כתוצאה מכך הותקנו סולקנים (scrubbers) בשלוש היחידות של תחנת הכוח בין 1997 ל-1999, והם צמצמו את פליטת ה-SO2 ביותר מ-90%. התחנה גם התקינה מבערי NOx SOFA ב-2009–2011, וצמצמה את הפליטות של NOx, משפחת גזים המעורבת ביצירת ניטרטים ב-40%. הממצאים גם הראו שפליטות מתחנת הכוח מוהאבי (Mohave Power Station) במערב משפיעות גם הן על הראות בקניון. התחנה נדרשה להתקין סולקני SO2, אבל במקום זאת היא נסגרה ב-2005, ובכך גם נפתרה לחלוטין בעיית פליטות הגזים מהתחנה.
שריפות מתוכננות מתבצעות באביב ובסתיו ביערות הסמוכים לקניון במטרה לצמצם את הפוטנציאל של שריפות יער חמורות בשל הצטברות חומר דליק (עלים וענפים יבשים) והן גורמות לעשן. אף ששריפות מתוכננות משפיעות גם הן על איכות האוויר, התנאים המבוקרים מאפשרים את השימוש בטכניקות ניהול על מנת לצמצם את השפעתן.
ביולוגיה ואקולוגיה.
צמחים.
בפארק הלאומי גרנד קניון גדלים 1,737 מינים ידועים של צמחים וסקולריים, 167 מינים של פטריות, 64 מינים של טחבי עלים ו-195 מינים של חזזיות . מגוון זה נובע בעיקר מהבדלי הגובה של כ-2,400 מטרים שבין נהר הקולורדו לנקודה הגבוהה ביותר בגדה הצפונית. כ-12 מיני צמחים הם אנדמיים (גדלים רק בתחומי הפארק), בעוד שרק 10% מצמחיית הפארק הם אקזוטיים. שישים ושלושה צמחים הגדלים באזור קיבלו מעמד מיוחד על ידי שירות הדגה וחיות הבר של ארצות הברית.
מדבר מוהאבי משפיע על החלקים המערביים של הקניון, צמחיית מדבר סונורה מכסה את הקטעים המזרחיים, ויערות של אורן הזפת ואורן פיניון (כמה מינים המייצרים צנוברים אכילים) צומחים בשתי גדות הקניון.
מעיינות ומים הפורצים באופן טבעי מקירות הקניון מהווים משכן ל-11% מכל מיני הצמחים המצויים בגרנד קניון. הקניון עצמו פועל כחוליה המקשרת בין מזרח למערב בכך שהוא מהווה פרוזדור של בתי גידול לאורך מסלולו. הקניון יכול להיות גם מחסום גנטי לכמה מינים כדוגמת סנאי קאיבאב ("Sciurus aberti kaibabensis").
גם לכיוון המדרון יש תפקיד חשוב במגוון הצומח הגדול בקניון. מדרונות הפונים צפונה מקבלים כשליש מקרינת השמש באזור, ולכן צמחים הגדלים על מדרונות אלו דומים לצמחים בגדלים בגובה רב יותר, או באזורים צפונים יותר. המדרונות הפונים דרומה מקבלים את מלוא קרינת השמש והם מכוסים בצמחייה הטיפוסית למדבר סונורה.
בעלי חיים.
בתחומי הפארק זוהו 1,443 מינים של חסרי חוליות (חרקים, עכבישנים ורכיכות), אם כי בוודאי יש עוד חסרי חוליות שטרם זוהו. בין בעלי החוליות השוכנים בפארק יש 8 מינים של דגים, 10 מינים של דו-חיים, 41 מינים של זוחלים, 447 מינים של עופות ו-91 מינים של יונקים. בתוך מעל ל-90 מיני היונקים החיים לאורך פרוזדור הנהר קולורדו, כלולים 22 מינים של עטלפים, אחד מהריכוזים הגדולים ביותר בארצות הברית של מגוון מיני עטלפים.
אזורי חיים וחבורות.
