חבר ה-IRA לשעבר, שון או'קאלהאן, טען שהוא נכח בפגישה של המועצה המהפכנית של ה-IRA ב-1983 שבה השתתף גם אדמס. או'קאלהאן מסר דין וחשבון בעדותו בפני בית המשפט העליון בדבלין. חברי ה-IRA לשעבר, אנתוני מקינטייר וריצ'רד או'ראווה, טענו שאדמס היה דמות מפתח ב-IRA. אדמס אמר הגיב באומרו: "אני רוצה להיות ברור מאוד בהכחשה שלי על חברותי ב-IRA, אך אני לא מנתק את עצמי מה-IRA. חבר ה-IRA לשעבר, פיטר רוג'רס, ציין כי אדמס ועמיתו מהשין פיין, מרטין מק'גיניס, הורו לרוג'רס להעביר חומרי נפץ לבריטניה ב-1980. שין פיין הגיבה להאשמות אלה בטענה שרוג'רס שיקר. רוג'רס נכלא ב-1980 על רציחתו של בלש של משטרת הרפובליקה האירית ומאוחר יותר שוחרר במסגרת התנאים של הסכם יום שישי הטוב. האב ג'רי ריינולדס, שעזר לקיים פגישות סודיות בין ג'ון יום לבין אדמס, הבהיר שלשאול את אדמס על חברותו ב-IRA זו "שאלה טפשית", שכן לדבריו, "ה-IRA הייתה אגודה סודית וסיבת קיומה של אגודה סודית היא להיות סודית".
ב-2003, כשהיא מנצלת את חסינותה הפרלמנטרית, טענה חברת הפרלמנט הבריטי מטעם המפלגה היוניוניסטית הדמוקרטית, איריס רובינסון, שאדמס היה מעורב ב-1978 בפעולה של ה-IRA בה הונחה פצצה במסעדת לה-מון ליד בלפסט. אדמס הכחיש את ההאשמות.
מפקד לשעבר ב-IRA, ברנדן יוז, נקב בשמו של אדמס כזה שהורה על רציחתה וקבורתה הסודית של ג'ין מק'קונביל ב-1972. ג'ין מק'קונביל הייתה אחת מ-16 נעדרים שנחטפו ונרצחו על ידי ה-IRA במהלך הסכסוך בצפון אירלנד ("הצרות"). האסירה הרפובליקנית לשעבר, אבלין גילרוי, שהייתה פעילה באזור בו נחטפה מק'קונביל, אמרה שאדמס היה היחיד שהיה לו את המעמד להורות על הרצח. בין חוטפיה של מק'קונביל הייתה דולורס פרייס, שטענה שהיא פעלה בהוראותיו של אדמס. יוז ופרייס טענו גם שאדמס היה מעורב באישורן של פעולות חבלה בלונדון בראשית שנות השבעים. בלש לשעבר במשטרת אירלנד טען שאדמס היה "מנהיג של יחידה פסיכוטית של ה-IRA בבלפסט בראשית שנות השבעים.
אדמס הכחיש כל מעורבות בפשעים כמו רציחתה של מק'קונביל ואת חברותו ב-IRA בזמן כל שהוא ואמר שההאשמות נגדו הגיעו מטעמם של "אויבי תהליך השלום". לאחר מעצרו ושיחרורו ללא האשמות ב-2014, הצהירה רשת BBC "שה-BBC יודע שאין כל עדות מספקת כדי להאשים את אדמס בעבירה כל שהיא".
נשיא שין פיין.
ב-1978 נעשה אדמס סגן נשיא שין פיין ודמות מפתח הקוראת תיגר על מנהיגות המפלגה, הנשיא רוארי או'בריידי וסגן הנשיא הנוסף דייהי או'קוניל.
שביתת הנשק בין הבריטים לבין הצבא האירי הרפובליקני של 1975 נתפסת לעיתים קרובות כאירוע שהחל את האתגר עבור הנהגת השין פיין, שנשלטה אז על ידי אישים מהדרום כמו או'בריידי ואו'קוניל. עם זאת, ראש המטה של הצבא האירי הרפובליקני באותו זמן, שיימוס טומי, ואישים נוספים, היו מהצפון.
אחת הסיבות להקמתם של "הצבא האירי הרפובליקני הזמני" (Provisional IRA) ושל "שין פיין הזמנית" בדצמבר 1969 ובינואר 1970, בהתאמה, הייתה שאנשים כמו או'בריידי, או'קונל ומק'קי, התנגדו להשתתפות של המפלגה בפוליטיקה חוקתית. הסיבה הנוספת הייתה הכישלון במתן ההגנה לאזורים הלאומנים. כאשר החליטו שני הארגונים להצטרף לפרלמנטים בדבלין, בבלפסט ובלונדון, חלו בהם פילוגים. ג'רי אדמס, שהצטרף לתנועה הרפובליקנית בראשית שנות השישים, תמך בארגונים הזמניים.
