משנת 2000 ועד היום מכהן כיושב ראש ההנהלה הציבורית והשתתפות בפעילות ב"בית מועצת יחד – הפורום להסכמה אזרחית", עמותה שהוקמה בהחלטת ממשלה ועוסקת בקידום חיים משותפים של כל חלקי האוכלוסייה בישראל, כולל מועצת יח"ד שליד בית נשיא המדינה, עבודה עם חברי כנסת, רשויות מקומיות ואזרחים.
בשנת 2010 מונה הרב כהן לרבה של אור יהודה. בשנת 2017 ייסד את מכון 'דורות' ייעוץ הלכתי וליווי רפואי בנושאי פוריות, בשיתוף המרכז הרפואי הדסה ירושלים. החל מיוני 2021 משמש כרשם הנישואין וכממונה על תחום הכשרות בעיר רחובות.
חיים אישיים.
נשוי ללאה ומתגורר באור יהודה, בנו הרב איתי יוסף, הוא ראש מכון דורות. גיסו הרב אהרון בוטבול, הוא רב אזורי חבל מודיעין וראש בית ההוראה יביע אומר. גיסו הרב מרדכי זמיר, כיהן כרב המועצה אזורית עמק יזרעאל. אחיו הוא ד"ר אהרון (אהרל'ה) כהן, מרצה להיסטוריה גאוגרפית במכללת ספיר ובאוניברסיטת בן-גוריון.
יגאל בן-נון
יגאל בן-נון (נולד ב-1950) הוא חוקר מקרא, היסטוריון, פעיל חברתי ואמן רב-תחומי ישראלי.
ביוגרפיה.
יגאל בן-נון נולד בשם יגאל ואנונו, בקזבלנקה, מרוקו ועלה לישראל בגיל שמונה עשרה. שירת כלוחם בחטיבת גולני בגדוד 13. למד היסטוריה של עם ישראל וספרות צרפתית באוניברסיטת תל אביב. היה פעיל באגודת הסטודנטים של אוניברסיטת תל אביב. היה ממייסדי תנועת הפנתרים השחורים בתל אביב, "פנתרי תל אביב", ושימש כדובר התנועה. בשנת 1973 פרש מתנועת הפנתרים השחורים על רקע חילוקי דעות עם חבר הכנסת שלום כהן (שהיה חבר הכנסת השביעית מטעם סיעת הפנתרים השחורים) ובגלל השתלטות מצפן ורק"ח על חלק מקבוצת הפנתרים בירושלים.
בשנת 1973 היה בין מייסדי "תנועת נמרוד - נוער מורד בממסד הקיים", תנועה של תלמידי תיכון וסטודנטים שביקשה לשנות את תוכנית הלימודים בבתי הספר. בשנת 1974 היה ממייסדי "המועצה לקידום החינוך בעיירות הפיתוח" שדרשה לשנות את ייעודו של הנח"ל. באותה תקופה עבד כמורה להיסטוריה.
ב-1976 הצטרף לתנועה הדמוקרטית לשינוי - ד"ש והוצב במקום ה-61 ברשימתה לכנסת. ביוני 1977 עמד בראש רשימת ד"ש בבחירות למועצת פועלי תל אביב. היה ראש סיעת שינוי בהסתדרות וחבר הוועדה המרכזת של הסתדרות מטעם מפלגת שינוי בראשות אמנון רובינשטיין (שהתפצלה מד"ש). שימש בין היתר כמנהל המועצה הכלכלית חברתית המשותפת להסתדרות ולתעשיינים.
שימש כיו"ר המחלקה לתרבות ולאמנות בהסתדרות. היה בין יוזמי הקמתה של קבוצת סמרטוט ושל פסטיבל הדגנרטים בראשותו של חוני המעגל בשנת 1981. שימש כחבר המועצה לתרבות ולאמנות, וחבר הנהלת אמנות לעם. עסק באמנות, בפרפורמנס ארט, אינטר ארט, ומחול פוסט מודרני.
בשנות ה-90 עבר לפריז לצורך לימודי דוקטורט וגר שם במשך 14 שנים.
בשנת 2002 השלים את עבודת הדוקטורט הראשונה שלו באוניברסיטת פריז VIII בנושא "היחסים החשאיים בין ישראל למרוקו וההגירה היהודית 1955 - 1966". בשנת 2009 השלים בהצטיינות את עבודת הדוקטורט השנייה שלו בבית הספר היישומי ללימודים גבוהים בפריז (École Pratique des Hautes Etudes), בנושא ההיסטוריוגרפיה של המקרא: "שכבות עריכה בטקסטים הקשורים לראשיתה של ממלכת ישראל ולמסורותיה" בהנחיית פרופסור תומאס רמר.
