ב-1350, עלו מגרמניה קבוצת תלמידי חכמים אשכנזים בראשות הרב יצחק הלוי מבילשטיין, שהקים במקום ישיבה. ישיבה זו הייתה גם מוקד משיכה לתלמידים מגרמניה שבאו ללמוד בה לתקופות קצובות ושבו לגרמניה. הישיבה התקיימה למשך כמה עשרות שנים וכנראה התפזרה לקראת סוף המאה ה-14. ב-1400 לערך רכשו האשכנזים (בכספי קהילותיהם שנותרו בחו"ל) את ה"חצר" (במקום בו שוכן כיום בית הכנסת החורבה) והקימו בה בית כנסת, ישיבה ובתי מגורים. כך עבר המרכז היהודי מהר ציון אל אזור הרובע היהודי של ימינו.
בסוף המאה ה-14 עלה לשלטון באימפריה הממלוכית הסולטאן הממלוכי הראשון בשושלת הבורג'ית ברקוק (1390). הוא שלח מושל חדש לירושלים, שיסד סדרים חדשים והקל מאוד במיסים על הנוצרים ועל היהודים. בנו פארג' היה עוין לנוצרים עד שנשארו בעיר רק שני הגמונים צרפתיים וארמנים אחדים. לעומת זאת, הוא נטה חסד ליהודים. הרב אליהו מפרארה בקר בעיר בשנת 1437 והוא כתב לבני-משפחתו באיטליה:"שהיהודים בירושלים חיים בשלווה, עוסקים בכל ענפי המלאכה, כולל חציבת אבנים. הנשים עוסקות באריגה. ומצבם החומרי והמוסרי טוב". ראשי הקהל דרשו ממנו ללמד אותם והוא מספר כי לימד שלוש פעמים ביום גמרא עם תוספות ומפסקי הרמב"ם. בתמורה "ויקצו לו שכר הגון".
הנוסע יוהאנס פולונר (Johannes Poloner), שביקר בארץ ישראל בשנת 1421, כתב כי במרחק 76 צעדים מ"שער רחוב היהודים" (הוא שער ציון), "הצופה מחוץ לעיר לצד דרום", נמצא "רחוב בית הכנסת של היהודים". כוונתו לרחוב היהודים בהווה הנמשך מדרום לצפון לכיוון השווקים. זה המקור הראשון המתאר את שכונת היהודים החדשה בתוך העיר העתיקה.
קיימת עדות של השייח' מחמד אבן עביה לפיה בשנת 1474 נהרס בית הכנסת שהיה בעיר, בטענה שהוא "חדש", "עד שחזרו ולקחו להם בית כנסת מחוץ לעיר" - דהיינו חזרו לבית הכנסת בהר-ציון. הוא שוקם בהוראת הסולטאן קאיתבאי "נגד (דעתם של) כל שריו ועבדיו וכל עם ארצו" (דברי עובדיה מברטנורא). הסולטאן אף הורה להעניש את המתפרעים. ב-1488 עלה מאיטליה לירושלים והשתקע בה ר' עובדיה מברטנורא, והחל משנה זו גברה עליית הספרדים והגיעה לשיאה אחרי 1492 - גירוש ספרד.
הנוסע הגרמני ארנולף פון הארף, שביקר בארץ ישראל בשנים 1499-1498, ציין כי "בתוך ירושלים גרים יהודים רבים מאד".
בסוף המאה ה-15 היו בירושלים למעלה מ-200 משפחות יהודיות, שהתגוררו סמוך ל"גרעין" הרובע היהודי של ימינו.
הנוצרים.
האוכלוסייה הנוצרית נחלקה לנוצרים בני-הארץ, שאין להם קהילות-אם באירופה, ולנוצרים אירופאים. על הקבוצה הראשונה נמנו קהילות כגון הארמנים, המארונים, הקופטים, האשורים (סורים), היעקוביטים, והאתיופים. הקבוצה השנייה, "נוצרים אירופאים", כללה את ה"לטינים" (מאמיני הכנסייה הקתולית), את הגאורגים והיוונים האורתודוקסים. כל קהילה התגוררה סביב גרעין שכלל מבנה דת מרכזי (כנסייה או מנזר) בעיר העתיקה (פרט לגאורגים שמרכזם היה במנזר המצלבה), וטענה לבעלות על חלק מכנסיית הקבר. כמו היהודים והמוסלמים, גם הנוצרים אירחו עולי רגל ובכל קהילה היה בית הארחה לצליינים.
