בישיבה של הפוליטביורו ב-7 ביוני 1999, ג'יאנג תיאר את הפאלון גונג כאיום חמור על סמכותה של המפלגה הקומוניסטית —"משהו חסר תקדים במדינה מאז הקמתה לפני 50 שנה" - והורה על הקמתה של ועדה רמת דרג כדי להגיע "מוכנים לפרוק וסילוק [פאלון גונג]." שמועות על סנקציות הממשמשות ובאות החלו להתרוצץ ברחבי סין, מה שגרם להפגנות ולעתירות. הממשלה הכחישה בפומבי את השמועות, טענה שהן "חסרות בסיס לחלוטין", והבטיחה כי מעולם לא אסרה על פעילויות צ'י-גונג.
מעט אחרי חצות ב-20 ביולי 1999, שוטרים תפסו מאות מתרגלי הפאלון גונג והוציאו אותם מבתיהם בערים ברחבי סין. הערכות על מספר המעצרים היו מכמה מאות עד יותר מ-5,600. אחד העיתונים בהונג קונג דיווח כי 50,000 אנשים נעצרו בשבוע הראשון של הסנקציות. בבייג'נג נעצרו ארבעה מתרגלים שהתנדבו בתיאום פעילויות פאלון גונג, באשמת "הדלפת סודות מדינה". המשרד לביטחון הציבור הורה לכנסיות, למקדשים, למסגדים, לעיתונים, לתקשורת, לבתי משפט, ולמשטרה לדכא את הפאלון גונג. בעקבות זה היו שלושה ימים של הפגנות המוניות של מתרגלים בשלושים ערים. בבייג'ינג ובערים אחרות, מפגינים נעצרו, וקובצו בתוך אצטדיונים. מאמרי מערכת בעיתונים הנשלטים על ידי המדינה דחקו באנשים לוותר על תרגול הפאלון גונג, וכל חברי המפלגה הקומוניסטית קיבלו תזכיר שהם אתאיסטים ואסור להם "להאמין באמונות תפלות על ידי המשך תרגול פאלון גונג".
לי הונג-ג'י הגיב ב"תגובה קצרה" ב-22 ביולי:
"אנחנו לא נגד הממשלה עכשיו ולא נהיה נגדה גם בעתיד. אנשים יכולים להתנהג אלינו גרוע אבל אנחנו לא נתנהג גרוע לאחרים ולא נתייחס לאנשים כאל אויבים.
אנו קוראים לכל הממשלות, הארגונים הבינלאומיים ואנשים עם רצון טוב להרחיב את התמיכה שלהם ואת עזרתם במטרה לפתור את המשבר הנוכחי המתחולל כעת בסין".
הסיבות.
משקיפים זרים ניסו להסביר את הסיבות מדוע המפלגה אסרה על קיום הפאלון גונג.
כתבה בעיתון וורלד ג'ורנל () טענה שבכירי מפלגה אחדים רצו לדכא את הפאלון גונג במשך שנים, אבל עד המחאה בג'ונג נאן-האי הייתה חסרה להם סיבה. התגובה למחאה נוהלה, בחלקה לפחות, בניצוחו של לואו גאן, יריב מר וממושך של הפאלון גונג. היו גם דיווחים מנוגדים בתוך הפוליטבירו בזמן האירוע. ווילי וו-לאפ-לאם כתב שהקמפיין של ג'יאנג נגד הפאלון גונג נועד כדי לקדם את עצמו; לאם ציטט חבר מפלגה ותיק שאמר, "על ידי שימוש בשיטה כמו של מאו [נגד הפאלון גונג], ג'יאנג מאלץ את הסגל הבכיר להישבע אמונים לקו שלו."
ג'יאנג נתפס על ידי הפאלון גונג כאחראי באופן אישי להחלטה הסופית. מקורות המצוטטים על ידי ה"וושינגטון פוסט" ציינו כי "ג'יאנג דזה-מין החליט בעצמו שהפאלון גונג חייב להיות מחוסל", ו"בחר את מה שהוא חשב כמטרה קלה." פירמן (Peerman) ציין סיבות, כגון חשד אישי או קנאה של ג'יאנג בלי הונג-ג 'י; סאיץ' (Saich) העלה את ההשערה כי ראשי המפלגה כעסו על המחאה הנרחבת של הפאלון גונג ועל המאבק האידאולוגי. "וושינגטון פוסט" דיווח כי חברי הוועדה המתמדת של הפוליטבירו לא תמכה פה-אחד בדיכוי, ו"ג'יאנג דזה-מין לבדו החליט על חיסול הפאלון גונג." הגודל וההיקף של מסע ההשמצה והאלימות של ג'יאנג נגד הפאלון גונג עלה בהרבה על אלה שננקטו נגד תנועות דומות בעבר.
