מתקופת כהונתו של פרופ' ברונו ועד היום המשיכו נגידי בנק ישראל להעמיק את השליטה במדיניות המוניטרית, ופעלו לקביעת התפקיד המרכזי של הבנק בתחום השמירה על יציבות המחירים, לשילוב ישראל בכלכלה העולמית ולעמידה בדרישות ובהמלצות קרן המטבע הבין-לאומית.
בשנת 1991 מונה פרופ' יעקב פרנקל לנגיד הבנק. הוא משכנע את הממשלה להנהיג את משטר יעד האינפלציה, כמו גם פועל לשינוי חוק בנק ישראל. פרופ' פרנקל מבטל כליל את הפיקוח על מטבע החוץ ומעמיק את הליברליזציה בשוקי הכספים.
המאה ה-21.
הנגיד השביעי, דוד קליין מונה לתפקידו בשנת 2000 והמשיך בקווים של קודמיו: יישום רפורמות מוניטריות; ניהל מדיניות מוניטרית קשוחה; הפעלת מאמצים להעברת החוק, וליברליזציה בשוק המטבע חוץ. בתקופתו של קליין הגיע לרתיחה תחום יחסי העבודה. הקונפליקט בין בנק ישראל לבין משרד האוצר הנוגע להסכמי השכר הנהוגים בבנק ישראל הגיע לשיאו. הרקע לסכסוך היה חוק יסודות התקציב, שחוקק עם תוכנית הייצוב ב-1985 שלפיו נקבע בין היתר כי גופים ציבוריים - והבנק בתוכם - יהיו כפופים לחוק זה. האוצר בא בטענות כי הסכמי השכר בבנק ישראל חרגו מן הנהוג בשירות המדינה.
בשנת 2005 מונה הנגיד השמיני, סטנלי פישר. פישר הצהיר על כוונותיו להעביר חוק חדש לבנק ישראל שיחליף את החוק משנת 1954, להסדיר את תחום יחסי העבודה עם האוצר בכל הנוגע להסכמי השכר הנהוגים בבנק, וליישם רפורמה מבנית בבנק. המטרות הללו הושגו: ב-2010 נחקק חוק בנק ישראל החדש (חוק בנק ישראל|חוק בנק ישראל התש"ע-2010), הוסדר תחום יחסי העבודה עם האוצר (תוך שנחתם הסכם שכר כולל חדש, שבמסגרתו עובדים חדשים נכנסים בתנאי שכר פחותים, והופחת גם השכר לעובדים הקיימים), והרפורמה המבנית בבנק יושמה.
עם פרוץ המשבר הכלכלי בשנת 2008 נקט פישר במדיניות שזכתה להצלחה ולהכרה בין-לאומית: הוא הפעיל את מכשיר הריבית בהתאם לשינויים המהירים (הראשון בעולם שהוריד והעלה את הריבית) רכש מטבע חוץ, ורכש אג"ח ממשלתיות כדי להוריד את הריבית לטווחי זמן ארוכים.
בשנת 2008 בוצע בבנק שינוי ארגוני, במסגרתו נסגרו המחלקה לפעילות המשק במט"ח (שעל בסיסה קמה החטיבה למידע וסטטיסטיקה), המחלקה המוניטרית (שחלק ממנה אוחד עם מחלקת המט"ח ליצירת חטיבת השווקים, וחלק אחר עם מחלקת המחקר ליצירת חטיבת המחקר), ומנהל מלוות המדינה. מחלקות הבנק אורגנו מחדש במסגרת חטיבות המחולקות לאגפים.
בשנת 2013 מונתה ד"ר קרנית פלוג לנגידת הבנק. היא המשיכה במדיניות קודמיה הן במישור העמקת השליטה המוניטרית והן בתחום שילוב ישראל בכלכלה העולמית.
בשנת 2018 מונה פרופ' אמיר ירון לנגיד הבנק.
תפקידי הבנק.
שמירה על יציבות המחירים.
תפקידו העיקרי של בנק ישראל הוא שמירה על יציבות המחירים במשק. (בעיקר מניעת אינפלציה, אך בתחילת שנות האלפיים גם מניעת דפלציה) בנק ישראל, ככל בנק מרכזי, מנהל מדיניות מוניטרית שעיקרה קביעת שער ריבית בנק ישראל, בו הוא מלווה כסף לבנקים או לווה מהם (הריבית המוניטרית). פרמטר בודד זה מהווה כלי עיקרי עבור בנק ישראל להשפעה על כמות הכסף במשק.
