עדויות לקברו במירון החלו בסוף המאה ה-11 ותחילת המאה ה-12. יעקב בן נתנאל הכהן, שכתב יומן מסע בארץ ישראל במאה ה-12 (כ-1000 שנים אחרי פטירת רבי שמעון), כתב שיש ציון לרשב"י במירון: "במירון ר' שמעון בן יוחאי עם בנו, שני ציונים בבית המדרש שלו, כי עדיין הוא קיים." כתבים של עולי רגל אחרים מאותה תקופה או מעט קודם לכן, המתייחסים למירון ומציינים שם את מקום מערת הלל ושמאי (הסמוכה בכמה מטרים למתחם קבר הרשב"י), אינם מציינים את קבר רשב"י או בנו.
הקבר בפתח המערה.
בחדר קטן בכניסה למבנה הקברות, בצד המדרגות לגג מצוין קבר המיוחס לרבי יצחק ציון זה מוזכר לראשונה בכתבי השל"ה (כ-1400 שנה אחרי תקופת רשב"י).
על פי התלמוד הבבלי כשנפטר רבי יוסי בן רבי אלעזר (נכדו של רשב"י) הביאוהו למערת אביו, והיה נחש על פתח המערה. אמרו לנחש שיפתח פיו ויכנס בן אצל אביו ולא פתח. העם היו סבורים לומר שזה גדול מזה, יצתה בת קול ואמרה: "לא מפני שזה גדול מזה. אלא, זה היה בצער מערה וזה לא היה בצער מערה". באותו נושא הגמרא במסכת סנהדרין מספרת כי רבי יהושע בן לוי מצא את אליהו הנביא בפתח מערת רבי שמעון בר יוחאי ואמר: "שנים ראיתי וקול ג' שמעתי". בתשובה לכך המהרש"א טען כי "אפשר שהם רשב"י ובנו ר' אלעזר ברבי שמעון, ובן בנו ר' יוסי בן רבי אלעזר". הרב ישעיה אשר זליג מרגליות ביאר כי לכאורה לא נטמן בגוף המערה אלא בפתחה או סמוך לה.
ראשית הפולחן.
על פי ההיסטוריון אלחנן ריינר, ניהלו את המקום יהודים מוסתערבים עוד קודם לגירוש ספרד והתבססות קהילה ספרדית בארץ ישראל, כאשר הקהילה הספרדית שהתבססה בארץ במאה ה־16, ירשה את המתחם ואת מנהגי ל"ג בעומר בו, מהקהילה הוותיקה.
המנהג שהיה רווח לפני העלייה לקבר הרשב"י היה עלייה למערת הלל ושמאי בפסח שני, מנהג שקשור בניסים של מים שנבעו מהמערה, ולתפילה על הגשמים. עדות מהימנה לעלייה לקבר הרשב"י בל"ג בעומר יש רק מהמאה ה-15. לפיה:
במאה זו יש תיעוד של יחוס ל"ג בעומר לתאריך חתונתו של הרשב"י, וכן של פטירתו. למעשה, מקור המילה "הילולה" הוא במילה הארמית ל"כלולות". עם זאת, באותה התקופה עדיין מדווח על עלייה למירון להורדת גשמים בעת בצורת בקברי הלל ושמאי. למעשה, עד שלהי המאה ה-15, מרבית הדיווחים קבעו כי העלייה היא לקברי הלל ושמאי, והזכירו את קברי הרשב"י ובנו כבעלי חשיבות משנית ולא כיעד לעלייה. דיווח בסוף המאה ה-15 מעיד על עלייה לקברי הרשב"י ובנו בשלושת הרגלים, הכוללת הופעת מים כגשם, ומאותה התקופה נעלמת, בהדרגה, ההתייחסות לקברי הלל ושמאי. ככל הנראה, המעבר מקברי הלל ושמאי לקבר הרשב"י נעוץ במסורת ספר הזהר, שהובאה על ידי יהודי ספרד שעלו לארץ בתקופה זו. כמו כן, נהוג היה אז לערוך משמרות תפילה על קברו בראש חודש. במאה ה-16 נבנה מבנה על הקבר.
