ב-5 בפברואר עלה לדוכן הנואמים ליאו הולנדר מפרשוב, ממנהיגי המחנה המתקדם, ותקף אותם גם הוא. ברמז לתמיכתו של רש"ר הירש בהם, תהה אם "אין הרבנים מלומדים דיים לפעול לבד, בלי להעתיק ממדינותיו של ביסמרק?" ההאשמה המשתמעת בקבלת מעורבות זרה ובחוסר פטריוטיות התקבלה בכעס. לפי המסופר, משהובהר כי האולטימטום לא יתקבל, זינק יושב-ראש הסיעה לעוו על השולחן ושאג "ארור האיש אשר ישב במושב החטאים האלה!" 48 צירים הגישו בו ביום הודעת פרישה בתואנה כי הצעתם נדחתה והוטחו בהם עלבונות והאשמות בחוסר נאמנות לארצם. מתוכם היו חמישה שהיו מזוהים עם הילדסהיימר; דווקא שמעון קראוס עצמו נותר באספה. ההודעה כללה גם מחאה מראש על כל החלטה שתתקבל בנסיבות כאלו. הילדסהיימר עצמו, מרבית תומכיו ואורתודוקסים אחרים נותרו במליאה.
ב-16 בפברואר הגישו השמרנים מחאה חריפה לשר, בה כתבו כי הם משוכנעים שהפרלמנט ומלך הונגריה לא יאשרו את התקנות העתידיות מאחר שאלה יפגעו בחופש הדת שלהם. היה זה רמז ראשון לכוונתם לפנות לסמכויות מעבר לו. למרות חששותיהם מלעורר את איבת הממשלה, הם החליטו על מדיניות של התנגשות עמה בנידון.
הקונגרס ננעל לבסוף ב-23 בפברואר, עם קבלת מרבית תוכניות מחנה הירשלר. בין היתר, נקבע כי ניתן יהיה לקיים רק קהילה יהודית אחת בכל יישוב, וזו תנוהל על ידי ועד נבחר. גם הרב יועמד לבחירה, ויהיה כפוף לפיקוח הוועד. כמו כן נקבעו סדרי הבחירות למשרד היהודי הארצי שנועד לייצג את הקהילות מול הממשלה. הילדסהיימר ניסה לעכב את אשרור ההחלטה על הקמת סמינר בטיעון שמדובר בנושא דתי, אך במקביל נגרר למשא ומתן אודות התכנים שהיו אמורים להילמד, באמרו שתוכנית הוראה לפי השקפתו הייתה הופכת את העניין למקובל עליו. ההצבעה שאישרה את כינון המוסד חתמה את המליאה. האורתודוקסים, יחד עם מיעוט נאולוגי קיצוני, תמכו בחינוך סימולטני – שליחת ילדי היהודים לבתי-ספר כלל-הונגריים – ולא בחינוך ציבורי יהודי עצמאי, מחשש שהדוגמה שיספקו מורים יהודיים פרוגרסיביים תשפיע לרעה על התלמידים. עמדתם זו, שאף החסידים העדיפוה בדיעבד מאותם מניעים (האדמו"ר מליסקא התייעץ לאחר מכן אודות הקמת מוסד כזה בעירו), נומקה בטיעונים פטריוטיים של רצון בהשתלבות והעניקה להם נקודות בדעת הקהל הארצית.
הפילוג.
הלשכה האורתודוקסית.
ב-24 במרץ 1869 התקבלה לראיון בפני הקיסר פרנץ יוזף בטירת בודה משלחת רבנים שביקשה לבטל את תוקף התקנות. עסקני 'שומרי הדת' הזהירו אותם קודם לכן כי הוא הפך לשליט קונסטיטוציוני בלבד, חסר סמכות של ממש להתערב בענייני הפרלמנט. הפגישה נכשלה: פרנץ יוזף אשרר את תקנות הקונגרס ב-14 ביוני. בסוף אוגוסט חתם עליהן השר והעניק להן תוקף חוקי. היה צורך לגשת להקמת ההנהלה המרכזית של הארגון הארצי.
