עלילת המשפט תוארה בחוברת ה-200 החגיגית של עלילות האקס מן וסימנה עבור רבים את סופה של תקופה - מגנטו לא היה עוד נבל אלא כפר בדרכיו ונראה כי יצא מהתמונה. אך כותבי מארוול החליטו על שינוי גדול יותר ובעוד מגנטו עומד למשפט על פשעיו הרבים ודמויות רבות מעלילות החוברות הקודמות של אקס-מן משמשות כעדים, פצצה שהטמין בנו של הקצין הנאצי אותו הביסו אקסבייר ומגנטו בחיפה כדי לנקום בהם התפוצצה. לאחר שהעשן התפזר גילו קוראי הקומיקס כי אקסבייר נפגע אנושות אך מגנטו נותר בחיים. אקסבייר ביקש ממגנטו לקחת תחת חסותו את חבורת האקס מן אותה הקים אקסבייר בזמן שימסר לטיפולם של חברים חוצנים מגזע השי'אר. מגנטו הסכים לבקשתו של עמיתו ובכך נתרחש היפוך תפקידים מוחלט - מנבל והאויב הראשי של גיבורי הקומיקס הפך מגנטו למנהיגם ולגיבור בפני עצמו.
עוד לפני המשפט גילה מגנטו שחברי אחוות המוטאנטים לשעבר, מכשפת השני וקוויקסילבר, הם צאצאיו, אך כאשר ניסה להתקרב אליהם זכה ליחס קר כיוון שאלו הרגישו שניצלם והסיתם לרוע. השניים נימקו את התרחקותם ממנו בכך שהם אינם מסוגלים לסלוח לו על מעשיו בעבר, ושקרבת הדם ביניהם לא תשנה את זה. בראותם את ניסיון אביהם לתקן את מעשיו בעקבות המשפט חזרו בהם השניים וניסו לקבל את מגנטו כאב.
מגנטו לקח על עצמו הנהגה על קבוצת "המוטאנטים החדשים" ושימש כבן ברית לקבוצת האקס-מן. אולם, למרות כוונותיו הטובות כהונתו של מגנטו נחלה כישלון. מגנטו אומנם ניסה לחזור בתשובה ולכפר על מעשיו אך דרך השקפתו לא השתנתה לגמרי והוא עדיין נקט לעיתים באמצעים אלימים ללא הצדקה. כך היה כאשר נקרא לעזור לחברת המוטאנטים בארץ הפראית. בעקבות הטבח האכזרי שבוצע בקבוצת "המורלוקים" מחוסרי הבית בידי קבוצת "המשוטטים" של מיסטר סיניסטר, מגנטו כרת ברית עם אויביהם, "מועדון הלפייר" (Hellfire, אש הגהנום), כצעד נואש אחרון להשכין שלום בין הקבוצות.
טבעו המרושע של מגנטו אם כך אכן לא נעלם, אלא פשוט תועל למטרות הטוב. הקונפליקט שנוצר הותיר את מגנטו כאחת הדמויות המורכבות ביותר בקומיקס, שכן כשהוא עייף מהמאבקים הרבים, מגנטו בחר לסגת משאיפותיו לכיבוש ובנה מפקדה שנייה בחלל בשם "אבאלון" כדי לחיות חיי בדידות. עם זאת, גישתו החדשה לחיים עמדה למבחן עת קיבל פנייה של חבורת מוטאנטים צעירים בשם "השוליות" (The Acolytes) בבקשה שיתערב במלחמת האזרחים שפרצה באי ג'נושה, אשר היה מעין מדינת מקלט לא רשמית למוטאנטים. מגנטו הסכים והוביל את חניכיו לאי, אך שם נפל למלכודתם של "השוליות" אשר שבו אותו ואת חניכיו. "השוליות" לקחו את השבויים לאסטרואיד M, בסיסו הישן של מגנטו, אותו תיקנו ובמהרה חשפו כוונתם - לשטוף את מוחו של מגנטו ולהשיבו לדרכיו הקודמות, הפעם כמנהיגם. מגנטו התנגד ונאבק יחד עם חניכיו בחוטפים, אך בעוד שחברי "המוטאנטים החדשים" הצליחו לברוח מגנטו נותר מאחור פצוע קשה. כאשר מנהיג "השוליות" הפעיל את הנשקים הגרעינים שהיו ממוקמים ברחבי האסטרואיד מגנטו נאלץ להשתמש בכל כוחו כדי למנוע את ההשמדה כדי לאפשר לחניכיו לחמוק בשלום. לבסוף מגנטו צלל עם השוליות והבסיס המשוקם לכדור הארץ.
