ב-1987 הייתה הקבוצה קרובה להבטיח אליפות שישית ברציפות, אבל לבסוף הפסידה למיונאריוס וסימה כסגנית, כמו גם בקופה ליברטדורס בפעם השלישית ברציפות. האדומים פגשו בגמר את פניארול מאורוגוואי וניצחו את המשחק הראשון 0-2 משערים של רוברטו קבניאס וחואן מנואל בטאגליה. במשחק השני באורוגוואי הפסידה אמריקה 2-1 וההכרעה עברה למשחק שלישי במגרש נייטרלי, בסנטיאגו שבצ'ילה. במצב של 0-0 התואר היה הולך לאמריקה, אבל פניארול כבשה שער ניצחון ממש בשניות האחרונות של ההתמודדות והשאירה את אמריקה ללא התואר היבשתי בפעם השלישית ברציפות.
השליטה נמשכה גם בשנות ה-90'.
עם פתיחת שנות ה-90, אמריקה מצליחה להשיג את התואר השביעי שלה. היא ניצחה באצטדיון אל קמפין את אינדפנדיינטה סנטה פה משער של סרחיו אנגולו במה שהיה גם תואר האליפות האחרון תחת הדרכתו של המאמן אוצ'ואה אוריבה. בפעם השלישית בהיסטוריה שלה זכתה אמריקה בתואר לאחר שסיימה במקום הראשון את שני הטורנירים של השנה ואת הפלייאוף שנתן לה את התואר.
שנתיים מאוחר יותר, אמריקה ממנה את המאמן המצליח, פרנסיסקו מטוראנה, שבשילוב של אימון הנבחרת מאמן גם את הקבוצה. אמריקה זוכה באליפות השמינית שלה בהיסטוריה אחרי ניצחון נוסף בקלאסיקו מול דפורטיבו קאלי. פרדי רינקון עם שער וצמד של אנטוני דה אבילה היקנו לאמריקה את הניצחון והתואר. באותה שנה הגיעה שוב לחצי גמר הקופה ליברטדורס, אך הודחה בדרמטיות על ידי ניואלס אולד בויס של המאמן מרסלו ביילסה לאחר דו-קרב פנדלים בתוצאה 10-11.
קללת הטורניר היבשתי לא פסחה על אמריקה גם בשנת 1996, כאשר הקבוצה הגיעה לגמר ההקופה ליברטדורס פעם הרביעית בתולדותיה, שוב מול ריבר פלייט. למרות שהציגה קבוצה חזקה שכללה בין השאר את שחקני הנבחרת, אוסקר קורדובה וחורחה ברמודס, אמריקה שוב הפסידה. את המשחק הראשון בקאלי אמנם ניצחה 0-1 משער של דה אבילה, אבל בגומלין באצטדיון המונומנטל, ניצחה ריבר 0-2 מצמד של הרנן קרספו, כאשר השער השני נבע מטעות קשה ביותר של השוער קורדובה.
שנה מאוחר יותר, חזרה אמריקה לזכות בתואר המקומית תחת הדרכתו של המאמן לואיס אוגוסטו גרסיה. הפעם היריבה בגמר הייתה אתלטיקו בוקרמנגה הצנועה. זה היה הטורניר הארוך ביותר שנמשך אי פעם בקולומביה, 16 חודשים. אמריקה ניצחה 0-3 בסיכום שני המשחקים, לאונרדו פביו מורנו, אדולפו ולנסיה וחוליאן טייס. בתחילת 1997, דורגה אמריקה קאלי במקום השני בעולם אחרי יובנטוס לפי דירוג הפדרציה הבינלאומית להיסטוריה וסטטיסטיקה של הכדורגל.
בשנת 1999 הגיעה סוף סוף הזכייה הראשונה של אמריקה קאלי בטורניר יבשתי. אומנם לא היה מדובר על גביע הליברטדורס, אלא על גביע מרקונורטה, אבל גם הוא נחשב לתואר יבשתי. תחת הדרכתו של המאמן הצעיר, חיימה דה לה פאבה, אמריקה סיימה במקום הראשון בבית שלה ופגשה בחצי הגמר את אליאנסה לימה מפרו. לאחר 3-3 בסיכום המשחקים, אמריקה הייתה זו שניצחה 3-4 בדו-קרב פנדלים והעפילה לגמר מול אינדפנדיינטה סנטה פה. את המשחק הראשון בגמר אירחה אמריקה אבל הפסידה 1-2. בגומלין היה זה חיירו קסטייו שהציל אותה וכבש את שער הניצחון, מה ששלח את שתי הקבוצות לדו-קרב פנדלים שבסופו ניצחה אמריקה 3-5 וזכתה בגביע. בליגה המקומית הגיעה אמריקה למשחק הגמר מול אתלטיקו נסיונל אבל הפסידה את התואר בדו-קרב פנדלים.
