כחודשים ספורים לאחר הפלישה הישראלית ללבנון ב-23 באוגוסט 1982 נבחר בשיר ג'ומאייל לנשיא לבנון. יש שראו בו שליט בובה מטעם ישראל וטענו נגד מינוי אדם שעלה לשלטון על כידוני צה"ל ושמקור הון משפחתו מגיע בעיקר מהברחות ועסקי גידול סמים בבקעת הלבנון, לנשיא מדינה.
זמן קצר לאחר היבחרו לנשיא הוכרז בישראל על הסכם שלום צפוי עם לבנון בהנהגתו, אך מצדו של בשיר היו הדברים מורכבים יותר. רצונו לזכות בלגיטימציה כלל-לבנונית וכלל-ערבית חייב אותו להצניע את יחסיו עם ישראל. בישראל התקשו לקבל את המהפך בהתנהגותו של ג'ומאייל ואת הצעתו לדפוס של יחסים לא-רשמיים בין לבנון לישראל בנוסח יחסי ישראל-איראן לפני נפילת משטר השאה. כך או כך, עוד לפני שהספיק להיכנס בשיר לתפקידו כנשיא, הוא נרצח בעת נאומו במטה הפלנגות בשכונת אשרפייה במזרח ביירות. המטען הונח על ידי חביב טנוס שרתוני, חבר המפלגה הסורית הסוציאליסטית הלאומית, בדירת אחותו בקומה מעל החדר שבו התקיים הנאום. מותו עורר בישראל דאגה רבה. למחרת, עם אור הבוקר, נכנסו כוחות רגלים של צה"ל באישור ראש ממשלת ישראל מנחם בגין ושר הביטחון אריאל שרון לתפוס נקודות מפתח במערב ביירות. תוך יומיים הושלמה הפריצה, וכוחות צה"ל שלטו ברחובות הראשיים במערב ביירות ואף הקיפו את המחנות סברה ושתילה מבלי להיכנס לתוכם. יומיים לאחר הירצחו של בשיר ג'ומאייל ביצעו אנשי הפלנגות את טבח סברה ושתילה כנקמה ולאחר מותו ירש אותו בתפקידו כנשיא לבנון אחיו אמין ג'ומאייל.
לאחר ההתנקשות בחייו של ג'ומייל, חתמו ישראל ולבנון על הסכם ה-17 במאי 1983, אשר היה מעין הסכם שלום. לבנון חתמה על ההסכם תחת לחץ אמריקני וישראלי, אבל זה היה בניגוד לסוריה. ההסכם הותנה בנסיגה סורית, שלא התרחשה לפני אפריל 2005. רוב תוכן האמנה הכיל פרוטוקולים תזכירים סודיים. בית המחוקקים הלבנוני אשרר את האמנה בהפרש של 80 קולות, אבל בעמדה המקומית החלש מאוד ולא יציבה, הנשיא אמין ג'ומייל ביטל את הסכם השלום ב-5 במרץ 1984. בלחץ סורי מתפשר, אחרי שחיל הנחתים האמריקני נסוג עקב נסיגת ישראל.
ישראל קיימה יחסים ענפים עם הנוצרים בלבנון והעניקה למיליציות הנוצריות אספקת כלי נשק ושירותים שונים למדינת לבנון החופשית, המדינה שנוצרית שעל הקמתה הכריז סעד חדאד באופן חד-צדדי בתקופת מלחמת האזרחים הלבנונית. באותה תקופה ישראל סיפקה שירותים רבים למדינת לבנון החופשית שהקים סעד חדאד וכיום ישראל מקיימת קשרים ברמה נמוכה עם הנוצרים בלבנון. בתקופת מלחמת לבנון הראשונה נוצלה שהת כוחות צה"ל במדינה בכדי לקדם את היחסים המבוססים עם הנוצרים גם בתחום האזרחי לכדי מעין יחסים דיפלומטיים וכלכליים נורמליים שבהם יוכלו להשתלב גם אוכלוסיות נוספות במדינה, בנוסף לנוצרים. במסגרת ניסיונות עולה אף פעלה בביירות במהלך תקופת המלחמה נציגות דיפלומטית ישראלית ושהופעלה על ידי משרד החוץ במעמד דומה לשגרירות אך נציגות זו נסגרה בסמוך לנסיגת צה"ל לרצועת הביטחון.
