וכך, מיד עם פרוץ המלחמה, בסוף שנת 1939, המוסדות הלאומיים של היישוב היהודי הכריזו על מפקד שיביע את נכונות היישוב להתגייס למלחמה באויב הגרמני. 140,000 צעירים התייצבו במפקד והיו מוכנים להצטרף מיד לצבא הבריטי ולהילחם בשורותיו - תחת דגל עברי. היה זה משה שרת (אז - משה שרתוק), ראש המחלקה המדינית בסוכנות היהודית, שיזם את התוכנית לגיוס המוני לצבא הבריטי.
הממשל הבריטי הסתייג מהגיוס מהסיבות הבאות:
כבר בספטמבר 1940 התגייסו ראשוני המפקדים בארגון "ההגנה" לקורס קצינים וסמלים, שנערך בסרפנד (צריפין). הקורס השני החל ב-8 בדצמבר וסיים ב-10 בפברואר 1941. רק בקיץ 1941 הסתיימו הספקות, הצבא הגרמני תקף את ברית המועצות והיה במדבר המערבי בדרכו לכיבוש תעלת סואץ - עורק החיים של האימפריה הבריטית. בארץ ישראל התעוררה מחדש התביעה להתגייס, בצורה המונית, לצבא הבריטי. וכך הכריזו המוסדות הלאומיים על צו גיוס של רווקים מגיל 20 עד 30 ונקטו אמצעים נגד המשתמטים ממילוי הצו. היו היסוסים בקרב חייבי הגיוס, בין השאר, בקרב הציבור הדתי, שבדרך כלל נרתע מצבאיות והכיר את הבעיות הכרוכות בשירות בצבא זר.
המרות הלאומית על המתגייסים נשמרה באמצעות עסקני היישוב שהתגייסו לצבא. הם גויסו אמנם על מנת לתת דוגמה לציבור, אך בהמשך נעשה בהם שימוש לשמירת המרות היישובית על החיילים במסגרת הצבא. במיוחד השיטה פעלה אצל הבריגדה היהודית: היו שתי היררכיות" ה"צבאית" מהמטה ליחידות וה"אזרחית" שהעבירה הנחיות מהמוסדות הלאומיים דרך "ועד הבריגדה". ההנחיות היו בעיקר בתחום: ההכשרה, החינוך והעלייה לשארית הפליטה.
תחילת הגיוס.
הראשונים שהתגייסו לצבא הבריטי היו 12 חיילים, אשר כבר ב-7 בספטמבר 1939 - שבוע ימים לאחר פרוץ המלחמה - התגייסו להפעלת סוללת תותחים אנטי-אווירית במפרץ חיפה, להגנה על בתי הזיקוק ועל נמל חיפה - הנמל עמוק המים היחיד בארץ ישראל. הבריטים ניסו לגייס יהודים וערבים לפלוגות מיוחדות ולנטרל בכך את החסרונות שראו בגיוס יחידות עבריות הומוגניות, אך ללא הצלחה רבה.
הבריטים היו מעוניינים בבעלי מקצוע. וכך גויסו רבים ליחידות הנדסה, הובלה, תחזוקה ורפואה. אשר למניעים לגיוס, היו שטענו כי ברוב המקרים המניעים היו כלכליים גרידא. בארץ ישראל שררה אבטלה נרחבת, והגיוס לצבא נראה פתרון הולם לרבים, בייחוד כאשר התנהל בעורף החזית: במזרח התיכון ככלל ובארץ ישראל בפרט - למקצועות אזרחיים נבחרים. עם זאת היה גם אלמנט של רצון לקחת חלק בלחימה נגד האויב הנאצי. בייחוד אצל העולים שהגיעו בעשור האחרון ממרכז אירופה ועמדו על משמעות המשטר הנאצי. רשמית הוצגו שתי סיבות: נקמה בגרמנים והכנה של גרעין לצבא העברי, לעת הצורך.
יחידות היישוב בצבא הבריטי.
יחידות היישוב בצבא הבריטי כללו:
ההווי הציבורי.
חלק ניכר מהמתנדבים היהודים שהו בזמן המלחמה במצרים. לרוב, חיילים אלה שירתו בבסיסים עורפיים ויכלו לצאת בסוף יום העבודה ובסופי שבוע לערי מצרים. המקומות הפופולריים היו היכן שהיו קהילות יהודיות בקהיר, באלכסנדריה ובאסמאעיליה. יותר מאוחר, עם כיבוש צפון אפריקה, היו גם בטריפולי ובבנגזי שבלוב, ובתחילת המלחמה היו גם בביירות שבלבנון. במקומות אלה הוקמו על ידי הקהילות היהודיות המקומיות בשיתוף עם הוועד למען החייל מועדונים, אליהם הגיעו צעירים וצעירות יהודים מקומיים. היכרויות אלה הביאו לעידוד העלייה לארץ מיוצאי הארצות האלה.
