בשנת 2006 נבחרו בוגרי מחזור ג' רב חובל צבי מריאנסקי ותא"ל מיל' אלי רהב לניהול העמותה. מכונאי ראשי שמואל יניב התנדב לכהן כגזבר. תפיסת התפקיד הייתה להביע את שאיפות הבוגרים. נדרשו להתמודד עם הערכה ששררה בין הבוגרים וקיבלה ביטוי בציבור בוגרים שאכפת להם מבית הספר טענו שמה שמתקיים בו רחוק מרוח המורשת לפיה התחנכו בו. הנהלת העמותה לא קיבלה זאת והעמידה מנטרה משלה מטרות העמותה וקיבלו הגדרה אופרטיבית:
ציפיות מהעמותה והבוגרים - העמותה שאפה להיות רלוונטית לכל הבוגרים ולעסוק בנושאים המיוחדים להם. ניהול העמותה נעשה בהתנדבות הדרישה לתשלום דמי חבר שנתיים בוטלה. לעמותה אין הוצאות קיום רבות. מתוך הכרת האופי המובנה ונרכש של הבוגרים הוותיקים הייתה להנהלה הערכה שכאשר יהיה צורך משמעותי יגיעו תרומות בהתאם והתחייבה לתת משמעות לנדיבות. העמותה שמרה על מעמד מוכר כמוסד ציבורי לעניין תרומות. והרחיבה את האפשרות לקבל תרומות מוכרות בארצות הברית באמצעות P.E.F Israel Endowment Funds, Inc.
מפגשים.
בוגרים הוזמנו לבית הספר, באמצעות העמותה, פעמיים בשנה: ליום הזיכרון לחללי מערכות ישראל ולטקס סיום שנת הלימודים.
במהלך כל שנה קוימו שני מפגשי עמותה. מפגש 'אספה כללית' המתחייב על פי חוק העמותות ומפגש "לזכרם" בשבוע השני בחודש נובמבר שבו בוגרים סיפרו על חברים שהלכו לעולמם.
לשם השגת מטרות העמותה ברוח הדברים קיימה הנהלת העמותה ישיבה שבועית בבית הספר. הנהלת העמותה השתמשה ברשימת כתובות וטלפונים של כל הבוגרים לפי מחזורים. הרשימה המקורית נערכה על ידי מפקד הקדטים סא"ל דורון שמואלי לקראת כנס הבוגרים שהתקיים בשנת 2003.
האלוף מיכה רם יו"ר העמותה הקודם הגיע לכל מפגשי העמותה. רם עודכן באפן שוטף על ידי ההנהלה ועצתו התקבלה בנושאים רבים.
קשר לבוגרים.
לצורך הפצת מידע לבוגרים נפתחה כתובת דאר אלקטרוני ונעשתה השלמת כתובת אינטרנט על ידי קדטית שצלצלה לכל אחד מהבוגרים והוסיפה את כתובתו לרשימת הדיוור האלקטרונית. לפחות פעם בחודש יצא עדכון לתפוצת כלל הבוגרים.
נפתח. אתר אינטרנט של העמותה והוצב בו מידע קבוע והמתעדכן על בית הספר, פעילות העמותה ואפשרות לקשר עם כל אחד מהבוגרים. במת 'בוגרים כותבים' לביטוי בנושאי השירות והחינוך בים.
אחד המאמרים הראשונים באתר היה גאוותנו על חיל הים כנגד הביקורת המוגזמת שהוטחה בחיל בקשר להתנהלותו בזירה הימית במלחמת לבנון השנייה
פרסי מנהיגות.
במגמה לעודד את הקדטים נקבע פרס לקדט האיכותי לפי קריטריונים מוסכמים עם הנהלת בית הספר.
כדי לעודד קדטים לשאוף לקצונה מחד ולהביע את הערכת הבוגרים מאידך, חולק פרס ל"מגשימי קצונה". הפרס בדרך כלל ספר עם הקדשה ותעודה נמסר לבוגרים צעירים שהוסמכו לקצונה בצה"ל או בצי הסוחר. לצורך קביעת הראויים לפרס נעשה קשר שוטף בין העמותה לבוגרים הצעירים. טקס חלוקת הפרסים נעשה במפגש שכלל קדטים מהמחלקה העליונה.
הקפאת חוג השיט.
