מועצת החיילים הגרמנית החדשה, שקיבלה כוחות נוספים מוילנה וגרודנו, הפרה את החוזה עם תושבי ביאליסטוק. לאחר פירוק המיליציה המקומית, הכוחות הגרמניים עלו שוב לשלטון בביאליסטוק, וכבשו את הערים שמסביב. במצב זה, יחידה של הצבא הפולני, שהובאה לעיר ב-14 בנובמבר 1918, כפי שהבטיח אל"ם מינקביץ', נסוגה מייד ללאפי, שם כבר הוקמה החטיבה הליטאית-בלארוסית. בנסיבות הללו העיר, שבה לשליטה גרמנית לאחר פחות משלושה ימי חופש. בנוסף, ב-16 בנובמבר 1918, הם השיבו את מצודת אוסובייץ ושליטה מלאה על קו הרכבת לפרוסיה המזרחית. המצב נוצר כתוצאה מקבלת החלטות שגוי בקרב אלה שתיאמו וניהלו באופן ישיר את פעולת השחרור באזור ביאליסטוק. הטעות הגדולה ביותר הייתה להתעלם מדרישותיו של ראש המטה בפיקוד אובר-אוסט, הגנרל מקס הופמן. הגנרל דרש, לאחר שהפולנים כבשו את ביאליסטוק וגרייבו, לספק לגרמנים את קווי הרכבת הבאים: גרודנו-ורשה-סקאכטייצה וברסט-ורשה-צ'נסטוכובה. שיקול הדעת חזר כאשר הצד הפולני עמד בפני העובדות. לאחר משא ומתן לפשרה ב-18 בנובמבר 1918, שני הצדדים סיכמו בסוקולוב הסכם על קו תיחום ועל עקרונות ההתנהגות ההדדית. הפיקוד העליון האציל את קולונל ג'יי אנושז'יטיס לביאליסטוק, כי ינהל שיחות עם פיקוד חיל המצב ביאליסטוק על תפיסת שלל המלחמה ופיקוח על עזיבת כוחות גרמנים. עם זאת, יאנושז'טיס הגיע רק ללאפי. באותו זמן, הנהגת השבויים שלחה את מה שמכונה "משלחת" ביאליסטוק ללומז'ה ב-19 בנובמבר 1918 ששכנה בסמיכות לקו התיחום שעבר בנרב. פעילויות נוספות של המשלחת נמנעו על ידי יחידות גרמניות חזקות שפעלו מביאליסטוק. לאחר חתימת הסכם קובנה, משימתו של K. Wyszyński הופסקה. רק בדצמבר 1918 יכלה ממשלת פולין להאציל את איגנצי מרוזובסקי לביאליסטוק כנציבה. הוא הקים את משרדו בעיר, ושמר על קשר קבוע עם ורשה. בהתייעצות עם פעילי הוועדה האזרחית המרכזית, הוא המשיך לתפוס בהדרגה את השלטון מידי הגרמנים. חזרתו של ביאליסטוק לפולין התעכבה עקב הטעויות והמחדלים של הצד הפולני, במיוחד של הרשויות המרכזיות, ובמידה פחותה של הקהילה המקומית, בכל הנוגע לנושא הסדרת כללים לפינוי כוחות גרמנים מהמזרח. שלטון מועצת החיילים הראשונה, אך גם השנייה, עמד בניגוד מוחלט לשלטון הכיבוש הקדם-מהפכני והתאפיין ב"שתייה מוגזמת, שוד, ביזה וקטטות עקובות מדם, במיוחד בעיירות פרברים. חיילים ממורמרים שדדו והשמידו את מה שהם יכולים. קבוצות חיילים מרדים הסתובבו בעיר, יורים בערבים להנאתם לאורך הרחובות ונוהמים ללא מידה". בתחילת ינואר 1919, פעילים קומוניסטים אף ניסו לקיים בחירות למועצות העובדים בביאליסטוק, אך יוזמת זו לא נתמכה על ידי מועצת החיילים הגרמנית. חיילים פיזרו ישיבות בחירות, ואפילו ב-3 בינואר 1919 הם עצרו כ-30 אנשים באחת מישיבות כאלה במועדון הקומוניסטי בביאליסטוק. כוח הנגד העיקרי לתסיסה הקומוניסטית היה פעילות של חוגים בעד עצמאות.
