בתחום ההיסטוריה, אפיון כתב על אלכסנדר מוקדון, ובדומה למנתון הוציא לאור חיבור בשם "דברי ימי מצרים" ("אגיפטיאקה") ב-5 ספרים. נראה כי במאה ה-2 לספירה חיבור זה היה אחד ממקורות המידע המקובלים ביותר על ההיסטוריה של מצרים. בספר זה הביא אפיון את הידוע לו על תולדות היהודים, על יציאת מצרים ועל מנהגיהם הדתיים. בהסתמך על דברי קלמנס ואפריקנוס, ייתכן גם שכתב ספר נפרד בשם "נגד היהודים". החיבור על מצרים לא השתמר, אבל קטעים אחדים ממנו צוטטו אצל סופרים אחרים ובעיקר אצל יוסף בן מתתיהו בספרו "נגד אפיון" ("Contra Apionem") המכוון כולו כדי לְהָזֵם את האשמותיו של הלה.
הסופר הרומאי אולוס גליוס (המאה ה-2 לספירה) מצטט מתוך חיבור מאת אפיון בשם "פלאות מצרים" ("Aegyptiacorum").
אישיותו.
בין המשכילים של זמנו היו שראו בו שרלטן, רכלן ושחצן. אולוס גליוס כתב שאפיון החזיק בידע רחב מאוד על תרבות יוון ועבודתו הייתה בעלת שם, אולם הוא מוסיף שאפיון הכביר במילים בתיאורו של מה שהוא טוען ששמע או קרא, תוך תאוות חשיפה ראויה לגינוי, כי הצטיין בפרסום עצמי דרך הפגנת ידענותו. פליניוס הזקן סיפר כי אפיון היה מתרברב בהפגנתיות ומצהיר שכל מי שזכה להתייחסות כלשהי בכתביו, גם זכה בנצח. עוד הוא סיפר, שהקיסר טיבריוס כינה את אפיון בלעג "פעמון העולם" ("Cymbalum mundi"), כמשל למי שמדבר גבוהה גבוהה בכל מקום ובכל הזדמנות, אך טוען שמתאים לו יותר הכינוי "התוף של תהילת עצמו" ("famæ propriae tympanum"). בגלל השקעתו הגדולה לרכישת אהדת ההמונים, זכה אפיון גם לכינוי הגנאי "מוכתוס" (Mochthus, "תלאה"). הוא קיבל גם את התואר "פלייסטוניקוס" ("מרבה ניצחונות"). סביר להניח שאימץ את התואר היומרני מתוך אהבת הכבוד שלו ושחצנותו וכאיש שעשה הרבה לפרסומו והפצת דעותיו, אך יש חוקרים המפרשים את הכינוי הזה דווקא לגנאי במשמעות של "איש מדון". הסודא גרסה בטעות ש"פלייסטוניקוס" היה שמו של אביו.
מכיוון שכתיבתו התאפיינה בפופוליזם ובניסיון למצוא חן בעיני ההמון הפשוט, הוסיף אפיון סיפורים גם מדמיונו ואף תיאר את עצמו כעד ראייה למספר סיפורים מפורסמים ואגדתיים, כגון: סיפור אנדרוקלוס והאריה, סיפור הילד והדולפין ו"ראיון" אישי עם פנלופה לגבי מחזריה. הוא המציא לעצמו "מקורות" כשטען ששמע מקטסון מאיתקה תיאור מדויק של משחק הדמקה ששיחקו המחזרים והרחיק לכת עד כדי כך שכתב שהשיג מידע אוטוביוגרפי מהצל של הומרוס בעולם התחתון. פליניוס כתב שניתן רק לדמיין את שקריהם של הקוסמים בימי קדם, כאשר מתודעים למה שנאמר על ידי המדקדק אפיון, שהוא עצמו זוכר שראה אותו כשהיה צעיר. אפיון טען לגבי צמח מסוים שהוא מאוד שימושי להגדת עתידות ושהוא עצמו העלה את רוחות המתים כדי לחקור את הומרוס לגבי ארץ מולדתו והוריו, אולם הודיע כי אינו מעז לחשוף את התשובה שקיבל.
ברומן הנוצרי "דרשות קלמנט" (סוף המאה ה-3) אפיון מוצג כמגן המיתולוגיה היוונית וכמאמין ואף עוסק בקסמים.
