בנטלי קודם בשנת 1700 למשרה שהייתה, כדברי דה קוינסי (De Quincey), "בעת ובעונה אחת תגמולו ומקור ייסוריו למשך שארית ימיו." ששת חברי הוועדה הכנסייתית הממונה המליצו פה אחד על בנטלי לכהן כנשיא טריניטי קולג' בקיימברידג'. מצבו של הקולג' היה חמור בהרבה, בשנת 1700, ממצבו בימי הזהר שלו. חרף העובדה שלא היה טוב פחות מאשר קולג'ים אחרים, המוניטין הקודם שלו הפך את הניהול הכספי הבזבזני של הקולג' לבולט יותר. ליקוי המאורות התרחש במהלך הראקציה שהתרחשה אחרי שנת 1660, והיא הושפעה ממאורעות בדברי ימי האומה באופן כללי. שמותיהם של הבישוף ג'ון פירסון (John Pearson), של אייזק ברואו (Isaac Barrow), ושל אייזק ניוטון נשזרו בדפי התהילה של הקולג' של העת ההיא.
חברי הסגל של טריניטי קולג' לא היו חדורי תאוות למידה ואהבת המדע. לא הייתה שום סיבה מוצדקת למשתה התמידי שנערך על חשבון "הבית" ולכל אותם אירועים חגיגיים שהרבו בהם בקולג' שהיה רובו ככולו על טהרת הרווקים (המרצים בקולג'ים היו חייבים להישאר רווקים עד שלהי המאה ה-19, למעט הפרופסורים שהיו מיעוט או נשיאי הקולג'ים). בנטלי הגיע לכאן שחצן ובלתי קרוא, בוגר קולג' אחר, לא רצוי כאיש מלומד שעניינו נתון לחיי הרוח שהם מחוץ לכתליו של הקולג'. בנטלי הגיב לתעוב הדיסקרטי של עמיתי הקולג' בבוז גלוי והמשיך לערוך רפורמות במנהל של הקולג'. הוא ערך שיפוצים נרחבים בבניין, והשתמש במעמדו על מנת לקדם את הידע הן בקולג' והן באוניברסיטה. אולם האנרגיה הזו לוותה באופי מתנשא, בוז יהיר לרגשותיהם ואפילו לזכויותיהם של אחרים, ושימוש חסר מצפון באמצעים כדי להשיג מטרות טובות. הכסף שהמשיך לזרום מכיסיהם – במקרה אחד הוא השתמש בכל הרווחים של אותה שנה לבניה מחדש של כנסית הקולג' (college chapel) – כל זה גרם לכך שהתמרמרותם של העמיתים הגיעה לבסוף לכלל התקוממות מולו.
לאחר עשר שנים של התנגדות עיקשת אך נטולת תוצאות בתוך הקולג' הם פנו אל 'מבקר הקולג' (College Visitor), הבישוף של אילי ( Ely) ג'ון מור (John Moore). עצומתם הייתה מלאה בתלונות כלליות ולא התלוננה על שום עבירה ספציפית. תשובתו של בנטלי (The Present State of Trinity College, etc., 1710) נכתבה בסגנון התקיף ביותר. העמיתים שיפרו את עצומתם והוסיפו לה האשמה, חדשה, שבה הם פרטו ארבעים וארבע הפרות תקנון מצידו של בנטלי. בנטלי שהתבקש להגיב, פנה ישירות אל הכתר, בגבותו את פנייתו בהקדשה של מהדורת הורטיוס שלו להארלי (Harley), שר האוצר (lord treasurer). עורכי הדין של הכתר הכריעו נגדו, נערך שימוע בנושא (1714), והם החלו בניסוח גזר דין להדחתו מראשות הקולג'; אולם לפני שגזר הדין בוצע, הבישוף של אילי נפטר והתהליך נעצר. הריב נמשך בצורות שונות. האוניברסיטה שללה את תאריו של בנטלי ב-1718, כעונש על שלא הופיע בפני רקטור האוניברסיטה בתביעה אזרחית, ורק בשנת 1724 כפה החוק על האוניברסיטה להשיבם לו. בשל פעולותיהם של עמיתי טריניטי הוא הובא שוב למשפט ב-1733 לפני הבישוף של אילי - אז כיהן בתפקיד תומאס גרין (Thomas Green) - ונידון להדחה; אולם התקנון דרש שאת גזר הדין יבצע סגנו ריצ'רד ווקר (Richerd Walker), שהיה חברו של בנטלי, והוא סירב לעשות זאת. למרות שהעימות נמשך עד 1738 או 1740 (בסך הכול במשך פרק זמן של כשלושים שנה) נותר בנטלי בתפקידו.