אחת הערים המרכזיות שבהן נפגשו החיילים והחיילות היהודים הייתה איסמעיליה, במרכז אזור תעלת סואץ, בו היו מרוכזים בסיסים צבאיים גדולים. בניהול הקהילה המקומית ובעזרת הוועד למען החייל הוקם במקום מועדון. הקהילה המקומית באה לעזרת החיילים שחיפשו סביבה יהודית אוהדת. במיוחד הצטיינו המשפחות היהודיות בארגון סדר פסח, תוך הקפדה על כשרות המאכלים. הצבא הבריטי היה מוכן לספק את כל הדרוש לסדר של מאות חיילים. וכך, הבריטים קנו בהמות חיות רבות וארגנו בית מטבחיים מיוחד לחיילים. יין ומצות, הביא הוועד למען החייל מארץ ישראל. ההעברה הוסדרה באמצעות גיוס קרונות רכבת משא שהגיעו עם המטען מארץ ישראל למצרים. במקום נערך אחד ה"סדרים" הגדולים של החיילים היהודים שהיו על אדמת מצרים.
תנועת ההעפלה.
בתקופה הראשונה של מלחמת העולם השנייה, מפרוץ המלחמה ועד פברואר 1940 לא חדלה תנועת המעפילים דרך הים לארץ ישראל. במשך תקופה זו הגיעו לארץ ארבע ספינות מעפילים. בנובמבר 1940 הגיעו לארץ שלוש ספינות מעפילים והבריטים החליטו לגרש את המעפילים למאוריציוס שבאוקיינוס ההודי. תוך כדי כך אירע אסון ספינת הגירוש פאטריה, שאמורה הייתה להוביל את המגורשים למאוריציוס. "ההגנה" החליטה לבצע חבלה קלה בספינה, כדי למנוע את הגירוש. מטען חומר הנפץ שהוצמד לקרקעית הספינה, אשר אמור היה לגרום לפגיעה קלה בה, היה גדול מדי לגבי הספינה, שהייתה ישנה ורעועה, וגרם לטביעתה ב־25 בנובמבר 1940 על למעלה מ־200 המעפילים ו־50 החיילים הבריטיים שהיו עליה.
אסון ימי כבד יותר הקשור בהעפלה אירע ב-24 בפברואר 1942, כאשר ספינת המעפילים הרעועה סטרומה, שעל סיפונה 769 מעפילים פליטי שואה מרומניה טבעה בים השחור, לאחר שהבריטים סירבו במשך חודשים להתיר עליית המעפילים שעליה לארץ, עד שהטורקים גירשו אותה לגורלה לים השחור והיא הוטבעה בו. מכל 769 המעפילים שרד רק בן אדם אחד. הסברה שתקבלה כעבור שנים היא כי הספינה הוטבעה על ידי צוללת סובייטית.
העזרה לברית המועצות.
בשנות המלחמה הראשונות שררה ביישוב תחושת אכזבה מכך שברית המועצות לא הצטרפה למלחמה לצד בעלות הברית. פלישת הנאצים לברית המועצות ב-22 ביוני 1941 גרמה לתחושת הקלה ביישוב. נוסדה ליגה V לתמיכה בברית המועצות ולסיוע לה. בכספי תרומות נרכשו שלושה אמבולנסים על ציודם והוסעו בדרך היבשה לאיראן שם נמסרו ב־28 באפריל 1943 לידי אנשי השגרירות הרוסית שהעבירו אותם לידי הצבא האדום בגבול איראן - ברית המועצות.
הלחימה בארץ ישראל.
עם התקרב הסכנה לארץ ישראל מצפון, מצד סוריה ולבנון שהיו תחת שלטון צרפת של וישי ומדרום, מצד כוחות קורפוס אפריקה של הגנרל רומל שנעו בצפון אפריקה מזרחה לכיוון תעלת סואץ וארץ ישראל, הגיעו הבריטים לידי מסקנה כי הגורם היחיד עליו יכולים הם לסמוך בשעת חירום זו הוא היישוב היהודי בארץ ישראל. החלה תקופת השיתוף בין הבריטים לבין הנהגת היישוב וארגון ההגנה והוקם הפלמ"ח באימון ובנשק בריטי, ככוח גרילה שיילחם בעורף האויב הגרמני אם הארץ תיכבש.
הלחימה בסוריה.
