אין מסקנה חד-משמעית מהעדויות לאחראים לבניית בורובודור, או לייעודו המקורי של המתחם. ההשערה כי בורובודור נוסד בסביבות שנת 800 מתבססת על השוואה בין תבליטים שונים במרגלות המקדש, ועל כתובות שהיו חלק מצ'ארטרים מלכותיים במאה ה-8 ובמאה ה-9. הערכה זו מתאימה לתקופה שבין 760 ל-830, שבה שושלת סיילנדרה הייתה בשיא פריחתה במרכז ג'אווה ונתונה להשפעתה של אימפריית סריוויג'איה. ההערכה היא כי הבנייה נמשכה 75 שנים והושלמה בתקופת שלטונו של סאמארטונגה, בשנת 825.
בתקופה שבה בורובודור נבנה היה בלבול מסוים בין השליטים ההינדואיסטיים והבודהיסטיים בג'אווה. הסיילנדראים היו ידועים כמאמינים אדוקים של הבודהה, אף על פי שכתובות אבן שנמצאו בסוג'ומרטו מלמדות על כך שייתכן כי הם היו הינדים. בתקופה זו נבנו מונומנטים רבים על המישורים וההרים שמסביב למישור קדו. המונומנטים הבודהיסטיים, כולל בורובודור, הוקמו בערך באותה תקופה שבה הושלמה בנייתו של מקדש פראמבאנאן לכבוד שיווה. המלך סאנג'איה, שהאמין בשיווה, הורה בשנת 732 להקים לינגה לכבוד שיווה בגבעת אוקיר הנמצאת במרחק 10 ק"מ מזרחית לבורובודור.
בנייתם של המקדשים הבודהיסטיים באותה תקופה, כולל בורובודור, התאפשרה בזכות ראקאי פאנאגקאראן שירש את סאנג'איה, שנתן רשות למאמינים הבודהיסטיים לבנות מקדשים. למעשה, על מנת להפגין את הכבוד שרכש, פאנאגקאראן העניק את הכפר קאלאסאן לקהילה הבודהיסטית, כפי שנכתב בצ'ארטר קאלאסאן המתוארך לשנת 778. מספר ארכאולוגים שיערו על סמך הצ'ארטר כי מעולם לא היה עימות רציני בנוגע לדת בג'אווה, כיוון שהמלך ההינדי היה יכול לפרוס את חסותו על הקמת מונומנט בודהיסטי, ולהפך. אולם, סביר להניח כי באותה תקופה היו בג'אווה שתי שושלות יריבות - סיילנדרה הבודהיסטית וסאייביט סאנג'איה - כאשר האחרונה גברה על יריבתה בקרב שהתרחש ב-856 במישור ראטו בוקו. בלבול זה קיים גם ביחס למקדש לארה ג'ונגגראנג במתחם פראמבאנאן, שנטען כי הוקם על ידי ראקאי פיקאטאן כתשובה להקמת בורובודור על ידי שושלת סאנג'איה, אך יש הטוענים כי האקלים הפוליטי היה אקלים רגוע של דו-קיום, וסיילנדרה הייתה מעורבת בלארה ג'ונגגראנג.
נטישה.
בורובודור היה חבוי במשך מאות שנים מתחת לשכבות של אפר געשי וג'ונגל הולך וגדל. סיפור נטישתו הוא תעלומה. לא ידוע מתי נפסק השימוש במונומנט כאתר עלייה לרגל בודהיסטי. ההערכה היא כי בין 928 ל-1006 מרכז הכוח עבר למזרח ג'אווה, ובמקביל התרחשו כמה התפרצויות געשיות; התפרצות הר הגעש מראפי בשנת 1006 גרמה לנטישת המקום בשנת 1007 כאשר כשל יבולים רושש את תושבי האזור, ובזה בא הקץ לכוחה של ממלכת מאטאראם של ימי הבינים, אחת משלוש בשם זה שהיו באינדונזיה. לא ברור האם יש קשר סיבתי בין שני הגורמים, אך מספר מקורות מזכירים כי זו הסיבה הסבירה ביותר לנטישה. סוקמונו (1976) מזכיר את הדעה הפופולרית כי המקדשים ננטשו כאשר האוכלוסייה המירה את דתה לאסלאם במאה ה-15. עד המאה ה-15 פקדו את האתר קומץ מאמינים.
