בחברה הערבית, לאומיות חילונית שהקיפה מוסלמים ונוצרים (ואף יהודים, בתאוריה) גם יחד הייתה נפוצה למדי בשליש הראשון של המאה ה-20. למרות זאת, האסלאם נהנה מדומיננטיות בפועל, הן כמקור ללגיטימציה ולסמליות היסטוריות והן כדת שרוב הערבים אחזו בה באדיקות יחסית. השקפה פוליטית חילונית, שהייתה כרוכה בלאומיות ערבית מכילה, הייתה על פי רוב נחלתם של נוצרים.
1948–1977.
בישראל העצמאית, שומר משטר המילטים העות'מאני. לחילוניות, כעקרון פוליטי, לא ניתן שום ביטוי בחוק או בממשל. בעוד שבימי המנדט רק אלו שבחרו להתאגד במוסדות המתאימים הוגדרו חוקית כבני המילט היהודי, המדינה העצמאית החילה את המעמד, ואת הכפיפות לרבנות שנגזרה ממנו, על כל מי שרשמה ככזה. הדת וסמליה היו המכנה המשותף שניתן היה למצוא עם המוני המהגרים בשנות ה-50. הללו חסרו זיקה לתרבות העברית שהתגבשה ביישוב, ותכופות גם נעדרו קשר ללאומיות היהודית שצמחה במזרח אירופה. יהדות ארצות האסלאם, בייחוד, הציבה פרדוקס: השליחים הציונים שיצאו אליה עסקו באופן פעיל בטיפוח היסודות הדתיים בקרבה, כדי לחזק את זיקתה לישראל ולבדלה מתרבות המרחב הערבי; אך מיד לאחר שהיגרו, הרשויות הפעילו כפייה (באמצעות חינוך ואפליה תעסוקתית) כדי לחלן אותם. מחשש לניכור בין הנוער המקומי ליהדות הגולה, שיעורי דת הוכנסו לבתי-הספר ביוזמת שר החינוך זלמן ארן. ב-1958, לאחר שערורייה פוליטית ומכתב מבן-גוריון ל"גדולי ישראל" כדי שייעצו לו "מיהו יהודי", הוחלט גם לאמץ מבחנים דתיים עבור זכאות לחוק השבות.
אף על פי שדוד בן-גוריון הסכים להסדרים הדתיים ולו מתוך פרגמטיות ואילוצים, הם הוסיפו לבטא את השקפתם בחתירה לעצב זהות לאומית אחידה – לא לכלל האזרחים, כי אם לציבור היהודי. הצורך לפעול במסגרת היהודית, וההכרה בנפרדותם ובזכות לאוטונומיה של בני הדתות האחרות, היו אבן יסוד במה שדניס שרביט כינה "החילוניות המרוסנת-מעצמה" של היהודים בישראל. שדה ההתייחסות של זו תמיד היה היהדות האורתודוקסית, ולא מעמד הדת במדינה ככלל, והיא הוגבלה על ידי רכיבים דתיים כמו הגיור והמילט. האידאולוגיה של הממלכתיות, שהתוו בן-גוריון ושותפיו, נועדה ליצור עבור החברה אתוס אזרחי מכליל, שלאורה היו אמורים המוני ילדי המהגרים תלמידי בתי-הספר הממלכתיים להתעצב בדמותו של טיפוס ה"צבר". הממלכתיות חידשה סמלים וטקסים משל עצמה, דוגמת המועדים הלאומיים הישראליים והריטואלים הכרוכים בהם, ומיליטריזם חזק. לצידם הוכללו באופן ישיר מוטיבים דתיים-מסורתיים. מערכת ערכים "קוואזי-חילונית" זו, לפי הגדרתו של ברוך קימרלינג, הייתה האתוס הלאומי ההגמוני של המדינה עד שנות ה-80. בקיבוצים, תת-תרבות שהוסיפה לקיים מעגל שנה והוויה חילוניים הרבה יותר הוסיפה להתקיים.
