במערכות המנגרובים של פלורידה חיים כ-220 מיני דגים, כמו גם מגוון סרטנים, סרטני נהרות, חסילונים, רכיכות ומינים אחרים של חסרי חוליות, המשמשים כמקור המזון העיקרי של עופות רבים. עשרות מינים של עופות משתמשים במנגרובים כאתר קינון והזנה. בהם, שקנאים, טבלניים, לבנית לואיזיאנה, שחפים, שחפיות, נצים, דיות, ושוכני-עצים כגון מין הקוקייה "Coccyzus minor" (באנגלית Mangrove cuckoo), "Setophaga petechial" (באנגלית American yellow warbler), ומין היונה "Patagioenas leucocephala" (באנגלית White-crowned pigeon). במערכות המנגרובים חיים 24 מינים של דו-חיים וזוחלים, כדוגמת צב ים ירוק המצוי בסכנת הכחדה, וצב ים קרני, וכן 18 מינים של יונקים, כדוגמת תחש נהרות קריבי.
שפלות החוף.
שפלות החוף, או ערבות ביצתיות הן ביצות של מים מלוחים הסופגות מי ים בזמן גאות, או מים מתוקים כאשר יש גשמים כבדים. שיטפונות מתחוללים במהלך הוריקנים או בשל נחשולים במהלך סופות טרופיות כאשר מי האוקיינוס יכולים לעלות לגובה של יותר ממטר ולהישפך ליבשה. עונות גשומות במיוחד גורמות גם הן לשיטפונות כאשר הגשם מצפון זורם לתוך האוורגליידס. עצים מועטים יכולים לשרוד בתנאים של אזור זה, אך הצמחים שכן מצליחים לגדול בו, כגון מיני הסוקולנטים דוגמת מין האגבה "Agave decipiens" (באנגלית Florida agave), ססוביום רגלני ("Sesuvium portulacastrum", באנגלית Shoreline seapurslane), בטיס ("Batis", באנגלית Saltwort) ופרקן (או גם סליקורניה - "Salicornia", באנגלית Glasswort), מגלים סבילות כלפי מלח, מים מליחים ותנאים מדבריים. בעלי החיים באזור זה תלויים בכמות המים הזמינה, והנפוצים שבהם כוללים בין השאר את העופות "Ammodramus maritimus" מתת-המין "mirabilis" (באנגלית Cape Sable seaside sparrow), דיית החלזונות וחסידת העצים, דרימרכון מהמין "Drymarchon couperi", וכן יונקים קטנים כגון חולדות, עכברים וארנבות, ולעיתים פומת פלורידה.
המפרץ והסביבה הימית.
גוף המים הגדול ביותר בפארק הוא מפרץ פלורידה, אזור רדוד של שפכי נהרות, המשתרע בין ביצות המנגרובים בקצה הדרומי של חצי האי פלורידה לבין איי הקיז של פלורידה. שטחו של האזור הוא מעל 2,100 קמ"ר ומתקיימת בו מערכת אקולוגית ימית ענפה. באזור זה מתקיימים אלמוגים, ספוגיים, אצות ועשב ים (צמחים המשתייכים לסדרה כף צפרדע ולמשפחות Posidoniaceae, Zosteraceae, Hydrocharitaceae או Cymodoceaceae), שמשמשים כמזון עבור סרטנים ורכיכות, שבתורם משמשים כמזון לבעלי חיים ימיים גדולים יותר. ב-1987 היה אובדן יוצא דופן של עשב הים, שסיכן את אוכלוסיית תחשי הנהרות והצבים הימיים באזור. במערכת האקולוגית הזו מתקיימים גם כרישים, טריגונים וברקודות, כמו גם מיני דגים גדולים יותר המושכים אליהם דייגים חובבים. שקנאים, חופמים שונים ובעיקר גזרן אמריקני ושחפיות הם העופות הנפוצים ביותר באזור החוף של הפארק. במפרץ יש אוכלוסייה קבועה של דולפינן מצוי.
היסטוריה של האדם.
ילידים.
