ב-7 באוקטובר 2004 בוצעה מתקפת טרור נרחבת שכללה פיצוץ שלוש מכוניות תופת בשניים ממוקדי התיירות הישראלים המרכזיים בסיני: מלון הילטון טאבה, בסמוך לעיירה טאבה השוכנת בסמוך לגבול ישראל-מצרים, וחוף ראס א-שטן, הממוקם בסמוך לעיירה נואיבה במזרח סיני, כ-50 קילומטר מדרום לקו הגבול. במהלך המתקפה נהרגו 34 איש (מתוכם 12 אזרחים ישראלים) ונפצעו 171, חלקם ישראלים. המתקפה בוצעה על ידי פעילי טרור פלסטיניים, שנעזרו בסיוע מקומי. בתגובה ביצע המשטר המצרי מעצרים נרחבים בסיני של חשודים במעורבות וסיוע לפיגועים. ב-23 ביולי 2005, יום השנה למהפכת הקצינים החופשיים, ביצע ארגון הטרור הווהאבי גדודי עבדאללה עזאם שמקורו בערב הסעודית, סדרת פיגועים בשארם א-שייח', בשני בתי מלון ובשוק העתיק של העיר. פיצוץ שתי מכוניות תופת ומזוודת נפץ הביאו למותם של 88 איש, בהם 10 תיירים זרים, ולפציעתם של למעלה מ-200. בתגובה לפיגועים בוצעו מעצרים רבים בקרב הבדואים בסיני והוקמו נקודות בידוק בכניסה לשארם א-שייח', במטרה למנוע את כניסתם של גורמי טרור לעיר.
לאחר ההפיכה במצרים בשנת 2011, הדחתו של הנשיא חוסני מובארכ וההתערערות במצב הביטחוני הכללי במצרים ובפרט בסיני, החלו פעילי הטרור שהתבססו באזור במתקפות על גורמים ממשלתיים וצבאיים, כאשר חמושים בדואים באזור נותנים להם סיוע.
מהלך האירועים.
בסוף שנות שלטונו של הנשיא חוסני מובארכ, התרופפות השליטה הביטחונית המצרית בסיני הגיעה לשיא. אלפי מנהרות הברחה בין סיני לעזה שימשו להובלת תחמושת, טילים ואמצעי לחימה. ארגוני הטרור החלו בניסיון לערער את היציבות באזור על ידי ירי רקטות מסיני על ישראל וירדן ב-2010. אך כל עוד נשמרה היציבות במצרים, המצב בסיני נשאר תחת שליטה יחסית. לאחר ההפיכה במצרים והדחתו של מובארכ ניצלו ארגוני הטרור בסיני את ההזדמנות לערער את המצב הביטחוני באזור.
מתקפות הטרור הראשונות.
הסכם השלום בין ישראל למצרים כולל בין היתר סיכום על אספקת גז לישראל. לאחר ההפיכה במצרים בשנת 2011 ניסו אותם גורמים קיצוניים לנצל את המצב הביטחוני הרגיש ולחבל בצינור הגז בין ישראל למצרים.
ב-5 בפברואר 2011 הודיע הצבא המצרי על הפסקת הזרמת הגז בקו שמוביל את הגז מאל עריש לירדן ולישראל, עקב פיצוץ בצינור הגז שבוצע על ידי גורמי טרור. בתקופה ההיא מצרים הייתה אחראית ל-40 אחוז מאספקת הגז בישראל והפסקת הזרמתו של הגז הייתה בעיה משמעותית לישראל. במהלך השנים 2011–2012 פוצץ צינור הגז למעלה מ-14 פעמים. ב-30 ביולי 2011 ביצעו חמושים מתקפה על תחנת משטרה באל עריש, בצפון חצי האי סיני. במתקפה נהרגו שוטר ושלושה אזרחים. ב-2 באוגוסט 2011 קבוצת פעילי טרור שהגדירו עצמם אל-קאעידה של חצי האי סיני הכריזו על כוונתם להקים בסיני ח'ליפות אסלאמית.
מבצע נשר (العملية نسر).
