עם זאת, היחסים בין תושבי טרנאטה והפורטוגזים היו מתוחים מלכתחילה. השירות במקום כה מרוחק מאירופה משך בעיקר הרפתקנים ותאבי בצע. התנהגות חסרת רגישות של הפורטוגזים, ניסיונותיהם לייצר מונופול בסחר התבלינים ולהשפיע על הפוליטיקה הפנימית, בצירוף ניסיונות רפים לנצר את האוכלוסייה המוסלמית מתחו את היחסים בין הסולטאן לפורטוגזים. ב-1533 הדיחו הפורטוגזים את הסולטאן אבו חייט השני, בנו של בייאנולה, בתואנה כי הורה על רציחתו של המושל גונזלו פריירה (Gonzalo Pereira), ובמקומו עלה לשלטון הסולטאן טבאריג'י (Tabariji), שהיה אז רק בן 15 ולכן שלט תחילה אביו החורג כעוצר. גם טבאריג'י הסתכסך עם המושל הפורטוגזי ויסנטה דה פונשקה (Vicente de Fonseca), ועל כן הודח גם הוא ב-1534, והוא נשלח לגואה. במקומו מינו הפורטוגזים את אחיו למחצה הסולטאן חיירון (Khairun; שלט 1534–1570). בהשפעת הפורטוגזים בגואה התנצר טבאריג'י ושינה את שמו לדום מנואל. הפורטוגזים התכוונו להחזירו לטרנאטה כמועמד רצוי לכס הסולטאן, אלא שהסולטאן חיירון מנע זאת, ובסופו של דבר כשקיבל אישור לחזור הוא מת במלאקה בדרכו לטרנאטה ב-1545. בצוואתו הוא העניק את האי אמבון לסנדקו הפורטוגזי ז'ורדאו דה פריטאש (Jordão de Freitas).
ב-1546 ביקר המיסיונר הנודע פרנסיסקו חאווייר בטרנאטה ובאיים שבשליטתה. הפעילות המיסיונרית וההתערבות בענייניה הפנימיים של הסולטנות הובילו את הסולטאן להכריז מלחמה על הפורטוגזים. ב-1558 הושמה המצודה הפורטוגזית בטרנאטה במצור, והסולטאן כבש חלקים גדולים מהאי אמבון. הפורטוגזים, שהחליטו לחסל את האיום, ביקשו לנהל שיחות עם הסולטאן, וכשהוא ביקר על פי הזמנתם במצודה בטרנאטה ב-25 בפברואר 1570 הוציאו אותו הפורטוגזים להורג. בתגובה התקוממו תושבי טרנאטה כנגד הפורטוגזים. בנו של חיירון הוכתר כסולטאן החדש בשם באבולה (Babullah; שלט 1570–1583) וניהל מערכה צבאית מוצלחת כנגד הפורטוגזים, שהובאו במצור וב-1575 נכבש המבצר האחרון שלהם בטרנאטה, מבצר סאו פאולו (Sao Paulo). הפורטוגזים העבירו את מרכז הפעילות שלהם לאמבון, וכוחם באזור הלך ונחלש. אומנם בהזמנת סולטאן טידורה הקימו הפורטוגזים מצודה באי ב-1578, אך הם לא היוו איום על שליט טרנאטה. תחת שלטונו של הסולטאן באבולה ובנו הסולטאן סעיד (Said; שלט 1583–1606) הפכה סולטנות טרנאטה למדינה אסלאמית קיצונית אנטי-פורטוגזית. במהלך שלטונו של באבולה השתלטה הסולטנות על איים רבים ובאבולה הוכתר כ"שליט על 72 מדינות" (penguasa 72 negeri). תקופתו נחשבת לתור הזהב של טרנאטה.
ב-3 בנובמבר 1579 עגנה בטרנאטה "גולדן היינד", ספינתו של פרנסיס דרייק. דרייק הגיע לטרנאטה לאחר מסע שוד כנגד הספרדים בפרו ובפנמה וחציית האוקיינוס השקט. דרייק התקבל בכבוד מלכים לאחר שהתברר לסולטאן באבולה כי להם אויב משותף - הספרדים והפורטוגזים. לזהב ששדד דרייק מהספרדים הצטרף מטען של ציפורן מאיכות מעולה.
הספרדים.