בשל הצורך של צבא פולין לתמוך בפעולת השחרור בשטחים הליטאיים-בלארוסיים, כולל פעולות ההגנה העצמית של וילנה, הופיעה סוגיית השגת אישור מהגרמנים למעבר כוחות פולנים דרך ביאליסטוק. מכשול בקבלת הסכמה כזו היה הפסקת המגעים הדיפלומטיים הגרמניים-פולניים באמצע דצמבר 1918. לנוכח הצורך הדחוף לתמוך בהגנה העצמית של וילנה, היה צורך לחדש את השיחות עם אובר-אוסט. משימה זו הופקדה בידי הקפטן אולגירד גורקה. ב־23 בדצמבר 1918 בקובנה הוא הגיש לגנרל מ' הופמן טיוטה מפורטת של ההסכם הפולני-גרמני על מעבר הכוחות הפולניים לאורך הדרך לאפי-ביאליסטוק-גרודנו-לנדורובו-וילנה. ראש מטה פיקוד אובר-אוסט התייחס לתוכנית באופן חיובי, עמדה דומה ננקטה על ידי המועצה המרכזית של צירי החזית המזרחית בקובנה. השיחות הרשמיות הפולניות-גרמניות התחדשו בתחילת ינואר 1919 בגרודנו. עם זאת, לאור הקשיים שנקרו במהלך המשא ומתן על גרודנו, הפגישה הפולנית-גרמנית הבאה התקיימה רק לאחר 10 ימים, כלומר ב-19 בינואר 1919, אך כבר בביאליסטוק. בשיחות, הצד הגרמני יוצג על ידי פיקוד חיל המילואים השלישי שהוצב בביאליסטוק, ואילו נציג הצד הפולני היה צוות המחוז הצבאי של ביאליסטוק, השוהה זמנית בלאפי. לבסוף, ב-5 בפברואר 1919 בביאליסטוק, נחתם הסכם צבאי-פוליטי פולני-גרמני עם שני פרוטוקולים נוספים, שנקרא בהיסטוריוגרפיה הסכם ביאליסטוק. ההסכם הסדיר את התנאים לנסיגת הכוחות הגרמניים מאוקראינה ומאדמות ליטא, וכן קבע קו תחום זמני גרמני-פולני. הוא השאיר את גרייבו ואוסובייץ בצד הפולני, רץ דרומה יותר לנרב, אחר כך לאורך הנהר עד לסביבתה של סוראז', ואז לבראנסק, משם הוא רץ במעלה נהרות נוז'ץ וליסנה עד מיילניק על הבוג, ואז לאורך הנהר לנפלה, ואז דרך מלאשוויצ'ה ווילקי בחזרה לבוג. יתר על כן, ההסכם קבע כי השתלטותם של כוחות פולנים על אזורים שננטשו על ידי הגרמנים צריכה להתרחש מדרום לצפון. יש לתאם את התהליך על ידי קציני קישור פולניים בהתייעצות עם הגרמנים. שני קצינים כאלה היו אמורים לפעול בביאליסטוק, גרודנו, ברסט, ווולקוביסק. סעיף 5 להסכם הסדיר מעבר של הובלות צבאיות פולניות דרך ביאליסטוק ובהמשך דרך גרודנו וולקוביסק יומיים לאחר חתימת ההסכם. בצד הפולני נחתם החוזה על ידי ד"ר לודוויק קולנקובסקי וסרן גאסיורובסקי.