ב-14 באוגוסט 2011 פתחה מצרים במבצע צבאי מקיף בסיני, לראשונה לאחר שנים רבות של הזנחה וחוסר פיקוח על הקורה בסיני. המבצע, שכונה על ידי הצבא המצרי מבצע נשר (العملية نسر), כלל בהסכמת ישראל את הגדלת כוחותיו בסיני בעוד כ-1,000 חיילים, נגמ"שים, שריוניות ואף טנקים. ישראל הסכימה להכנסת הכוחות הצבאיים לסיני, למרות הסכמי השלום שנחתמו בינה לבין מצרים, בעקבות חששותיה שארגוני הטרור ישתמשו בסיני כבסיס להוצאת מתקפות טרור נגדה.
מתקפת הטרור באוגוסט 2011.
ב־18 באוגוסט 2011 אירעה סדרת פיגועי טרור בדרום ישראל על כביש מספר 12, בקילומטר ה־26 מהעיר אילת ובסמוך לגבול ישראל-מצרים. פעילי טרור שמזוהים עם הג'יהאד הסלפי חדרו מסיני ופתחו באש על אוטובוס "אגד" (קו 392) בכביש 12. בהמשך פתחו באש (לרבות שיגור טיל נ"ט) על אוטובוס נוסף ועל מכוניות של אזרחים ישראלים, ובכך רצחו שישה אזרחים ישראלים ופצעו 40. בחילופי האש במהלך המרדף אחרי התוקפים נהרגו 7 מהמחבלים, חמישה חיילים מצרים וכן חייל צה"ל ולוחם ימ"מ.
מצרים, שהמחבלים חדרו לישראל משטחה, האשימה את ישראל בהתרשלות בהגנה על הגבול, והודיעה על החזרת שגרירה מישראל עד לקבלת התנצלות מישראל ומסירת תוצאות החקירה בנוגע למותם של חמישה אנשי כוחות ביטחון מצרים במהלך מתקפת הטרור. שר הביטחון, אהוד ברק, הביע צער על מותם של השוטרים המצרים. תחקיר שהתפרסם כשבוע לאחר מתקפת הטרור הראה שחיילי צה"ל השתדלו להימנע מפגיעה בחיילים מצרים. עוד התברר, כי שלושה מהמחבלים היו אזרחים מצרים שחברו לארגוני טרור.
מתקפת הטרור באוגוסט 2012.
ב-5 באוגוסט 2012, חדרו טרוריסטים חמושים לתחנת משטרה מצרית בצפון חצי האי סיני. השוטרים והחיילים ששהו באותה עת בתחנה הותקפו בירי נשק קל ורקטות נגד טנקים בעת שסעדו את סעודת האפטאר המסורתית - ארוחת הערב השוברת את הצום היומי בחודש הרמדאן המוסלמי. בהתקפה נהרגו 16 שוטרים וחיילים מצרים ושבעה נפצעו. המחבלים גנבו נגמ"ש ומשאית שאותה מילכדו בחומרי נפץ, ופרצו את הגבול עם ישראל, בסמוך לכרם שלום.המשאית הממולכדת התפוצצה כשנתקעה בפילבוקס במעבר כרם שלום, והנגמ"ש הצליח לפרוץ את הגבול ולהמשיך לנסוע בתוך שטח ישראל עד שהושמד באמצעות טיל ששוגר על ידי מסוק קרב וירי טנקים של צה"ל. המחבלים שהשתתפו בתקיפה בישראל היו חמושים ברובי קלשניקוב וחגורים בחגורות נפץ. כל המחבלים נהרגו בידי צה"ל.
אף ארגון לא לקח אחריות על המתקפה, אך בישראל ובמצרים העריכו שמדובר בחוליות טרור אסלאמי סלפיות של הג'יהאד העולמי שפעלו בשיתוף פעולה עם ארגוני טרור פלסטיני מרצועת עזה, חדרו דרך מנהרות ההברחה ברפיח (ציר ה-ח'), וביצעו את המתקפה יחד עם תשתיות טרור מקומיות. בעקבות המחדל המודיעיני שאיפשר את המתקפה, והתפקוד של כוחות הביטחון המצריים, הדיח מורסי את ראש המודיעין מוראד מוואפי ואת מושל צפון סיני.
תגובת הצבא המצרי - מבצע סיני (אוגוסט 2012).
