מחקר אחר טוען כי המשמר הפרטוריאני לא נטל חלק פעיל ברצח של דומיטיאנוס והתעמת עם נרווה בדרישה להוציא להורג את הקושרים, אך המשמר היה חסר הנהגה אפקטיבית במשך כשנה ועל רקע זה לא הצליח לכפות את רצונו על נרווה. קספריוס אליאנוס מונה למעשה על ידי נרווה לתפקידו אם כי הנסיבות לכך אינן ברורות. השערת המחקר היא שמינויו היה האמצעי שבאמצעותו ביקש הקיסר החדש לחזק את השפעתו על המשמר, תוכנית שנכשלה לאחר שאליאנוס נתגלה כבעל שאיפות וניצל את כוחו של המשמר על מנת להפוך לשחקן ראשי במאבקי הכוחות. על פי מחקר זה אליאנוס קיבע את מעמדו על ידי כפיית רצון המשמר להענשת הקושרים, והוצאתם להורג באירוע אותו המחקר מכנה "מרד הפרטוריאנים" והוא שהביא לאימוצו של טראיאנוס ולעלייתו לשלטון באופן חלק וללא התנגדות. כשעלה הקיסר החדש טראיאנוס לשלטון בשנת 98 לספירה הוא זימן את אליאנוס לגרמניה יחד עם כמה מחבריו הפרטוריאנים ומאז שמו אינו מופיע יותר על דפי ההיסטוריה. המחקר מעלה השערה שאליאנוס לא נרצח אלא שוחרר מתפקידו והוגלה. כך נפטר טראיאנוס מאדם בעל כוח רב, בעל חוב ומי שעשוי היה להיות יריב פוטנציאלי.
תחת שלטון טראיאנוס.
המשמר הפרטוריאני של תקופת טראיאנוס שונה לחלוטין מהמשמר של הקיסרות המוקדמת. אין ספק שבמהלך אגרסיבי הצליח טראיאנוס לשבור את כוחו של המשמר על ידי הוצאה להורג או סילוק בדרך אחרת של שדירת הפיקוד הפרטוריאנית. ההיסטוריון פליניוס הצעיר מתאר כיצד נכנס טראיאנוס לרומא כאשר הוא הולך ברגל כאחד האזרחים, מלווה ביחידת פרשים שומרי ראש (Equites singulares Augusti) שגויסו מקרב יחידות העילית של הלגיונות הגרמניים, יחידה שהחליפה למעשה את חיילי המשמר הפרטוריאני כשומרי ראשו של הקיסר והרחיקה אותם ממקורות הכוח וההשפעה. רמז לביטחונו של טראיאנוס שהמשמר איבד מהשפעתו וכוחו מופיע בעובדה שהוא חילק "תרומות" צנועות לחיילי המשמר ברומא מבלי לחשוש מתגובתם.
מחקר אחר טוען כי חיילי המשמר הפרטוריאני שימשו בתפקידם המסורתי לצד יחידת הפרשים, בהסתמך על תבליט, ככל הנראה שבר מקשת ניצחון של טראיאנוס שנמצא בסמוך לנאפולי, ובו מופיעים חיילי המשמר הפרטוריאני כשהם לבושים בשריון מלא ועוטים את סמלי המשמר כמי שמייצגים את יציבות משטרו של טראיאנוס מחד ואת העובדה שתקופת שלטון זה הייתה תור-זהב של המשמר הפרטוריאני.
יחידת הפרשים של הקיסר.
בתקופתו של טראיאנוס תפסה יחידת פרשים גרמנית את מקום שומרי ראשו של הקיסר. היחידה נקראה "הפרשים הפרטיים של הקיסר" (לטינית: equites singulares Augusti) ולכאורה תפסה את מקומם של שומרי הראש הגרמניים של הקיסרים היוליו- קלאודיאניים. עם זאת, יחידת הפרשים נכנסה לתפקידה כחלק מארגון מחדש של המשמר בתקופת טראיאנוס- ארגון שהפחית את השפעתו וכוחו של המשמר על הקיסר. פרשי המשמר מופיעים על גבי התבליטים על עמוד טראיאנוס ובכתובות היחידה מוגדרת כנומרוס. נראה שעם המיזוג לתוך המשמר הפרטוריאני נבנתה יחידת הפרשים כחיל עזר (בלטינית: Auxilia) ומפקד היחידה היה בדרגת טריבון צבאי על פי תורת הלחימה של הצבא הרומי. השערת המחקר המודרני היא שעם ייסודה מנתה היחידה כ 720 פרשים שפעלו ב 24 טורמה בנות 30 לוחמים כל אחת. מספר הלוחמים עלה ל 1000 תחת שלטון אדריאנוס ומספרם גדל ל 2000 פרשים תחת שלטון ספטימיוס סוורוס בתחילת המאה ה-3. המחנה הראשי של יחידת פרשי הקיסר (בלטינית: Castra Nova equitum singularium) היה על גבעת צ'ליו ברומא ושרידיו נתגלו מתחת לבזיליקת יוחנן הקדוש בלטראנו.
