בהצהרתו הראשונה של קולצ'ק אל הצבא הלבן הכריז על קבלת סמכויות הנהגה מעל הצבא והצי והורה על פיטוריו של הגנרל בולדירב, שאחז בתפקיד דומה לזה של מפקד הצבא והצי בעת שירותו תחת הדירקטוריון. קולצ'ק הודיע לבולדירב על ההפיכה שהתרחשה בקשר ישיר עת היה בולדירב באופה, ליד קו החזית. בולדירב זעם על ההפיכה והורה לקולצ'ק להשיב את הדירקטוריון על כינו ולמצוא ולהעניש את אלו האחראים על ההפיכה. בולדירב טען על קיומו של אויב מתוך המחנה הלבן הפנימי אך קולצ'ק סירב לשמוע לו והורה לו להישאר לשוב לאומסק לקבלת פקודות נוספות. בולדירב מצידו לא הסלים את המצב ונענה לדרישתו של קולצ'ק.
ההטמאן סמיונוב ששלט נכון לאותה העת בעבר הבאיקל המשיך לקבל תמיכה מצידה של יפן, וסירב לקבל את עליונותו של קולצ'ק מעליו ולהכיר בו כמנהיג העליון של רוסיה. סמיונוב, בשום נקודה במערכה, לא שלח את כוחותיו להשתתף במאבק צבאותיו של קולצ'ק נגד האדומים בהרי האורל ומערבה להם. ב-1 בדצמבר הורה קולצ'ק על מעצרו של סמיונוב, הוראה שלא הוצאה לפועל עקב העובדה שסמיונוב, שפעל כאיל מלחמה עצמאי, היה בשליטה מלאה על עבר הבאיקל, ומנע את תנועתם של חיילי קולצ'ק. בקיץ 1919, עם התערבות של נציגים יפנים וראש המשלחת הצרפתית, מוריס ז'נין, הגיעו ממשלותיהם של קולצ'ק וסמיונוב להסדר. תחילה, מינויו של קולצ'ק למנהיג העליון עורר מאבקים גם עם ההטמאן של סמיפלטינסק והמנהיג הקוזאקי של אורנבורג, אלכסנדר איליץ' דוטוב. מטרתו הראשונה של קולצ'ק הייתה להשיג הכרה בסמכותו מצד הצבא והאוכלוסייה האזרחית, כמו גם הכרה מצדם של מנהיגי הצבאות הלבנים השונים המפוזרים ברחבי רוסיה ומדינות ההסכמה. ביום ההפיכה פרסם קולצ'ק הצהרה לאוכלוסייה האזרחית:
קולצ'ק החשיב את מטרתו הבאה: "להחיות ולשחזר מדינה גוססת", כאפשרית רק בסיומה של מלחמת האזרחים. הוכרז כי מטרתו של המנהיג העליון תהיה להעביר את סמכויות הממשל לידי האזרחים. הסיסמה הפוליטית המרכזית של משטר קולצ'ק הייתה "שחזור של לגיטימיות". בפגישה עם נציגי התקשורת ב-28 בנובמבר, קולצ'ק הכריז כי חוק וסדר קשורים זה בזה. בכל הקשור למעורבים הישיר בהפיכה, קולצ'ק הורה על זיהוי המעורבים במאסר חברי הדירקטוריון ושליחתם לחקירות ומשפטים. ביום שלמחרת הכריזה הממשלה כי קצינים קוזאקים שונים בפיקודם של הקולונל ויאצ'סלב איוואנוביץ' וילקוב ואחרים, נכנעו לרשויות השלטון באומסק. לאחר חקירה בת שלושה ימים שוחררו כל המעורבים בהפיכה ובהמשך הועלו בדרגותיהם בהוראת ממשלת קולצ'ק.
