עם חידוש המלחמה כנגד צרפת ב-1369, נשלח ג'ון לקאלה יחד עם הרוזן מהרפורד בראש כוח צבאי קטן שאיתו הוא פלש לתוך צפון צרפת. ב-23 באוגוסט הוא התעמת מול כוח צרפתי גדול יותר בפיקודו של פיליפ השני, דוכס בורגונדיה. כשהוא משמש לראשונה כמפקד צבאי, לא העז ג'ון לתקוף כוח עדיף אשר עליו בגודלו, ושני הצבאות ניצבו זה מול זה במשך כמה שבועות עד אשר תוגבר הכוח האנגלי על ידי הרוזן מווריק, אך בשלב זה נסוגו הצרפתים והקרב לא התנהל כלל. גונט וווריק החליטו אז להכות את ארפלור, בסיס הצי הצרפתי על נהר הסן. כשהם מתוגברים על ידי שכירי חרב גרמנים, הם צעדו לארפלור, אך עוכבו על ידי מבצעי גרילה של הצרפתים, בעוד שהעיר נערכה ללחימה. ג'ון צר על העיר במשך ארבעה ימים בחודש אוקטובר, אך איבד רבים מאנשיו למחלות הדיזנטריה והדבר והחליט להפסיק את המצור ולשוב לקאלה. במהלך נסיגתו נאלץ הצבא שלו לפלס את דרכו בלחימה לאורך מחוז סום והלוחמים ששרדו מהכוח הגיעו לקאלה, שם מת הרוזן מווריק מדבר באמצע נובמבר. אף על פי שסיום מסע המלחמה הצטייר ככישלון, אילץ גונט את שארל החמישי, מלך צרפת לנטוש את תוכניותיו לפלוש לאנגליה בסתיו.
בקיץ 1370 נשלח ג'ון עם צבא קטן לאקיטן לתגבר את אחיו הבכור החולה, ואת אחיו הצעיר אדמונד מלאנגלי. יחד איתם הוא לקח חלק במצור על לימוז' בספטמבר, כשהוא נוטל על עצמו את האחריות על פעולות המצור ובנקודת זמן מסוימת נלחם בקרב פנים אל פנים בתעלות הלחימה. לאחר אירוע זה הפקיד הנסיך השחור את הפיקוד על אקיטן בידי ג'ון והפליג לאנגליה. למרות שהוא ניסה להגן על הדוכסות כנגד הפלישות הצרפתיות במשך כמעט שנה, חוסר המשאבים והכספים גרמו לו לשלוט באופן רופף על הטריטוריה והוא התפטר מתפקידו הצבאי ושב לאנגליה בספטמבר 1371. זמן קצר לפני שעזב את אקיטן, ב-21 בספטמבר 1371, הוא נישא לקונסטנס מקסטיליה בת ה-17, בתו הספק-חוקית של פדרו, מלך קסטיליה. בשנה שלאחר מכן הוא לקח חלק בניסיונו הכושל של אביו לפלוש לצרפת בראש צבא גדול יותר.
הישגו הצבאי הראוי לציון ביותר של ג'ון אירע בחודשים אוגוסט-דצמבר 1373, אז ניסה לפלוש לאקיטן דרך היבשה, כשהוא מוביל צבא של כ-9,000 פרשים מקאלה במתקפה חזקה מצפון-מזרח לדרום-מערב צרפת לאורך 900 ק"מ. רכיבה זו שארכה ארבעה חודשים בתוככי שטח האויב, כשהם עוקפים את הצבאות הצרפתים, הייתה מהלומה נועזת שהרשימה את בני הזמן ההוא אך לא השיגה דבר. כשהוא מוקף מכל עבר במארבים של הצרפתים וכשחייליו סובלים ממחלות ומרעב, הם פילסו את דרכם בכוח דרך שמפאן, ממזרח לפריז, לתוך בורגונדיה, מעבר למסיף סנטרל ולבסוף למחוז דורדון. עקב חוסר יכולתם לתקוף מבצרים או ערים כלשהם, שדד כוח הפלישה את אזורי הכפר, פשט על עיירות וכפרים והחליש את התשתיות, אך הערך המוסף הצבאי של נזק זה היה זמני בלבד. הצעידה בחורף לאורך מישור לימוזן, כשהנחשלים נלכדים בידי הצרפתים, מספר גדול מקרב החיילים, ומספר גדול עוד יותר מקרב הסוסים, מתו מקור, ממחלות ומרעב. הכוח הגיע לבורדו הכבושה בידי האנגלים ב-24 בדצמבר 1373, כשהאבדות שהוא ספג בקרבות הגיעו לשיעור של לפחות שליש מגודלו המקורי, שליש נוסף מת ממחלות, ורבים נוספים נכנעו בהמשך למחלת הדבר שפשתה בעיר. כשהם סובלים ממחלות, כשהמוראל שלהם בשפל, וכשהם על סף מרד, לא הייתה לאנשיו של גונט יכולת להגן על אקיטן והחיילים החלו לערוק. לג'ון מגונט לא היו משאבים כספיים לשלם להם ולמרות הפצרותיו, לא נשלח דבר מאנגליה. כך, באפריל 1374 הוא נטש את המערכה והפליג הביתה.
