הטורקמנים ראו באופן מסורתי את הביזה כמטרה היחידה ללחימה, ואילו טוע'ריל בק שאף להשיג שליטה על כמה שיותר פרובינציות מוסלמיות וההתנהגות הפרועה של כוחותיו סיכנה את הגשמתה של שאיפה זו. מכיוון שהטורקמנים היוו את עיקר כוחו, לא יכול היה טוע'ריל בכ להסתכסך עימם ולכן החליט לנתב את פשיטותיהם מהרמה האיראנית לכיוון ארמניה ואסיה הקטנה, שנשלטה בידי האימפריה הביזנטית. פשיטות נגד הארמנים והביזנטים הנוצריים נחשבו למלחמת קודש, המשיכו מסורות ע'אזי שהטורקמנים קיבלו ממרכז אסיה ויכלו להביא לטוע'ריל בק יוקרה כלוחם ג'האד. טוע'ריל בכ החליט לשלוח פשיטות ע'אזי בתקופות הביניים, שבין מסעי הכיבוש, שערך בארצות אסלאמיות. על-מנת למנוע יוזמות עצמאיות יתר על המידה שלח טוע'ריל בק את איבראהים אינאל ב-1049 לפשיטת ע'אזי כנגד ארמניה והוא עצמו הנהיג פשיטה זהה ב-1054 וכתוצאה מפשיטות אלו הצליח להשיג הכרה בשלטונו מהנסיכויות הכורדיות הזעירות שבצפון-מערב איראן ולעורר כבוד בקרב הממלכה הגאורגית המאוחדת.
ב-1055 נכנס טוע'ריל בק לבגדאד ללא קרב, לאחר שהכוחות הבויהים נמלטו ממנה. עוד קודם לכן כיוון טוע'ריל בק למטרה זו, כשהצהיר על עצמו, שהוא עבדו הנאמן של הח'ליפה ושהוא נחוש להשיב את הסונה לבגדאד, שהייתה תחת הפרוטקטוראט של הבויהים השיעים, ולצאת למלחמה כנגד המינות האסמאעילית של הח'ליפה הפאטימי היושב במצרים. חולשת הבויהים ותמיכת אבן אל-מוסלימה, הווזיר של הח'ליפה, הקלו על טוע'ריל בכ לתפוס את בגדאד. טוע'ריל בכ העניק לח'ליפה תנאים חומריים משופרים וחלק גדול יותר באדמיניסטרציה של בגדאד וסביבותיה וזכה בתמורה לתואר "מלך המזרח והמערב", שנתן לו את הזכות לכבוש את כל האזורים המוסלמיים, ובייחוד את אלו שלא הכירו במרות העבאסית. כמו כן זכה טוע'ריל בכ לתואר סולטאן, שאף על פי שהיה נמצא בשימוש עוד קודם לכן, הרי ניתן זו הפעם הראשונה באופן רשמי וסימל מתן סמכות מלאה לפעולה תחת אישורו היוקרתי של הח'ליפה, שאף נשא את אחייניתו של הסלטאן.
תחת חסותם של הפאטימים התארגנה כנגד הסולטאן החדש קואליציה רחבה, שכללה את הכוחות הבויהים שברחו מבגדאד ואת הנסיכים הערביים של עיראק ומסופוטמיה, שהיו שיעים ברובם. כוחות טורקמניים, שישבו במסופוטמיה עילית ובאיראן, התמרדו כנגד טוע'ריל בק והצטרפו לקואליציה הערבית-בויהית. הטורקמנים המורדים הונהגו בידי איבראהים אינאל, וביתר חשאיות גם בידי קותלמוש, בנו של אישראיל. אף על פי שהקואליציה הצליחה לכבוש את בגדאד, לקרוא בה את נוסח התפילה הפאטימית, לחסל את הווזיר אבן אל-מוסלימה ולמסור את הח'ליפה לידי מנהיג ערבי, הרי תקיפותו של טוע'ריל בכ, חוכמתו של הווזיר שלו, אל-קונדורי, והעזרה שסיפק אלפ ארסלאן הבטיחו את הניצחון הסלג'וקי. הסלג'וקים ניצחו את אויביהם באיראן, תפסו את בגדאד מחדש, חיסלו את אל-בסאסירי, מנהיג הכוחות הבויהים ושחררו את הח'ליפה בשנת 1059. בנוסף מיהרו כל הנסיכויות הערביות להציע את כניעתם ובתור וסאלים להמשיך ולשלוט על נסיכויותיהם.
לאחר שהציל את הח'ליפה פעם שנייה, ביקש טוע'ריל בכ לשאת את בת הח'ליפה לאישה ולמרות מוצאו שנחשב לברברי וגילו המתקדם לא הייתה לח'ליפה ברירה והוא אישר את הנישואים. טוע'ריל בכ מת ב-1063 ואחיינו אלפ ארסלאן ירש את תואר הסולטאן.
