בחירתו של לינקולן גרמה לדרום קרולינה להקים ועידה מדינתית לשקילת פרישה מהאיחוד. טרם המלחמה, פעלה דרום קרולינה יותר מכל מדינה דרומית אחרת לקידום הטענה לפיה מדינה באיחוד יכולה להתעלם מחקיקה פדרלית, ואף לפרוש מהאיחוד ולחזור לעצמאות. הוועידה שהוקמה הצביעה פה אחד על פרישה מהאיחוד ב-20 בדצמבר 1860 ואימצה את ה"הכרזה על הגורמים המיידיים המביאים ומצדיקים את פרישת דרום קרולינה מהאיחוד הפדרלי". הוועידה טענה בזכות סמכותן של מדינות האיחוד לאישור עבדות, התנגדה לחוק העבד הנמלט 1850 וקבעה כי מדינות הצפון אינן ממלאות את חובתן החוקתית כלפיה.
שש "מדינות הכותנה" הנוספות מיסיסיפי, פלורידה, אלבמה, ג'ורג'יה, לואיזיאנה וטקסס הלכו בעקבותיה ופרשו בחודשים ינואר ופברואר של שנת 1861, מספר שבועות לאחר פרישתה של דרום קרולינה.
חורף הפרישה.
פרישת 7 המדינות התרחשה לפני כניסתו לתפקיד של לינקולן. המדינות ייסדו ממשל פדרלי דרומי, בשם מדינות הקונפדרציה של אמריקה, ב-4 בפברואר 1861. המדינות הפורשות השתלטו על מבצרים ונכסים פדרליים אחרים בתחומן, תוך התנגדות מועטה מצידו של הנשיא המכהן ג'יימס ביוקנן, שכהונתו הסתיימה ב-4 במרץ 1861. ביוקנן אמר כי ההחלטה בעניין דרד-סקוט מוכיחה כי לדרום אין כל סיבה לפרישה, וכי האיחוד "נועד להיות נצחי", אך כי "הסמכות לכפות בכוח על מדינה להיוותר באיחוד" אינו בין "הסמכויות שהוענקו לו על ידי הקונגרס". רבע מצבא ארצות הברית, כל חיל המצב במדינת טקסס, נכנע במהלך חודש פברואר 1861 לכוחותיה של טקסס בראשות הגנרל דייוויד טוויגס, אשר הצטרף לאחר מכן אל הקונפדרציה.
כאשר התפטרו הדרומיים ממושביהם בסנאט ובבית הנבחרים, היו יכולים הרפובליקנים להעביר חוקים שקודם לכן נחסמו בידי הסנטורים הדמוקרטים לפני המלחמה, בהם "מס מוריל", מועצת חלוקת האדמה, (חוק מוריל), חוק הנחלה, חוק מסילות הרכבת חוצות היבשת (Pacific Railroad Acts), חוק הבנקים הלאומי, ואישורם של ניירות הכסף, עליהם הודפס המטבע האמריקני, חוק ההילך החוקי 1862. חוק ההכנסה של שנת 1861 (Revenue Act of 1861) הציג את מס ההכנסה שנועד לממן את המלחמה.
הקונפדרציה.
7 המדינות הפורשות הקימו את קונפדרציית המדינות של אמריקה ב-4 בפברואר 1861, ובחרו לנשיאה את ג'פרסון דייוויס. מבנה הממשל בקונפדרציה היה דומה מאוד למודל הנקבע בחוקת ארצות הברית.
לאחר ההתקפה על מבצר סאמטר, קרא הנשיא לינקולן לגיוס צבא מתנדבים מכל מדינה. בתוך חודשיים נוספים, הכריזו ארבע מדינות עבדים דרומיות נוספות על פרישתן מהאיחוד והצטרפותן אל קונפדרציית המדינות: וירג'יניה, ארקנסו, צפון קרולינה וטנסי. כתוצאה מכך פרש חלקה הצפון מערבי של מדינת וירג'יניה ממדינת וירג'יניה, והצטרף אל האיחוד כמדינה החדשה מערב וירג'יניה ב-20 ביוני 1863. עד לסוף שנת 1861, היו מיזורי וקנטקי תחת שלטונו של האיחוד, כאשר ממשלת המדינות מטעם הקונפדרציה שהתה בגלות.
מדינות האיחוד.
