בין המתיישבים היו יהודים בשיעור ניכר; הם נדחקו מפולין גופא בלחץ תושבי הערים שתבעו להפחית את התחרות הכלכלית מצדם. רבים מהם הועסקו על ידי האצולה כחוכרים ומנהלי אחוזות. עשרות קהילות חדשות הוקמו באוקראינה, בעיקר בגדה הימנית (ממערב) של הדנייפר. הצד המזרחי היה אזור ספר פראי יחסית, שהיה סמוך יותר לקרים ומסוכן להתיישבות, אם כי גם שם התקיימו אחוזות וערים אליהן נמשכו יהודים. מדרום לעיקול הנהר התגוררו הקוזאקים מהסיץ' הזפורוז'י, חברה נוודית-למחצה שקיימה שגרה של לחימה מתמדת עם הטטרים. האיחוד קיים יחסים מתוחים עם הקוזאקים וניסה להכפיף אותם למרותו תוך ניצולם לצרכים צבאיים.
האצולה נגשה ללא רחם באוכלוסייה הכללית, בעיקר בצמיתים. המתח הכלכלי והחברתי, שהוליד גם עוינות עזה כלפי החוכרים היהודים, הוחרף על ידי ממד דתי. בשלהי המאה ה-16, במסגרת הקונטרה-רפורמציה, הגיעו לאזור הישועים. על אף שהתכוונו ללחום בכל גילוי של פרוטסטנטיות, הפנו במהרה את תשומת לבם אל הרותנים, שהיו רובם ככולם נוצרים אורתודוקסים ("יוונים" במקורות העבריים בני התקופה). המלך זיגמונט השלישי היה קתולי אדוק וכמוהו גם רוב השלאכטה הפולנים. בהשפעת לחצים אלה המירו רבים מהאצילים הרותנים את דתם. ניסיונות דומים, שהתבטאו גם בהקמת כנסייה אוניאטית מקומית וברדיפת הכמרים האורתודוקסים שסירבו להסתפח אליה, נעשו כלפי העם הפשוט. הזעם העממי על כל זאת תועל במהירות למעשי מרד שהובלו בידי הקוזאקים, שהיו לוחמים מנוסים; אלה התקוממו שמונה פעמים בין 1592 ל-1638.
המרקם החברתי של אוקראינה ביובל השנים לפני אירועי 1648 היה סבוך. במאה ה-19, עם יצירת הלאומיות האוקראינית, ניסו היסטוריונים רבים לתאר עימות בין תנועת עצמאות רותנית מקומית לאצולה פולנית זרה ולמשרתיה היהודים. לאמיתו של דבר, המגנאטים הגדולים באזור אמנם נעשו קתולים או אוניאטים ברובם אך היו נצר ליושביו המקוריים, כמו משפחת אוסטרוגסקי. הווייבוד ירמי וישניובייצקי ("הדוכס וישנעווצקי" מיוון מצולה), גדול אויביו של חמלניצקי ובעל אחוזות ענק, היה בן למשפחה רותנית אורתודוקסית ידועה והמיר את דתו בגיל 20. ישנם דיווחים ברשומות על שיתוף פעולה בין יהודים למקומיים נגד האצולה, ועל השתתפות הראשונים בפשיטות קוזאקים. כמו כל תושבי הערים באזור, היו היהודים מחויבים להשתתף בהגנתן במקרה של מצור. בגדה המזרחית היו רבים מחויבים לשאת נשק למקרה של מתקפות טטרים.
המאורעות.
פרוץ המרד.
אחד מקרבנותיהם של בעלי הקרקעות היה קצין קוזאקים בשם בוגדן חמלניצקי. בראשית 1647 נגזלו רכושו וארוסתו המיועדת (ולפי דיווח אחד, נרצח בנו בן העשר) על ידי דניאל צ'פלינסקי, כפי הנראה עושה-דברו של המגנאט אלכסנדר קונייצפולסקי. כשפניותיו של הקוזאק הנגזל לבתי-המשפט נענו ריקם, החל לארגן מרד נוסף, שהיה עתיד לעלות על כל קודמיו. באביב 1648 הוביל חמלניצקי, שמונה להטמאן (מצביא) הסיץ' הזפורוז'י, צבא קוזאקים נגד האיחוד. הוא כרת ברית עם הטטרים, ואלה סיפקו לו 4,000 פרשים בפיקוד טוגאי ביי. באפריל חצה את הדנייפר עם צבאו והנחיל לכוחות הכתר שתי תבוסות מוחצות, בנהר הצהוב ב-15 במאי ובקורסון ב-26 בו.
