בסוף שנות ה-90 החלה מחלוקת פנימית בישיבת פוניבז', ישיבת הדגל של הציבור הליטאי. מחלוקת זו גרמה לחלוקתה לשתי ישיבות נפרדות, אחת בהנהגת נשיא הישיבה, אליעזר כהנמן, והשנייה בראשות גיסו, הרב שמואל מרקוביץ. לצדו של כהנמן עמדו הרב מיכל יהודה ליפקוביץ, הרב חיים קנייבסקי והרב ניסים קרליץ (פלג זה מכונה "השונאים"), ובראשות ישיבה זו עומדים הרב גרשון אדלשטיין והרב ברוך דב פוברסקי. לצדו של הרב מרקוביץ עמדו הרב יוסף שלום אלישיב והרב שמואל אוירבך (פלג זה בישיבה מכונה "המחבלים"). הסכסוך בין שתי הישיבות גלש לאלימות ופעמים אחדות נאלצה המשטרה להתערב. הרב שטינמן נמנע מלהביע את דעתו בעניין המחלוקת בישיבת פוניבז', ושני הצדדים ניסו לשייכו אליהם. בשנת 2014, בעקבות חידוש הדיון בסכסוך, הורה הרב שטינמן לבורר, הרב חיים גדליה צימבליסט, שלא לדון יותר בתיק, צעד שנתפס כמזוהה עם צד ה"שונאים".
מחלוקת זו תרמה לגיבושם של שני מחנות בציבור הליטאי. פעולות הקשורות ברב שטינמן (חוק טל, נח"ל חרדי, אמנת כנרת) זכו לתמיכה - או לפחות לאי-הסתייגות - של הרב קנייבסקי והרב קרליץ; ולעומת זאת העיתון "יתד נאמן" יצא נגדן בתוקף. אנשי מחנהו של הרב שטינמן טענו כי העיתון אינו מתייחס בכבוד לרבם. בתמיכת חלק מרבני בני ברק הוקמו היומון "יום חדש", אשר התחרה ב"יתד נאמן", ומערכת הכשרות "יראים" שהתחרתה ב"שארית ישראל", שזוהה עם מחנה הרב אלישיב. הרב שטינמן לא הביע את דעתו ביחס למעשים הללו.
ב-2009 מינה הרב אלישיב את מנחם כרמל כנציג השלישי ברשימת יהדות התורה, בניגוד לעמדת הרב שטינמן שהעדיף את יעקב גוטרמן. עם זאת, גם במערכת בחירות זו השתתף הרב שטינמן בכינוסי הבחירות וחתם על "קול קורא" התומך במפלגה.
יתד נאמן - הפלס.
המהפך ב"יתד נאמן" והקמת "הפלס".
בסוף מאי 2012 (סיוון תשע"ב), כאשר חלה הרב אלישיב והפסיק לתפקד, חל מהפך בשליטה ב"יתד נאמן". חברי העמותה וההנהלה של העיתון העבירו את השליטה בעיתון לאיש העסקים החרדי שמעון גליק מארצות הברית, על פי בקשת הרב שטינמן שגליק הוא ממקורביו, גליק פיטר את עורך העיתון נתן גרוסמן, ובהמשך גם את המנכ"ל, יעקב לבין, שסירב לקבל את הוראותיו. שבועיים לאחר מכן, לאחר מאבק בין שני המחנות, פורסם במהדורת החינמון של העיתון, "גילוי דעת" של הרב חיים קנייבסקי שבו הוא תומך בהנהגת הרב שטינמן בעיתון "על פי הוראת מורי-חמי שליט"א" (הרב אלישיב). מנגד ניסו אנשי המחנה האחר, ללא הצלחה, לפרסם בעיתון את מכתבו של הרב שמואל אוירבך שבו כתב כי הרב אלישיב "ביקש והזהיר למאוד אשר לא לעשות שום שינוי בה'יתד נאמן'".
אנשי המחנה האחר פנו לבית המשפט בבקשה לצו מניעה נגד חוקיות ההליך, אך בית המשפט דחה את בקשתם. בעקבות כך הקימו מקורבי הרב אוירבך, ובראשם גרוסמן ולבין, ב-13 ביולי 2012 (כ"ג בתמוז תשע"ב), את היומון "הפלס". הרב אוירבך היה הסמכות הרוחנית של העיתון.
המאבק בין "יתד נאמן" ל"הפלס".
