בהונגריה כלל הציבור נותר מחויב להשתייך לעדות הדתיות השונות, נוצריות ויהודיות כאחד, ולשלם להן מיסים. הקהל היה לרוב אדיש ומרוחק מחיי הדת, ונטה להתערות מלאה בחברה הסובבת. בדומה לארצות האחרות בהן ניתנה אמנציפציה, היהודים הוגדרו-מחדש רשמית (הן בידי עצמם במאבקם לזכויות שוות והן ובידי הרשויות) ככנסייה של "בני דת משה" השייכים ללאום המקומי, ולא עוד כקורפורציה נפרדת שתפקדה כקהילה סגורה. בהונגריה הליברלית – שממשלתה נזקקה להזדהות היהודים כהונגרים משום שהמגיארים היוו מיעוט בארצם מרובת-העממים, ונצרכה להם גם בגלל תפקידם המרכזי בכלכלה – תהליך ההגדרה של היהדות כדת בלבד הרחיק לכת יותר מבכל מדינה אחרת באירופה. בגרמניה ואפילו בצרפת שיתפו יהודים בני השקפות שונות פעולה במאבק נגד האנטישמיות העולה, ונגד דעות קדומות מן הסוג הישן; אך העימות הבין-קבוצתי החריף והחשש האורתודוקסי העמוק מהשתלטות נאולוגית, לצד הסובלנות המופגנת של הממשל, מנעו כל התארגנות כזו בהונגריה עד התחזקות האנטישמיות בין מלחמות העולם.
היסודות המשפיעים והאמידים ביותר ביהדות הונגריה נמנו רשמית על הזרם הנאולוגי: מבין 346 יהודים לא-מומרים שקיבלו תואר אצולה עד 1918, רק שניים היו אורתודוקסים, ומבין 60 היהודים הלא-מומרים שנבחרו לפרלמנט אף אחד לא היה אורתודוקסי. רמת הטמיעה הלשונית-תרבותית הייתה כמעט מוחלטת. לדוגמה, רק ב-1% מבין בתי-הכנסת הנאולוגים הוסיפו הדרשות להיערך ביידיש לעומת 20% אצל האורתודוקסים, שגם הם אימצו בכנות ואף בהתלהבות זהות לאומית הונגרית אך נותרו בולטים יותר בשונותם והקפדתם הדתית. בזירה הפוליטית, היו חברי הפלג – כמו הנוצרים הפרוטסטנטים – מזוהים עם המחנה הליברלי, ששאף ליצור זהות לאומית מגיארית אחידה וחילונית לבני העמים השונים בממלכה. נציגיהם בפרלמנט תמכו במדיניות המגיאריזציה הנוקשה שננקטה כלפי המיעוטים האתניים, במאבק בזכויות-היתר של הכנסייה הקתולית ובקידום חקיקה אזרחית שנועדה להחליש את שליטתה של זו בחברה הכללית. בשנות ה-90 של המאה ה-19 הובילו הנאולוגים את המערכה הציבורית להפיכת היהדות ל"דת מקובלת" (bevett vallás) על ידי המדינה, מעמד שנשלל ממנה עד עתה; הכרה כזו הקנתה תמיכה כספית מצד הרשויות, חייבה אספקת שירותי דת במוסדות רשמיים כמו הצבא ואפשרה לבני אמונות מקובלות אחרות להצטרף אליה כמומרים. ב-15 במאי 1895 אישר הפרלמנט את החוק הנדרש. עם זאת, הממשלה דחתה שוב ושוב את מינויים של רבנים מייצגים לבית העליון, כפי שניתן לדתות האחרות. לבסוף, רק עמנואל לעף נבחר לתפקיד זה ב-1927, והוא היה היחיד שכיהן בו, במקביל לאורתודוקסי יעקב קופל רייך.
