כמו לכל ארגון ביטחוני, גם למג"ב יש מטה התומך בפעילות המבצעית שלו. מטה מג"ב יושב בלוד וכפוף לסגן מפקד מג"ב, קצין בדרגת תת-ניצב. במטה מג"ב חמישה אגפים: אגף אג"ם, העוסק במבצעים, הדרכה וחינוך; אגף אמ"ש, התומך בכוח האדם במג"ב; אגף את"ל, העוסק בתכנון ובלוגיסטיקה ברמה החילית; אגף ארגון ותקינה; ואגף יישובים, המפקח על השיטור הכפרי במג"ב ועל מערך המתנדבים. בנוסף קיימות במטה מג"ב מחלקות טכנולוגיה, אמצעי לחימה ומחשוב, וכן מחלקת חקירות ומודיעין חילית.
סוגי יחידות במג"ב.
פלוגות ביטחון שוטף (בט"ש) ויחידות 101 בט"ש.
יחידות לביטחון שוטף. תפקידם העיקרי: אבטחה, שמירה על הסדר ומניעת פח"ע (פעילות חבלנית עוינת). לכל אחת מפלוגות הבט"ש ישנה גזרה בה היא יושבת דרך קבע. בעבר מרבית יחידות מג"ב פעלו במבנה של פלוגות, אך בשנים האחרונות מבנה זה מפנה את מקומו לסוגי יחידות נוספות, כיום קימות פלוגות בט"ש בירושלים ובעוטף ירושלים, באיו"ש ופלוגה בודדת לאבטחת נציגויות בתל אביב. במחט"ב ירושלים, בשל מספר פלוגות רב שהיו בו, הוחלט לאחד כל 2 פלוגות בט"ש ליחידת 101 בט"ש אחת.
סיירת משמר הגבול (סמ"ג).
במרבית מחט"בי מג"ב (למעט מג"ב צפון ומג"ב איו"ש) ישנה פלוגה או שתיים של סיירת משמר הגבול. לוחמי הסמ"ג עוברים הכשרה נוספת לאחר הטירונות שלהם (קורס יסמ"ג) ומתמחים במאבק בהפרות סדר ופח"ע. לוחמי סמ"ג משתמשים רבות באמצעים לפיזור הפגנות. יחידות אלו הן המקבילה במג"ב ליחידת היס"מ של המשטרה הכחולה.
שחר 101.
יחידות שחר 101 הן יחידות בנות 101 שוטרים, שהוקמו בשנים 2011–2012 על ידי איחוד של שתי פלוגות לכל יחידה. יחידות אלו קיימות בכל מחט"ב למעט מג"ב איו"ש, ומתמחות בבילוש ומאבק בפשיעה, בנוסף להכשרת הבט"ש שלהן. יחידות אלו באו כהמשך וכתחליף ליחידות הימ"ג ויחידות הבט"א (ביטחון אישי) שפעלו בעבר במשמר הגבול ונאבקו בפשיעה באזורים העירוניים. בכל יחידת שחר 101 קיים מחלק בילוש, הבלשים במחלק עוברים הכשרה מיוחדת ופועלים בבגדים אזרחיים כנגד הפשיעה בגזרת המחט"ב.
יחידה מרכזית מיוחדת (ימ"מ).
הימ"מ, שנקראת גם היחידה המשטרתית המיוחדת ללוחמה בטרור, היא יחידת עלית מיוחדת משטרתית ויחידת השתלטות בה משרתים אנשי קבע בלבד, שרואים בשירות ביחידה את מקצועם. היחידה מתמחת בלחימה בטרור, בעיקר בהתמודדות עם אירועי השתלטות, בני ערובה ומיקוח. לצד פעולות השתלטות הימ"מ מבצעת גם מבצעי יירוט מבוקשים (מעצר או סיכול ממוקד) בשטחי יהודה ושומרון, משימות מיוחדות עבור שירות הביטחון הכללי (שב"כ) וכן פעילות משטרתית מיוחדת. הימ"מ לא שייכת לאף אחד ממרחבי מג"ב והיא נחשבת למפקדה נפרדת במסגרת משמר הגבול. היחידה מפעילה בין השאר לוחמי פריצה, "קופים" (לוחמים המתמחים בטג"ח: טיפוס, גלישה, פאסט-רופ וחילוץ), צלפים, חבלנים וכלבנים. הנשק האישי של לוחמי היחידה הוא אקדחי גלוק 17 וגלוק 19c, ורובי M4A1 קרבין משופרים. נשק נוסף כולל רובי שוטגאן, מקלעים ותת-מקלעים, רימונים ורובי צלפים מדויקים.
