ב-1266 פנה ביברס לכיבוש צפת, וכוחותיו צרו על מצודת הצלבנים שבה במשך למעלה מ-40 יום. לבסוף גרם ביברס לצלבנים לחתום על הסכם כניעה, תוך הונאתם. עם צאתם מהמצודה הרג ביברס את הצלבנים הנסוגים ושיפד את גופותיהם על חומות המצודה. כוונתו הייתה להרתיע את האירופאים מיציאה למסע צלב חדש.
ב-1268 כבש ביברס את יפו, וב-1271 ערך מסע נוסף בגליל לחיסול המצודות הצלבניות האחרונות שעוד שרדו ובראשן מבצר המונפור. הערים הצלבניות שנותרו על תילן לאחר תום שלטונו של ביברס (1277) היו עכו, צור וצידון.
החל מאמצע שנות ה-60 פנה ביברס לשקם את הארץ. הוא עודד התיישבות של קציניו בה, וחילק להם שטחי אדמה (אותם עיבדו אריסים). הוא פיתח את צפת, מיד לאחר כיבושה, כבירת הגליל והציב בה מושל חזק ובעל סמכויות. הוא פיתח מרכזי מסחר בג'לג'וליה, בקאקון, בלוד, ביבנה ועוד. ביברס יזם את פיתוח דרך הדואר שאיפשרה לפרשים רכובים על סוסים להגיע בביטחון ובמהירות מקהיר לדמשק בארבעה ימי רכיבה. הקמת הדרך חייבה בניית גשרים, סילוק מכשולים, הקמת מתקני דרך כחאנים וסבילים, ואיוש מצודות-משמר בחיל משמר. הח'אנים ריכזו סביבם מסחר, שווקים, שירותי חלפנות, החלפת סוסים ועוד. ביברס חילק את הארץ לנפות (נִיאָאבּות) והעמיד בראשן קצינים. הוא הגדיר תפקידי ניהול ושלטון (גובי מיסים, שופטים, מפקחים על כוחות שיטור) ומסר אותם בידי קצינים ממלוכים שפרשו מלחימה פעילה. יחד עם המשרה קיבל הממלוכ בדימוס שטח קרקע מניב, אשר חלק מההכנסות ממנו נהג להקדיש לצורכי דת (וקף). לחליפין יכול היה הפקיד להקים על השטח מתקן לעוברי-דרך כגון סביל.
ביברס, לא-מוסלמי מלידה אלא מתאסלם, דרש לשמור בקפידות על חוקי האסלאם וטרח לפרסם את הדבר, בכלל זה חוקים שהגנו על הנתינים מפני שרירות-ליבם של תקיפים מקומיים שדוכאו ביד ברזל. ביברס ראה עצמו ממשיכו של עומר בן אל-ח'טאב, כובש ירושלים המוסלמי הראשון (638). לפיכך היה מגן בני החסות: היהודים והשומרונים וכן הנוצרים בני-הארץ (הארמנים, המארונים, הקופטים והאשורים (סורים)). ביברס קרא ליהודים לשוב ולהתיישב בארץ בכלל ובירושלים בפרט, תחת הגנת השלטון. בני חסות אמנם חויבו לשלם מס גולגולת וחלו עליהם איסורים שונים והגבלות (כגון איסור על שתיית יין, חיוב לבישת מלבושים מזהים ועוד), אך ההגנה על גופם ופולחנם הייתה מצוות-דת שנאכפה על ידי השלטון, לפחות כל עוד השלטון היה יציב.
אדיקותו של ביברס באה לידי ביטוי גם בפיתוח הערים הקדושות (החראמים), ירושלים וחברון. הוא התחיל בתנופת הפיתוח לה זכתה ירושלים בתקופה הממלוכית, כולל, בין השאר, שיפוץ כיפת הסלע, הקמת אכסניה לעולי רגל בירושלים, שיפוץ מערת המכפלה בחברון ובניית נבי מוסא במדבר יהודה.
מורשת ביברס.
ביברס הותיר אחריו מסורת ועקרונות לפיהם התנהל, במידה רבה, השלטון הממלוכי בכלל ובארץ ישראל בפרט במהלך מאתיים השנים הבאות.
