לנוכח נפילתה של האימפריה היפנית במספר חזיתות במלחמה והתקרבות המאבק ליפן עצמה, הרשויות היפניות תכננו להקים מדינה אינדונזית ריבונית שתפריע להשבת הסמכות השלטונית של הרשויות הקולוניאליות ההולנדיות. ב-7 באוגוסט 1945, עם הטלת פצצות האטום על הירושימה ועל נגסאקי, הרשויות היפניות תמכו בהקמת "ועדת ההכנה לעצמאות אינדונזיה" (Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia; PPKI). סוקרנו היה יושב ראש הוועדה האטה סגן יושב הראש. נוסף עליהם היו במקור 10 חברי ועדה מג'אווה, 3 מסומטרה, 2 מסולאווסי, 1 מבורנאו, 1 מאיי סונדה, 1 מאיי מאלוקו ו-1 מהפזורה הסינית. שישה פעילי עצמאות נוספים הצטרפו לוועדה מאוחר יותר. הוועדה קבעה את הסדר הממשלה וגם בחרה בסוקרנו להיות נשיא אינדונזיה הראשון.
כמו כן, הוועדה הסדירה את חוקת אינדונזיה ואישרה אותה. לפי החוקה הנהגת הרפובליקה תחולק במסגרת הפרדת הרשויות, ראש המדינה הוא הנשיא, בית המחוקקים יחולק בין שני בתים, הרשות המבצעת תהיה לקבינט שיונהג בידי הנשיא, הרשות השופטת תחולק בין בית המשפט העליון, החוקתי והוועדה המשפטית והרפובליקה לא תהיה פדרציה. עבור כתיבת החוקה אורגנה מתוך ועדת ההכנה לעצמאות אינדונזיה; "ועדת הכנת העבודה לקראת עצמאות אינדונזיה." ב-15 באוגוסט הכריז הקיסר הירוהיטו על כניעת האימפריה היפנית ועוד לפני שיבת ההולנדים, ב-17 באוגוסט, הכריז סוקרנו על עצמאות אינדונזיה. ההכרזה אושררה ב-10:00 בבוקר ושודרה ברדיו ובסרט עם קול:
תגובה חיצונית להכרזה.
עם ההכרזה, בעלות הברית לא הכירו בריבונות אינדונזית. במסמכים שלאחר כניעת יפן ששומשו עבור האינטרסים של בעלות הברית, נרשם כי יפן מעולם לא תכננה להעניק עצמאות לאינדונזיה. בבחינת בעלות הברית היה צורך להשיב להולנד את מושבתה שנלקחו. נוסף על כך, מאז קרב בורנאו היו בעלות הברית כבר בשליטה על חלק מאינדונזיה. ארצות הברית חיזקה את צידודה במאבק ההולנדי לאחר הכרזת העצמאות. חלק מהתמיכה האמריקאית בהולנד נבעה מההכללה של סוקרנו חברים מהמפלגה הקומוניסטית בממשלה הזמנית. ברית המועצות מטעמה תמכה באינדונזיה הריבונית וראתה בה בעלת ברית אפשרית בגוש המזרחי. תוך זמן קצר, ברית המועצות הפכה למייצאת הגדולה ביותר אל אינדונזיה. בנובמבר פוזר הקבינט הנשיאותי והוקם הקבינט הממשלתי הראשון בראשות סוטאן שהריר, ראש ממשלת אינדונזיה הראשון.
המאבק הצבאי באימפריה ההולנדית.
החזית הצבאית והדיפלומטית.
לנוכח התנגשות האינטרסים של סוקרנו והנהגת הרפובליקה לעומת האימפריה ההולנדית ובעלות בריתה, פרצה מלחמת העצמאות של אינדונזיה. לצידה של הולנד נאבקו הממלכה המאוחדת, כוחות יפנים באינדונזיה ואוסטרליה. ב-29 באוגוסט הוקמה לשכה ממשלתית להקמת צבא אינדונזי, אשר בתחילת דרכו הורכב בעיקר מחיילים שאומנו בידי ההולנדים והיפנים. בתחילת ספטמבר הצי הקיסרי היפני נכנע רשמית לאוסטרליה, שהחלה בכיבוש איי סונדה. בפרוץ המלחמה שלטו כוחות הרפובליקה רק על רוב ג'אווה, ואחת הפעולות הצבאיות המוקדמות הייתה השתלטות צבאית על הבירה, ג'קרטה, בידי הצי המלכותי הבריטי. בתגובה לכיבוש פרצו מחאות ענק בעיר נגד הכיבוש הבריטי. יוגיאקרטה הפכה לבירה הזמנית של אינדונזיה לנכוח כיבוש ג'קרטה וסוקרנו, לצד כלל הממשלה, עברו אליה.
