לאחר שלא הצליח להגיע להסכמה לגבי שאלת אי-תשלום מיסים לממשלה, החליט הוועד הערבי העליון להיוועץ בוועדות הלאומיות ונציגיהן זומנו למפגש עם הוועד ב-7 במאי. למפגש בירושלים הגיעו 150 נציגים, שהחליטו להמשיך בשביתה ולקרוא לעם להפסיק לשלם מיסים החל ב-15 במאי, אלא אם תופסק ההגירה היהודית, ולהכריז חרם כלכלי על היהודים. ב-7 ביוני עצרה הממשלה את מזכיר הוועד, עוני עבד אל-האדי וכעבור שבועיים גם את יורשו בתפקיד, עזת דראוזה.
בשל שיתוק המסחר, המלאכה והתחבורה, לקחו על עצמן הוועדות הלאומיות את הטיפול באספקת המזון וקיומם הכלכלי של השכבות הנמוכות בערים, שלא היה ביכולתן להתקיים במשך תקופה ארוכה ללא הכנסה. הן הקימו במרכזים העירוניים ועדות אספקה, שדאגו לספק לנצרכים מזון בסיסי ממחסנים מרכזיים שהוקמו לשם כך.
הוועד הערבי העליון והוועדות הלאומיות אספו תרומות בכל רחבי הארץ. העשירים נקראו לתרום מכספם, ועדות נשים התרימו מדלת אל דלת וכדי לאסוף תרומות גם מהשכבות העניות, הוכרז שחובתו של כל אדם לתרום לפחות גרוש אחד. לחץ ואיומים הופעלו על מי שסירב לשלם, מה שהביא לעזיבת עשירים רבים את הארץ. הוועד שלח להם מכתבי נזיפה אולם הם פחדו מהאיומים שהושמעו נגדם וחששו לחזור.
הוועד העליון דאג לכך שכל ועדה לאומית תמנה ממלאי-מקום להמשך המאבק למקרה שבעלי התפקידים יאסרו, וכך יכלו הוועדות הלאומיות להמשיך את פעולתן גם לאחר שהבריטים הגלו כ-60 מנהיגים למקומות שונים בארץ.
הוועד הערבי העליון והוועדות הלאומיות נשאו בעיקר הנטל הכספי לצורכי מזון, נשק, תחמושת ובגדים לחבורות המורדים הקבועות.
הוועד הערבי העליון לא היה המטה הראשי של המרד. הייתה לו סמכות מועטה על המורדים, אך שני הגורמים נהגו להתייעץ זה בזה. בהיותו גוף חוקי, היה חייב להסתייג מאלימות וכאשר לחץ עליו הנציב העליון, אף פרסם גינויים על מעשי רצח קשים.
ב-14 ביולי 1936, לאחר שהצבא הרס את ביתו של חסן סלאמה בקולה, מחה הוועד על "המעשה התוקפני של הרס ללא הצדקה".
מתחילת המאורעות חתר הוועד הערבי העליון להרחיב את המהומות על פני אזורים רבים בארץ ויצירת משטר דמים ולהטיל את מרותו על כל המחנה הערבי.
כתוצאה מההתנגדות הגוברת באוכלוסייה הערבית ואזהרת השלטונות הבריטיים כי יוכרז מצב צבאי בארץ אם לא תיפסקנה המהומות, חיפשו המנהיגים הפלסטינים דרך נסיגה בכבוד.
גם התרומות שקיבל הוועד הערבי העליון התמעטו ולא היה באפשרותו להמשיך לתמוך בשובתים. הנציב העליון ווקופ נפגש עם שלושת ראשי הוועד, אמין אל-חוסייני, ראע'ב אל-נשאשיבי ועוני עבד אל-האדי, והזהיר אותם לגבי משמעות החלת המשטר הצבאי. אלה השיבו כי יסכימו לקרוא להפסקת השביתה והפרות הסדר, אם יתבקשו כך על ידי המלכים הערבים - ע'אזי, אבן סעוד, האמאם יחיא ועבדאללה. ראשי הוועד אף הציעו שבריטניה היא זו שתבקש מהמלכים לקרוא לוועד לסיים את השביתה, אולם בקשתם נדחתה. הוועד החל במשא ומתן עם מלכי ערב על נוסח טיוטה ל"קול-קורא" שיפורסם על ידם, תוך עדכון ממשלת בריטניה בתוכן הטיוטות. המשא-ומתן ארך כחודש שלם וב-10 באוקטובר פורסם בארץ ישראל ה"קול-קורא" של המלכים הערבים ובאותו יום פרסם הוועד הערבי העליון קריאה לעם להפסיק את השביתה והמהומות. אולם המורדים ככל הנראה לא שוכנעו להניח את נשקם, ולכן שלח אליהם הוועד הערבי העליון פנייה סודית, בה קרא להם להפסיק את כל מעשי האלימות ונימק את קריאתו בהצהרה שקרית, "שממשלת בריטניה החלה להגשים את הבטחותיה ולבצע את ההסכמים שהושגו". רוב החבורות התפזרו.