בשיבתו בכלא באמצע שנות השבעים, קרא אדמס לרפובליקנים להרחיב את פעילותם הפוליטית, בעיקר בפוליטיקה המקומית. הקריאה הגיעה לאוזניהם של צעירים רבים בצפון, רבים מהם היו פעילים ב-IRA הזמני, אך לא בהכרח פעילים בשין פיין. ב-1977, נשא ג'ימי דרם נאום בטקס הזיכרון השנתי לוולף טון. הנאום נתפס כקו פרשת המים בה הודה דרם כי המלחמה תארך זמן רב והצלחתה תלויה בפעילות פוליטית שתשלים את הפעילות הצבאית של ה-IRA. אחרים רואים את שיאו של הקישור הזה בין מאבק פוליטי למאבק צבאי בהצהרתו של דני מוריסון בוועידת השין פיין ב-1981 בה שאל: "מי כאן באמת מאמין שאנו יכולים לנצח במלחמה בקלפיות? אך האם מישהו כאן יתנגד אם באמצעות פתק ההצבעה ביד אחת והרובה ביד השנייה, נשיג את השליטה באירלנד". יש הרואים את הקישור בין המאבק הצבאי למאבק הפוליטי כמדינות שהותוותה בנאומיו של או'בריידי, אך קריאה זו לא הדהדה באוזניהם של הצעירים בצפון.
גם לאחר בחירתו לפרלמנט של בובי סנדס, כחלק מההתגייסות ההמונית לתמיכה בשביתת הרעב של 1981 של אסירים רפובליקנים בכלא מייז, אדמס היה זהיר בנוגע למעורבות הפוליטית של השין פיין. צ'ארלס הוהי, ראש ממשלת אירלנד, קרא לעריכת בחירות ביוני 1981. בוועידת המפלגה המליץ אדמס ששין פיין תציג מועמדים רק בארבע מחוזות בחירה הגובלים עם צפון אירלנד. תחת זאת, הציגו תשעה אסירים את מועמדותם ומתוכם נבחרו שניים. אלה, עם בחירתו של בובי סנדס, בישרו את פריצת הדרך בבחירות שהתקיימו בשנה שלאחר מכן לאספה הכללית של צפון אירלנד. אדמס, מוריסון, מק'גיניס ואוון קארון, נבחרו לאספה הכללית, אך בחרו להיות "נעדרים". מפלגת העבודה הסוציאל-דמוקרטית (SDLP) הכריזה לפני הבחירות שגם הנציגים שיבחרו מטעמה לא יתפסו את מקומותיהם באספה וכך אכן עשו 14 הנבחרים מטעמה. ב-1983 התקיימו הבחירות לפרלמנט הבריטי, שבהם עלו אחוזי ההצבעה לשין פיין ואדמס נבחר מטעם מחוז הבחירה של מערב בלפסט, ושוב בחר שלא לממש את בחירתו מתוך מחאה. באותה שנה התפטר או'בריידי מתפקידו כנשיא שין פיין וג'רי אדמס ירש אותו.
הרפובליקנים טענו זה מכבר שהמדינה האירית הלגיטימית היחידה מבחינתם היא זו שהוקמה ב-1916 והממשלה הלגיטימית היחידה היא מועצת הצבא האירי הרפובליקני, ששאבה את סמכותה מחברי הפרלמנט האירי האחרונים שהיו ממתנגדי האמנה האנגלו-אירית ב-1938. אדמס המשיך לדבוק בתביעתו ללגיטימיות רפובליקנית פוליטית עד לשנים האחרונות, כאשר בנאומו בוועידת מפלגת שין פיין ב-2005 הוא דחה אותה באופן מפורש: "אך אנו מסרבים להפליל את אלו שהפרו את החוק במסגרת רדיפה אחר מטרות פוליטיות לגיטימיות... שין פיין מואשמת בהכרה במועצת הצבא האירי הרפובליקני כממשלה הלגיטימית של האי. זהו לא המקרה... אל תאמינו שהמועצה הצבאית היא הממשלה של אירלנד. ממשלה כזו תתקיים רק כאשר כל תושבי האי יבחרו בה. האם שין פיין מקבלת את המוסדות של המדינה כלגיטימיים? ברור שכן".
