בפברואר 2004 מונה מני מזוז ליועץ המשפטי לממשלה ה-11 של מדינת ישראל. בתחילה הוא לא היה אחד המועמדים למשרה. בעקבות פרשת בר-און חברון והסערה הציבורית שחוללה, מונתה ועדה ציבורית בראשותו של נשיא בית המשפט העליון לשעבר, השופט מאיר שמגר, שעליה הוטל לבחון את כל הסוגיות הקשורות בתפקידו של היועץ המשפטי לממשלה. ועדת שמגר המליצה, בין השאר, שהממשלה לא תמנה ישירות את היועץ כפי שנקבע בחוק, אלא שוועדה ציבורית, חיצונית, תציע מועמדים לתפקיד ותבחן אותם - ואחר כך תמליץ על אחד או שניים מהם בפני הממשלה, שתוכל למנות לתפקיד רק את מי שהוועדה תמליץ עליו. בכך רוקנה ועדת שמגר מתוכן את סמכות הממשלה למנות את היועץ המשפטי לממשלה. הוועדה הציבורית שמונתה פסלה את המועמדים המועדפים של ראש הממשלה ושל שר המשפטים, עו"ד זהר ועו"ד טורבוביץ', ורק לאחר שהם ומועמדים נוספים נפסלו על ידי הוועדה, התאפשר מינויו של מזוז. בכך היה מזוז ליועץ הראשון שמונה בהליך שנקבע על-פי המלצות ועדת שמגר לבחינת דרכי מינויו של היועץ המשפטי לממשלה - באמצעות ועדה מקצועית בראשות שופט בית המשפט העליון בדימוס.
בדיקה שערך החשב של משרד האוצר בשנת 2013 העלתה כי במהלך כהונתו של מזוז כיועץ המשפטי לממשלה הפרישה המדינה בטעות סכומי יתר לקרן השתלמות על שמו, בסכום מצטבר של כ־100,000 ש"ח. באוקטובר 2013 פנתה היועצת המשפטית של משרד המשפטים למזוז בדרישה כי ישיב את הכסף. בתגובה טען מזוז כי לא מדובר בתשלומי יתר אלא בתשלומים המגעים לו בדין בתור עובד מדינה. בנוסף טען כי אין המדינה זכאית לדרוש את השבת הכספים רטרואקטיבית, שנים לאחר ששולמו. במאי 2015 הודיע מזוז שאינו מעוניין בהמשך המחלוקת והוא נכון לקבל את הכרעת האוצר ועל כן הוא מחזיר את הכסף למדינה.
תפיסת עולמו המקצועית.
בריאיון עיתונאי לסיכום כהונתו תיאר מזוז את תפיסת עולמו המקצועית באשר לתפקיד היועץ המשפטי לממשלה כך: .
מזוז הסביר בראיון זה, כי היועץ המשפטי אינו שופט היושב בדין, דן בעניינים המובאים בפניו ומכריע בהם, אלא תפקידו גם להוביל, להנהיג ולנהל את המערכת המשפטית על כל מרכיביה, בתחומי האכיפה ובתחומי הייעוץ המשפטי. הוא תיאר את תפקיד היועץ ככזה החייב ליזום ולהוביל מהלכים ולהקפיד לנהל ולא להתנהל - אחרת, כך סבור מזוז, הוא ייסחף עם זרם האירועים, במקום לעצב את המציאות. מזוז הוסיף כי יישם את תפיסת הניהול האקטיבי, של ייזום והובלת תהליכים, בכל תחומי הפעילות - באכיפה, בייעוץ המשפטי, בחקיקה, ובניהול הפנים-ארגוני ובמהלכים בין-ארגוניים.
בראיון זה ציין גם כי ראה צורך במיצוב מעמדו של היועץ המשפטי לממשלה מול שלוש מערכות רלוונטיות, עקב חוסר הבהירות שנוצר לאורך השנים לגביו:
באותו ראיון נשאל מזוז מהן עמדותיו בסוגיות הליבה של האקטיביזם שיפוטי, שפיטות, זכות עמידה ועילת הסבירות.
