ב־7 ביולי 1948, יום אחד לפני סיומה של ההפוגה הראשונה, נכנס לתוקפו הסכם בין המפקדים הצבאיים של ישראל והמפקדים של הלגיון הערבי על פירוזו של הר הצופים, ההסכם הושג בתיווכו של האו"ם . ההר חולק לשלושה אזורים: המובלעת הישראלית, שכללה את מתחמי האוניברסיטה, בית החולים הדסה הר הצופים, בית הקברות הצבאי הבריטי, והכפר הערבי עיסאוויה כאזור מפורז ישראלי. מדרום לשטח הישראלי נקבע שטח הפקר, ומדרום לו שטח מפורז ירדני, שכלל את מתחם אוגוסטה ויקטוריה (מפה). בהסכם נקבע שישראל תחזיק בהר 85 שוטרים, החמושים בנשק קל בלבד, ו־33 אנשי סגל עובדים אזרחים. במקביל הוגבל גם מספר השוטרים בשטח המפורז הירדני ל-40 שוטרים.
הסכם זה נשאר בתוקפו עד לסופה של מלחמת העצמאות ואושר מחדש בהסכמי שביתת הנשק בתום מלחמת העצמאות שנחתמו עם ירדן ב־3 באפריל 1949 . בהסכם נקבע כי מדי שבועיים תועלה להר שיירה לאספקה ולהחלפת אנשי ההר. השיירה כללה שלושה כלי רכב: שני משוריינים ומשאית שהובילה להר אספקה, ובירידה מההר הובילה ספרים מבית הספרים הלאומי שבהר, אשר הועברו לספריות האוניברסיטה בירושלים העברית. שיירה זו הייתה תחת פיקוח האו"ם, ויצאה ממעבר מנדלבאום.
מובלעת הר הצופים.
שני הצדדים קיימו את הסדרי הפירוז באופן חלקי. ישראל העלתה להר חיילים במדי שוטרים, הצליחה להבריח להר נשק כבד יותר מהמותר בהסכם, וכן לבצר חלק מהמתחם. מאידך הירדנים בנו מוצבים צבאיים בשטחים המפורזים ואף בשטחי ההפקר, השתלטו על הכפר עיסאוויה ועל שטחים נוספים שנכללו בשטח הישראלי. עם זאת, לא הופסקה תנועת השיירה הדו שבועית, אף על פי שעוכבה לעיתים בידי הירדנים. נוסף לכך, הגבולות המדויקים היו שנויים במחלוקת בין הצדדים מחלוקת שכל צד התרעם על הצד השני במסגרתה אך הפר את ההסכם לנוחותו מצידו.
ב־1954 הוקמה יחידה צבאית ייעודית בשם מצוף 247 לשם החזקת הר הצופים. תקריות אש אירעו לעיתים רחוקות במשך התקופה, אם כי הוראות הפתיחה באש הישראליות דרשו איפוק מרבי (מחשש שהירדנים יכבשו את ההר לפני שכוחות סיוע יצליחו לעבור דרך השטח הירדני). תקריות קשות אירעו בשנים 1957 וב־1958. ב-26 במאי 1958 נהרגו בהר ארבעה חיילים ישראלים שנתקלו במארב ירדני בגן הבוטני של מתחם האוניברסיטה. באותה תקרית נהרג גם יושב הראש הקנדי של ועדת שביתת הנשק, שבא לתווך בין הצדדים. בעקבות התקרית נקבעו הסדרים חדשים בחלק מהנושאים השנויים במחלוקת, כמו הסדרי שליטה בכפר עיסאוויה.
בתקופת מובלעת הר הצופים נבנו בירושלים המערבית שמחוץ למובלעת מוסדות חלופיים למוסדות שעמדו בשממונם בהר הצופים. הבולטים בהם היו קמפוס האוניברסיטה בגבעת רם ומתחם בית החולים הדסה בעין כרם. השיירות שהביאו אספקה להר הצופים הוציאו ממנו בהדרגה, בדרכם חזרה, ציוד רפואי ואוניברסיטאי מן ההר.
הירדנים שהתכוננו ליוזמה צבאית ישראלית ליצירת רצף טריטוריאלי בין הר הצופים לבין שאר ירושלים המערבית הקימו בין שטחים ישראליים אלה ביצורים בכל גבעה שלא הייתה מיושבת בשכונה ערבית. הם הקימו ביצורים איתנים בגבעת התחמושת, וביצרו לצידה גם את גבעת המבתר ואת הגבעה הצרפתית.
מלחמת ששת הימים.
