וולף קבע את מטהו בורונה, ותוך זמן קצר הוקמו בכל המחוזות הכבושים באיטליה שלוחות של שירות הביטחון הגרמני. במקביל, נשלחו לאיטליה ארסטר ותיאודור דנקר, שני קצינים מנוסים ביותר לביצוע מלאכת שילוח היהודים להשמדה. דנקר, אחד הקצינים המנוסים ביותר של המחלקה היהודית (Referat IV B4) במשרד הראשי לביטחון הרייך (RSHA), שבראשה עמד אדולף אייכמן. מחלקה זו הייתה אחראית על ביצוע מדיניות הפתרון הסופי באיטליה. דנקר, אשר פיקד עד ספטמבר 1942 על מבצע חיסול יהודי צרפת, וארסטר, שמונה למפקד הגסטפו באיטליה, שהיה ממפקדי הס"ד בהולנד והיה שם אחראי לארגון השילוחים להשמדה. הם הגיעו לאיטליה עם קבוצת עוזרים, והחלו מיד בארגון מעצרם של היהודים בכל הקהילות הגדולות באיטליה. כל זאת בהתאם ליישום הפתרון הסופי בכל אירופה ככלל ובאיטליה בפרט. מינואר 1944 החליף פרידריך בוסהאמר את דנקר כאחראי על שילוח היהודים להשמדה, לאחר שדנקר נשלח להונגריה.
בשבועות הראשונים לכיבוש הגרמני ב-1943, שרר תוהו ובוהו. כוחות גרמניים, בסיוע כוחות המיליציה הפאשיסטית השתוללו ברחובות. אך עד מהרה החלו כוחות אס.אס. בפעולות מתוכננות של איסוף יהודים בערי איטליה ושליחתם למחנות ריכוז והשמדה. שיתוף הפעולה בין הצבא הגרמני, האס.אס והארגונים הפאשיסטים שימש רקע ובסיס לכל הפעולות שבוצעו נגד היהודים.
באוקטובר החלו אקציות בערי איטליה. הפעולה היזומה הראשונה נגד היהודים בוצעה נגד יהדות רומא ב-16 באוקטובר 1943. הגסטפו שלח 1,007 מהם ברכבות למחנה הריכוז אושוויץ. אקציות דומות נערכו בטריאסטיה (19 באוקטובר), ג'נובה (3 בנובמבר), פירנצה (6 בנובמבר), מילאנו (8 בנובמבר), ונציה (9 בנובמבר), פרארה (14 בנובמבר) ועוד. היהודים שנתפסו רוכזו תחילה בבתי כלא מקומיים ולאחר מכן הועברו למחנות ריכוז ומעבר, לרוב בפוסולי. משם נשלחו להשמדה, לרוב לאושוויץ. רשימות היהודים, שלפיהם איתרו הנאצים את היהודים בערים השונות, הופקו על ידי המשרדים האיטלקיים, תוך שיתוף פעולה של המשטרה האיטלקית עם הגסטאפו.
ב-14 בנובמבר 1943, אישרה המפלגה הפאשיסטית הרפלובליקנית החדשה את ה"מנשר הסדור" (Manifesto Programmatico), שקבע כי "המשתייכים לגזע היהודי הם זרים, והם שייכים לאומה אויבת".
הסיבות להחלטה הזאת קשורות ברצונה של הממשלה האיטלקית להוכיח צורה כלשהי של עצמאות. הממשלה האיטלקית, שלא היה בידה את הסמכות הצבאית והפוליטית, יכלה לתמרן רק בתחום מדיניות הפנים, הניהול והבירוקרטיה. בנוסף קידמה את ההזדמנות להרחיב את סמכותה החוקית. לאחר חודשיים שהניחה את שאלת הטיפול ביהודים לאנשי האס.אס, החליטה לאמץ מדיניות אנטי-יהודית משלה, במקביל ליישומה של המדיניות הנאצית כלפי יהודי איטליה. מספטמבר ועד פרסום ההוראה, היו היהודים נתונים לגמרי לחסדיהם של הגרמנים ולמדיניות המעצרים והגירושים שלהם.
