המנשביקים והס"רים הימניים תמכו במאבק האיכרים כנגד השתלטות הבולשביקים על אספקת המזון. במאי 1918, בעזרת תמיכה מצד הלגיון הצ'כוסלובקי, הם ייסדו באזור השליטה של הלגיון מעין ממשל סוציאל-דמוקרטי שכונה בשם קומוץ'. בין הצעדים שניסתה ממשלה זו לכונן היה מעבר ליום עבודה בן 8 שעות ופעולות "השבה" של מפעלים ואדמה לבעליהם הקודמים (לאחר שהולאמו בידי הבולשביקים). ביולי שני ס"רים שהועסקו בצ'קה, בליומקין ואנדרייב, ביצעו התנקשות בשגריר הגרמני, הרוזן מירבאך, במוסקבה בניסיון לעורר את הגרמנים לפעולת תגמול ולחדש את הלחימה נגדם. ס"רים שמאליים אחרים ניסו לעורר מרד של חיילים בצבא האדום נגד המשטר. הסובייטים בסיוע כוחות צבאיים של הצ'קה הצליחו לדכא התקוממויות מקומיות אלה, ולנין התנצל אישית בפני הגרמנים על ההתנקשות. בעקבות כך נערכו מעצרים המוניים של הס"רים.
בעקבות סדרה של מפלות בחזית, נקט טרוצקי בסדרה של אמצעים חריפים על מנת למנוע נסיגות בניגוד לפקודות, עריקות או מרידות בצבא האדום. הוקמה מחלקת עונשין מיוחדת של הצ'קה שמטרתה הייתה לפעול נגד "גורמים קונטרה-רבולוציוניים ופעולות חבלה" שהייתה צמודה לצבא האדום וערכה משפטי שדה והוצאות להורג מסיביות של חיילים וקצינים שערקו, נסוגו מעמדותיהם או שהציגו חוסר להט התקפי מספק. השימוש האינטנסיבי בעונש מוות הורחב על ידי טרוצקי גם כלפי קומיסרים פוליטיים שהפלוגה עליה היו ממונים נסוגה או התפרקה לנוכח פני האויב. באוגוסט, בשל תסכולו מדיווחים חוזרים ונשנים על חיילים בצבא האדום שנסוגו תחת אש, הורה טרוצקי על הקמת פלוגות "נגד נסיגה" שהוצבו מאחורי יחידות "בלתי מהימנות" של הצבא האדום עם פקודות לירות למוות בכל אחד שנסוג מקו החזית בניגוד לפקודות.
ממשלות קונסרבטיביות ולאומניות הוקמו על ידי הבשקירים, הקירגיזים והטטרים (ראה מדינת אידל-אורל) כמו גם ממשלה אזורית סיבירית באומסק. בספטמבר 1918, נערך מפגש בין כל הממשלות האנטי-סובייטיות באופה והם הגיעו להסכמה על הקמת ממשלה זמנית מרכזית באומסק, שבראשה יעמדו חמישה: 3 ס"רים (ניקולאי אבקסנטייב, בולדברב וולדימיר זנזינוב) ושני קדטים (ו.א. וינוגרדוב, ופ.ו. וולוגוסקי).
באוקטובר, גנרל מיכאיל אלכסייב מפקד הכוחות הלבנים בדרום רוסיה מת מהתקף לב והוחלף על ידי דניקין. באומסק הממשלה הזמנית הפכה במהירות להיות נטולה תחת השפעתו של גנרל קלצ'אק שמונה לשר המלחמה. ב-18 בנובמבר הפיכה שקטה ביססה מעמדו של קלצ'אק כדיקטטור. חברי הממשלה נאסרו וקלצ'אק הכריז על עצמו כ"שליט העליון של רוסיה". בעיני רבים הוא נחשב מנהיג כושל הן מהבחינה הצבאית (לא הייתה לו הכשרה בתחום של לחימה יבשתית) והן מהבחינה המדינית כאשר הוא הסתכסך עם מנהיגי הלגיון הצ'כוסלובקי - שהיו הכוח הצבאי החזק ביותר באזור. לאחר ארגון מחדש של "צבא העם", כוחותיו של קלצ'אק השתלטו על פרם ואופה בדצמבר 1918. אך מדובר היה בהישג צבאי שהשפעתו הכוללת על המערכה הייתה זניחה. בנוסף לכך שימשה ההפיכה כנשק תעמולתי בידי הבולשביקים שהיה להם נוח להציג את הכוחות הלבנים כריאקציונרים אנטי-דמוקרטיים.