ג'וזף - האפשרות האחרת.
בתחילה לא נמצא זכר למגנטו באתר ההתרסקות, אך לאחר מספר חודשים חזרה דמותו לככב כנבל ושבה לאיים על כדור הארץ והאנושות כאשר מועצת הביטחון בחרה להפעיל את "פרוטוקולי מגנטו" - מערכת לוויינית שחגה מסביב לכדור הארץ ומשנה את השדות האלקטרומגנטיים של כדור הארץ כדי למנוע ממגנטו להשתמש בכוחותיו. בתגובה, מגנטו מפעיל פצצה אלקטרומגנטית לא רק כדי להשמיד את הלוויינים אלא גם כדי לשתק מערכות אלקטרוניות בתוך כדור הארץ בתוך דקות. נראה שמגנטו זנח את דרכו ה"טובה" כמנהיג האקס-מן וחזר לסורו. כאשר הגיעו האקס-מן, תחת הנהגתו המחודשת של אקסבייר אשר החלים וחזר להנהיג את חניכיו, מגנטו הגיב בפראות האופיינית לו והשתמש בכוחותיו לתלוש מהמוטאנט וולברין את שלד האדמנטיום שהוצמד לשלדו הטבעי. כאשר הבין אקסבייר כי יהיה זה בלתי אפשרי לעצור את מגנטו בדרכים רגילות אלה השתמש בכוחותיו הטלפתיים כדי למחוק את מוחו של מגנטו לגמרי. מעשה זה גרם להיווצרותו של , ישות אומניפוטנטית שהכילה את כוחותיהם המשולבים של מגנטו ואקסבייר.
חברי האקס-מן עזבו את גופו של מגנטו במצב של תרדמת בתחנת החלל וחזרו לכדור הארץ, סמוכים ובטוחים שבזאת הגיע הנבל לסופו. לאחר מכן התברר שגופו של מגנטו הושם בידי חניכיו בתא מילוט, שם זכה לביקור מידי מוטאנטית בשם אסטרה, שהייתה בעבר חברה ב"אחוות המוטאנטים" תחת פיקודו. אסטרה חפצה במותו של מגנטו, אך רצתה גם שידע כי היא זו שגרמה לכך. על כן היא השתמשה בכוחותיה כדי לרפאו ולאחר מכן ליצור לו שיבוט גנטי זהה כדי שזה יהרוג את המקור. תוכניתה של אסטרה נכשלה ומגנטו הצליח לנצח את השיבוט ולהימלט. השיבוט עצמו איבד את זכרונו ונתגלה כעובד חווה בשם ג'וזף. חברי האקס-מן צירפוהו למניינם לאחר שחשבוהו למגנטו המקורי שאיבד את זכרונו ולא חשדו במעשה השיבוט.
מגנטו עצמו אכן שרד אך שהה זמן מה במחבוא ותכנן תוכניות. הוא הגיח ממחבואו פעם אחת תוך התחזות ל"אריק האדום" בשביל להעמיד את המוטאנט גמביט, חבר בצוות האקס-מן, למעין משפט שדה בעוון השתתפותו בטבח שביצע בקבוצת המוטאנטים "המורלוקים". לאחר שהטיח את ההאשמות וההוכחות להן בפניו של גמביט ולנגד עיניהם של חבריו לקבוצת האקס-מן עזב מגנטו את המקום והניח לאקס-מן להתמודד עם השאלות שהחדיר ללבבותיהם לגבי צביעותו של גמביט בעצמם.
לאחר כמה חודשים חזר מגנטו במתקפה חדשה והפעם איים על כלל כדור הארץ בשינוי השדה המגנטי של הכוכב בעזרת מכונה שהרכיב בעצמו, זאת במטרה לדרוש מדינה שתועבר לריבונותו ותוקדש לאוכלוסיית המוטאנטים. חברי האקס מיהרו להתייצב נגדו אך היה זה ג'וזף שנאלץ להקריב את עצמו כדי לעצור את המכונה של מגנטו.