חיילי משמר הפרשים של הקיסר התהדרו בסמל של עקרב על דגלי היחידה ועל מגיני החיילים. סמל זה היה הסמל של טיבריוס וככל הנראה סימל את חלקו של טיבריוס בהקמת המשמר הפרטוריאני. מלבד זאת נשאו כלי נשק ששימשו את שאר יחידות הפרשים של צבא האימפריה. לאחר עלייתו לשלטון של קונסטנטינוס הגדול פוזרה יחידת פרשי המשמר של הקיסר ובמקומה הוקמה יחידת המשמר הפלטינית (Scholae Palatinae)
תחת שלטון אדריאנוס.
ב-9 באוגוסט 117 מת טראיאנוס בטרסוס שבקיליקיה. אשתו של טראיאנוס, פלוטינה, בתמיכתו של מפקד המשמר הפרטוריאני פובליוס אכיליוס אטיאנוס (Publius Acilius Attianus), הכריזו בשמו של הקיסר הגוסס על אימוצו של אדריאנוס ועל פי ההיסטוריונים הרומאיים, זייפה פלוטינה את חתימתו של טראיאנוס על מסמכי אימוצו של אדריאנוס לבן לאחר מות טראיאנוס. הקיסרית ומפקד המשמר הסתירו את מותו של טראיאנוס עד שאדריאנוס תפס את מושכות השלטון, תחילה על הצבאות במזרח ולאחר מכן הוכר כקיסר על ידי כל יחידות הצבא, ובסיכומו של דבר על ידי הסנאט. עד יולי 118 שהה אדריאנוס במזרח כשהוא מקדיש מאמץ להרגעת הפרובינציות המזרחיות, למעשה נסיגה מכיבושי טראיאנוס, ובמקביל פעל לניקוי הצבא במזרח מנאמני הקיסר הקודם שחשדו בדרך בה הועבר השלטון וחלקם אף ראו עצמם כיורשים ראויים. כבר בימיו הראשונים כקיסר הודיע מפקד הפרטוריאנים על ניסיונות לארגן קשר כנגדו. אדריאנוס ובעיקר הפרטוריאנים פעלו מהר וללא היסוס והוציאו להורג את החשודים בשני גלי טיהורים. גל ראשון הביא להוצאתו להורג של הפריפקט של רומא ואחדים מעוזריו ובגל שני, נרחב יותר, עצרו אטיאנוס וחיילי המשמר נאמנים של טראיאנוס ובהם לוסיוס קווייטוס, ממצביאיו המצליחים של טראיאנוס שראה עצמו יורש לגיטימי, ואת קורנליוס פלמה- כובש ומושל פרובינקיה ערביה. הם הוצאו להורג ביחד עם עוד שני קונסולים. הסנאטורים הקימו קול מחאה ואדריאנוס פיטר את אטיאנוס מפיקוד על המשמר אך מינה אותו לקונסול ונתן לו מקום בסנאט. הטיהורים בקרב ארבעת הקונסולים העכירו את היחסים בין הסנאט לקיסר אך מאידך גיסא הטילו אימה על הסנאטורים ואדריאנוס היה חופשי לנהל את ממלכתו בדרכו, ללא התנגדות.
אדריאנוס הסדיר את מסלול התפקידים של בני מעמד הפרשים, חלק מתהליך ארוך שהחל מאז ימי אוגוסטוס, שבנה מנגנון של פקידים ממעמד הפרשים שהיו נתונים לפיקוח הישיר של הקיסר. אדריאנוס קבע מספר שינויים שעיקרם ביטול החובה של הפרשים לשרת בצבא בטרם מינויים לתפקידי ניהול ויצירת מסלול המאפשר לפרשים כניסה למשרות אזרחיות, למשל מינוי משפטנים לתפקיד ראש המשמר הפרטוריאני.
תקופת הקיסרים הסוורים.