עשרים ושלוש מדינות נותרו נאמנות לאיחוד: קליפורניה, קונטיקט, דלאוור, אילינוי, אינדיאנה, איווה, קנזס, קנטקי, מרילנד, מיין, מסצ'וסטס, מישיגן, מינסוטה, מיזורי, ניו המפשייר, ניו ג'רזי, ניו יורק, אוהיו, אורגון, פנסילבניה, ורמונט, ויסקונסין ורוד איילנד. במהלך המלחמה הצטרפו וירג'יניה המערבית ונבדה לאיחוד כמדינות חדשות. טנסי ולואיזיאנה הוחזרו לאיחוד תחת שלטון צבאי כבר בשלבים המוקדמים של המלחמה.
הטריטוריות קולורדו, דקוטה, נברסקה, נבדה, ניו מקסיקו, וושינגטון ויוטה לחמו לצד האיחוד. כמה שבטי אינדיאנים שהחזיקו בעבדים תמכו בקונפדרציה, והביאו על הטריטוריה האינדיאנית (אוקלהומה), מלחמת אזרחים קצרה, אך עקובה מדם.
מדינות הגבול.
מדינות הגבול באיחוד היו מערב וירג'יניה (שנפרדה מוירג'יניה והפכה למדינה עצמאית), וארבע מחמש מדינות העבדים הצפוניות ביותר (מרילנד, דלאוור, מיזורי וקנטקי).
למרילנד היה מספר רב של פקידים תומכי הקונפדרציה שהתירו את מהומות בולטימור נגד האיחוד ושריפת גשרים. לינקולן הגיב בכרזה על ממשל צבאי ושלח כוחות מיליציה מהצפון. לפני שממשלת הקונפדרציה הספיקה להגיב, הצליח לינקולן לתפוס שליטה איתנה במרילנד ובמחוז קולומביה, על ידי מעצרם של כל הפורשים החשובים והחזקתם ללא משפט (מאוחר יותר הם שוחררו).
במיזורי הצביעה האספה המחוקקת בנושא הפרישה והחליטה להישאר באיחוד. כאשר המושל תומך הקונפדרציה קלייבורן ג'קסון קרא לכוחות המיליציה, הם הותקפו בידי כוחות פדרליים תחת פיקודו של נת'ניאל ליון שרדף אחרי המושל ושארית משמר המדינה לפינה הדרום מערבית של המדינה. בחלל שנוצר, התכנסה שוב האספה המחוקקת של מיזורי ולקחה לידיה את השלטון במדינה כממשל הזמני של מיזורי.
קנטקי לא פרשה, אך הכריזה על עצמה בתחילה כנייטרלית. קנטקי חדלה מנייטרליות עם פלישת כוחות הקונפדרציה למדינה בספטמבר 1861, על אף שניסתה לשמר את העבדות בתחומה. בזמן הפלישה הקצרה של כוחות הקונפדרציה, ארגנו תומכי הקונפדרציה בקנטקי ועידת פרישה, מינו מושל חדש, וקיבלו הכרה מצידה של הקונפדרציה. במהרה יצאה ממשלה מורדת זו לגלות ומעולם לא שלטה בקנטקי.
לאחר פרישתה של וירג'יניה, תומכי האיחוד בעיר וילינג שבמערב וירג'יניה כינסו ועידה וביקשו מ-48 מחוזות המדינה להצביע על צו להקמת מדינה חדשה באוקטובר 1861. רק 34% מהבוחרים נכחו באספה, אך אישרו ברוב מוחץ של 96% את החוק (18,408 בעד 781 נגד). הכללתם של 24 מחוזות בדלנים במדינה החדשה ותחילתה של מלחמת גרילה העסיקה כ-40,000 חיילים פדרליים במשך רוב שלבי המלחמה. הקונגרס אישר את קבלתה של מערב וירג'יניה לאיחוד ב-20 באוגוסט 1863. מערב וירג'יניה סיפקה בין 22,000–25,000 חיילים, ולפחות 16,000 חיילי קונפדרציה.
במזרח טנסי, אשר הצטרפה לקונפדרציה, נעשה ניסיון להצטרף לאיחוד, אך הניסיון דוכא בידי הקונפדרציה, שאסרה 3,000 גברים החשודים כנאמנים לאיחוד, על אף שלא נשפטו.
קרב פורט סאמטר.
