לאחר שחקר את עברה של מאריקו, לוגאן גילה כי היא נשואה לבעלה המתעלל, נובורו הידאקי. לוגאן התכוון להרוג את בעלה, אך סומם וכמעט נהרג על ידי אביה של מאריקו, שינג'ן הראדה. כעבור מספר הרפתקאות, לוגאן נפגש עם יוקיו, המספרת לו כי מאריקו מונתה למנהיגת שבט יאשידה, ומוסרת לו חרב מקודשת, בטענה שהוא "ראוי", ולוגאן נישא למאריקו. אולם, זמן מה לפני החתונה, מאריקו נאלצה להדוף את וייפר והסמוראי הכסוף, ולוגאן נאלץ לעזור לה, וכתוצאה מכך יחסיהם נהיו מנוכרים יותר ויותר, כתוצאה מאשליותיו של מאסטרמיינד. לאחר שלוגאן מאריקו מוכרזים רשמית כזוג (וזאת לאחר שיוקיו הורגת את נובורו), לוגאן נאבק באחוות המוטאנטים, במורלוקים ובמאסטרמיינד. לאחר מכן, לוגאן עוזב את יפן, כדי להציל את אמיקו קוביאשי מזעמה של סלנה.
בעקבות אות מצוקה ששלחה חברת האקס-מן שאדוקאט, לוגאן נאלץ לנדוד ברחבי יפן, כדי שיגלה כי שאדוקאט נתונה תחת שליטתו המוחית של סמוראי בשם אוגון, שהכריח אותה לתקוף את וולברין. לאחר שהאחרון הורג את אוגון, ומשחרר את שאדוקאט משליטתו המוחית, השניים נהיים ידידים קרובים. וולברין מותקף לראשונה על ידי ליידי דת'סטרייק, המאשימה אותו ברצח אביה, ואף מגייסת לעזרתה את קבוצת הבוזזים. כשהאקס-מן ניסו להציל את קבוצת המורלוקים מציפורניהם של המשוטטים, וולברין הואשם כבוגד ונאבק בסייברטות', וכך מתחילים אירועי . לוגאן בורח יוצא למספר הרפתקאות, וכשהוא וסטורם חוקרים הריסות בית שנהרס בפיצוץ, הוא חש בקרבתה של ג'ין גריי, על אף שהאחרונה מתה. ביום השנה לנישואיו למאריקו, האקס-מן נחטפים על ידי קבוצת "הערב-רב", המקרינים להם אשליות של רצונותיהם החזקים ביותר. אולם, וולברין, סטורם ופסיילוק אינם נכנעים לפיתויים אלו, ומביסים את הקבוצה.
אחרי גילוי גופותיהם של סוכני ק.ג.ב. במנהטן, לוגאן וספיידרמן מעורבים במספר הרפתקאות. כאשר סטורם עזבה בפתאומיות את האקס-מן, וולברין מגלה על קיומה של מדלין פריור, ומתחבר לדאזלר, הנרי גרייס ואוז צ'ייס. במעקב אחר סטורם, האקס-מן מותקפים על ידי קבוצת הפרידום-פורס של אוולנץ', כשכך מתחיל אירוע , שבסופו הקבוצה מוקמת לתחייה על ידי פורג', וזאת לאחר שרוג פתחה קרע בין ממדי.
נקמתו של מגנטו, פרש אפוקליפס, נשק פלוס והאוונג'רס החדשים.
