במרץ ניהלה קבוצה של יותר מ-1,000 מורדים בראשות רוסלן גלייב מגננה בעיירה קומסומולסקאיה. המורדים הצליחו להדוף מספר התקפות רוסיות גדולות במשך שבועיים, אך סבלו מאות הרוגים. הרוסים הודו כי אבדו להם למעלה מ-50 חיילים. הלחימה נמשכה גם באפריל. בשלב זה ניתן היה לומר כי הרוסים כבשו את המרכזים המאוכלסים האחרונים של ההתנגדות המאורגנת. המורדים נסוגו אל אזורי ההרים הבלתי מיושבים, והמשיכו משם בלוחמת גרילה.
החזרת השלטון הרוסי.
ולדימיר פוטין, שהוכרז ביומה האחרון של שנת 1999 כמחליפו של בוריס ילצין בכהונת נשיא הפדרציה הרוסית, ונבחר לתפקיד בבחירות שהתקיימו במרץ 2000, הכריז על חידוש השליטה הרוסית הישירה בצ'צ'ניה במאי 2000. בחודש שלאחר מכן מינה פוטין את אחמד קדירוב לראש ממשלת צ'צ'ניה הזמנית. צעד זה זכה לפופולריות, אך המשך מעשי האיבה ומותם של חיילים רוסים במערכת הגרילה שלאחר הלחימה המאורגנת הנמיך את רמת ההתלהבות מהמערכה בצ'צ'ניה. בהפלת המסוק הרוסי בחנקאלה שאירעה ב-19 באוגוסט 2002, בדלנים צ'צ'נים הפילו מסוק מיל Mi-26 של חיל האוויר הרוסי וגרמו להתרסקותו בשדה מוקשים. כל החיילים במסוק, 127 איש, נהרגו באסון.
ב-23 במרץ 2003 קיבלה צ'צ'ניה חוקה חדשה, לאחר משאל עם נתון במחלוקת, שאותו תארו משקיפים בינלאומיים כפגום באופן מהותי. החוקה העניקה לצ'צ'ניה מידה רבה של אוטונומיה, אך עדיין קשרה אותה אל הפדרציה הרוסית. באופן טבעי, הבדלנים הצ'צ'נים התנגדו לקבלת החוקה, ונטען כי רבים מהם החרימו את משאל העם. במאי 2004 נרצח אחמד קדירוב בפיצוץ מטען באצטדיון של גרוזני. מאז דצמבר 2005 משמש רמזן קדירוב, בנו של אחמד קדירוב כשליטה דה פקטו של צ'צ'ניה, בתחילה כסגן ראש הממשלה לאחר מות אביו, לאחר מכן כראש הממשלה, ומ-15 בפברואר 2007 מכוח צו של פוטין, כנשיא בפועל.
שלב לוחמת הגרילה.
על אף שלוחמה בקנה מידה גדול הסתיימה בצ'צ'ניה, נמשכו התקפות יומיות, במיוחד באזורי הדרום, וגלשו אל שאר אזורי הקווקז, במיוחד לאחר שהמורדים הכריזו על ייסוד מסגרת ארגונית בשם "חזית הקווקז" בשנת 2005. הלחימה מתנהלת במיוחד בצ'צ'ניה, אך גם בדאגסטן, ואינגושטיה, כמו גם במקומות אחרים בקווקז. ראויה לציון פשיטת המורדים ב-13 באוקטובר 2005 על העיר נאלצ'יק בקברדינו-בלקריה, בה איבדו את חייהם 142 בני אדם, כ-14 מהם אזרחים.
יחידות קטנות של מורדים פגעו בחיילים ומנהלנים רוסים, וארבו לשיירות ולכלי רכב. כוחות הצבא הגיבו בפשיטות אוויריות ובארטילריה, כמו גם במבצעים קרקעיים. כיום רוב החיילים בצ'צ'ניה הם כוחות קרקע של חיילים מקצועיים המכונים "קונטרקטניקי" (חיילים תחת חוזה), בניגוד למגויסים שלחמו בשלב הראשון של המלחמה. בעוד שרוסיה שומרת על נוכחותה הצבאית בצ'צ'ניה מעורבים הכוחות הפדרליים פחות בלחימה. כוחות מקומיים התומכים ברוסיה, בראשותו של רמזן קדירוב שולטים כיום במנגנוני אכיפת החוק והביטחון. רבים מאנשים אלו (לרבות קדירוב עצמו) הם מורדים לשעבר. מאז 2004 הוטמעו אנשי המיליציות ביחידות משרד הפנים הרוסי.
