בימי הבניים הוקמה ישות פוליטית במערב חבל הבלקן, עם הפלישה הסלאבית שהתחוללה מוקדם יותר. שבטים אלו הביאו עימם את המבנה הסוציאלי והשבטי, הם עברו לשיטה פיאודלית רק עם פלישת הפרנקים במאה ה-9. באותה תקופה העמים הדרום סלאבים קיבלו את הנצרות.
ממלכות סרביה וקרואטיה פיצלו את השליטה בבוסניה והרצוגבינה. מאוחר השליטה באזור עוברת לסירוגין מממלכת הונגריה לאימפריה הביזנטית והאזור נהפך לאזור סכסוך. במאה ה-12 האזור פוצל שוב ומאוחר יותר נעשה עצמאי תחת שלטון שליט מקומי הנושא בתואר באן (Бан). השליט הראשון באן קולין(Кулин бан), השיג שקט ושלום לשלושה עשורים ומסחר עם המדינות השכנות כמו ונציה, שלטונו היה שנוי במחלוקת בעיני הכנסייה הבוסנית.
היסטורית, בוסניה במאה ה-14 מתחילה בסכסוך בין שתי משפחות: שוביץ' (Шубић) וקוטרומניץ' (Котроманић). הסכסוך נגמר ב 1322 כאשר סטייפאן קוטרומאניץ' ה-2 (Стјепан II Котроманић) נהיה באן (שליט). עד למותו ב 1353 הוא הצליח להגדיל את שטחי הממלכה מצפון וממערב, כמו כן סיפוח זהומלייה (Захумље)וחלקים מדלמציה. אחינו טורטקו (Твртко) נהפך ליורשו תחת שלטונו בוסניה גדלה גם בכוחה וגם בשטחה, שלבסוף נהפכת לממלכה עצמאית ב 1377. לאחר מותו ב 1391, בוסניה החלה לרדת בכוחה. חלקים המזרחים הנרחבים של סרפסקה השתייכו לשושלת הנמאנייץ' (Немањић) הסרבית בתקופה. האימפריה העות'מאנית שהחלה בכיבוש אירופה היוותה איום גדול על אזור חבל הבלקן באמצע המאה ה-15. לבסוף לאחר עשור של אי יציבות בבוסניה נפלה מגדולתה ב 1463 ,הרצגובינה נפלה בשנת 1482, עם גיבוי של ממלכת הונגריה מוקמת מחדש "ממלכת בוסניה" עד לפירוקה בשנת 1527.
התקופה העות'מאנית.
בתקופה הארוכה הזאת חלה איסלמיזציה של חלקים הנרחבים של האוכלוסייה הסרבית והקרואטית. כדי לשמור של הנכסים והמעמד האישי, תושבי הפרובינציה (סנג'אק של בוסניה) חייבים להתאסלם. על האוכלוסייה הבוחרת להישאר בנצרות הוטלו מיסים אכזריים במיוחד, אשר כללו לקיחת ילדים לצורך הפיכתם ליניצ'ארים. במאה ה-16 מגיעים לאזור היהודים מגירוש ספרד.
שלטון אוסטרו-הונגריה.
1878-1918, התאפיינה בתיעוש, קידמה טכנולוגית והשכלה.
ממלכת הסרבים, הקרואטים והסלובנים (יוגוסלביה).
בעקבות מלחמת העולם הראשונה, שטחי סרפסקה שולבו בממלכת הסרבים, הקרואטים והסלובנים (שבקרוב תיקרא יוגוסלביה). החיים במקום הושפעו משני גורמים עיקריים: המצב הסוציו-אקונומי והמצב הפוליטי שהממשלות והקואליציות ביוגוסלביה התחלפו בצורה תכופה יותר, המאבקים הפוליטיים העיקרים היו בין הקרואטים שרצו פיזור ממשלות וסמכויות לאזורים השונים לבין הריכוזיות של הסרבים. במהלך תקופה זו חולקה בוסניה והרצגובינה ל-33 מחוזות שנקראים אובלאסטי (Области) על פי אזורים גאוגרפיים. חלוקה זו החליפה את החלוקה הישנה של ששת המחוזות.
ייסוד ממלכת יוגוסלביה ב-1929, חילק מחדש את שטחי סרפסקה למספר אזורים על פי מוצא אתני והיסטורי. המתיחות הסרבית קרואטית על מבנה יוגוסלביה הוסיפה להתקיים. הסכם צווטקוויץ'-מאצ'ק (Цветковић-Мачек) שהוליד את אוטונומיה (Бановина) לקרואטיה ב-1939 מיקם את האזור בין סרביה לבין קרואטיה. יוגוסלביה נכבשה לבסוף על ידי צבא גרמניה ב- אפריל, 1941.