כתוצאה מאי הכרה זו, נמנעו נציגי שין פיין לתפוס את מקומם במושבי הפרלמנטים האיריים והבריטים. בוועידה השנתית של 1986 הוחלט לתקן את סעיפי חוקת המפלגה כדי שיאפשרו לחבריה לשבת בפרלמנט בדבלין. במעמד זה ארגן או'בריידי קבוצה קטנה ששבתו שביתת מחאה. מיעוט זה, שדחה את נטישת מדיניות ה"היעדרות", מבדיל את עצמו עד היום מהשין פיין.
מנהיגותו של אדמס קיבלה תמיכה מאנשים בצפון כמו מוריסון ומק'גיניס. במשך הזמן, אדמס ואחרים כיוונו עצמם להצלחה האלקטורלית בראשית ובאמצע שנות השמונים, כאשר שובתי הרעב כמו בובי סנדס וקיראיאן דוהרטי נבחרו לפרלמנטים הבריטי והאירי, בהתאמה, והם טענו ששין פיין נעשתה בהדרגה למפלגה פוליטית ובסיס ההשפעה על הפוליטיקה ולא על המאבק הצבאי. ההשפעה האלקטורלית של אסטרטגיה זו הוכחה מאוחר יותר בבחירתם של אדמס ושל מק'גיניס לפרלמנט הבריטי.
איסור השמעת קולו.
אדמס התבלט כמנהיג אירי רפובליקני במיוחד כאשר נאסרה השמעת קולו באמצעי התקשורת האלקטרוניים. האיסור כלל מנהיגים מ-11 ארגונים רפובליקנים ולויאליסטים, אך באופן מעשי, אדמס היה היחידי מהם שהופיע באופן קבוע בתקשורת. איסור זה הוטל ב-19 באוקטובר 1988 על ידי מי שהייתה אז ראש ממשלת בריטניה, מרגרט תאצ'ר. הסיבה לאיסור זה הוגדרה כ"אי מתן במה תקשורתית לטרוריסטים והחוטפים, במה שהם כה זקוקים לה". צעד זה ננקט לאחר שה-BBC קיים ריאיון עם מרטין מק'גיניס ועם אדמס.
איסור דומה הוטל גם באירלנד מאז שנות השבעים, אך התקשורת הבריטית מצאה דרכים לעקוף אותו על ידי שימוש בכתוביות או בהקראת דברי המרואיינים על ידי קריין. פתרון זה לא היה יכול להיות מיושם באירלנד. רשת הטלוויזיה הממלכתית האירית, RTÉ, אף סירבה לשדר את דבריהם של מנהיגי שין פיין בנושאים שלא היו קשורים לסכסוך בצפון אירלנד.
איסור זה הושם ללעג בקריקטורות ובתוכניות טלוויזיה סטיריות וזכה לגינוי על ידי ארגוני חופש הדיבור ועל ידי אישים מרכזיים בתקשורת הבריטית, כולל מנכ"ל ה-BBC ג'ון בירט ועורך חדשות החוץ, ג'ון סימפסון. האיסור בוטל על ידי ראש ממשלת בריטניה, ג'ון מייג'ור בספטמבר 1994.
המעבר לזרם המרכזי של הפוליטיקה.
שין פיין המשיכה במדיניותה לסרב לשבת בפרלמנט הבריטי גם לאחר שאדמס זכה בבחירות במחוז הבחירה של מערב בלפסט. בבחירות של 1992 הוא איבד את מושבו לנציג מפלגת העבודה הסוציאל-דמוקרטית ובבחירות של 1997 הוא זכה בו מחדש.
תחת מנהיגותו של אדמס החלה שין פיין להיות פחות ופחות הקול הפוליטי של הצבא האירי הרפובליקני ויותר ויותר להיות מפלגה פוליטית מאורגנת באופן מקצועי הן בצפון אירלנד והן ברפובליקה האירית.
מנהיג מפלגת העבודה הסוציאל-דמוקרטית,ג'ון יום, זיהה את האפשרות של הסדר המושג במשא ומתן והחל במגעים חשאיים עם אדמס ב-1988. דיונים אלה הובילו למגעים בלתי רשמיים עם המשרד לענייני צפון אירלנד בהנהגתו של מזכיר המדינה לענייני צפון אירלנד, פיטר ברוק, ועם ממשלת הרפובליקה האירית, תחת מנהיגותו של צ'ארלס הוהי, אף על פי ששתי הממשלות הצהירו בפומבי שהן לא תנהלנה משא ומתן עם טרוריסטים.