בדצמבר החליט אמנון ליפקין-שחק, הרמטכ"ל הפורש, להיכנס לפוליטיקה, לאחר סדרת עימותים ארוכה עם נתניהו שתחילתה עוד במהומות מנהרת הכותל בספטמבר 1996. למרות מכבש לחצים כבד שהופעל על שחק על ידי בכירים במפלגת העבודה ומשפחת רבין, החליט שחק שלא להצטרף למפלגת העבודה ובמקום זאת חבר למילוא ולמרידור. ב־6 בינואר הודיע שחק על כוונתו להתמודד על ראשות הממשלה בשידור חי. הודעה זו לא נחלה הצלחה רבה (למרות טביעת הסיסמה "נתניהו מסוכן לישראל, נתניהו צריך ללכת") אולם הסתירה את ההתרחקות של כמה מתומכיו (ובראשם שמעון שבס) מתמיכה בו. ניסיון של שחק לנצל את המומנטום שנוצר בעקבות כניסתו למירוץ נכשל כישלון חרוץ בסיבוב שניסה לערוך בשוק התקווה: במהלך הסיבוב הותקף שחק הן מילולית והן פיזית על ידי תומכי ליכוד זועמים וחולץ בקושי על ידי תומכיו.
דן מרידור, שהצטרף עוד קודם לכן למילוא, החליט לנסות להעביר למפלגת המרכז עוד מספר בכירים. הניסיונות התמקדו בלימור לבנת שהייתה מסוכסכת עם נתניהו על רקע תהליך קבלת ההחלטות ובאיציק מרדכי שהיה בלתי מרוצה מהתחזקות השפעתו של שרון ומהקו הימני הניצי של הממשלה לאחר הסכמי וואי. ב־10 בינואר 1999 החליטה לבנת להישאר בליכוד לאחר שיחה ארוכה עם נתניהו בה הובטחו לה הבטחות לא מעטות. לגבי מרדכי, ניסה נתניהו שתי טכניקות במקביל, מצד אחד ניסה לשכנעו להישאר בליכוד תוך הבטחה להמשך תפקידו כשר ביטחון ומצד שני ניסה לפתות אנשים שונים להיכנס לתפקיד זה.
בתחילת ינואר היה נראה כי מפלגת המרכז לא ממריאה. סכסוכים פנימיים בין חברי ההנהגה הבכירה הקשו על גיבוש מצע המפלגה ועל איוש התפקידים. לעומת זאת, איציק מרדכי הלך והתקרב להשתלבות בתנועה ולבסוף הוחלט על איוש התפקידים לפי סקר. ב־23 בינואר, לאחר שנודע לנתניהו על החלטתו של מרדכי לפרוש מהליכוד, הוא החליט לפטרו. מכתב הפיטורים נשלח על ידי שליח לכינוס של ראשי מפלגת המרכז בביתו של שחק ונמסר אישית למרדכי כדקה לפני תחילת מהדורות החדשות. פיטורי מרדכי ציינו למעשה את תחילת דרכה של מפלגת המרכז.
במהלך חודשי ינואר-פברואר נדמה היה כי תנועת המרכז תהיה המנצחת הגדולה של הבחירות. מרדכי הוביל בבטחה על פני נתניהו ואילו התנועה עצמה נועדה לזכות במנדטים רבים. אולם מצב זה לא ארך זמן רב ובתחילת מרץ החלה התדרדרות ממושכת בסקרים שנמשכה עד ליום הבחירות. ב־17-14 במרץ נבחרו מועמדי הסיעה לכנסת (למעט הרביעייה הפותחת) על ידי הרביעייה. בתכנון המקורי נושא זה היה אמור להיות פשוט יחסית, אולם במהירות רבה התברר כנושא למחלוקת עזה. חלק נכבד מהמועמדים שלא נבחרו למקומות ריאליים עזבו את המפלגה ואילו מרבית המועמדים שכן נבחרו נחשבו לשמאלנים (כמו אורי סביר, מיוזמי הסכמי אוסלו) וסייעו לליכוד להציג את המפלגה כמפלגה המשתייכת למחנה השמאל.
במקביל להתדרדרות המשמעותית בתמיכה במרדכי (שנבעה בעיקר מ"החזרה הביתה" של מצביעי הליכוד) החלה בתחילת מאי להיסדק התמיכה הפנימית במועמדותו של מרדכי, דוגמאות משמעותיות לכך הייתה רמיזתו של מילוא ב־7 במאי כי מרדכי ישקול להסיר את מועמדותו למען ניצחון ברק ופגישה של שאר ראשי המרכז בו דובר על פרישתם מהמפלגה של מרידור ומילוא ב־12 במאי.