בתקופת הבחירות לכנסת ה-24 טען במאמר בעיתון הארץ כי הדמוקרטיה נכשלה ויש להחליפה בשיטה אחרת.
בן-נון מלמד היסטוריה של צפון אפריקה אחרי מלחמת העולם השנייה באוניברסיטת פריז VIII. שימש כמרצה באוניברסיטת בר-אילן בנושא אמנות ישראלית.
בן-נון מנהל אורח חיים צמחוני.
מחקריו.
בן-נון עוסק במחקריו בשני תחומים עיקריים, ההיסטוריה של צפון אפריקה (בעיקר מרוקו) והיסטוריוגרפיה של המקרא:
היחסים החשאיים בין ישראל למרוקו.
לאחר חזרתו של מוחמד החמישי מהגלות וקבלת העצמאות מצרפת ב-1956, נעשתה מרוקו למדינה עצמאית והיהודים נעשו אזרחיה. מרוקו עודדה את היהודים להשתלב בממשל ובפקידות הבכירה, כדי למלא את מקומה של האדמיניסטרציה הצרפתית שעזבה, מאחר שרבים מהם היו בעלי השכלה צרפתית. בן-נון טוען שזה היה תור הזהב של יהדות מרוקו. אך מצד שני, אחרי השואה, יהדות צפון־אפריקה נהפכה למאגר יהודי חשוב ביותר. מדינת ישראל ראתה בה מאגר שיספק כוח אדם לביצור ההתיישבות היהודית מול "הבעיה הדמוגרפית" של הקמת מדינה שבה רק 600 אלף יהודים. ממשלת ישראל התגייסה עם ארגונים יהודיים במאמץ לשכנע את שלטונות מרוקו לאפשר ליהודים תושבי מרוקו לעזוב את המדינה. שליחי מדינת ישראל קבעו את גורל הקהילה על סמך הערכה שגויה שאורבת לה סכנה מיידית, ולכן מחובתם להצילה, יהיה המחיר אשר יהיה. קברניטי המדינה התעקשו להוציא את יהודי מרוקו לישראל תוך נטילת סיכונים ובמחיר של קורבנות. אף שתוך כדי ביצוע המשימה התגלתה מציאות מנוגדת לגישה זו, להט העשייה עיוור את עיני השליחים, והתנהגותם שיקפה את הציפיות שתלו בהם יותר מאשר את המצב בשטח. ולמעשה שמו קץ לפריחה הכלכלית־תרבותית ממנה נהנתה הקהילה. החשש מעתיד מעורפל הביא לבסוף לרבים לבחור ביציאה ממרוקו.
מוצא היהודים בצפון אפריקה.
במחקריו מפריך בן-נון את הטענה שיהודי צפון אפריקה הם צאצאים של שבטים ברברים שהתייהדו, כפי שטען ההיסטוריון אבן ח'לדון. טענה שהעלה גם ההיסטוריון שלמה זנד בספרו "מתי ואיך הומצא העם היהודי?". לפי בן-נון מוצא יהודי צפון אפריקה הוא שילוב של שתי קבוצות: יהודאים שהתערו בתרבות ההלנית והיגרו לאלכסנדריה במאה השלישית לפני הספירה וצאצאים של צפון אפריקאים הלנים שהתייהדו באופן אינדיבידואלי. מרד יהודאי קירנאיקה ואלכסנדריה, המכונה "מרד התפוצות" (115-117), הוא נקודת המפנה בהיווצרות קהילה יהודית באפריקה. זו הייתה ישות פוליטית עצמאית, הלניסטית, שונה משאר האוכלוסייה במוצאה ובפולחנה. בראשה עמדו מלכים והיה לה כוח צבאי משלה. חלק מתושביה שימש כחיילים בשירות השלטון, וחלק אחר עסק במסחר, בגידול בקר, בחקלאות ובספנות. לפני המאה ה-2 אין מוצאים ממצאים ארכאולוגיים יהודיים מערבה מקירנאיקה (לוב של היום). במאות הראשונות לספירה, נוצר מפגש בין ארבעה סוגי אוכלוסייה: הראשון ברברי, לצידו אוכלוסייה יהודאית שהייתה חלק איטגראלי מן התרבות ההלניסטית, השלישי ברברים ההלניסטים חסידי ישו והדת הנוצרית החדשה, והרביעי קבוצה אמורפית של אוהדי היהדות. ונמצאו כתובות וסמלים