למחלוקת העולמית שנוצרה על ידי הנשיא תאבו מבקי קדמו מספר מחלוקות מקומיות הקשורות ליחס הממשלה למגפה. בשנת 1996 הממשלה הואשמה בבזבוז כספי ציבור על מופע מוזיקלי שאמור היה להפיץ את המסר של מניעה. בשנת 1997 היא קיבלה ביקורת על תמיכתה בטיפול רשמי, Virodene, שזוהה מאוחר יותר כחומר תעשייתי ללא תועלת. כך, החל מ-1998 הוקע השימוש בתרופות אנטי רטרו-ויראלי, כאשר הממשלה מצטדקת על ידי ציטוט תופעות הלוואי של התרופות. בשנת 1999, הנשיא תאבו מבקי, שהיה תחת לחץ לספק זידובודין (ZDV) או AZT למניעה של העברת HIV בין האם לילדה (PMTCT) וטיפול באיידס, הודיע כי התרופה רעילה ומסוכנת לבריאות ושהממשלה לא מאשרת לספק אותה. לאחר מכן הוא הביע ספק האם בכלל HIV הוא הגורם לאיידס, וזה הרחיב את הדיון מן התועלת של ZDV אל התועלת של כל הטיפול תרופתי (ARV) בלחימה במגפת האיידס, מאחר שתקיפת ה-HIV היא היעד של כל התרופות. הנשיא מבקי הגביל את השימוש בתרופה nevirapine אותה תרמה באופן חופשי הקרן העולמית. מחקרים המעריכים בצורה שמרנית ותוך צמצום הנחות את הנזק לחיי אנוש בעקבות החלטות אלו, אומדים את השפעת הגבלת השימוש ב-ARVs בדרום אפריקה בין השנים 2000–2005 בכ-3.8 מיליון שנות אדם, לפחות, שנקטעו.
המדיניות של דרום אפריקה לאיידס עוצבה על ידי גישה עיקשת מצד הנשיא מבקי ושרת הבריאות שלו, ד"ר מנטו צ'באללה מסימאנג, כלפי טיפול תרופתי. הם הביעו זלזול במדע האורתודוקסי על איידס על ידי הצגה שלו כאחד מבין כמה נקודות מבט ועמדות מדעיות, תוך ערעור אמינותם של אלו המובילים את המדע של הטיפול התרופתי על ידי האשמתם באינטרס רווחי כלכלי. מבקי סירב במשך שנים להתיר משלוחי תרופות נגד איידס לארצו, אשר בה כ-12% מן האוכלוסייה נגועה ב-HIV.
שרת הבריאות של מבקי, מנטו צ'באללה מיסמנג, אף הציעה לטפל במגפת האיידס בעזרת ירקות, כמו סלק ושום. בתחילת שנת 2000 תאבו מבקי שלח מכתב למנהיגי עולם והביע את הספק שלו ש-HIV הוא הגורם הבלעדי לאיידס. הוא הזמין מדענים שהיו בדעתו לשבת עם מומחים התומכים בתאוריה הרווחת על איידס בפאנל על מנת לייעץ לו על תגובות הולמות למגפה בדרום אפריקה. מבקי קישר עוני כגורם חסר חיסוני למחלה, והצהיר על הסכנות של התרופות, יחד עם השתהות הממשלה לספק תרופות שמטרתן למנוע העברה של נגיף ה-HIV מאמהות בהריון לתינוקות שלהן.
רק לאחר מחאות חריפות הוקלו ההגבלות על ייבוא התרופות, ובשנת 2002 הכיר הפרלמנט הדרום אפריקני באופן רשמי בנגיף ה-HIV כגורם לתסמונת האיידס. ביולי של אותה שנה פסק הדין לבית המשפט החוקתי הורה על הממשלה להעניק זמינות לתרופה nevirapine לכל אישה בהריון שנדבקה ב-HIV. עד אז, אלפי אמהות בדרום-אפריקה העבירו את המחלה לילדיהן משום שלא קיבלו תרופות.
אחד מכשלי בריאות המדיניות בהם מואשם הממשל בדרום אפריקה הוא שבמקום בחינה עמוקה של הטענות וחיפוש אחר הוכחות, הוא קיבל אותם במלואם וסיפק מחסה ותמיכה עבורם.
