מאז 1965 הרצה שאול שקד באוניברסיטה העברית, ומאז 1980 שימש כפרופסור מן המניין. היה מופקד הקתדרה על שם שוורצמן באוניברסיטה העברית בלימודים איראניים ובמדע הדתות. היה יו"ר הוועדה האקדמית במרכז ללימודי הנצרות שבאוניברסיטה העברית. שימש כפרופסור אורח וכמוזמן באוניברסיטאות ובמכוני מחקר שונים, ביניהם אוניברסיטת קליפורניה בברקלי, אוניברסיטת הרווארד, המכון ללימודים מתקדמים שבאוניברסיטה העברית, אוניברסיטת ניו יורק, אוניברסיטת קולומביה, אוניברסיטת היידלברג, וולפסון קולג' בקיימברידג', מכון המחקר ע"ש אננברג השייך לאוניברסיטת פנסילבניה שבפילדלפיה, האקול פראטיק דה אוטז אטיד (EPHE) בפריז, המכון ההולנדי ללימודים מתקדמים (NIAS), האוניברסיטה החופשית בברלין, אוניברסיטת אוטווש לוראנד (Eötvös Loránd) בבודפשט, והאוניברסיטה הקתולית ע"ש פזמני פטר (Pázmány Péter Katolikus Egyetem) שבהונגריה.
ב-1985 נבחר לאקדמיה הלאומית הישראלית למדעים, ובשנים 2001-1995 כיהן כיו"ר החטיבה למדעי הרוח באקדמיה. הוא שימש ראש מכון בן-צבי, ולאחר מכן, עד 2007, כיהן כיו"ר הוועדה האקדמית של מכון בן צבי. היה סגן נשיא איגוד האקדמיות הבין-לאומי, ולאחר מכן, בשנים 2004-2001, כיהן כנשיא האיגוד הזה. מאז 2004 ועד למותו הוא שימש כנשיא של כבוד באיגוד. ב-1995 זכה בפרס על שם יורם בן פורת. מ-1995 עד מותו היה חבר כבוד בקולג' האוניברסיטאי של לונדון. בשנים 1999-1995 היה סגן נשיא החברה האירופית לאיראנולוגיה (Societas Iranologica Eruropaea). מאז שנת 2000 עד מותו היה יו"ר הוועד המנהל של קרן פרי. מאז 2005 שימש כחבר המועצה בקורפוס הכתובות האיראניות (Corpus Inscriptionum Iranicarum).
שאול שקד היה חבר במערכות כתבי עת אחדים, בהם: Israel Oriental Studies vol. 1-7; Bulletin of the Asia Institute; פעמים (כתב העת של מכון בן צבי למורשת קהילות ישראל במזרח); Archiv für Religionsgeschichte; Bulletin of the School of Oriental and African Studies, London, ו-Jerusalem Studies in Arabic and Islam.
מחקריו.
נושאי מחקריו.
שאול שקד עסק בתרבות איראן שלפני האסלאם, בדת הזורואסטריות, במעבר מאיראן העתיקה לאיראן המוסלמית, במאגיה היהודית של תקופת התלמוד וראשית האסלאם, בתעודות הארמיות, בדרך כלל תעודות מן התקופות הקשורות באיראן, וכן בקשרים שבין איראן ליהדות, ובפרסית-יהודית, בעיקר הפרסית-היהודית הקדומה.
ספרות החכמה הזורואסטרית.
שאול שקד עשה דוקטורט באוניברסיטת לונדון על ספרות החוכמה בפרסית אמצעית, המכונה אנדרז. חלק מהספר הופיע במאמרים שונים, בין היתר בערך Andarz באנציקלופדיה איראניקה, ועיקרו בספר (A tentative bibliography of Geniza documents (École Pratique des Hautes Études, Études Juives, V), Paris-The Hague, 1964.). הספר כולל הוצאה לאור של טקסט חשוב בפרסית אמצעית, עם תרגום ומבוא רחב. שקד סיווג את ספרות החוכמה הזו לסוגים שונים, והראה כיצד היא בנויה. חלק מן הספרות הזאת נשתמר בתרגומים מימי הביניים לשפה הערבית.
הדת הזורואסטרית.
