בשנת 2002 אניסטון ייסדה, בשותפות עם בעלה, בראד פיט, ונשיא סרטי פרמאונט בהווה בראד גריי את החברה להפקות סרטי קולנוע וטלוויזיה Plan B Entertainment, אשר הייתה חתומה על הסכם זכות קדימה עם חברת ההפקה השנייה בגודלה באמריקה האחים וורנר. אניסטון שימשה כמפיקה בפועל במסגרת החברה, והסרט הראשון אותו עזרה להפיק היה "טרויה" בשנת 2004 בכיכובו של פיט עצמו, שהיה לאחד מהסרטים היקרים ביותר בהיסטוריה. בהמשך הייתה שותפה להפקת הסרטים "צ'ארלי בממלכת השוקולד", שהיה להצלחה קופתית גדולה, וכשנה לאחר מכן לדרמת הפשע "השתולים" שזכתה בארבעה פרסי אוסקר ולקומדיה השחורה "לרוץ עם מספריים". לאחר הגירושים של אניסטון ופיט בשנת 2005, אניסטון לא הייתה עוד חלק מהחברה, שעברה לשתף פעולה עם חברת פרמאונט כתוצאה מכך, אמנם היא החליטה להקים חברת הפקות משלה בשם Echo Films בשותפות עם חברה שעבדה איתה בעבר בפלאן בי.
בשנת 2006 יצא הסרט הראשון במסגרתו שימשה כבמאית שותפה "חדר 10", שזכה בפרס הסרט הקצר הטוב ביותר בפסטיבל סרטים בלאס ווגאס. בשנת 2008 עזרה לביים סרט קצר נוסף בשם "Burma: It Can't Wait", שנעשה במסגרת קמפיין למען זכויות האדם בבורמה, ובהמשך השנה יצא לאקרנים סרט הקומדיה רומנטית-דרמטית "לגעת בך" אותו עזרה להפיק, כאשר בשניהם היא אף מככבת. כשנה מאוחר יותר הפיקה באופן עצמאי את הווידאו הדוקומנטרי "Becoming Icizzle", וב-2010 הייתה חלק מצוות ההפקה בסרט הקומדיה הרומנטית בהשתתפותה "אהבה בהחלפה", אשר לא נחל הצלחה רבה ואף העניק לה מועמדות בטקס פרסי ראזי בקטגוריית השחקנית הגרועה ביותר. בשנת 2011 ביימה חלק קטן ועזרה להפיק את סרט הטלוויזיה "Five", שהורכב מחמישה סרטים קצרים ועסק בחקירת ההשפעה של סרטן השד על חייהם של אנשים שונים, וב-2013 עזרה להפיק סרט טלוויזיה נוסף, כמו גם את סרט ההמשך "Icizzle Presents Dog IDS". בשנת 2014 עזרה להפיק את הסרט "חיי פשע", שם אף שיחקה בתפקיד הראשי. ב-2015 עזרה בהפקת הדרמה עטורת השבחים בהשתתפותה "עוגה", ונכון לשנה זו אניסטון קיבלה מועמדות אחת על החלק הקצר בו שימשה כבמאית בסרט "Five".
פילנתרופיה.
נכון לשנת 2015, אניסטון תומכת או מעורבת בפעילותן של 19 ארגוני צדקה ללא כוונות רווח. בשנת 2007 קיבלה פרס מטעם הליגה ההומו-לסבית נגד השמצה את פרס Vanguard על תרומה משמעותית להבנה וקידום זכויות הקהילה הגאה, פרס שניתן בעבר לשר, לייזה מינלי ושרליז ת'רון. בשנת 2008 הנחתה אירוע התרמה שנתי למען חקר מחלת הסרטן בשם Stand Up to Cancer, ומאותה שנה החלה לתמוך בבית החולים המחקרי סנט ג'וד, ארגון הצדקה השלישי בגודלו בארצות הברית בתחום שירותי בריאות המתמקד בטיפול ובחקר מחלות ילדים המוגדרות קשות עד מאוד, ולאורך השנים אף השתתפה בקמפיינים ופרסומות טלוויזיה רבות לטובתו. יתר על כן באותה השנה השתתפה בקמפיין למען זכויות האדם בבורמה, במסגרתו אף ביימה והשתתפה בסרט קצר בשם "Burma: It Can't Wait". ארגון צדקה נוסף בו היא תומכת הוא Friends of El Faro, אשר עוזר לשפר את חייהם של ילדים יתומים בבית יתומים בטיחואנה, ובשנת 2010 אף השיקה בובה בשותפות עם מלון מקומי במקסיקו בו חגגה את יום הולדתה כאשר כל מכירותיה הועברו כתרומה לבית היתומים. ביום כדור הארץ לשנת 2010 היא חברה למספר ידוענים למען קמפיין שקורא לעצור את טבח הדולפינים ביפן, כמו גם למנוע את רמת הכספית הרעילה שבבשרם. באותה השנה תרמה חצי מיליון דולר דרך ארגונים, בין היתר רופאים ללא גבולות שסייעו לרגיעה בהאיטי בעקבות רעידת האדמה שהתרחשה באותה השנה. יתר על כן השתתפה במשדר התרמה מיוחד לטובת מטרה זו אשר גייס כ-58 מיליון דולר, ובשנת 2011 אף רכשה פריט אומנותי באירוע התרמה ב-450,000 דולר.
