אמנון שילוח נולד בעיר לנוס שבארגנטינה למשפחה שמוצאה בסוריה. בשנת 1931 שב עם משפחתו לסוריה, וב-1942 עלה לארץ ישראל באופן בלתי-לגאלי במסע רגלי דרך רמת הגולן. התגורר בכפר הנוער מאיר שפיה כחניך עליית הנוער עד 1947, אז החל ללמוד ספרות עברית, מקרא וספרות ערבית באוניברסיטה העברית בירושלים. ב-1947 התגייס לגדוד מוריה שנלחם בירושלים במלחמת העצמאות, הוא פנה למפקדו למצוא לו תפקיד הולם, וזה הציע לו לתעד את דברי ימי הגדוד. רישומיו ראו אור למעלה מארבעים שנים אחרי כן כספר ("אנו לך חומת מגן", מערכות, 1990).
שילוח למד באוניברסיטה העברית שפה וספרות ערבית, ספרות עברית ומקרא (1951-1947, עם הפסקה במלחמת העצמאות; את התואר מוסמך קיבל בשנת 1960 לאחר הפסקה. למד באקדמיה למוסיקה בירושלים, עם התמחות בחליל (1953-1951). בשנים 1953–1955 נגן חליל בתזמורת קול ישראל וערך תוכניות מוזיקה. בשנים 1954–1958 למד בקונסרבטוריון הלאומי בפריז, מקצוע ראשי חליל, ואחרי כן סיים לימודי תעודה במוזיקולוגיה בסורבון. בשנים 1958–1960 נגן חליל בתזמורת קול ישראל וערך תוכניות מוזיקה. בשנת 1960 קיבל מלגת לימודים של ממשלת צרפת ואת לימודי הדוקטורט עשה בשתי מחלקות: מדעי המזרח ומוזיקולוגיה באוניברסיטת הסורבון; הוא כתב את עבודת הדוקטורט שלו על כתב-יד ערבי על מוזיקה, לפי הצעתו של הנרי ג'ורג' פארמר , ובשנת 1963 קיבל את התואר דוקטור במוזיקולוגיה ומדעי המזרח בשנת 1963.
בשנת 1953 היה שילוח למבקר המוזיקלי של כתב העת "משא", ופרסם ראיונות עם בכירי המלחינים הישראלים של אותה עת. בשהותו בפריז שימש ככתב לענייני תרבות של העיתון "למרחב". בשנים 1965–1968 היה מנהל מחלקת הפולקלור בקול ישראל.
ב-1965 החל להורות באוניברסיטה העברית, עד לפרישתו ממנה בשנת 1997 בדרגת פרופסור מן המניין. היה מנהל המרכז לחקר המוזיקה היהודית בשנים 1969–1971, ראש החוג למוזיקולוגיה בשנים 1971–1974, יועץ מדעי במכון בן-צבי ב-1973, מנהל משגב ירושלים בשנים 1975–1976, ראש המכון לשפות, ספרויות ואמנויות בשנים 1980–1984, ראש בית הספר לתלמידי חו"ל בין השנים 1985–1989, יו"ר הוועד המנהל של בית הספר לספרנות וארכיונאות, מנהל המרכז ללימודי יהודי ספרד והמזרח.
מחוץ לאוניברסיטה שימש שילוח כחבר מועצת ההנהלה של האיגוד הבינלאומי למוזיקולוגיה בשנים 1977–1982, חבר וועדת התוכניות של כנסי האיגוד בשנים 2002 ו-2004. כיהן כיו"ר הקרן למחקר בסיסי בתחום המוזיקולוגיה ב-1988, והיה יו"ר האיגוד הישראלי למוסיקולוגיה בשנת 2001.
שילוח היה עורך ערכי המוזיקה באנציקלופדיה יודאיקה במהדורתה השנייה שראתה אור בשנת 2006. במסגרת זאת הוא הוסיף שש מאות ערכים חדשים, פרי עטם של מוזיקאים שונים, שמתוכם כששים ותשעה כתב בעצמו, הללו התווספו אל ארבע מאות הערכים הקיימים, בין הערכים שהוסיף היו רבים על מלחינים, מוזיקאים וזמרים מארצות ערב ומתחום המוזיקה הפופולרית. הוא כתב פרק בנושא מסורות מוזיקליות מוסלמיות ויהודיות בימי הביניים. בסדרת הספרים The New Oxford History of Music.
אמנון שילוח נפטר ביולי 2014 בתום מחלה קשה, בגיל 85. נקבר בגבעת שאול בירושלים.
