לאחר שהאפיפיור בוניפקיוס הביע התנגדות להעלאת המיסוי על נכסי הכנסייה, המלך פיליפ החל בפעולות שמטרתן היו לנשל את האפיפיור מכיסאו. המאבקים בין בוניפיקיוס לבין פיליפ החלו כבר בסוף המאה ה-13 לאחר שמלומדים צרפתיים באוניברסיטת פריז החלו לפרש את כתבי הקודש וקבעו קביעה מהפכנית ולפיה סמכות המלך ניתנת לו ישירות מהאל ולכן הוא אינו כפוף לאפיפיורית. פיליפ החל להאשים את האפיפיור במעשי כפירה לא חוקיים ולא מוסריים, ובוניפקיוס מצידו פעל להוצאת צו נידוי נגד פיליפ. מלך צרפת סירב להיכנע למרות האפיפיור ואף שלח שכירי חרב לתקוף את בוניפקיוס ולהחזיקו במעצר עד למותו ב-1303. פיליפ לא היה מוכן לבטל את ההאשמות שהוא ייחס לבוניפקיוס ובמקום זאת השתמש בהם בתור קלף מיקוח נגד האפיפיור הבא, קלמנס החמישי.
רבים האמינו כי לאחר שמיצה את כל מקורות המימון שעמדו לרשותו, המלך פיליפ החליט לתקוף את הטמפלרים כדי להשיג את כל האוצר שלהם. קלמנס מצידו ניסה למנוע מפיליפ לתקוף את הטמפלרים באמצעות הצעה לאחד אותם עם המסדר ההוספיטלרי ביוני 1306 וגם באמצעות הצעות לביצוע של רפורמות בתוך המסדר עצמו. ניסיונות אלו נכשלו עקב חוסר מוכנותם של בכירי המסדר אשר היו כל כך בטוחים בכוחם, בעושרם ובהגנתה של הכנסייה, ולכן הרשו לעצמם להתעלם ולא לייחס חשיבות מיוחדת לשמועות שהופצו על תוכניותיו של פיליפ. אף על פי שהוא היה ידוע בתור אדם שאפתן וחסר רחמים נראה שמעשיו לא נבעו רק מתוך רצונו לכסות את הוצאותיו הרבות. המסדר הטמפלרי היה ארגון צבאי קטן אך נחוש ומאומן היטב אשר נהנה מחסינות דתית והיה נאמן לאפיפיור. חזרתו של המסדר לאירופה נתפסה מאיימת ומעוררת טינה, לא רק בגלל עושרו ועוצמתו אלא גם מכיוון שמדובר בצבא שנאמנותו היא איננה למונרך המקומי, אלא לאפיפיור, ולכן הוא מהווה איום כמעין גיס חמישי. כמו כן, לידי פיליפ הגיעו האשמות בדבר מעשי הכפירה של חברי המסדר האשמות אשר לא היו כה נדירות באותה התקופה. פיליפ עצמו היה ידוע בתור אדם בעל אמונה חזקה בחוק ובסדר האלוהי, ודוגמה לכך ניתן למצוא במסגרת הטיוטה לנאומו של Guillaume de Plaisans שהיה בן אצולה וחבר במועצה של המלך פיליפ. התעודה המתוארכת מיום 29 במאי 1308, מכילה בתוכה אזכורים רבים של אלמנטים דתיים. ניצחונו של פיליפ על הטמפלרים מוצג כזהה לניצחונו של ישו, והמלך מתואר כשליח האל. במסגרת הנאום הטמפלרים מואשמים בביצוע מעשי בגידה נגד הכנסייה והאמונה הקתולית, וכך באופן ישיר נגד ישו וחסידיו. אחד הקטעים בנאום מתייחס לאשמת הטמפלרים בכישלונות הצבאיים שהובילו לאובדן ארץ הקודש:
"...מפריים ניתן לעמוד על טיבם, שהרי נאמר כי ארץ הקודש אבדה בגלל מגרעותיהם, וכי תכופות חתמו על הסכמים חשאיים עם הסולטן, וכי בבתיהם לא העניקו הכנסת-אורחים גם לא נדבות ולא עשו כל מעשה אחר של אהבת–זולת (caritas); כל תשומת-לבם הופנתה להרבות-רכוש, להתדיינות במשפטים ולמחלוקות...". זהו החלק היחידי במסגרת המסמך שמייחס האשמה ספציפית כלשהי נגד הטמפלרים, כלומר בעוד שהטקסט מתמקד בלפאר את פיליפ שהצליח לחשוף את השחיתות והכפירה של הטמפלרים אין אזכור לאשמות אחרות המיוחסות למסדר. כלומר, אובדן ארץ הקודש לא נתפס ככישלון צבאי גרידא של הנזירים הלוחמים אלא כעונש מהשמיים על התנהגותם החוטאת והלא מוסרית, טיעון אשר נועד לפגוע בתדמיתם ובמעמדם של הטמפלרים בקרב האוכלוסייה המקומית, ואולי גם על מנת לייצור קרע בינם לבין הכס הקדוש. היעדר האשמות ספציפיות אחרות נגד המסדר מהווה אינדיקציה חזקה לכך שהמלך פיליפ ותומכיו האמינו כי הכישלונות הצבאיים של הטמפלרים פגעו בתדמיתו ובמעמדו של המסדר בקרב הציבור.
