הפתיחות כלפי המערב הביאה להשתרשות הנצרות במדינה, דבר שנתפס על ידי השוגונות כגורם המעודד חוסר יציבות. גישה זו התבטאה בין השאר במדיניות של השלטון בשימבארה, שם רעב, מיסוי כבד ואיסור על פולחן נוצרי הביאו לפריצתו של מרד שימבארה בשנים 1637–1638. השוגונות האמינה שגורמים אירופאים קתולים עודדו את המרד, ולאחר דיכויו סוחרים פורטוגזים גורשו, הודקה מדיניות ההתבדלות היפנית שכונתה "שאקוקו" (מילולית: מדינה בשלשלאות") בפני המערב, והאיסור הקיים על הנצרות נאכף ביתר שאת. עד לשנת 1650 נמחתה הנצרות כמעט לחלוטין מהמדינה, וההשפעות הזרות בתחומי הדת, הכלכלה והפוליטיקה הוגבלו ופסקו כמעט לחלוטין. שוגונות טוקוגאווה סגרה את יפן בפני העולם החיצון והשאירה זכות סחר מוגבלות לדג'ימה שבנמל נגסאקי בלבד, רק לסין ולחברת הודו המזרחית ההולנדית. כל נתין זר אחר שהיה מגיע לחופיה של יפן באותה התקופה הוצא מיד להורג, וכל יפני שיצא את המדינה לא הורשה לחזור.
התפתחות בתחומי הכלכלה והאמנות.
במהלכה של תקופת אדו חלו ביפן התפתחויות כלכליות רבות. בין התפתחויות אלו ניתן למנות את התפתחות הערים, פיתוח רשת ענפה למשלוח סחורות בתוך המדינה והקמת שכבת תעשייה זעירה.
באמצע המאה ה-18 מנתה אוכלוסייתה של אדו יותר ממיליון נפשות, בעוד אוכלוסיותיהן של אוסקה וקיוטו מונות כל אחת כ-400,000 נפש. ערי-טירה רבות נוספות חוו גם הן גידול משמעותי במספר תושביהן. עם השנים הפכו אוסקה ואדו למרכזי סחר ותעשייה לאומיים, כאשר אדו משמשת גם כמרכז הלאומי לאספקת מזון ושאר סחורות עירוניות. עם הגידול בערים החלה מתפתחת מערכת מפותחת של בנקאות ביפן, ובעקבותיה גם מערכת חקלאית מבוססת שנועדה לתמוך את התפתחותה הכלכלית של הארץ.
במהלך התקופה החלו היפנים גם ללמוד בהדרגה את סודות המדע האירופאי, וזאת דרך ספרים שהגיעו ליפן עם הסוחרים ההולנדיים ("השכלה הולנדית" או רנגאקו). התחומים אותם חקרו היפנים כללו גאוגרפיה, רוקחות, מדעי הטבע, אסטרונומיה, אמנות, שפות, תופעות פיזיקליות (כגון חשמל) ומכניקה.
למרות שליפן הייתה היכולת לפתח את הידע שרכשה לעצמה, ההתפתחות המואצת של התעשייה במערב בזמן המהפכה התעשייתית במאה ה-18, יצרה לראשונה פער יכולות גדול בין יפן למערב, פער שהתבטא בעיקר בנחיתותם של הטכנולוגיה וכלי הנשק היפניים מול אלה המערביים, ואשר לא התקיים בתחילתה של תקופת אדו. פער טכנולוגי זה היה אחד הגורמים שהביאו להפסקת ההתבודדות היפנית בסופה של תקופת אדו.
כמו הכלכלה, גם האומנות היפנית זכתה לפריחה מחודשת במהלך תקופת אדו. הענף המפורסם ביותר במערב שהתפתח בתקופה זו הוא ענף האוּקיוֹ אֶה, ציורים והדפסים צבעוניים שתיארו את "העולם המרחף" - שמו העדין של רובע היצואניות ותיאטרון הקבוקי בערים היפניות. הדפסים מסוג זה החלו להופיע ביפן כבר בסוף המאה ה-17, אך ההדפס הצבעוני הראשון נוצר בשנת 1764. הדור השני של יוצרי ההדפסים היפניים נטש את הנושאים האפלים שאפיינו את הזרם בתחילה ועבר לתאר בהדפסיו בעיקר נופים ותופעות טבע.
בתחילת המאה ה-19 הסגנון השולט באומנות היפנית היה זה של הירוֹשִיגֶה, שתיאר את נופי יפן בזויות וצורות לא טבעיות ועם קווי מתאר עבים ובולטים. אומנות הדפסים זו היוותה את ההשראה ליוצרים האירופאים בזרם האימפרסיוניסטי כגון וינסנט ואן-גוך ואדגאר דגה.