סוקרנו ביקר חיילים בחזית לקראת קרב סורביה שנמשך לאורכו של נובמבר. הקרב הסתיים בכיבוש העיר סורביה בידי כוחות בריטים. במקביל פרצו ברחבי אינדונזיה פרעות, מרידות ואי-סדר אזרחי שנודע בכינוי "ברסיאפ" (Bersiap) משמעו "להתכונן" בכוונה להתכוננות לקראת המלחמה. בעלות הברית מיהרו להסדיר את השלטון ההולנדי בפפואה המערבית ובבורנאו בעוד כוחות יפנים המשיכו לשלוט בסומטרה ודרום-מערב ג'אווה. בתחילת אוקטובר ההנהגה הצבאית הכריזה על ג'יהאד נגד בעלות הברית וסומטרה הועברה לשליטת אינדונזיה לאחר השתלטות מהירה. ב-30 באוקטובר סוקרנו, האטה ושריפודין, טסו על מטוס חיל האוויר המלכותי הבריטי לנהל סבב דיונים להסדר עם הולנד. במקביל היו דיונים להסדר בין ממשלות הולנד והממלכה המאוחדת. במקביל הנושא נדון לראשונה באומות המאוחדות. נכון לסוף 1945 הסתיים סבב השיחות במבוי סתום וכמו כן היה גם סבב שיחות נוסף באפריל 1946.
ביולי 1946 הועברו השטחים בשליטה בריטית-אוסטרלית לידי הממשל ההולנדי בעוד גורמי הנהלה קולוניאלית אזרחית שבו לניהול "המושבה המורדת". בהמשך אורגנה ועידת מאלינו, במהלכה הוענקה אוטונומיה למחוזות איי הודו המזרחיים בשליטה ההולנדית. בין ספטמבר לנובמבר התקיים סבב חדש ונרחב יותר של שיחות להסדר, שנגמר עם ההכרה ההולנדית בשליטת הרפובליקה על ג'אווה וסומטרה. לאחר מכן החלו כוחות הולנדיים במערכה להשקטת תנועות פרו-רפובליקניות במזרח אינדונזיה שבשליטתן. ב-20 ביולי 1947 נטשה הולנד את הליך המשא ומתן ופתחה במתקפה צבאית חדשה שתוכננה בקפידה נגד הרפובליקה בג'אווה ובסומטרה וכונתה "פעולה משטרתית". עשרה ימים לאחר מכן נקטה אוסטרליה צעד דיפלומטי מכריע והפנתה את הסכסוך באינדונזיה למועצת הביטחון של האומות המאוחדות כהפרת השלום על פי סעיף 39 (פרק 7) לאמנת האו"ם.
מתקפת הפתע ההולנדית הייתה עתירת הצלחה, הובילה לכיבוש מעל מחצית מג'אווה ומרב הערים הגדולות בסומטרה. יוגיאקרטה עמדה באמצע שדה הקרב. לאחר מכן, באוגוסט, שני הצדדים הגיעו להסדר הפסקת אש אשר בפועל לא הוצא לפועל לגמרי. לאחר היעדרותו של ראש הממשלה שריפודין בשדה הקרב, סוקרנו מינה את האטה לראש הממשלה בינואר 1948. בדצמבר 1948 שריפודין הוצא להורג בידי כוחות הרפובליקה בעוון ניסיון הצתה של מרד קומוניסטי. בדצמבר 1948, בעבור כיבוד צו הפסקת אש, סוקרנו הודיע כי אינדונזיה דורשת את נסיגת צבא הולנד משטחה. ההולנדים פתחו ב"פעולת משטרתית" שנייה שכבשה את יוגיאקרטה ב-19 בדצמבר 1948. סוקרנו, האטה ומנהיגים רפובליקניים אחרים נעצרו והוגלו לצפון סומטרה או לאי באנגקה.
חזית המאבקים הפנימיים.
במהלך אמצע המלחמה, בעיר מדיום הוכרזה הקמתה של 'הרפובליקה העממית של אינדונזיה' על ידי הסוציאליסטים והקומוניסטים. היה לרפובליקה הזאת תמיכה סובייטית אך ללא ארגון מספק היא נפלה לידי מתקפה מצד הצבא הלאומי. ריסוק תנועה קומוניסטית זו נלקח על ידי האמריקאים כראיה לכך שסוקרנו ותומכיו אינם קומוניסטים. במערב ג'אווה בשנת 1948 הקים המיסטיקן האסלאמי קרטוסווירג'ו, בתמיכת גורמים דתיים קיצוניים, משטר דת קיצוני בשם המדינה האסלאמית האינדונזית (Negara Islam Indonesia), הידוע יותר בשם 'דרול אסלאם' (מערבית: דאר אל-אסלאם; בית האסלאם). התנועה הפוליטית הייתה מחויבת להקמת תאוקרטיה מוסלמית ויצאה בפיגועי טרור נגד גורמים של הרפובליקה. קרטוסווירג'ו וחסידיו עוררו את קלחת התסיסה המקומית במערב ג'אווה עד שנלכדו והוצאו להורג בשנת 1962.
