התותחנות הימית במאה ה-17 הייתה עדיין בחיתוליה. התותחים היו יקרים מאוד, ואורך חייהם היה גדול מאורך חייה של האונייה עצמה. השימוש בתותחים שגילם מאה שנים לא היה חריג, אך מרבית אוניות המלחמה שרתו 15–20 שנים בלבד. בשוודיה, כמו ברבות ממדינות אירופה, לא היו לאוניית מלחמה תותחים קבועים, ואלה הוקצו לה על ידי בית הנשק לכל משימת קרב. על כן באוניות התקופה שימשו תותחים מגדלים שונים ומזמנים שונים. מה שהעניק ל"ואסה" עוצמת אש רבה לא היה רק מספר תותחיה הגדול מהרגיל, שצופפו בתוך אונייה קטנה יחסית, אלא עובדת היות ארבעים ושישה תותחי 24 הליטראות שלה מדגם אחיד, חדש וקל-משקל. שני התותחים הנותרים ירו גם הם קלעים במשקל 24 ליטראות, אך היו מדגם מיושן וכבד יותר. תותחיה של "ואסה" עדיין נצוקו בתבניות יחידניות, אך ייצורם היה מדויק יותר. הם נבדלו ביניהם במידותיהם העיקריות במילימטרים ספורים בלבד, וקוטר קדח הקנה שלהם היה מדויק למדי ועמד על 146 מ"מ.
יתר חימושה של "ואסה" כלל שמונה תותחי 3-ליטראות, שישה תותחי-סער כבדים (stormstycken) לשימוש בעת השתלטות על סיפון האויב, ושני תותחי ליטרה אחת (פלקונט). כמו כן נמצאו בה 894 ק"ג של אבקת שרפה וקלעים מסוגים שונים עבור התותחים.
טביעת האונייה.
ב-10 באוגוסט 1628 יצאה "ואסה" להפלגת הבכורה שלה בפיקודו של קפטן סופרינג הנסון, כשיעדה הבסיס הימי באלווסנאבן. מזג האוויר היה נאה, ורוח קלה נשבה מכיוון דרום-מערב. האונייה נגררה לאורך החוף אל צידו הדרומי של הנמל, הניפה שלושה מפרשים והחלה מפליגה מזרחה. אשנבי התותחים נפתחו והתותחים הוצבו בעמדות ירי, מוכנים לירות מטח כבוד לכשתעזוב האונייה את סטוקהולם.
כשהגיחה "ואסה" אל הים לאזור פתוח יותר לרוחות, נשב לפתע משב-רוח חזק אל מפרשיה והיא נטתה לצידה השמאלי. חבלי המפרשים שוחררו מיד, האונייה התיישרה לאיטה והרוח דעכה ופסקה. זמן קצר אחר כך התחדש פרץ הרוח, היטה שוב את האונייה אל צידה השמאלי, אך הפעם חדרו מים לתוכה דרך האשנבים הפתוחים של תותחי הסיפון התחתון. המים שפרצו פנימה היטו את האונייה עוד יותר, והיא טבעה. "ואסה" שקעה לקרקעית הים בעומק של 32 מטרים, ומרחקה מהחוף היה 120 מטרים בלבד. מלחים נאחזו בכל כוחם בשברי האונייה, וסירות רבות חשו לעזרתם. ברם, למרות מאמצים אלה והמרחק הקצר מהחוף, אבדו יחד עם האונייה, על פי הדיווחים, בין 30 ל-50 מלחים. התורן הראשי והתורן הקדמי, שדגליהם והדוכניות שלהם עדיין הזדקרו מעל המים, נטו בזווית חדה שמאלה, מפני שתוך כדי הטביעה נעתקה זבורית האונייה ממקומה. "ואסה" טבעה לנוכח קהל בן מאות רבות של צופים שבאו לחזות בהפלגתה של האונייה הגדולה, מרביתם מפשוטי העם, אך היו בהם גם מנכבדי סטוקהולם, ואף נציגים זרים שצפו באירוע - הן מבעלות בריתה של שוודיה והן מאויבותיה.
החקירה.
