לאחר מלחמת סיני גדלה השייטת שסיפחה לה את המשחתת הקלה אבראהים אל-אוול בריטית מסדרת Hunt שנקראה אח"י חיפה (ק-38). אח"י נגה (ק-22), סופחה גם היא לשייטת המשחתות עקב תכונותיה כספינת נצ”ל השתתפה יחד בתרגילי לחימה בצוללות. התקופה שבין מלחמת סיני למלחמת ששת הימים הייתה תקופת הפעילות העיקרית של שייטת המשחתות.
בין מלחמת סיני למלחמת ששת הימים.
בתקופה שבין המלחמות נעשתה מרבית פעילות האימונים של שייטת המשחתות. הוכשרו קורסי חובלים ממחזור ו' עד ט"ו. ונערכו ביקורים בנמלים: פיראוס, טולון, ניס, ליבורנו, וולטה, אז'אקסיו, פמגוסטה, נאפולי, מסינה, גיברלטר וברסט.
לא את כל הביקורים שתוכננו ניתן היה לבצע. ביקור המשחתת אח"י אילת (ק-40) לנמל פיראוס שתוכנן לחודש יוני 1962 לא יצא לפועל מהתנגדות משרד החוץ היווני. את המצב שבו עמדה יוון הסביר שר החוץ, מר אברוף, כי:
המשחתות במלחמת ששת הימים.
מוכנות למלחמה - המלחמה תפסה את חיל הים כאשר כבר הייתה כוונה להחליף את המשחתות בספינות סער, אך אלה עוד לא היו מוכנות. גורמי המודיעין בחיל הים הישראלי לא חזו קרבות בשנים הקרובות, למרות זאת הכין חיל הים תוכניות למלחמה בסד"כ הקיים (טרפדות ומשחתות) כנגד משחתות וספינות טילים מצריות.
בין היתר נערכה סדרת תרגילים טקטיים במתקן הדימוי הטקטי של הצי המלכותי הבריטי במלטה. לסדרה זו, שנמשכה שבוע, נשלחו מפקדי היחידות הלוחמות ומרבית מפקדי כלי השיט בחיל הים. במהלך הסדרה הזינו הבקרים הבריטים את נתוני החימוש של שני הצדדים. גובשה תורת לחימה לכוח משולב משחתות וטרפדות כנגד אויב ספינות קומאר\אוסה והמשחתות מסדרת סקורי. בגילוי ספינות הטילים של האויב נדרשו טרפדות חיל הים להסתער ולתקוף בתותחים ובאותה עת על המשחתות היה להישאר מחוץ לטווח מכ"ם של ספינות הטילים עד לתחילת קרב התותחים ואז כאשר ספינות הטילים עסוקות ואינן יכולות לכוון טילים להיכנס גם הן בתותחים.
לאחר מספר תרגילים מחו מפקדי המשחתות כנגד שלב הנסיגה וגובש מהלך של הסתערות כללית. אז התברר כי כאשר המשחתות לא התרחקו מטווח מכ"ם של ספינות הקומאר\אוסה והסתערו חזיתית יחד עם הטרפדות, הן נפגעו והוטבעו. בעת שהטרפדות נכנסו להתקפת טורפדו נגד המשחתות מסדרת סקורי הן הוטבעו באש תותחים לפני שהגיעו לטווח ירי הטורפדו.
האימון הטקטי היה יכול להמחיש את מצב הנחיתות הקשה של חיל הים הישראלי. אך לחיל הים לא היה כח אחר להעמיד מול הצי המצרי. בתקופת ההמתנה חומשו הטרפדות בטורפדו ונדרשו להסתער על המשחתות מסדרת סקורי כשאלה יבואו להפגיז את החוף. למשחתות לא היה פתרון אחר והוראת הרמטכ"ל הייתה להרחיק אותן מספינות הטילים המצריות.
יזמה התקפית - מפקד חיל הים העריך שיש להפגין פעילות התקפית כדי למנוע מהצי המצרי הגדול והצי הסורי לשתף פעולה ולהגיע לחסימת דרכי הים התיכון לישראל. תוכננו פעולות קומנדו ימי נגד כלי שיט של האויב בנמלים ופעולה התקפית באזור פורט סעיד כדי לאפשר הנחתת רכב קרבי משוריין בחוף אל עריש. להצלחת פעילות הקומנדו הימי בנמלים נדרשה הפתעה אך העדיפות ניתנה לתקיפות חיל האוויר.
