בחפירות הצלה שערכה רשות העתיקות בחודש אוגוסט 2005 בשטח הכפר, נתגלו ממצאים המיוחסים לתקופה העות'מאנית; שרידים אלו כוללים בור מים ומטבע מימי הסולטאן מהמוט השני (1808–1839), שאותם מיחסים החופרים לתושבי הכפר. בור המים נחצב על גבי שרידים של מערת קבורה – אחת ממספר שנתגלו במצב השתמרות קשה באתר, ואחת מרבות שנתגלו באזור.
תושבי הכפר התפרנסו מחקלאות, ומכרו את תוצרתם לתושבי ירושלים. המקום שבו נמכרה הסחורה הפך לשוק מחנה יהודה, שהחל להתגבש אט-אט בשלהי התקופה העות'מאנית בסוף המאה ה-19, כאשר פלאחים (איכרים) ערבים מן הכפרים ליפתא, דיר יאסין, שייח' באדר ואחרים שממערב לירושלים, החלו מביאים את תוצרתם החקלאית למכירה בדרך יפו.
חידוש תעשיית הרעפים והלבנים באזור.
בשנת 1879 נפתחה בבית היתומים שנלר, הממקם פחות מקילומטר מצפון לבית מלאכה הרומי לכלי חרס, סדנת קדרות קטנה בראשות אומן ערבי-נוצרי מקומי. בשנת 1884 מונה לראשותה קדר גרמני בשם האברשטרו (Haberstroh). האברשטרו נסע לווינה ושהה שם בין השנים 1895-1889, שם התמחה בייצור מתועש של מוצרי חרס לבנייה. עם שובו לירושלים הביא עמו מכבש לייצור לבנים חלולות (Ziegelpresse). מוצרים נוספים שייצר בית החרושת כללו לבנים מלאות, אריחי קרמיקה, אריחים לקמין וצינורות חרס. בנוסף, המשיכה לפעול לצדו סדנת קדרות קטנה שייצרה כלי בית. בשנת 1897 החל בית החרושת לעשות שימוש במנוע בן 12 כוחות-סוס, שפעל על קרוסין (נפט). בשנת 1905 נבנה מפעל חדש, שהחל לפעול בשנת 1910. מפעל זה פעל עד לשנת 1936 ובשיאו העסיק כ-90 פועלים ובתפוקתו הממוצעת מנתה כמיליון לבנים וכרבע מיליון רעפים לשנה.
בתקופת המנדט הבריטי.
בתקופת המנדט, ועם הגידול באוכלוסיית העיר ירושלים, גדלו גם הכפרים הסמוכים לעיר, הכפר ליפתא הלך והתפשט ותושביו הקימו את "ליפתא עילית". מדרום הלך וגדל הכפר שייח' באדר, ותושבים אמידים יוצאי הכפר החלו בונים בתים פרטיים לאורך רחוב יפו למטרות השכרה. באזור זה התגוררו זה בצד זה יהודים וערבים במשך כל תקופת המנדט. נשיאה החמישי של מדינת ישראל, יצחק נבון גר בשכונה בשנות ה-30. באוטוביוגרפיה כתב על יחסי השכנות הטובים בינו ובין הערבים. בעל הבית בו גרה משפחתו היה ערבי ובכיתה א' נשלח לבית ספר ערבי כדי ללמוד את השפה. נבון כתב: , כתב. .
סכסוך קרקעות קשה פרץ באותם ימים בין שני קרובי משפחה ערבית מהכפר שייח' באדר לבין שייח' כאסם מוסא מהכפר ליפתא. המתווך ביניהם היה עורך הדין יום-טוב המון. לפי גרסה אחת פסק המתווך כי עליהם למכור את שטח המריבה, וכך הצליח לרכוש את המקום במטרה להקים בה שכונה יהודית. על פי גרסה אחרת, לאחר השכנת השלום הסכימו המתדיינים למכור לעורך הדין חלק מאדמות המריבה ועליהן נוסדה שכונת רוממה.
בראשית המאה ה-20 סייעו תושבי שייח' באדר לעולים מהעיר שיראז שבפרס בהקמת בית הכנסת שלהם בשכונת נחלאות.
במלחמת העצמאות.
