במהלך הפגרה הועבר גארי פייטון לבוסטון סלטיקס וקארל מלון פרש לאחר ניתוח בברך, אך לא לפני שהאפשרות לחזרתו נשקלה, זאת לפני שמערכת היחסים בינו ובין קובי בראיינט עלתה על שרטון. למרות כל השינויים בפגרה, הצליחו הלייקרס לפתוח את עונת בצורה חיובית כאשר הגיעו למאזן 24:19 בפגרת האולסטאר, אך באותה הנקודה עזב טומג'נוביץ' את המועדון עקב בעיות בריאות. הלייקרס התקשו ללא טומג'נוביץ', אך עדיין הצליחו להגיע למאזן 32:29 והיו בעמדה ממנה ניתן להגיע אל הפלייאוף. אך, הלייקרס לא הצליחו להתגבר על סדרת פציעות של בראיינט ואודום בשלהיי העונה, והפסידו 19 מ-21 המשחקים האחרונים של העונה, כשהם מסיימים את העונה הסדירה במאזן 34:48.
למרות כל זאת, המשיך בראיינט לקבוע שיאים, כשהפך לשחקן הצעיר ביותר בהיסטוריה של ה-NBA המגיע ל-14,000 נקודות, וכאשר קבע שיא מועדון של 43 קליעות עונשין רצופות. הקבוצה גם הצליחה לקלוע ב-100% הצלחה מהעונשין בשלושה מקרים, לראשונה מאז עונת 1991/1992. אך כל זה הסתכם במעט כאשר הלייקרס סיימו את העונה במאזן של פחות מ-50% הצלחה והחמיצו את הפלייאוף.
עונת ראתה את הלייקרס מתאחדים מחדש עם פיל ג'קסון. שנת החופשה של ג'קסון, שכללה חופשה ארוכה באוסטרליה, טענה את מצבוריו והפיחה בו כוחות מחודשים, בעוד שעונת 2004/2005 של הלייקרס הביאה את ג'רי באס לשקול את האפשרות להיענות לדרישותיו הכספיות של ג'קסון. על אף שרבים חשבו שחוסר שביעות רצונו של בראיינט הביאה מלכתחילה לעזיבתו של ג'קסון, ושג'קסון יהווה גורם הפוגע בבראיינט, הראה קובי בראיינט סימנים כי יקבל בברכה את חזרתו של ג'קסון, והמהלך הותיר את אוהדי הלייקרס אופטימיים לגבי העונה הקרבה. ואכן, שום חילוקי דעות לא הופיעו בין השניים בעונה הראשונה לחזרתו של גקסון ללייקרס, ומערכת היחסים בין השחקן למאמן הראשי נשארה יציבה.
במהלך הפגרה, המהלך הראשי של הלייקרס בנוגע לסגל השחקנים היה הבאתו של קוואמי בראון מוושינגטון ויזארדס בתמורה לקארון באטלר וצ'אקי אטקינס, ובחירתו של הסנטר אנדרו ביינום ישירות מבית הספר התיכון כבחירה העשירית בדראפט 2005.
לאחר התוצאות החלשות של העונות הקודמות, רבים חשבו כי עצם ההגעה אל הפלייאוף תחשב להישג. הלייקרס החדשים ניראו כעיצוב של שושלת השיקגו בולס של שנות ה-90, שהשיגה 6 אליפויות במהלך העשור. הפורוורד המוכשר למאר אודום, נראה כדומה לטיפוס הסקוטי פיפן שהשלים את כישרונו של קובי בראיינט.
לאחר התחלה מעורערת, נראה היה כי הכימיה הקבוצתית משתפרת בצורה דרמטית במחצית השנייה של העונה, והלייקרס ניראו יציבים יותר ככל שהעונה התקרבה לסיומה. ההשתפרות של הלייקרס הספיקה למקום בפלייאוף ושיכחה במעט את חששות האוהדים לגבי הקבוצה, כאשר הלייקרס סיימו את העונה הסדירה במאזן 45:37. בפלייאוף, פגשו הלייקרס בסיבוב הראשון את המדורגת שנייה במערב פיניקס סאנס, ולאחר שבראיינט הבטיח את הניצחון במשחק הרביעי בסדרה שהתקיים בלוס אנג'לס עלו הלייקרס ליתרון 3:1 בסדרה וניראו בדרכם לחצי גמר המערב, לסדרה פיקנטית מול יריבתם העירונית לוס אנג'לס קליפרס, שהבטיחה את מקומה בחצי הגמר לאחר שגברה על דנוור נאגטס. אך, הסאנס בהנהגתו של סטיב נאש הצליחו להתאושש ולדהור קדימה. הסאנס הצליחו לנצח במשחק החמישי בבית 114:97, ולנצח שוב במשחק השישי שהתקיים בלוס אנג'לס 126:118 בהארכה, עתה ניצלו הסאנס את המומנטום והביסו את הלייקרס במשחק השביעי והמכריע 121:90, בפיניקס.
