לאחר הסרט יצאה עונה שלישית של הרובוטריקים, ונחשף שהנבלים החייזריים שידועים בשם הקווינטסונס השתמשו בסייברטרון כבית חרושת. עם הזמן, הרובוטים שעבדו תחתם התמרדו. הפועלים שבהם הפכו לרובוטריקים, והלוחמים שבהם הפכו לשקרניקים. לבקשת המעריצים, אופטימוס פריים חזר לחיים בסופה של העונה השלישית, והסדרה הסתיימה בקשת סיפור בת שלושה חלקים. אולם, השידור היפני של הסדרה כלל פרק מקבץ (OVA) בשם "Scramble City" ויצר סדרה חדשה אשר המשיכה את העלילה והתעלמה לגמרי מסיום הסדרה האמריקאית. ההרצה היפנית כללה את הסדרות "The Headmasters", "Super-God Masterforce", "Victory" ו-"Zone". בדיוק כשסדרות הטלוויזיה סיימו את הרצתן, חברת מארוול הרחיבה את המשכיות הזיכיון. כמו בסרט, החברה הרגה את פריים ואת מגהטרון, גרימלוק הדינוטריק נטל מנהיגות על הרובוטריקים, היה קרוסאובר עם כוח המחץ, ופורסמה מיני סדרה בשם "The Transformers: Headmasters" שהרחיבה על הרקע מאחורי כוכב הלכת נבולון שממנו הגיעו אדוני הראש. המיני סדרה הובילה לכך שפריים הוחזר לחיים בסדרה הראשית כפאוור-מאסטר.
בממלכה המאוחדת, המיתולוגיה של הרובוטריקים המשיכה לצמוח. הוצגה דמותו של פרימוס בתור יוצרם של הרובוטריקים, אשר העניק את גופו כדי שישמש כעולם ביתם סייברטרון ונלחם נגד אויבו יוניקרון. הוצגה רובוטריקית בשם ארסי, למרות שהקומיקס ציין שאין לרובוטריקים הגדרה של מין, וכדי להרגיע האשמות של סקסיזם. סאונד וייב (גל-קול בתרגום בעברית), סגנו של מגהטרון, שבר את הקיר הרביעי בכך שענה לקוראים בטורי המכתבים ומתח ביקורת על המשכיות הסדרה המצוירת כתיאור לא מדויק של ההיסטוריה. בסך הכל, הקומיקס האמריקאי נמשך כ-80 חוברות והקומיקס הבריטי נמשך כ-332 חוברות עד לשנת 1991. הקומיקס של דרימווייב החליף את סדרת הקומיקס של מארוול בתחילת שנות ה-2000.
רובוטריקים: דור שני (1993–1995).
חמישה גיליונות של סדרת כוח המחץ הביאו לשובם של הרובוטריקים בשנת 1993. סדרה זו ארכה 12 גיליונות, נקראה "רובוטריקים: הדור השני" והביאה עמה ליין צעצועים חדש. הסיפור של הדור השני חשף כי הרובוטריקים למעשה התרבו באופן אסקסואלי, דבר שהופסק בידי פרימוס מכיוון שזה הוביל ליצירתו של נחיל זדוני. אולם, אימפריה חדשה שאינה משתייכת לרובוטריקים או לשקרניקים קמה ומחזירה את הנחיל. בסופה של קשת סיפור בת כשנה, אופטימוס פריים ומגהטרון כרתו ביניהם ברית, ונחשפה דמותו של ליג' מקסימו, צאצא עתיק של השקרניקים. הקליף האנגר הזה לא נפתר עד לכנס טראנס-פורס, שנערך בשנים 2001–2002, ובו סיים הכותב סיימון פורמן את הסיפור בנובלה בשם "Alignment".
מלחמות החיות/מכונות חיות (1996–2000).