הרכב כח השייטת - שלוש המשחתות נמצאו במצבי מוכנות שונים: אח"י יפו (ק-42) בפיקוד יצחק קט הייתה בפעילות מלאה. בתקופת ההמתנה חומשה המשחתת בטילי ים-ים שהיו אז בפיתוח. תחת מעטה אברזין ובסודיות רבה, הוצבו במקומו של דוכן טורפדו הקדמי 3 טילי גבריאל. הטילים היו לטווח קצר וחייבו ניהוג ידני. אח"י אילת (ק-40), בפיקוד יצחק שושן נמצאה בשיפוץ ובתקופת ההמתנה הורכבו מערכותיה והכנותיה נמשכו עד פריצת המלחמה. אח"י חיפה (ק-38) שהייתה כבר במצב עתודה קיבלה כמפקד את סא"ל יהודה בן-צור ואוישה בצוות מילואים. מפקד השייטת אל"ם נפתלי רוזן. במהלך ההמתנה חזר מפקד השייטת הקודם אל"ם בנימין תלם משרבורג שם עסק בספינות סער וקיבל פיקוד על כח משימה הכולל את אח"י יפו (ק-42).
פעולת פורט סעיד.
ב-5 ביוני לאחר תקיפות חיל האוויר והצלחת התקדמות צה"ל בסיני בוטלה הנחתת הכוחות באל עריש. המשימה לתקיפת פורט סעיד הוטלה על בנימין תלם. הכוח כלל את אח"י יפו (ק-42), 3 טרפדות וכח צוללים משייטת 13. במהלך התנועה התקבלו ידיעות שאין כלי שיט צבאיים בנמל פורט סעיד. למרות זאת קיבל מפקד הכוח הוראה להעדיף הפעלת צוללים ולהימנע ממגע עם ספינות טילים מצריות. לתלם היה ניסיון קודם בסיורים מול החוף המצרי. הוא הוריד את כוח שייטת 13 בקרבת הנמל. לאחר גרירה קצרה בסירת הציפור החליט מפקד החזירים יצחק שמיר להתנתק והחזירים המשיכו לבד. הצוללים בשני חזירים סרקו את הרציפים ולא מצאו מטרות. במיומנות התחמקו מספינת משמר שהטילה פצצות נגד אדם בקרבתם ויצאו והמתינו לאיסוף. בעת ההמתנה נודע מגורמי האזנה ששתי ספינות אוסה נשלחות לתקוף מטרה שהתגלתה מצפון לפורט סעיד. תלם העריך שספינות הטילים נשלחות לתקוף את המשחתת ופקד על אח"י יפו (ק-42) להתרחק. למעשה הייתה זו סירת האיסוף שהתגלתה כאשר התקרבה לנמל. הטרפדות הישראליות התקרבו והמצרים שגילו להפתעתם מטרות אויב רבות פקדו על ספינות האוסה לחזור לנמל. בדיעבד התברר כי הן לא היו חמושות בטילי ים-ים סטיקס לאחר המתנה של כשעה וחצי נאספו לסירת האיסוף ונאלצו להשמיד את החזירים. חוסר המטרות בנמל, השמדת החזירים, התרחקות המשחתת והפסקת קרב הטרפדות, השאירו טעם של אי הצלחה.
פעולות נוספות.
אלתור חילוץ חולית הקומנדו מאלכסנדריה - למחרת פתיחת המלחמה כשהוברר כי לא נוצרה חבירה בין חולית הקומנדו הימי בפעולת אלכסנדריה ואח"י תנין (צ-71) שהמתינה לאיסופם. התגבשה בחיל הים דעה כי יש צורך לחלץ בכח את החוליה. אף כי ההערכה המודיעינית מבצעית לגבי נחיתות המשחתות מול טילי הסטיקס ועם הקומנדו הימי לא היה קשר יצאה השייטת בהרכב מלא בפיקוד נפתלי רוזן לכיוון אלכסנדריה. הפלגת המשחתות אושרה על ידי סגן הרמטכ"ל חיים בר-לב לאחר מאמצי שכנוע של חיל הים במשך הבוקר. מאוחר יותר נודע הדבר לרמטכ"ל יצחק רבין שביטל את הפעולה והמשחתות הוחזרו לנמל. אל"ם בנימין תלם שנשלח אותו בוקר בדחיפות לשרבורג כדי למנוע מימוש כוונה צרפתית למנות מפקד מהצי הצרפתי לספינות בבנייה היה מאוד נגד הפעולה הזאת והגיב על כך במכתב אישי למפקד חיל הים.