אלפ ארסלאן.
הסלטאן הסלג'וקי השני אלפ ארסלאן היה צריך להילחם על הירושה, שקיבל מדודו, כנגד בנה של אחת מנשותיו של זה, הבת של הח'ווארזמשאה אותה נשא טוע'ריל בכ בעת שהותו בח'ווארזם. בן האשה הח'ווארזמית אמנם לא היה סלג'וקי אולם זכה לתומכים מכיוון שלטוע'ריל בכ לא היו בנים. כמו כן נלחם אלפ ארסלאן כנגד קאוורט ארסלאן מקרמאן, שנוצח, וכנגד קותולמוש, שהסתמך על כוחות טורקמניים וככל הנראה גם על כוחות מצפון איראן אולם הובס ונהרג. הווזיר אל-קונדורי, שהתלבט בין הסיעות, הוחלף בנט'אם אל-מולכ והוצא להורג.
פשיטות הטורקמנים.
אלפ ארסלאן איחד תחת שלטונו את ח'וראסאן אותה ירש מאביו, צ'אע'רי בכ, ואת איראן ומסופוטמיה, שירש מדודו, טוע'ריל בכ. אלפ ארסלאן יזם מסעות צבאיים מזרחה, לספר של מרכז אסיה, שם התעמת עם הע'זנווים והקאראח'אנים, אולם חשובים מהם היו המסעות מערבה כנגד אזורי הספר של ארמניה ושל האימפריה הביזנטית. אלפ ארסלאן המשיך את מדיניות השליטה הדואלית של דודו על הכוחות הטורקמנים, קרי שילוחם לפשיטות ע'אזי כאשר לא היה צריך לשירותם. יתרה מזאת, הטורקמנים לא היו נחוצים יותר לשמירה על עיראק ועל מרכז איראן ולכן יכלו לבצע פשיטות ע'אזי גדולות יותר כנגד ארמניה ותכף לאחרי כן כנגד אסיה הקטנה. כוחות הע'אזי הטורקמנים הקימו בסיסים מהם יצאו לפשיטות, רובם באזרבייג'ן ומיעוטם במסופוטמיה עילית. הכוחות הכבדים של הצבא הביזנטי, חיכוכים בין הביזנטים לארמנים ונסיגות של כוחות ספר עקב חיכוכים אלו הקלו על הכוחות הטורקמנים את החדירה מערבה. תוך שנים מספר הצליחו הטורקמנים להגיע בפשיטותיהם עד לפאתיה המזרחיים והדרום-מזרחיים של אסיה הקטנה ואף התקיפו מעוזים ביזנטים באזורים אלו.
חשוב מאוד ליצור הבחנה בין שתי קבוצות מקרב פושטי הע'אזי הטורקמנים. קבוצה אחת של ע'אזי טורקמנים, בעיקר אלו שהתקיפו בנתיב הדרום-מזרחי, נשלחו ככל הנראה בידי אלפ ארסלאן כפשיטות חלוץ ומודיעין. קבוצה אחרת של ע'אזי טורקמנים הורכבה מטורקמנים עצמאיים, שפעלו על דעת עצמם, או מכאלה שהיו מורדים, שנמלטו מהאזורים האסלאמיים. דוגמה לקבוצה כזו ניתן למצוא בקבוצת פשיטה שהגיעה בשנים 1067–1068 לקיסריאה, לניאוקיסריאה ואף לאמוריום, במערב הרמה האנטולית.
כדי למנוע פשיטות של טורקמנים, ניסתה האימפריה הביזנטית בהזדמנויות שונות לשאת ולתת עם טוע'ריל בכ ומאוחר יותר עם אלפ ארסלאן. אלפ ארסלאן, שהפנה את עיקר מאמציו למערכה כנגד הפאטימים במצרים, שתעבור דרך סוריה, לא גילה התנגדות עקרונית להפסקת אש עם האימפריה הביזנטית, אולם לא עלה בידו לרסן בהצלחה את הטורקמנים, שלא היו כפופים לשלטונו. בתקופת שלטונו הראשונה יצא אלפ ארסלאן כנגד הממלכה הארמנית, שהאימפריה הביזנטית סיפחה אליה זמן קצר קודם לכן, וב-1064 אף כבש את אני (Ani), עיר הבירה של הממלכה הארמנית טרם הסיפוח הביזנטי. אלפ ארסלאן שאף גם לכבוש מחדש את המקומות המבוצרים, שבלטו מאסיה הקטנה אל תוך טריטוריה אסלאמית, כגון העיר אדסה. אף על פי שפעולות אלו היו בעלות אופי מלחמתי התקפי לא ניתן להקיש מתוכן על תוכנית התקפה מתוכננת כנגד האימפריה הביזנטית. יתר על כן מאז 1068 הפנה אלפ ארסלאן את מירב מרצו כנגד אלמנטים מרדניים בתוך אזורי שליטתו והכין את המתקפה כנגד הפאטימים.