בכתביהם של בני התקופה כדוגמת ויליאם מצור והטמפלר מצור אנו יכולים לראות טענות מנוגדות בכל הנוגע לאשמת הטמפלרים בנפילת הממלכה הצלבנית. ויליאם מצור מתאר אותם כמסדר שהוקם על ידי אבירים אצילים יראי שמיים שביקשו לחיות בעוני, במתן צדקה ובצייתנות, אשר יורשיהם זנחו את הערכים הללו ובכך נהפכו לבעיה, מה שהוביל להפסדיהם הצבאיים. לעומתו המחבר הידוע בשם "הטמפלר מצור", טוען כי הוא מאמין שהאשמותיו של פיליפ נגד הטמפלרים היו כוזבות, וכי חברי המסדר היו נוצרים טובים המסורים לאל:
"...Almighty God, who knows and understands hidden things, knows that he and the others who were burned were innocest of those deeds of which they were accused, then they are martyrs before God... I must say, to all appearances, I knew them for good Christians and devout in their masses and in their lives..."
כלומר, ניתן להסיק שהמחבר נוטה לטעון כי הסיבה לערעור מעמדו של המסדר באירופה הייתה נעוצה בחמדנותו של פיליפ יותר מאשר באשמת הכישלונות הצבאיים בארץ הקודש.
ב-14 בספטמבר 1307 המלך פיליפ הוציא הוראה סודית למעצרם של הטמפלרים שהתבססה על שלושה גורמים עיקריים; הכחשת אלוהותו של ישו ויריקה על הצלב, הומוסקסואליות וסגידה לאלים אחרים. עד 12 באוגוסט 1308 רשימת ההאשמות גדלה עד שהיא הגיעה לסך של 127 סעיפים שחולקו להאשמות רוחניות ולהאשמות מדיניות, ללא התייחסות לנושא הכישלונות הצבאיים. דבר זה מחזק את הטענה כי בעוד שנעשה שימוש תעמולתי באובדן ארץ הקודש על מנת להחליש את הפופולריות של הטמפלרים בקרב הציבור האירופאי, וייתכן גם בעיני האפיפיור, זו לא הייתה הסיבה להתערערות במעמדו של המסדר.
פיליפ אילץ את האפיפיור הראשון של אביניון, קלמנס החמישי, לאשר את תוקפם של משפטי הטמפלרים, ובכוח סמכות זו עינה אותם באכזריות כדי לסחוט מהם עוד הודאות על חטא. תמיכתו של קלמנס במעשיו של פיליפ הצילה את המלך מבידוד אירופאי-נוצרי, ובאותו הזמן
מיתגה את האפיפיור כאדם חלש ולא החלטי הנכנע לתכתיבים מצד מלך דומיננטי. התפיסה הרווחת באותה התקופה היא שלקלמנס אין כוח אמיתי וכי פיליפ עושה בכנסייה ובאפיפיור כרצונו ובהתאם לצרכיו, מצד שני החלו לעלות טענות כי למעשה היה מדובר במהלך מתוכנן ומשותף של פיליפ ושל קלמנס לתפיסת רכושם של הטמפלרים.
הטמפלרים ובראשם ז'אק דה מולה נעצרו, עונו קשות והוצאו להורג: ב-13 באוקטובר 1307, שנודע מאז במסורת האירופאית והמערבית כיום שישי ה-13, פשטו חיילי מלך צרפת בו-זמנית על כל מעוזי המסדר, ואסרו את כל הטמפלרים שהיו על אדמת צרפת. רובם הוצאו להורג. פיליפ הצליח להשתלט על חלק מאוצרות הכסף שחמד אך רוב האוצרות "נעלמו" ולא נמצאו עד עצם היום הזה.