אולם, המונומנט לא נשכח לחלוטין, אם כי אופי סיפורי העם הקשורים אליו השתנה מתהילה לאמונות טפלות הקשורות למזל רע ואומללות. בשתי כרוניקות (באבאד) ג'וואיות מהמאה ה-8 מוזכרים מקרים של מזל רע הקשור למונומנט. בבאבאד תאנאה ג'אווי (ההיסטוריה של ג'אווה) המונומנט היה גורם חשוב במרד שפרצה כנגד מלך מאטאראם ב-1709. הגבעה הייתה נתונה במצור והמורדים הובסו ונדונו לעונש מוות על ידי המלך. בבאבאד מאטאראם (ההיסטוריה של ממלכה מאטאראם) המונומנט קשור לחוסר המזל שפקד את נסיך הכתר של סולטנות יוגיאקארטה ב-1757. למרות הטאבו שלפיו היה אסור לבקר במונומנט "הוא לקח את מה שכתוב כאביר שנלכד בכלוב" (פסל באחת הסטופות המחוררות). יום אחד לאחר חזרתו לארמון הוא חלה במחלה מסתורית ונפטר.
גילוי מחדש.
לאחר מלחמת ג'אווה בין אנגליה להולנד האי היה בשלטון אנגלי בין 1811 ל-1816. המושל הממונה היה תומאס סטמפורד ראפלס, שאחד מתחומי ההתעניינות שלו היה ההיסטוריה של ג'אווה. בזמן שסייר באי הוא אסף עתיקות ג'וואיות והכין רשימות באמצעות קשריו עם התושבים המקומיים. בסיור פיקוח שנערך בסמאראנג ב-1814 הוא קיבל מידע על מונומנט גדול הנמצא במעמקי הג'ונגל שליד הכפר בומיסגורו. הוא לא היה יכול לחפש את המונומנט בעצמו, ובמקום זאת שלח את ה. סי קורנליוס, מהנדס הולנדי.
בתוך חודשיים, קורנליוס ו-200 האנשים שליוו אותו כרתו עצים, שרפו צמחייה וחפרו בקרקע על מנת לגלות את המונומנט. בגלל סכנת ההתמוטטות הם לא יכלו לחשוף חלק מהגלריות. קורנליוס דיווח על ממצאיו לראפלס, כולל על מגוון ציורים. על אף שהגילוי מוזכר במספר משפטים בודדים, שיקום המונומנט נזקף לזכות ראפלס כיוון שהוא זה שהביא אותו לידיעת העולם.
הרטמן, מנהלן הולנדי באזור קדו, המשיך את עבודתו של קורנליוס וב-1835 נחשף לבסוף כל המבנה. העניין של הרטמן בבורובודור היה יותר אישי מאשר רשמי. הוא לא כתב דו"חות על פעילותו, ובמיוחד על הטענה כי הוא זה שגילה את הפסל הגדול של בודהה בסטופה הראשית. מכיוון שהסטופה הראשית נותרה ריקה, לא ידוע מה גילה הרטמן בחקירותיו בכיפה הראשית ב-1842.
ממשלת איי הודו המזרחיים ההולנדיים (שמה של המושבה ההולנדית שהפכה אחר כך לאינדונזיה) מינתה את פ. סי וילסן, מהנדס הולנדי, לחקור את המונומנט ולשרטט איורים של מאות התבליטים. ג. פ. ג. ברומונד מונה גם כן לחקור את המונומנט בצורה מעמיקה, והוא השלים את עבודתו ב-1859. הממשלה התכוונה לפרסם מאמר המבוסס על עבודתו של ברומונד והאיורים של וילסן, אך ברומונד סירב לשתף פעולה. הממשלה מינתה מומחה אחר, סי. לימאנס, שחיבר מונוגרפיה המבוססת על מקורותיהם של ברומונד ווילסן. המונוגרפיה הראשונה של מחקר מפורט על בורובודור פורסמה ב-1873, ושנה אחת לאחר מכן היא תורגמה לצרפתית. התמונה הראשונה של המונומנט צולמה ב-1873 על ידי איזידור ואן קינסברגן, אמן חריטה הולנדי-פלמי.
