הפורטוגזים הגיעו לאתיופיה בשנת 1520 תוך שהם מחפשים את ממלכתו של פרסטר ג'ון האגדי, ואף על אף שמשלחת דיפלומטית מפורטוגל, תיווכה בתחילה בין הממלכות שבראשה עמד רודריגו דה לימה היא נכשלה, בסופו של דבר הפורטוגזים עזרו לחבריהם הנוצרים כנגד אדאל האסלאמית ושלחו צי בפיקודו של אסטבאו דה גאמה שהיה מוצב בהודו והגיע לנמל מסוע בפברואר 1541. במסוע השליח של הקיסר האתיופי קיבל המשלחת שאיתה היו כ-400 רובאיים, הכוחות הפורטוגזים הצטרפו לחילים האתיופים שנלחמו בהצלחה נגד המוסלמים אך הובסו בקרב וופלה שהתרחש ב-28 באוגוסט 1542, ומפקדם נלכד והוצא להורג. ב-21 בפברואר 1543 כוח משותף אתיופי-פורטוגזי הצליח להביס את הצבא האסלאמי בקרב ווינה דגה, שבו אחמד גראגן נהרג והמלחמה הסתיימה בניצחון אתיופי-פורטוגזי.
בעקבות הניצחון המשותף הורשו מיסיונרים פורטוגזים קתולים להיכנס לאתיופיה ולהפיץ את משנתם.
אלמנתו של אחמד באטי דאל וואמבארה במטרה לנקום את מות בעלה התחתנה עם אחינו האמיר של הרר נור אבן מאג'והיד שהבטיח לה לנקום שאת מותו של אחמד, אחינו של גראן המשיך את הלחימה כנגד אתיופיה אך נהרג כאשר אתיופיה פלשה בשנית לאדאל ב-1567, וכיתרו את זילע ב-1660. במקביל הפורטוגזים, ניסו לכבוש את העיר מוגדישו אך ללא הצלחה. סולטנות אדאל התפוררה לבסוף למספר מדינות עצמאיות כמו אמירות הרר סולטנות אוסה ושבטים סומלים רבים בעקבות ההגירות של האורומו לאזור זה. בירת אדאל זילע נהפכה לעיר חסות של תימן, ואז נכלל בתוך האימפריה העות'מאנית.
הגירת האורומו הגדולה.
האורומו (נקראים גאלה על ידי האתיופים) הם עם שהחל להגר מדרומה של סומליה לתוך שטחים במרכזה של אתיופיה תחת הנהגתו של האלובה מעלבח. ההגירות האלה השפיעו גם על הסידמאים, ועל הממלכה המוסלמית בעמקים, אדאל. האורומו, שמקורם בדרום אתיופיה ומזרח קניה של היום, היו אנשים כפריים ושוויוניים שנחלקו למספר שבטים קטנים או קבוצות אך אורגנו במערכת של גיל ושל ארגון סוציאלי הנקרא מערכת גאדה, ובאופן אידיאלי הותאמה למלחמה. הנטייה של האורומו למלחמה, יחד עם אוכלוסייה גדולה בעלת הרבה בקר, הוליכה להתרחבות ארוכת טווח של שטחי האורומו על חשבון שכניהם אחרי שנת 1550. שלא כמו הרמה הנוצרית או העמק האסלאמי, האורומו לא ייסדו אימפריה. בסדרת הגירות ענקיות ללא תיאום במשך החצי השני של המאה ה-16,הם חדרו לרמות הצפוניות, הדרומיות והעמקים במזרח, והשפיעו על הנוצרים והמוסלמים במידה שווה.
הנדידות האלה השפיעו גם על האורומו. הם תקפו ופשטו בשטחי כל העמים הסמוכים בחיפוש אחר אדמה חדשה. הם היגרו יותר ויותר רחוק ממולדתם ופגשו מאפיינים פיזיים חדשים וסביבות אנושיות. קבוצות שלמות של אוכלוסיית האורומו הסתגלו על ידי הפיכת המודל השלטוני שלהם לחיים כלכליים, והארגון הפוליטי הסוציאלי שלהם, ונאמנות דתית. רבים מאוכלוסיית האורומו התערבבו עם האמהרים (במיוחד בשאווה), ונהפכו לנוצרים, ולבסוף השיגו שלטון בקיסרות במסווה של האנדרסה. במקרים מסוימים, חברי בית מלוכה באו מאיחוד של אמהרים ואלמנטים של האורומו. במקרים אחרים, האורומו, בלי לאבד את הזהות שלהם, נעשו חלק מהאצולה האתיופית.