שנות ה-2000: התחלה מצוינת וקריסה כלכלית.
את תחילת המילניום החדש אמריקה קאלי פתחה מצוין תחת הדרכתו של דה לה פאבה וזכתה בשלוש אליפויות רצופות בין השנים 2000-2002. בשנת 2000 זכתה באליפות העשירית שלה, בפעם הראשונה בהדרכת מאמן מקומי מואייה דל קאוקה. הקבוצה סיימה ראשונה בבית הגמר כאשר היא מנצחת במשחק האחרון 0-2 את דפורטס טולימה משערים של לואיס אספרייה ונסטור סלסר.
בשנת 2001 זכתה באליפות ה-11 שלה במה שגם היה הטורניר הארוך האחרון לפני שהחלה המתכונת של שני טורנירים בשנה, אפרטורה וקלאוסורה. במשחק הגמר גברה אמריקה על אינדפנדיינטה מדיין 1-0 במשחק החוץ ובבית ניצחה 2-0 במשחק הבית כדי להשלים ניצחון של 0-3 וזכייה שנייה ברציפות.
בפורמט החדש הצליחה אמריקה לזכות באליפות גם בטורניר האפרטורה שפתח את שנת 2002. למרות שסיימו את הליגה הסדירה במקום השמיני, העפילו לפלייאוף ושם השדים האדומים העפילו למשחק הגמר מול אתלטיקו נסיונל. במשחק הראשון בבית ניצחו 1-2 ובמשחק הגומלין באצטדיון אטנאסיו חירארדוט ניצחו שוב, הפעם 0-1, כדי לזכות בתואר בפעם השלישית ברציפות וה-12 בסך הכל.
בשנת 2003 רשמה אמריקה קמפיין מוצלח בטורניר היבשתי, כאשר הגיעה עד לחצי גמר גביע ליברטדורס תוך כדי שהיא מנצחת את ראסינג קלוב וריבר פלייט, אך הודחה בחצי הגמר על ידי בוקה ג'וניורס.
לאורך העשור נקלעה כמה וכמה פעמים למשברים כלכליים שאיימו על הישארותה בליגה הבכירה, אבל בטורניר הקלאוסורה של 2008 הצליחה אמריקה לזכות באליפות ה-13 שלה וזה קרה כאשר בגמר הצליחו האדומים לגבור על אינדפנדיינטה מדיין בתוצאה כוללת של 1-4 והישוו את מספר האליפויות שלהם לאלו של מיונאריוס.
העשור השני של שנות ה-2000: ירידת ליגה היסטורית ואליפות כפולה בסיומו.
ב-2010 נקלעה אמריקה לקשיים כלכליים גדולים מאוד שהיקשו עליה להעמיד קבוצה ראויה, ובטורניר הקלאוסורה של 2011 סיימה במקום הלפני אחרון והתמודדה מול פטריוטס בויקה במשחקי ההישרדות על הזכות לשחק בליגה הבכירה. לאחר 1-1 בחוץ, האוהדים מילאו את האצטדיון בקאלי כדי שהנורא מכל לא יקרה. אמריקה קאלי למרות זאת, לא הצליחה לנצח וסיימה את המשחק בתיקו 1-1. בדו-קרב הפנדלים קרה הבלתי ייאמן ופטריוטס ניצחה 3-4. אמריקה קאלי ירדה לראשונה בתולדותיה לליגה השנייה לאחר 63 שנים. למרות זאת, לא היה קל לקבוצה לחזור לליגה הבכירה וחרף מאמציה היא כשלה פעם אחר פעם. רק כעבור חמש שנים, ב-27 בנובמבר 2016, ניצחה אמריקה במחזור האחרון של הפלייאוף את דפורטס קינדיו 1-2 וחזרה רשמית לליגה הראשונה. בשביל הפרוטוקול היא גם גברה 1-5 על טיגרס פוטבול קלוב וזכתה באליפות הליגה השנייה. המשימה הושלמה תחת הדרכתו של המאמן הרנן טורס וחלוץ הארגנטינאי הוותיק, ארנסטו פריאס.
