המהדורה המקורית של מיינקראפט, המכונה כיום מהדורת ג'אווה, פותחה לראשונה במאי 2009. פרסון פרסם סרטון ביוטיוב של גרסה מוקדמת של מיינקראפט. תוכנית הבסיס של מיינקראפט הושלמה על ידי פרסון במהלך סוף השבוע באותו חודש וגרסת בדיקה פרטית פורסמה ב-TigIRC ב-16 במאי 2009. המשחק יצא לראשונה לציבור ב-17 במאי 2009 כמהדורה בפיתוח בפורומים של TIGSource. פרסון עדכן את המשחק על סמך משוב מהפורומים. הגרסה שפרסון פרסם בפורומים נודעה מאוחר יותר כגרסה הקלאסית. שלבי פיתוח נוספים שזכו לכינויים Indev ,Infdev ו-Survival Test פורסמו בין ספטמבר 2009 ליוני 2010.
העדכון הגדול הראשון, שזכה לכינוי אלפא, שוחרר ב-30 ביוני 2010. אף על פי שפרסון שמר בהתחלה על משרתו ב-Jalbum.net, בהמשך הוא עזב את העבודה על מנת לעבוד על מיינקראפט במשרה מלאה כאשר מכירות גרסת האלפא של המשחק התרחבו. פרסון המשיך לעדכן את המשחק במהדורות שהופצו למשתמשים באופן אוטומטי. עדכונים אלה כללו פריטים, בלוקים ויצורים חדשים, מצב הישרדות ושינויים בפיזיקה של המשחק (למשל כיצד מים זורמים). כדי לתמוך בפיתוח של המשחק, הקים פרסון חברת משחקי וידאו, Mojang, בכסף שהרוויח מהמשחק. בין מייסדי Mojang היו יעקב פורסר, אחד מחבריו לעבודה של פרסון מ-King, וקרל מאנה, מנכ"ל jAlbum.
ב-11 בדצמבר 2010 פרסון הודיע כי מיינקראפט נכנס לשלב בדיקות הבטא שלו ב-20 בדצמבר 2010. הוא ציין גם שתיקוני הבאגים וכל העדכונים שהובילו לשחרור עדיין יהיו בחינם. במהלך הפיתוח שכר פרסון כמה עובדים חדשים לחברה שהקים, Mojang Studios.
Mojang סיימו את שלב הבטא של המשחק ושחררו את הגרסה המלאה ב-18 בנובמבר 2011. ב-1 בדצמבר 2011 מונה ינס "Jeb" ברגנסטן לראש אגף העיצוב במיינקראפט, והחליף את פרסון כמעצב הראשי. ב-28 בפברואר 2012 Mojang הודיעו כי הם שכרו את מפתחי שירות ה-API הפופולרי למיינקראפט "Bukkit" כדי לשפר את תמיכת מיינקראפט בשינויים בשרתים רבי-משתתפים.
ב-15 בספטמבר 2014 הודיעה מיקרוסופט על עסקה לרכישת Mojang בסך 2.5 מיליארד דולר, יחד עם הבעלות על הקניין הרוחני של מיינקראפט. פרסון הציע את העסקה כאשר פרסם ציוץ בטוויטר ובו הוא מציע לתאגידים לרכוש את חלקו במניות Mojang לאחר שקיבל הרבה ביקורת על אכיפת תנאים בהסכם רישיון למשתמש קצה (EULA) של המשחק. על פי פרסון, מנכ"ל Mojang, קרל מאנה, קיבל שיחה ממנהל מיקרוסופט זמן קצר לאחר הציוץ, ושאל אם פרסון רציני לגבי עסקה. Mojang קיבלה פניות גם מחברות אחרות, כולל Activision Blizzard ו-EA. העסקה עם מיקרוסופט נחתמה ב-6 בנובמבר 2014 והובילה לכך שפרסון הפך לאחד מ-"מיליארדי העולם" של פורבס.
מאז המהדורה המלאה הראשונה של מיינקראפט, שכונתה "עדכון ההרפתקאות" (עדכון 1.0), המשחק עודכן ברציפות עם עדכונים גדולים רבים, הזמינים בחינם למשתמשים שכבר רכשו את המשחק. העדכון הגדול האחרון היה "מערות וצוקים חלק 2" (עדכון 1.18), שהוסיף בלוקים, ופריטים חדשים. העדכון שוחרר ב-30.11.2021. העדכון המתוכנן הבא, "העדכון הפראי" (עדכון 1.19), אמור לצאת למשחק בתאריך לא ידוע, וירחיב את ביומות הביצה והג'ונגל, ויוסיף בלוקים, פריטים ויצורים חדשים.