החל מכינונו הנהיג הוועד את המרד עד שהפסיק לבסוף את השביתה ב-12 באוקטובר 1936 בעקבות הקשחת המדיניות הבריטית והסכמה לשגר לארץ ועדת חקירה, וקשיים כלכליים בהם נתקל הציבור הערבי עקב השביתה. במהלך המרד זכה הוועד לסיוע של ועדים ל"הצלת פלסטין" שקמו במדינות השכנות וכן לסיוע של המדינות עצמן.
לאחר תום השביתה, פרסמו עובדי נמל יפו הערבים הצהרה בה תקפו את ממשלת המנדט על כך שאשרה את הקמת המזח אך גם ביקרו את ההנהגה הערבית ושאלו: "מהן ההכנות שנעשו בידי המנהיגים הנעלים, אשר תבעו מאתנו להתמיד בשביתה עד הסוף כדי להביא עלינו את העונש החמור הזה?". מאז תום השביתה, הפעיל הוועד הערבי העליון לחץ מתמיד על הממשלה לבטל את הרישיון להפעלת המזח בתל אביב (שהפך מאוחר יותר לנמל תל אביב), אולם נכשל בכך ונאלץ להסתפק בקריאה לסוחרים הערבים להשתמש בנמל יפו בלבד ולהחרים את נמל חיפה כדי לפצות את נמל יפו על ההפסדים שנגרמו לו.
הוועד החליט להמשיך בחרם הכלכלי על היהודים גם אחרי תום השביתה.
בתחילת נובמבר הגיעה לארץ ישראל ועדת פיל, שגבתה עדויות ברחבי הארץ.
לאחר הפסקת השביתה והאלימות, החלה הוועדה באמצע נובמבר את עבודתה. הוועד הערבי העליון כבר מינה וועדה מיוחדת, שתכין את עדויות הערבים לוועדת פיל, אולם דרש בתוקף את השעיית העלייה היהודית בזמן עבודתה, וב-4 בנובמבר החליט שיחרים את הוועדה "אם לא תושעה הגירת היהודים". שר המושבות הסכים לצמצם מאוד את מכסת רישיונות ההגירה, אולם הוועד הערבי מימש את איומו והחרים את ועדת החקירה. אולם לאחר שנשמעו קולות הקוראים לבטל את החלטת ההחרמה, וכן בלחץ המלכים הערבים, החליט הוועד הערבי העליון ב-6 בינואר 1937 לחזור בו מהחלטתו ולהופיע בפני הוועדה. סמוך לעזיבתה את הארץ, החליט אמין אל-חוסייני להופיע בפניה. הוא תבע עצמאות וגינה את המדיניות הבריטית המסייעת לטענתו ליהודים לכבוש את הארץ ולפגוע בקודשי האסלאם.
בסוף יוני 1937 נעשה ניסיון לרצוח את פח'רי נשאשיבי, ובתחילת יולי עזבו את הוועד הערבי העליון נציגי "מפלגת ההגנה הלאומית" הנשאשיבית, ראע'ב נשאשיבי ויעקוב פראג'. המרד לא ייצג מעתה את כל ערביי הארץ, אלא רק את חוגי "אסתיקלאל" והחוסיינים.
לאחר הגשת מסקנות ועדת פיל דחה אותם הוועד במסגרת ועידת בלודאן ב-8 בספטמבר 1937. רק עם פרסום הדו"ח של הוועדה, התחזקו ראשי הוועד הערבי העליון בהכרתם, כי לא יהיה מנוס מחידוש ההתקוממות. ב-26 בספטמבר נרצח בנצרת המושל בפועל של מחוז הגליל מטעם הנציב העליון, לואיס אנדרוס שנחשב אוהד לציונות. בעקבות הרצח נקטו הבריטים יד קשה כנגד הערבים.
