המודיעין של בעלות הברית לפני הקרב סבל שני ליקויים עיקריים. ראשית, בשל כשל מודיעיני דיווחו אנשי המודיעין למפקדים בשטח שלפניהם עומד כוח בסדר גודל של בין 1,500 ל-2,000 חיילים בלבד, ושהצפי להכנעתם הוא ה-1 בדצמבר. למעשה מנה מספר היפנים באזור כ-6,500. בנוסף, ברשות בעלות הברית היו מפות לא מדויקות ולא נערכו טיסות סיור, עובדה שהקשתה מאוחר יותר על טיווח הארטילריה. על סמך המודיעין המועט שהיה בידיהן הסיקו בעלות הברית שתוואי השטח הביצתי לא יאפשר בניית ביצורים באזור. כל אלה הביאו לאמונה הרווחת בקרב הפיקוד העליון שאזור בונה-גונה ייכבש במהירות.
חוסר המוכנות של בעלות הברית.
אף על פי שקציני המטה שלו סברו שדיוויזיית הרגלים ה-32 אינה מוכנה לקרב, חש מקארתור לחץ לספק ניצחון. באותה עת בוושינגטון לא היה המפקד העליון וראש אגף המבצעים של הצי האמריקאי, אדמירל ארנסט קינג, שבע רצון מחלוקת הפיקוד בין מקארתור למפקד צי האוקיינוס השקט, אדמירל צ'סטר נימיץ, ופעל למסור לאחרון פיקוד מלא.
מקארתור, אם כן, התעקש שהדיוויזיה ה-32, תחת פיקודו של מייג'ור גנרל אדווין הארדינג תעבור מאוסטרליה לגינאה החדשה באוקטובר 1942. הגדוד השני של הרגימנט ה-126 נשלח למסע רגלי על פני 210 קילומטרים מפורט מורסבי עד החוף הצפון-מזרחי של גינאה החדשה. במהלך ארבעת השבועות הללו לא פגש הגדוד באף אויב, אך כשני שלישים מכל הגדוד נפלו למחלות כגון מלריה, קדחת דנגי, טיפוס הבהרות ולפציעות נוספות.
אימונים לקויים.
מראשית הקרב התחוור שהחיילים האמריקאים אינם מתורגלים בלוחמת ג'ונגלים, זאת מפני שבארצות הברית התאמנה הדיוויזיה לקראת לחימה באירופה. בעוד שתקנות צבא ארצות הברית קבעו שעל דיוויזיה להתאמן כיחידה במשך לא פחות משנה, כשנשלחה הדיוויזיה לאוסטרליה הצטרפו אליה כ-3,000 חיילים חדשים שרק סיימו טירונות. לאחר שהגיעה הדיוויזיה לאוסטרליה ניתנה לחיילים הדרכה בלחימה מדברית שהתאימה להגנה על אוסטרליה במקרה של פלישה יפנית. הדיוויזיה ה-32, אם כן, לא הייתה ערוכה להילחם בג'ונגלים של גינאה החדשה כנגד החיילים היפנים המנוסים.
סיוע ארטילרי מוגבל.
בראשית הקרב חסרו בעלות הברית כוחות שריון, ארטילריה, סיוע ימי וסיוע אווירי, וארבעים ושמונת תותחי ההוביצר של הדיוויזיה נותרו באוסטרליה בשל מחסור בכלי תובלה. מפקד כוחות האוויר של בעלות הברית בדרום-מערב האוקיינוס השקט, גנרל ג'ורג' קני, היה בטוח ביכולת טייסיו להחליף את הארטילריה המסורתית ואמר למקארתור ש"ניתן לשמור על הטנקים ועל הארטילריה הכבדה לשדות הקרב באירופה ובאפריקה. אין להם מקום בלוחמת ג'ונגלים. בזירה זו הארטילריה עפה."
הארדינג ומפקד הארטילריה שלו שכנעו לבסוף את מקארתור לשלוח תותח הוביצר 105 מילימטרים לאזור, ובנוסף שאלו תותח 25 ליטראות מהכוחות האוסטרלים.
הקרב.
הדיוויזיה ה-32 פתחה במתקפה ב-16 בנובמבר 1942, כשפגשו ביפנים דרומית לבונה. הארדינג ביקש סיוע טנקים ממפרץ מילן אך המחסור בכלי תובלה מנע את שליחתם. במקום הטנקים נשלחו לחזית זחליליות אוניברסליות אותם נטרלו היפנים במהירות בשל שריונם הקל. טנקים וכלי ארטילריה לא הגיעו לאזור עד ה-18 בדצמבר, כחודש לאחר פרוץ הקרב.
