מספר לא מבוטל של מדענים העוסקים בחקר המוח טוענים כי הוכיחו באופן אמפירי את אי-קיומה של בחירה חופשית. הוכחה זו מסתמכת על גרסאות שונות של ניסוי שבוצע על ידי בנג'מין ליבט. בניסוי זה מבוצעת סריקה של המוח, שבמהלכה מתבקש הנבדק להחליט החלטה מסוימת ולבצעה. הסריקה הראתה שההחלטה על הפעולה נעשתה לאחר שהמוח כבר התחיל לפעול כדי להוציא אל הפועל את ההחלטה. משמע, התחושה של ההחלטה לפעול אינה אלא מצג שווא, מכיוון שפעילות המבצעת את ההחלטה כבר מתרחשת במוחו של האדם לפני ההחלטה עצמה.
תוצאות הניסויים של ליבט עוררו דיון נרחב בין מדעני מוח, פסיכולוגים ופילוסופים, וניתנו להם גם הסברים אלטרנטיביים, המאפשרים להניח
את קיומו של רצון חופשי. ליבט עצמו הציע שהרצון החופשי מתבטא ביכולת להימנע מלעשות משהו, כיוון שמצא בניסוייו שאף על פי שהרצון שהתעורר בקרב הנבדקים שלו לעשות משהו הוא צפוי מראש ואינו חופשי, קיים חלון הזדמנויות קצר, בן כעשירית השנייה, שבו הם יכולים להחליט להימנע מהמעשה. להחלטה זו לא מצאו ליבט ולא חוקרים אחרים פעילות חשמלית המנבאת אותה מראש, ומכך הסיק ליבט שההחלטה על המניעה נופלת בפועל רק ברגע שבו היא עולה במודעות. כך ייתכן שקיים חופש בחירה אמיתי, זהו החופש לא לעשות משהו. במחקר שבחן את ההבדלים בין החלטות שרירותיות למשמעותיות, נמצא כי הסימנים המוקדמים להחלטה נעדרים בהחלטות בעלות משמעות.
גם זרם הפסיכולוגיה הקוגניטיבית, שהשווה את המוח האנושי למחשב, לא הותיר כל מקום לבחירה חופשית.
גילוי תורת הקוונטים העלה שאלה מחודשת לגבי הדטרמיניזם: אם הצופה משפיע על התצפית, ואם התנהגות המערכת ניתנת לניבוי רק באופן סטטיסטי – אולי בכל זאת יש בחירה חופשית, ולא הכול קבוע מראש. אך מצד שני, ניתן תמיד לומר שהשפעת הצופה על התצפית הייתה חייבת להתרחש עקב מכלול הנסיבות, והניבוי הוא סטטיסטי רק כיוון שאיננו יודעים עדיין כיצד לחשב את הסיבתיות בעולם הקוונטים. זה לא אומר שתורה זו חסרת סיבתיות.
בחירה חופשית בדתות המונותאיסטיות.
תפיסת הבחירה החופשית נחשבת למושג יסוד ביהדות ובשאר הדתות המונותאיסטיות, מכיוון שחלקים גדולים בתורה וכל נושא קיום המצוות ורעיונות התשובה ביהדות, והאמונה בקיום גיהנום וגן עדן בנצרות, מושתתים על כך שלאדם יש רצון חופשי ואפשרות להטות את עצמו להיכן שיבחר: אם לרע ואם לטוב. עם זאת, עקרון הבחירה החופשית עומד לכאורה בסתירה ליסוד אחר בדת המונותאיסטית: האמונה בידיעתו המוחלטת של האל. כלומר, אם האל יודע מה יקרה בעתיד, כיצד ניתן להאמין שברגע נתון ישנה אפשרות לאדם להחליט מה יעשה, הלא העתיד כבר צפוי? הוגי דעות רבים יישבו סתירה זאת בהסברים פילוסופיים שונים. הרמב"ם, למשל, גורס כי אין מקום לסתירה בין שני עקרונות אלו, מכיוון שידיעתו של האלוהים שונה במהותה מידיעתו של האדם, ואף מושג הזמן הוא שונה: אין עבר, הווה ועתיד. לעומתו הרלב"ג גורס כי אין האל יודע את העתיד במה שנתון לבחירת האדם, ואילו רבי חסדאי קרשקש הציע כי אין לאדם כלל בחירה חפשית, והעונש על מעשיו הוא תוצאה שמתגלגלת ממעשיו כיוון שכך טבע האל בעולם.
תפיסת המקרא.
