כצעד ראשון פעל תיאודוסיוס למלא את שורות צבא האימפריה שהדלדלו בקרב אדריאנופול והעימותים שלאחר מכן, בהיעדר ברירה גויסו החיילים החדשים מקרב שבטים גרמאניים שהיו לכאורה בעלי ברית של הרומאים. לגיונות אלו תוגברו על ידי חיילים מנוסים מחיילות מצב היסטוריונים רומאיים בני התקופה מתארים גיוס מאסיבי של "ברברים" אל תוך הצבא הרומאי, כך גויסו עריקים משתמטים ואפילו מי שהטילו מום בגופם על מנת להתחמק משרות. אך גם בשלב זה לא היו הרומאים מוכנים להיכנס לקרב מכריע מול הגותים ובני בריתם וכך נאלץ גרטיאנוס לחתום על הסכם מול האוסטרטגותים על מנת למנוע מהם מלהמשיך להחריב את הפרובינציות המערביות בעוד צבאו המתחדש של תאודוסיוס ספג מפלה קשה בניסיון לעצור צבא גותי בראשותו של פריטיגרן ובסיכומו של דבר בחר תאודוסיוס לסיים את הסכסוך במשא ומתן ובאוקטובר 382 חתם על הסכם שלום שסיים את המרד הגותי, הגותים המורדים זכו לתנאים מפליגים והיתר לגותים ולבני בריתם להתיישב בשטח הגובל בגדה הדרומית של הדנובה ובתמורה הם הפכו לחלק ממערך ההגנה והתגייסו לצבא הרומי במעמד של פוֹאֶדֶרָטוּס (לטינית: Foederatus).
ההסכם קיבל חיזוק נוסף כאשר תאודוסיוס אירח את אתאנריק המנהיג והמלך של הוויזיגותים בקונסטנטינופול. זמן קצר לפני כן נאלצה פדרציית השבטים תחת שליטתו לחצות את הדנובה מאחר ששנים של עימותים וקרבות מול ההונים הביאו אותם לכלל קריסה והם נאלצו לנדוד ממקום מושבם ולבקש מקלט בתחומי הקיסרות הרומית. אתאנריק שהיה מנהיג מבוגר ומנוסה קיבל את הזמנתו של תאודוסיוס למשא ומתן ולאחר שהתרשם מיופייה של קונסטנטינופול והתרשם מכוחה של הקיסרות הוא הסכים לחתום על הסכם שלום במסגרתו הוויזיגותים התיישבו סביב הרי הקרפטים המזרחיים וכדי להתגונן מפני ההונים הקימו גלי אדמה גדולים, המכבידים על תנועת פולשים רכובים. אתאנריק מת זמן קצר לאחר חתימת ההסכם אבל ראשי השבטים הגותיים התרשמו מההלוויה שארגנן תיאודוסיוס למלך הגרמאני המת והמשיכו לקיים את חלקם בהסכם השלום. תאודוסיוס הצליח להכניס למסגרת ההסכם מספר רב של ראשי שבטים גותיים ולבודד את אלו שסירבו להצטרף למסגרת שהכתיבה הקיסרות, אלו הותקפו בעיתוי נוח על ידי שימוש בטקטיקות של מהלכים מהירים ושימוש באלמנט הפתעה בסיכומו של דבר הצליח תאודוסיוס להשליט שקט בפרובינציות לאורך הדנובה. המהלך המשמעותי ביותר בסדרת קרבת אלו היה המארב שהצבא הרומאי בפיקודו של תאודוסיוס הניח לצבא של שבטים אוסטרוגותים תחת פיקודם של אלאטהוס וסאפרקס. על פי היסטוריונים רומאיים הגותים נלכדו כאשר הם ניסו לחצות את הדנובה בצי מאולתר, תאודוסיוס בחר לתקוף אותם ברגע זה בעזרת ספינות מלחמה ובתמיכת לגיונות על גדות הנהר תוך ניצול העובדה שהגותים חסרי אונים וחסרי הכשרה בלוחמה מאוניות, רוב המנהיגים האוסטרוגותיים נהרגו, הנותרים נכנעו ללא תנאי. היסטוריונים הרומאיים לא חוסכים בשבחים ובתיאור הירואי של תאודוסיוס כמפקד וכלוחם ההורג באויבי האימפריה.
