מרדכי שלו פרסם את ביקורתו על "סיפור על אהבה וחושך" של עמוס עוז ובאמצעותה על החילוניות הישראלית החדשה כסדרת מאמרים נוספת ב"הארץ". המאמרים הם: "'סיפור על אהבה וחושך' כסיפור ייעוד", "ההתאבדות כמשל", "תרבויות, התאבדויות וגילוי עריות", ו"מוקסם והוזה כולי" אליו צירף כ'הערה מאוחרת' הבהרה קצרה בשם "במישור הנסתר".
הדברים התפרסמו גם במאמר "הולדת הטרגדיה מתוך רוח המוזיקה: מאוסלו עד ז'נבה דרך 'שמחת עניים', 'שיר לשלום' ו'סיפור על אהבה וחושך'" ב"דימוי" גיליון 23 בחורף תשס"ד (עמודים 10–34).
שלו רואה בספר השתקפות של משבר התרבות של הציונות שכשלה במשימה להנחיל תרבות ולהיעדרותו של . ואז,
בהמשך קושר שלו את הדברים לפוליטיקה עכשווית ולתהליך אוסלו. יצוין שגם כאן, כמו בכתיבתו אודות קפקא, הוא מבטיח בסוף המאמר האחרון כי , כלומר בספטמבר 2002, אך מאמר כזה לא פורסם.
בין הביקורות על המאמרים ניתן לציין את מאמרו של בעז ערפלי "מעשה התאבדות הוא (לא) ללכת לבית הכנסת" שהוא תגובה למאמר "תרבויות, התאבדויות וגילוי עריות", ואת מאמרו של יונתן כהן "שלוש הערות למאמרו של מרדכי שלו", תגובה למאמר ב'דימוי' שהתפרסמה אף היא ב"דימוי" (גיליון 24 חורף תשס"ה, עמ' 77). בהארץ התפרסמו שני מקבצים של תגובות, ביוני ובאוגוסט 2002.
ביקורתו על סופרי דור המדינה.
מיד עם סיום מלחמת העצמאות פרסם מרדכי שלו ב"סולם" סדרה של ארבעה מאמרים על הספרות החדשה באותו זמן, תחת הכותרת "ספרות המלחמה של מדינת ישראל". המאמרים היו - חלק א: "בערבות הנגב" או: בלי חזון, חלק ב - דבר החיילים האפורים - או תחליף לחזון, חלק ג - נתן שחם או מעבר לחזון, וחלק ד - מבוכה וסדיזם. כדרכו, שילב שלו בדבריו ביקורת תרבות כוללת על עמדותיהם של הסופרים בני דורו.
בהמשך פרסם שלו ביקורת על ספרו של "ס. יזהר - חרבת חזעה. לפי אניטה שפירא, שלו מציג את דור הצברים כמנותקים מערכים יהודיים, ולכן גם לאומיים, נבוכים, ונגררים לסדיזם ילדותי במקום שנאה בוגרת - . הוא טוען שבחרבת חזעה יפי הנפש הופכים לגרועים מהנאצים, שכן .
ביקורתו כלפי האליטה האינטלקטואלית והספרותית של השמאל הציוני.
בביקורתו שלו חושף את שטחיותה וריקנותה של "הדאגה לערבים" בשמם של ערכים הומניסטיים אוניברסליים ביצירות סופרי האליטה. "מה שהוגדר קודם לכן כ'פתרון ספרותי' קלוקל היה לסימפטום של הדחקה עמוקה ומטרידה: רגשות האשמה (של האליטות הישראליות הצעירות) על הכיבוש המשחית לא היו בעיקרם אלא תחליף זול ורדוד לרגשות האשמה האמיתיים, המקוריים והמודחקים שלהן על בגידתן במורשת הראשונית של תנועת העבודה וערכיה" ובעיקר על נטישת יעוד ההגשמה. לטענת שלו רק אחרי שנפתור את בעיותינו כלפי ערכינו ומורשתנו יבוא פתרונה של הבעיה היהודית-ערבית.
ביקורתו על ישעיהו ליבוביץ.
מרדכי שלו פרסם ביקורות רבות על כתביו, אמירותיו ועקרונותיו של ישעיהו ליבוביץ, ואלה זכו גם לשלל תגובות ותגובות-נגד חריפות. ראשית הביקורת של שלו על ליבוביץ הייתה בסדרת מאמרים שהתפרסמו ב"הארץ" בשנת 1976 תחת הכותרת "הבשורה על פי ליבוביץ".
על המאמרים הללו הגיב לייבוביץ בשלושה מאמרים שהתפרסמו בהארץ תחת הכותרת "לשמה ושלא לשמה".