אניסטון קיבלה מעמד כבוד מטעם חבר ההנהלה של הארגון Lili Claire Foundation, הפועל למען שיפור חייהם של ילדים בעלי מחלות נוירולוגיות גנטיות, והיא משתייכת לארגונים שתומכים במטרות כמו תרומות בגדים לנזקקים, תרומות של מצרכי מזון לנזקקים בארצות הברית, חקר המחלה התורשתית תמס בועתי של העור, טיפול מועיל וחקר מחלת הטרשת אמיוטרופית צידית, אימוץ בעלי חיים וארגון לאומי הפועל למניעת אונס, התעללות ואונס בתוך המשפחה.
אניסטון היא הסנדקית של קוקו ארקט, בתם של קורטני קוקס ודייוויד ארקט.
חיים אישיים.
מערכות יחסים.
בשנים 1990–1994 הייתה בזוגיות עם השחקן דניאל מקדונלד. ב-1995 ובשיא הקריירה שלה יצאה עם טייט דונובן והם אף התארסו, אך הם נפרדו בשנת 1998. לאחר מכן הייתה במערכת יחסים מתוקשרת עם שחקן הקולנוע בראד פיט, זאת בעקבות תיווך שנעשה בעזרתם של המנהלים האישיים של כל אחד מהם. השניים נישאו ביולי 2000 לאחר היכרות של כשנתיים בלבד בחתונה קטנה, סודית, מפוארת ומרובת כוכבים במאליבו, שלפי ההערכות עלתה לזוג כמיליון דולר, וכנשואים טריים ביצעו רכישה של בית בשווי $13.5 מיליון דולר בבוורלי הילס. הקשר בעל היציבות שנחשב נדיר בתוך הוליווד היווה השראה עבור רבים, שאף תייגו את השניים כ"הזוג המנצח האולטימטיבי של הוליווד".
בינואר 2005 השניים הודיעו על סיום היחסים ביניהם, וכבר במרץ של אותה השנה הגישה אניסטון בקשה לגירושין, כאשר לקראת סוף השנה באוקטובר ההליך נגמר באופן רשמי. העניין עורר הדים וגרר עמו סיקור תקשורתי נרחב נוכח העובדה שעל פניו הזוג תחזק מערכת יחסים ללא רבב. בין השמועות שנפוצו על הסיבה לפרידה היו השמועה על אי נאמנותו של פיט בשל יחסיו הצמודים לשותפתו לסרט "מר וגברת סמית" אנג'לינה ג'ולי, איתה הספיק להתחתן ולתחזק חיי משפחה מאז. לעומת זאת שמועה אחרת סברה כי פיט היה מעוניין בהרחבת המשפחה בעוד אניסטון התנגדה לרעיון, טענה שהוכחשה על ידי אניסטון עצמה בראיון שהעניקה למגזין "Vanity Fair" באוגוסט 2005. עד מהרה השמועות חילקו את הציבור למחנות שצידדו כל אחד באישה אחרת, והאובססיה הן של הציבור והן של המדיה כלפי הנושא קיימת ומעוררת עניין עד היום. בראיון שהעניקה לכתב העת הבריטי ניוז אוף דה וורלד בשנת 2006 הצהירה אניסטון שהיא אינה מצטערת על הקשר עם פיט באומרה "אלו היו שבע שנים מאוד אינטנסיביות ביחד וזו הייתה מערכת יחסים יפה ומסובכת", ובראיון אחר בינואר 2015 התייחסה ליחסי העבר עמו ואמרה "אף אחד לא עשה שום דבר רע. [...] לפעמים דברים (קורים)".