הבמה הייתה מוכנה עתה לשנת המפתח במלחמת האזרחים. הממשלה הבולשביקית ביססה בצבת ברזל את שליטתה בליבה של רוסיה, מפטרוגרד דרך מוסקבה ודרומה - עד צאריצין (כיום וולגוגרד). לאלכסנדר קולצ'ק, המנהיג הסמלי של הלבנים, היה כוח צבאי קטן ושליטה מסוימת לאורך מסילת הברזל הטרנסיבירית - שטח נרחב ביותר אך מאוכלס בדלילות רבה, שחשיבותו מבחינה פוליטית הייתה מועטה. בדרום החזיקו הלבנים במרבית שטחה של אוקראינה ובחבל הדון. בחבל הקווקז, התארגן דניקין עם כוח צבאי נוסף. ובאסטוניה שזה עתה זכתה בעצמאות ארגן יודניץ' צבא נוסף. אסטוניה לחמה בבולשביקים כבר מנובמבר 1918 שלא הכירו בממשלתה הזמנית ופלשו לשטחה. הצרפתים החזיקו באודסה על שפת הים השחור. הבריטים כבשו את מורמנסק. האמריקאים והבריטים השתלטו על ארכנגלסק והיפנים על ולדיווסטוק.
הקוזקים של אוקראינה ושל הדון לא הצליחו להתארגן ולמנף את הצלחותיהם הראשוניות בתחילת המערכה. עד 1919 נוצר אצלם מחסור חריף באספקה ובציוד צבאי, כתוצאה מכך, כאשר החלה מתקפת הנגד של הצבא האדום בינואר 1919 בפיקודו של אנטונוב-קווסינקו, הכוחות הלבנים התפוררו במהירות. הצבא האדום כבש את קייב ב-3 בפברואר 1919. עם זאת ההחלטה של הממשלה הבולשביקית להסיג את הצבא האדום מאוקראינה לנוכח התקדמות הלבנים בחזיתות אחרות, התקבלה בחוסר אמון מצד יחידותיו המוצבות בקרים - 40,000 מהם ערקו ביולי, כשהם מצטרפים ברובם לצבא השחור האנרכיסטי של נסטור מאכנו ומסייעים בידו לבסס שליטה בדרום אוקראינה.
בעוד הלחימה בין הצבא השחור והלבנים מתנהלת באוקראינה, שלח טרוצקי תגבורות לחזית המזרחית כנגד כוחותיו של קלצ'ק. צבא זה בהנהגתו של המפקד המוכשר והמנוסה מיכאיל טוכאצ'בסקי, השתלט מחדש על יקטרינבורג ב-27 בינואר 1919 והמשיך להדוף את הלבנים מזרחה לאורך המסילה הטרנס-סיבירית. שני הצדדים נחלו ניצחונות ומפלות בשדה הקרב, אך באמצע הקיץ החזיק הצבא האדום בעדיפות מספרית, הצליח להשיב שטחים שאבדו ואף להביא לקריסה כללית של החזית המזרחית. ב-14 בנובמבר 1919, הצבא האדום כבש את אומסק. קולצ'ק איבד את השליטה בממשלתו זמן קצר אחרי התבוסה; בדצמבר הכוחות הלבנים בסיביר הפסיקו להתקיים הלכה למעשה.
עם נסיגתו של אלכסנדר קולצ'ק, הבריטים והאמריקאים החליטו לפנות את כוחותיהם ממורמנסק וארכנגלסק – לפני שהחורף המתקרב ילכוד אותם בנמלים. ב-14 בנובמבר 1919,
על אף שהבריטים הסיגו למעשה את כוחותיהם מהמערכה הם הוסיפו לספק עזרה צבאית משמעותית (נשק ותחמושת, מזון, כסף ויועצים צבאיים) לצבאות הלבנים במהלך 1919, ובייחוד לגנרל יודניץ'. על אף סיוע נרחב זה, רבים מהמפקדים הלבנים חשו שעזרה זו אינה מספקת. מלחמת העולם הראשונה השפיעה על החשיבה הטקטית של רבים מהמפקדים בשני הצדדים הלוחמים, שגרמה לרבים מהמפקדים לדרוש כמות גדולה של רובים וארטילריה כבדה מעבר לנדרש בלוחמה ניידת בערבות העצומות של רוסיה. עם זאת, כאשר התבצעה התקפה על ערים מרכזיות בעלות אוכלוסייה אוהדת ברובה לממשלה הבולשביקית, המציאות הייתה שנדרשה כמות גדולה של תותחים כבדים, חיילים ואפילו זמן שלא היו ברשותם של הלבנים.
