ב־22 בינואר החלו כוחות הממשלה בקמפלה לעזוב את עמדותיהם בהמוניהם, כאשר המורדים השתלטו על הקרקע מדרום ומדרום-מערב.
מוסווני הושבע לנשיאות ב-29 בינואר. "זה לא רק שינוי של המשמר, זה שינוי יסודי", אמר מוסווני, לאחר טקס שנערך על ידי נשיא בית המשפט העליון פיטר אלן הבריטי. בהתייחסו להמון אלפים מחוץ לפרלמנט האוגנדי, הבטיח הנשיא החדש לחזור לדמוקרטיה: "העם של אפריקה, אזרחי אוגנדה, זכאי לממשלה דמוקרטית, אין זאת טובה מאף משטר, העם הריבוני חייב להיות הציבור, לא הממשלה".
התחדשות פוליטית וכלכלית.
אוגנדה החלה להשתתף בתוכנית ההבראה הכלכלית של קרן המטבע בשנת 1987. מטרותיה כללו החזרת תמריצים על מנת לעודד צמיחה, השקעות, תעסוקה ויצוא, הסרת אילוצים ביורוקרטיים ומשיכת השקעות ממפעלים ציבוריים חלשים, במטרה לקדם צמיחה כלכלית מתמשכת ופיתוח באמצעות המגזר הפרטי.
יחד עם הצמיחה הכלכלית, אוגנדה, תחת שלטונו של מוסווני, נודעה כנוקטת צעדים פוליטיים מבטיחים. חוקת 1995 הבטיחה אינדיבידואליות, הפרדת רשויות ותנועות מרכזיות אחרות של דמוקרטיה יעילה.
ביטחון פנים וזכויות אדם.
התנועה להתנגדות לאומית עלתה לשלטון והבטיחה להחזיר את הביטחון ואת הכבוד לזכויות האדם. ואכן, היה זה חלק מתוכנית עשר הנקודות ("Ten-point Programme") של תנועת ההתנגדות הלאומית, כפי שציין מוסווני בנאומו: "הנקודה השנייה בתוכנית שלנו היא שמירת זכותו של האדם לביטחון ורכוש. כל אדם באוגנדה חייב להיות בעל ביטחון מוחלט לחיות בכל מקום שירצה. יש לרסק ללא רחמים כל אדם וכל קבוצה המאיימת על ביטחון בני עמנו. העם של אוגנדה צריך למות רק מסיבות טבעיות שאינן בשליטתנו, אבל לא מבני אדם אחרים הממשיכים ללכת לאורכה ולרוחבה של ארצנו".
אף כי מוסווני עמד בראש ממשלה חדשה בקמפלה, התנועה להתנגדות לאומית לא יכלה להאציל את השפעתה באופן מלא על פני השטח האוגנדי, ומצאה את עצמה נלחמת במספר התקוממויות. מראשית נשיאותו של מוסווני הוא קיבל תמיכה חזקה מחבלי הדרום והדרום-מערב, שם היה בסיסו של מוסווני. בנוסף, הוא הצליח להשיג את תמיכתם של הקארמוג'ונג, קבוצה של נוודים למחצה בחלק הצפון-מזרחי והדל של המדינה ללא קול פוליטי משמעותי, כדי להתייצב לצדו ולהציע להם מקום בממשלה החדשה. אך האזור הצפוני לאורך הגבול הסודאני היה בעייתי יותר. חבל מערב הנילוס, שבו התגוררו קבוצות הקאקווה והלוגברה (שתמכו בעבר באמין), נלחמו במסגרת חזית ההתנגדות הלאומית של אוגנדה ומורדי צבא אוגנדה לשעבר במשך שנים רבות, עד ששילובן של התקפות צבאיות ודיפלומטיות פייסו את האזור. מנהיג חזית ההתנגדות הלאומית, מוזס עלי, ויתר על מאבקו כדי להתמנות לתפקיד הסגן השני של ראש הממשלה. אנשים מן החלקים הצפוניים של המדינה ראו בעלייתה של ממשלה בראשות אדם מהדרום בחשש רב. קבוצות מורדים צמחו מתוך קבוצות הלנגו, אצ'ולי וטסו, אף על פי שהוכנעו על ידי כוחה של התנועה להתנגדות לאומית למעט בצפון הרחוק, שם הגבול הסודאני היה מקום מקלט בטוח. המורדים האצ'ולים של הצבא הדמוקרטי של אזרחי אוגנדה לא הצליחו לעקור את הכיבוש מצד התנועה להתנגדות לאומית של אדמת האצ'ולי, מה שהוביל לאמונה חסרת אחיזה של . תבוסתם של הצבא הדמוקרטי של אזרחי אוגנדה ותנועת רוח הקודש הותירה את הנהגת המרד לקבוצה שנודעה בסופו של דבר כצבא ההתנגדות של האל, אשר עתיד להסתער על העם האצ'ולי עצמו.
