לעומת מזרח ירושלים, שטח הגדה המערבית, או יהודה ושומרון, לא סופח מעולם לישראל ולא הוחלה בו הריבונות הישראלית. מאידך גיסא, ישראל גם מעולם לא הכירה בריבונות אחרת על שטחים אלו או בהיעדר ריבונותה עליהם. לאחר תפיסת השטח, ישראל לא קיבלה על עצמה את תחולת אמנת ז'נבה הרביעית ביהודה ושומרון. הסבר אפשרי להימנעות זו הוא החשש שהכרה בתחולת האמנה למעשה תאשר שהשטח שייך לארצו של "אחד מבעלי האמנה". ישראל הצהירה לאחר תפיסת השטח כי היא מקבלת עליה באופן וולונטרי את הוראותיה ההומניטריות של האמנה, אולם לא פירטה מהן הוראות אלו. לימים קבע בית המשפט העליון כי המבחן הרלוונטי לתחולת האמנה הוא מבחן עובדתי, המתקיים גם במקרה של שליטת ישראל ללא סיפוח על יהודה ושומרון, ללא קשר להכרה בריבונות קודמת. לרוב נטה בית המשפט העליון להתייחס לתקנות האג ואמנת ז'נבה בפסיקותיו, גם אם לא תמיד קיבל אותן ככתבן.
אף על פי שהסיפוח הירדני של שטחי יהודה ושומרון לא הוכר על ידי העולם בכלל, ועל ידי ישראל בפרט, הכירה ישראל בתחולתו של החוק הירדני בגדה. ניסיונות להתנגד לתחולתו של חוק זה נדחו בבית המשפט העליון. המשמעות דה יורה של ההכרה בחוק הירדני הייתה למעשה הכרה בשלושה רבדים חוקיים. הראשון הוא חוק הקרקעות העות'מאני משנת 1858, השני הוא החוק המנדטורי והשלישי הוא החוק הירדני. על רבדים אלו נוספו תחיקת הביטחון הצבאית הישראלית, כללי המשפט הבינלאומי הפומבי והמשפט המנהלי הישראלי. החוק העות'מאני היה זה ששימש להכשרת תפיסתן של רוב הקרקעות, על ידי הגדרתן כאדמות מדינה לפי חוק זה.
עשור של הכרעות משפטיות.
בשנות ה־70 של המאה העשרים נדרש בית המשפט העליון פעמים רבות לסוגיית תפיסת הקרקעות ביהודה ושומרון. הסוגיות העיקריות שאיתן היה צריך בית המשפט להתמודד היו תחולתה של אמנת ז'נבה ושל אמנות האג. פסקי הדין הראשונים התייחסו בעיקר להפקעת קרקעות לצרכים צבאיים, ועם התפתחות מפעל ההתנחלות, עברו לדון בשימוש האזרחי בקרקעות.
תקדים ימית.
הפעם הראשונה בה נצרך בית המשפט העליון לשאלת תפיסת הקרקעות בשטח הנתון לתפיסה לוחמתית הייתה בתחילת שנות ה־70, בבג"ץ הידוע בשם בג"ץ ימית. (בג"ץ 302/70, שיח' סולימאן חסיין עודה אבו חילו ואח' נ' ממשלת ישראל). העותרים היו בדווים שאדמתם הופקעה לצרכים ביטחוניים. הדיון המשפטי לא נסב כלל על התיישבות של אזרחים במקום. בדיון זה לא נקבעה הלכה לגבי תחולתה של אמנת ז'נבה בשטח הנתון לתפיסה לוחמתית, אולם פסק הדין התייחס לאמנה וקבע שהיא אינה מופרת על ידי פעולת ההפקעה. הסעיף הראשון שנדון היה הסעיף האוסר על העברת אוכלוסיית הכובש לשטח הכבוש, מה שלא היה רלוונטי במקרה זה כי דובר על תפיסה לצורך צבאי. הסעיף השני שנדון היה הסעיף האוסר על העברה כפויה של אוכלוסייה מהשטח הכבוש אל תוך שטח המדינה הכובשת. לגבי סעיף זה נקבע כי אינו מופר, כי העותרים הועברו ממקום למקום בתוך השטח התפוס. כבר במהלך המשפט נחשפה חוברת שהכין משה דיין, עם תוכנית להקמת עיר על השטח המופקע. חשיפה זו עוררה סערה גדולה, והחוברת נגנזה. לבסוף הוקמו התנחלויות בשטח המופקע, וגם העיר ימית הוקמה לא הרחק משם.
