הנשק היחידי כנגד צוללת מתחת לפני המים היה אז פצצות עומק. היו אלה חביות חומר נפץ במשקל 200 ק"ג עם מרעום הידרוסטטי שניתן לכוונו לעומק הרצוי. שעון תזמון קבוע איפשר להטיל מטח של עשר או חמש פצצות. מתוך שני מסלולי החלקה בירכתיים ולמשחתות Z היו ארבע מרגמות שירו את הפצצה למרחק כ-40 מטר לצדדים.
גילוי צוללות חייב ניסיון רב וביצוע התקיפה חייב להטיל את הפצצות מעל המקום המדויק בו תגיע הצוללת בעת הפיצוץ. מפעיל הסונאר הראשי היה נגד בכיר שנעזר בשני בקרים כאשר מעליהם עומד קצין הטנ"ץ ומדווח למפקד ומציע נתוני תקיפה. נעשו גם אימונים עם צוללות חיל הים. האימון המשותף חייב הקפדה על נוהלי תיאום ואבטחה בלוח זמנים כדי לודא שלא תתחולל התנגשות בין הצוללת ובין המשחתות המתאמנות. נקבעו סימנים מוסכמים עם הצוללת על ידי רימוני סימון שזכו לשם "קצלים".
נערכו אימונים נגד צוללות עם הצי הצרפתי בטולון במשך מספר שנים החל משנת 1957 הצוללות המצריות לא הוכיחו כושר פעולה במלחמות בים התיכון. מפגשים בין אוניות השייטת ובין צוללות מצריות דווחו מדי פעם בלא יכולת לאמת. רמת האימון וההשקעה בנושא הנגד צוללות הוכיחו עצמם כחיוניים בעת מלחמת ששת הימים.
הובלת קומנדו ימי -הקומנדו הימי התאמן בנמל על הדבקת מוקשי עלוקה למשחתות. בעת אימון כזה נעשה תמיד תיאום מוקדם והוצב קצין בטיחות לודא שלא יופעלו מדחפים וגם לא הסונאר בעת שהצוללים בקרבת כלי השייט. יכולת הנשיאה של המשחתות לקחת על הסיפון את סירות הנפץ וסירות הגומי של שייטת 13 והבאתן להשקה בקרבת היעד תורגלה ויועדה לתכנונים מבצעיים. למשחתת נוספו מנופי זרוע חשמליים והוכנו עריסות לגופי הספירות. מרכז הידיעות הקרבי הותאם לשמש כחפ"ק לפקד על המבצע. נקבעו גם נוהלי הזדהות וקישור. כאשר מפקד המבצע הבכיר לא היה מרקע קומנדו הוצב על ידו קצין בכיר משייטת 13 כדי לסייע בהבנת התמונה המבצעית. נערכו תרגילי שיתוף פעולה ותרגילי מודל שבאו לידי ביטוי במלחמת ששת הימים.
סיוע לפיתוח טילי ים-ים - בקרב השטח הייתה עדיפות בולטת של המשחתות מסדרת סקורי המצריות על פני מערכת התותחנות של המשחתות. וחיל הים חיפש לכך פתרון. בשנת 1958 צפו נציגים מחיל הים בניסוי עבור חיל האוויר בנגב של טיל מפיתוח רפאל אשר פגע במטרתו שהוצבה במרחק של כ-8 ק"מ. נציגי חיל הים שצפו בניסוי החליטו לאמץ את הטיל שכינויו שונה מ ג-25 ללוז. שנה לאחר מכן הותקנה המערכת בפיתוח על המשחתת אח"י אילת לצורך ניסוי שבוצע ב-18 במאי 1959, הטיל שנורה מהים אל מטרה ימית פגע.
המשך הניסויים שנעשו מהמשחתת אח"י יפו כונו "כיסא מלכות" החל מסוף שנת 1961. באוקטובר 1962 בוצע ניסוי כאשר הכוון-נתב הנוהג בטיל ישב במסוק שהמריא מירכתי אח"י יפו (ק-42), כך ניתן לקרב את הכוון-נתב למטרה ולשפר את זווית הראייה והשליטה של הכוון-נתב. ב-1963 נערך ניסוי מהחוף אל מטרה ימית בנוכחות הרמטכ"ל צבי צור, מנכ"ל רפא"ל מוניה מרדור, יחד עם מפתחי הטיל ובכירים אחרים. אך טיל מנוהג המוגבל בטווח הראייה לא ענה על הצורך לטווח ארוך יותר מתותחי המשחתות מסדרת סקורי. פיתוח ביות מכ"ם לטיל אפשר ניהוג וביות מתחום הראייה, היווה מענה לבעיית הטווח. הפיתוח הועבר לתעשייה האווירית והבשיל מאוחר יותר בגבריאל שמימושו הצליח מאוחר יותר. בתקופת ההמתנה לפני מלחמת ששת הימים, הותקנו באח"י יפו (ק-42) שלושה טילים בשלבי פיתוח.
