לעניין הקשר בין ספרות הקבלה המאוחרת לספרות ההיכלות והמרכבה, ציין שלום כי אומנם לא ניתן לקרוא לספרות ההיכלות והמרכבה בשם 'קבלה' במובן אותו אנו מכנים היום תורה זו, אולם המקובלים עצמם ראו בספרות זו כחלק מתורת הקבלה וניסו לפרש אותה ברוח הדברים בהם הם דנו. הקשר אותו מוצא שלום בין שני הזרמים הוא קשר של ירושה, כאמור ראו עצמם המקובלים כממשיכיהם של אותם יורדי מרכבה והתייחסו אליהם בכתביהם, אם כי רבים גם ההבדלים ביניהם: שלא כמו אצל המקובלים, לא ניתן למצוא אצל יורדי המרכבה יחס סימבולי לעניינים הדתיים. הדברים המופיעים בספרות ההיכלות והמרכבה מתארים מציאות של חזון ולא של סמלים. כמו כן, אין התייחסות לאותו עולם נעלם, שניתן למצוא מאוחר יותר אצל המקובלים. בנוסף, כמעט ואין פרשנות איסוטרית או מיסטית של פסוקי המקרא, או גילוי סודות על ידי התעמקות בדברי המקרא, אלא אמירת דברי תפילה ושירה דתית הקשורה בחזון יורדי המרכבה, בעת צפייתם במרכבת האל. המדובר, לדעת שלום, בשירה דתית כדוגמת הפיוטים הראשונים, אלא שפיוטים אלה נתחברו לפני הופעת הפיוטים הראשונים.
ספר יצירה.
שמו הקדום של ספר יצירה היה ככל הנראה "הלכות יצירה". שלום דן בספר ובתורתו בספרו ראשית הקבלה וספר הבהיר ובמקומות נוספים. הוא סבר כי הספר נכתב באותה תקופה בה נכתבה ספרות ההיכלות והמרכבה, ככל הנראה במאה השנייה או השלישית, עם זאת נבדל ממנה במספר פריטים. ההבדל העיקרי נעוץ בתוכן. אומנם, כבר בפרק הראשון (משנה ה') של ספר יצירה, נעשה שימוש במילים וביטויים השאולים מחזון יחזקאל וספרות המרכבה, אך תוכנו איננו כולל תיאור חזיוני של יורדי המרכבה, אלא תורה עיונית, פילוסופית בחלקה, בקשר ליצירת העולם ויסודותיו. כמו כן, שלא כמו בספרות המרכבה, אין בו תביעה מפורשת לשמירת סודיות.
הספר נכתב בצורת משניות, בעברית, ונוסח בתמציתיות רבה (בן כ-1500 מילים בלבד) ולא תמיד באופן ברור. על אף קוצר יריעתו ישנם מקומות בהם בחר המחבר דווקא להאריך ולהרבות במילים, בפרט בולט הדבר בפרק הראשון (והחשוב ביותר) של הספר. שלום סבר כי אחת הסיבות לחוסר הבהירות של הספר היא העובדה שלרשות המחבר לא הייתה טרמינולוגיה קבלית שבה יכול היה להשתמש בעת שכתב את הספר, והוא צריך היה ליצור אחת כזאת בעצמו. ייתכן גם שאת חלק מהדברים הוא כתב על בסיס התבוננות מיסטית.
זהות המחבר לא נמסרה לקוראים, אם כי בסוף הספר נזכר אברהם אבינו, מה שהוביל מקובלים בדורות הבאים לייחס לו את הספר או לתלות בו גילויי סודות בריאה. מפרשים אחרים ייחסו את הספר לרבי עקיבא, משום שהיה ידוע כמי שאהב לדרוש באותיות.
