המצב הסתבך עוד יותר בגלל התנהגות הצלבנים. הכוח הצלבני לא היה צבא אחד ויחיד שנהנה מפיקוד יחיד, אלא היה אוסף של צבאות שונים תחת פיקוד נפרד ששיתפו פעולה בינם לבין עצמם. חלק מהצלבנים התנהגו בצורה מחפירה לביזנטים והתייחסו לשטחיהם כאל טריטוריה עוינת. כך למשל, הכוחות, שעשו את דרכם לעבר קונסטנטינופול במטרה לעבור לאסיה הקטנה ומשם לארץ הקודש, עשו שמות בבלקן שהיה תחת שליטה ביזנטית. בגלל כל הסיבות האלה, יחסם של הביזנטים לצלבנים היה קריר ומנוכר.
הצלבנים מצידם חשו פגועים מהיחס הביזנטי, אף שהמטרה הראשית הייתה שחרור ארץ הקודש, הרי בכל זאת אחת הסיבות ליציאת מסע הצלב הייתה בקשת עזרה מצדה של ביזנטיון.
הצבא הצלבני הראשון שהגיע לשערי קונסטינופול הונהג על ידי איג דה ורמנדואה (Hugues de Vermandois), אחיו הצעיר של מלך צרפת, פיליפ הראשון. גדודו הקטן איבד את מרבית ציודו ואת ספינותיו בדרך הימית הקשה, אך הביזנטים התייחסו אליו יפה. אלכסיוס הסכים להעבירו לאסיה הקטנה רק אחרי שבועת הומאגיום (שבועת אמונים פיאודלית) של איג לקיסר. תופעה זו חזרה על עצמה עם יתר הצבאות הצלבניים שהגיעו לקונסטנטינופול.
לשבועה זו הייתה משמעות חוקית ומדינית רבה. אדם שנשבע הומאגיום לאדם אחר הפך לוואסל של אותו אדם וקיבל את מרותו. יתרה מכך, השבועה כללה אזכור מפורש להחזרת שטחים שהיו שייכים בעבר לביזנטים. שבועה זו עתידה לשמש את הביזנטים כאחת הטענות העיקריות לחזקה על השטחים שכבשו הצלבנים במזרח התיכון. לכן, חלק מנהיגי הצלבנים עשו כל שביכולתם כדי להימנע ממתן שבועה זו. לצערם, לא הייתה להם אפשרות אחרת לעבור לאסיה, זולת העזרה הביזנטית ולכן נאלצו להסכים לתנאי הקיסר. טאנקרד הוא היחיד שהצליח להתחמק משבועה בעת המעבר בבוספורוס.
היחס של מנהיגי הצלבנים כלפי דרישת הקיסר הייתה שונה. ככלל, אלה מביניהם שנשארו בסופו של דבר במזרח התיכון דוגמת רמון מסן ז'יל וגוטפריד מבויון התנגדו בתוקף לשבועה זו, אך מנהיגים אחרים, שלא הייתה להם כוונה לבנות לעצמם נחלה באזור, הסכימו לרוב ללא בעיות מיוחדות, כל אחד מסיבותיו הוא. הבדלים אלה בין מנהיגי מסע הצלב נמשכו גם בשלביו המאוחרים של מסע הצלב. כך גודפריד ורמון נקטו עמדה עוינת לביזנטים ואילו רוברט מנורמנדיה ואחרים היו ידידותיים יותר כלפי אלכסיוס.
אסיה הקטנה, סוריה ולבנון.
לאחר מצור ניקאה (קיץ 1097) התקיימה אספה כללית של כל מנהיגי הצלבנים עם הקיסר הביזנטי. מנהיגי המחנות הצלבנים נשבעו פעם נוספת וגם טנקרד, שהצליח להתחמק מהשבוע בפעם הקודמת נעתר עתה לדרישה הביזנטית. תמורת שבועת הצלבנים, הבטיח הקיסר הביזנטי את עזרתו הלוגיסטית למחנה ואף הבטיח לצאת בראש צבאותיו אחריהם זמן מה לאחר מכן.
לשבועה זו היו השלחות משפטיות רבות. הוואסל נשבע לפעול למען אדונו ולא לפגוע ברכושו ואילו הסוזרן מצדו נשבע לקיים את הוואסל, לבוא לעזרתו בעתות מצוקה ואף לעזור לו בכח הנשק, אם הוואסל הותקף שלא באשמתו. אפשר, אפוא, לראות במתנות הרבות שחילק הקיסר חלק מדרישת הקיום שנדרש לה לפי התקנון. כמו כן, הבטחתו לצאת בעקבות הצלבנים בראש צבאותיו יש בה משום עמידה בהסכם. הצלבנים מצדם שירתו את הקיסר על ידי מלחמתם בסלג'וקים. לכן, בוהמון טען שאנטיוכיה שאנטיוכיה היא הפייף שלו כי הוא כבש אותה במהלך שירותו את הקיסר הביזנטי.
