ביוני 1844, על רקע הקמתן של אגודות יהודיות שקראו לרפורמה קיצונית, התכנסו עשרים וחמישה מהרבנים הפרוגרסיבים בגרמניה בבראונשווייג. המחנה המוביל הונהג על ידי גייגר. פרנקל לא הופיע לכינוס, שמארגניו קידמו כמענה דחוף לצורכי השעה. כשהוועידה הייתה בשלבי הכנה, היה מוכן להשתתף במפגש להחלפת דעות, אך לא בקבלת הכרעות גלויות. עם פרסום הפרוטוקולים מבראונשווייג, שעוררו זעזוע גדול בכל היבשת, מתח פרנקל ביקורת על המתכנסים. הוא האשים אותם בעיוות כמה מהמקורות עליהם התבססו, בחוסר רגישות למה שהמוני העם תפשו כקדוש ויקר, בהעלאת דרישות העידן מעל המורשת ובחשיפת המסורת הדתית לרוח ביקורתית מדי. למרות זאת, הביע נכונות להשתתף בוועידה הבאה בפרנקפורט. בשלבי ההתארגנות כתב שי"ר לידידיו רפאל קירכהיים ויצחק מיזס וביקש להבהיר לו כי "פשרה עם גייגר ודומיו היא בלתי אפשרית... והוא רק יבייש את עצמו ויפגע בכבודו בקרב החוגים המסורתיים." פרנקל הופיע בפרנקפורט ביום הפתיחה, 15 ביולי 1845. בתחילה תבע מיושב-הראש לאופולד שטיין להכריז שהאסיפה תומכת בעקרונות ה"פוזיטיבים-היסטוריים", דבר שהלה הסכים לו מיד. את העילה לפרישה מצא למחרת, בעת אימוץ החלטה פשרנית לגבי מעמדה של העברית בתפילה. רוב המתוועדים היו בעלי יחס חיובי כלפי השפה אך הסכימו לכך שייתכן ורצוי להחדיר קטעים רבים יותר בגרמנית עבור דור שלא הבין עוד את המילים. לתדהמת הנוכחים, מחה פרנקל בעוז על נוסח ההחלטה לפיו "יש טעמים סובייקטיביים, אך לא אובייקטיביים, לשימור העברית כשפת התפילה הבלעדית." את סירובו לקביעה טריוויאלית לחלוטין מבחינה הלכתית – כמה מהיושבים מיהרו לצטט את המקומות שמתירים תפילה בכל לשון המובנת לאדם – נימק בטיעונים רגשיים על כך שהשפה מהווה קשר בין המתפלל ליתר היהודים ולעברו. הוא עזב את הוועידה למחרת ופרסם בהרחבה רבה את נאום הפרישה שלו. תשבחות זרמו מגורמים שמרניים בכל רחבי אירופה; ועידת פרנקפורט הפכה, כתב מאיר, לקו השבר בין
בתגובה להכרזה על ועידה שלישית בברסלאו, נענה להצעת מקורבו, הרב צבי הירש פאסל מפרוסניץ, וקרא ב-6 מאי 1846 לערוך התכנסות-נגד בדרזדן באוקטובר אותה שנה. כארבעים רבנים שקלו להשתתף. הם נמנו על המנעד הרחב ששלל את אסיפות הרפורמים – כמה מהבולטים מביניהם דחו את הזמנת גייגר, שהתאמץ להביא לברסלאו דמויות מתונות, בנימוק ששתי הוועידות הקודמות דחו את סמכות התלמוד והמסורת – אך בכל זאת היה בעל גישה פתוחה למדי. בין המיועדים להשתתף היו שי"ר, לאופולד לעף, אדולף ילינק ומיכאל זקש. פרנקל הכריז כי סוגיה אחת שהיה נכון לבחון הייתה ביטולו האפשרי של יום טוב שני של גלויות, אם כי אמר שהדבר מצריך בחינה עמוקה והסכמה רחבה. ההכנות קרסו אל מול מחאה מימין: "שומר ציון הנאמן" של יעקב אטלינגר התריע מפני "ועידה קוואזי-אורתודוקסית." היינריך גרץ דיווח כי הוא עצמו היה היחיד מבין המיועדים שאכן הופיע בדרדזן. ניסיון לדחות אותה ליולי 1848 נכשל אף הוא בגלל פרוץ אביב העמים.