ההיסטוריה של המשמר הפרטוריאני בחצי השני של המאה השנייה ובעיקר תקופת שלטונו של מרקוס אורליוס לוטה בערפל. ידוע כי הפרטוריאנים נהנו ממענקים עם עלייתו לשלטון וכי הקיסר הכריז על מתן הטבות למשוחררי המשמר. עם עלייתו של מרקוס אורליוס שימש המשמר כיחידת צבא לכל דבר תחת פיקודו של טיטוס ויקטורינוס (Titus Furius Victorinus). הפרטוריאנים השתתפו בקרבות מול צבאות האימפריה הפרתית בשנת 162 בהצלחה. באפריל 168 יצא ויקטורינוס עם צבא רומאי כנגד השבטים המרקומנים. הפעם לא נחלו הפרטוריאנים הצלחה, וההיסטוריה אוגוסטה מציין ביובש "הפרפקט ויקטורינוס אבד והצבא הושמד". השערה אחת היא שההערה מרמזת על תבוסה צבאית מוחלטת והשערה אחרת מתארת אפשרות של מוות ממגפה בשורות החיילים. ידוע מממצאים ארכאולוגיים ובעיקר מכתובות ארכאולוגיות, כי יחידות של המשמר יצאו מרומא ואף מאיטליה, ושימשו בחלק מהמקרים כחיל מצב זמני (Stationarius).
מחקר היסטורי עדכני מסכם את מעמד המשמר הפרטוריאני ב 82 השנים בין שלטון טראיאנוס למותו של מרקוס אורליוס, תקופה ארוכה מספיק על מנת למחות מזיכרון בני התקופה את המשמר הפרטוריאני, ככוח משפיע הן בניהול האימפריה והן במינוי והדחת שליטים. המחקר מייחס זאת לאופי שלטונם של קיסרי התקופה, שאחזו בביטחון ותקיפות במושכות השלטון והעברת התואר ליורשים הייתה מאורגנת וללא קריאת תגר של ממש, מאחר ששיפוטם של השליטים היה נאמן על מרכזי הכוח של האימפריה. מול ממשל מרכזי נחוש ובעל כוח לא יכלו הפרטוריאנים לתפוס עמדת כוח והשפעה, ובמקום זה הם לקחו חלק במלחמות על גבולות האימפריה ומפקידי המשמר שימשו כיועצים, מפקדים של יחידות צבאיות ומפקדי משטרה. המחקר מגדיר אורח חיים זה כפריוולגי, שקט ונוח.
שלטון קומודוס.
המידע על המשמר רב יותר בתקופת שלטונו של קומודוס, בנו ויורשו של מרקוס אורליוס, קיסר בעל מוניטין של שליט אכזר על גבול הטירוף שניהול האימפריה לא היה בראש מעייניו. קומודוס מינה אדם בשם טיגידוס פרניס למפקד המשמר הפרטוריאני (לצד טרוטוניוס פטרונוס המפקד מימי אורליוס) שביחד עם משרתו האישי של קומודוס סאוטרוס ניהלו את האימפריה הלכה למעשה. מעשיו של קומודוס עוררו התנגדות מצד האצולה והסנטורים, שמחד גיסא שיתפו פעולה עם הקיסר בכל מעשיו אך מאידך גיסא קשרו נגדו במסתרים. ניסיון הרצח הראשון אירע בשנת 182. הרוצח נתפס והקושרים, ובהם אחותו של קומודוס לוקילה, שנתמכה על ידי מספר סנטורים וככל הנראה על ידי מפקד המשר הפרטוריאני פטרונוס, שבשלב זה חמק מעונש. המשמר הפרטוריאני, ככל הנראה ביוזמת שני מפקדיו, פתח בגל טיהורים מקיף שכלל גם את סאוטרוס, שהפרטוריאנים האשימו בירידת קרנו של קומודוס בקרב ברומאים - הם פיתו אותו לצאת מהארמון וחיילי המשמר רצחו אותו. זמן מה לאחר מכן פרניס שכנע את קומודוס לסלק את שותפו לפיקוד פטרונוס מתפקידו, זמן קצר לאחר מכן הופצו שמועות מכוונות שפטרנוס היה שותף לקשר לוקילה. פרניס המשיך ויצא בהאשמות של בגידה כנגד פטרונוס וכתוצאה מכך הורה קומודוס על גל טיהורים חדש שכלל את פטרונוס, בני משפחתו וסנטורים רבים והשלטון על האימפריה עבר לשלוש השנים הבאות לידי פרניס. קומודוס, שסבל מפראנויה מחשש מקושרים ומתנקשים, הותיר את מושכות השלטון בידי מפקד המשמר בעוד הוא מתמסר לתענוגות, חגיגות ובמסיבות חשק שאורגנו כטקסים דתיים.