ב"נגד אפיון" טוען יוסף בן מתתיהו, שכל חייו היה אפיון "מנצח על ההמון ההולך בחושך". הוא מצטט מתוך ספרו של אפיון, שם הוא מנה מספר אנשי סגולה "ממציאים בתחום האומנות והמלאכה" ו"מצוינים בחוכמה", ולסוקרטס, זנון וקליאנתס הוסיף גם את שם עצמו וכתב: "אשרי עיר אלכסנדריה שאזרח כזה שוכן בקרבה". יוסף לועג לאישיותו של אפיון וטוען שהחמיא לעצמו "כי נבצר ממנו למצוא עדים זולתו, כי בעיני כל הבריות נחשב לראש-אספסוף נבזה ואיש נשחת בכל הליכות חייו ובכל מוצא שפתיו, עד כי יאות בצדק לנוּד לעיר אלכסנדריה, אם התברכה באיש אשר כזה".
על פי יוסף בן מתתיהו, למרות שלעג אפיון ליהודים על היותם נימולים, נאלץ לעבור מילה בעצמו, בעקבות זיהום באיבר מינו, אלא שהניתוח לא הועיל כיוון שהנמק פשט בגופו והוא מת בייסורים.
סיפוריו אצל אולוס גליוס.
אולוס גליוס מספר בספרו "לילות אטיקה" על אירועים שאפיון הצהיר שראה אותם במו עיניו: על אהבת אריה ואדם ואהבת דולפין וילד.
אנדרוקלוס והאריה.
בספר החמישי של חיבור בשם "פלאות מצרים", אפיון מספר שנכח בעצמו בקירקוס מקסימוס ברומא, בעת הצגה גדולה של קרב חיות פרא ענקיות, שבה משך את תשומת הלב גודלו העצום של אחד האריות. אחד הנידונים לקרב עם החיות היה אנדרוקלוס, עבד של קונסול לשעבר. כאשר ראה האריה את אנדרוקלוס, ניגש אל האיש לאט ובשקט, כאילו הוא מזהה אותו ותוך שהוא מכשכש בזנבו כמו כלב, החל ללקק את רגליו וידיו של אנדרוקלוס הרועד מפחד. העבד העז להביט אז באריה ושניהם החלו להחליף מחוות שמחה כאילו הם מזהים זה את זה. לנוכח המראה המדהים, פצח הקהל בצעקות רמות וגאיוס קיסר זימן אליו את אנדרוקלוס ושאלו מדוע חס האריה על חייו שלו דווקא. העבד סיפר שבעליו היה מושל אפריקה בדרגת פרו-קונסול ובזמן ששהה איתו שם, נאלץ להימלט מהלקאותיו היומיות ומצא מסתור במישורים מדבריים מבודדים. כדי למצוא מחסה מהשמש היוקדת בצהרי היום, נכנס למערה וזמן לא רב אחר כך, נכנס גם האריה הזה צולע על רגל אחת שותתת דם וגונח מכאבים. האריה מצא אותו המום מפחד במאורתו, ניגש אליו בעדינות והרים את רגלו כדי להראות לו אותה וכאילו לבקש עזרה. אנדרוקלוס שלף שבב עץ ענקי מכף רגלו, סחט החוצה את המוגלה וניקה את הפצע. האריה הניח את רגלו על ידו של אנדרוקלוס ונשכב לישון. הם חיו ביחד 3 שנים שלמות במערה כשהם חולקים גם את אותו מזון, כאשר האריה היה מביא לאנדרוקלוס את החלקים הנבחרים של הטרף שצד, אותם היה מייבש בשמש מכיוון שלא הייתה לו אפשרות להבעיר אש. כאשר נמאס לו מחיי הטבע, עזב אנדרוקלוס את המערה בזמן שהאריה יצא לציד ולאחר 3 ימים נתפס ונלקח לבעליו ברומא, שדן אותו למוות בקרב עם חיות פרא.
אפיון מספר שסיפורו של אנדרוקלוס נכתב במלואו על לוח שנישא סביב הקירקוס ולבקשת כולם העבד זוכה ושוחרר, ומוסיף שלאחר מכן הם היו רואים את אנדרוקלוס עם האריה קשור ברצועה דקה כשהם סובבים את חנויות העיר. אנדרוקלוס היה מקבל כסף ועל האריה היו מפזרים פרחים וכל מי שראה אותם קרא: "זה האריה שהיה חברו של אדם, זה האדם שהיה רופאו של אריה".
הדולפין והילד.