פרנקל, שנסוג מהפוליטיקה הרבנית, הדגים שוב את השפעתו של סאביניי עליו בספרו Der Gerichtliche Beweis Nach Mosaisch-Talmudischem Rechte ("ההוכחה המשפטית בחוק דת משה התלמודית") מ-1846. כמו שעשה כבר בחיבור אודות תרגום השבעים, יצא להוכיח כי יסודות שונים בהלכה מקורם עוד בתקופה החשמונאית, כך שזו הייתה בנמצא מימי קדם והתפתחה אורגנית מתוך ההווייה העממית. הוא התנגד לטיעונים כי מרבית ההלכות נשאבו על דרך הדרש בידי אליטה רבנית צרה במהלכים חדים ופתאומיים. ב-1851 החל לפרסם את "הירחון להיסטוריה ומדעי היהדות", שהיה הבמה המרכזית והכמעט יחידה לגישתו הדתית. הוא תמך במחקר מרוסן ובביקורתיות מתונה: גלעינה של היהדות הכיל לשיטתו אמונה בלתי-מותנית בהתגלות המקורית בסיני ובתקפות החוקים שנמסרו שם. בירחון כתבו רבים שהזדהו עם תפישותיו, דוגמת ההיסטוריון היינריך גרץ, שי"ר ואחרים, אך הוא סירב לתת לגייגר ולבני חוגו לפרסם מאמרים.
ברסלאו.
המוניטין שיצא לו הביאו לכך שב-1854 נבחר למנהל ופרופסור לתלמוד בבית המדרש לרבנים בברסלאו, שנועד להיות מוסד ההכשרה האקדמי והמודרני הראשון בתחום בגרמניה והיה היחיד מסוגו בארץ עד שנות ה-70. המנהל החדש, שעזב לשם כך את דרזדן, הנהיג במקום תוכנית לימודים שמרנית שהתמקדה בבקיאות רבה בספרות ההלכתית וביישומיה בפועל. כמו כן, אסר על ביקורת המקרא: את יחסו אליה מיצה ב-1857, עם פרסום 'המקרא ותרגומיו' לגייגר, אותו כינה "כתב חרפה" (Schandbuch). בברסלאו הוכשרו למעלה מ-120 בוגרים שבאמצעותם הופצה תפישתו בכל היבשת. המוסד התקבל באהדה בקרב מרבית החוגים בחברה היהודית-גרמנית, אך לא בקרב קובעי ההשקפה הדתיים: גייגר התמרמר על "אווירת ימי הביניים" בסמינר, ושמשון רפאל הירש האורתודוקסי תבע במכתב פתוח להבהיר בדיוק מהי הפילוסופיה הדתית של פרנקל. חשדותיו של הירש הוסיפו לגאות בשנים הבאות; כמתנגד נחרץ לכל סוג של מחקר ביקורתי במקורות הוא הוטרד מהעיסוק הנרחב מכך בברסלאו.
הקרע הסופי בין פרנקל לאורתודוקסיה התחולל עם פרסום ספרו 'דרכי המשנה, התוספתא, מכילתא, ספרא וספרי' ב-1859, המחקר המקיף הראשון אודות המשנה שבחן אותה בכלים מדעיים. גישתו של פרנקל לשאלת עריכתה הייתה שמרנית מאוד ביחס למה שהתקבל בעתיד, והוא ראה את סידור המסכתות כמאורגן ומרוכז בידי רבי יהודה הנשיא ואת התפתחותה כמכילה מידה שולית ביותר של חדשנות. אך לא זו עוררה סערה: בחיבור הציג את התנאים בהערכה רבה כמפרשים ומחוקקים יצירתיים, מבלי להתייחס בשום מקום למקור התורה שבעל פה. על המושג הלכה למשה מסיני כתב – בהרחבה של דברי הרא"ש במקוואות סימן א' ומקורות מסורתיים אחרים, שהציגו חלק מאותן הלכות כחידושים מאוחרים שהשם הוחל עליהן בדיעבד – כי כל המסווגות ככאלו הן למעשה מנהגים עתיקים מאוד שהתקבלו כמחייבים: .
