מזלו של מרלבורו הלך ואזל. בזכות הישגיו ב-1711 יכלו בעלות הברית להתחיל במסע לכיוון פריז ב-1712, אך הארלי לא התכוון לתת למלחמה להרחיק לכת במידה כה רבה ולסכן את התנאים המועדפים שהושגו בשיחות האנגלו-צרפתיות הסודיות, שהתבססו על הותרת פליפה החמישי על הכס הספרדי והתנהלו בחודשים שלפני כן. מרלבורו היה ספקן בנוגע למדיניות הוויגית "אין שלום בלי ספרד", אך הוא סירב לנטוש את בעלי בריתו (בהם ג'ורג' הראשון, הנסיך הבוחר של הנובר) ועמד לצידם של המתנגדים לתנאי השלום המוקדמים. הוא המשיך לעמוד על דעתו גם כאשר אן, שמאסה במלחמה המתמשכת, הפצירה בו. ג'ורג' הראשון הבהיר כי גם הוא מתנגד להצעות, והודיע בפומבי על תמיכתו בוויגים. למרות כל זאת נותרה אן בדעתה, וב-18 בדצמבר 1711 הכריזה בפומבי כי הגיע הזמן לחתום על הסכם שלום כולל.
השחרור.
על מנת למנוע את המשך המלחמה באביב היה צורך להחליף את מרלבורו בגנרל המקורב יותר לשרי המלכה מאשר לבני בריתם. על מנת להשיג זאת הארלי וסנט ג'ון היו צריכים להאשים את מרלבורו בשחיתות, ובכך להשלים את התמונה האנטי-ויגית והאנטי-מלחמתית שיצר ג'ונתן סוויפט בפרסומיו השונים באותה תקופה. הצעדים הראשונים להפלתו של מרלבורו בוצעו לאחר הקמת ועדת חקירה מיוחדת מטעם הפרלמנט בסוגיית אי סדרים לכאורה במהלך המלחמה.
בדיונים בבית הנבחרים הבריטי הועלו שתי האשמות עיקריות נגד מרלבורו: הראשונה הייתה שלאורך תשע שנים הוא קיבל באופן לא חוקי 63,000 לירות שטרלינג מקבלני מזון ותחבורה בארצות השפלה, והשנייה הייתה שהוא לקח 2.5% מהתשלום לחיילים זרים מאנגליה, שהסתכמו בכ-280,000 לירות שטרלינג. מרלבורו הכחיש את ההאשמות הללו וטען כלפי הראשונה כי הוא התבסס על תקדים היסטורי, ולשנייה הגיב באמצעות הצגת צו שנחתם על ידי אן ב-1702 ובו היא מאשרת לו לבצע את הניכוי - צעד שהיה מקובל בברית הגדולה מאז ימיו של המלך ויליאם - וכל הכסף שימש אותו על מנת להקים רשת מודיעין צבאי וריגול שהצליחה לחדור לחצרו של לואי.
הממצאים הללו הספיקו להארלי על מנת לשכנע את אן לשחרר את מרלבורו מכל תפקידיו. ב-9 בינואר 1712, זמן קצר לפני שהייתה אמורה להתחיל בדיקת ההאשמות, שלחה אן למרלבורו את מכתב הפיטורים. בפרלמנט, שנשלט על ידי הטורים, נקבע כי מרלבורו אכן עבר על החוק, וכי ה-2.5% שנטל לעצמו הם כסף ציבורי שיש להחזירו. כאשר דוכס אורמונד (מחליפו של מרלבורו) עזב להאג על מנת לפקד על הכוחות הבריטיים הוא קיבל את אותם תנאים שהוכרזו כפליליים לגבי מרלבורו.
בעלות הברית הופתעו מפיטוריו של מרלבורו. מנגד, הצרפתים שמחו בעקבות סילוקו של המכשול העיקרי לשיחות השלום האנגלו-צרפתיות שנערכו ב-1712. מרלבורו המשיך להשמיע את דעותיו, אך הוא היה בבעיה כיוון שספג התקפות תכופות מיריביו ומהעיתונות הממשלתית, הונו היה בסיכון ובניית ארמון בלנהיים טרם הסתיימה. מרלבורו החליט כי הצעד החכם מבחינתו הוא לעזוב את המדינה, ולאחר שהשתתף בהלווייתו של גודולפין ב-18 באוקטובר הוא יצא לגלות מרצון באירופה ב-12 בדצמבר 1712.
חזרתו לגדולה וימיו האחרונים.
