוצה ובעקבות כך התפטר ראובן עטר מאימון הקבוצה. תחת ברקוביץ' החתימה הקבוצה מספר רב של שחקנים, וביניהם לירן שטראובר, אבישי ז'אנו, אופיר חיים, אבי סטרול, מזואה אנסומבו, איתי שכטר ואורי אוזן, וכן הובא אלי גוטמן כמאמן הקבוצה.
ב-25 ביולי 2006 הגיע ויכוח בין יאמר לבין ברקוביץ' לטונים צורמים וכתוצאה מכך פוטר ברקוביץ' ממשרתו כמנג'ר מכבי נתניה. לאחר פיטורו של ברקוביץ' הוחתמו בקבוצה דדי בן דיין, אורן זיתוני, שי בירוק, לואיס מרין וג'ף טוטואנה. לאחר המחזור ה-14 פוטר גוטמן מאימון הקבוצה ועימו פוטרו עוזרו מרקו בלבול ומאמן הכושר אברי מונצ'ר, לאחר שהקבוצה היית במקום השמיני בליגה וספגה קריאות מהקהל על סגנון המשחק ההגנתי. לאחר פיטוריו של גוטמן מונה למשרת המאמן ראובן עטר. עם החתמתו קיבל לידיו גם את השחקן תמיר כהן שהיה אמור לחתום בקבוצה לפני פיטורי גוטמן, והביא איתו את מוסא סאנוגו ואמיר חלבי. עטר הנהיג את נתניה בדרך התקפית יותר משבה נהג גוטמן וכן שילב מספר שחקני בית שלא זכו לדקות משחק רבות וכן שחקני נוער כמו אלמוג כהן ודלה ימפולסקי. במהלך המשחקים שנותרו הוביל עטר את הקבוצה להופעה בגביע אופ"א וכן לסגנות האליפות, תואר אליו לא הגיעה נתניה במשך 19 שנה.
ב-14 באוגוסט 2007 שיחקה הקבוצה את משחקה הראשון במסגרת גביע אופ"א נגד קבוצת לייריה מפורטוגל. המשחק הסתיים בתוצאה 0–0, ובגומלין שנערך כעבור שבועיים באצטדיון קריית אליעזר נכחו 10,000 אוהדים אשר עשו את הדרך לחיפה, אך הקבוצה הפסידה 0–1 בדקות הסיום והודחה מהמשך הטורניר.
את עונת 2007/2008 סיימה נתניה שוב כסגנית האלופה. שחקניה הבולטים באותה העונה היו לואיס מרין, לירן שטראובר, דדי בן דיין, איתי שכטר, אבי סטרול וקלמי סבן, יחד עם שחקני הבית הצעירים אלמוג כהן ודלה ימפולסקי. בסוף העונה החליט הבעלים דניאל יאמר לא להמשיך עם המאמן ראובן עטר למרות הצלחתו בשתי העונות האחרונות, ולהחתים במקומו את בלם העבר של נבחרת לותר מתאוס כמאמן ראשי.