אחרי המלחמה הגיש גונן תלונה רשמית נגד שרון, על סירוב פקודות. האלוף מנחם מרון מונה לבורר אך בטרם התחיל בבוררות, נענה גונן לבקשת שר הביטחון והרמטכ"ל החדשים שמעון פרס ומרדכי גור, שבאו ב-1974 במקום משה דיין ודוד אלעזר, והסיר את תלונתו. הוויכוח בין האלופים התפרסם בראיונות חריפים בעיתונות, בהם האשים שרון את אלעזר ובר לב בהתאבנות מחשבתית, בניהול גרוע של המערכה ובקריאה לא נכונה של תמונת הקרב.
ב-20 בינואר 1974 השתחרר שרון משירותו במילואים כמפקד האוגדה. עם השחרור פרסם פקודת יום לחייליו בה ייחס לאוגדתו את הניצחון במלחמה והטיל את האשם בכשלי המלחמה על אחרים. בדבריו אמר, בין היתר:
בעקבות פקודת היום החליט הרמטכ"ל יום לאחר מכן, ב-21 בינואר 1974, לבטל את מינוי החירום של שרון כמפקד האוגדה.
ספיח למלחמת הגנרלים הייתה פרשת יומן המבצעים של אברהם אדן, שהתפרסמה ב-8 בדצמבר 1974. ביומן זה תועדו כל הפקודות שניתנו לאוגדה ביום מתקפת הנגד הכושלת. לוועדת אגרנט הוצג רק עמוד אחד מן היומן וגונן טען כי פרסום כל היומן היה מוכיח שהפקודות שהוא נתן באותו יום היו נכונות, והאשים את אדן בהעלמת היומן. אדן דחה את ההאשמות וטען שאי הצגת היומן בשלמותו נבעה מטעות ובלבול. ועדת אגרנט הודיעה יומיים לאחר מכן כי לא תחקור את פרשת היומן האבוד.
מלחמות הגנרלים המשיכו להתנהל במשך השנים שלאחר מכן בזכרונותיהם של האלופים שראו אור בספרים; בספרו של אורי דן, מעריצו ותומכו הנלהב של שרון, "ראש גשר" שהופיע בשנת 1975, בספרו של אברהם אדן "על שתי גדות הסואץ", שהופיע בשנת 1979 ובספרם של רונן ברגמן וגיל מלצר "מלחמת יום הכיפורים - זמן אמת" המתבסס, בין היתר, על יומניו של גונן, שהופיע בשנת 2003.
ועדת אגרנט.
מלחמת יום הכיפורים נמשכה עד ל-24 באוקטובר 1973, יום כניסת הפסקת האש לתוקף. לא חלף חודש ימים, ובטרם נחתמו הסכמי הפרדת הכוחות וכאשר חיילי המילואים טרם שוחררו, ושבויי צה"ל טרם שבו לארץ, החליטה ממשלת ישראל על הקמת ועדת חקירה ממלכתית לחקירת אירועי המלחמה. לוועדה מונו חמישה אישים בעלי יוקרה רבה. לראש הוועדה נתמנה נשיא בית המשפט העליון ד"ר שמעון אגרנט, ולצדו שופט בית המשפט העליון משה לנדוי, מבקר המדינה ד"ר יצחק נבנצאל, והרמטכ"לים לשעבר פרופ' יגאל ידין וחיים לסקוב.
מיד עם הקמתה החליטה הוועדה לצמצם את חקירתה לתקופה שלפני המלחמה ולימיה הראשונים שעד לכישלון מתקפת הנגד של 8 באוקטובר. גם כך הגיע חומר הראיות בעדויות ובמסמכים, שנצבר בוועדה, לממדים עצומים. לאחר שנוכחה כי יהיה עליה להתכנס עוד כשנה נוספת בטרם תוכל להגיש את הדו"ח הסופי, הגישה הוועדה ב-1 באפריל 1974 דו"ח ביניים שעסק רק בהכנות למלחמה ובהחלטות שנתקבלו עד לשעה 2:00 אחר הצהרים של יום הכיפורים, מועד פרוץ הקרבות.
דו"ח הביניים הטיל את האשמה לכשלים על הדרג הצבאי. האשם העיקרי הוטל על הרמטכ"ל דוד אלעזר, על שהשהה את גיוס המילואים עד שגולדה מאיר תכריע במחלוקת שנתגלעה בבוקר יום הכיפורים בינו לבין שר הביטחון משה דיין על היקף הגיוס, שאלעזר דרש כי יהיה זה גיוס כללי ודיין, שסבר כי אין מדובר במלחמה כוללת אלא בתקרית גדולה ברמת הגולן, עמד על כך שיהיה גיוס חלקי. כן נמצא אלעזר אחראי לתופעות ההזנחה שנתגלו בצה"ל עם פרוץ המלחמה.