לוחמה אלקטרונית ומודיעין - באמצע שנות השישים החלו המשחתות להצטייד באמצעים אלקטרוניים מפיתוח ישראלי. מכשיר לגילוי שידורי מכ"ם ורקטות לפיזור מוץ להטעיית המכ"ם במרחק מהמשחתת שכונו – "אבשלום". בהפלגות מבצעיות הותקנו במשחתות מכשירי האזנה וחולית האזנה של המודיעין הימי הצטרפה להפלגות וסרקה את תעבורת הקשר של האויב.
הדרכה ואימוני חוף - במקביל לרכישת המשחתות התארגן בה"ד חיל הים להכשרת כח האדם למקצועות ההפעלה והתחזוקה שלהן. בתי הספר נקראו לפי המחלקות באונייה. תותחנות, גנ"ק, טנ"ץ מכונה וחשמל שהפך לאלקטרוניקה. היו אז כ-10 מקצועות שונים שאותם רכשו המתגייסים החדשים לאחר טירונות. המבנה ביסודו תקף עד היום. לשם תרגול הלחימה בצוללות נרכש באנגליה רכב סימולטור שהוצב דרך קבע בבסיס ההדרכה. נקרא "מאנ"ץ " (מתקן אימון נגד צוללות) וצוותי המשחתת עסקו בו באימונים רבים. כמו כן נבנה מתקן המייצג חדרי מי"ק של המשחתות והיווה תקדים ל"מת"ט" (מתקן אימון טקטי) בתקופת ספינות הטילים. הרמה המקצועית הדרושה לקציני המחלקות הושגה בקורס מיוחד שנערך בבה"ד התותחנים,בה"ד חיל הקשר ובה"ד חיל הים. קציני הטורפדו ונגד צוללות ובתקופה מסוימת גם קציני התותחנות עברו את הקורס בבסיס HMS Excelent של הצי המלכותי הבריטי בפורטסמות'.
ארגון ותנאי שירות.
עגינה -
נמל הבית של השייטת לכל תקופת קיומה היה נמל חיפה. האוניות עגנו בשני מקומות לצד הרציף הצבאי במרכז הנמל או עמדו על שני עוגנים בניצב לשובר הגלים הראשי. מבחינת כלכלה ולוגיסטיקה הייתה כל אונייה יחידה נפרדת. הצוותים לנו באוניות ומטבח האניה הזין את הצוות.
לבוש - המדים הלבנים שימשו בקיץ לחגים והזדמנויות מיוחדות. בחורף היו מדי חורף וחולצה לבנה עם עניבה. מדי היציאה של המלחים באותה עת כללו סרט כובע עם שם האונייה. בגדי העבודה שנמסרו היו מבד גס בצבע אפור-כחול, בדרך כלל משומשים. הלבוש האחיד לעבודה ובהפלגה בקיץ היה חצי גוף ערום. הדבר נרשם בפקודות השגרה המודפסות והודעה שודרה במערכת הרמקולים. הבגדים נמסרו לכביסה בחוף למכבסה צבאית. בתקופת הפריגטות רווח מנהג לקשור את הבגד בחבל מאחורי האונייה למשך כשעה. במשחתות המהירות יותר הופסק המנהג הזה. בעת הפלגה חגרו כל המפליגים חגורת הצלה מקופלת. בעת תרגול מחוץ לדופן האונייה החגורה הולבשה על הצוואר.