הרוסים האשימו את רפובליקת גאורגיה השכנה בכך שהיא מאפשרת לצ'צ'נים לפעול מתחומה, ומהווה מקור להברחת אנשים וחומרי לחימה לאורך גבולה עם רוסיה. בפברואר 2002, לאחר פיגועי 11 בספטמבר, הציעה ארצות הברית סיוע לגאורגיה במלחמתה כנגד "הגורמים הפליליים" לרבות מוג'אהדין ערבים שפעלו באזור פניסקי. הגאורגים עצרו ערבי ושישה אנשים נוספים, והכריזו כי האזור נמצא תחת שליטה. באוגוסט 2002 האשימה גאורגיה את רוסיה בסדרה של תקיפות אוויר סודיות על מעוזי המורדים בפניסקי.
מיוני 2000 התחילו המורדים הצ'צ'נים בביצוע פיגועי התאבדות. עד ספטמבר 2004 בוצעו מחוץ לצ'צ'ניה 23 פיגועי התאבדות, רובם כנגד מטרות צבאיות או מינהליות רוסיות.
שני הצדדים ללחימה התנקשו בחיי מנהיגים מן הצד השני. שתי ההתנקשויות הבולטות הייתה הריגתו, ב-13 בפברואר 2004 של מנהיג המורדים הגולה זליקמן ינדרבייב בקטר, והריגתו, ב-9 במאי 2004 של נשיא צ'צ'ניה מטעם הפדרציה הרוסית, אחמד קדירוב, באמצעות פיצוץ מטען באצטדיון בגרוזני.
בפברואר 2005 הכריז מסחאדוב על הפסקת אש חד צדדית האמורה להימשך עד 22 בפברואר. ההודעה על הפסקת האש בת שלושת השבועות הופיעה באתר בדלני באינטרנט ונוסחה כקריאה לפוטין וכמחווה של רצון טוב. המענה לקריאה זו היה פשיטה על המקום בו הסתתר מסחאדוב בכפר טולסטוי-יורט, ב-8 במרץ 2005, פשיטה בה נהרג מסחאדוב. גופתו של מסחאדוב הוצגה לראווה בטלוויזיה הרוסית. למחליפו של מסחאדוב מונה עבדול-חלים סדולייב. סדולייב נהרג ביוני 2006, ודוקו אומארוב הוכרז כמחליפו.
סיום המלחמה.
עוד בשנת 2002 הודיע ולדימיר פוטין כי המלחמה הסתיימה. בהזדמנויות שונות חוזרים בכירים רוסים על הטענה כי המלחמה ארכה רק שנתיים, וכי מאז מתקיים "מבצע לשמירת השלום". כך התבטא סגן ראש ממשלת רוסיה סרגיי איוואנוב בריאיון ל-BBC בשנת 2006. יש הסבורים כי המלחמה תמה בשנת 2003 עם משאל העם שאיפשר את בחירת אחמד קדירוב לנשיא, ואחרים סבורים כי המלחמה תמה בעיקרה בשנת 2006.
המורדים עצמם טוענים כי הלחימה נמשכת, וכי המלחמה עוד לא תמה. על פי ה-CIA, על אף שרוסיה פגעה קשות בתנועת המורדים, הרי שהאלימות מתפרצת עדיין בצפון הקווקז. ארגון אמנסטי אינטרנשיונל קבע בשנת 2007, בהתייחס לטענתו של רמזן קדירוב כי צ'צ'ניה היא המקום השקט בעולם, כי על אף שפעולות איבה בקנה מידה גדול נפסקו, הרי שהעימות נמשך ושני הצדדים מפרים את זכויות האדם. בשנת 2007 התרחשב התרסקות מי-8 בשאטוי סב נהרגו 20 אנשי צבא. תחילה חשבו שזה תוצאה של פעילות עוינת, אך בסוף התברר שסיבה להתרסקות היא טכנית.
במרץ 2009 התבטא נשיא רוסיה דמיטרי מדבדב כי החיים שבו למסלולם בצ'צ'ניה וכי ניתן לסיים את המבצע כנגד טרור המתחולל בשטחיה. ב-16 באפריל הודיעו סוכנויות הידיעות הרשמיות שמצב החירום שהוטל בצ'צ'ניה מאז 1999 בוטל.
נשק ותחמושת.
בעת המלחמה היה הצבא הרוסי בהליך התעצמות, כתוצאה מלקחי מלחמת צ'צ'ניה הראשונה, אך הליך זה היה רחוק מהשלמה, וכלי נשק רבים שבהם נעשה שימוש, היו כלים סובייטיים ותיקים, אשר הוכיחו עצמם בעימותים קודמים. המורדים השתמשו בחימוש סובייטי שנרכש או שנפל שלל במלחמת צ'צ'ניה הראשונה.
נשק קל.