אחריות אישית הוטלה גם על ראש אמ"ן, האלוף אלי זעירא, על שטעה בהערכת המידע שזרם לאגפו בתקופה שלפני המלחמה. בממצאיה על זעירא וקציני אגפו השתמשה הוועדה בכינוי "הקונספציה", לכנות בו את התאוריה שדבקו בה ערב המלחמה, כי מצרים לא תצא למלחמה בישראל בשנת 1973. מאז הפך הביטוי "הקונספציה" לשם נרדף למלחמת יום הכיפורים כדוגמת "המחדל" ו"רעידת האדמה".
אלוף פיקוד הדרום שמואל גונן (גורודיש) נמצא אחראי לכך שכוחות הפיקוד לא נפרשֹו כראוי בגזרת תעלת סואץ בבוקר יום הכיפורים, עם קבלת ההתרעה על פרוץ המלחמה.
מאידך את הדרג המדיני, ראש הממשלה גולדה מאיר ושר הביטחון משה דיין, פטרה הוועדה מאחריות, מאחר שלדבריה אחריותם לא הייתה אישית אלא "מיניסטריאלית" בלבד. הוועדה מצאה כי דיין, אף שהוא בעל ידע צבאי וניסיון כרמטכ"ל לשעבר, לא היה חייב לקבוע דעה משלו שעמדה בניגוד לדעתם של אנשי הצבא ואינו נושא באחריות כאשר נהג על פי עצתם. הוועדה קבעה כי זה גם הדין לגבי אחריותה של גולדה מאיר.
על ההחלטה לפטור מאחריות את הדרג המדיני יצא זעם הציבור. הרושם בציבור היה כי הוועדה נהגה איפה ואיפה בהתייחסותה לדרג הצבאי ולדרג המדיני, ובעיקר נסער הציבור מהעוול שנגרם לדעתו לרמטכ"ל דוד אלעזר הפופולרי.
בעקבות דו"ח הביניים נערכו הפגנות מחאה ובציבור רווחה הדעה כי מעתה ואילך יהססו מפקדי הצבא מליטול על עצמם סיכונים מחשש שרק עליהם תוטל אחריות אישית לכשלונות.
תוצאות דו"ח הביניים היו כי דוד אלעזר התפטר מתפקידו, זעירא וגונן הודחו משירות פעיל בצה"ל, ואילו גולדה מאיר התפטרה כשבוע לאחר מכן, בעקבות לחץ ציבורי כבד. בממשלה שקמה בראשות יצחק רבין ב-3 ביוני 1974 לא שובץ דיין לתפקיד כלשהו.
כשהובא הדו"ח לדיון בממשלתו של רבין, שאל יצחק רבין אם הממשלה רשאית להחזירו לעיון נוסף, אבל נענה כי היא חייבת לקבל את הדו"ח או לדחותו כמקשה אחת.
ב-10 ביולי 1974 הגישה הוועדה דו"ח נוסף, וב-30 בינואר 1975 הגישה את הדו"ח הסופי, לאחריו התפזרה הוועדה. להבדיל מדו"ח הביניים הראשון, פרסום שני הדו"חות הללו לא עורר כמעט הד ציבורי.
לאור לקחי המלחמה קבעה הוועדה המלצות חשובות בתחום הצבאי והביטחוני, אולם בתודעת הציבור היא נזכרת תמיד בשל היותה ועדת החקירה הראשונה בתולדות המדינה שאיננה ועדה לחקירת אירוע בודד אלא שנועדה לחקור מלחמה שלמה, על כל מערכותיה, מפקדיה ואנשי הדרג המדיני שמעליהם.
תנועת המחאה.