באשר לאקטיביזם, הסביר כי תפיסתו בעניין מורכבת: מצד אחד טען כי הוא מסתייג מאקטיביזם שיפוטי, במובן שלדעתו על בית-המשפט להיות זהיר ולהימנע מעיסוק בסוגיות שאינן משפטיות במהותן, אלה שמטבען מסורות להכרעתן של רשויות המדינה האחרות. מהצד השני, סבר מזוז כי יש מקום לאקטיביזם מקום שמטפלים בנושאים שהם בליבת התפקיד של המערכת המשפטית. הוא ציין כי הוא רואה איזון והיזון חוזר בין שני הצדדים האלה, והדגים זאת באמצעות פסק הדין בעניין אלון מורה.
מזוז ציין כי הוא מחזיק בתפיסה דומה בנוגע להפעלת סמכויות היועץ המשפטי לממשלה: בתחומים שאינם שלו, הוא אינו מסיג את גבולן של הרשויות האחרות, בעוד שבתחומים המצויים בגרעין תפקידי המערכת המשפטית, הוא ממצה את סמכויותיו עד תום, ולא מהסס גם כאשר מדובר בהחלטות קשות, או בכאלה שתוצאותיהן לא ימצאו חן בעיני המערכת הפוליטית.
באשר לסוגיית הסבירות, הסביר מזוז כי השאלה אינה נוגעת למהות הנושא הנדון, אלא לעוצמת הפעלת סמכות הביקורת השיפוטית. גם בעניין זה סבר כי ככל שהסוגיה במהותה היא עניין להכרעה משפטית, כך יש מקום להפעלת מבחן הסבירות ביתר עוצמה. מזוז ציין גם כי אינו מסתייג מהגישה של זכות עמידה רחבה. המדובר, לדידו, בסוגיה המשליכה גם על השאלה באילו עניינים יעסוק בית-המשפט, ולטעמו עותר ציבורי יכול להביא בפני בית-משפט שאלה שאין שום מחלוקת שהיא משפטית פרופר, והדגיש כי יש סוגיות שמטבען יכולות להגיע לבית המשפט רק על ידי עותר ציבורי.
נושאים מרכזיים בתקופת כהונתו.
המאבק בשחיתות הציבורית.
אחד מהיעדים העיקריים שהתווה מזוז למערכת אכיפת החוק היה המאבק בשחיתות הציבורית, בדגש על מוקדי שחיתות בחברה הישראלית, בשלטון המרכזי ובשלטון המקומי. מזוז סיפר כי ביקש לייצר הרתעה ולחדד את המסר כי אין אנשים מעל החוק, ולא משנה מה תפקידם ומעמדם במערכת הציבורית.
לשם כך יזם מאבק עקבי ושיטתי לאורך זמן, במוקדי השחיתות בחברה הישראלית - בשלטון המרכזי והמקומי - ולא הסתפק בטיפול האקראי בתיק הבודד, וזאת לשם השגת אפקט מצטבר ומשמעותי של הרתעה ושיגור מסר ציבורי ברור של "שינוי כללי המשחק". במסגרת מאבק זה היה טיפול ממוקד בתחום הקשר המושחת שבין נבחרים לחברי גוף בוחר; טיפול בתופעה של עבירות מימון בחירות; טיפול בתופעה של מינויים פוליטיים ומינוי מקורבים; טיפול בתופעות של קבלת טובות הנאה אסורות; טיפול בתופעות של שחיתות מערכתית, כגון: ברשות המיסים, במינהל מקרקעי ישראל, בתחום התכנון והבניה ובמכרזי רשויות מקומיות.
המאבק בשחיתות לא עסק רק בשוליים וב"דגי הרקק" אלא גם בלב ההגמוניה השלטונית ומוקדי הכוח והאליטות של מערכות השלטון והחברה - ראשי ממשלה, נשיא מדינה, שרים, חברי כנסת, רבנים ראשיים, שופטים, ראשי ערים ועוד.