בני האדם הראשונים התיישבו באזור דרום פלורידה לפני כ-14,000 שנים. שני שבטי ילידים התפתחו בקצה הדרומי של חצי האי: הטקווסטה (Tequesta) בצד המזרחי והקאלוסה (Calusa), שמספר החברים בו היה גדול יותר, בצד המערבי. אזור האוורגליידס שימש כגבול טבעי ביניהם. בני שבט טקווסטה התגוררו בקהילה בודדת גדולה ליד מוצאו של נהר מיאמי, ואילו בני שבט קאלוסה התגוררו ב-30 כפרים נפרדים. שתי הקבוצות חצו את האוורגליידס מפעם לפעם, אך כמעט ולא התגוררו בתוכו, ונותרו בעיקר לאורך החוף.
שתי הקבוצות היו בעיקרון ציידים-לקטים ותזונתם הייתה מורכבת בעיקר מרכיכות, מדגים, מיונקים קטנים ומצמחי בר. בני הקאלוסה עסקו מעט גם בחקלאות. כיוון שרק אבן הגיר הרכה הייתה זמינה להם, רוב כלי העבודה ששימשו את האינדיאנים באזור הוכנו מצדפות, מעצמות, מעץ ומשיניים של בעלי חיים; שיני כרישים שימשו לייצור להבי חיתוך, וקנים מחודדים כחומר גלם להכנת חיצים וחניתות. עד היום ניתן למצוא בתוך הפארק ערימות צדפים, המשמשים עדות לארכאולוגים ולאנתרופולוגים מה היו החומרים שהיו זמינים לילידי המקום לצורך הכנת כלים. חוקרי ארצות ספרדיים העריכו בפעם הראשונה שפגשו את בני הטקווסטה כי מספר בני השבט הוא כ-800, ומספר בני הקאלוסה כ-2,000. שירות הפארקים הלאומיים מעריך שכשהספרדים הגיעו למקום בשלהי המאה ה-16 התגוררו ליד האוורגליידס כ-20,000 תושבים ילידים. החברה של בני הקאלוסה הייתה המפותחת יותר, כיוון שהם חיו במבנה חברתי מוגדר, והיו מסוגלים לבנות תעלות וביצורים. כמו כן, בני הקאלוסה יכלו להתנגד לניסיונות הכיבוש הספרדיים הראשונים.
הספרדים יצרו קשר עם תושבי חברות אלו והקימו מיסיונים צפונה משם ליד אגם אוקיצ'ובי. במהלך המאה ה-18 סופחה שארית קהילת הטקווסטה על ידי פולשים משבט קריק. שבטי הטקווסטה והקאלוסה חדלו מלהתקיים עד תחילת המאה ה-19. מחלות, מלחמות וחטיפה לשם עבדות גרמו להכחדת הקבוצות הללו. העדות היחידה לקיומם בתוך גבולות הפארק היא סדרה של תילי צדפות שנבנו על ידי בני הקאלוסה.
בתחילת המאה ה-19 הקימו בני הקריק, עבדים מאפריקה שנמלטו, ואינדיאנים אחרים מצפון פלורידה שנדחקו דרומה בשל מלחמת ארצות הברית - שבט הקריק (Creek War) את אומת הסמינול (Seminole). הסמינול נלחמו בצבא ארצות הברית כמה פעמים במסגרת מלחמות ארצות הברית - סמינול. לאחר סוף מלחמת ארצות הברית - סמינול השנייה ב-1842 עמדו בני אומת הסמינול בפני העברתם הכפויה לטריטוריה האינדיאנית סמוך לאוקלהומה. כמה מאות ציידים וסיירים סמינוליים התיישבו באזור של "שמורת הברוש הלאומית הגדולה", וזאת כדי להימלט מהטרנספר הכפוי מערבה. בין 1859 ל-1930 הסמינולים והמיקוסוקים (Miccosukee), שבט דומה בעל ייחודיות לשונית משלו, התגוררו בבידוד יחסי והתקיימו בזכות מסחר. החל מ-1928 נערכו סקרים ועבודות בנייה על דרך טאמיאמי (Tamiami Trail), לאורך הגבול הצפוני של הפארק. הדרך ביתרה את האוורגלדייס, ובנוסף הקלה על התנועה הדלילה של מתיישבים אירופים שהגיעו להתגורר באזור האוורגליידס.
