חיל הפקחים הירוקים פיטרל בגבולות יקום DC במשך שלושה מיליוני שנים. במהלך הזמן, כמה מחבריו מרדו כנגד החיל. פקח ירוק עריק בשם יוניברסו התקיים בעידן העתידי של לגיון גיבורי-העל. שניים מחברי החיל החשובים ביותר שנפל חינם היו סינסטרו והאל ג'ורדן, שעל גופו השתלט ללא יודעין פאראלקס, ישות פחד טפילה הלכודה בסוללת הכוח הראשית. על חורבות עירו קוסט סיטי, ג'ורדן נתקף בתחושת צער עמוקה, מה שאיפשר לפחד להשתלט עליו. לאחר מעשה התברר כי הדבר תוכנן על ידי סינסטרו בשעה שהיה לכוד בסוללת הכוח הראשית. כוחות החיל הוחרבו אחד אחרי השני כתוצאה ממעשיו של ג'ורדן האחוז. מקור הכוח של החיל, סוללת הכוח הראשית, רוקנה בידי ג'ורדן, וטבעות הכוח של חברי החיל יצאו מכלל שימוש. שומר יקום אחד, גאנטת, שרד את מסע ההרס של ג'ורדן ובחר באמן צעיר בשם קייל ריינר כחבר החיל האחרון. ריינר הפך בסופו של דבר לאויבו המושבע של פאראלקס, ולאחר הקרב הראשון ביניהם גרם לתגובת שרשרת בגרעין הכוכב שהשמידה את אואה מבפנים.
לאחר נפילת חיל הפקחים הירוקים, ארגונים אחרים ניסו למלא את החלל שהשאירו אחריהם שומרי היקום, ביניהם נמנים "דארקסטארס" ו-L.E.G.I.O.N, אך אף אחד מהם לא השיג את הכוח ואת ההשפעה שהיו לחיל.
הפקחים האבודים.
הפקחים האבודים היו חברי החיל אשר ניסו לעצור את פאראלקס מלהגיע לאואה באירועי דמדומי הברקת. פאראלקס הביס אותם בחלל ולאחר שהשמיד את החיל, הם נחשבו למתים. אולם, הם נשבו בידי ציידי האדם, נלקחו לעולם ביתם בסקטור 3601 ושומשו כשפני ניסוי לעיצוב מודלים חדשים לציידי האדם. בסופו של דבר הם נמצאו וניצלו בידי האל ג'ורדן, שהוחיה מחדש, וגאי גרדנר. הם הצטרפו מחדש לחיל, אם כי היו להם קשיי הסתגלות מסוימים. למרות שנודע להם כי ג'ורדן היה תחת שליטתו של פאראלקס, הם עדיין מאשימים אותו במאסרם ומתגודדים יחדיו בעת שהם מזומנים לאואה. הפקחים האבודים כוללים את בודיקה וצ'סלון (שנבחרו לחיל אלפא לנטרן), גראף טורן, ג'ק טי צ'אנס, ליירה, קריאון, ק'האאן, ל'שור, רילוק האג, האנו וטומאר-טו.
ניסיון ראשון בהקמתו מחדש של החיל.
כאשר קייל ריינר ערך מסע בזמן עשר שנים לתוך העבר ופגש בהאל ג'ורדן הצעיר, שומרי היקום יכלו לשלוח את ריינר חזרה לזמנו בעזרת הכוח שבסוללת הכוח הראשית לאחר שג'ורדן וריינר הביסו את סינסטרו יחדיו. אולם, סינסטרו פקד על טבעת הכוח שלו לאלץ את ג'ורדן לתוך פורטל הזמן יחד עם ריינר, מתוך תקווה לגרום לנדידתו של ג'ורדן בתקופת הזמן של ריינר. בלומדו אודות עתידו כפאראלקס וכי עליו לחזור לזמנו כדי שמאורעות העבר יתרחשו כסדרם, האל ג'ורדן הצעיר נתן לריינר את טבעת הכוח שלו כדי להקים מחדש את חיל הפקחים הירוקים מתוך מטרה לבטל את הנזק שיגרם על ידו בעבר.
