בשנת 1812 רבים מכוחות צבא האימפריה הרוסית אוחדו לתוך משרד המלחמה שהפך לגוף מרכזי יותר ובו הוקמו מחלקות חדשות כמחלקת הארטילריה, מחלקת ההנדסה, מחלקת הרפואה ולשכת שר המלחמה.
ב-1815 המשרד מוזג עם המטה הכללי הרוסי אך הופרד מחדש כעבור שנה. בשנת 1835 המטה הכללי הוכפף למשרד המלחמה והפך לגוף הצבאי המרכזי של ממשלת הצאר. באותן שנים נודע אלכסנדר צ'רנישוב כשר המלחמה המשפיע ביותר, הוא כיהן בתפקיד במשך 20 שנה, משנת 1832 עד 1852.
לאחר התבוסה במלחמת קרים, אלכסנדר השני החליט לערוך רפורמה צבאית והוא מינה את גנרל-פילדמרשל דמיטרי מיליוטין לנהל את הרפורמות שלו בשנים 1860–1870 כשהוקמו מחוזות צבאיים חדשים ונערכו שינויים מבניים שנועדו להקים צבא מודרני. מיליוטין ביצע שורת רפורמות חסרות תקדים בצבא הרוסי. הוא פעל לביטול גזרת הקנטוניסטים והנהגת גיוס חובה על מנת ליצור מאגר כוח אדם גדול ומאומן. הוא חילק את האימפריה למחוזות צבאיים, הקים מנגנון גיוס לכל הגברים בגילאי 20 ומעלה והם חויבו לשרת 6 שנים בשירות סדיר ועוד 9 בשירות מילואים. לראשונה הוקמו מחנות קבע ובסיסי אימונים לצבא הרוסי. מיליוטין יצר למעשה את מנגנוני הצבא המודרני של המאה ה-20. רפורמות אלה באו לידי ביטוי בניצחון הרוסי על האימפריה העות'מאנית במהלך המלחמה העות'מאנית-רוסית (1877–1878) כאשר הרוסים ניצחו באופן מכריע את המערכה ויצאו ממנה כאחת המעצמות המובילות בעולם.
לאחר ההפסד במלחמת רוסיה–יפן בשנים 1904–1905 שוב הוחלט לערוך רפורמות במבנה הארגון הצבאי. כל גופי הצבא אוחדו לפיקוד מאורגן והוקמו מחלקות חדשות לרבות חיל האוויר הרוסי הקיסרי. בשנת 1914 הוקמה הסטאבקה ואולם כל אלה באו בעיצומה של רוח המהפכה שהביאה לבסוף לפירוק האימפריה הרוסית.
לאחר מהפכת אוקטובר משרד המלחמה הקיסרי פורק והפך לקומיסריון העממי לענייני צבא. לאחר מלחמת האזרחים ברוסיה והקמת ברית המועצות הוקם הקומיסריון העממי לענייני הצי וקומיסריון הצבא העממי, אך ביולי 1923 השניים אוחדו. באותן שנים כיהנו כקומיסרים ניקולאי פודבוייסקי, לאון טרוצקי (שכיהן בשנים 1918-1935) ומיכאיל פרונזה שניהל את הקומיסריון וביצע ארגון מחדש למבנה הצבא האדום. בשנת 1934 ממשלת ברית המועצות החליטה להקים במקום הקומיסריון לענייני צבא את קומיסריון ההגנה העממי ובמסגרתו הוקמה מועצה צבאית ומחלקת הצי של הצבא האדום הפכה למשרד נפרד בשם הקומיסריון העממי של הצי הסובייטי.
עם פרוץ מלחמת המולדת הגדולה הוקמה הסטאבקה הסובייטית, ביוני 1941, בראשה עמד סטלין. לאחר הניצחון על גרמניה במלחמת העולם השנייה יצא הצבא האדום כשידו על העליונה, חרף אובדן קצינים רבים מאוד במסגרת הטיהורים הגדולים.
בפברואר 1946 הוקם הקומיסריון העממי של הכוחות המזוינים של ברית המועצות שהפך במרץ אותה שנה למשרד ממשלתי בשם משרד הכוחות המזוינים. בפברואר 1950 שוב המשרד פוצל לשני משרדים: משרד המלחמה הסובייטי ומשרד הצי הסובייטי, אך במרץ 1953 הוקם לבסוף משרד ההגנה הסובייטי שאיחד בחזרה את כל גופי הצבא תחת קורת גג אחת. באותן שנים כיהנו כשרים אלכסנדר ואסילבסקי, גאורגי ז'וקוב, רודיון מלינובסקי, אנדריי גרצ'קו ודמיטרי אוסטינוב.
