בין 1880–1882 טופלה פפנהיים אצל הרופא האוסטרי יוזף ברויר, בשל סדרת סימפטומים נוירוטיים שהופיעו אצלה בעקבות מות אביה ממחלה. ברוייר שיתף את ידידו זיגמונד פרויד בפרטי המקרה, שהפך, עקב כך, לאחת החקירות הראשונות של פרויד ב'מקורות ההיסטריה'.
פרנקפורט.
בנובמבר 1888, בגיל 29 ולאחר מחלתה, היא עברה עם אימה לפרנקפורט. ביתן התנהל באווירה שבין אורתודוקסיה מתונה לליברליזם. בניגוד לחייהן בווינה, הן נהיו מעורבות בחיי האמנות והמדע בעיר, ולא הסתפקו רק בתחום הצדקה. בני משפחות גולדשמידט ופפנהיים היו ידועים כפטרוני אמנים ומדענים, ואספנים של יצירות אמנות ועבודות אקדמיות, בין היתר במהלך הקמת האוניברסיטה בעיר.
באווירה זו החלה ברטה להשקיע בעבודתה הספרותית. חיבורה הראשון פורסם ב-1888 באנונימיות גמורה, ובהמשך כתבה תחת הפסבדונים 'פ. ברטולד'. היא הפכה למעורבת גם בפעילות מדעית ופוליטית. תחילה עבדה בבית תמחוי, שם הייתה מקריאה בקול ספרים במעון ליתומות יהודיות, שנוהל על ידי 'אגודת הנשים הישראליות' (Israelitischer Frauenverein). ב-1895 מונתה לאחראית על היתומות, ושנה לאחר מכן מונתה למנהלת הרשמית של המעון. במהלך 12 השנים הבאות הובילה שם את המדיניות החינוכית, כשמטרתה שהנערות לא יוכשרו רק לקראת חיי נישואין, אלא גם לעצמאות כלכלית באמצעות הכשרה מקצועית.
ב-1895 התקיים בפרנקפורט כינוס האגודה הכללית של הנשים הגרמניות (Allgemeiner Deutscher Frauenverein - ADF), בו השתתפה פפנהיים, ולאחריו היא תרמה להקמת סניף מקומי של הארגון. בשנים הבאות החלה לפרסם מאמרים בנושא זכויות נשים, תחילה עבור מגזין 'Ethische Kultur' (תרבות אתית). כמו כן תרגמה את ספרה של מרי וולסטונקראפט 'הגנה על זכויות האשה'.
איגוד נשים יהודיות.
בוועידה הגרמנית הראשונה למאבק בסחר בנשים באוקטובר 1902, נתבקשה פפנהיים לנסוע לגליציה יחד עם שרה רבינוביץ', לבדוק את המצב החברתי שם. המסע שלהן נמשך כמה חודשים, ובדו"ח שפרסמה בעקבותיו ב-1903 תיארה את הבעיות הנובעות בין היתר מהשילוב של נחשלות אגררית, ראשית תהליך התיעוש לצד ההתנגשויות בקרב החברה היהודית בין החברה החסידית לציונות.
בפגישת מועצת הנשים הבינלאומית שנערכה בברלין ב-1904 הוחלט להקים ארגון נשים יהודיות, בדומה לאיגוד הנשים הגרמניות (Bund Deutscher Frauenvereine - BDF) שהוקם ב-1894. המטרה הייתה לאחד את כוחן החברתי ואת מאבקיהן של הנשים היהודיות לעצמאות. ברטה פפנהיים נבחרה לנשיאת איגוד הנשים היהודיות (JFB - Jüdischer Frauenbund) הראשונה, וכיהנה בתפקיד משך 20 שנים, מסורה למאמציו עד מותה ב-1936. ב-1907 הצטרף איגוד הנשים היהודיות לאיגוד הנשים הגרמניות. בין השנים 1914–1924 הייתה פפנהיים גם חברת הוועד המנהל של ארגון הגג הגרמני.
מטרות איגוד הנשים היהודיות היו פמיניסטיות מחד - חיזוק מעמדן וקידום תעסוקתן של נשים יהודיות, ומאידך הארגון פעל בממשק לאופי המסורתי של הפילטנרטופיה היהודית כארגון חסד וצדקה. חיבור שתי גישות אלו לא היה תמיד קל לפפנהיים. במאבקה כנגד סחר בנשים הדגישה לא רק את היותן של נשים יהודיות קורבנותיו, אלא גם את חלקם של גברים יהודים כמבצעיו. היא מתחה ביקורת על האופן בו נתפסות נשים ביהדות, ודרשה כי שוויון הזכויות יתממש גם במוסדות היהודיים. בייחוד הייתה מודאגת מאי שוויון חינוכי ואי שוויון בעבודה.