הנזק הכבד והכואב כתוצאה מגישת ההכחשה שנצפה בדרום אפריקה מחזק את התנגדות הקהילה המדעית לנתינת מקום בשיח המדעי והציבורי לטענות המכחישים. מכחישי HIV מאשימים את המדענים בדיכוי המחאה לגבי הגורם לאיידס, ובהשתקת השמעת תאוריות אלטרנטיביות, כביכול ממניעים פוליטיים. התגובה של הקהילה המדעית היא שהסכנה הנשקפת בנתינת לגיטימציה למכחישים היא כבדה מידיי. הכחשה יכולה להפחית ציות להנחיות למניעת הפצת הנגיף על ידי מין בטוח והפחתת השימוש בתרופות דבר שייגבה את חייהם של נשאים רבים. זה מניע את הקהילה המדעית לסרב לפרסום הצהרות המכחישים בפורום ציבורי. בין אם הדרה זו היא מוצדקת או לא, היא מלבה את טענות מכחישי דיכוי.
מכחישים אשר שינו את דעתם.
מציאת טיפול מאריך חיים בשנות ה-90 הפריכה את הטיעון של קהילת מכחישי האיידס אשר טענו כי הפרדיגמה על הקשר בין HIV לאיידס לא מוכחת כיוון שלא נמצא טיפול מתאים. הפיתוח של טיפול זה, אשר מבוסס על פעילות אנטי ויראלית, היה חשוב בשכנוע של חלק ממכחישי האיידס לקבל את הקשר בין HIV לאיידס. חלק מן המדענים הבולטים שפעם הטילו ספק בקשר HIV/איידס שינו את עמדתם וקיבלו קשר זה כתגובה למחקרים החדשים. ניתן לראות למשל את ג'וזף סונבנד שעד לשנות ה-90 התייחס לנושא האיידס כלא פתור, אך הכיר בקשר זה לאחר התפתחות טיפולים אנטי ויראלים חדשים בהם טיפל במאות ממטופליו בהצלחה ובאמצעותם טען כנגד טענותיהם של קהילת מכחישי האיידס
פרסום בכתב עת (על ידי מכחיש עבר) : Jornal of Medical Ethics - "קבוצה של מכחישים לשעבר, שכבר אינם בחיים, וטענו שאין קשר בין HIV לאיידס, ייתכן שבתקופתם היה צדק לטענותיהם כיוון שלא היו מספיק הוכחות חותכות אך כיום זה כבר מוכח שיש קשר בין השניים." לסיכום, ניתן לראות שבעבר עקב חוסר מידע מכחישים רבים נקטו בעמדותיהם אך עקב התפתחות מדעית, מידע חדש וייצור תרופות, שונו דעותיהם של חלק מן המכחישים.
טיפול.
כאשר החלה התפשטות האיידס טיפלו בנשאי HIV באמצעות זידובודין . התרופה מונעת את שכפול הנגיף באמצעות עיכוב האנזים רוורס טרנסקריפטאז. בתחילת שנות ה-90 יצאו לשוק שתי תרופות נוספות: דידאנוזין ו-ddC . כיום הטיפול למחלת האיידס הוא שילוב של מספר תרופות שפוגעות בנגיף - "קוקטייל". למרות יתרונות הנגיף (קצב התפתחות מהיר למשל) קשה לו לפתח עמידות לשלוש תרופות בו זמנית. כדי להקשות על הווירוס עוד יותר כל 3 חודשים מחליפים את שילוב התרופות כך שגם אם הווירוס פיתח עמידות לחלק מהתרופות הקיימות החדשות יפגעו בו בצורה שונה.
האיידס נחשבת למחלה חשוכת מרפא. הטיפולים מעכבים את התפשטותה ומאריכים את חיי הנשא אך אינם מחסלים לחלוטין את הנגיף. הדרך המקובלת כיום למיגור המחלה היא למנוע אותה מלכתחילה בעזרת אמצעי מניעה וזהירות (קונדום בעת קיום יחסי מין, נקיטת אמצעי זהירות בעת טיפול באדם מדמם, המשך טיפול במהלך ההיריון והלידה של אישה נשאית).
מכחישי איידס מפורסמים בישראל ובעולם.
בין המתנגדים ניתן לראות כמה בולטים במיוחד, כשהמתנגד המפורסם ביותר הוא פטר דוסברג.
