המוזיקה ב-"Brighter than a Thousand Suns" מ-1986 הייתה ברובה דומה לסאונד ולמצב הרוח ב"Love Like Blood". בהשפעת ההצלחה של אלבומם החמישי, קילינג ג'וק החליטו לגייס שוב את קימסי כדי שיטפל בהפקה. לא פחות כבד ואגרסיבי מהאלבומים הקודמים שלהם, "Brighter than a Thousand Suns" התפצל מוזיקלית בדרכים שגרמו למחלוקת בין המאזינים. במקרה הזה, חוסר הסכמה בין מעריצים למבקרים כללו דעות על האם הלהקה נכנעת ל-E.G ומפתחת מוזיקה עם סאונד יותר מסחרי, לבין שהמוזיקה עדיין הייתה רלוונטית למאזינים שנהנו מפוסט-פאנק. האלבום היה כישלון מסחרי בהשוואה למאמצים הקודמים, נכשל להגיע ל-50 הראשונים בטבלאות הבריטיות. למרות זאת, שני סינגלים שוחררו מהאלבום "Adorations" ו-"Sanity" והלהקה המשיכה בסיבוב ההופעות המצליח עד סוף השנה.
ב-1987, הלהקה התחילה לעבוד על אלבום חדש שהוצג על ידי קולמן וג'ורדי כפרויקט סטודיו לשאר הלהקה. רייבן לקח חלק בפרויקט אך היה לא מרוצה מהתוצאה וביקש ששמו יוסר מהקרדיטים באלבום. פרגוסון הקליט את התופים בברלין, אבל על פי קולמן פוטר כי לא היה יכול לעמוד בזמנים, גרסה לאירועים שרייבן חלק עליה בעתיד והצהיר שהוא מכיר את פול ושכל דבר שהוא עושה, הוא עושה טוב. אם זה לא היה טוב, הוא היה נשאר עד שזה היה טוב. המתחים גרמו לשני המוזיקאים להיות מושעים מהלהקה ג'ימי קופלי הובא כדי לתופף באלבום, יחד עם נגן כלי ההקשה ג'ף סקנטלברי.
התוצאה הייתה האלבום Outside the Gate מ-1988, האלבום הכי שנוי במחלוקת של קילינג ג'וק בעקבות השימוש הרב בסינתיסייזר בו ומחלוקת סביב האיכות של החומרים בו. מגזין סאונדס אמר על האלבום ש"זה אלבום עקשן וחד משמעי שנכשל בהכול חוץ מבהיגיון הפשוט שלו להגיע לסופו, מותיר אותנו חמוצים ולא מתרשמים." NME חלק את אותה נקודת המבט ותיאר אותו כ"ארוחת בוקר פרטית של רעיונות המתארת את ג'אז המסכן מדדה בחול טובעני עם הג'ינס שלו לא מקופלים מעל הברכיים שוב. יותר גרוע... נדמה שהוא מדדה בדיוק לאותו כיוון." "Outside the Gate" סוטה מהסגנון המקורי של קילינג ג'וק ומתמקד בעיקר בקלידים של ג'אז במקום בגיטרה של ג'ורדי, שממש "טבעה" באלבום הזה. שני סינגלים שוחררו מהאלבום, "America" ו-"My Love of This Land" אבל עשו רק מעט כדי לשפר את גורלו. וירג'ין העיפה את הלהקה חודשיים לאחר שחרור האלבום. כאן גם נגמר שיתוף הפעולה שלהם עם חברת ההקלטות E.G.
ליין אפ מתוקן ו"Extremities, Dirt &amp; Various Repressed Emotions" (1989–1991).
לקראת הסוף של 1988, קולמן וג'ורדי חיפשו בסיסט ומתופף קבועים וחברו למתופף לשעבר של Public Image Ltd. ולבסיסט לשעבר של הסמית'ס (שפוטר אחרי שלושה ימים). בסוף הלהקה חברה לדייב בול וחזרו להופיע מדצמבר 1988 עם הלהיטים שלהם מ-1980-1985עם קצת מהחומרים החדשים שהזכירו את העבודות הישנות שלהם. ההופעות המשיכו באירופה ובארצות הברית עד אוגוסט 1989, עד שהלהקה לקחה הפסקה כדי לעבוד על שירים חדשים בגרמניה ולאפשר לקולמן זמן להקליט את "Songs from the Victorious City" עם אן דאדלי מארט אוף נויז.