משמר זכויות האדם מציין כי הסנקציות על הפאלון גונג משקפות מאמצים היסטוריים שנעשו על ידי המפלגה הקומוניסטית הסינית למגר כל דת, אשר המשטר סבור כי היא חתרנית מטבעה. היו עיתונאים שסברו כי תגובתה של בייג'ינג חשפה את אופייה הדיקטטורי ואת אי-הסובלנות שלה לכל מה שעלול להתחרות על הנאמנות אליה. בעיתון הקנדי "גלוב אנד מייל" () נכתב: "...כל קבוצה שאינה כפופה לשליטתה של המפלגה מהווה איום"; שנית, המחאות מ-1989 הגבירו כנראה את חששותיהם של המנהיגים לאבד את האחיזה שלהם בשלטון, מה שגרם להם לחיות ב"פחד מוות" מהפגנות המוניות. קרייג סמית מה"וול סטריט ג'ורנל" טען כי לממשלה אשר אין בהגדרתה שום תפיסה של רוחניות, חסרה אמינות מוסרית שתיתן לה בסיס למלחמה באויב רוחני. המפלגה הרגישה יותר ויותר מאוימת על ידי כל מערכת אמונה המאתגרת את האידאולוגיה שלה ויש לה את היכולת לקיים את עצמה. הפאלון גונג, מהווה מערכת אמונה שמייצגת את תחייתה של מסורת סין העתיקה, מספר גדול של חברי המפלגה הקומוניסטית ואנשי צבא תרגלו בשיטה זו ונתון זה הדאיג במיוחד את ג'יאנג דזה-מין. "ג'יאנג ראה בפאלון גונג איום אידאולוגי: אמונות רוחניות נגד אתאיזם מיליטנטי ומטריאליזם היסטורי. הוא רצה לטהר את הממשלה ואת הצבא מאמונות כאלה".
משרד 610.
ב-10 ביוני 1999 הקימה המפלגה את משרד 610, ארגון לביטחון פנים השייך לשירות הביטחון הכללי ואחראי על תיאום הפעולות לחיסול של הפאלון גונג. המשרד לא נוצר בחקיקה, והמנדט שלו לא מתואר בשום מקום. עקב כך, הוא נחשב לעיתים כארגון שמעבר לחוק. המשימות של המשרד היו "להתנהל מול משרדי המדינה והמפלגה, ברמה מקומית וארצית, שנקראו לפעול בתיאום הדוק עם המשרד", על פי פרופ' ג'יימס טונג מאוניברסיטת UCLA. לראשי משרד 610 ניתנה גישה חופשית "להתקשר לכל בכירי הממשלה והמפלגה ...ולהשתמש במשאבים מוסדיים", הם קיבלו גישה אישית למזכיר הכללי של המפלגה הקומוניסטית וראש הממשלה. מיד לאחר הקמתו של משרד 610 הראשי, הוקמו סניפים מקומיים בכל רמה אדמיניסטרטיבית, בכל אזור שהייתה בו קבוצת מתרגלים – ברמת הפרובינציה, מחוז, העיר, לפעמים גם השכונה. בכמה מקרים הוקמו סניפים בתאגידים גדולים ובאוניברסיטאות.
תפקידו העיקרי של משרד 610 כולל תיאום התעמולה נגד הפאלון גונג, מעקב ואיסוף מודיעין, וענישה ו"חינוך מחדש" של מתרגלי פאלון גונג. על פי הדיווחים, המשרד מעורב במאסרים ללא משפט, בחינוך מחדש בכפייה, בעינויים ולעיתים במותם של מתרגלי הפאלון גונג.