למלך נודע על טביעתה של "ואסה" במכתב שהגיע אליו ב-27 באוגוסט 1628. בתשובה הוא כתב בכעס כי האסון נגרם ללא ספק בשל "חוסר זהירות ורשלנות", ותבע מיד להעניש את האשמים. קפטן ספורינג הנסון, שניצל מטביעה, הושלך מיד לכלא והמתין למשפט. בחקירתו הראשונית נשבע הנסון כי התותחים נקשרו כיאות וכי אנשי הצוות היו פיכחים. הוקמה ועדה שערכה חקירה מקיפה של נסיבות הבנייה והטביעה והגישה מסקנות ב-5 בספטמבר 1628 בפני בית דין שרבים מחבריו היו אנשי מועצת המלך, וכלל גם אדמירלים, יועצי המלך ואף האדמירל הראשי של הצי. נחקרו כל הקצינים שניצלו וכן חרש האוניות שפיקח על הבנייה ומספר עדים מומחים. עונש חמור היה צפוי לאחראי לכישלון המחפיר.
אנשי צוות האונייה ובוני האונייה היוו שני מחנות, כשכל צד ניסה להטיל את האשמה על הצד האחר, וכל אחד נשבע כי מילא את תפקידו ללא רבב. אנשי צוות האונייה שניצלו נחקרו אחד-אחד כיצד הופעלה האונייה בזמן האסון. האם גודל המפרשים שהניפה התאים לעוצמת הרוח? האם אנשי הצוות היו פיכחים? האם הזבורית סודרה כיאות? האם התותחים נקשרו היטב? ברם, איש לא היה מוכן לשאת באשמה, ובסופו של דבר התקבלו תשובותיהם כמספקות, ולא נמצאה כל עדות מפלילה.
אחר כך הפנו החוקרים את שאלותיהם לבוני האונייה. "מדוע בניתם אונייה כל כך צרה ובעלת שוקע קטן מדי כך שהתהפכה?" – נשאל חרש-האוניות יאקובסון. הוא השיב כי פשוט ציית להוראות. יאקובסון ציין, כי בנה את האונייה על פי הנחיותיו של הנריק היברטסון (שמת זה מכבר), אשר הוא עצמו מילא אחר הוראותיו של המלך. למעשה, לאחר שקיבל לניהולו את הבנייה, הגדיל יאקובסון את רוחבה של האונייה ב-1.38 מטרים, אך לא יכול היה להוסיף ולהרחיבה, כי נמצאה כבר בשלב מתקדם מדי של העבודות.
בסופו של דבר לא נמצא אשם באף אחד משני הצדדים. "רק אלוהים יודע", הייתה תשובתו של ארנדט היברטסון לבית הדין כשנשאל מדוע טבעה האונייה. גוסטב אדולף אישר את כל מידות האונייה ופרטי חימושה, והיא נבנתה בהתאם להוראות וצוידה במספר התותחים שקבע. בסופו של דבר איש לא נמצא אשם ברשלנות ואיש לא נענש, וטביעת האונייה הוסברה כמעשה שמיים. טביעתה של "ואסה" הייתה אסון כלכלי כבד. עלות האונייה הייתה למעלה מ-40,000 ריקסדלר, השקעה שנחשבה גבוהה למדינה קטנה כדוגמת שוודיה.
ניסיונות חילוץ ראשונים.
פחות משלוש שנים לאחר האסון נחתם חוזה לחילוץ האונייה, אך המאמצים לא צלחו. הניסיונות הראשונים למשות את "ואסה", שעשה המהנדס האנגלי יאן באלמר, הצליחו אומנם ליישר מעט את האונייה, אך גם גרמו לה לשקוע עוד יותר בבוץ הקרקעית. הבוץ הוא, ככל הנראה, שהכשיל את מאמצי החילוץ.