במהלך מלחמת העצמאות, כחלק מהמאבק להשתלט על כל מרחב צפון-מערב ירושלים ולהבטיח תנועה חופשית מהעיר לשפלה, פעלו ארגוני "ההגנה", אצ"ל ולח"י נגד הכפרים הערביים ליפתא ושייח' באדר. ישראל עמיר, מפקד אזור ירושלים של "ההגנה", כתב בספרו על הלחימה באזור בתחילת המלחמה: . ב-11 בינואר 1948 תקפו לוחמים יהודים את הכפר ופוצצו בו את בית המוכתר. מקור מודיעין בריטי דיווח כי לאחר יום של צליפות מצד הערבים, "נטלה ההגנה את העניינים לידיה ופוצצה את ביתו של חאג' סולימאן חמיני, המוכתאר של הכפר". התקפה נוספת על הכפר נערכה ב-13 בינואר. נראה כי בהתקפות היו מעורבים גם אנשי הלח"י בפיקודו של יהושע זטלר.
לאחר שתי התקפות אלו ננטש הכפר באופן סופי. לגבי אופן עזיבתם של תושבי הכפר וזמנו המדויק קיימות מספר גרסאות. יואב גלבר כותב כי יום לאחר הכרזת השביתה הכללית, ב-3 בדצמבר 1947, דיווחו תצפיות של ההגנה כי ערביי הכפר עוזבים את הכפר במשאיות בטנדרים ובחמורים לכפר הסמוך והגדול יותר אל-מאלחה. לדבריו, אחרוני התושבים עזבו את הכפר באמצע ינואר ואת מקומם תפסו לוחמי הנג'אדה. הוא מזכיר גרסה נוספת ופרו-פלסטינית, לדבריו, שלפיה עזבו התושבים רק בינואר אחרי ש"הוכרחו על ידי היהודים לעזוב את בתיהם". גרסה זו מביא גם בני מוריס שמסתמך גם על מסמך מאוסף התעודות של ישראל גלילי (ראש המפקדה הארצית של "ההגנה"), שנמצא בארכיון הקיבוץ המאוחד. המסמך מתעד ישיבה בה דווח כי ב-13 בינואר התקיפה ההגנה שוב את השכונה, פגעה בכ-20 בתים וציוותה על תושביו לעזבו, וב-16 בינואר פשט המון יהודי על הכפר ובזזו.
בסוף חודש ינואר יושבו בכפר על ידי ועדת השיכון של ירושלים 25 משפחות יהודיות שהתפנו משכונת שמעון הצדיק בתחילת המלחמה, ביניהם משפחתו של השופט המחוזי מיכאל בן יאיר. ההגנה ביקשה להחזיק במקום חיל מצב. מפקד מחוז ירושלים, ישראל עמיר, חשש כי השתלטות אצ"ל ולח"י על הכפר תגרום להופעת הבריטים, וכך ייכשל ניסיונה של ההגנה ליצור קשר בין השכונות היהודיות במערב העיר. מפקד הגדנ"ע בירושלים, יהושע אריאלי, הציע לעמיר להציב כוח של מפקדי גדנ"ע בשייח' באדר, שיוכל לגור ולאמן שם את 1,500 הגדנ"עים הירושלמיים. עמיר נענה להצעה, ובינואר 1948 הוקם בסיס גדנ"ע בשייח' באדר. דוד רשף, מפקד הגדנ"ע הארצי, טבע שם זמני לבסיס: "כפר הנוער", אך בעצה אחת החליפו מפקדי הגדנ"ע בירושלים, יהושע אריאלי וצבי אנקורי, את השם ל"גבעת ריכוז מפקדים". מטעמי נוחיות שבראשי התיבות, קבעו אריאלי, אנקורי וסגל מפקדי הבסיס כי שם הבסיס יהיה "גבעת ר"ם". במפות הופיע שם הבסיס כ'ר"מ', ובהמשך הפך השם ל"רם". גרסה אחרת טוענת כי במלחמה רוכזו בגבעה זו המתגייסים החדשים של צה"ל, וראשי התיבות הם של "רמת מגויסים"
בהמשך המלחמה פעל באזור גם מחנה אימונים של לח"י שכונה 'מחנה יואב' על שמו של לוחם לח"י רחמים זילכה (יואב).
לאחר הקמת המדינה.
לאחר הקמת המדינה הוכרזו אדמות הכפר כנכסי נפקדים והועברו לידי רשות הפיתוח. בבתי הכפר שוכנו עולים חדשים, בעיקר מעיראק ומכורדיסטן. בשנת 1949 הוקם בכפר בית ספר לנערים עובדים מטעם "זרם העובדים" ביוזמת אליעזר שמואלי. בשטח הגבוה ביותר באזור, בראש הגבעה החולשת על הכפר, החלה בשנת 1950 הקמתו של מתחם בנייני האומה ובסמוך הוקם, בין השנים 1968 ל-1973, מלון קראון פלזה.
