בנוסף לרפורמה בקווי השירות, התבצעה רפורמה משמעותית לא פחות והיא הרפורמה בתעריפי הנסיעה. רפורמה זו הקיפה גם את האזורים בהם לא היה שינוי בקווי השירות כגון ערי השרון הדרומי, פתח תקווה, בקעת אונו וראשון לציון. במסגרת הרפורמה נקבעו שלושה אזורי תעריף: אזור 1 שכולל את תל אביב ואת הערים הסובבות שגבולם פתח תקווה ובקעת אונו במזרח, ראשון לציון בדרום וכביש 5 בצפון; אזור 21 שכולל את ערי השרון הדרומי ואזור 22 הכולל את ראש העין והיישובים סביבה. בנסיעה בתוך האזור (וכן מפתח תקווה לאזור 22) נגבה תעריף אחיד (6.40 ש"ח, בעת הרפורמה) בעוד שבנסיעה בין האזורים נגבה מחיר גבוה יותר (10 ש"ח בעת הרפורמה). גם כרטיסי המנוי היומיים והחודשיים השתנו כך שיכללו יותר אזורים ויהיו תקפים למספר מפעילים. אפשר אף לרכוש כרטיס "חופשי חודשי" הכולל נסיעה ללא הגבלה במשך חודש קלנדרי בכל האזורים. שינוי משמעותי נוסף הוא בהכנסתו של כרטיס המאפשר מעבר בלתי מוגבל בין האוטובוסים למשך 90 דקות מזמן העלייה לאוטובוס. מטרתו המוצהרת של כרטיס מעבר הוא עידוד המעבר בין מספר קווים, וחיסכון בעלויות הנסיעה בדומה למה שקיים במקומות אחרים בעולם. מימוש הטבה זו אפשרי אך ורק באמצעות כרטיס רב-קו. החל מ-1 ביולי 2011 הוכנס כרטיס זה גם לחברת "אגד" והופעל כרטוס משותף בין החברות "אגד", "דן", "קווים" ו"מטרופולין". הסדר זה מכסה את מרבית הקווים העירוניים הקיימים באזור תל אביב רבתי, אך אינו מכסה את הקווים של סופרבוס (לכיוון רמלה ולוד) שחלקם מבצעים גם שירות עירוני באזור דרום תל אביב ואזור, וכן קווי חברת נתיב אקספרס (לכיוון נתניה) הנותנים שירות באזור הרצליה. בכוונת משרד התחבורה להכניס גם חברות אלה להסדר בעתיד.
פעימת התיקון של 5 באוגוסט 2011.
עוד בימים הראשונים של הרפורמה נראה שברפורמה קיימים חוסרים לא מעטים. כך, למשל, מסופים כגון מסוף המרינה בבת ים ומסוף עתידים בתל אביב לא היו ערוכים לקלוט את כמות האוטובוסים, והיה צורך להסיט חלק מהקווים למסופים אחרים. בנוסף נראה כי מספר קישורים חיוניים נותקו. לכן כבר במהלך חודש יולי נערכו מספר תיקונים כגון העברת מספר קווים ממסוף מרינה למסוף בית העלמין בבת ים או חניון "אגד" בחולון והארכת קו 69 לבית החולים שיבא, על מנת לפצות את תושבי גבעת שמואל על ביטול הקו המקשר בין העיר לבית החולים.
במהלך יולי נאספו במשרד התחבורה ו"נתיבי איילון" פניות רבות של תושבים. בהתאם לפניות אלה גובשה פעימת תיקון ראשונה שנכנסה לתוקף ב-5 באוגוסט 2011 ובה בוצעו שינויים בדרגות שונות ללמעלה מ-30 קווים.
עיקר השינויים נועדו לפצות על מקרים רבים של ניתוק גישה בין שכונות למוקדי תעסוקה ובילוי מרכזיים. כך למשל הוחזר הקישור בין חלק משכונות עבר הירקון וכן מחלקים בחולון לבית החולים איכילוב על ידי שינוי במסלול קו 89, שאף יצר קישור תדיר יותר ממה שעשו קווים 28 ו-97 בהתאמה. הוחזר הקישור בין חולון לרחוב דיזנגוף על ידי הסטת קווים 72 ל-172 מרחוב בן יהודה, הוחזר הקישור לאזור התעשייה בבת ים, הקישור מבת ים לתיכון שבח-מופת, הקישור מחולון למרכז הרפואי בת-ימון, הקישור בין מרכז בת ים לקריית החינוך שבדרום העיר ועוד. מספר קווים הוחזרו למסלולם בטרם הרפורמה (הבולטים שביניהם: קו 9, קו 43 וקו 4 של חולון) ובאחרים בוצעו שיפורי מסלול כדי לשפר את הנגישות. כמו כן הוגדלה התדירות במספר קווים שנצפו בהם עומסים כבדים אחרי הרפורמה.