החברה.
בתקופת טוקוגאווה, החוקים חילקו את החברה לארבעה מעמדות: סמוראים, צמיתים, בעלי מלאכה וסוחרים. היה איסור להתחתן בין מעמדות.
הסמוראים שהיוו 6% מהאוכלוסייה, היו אצולה לוחמת בדומה לסניור במבנה הפיאודלי המערבי. הם נהנו מזכויות יתר רבות, כגון נשיאת נשק, לבישת בגדי משי, רכיבה על סוסים, להינשא באפריון, ולגור סמוך לטירת השוגון או הדאימיו.
הצמיתים היוו כ- 80% מהאוכלוסייה. הצמדת עובדי האדמה לקרקע יצרה בעיה של צפיפות בתאי שטח מסוימים. הבן הבכור ירש את משק אביו, והבנים הצעירים נאלצו להגר אל העיר, מפאת חוסר תעסוקה בכפר. עקב כך, נקטו האיכרים בשיטות לצמצום הריבוי הטבעי, בעיקר "דילול" של תינוקות ממין נקבה. כאשר נולדה נקבה, הייתה לאב את הזכות לצוות על המיילדת לחנוק את התינוקת באמצעות נייר רטוב שקוף אשר הוכן למטרה זאת.
החלשותה של שוגונות טוקוגאווה.
סופה של תקופת אדו מכונה לרוב תקופת שוגונות טוקוגאווה המאוחרת. הסיבות שהביאו לסיומה של התקופה שנויות במחלוקת, אולם ללא כל ספק ישנה חשיבות מכרעת להגעתו ליפן של קומודור מת'יו פרי מהצי האמריקאי, שצי ספינותיו (הקרוי ביפן "הספינות השחורות") ירה מטחי פגזים אל אדו מהמפרץ הסמוך לה והכריח בכך את יפן להפתח בשנית לעולם המערבי. בנסותם להרחיק את ספינותיו ותותחיו של פרי מחופיהם, בנו היפנים מספר איים מלאכותיים בקרבת נמל טוקיו שמנעו מהספינות להתקרב לטווח תותחים. חלק מאיים אלו השתמרו ברובע אוֹדאיבָּה של ימינו בטוקיו.
על אף היות הגעתו של פרי גורם מכריע בהתמוטטות השוגונות, היא אינה הסיבה היחידה להתמוטטות זו. הגעת הזרים מחדש לחופי יפן רק החישה למעשה את המאבק הפוליטי המורכב שהתנהל ביפן זה מכבר בין משטר השוגונות לקואליציה של מבקריו. מאבק זה החל עוד בימי תחילת שלטונה של השוגונות לאחר שהמשטר החליט למנוע מהמעמד הלוחם צבירת אדמות ועושר על ידי הנהגת מדיניות "חזרה אל הקרקע" - מדיניות המסמנת את האיכר היצרן כאדם האידיאלי בחברה. התמשכותה של תנועת אנטי-שוגונות זו, היא זו שהביאה לבסוף לקריסת השוגונות.
בנוסף להתמרדות העממית, נחלש מעמדה של השוגונות לאחר שהיא לא הצליחה לעצור את שטף הספינות הזרות שפקדו את חופיה לאחר הגעת האמריקאים. ספינות מלחמה וסחר רוסיות פלשו לאי סחאלין ולאיים הקוריליים שהיו בשליטת היפנים, ב-1808 נכנסו ספינות בריטיות לנמל נגסאקי ועשו בו כבשלהן בחפשן אחר ספינות הולנדיות והופעתן של ספינות מלחמה וציד לווייתנים במים הטריטוריאליים של יפן הלכה והתגברה ככל שחלף הזמן. בשני העשורים הראשונים של המאה ה-19.
