יש טוענים כי החילוניים המתנגדים לביטוי דעות דתיות על ידי מנהיגים פוליטיים, או מעל בימת הממשלה, סותרים למעשה את חופש הביטוי. הסוגיה הופכת מורכבת יותר כאשר קשה לקבוע האם המנהיג הפוליטי מדבר בנימה אישית או מתוקף עמדתו הפוליטית.
הפרדת דת ומדינה למעשה.
הפרדת הדת מן המדינה מופיעה במספר אופנים:
ישנן מדינות המקימות הפרדת יציבה בין דת ומדינה, ואחרות בהן הנושא מצוי בוויכוח פוליטי בלתי מוכרע. חוקת 1905 בצרפת החלה פולמוס בנושא שאף הוביל להתפרעויות.
הפרדת דת ממדינה היא נושא הקשור לחופש הדת אך נפרד ממנו. במדינות שונות בהן קיימת דת רשמית, כגון בריטניה ובלגיה, קיים עם זאת גם חופש דת. עם זאת ייתכן כי לא תהיה למדינה דת או דתות רשמיות, ובכל זאת תהא מתנגדת לאתיאיזם או לבני דתות שאינן בני הדת המקובלת. בארצות הברית, למשל, אין דת רשמית כלשהי ובכל זאת נרדפו האתאיסטים במחוזות רבים במהלך המאה ה-19.
ישנם פירושים שונים למהות הפרדת הדת מן המדינה:
בצרפת, למשל, חל איסור על פי החוק למימון פעילויות דתיות מכספי המדינה (למעט הכמרים הצבאיים ושבחבל אלזס-לורן), אך המדינה כן מממנת פעילויות לא דתיות של מספר בתי ספר דתיים פרטיים, אם הדבר תואם את מדיניותה הכללית ואינו מבוסס על ההבחנה הדתית. בדרך כלל נשמרת הדת בצרפת מחוץ למעגל הפוליטי.
הפרדה ידידותית והפרדה עוינת.
אנשי אקדמיה הבדילו בין סוגים שונים של הפרדת דת ממדינה, הפרדה ידידותית והפרדה עוינת. ההפרדה הידידותית מגבילה את התערבות הממסד הדתי בענייני המדינה, אבל גם מגבילה את התערבות המדינה בענייני הממסד הדתי. הגישה העוינת, מבקשת לתחום את הדת אל ביתו של האדם או אל הכנסייה, המסגד, או בית הכנסת, ומבקשת להגביל במידה מסוימת את לימודי הדת, וטקסים פומביים של אמונה דתית.
המודל הלוחמני של החילוניות צמח עם המהפכה הצרפתית, והיא מאופיינת גם במהפכה המקסיקנית, וחוקת ספרד מ-1931. המודל העוין הזה יכול להיראות בעיני אנשים מסוימים כדומה למדינות אתאיסטיות, ככל הנראה מכיוון שחילוניות זו באה מכיוון של אנשים אתאיסטים.
הפרדת הדת מהמדינה בצרפת בשנת 1905 וההפרדה הספרדית ב-1931 אופיינו כעוינות ביותר במאה העשרים, אם כי המדיניות של אותן מדינות נחשבת ידידותית למדי כיום. נשיא צרפת לשעבר ניקולא סרקוזי, עדיין מגדיר את המדיניות הנוכחית כ "לאיסיטה שלילי", והוא מעוניין לפתח "לאיסיטה חיובי" ולישם מדיניות פתוחה יותר לדת. העוינות של המדינה כלפי הדת נחשבות לסיבה למלחמת האזרחים הספרדית, ולמלחמת האזרחים במקסיקו.
הפילוסוף הצרפתי ז'אק מריטיין שעסק בן השאר בכתיבת ההכרזה לכל באי עולם בדבר זכויות האדם, הצביע על ההבדלים בין המודל שנמצא בצרפת לבין המודל שהיה בארצות הברית באמצע המאה העשרים. הוא החשיב את המודל האמריקאי לידידותי יותר, מכוון שהיה "הבדל חד ושיתוף פעולה אמיתי" בין המדינה לממסד הדתי, שהוא כינה "אוצר היסטורי" והוא הזהיר את ארצות הברית כי "בבקשה, שמרו על זה ואל תתנו לרעיון לסטות ולדמות לרעיון האירופי".
מדינות המקיימות הפרדה בין דת ומדינה.
במדינות שונות נהוגות גישות שונות לגבי ההפרדה.
