הנ.ק.ו.ד. הקים את מושבו בבניין בית המשפט המחוזי ברחוב מיצקייביצ'ה 5. בין קורבנות גל המעצרים היו עובדי בית המשפט המחוזי שנעצרו כמו יוזף אוסטרושקה, הנשיא האחרון של בית המשפט (הוא נכלא בביאליסטוק, ואז גורש יחד עם אחרים למחנות הסובייטים), סגן הנשיא קרול ווליץ, יאן בולסלאב. סטוקובסקי, המזכיר הראשי של בית הדין האזורי וראש משרד המס. האספה העממית של ביאליסטוק התכנסה בעיר ב-28–30 באוקטובר תחת הסיסמה: "מוות לנשר הלבן".
ב-22 באוקטובר 1939, פחות משבועיים לאחר הפלישה, ארגן ממשל הכיבוש הסובייטי בחירות לאספה לאומית של מערב בלארוס (בבלארוסית: Народны сход Заходняй Беларусі). שיעור ההצבעה הרשמי היה 96.7 אחוזים, ו-90 אחוז מהקולות ניתנו למועמדים שנתמכו בברית המועצות. הבחירות לאסיפות העם במערב אוקראינה ובמערב בלארוס התקיימו בשליטת NKVD והמפלגה הקומוניסטית. ב-30 באוקטובר, מושב האספה הלאומית שהתקיים בבלסטוק העביר את החלטת הצטרפותה של מערב בלארוס לברית המועצות ואיחודה עם הרפובליקה הסובייטית הסובייטית של בלארוס. עתירות אלו התקבלו רשמית על ידי הסובייט העליון של ברית המועצות ב-2 בנובמבר ועל ידי הסובייט העליון של הרפובליקה הבלארוסית ב-12 בנובמבר. העיר נהפכה לבירתה של מחוז ביילסטוק .
לאחר שילוב ביאליסטוק והסביבה כמחוז ביאליסטוק ברפובליקה הסובייטית הבלארוסית, החלה מדיניות סובייטיזציה. בשנת 1940 נהרס בית העירייה הישן, הראטוש בכיכר קושצ'יושקו כדי לספק מרחב גדול לקיום עצרות וטקסים. הכיכר עוטרה בפוסטרים עם תעמולה סובייטית. ברחוב Sovietskaya (Rynek Kosciuszki) 27 החליפה הספרייה המחוזית גורקי את הספרייה הציבורית העירונית. סמיון איגייב מונה למזכיר הוועד המחוזי של ביאליסטוק, לשעבר המזכיר השני של הוועד המחוזי של מוגילב. ה-NKVD הקים את מטהו ברחוב Mickiewicza במשרד הוויוודה כיום. המפקד הראשון של ה-NKVD המחוזי היה אלכסנדר מיסיורייב שהוחלף מאוחר יותר על ידי פיטר גלדקוב וסרגיי בילצ'נקו. מושב מועצת העיר ("גורקום") מוקם ברחוב ורשבסקה 21, בבניין שלא קיים יותר. גרישה גרשמן מונתה למזכירה הראשונה של ועד העירייה.
לאחר כניסתם לברית המועצות גורשו אלפי פולנים אתניים, בלארוסים ויהודים בכוח לסיביר על ידי הנ.ק.ו.ד., מה שגרם למעל 100,000 איש שגורשו לחלקים המזרחיים של ברית המועצות. בין הפולנים שגורשו היו עובדי מדינה, שופטים, שוטרים, קציני צבא מקצועיים, בעלי מפעלים, בעלי בתים, פעילים פוליטיים, מנהיגי ארגוני תרבות, חינוך ודת ופעילים אחרים בקהילה, שכונו "אויבי העם".
הסיפוח של ביאליסטוק לברית המועצות, מלבד הזרם הגדול של אנשים מברית המועצות, יצרה את התנאים להגירתם של אנשים מהעיירות שמסביב, כולל רבים מהבלארוסים המקומיים לעיר, ככל הנראה בעיקר כדי לשפר את הבסיס האתני ולחזק את השלטון הסובייטי בעיר. תהליך מיסודם של בלארוסים ותרבות בלארוסית התרחש בעיר בקנה מידה גדול יותר: בין היתר הוקמו בעיר בתי ספר בלארוסיים, מכון פדגוגי עם הפקולטה לשפה בלארוסית ותיאטרון בלארוסי. בתקופה זו חל שינוי בריבוד האתני בעיר והפולנים איבדו את הדומיננטיות שלהם בעיר.