ב-30 בנובמבר 1943 פרסם שר הפנים של הרפובליקה הסוציאלית האיטלקית, גואידו בופאריני גואידי , את "צו המשטרה מספר 5", לכל ראשי המחוזות לביצוע מיידי. בצו נכתב ש:
הצו החדש הורה על מעצרם של כל היהודים, ריכוזם במחנות ריכוז מקומיים קטנים ומותאמים, עד שיוקם מחנה לאומי גדול - פוסולי, ומיד לאחר מכן גם את הקפאת כל רכושם. הצו הגדיל את הסכנה שהיו נתונים בה היהודים באיטליה. היהודים שהסתתרו מפני הגרמנים באזורי הכפר או בערים קטנות, לא היו יכולים עוד להתחמק מעיניה של המשטרה האיטלקית. לאחר פרסום הצווים נערך מצוד אחר היהודים, בו השתתפו פקידיה ושוטריה של הרפובליקה הפשיסטית. מכאן ואילך, חיפשו ועצרו את היהודים בכל מקום: בבתיהם, ברחוב, ברכבות, בזמן ניסיונות בריחה לשווייץ או לשטחים בשליטת בעלות הברית, ועוד. לאחר שנתפסו על ידי המשטרה הובאו היהודים לבתי סוהר מרכזיים, ומשם הועברו למחנה עיקרי, מחנה הריכוז פוסולי שבקארפי, מדרום לנהר הפו, ליד צומת הרכבות החשוב של העיר מודנה (Modena) שבצפון איטליה. מחנה פוסולי שימש את הגרמנים כמאגר נוח למכסות הגירושים למחנות ריכוז והשמדה מצפון לאיטליה. אלה שלא הגיעו מרצונם לתחנות המשטרה, בחלקם נתפסו על ידי המשטרה האיטלקית, שהחזיקה רשימה של היהודים וכתובותיהם. פרטים אלה היו במשרדי הקהילות היהודיות על פי החוק. רבים מן היהודים הצליחו להימלט מבתיהם ולהסתתר בכפרים, במנזרים וחלקם אפילו הצליחו לעבור את הגבול השווייצרי. בראשית שנת 1944 הושלמה לכידתם של יהודי איטליה, אשר רוכזו במחנות ריכוז ונשלחו להשמדה.
במרץ 1944, הרפובליקה מינתה "מפקח כללי על הגזע" (Ispettore Generale per la razza), עיתונאי אנטישמי קנאי בשם ג'ובאני פרציוזי (Preziosi) שפרסם בעבר מאמרי שטנה כנגד היהודים, והיה אחראי להפצת הפרוטוקולים של זקני ציון באיטליה. פרציוזי, שנפגש עם היטלר ועם יוליוס שטרייכר, הטיף לגירושם של כל היהודים מאיטליה, ופעל לשם כך.
הריכוז במחנות מיוחדים היה הדרך המעשית לאפשר לגרמנים להוציא לפועל את מדיניותם כלפי היהודים. ואכן, במחנה פוסולי, כל עוד היהודים הוכרו כאסירים פוליטיים, כמקובל במחנה זה משנות ה-40, הסוהרים היו איטלקים והיחס היה הוגן למדי. כאשר ניהול המחנה עבר לידי הגרמנים, המצב הורע ובסופו של דבר נשלחו יושבי המחנה למחנה ההשמדה אושוויץ.
בעקבות התקרבות כוחות בעלות הברית לפוסולי באוגוסט 1944, והפחד של הגרמנים מפני התקפות של הפרטיזנים האיטלקים, שהיו באזור, החליטו הגרמנים להקים מחנה חדש בבולצאנו, הקרובה יותר לגבול עם אוסטריה. מרבית האסירים, וכן הסגל הפיקודי של מחנה פוסולי, הועברו בבהילות למחנה הריכוז בולצאנו.
מספר זיכרון לשואה, שחובר על ידי ליליאנה פיצ'וטו פרג'ון (Liliana Picciotto Fargion) עולה כי יהודי איטליה שנספו בשואה מצאו את מותם מידי הגורמים הבאים:
המבצעים העיקריים היו בגטו בוונציה שם נלקחו להשמדה 150 זקנים וחולי נפש ומיהדות רומא יותר מ-2,000 איש.
מתוך כ-45,000 יהודים ששהו באיטליה וברודוס עם הכרזת הרפובליקה של סאלו, גורשו למעלה מ-8,500, ומספר הנספים היה 7,900. על אף שנודעו מקרים רבים של סיוע ליהודים, הרי שלהשתתפותה הפעילה של הרפובליקה של סאלו, שוטריה ופקידיה, באיתור היהודים, ריכוזם ושילוחם למזרח, חלק משמעותי בגורלם של היהודים שנרצחו.
השואה בקהילות יהודיות באיטליה.
יהדות רומא.