סיפורו של ג'וזף, שנוצר כשיבוט זהה למגנטו אך הוביל חיים שונים לגמרי של לחימה לצד כוחות ה"טוב" ולבסוף הקרבה עצמית כדי למנוע מתאומו הגנטי המרושע לבצע מעשה נבלה, רמז כי מגנטו אכן מסוגל להגיע לגאולה אמיתית וכפרה, כי אין זה מטבעו גרידא לנהוג בדרכי רשע ואלימות. ג'וזף הציג אלטרנטיבה לסיפורו של מגנטו, בה הוא הופך לאדם טוב ואלטרואיסט. דמותו של מגנטו, לעומת זאת, המשיכה עוד זמן מה בדרכי הרשע.
ג'נושה ובית אם - כפרה וגאולה.
לאחר שנואשו מנהיגי האומות מלהביס את מגנטו, החליטו לנסות להטות את מאמציו למטרה אחרת - ג'נושה, אותה מדינת מוטאנטים שסועת מלחמת האזרחים אליה פיתו "השוליות" את מגנטו. האו"ם הציע למגנטו ריבונות מלאה על ג'נושה במטרה שיביא לסיום המלחמה ולשיקום המדינה. מגנטו לקח על עצמו את המשימה הנאצלה, אך גילה כי זו קשה מדי עבורו שכן כוחותיו נחלשו. לבסוף הצליח מגנטו לטכס עצה והשתמש במוטאנטית פולאריס, לה כוחות דומים לשלו, כדי להשתלט על המדינה. גרעין אחרון של מורדים ניסה להגן על מכונה בלב אחת מערי ג'נושה שתוכל לשקם את כוחותיו של מגנטו. משגילה זאת תקף אותם מגנטו, השמיד את העיר ולבסוף מצא והשתמש במכונה. כעת, משהיה חזק ופיקד על צבא המוטאנטים של ג'נושה, חזר לתוכניותיו הרגילות והכריז מלחמה על המין האנושי. האקס-מן, כהרגלם בתגובה לכל תוכנית זדונית מצידו של מגנטו, מיהרו להאבק בו ובקרב שהתפתח מגנטו נפצע אנושות. פציעה זו גרמה למגנטו להיוותר חסר אונים כאשר צבא רובוטים בפיקודה של קסנדרה נובה, אחותו המרושעת של אקסבייר, תקף את האי והשמיד את רוב אוכלוסייתו.
לאחר ההרס שוב נחשב מגנטו כמת, על אף שגופתו לא נמצאה. חיפושים בהריסות ארמונו גילו הקלטות שביצע בהן הביע את דעותיו בשורת נאומים על עליונות ה"גזע" המוטאנטי. נאומים אלו העלו את מגנטו בעיני מוטאנטים רבים לדרגת קדוש מעונה. לאחר מספר חודשים חזר מגנטו, הפעם ללא כל תוכנית להשתלטות על העולם או הכחדת הגזע האנושי והחל בבנייתה מחדש של ג'נושה בעזרתו של אקסבייר. לאחר שחזה בכל אשר בנה נהרס בעודו חסר אונים להושיע או לעזור, וכל זאת כתוצאה מתוכניותיו המגלומניות, הבין לבסוף מגנטו כי עליו לתקן את דרכיו לחלוטין.
עם זאת, ניסיון כפרה זה לא הספיק כדי להביא את מגנטו לגאולה, והרי חטאיו היו רבים. גאולתו עוד ציפתה לו עת טרגדיה הכתה במשפחתו והייתה למרכז עלילת בית אם ("House of M", בית מגנוס). עלילה זו נועדה לרענן את עולם הקומיקס של מארוול על ידי כפיית שינוי קיצוני עליו - שלילת כוחותיהן העל טבעיים של רוב הדמויות. על פי עלילה זו, בתו של מגנטו ונדה, שנודעה בכינויה מכשפת השני, הייתה בעלת היכולת לשנות את המציאות כרצונה. כאשר פעלה כחלק מחבורת גיבורי על בשם "האוונג'רס" כוחותיה גברו, אך יחד עם זאת גם גרמו לה להתמוטטות עצבים, במהלכה תקפה והרגה את חבריה לקבוצה ולבסוף נותרה במצב תרדמת.