תפיסת העולם במקרא היא חד-משמעית בקשר לבחירה חופשית, המאשרת את הבחירה כדברי הכתוב "הנה נתתי לפניך את הטוב ואת הרע". אלא שבדברי הפרשנים מתברר שהבחירה אצל כל אדם נמצאת בטווח מסוים שיש לו רף תחתון ועליון וככל שיבחר האדם בטוב יותר בתוך אותו טווח, כך ייטב לו.
אלא שיש להפריד בין הבחירה הפרטית של האדם לבין מהלכים כלל דוריים ותקופתיים מה שנקרא בפי חכמי המקובלים "סוד הייחוד", כמו שאפשר לראות מלשון הפסוקים עצמם.
מצד אחד ישנם ביטויים רבים המבטאים את יכולת הבחירה החופשית של האדם בין הטוב לרע כגון: "ראה נתתי לפניך היום את החיים ואת הטוב ואת המוות ואת הרע...ובחרת בחיים", אך מנגד ניתן למצוא גם רעיונות דטרמיניסטיים, המדברים על גורל שאינו בר שינוי, למשל דברי ה' למשה לפני מותו, המדברים על העתיד החד-משמעי הצפוי לעם ישראל אחרי כניסתו לארץ ישראל: "...הנך שוכב עם אבותיך וקם העם הזה וזנה אחרי אלוהי נכר הארץ...". לפי פסוק זה אין לעם ישראל בחירה חופשית, מעשיהם, וחטאיהם, כבר ידועים מראש ולא ניתנים לשינוי. אך דברים אלו הם צפי מעם שלם ומדורות רבים, כך שלא מחייב שדור מסוים יעבוד אלילים או כל אחד מאותו הדור כנ"ל.
התפיסה הפאטליסטית מוצגת באופן ברור במגילת קהלת. למשל, בתחילת קהלת, בפרק א', פסוק ט נאמר: "מה שהיה הוא שיהיה – ומה שנעשה הוא שיֵעשה". לפי התפיסה בפסוק – שום דבר לא משתנה, האדם איננו מסוגל לשנות כלום – מכיוון שגורלו נקבע מראש, והגלגל תמיד חוזר לאותה נקודה. תפיסה זו מוצגת לאורך רוב הספר ולאורך הספר מוצעות ונשללות דרכים להתמודדות איתה, אחת מהן היא ההדוניזם. בשל גישתו הקיצונית של קהלת, חכמי המשנה התלבטו אם לצרף אותו לתנ"ך. אולם יש המבינים את דברי קהלת על תוכן המעשים, שהם הדחפים היצרים והסיפוקים של האדם אשר לא משתנים לעולם.
גישה אנטי דטרמיניסטית מובהקת מוצגת במקרא על ידי הנביא יחזקאל: "מַה-לָּכֶם, אַתֶּם מֹשְׁלִים אֶת-הַמָּשָׁל הַזֶּה, עַל-אַדְמַת יִשְׂרָאֵל, לֵאמֹר: אָבוֹת יֹאכְלוּ בֹסֶר, וְשִׁנֵּי הַבָּנִים תִקְהֶינָה?!" (יחזקאל, י"ח, ב) ובהמשך נאמר: "הַנֶּפֶשׁ הַחֹטֵאת, הִיא תָמוּת." (שם, שם, ג). פרופ' יאיר הופמן כותב במאמרו כי: "זוהי תפיסה אנטי-דטרמיניסטית מובהקת וניכר שיחזקאל נלחם בתפיסה זאת שהייתה מושרשת ביותר". הנביא יחזקאל מוסיף ואומר כי האדם נשפט לפי מעשיו בהווה ולא על פי מעשיו בעבר. יש כאן חיזוק של הגישה האנטי דטרמיניסטית הקובעת שגורלו של אדם אינו נקבע בזמן מסוים בעבר, אלא האדם קובע את גורלו בכל רגע מחדש. ומובן על פי נבואה זו כי עוון אבות משולם לבנים אשר אוחזים בדרכי אביהם ובלי לבחון את נכונותם.
תפיסת חז"ל.
כתות שונות ביהדות בימי בית שני נחלקו ביניהן גם בסוגיית הבחירה החופשית. לפי יוסף בן מתתיהו, האיסיים האמינו בפרדסטינציה, כלומר בגזירת אל הקובעת הכל מראש, ואין דבר שלא יקרה את בני-האדם לפי גורלם; לעומתם הצדוקים כפרו לחלוטין בפרדסטינציה ואילו הפרושים אמרו שהגורל הטוב נקבע מראש מידי האלוהים אך הרע נוצר כתוצאה מבחירותיו השגויות של אדם. חיזוק לדבריו בנוגע לאיסיים נמצא בסרך היחד במגילות מדבר יהודה: "מגילת שתי הרוחות" בדפים 3–4 מלמדת על תפיסה בה החזיקו אנשי כת הקומראן (המזוהים עם האיסיים) לפיה גורלו של האדם – אם ללכת ב"דרך האמת" או ב"דרך העול" – כל זה נקבע מראש.
