בשנת תש"כ מנתה הישיבה 250 בחורים והבניין בשכונת גאולה היה קטן מדי. הרב סרנא העדיף שהישיבה תהיה בשכונה מרוחקת ממרכז העיר. לצורך כך תוכננה הקמת קרייה לישיבה, שתכיל בית מדרש, פנימיות ודירות לצוות. בנו של הרב משה חברוני, יצחק, מונה לאחראי על הקמת הקריה. הרב חברוני והרב כהן סייעו בגיוס כספים. בשנת תשכ"ב הונחה אבן הפינה בשכונת גבעת מרדכי. לאחר כיבוש חברון במלחמת ששת הימים, הרב גורן שכנע את הרב סרנא להקים את הישיבה מחדש בחברון, אבל הדבר לא יצא לפועל.
בגמר הבנייה בתשל"ו (1976) אוכלס בית המדרש והחלו הלימודים במקום. בתחילה נבנה בית מדרש המתאים לכ-500 בחורים. עם השנים עלה מספר התלמידים ונבנה בית מדרש חדש שיכול להכיל עד 1,400 מקומות ישיבה.
במהלך שנותיה של הישיבה בגבעת מרדכי עברה הישיבה מספר שינויים בולטים:
עד לאמצע שנות ה-80 השיעורים בישיבה היו נמסרים ביידיש, אם כי חלק מהר"מים (כמו הרב אברהם פרבשטין) היו עוברים במהלך השיעור לעברית.
לאחר פטירת הרב אברהם פרבשטין בשנת תשנ"ז מונו לראשי ישיבה הרבנים הרב דוד כהן, שלמה כץ ומשה מרדכי פרבשטין. בחורף תשנ"ח מונה הרב יוסף חברוני, בנו של יצחק חברוני כר"מ בישיבה, ובג' בתשרי ה'תש"ס הוכתר כראש ישיבה כממלא מקומו של סבו הרב משה חברוני. באותה העת מונה הרב יצחק לנדא (נפטר תשע"ד, 2014) כר"מ, בשנת תשס"ח מונה לר"מ הרב אברהם לויסון שלפני כן שימש כר"מ בישיבת אור ישראל, ובשנת תשע"ג מונה גם הרב איתן יפה'ן (בנו של הרב אהרן). ראש הקיבוץ היה הרב נחמן טוקר, חתנו של הרב משה חברוני. המשגיח הרוחני בישיבה כיום הוא הרב חיים יצחק קפלן ולצידו הרב חיים וייסבלום.
בשנת תשס"ט הוקם "ועד הבוגרים", במטרה לשמר על הקשר בין הישיבה לבוגריה. הוועד ערך כנס בוגרים בבנייני האומה. לכבוד הכנס יצא הספר "עד שבחברון", ובו תולדות הישיבה ורבניה.
ישיבת חברון נחשבת לאחת משתי הישיבות הליטאיות היוקרתיות והחשובות ביותר בישראל, לצד ישיבת פוניבז'. בעשור השני של המאה ה-21 יש המחשיבים אותה כחשובה ביותר, גם בשל המחלוקת הפנימית אצל מתחרתה.
ישיבה קטנה.
משנות ה-30 עד תחילת שנות ה־80 פעלה ישיבת תפארת צבי, שהוקמה כישיבה קטנה לישיבה. בהמשך נפתח לצידה תלמוד תורה יבנה, שיועד לחרדים שלא השתייכו ליישוב הישן.
בשנת תשס"ז נפתחה בירושלים ישיבת חברון לצעירים בראשות הרב משה קלור (חתנו של יצחק חברוני).
מאפייני הישיבה.
ישיבת חברון היא ישיבה חרדית ליטאית בסגנון המקובל. ישיבות אלו שמות את הדגש העיקרי שלהם בלימוד התורה בעיון. לישיבה כמה דגשים מיוחדים:
גדלות האדם.
גדלות האדם היא תמצית את משנתו של הסבא מסלובודקה, הבאה לידי ביטוי בשימת דגש עיקרי על עבודת ה', מתוך הכרת רוממות האדם שהוא צלם אלוהים, והקפדה על ההנהגות המתחייבות מכך, בין היתר שיטה זו כוללת גם הנהגות חיצוניות שנועדו לתת לאדם הרגשה כי הוא נזר הבריאה, כגון שימת דגש על מראה נאות ומסודר, והדגשת יכולותיו וכישוריו של האדם, שיטה זו עומדת בניגוד לשיטת הרב יוסף יוזל הורוביץ – הסבא מנובהרדוק, ראשה של ישיבת נובהרדוק – הסוברת כי עבודת ה' צריכה להיעשות מתוך הכנעה וענווה, והאדם צריך לחוש מושפל אל מול בוראו.
