מאז שנת 1988 ועד לתחילת שנת 2019 שימש פרופ' הלוי מנכ"ל המרכז הרפואי שערי צדק בירושלים, ועד לשנת 2012 ניהל גם את היחידה לאשפוז פנימי בבית החולים והמשיך לקבל מטופלים במרפאת הכבד. מעת עזב את ניהול בית החולים הפך לנשיא המרכז הרפואי.
בין השנים 2000–2006 כיהן כיו"ר המרכז הלאומי להשתלות איברים בישראל, ובמקביל לתפקידו כמנכ"ל הוא עוסק בנושאי אבטחת איכות וניהול סיכונים ברפואה וכיהן כיושב ראש הפורום לניהול סיכונים בחברה לניהול סיכונים.
ציוני דרך כמנהל המרכז הרפואי שערי צדק בירושלים.
בתקופה כהונתו כמנהל המרכז הרפואי שערי צדק המוסד הלוי הגדיל את מספר המאושפזים בשנה מ-16,000 לכ-80,000 בשנה.
בשנת 1994 הוביל את הקמתו של מערך הלב המקיף בבית החולים.
בשנת 2004 חנך את המלר"ד (מחלקה לרפואה דחופה) המטפל כיום במעל 140,000 מקרי חירום בשנה ואשר היווה חוד החנית בטיפול בנפגעי הטרור של ירושלים והסביבה בגלי הטרור שפקדו את העיר.
2015-2016 פעל להקמת מערך מוח כוללני בשערי צדק על מנת לאפשר טיפול במנעד רחב של מחלות ופציעות נוירולוגיות.
ביוני 2017 הוענק למרכז הרפואי שערי צדק תו תקן בינלאומי מאת ארגון ה-JCI האמריקאי בנושא איכות ובטיחות הטיפול והסביבה הטיפולית.
במרץ 2019 סיים את תפקידו כמנהל בית החולים שערי צדק ומונה לנשיא בית החולים.
תרומתו למחקר.
רפואה מתגוננת היא פעילות שבה רופאים שולחים את מטופליהם לבדיקות וטיפולים לא חיוניים, או נתינת תרופות לא יעילות על מנת להימנע מתביעה רפואית על ידי המטופל. לפעמים רופאים אפילו מונעים ממטופליהם טיפולים מצילי חיים על מנת לשמור על עצמם מתביעה רפואית, וכניסה להליכים משפטיים.
הלוי היה חלק ממחקר שבדק את השימוש ברפואה מתגוננת בישראל, נמצא שכ 25% מהרופאים שנשאלו השתמשו ב " רפואה מתגוננת " לפחות פעם 1 במהלך חייהם, וכ-40% מהרופאים שנשאלו מחשיבים כל מטופל כ"איום" בתביעה רפואית כלפיהם.
פעילות ציבורית.
במהלך חייו המקצועיים נטל חלק בשורה ארוכה של יוזמות ופעילויות אשר תרמו תרומה ניכרת לטיוב הרפואה בישראל, להעלאת המודעות לזכויות המטופל ולחשיבות יחסי מטפל-מטופל נאותים, לשיפור בטיחות המטופל, לחינוך הרפואי בישראל, להעלאת המודעות לחשיבות תרומת איברים וחתימה על כרטיס תורם, לחלוקה צודקת של משאבי רפואה מוגבלים.
חיים אישיים.
הלוי מתגורר בירושלים, נשוי בשנית לעדינה, עובדת סוציאלית ופסיכותרפיסטית ולהם שלושה ילדים משותפים. אשתו הראשונה הייתה פרופסור סימה הלוי ולהם שני ילדים משותפים, בהם הרב איתי הלוי, רב ההתנחלות מגרון ור"מ בבית המדרש לבוגרי צבא בעלי.
אחיו, הרב מיכה הלוי, הוא הרב הראשי האשכנזי של פתח תקווה.
סקירת מאמרים ועריכה עבור כתבי עת מדעיים.
יונתן הלוי פרסם מעל ל-100 מאמרים וכתבות בתחום הרפואה וכן שני ספרים בתחומי העניין המיוחדים שלו: "רפואה שלמה בין רופא למטופל" (2003) ו"רפואה משלימה ואלטרנטיבית – כל העובדות" (2005)
לווייתן (שדה גז)
לווייתן הוא מאגר גז טבעי שאותר במרחק של כ-120 קילומטר מערבית לחיפה, בתחום המים הכלכליים של מדינת ישראל בים התיכון. לוויתן הוא, על-פי הגדרת משרד האנרגיה, מאגר הגז הטבעי האסטרטגי של מדינת ישראל.
