במקביל ליאופולד הציע לצרפת את תמיכת העמותה לבעלות צרפתית על כל הגדה הצפונית של נהר הקונגו, והמתיק את העסקה בכך שהציע שאם ההון האישי שלו לא יספיק כדי להחזיק את קונגו כולה, הוא יעביר אותה לצרפת. ב־23 באפריל 1884, תביעת האיגוד הבינלאומי על אגן דרום קונגו הוכרה רשמית על ידי צרפת בתנאי שהצרפתים קיבלו את האופציה הראשונה לרכוש את השטח אם האיגוד יחליט למכור. ייתכן שהדבר עזר גם לליאופולד לזכות בהכרה בתביעתו על ידי המעצמות הגדולות האחרות, שרצו בכך שהוא יצליח במקום למכור את שטחיו לצרפת.
המלך לאופולד רצה שארצות הברית תתמוך בתוכניותיו לקונגו כדי לזכות בתמיכה מצד מדינות אירופה. הוא קיבל את עזרת הנרי שלטון סנפורד, פוליטיקאי ואיש עשיר, שהיה שגריר ארצות הברית בבלגיה, וקישר אותו עם הנרי מורטון סטנלי, שהפך לנכס חשוב לליאופולד. הנרי סנפורד שכנע את הנשיא האמריקאי צ'סטר ארתור כשהזמין אותו להישאר כאורחו במלון באגם מונרו בזמן שהותו בבלגיה. ב-29 בנובמבר 1883, במהלך פגישתם הוא שכנע את הנשיא שהאג'נדה של ליאופולד הייתה דומה למעורבות של ארצות הברית במדינת ליבריה. יחסים כאלה התאימו לפוליטיקאים ולאנשי העסקים האמריקאיים הדרומיים, ובמיוחד ג'ון טיילר מורגן. מורגן ראה בקונגו את הזדמנות להביא חופש לאפריקה, כדי שהם יוכלו לפתח את שוקי הכותנה שם. סנפורד גם שכנע את אנשי ניו יורק, שהם מתכוונים לבטל את העבדות ולסייע לחוקרים ולמדענים לקבל את תמיכת הציבור. לאחר ששכנע הנרי את הנשיא ארתור, ארצות הברית הייתה המדינה הראשונה שהכירה בקונגו החופשית כמדינה ריבונית לגיטימית.
תביעת הריבונות באזור.
ליאופולד הצליח לקבל גיבוי מדעי והומניטרי ל"אגודה האפריקאית הבינלאומית" (בצרפתית: Association internationale africaine, או AIA), אותה הקים במהלך ועידה של חברות גאוגרפיות שהתקיימה בבריסל, שאירח בשנת 1876. בוועידה, ליאופולד הציע להקים ועדה בינלאומית שתפעל להפצת התרבות בקרב עמי מרכז אפריקה (אזור קונגו). בסופו של דבר האגודה ההומניטרית הפכה לחברת פיתוח שבשליטת ליאופולד.
לאחר 1879 והתפוררות האגודה האפריקאית הבינלאומית, עבודתו של לאופולד נעשתה בחסות "הוועדה ללימודי קונגו עילית" (בצרפתית: Comité d'Études du Haut-Congo). הוועדה, הייתה כביכול קבוצה מסחרית, מדעית והומניטרית בינלאומית, אך למעשה הייתה מורכבת מקבוצת אנשי עסקים שהיו להם מניות בקונגו, כאשר ליאופולד החזיק חלק גדול מהמניות באמצעות מיופה כוח. גם הוועדה הזאת התפוררה בסופו של דבר (אך ליאופולד המשיך להתייחס אליה ולהשתמש בה כמסך עשן לצורך פעילותו בהגשת התביעה לריבונות באזור בקונגו).
בוועידת ברלין 1884–1885 מנהיגי אירופה תמכו רשמית בשליטתו של לאופולד שטח של 2,600,000 קמ"ר כמדינה קונגו החופשית.
ועידת ברלין.
בנובמבר 1884 כינס אוטו פון ביסמרק ועידה של 14 מדינות לדון בשאלת קונגו כדי לסיים את החלוקה הקולוניאלית של יבשת אפריקה. מרבית המעצמות העיקריות (כולל אוסטריה-הונגריה, בלגיה, צרפת, גרמניה, פורטוגל, איטליה, בריטניה, רוסיה, האימפריה העות'מאנית וארצות הברית) השתתפו בוועידת ברלין, וניסחו קוד בינלאומי השולט בדרך שבה מדינות אירופה צריכות להתנהג כלפי שטח חסותם האפריקני. הוועידה הכירה רשמית באגודה האפריקאית הבינלאומית, וקבעה כי אין לו קשר עם מדינת בלגיה או עם כל מדינה אחרת, אך יהיה בשליטתו האישית של המלך לאופולד.