מאז הקמת "הפלס" סובל העיתון מחרם מודעות שמפעילים כלפיו ככל הנראה גורמים המזוהים עם מחנה הרב שטינמן. לדברי אנשי "הפלס", תומכי "יתד נאמן" איימו על חברת השיווק לבטל את ההסכם עם "הפלס", גיליונותיו הוצאו מתיבות הדואר של המנויים ומנויים עליו קיבלו איומים שיסולקו מכוללים וישיבות. בפברואר 2014 פרסמו רבני "דגל התורה" מכתב נגד "הפלס" ואסרו לפרסם בו.
בדצמבר 2012 הותקף עורך "הפלס", נתן גרוסמן בידי שני צעירים חרדים ליד ביתו. אחד התוקפים הודה בעבירה של תקיפה בנסיבות מחמירות ונידון למאה ימי מאסר.
במקביל הוקם "ועד ידידי הפלס", שמרכז את המאבק של "הפלס" נגד "יתד נאמן". הוועד פתח קו טלפון שהאזנה לו מצריכה סיסמה. המתקשרים לקו קיבלו הוראות פעולה. במסגרת פעילות זו התקשרו מאות איש מדי יום ובמשך כל שעות היממה לגורמים הקשורים בחברות שפרסמו ב"יתד נאמן" ולא ב"הפלס" - משרדי פרסום, שירות לקוחות, סמנכ"לי שיווק מנכ"לים ואף עובדים מהשורה, ואף לבני משפחותיהם. המתקשרים מחו על החרמת "הפלס" ועל הפרסום ב"יתד נאמן" והכריזו כי ימשיכו להתקשר עד שתשונה מדיניות זו. רבים מנציגי החברות פנו למשטרה והתלוננו על הטרדה. בליל ה-25 במרץ 2015 עצרה המשטרה 22 איש בקשר לפעולות אלו. ב־13 באפריל הוגש לבית המשפט נגד מפעיל הקו כתב אישום בגין שידול להטרדה וקשירת קשר לביצוע פשע, התערבות המשטרה לא הפסיקה את פעילות המאבק ופעיליו עברו לשיטות אחרות כמו הפצת מספרי ראשי החברות באמצעות ספרי טלפונים מיוחדים שהונפקו לשם כך. באפריל 2017 נעצרו 28 אנשים החשודים כפעילים במערך הטרדות סחיטה באיומים ועברות נוספות בניסיון לאלץ מפרסמים וחברות במשק לפרסם בעיתון, בהם כמה מבכירי העיתון, נתן גרוסמן ומנכ"ל "הפלס". בנובמבר 2017 פורסמה בכאן הקלטה שבה אומר אברהם טריגר, מבכירי הפלג הירושלמי, כי חברת טמפו מעבירה לרב אוירבך 30 אלף ש"ח בכל פעם שהיא מפרסמת ב"יתד נאמן". טמפו הכחישה שהיה סיכום כזה.
כחלק מפעולות המחאה עזבו בקיץ 2014 אלפים מתומכי "הפלס" ובני משפחותיהם את קופות החולים מכבי וכללית ועברו לקופות החולים מאוחדת ולאומית. בתחילת קיץ 2015 חזרו חלק מהלקוחות לקופות החולים הקודמות.
הקמת מפלגת "בני תורה".
לאחר פטירת הרב אלישיב הפך הרב שטינמן למנהיגו של רוב המגזר הליטאי וזכה לתמיכת כמעט כל חברי מועצת גדולי התורה, וכן חברי הכנסת של "דגל התורה". הפלג השני, המחשיב עצמו כממשיך דרכם של הרב שך והרב אלישיב, קיבל את הנהגתו של הרב אוירבך.
לקראת הבחירות לכנסת התשע עשרה מינה הרב שטינמן למקום השלישי מטעם "דגל התורה" ברשימת יהדות התורה את יעקב אשר, ראש עיריית בני ברק, במקום מנחם כרמל, המזוהה עם הרב אוירבך. בעקבות זאת הגישו נאמני הרב אוירבך רשימה ברשם המפלגות בשם "נצח". הם דרשו תיאום עמם בנושא גיוס בחורי ישיבות, הכרה בכוחם והפסקת חרם המודעות על העיתון "הפלס". ב-17 בינואר, 5 ימים לפני הבחירות, התפטרו כל מועמדי המפלגה, לאחר סיכום בין האדמו"ר מגור לרב אוירבך שלפיו "הסיעה המרכזית" (המייצגת את חסידות גור באגודת ישראל) תייצג גם את מחנהו של הרב אוירבך, ותהיה מתואמת איתו בקביעת עמדת המפלגה בסוגיית גיוס בני ישיבות ובתחומים נוספים.
הבחירות לרשויות המקומיות (2013).
