פיליפוס רצה לסיים במהירות את המלחמה בטרם יספיקו הרומאים להתערב. הוא החליט לנסות להכריע את המערכה ביבשה, שם היה לו יתרון בולט. עם זאת, הצי החזק של אויביו סגר עליו, ובצבאו שרר מחסור באספקה. פרגמון ורודוס שיגרו משלחת משותפת אל רומא, ולחברי המשלחת הובטח שהמצב ביוון ייבחן בכל הרצינות. בשנת 200 לפנה"ס נבחר לתפקיד הקונסול פובליוס סולפיקיוס גלבה מקסימוס, בעצמו מוותיקי המלחמה הרומית-מוקדונית הראשונה, ומהתומכים הראשיים במלחמה חדשה נגד מוקדון בסנאט הרומי. סולפיקיוס קיבל את מוקדון כ"משימה", וביוזמתו אורגנה משלחת שכללה בין היתר את גאיוס קלאודיוס נרו ופובליוס סמפרוניוס טודיטאנוס, ומטרתה הרשמית הייתה בדיקה לעומק של מצב העניינים בבלקן. בפועל המשלחת נועדה להבטיח שברגע האמת לא תתארגן קואליציה אנטי-רומית שתילחם לימין פיליפוס. המשלחת ביקרה בערי בירה של מספר ממלכות באזור, ובסופו של דבר הגיעה אל אתונה.
אתונה איבדה את עצמאותה לטובת מוקדון בשנת 338 לפנה"ס, והיחסים בינה לבין מוקדון היו רגישים. הרגשות האנטי-מוקדוניים באתונה החריפו בעקבות המלחמות הממושכות של פיליפוס, שפגעו קשות בכלכלה של אתונה. במהלך סתיו 201 לפנה"ס, נערכו באתונה חגיגות לכבוד האלה דמטר. חגיגות אלו, שכונו "מיסתירה" (פולחן סוד), היו מיועדות לנשים בלבד, וגברים שהשתתפו בהן הוצאו להורג. במהלך החגיגות, נתפסו שני צעירים מאקרנאניה, שהגיעו למקום בשגגה. כוהני הדת באתונה הוציאו את השניים להורג, והשלטונות החילוניים לא עשו דבר כדי למנוע זאת. בתגובה, ביצעו האקרנאנים פשיטת נקם על אדמת אטיקה, ולקחו בה חלק גם חיילים ששלח פיליפוס. בנוסף על כך, פיליפוס הפקיע ארבע ספינות מהצי האתונאי. הרודים והפרגמונים ניצלו את ההתגרות הברורה הזו של פיליפוס באתונה, החזירו את הספינות לאתונאים, והתקבלו בעיר כאורחי כבוד. מלך פרגמון נשא נאום באוזני בני אתונה, ודחק בהם להצטרף גם כן למאמץ המלחמתי נגד מוקדון. האתונאים לא ששו להסתבך במלחמה, אולם בסופו של דבר נכנעו ללחץ והכריזו מלחמה. הכרזת המלחמה של אתונה על מוקדון, הפכה למעשה את המלחמה ממלחמה פוליטית-כלכלית של רודוס ופרגמון נגד מוקדון, ל"מלחמת צדק" של העם היווני נגד מוקדון הכובשת והמדכאת.
אתונה נהנתה ממערכת בריתות שרשמית היו אמורות להגן עליה, אולם בפועל העזרה שרצו ויכלו להגיש לה הייתה מעטה מאוד. בהתחשב בכך, הפריש פיליפוס כוח קטן שכלל 2,000 רגליים ו-200 פרשים כדי לפשוט על אדמת אטיקה, בעוד הוא, עם שאר הכוח, נע אל תראקיה כדי להשלים את רצף שלטונו שם. האתונאים התגלו עד מהרה כחסרי אונים, ומערכת הביצורים שלהם התגלתה כחלשה ומסורבלת. באחת הפעמים הצליחו המוקדונים לחדור עד המבואות הצפוניים של העיר ולשוב באין מפריע. חברי המשלחת הרומאית שבעיר, שבחנו את המצב לעומק, החליטו שהגיע הזמן להתעורר לפעולה, ושיגרו אולטימטום לפיליפוס:
בינתיים, הרחיב פיליפוס את תחומי שלטונו בתראקיה על חשבון תלמי. באבידוס הוא נפגש עם נציג של המשלחת הרומית (שעזבה את אתונה וכעת שהתה ברודוס). הנציג הוסיף עוד שני סעיפים לאולטימטום הקודם: הסתלקות מתחומי השלטון של תלמי והענקת פיצויים הולמים לרודוס. פיליפוס ניסה להתווכח, אולם במהרה גילה שהרומאים ובעלי בריתם מחפשים מלחמה ותביעותיהם הן אמתלות בלבד. בהמשך הגיעה משלחת רשמית מאתונה אל רומא בבקשת עזרה. כעת נעלמו הספקות האחרונים, והרומאים יכלו להתפרץ אל יוון פעם נוספת, כשהם מעמידים פנים של משחררים.
