בתקופה הראשונה לקיומם, היו בגטאות בעלי אמצעים שהמשיכו לנהל בגטו חיי פאר. בעשרות מהגטאות קמה תנועת התנגדות חמושה לשלטונות הנאציים, בסיועה של החברה המקומית הכללית; מרד גטו ורשה נחשב כהתקוממות הגדולה והידועה ביותר. אחוזי התמותה בגטאות היו גבוהים. בני אדם מתו מרעב, ממגפות, מאלימות כלפיהם ומהתאבדות. בגטו ורשה לבדו נספו למעלה מ-43,000 נפשות, עשרה אחוזים מן האוכלוסייה שחיה בוורשה.
דיונים על הכחדת היהדות ברייך השלישי.
בשנה הראשונה לכיבוש נערכו דיונים על הטיפול באוכלוסייה היהודית הגדולה בשטחים הכבושים בידי גרמניה הנאצית, שנותרה כמעט ללא יכולת להגר בשל תנאי המלחמה. באוקטובר 1939, פעל אייכמן להעביר אל הכפר ניסקו וסביבתו כ-20,000 יהודים מאוסטריה, הפרוטקטורט של בוהמיה ומוראביה ומערב פולין, והופסקה לאחר כשנה. אחר כך הוצע להעביר את היהודים לאי מדגסקר, ונזנח.
שלב שלישי, בשנים 1941–1943: השמדה המונית.
השמדה באמצעות ירי וגז.
ביוני 1941 פתחה גרמניה הנאצית במתקפת פתע על ברית המועצות. הייתה זו נקודת תפנית משמעותית במלחמת העולם השנייה, אם כי מבחינה אידאולוגית היא היוותה המשך למלחמת החורמה נגד האויב הקומוניסטי במזרח. בשלב זה חלה החרפה במדיניות הנאצים כלפי היהודים. במסגרת ההכנות לפלישה לברית המועצות, קבעו הנאצים סדרים לרצח המונים, והגיעו להחלטה ביצועית בנושא היהודים ואוכלוסיות לא-רצויות אחרות. התוכנית שהגיעה לגיבוש סופי כללה הכנות להשמדה ישירה והמונית שלהם. פעולותיו האלימות של הנאציזם, שעד לאותה עת באו לידי ביטוי בהשפלה, הרעבה, ניצול כוח-עבודה וגזל רכוש של היהודים, הגיעו עתה לשיא חדש: הכחדה המונית בכל אתר ואתר.
לפני הפלישה לברית המועצות הושג הסכם בין מפקדת הצבא הגרמני לבין ראשי האס אס ובו הוטלה משימה על ארבע היחידות הניידות, או בכינוין - איינזצגרופן (בגרמנית: עוצבות המבצע): לנוע אחרי הצבא הכובש ולרצוח יהודים וקומוניסטים בשטח הכבוש. תוכנית ההדרכה של המרצחים כללה סרטי תעמולה, שבהם הוצגו היהודים כמסוכנים לציבור "המהוגן", וכמפיצי מחלות. סרטים אלה, שבוימו בקפידה, נועדו להרגיל את הצופים למחשבה, כי השמדת היהודים היא מעשה חיובי. היטלר שינן לחסידיו שוב ושוב:
לאחר פלישת הצבא הגרמני (ה"ורמאכט") לברית המועצות, חדרו כוחות האיינזצגרופן לעומק רוסיה, ובעזרת הצבא, רצחו למעלה משני מיליוני בני אדם באוקראינה, ליטא, לטביה, בלארוס ובשטחים אחרים בתחומי ברית המועצות. רובם המוחלט של הנרצחים היה יהודים אולם לצידם נרצחו גם צוענים וקומוניסטים. במבצעים אלו נעזרו הגרמנים במשתפי פעולה מקרב התושבים המקומיים, בהם אוקראינים, ליטאים ולטבים. בתקופה זו נמצא כי רצח המונים אל תוך בורות ירי ענקיים, לאחר שהוצאו התושבים מבתיהם ומאזור המגורים שלהם, כפרי או עירוני, היה יקר, לא נוח למבצעיו בדרך-כלל, ובעיקר מסורבל ולא יעיל; ההנהגה הנאצית רצתה בפתרון "הבעיה היהודית" ובהשלטת גרמניה באזורי הכיבוש החדשים במהירות, בהחלטיות ובסטריליות.