הסיפור התמקד בקבוצה קטנה של "מקסימלים" (במקור "Maximals") בהנהגת אופטימוס פריימל וה"פראניקים" ("Predacons"} בהנהגת מגהטרון, כ-300 שנה לאחר "המלחמה הגדולה". לאחר מרדף מסוכן בחור תולעת, שתי סיעות הרובוטים מתרסקות על כוכב פרימיטיבי ולא מיושב שדומה לכדור הארץ, אך הכולל שני ירחים ורמה מסוכנת מאוד של אנרג'ון, מקור כוחם. מתברר בהמשך שאכן מדובר בכדור הארץ הפרהיסטורי, שכולל ירח שני מלאכותי, בתקופת הזמן המתרחשת בטווח ארבעת מיליוני השנים שבהן הרובוטריקים והשקרניקים שהו בהקפאה קריוגנית לפני שהתעוררו, לפי סדרת הדור הראשון. הדבר מאלץ אותם לנטול לעצמם צורות של חיות אורגניות כדי לפעול מבלי להיכנס למצב הקפאה. לאחר שכתבו את פרק הפיילוט, הכותבים בוב פורוורד ולארי דיטיליו עשו מחקר על הרובוטריקים של הדור הראשון. הם השתמשו באלמנטים של הרקע ההיסטורי בתסריטים שלהם כדי לבסס את מלחמות החיות כחלק קאנוני מהדור הראשון, וזאת באמצעות התייחסויות רבות לסדרת האנימציה ולסדרת מארוול קומיקס. עד לסוף העונה הראשונה התגלה שגם הירח השני וגם האנרג'ון נבנו בידי גזע חייזרי מסתורי בשם "ווֹק".
השמדת הירח השני משחררת אנרגיות מסתוריות שהופכות כמה מהדמויות ל"טרנס-מטאל". הכוכב מתגלה ככדור הארץ הפרהיסטורי ובהמשך מתגלה "התיבה" בה התרסקו הרובוטריקים. מגהטרון מנסה להרוג את אופטימוס פריים המקורי, אך פריימל מצליח לשמר את הניצוץ שלו בתחילת העונה השלישית. בסדרת ההמשך "מכונות חיות", מתגלה שלסייברטרון יש מקורות אורגניים, שאותם מגהטרון מנסה לנצל.
אחרי שהעונה הראשונה של "מלחמות החיות" הסתיימה ביפן לאחר 26 פרקים, היפנים ניצבו בפני בעיה. העונה השנייה הקנדית הייתה בת 13 פרקים בלבד, מה שלא איפשר לה להיות משודרת ביפן. לפיכך, בזמן ההמתנה לעונה שלישית הכוללת 26 פרקים, שודרו שני סרטי אנימציה כדי שימלאו את הפער בין שתי העונות, "Beast Wars II" ו-"Beast Wars Neo". חברת ההפצה "דרימווייב הפקות" חשפה באופן רטרואקטיבי כי סדרת "מלחמות החיות" היא עתידו של הדור הראשון, וכן חברת IDW Publishing אישרה שהסדרה היפנית היא קאנונית ומתרחשת בפרק הזמן של העונה השלישית.
סדרת "מלחמות החיות" כללה אלמנטים הן של סדרת האנימציה מהדור הראשון והן של הקומיקס. אותם מאפיינים כללו דמויות נקבות, הופעתו של סטארסקרים (כוכב צועק בתרגום העברי, שנהרג בידי גלבטרון בסרט האנימציה), וכן הופעתם של תא אנרגיית הפלזמה והמפתח לוויקטור סיגמא. אלמנטים כמו אזכור "התיבה", הופעתו של ראבאג' כיצור אינטליגנטי וליבתו האורגנית של סייברטרון נלקחו מהקומיקס.
דרימווייב הפקות (2001–2005).
בשנת 2001, חברת ההוצאה לאור "דרימווייב הפקות" החלה יקום חדש של קומיקסים שנתיים שעובדו לפי החוברות של מארוול, אך גם כללו אלמנטים מסדרת האנימציה. לפי עלילת הקומיקס "רובוטריקים: הנחיית פריים" (משחק מילים ל"הנחיה עליונה"), הרובוטריקים הביסו את השקרניקים בכדור הארץ, אך שיבתם לסייברטרון בשנת 1997 על סיפון "התיבה 2" נכשלת כשגל-הלם - כעת שליט סייברטרון - משמיד את הספינה באירועי "רובוטריקים: מלחמה ושלום". הסיפור ממשיך לאחר מכן במיני סדרה בת שישה חלקים וכן סדרה בת עשרה חלקים על הדור הראשון. הסדרה הוסיפה מספר מורכבויות לתוך יקום הרובוטריקים כמו העובדה שלא כל הרובוטריקים מאמינים בקיומו של פרימוס, שחיתות בממשלת סייברטרון שהביאה לכך שמגהטרון החל במלחמה שלו, ושייכות מסוימת בין כדור הארץ לסייברטרון
שלוש מיני סדרות נלוות בשם "רובוטריקים: המלחמה שבפנים" פורסמו בהמשך, והתרחשו בתחילת המלחמה הגדולה. גם בקומיקס זה צוינו מלחמות החיות כעתיד רטרואקטיבי של אותה המשכיות, כשמגהטרון מהפראניקים בחן קבצים היסטוריים על הדמויות של דרימווייב ונטל את שמו בהשראת מגהטרון המקורי. בשנת 2004, יקום זה נתן השראה לפרסומן של שלוש נובלות, וכן מדריך אשר התמקד על הקומיקסים של דרימווייב בתור ההמשכיות ה"אמיתית" בנוגע לאלמנטים של הדמויות. בטוויסט חדש, פרימוס ויוניקרון הם קרובי משפחה, שנודעו בעבר בתור "האחד". מיני סדרת "רובוטריקים: מיקרו-מאסטרים" מתרחשת לאחר היעלמותה של "התיבה". יקום מציאותי זה הופסק בחטף כאשר החברה פשטה את הרגל ב-2005. הדבר הותיר את יקום הדור הראשון של דרימווייב תלוי על חוט השערה ואת הכרך השלישי של "המלחמה שבפנים" חצי גמור. כמו כן, תוכניות לקומיקס שמתרחש בין "מלחמות החיות" ל"מכונות חיות" לא יצאו לפועל.