ההצלחה של ראשית מלחמת המפרץ יצרה הזדמנויות חדשות עבור השכנת שלום במזרח התיכון. בחודש אוקטובר 1991, בחסות ארצות הברית וברית המועצות, בשיחות השלום במזרח התיכון שהתקיימו במדריד, ספרד, שבה ישראל ודרשה במפגיע מרוב שכנותיה הערביות משא ומתן דו-צדדי ישיר למען צדק מתמשך וכולל שלום המבוסס על החלטות מועצת הביטחון 242 ו-338 (וגם החלטה 425 בעניין לבנון) וכן רעיון "שטחים תמורת שלום". לבנון, ירדן, סוריה, וכן נציגים של הפלסטינים המשיכו במשא ומתן עד לשלב הביניים של הסכמי אוסלו שנחתמו בין ישראל לבין הפלסטינים בספטמבר 1993 וכן ישראל וירדן שחתמו על הסכם שלום באוקטובר 1994. במרץ 1996, החזיקו סוריה וישראל סיבוב נוסף של שיחות מדריד, כשלבנון לא ביקשה להתכנס מחדש.
בתחילת אפריל 1996, נפתח מבצע ענבי זעם בתגובה לפעולות חזבאללה כנגד בסיסים צבאיים ישראליים בדרום לבנון. המבצע נמשך 16 יום וגרם למאות אלפי אזרחים בדרום לבנון לברוח מבתיהם. ב-18 באפריל, פגזים ישראליים פגעו בריכוז פליטים וכח או"ם בכפר קאנא, והרגו 102 בני אדם.
לאורך שנות ה-90 הייתה חוסר שביעות רצון הולכת וגדלה בישראל בשל כיבוש שטחי דרום לבנון והקמת רצועת הביטחון. חוסר שביעות הרצון גבר לאחר אסון המסוקים (1997) ועקב זאת, אהוד ברק בקמפיין לראשות הממשלה הבטיח נסיגה מלבנון, ולבסוף, ב-23 במאי 2000, צה"ל אכן נסוג מדרום לבנון, וסיים 22 שנות כיבוש. צד"ל התמוטט וכ-6,000 מאנשי צד"ל ובני משפחותיהם נמלטו מלבנון, אם כי יותר מ-2,200 חזרו עד דצמבר 2001. עם נסיגת כוחות צה"ל, רבים בלבנון החלו לקרוא לבדיקת הנוכחות המתמשכת של הכוחות הסוריים, שאומדן כוחם הוערך בסוף שנת 2001 ב-25,000.
לאחר הנסיגה.
ב-16 ביוני 2000, אימצה מועצת הביטחון של האו"ם את דו"ח המזכ"ל שבדק את קצב הנסיגה הישראלית. בחודש אוגוסט 2000, ממשלת לבנון פרסה יותר מ-1,000 שוטרים וחיילים באזור רצועת הביטחון לשעבר, אבל גם חזבאללה שמר על עמדות תצפית וסיורים שנערכו לאורך הקו הכחול. בעוד לבנון וסוריה הסכימו לכבד את הקו הכחול, נרשמו התנגדויות וטענות מתמשכות כי ישראל לא נסוגה באופן מלא מאדמת לבנון. כאשר המתח האזורי הסלים עם האינתיפאדה בספטמבר 2000, דווח כי חזבאללה חטף ב-7 באוקטובר שלושה חיילים ישראלים בשבי באזור המכונה חוות שבעא. זה שטח מיושב שברובו תחת שליטה ישראלית לאורך הגבול בין לבנון לסוריה כפי שנטען על ידי לבנון, למרות זאת האו"ם ורוב הקהילה הבינלאומית, כולל ישראל, הסכימו כי חוות שבעא היא חלק מסוריה. החזבאללה ביקש להשתמש בשבויים הישראלים כמנוף לשחרור אסירים לבנונים.
בשנת 2003 נהרג נער בשלומי כתוצאה מירי של חזבאללה.
מאז תחילת מהפכת הארזים, בישראל היו תקוות גבוהות באשר להסכם השלום עם לבנון. בשנת 2005 התראיין סעד חרירי ואמר:
, אבל הוא הוסיף כי לבנון לא תחתום על הסכם שלום נפרד כמו שירדן ומצרים עשו. מנהיגים לבנונים אחרים ציירו אפילו קו נוקשה יותר.
ב-3 באוגוסט 2010, עימות שהתרחש סמוך לכפר הלבנוני עבאיסה בין צה"ל לבין צבא לבנון לאחר שסיור ישראלי בגבול התעמת עם חיילים לבנונים. ישראל טענה כי החיילים נעו בתחומי ישראל, תוך שלבנון טענה כי החיילים חצו את הגבול כדי לעקור עצים. קרב יריות שהתפתח הביא למותם של שלושה חיילים לבנונים ומפקד ישראלי בכיר: שני חיילי צה"ל וחמישה חיילים לבנונים נפצעו גם הם. עיתונאי לבנוני נהרג.
