ג'ויס לא הוזמן להשתתף, במשלחת טרה נובה של סקוט, אם כי כמה מאנשיו של שקלטון הוזמנו אליה, בהם פרנק ויילד, שסירב. תחת זאת, הצטרפו הן ג'ויס והן ויילד למשלחת האוסטרלו-אסייתית לאנטארקטיקה של דאגלס מוסון. ב-1911 נסע ג'ויס לדנמרק לרכוש כלבי מזחלת למשלחת הזו, והביאם לטסמניה. בסופו של דבר, ג'ויס לא הפליג עם מוסון. לפי גרסה אחת, הוא "שוחרר" לפני שהמשלחת יצאה מטסמניה, ואילו גרסה אחרת פוסקת, שמוסון ויתר על ג'ויס כאשר צמצם את משלחתו משלוש קבוצות חוף לשתיים. תהיה הסיבה אשר תהיה, נראה שחל קלקול ביחסים; השמועה אמרה, שמוסון לא בטח בג'ויס ותירץ זאת בטענה, ש"הוא מבלה יותר מדי זמן בבתי מלון", רמז אפשרי לכך, ששתייה מופרזת הייתה הבעיה. ג'ויס נשאר באוסטרליה וקיבל עבודה ב"קרן נמל סידני".
המשלחת הטראנס-אנטארקטית האמפריאלית, 1917-1914.
חברות בקבוצת ים רוס.
בפברואר 1914, יצר שקלטון קשר עם ג'ויס, שהיה עדיין באוסטרליה. שקלטון התווה אז את תוכניותיו למשלחת הטראנס-אנטארקטית האימפריאלית ורצה את ג'ויס בקבוצת ים רוס, שתסייע למשלחת. במקרה של שינוי בתוכניות לפורמט של ספינה אחת, הבטיח שקלטון למצוא לג'ויס תפקיד אחר במשלחת. מאוחר יותר יטען ג'ויס, ללא הצדקה, ששקלטון הציע לו מקום בקבוצה הטראנס-קונטיננטלית העיקרית. גם בספר שכתב בהמשך, "הנתיב לקוטב הדרומי", שיצא לאור ב-1929, הציג ג'ויס את טבע מינויו לקבוצת ים רוס באור מטעה, כשהשמיט את הוראתו של שקלטון, שהכפיפה אותו לקצין וטען, שניתנה לו סמכות בלעדית על הכלבים ועל המזחלות.
משימתה של קבוצת ים רוס, בפיקודו של עוד ותיק ממשלחת נמרוד, אניאס מקינטוש, הייתה להקים בסיס במצר מקמרדו ואחר להניח שורה של מצבורי אספקה לרוחב מדף הקרח רוס, כתמיכה בקבוצה הטראנס-קונטיננטלית. שקלטון ראה במשימה זו מעשה שיגרה; הוא כתב: "לא צפיתי שהעבודה תציב קשיים מיוחדים". ואולם, הקבוצה הורכבה בחיפזון, והייתה חסרת ניסיון. רק ג'ויס ומקינטוש היו קודם לכן באנטארקטיקה, ומקינטוש התנסה בעבודה בסביבת הקוטב לתקופה קצרה בלבד; הוא פרש ממשלחת נמרוד עקב פציעה לפני הנחיתה הראשונית, לאחר שאיבד את עינו הימנית בתאונה, וחזר רק לשלבים האחרונים של המשלחת.
מכשלות עיקריות.
יציאתה של "אורורה" מאוסטרליה נדחתה בשל שורת מכשלות ועיכובים ארגוניים ופיננסיים והקבוצה הגיעה למצר מקמרדו רק ב-16 בינואר 1915, מאוחר מאוד בעונה כשמדובר בעבודה של הנחת מצבורי צידה. מקינטוש, שסבר ששקלטון עשוי לנסות לחצות את היבשת בעונה ראשונה זו, עמד על כך שהיציאה עם המזחלות הטעונות תתחיל ללא דיחוי, בכוונה לצייד את מצבורי האספקה בנקודות 79 ו-80 מעלות דרום. ג'ויס התנגד לכך; דרוש עוד זמן, טען, להתאקלמות ולאימון האנשים והכלבים. אבל מקינטוש, שלא היה מודע לכך ששקלטון ביטל את האפשרות של חציית היבשת באותה עונה, התעלם ממחאתו.