ניקאה נמסרה לידיו של אלכסיוס שיצא בראש צבאותיו לתוך אסיה הקטנה וכבש חלקים גדולים ממנה. הצלבנים המשיכו בדרכם מלווים בחיל ביזנטי קטן בראשותו של טקיטוס. הערים שנכבשו על הדרך נמסרו לחזקת הביזנטים ששיכנו בהם חילות מצב.
באוקטובר 1097 הגיעו המחנות הצלבניים לאנטיוכיה. טקיטוס הציע להמתין עם המצור בגלל עונת השנה המאוחרת ובגלל העדר כוחות - הצלבנים היו מעטים מכדי להטיל מצור יעיל ואנטיוכיה הייתה יכול לקבל אספקה דרך אגם שהיה צמוד אליה. כמו כן, טקיטוס חשב לעצמו שעם הגעת הקיסר הביזנטי לאזור, לא תתעורר שאלת הבעלות על העיר והיא תעבור לידי הביזנטים. הצרים נקלעו למשבר אסקפה וטקטיקוס עזב את הצבא המשותף לקבץ אספקה וסוסים חדשים לצלבנים. העזרה הביזנטית התמהה והצלבנים חשו אי שביעות רצון רבה נוכח ההתנהגות הביזנטית. בסופו של דבר, הצלבנים הצליחו לכבוש את העיר הודות לבגידה של אחד הקצינים בעיר (יוני 1098). העיר נפלה לידיו של בוהמון הודות לתחבולה שהצליח לרקום.
כמה ימים אחרי נפילת העיר, הגיע צבא סלג'וקי גדול והטיל מצור על הצלבנים. סטפן מבלואה חזר על עקבותיו ודיווח לקיסר, שהתקדם עם צבאו לעזרת המחנות הצלבניים שצרו על אנטיוכיה, שמצב הצבא הצלבני בכי רע, סוסיו מעטים ואסקפתו דלה; יתרה מכך, כח סלג'וקי גדול צר עליהם וסופם קרב. לכן, כוואסל טוב הציע לקיסר להפקיר את הצלבנים לנשם. הקיסר חשש לשלום כיבושיו, שמע לעצותיו של סטפן וחזר על עקבותיו.
דיווחיו של סטפן, שהיו אמנם נכונים, אך לא מעודכנים - כשנפגש עם הקיסר, הספיקו כבר הצלבנים להביס את הסלג'וקים בקרב גדול למרגלות העיר. המקורות הראשוניים חלוקים ביניהם לתוצאות מעשיו של הקיסר הביזנטי. יש הטוענים שהצלבנים הכריזו שבסירובו לבוא ביטל אלכסיוס את ההסכם ואילו אחרים טוענים שהצלבנים נתנו לו שהות להגיע עד נובמבר אותה שנה לעיר ואם לא יגיע רק אז יבוטל ההסכם. כך או כך לא הקיסר וגם לא צבאותיו לא הופיעו בעיר עד התאריך המבוקש. בהמשך הדרך, בעת מצור ערקה, טענו הצלבנים שמעשים אלה מבטלים למעשה את מחויבויותיהם כלפי הקיסר. השיחות למרגלות ערקה היו המגעים המסודרים האחרונים בין הצבא הצלבני המאוחד לקיסר הביזנטי.
בעת המצור על אנטיוכיה (1098), עזב כח קטן בראשותם של טנקרד ובולדוין ויצא לכיוון אדסה. אדסה נכבשה, אך לא הוחזרה לביזנטים בטענה שכח ביזנטי לא ליווה את הצלבנים לעיר ולא היה למי למסור אותה. בהמשך טען בוהמון שהוא הוזעק על ידי שתורוס, שליטה של העיר ואילו תורוס היה, לפי טענתו של בוהמון וסאל של הביזנטים. לכן, לטענתו של בוהמון אפשר לראות בקריאת העזרה של תורוס הזמנה ביזנטית לכבוש את העיר.
המשך המגעים בין אלכסיוס למדינות הצלבניות.
היחסים המתוקנים שאפיינו את ראשית היחסים בין הצלבנים לביזנטים התדרדרו במהרה לאיבה גלויה. בוהמון שלא השיב בניגוד לשבועתו המפורשת את אנטיוכיה לביזנטים חמד את עיר הנמל לאודקיה. בניגוד לאנטיוכיה, לאודקיה הוחזקה על ידי חיל מצב ביזנטי ותקיפתה הייתה מעשה איבה גלוי נגד האימפריה. בשיתוף עם צי פיזני חזק שמנה יותר מ-100 ספינות קרב, תקף בוהמון את הנמל. משלחת ביזנטית שהגיעה לבוהמון חזרה בידיים ריקות. רק התערבותו של רמון מסן ז'יל הצילה את העיר ובתיווכו נסוג בוהמון מחומותיה.