יהודיים, שמות יהודיים באותיות לטיניות ויווניות שאפשר לתארך על סמך הערכות פלאוגראפיות. במחקר האפיגרפי ידועים 96 שמות, שניתן להגדירם כיהודים או כמתייהדים מתקופה זו. בימי הקיסר הביזנטי יוסטיניאנוס הראשון, מצבם של היהודים וזרמים נוצרים הקרובים ליהדות באפריקה הורע. על פי צו משנת 535 נאסר על הזרמים האריאניים והדונטיסטים לקבל משרות ציבוריות, וצווים מן השנים 545 ו-553 אסרו על היהודים לגייס מאמינים בקרב הנוצרים. רדיפות אלה והעיסוק במסחר, גרמו ליהודים וקהילות אלו לנדוד מערבה למחוזות הכפריים שמחוץ לאימפריה הביזנטית, לאזורים של אלג'יריה ומרוקו של היום. כך החלה להתפתח קהילה יהודית באזורים אלו. קהילות אלה עברו התערויות ומיזוגים כה רבים שלא מותירים אפשרות לכלול את כל יהדות צפון אפריקה במסגרת אתנית גנטית אחת. בעיקר לאחר הכיבוש הערבי והקמת האימפריה המוסלמית שגילתה יחס סובלני כלפי היהדות והנצרות.
מעורבות מרוקו בששת הימים.
בן-נון חקר את מעורבות מרוקו במלחמת ששת הימים, והגיע למסקנה שהמלך חסן השני שלח כוחות סיוע רק למראית עין. באופן פומבי התייצב המלך לצד נאצר ומדינות ערב, ומתחת לפני השטח היו לו יחסים חשאיים והערכה למדינת ישראל. בשל האווירה הציבורית החליט המלך לשגר כוחות מצבא מרוקו לחזית המצרית. בצעד הפגנתי, כראש המטה הכללי של כוחות הצבא המלכותי, הוא ערך מסדר ראווה לרגל שיגור שלושה גדודים להצלת צבאו של נאצר בסיני. כוח של כמה מאות חיילים יצא בדרך יבשתית והגיע ללוב. הם חנו במדבר הלובי עד סיום המלחמה. שלטונות מרוקו ביקשו להחזיר את הכוח לבסיסו בדרך יבשתית, אבל הפעם סירב השלטון באלג'יריה לאשר להם מעבר, וממשלת מרוקו נאלצה לשלוח אונייה לטריפולי וזו החזירה את הלוחמים. כוח צבאי נוסף יצא ממרוקו ברכבת והגיע עד אלג'יריה, אבל שם התברר למפקדיו שהמלחמה נגמרה ושאין טעם להמשיך במסע, ולכן הם החליטו לשוב למרוקו.
מקור מצוות המילה.
בן-נון טוען, שלאורך תקופת הברזל השנייה בארץ ישראל וברוב התקופה הפרסית, תושבי ממלכות ישראל ויהודה לא מלו את בניהם. לדבריו הציווי התאולוגי במחזור "סיפורי אברהם" בספר בראשית התחבר רק בסוף התקופה הפרסית. ורק אז ניתנה לחיתוך העורלה של תינוק בן שמונה ימים משמעות של כריתת ברית בין העם לאלוהיו". כמו כן, לטענתו, במקרא עצמו יש הסתייגות ממנהג המילה. לדוגמה בספר דברים, הוצע להמיר את המילה בהתנהגות מוסרי: "וּמַלְתֶּם אֵת עָרְלַת לְבַבְכֶם", "וּמָל ה' אֱלֹהֶיךָ אֶת לְבָבְךָ״ (דברים י', ט"ז ו־ל', ו').
"קיצור תולדות יהוה".
בשנת 2016, פרסם בן-נון את רב-המכר "קיצור תולדות יהוה", בו הוא מציג את הטענה שבממלכות יהודה וישראל סגדו לכמה אלים, ובתוכם "יהוה", שפולחנו התאפיין בריבוי מקדשים ובתוכם פסלים. למעשה, יהודה וישראל מעולם לא היו ממלכה אחת וגם האומה הישראלית בת תריסר השבטים לא הייתה ולא נבראה. עיקר האוכלוסייה באה ממוצא כנעני וחלקה הקטן יותר הגיע מגורמי שוליים מצריים שברחו ועלו צפונה, ובמרכזם מה שמכונה "שבט לוי".
פסל יהוה בבית המקדש.