קלינטון וגור קיבלו את המועמדות בוועידה הלאומית הדמוקרטית ב-17 ביולי 1992. הניו יורק טיימס כינה את המועמדות ככרטיס דור הבייבי בום"," וציין כי אם ייבחרו, קלינטון וגור, בגילאי 45 ו-44 בהתאמה, יהיו "הצוות הצעיר ביותר שהגיע לבית הלבן בתולדות המדינה." גור עצמו כינה את מועמדותם מועמדות "דור חדש של מנהיגות." המועמדות של קלינטון וגור גדלה בפופולריות לאחר שהמועמדים נסעו עם נשותיהם, הילרי וטיפר, בנסיעה של שישה ימים, 1,600 קילומטרים באוטובוס, מניו יורק לסנט לואיס, לנאום ולפגוש בתומכים לחיזוק קמפיין הבחירות. גור היה מעורב בעימותים גם עם המועמדים האחרים לסגנות הנשיא, דן קוויל (סגנו של הנשיא בוש) וג'יימס סטוקדייל (המועמד לסגנות לצד רוס פרו). בסופו של דבר, פיצול ההצבעה הרפובליקנית לנוכח מועמדותו של רוס פרו אפשרה את ניצחונם של קלינטון וגור הדמוקרטים.
סגן נשיא ארצות הברית (1993–2001).
בעקבות ניצחונם בבחירות גור הושבע לתפקיד סגן הנשיא ה-45 ב-20 בינואר 1993, והם נבחרו לתקופת כהונה שנייה בבחירות 1996. אל גור שימש כסגן נשיא לאורך כל תקופת ממשל קלינטון. בתחילת הקדנציה הראשונה הם פיתחו "הסכם בן שני עמודים המתאר את מערכת היחסים בין הנשיא וסגנו." קלינטון התחייב לפגישות צהריים קבועות; הוא הכיר בגור כיועץ ראשי בנושא מועמדויות ומינה כמה מהיועצים הראשיים של גור לתפקידי מפתח בבית הלבן. קלינטון עירב את גור בקבלת החלטות במידה חסרת תקדים עבור סגן נשיא. באמצעות התדיינות בארוחות צהריים שבועיות ושיחות יומיות שלהם, הפך גור ל"יועץ הראשי הבלתי מעורער של הנשיא." עם זאת, גור נאלץ להתחרות עם הגברת הראשונה הילרי בתחום ההשפעה על הנשיא קלינטון, החל כשהיא מונתה לכוח המשימה של שירותי הבריאות ללא התייעצות של גור. בעיתון "ואניטי פייר" נרשם כי "כישלונו של הנשיא קלינטון להסתמך על סגן הנשיא שלו מהווה סימן מובהק למסדר הניקור האמיתי.
לגור היה עניין מיוחד בצמצום "בזבוז" והונאות בממשל הפדרלי ודגל בצמצום גודל הבירוקרטיה והרכבים של תקנות. נשיאותו של קלינטון עמדה בסימן התערבות ממשלתית מעטה בהתנהלות הכלכלית ובצמיחה של אותה כלכלה אמריקאית. לדברי הכלכלן לסלי באד, הצלחה כלכלית זו נבעה, בין השאר, מתפקידו המתמשך של גור כ"דמוקרט אטרי", המקדם את הפיתוח של טכנולוגיית המידע, שהובילה לבועת הדוט-קום (בועה כלכלית שהתקיימה בין 1995–2001). קלינטון וגור עירבו את הממשל הפדרלי בתכנון משרדים כדי לממן מחקר ש"יציף את הכלכלה בסחורות ושירותים חדשניים, העלאת רמת השגשוג הכללית וחיזוק התעשייה האמריקאית." המטרה הכוללת שלהם הייתה לממן את הפיתוח של "רובוטיקה, כבישים ותשתיות, ביוטכנולוגיה, כלי מכונות, רכבות ריחוף מגנטיות, תקשורת אל-חוטית, סיבים אופטיים ורשתות מחשבים לאומיות. כמו כן, הוגדרה שורה של טכנולוגיות בסיסיות כמו הדמיה דיגיטלית ואחסון נתונים." המבקרים טענו כי היוזמות "יפגעו וינפחו את הקונגרס כך שייצרו קטגוריות חדשות לגמרי של בירוקרטיה פדרלית המקשה על קיום וקידום עסקים."