בתחומי הפארק יש כמה מערכות אקולוגיות עיקריות. את המגוון הביולוגי הגדול ניתן לייחס לנוכחותם של חמישה משבעה אזורי חיים ושלושה מארבעת סוגי המדבריות באמריקה הצפונית. חמשת אזורי החיים הם: סונורה תחתון (Lower Sonoran), סונורה עליון (Upper Sonoran), מעבר (Transition), קנדי (Canadian) והדסוני (Hudsonian), שווי ערך לנסיעה מקנדה למקסיקו. השונות בגובה והשינויים עקב כך באקלים הם גורמים מרכזיים ליצירת מגוון אזורי החיים וקהילות בעלי החיים והצמחים בקניון וסביבו. הפארק הלאומי גרנד קניון מכיל 129 חבורות צמחייה, וההרכב והתפוצה של מיני הצמחים מושפעים מהאקלים, הגאומורפולוגיה והגאולוגיה.
אזור החיים סונורה תחתון.
אזור החיים סונורה תחתון משתרע מנהר הקולורדו ועד גובה 1,100 מטרים מעל פני הים. לאורך נהר הקולורדו והיובלים האיתנים שלו גדלה צמחיית גדות. שיחים כדוגמת "Salix exigua" (מין של ערבה), "Pluchea sericea" (באנגלית arrowweed), בקריס ערבתי ("Baccharis salicifolia"), ינבוט בלוטי ("Prosopis glandulosa") ועצים כדוגמת שיטת גרג ("Acacia greggii") ואשל אקזוטי הם המינים בולטים. גנים תלויים, צמחייה הגדלה באזורים שבהם מים פורצים מקירות הקניון או סביב מעיינות כוללת לעיתים קרובות צמחים נדירים דוגמת כליל קנדי ("Cercis occidentalis") בעל הפרחים הלבנים, מין הסחלב "Epipactis gigantea" (באנגלית stream orchid) ו-"Flaveria mcdougallii", שיח נמוך נדיר מאוד ממשפחת המורכבים שפרחיו צהובים. מינים של דגים בסיכון בנהר כוללים את "Gila cypha" (באנגלית humpback chub) ו-"Xyrauchen texanus" (באנגלית razorback sucker).
שלושת מיני הדו-חיים הנפוצים ביותר בחבורת הגדות הן: אילנית הסלעים ("Hyla arenicolor"), ומיני הקרפדות "Anaxyrus punctatus" (באנגלית red-spotted toad) ו-"Anaxyrus woodhousii woodhousii" (באנגלית Woodhouse’s Rocky Mountain toad). צפרדע האחו ("Lithobates pipiens") הייתה פעם נפוצה מאוד בגרנד קניון, אבל אוכלוסייתה עברה הצטמצמות מהירה, והיא לא נראתה בקניון כבר כמה שנים. 33 מיני סרטנאים מצויים בנהר קולורדו ויובליו בתחומי הפארק הלאומי גרנד קניון, 16 מתוכם נחשבים זואופלנקטון אמיתי.
רק 48 מיני עופות מקננים בקביעות לאורך הנהר, בעוד שמינים אחרים משתמשים בנהר כפרוזדור נדידה או כבית גידול לתקופת החורף. עיטם לבן-ראש הוא אחד המינים המשתמש בפרוזדור של הנהר כבית גידול לחורף.
לוטרה צפון אמריקנית ואונדטרה נדירות מאוד. בונים מכרסמים עצי ערבות, צפצפות ושיחים למזון, ועשויים להשפיע באופן משמעותי על צמחיית הגדות. מכרסמים אחרים, כדוגמת סנאי האנטילופה ("Ammospermophilus") ועכבר הכיס ("Perognathus"), הם אוכלי-כול, שמזונם כולל מינים רבים של סוגי צמחייה. העטלפים בגרנד קניון מקננים בדרך כלל ברמות המדבריות, אבל שוחרים אחר חרקים המצויים בשפע לאורך הנהר ויובליו. בנוסף לעטלפים, זאבי ערבות, דביבוני זנב-טבעת ובואשנים הם הטורפים הנפוצים ביותר בצמחיית הגדות ואורבים לחסרי חוליות, מכרסמים וזוחלים.
דביבונים מצויים, סמורים, שונרים מצויים, שועלים אפורים ופומות מצויים גם כן בסביבה זו, אבל הם הרבה יותר נדירים. אייל פרדי ותת-המין המדברי של כבש גדול-קרניים ("Ovis canadensis nelsoni") הם פרסתנים המבקרים לעיתים קרובות בפרוזדור הנהר. מאז שסולקו כ-500 חמורים שהתפראו מהאזור בתחילת שנות ה-80 של המאה ה-20 גדלה מאוד אוכלוסיית הכבש גדול-הקרניים. איילים פרדיים אינם תושבים קבועים לאורך הנהר, אבל יורדים אליו מגדות הקניון כאשר יש מחסור במזון ובמים.