מחלקות, צדדים וצבעים - הצוות התחלק למחלקות המקצועיות, בפריגטות שלוש מחלקות ובמשחתות חמש: תותחנות, גנ"ק – גילוי ניווט וקשר, טנ"ץ – טורפדו ונגד צוללות, מחלקת מכונה ומחלקת חשמל. באונייה נמצא לוח ארגון קבוע שכל איש צוות היה רשום בו וידע את מקומו במצבי ההפעלה השונים:
מטלות ניקיון והצטיידות - מי המלח והאבק יוצרים באופן קבוע בעיה בתפעול האוניות. שמירת הניקיון ותחזוקת הציוד דרשה מאמץ ממושך. שטחי האניה, הקירות, הרצפה והדפנות חולקו באופן קבוע לאחריות ניקיון וצביעה בין המחלקות. קו דמיוני עבר בסיפון בין הגופים המנקים ומתחזקים. העלאה ופריקה של ציוד, מזון ותחמושת היווה מטלה חוזרת שדרשה מאמץ רב. למעט המוצבים הכבדים שדרשו מנוף מהחוף נעשתה ההצטיידות בעבודת ידיים. ההוראה נשמעה לפחות פעם ביום, אם לא יותר, וחייבה את כל אנשי הצוות להפסיק עבודות אחרות ולהתייצב לעבודת הסבלות שנדרשה. בעת העגינה בשובר הגלים היה מסלול ארוך להעברת הציוד, הורדה מהשובר דרך גשר רפסודות ועלייה חזרה בסולם לירכתי האונייה. קל יותר היה כאשר האונייה קשורה לרציף הצבאי.
המגורים - לקצינים ולנגדים הבכירים תאים 2 עד 4 בחדר. לצוותים תא חרטום גדול ותא ירכתיים קטן יותר. לנגדים והקצינים היו מיטה וארון לאנשי הצוות ערסל ותא חפצים. מיזוג אוויר לא היה מוכר אז ובתאי המגורים עברו צינורות אוורור בלחץ. מיקום הערסל ליד פתח האוורור נחשב למציאה. המנהג הבריטי לחלוקת מנת רום יומית לא היה מקובל אך הימאי היה זכאי ל-10 סיגריות ליום. חלוקת הסיגריות שונתה מאוחר יותר ולתוספת שוות ערך בשכר החובה והקבע.
המזון - מטבח האנייה סיפק לכל אנשי הצוות שלוש ארוחות ראשיות בכל יום. אף כי רק מעטים מהצוות נחשבו לדתיים המטבח היה כשר. עקרון הכשרות החל עוד בפריגטות היה חלק מהגאווה על חיל הים יהודי. משגיח כשרות כחלק מצוות המטבח. המזון היה נרכש ברובו בארץ ירקות ופירות נרכשו מחוץ לישראל. כאשר השהייה מחוץ לישראל הייתה ארוכה נקנו גם חומרי המזון בספקים שאושרו ככשרים.
מי שתיה - המשחתות החזיקו כמות מים גדולה – כ-50 מ"ק לצורך ייצור הקיטור. בנוסף לכך היו שני מזקקים עם תפוקה כוללת של שני מ"ק לשעה. בניגוד לספינות הקטנות אף פעם לא היה חסר מים. לעיתים הייתה נוצרת בעיה בטעם המים עקב מצב הניקיון במיכלי האחסנה.
הווי - ההפלגות הארוכות ושותפות הגורל יצרו קבוצות הווי בעיקר לפי חדרי המגורים. חדר אוכל קצינים, הנגדים הבכירים, מגורי ירכתיים, ומגורי חרטום. מדי פעם הייתה מתגלה יזמה והוצא ביטאון על לוח המודעות. בקליטת אנשי צוות חדשים התפתחה מסורת שעליהם לעלות לאניה בדרך הקשה היינו לא דרך הכבש או גשר הרפסודות אלא בטיפוס על החבלים. הצוות הוותיק מתיז עליהם מים מזרנוקי כיבוי אש.
המשחתות במלחמת סיני.
המשחתות הגיעו והחלו להתארגן תוך כדי ביצוע אימוני ימאות והפלגות. כחלק ממבצע צימוק לא הוקצתה תחמושת לאימוני ירי של הסוללה העיקרית –תותחי 4.5 אינץ'. כושר הפגיעה הוערך כנמוך.
בעת המלחמה כלל הרכב השייטת את שלוש הפריגטות באיוש מילואים ושתי משחתות מסדרת Z - אח"י אילת (ק-40) ואח"י יפו (ק-42). בלילה הראשון נקלעה השייטת ל'קרב כנגד משחתת מצרית אבראהים אל-אוול והמשחתות הצליחו לחסום את דרך בריחתה ולהכניע אותה. בקרב שהתפתח אושרו התחזיות המקצועיות השליליות לגבי מוגבלות מערכת התותחנות. אך עצם הימצאותן ויכולתן לנוע במהירות מעל 30 קשר הביאו להכרעה בקרב. כאילו להוכחה הפריגטה אח"י מזנק (ק-32) שניסתה גם היא להרים מהירות לירוט התפוצץ צינור קיטור והיא לא הצליחה להיכנס לקרב.