עיקר פעולת הוועד התמקדה במאבק להחלת הריבונות על הגולן. הנכונות של ישראל לסגת מסיני, חיזק את תחושת תושבי הגולן שיש להחיל הריבונות הישראלית על השטח, לאחר שהתברר שלא די בקיומם של היישובים עצמם כדי למנוע נסיגה בעתיד ובמקרה של שלום.
ועד יישובי הגולן הוביל מאבק ארצי לסיפוח הגולן, תחת הכותרות: "הגולן חלק בלתי נפרד מישראל" ו"אסור לאבד את הצפון". מיליון תושבים ישראליים חתמו על עצומה למען סיפוח הגולן. העצומה הוגשה לראש הממשלה מנחם בגין.
ב-14 בדצמבר 1981, קיבלה הכנסת ברוב גדול, בשלוש קריאות בו ביום, את הצעת החוק של ממשלת בגין להחיל את החוק, המנהל והמשפט הישראליים על הגולן, כלומר לספח את הגולן לריבונות ישראל.
בעקבות החלת הריבונות על הגולן והקמת המועצה האזורית גולן והמועצה המקומית קצרין, סיים ועד יישובי הגולן את פעילותו והתפרק.
בשנות פעילותו כיהנו בתפקיד יו"ר הוועד אנשים שונים ובהם רוני לוטן ושמעון שבס, אולם הרוח החיה של הוועד היה יהודה הראל, מראשוני קיבוץ מרום גולן. לצד הפעילות החוץ פרלמנטרית, עמד ועד יישובי הגולן מאחורי לובי הגולן בכנסת, שבראשו עמד חבר הכנסת אברהם כץ-עוז ממפלגת העבודה. גם לובי הגולן סיים את פעולתו לאחר סיפוח הגולן.
הועד בגלגולו השני.
בתקופת ממשלת שמיר.
עשר שנים לאחר החוק להחלת הריבונות, עלתה שוב האפשרות לנסיגה מהגולן כחלק מהסכם שלום עם סוריה. לאחר מלחמת המפרץ הראשונה, שבה סוריה הצטרפה לקואליציה האמריקאית נגד סדאם חוסיין, הפעיל הממשל האמריקאי, בראשות הנשיא בוש (האב) ומזכיר המדינה בייקר לחץ על ממשלת ישראל להיכנס למשא ומתן עם סוריה.
לנוכח המצב החדש, החליטו מליאות המועצה האזורית גולן והמועצה המקומית קצרין להקים מחדש את ועד יישובי הגולן, כמנגנון שיפעל עתה לא בתחום הפוליטי אלא במרחב הציבורי למעשה כגוף שיווק ויחסי ציבור, הסברה ותעמולה וזאת כדי לקבע את מעמדו החוקי של הגולן, וכפעולת המשך למניעת נסיגה ישראלית מהאזור, הפעולה מכונה גם על דרך ציור לשון "התנחלות בלבבות". אלי מלכה ממושב שעל נבחר לעמוד בראשו. הוועד נרשם כעמותה. הגוף העליון שלו הוא מליאת ועד יישובי הגולן, המורכב מהנציגים הנבחרים של כל אחד מיישובי הגולן. ועד יישובי הגולן הקים מחדש גם לובי הגולן, והעמיד בראשו את חבר הכנסת שלמה הלל ממפלגת העבודה, לשעבר יו"ר הכנסת.
בוועידת מדריד (ספטמבר 1991) חודש משא ומתן עם סוריה. ממשלת ישראל בראשות שמיר ניהלה משא ומתן לשלום, אך סירבה לנסיגה מהגולן. ועד יישובי הגולן פעל לחיזוק עמדת הממשלה השוללת נסיגה. סיסמת פעולתו של הוועד הייתה "שלום עם הגולן".
ועד יישובי הגולן, יחד עם גורמים נוספים בגולן, ארגן עצרת של תושבי הגולן לציון 25 שנים להתיישבות בגולן. האירוע התקיים ב-10 ביוני 1992, 13 יום לפני הבחירות לכנסת ה-13. שני אורחי הכבוד באירוע היו ראש הממשלה יצחק שמיר, ומועמד מפלגת העבודה לראשות הממשלה יצחק רבין. שני הדוברים התחייבו לשמור על הגולן בידי ישראל. יצחק רבין אמר בנאומו: "לא יעלה על הדעת שגם בשלום נרד מרמת הגולן. מי שיעלה על הדעת לרדת מרמת הגולן יפקיר, יפקיר את ביטחון ישראל". רבין תקף את ממשלת שמיר שאינה עושה די לחיזוק ההתיישבות בגולן, והבטיח שעם עלייתו לשלטון ממשלתו תגביר את השקעתה בגולן.