ההסכם הסופי עם השבטים הגותיים נחתם ב-3 באוקטובר 382, וכמו ההסכמים הקדמים הסדיר את התיישבותם של הגותים לאורך אזורי הספר של הדנובה בתרקיה ובאסיה הקטנה, הסכמים אלו נשאו את זרע הפורענת העתידי מאחר שהותירו את הגותים כישות עצמאית הפטורים ממיסים לקיסרות ובעלי ממשל עצמאי, הם התחייבו לספק מספר קבוע של מגויסים לצבא הרומאי אך מגויסים אלו שירתו ביחידות של גותים בפיקוד גותי ולא פוזרו בקרב הלגיונות בפרובינציות השונות כבעבר. כך נותרו הגותים כישות עוינת ומרדנית בעימות מתמשך עם הרומאים, מלחמות התנהלו בפרובינציות השונות בסדרת מאבקים ועימותים בין השבטים הגרמאניים, תושבי הפרובינציות וחיילות המצב הרומאיים. השיא של אירועים אלו הגיע כאשר אלאריק הראשון המנהיג הגותי פלש לאיטליה מספר פעמים עד שבשנת 410 כבש את רומא ובזז אותה. אלאריק שירת כפואדרטי, נאמן האימפריה הרומית החייב לה שירות צבאי בתמורה למזון, אדמות או תשלום. תחת פיקוד הקיסר תאודוסיוס הראשון משנת 394. במסגרת שירותו הוא השתתף בדיכוי מרידות כנגד תיאודוסיוס אך עם מותו של תאודוסיוס ומשהשתנו התנאים של שירותו הוא התמרד ויצא למסע של הרס וביזה שהסתיים בחורבן רומא.
טבח סלוניקי.
בשנת 390 התחולל עימות בין קהילת סלוניקי לבין המושל מטעם תאודוסיוס, התושבים מחו על מאסרו של אזרח העיר ככל הנראה על רקע האשמות של הומוסקסואליות, ברקע של העימות עמדו ככל הנראה עוינות של המקומיים כנגד חיל המצב שהיה בעיקרו חיילים גותים ולמעשה כוון כנגד תאודוסיוס. במהלך העימות נרצח מושל העיר, קצין צבא ממוצא גותי. תאודוסיוס החליט להפוך את תושבי העיר לדוגמה חיה לתוצאות זעמו של הקיסר והתיר לחיילי חיל המצב להשתולל ללא רסן, כתוצאה מכך נטבחו כ 7000 מתושבי העיר על ידי החיילים בטרם החליט תאודוסיוס להתערב ולהפסיק את ההרג חסר ההבחנה. האירוע לא עבר ללא תגובה והביא את תאודוסיוס לכלל עימות עם איש הכנסייה החזק באימפריה המערבית, ההגמון של מילאנו - אמברוזיוס שהיה הכוח האמיתי בחצר האוגוסטוס גרטיאנום. הוא לא היסס להוציא צו נידוי מהכנסייה לתאודוסיוס ודרש מהשליט שיכפר על מעשיו בפומבי, בשיאו של העימות תאודוסיוס ניסה להיכנס בכוח לקתדרלה במילאנו, אך אמברוזיוס חסם בגופו את הכניסה. לבסוף נכנע תאודוסיוס וביקש מחילה על מעשיו.
מלחמות אזרחים.
תאודוסיוס נלחם בשתי מלחמות אזרחים עקובות מדם כנגד הטוענים לכתר מגנוס מקסימוס ואאוגניוס. הראשון שבהם, מגנוס מקסימוס, היה ספרדי אף הוא והתיימר להיות קרובו של תאודוסיוס. הוא היה מפקד של צבא בבריטניה ובשנת 383 צעד עם צבאו אל גליה בניסיון לתפוש את השלטון. הוא הכריח את הקיסר גרטיאנוס להימלט ותאודוסיוס האשימו באחריות להתנקשות בחיי האחרון ליד ליון. לצד שניהם ניצב גם ולנטיניאנוס השני הצעיר, שהמשיך לשלוט באיטליה, איליריה ואפריקה, שחצצו בין שני הניצים—תאודוסיוס במזרח ומגנוס מקסימוס בגליה.
בשנת 387 הופר השלום העוין בין השניים כאשר מקסימוס שלח את גייסותיו לצפון איטליה וכפה על ולנטיניוס השני לסגת לתסלוניקה. ככל הנראה נבעה פעולתו זו של מקסימום מחששו מההשפעה הגוברת והולכת של תאודוסיוס על ולנטיניוס ושריו, באמצעות מינוי מקורביו לשליטים בפרובינקיות השונות שהיו להלכה תחת שלטון ולנטיניוס ובאמצעות ארגון נישואים בין נברידיוס, אחיין הקיסרית פלאקילה, לבתו של שליט אפריקה גילדו. קשרים אלו השתלמו לתאודוסיוס, כאשר החליט גילדו לעבור לצידו במהלך המלחמה בשנת 388, להביס את ציו של מקסימוס ולהשתלט על סיציליה בעבור תאודוסיוס.