הגרסה המקורית של המשחק הוחלפה מרק "Minecraft" ל-"Minecraft: Java Edition" ב-18 בספטמבר 2017 כדי להפריד אותה מ-"Bedrock Edition", ששמה שונה לרק "Minecraft" על ידי עדכון "Better Together".
מהדורת הבדרוק (Bedrock Edition) עודכנה באופן קבוע, כאשר העדכונים אליה תואמים את הנושאים של עדכוני מהדורת הג'אווה (Java Edition). גרסאות אחרות של המשחק כמו מהדורות הקונסולה השונות ומהדורת הכיס (Pocket Edition) אוחדו למהדורת הבדרוק או הופסקה התמיכה בהם ולא יצאו אליהם עדכונים חדשים.
מהדורת הכיס (Pocket Edition) / מהדורת בדרוק (Bedrock Edition).
באוגוסט 2011 יצאה מהדורת הכיס של מיינקראפט ל-Xperia play ותמכה באנדרואיד כגרסת אלפא מוקדמת. לאחר מכן היא שוחררה למספר מכשירים תואמים אחרים ב-8 באוקטובר 2011. גרסת הiOS של מהדורת הכיס פורסמה ב-17 בנובמבר 2011. המהדורה הועמדה גם לרשות הטלפונים של Windows זמן קצר לאחר ש-Microsoft רכשה את Mojang. המהדורה מתרכזת בהיבט היצירתי ובהיבט ההישרדותי הפרימיטיבי של המשחק, ואינה מכילה את כל התכונות של מהדורת המחשב האישי. בחשבון הטוויטר שלו אמר ינס ברגנסטן כי מהדורת הכיס של מיינקראפט כתובה ב-++C ולא ב-Java, מפני ש-iOS לא יכולה לתמוך ב-Java.
ב-10 בדצמבר 2014, בעקבות רכישת Mojang Studios על ידי מיקרוסופט, Pocket Edition יצאה עבור Windows Phone. ב-18 בינואר 2017, מיקרוסופט הודיעה כי היא לא תתמוך עוד בגרסאות Windows Phone של מהדורת הכיס. ב-19 בדצמבר 2016 שוחררה הגרסה המלאה של מהדורת הכיס של מיינקראפט ב-אנדרואיד, iOS ו-Windows Phone.
מהדורת הכיס הוחלפה במהדורת הבדרוק בשנת 2017.
מהדורות קונסולות מהדור הקודם (Legacy console editions).
גרסת ה-Xbox 360 למשחק, שפותחה על ידי 4J Studios, יצאה ב-9 במאי 2012. ב-22 במרץ 2012 הוכרז כי מיינקראפט יהיה משחק הדגל של שירות משחקים חדש ל-Xbox Live בשם Arcade NEXT. המשחק שונה מגרסאות המחשב הביתיות במספר דרכים, כולל מערכת קראפטינג (crafting, יצירה) חדשה, ממשק הבקרה, מדריכים בתוך המשחק, מצב מרובה-משתתפים במסך מפוצל ויכולת לשחק עם חברים דרך Xbox Live. בנוסף, העולמות בגרסת ה-Xbox 360 אינם "אינסופיים", והם חסומים על ידי קירות בלתי נראים. במקור גרסת Xbox 360 הייתה דומה בתוכנה לגרסאות המחשב הישנות יותר, אך עודכנה בהדרגה כדי לקרב אותה לגרסת המחשב הנוכחית לפני הפסקתה. גרסת ה-Xbox One פורסמה ב-5 בספטמבר 2014.
גרסאות המשחק לפלייסטיישן 3 ולפלייסטיישן 4 פורסמו ב-17 בדצמבר 2013 וב-4 בספטמבר 2014, בהתאמה. גרסה לפלייסטיישן ויטה שוחררה באוקטובר 2014. כמו גרסאות ה-Xbox, גרסאות הפלייסטיישן פותחו על ידי 4J Studios.