המלחמה המוקדונית השנייה.
בראשית הסתיו הפליג המצביא הרומאי סולפיקיוס עם 20,000 אנשים מברונדיסיום, ונחת צפונה לאפולוניה. סולפיקיוס תכנן להמתין עד שיפתח בפעולות איבה, אולם בינתיים הגיעה אליו משלחת מאתונה שביקשה עזרה דחופה. סולפיקיוס שלח עשר ספינות ו-1,000 חיילים לעזרת האתונאים. פיליפוס, ששמע על התקדמותו, החל לגייס במהירות בעלי ברית, וכמוהו נהג סולפיקיוס. באביב של שנת 199 לפנה"ס פתח סולפיקיוס במסע מזרחה והגיע עד לינקסטיס, הסמוכה למוקדון. פיליפוס החליט להימנע מקרב מכריע עם הרומאים, והניח שהמחסור באספקה יאלץ אותם לסגת חזרה ליוון בסופו של דבר. ואכן, לקראת סוף הקיץ החליט סולפיקיוס לסיים את הפשיטה, אולם רצה לסגת מדרך אחרת ולא מאותה דרך שבה הגיע. פיליפוס מיהר לחסום את המעברים, אולם לאחר קרב אאורדאיה, שבו הוכיח את עליונותו הטסטודו הרומאי, פרצו הרומאים החוצה. פיליפוס עצמו נמלט משדה הקרב רק בקושי, על גבי סוס ש"שאל" מאחד מחייליו. עם סיום השנה הוחלף סולפיקיוס בידי הקונסול החדש פובליוס ויליוס טפולוס.
פיליפוס החליט שממלכתו גדולה מדי ולא יציבה, וכי הוא אינו מסוגל להגן על כולה מפני הרומאים. הוא צמצם את מאחזיו בתראקיה ובפלופונסוס, ואת ליסימכיה נטש כליל. את החורף הוא ניצל כדי לאמן ולהכין את צבאו. באביב 198 לפנה"ס פלש ויליוס למוקדון דרך מעלה הנהר אאוס. פיליפוס הספיק לחסום את הדרך, והצליח לעכב את הפלישה לאורך כל השנה. עם תחילת שנת 197 לפנה"ס, הוחלף ויליוס במצביא חדש בשם טיטוס קווינקטיוס פלמינינוס, שהביא עמו לזירה עוד 9,000 חיילים. כעת היה הכוח הרומאי גדול במידה ניכרת מהכוח המוקדוני. פלמינינוס הצליח לאגף את הכוח המוקדוני בקרב הנהר אאוס, ובכך הדרך למוקדון הייתה פתוחה לפניו. עם זאת, פלמינינוס לא ניצל את ניצחונו לצורך פלישה למוקדון, ואת יתרת השנה העביר בניסיון להרחיב את הקואליציה האנטי-מוקדונית.
לקראת סיום השנה פנה פיליפוס אל פלמינינוס בבקשה להסכם שלום. פלמינינוס ידע ששנת כהותו עומדת להסתיים, ושבשנה הבאה יובא מצביא חדש לזירה, ולפיכך הסכים למגעים. פלמינינוס דרש שפיליפוס יפנה את כל יוון וכן את הערים שבעבר היו שייכות למצרים, וכן תבע את החזרת השבויים והעריקים הרומאים. בעלי בריתה של רומא העלו עוד סדרה של תביעות בלתי אפשריות. למרות זאת, הוחלט על שביתת נשק למשך חודשיים. תומכיו של פלמינינוס בסנאט הצליחו להאריך את האימפריום שלו, וכעת הבין פיליפוס שהמלחמה תימשך. פיליפוס החליט לשנות את האסטרטגיה שבה נקט עד למועד זה - היינו הארכת המלחמה ככל האפשר, והגיע למסקנה שאין מנוס מקרב הכרעה. ביוני של שנת 197 לפנה"ס נפגשו הצבאות בקרב קינוסקאפאלאי, שהסתיים בניצחון רומאי מוחץ.