המקום הקדוש המשותף לכל העדות היה כנסיית הקבר. כנסייה זו גם הייתה מוקד העלייה לרגל של נוצרים, עלייה לרגל שהגיעה לשיא במאה ה-15. השליטה בכנסייה הייתה של השלטון הממלוכי המוסלמי, אשר קבע את הסדרי הפתיחה והסגירה של המקום וגבה מס (בערך שונה לכל עדה) על הכניסה לכנסייה. העדות השונות רבו ביניהן על אחיזה באזורים שונים של הכנסייה, ובמקרים רבים נהגו לשחד את השלטונות כדי שיקצו להם זכויות ויתמכו בהם. עבור השליטים, שנטלו שוחד מכל הצדדים, הייתה הכנסייה מקור הכנסה שופע.
היחס לנוצרים.
היחס לנוצרים נחלק לשתי תקופות. בתקופה הראשונה, עד אמצע המאה ה-14, החשש הממלוכי המרכזי היה מפני מסע צלב נוסף שיגיע מאירופה, ולכן הם דיכאו ביד קשה את הנוצרים האירופאים. קהילותיהם היו קטנות, והם היו יעד להתקפות. כך למשל בשנת 1272 פרץ הנזיר הצופי הקנאי ח'צ'ר, חביבו של ביברס, אל מנזר המצלבה, גירש משם את הגאורגים והפך את המקום לח'נקה (מנזר צופי). רק במאה ה-14 חזרו לשם הגאורגים. עם זאת, הכתות הנוצריות "בנות הארץ" זכו באותה תקופה לאוטונומיה מסוימת ולזכויות, למשל בכנסיית הקבר.
התקופה השנייה התחילה בשנות הארבעים של המאה ה-14, כאשר מסר הסולטאן מוחמד בן-קלאון למסדר הפרנציסקני (הקתולי) כתב זכויות שהתיר להם לקנות אדמה על הר ציון, להקים מנזר ולשתות יין. הממלוכים התחייבו להגן על שיירות עולי רגל נוצרים, לא לגבות מהם מס שרירותי, ואף פטרו את הפרנציסקנים ממס כנסיית הקבר. אין ספק שכתב הזכויות (שהיה זמני וחודש בכל דור עם כל סולטאן וסולטאן) נקנה בכסף רב ששולם לממלוכים על ידי האפיפיור. מכאן ואילך עלה כוחם היחסי של הקתולים, שבסיוע הונם הצליחו לבסס דריסת רגל הולכת וגדלה על חשבון העדות הנוצריות האחרות. בין הסיבות לשינוי ניתן למנות את ביטול הסכנה הצלבנית, ואת עליית כוחן של ונציה ופירנצה כמעצמות סחר, שיחסים כלכליים תקינים עמן הפכו לחיוניים. הפרנציסקנים בירושלים היו גם בני חסות של אחת השושלות החזקות באירופה של התקופה, דוכסות בורגונדיה. באמצע המאה ה-15 גורשו הפרנציסקנים מהר ציון ונמסר להם השטח שבידיהם עד היום, בצפון-מערב העיר העתיקה.
הסכסוך על הר ציון.
הר ציון הוא מקום מקודש הן ליהודים, שמציינים במקום את קבר דוד, והן לנוצרים, שמאמינים ששם נערכה הסעודה האחרונה. במקום היה מבנה צלבני ובו התמקמו גם הפרנציסקנים. היהודים קיימו במקום תפילות וטקסים, והוא היה אחת התחנות בעלייה לרגל. בין המחצית השנייה של המאה ה-14 ועד 1427 התקיימו סכסוכים בין יהודים לנוצרים על החזקה במקום ועל זכויות התפילה והביקור. ב-1427 פנה נגיד היהודים אל הסולטאן (ג'קמק) וביקש להגיע לפשרה. תשובתו של הסולטאן, לפי פליקס פברי הייתה: "גם אנו חושבים את דוד לקדוש, ממש כמו הנוצרים והיהודים, ואנו מאמינים בכתבי הקודש ממש כמוהם. על-כן לא היהודים ולא הנוצרים יהיו בעלי המקום הזה, אלא ניקח אותו לעצמנו." לפי ניתוח אחר בתקופה זו היה לממלוכים עניין פוליטי לפגוע בנוצרים, כחלק מהתחרות שלהם עם האימפריה העות'מאנית, והם הענישו את הנוצרים בעקבות "בנייה בלתי חוקית". לפי ניתוח זה, ההיטפלות להשתדלות היהודים היא רק תעמולה נוצרית.