לאחר מחקר ממושך, החליטו אנשי האס אס על פתרון המתה באמצעות גז, ושרפת הגופות או הטמנתן. תחילה נעשו ניסויים, שחלקם יוזמות מקומיות ומארגניהן ציפו לעידוד מהממונים. איש האס אס ולטר ראוף המציא שיטת המתה באמצעות משאיות גז. השיטה פעלה באופן זה: הקורבנות נאספו מן הכפרים והוכנסו למשאית, שאל תא המטען שלה הוחדר צינור המפלט שלה (האגזוז). תוך כדי נסיעה היו הנוסעים נחנקים ולמבצעים נותר להוציא את הגוויות ולהשליך לקברים. השמדה באופן זה בוצעה זמן-מה בכפרים. במחנה הריכוז מאטהאוזן נרצחו בגז יהודים מהולנד ביולי 1942. אולם, מחנה ההשמדה המאורגן הראשון הוקם בחלמנו. תחילה נלקחו הנרצחים במשאיות שיכלו להכיל כשבעים בני אדם בממוצע. לאחר שנסגרה הדלת מאחורי אחרון הנוסעים בתא המטען, והמשאית הותנעה ויצאה לדרכה, חדר גז המנוע לתא המטען, ותוך פחות מחצי שעה היו כל הנוסעים מתים. גם שיטה זו עוררה ביקורת על חוסר יעילותה; המומחים חיפשו שיטה לרצח המונים זול ומהיר. כך, פותחה שיטת המרכזים הקבועים להשמדה בגז, שלאחריה הגופות יישרפו בו-במקום.
למעשה, עוד בטרם ההחלטה על מעבר למדיניות השמדת היהודים ההמונית, צברו הנאצים ניסיון במעשי רצח המוני בתוכנית T4 שבה רצחו עד שנת 1941 כ-80,000 גרמנים פגועי-נפש ולוקים בפיגור שכלי, בין השאר באמצעות שימוש בגז רעיל. הממונים על ביצוע הרצח היו האס אס ומנהיגו היינריך הימלר באמצעות "המשרד הראשי לביטחון הרייך". הנאצים ביקשו להעתיק את הניסיון והידע שנצבר בדפוסי רצח המוניים אלה, למעשי רצח נוספים כלפי יהודים, צוענים וקבוצות נוספות. קארל פריטש ערך ניסויים בגז רעיל על שבויי מלחמה רוסים באושוויץ. ניסויים אלה הם שהובילו לשימוש בציקלון בה כגז ממית של היהודים הן במחנה אושוויץ והן במחנות אחרים.
לא נמצאו תעודות המאשרות בוודאות כי ניתנה הוראה להשמדת היהודים, אך יש אישור לכך במכתבו של הרמן גרינג, אחד מסגניו של היטלר, לריינהרד היידריך, ראש המבצעים של האס אס, ובו נאמר כי יש להגיע לפתרון כולל לבעיית היהודים. ב-20 בינואר 1942 התקיימה ועידת ואנזה. בוועידה זו לא הוחלט על ביצוע "הפתרון הסופי של שאלת היהודים", שכן זה החל כחצי שנה קודם לכן; מטרות הוועידה היו הצגתו של "הפתרון הסופי" כתוכנית שגובשה על ידי היטלר, תיאום התוכנית בין משרדי הממשלה השונים והעמדת האס אס כאחראי לביצועה וכפוסק האחרון בכל בעיה שמתעוררת.
מחנות ההשמדה.
לאחר פלישת גרמניה הנאצית לברית המועצות, התבצע רצח העם בעיקר באמצעות המתה ביריות, אך בשלב מסוים החליטו הנאצים להקים מחנות מיוחדים שיועדו לרצח המוני של בני אדם. במחנות השמדה אלו נרצחו יהודים, צוענים ואחרים באופן שיטתי ומאורגן. הכשרתם של מחנות להשמדה המונית שיטתית של אנשים היא מאפיין ייחודי של השואה שאין לו אח ורע בהיסטוריה. מעולם קודם לכן לא קמו מקומות שמטרתם היחידה היא להביא למותם ההמוני של בני אדם. מחנות ההשמדה תוכננו בקפידה על ידי אדריכלים גרמנים והוקמו בפאתי עיירות בפולין ובשכנותיה, כשהבולטים היו אושוויץ, בלז'ץ, חלמנו, יאסנובאץ, מיידנק, מאלי טרוסטינץ, סוביבור וטרבלינקה.