עם תחילתן של שנות השלושים של המאה ה-19 כבר הייתה ביפן תחושה כללית של משבר חמור. רעב ואסונות טבע הכו במדינה והביאו ב-1837 להתקוממות ספונטנית של מעמד האיכרים כנגד פקידי ממשל באוסקה. למרות שההתקוממות דוכאה לאחר יממה בודדת, יצרה התקוממות זו רושם דרמטי הן בקרב השלטון והן בקרב העם היפני. התשובה להתקוממות מצד שלטון השוגונות הייתה החלת פתרונות מסורתיים במקום לנסות לפתור את הבעיות המוסדיות במדינה. יועציו של השוגון יעצו לו להחיות מחדש את רוח הלחימה היפנית, להחריף את ההגבלות על סחר החוץ, להטיל צנזורה על הספרות ולשלול מותרות מחיי מעמד הסמוראים. אט אט החלו נשמעים קולות ברחבי המדינה שקראו להדחת השוגונות מהשלטון ולחזרה לשלטון מאוחד וסילוק הזרים תחת מרותו של הקיסר. אולם קולות אלו לא הגיעו לחלונות הגבוהים של השוגונות, שהייתה עסוקה בחיזוק המדינה במישור הכלכלי כנגד מעצמות המערב, לאחר שחזתה בהתמוטטותה של סין מול מעצמות אלו במלחמת האופיום הראשונה.
סוף ההתבודדות.
כאשר הופיעו ספינותיו של הקומודור פרי בנמל אדו ביולי 1853, החלה מהומה רבתי בחצר השוגונות. יושב ראש מועצת הזקנים, אָבֶה מָשַהירוֹ (1819-1857) מונה כאחראי על המשא ומתן עם האמריקאים. האיום החדש על ביטחון המדינה שהציבו האמריקאים היה חסר תקדים בהיסטוריה של יפן והדעות לגבי דרך הטיפול בו היו חלוקות. אבה ניסה לאזן בין רצונה של מועצת הזקנים להתפשר עם האמריקאים, רצונו של הקיסר לשמור את יפן נעולה בפני הזרים ורצונם של הדאימיו (שליטי המחוזות והערים) שרצו לצאת למלחמה באמריקאים. בהיעדר הסכמה ברורה, החליט אבה להתפשר עם האמריקאים ולקבל את דרישותיו של פרי לפתוח את יפן לסחר חוץ מצד אחד, ומצד שני להתכונן למלחמת מגננה מול האמריקאים. במרץ 1854 נחתם "חוזה השלום והידידות" (חוזה קאנאגוואה) אשר פתח שני נמלים ביפן לסחר עם האמריקאים, הבטיח יחס הוגן לניצולי ספינות אמריקאים שיגיעו לחופי יפן והתיר שליחת קונסול אמריקאי לשימודה, נמל קטן בחצי האי איזוּ, מדרום מערב לאדו. חמש שנים מאוחר יותר נחתם חוזה מסחרי נוסף שפתח תחומי מסחר נוספים לאמריקאים ביפן.
הנזק שנוצר לשוגונות מהחתימה על החוזים היה משמעותי ביותר. הדיון הלא שגרתי על מדיניות הממשל שהתפתח ביפן הביא עמו עד מהרה ביקורת ציבורית חריפה על התנהגותה של השוגונות בפרשיית החוזים. במטרה ליצור בני ברית חדשים לשוגונות ניסה אבה לרתום לשורות השוגונות את תמיכתן של הדאימיו של שינפאן וטוזומה, צעד שרק החליש את מעמדה הרעוע של השוגונות כיוון שגרם בכך לירביהם של הדאימיו להסיר את תמיכתם בשוגונות. מאוחר יותר, כחלק מרפורמת אנסיי שהתרחשה בשנים 1854–1856, ניסה אבה לחזק את השלטון על ידי הזמנת כלי נשק וספינות מההולנדים ולפתוח באמצעותם בתי ספר ללוחמה מודרנית שיגנו על הקיסרות מפני אויביה החדשים. עד מהרה נפתחו בתי הספר החדשים באדו וסביבותיה, אולם זניחה זו של העקרונות הישנים של המעמד הלוחם והחלפתם בשיטות לוחמה מודרניות גרמו לזעם רב בקרב הדאימיו שהיו כולם בני המעמד הלוחם ואשר גרמו לבסוף להדחתו של אבה מתפקיד יושב ראש מועצת הזקנים והחלפתו בהוטה מאסאיושי.
אולם גם הוטה לא צלח את מלאכת איחוד השורות ביפן, ועם מות השוגון, שלא השאיר אחריו יורש, התפתחה בקיסרות מלחמת ירושה בין מועמדי המחנות השונים של הדאימיו. לבסוף גברו המצודדים בדאימיו של פודאי ולתפקיד השוגון נבחר טוקוגאווה יושינובונובו, קרובו של השוגון המת, שלא רצה בתפקיד אך קיבל אותו באי-רצון ומאוחר יותר חתם חוזים נוספים עם ארצות הברית ו-5 מדינות נוספות, מפסיק בכך את תקופת ההתבודדות של יפן שנמשכה יותר מ-200 שנים.
סופה של התקופה.