מתנגדי הרמב"ם בפרובנס הפיצו ברבים את דעתם, ועוררו את חמתם של מרבית חכמי פרובנס, שהיו תלמידיו המובהקים של הרמב"ם. וכך נידו את רבי שלמה מן ההר ותלמידיו, בתגובה, שלח רבי שלמה מן ההר את רבי יונה אל חכמי צרפת, שהיו רחוקים מפילוסופיה והם החרימו את הוגי ספר מורה נבוכים וספר המדע. כתוצאה מכך פרצה מחלוקת גדולה בקהילות צרפת וספרד.
הרמב"ן כתב שתי אגרות מפורסמות בניסיון לגשר בין הצדדים. אחת מהן מוענה ל"נשיאי ארגון אצילי נאבארא ושרי קשטיליא", וקוראת להם להתעלם מהחרם של חכמי צרפת עד שיבואו הצדדים בפני בית דין, ובשנייה, מנסה לשכנע את חכמי צרפת לבטל את החרם על כתבי הרמב"ם.
בראש האיגרת כופף הרמב"ן את קומתו בפני חכמי צרפת ומאריך בשבחם, לאחר מכן מסביר שהרמב"ם הוכרח לכתוב את ספרו נגד הפילוסופיה שהתפשטה בספרד, וכדי לענות תשובות לציבור אשר הושפע מכתבי אריסטו, לאחר מכן תוקף את חכמי צרפת על זלזולם ברמב"ם ומתאר את פועלו החשוב והנצרך, בהמשך עונה לתשובות להשגות בענייני גיהנום והגשמה, ולבסוף מסכם שאת ספר מורה נבוכים יש ללמוד בצורה פרטנית ולא ציבורית וקורא לביטול החרם על הספר, כמו כן מבקש לנהוג בכבוד ברבי שלמה מן ההר.
בהמשך הפולמוס תומכי הרמב"ם הלעיזו על רבינו יונה והצביעו על פגם במשפחתו, מכיוון שרמב"ן היה קרובו ולעז זה היה גם עליו כתב נגדם שתי איגרות חריפות, בו תוקפם הן מהפן ההלכתי והן מהפן המוסרי, רמב"ן פנה לרבי משולם בעל ספר ההשלמה שהיה מתומכי הרמב"ם וביקשו שישתיק את המלעיזים.
ויכוח ברצלונה.
בד בבד עם פירושו לתורה, נלחם הרמב"ן את מלחמת היהדות כנגד הנוצרים. לאחר שחיימה הראשון, מלך אראגון כפה עליו לעשות כן, הוא השתתף בוויכוח פומבי שקיבל את השם ויכוח ברצלונה, נגד המומר פאבלוס כריסטיאני (Paulus Christiani) אשר כונה פראי פול. הוויכוח החל ב-20 ביולי 1263, בברצלונה, לנוכח המלך, שריו ונזירי המסדר הדומיניקני של הכנסייה הקתולית, ובראשם רמון די פינאפורטי, שאף הוא השתתף בוויכוח מדי פעם. הוויכוח התנהל במשך ארבעה ימים בלתי רצופים - 20, 27, 30 ו-31 ביולי.
הרקע לוויכוח הגיע מתוך אמונה נוצרית בתלמוד, והוכחות ממנו לשילוש הקדוש, לתחיית המתים של המשיח, ולשוויותו לאל, את גישה זו ייסד ריימונדוס מרטיני בספרו פיגיון האמונה, וממשיכו היה פראי פול, הוויכוח נערך בארמונו של מלך אראגון, חיימה (יעקב) הראשון, ועמו ראשי הממלכה והכנסייה וראשי המסדר הדומיניקני. בימים ראשון ושלישי הקהל היה כולו נוצרי למעט נציגי היהודים עצמם, ביום רביעי הגיעו גם היהודים, ביום השני הוויכוח נערך ב"קלישטרויש שלהם", כלומר בבית התפילה של הנוצרים בברצלונה, וכנראה הכוונה לכנסייה של העיר ברצלונה, שעליה עומדת קתדרלת אולליה הקדושה.
הוויכוח סב סביב כמה נושאים בפולמוס היהודי-נוצרי, האם המשיח בא, האם ישו הוא המשיח, והאם למשיח כח וסמכויות כשל אלוהים.
הפוסק במשפט היה המלך עצמו שנחשב הגון כלפי הרמב"ן, ולהבדיל מוויכוחים אחרים, לרמב"ן היה חופש ביטוי. עם זאת, את עיקר הוויכוח ניהל פראי פול, ורמב"ן ענה תשובות ולא שאל.
מהלך הוויכוח.
