בספרו מרבה פינטו להתלונן על עוניו, אך מהמקורות המעטים הנוספים שבידינו ידוע שבתקופה כלשהי צבר פינטו עושר רב במסחר. ולראיה, מימון הקמת הכנסייה הראשונה ביפן בביקורו השלישי ביפן. באביב 1553, לאחר שהגשים את שאיפתו להתעשר, שקל פינטו לחזור לפורטוגל. הוא חיסל את עסקיו במלאקה והפליג לגואה, אליה הגיע בנובמבר 1553. בפברואר אותה שנה הגיעה גופתו של חאווייר לגואה. הישועים שידעו על קשריו של פינטו ביקשו שיצטרף אליהם לפגוש את הספינה שהביאה את הגופה. למראה הגופה שלא נרקבה עבר פינטו שינוי דתי והחליט כי יצטרף כעמאי למסדר הישועים. באותה שנה התקבל מכתב מאוטומו יושישיגה, הדאימיו של בונגו, המבקש שחאווייר יחזור ליפן תוך רמז שבתמורה הוא יסכים להתנצר. כשהמכתב התקבל הייתה כבר גופתו של חאווייר מוצגת בכנסייה בגואה. על פי הצעתו של פינטו הוכנה במהירות משלחת שאותה מימן פינטו מכספו הפרטי. בראשה הועמד בלשיור נונש בארטו (Belchior Nunes Barreto), יורשו של חאווייר. פינטו מונה כשגריר מטעם המשנה למלך, מושל הודו הפורטוגזית, במטרה לקשור ברית מסחרית עם בונגו. המשלחת בראשה עמדו פינטו ובארטו יצאה מגואה באפריל 1554, אך בשל משטר הרוחות שהתה במלאקה עד אפריל 1555. בתקופה זו כתב פינטו מכתב לאבות הישועים בפורטוגל שבו תיאר בקצרה את תולדותיו ומסעותיו באסיה (מכתב זה שרד עד ימינו). ממלאקה הפליגה המשלחת ועגנה בלמפקאו (בסמוך למקאו שבסין שיושבה על יד הפורטוגזים שנתיים אחר כך) עד מאי 1556. המשלחת הגיע לבונגו ביוני 1556 (למעלה משנתיים מהיציאה מגואה). השליחות הייתה הצלחה דיפלומטית (פינטו הקים שגרירות בבונגו), אבל כישלון דתי, כיוון שאוטומו לא התנצר בסופו של דבר בשל מלחמת האזרחים המתמשכת ביפן. אוטומו לא היה יכול להרשות לעצמו להרגיז את תומכיו בכך שימיר את דתו לדת זרה בזמן העימות. עשרים ושתיים שנים אחר כך הוא אכן התנצר, בערך בזמן שבו סיים פינטו לכתוב את האוטוביוגרפיה שלו.
פינטו ובארטו יצאו מיפן ב-14 בנובמבר 1556, והגיעו לגואה ב-17 בפברואר 1557. כבר ביפן החליט כנראה פינטו לפרוש ממסדר הישועים, ולחזור לפורטוגל. הפרישה נעשתה בהסכמה משותפת, ועל פי קורותיו אחר כך לא שמרו לו הישועים טינה. לפי בקשתו הכין פרנסישקו בארטו (Francisco Barreto), המשנה למלך ומושל הודו, מכתב למלך פורטוגל עבור פינטו. במכתב המליץ בארטו שפינטו יקבל מענק שנתי כהוקרה עבור שירותיו למלך באסיה. פינטו הפליג מגואה בסוף 1557.
חייו עד מותו.
פינטו חזר לפורטוגל ב-22 בספטמבר 1558 לאחר מסע נטול אירועים. שמעו יצא לפניו באירופה קודם לבואו ככותב המכתב (שאותו שלח ממלאקה) שפורסם על ידי הישועים ב-1555. במשך ארבע וחצי שנים, בין 1558 ל-1562, הוא השקיע מאמצים לשווא בחצר המלוכה בתקווה לקבל פרס או פיצוי על שנותיו בשירות הכתר.