בסיכום אירוע הקרוסאובר "", מגנטו קורע בכוח את האדמנטיום משלדו של וולברין. המעשה גורם לטראומה פיזית גדולה לגופו של וולברין, אשר שוחקת ומעלימה את יכולת הריפוי שלו, וכן לאחר המעשה מתגלה שטפריו למעשה עשויים מעצם, והם חלק מהאנטומיה שלו. וולברין עוזב את האקס-מן לתקופה קצרה, במהלכה הוא יוצא לסדרת הרפתקאות. באותו הזמן יכולת הריפוי שלו חוזרת, הפעם קצבה ויכולותיה מוגברים (משום שכשהאדמנטיום היה מחובר לעצמותיו, החומר השתמש באחוז נכבד מיכולת הריפוי של וולברין על בסיס קבוע). בזמן זה גם התגלה שגופו של וולברין כל הזמן עובר מוטציות (בניגוד למוטאנטים אחרים), והאדמנטיום האט את המוטציות בגופו עד כדי שעצרו לחלוטין. יכולותיו הטבעיות, כמו יכולת ההתרפאות וחושיו החייתים התחדדו במהלך הזמן, ובזמן זה וולברין מתחבר למתנקשת הקטלנית אלקטרה נאצ'יוס. מתברר שוולברין פראי מטבעו, ותהליך המוטציות בגופו לבסוף יגרום לו לניוון אינטלקטואלי עד שיהפוך לחיה פרימיטיבית. אחרי חזרתו לאקס-מן, בנו של קייבל, ג'נסיס, חוטף את וולברין ומנסה לאחות מחדש את האדמנטיום לשלדו. תוכניתו של ג'נסיס נכשלת, ואף גורמת למוטציות בגופו של וולברין להאיץ ללא שליטה. הוא מקבל למשך זמן קצר צורה של חיה שכמעט ואינה חשה רגשות בה הוא בעל כוח פיזי יותר גדול משהיה לו אי פעם, במחיר של אנושיותו. לבסוף, נבל העל אפוקליפס לוכד את וולברין, שוטף את מוחו והופך אותו ל"מוות", אחד מארבעת פרשיו, ומצליח לאחות מחדש את האדמנטיום לשלדו של וולברין. וולברין מצליח להתגבר על תכנותו של אפוקליפס, וחוזר לאקס-מן.
וולברין חוזר למדריפור, שם נישא והתגרש לווייפר כחלק מתשלום חוב. כעבור זמן מה, מנהל פרויקט נשק פלוס חוטף את וולברין, החובר לפנטומאקס וסייקלופס, ושהשלושה בורחים. מאוחר יותר, כשג'ין גריי חוזרת לחיים, השניים נחטפים על ידי החייזר ק'סורן. ג'ין, נואשת, מתחננת בפני וולברין להורגה, וכך מתבצע לאחר שהשניים מושלכים לעבר השמש. לוגאן, שבפיצוץ התרסק על פני כדור הארץ, שקע בדיכאון, וקרא לסייקלופס בוגד, כשהאחרון החל במערכת יחסים עם אמה פרוסט. לאחר מכן, וולברין נקלע למארב של ארגון היד, השטף את מוחו ואילץ אותו להרוג את אדי מקדונו ואת נורת'סטאר. בעוד הוא מתבודד בארץ הפראית, וולברין מצטרף לשורות האוונג'רס, ובהמשך לקבוצת האוונג'רס החדשים.
כתוצאה מאירועי בית אם, שבהם מכשפת השני השתגעה ויצרה מציאות חלופית, וולברין מקבל בחזרה את זיכרונותיו. כתוצאה מכך, הוא יוצא למסע נקמה, ומתעמת עם ג'יימס ברנס. כאשר נבל העל נייטרו מתחיל את מלחמת האזרחים ביקום מארוול, וולברין צד אותו, אך כשמתבר שהאקס-מן נשארים נייטרליים במאבק, וולברין מותקף על ידי נאמור. וולברין נחטף על ידי השד עזראל ומחולץ על ידי דוקטור סטריינג', אך וולברין חוזר ומביס את עזראל במישור האסטרלי.
דאקן, דדפול והאקס-פורס.
לבסוף, רומולוס חוזר, ומיידע את דאקן על מקום הימצאו של אביו. בשלב זה, לוגאן נהיה שותף של שכיר-החרב המטורף דדפול - הקיבל את יכולת הריפוי שלו מדמו של וולברין - על מנת שהשניים ימצאו את בנו. לבסוף, דדפול בוגד בוולברין, מטביע אותו, אך מובס על ידי דאקן, הנורה על ידי ג'יימס ברנס בכדורי קרבונדיום. לבסוף, סבסטיאן שו חוטף את דאקן, וכשוולברין מצילו, דאקן בוגד בו ומצטרף לקבוצת האוונג'רס האפלים. לאחר מכן, וולברין מנהיג את קבוצת האקס-פורס, המורכבת ממנו, בנוסף לוולפסביין, וורפאת' ולורה קיני, שיבוט פגום שלו. במשימתם הראשונה הקבוצה מביסה את הסנטינל המרושע באסטיון.
ספיידרמן, וולברין הולך לעזאזל.
