אוסף מילים בלשון הקודש עם הקדמות, שנועד לצורך כותבי המליצות כדי להקל עליהם למצוא חרוזים. החיבור נכתב בשתי מהדורות, את הראשונה כתב רס"ג בצעירותו כשהיה כבן עשרים במצרים, ובהיותו בבבל הרחיבה והוסיף לה את ההקדמה הארוכה בערבית. קטעים ממנו הלכו והתפרסמו עם השנים, ומהדורה כוללת שלו פורסמה על ידי נ' אלוני בירושלים בשנת תשכ"ט. רובו של החיבור בלשון הקודש, ורק הקדמה אחת שלו בלשון ערבית.
בהקדמה ל"אגרון", הוסיף רס"ג בדבר החייאת לשון הקודש, ובמקום לדבר פרסית, יוונית, ערבית ושאר השפות אשר היו נהוגות באותם הימים, לדבר בלשון העברית. הוא קרא שם ללשון העברית בשם "לשון מלאכי הקודש". הוא המשיך לכתוב בהקדמה לגבי הלשון העברית כך: "למלאכות מלכינו, לשירות לווינו, לנגינת כהנינו, ביד נביאנו לחיזיון, בפי שרנו להיגיון".
ספר הלשון (כתאב אללגה).
חיבור זה, ששמו המלא הוא 'כתאב פצייח אללגה' דהיינו 'צחות לשון העברים', ועוסק בכללי לשון הקודש. פורסם על ידי אהרן דותן בשנת ה'תשנ"ז.
פירוש על שבעים המלות הבודדות (תפסיר אלסבעין לפטה).
בחיבור זה אסף רס"ג מהמקרא מילים יחידאיות שלא ניתן להבינן לאשורן אלא מתוך דברי חז"ל, ובכך ביקש לתקף את הצורך במסורת חז"ל. בכתבי היד מצויות יותר משבעים מילים המתפרשות בדרך זו. שמואל אהרן ורטהיימר פרסם 'באור תשעים מילות בודדות בתנ"ך', והמהדורה הכוללת את המקור בערבית ותרגום פורסמה בירושלים תשי"ח, בתוך ספר זיכרון לגולדציהר (ח"ב עמ' 1–48). בשנים שאחר כך התגלו עוד קטעים מחיבור זה שנדפסו בבמות שונות.
מילות המשנה (אלפאט' אלמשנה).
מילות המשנה הוא חיבור על סדר המשנה המבאר מילים קשות. חלקים ממנו זוהו ופורסמו בבמות שונות.
חיבורים שנכתבו כנספחים לפירוש המקרא.
רס"ג ראה את פירושו לחומש כחיבורו העיקרי, ובו הרחיב בנושאים חשובים שונים. חלק מהם נכתבו כנספח לפירוש, ובהם הרחיב בנושא מסוים. ביניהם נמנים בוודאות פירוש עשר שירות הנספח לפרשת בשלח, ופירוש עשרת הדיברות הנספח לפרשת יתרו. לתחום זה שייכים חיבורים הלכתיים נוספים קצרים, הידועים לנו מרשימות ספרים שבגניזה ומציטוטים והתייחסויות בדברי הראשונים ואף מהפניות רס"ג עצמו בחיבוריו האחרים.
הלכות שחיטה.
הלכות שחיטה השתמרו בנוסח ארוך ובנוסח קצר, והוא פורסם על ידי ירחמיאל ברודי.
הלכות טומאה וטהרה והלכות נדה.
הלכות טומאה וטהרה של רס"ג נזכרות פעמים רבות על ידי חכמי צרפת ואשכנז הראשונים, וכפי הנראה תרגום שלהם לעברית עמד לפניהם. חלקים מהחיבור זוהו ופורסמו על ידי ירחמיאל ברודי.
הלכות ריבית.
במאמר מפורטות דרכי הריבית האסורות והצד ההגותי בריבית ומה צד החכמה באיסורו, כדרכו של רס"ג. החיבור מקביל בחלקו לפירושו לתורה, וייתכן שהוא נספח שלו. פורסם בחלקו על ידי ירחמיאל ברודי, ובמלואו על ידי יהודה זייבלד.
הלכות אבלות.
