סייקלופס עשה את דרכו חזרה לכדור הארץ עם הופ מחוסרת ההכרה. חמשת הפניקסים השתמשו בכוחות האלוהיים שניתנו להם והתחילו לשנות את פני העולם לפי ראותם לנכון, אך אף על פי שפניהם מועדות לשלום, הם למעשה מכוננים משטר צבאי. סייקלופס הציע להופ בחזרה את כוחותיה, אך גם התעמר בה על כך שהיא לא הייתה ראויה להם מלכתחילה. על אף שאמר לה כי היא יכולה לעזוב את אוטופיה כל אימת שתרצה, הוא שינה את דעתו משום שהאוונג'רס ניסו להשתמש בה נגדו. כשמכשפת השני שיגרה אותה הרחק משם, סייקלופס הצהיר כי כשהמלחמה תסתיים, האוונג'רס לא יתקיימו עוד.
חבורות האקס-מן והאוונג'רס הצליחו להתגבר על נאמור, קולוסוס ומג'יק, ושארית כוחות הפניקס שלהם התחלקו בין סייקלופס ואמה פרוסט. אקסבייר ניסה לפנות לצידו הרחום של סקוט ולגרום לו להפסיק את מעשיו, אולם כמגננה על התקפתם המשולבת של האוונג'רס והאקס-מן, סייקלופס הרג את אקסבייר והתקיף את אמה פרוסט. הוא ספג את כוחות הפניקס שלה והפך לפניקס האפל. בקרב המתחולל, האוונג'רס והאקס-מן החלישו את סייקלופס במידה שתאפשר להופ לספוג את כוח הפניקס לתוך עצמה. היא ביטלה את הנזק שנגרם לעולם בידי סייקלופס, ובעזרת מכשפת השני היא שחררה את כוח הפניקס לחופשי מעל פני כדור הארץ, מה שגרם לאלפי אנשים לפתח יכולות מוטאנטיות. סייקלופס הוחזק כאסיר בכלא עשוי אודם קוורץ, ועל אף שהוא היה מלא אשמה על גרימת מותו של פרופסור אקסבייר, הוא שמח שגזע המוטאנטים אותחל מחדש והצהיר כי היה עושה את הכל בשנית.
אקס-מן החדשים: מהפכת המוטאנטים.
פעולותיו במהלך המלחמה נגד האוונג'רס ואחריה הובילו לגל שנאה נגד מוטאנטים, אשר איים על קיומם והוביל למעצרם של רבים מאלו שגילו את כוחותיהם. סייקלופס הוצא ממעצרו בידי מגנטו ומג'יק, שהחלו לסייע לו לשחרר מוטאנטים כלואים, לצרף אותם לקבוצת אקס בהנהגתו ולסייע להם לשלוט בכוחותיהם. הוא ביסס את קבוצתו החדשה בבסיס נטוש של נשק אקס במערב קנדה, וקרא לו בית הספר החדש ע"ש אקסבייר. בניסיון לחלץ את אמה פרוסט ממעצר, סייקלופס ומגנטו החלו לאבד שליטה על כוחותיהם, ואמה אמרה כי כוחותיה השתבשו גם כן וכי כוח הפניקס אחראי לכך. באותה העת, קבוצת האקס-מן הראשית נחרדת ממדיניותיו האלימה של סייקלופס, אך הם נמנעו מלהתעמת איתו מחשש שהדבר יצית מלחמת אזרחים בין המוטאנטים. הערה שולית של אייסמן הביאה את חיה לנסוע חזרה בזמן ולגייס את חמשת האקס-מן המקוריים בניסיון לעצור את סייקלופס. כאשר נפגש עם האקס-מן המקוריים מן העבר, ביניהם גרסתו הצעירה, ג'ין גריי הצעירה איבדה שליטה בכוחותיה וגרמה להפלת משקפיו של סייקלופס, ולשחרור פיצוץ אופטי מעיניו. הדבר יצר את הרושם כי הוא ניסה להורגם, והקרע בין שלושת הקבוצה - הקבוצה הראשית, קבוצתו של סייקלופס והאקס-מן מן העבר - הלך והתגבר.