בהצהרה שמסרה בכינוס ה-BDF ב-1907 טענה כי "על פי ההלכה היהודית אישה אינה אדם, לא אישיות, היא נשפטת ומוערכת כישות מינית", ועוררה עליה את זעמם של חלק מהרבנים האורתודוקסיים ואף של חלק מהיהודים הליברליים. רבים מהם הכחישו את טענותיה הקשות בדבר ניצול נשים בחברה היהודית, בין היתר תוך סחר בהן, והיא הואשמה כמי ש'עולבת ביהדות'. עם זאת, איגוד הנשים היהודיות גדל בהתמדה ומנה 32 אלף חברות ב-82 אגודות ב-1907. בשלב מסוים הגיע הארגון אף ל-50 אלף חברות, והיה ארגון הנשים היהודי הגדול בעולם. ב-1916 קראה פפנהיים ל'סיום הפיצול בעבודת הרווחה היהודית', קריאה שתרמה להקמת הלשכה המרכזית לרווחה של יהדות גרמניה (Zentralwohlfahrtsstelle der Juden in Deutschland) המתקיימת עד היום. עבודתה בתחום זה נתמכה גם על ידי סידוני וורנר.
לאחר עליית הנאצים לשלטון ב-1933 נבחרה פפנהיים פעם נוספת לראשות איגוד הנשים היהודיות, אך פרשה מתפקידה זה ב-1934 כיוון שעמדה על עמדותיה האנטי-ציוניות, בשעה שהתנועה הציונית הלכה והתחזקה בארגון תחת האיום הנאצי והגזירות על החיים היהודיים בגרמניה. בייחוד התנגדה לפעילות התנועה הציונית להעלאת בני נוער לארץ ישראל כחלק מעליית הנוער. היא דחתה את הרעיון שהנערים יעלו לארץ בעוד משפחותיהם נשארות בגרמניה. עם זאת, היא עצמה פעלה להבאתם של קבוצת יתומים יהודים-גרמנים לבריטניה ב-1934. לאחר חקיקת חוקי נירנברג האנטישמיים ב-15 בספטמבר 1935 שינתה דעתה וטענה לטובת הגירת האוכלוסייה היהודית מגרמניה. את מקומה של פפנהיים בהנהגת איגוד הנשים היהודיות תפסה אוטיליה שנוולד, עד פירוקה על ידי הנאצים ב-1939.
נוי-איזנבורג.
ברטה פפנהיים הייתה המייסדת והיוזמת של מוסדות רבים, כולל גני ילדים, בתי קהילה ומוסדות חינוך. כמפעל חייה ראתה את הבית לנערות יהודיות של נוי-איזנבורג (Mädchenwohnheim Neu-Isenburg). לאחר נאום שנשאה ב-1901 בפני 'אגודת הנשים הישראליות'(Israelitischer Frauenverein) התכנסה סביבה קבוצת נשים, שהקימו מאוחר יותר ארגון עצמאי: 'עזרה לנשים' (Weibliche Fürsorge). החל מ-1906 מטרתה של פפנהיים הייתה להקים מקלט סיוע לנערות במצוקה שנדחו על ידי משפחתן ולנשים יהודיות שנמלטו ממציאות של זנות וסחר, שם תוכל ליישם את התאוריות שפיתחה על עבודה סוציאלית יהודית.
הבית אותו ביקשה להקים אמור היה להתבסס על העקרונות הבאים:
לואיז גולדשמידט, קרובת משפחתה של אמה של פפנהיים, העמידה לרשותה שני בתים במטרה להקים בהן בית-נערות, עם כל המערך הרפואי והמוסדות החברתיים, בנוי-איזנבורג שליד פרנקפורט-מיין, באזור שייתרונותיו היו בין היתר העובדה שחוקיו היו נוקשים פחות מאלה הפרוסיים, ביחס לאנשים חסרי-נתינות. פפנהיים הצליחה לגייס כ-19 אלף מארק לתפעול הבית, והוא החל פעולתו ב-1907 במטרה "לספק הגנה לאלו הזקוקות להגנה, וחינוך לאלו הזקוקות לחינוך".