במשחק השביעי, הובילו הלייקרס במחצית 60:45, כאשר קובי בראיינט קולע 23 נקודות, אך, במחצית השנייה "נעלם" בראיינט כשנטל רק 3 זריקות מהשדה וקלע נקודה אחת בלבד. מספר מבקרים, כמו ביל סימונס טענו כי היה על בראיינט, כאשר הקבוצה נקלעה לפיגור גדול, לנסות לקחת על עצמו יותר זריקות; אחרים, כמו צ'ארלס בארקלי אף טענו כי בראיינט סירב לקחת על עצמו זריקות "כדי להוכיח את טיעונו" לגבי יכולת הקליעה הדלה של חבריו לקבוצה. בראיינט והמאמן פיל ג'קסון דחו טענות אלה, כשהם מציינים כי קובי נהג לפי תוכנית המשחק שנקבעה במחצית כדי לשתף שחקנים אחרים במשחק.
במהלך פגרת 2006, בחרו הלייקרס את הגארד ג'ורדן פארמאר מאוניברסיטת קליפורניה בלוס אנג'לס. להפתעת רבים החלו הלייקרס את העונה בצורה חזקה עם ניצחונות על קבוצות צמרת כמו יוטה ג'אז, דאלאס מאבריקס, וסן אנטוניו ספרס. אך, הקבוצה התדרדרה לאחר סדרת פציעות של למאר אודום, קוואמי בראון, ולוק וולטון. קובי בראיינט הושעה פעמיים לאחר שהכה שחקן יריב, וחלק מהפרשנים החלו לתהות אם הפך ל"שחקן מלוכלך". קובי זעם על ביקורות אלה, ואת תשובתו נתן על הפרקט כאשר קבע שיא של 4 משחקים רצופים בהם קלע לפחות 50 נקודות למשחק. הלייקרס הצליחו לסיים את העונה הסדירה במאזן 42:40, ותפסו את המקום השביעי בפלייאוף, אך הפסידו כבר בסיבוב הראשון לפיניקס סאנס בחמישה משחקים, 4:1.
לאחר עונת עתידו של קובי בראיינט במדי הלייקרס הוטל בספק, כאשר הוא דרש שיבוצע עליו טרייד. במשך שבוע הטיף בראיינט מוסר ומערכת היחסים שלו עם הקבוצה הדרדרה במהירות כאשר נחשפה קלטת שלו. בקלטת הווידאו הוקלט בראיינט אומר כי היה על הלייקרס לבצע טרייד על אנדרו ביינום תמורת ג'ייסון קיד והיה ביקורתי כלפי הג'נרל מנג'ר מיטש קופצ'אק. מנהל סגל השחקנים החליט להחתים את כוכב הלייקרס בעבר, דרק פישר, אך למרות זאת נכנסו הלייקרס לעונת 2007/2008 מתוסכלים וסימני שאלה רבים מרחפים סביבם.
2007–2011 תקופת בראיינט/גאסול.
הלייקרס החלו את עונת באופן מפתיעה לטובה. כשהם מתודלקים מעלייתו של אנדרו ביינום כאופציה המרכזית בתפקיד הסנטר, הלייקרס אפילו הצליחו להעפיל לראשות אזור המערב למשך שלושה ימים. כשהם מקבלים תנופה מטרייד שבוצע בשלבים הראשונים של העונה שהביא לקבוצה את טרבור אריזה, והשמועות לגבי רצונו של בראיינט לעזוב את לוס אנג'לס גוועו סופית. אך, לפני שהלייקרס טעמו את הצלחתם המחודשת, נפצע ביינום בברכו, פציעה שהשביתה אותו למשך שארית העונה. לפתע, הפסידו הלייקרס המגובשים שלושה משחקים ברציפות. והמשכה של העונה נראה לוט בערפל עבור הלייקרס, שהחלו להאבק כדי לנצח משחקים. נראה היה ששוב, פציעות יחבלו בעונה נוספת בעבור הלייקרס.
ב-1 בפברואר 2008, ביצעו הלייקרס טרייד על קוואמי בראון, שלא היה פופולרי בקרב האוהדים (שקראו לעברו קריאות בוז ממושכות עקב איבודי הכדור הרבים במשחקיו האחרונים), את הרוקי ג'באריס קריטנטון, אהרון מקי, את זכויות הדראפט בעבור מארק גאסול, ושתי בחירות סיבוב ראשון בדראפט 2008 ובדראפט 2010 שהועברו לממפיס גריזליס בעבור הפורוורד הספרדי פאו גאסול (אחיו הגדול של מארק) ובחירת סיבוב שני בדראפט 2010.