ב-22 בנובמבר 1869 יצא פסק דין, שנוסח בעיקר על ידי חיים סופר ונחתם על ידי עוד 27 מגדולי הרבנים – אברהם שאג-צוובנר, מהר"ם שיק, כתב סופר, ירמיה לעוו, מאיר פרלס, שמעלקא קליין ועוד – ואסר באיסור גמור השתתפות בבחירות לגוף החדש:
באותה נשימה, הבטיחו החתומים כי אין דומה "המודה בחוקי הקאנגרעס" ל"מי שעובר עבירה מחמת תאווה שזה הוא עדיין ישראל גמור"; במהלך הפילוג ולאחריו הפגינו האורתודוקסים נכונות מלאה לקבל גם אנשים שהיו רחוקים משמירת מצוות קפדנית, כל עוד תמכו במסגרת הפוליטית שלהם וקיבלו את סמכות הרבנים. בניגוד לגרמניה, בה נכפתה התייחסות כזו משום שרבים מאוהדיהם של הרב יעקב אטלינגר ושכמותו היו אדוקים רק ברמה ההצהרתית, בהונגריה הייתה מאסה יציבה של מקיימי הלכה. הצורך הפוליטי שעורר הקרע הוא שדרש מדיניות דומה. חיים סופר התרעם לאחר מכן על כך שמחללי שבת צורפו למסגרת הארצית שכוננו 'שומרי הדת' ושעוברי עבירה ידועים קיבלו בה תפקידים בכירים. גם העדות היראות ביותר הכילו פורקי עול ברמה כלשהי, שהיו משולבים במרקם החברתי ובעלי השפעה. אף אלה מהם שסירבו לקבל את עמדת הקונגרס, יכלו לעכב את ההצטרפות ללשכה האורתודוקסית. בסופו של דבר, סיכם פרזיגר,
בעקבות מסע השכנוע, רבים בקהילות השמרניות הודיעו כי הם מסרבים להשתתף בבחירות שנערכו באוקטובר ונובמבר. 'שומרי הדת' שלחו בקשות תמיכה לרבנים בחוץ-לארץ, והכריזו כי בכוונתם לכונן ארגון ארצי נפרד מהמחנה השני, "מאחר שאלו שתי דתות שונות." אף על פי שהנאולוגים נהנו מיתרון בולט בתמיכת הממשל, המערכה הציבורית המוצלחת שניהלו יריביהם והצלחתם להציג את הנושא כמאבק על חופש הדת – שהיה אז עניין בעל משמעות רבה, על רקע הניסיונות להגביל את אחיזת הכנסייה הקתולית בחיי הציבור הנוצרי ולהחליש את השפעתה – היטתה את הליברלים ההונגרים לטובתם. עוד בקיץ 1869 הגיש איש האופוזיציה דניאל אירני (Irányi Dániel) הצעת חוק לביטול כל ההגבלות הנובעות מזיקה לקהילה דתית, סוגיה שהסעירה את בית הנבחרים.
בתחילת 1870 הגישו האורתודוקסים לפרלמנט עתירה בחתימת נציגי 150 קהילות, בטענה שהתקנות נוגדות את המסורת וכפייתן תהווה פגיעה בחופש הדת שלהם. היא השתלבה היטב בדיון על חוק אירני. העתירה לוותה בחוות דעת רבניות מכל אירופה: לאחר מסע לחצים הסכים אף הרב הראשי של צרפת אליעזר דוד איזידור , שהמנגנון המוצע חיקה את הקונסיסטואר בארצו, לתמוך בה. בדיון שנערך במליאה ב-16 בפברואר סינגרו על העותרים הן פרנץ דיאק, האיש החזק במפלגת הקואליציה, והן הסופר ואיש הרוח מור יוקאי, מהבולטים באופוזיציה. תומך אחר לעמדה האורתודוקסית היה אדא הורן, נשיא אגודת הרפורמה של פשט ששב מגלות; הנאולוגים האשימו אותו באופורטוניזם פוליטי, שכן הזדהה עם מפלגתו של אירני. גם לאופולד לעף התריע במכתב פתוח להירשלר עוד טרם הוועד הגדול כי היוזמה מסוכנת, והטיף לחופש ארגוני לאדוקים. באותה שעה כבר נעשה בהדרגה מבודד מממסד העסקנים הנאולוגי.