כמעט אש על כוחותינו - בליל 7/8 ביוני גילה מכ"ם חיל האוויר שלוש מטרות נעות מכיוון דרום מערב לעבר תל אביב. הייתה הערכה מוקדמת שגרסה כי אחת מדרכי הפעולה של הצי המצרי תהיה שמשחתות יתקפו בלילה את חופי ישראל. כפי שנעשה במלחמת העצמאות ומלחמת סיני וחיל הים נערך לקבל אותן כפי שתכנן ותירגל. שלוש טרפדות בפיקוד סא"ל משה אורן נשלחו מאשדוד בצמוד לחוף. שייטת המשחתות בפיקוד אל"ם נפתלי רוזן שהייתה בים מול נתניה נשלחה דרומה בכל המהירות והוזמן סיוע אווירי. מפקד חיל הים שלמה אראל ניהל את הפעילות המבצעית ממוקד השליטה החילי בחיפה, כשכוונתו לתאם בו זמנית את המשחתות בתותחים מהצפון את הטרפדות בטורפדו ממזרח ומטוסים תוקפים מלמעלה. המצב נראה ממש טוב והספק החל מנקר. המטרות במבנה התקדמו ומטוסים שהוזנקו דיווחו על קשר עין עם המטרות –שלושה שבלים מקבילים. הוא חשב הטייסים באוויר הודיעו על מוכנות לתקיפה ומפקד חיל האוויר לחץ לקבל אישור תקיפה. מפקד חיל הים אישר הנרה בלבד והנורים נפתחו מעל המשחתות הישראליות. מטרות חיל האוויר היו עננים שנעו עם הרוח הדרום מערבית. תצפיות המטוסים היו שובלי המשחתות הישראליות. כך קור רוח וסבלנות מבצעית מנעו תקלה מבצעית חמורה.
שיבוש פעילות צוללות - אח"י אילת (ק-40) ואח"י חיפה (ק-38), עסקו במהלך המלחמה בסריקות לאורך חופי ישראל. המצרים שלחו שלוש צוללות כנגד התנועה הימית לנמל חיפה. אח"י אילת נשלחה לצפון המפרץ ואח"י חיפה לדרומו. נתגלו צוללות מצריות והותקפו בפצצות עומק. בדיעבד נודע כי צוללת מצרית חזרה ועלתה לתיקונים. הפעילות המצרית בחופי ישראל נמנעה.
מלחמת ההתשה.
בשבועות שלאחר המלחמה הייתה פעילות מצרית רבה בגזרת חוף סיני. כלי שיט של חיל הים נפגשו עם סירות עמוסות בחיילים מצריים שהעדיפו לנסות את מזלם ולברוח לפורט סעיד. חלקם נתפסו ואף שוחררו להמשיך בדרכם. דייגי מכמורת ישראלים החלו לדוג באזור וחיל הים נערך לאבטח אותם. כאשר התברר שהמצרים מבצעים סיורי לילה עם טרפדות מול החוף וכנראה מקיימים קשר עם אנשיהם בחוף סיני שונתה מטרת הסיורים והם נערכו בלילה כאשר באזור נמצאים מספר כלי שיט בו זמנית.
ב-11 ביולי 1967 לקראת חצות נקלטו במכ"ם מטרות היוצאות מפורט סעיד ובדרכן למימי סיני. במקום הייתה אח"י אילת בפיקוד סא"ל יצחק שושן וזוג טרפדות בפיקוד סרן אלי רהב ארבו בקרבת החוף. בפעולה מתואמת סגרו כלי השיט על המטרות שהתבררו כטרפדות דגם P183 . המצרים פתחו באש על הטרפדות הישראליות וזכו למכת אש שגרמה להן להיפרד. בהמשך הקרב תקפה המשחתת טרפדת אחת וזוג הטרפדות את השנייה. תוך חצי שעה נגמר הקרב כאשר בטרפדות המצריות התפוצצו טילי הטורפדו שנשאו עליהן. רסיסים מהפיצוץ פגעו בצד ימין של חרטום המשחתת וימאי אחד נפצע קל. בטרפדות הישראליות לא היו נפגעים.
טיבוע המשחתת אילת
שר הביטחון והמטה הכללי שאפו לקיים נוכחות צבאית בקרבת פתחי תעלת סואץ. אף כי לא היה שינוי בהערכה המודיעינית לגבי החימוש הקטלני של הצי המצרי השתנתה המדיניות וכלי שיט הורשו להתקרב לאזור שנמצאים בו טילים. המצרים ראו בשלילה התקרבות כלי שיט ישראליים לבסיסם בפורט סעיד. על אף הפסקת האש ניצלו את ההזדמנות שנקרתה להם וב-21 אוקטובר 1967 יצאו ספינות טילים קומאר מפורט סעיד ותקפו את אח"י אילת בטילי סטיקס.