ארכיונו ואוסף ההקלטות שלו מופקדים במחלקת המוזיקה בספרייה הלאומית בירושלים.
פרסים.
זכה בפרס ירושלים על תרומתו לחקר המורשת המוזיקלית של עדות ישראל לשנת 1986. נבחר כחבר כבוד לכל החיים על ידי הסמינריון האירופי באתנומוזיקולוגיה בשנת 1995.זכה בצרפת בפרס מוזות, על תרגום צרפתי של ספרו 'מסורות המוזיקה היהודית' בשנת 1996, קיבל את מדליית הכסף של העיר פריס לשנת 1999 וזכה בפרס של האקדמיה שרל קרוס עבור הספר הטוב ביותר של השנה במוזיקה שהתפרסם בצרפת, עבור התרגום הצרפתי של ספרו 'המוזיקה בעולם האסלאם' בשנת 2003.
מחקריו.
תיאור מחקריו.
שילוח פרסם מחקרים רבים אודות ההיסטוריה והתאוריה של המוזיקה הערבית ושל המוזיקה היהודית בפרספקטיבה סוציו-תרבותית רחבה אשר שמה דגש על חקר המקורות שלהן.
התאוריה של המוזיקה בכתבים הערביים.
זהו ((900-1900) The Theory of Music in Arabic Writings) ספרו החשוב ביותר של אמנון שילוח המשקף את אחד מנתיבי המחקר המרכזיים שלו; הכרך ראשון יצא לאור ב-1979 והשני ראה אור ב-2003. החיבור רב-ההיקף ממיין ומתאר באלף עמודיו המודפסים מאות מקורות תאורטיים שנוצרו בתקופה של כאלף שנים, מקורות העומדים כיסוד הגותי למוזיקה הערבית. רוב רובם של הכתבים הם בכתבי-יד המצויים בספריותיהם של מקומות רבים בעולם: באירופה ובארצות הברית (בכרך הראשון) והכרך השני, שנכתב לאחר השלום עם מדינות ערב ונפילת הגוש המזרחי, מתבסס על חומר שנאסף באוזבקיסטן, סנקט פטרבורג, מרוקו, תוניסיה ומצרים וגם בספריות של האוניברסיטה העברית וספריות בעיר העתיקה. כל חיבור ממאות החיבורים המתוארים כולל פרטים על המחבר, אם הוא ידוע, תיאור של החיבור שבו מופיע הדיון על המוזיקה כשהוא איננו מסה המוקדשת כולה למוזיקה, תיאור כללי של הקטע על המוזיקה וציון הנתונים של כתבי-היד וההוצאה לאור אם קיימת. הספר כולל גם אינדקס אנליטי גדול שדרכו ניתן להגיע לכל נושא שמופיע בכתבים השונים. למשל, הקשר בין אסטרולוגיה למוזיקה, או מוזיקה ורפואה וכו.
הספר פורסם בסדרה: "רפרטואר בינלאומי למקורות המוזיקה", שהוא מפעל בחסות האיגוד הבינלאומי למוזיקולוגיה. תיאורי המקורות מגלים את רזי התאוריה הערבית הביניימית על כל קשריה, מצד אחד, עם התאוריה העתיקה היוונית והרומאית, ומצד שני עם הגות המוזיקה האירופית על-פי התפתחותה מן המאה התשיעית ואילך.
בהתבסס על העובדה שהתאוריה המוזיקלית הערבית בימי הביניים נבנתה על תפישה גלובלית ורב-תחומית, שילוח מחלק את הכתבים הערביים על מוזיקה לשלושה סוגים:
הקטגוריה האחת, כתבים ספרותיים אנקדוטיים, הדיון במוזיקה בקטגוריה זו מופיע בספרים על מתמטיקה, אסטרולוגיה, אלכימיה, מאגיה, רפואה, פילוסופיה, היסטוריה, לשון וכו. הקטגוריה הזו נוצרה בעיקרה כיוון שבתקופה הראשונה של האסלאם הייתה הפקידות צריכה להיות בעלת השכלה גבוהה וכללית והשכלה זו הכוללת מוזיקה הייתה חשובה לעיצוב דמותו של המשכיל הערבי.