ועדיין, לא כל השינויים התקבלו בברכה. כך למשל החזרת קו 9 למסלולו הקודם הייתה מהלך שנוי במחלוקת מכיוון ששוב נוצר ניתוק בין שכונות דרום מזרח תל אביב (ומהצד השני מהצפון הישן) לאזור קריית הממשלה והדבר נתקל בהתנגדות חלק מהתושבים שחשו עצמם נפגעים מהמהלך. שינוי נוסף שנתקל בהתנגדויות הוא העברת תחנת המוצא של קו 40 ממסוף עתידים לתחנת הרכבת תל אביב אוניברסיטה תוך שהוא מדלג על שכונות עבר הירקון בהן עבר טרם השינוי. השינוי, שהתבצע עקב מצוקת המקום במסוף עתידים גרר התנגדויות בעיקר מתושבי שכונת הדר יוסף.
גם לאחר פעימת התיקון התבצעו מספר שינויים משמעותיים. כך החל מה-1 בספטמבר הוחזר קו 42 לדרך בגין (במקום שד' רוטשילד) וקו 289 הועבר ממסוף עתידים לתחנת רכבת האוניברסיטה, תוך שהוא משמש כקו שמקיף את האוניברסיטה. גם מבחינת תדירויות ושעות פעילות חלו שינויים, כאשר בלט צמצום התדירות וקיצור שעות פעילות בקווים שלא זכו לפופולריות גבוהה כגון קו 11 וחלק מקווים שכונתיים מזינים. בשלב זה ביצע משרד התחבורה ספירות נוסעים ופגישות עם נציגי השכונות על מנת לבצע פעימת תיקונים נוספת שיצאה לפועל ב-16 במרץ 2012.
פעימת התיקון של 16 במרץ 2012.
ביום שישי, 16 במרץ 2012, התבצעה שורה של שינויים נוספים בקווי האוטובוס בגוש דן שמטרתם היה לטפל בליקויי נגישות שיצרה הפעימה השנייה. השינוי לווה בהצבת דיילים במקומות הרלוונטיים, חלוקת חוברות וכן עדכון מפות ואתר הרפורמה. בין השינויים המרכזיים ניתן לציין את ביטולו של קו 139 שנסע בין מרכז תל אביב לבית החולים שיבא. את מקומו ירש קו 104 שהוארך עד בית החולים ותדירותו הועלתה. שינוי משמעותי נוסף היה הארכתו של קו 22, שסבב את שכונות עבר הירקון וסיים במסוף רדינג אל לב תל אביב ומסוף כרמלית. בעיית הניתוק בין חולון לתחנה המרכזית החדשה נפתרה על ידי שינוי מסלול קו 89 כדי שיעבור ברחוב לוינסקי. גם הניתוק בין שכונות דרום מזרח תל אביב לאזור הקריה נפתר חלקית על ידי הסטת קו 239 לרחוב יגאל אלון ורחוב קפלן ברוב שעות היום. קו 61 הוחזר לרחוב דיזנגוף, וכן שופרה נגישות למספר שכונות על ידי הכנסת קווים נוספים לתוכן. כמו כן בוצעו שינויים מינוריים רבים בהתאם לדרישות התושבים. במסגרת השינוי תוגברו מספר קווים שספירת הנוסעים הראתה שסובלים מצפיפות יתר, וזאת על חשבון המשאבים שהתפנו מקו 139 שבוטל. פעימת תיקון זו סותרת את עקרונות הרפורמה על ידי הכנסת קווים מרכזיים לשכונות (דוגמה קו 26), החזרת אסימטריה (דוגמה קו 5), טלאי על טלאי (דוגמה קו 104), פיתול קווים (דוגמה קו 31) ועוד.
שינויים מתוכננים בעתיד.
הפעימה השנייה הייתה אמורה להוות חלק מתוכנית בת ארבעה שלבים לשינוי בתחבורה הציבורית בגוש דן. עם זאת, עקב הביקורת הרבה שהוטחה בתוכנית וקשיים בביצוע הפעימה השנייה, בוטלו פעימות נוספות שהיו עתידות לכלול את קווי פתח תקווה, בקעת אונו השרון וראשון לציון.