בג"ץ בית אל.
הדיון המשפטי הראשון בתפיסת קרקעות ביהודה ושומרון היה בשנת 1978, בבג"ץ בית אל. (בג"ץ 606/78, 610/78, סולימאן תופיק איוב ואח' נגד שר הביטחון ואח'). העתירה התנגדה לתפיסת קרקעות בצו של המושל הצבאי בשכם שנועדה לצורך הקמת התנחלות (בית אל). העותרים טענו כי תפיסת קרקעותיהם והשימוש בהם לצורכי התנחלות יהודית אינם צורך צבאי אמיתי, וכמו כן טענו כי הפעולות אינן חוקיות לפי כללי המשפט הבינלאומי. המשיבים הגיבו כי ההתנחלות תהיה חלק מהמערך הביטחוני באזור, בליווי תצהיר האלוף אברהם אורלי, שהסביר כיצד הקמת יישובים אזרחיים תחזק את הביטחון באזור. השופט אלפרד ויתקון קיבל את עמדת המשיבים, ונימק "אין לפקפק בכך שנוכחותם בשטח של יישובים – אפילו אזרחיים – של אזרחי המעצמה המחזיקה תורמת תרומה נכבדה למצב הביטחוני שבאותו שטח ומקילה על הצבא את מילוי תפקידו. אין צורך להיות מומחה לענייני צבא וביטחון כדי להבין שאלמנטים חבלניים פועלים ביתר קלות בשטח המאוכלס אך ורק באוכלוסייה אדישה או אוהדת כלפי האויב, מאשר בשטח, שבו נמצאים גם בני אדם העשויים לעקוב אחריהם ולהודיע לשלטונות על כל תנועה חשודה." שאר השופטים הצטרפו פה אחד לחוות הדעת, והעתירה נדחתה. גם בפסק דין זה לא נקבעה הלכה משפטית מחייבת לגבי תחולת תקנות האג ואמנת ז'נבה, אולם השופט ויתקון חיווה את דעתו שהן לא נעשות באופן אוטומטי חלק מהמשפט המחייב. הממשלה חיבקה בשתי ידיים את פסיקת בית המשפט, ולאחר פסק הדין אף הכריז ראש הממשלה, מנחם בגין, כי "יש שופטים בישראל".
בג"ץ אלון מורה.
בתאריך 5 ביוני 1979 חתם בנימין בן אליעזר, אז מפקד אזור יו"ש בצה"ל, על צו המורה על תפיסת כ־700 דונם באזור אלון מורה. יומיים לאחר מכן עלו המתנחלים לשטח והקימו בו מאהל. התנחלות זו הייתה, על פי הגדרת המתנחלים, "תקיעת סכין בלב הפלסטיניזם". מספר בעלי אדמות שאדמתם הופקעה מכורח הצו עתרו לבג"ץ נגד ההפקעה. הפרקליטות הסתמכה על תצהירו של הרמטכ"ל, רפאל איתן, שקבע כי לא ניתן לממש את צורכי הביטחון באזור ללא הקמת יישוב אזרחי. בניגוד לבג"ץ בית אל, הפעם גם העותרים נשאו באמתחתם חוות דעת מגורמים ביטחוניים בכירים. חוות הדעת הראשונה הייתה של הרמטכ"ל לשעבר, חיים בר-לב, שכתב כי אלון מורה לא יתרום לביטחון ישראל. חוות הדעת השנייה הייתה של האלוף במילואים מתי פלד, שאף הרחיק לכת וטען כי הטיעון בדבר הערך הביטחוני שנועד להתנחלות אלון מורה נטען שלא בתום לב, ומטרתו היא אך ורק להצדיק את תפיסת הקרקע.
בשלב מסוים ביקשו שניים מראשי המתנחלים, מנחם פליקס ואברהם שבות להצטרף כמשיבים לעתירה ובית המשפט אישר את בקשתם. תצהירו של מנחם פליקס היווה גורם משמעותי בפסק הדין, והביא לתוצאה ההפוכה מזו שביקש פליקס להשיג. פליקס הסביר בתצהירו כי חברי הגרעין התנחלו באלון מורה מתוקף הצו האלוהי לרשת את ארץ האבות. הוא התייחס לנימוק הביטחוני כנימוק משני, ואמר שהוא "אינו מעלה ואינו מוריד", וכי "ההתנחלות בארץ ישראל, שהיא הייעוד של עם ישראל ומדינת ישראל הינה ממילא ביטחונם, שלומם וטובתם של העם והמדינה."