על אף התמיכה הרבה בקולצ'ק ממפלגות הימין וגורמים רבים בתוך שורות הצבא, הליך מינויו למנהיג העליון וייצור שלטונו לא התרחשו באופן חלק לגמרי ללא התנגדות. מדינות ההסכמה נזהרו בתגובתם לאירועי ההפיכה באומסק, בעיקר לנוכח ההודעות על קושרים מלוכנים ריאקציונרים שכביכול הנהיגו מרידה בדירקטוריון והובילו לקרע במחנה הפנימי של התנועה הלבנה. קולצ'ק ניסה להרגיע את האוכלוסייה האזרחית בסיביר כמו גם את הממשלות של מדינות ההסכמה בעזרת סדרת נאומים בהם חזר פעם אחר פעם על כך שאין בכוונתו להשיב את המלוכה על קנה. הענף הרוסי במועצה הצ'כוסלובקית הודיע על סלידה מאירוע ההפיכה בעוד מפקד הלגיון הצ'כוסלובקי, יאן סירובי, הורה לאנשיו להישאר נייטרלית בעניין ההפיכה ה-18 בנובמבר בטענה כי היה זה משבר פנימי-רוסי. נוסף על כך, סירובי העמיד חיילים מלגיונו שהיו מעורבים בתעמולה רוסית מול כיתת יורים. קולצ'ק תקף בחריפות את עמדתה של המועצה הצ'כוסלובקית בטענה כי לא היה ברצונו לשמוע לדעתם של זרים. ברוב סיביר, האורל והמזרח הרחוק הייתה תגובה חיובית להפיכה מצד האוכלוסייה הכללית, שקראה מזה זמן מה לריכוז נרחב יותר של סמכויות שלטוניות עבור המאבק בבולשביקים.
קולצ'ק קיבל מכתבי ברכה על מינויו למנהיג העליון מצידם של רשויות מקומיות שונות, פעילי תעשייה ומסחר, ארגונים ציבוריים, גורמים צבאיים ואזרחים פרטיים. כך הכריז קונגרס הספנים הסיביריים: מצד שני, נציגי הסוציאל-רבולוציונרים והמנשביקים גינו את ההפיכה ואת הדיקטטורה ואף קראו לתומכיהם לצאת במרידה מזוינת נגד משטרו של קולצ'ק. לאחר פיזורה של האספה המכוננת הרוסית בידי הבולשביקים חבריה התארגנו מחדש ביקטרינבורג בתחילת 1919. יושב ראש האספה היה ויקטור צ'רנוב, ממנהיגי המפלגה הסוציאל-רבולוציונרית. ב-19 בנובמבר פנתה האספה "לכל עמי רוסיה" להתאחד נגד הקושרים באומסק. בתגובה הכריז קולצ'ק על פירוקה של האספה המכוננת ומעצר מנהיגיה. ממלא ההוראה של קולצ'ק היה המוצב הצ'כוסלובקי בעיר בראשות רדולה גאידה, ששלח את העצורים לבסיס הצ'כוסלובקי בצ'ליאבינסק ומשם לאופה. בהוראת קולצ'ק, ב-3 בדצמבר הועברו 30 צירים של האספה מאופה לאומסק ונפתחה חקירה נגד ועד מפלגת הס"ר.
באופה, נציגים של ממשלים דמוקרטיים מקומיים נאמו נגד ההפיכה ודרשו שראש הממשלה וולוגודסקי ישיב ממשל 'לגיטימי'. ממשלים מקומיים אלו ניסו להשיג תמיכה מצד הצ'כוסלובקים והקוזאקים להפיכת-נגד להפלת קולצ'ק אך עשו זאת ללא הצלחה. ב-30 בנובמבר הורה קולצ'ק על מעצרם של "המורדים" מאופה. בה בעת קבעה ממשלת אומסק עונש מוות על פעילות נגד המנהיג העליון. הממשלה דרשה מהאוכלוסייה האזרחית להעביר לידיה נשק פרטי עבור הצבא. נשק ציד לא נכלל עקב העובדה שתושבים סיביריים רבים באזורים מדוללי אוכלוסין נשענו עליהם למחייתם. לאחר ששוחררו ושבו להתנגדותם לממשל, קולצ'ק הורה בדצמבר על מאסר מחודש של צירי האספה המכוננת שפוזרה. בליל ה-22 בדצמבר פרצה מרידה בולשביקית בתוך אומסק שנמחצה במהרה ביד ברזל של המוצב הצבאי. 277 מורדים נהרגו במקום ועוד 166 הובאו מול כיתת יורים. הבולשביקים המורדים ניסו לשחרר צירי אספה עצורים ומתוכם 8 נהרגו. הבולשביקים גם השתמשו בטקטיקות של לינצ'ים נגד קצינים נאמנים לקולצ'ק. מאוחר יותר שוחררו כל צירי האספה העצורים.