בקטע גניזה אחד מופיעה הכותרת 'חיובי האבל והמת לרב סעדיה גאון רי"ת'. רס"ג מפנה בהקדמתו לאיכה לדברים שכתב בהלכות אבלות בפרשת ויחי, ומדובר כנראה בנספח לספר בראשית. עמוד אחד ממנו זוהה ופורסם על ידי ירחמיאל ברודי, והוא פורסם במלואו על ידי יהודה זייבלד.
ספרי פולמוס.
מלבד חיבוריו הפולמוסיים עם הקראים, שנזכרו לעיל, כתב רס"ג כתבי פולמוס נוספים.
התשובות לחיוי הבלכי.
ספר התשובות לחיוי הבלכי נכתב נגד חיוי הבלכי, שהיה אויב משותף לרבנים ולקראים גם יחד. לפי דברי רבי אברהם אבן דאוד בספר הקבלה, חיוי בדה מלבו תורה, והעיד רב סעדיה שהוא ראה מלמדי תינוקות שמלמדים אותה בספרים ובלוחות, עד שבא רב סעדיה ונצחם. החיבור כתוב בחרוזים בני ארבעה טורים, והוא נכתב על ידי רס"ג בהיותו עדיין "אלוף", לפני שהתמנה לראשות ישיבת סורא.
ספר המועדים.
ספר המועדים נכתב בעת הפולמוס עם בן-מאיר גאון ארץ ישראל, והוא מתעד, בסגנון מקראי, את השתלשלות המאורעות ואת טיעוניו של רס"ג נגד בן מאיר.
ספר הגלוי.
ספר הגלוי נכתב בעת הפולמוס עם רבני בגדאד, והוא משיב לטענות שנטענו נגדו. מרובה בו הרכיב האוטוביוגרפי. חלק גדול ממנו פורסם על ידי אברהם אליהו הרכבי, וחלקים נוספים פורסמו במהלך השנים על ידי חוקרים נוספים. מהדורה הכוללת את כל הקטעים הללו, בתוספת ספרי ההשגה של רבי מבשר הלוי על רס"ג, פורסמה על ידי יהושע בלאו ויוסף יהלום בשם "רב סעדיה גאון – במוקד של פולמוס בין-רבני בבגדאד", ירושלים ה'תשע"ט.
הספר נכתב בשתי מהדורות. תחילה נכתב החלק שבעברית, בסגנון מקראי, בו מתאר רס"ג את השתלשלות התורה מאז מעמד הר סיני, דרך כתיבת המשנה והתלמוד, ועד לזמנו. אחר כך הוא מתאר את השחיתות המוסרית שפשתה בזמנו בקרב מנהיגי הקהילה היהודית בבגדאד, ואת פעליו למיגורה, שהתקבלו באהדה רבה על ידי הציבור הרחב, ובחוסר נחת מצידם של אותם מנהיגים. אלו פעלו להדחתו מהגאונות באמצעים שונים. רס"ג מייחד פסקאות לכל ראשי מתנגדיו, ומספר בגנותם. הספר כולל גם תפילה ארוכה שהתפלל רס"ג להצלחתו והעלאת קרנם של היושר והצדק, ומסתיים בשמחת העם על שובו למקומו. נגד הספר נכתב חיבור חריף על ידי רב אהרן גאון (כלף בן סרג'אדו), שהתמנה מאוחר יותר לגאון פומבדיתא, ובעקבותיו הוסיף רס"ג לספר הקדמה ארוכה המפרטת את מעלותיו הרבות בתחום המוסר והשירה, וכן חיבר פירוש לחיבור, הדומה במתכונתו לחיבוריו של רס"ג על המקרא, וכולל ביאורי מילים, צימודים, והרחבה בעניינים שונים.
תשובות.
תשובות רבות שכתב רס"ג מפוזרות בתוך קובצי תשובות הגאונים השונות. מכון ירושלים עוסק בההדרת כל תשובות הגאונים מחדש, וביניהם יוהדרו תשובות רס"ג ע"פ הנדפס וע"פ כתבי יד וקטעי גניזה, באופן מסודר.
דרשות.