ממשלו של לינקולן, כמו ממשלו של ביוקנן לפניו, סירב למסור את מבצר סאמטר הממוקם בליבו של נמל צ'רלטון שבדרום קרולינה. ג'פרסון דייוויס הורה על כניעתו של המבצר לאחר שכוחות האיחוד התבצרו בתוכו כדי להימנע מעימותים עם כוחות הקונפדרציה. מייג'ור האיחוד אנדרסון מסר את תשובתו המותנית אותה דחה ממשל הקונפדרציה, ודייוויס הורה לבריגדיר ג'נרל פ.ג.ט. בורגארד לתקוף לפני הגעתו של כוח סיוע. לאחר הפצצה כבדה בין ה-12–13 באפריל 1861 (שהסתיימה ללא נפגעים בכוונה תחילה), נכנע המבצר. ב-15 באפריל גייס לינקולן כוח של 75,000 חיילים ממדינות האיחוד כדי לכבוש מחדש את המבצר ושטחים פדרליים אחרים. מדינות וירג'יניה, דרום קרולינה, טנסי, וארקנסו בחרו להצטרף לפרישה במקום לגייס חיילים, לציידם ולהצעידם להתקפה נגד חבריהם הדרומיים. תגובתם של הצפון והדרום לאירועים בפורט סאטמר הייתה דרישה מוחצת למלחמה כדי לשמור על הכבוד הלאומי. רק קנטקי ניסתה להישאר נייטרלית. מאות אלפים של צעירים בכל רחבי ארצות הברית מיהרו אל לשכות הגיוס כדי להתגייס.
מהלך המלחמה.
המלחמה כללה למעלה מ-10,000 היתקלויות צבאיות, 40% מהם היו בווירג'יניה ובטנסי.
תחילת המלחמה, 1861.
ב-7 בפברואר אימצו שבע המדינות הפורשות חוקה זמנית וייסדו את בירתן הזמנית במונטגומרי שבאלבמה. בחודש פברואר שקדם למלחמה נערכה בוושינגטון ועידת השלום של שנת 1861 בניסיון כושל לפתור את המשבר. שמונה מדינות העבדים הנותרות דחו את הבקשות להצטרף לקונפדרציה וכוחות הקונפדרציה תפסו את רוב המבצרים הפדרליים בתחומיהן. הנשיא ביוקנן מחה על כך, אך לא עשה כל צעד צבאי לבד מניסיון כושל להעביר אספקה מחודשת למבצר פורט סאמטר באמצעות הספינה כוכב המערב, אשר ספגה אש מידי כוחות דרום קרולינה ונסוגה לפני שהגיעה אל המבצר. מושלי מדינות מסצ'וסטס, ניו יורק ופנסילבניה החלו לרכוש נשק בחשאי ולאמן יחידות מיליציה.
ב-4 במרץ 1861 הושבע אברהם לינקולן לנשיאות ארצות הברית. בטקס ההשבעה שלו טען כי המבוא לחוקת ארצות הברית היה איחוד מושלם יותר מאשר תקנון הקונפדרציה שקדם לו, וכי חוקה זו היא הסכם מחייב, וככזו כל הכרזה על פרישה היא "חסרת תוקף חוקי". הוא ציין כי אין בכוונתו לפלוש אל המדינות הדרומיות, וגם כי אין בכוונתו לסיים את העבדות היכן שהיא כבר מתקיימת, אך כי הוא ישתמש בכוח כדי להמשיך ולהחזיק ברכוש הפדרלי. נאומו הסתיים בהפצרה כלפי המדינות הפורשות לשוב לאיחוד.
הדרום שלח משלחות לוושינגטון והציע לשלם בעבור הרכוש הפדרלי שנתפס, ולהגיע להסכם שלום עם ארצות הברית. לינקולן דחה כל משא ומתן עם אנשי הקונפדרציה, והיה נחוש לשמור על שליטתו במתקנים שנכבשו. על פי פקודותיו של נשיא הקונפדרציה ג'פרסון דייוויס, הפציצו חיילי ממשלת הקונפדרציה את מבצר סאמטר ב-12 באפריל ואילצו אותו להיכנע. הצפוניים נענו לקריאתו של לינקולן לשלוח חיילים לתפיסה מחודשת של המבצרים שנפלו ולשמור על האיחוד, כשהוא נוקב כמקור לסמכותו בחוק המיליציה של שנת 1792. היות שהמרד נראה קטן ונקודתי באותה העת, הסתפק לינקולן בגיוסם של 75,000 מתנדבים לתקופה של 90 יום. עוד לפני כן, בעת שלטונו של ביוקנן, החלו כמה מושלים צפוניים בהכשרה חשאית של מיליציות עבור מדינותיהם; מושלים אלה החלו להניע את כוחותיהם יום למחרת. כמה מחסידי הקונפדרציה תפסו ב-20 באפריל את מחסן הנשק ליברטי בעיר ליברטי שבמיזורי, שמונה ימים לאחר הקרב בפורט סאמטר. ב-3 במאי 1861, גייס לינקולן עוד 42,034 מתנדבים לתקופה של שלוש שנים.