לאחר אירוע המרידה באומסק, רוב המנשביקים והסוציאל-רבולוציונרים החמושים בסיביר ובאורל עברו להתנגד לממשל קולצ'ק באופן מחתרתי. חלק מפעילי הס"ר אף החלו לשתף פעולה עם הבולשביקים ברואם את ממשלת קולצ'ק הרודנית כעוינת עוד יותר מאשר הבולשביקים. בסוף ינואר 1919, בתגובה להשערות בעיתונאים זרים בנוגע לגורמים להפיכת ה-18 בנובמבר, יצאה ממשלת קולצ'ק בהצהרה שהציגה את הפלת הדירקטוריון כנדרשת ואת מנהיגי הארגון כצרי טווח ראייה וחסרי יכולת להנהיג את המדינה הרוסית במלחמתה נגד הבולשביקים. כמו כן, במסגרת ההצהרה הואשמו מעורבי מפלגת הס"ר בהחדרת אידיאלים פוליטיים לתוך שורות הדרג הצבאי ובניסיון להקים מיליציה עצמאית המבוססת מפלגתית.
מדיניות חוץ.
קולצ'ק פעל בעניין מדיניות חוץ לשמור ככל הניתן על יחסים חמים עם מדינות ההסכמה ושיתוף פעולה עמם במלחמת אזרחים. כדי לחזק את הקשרים הכריז קולצ'ק ב-21 בנובמבר 1918 שהמדינה הרוסית היא היורשת של האימפריה הרוסית וככזאת ירשה את חובותיה עבור מדינות ההסמכה (לרוסיה היה חוב חיצוני בסך 12 מיליארד רובל רוסי נכון לסוף 1917). היחסים עם מדינות ההסכמה לא היו חסרי מגרעות. תחילה ראו עצמם מנהיגי בריטניה וצרפת, דייוויד לויד ג'ורג' וז'ורז' קלמנסו, כמנהיגים מאבק מאוחד נגד הבולשביקים על גבי אדמת רוסיה. ב-13 בדצמבר דרש הגנרל הצרפתי ז'נין שיינתן לו מידי קולצ'ק מנדט פיקוד על כל החיילים בסיביר, חיילים רוסים וחיילי מדינות ההסכמה כאחד. קולצ'ק הגיב שיעדיף להישאר ללא כל תמיכה של מדינות ההסכמה מאשר להיענות לדרישות אלו.
ב-19 בינואר 1919, לאחר ויכוחים ממושכים, התמנה ז'נין למפקדו הראשי של מטה מדינות ההסכמה על אדמת רוסיה. מדינות ההסכמה ריכזו את כוחותיהם בעיקר בצפון רוסיה ובמזרח הרחוק, ולא השפיעו רבות על מהלך מלחמת האזרחים דרך התערבות ישירה. האיום הגדול ביותר לבולשביקים הגיע מכיוון התנועה הלבנה מחד ובהמשך גם הרפובליקה הפולנית השנייה מאידך (ראו המלחמה הפולנית-סובייטית). על אף מאמציהם של מדינות ההסכמה, עם כניעתם של מעצמות המרכז ב-11 בנובמבר 1918 וסיום מלחמת העולם הראשונה, הלגיון הצ'כוסלובקי התחפר בעמדתו שעליו לשוב לארצו ולא להילחם במלחמתם של הרוסים. מצב זה כאמור גרם לקרע גדל בין התנועה הלבנה והלגיון הצ'כוסלובקי. בלחץ מדינות ההסכמה הסכימו הצ'כוסלובקים לשמור על משמרם לאורך מסילת הרכבת הטרנס סיבירית.
הגנרל ז'נין, שנמנע מידיו מלהשיג משרה יוקרתית של מפקדה הצבאי העליון של כל סיביר, נקט במרירות מנקודה זאת והלאה כלפי קולצ'ק. ז'נין היה בכך מהופך לחלוטין ממקבילו הבריטי, אלפרד נוקס, שתמך בקולצ'ק. מטרת מדיניות החוץ הרשמית של ממשלת קולצ'ק הייתה השגת הכרה בינלאומית מצידן של הארצות המנצחות במלחמת העולם הראשונה. המשלחות הדיפלומטיות לעומת זאת לא מיהרו להכיר בממשלו כמייצגה הלגיטימי של רוסיה. בתחילת שנת 1919 העניקה ממלכת הסרבים, הקרואטים והסלובנים הכרה רשמית דה יורה בממשלת קולצ'ק. לאחר שבחנו את פעילותם של הגורמים הראקציונרים בתוך ממשלת קולצ'ק, מדינות ההסכמה, דרך המועצה הפיקודית העליונה, הכריזה על תמיכתה הרשמית בקולצ'ק ב-26 במאי.
איחוד התנועה הלבנה.