פרק זמן קצר לאחר התקיפה עלה בוהמון לרגל לירושלים וקיבל שם את אנטיוכיה כפייף מידיו של דיימברט, הפטריארך הלטיני החדש של העיר. כך בנה לעצמו בסיס משפטי יותר איתן ואת תמיכת האפיפיור במקרה של תקיפה ביזנטית. אולם בוהמון נפל בשבי הסלג'וקים ונותר שבוי במשך שלוש שנים ובזמן הזה קרוב משפחתו טנקרד שלט באנטיוכיה.
בינתיים רמון מסן ז'יל שלא זכה בשטחים משלו ביקש לכבוש את טריפולי. בגלל מחויבותו לביזנטים להחזיר להם את כל מה שהיה שייך לביזנטים בעבר, הגיע לקונסטנטינופול בקיץ 1100 כדי לנהל משא ומתן על כיבוש העיר. משא ומתן בין רמון לביזנטים נמשך שנתיים.
רמון הצטרף למשתתפי מסע הצלב של 1101. משתתפיו, בדומה למשתתפי מסע הצלב הראשון נשבעו לאלכסיוס. בניגוד למסע הצלב הראשון, מסע צלב זה נחל תבוסה קשה. משתתפיו האשימו את הביזנטים בבגידה על כך שלא עזרו להם די הצורך נגד הסלג'וקים וזאת אף על פי שהם מסרו לביזנטים את אנקרה שכבשו מידי הסלג'וקים.
בשלב זה הביזנטים כבר לא ביקשו מהצלבנים את החזרת השטחים, אלא הכרה בברכותם. בסופו של דבר קיבל רמון את הסכמת הביזנטים להקים לעצמו פייף עצמאי בטריפולי. בתמורה, היה רמון אמור להיות וסאל של הקיסר הביזנטי.
עם הסתלקותו של רמון מלאודקיה לטריפולי הטיל טנקרד מצור נוסף על לאודקיה וכבש אותה בתחילת שנת 1103. מעמדו של אלכסיוס בעיני הצלבנים ואירופה המערבית הגיע לשפל המדרגה. הוא ניסה לתקן את הרושם, אך ניסיונו העלה חרס בידיו. במאי 1102 נחל צבא ממלכת ירושלים תבוסה קשה מידי המצרים בקרב רמלה ואלכסיוס פעל רבות לשחרור השבויים ואף שילם חלק ניכר מהכופר תמורתם.
ב-1105 ניסה בוהמון לתקוף את האימפריה הביזנטית כשנחת עם צבאו באזור דלמאטיה (כיום בקרואטיה) ובסוף 1107 הטיל מצור על דורס - עיר הנמל הביזנטית. אך ב-1108 ניצחו הביזנטים את צבאו בעזרת ונציה והוא נאלץ לחתום על חוזה דבול עם אלכסיוס הראשון שלפיו תשוב אנטיוכיה לשליטת האימפריה הביזנטית אחרי מותו, והוא עצמו הפך לואסל של הקיסר.
הסכם זה לא היה מקובל על טנקרד, שב-26 במרץ 1111, עשרים ושלושה ימים בלבד אחרי מותו של בוהמון, דאג להכריז על ביטולו, והמשיך לשמש כעוצר נסיכות אנטיוכיה בשם בנו של בוהמון שכונה בשם בוהמון השני.
לאחר מותו של אלכסיוס.
יחסי החוץ של ממלכת ירושלים והמדינות הצלבניות האחרות עם האימפריה הביזנטית היו מורכבים ומבוססים על שיתופי פעולה וחשדנות לסירוגין. היחס של הביזנטים כלפי הצלבנים השתנה והוכתב לרוב בהתאם לזהותו של הקיסר השולט.
השליטים הביזנטיים תבעו להכיר בהם כשליטים האמיתיים של ארץ ישראל ודרשו מממלכת ירושלים וגם ממדינות צלבניות אחרות להיכנע לדרישותיהם. גם הצלבנים לא ראו בעין יפה את הפעילות הביזנטית, ולא תמיד שאפו לבסס את יחסיהם על אינטרסים משותפים. מרבית הזמן הביזנטים היו עסוקים בענייניהם הפנימיים ולא עשו הרבה כדי לממש את טענותיהם על ארץ ישראל. בגלל המרחק הרב בין הממלכה לביזנטים והנתק הגאוגרפי, לא ניסו האחרונים לממש את טענותיהם לגבי ממלכת ירושלים.