להנהלת העמותה התברר כי פעילות השיט בסירות מפרש שהתבצעה בשבתות בחוף בית הספר, ממנה נהנו כ-20 בוגרים, אינה מבוטחת ואינה עומדת בתנאים הנדרשים לפעילות כזאת. באותה שנה נפטרו בישראל שני שייטים מבוגרים. התברר גם שפעילות הבוגרים אינה מבוטחת והנהלת העמותה חשופה לתביעות. התאחדות השייט הוציאה פרסום סטטיסטי לפעילות בשנת 2005 בו פירטה את הישגי המועדונים הרשומים בה. מועדון בוגרי קציני ים תפס את המקום האחרון בכל הקריטריונים.
כגוף שרואה בגאוות היחידה את המוטיב העיקרי לקיומו לא הסכימה הנהלת העמותה להופיע במקום אחרון בסקר כל שהוא. ופנתה מנהל בית הספר אלי רגב לקיים חוג שיט בתשלום באחריות בית הספר. אך קיום חוג שיט בשבתות חייב הוצאה כספית גדולה והדבר לא נעשה. 'עמותת שיט עכו' שפעילותה נושקת לגדר בית הספר הציעה לקיים חוגים לבוגרים ולקדטים. אך קבוצת השייטים לא הייתה מרוצה מהסידור המוצע ופעילות השיט הוקפאה. במשך השנים הועברו סירות העמותה לבעלות בית הספר.
תמיכה בקדטים ובוגרים צעירים.
הבוגרים מביעים הזדהות עם הקדטים והבוגרים הצעירים. להנהלת העמותה היה קל יחסית למצוא מימון ולתת משמעות לנדיבות בנושאי תמיכה בצעירים.
תפישת המשמעות לנדיבות הועמדה במבחן ראשון כאשר בסוף שנת הלימודים פנה מחזור נ"ב, המסיים את לימודיו, בבקשה להקים טריבונות להורים שיבואו לצפות בטקס הסיום. הסכום הנדרש היה קרוב ל-50 אלף ₪ מתוכם אספו הקדטים 15 אלף וביקשו השלמה מהבוגרים. בוגר מחזור ה' מחוץ לישראל, שהנושא הוצג לו, תרם את ההפרש. הטקס נערך מול הורים יישובים בטריבונות בהרגשה טובה של הבוגרים הצעירים. בוגרים צעירים שפנו בבעיות ובבקשות תמיכה נענו בצורה של משמעות לנדיבות מבוגרים מבוססים.
תמיכה בשייט תחרותי – כישרון מיוחד לשיט התגלה אצל הקדט עופר ארנפלד מחזור נ"ה. השיט תחרותי נעשה בסירה מדגם לייזר וחייב הוצאות. המורה לשיט אירנה פשוטין שאימנה את ארנפלד פנתה לעמותה לסיוע. העמותה השתתפה בהוצאות כולל חידוש מערך המפרשים שנשאו עליהם במדבקה את סמל בית הספר. הקדט ארנפלד הצליח בשיוטים והיווה איום על מועדונים ותיקים. עד כדי כך שלפני השיוט שלחו שייט חלש לריב איתו והוא הורחק מהתחרות.
כהוקרה למאמציה של אירנה פשוטין בהנחלת השיט לדור הצעיר וגאוות בית הספר. מצאה הנהלת העמותה לנכון לתמוך בהשתתפותה בתחרויות סירה מדגם לייזר שנערכו בחופי אירופה וסן פרנסיסקו. גב' פשוטין שהתחרתה עם דגלון "בית הספר לקציני ים" והביאה מקומות ראשונים בתחרויות בהן השתתפה.
שחמט – קדט אביב בר במחזור נ"ו ממשפחה שהגיעה מרוסיה שיחק שחמט עם סבו לפני שידע קרוא וכתוב. המשיך במשחק במשך השנים והגיע לרמה של השתתפות בתחרויות. המדריך יעקב דיכטנברג מרכז היזמים הצעירים בין הקדטים, הציג את בר לעמותה במגמה לסייע להשתתפות בתחרויות מחוץ לישראל. השחמטאי יצא לתחרויות התקדם וסיפר על כך לבוגרים. התמיכה המשיכה גם לאחר גיוסו לחיל הים ובר הגיע לדרגת 'אמן שחמט ישראלי'.
לימודי וטרינריה – גב' יסמין מדאר בוגרת מחזור מ"ח למדה וטרינריה בפיזה איטליה התקיימה מעבודתה כמטפלת בילדים. מדאר התקשתה לשלם את דמי הלימוד הגבוהים וביזמת המדריך חנן כהן פנתה לעמותה. העמותה הציגה את הצורך לתורמים פוטנציאלים ובוגר מחזור ז' ראה משמעות לנדיבותו ותרם את דמי הלימוד עד להסמכתה.
תמיכה בבית הספר.
