לאחר המלחמה העות'מאנית-רוסית (1878-1877) זכתה נסיכות בולגריה בעצמאות בפועל, מתוקף החלטות קונגרס ברלין. החוקה הבולגרית החדשה הבטיחה זכויות נרחבות למיעוטים בנסיכות והקהילה מינתה רב ראשי שהובא מחוץ לגבולות בולגריה וניהלה את הקהילות ביישובים השונים באמצעות קונסיסטוריה מרכזית. לאחר עצמאות בולגריה התבססה מערכת החינוך היהודית באמצעות בתי הספר של רשת כל ישראל חברים ובמקביל הוחל בהקמתם של בתי ספר קהילתיים. התמורות בציבוריות היהודית כללו תהליך חילון, בדומה ליהדות באירופה בכללה, והנהגות הקהילות היהודיות הוחלפו בהתאם לכך. בשלהי המאה ה-19, החלה פעילות ציונית בבולגריה והשפיעה על עלייה לארץ ישראל. בני הקהילה היו שותפים להתיישבות בחורן (ראו: ניסיונות ההתיישבות היהודית בחורן), הקימו את המושבה בהר-טוב ונמנו עם מקימי המושבה יבנאל. ב-1898 נוסדה בבולגריה שלוחה של ההסתדרות הציונית. התקבלותו הרחבה של הרעיון הציוני בציבוריות היהודית, לוותה בדיון ציבורי סוער ואף במאבק על השליטה ברחוב היהודי, בין ניצי התנועה הציונית, נכבדי המשפחות העשירות שכונו נוֹטָאבֶּלִים, לבין ממסד הרבנות הראשית בראשות הרב מרדכי אהרנפרייז. במקביל התחולל מאבק על דמותו של החינוך היהודי בבולגריה בין מוסדות החינוך הקהילתיים שנשלטו על ידי התנועה הציונית, לבין ראשי כל ישראל חברים (כי"ח). כל המאבקים הוכרעו לבסוף לטובת התנועה הציונית, ורשת כי"ח עזבה את בולגריה.
בראשית המאה ה-20 מנו יהודי בולגריה 33,307 נפשות ובנסיכות נמנו 34 קהילות מאורגנות. לאחר תבוסת בולגריה במלחמת העולם הראשונה, פרץ במדינה משבר כלכלי וחברתי חריף אשר לווה בהגירה פנימית אל הערים הגדולות ככלל ואל סופיה בעיקר. בפרוץ מלחמת העולם השנייה התגוררו בבולגריה כ-48,000 יהודים ולמעלה ממחציתם בבירה סופיה. במהלך מלחמת העולם השנייה נרדפו יהודי בולגריה על ידי השלטון הבולגרי והיו כפופים לחוק להגנת האומה שדמה במתכונתו לחוקי נירנברג. כ-9,000 גברים יהודים נשלחו לעבודות כפייה. בולגריה, שהייתה בעלת בריתה של גרמניה הנאצית, חתמה על ההסכם התלת-צדדי והוורמאכט נכנס למדינה ללא קרב והתקבל בהתלהבות על ידי תושבי בולגריה. הגרמנים השתמשו באדמת בולגריה כבסיס יציאה לכיבוש יוון ויוגוסלביה.
חודש מרץ 1943 היה הגורלי בתולדות הקהילה. ב-10 במרץ נכשל ניסיון גירושם למחנות ההשמדה של לפחות 6,365 מיהודי "בולגריה הישנה", בשל מאבק עיקש שניהלו ראשי הקהילות השונות שהסתייעו בקומץ פוליטיקאים וראשי הכנסייה הבולגרית. במקביל, גירשו הבולגרים לטרבלינקה את 11,343 יהודי תראקיה, מקדוניה הווארדארית ופירוט. במאי גורשו כ-19,000 מיהודי סופיה לערי השדה ובהמשך גורשו גם מאות רבות מיהודי ערים מרכזיות נוספות. לאחר תום המלחמה חודשה הפעילות הציונית במדינה ותוך מאבק איתנים על השליטה ברחוב היהודי בין הציונים לקומוניסטים היהודים, התחדשה גם העלייה בהדרגה. תהליך העלייה הואץ לאחר הקמת מדינת ישראל בסיוע השלטונות הקומוניסטיים ומרבית בני הקהילה עזבו את בולגריה. בשלהי העשור השני של המאה ה-21 התגוררו בבולגריה כ-5,500 יהודים.
