שני מיני פרפרים המצויים בסכנת הכחדה חמורה, "Papilio aristodemus" (באנגלית Schaus' swallowtail) ו-"Cyclargus thomasi bethunebakeri" (באנגלית Miami blue), מצויים בפארק, בעיקר על אליוט קי. ב-2012 הסמיך שירות הדגה וחיות הבר של ארצות הברית תוכנית ללכידה ורבייה בשביה של הפרפר Papilio aristodemus אחרי שסוקרים בפארק מצאו רק 5 פרטים של פרפר זה, לעומת 35 שנתגלו שנה קודם לכן, מתוך אוכלוסייה כללית בפלורידה של 41. היה חשש שהמין Miami blue נכחד אחרי הוריקן אנדרו ב-1992, אבל ב-1999 נתגלתה אוכלוסייה בביאה הונדה קי. רבייה בשביה הפיקה 25,000 פרטים של Miami blue, חלקם שוחרר באליוט קי כשהתוצאות מעורבות.
שוניות האלמוגים והים מעבר להם.
מעבר לאיים משתפלת קרקעית האוקיינוס האטלנטי בהדרגה עד למפגש עם שונית האלמוגים הרציפה כמעט לגמרי. השונית הבנויה מאלמוגים חיים, מיושבת על ידי יותר מ-200 מינים של דגים, כמו גם רכיכות, סרטנים ותולעים. כל אחד ממיני האלמוגים במימי הפארק מוגן על ידי תקנות של מדינת פלורידה או הממשל הפדרלי. מעריכים שכמחצית משטח הפארק הם שוניות אלמוגים, הכוללים כ-4,000 חלקות שוניות אינדיבידואליות ואזורים של שוניות מחסום. מאות מינים של אלמוגים רכים וקשים, שושנות ים וספוגיים מצויים במפרץ ובמים מעבר לאיים. את שוניות האלמוגים ניתן לחלק לשלושה סוגים: השונית החיצונית בשוליים של המשטח הקרבונטי של פלורידה, חלקות האלמוגים בין השונית החיצונית והאיים, והשוניות על השרטונות משני צדי האיים. המינים הדומיננטיים בשוניות החיצוניות הם "Acropora palmate" (באנגלית Elkhorn coral) מעומק הקרקעית של 10 מטרים ומעלה ו-"Acropora cervicornis" (באנגלית staghorn coral), מתחת ל-10 מטרים. חלקות האלמוגים הפונות ליבשה מורכבות בעיקר מהמינים "Montastraea annularis" (באנגלית Boulder star coral) ומוחן סימטרי ("Diploria strigosa"). שוניות השרטונים של האיים בנויות בעיקר מ-"Siderastrea radians" (באנגלית Lesser starlet coral) ומיני הפוריטס ("Porites"), המכונים "אלמוגי אצבע".
סביבות השוניות בפארק הלאומי ביסקיין חוו התדרדרות במגוון ובעושר המינים של כל מיני הדגים בין 1977 ל-1981 וב-2006–2007. תוכנית הדגימה הראתה התדרדרות בכל אתרי הדגימה. נמצא מתאם בין הירידה שנצפתה בכיסוי של שוניות האלמוגים ברחבי חלקות השוניות בפלורידה לבין הירידה במינים של דגים. הירידות באוכלוסיות נצפו הן בדגי המאכל והן במיני דגים שאינם מטרות לדיג. כיסוי של אצות גדל ככל ששונית האלמוגים הצטמצמה, ולכן מינים שוכני אלמוגים הצטמצמו בעוד שאוכלוסיית הדגים אוכלי עשב גדלה. הגידול הכללי במליחות ושינוי מפל המליחות במפרץ ביסקיין עשויים גם הם לשחק תפקיד. בדגימות של דגים גילו זיהומים ב-PCB ובכספית.