שאול שקד כתב מספר ספרים ומאמרים וכן על הדת הזורואסטריות, בעיקר בתקופה הסאסאנית, התקופה שקדמה לכיבוש המוסלמי של איראן, על בסיס טקסטים הכתובים בפהלווי, היא השפה הפרסית האמצעית, אך גם בערבית ובשפות אחרות. הספרות הזאת הייתה רחבת היקף, אך רק מעט ממנה שרד. קטעים ממנה נשתמרו בכתבי יד, שרידים אחרים נשתמרו בתרגום לערבית והשימוש בשני סוגי המקורות הללו משלים זה את זה. ספרות זו כוללת תיאורים של בריאת העולם, אחרית הימים, שכר ועונש בעולם הבא, וכוללת עצות להנהגה בחיים וכן ענייני משפט והלכה. כמה ממאמריו שעסקו במחשבה הדתית הזורואסטרית קובצו בספר "מאיראן הזורואסטרית לאסלאם". ספר זה תורגם לפרסית והתרגום יצא לאור באיראן. נושאים אחרים נדונו במאמרים שטרם קובצו בספר, למשל במאמר העוסק בשאלת היחס לבעלי החיים בספרות הזורואסטרית, ובמאמרים אחרים המוקדשים לתיאור מבנה האדם ומבנה העולם לפי התפיסה הזורואסטרית.
הוא גם עסק בשאלות הנוגעות לראשית הדת הזורואסטרית, מתוך ויכוח עם המגמה של חלק מן החוקרים בימינו, השוללת את קיומו של הנביא זרתושטרא, שאליו מייחסת המסורת את התחלת הדת.
"הדואליזם בתמורה" (Dualism in Transformation).
בספר בשם זה ניסה שאול שקד להראות שהתמונה של הדת הזורואסטרית כדת דואליסטית, שכמעט לא נשתנתה מאז נוסדה בסביבות המאה השמינית לפנה"ס ועד ימינו, דורשת בדיקה מחודשת. שקד ניסה לעמוד על כך שיש מתחת לכותרת הכללית הזו של דואליזם הרבה מאוד אופנים של ביטויי דת. יש דואליזם נוקשה – מצד אחד האל הטוב ומצד שני ישות רעה העומדת מולו. אבל יש גם מיתוסים דואליסטיים שבהם יש שלוש ישויות קדומות. המפורסם שבהם הוא המיתוס על אל הזמן, שממנו מתפצלים האל הטוב והכוח הרע. האל הטוב והכוח הרע לא עומדים על אותה רמה בתפישה הדואליסטית. רק האל הטוב הוא אל במלוא מובן המילה. הכוח הרע אינו בורא, אלא הוא כוח שלילי, הפועל כנגד האל הטוב.
שקד סבר שקיימים גוונים שונים של תפיסות דואליסטיות בתוך הספרות הזורואסטרית. מידע רב מגיע אלינו באמצעות מחברים זרים במאות הראשונות לאסלאם, בעיקר באמצעות מוסלמים שכתבו ערבית, ורבים מהם היו צאצאים של משפחות זורואסטריות. אנו רואים בספרים הללו ביטויים שונים של מיתוס ותפיסה דואליסטית. התזה המרכזית של שקד בספרו היא הטענה בדבר ריבוי הניסוחים הדואליסטיים בדת הזורואסטרית. רבות מן הדעות הזורואסטריות שאינן עולות בקנה אחד עם המסורת המקובלת מופיעות בכתביהם של הסופרים הערבים, המסתמכים על מסורות בעל פה שקיבלו מפי הזורואסטרים, ובכך הם משלימים את התמונה.
המגעים של הדת הזורואסטרית עם היהדות.
שקד סבר כי השפעות זורואסטריות על היהדות ניכרות החל מסוף תקופת בית שני בתחומים של אסכטולוגיה (תורת אחרית הימים). שקד סבר שתורת המלאכים והשדים המופיעה ביהדות מסוף תקופת הבית השני, שהן ישויות רוחניות בלתי נראות לעין, מושפעת מהתפישות האירניות האלה גם בכתבי כת מגילות מדבר יהודה יש עקבות של השפעות פרסיותשאילות לשוניות מן הפרסית בספרות קומראן אף הן נדונו במאמריו של שקד. הספרות הזורואסטרית של התקופה הסאסאנית מקבילה כרונולוגית וגם עניינית לתקופה של עריכת התלמוד הבבלי, ואפשר למצוא לא מעט דמיון בין הספרות הפרסית לספרות היהודית. אחד התחומים המתפתחים בשנים האחרונות הוא הניסיון לחשוף את הרקע האירני להיבטים מסוימים של התלמוד הבבלי. שקד תרם אף הוא לכך, אך בעיקר עסק בחשיפתן של המלים הפרסיות שנכנסו לארמית של התלמוד (בין השאר במאמרים שנדפסו בכרכים של "איראנו-יודאיקה",
כנסים בין-לאומיים בנושאים הנוגעים למגעי היהדות עם התרבות האיראנית ולתולדות יהודי איראן נערכו מדי פעם ביזמתו של שקד בשיתוף עם פרופסור אמנון נצר, וסיכומם רואה אור בצורת כרכים הנושאים את הכותר "איראנו-יודאיקה", והמופיעים בהוצאת מכון בן צבי.