התנועה להתנגדות לאומית זכתה לאחר מכן במוניטין על כיבוד זכויותיהם של האזרחים, אף על פי שמוסווני קיבל אחר כך ביקורת על שימוש בילדים כחיילים. אלמנטים לא ממושמעים בתוך התנועה להתנגדות לאומית הכתימו את השם למען הגינות שהושג בעבודה קשה. "כשאנשי מוסווני הגיעו לראשונה הם פעלו טוב מאוד - קיבלנו אותם", אמר אחד הכפריים, "אבל אז הם התחילו לעצור אנשים ולהרוג אותם".
במרץ 1989 פרסם הארגון אמנסטי אינטרנשיונל דו"ח זכויות אדם על אוגנדה, תחת הכותרת "אוגנדה, רישום זכויות האדם 1986-1989". היא תיעדה הפרות חמורות של זכויות אדם שבוצעו על ידי כוחות התנועה להתנגדות לאומית. באחד מהשלבים העזים ביותר של המלחמה, בין אוקטובר לדצמבר 1988, פינו בכוח כוחות התנועה להתנגדות לאומית כ-100 אלף איש מבתיהם בעיר ג'ולו ובסביבתה. תוך כדי העברת אנשים, חיילים ביצעו מאות הוצאות להורג ללא משפט, וכן שריפת בתים ואסמים. עם זאת, בסיכומו של דבר הציע הדו"ח גם תקווה:
כל הערכה של ביצועי זכויות האדם של התנועה להתנגדות לאומית עשויה להיות חיובית פחות לאחר ארבע שנים בשלטון מאשר בחודשים הראשונים. עם זאת, אין זה נכון לומר, כמו מבקרים ומשקיפים מסוימים מבחוץ, כי יש גלישה מתמשכת וחזרה להתעללות בזכויות האדם ברוטו, ושבמובן מסוים גורלה של אוגנדה הוא לסבול מידי ממשלה רעה.
כהונה ראשונה 1996–2001.
בחירות.
בממשלתו של מוסווני התקיימו הבחירות הראשונות ב-9 במאי 1996. מוסווני ניצח את יריבו פול סמוגרר (Paul Ssemogerere) מהמפלגה הדמוקרטית שהתחרתה בבחירות למועמדות ל-״קואליציה של כוחות בין-מפלגתיים״. קיבירג מיאנה (Kibirige Mayanja) היה המועמד הזוכה, מוסווני זכה ב-75.5% מן הקולות מוך ה-72.6% מהמצביעים. אף על פי שהבחירות שודרו באופן מקומי ובינלאומי, המועמדים המפסידים דחו את התוצאות, ולכן מוסווני הושבע כנשיא בפעם השנייה ב-12 במאי 1996.
בשנת 1997 מוסווני הביא לראשונה חינוך ראשוני חינם.
הבחירות נערכו בפעם השנייה בשנת 2001, הנשיא מוסווני קיבל 69% מהקולות הצבעה כדי להביס את יריבו קיזה בסיגיה. בסיגיה היה ממקורביו של הנשיא והיה לרופאו בזמן מלחמת בוש. עם זאת, הנזק הגיע זמן קצר לפני הבחירות ב-2001, כאשר בסיגיה החליט להתמודד לנשיאות. מסע הבחירות בשנה זו לווה במתח רב עם הנשיא מוסווני, שאיים לשים את יריבו ״ששה מטרים מתחת״.
הבחירות הגיעו לשיאן בעתירה שבסיגיה הגיש בבית המשפט העליון באוגנדה. בית המשפט העליון קבע שהבחירות לא היו הוגנות וחופשיות, אך הם סירבו לבטל את התוצאות בהחלטה של רוב של 2-3. אף על פי שהיו מקרים רבים של רשלנות בבחירות, קבע בית המשפט העליון שאלו לא השפיעו על התוצאות באופן משמעותי. נשיא בית המשפט העליון בנימין אודוקי וסל השופטים אלפרד קרדורה וג׳וזף מולנגה צידדו בנתבעים, ואילו השופטים ארתור חגי אודר וג׳ון טסוקו צידדו בבסיגיה.
