בסוף שנות ה-50 גם הונהגה מדיניות של "ברית פריפריה”, תפיסה אסטרטגית שראתה חשיבות ביצירת "טבעת בני ברית" חיצונית למדינת ישראל, באמצעות מדינות אסיה כגון טורקיה ואיראן ומדינות אפריקה כגון אתיופיה וסודאן. לקראת אמצע שנות ה-60 ישראל הפנתה את תשומת לבה להחלשת ההשפעה המצרית, הערבית והסובייטית במזרח אפריקה במדינות כגון אוגנדה, טנזניה, קניה ואתיופיה.
הידרדרות היחסים בשנות ה-60 וה-70.
בסוף שנות ה-60 החלו יחסי ישראל-אפריקה להתדרדר. מנהיגים של מדינות אפריקה החלו להענות להבטחות מדינות ערב לסיוע תמורת ניתוק הקשרים עם ישראל. תרם לכך גם הכעס הגובר והולך של מדינות אפריקה על המערב, שישראל נתפסה כנציגתה.
נקודה נוספת היא מה שנתפס בעיני חברות הארגון לאחדות אפריקה כתמיכה ישראלית בפרישה של ביאפרה מניגריה. מצד שני, ישראל שלאחר הניצחון במלחמת ששת הימים והשגת יחסי קרבה עם ארצות הברית בטחה בחשיבותה באפריקה והשקיעה פחות משאבים בטיפוח הקשרים. למרות הקשיים שהחלו להתעורר ביחסי אפריקה וישראל לאחר מלחמת ששת הימים, מספר מדינות אפריקאיות סייעו לישראל לטרפד החלטה באו"ם שקראה לישראל לסגת מהשטחים הכבושים ללא הסכמי שלום עם שכנותיה.
יחד עם זאת, חלק מהמדינות החלו לנתק קשרים עם ישראל והראשונה לנתק את הקשרים הייתה גינאה, שהכריזה על ניתוק היחסים עם ישראל לאחר מלחמת ששת הימים בגלל כיבוש חצי האי סיני. בשנת 1972 ניתקה אוגנדה, בראשות אידי אמין, את הקשרים עם ישראל, ולאחריה ניתקו גם צ'אד, קונגו ובורונדי. חשוב לציין שמדינות אלה זוהו עם השפעות ערביות ומוסלמיות באמצעות פעילות בארגון האחדות האפריקאי.
לאחר מלחמת יום הכיפורים, בגלל לחץ כבד מצד מדינות ערב, המליץ ארגון אחדות אפריקה לחבריו לנתק את הקשרים עם מדינת ישראל.
אחת הסיבות שהועלתה להצדיק את ההחלטה הייתה שישראל כבשה שטח מאפריקה מעבר לתעלת סואץ (שטח ממנה נסוגה לאחר הסכם הפרדת הכוחות בין ישראל למצרים בינואר 1974). השגריר אלון ליאל, איש משרד החוץ הישראלי, הסביר כי אפריקה השחורה ראתה בהיאחזות בסיני על ידי ישראל כיבוש קולוניאליסטי של מדינה זרה בשטח אפריקה. בישראל רווחת גם הסברה כי מדינות הנפט הבטיחו סיוע נרחב לכל מדינה אפריקאית שתנתק את קשריה עם ישראל, אף שסיוע כזה לא ניתן.
המדינות היחידות שלא ניתקו את הקשרים עם ישראל היו לסוטו, סווזילנד ומלאווי. אף על פי כן, מכיוון שגאנה היוותה "דוגמה" מוצלחת לפיתוח ישראלי עבור מדינות אפריקאיות חדשות שקיבלו עצמאותן במהלך שנות ה-60, ישראל לא חדלה מלספק לה סיוע גם לאחר ניתוק היחסים בין המדינות. בנוסף, הקשרים הכלכליים עם מדינות אפריקה גדלו במידה ניכרת וחברות ישראליות רבות פעלו באפריקה, במיוחד בניגריה, קניה וזאיר. גם מערכת הביטחון חיזקה את הקשרים עם אפריקה, מבלי לדקדק בציציות המשטרים השונים ובסוף שנות ה-70 יותר משליש הייצוא הביטחוני של ישראל יועד לאפריקה. תפקידו של משרד החוץ בקשרים עם מדינות אפריקה הצטמצם מאוד, והקשרים של ישראל עם שליטי אפריקה וקבוצות אופוזיציה קויימה על ידי שליחי המוסד, נציגי מערכת הביטחון ואנשי עסקים פרטיים.
