ב-1989 פנה אל האגודה יונתן דנילוביץ', דייל אל על, שחי עם בן זוגו מאז 1979. חברת אל על סירבה לבקשת דנילוביץ' לקבל כרטיסי טיסה עבור בן זוגו, כפי שמקובל באל על לגבי בני זוג ידועים בציבור. האגודה הגישה בשמו תביעה לבית הדין לעבודה. הייתה זו פעם ראשונה שהומוסקסואל תבע בבית משפט זכויות שוות. במקביל לדיונים בתיק, התקבל תיקון לחוק שוויון ההזדמנויות בעבודה שאסר אפליה בעבודה בשל נטייה מינית. בהסתמך על התיקון קבע ביה"ד כי מדיניות אל-על מפלה בשל נטייה מינית ולפיכך היא בלתי חוקית. לאחר שערעורה של אל על נדחה בבית הדין הארצי לעבודה, הגישה החברה ב-1994 עתירה לבג"ץ, שנדחתה אף היא. בג"ץ קבע כי מדיניותה של אל על פוגעת בזכות לשוויון והיא פסולה. האגודה ממשיכה לפעול לקידום זכויות קהילת הלהט"ב, ובמיוחד להכרה בזכויות הנובעות מזוגיות של בני אותו מין, כגון הכרה באלמן צה"ל, זכויות פנסיה, פטור ממס שבח, זכאות לקצבת שארים והכרה בנישואים שנרשמו מחוץ לישראל.
ב-1990 הצטרפה לאגודה לזכויות האזרח עמותת "אור אדום", שפעלה נגד אלימות המשטרה כלפי אזרחים. מאז טיפלה האגודה בתלונות רבות בנושא. המודעות הגוברת לאלימות משטרתית הביאה ב-1993 להקמת ועדה על ידי שר המשטרה. לראש הוועדה מונה מרדכי קרמניצר, חבר מרכזי באגודה. בדו"ח הוועדה שפורסם ב-1994 נקבע כי התופעות של שימוש בכוח מופרז והתעמרות באזרחים מצד שוטרים חמורות יותר בישראל מאשר במדינות רבות בעולם. כדי להביא לתיקון המצב, יזמה האגודה פרויקט חינוך רב שנים לכוחות הביטחון, במסגרתו הועברו סדנאות והשתלמויות לשוטרים, אנשי מג"ב, סוהרים וחיילי צה"ל.
שנות התשעים.
ב-1991, בעקבות החלטת האגודה שנה קודם לכן להרחיב את עיסוקה גם לתחום הזכויות החברתיות, החלה האגודה לפעול למען זכויות אנשים עם מוגבלות, ובמיוחד כאלה הלוקים בפיגור שכלי. עד מהרה הובהר הצורך לעסוק בכל קשת המוגבלויות והלקויות, בכל תחומי החיים. משום כך הקימה האגודה ב-1992 ארגון נפרד בשם "בזכות - המרכז לזכויות אדם של אנשים עם מוגבלויות".
ב-1992 חלה עליה בפיגועים שביצעו אנשי החמאס והג'יהאד האסלאמי נגד ישראלים, וב-16 בדצמבר 1992 החליטה הממשלה לגרש ללבנון "מסיתים לפעולות טרור". נציגי האגודה באו בלילה לביתו של השופט אהרן ברק, שנתן צו ביניים שמנע באופן זמני את הגירוש. בדיון עצמו החליטו רוב השופטים לבטל את צו המניעה הזמני, ואנשי החמאס גורשו ללבנון. עם זאת הורה בג"ץ לשר הביטחון ולצה"ל לנמק את החלטת הגירוש, וראש הממשלה יצחק רבין תקף את האגודה בחריפות וכינה אותה "האגודה לזכויות החמאס". בדיון לגופה של העתירה, נקבע כי לא ניתן לגרש ללא מתן זכות טיעון, וכי המגורשים רשאים לממש את זכות השימוע שלהם בדיעבד. למחרת, חובלה מכוניתו של עו"ד יהושע שופמן, שייצג את האגודה בפרשה.
במחצית שנות ה-90 החלה האגודה לעסוק בזכויות העובדים הזרים ושיתפה פעולה עם ארגונים אחרים, בהם "קו לעובד", "רופאים לזכויות אדם", ו"המועצה לשלום הילד". במסגרת שיתוף פעולה זה קמה ב-1997 קואליציה של ארגונים בשם "אצבע על הדופק", שפעלה לשימור העקרונות הבסיסיים של חוק ביטוח בריאות ממלכתי: שוויון בשירות הרפואי ואי-התניית שירות בתשלום.
