בדצמבר 1975 הודיע מנכ"ל רכבת ישראל כי המסילה לאילת היא בעדיפות ראשונה בתוכנית הפיתוח של הרכבת. בשנת 1977 הוארכה מסילת הדרום דרומה מדימונה למפעלי הפוספטים באורון, ועד הר צין. במאי 1977 החליטה ממשלת ישראל על ביצוע הארכת המסילה עד אילת. קטע בין הר צין לחצבה, שאורכו 42 ק"מ, אף תוקצב לביצוע בסך 15 מיליון ל"י. אך לאחר המהפך בבחירות לכנסת התשיעית, החליט שר האוצר החדש שמחה ארליך לבטל את הפרויקט. ב-13 במאי 1984, אישרה שוב ועדת השרים לענייני כלכלה את התוכנית להארכת המסילה מהר צין עד אילת, בעלות של 250 מיליון דולר. בנוסף נשכרה חברת קנדית לתכנן את תוואי המסילה, ושר התחבורה חיים קורפו הגיע לאילת להשיק את הפרויקט, אך לא אושר לו תקציב לבסוף. בשנת 1986 הציע שוב גד יעקבי (אז כשר הכלכלה והתכנון) להקים מסילת רכבת לאילת ונמל תעופה בינלאומי באזור נבטים, כדי לעודד את פיתוח הנגב.
היוזמה להקמת המסילה חודשה בשנת 2003, על ידי שר האוצר דאז, בנימין נתניהו, ושר התחבורה, אביגדור ליברמן, כ"חלופה נוחה וזולה למעבר סחורות מהמזרח הרחוק לאירופה דרך תעלת סואץ" וקו לרכבות נוסעים. ובדצמבר 2004 הודיעו שהפרויקט יצא למכרז ויושלם עד שנת 2009, בתקציב של כ-6 מיליארד שקל. באוגוסט 2005 הוכרזה תוכנית הרכבת לאילת כתוכנית תשתית לאומית (תת"ל 20). בזמן ממשלת אהוד אולמרט בוטל הפרויקט עקב חוסר כדאיות כלכלית, אך בנימין נתניהו המשיך לתמוך בה ולנסות לקדם אותה גם בשבתו באופוזיציה.
ביולי 2009 הודיע ראש הממשלה, בנימין נתניהו, בישיבת ממשלה שנערכה בבאר שבע - שלושה חודשים לאחר שנבחר לקדנציה שנייה כראש ממשלה - על השקת פרויקט מסילת רכבת לאילת.
בפגישה בין שר התחבורה הישראלי לבין שר התחבורה הסיני בסוף 2011 הוכנה טיוטת הסכם בין הממשלות להקמה משותפת של הפרויקט בשל ניסיון רב שיש לחברות הסיניות בפרויקטים מסוג זה. ביולי 2012 החל משא ומתן ראשוני, לקראת לביצוע קו הרכבת על ידי החברה לתשתיות ותחבורה הסינית, .
בינואר 2012 פרסם שר התחבורה תוכנית להצעת ממשלה אודות הפרויקט מתוך מגמה שההליך הסטטוטורי יסתיים עד סוף 2012 והבנייה תסתיים 5 שנים לאחר מועד זה, בשנת 2017. לתכנון הוקצבו 100 מיליון ש"ח, והפרויקט הועבר לקידום תכנון באמצעות חברת נתיבי ישראל ולא על ידי רכבת ישראל.
ב-5 בפברואר 2012 אושרה התוכנית בישיבת הממשלה. חברת נתיבי ישראל בחנה שבע חלופות שונות לסלילת הפרויקט מעל ומתחת לקרקע. ב-11 בפברואר 2013 אישרה הוועדה המחוזית לתכנון ולבנייה במחוז דרום את מלוא התוואי שבין באר שבע לאילת.
ב-6 באוקטובר 2013 אישרה ועדת השרים לענייני פנים את תוואי הרכבת לאילת. אך באוקטובר 2014, עוכב הפרויקט בעקבות קיצוצים בתקציב המדינה.
ב-31 באוקטובר 2016 פורסם כי במחצית השנייה של שנת 2017 מתכננים משרדי הממשלה השונים לפרסם מכרז בינלאומי לסלילת קו הרכבת. אבל שנה אחר כך טרם פורסם המכרז.
בינואר 2019 הציג מנכ"ל חברת נתיבי ישראל, ניסים פרץ, את תוכנית החומש של החברה בתקציב של כ-60 מיליארד שקלים. במסגרתה החברה תהיה אחראית לתכנון של מספר מסילות: מסילת כרמיאל - קריית שמונה, מסילת עפולה - טבריה, מסילת דימונה - ירוחם, מסילת באר שבע - ערד ומסילת הרכבת לאילת. מסילות אלו הן חלק מהתוכנית האסטרטגית של רכבת ישראל לשנת 2040. ב-4 אוגוסט 2019 ערכה ממשלת ישראל ישיבה באילת וקיבלה החלטה "לפעול לקידום מואץ של תכנון תוואי הרכבת לאילת".