ספרות ההיכלות מכילה חזונות שרואים אנשי סגולה בעולמות העליונים. שקד טען שגם ספרות זאת ייתכן שנוצרה תחת מגע עם ספרות פרסית מן התקופה הסאסאנית יש בידינו גם מספר אבני חותם עם כתובות חרותות באותיות עבריות, ששימשו ככל הנראה יהודים נשואי פנים. אחת מאבני החותם הללו נושאת את השם הונא בר נתן, שהיה אחד מחכמי התלמוד ומקורב לשלטון קרובה לשכבת הספרות הזאת גם הספרות המאגית שנוצרה בבבל של תקופת התלמוד על גבי קערות השבעה.
פרס והיהדות.
השלב השלישי במגעים בין פרס ליהדות הוא השלב שבו נוצרת ספרות בידי יהודי פרס בין המאות ה-10 לתחילת המאה ה-13. הספרות הזאת, שאנו מכנים אותה הספרות הפרסית-היהודית הקדומה, לא הייתה ידועה כלל עד לאחרונה, והיא כוללת דברי הלכה, פרשנות למקרא, דקדוק עברי, ומעט דברי שירה. היא כתובה בלשון הפרסית באותיות עבריות ומייצגת את לשונם ותרבותם של יהודי פרס לפני הכיבוש המונגולי בתחילת המאה ה-13. הכיבוש המונגולי היווה נקודת שבר בתולדות פרס ויהודי איראן, ואחריו מתחילה תקופה חדשה בתולדות איראן וגם בתולדות יהודי איראן.
בין שאר דברי הספרות מן השכבה הזאת נוצרה בפרס בין המאה ה-10 למאה ה-13 ספרות קראית ענפה. איראן הייתה אחד המרכזים החשובים של הספרות הקראית המוקדמת לאחר הכיבושים המונגוליים נעלמה הקראות בקרב יהודי איראן. שקד היה עסוק בניסיון להבחין בין הדיאלקטים השונים של הפרסית היהודית הקדומה על פי הטקסטים שהגיעו לידינו.
פרט לדברי ספרות יש בידינו גם כמה חפצים הנושאים על גבם כתובות באותיות עבריות. כך למשל נתגלתה לאחרונה "יד" לספר תורה, החפץ הקדום ביותר מסוגו המוכר לנו בעולם היהודי, ומקורו באפגניסטן, והכתובת שעליה היא בעברית ובפרסית יהודית מן התקופה הקדומה
נתגלו גם מצבות יהודיות מאזור אפגניסטן, ועליהן כתובות בעברית ובפרסית יהודית, מן המאה ה-12 וראשית ה-13, ושקד פרסם חלק מן הכתובות ופירש רבות מהן.
שאה נאמה, ספר המלכים.
שאול שקד, בשיתוף עם דוקטור יוליה רובנוביץ, ערך את התרגום העברי של האפוס הפרסי החשוב והמפורסם ביותר, ה"שאהנאמה", שפירושו "ספר המלכים". האפוס הזה מתאר את תולדות פרס מהתחלת העולם ועד הכיבוש הערבי. זהו חיבור מהמאה ה-10 לספירה שחיבר פירדוסי, והוא הפך, בזכות תוכנו ושירתו היפה, לאחד מאבני היסוד של התרבות האיראנית עד היום. התרגום לעברית נעשה על ידי המשורר העברי אליעזר כגן. עד כה יצאו לאור שני כרכים בהוצאת מוסד ביאליק וצפויים להתפרסם עוד שלושה כרכים.
קערות השבעה.