חלק מן המעבר המתואר היה נעוץ בהעתקת המשמעות מדגש פולחני על קדושת ההר, לדגש פולחני על קדושת הצדיק הקבור בו. כמו כן, ייתכן שדמותו של הרשב"י היוותה תחליף מיתי לדמותו של יהושע בן נון, שהר מירון יוחס גם לו. המרה זו מסבירה מדוע התאריך עבר מפסח שני, הוא י"ד באייר, לל"ג בעומר, הוא י"ח באייר, התאריך של צום יהושע לזכר מותו. מלבד התאריך, קיימת עדות מהמאה ה-14 המזהה את קברו של יהושע בהר מירון, לימים מוקד העלייה לרגל בל"ג בעומר. הר מירון זוהה באותה תקופה כמי מרום, אתר הלחימה של יהושע במלכי הצפון. בנוסף, ייתכן שחצור, אותה החריב יהושע, זוהתה עם מירון והייתה בעלת משמעות סמלית רבה. כמו כן, מותו של יהושע מוזכר בהקשרים של רעידת אדמה, בדומה לתכונת הרעדת האדמה של הרשב"י. מלבד זאת, סביר כי המעבר נעוץ בכך שההילולות נמשכו שלושה ימים, מפסח שני עד ל"ג בעומר, והתאריך החשוב הפך לתאריך סיום ההילולה. בתוניסיה נהוג גם בעידן המודרני לערוך סעודה לרבי מאיר בעל הנס או לרשב"י בפסח שני, דבר העשוי להעיד על התאריך המקורי של הילולת הרשב"י.
כאמור, המנהגים הקודמים היו בעיקר תפילה על המים. אולם, עולי ספרד הביאו מנהגים עשירים יותר, והפכו את מירון למקום התעלות רוחנית. שלושת סוגי הביקורים במירון היו: ביקור לשם תפילה בעתות משבר, ותפילה להורדת גשם בסוכות; ביקורי מקובלים וחבורותיהם לצורכי התייחדות ועיון בזהר בשלושת הרגלים כתחליף לעלייה לירושלים, בהשראת האר"י; קביעות של לימוד תורה וקבלה לצורך תפילה ותיקון על הגלות. התייחדות במירון בהקשר קבלי המשיכו, בתאריכים שונים, גם במאות הבאות. המשמעות הרוחנית של העלייה למירון, הייתה חלק בלתי נפרד מהתפיסה החדשה, הקבלית, של חיבור לנפש הצדיק המת ולאלוהות, באמצעות מקום קבורתו, לצורך התעלות. קבר הרשב"י היה היעד המרכזי, אך נוספו אליו גם ההשתטחות על קברי הלל, שמאי ור' יוחנן הסנדלר.
במאה ה-16 ניתן דיווח על ישיבה של שלושה ימים של האר"י ואנשי ביתו בל"ג בעומר, וכן של גילוח שערות בנו, כמנהג שכבר היה קיים, כנראה מנהג עממי:
עלייה זו נחשבת על ידי רבים למקורה של הילולת בר יוחאי.
בראשית מלחמת העצמאות נתפס אזור מירון בידי צבא ההצלה הערבי, אך מתחם קבר הרשב"י כמעט ולא ניזוק, למעט שימוש בחלק מחדריו לבהמות. המתחם היה נקודת מפתח בכיבושה של מירון הערבית במהלך מבצע חירם בשלהי אוקטובר 1948.
ניהול ובעלות.
החל משלהי התקופה העות'מאנית אתר קבר הרשב"י מנוהל כהקדש ציבורי על ידי הקדש היהודים הספרדים בצפת. קיימת מחלוקת בשאלה האם ההקדש הספרדי ניהל את האתר עוד קודם לכן, או שהמקום נרכש ונרשם על שמו רק ב־1888. ב־1920 נרשם המקום בלשכת רישום המקרקעין המנדטורית, כאשר מרבית השטח נרשם על שם ההקדש הספרדי, בעוד שטח קטן נרשם על שם ועד ההקדשות, ההקדש האשכנזי של צפת. סביבות המתחם הם אדמות בבעלות מינהל מקרקעי ישראל.
בשנת 1954 הציע משרד הדתות לשפץ את המבנה. אולם האפוטרופסים על הקבר התנגדו לכל שינוי במבנה. בעקבות זאת הציע ועדה של משרד הדתות להקים רשות מיוחדת שתנהל את הקבר ויצאה בתחרות לתכנון שיפוצים במקום שיאפשרו את החגיגות ההמוניות. בתחרות זכתה תוכניתו של האדריכל יוסף שנברגר. בשנת 1963 הרסו הפועלים את אחד מהלוחות העתיקים שעל הציון מתוך כוונה לישר את הציון ולהניח עליו לוחות שיש.
ב־1976 נחתם הסכם בין ההקדש הספרדי למשרד הדתות, לפיו ישכור המשרד את המתחם לתקופה של 5 שנים. תקופה זו הסתיימה ב־1981, אז חזר המתחם לניהול ההקדש הספרדי. עם זאת, במהלך התקופה נאחזו במקום מספר ארגונים וגופים שונים, שסירבו להתפנות ממקומם לאחר מכן.