במשך התפרסמו הדברים במאמר "הבשורה על פי ליבוביץ" שהתפרסם בשנת 1983 בתוך "שלילה לשמה, כלפי ישעיהו לייבוביץ" והתפרסם בהמשך גם בסימן קריאה, מאמר שהתפרסם בשנת 1986 ב"דבר", ואת המאמר "על הצורך בבאבא ליבוביץ" שהתפרסם ב"כל העיר" בשנת 1994 בעקבות פטירתו של ליבוביץ. שלל תגובות על המאמר הזה פורסמו ב"כל העיר" ובספרו של מיכאל ששר "ליבוביץ, כופר או מאמין?" שיצא בהוצאת כתר 2002.
מאמר נוסף של שלו בנושא פורסם בשנת 1995 ב"האומה" בשם "ישעיהו ליבוביץ - ההיבט ה'נבואי'".
בשנת 2000 פרסם מרדכי שלו סדרה של ארבעה מאמרים אודות ליבוביץ ב"הארץ", שכללה את "באג אלפיים", "כיצד יכול האפס המוחלט לחיות על פי הציווי המוחלט?", "יהודי שאינו קיים", ו"שלו או ליבוביץ - מי צודק?". הוא חזר אל הנושא בשנת 2004 במאמר "נגד ליבוביץ'" שהתפרסם כחלק מקבוצת מאמרים במלאת עשור לפטירתו של ליבוביץ, ואלישע פורת סיכם את בקורתו של שלו על לייבוביץ.
ביקורתו של שלו על ליבוביץ התמקדה בפער שבין יכולותיו ופעולותיו.
פרשנותו לכתביו של ש"י עגנון.
מרדכי שלו פרסם את פרשנותו לסיפור "אל הרופא" מאת ש"י עגנון בסדרה של ארבעה מאמרים בעיתון "הארץ" תחת הכותרת "הגשר השחור והרופא השיכור". המאמרים מסוכמים במאמר מאת מוטי שלגי. במאמרו מייחס שלגי לשלו זיהוי בטקסט של
שלו פרסם את ביקורתו על יצירתו של עגנון "ספר המעשים" במאמר "דיוקנו של הגיבור כמחבר 'ספר המעשים'".
מאמר של שלו אודות עגנון, "חבלי משיח וייסורי גאולה בתלמוד ובסיפור 'המטפחת' לעגנון", נכלל בחוברות "גלות וגאולה" (ר' בהמשך).
עבודתו הפדגוגית.
"גלות וגאולה" הוא שמם של קורסים שנתיים שנתן מרדכי שלו בשנים 1978-1985 בבית הספר לעובדי הוראה בכירים של משרד החינוך, במכון כרם וביד בן -צבי בירושלים. הקורסים נשענו על טקסטים מקוריים מתחומים מגוונים ומתקופות שונות, פרי מחקר רב-שנים של מרדכי שלו. טקסטים מקוריים אלה כונסו ב 32 חוברות שהיוו תשתית לשיעורי מרדכי שלו במסגרת הקורסים השנתיים. במהלך שיעוריו, ניהל מרדכי שלו משא ומתן עם הלומדים בעקבות קריאה, עיון ודיון במקורות רלוונטיים מתוך סדרת החוברות, בהתאם לנושא השיעור: המצווה והחטא, רשות, בר נפלי, חוצפה, ניכור ונבואה, הלכה חדשה, גורמי הניכור, שירה ונבואה ועוד. מרדכי שלו לא נהג להרצות. הוא דרבן את תלמידיו להתמודד באופן אקטיבי עם הרעיונות והערכים שעלו מן הקריאה בטקסטים. הוא נהג להעשיר בכל שנה את שיעוריו בטקסטים נוספים ולהציב בפני הלומדים אתגרים אינטלקטואליים חדשים.
"גלות וגאולה" הוא גם שמה של סדרה בת 3 חוברות המבוססות על השיעורים שניתנו בקורס השנתי בשנת 1984, בבית הספר לעובדי הוראה בכירים בירושלים. את השיעורים ב-1984 רשמה מפיו וערכה ענת שבו-פרלמוטר.
בית הספר לעובדי הוראה בכירים של משרד החינוך חדל להתקיים בשנת 2006.
בספריית מכון כרם מצויים עותקים של 32 חוברות המקורות ושל 3 כרכי גלות וגאולה שתיעדו את הקורס של שנת 1984 .