בתקופה זו הפנתה ישראל את מבטה לכיוון משטר האפרטהייד של דרום אפריקה ומדינות מזרח וקרן אפריקה כגון אתיופיה, אוגנדה, קניה וטנזניה. היחסים התמקדו במכירת נשק ובהכשרה צבאית למשטרים באזור.
בנוסף, במסגרת המלחמה הקרה, נוכחות ישראלית מנעה את כניסתן של מדינות הגוש הקומוניסטי והפרויקטים הצבאיים של ישראל עבור ממשלת קונגו נחשבו לנכס אסטרטגי בעיני מדינות המערב, בעיקר ארצות הברית ובריטניה, וכך זכתה בתמיכתם הפוליטית והכלכלית
חידוש היחסים הדיפלומטיים החל משנות ה-80.
בעשור זה, מצד אחד, נחלשו הקשרים של אפריקה עם מדינות ערב ומצד שני, ישראל נסוגה מחצי האי סיני במסגרת הסכמי השלום עם מצרים, ולכן החלו המדינות באמצע שנות השמונים של המאה ה-20 לחדש את הקשרים דיפלומטיים עם ישראל. בתחילה היו אלו זאיר, ליבריה, חוף השנהב וקמרון.
זאיר, תחת משטרו של מובוטו, הייתה מעוניינת בהכשרה ותחמושת ישראלית וישראל החלה להכשיר ולצייד את צבא זאיר. לקראת סוף שנות השמונים חודשו היחסים הדיפלומטיים גם עם אתיופיה וקניה. תהליך כינון הקשרים התקדם באיטיות בגלל העדר נחרצות ישראלית לכינון הקשרים מחד, חלקית בגלל חוסר הרצון של הממסד הביטחוני בקשרים רשמיים אשר עלולים להפריע לקשרים הביטחוניים החשאיים, ומאידך בגלל הקשרים של ישראל עם משטר האפרטהייד בדרום אפריקה. אולם בראשית שנות התשעים כוננו קשרים דיפלומטיים כמעט עם כל מדינות אפריקה. למרות חידוש הקשרים הדיפלומטיים בין ישראל ומדינות אפריקה, תופסות מדינות אפריקה רק תשומת לב קטנה יחסית במדיניות החוץ של ישראל.
סוף המלחמה הקרה בסוף שנות ה-80 תרם גם הוא לשינוי המאזן הפוליטי ביבשת אפריקה וכינון יחסים עם ישראל נתפס כאבן דרך חשובה להתקרבות לארצות הברית.
אחד הגורמים החזקים ביותר לקשר בין אפריקה לישראל היא הנצרות הרווחת באפריקה והקשר בעיני נוצרים אפריקאים רבים בין מדינת ישראל ובין עם ישראל הקדומה ובתקופת התנ"ך ואתרי הקודש הנוצריים בישראל. בשנת 2009 הגיעו לישראל 70,138 תיירים מאפריקה, רובם מניגריה (40,632) ודרום אפריקה (16,936). גורם נוסף המקשר את ישראל ואפריקה הוא העלייה של יהודי אתיופיה וקליטתם בישראל. וזאת לצד גורם דתי מרכזי נוסף שמתקיים ביבשת אפריקה והוא האסלאם.
אסלאם ויחסי אפריקה-ישראל.
בסוף שנות החמישים של המאה ה-20, עם תחילת פעילותה של ישראל ביבשת וגם במהלך שנות ה-60 לא הושמעה התנגדות לנוכחות ישראלית מגורמים מוסלמיים. באמצע שנות ה-60, כאשר היו לישראל נציגויות ביותר מ-30 מדינות, שמתוכן מדינות כגון סנגל, מאלי, גינאה, גמביה, ניז'ר וניגריה שבהן אוכלוסייה מוסלמית גדולה ובחלקן מגיעה לכ-90 אחוזים מסך האוכלוסייה.
לעומת זאת, סומליה ומאוריטניה, בהן 100% מאוכלוסייה מוסלמית, נמנעו מיחסים דיפלומטיים עם ישראל.
