אלא שהמופתי סירב להשלים עם החלטות הוועדה המדינית והמשיך לראות עצמו כסמכות ריבונית ועצמאית במלחמה. הוא המשיך לגייס אנשים לכוחותיו על דעת עצמו, ודרש מהוועדה הצבאית לממן את רכישות הנשק והציוד עבורם. כמו כן, דרש שהוועדה הצבאית תעדכן אותו בכל פעולותיה וכי כל הנשק המגיע מהממשלות הערביות וכל התרומות יועמדו לרשותו. הוא פרסם הודעות בחתימת "המפקדה העליונה של לוחמי הקודש בפלסטין" (אל-קיאדה אל-עוליא לל-מוג'אהדין פי פלסטין). היריבות הקשה בין נאמניו בארץ ישראל לבין "צבא ההצלה" פגעה קשות במאמץ המלחמה הערבי.
לטענת אנוואר נוסייבה, תומכו של אל-חוסייני, המופתי סירב להקצות נשק למי שאינו מתומכיו הנאמנים, וגייס רק מקרב תומכיו הנאמנים לכוחות "צבא הג'יהאד הקדוש".
מאז כינוס מועצת הליגה הערבית בעאליי (באוקטובר 1947), שהה אל-חוסייני מרבית הזמן בדמשק ובביירות ובחלקו הקטן בקהיר.
ב-8 במרץ 1948 כתב איגרת אל ממשלות סוריה, מצרים ולבנון, בה ציין את הנטייה "של רבים מערביי פלסטין לעזוב את עריהם ולהתיישב בארצות ערביות שכנות". הוא הצהיר כי הוועד הערבי העליון החליט שאיש לא יורשה לעזוב את הארץ בלי הסכמתו, וכי "הערבים הפלסטינים המרובים שעזבו את ארצם מאז תחילת הקרבות", יחויבו לחזור "למען האינטרס הלאומי". לפיכך ביקש משלוש הממשלות שתסרבנה להאריך את רישיונות ישיבתם ולהוציא רישיונות חדשים בלי הסכמת הוועד הערבי העליון. במחצית השנייה של אפריל 1948, במהלכה החלה התמוטטות צבאית של הכוחות הערבים הבלתי-סדירים והתמוטטות מוראלית של האוכלוסייה הפלסטינית, פנה הוועד הערבי העליון אל הנציב העליון הבריטי בבקשה לאפשר לאל-חוסייני לשוב לארץ ישראל כדי למנוע התמוטטות מוחלטת. בקשה זו נדחתה, בהתאם למדיניות הבריטית שאסרה על כניסתו לפני 15 במאי 1948, וזאת מחשש לתגובה יהודית ואמריקנית נזעמת.
בזמן המלחמה ניהל המופתי את ענייניהם של ערביי ארץ ישראל, באמצעות "המוסד הערבי העליון", ממקום גלותו בקהיר. מפקדתו הצבאית המבוצרת שכנה ברובע חלמיה בפרברי העיר, ברחוב כמאל 12. הוא השתמש בכל השפעה שהייתה לו במצרים, כדי לעודד את השתתפותו של הצבא המצרי במלחמה.
לאחר 15 במאי 1948, נמנע שובו של אל-חוסייני לפלסטין בשל התנגדותו של עבדאללה הראשון, מלך ירדן, שראה בשובו של המנהיג הפלסטיני סכנה למאמצי ההשתלטות שלו על ארץ ישראל, ולכן לחץ על חברות הליגה הערבית שיאסרו עליו לחצות את הגבול אל הארץ משטחן. זמן קצר לאחר הפינוי הבריטי ופלישת צבאות ערב לארץ ישראל, התעלם אל-חוסייני מהחלטות הליגה הערבית והורה ממקום מושבו בקהיר לוועדות הלאומיות להחזיר את הפקידים הפלסטינים שעבדו במנהל המנדטורי לתפקידיהם הקודמים. כמו כן, מינה "המוסד הערבי העליון" מנהלי מחלקות במקומם של המנהלים הבריטים ופרסם הודעה על מצב חירום בכל הארץ. בתגובה על כך, שלח עבדאללה איגרת לאל-חוסייני, בה הודה לו על שירותיו בעבר ותבע ממנו לא לפרסם "הודעות הגורמות לבלבול".
במחצית השנייה של 1948, הצליח העיתונאי האמריקני ג'ון רוי קרלסון לפגוש את המופתי בדמשק. בראיון הקצר, שהתקיים בוילה הממוקמת במתחם מגורים מוקף חומה ובתוכה כ-30 שומרים מזוינים בתת-מקלעים ורימונים, אמר לו המופתי כי תוכניתו היא "להילחם עד הניצחון". כחצי שעה לפני שיצא המופתי מביתו, נסגר הרחוב לתנועת הולכי רגל ומכוניות והמופתי נסע משם במכונית ממוגנת ירי.