בספר החמישי של "דברי ימי מצרים", אפיון מספר על דולפין בים פוטאולי (Puteoli) בזמן שלטון אוגוסטוס, שהיה מאוהב בצורה נלהבת, אך עם תשוקה יוצאת דופן כשל בני אדם, לילד בעל "גוף נאה" שלא דחה את חיזוריו, ועל האינטימיות שלהם ומשחקם זה עם זה: הדולפין נושא את הילד והילד יושב עליו בפישוק. אפיון מספר שראה בעצמו ליד דיקיארכיה (Dicaearchia, השם היווני הקדום של פוטיאולי) את הדולפין המאוהב בילד ששמו היה היאכינתוס (Hyacinthus), בא אליו בשקיקה לשמע קריאתו, מקצר את סנפיריו כדי להימנע מלפצוע את עורו העדין של מושא אהבתו ונושא אותו כמו סוס למרחק קרוב ל-40 קילומטר. רומא וכל איטליה יצאו לראות את הדולפין שנמצא תחת השפעתה של אפרודיטה. אולם לאחר מכן הילד חלה ומת והדולפין התשוש מגעגועים מת גם הוא. הוא נמצא שוכב על החוף על ידי אלה שהכירו את הסיפור ונקבר באותו קבר יחד עם אהובו.
סיפורים דומים על אהבת חיות לבני אדם מופיעים גם אצל פליניוס הזקן, ואתנאיוס. קלאודיוס איליאנוס מביא סיפור על אהבת נחש לנערה.
אפיון על היהודים.
בספר "נגד אפיון", מביא יוסף בן מתתיהו את עיקרי דבריו של אפיון על היהודים, מתוך "שטנה שלמה" שחיבר עליהם, כאשר הוא מתמקד בנושאים הבאים: יציאת מצרים, התקפה על זכויות יהודי אלכסנדריה, וזלזול בקדושת בית המקדש ובחוקי הדת היהודית.
משה ויציאת מצרים
יוסף מצטט מתוך הספר השלישי ב"אגיפטיאקה", בו טוען אפיון ששמע "מפי זקני מצרים" שמשה היה מצרי יליד הליופוליס ("עיר-שמש"), אבל הפר את חוקי אבותיו: הוא העביר את מקום התפילה מהשדה אל תוך חומות העיר אך תחת כיפת השמיים וציווה לפנות בתפילות לכיוון השמש (למזרח), מכיוון שלכיוונה פונה הליופוליס, ובמקום האובליסקים הקים עמודים ישרים ומתחתם תבליט של שעון שמש, שיצרו צל שסימן את מיקום השמש בשמיים.
כמו קודמיו ובראשם מנתון, גם אפיון כתב "היסטוריה נגדית" לסיפור יציאת מצרים שבמקרא. על פי גרסת אפיון, משה הוציא את היהודים ממצרים בשנה הראשונה של האולימפיאדה ה-7 (שנת 752 לפנה"ס). גם גרסתו כוללת את עלילת המצורעים, אולם אפיון הוסיף לה נדבך משלו: האוכלוסייה כללה 110 אלף מצורעים, עיוורים, פסחים ונגועים במחלות. היהודים הלכו 6 ימים ולאחר שכולם לקו בדלקת המפשעות, נחו ביום השביעי, כאשר הגיעו לארץ שנקראה אחר כך "יהודה". מסיבה זו קראו היהודים ליום הזה בשם "שבת", כי המצרים קוראים לכאב דלקת המפשעות "סבתוסיס". אפיון הוסיף שמשה עלה אל הר סיני, נשאר שם 40 יום ואז ירד מן ההר ונתן ליהודים את התורה.
יהודי אלכסנדריה
אפיון ככל הנראה לגלג על חוניו ודוסתאי (דוסיתיאוס) היהודים שעמדו בראש הצבא של תלמי פילומטור ואשתו קלאופטרה השנייה והאשים את חוניו על כך שתקף את אלכסנדריה בזמן שנלחם בתלמי פיסקון, אחיו שניסה לתפוס את השלטון. כמו כן, הוא גידף את היהודים גם על כפיות הטובה שלהם כלפי קלאופטרה השביעית.
אפיון טען שיהודי העיר באו מסוריה ואלכסנדריה אינה מולדתם והם גם אינם אזרחי העיר, ולראיה: בזמן בצורת, היהודים לא מקבלים מהלחם המחולק לתושבי אלכסנדריה. ואם היהודים הם אכן אזרחי העיר, תהה, מדוע אינם עובדים את האלים של אלכסנדריה?
לטענת יוסף, אפיון ניסה לגרום לביטול זכויות היהודים על ידי האשמתם בכך שאינם מציגים את הצלמים של קיסרי רומא והם מעוררי מהומות ונוטים למרד ומריבות.
עלילת החמור ועלילת הדם