ריינר נתן את טבעת הכוח לג'ניפר לין-היידן, ביתו של הפקח הירוק מתור הזהב, אלן סקוט. היא הפכה לפקחית הירוקה הנשית הראשונה מכדור הארץ והלכה בדרכי אביה. בזמן הרפתקאותיו הארוכות בחלל, ריינר גייס את מאגאאן ואן אינטרקטוס מהכוכב ואן, את צייד הראשים האמֵרוּן ממערכת אילסקדו, את אניה סאבנלוביץ' - לוטננט קולונל מחיל האוויר הסובייטי ששהתה בהקפאה קריוגנית לאחר שהשתתפה במשימה לחלל בשנת 1964, הכורה גארל ראת'בון מחגורת הפסולת מסביב לכוכב דאפיט, וסוּל, שופט מכוכב דאפיט. אולם, ואן אינטרקטוס התגלה כבוגד לאחר שהשתמש בכוחה של הטבעת כדי לשעבד את עולמו ותכנן לפלוש לעולמות אחרים. חיל הפקחים החדש עצר בעדו בקרב, אולם במחיר אחד מחבריהם, האמרון. המאורע גורם לריינר להבין שאין הוא המתאים לבחור מי יענוד את הטבעות, והוא לוקח מחברי החיל את טבעות הכוח בחזרה עד לרגע המתאים להקמת החיל מחדש. לאחר שבנה מצבה לזכרו של האמרון, ריינר חוזר לכדור הארץ. חברי חיל הפקחים הירוקים החליטו להמשיך בהרפתקאותיהם הבין-גלקטיות למרות שנלקחו מהם טבעות הכוח.
הקמה מחדש של החיל.
בניסיון לכפר על מעשיו כפאראלקס באירועי דמדומי הברקת, האל ג'ורדן הקריב את חייו כדי להצית מחדש את אור השמש בסיום אירועי הלילה האחרון. אואה וסוללת הכוח הראשית נבנו מחדש הודות להתגשמות צוואתו האחרונה של ג'ורדן, שתועלה בצורה פיזית דרך חברו הוותיק טום קלמקו. זמן קצר לאחר מכן, ריינר קיבל את כוחותיו העצומים של איון לאחר הקרב שלו עם אובליביון ואלכסנדר נרו, והוא תיעל את האנרגיה שנותרה בשמש משומרי היקום האלמותיים היישר לתוך סוללת הכוח הראשית. הדבר הביא להיוולדם מחדש של שומרי היקום כילדים משני המינים. כאשר היידן השיגה חזרה את כוחותיה המולדים, ריינר נתן את טבעת הכוח לג'ון סטוארט. עם שובו של כוכב הלכת אואה, קילווג הוחיה מחדש. או אז - כעת כשהכל חזר למקומו - גאנטת, קילווג, סטוארט וריינר תכננו להקים מחדש את חיל הפקחים הירוקים.
מאוחר יותר נודע כי השתלטה על ג'ורדן התגלמותו הגשמית של הפחד - ישות טפילה הידועה בשם פאראלקס. פאראלקס נכלא בסוללת הכוח הראשית למשך מיליוני שנים והוא למעשה "הטומאה הצהובה" המסתורית שהייתה קיימת מאז ומתמיד בסוללה וגרמה לחולשתם של חברי החיל נגד הצבע הצהוב. כאשר ג'ורדן למד את האמת אודות פאראלקס, הוא הפריד עצמו מהישות ונולד מחדש כפקח ירוק. בעזרתם של ג'ון סטוארט, גאי גרדנר, קייל ריינר וקילווג, הוא כלא את פאראלקס מחדש בסוללת הכוח הראשית. עם כליאתו של פאראלקס, שומרי היקום שבו להקמתו מחדש של החיל, וחיזקו את טבעות הכוח - כעת שנודעה מהות החולשה לצבע הצהוב ושניתן להתגבר על הפחד. חיל חדש זה, תחת אימוניהם של קילווג, ריינר, גרדנר וותיקים אחרים, הורכב מחברים חדשים בעיקר. רק מספר מועט של חברים ותיקים נותר בין שורותיו. לכל סקטור הוקצבו שני חברים להגן עליו (כשג'ורדן וסטוארט התמנו לשומרי סקטור הארץ). כתוצאה מעסקה שנחתמה עם גילדת העכבישים, מערכת הכוכבים וגה נשארה מחוץ לתחום שיפוטם של חברי החיל.