מסיבות לא ברורות, ההקלטות של קילינג ג'וק בגרמניה נגנזו, הבסיסט עזב את הלהקה והוחלף על ידי חבר העבר רייבן. הליין אפ המתוקן התחיל להקליט שוב, הפעם בלונדון. התוצאה הייתה האלבום השמיני של קילינג ג'וק, "Extremities, Dirt &amp; Various Repressed Emotions" ששוחרר תחת חברת ההקלטות הגרמנית נויז אינטרנשיונל ב-1990. האלבום כלל את המוזיקה הכי רועשת וכבדה שאי פעם הייתה בתקליט של קילינג ג'וק, למרות שהרוח הפרוגרסיבית משני האלבומים הקודמים נותרה. "Money Is Not Our God" היה הסינגל העיקרי. שוב, הלהקה הופיעה באירופה ובצפון אמריקה אבל באמצע 1991 הליין אפ המבטיח התפרק. קולמן היגר לניו זילנד כדי לחיות באי מרוחק, וקילינג ג'וק נכנסה להפסקה זמנית.
אטקינס המשיך עם ג'ורדי, רייבן והקלידן של הלהקה בהופעות חיות ג'ון בצ'דל בלהקה .Murder Inc שלא שרדה הרבה, יחד עם סולן סקוטי ופרגוסון כמתופף שני.
האיחוד עם יות' ותקופת באטרפליי.
אוסף של קילינג ג'וק בשם "Laugh? I Nearly Bought One!", שוחרר ב-1992; בזמן הפקתו, ג'ורדי חידש קשר עם יות' שהציע שיחזרו להיות להקה ושהוא יהיה הבסיסט שוב. באותה השנה יצאו הסינגלים "Change" ו"Wardance" שעובדו על ידי יות', שהיה אז מפיק מצליח.
קולמן הפיק את האלבום "Churn" של להקה ניו זילנדית ב-1993. המתופף של הלהקה הניו זילנדית תופף באלבום הבא של קילינג ג'וק. מערכת היחסים ביניהם הופסקה עקב מחלוקות סביב התשלום של להקתו של המתופף לקולמן על הפקת האלבום שלהם.
קילינג ג'וק תבעו את נירוונה על העתקת הריף ששומש ב-Come as You Are משירם Eighties. התביעה בוטלה עקב התאבדותו של קורט קוביין.
הלהקה שחזרה לפעילות הקליטה שני אלבומים תחת חברת ההקלטות של יות' באטרפליי רקורדס, "Pandemonium" ו "Democracy."
"Pandemonium" (1994) כלל סאונד מטאלי, ריטואלי שהגיע ל-20 האלבומים הראשונים ברשימות הבריטיות. הסינגל ששמו זהה לשם האלבום הגיע לבד ל-30 הראשונים. ב-1995, הלהקה הקליטה את השיר "Hollywood Babylon" לפסקול הסרט נערות שעשועים. "Democracy" מ-1996 שילב בהצלחה גיטרה אקוסטית במוזיקה, יוצר סאונד של "להקת הופעות" שוב. הסינגל ששמו זהה לשם האלבום שוב הגיע למצעדים, הפעם ל-40 המקומות הראשונים ברשימה הבריטית.
אחרי סיבוב ההופעות של דמוקראסי, הלהקה יצאה להפסקה זמנית. קולמן ויות' הפיקו אלבומים מצליחים המבוססים על אגדות כגון פינק פלויד, לד זפלין והדלתות. קולמן הפך למלחין לתזמורות ניו זילנדיות וצ'כיות ואף השתתף בסרטים.
איחוד, שני אלבומים נוספים ומותו של רייבן.
ב-2002, ג'ורדי, קולמן ויות' הקליטו את הסלף טייטלד (אלבום שנושא את אותו שם כמו שם הלהקה) השני שלהם, עם דייב גרוהל על התופים, שהופק על ידי אנדי גיל ושוחרר ב-2003. ב-2003 הלהקה ניגנה בפסטיבל הכי גדול באירופה בפולין. המלחמה בטרור והפלישה לעיראק היו גורמים גדולים לחזרתם, מה שמשתקף במילים של השירים באלבומם, המבוסס על מלחמה, שליטה ממשלתית וארמגאדון. האלבום היה האלבום הכי כבד שלהם עד כה, וכלל את הסינגלים "Loose Cannon" שהגיע ל-25 הסינגלים המובילים באנגליה ו"Seeing Red". האלבום לווה בסיבוב הופעות בארצות הברית, אירופה ואוסטרליה ב-2003–2004 יחד עם המתופף טד פרסונס.
בפברואר 2005, יחד עם המתופף בן קלברט, קילינג ג'וק ניגנה 2 הופעות ב-O2 שפרד'ס בוש אמפייר בלונדון כדי להנציח את יום ההולדת ה-25 של הלהקה. דיסקים ו-DVD של ההופעות יצאו בסתיו של אותה שנה. ביוני, גרסאות מחודשות ומורחבות של דמוקרסי ופנדמוניום שוחררו על ידי חברת Cooking Vinyl. גרסאות מחודשות של ארבעת האלבומים הראשונים שלהם יצאו ביולי. ב-2008, רזה אודהין הצטרף ללהקה כקלידן כשהם תמכו בסיבוב ההופעות הבריטי של מוטלי קרו ולאחר מכן עבדו על אלבום חדש בפראג. התרומה של קילינג ג'וק לעולם הרוק קיבלה היכר כאשר הם זכו בפרס הישג החיים של קראנג. הם הקליטו את האלבום החדש שלהם במרתף מתחת לאולפן הקלטות בשם "Hell" בפראג, מה שיצר את "," שיצא באפריל 2006 והגיע ל-75 המקומות הראשונים בטבלאות הבריטיות.
במהלך סיבוב הופעות אירופאי ב-2006, רייבן פתאום עזב כדי להופיע עם מיניסטרי והוחלף זמנית על ידי נייל בראון. באוקטובר הודיעו שקולמן נבחר למלחין של האיחוד האירופי כדי לכתוב מוזיקה לאירועים מיוחדים.
בתחילת 2007 קילינג ג'וק הוציאה 3 קולקציות ארכיון. הראשונה, "Inside Extremities" הייתה אלבום כפול של חומרים מההכנות של הלהקה לאלבום "Extremities," הכוללת חזרות, מיקסים נדירים, שיר גנוז בשם "The Fantic" שראה אור לראשונה והופעה באורך מלא מסיבוב ההופעות של "Extremities." שני האוספים הבאים נקרו "Bootleg Vinyl Archive." כל אחד מהם הכיל קופסה עם שלושה דיסקים של הקלטות חיות שבמקור שוחררו בשנות השמונים ובנוסף הופעה מאסטוריה מסיבוב ההופעות של "Pandemonium" (שהוצבעה כאחת ההופעות הכי טובות אי פעם בקראנג). האלבום "Extremities, Dirt &amp; Various Repressed Emotions" שהפסיקו לייצר חזר לייצור בגרסה משופרת.
ב-20 באוקטובר, רייבן מת מכשל בלב לפני הקלטות בשווייץ. לזכרו, קולמן הרכיב את השיר "The Raven King" שהופיע באלבום הבא של הלהקה. ב-2008 כל האלבומים שלא הוצאו מחדש בגרסה משופרת עם שירי בונוס הוצאו גם הם.
איחוד הליין-אפ המקורי (2008-ימינו).
אחרי מותו של רייבן, הליין-אפ המקורי של קולמן, ג'ורדי יות' ופרגוסון התאחד. קולמן סיפר למגזין "טרורייזר" איך קרה שאחרי 20 שנות היעדרות פרגוסון חזר: "הכל התחבר כשכולנו נפגשנו בהלוויה של...רייבן. אפקט האיחוד שזה עשה על כולנו מצחיק. זה גרם לנו להבין שאנחנו לא בני אלמוות וכמה קילינג ג'וק חשובה לכולנו."
הם התאחדו בגרנדה (ספרד), בתוכנית סיבוב הופעות שכוללת 2 לילות בערי בירה אחדות בעולם, מנגנים תוכנית של 4 אלבומים שלמים. החזרות הונצחו לנצח על "Duende - The Spanish Sessions." סיבוב ההופעות החל בספטמבר בטוקיו ונגמר בשיקגו באוקטובר.
הלהקה הופיעה אז בכמה פסטיבלים, כולל All Tomorrow's Parties, Sonisphere Festival וRebellion Festival, בין ההופעות הראשיות בחלקם. הם גם הופיעו באוהל הכי גדול ב"אייסל אוף וייט" ב-2009 אחרי שנבחרו על ידי טים בורגס, הסולן של דה שרלטנס.