ואכן, הנזירים סולקו מהמקום וב-1452 המקום הפך למסגד. כך החלה סדרת סכסוכים בינלאומיים, בהם השתדלו גופים נוצריים אצל השלטון הממלוכי לקבל לידיהם את המקום. גם יהודים עשירים ניסו לשחד את הסולטאן לבל ייתן יד לדחיקתם של יהודים. ב-1462 מדווח הנוסע גיום אוליבר: "הם (המוסלמים) מונעים את הנוצרים מלהיכנס שם (למבנה קבר דוד) תחת עונש מוות". במשך תקופות קצרות חזרה למקום שליטה פרנציסקנית, אך לבסוף נושלו הפרנציסקנים סופית וחלקם נאסרו.
ההשלכות על העם היהודי היו קשות, שכן הזעם הנוצרי הופנה אל היהודים. בשנת 1428 הוציא בוונציה האפיפיור מרטינוס החמישי, צו האוסר על רבי-חובלים נוצרים להוביל באוניותיהם יהודים העושים דרכם לארץ-ישראל. כמו כן הוטלו מיסים כבדים על יהודי איטליה כ"פיצוי" לפרנציסקנים. גזירות אלה, שנקראו "גזירת הים", בוטלו רק בשנות השמונים של המאה ה-15. בשנת 1488 דיווח עובדיה מברטנורא:
ככל הנראה הייתה מתיחות בין היהודים לבין הנוצרים, מכיוון שהנוסע פליקס פברי (בשנים 1483-1480) מספר שביום שישי הטוב שלפני הפסחא, נוהגים היהודים להסתגר בבתיהם "ואין להם רשות להתהלך אז ברחובות".
ירושלים בספרות המסעות.
בתקופה הממלוכית התפתחה ספרות שיועדה לעולי רגל, ובמקרים רבים נכתבה בידי עולי רגל לתיאור חוויותיהם בארץ הקדושה ובירושלים בפרט. קיימת ספרות מוסלמית הנקראת "שבחי ירושלים" או "המעורר לזיארה", ובין דוגמאותיה הבולטות ספרו של ג'מאל א-דין אלמקדסי (מת 1364), "מעורר הרצון לביקור בלקודס וא-שאם" או ספרו של מוג'יר א-דין, "דברי ימי ירושלים וחברון" (1495). בצידה קיימת ספרות יהודית, שמייצגה הנאמן הוא "כפתור ופרח" לאשתורי הפרחי ואגרותיהם של עובדיה מברטנורא ותלמידו לקהילותיהם, וכן ספרות-מסע נוצרית כגון מסעות פליקס פברי (1480) או "מסע לארץ הקודש" של ברנרד פון בריידנבאך (1486).
את הספרות ה"חדשה" הזו ייחדה זווית הראיה הפרקטית - לא רק סיפורי קדושים ותיאורי מקומות קדושים, אלא מידע שמתיימר להיות אמין ומדויק באשר למקומות הלינה, סדרי התפילה ומועדיהם, השווקים ומחיריהם, אזהרות מפני עורמתם של הסוחרים ורמאויותיהם של מורי הדרך - מידע המזכיר את זה שנמצא במדריכי טיולים מודרניים.
כך למשל:
עם המצאת הדפוס היו מדריכי תיירים וצליינים אלה מהטקסטים הראשונים שנדפסו (אולי הראשון שבהם הוא ספרו של הכומר הגרמני ברנרד פון בריידנבאך "מסע לארץ הקודש" בשנת 1486).
תנכיז
סיף א-דין תנכִּז א-נאסרי (בערבית: سيف الدين ﺗﻧﻜﺰ ﺍﻟناصري; 1279? – 1340) היה אמיר ממלוכי, מושל סוריה וארץ ישראל בין השנים 1312–1340. ידידו ובן חסותו של הסולטאן מוחמד בן קלאוון, שבזמנו הגיעה האימפריה הממלוכית לשיאה. תנכיז הוא גדול בוני ירושלים בתקופה הממלוכית.