חיל הפקחים הירוקים הנוכחי חסר כרגע בכוח אדם ובהשפעה הפוליטית שהייתה לו כתוצאה מהיעדרות ממושכת מהסקטורים שבשליטתו. הדבר מונע מהחיל להתערב בנושאים בהם הייתה לו השפעה לפני שפאראלקס השמיד את החיל, כמו עימותים כמלחמת ראאן-תאנאגאר. שומרי היקום לא התערבו יותר בעימותים שיכלו לגרום לאי-יציבות בכמה מאות סקטורים, אך אין זה הפריע לריינר ולקילווג מלעזור לפליטים. למרות קשיים אלה, החיל שיחק תפקיד מפתח בהבסתו של סופרבוי פריים. כמה מחברי החיל הקריבו את חייהם בניסיון לעצור את התקדמותו אל אואה, קורבן שעזר לגיבורי כדור הארץ החזקים ביותר להפעיל את תוכניתם לרסן אותו. מוגו, כוכב ענק ממדים וחבר החיל, הציב עצמו כזירת הקרב האחרונה בין סופרבוי-פריים לשני הסופרמנים (סופרמן מארץ-1 וסופרמן מארץ-2). האחריות לכליאתו של סופרבוי-פריים בתוך אוכל-שמשות אדומות נפלה על שומרי היקום, כאשר חמישים מחברי החיל עמדו על המשמר באופן תמידי כדי למנוע את בריחתו. "תפקיד פריים" נחשב לנחות מבין תפקידי החיל, כאשר גאי גרדנר נדון לחודש עבודת משמר בגלל מספר לא מועט של הפרות חוקי החיל.
במשך תקופת "שנה מאוחר יותר", חיל הפקחים הירוקים הגדיל את מספר חבריו, כאשר חניכים לשעבר הם כעת חברים מן המניין. חסרונם של חברים מנוסים נותר בעינו, וגאי גרדנר נקרא לעיתים לעזור לחניכים לשעבר.
חיל סינסטרו.
סינסטרו, פקח ירוק לשעבר שפשע, יצר חיל פקחים משלו בעזרתו של אנטי-מוניטור. החיל, שנקרא "חיל סינסטרו", גייס את אלה אשר מסוגלים להשליט פחד באויביהם. אחד החברים בחיל היה אמון סור, בנו של הפקח הירוק לשעבר אבין סור, ששמר טינה לג'ורדן על כי נבחר לענוד את טבעת הכוח של אביו במקומו. חיל סינסטרו, חמוש בטבעות כוח צהובות וסוללות כוח שנבנו בכוכב הלכת קווארד, התקיפו את אואה, גרמו למותם של רבים מחברי חיל הפקחים הירוקים, לכדו את קייל ריינר ושחררו את סופרבוי פריים, פאראלקס וסייבורג סופרמן מכלאם. עם התפשטות שלטון הטרור של חיל סינסטרו, שומרי היקום שכתבו ביאושם הגדול את החוק הראשון בספר של אואה הקדוש, שמאשר לחברי החיל הנותרים להשתמש בכוח קטלני כנגד חברי חיל סינסטרו. חוק זה הורחב מאוחר יותר להכליל את כל אויבי החיל, אם כי החוק אינו מתיר הריגה בדם קר של יריבים אשר חסרי אפשרות להגן על עצמם. סעיף זה פעל בגירושה של ליירה מהחיל עקב הריגתו של אמון סור כשלא היה חמוש (מאוחר יותר, ליירה הצטרפה לשורות חיל הפקחים האדומים ונהרגה במהלך אירועי מלחמת חיל סינסטרו והלילה האפל ביותר).
הלילה האפל ביותר.
בספר של אואה קיים פרק נסתר על התגלויות קוסמיות, שהכילו בין היתר נבואה אודות "הלילה האפל ביותר". בנבואה זו, שבעה חילות פקחים בצבעים שונים נמצאים במלחמה אחד עם השני, ובסופו של דבר משמידים אחד את השני ואת היקום. לאחר אירועי מלחמת חיל סינסטרו, גאנטת וסאיד מגורשים מהחיל לאחר שהתריעו על דברי הנבואה, והם יוצרים טבעת כוח כחולה המונעת בידי רגש התקווה. שומרי היקום הנותרים מקימים את חיל אלפא לנטרן וחושפים חוקים חדשים שכתבו לתוך ספר החוקים של החיל.
במהלך אירועי הלילה האפל ביותר, שומרי היקום מבינים כי הנבואה נכונה, והם נכלאים בידי סקאר, שומרת יקום עריקה שפותחת במתקפה על החיל בכך שהיא מחייה חברי חיל מתים כחיל הפקחים השחורים.
היום הבהיר ביותר, מלחמת הפקחים הירוקים.
לאחר הלילה האפל ביותר, האל ג'ורדן כורת ברית רופפת בין מנהיגי חילות הפקחים קרול פריס, סינסטרו, אטרוסיטוס, לארפליז, סיינט ווקר ואינדיגו-1 למצוא את ישויות הרגש ולהגן עליהן, לאחר שנחטפו בידי נבל מסתורי. אותו נבל מתגלה כקרונה, שגרם גם לפגם התכנות של ציידי האדם מלכתחילה.