הגבול המזרחי של הפארק שוכן מרחק קצר מהשונית החיצונית כשקרקעית הים בעומק עשרה פאתום (כ-18 מטרים). אזורים רחוקים יותר מהחוף מוגנים על ידי המפלט הימי הלאומי פלורידה קיז המשתרע מזרחה עד לקו העומק של 300 פאתום (550 מטרים). במים מעבר לשונית אפשר לצפות בשקנאי חום, פרגטה הדורה, סולה לבנת-בטן, בייחוד סביב מצופי תאורה, ועופות ימיים כדוגמת יסעוריים. לווייתנים נדירים במים מעבר לשונית, אבל יכולים לכלול בלנה שחורה, לווייתן גדול-סנפיר, ראשתן גדול-ראש, לווייתן מצוי ולווייתן צפוני שכולם מוגדרים בסיכון. בדומה, גם מסורן קצר-שן נדיר במימי הפארק ושרוי בסכנת הכחדה. מיני האלמוגים בסיכון הם "Acropora palmate" ו-"Acropora cervicornis", כמו גם "Dendrogyra cylindrus" (באנגלית pillar coral), המסווג בפלורידה כמין בסיכון.
מינים פולשים.
יותר מ-50 מינים של צמחים זרים תועדו בפארק, כשכמעט 20 מהם מוגדרים מינים מזיקים שעלולים להחליף מינים מקומיים וייתכן שגם לשנות את שווי המשקל האקולוגי. מיני צמחים פולשים המהווים את הסיכון הגדול ביותר לקהילות הצמחים המקומיים כוללים: פלפלון דמוי-אלה, דוחן זוחל ("Panicum repens"), כליין לבוב ("Nephrolepis cordifolia"), גויאבה מצויה ותספזיה צפצפנית ("Thespesia populnea").
איגואנה ירוקה, קרפדת קנים, חולדה מצויה, זהרון, נמלי אש, דג אוסקר ולטאת בסיליסק חום נפוצים בפארק. פרטים של פיתון בורמזי נצפו בסמוך לגבולות הפארק על היבשת, כנראה מנחשים שברחו משבייה.
מיני הזהרון, זהרון הדור וזהרון אדום הם מיני זהרון, דג טרופי החי באזור האינדו פסיפי. הוא ידוע בשל תאבונו הרעבתני ויכולתו להתבסס במים חדשים, כשהוא מחליף במהירות מינים אחרים. חוקרים משערים כי הכניסה של מין זה לפארק התרחשה במהלך הוריקן אנדרו ב-1992. תצפיות של המין במפרץ ביסקיין יוחסו לאקווריומים ביתיים שנהרסו במהלך הסופה, אם כי החוקר שהציע לראשונה תאוריה זו חזר בו מאז מטענה זו. תצפיות מאוחרות יותר של זהרונים הם ככל הנראה מאוכלוסיות שהתבססו בפלורידה קיז דרומית לפארק.
היסטוריה.
ילידים.
ילידים חיו בדרום פלורידה לפני 10,000 שנים כשפני הים היו נמוכים יותר ומפרץ ביסקיין היה יבש. פני הים עלו מלפני כ-4,000 שנים והציפו את המפרץ. הארכאולוגים מאמינים כי כל עקבות שנותרו מהתושבים באותה תקופה מצויים מתחת למי המפרץ. לא נותרו כל עקבות באזורים היבשתיים של הפארק. אתר המאובנים קטלר (Cutler Fossil Site), קרוב לגבול המערבי של הפארק הניב עדות להתיישבות אנושית המשתרעת עד לפחות לפני 10,000 שנים. העדות המוקדמת ביותר לנוכחות אנושית בביסקיין מתוארכת ללפני 2,500 שנים, והיא ערימת קונכיות שהשאירו אחריהם בני תרבות גליידס . בני עם הטקווסטה החליפו את תרבות גליידס, ויישבו את חופי מפרץ ביסקיין. הטקווסה היו בני קהילה ישיבה שעיקר תזונתם הייתה על דגים ובעלי חיים ימיים אחרים, והם לא נהגו לעסוק בחקלאות. אתר בסנדס קי הניב שברי חרסים, קונכיות מעובדות וחפצים אחרים המעידים על היישוב במקום מלפחות שנת 1000 עד 1650, אחרי המגע עם האירופאים. בסך הכל זוהו חמישים אתרים ארכאולוגיים משמעותיים בפארק.
חקר ארצות.