הספר התבסס הן על דברי פילוסופים יוונים על סוד המספרים והן על דברי המסורת היהודית על סוד האותיות, ולפיכך בנוסף למקובלים, זכה לפרשנויות או התייחסויות גם מצד הפילוסופים של ימי הביניים. לדעת מחבר הספר, יסודות העולם הם עשר ספירות בלימה וכ"ב אותיות הא"ב העברי ויחד הן מהוות את ל"ב נתיבות פליאות החכמה. בהן גנוז הכוח הנסתר ועל ידי צירופיהן נבראים הדברים בעולם, בשנה ובנפש. בהן או דרכן של הספירות והאותיות חקק האל את העולם ומה שגם עתיד לבוא לעולם. הספירות הן מספרים, אך לא מספרים רגילים אלא מספרים קדמונים, המהווים כוחות גנוזים. האותיות, שלהן הוקדש כמעט כל הספר, מחולקות ל-3 אמות (אמ"ש), 7 כפולות (בג"ד כפר"ת) ו-12 פשוטות (ה' ו' ז', ח' ט' י', ל' נ' ס', ע' צ' ק'). לכל אות ישנה משמעות אצל האדם, בעולם ובזמן.
דרך כתיבה זו, המפרידה בין הספרות לאותיות, הובילה חלק מהפרשנים בימי הביניים לטעון כי בספר ישנם שני תאורים של יצירת עולם: התיאור האחד, מתייחס לבריאה אידיאלית באמצעות עשר הספירות, והתאור השני ליצירה גשמית באמצעות 22 האותיות. כנגדם, עמדו הפרשנים שסברו כי תחילה הייתה היצירה הראשונית, שנעשתה באמצעות הספירות והאותיות יחד, וממנה נולדו הן העולם הנסתר והן העולם הנגלה. אחד הפירושים הראשונים שנשתמרו לספר, משנת 931, הוא פירושו בערבית של רב סעדיה גאון, המחזיק בדיעה הטוענת שבספר מתוארות שתי בריאות. דעה דומה לרס"ג הביע גם רבי יהודה הלוי, בספר הכוזרי.
שלום ציין כי ישנה קבוצה נוספת שראתה בספר לא רק טקסט עיוני אלא גם טקסט מאגי, וטענה כי אם העולם נברא מלשון ואותיות, אזי השולט ברזי הלשון (תרתי משמע), יוכל, על ידי צרוף של אותיות ושמות, להתערב ביסודות הבריאה.
דמונולוגיה ומאגיה יהודית.
היהדות מתנגדת למאגיה מכל וכל ורואה בה עבודה זרה והתערבות בעבודת האל לפי גישה אחת או הולכת שולל לפי גישה אחרת.
ראשוני המקובלים הבחינו בין מאגיה, שנעשית על ידי בעל המאגיה, ללא יראת האל או אהבה אליו, כדי לאלץ אותו או את מלאכיו (ולהבדיל את השדים) לבצע פעולות שמבקש בעל המאגיה שייעשו; לבין פעולות המהוות רק בקשה מהאל להגשמת משאלות (למשל בקשות המצויות בתפילה או אף סיפור חוני המעגל) או פעולות המתבצעות בהתאם לציווי האל או בשיתוף פעולה עמו (למשל מעשי משה ביציאת מצרים). אף ספר הזוהר נוקט בגישה זו ואוסר, למשל, על שבועה במועל יד. ואולם על אף האיסור החמור לעסוק במאגיה התפרסמו במהלך הדורות חיבורים יהודים בתחום זה.
שלום עצמו הקדיש לחקר המאגיה והדמונולגיה, ולמקורות בתחומים אלה, מספר מאמרים, שלאחר מותו עודכנו בהתאם להערות שהוסיף בשולי המאמרים, וכונסו בספרו שדים, רוחות ונשמות. אסתר ליבס מציינת ששלום נמשך אל התחום "מראשית דרכו ועד סוף ימיו", אם כי "ספק אם היה מסכים לכובד המשקל שניתן לתחום זה במחקר הקבלה היום", ונראה כי תשומת הלב שהקדיש לנושא נבעה הן בשל העובדה שחלק מהטקסטים העתיקים ביותר בתורת הסוד היהודית הם טקסטים מאגיים, והן בשל העיסוק של מקובלים רבים בתחום זה.