בערב היום הראשון לקרב קווי בעלות הברית בקושי התקדמו. מספר יחידות אמריקאיות הצליחו להתקרב מספיק לעמדות היפניות על מנת לגלות שעמדות המקלעים שוכנו בתוך בונקרים משוריינים.
ארטילריה מוגבלת.
עד ה-23 בנובמבר היה ברור שכיבוש גונה בלתי אפשרי בשל מחסור בחיילים, בטנקים ובכלי ארטילריה. ללא סיוע טנקים היו העמדות היפניות קשות להכנעה והחיילים נאלצו לזחול מעמדה אחת לשנייה תחת אש צולבת ואש צלפים ולהשחיל רימונים דרך חרכי הירי. כשלבסוף הגיע תגבורת אוסטרלית בדמות מספר תותחי שדה ב-26 בנובמבר היה הירי בלתי מדויק בשל שימוש במפות לא מדויקות ובשל הקושי של התצפיתנים לקבוע את דיוק הפגיעות בצמחייה הסבוכה. באותו בוקר תקפו מטוסי קרטיס P-40 וורהוק ובריסטול בופייטר במשך שעה את העורף היפני, ולאחר מכן המשיכו פצצות מרגמה, מקלעים וכלי הארטילריה החדשים בהתקפה על האזור. בשעה 09:30 החלו הרגלים להתקדם כמתוכנן, אך במהרה התברר שלהתקפה המקדימה לא הייתה השפעה רבה על היפנים, שהתחפרו בבונקרים.
הארדינג נאלץ לקבל את החלטתו של מקארתור להסמך אך ורק על סיוע אווירי, אך כוחותיו נבלמו בפני הביצורים היפנים פעם אחר פעם. גדוד אחד של הרגימנט ה-126 חצה את נהר גירואה וחבר לדיוויזיה האוסטרלית השביעית תחת פיקודו של מייג'ור גנרל ג'ורג' וסי. על כוח זה הוטלה משימת ההגנה על הכפר סוֹפּוּטָה ותקיפת סננאנדה, והוא זכה לכינוי "כוח אורבנה."
הכוחות שהתקדמו לכיוון גונה קיבלו תגבורת בדמות שאריות כוח מראוברה, שהכיל את החטיבה ה-30 האוסטרלית ואת הגדוד ה-39. החטיבה האוסטרלית ה-16 נשלחה לתקוף את סננאנדה.
ב-29 בנובמבר הגיעו לסננאנדה 500 השורדים האחרונים של קרב שביל קוקוקדה, ובכך העלו את מספר המגינים.
הדחת הארדינג.
עד סוף נובמבר חש מקארתור תיסכול רב בקשר לביצועי הדיוויזיה ה-32, ובעיקר בקשר לקציני הדיוויזיה. בתגובה הוא הורה למפקד הגיס הראשון, מייג'ור גנרל רוברט איישלברגר, לתפוס פיקוד על הכוחות.
ב-1 בדצמבר ניהל הארדינג מתקפה על בונה. באגף שמאל, התקדמה פלוגה E מהרגימנט ה-126, בחיפוי תותח שדה אחד ומרגמות, בכוונה לחצות את נהר גירואה ולהתקדם בשטח פתוח, אך ככל הנראה בשל בעיות תקשורת נסוג הכוח. יום לאחר מכן פתחו פלוגה E, פלוגה F ומחלקה מהרגימנט ה-128 בהתקפה נוספת, אך נבלמו בכל פעם על ידי אש מקלעים. גם באגף ימין של המתקפה, שנפתחה ב-2 בדצמבר בהתקפה אווירית, נבלמו הכוחות על ידי אש מקלעים.
איישלברגר הגיע לבונה באותו היום. בביקורו בקו החזית ומשיחותיו עם החיילים הגיע איישלברגר למסקנה שהחיילים מפחדים להתעמת עם אויב חלש מהם, וביקר את מפקדי הכוח על ארגון כושל. גם אנשי מטהו של איישלברגר שביקרו בחזית סמוכה שבו למפקדה בערב ומסרו למפקדם שהדברים דומים בכל החזיתות. איישלברגר הדיח את הארדינג מתפקידו ומינה במקומו את מפקד הארטילריה של הדיוויזיה בריגדיר גנרל אלברט ולדרון. איישלברגר גם הדיח מפקדי רגימנטים וגדודים, הורה על שיפור המזון והאספקה ועצר את הפעילות בזירה למשך יומיים לטובת התארגנות מחדש.