אוסטרליה.
מאז הקמת האיחוד האוסטרלי ב־1901 ניתן בה חופש דת ודת המדינה הוצאה מן החוק. פרק 116 בחוקה האוסטרלית אומר:
אין לאיחוד לחוקק חוק כלשהו לביסוס דת כלשהי, או לקידום השקפה דתית, או לאיסור פעילות בשם דת כלשהי. הדת לא תהווה קריטריון לקבלה להכשרה למשרד או למשרה ציבורית.
מספר שופטים אוסטרליים הרחיקו לכת באמרם כי אל לממשלה לתמוך בבתי ספר דתיים פרטיים כלל. בכל זאת מאשר בית המשפט הגבוה של אוסטרליה באופן עקבי מימון בתי ספר דתיים.
נושא הפרדת הדת מן המדינה באוסטרליה נדון באופן כללי פחות מאשר בארצות הברית. הפרלמנט האוסטרלי עדיין פותח את מושביו היומיים בתפילה. ההשתתפות בתפילה אינה חובה אך רבים מחברי הפרלמנט משתתפים בה.
קנדה.
כמו לרוב המדינות, גם לקנדה נקודת מבט משלה באשר ליחסי הגומלין הראויים בין דת ומדינה. אין בקנדה דת מדינה, אך ישנן מספר קבוצות דתיות מועדפות. ברוב חלקיה של קנדה קיימת מערכת חינוך קתולית במקביל לזו הציבורית. בתי ספר אלה, המנוהלים לפי עקרונות קתוליים וכוללים פעילויות דתיות, ממומנים על ידי הממשלה הקנדית ממש כשם שממומנים בתי הספר החילוניים. הם מקבלים גם תלמידים שאינם קתוליים ואף שאינם נוצריים, המעוניינים ללמוד בהם בשל רמת החינוך וההזדמנות ללמוד בסביבה בה המוסר והרוחניות אינם מחוץ לתחום. כרוב המדינות, צורת ההפרדה המאפיינת את ארצות הברית אינה קיימת בקנדה. אין איסור או הגבלה על מימון ממשלתי לפעילויות דתיות.
מגילת החרות והזכויות של קנדה, הכלולה בחוקה, קובעת כי "קנדה מיוסדת על בסיס עקרון ההכרה בעליונותו של האל ומצוותיו". כן מובטח חופש הדת. בית המשפט העליון של קנדה, במקרה של Her Majesty The Queen in Right of Canada v. Big M Drug Mart Ltd., (1 S.C.R. 295) קבע כי החוק משנת 1906 שחייב את רוב בתי העסק להיות סגורים ביום ראשון אינו לגיטימי ב"חברה דמוקרטית וחופשית", ומהווה ניסיון בלתי חוקי לכונן חוק על בסיס דת. (ראו גם החוק הכחול).
צרפת.
מאז 1905 קיים בצרפת חוק המחייב הפרדת בין דת ומדינה, ואוסר על המדינה להכיר או לתמוך בדת כלשהי. לפי חוקת צרפת מהווה חופש הדת זכות חוקתית. במהלך הזמן דנו רבות בחוק זה. צרפת דבקה ברעיון החילוני laïcité, שמשמעותו אי התערבות ממשלתית במישור החיים הדתיים ואי התערבות דתית בענייני הממשלה, וכן נייטרליות ממשלתית קשוחה בנוגע לענייני דת. פניית פוליטיקאים לאמונות דתיות לצורך הצדקת מדיניות ציבורית נחשבת מעידה מביכה, שכן מקובל להותיר אמונות דתיות מחוץ למישור הציבורי. אמנם מדיניות המס הציבורי תומכת במספר בתי ספר הקשורים לכנסייה, אך בתי ספר אלו חייבים להסכים ללמד לפי תוכנית לימודים זהה לזו של בתי הספר הציבוריים, ונאסר עליהם לאלץ את תלמידיהם להשתתף בשיעורי דת או להפלות תלמידים על בסיס דתי.
כנסיות, בתי כנסת, מקדשים וקתדרלות שנבנו לפני 1905 ועל חשבון מתפלליהם, נחשבים כעת רכוש המדינה והכלל. עם זאת מותר להשתמש בהם לצורך פעילות דתית בתנאי שהשימוש רצוף. יש הטוענים שקיים בנושא זה סיבסוד לא הוגן המפלה לרעה את האסלאם.