הכרה בינלאומית.
מוסווני נבחר ליו״ר ארגון האיחוד האפריקאי (OAU) בשנים 1991–1992.
אולי ההישג הבולט ביותר של מוסווני היה מסע הבחירות המוצלח של ממשלתו נגד האיידס (HIV). במהלך שנות ה-80, אוגנדה הייתה אחת מהאחוזים הגבוהים ביותר של מחלת האיידס בעולם, אך כעת אחוזי המחלה באוגנדה נמוכים יחסית, והמדינה עומדת להיות סיפור הצלחה נדיר במאבק העולמי נגד הנגיף. אחד מהקמפיינים בראשות מוסווני היה תוכנית ABC להילחם נגד איידס. לתוכנית ABC היו שלושה חלקים עיקריים: "Abstain, Be faithful, or use Condoms if A and B are not practiced", (בתרגום חופשי: להתנזר, להישאר נאמנים או להשתמש בקונדומים אם שני האחרונים לא מתקיימים). באפריל 1998, אוגנדה הפכה למדינה הראשונה שהוכרזה כשירה להקלה על חובותיה במסגרת המדינות העניות החבויות (HIPC) שקיבלה סיוע בשווי 700 מיליון דולר.
מוסווני זוכה לשבחים על התוכנית המועדפת שלו כלפי נשים במדינתו. הוא שימש כסגן נשיא ספטיוזה קזיבווה במשך כמעט עשור, ועשה הרבה כדי לעודד נשים ללכת וללמוד במכללות. מאידך גיסא, מוסווני התנגד לקריאות שדחפו לקדם את זכויותיהן של נשים לקרקעות (כמו זכותן להחזיק בחלק מבתיהן).
ב״ניו יורק טיימס״ ב-1997 נאמר של מוסווני:
אלה ימים משעממים עבור גרילה לשעבר שמנהלת את אוגנדה. הוא נע בהליכה מדודה ובמחוות משרות ביטחון של מנהיג המאמין בכוחו ובחזון שלו. אין פלא. כפי שדיפלומטים והמומחים האפריקנים אומרים, הנשיא יורי מוסווני התחיל תנועה אידאולוגית אשר מעצבת מחדש את מרבית אפריקה, ומסמנת את סוף האיש המושחת והחזק שאפיין את עידן המלחמה הקרה. בימים אלה, מלומדים פוליטיים ברחבי היבשת קוראים למר מוסווני ״ביסמרק אפריקאי״ (African Bismarck). כמה אנשים מתייחסים אליו עכשיו כאל ״מדינאי אחר״ של אפריקה, השני רק לנשיא דרום אפריקה הנערץ נלסון מנדלה. במסמכי התדרוך הרשמיים של מדליין אולברייט (Madeleine Albright) מדצמבר 1997 כמזכירת המדינה, מוסווני נקרא ״מגדלור של התקווה״ שמנהל ״דמוקרטיה חד-מפלגתית״, אף על פי שאוגנדה אינה מתירה פוליטיקה רב-מפלגתית. מוסווני היה בעל ברית חשוב של ארצות הברית במלחמה בטרור.
ב-9 בנובמבר 2016, מוסווני שלח הודעת ברכה לנשיא ארה״ב הנבחר דונלד טראמפ, טראמפ הוא הנשיא השישי של ארה״ב שמוסווני בירך בעודו במשרד.
סכסוך אזורי.
בעקבות רצח העם ברואנדה ב-1994, חשה ממשלת רואנדה החדשה מאוימת מהנוכחות מעבר לגבול הרואנדי של זאיר מצד חיילים רואנדים לשעבר וחברי המשטר הקודם. חיילים אלו זכו לסיוע מצד משטרו של מובוטו ססה סקו והובילו את רואנדה (בסיועו של מוסווני) והמורדים של לורן קבילה במלחמת קונגו הראשונה להדחתו של סקו ולביסוס מעמד של כוח ברפובליקה הדמוקרטית של קונגו, כפי שנקראה לאחר הניצחון.