לצד האסכולה של בן-גוריון הדומיננטית, מפלגת מפ"ם והסיעות השונות בתוכה, אף על פי שהיו שותפות לקואליציה לעיתים מזומנות, הוסיפו לדגול בעמדות החילוניות יותר של ימי היישוב. מפ"ם, שהייתה מזוהה עם התנועה הקיבוצית, תבעה הגדרה חילונית בשאלת מיהו יהודי, הסדרת נישואים אזרחיים, הסרת ההגבלות בשבת וביטול סעיפי חקיקה דתית אחרים, והתנגדה גם לשיעורי הדת שיזם שר החינוך ארן.
חילוניות שיטתית וחד-משמעית הובעה על ידי שני חוגים לא-ציוניים בחברה היהודית, ששללו את ההסדרים הדתיים כחלק מביקורתם הכללית על המשטר: הלל קוק (שטבע בשנות ה-40 את הביטוי פוסט-ציונות) ומקורביו באופוזיציה הפנימית בתנועת החרות, תבעו הקמת רפובליקה אזרחית ישראלית; הוועד לגיבוש הנוער העברי (ה"כנענים"), בראשות יונתן רטוש, ביקש להחיות את התרבות השֶמית הקדומה של המרחב, ולכפותה על כל חלקי האוכלוסייה. שתי הקבוצות תבעו הפרדה מוחלטת של הדת והמדינה, ביטול החקיקה הדתית, שוויון אזרחי מלא והפיכת האמונה לעניין פרטי. שתיהן ראו את המעמד הציבורי של הדת בישראל כתסמין בלתי-נמנע של הציונות ושל חוסר האפשרות לספק הגדרה חילונית ליהודים.
ההתמרמרות על המעורבות הדתית בחיים האזרחיים באה לידי ביטוי מעשי, בהקמתה ב-1951 של הליגה למניעת כפייה דתית. הליגה, שלאנשי חוג הלל קוק ול"כנענים" היה ייצוג בולט בין מנהיגיה ושנתמכה על ידי המשאבים של מפ"ם והקיבוצים, הייתה האתגר המשמעותי הכמעט יחיד להסדרים הקיימים. היא הגיעה בשיאה להגשת עצומות עם למעלה מ-100,000 חותמים: בעד נישואין אזרחיים ב-1955, ובעד שירותים ציבוריים בכל ימות השנה ב-1965. היא לא נחלה שום הישג משמעותי וגוועה לאחר מלחמת ששת הימים.
1977–הווה.
מלחמת יום כיפור ב-1973 והמהפך הפוליטי ב-1977 הביאו לקדמת הבמה קבוצות החברתיות שהודרו על ידי השלטון הקודם, בייחוד מזרחים ודתיים. היסטוריונים וחוקרים ביקורתיים פירקו את האתוס הציוני הקלאסי. גם בהשפעה הברית עם ארצות הברית, ליברליזם ואינדיבידואליזם חלחלו אל התודעה והחליפו את הקולקטיביזם הסוציאליסטי המגויס. הלאומיות החילונית שקעה, ובמעמד הבינוני החלה לעלות מגמה ששאפה לחברה אזרחית לפי המודל המערבי. . עלייתם של החרדים, המתנחלים הדתיים, ההזדהות עם המסורת בקרב המזרחים ותנועת התשובה היטו את שיווי המשקל בתוך החברה הישראלית.
התעצמותם של הכוחות האורתודוקסיים הובילו לשורת מאבקים, חלקם חזרה על הסוגיות השנויות במחלוקת מהעשורים הראשונים למדינה. אלו כללו מחאה נגד השבתת שירותים ולמען פתיחת עסקים והפעלת תחבורה ציבורית בשבתות וחגים, ולמען נישואין וגירושין אזרחיים, וכנגד מה שנתפס בעיני החילונים כפריבילגיות להם זוכה הציבור החרדי, כמו פטור משירות צבאי. מאבקים אלו היו בדרך כלל מקומיים ונגעו לאינטרסים מיידיים שונים של מי שנפגעו מההשפעה הדתית במרחב הציבורי (כמו שבא לידי במחאות השבת, דוגמת המאבק למען פתיחת קולנוע היכל בפתח תקווה בשנות השמונים), ולא נשאו צביון עקבי וכולל.