היחידה קמה כהפקת לקחים מאירועי הטבח במעלות, חטיפת מטוס סבנה וטבח הספורטאים במינכן. בשנותיה הראשונות נתקלה היחידה בחשדנות ובאירועים כמו אירוע קו 300 וחטיפת נחשון וקסמן הועדפה סיירת מטכ"ל על פניה, אולם עם השנים, בעקבות הצלחות מבצעיות רבות של היחידה זכתה היחידה למוניטין רב. היחידה פעלה באופן נרחב באינתיפאדה השנייה וסיכלה מאות פיגועי טרור, כולל הריגה של כ-180 מחבלים, מהם 50 מחבלים מתאבדים. הפעילות הסיכולית נגד הטרור המשיכה גם לאחר האינתיפאדה, והימ"מ היה שותף למבצעים רבים בהם נעצרו או נהרגו מחבלים, חלקם מבצעי "סיר לחץ". ב-2013 ו-2014 הוביל הימ"מ מספר מבצעים בעלי פרופיל גבוה נגד הטרור הפלסטיני עליהם זכה בצל"ש המפכ"ל ומספר מלוחמיו בעיטורי משטרת ישראל. היחידה זכתה בצל"ש מפכ"ל נוסף על פעילותה ללוחמה בגל הטרור הפלסטיני (2015–2016).
כיום נחשבת הימ"מ לאחת היחידות הטובות בעולם בתחומי הלחימה בטרור. צלפי הימ"מ נחשבים למקצועיים והטובים ביותר בישראל.
דרישות הקבלה לימ"מ הן שירות קרבי מלא בצה"ל או במג"ב, והכשרה של רובאי 08 ומעלה עם עדיפות לבוגרי קורס פיקודי. המועמדים עוברים תהליך סינון קפדני ומבחנים מפרכים כדי לברור את הטובים ביותר. מסלול המיון וההכשרה של הימ"מ נחשב לאחד המסלולים התובעניים ביותר בעולם ורק בודדים צולחים אותו מדי שנה.
יחידת מסתערבים (ימ"ס).
יחידות הימ"ס הן יחידות מיוחדות של מסתערבים ללוחמה בטרור. במג"ב ישנן שלוש יחידות מסתערבים (במג"ב דרום, מג"ב איו"ש ובמג"ב ירושלים) העושות פעילות הסתערבות, תפיסת מבוקשים ופעילויות מיוחדות נוספות. יחידות הימ"ס קמו כתגובה לאירועי האינתיפאדה הראשונה, בה נדרשו שוטרי מג"ב להתמודד עם התקוממות עממית גדולה. לוחמי הימ"ס התמחו בחדירה ללב ההפגנות תוך התחפשות לערבים ושליפת המתפרעים מתוך ההפגנה לצורך עצירתם. מאז החל הימ"ס לשמש ככוח מיוחד ללוחמה בטרור, לאו דווקא בדרכים מסוערבות. יחידות הימ"ס מפעילות גם צלפים, הנחשבים לטובים מאוד ואף זכו מספר פעמים באליפות הצליפה של ישראל שמארגן בית הספר ללוחמה בטרור, קליעה וצליפה של צה"ל.
לוחמי הימ"ס עוברים קורס נוסף לאחר הטירונות שלהם לפני הכשרתם כלוחמים ביחידה.
במסגרת ימ"ס ירושלים קיימת יחידה קטנה של מתיל"ן (מארבים, תצפיות, יירוטים, ולוחמה ניידת), שהיא יחידה טקטית מיוחדת לאיסוף מודיעין וליירוט מבוקשים.
יחידה כפרית.
בכל מרחב מג"ב (למעט מג"ב איו"ש) ישנה יחידה כפרית וימ"ר כפרי (יחידה מקבילה לימ"ר של משטרת ישראל, אך עוסקת בפשיעה חקלאית). יחידות אלו מתמקדות בפשיעה במגזר הכפרי: לחימה בגנבות חקלאיות, סיור ושמירה על הסדר. בשנת 2017 חנך משמר הגבול יחידה שהורכבה מאנשי השומר החדש. למג"ב אחריות בלעדית במדינת ישראל על השיטור הכפרי.
מתנדבים.
במג"ב קיים מערך מתנדבים רחב. במערך אזרחים רבים העוברים הכשרות במג"ב ומשתתפים בפעילות שיטור באזור מגוריהם במסגרת משמר הגבול. מערך המתנדבים במג"ב, שהוקם ב-1989, מכונה 'מתמי"ד' (מתנדבים במדים) והוא פועל בשיתוף עם המועצות האזוריות. במג"ב קיים בית ספר למתנדבים ואף קורס קצינים למתנדבים. מתנדבי משמר הגבול מסייעים לחייל בפעולות ובמבצעים רבים.