בחודש דצמבר 2018 הורה בית משפט בלבנון לחסום את האתר של חברת ויקס הישראלית בגלל המצב בין ישראל ולבנון. כתוצאה מכך, למשתמשים רבים בלבנון אין אפשרות גישה לאתריהם האישיים, ולדברי מספר מהם, עסקיהם נפגעו.
מלחמת לבנון השנייה.
ראש ממשלת לבנון, פואד סניורה, אמר באוגוסט 2006 כי לבנון תהיה "המדינה הערבית האחרונה לעשות שלום עם ישראל" בשל המספר הגדול של אזרחים שנהרגו במלחמת לבנון 2006. השיח' חסן נסראללה, מנהיג חזבאללה, הכריז "מוות לישראל" והבטחות ל"שחרור" ירושלים. אין זה סביר כי לבנון תחתום על הסכם שלום עם ישראל לפני סוריה, כיוון שהשפעתה של סוריה על הפוליטיקה הלבנונית היא עדיין חזקה.
במהלך המלחמה צה"ל הפציץ בסיסים רבים של צבא לבנון, אך לא היו קרבות בין שני הצבאות. כך למשל, בשנת 2008, נחשף באמצעות ויקיליקס, שגריר ארצות הברית לשעבר בלבנון מישל סיסון, כי שר ההגנה הלבנוני שלח מסרים לישראל דרך ארצות הברית וקבע כי צבא לבנון יימנע ממעורבות בעימות עתידי בין ישראל לחזבאללה, וכי הצבא, כפי שצוטט בכבלים "יעביר מזון מעמדה ראשית, כסף, מים עם יחידות אלה, כך שיוכלו להישאר בבסיסיהם, כאשר ישראל תפגע בחזבאללה. בדיסקרטיות, הוא הוסיף כי הוא מייעץ לישראל להבטיח לא "לפוצץ גשרים ותשתיות באזורים נוצריים".
העשור השלישי של המאה ה-21.
באוגוסט 2020, לאחר הפיצוץ בנמל ביירות, שגרם נזק רב ללבנון (ולביירות בפרט), פנתה ישראל לגורמים ביטחוניים ומדיניים בינלאומיים במטרה להציע סיוע הומניטרי ורפואי ללבנון. נשיא המדינה, ראובן ריבלין, אף הביע תנחומים על הפיצוץ. מספר בתי חולים בצפון ישראל אף הציעו את עזרתם והודיעו כי יהיו מוכנים לקלוט ולטפל בפצועים מהאירוע אם יתאפשר. יממה לאחר הפיצוץ, הואר בניין עיריית תל אביב בצבעי דגל לבנון לאות הזדהות עם העם הלבנוני בעקבות הפיצוץ, מהלך אשר גרר ביקורות רבות בישראל.
ב-16 באוגוסט 2020, מספר ימים לאחר הצגת הסכם הנורמליזציה בין ישראל לאיחוד האמירויות הערביות, טען נשיא לבנון, מישל עאון, בריאיון לערוץ חדשות צרפתי כי אינו פוסל את האפשרות של הסכם שלום וכינון יחסים עם ישראל בעתיד, אך ציין כי לפני כן ישראל ולבנון חייבות לפתור את הבעיות ביניהן. מדובר בהתבטאות מפתיעה מצד נשיא לבנון, הנחשב למקורב לחזבאללה.
ב-14 באוקטובר 2020 נפתח המשא ומתן בין ישראל ללבנון. השיחות עוסקות בקביעת הגבול הימי-כלכלי בין המדינות, ובמחלוקת על שטח שגודלו הוא כ-550 ק"מ רבוע.
ב-20 ביולי 2021, שתי רקטות נורו מלבנון לגליל המערבי, צה"ל הגיב בירי ארטילרי. באוגוסט 2021 החלה מתיחות עם לבנון עקב ירי של רקטות, מדרום לבנון לישראל.
בתחילת יוני 2022 אישרה ישראל הצבת אסדה לקידוח גז טבעי בשדה הגז "כריש", תחת אבטחה של חיל הים, והכריזה על אזור אסור לשיט בקרבתה. ישראל טענה כי האזור בו נמצאת האסדה אינו במחלוקת. מנגד, לבנון טענה שהצבת האסדה מהווה פלישה לשטחה ופגיעה בריבונותה.
ג'ון ריי