ביוני 2020 אישרה הוועדה המחוזית דרום להפקיד את המקטע הראשון בתוכנית, אשר מחבר בין באר שבע למישור רותם.
ביולי 2021, החליט שר האוצר אביגדור ליברמן לזנוח את הפרויקט, עקב חוסר כדאיות כלכלית, ולטובת הפניית משאבים למיזמי תשתית דחופים יותר ברחבי הארץ. עם זאת, לאחר מכן בדצמבר 2021, הוחלט על הפשרת 30 מיליון שקל למען השלמת תכנון המסילה.
כדאיות כלכלית.
הכדאיות הכלכלית של ההשקעה בפרויקט מסילת הרכבת לאילת תמיד הייתה מוטלת בספק. ההצדקה הכלכלית שהוצגה הייתה כקו לרכבות משא שיביל מחצבים ופוספטים מהנגב, ותוצרת ממפעלי ים המלח ליצוא דרך נמל אילת, יבוא (דוגמת פחם, מכולות ורכבים) מנמל אילת למרכז הארץ, ולמעבר ליצוא דרך נמלי הים התיכון לאירופה ("גשר יבשתי" כאלטרנטיבה למעבר בתעלת סואץ).
בשנת 1959 ועדה בין־משרדית שבדקה את הנושא לראשונה הגיעה למסקנה, שרכבת תהיה כדאית רק כאשר היקף הובלות המטענים יגיע ל־700 אלף טונות לשנה. במרץ 1961 דיווח מנכ"ל רכבת ישראל מנחם סבידור כי קו רכבות המשא לדרום שנפתח בשנת 1956, הוא רווחי, מעביר 460,000 טון מטען לשנה ושיש להמשיך את הקו לאילת. ביוני 1961 בדקה ועדה בין משרדית את הכדאיות של השקעה ברכבת לעומת השקעה בכביש. הוועדה העריכה את פוטנציאל שינוע המטען בכ-1.5 מיליון טון לשנה ואת העלות בכ-70 מיליון ל"י. במאי 1963 הוערכה עלות הקמת הקו, כולל שלוחה לסדום (לשימוש מפעלי ים המלח), בכ-127 מיליון ל"י. בנובמבר 1964 חברת ייעוץ צרפתית המליצה על הארכת מסילת הדרום למפעלי הפוספטים באורון ומצומת ממשית למפעלים במישור צפע (אזור תעשייה מישור רותם), אך קבע שהמשך הקו לאילת לא כלכלי בטווח הקצר. בפברואר 1975 הגישה רכבת ישראל הצעת פרויקט לקו בעלות של כחצי מיליארד ל"י. ההצעה הוגשה על בסיס התחזית שבשנת 1980 תנועת המטענים בקו תהיה כ-2.5 מיליון טון בשנה, כמות שמצדיקה את בניית המסילה מבחינה כלכלית, ותכסה לא רק את הוצאות התפעול השוטפות אלא גם את ההשקעה בתשתית.
בשנת 1987 הוקם מסוע המוביל אשלג ישירות משטח מפעלי ים המלח בסדום עד למסילת הרכבת במישור רותם, שם הוא מועמס על רכבות המיועדות לנמל אשדוד או למפעלים אחרים בצפון הארץ (אשלג מסדום ליצוא מנמל אילת המשיך להיות מובל במשאיות), כך שהכדאיות הכלכלית של הקמת שלוחה לסדום כחלק מקו הרכבת לאילת פחתה.
בשנת 2005 טען פרופסור אילן סולומון, מבית הספר למדיניות ציבורית באוניברסיטה העברית, שמספר הנוסעים והיקף המטענים הצפוי אינו מצדיק את ההשקעה בקו.
בשנת 2009 ד"ר יעקב שיינין וחברת מודלים כלכליים נשכר בידי עיריית אילת לבדיקת תוכנית "השער הדרומי" לבניית תעלה באורך 4.5 ק"מ ונמל עמוק חדש צפונית לעיר, שיחליף את הנמל הקיים. לפי שיינין עלות הקמת נמל התעלה היא כ-1.2 מיליארד דולר, הקמת קו רכבת מטענים (מסילה בודדת בעלת מהירות תכן של כ-70 קמ"ש) היא כ-800 מיליון דולר, ולפרויקט כולו יש כדאיות כלכלית. אך לקו רכבת מהיר, בעל מהירות תכן של כ-300 קמ"ש, אין כדאיות כלכלית, עקב ההשקעה הגבוהה הנדרשת בעבודות עפר, חציבה, גישור וחישמול הקו.