מלחמת העולם השנייה.
כאשר ממלכת יוגוסלביה נכבשה על ידי הכוחות הגרמנים במלחמת העולם השנייה, שטחה של סרפסקה כולה הועבר לשלטון המדינה העצמאית של קרואטיה (NDH) שהייתה למעשה מדינת חסות של גרמניה הנאצית (כמו צרפת של וישי). השלטון הנאצי הקרואטי - אוסטאשה (Ustaše) הוביל רדיפות ורציחות, ומאוחר יותר השמדה כללית של האוכלוסייה הסרבית, היהודית ואנשי רומה (צוענים). ידוע מכולם מחנה השמדה הקרואטי יאסנובאץ (Jasenovac). קהילות היהודיות שלמות נמחקו: פריידור, דרוונטה, שאמאץ (בוסנסקי שמאץ), זבורניק, ולאסניצה, רוגאטיצה ווישגרד. חלק פעיל בפשעים אלה לקח גם המופתי הירושלמי אל-חוסייני אשר גייס לטובת המאמץ המלחמתי הגרמני את חלקים מהמוסלמים הבוסנים. בעקבות איום ההשמדתה והכיבוש סרבים רבים הצטרפו לפרטיזנים של יוסיפ ברוז טיטו ולצ'טניקים (Четници) אשר נלחמו מלחמת גרילה נגד כוחות הכיבוש. במלחמה הזאת נהרגו כ-1.706.000 אזרחי ממלכת יוגוסלביה, מתוכם מאות אלפים משטחה של סרפסקה דהיום. התמונה הדמוגרפית השתנתה רבות באזורים שלמים.
המועצה האנטי פשיסטית לשחרור יוגוסלביה החליטה בוועידה בעיר יאיצה (Jajce) ליסד מחדש את בוסניה והרצגובינה כרפובליקה בתוך יוגוסלביה בגבולות שנקבעו על ידי העות'ומנים במאה ה-19 (באופן רשמי בוסניה והרצגובינה הוקמה רק ב-1946 לאחר כתיבת החוקה, הפכה את בוסניה והרצגובינה באופן רשמי לאחת משש הרפובליקות שהרכיבו את המדינה החדשה).
יוגוסלביה הסוציאליסטית.
בסוף מלחמת העולם השנייה הוקמה קודם FNRJ ואז הרפובליקה הפדרלית הסוציאליסטית של יוגוסלביה (SFRJ) שאיגדה בפדרציה את המדינות מקדוניה, מונטנגרו, סרביה, בוסניה והרצגובינה, קרואטיה וסלובניה. זאת תקופה שהתאפיינה בקידמה לכל ובסובלנות בין העמים של הרפובליקה הסוציאליסטית של בוסניה והרצגובינה.
רפובליקה סרפסקה ומלחמת האזרחים בבוסניה.
במהלך המשבר הפוליטי אשר הוביל לעצמאותן של קרואטיה וסלובניה מן הרפובליקה הפדרלית הסוציאליסטית של יוגוסלביה ב-25 ביוני 1991 הוקמה אספת נבחרים סרבית ב-24 באוקטובר 1991 כגוף המייצג של העם הסרבי החי בבוסניה והרצגובינה. רב הסרבים התנגדו לכך שבוסניה צריכה גם לדרוש עצמאות לעצמה. בשלב זה מנו הסרבים 31.4 אחוז, הקרואטים 17.3 והבוסנים 43.7 אחוז.
המפלגה החזקה בקרב הסרבים מבוסניה והרצגובינה, המפלגה הדמוקרטית הסרבית (СДС) בראשותו של רדובאן קאראג'יץ' (Радован Караџић) יסדה את "הפרוביניציה האוטונומית הסרבית" (САО) ובה אספת הנבחרים. בנובמבר 1991 ערכו הסרבים משאל עם שבו הוחלט כי הם נשארים עם סרביה ומונטנגרו. ב-9 בינואר 1992 ייסד בית הנבחרים הסרבי בבוסניה את "הרפובליקה העממית של הסרבים" בבוסניה והרצגובינה. ב-28 בפברואר אותה השנה אומצה החוקה הסרבית. הוחלט בה כי יכללו בשטחי הפרובינציה הסרבית את כל הרשויות המקומיות, הטריטוריות, וישויות אתניות שנכללו בבוסניה והרצגובינה והוכרז כי זה יהיה חלק מן הפדרציה היוגוסלבית.