האימפריה הספרדית הייתה מעצמה אירופית נוספת שפעלה באיי מאלוקו. ב-1521 הגיעה המשלחת של פרדיננד מגלן, לאחר מותו בקרב בפיליפינים, לטידורה. הסולטאן המקומי חיפש בני ברית כנגד הסולטנות החזקה של טרנאטה, שהפורטוגזים היו אז עוד בני בריתה, וכרת ברית עם הספרדים, שקיבלו רשות להקים באי מצודה. במהלך המחצית הראשונה של המאה ה-16 ניסו הספרדים כמה פעמים להיאבק עם הפורטוגזים על השליטה באיי התבלין ושלחו לאיים משלחות. הם הפסיקו את הניסיונות לאחר שמשלחת וִייַאלובוס (Villalobos) הובסה על ידי הפורטוגזים ב-1545. הספרדים החליטו לחזור לאזור לאחר האיחוד האיברי שבו צורפה פורטוגל לספרד במסגרת אוניה פרסונלית. החל ב-1582 שלחו הספרדים מבסיסם בפיליפינים כמה משלחות צבאיות שניסו בלא הצלחה לכבוש את המבצר בטרנאטה בשיתוף פעולה עם הפורטוגזים. מצב דברים זה השתנה בעקבות תבוסה מקומית. במאי 1605 כבשו ההולנדים (שהיו אז בעיצומו של עימות צבאי עם ספרד) יחד עם בני בריתם מטראנטה את המצודה הפורטוגזית בטידורה. בתגובה שלח פדרו דה אקוניה (Pedro de Acuña), המושל הספרדי של הפיליפינים, משלחת צבאית גדולה נוספת לאיי מאלוקו ב-1606. משלחת זו החזירה לידיים ספרדיות את השליטה על המצודה בטידורה והצליחה גם להשתלט על טרנאטה. הסולטאן סעיד ופמלייתו הוגלו למנילה. הספרדים נשארו בטרנאטה במשך 57 שנים, בין 1606 ל-1663. תקופה זו התאפיינה במאבקים בלתי פוסקים כנגד ההולנדים שהיו יורדי ים טובים יותר, ובדרך כלל ניצחו בקרבות הימיים. לשני הצדדים היו בני ברית מקומיים - בני טרנאטה תמכו בהולנדים, והסולטאן של טידורה תמך בספרדים.
כבר ב-1607 הקימו ההולנדים מבצר על טרנאטה במרחק קילומטרים מהמושבה הספרדית שבאי. בעת הקמתו היה המבצר קרוי מבצר מלאיו (Malayo), כיום מבצר אוראניה (Benteng Oranye). ב-1609 הם הקימו בחלקו הצפוני של האי את מבצר וילמשטאדט (Willemstad), וב-1612 הם שיפצו את מבצר טולוקו הפורטוגזי וכינו אותו מבצר הולנדיה (Hollandia). הספרדים היו כל העת בעמדת התגוננות מול ההולנדים ובני בריתם תושבי טרנאטה, וב-1610 נותר בידם חלקו הדרומי של טרנאטה (היישוב "Nuestra Señora del Rosario"), האי טידורה וכמה נמלים באיים הלמהרה ומורוטאי. בשל מצב המלחמה הנמשך היו הספרדים בטרנאטה ובטידורה תלויים לחלוטין במשלוחי המזון, הביגוד והתחמושת השנתיים שהיו מגיעים מהפיליפינים. במקרים שהמשלוח השנתי לא הגיע, אם משום שההולנדים לכדו את האוניות או שהאוניות טבעו בסערה, היו הספרדים בחילות המצב על האיים והתושבים המקומיים במצב נואש ועל סף רעב. ב-1663 החליט מנריקה דה לארה (Manrique de Lara) מושל הפיליפינים לשים למצב סוף פסוק והורה על פינוי חילות המצב מאיי מאלוקו.
ההולנדים.
