במסגרת שלום אאוגסבורג, שנחתם ב-1555 והביא לקץ מעשי האיבה בין הקתולים ללותרנים בגרמניה, הוסכם על מספר עקרונות:
למרות ההסכם, גברה המתיחות הדתית ברחבי אירופה. שלום אאוגסבורג הופר ברציפות לאורך המחצית השנייה של המאה ה-16, שכן בישופים שהמירו דתם לנצרות לותרנית סירבו לוותר על אדמותיהם, כמתחייב מהסכם השלום. נוסף על כך, הלך הרוח הקלוויניסטי התפשט בנסיכויות גרמניה, מה שהוסיף דת נוספת לאזור וערער את היציבות הדתית שהושגה קודם לכן. בנוסף, הקתולים במזרח אירופה (פולין ושליטיה ההבסבורגים של אוסטריה) ביקשו להשיב את מעמד הבכורה של הנצרות הקתולית באזור.
ההסכם גם הפך את גרמניה לתשבץ שבו היו בערבוביה נסיכים לותרנים וקתולים. כל עוד דת השליט הייתה דתם של רוב התושבים, המצב היה נסבל, אך אם לא כך היה, החל מצב של כפייה דתית ותסיסה של העם נגד שליטיו.
בראשית המאה ה-17 גברה אף המתיחות הכלכלית והפוליטית בין המעצמות האירופיות. ספרד שאפה להשיג דריסת רגל בנסיכויות הגרמניות, כיוון שמלכה, פליפה השני, היה נצר לבית הבסבורג והחזיק בשל כך בשטחים שהקיפו את גבולן המערבי של הנסיכויות הגרמניות; צרפת אף היא גילתה מעורבות בעניינן של הנסיכויות, כיוון שרצתה לרסן את כוחם העולה של ההבסבורגים אשר הקיפו את גבולה של צרפת (אוסטריה ממזרח, וספרד מדרום); שוודיה ודנמרק ביקשו לספח את הנסיכויות הגרמניות הצפוניות הגובלות בים הבלטי מטעמים כלכליים.
עיקר עניינם של השליטים ההבסבורגיים היה בשימור עוצמתם ברחבי היבשת ובהגדלתה. מסיבה זו נכונו לעיתים לשתף פעולה עם הפרוטסטנטים, במה שרק העצים את המתיחות בין הפלגים השונים. רודולף השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, ויורשו מתיאס, לא החזיקו בזהות קתולית איתנה ולא לחמו בשמה, שכן ביקשו בעיקר להעצים את בסיס כוחו של בית הבסבורג. בנוסף, קיסרים אלה הצטיינו בסובלנותם, במה שאיפשר את התפשטותן של הדתות השונות והגביר את המתיחות הבין-דתית. שוודיה ודנמרק היו לותרניות בעיקרן.
המתיחות הבין-דתית הוסלמה לכלל מעשי אלימות בעיר הגרמנית דונאוורת (Donauwörth) בשנת 1606. הרוב הלותרני מנע מהתושבים הקתולים לקיים תהלוכה בעיר והציתו בכך מהומות אלימות בין הפלגים. הדבר גרם לדוכס בוואריה, מקסימיליאן הראשון (1573-1651), להתערב לטובת הקתולים. לאחר ששככו מעשי האיבה בעיר, הקלוויניסטים ברחבי גרמניה (שהיו בשלב זה מיעוט זניח) חשו מאוימים מפני התעמרות קתולית, ולכן בחרו להתאגד בחבר האיחוד האוונגלי תחת הנהגתו של פרידריך הרביעי (1583–1610), שליט הפאלטינט (Palatinate). מדינתו, אשר שכנה לאורך נהר הריין, נמנתה עם הנסיכויות שאותן שאפה ספרד להשיג. צעד זה של הקלוויניסטים עורר תגובת נגד של הקתולים, אשר התאגדו בליגה הקתולית (נוסדה בשנת 1609) תחת הנהגתו של הדוכס מקסימיליאן הראשון.
מתיאס, קיסר האימפריה הרומית הקדושה ומלך בוהמיה, מת בשנת 1619 מבלי שהותיר אחריו יורש ביולוגי. בן דודו, פרדיננד משטיריה, ירש אותו כמלך בוהמיה והיה לקיסר פרדיננד השני. הלה היה קתולי אדוק, אשר התחנך על ברכי הישועים, ושאף להחזיר את הקתוליות לגדולתה. משום כך היה בלתי אהוד על ידי תושבי בוהמיה, שהיו קלוויניסטים ברובם. התנגדותם של תושבי בוהמיה למלכם החדש הייתה הניצוץ שחולל את מלחמת שלושים השנה, אותה ניתן לחלק לארבעה שלבים עיקריים: המרד הבוהמי, ההתערבות הדנית, ההתערבות השוודית וההתערבות הצרפתית.