במהלך כהונתו כסגן הנשיא קידם גור את המונח, שהפך בעקבותו לפופולרי, "אוטוסטרדת המידע" - אשר הפך לשם נרדף בעבור האינטרנט. ב-29 במרץ 1994, בנאום באוניברסיטת ג'ורג'טאון, נאם גור על רפורמה ממשלתית ונשא הרצאה שכותרתה "העבודה החדשה של המנהל הפדרלי". גור דיבר על האופן שבו הטכנולוגיה משנה את אופי הממשל, המנהל הציבורי וההנהלה בכלל, וציין כי בעוד שבעבר היו נחוצים מבנים היררכיים עמוקים לניהול ארגונים גדולים, הטכנולוגיה הציעה גישה מדויקת ויעילה יותר למידע, ובכך הקלה על תפקודם של מבני ניהול. ממשל קלינטון-גור השיק גם את האתר הרשמי הראשון של הבית הלבן בשנת 1994 ואת גרסאותיו הבאות עד שנת 2000. במהלך 1993 ותחילת 1994, גור נעזר בממשל כדי לתמוך באימוץ ה-Clipper Chip, טכנולוגיה שפותחה על ידי הסוכנות לביטחון לאומי שנועדה לספק גישה לאכיפת החוק לתקשורת מוצפנת. לאחר התנגדויות פוליטיות וטכניות, היוזמה בוטלה למעשה.
גור היה מעורב גם ביוזמות סביבתיות. הוא השיק את תוכנית GLOBE ביום כדור הארץ ב-1994, פעילות חינוך ומדע שלפי מגזין פורבס, "כללה שימוש נרחב באינטרנט כדי להגביר את המודעות של התלמידים לסביבתם." בשנת 1998, החל גור לקדם תוכנית הוצאה לפועל של לוויין של נאס"א (Deep Space Climate Observatory) שיספק מבט קבוע על כדור הארץ, ומציין את הפעם הראשונה שתמונה כזו התבצעה מאז צילום השיש הכחול ממשימת אפולו 17 ב-1972. גור ניהל משא ומתן ותמך מאוד בפרוטוקול אמנת קיוטו להפחתת גזי החממה, אך אמר עם שובו ממעמד החתימה על הפרוטוקול כי הממשל לא יגיש את אשרור האמנה לסנאט עד שהוא יתוקן כך שיכלול "השתתפות משמעותית של מדינות מפתח מתפתחות", הסנאט העביר בעבר פה אחד (95 תומכים–0 מתנגדים) את החלטת בירד–הייגל, שהכריזה על התנגדות לכל אמנת גזי חממה שתגביל את הפליטות של ארצות הברית ללא הגבלות דומות על מדינות מתפתחות כגון הרפובליקה העממית של סין. ממשל קלינטון סיים את תפקידו שלוש שנים לאחר מכן מבלי שהגיש את האמנה לאשרור.
כסגן הנשיא, גור עסק בעיקר בגיבוש המלצות לייעול כלכלי וארגוני של הממשל הפדרלי, בסיוע הרוב הרפובליקני בקונגרס, שהובילו לאיזון בתקציב הפדרלי, בקידום הסכם הסחר החופשי של צפון אמריקה בין ארצות הברית, קנדה ומקסיקו שהתקבל בינואר 1994 ובקידום אמנת קיוטו. משנת 1998 גור תמך בפיתוח לוויין התצפית טריאנה של סוכנות החלל האמריקנית, שנועד לספק תמונות רצופות של כדור הארץ ולבצע מחקר בנושא הגנת הסביבה וההתחממות הגלובלית, אך שיגורו נדחה על ידי הרוב הרפובליקני בקונגרס. ממשל קלינטון רשם הישגים כלכליים רבים, בהם צמיחה רצופה של המשק האמריקני, גידול בהכנסות הפרטיות, צמצום בשיעורי המיסים, האבטלה, העוני, החוב הלאומי וההוצאות הממשלתיות והפיכת הגירעון הממשלתי לעודף. אך המיתון שהחל במרץ 2000 העיב על הישגיו.
