תקופה זו עמדה בסימן המעבר מקרבות בין-שבטיים קטנים או בינוניים להתנגשויות עצומות בין השבטים על השליטה על יפן. בתקופת קאמאקורה הדפה יפן בהצלחה את הפלישות המונגוליות והיקף גודלם של הכוחות הצבאיים גדל באופן משמעותי, כשהסמוראים ככוח עילית צבאי, הפכו למפקדיהם. לאחר כחמישים שנה של מאבקי שליטה על כס הקיסר, החלה תקופת אשיקאגה, שעמדה בסימן של תקופות שלום קצרות לאחר שכוחן של מערכות המנהל המסורתיות דעך בהדרגה. מאוחר יותר, פינו המושלים המחוזיים והפקידים האחרים תחת שלטון השוגונים את מקומם למעמד הדאימיו (האדונים הפאודלים) וכך נכנסה יפן לתקופה של 150 שנה של פירוד ומלחמות.
תקופת קאמאקורה (1185 עד 1333).
לאחר שהכניעו את יריביהם, שבט הטיארה, ייסדו אנשי שבט מינאמטן את שוגונות קאמאקורה, שהביאה תקופה של שלום. הקרבות שהתנהלו בתקופה זו התרכזו בעיקר בהכנעתם של מורדים.
המונגולים, ששושלת יואן שלהם שלטה באותה תקופה בסין, ניסו פעמיים לפלוש ליפן במהלך המאה ה-13, ובכך ציינו את האירוע הצבאי החשוב ביותר בתקופת קאמאקורה. בראשית אוקטובר 1274 החל קרב בונאי בו כוחות משותפים של מונגולים ושל קוריאנים צרו על האי צושימה ולאחר מכן הם תקפו את קיושו ונחתו במפרץ הקטה. ב-19 באוקטובר איבדו המונגולים ספינות רבות עקב סופת טייפון והכוחות שניצלו נסוגו. כהכנה לתקיפה נוספת, ארגנו השוגונים את בנייתם של מבצרים לאורך החוף וקיבצו כוחות להגנה מפני פלישות נוספות. הפלישה השנייה התרחשה ב-1281. בקרב שנודע בשם קרב קואן, נסוג הכוח בהנהגת המונגולים לאחר שאיבד שוב ספינות רבות עקב סופת טייפון.
הציוד, הטקטיקות והגישה הצבאית של הסמוראים היו שונות לחלוטין מאלו של יריביהם המונגולים ובעוד ששתי הפלישות נכשלו, השפעתן על התפתחות תורת הקרב הסמוראית הייתה משמעותית מאוד. הסמוראים דבקו ברעיונות של קרב יחיד, קרב של כבוד בין שני לוחמים בודדים, ובמרכיבים טקסיים מסוימים של הקרב, כמו סדרה של מטחי חיצים ששני הצדדים ירו אלו על אלו לפני שהקרב עבר לשלב של לוחמת פנים אל פנים. למונגולים לא היה מושג על מוסכמות אלו והם היו לכאורה יותר מאורגנים בטקטיקות התקיפה שלהם. הם לא העמידו לוחמים בודדים שניהלו דו-קרב של כבוד, אלא דהרו על גבי סוסיהם, תוך שהם עושים שימוש בסוגים שונים של אבק שרפה ובקשת מונגולית, ותקפו את קווי האויב תוך שהם הורגים רבים מהם מבלי להתייחס לכללי הפרוטוקול היפניים. אף על פי שהקשתות והלוחמה הרכובה היו גם הם חלק מרכזי בלוחמה היפנית באותה תקופה, נודעו המונגולים עד היום בתעוזתם הרבה בטקטיקות אלו. קשה להעריך את השפעתן של התנסויות אלו על הגישה והטקטיקות של הסמוראים, אך ללא ספק היא הייתה משמעותית.
תקופת אשיקאגה (1336 עד 1467).
שוגונות קאמאקורה נפלה עם פרוץ מלחמת גנקו בשנת 1331, שהייתה מרידה כנגדה שאורגנה על ידי הקיסר גו-דאיגו. לאחר רסטורציית קנמו קצרת הימים שבה נשלטה יפן על ידי שלטון קיסרי של ממש, הוקמה ב-1336 שוגנות אשיקאגה והחלה תקופה של עימותים ומלחמות הקרויה תקופת שתי החצרות הקיסריות. למשך יותר מחמישים שנה החל הארכיפלג היפני להיות מסובך בסכסוכי שליטה על הירושה הקיסרית.
