במהלך תקופת השיקום היה העבד לשעבר ג'יימס ובסטר סמית' לצוער האפרו-אמריקאי הראשון באקדמיה הצבאית של ארצות הברית בווסט פוינט. לאחר תחילת לימודיו ב-1870, טורטר סמית' קשות על ידי צוערים לבנים. אחד מאחייניו של בלקנאפ, גם הוא צוער באקדמיה, ננזף על שהשתתף בהתעללות בסמית'. במקרה נוסף, סמית' נעצר והועמד לדין בפני בית דין צבאי על שהתכתש עם צוער לבן, אף על פי שהוא טען שזה היה מקרה של הגנה עצמית. מייג'ור גנרל אוליבר א. הווארד, תומך בזכויות האזרח של השחורים, שניהל את המשפט, זיכה את סמית' מרוב האישומים והטיל עליו עונש קל על התנהלות בלתי ראויה. החלטה זו עוררה את זעמם של אנשי התביעה המשפטית של האקדמיה שב-20 בנובמבר 1870 עתרו רשמית בפני בלקנאפ. במקרה נוסף של התעללות, בינואר 1871, נעצר סמית' על שכביכול לא זקף את ראשו בעת צעידה, ושוב, היה זה לאחר שעבר התעללות מידי הצוערים הלבנים. הווארד היה אז כבר מוצב במערב ארצות הברית והנהלת האקדמיה הייתה נחושה להדיח את סמית'. הפעם הוא הורשע והוגשה עתירה על המקרה שלו לבלקנאפ. ניתנה המלצה להרחיקו, אך בלקנאפ התערב אצל הנשיא גרנט, שהמיר את גזר הדין להשארתו של סמית' שנה נוספת באקדמיה, כך הוא נאלץ לחזור על שנתו הראשונה באקדמיה. סמית' המשיך בהכשרתו באקדמיה עד 1874, כאשר הוא נבחן אישית על ידי פרופסור פיטר ס. מיצ'י, שתמך בעליונות הגזע הלבן, בניגוד למסורת של ווסט פוינט, וטען שסמית' נכשל. סמית' דחה את ההזדמנות להיבחן מחדש ונאלץ לעזוב את האקדמיה. ב-1871 מונה למפקד האקדמיה הצבאית, מייג'ור גנרל תומאס רוגר, שתוך שנתיים גרם להפחתת מקרי ההתעללות ועשה מאמצים רבים למגר התנהגות בלתי ראויה. בלקנאפ העריץ את רוגר וגיבה את אופן ניהולו בווסט פוינט וציין "אני מאוד מרוצה עם הצלחת הניהול שלך ומהשיחות עם קצינים בכל הדרגות וכן עם אזרחים שהיו שם מאז שנכנסת לתפקידך...". בעקבותיו של סמית' הגיעו אפרו-אמריקאים נוספים לווסט פוינט והראשון לסיים שם את הכשרתו היה הנרי א. פליפר ב-1877. ב-1997 הכיר הנשיא ביל קלינטון בעוול שנעשה לסמית' והעניק לו הסמכה בדיעבד כבוגר האקדמיה בדרגת לוטננט משנה.
הסיוע לנפגעי השרפה בשיקגו.
ב-8 באוקטובר 1871 ועד ה-10 בו השתוללה בעיר שיקגו שרפה שהחריבה את רוב שטחה של העיר, גרמה למותם של מאות אנשים ולנזקים בשווי של 200 מיליון דולר (כ-4 מיליארד דולר בערכים של 2018). יותר מ-100,000 מתושבי העיר נותרו חסרי כל וללא קורת גג לראשם. ב-9 באוקטובר נקט בלקנאפ בפעולה מידית והורה על העברת משלוחי מזון מסנט לואיס, על העברת אוהלים ממחנה ג'פרסון שבמיזורי ועל שיגור שתי פלוגות חיילים מפורט אומהה שבנברסקה לסיוע בשמירה על החוק והסדר. ב-10 באוקטובר, באיגרת שכתב ללוטננט גנרל פיליפ שרידן, ציין בלקנאפ שהשרפה הייתה "...אסון לאומי. לסובלים ממנה תינתן האהדה הכנה של האומה". בלקנאפ הורה לקציני הצבא בכל רחבי ארצות הברית לשלוח אספקה לשיקגו "בנדיבות ובאופן מידי". בדוח השנתי שלו לנשיא גרנט שהוגש בדצמבר 1871, שיבח בלקנאפ את מחלקת המלחמה על היעילות של פעולות הסיוע לחסרי הבית של השרפה בשיקגו תוך שעות ספורות מקבלת ההוראה, כאשר עדיין לא הושגה שליטה מלאה על האש. הוא גם שיבח את שרידן ואת פלוגות החיילים שתחת פיקודו על שמירת החוק והסדר בעיר החרבה.