מקינטוש הכעיס את ג'ויס גם בהחלטתו להוביל בעצמו את הקבוצה להנחת מצבורים, בלי לשעות לטענת ג'ויס, שניתנה לו סמכות עצמאית בתחום זה. הקבוצה חולקה לשני צוותים, והמסע החל ב-24 בינואר, באווירה של ערבובייה גמורה. הניסיונות הראשונים לעלות על מדף הקרח נכשלו
בגלל תנאי השטח, הצוות של מקינטוש איבד את דרכו על קרח הים בין כף אוונס להאט פוינט. ג'ויס שש בסתר לבו על ראיה זו לחוסר הניסיון של ראש הקבוצה. לבסוף הגיעו הצוותים אל סימון המעלה ה-79, והניחו שם את "מצבור השונית" (שונית מינה הייתה ציון דרך בולט בקו רוחב זה) ב-9 בפברואר. נראה, שקבוצתו של ג'ויס נהנתה מן המסע הקל יותר. תוכניתו של מקינטוש, לקחת את הכלבים אל סימון המעלה ה-80 הובילה לעוד חילופי דברים בינו לבין ג'ויס, שטען כי אחדים מן הכלבים כבר מתו ואת הנותרים יש לשמור למסעות הבאים, אבל גם הפעם ביטל מקינטוש את טענותיו. ב-20 בפברואר הגיעה הקבוצה אל קו הרוחב 80° דרום והניחו שם את המצבור כמתוכנן. תוצאת המסע הזה הייתה הנחת 47 ק"ג של מצרכי מזון ודלק במעלה ה-80 ו-71 ק"ג ב-79° דרום. אבל עוד 202 ק"ג, שנועדו למצבורים, הושלכו במהלך המסע, כדי להפחית את המשקל.
המסע להנחת מצבורים.
הקבוצה יצאה לדרך ב-1 בספטמבר 1915. האנשים לא היו מאומנים כנדרש והיו בכושר לא מספק, בבגדים פרימיטיביים ועם ציוד מתוצרת עצמית. עם חמישה כלבים בלבד, אלה שנותרו לפליטה מן הכישלון של העונה שעברה,
נועד המסע להסתמך בעיקר על גרירה בכוח שרירי האנשים. לפני שיתחילו בצעידה דרומה, מרחק של 1440 ק"מ, היה עליהם לאסוף ציוד במשקל כ-1700 ק"ג, שהושאר בשטח ולהחזירו אל מצבור הבסיס בשונית מינה. שלב זה של המסע נמשך עד 28 בדצמבר. מקינטוש חילק את אנשיו לשתי קבוצות, אחת בפיקודו הוא והשנייה בפיקוד ג'ויס. חילוקי הדעות בין השניים על שיטות העבודה נמשכו; לבסוף הציג ג'ויס לפני מקינטוש ראיה שאינה ניתנת לערעור לכך, שהשיטות של אנשיו היו יעילות פי כמה, ומקינטוש נכנע. "מימי לא נתקלתי באידיוט כזה כאחראי על אנשים", כתב ג'ויס ביומנו.
החברים החלשים בקבוצה, ארנולד ספנסר-סמית ומקינטוש עצמו החלו לגלות סימנים של קריסה גופנית, כשהמסע הארוך דרומה החל ממצבור השונית לעבר מאונט הופ ב-'30 83° דרום, שם נקבע מקום המצבור. הקבוצה הצטמצמה לשישה, כאשר שלושה אנשים נאלצו לחזור על עקבותיהם עקב תקלה בפרימוס. עם מקינטוש וג'ויס היו בקבוצה הסופית ספנסר-סמית, ארנסט ויילד (אחיו הצעיר של פרנק), דיק ריצ'רדס וויקטור היוורד. הם התנהלו בדרכם דרומה עם ארבעה כלבים, בסבל גדל והולך מכוויות קור, עיוורון שלג ובמשך הזמן, צפדינה. ספנסר-סמית התמוטט, והשאר נאלצו לגרור אותו על גבי מזחלת. מקינטוש, שבקושי הצליח להלך, המשיך להיאבק עד שהונח המצבור האחרון במאונט הופ. במסע חזרה, הוטלה הנהגתה של הקבוצה למעשה יותר ויותר על כתפי ג'ויס, ככל שמצבו של מקינטוש התדרדר והלך עד שבסופו של דבר לא הייתה ברירה אלא לגרור גם אותו, כמו את ספנסר-סמית, על המזחלת. המסע היה למאבק מתמשך, שבסופו של דבר עלה בחייו של ספנסר-סמית והביא את השאר לקצה כוח הסבל. מצבו של מקינטוש, גופני ונפשי כאחד, המשיך להתדרדר ובסופו של דבר נאלצו להשאיר אותו באוהל בשעה שג'ויס, שסבל בעצמו מעיוורון-שלג חמור, הוביל את הנותרים למחסה הבטוח של האט פוינט. אז חזרו הוא וארנסט ויילד להביא את מקינטוש, וחמשת השורדים נשארו בהאט פוינט עד 18 במרץ.