החלוקה הנוקשה על בסיס דתי בין שני הציבורים ותפישתם את עצמם, התקרבו מאוד להגשים את החזון האמנציפטורי של היות היהודים כנסייה דתית ותו לאו. קיומו של זרם נאולוגי רשמי אפשר לחברים הטיפוסיים בקהילות ביטוי לגיטימי לעגן בו את זהותם הנבדלת מול החברה הנוצרית לה היו זרים. הרבנים, העיתונאים ואנשי הרוח של הממסד הנאולוגי נאלצו להתמודד עם אדישות רבה. גולדציהר העיר פעם בציניות על מצב העניינים בו נדרשו יהודים ליברלים להגדיר עצמם כעדה דתית מתוקף עקרונות האמנציפציה, למרות שחסרו כל זיקה פוזיטיבית לדת אליה השתייכו כביכול:
בהתאמה, רבני הקונגרסאים לא נקראו להביע את דעתם לעיתים קרובות, השפעתם הייתה מועטה והם היו מעורבים בסוגיות הלכתיות בודדות. ב-1895, כשהונהגו לראשונה נישואים אזרחיים שאפשרו לבני הדתות השונות להתחתן, דחו הכל את עמדתו של הרב שאנדור רוזנברג מאראד, שהציע להכיר באיחודים כאלה כשהוא מצהיר כי רק נישואין עם שבעה עממים ועובדי אלילים נאסרו במפורש. עמנואל לעף הפריך את טיעוניו. בעת מלחמת העולם הראשונה, בתקופה בה רבו העגונות, עסקו בסמינר במחקר נרחב בשאלת התרתן, ובעת מלחמת העולם השנייה, כשהממשלה אסרה על שחיטה כשרה מטעמים של צער בעלי חיים, הם אסרו הימום חשמלי של הבהמה שהוצע כאמצעי לעקוף את החוק. פולמוס אחר שרבני הנאולוגים נקראו להשתתף בו היה המאבק בציונות, הנושא היחיד שגישר על הקרע עם האורתודוקסים. ב-8 בספטמבר 1897 פרסמו שני הארגונים הארציים הצהרה משותפת בעיתונות, במפגן חסר תקדים של אחדות. הרב שמואל כהן מפשט, שנותרה מרכזם של הקונגרסאים, כתב: . הרב אריה ליפשיץ, יו"ר הוועד המנהל של הפלג האחר, הוסיף:
ב-1896 היו 538 עדות מסונפות ללשכה הארצית הנאולוגית, מתוכן 179 קהילות-אם מבוססות והיתר קהילות-משנה כפופות אליהן. כמעט כולן שכנו במרכז ובמערב המדינה, באזורים המפותחים כלכלית. הממסד הנאולוגי הושתת על כמה רמות: הקהילות, המחוזות והלשכה הארצית. קונגרס כלל-יהודי נועד להיות מכונס מדי פעם בפעם, אך הפילוג סיכל מתווה זה. ב-1907 דחתה הממשלה ניסיון להתוועדות כזו מחשש שהיעדרות האורתודוקסים תבסס הכרה בדעת הקהל בקיומם של שני זרמים נפרדים, דבר שהיה מנוגד למדיניותה הרשמית. היעדרו של גוף נבחרים זה העביר את הסמכויות למעשה לידי נשיאי המחוזות, שבחרו את יו"ר הלשכה. הראשון שמילא תפקיד זה, ממרץ 1871, היה מרטון שווייגר, אם כי בפועל ניהל את העניינים מזכירו יוסף שימון. ב-1905, עם מות שווייגר, ירש אותו מור מזיי שנפטר ב-1925. מחליפו, שנכנס לתפקיד רק ביוני 1927 עקב סיבוכים בירוקרטיים, היה פרנץ מזיי. הוא מת כעבור חודש. ממלא מקומו אדולף קונר התפטר בפברואר 1932. מרכיב מרכזי של הפוליטיקה בלשכה היה החיכוך בין ראשי קהילת פשט הגדולה והעשירה – ב-1880 היו לה 64,000 חברים, מתוך כ-230,000 נאולוגים בכל הונגריה; ב-1930 עלה המספר ל-173,000, כמעט 60% מכלל הארץ – לבין הממסד הרשמי. עם התפטרות קונר החליט שאמו שטרן, נשיא קהילת פשט, לרוץ בבחירות להחלפתו ולאחד את שתי המשרות. יוזמתו של שטרן עוררה התנגדות עזה, אך בנובמבר 1932 קיבל את מירב הקולות וצלח בתוכניתו. הוא ידוע בשל התפקיד שמילא בימי שואת יהודי הונגריה.
ב-1920, לאחר חוזה טריאנון, אבדו להונגריה חבליה הצפוניים שהיו מיושבים אורתודוקסים בצפיפות. החלוקה בין שלוש הסיעות ביהדות הונגריה הוסיפה להתקיים, גם מבחינת ההכרה חוקית של השלטונות, במדינות שנטלו שטחים הונגריים. בסלובקיה וברוס התת-קרפטית שהועברו לשלטון צ'כוסלובקיה, הוקמה ברית עדות נאולוגית עצמאית בנובמבר 1926. בשטחי טרנסילבניה שסופחו לרומניה הקימו הנאולוגים ורוב הסטטוס קוו ארגון קהילתי נפרד. באזורים שהועברו לממלכת יוגוסלביה הקימו הנאולוגים ב-1919 ועד ארצי, שמנה 70 קהילות ב-1930. בבורגנלנד שנמסרה לאוסטריה הייתה רכניץ הקהילה הנאולוגית היחידה, והיא נותרה מחוץ לפדרציה האורתודוקסית שקמה בחבל ב-1922.