הרב הירש והרב עזריאל הילדסהיימר האשימו אותו בכפירה גמורה. הרש"ר פרסם בכתב-העת שלו "ישורון" סדרת מאמרים מאת הרב ההונגרי גוטליב פישר נגד הספר, שתקפו אותו כנוגד את האמונה בתורה מן השמים. הוא ניצל את העניין כדי לתבוע מפרַנקל להבהיר אחת ולתמיד אם הוא מאמין באלוהיותה של כולה, הן בכתב והן בעל פה, אם לאו. הרמן כהן הצעיר, שהיה אז תלמיד בברסלאו, שלח מכתב לרש"ר בו תיאר את שמירת המצוות הקפדנית של פרַנקל. בתשובה, הדגיש הלה כי כל אלו חסרי חשיבות אם אין בצדם אמונה נכונה. אחרים הצטרפו לתבוע את אותו הסבר, כמו הרבנים צבי בנימין אויערבך בספרו "הצופה על דרכי המשנה" ושמואל פרנד ב"פתשגן האיגרת". שי"ר בפראג יצא להגנת ידידו משכבר הימים באביב 1861 בחיבור "דברי שלום ואמת". הוא כתב כי אין ספק שרז"פ יענה על שאלותיו של הירש לשביעות רצונו ויצהיר על אמונה באלוהיות התושב"ע. שלמה זאב קליין פנה אף הוא בבקשה דחופה להבהרה בחיבורו "האמת והשלום אהבו". פרנקל פרסם אז הבהרה סתומה למדי, בה כתב כי בכרך השני של "דרכי המשנה" יתברר כל הנושא; הוא הצהיר כי ספרו אינו עוסק בתאולוגיה אלא במחקר מדעי. עתה התקומם נגדו אף שי"ר, שקונן על כך ש"אין זה ערקלערונג (=הבהרה), כי אם מאפליה." הירש והילדסהיימר הצליחו להוקיע את פרנקל בעיני מרבית רבני הדור. בשנים הבאות הוסיפו לערוך נגדו מסע ציבורי רחב-היקף כדי להדגיש את הבדלי ההשקפה ביניהם: האחרון הקפיד לסתור את הדעה, שהועלתה לעיתים בדעת הקהל, כי למעשה אין פער משמעותי בין הנאו-אורתודוקסיה והאסכולה ההיסטורית ולעמוד על העקרונות האמוניים המפרידים בינן. שני ראשי האורתודוקסיה הגרמנית הרבו לתקוף את ההיסטוריון היינריך גרץ, שהיה קרוב לפרנקל, וסירבו להמליץ על בוגרי ברסלאו לכהן ברבנות אם לא הסכימו להכחיש בפומבי את דעותיו של מורם.
בשנות פעילותו במכון, כמקודם, התבלט רז"פ כחוקר ראשון במעלה של מדעי היהדות. הוא פרסם מאות מאמרים ומספר רב של ספרים אודות הנושא. ב-1869 דחה את הצעת הקהילה בפראג לכהן כרבם מסיבות של זקנה. ב-1870 הוציא את יצירה מרכזית נוספת, "מבוא הירושלמי", בו בחן בפירוט את לתלמוד הירושלמי שזכה עד אז לתשומת לב מעטה. הוא הניח שם את היסודות למחקר העתידי בתחום, בכך שהבחין בין הפשטות והישירות של הירושלמי לסגנון הבבלי ובכך שראה בשניהם השתקפות של התרבויות המקומיות וכך מקור לגזור ממנו את ההבדלים בין בבל לארץ-ישראל. לרגל יום הולדתו השבעים העניק לו הקיסר פרנץ יוזף את התואר "יועץ חצר" (Hofrat). בערוב ימיו עמד על סף הוצאת החלק השני של "מבוא הירושלמי", והשלים כמעט את כולו. לפי זכרונותיו של דוד קאופמן, הוא השלים את המבוא כמעט עד המשפט האחרון ביום שישי, ה-12 בפברואר 1875. הוא מת בשבת למחרת, בשתיים אחר הצהריים, ונקבר בברסלאו.
פרנקל לא הצליח למסד את השקפת הביניים שלו. אף כי הירחון להיסטוריה ובית המדרש היו במות מרכזיות ורבות-השפעה, תומכיו לא התארגנו כמו שני המחנות באגפיהם. ב-1868 ייסדו בוגרי המכון אגודה, אך היא התכנסה רק פעם אחת. יוצא ברסלאו הרב אלכסנדר קוהוט הביא את הגישה שרווחה שם לארצות הברית ב-1885 והיה הדמות החינוכית המרכזית בבית המדרש לרבנים באמריקה, שקם בהשראת קודמו בגרמניה והיה בהדרגה למוקדה של היהדות הקונסרבטיבית. זו הכריזה על אימוץ מורשתו של פרנקל בעשור שלאחר מלחמת העולם השנייה, כשהתנתקה סופית מקשריה עם האורתודוקסים והתמצבה כתנועה בעלת מדיניות עצמאית. כמה חיבורים היסטוריים והשקפתיים מרכזיים של הקונסרבטיבים, כמו "מסורת ושינוי" מאת הרב מרדכי וקסמן, הציגו רצף עם האסכולה הפוזיטיבית-היסטורית, באמצעות קוהוט וגורמים מקשרים אחרים.