הקרבות היו אז יותר ויותר רחבי ממדים ופחות טקסיים, אף על פי שקרבות יחיד ומרכיבים טקסיים מסוימים עוד נותרו על כנם, החלו להתמסד אסטרטגיות וטקטיקות מסודרת תחת פיקודם של מפקדים צבאיים, לצד רמת ארגון גבוהה יותר של היחידות בצבא. בתקופה זו התפתחו גם טכניקות ייצור הנשק ונוצרו להבי הפלדה היפנית הגמישה, אך הקשה וחדה באופן קיצוני. חרב הקטאנה והמספר העצום של סוגי כלי הנשק הדומים לה, הופיעו באותה תקופה ומאז שלטו על ארסנל הנשק היפני, שבעיקרו לא השתנה עד לאמצע המאה ה-20. כתוצאה מכך, בתקופה זו התרחש המעבר של הסמוראים מקשתים מיומנים ללוחמים המיומנים בשימוש בחרב.
תקופת סנגוקו (1467 עד 1603).
פחות ממאה שנה לאחר תום תקופת שתי החצרות הקיסריות, הופר השלום היחסי תחת שוגונות אשיקאגה עם פרוץ מלחמת אונין, מאבק שנמשך כעשור שבו הפכה הבירה קיוטו לשדה קרב ולעיר מבוצרת בכבדות שסבלה מחורבן נרחב.
כוחן של השוגונות ושל החצר הקיסרית נחלש ועלה כוחם של מושלים מחוזיים (שוגו) ומנהיגי הסמוראים המקומיים האחרים, כמו הדאימיו, שנאבקו אלו באלו, פלגים דתיים, ואחרים ששלטו בארץ במשך 150 השנים הבאות. תקופה זו נקראה תקופת סנגוקו, על שמה של תקופת המדינות הלוחמות בהיסטוריה העתיקה של סין. למעלה ממאה גופים שונים נאבקו אלו באלה ברחבי הארכיפלג, שבטים קמו ונפלו, גבולות הועתקו ממקומם והתנהלו כמה מהקרבות הגדולים ביותר ברמה העולמית בעידן הקדם-מודרני.
שינויים כבירים ומשמעותיים רבים התרחשו באותה תקופה, החל מהתקדמות בצורת בניית המצודות, המשך בהופעתן של מתקפות הפרשים ובהתפתחויות נוספות של המערכות האסטרטגיות בקנה מידה רחב ועד לשינויים משמעותיים בעיצובם של כלי הנשק. מבנהו של הצבא השתנה, הוקמו בו יחידות ענק של לוחמי חיל רגלים (אשיגרו) שצוידו ברומחים ארוכים (יארי), קשתים ומאוחר יותר רובאים ששירתו לצדם של הסמוראים הרכובים. באופן דומה, קרבות ימיים התאפיינו ביותר מאשר שימוש בספינות להעברת כוחות לטווח הקשתים או הארקבוז ולאחר מכן ללחימה פנים אל פנים.
שבט הוג'ו, ששכן בחבל קאנטו וסביבו, היה בין הראשונים להקים רשת של מצודות לוויין ולעשות בהן שימוש מורכב הן להגנה משולבת והן למתקפות מתואמות. שבט טקדה, תחת הנהגתו של טקדה שינגן, פיתח את המקבילה היפנית למתקפת הפרשים. אף על פי שעד היום נסוב הוויכוח בנוגע לעוצמתן של מתקפות אלו, ובנוגע לנכונות ההשוואה שלהם למתקפות הפרשים המערביות, ברור ממקורות מהתקופה שהייתה זו התפתחות מהפכנית ורבת עוצמה כנגד יריבים שלא עשו בה שימוש. תקצר היריעה מלפרט את הקרבות שהתנהלו באותה תקופה, אך די לומר שתקופה זו עמדה בסימן של מספר רב של שינויים אסטרטגיים וטקטיים ובסימן של המצורים הארוכים והקרבות הגדולים ביותר בהיסטוריה הקדם-מודרנית של העולם.
תקופת אזוצ'י-מומויאמה (1568 עד 1600).
תקופת אזוצ'י-מומויאמה שנודעה בשל חשיבותן העולה והגוברת של ערי המבצר, עמדה בסימן תחילת השימוש בכלי נשק חם, שהחל לאחר שנוצר המגע עם הפורטוגזים. התקדמות נוספת חלה בקיומו של הקרב המקיף על חשבון קיומם של הקרב האישי והתפיסה של כבוד וגבורה אישית.
ב-1543 החל השימוש בארקבוז ביפן על ידי הפורטוגזים שהיו על סיפון הספינה הסינית שהתרסקה על חופי האי טנגשימה שבקצהו הדרומי ביותר של הארכיפלג. אף על פי שלא נראה שהגעתו של הנשק החם השפיעה באופן דרמטי על הלוחמה באיים במשך כמה עשורים, בשנות השישים של המאה ה-16 היו כבר אלפי כלי נשק חם ביפן והחלו להיות לכך השפעות מהפכניות על הטקטיקות, האסטרטגיות, הרכב יחידות הצבא והאדריכלות הצבאית ביפן.
קרב נגשינו, שהתנהל ב-1575, ובו כ-3,000 נושאי ארקבוז בפיקודו של אודה נובונאגה תקפו אלפי סמוראים, נותר אחת הדוגמאות העיקריות להשפעת כלי נשק אלה. הארקבוזים, שהיו כלי נשק בלתי מדויק, ושנדרש זמן רב לטעינתם מחדש, לא היו הגורם הבלעדי לניצחון בקרבות. אודה נובונאגה, טויוטומי הידיושי ומפקדים צבאים אחרים, פיתחו טקטיקות שגרמו לשילובם הטוב ביותר של הארקבוזים בשדה הקרב. בקרב נגשינו, הסתתרו הרובאים של נובנאגה מאחורי מתרסי עץ, שעליהם ננעצו יתדות עץ להדיפת הפרשים כשהם יורים מטחי אש וטוענים את כלי נשקם מחדש לסירוגין.
כמו באירופה, הייתה השפעתו של אבק השרפה השחור מכרעת במספר קרבות. אך אחד מהיתרונות החשובים של כלי הנשק היה שבניגוד לקשתות, שלהפעלתן נדרשו שנים של הכשרה שהייתה זמינה בעיקר רק למעמד הסמוראים, ניתן היה להפעיל את הארקבוזים על ידי חיילי רגלים שזכו להכשרה בסיסית. הסמוראים המשיכו להשתמש בחרבות ובקשתות והתארגנו בטקטיקות חיל רגלים ופרשים, בעוד שהאשיגרו עשו שימוש רב יותר בארקבוזים. כמה פלגים בודהיסטים מיליטנטים החלו לייצר כלי נשק חם בבתי יציקה שבדרך כלל שימשו לייצור פעמוני ארד למקדשים. באופן זה, הסבו אנשי ה"אקו-איקי", קבוצה של נזירים ושל קנאים חילוניים, את הקתדרלה המבוצרת "אישיאמה הונגן ג'י" לאחד המבצרים המוגנים היטב בכל יפן. כך הם הפכו, יחד עם פלגים דתיים נוספים רבים, לכוח צבאי רב עוצמה בפני עצמו ולחמו בקרבות עזים מול כמה מהמצביאים הראשיים ושבטי הסמוראים ביפן.
אף על פי שהסכסוכים הפנימיים המשיכו להתחולל כמו במאה הקודמת, והקרבות היו יותר רחבי היקף ומורכבים יותר מבחינה טקטית, הייתה זו התקופה בה החלו להתאחד "מדינות לוחמות" רבות, בתחילה תחת שלטונו של אודה נובונאגה, לאחר מכן תחת שלטונו של טויוטומי הידיושי ולבסוף בהנהגתו של טוקוגאווה איאיאסו.
בין השנים 1592 – 1598 ארגן טויוטומי הידיושי צבא שמנה 150,000 חיילים שפלש לקוריאה. לאחר השתהות מסוימת, השלימה יפן את כיבוש חצי האי הקוריאני תוך שלושה חודשים. כתוצאה מכך, נשלח הצבא הסיני לקוריאה לבקשתו של מלך קוריאה. בסופו של דבר, התארכו קווי האספקה של הצבא היפני והגנה נמרצת של הצי הקוריאני וההתערבות הסינית הכריעו את הכף והיפנים לא הצליחו להחזיק בחצי האי הקוריאני. לאחר מותו של הידיושי, הורתה מועצת חמשת העוצרים לשארית הכוחות היפנים בקוריאה לסגת ולשוב ליפן.
טוקוגאווה איאיאסו, אחד מהעוצרים הללו, שלט על רוב כוחותיו של המנהיג לשעבר. ב-1600 הוא ניצח בקרב סקיגהארה וייצב את שלטונו. ב-1603 הוענק לו התואר שוגון והוא היה לשליט למעשה של כל הממלכה.
תקופת אדו (1603 עד 1867).