כשגרמניה הייתה בתוהו ובוהו לקראת סוף מלחמת העולם השנייה שיחקה שאלקה רק שני משחקים בשנת 1945. הם חזרו לשחק בסדירות לאחר המלחמה ובמשך תקופה ארוכה המשיכו להתמודד כמועדון חזק. הם קבעו שיא במשחק הסיבוב הלאומי באליפות עם סיבוב של 20–0 באוברליגה, אבל הדבר רק הדגיש את המצב המוחלש של הכדורגל הגרמני מאשר היכולת של הקבוצה עצמה. המשחק של שאלקה התדרדר והישג השיא באוברליגה המערבית החדשה בשנת 1947 המקום השישי. תוך שנתיים הם ירדו למקום ה-12.
לשאלקה לקח עד אמצע שנות החמישים כדי לשקם את עצמה. הם סיימו במקום השלישי במרוץ על תואר אלופת האוברליגה המערבית בשנת 1954. בשנה שלאחר מכן שאלקה העפילה לגמר הגביע, שם הפסידה 2–3 לקרלסרוהה. האליפות הבאה והאחרונה של המועדון הייתה 1958 עם ניצחון 0–3 על המבורג. בסיס האוהדים החזק של המועדון התמקם בכנסייה מקומית, סנט יוזף, בגלזנקירכן. זה שופץ זמן קצר לאחר הזכייה באליפות 1958, בו אחד מחלונות הזכוכית מראה אלויסיוס גונזגה עם כדורגל ובלבוש בצבעי שאלקה.
הכניסה לבונדסליגה.
שאלקה המשיכה לשחק היטב וסיימה באחד מארבעת המקומות הראשונים בשנים שקדמו להקמתה של הבונדסליגה בשנת 1963, הליגה הפדרלית והמערכת החדשה של מערב גרמניה. תוצאות אלו זיכו אותם בבחירה כאחת מתוך 16 המועדונים שהעפילו לליגה העליונה. השנים הראשונות בבונדסליגה היו קשות. בעונת 1964/1965, הם ניצלו מירידה רק בשל הרחבת הליגה ל-18 קבוצות. אך בהמשך הקבוצה סיימה בחלק התחתון של טבלת הליגה, לפני שיפור ניכר בעונת 1971/1972 והגיעו לשיא כשסיימה במקום השני לבאיירן מינכן ואחרי שהובילה את הליגה בחלק ניכר מהעונה. באותה עונה זכתה שאלקה בפעם השנייה בתולדותיה בגביע הגרמני.
בשנת 1970 שיחקה שאלקה בגביע אירופה למחזיקות גביע. בשמינית הגמר ניצחה את קבוצת נורשפינג. ברבע הגמר ניצחה את קבוצת דינמו זגרב, אך בחצי הגמר הפסידה לקבוצת מנצ'סטר סיטי.
שערוריית 1971.
למרות התוצאות המשופרות שלהם, זרעים של התדרדרות משמעותית כבר נזרעו. מספר משחקניה הנבחרים ואנשי הקבוצה הואשמו בכך שהם קיבלו שוחד כחלק משערוריית הבונדסליגה משנת 1971. מחקירה עולה כי שאלקה שיחקה בכוונה להפסיד במשחקה ב-17 במאי, במחזור 28 נגד ארמיניה בילפלד, 0-1. כתוצאה מכך נאסר על כמה משחקני שאלקה לשחק לכל החיים, ביניהם שלושה - קלאוס פישר, ריינהרד ליבודה וקלאוס פיכטל - ששיחקו בקביעות במדי נבחרת גרמניה המערבית בכדורגל באותה העת. אף על פי שהעונשים הועברו מאוחר יותר לאיסורים שנעו בין שישה חודשים לשנתיים, השערורייה השפיעה בצורה עמוקה על מה שאולי הייתה אחת הקבוצות הגרמניות הדומיננטיות בליגה.
משבר ושיקום.
בשנת 1973, המועדון עבר לפארקשטדיון, שנבנה לקראת מונדיאל 1974, עם תכולה של 70,000 מושבים.
בעקבות השערורייה משנת 1971, ביצועי המועדון היו לא אחידים. המועדון אומנם סייע במקום השני בעונת 1976/1977, כשרק נקודה אחת הפרידה בינה לבין האלופה בורוסיה מנשנגלדבך.
בתחילת שנות השמונים שאלקה נקלעה לקשיים ומצאה את עצמה יורדת ל בעונת 1981/1982 ואחרי החזרה, שוב בשנים 1983–1988. הם חזרו לליגה העליונה בעונת 1984/1985 אך ירדו פעם נוספת בשנת 1988. הם חזרו לבונדסליגה בעונת 1991/1992 ונותרו בה מאז.