הרפורמה בבתי הכלא הצבאיים.
בקיץ 1871 ביקרה משלחת של צבא ארצות הברית בבית הכלא הצבאי של קוויבק, קנדה שנוהל על ידי הצבא הבריטי. הוועדה המליצה שהשיטות הבריטיות יאומצו על ידי צבא ארצות הברית, כולל שיטת התגמול עבור התנהגות טובה ושיטת הענישה באמצעות אימונים גופניים, מתוך מטרה להחזיר את האסירים לשירות צבאי בתום תקופת מאסר ומניעת שובם לכלא. בלקנאפ אישר את המלצות הוועדה וביקש מהקונגרס ליישם את השיטה הבריטית בצבא ארצות הברית. הוא גם ביקש שמימון התוכנית החדשה יגיע משלילת שכרם של האסירים במהלך תקופת מאסרם.
המהומות בניו אורלינס.
במהלך תקופת השיקום כפה הנשיא גרנט מתן זכויות אזרח וזכות בחירה לשחורים בדרום, כשהוא עושה שימוש בצבא ובמחלקת המשפטים שהוקמה אז כדי לשבור את הקו קלוקס קלאן ב-1871, על פי "חוקי האכיפה". בתקופה זו הייתה לואיזיאנה אחת המדינות הסוערות ביותר מבחינה פוליטית, האלימות והשנויות במחלוקת. פלגים פוליטיים יריבים לחמו על השליטה בממשל המדינה ומורדים לבנים תקפו לעיתים קרובות את העבדים המשוחררים ואת תומכיהם, והמצב הצריך שיגור כוחות צבאיים פדרליים לשמירה על הסדר במדינה.
במהלך ינואר 1872 נכנסה מחלקת המלחמה לכוננות גבוהה, על רקע אפשרות של עימות אלים בניו אורלינס בין סיעתו של המושל הנרי קליי וורמות' לבין זו של ג'ורג' ו. קרטר, לשעבר יושב ראש בית הנבחרים של לואיזיאנה. וורמות' תמך בשוויון חברתי ובמתן זכות בחירה לשחורים, אך השמרנים הדרומים ראו בו אדם מושחת מהצפון (carpetbagger). כדי למנוע הפרות סדר, החליט מייג'ור גנרל ויליאם ה. אמורי, המפקד של מחוז לואיסוויל, האחראי על ניו אורלינס, שיש צורך בכוחות צבא פדרליים למניעת מעשי אלימות. בלקנאפ הורה לגנרל המפקד, ויליאם שרמן, להגיש סיוע לאמורי. ב-5 בינואר הוצבו כוחות צבא פדרליים בניו אורלינס והמטרה הייתה שהם ישלטו בשטח עד ה-11 בינואר. בלקנאפ ייעץ לנשיא גרנט שאמורי הוא האיש הראוי ביותר לקבל את ההחלטות בנוגע לכוחות אלו.
ב-9 בינואר פרצו מהומות רחוב בניו אורלינס לאחר שתומך של המושל וורמות' נרצח. ממשלת המדינה הגיבה בתקיפת אנשיו של קרטר. למחרת שיגר אמורי תגבורות כדי להשיב את הסדר על כנו. ב-12 בינואר, הנשיא גרנט, שלא חפץ להתערב בעניינים הפוליטיים הפנימיים של לואיזיאנה, הודיע לראש העיר ניו אולינס באמצעות מחלקת המלחמה, שהוא לא יכריז על משטר צבאי במדינה. המון זועם של אלפים מתומכיו של קרטר פרץ לרחובות. אמורי שיגר כוחות שהיו מצוידים במקלעי גאטלינג. אנשיו של קרטר התפזרו, בהאמינם שאמורי יעשה שימוש בחיילים לשמור על הסדר.