המרד הבוהמי (1618–1625).
במאי 1618 שלח פרדיננד השני נציגים קתוליים מטעמו לבירת בוהמיה, פראג, על מנת שיכשירו את הקרקע לקראת הגעתו וביסוס מלכותו. תושביה הקלוויניסטים של העיר השליכו את הנציגים בבוז מחלון טירת ראדצ'ני, במה שנודע כ"ההשלכה השנייה מהחלון של פראג". השליחים ניצלו הודות לגל אשפה שהיה מתחת לחלון שממנו נזרקו, אך המסר היה ברור והביא לפריצתו של "המרד הבוהמי". העימות התפשט ברחבי בוהמיה רבתי, הכוללת את מדינות בוהמיה, שלזיה, לוסאטיה ומוראביה, שטחים אשר סבלו בלאו הכי ממתיחות בין קתולים ופרוטסטנטים. האירועים זכו לתהודה רבה ברחבי היבשת, ומהומות בין-דתיות פרצו בערים ובממלכות נוספות. נראה כי לו הוגבל היקף המרד למזרח אירופה בלבד, מלחמת שלושים השנה הייתה מסתיימת כעבור שלושים חודשים לכל היותר. עם זאת, חולשתם של פרדיננד מזה והמורדים הבוהמיים מזה הביאה להתפשטות הלחימה גם לנסיכויות שבמערב גרמניה. פרדיננד נאלץ להזעיק את אחיינו, פליפה הרביעי, מלך ספרד, כדי שיסייע לו לדכא את המרד.
הבוהמים, אשר חיפשו נואשות אחר בעלי ברית שיילחמו לצידם כנגד הקיסר, גמרו אומר להצטרף לחבר האיחוד האוונגלי בהנהגתו של הקלוויניסט פרידריך החמישי, הנסיך הבוחר מפפאלץ ובנו של פרידריך הרביעי, הנסיך הבוחר מפפאלץ, מייסד האיחוד. הבוהמים רמזו כי אם תאושר הצטרפותם לאיחוד וחסותו תיפרש עליהם, יוכתר פרידריך כמלך בוהמיה. הצעות דומות הוגשו לשליט דוכסות סבויה, קרלו אמנואלה הראשון ולשליט סקסוניה וטרנסילבניה, גאבור בתלן. שליטיה ההבסבורגים של אוסטריה, אשר ריגלו אחר התכתובות היוצאות מפראג, חשפו כפילויות אלה ופגעו משמעותית במעמדה הבינלאומי של בוהמיה, במיוחד בחצר הסקסונית.
עם זאת, בראשית המרד נחלו הבוהמים הצלחות, תוך שהם נעזרים בגורמים פרוטסטנטים שונים ברחבי אירופה. תמיכה רבת חשיבות הגיעה מאוסטריה העלית, אזור שבו בני האצולה היו לותרנים וקלוויניסטים בעיקרם (מצב זה ישתנה משמעותית בשנים הבאות). הפרוטסטנטים באוסטריה התחתית הצטרפו אף הם למרד ובשנת 1619 מנהיגם, היינריך מתיאס פון תורן, צר על וינה עצמה. במזרח, נסיכה הפרוטסטנטי של טרנסילבניה, גאבור בתלן, זכה לברכתו ולתמיכתו של הסולטאן העות'מאני עות'מאן השני במסעו להונגריה הקתולית.
הקיסר פרדיננד מיהר לשגר צבא שיבלום את הבוהמים ואת בעלי בריתם מהשתלטות מוחלטת על ארצו. הרוזן בוקואה, בעל בריתו של הקיסר ומפקד הצבא האוסטרי-קתולי, הביס את צבאות חבר האיחוד האוונגלי בפיקודו של הרוזן ארנסט פון מנספלד בקרב סבלט, אשר נערך ב-10 ביוני 1619. הדבר פגע בקווי התקשורת והאספקה של הרוזן תורן עם פראג, והוא נאלץ לסגת מהמצור שהטיל על וינה. באותו קרב איבדו הפרוטסטנטים גם בעלת-ברית מרכזית, דוכסות סבויה, שהתנגדה זה זמן רב להתפשטות ההבסבורגית ושלחה סיוע כלכלי נדיב ואף כוחות צבא שישמשו כחילות מצב במצודות פרוטסטנטיות חשובות בריינלנד.