חיכוכים אלו הובילו גם לעלייתה של תודעה וזהות פוליטית של חילוניות בקרב חלקים מסוימים בציבור. זו נסובה בעיקר על חשש ועוינות כלפי התפשטות החרדים, שהפכו לאיום מרכזי בעיני החוגים הליברליים בישראל החל משנות ה-80. היא התגלמה קודם במפלגת "מרצ" ואחר כך במפלגת "שינוי", שהתפצלה ממנה ב-1997, כמו גם במספר אגודות מקומיות. "מרצ", עוד בגלגולה הראשון כ"רצ", ביטאה גישה מקיפה של חילוניות אזרחית. היא קראה להפרדת הדת והמדינה בכל התחומים, כולל ביטול זיקה בין גיור לחוק השבות והנהגת נישואים אזרחיים. "שינוי", שבגלגולה הראשון הייתה בין הקבוצות שייסדו את "רצ" ודגלה בעמדות ליברליות דומות, הפכה לפי הסוציולוג ברוך קימרלינג, למפלגה סקטוריאלית שפעלה למען האינטרסים של המעמד הבינוני האשכנזי-החילוני, אך יש חוקרים אחרים הטוענים שאין באמת חילוניות ישראלית, בשל זיקת החילונים הישראלים לחלק מן הטקסים היהודיים. "שינוי" לחמה נגד החרדים, אך שיתפה פעולה עם הציונות הדתית, ופעולותיה לרפורמה ביחסי דת ומדינה היו שוליות. בעוד שהימין הישראלי הלך ונעשה דתי יותר ויותר, בין 1983 ל-1999 פעלה מפלגת ימין שהטיפה להפרדת דת ומדינה, "צומת". לצד הזירה הפרלמנטרית, הפעילים לחילוניות ניסו אף להבטיח חופש משליטת הרבנות באמצעות כניסה לזירת המילטים. ב-1991 וב-1992, פנו בהתאמה עמותות "השירות החילוני, עמותה לשירות הציבור החופשי" ו"האגודה ההומניסטית-חילונית בישראל" לממשלה, כדי שתכיר בעדה דתית חילונית. בית-המשפט העליון דחה סופית את עתירת האחרונה ב-1997.
בקרב הציבור הערבי, הן המפלגות הקומוניסטיות רק"ח וחד"ש והן הסיעות שדגלו בלאומיות ערבית משותפת לנוצרים ולמוסלמים (שלנוצרים היה משקל ניכר בקרבן) כמו בל"ד, היו מחויבות ברמת העיקרון לחילוניות. אך הצורך לרצות את קהל המצביעים המוסלמי, על רקע התחרות עם המפלגות האסלאמיות העולות, אילץ אותן למעט בהתייחסותן לפן זה בהשקפתן.
חילוניות שיטתית הוסיפה להיות נחלתם של החוגים הפוסט-ציוניים, שפרחו למן שנות ה-80 – תביעה לחופש מלא מדת בישראל הייתה כרוכה באופן כמעט בלעדי עם ביקורת על המיזם הציוני. גופים שביקשו להוציא רעיונות אלו מן ההגות אל הפועל דרשו בין היתר הכרה בלאום ישראלי משותף לכל האזרחים שאיננו תלוי בעדה דתית, וביטול משטר המילטים. הנושא הועלה לפני בית-המשפט לראשונה ב-1972 ונדחה. והוא נדחה בשנית ב-2013. בזרם המרכזי של החברה היהודית, לעומת זאת, התלות בדת כאמצעי להבניית הזהות הלאומית נותרה על עומדה או גברה. בהתאמה, החילוניות כהשקפה אידאולוגית היא גורם חלש, נחלת מיעוט קטן ונדירה למדי. ככל שהחילוניות נוכחת בזירה הציבורית, היא לא התגלמה בחוק ואף השפעתה במפה הפוליטית מועטה. ביטויה מוגבל כמעט רק לארגוני חברה אזרחית שונים, הפועלים נגד השפעת הדת במדינה.