חשיבותו של האתר התגברה באיטיות, ובמשך תקופה ארוכה הוא היה מקור למזכרות והכנסה עבור "ציידי מזכרות" וגנבים. המפקח הראשי לחפצים תרבותיים המליץ ב-1882 לפרק את בורובודור ולהעביר את תכולתו למוזיאונים מכיוון שהמונומנט לא היה יציב. בעקבות ההמלצה הזו הממשלה מינתה את הארכאולוג גרונוולדט לבצע חקירה מקיפה באתר, ולהעריך את המצב האמיתי של המתחם; גרונדוולט דיווח כי לדעתו החששות אינם מוצדקים והמליץ לא לפרק את בורובודור.
מאורעות מאוחרים.
ב-1973 מימן ארגון אונסק"ו מבצע שיקום נרחב של האתר, ולאחר מכן הוא חזר לשמש כאתר עלייה לרגל. אחת לשנה, כאשר הירח מלא במאי או ביוני, מציינים הבודהיסטים באינדונזיה את יום ואסק המנציח את הלידה, מוות, והזמן שבו גאוטמה הבודהה השיג את עיקר חוכמתו והפך לבודהה שקיאמוני. ואסק הוא חג לאומי רשמי באינדונזיה, והטקסים החשובים ביותר נערכים במנדוט, פאוון ובורובודור.
בורובודור הוא אחת מהאטרקציות התיירותיות הפופולריות ביותר באינדונזיה. ב-1974 ביקרו בו 260,000 תיירים, ומתוכם 36,000 היו זרים. בשנות ה-90 עלה והתייצב המספר על 2.5 מיליון מבקרים בשנה (80% מתוכם מקומיים), לפני המשבר הכלכלי שפקד את אינדונזיה. אולם, נמתחה ביקורת על תעשיית התיירות המתפתחת כיוון שהיא לא כללה את הקהילה המקומית. תושבים ואנשי עסקים מקומיים ארגנו פעולות מחאה ב-2003, והביעו התנגדות לתוכניתה של הממשלה הפרובינציאלית לבנות קניון תלת-קומתי בשם "Java World" (עולם ג'אווה).
ב-21 בינואר 1985 נפגעו תשע סטופות על ידי תשע פצצות. ב-1991 נגזר דינו של מוסלמי קיצוני עיוור בשם חוסיין עלי אל האבסיי למאסר עולם, לאחר שהורשע באחריות לסדרת פיצוצים שהתרחשה בשנות ה-80, כולל בבורובודור. שני חברים נוספים במחתרת הימנית הקיצונית שהיו בפיצוצים נדונו לעשרים שנות מאסר ב-1986, וחבר נוסף נדון ל-13 שנות מאסר. ב-27 במאי 2006 נפגע החוף הדרומי של מרכז ג'אווה מרעידת אדמה בעוצמה של 6.2 בסולם ריכטר. הרעידה גרמה לנזקים קשים ולהרוגים רבים ביוגיאקארטה, אך בורובודור עצמו לא נפגע.
אדריכלות.
בורובודור נבנה כסטופה יחידה גדולה, וכאשר צופים בו מלמעלה הוא נראה כמו מנדלה בודהיסטית וג'ריאנית, המייצגת במקביל את הקוסמולוגיה הבודהיסטית ואת טבעה של המחשבה. החלק המרכזי של המקדש הוא ריבועי, אורך כל אחת מצלעותיו הוא כ-118 מטרים, והוא בנוי על גבי בסיס ריבועי שאורך צלעו הוא 123 מטרים. במקדש ישנן תשע קומות (נקראות גם פלטפורמות). שש הקומות התחתונות הן בצורת ריבוע ושלוש העליונות עגולות. בקומה העליונה נמצאים 72 סטופות קטנות המקיפות סטופה גדולה הנמצאת במרכז. כל סטופה היא בצורת פעמון ויש בה מספר חללים למטרות קישוט, שבתוכם מוצבים פסלים של בודהה.
לצורך בניית המקדש נכרו מהנהרות הסמוכים כ-55,000 מטרים מעוקבים של אבן. האבנים נחצבו לפי הגודל הרצוי, הועברו לאתר והונחו בו בשיטת הבנייה היבשה. (ללא טיח או מלט) על מנת לחבר את האבנים השתמשו בידיות מסוקסות, חריצים ומחברים. התבליטים נוצרו במקום לאחר השלמת בניית המקדש. המונומנט כולל בתוכו מערכת לניקוז מי הגשמים. על מנת להימנע מהצפה נבנו בכל פינה של 100 הצינורות גרגוילים בצורת ענקים או מאקארה (יצור מהמיתולוגיה ההינדית).