חידוש ההתקפה.
ב-5 בדצמבר הורה איישלברגר על מתקפה כללית לאורך כל החזית. ולדרון נורה בכתף על ידי צלף ואיישלברגר החליף אותו בראש המטה שלו בריגדיר גנרל קלוביס באיירס. באותו יום הוביל סמל הרמן בוצ'ר מחלקה בת 31 חיילים כנגד העמדות היפניות. לאחר קרב ממושך הצליחה המחלקה לחצות את הקווים היפנים באמצע אזור בונה ולבודד את הכפר. על פעילותו ביום זה קיבל בוצ'ר קידום בשדה הקרב לדרגת קפטן והוענק לו עיטור צלב השירות המצוין.
ב-8 בדצמבר כבשו האוסטרלים את הכפר גונה לאחר לחימה ממושכת. באותו יום ארגן איישלברגר התקפה על הכפר בונה וב-14 בדצמבר כבשה אותו הדיוויזיה ה-32. ב-16 בדצמבר נפגע באיירס ואיישלברגר נטל את הפיקוד על הדיוויזיה. באותה עת הגיעה לקווים היפנים תגבורת בת 1,300 חיילים, אך עד ה-18 בדצמבר קיבלו בעלות הברית תגבורות בדמות החטיבה האוסטרלית ה-18 ורגימנט השריון השישי - הטנקים הראשונים שהשתתפו בקרב. בעשרת הימים הבאים התקדמו כוחות בעלות הברית עד החוף, וטיהרו את כל העמדות היפניות.
קרב סננאנדה.
הלחימה בסננאנדה הייתה הממושכת ביותר מבין שלושת מוקדי הלחימה. העמדות היפניות בסננאנדה היו המבוצרות ביותר והוקמו על אדמה יחסית יבשה המוקפת בביצות. בניסיון לנתק את העמדות היפניות הקדמיות בראשית הקרב, איגפו גורמים מהגדוד השלישי של הרגימנט ה-126 מחסום יפני והתמקמו בכביש מאחוריו. אף על פי כן נותר המחסום על כנו בזכות אספקה שקיבלו החיילים היפנים דרך הביצה.
אף על פי שהרגימנט ה-126 הוחלף על ידי כוחות אוסטרליים, נותרו 635 אנשי הרגימנט להגן על המחסום שכבשו, וזכו לתחלופה ב-18 בדצמבר, כש-350 חיילים מרגימנט הפרשים השביעי הגיעו למחסום. ביום המחרת איגפו האוסטרלים את היפנים והקימו מחסום נוסף, כ-300 מטרים במעלה הדרך.
הצומת.
ב-2 בינואר 1943 הגיע לחזית הרגימנט ה-163 והחליף את האוסטרלים במחסומים. פעילות הרגימנט החלה בניסיון נפל לתקוף את העמדות היפניות בין שני המחסומים ב-8 בינואר. יומיים לאחר מכן תקפו חיילי בעלות הברית את העמדות היפניות פעם נוספת, הפעם בסיוע טנקים. ההתקפה עצמה נכשלה, אך אילצה את המפקד היפני לסגת. ב-14 בינואר הגיעו חיילי בעלות הברית לעמדות היפניות וגילו שהמגינים נסוגו.
ב-16 בינואר תקפו בעלות הברית את העמדות היפניות במתקפה משולבת. הרגימנט ה-163 תקף עמדות צפונית למחסומי בעלות הברית, והחטיבה ה-18 תקפה מהאגפים והגיעה עד הים. עד ה-17 בינואר הצליחו חיילי בעלות הברית לרתק את המגינים היפנים בשלוש נקודות לאורך החוף: צפונית לסננאנדה, מערבית לשפך נהר גירואה ובדרך המובילה לסננאנדה, צפונית למחסומים. ב-20 בינואר הורה מפקד הכוחות היפנים על פינוי כללי וההגנה היפנית קרסה כליל. ב-22 בינואר נפלו גם עמדות המחסומים בכביש לסננאנדה לאחר שלא הצליחו להתפנות.
תוצאות הקרב.
לאחר כמעט שלושה חודשי לחימה איבדו היפנים 2,537 חיילים, האוסטרלים איבדו 2,165 חיילים והאמריקאים איבדו 864 חיילים.