באמצע שנות ה-80, התחרתה נבחרת ישראל במוקדמות המונדיאל במסגרת אוקיאניה. בשנת 1992 התקבלה נבחרת ישראל לאופ"א, פדרציית הכדורגל האירופית. החל משנה זו נבחרת ישראל משתתפת במוקדמות אליפות אירופה לאומות ("יורו") ובמוקדמות אליפות העולם בכדורגל ("מונדיאל") במסגרת אירופית, כך גם קבוצות ישראליות משתתפות במפעליה של אופ"א: ליגת האלופות, גביע אופ"א (לימים הליגה האירופית) ומאז אמצע שנות השבעים, גם גביע האינטרטוטו. כך, נבחרת ישראל היא היחידה בעולם ששיחקה ביותר משתי מסגרות אזוריות בתחרויות בינלאומיות רשמיות - אוקיאניה, אסיה ואירופה.
כאשר הצטרפה ישראל לאזור האירופי בשנות ה-90, היא ספגה הפסדים רבים - אפילו לנבחרות בינוניות - בעיקר במשחקי חוץ, וכל נסיונותיה להעפיל למונדיאל או לאליפות אירופה בכדורגל, כשלו. בכל זאת, מסוף שנות התשעים ניכרה התבססות באזור האירופאי. הפסדים הפכו נדירים יותר ויותר, בייחוד במשחקי הבית, וברוב הטורנירים הייתה ישראל בעמדת ההעפלה עד סמוך לסיומם. הישג השיא של ישראל מאז הצטרפותה לאזור האירופי היה העפלתה למשחקי ההצלבה במוקדמות יורו 2000, אלא שעל הישג זה העיבו התבוסות באותם משחקים 0–5 ו-0–3 מול נבחרת דנמרק, בצל פרשת נערות הליווי שחשף עיתון "מעריב". אירוע זה גרר משבר אמון חריף בין הקהל לנבחרת וגם מינויו של ריצ'רד מולר נילסן, מאמן עטור שבחים מדנמרק, לא סייע לשיקום הנבחרת. הנבחרת של נילסן הציגה כדורגל הגנתי ופושר, אך הייתה קרובה למקום השני, המוביל למשחקי ההצלבה, במוקדמות מונדיאל 2002, בטרם הודחה בעקבות שער בדקה ה-94 באצטדיון רמת גן מול נבחרת אוסטריה.
לאחר נילסן, מונה למאמן אברם גרנט, שנכשל בטורניר הראשון אך בהמשך הצליח לשפר את התדמית של הנבחרת ולהחזיר את הקהל למשחקיה, אף על פי שזו הציגה כדורגל לא מלהיב. במוקדמות מונדיאל 2006 סיימה ישראל את משחקיה ללא הפסד, אך לא הצליחה להעפיל לשלב הפלייאוף בגלל נחיתות בהפרש שערים.
בשנת 2006 מונה למאמן דרור קשטן, שהדריך את הנבחרת במוקדמות יורו 2008 בהם הציגה הנבחרת סדרה נאה של ניצחונות בית וחוץ על הקבוצות המדורגות מתחתיה וניצחון ביתי מרשים על נבחרת רוסיה בתוצאה 2–1, אך מנגד הפסידה במשחקים חשובים אחרים וסיימה את הטורניר במקום הרביעי, עם מספר נקודות זהה לנבחרת אנגליה. עם זאת, בעקבות הקמפיין, עלתה ישראל לראשונה בתולדותיה לדרג השני באירופה ובהמשך אף עלתה למיקום השיא שלה בעולם, המקום ה-15. בסיום טורניר המוקדמות הוחלט כי קשטן ימשיך להדריך את הנבחרת גם במוקדמות מונדיאל 2010. עקב עליית ישראל לדרג האיכות השני באירופה, היא זכתה להגרלה אשר נחשבה לקלה יחסית לטורניר זה, כאשר יריבותיה העיקריות היו אמורות להיות יוון ושווייץ, לצד נבחרות אשר נחשבו לקטנות וחלשות יותר - מולדובה, לטביה ולוקסמבורג. על אף ההגרלה הנוחה לכאורה, סדרה של תוצאות מאכזבות, ובשיאן הפסד ביתי לנבחרת לטביה, חיסלו את סיכויי העלייה למונדיאל וישראל סיימה במקום הרביעי בבית. גם הכדורגל הכבוי והעצור, למרות מספר שיא של שחקנים כישרוניים בסגל הנבחרת, המשחקים ברובם בליגות אירופאיות, עורר אכזבה.