במסגרת עבודות ההקמה של הקו האדום של הרכבת הקלה בתל אביב נוסף ב-1 באוגוסט 2014 קו חדש שמספרו 1, שנוסע בתוואי הקו האדום ברכבת הקלה העתידית. שינויים נוספים נעשים לאורך השנים במספר פעימות החל משנת 2019. כלקח מהרפורמה השינויים הם במספר קווים מצומצם יותר ולא ברמה המערכתית, ותמיד יהיו מלווים בתוספות שירות, למערכת כדי שלא יצטרכו בשבילו לצמצם שירות כפי שקרה ברפורמה של 2011. חלקם תיקן ניתוק קשרים שהרפורמה יצרה. בחלק מהמקרים הוחזרו קווים שהיו טרם הרפורמה תחת מספור אחר. כך למשל קו 54 מתחנה מרכזית בתל אביב לבני ברק, חזר בתור קו 53, בעוד שקו 54 ניתן למסלול שחלקו נעשה על ידי קו 53 לפני הרפורמה. או שקו 46 חזר לפעילות במסלול קצת שונה.
ביקורת.
הרעת הנגישות לשכונות ואי שיתוף ציבור בתכנון השינויים.
לפי מרכז המחקר והמידע של הכנסת הביקורת על תכנון המערכת ועל אופן פעולתה נשמעה בעיקר מצד תושבי שכונות בתל אביב-יפו ומארגונים אזרחיים שעוסקים בקידום התחבורה הציבורית. גורמים אלו ביקרו את מידת שיתוף הציבור בפרויקט, את חוסר ההתחשבות בבקשות של תושבי שכונות בתכנון הרפורמה ואת הכשלים שהתגלו במערכת האוטובוסים לאחר הפעלת הארגון מחדש. להלן עיקרי הטענות שהציג מרכז המידע שהעלו אותם גורמים נגד התוכנית:
מתן מידע לקוי אודות השינויים.
ביקורת חריפה נמתחה על ידי הגורמים השונים על אופן ההסברה של השינוי לציבור. בין הטענות שהועלו: לא ניתן הסבר מספק לציבור על מהות הרפורמה ויתרונותיה; החוברות שהוכנו לא כללו אפשרויות החלפה בין קווים ולא היו בהירות לקורא ההדיוט; הדיילים שנשכרו לצורך ההסברה היו לרוב צעירים שאינם בקיאים ברפורמה, ולפיכך לא ידעו לענות על השאלות; המידע באינטרנט חלקי; ונצפו אי דיוקים ומידע חלקי אודות הרפורמה בתחנות. ביקורת נמתחה גם על הקמפיין באמצעי התקשורת המסביר את הרפורמה. אפילו המתכננת הראשית של הרפורמה, רותי אמיר, הודתה ש"הקמפיין היה הזוי".
לליקויים במתן המידע לציבור היו השלכות מרחיקות לכת על הערכת הרפורמה בקרב הציבור. לרפורמה נוצרה תדמית שלילית בקרב הציבור, על אף העובדה שבחלק מהמקרים היא שיפרה משמעותית את הנגישות והשירות לאזורים השונים. נראה שהציבור העדיף להמשיך ולנסוע בקו אחד, גם אם מדובר בקו מפותל, ולא להסתמך על המעברים גם אם הדבר עשוי לחסוך לו זמן.
בעקבות הבעיות בהסברת הרפורמה, ניסו גורמים לא-ממשלתיים למתן את הבלבול שנוצר בימים הראשונים לרפורמה. הבולט שבהם היה מיזם מתנדבים "תחבורה בדרך שלנו" (לימים עמותת "ארגון נוסעי התחבורה הציבורית בישראל"). בבלוג הארגון פורסמו בשבועות לפני הארגון מחדש פרטים אודות השינויים הצפויים, בליווי הכוונה תחבורתית. בימים שלפני הארגון מחדש העלו מתנדבי האתר דפי מידע המותאמים לאזור לאתר האינטרנט של המיזם, וכן חילקו עותקים מודפסים של דפי המידע במוקדים מרכזיים בגוש דן. בנוסף לשפה העברית, תורגמו חלק מדפי המידע לרוסית, אנגלית, ספרדית, ואף תורגם דף המידע על התחבורה בבני ברק ליידיש. אך כאמור לא היה בפעולות אלה די על מנת להפחית את הבלבול של הציבור, ולהקנות לרפורמה תדמית חיובית יותר.