קרוסאובר עם כוח המחץ (2003 ואילך).
במשך השנים, דמויות הדור הראשון של הרובוטריקים הופיעו בקרוסאוברים לצד זיכיון כוח המחץ. אולם, בעוד הקרוסאוברים של מארוול התרחשו בהמשכיות הסיפור הראשי, אלה של דרימווייב ושל הפצת "Devil's Due Publishing" מתרחשים ביקום נפרד משלהם. לפי המשכיות "Devil's Due", ארגון הטרור קוברה אחראי למציאתם ולהפעלתם מחדש של הרובוטריקים. הגרסה של דרימווייב ממציאה מחדש דמויות מהדור הראשון ומכוח המחץ על רקע בסגנון מלחמת העולם השנייה, בד בבד עם פרסומה של סדרה מקבילה המתרחשת בזמנים מודרניים. פשיטת הרגל הפתאומית של דרימווייב הובילה לביטולה של אותה מיני סדרה לאחר גיליון אחד בלבד. הוצאת "Devil's Due" הביאה להינדוסם מחדש של הרובוטריקים ככלי רכב של ארגון קוברה, ופרסמה מיני סדרה נוספת ששלחה את אותן דמויות ברחבי הזמן ללחום באויבם המושבע של כוח המחץ, נחשון (סרפנטור במקור), ובכוחם המשולב של קוברה-לה ויוניקרון. בזמן זה, ארגון קוברה כורת ברית עם השקרניקים. חברת IDW Publishing הביעה התעניינות בקרוסאובר שכזה משלהם.
הוצאת IDW (2005 ואילך).
כשנה לאחר מכן, חברת IDW Publishing אתחלה מחדש את סדרת הדור הראשון עם מספר מיני סדרות ומהדורות מוגבלות. הדבר איפשר לכותב הוותיק של כותרי מארוול ודרימווייב - סיימון פורמן - ליצור יקום משל עצמו וללא כל הפרעה, בדומה לליין אולטימייט מארוול. סיפורו של פורמן מתאר יקום בו סייברטרון הושמד בידי ת'נדרווינג המתחזה (Pretender), מה שמאלץ את הרובוטריקים והשקרניקים להסתנן לכוכבים שונים ולשאוב את אוצרות הטבע שלהם. כדור הארץ נמצא באמצע המחלוקת בשל סוג שונה וייחודי של אנרג'ון שאותו זרע גל-הלם לפני אלפי שנים, בעוד השקרניקים מחריפים את המתחים הפוליטיים באמצעות החלפתם של אנשים בכפילים. סיפור המקור של "התיבה" נעדר מסדרה זו. המשכיות זו הייתה גם הראשונה להכיר בקיומן של צבירות מסה שונות, כמו למשל כשמגהטרון מקטין את עצמו לגודל אקדח.
סיפורים אלטרנטיביים.
בינואר 2006, הקומיקס של מועדון האספנות של הרובוטריקים פרסם סיפור שמתבסס על ליין הצעצועים הקלאסי, ואשר מתרחש ביקום מארוול, אך שאינו כולל את הדור השני. חמש עשרה שנים לאחר שמגהטרון מתרסק עם "התיבה" ביחד עם ראטצ'ט, המלחמה מתמשכת בין הדמויות כשהן בגוף הקלאסי שלהן.