מסע המלחמה האחרון של ג'ון לצרפת היה ב-1378. הוא תכנן מסע גדול של פרשים שיונחת על ידי צי גדול בברסט וישתלט על ברטאן. מספר הספינות שגויסו כדי להוביל את הכוח לא הספיק, וחיל המשלוח הסתפק במטרה המוגבלת יותר של כיבוש סן-מלו. האנגלים השמידו את הספינות שעגנו בנמל והחלו לתקוף את העיר מהיבשה ב-14 באוגוסט, אך עד מהרה נכשל ג'ון עקב גודל הצבא שלו, שלא היה מסוגל לכלכל את עצמו מאחר שהצבא הצרפתי השתלט על אזור הכפר הסובב את העיר והציק לשולי הכוח האנגלי. בספטמבר הופסק המצור והצבא שב לאנגליה מבלי שזכה לתהילה כלשהי. ג'ון מגונט זכה במרבית הביקורת שהוטחה על הכישלון.
עקב הכישלונות הללו ועקב כישלונות נוספים של מפקדים אנגלים באותה תקופה, היה ג'ון אחת הדמויות החשובות הראשונות באנגליה שהבינו שהמלחמה נגד צרפת היא חסרת תוחלת, הואיל ולצרפת היו משאבים גדולים יותר בכסף ובכוח אדם. הוא החל לדחוף לכיוון משא ומתן לשלום. כבר ב-1373, במהלך המסע הגדול שלו בצרפת, הוא נפגש עם אחיו ויועצו הפוליטי של האפיפיור גרגוריוס האחד עשר ודאג שדרכו ידע האפיפיור שהוא מעוניין בקיום ועידה דיפלומטית תחת חסות אפיפיורית. גישה זו הובילה בעקיפין לקונגרס אנגלו-צרפתי שהתקיים בברוז' ב-1374–1377 וכתוצאה ממנו החלה שביתת נשק קצרת ימים בין שני הצדדים. ג'ון עצמו נשלח כנציג לכמה התוועדויות שבסופו של דבר הובילו לחתימת הסכם ב-1389. העובדה שהוא נעשה מזוהה עם הניסיונות לחתור לשלום הוסיפה לחוסר הפופולריות שלו באותה תקופה כאשר רוב הציבור האנגלי האמין שניצחון במלחמה יהיה בידיהם אם הצרפתים יובסו באותו אופן כמו בשנות החמישים של המאה ה-14. מניע נוסף של ג'ון לחתור לשלום בצרפת היה הידיעה שכך יתאפשר לו לשחרר כוח צבאי מספיק כדי שיוכל לכפות את תביעתו על כתר קסטיליה.
בראשות הממשלה.