המאגר התגלה בדצמבר 2010. העתודות הסבירות (ברמת ביטחון של 50%) של המאגר, הוערכו ביולי 2014 בגודל של 622.4 מיליארד מטר מעוקב (21.97 TCF). העתודות המוכחות (ברמת ביטחון של 90%) של המאגר הוערכו באותה שנה בגודל של 540 מיליארד מטר מעוקב. בפברואר 2017 הודיעו השותפות במאגר על החלטת השקעה סופית לפיתוח המאגר לתפוקה של BCM 12 לשנה.
ההחלטה למקם את אסדת הטיפול 10 קילומטרים ממערב חוף דור-הבונים הובילה למאבק אזרחי להרחקת אסדת לוויתן, אשר כשל.
ב-31 בדצמבר 2019 החלה הזרמת הגז הטבעי ממאגר "לווייתן", דרך אסדת הטיפול, למערכת ההולכה של נתיבי הגז הטבעי לישראל.
שותפים.
הבעלות על זכויות הפעילות בשדה מתחלקת בין הגופים הבאים: חברת נובל אנרג'י (39.66%), אשר נרכשה במהלך אוקטובר 2020 על ידי ענקית האנרגיה האמריקאית "שברון" , השותפות דלק קידוחים (45.33%), והשותפות רציו (15%).
דלק קידוחים נמצאת בשליטת קבוצת דלק (במישרין ובעקיפין) שבשליטת יצחק תשובה.
גילוי ופיתוח.
השדה התגלה בדצמבר 2010 והוא אחד משדות הגז הגדולים ביותר במימי הים התיכון, ושדה הגז הגדול ביותר בעולם שהתגלה במים עמוקים בעשור הראשון של המאה ה-21. הקידוח הוא בעומק של 1,700 מטר מתחת לפני הים.
ההערכה הראשונית לכמות הגז הטבעי במאגר הייתה כ-453 מיליארד מטר מעוקב (16 TCF). הערכות באשר לגודל המאגר המשיכו לגדול ככל שבוצעו קידוחים נוספים. העתודות הסבירות (ברמת ביטחון של 50%) של המאגר, הוערכו ביולי 2014 בגודל של 622.4 מיליארד מטר מעוקב (21.97 TCF). העתודות המוכחות (ברמת ביטחון של 90%) של המאגר הוערכו באותה שנה בגודל של 540 מיליארד מטר מעוקב.
במהלך 2012–2013 התנהל משא ומתן עם חברת וודסייד האוסטרלית על כניסתה כשותפה במאגר. העסקה בוטלה בשנת 2014, עקב מחלוקת בין החברה האוסטרלית לבין משרדי הממשלה ורשות המס.
ב-23 בדצמבר 2014 הודיע הממונה על ההגבלים העסקיים, דייוויד גילה, על נסיגתו מההסכם שגיבש עם השותפות בקידוח לוויתן על פיו שקל להמליץ לבית הדין להגבלים עסקיים להעניק לשותפות פטור מהסדר כובל. עם הכרזתו של הממונה נעצרה פעילות פיתוח מאגר לוויתן (חתימה על חוזים, הסכמי מימון וכו') עד לחתימה על מתווה הגז כשנתיים מאוחר יותר.
במהלך תקופה זו התכנסו נציגי משרדי הממשלה השונים לגיבוש מתווה ארוך-טווח וכולל שיאפשר את פיתוח מאגר הגז הטבעי שהתגלו לחופי ישראל, אלו שנמצאו ואלו שטרם נתגלו. המסגרת הרגולטורית שגובשה היוותה הסדרה חוקית וכוללת של כל פעילות חיפושי הגז והנפט בישראל, והבטיחה יציבות רגולטורית נדרשת לפיתוח פרויקטים בסדר גודל של מאגר לוויתן, וכן אפשרה למשקיעים בינלאומיים לחזור ולהשקיע בתחום האנרגיה בישראל.
מתווה הגז, אושר על ידי ממשלת ישראל במהלך דצמבר 2016, ואפשר את חידוש עבודות התכנון של פרויקט לוויתן ופיתוחו המהיר, באיחור של שנתיים.
בפברואר 2017 הודיעו השותפות במאגר על החלטת השקעה סופית לפיתוח המאגר לתפוקה של 12 BCM לשנה, כך שעד סוף 2019 תחל הזרמת גז מהמאגר.
על פי תוכניות הפיתוח שהציגו השותפות במאגר, השלב השני בפיתוח המאגר יכלול הפקה של 21-24 BCM, במועד שטרם נקבע.