המועדון זכה בתואר הראשון מאז הזכייה בגביע מ-1972, עם זכייה בגביע אופ"א בעונת 1996/1997, לאחר שגברה בשלב הגמר על אינטר מילאנו בדו-קרב בעיטות עונשין בסן סירו, לאחר שוויון 1-1 בסיכום שני המשחקים. בהדרכת המאמן ההולנדי הוב סטיבנס, זכתה נבחרת שאלקה מ-1997 בכינוי "לוחמי היורו", שעדיין נמצא בשימוש בקרב האוהדים. סטיבנס, שהיה אז לא ידוע בגרמניה, זכה לחיבה לא רק מאוהדי שאלקה. סטיבנס הטמיע בהצלחה מערכת של משמעת נוקשה, במיוחד בקו ההגנה.
עם כניסת המאה החדשה שאלקה חזרה להתחזק. במהלך שנות התשעים ותחילת 2000 עבר המועדון רפורמה ושינוי מוצלח שהביאו אותו למצב של ארגון ספורט מסחרי מודרני וביסס את עצמו כאחת הקבוצות הדומיננטיות בבונדסליגה. שאלקה זכתה ב פעמיים רצופות (2001, 2002) וסיימה במקום השני בבונדסליגה בעונות 2000/01, 2004/05, 2006/07. כאשר סיום עונת 2000/2001 היה קורע לב עבור אוהדיה של שאלקה, שהייתה פער של 2 נקודות מזכייה באליפות, אך לבסוף קטפה את התואר באיירן מינכן הבלתי מעורערת.
תקופת גזפרום (2007—2022).
בשנת 2001 עברה הקבוצה לאצטדיונה החדש, פלטינס ארנה, שהחליף את הפארקשטדיון ששימש אותה עד אז. בעונת 2005 שאלקה סיימה במקום השני שוב ובשנת 2006 הגיעה לשלב חצי גמר גביע אופ"א, בו הפסידה לקבוצת סביליה ובתום אותה עונה סיימה במקום הרביעי בבונדסליגה ושנה לאחר מכן שוב סיימה כסגנית האלופה, בפעם השלישית מזה בשבע עונות. בעונת 2007/2008 שאלקה העפילה לרבע גמר ליגת האלופות, כשבפעם הראשונה היא עוברת את מכשול שלב הבתים.
ב-9 באוקטובר 2006 חברת הנפט הרוסית גזפרום הפכה לספונסר החדש של הקבוצה. החברה הודיעה כי תשקיע 125 מיליון אירו במועדון בתקופה של חמש וחצי שנים. כניסתו של ענק הנפט הרוסי הביאה לשיתוף פעולה בין הקבוצה למועדון הכדורגל הרוסי זניט סנקט פטרבורג, שאף הוא בבעלות גזפרום.
ב-13 באפריל 2008, המועדון הודיע ​​על פיטוריו של המאמן מירקו סלומקה לאחר תבוסה מידי ורדר ברמן והדחתה מליגת האלופות. מייק בוסקנס ו-יורי מולדר הופקדו למאמן בתקופת הביניים ולקראת עונת 2008/2009 בבונדסליגה, חתם פרד רוטן, לחוזה אימון עד יוני 2010. עם זאת, כבר במרץ 2009, רוטן פוטר ופעם נוספת, מייק בוסקנס, יורי מולדר מונו למאמנים זמניים.
ב-1 ביולי 2009, פליקס מגאת, שהוביל את וולפסבורג לראשות הטבלה בבונדסליגה, הפך למאמן הראשי החדש. מינויו של מגאת לתפקיד בא במסגרת קמפיין הוצאות נרחב בשווי מיליוני יורו, שאיפשר לשאלקה לרכוש חלוצים ידועים בינלאומיים כמו קלאס יאן הונטלאר וראול גונזלס. כהונתו של מגאת במועדון הייתה בתחילה מוצלחת, כשהקבוצה כבשה שערים רבים, אם כי שבריריות ההגנה ובחירת הסגל המפוקפק של מגאת הפכו אותו ללא פופולרי בקרב אוהדי שאלקה עד דצמבר 2010. ב-16 במרץ 2011, מגאת פוטר והוחלף בראלף ראנגניק. תוך שבועות ספורים בלבד ממינויו, ראנגניק ראה את קבוצתו מנצחת 2–5 טת אינטר מילאנו בסן סירו במהלך עונת 2010/2011 בשלב רבע הגמר של ליגת האלופות. שאלקה הגיעה לחצי הגמר], בו הפסידה 0–2 לקבוצת מנצ'סטר יונייטד במשחק הראשון ו-4:1 במשחק הגומלין. בהמשך השנה זכתה שאלקה בגביע הגרמני, לאחר ניצחון 0:5 על קבוצת דויסבורג מליגת המשנה.