יחידות נוספות.
במג"ב יחידות נוספות הנמצאות במקומות בודדים כגון: יחידות כלבנים (במג"ב מרכז, במג"ב חוף ובמג"ב ירושלים) - יחידות המפעילות כלבים לצורכי שיטור בתחומי העיסוק של מג"ב, יחידות יחידות חבלה (במג"ב איו"ש), יחידת ליווי עצורים (במג"ב איו"ש), יחידת בט"פ (ביטחון פנים) אילת (במג"ב דרום) - יחידה האמונה על ביטחון הפנים בעיר הדרומית ויחידות סיירות במג"ב מרכז, חוף ובירושלים - יחידות לסיור ואבטחה באזורים העירוניים, בהן משרתות נשים בלבד.
נשק ואמצעים.
רובה השירות של לוחמי משמר הגבול הוא רובה סער M16 מדגמים "מקוצרים": CAR-15 ו-M4 קרבין, לחלק מן הלוחמים מצורף מטול רימונים M-203. קציני ונגדי מג"ב, וכן לוחמים ביחידות המיוחדות נושאים אקדחים מסוג גלוק 17, גלוק 19, יריחו או FN HP. יחידות מסוימות, כגון יחידת סיירות ירושלים נושאות אקדח ברטה 0.22. המאג משמש כנשק היחידתי במרבית יחידות מג"ב. ביחידות המיוחדות משתמשים במגוון כלי נשק אישיים ויחידתיים נוספים, כגון רובי צלפים, תת-מקלעים ורובי שוטגאן.
במג"ב נעשה שימוש רב באמצעים לפיזור הפגנות. לוחמי מג"ב משתמשים בין השאר באלות ובמגנים, ברימוני גז מדמיע ורימוני הלם, בכדורי גומי ובמכת"זים.
במג"ב נעשה שימוש בכלי רכב מסוג סופה, קרקל, דוד ובמגוון ניידות ורכבי סיור. במספר יחידות במג"ב נעשה שימוש באופנועים.
הכשרה וסמכויות.
כדי להגיע למג"ב נדרש פרופיל רפואי של לוחם (82 ומעלה) ולסמן את מג"ב כאחת מהאפשרויות הראשונות בשאלון ההעדפות. לוחמי מג"ב עוברים טירונות של כארבעה חודשים בבה"ד מג"ב במהלכה הם עוברים הכשרות נשק, קליעה, לוחמה בשטח פתוח ובשטח בנוי, שדאות, תפקידי משטרה, לוחמה בטרור, מאבק בהפרות סדר וביטחון פנים, סדרת חינוך והתמחות במקצועות: קשר, חבלה ועזרה ראשונה. מסיימי טירונות מג"ב מוכשרים כרובאי 05. עיקר הטירונות של לוחמי מג"ב עוסקת באימוני לחימה, אך בנוסף לאימוני חי"ר, במג"ב מדגישים נושאים הקשורים ללחימת בט"פ - כלומר לחימה בסביבה אזרחית - כמו ירי סלקטיבי, טיפול בהפרות סדר וכדומה. במהלך ההכשרה של לוחם מג"ב ישנו חלק הנקרא "תפקידי משטרה" בו הוא לומד על תפקידו כשוטר בנוסף לתפקידו כלוחם. במהלך לימודי תפקידי המשטרה לומדים השוטרים על סמכויותיהם וחובותיהם וכן רקע בסיסי בידיעת החוק.
לאחר הטירונות יוצאים המתאימים לקורס מ"כים, קורס חובשים, קורס יסמ"ג (המכשיר לתפקידי יס"מ וסמ"ג) או לגיבוש ימ"ס. כלל הלוחמים מתפזרים ליחידות מג"ב שם עוברים חלק מן הלוחמים הכשרות נוספות כגון הכשרת בילוש. העוברים את הגיבוש לימ"ס עוברים קורס מתקדם בבה"ד מג"ב, בן 12 שבועות, המכשיר אותם כלוחמים בימ"ס. לוחמים שעברו בהצלחה קורסים מתקדמים ושירתו לשביעות רצון מפקדיהם לפחות ארבעה חודשים ביחידה מבצעית או בהדרכה יכולים לצאת לקורס קצינים ולשרת במג"ב בתפקידי קצונה.
כדי להגיע לימ"מ יש לסיים שירות קרבי בצה"ל או במג"ב וקורס פיקודי (רובאי 08) ולעבור גיבוש לימ"מ וכן קורס ימ"מ במחנה האימונים של הימ"מ כדי להיות מוכשרים כלוחמים ביחידה.
סמכויות.