ב-1977 האשים מולדון את חבר הפרלמנט מטעם הלייבור והשר לשעבר, קולין מוייל, על כך שנחקר במשטרה על פעילות הומוסקסואלית. פעילות הומוסקסואלית בין גברים הייתה אז בלתי חוקית בניו זילנד. לאחר שמוייל שינה את גרסתו מספר פעמים, הוא התפטר מהפרלמנט. מאוחר יותר הוא אמר שהוא לא היה מחויב להתפטר, אך הוא עשה זאת בשל העובדה ש"כל הפרשה גרמה לו בחילה". הועלה חשד שמולדון ראה במוייל איום על מנהיגותו ופעל בהתאם. באופן אירוני, בבחירות הביניים שהתקיימו לאחר התפטרותו של מוייל, זכה דייוויד לאני, שבהמשך עלה כוחו במפלגת הלייבור והוא נבחר כמנהיגה. לאני היה זה שהנהיג את מפלגת הלייבור בניצחון הסוחף שהיא נחלה מול מולדון ב-1984. בראיון שהעניק מוייל ב-1990, הוא אמר שהשערורייה הפכה אותו ל"אדם עצוב יותר וחכם יותר".
מינויו של הוליאוק כמושל הכללי.
כראש הממשלה הייתה למולדון הזכות הבלעדית לייעץ למלכה אליזבת השנייה את מי למנות לתפקיד המושל הכללי של ניו זילנד. ב-1977, לקראת סיום כהונתו בתפקיד של סר דניס בלנדל, היה צורך להציג מועמד חדש. ב-15 בדצמבר 1976 שיגר מולדון מסר למלכה ובו נקב בשמו של ראש הממשלה לשעבר, קית' הוליאוק כמועמד לתפקיד והמלכה אישרה את המלצתו. ההודעה הרשמית נמסרה על ידי המלכה בתום ביקורה המלכותי במרץ אותה שנה.
בחירה זו נראתה שנויה במחלוקת על ידי אנשים מסוימים, שכן הוליאוק עדיין כיהן אז כשר בממשלתו של מולדון. רבים ממתנגדי ממשלת מולדון, טענו שזהו מינוי פוליטי. מנהיג האופוזיציה, ביל רולינג, הלין על כך שמולדון לא נועץ בו בהחלטה על המינוי ולאחר מכן הצהיר שאם מפלגת הלייבור תזכה בבחירות הכלליות של 1978, הוא ידאג להעביר את הוליאוק מתפקיד המושל הכללי. כדי להתמנות לתפקיד, התפטר הוליאוק מחברותו בפרלמנט.
בחירות 1978.
בבחירות הכלליות שנערכו בנובמבר 1978, איבדה המפלגה הלאומית שלושה מושבים בפרלמנט, אך נותרה בשלטון, אף על פי שהיא איבדה את אחוזי ההצבעה לטובת מפלגת הלייבור שהתאוששה. נשיא המפלגה הלאומית, ג'ורג' צ'פמן, טען שהמפלגה נאלצה להתאמץ בבחירות בשל שינויים רבים שבוצעו בגבולות מחוזות הבחירה, וזאת בניגוד לטענתו של מולדון שהשקיעה במעמדה של המפלגה נבעה מיחסה העוין של התקשורת.
ממשלה שנייה (1981-1978).
המס על הקרוואנים ועל הסירות.
ב-1979 ניסה מולדון להעלות את המס על בניית ורכישת סירות ועל רכישת קראוונים ב-20%. התוצאה המידית של צעד זה היה חיסולה של תעשיית הקרוואנים והסירות, שכן הקונים הפוטנציאלים לא יכלו לעמוד בעלות הנוספת של הקנייה או הבנייה. כתוצאה מכך, גם האבטלה של עובדי התעשיות הללו עלתה עקב ביטולי הזמנות. למרות ההוכחה הברורה שהעלאת מיסים זו הייתה כרוכה באובדן הכנסות ומקומות עבודה, סירב מולדון לבטלה מתוך טענה שצעד כזה יהווה הודאה בכישלון. המס לא בוטל עד להגשת התקציב הראשון של ממשלת הלייבור שנבחרה ב-1984. סטיקר פופולרי שניתן היה לראות אז על פגושי המכוניות היה "הייתי מעדיף להפליג, אך הצבעתי למפלגה הלאומית".
היחס לקומוניזם.