המקום התאפיין בפשטות, ויש שאף מתחו ביקורת על דלותו. כך, לא היה בו מים זורמים בשירותים ואף לא חימום בחורף עד שנת 1920. אבל התנאים אפשרו שמירה על דרישות ההגיינה ואף על תזונה כשרה לפי ההלכה היהודית. במרתף אף הוקם 'מטבח פסח' ששימש פעם בשנה לימי החג. בבית ובחצר הוצגו יצירות אמנות, במטרה להעשיר את השוהות, בין היתר פסל של הפסל פריץ ג. קורמיס על פי סיפור שכתבה פפנהיים. בבית ניתנו גם סדרות של הצגות, והרצאות, בין היתר מפי הפילוסוף מרטין בובר שהיה ידידה של פפנהיים, והתארח בו כמה פעמים.
מספר הדיירות היה קטן בתחילה, אך גדל מעשר ב-1908 ל-152 ב-1928. המבנים הקיימים הורחבו באמצעות תרומות והותאמו לצרכים ההולכים וגדלים. סופו של דבר היה 'הבית' מורכב מארבעה בניינים, כולל אחד לנשים הרות ולאלה שילדו זה עתה, כשהלידות נעשו בקליניקה בפרנקפורט. ילדי 'הבית' למדו בבית הספר היסודי של נוי-איזנבורג. התושבות זכו לטיפול רפואי שוטף, ונערכו בדיקות פסיכיאטריות קבועות. עם זאת דחתה פפנהיים את הטיפול הפסיכואנליטי בדיירות. בהתבטאות נדירה שלה בנושא זה, שהיה לחלק מהביוגרפיה האישית שלה, אמרה כי : "פסיכואנליזה היא בידי הרופא מה שהוידוי בידיו של הכומר הקתולי. השאלה האם היא נעשית כלי טוב או חרב פיפיות תלויה במי שמנהל אותה ובטיפול".
היות שהעדיפה שלא לממן את הבית מכספי תורמים גדולים ועשירים, הוקמה 'אגודת בית הנשים היהודיות' כנותנת חסות ובעלים של המוסד. דמי טיפול של החברות בסך 3 מארקים לשנה, אמורים היו לאפשר את הוצאות התפעול השוטפות.
פפנהיים לא זכתה בתחילה להערכה מרובה על עבודתה בהקמת הבית. בחוגים האורתודוקסיים ראו בו שערורייה, ואף טענו כי קיומו הוא הסכמה-בשתיקה להתנהגות מופקרת ולזנות. בקהילה היהודית מקובל היה לנסות ולחבר נשים שנקלעו לזנות ולהורות יחידנית בעקבות כך, חזרה למשפחותיהן, ואף ניסיונות לאלץ אבות-ידועים להינשא לנשים אותן הכניסו להריון כלקוחות-זנות או להתחייב בתשלום דמי מזונות.
שנותיה האחרונות ומותה.
לאחר מותה של אמה ב-1905, חיה פפנהיים לבדה במשך שנים רבות, בלא זוגיות מוכרת. במאי 1923 הייתה אחת הדוברות העיקריות בקונגרס העולמי הראשון של נשים יהודיות בווינה, שם דיברה על הצורך להגן על נערות ונשים יהודיות מסחר ובזנות. ב-1924 התחילה ידידות קרובה עם חנה קרמינסקי, שהייתה צעירה ממנה ב-40 שנה, כאשר חנה נבחרה להוביל את מועדון הנוער היהודי (Jüdischer Mädchenclub ). שתי הנשים בילו את זמנן החופשי יחד ככל האפשר. כאשר עברה קרמינסקי לברלין ב-1925, כתבו זו לזו כמעט מדי יום.
במהלך טיול לוינה ב-1935 תרמה שניים מאוספיה (תחרות ואובייקטים קטנים מברזל יצוק) למוזיאון האמנות השימושית בווינה. משם נסעה לאיי איישל, ובמהלך מסעה, חלתה ונלקחה לבית החולים הישראליתי במינכן, שם נותחה ונמצא כי סבלה מגידול ממאיר. למרות מחלתה נסעה בסוף השנה לאמסטרדם לפגוש את הנרייטה סאלד שעמדה בראש עליית הנוער, ושבה לגליציה לייעץ לרשת בתי הספר בית יעקב. עם חזרתה לפרנקפורט החמירה מחלתה והיא רותקה למיטתה. בסוף חייה סבלה גם מצהבת.