הקטגוריה השנייה, תחילתה במאה התשיעית אז קם מפעל גדול מאוד של תרגום חיבורים מיוונית לערבית, בכלל זה חיבורים על מוזיקה. מהתקופה הזו והלאה ישנם כתבים העוסקים בשיטתיות בנושאי המוזיקה. בד בבד עם התפתחות זו מופיע בתקופה הזו הקונפליקט בין התפישה התאולוגית לתפישה היותר הומניסטית. קונפליקט זה מוליד חיבורים רבים העוסקים בשאלה אם המוזיקה מותרת או אסורה ומספרם של החיבורים האלה הוא כמספרם של כל החיבורים האחרים.
הקטגוריה השלישית כוללת את המימד הפרקטי של המוזיקה, אם בכתבים הראשונים שכולם מוקדשים למוזיקה יש דיונים פילוסופיים ותאורטיים ספקולטיביים, הרי שבכתבים האלה נכנס המרכיב החשוב של תיאור המוזיקה הפרקטית כלליה ותנאי ביצועה.
הספר זכה לביקורות חיוביות רבות, כך, למשל, כתבה המוזיקולוגית האמריקנית חוקרת המוזיקה הערבית לויס איבסן אל-פרוקי
שזוהי התרומה החשובה של מחקר המוזיקה ערבית במאה העשרים.
מסורות המוזיקה היהודית.
ספרו Jewish Musical Traditions צמח על בסיס הקורס המקיף "המורשת המוזיקלית של קהילות ישראל" שהכין לאוניברסיטה הפתוחה. שתים עשרה היחידות של הקורס הופיעו בדפוס בארבע חוברות בין השנים 1985–1987. הספר האנגלי ראה אור פעמיים ב-1992 וב-1995 בהוצאת אוניברסיטת ויין (ארצות הברית). ובאותה שנה של 1995 הופיע הספר בתרגום צרפתי וזכה לפרס המוזות. הספר, כותב שילוח, אם כי הוא מקיף אירועים מישראל הקדומה ועד ימינו, לא ניתן למצוא בו התפתחות כרונולוגית ורציפות היסטורית בגלל התנאים המיוחדים בהם עם ישראל חי בארצות הגלות. מאותה סיבה לא ניתן גם לדבר בו על מוזיקה אחידה והומוגנית, מפני שבפועל קיימות מסורות מוזיקליות רבות אשר רובן ככולן צמחו והתגבשו בארצות הגולה תוך חשיפה ארוכת שנים לתרבויות המוזיקליות של העמים שבקרבם הם חיו. על-כן שילוח אימץ את השיטה שדנה במוזיקה בהקשרה התרבותי ובחינתה בנושאי חתך המשותפים לכל קהילות ישראל.
בין שלל הנושאים, שילוח נסה לברר האם שרד משהו מן המוזיקה של ישראל הקדומה במסורות המוזיקליות העכשוויות. כאן נתקל המחפש מיד בקושי של העדר תעודות מוזיקליות היכולות להאיר לנו את העבר, היות שהמוזיקה שאנו מחפש את עקבותיה נמסרה מפה לאוזן. על קושי זה יש להוסיף את ההשפעות הוודאיות שנספגו בה כתוצאה מן החשיפה הממושכת לתרבויות מוזיקליות אחרות. מאידך הדורות הקודמים השאירו לנו שפע של תעודות מילוליות מסוגים שונים. שילוח בדק בספרו זה מה ניתן ללמוד מן החיבורים האלה ומצא בהם שפע של מידע על הנושאים הבאים: עמדות הסמכויות הרבניות למוזיקה; טעמי המקרא, שירת בית-הכנסת והתפתחות הפיוט; השירה מחוץ לבית-הכנסת והפולקלור המוזיקלי; השפעת עולם הקבלה על המוזיקה היהודית; שירת הנשים; הריקוד ועוד.
כך למשל כששילוח מתאר את תקופת תור הזהב של יהדות ספרד, שהיה גם תור הזהב של התרבות היהודית הספרדית, ציין את הופעתו בספרות של זרם מחשבתי שביקש לרומם את האלמנט היהודי העתיק במוזיקה ואת זכות הראשונים שיש לו. לפי הרעיון הזה בתקופת התנ"ך הגיעה המוזיקה האנושית לשיא שלמותה ומה שקרה במרוצת הזמן לאחר החורבן מהווה הידרדרות וניוון. הד לרעיון זה נמצא אצל הסופר והמשורר היהודי איטלקי עמנואל הרומי אשר טבע במשפט מפורסם על דרך של חידה:: "מה אומרת המוזיקה לגויים? גונב גונבתי מארץ העברים", הכוונה לכך שמקורה הראשון והראשוני של המוזיקה הוא בארץ העברים. בתקופת התנ"ך ובאומנותם הנעלה של הלויים משרתי המקדש.