בבחירות לרשויות המקומיות, בשנת 2013, התמודד הפלג של הרב אוירבך כמפלגת "בני תורה", בירושלים, בבני ברק ובמודיעין עילית. הרב שטינמן והרב חיים קנייבסקי פרסמו מכתבים חריפים נגד המפלגה ותומכיה. המחלוקת בין שני הפלגים הליטאים הוחרפה מאוד על רקע בחירות אלו. אנשי "דגל התורה" טענו כי ישנו דיל בין אנשי "בני תורה" לבין ראש עיריית ירושלים ניר ברקת, שמועמדם לראשות העיר חיים אפשטיין יתמודד אף על פי שמועמדותו בלתי ריאלית, ובתמורה יקבל סגנות ראש עיר בשכר. מנגד טענו אנשי "בני תורה" כי בהסכם המוקדם שבין "דגל התורה" למשה ליאון סוכם על החרמת "בני תורה" אם ינצח ליאון בבחירות. לאחר ניצחונו של ברקת מונה אפשטיין, שרשימתו זכתה במנדט אחד, לסגן ראש העירייה. בבני ברק ומודיעין עילית זכתה המפלגה בשני מנדטים בכל אחת משתי הערים, אך הושארו על ידי דגל התורה באפוזיציה העירונית. בבחירות לרשויות המקומיות בשנת 2018, התמודדה "בני תורה" בנוסף לערים בהם התמודדה ב-2013 גם בבית שמש ביתר-עילית ואלעד. בביתר ובאלעד לא הצליחה המפלגה להכניס אפילו נציג אחד (בביתר-עילית היו חסרים 18 קולות בלבד), ובבית שמש הכניסה נציג אחד. בירושלים ומודיעין עילית שמרה המפלגה על כוחה, ובבני ברק גדלה המפלגה מ-2 נציגים ל-3 נציגים. בסך הקולות הכללי זכתה המפלגה ב-2013 ב-15,000 קולות, וב-2018 ב-22,000 קולות.
לאחר הבחירות.
לאחר הבחירות תמכו הרב שטינמן והרב קנייבסקי בהרחקת אברכים שהזדהו עם "בני תורה" מכוללים. חלק מראשי הכוללים המזוהים עם הרב שטינמן חייבו את אברכיהם לחתום על הצהרת נאמנות לרב שטינמן, סיעת "בני תורה" עתרה לוועדת הבחירות המרכזית בטענה שרשתות כוללים סילקו אברכים בשל הצבעתם, וראשי הכוללים טענו כי סילקו רק אברכים שהפרו את הסדר במוסדות הלימוד. העתירה נדחתה. הרב שטינמן והרב קניבסקי הורו לרבני ותלמידי ישיבת כנסת יצחק בחדרה לפרוש מן הישיבה, בשל זיהויים של ראשיה עם "בני תורה", כאשר במקביל פתחו עבורם את ישיבת תורה בתפארתה. בכמה תלמודי תורה המזוהים עם הרב שטינמן והרב קניבסקי סולקו מלמדים תומכי "בני תורה", ולא התקבלו לשורותיהם ילדים שמשפחותיהם נמנות עם "בני תורה". בכמה קהילות מנעו הגבאים עלייה לתורה של תומכי "בני תורה" או העבירו מתפקידם חזנים התומכים במפלגה.
לקראת עונת הרישום לישיבות הקטנות, בסוף שנת תשע"ד, הקימו תומכי הרב שטינמן את "הוועד למען כבוד רבותינו", שהפיץ רשימות של ישיבות שבהן לדבריהם מחנכים את התלמידים בניגוד לעמדותיו של הרב שטינמן, כדי שהורים לא ישלחו אליהן את בניהם.
בקיץ תשע"ד פרסמו מספר ראשי ישיבות בולטים בארצות הברית, בהם הרב אהרן שכטר והרב דוד פיינשטיין, קול קורא נגד המחלוקת בציבור הליטאי בישראל, ובו נכתב: "מעולם היו חילוקי דעות בין גדולי תורה, אך השלום והאחוה הייתה שרויה ביניהם ובין תלמידיהם, ואיככה הייתה לנו כזאת אשר חילוקי דעות יגרמו להתיר את הרסן בביזוי ורדיפת תלמידי חכמים, בני תורה ובני משפחותיהם, הריסת ישיבות וכיוצא בזה".
בספטמבר 2014 כינס הרב שטינמן בביתו אספה לצירוף חברים חדשים בבד"ץ שארית ישראל, שעד אז היה מזוהה עם מחנה הרב אלישיב, ובעקבות זאת הפך הבד"ץ כפוף לרב שטינמן ולרב קניבסקי.