היסטוריה.
מהרומניוטים באימפריה הרומית ועד לביזנטית.
בראשית ימיה של נסיכות בולגריה התגבשה הערכה כי ראשוני היהודים התיישבו באזור בולגריה בתקופת בית ראשון. הנחה זו התבססה על ממצאיהם של הארכאולוגים קארל והרמן שקורפיל והפרשנות שניתנה להם על ידם ועל ידי חוקרים בולגרים כגון קונסטנטין פטקוביץ'. בנוסף, נודע מממצאים שונים על התיישבות יהודים בעת ההיא בבלקן ובכלל זה בסלוניקי. לדוגמה, כתובות שנמצאו בעיר דלפי שתוארכו למאה ה-2 לפנה"ס מתארות פדיון עבדים יהודים על ידי הקהילה המקומית. כן נתגלתה הנחיה של הסנאט הרומי מאותה התקופה למושלי הפרובינקיות ובכלל זה באזור הבלקן להתייחס באופן נאות לתושבים היהודים. מממצאים אלו, הסיקו החוקרים כי הייתה התיישבות כזו גם באזור בולגריה. ההיסטוריון שלמה אברהם רוזאניס טען, כי במהלך מלחמת פרס–יוון חיילים יהודים ששירתו בצבא ממלכת פרס האחמנית התיישבו בבלקנים. מחקרים אלו הסתמכו בחלקם על פולקלור, על פרשנות מופלגת או שגויה של מקורות ראשוניים ושניוניים, חלקם נשללו בהמשך על ידי המחקר המודרני וחלקם נותרו בגדר השערות מחקר בלבד.
ב-1912 הוביל הפרופסור גבריל קצרוב משלחת ארכאולוגית אשר גילתה ליד הכפר גיגן את חורבותיה של העיר הרומית אוּלְפִּיָה אֶסְקוּס שהוקמה ב-106 על ידי הקיסר הרומי טראיאנוס. במקום נמצאה מצבה ועליה כיתוב שכלל את הביטוי ארכי-סינאגוגוס יוספוס. הכתובת המלאה תורגמה ל"יוסף ראש בית הכנסת ומנהל ראשי, בנו של מקסימיני מפנוניה". קצרוב תארך את המצבה לאמצע המאה ה-2 ובמאמר שהוציא לאור קבע שתולדות יהודי בולגריה קודמות להגעת השבטים הסלאבים לאזור בולגריה. בהמשך, תארך חוקר נוסף את המצבה למאה ה-4. באותה העת, הייתה זו העדות הארכאולוגית הקדומה ביותר להתיישבות יהודים באזור בולגריה (פרובינקיית מואסיה התחתונה של הקיסרות הרומית). יהודים אלו כונו בהמשך רומניוטים. בשלהי המאה ה-19, איתר הרב הראשי ליהודי בולגריה ד"ר מוריץ גרינוואלד בבית העלמין העתיק של העיר הרומית בּוֹנוֹנְיָה מצבה ועליה הכיתוב "אנאניס" שתוארכה למאה ה-2 וזוהתה כמצבתו של יהודי בשם חנניה. הפרשנות לממצא זה נתונה במחלוקת.
בראשית שנות ה-80 של המאה ה-20 התגלו בעיר העתיקה של פלובדיב שרידי בית כנסת עתיק מתקופת הקיסרות הרומית. ההיסטוריון הבולגרי חריסטו דאנוב אשר חקר את הממצאים ביחד עם הארכאולוגית אלינה קסיאקובה תארך במאמר שפרסם ב-1984 את חלקו התחתון הקדום יותר של המבנה למאה ה-2 ואת חלקו העליון למאה ה-4. דאנוב ציין, כי המבנה היה גדול ממדים ושימש גם כמרכז כלכלי, ארגוני ותרבותי ליהודי פלובדיב. במאמרו, מציין דאנוב כי בני הקהילה הגיעו בנתיב הסחר מארץ ישראל לקונסטנטינופול ומשם לאדריאנופול ולפלובדיב. במחקרו, טען דאנוב כי בני קהילת פלובדיב היו בעלי מעמד כלכלי וחברתי רמים והוו נדבך חשוב בפעילות המסחר בתראקיה.