הוועידה קבעה גבולות ספציפיים וקבעה כי לכל המדינות תהיה גישה לעסקים בקונגו ללא מכסים. בשנת 1885 יצא ליאופולד מהועידה כמנצח. צרפת קיבלה 666,000 קמ"ר בגדה הצפונית (שטח קונגו-ברזוויל המודרנית והרפובליקה המרכז-אפריקאית), פורטוגל 909,000 קמ"ר מדרום לקונגו (אנגולה המודרנית). הארגון האישי של המלך ליאופולד קיבל 2,344,000 קמ"ר, עם כ-20–30 מיליון איש. עם זאת, עדיין היה צורך לפתח שטחים אלה בהשפעת "העקרון של כיבוש אפקטיבי" שקבעה הוועידה.
הכרה בינלאומית.
לאחר ההכרה של ארצות הברית במושבה של ליאופולד, מעצמות אירופיות אחרות התלבטו בנושא. פורטוגל התלבטה בתחילה עם הצרפתים, אך הבריטים הציעו לתמוך בתביעתה של פורטוגל בקונגו כולה בתמורה להסכם סחר חופשי למרות יריביהם הצרפתים. בריטניה לא הייתה מרוצה מהתרחבות הצרפתית והייתה לה טענה טכנית בקונגו שנשענה על משלחתו של סגן קמרון משנת 1873 שהגיע לאזור מכיוון זנזיבר כדי להביא את גופתו של ליווינגסטון הביתה, אך לא רצתה לקחת על עצמה עוד מושבה יקרה ולא יצרנית.
לביסמרק מגרמניה היו שטחים גדולים חדשים בדרום מערב אפריקה, ולא היו לה תוכניות לקונגו, אך הוא היה שמח לראות את יריבותיו בריטניה וצרפת מודרות מהמושבה.
בשנת 1885 התממשו מאמציו של לאופולד לבסס את ההשפעה הבלגית באגן קונגו על ידי החברה הפרטית שלו. על פי החלטה שהתקבלה בפרלמנט הבלגי, ליאופולד הפך למלך ריבוני, של מדינת קונגו החופשית שזה עתה הוקמה, ועליה הוא נהנה משליטה כמעט מוחלטת. מדינה של למעלה משני מיליון קמ"ר, הפכה לרכוש האישי של ליאופולד. בסופו של דבר, מדינת קונגו החופשית, קיבלה הכרה כריבונות עצמאית נייטרלית על ידי מדינות שונות באירופה וצפון אמריקה.
ממשלה.
ליאופולד השתמש בתואר מלך ריבוני כשליט מדינת קונגו החופשית. הוא מינה את ראשי שלוש מחלקות המדינה: פנים, חוץ וכספים. בראש כל אחד עמד מנהל-כללי, שהיה מחויב לבצע את מדיניות הריבון או להתפטר. מתחתם הייתה סדרה של ביורוקרטים בדרג יורד: מנכ"לים, דירקטורים, ראשי אגפים, וראשי לשכות. מטה המחלקות היה בבריסל.
האוצר היה אחראי על חשבונאות ההכנסות וההוצאות ומעקב אחר החוב הציבורי. מלבד הדיפלומטיה, משרד החוץ היה אחראי לחינוך, דת ומסחר. משרד הפנים היה אחראי על ההגנה, המשטרה, בריאות הציבור ועבודות ציבוריות. כמו כן, היה פיקוח על ניצול משאבי הטבע והמטעים של קונגו.
הפיקוח על כל המחלקות היה בידי הנגיד הכללי, אולם תפקיד זה היה לעיתים יותר תואר כבוד מאשר מעשי. כאשר המושל הכללי היה בבלגיה, הוא היה מיוצג בקונגו על ידי סגן המושל הכללי, שהיה שווה בדרגה למזכ"ל. בשנת 1887 הוקמה מועצה המורכבת מעובדי מדינה כדי לסייע לנגיד הכללי, אך הוא לא היה חייב להיוועץ בה. לסגן המושל הכללי בשטח היה מזכיר המדינה דרכו התקשר עם קציני המחוז שלו.