מתחם משרד החוץ.
במהלך 1952 פונו העולים החדשים ששוכנו בבתי הכפר לטובת שיכון משרדי משרד החוץ, שהיו עד אז בתל אביב, זאת כחלק מתוכנית כוללת להעביר את כל משרדי הממשלה לירושלים. בשטח הריק בין הבתים הוקמו במהירות 25 מבנים נוספים, חד קומתיים, בבנייה טרומית, ששימשו כמשרדים לרשות הפיתוח, הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה ומשרדי ממשלה נוספים.
משכנות האומה.
בתחילת שנות ה-90 של המאה ה-20 הוחלט להקים בניין חדש למשרד החוץ במקום המתחם בשייח' באדר. בעיות במימון הפרויקט הביאו להחלטה לממן את הבנייה בעסקה סיבובית. אדמת מתחם משרד החוץ, תועבר לידי קבלן שיקים במקום שכונה מיוחדת לדיפלומטים זרים וישראלים, על פי התוכנית המקורית במקום היה אמור לקום גם בית ההארחה הרשמי של מדינת ישראל
(דוגמת הבלייר האוס שבוואשינגטון) ושני בתי מלון עם 600 חדרים בסך הכל. בכסף ששולם בעבור אדמת מתחם משרד החוץ מומנה בנייתו של הבניין החדש. בשנת 2004 עבר משרד החוץ לבנייו החדש שהוקם ומינהל מקרקעי ישראל החל בשיווק הקרקע במתחם. חברת ב. יאיר זכתה במכרז על רוב השטח, תמורת 435 מיליון שקל, והחלה בהקמת פרויקט "משכנות האומה" בשנת 2007. בשנת 1999 הוחל גם בהקמתו של פרויקט "חניון הלאום" בחלקו הדרומי של המתחם, חניון תת-קרקעי בן 1,200 מקומות חנייה. מעל החניון, שממוקם מול בית המשפט העליון, הוקם מתחם סינמה סיטי ירושלים שהושלם בשנת 2015. המגרש הפנוי האחרון במתחם נמכר לחברת רסקו בשנת 2013, שהחלה בפיתוח השטח והריסת הבתים האחרונים ששרדו משייח' באדר.
"מתחם הרכב".
ברחוב יפו, טור של מבנים, שמספריהם 181–189 מול התחנה המרכזית, שהיה בבעלות תושבי שייח' באדר הוכרזו גם הם כנכסי נפקדים. המבנים מאבן, בני שתיים או שלוש קומות, עם מרפסות הפונות לחזית רחוב יפו, קומת הקרקע שימשה למסחר והקומה העליונה למגורים. הבתים נבנו בשנות העשרים והשלושים של המאה ה-20 והם הושכרו למשפחות ערביות ויהודיות, שחלקם ניהלו את החניות שבקומות הראשונות בבניין. בשנות ה-50 של המאה ה-20 שימשו המבנים במתחם את מנהל הרכב הממשלתי וכך קיבל את כינויו "מתחם הרכב". בסוף שנות ה-90 של המאה ה-20 ננטש המתחם, והוא תוכנן לשימור והתחדשות אורבנית כחלק מפרויקט הכניסה לעיר. התוכנית הציעה לשמר את מתחם הרכב וכן את שכונת עץ חיים הסמוכה לגשר המיתרים. ביולי 2012 הוכרזו מבני "מתחם הרכב" לשימור על ידי ועדת השימור וכן על ידי הועדה המחוזית לתכנון ולבנייה בעת הפקדת תוכנית הכניסה לעיר. בשנת 2013, אושרו מגדלים מדרום למתחם, המותנים בשימור בנייני המתחם. בינואר 2018, קיבלו עיריית ירושלים ועדן, חברה לפיתוח מרכז ירושלים, החלטה להרוס את ארבעה מהמבנים כדי ליצור רחבה בין תחנת הרכבת ירושלים – יצחק נבון לתחנה המרכזית. במרץ 2018 קיבלה הוועדה המחוזית את ערעור המועצה לשימור אתרים נגד התוכנית, וקבעה שיתקיים דיון נוסף למציאת חלופות להריסה. אולם ראש עיריית ירושלים ניר ברקת התנגד לפשרה, ובינואר 2019 אושרה התוכנית בוועדה המקומית לתכנון. באוקטובר 2020 החליטה הוועדה המחוזית לתכנון שיש לשמר שישה מבנים במתחם
בית העלמין.