ב-15 בינואר כתב גרנט לבלקנאפ שהוא שואף למנוע "סכנת שפיכות דמים" מבלי להזדהות עם אחד מהפלגים. למחרת היום אמר התובע הכללי של ארצות הברית ג'ורג' הנרי ויליאמס למושל וורמות' שגרנט יזדהה עם אחד הצדדים רק כאשר "יהיה עניין ברור של זכויות האזרח". ב-22 בינואר, בידיעה שהן המושל וורמות' והן קרטר הקימו מיליציות יריבות ושהם מתכוננים למעשי אלימות, הוציא הנשיא גרנט הוראות לאמורי באמצעות מחלקת המלחמה לעשות שימוש בכוחות הצבאיים על פי הצורך. כאשר העביר אמורי את הוראותיו של הנשיא למושל וורמות' ולקרטר, הם פיזרו את המיליציות והשקט שב לעיר לעשרה חודשים.
פרשת גשר אידס.
ב-1873 עמדה בניית הגשר שנקרא על שם ג'יימס ב. אידס בסנט לואיס, גשר הפלדה הראשון ביבשת אמריקה, לפני השלמתה. בלקנאפ, בהשפעתה של חברת ספינות הקיטור של קאיקק, התנגד להשלמת הבנייה. הוא היה בדעה שיש להרוס את הגשר כדי שספינות הקיטור לא יצטרכו להנמיך את ארובותיהן כדי להפליג מתחתיו. הוא הקים ועדה שתגיש המלצות על הריסת הגשר, או בנייתו מחדש על פי צורכי הספינות, או כריית תעלה שתעקוף אותו. אידס, שהיה מיודד עם הנשיא גרנט, ביקר בנובמבר אותה שנה בוושינגטון לפני שבלקנאפ העביר את דוח הוועדה אל הקונגרס וביקש שגרנט יציל את הגשר מהריסה. בלקנאפ טען שעל פי החוק הפדרלי, נתונות בידי מזכיר המלחמה הסמכויות למנוע הפרעות לתנועת השיט בנהר המיסיסיפי.
בתגובה הזכיר הנשיא גרנט לבלקנאפ שהקונגרס אישר את בניית הגשר ושככל הנראה הקונגרס לא יאשר תקצוב להריסתו. הוא ביטל את החלטתו של בלקנאפ ואמר לו בשיחה אישית, "ברור שאין אתה יכול להרוס את הגשר על סמך החלטה שלך... גנרל, מוטב שתניח לעניין זה". בלקנאפ הועמד במבוכה, ניצב כשפניו סמוקות, קד בפני הנשיא ועזב את הפגישה. בנייתו של גשר אידס הושלמה ב-1874 והוא עומד על תילו ופעיל עד היום.
תצלומי המלחמה של מת'יו בריידי.
ב-1872 נכנס הצלם מת'יו בריידי לפשיטת רגל. נכסיו, כולל תצלומים ותשלילים שצולמו בתקופת מלחמת האזרחים, נמכרו כדי להחזיר את חובותיו לנושים. ב-1874 הציע בעליו של מחסן בניו יורק למכירה סדרה של יותר מ-2,000 תשלילים של בריידי למכירה. בלקנאפ החליט שמחלקת המלחמה תרכוש אותם תמורת 2,500 דולר. התשלילים לא נארזו או הועברו בתשומת לב ועד אשר הם הגיעו לידי של המחלקה, כשליש מהם ניזוקו או הושמדו.
בסופו של דבר קבל בריידי באוזני בלקנאפ ששום סכום מאותם 2,500 דולר לא הגיע לא לידיו ולא לידי אף אחד מנושיו. במהלך השיחה ביניהם הציע בריידי למכור סדרה נוספת של תשלילים. הקונגרס הקצה סכום מרבי של 25,000 דולר לרכישה ולאחר שצפה בחומר ונועץ ביועץ המשפטי של מחלקת המלחמה בנוגע לערכו, אישר בלקנאפ את התשלום בסכום המרבי.
כתוצאה מיוזמתו של בלקנאפ, רכשה מחלקת המלחמה מעל 6,000 תמונות מתקופת המלחמה, כולל תמונות דיוקן של קצינים ופקידי ממשל בולטים, תמונות משדות הקרב ותמונות של ביצורים. אוסף זה שולב בסופו של דבר באוספי תמונות אחרים של בריידי שנרכשו על ידי הממשלה הפדרלית ובהמשך הם קוטלגו וכיום הם מוחזקים על ידי הארכיון הלאומי של ארצות הברית וספריית הקונגרס.
המשלחת ליילוסטון.