העמותה שאפה לסייע לבית הספר המחנך את הנוער ברוח המנהיגות הימית. בוגר מחו"ל המייחס את הצלחתו בחיים לחינוך שקיבל בבית הספר תרם במה מתקפלת המאפשרת לנצל את חדר האוכל להופעות רבות משתתפים. בשנה אחרת תרם אותו בוגר את חידוש כל הריהוט בכיתות הלימוד.
מדי פעם כאשר עלה צורך בתוספת מזגנים וכדומה מצאה לכך הנהלת העמותה תורמים. אך עם זאת, פניית העמותה לבוגרים לרשום את צאצאיהם לבית הספר נענתה בדרך כלל בשלילה בטענה ש.
בדיקה בקורס חובלים.
מאז שנות הששים מתקבלים מצטיינים מכל בתי הספר בישראל ל"גיבוש" שהוא למעשה מיון, לקורס חובלים. שאלה חוזרת מהבוגרים הוותיקים הייתה: כמה מהבוגרים הצעירים מתקבלים לקורס חובלים? ב-24 ביולי 2013 התקיימה פגישה במשרד מפקד בה"ד חיל הים בנוכחות אל"ם צחי אפלמן, מפקד בית ספר קצינים סא"ל יובל אילון ורס"ן אלעד מזלטרים.
בפגישה הובהר כי מפקדי קורס חובלים מעוניינים לקבל צוערים לקורס מתוך בוגרי בית הספר. ולא כפי שהצטייר כאילו מכשילים את תלמידי בית הספר בכוונה תחילה. אך הקדטים אינם עומדים בתחרות מול מצטייני העל המגיעים ממקומות אחרים. בכוונת בי"ס חובלים להמשיך בפרויקט "כיתת חובלים" וליישם במחזורים הבאים שיפורים שנלמדו מכיתת חובלים הקודמת. נציג חיל הים בבית הספר יתודרך לפעול כנציג בי"ס חובלים. העבודה תיעשה במתואם ומשותף עם מדריכי בית הספר.
השפעה מועטה על בית הספר.
מנהל בית הספר העמיד לשימוש העמותה משרד בצמידות בבניין המנהלה. הנוכחות בבית הספר קציני ים הביאה למודעות שסגנון בית הספר שונה משהיה בעבר. הבוגרים הבחינו בתופעה שבוגר צעיר תוצר העדכני של בית הספר אינו מצליח לחדור תקרת זכוכית נמוכה יחסית. עם כל מצטייני העל והמשיטים והשלישים רק מעטים נכנסים לקורס חובלים. ב-10 השנים האחרונות לא הוסמך אף בוגר צעיר כמהנדס.
בשיחה עם התלמידים מבחינים ברמה האנושית הגבוהה. בבדיקת רשימת הציונים כמות המצטיינים, ורמת הציונים בכלל, הם הרבה מעל למה שהייתה בעבר. אך התלמידים נקראים 'ילדים'. שפת הגוף חסרת גאווה ומתנצלת, עם ראש לאדמה וידיים בכיסים.
שורש הבעיה בבית הספר - הערכת הנהלת העמותה הייתה שהבעיה נובעת מסגנון החינוך בבית הספר שאיננו מה שהיה בעבר. איכות הסביבה ירודה. התלמידים בבית הספר נקראים על ידי הסגל וע"י עצמם ילדים ומכאלה אי אפשר לדרוש דבר. הופעת התלמידים בתלבושת הדומה למדים של חיל הים, אך אין חובת חבישת כובע.
הצעות לשיפור - העמותה הציעה להחזיר את הסגנון המיוחד של בית הספר לקציני ים. הופעה משדרת אחריות, משמעת, אסרטיביות וגאווה על בית הספר. ההצעות היו ברוח הדברים שנעשו בבית הספר בעבר והצליחו ליצור בוגרים ש"ניתן לסמוך עליהם". ההצעות נגעו להשפעה על המודעות העצמית, שיפור ההופעה, נימוסי שולחן התנהגות מכבדת ואסרטיבית. את המושגים "ילדים", "פטור", "ויתור" ו"התנצלות" להוציא מתחומי בית הספר.
לדעת המנהל הבעיה לא הייתה קיימת, הצעות העמותה כלל לא נידונו עם סגל בית הספר. משנת 2010 העדיפה הנהלת העמותה להתחשב בנוחיות הבוגרים וקיימה את המפגשים ב'מרכז וייל לתרבות וקהילה' כפר שמריהו ובמוזיאון ההעפלה וחיל הים. המשרד פונה ומפגשי הנהלה בבית הספר נעשו לפי הזמנה מיוחדת.
משמעות לנדיבות.