שיטות החילוץ של כלי שיט טבועים בראשית המאה ה-17 היו פרימיטיביות לאין שיעור מאשר בימינו, אך התבססו למעשה על אותו עיקרון שלפיו נמשתה "ואסה" 333 שנים אחר כך. שתי אוניות או גוות (hulks) הוצבו במקביל משני צידי הטרופת, וחבלים שבקצותיהם עוגנים שולשלו למים וננעצו בגוף האונייה. שתי הגוות מולאו במים ושוקעו עד לגובה שהבטיח עדיין את ציפתן היציבה, החבלים נמתחו, ואחר כך נשאבו המים מהן החוצה. שתי הגוות עלו וצפו, האונייה הטבועה התרוממה מהקרקעית ונגררה אל מים רדודים יותר. על פעולה זו חזרו עד שהאונייה כולה התרוממה לפני המים. משקלה של "ואסה" מתחת למים לא היה גדול, אך עדיין היה דרוש כוח הרמה גדול מאוד כדי לחלץ אותה מהקרקעית הבוצית שבה הייתה שקועה.
ב-1664, כשלושים ושש שנים לאחר טביעת האונייה, חילצו אלברקט פון טריילבן ואנדריאס פקל 50 מבין תותחיה היקרים של האונייה, כשהם משתמשים בפעמון צלילה פשוט ונעזרים בצוות צוללים שוודים וגרמנים.
הניסיונות לחלץ את האונייה נזנחו משעה שהיה ברור כי לא ניתן למשותה באמצעים הקיימים אז. ברם, לאחר חילוץ התותחים לא נשכחה "ואסה", והיא נזכרת בכמה חיבורים על תולדותיה של שוודיה ותולדותיו של הצי המלכותי השוודי, אך מקום טביעתה המדויק והפרטים הנוגעים לנסיבות טביעתה שונים מחיבור אחד לשני. ב-1884 פנה קצין ים בשם אנטון לודביג פאנהילם בבקשה לקבל את זכויות ההנצלה של האונייה, לאחר שטען כי איתר את מקומה. פאנהילם היה ממציא, תכנן את אחת מחליפות הצלילה הקלות הראשונות והשתתף כבר בכמה פעולות הנצלה אחרות. אין כל תיעוד לביצוען של פעולות חילוץ גדולות לאחר שפאנהילם הגיש את בקשתו, וההנחה היא כי אלה לא בוצעו כלל. על גבי מפה מסוף שנות השלושים של המאה ה-19 שהתגלתה לאחרונה בארכיון מוזיאון העיר סטוקהולם, מצוין מיקומה המדויק של האונייה בעיגול ובמילה "wrak" (טרופת), ורשומים בה אף עומקי המים בסביבתה. ב-1999 סיפר אדם, כי אביו – שהיה נגד בצי המלכותי השוודי – השתתף בשנות העשרים של המאה העשרים בתרגילי צלילה אל האונייה "ואסה" הטבועה.
גילויה מחדש של האונייה ומשייתה.
בראשית שנות החמישים של המאה ה-20 בחן ארכאולוג חובב בשם אנדרס פרנצן את האפשרות למשות אוניות טרופות מהים הבלטי. הוא סבר, כי בשל מליחותו הנמוכה יחסית וקור מימיו, טובים הסיכויים כי האוניות נשתמרו בו ולא נאכלו לגמרי על ידי תולעת האוניות "טרדו נאוואליס" (Teredo Navalis), שבתנאים אחרים גורמים להרס חלקי העץ באוניות טבועות. פרנצן איתר את טרופותיהן של האוניות "ריקספלט" ו"ליבסקה סוואן", ולאחר מחקר ארוך ומפרך החל מחפש גם את "ואסה". ב-1956, לאחר כמה שנות חיפושים ללא תוצאות, הגיע לידיו מידע על אנומליה טופוגרפית בלתי ברורה דרומית למזח גוסטב ה-5 בבקהולם. פרנצן צמצם את אזור החיפושים, וגילה לבסוף את שרידי "ואסה". גילויה מחדש של האונייה עורר עניין ציבורי רב, וזמן קצר אחר כך כבר הוכנו תוכניות למשייתה. הצי המלכותי השוודי היה שותף למיזם כבר מראשיתו, כמו גם מוזיאונים שונים והוועדה לשימור המורשת השוודית.
חילוצה.