במהלך הספר פוגש הארי את דראקו מאלפוי, נער בן גילו המשתייך למשפחת קוסמים ותיקה, מכובדת ועשירה, והשניים הופכים לאויבים מרים. אחד העימותים הראשונים ביניהם התרחש כאשר הארי דרש ממאלפוי להשיב חפץ שזה לקח מתלמיד באותה שכבה בשם נוויל לונגבוטום. במסגרת מריבה זו נצפה הארי על ידי מורתו מינרווה מקגונגל על מטאטא, והוא מתקבל לקבוצת הקווידיץ' של גריפינדור. הארי מסתכסך גם עם סוורוס סנייפ, המורה לשיקויים. שתי היריבויות הללו משמשות גורמים מניעים לחלק מקווי העלילה של הספרים הבאים. רולינג אמרה בריאיון ב־1999 כי דראקו מאלפוי מבוסס על מספר בריוני בית ספר שהיא פגשה, וכי סנייפ מבוסס על אחד ממוריה שהיה אדם קשוח מאוד שניצל לרעה את כוחו.
רולינג אמרה בעבר כי הפרק על הראי של ינפתא הוא החביב עליה ביותר, כיוון שהמראה משקפת את משאלת ליבו החזקה ביותר של הארי, שהיא לראות את הוריו המתים.
הספר השני.
בספר השני מעמתת רולינג את הארי עם טום ואנדרולו רידל, שהוא "זיכרון" של וולדמורט המוחבא בתוך יומן סודי שהשתלט על ג'יני ויזלי, אחותו הקטנה של רון שהחלה את לימודיה בהוגוורטס באותה שנה. תלמידים רבים חושדים כי הארי הוא האחראי לתקיפות לא מוסברות שבהן נפגעו מספר תלמידים ממוצא מוגלגי ושהפכו לפסלי אבן. ג'יני נעלמת בשיאה של העלילה, ונחטפת באופן בלתי ידוע לחדר הסודות שקיומו אושרר לאחר שלאורך כל הספר נחשב למקום מיתולוגי שלא באמת קיים. הארי יורד לשם, ומגלה כי רידל הוא האחראי לתקיפות. לאחר מכן הוא מתמודד עם הבסיליסק, המפלצת מחדר הסודות שסרה למרותו של טום רידל. הארי מצליח (בעזרתו של עוף החול פוקס) לגבור עליה, להרוג אותה, ולהציל את חייה של ג'יני.
בספר השני הוצג גם קו עלילה משני שבו מתוארת התאהבותה של ג'יני בהארי, אם כי ההתייחסות איננה רציפה ונושא זה המשיך להתפתח רק בספרים הבאים.
הספר השלישי והרביעי.
רולינג משתמשת במסע בזמן לצורך עלילת הספר השלישי. הארי מגלה כי הוריו הוסגרו לוולדמורט על ידי אחד מחבריהם בשם פיטר פטיגרו, שהפליל בפשעים הללו את סיריוס בלק (סנדקו של הארי) וגרם למאסרו בכלא אזקבאן. בתחילת הספר מצליח סיריוס להימלט מהכלא ולאורך רוב הספר נאלץ הארי להתמודד עם הפחד שלו מסוהרסנים (יצורים מוצצי נשמות המשמשים סוהרים בבית הכלא אזקבאן) שהוצבו בהוגוורטס כדי למנוע את כניסתו של סיריוס המבוקש למתחם בית הספר. הארי לומד לבצע את קסם הפטרונוס, שיגן עליו מפני הסוהרסנים, בעזרתו של רמוס לופין, מורה בבית הספר וחבר של הוריו. כאשר סיריוס נלכד על ידי סוורוס סנייפ ונכלא בהוגוורטס, הארי והרמיוני חוזרים בזמן על מנת להציל אותו ואת ההיפוגריף בקביק ממוות. פטיגרו מצליח להימלט גם לאחר שהם חוזרים בזמן, ולפיכך סיריוס לא היה יכול לערער על הפללתו ונאלץ להימלט מפני משרד הקסמים פעם נוספת.
הארי מפגין סימנים ראשונים של בגרות בספר הרביעי, וזאת בניגוד לספרים הקודמים שבהם הוא מתואר לעיתים כילד. הוא נבחר באופן מסתורי להשתתף בטורניר הקוסמים המשולש, אף על פי שקודם לכן נבחר סדריק דיגורי כנציג להוגוורטס. הארי מפתח טינה כלפי סדריק לאחר שזה מזמין את צ'ו צ'אנג לנשף חג המולד, בעוד הוא עצמו מעוניין בה מבחינה רומנטית.