ב-18 במאי 1941, בתקופת השיתוף של ההגנה עם השלטון הבריטי, יצאו 23 חברי ההגנה, בפיקודו של רב-סרן בריטי לשליחות חבלה בטריפולי שבלבנון. עקבותיהם אבדו ללא שוב.
ביוני 1941 יצאו הכוחות הבריטיים למערכה בסוריה ובלבנון לשם כיבוש שתי הארצות מידי שלטון וישי. לכוחותיהם נתלוו אנשי פלמ"ח כסיירים ומורי דרך. בקרב זה איבד משה דיין את עינו.
התקפות של איטליה.
איטליה, שהכריזה ב-1940 מלחמה על בריטניה לצדה של גרמניה, תקפה את ארץ ישראל מן האוויר. חיפה הופצצה 4 פעמים במהלך 1940 ובהתקפות נהרגו עשרות אנשים. ב-9 בספטמבר הופצצה תל אביב. בהתקפה נהרגו 112 איש, רבים נפצעו ונגרם הרס רב.
כן היה ניסיון של צוללת איטלקית לפגוע בנמל חיפה, אך הצוללת הוטבעה במימי המפרץ. לאחר שקמה מדינת ישראל חולצו גופות מלחי הצוללת והובאו לקבורה באיטליה.
"מצדה על הכרמל".
ביוני 1942 הגיע הצבא הגרמני, שהתקדם מכיוון המדבר המערבי, היום לוב, למערב מצרים. גרמניה תכננה לנתק את התחבורה הימית שעברה בתעלת סואץ, בין בריטניה לבין הודו, תחבורה שהייתה חיונית לאימפריה הבריטית. החשש היה כי הצבא הגרמני, לאחר כיבוש תעלת סואץ, ימשיך צפונה, לארץ ישראל, ויתחבר לצבא הצרפתי של וישי, שהיה אז בן ברית של גרמניה הנאצית, בסוריה ובלבנון. ורנר סנטור, חבר הנהלת הסוכנות היהודית ביטא את חששם של רבים באומרו: "רוסיה היא מדינה עצומה ... וארץ כזו אינה ניתנת להשמדה, אבל את מפעלנו בארץ אפשר להשמיד במשך 24 שעות. אין איש יודע מה יהיה גורלו של היישוב תחת מגף הפולש אם חלילה יכבוש את הארץ, אבל התקווה שלנו היא שותפותם של הבריטים".
לתקופה זו, מאביב 1942 עד נובמבר 1942, ניתן לימים הכינוי מאתיים ימי חרדה. במשך תקופה זו דנו הנהגת היישוב ופיקוד ההגנה, ביניהם: יוחנן רטנר, מבכירי "ההגנה", ויצחק שדה, מפקד הפלמ"ח בתוכניות שונות לקידום פני הפלישה. בחודש מרץ 1942 הוחל בעיבוד תוכנית הגנה למקרה שהארץ תיכבש בידי צבאות גרמניה ומדינות ה"ציר". לפי התוכנית היו אמורות כל היחידות של הצבא הבריטי לסגת לתחום עיראק ואיראן לשם הערכות מחדש במקרה שהארץ תיכבש בידי הנאצים.
במקביל הוכנה תוכנית, שבה היה תפקיד ליישוב היהודי בארץ ישראל. התוכנית נקראה: "התוכנית לארץ ישראל שלאחר הכיבוש", לפעילות פרטיזנית תחת כיבוש גרמני. לפיה, ניתן היה לרכז את כל הכוח היהודי הלוחם ואת מאה אלף היהודים שגרו באזור הכרמל בתוך מתחם מבוצר הכולל את העיר חיפה, את הר הכרמל עד נחל בית-אורן, ואת מפרץ חיפה וחלק מעמק זבולון. לדעת המתכננים, לריכוז כוח יהודי במתחם המוגן על ידי אזור הררי ובנייה צפופה, ומתוגבר באספקה דרך נמל הקישון ושדה התעופה בעמק זבולון, יהיה תפקיד דומה לזה של המובלעת הבריטית בטוברוק: עליו לעמוד מול התקפות האויב חודשים אחדים, שבמהלכם תינתן לבריטים שהות להתאושש, ולכבוש את הארץ מחדש. התוכנית נקראה גם בשמות: "תוכנית הצפון", "תוכנית הכרמל", או "תוכנית מוסא דאג".
הסכנה חלפה ב־3 בנובמבר 1942 עם ניצחון הבריטים בקרב אל עלמיין השני. שרידים מביצורים אלה מצויים עד היום ברכסי הר הכרמל, מעל לנחל אורן, מעל למושבה עתלית.
תחילת התיעוש הארץ-ישראלי.