הנדידה של האורומו החלישה את הכוח המוסלמי והנוצרי ויצרה חוצץ בין שתי האומות דרך הקצה המזרחי של הרמות. באתיופיה הנוצרית, האורומו חדרו לאזורים גדולים במזרח ובדרום, עם מספרים גדולים בשאווה וחלקים סמוכים של הרמות המרכזיות. אחרים נדדו רחוק כמו תיגראי שבצפון. הנדידות של האורומו הגדילו את האוכלוסייה הזרה באתיופיה השמית. אחר כן, האורומו שיחקו תפקיד עקרי בדינאמיקה הפנימית של אתיופיה, שכן הם התבוללו לאט לאט באימפריה הנוצרית האתיופיה. בדרום, הסידאמה התנגדו באופן עז להגירת האורומו, אך כפי שקרה ברמות הצפוניות והמרכזיות, הם הוכרחו להיכנע. במזרח, האורומו הרסו את מה שנשאר מסולטנות אדאל וגרמו לירידת ממלכה זו.
הפלישה העות'מאנית.
העות'מאנים פלשו לאתיופיה ב-1557 עם כוח של בין 1,400 - 1,500 חיילים תחת פיקודו של אזדאמיר פאשה בשלטונו של הסולטאן סולימאן הראשון. בתחילה הם לכדו את ערי החוף מסוע וחרגיגו ולאחר מכן את עיר הבירה האזורית דאברווה, שם הם הקימו מוצב קדמי מכספי מס גולגולת שהטילו על האוכלוסייה המקומית . מבצר דומה נבנה גם בחרגיגו, מבצר דומה תוכנן גם במסוע אך התוכנית ננטשה בשל חוסר חומרי בניין מתאימים. דאברווה ניתנה יותר מאוחר לאצילה המקומית שהייתה כלת אמו של האימאם אחמד גראן. מסוע על פי התוכנית העות'מאנית הייתה צריכה להיות בסיס האם של הצבא.
העות'מאנים שינו טקטיקה וניסו אחת חדשה שהצליחה בבלקן, לכבוש את שטחם של השליטים המקומיים ובכך להחליש את השלטון המרכזי. הבהר נגוס יסחק שהיה ביחסים רעים עם הקיסר האתיופי מינאס, ונלחם כנגדו ב-1561 והובס. יסחק פנה לעות'ומאנים והבטיח להם בתמורה לוותר על הערים דאברווה, מסוע, חרגיגו וכל השטח שבין הערים האלו. יסחק והקיסר מינאס השלימו והעות'ומאנים הוצאו מדברווה ב-1572 אך הוחזרה אליהם בגלל ההסכם שחתם איתם לפני כן.
סרצה דנגל היורש של מינאס כקיסר אתיופיה, התרגז על החזרת העיר לעות'ומאנים ויצא לקמפיין צבאי כנגד יסחק ב-1576, הוא הצליח להביס את הצבאות של בהר נגוס יסחק העות'ומאנים והאמיר של הרר ב-1579 והוציא את המפקדים שלהם להורג. כתוצאה מתבוסה זו כ-100 רובאים ו-100 פרשים נשלחו למאסאווה ממצרים. מאסאווה חוזקה עם עוד כ-300 רובאיים, 100 פרשים ו-10 תותחים. העות'ומאנים חזרו לטקטיקה הקודמת שלהם להילחם במנהיגים מקומיים ולכן מינו את ווד אזום כבהר נגוס, בשנת 1588 צבאם המשיך דרומה אך הובסו בקרב על ידי אציל מקומי. הקיסר סרצה דנגל פחד מהתרחבות העות'ומנית, ויצא למתקפה כושלת כנגד העירה חרגיגו ב-1589.
הסכסוך עם אתיופיה נמשך גם כאשר הקיסר סוסניוס "המושפע הפורטוגזי" עלה לשלטון, קרב שהתנהל בין שתי המדינות ב-1615 הוכרעה לרעת אתיופיה. לבסוף נחתמה אמנת שלום בין הצדדים שכללה פטור ממס לכנסייה האתיופית פטור ממכס לשליחים קיסריים וישועיים. היחסים עם יורשו של סוסניוס פאסילידס, היו הרבה יותר טובים. המרת הדת של סוסניוס לקתוליות יצאה בתנועה נגדית כנגד הפורטוגזים-הקתולים והפילה את הקיסר סוסניוס. הקיסר פאסילידס שהתנגד לקתולים הוציא הריגה לכל הישועיים שרף את ספריהם ובשנת 1648 שינה את ההסכם עם העות'ומאנים ודרש איסור כניסה דרך נמלי הים האדום לאתיופיה של ישועים.