שני הצדדים עשו שימוש בגרסאות מתקדמות של רובים מבוססי AK-47, בעיקר כאלו בקליבר 7.62 מ"מ, כמו כן, נעשה שימוש ברובה הצלפים דרגונוב הוותיק. הצד הרוסי צויד גם ברובי צלפים מסוג VSK-94 (רובה בריחי 9 מ"מ) ו-SV-98 (רובה בריחי 7.62 מ"מ) המותאמים ללחימה הררית. המורדים עשו שימוש רב במטולי רקטות נגד טנקים.
חימוש נגד מטוסים.
המורדים היו חמושים בטילים מסוג סטרלה-3 (SA-14) ומסוג איגלה-1 (SA-18). שני הצדדים עשו שימוש בתותחים מתנייעים נגד מטוסים מסוג ZSU-23-4 וZU-23 וכן M-1 טונגוסקה. הצד הרוסי השתמש בהם לליווי טנקים, בשל יכולתם הטובה יותר לפגוע במארבי המורדים החמושים בכלי נשק נגד טנקים.
מסוקים.
הממשלה הרוסית עשתה שימוש מאסיבי במסוקים, ואיבדה כ-45 מסוקים במהלך המערכה. השימוש העיקרי נעשה במסוק התקיפה מיל מי-24 – "הינד", ובמסוק התובלה מיל מי-8. כן נעשה שימוש במסוק התובלה מיל MI-26. ישנם דיווחים על שימוש במסוק התקיפה המתקדם קמוב KA-50. ה"הינד" שנשא בעיקר הנטל במערכה, שימש את הרוסים מזה ארבעה עשורים, ובעת תחילת המערכה נחשב כבר למיושן.
מטוסים.
הרוסים השתמשו בעיקר במטוסי ההפצצה סוחוי SU-25 (פרוגפוט) ו-סוחוי SU-24 (פנסר). לא נעשה שימוש במטוסי הקרב המתקדמים מסוג מיג-29 ו-סוחוי 27. הסוחוי-25, המטוס שנשא בעיקר הנטל, היה בזמן המערכה מטוס מיושן למדי, ופגיע לטילי הכתף ותותחי הנ"מ של המורדים. במהלך הלחימה אבדו 11 מטוסים, שהופלו באש נ"מ של המורדים. התקיפות הסתמכו על כוח אש ועוצמה, ושלא כבמתקפות מקבילות שביצעו מדינות המערב בשנים אלו, לא נעשה שימוש בחימוש מונחה לפגיעות מדויקות וכירורגיות.
נגמ"שים וטנקים.
הצד הרוסי השתמש בעיקר בנגמ"שים מסוג BMP-2, BTR-70 ו-BTR-80. הרוסים השתמשו בעיקר בטנקים מסדרת T-72, ואף בטנקים מיושנים יותר מסדרת T-62. שימוש בטנק המערכה T-90 נעשה באופן מצומצם בגיזרת דאגסטן בתחילת הלוחמה, אך לא בהמשך.
ארטילריה.
הצד הרוסי השתמש בתומ"תים מסוג MSTA-S כן נעשה שימוש במשגרי רקטות מסוג גראד ו-BM-27 אוראגאן.
הפרת זכויות אדם.
פשעי מלחמה.
שני הצדדים האשימו זה את זה בפשעי מלחמה לרבות חטיפות, רצח, לקיחת בני ערובה, ביזה, אונס והפרות אחרות של דיני המלחמה במשפט הבינלאומי. ארגוני זכויות אדם וארגונים בינלאומיים, לרבות מועצת אירופה ואמנסטי אינטרנשיונל, ביקרו את שני הצדדים על הפרות בוטות ומתמשכות של החוק הבינלאומי.
ארגוני זכויות אדם רוסים טוענים כי כ-5,000 איש "נעלמו" בצ'צ'ניה מאז 1999. ב-2006 פסק בית הדין האירופי לזכויות האדם, בפסיקה תקדימית, כי רוסיה אחראית להעלמו של חאג'י מוראט-ינדייב, לוחם צ'צ'ני שנתפס בשלב הראשון של המלחמה, ושפקודה של קצין רוסי להוציאו להורג לאחר חקירתו, צולמה על ידי כתבי חדשות. מאות תיקים נוספים מסוג זה פתוחים בפני בית הדין האירופי לזכויות האדם.
מזכירת המדינה של ארצות הברית מדליין אולברייט אמרה בנאום לנציבות האומות המאוחדות לזכויות האדם ב-24 במרץ 2000 כי:
דו"ח ארגון אמנסטי אינטרנשיונל באשר לצ'צ'ניה קובע:
ביוני 2005 הודה בכיר בממשלה הצ'צ'נית הפרו-רוסית כי על אדמת צ'צ'ניה עשרות קברי אחים, בהם קבורים "אזרחים תומכי שלום" שנרצחו מאז שנת 1999 על ידי הצבא הרוסי.
מניעת דיווח עיתונאי.