העיתונאי איאן ג'ונסון () שסיקורו את רדיפת פאלון גונג זיכה אותו בפרס פוליצר, כתב שתפקיד משרד 610 היה "לגייס את הארגונים החברתיים במדינה. בהוראת הלשכה לביטחון פנים, כנסיות, מקדשים, מסגדים, עיתונים, אמצעי תקשורת, בתי משפט ומשטרה כולם הפכו במהירות לשותפים בתוכנית של הממשלה: לרסק את הפאלון גונג, כשכל דבר שיעשו יהיה מקובל".
מסמכים וחוזרים רשמיים.
החל מיולי 1999 פרסמו הרשויות הסיניות מספר הודעות שהגדירו אמצעים להרס הפאלון גונג והציבו מגבלות על העיסוק ועל האמונה דתית.
מומחים לזכויות אדם ומשקיפים משפטיים הצהירו כי ההוראות הרשמיות והמסמכים המשפטיים שהונפקו לצורך הרדיפה אינם עומדים בתקני המשפט הבינלאומיים ומפרים את הוראות החוקה של סין עצמה.
השלכות על שלטון החוק.
משרד המשפטים דרש כי עורכי דין יקבלו אישור לפני שייקחו על עצמם להגן על מתרגלי פאלון גונג, וקרא להם "לפרש את החוק באופן שתתאים לרוח גזירות הממשלה".
בנוסף, ב-5 בנובמבר 1999 פרסם בית המשפט העליון הודעה לכל הערכאות הנמוכות לפיה זו "חובתם הפוליטית" להטיל עונש חמור על קבוצות שנחשבות ככופרות, במיוחד פאלון גונג. ההודעה גם חייבה את בתי המשפט בכל הרמות לטפל במקרי פאלון גונג בהתאם להנחיות של ועדות המפלגה הקומוניסטית, ובכך להבטיח שתיקי הפאלון גונג יידונו על סמך שיקולים פוליטיים ולא על סמך ראיות. בריאן אדלמן וג'יימס ריצ'רדסון כתבו כי הודעות אלו "אינן מביאות בחשבון את זכותו החוקתית של הנאשם להגנה, ונראה שהן מניחות אשמה לפני שהתקיים משפט."
המערכה של המפלגה הקומוניסטית נגד הפאלון גונג היוותה נקודת מפנה בהתפתחות מערכת המשפט הסינית, והיא ייצגה "צעד משמעותי לאחור" בהתפתחות שלטון החוק, לפי איאן דומינסון. בשנות התשעים מערכת המשפט התמקצעה בהדרגה, וסדרת רפורמות שהונהגה בשנים 1996–1997 אישרה את העיקרון שכל העונשים חייבים להיות מבוססים על שלטון החוק. עם זאת, הקמפיין נגד הפאלון גונג לא היה מתאפשר אילו הוא היה מוגבל למסגרת החוק הפלילי הקיים של סין. כדי לרדוף את המתרגלים, בשנת 1999 הפכה מערכת המשפט לכלי פוליטי, ונדרשה "גמישות" בהפעלת החוקים כדי לקדם את יעדי המדיניות של המפלגה הקומוניסטית. אדלמן וריצ'רדסון כותבים כי "תגובת המפלגה והממשלה לתנועת הפאלון גונג פוגעת בזכותם של האזרחים להגנה משפטית, לחופש דת, לחופש ביטוי וחופש התאספות המעוגנים בחוקה ... המפלגה תעשה כל שיידרש כדי להרוס כל איום על שליטתה העליונה. מהלך זה מייצג את התרחקותה משלטון החוק לעבר מדיניות מאו של "".
תעמולה.
תחילתו של מסע הרדיפה.
אחד ממרכיבי המפתח בקמפיין נגד הפאלון גונג היה מסע תעמולה שמטרתו הייתה להכפיש את הפאלון גונג ולהציגו בציבור באור זדוני.
במהלך החודש הראשון של הרדיפה, פורסמו בעיתונים הראשיים שבידי המדינה 300–400 מאמרים שתקפו את הפאלון גונג כולל בערוץ הטלוויזיה הראשי. מסע התעמולה התמקד בהאשמות כי הפאלון גונג סיכן את היציבות החברתית, היה מסוכן ושקרי, "אנטי מדעי" ואיים על הקידמה. הטענות היו כי הפילוסופיה המוסרית של פאלון גונג אינה מתיישבת עם מוסר חברתי מרקסיסטי.