הממשלה הבוסנית טענה שההחלטות הסרביות לא היו חוקיות. אך בין התאריכים 29 בפברואר עד 2 במרץ ערכה בוסניה משאל עם עצמאי שבו הוחלט על הפרדות מיוגוסלביה. כמובן שהתוצאות היו בעד הפרדות ונתינת עצמאות מלאה לבוסניה. כמובן שאת המשאל הזה החרימו הסרבים שבמדינה. 64 אחוז הכריעו נגד אבל 67 הכריעו בעד ו-98 בעד עצמאות. לא היה ברור מה רצו 2 השליש אשר הצביעו. טענת הסרבים הייתה כי לא התייחסו כלל לדעת הנציגים הסרבים בפרלמנט הבוסני.
המדינה החדשה כבר הוכרזה במרץ 1992 בעוד שאלימויות אתניות התפרצו ברחבי המדינה. הפרישה מבוסניה של הסרבים הוכרעה על ידי הצבא הלאומי היוגוסלבי ועל ידי הכוחות הצבאיים למחצה. ב-6 באפריל 1992 הכירה הקהילייה האירופית בעצמאותה של בוסניה. הסרבים בבוסניה הכריזו על היפרדותם ב-7 באפריל 1992, השיוך לבוסניה הרצגובינה הוסר מהשם והם נקראו רפובליקה סרפסקה.
במשך 3 השנים, רפובליקה סרפסקה הייתה אחד הצדדים במלחמת האזרחים בבוסניה. הצד השני מולא על ידי בוסניאקים המוסלמים ועל ידי הקרואטים אשר שתפו פעולה. בתחילת המלחמה סרפסקה הייתה בצד החזק בגלל הכוח הצבאי לעומת החולשה של 2 הצדדים האחרים. הצבא שלה, הצבא של רפובליקה סרפסקה (ВРС) הורכב מסרבים בוסנים אשר השתייכו אל הצבא העממי היוגוסלבי (JNA) והיה גדול מבחינת חימוש ומצויד בתחמושת היוגוסלבית. בנוסף לכך הוסיפה יוגוסלביה (SRJ) סיוע הומניטרי, לוגיסטי וכלכלי לרפובליקה סרפסקה ולצבאה, במטרה למנוע פירוק חלק מבוסניה והרצגובינה מיוגוסלביה.
אנשים מדרגים שונים מהצבא של רפובליקה סרפסקה וכמה ממנהיגיה הואשמו בפשעים חמורים על ידי בית הדין לפשעי מלחמה בהאג בשל פשעי מלחמה ופשעים נגד האנושות, הטבח בסרברניצה (Сребреница), הטיהור האתני של עמים לא סרביים, רצח, הרג ואונס במחנות הפליטים וכן הריסת תרבות של הבוסניאקים בסרייבו ובשאר חלקי בוסניה והרצגובינה.
ב-1994 הכריז האו"ם כי יותר ממיליון וחצי ממוצא לא סרבי הוצאו או גורשו בפיקוח הצבא. וב-1996 הוצא דו"ח שהראה כי אוכלוסיית בוסניה מונה 96 אחוז ממוצא סרבי. אולם ביצועי אלה עוררו מחאה וזעם ברחבי העולם ובעקבות זאת נוסד בית הדין לפשעי מלחמה בהאג ב-1993 ובסופו של דבר הוציא אישומים ופסקי דין נגד הצבא הסרבי ונגד מנהיגים שהואשמו לגרימת המלחמה. חשוב לציין כי הפשעים נגד האנושות בוצעו על ידי כל הצדדים המעורבים במלחמה, על כך גם מעידים פסקי דין מהאג, דטגמאת נאסר אוריץ' (Naser Orić).
ב-1995 צבא רפובליקה סרפסקה נאלץ להילחם תוך כדי נסיגה בשל גיחות אוויריות של נאט"ו. זה הוביל להפסקת אש ולהסכם דייטון. במהלך יצירת ההסכם, על המנהיגים של סרפסקה הופעלו לחצים כבדים ביותר של נשיאה של הרפובליקה הפדרלית של יוגוסלביה סלובודן מילושביץ' (Слободан Милошевић). עם החתימה הוכרזה רפובליקה סרפסקה כאחת הישויות הפוליטיות אשר ירכיבו את בוסניה והרצגובינה. 49 אחוז יחזיקו הסרבים לעומת 51 אחוז אשר יהיה בידי הקרואטים והבוסניאקים. סופית ההסכם אושרר ב-26 בספטמבר 1995.
אחרי המלחמה.