לאחר שנתיים מחזרתה לליגה השנייה שבה פעם אחת העפילה לפלייאוף, אמריקה קאלי בנתה קבוצה טובה לקראת הטורניר האחרון של העשור, תחת המאמן אלשנדרה גימרייש. בקבוצה זו שיחקו שחקנים בולטים כמו השוער הברזילאי, נטו וולפי, כריסטיאן אלבארס, מתיאס פיסאנו, רפאל קראסקל, דובאן ורגארה ומייקל רנחל. את הליגה הסדירה הקבוצה סיימה במקום השני אחרי אתלטיקו נסיונל, כאשר רנחל הוא הכובש המצטיין. בפלייאוף הוגרלה הקבוצה לבית אחד עם אינדפנדיינטה סנטה פה, דפורטיבו קאלי ואליאנסה פטרולרה. למרות הפסד במשחק הפתיחה לסנטה פה, התאוששה הקבוצה, ניצחה את דפורטיבו בקלאסיקו של קאלי והגיעה למחזור האחרון כשהיא צריכה ניצחון ביתי על סנטה פה בשביל להבטיח עלייתה לגמר. שערים של פיסאנו ורנחל נתנו לקבוצה ניצחון 0-2 והעפלה ראשונה לגמר מאז 2008. במשחקי הגמר פגשה את ג'וניור ברנקייה, שזכתה בשני הטורנירים הקודמים. במשחק הראשון באצטדיון מטרופוליטאנו רוברטו מלנדס, נגמר המשחק בתוצאת תיקו 0-0, שהצריכה את אמריקה לנצח בתוצאה מינימלית בבית בגומלין בשביל לזכות. ואכן ב-7 בדצמבר באצטדיון פסקואל גררו, רשמה אמריקה ניצחון של 0-2 משערים של רנחל וסיירה, כדי לזכות באליפות מספר 14 בהיסטוריה של המועדון.
אמריקה לא חיכתה יותר מדי בשביל לזכות שוב באליפות ושיחזרה אותה בטורניר הארוך שהתקיים ב-2020 בעקבות מגפת הקורונה. הטורניר החל בינואר 2020 והופסק במרץ, לפני שחודש שוב באמצע ספטמבר. אמריקה לא שיחקה טוב בליגה הסדירה והצליחה להשתחל ברגע האחרון לפלייאוף בזכות ניצחון טכני 0-3 על קוקוטה דפורטיבו שפעילותה הופסקה. גם בקופה ליברטאדורס הקבוצה נכשלה ולא עברה את שלב הבתים. הייתה סכנת פיטורים מעל ראשו של המאמן חואן קרוס ריאל, אבל בפלייאוף הכל השתנה. בהנהגתם של דובאן ורגרה והחלוץ הוותיק, אדריאן ראמוס אמריקה הייתה הקבוצה המרשימה ביותר כשהיא מנצחת ברבע הגמר את אתלטיקו נסיונל 2-4 בסיכום המשחקים ואת ג'וניור ברנקייה בחצי הגמר 1-2 בסיכום המשחקים. בגמר התמודדה מול אינדפנדיינטה סנטה פה. ניצחון 0-3 במשחק הראשון גרם לאמריקה להגיע לגומלין בבוגוטה בראש שקט, אבל כבר במחצית הקבוצה פיגרה 0-2 והמהפך ריחף באוויר. בסופו של דבר הצליחו השחקנים לשמור על התוצאה, הפסידו 2-0 אבל זכו באליפות מספר 15 בזכות ניצחון 2-3 בסיכום.
הסמל.
הסמל של המועדון שונה כמה וכמה פעמים. תחילה הופיע עם דמות השטן שמוזהה עם אמריקה, שכן בשנות ה-40 קיבלו שחקניה המועדון את הכינוי "השדים האדומים" לאור יכולתם על המגרש. אך סמל זה יצר אי נוחות אצל מאמן הקבוצה בעבר ואחד הסמלים שלה, גבריאל אוצ'ואה אוריבה ובעקבות בקשתו הופיעו כסמל המועדון רק כוכבים כמספר האליפויות שזכתה בהן הקבוצה. ב-1977 כשחגגה 50 שנה להיווסדה, הסמל כלל את הספרה 50 ואת שנה של הקבוצה ודבר דומה נעשה גם ב-2007 כאשר הקבוצה חגגה 80 שנה. בין השנים 2008-2012 הקבוצה חזרה לסמל שכלל רק כוכבים כמספר האליפויות שהשיגה ובאמצע הכיתוב AMERICA. ב-2013 חזרה דמותו של השטן לסמל.
אצטדיון.
אמריקה קאלי מקיימת את משחקיה הבית שלה באצטדיון פסקואל גררו שבעיר קאלי. תכולת האצטדיון היא 35,405 מקומות והוא שופץ והורחב לקראת המונדיאליטו שנערך בקולומביה ב-2011. עד לשנת 2010 חלקה את האצטדיון גם קבוצת דפורטיבו קאלי, אך בשנת 2010 עברה לאצטדיון פלמסקה.
יריבויות.