ההצבעה האחרונה אישרה את העיקרון שהקונגרס לא יכול היה לפטר נשיא רק כיוון שלא הסכים עם מדיניותו וסגנונו. למרות זאת, הנשיא לא שמר על כוחו. במשך השנה הבאה, ג'ונסון לא הצליח להשפיע על מדיניות ציבורית. הוא ניסה להימנע מלהתערב בנושא השיקום, אולם ביוני סירב לצירוף מדינות דרומיות (כולן פרט למיסיסיפי, טקסס ווירג'יניה) בטענה שחוקי השיקום הם אינם חוקתיים. הקונגרס ביטל את הוטו, וגם וטו על חוק שמנע ספירת אלקטורים ממדינות שלא אורגנו מחדש. הקונגרס התפזר ביולי. חברי הקונגרס רצו להתכנס בספטמבר במקרה שג'ונסון ינסה לפגוע בהם, אולם הם התכנסו מחדש רק לאחר הבחירות של 1868.
צירופה של נברסקה.
ביוני 1866, בוחרי טריטוריית נברסקה אישרו ברוב דחוק חוקה. אחד מסעיפיה הגביל זכויות הצבעה לגברים לבנים. הוגש לקונגרס חוק לצירוף נברסקה לאיחוד, והחוק אושר ממש לפני סיום המושב בסוף יולי, למרות התנגדות מסוימת לסעיף המגביל השתתפות לבנה במערכת הבחירות, והתנגדות דמוקרטית לצירוף מדינה רפובליקנית לאיחוד. הקונגרס התפזר, וג'ונסון פשוט לא חתם על החוק.
הנושא חזר לדיון בקונגרס עם התכנסותו בדצמבר 1866. תיקון חדש דרש שמדינה חדשה לא תגביל את זכויות ההצבעה לפי גזע או צבע. התיקון זכה לתמיכת הרפובליקנים הרדיקליים שקיוו לאכוף אותו גם על מדינות הקונפדרציה. הדמוקרטים וג'ונסון התנגדו לכך, בטענה שהממשלה לא יכולה לקחת מהמדינות את כוחן לקבוע את זכות ההצבעה בתוכן. נושא צירוף המדינה הפך לשאלה בנושא הפדרליזם, ולמאבק בין הנשיא לקונגרס. למרות התנגדותו של ג'ונסון, הקונגרס אישר את החוק בינואר 1867, וג'ונסון הטיל עליו וטו.
פחות משבועיים לאחר ביטול צירוף נברסקה, שני בתי הקונגרס ביטלו את הוטו. המועצה המחוקקת הסכימה לבטל הגבלות על זכות ההצבעה. ב-1 במרץ 1867, צורפה נברסקה לאיחוד, המדינה היחידה שצורפה בעזרת ביטול וטו.
מדיניות פנים.
ביוני 1866, חתם ג'ונסון על חוק לחלוקה מחדש של אדמות בדרום, באמונה שהחוק יסייע ללבנים העניים. הוא הצליח לטפל ב-28,000 פניות לחלוקת אדמה, אולם החלוקה לא הייתה יעילה. רוב האדמה נשמרה למסילות רכבת או ליוצאי צבא. ביוני 1868, חתם ג'ונסון על חוק למען יום עבודה בן שמונה שעות לפועלים בשירות הציבורי. החוק גרם לירידה של 20% במשכורות.
מדיניות חוץ.
עם כניסתו לתפקיד, הגיע ג'ונסון להסכם עם מזכיר המדינה, ויליאם סיוארד, שלא יהיה שינוי במדיניות החוץ. סיוארד ולינקולן התחרו על המועמדות ב-1860, ולינקולן קיווה שסיוארד יירש אותו ב-1869. כשג'ונסון נכנס לתפקידו, שלחה צרפת חיילים אל מקסיקו, ורבים קראו לפעולה נגדה. סיוארד העדיף את המישור הדיפלומטי, והזהיר את הצרפתים שנוכחותם במקסיקו אינה מקובלת. הנשיא העדיף גישה תקיפה יותר, אולם באפריל 1866 הסכימו הצרפתים להסיג את כוחותיהם ממקסיקו בשלבים, והם יצאו בנובמבר 1867.