היחידות הראשונות של לאפי היו אמורות לצאת לדרך ב-7 בפברואר 1919, ולמחרת הכוחות העיקריים שהוצבו במחוז לומז'ה-זמברוב. בינתיים, הצד הפולני קיבל עדכון מביאליסטוק כי מועצת החיילים של חיל המילואים השלישי שהתכנס שם לא מסכימה למעבר הכוחות הפולניים דרך העיר וכי היא תתנגד לניסיונות מזוינים לכפות מעבר זה. בהקשר זה, הגיש הגנרל ואצלב איוושקייביץ' הצעה ליישום התוכנית לכיבוש ביאליסטוק ללא קשר לעמדת הגרמנים. עם זאת, הפיקוד העליון דחה הצעה זו והחליט, באמצעות המשא ומתן, לאלץ את הגרמנים ליישם את הוראות הסכם ביאליסטוק. כתוצאה מפעולות אלה, ב-10 בפברואר 1919, מעבר שיירות צבאיות פולניות דרך ביאליסטוק כמעט וחדלו. במקביל למשא ומתן שתואר לעיל, שהשפעתו הייתה הסכם ביאליסטוק, התנהל משא ומתן נמרץ עם מועצת החיילים למסירה סופית ולהשאיר את ביאליסטוק בידי חיל המצב הגרמני. יו"ר מועצת החיילים, ג'וזפי פלוני, היה נגד הסכם כזה. הוא האמין כי חיילי גרמניה צריכים להישאר במזרח. למרות התנגדות זו נקבע סוף סוף מועד פינוי הגרמנים בשעה 02:00 לפנות בוקר ב-19 בפברואר 1919. לאחר הסדרים אלה, הפינוי הואץ. הפיקוד של חיל המילואים השלישי ניסה להבטיח שכל ספק אפשרי יוסר, על אחת כמה וכמה שנראה כי כניסת כוחות פולנים לעיר הוא דבר שצפוי היה לקרות בימים הבאים. ב־17 בפברואר 1919 הגיעו נציגי רשויות הצבא הפולניות לביאליסטוק יחד עם מפקד העיר החדש, פולקובניק סטניסלב דז'יווולסקי (פולנית: Stanisław Dziewulski), שהתקבל בברכה על ידי הנציב הפולני מרוזובסקי. למחרת, 18 בפברואר 1919, הקים נציב הממשלה איגנצי מרוזובסקי ששהה בעיר, את מועצת העיר הזמנית בראשות יוזף פוחלסקי כנשיא העיר. פיקוד ארמיית המילואים השלישית עזב את העיר באותו היום, והחיילים האחרונים פונו ב-19 בפברואר 1919 בשעה 17:00. באותו יום בבוקר, כשהגרמנים עוד עמדו בתחנת הרכבת, נכנסו לביאליסטוק כוחות הצבא הפולני. יום זה מצוין כיום שחרור ביאליסטוק. עם זאת, כניסת יחידות של הצבא הפולני לעיר, כמו גם הקמת ממשל פולני זמני שם, לא הייתה פירושה בשום פנים ואופן התאגדות אוטומטית בגבולות הרפובליקה הפולנית שנולדה מחדש, כיוון שנושא הגבול המזרחי של המדינה, בהקשר לצבא האדום המתקדם, עדיין היה בספק. ב-12 במאי 1919 ניתן צו המפקד העליון על ארגון המינהל האזרחי בשטחי אזורי המזרח שביטל את פקודות הארגוניות הקודמות וקבע כי עד להסדרת מערכת השטחים המזרחיים ב"דרך הראויה", הניהול האזרחי עליהם ימשיך להיות מופעל על ידי הקומיסר הכללי בפיקוד העליון של הצבא הפולני. שטח פעולתו היה אמור להיות אזורים המהווים את אזור הלחימה, כמו גם אדמות הממוקמות ממזרח לגבולות פולין הקונגרסאית לשעבר, למעט - הפוביאטים המכוסים על ידי האמור לעיל. במסגרת החלת השלטון הפולני פורסם צו על פקודת הבחירות לסיים (פרלמנט). המשמעות הייתה שהנפות הבאות: ביאליסטוק, בילסקו וסוקולסקי שולבו רשמית בגבולות הרפובליקה של פולין ומאותו הרגע נשלטו ארגונית על ידי המשרד לענייני צבא , ולא על ידי הוועדה לניהול אזרחי בפיקוד העליון של כוחות הצבא הפולניים.
נציב אזרחי כללי מונה אז למועצה הצבאית בגבול המזרחי המזרחי, שהיה אמור להיות המוסד האזרחי הגבוה ביותר בשטחים הנדונים – שלטון וביצוע. בשטח הוטלו נציבים על צבאות בודדים כפקחי נציבות הפוביאט הכללית של נציב האזרחים היו אמורים לנהל את הפוביאט. מצ'יי יאמונט (פולנית: Maciej Jamontt) הפך לנציב המחוז על אזורי ביאליסטוק, וסמכותו התרחבה עד למחוזות: ביאליסטוק, ביילסק, סוקולקה, גרודנה וולקוביסק. אוגוסטה סיפרוביץ' מונה לנציבת פוביאט ביאליסטוק, סגנו היה בולסלאב שימנסקי , ונציב ממשלת ביאליסטוק, נפוליאון צידזי'ק (הוא אמור היה לשתף פעולה עם הוועדה העירונית הזמנית, וכן להתכונן ולהתנהל בבחירות העירוניות הראשונות).
המלחמה הסובייטית-פולנית.