ועדת הבדיקה הפרלמנטרית שבחנה את הנושא קבעה כי אכן מדובר בשאלה דתית ולא ארגונית, ונמנע מן המדינה לכפות עמדות בנושא זה. הפרלמנט קיבל את המסקנות פה אחד ב-18 במרץ 1870 – שושן פורים תר"ל, תאריך סמלי שנתפש בעיני העותרים כהוכחה להתערבות נסית. ב-2 באפריל קיבל אטווש את ההחלטה והורה להמשיך בהקמת הארגון הארצי אך להימנע מלחייב אנשים להשתתף בכך.
זמן קצר לאחר מכן שיגרו 'שומרי הדת' מכתב לאטווש בבקשה להתיר להקים ארגון משלהם, ותשובתו החיובית הגיעה ב-18 ביוני. לאחר בחירות מזורזות, התכנסה בפשט ב-9 באוגוסט אספת 130 נציגי קהילות. הדיונים היו קצרים, ונסתיימו ב-24 לחודש. הוחלט לתמוך בחינוך סימולטני כדעת השמרנים יותר, אך לתקן תקנות לחינוך ציבורי יהודי במקומות בהם כבר היו בתי-ספר. נקבע כי רב ייבחר רק אם יהיה לו היתר הוראה משלושה רבנים מוכרים, והמסגרת הארצית של הארגון היראי החדש הייתה רופפת. נבחר ועד מנהל בן שבעה חברים, בראשות יצחק (איגנץ) רייך, מבכירי 'שומרי הדת'. הגוף הזמני, 'ועדת הביצוע של היהודים בני האמונה האורתודוקסית בהונגריה ובטרנסילבניה' (Die Durchführungskommission der autonomen orthodoxen israelitischen Glaubensgenossen in Ungarn und Siebenbürgen), נועד להתחלף בהקדם בלשכה קבועה.
לאחר מותו הפתאומי של אטווש ב-2 בפברואר 1871, החליף אותו טיבודור פאולר. ב-2 במרץ קמה "הלשכה היהודית הארצית" (Az Izraeliták Országos Irodája), הגוף המתאם של הקהילות שקיבלו את תקנות הקונגרס, בנשיאות מרטון שווייגר. זו זכתה מיד להכרת הממשלה. השר החדש הגיש את תקנות הארגון האורתודוקסי לאישור הפרלמנט; זה ניתן, והקיסר חתם עליהן ב-22 באוקטובר. ב-15 בנובמבר 1871 הכיר פאולר ב"וועדת הביצוע" ואשרר את היות תקנותיה מחייבות את כל החברים בה. הפילוג היה למציאות חוקית קיימת.
הסטטוס קוו.
חודשים ארוכים לאחר אישור תקנות הוועדה האורתודוקסית, הגיבו קהילות שמרניות רבות ברפיון לקריאות ההצטרפות. גם בקרב הנוטים לנאולוגיה היו כאלה שבחרו לא להסתנף ללשכה הארצית. קהילות עצמאיות אלה, בין אם נותרו מאוחדות כבטרם הקונגרס או שהתפצלו מיתר יהודי יישוביהם, נודעו כ"סטטוס קוו". היחסים בינן לשלטונות המשיכו להתנהל על בסיס פרטני, ללא זיקה לאחד משני הגופים. היה מגוון של עדות כאלה: בין היתר, רבים מהחסידים הקימו קהילות סטטוס קוו "ספרדיות" עצמאיות ('זעלבשטענדיגע ספרדים') שכן לא רצו להישלט על ידי ה"אשכנזים" בלשכה. דוגמה בולטת לכך הייתה סיגט, שנותרה בחוץ עד למותו של הייטב לב ב-1883. לאחר מכן צירף בנו חנניה את עדתו לאורתודוקסים; חסידי ויז'ניץ בסיגט, שהיו שרויים במחלוקת מתמדת עם משפחת טייטלבוים, ניצלו את ההזדמנות להקים קהילה ספרדית עצמאית משלהם, אליה הצטרפו אף היסודות המתקדמים בעיר.