פראי פול ניסה להוכיח את משיחיותו של ישו מתוך אגדות התלמוד. בתגובה רמב"ן הציג את האבסורד שבדבריו - שלא ייתכן להוכיח למשיחיותו של ישו מדברי חכמי האגדה שהיו יהודים, פראי פול לא ענה לגופו של עניין ושאל שאלות מאגדות שונות, בתשובה, הרמב"ן הראה שפרשנותו לאגדות חז"ל שגויה, וכן הצביע על סתירות פנימיות בטענותיו של פראי פול.
כמו כן ניסה פראי פול להוכיח את פרשת מותו ותחייתו של המשיח מתוך פרשת "הנה ישכיל עבדי" ( ואילך), אך רמב"ן פירש את הפרשה כמתייחסת לעם ישראל ולא למשיח, אך הראה שאף אם נפרש אותה כמוסבת על המשיח, היא אינה עולה בקנה אחד עם קורות חייו של ישו, רמב"ן הציע לפרש את הפרשה בפרוטרוט אך הצעתו לא התקבלה, רמב"ן כתב את ביאורו בנפרד והוסיפה לחיבור.
סיום הוויכוח.
רמב"ן חתם את הוויכוח בלשון זו,
בשבת שלאחר הפסקת הוויכוח, דרש המלך בבית הכנסת הגדול בברצלונה, רמב"ן עלה אחריו וחלק על דבריו בכבוד, לאחריו דיבר האח רמון דיפונייא פורטי וביאר את השילוש הקדוש, רמב"ן שאלו והתקילו עד שהודה שהשילוש ועל כך ענה רמב"ן,
לאחר מכן דרש הרמב"ן בפרשת ואתחנן דרשה גדולה בשבח ומעלת התורה, יש אומרים שהיא הדרשה נקראת דרשת תורת ה' תמימה.
לאחר השבת עמד הרמב"ן לפני המלך, שאמר לו: "שוב לעירך לחיים לשלום", נתן לו 300 דינרים ונפרד ממנו באהבה רבה.
כשנתיים לאחר הוויכוח, דרשו יוזמי הוויכוח להעמיד את רמב"ן למשפט, בטענה שרמב"ן השמיץ בספרו את הנצרות. בתיווכו של מלך אראגון נדחה המשפט, אך שנתיים לאחר מכן השיגו יוזמי הוויכוח דרישה בכתב מן האפיפיור קלמנס השלישי להעניש את הרמב"ן על דבריו ב"ספר הוויכוח". ולכן בשנת 1267, נאלץ הרמב"ן לגלות מספרד ועלה לארץ ישראל.
בארץ ישראל.
רמב"ן הגיע לירושלים בשנת ה'כז (1267), וכנראה הגיע לארץ ישראל דרך נמל עכו. ישנם חוקרים התולים את עלייתו של רמב"ן לארץ בתוצאות הוויכוח הפומבי עם הנוצרים ובלחץ האפיפיור קלמנס הרביעי, אולם רמב"ן במקרה כזה יכול היה ללכת לכל ארץ אחרת, אחרים טענו, שהמניע הוא כפי שציין רמב"ן במפורש בסוף דרשתו הידועה לראש השנה: , פירוש המשפט "טלטול נשמתי בחיק אמי" לפי ישראלי הוא רצונו "לשקם את הקטסטרופה ההיסטורית רבת השנים של התנכרות הארץ לבניה וניסיון לכונן מחדש את הקשר האינטימי בין הארץ ובין בניה ואת החיים ההרמוניים בחיק האם".
חוקרים אחרים טענו כי רמב"ן עלה לארץ מתוך רצון לקיים את מצוות יישוב ארץ ישראל, מתוך תפיסה שרק בארץ ישראל ניתן לקיים את המצוות בשלמות, או מתוך חוויה מיסטית לעלות מ"ארץ של מטה" ל"ארץ של מעלה".
מעכו נסע לירושלים והוא תיאר את מצבה העגום של ירושלים, בה ארגן קהילה ובנה בית כנסת.
בביקורו באזור ירושלים הלך גם לחברון ועבר דרך קבר רחל. לאחר מכן חזר רמב"ן לעכו, שם מסר את "דרשת ראש השנה" בסביבות 1269, וייתכן שהקים שם ישיבה, ומשם לא ידוע לאן המשיך.
בית כנסת הרמב"ן.
בביקורו בירושלים הקים רמב"ן בית כנסת, בשנות השלושים של המאה העשרים זיהה אותו האדריכל יעקב פינקרפלד כמבנה המוכר כיום בשם בית הכנסת הרמב"ן ברובע היהודי, השערתו של פינקרפלד התקבעה בתודעה הציבורית, ומאז ועד היום השתרש שמו של בית הכנסת כ"בית כנסת הרמב"ן". אולם, מבחינה מחקרית קשה לקבל את השערתו, מאחר שמבנה זה אינו תואם כלל את התיאור באיגרת הרמב"ן משום שאין בו לא כיפה ולא עמודי שיש, ואף מיקומו של בית הכנסת בעייתי, שכן בעת ישיבת הרמב"ן בירושלים, ישבה הקהילה היהודית בהר ציון ולא ברובע היהודי של ימינו.