מרלבורו התקבל בברכה בחצרות המלוכה של אירופה, שבהן זכה לכבוד כגנרל מצליח וכנסיך האימפריה הרומית הקדושה. שרה הצטרפה אליו בפברואר 1713, ושמחה להגיע לפרנקפורט באמצע מאי על מנת לראות את חייליו של אויגן מפגינים כבוד כלפי בעלה כאילו חזר למשרתו. מרלבורו טייל ברחבי מינדלהיים, וחשד כי היא תשוב לריבונות בווארית עם תום שיחות השלום.
לאורך מסעותיו הוא נותר בקשר עם חצרו של ג'ורג' מהנובר, והיה נחוש להבטיח ירושה בווארית ללא שפיכות דמים לאחר מותה של אן. הוא שמר על קשר גם עם היעקוביטים. באותה תקופה לא ראו בעין רעה את המשך הקשרים שלו עם אחיינו, דוכס ברוויק, שהיה בנו הלא-חוקי של ג'יימס השני.
ב-22 באפריל 1713 חתמו נציגי בעלות הברית על הסכם אוטרכט, שסימל את הפיכתה של בריטניה למעצמה גדולה. מבחינה פנימית היא נותרה מפולגת בין סיעות הוויגים, הטורים, היעקוביטים וההנובריים. מרלבורו ידע היטב על חוסר השקט הפנימי בעת ששהה בגלות, והיה דמות רבת עוצמה בפוליטיקה הארצית, בין השאר בגלל שרידי חיבתה של אן כלפיו. לאחר מות בתו אליזבת' מאבעבועות שחורות במאי 1714 הוא יצר קשר עם המלכה. אף על פי שתוכן המכתב לא נודע עד היום, ייתכן כי אן זימנה אותו בחזרה לאנגליה. נראה גם כי מרלבורו הצליח להגיע להסכם שלפיו הוא יוחזר לתפקידיו הקודמים.
כוחו הפוליטי של הארלי החל להיחלש, ואן פנתה אל סנט ג'ון ומרלבורו על מנת שיטלו על עצמם את ניהול הממשלה ויבטיחו יציבות שלטונית. בריאותה של אן הייתה רעועה, והיא מתה ב-12 באוגוסט 1714 - יום חזרתם של מרלבורו ואשתו לאנגליה. המועצה המלכותית הכריזה מיד על הנסיך הבוחר של הנובר כמלך ג'ורג' הראשון מאנגליה. עלייתו לשלטון של ג'ורג' סימנה את סוף דרכם הפוליטית של הארלי וסנט ג'ון. מרלבורו עצמו התקבל בברכה באנגליה. ג'ורג' לא שכח לחלוטין את קשריו של הדוכס עם קודמיו בתפקיד ואת צעדיו נגד הרסטורציה היעקוביטית, ולפיכך התכוון לאפשר לו לעסוק רק בתפקידים צבאיים, שבזכותם מרלבורו חזר להיות אדם רב השפעה ומכובד בארמון המלוכה.
חזרתו לגדולה תחת בית הנובר איפשרה לו לנהל את הצבא במהלך המשבר היעקוביטי של 1715 שהתרחש בלונדון, אך רק באופן חלקי בגלל בריאותו הרעועה. גם לאחר תום המשבר המשיכה בריאותו להתדרדר, וב-8 ביוני 1716, זמן קצר לאחר מות בתו אן, הוא סבל משבץ שגרם לו לשיתוק. בנובמבר הוא לקה בשבץ חמור יותר, הפעם בביתו שבאחוזת בלנהיים. מרלבורו התאושש במידת מה, ואף על פי שהחל לגמגם הוא היה מסוגל לחשוב בצלילות, והיה מספיק חזק על מנת לרכב על סוסו כדי לצפות בפועלים שבנו את ארמון בלנהיים, ולנכוח בהצבעה בבית הלורדים על הדחתו של הארלי.
ב-1719 עברו מרלבורו ואשתו לאגף המזרחי של הארמון הלא גמור, אך הוא זכה ליהנות מביתו החדש רק במשך שלוש שנים. ביוני 1722, זמן קצר לאחר יום הולדתו ה-72 ובעת ששהה באכסניית וינדזור, הוא סבל משבץ נוסף. בשעות הבוקר המוקדמות של ה-27 ביוני, בנוכחותן של אשתו ובנותיו הנותרות הנרייטה גודולפין ומארי מונטגיו, הלך מרלבורו לעולמו. מקום קבורתו הראשון היה בקמרון בקצה המזרחי של קפלת הנרי השביעי במנזר וסטמינסטר, אך בעקבות צוואתה של שרה (שמתה ב-1744) הועברה גופתו לקבורה לצידה מתחת לקמרון שבקפלה בבלנהיים.