באותן שנים הגבירה האגודה את טיפולה בזכויותיהם של האזרחים הבדואים בנגב. האגודה הגישה שורה של עתירות נגד אפליית הבדואים, בהן עתירה נגד אי ההכרה המתמשכת ביישובי הבדואים, ועתירות לפיתוח שירותים ביישובים הללו כגון בתי ספר ומרפאות.
ב-1994, לאחר טבח מערת המכפלה, בוצעו מעצרים מנהליים בקרב פעילים בתנועת כך. נועם פדרמן ושנים אחרים מן העצורים מהם ביקשו וקיבלו מהאגודה ייצוג משפטי, נוכח התנגדותה העקרונית של האגודה למעצרים המתבצעים על ידי הרשות המבצעת ולא על ידי הרשות השופטת. היה זה מקרה ראשון של ייצוג אנשי ימין על ידי האגודה בנסיבות שכאלה, שכן רוב רובם של המעצרים המנהליים באותן שנים היו של פלסטינים תושבי יהודה ושומרון ורצועת עזה.
ב-1995 קיבל בג"ץ את עתירתה של אליס מילר, שיוצגה על ידי עורכי-הדין של האגודה ושדולת הנשים, בעניין סירוב צה"ל לקבל את מילר לקורס טיס. "מבחנו האמיתי של שוויון הוא בהגשמתו, הלכה למעשה, כנורמה חברתית תוצאתית", כתב השופט אליהו מצא. בעקבות פסק הדין נפתחו בפני נשים הכשרות שונות שהיו עד אז סגורות בפניהן, בהן קורס טיס, קורס חובלים, קורסים שונים בחיל התותחנים, מערך הנ"מ בחיל האוויר הישראלי, משמר הגבול ועוד. התיקון לחוק שירות ביטחון, מינואר 2000, השלים את פסיקת בג"ץ בעגנו את זכותה של חיילת להתנדב למקצועות לחימה, שנקבעו על ידי שר הביטחון. מילר עצמה לא התקבלה לקורס הטיס, משום שנמצאה כלא מתאימה, אך הפכה מאז לאחד מסמלי המאבק לשוויון בצה"ל. בעקבות פסק הדין, פנו לאגודה נשים שביקשו להתגייס למשטרה אך נדחו בטענות שוביניסטיות. האגודה עתרה לבג"ץ, עתירה שאמנם לא נתנה מענה לעותרות עצמן, אך הביאה לשינוי ביחס המשטרה לנושא, ולבחינה מחדש של יעדי גיוס הנשים וקידומן במשטרת ישראל.
באפריל 1995 מת עבד אל סאמד חריזאת, כתוצאה מחקירתו בשב"כ שבה טולטל ונוער בחוזקה פעמים אחדות. פרקליטות המדינה החליטה להעמיד לדין משמעתי את אחד החוקרים. הפרשה עוררה ביקורת ציבורית ביחס לשימוש בעינויים, והאגודה דרשה מוועדת השרים לענייני השב"כ ומהיועץ המשפטי לממשלה לאסור לאלתר על שימוש בשיטת הטלטולים. משהדרישה לא נענתה, עתרה האגודה לבג"ץ. העתירה הצטרפה לעתירה אחרת שהגיש שנה קודם לכן הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל. בג"ץ לא מיהר לפסוק בעניין זה, ורק במרץ 1998 החליט לקיים דיון עקרוני משותף בכל העתירות הרבות שהוגשו עד אז נגד שימוש בעינויים בחקירות שב"כ. בספטמבר 1999 קיבל הרכב מורחב של תשעה שופטים, בראשות הנשיא אהרן ברק, את העתירות, וקבע כי אסור לשב"כ להשתמש בטלטולים או בעינויים פיזיים אחרים בחקירותיו.
בג"ץ קעדאן - החל משנת 1995 ייצגה האגודה בעתירה לבג"ץ את משפחת קעדאן מבאקה אל-גרבייה שביקשה לרכוש מגרש ולבנות בית ביישוב קציר, אך הובהר להם כי מדיניות היישוב אינה מאפשרת מגורים לערבים, אלא ליהודים בלבד. בפסק-הדין שניתן במרץ 2000, נקבע כי הקצאת קרקעות וייחוד יישובים ליהודים בלבד על מקרקעי ציבור איננה חוקית.