כמו מפלגות שמרניות אחרות במהלך המלחמה הקרה, אימצה ממשלתו של מולדון עמדה אנטי-סובייטית. כפעיל ותיק של המפלגה הלאומית, התייחס מולדון לקומוניזם כאל רעה חולה. בתוכנית טלוויזיה בסוף שנות השישים, הוא גם מתח ביקורת על אנשי הכמורה שמתחו ביקורת על משטר האפרטהייד בדרום אפריקה וטען שבכך הם נכשלו בהתנגדות לקומוניזם. מולדון היה גם ביקורתי על ההשפעה הקומוניסטית על האיגודים המקצועיים בניו זילנד. הוא גם ראה במפלגת האחדות הסוציאליסטית (Socialist Unity Party), שהתפלגה מהמפלגה הקומוניסטית של ניו זילנד, כגייס חמישי סובייטי שניסה להיות גורם חתרני בניו זילנד ובמדינות האוקיינוס השקט. בכמה נאומים ומסיבות עיתונאים, הוא האשים את מפלגת האחדות הסוציאליסטית וקבוצות קומוניסטיות אחרות בעידוד שביתות ובארגון מחאות כנגד ביקורים של צי ארצות הברית וכנגד קשרי הספורט של ניו זילנד עם דרום אפריקה.
כראש הממשלה, קיבל מולדון הן את העמדה האמריקאית והן את העמדה הסינית שברית המועצות הייתה מעצמה כוחנית עם שאיפות במרחב הפסיפי. מולדון הצטרף לנשיא ארצות הברית, ג'ימי קרטר ולמנהיגים מערביים אחרים בגינוי הפלישה הסובייטית לאפגניסטן ב-1979 ולהטלת החרם על אולימפיאדת מוסקבה ב-1980. עם זאת, לא השתתפה ממשלת מולדון בחרם על ברית המועצות בהנהגת ארצות הברית עקב חשש מפגיעה בכלכלת ניו זילנד, שהייתה מושתתת על הייצוא החקלאי. ב-1980, גירשה ממשלת ניו זילנד את שגריר ברית המועצות, וסבולוד סופינסקי, על חלקו בהעברת כספים למפלגת האחדות הסוציאליסטית. למרות העוינות שלו כלפי ברית המועצות וכלפי התנועות הקומוניסטיות המקומיות, ממשלת מולדון שמרה על יחסים כלכליים תקינים עם ברית המועצות.
ביקור נבחרת הרוגבי של דרום אפריקה.
מתוך אמונתו שאין לערב פוליטיקה עם ספורט, התנגד מולדון ללחצים למנוע את ביקורה ב-1981 של נבחרת הרוגבי של דרום אפריקה, שהייתה אז תחת משטר האפרטהייד. עקב צעדו זה, הואשם מולדון בהפרתו של הסכם שהתקבל ב-1977 על ידי ראשי מדינות חבר העמים הבריטי בנוגע להחרמתם של הנבחרות והספורטאים הדרום אפריקאים. הסכם זה נחתם בעקבות החרם שהוטל על ידי מדינות אפריקה על משחקי אולימפיאדת מונטריאול ב-1976, חרם שהוטל עקב משחקה של נבחרת הרוגבי של ניו זילנד עם הנבחרת הדרום אפריקאית. בכל אופן, ציין מולדון שההסכם הנ"ל תוקן, ובמאמר שפרסם בעיתון הטיימס הוא טען שהוא לא הפר את ההסכם, שכן "ניו זילנד, ואחריה מדינות אחרות, הבהירו שהן לא תוכלנה לחתום על הסכם שידרוש מהן להפר את חירותם של הספורטאים שלהן ולהגביל קשרים ספורטיביים". הביקור עורר הפגנות פומביות מסיביות, גרם להקמתה של קבוצת הלחץ "עצרו את כל הביקורים הגזעניים" (Halt All Racist Tours) והיווה את אחד השסעים החברתיים החמורים ביותר שניו זילנד חוותה בתולדותיה. מולדון תמך בנחישות באלה שצידדו בקיומו של הביקור, בטענה שאין לערב שיקולים פוליטיים בספורט. הוא טען שאיסור ביקורה של הנבחרת הדרום אפריקאית הוא מחוץ לתחום סמכותו והוא התיר את ההחלטה אם לשחק מול נציגי משטר האפרטהייד לשיקולם האישי של שחקני נבחרת הרוגבי הניו זילנדית. מולדון אף טען שהשתתפות במשחק מול נבחרת דרום אפריקה, אין משמעותה תמיכה במשטר האפרטהייד בדיוק באותה מידה שמשחק מול נבחרת ברית המועצות, אין משמעותה תמיכה בקומוניזם.
