לאחר הסיפוח, הותאמה השיטה הכלכלית לשיטה הסובייטית. כיוון שרוב היהודים בעיירה היו סוחרים, חנוונים זעירים ורוכלים, היה להם קשה להתרגל למשטר הסובייטי. רכושם הפרטי של האמידים הוחרם, חלק מבעלי המפעלים היהודים הוגלו, ורבים חששו מגירוש לסיביר. בעלי המלאכה צורפו בהתאם למקצועותיהם לקואופרטיבים ("ארטלים"). החינוך והתרבות היהודיים, הפעילות הציונית פסקו. לימוד העברית נאסרו והיהודים נאלצו לעבוד בשבת. הילדים החלו ללמוד בבית-ספר ממלכתי בשבתות ובחגים. כאשר רוב התלמידים לא באו ללמוד ביום הכיפורים נערכה חקירה, והחוקרים ביקשו לדעת מי השפיע על התלמידים לנהוג כך.
פלישת גרמניה לברית המועצות.
ב-22 ביוני 1941 החלה המתקפה הגרמנית במסגרת "מבצע ברברוסה". כיבוש חבל ווהלין כולו הושלם עד לאמצע יולי של אותה השנה. רק כחמישה אחוזים מיהודי ווהלין הצליחו להגר מזרחה. בווהלין הוקם ממשל צבאי גרמני, ולידו מִנְהל אזור לטיפול באזרחים. בימי הכיבוש הראשונים התארגן בווהלין שלטון אוקראיני, והאוקראינים המקומיים ביצעו פוגרומים ו"אקציות" בשכניהם היהודים. הפוגרומים נערכו ב-27 עיירות וב-12 כפרים, ובמהלכם היו כ-500 איש נפגעו בנפש וכן נשדד רכוש רב. קבוצות של צעירים יהודים ניסו להגן באופן עצמאי על הציבור היהודי. איינזצקומנדו a4 פעלה בפלך, ערכה "אקציות" במסווה של טיהור השטח מיחידות סובייטיות ורצחה אלפי יהודים.
ה"גביטים" נקבעו לפי הנפות (פוביאטים) הפולניות, ואחד מהם היה קאמין-קושירסקי. באמצע ספטמבר 1941 פרסמו הגביטסקומיסרים (נציבי המחוז) צו המורה להחליף את מגן-הדוד היהודי הנישא על הזרוע בשני טלאים צהובים, האחד על החזה בצד שמאל, והאחר באמצע הגב. מזונם של היהודים צומצם מאוד באיכותו ובכמותו, הוטלו עליהם קנסות כבדים, רכושם הוחרם והם נאלצו לעבוד בעבודות כפייה שונות. שכר עבודתם של עובדי הכפייה נמסר ליודנראט, והוא השתמש בו כדי לשלם תמורת הקצבת המזון וחילק את מנות המזון בין היהודים. בזמן העבודה, השגיחו מפקחים גרמנים או מקומיים על העובדים היהודים; הם התעללו ביהודים, הִכו ופצעו אותם. בעלי המלאכה ובעלי מקצוע, כמו רופאים ורוקחים, המשיכו לעסוק במקצועותיהם בגלל חיוניותם. בשעות החשכה נמצאו היהודים בעוצר בבתיהם.
"הפתרון הסופי".
בקיץ 1942 החל הרצח השיטתי והחיסול הסופי של יהודי ווהלין, והוא נמשך עד לאמצע אוקטובר של אותה השנה. יחידות גרמניות מיוחדות בסיוע המשטרה הגרמנית ומשטרת העזר האוקראינית ביצעו את פעולות המצוד אחר יהודים, סגירת הגטאות, הליווי והאבטחה. פקידי הגביטסקומיסריאט תיאמו את ההכנות, דאגו לאמצעי תובלה והשתתפו ברישום דברי הערך שהוחרמו מן היהודים. הם גם אספו את חפצי הנרצחים ובגדיהם, מיינו אותם ושלחו חלק מהם לגרמניה. השאר חולק בין התושבים המקומיים או נמכר להם.