לאור הממצאים השונים קובע המחקר המודרני כי ראשוני היהודים התיישבו באזור בולגריה לאחר חורבן בית שני, עת נשלט השטח על ידי הקיסרות הרומית. הממצאים העידו על קהילות בעלות מוסדות חינוך ודת, אשר זכו למעמד חברתי רם יחסית והיו בעלות איתנות כלכלית. במהלך פלישת ההונים לאזור חרבו מקומות יישוב רבים בשטחי בולגריה ועימם חרבו גם קהילות יהודיות. בנוסף, הקיסרים הביזנטיים פוקאס ולאו השלישי הורו להמיר את דתם של יהודי האימפריה, אשר חלק מאזור בולגריה נכלל לפרקים בשטחה, אם כי לא ברור מה הייתה מידת יישומם של הצווים. ככל הנראה שבו היהודים בהדרגה להתגורר ביישובים המרכזיים אשר היו ממוקמים על נתיבי המסחר כגון בווידין.
האימפריה הבולגרית הראשונה.
בתקופת האימפריה הבולגרית הראשונה התקיימו קשרי מסחר בין ממלכת הכוזרים לבולגריה, ולעיתים אף התחוללו עימותים צבאיים. סוחרים בני הקהילה בבולגריה שימשו כמתווכים בין שתי הישויות, כמו במקרים רבים אחרים בארצות הפזורה היהודית, וקיימות עדויות רבות על השפעה תרבותית יהודית על אוכלוסיית בולגריה; מרבית ההיסטוריונים סבורים כי עיקר ההשפעה "היהודית" הייתה מצד הכוזרים, בעיקר לאחר התגיירות האליטות בממלכה בשל מספרם הגדול ועוצמתם הצבאית והכלכלית. בתקופתו של קרום, חאן בולגריה, נכבשו הערים אדריאנופול וסלוניקי ושבויי מלחמה יהודים שנלקחו מערים אלו, הורשו בהמשך להתיישב בערי הממלכה הבולגרית. בתקופה זו מתועדים סוחרים יהודים בערים מרכזיות היושבות על נתיבי המסחר, כגון בווידין.
ב-863, תקופת שלטונו של בוריס הראשון, קניאז בולגריה, אימצו הבולגרים את הנצרות האורתודוקסית ושליחיו של בוריס הראשון הפנו 106 שאלות הלכתיות לאפיפיור ניקולאוס הראשון. השאלות אבדו, אך מתשובותיו של האפיפיור שנשתמרו בארכיוני הוותיקן עולה כי הייתה השפעה יהודית ניכרת בממלכת בולגריה. מבין התשובות: ביטול הצורך להמשיך ולשמור את יום השבת, התרת כל בעלי החיים למאכל, התייחסות לתפילת הגשם, קבורה "מחוץ לגדר" והבאת ביכורים. עוד עולה ממחקרים, כי ליהודי בולגריה הייתה השפעה ממשית על ייסוד האלפבית הגלגוליטי שהתפתח בהמשך לכתב הקירילי, כאשר האחים קירילוס ומתודיוס, שאלו מספר אותיות מהאלף בית העברי הקדום כגון, האותיות ש (Ш בכתב קירילי), צ (Ц בכתב קירילי) ו-ב (Б במהופך בכתב קירילי).
אחת מהשערות המחקר בדבר השפעה יהודית על אזור בולגריה עוסקת בשושלת המלוכה האחרונה של האימפריה הבולגרית הראשונה, אשר כונתה על ידי הביזנטים קוֹמִיטוֹפּוּלִי וכך נודעה בתיעוד ההיסטורי. קיימות מספר גרסאות למקורה של המשפחה ושמות בניה סמואיל, אהרן, דוד, מוזס וגבריל שהם בעלי קונוטציה יהודית, הובילו להשערות מחקר שטרם הוכחו בדבר מוצא יהודי או כוזרי קדום של המשפחה. ב-1018 נכנע השליט הבולגרי פרסיאן השני לצבאותיו של קיסר ביזנטיון בסיליוס השני והאימפריה הבולגרית הראשונה חדלה מלהתקיים. בתקופת הביניים שבין האימפריה הראשונה לשנייה קיימות עדויות מעטות, חלקן שניוניות, על יהודי בולגריה. ניתן ללמוד על הימצאותן של קהילות יהודיות פעילות באזור בולגריה מכתביהם של טוביה בן אליעזר בעל הלקח טוב שהתגורר בקסטוריה, הרב אבישי מארץ זגור"ה, רבי יהודה מוסקוני יליד אוחריד וכן מתיעוד מסעותיו של בנימין מטודלה בבלקנים.
האימפריה הבולגרית השנייה.