ב-22 בספטמבר 2011 הודיע ראנגניק על התפטרותו המיידית כמאמן הראשי של שאלקה 04 עקב תשישות. עוזר מאמן סאפו אייקורן אימן את הקבוצה כמאמן זמני עד למינויו של הוב סטיבנס ב-27 בספטמבר 2011. החוזה של סטיבנס היה אמור להימשך עד 30 ביוני 2013.
למרות המעמד האגדי שלו בקרב אוהדי שאלקה, חזרתו של סטיבנס לשאלקה נתקבלה בספקנות מסוימת מכיוון שהאוהדים חששו שסטיבנס, שאימן את שאלקה לזכייה בגביע אופ"א עם מערכת הגנה נוקשה, עלול לנטוש את המערך ההתקפי של ראנגניק לטובת חזרה למערך ההגנה שלו משנת 1997. הספקות לא זכו לאישוש ואף על פי ששאלקה שיחקה עונה מעט לא עקבית, הם הגיעו למקום השלישי בבונדסליגה המעניק העפלה ישירת למוקדמות ליגת האלופות. שאלקה פתחה מעולה את עונת 2012/2013 והתבססה במקום השני בליגה עד נובמבר, ממש מאחורי באיירן מינכן. ב-20 באוקטובר יצאה שאלקה למשחק החוץ נגד בורוסיה דורטמונד והצליחה לנצח את הקבוצה הביתית 1–2 כדי להבטיח את ניצחון הליגה הראשון שלהם במסגרת הדרבי ביניהן מאז פברואר 2010, עם זאת היא סיימה לבסוף את העונה במקום הרביעי.
בליגת האלופות, שאלקה התמודדה נגד סטיאווה בוקרשט, בזל וצ'לסי. שאלקה סיימה בסופו של דבר את שלב הבתים במקום השני, אחרי צ'לסי והודח בשלב 16 האחרונות על ידי ריאל מדריד. תוספת בולטת להרכב שאלקה הייתה הגעתו של קווין-פרינס בואטנג ממילאן. לאחר פתיחה מאכזבת בעונת 2013/2014 שראה את שאלקה מסיימת במקום השביעי בטבלת הבונדסליגה, כמו גם ההדחה המוקדמת מהגביע, המועדון שיחק את המחצית השנייה של העונה, שנחשבת לאחת המצליחות ביותר בתולדות המועדון. העונה התאפיינה בשפע של פציעות בקרב שחקני המפתח, כולל ג'פרסון פרפאן וקלאס-יאן הונטלאר, כמעט במשך כל העונה. מה שהוביל לדיונים באשר ליכולותיו של המאמן הראשי יינס קלר. באופן חלקי, שאלקה הציבה עד עשרה שחקנים צעירים בעלי פוטנציאל ששיחקו בקבוצת הנוער של שאלקה לאורך כל העונה. בין תגליות העונה היו השחקן הצעיר מקס מאייר ולאון גורצקה. הקבוצה הצעירה של שאלקה ניצחה 11 מתוך 17 משחקים, בסך הכל 36 נקודות ובסוף עונת 2013/2014, המועדון סיים במקום השלישי בטבלת הבונדסליגה כדי להעפיל בפעם השלישית ברציפות לליגת האלופות, הישג ששאלקה מעולם לא השיגה לפני כן. ב-7 באוקטובר 2014, לאחר תבוסה 1–2 לקבוצת 1899 הופנהיים ואחרי שצברה שמונה נקודות בלבד משבעה משחקים, קלר פוטר והוחלף על ידי רוברטו די מטאו.
את עונת 2015 הקבוצה סיימה במקום הששי ושוב לא הצליחה להעפיל מעבר לשלב 16 האחרונות בליגת האלופות ובמקום די מטאו הובא אנדרה ברייטנרייטר ובעונת 2016 התמודדה ב וסיימה במקום החמישי בבונדסליגה. לאור האכזבה, מונה מרקוס ויינצירל למאמן שתחתיו, בשנת 2017 שאלקה העפילה לרבע גמר הליגה האירופית ולאותו שלב בגביע, אך התדרדרה עד למקום העשירי בבונדסליגה.