ב-5 באוגוסט 2012 פתח צבא מצרים במבצע צבאי ממושך נגד גורמי הטרור בסיני. המבצע שהחל בעקבות מתקפת הטרור במפגש הגבולות ישראל-מצרים-ירדן, נחשב בתחילה כהמשך ל'מבצע נשר', אך ב-3 בספטמבר הודיע צבא מצרים שמדובר במבצע צבאי חדש ששמו מבצע סיני. במהלך המבצע, צבא מצרים הפציץ כפרים שבהם התרכזו חמושים, פשט על מאות בתים בניסיון להתחקות אחר פעילי טרור ולמצוא נשק לא חוקי, והשתלט על מאגרי תחמושת שכללו בין היתר טילים נגד מטוסים.
צבא מצרים הגדיר את המבצע כ"מבצע לטיהור סיני שמטרתו להחזיר את הביטחון באזור, על ידי רדיפת גורמי טרור חמושים".
במבצע סיני נהרגו 32 פעילים חמושים ונעצרו 38 פעילי טרור, ביניהם טרוריסט שכונה 'בין לאדן של חצי האי סיני' והיה לטענת הצבא המצרי אחראי לפיגוע ב-5 באוגוסט. הצבא המצרי לעומת זאת ספג 21 הרוגים ו-36 פצועים, כמו כן 2 אזרחים נהרגו ושישה נפצעו.
משבר בני הערובה במאי 2013.
באמצע מאי 2013 חטפו חמושים שישה שוטרים וחייל משמר הגבול בצפון סיני. כדי ללחוץ על הממשלה המצרית, פרסמו סרטון וידאו שבו התחננו החטופים כשידיהם קשורות ועיניהם מכוסות, לנשיא מצרים מוחמד מורסי לשחרר את "האסירים הפוליטיים", חבריהם של החוטפים, כדי שהחוטפים ישחררו אותם. בתגובה אמר מורסי ש"כל האופציות פתוחות" והצהיר בטוויטר "לא ניכנע לשום סחיטה באיומים".
הצבא המצרי שלח חיילים, טנקים ומסוקים לאזור. במהלך החיפושים אחר החטופים היה אירוע אלים נוסף בסיני, כאשר חמושים ניסו להשתלט על בסיס של כוחות הביטחון וניהלו ביניהם חילופי אש, אך לא היו הרוגים. לאחר כמה ימים הוציא הצבא הודעה ש"שבעת החיילים נמצאים בדרכם לקהיר לאחר שהם שוחררו בשיתוף פעולה עם ראשי השבטים ותושבי סיני".
לאחר הדחת מורסי ביולי 2013.
ביולי 2013 לאחר הדחתו מהנשיאות של מוחמד מורסי והמלחמה של הצבא בתנועת האחים המוסלמים, חלה עליה בהתקפות הטרור בסיני נגד אזרחים וכוחות הביטחון, שבוצעו על ידי בדואים ואסלאמיסטים חמושים. התקפות שהעידו לטענת הצבא, על הקשר בין ארגוני הטרור האסלאמיים בסיני לתנועת 'האחים המוסלמים'. הצבא בתגובה הגדיל את נוכחותו בסיני בשני גדודים נוספים והמשיך בפעילות מאסיבית נגד מוקדי הטרור.
בשבועיים שחלפו מאז ההפיכה ב-3 ביולי, בוצעו בצפון סיני 39 פיגועי טרור. בעימותים בין כוחות הביטחון לחמושים נהרגו 52 חמושים ואזרחים ושישה חיילים מצרים. ב-15 ביולי אירעה המתקפה הגדולה ביותר על אזרחים, חמושים תקפו אוטובוס שהסיע פועלים, הרגו חמישה ופצעו חמישה עשר.
ב-18 באוגוסט עצרו פעילי טרור חמושים שני מיניבוסים שהובילו שוטרים שלא היו בתפקיד, הורו להם לרדת ולשכב בצידי הכביש. לאחר שקשרו אותם, ירו בהם והרגו 25 שוטרים. במצרים הועלתה ביקורת קשה על כך שהמיניבוסים לא היו מאובטחים. משרד הפנים המצרי הודיע שמעתה כל השיירות שיובילו שוטרים וחיילים יהיו תחת אבטחה כבדה. הצבא המצרי עצר 11 איש בהם חמישה אנשי חמאס, שלושה מקומיים ושלושה אזרחים זרים, בחשד לאחריותם למעשי ההרג. ב-1 בספטמבר נעצר עאדל מוחמד איברהים מנהיג אל קאעידה בחצי האי סיני שהודה באחריותו למתקפת הטרור.