ב-1599 הזמין הסולטאן סעיד מטרנאטה את ההולנדים עוד בטרם היות חברת הודו המזרחית ההולנדית (VOC בראשי תיבות בהולנדית) לכרות ברית עמו תמורת הזכות לרכוש תבלינים, אבנים יקרות ופנינים. הברית נשאה את הפירות להם קיווה הסולטאן כאשר ב-1605 כבש כוח משותף הולנדי-טרנאטי את המצודה הפורטוגזית בטידורה. הספרדים (שפורטוגל הייתה חלק מממלכתם אז) שלחו בתגובה משלחת צבאית גדולה מהפיליפינים, שכבשה את טרנאטה. ההולנדים לא היו מסוגלים לתקוף את הספרדים ישירות והקימו סדרה של מבצרים על האי. בשנים הבאות התמקדה היריבות בין ההולנדים לספרדים בסדרה של קרבות קטנים באיים הסמוכים, שבהם הייתה ידם של ההולנדים ובני בריתם בדרך כלל על העליונה, וב-1663 פינו הספרדים את כל מוצביהם באיי מאלוקו. ההולנדים היו לכוח האירופאי היחיד באיי מאלוקו.
כמו הפורטוגזים לפניהם התערבו ההולנדים בפוליטיקה הפנימית של טרנאטה כשגרמו להדחת הסולטאן מוצפר (Muzaffer) והעלו לשלטון את הסולטאן חמזה (Hamzah; שלט 1627–1648). הסולטאן החדש השתמש בכוח על מנת לכפות את גביית המיסים מנתיניו, וכאשר בני ההיטו (Hitu) באמבון התקוממו הוא פנה להולנדים בבקשה לעזרה. מכאן ואילך הפכה ההתערבות ההולנדית במאבקי הכוח הפנימיים בטרנאטה לתופעה קבועה. ב-1651 פנה בנו של חמזה, הסולטאן מנדארשאה (Mandarsyah; שלט 1648–1675), שניהל מאבקי כוח פנימיים, בבקשת עזרה מההולנדים. הם התנו את הסכמתם לעזרה בתמורה ליישום מדיניות של השמדת עצי הציפורן בכל האיים, פרט לאמבון שעליו שלטו ישירות. הסיבה לדרישה הייתה ירידת מחירי התבלין באירופה בשל יבולי שיא של ציפורן באיי מאלוקו. הסולטאן הסכים לכך תמורת פיצוי כספי. ב-1683 חתם הסולטאן של טרנאטה על הסכם לפיו הפך ואסל של חברת הודו המזרחית ההולנדית.
בהגיע המאה ה-19 דעך המסחר בתבלינים בצורה משמעותית. האזור איבד מחשיבותו עבור ההולנדים, אך ההולנדים המשיכו להפגין את נוכחותם באיים במטרה למנוע אפשרות שמעצמה קולוניאלית אחרת תכבוש את האזור. לאחר שחברת הודו המזרחית ההולנדית הולאמה על ידי הממשלה ההולנדית ב-1800, הייתה טרנאטה חלק מממשלת מולוקה ("Gouvernement der Molukken"). כחלק מהמלחמות הנפוליאוניות, כבשו הבריטים את טרנאטה ב-1810, אך החזירו אותו להולנדים ב-1817. ב-1824 היה האי טרנאטה למרכז האדמיניסטרטיבי של המחוז שכלל את הלמהרה, את החוף המערבי של גינאה החדשה ואת מרכז החוף המזרחי של סולאווסי. ב-1867 נוסף למרכז כל החלק שבשליטת ההולנדים בגינאה החדשה, אך בהדרגה הוא הועבר לחסות אמבון, וב-1922 הוא פורק.
הביולוג וחוקר הטבע הבריטי אלפרד ראסל וולאס, מהוגי תורת האבולוציה, התגורר בטרנאטה 3 שנים ובו כתב את ספרו על האבולוציה שכותרתו "על הנטייה של המינים להיפרד באופן מוחלט מהמין המקורי", המכונה כיום "מאמר טרנאטה" (Ternate Paper), אותו שלח ב-1858 לצ'ארלס דרווין, צעד שהביא את דרווין להקדים ולהוציא לאור את ספרו הידוע "מוצא המינים".
עצמאות.
כמו שאר אינדונזיה, נכבש האי טרנאטה בידי הצבא היפני במלחמת העולם השנייה. יפן נכנעה באוגוסט 1945, ובנובמבר 1945 נכבש האי טרנאטה בידי בעלות הברית במטרה להחזירו לשלטון הולנד. עקב לחץ בינלאומי הכירה הולנד כארבע שנים לאחר מכן בעצמאות אינדונזיה. עם קבלת העצמאות, צורף האי טרנאטה למחוז איי מאלוקו באינדונזיה.