לאחר עימות עם קבוצת האוונג'רס הראשית ועם סוכנות S.H.I.E.L.D בדבר יחסה של האנושות לגזע המוטאנטי, סייקלופס החליט לדבר עם קבוצת האקס-מן הראשית בבית הספר לילדים מחוננים ע"ש ג'ין גריי. הוא ביקש מהם להצטרף אליו כדי להגן על הגזע המוטאנטי מפני סכנת הכחדה, ואמר כי יגן על בתי הספר בנשימתו האחרונה. לאחר עימות אידאולוגי עם חברי הקבוצות, סייקלופס עזב את המקום לאחר שקוקיות סטפורד ואנג'ל מן העבר הצטרפו לקבוצתו. לאחר הקראת צוואתו של אקסבייר, בה הצהיר אקסבייר כי הוא מותיר את כל רכושו לסייקלופס ורואה אותו כבנו, סייקלופס החליט לסגור את בית הספר החדש ע"ש אקסבייר ושלח את תלמידיו לבית הספר לילדים מחוננים ע"ש ג'ין גריי. הוא טען כי מעשיו מנוגדים לאידאולוגיה של אקסבייר, והחליט להתפייס עם קבוצת האקס-מן הראשית. הוא הצליח לאגד את כל המוטאנטים הידועים ברחבי כדור הארץ בבית הלבן, וזאת כדי להראות לעולם כי מוטאנטים יכולים להתכנס במקום אחד בלי לפגוע בבני-אדם.
הזמן אוזל, מלחמות סודיות.
זמן מה לאחר מכן, לפני התנגשות היקומים האחרונה בין ארץ-616 לארץ-1610, סייקלופס נעשה למנהיג אומת אקס, אי המשמש כמקום מפלט למוטאנטים המוגן בידי סנטינלים שתוכנתו מחדש. סייקלופס הציע מקום מקלט מדיני לחיה, אשר הוכרז כמבוקש בידי האוונג'רס וסוכנות S.H.I.E.L.D בשל היותו חבר בקבוצת האילומינטי. סייקלופס קיבל בברכה את סאן-ספוט, אשר נעשה למנהיג קבוצת אוונג'רס משלו המתנגדת למצוד אחר חברי האילומינטי, כאשר זה הגיע לשיחה עם חיה. לאחר מכן, סייקלופס דן עם סאן-ספוט בדבר ההתנגשויות, ואמר כי ברשותו ביצת פניקס והוא מוכן להשתמש בה. הביצה לא בקעה עד למועד התנגשות, וכאשר בקעה, סייקלופס התאחד עם כוח הפניקס והחל לבלום את כוחות הפלישה מארץ-1610. לפני ההתנגשות, סייקלופס הוכנס לספינת ההצלה של האילומינטי בידי מניפולד, והיה מן ניצולי ארץ-616 לאחר חורבן שני היקומים. סייקלופס ושאר הניצולים הוצאו בידי דוקטור סטריינג' מספינת ההצלה כשמונה שנים לאחר חורבן המולטי-יקום ויצירת עולם-המלחמה בידי דוקטור סטריינג' ודוקטור דום, שהכריז על עצמו כאל הקיסר דום. סייקלופס מצטרף אל שאר הניצולים במתקפה על דוקטור דום, מצליח להילחם בכוחותיו העצומים של דום באמצעות כוחותיו כפניקס, אך לבסוף נהרג בידי דום השובר את מפרקתו.
מוות והשלכות.
סייקלופס הוקם לתחייה כאשר המולטי-יקום שוחזר בידי ריד ריצ'רדס, אך ללא כוחות הפניקס שלו, וחזר לשורות האקס-מן. כאשר האקס-מן קיבלו קריאת מצוקה מהאי מיואר, סייקלופס היה חלק מהמשלחת שיצאה לחקור את הקריאה, ומצא גופות מרובות של ג'יימי מדרוקס. בנשימתו האחרונה, מדרוקס אמר לסייקלופס כי האי אפוף ערפילי טריגן - שהתאגדו לצורות עננים לאחר הפצתם על פני כדור הארץ בידי מלך אומת הבלתי אנושיים חזיז שחור - וכי הערפילים רעילים למוטאנטים.