לאחר שנמלט מניסויים פרי מנתחת מוח מטורפת, ספיידרמן מתאחד עם וולברין, והשניים עוצרים שוד בנק. אולם, זוג יהלומים קסומים נזרק על השניים, שהועברו בפתאומיות לתקופת הדינוזאורים. בעוד ספיידרמן מחפש דרך להצילם, וולברין מתחבר לשבט דינוזאורים מקומי, וכשהמטאור מגיע, ומכחיד את הדינוזאורים, ספיידרמן מעביר את השניים למציאות חלופית בה דוקטור דום שולט בעולם. וולברין, כתוצאה מכך, משתמש באקדח הפניקס - אקדח קטלני שיוצר על ידי חיה, שהורג את הנורה במחיר חייו של היורה. כתוצאה מכך, וולברין הורג את דום, מת וחוזר לחיים על ידי ספיידרמן, שעשה שימוש בקובייה הקוסמית. לאחר מכן, הם מותקפים על ידי "הצאר" המסתורי ושותפו, "הרצח הגדול", השולחים את שניהם חזרה ליקום מארוול, בזמנים אחרים.
בזמני העבר, לוגאן מוצא עצמו בגופו של ספיידרמן מתמודד בקרב היאבקות, בעוד ספיידרמן נרדף על ידי דוג לוגאן, אחיו של לוגאן. לאחר מכן, השניים מועברים לעולם-מוג'ו, כל אחד בגופו שלו. וולברין, זועם, עושה שימוש נוסף באקדח הפניקס, וכשהוא מגלה כי חלק מכוח הפניקס המקורי טעון באקדח, הוא הופך ל. עם זאת, ספיידרמן מחלץ ממנו את ישות הפניקס, והיהלומים מעבירים את השניים חזרה ליקום מארוול, בנקודה בה עברו לתקופת הדינוזאורים.
כעבור כמה שבועות, נמצאות גופותיהם של לוגאן ושל ילד. לוגאן, בגיהנום, עובד בפרך עבור השטן, המכין כפיל של וולברין ושולח אותו לתקוף את האי . באופן מפתיע, מיסטיק מנסה לחלצו, ומגייסת לעזרתה את גוסט ריידר ודיימון הלסטרום. בגיהנום, לוגאן נאבק בכפיל של סייברטות' ובשטן, כשבאוטופיה הכפיל של וולברין כמעט והורג את קולוסוס. באותו רגע, גוסט ריידר מאתר את וולברין, מתחיל בטקס החזרת נשמתו לגופתו, וכשוולברין מביס את השטן הוא מוחזר לחיים, הורג את הכפיל שלו ומתכנן נקמה. כצעד ראשון, לוגאן הורג את מיסטיק, ומגלה על ארגון היד האדומה - ארגון שנועד להרוג את וולברין. זועם, האחרון הורג ארבעה מחברי הארגון, מגלה שהם ילדיו וקובר אותם. עם זאת, הרוס ממעשיו, לוגאן מפסיק את מסע הקטל שלו. במהלך אירועי "הפחד עצמו", וולברין גנב את אחת מחליפות השריון של איירון מן, נלחם בקבוצת "הראויים" והפסיד בקרב נגדם.
צוות תקיפה אקס-פורס, הפילוג.
לאחר אירועי , סייקלופס מורה לוולברין לפרק את קבוצת האקס-פורס. בעקבות כך, וולברין מקים לקבוצה צוות תקיפה מיוחד, הכולל, בנוסף לו, את אנג'ל, פנטומאקס, פסיילוק ודדפול. במשימתם הראשונה הם עצרו את שבט עקבה, שגוננו על אפוקליפס המת, שנשמתו התגלגלה לגופו של ילד. בעוד דדפול מכנס את הקבוצה לדון על ההשלכות המוסריות של הריגת ילדים, פנטומאקס יורה מיידית בראשו של הילד. כתוצאה מכך, אנג'ל איבד שליטה על אישיותו, עזב את הקבוצה ויצא למסע הרג כארכאנג'ל. בחיפושים אחריו, האקס-פורס מועברים לעידן אפוקליפס על ידי דארק ביסט, וכשהקבוצה חוזרת ליקום מארוול הם נאלצים להדוף את ארכאנג'ל ואת דארק ביסט. במהלך הקרב המתחולל, פסיילוק מנסה להרגיע את זעמו של אנג'ל, אך כשהוא תוקף אותה, פסיילוק מעבירה את אישיותו ליקום מקביל.