ההתנגדות הפולנית נגד הסובייטים באזור ביאליסטוק (במיוחד לאורך נהר ביברזה הביצתי) החלה מיד לאחר קמפיין ספטמבר ובאמצע 1940 היו ארגונים מחתרתיים ב -161 עיירות וכפרים באזור העתיד של מחוז ביאליסטוק. התכתשויות עם ה-NKVD היו נפוצות, בעיקר סביב ידוובנה, שם התחושות האנטי-סובייטיות היו החזקות ביותר.
ב-22 ביוני עם התחלת המתקפה של גרמניה הנאצית שררה בהלה רבה בביאליסטוק שהייתה באותה עת חלק מהרפובליקה הסובייטית הבלארוסית. הצבא האדום החל להימלט וחנויות נבזזו, ואסירים, כולל יהודים נמלטו מבתי הכלא. דוד קלמנטינובסקי כתב: "כל מי שיכול, נס עם הרוסים. הרחובות מלאים מראות טרגיים. משפחות שחיו ביחד עשרות שנים מוכרחות להיפרד. המחסנים של הצבא הסובייטי נבזזים על ידי אנשים בשביל אוכל והפולנים תוקפים את היהודים. אנחנו מפחדים לעזוב את הבית כי אין אף אחד בסביבה שישמור על החוק והסדר". עד חמישי בערב, 26 ביוני 1941 ביאליסטוק נכבשה ללא קרב. ביום הזה, 3 מחלקות של גדוד משטרה צבאית 309 (בגרמנית: Polizeibatalillon 309) נכנסו לעיר שאוכלוסייתה באותו הזמן עמדה על 105,000 נפש. המחלקות הללו התאספו בכיכר המרכזית של העיר, כיכר קושצ'יושקו (בפולנית: Rynek kosciuszki). מחלקה I שנכנסה ממערב ומחלקה 3 שנכנסה מדרום מערב הגיעו למרכז העיר מוקדם בבוקר בעוד שמחלקה 2 שנכנסה מכיוון דרום מזרח הגיעה למרכז העיר לאחר קרבות עם שאריות של יחידות צבא סובייטי שנותרו באזור. העיר הוגדרה כבירת מחוז ביאליסטוק. אריך קוך ראש המנהל האזרחי במחוז בקבע את מושבו בארמון לובומירסקי.
במהלך המלחמה השמידו הנאצים את הקהילה היהודית בעיר רובה ככולה. בעיר גם פעלו גדודים של פרטיזנים, שיהודים רבים נטלו בהם חלק. ב-27 ביולי 1944 שוחררה העיר בידי הצבא האדום ונמסרה לניהול הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית הבלארוסית. ב-29 בספטמבר 1944 הוחזרה העיר לפולין. השתייכותה לפולין נתקבעה סופית בהסכם בין פולין וברית המועצות שנחתם באוגוסט 1945.
כלכלה.
כלכלת העיר ביאליסטוק מבוססת על תעשייה. העיר היא החשובה ביותר מבחינה כלכלית באזור צפון מזרח פולין ומהווה מרכז של תעשיית הטקסטיל, כמו גם תעשיות אלקטרומכניות (אלקטרוניקה, מכונות ומתכת), עץ, מזון, חומרי בניין, זכוכית ותעשיות אנרגיה.
העיר היא מרכז מסחר אזורי, בעיקר עם המדינות השכנות, בלארוס וליטא. ירידי הסחר הבינלאומיים של טקסטיל ובגדים, מזון ועיבוד, צרכנות, חקלאות ומזון נערכים בביאליסטוק. המסחר בעיר מפותח וישנם מספר מרכזי קניות (אטריום ביאלה, אלפא צנטרום, גלריה יורובייצקה, אושון פרודוקיצינה, אושון הטמנסקה, מרכז אאוטלט, אאוטלט סנטר ביאליסטוק, גלריה ז'ילונה ווזגורזה, גלריה M, גלריה אנטוניוק, פנורמה. בשטח העיר שכנה חווה ממלכתית (Państwowe Gospodarstwo Ogrodnicze Bialystok) עד שנסגרה ועל אדמותיה נבנה פרויקט דיור.
בסוף נובמבר 2010, מספר המובטלים הרשומים בביאליסטוק הסתכם בכ־14.8 אלף תושבים, המהווה שיעור אבטלה של 12.0% מכוח העבודה על פי נתוני המשרד הסטטיסטי המרכזי בפולין (GUS), באוקטובר 2013 עמד שיעור האבטלה על 13.6% - הגבוה ביותר בקרב בירות הפרובינציות של פולין. בספטמבר 2019 מספר המובטלים הרשומים עמד על 7,200 נפש ושיעור האבטלה עמד על 5.5% מכוח העבודה.