חואן פונסה דה לאון חקר את האזור בשנת 1513, גילה את פלורידה קיז ונפגש בבני הטקווסטה על היבשת. חוקרים ספרדים אחרים הגיעו מאוחר יותר במאה ה-16 ופלורידה הובאה תחת השלטון הספרדי. הטקווסטה יושבו מחדש על ידי הממשל הספרדי דאז בפלורידה קיז, ודרום חצי האי פלורידה התרוקן מתושבים. פונסה דה לאון התייחס למפרץ בשם צ'קווסה (Chequescha) על שם התושבים, והשם השתנה לטקווסטה בזמנו של המושל הספרדי פדרו מננדס דה אווילס מאוחר יותר באותה מאה. השם הנוכחי מיוחס למלח בסקי מאונייה טרופה הידוע בכינוי "ביסקאינו" (Biscaino) או "ויסקאינו" (Viscayno) שחי באזור במשך זמן מה, או שהשם רומז באופן כללי יותר למפרץ ביסקאיה.
אוניות אוצר ספרדיות נהגו לשוט לאורך הפלורידה קיז באופן שוטף ולעיתים קרובות נלכדו בהוריקנים. יש שרידים של 44 אוניות טרופות מתועדות בפארק מהמאה ה-16 עד למאה ה-20. לפחות שתי ספינות ספרדיות מהמאה ה-18 טבעו בתחומי הפארק של ימינו. מאמינים שהגליאון הספרדי "נוסטרה סניורה דל פופולו" (Nuestra Senora del Popolo) טבע במי הפארק ב-1733, אם כי אתר הטביעה לא אותר. ספינת המלחמה פוי (HMS Fowey) מהצי המלכותי הבריטי טבעה ב-1748 באתר הקרוי כיום "מעגן לגרה" (Legare Anchorage), במרחק לא רב מצוקי פוי (Fowey Rocks). גילוי הספינה ב-1975 גרם לפסק דין תקדימי שקבע שהאוניה הטרופה היא אתר ארכאולוגי ולא אתר שמותר לחלץ ממנו את המטען במטרה למכור אותו. 43 אוניות טרופות כלולות במרשם הלאומי של מקומות היסטוריים (National Register of Historic Places) תחת "המחוז הארכאולוגי השוניות בקרבת החוף" (Offshore Reefs Archeological District), המשתרע לאורך כ-50 קילומטרים בצד הפונה לאוקיינוס של האיים של הפארק הלאומי ביסקיין. במהלך המאה ה-18 היה אליוט קי הבסיס לכאורה של שני פיראטים שונים, שניהם קרויים "בלאק סיזר" (Black Caesar), והם מונצחים על יד המצר בין אליוט קי ואולד רודס קי המכונה "נקיק סיזר" (Caesar's Creek).
התיישבות ושימוש באזור לפני הקמת הפארק.
המתיישבים האירופאים הקבועים הראשונים באזור מיאמי לא הגיעו עד ראשית המאה ה-19. ההתנחלויות הראשונות סביב מפרץ ביסקיין היו חוות קטנות על אליוט קי שגידלו קי ליים ואננס. ג'ון ג'יימס אודובון ביקר באליוט קי בשנת 1832. הקולונל רוברט אדוארד לי סקר את האזור סביב מפרץ ביסקיין לאתרים פוטנציאליים להקמת מבצרים ב-1849. בתום מלחמת האזרחים האמריקנית ב-1865 עברו כמה לוחמים מצבא הקונפדרציה באזור בזמן שניסו להימלט לקובה. אליוט קי היה נקודת עצירה קצרה עבור ג'ון ברקינרידג' במהלך מנוסתו לקובה. סגן נשיא ארצות הברית לשעבר, גנרל הצבא הדרום ומזכיר המלחמה של הקונפדרציה בילה שני לילות במפרץ ביסקיין במסעו. מעטים התגוררו באזור הפארק עד 1897, כאשר ישראל לאפייט ג'ונס (Israel Lafayette Jones), מנהל נכסים אפריקני-אמריקני, רכש את האי "פורגי קי" (Porgy Key) תמורת 300 דולר. בשנה שלאחר מכן רכש ג'ונס את האי הסמוך אולד רודס קי, עקר עם משפחתו לשם, והכין קרקע לגידול ליים ואננס. בשנת 1911 רכש ג'ונס את האי "טוטן קי" בן 860 הדונם, ששימש כמטע אננס, תמורת דולר לאקר, ומכר אותו ב-1925 ב-250 אלף דולר. לפני מותו של ישראל ג'ונס ב-1932 היו המטעים של ג'ונס לזמן מה יצרני הליים והאננס הגדולים ביותר בחוף המזרחי של פלורידה.