הרעיון שהועלה היה ראשון מסוגו בהיסטוריה האנושית: הקמת מחנות שצוידו במיטב הטכנולוגיה המודרנית, ושכל מטרתם היא רצח של המוני בני אדם במהירות וביעילות. מחנות השמדה שימשו להרג שיטתי של יהודים, כמו גם של צוענים ואחרים; בכך, נבדלו מחנות ההשמדה ממחנות הריכוז, שבהם אמנם נרצחו חלק מהאסירים או מתו עקב התנאים הקשים, אך הם שימשו בעיקר כמחנות מעצר. מסילות הרכבת הובילו מן הכפרים והעיירות, במזרח היבשת בעיקר, היישר אל המחנה. המובלים התבקשו לכתוב את שמותיהם על המזוודות באמתלה שישובו לראות את חפציהם - וכך לא ידעו שדרכם אינה אלא הדרך אל המוות.
במסגרת מבצע ריינהרד, הוקמו בזה אחר זה שלושת מחנות ההשמדה טרבלינקה, סוביבור ובלז'ץ, שמטרתם הייתה השמדה בלבד. התגוררו בהם קציני אס אס, וכמה מאות אסירים ששימשו כזונדרקומנדו. במחנה טרבלינקה, למשל, שהוקם בטבורו של היער ונותר סודי יחסית בזמן המלחמה, נרצחו כ-800 אלף בני אדם, רובם הגדול יהודים. למעשה, טרבלינקה, בניגוד למחנות אחרים, הוגדר כמחנה השמדה לעם היהודי בלבד. יוצא דופן הוא מחנה הריכוז בלובלין הידוע כמיידנק ששימש גם כמחנה השמדה. גם קולמהוף (חלמנו), ומחנה יאסנובאץ, שתופעל בידי משתפי-פעולה פשיסטים קרואטיים, שימשו כמחנות השמדה. בהמשך שימשו מחנות אחרים כ"מחנות השמדה בזעיר-אנפין", הללו כללו את "מאלי טרוסטינץ", "סיימישטה", "ינובסקה" ואחרים. לאחר מכן, הוקם מחנה ההשמדה הגדול ביותר - מחנה אושוויץ. בסוף שנת 1942, כאשר מרבית יהודי הגנרלגוברנמן (השטח הפולני המסופח לגרמניה, בתרגום לעברית - המינהל הכללי; מרבית יהודי פולין חיו בשטח זה) הושמדו, הוחלט על מקום מרכזי שבו יושמדו יתר יהודי אירופה. אושוויץ-בירקנאו היה ממוקם במרכז היבשת, והיה גדול דיו לאכלס אסירים רבים. אושוויץ שימש מחנה עבודה, ובכניסה אליו הוצבה כתובת תעמולה והטעיה - "העבודה משחררת". ואילו בירקנאו (הקרוי גם אושוויץ 2), אשר הוקם בסמוך אליו, שימש מחנה השמדה. אסירים באושוויץ נשלחו תוך חודשים ספורים למותם בבירקנאו.
המתחם בבירקנאו יכול היה לאכלס כ-100,000 אסירים בעת ובעונה אחת, וכלל חמישה מבנים של משרפות ותאי גזים. בכל יום התבצעו מספר סבבים של השמדה. כל סבב כזה יכול היה להכיל כעשרת אלפים קורבנות. הגז שבו נעשה שימוש בתאי ההמתה היה ציקלון בה, ותוך פחות מעשרים דקות הוא היה חונק למוות את כל הנוכחים באולם סגור שאליו הוזרם. לאחר מכן, היו עובדי המתקן, הזונדרקומנדו, אוספים ושורפים את הגופות.
אושוויץ, יותר מכל מחנה השמדה אחר, הפך סמל "הפתרון הסופי" וסמל לרוע האנושי. נרצחו בו כמיליון וחצי אסירים, רובם יהודים. בנוסף, נרצחו במחנה צוענים, שבויי מלחמה סובייטיים ואסירים פוליטיים מפולין וממקומות נוספים.
שלב רביעי, בשנים 1943–1945: נסיגה וניסיון לטשטוש ההשמדה.
התערערותו של "הרייך השלישי" החלה בראשית 1943 ונמשכה עד להתמוטטותו המוחלטת ולכניעתו ב-7 במאי 1945. אולם גם בשנים אלו ולמרות המאמץ המלחמתי, נמשכה הכחדת קהילות יהודיות בשטחי הכיבוש ובגטאות.
ב-15 במאי 1944 החלה השמדת יהודי הונגריה, ותוך שבועות מעטים גורשו לאושוויץ כ־450,000 יהודים. עם סיום המשלוחים, ביולי 1944, לא היו עוד יהודים בהונגריה מחוץ לבודפשט. ב-1944 פלשו הכוחות הגרמנים לשטחי הכיבוש של איטליה הפשיסטית לשעבר וביצעו בהם את מדיניות הפתרון הסופי.