ביומה הראשון של מלחמת ששת הימים הופגז ההר. מחשש שהירדנים ינסו לכבוש את ההר, ניתנה הוראה לכוחות צבא הגנה לישראל לחבור להר הצופים. המאמץ העיקרי של צה"ל בגזרת ירושלים הופנה לחבירה אל ההר. כוחות צנחנים של צה"ל הצליחו לחבור אליו לאחר כיבוש גבעת התחמושת ושכונת שייח' ג'ראח וכוחות שריון חברו אליו לאחר כיבוש גבעת המבתר והגבעה הצרפתית.
נאום הר הצופים.
לאחר המלחמה, לאחר איחוד ירושלים והר הצופים הוזמן יצחק רבין, רמטכ"ל מלחמת ששת הימים, לקבל תואר דוקטור לשם כבוד מטעם האוניברסיטה העברית בירושלים. ב-15 ביוני 1967 בטקס קבלת התואר נשא יצחק רבין נאום היסטורי הידוע כנאום הר הצופים, שביטא את רוח צה"ל, ועורר הד נרחב בציבור. את הנאום חיבר קצין חינוך ראשי, מרדכי בר-און.
רבין התייחס בנאומו לתפקיד צה"ל בעיצוב החינוך והתרבות של החברה הישראלית, בכך שהוא נוטל על עצמו משימות חינוך ייחודיות כמו משימתם של אנשי הנח"ל והמורות החיילות באזורי הפיתוח, אך את עיקר נאומו הוא הקדיש להכרה במוסריותו של צה"ל בעת מלחמת ששת הימים, גילויים שלדבריו, "ראשיתם ברוח וסופם ברוח". הוא הביא דוגמאות של גילויי אחווה ורעות שהתגלו במלחמה, כמו "חבלנים שסיכנו את חייהם למלט את חברם הפצוע בשדה מוקשים". הסיבות לגילויים אלה בקרב חיילי צה"ל לא נבעו לדבריו מתוך רגשות מיליטנטיים, אלא מתוך צדקת הדרך והכרת תפקידם "להבטיח קיום האומה במולדתה" וכי הצבא "מהעם בא ואל העם חוזר".
שיקום.
לאחר מלחמת ששת הימים החלו פעולות שיקום של המבנים על ההר. מאחר שהמבנים היו ברובם בעלי ערך ארכיטקטוני, היסטורי ואף רגשי ארך תהליך השיקום והבניה זמן רב. על בניין בית החולים הדסה הופקד האדריכל יעקב רכטר, ועל קמפוס האוניברסיטה הופקד צוות האדריכלים דוד רזניק-שמואל שקד-רם כרמי-חיים קצף. בקצהו המזרחי של הקמפוס הוקם מערך הבניינים שיועד במקור למחלקה למדעי הטבע (כיום אולמות הרצאות ואגף בבניין בצלאל) ומגדל המים (מפה). התכנון הופקד בידי האדריכלים בנימין אידלסון וגרשון צפור, ובניין בצלאל החדש על ידי האדריכל גרשון צפור. הקמפוס נבנה בצורה הדומה למצודה סגורה ומבוצרת.
לאחר איחוד שני חלקי העיר וכדי שההר לא ינותק עוד ממרכז ירושלים, רוכז מאמץ הבניה בירושלים בין השנים 1968 - 1972 בשכונות הבריח. שכונות אלה, מעלות דפנה, רמת אשכול, גבעת המבתר והגבעה הצרפתית נבנו לאורך כביש חדש שחיבר את הר הצופים לשאר ירושלים העברית שלא דרך שכונות ערביות - כביש "שדרות אשכול". ליד כביש זה הוקם בשנת 1973 בניין המטה הארצי של משטרת ישראל ומאוחר יותר בתקופת כהונתו של ראש הממשלה מנחם בגין במהלך שנות ה-80 הוקמה לצידו גם קריית הממשלה ע"ש מנחם בגין. גם תנועת האוטובוסים אל הר הצופים, שלפני 1947 עברה דרך שכונת שייח' ג'ראח וסבלה מהתנכלויות הערבים חודשה דרך שדרות אשכול. מסלול קו 9 הועתק אל כביש זה בסוף שנות השישים וחיבר את ההר אל מרכז ירושלים העברית, קו 28 חיבר את ההר עם התחנה המרכזית בירושלים ועם קמפוס גבעת רם וקו 26 חיבר את ההר עם שכונות שונות במערב ירושלים.
