על-פי הדו"ח, הן המדיניות והן הפרקטיקה הישראלית בגדה המערבית מתאימות כמעט לחלוטין להגדרה של אפרטהייד, שמופיעה בסעיף 2 באמנה הבין־לאומית למניעת וענישת פשע האפרטהייד. נמצאה גם התאמה משמעותית בין המדיניות הישראלית לחוקי האפרטהייד של דרום אפריקה; התאמה זו באה לידי ביטוי בדרכים הבאות: עבירה על סטנדרטים בין־לאומיים של משפט הוגן (מעצרים מנהליים); פריווילגיות מפלות שמיוחסות למוצא אתני (יהודי/לא-יהודי); הפרדה אתנית דראקונית בכל חלקי החיים, שכוללת הגבלת הפלסטינים ל"שמורות וגטאות"; הגבלות מקיפות על חירויות פרטיות, כגון חופש התנועה והביטוי; מערכת חוקית כפולה שמבוססת על זהות אתנו-לאומית (הפלסטינים כפופים למשפט הצבאי, ואילו היהודים למשפט אזרחי); מניעה מקבלת אזרחות, ומערכת חוקים ייחודית שנועדה להעניש ספציפית כל התנגדות פלסטינית למערכת.
ב-2012 הדו"ח עבר עיבוד ועריכה לפורמט של ספר ופורסם בידי pluto press בשם "מעבר לכיבוש: אפרטהייד, קולוניאליזם והחוק הבין־לאומי בשטחים הפלסטינים הכבושים".
דו"ח ועדת האו"ם החברתית-כלכלית של מדינות מערב אסיה (2017).
בשנת 2017 פורסם דו"ח של שזכה לתהודה תקשורתית. בדו"ח נכתב כי ישראל מפרה את אמנת רומא ואמנת האפרטהייד, וכי חוק השבות, פעילות הסוכנות היהודית, ניהול אדמות המדינה והשלטון הצבאי בגדה – יוצרים משטר אפרטהייד שחולש על העם הפלסטיני כולו. דובר מזכ"ל האו"ם מסר בהתייחסותו לדברים כי הדו"ח חובר ללא התייעצות עם מזכירות הארגון, ואינו משקף את עמדת המזכ"ל אנטוניו גוטרש.
דו"ח הארגונים הפלסטיניים (2019).
שורה של ארגונים פלסטיניים ומזרח-תיכוניים, בהם ארגון אל-חק (שהוכרז ב-2022 על ידי ישראל כארגון טרור), הגישו בשנת 2019 לאו"ם דו"ח שלפיו מעשיה של ישראל כלפי פלסטינים בישראל, השטחים והפליטים הגיעו לכדי פשע האפרטהייד.
דו"ח "יש דין" (2020).
ביולי 2020 פרסם ארגון יש דין חוות דעת של המשפטן מיכאל ספרד שלפיה בגדה המערבית מתבצע פשע האפרטהייד - הכולל ביצוע פרקטיקות המהוות "מעשים בלתי אנושיים" המהותיים להגדרה של המצב כאפרטהייד, בהם מניעת פיתוח, שלילת אזרחות, רדיפה של מתנגדי משטר והפקעה ונישול של קרקעות.
דו"ח "בצלם" (2021).
בינואר 2021 פרסם ארגון בצלם דו"ח המאפיין את המשטר הישראלי בכללותו כמשטר אפרטהייד, ויצא נגד ההבחנה בין המשטר הדמוקרטי בשטחי ישראל לשלטון הצבאי בגדה המערבית.
דו"ח הארגון Human Rights Watch (2021).
ב-27 באפריל 2021 ארגון Human Rights Watch פרסם דו"ח בשם "הסף נחצה: הרשויות הישראליות ופשעי האפרטהייד והרדיפה" שגורס כי שישראל מבצעת את פשעי האפרטהייד והרדיפה כנגד פלסטינים בישראל, בגדה המערבית וברצועת עזה, המהווים פשעים נגד האנושות. לפי הדו"ח בשלושת האזורים האלו מופעל דיכוי שיטתי כנגד הפלסטינים ונעשים מעשים לא אנושיים כנגדם. הדו"ח טוען שרמת הדיכוי הכולל אכיפת משטר צבאי דרקוני על פלסטינים, שעה שמתנחלים וישראלים זוכים למכלול הזכויות של החוק הישראלי, מגיע לכדי הדרגה הנדרשת להגדרתו כאפרטהייד. נוסף על כך, הדו"ח טוען שישנן הגבלות על תנועת הפלסטינים, ובהן סגר על רצועת עזה והנהגת משטר היתרים לפלסטינים כדי לאפשר להם לעבור בין שטחי הגדה והרצועה, הפקעת יותר משליש מאדמות הגדה המערבית, כפיית תנאים קשים בחלקים של הגדה באופן שהוביל להעברה בכפייה של אלפי פלסטינים מבתיהם, ושלילת תושבות מפלסטינים.