בדצמבר 1562 העבירה המלכה העוצרת של פורטוגל את השלטון לגיסה החשמן אנריקה. תוך תקופה קצרה הבין פינטו שתחת מדיניות הצמצום הכלכלי שנקט החשמן הוא לא יקבל דבר, ולכן עזב את ליסבון. הוא רכש חווה באזור פרגל (Pragal) שליד אלמדה (Almada), נשא לאישה את מריה קוריה דה בריטו (Maria Correia de Brito) ונולדו להם לפחות שתי בנות. אין פרטים מדויקים יותר על משפחתו. נראה ששמעו יצא כמומחה לסין, שכן הן ז'ואאו דה בארוש (João de Barros), ההיסטוריון הפורטוגזי הידוע מתקופה זו, הן ג'ובני פייטרו מאפי (Giovanni Pietro Maffei), ההיסטוריון של הישועים, והן שגרירו של קוזימו דה מדיצ'י בפורטוגל באו לבקר את פינטו על מנת לקבל מידע על סין ועל יפן. בין 1569 ל-1578 כתב פינטו את הספר "מסעות".
ב-1580 אוחדה פורטוגל עם ספרד. בין 1581 ל-1583 שהה פליפה השני, מלך ספרד (וכאמור מ-1580 גם מלך פורטוגל) באלמדה, לא רחוק מביתו של פינטו. המלך שמע על עלילותיו של פינטו והזמינו כמה פעמים להתארח בארמונו על מנת לספר מחוויותיו באסיה. ייתכן שבאותה הזדמנות גם סיפר לו פינטו על ניסיונו לקבל קצבה קבועה, משום שהחל מאפריל 1583 החל פינטו לקבל רנטה שנתית שערכה היה שווה לשלוש כיכרות לחם ליום "עבור שירותיו בהודו". בדיעבד התקבלה מלגה זו מאוחר מדי. ב-8 ביולי 1583, שלושה חודשים אחר כך, מת פרנאו מנדש פינטו בחוותו שבפרגל.
"מסעות".
כתב היד.
את הספר "מסעות" כתב פינטו כאמור בין 1569 ל-1578. במקור הקדיש את הספר לילדיו, אך בצוואתו הורה להעביר את כתב היד למוסד צדקה לנשים חוטאות (Casa Pia das Penitents) על מנת שייקרא בפני הנשים. לאחר מותו כיבדו בנותיו את רצונו והעבירו את כתב היד למנהל המוסד. בשנים שאחר כך ביקרו במוסד מלומדים רבים, בהם האב מאפי, על מנת לקרוא את כתב היד. הגרסה של פינטו למאורעות בשנותיו האחרונות של פרנסיסקו חאווייר הופיעה בכמה ספרים שהתפרסמו בין השנים 1588 ל-1612 מבלי לציין את המקור, כנהוג באותה תקופה. העניין שעורר כתב היד אצל המלומדים גרם למנהל המוסד לנסות להדפיס את הספר על מנת לקצור ממנו רווחים. אבל תחילה היה צורך לבצע עריכה מסיבית לכתב היד, לחלק אותו לפרקים, ולבדוק תאריכים ותעתיקים של שמות מקומות אקזוטיים. המלאכה הוטלה על פרנסישקו דה אנדרדה (Francisco de Andrada), שנשא בתפקיד ההיסטוריון המלכותי. ב-1603 הוגש כתב היד לאישור הצנזורה של האינקוויזיציה. האישור "Nihil obstat" (לטינית: "שום דבר אינו מונע") ניתן ב-25 במאי 1603. הצנזור, האח מנואל קואליו (Manoel Coelho), אף הוסיף לאישור דברי שבח חמים על הספר.
חלפו עוד אחת עשרה שנים עד שנמצא מוציא לאור שהסכים להדפיס את הספר. מוריס קוליס משער שהסיבות לכך היו אורך הספר, הנושאים הבלתי רגילים בהם עוסק הספר, הזמן הארוך שחלף מאז שהתרחשו המאורעות המתוארים בו, והעובדה שכבר התפרסמו לא מעט היסטוריות של המזרח, שלא לדבר על הפואמה האפית הלוזיאדים - (Os Lusíadas) של המשורר לואיש דה קמואש. מרביתם של ספרים היסטוריים אלו מומנו על ידי גופים כדוגמת הישועים או הממשל הפורטוגזי, ולעומת זאת עלות הדפסת הספר של פינטו הוטלה על יזם פרטי. רבקה כץ טוענת שפינטו יכול היה ליזום את הדפסת הספר, אבל כיוון שהספר מכיל ביקורת חריפה על המוסדות החילוניים והדתיים הוא העדיף שהספר יצא לאור לאחר מותו ועל ידי מוסד דתי שמעל לחשד (המוסד לנשים חוטאות).
המאה ה-17: הדפסה, מהדורות ותרגומים.