עתה משהיו ללייקרס גם סנטר וגם פאואר פורוורד המתנשאים לגובה 2.13, התייחסו פרשנים לביינום וגאסול כ"תאומי המגדל", כמו צמדים מפורסמים נוספים מההיסטוריה של ה-NBA: טים דאנקן ודייוויד רובינסון מסן אנטוניו ספרס, פטריק יואינג וביל קרטרייט מניו יורק ניקס, והצמד תאומי המגדל המקורי האקים אולאג'ואן ורלף סמפסון מיוסטון רוקטס. גם בזמן שהמתינו לשובו של ביינום, שיחקו הלייקרס הייטב והתייצבו בפעם השנייה העונה במקום הראשון במערב.
כאשר קובי בראיינט מוביל את הקבוצה בממוצעים בשיעור קומה של MVP של העונה הסדירה, היה חודש אפריל רווי ניצחונות עבור הלייקרס, שהעפילו במהירות לעמדת הקבוצה הטובה במערב. כשהוא נעזר ביכולותיו המגוונות של גאסול ובמשחקו המצוין של אודום כאופציה השלישית בהתקפת הקבוצה, העפילו הלייקרס לפלייאוף בפעם ה-55 ב-60 שנותיהם בליגה, כשהם זוכים באליפות הבית הפאסיפי מיד פיניקס סאנס (זכייתם הראשונה באליפות הבית הפאסיפי מאז עזיבתו של שאקיל אוניל בשנת 2004), ומתייצבים במקום הראשון במערב בסיום העונה, לראשונה מאז עונת 1999/2000. את העונה הסדירה סיימו הלייקרס במאזן 57:25, כאשר קובי בראיינט זוכה בתואר ה-MVP של העונה הסדירה. בפלייאוף, בסיבוב הראשון פגשו הלייקרס את דנוור נאגטס וגברו עליהם בסוויפ 4:0, בחצי הגמר גברו הלייקרס על יוטה ג'אז בשישה משחקים 4:2, בגמר המערב פגשו הלייקרס את סן אנטוניו ספרס, שלא הצליחו להוות יריב שקול והלייקרס גברו עליהם לאחר חמישה משחקים 4:1. לאחר שהשיגו מאזן של 12:3 במהלך הפלייאוף ועברו בצורה חלקה למדי בין השלבים, נתקלו הלייקרס בבעיות בסדרת הגמר מול יריבתם הוותיקה בוסטון סלטיקס. הסלטיקס שהיו הקבוצה בעלת המאזן הטוב ביותר בליגת ה-NBA במהלך העונה הסדירה והייתה זו הפעם הראשונה מאז שנת 2000 בה נפגשו בסדרת גמר ה-NBA המדורגת ראשונה באזור המזרח והמדורגת ראשונה באזור המערב, והפעם הראשונה מאז שנת 2003 בה קבוצה המדורגת ראשונה באחד משני האזורים מגיעה לסדרת הגמר. הלייקרס הופיעו בסדרת הגמר לראשונה מאז שנת 2004 ופעם ה-29 בסך הכול (שיא NBA). הסלטיקס הופיעו בסדרת גמר לראשונה מאז שנת 1987 ובפעם ה-20 בסך הכל. לסדרת הגמר של שנת 2008 הגיעו הסלטיקס כמועדון המעוטר ביותר בהיסטוריה של ה-NBA עם 16 אליפויות, והלייקרס דורגו במקום השני עם 14. שני המועדונים הנחשבים למצליחים בהיסטוריה של ה-NBA חיפשו לחדש את היריבות ביניהם לאחר הפסקה של 21 שנה מאז המפגש האחרון בניהם בסדרת הגמר של שנת 1987.
בסדרה עצמה, נטלו הסלטיקס את השליטה בסדרה לאחר שניצחו בשני המשחקים הראשונים שהתקיימו בבוסטון, הלייקרס הצליחו להתאושש ולנצח במשחק השלישי בסדרה, אך הפסידו ברביעי בלוס אנג'לס, על אף שהצליחו לחזור ולנצח במשחק החמישי שהתקיים אף הוא בלוס אנג'לס, סיימו הסלטיקס את הסדרה במשחק השישי שהתקיים בבוסטון בו הביסו את הלייקרס 131:92, בדרך לניצחון 4:2 בסדרה וזכייה באליפות ה-17 של המועדון.