בתקופת המשטר הקומוניסטי בפולין פותחה התעשייה בעיר והושקו מספר מפעלים. בין השאר, מפעלי זכוכית (1945), ביאליסטוק זקלאדי פשמיסלו ולוקינניצ'גו (1946), מפעל סלייק (1947), בית קירור (1952), מפעל תעשיית הכותנה ביאליסטוק "פאסטי" (1955), זאקלאדי פבריקה פשמיסלו ספוזיווצ'גו "Spomasz זקלדי מנסנה (1962), גאזובניה ביאלוסטוקצקה (1962), סניף מפעל הטלוויזיה בוורשה "טלזה" (1971), מפעל עבודות גרפיות (1971), מפעל בית ביאליסטוק "פאדום" (1971), מפעל רהיטי ביאליסטוק (1976), בית מפעל אריזה (1976).
יהדות ביאליסטוק.
יהודים התיישבו בעיר בראשית המאה ה-18 ובמאה ה-19 היה להם תפקיד מפתח בפיתוח תעשיית הטקסטיל, שהעיר הייתה למרכזה. הקהילה היהודית קיבלה זכויות לשלטון עצמי בשנת 1745. ב-1765 התגוררו בעיר 765 יהודים. יהודים רבים שגורשו מרוסיה הגיעו לביאליסטוק בין השנים 1825–1835 וכן ב-1845. אך מצבם הכללי של היהודים הורע. ב-1856 הם מנו 13,787 נפש, מביניהם 9,547 איש היו מקרב המגורשים מרוסיה – ברובם חסרי בית ועבודה. בעקבות כך הוקמו בעיר מוסדות צדקה רבים. ב-1883 כ-60 איש מקהילת ביאליסטוק (מכונים קבוצת הביאליסטוקאים) עלו לארץ ישראל והתיישבו בפתח תקווה וביהוד, בה הקימו קריה על שם עירם. ב-1895 כבר ישבו בעיר 47,783 יהודים, שהיו כ-73% מכלל האוכלוסייה, וב-1913 הם מנו 61,500. ב-14 ביוני 1906 פרץ בעיר פוגרום ביאליסטוק נגד יהודי העיר, ונרצחו בו כ-100 יהודים. הפוגרום נחשב כחלק מהפרעות האנטישמיות שבוצעו בהשראת השלטונות הרוסיים בין השנים 1903–1908, לצד פרעות קישינב ופוגרומים בקייב, באודסה ובערים נוספות. בין השנים 1915–1929 היותה מרכז חסידי לחסידות סלונים כאשר האדמו"ר רבי אברהם וינברג (השני) קבע את מגוריו ובית מדרשו בעיר. בשנת 1922 קבעה ישיבת נובהרדוק בהנהלת הרב אברהם יפה'ן את מרכזה בעיר, והפכה את ביאליסטוק למרכז תורני ליהודי פולין.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה נכנסו הגרמנים לעיר, אך שבוע אחר כך מסרו אותה לרוסים. ביוני 1941 שבו הגרמנים וכבשו את העיר ולמחרת שרפו את הרובע היהודי. כ-3,000 איש אולצו בכפייה להצטופף בבית הכנסת הגדול ונשרפו בו למוות. באוגוסט אותה שנה הקימו הגרמנים את גטו ביאליסטוק וריכזו בו 50,000 יהודים. בפברואר 1943 החלו הנאצים לחסל את הגטו ולהעביר את היהודים ברכבות אל מחנה ההשמדה טרבלינקה. עוד בראשית ימיו של הגטו קמה תנועת מרי שביצעה פעולות חבלה. ביולי 1943 קרא הארגון ליהודים להתנגד לגרמנים בכוח ולא לעלות על הרכבות. בגטו פרץ מרד, שנמשך חודש ימים עד שדוכא על ידי הצבא הנאצי. לאחר המלחמה נותרו בעיר כ-1,000 יהודים מתוך כ-50,000.
רבני העיר.
בשנותיה הראשונות הייתה הקהילה בביאליסטוק כפופה כקהילה-בת לקהילת יהודי טיקטין, לפיכך שימשה בה סמכות רבנית מקומית במעמד 'מגיד מישרים', בתפקיד זה שימשו ר' ראובן הלוי סגל (עד פטירתו ב-1766) ואחריו בנו.
רבה הרשמי הראשון של הקהילה היה רבי יהושע שפירא, מחבר "פנים מסבירות ארבע שיטות", אחריו כיהנו כ'אב בית דין' רבי קלונימוס קלמן ליכטנשטיין (נפטר 1781) ורבי יהודה ליב ב"ר מרדכי (נפטר (1782).
בין רבני ביאליסטוק בהמשך נודעו: