צ'רצ'יל זכה לתהילה לאחר קרב סדג'מור, אך היה נחוש לא להביע תמיכה בפעולותיו הקנאיות של המלך נגד הפרוטסטנטים. תמיכתו של ג'יימס השני במוסדות המלכותיים שנטו לקתוליות, בהם הצבא, גרמה בתחילה לחששות ומאוחר יותר לדאגה מפני קנאותו של המלך; גם בני משפחתו של המלך התפלאו לנוכח תמיכתו העקבית בכל הנוגע לאמונה הרומית-קתולית. כאשר המלכה ילדה בן, ג'יימס פרנסיס אדוארד סטיוארט, נפתחה האפשרות לקו ירושה של מונרכים קתולים. אחדים ממשרתיו של המלך בגדו באמונתם הפרוטסטנטית על מנת שחינם לא יסור בעיניו, אך מרלבורו נותר נאמן לאמונתו הפרוטסטנטית, עליה גדל והתחנך, והיה מונע גם מאינטרסים אישיים. הוא האמין כי מדיניותו של ג'יימס עשויה להוביל לפגיעה בקריירה שלו או למרד מלא, ובניגוד לאביו לא התכוון לתמוך בצד המפסיד.
שבעה אנשים נפגשו על מנת לנסח הזמנה לוויליאם, נסיך אורנז', והזמינו אותו לפלוש לאנגליה ולקחת את הכתר בכוח הזרוע. החותמים על המכתב נמנו עם הוויגים, הטורים ואף הבישוף של לונדון הנרי קומפטון שהבטיח לוויליאם כי "19 מתוך 20 חלקים של העם... כמהים לשינוי". מרלבורו אומנם לא היה חתום על המכתב כיוון שעדיין נחשב כפוליטיקאי זוטר, אך הצהיר על כוונתו בפני איש הקשר של ויליאם בהאג בכך שאמר כי "אם אתה חושב שיש דבר מה שחובה עלי לעשות, אתה רק צריך לפקוד זאת עלי". מרלבורו, בדומה לרבים אחרים, המתין להזדמנות המתאימה לנטוש את ג'יימס.
ויליאם הגיע לטורביי ב-15 בנובמבר 1688, ומשם הוביל את צבאו לאקסטר. כוחותיו של ג'יימס, בהנהגתו של לורד פברשם, הגיעו לסולסברי כאשר רוב הקצינים לא היו מעוניינים להילחם. מרלבורו קודם לדרגת לוטננט גנרל ב-17 בנובמבר, אך בעקבות השמחה שהפגין לאחר עריקתו של לורד קורנברי קרא פברשאם למעצרו. מרלבורו עודד בגלוי את העריקה למחנהו של ויליאם, אך ג'יימס המשיך להתנהג בהססנות. תוך זמן קצר התברר כי היה זה מאוחר מדי מכדי לפעול. לאחר פגישת מועצת המלחמה בתחילת דצמבר החליטו מרלבורו ו-400 קצינים וחיילים לנטוש את המחנה המלכותי, והצטרפו לוויליאם ששהה באקסמינסטר.
כאשר ג'יימס נוכח לדעת כי הוא לא מצליח לשמור על מרלבורו, משרתו המסור והנאמן, הוא התייאש וברח לצרפת. במהלך מנוסתו לצרפת הוא לקח איתו את בנו ויורשו ג'יימס, נסיך ויילס. ויליאם ניצח במערכה כמעט ללא מאמץ, והחל בשלטון משותף עם מרי, בתו הבכורה של ג'יימס השני. שרשרת אירועים ידועה כ"המהפכה המהוללת".
הגנרל של ויליאם.
צ'רצ'יל הוכתר כרוזן מרלבורו באפריל 1689, במסגרת חלוקת תוארי הכבוד עליה החליט ויליאם לאחר הכתרתו; הוא הושבע לחבר במועצה המלכותית, והתמנה פעם נוספת לתפקיד שמשו האישי של המלך. אולם, עלייתו המהירה בסולם התפקידים גרמה לכך שאחדים מתומכיו של ג'יימס טענו כי הוא בגד במלכו באופן מביש לצורך רווח אישי; ויליאם עצמו שקל מחדש את צעדיו כלפי מרלבורו. תומכיו של מרלבורו (כולל הצאצא המפורסם שלו וינסטון צ'רצ'יל) טענו כי פעולותיו נבעו ממניעים פטריוטיים, דתיים ומוסריים. אולם, ההיסטוריון צ'נדלר טוען כי מניעיו של מרלבורו היו גם אמביציה ואינטרס אישי; הוא טען גם כי לא סביר שאדם כלשהו ינהג כפי שנהג מרלבורו כלפי האדם שלו היה חייב את כל רכושו ומעמדו עד אותה תקופה.