כמה חברים משבטי הסמינול והמיקוסוקי המשיכו להתגורר בתוך גבולות הפארק. החלטות הקשורות לקביעת מדיניות חדשה בנושא ניהול הפארק מחויבות באישור של נציגים מטעם השבטים "באופן שהם לא יתנגשו עם מטרתו של הפארק".
התיישבויות אמריקניות.
עם סיום המלחמות נגד הסמינולים החלו אמריקנים ממוצא אירופי להתיישב בנקודות יישוב מבודדות לאורך החוף של אזור הפארק של ימינו, בין שרשרת האיים הסמוכה לחוף הקרויה עשרת אלפי האיים (Ten Thousand Islands) לכף סייבל (Cape Sable), הנקודה הדרומית ביותר בחצי האי פלורידה. קהילות החלו להתפתח על שתי חלקות האדמה היבשות הגדולות ביותר באזור, באי צ'וקולוסקי (Chokoloskee), ובפלמינגו (Flamingo) שבכף סייבל, שבשניהם הוקמו משרדי דואר בתחילת שנות ה-90 של המאה ה-19. האי צ'וקולוסקי הוא תל של צדפות, ערימת פסולת שנבנתה לגובה של שישה מטרים במשך אלפי שנים של התיישבות בני שבט קאלוסה. ההתיישבויות בצ'וקולוסקי ופלמינגו שימשו כמרכזי מסחר עבור האוכלוסיות הקטנות של חוואים, דייגים ומבעירי פחם עץ שהתיישבו בעשרת אלפי האיים. גם לאחר תחילת המאה ה-20 ניתן היה להגיע אל שתי ההתיישבויות והחוות המבודדות רק באמצעות סירות. במפקד האוכלוסין של ארצות הברית ב-1910 נמנו בשתי ההתיישבות ובחוות המבודדות 144 תושבים, רובם הועסקו בחקלאות של גידול קנה סוכר. אוורגליידס סיטי (Everglades City), בחלק של היבשת הסמוך לצ'וקולוסקי, חוותה תקופה קצרה של שגשוג כאשר היא שימשה כמטה הראשי של האחראים על בניית דרך טאמיאמי. ב-1922 נסללה דרך עפר בין פלורידה סיטי לפלמינגו, ואילו דרך על גבי סוללה חיברה את צ'וקולוסקי לאוורגליידס סיטי ב-1956. לאחר שהפארק הוקם הופקע הרכוש הפרטי באזור פלמינגו, והאתר שולב בתוך הפארק כמרכז מבקרים.
פיתוח הקרקע ושימורה.
בשנות ה-80 של המאה ה-19 נעשו מספר ניסיונות לנקז ולפתח את האוורגליידס. התעלות הראשונות שנחפרו גרמו לפגיעה מועטה במערכת האקולוגית, כיוון שיכולת הניקוז שלהן הייתה מוגבלת, אולם נפוליאון בונפרט בראוורד (המושל ה-19 של פלורידה) ביסס את מערכת הבחירות שלו למשרת המושל על כך שהניקוז ייצור את "אימפריית אוורגליידס". בראוורד פיקח על הניקוז והייבוש בין 1905 ל-1910, והצליח במידה כזאת שסוחרי הקרקעות יכלו למכור אקר אדמה ב-15 דולר, ובעקבות כך הוקמה העיר דייווי (Davie) ופותחו אזורים שונים במחוזות לי ודייד. בנוסף, המים שזרמו בתעלות עברו עקב כך טיהור והובלו אל השדות החקלאיים שבהם גידלו קני סוכר.
הגאות בגידול האוכלוסייה בשנות ה-20 גרמה לביקוש גדול לקרקע, שתואר על ידי מייקל גרונוולד כ"שיגעון".