כשאר הגאונים, נשא רס"ג דרשות הכוללות הלכות מצויות ודברי אגדה, ובן בנויות לפי נושאים שונים. דרשה אחת בנויה על פרק י"ט בספר תהלים. דרשות אחרות עוסקות בעשרת הדברות, בדיני חגי ישראל ומועדיו, וכן בהלכות שבת.
ספר על אודות חיוב התפילה (כתאב פי וג'וב אלצלאה).
חיבור נוסף של רס"ג, הדומה במבנהו לדרשה, הוא חיבורו על אודות חיוב התפילה. החיבור קצר יחסית, וייתכן שהוא החיבור הקצר ביותר של רס"ג. הוא מוכיח בו את חיוב התפילה מצד השכל והמסורת, וקובע את התפילה בין ששת החיובים המוטלים על האדם. סוגי התפילה הם הודיה על העבר ובעיקר בקשה על העתיד. רס"ג מוצא בטבע וביהדות מופעים שונים של המספר 18, שכנגדם נתקנה תפילת שמונה עשרה. רס"ג כתב את חיבורו הזה, כמו חיבורים נוספים שלו, בשתי מהדורות. תחילה נתפס החיבור בטעות כהקדמה לסידורו, אך אחר כך התברר שמדובר בחיבור עצמאי.
הגותו הפילוסופית.
בחיבוריו השונים, ובפרט בפירושיו למקרא, שיקע רס"ג את תפיסותיו הפילוסופיות בסוגיות היסוד של היהדות. בשנותיו האחרונות ארגן רס"ג את תפיסותיו בחיבורו הגדול, "ספר האמונות והדעות", ושכלל אותן למבנה מפורט ומסודר. הספר עוסק בנושאי המפתח הבאים:
בריאת העולם, מציאות ה', טעמי המצוות, ההשגחה, הגאולה, התורה שבכתב והתורה שבע"פ, הדתות, הפילוסופיות, העולם הבא, שכר ועונש, מוסר ועוד.
מטרתו של הספר היא לבסס את יסודות היהדות הרבנית, ולסתור את האמונות השונות החולקות עליה: האסלאם, הנצרות, אמונת זרטוסטרא וסנסואליזם, וכן תפיסות קוסמולוגיות ופסיכולוגיות שאינן עומדות בקנה אחד עם היהדות.
הגותו אינה מקורית ומהפכנית, אלא נטועה בנוף הפילוסופי בן זמנו ומקומו, בבגדאד. הוא קיבל את שיטת המועתזילה לגבי חירות הרצון, אחדות האל, דחה את תורת האטומים של הכלאם, ובפסיכולוגיה הוא ממזג בין אריסטו לאפלטון.
בהקדמה לאמונות ודעות עוסק רס"ג במקורות הידיעה, שהם לדעתו: החושים, השכל, ההכרח והמסורת. שני הפרקים הראשונים של החיבור מוקדשים להוכחת קיומו של האל ואחדותו. רס"ג הלך בדרכי ה"כלאם" והוכיח את מציאות הבורא מתוך חידוש העולם. וזה מתוך שהוא העולם, סופי, מורכב, נושא מקרים, ועובר בזמן. במהלך הוכחת אחדות האל, בפרק השני של החיבור, דוחה רס"ג את מציאותו של "חומר קדמון" – כתפיסתו של אפלטון – כמקור להתפתחות העולם בזמן הבריאה. בסוגיית שלילת התארים הוא מייחס לבורא את התארים "חי חכם יכול", שלטענתו אינם מייחסים לאל ריבוי תכונות, כיוון ששלשתם תכונות הכרחיות של האל וחלקים בלתי נפרדים מהיותו כזה, ורק מגבלות השפה האנושית מחייבות להניח להם מונחים נפרדים.
בפרק השלישי עוסק רס"ג במהות התורה והמצוות. לדעתו, האל ברא את העולם כדי להיטיב עם ברואיו, והדרך הטובה ביותר למימוש ההטבה היא על ידי הטלת מערכת מצוות, שכתגמול על קיומה הם יזכו להטבה. בפרק זה מבחין רס"ג, לראשונה בפילוסופיה היהודית, בין מצוות שכליות שהשכל מחייב את קיומן, לבין מצוות שמעיות, שיש צורך בהתגלות ובמסורת כדי לחייב אותן.