במרץ 2010 מונה לואיס פרננדס למאמן הנבחרת לקראת מוקדמות יורו 2012. ישראל פתחה את הטורניר בניצחון ביתי 3–1 על מלטה ובתיקו 0-0 מול גאורגיה. לאחר שורת פציעות של שחקני מפתח ובראשם הקפטן יוסי בניון, התקשתה הנבחרת והפסידה לקרואטיה ברמת גן וליוון באתונה. ארבע הנקודות שצברה הנבחרת במשחקים אלה היוו את פתיחת הטורניר הגרועה ביותר שלה בעשר השנים שקדמו לטורניר. לאחר שני ניצחונות רצופים, בבית על גאורגיה ובחוץ על לטביה, הגיעו שני המשחקים המכריעים, אשר בהם הפסידה הנבחרת 0–1 ליוון בבלומפילד ו-1–3 לקרואטיה בזאגרב.
בדצמבר 2011 מונה אלי גוטמן למאמן הלאומי החדש. במוקדמות מונדיאל 2014 הציגה הנבחרת פתיחה מאכזבת לקמפיין עם תיקו 1-1 מול אזרבייג'ן ותבוסה של 0–4 מול רוסיה ברמת גן. בהמשך הקמפיין הציגה ישראל שתי הופעות מרשימות מול פורטוגל כאשר סיימה בתיקו 3-3 ברמת גן (לאחר שהובילה 1–3) ובתיקו 1-1 בליסבון. לאחר שסיימה הנבחרת בתוצאות תיקו 1-1 ברמת גן מול אזרבייג'ן ומול צפון אירלנד, סיימה את הקמפיין במקום השלישי עם 14 נקודות. לאחר הטורניר הוארכה כהונתו של גוטמן כמאמן, והוא הדריך את הנבחרת גם במוקדמות יורו 2016. בעקבות כישלונה של הנבחרת במוקדמות, התפטר גוטמן מתפקידו.
באפריל 2016 מונה אלישע לוי למאמן הנבחרת, לקראת מוקדמות מונדיאל 2018. ישראל הוגרלה לבית 7, עם ו, אלופות העולם בעבר, ועם , ו. ישראל פתחה את הקמפיין טוב עם 9 נקודות בארבעת משחקיה הראשונים, אולם הדרדרה ובששת משחקיה האחרונים השיגה 3 נקודות בלבד וסיימה עם 12 נקודות בלבד ובמקום הרביעי בבית. בעקבות רצף זה הדרדרה ישראל בדירוג העולמי של פיפ"א לשפל חסר תקדים מבחינתה והתמקמה במקום ה-98 בעולם. ההתאחדות לא האריכה את חוזהו של אלישע לוי שסיים את תפקידו.
בשנת 2018 מונה ביברס נאתכו לקפטן הנבחרת, ובכך הפך לשחקן הלא יהודי הראשון שמשמש כקפטן הנבחרת, ובפרט לקפטן הצ'רקסי הראשון ולקפטן המוסלמי הראשון של הנבחרת. ב-1 באוגוסט 2018 מונה שחקן העבר האוסטרי אנדראס הרצוג למאמן הנבחרת. בספטמבר 2018 החלה העונה הראשונה של ליגת האומות של אופ"א, בה הוגרלה ישראל בליגה C בבית א' עם ו, בבית זה סיימה ישראל במקום השני, ולא הצליחה להשיג את הכרטיס לפלייאוף העלייה על הכרטיס למוקדמות יורו 2020. לאחר מכן בבתים של מוקדמות יורו 2020, סגרה הנבחרת קמפיין כשלוני מבחינתה, והכי רע ב-2 עשורים האחרונים מבחינת אחוזי הצלחה עם 37% אחוזי הצלחה בלבד, שהוא השפל הכי גדול שלה מ-2008 מהבחינה הזאת, ומקום 5 מתוך 6 בבית ז' - אחד המקומות הנמוכים שלה בבתי מוקדמות אי פעם. למרות זאת העפילה ישראל לפלייאוף העלייה ליורו דרך ליגת האומות שיוכל להקנות לה את הכרטיס ליורו. עקב התפרצות מגפת הקורונה בעולם במהלך 2020, הופסקו משחקי הכדורגל ובכללם הכדורגל הבינלאומי, ופלייאוף העלייה ליורו 2020 דרך ליגת האומות נדחה. בינתיים ב-24 ביוני 2020 הודיע הרצוג כי הוא עוזב את תפקידו בנבחרת ישראל, וביולי מונה במקומו וילי רוטנשטיינר, שהדריך את הנבחרת בשלב הפלייאוף של ליגת האומות 2018/2019 של אופ"א, שם היא הפסידה בדו-קרב פנדלים לנבחרת סקוטלנד בחצי הגמר ולא הצליחה