שתי שאלות חשובות נותרו ללא מענה חד משמעי באשר למהלכיו של ביברס: מדוע בחר מצביא מנוסה וחסר אויבים משמעותיים להתקדם לאט כל-כך בכיבושיו (בשונה מצלאח א-דין), ומה הסיבה שלא כבש את עכו, עיר נמל חשובה, שהייתה למעשה בירת שארית הממלכה הצלבנית מאחר שירושלים הייתה בידיו?
לדבריו של ד"ר שמעון גת, מהלך כיבושיו האיטי מלמד שהסיק מטעותו של קודמו, האיובי, כי מכת המחץ שלו בהמשך לקרב קרני חיטין - היא שהעירה נגדו את מסע הצלב בשלישי. באשר לכיבוש עכו, הרי שלדעת המומחים העוסקים בתקופה אפשר שהסיבות לכך אחדות: התעוררות המונגולים שהעסיקה אותו בצפון, חשש מכישלון נוסף לאחר ניסיונו הראשון (זאת לדעת פרופ' יוסף דרורי ובניגוד לדעתו של ד"ר גת שסבור כי זו הייתה פעולת הסחה) או התעוררות מסע צלב מחודש בהתייחס למעמדה המיוחד של עכו. ואפשר שלא הספיק כי מת לפני שהשלים את סילוק שארית הישות הצלבנית.
חלוקה מינהלית.
שטח ארץ-ישראל התחלק בין ה"ממלכות" של דמשק, עזה וצפת באופן הבא:
ממלכת עזה כללה את הנגב המערבי עד שיפולי הרי חברון, רמלה, לוד וכל שאר שטחי השפלה עד קאקון בצפון. מושל עזה היה מינוי עצמאי של הסולטאן עד 1376, לאחר מכן נשלט על ידי נציב הסולטאן מדמשק. בעיר, כבבירת כל ממלכה, ישבו שופטים (צבאיים ואזרחיים), פוסקי הלכות דתיים, וממונים על מיסים ועל בני-חסות.
ממלכת צפת כללה את כל הגליל (העליון, התחתון והמערבי), את עמק הירדן ואת צפון השומרון (ג'נין, מגידו). בצפת שלט נציב השולטן (נאיב) ובה ישב בעל משרה בכירה נוסף - הממונה על סוסי הדואר.
עמק בית שאן והבקעה עד יריחו, שכם, ירושלים וחברון היו נפות (ניאבות) במסגרת הממלכה של דמשק, בכל עיר ישב נציב ממונה וכפוף לנציב הסולטאן בדמשק. שליט העיר ירושלים היה נאיב אך ישב בה גם ממונה על ההקדשים, שריכז כח דתי רב ושלט למעשה על היבטים רבים בחיי ירושלים וחברון. ב-1376, כחלק מרפורמה כללית בחלוקה המנהלית, הוכפפה ירושלים כניאבה ישירות לסולטאן בקהיר, אך הדבר לא היווה שינוי מהותי.
הממלוכים הקפידו להפריד בין משרת מושל העיר למשרת מפקד חיל המצב ששהה בעיר, בכך צמצמו את האפשרות שמושל עיר ייעזר בכוח הצבאי שברשותו לצורך מרידה. החשדנות והעמימות בין נושאי משרות אזרחיות וצבאיות וריבוי המרגלים שירתו את הממשל הריכוזי כ"הפרד ומשול").
שנות שגשוג.
שני הדורות שלאחר ביברס אופיינו בשלטון השושלת היחידה בתקופה הממלוכית שבה עבר השלטון בין בני אותה משפחה, שושלת קלאון ובניו. א-מאלכ אל-מנצור קלאון שלט בין השנים 1290-1280. בתחילת שנות שלטונו הדף כמה מרידות בדואים (למשל ב-1281 באזור עזה וב-1282 בשכם), הביס את המונגולים בניסיונם האחרון לכבוש שטחים בארץ (ב, 1281), ואף דיכא ביד רמה קשר שבראשו עמדו אמירי דמשק. פעולות אלה הוכיחו שתקופת ביברס לא הייתה אפיזודה חולפת ושהשלטון הממלוכי יציב ורב כוח. קלאון הרחיב את סמכויותיו של עלאא' א-דין כממונה על הקדשי ירושלים וחברון, ונתן את האות לתחילת פיתוחה של ירושלים כעיר דת מפוארת ואבן שואבת לעולי רגל. בסוף ימיו החל לשים מצור על העיר הצלבנית האחרונה, עכו, אך מת בטרם נכבשה.