"לחשוב בגדול".
בעקבות המהפכה האיראנית התחולל משבר האנרגיה של 1979. כלכלתה של ניו זילנד רק החלה להתאושש מהמיתון של 1976 – 1978. מצב הכלכלה החל להתערער ומולדון ניסה להגיע לעסקת חבילה עם האיגודים המקצועיים בנוגע לנושא השכר: הפחתת שיעור המס כנגד הסכמה של האיגודים לא לדרוש העלאות שכר נוספות, בדומה להסכם שהושג מאוחר יותר ב-1983. נשיא פדרציית העובדים, ג'ים נוקס, שהיה יריבו של מולדון, סירב לשתף פעולה. בתגובה, הציג מולדון את אסטרטגיית "לחשוב בגדול" (Think Big), שבמסגרתה לקחה הממשלה הלוואות גדולות והשקיעה את הכספים במיזמים תעשייתיים, בעיקר בתחום האנרגיה, כדי ליצור הכנסות ומקומות עבודה.
למעשה תוכנית זו לא יצאה לפועל. רוב המיזמים של התוכנית הניבו הכנסות כאשר מולדון עוד כיהן כראש הממשלה ורבים אחרים הוכשלו עקב סכסוכי עבודה. כתוצאה מגרעון של כמיליארד דולר בקופת האוצר, נאלץ מולדון לקחת הלוואות נוספות כדי לממן את מדיניות מדינת הרווחה ואת הסובסידיות לחקלאות.
מתוך דאגה לשימוש במטבע זר במהלך משבר האנרגיה של שנות השבעים, תמך מולדון בתוכנית להכנסתם לשימוש של כלי רכב המונעים בגז טבעי או כלי רכב המשלבים הנעה בגז ובדלק. התקציב שמולדון הגיש ב-1979 כלל תמריצים לעידוד ההסבות הללו וניו זילנד הייתה ככל הנראה המדינה הראשונה שבה כלי הרכב כאלו היו חזון נפרץ. עם זאת, התחזית שמחירי הדלקים יאמירו יתר על המידה, לא התגשמה באותה תקופה.
בחירות 1981.
למרות המבוכה שנוצרה עקב הביקור של נבחרת הרוגבי של דרום אפריקה, הצליחה ממשלת מולדון לנצח בבחירות הכלליות שנערכו בנובמבר 1981. עם פרסום תוצאות הבחירות, התברר כי המפלגה הלאומית זכתה ב-46 מושבים בפרלמנט, מול 44 של הלייבור ו-2 של מפלגת האשראי החברתי, אך בעקבות ספירה חוזרת, זכתה המפלגה הלאומית במחוז הבחירה של גיסבורן על חודם של 150 קולות והיא הצליחה לשמור על רוב. מולדון שוכנע לא להפוך את פרשת ביקור הנבחרת לסוגיה שתעמוד על סדר היום של מסע הבחירות ותחת זאת התמקד מסע הבחירות של המפלגה הלאומית באסטרטגיית "לחשוב בגדול".
ממשלת שלישית (1984-1981).
תקופתה כהונתה של ממשלת מולדון השלישית הייתה סוערת. עם רוב של מושב אחד בפרלמנט, התמודד מולדון עם אי שקט הולך וגדל במושבים האחוריים של סיעתו שהיושבים עליהם רצו שהמפלגה תאמץ גישה כלכלית ליברלית יותר. בראשית 1982, תקף דרק קויגלי, שר זוטר שעוד ב-1980 היה חלק מקבוצה שדחפו להדחתו של מולדן, את אסטרטגיית "לחשוב בגדול" ועורר ספקות על כדאיותה. כתוצאה מכך דרש ממנו מולדון להתנצל או להתפטר מהממשלה. קויגלי בחר להתפטר. מולדון גם התעמת עם תומך המפלגה לשעבר והמיליונר בוב ג'ונס, שאיים להקים מפלגה משל עצמו כצעד מחאה כנגד מדיניותו הכלכלית של מולדון. ב-1983 הקים ג'ונס את "מפלגת ניו זילנד", שגרפה חלק ניכר מקולות המצביעים בבחירות 1984.
המיתון הכלכלי והקפאת השכר והמחירים.