הידיעות על ניצחונותיו הציתו התקוממות עממית אדירה בכל הארץ. הקוזאקים והמוני העם טבחו ביהודים, באצילים, בקתולים ובאוניאטים בכל יישוב שנפל לידם. הפרעות התפשטו גם לדרום בלארוס של ימינו, וחילות הקוזאקים הגיעו עד פינסק. הגדה המזרחית של הדנייפר, בה הייתה האוכלוסייה אורתודוקסית כמעט כולה ונוכחות האיחוד חלשה, נפלה ללא מאבק של ממש. למחרת קרב קורסון, ביום ראשון של שבועות, 27 במאי 1648, החלה הימלטות המונית של היהודים במחוזות הסמוכים אל הערים המבוצרות. ירמי וישניובייצקי נסוג מאחוזותיו בלוּבּני בערך באותה העת עם צבאו הפרטי ולקח עמו כמה מאות יהודים שהיו רכושו, יחד עם שאר הפליטים; מחנהו אסף עוד יהודים בדרך. נתן נטע הנובר, שחיבורו "יוון מצולה" הוא הכרוניקה הידועה ביותר של האירועים, תיאר את ששמע על הפרעות בגדה המזרחית שנפלה ללא שהות לידי המורדים:
כבר ב-1 ביוני נעצר המחנה העיקרי של חמלניצקי בבילה צרקווה וחדל מלהתקדם מערבה. עם זאת, המוני העם בשטחים שנותרו בשליטת האיחוד הוסיפו להתקומם. כמה אָטַמַנים (קצינים) קוזאקים, שהבולט מהם היה מקסים קריבונוס, פנו עם כוחותיהם לתמוך במעשי המרי. ב-10 ביוני 1648 כבש קריבונוס את העיר נמירוב, בה הסתגרה גם אוכלוסייה יהודית גדולה. לפי הנובר וכותבי רשומות אחרים, חיל קריבונוס התחזה לכח ידידותי והניף דגלים של צבא הכתר, בעוד שמקורות קוזאקיים מוסרים על השתלטות מבפנים. מיד עם נפילת נמירוב, טבחו הקוזאקים את כל הקתולים והיהודים. הנובר דיווח על 6,000 יהודים שנהרגו, מספר בלתי-סביר המוכחש על ידי היסטוריונים מודרניים אך מספק קנה מידה להרס; מרדכי נדב ציין כי אירועים בסדר הגודל של פינסק, בה נהרגו כנראה כמה תריסרי יהודים בעת שנכבשה, היו אופייניים יותר למאורעות. מעשי טבח דומים נערכו בערים רבות אחרות, כמו פולונאה ובאר. בנמירוב מסרו הכרוניקאים היהודים על סירוב המוני להצעת הטובחים להמיר את הדת לנצרות אורתודוקסית ולהינצל, אם כי במקביל כתב הש"ך ש"רבים הפרו ברית". קבוצה של יהודים שנשבעה אמונים לקוזאקים והתנצרה חילצה עצמה מהעיר כעבור זמן קצר, כשנפלה נמירוב בידי וישניובייצקי.
ב-18 ביוני החל קריבונוס במצור על טולצ'ין, והבקיע את חומתה ב-21 בו. למחרת נפלה המצודה. אז הייתה רגיעה של כמה ימים וב-26 ביוני נערך טבח. הנובר ואחרים בני הזמן טענו כי המפקד המקומי, הדוכס יאנוש צֶ'טְווֶרְטינסקי, בגד ביהודים ונתנם בידי הפורעים תוך שהוא מנסה לשווא להציל את חייו. ישראל היילפרין הכריע כי אין ראיות לכך, וכפי הנראה ניסה צ'טוורטינסקי לפדות את כלל הנצורים באמצעות כופר, אך הקוזאקים הרגו את כולם. הוא סבר כי השמועה נבעה מהיותו של צ'טוורטינסקי בן למשפחה אורתודוקסית אדוקה, וכי הקתולים חשדו בו בשל כך. הנובר ציין שגם בעיר זו הוצע ליהודים להתנצר והם דחו זאת ובחרו במוות על קידוש השם; ההיסטוריון יחזקאל פראם דחה את התיאור שלו והעריך כי כמו מרבית "יוון מצולה" – שהוא העתקה ספרותית ברורה מ"צוק העתים" למאיר בן שמואל משברשין (יצא ב-1650), "מגילת עיפה" לשבתי כהן (1651), ו"פתח תשובה" מאת גבריאל בן יהושע שוסבורג (1651), כולם דיווחים מוקדמים יותר על המאורעות – התבסס הנובר על כותב אחר. פראם סבר כי התיאור הוא עיוות של המסופר ב"צוק העתים" על גזירה דומה בהומל שאירעה ממש באותה העת, ב-20 ביוני 1648. מאיר משברשין סיפר בספרו כי כמה רבנים המריצו את הקהל שם למסור נפש ולא להמיר דתם, וכולם נטבחו. גם לגבי אירוע זה יש ספיקות; קיים תיעוד על פקודה מאת האטמן בהומל, מרצ'ין נייבבה, להשמיד את כל האוכלוסייה.