בין החודשים יולי ואוקטובר 1942 נרצחו בווהלין כ-200 אלף יהודים, כלומר כ-80% מהכלואים בגטאות. כמה אלפי בעלי מקצוע נדרשים הושארו בחיים בשלב זה; הם נרצחו בחודשים האחרונים של 1942 ובמחצית הראשונה של 1943. ב-10 באוגוסט 1942 נרצחו כ-80% מהיהודים בגטו קאמין-קושירסקי (וכן בגטו לוביישוב), והשאר נרצחו בנובמבר 1942.
הישרדות והתנגדות.
בדרך כלל התייחסו האוקראינים אל היהודים באיבה גלויה, ולעיתים נהגו באדישות. בודדים מהם, במיוחד חברי כת הבפטיסטים (שטונדיסטים), היו מוכנים לסכן את עצמם למען היהודים הנרדפים. במקרים אחדים מצאו היהודים מקלט אצל כפריים פולנים ואף אצל צ'כים. מעריכים כי בבריחות ההמוניות השתתפו כ-27 אלף אנשים, אף שבחלק מהמקומות לא עלה מספר הבורחים על אלפים ספורים. מספר הניצולים מקרב הבורחים והמסתתרים היה קטן בגלל תנאי האקלים, הרעב ויחסם העוין והמתנכר של האוקראינים.
מרד ולחימה ביערות.
הבולטות מבין צורות ההתנגדות היהודית היו המרידות בגטאות וההתארגנויות של קבוצות ליציאה ליערות כדי להילחם שם. בעניין זה כתב ההיסטוריון שמואל ספקטור: "...המרידות בגטאות ווהלין הקדימו ב-8 עד 10 חודשים לפחות את המרד בגטו ורשה. המרידות היו על פי רוב מאולתרות ואורגנו תוך זמן קצר. התנאים הפיזיים של הגטו בעיירה הם שהכתיבו את דרכי המרד, שכללו בדרך כלל הצתה של בתי הגטו, כניסה לקרב קצר עם הרודפים ובריחה המונית ליערות הקרובים, כלומר שילוב של לחימה והצלה...". הידועה ביותר מבין המרידות הייתה בטוצ'ין; ב-24 וב-25 בספטמבר 1942 ברחו בחסות האש והעשן כ-2,000 יהודים ליערות הסמוכים, אולם רק בודדים מהם שרדו עד ליום השחרור.
בדומה למרידות, היו גם מרבית ההתארגנויות של הקבוצות חפוזות ומאולתרות, והן נעשו בסמוך למועד החיסול. מטרתן הייתה הישרדות באמצעות לחימה עם נשק ביד ביערות האזור. בסתיו 1942 הייתה עדיין תנועת הפרטיזנים הסובייטית בראשית דרכה, וניסיונות הקבוצות היהודיות ליצור קשר אִתה נכשלו; לכן הן נאלצו, בתקופת הזמן הראשונה לשהותן ביערות, להתמודד בכוחות עצמן. העדר הקשרים, עוינות האוכלוסייה ומיעוט הנשק, לצד סיבות אחרות, גרמו להישארות הקבוצות היהודיות בגטאות עד סמוך ליום החיסול. מעריכים כי מספר הקבוצות החמושות שהתארגנו ליציאה ליערות היה בין 35 ל-40, כאשר בכל קבוצה כזו היו בין חמישה חברים לבין כמה עשרות. קבוצות מעטות הצליחו להגיע ליערות, להצטייד בנשק שנלקח משוטרים אוקראינים ולשרוד עד אשר ניתן היה להצטרף ליחידות הפרטיזנים הסובייטיות.
פרטיזנים ואנטישמיות.
חיי הפרטיזן היו נתונים בידי מפקדו. המפקד שלח את אנשיו למשימות, שפט אותם ואפילו חרץ את דינם למוות. לדעת הלוחמים, גם ביחידות שמפקדיהם היו הגונים (למשל מיסיוּרה, קרוּק או מקס) נענשו בחומרה יתרה דווקא היהודים. העבירות העיקריות שעליהן נענשו בחומרה היו אובדן נשק בקרב, לקיחת חפצים מאיכר או שינה בזמן שמירה. לא פעם קרה גם שלוחם יהודי יחיד יצא לפעולה ולא חזר; חבריו הלא-יהודים טענו כי הוא נהרג בקרב, אולם בהמשך התברר כי הלוחם היהודי נורה בידי שותפיו למשימה. בראשית 1943 חל שיפור במצב עקב הגידול בכוחה של התנועה הפרטיזנית הסובייטית בווהלין והתארגנותה באוגדות ובוועדים מחוזיים מחתרתיים.