בתחילת הקיץ 1919, הצבא הקווקזי (עתה בפיקודו המבצעי של גנרל וראנגל), תקף צפונה בניסיון להקל מהלחץ על צבא קלצ'ק או אף לחבור אליו. וראנגל הצליח לכבוש את צאריצין ב-17 ביוני 1919. טרוצקי הגיב לאיום זה בשליחת צבא בפיקודו של טוחצ'בסקי, הצבא הקווקזי שסבל מנחיתות מספרית נאלץ לסגת דרומה ולפנות את העיר, המתקפה נכשלה. בהמשך הקיץ, צבא הדון של הקוזקים בפיקודו של גנרל ממנטוב תקף לכיוון אוקראינה. הצבא האדום שנלחץ בין כל החזיתות נאלץ לסגת מקייב ב-2 בספטמבר 1919. כוחותיו של ממנטוב פנו צפונה לכיוון וורוניז' אך נתקלו בכוחותיו של טוחצ'בסקי ונחלו מפלה ב-24 באוקטובר. טוכאצ'בסקי פנה עתה לכיוונו של איום נוסף מצידו של צבא המתנדבים של אנטון דניקין. כוחותיו של דניקין היוו איום מוחשי, ואיימו להגיע למוסקבה, אולם התערבותו של הצבא השחור הייתה בעוכריהם בשבשו את מערך קווי האספקה של הלבנים כאשר הוא משתלט על נקודות מפתח לאורך מסילת הרכבת, ערים ומחסני תחמושת תוך שהוא מביס בדרך מס' רגימנטים לבנים של חי"ר.
נרעשים בשל התפתחויות אלה המפקדים האוקראינים אילצו את דניקין להפנות כוחותיו לחזית הדרומית. במהלך אוקטובר-נובמבר צבאו של דניקין שסבל ממחסור חריף בתחמושת ארטילריה ותגבורות רעננות, נחל שורה של מפלות, הצבא האדום השתלט מחדש על קייב והנחיל מפלה מוחצת לקוזקים שנסוגו בחזרה לים השחור. בעוד הלבנים מובסים בחזית המרכזית והמזרחית הם הצליחו להדוף את הצבא השחור מדרום אוקראינה וביססו שליטתם בחצי האי קרים, על אף התפתחויות אלה מוסקבה נמנעה מלשלוח כוחות לסייע למכנו או לספק נשק לכוחותיו באוקראינה. טרוצקי חשף את תקוותו ששני הצבאות יתישו אחד את השני ואז הבולשביקים יוכלו לנצל את המצב לטובתם, בהתאם למדיניות זו הוא אף הורה ליחידות של הצבא האדום לסגת ממאחזיהן וסייע בכך להשתלטותם על דרום אוקראינה ועל קרים.
בינתיים פנה הצבא האדום להתמודד מול איום חדש. זה בא מכיוונו של גנרל יודניץ' שניצל את האביב והקיץ לארגן צבא קטן באסטוניה בתמיכה בריטית. באוקטובר 1919 הוא פתח בניסיון לעלות על פטרוגרד (לנינגרד) במתקפת פתע בכוח של כ-20,000 חיילים. הוא זכה להצלחה ראשונית כאשר הוא מבצע פשיטות ליליות ותמרוני בזק של חיל הפרשים על מנת לאגף את כוחות הצבא האדום. יודניץ' גם החזיק ברשותו 6 טנקים בריטיים שהצליחו ליצור בהלה בשורות האדומים.
באוקטובר 1919 חייליו של יודניץ' הגיעו לפרברי העיר. מס' חברים בוועדה המרכזית הבולשביקית היו מוכנים להיכנע ולהסגיר את העיר, אך טרוצקי סירב לקבל את עמדתם ופעל אישית על מנת לארגן את ההגנה על העיר. בהצהירו ש"אין זה אפשרי שצבא קטן של 15,000 קצינים לשעבר ישלטו במעמד הפועלים של עיר בת 700,000 תושבים". הוא בנה אסטרטגיה של הגנה אורבנית, והצהיר שהעיר "תגן על עצמה על אדמותיה היא", שצבא הלבנים ילך לאיבוד במבוך של רחובות מבוצרים ושהם "יפגשו את קברם".