יהדות רומא היא אחת הקהילות היהודיות הוותיקות בעולם וקיימת כמעט אלפיים ומאתיים שנה. במפקד המיוחד ליהודים שנערך ב-22 באוגוסט 1938 נמנו ברומא 12,799 'בני הגזע היהודי'. כעבור חמש שנים, בעת הדחתו של בניטו מוסוליני, עדיין התגוררו בעיר כ-12,000 יהודים, למרות החוקים שחוקק נגדם המשטר הפשיסטי. יהודי רומא חששו פחות לגורלם ורובם החליטו לא לנטוש את בתיהם. הם סברו כי היות העיר משכן הוותיקן תגן עליהם.
ב-26 בספטמבר סירב הפלדמרשל אלברט קסלרינג, מפקד הצבא הגרמני באיטליה, לאשר את הפעולה המתוכננת נגד היהודים מתוך חשש לסיבוך עם האוכלוסייה והוותיקן. ראש הגסטפו ברומא, אוברשטורמבנפירר הרברט קפלר החליט לפעול בעצמו, ודרש מיהודי רומא כופר של 50 קילוגרם זהב תוך 36 שעות. כופר זה הובא לגסטפו ב-28 בספטמבר, אולם כבר למחרת היום, ב-29 בספטמבר החרים ה-אס.אס. את תיקי השמות והכתובות של היהודים מבית הכנסת הגדול.
באוקטובר 1943 שלח אדולף אייכמן את תיאודור דנקר, שמילא קודם לכן תפקיד מרכזי במדיניות ההשמדה בפריז ובסופיה, בראשות סגל של 44 אנשי אס אס, עם הוראה שהסמיכה אותו לגרש את יהודי רומא. הקונסול הגרמני פרידריך מלהאוזן, שהיה אז הממונה על שגרירות גרמניה ברומא, ביקש, לשווא, את התערבות הוותיקן ומשרד החוץ הגרמני.
בשבת, 16 באוקטובר 1943, בחג הסוכות החל ה-'Judenrazzia' - המתקפה על היהודים. יחידות ביטחון מיוחדות מגרמניה חילקו את רומא לעשרים וששה אזורים ולפי כתובות ידועות מראש אספו את היהודים לכלא. ה"היודנאקציון" הסתכמה ב-1,259 נפשות: גברים, נשים וטף. בהתערבות האפיפיור שוחררו בני נישואי תערובת. ממסמכים שפורסמו לאחר המלחמה, הסתבר כי ביומיים שיהודי רומא היו במאסר לקראת משלוחם, ראשי הכמורה פעלו בצורה מינורית לביטול הגזירה. אחד מראשי הכמורה נפגש עם המושל הגרמני של רומא והעלה את הנושא רק בדרך של רמז. לבסוף נשלחו 1,007 יהודים אל מחנה ההשמדה בבירקנאו והושמדו בתאי הגזים. בסוף המלחמה חזרו לרומא 13 גברים ואישה אחת.
קפלר הודיע למפקד האס-אס באיטליה, אוברגרופנפירר קרל וולף, שלא שיתף את המשטרה האיטלקית בגלל חוסר אמינותה, וכי האוכלוסייה האיטלקית הפריעה למעצרים ואף עזרה באופן פעיל ליהודים. הימלר ועוזריו לא היו מרוצים מכך שעל כול יהודי שנתפס ברומא נמלטו 11. בינואר 1944 החליף את קפלר שטורמבנפירר פרידריך רוברט בוסהמר, המומחה לענייני איטליה ביחידתו של אייכמן. ב'רציות' שנערכו אחר-כך נתפסו עוד 1,084 יהודים בידי הגרמנים ושותפיהם האיטלקים. הדבר כלל שילוח יהודים למחנות ההשמדה, וכן רצח 75 יהודים בטבח בפוסה ארדיאטינה (Fosse Ardeatine). ב-25 במרץ 1944 נרצחו במחצבות 335 אזרחים, נוצרים ויהודים, כפעולת תגמול על הריגת חיילים גרמניים על ידי הפרטיזנים האיטלקים. במקום בו קבורים הנרצחים נבנה אתר זיכרון בחסות רשת המוזיאונים של הצבא האיטלקי.
הכנסייה הקתולית, תוך כדי הסכמה חשאית של הוותיקן, העניקה מקלט ליהודים במנזרים הרבים אשר ברומא. מספרם נאמד ב-4,700. פיוס השנים עשר חש ששלטון הגרמנים עומד להגיע לקיצו. בעלות הברית נחתו בסלרנו, דרומית מנאפולי, בספטמבר 1943.