בחבל אלזס-לורן שהיה בשליטת גרמניה כשנקבעה חוקת 1905 והוחזר לצרפת רק לאחר מלחמת העולם הראשונה, עדיין תקף החוק שקדם ל-1905 ומבוסס על קונקורדט, המבטיח מימון ציבורי למוסדות הכנסייה הקתולית, הלותרנית, הקלוויניסטית וכן ליהדות, כולל חינוך ציבורי בדתות אלו. מאפיין ייחודי לחבל זה הוא תשלום לכמרים על חשבון המדינה, והבישופים ממונים על ידי הנשיא בהמלצת האפיפיור. ויכוח תקופתי פורץ מדי פעם בנוגע לנושא זה וכן מאפיינים חוקיים יוצאי דופן אחרים של החבל, כמו גם בנוגע להוצאת דתות אחרות מכלל הסדר זה.
גרמניה.
בתקופה שאחרי המלחמות שלאחר תקופת הרפורמציה חילק העקרון "אשר לו השלטון, לו הדת" את האימפריה הרומית הקדושה למדינות בעלות אמונה אחידה. עקרון זה, שהיה מורכב בשל השינויים בגבולות המדינות בתחילת המאה ה-18, בא לקיצו עם נפילת כל המונרכיות הגרמניות במהפכת 1918.
כיום נפרדת הדת בגרמניה מן המדינה, אך קיים שיתוף פעולה ביניהן בתחומים רבים, שהחשוב שבהם הוא התחום החברתי. כנסיות וקהילות דתיות, אם הן גדולות, יציבות ונאמנות לממסד, עשויות לקבל מן המדינה מעמד מיוחד כ"שיתוף פעולה במסגרת החוק הציבורי" המתיר להן לגבות מס מיוחד מחבריהן. הכנסות אלו נאספות על ידי המדינה בתמורה לתשלום שמעבירה הכנסייה למדינה.
לימודי דת (לחברי אותה דת) כנדרש על ידי המוסד, הם דבר רגיל ברוב בתי הספר בגרמניה. הם מאורגנים על ידי המדינה אך נמצאים במקביל בהשגחת הקהילה הדתית בהתאמה. מורי לימודי הדת מוכשרים באוניברסיטאות ציבוריות.
הורים, או התלמידים עצמם החל מגיל 14, רשאים להחליט שלא להשתתף בשיעורי הדת, אך רוב בתי הספר דורשים השתתפות בשיעורי "אתיקה" או "פילוסופיה" כתחליף. בחלקים מגרמניה קיים מספר קטן אך משמעותי של בתי ספר דתיים הממומנים ברובם (אם כי לעולם לא מימון מלא) על ידי המדינה. עם זאת איש אינו חייב ללמוד בהם. ויכוח ציבורי משמעותי התקיים בעניין כאשר הצהיר בית המשפט החוקתי הפדרלי בשנת 1997 על אי-חוקיות החוק הבווארי המחייב הצבת צלב בכל כיתה. בוואריה החליפה חוק זה בחוק שדרש את אותו הדבר, אלא אם כן יגישו ההורים תלונה רשמית נגד המדינה.
עם העלייה המשמעותית במספר המוסלמים בעקבות הגירתם לגרמניה, התפתח דיון מתמשך בנושא הצעת שיעורי אסלאם לתלמידים המוסלמים. תוכניות אלו נבלמו בשל קשיים בארגון תוכנית לימודים שתתאים לכל הספקטרום האסלאמי. לאחרונה קבע בית המשפט האדמיניסטרטיבי הפדרלי כי הפדרציה האסלאמית בברלין נכללת בהגדרת קהילה דתית על-פי החוק בברלין (השונה משמעותית משאר המדינה). כתוצאה, החליטה ממשלת ברלין להתחיל בהוראת אסלאם בבתי ספר ציבוריים באזורים בהם אחוז משמעותי מן האוכלוסייה הם מוסלמים.
ויכוח מתמשך מתנהל בנושא הכנסייה הסיינטולוגית, כיוון שמדינות גרמניה מסרבות להכיר בקבוצה זו כזכאית למס המיוחד שגובות קהילות דתיות, ומחשיבות אותה כ"עסק" לענייני מיסים. בנושא זה הועלו טענות כי הכנסייה הסיינטלוגית מטפחת תרבות טוטליטרית. אך אין בטענות אלו כדי לאסור את פעילותה של הכנסייה הסיינטולוגית בגרמניה.
יפן.