תפיסת עולם זו באה לידי ביטוי גם בהופעתם החיצונית של בני הישיבה, כמו גילוח הזקן ותלבושת מוקפדת ומכובדת. הופעה זו הבליטה את השוני, מהנוף האנושי החרדי, בירושלים, ועמדה בניגוד למקובל אז בקרב אנשי היישוב הישן בארץ ישראל. הנהגות אלו אף גרמו בתחילה לחשש בקרב אנשי היישוב הישן, והם הקפידו לשמור מרחק מהצעירים במראה החדש, אמנם חששות אלו התבדו לאחר שהכירו את תלמידי הישיבה ועמדו על טיבם, ובהמשך היו אף מבין אנשי היישוב הישן ששלחו את בניהם ללמוד בישיבה.
עצמאות בהנהגות.
כחלק משיטה זו של גדלות האדם, דגל הסבא בעמדה, שלכל אדם יש את הכישורים הנדרשים להחליט לבדו במה הוא יכול להתקדם וכיצד, וכשהגיע הסבא לארץ ישראל החליט לבטל את המשמעת הנהוגה בישיבה, כתוצאה מכך בפרט ומשיטתו בעניין זה עוד קודם העלייה לארץ בכלל, נוצרה בישיבה תבנית מיוחדת המאפשרת התפתחות אישית של התלמיד באופן אינדיבידואלי, ולא כחיקוי לראשי הישיבה ומשגיחיה, דבר שלא היה מקובל בשאר הישיבות באותה תקופה. כחלק מהשיטה, הישיבה דגלה בעצמאות הבחורים, ובנתינת מעורבות אקטיבית לבחורים המבוגרים בהנהגת הישיבה. בסוף העשור הראשון של המאה ה-21 ולאורך העשור השני של המאה ה-21, חל פיחות במעמד הבחורים בישיבה ובשליטתם בה, דבר שגרם מדי פעם לחיכוכים ולמריבות בין הנהלת הישיבה לבחורים. בתמוז תשע"ח הוחרף המאבק ומאות בחורים עזבו את בית המדרש למשך כמה ימים כמחאה על סילוק תלמיד. הרב חיים קניבסקי כתב מכתב נגד המהלך וראשי הישיבה החליטו להתנות את המשך לימודיהם של בני ועד א' במעבר מבחן קבלה מחדש. על רקע התפרצות נגיף הקורונה בישראל, נכנסה הישיבה בקיץ תש"פ למתווה כמוסות ("קפסולות"), ובמשך הקיץ החליטה הנהלת הישיבה לפנות את כלל הבחורים מהישיבה ולאפשר את חזרתם של בחורים עד לוועד שישי (גיל 22 בערך). בהמשך נפתח סניף בחדרה לבחורים מבוגרים.
הבדלים בשיטת הלימוד.
בישיבת חברון שיטת הלימוד הנהוגה, היא שיטת הלימוד הליטאית הקלאסית מיסודו של הרב חיים סולובייצ'יק מבריסק שהייתה מקובלת גם בהרבה ישיבות אחרות, אך עם זאת ישנם מספר מאפיינים לישיבה הנגזרים משיטתו של הסבא:
מנהגים וניגונים.
בישיבה מנהגים המבוססים בעיקר על מנהגי הגר"א ומנהגי ישיבת סלובודקה. בין המנהגים הבולטים: בעלייה לתורה אין קוראים לבחור בצירוף שם אביו (בהוראת הסבא מסלבודקה). לקראת שנת תשע"ה הוציא "ועד הבוגרים" מהדורה של לוח עתים לבינה ובו מנהגי הישיבה וימי האזכרה של רבניה.
הסבא מסלבודקה עודד את השירה והניגונים עוד בהיות הישיבה בליטא. מסורת זו נמשכת אף בחברון. בשבתות ובחתונות נהגו תלמידים בעלי כישרון מוזיקלי לשיר סולו ולאחריהם שאר בני הישיבה. המוזיקה הורכבה ממסורות משפחתיות שהביאו עמם בני הישיבה, כמו גם שירים שנקלטו מהסביבה או הולחנו במקום. בשמחת בית השואבה נהגו לשיר בסוכה ולאחר מכן לרקוד בבית המדרש. אחד השירים היה "חינדאלע", שיר שמקורו מערביי חברון.