מתחים עדתיים.
באוקטובר 1997 צולם נתניהו בשעה שלחש לרב יצחק כדורי "אנשי השמאל שכחו מה זה להיות יהודים. הם חושבים שאת הביטחון שלנו ישימו בידי הערבים. הערבים ידאגו לנו". לחישה זו עוררה סערה גדולה, במיוחד מכיוון שנתניהו הציג את עצמו כנציג "האליטות החדשות" הלוחם כנגד "האליטות הישנות" השמאליות, האשכנזיות והחילוניות.
ב־15 בפברואר 1999 בחרה מפלגת העבודה בפריימריס את מועמדיה לכנסת. על המקום ה־19, השמור לעולה חדש התמודדו שלושה - ח"כ אדיסו מאסלה, סופה לנדבר וסווטלנה אלכסדרוב. ב־70% מהקולות הוביל מסאלה בבטחה בשל הצבעה המונית של עולים מאתיופיה למענו, אולם חברי העבודה הדרוזיים שהעדיפו את קידומו של סאלח טריף בעקבות בחירת אישה לתפקיד, הביאו את לנדבר למקום הראשון. מסאלה החליט לנצל את מסיבת העיתונאים להצגת התוצאות שנערכה בזמן החדשות, עלה לבמה ותקף בחריפות את ברק וצמרת המפלגה. גם נאדיה חילו שלא הצליחה להיבחר במקום ריאלי ניצלה את ההזדמנות לטעון לקיפוח על רקע היותה אישה ערביה. לאירוע זה הייתה השפעה משמעותית אך זמנית על קולות הבוחרים. והוא נוצל בהמשך על ידי הליכוד לטענות על גזענות ואפליה בעבודה.
ב־30 באפריל נערך כנס של אמני ישראל בקיבוץ שפיים, ברק השתתף בכינוס (למרות התנגדות הצוות המקצועי של מערכת הבחירות) והתקבל בחום רב. אחת הנואמות הראשונות בכנס הייתה תיקי דיין שתקפה את תומכי נתניהו וכינתה אותם "אספסוף מהשוק", ברק שעלה לבמה הרבה יותר מאוחר, לא הגיב וצולם צוחק (ללא קשר לדברי דיין). חוסר התייחסותו של ברק הוצגה על ידי הליכוד כתמיכה בדבריה של דיין ונוצלה במהירות על ידו מתוך כוונה ליצור אפקט הדומה לזה של אמירת הצ'חצ'חים של דודו טופז בבחירות 1981. אנשי הליכוד חילקו מדבקות של "אני אספסוף גאה", התעוררו לפעילות לאחר התרדמה בשל הסכסוכים העמוקים בצמרת ובתשדירי הבחירות הוצמד צחוקו של ברק לדברי דיין. ביומיים הראשונים נראה כי אכן תהיה לאמירה אפקט הדומה לזה שבבחירות 1981, אולם לאחר מכן ביקר נתניהו בשוק התקווה ונשמע שם מאשים את השמאל בהשתייכות לאליטות המתנשאות ובשנאת חצי מהעם (מזרחיים, חרדים ואתיופים). ברק המשיך לעלות בסקרים ואילו נתניהו הוסיף לרדת בהם.
שהיית צה"ל בלבנון.
מאז נסיגת צה"ל מרוב שטח לבנון לרצועת הביטחון בשנת 1985 שררה אחדות כמעט מלאה בנושא שהייתו שם. מצב זה השתנה מהותית בעקבות אסון המסוקים בראשית 1997, אשר עורר ויכוח ציבורי בנושא. למרות הקמת תנועת ארבע אמהות אשר היוותה גורם לחץ וקבלת החלטה 425 על ידי הממשלה בראשית 1998 הרי עד למערכת הבחירות דובר כמעט אך ורק על יציאה מלבנון בהסכם שלום בלבד. ב־23 בפברואר אירעה היתקלות קשה באזור הביטחון ובה נהרגו שלושה קצינים מסיירת צנחנים. התקלות זו הביאה את ברק, מספר ימים לאחר מכן, להודיע על התחייבות ליציאה מלבנון תוך שנה מהיבחרו, עדיף תוך משא ומתן עם סוריה. תגובתו של נתניהו הייתה האשמת ממשלת לבנון באי מוכנות לשאת ולתת על הנסיגה.
המאבק על הקול הרוסי.
בעקבות ההתרחקות בין ישראל בעלייה לבין נתניהו, החליט נתניהו להקים מפלגת עולים שתהיה נאמנה לו. מפלגת ישראל ביתנו הוקמה בינואר 1999 על ידי אביגדור ליברמן בתור מפלגת לוויין של הליכוד.