האימפריה העות'מאנית שלטה בצפון אתיופיה בעיקר באזורי החוף כשלוש מאות שנים, לאחר העות'ומאנים האזור נשלט על ידי מצרים ב-1865, אחרי שהמצריים שלטו באזור האיטלקים הגיעו ב-1885 והקימו את הקולוניה אריתריאה, מתוך שטחים שנקנו מסולטנות עפר שנוסדה ב-1577 בעקבות נפילתה של סולטנות אדאל ונהפכה למדינת לוויין של האימפריה האתיופית בתחילת שלטונו של סוסוניוס.
הישועים הפורטוגזים.
הישועים שליוו את כריסטובאו דה גאמה והגיעו במאה ה-17 הקימו את מרכזם בפרמונה, שם הם דוכאו, הוזנחו אך לא גורשו. מנהיגם פדרו פאיש (), שכתבים מתארים אותו כאדם גדול, הצליח להמיר את דתו של הקיסר האתיופי מלאק סגד לנצרות הקתולית בשנת 1612. בשנת 1622 הצהיר הקיסר על אמונתו הקתולית בגלוי ואסר על דתות אחרות למעט הקתוליות. פדרו נפטר כעבור חודשים ספורים ומחליפו אפונסו מנדש, שהגיע למאסאווה ב-24 בינואר 1624, היה יהיר ופחות סובלני בנוגע לפולחן הנוצרי המקומי. השינויים שכפה מנדש עוררו התנגדות שגברה לכדי סדרה של התקוממויות שדיכא הקיסר בזו אחר זו, עד שהקיסר עצמו חזר בו מתמיכתו בדרישות הנוקשות של מנדש.
בשנת 1630 הכריז השליט של באגמדיר, סרצה קראסטוס, על בנו של מלאק סגד פאסיל כקיסר אתיופיה. בעקבות זאת נלכד סרצה קראסטוס והוצא להורג בתליה. שנתיים לאחר מכן אחיו של סוסניוס, מלטה קראסטוס ארגן מרד כושל בלסתה שעלה בחייהם של כ-8,000 בני אדם. ההפסד חסר התכלית הזה של חיים דיכאו את סוסניוס, הוא חזר לארמונו בדנקאז והוציא צו שביטל את החוק הקודם והרשה פולחן חופשי ובכך חזרה הכנסייה האתיופית.
לאחר שנפטר בנו פאסיל ירש אותו כקיסר. פאסיל גירש את היישועים מאדמת אתיופיה וסיים את הסכסוך האורתודוקסי-קתולי.
המערכה כנגד היהודים.
בתקופה זו היהודים חברו לסולטנות אדאל בגיבוי האימפריה העות'מאנית תחת האימאם אחמד גארן שפשטו על שטחי האימפריה האתיופית הם שיתפו פעולה עם הצבא האסלאמי של גראן ונלחמו כנגד צבאותיו של הקיסרים לבנה דנגל וגלאוודיוס, אתיופיה יחד עם חיילים פורטוגזים בראשותו של כריסטבוו דה גמה הצליחו לנצח את המוסלמים מאדאל ולהרוג את גראן בקרב ווינה דגה. שיתוף הפעולה הצבאי עם המוסלמים מתועד גם בספר "קול מבשר" מאת רבי יצחק בן אברהם עקריש (ה'ר"ן-ה'ש"ם, 1490–1580 לערך), שהתחקה אחר ידיעות ששלחו לוחמי האימפריה העות'מאנית על בעלי בריתם המקומיים, בני ביתא ישראל היהודים. בהקדמה לספר מתאר עקריש בפרוטרוט ובשבועה שלוש ידיעות על הממלכה היהודית, מהן שתיים התפרסמו לדבריו במצרים ובקושטנדינא.
לאחר שהקיסר גלאוודיוס ניצח את המוסלמים הוא פנה צפונה לנקום ביהודים והוציא להורג את המלך היהודי יורם על עזרתו למוסלמים. לאחר מותו של יורם עלה לכס מלכות היהודים, ראדי שנלחם גם הוא כנגד צבא אתיופיה הפעם תחת הקיסר מינאס, ראדי השיג השגים מרשמים והיהודים כבשו תחתיו את מחוז ווגארה דרומית לסאמיאן וחיזקו את ההגנות בהרי סאמיאן הקרבות כנגד מינאס היו מוצלחים וחייליו הובסו בקרב.