מנזיקרט.
כישלונה היחסי של מדיניות המשא ומתן תרמה להתחוללות הפיכה צבאית באימפריה הביזנטית. המצביא רומנוס דיוגנס, שהתמנה לקיסר, החליט על פעולה צבאית כנגד הפשיטות הטורקמניות, ברם מסיבה לא ברורה (ייתכן שלא יכול היה להבדיל בין הטורקמנים השונים), יצא ב-1068 דווקא נגד נסיכות חלב (Aleppo), שהייתה אויב פוטנציאלי של הסלג'וקים. ב-1069 יצא רומנוס לכיוון ארמניה, אך בצורה אופיינית לא הצליח למנוע פעולות טורקמניות בעורף הלא מוגן, תחת המעטה של ריכוז הצבאות בספר. ב-1071 תכנן רומנוס מסע גדול והצליח להפתיע את אלפ ארסלאן, שחשב כי הבטיח את השקט בחזית של האימפריה הביזנטית, שכן נכנס עימם למשא ומתן קודם לכן, משום שהחל במסע כנגד מצרים.
כשהגיעה הידיעה, שהצבא הביזנטי תוקף את אזורי הספר של הסולטנות הסלג'וקית דרך ארמניה, אחזה מבוכה את הצבא הסלג'וקי אולם ניידותו הרבה אפשרה לו לצאת במהירות אל מול הצבא הפולש. הצבא הביזנטי עלה רבות במספרו על הצבא הסלג'וקי, אך היה צבא כבד ומסורבל, שהורכב מחיילים שכירים מקרב עממים שונים, שלעיתים קרובות נלחמו אחד בשני או כנגד האימפריה הביזנטית ובכל מקרה היו חסרים כל רגש של לוקל-פטריוטיזם. יתר על כן הקבוצות האתניות של השכירים חשדו אלו באלו וגם סבלו ממוראל נמוך, עקב ההרס שראו באזורים שבהם עברו.
הקרב נערך באוגוסט 1071 קרוב למבצר הספר של מנזיקרט, שסמוך מעל הזרוע הדרומית של הפרת. אלפ ארסלאן ערך מלכודת טיפוסית לדרך הלחימה הטורקית ובעזרת נסיגות מדומות שיבש את סדר הצבא הביזנטי, ולעת ערב אף הצליח לשבות את הקיסר הביזנטי.
לאחר קרב מנזיקרט נותרה אסיה הקטנה ללא הגנה ואלפ ארסלאן יכול היה לכבוש חלקים נרחבים ממנה במאמץ מועט. ברם, האימפריה הביזנטית, היא "רום" (שמה הערבי הנגזר מהקיסרות הרומית), נחשבה נצחית כמו האסלאם ואלפ ארסלאן העדיף לרכז את כוחותיו למערכה מול הפאטימים ולהגנת אזורי הספר האחרים שלו. החשיבות ההיסטורית המרכזית של קרב מנזיקרט הייתה טמונה בכך שלאחרי הקרב יכלו הטורקמנים להיכנס לאסיה הקטנה ללא קושי. אלפ ארסלאן יצא מעט אחרי מנזיקרט למסע למרכז אסיה נגד הקאראח'אנים וסופו שנהרג במהלך מריבה עם אסיר ממוצא לא ידוע.
מלכשאה.
לאחר מותו של אלפ ארסלאן עלה בנו הקטין מלכשאה לכס הסולטנות תחת חסותו של הווזיר נזאם אל-מולכ. בניגוד לאביו ולטוע'ריל בק לפניו, לא היה מלכשאה איש צבא מעיקרו אלא יותר מנהלן ודיפלומט. בתקופתו של מלכשאה, נשמר הפרוטקטוראט על הקאראח'אנים, נכרת שלום עם הע'זנווים וצומצמה ממלכת הקרמאטים. דמשק וחלב עברו לשלטון יותר ישיר של הסולטאן הסלג'וקי, אנטיוכיה נכבשה והתחזקה האחיזה הסלג'וקית בכל רחבי סוריה ומסופוטמיה. ב-1092, שנת מותו של מלכשאה, השתרעה האימפריה הסלג'וקית מהודו ועד אנטיוכיה ומחצי האי ערב ועד אזרבייג'ן וכללה את רוב הטריטוריות המוסלמיות שבאסיה. אחרי מותו של מלכשאה התפצלה האימפריה הסלג'וקית בין בניו ואחרי כן לא שבה עוד לשיא כוחה.
שקיעת האימפריה הסלג'וקית.
1. פילוגים פנימיים בינם לבין עצמם.