ב-17 בדצמבר 2015 שוחררה מהדורת מיינקראפט ל-Wii U. גרסת ה-Wii U קיבלה מהדורה פיזית על דיסק ב-17 ביוני 2016 בצפון אמריקה, ביפן ב-23 ביוני 2016, ובאירופה ב-30 ביוני 2016. גרסת ה-Nintendo Switch של המשחק שוחררה בחנות המשחקים של נינטנדו ב-11 במאי 2017, יחד עם גרסה קמעונאית פיזית על דיסק שנקבע שתופץ במועד מאוחר יותר. במהלך כנס של נינטנדו ב-13 בספטמבר 2017, נינטנדו הודיעה כי המהדורה החדשה של New Nintendo 3DS תהיה זמינה להורדה מיד לאחר השידור החי, ועותק פיזי יהיה זמין במועד מאוחר יותר. המשחק תואם רק לגרסאות "החדשות" של מערכות ה-3DS ו-2DS, ואינו עובד עם דגמי ה-3DS, 3DS XL ו-2DS המקוריים. ב-18 בדצמבר 2018, גרסאות המיינקראפט של PlayStation 3, PlayStation Vita, Xbox 360 ו-Wii U קיבלו את העדכון הסופי שלהם ושונה שמם למהדורת "קונסולות מהדור הקודם" (Legacy Console).
גרסת ה-PlayStation 4 של מיינקראפט עודכנה בדצמבר 2019 כדי לתמוך במשחק חוצה פלטפורמות עם כל מהדורות הבדרוק (Bedrock editions) האחרות, אם כי המשתמשים נדרשים להחזיק חשבון Xbox Live חינמי כדי לשחק.
מהדורת החינוך (Education Edition).
מהדורת החינוך של מיינקראפט היא גרסה חינוכית למשחק המקורי, שתוכננה במיוחד לשימוש במוסדות חינוך כגון בתי ספר, ונבנתה על בסיס הקוד של מהדורת הבדרוק. המהדורה זמינה ב-Windows 10, macOS, iPadOS ו-Chrome OS. המהדורה כוללת חבילת משאבים לשיעורי כימיה, קורסים בחינם באתר של מהדורת החינוך, ו-2 יישומים נלווים בחינם: קוד ומצב כיתה (Classroom Mode).
בדיקת בטא ראשונית בוצעה בין התאריכים 9 ביוני ל-1 בנובמבר 2016. המהדורה המלאה שוחררה ל-Windows 10 וב-MacOS ב-1 בנובמבר 2016. ב-20 באוגוסט 2018, Mojang Studios הודיעו כי יביאו את מהדורת החינוך ל-iPadOS בסתיו 2018. היא שוחררה ל-App Store ב-6 בספטמבר 2018. ב-27 במרץ 2019 הוכרז כי מהדורת החינוך תופעל על ידי JD.com בסין. ב-26 ביוני 2020, גרסת הבטא של מהדורת החינוך הפכה לציבורית במחשבי Chromebook התואמים ל-Google Play. המשחק המלא שוחרר לחנות Google Play למחשבי Chromebook ב-7 באוגוסט 2020.
מיינקראפט סין (Minecraft China).
ב-20 במאי 2016 הוכרז על מיינקראפט סין כמהדורה מקומית עבור סין, שם שוחררה במסגרת הסכם רישוי בין NetEase ל-Mojang. מהדורת המחשב האישי שוחררה לבטא ציבורית ב-8 באוגוסט 2017. גרסת ה-iOS שוחררה ב-15 בספטמבר 2017, וגרסת ה-Android שוחררה ב-12 באוקטובר באותה שנה. מהדורת המחשב האישי מבוססת על מהדורת ה-Java המקורית, ואילו הגרסאות לטלפון הנייד iOS ו-Android מבוססת על מהדורת הבדרוק. המהדורה לא עולה כסף, והיו בה למעלה מ-300 מיליון שחקנים עד נובמבר 2019.
גרסאות אחרות למחשב.
מלבד מהדורת ה-Java ומהדורת ה-Windows 10, קיימות גרסאות אחרות של מיינקראפט למחשב, הכוללות את Minecraft Classic ,Minecraft 4K ומהדורה מיוחדת לראספברי פאי.
Minecraft 4K היא גרסה פשוטה של מיינקראפט בדומה לגרסה הקלאסית אשר פותחה עבור "תחרות תכנות המשחקים 4K של Java", כאשר מטרת התחרות הייתה לקודד את המשחק בפחות מ-4,000 קילו-ביט. בניגוד למהדורה הרגילה, המפה במהדורת ה-4K מורכבת מ-64×64×64 בלוקים, ואותו עולם בדיוק נוצר בכל פעם מחדש. השחקנים במהדורת ה-4K מוגבלים להצבת או הריסת בלוקים, המורכבים מדשא, אבנים, עצים, עלים ולבנים.