פיצולים ומחלוקות שונות בהקדשות, הובילו לכך שארבעה גופים ציבוריים שונים היו מעורבים בניהול המתחם, בנוסף למשרד הדתות והמרכז הארצי לפיתוח המקומות הקדושים, שהזרימו כספים לתחזוק המקום ולאירוע ל"ג בעומר השנתי. ההקדשות השונים משתמשים לצורכיהם בכספים הנאספים בקופות צדקה שונות, הפזורות במתחם.
החל מ־1998 מתנהלת התדיינות משפטית בשאלת הבעלות על האתר, בין ארבעה גופי הקדש שונים, שהם התפצלויות של ההקדש הספרדי והאשכנזי הוותיקים. ההתדיינות נערכה הן בבית הדין הרבני, והן בבית המשפט המחוזי, כאשר ערעורים הוגשו לבית המשפט העליון. מדינת ישראל הייתה מעורבת אף היא בהתדיינות המשפטית בסוגיה, ולבסוף ב־2008 החליט בית המשפט העליון על מינוי ועדה בת חמישה חברים (אחד מכל גוף הקדש, ונציג המדינה כיו"ר), שתנהל את המתחם.
בשנת 2008 פרסם מבקר המדינה דו"ח חמור על המצב במקום, לפיו:
המבקר המליץ לבחון בהקדם את האפשרות למסור את הניהול והתחזוקה של מתחם הקבר והשטחים מסביבו לידי גורם מרכזי אחד - מטעם המדינה או גורם אחר בפיקוחה. בעקבות דו"ח המבקר והתרעת חבר הכנסת משה גפני, מונתה ועדה מטעם המדינה המכונה "ועדת החמישה" ובה מיוצגים נציגי ארבע הקדשות, ונציג מטעם המדינה המשמש כיושב ראש הוועדה.
ניסיון הלאמה והליך משפטי.
בסוף שנת 2011 החליטה ממשלת ישראל להלאים את האתר מידי ההקדשות, ולהעבירו לבעלות המדינה. מאבק עז נוהל על ידי גורמים בעדה החרדית, שפחדו מאיבוד השליטה ושינוי צביונו של האתר. בסוף 2013 חתם שר האוצר על צו המפקיע את הבעלות על המקום מידי ההקדשות, ומעביר אותה לידי חברה ממשלתית חדשה. עם זאת, בינואר 2016 החליטה הממשלה לפרק את החברה הממשלתית ולהעביר את תחומי אחריותה לעמותה הממשלתית, המרכז הארצי לפיתוח המקומות הקדושים.
ב־2014 ההקדשות עתרו לבג"ץ כנגד ההפקעה. בשל שביתת פרקליטים שאירעה בסמוך לתאריך הדיון המקדים ומשיקולים שונים, הסכימו נציגי המדינה לקיצור תהליכים ולהתייחסות לעתירה כאילו הוחלט בה על מתן צו ביניים בידי בג"ץ ועל כן לעכב את הליכי ההפקעה, וזאת למרות שבפועל לא הוצא צו כזה, וביד נציגי המדינה הייתה האפשרות להתנגד לכך. המשך הדיון בנושא התעכב כשנתיים, ועל המדינה אף הוטלו הוצאות משפט כבדות בשל איחור רב במתן תשובה.
בקיץ 2016 מסרו נציגי המדינה הודעה לפיה היא מציעה הידברות עם נציגי ההקדשות על מנת להגיע לפתרון מוסכם בסוגיה. בג"ץ הסכים להצעה זו ואף נתן הארכות רבות לניסיון הפשרה למשך כשנתיים עד קיץ 2018, שבו נמסר כי הצדדים לא הגיעו לפתרון מוסכם ועל כן נקבע תאריך לדיון נוסף. בסתיו 2018, מעט קודם תאריך הדיון, הסכימו הצדדים על הליך גישור. הליך הגישור קיבל הארכות רבות, ובראשית 2020 הודיעו הצדדים כי הוסכם על תקופת ניסיון של 3 שנים בה ינוהל האתר בידי מנכ"ל מקצועי ויפונו פולשים למתחם, ובסיומה תוכל המדינה להתחיל מחדש את הליך ההפקעה במידה ולא יפתרו הבעיות במקום. ההסכם קיבל תוקף של פסק דין בידי בג"ץ.
הפולחן בקבר הרשב"י.