התאוריה גורסת כי קביעת ריבית ברמה גבוהה מדי תרסן את הפעילות הכלכלית במשק, היות שהיא תביא אנשים להשאיר את כספם בבנק ולא להשקיע אותו בעסקים חדשים, ועלולה להוביל בנסיבות מסוימות להאטה או אף למיתון. קביעת ריבית ברמה נמוכה מעודדת את הפעילות הכלכלית במשק, אך עלולה להוביל ללחצים אינפלציוניים ולעליית מחירים.
ממשלת ישראל קובעת מאז 1992 את יעד האינפלציה השנתי, אשר מהווה את "יציבות המחירים" שבנק ישראל נדרש לחתור ולהשיג על פי החוק. בשנים האחרונות היה יעד האינפלציה השנתי בין אחוז לשלושה אחוזים. קיימת ביקורת כלפי בנק ישראל ולפיה הבנק נוקט במדיניות מוניטרית מרסנת מדי, שהביאה את רמת האינפלציה בשנים 2003 עד 2006 לשיעור אפסי, נמוך מהיעד השנתי.
הכלים העיקריים שמפעיל הבנק במסגרת המדיניות המוניטרית הם הלוואות לבנקים, קבלת פיקדונות מהבנקים, ופעילות בשוק ההון כמכירת מק"מ בשוק הראשוני, וקביעת שיעורי נזילות על פיקדונות. במהלך המשבר הכלכלי העולמי ואחריו הפעיל בנק ישראל גם כלי מדיניות שנחשבים ללא שגרתיים, כגון רכישת אג"ח ממשלתיות, ורכישות מט"ח בשוק המט"ח.
הפיקוח על הבנקים.
החטיבה לפיקוח על הבנקים היא הרגולטור של המערכת הבנקאית. מתוקף תפקידיה היא אחראית ל:
בראש החטיבה עומד המפקח על הבנקים, המקביל בתפקידו לממונה על שוק ההון במשרד האוצר וליו"ר רשות ניירות ערך.
המפקח על הבנקים מתייעץ בנושאים הקשורים לקביעת הוראות לניהולם התקין של בנקים עם הוועדה המייעצת לענייני בנקאות, שאותה ממנה הנגיד; מתוך חברי הוועדה המייעצת לענייני בנקאות, ממנה הנגיד חמישה חברים שמכהנים כחברי ועדת הרישיונות ומייעצים לנגיד ולמפקח על הבנקים, בין השאר, בנושאים הקשורים במתן רישיונות לבנקים ולתאגידים בנקאיים אחרים ולסולקים, במתן היתרי השליטה והחזקה בתאגידים בנקאיים ובסולקים, ובהפסקת כהונתו של נושא משרה.
מתוקף תפקידו אחראי המפקח על הבנקים גם לביצוע מדיניות בנק ישראל ככל שזו נוגעת למערכת הבנקאית, ובכלל זה פיקוח על שיעורי הנזילות והלימות הון ומגבלות על אשראי, ובפרט על אשראי לסקטורים מסוימים (כגון מגזר הנדל"ן) או ללוֹוִים מסוימים (מגבלת לווה בודד).
הפיקוח על הבנקים פועל באמצעות חמישה גופים מרכזיים: אגף הביקורת, אגף הערכה מוסדית, אגף מדיניות והסדרה, אגף בנק-לקוח ואגף טכנולוגיה וחדשנות. בראש כל אחד מהאגפים עומד מנהל אגף שהוא סגן למפקח על הבנקים, ואליו כפופים מנהלי יחידות הפועלים בתחומים מקצועיים שונים.
המפקח על הבנקים הנוכחי הוא יאיר אבידן.
ניהול יתרות המט"ח.
ניהול יתרות המט"ח של מדינת ישראל מופקד בידיה של חטיבת השווקים בבנק. תפקידן העיקרי של היתרות הוא להוות כרית ביטחון למדינה בתקופות משבר, ולהקטין למינימום את הסיכויים להתפתחות משברים בשוק המט"ח המקומי. החזקת היתרות משפרת את מעמדה הפיננסי הבינלאומי של מדינת ישראל כלווה. היקף היתרות בעשור הראשון של המאה ה-21, עד אמצע 2008, נע סביב 25–30 מיליארד דולר, סכום המכסה כחמישה חודשי יבוא של המדינה, ובבנק ישראל התבטאו בזכות הגדלתן. החל מ-2008 החל בנק ישראל במהלך מסיבי של רכישת מט"ח שהסתכם נכון ל-2012 בקרוב ל-50 מיליארד דולר. בקרב כלכלנים נשמעת גם ביקורת על החזקת יתרות בהיקף כה גדול, בפרט לאור הפרשי הריבית המתקבלים בגין המט"ח לאלה המשולמים בגין הכספים שמממנים רכישות אלו.