פעילותו של מזוז בתחום זה נתפסת ככזו השמה את נושא המאבק בשחיתות על סדר היום הציבורי. בתקופת כהונתו היו יותר חקירות, יותר כתבי אישום ויותר הרשעות בעבירות שחיתות של אנשי ציבור מאשר בכל תקופה אחרת בעבר. אנשי ציבור רבים נחקרו, הועמדו לדין והורשעו ואף נשלחו למאסר. בתקופה זו איש מבין אנשי הציבור שהועמדו לדין לא זוכה בבית משפט. בחלק מהפרשות ההליכים המשפטיים עדיין מתנהלים.
בהתייחסו לסוגיית המינויים הפוליטיים, ציין מזוז כי אלה מעולם לא היו עניין לגיטימי, כפי שנקבע בדו"חות מבקר המדינה ופסקי דין בבג"ץ, אלא עניין שהיה פלילי גם לפני עשרות שנים, והסביר כי ההחלטה על העמדתו לדין של צחי הנגבי הייתה החלטה אסטרטגית, תוך כוונה ברורה להפעיל לראשונה את הכלי הפלילי כנגד התופעה הפסולה, במקרה בעל נסיבות חמורות במיוחד. החלטתו נתמכה בין היתר בהבנה שמרכזי המפלגות הפכו לאחד המוקדים של שחיתות שלטונית בישראל, מקום בו מקורבים צוברים כוח ויכולים להשיג טובות הנאה.
בעניין פרשת רשות המיסים ציין מזוז שהפרשה הייתה חמורה במיוחד וכי אם הפרשה לא הייתה נחשפת, תוך זמן קצר כל צמרת רשות המיסים הייתה מאוישת באנשים שהיו חייבים את מינוים לגורמים בעלי עניין מחוץ למערכת. מזוז הוסיף כי: "זה הדבר הכי קרוב שהגענו אליו של השתלטות עוינת של גורמים בעלי עניין על אחת המערכות הציבוריות הכי רגישות. לכן, בעיני זו הפרשה הכי חמורה. פה הנגע העמיק לתוך הגוף והפך ממש לסרטני."
המלחמה בנושא המינויים הפוליטיים טופלה לא רק באפיק הפלילי, אלא גם באמצעות הנחיות לשרים ואמצעים נוספים, כל זאת במטרה לייצר הרתעה ולהשתית נורמות חדשות כנגד תופעה שלדברי מזוז איימה להשחית את המערכת הפוליטית.
תיקים ציבוריים בולטים.
תקופת כהונתו של מזוז התאפיינה במספר רב של פרשיות שעירבו אישי ציבור בכירים, אשר חלקן עדיין נדונות בערכאות.
במסגרת הפרשיות הפליליות הבולטות של אישי ציבור ניתן להזכיר את הפרשיות:
בתקופתו הועמד לדין, הורשע ונאסר הח"כ לשעבר עמרי שרון בגין עבירות בחירות, הורשעו חברי הכנסת יחיאל חזן ומיכאל גורלובסקי בגין "פרשת ההצבעות הכפולות" בכנסת, הורשע ח"כ יאיר פרץ בשל מעשה זיוף ומרמה, טופלה פרשת רשות המיסים שנזכרה לעיל, בה ההליכים עדיין מתנהלים בבית המשפט המחוזי בתל אביב, הורשעה השופטת לאופר על עבירות פגיעה בפרטיות.
על אף שבתקופתו של מזוז כיועץ המשפטי לממשלה נוהל מאבק רב-היקף בתופעות השחיתות השלטונית, ובתקופה זו נחקרו, הואשמו והורשעו אישי ציבור רבים, הסביר מזוז באחד מראיונות הפרישה שהעניק, כי תפיסתו בתחום הפלילי היא שלא נכון למתוח את התחום הפלילי מעבר לממדיו הטבעיים. הוא ציין כי העמדה לדין בעניינים בשל מעשים לא תקינים, אך אינם בתחום הפלילי במובנו המהותי, עלולה לגרום יותר נזק מתועלת. והבהיר כי: "איננו ציידי גולגולות. אנחנו לא תולים נאשמים או מורשעים על הקיר ולא על החגורה. לא בכך אנחנו נמדדים".
המלחמה בפשיעה המאורגנת.