מיני החרקים הנפוצים לאורך פרוזדור הנהר ויובליו הם: יתושים, שעירי כנף, בריומאים, גדותניים ("Plecoptera"), ישחוריים, אקריות, חיפושיות, פרפרים, עשים ונמלי אש. מינים רבים של עכבישים וכמה מיני של עקרבים, כולל עקרב צהוב אריזוני ועקרב מדברי שעיר ("Hadrurus arizonensis") שוכנים באזור הגדות.
אחד עשר מיני רכיכות החיות במים ו-26 החיות ביבשה זוהו בפארק הלאומי גרנד קניון וסביבו. בין המינים השוכנים במים, שניים הם צדפות ותשעה חלזונות. כל המינים היבשתיים הם מינים של חלזונות.
יש 41 מינים של זוחלים בפארק הלאומי גרנד קניון. עשרה נפוצים לאורך פרוזדור הנהר וכוללים לטאות ונחשים. צפיפות הלטאות נוטה להיות הגדולה ביותר לאורך רצועת האדמה בין גדת הנהר ותחילת חבורת המדבר. שתי הלטאות הגדולות ביותר בקניון הן הלודרמה מרירית וצ'קוואלה. יש בקניון 22 מינים של נחשים, והם אינם תלויים ישירות בגישה למים. בפארק זוהו שישה מינים של עכסנים.
מעל פרוזדור הנהר גדלה חבורת שיחים מדבריים (desert scrub community) המורכבת מצמחייה של מדבריות צפון אמריקה. מינים טיפוסיים למדבר חם כדוגמת לראה משולשת, אמברוסיה שיחית ("Ambrosia dumosa"), "Encelia farinosa" (באנגלית brittlebush שיח ממשפחת המורכבים), שיטת גרג, "Fouquieria splendens" (באנגלית ocotillo), "Parthenium incanum" (באנגלית mariola), ינבוט בלוטי, מלוח מאפיר ("Atriplex canescens"), לענה משוננת ("Artemisia tridentate"), "Coleogyne ramosissima" (באנגלית blackbrush), ו-"Ericameria nauseosa" (באנגלית rubber rabbitbrush) צומחים בחבורה זו. היונקים במסגרת חבורה זו הם בעיקר מכרסמים ועטלפים. שלושה מתוך חמשת המינים של חולדה סוחרת חיים בחבורת השיחים המדבריים.
מלבד שממית מפוספסת מערבית ("Coleonyx variegatus") שתחום תפוצתה הוא רק קרוב למים לאורך נהר הקולורדו, כל הזוחלים המצויים בקרבת הנהר שוכנים גם גבוה יותר אם כי בצפיפות נמוכה יותר. צב ערבות, מין המצוי בסיכון שוכן בחבורת השיחים המדבריים בקצה המערבי של הפארק.
כמה מהחרקים הנפוצים המצוי בגבהים מעל 600 מטרים הם פלכית קרולינית ("Polistes carolina"), דבורת הדבש, ישחוריים, נץ הטרנטולה ("Pepsis"),תריסיתיים, קמפונית שחורה, זנב סנונית ודנאית מלכותית. עכשובאים, מברישניים, עכבישי גינה, אלמנה שחורה אמריקאית ("Latrodectus hesperus") ופרווניתיים חיים בחבורת השיחים המדבריים ובמקומות גבוהים יותר.
אזורי החיים סונורה עליון ומעבר.
אזור החיים סונורה עליון כולל את מרבית הקניון הפנימי והגדה הדרומית מגובה 1,100 ל-2,100 מטרים. הצמחים הדומיננטיים באזור זה הם "Coleogyne" (באנגלית blackbrush), לענה ויערות ערער-אורן. הגבהים בין 1,100 ל-1,200 מטרים הם בחבורת השיחים של מדבר מואהבי (Mojave Desert Scrub community) של סונורה עליון. הצמחים הדומיננטיים בחבורה זו הם מלוח מאפיר ("Atriplex canescens") ולראה משולשת. צמחים חשובים אחרים כוללים את מין האגבה "Agave utahensis", ינבוט, רתניה ("Krameria"), שיטת גרג ומינים שונים של קקטוס.