חילוץ.
כל חמשת האנשים גילו תסמינים של צפדינה בדרגות חומרה שונות. עם זאת, הודות לדיאטה של בשר כלבי-ים טרי, עשיר בוויטמין C, התחילו להחלים בהדרגה. באמצע אפריל היו מוכנים לשקול יציאה לדרך לחצות כ-20 קילומטרים אחרונים של ים קפוא, שהפרידו בינם לבין הבסיס בכף אוונס.
ג'ויס בחן את קרח הים ב-18 באפריל ומצא אותו יציב, אבל למחרת היום באה סופת שלגים מדרום וגרפה את כל הקרח הלאה משם. האווירה בהאט פוינט הייתה קודרת, והדיאטה המתמדת של בשר כלב-ים דיכאה את רוחם. מצב זה השפיע כנראה ביותר על מקינטוש, וב-8 במאי, על אף הפצרות דוחקות מצד ג'ויס, ריצ'רדס וארנס ויילד, החליט להסתכן בהליכה על הקרח שנוצר מחדש וללכת אל כף אוונס. ויקטור היוורד התנדב ללוות אותו. ג'ויס כתב ביומנו: "אינני יכול להבין, איך ייתכן שהאנשים האלה משתוקקים כל כך לסכן שוב את חייהם." זמן קצר לאחר יציאתם לדרך התחוללה סופת שלגים, והשניים נעלמו ולא נראו שוב מעולם.
לג'ויס ולחבריו נודע דבר גורלם של מקינטוש והיוורד רק כאשר הצליחו לבסוף להגיע לכף אוונס ביולי. ג'ויס נערך מיד לארגן חיפושים לאיתור עקבותיהם של הנעדרים; בחודשים הבאים נשלחו קבוצות לסייר בחופים ובאיים מצר מקמרדו, אך לשווא. ג'ויס ארגן גם מסעות להשבת דגימות גאולוגיות, שהושארו על מדף הקרח ולעלייה אל קברו של ספנסר-סמית, שם הוקם צלב גדול. שבעת השורדים שנותרו ניהלו את חייהם בשקט וללא אירועים מיוחדים, עד שב-10 בינואר 1917 הגיעה "אורורה" המשופצת והמצוידת מחדש, עם שקלטון על סיפונה, לקחתם הביתה. אז נודע להם, שכל מאמציהם להנחת המצבורים היו לשווא, מאחר שספינתו של שקלטון, אנדריורנס נמחצה בקרח הים של ים ודל כמעט שנתיים קודם לכן.
שנותיו הבאות.
קריירה לאחר המשלחת.
לאחר שובו לניו זילנד, אושפז ג'ויס בבית חולים, בעיקר לטיפול בהשפעות עיוורון השלג ונאלץ, לדבריו, להרכיב משקפיים כהים בחודשים הבאים. בתקופה זו נשא לאישה את ביאטריס קרטלט מכרייסטצ'רץ'. קרוב לוודאי, שהיה עכשיו בלתי כשיר לעבודה בקוטב, אף כי ניסה, ללא הצלחה, להתגייס מחדש לצי בשנת 1918. בספטמבר 1919 נפצע קשה בתאונת דרכים, שהובילה לחודשי החלמה ובעקבותיהם, לחזרה לאנגליה. ב-1920 חתם על הצטרפות למשלחת אנטארקטית חדשה, בראשות ג'ון קופ מקבוצת ים רוס, אבל תוכנית זו לא יצאה לפועל. הוא לא הרפה מתביעותיו לפיצוי כספי משקלטון, שגרמו לנתק ביניהם, והוא לא הוזמן להצטרף למשלחת החיפוש של שקלטון, שיצאה בשנת 1921. הוא הגיש בקשה להצטרף למשלחת הבריטית להר אברסט בשנים 1921–1922, אך נדחה.