בית המשפט, באותו ההרכב שנתן את פסק הדין הקודם, הגיע הפעם לתוצאה כמעט הפוכה. חוות הדעת הנגדיות מגורמים ביטחוניים בכירים, ובעיקר תצהירו של פליקס, גרמו לבית המשפט להחליט כי שיקולי הביטחון היו תוצר לוואי. בפסק הדין קבע בג"ץ כי הצו שהוציא בנימין בן אליעזר בטל, ועל המדינה לפנות את המתנחלים מאדמות העותרים.
לאחר פסק הדין, התכנסו ראשי המתנחלים והחליטו לדחות את פינוי ההתנחלות. לאחר עשרים יום הם אף פתחו בשביתת רעב. שר החקלאות, אריק שרון, ביקש מהממשלה "למנות צוות משפטנים שיחסן את ההתנחלויות מפני התערבות בג"ץ." גוש אמונים פרסם מסמך המסביר את עמדת הגוש כלפי פסיקת בג"ץ. על פי המתנחלים, העובדה שהמשטר שהנהיגה ישראל הוא משטר של כיבוש צבאי (הניסוח וההדגשה במקור), פוגעת במפעל ההתנחלויות. בהמשך המסמך נאמר כי "הפיקציה הביטחונית החזיקה מעמד כל עוד לא אחזו הערבים – בייעוץ בעידוד אמריקני – בנשק הבג"ץ." על פסק הדין אמרו כי הוא שומט את הקרקע מתחת לכל מפעל ההתיישבות היהודי בשטחים המשוחררים.
תקופת פליאה אלבק.
עוד לפני בג"ץ אלון מורה הביא עזר ויצמן לממשלה תוכנית להקמת כפר תפוח וחומש שכללה צווים להפקעת קרקעות. מנחם בגין דחה את התוכנית ודרש שההתנחלויות יוקמו על אדמות מדינה בלי הזדקקות להפקעות. הוא ביקש מהיועץ המשפטי לממשלה, אהרן ברק, לבחון את המצב המשפטי של הקרקעות, ועוד באותו ערב הורה ברק לפליאה אלבק, שהייתה אז מנהלת המחלקה האזרחית בפרקליטות המדינה, לצאת לשטח במסוק צבאי ולברר את המצב המשפטי של הקרקעות.
מאז אלבק ליוותה באופן קבוע הקמת התנחלויות חדשות, והצורך בחוות הדעת שלה התחזק לאחר בג"ץ אלון מורה. היא נהגה לסייר בשטחי יהודה ושומרון בג'יפים ובמסוקים כדי לאתר אדמות בלתי מעובדות הרחוקות מספיק מהכפר הסמוך כדי שייחשבו אדמות מדינה. בתחילה היה היועץ המשפטי לממשלה חותם על חוות הדעת שלה, אבל יצחק זמיר העביר אליה את הסמכות לחתום בעצמה. אלבק אמרה שזה היה לאחר שזמיר לא רצה לחתום על חוות דעת שבה נאמר שלא ניתן להשתמש בקרקעות מסוימות שכן הן בבעלות פרטית.
בתקופת עבודתה של אלבק מאות אלפי דונמים הוכרזו כאדמות מדינה והוקצו למעל 100 התנחלויות. כ־90% מההתנחלויות הוקמו על אדמות מדינה שפליאה אלבק אישרה. בהרצאה שנשאה ב־1985 היא אמרה שביהודה ושומרון כ־2 מיליון דונם אדמות מדינה וכרבע מהן הוקצו להתנחלויות. בתחילה המתנחלים התנגדו למגבלות שהטילה עליהם אלבק, אך עם הזמן הם קבלו את דרכה וראו בה דרך נכונה. מנגד, ארגון בצלם פרסם דו"ח תחת הכותרת "גזל הקרקעות" בו התייחס להסברים של פליאה אלבק כמנגנון ביורוקרטי־משפטי להשתלטות על קרקעות יהודה ושומרון. חלק מהביקורת על סימון הקרקעות של אלבק התייחס לאדמות מרעה ששימשו את החקלאים הפלסטינים עוד מלפני מלחמת ששת הימים וסווגו על ידי אלבק כאדמות מדינה וחלקן נחסם בפני רועי העדרים.