דו"ח אמנסטי אינטרנשיונל (2022).
בפברואר 2022 פרסם ארגון "אמנסטי אינטרנשיונל" דו"ח נרחב, הטוען שבישראל מתקיים אפרטהייד כלפי ערבים, בין השאר בכך שהיא שוללת את "זכות השיבה" מהפלסטינים. הדו"ח כולל קריאה למועצת הביטחון של האו"ם להטיל אמברגו נשק על ישראל. משרד החוץ הישראלי דחה את הדו"ח ומתח ביקורת על "אמנסטי" והאשים אותו באנטישמיות.
ארגוני זכויות אדם בישראל פרסמו הודעת תמיכה באמנסטי אינטרנשיונל: "אנו דוחים בלב שלם את הרעיון לפיו דו"ח אמנסטי אינטרנשיונל הוא חסר בסיס, מפלה את ישראל או נובע מעוינות אנטישמית", נאמר בהצהרה, עליה חתמו אופק - המרכז הישראלי למדיניות ציבורית, במקום, בצלם, גישה - מרכז לשמירה על הזכות לנוע, הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל, הורים נגד מעצרי ילדים, המוקד להגנת הפרט, הקרן למגיני זכויות אדם, חקל - ברית להגנה על זכויות אדם, יש דין, לוחמים לשלום, עדאלה, רופאים לזכויות אדם ושוברים שתיקה.
דו"ח מועצת האומות המאוחדות לזכויות אדם (2022).
במרץ 2022 הגיש המשפטן הקנדי , שליח מיוחד של מועצת האומות המאוחדות לזכויות אדם, דו"ח למועצה ובו כתב שישראל משליטה אפרטהייד על הפלסטינים, תוך התעלמותה של הקהילה הבין־לאומית. הוא הוסיף כי "שלטון זר קבוע בשטח כבוש שיש בו אוכלוסייה ילידית מנוגד לחוק הבין־לאומי". לדבריו קיים בשטחים הפלסטיניים שלטון "שמעניק לקבוצה גזעית-לאומית-אתנית אחת זכויות, הטבות ופריבילגיות משמעותיות, תוך הכפפה מכוונת של קבוצה אחרת לחיים מאחורי חומות ומחסומים ותחת שלטון צבאי קבוע."
לינק הדגיש בדו"ח מספר נקודות המבססות את קביעותיו. במשלחת הישראלית למוסדות האו"ם בז'נבה דחו את ממצאי הדו"ח.
סוגיות בישראל עצמה.
אדם ומודלי כתבו כי "הפלסטינים הישראלים מוגבלים לאזרחות סוג ב' בעוד קבוצה אתנית אחרת היא בעלת המונופול על הכוח המדיני", דבר שמתבטא בהגבלות על גישה לקרקע, כמו גם חלוקה לא שוויונית של שירותים ציבוריים, מקומות תעסוקה וסכום ההוצאות המדיניות פר אדם על חינוך, שאינו שוויוני בין "הקבוצה הדומיננטית וקבוצת המיעוט".
השופט הדרום אפריקאי ריצ'רד גולדסטון כתב ב-2011 בניו יורק טיימס כי אף על פי שקיימת רמה מסוימת של הפרדה בין יהודים ישראלים ופלסטינים ישראלים, המצב בישראל עצמה לא יכול להיחשב לאפרטהייד. בקשר לגדה המערבית, גולדסטון אמר כי המצב אכן יותר מורכב, אבל גם שם נראה שאין כוונה לשמר משטר ממוסד של דיכוי ושליטה בידי קבוצה גזעית אחת על אחרת. גולדסטון טען כי ההתייחסות אל הסיטואציה בישראל כאפרטהייד שקרית ומזיקה לתהליך השלום וההרמוניה במקום לעזור לו. אליו הצטרף איאן בורמה שטען כי אף על פי שניתן בקלות לזהות משטר של אפליה כלפי הפלסטינים הישראלים וכי הרעיון של מדינה יהודית נודף גזענות, ההשוואה בין המשטר הישראלי לאפרטהייד עצלנית ברמה האינטלקטואלית ומפוקפקת מוסרית. בורמה טען כי הפלסטינים הישראלים מהווים 20% מהאוכלוסייה הישראלית ונהנים מזכויות אזרחיות מלאות, וכי לא ניתן לטעון שבישראל עצמה מתקיים אפרטהייד.