סיוארד תמך בהרחבת ארצות הברית וחיפש הזדמנויות לרכישת אדמות. ב-1867, החליטה הממשלה הרוסית שהקולוניה שלה בצפון אמריקה (אלסקה) היא נטל, וחששה לאבד שליטה על המקום כשהמתיישבים האמריקנים היגרו לשם. השגריר הרוסי החליט לנסות למכור את אלסקה בלא פחות מחמישה מיליון דולרים, אולם הצליח לשכנע את סיוארד לקנות את אלסקה בשבעה מיליון, כיום 123 מיליון דולרים. ההסכם נחתם ב-30 במרץ 1867. ג'ונסון כינס את הסנאט ב-1 באפריל, והוא אישר את ההסכם ברוב של שלושים-ושבעה מול שניים. סיוארד ניסה לרכוש עוד שטחים, אולם הצליח להשיג רק את וייק (שאז לא היה מיושב), וכמעט הצליח לרכוש קולוניות של דנמרק באיים הקאריביים, הצעה שנפלה לאחר שהסנאט לא דן בהסכם שהגיע אליו.
הסכם אחר היה עם בריטניה, כדי לפצות את האמריקנים על נזק שנגרם לספינותיהם מצד ספינות הקונפדרציה שהבריטים סייעו לבנות. בסוף 1868, הסנאט החליט להתעלם מהנושא, וממשל גרנט הצליח להגיע להסכם טוב יותר.
הבחירות ועזיבת התפקיד ב-1868.
שנתיים לפני הבחירות, היה יוליסס גרנט למועמד הרפובליקני המועדף. העימות שלו עם ג'ונסון בנוגע לתקופת השיקום הובילה לכך שסירב לשמש כמזכיר המלחמה במקום סטנטון. התמיכה בגרנט הייתה גדולה כל כך עד שהרפובליקנים סירבו להדיח את ג'ונסון מחשש שגרנט יסרב להיות נשיא. הוועידה הרפובליקנית הלאומית של 1868 בחרה בגרנט כמועמדה, וביושב ראש בית הנבחרים, סקיילר קולפקס, כסגנו. מצע המפלגה לא תמך בזכות בחירה לכל הגברים.
לאחר הכישלון בהקמת מפלגה משלו, החליט ג'ונסון לנסות להיבחר מטעם הדמוקרטים בוועידה שלהם בניו יורק ביולי 1868. הוא היה מאוד אהוד בקרב הלבנים מהדרום, וחיזק את האהדה כלפיו כשהכריז על חנינה לכל תומכי הקונפדרציה שלא עמדו לדין, חוץ מלדייוויס ולכמה אחרים. בסיבוב הראשון, הגיע למקום השלישי לאחר חבר בית הנבחרים מאוהיו, ג'ורג' פנדלטון, סגנו של מקללן ב-1864. התמיכה של ג'ונסון הייתה דרומית בעיקרה, וירדה ככל שהסיבובים עברו. בסיבוב העשרים ושניים, נבחר מושל ניו יורק לשעבר הורשיו סימור, וג'ונסון השיג רק ארבעה קולות מטנסי. מצע המפלגה תמך בנשיאותו של ג'ונסון והודה לו על ניסיונו להתנגד לפגיעה של הקונגרס בזכויות המדינות. ג'ונסון התאכזב מהתוצאה ותומכיו דרשו ממנו ליצור מפלגה שלישית.
מנהלי מסע הבחירות של סימור רצו את תמיכתו של ג'ונסון, ששתק במהלך מסע הבחירות. רק באוקטובר, לאחר שכמה מדינות כבר הצביעו, הזכיר את סימור, ומעולם לא תמך בו. גרנט ניצח בבחירות עם 52.7% מהקולות, ו-214 אלקטורים מתוך 297. ג'ונסון התחרט על ניצחונו של גרנט. בהודעתו לקונגרס בדצמבר, דרש את ביטול החוק שדרש את אישור הקונגרס לפיטורי חברי קבינט, וטען שאם הקונגרס היה מקבל את חבריו הדרומיים ב-1865, המצב היה נפתר.
בחג המולד של 1868, העניק ג'ונסון חנינה אחת אחרונה, הפעם גם לדייוויס.
ב-3 במרץ, הנשיא אירח מסיבת פרידה בבית הלבן. גרנט עצמו סירב לבוא עם ג'ונסון לטקס הכניסה לתפקיד, וג'ונסון סירב ללכת לטקס. את בוקר 4 במרץ בילה ג'ונסון בעניינים של הרגע האחרון, ובצהריים נסע מהבית הלבן לבית של חבר.
לאחר נשיאותו.
לאחר עזיבת הנשיאות, נשאר ג'ונסון בוושינגטון כמה שבועות, וחזר לגרינוויל לראשונה מזה שמונה שנים. ערי טנסי, שהתנגדו לו במהלך המלחמה, קיבלו אותו בברכה. הוא רכש חווה גדולה ליד גרינוויל כדי לגור בה.