מחקריו המאוחרים.
בתקופת היותו נשיא טריניטי קולג', מלבד השנתיים הראשונות, המשיך בנטלי במחקריו בלי הרף, אם כי הוא פרסם מעט עבודות. הוא תרם נספח למהדורת הספר 'וכוחים בטוסקולום' (Tusculanae Disputationes) של קיקרו ב-1709, אותה ההדיר ג'ון דייוויס. בשנה שלאחר מכן הוא פרסם תיקונים למחזות 'פלוטוס' ו'העננים' לאריסטופאנס ולפרגמנטים מכתביהם של מנאנדרוס והמשורר פילמון (Philemon). האחרון ראה אור בשם הבדוי "Phileutherus Lipsiensis," בו הוא השתמש שוב שנתיים מאוחר יותר בספרו 'הערות לדיון על חופש הדעה' שפרסם נגד הדאיסט אנתוני קולינס. על כך הוא קיבל את תודתה של האוניברסיטה, כאות הוקרה על השירות שעשה לכנסייה ולכהונה. הורטיוס שלו - טקסט ביקורתי, מבוא והערות - בו השקיע רבות ולבסוף הוא נכתב במהירות רבה ופורסם על מנת לרצות את דעת הציבור בתקופה גורלית של הריב בטריניטי, ראה אור ב-1711. בהקדמה הוא מצהיר על כוונתו לתחום את דיונו לביקורת ותיקון הטקסט ולהתעלם מפרשנות. כמה מ-700 או 800 תיקוניו התקבלו, אולם רובם נדחו במשך השנים כמיותרים ופרוזאים, למרות שניתן להבחין בלמדנות והמקוריות ויוצאת הדופן שלו גם בהם.
במכתב לוויליאם וייק (William Wake), הארכיבישוף של קנטרברי, ב-1716, הכריז בנטלי על תוכניתו להכין מהדורה ביקורתית של הברית החדשה. במהלך ארבע השנים הבאות, בסיועו של יוהאן יאקוב וטשטיין (Johann Jakob Wettstein), מבקר בולט של כתבי הקודש, שטען שהיה הראשון שהציג את הרעיון בפני בנטלי, הוא אסף חומרים לעבודה וב-1720 פרסם את Proposals for a New Edition of the Greek Testament, עם דוגמאות על האופן שבו הוא התכוון לבצע זאת. הוא הציע, על ידי כך שישווה את הטקסט של הוולגטה עם זה של כתבי היד היווניים העתיקים, לשחזר את הטקסט היווני שהתקבל על ידי הכנסייה בזמן ועידת ניקיאה (325). מספר רב של מנויים חתמו מראש, אולם העבודה לא הושלמה מעולם. ההוצאה שערך של כתבי טרנטיוס משנת 1726 היא חשובה יותר מאשר ההוצאה של הורטיוס, והמוניטין של בנטלי נשען בעיקר עליה, לצד הדיסרטציה על אגרות פאלאריס.
באותה שנה יצאו לאור בעריכתו משלי פיידרוס (Phaedrus) וה-Sententiae של פובליליוס סירוס. ב-1732, לפי הצעתה של המלכה קרולין, הוא קבל על עצמו גם את העריכה מחדש של 'גן העדן האבוד', יצירתו האפית של ג'ון מילטון. עבודה זאת נחשבת פחות טובה מכל מה שכתב. היא פגומה בשל אותו חיפזון בתיקונים וחסרה את הרגשות הפואטיים כמו ההוצאה של שירי הורטיוס; אולם היה לו תירוץ פחות משכנע לכך, מאחר שהטקסט האנגלי לא היה נתון לכר נרחב כל כך של פרשנויות כמו הטקסט הקלאסי. הוא הציע את הרעיון שג'ון מילטון, שהיה אז עיוור, העסיק גם לבלרית (בתו) וגם עורך, והם מקורם של טעויות הסופרים. קשה לדעת אם זה תירוצו של בנטלי לתיקוניו הרבים, הכוללים שינויים ותוספות משלו לטקסט, או אם הוא אכן האמין בכך. המהדורה הביקורתית של הומרוס שהתחיל להכין מעולם לא פורסמה, וממנה נותרו מספר כתבי יד והערות שוליים, כיום בספרייה של טריניטי קולג'. החשיבות העיקרית נעוצה בניסיונו לשחזר את המשקל של השירים ההומיריים על ידי תוספת אותיות הדיגמא החסרות.