פטר דוסברג נולד ב-1936 במינסטר, גרמניה. פרופסור לביולוגיה של התא וביולוגיה מולקולרית, וחבר האקדמיה הלאומית למדעים בארצות הברית. דוסברג הוא מכחיש האיידס הבולט ביותר ופעל רבות על מנת להפריך את הקשר בין נגיף ה-HIV למחלת האיידס. לטענותיו אין שום הוכחה מדעית או אפידמיולוגית על הקשר בין HIV למחלת האיידס. הוא האמין כי נגיף ה-HIV אינו הגורם לאיידס אלא שימוש בסמים, מחלות (המופיליה) או השימוש בתרופה למניעה/טיפול האיידס עצמוAZT. דוסברג פרסם מאמרים בכתבי עת מדעיים חשובים כגון: Cancer Research, Lancet, Proceedings of the National Academy of Sciences, Science, Nature, Journal of AIDS, AIDS Forschung, Biomedicine and Pharmacotherapeuties, New England Journal of Medicine ו־Research in Immunology. ב-1987 ערער דוסברג על הקשר בין נגיף ה־HIV למחלת האיידס, הוא פרסם במגזין "Cancer Research" מאמר המתנגד לקשר זה. פרסומו חפף עם ההתחלה של מסע ההסברה של שירותי הבריאות ופיתוח התרופה AZT כטיפול לנגיף ה־HIV. דוסברג כתב 3 ספרים על הנושא: - אוסף של רב מאמריו, AIDS: Virus or Drug Induced?, Inventing the AIDS Virus.
הסופר בויד אד גרייבס - יזם את קבוצת המחקר המדעית לחקר האיידס. יחד עם דוקטור צ'ארלס תומאס, חבר לשעבר במחלקת הביולוגיה של מכון סקריפס, הוא חקר במשך 10 שנים את מקורות האיידס, וטוען למרמה והונאה אפלים וכבדים. כעדות, דוקטור גרייבס מציע את "החוליה החסרה", תרשים המידע ואוסף של מעל ל-20 אלף מסמכים מדעיים שלטענתו מוכיחים שהנגיף פותח, נבנה והופץ. לטענת גרייבס, חולה איידס בעצמו, הנגיף תוכנן בארצות הברית במטרה להשמיד חלק ניכר מאוכלוסיית העולם.
מנחם בן- מבקר ספרות, משורר ופובליציסט ישראלי. ב-16 ביוני 2000 התפרסמה במוסף "הארץ" כתבת שער ארוכה שלו, שעוררה תגובות ומחאות רבות, ועסקה בהכחשת כל מושג האיידס. בכתבה זו ציטט בן את טענתיו של פרופ' פיטר דוסברג וד"ר פאפאדופולוס מקבוצת פרת באוסטרליה כנגד נגיף ה־HIV בנוסף לתיאור נרחב של הקנוניה וההונאה שמתקיימים כנגד הציבור.
ד"ר לנקה - ביולוג גרמני שהתמחה בתחום הווירוסים וביולוגיה מולקולרית. משנת 1994 טוען ד"ר לנקה שהגילוי כביכול של נגיף ה-HIV לא עומד בקריטריונים המדעיים הנדרשים כדי להוכיח את קיומו של וירוס ושבעצם לא קיים וירוס כזה. לאחר שד"ר לנקה החל לפרסם את ממצאיו לגבי ה-HIV הוא פוטר מעבודתו האקדמית. טענותיו של ד"ר לנקה וחוקרים נוספים פורסמו במגזין Natural News פרסום זה כולל מכתב מאנשי רפואה ומחקר למגזין SCIENCE, בו הם מבקשים מהמגזין להתכחש לארבעת מאמריו המקוריים של רוברט גאלו (מגלה האיידס), אשר גרמו לציבור להאמין שמחלת האיידס נגרמת על ידי וירוס ה-HIV. כותבי המכתב צירפו מסמכים המוכיחים לטענתם שעבודתו של גאלו הייתה לא מספקת מבחינה מדעית, ושחלק מתוצאותיה זויפו. בין המסמכים היה גם מכתב של רוברט גאלו לחוקר אחר, בו הוא מודה שלא ניתן לבודד את וירוס ה-HIV מדגימה אנושית בלבד. ד"ר לנקה טוען שהסימפטומים המיוחסים לאיידס הם ביטוי למצב בו תאי הגוף לא מייצרים מספיק אנרגיה כתוצאה ממחסור בחמצן. מספר גורמים יכולים לגרום למחסור בחמצן בתאים כגון חומרים המכילים הרבה ניטריטים, מתכות כבדות, רעלים שונים אחרים, מחסור במרכיבי תזונה שונים, מחלות שונות ועוד.