הארי מצליח מאוד במשימותיו בטורניר, אך לשם כך הסתייע בעזרה המנוגדת לחוקי הטורניר. את המידע על המשימה הראשונה הוא קיבל מחברו רובאוס האגריד, והצליח לסיים אותה בהצלחה מרובה. במשימה השנייה הוא היה צריך לחלץ את חברו רון מתחתית האגם של הוגוורטס, ותוך כדי המשימה הפגין דאגה לזולת בכך שהציל את גבריאל דלאקור, אחותה הקטנה של המתחרה פלר דלאקור, אף על פי שלא היה צריך לעשות זאת בגלל אמצעי הבטיחות שהופעלו בטורניר.
במהלך המשימה האחרונה בטורניר הארי וסדריק מועברים באמצעות מפתח מעבר לבית קברות, שם מחכה להם וולדמורט הפוקד על משרתו פיטר פטיגרו לרצוח את סדריק. וולדמורט, המסתייע בפטיגרו, משתמש בדמו של הארי בטקס אפל על מנת לבנות לעצמו גוף גשמי חדש. הארי נלחם בדו־קרב עם וולדמורט. שני השרביטים שלהם, שבבסיסם ליבת קסם ממקור זהה, מתחברים. לאחר שהארי ולורד וולדמורט ממשיכים בהפעלת הקסמים שהטילו נוצרות רוחות רפאים זמניות של קורבנותיו האחרונים של וולדמורט, כולל סדריק וג'יימס ולילי פוטר, היוצאים מקצה שרביטו של וולדמורט. הרוחות הללו מגנות על הארי באופן זמני, ומאפשרות לו לקחת את גופתו של סדריק ולהימלט חזרה להוגוורטס באמצעות מפתח המעבר. רולינג סיפרה כי זו הסצנה האהובה עליה בספר, כיוון שבה מתוארות ההקרבה העצמית והחמלה של הארי, ולדבריה "הוא רצה לחסוך להוריו של סדריק את הכאב הנוסף", ואף השוותה זאת לסצנה מהאיליאדה שבה אכילס לוקח את גופתו של פאטרוקלוס מידיו של הקטור. רולינג ציינה גם כי הספר הרביעי הוא סוף התקופה הראשונה בחייו של הארי, והחל מהספר הבא הוא כבר לא יהיה מוגן באותה מידה, וייאלץ להתמודד עם גורלו.
כמו כן, לאורך כל הספר נאלצים הארי וחבריו להתמודד עם השמצות ופרסומים שקריים מפיה של ריטה סקיטר, כתבת בעיתון הקוסמים "הנביא היומי".
הספר החמישי והספר השישי.
בספר החמישי מנהל משרד הקסמים מסע השמצות נגד הארי ודמבלדור, על מנת לערער את האמינות של טענותיהם הנוגעות לשובו של וולדמורט. משרד הקסמים אף מנסה לסלק את הארי מהוגוורטס באמצעות העמדתו לשימוע משמעתי באשמת ביצוע קסם בנוכחות בן דודו דאדלי, וזאת לאחר שהארי נאלץ לבצע את קסם הפטרונוס על מנת להתגונן מפני סוהרסנים בלתי מרוסנים.
בספר זה מוצגת דמות חדשה כאשר שר הקסמים קורנליוס פאדג' ממנה את מזכירתו דולורס אמברידג' לתפקיד המורה להתגוננות מפני כוחות האופל, על מנת שהיא תרגל אחרי המתרחש בהוגוורטס. אמברידג' מסרבת ללמד את תלמידיה קסמי הגנה יעילים, כיוון שמשרד הקסמים חושש שדמבלדור זומם להקים צבא בעזרת תלמידיו ולבצע הפיכה.