במאי 2011 החלה לצאת עם השחקן והבמאי ג'סטין ת'רו. בינואר 2012 רכשו הזוג בית בשכונת בל אייר שבלוס אנג'לס המוערכת בשווי של $22 מיליון דולר, ובאוגוסט אותה השנה הם התארסו. השניים נישאו שלוש שנים אחר כך בחתונה חשאית בביתם ב-5 באוגוסט 2015. בפברואר 2018, לאחר חרושת שמועות, הודיעו השנים רשמית על פרידה, שלדבריהם הייתה כבר בסוף 2017. על הפרידה אמרה אניסטון: "החלטנו להודיע על הפרידה שלנו, במאמץ לעצור את השמועות. ההחלטה ההדדית התקבלה באהבה בסוף השנה שעברה. אנחנו שני חברים הכי טובים שהחליטו לסיים את דרכם כזוג, אבל מצפים להמשך חיינו בתור ידידים יקרים. בהתחשב בעובדה כי תעשיית הרכילות לא יכולה לעמוד בפני הזדמנות להמציא השערות והנחות - כל דבר אחר שנכתב בנוגע אלינו ולא שמעתם ישירות מאחד מאיתנו, הוא סיפור בדיוני שהמציא מישהו אחר. מעל לכל, אנחנו נחושים לשמור על כבוד עמוק ואהבה שיש לנו אחד לשנייה".
קשיים עצמיים.
במשך שנת השהות שלה ביוון בתור ילדה קטנה, אניסטון ביקרה רבות את סבתה מצד אביה ונקשרה אליה עד מאוד לאחר שפנתה אליה ברגעים בהם הייתה צריכה את תמיכתה. סבתה נפטרה כשהייתה כבת 21, וזהו היה האובדן, כמו גם הטראומה הראשונה שחוותה בחייה. בשנת 1978, כשאניסטון הייתה בת 9, הוריה התגרשו כתוצאה מהתאהבות אביה בשחקנית איתה חלק סט משותף באופרת הסבון בכיכובו "אהבת חיי". כשאמה בישרה לה את הידיעה אניסטון קיבלה אותה בצער רב מאחר שכאבה על העובדה שהיא הולכת לגדול בלי אבא, והגירושים המשיכו להשפיע עליה גם בהמשך; קרובי משפחתו של אביה סיפרו לה שאחיה הגדול ג'ון הוא למעשה אח למחצה ולא אח ביולוגי כפי שחשבה, ולפי אמה היא קיבלה זאת בזעם רב. מאוחר יותר בתחילת שנות השמונים, זמן קצר לאחר הגירושים אניסטון חוותה תקופת התמרדות כנערה מתבגרת כשלבשה בגדים שחורים וזלזלה במטלות שניתנו לה מבית הספר, כמו גם הקשר עם אביה התקרר יותר ויותר, ואמה מספרת שהלימודים בתיכון לאמניות הבמה יחד עם תחילת עבודתה בצורה מקצועית וקשרים שרקמה עם חברים חדשים היוו עבורה קרקע יציבה להיאחז בה. בתור אם חד הורית, ננסי התקשתה בגידולה של אניסטון, הרבתה להתווכח עם בתה ולעיתים אף צעקה עליה. היחסים בין השתיים הוסיפו להתערער בתקופה שאניסטון הייתה חלק מהסדרה "חברים", במהלכה הצהירה על אמה בראיון שהיא "אשה זקנה ומרירה שלא הגשימה את עצמה", והשיא ביחסיהן הגיע בשנת 1996 כאשר ננסי השתתפה בתוכנית טלוויזיה כדי לספר את הצד שלה בסיפור, ולאחר מכן אף החליטה לפרסם ספר שלם על מערכת היחסים ביניהן. הקשר בין השתיים קיבל תפנית לאחר שאניסטון התגרשה מבראד פיט בשנת 2005, גירושים שהביאו אותה אל חדר הפסיכולוג, שלטענתה עזר לה להקהות את הכאב, והם אלו שגרמו לה לחדש את הקשר עם אמה ממנה הייתה מנוכרת קרוב לעשור.
בינואר 2015 אניסטון סיפרה שאובחנה בדיסלקסיה בשנות העשרים המוקדמות, עניין שהשפיע רבות על דימויה העצמי ויצר השלכות על ההשכלה שלה. כתוצאה מכך היא אינה מרבה לקרוא, אם כי האבחון שינה לה את החיים משום שעד אז לדבריה "לא חשבתי שאני חכמה. פשוט לא הצלחתי לזכור שום דבר. לאחרונה קיבלתי את הגילוי המדהים הזה. הרגשתי (כשגיליתי) שכל הטראומות, הטרגדיות, הדרמות בילדותי קיבלו נימוק".