בני הזמן, כמו הנובר, נטו לקשר בין גזירות ת"ח-ת"ט למסורת קידוש השם האשכנזית מימי הביניים, ממאורעות כמו גזירות תתנ"ו ב-1096 וגזירת בלואיש מ-1171. כ' בסיון, יום נפילת נמירוב, הוא גם יום השנה לבלואיש ונקבע ב-1650 כתענית לזכר קורבנות הקוזאקים. עם זאת, לא הייתה בימי המרד חזרה על אירועי התאבדות המונית כמו בצרפת של ימי הצלבנים. ההיסטוריון יעקב כ"ץ נטה לייחס זאת לשחיקה באידיאל של קידוש השם במאות שחלפו, אך פראם כתב כי העקרון נותר חזק כתמיד. ההבדל בין הפרעות נבע לדעתו מנסיבות חיצוניות. בניגוד לצלבנים, לרותנים המתקוממים לא הייתה מדיניות מסודרת של המרת דת: הם אכן זיהו את כל מי שלא היה אורתודוקסי כאויב, אבל לא כיוונו להפיץ את אמונתם. אמנם רבים מהיהודים התנצרו, מיוזמתם או מאונס, אך הטבלתם לא הייתה מטרה. גם השותפות בין הקוזאקים לטטרים, שכלל לא חפצו לאסלם איש אלא היו מעוניינים בשבויים, שללה כל ממד דתי מוצהר מהפרעות. ישנם דיווחים על יהודים שהתנצרו מרצונם ונהרגו בכל זאת. לכנסייה המזרחית לא הייתה מסורת של מיסיונריות ולא היה קשר ישיר בינה לפורעים. אלה מצדם עסקו בביזה והרג לשמם, באצולה, בקתולים ובאוניאטים ממש כביהודים. פאולוס מחלב שביקר בארץ כמה שנים לאחר מכן סיפר על רצון להשמדה, לא הבאה תחת כנפי הכנסייה. גם המוני העם, שלא היו בקיאים בגדרים ההלכתיים של שעת השמד אך היו מודעים היטב לעיקרון מתוך מסורת ארוכה, תפשו את המאורעות כמאבק מעמדי-פוליטי ולא כניסיון להמירם, כפי שעולה בדיווחים רבים, הן מהכרוניקות והן מעדויות בפני בתי דין לאחר מעשה. בטולצ'ין, לפי הצהרות שניתנו לפני דייני לבוב ב-6 באוגוסט 1648 כדי להתיר עגונה שבעלה אבד שם, לא הייתה כל קריאה לטבול לנצרות, אלא הרג מזורז. פראם תלה בכל אלה את היעדרן של התאבדויות המוניות.
בספטמבר ספגו צבאות האצילים מפלה כבדה בקרב פילאבצי, ולמעשה לא נותר כל כוח משמעותי עד ורשה עצמה. חמלניצקי התקדם לכיוון לבוב וזמושץ'. בלבוב הוצע לתושבי העיר להסגיר את היהודים בתמורה להסרת המצור, אך הם סירבו. כבכל הערים האחרות, נטלו היהודים חלק בהגנתה. בסוף נובמבר, מחשש לניהול מערכה ממושכת בחורף ולאחר שמלך פולין-ליטא החדש הציע לו ויתורים נרחבים, נסוג חמלניצקי לקייב. הלחימה התחדשה בסוף מאי 1649, ונמשכה לסירוגין עוד שנים. מעשי הרג בהיקף גדול נערכו ביהודי אוקראינה וחלקי בלארוס שנפלו בידי המורדים. מספר המתנצרים, שרבים מהם הוחזקו בדתם החדשה גם לאחר כיבוש מקומות מגוריהם על ידי נאמני הכתר, היה גדול דיו עד שב-2 במאי 1650 הורה המלך יאן קז'ימייז' בצו מיוחד לאפשר לכל הרוצה בכך לשוב ליהדות.