עם שובו מצרפת ב-1374, החל ג'ון לקחת חלק החלטי ועיקש יותר בניהול מדינות החוץ של אנגליה ובמשך שלוש השנים הבאות, עקב מחלתם של אביו ואחיו, עמד הלכה למעשה בראש הממשלה. כשבבעלותו אחוזותיו הרבות, היה ג'ון האיש העשיר ביותר באנגליה באותה תקופה ועושרו, ראוותנותו, גישתו האוטוקרטית, מעונו המפואר בלונדון ומעורבותו בשלום הכושל שנחתם בברוז', הפכו אותו למטרה המרכזית לחיצי הביקורת החברתית. התקופה שבה ניהל את ענייני המדינה עמדה בסימן "הפרלמנט הטוב" של 1376 ו"הפרלמנט הרע" של 1377. הראשון מבין השניים התבקש להטיל מיסוי כבד כדי לכסות את הוצאות המלחמה, ותחת זאת החל בסוג של מהפכה פרלמנטרית, כאשר חברי בית הנבחרים ובתמיכה מסוימת מחלק מחברי בית הלורדים, חזרו להביע את מחאותיהם משכבר הימים על עשורים של מיסוי משתק, על ממשל גרוע ועל חשדות כבדים לשחיתות בקרב המעמד השולט. ג'ון נותר מבודד (אפילו הנסיך השחור תמך בקיום רפורמה) ובית הנבחרים סירב להקציב כספים נוספים למלחמה אלא אם כן יודחו רוב פקידי הממשלה הבכירים מתפקידם ופילגשו של אדוארד השלישי, אליס פררס, שהייתה מטרה נוספת לחיצי הביקורת הציבורית באותה תקופה, תנתק את קשריה עם המלך. גם כאשר נטתה הממשלה להסכים לדרישות, סירבו חברי בית הנבחרים לאפשר מימון נוסף של המלחמה.
מותו של הנסיך השחור ב-8 ביוני 1376 ותחילתה של מחלתו של המלך בעת נעילת מושב הפרלמנט ב-10 ביולי, הותירו את ג'ון מגונט כשכל מושכות השלטון בידיו. עד מהרה שכנע את המלך החולה להעניק חנינה לכל הפקידים שהודחו על ידי הפרלמנט ואליס פררס חזרה להיות רצויה בחצר המלכות. ג'ון העמיד לדין כמה ממנהיגי תנועת הרפורמה ודאג שיורשעו בהאשמות שונות. הפרלמנט של 1377 היה מבחינת ג'ון שונה באופן מהותי מקודמו. באופן מכריע, לא זכה בית הנבחרים שוב בתמיכתם של הלורדים וג'ון היה יכול כעת לבטל את ההחלטות שהועברו בשנה הקודמת. הוא גם הצליח לכפות על בית הנבחרים להסכים להטלת מס הגולגולת הראשון בהיסטוריה של אנגליה, מס שהקשה עד מאוד על השכבות העניות של החברה. התארגנה התנגדות לצעדים של ג'ון ובלונדון פרצו מהומות. כוחות הצבא של גונט נכשלו בכל מקום שבו פעלו והמפגינים הטיחו בג'ון חיצי לעג בנוגע ללידתו הבלתי-חוקית כביכול. בזמן מסוים הוא נאלץ להימלט אל מעבר לנהר התמזה, בעוד ארמון סבוי שבבעלותו ניצל מביזה. ברחבי אנגליה וצרפת נפוצה שמועה שרבים נטו להאמין לה, שגונט זומם לתפוס בעצמו את הכתר ולעקוף את זכותו של יורש העצר, אחיינו ריצ'רד, בנו של הנסיך השחור, אך ככל הנראה שמועות אלה היו חסרות כל בסיס ועם מותו של אדוארד השלישי ועלייתו למלוכה של המלך הקטין ריצ'רד השני, לא שאף ג'ון לקבל כל תפקיד בממשלת העוצרות ופרש לאחוזותיו.
חוסר האהדה הציבורית כלפיו נמשך ועם זאת, כישלון חיל המשלוח לסן-מלו ב-1378 לא פגע במוניטין שלו. באותו זמן, נלקח ממנו חלק מרכושו על ידי הכתר. למשל, ספינתו הפרטית הוחרמה, ונמכרה יחד עם ספינות מלכותיות נוספות כדי לכסות את חובות המלך. במהלך מרד האיכרים של 1381 היה ג'ון רחוק ממרכז העניינים, בעיצומו של מסע המלחמה לסקוטלנד, אך הוא היה בין אלה שהמורדים נקבו בשמם ושאפו להוציאו להורג ברגע שיתאפשר להם. ארמון סבוי נשרף ונהרס עד היסוד על ידי ההמון. אצילים שכביכול היו ידידותיים כלפיו הפנו כלפיו עורף ואפילו שערי המצודות שבבעלותו היו סגורים בפניו. ג'ון נאלץ להימלט אל סקוטלנד עם קומץ משרתים ולהפקיר את עצמו לחסדיו של רוברט השני, מלך סקוטלנד עד עבור זעם.
"מלך קסטיליה".