אף אצל חז"ל יש עקבות של דטרמיניזם. אחד מהם הוא המאמר על כך ש"דוד המלך נולד במזל מאדים (יום שלישי) ולכן היה חייב להיות שופך דמים" אמנם חז"ל עצמם מסייגים זאת ואומרים שאדם שנולד במזל מאדים עדיין יכול לבחור האם להיות רוצח, שוחט או מוהל. ובכך להטות את נטיותיו לכיוון המוסרי. כך מוסרים רוב הביאורים במסכת שבת (קנה-קנו) על השפעת שעת ותאריך לידת האדם על פי הכוכבים ומסילותיהן. נהוג להסביר כי ביד האדם להטות את תכונותיו לטוב ולרע (לדוגמה עצלנות: להתעצל בקיום המצוות או בחטאים).
אמירה מפורסמת נוספת של חז"ל היא "הכל בידי שמיים חוץ מיראת שמיים". לפי משפט זה כל חיי האדם, ובפרט הגמול והעונש על בחירות האדם, קבועים בידי שמיים, אבל הבחירה עצמה נמצאת בידי האדם. ביטוי קרוב של רבי עקיבא בנושא זה הוא "הכל צפוי והרשות נתונה". לפי פירושם של ראשונים רבים, כוונת מאמר זה היא שעל אף שהכל צפוי כבר בעיני האל, הרשות ניתנת לאדם לפעול לפי רצונו. ישנם כאלו שפירשו את "הכל צפוי" לא מלשון תחזית עתידית אלא מלשון נראות – שאלוהים צופה בכל, לפי הפסוק "עיני ה' משוטטות בכל הארץ". לפי פירוש זה המשפט לא מבטא את הסתירה שבין הידיעה והבחירה.
תפיסת חכמי ימי הביניים והעת החדשה.
רובם המכריע של הפילוסופים היהודיים בימי הביניים אימצו את עקרון הבחירה החופשית, שבו ראו מפתח לכינונה של הדת המאמינה בשכר ועונש. להבנתם, אם האדם כפוי על ידי גורם כלשהו, פנימי או חיצוני, לבחור במה שבחר – אין לו לקבל שכר טוב על מעשיו הטובים ולא עונש על מעשיו הרעים. בין המכריעים לטובת הבחירה החופשית שהזכירו שיקול זה יש למצוא את רב סעדיה גאון, רבי אברהם אבן דאוד, רבי בחיי בן יוסף אבן פקודה, הרמב"ם, רבי יוסף אלבו ודון יצחק אברבנאל.
הרמב"ם ניסח עקרון יסוד זה במשנה תורה:
ב"שמונה פרקים" שלל הרמב"ם את תליית מעשיו של האדם במזל שבו הוא נולד:
בהמשך דבריו הסכים הרמב"ם כי האדם נולד עם תכונות בסיסיות – תוצאה של המזל בו נולד – תכונת, שמקשות או מקלות עליו את הבחירה: "הכנת המזגים... שיקל לו עניין או יכבד". ואולם, עם זה שהמזל יכול להקשות על הבחירה, עדיין הוא לא שולל אותה. כי אמנם קשה הדבר לאדם לבחור נגד תכונותיו, אולם הדבר אפשרי בהחלט.
המומר אבנר מבורגוס דגל בהשקפה לפיה אין קיימת בחירה חופשית, ואף על פי שאין הגורל או כל מניע חיצוני אחר גוזר על האדם מה שיעשה, מכל מקום לכל בחירה קיימת סיבה פנימית, ולסיבה זו קיימת סיבה משלה, כך שעקרון הסיבתיות שולל את הבחירה החופשית. הוא האריך בהצגת עמדתו בספר "מנחת קנאות" שנועד לצורך שכנוע היהודים בעמדותיו, ולדבריו גם הרמב"ם אינו חולק על עמדה זו, ומתוך סתירות שהוא מעלה בעניין בדעת הרמב"ם הוא מגיע למסקנה שדבריו של הרמב"ם בעד הבחירה החופשית לא נאמרו אלא כדי לחזק את האמונה הדתית בלב ההמון. את בעיית השכר והעונש הוא פתר, כשהניח שהם מגיעים כגמול טבעי, כדוגמת האש השורפת את מה שנכנס בתוכה, בלי קשר לשאלת האשמה והאחריות האישית שבמעשה זה. לדבריו בדעת הרמב"ם שותפים גם חוקרים אחרים.