הצלחת ישראל באפריקה הדאיגה את מדינות ערב ואת מצרים בראשות גמאל עבד אל נאצר, שראתה עצמה מנהיגת העולם הערבי והמוסלמי. נאסר האמין שחיזוק האלמנט האיסלאמי במדינות אפריקה יוכל להדיר את ישראל מפעילותה שם. במסגרת תפיסה זו, מצרים שלחה מטיפים ואנשי דת ליבשת, ואף העניקה מלגות ללימודים באוניברסיטה האיסלאמית אל-אזהר. מתוך רצון לערער על מעמדו של נאצר כמנהיג העולם הערבי, נכנס לתמונה מועמר קדאפי, נשיאה של לוב, והחל גם הוא לפעול לקידום האסלאם באפריקה שמדרום לסהרה, תוך ניהול קמפיינים ותעמולה אנטי-ישראלית ואנטי-יהודית.
קדאפי הצליח לחולל את הפגיעה הגדולה ביותר ביחסי ישראל עם מדינות אפריקה. בביקורו של נשיא אוגנדה אידי אמין, ביקש ממנו קדאפי לנתק את קשריו עם ישראל ולגרש את נציגיה של ישראל תמורת סיוע צבאי וכלכלי. ב-1972 אידי אמין ביצע את המעשה ודרש מכל הישראלים לעזוב את אוגנדה. באותה שנה אמין גם יצא באמירות אנטישמיות קשות ואף שלח מברק לאו"ם שבו הוא מברך על טבח הספורטאים הישראלים באולימפיאדת מינכן. העתקים של המברק נשלחו גם ליאסר ערפאת וגם לגולדה מאיר. יחד עם זאת, רבים ממנהיגי אפריקה המוסלמים גינו את המברק. באותה שנה הוציא אמין מחוץ לחוק את הקהילה היהודית באוגנדה והרס את בתי הכנסת במדינה. היחסים עם אוגנדה חודשו בשנות ה-90 וחוזקו קשרי המסחר והכלכלה עם המדינה.
באותה שנה גם המלך פייסל, שביקר בצ'אד, אוגנדה, סנגל ומאוריטניה קרא להם לנתק קשרים עם ישראל, וזאת גם בשם האסלאם. המדינות נענו לקריאתו וניתקו יחסיהם. ארבע שנים קודם לכן, לכנס הפאן-איסלאמי שהתקיים ב-1969 ברבאט שבמרוקו לא הגיעו נציגים מניגריה, קמרון וגמביה וחלקם אף הסבירו זאת באי נכונותם לקשירת האלמנט המוסלמי הדתי למשטר וממשל במדינותיהם. גם טנזניה ובנין הגיבו באופן דומה.
מנהיגים ונציגי ממשל מוסלמים ממדינות אפריקה אף הוזמנו לישראל לבקר במסגד אל-אקצה בירושלים. אחד הנציגים שביקרו בישראל היה שר החינוך, העבודה והרווחה של גמביה, אל-חאג'י גרבה ג'הומפה. ב-1973 כאשר ארגון "האחדות האפריקאית" שבו היו חברים גם נציגי הליגה הערבית קרא לנתק את קשריהם עם ישראל, רבות מהמדינות עשו זאת מתוך הזדהות עם מצרים בעקבות הסכסוך שלה עם ישראל, ולא בגלל משבר כלשהו ביחסיהן עם ישראל.
במהלך שנות ה-90, כאשר ישראל חידשה את יחסיה עם רוב מדינות אפריקה, החלה התנגדות מאסיבית של כוחות איסלמיים במדינות בהן שיעור המוסלמים בקרב האוכלוסייה היה גבוה. היו ניסיונות לפגוע במנהיגים הנוצרים ובאנשי עסקים ונציגים ישראלים שהיו מקורבים לחוגים פוליטיים וכלכליים בעלי השפעה, במדינות כגון קניה, דרום אפריקה וניגריה. בקניה החלו מהומות של כוחות איסלאמיות עם השפעות הזרם הוואהבי שדרשו אוטונומיה מוסלמית באזור שכלל את מומבסה. במהלך המהומות, שנמשכו בין 1992 עד 1995, משרדי צים כוסו בצלבי קרס וגרפיטי עם תכנים אנטישמיים. גם במקרה זה, רבים מאנשי הציבור המוסלמים התנגדו להתקפות האנטישמיות. ב-2002 אירע פיגוע בבית מלון במומבסה שבו נהרגו הישראלים שהשתכנו בו וגם קנייתים. היה גם ניסיון לפיגוע באמצעות טילים במטוס אזרחי ישראלי בנמל התעופה של מומבסה.
קשרים משמעותיים עם מדינות אפריקה.
יחסי טוגו–ישראל.