ב-1613 נמצא סוף סוף מו"ל שהסכים להדפיס את הספר. שמו היה פדרו קרשבק (Pedro Crasbeeck), והספר יצא לאור ב-1614, 31 שנים לאחר מותו של פינטו. המימון היה של בלשיור דה פאריה (Belchior de Faria), והרווחים ממכירת הספר ניתנו ל-Casa Pia das Penitents למשך עשר שנים. ההצלחה הייתה מיידית. במאה ה-17 לבדה הודפס הספר ב-19 מהדורות ב-6 שפות. שש שנים לאחר הוצאתו לאור הודפס הספר בספרדית בשתי גרסאות. פרנסיסקו דה הררה מלדונאדו (Francisco de Herrera Maldonado), שתרגם את הספר לספרדית, כתב בהקדמה כי פרנסישקו דה אנדרדה, עורך הספר המקורי (שמת שנה לאחר יציאת הספר לאור), עשה עבודה רשלנית, וכי היה עליו לשפר את סגנונו הפרימיטיבי של המחבר. משום כך, התרגום שלו, שאומנם כולל את כל 226 הפרקים המקוריים, שונה מהמקור הפורטוגזי ומכיל קטעים שאינם במקור. כמו כן, הוא כולל הטפות דתיות, בניגוד לקו בו נקט פינטו לתת מס שפתיים בלבד לדת הקתולית. הספר הצליח מאוד, ובמהלך המאה ה-17 יצאו לאור עוד חמש מהדורות של הספר בספרדית, בשנים 1627, 1628, 1645, 1664 ו-1666, אם כי שום מהדורה לא הודפסה בספרדית במאות שחלפו מאז. ב-1678 הודפסה מהדורה נוספת בפורטוגזית, אך המהדורה הבאה בפורטוגזית הודפסה רק 250 שנים אחר-כך. ב-1930 יצאה מהדורה מוערת שערך ז'ורדאו דה פריטאש (Jordão de Freitas) שאף הוסיף לה הקדמה.
הספר תורגם לצרפתית על ידי ברנאר פיגאר (Bernard Figuier) ומהדורות של תרגום זה הודפסו בפריז בשנים 1628, 1645 ו-1663, וייתכן שב-1678. המתרגם הסתמך הן על המהדורה הספרדית, והן על המהדורה הפורטוגזית. המהדורה בהולנדית היא תקציר של המקור שנעשה על ידי מתרגם אלמוני והודפסה בשתי מהדורות ב-1652 וב-1653. בשלהי המאה ה-17 כבר דחקו ההולנדים את הפורטוגזים מחלק גדול ממושבותיהם באסיה, והם החלו לכתוב בעצמם את ההיסטוריה של המאורעות באסיה, מה שיכול להסביר את חוסר העניין בנושא. המהדורה בגרמנית הודפסה באמסטרדם בשתי גרסאות. גם מהדורה זו היא תקציר שבו דחס המתרגם האלמוני את 226 הפרקים המקוריים של הספר ל-63 פרקים. לא היו מהדורות נוספות בגרמנית מאז.
בסביבות 1629 הועלתה במדריד הצגה של אנטוניו אנריקס גומז שמוססת על הספר וזכתה להצלחה גדולה.
קטעים מתורגמים לאנגלית מהספר הופיעו באסופה של סיפורי מסעות בעריכת סמיואל פרצ'ס "Hakluytus Posthumus, or Purchas his Pilgrimes" שראתה אור ב-1925. התרגום הראשון של הספר לאנגלית נעשה על ידי הנרי קוגאן (Henry Cogan), שככל הנראה התבסס על התרגום לצרפתית, והודפס בלונדון בשנים 1653, 1663 ו-1692 בשם: "The Voyage and Adventures of Fernand Mendes Pinto". קוגאן תרגם את הספר בזמן שלטונו של אוליבר קרומוול, תקופה שהתאפיינה בשנאה כלפי הדת הקתולית, ולכן הושמטו מהתרגום כליל הפרקים הנוגעים לפרנסיסקו חאווייר והפרק על הניסיון המיסיונרי לנצר את הדאימיו של בונגו. בנוסף קוצצו קטעים שקוגאן מצא כמשעממים או כחזרה על דברים שנאמרו קודם או שלא הצליח להבין את משמעותם, והספר קוצר ל-81 פרקים.
על הצלחת הספר כתב מוריס קוליס:
אחרי המאה ה-17.