ב־21 במרץ יצא נתניהו לסיור ברוסיה, בו ניסה כנראה לגייס קולות של עולי רוסיה לתמיכה בו. לפני הביקור ניסה נתניהו (שבאופן חריג נסע בלי אשתו) לארגן מטוס של עולים. ניסיון זה נכשל בשל התנגדות השלטונות המקומיים ולשכת הקשר ליהודי ברית המועצות, "נתיב". כמו כן ניסיון של נתניהו לגייס את תמיכת חסידי חב"ד על ידי העברת ספריית שניאורסון או חלקה לישראל נכשל אף הוא בשל החוקים האוסרים על הוצאת אוצרות היסטוריים. הביקור הביא לתוצאה ההפוכה מהמקווה כאשר יולי אדלשטיין, שר הקליטה, תקף את נתניהו עם שובו ארצה על בעיות הקליטה ואילו בתקשורת התפרסמו ידיעות על בקשה ישראלית להימנע מלחץ על רוסיה בנושא הטילים האיראניים עד לאחר הבחירות.
ב־30 בנובמבר 1998 החליט ראש נתיב, יעקב קדמי, להתפטר בשל אי מוכנותו של נתניהו להיפגש איתו (בין השאר בעקבות דו"ח מבקר המדינה). נתניהו שחשש מההשפעה השלילית של התפטרות כזאת על התמיכה בו במגזר הרוסי הצליח לשכנעו לחזור בו אולם לאחר שהבטחותיו של נתניהו לא קוימו ודבר קיומו של המכתב נחשף החליט קדמי להתפטר מתפקידו ב־17 באפריל 1999 (לאחר שנפוצו שמועות על פיטוריו הקרבים). לאחר ההתפטרות תקף קדמי את נתניהו בחריפות ובכך סייע לברק אצל העולים.
בסוף מרץ החליטה ישראל בעליה להתמקד בנושא משרד הפנים שנמצא על ידה כמפריע ביותר לציבור העולים, בשל בעיות של נישואים והכרה כיהודים של עולים חדשים. הסיסמה שנבחרה "אם.וה.דה פַּד ש"ס קוֹנטרוֹל? נְייֶט. אֶם.ווֶה.דֶה. פַּד נאש קונטרול" ("משרד הפנים בשליטת ש"ס? לא. משרד הפנים בשליטה שלנו"). סיסמה זו (שקוצרה לרוב ל"נאש קונטרול") הייתה סיסמת הבחירות המובילה של המפלגה וזכתה להצלחה רבה.
בנוסף על פעולות אלו, פעל ברק להפצה המונית של הגרסה הרוסית לביוגרפיה שלו ("חייל מספר 1") בחינם. למרות ניסיונות של הליכוד לטעון כי ההפצה היא תעמולת בחירות אסורה, סירבה ועדת הבחירות המרכזית להתערב בכך והשופט אליהו מצא שעמד בראשה אף אמר כי הוא מעדיף שיופצו ספרים ולא קמיעות (כמו של ש"ס). ב־4 במאי כמעט גרם הספר מפלה לברק לאחר שאנשי הליכוד גילו שבגרסה הרוסית שברשותם דיבר ברק ב־1967 על מזרח ירושלים שלא כחלק ממדינת ישראל, אולם במהרה התברר כי הגרסה שהייתה בידי אנשי הליכוד זויפה (לא ברור על ידי מי) ואנשי ברק אף הגישו תלונה במשטרה על כך. באותה תקופה שודר גם תשדיר פרסומת של ברק בערוץ לוויין רוסי הנקלט בישראל, נתניהו הפעיל את לבנת שהייתה שרת התקשורת והצליח לבטל את השידור.
לתהליכים הנ"ל וכן להצגת משפט דרעי כמצביע על שחיתות ש"ס ומאבקו של ברק בה, הייתה השפעה משמעותית ביותר על מעמדו של ברק בציבור הרוסי, והתמיכה בו עלתה מ־20% בינואר ל־40% באפריל. נתניהו פיטר את זאב גייזל שהיה אחראי על המגזר ולאחר מכן החזיר אותו פורמלית (כל הסמכויות הועברו למעשה לציפי לבני). אף על פי שבתחילת מאי פורסמה בעיתון וסטי כתבה שפיארה את השתתפותו של נתניהו במבצע סבנה, רמזה שהיריבות בין נתניהו לברק (שלכאורה הקשתה על המבצע) החלה שם ואף ציינה שנתניהו הרג את אחת המחבלות (טענה כוזבת: האשה שרדה את האירוע), ההידרדרות של נתניהו בסקרים נמשכה.
משפט דרעי.