עם קבלת החלטת ההשקעה החלה העבודה על פיתוח המאגר, אשר התקיימה ב-22 מדינות ברחבי העולם, כללה למעלה מ-50,000 עובדים ומעל 5 מיליון שעות עבודה.
בראשית שנת 2019 הוצבו בים רגלי אסדת הטיפול אשר ממוקמת כ-10 ק"מ מערבית מחוף דור. חלקה התפעולי של האסדה הגיע ברבעון השלישי של שנת 2019, ובמבצע הנדסי מורכב הונחה על רגלי האסדה ונעשו בה ההכנות להפקת הגז ואספקתו. אסדת הטיפול מבצע הפרדה של הגז מנוזלים שנשאבו יחד עם הגז מבטן האדמה (קונדנסט ומי תוצר) לצורך אספקתו לצרכנים.
עלות פיתוח פרויקט לוויתן עמדה על כ-3.5 מיליארד דולר, אשר מומנו במלואם באופן פרטי על ידי השותפות במאגר. עם סיום הפרויקט הודיעו השותפות כי הצליחו לחסוך כ-160 מיליון דולר בתקציב הפיתוח הראשוני, שעמד על 3.75 מיליארד דולר.
בדצמבר 2018 נדחתה על ידי המשרד להגנת הסביבה בקשת חברת נובל אנרג'י להיתר פליטה באסדה שבה יהיו 8,852 רכיבי ציוד. החברה הגישה בקשה מחודשת לקבלת היתר פליטה ולאחר בחינתה התאפשרה הזרמת הגז בהתאם ללוחות הזמנים המקוריים.
ב-31 בדצמבר 2019 החלה הזרמת הגז הטבעי ממאגר "לווייתן" למערכת ההולכה של נתיבי הגז הטבעי לישראל.
אסדת הגז.
המבנה התפעולי של אסדת הטיפול, שהורכב בטקסס ארצות הברית במשך 26 חודשים, מורכב מחמש יחידות תפעוליות שונות, שכולן הושטו דרך האוקיינוס האטלנטי והים התיכון על גבי דוברות ענק ייעודיות.
היחידות שיצאו באמצע יולי 2019 הגיעו לישראל בתחילת חודש ספטמבר 2019. מתקני התפעול שהגיעו על גבי ארבע דוברות, הוצבו באמצעות העגורן הימי הגדול בעולם, המלווה במספר כלי שיט, על רגלי האסדה שהותקנו במקומן בראשית 2019. עבודות ההקמה הסתיימו ביום שלישי ה-17 בספטמבר 2019.
בעבודות להקמת האסדה לקחו חלק חברות מ-22 מדינות בעולם, ביניהן 160 חברות ישראליות.
במבנה התפעולי של האסדה, ממוקמים מתקני התהליך לטפול בגז של האסדה, מגורי צוות העובדים, מרחבי עבודה, מנחת מסוקים וכן לפיד שיופעל רק בעת הצורך, המהווה חלק ממערכת הבטיחות והפחתת הפליטות לאוויר מהאסדה, וממוקם בקצה הזרוע (BOOM).
אסדת הטיפול בגז של לוויתן מוצבת במרחק של כ-10 ק"מ מהחוף, בעומק מים של 86 מטרים. גובהה מעל פני הים ועד למפלס העליון הוא 47 מטרים (כגובה של בניין בן 15 קומות), וזרוע האסדה מגיע לגובה של 130 מטרים מעל פני הים. אורכם של סיפוני האסדה הוא 102 מטרים ורוחבם – 80 מטרים. משקלם עומד על 38 אלף טון.
הגז הטבעי מהמאגר עבר באמצעות שני צינורות תת-ימיים בקוטר 18 אינץ', באורך של כ-120 ק"מ ישירות לאסדת לוויתן. הטיפול בגז נעשה כולו בים, והגז המטופל וקונדנסט מיוצב מוזרמים מהאסדה, באמצעות צינור כניסה צפוני שמחובר למערכת הולכת הגז הארצית של נתג"ז.
בהתאם להחלטת ועדת חוץ וביטחון בכנסת, השטח שסביב האסדה ברדיוס של כ-3 ק"מ אסור לשיט מסיבות בטיחותיות וביטחוניות.
צרכנים.
מאגר לוויתן מספק גז טבעי ללקוחות בישראל ומחוצה לה.
בישראל חתמו השותפות במאגר על הסכמים למכירת גז טבעי לחברת החשמל, לכיל ובז"ן, לחברת אדלטק המקימה תחנות כוח המבוססות על גז טבעי, ועוד.
בנוסף מספק לוויתן גז טבעי ללקוחות במדינות השכנות ירדן ומצרים.