פעולתו הראשונה של מרלבורו הייתה סיוע בארגון מחדש של הצבא - ועקב הכוח לקדם או לשחרר קצינים נהנה מרלבורו מן היכולת לבנות רשת קשרים שתוכיח את עצמה כיתרון במשך עשרים השנים הבאות. משימתו הייתה דחופה, כיוון שכחצי שנה לאחר עזיבתו של ג'יימס השני הצטרפה אנגליה למלחמה נגד צרפת כחלק מקואליציה ששמה לה למטרה להגביל את שאיפותיו של לואי הארבעה עשר, מלך צרפת. לאור ניסיונו הוחלט לשלוח את מרלבורו לארצות השפלה באביב 1689 כמפקדם של 8,000 חיילים בריטים; לאורך מלחמת תשע השנים הוא שירת בפועל בשדה הקרב במשך שלוש שנים, ולאחר מכן בתפקידי פיקוד משניים. אולם, בקרב וולקורט שנערך ב-25 באוגוסט 1689 זכה מרלבורו לשבחים רבים, והמפקד ההולנדי הנסיך וולדק אף אמר עליו "...למרות היותו צעיר הוא הפגין כישורים צבאיים טובים יותר מאלה שרוב הגנרלים מפגינים לאחר שנים רבות של מלחמות... הוא בוודאות אחד מהאנשים האמיצים ביותר שאני מכיר". כהוקרה על כישוריו ותרומתו החליט ויליאם להעניק למרלבורו את תפקיד הקולונל של הרגימנט השביעי של חיל הרגלים שחומש ברובי מוסקטים קלים.
לאחר קרב וולקורט חלה דעיכה בפופולריות של מרלבורו בחצר המלך. ויליאם ומרי חשו חוסר אמון כלפי השפעתם של מרלבורו ורעייתו, שהיו אנשי סודה ותומכיה של הנסיכה אן שהייתה בעלת טענת זכות חזקה יותר לכתר בהשוואה לוויליאם. שרה תמכה באן בסדרה של מחלוקות עם המלך והמלכה, וגרמה למרי לכעס רב ולעוינות כלפי מרלבורו. המריבות הללו נזנחו לתקופת מה כאשר ג'יימס הגיע לאירלנד במרץ 1689 בניסיון להשיב לעצמו את כתרו, וויליאם עזב לאירלנד ביוני 1690 על מנת להילחם בו. מרלבורו מונה למפקד כל הכוחות הצבאיים באנגליה, ולחבר במועצת התשעה שייעצה למרי בנושאי צבא בהיעדרו של ויליאם; מרי לא התאמצה להסתיר את חוסר שביעות רצונה מהמינוי של מרלבורו, וכתבה לבעלה כי "אני לא יכולה לסמוך עליו או להעריך אותו".
בסופו של דבר הובס ג'יימס ונאלץ לצאת לגלות בצרפת פעם נוספת. מרלבורו עזב לאירלנד באוגוסט על מנת למלא את משימתו הראשונה כמפקד עצמאי, שהייתה מערכה ימית ויבשתית נגד הנמלים של קורק וקינסייל. היה זה ניסיון לשבש את נתיבי האספקה של היעקוביטים, ומרלבורו ביצע אותו בהצלחה רבה. קורק נכבשה בתחילת אוקטובר, וקינסייל ימים אחדים לאחר מכן. אף על פי שהמערכה לא הובילה לסיום המלחמה כולה כפי שקיווה מרלבורו, הוא למד לקחים חשובים בכל הנוגע לדקויות של לוגיסטיקה, ועל החשיבות של שיתוף פעולה וטאקט כשעובדים לצידם של קציני שדה בכירים. הפעם הבאה שפיקד על חיילים בשעת קרב בעצמו הייתה רק כעבור עשר שנים.
השחרור מהצבא והחרפה.
ויליאם הכיר באיכויות של מרלבורו כחייל וכאסטרטג, אך סירב להכתירו כאביר מסדר הבירית ולמנותו למפקד חיל החימוש, דבר שהטריד את מרלבורו. בנוסף, מרלבורו לא הסתיר את אכזבתו מהיעדר הקרדיט שהיה ראוי לו. הוא השתמש בהשפעתו על הפרלמנט והצבא, וגרם לחוסר שביעות רצון מהעדפותיו של ויליאם בבחירת מפקדים זרים. ויליאם היה מודע לכך, והחל לדבר בגלוי על חוסר אמונו במרלבורו; נציגיו של הנסיך הבוחר של ברנדנבורג בלונדון שמעו את המלך אומר כי הוא זכה "ליחס כה מזעזע ממרלבורו, עד כדי כך שאלמלא לא היה מלך, הוא בוודאי היה חש צורך לקרוא עליו תיגר ולהזמינו לדו-קרב".
בינואר 1681 התחדש הקשר בין מרלבורו לבין ג'יימס השני הגולה, ששמר על קשר עם תומכיו באנגליה, והוא היה נחוש לקבל מהמלך מחילה על כך שנטש אותו ב-1688. צעד זה היה חיוני להצלחת הקריירה העתידית שלו במקרה שהיעקוביטים יצליחו לחזור לשלטון. ויליאם היה מודע למערכת הקשרים הזאת (בנוסף לקשרים עם אצילים אחרים כגון סידני גודולפין ודוכס שרוסברי), אך ראה בכך צעד של "תעודת ביטוח" ולא התחייבות מפורשת. מרלבורו לא תמך במהפכה יעקוביטית, אך ויליאם רחש כבוד לכישוריו הפוליטיים והצבאיים, ולסכנה שמרלבורו היה עבורו.
היחסים בין ויליאם למרלבורו המשיכו להתדרדר לאחר חזרתם מהמערכה בארצות השפלה הדרומיות באוקטובר 1691. בינואר 1692 הורתה המלכה (שזעמה על פעולותיו של מרלבורו בפרלמנט, בצבא ובמקום גלותו של ג'יימס) לאן לפטר את שרה, אך זו סירבה בתוקף. המחלוקת האישית הזאת זירזה את שחרורו של מרלבורו. ב-30 בינואר הורה רוזן נוטינגהאם (מזכיר המדינה) למרלבורו לעזוב את כל תפקידיו האזרחיים והצבאיים ולראות עצמו משוחרר מכל המינויים שלו. הוא אף אסר עליו להיכנס לארמון המלך. רוזן נוטינגהאם לא נימק את הצעד הזה, אך תומכיו העיקריים של מרלבורו זעמו: שרוסברי הביע את כעסו וגודולפין איים לפרוש מהממשלה. אדמירל ראסל, שהיה באותה עת המפקד העליון של הצי המלכותי, האשים את המלך בגלוי בכפיות טובה כלפי האיש ש"הניח את הכתר על ראשו".
עלילת הבגידה במולדת.
שפל המדרגה במצבו של מרלבורו טרם הגיע. באביב 1692 התחדשו איומי הפלישה הצרפתיים, וכן ההאשמות היעקוביטיות בבגידה. בפני המלכה הובאו עדויות של אדם בשם רוברט יאנג על כך שאנשים אחדים חתמו על מכתב תמיכה בהשבת ג'יימס השני והדחת ויליאם השלישי, והורתה לעצור את כולם. מרלבורו, שהיה אחד מהחותמים, נשלח למצודת לונדון ב-14 במאי, והיה כלוא שם במשך חמישה שבועות; צערו התגבר עוד יותר כשהתבשר על מות בנו הצעיר צ'ארלס. האשמותיו של יאנג התבררו לבסוף כבדיה וכזיוף, ומרלבורו שוחרר ב-25 ביוני. הוא המשיך להתכתב עם ג'יימס, דבר שהוביל לבסוף לתקרית "מכתב מפרץ קאמארה" ב-1694.
כוחות הברית תכננו במשך חודשים אחדים לתקוף את נמל ברסט בחלק הצרפתי של מפרץ ביסקאיה. הכוחות, בפיקודו של תומאס טולמאץ', תקפו ב-18 ביוני ונחלו תבוסה; רוב אנשיו של טולמאץ' נהרגו או נשבו, והוא עצמו מת זמן קצר לאחר מכן מפצעיו. למרות היעדר ראיות ממשיות הואשם מרלבורו בכך שהתריע בפני האויב על המתקפה. סוגיית אשמתו שנויה במחלוקת בקרב ההיסטוריונים. ההיסטוריון הצבאי ריצ'רד הולמס טוען כי יש עדויות קלושות בלבד הקושרות בין מרלבורו לבין מכתב מפרץ קאמארה, וטען כי "קשה מאוד לדמיין אדם כה זהיר כמרלבורו, שרק זמן קצר קודם לכן השתחרר מהאשמה בבגידה, כותב מכתב שיגרום למותו אם ייפול לידיים הלא נכונות". דייוויד צ'נדלר טען כי "כל המצב הזה מעורפל ולא חד משמעי, ולא ניתן להסיק מסקנה ברורה. בסופו של דבר, ייתכן ועלינו לתת למרלבורו ליהנות מהספק".
פיוס.