כתוצאה ממדיניותה של אמברידג' התנהגותו של הארי הופכת לכעוסה ולא יציבה, ולפרקים נוצר ריחוק מסוים בינו לבין רון והרמיוני. רולינג אמרה כי הארי "נאלץ" לעבור את כל הלחץ הזה על מנת להראות את פגיעותו הרגשית ואת האנושיות שלו, בניגוד לאויבו המר וולדמורט. הארי והרמיוני מקימים אגודת תלמידים סודית בשם צבא דמבלדור, על מנת ללמוד כיצד להתגונן מפני כוחות האופל. אולם, תוכניתם נחשפת כאשר אחת מחברות הקבוצה מסגירה אותם לאמברידג', כך שדמבלדור נאלץ לקחת על עצמו את האשמה לקיומה של הקבוצה ולהימלט מהוגוורטס כדי להציל את הארי מהרחקה. הארי סופג מהלומה רגשית נוספת כאשר סנדקו סיריוס נהרג במהלך דו־קרב עם אוכלת המוות בלטריקס לסטריינג' במחלקת המסתורין, אך הוא מצליח לסכל את תוכניתו של וולדמורט לגנוב נבואה חשובה ומצליח להוכיח לכל עולם הקוסמים שוולדמורט אכן חזר. אחד מקווי העלילה המשניים של הספר הוא מערכת היחסים בין הארי לצ'ו צ'אנג, שמסתיימת לאחר שחברתה של צ'ו מסגירה את צבא דמבלדור לדולורס אמברידג'.
בספר השישי מתמודד הארי עם תהפוכות רגשיות, שלדברי רולינג ההשראה להן מבוססת על קשייה וקשיי אחותה בגיל ההתבגרות. רולינג אמרה על חייו האישיים של הארי כי בעקבות ההרפתקאות שהוא עובר יש לו פחות ניסיון בתחום הרומנטי בהשוואה לנערים אחרים בגילו. חוסר הניסיון הזה הוא (לדברי רולינג) הסיבה לכישלון מערכת היחסים עם צ'ו צ'אנג בספר הקודם. בעלילת הספר השישי מתאהב הארי בג'יני ויזלי, אחותו הקטנה של חברו הטוב רון, ואחת הנקודות החשובות בפרק האחרון היא, כאשר הוא מחליט לסיים את מערכת היחסים ביניהם על מנת להגן עליה מפני וולדמורט.
דמות חדשה מצטרפת, כאשר סוורוס סנייפ עוזב את משרת המורה לשיקויים לטובת שיעורי התגוננות מפני כוחות האופל, ומוחלף על ידי המורה הוראס סלגהורן. הארי מפגין הצטיינות מפתיעה במקצוע בזכות ספר שיקויים ישן שהיה שייך לתלמיד מוכשר הידוע בכינוי "הנסיך חצוי־הדם". בספר יש הערות ותיקונים רבים, וכן כשפים מתקדמים; פעמים רבות לאורך הספר טוענת הרמיוני כי מה שהארי עושה הוא רמאות.
קו עלילה מרכזי בספר זה, היא התנהגותו החשודה של דראקו מאלפוי, יריבו של הארי. מאחורי הקלעים פקד וולדמורט על מאלפוי המבוהל לנסות להרוג את דמבלדור. במהלך דו־קרב בחדר שירותים משתמש הארי בקללת החיתוך "סקטומסמפרה" שמצא בשולי ספר השיקויים הישן, וגורם למאלפוי פצעים כמעט קטלניים שאותם מרפא סנייפ. הארי מבועת ממה שעשה וכמעט חש חמלה כלפי מאלפוי לאחר שגילה כי הוא אולץ על ידי וולדמורט לאפשר את כניסתם של אוכלי המוות תחת איומים על חייהם של הוריו.
לאורך הספר נערכות פגישות פרטיות בין הארי לדמבלדור, ובהן הארי לומד על עברו של וולדמורט כיתום, עליית כוחו, וכיצד הוא פיצל את נשמתו לשבעה הורקרוקסים על מנת לזכות בחיי נצח. שני הורקרוקסים (היומן של רידל והטבעת של סבו של וולדמורט) הושמדו, והארי ודמבלדור מצליחים למצוא עוד אחד בצורת תליון. כאשר אוכלי המוות פולשים להוגוורטס, סנייפ הורג את דמבלדור, ובמהלך מנוסתו חושף בפני הארי כי הוא הנסיך חצוי־הדם. הארי מגלה לאחר מכן כי התליון שהוא ודמבלדור מצאו מזויף.
הספר השביעי.
בספר השביעי עוזב הארי את הוגוורטס ביחד עם רון והרמיוני, על מנת להשלים את המשימה שדמבלדור הטיל עליו: לחפש ולהשמיד את ההורקרוקסים הנותרים של וולדמורט, ואז למצוא את וולדמורט עצמו ולהרוג אותו. השלושה מוצאים את עצמם מתמודדים עם מדינת המשטרה הטוטליטרית שוולדמורט הצליח להקים לאחר רצח שר הקסמים רופוס סקרימג'ר.