למרות הכישלון בסבלט, צבאו של הרוזן תורן הוסיף להתקיים כצבא יעיל ומיומן, ואף מנספלד ארגן מחדש את צבאו בצפונה של בוהמיה. הנסיכויות המורדות של אוסטריה העלית והתחתית חתמו על ברית רשמית עם הבוהמים בתחילת אוגוסט, 1619, כאשר ב-22 באוגוסט הוכתר פרידריך החמישי כמלך בוהמיה, במקום הקיסר פרדיננד. בינתיים המשיכו הצבאות הטרנסילבניים להתקדם בהונגריה, ועד שנת 1620 סילקו את כל צבאות הקיסר משם.
ואולם, באותה שנה השתנו פני הדברים: הספרדים שלחו כוח עזר בפיקודו של אמברוסיו ספינולה כדי לתמוך בקיסר, בזמן שהשגריר הספרדי בווינה שכנע את סקסוניה הפרוטסטנטית לצאת נגד בוהמיה. הסקסונים פלשו לבוהמיה, כשהצבא הספרדי במערב מונע מכוחותיו של מנספלד לסייע לה. הספרדים אף ביקשו להשיג את תמיכתו של דוכס בוואריה ומנהיג הליגה הקתולית. תחת פיקודו של יוהאן ט'סרקלס פון טילי, צבא הליגה הקתולית (שבשורותיו שרת, בין היתר, הפילוסוף רנה דקארט כמשקיף), פלש לאוסטריה העלית, בשעה שצבא הקיסר פלש לאוסטריה התחתית. הדבר נטרל את הגורם הפרוטסטנטי-אוסטרי ממעגל הלחימה. לאחר מכן התאחדו הצבאות ונעו צפונה לכוון בוהמיה. בקרב ההר הלבן, שנערך סמוך לפראג בשנת 1620, הכניע הקיסר פרדיננד השני את מלך בוהמיה, פרידריך החמישי. בוהמיה נותרה בשליטת ההבסבורגים מאז למשך שלוש מאות השנים הבאות.
תבוסה זו הביאה לפירוקו של האיחוד האוונגלי ולהחרמת נכסיו של פרידריך החמישי; ספרד, שביקשה לאגף את ההולנדים לקראת חידוש מלחמת שמונים השנים, השתלטה על אדמותיו של פרידריך לאורך הריין. פרידריך גורש מן האימפריה הרומית הקדושה ותואר הנסיך הבוחר מפפאלץ הועבר לדוכס בוואריה, מקסימיליאן. הגם שנושל מנכסיו, הוסיף פרידריך לבחוש גם ממקום גלותו בפוליטיקה, וניסה לגייס תמיכה במטרותיו בדנמרק, שוודיה ובארצות השפלה. על פי ספרה הקלאסי של פרנסס ייטס, "נאורות רוזנקרויצרית" (Rosicrucian Enlightenment), קיווה פרידריך להגשים רפורמה במציאות התרבותית והפוליטית באירופה, על בסיס השקפת עולם "רוזנקרויצרית", שהייתה מעין מדע אזוטרי שתכליתו "להביא לריפוי ותיקון העולם". שאיפה זו הייתה אמורה להתממש גם בעזרת נישואיו לאליזבת סטיוארט, בתו של מלך אנגליה ג'יימס הראשון, אולם האחרון העדיף לשמור על מדיניות מאוזנת בין הכוחות השונים באירופה ובהם בית הבסבורג, ובכך הוביל בעקיפין לתבוסתו של פרידריך.
יתר-על-כן, התבוסה הייתה מכה ניצחת לגורמים הפרוטסטנטיים באזור. שרידי המרד הבוהמי דוכאו, והחרמות רכוש ודיכוי האצולה הבוהמית היו לנורמה, ובוהמיה איבדה את חירותה הדתית. איכרים ואצילים כאחד עזבו את בוהמיה ואוסטריה, על מנת שיוכלו לשמור על אמונתם הפרוטסטנטית. סיומו הרשמי של שלב הלחימה הראשון במזרח גרמניה בא עם החתימה על הסכם שלום בין הקיסר לבין נסיך טרנסילבניה גאבור בתלן בינואר 1622, שבמסגרתו זכה האחרון להחזיק בשטחים רבים שכבש במזרח הונגריה.