ב-1 באוקטובר 1937 פזרה הממשלה את הוועד הערבי העליון והכריזה עליו כגוף בלתי חוקי. הוצאו פקודות מאסר נגד חבריו ומנהיגים נוספים. אחדים נאסרו וחמישה הוגלו לאיי סיישל, ובהם: ד"ר חוסיין אל-ח'אלידי ואחמד חילמי עבד אל-באקי. אמין אל-חוסייני, הצליח להימלט ללבנון.
ועדת וודהד (1938) וועידת השולחן העגול (1939).
בינואר 1938 פורסם מינויה של ועדת חקירה לחלוקת ארץ ישראל. ב-11 בינואר הצהיר הוועד הערבי העליון בתגובה, כי הוא נותר בעמדתו המוקיעה את החלוקה בכל צורה שהיא. ועדת וודהד הורכבה במרץ, ולפני הגעתה לארץ ישראל, קרא הוועד ב-24 באפריל (ממקומו בלבנון) לפלסטינים לא לקיים עמה שום קשר.
ב-7 בנובמבר 1938 פרסמה ממשלת בריטניה את דוח ועדת וודהד ומסרה שבכוונתה לכנס ועידה ערבית-יהודית (ועידת השולחן העגול ב-1939), שישתתפו בה גם נציגים ממדינות ערב. הממשלה סירבה להזמין את המנהיגים הפלסטינים שהיו אחראים ל"מסע הרצח והאלימות", אולם ב-15 בנובמבר הודיע הוועד הערבי העליון שהוא המייצג הבלעדי של הערבים הפלסטינים ובריטניה נסוגה מעמדתה זו. הוועד גם דרש בהודעתו שהוועידה תהיה בריטית-ערבית בלבד, ללא ייצוג ליהודים, משום ש"העם הערבי אינו מכיר ביהודים כצד לבעייתו ולא יישא-וייתן עמם על גורלו".
הוועד בין המרד הערבי למלחמת העצמאות 1939–1947.
הגליית ראשי הוועד והרציחות ההמוניות של "משתפי פעולה" הביא לפילוג בו ולמעשה לשיתוקו הכמעט מוחלט.
יעקוב ע'וסיין חזר לארץ ישראל ב-1940, ועווני עבד אל-האדי וחוסיין ח'אלידי חזרו ב-1942. אמין אל-חוסייני וג'מאל אל-חוסייני עברו בשנת 1939/40 לעיראק, שם שיתפו פעולה עם יוזמי ומארגני מרד רשיד עאלי. לאחר כישלון המרד, ברח אמין אל-חוסייני לגרמניה ושהה בתחום מדינות הציר עד לסוף מלחמת העולם השנייה. לאחר מכן ישב בצרפת וביוני 1946 ברח למצרים. ג'מאל אל-חוסייני ניסה גם הוא להגיע לגרמניה, אך נאסר בדרכו על ידי הבריטים והושם במעצר ברודזיה.
ב-1944 נעשה ניסיון להקים ועד חדש על מנת שייצג את ערביי פלסטין בליגה הערבית,
הבריטים, מדינות ערב והליגה הערבית היו כולם מעוניינים בחידוש הוועד הערבי העליון כגוף מייצג. הליגה שיגרה לארץ כמה אישים למטרת תיווך ושכנוע, אולם הם נכשלו אל מול התנגדות החוסיינים, ובלעדיהם לא רצו להקים את הוועד. בנובמבר 1945 הגיעה לארץ משלחת של הליגה הערבית בראשות ג'מיל מרדם, ציר סורי במצרים ויושב ראש מועצת הליגה. לצד תפקידיה הרשמיים של המשלחת, תפקידה הבלתי רשמי היה להקים ועד ערבי עליון. המשלחת הצליחה לשכנע את החוסיינים להשתתף בוועד על ידי הבטחה שג'מאל אל-חוסייני ישוחרר ויוחזר לארץ ישראל. ב-20 בנובמבר הוקם הוועד מחדש והשתתף בדיוני הליגה כמשקיף. הוועד הוקם ללא יושב ראש והנשיאות שלו נשארה פנויה לחג' אמין אל-חוסייני. הרכבו היה ברובו מחוג החוסיינים: