בחזית הדרום פעלו 3 אוגדות להן לא היה כוח מ"צ אורגאני. עשר מחלקות של ש"צ שולבו בתוך 10 חטיבות צה"ל שלחמו באזור. האלוף אריאל שרון, מפקד האוגדה שלחמה בציר המרכזי, דרש מכוחות החיל בגזרתו לפקח על משמעת החיילים והופעתם, כולל אנשי המילואים. הצירים היו משופעים בבורות ענק שנפערו כתוצאה מהפצצות ועל כוחות המ"צ הוטל לסמן את הבורות המסוכנים ולהציג לנהגים דרכים חלופיות. בכל צומת מרכזי הוקמה נקודת מ"צ. תחנות משטרה הוקמו בג'בל ליבני, אל עריש, עזה, אבו רודס, קנטרה, שארם א-שייח' ועוד. תוך עשרה ימים מתום המלחמה, סיימה המ"צ לשלט את מרחבי סיני. מטה הפיקוד של החיל הוקם במרחב שלמה ובו יחידה שתטפל בשבויים. הש"צ במקום העניקו לשבויים טיפול ראשוני ומשם הם הועברו למכלאה הפיקודית. בעזה התעוררה בעיית ביזה חריפה דווקא מצד מקומיים. בנקים נפרצו, ועם עזיבת אנשי האו"ם נבזזו מחסני החירום שלהם והחיל התקשה לפעול עקב אש הצלפים שהסתתרו בבתים. במלחמת ששת הימים הוצבו שוטרים צבאיים בכל צומת מרכזי בישראל וכיוונו את התנועה. חלק מהשוטרים הוסבו ללוחמים כחלק מיחידות לוחמות. חלק אחר הוצב ברצועת עזה כדי לשמור על הסדר לאחר כיבושה. המשטרה הצבאית הייתה אחראית על השבויים המצריים.
חזית המרכז – כבר בפתיחת המלחמה עמלו הש"צ קשות להעביר מהר ככל האפשר כוחות רבים מהשפלה לאזור ירושלים. עם סיום הלחימה בגזרה הירדנית ועם השלמת כיבוש הגדה המערבית כוחות רבים של החיל נכנסו לאזור במאמץ להשליט במקום ממשל צבאי. החיל סייע באיתור ובאיסוף שבויים. נתיב הבריחה המרכזי של הירדנים היה בדרך ירושלים–יריחו-גשר אלנבי. בנסיגתם הם הותירו שלל רב שנאסף על ידי הש"צ. הוקמה יחידת ממשל של המ"צ שפעלה תחת פיקוד מושל ירושלים תא"ל שלמה להט וסייעה בהשלטת הסדר גם בתוך העיר העתיקה. המאחז הראשון של החיל בירושלים המזרחית היה במלון סנט ג'ורג', שם הוקמה תחנת מ"צ. כוח של ש"צ עסק במניעת ביזה, מעצר אזרחים עוינים ובחסימת הקו הירוק מפני אזרחים סקרנים שעשו דרכם לעבר האתרים ההיסטוריים ששוחררו. גם בסיס מצ"ח הוקם בעיר העתיקה.
חזית הצפון – כוחות החיל בצפון עמלו רבות במאמצים להעביר כוחות לוחמים בצירים המעטים מהמרכז ומהדרום צפונה לעבר מורדות רמת הגולן. הפקקים בצומת גולני ומשם לכיוון צפת וראש פינה חייבו מאמץ שליטה מיוחד. בסופו של דבר הגיעו הכוחות אל שטחי ההיערכות. כוחות מ"צ עסקו בשילוט נתיבי העלייה לרמה ובסימון צירים נקיים ממיקוש. גם ברמת הגולן סייע החיל באיסוף ובכליאת שבויים. מאוחר יותר השתלב במאמצים להשליט ממשל צבאי על כפרי הדרוזים שנותרו ברמה. תחנת מ"צ שנפתחה בגדות סייעה והשתלבה במשימות השונות של השלמת הכיבוש וההתארגנות ברמה.
פינוי שבויים וכליאתם – בשלב ההכנות למלחמה היה ברור כי החיל יעסוק בתחום זה בכל הגזרות. מכלאת השבויים הגדולה ביותר בדרום הוקמה סמוך לקיבוץ משמר הנגב. למעלה מ-5,000 שבויים נכלאו במקום בפרקי זמן שונים ומשם הועברו לעתלית, לשם רוכזו רוב השבויים מהגזרות השונות. במהלך המלחמה נשבו 6,748 שבויים.
מלחמת יום הכיפורים.
הקונספציה של מלחמת יום הכיפורים לא פסחה גם על המשטרה הצבאית, שלא הייתה מוכנה למלחמה, אך עם פרוץ המלחמה נערך החיל במהירות והשתלב במערכה. בשעות הראשונות הופנה עיקר המאמץ לסיוע בגיוס כוחות המילואים ובהמשך לפיקוח על ההיסעים ועל ליווי השיירות, כל זאת על מנת לאפשר את תנועת הגייסות לעבר החזית. במהלך הלחימה החיל ביצע גם פעולות למניעת לקיחת שלל וביזה. בסוף המלחמה החיל עסק בעיקר בטיפול בשבויי האויב, במקביל לפעולות חקירה לאיתור נעדרים. לפני המלחמה הוחלט בצה"ל על שינוי תפיסה שבא לידי ביטוי, בין היתר, בהקמת אגדי תחזוקה. כחלק מהמהלך הוחלט שבמקום מחלקת שוטרים צבאיים שהייתה עד אז בכל חטיבה לוחמת, ישולבו פלוגות מ"צ באוגדות. פלוגות אלו שפעלו במלחמה במסגרת האוגדות הביאו לשינוי תדמית החיל כחיל עורפי מקצועי בלבד.
בחזית הדרום – בצומת טסה, כ־35 ק"מ מתעלת סואץ, שררה אנדרלמוסיה רבתי. הכוחות שנעו לעבר ציר "עכביש" העמוס והצפוף יצרו פקקי תנועה. כוחות המ"צ עשו כל שביכולתם בניסיון לשפר את התעבורה על הציר ולכוונה. עם תחילת תכנון הצליחה והגישור על תעלת סואץ, גבר המאמץ של כוח המ"צ באזור אשר נדרש לפנות את הציר ולאפשר להעביר את הדוברות בכל מחיר. גורל המלחמה היה תלוי במידה רבה במבצע זה. פינוי הציר התבצע זמן מה לפני שעלו עליו הדוברות. נהגים שהתבקשו לרדת ממנו לא הבינו את הסיבה להורדתם. כלי רכב שנתקעו על הכביש נדחפו ממנו על ידי טנק. הדוברה נגררה על ידי טנק שלפניה נסע רכב מ"צ. מיד לאחר הקמת הגשרים, קיבלה המשטרה הצבאית את האחריות להכוונת הכוחות. חלק מתפקידו היה להקטין את צפיפות כוחות צה"ל באזור הצליחה, כדי לצמצם את הנפגעים מהארטילריה הכבדה שהומטרה על ידי האויב על האזור. במקביל, הוקמה בטסה מכלאת שבויים.
גם לאחר המלחמה עסקו כוחות החיל בהסדרת התנועה והפיקוח עליה בכל הגדה המערבית של התעלה ואף הקים "אכסניה" ל"תועי חזית" ולחיילים שהתקשו לחבור ליחידותיהם. עם סיום שהיית צה"ל באזור, טיפלו כוחות המ"צ בהסדרת יציאה מסודרת של אלפי כלי הרכב שפעלו באזור דרך הגשרים. בעוצבת הפלדה בפיקודו של האלוף אברהם (ברן) אדן לא שולבו בכוחות השריון כוחות חי"ר והש"צ נאלצו למלא תפקיד זה. הוקם גם בית חולים לשבויים. הוקמה תחנת מ"צ בפאיד ובשדה התעופה המקומי הוצבו ש"צ לשמירה על הסדר ולחיפוש במטלטלי המבקשים לטוס. בעיצומן של השיחות על הפסקת האש הפך הש"צ לחלק מהנוף של הק"מ ה-101 (מקהיר). מכלאת השבויים הפיקודית בחזית הדרום קלטה למעלה מ-8,000 שבויים.
בחזית הצפון – בימים הראשונים למלחמה עסקו כוחות המ"צ בעיקר בסיוע למאמצי הגיוס ובפתיחה ושליטה על הצירים מעומק השטח אל צירי העלייה לרמת הגולן. היה צורך להביא את כוחות המילואים במהירות לחזית והמ"צ סייעה בהגעת כוחות התגבור ליעדם במהירות האפשרית. בהמשך הלחימה דאגו הש"צ להעלאת שיירות אספקה ובמקביל להורדת השבויים הסורים מהחזית לעורף. ש"צ כיוונו וויסתו את התנועה על גשרי הירדן. הוקמו חסימות למניעת פגיעה באזרחים ובחיילים. מחנות שבויים הוקמו בביריה, בכנען ובהמשך גם במחנה יפתח. מעבר לטיפול המסורתי בשבויים, עזרו כוחות המ"צ גם בחקירתם. בוצעה שמירה גם על שבויים פצועים בבתי-חולים. הכוחות עסקו גם במניעת ביזה.
טיפול בשבויים ברמה החילית – המחנה המרכזי לשבויים משתי החזיתות היה בעתלית. צה"ל שבה 8,811 איש. לראשונה הוכנס לשימוש מחשב שאגר מידע רחב אודות השבויים, מה שהתברר כיעיל במיוחד כשניתנה הוראה להכין את השבויים להחלפה.
מלחמת לבנון הראשונה.
למבצע שלום הגליל חמ"ץ נכנס לאחר תקופת הכנות ארוכה. היקף המשימות שהוטלו על החיל חייב, לצד תגבור היחידה הסדירה של חמ"ץ בפיקוד צפון, גיוס מילואים רחב ולתקופות ממושכות. משימות המ"צ בחירום מחייבות גיוס מוקדם ושחרור מאוחר של כוחות המילואים. גם מלחמה זו תרמה להעלאת יוקרתו של החיל בעיני צה"ל. המגע עם אוכלוסייה מקומית לא עוינת, ואף משתפת פעולה, הקל על ביצוע משימות שמירת הסדר הציבורי והכוונות התנועה, אך מנגד נוצרה מציאות בה חיילי צה"ל סוחרים עם האוכלוסייה המקומית, מה שחייב נקיטת אמצעים מצד חמ"ץ. כל אחת מעוצבות צה"ל שהשתתפה במלחמה, כללה יחידת משטרה צבאית. יחידות אלה היו חלק בלתי נפרד מהעוצבות, לא רק בעת לחימה. עם תום הלחימה, סיפק החיל שירותי מ"צ בקנה מידה נרחב בשטחים שנכבשו. במהרה הוקם בכל אתר מרכזי בסיס מ"צ שכלל גם חוליות מצ"ח. במלחמה זו הפעיל החיל לראשונה פיקוח היסעים תוך שימוש במסוקים ממעל ואופנועים על הקרקע, מה שאפשר גישה מהירה ונוחה לכל הצירים, דיווח מיידי במקרה של בעיות ופתרון בעיות שנתהוו. הושקע מאמץ בהבטחת הגעת הכוחות לשטחי הכינוס וההיערכות. בתחום השבויים נפלו בידי צה"ל, בנוסף לשבויים מהצבא הסורי, אלפי מחבלים מארגונים עוינים רבים היריבים זה לזה. מתקן כליאה מגידו התמלא. המדינה גם לא רצתה להחזיק בכל המחבלים בתחומי המדינה והחיל נדרש להקים את כלא אנצאר. האירוע המרכזי ממלחמה זו שנחקק בתולדות החיל הוא אסון צור הראשון, בו איבד החיל 12 מאנשיו.
מלחמת לבנון השנייה.
במהלך מלחמת לבנון השנייה תמך החיל את המערך הלוחם, בעיקר במענה שיטורי ליחידות הלוחמות ולמערך הלוגיסטי בפיקוד צפון. הפעילות התרכזה בעיקר לאורך הצירים במרחב שבין ציר עכו-צומת עמיעד וצפונה עד הגבול (הקו הכחול). החיל פעל רבות בשטחי הכינוס וההתארגנות של הכוחות. פעולות השיטור נועדו לבודד את אזור הלחימה, מפני כניסת גורמים בלתי מורשים. הש"צ ליוו את גורמי התקשורת ובמקרים אחרים מנעו את כניסתם (בהתאם להנחיות). ש"צ אבטחו נקודות בשטח אליהן הועברו נפגעים מתוך לבנון ומשם פונו לבתי חולים בעורף. החיל סייע בשליטה על צירי התנועה לטובת הכוחות הלוחמים. במהלך הלחימה ולאחריה עסק החיל גם בליווי לוויות של חללים. כוחות המ"צ פעלו גם בקרבת מרכזי הציוד והתחמושת וויסתו את התנועה מהם ואליהם. מכאן ליוו הש"צ את השדרות על מטעניהם החורגים. ש"צ סייעו גם בקרבת מחסני החירום ומרכזי הגיוס בצפון, פטרלו בקרבת שטחי האימונים של הכוחות לקראת הכניסה ללבנון ופעלו בקרבת שטחי ההעמסה של כוחות על מסוקים, לקראת כניסה ללבנון. חוקרי מצ"ח מנעו ביזת שלל וגנבת ציוד צבאי (בעיקר בשלב פיזור הכוחות). תוך כדי הלחימה עסקו הש"צ גם בקליטת עצורים מקרב כוחות האויב, בהסעתם למכלאות תוך שמירה עליהם, בהחזקתם ולבסוף גם בשחרורם ובהחזרתם ללבנון. כוחות המ"צ גם ליוו חבלנים של משטרת ישראל ושל חיל ההנדסה הקרבית כשטיפלו בנפלי רקטות בתוך שטח ישראל.
מבצע "שובו בנים".