בתקופת ממשלת רבין השנייה.
בניגוד להבטחתו, החל יצחק רבין לאחר הבחירות לשאת ולתת עם סוריה על נסיגה מהגולן. ועד יישובי הגולן פתח במאבק נגד הנסיגה.
הוועד העמיד כמטרה מרכזית של המאבק החלטה על משאל עם, בטענה שלנוכח הבטחות הבחירות של רבין לשמור על הגולן, אין לו מנדט לנסיגה. רבין עצמו קיבל את הטיעון והחליט על משאל עם. מרגע זה, האסטרטגיה של המאבק התמקדה בהסברה בקרב דעת הקהל ובנוכחות רבתי של ההתנגדות לנסיגה בכל רחבי הארץ, כדי להפגין את עמדת הציבור. ואכן, לאורך כל שנות המאבק, בכל הסקרים היה רוב משמעותי נגד הנסיגה, וראשי הממשלות שניהלו את המשא ומתן (ובעקבות רבין – התחייבו אף הם למשאל עם) ידעו שסיכוייהם להעביר במשאל עם החלטה על נסיגה מהגולן – קלושים.
ועד יישובי הגולן הקים מטות מתנדבים בכל רחבי הארץ. פעילי המטות עסקו בחלוקת סטיקרים – "העם עם הגולן", בייצור ותליית שלטי מרפסות ושלטי חוצות בנוסח זה, בעמידה בצמתים בכל רחבי הארץ ועוד. הוועד גם יצר נוכחות תקשורתית מאסיבית, הן בריבוי הודעות יומיומיות לתקשורת והן בפעולות מקוריות, יצירתיות ומעניינות במסגרת המאבק.
בין הפעולות הפגנת ענק בכיכר מלכי ישראל (נובמ' 92'), מסע טרקטורים המוני מאתר גמלא לירושלים (יוני 94'), מיצג הגולן – שנדד בין הערים הגדולות והציג בצורה יצירתית וחדשנית את מסרי המאבק (החל במאי 95') ועוד. גולת הכותרת של המאבק הייתה שביתת הרעב בגמלא. קבוצה של 12 מראשי היישובים בגולן שבתה רעב במשך 19 יום בתקופת החגים (ספטמבר 1994) באתר גמלא. רבע מיליון אזרחים עלו לרגל לגמלא להביע את תמיכתם בשובתים ובמאבק. התקשורת הישראלית והעולמית סיקרה את השביתה באופן מאסיבי, מה שגרם לפוליטיקאים רבים, ובהם שרים וחברי סיעת העבודה, לבקר באתר. ביקורים אלה סוקרו בהרחבה ונתנו לשובתים ולתושבי הגולן במה תקשורתית רחבה.
פעילים בוועד יישובי הגולן יזמו את הקמת תנועת "הדרך השלישית", בראשות קהלני, שהתמודדה בבחירות 1996 והכניסה 4 מנדטים לכנסת, רובם על חשבון מפלגת העבודה – והמסר העיקרי שלה היה התנגדות לנסיגה מהגולן.
המאבק על הגולן, שנמשך לאורך תקופת המשא ומתן שניהלו ממשלות רבין ופרס, נפסק לאחר עליית נתניהו לשלטון. רק לאחר סיום הקדנציה של נתניהו, התברר שגם הוא ניהל בחשאי משא ומתן עם הסורים על נסיגה מהגולן. בתקופת שלטונו, קיבלה הכנסת את הצעת החוק של יהודה הראל, מראשי המתיישבים בגולן וח"כ מטעם "הדרך השלישית", שכונה "חוק שריון הגולן". על פי החוק, נסיגה משטח ריבוני של ישראל מחייבת רוב של 61 ח"כים ורוב במשאל עם.
בתקופת ממשלת נתניהו הראשונה.
בתקופת שלטון נתניהו, יו"ר ועד יישובי הגולן היה אבי זעירא מקצרין. עיקר פעולתו של הוועד באותה תקופה הייתה פעילות הסברה לעומק, על מנת לחזק את תמיכת הציבור בגולן ואת התנגדותו לנסיגה. כן הוביל הוועד את חגיגות 30 שנה להתיישבות בגולן.
בתקופת ממשלת ברק.