כמו כן, חמישים ושלושה חברי אוניברסיטת סטנפורד חתמו על מכתב לפי לא ניתן לטעון שבישראל בגבולותיה הלאומיים מתקיים אפרטהייד בין אזרחיה השונים.
קרקע.
הקרן הקיימת לישראל והסוכנות היהודית רכשו במהלך השנים קרקעות רבות בישראל במטרה שאלו ימכרו אך-ורק ליהודים, כדי לעודד הגירה של יהודים לישראל. ארגונים אלו הוקמו בתקופה העות'מאנית. למרות זאת, הם ממשיכים להיות קיימים היום, ונתמכים בידי חוקים ישראלים, ומקבלים מימון נרחב ממדינת ישראל. כך נוצר מצב, שבו מרבית הקרקעות של ישראל ניתנות לרכישה אך ורק בידי יהודים, ואף על פי שאין שום חוק שאוסר על מי שאינו יהודי לרכוש קרקע, הדבר נהיה לא אפשרי בפועל.
במרץ 2000, בית המשפט העליון פסק כי ליישוב קציר כדאי לשקול את קבלתו של קעאדן ליישוב ולמכור לו קרקע, למרות היותו ישראלי-פלסטיני ולא יהודי. רבים רואים בפסיקה זו תקדימית וכוללנית, אבל בפסק הדין עצמו השופט הדגיש כי מדובר על פסיקה שתקפה אך ורק למקרה הספציפי. למרות זאת, השופט אמר כי "האופי היהודי של המדינה לא מאפשר הפליה על בסיס דתי או לאומי. עיקרון זה תקף גם לחלוקת קרקע". בעקבות פסיקה זו, הפילוסוף הבריטי ברנארד האריסון טען כי לא נכון להתייחס אל ישראל כמדינת אפרטהייד, מאחר שפסיקה שכזו לא הייתה יכול לעבור בבית המשפט בדרום אפריקה תחת האפרטהייד.
ב-2006, כריס מקגריל טען כי השליטה של המדינה דרך הקרן הקיימת והסוכנות היהודית על כמעט כל הקרקעות בישראל מובילה לכך שהיא לא נגישה ללא-יהודים. בעקבות עצומה של עדאלה מ-2004, ב-2007 פסק בית המשפט שמדיניות אי מכירת הקרקעות לאזרחים ישראלים לא יהודים מפלה, ושיש לחייב את הקרן הקיימת למכור קרקע גם למי שאינו יהודי; אולם, הקרן הקיימת תפוצה על מכירה שכזו בקרקע חלופית, כך שמאזן חלוקת הקרקע בין יהודים לשאינם יהודים יישאר זהה.
קבלה ליישובים קהילתיים.
עד ל-2010, היה מותר ליישובים קהילתיים לא לקבל תושבים על בסיס גזע, דת, מין וכדומה. אולם, בראשית שנות ה-2000, מספר יישובים קהילתיים בנגב ובגליל הואשמו בכך שהם מונעים מערבים לעבור לגור בהם. על-כן, ב-2010 עבר בכנסת חוק שאוסר על מועצות היישובים הקהילתיים להפלות מתמודדים על בסיס גזע, דת, מין, אתניות, מוגבלות, מעמד אישי, גיל, הורות, נטייה מינית, מדינת מוצא, השקפה פוליטית וחברות פוליטית. ועדיין, מבקרים טוענים שהחוק מעניק סמכות רבה מדי למועצות היישובים הקהילתיים, שלא נמצאות תחת פיקוח, ולמעשה יכולות להמשיך באפליה תחת כסות אחרת, של "אי התאמה לאופי הקהילתי של היישוב".
הקמת יישובים חדשים.
מאז קום המדינה הוקמו בישראל כ-700 יישובים ליהודים. בנוסף הוקמו בשטחים כ-250 יישובים ומאחזים ליהודים. לערבים הוקמו 7 עיירות בנגב על מנת לרכז את הפזורה הבדואית.
חוק האזרחות הישראלי.