הערכת הישגיו ותכונותיו.
חיים אישיים.
לפי ההיסטוריונים הצבאיים דייוויד צ'נדלר וריצ'רד הולמס, מרלבורו הוא גדול מפקדי הצבא הבריטי בהיסטוריה. אולם, ההיסטוריון הוויגי תומאס מקאולי מותח ביקורת על מרלבורו לאורך כל ספרו "History of England", אך ג'ון וילסון קרוקר הגיב לכך באמצע המאה ה-19 וטען כי הוא רודף את מרלבורו ללא הצדקה. בנוסף לכך, קרוקר ומקאולי היו יריבים בעקבות ביקורת שמתח מקאולי על עבודת העריכה שקרוקר ביצע בספר Boswell's Life of Johnson. לפי ההיסטוריון ג'ורג' מקאולי טרווליין תומאס מקאולי ביסס את עמדתו העוינת כלפי מרלבורו על תועמלנים טורים, מיריביו של הדוכס ושל אשתו, משלהי תקופת אן. בתגובה לכך כתב וינסטון צ'רצ'יל את עבודתו "", המשתרעת על פני שישה כרכים.
מרלבורו היה אדם מאוד שאפתן, ושאף תמיד להשיג עושר, כוח ומעמד חברתי יותר טוב, ובשל כך זכה למוניטין של תאב בצע וקמצנות. ייתכן והתכונות הללו הועצמו מסיבות שונות כגון שיוך פוליטי, אך ההיסטוריון ג'ורג' מקאולי טרווליין טוען כי ממילא רוב ראשי המדינה באותה תקופה היו עסוקים בהקמת משפחות ובבניית אחוזות על חשבון הציבור, וכי מרלבורו היה שונה בכך שהעניק לציבור תמורה הולמת על כספו. הוא היה יכול להיות חסר מצפון במהלך ניסיונותיו להשיג כוח והשפעה, כפי שניתן לראות בנטישתו את ג'יימס השני. מקאולי התייחס לכך כאנוכיות כלפי פטרונו, וג. ק. צ'סטרטון חיזק את העמדה הזו ואף השווה את מרלבורו ליהודה איש קריות.
עם זאת, טענה זו אינה מתאימה לנאמנותו למלכה אן לאחר התפוררות הידידות ביניהם עד 1714. חולשתו של מרלבורו בתקופת שלטונה של אן נבעה בעיקר מהמצב הפוליטי באנגליה. נחישותו לשמר את עצמאות הממשל של המלכה משליטה על ידי סיעה פוליטית זכתה בתחילה לתמיכה מלאה, אך כאשר ההעדפה של אן עברה לצד אחר הוא וגודולפין מצאו את עצמם מבודדים; בתחילה הוא היה מעין משרת של הוויגים, ולאחר מכן קורבן של הטורים. אולם, המוניטין שלו מבוסס בעיקר על הישגיו כחייל ולא כמדינאי או אחד מאנשי ארמון המלוכה.
טרווליין טען כי התנהגותו של מרלבורו במהלך המהפכה של 1688 היא סימן למסירותו הרבה לחירות האנגלית ולדת הפרוטסטנטית.
איש צבא.
מרלבורו היה בעל יכולת תפיסה רחבה, וכבר מתחילת מלחמת הירושה הספרדית הצליח לראות את העימות באופן כללי. הוא היה אחד מגורמי ההשפעה החזקים ביותר לכיוון איחוד אמיתי בקרב הברית הגדולה, אך הארכת המלחמה על מנת להחליף את פליפה החמישי כמלך ספרד הייתה טעות משמעותית. מרלבורו הואשם בכך שלא הביע ספקותיו בנוגע לחיזוק הכוחות. ספרד הוכיחה כי היא אבן שואבת לכוח אדם ולמשאבים, ולבסוף מנעה את השלמת ניצחונו בזירת המלחמה העיקרית שבפלנדריה. חברות הברית היו על סף ניצחון מוחלט במספר מקרים, אך התנאים הנוקשים שהוצבו בפני לואי מנעו את הסיכוי לסיום מוקדם של המלחמה. אף על פי שמרלבורו איבד את השפעתו הפוליטית בשלהי המלחמה הוא נהנה מיוקרה רבה מחוץ לאנגליה, אך כיוון שכשל בהסברת עמדותיו לבני בריתו או פטרוניו הפוליטיים הוא נושא באחריות מסוימת לאורך המלחמה.