השואה ולאחריה.
לאחר המהפכה הקומוניסטית של בלה קון ב-1920, שיהודים רבים נמנו על הנהגתה, והמכה של חוזה טריאנון, החריפה חדות האנטישמיות בהונגריה והפכה למדיניות ממשלתית. אלפי יהודים עשירים המירו את דתם לנצרות. למול המהפך החד, נקלעו הממסד ואנשי רוח נאולוגיים לתהליך של חשבון נפש, התפכחות ואכזבה מהנסיגה באמנציפציה. הצורך להגדיר זהות יהודית פוזיטיבית עבור הקהל, שנדחק יותר ויותר לשוליים בחברה ההונגרית, נעשה דוחק. סופרים והוגים ביקרו את דור ההורים והסבים שלהם שנחפז, בעיניהם, לוותר על זהותו הקיבוצית בשאיפה לשוויון והתפרק ממורשתו בלי לקבל תמורה מלאה של הכלה אמיתית אל תוך החברה. כביתר מרכז ומערב אירופה בין מלחמות העולם, התגברות האנטישמיות יצרה עניין מחודש במסורת (לא, כמובן, במובן של שיבה לשמירתה) ועודדה סולידריות פנים-קהילתית וגם עם יהודי המזרח, שנחשבו עד אז פרימיטיבים דתיים או נוטים ללאומיות יהודית, אידאולוגיה שהייתה מוזרה לדודניהם שווי הזכויות. כותבים נאולוגים אף הביעו תמיכה בתנועת ההתיישבות של יהודי מזרח-אירופה בארץ ישראל כדי להקים שם מדינה או מרכז רוחני, כאמצעי לחיזוק הזהות היהודית הקולקטיבית, בעודם נותרים מחויבים לחזון ההשתלבות בהונגריה ומקווים לחזרה לליברליזם של העבר.
בתכתיב וינה הראשון והשני, ולאחר מכן בעקבות הכיבושים במלחמת העולם השנייה, הושבו להונגרים רבים מהשטחים שהחזיקו בהם לפני טריאנון. האוכלוסייה היהודית במדינה גדלה מאוד: מ-445,000 ב-1930 ל-725,000 ב-1941. שיעור הנאולוגים בתוכה הצטמצם בחדות בהתאמה לכך, מ-66% ל-36%. מתוך 740 הקהילות שנסקרו בהונגריה באפריל 1944, ערב תחילת השילוחים למחנות, היו 167 משויכות לוועד הקונגרסאי.
ב-1948, לאחר השואה, היוו הנאולוגים כמעט 80% מיהודי הונגריה ששרדו ונותרו לחיות בארצם. ב-20 בפברואר 1950, בלחץ השלטון הקומוניסטי החדש, בוטלו הארגונים הקודמים והוקמה "הנציגות הארצית של בני דת ישראל בהונגריה." עד לנפילת מסך הברזל, היה סמינר בודפשט, שהוסיף לפעול ברוח התנועה, המוסד היחיד להכשרת רבנים בכל הגוש המזרחי. הסמכות הדתית הבולטת ביותר של הנאולוגים בתקופת המלחמה הקרה הייתה הרב אלכסנדר שייבר, ראש הסמינר. ב-1989, כשהתאפשר שוב לקיים חופש דת, הוקמה פדרציית הקהילות היהודיות (MAZSIHISZ), שנועדה להיות בלתי-מפלגתית. היא נעשתה לנאולוגית למעשה עם פרישתם מחדש של האורתודוקסים ב-1993. נכון ל-2011 פעלו בארץ 42 בתי-כנסת של הפלג. במפקד האוכלוסין של 2011 הזדהו 10,965 איש כיהודים; מתוך 6,920 שבחרו לתרום אחוז ממסיהם לאחד הארגונים, 5,263 הפנו את תרומתם לנאולוגים. היהדות הקונסרבטיבית רואה בהם "תנועה אחות, הלכתית ולא-אורתודוקסית" והן מקיימות קשרים, אף כי הנאולוגים לא הצטרפו ל'מסורתי עולמי', הארגון הבינלאומי של התנועה.
הפיצול הסיני-סובייטי