ממשלת כל פלסטין 1948–1959.
במהלך המלחמה.
בספטמבר 1948 היה אל-חוסייני שותף להקמת ממשלת כל פלסטין בעזה. בשיחות מוקדמות בליגה הערבית, הוחלט להעמיד בראשה את אחמד חילמי עבד אל-באקי, ולהעניק לאמין אל-חוסייני תפקיד סמלי בלבד, ללא סמכויות. הממשלה המצרית ביקשה להצניע ככל האפשר את חלקם של הוועד הערבי העליון והעומד בראשו ב"ממשלת כל פלסטין". ראש הממשלה המצרי מחמוד פהמי נוקראשי עשה מאמץ אישי לשכנע את חוסייני שלא יעמיד עצמו באופן גלוי בראש הגוף הלאומי הזה, בטענה שהדבר יפגע בעניין הפלסטיני, לאור יחסן של ארצות הברית ובריטניה אליו עקב שיתוף הפעולה שלו עם גרמניה הנאצית. אולם חוסייני לא ויתר וב-27 בספטמבר יצא בחשאי מביתו בקהיר, בסיוע תומכים מאנשי "האחים המוסלמים" ו"הקצינים החופשיים", ולמחרת הצליח להגיע לעזה.
ב-30 בספטמבר נועדה בעזה "המועצה הלאומית הפלסטינית", ובראשה ישב אל-חוסייני, שנבחר פה אחד לנשיא פלסטין, אולם לא הייתה לו שום סמכות מחוץ לשטח שבשליטת מצרים. המועצה הלאומית העבירה שורת החלטות, שהחשובה ביניהן, ב-1 באוקטובר 1948, הייתה הכרזת עצמאות על כל פלסטין וירושלים בירתה. לאחר ששהה בעזה ימים אחדים, אילצו המצרים את אל-חוסייני לחזור לקהיר.
ממשלת כל פלסטין הורכבה ברובה על ידי קרוביו ותומכיו של אל-חוסייני, אולם כללה גם נציגים של סיעות אחרות של המעמד השליט בחברה הפלסטינית. בתגובה להקמת הממשלה בעזה ולניסיונות של אל-חוסייני להחיות את צבא הג'יהאד הקדוש, ארגן המלך עבדאללה, ב-2 באוקטובר קונגרס פלסטיני משלו, ולמחרת הורה שר החוץ שלו לפרק את כל הכוחות המזוינים הפועלים בשטחים שבשליטת הלגיון הערבי. באמצע אוקטובר הוכרה ממשלת כל פלסטין על ידי מצרים, סוריה, לבנון, סעודיה, תימן ועיראק. ארצות הברית ובריטניה תמכו בירדן.
תגובת הממשלה המצרית להגעתו החשאית של חוסייני לעזה, באה רק לאחר סיום כינוס המועצה הלאומית הפלסטינית. 8 ימים לאחר שהגיע לעזה לאחר 11 שנות היעדרות ממולדתו, הוחזר חוסייני לקהיר תחת משמר כבד, ועל פי דרישתו של המלך פארוק, הושם במעצר בית זמני.
במהלך הקרבות בדרום הארץ בסוף אוקטובר 1948, ברחה הממשלה לקהיר, ומעמדו של אל-חוסייני בארץ שקע. ממשלת מצרים סיפקה לחברי ממשלת כל פלסטין מגורים ומשרדים, וכך פיקחה על תנועותיהם ועל האנשים שבאו עמם בקשר. ב-20 בדצמבר 1948 מינה המלך עבדאללה כמופתי של ירושלים, את יריבו הוותיק של אמין אל-חוסייני (שהיה המועמד המוביל לתפקיד ב-1921), חוסאם א-דין ג'אראללה, אותו מינה אחר כך גם לנשיא המועצה המוסלמית העליונה, תפקיד שלא אויש מאז שהבריטים הדיחו ממנו את אל-חוסייני ב-1937.
בשנות ה-50.
מאז המלחמה ב-1948, היה חאג' אמין בקשרים עם האחים המוסלמים ובסוף שנת 1950 מסר עדות לטובת כמה מאנשיהם שהועמדו לדין בפני בית המשפט לפשעים חמורים בקהיר, באשמת הברחת נשק למצרים. זמן קצר לאחר מכן, שוב העיד לטובת "האחים", כאשר 32 מאנשיהם נאשמו במעשי רצח פוליטיים ובניסיון לתפוס את השלטון. בעדותו שיבח את אנשי התנועה ותיאר את חלקם במלחמת פלסטין.