שוב להעפיל לטורניר גדול. בליגת האומות לעונה שלאחר מכן סיימה הנבחרת את הקמפיין במקום השלישי שהשאיר אותה בליגה B, אך מנע ממנה להעפיל לפלייאוף הבא שבטורניר המונדיאל הקרוב. במוקדמות מונדיאל 2022 באירופה הוגרלה נבחרת ישראל בבית 6 עם נבחרות דנמרק, אוסטריה, סקוטלנד, איי פארו ומולדובה. בבית זה סיימה ישראל במקום השלישי, אחרי דנמרק וסקוטלנד, ולא הצליחה פעם נוספת להעפיל לטורניר, אך עלתה מעט בדירוג הנבחרות של פיפ"א למקום ה-79. בפברואר 2022 סיים המאמן רוטנשטיינר את תפקידו בנבחרת ישראל והחל תהלך איתור למאמן חדש. ב-16 במרץ 2022 מונה שחקן העבר של הנבחרת ושיאן ההופעות במדיה, יוסי בניון, למנהל המקצועי של נבחרת ישראל לאחר אישור ועדת האיתור. כבר למחרת המינוי פיטר בניון את מאמן הנבחרת הזמני מרקו בלבול מאימון הנבחרת הבוגרת וגם מתפקידו המקורי בנבחרת הנוער, וזאת בשל חילוקי דעות מקצועיים. בהמשך מונה שחקן העבר והמאמן גדי ברומר למאמן הזמני של הנבחרת, לצמד משחקי הידידות מול נבחרת גרמניה ונבחרת רומניה בסוף מרץ 2022.
ב-26 באפריל 2022 מונה כדורגלן העבר אלון חזן, ומאמנה הזמני של הנבחרת לשעבר, לתפקיד המאמן הלאומי הקבוע.
מאזן הישגים וכישלונות.
אחד המשחקים הרשמיים הטובים ביותר בתולדות הנבחרת הישראלית והכדורגל הישראלי היה ב-13 באוקטובר 1993, כאשר נבחרת ישראל שיחקה מול נבחרת צרפת באצטדיון הפארק דה פראנס שבצרפת במסגרת מוקדמות מונדיאל 1994, כאשר ניצחון של צרפת היה מזכה אותה בהשתתפות במונדיאל. לאחר שבמשחק הבית נגד הצרפתים הפסידה נבחרת ישראל 0–4, מעטים האמינו בסיכוייה של ישראל להפתיע את הצרפתים, אך ישראל ניצחה 3–2, ובעקבות ההפסד, ולאחריו הפסד ביתי נוסף לבולגריה, הפסידה צרפת את העלייה למונדיאל לטובת בולגריה שעלתה במקומה ואף סיימה את הטורניר במקום הרביעי.
משחקים גדולים נוספים הם הניצחון 2–1 על יוגוסלביה בבלגרד במוקדמות אולימפיאדת רומא (1960) (יוגוסלביה הקדימה אז את ישראל רק בהפרש שערים, וזכתה במדליית הזהב האולימפית) והניצחון 4–1 באוקטובר 1981 על פורטוגל במוקדמות מונדיאל 1982, עם שלושער של החלוץ בני טבק. ב-1999 בלט הניצחון 5–0 על נבחרת אוסטריה באצטדיון רמת גן. באותו טורניר העפילה נבחרת ישראל למשחקי ההצלבה, אך הודחה על ידי דנמרק.
בצד הניצחונות הגדולים, היו לנבחרת גם מספר רב של כישלונות. לקראת מונדיאל 1958 הייתה הנבחרת קרובה להעפלה למונדיאל לאחר שבמוקדמות המונדיאל סירבו נבחרת טורקיה ונבחרת אינדונזיה לשחק נגד נבחרת ישראל. פיפ"א החליטה שישראל תצטרך להתמודד במשחקי הכרעה נגד ויילס, בהם הפסידה פעמיים 0:2.
עד לשנות השמונים הייתה זהות מוחלטת, או כמעט מוחלטת, בין הנבחרת הלאומית לנבחרת האולימפית. כישלון צורב היה אי העפלתה של הנבחרת לאולימפיאדת טוקיו 1964, בעקבות הפסד ביתי לווייטנאם הדרומית. ארבע שנים אחר כך עלתה ישראל לראשונה לטורניר האולימפי בכדורגל, כאשר ניצחה בקלות את נבחרת ציילון (לימים סרי לנקה) 7–0 ו-4–0 והעפילה לאולימפיאדת מקסיקו (1968). הנבחרת הגדילה לעשות עת העפילה לרבע הגמר בטורניר האולימפי, והודחה רק לאחר הגרלה לאחר תיקו 1–1 עם בולגריה.