בסדרת החוברות, בנה מרדכי שלו תוכנית לימודים מקיפה לפדגוגיה החושפת ומתמודדת עם קונפליקטים בין מסורות הציונות, היהדות וההומניזם. שלו מנסח בבהירות ובעוצמה את הקונפליקטים בין שלוש המסורות ומציע פדגוגיה שתסייע ללומד להתמודד בהם באופן פורה. היחידה לטיפוח חזון במנהיגות חינוך מטעם מכון מנדל למנהיגות אמצה פרדיגמה זו כבסיס לאחד מתחומי הפיתוח שלה ואף הציגה את יסודות "גלות וגאולה" בפני עמיתי ובוגרי המכון כתפיסת חזון כולל לחינוך הישראלי.
"יהדות והומניזם" היא חוברת משנת תשנ"ה המבוססת על שיעוריו של מרדכי שלו בשנים תשמ"ז - תשנ"ה במכון כרם בתוספת חוברת עם מקורות שצירף אל ההרצאות. את ההרצאות רשמה מפיו וערכה יונינה פלורסהיים. בנוסף מצויות במכון כרם קלטות שמע המתעדות שיעורים של שלו תחת כותרת זו.
לפי תלמידו של מרדכי שלו, איש החינוך ומנהלו האקדמי של מכון מנדל למנהיגות דניאל מרום "" מרום מספר כי ניסה ללמד ולהכשיר אנשי חינוך אחרים ללמד את התוכניות הללו ואף לפתח יחידות חדשות בהשראתן וברוחן בהקשרים שונים, כולל לקהלים לא ישראלים ולא יהודים. מרום מוסיף שאנשי חינוך אחרים שרואים עצמם תלמידים של שלו ושניסו ליישם את שיטתו כוללים את ד"ר רוני מגידוב ואת שירה ברוייר, מנהלת תיכון פלך.
פרסומים ומאמרים אחרים.
את ביקורתו על המשוררת דליה רביקוביץ והקשר בין שירה "פורטרט" ומגילת "איכה" סיכם שלו במאמר "דליה רביקוביץ, משוררת מקוננת" שהתפרסם בשני חלקים בהארץ בשנת 1969 ופורסם גם בתוך "כתמי אור; חמישים שנות ביקורת ומחקר על יצירתה של דליה רביקוביץ".
שלו פרסם (לפחות) עוד שני מאמרים בסולם בשנת 1952: "מעבר להומאניזם (ליום העשור למותו של אברהם שטרן-יאיר)" ו"שבירת כלים".
המאמר "פגישה על הירדן" התפרסם הן בתוך "בחבלי מסורת ותמורה; אסופת מאמרים לזכרו של אריה לנג" והן ב"דבר" ערה"ש תשמ"ז. לפי תמצית המאמר שברמב"י, המאמר עוסק בפירוש הסיפור התלמודי על פגישתם של ריש לקיש ורבה בר בר חנה על הירדן, בה מוכיח הראשון את האחרון על ישיבת היהודים בגלות בבל.
בשנת 1984 פרסם שלו את המאמר "עם ישראל איכה" ב"הארץ", בו התייחס למדיניות הנהגת היישוב בזכות העלייה הסלקטיבית בזמן המנדט. המאמר עורר הדים: יעקב שביט הגיב ב"עם ישראל איכה? - העולים והמשאבים" ושלו השיב ופירט עוד את עמדתו באותו הגיליון. ישראל מידד הגיב על "עלייה סלקטיבית נוסח ויצמן", פרופ' ישעיהו פרידמן הגיב "על ויצמן יצא הקצף", ומאוחר יותר פרסם דניאל דורון מאמר תגובה בשם "אוטופיה הרסנית".
בין שאר פרסומיו של מרדכי שלו ניתן לציין את המאמר "תורה ועוז" שהתפרסם בתוך "סגולה לאריאלה: מאסף לדברי מחקר וספרות לזכרה של אריאלה דים-גולדברג"; וכן המאמר "פרקי יומן" למאיר הר-ציון, שהתפרסם בהארץ.
אמירות קצרות של שלו התפרסמו כמה פעמים. בהארץ, במסגרת לקט זכרונות על המשורר הגרמני (והעברי) אריה לודוויג שטראוס, מצוטט מרדכי שלו המוגדר שם כ"מסאי" תחת הכותרת "ניתוחי תהילים": . שלו צוטט גם במעריב במסגרת מדור ציטוטים שנקרא "סוף פסוק", בו צוטט פעמיים: ו.
רשימת פרסומים.
הערה: בהיעדר ביבלוגרפיה רשמית (באתר רמב"י מוזכרים רק כתריסר מאמרים), רשימת הפרסומים היא בהכרח חלקית ובתהליך השלמה מתמיד.
אצטדיון אדיס אבבה