יחידות פרטיזנים אוקראיניות ופולניות.
בסוף 1942 הופיעו ביערות ווהלין יחידות פרטיזנים של התנועה הלאומנית האוקראינית, ה-UPA (צבא המורדים האוקראיני). יחידות הפרטיזנים הללו נשאו שמות רבים, כגון: "בנדרובצים", "בולבובצים", "זלנובצים". מנהיגי האוקראינים התאכזבו מן הגרמנים, וזאת כי לא קוימה ההבטחה שניתנה להם להקים מדינה אוקראינית עצמאית בשטחים שהגרמנים כבשו מידי הסובייטים. הפרטיזנים האוקראינים עסקו ברציחות המוניות בקרב האוכלוסייה הפולנית, בשרֵיפת הכפרים הפולניים ובביצוע מעשי זוועה ביושביהם. בנוסף לכך הם רצחו את שרידי היהודים שמצאו ביערות או במקומות מסתור אחרים. הם היו גורם מסוכן ביותר, לתנועה הפרטיזנית הסובייטית בכלל וליהודים בפרט. המלחמה בכנופיות האלה הייתה קשה, מכיוון שהן נהנו מחסות האוכלוסייה האזרחית, אולם בסופו של דבר גברה ידם של הפרטיזנים הסובייטים. באמצע 1943, עקב ריבוי התקפות האוקראינים על הפולנים, הופיעו בווהלין יחידות של הארמייה קריובה. ביחידות אלה שירתו יהודים מעטים בלבד, ובדרך כלל הם היו ביחידות "ההגנה העצמית" שפעלו בכמה כפרים.
תנועת הפרטיזנים הסובייטית.
היהודים היו יכולים להיקלט רק ביחידות תנועת הפרטיזנים הסובייטית, לאחר שזו החלה להתבסס. צפונית-מזרחית לקובל, באֵזור מנייביץ', הוקמו שתי יחידות, האחת תחת פיקודו של יוזף סובייסיאק ("מקס"), והשנייה תחת פיקודו של ניקולאי קונישצ'וק ("קרוק"); יחידות אלה כללו קבוצות יהודים מלישניובקה, ממנייביץ', מפּאבוּרסק, מקאמין-קושירסקי ועוד. בסוף 1942 שלח מפקד האוגדה לינקוב את הקולונל אנטון ברינסקי (המכונה "דיאדיה פְּיֵטְיָה") מדרום-מזרח בלורוסיה; משימתו הייתה להתחיל במיזוג הקבוצות המקומיות הקטנות לחטיבה. זו הוקמה באמצע דצמבר 1942, ונכללו בה יחידות (ברוסית – אוּטְרִיָאדִי) הפרטיזנים תחת פיקודם של אַנִישְׁצֶ'נְקוֹ, מִיסְיוּרָה, מַקְס, סַזוֹנוֹב, פִילְיוּק, קְרוּק וקַרְטוּחִין.
ביחידות של מיסיורה, מקס וקרוק היו גרעינים חזקים של פרטיזנים יהודים. יחידות אלו הועברו באביב 1943 לשתי האוגדות הרובנאיות (אוגדות תחת פיקודם של הגנרל ואסילי בגמה ושל הגנרל אלכסיי פיודורוב – האחרון כונה "הרובנאי" וגם "פיודורוב צ'רניגובסקי"). הקמת האוגדות, גידולה של התנועה הפרטיזנית, הידוק הקשר עם המטות בעורף וארגון ההצנחות – כל אלה שיפרו את תנאי הלחימה. נשק רב הגיע, לרבות נשק אישי משוכלל (תת-מקלעים), מכונות ירייה ואפילו תותחים קלים. הוצנחו בגדים, נעליים, מצרכי מזון, תרופות וציוד רפואי. הקמת המסגרות הגדולות וקבלת הציוד המשופר אִפשרו לשנות את דרכי הלחימה של הפרטיזנים. בנוסף ללחימה בשיטות של גרילה החלו יחידות גדולות של הפרטיזנים לתקוף חילות משמר גדולים יחסית. כך נכבשו, באופן זמני, יישובים בצפון ווהלין.
הלחימה הפרטיזנית.