נוסח תפילת ימים נוראים של חברון הוא נוסח מרכזי בציבור הליטאי, ונוהג בישיבות ובתי כנסת שהוקמו על ידי יוצאי חברון. והתפשט אף לכלל הציבור. מסורת הנוסח היא מהרב שלום שבדרון שהתפלל לפני העמוד בתפילת מוסף של ראש השנה. בשנותיו הראשונות הוא נצמד לנוסח הוותיק של הרב שלמה צימבליסט (ראש ישיבת תפארת צבי), הרב צבי קופשיץ, הרב אליהו פרוש והרב חיים מנחם מנדלסון, נוסח מונוטוני שמקורו מישיבת טלז. עם השנים החל הרב שבדרון לפתח את נוסח התפילה, עם ניגונים וסלסולים משלו. ושילוב קטעי נגינה לחלקים מהתפילה. את שיריו שאב ממקורות שונים, חלקם מהמסורת המשפחתית החסידית, חלקם משכניו כמו ר' הלל ליכטנשטיין (כגון 'ארשת שפתינו', ניגון חסידי שהותאם לתפילה הליטאית), ר' אליהו פרוש החזן בשערי חסד שנוסחאותיו וניגוניו התבססו בחלקם על הרב זלמן סנדר כהנא שפירא (כמו 'ובשופר גדול יתקע' ו'מה נאמר לפניך'), וחלקם מהחזן ר' הירשל גולדשטיין ('כי הנה כחומר', 'ויאתיו') ועוד. כיום החזן בישיבה בימים נוראים הוא הרב ירחמיאל טוקר, והרב שלמה פלאי.
אוצר הספרים.
ספריית הישיבה מכילה מעל ל-18,000 ספרים, בהם כאלה שהובאו מסלבודקה ומחברון וכתבי יד נדירים. בספרייה 5 מחשבים שעליהם מותקנת תוכנת אוצר החכמה. הספרים מקוטלגים באופן אלקטרוני. אוצר הספרים מתנהל כגוף עצמאי למחצה. חלק ממימונו מסופק על ידי הנהלת הישיבה.
בעבר שימש האוצר כספריית השאלה עבור הציבור הרחב. הדבר גרם לאבדן ספרים מרובים, ובעקבות כך ננעל חלק גדול מהאוצר ונפתח רק בנוכחות ספרן שרשם כל השאלה, שהייתה מוגבלת לשבוע בלבד. בשנת תשס"ה עבר אוצר הספרים שיפוץ מקיף, במהלכו נקנו ספרים רבים. מאז משמשת הספרייה לעיון במקום בלבד. עד לשנת תשס"ט היו רוב הספרים מצויים ליד בית המדרש, וחלק מועט מהם שכן בקומה למטה וכונה "האוצר הקטן". בשנת תשס"ט, לצורך הרחבת פנימיות הישיבה, קנתה הנהלת הישיבה את שטחו של האוצר הקטן מהנהלת אוצר הספרים, והספרים שבו עברו אל ספריית האוצר המרכזית שמאחורי בית המדרש.
מתחת לקומת בית המדרש ישנו מחסן גדול המשמש לאחסון ספרי האוצר. בפנים נמצא חדש 'בית עקד הספרים' בו מצויים ספרים היסטוריים וישנים. כמו ירושלמי המזויף על קדשים וכמו שו"ת מהרש"ם עם חתימתו של המהרש"ם, ועוד רבים וטובים. ועד אוצר הספרים נאלץ לסגור אותם לשימוש הציבור הרחב. הן מחשש לשלום הספרים והן מחשש להיעלמות של ספרים כפי שהיה בעבר.
בשנת תשפ"ב נוספו ספריות באוצר הספרים, ולשם כך סודר האוצר ספרים מחדש.
בניין
פאטריה
פַּאטְרִיָּה (בלטינית: Patria, 'מולדת') הייתה אוניית גירוש בריטית שרוכזו עליה מעפילים משלוש אוניות שנתפסו בנובמבר 1940, ליד חופי ארץ ישראל, במטרה לגרשם למאוריציוס. על מנת לעכב את הגירוש הטמינה "ההגנה" פצצה באונייה בעת שזו עגנה בנמל חיפה, במטרה לגרום לה נזק קל; אך הנזק היה גדול מהמתוכנן, והאונייה טבעה ב-25 בנובמבר 1940. עקב כך טבעו למוות למעלה מ-208 מעפילים (המספר המדויק אינו ידוע, אך ההערכות הן שמדובר בכ-250) ושני שוטרים בריטים.
הרקע לפרשה.