רבים ממחקריו של שלום דנים בראשי השדים (בילאר, סמאל, אשמדאי ולילית) ובנוסחות מאגיות הכוללות שמות אלו ושמות שדים ומלאכים אחרים. במחקרים אלו מנסה שלום לברר את משמעות השמות ולהתחקות אחר מקורותיהם ביהדות, באסלאם, בנצרות ובבבל הקדומה. ספרות מאגית נוספת אותה חקר שלום עוסקת בתורת הגלגול וגורלן של נשמות צדיקים, וכן חיבורים העוסקים בהכרת אופיו של אדם וגורלו על פי פניו וידיו (הכרת הפנים וסדרי שרטוטין). במחקריו נשען שלום על ספרי כישוף, מילונים על שדים ומלאכים, ספרי סגולה וקטלוגים מאגיים, שאסף בספרייתו, וכן על ספרי מקובלים, כתבי יד רבים בתחום וכתבי קמיעות.
ספר הזוהר.
פרסומיו של שלום על הזוהר.
שלום לא השאיר חיבור מקיף על ספר הזוהר ודבריו מפוזרים במספר ספרים וכתבי עת. אין מדובר בתורה קבועה ואחידה, אלא בהתפתחות רעיונית שהשתנתה במהלך השנים, מקצה אחד לקצה שני, בהתאם לתוצאות מחקריו, ואנו יכולים לעקוב אחריה בהתאם לסדר הכרונולוגי שבו נתפרסמו המחקרים.
במהלך השנים נהג שלום לכתוב הערות בקשר לזוהר בספר הזוהר הפרטי שלו, אותו רכש בשנת 1915, בהיותו בן 18 בלבד. היה זה ספר הזוהר שיצא כאמור ביוזעפאף בשנת תרל"ג.
לא מיד ולא בקלות עלה בידי שלום להבין את האמור בספר. תחילה ניסה לקרוא בספר הזוהר בכוחות עצמו אולם אז גילה כי על אף שהיה תלמיד חרוץ לעברית ולתלמוד מזה מספר שנים, הוא איננו מסוגל להבין את הטקסט. פנייתו למורהו לתלמוד, בבקשה שידריכוֹ וילמדוֹ, נענתה בשלילה, בטענה כי גם הוא איננו מבין את הכתוב בזוהר. משלא עלה בידו למצוא מורה הוא חזר ללימוד עצמי, ורק לאחר מספר שנים עלה בידו לפצח חלק מסודות הזוהר והוא אף החל ללמד את הספר לחבריו.
במשך השנים הגיע מספר ההערות בספר למאות רבות. משמלאוּ הדפים בהערותיו הביאוֹ לכורך שהוסיף בין דפיו דפים ריקים וכרכוֹ מחדש. גם דפים אלה התמלאו בהערות רבות. בשל חשיבות הערות אלה, הוציאה הוצאת מאגנס, בתאריך 14 באוגוסט 1992, כעשר שנים וחצי לאחר מותו של שלום, מהדורת צילום מוגדלת של הספר, בשישה כרכים, והיא כוללת את כל הערותיו הנ"ל של שלום.
חלק מן ההערות עסק בבירור שאלת מחברו של הספר וחלק אחר כלל הפניות למאמרים מקבילים של ר' משה די ליאון (רמד"ל) בחיבוריו האחרים ובספר הזוהר עצמו, או הפניות לחיבורים של מקובלים אחרים. בנוסף, הוא נהג לציין חילופי נוסח בהתאם לכתבי יד או לדפוסים אחרים. הערות אחרות של שלום כללו בירורים לגבי מוצא המילים הייחודיות לספר הזוהר, במדרש, בספרות ימי הביניים, בשפות אחרות או בכתביו העבריים של רמד"ל, וכן הערות הקשורות לתחביר, הדקדוק ותורת הצורות של הספר. כמו כן, היו הערות שהכילו פירושים שכתב שלום לחלק מהמאמרים של הזוהר.