חיים האישיים.
בנטלי היה מלא בחשיבות עצמית והיה יהיר וכתוצאה מכך רכש לעצמו אויבים. ג'יימס הנרי מונק, הביוגרף של בנטלי, האשים אותו (במהדורה הראשונה, 1830), שלא בצדק, גם בהתנהגות חסרת טעם. "במאורע אחד," כותב מונק, "הוא פנה אל ד"ר מיל בשם Σὺ Ἰωαννίδιον (משנו מעין 'ג'וני' ביוונית) - חוסר טקט שלא ידידות, או השימוש בשפה המתה, יכול להצדיק את התנהגותו כלפי המנהל הנכבד של קולג' סנט אדמונד הול." אלא שמטרתה של פניה מעליבה זאת של בנטלי לא הייתה ג'ון מיל, אלא יואניס מללאס, שבמקום אחר בנטלי גם מכנה אותו "הסוּרי הקטן". אך מאז פרסם בנטלי את אותה 'איגרת אל מיל' החלו להתפשט בין קוראיו אותם רגשות מעורבים של הערצה ודחיה כלפיו שרדפו את בנטלי כל ימיו.
בנטלי נשא לאשה ב-1701 את ג'ואנה, בתו של סר ג'ון ברנארד מבראמפטון, הנטינגדונשיר. היא נפטרה ב-1740, בהותירה בן, ריצ'רד, ושתי בנות, שאחת מהן, ג'ואנה, נישאה ב-1728 לדניסון קמברלנד, נכדו של ריצ'רד קמברלנד, בישוף פיטרבורו (Peterborough). בנם היה המחזאי ריצ'רד קמברלנד (Richard Cumberland). בנטלי המשיך לקרוא בזקנתו; אם כי בשנותיו האחרונות לא יצא את מפתן ביתו, הוא נהנה מחברתם של חבריו ומעט מלומדים מבטיחים כמו ג'. מרקלנד, ג'ון טיילור, ואחייניו ריצ'רד ותומס בנטלי, שעמם הוא דן בסוגיות קלאסיות. הוא נהג לאמר שהוא יזכה לחיות עד לגיל שמונים, בהוסיפו שחיים ארוכים כאלה הם ארוכים דיים על מנת לקרוא כל מה ששווה לקוראו. הוא הגשים את תחזיתו בטרם הלך לעולמו מדלקת ריאות. למרות שאויביו האשימו אותו בכך שהיה רודף בצע, הוא הותיר אחריו פחות מ-5,000 פאונד. מספר כתבי יד ביוונית שהובאו עבורו מהר אתוס הוא הוריש לספריית הקולג', ואת ספריו וכתבי היד שלו הוריש לאחיינו, ריצ'רד בנטלי. ריצ'רד, שהיה חבר בטריניטי בזמן מותו ב-1786, הוריש את כתבי היד לספריית הקולג'. המוזיאון הבריטי רכש את ספריו של בנטלי, שמכילים במקרים רבים הערות חשובות בכתב ידו.
נכדו, ריצ'רד קמברלנד, מספר עליו כמה אנקדוטות בכרך הראשון של זכרונותיו (1807):
כשקרא הוא חבש תמיד כובע כדי להצל על עיניו; הוא העדיף פורט על פני קלארט (יין בורדו, שאמר עליו כי "לו יכול, היה הופך לפורט"). הוא לא החל לעשן עד שהיה בן שבעים. הוא היה 'ראש הכמורה' (archdeacon) של הקתדרלה של Ely, אבל מעולם לא טיפס גבוה יותר בדרגות הכנסייה. הוצעה לו הבישופות (דלת האמצעים) של בריסטול והוא סירב לכך, וכשנשאל בדבר איזו משרה הוא יהיה מוכן לקחת, ענה: "שלא תהיה לי סיבה לרצות לעזוב אותה."
מורשתו.