ב-1996 החליפה רות גביזון את שמעון אגרנט כנשיאת האגודה (כיהנה עד 1999).
המאה ה-21.
ב-2000 קיבל בג"ץ עתירה שהגישה האגודה בשם רותי וניקול ברנר-קדיש, זוג לסבי, עקב סירובו של משרד הפנים לרשום את ניקול כאם המאמצת של מתן, בנה של בת זוגה רותי. למרות ניסיונות משרד הפנים למנוע את הדבר, ביולי 2001 נרשמה ניקול כאמו השנייה של מתן, ובכך נקבע התקדים של שתי אמהות.
עם תחילת האינתיפאדה השנייה, פרצו הפגנות מחאה של ערביי ישראל, שהפכו להתנגשויות אלימות עם המשטרה, ו-13 בני אדם נהרגו מירי המשטרה. האגודה פעלה, יחד עם ארגונים אחרים, להקמת ועדת חקירה ממלכתית, שתחקור את האירועים, ולאחר הקמתה פרסמה, יחד עם ארגון "עדאלה" והאגודה הערבית לזכויות האדם, דו"ח על האירועים ובו עדויות ראייה. האגודה הגישה שורה של עתירות לבג"ץ ופעלה במישור הציבורי כדי להביא לידיעת הציבור את הנעשה בשטחים. פעולות האגודה עוררו ביקורת קשה עליה, הן בקרב הציבור והן בקרב הרשויות, ובראשן על ידי היועץ המשפטי לממשלה, שתקף את האגודה בחריפות על התבטאויותיה.
בעקבות האינתיפאדה וגל פיגועי ההתאבדות, החלה ישראל באמצע 2002 בהקמת גדר ההפרדה. האגודה התריעה כי תוואי הגדר גורם לפגיעה קשה ורחבה בזכויות האדם של התושבים הפלסטינים, ומנתקת רבים מהם מאדמתם, ממקומות עבודתם ומשירותים חיוניים. בעקבות עתירות ופעילות האגודה שונה תוואי הגדר באופן משמעותי בגזרות שונות. בשנת 2002, לאחר אירועי הפיגוע במלון פארק בנתניה ומבצע חומת מגן פרץ עימות פנימי באגודה סביב מה שנתפס בעיני יו"ר ההנהלה, נעמה כרמי, כהצדקה של חלק מהעובדים - רובם ערבים - לפיגועי טרור נגד יהודים, ובעיניהם - כהזדהות של האגודה עם הנראטיב של צה"ל ומדינת ישראל. בד בבד עם פעילותה זו, התקבלה באגודה החלטה לפיה הפגיעות בזכויות אדם של האוכלוסייה הפלסטינית, הנובעות מההתנחלויות, הן פרי המשטר בשטחים המקיים להשקפתה שתי מערכות נורמטיביות שונות, הנותנות עדיפות למתיישבים היהודים בשטח על פני התושבים המקומיים הפלסטינים. מצב זה, לדעת האגודה, מנוגד מעצם טיבו לזכויות אדם. עם זאת האגודה אינה נוקטת בעמדה ישירה באשר להחלטות מדיניות, כדוגמת הסדרים ביחס לסיום הסכסוך, אלא רק באשר להשלכותיהם על זכויות אדם ואזרח.
בעשור הרביעי לפעילותה פנתה האגודה לעיסוק גובר והולך בתחום הזכויות החברתיות-כלכליות. במאי 2003 התקבלה בישראל תוכנית כלכלית, במסגרתה קוצצו גמלאות הבטחת הכנסה במאות שקלים. האגודה הגישה עתירה לבג"ץ בדרישה שיכריז על ביטול הקיצוץ בשל פגיעתו ביכולתם של אנשים החיים מתחת לקו העוני להתקיים, עתירה שנדונה ביחד עם עתירות שהגישו ארגונים נוספים. בפסק-דין שניתן בדצמבר 2005, קבעו שבעת שופטי ההרכב פה אחד כי קיימת במשפט הישראלי זכות חוקתית לקיום בכבוד של כל תושב בישראל, זכות הנגזרת מ, ואף נקבע כי בסמכותו של בית המשפט לאכוף אותה על המדינה גם באמצעות חוקים במקרים המתאימים. עם זאת, ברוב של 6 מול 1 הוחלט לדחות את העתירות, לאחר שנקבע כי במקרה הקונקרטי לא הוכח שקיצוץ הקצבאות גרם לפגיעה לא חוקתית בזכות לקיום בכבוד.