סוף המלחמה והעברת הריבונות.
קודם לתפיסתו ושליחתו לגלות, סוקרנו הורה לגנרל הצבא האינדונזי סודירמן להתחיל במערכת גרילה באזורי הספר. כמו כן, סוקרנו, דרך טלגרף, העביר זמנית את סמכויות הנשיאות אל סג'אפרודין פראוירנגארה. המאבק הוביל לפגיעה קשה בכלכלה ההולנדית, ובשנת 1948 המלכה וילהלמינה התפטרה לאחר ביקורת על טיפולה במאבק והוחלפה בביתה, יוליאנה, מלכת הולנד. המעצר את סוקרנו ושאר מנהיגי הרפובליקה והוצאתם לגלות, הובילה לגינוי הפעולה הצבאית ההולנדית בידי גורמים פוליטיים ברחבי המערב. נשיא ארצות הברית, הארי טרומן, הטיל אולטימטום על הולנד שתסיים את מבצעיה הצבאיים או שארצות הברית תפסיק לסייע לה כלכלית דרך תוכנית מרשל. מאבק ממושך על יוגיאקרטה הסתיים בהעברתה לשלטון אינדונזי בתמורה לסיום פעילות הגרילה הרפובליקנית.
במאי הוסדר הסכם הפסקת אש קבוע לנוכח תחילת דיונים להסדר. ההסכם הוביל להשבת ההנהגה האינדונזית, וסוקרנו איתה, אל יוגיאקרטה ובהמשך לפתיחת וועידת השולחן העגול בין ההנהגה ההולנדית לאינדונזית. בסופה של הוועדה הגיעו שני הצדדים ל'הסכם האג', אשר קבע את סיום המלחמה, ההכרה ההולנדית בריבונות אינדונזיה והמעבר של כל איי הודו המזרחיים לשליטה אינדונזית מלבד פפואה המערבית. העברת השטחים התקיימה ב-27 בדצמבר 1949. ב-28 בדצמבר 1949 בירח הנשיא האמריקאי טרומן את העם האינדונזי ואת סוקרנו בעבור פועלו להשגת העצמאות. ההסכם הוביל להקמתה של מדינה פדרלית באינדונזיה; ארצות הברית של אינדונזיה (Republik Indonesia Serikat; הרפובליקה האינדונזית המאוחדת). הרפובליקה החדשה נטשה את ההסכם ממרץ שהותיר אותה תחת המלוכה ההולנדית.
נשיא אינדונזיה (1945 - 1967).
מדיניות פנים.
תקופת הדמוקרטיה הליברלית באינדונזיה.
במהלך מלחמת העצמאות סמכויות הרשות המחוקקת היו בידי ה-KNIP (הוועד הלאומי המרכזי של אינדונזיה), שהיה נתון לחסות הפרלמנט של אינדונזיה ולא לנשיא עצמו. לאחר הקמת ארצות הברית של אינדונזיה ה-KNIP הוחלף בוועדת הנציגים העממית שהייתה לבית התחתון בפרלמנט.
מדיניות חוץ.
"העימות" נגד מלזיה על בורנאו.
כאשר האו"ם קיבל את מלזיה כחברה לא קבועה במועצת הביטחון, למרות התנגדות חריפה של אינדונזיה, ביטל סוקרנו בראשית 1965 את חברותה של אינדונזיה באו"ם, והחל להפעיל בגלוי יחידות צבאיות שחצו ב-28 ביוני את הגבול המלזי והתעמתו עם המגינים המקומיים. מצד הגוש המזרחי, הצעד זכה לגינוי עקיף ממוסקבה ולתמיכה מבייג'ינג. סוקרנו הקים את ארגון CONEFO (כנס הכוחות המתהווים החדשים) שכלל את סין העממית, קוריאה הצפונית וצפון וייטנאם, בתור אלטרנטיבה לאו"ם. כל הקריאות, בין לבין מצידו של מזכ"ל האו"ם או תאנט, שהופנו לסוקרנו עבור הערכה מחודשת של יחסי אינדונזיה והאו"ם פגשו בשלילה.
ישראל והעולם הערבי.