רבים ציפו שינסה להיות שוב המושל או שיחזור לסנאט, ואחרים טענו שיעבוד בעסקי מסילות הרכבת. ג'ונסון השתעמם מגרינוויל, וחייו הפרטיים הידרדרו כשבנו רוברט התאבד. ג'ונסון החליט לנסות להיבחר לסנאט ב-1869. טנסי הפכה לרפובליקנית, אבל פסק דין של בית המשפט שהחזיר את זכויות ההצבעה ללבנים, ואלימות הקו קלוקס קלאן הורידה את השחורים, והדמוקרטים ניצחו בבחירות למועצה המחוקקת באוגוסט. ג'ונסון נחשב למועמד מוביל בבחירות לסנאט, למרות מערכת יחסים עכורה עם כמה דמוקרטים בגלל מעשיו במהלך המלחמה. לבסוף הובס בהפרש של שלושה קולות. ב-1872, ביקש ג'ונסון להיבחר בבחירות מיוחדות למחוז בקונגרס, אולם לבסוף החליט לרוץ כעצמאי והגיע למקום השלישי.
ב-1873, חלה בכולרה והחלים. הוא הפסיד 73,000 דולרים באותה השנה, כשהבנק הלאומי של וושינגטון פשט רגל, אף על פי שקיבל בחזרה את רוב הסכום. הוא התכונן לבחירות הבאות בסנאט, שהיו אמורות להתרחש ב-1875. הוא השיג את תמיכת החקלאים ונאם ברחבי המדינה. שחורים מעטים יכלו להצביע כשהשיקום החל להיחלש בדרום. השליטה הלבנה נמשכה כמעט מאה. בבחירות למועצה המחוקקת בטנסי באוגוסט, הדמוקרטים השיגו תשעים ושניים חברי מועצה לעומת שמונה רפובליקנים. ב-20 בינואר 1875, הוביל בבחירות לסנאט עם שלושים קולות, אולם לא הצליח להשיג רוב מוחלט. יריביו של ג'ונסון ביקשו להתאחד סביב מועמד אחד, אולם נכשלו, וב-26 בינואר, בסיבוב החמישים וארבעה, הוא נבחר, כשהשיג קול אחד יותר מהדרוש לו.
הסיפור זכה לתשומת לב לאומית. ב-5 במרץ 1875, קיבל פרחים והושבע אל הסנאט יחד עם המלין, קודמו בתפקיד סגן הנשיא, בידי סגן הנשיא המכהן, הנרי וילסון, שתמך בהדחתו כסנאטור. הרפובליקנים התעלמו מג'ונסון, אולם אחרים, כמו ג'ון שרמן (שתמך בזיכויו) לחצו את ידו. ג'ונסון הוא הנשיא לשעבר היחיד שכיהן בסנאט. הוא נאם פעם אחת בלבד, ב-22 במרץ, כשביקר את הנשיא גרנט על שימוש בצבא כדי לתמוך בממשלת השיקום של לואיזיאנה. הוא הזהיר מפני עריצות צבאית.
מוות.
ג'ונסון חזר הביתה לאחר סיום המושב המיוחד של הקונגרס. בסוף יולי, הוא נסע לאוהיו כשהשתכנע שיריביו הפוליטיים תקפו אותו שם. הוא החל את המסע ב-28 ביולי, והפסיק אותו בחווה של בתו מרי בטנסי. באותו הערב סבל משבץ, וסירב לטיפול רפואי עד למחרת היום. הוא הגיב לרופאיו, אולם סבל עוד שבץ בערב 30 ביולי, ומת מוקדם בבוקר המחרת בגיל שישים ושש. הנשיא גרנט נאלץ להכריז בפני האומה על מות הנשיא לשעבר היחידי שלה. העיתונים הצפוניים שיבחו את נאמנותו של ג'ונסון לאיחוד במהלך המלחמה, ואילו הדרומיים שיבחו את פעולותיו כנשיא. הלוויה שלו נערכה ב-3 באוגוסט בגרינוויל. הוא נקבר כשגופתו עטופה בדגל אמריקני והעתק של החוקה מתחת לראשו, לפי בקשתו. אתר הקבורה הפך לבית קברות על שמו ב-1906.
תדמית היסטורית ומורשת.
היסטוריונים שחקרו את נשיאותו של ג'ונסון התמקדו בעיקר בפעולתו במהלך השיקום. הצפון התייחס אליו כאל עקשן חסר רוח שניסה לעזור לדרום במהלך תקופת השיקום, עד שהקונגרס עצר אותו.
עם תחילת המאה העשרים, כתבו עליו ההיסטוריונים שסירב להתפשר עם הקונגרס, אף על פי שהקונגרס רצה שיאחד את המדינה וימנע את השתלטות הרדיקלים. מאבקו עם הקונגרס מנע צירוף מדינות הדרום בצורה רכה יותר. רצונו לנצח וגאוותו בדעתו גרמו לפגיעה בדרום ובמדינה.