למדינה החופשית הייתה מערכת שיפוט עצמאית בראשות שר המשפטים שישב בעיר בומה. השר היה שווה בדרגה לסגן המושל הכללי אך בסופו של דבר הוטלה עליו האחריות כלפי הריבון בלבד. היה גם בית משפט עליון המורכב משלושה שופטים, ששמע ערעורים, ומתחתיו בית משפט גבוה של שופט אחד. גם אלה ישבו בבומה. בנוסף לכל אלה היו בתי משפט מחוזיים ותובעים ציבוריים. אולם הצדק היה איטי והמערכת לא התאימה לחברה האפריקאית.
השליטה של ליאופולד.
ליאופולד לא נזקק למינהל החברה הפרטית והחליף אותה בקבינט ממונה של בלגים שיעשה את רצונותיו. לבירה החדשה הזמנית שהייתה בעיר בומה, ליד שפך נהר הקונגו, הוא שלח מושל כללי ומפקד המשטרה. אגן הקונגו העצום חולק ל-14 מחוזות מינהליים, כל מחוז לאזורים, כל אזור לנפות. מראשי המחוז ומטה כל הממונים היו אירופיים. עם זאת, קבלו מעט אמצעים כספיים. המדינה הסתמכה בעיקר על אליטות מקומיות כדי לשלוט ולהטיל מיסוי בשטח קונגו העצום שקשה היה להגיע אליו.
ליאופולד הפעיל שליטה אישית מוחלטת מבלי שהאציל סמכויות רבות למינהל שלו. ראשי השבטים האפריקאים מילאו תפקיד חשוב בממשל על ידי יישום הוראות הממשלה בקהילותיהם. עם זאת, לאורך חלק גדול מקיומה, נוכחותה של המדינה בשטח עצמו הייתה מגושמת. הפקידים המעטים התרכזו במספר "תחנות" קטנות שהיו מפוזרות ומרוחקות זו מזו. למעשה הן שלטו על שטח קטן. בשנת 1900 היו בקונגו רק 3,000 אנשים לבנים, שמחציתם היו בלגים. המושבה התרוקנה ללא הפסקה מצוות המנהלים והפקידים הלבנים, שמנה בדרך כלל בין 700 ל-1,500 במהלך התקופה.
ליאופולד התחייב לדכא את סחר העבדים במזרח אפריקה, ולקדם מדיניות הומניטרית. להבטיח סחר חופשי בתוך המושבה. לא להטיל מיסי יבוא במשך עשרים שנה. לעודד ארגונים פילנתרופיים ומדעיים. החל מאמצע שנות השמונים של המאה ה-19, לאופולד קבע לראשונה כי המדינה מקבלת את זכויות הקניין של כל האדמות הפנויות בשטח קונגו. ליאופולד קבע הגבלה על סחר פרטי בגומי עם הילידים. בנוסף, השלטון הקולוניאלי שחרר אלפי עבדים.
ארבע בעיות עיקריות נוצרו במהלך השנים הבאות:
חוקים וכלכלה.
ליאופולד לא יכול היה לעמוד בעלויות הפעלת המדינה החופשית בקונגו. לכן הוא הפעיל מערכת למיקסום ההכנסות. השינוי הראשון היה הצגת המושג "קרקע פנויה", שכלל כל השטח שלא הכיל יישוב או חלקות מעובדת. לפיכך, רוב שטח המדינה נחשב כשייך למדינה וניתנת לניצול.
זמן קצר לאחר הוועידה נגד העבדות שנערכה בבריסל בשנת 1889, הוציא ליאופולד צו חדש שאמר כי אפריקאים יכולים למכור את המוצרים שייצרו (בעיקר שנהב וגומי) רק למדינה. חוק זה נבע מחוק הקרקעות הקודם שטען כי כל האדמות ה"לא מעובדות" שייכות למדינה. כל השנהב או הגומי שנאספו מהאדמות בבעלות המדינה, כך נאמר בהנמקה, חייב להיות שייך למדינה. בפועל הוא ייצר מונופול בשליטת המדינה. המדינה הייתה המוצא היחידי למכירת התוצרת לחלק גדול מהאוכלוסייה המקומית. המדינה כמונופול קבעה את מחירי הרכישה ולכן שלטה על ההכנסה שהילידים יכלו לקבל עבור עבודתם. עם זאת, עבור האליטות המקומיות מערכת כלכלית זו נתנה הזדמנויות חדשות מכיוון שהמדינה וחברות הזיכיון שילמו להן שוחד בנשק על מנת שיקפו את המדיניות.