בסוף החורף ובאביב של שנת 1974, בחודשים פברואר–אפריל, החל שחרור חיילי המילואים שלחמו במלחמת יום הכיפורים בחזית המצרית. החל מחודש מאי החלו להשתחרר גם אנשי המילואים שלחמו בחזית הסורית. עם שחרורם של אנשי המילואים החלה להתארגן באופן ספונטני תנועת מחאה עממית שהביעה מחאה על כשלי המלחמה, אותם חוו אנשי המילואים על בשרם. הראשון שהפגין היה סרן מוטי אשכנזי, שפיקד במלחמה על מעוז בודפשט, המוצב הצפוני ביותר בקו בר-לב, היחיד מבין מוצבי התעלה שהחזיק מעמד ולא נפל בידי המצרים במשך כל מהלך המלחמה. עם שחרורו בחודש פברואר עלה אשכנזי לירושלים והחל ב-3 בפברואר בהפגנת יחיד כנגד הנהגת המדינה ופתח בשביתת רעב מול משרד ראש הממשלה בקריאה לשר הביטחון משה דיין להתפטר מתפקידו. תוך ימים אחדים הצטרפו אליו רבבות אזרחים וחיילי מילואים שהגיעו ישר מהחזית, ובהם בעל עיטור הגבורה, אסא קדמוני, שקראו להתפטרות הממשלה. מה שהחל בהפגנת יחיד הפך לתנועה המונית שהייתה לה השפעה מכרעת על התפתחות הפוליטית בהמשך.
גם משפחות שכולות הצטרפו למחאה שהוביל מוטי אשכנזי, בדרישה שההנהגה חייבת לקבל על עצמה את האחריות למלחמה. בהפגנה המונית שנערכה ב-17 בפברואר, שני ילדים אף נשאו כרזה ששאלה מדוע נהרג אביהם.
ב-1 במרץ 1974, השתתפו גולדה מאיר ומשה דיין באזכרה בהר הרצל לחללי מערכות ישראל שמקום קבורתם לא נודע. ההורים השכולים שנכחו באירוע קיללו אותם והטיחו בהם האשמות.
בסופו של דבר השיגה תנועת המחאה את מבוקשה, גולדה מאיר התפטרה והוחלפה כראש ממשלה על ידי יצחק רבין, ומשה דיין לא צורף לממשלתו של רבין. פעילותה של תנועת המחאה, שלא הייתה אמנם תנועה פוליטית ואשר בין הרבבות שהשתתפו בהפגנותיה היו אנשי מילואים ואזרחים בעלי דעות והשקפות שונות, הייתה למעשה בין הגורמים שסללו את הדרך למהפך הפוליטי של 1977. בבחירות לכנסת התשיעית שנערכו באותה שנה נקשרו בדעת הקהל כשלי המלחמה לפרשיות השחיתות שהתגלו לאחר המלחמה, כפרשיות אברהם עופר ואהרון ידלין, ונערכו חילופי שלטון בישראל, לראשונה מאז הקמת המדינה.
נפילת אנשי ההנהגה.
גולדה מאיר.
מיום שנתמנתה בשנת 1969 לתפקיד ראש ממשלת ישראל, עם מותו של לוי אשכול, נהנתה גולדה מאיר מאהדה רבה בציבור. לזכותה עמדו שלל התפקידים שמילאה במשך הקריירה ארוכת השנים שלה בתנועה הציונית, במחלקה המדינית של הסוכנות היהודית, כנציגה הדיפלומטית הראשונה של מדינת ישראל בברית המועצות וכשרת העבודה. כחברת ממשלה תמכה גולדה מאיר (אז מאירסון) בפעולות התגמול וצידדה בעמדתו הביטחוניסטית של דוד בן-גוריון.
בעיקר זכר הציבור בישראל את העובדה שבן-גוריון בחר בגולדה מאיר, ביוני 1956, להיות מחליפתו של משה שרת כשרת החוץ, בעת שבן-גוריון נזקק לשר חוץ תקיף במקומו של שרת המתון, לפני פתיחת מלחמת סיני.
לתדמיתה התקיפה נזקפו אמרותיה כדוגמת "לעולם לא אסלח לערבים על שלימדו אותנו להרוג את בניהם", או "אין דבר כזה עם פלסטיני". בימי המתח והחרדה של תקופת הכוננות שלפני מלחמת ששת הימים, הייתה זו גולדה מאיר שצפתה את העתיד, כשנימקה את התנגדותה לצירוף רפ"י לממשלת אשכול, בכך שרפ"י "לא תשתתף בממשלת הניצחון". בנוסף לכל הצטיירה גולדה מאיר בדמות אם יהודייה המגוננת על ילדיה.
הממשלה שגולדה מאיר עמדה בראשה ערב מלחמת יום הכיפורים הונהגה על ידי המערך, שזכה בבחירות שנערכו ב-1969 בהישג של 56 מנדטים.
בהתקרב יום הכיפורים תשל"ד דומה היה שאין עוררין על מעמדה של גולדה מאיר ושהיא עתידה, אם תרצה, להנהיג את המדינה עוד שנים. מעמדה זה של גולדה מאיר כראש ממשלה תקיפה ודומיננטית החל להתפוגג עם פרוץ מלחמת יום הכיפורים.