בשנת 1978 מעמד המשרד אושרר בהנחיית מועצת השרים הסובייטית והפך לגוף הניהול הצבאי העיקרי במדינה.
בעקבות כניסת הצבא האדום לליטא, בינואר 1991, בניסיון למנוע ממנה להכריז על עצמאותה, יו"ר הסובייט העליון של רוסיה, בוריס ילצין הכריז על יוזמה להקמת צבאות נפרדים מצבא ברית המועצות. ב-6 בנובמבר 1991 הוקמה ממשלת הפדרציה הרוסית ובה משרד ההגנה של הרפובליקה הרוסית. ב-12 במרץ 1992 משרד ההגנה הסובייטי פורק והפך למשרד ההגנה של הפדרציה הרוסית. בנובמבר 1998 מעמדו של משרד ההגנה חוזק כאשר הונפק צו נשיאותי לפיו משרד ההגנה והמטה הכללי הם גופי הניהול הצבאי המרכזיים ברוסיה.
מאז התפרקות ברית המועצות נערכו רפורמות מבניות רבות, לרבות הרפורמה בשנים 1997–1998 שבמסגרתן חיל הנ"מ פורק ואוחד עם חיל האוויר הרוסי. חיל הטילים האסטרטגיים מוזג עם כוחות החלל הצבאיים, פורק הפיקוד הראשי של כוחות היבשה וצבא היבשה הוכפף ישירות לראש המטה הכללי הרוסי. ב-2001 פיקוד צבא היבשה הוקם מחדש יחד עם חיל החלל הרוסי וחיל הטילים האסטרטגיים שוב הפך לחיל עצמאי. ברם הרפורמה המשמעותית ביותר הייתה הרפורמה הצבאית שהנהיג אנטולי סרדיוקוב, שמונה לשר ההגנה בפברואר 2007. הרפורמה הוכרזה לראשונה באוקטובר 2008, זמן קצר לאחר שהמלחמה בדרום אוסטיה חשפה ליקויים רבים בניהול הצבא.
התחומים העיקריים של הרפורמה:
ביולי 2010 דמיטרי מדבדב חתם על צו להקמת ארבעה פיקודים אסטרטגיים מבצעיים, כאשר בהתאם לצו הנשיאותי פורקו המחוזות מוסקבה ולנינגרד ומוזגו לתוך המחוז הצבאי המרכזי, שכלל בתוכו גם את הצי הבלטי והצי הצפוני, המחוז הצבאי של צפון הקווקז פורק ומוזג לתוך המחוז הצבאי הדרומי שכלל גם את צי הים השחור ושייטת הים הכספי, המחוז הצבאי של אוראל ועבר הוולגה וחלקו המערבי של המחוז הצבאי הסיבירי אוחדו לתוך המחוז הצבאי המרכזי והמחוז הצבאי הסיבירי אוחד עם המחוז הצבאי של המזרח הרחוק כדי ליצור את המחוז הצבאי המזרחי, שכלל בתוכו גם את צי האוקיינוס השקט.
בדצמבר 2011 הוקם חיל הגנת האוויר והחלל של רוסיה כחלק מהפיקוד האסטרטגי המאוחד להגנת האוויר והחלל וחיל החלל הפך לגוף כפוף לחיל הגנת האוויר והחלל, ברם באוגוסט 2015 חיל האוויר הרוסי מוזג עם חיל הגנת האוויר והחלל והפך לחיל האוויר והחלל כשחיל החלל כפוף לו.
בנובמבר 2012 מונה סרגיי שוייגו לשר ההגנה. תוך זמן קצר הוא החליף את כל סגני השר למעט טטיאנה שבצובה. במקביל הוא המשיך בשורת רפורמות נוספות במבנה הפיקוד הצבאי שהביאו להקמת המרכז הלאומי להגנת הפדרציה הרוסית, המשטרה הצבאית שהוקמה על בסיס גוף הפיקוח של שירות קצין העיר הסובייטי והקמת הכוחות למבצעים מיוחדים כגוף ספצנאז עיקרי בכוחות המזוינים של הפדרציה הרוסית. ב-1 באוגוסט 2015, במסגרת מהלך למיזוג בין חיל האוויר הרוסי עם חיל החלל הרוסי נוצרו כוחות האוויר והחלל של רוסיה.