בשנת 1969 הוענקה תרומה להקמת בית המשפט העליון בהר הצופים ונערכה תחרות אדריכלים בה זכתה הצעתם של האדריכלים סופר-קולודני, אך בשל אילוצים שונים, בוטלה התרומה ובית המשפט נחנך בסופו של דבר ב-1992 בגבעת רם ליד משכן הכנסת.
בין הגבעה הצרפתית לבין קמפוס הר הצופים הוקמו מעונות סטודנטים שהכילו 800 חדרים. בשנות השמונים נחנכו מבנים רבים נוספים בקמפוס הר הצופים. עם הגידול בקמפוס ובאוכלוסיית הסטודנטים, התווסף לקוי האוטובוס הנוסעים אל ההר גם קו 4א שחיבר את ההר עם אוכלוסיית הסטודנטים שהתגוררה בשכונות הבריח.
בשנת 1987 נחנך בשטח מובלעת הר הצופים לשעבר מלון דן ירושלים (לשעבר מלון הייאט, בו נרצח רחבעם זאבי), הגדול שבמלונות ירושלים.
מנהרת הר הצופים ע"ש נעמי שמר.
בשנת 1999 החלו העבודות על כביש הר הצופים, על מנת שישמש ככביש גישה נוסף לירושלים, ממזרח, מכיוון בקעת הירדן, יריחו ומעלה אדומים.
הכביש נחנך בחודש ינואר 2003.
הכביש, שאורכו כשלושה קילומטרים, מתחיל בכביש מעלה אדומים – ירושלים עולה לכיוון הר הצופים ועובר מתחת לקמפוס של האוניברסיטה העברית במנהרה חצובה הידועה כמנהרת הר הצופים. המנהרה היא למעשה מערכת של שתי מנהרות נפרדות, באורך של 550 מטר כל אחת. בכל מנהרה ישנם שני נתיבי תנועה.
בשנת 2011 נקראה המנהרה על שם הפזמונאית והמלחינה המנוחה נעמי שמר, בעקבות שירה "ירושלים של זהב" בו מוזכרים אתרים שונים הנשקפים מהמנהרה, וכן בהתאם לשורות .
האוניברסיטה העברית בירושלים.
האוניברסיטה העברית בירושלים היא האוניברסיטה הראשונה שהוקמה בארץ ישראל (1925) והמוסד האקדמי השני שנוסד בה (אחרי הטכניון). האוניברסיטה הוציאה מתוכה אנשי שם בכל תחומי המחקר, לרבות מדענים חתני פרס נובל.
ביום 24 ביולי 1918, נערך בהר הצופים טקס הנחת אבן הפינה לאוניברסיטה העברית. כשבע שנים לאחר מכן, ב-1 באפריל 1925, נערך טקס הפתיחה של האוניברסיטה העברית.
הקמת מדינת ישראל מסמלת תפנית בתולדות האוניברסיטה. בתום מלחמת העצמאות, האוניברסיטה נאלצה למצוא משכן בבתים זמניים בעיר . עם איחוד ירושלים, בעקבות מלחמת ששת הימים, הוחל בשחזור ובהרחבה של קמפוס הר הצופים, שזכה לתנופת בנייה רחבה. מרבית הפקולטות עברו בשנת 1981 להר הצופים, ובקמפוס גבעת רם נותרו הפקולטה למתמטיקה ולמדעי הטבע ובית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי.
הגן הבוטני הלאומי.
הגן הבוטני הלאומי או בשמו הרשמי, הגן הבוטני לצמחי ארץ ישראל ע"ש מונטג'יו למפורט, הוא הגן הבוטני הראשון שהוקם בארץ ישראל ומתעד את כל צמחי הבר של ישראל ושל המזרח התיכון. הגן ממוקם בחלקו הצפוני של קמפוס האוניברסיטה העברית בהר הצופים בירושלים. ברחבי הגן מצויות מערות קבורה מתקופת בית שני. בחלקו המערבי של הגן מצוי אמפיתיאטרון קטן. הגן הוקם בשנת 1931 על ידי פרופסור אוטו ורבורג, שייסד את המחלקה לבוטניקה, ועל ידי ד"ר אלכסנדר איג, אשר הקים את הגן במו ידיו.
כיכר אביגדור המאירי.
כיכר אביגדור המאירי היא כיכר מרכזית בירושלים הממוקמת בהר הצופים.
מצפור הלברט.
רחבה בפינה הדרום-מזרחית של האוניברסיטה העברית ובה נקודת תצפית לזכרו של יהודה הלברט.
יער הר הצופים.
חורשה בחלקו המזרחי של הר הצופים.
אקדמיה לאמנות ועיצוב "בצלאל".