תאודוסיוס עצמו שהה עם ולנטיניוס בתסלוניקה בקיץ 387 ושם נישא לאחותו גאלא. הם יצאו למלחמה משותפת נגד מקסימוס בקיץ 388, כשהם מביסים את כוחותיו בסיסקיה ובפואטוביו ולאחר מכן עברו את האלפים ולכדו את מקסימוס עצמו באקויליאה. מקסימוס הוצא להורג זמן קצר אחרי כן, כפי שנעשה גם לבנו ויקטור.
אחרי דיכוי המרידה שהה תאודוסיוס כשלוש שנים באיטליה. כשהחל עושה דרכו חזרה לקונסטנטינופול החל הגנרל רב ההשפעה אברוגסט הופך יהיר יותר ויותר ככל שהתרחק תאודוסיוס ממילאנו. ב-15 במאי 392 נמצא ולנטיניוס מת ותאודוסיוס, אם מתוך חשד באברוגסט ואם בלחצה של גאלא, שסירבה לקבל את הטענה שאחיה התאבד, סירב לקבל את מינויו של אאוגניוס כשליט מטעמו של אברוגסט.
המלחמה בין השניים החלה בקיץ 394, כאשר תאודיסיוס החל צועד מקונסטנטינופול והיא הוכרעה בקרב הנהר הקפוא שלמרגלות האלפים ב-6 בספטמבר 394. הגורם המכריע בקרב היה נטישת חלק מצבא מקסימוס תחת פיקודו של ארביטיו לצידו של תאודוסיוס. בעקבות הקרב הוצא אאוגניוס להורג ואברוגסט התאבד.
משפחתו וירושתו.
תאודוסיוס נישא פעמיים. אשתו הראשונה הייתה אאליה פלקילה שילדה לו את ארקדיוס בשנת 377, את הונוריוס ב־9 בספטמבר 384 ואת פולכריה בשנת 385. תאודוסיוס מינה אותה לקיסרית (אוגוסטה) אחרי עלייתו לשלטון אך היא מתה בשנת 386. בסוף שנת 387 הוא נישא לגאלא, בתו של ולנטיניוס הראשון ואחותו של ולנטיניוס השני. היא ילדה לו את גרטיאנוס בערך בשנת 388, ואת גאלא פלקידיה בערך בסביבות השנים 388–390, ומתה במהלך לידה, בשנת 394. תאודוסיוס היה נחוש בדעתו שבניו ירשו אותו ומינה את הונריוס וארקדיוס לקיסרים (אוגוסטוס) כבר בהיותם ילדים. שושלתו שרדה עד מות נכדו, תאודוסיוס השני בשנת 450, ובקישור עקיף עד מות הקיסר אוליבריוס בשנת 472.
תאודוסיוס והנצרות הניקאית.
חשיבותו של תאודוסיוס להיסטוריה נעוצה בעיקר בשינוי שחולל במעמדה של הנצרות באימפריה הרומית. במאה ה-4, הייתה הכנסייה הנוצרית באימפריה הרומית שסועה בוויכוח על טיבו של השילוש הקדוש. בשנת 325 גינתה מועצת ניקאה, את התאולוגיה האריאנית כמינות. אריוס טען כי ישו הנוצרי נברא ולכן נחות מהאל האב וכי שניהם עשויים חומר דומה (הוֹמוֹיְאוסיון, ביוונית) אך אינם זהים. המועצה ניסחה את הכרזת ניקאה שקבעה כי ישו והאל האב זהים במהותם (הומואוסיון, ביוונית). המועצה לא יישבה את המחלוקת וכאשר עלה תאודוסיוס לשלטון היו עדיין סיעות שונות בכנסייה שביקשו לכפות את השקפתן על הנצרות בכללה, כשחלק מהסיעות דוגלות באריאניזם.
הקיסר ואלנס נטה לדעת האסכולה ההומויאנית, גישה אריאנית קיצונית שקבעה שישו היה בעל מהות דומה, אך לא זהה, לזו של האל האב. לתפישה זו היו מהלכים במזרח והיא החלה רוכשת השפעה גם במערב. תאודוסיוס, לעומת זאת, דבק בהכרזת ניקאה מאז התנצר בשנת 380.