התערבות בשוק המט"ח.
עד שנות התשעים של המאה העשרים החזיק הבנק ביתרות מט"ח בגובה של מספר מיליארדי דולרים. החל מ-1996 החל בנק ישראל ברכישה מסיבית של מט"ח והיתרות, שהסתכמו בסוף 1995 ב-8.3 מיליארד דולרים, הגיעו בסוף 1999 ל-22.5 מיליארד. רכישה זו הייתה במסגרת מדיניות רצועת הניוד האלכסונית אשר נבעה מהיצע גדול של מט"ח על רקע הריבית השקלית הגבוהה, ששררה במשק בסוף שנות התשעים.
למרות קיומן של היתרות, השימוש בהן ככלי היה נדיר ביותר. לא נעשה בהן שימוש גם בתקופות בהן הסתמן משבר בשוק המט"ח. אפילו במשבר של שנת 2002, במהלכה הגיע שער הדולר לשיא של 5 שקלים, העדיף בנק ישראל להשתמש בנשק הריבית ולא למכור מט"ח מהיתרות.
המדיניות השתנתה בתקופת כהונתו של סטנלי פישר כנגיד. החל ממרץ 2008, משהגיע שער הדולר לשפל של כ-3.4 שקלים, הודיע בנק ישראל כי בכוונתו להגדיל את יתרות המט"ח שלו לכ-40 מיליארד דולר תוך שנתיים, על ידי רכישה יומית של כ-25 מיליון דולר בשוק המט"ח.
בהמשך הגדיל הבנק את רכישותיו, והגיע ליעדו - 40 מיליארד דולר - כבר בתחילת 2009, תוך העלאה ניכרת של שער החליפין. ברם, המשך הלחצים לייסוף המטבע המקומי הביא את רמת היתרות לכמעט 80
מיליארד בספטמבר 2012. התערבות זו בשוק המט"ח (אשר הביאה את ישראל להפסדים ניכרים עקב פיחות בערך הדולרים המוחזקים בבנק ישראל) ספגה ביקורת, משום שלא הביאה לתוצאות ועלתה למשק הון רב. יש שראו בה סבסוד היצואנים על חשבון שאר הציבור.
הבנק של הבנקים.
בתוקף תפקידו כבנק מרכזי, משמש בנק ישראל כבנקאי של הבנקים בישראל. הבנק מלווה כסף למערכת הבנקאית ולווה ממנה, ומחזיק אצלו חשבונות בשקלים ובמט"ח של הבנקים.
הבנקים מעבירים לחשבונותיהם בבנק עודפי כספים שהצטברו אצלם, וכן כספים שעליהם להחזיק בבנק על פי הוראות הנזילות. בחשבונות הבנקים בבנק ישראל מתבצעות גם עסקאות בין הבנקים לבין עצמם.
בחשבונותיהם מושכים הבנקים כספים שהתקבלו מבנק ישראל במסגרת ההלוואות המוניטריות.
תפקיד חשוב נוסף של בנק ישראל במערכת הבנקאית הוא ניהול המסלקה הבנקאית. מסלקה זו נמצאת בתל אביב, ובה מחליפים הבנקים בינם לבין עצמם המחאות וממסרים בהיקף של מאות מיליארדי שקלים בשנה.
הבנק של הממשלה.
בהתאם לחוק בנק ישראל, משמש הבנק כבנקאי של הממשלה. במסגרת זו, משרדי הממשלה מנהלים חשבונות, בשקלים ובמטבע חוץ, בבנק ישראל ומקבלים שירות בנקאי הכולל בין השאר העברות כספים בארץ ולמקומות רבים ברחבי העולם. שירות בנקאי זה מבוצע במגוון מטבעות ואמצעי תשלום וכולל שירותים בנקאיים נוספים. בנק ישראל מנהל גם את מלוות המדינה ועוסק בפדיונם לבעלי המלוות.
מתן ייעוץ כלכלי לממשלה.
נגיד בנק ישראל מוגדר על פי חוק כיועץ הכלכלי לממשלה. מתוקף תפקידו משתתף הנגיד בגיבוש המדיניות הכלכלית של הממשלה, ונוטל חלק בישיבות של ועדת השרים לענייני כלכלה ובישיבות ממשלה העוסקות בנושאים כלכליים מהותיים.
הנגיד מבצע את תפקידו בין היתר על סמך נתונים שמרכזת חטיבת המחקר של הבנק בתחומי הפעילות הריאלית, שוק העבודה, מאזן התשלומים, רמת המחירים במשק, שוק ההון ועוד.