מלחמת אנטיוכוס.
לאחר הקרב, ביקש פיליפוס מפלמינינוס שביתת נשק בת חמישה עשר יום, ופלמינינוס נענה לבקשה. חלק מבעלי בריתם של הרומאים דרשו מפלמינינוס לסלק את פיליפוס כליל ממלכותו, אולם פלמינינוס ידע היטב שאם כך ייעשה, תתפוס מעצמה יוונית חדשה את הוואקום שתותיר מוקדון, מה גם שמוקדון שימשה עד אז אזור חיץ בין יוון לבין שלל השבטים מהצפון, וחבל היה לרומאים לוותר על כך. פיליפוס נפגש עם הרומאים ובעלי בריתם בטמפי, עם הכרזה מוכנה מראש, על פיה הוא "מקבל את כל התביעות שהופנו אליו לפני כן", במפגשים שנערכו בחורף שעבר. פלמיניניוס הסכים, וטיוטה של הסכם השלום נשלחה אל הסנאט ברומא לצורך אישור סופי. בינתיים הוארכה שביתת הנשק בארבעה חודשים נוספים, ופיליפוס הפקיד את בנו דמטריוס ועוד 200 טלנטים כבני ערובה בידי הרומאים. משלחת מטעמו יצאה גם כן לרומא. פיליפוס הפך לבעל ברית נאמן לרומא, וגייסות מוקדוניים ששלח, לחמו לצד הרומאים במלחמת נאביס. באביב 196 לפנה"ס נחתם סופית הסכם השלום. כמו כן, הנציג הרומאי "יעץ" לפיליפוס בפגישה שנערכה בארבע עיניים לבקש מרומא ברית רשמית, וזאת כדי להסיר מעליו כל חשד שהוא תומך בבן בריתו לשעבר אנטיוכוס השלישי, שברומא החלו להתכונן למלחמה נגדו.
תחזיתם של הרומים אכן התגשמה. אנטיוכוס השלישי, מלך האימפריה הסלאוקית, שהיה שליט חזק שהפך את ממלכתו לממלכה החזקה ביותר באסיה, החל לשאוף להרחיב את שלטונו גם לאירופה על חשבון מוקדון ורומא. בשנת 192 לפנה"ס הוא פלש ליוון בראש צבא גדול, בסיוע האיטולים שלא היו מרוצים מהישגי המלחמה המוקדונית השנייה, ובסתיו של אותה שנה פרצה מלחמה רשמית בינו ובין רומא. יועצו הצבאי של אנטיוכוס, שהיה לא אחר מאשר חניבעל, הציג בפניו תוכנית שאפתנית כיצד לנצח, וכחלק מפרטיה קבע שיהיה על אנטיוכוס לכרות ברית עם פיליפוס. הרומאים חששו מאוד מאפשרות כזו, ופיקחו על פיליפוס בצורה הדוקה. לא ברור מה עשה אנטיוכוס כדי לרכוש את ידידותו של פיליפוס. פיליפוס עצמו טען מאוחר יותר שאנטיוכוס הציע לו 3,000 טלנטים, 50 אוניות, וכל הערים ביוון שפיליפוס החזיק בהם בעבר. לא סביר להניח שאנטיוכוס הרחיק לכת עד כדי כך בהצעות נדיבות, אולם ידוע שפיליפוס סרב. אנטיוכוס זעם על הסירוב, וכדי לבזות את פיליפוס ציווה לקבור את עצמות החיילים המוקדוניים שמתו בקרב קינוסקאפאלאי. פיליפוס מצדו זעם על השפלה זו, והודיע לרומאים שהוא מוכן להכריז מלחמה על אנטיוכוס. כבר בשנה הבאה פתח פיליפוס בפעולות משותפות עם הרומאים נגד אנטיוכוס. לצבא המוקדוני היה חלק חשוב בניצחון במלחמה זו, וכפיצוי על כך, הותר לפיליפוס לקבל חזרה חלק מאדמותיו, ואף את העיר החשובה דמטריאס. כמו כן, וויתרו לו הרומאים על יתרת פיצויי המלחמה שעוד היה חייב, וכן שוחרר בנו דמטריוס, שהוחזק עד אז כבן ערובה ברומא.
בעיות ירושה.