אל-חוסייני המשיך את פעולותיו כדובר העצמאות הפלסטינית מאחורי הקלעים. ב-10 בפברואר 1951 נפתח "הקונגרס האסלאמי העולמי" (מואתמר אל-עאלם אל-אסלאמי) בקאראצ'י, פקיסטן, בהשתתפות נציגים מוסלמים מכ-30 מדינות, ואל-חוסייני נבחר לנשיאו. בנאום הפתיחה הוא הזהיר: "חובתו של העולם המוסלמי כולו היא לשחרר את פלסטין. אם אויבי האסלאם יישארו שליטי פלסטין, יבוא זמן וינסו לכבוש ארצות מוסלמיות אחרות". הקונגרס בקאראצ'י נמשך 12 ימים. בנאומו בקונגרס, קרא המופתי את המוסלמים ל"מלחמה עד חרמה" ב"תוקפנים", בכוונתו להודים ההינדים. הוא הבטיח לצירים בקונגרס: "בפעם הבאה נפגש, והחרב בידינו, אם על אדמת קשמיר ואם בפלסטין". במאי 1951 הופיע אל-חוסייני כנציג ממשלת כל פלסטין בדיוני הוועדה המדינית של הליגה הערבית בדמשק ודרש לגייס את כל הפלסטינים היכולים לשאת נשק, כדי לצאת למלחמה לשחרור פלסטין. לאחר מכן השתתף בכנס פליטים בביירות, שם קרא בנאומו לליגה הערבית להקים "בריגדה פלסטינית" בכל אחד מהצבאות הערביים.
מאז 1948, אך במיוחד מאז סיפוח הגדה המערבית לירדן באפריל 1950, הפעיל אל-חוסייני תעמולה אגרסיבית נגד המלך עבדאללה, שהוצג על ידו כאיש שגזל את העצמאות הפלסטינית והעביר ליהודים שטחים ערבים בהסכם רודוס וכאחראי לגורל מאות אלפי פליטים פלסטינים. ב-20 ביולי 1951 נרצח המלך עבדאללה על הר הבית על ידי מתנקש פלסטיני. לאחר הרצח נערכו סריקות בקרב הפלסטינים ורבים נעצרו ונחקרו. כמה מהחשודים היו מבני משפחתו של אמין אל-חוסייני. אל-חוסייני הכחיש כל קשר למעשה וקרא למדינות ערב להפסיק את "מסע הטרור האכזרי" של ירדן נגד העם הפלסטיני. באוגוסט נפתח משפט המעורבים ברצח ואל-חוסייני דרש ממדינות ערב לאלץ את ירדן להפסיק את המשפט ולמנות ועדת חקירה, שתחקור את "מסע הטרור, השחיטות והרדיפות" של הלגיון. לאחר הרצח, סירב טלאל, מלך ירדן, בנו של עבדאללה, להתיר את כניסתו של אל-חוסייני לירושלים.
ארבעה ימים לפני רצח המלך עבדאללה, נרצח ראש ממשלת לבנון ריאד א-סולח אשר תמך גם-הוא בהכרה בישות ציונית כעובדה, ויש הקושרים את ההתנקשות הזו לאנשיו של חוסייני גם-כן.
בפברואר ובמאי 1952 השתתף המופתי בשני קונגרסים אסלאמיים נוספים בקראצ'י. הוא הפך פופולרי מאוד בפקיסטן ואגודת העולמא המקומית הציעה לו מינוי ל"שיח' אל-אסלאם" במדינה, אולם הוא בחר לחזור לקהיר. אף כי לפי ההערכה לאל-חוסייני לא היה תפקיד משמעותי במסגרת מהפכת הקצינים החופשיים במצרים בשנת 1952, הרי שבין הקצינים המורדים נכללו אישים שנחשבו כתומכיו, וביניהם גמאל עבד אל נאצר, שליטה העתידה של מצרים, אשר הכיר את המופתי עוד במהלכה של מלחמת העצמאות. בשנות החמישים ישב אל-חוסייני וארגן יחד עם גמאל עבד אל נאצר את פעולות הפידאיון. בקהיר הוא נפגש עם יאסר ערפאת, שהושפע ממנו רבות. "פלסטינונא נדאא אלחיאת", העיתון הראשון שיצא לאור על ידי צעירי הפתח, הכיל רבים מעקרונות המופתי.