בשנת 2012 טען סגן הממונה על התקציבים במשרד האוצר, שאול מרידור, כי פרויקט הרכבת לאילת אינו כלכלי, ועדיף להשקיע בפרויקטים של הסעת המונים בערים הגדולות.
באוקטובר 2013 פרסמו מרכז שאשא למחקרים אסטרטגיים באוניברסיטה העברית והחברה להגנת הטבע מחקר מקיף על הכדאיות הכלכלית וההשלכות הסביבתיות של הפרויקט (כולל נמל תעלה בצפון אילת) שמסקנתו החד משמעית היא שאין כדאיות כלכלית.
באוגוסט 2015 נחנכה תעלת סואץ החדשה, מיזם להכפלת קיבולת התעלה למעבר של כ-100 ספינות ביום (לעומת קיבולת של ספינה אחת ליום בנמל אילת הקיים), כך שהאטרקטיביות של קו הרכבת לאילת כגשר יבשתי ואלטרנטיבה לתעלת סואץ פחתה.
תוואי הפרויקט.
בבקשה לביצוע בדיקת היתכנות (RFI) שפרסם משרד התחבורה בשנת 2010, מופיע פירוט אפשרי של תחנות לאורך התוואי ובהן: תחנת הרכבת חצבה, תחנת הרכבת ספיר, תחנת הרכבת פארן, תחנת הרכבת יהל, תחנת הרכבת יטבתה, תחנת הרכבת נמל התעופה רמון, תחנת הרכבת שחורת ותחנת הרכבת אילת. בשנת 2012 החליטה חברת נתיבי ישראל האחראית על תכנון המסילה לחלקה לפי 4 מקטעים, לארבעה משרדי תכנון שונים. בין הנקודות העיקריות שסוכמו בתכנון, על סמך בדיקות כלכליות, נקבע כי בין באר שבע לאילת יוקמו ארבע תחנות – דימונה, ספיר, קטורה ורמון. זאת, בנוסף ל-4 מסופי מטענים ו-8 תחנות תפעוליות. תחנת הרכבת אילת תמוקם בשטח נמל התעופה אילת שנהרס עם פתיחת נמל התעופה רמון. קו הרכבת ישמש גם לרכבות משא לשינוע סחורות מנמל אילת למרכז הארץ ולנמלי הים התיכון. לפי דעת חברת נמלי ישראל,
על אף שכך שווק הפרויקט לממשלה, הקו לא צפוי להתחרות בתעלת סואץ כנתיב העברת מטענים מהודו וסין דרך נמל אילת ונמלי הים התיכון לאירופה עקב עלויות גבוהות בסדרי גודל של שינוע מטענים ביחס למעבר בתעלת סואץ ומגבלות לוגיסטיות המאריכות את משך המעבר ביחס לתעלת סואץ. בסוף 2012 הודיע צוות התכנון כי בראשית 2013 צפויה הפקדת התוכנית לסלילתו וכי הצוות בוחן כעת מה תהיה האפשרות הטובה ביותר, מבין שלוש חלופות שונות, לסלילת הקו.
תוואי הפרויקט כולל שלושה חלקים עיקריים:
השלכות סביבתיות.
מעבר לעלות התקציבית והתפעולית הגבוהה, העלות הגבוהה להסעת נוסעים ואי היכולת להתחרות בתעלת סואץ בשינוע מטענים, יהיו לפרויקט השלכות סביבתיות כבדות, שעיקרן פגיעה וקיטוע השטחים הפתוחים באזור הרגיש של ארץ המכתשים ומספר שמורות טבע. סוגיית העברת חומרים מסוכנים בבאר שבע ודימונה טרם נפתרה, וכך גם הפגיעה בסביבה הכרוכה בחפירת נמל תעלה מצפון לאילת.
אנדוזום
אנדוזום (באנגלית: endosome) הוא אברון עטוף ממברנה בתאים איקריוטיים המשמש לשינוע חומרים בתא מממברנת הפלזמה אל הליזוזום לאחר אנדוציטוזה. בכך הוא מסייע בעיכול חומרים המגיעים לתא. המולקולות הנעטפות באנדוזום יכולות לנוע מפני התא אל הליזוזומים שם תפורקנה, או לנוע חזרה אל פני התא לצורך מחזורן החוצה. בנוסף, ישנן מולקולות המועברות באנדוזום ממערכת גולג'י אל הליזוזום או חזרה אל המערכת. כאשר האנדוזומים מגיעים לבגרות מלאה קוטרם הוא בערך 500 ננומטר.
תפקוד.