לאחר עליית אהוד ברק לשלטון, הוא חידש את המשא ומתן עם סוריה, והיה נחוש להביא להסכם. המשא ומתן הגיע לשיאו במפגשי הפסגה של ברק עם שר החוץ הסורי בוושינגטון ובשפרדסטאון. ועד יישובי הגולן, שוב בראשותו של אלי מלכה, חידש את המאבק במלוא עוצמתו. שיאו של המאבק היה הפגנת ענק בכיכר רבין בינואר 2000. משטרת ישראל הגדירה את ההפגנה כגדולה ביותר בתולדות ישראל.
המאבק בתקופת ברק נוהל, בדרך כלל, באותן שיטות של המאבק בתקופת רבין ופרס. בכל תקופת המאבק, הקפיד הוועד לפעול אך ורק במסגרת החוק ופנה בעיקר לציבור במרכז המפה הפוליטית, אותו הגדיר כציבור שעמדתו תכריע את הכף.
האירוע האחרון במסגרת המאבק, היה הפגנה ליד שגרירות ארצות הברית בתל אביב והיא נערכה במרץ 2000, שעה שנערכה פגישת הפסגה של נשיא ארצות הברית, ביל קלינטון עם הנשיא הסורי חאפז אל-אסד בז'נבה. בפסגה זו העביר קלינטון לאסד את הצעתו של ברק לסגת מכל הגולן עד קווי יוני 1967, למעט רצועה של כמה עשרות מטרים לאורך חופה הצפון מזרחי של הכנרת. אסד דחה את ההצעה על הסף ובכך הסתיים המשא ומתן בין ישראל לסוריה.
פעילות הוועד בתום המאבק.
בשנים שלאחר תום המאבק, הנושא המרכזי על סדר יומו של הגולן היה הרחבת היישובים ופיתוח מערכות החינוך, הקהילה והתיירות. ועד יישובי הגולן המשיך לפעול, אך במקום מאבק פוליטי עיקר פעולתו התמקדה בהפקת אירועי תרבות בגולן, בשיתוף עם מתנ"ס הגולן ועם עמותת התיירות, בהעלאת מבקרים רבים לגולן – ובעיקר תלמידי תיכון במסגרת פרויקט לאומי בראשות אביגדור קהלני, ששרת כיו"ר האגף למשימות לאומיות במשרד הביטחון, בהקמתו וניהולו של אתר הגולן באינטרנט ועוד. כמו כן, הוביל הוועד פעולות סיוע לתושבי הצפון במלחמת לבנון השנייה, לתושבי יהודה ושומרון באינתיפאדה הראשונה ולמפוני גוש קטיף לאחר ההתנתקות. מדי פעם היו דיבורים, בעיקר בתקשורת, על אפשרות של חידוש המשא ומתן עם סוריה. הגישה הייתה, שכל דיבור על הגולן בהקשר הפוליטי מזיק, ויש למתג את הגולן כאזור ישראלי של איכות חיים קהילתית גבוהה, של תיירות מפותחת ושל איכות הסביבה.
באפריל 2008 החליטה ממשלת ישראל בראשות אולמרט לנהל משא ומתן עקיף עם סוריה, בתיווך הטורקים. ועד יישובי הגולן החליט, לראשונה לאחר 8 שנים, לצאת למאבק, לצד המשך פעילותו בנושאים "האזרחיים", בתחום התקשורתי התמקד הוועד בהכשרת דוברים לתקשורת ובתשתית לקמפיין מקיף ברשת האינטרנט.
הפעילות הפוליטית המרכזית שהוביל הוועד הייתה חידוש היוזמה לקבלת חוק משאל עם. החוק עבר בקריאה טרומית ובקריאה ראשונה ברוב גדול, אך בשל הקדמת הבחירות לא הועבר לקריאה שנייה ושלישית. לאחר הבחירות, פעל הוועד להחלת רציפות על החוק, כדי שניתן יהיה להעבירו בכנסת החדשה היישר לקריאה שנייה ושלישית.
המשא ומתן עם סוריה גווע לאחר זמן קצר. ועד יישובי הגולן המשיך לקיים את הפעילות התרבותית והתיירותית כבשנים האחרונות, לצד קידום מועדון ידידי הגולן ופעולה לקבלת חוק משאל עם, חוק שלבסוף התקבלה, כאשר הכנסת חוקקה את חוק משאל עם, המחייב משאל עם לאישור נסיגה משטח עליו חלה הריבונות, כלומר החוק, המנהל והמשפט של ישראל. נגד החוק הוגשה עתירה לבג"ץ, שטרם התקבלה בה הכרעה.
נכון ל-2013, ממשיך אלי מלכה, שב-2001 נבחר לתפקיד ראש המועצה האזורית גולן, לכהן כיו"ר הוועד, ולצדו המנכ"ל ברוך כהן.
אדריאן ראמוס