ההאשמות כנגד המסדר כללו שורה של אישומים כגון: סטייה דתית, עבודת אלילים, סטייה מינית, חילול הקודש, התכחשות לישו וביזוי דמותו, סילוף האמונה הקתולית, חשאיות יתר בטקסי הקבלה, ראוותנות ועיסוק לא מספיק בצדקה ובטיפול בנזקקים, צבירת נכסים בדרך לא חוקית. בהיבט של סטייה דתית הואשמו הטמפלרים כמי שסוגדים לאלת החכמה (סופיה) כדרכם של הגנוסטים, שפולחנם כולל סגידה לעצם יוצא דופן, גולגולתו של יוחנן המטביל. הם הואשמו בפולחן הבפומט. (יש הסבורים כי מדובר בצלמית אבן של השטן, ויש הטוענים כי מקור השם הוא תרגום שגוי של השם "מוחמד" ושהטמפלרים שילבו כמה מסורות דתיות לא נוצריות בטקסים שלהם. בתחילת שנות ה-80 הועלתה השערה על ידי החוקר יו שוונפילד כי המילה "בפומת" היא למעשה מילת צופן. לפי שיטת הצפנה עברית עתיקה, אתב"ש, מתקבלת המילה "שופיא" - "סופיה"(σοφία, המילה היוונית לחוכמה). כמו כן הואשמו שירקו והטילו את מימיהם על הצלב, שנשקו לצלב אחרי שנישקו איש את פי הטבעת של רעהו, ושקיימו אורגיות הומוסקסואליות. רוב הנחקרים הודו באשמה לאחר עינויים קשים מנשוא.
בשנת 1309 נערכה התגוננות טמפלרית וחזרה על ההודאות, ובמאי 1310 – הוצאה להורג פומבית, העלאה על המוקד של 54 טמפלרים בפריס. בשנת 1312 בוטל המסדר ובוטלה התמיכה האפיפיורית בו (רכוש המסדר הועבר לידי ההוספיטלרים) בשנת 1314 ז'אק דה מולה, ראש המסדר, הועלה על המוקד.
תעמולתו של המלך פיליפ העניקה לגיטימציה לביטולו ופירוקו של המסדר בצרפת ובהמשך גם באנגליה, בסקוטלנד, באראגון, בקסטיליה, בפורטוגל, בגרמניה ובממלכת נאפולי. חשוב לציין כי הממלכות המוזכרות כאן וכן מלכים אחרים סירבו לקבל את ההאשמות נגד המסדר והמשיכו לתמוך בו עד שקלמנס הורה לפירוקו במועצת וינה שנערכה בשנים 1311–1312. מלכי סקוטלנד ופורטוגל, שהוחרמו על ידי הכנסייה הקתולית, לא התייחסו לפקודות האפיפיור וסיפקו לאנשי המסדר מקלט בארצותיהם, והמסדר שינה את שמו ל"האבירים העניים של ישו".
בתחילת המאה ה-14 הטמפלרים גם נהנו מתמיכתו של הציבור האירופאי אשר ראו בתקיפת המסדר אירוע שערורייתי והאמינו כי הדבר ימיט קללה על ארצם. אין כל ספק כי אף על פי שהכישלונות הצבאיים בארץ הקודש הובילו להתמקדות מחודשת בשאלת הרלוונטיות של המסדרים הצבאיים, הם עדיין לא הובילו לערעור מעמדם של הטמפלרים. הגורמים שהובילו לערעור מעמדו ובסופו של דבר לפירוקו של המסדר באירופה היו השילוב בין נחישותו של המלך פיליפ, חולשתו של האפיפיור קלמנס והטעויות שבוצעו על ידי בכירי המסדר הטמפלרי, אשר סירבו לקבל את העובדה שהם ניצבים בפני איום ממשי והיו משוכנעים כי כוחם, עושרם ועוצמתם ביחד עם הגנתה של הכנסייה מספיקה להם כדי להתמודד נגד המתקפה של פיליפ. מדובר היה בתהליך שבו היו מעורבים מספר גורמים שרק התזמון ושיתוף הפעולה ביניהם הצליח להביא לעצירתם, משפטם, הוצאתם להורג של חברי המסדר ובסופו של דבר גם לפירוק המסדר עצמו.