הארכאולוג מאיר בן דב זיהה את החורבה שבה ייסד הרמב"ן בית כנסת עם קפלת תפילה ביזנטית שהתגלתה בהר ציון ליד חומת העיר העתיקה (כ 150- מטרים מהמבנה הידוע כיום בשם בית כנסת הרמב"ן).
חיים אישיים.
משפחתו.
יש שייחסו את משפחת הרמב"ן לרבי יצחק אלברצלוני, רמב"ן מתאר באגרת את אחד מאבותיו כמי שכלכל והציל ממוות את בני העיר, על אביו כמעט ואין ידיעה למעט אזכור אחד בו מוזכר הרמב"ן בתואר "רבי משה י"א בן כבוד השוע הנכבד ן' ר' נחמן", מהעובדה שרמב"ן לא מביא שמועות למדניות מאבותיו נראה שלא היו מהאליטה הרבנית של העיר אלא מהמשפחות הוותיקות שבעיר. לאמו של רמב"ן היו שלושה אחים: אברהם, יוסף, ושלמה. בנו של אברהם היה רבי יונה גירונדי.
לרמב"ן היו כמה בנים: נחמן, אשר אליו שלח רמב"ן את אגרתו המפורסמת, יוסף שהיה מקורב למלכות והשתקע בקסטיליה ואף אליו שלח הרמב"ן אגרת, ושלמה, אשר נשא את בת דודתו השנייה - בתו של רבי יונה גירונדי. על בסיס דבריו בדרשה לראש השנה, קיימת הערכה כי היו לו גם בנות אלא ששמן לא נודע. ישנה אגדה שאחת מהן נישאה לרבי גרשום בן שלמה מחבר ספר שער השמים, אך רבים ערערו על כך.
אחד מבניו חיבר פרוש למסכת ביצה.
היו שכתבו שלרמב"ן היה בן ושמו יהודה ובנו הוא רבי דוד מגדולי מפיצי הקבלה מחבר ספר מראות הצובאות, ספר הגבול, פירוש המחזור ועוד. מסורת זו מסתמכת על דברי רבי דוד בהקדמה למאמר על האלפא ביתא, אך ספר זו אינו מוסמך ועל כן מסורת זו מפוקפקת. נכד נוסף הוא יונה (בן שלמה).
רבי צבי הירש קאיידנובר הביא בספרו קב הישר אגדה על אשת הרמב"ן שנאנסה וממנה נולד בן אשר המיר את דתו. בן ציון פישלר הוכיח שלאגדה זו אין כל בסיס עובדתי.
מצאצאיו הידועים: הרשב"ץ, רבי יעקב ששפורטש וייתכן שאף הרלב"ג.
מותו ומקום קבורתו.
לאחר שרמב"ן חזר לעכו בשנת 1270, תיעודים ממנו כבר לא קיימים, הערכה היא כי הוא נפטר בארץ ישראל ככל הנראה בשנת 1270.
ישנן כמה וכמה מסורות על מקום קבורתו: ירושלים (בכפר השילוח במערת רבי עובדיה מברטנורא,), חברון, באגרת שכתב לבנו סיפר שהולך לחצוב לעצמו קבר בחברון ויש שהסיקו לפי זה שאכן נקבר שם. טבריה, עכו. המקור הקדום ביותר הוא, עדות תלמידו אשר אומר, שנקבר בחיפה בתחתית הר הכרמל, אגודת 'אהלי צדיקים' איתרה בשולי בית העלמין היהודי הישן של חיפה מערת קבורה ובה מספר קברים, ולטענתה קבורים בה רבי אבדימי דמן חיפה, הרמב"ן, רבי יחיאל מפריז ורבי שמשון משאנץ. אחרים מפקפקים בטענתם. יש ששיערו שנקבר במערת הקבורה היהודית מימי התלמוד הנמצאת מתחת למסילת הרכבת, בשכונת חיפה אל-עתיקה
תלמידיו.
תלמידיו של רמב"ן הלכו בשיטתו המשלבת את תורת בעלי התוספות עם המסורת הספרדית.
המפורסמים שבתלמידיו הם הרשב"א, והרא"ה, תלמידים נוספים הם, ר' יצחק בן אברהם מנרבונה, ר' דוד בונפיד, רבי מאיר המעילי, רבי נתן בן יוסף אשר חיבר פירוש לספרו הלכות נדרים, אנונימי מחבר הפירוש לרי"ף למסכת ברכות, אנונימי מחבר ספר תוצאות ארץ ישראל. ועוד.