בניין משרד ההגנה.
בניין משרד ההגנה ברוסי במוסקבה הוא מבנה בן 8 קומות בסגנון סטאליניסטי הניצב על גדות נהר מוסקבה, ברובע חמובניקי, גדות פרונזה בכתובת רחוב זנאמנקה 19. המבנה משמש כמטה משרד ההגנה מאז שנות ה-50 של המאה ה-20, תחילה כמטה משרד ההגנה הסובייטי ולאחר מכן מטה משרד ההגנה של רוסיה. בניין זה נבנה בשנים 1938–1951 ועוצב על ידי האדריכלים לב רודנב וולדימיר מונץ. שופץ בשנות ה-80 של המאה ה-20 על ידי האדריכל מיכאיל פוסוחין. קירותיו מעוטרים בשיש ובאבני גרניט שהובאו מהרי אורל.
שר ההגנה.
שר ההגנה של רוסיה הוא השר האחראי על ניהול משרד ההגנה ונחשב ליועץ הצבאי הבכיר ביותר לנשיא רוסיה.
מאז 2012 שר ההגנה הנוכחי הוא גנרל הצבא סרגיי שויגו.
המפקד העליון של הכוחות המזויינים הרוסיים
משרד ההגנה של ברית המועצות
משרד ההגנה של ברית המועצות (Министерство обороны СССР) היה המשרד הממשלתי בסובנרקום של ברית המועצות, שהיה אחראי לניהול הצבא האדום משנת 1953 (עת החליף את הקומיסריון העממי לענייני צבא ואת הקומיסריון העממי לענייני צבא) ועד 1992 (עת התפרקה ברית המועצות).
את מרבית מחלקותיה קיבל משרד ההגנה של הפדרציה הרוסית.
משרד ההגנה הנחה את חמשת השירותים המזוינים ואת כל הפעילות הצבאית על בסיס יומי. הוא היה אחראי על שדה, חימוש ואספקת השירותים המזוינים, ובימי שלום כל הפיקודים הטריטוריאליים של הכוחות המזוינים דיווחו לו. משרד ההגנה היה מאויש כמעט במלואו על ידי אנשי צבא מקצועיים, והיה לו מונופול על מידע צבאי מכיוון שלברית המועצות היו חסרים ארגוני מחקר ביטחוניים עצמאיים הנמצאים לעיתים קרובות במדינות אחרות. מונופול זה נתן לקצינים סובייטים בכירים ללא עוררין השפעה על מנהיגי המפלגה והממשל בסוגיות, החל מפיקוח על נשק, לפיתוח נשק ועד מכירת נשק למדינות זרות, המשפיעים על עמדתם ויוקרתם של הכוחות המזוינים.
היסטוריה.
עד 1934 הגוף העיקרי האדום הצבא האדום היה הקומיסריון העממי לענייני צי וצבא (Народный комиссариат по военным и морским делам СССР) שבמרץ 1934 נקרא קומיסריון ההגנה העממי (Народный комиссариат обороны СССР).
ב-25 בפברואר 1946 קומיסריון ההגנה אורגן ליצירת הקומיסריון העממי של הכוחות המזוינים
של ברית המועצות (Народный комиссариат Вооружённых Сил СССР), שבמרץ 1946 הפך למשרד הכוחות המזוינים (Министерство Вооружённых Сил СССР).
בפברואר 1950 המשרד פוצל למשרד הצבא (Военное министерство СССР) ומשרד הצי (Военно-Морское министерство СССР), אשר במרץ 1953 אוחדו ליצירת משרד ההגנה הסובייטי (Министерство обороны СССР).
במרץ 1992 המשרד פורק סופית.
מבנה.
המשרד אורגן כחלק ממועצת השרים והיה כפוף גם לסובייט העליון ולוועד המרכזי של המפלגה הקומוניסטית של ברית המועצות.
המשרד הורכב ממטה כללי, מינהל פוליטי ראשי, מינהל המודיעין הראשי, מחלקת ברית ורשה, שירותים ומינהלים מרכזיים.
מלחמת הצפון
קוגלגר
מלחמת יוגוסלביה
הר ליאמויגה