בעוד סייקלופס ואמה חוקרים את האי, הערפילים השפיעו על סקוט, והחלו לגרום לגסיסתו. בעודו גוסס, סייקלופס המבולבל הפציר באמה לא לסיים את חייו כך. אמה שמרה על מותו של סייקלופס בסוד, ויצרה אשליה טלפתית שלו במטרה להמשיך את המסר שלו גם אחרי מותו. אמה גרמה לאשליה לפעול איך שחשבה שסייקלופס היה פועל, ובין היתר ביטלה את השפעתו של אחד מענני הטריגן ותקפה את ממלכת הבלתי אנושיים. "סייקלופס" נהרג בידי חזיז שחור והוכרז כגיבור בידי האקס-מן, וזאת כאשר רק אמה והאבוק מודעים למותו האמיתי.
פעולותיה של אמה שינו באופן קיצוני את דעתו של הציבור על סייקלופס, ובני-אדם, מוטאנטים ובלתי אנושיים החשיבו אותו לטרוריסט. ערפילי טריגן המשיכו להשפיע על מוטאנטים, וגל חדש של שנאה כלפיהם נוצר. גרסתו הצעירה של סייקלופס מן העבר החלה לתעב את גרסתה הבוגרת, ולהכחיש כל קשר למעשיו. כמו כן, קבוצת מוטאנטים צעירים המכנים את עצמם "רוחותיו של סייקלופס" החלו לבצע פעולות טרור בניסיון מעוות לכבד את זכרו, לבושים מסכות המעוצבות כמשקפיו.
כחלק מהרצת "תחייה מחודשת" של כותרי האקס-מן, כמה חברי אקס-מן חזרו לחיים - ביניהם סקוט סאמרס, בעזרתו של קייבל הצעיר מזמן העבר ובאמצעות אנרגיות מכוח הפניקס.
סייקלופס מזמן העבר.
אקס-מן החדשים.
חיה קיווה שהבאת חמשת חברי האקס-מן המקוריים מזמן העבר אל זמן ההווה יזכיר לסייקלופס מדוע אקסבייר יצר את האקס-מן מלכתחילה, ובכך תימנע הכחדת המוטאנטים. עם הגעתם, חמשת האקס-מן המקוריים מחליטים להישאר ולהצטרף לקבוצה חדשה. שני הסייקלופים משתפים פעולה נגד אחוות המוטאנטים מזמן העתיד, שמגיעה כדי לאלץ את האקס-מן המקוריים לחזור לזמן העבר. כתוצאה מכך פורץ , וזאת לאחר שקבוצת האקס-מן מזמן העתיד מגיעה לעזור להם. כאשר ג'ין גריי מזמן העבר נחטפת בידי השי'אר ועומדת למשפט בעקבות הרס שנגרם בידי כוח הפניקס בקשת הסיפור "המשפט של ג'ין גריי" משנת 2014, סייקלופס הצעיר וקבוצת האקס-מן החדשים משתפים פעולה עם שומרי הגלקסיה וסטארג'אמרס כדי להציל את ג'ין מעולם הבית של השי'אר. סייקלופס הצעיר מגלה שאביו קורסאייר עדיין בחיים, והוא מחליט ללכת בעקבותיו במסעותיו בחלל ולעזוב את האקס-מן. הוא גם מעוניין להתרחק מג'ין משום שהיא מתחילה להפגין חיבה להאנק מק'קוי הצעיר.
במיני סדרה משלו, סייקלופס הצעיר מבלה זמן איכות עם אביו, אותו חשב למת. הם ננטשים על כוכב לכת חייזרי עוין, נרדפים על ידי ציידי ראשים מסוכנים ונחטפים בידי פיראט חלל אכזר, קפטן ואלש מאלפקט. השניים נפגשים עם שומרי הגלקסיה והאקס-מן החדשים במהלך אירועי "". אחרי שהמלחמות הסודיות מסתיימות, סייקלופס מוביל את קבוצת אקס-מן הצעירה כולל את וולברין החדשה, אויה ואוון סבאחנור, מתוך תקווה לנער מעליהם את המורשת שהוכתבה להם בידי מקביליהם המבוגרים.
הבלתי אנושיים נגד אקס-מן.