את עכו כבש לבסוף ב-1291 בנו של קלאון, אל-מלכ אל אשרף ח'ליל בן קלאון. עם נפילתה של עכו ננטשו שאר מאחזי החוף הצלבניים, בצור, בצידון ובעתלית, ויושביהם עברו לקפריסין. תקופת ממלכת ירושלים הצלבנית תמה. ניסיון הפלישה הכושל של המונגולי ב-1299 חתם את פרק האיום המונגולי.
הסולטאן הבא בשושלת היה מוחמד בן קלאון, שמלך, הודח ושב ומלך במשך שלוש קדנציות בין השנים 1340-1294. הוא שלט על אימפריה חסרת אויב חיצוני רציני, עם הכנסות גבוהות ממסים ומכסים בשל ריכוז כל המסחר מאסיה לאירופה דרך נמליה. מעייניו היו נתונים להוכיח לעולם כולו כי הוא השליט המוסלמי האדיר ביותר, "המנצח, משמיד הכופרים ועבדי האלילים, מכניע הקושרים והמורדים". כיוון שלא נותרו עוד כופרים לנצח ועובדי אלילים להשמיד, השקיע מוחמד בן-קלאון את מאמציו בבנייה מונומנטלית. הוא הקים את המסגד האדום (ג'עמא אלאחמר) בצפת, ואת הח'אנים בבית שאן ובג'לג'וליה, אך עיקר פעילותו נעשתה על ידי בן בריתו הקרוב, האמיר תנכיז, מושל דמשק וירושלים. באמצעותו שיקם מוחמד בן-קלאון את הר הבית, בנה מבני ציבור רבים בירושלים ופיאר את העיר באופן חסר תקדים. בן ברית נוסף היה מושל עזה, האמיר סנג'ר אלג'אולי (שבנה גם בירושלים) שהקים מסגדים, בנה רבות בעיר עזה וכתב ספרי הלכה. מוחמד בן-קלאון היה מוסלמי מלידה (ללא חשד נאמנות לאסלאם) וללא אויב צלבני מבית, לפיכך הקל מעט את ההגבלות על הנוצרים האירופאים ואיפשר למסדר הפרנציסקני דריסת רגל במקומות הקדושים בירושלים בדמות מנזר שבנו על הר ציון.
הבנייה של מוחמד בן קלאון היוותה תפנית ממדיניותו של ביברס. עד אז נבנו מבני ציבור תחת תקציב מבוקר ולצורך תכלית ידועה. לעומת זאת, האופנה שהנהיג מוחמד בן קלאון והנחיל לממשיכיו בבנייה הממלוכית הייתה בניית מבני פאר על-פי אמות מידה אסתטיות ולא משיקולים ענייניים. במבצעי הראווה שלו הושקעו כספים רבים מהאוצר, אך הם לא הועילו כמעט לרווחת הפרט ולחוסנה של המדינה. הוא הביא אומני בנייה מפרס שהעשירו את האדריכלות הממלוכית בפריטים אופייניים, כגון עיטור הנטיפות (מוקרנס). הוא הנחיל לאמיריו את ההתלהבות מן הבנייה המונומנטלית ועודד את יצר התחרות שלהם. הנוסע אבן בטוטה העיר ש"האמירים מתחרים זה בזה בבניה".
לאחר מות מוחמד בן קלאון שקעה שושלת בני קלאון. במקביל פרצה בארץ מגפת המוות השחור. אין פרטים רבים על היקף המגפה, אך היא נמשכה כשנה ובמהלכה מתו רבים, יישובים רבים ננטשו והכלכלה נפגעה. האדיקות הדתית גברה וכן גבר כוח ההשפעה של הדרווישים הסופים שהטיפו לחזרה בתשובה ולהכאה על חטא. עם שוך המגפה, ב-1366 לערך, שבה תנופת הבנייה הדתית לירושלים ונבנו מבני פאר רבים על הר הבית, ומדרסות רבות. עדות לחידוש החיים הכלכליים ניתן למצוא בבניית ח'אן אל סולטאן בשנת 1389 בלב ירושלים על ידי הסולטאן ברקוק.