במהלך שנות ה-90, גור התבטא בבחינה פוליטית בכמה נושאים. בנאום על מלחמת המפרץ ב-1992, גור הצהיר כי הוא ניסה פעמיים לגרום לממשלת ארצות הברית למשוך תמיכתה בממשל סדאם חוסיין, תוך שהוא ציין את השימוש של חוסיין בגזים רעילים נגד אזרחים עיראקים, תמיכתו בטרור ותוכנית הגרעין המתפתחת שלו, אך פגש בהתנגדות שהגיע לקיצה רק עם הפלישה העיראקית לכווית. בעקבות מבצע אל-אנפאל, שבמהלכו חוסיין ביים התקפות גז חרדל וגז עצבים קטלניות על עיראקים-כורדים, גור היה שותף לחוק למניעת רצח עם משנת 1988, שנועד לקצץ בכל הסיוע שנשלח לעיראק. הצעת החוק הופלה בחלקה עקב שתדלנות אינטנסיבית של הקונגרס על ידי הבית הלבן בממשלי רייגן ובוש ואיום בווטו מצד הנשיא רייגן. בשנת 1998, בכנס של APEC בהנחיית מלזיה, גור תקף את ראש הממשלה מאהאטיר מוחמד.
זמן קצר לאחר מכן, גור נאלץ להתמודד גם עם שערוריית לוינסקי, שנסובה סביב רומן מחוץ לנישואים בין הנשיא קלינטון למתמחה בבית הלבן, מוניקה לוינסקי. גור הגן בתחילה על קלינטון, שלדעתו הוא חף מפשע, וקבע בעת ראיון כי "הוא נשיא המדינה! הוא חבר שלי... אני רוצה לבקש מכם עכשיו (הצופים), כל אחד מכם, להצטרף אליי לתמוך בו." לאחר הליך ההדחה של נשיא ארצות הברית ביל קלינטון, גור המשיך להגן עליו והצהיר, "הגדרתי את תפקידי בדיוק באותה צורה כבר שש שנים... לעשות כל מה שאני יכול כדי לעזור לו להיות הנשיא הטוב ביותר שאפשר."
הבחירות לנשיאות ב-2000.
מועמדות המפלגה הדמוקרטית.
דיבור על התמודדות פוטנציאלית במירוץ לנשיאות ב-2000 על ידי גור החל כבר בינואר 1998. גור דן באפשרות לרוץ במהלך ראיון ב-9 במרץ 1999 עם המהדורה המאוחרת של CNN עם וולף בליצר. בתגובה לשאלתו של בליצר: "מדוע שהדמוקרטים, בהסתקלות על תהליך המינוי הדמוקרטי, יתמכו בך במקום בביל בראדלי", הגיב גור:
פרופסור ללימוד מדעי המידע ב-UCLA לשעבר, פיליפ א. אגר, והעיתונאי אריק בוהלר טענו ששלושה מאמרים ב-Wired News הובילו ליצירת האגדה האורבנית הנפוצה שגור טען כי "המציא את האינטרנט", שבאה בעקבות הראיון הזה. בנוסף, טענו להגנתו אנשי מחשבים ועמיתים בקונגרס בעקבות הריאיון. חלוצי האינטרנט וינט סרף ובוב קאהן הצהירו כי "אנחנו לא חושבים, כפי שחלק מהאנשים טענו, שגור התכוון לטעון שהוא 'המציא' את האינטרנט. יתרה מכך, במוחנו אין ספק שבזמן שכיהן כסנאטור, היוזמות של גור השפיעו בצורה משמעותית ומיטיבה על האינטרנט שעודנו מתפתח." מאוחר יותר ציין סרף: "אל גור ראה מה קרה עם חוק הכבישים הבין-מדיניים וחוק ההגנה הלאומיים משנת 1956, שאביו הציג כהצעת חוק צבאית. היו אלו הצעות חוק גדולות מאוד. הדיור עלה, צמיחה פרברית יוצאת דופן התקיימה, האזרחים יכלו להתנייד. גור היה מכוון לכוח של נטוורקינג הרבה יותר מכל אחד מעמיתיו בבית הנבחרים. יוזמותיו הובילו ישירות למסחור האינטרנט. ככה באמת מגיע לו קרדיט."
בנאום בפני האגודה האמריקאית למדעי המדינה, יושב ראש בית הנבחרים הרפובליקני לשעבר, ניוט גינגריץ' הצהיר גם הוא: "למען ההגינות, זה משהו שגור עבד עליו זמן רב. גור הוא לא אבי האינטרנט, אבל גור הוא האדם שבמסגרת הקונגרס עבד בצורה הכי שיטתית כדי לוודא שנגיע לאינטרנט, והאמת היא - ועבדתי איתו החל מ-1978 כשהגעתי (לקונגרס), שנינו היינו חלק מ"קבוצת עתיד" - העובדה היא שבממשל קלינטון, העולם שדיברנו עליו בשנות ה-80 התחיל להתרחש בפועל."