במשך כל המאה ניסו אנשי העירייה להצר את צעדי היהודים במסחר ובמגורים. אנשי המנהל של הוויווד – סגנו וממלא מקומו – עמדו לצד העירייה, והיא נתמכה גם בידי כמרים מן הכרמליטים היחפים שנודעו בשנאתם לקהילה. כדי להתגונן בפני רדיפות אלו השתדלו היהודים ליצור קשרים עם הוויווד עצמו ועם בישופי העיר שיחסם אל היהודים היה בדרך כלל טוב: בז'וסטובסקי הסדיר את הקבורה היהודית, פנצ'ז'ינסקי הורה לראשונה לאפשר ליהודים לנהל מסחר בימי ראשון בהגבלות מסוימות, מיכל יאן זינקוביץ העסיק רופא יהודי בשם אהרן גורדון ואף הוא נתן הקלות ליהודים בתחום הקבורה, והבישוף הנסיך איגנצי מסלסקי נחשב לאדם נאור וסייע רבות לקהילה היהודית בעיר. בפועל נשמרה כל העת המתיחות בין מעמד העירונים בגיבוי העירייה לבין היהודים שנהנו בדרך כלל מהגנת המלכים והדרגים הבכירים של הכמורה והשלטון המקומי. כתבי זכויות הונפקו מעת לעת ותביעות בדבר אי-קיום הזכויות הוגשו כל העת לערכאות. במקרה קיצוני אחד ב-1740 התייחסה אחת הערכאות למסמך מ-1527 שאסר מגורי יהודים בווילנה כאל מסמך תקף, היהודים עזבו את המשפט באמצע והשופטים בחרו להמשיך בדיונים ולהחמיר את צעדי הענישה נגדם. המלך אוגוסט השלישי סירב להתערב בלי בסיס חוקי ונשקפה סכנת גירוש לכל יהודי העיר. מיכל סרווצי וישניובייצקי, הוויווד ושר הצבא, ניסה להתערב לטובת היהודים ופנה לקרובו הקנצלר יאן פרדריק ספייהה , האחרון סבר שהצווים המוקדמים והסותרים אכן תקפים ושהמלך לא יתערב, לכן יעץ לנקוט בסחבת ("כדרכם של היהודים") באשר לביצוע צו הגירוש, בינתיים יעבירו חוק מדינה בסיים שיסדיר את מגוריה היהודים בווילנה בטענה שאישור זה יבטיח את תשלומי החובות של הקהילה היהודית למנזרים ובעלי הון פרטיים נוצרים בעיר.
ברצונו להסדיר את הבעיה לרצון היהודים ואוצר המדינה הוציא וישניובייצקי צו-מניעה זמני על כל פעולת הפרעה למסחר היהודי עד לבואו לווילנה בראשות ועדה שתבחן את הדרכים ליישוב הסכסוך. הוועדה באה לווילנה באפריל 1741 וניסחה הסכם שהרע את מעמדם המסחרי של היהודים, באי-כח הקהילה נאלצו לחתום על המסמך ואולם העירייה התנגדה לסגת מכמה זכויות שהקנו המלכים הקודמים למעמד העירונים והגישה נוסח חוזה משלה. המשא-והמתן התפוצץ וכנופיות אלימות בעידוד העירייה החלו לפגוע במסחר היהודי, בית המשפט האזורי הזהיר את העירייה והעניק ליהודים כתב הגנה זמני ולבסוף נחתם חוזה פשרה מתוקן בין ועד הקהילה לעירייה ב-29 במרץ 1742 שבו קיבלו היהודים על עצמם פירעון סכום גדול לקופת העירייה ובתמורה לא תממש העירייה כתבי-זכויות שבידה שיישומם יפגע ביהודים. מיד לאחר חתימת ההסכם נפנו הצדדים לאשרור כתבי-זכויות ישנים שהיו בידיהם ממלכי פולין במאות השנים הקודמות, היהודים עמדו בפני מצוקה של ממש - רבים מכתבי הזכויות נשרפו או אבדו במאורעות הרבים שפקדו את הקהילה מראשית המאה. אחד מראשי קהילת וילנה, רבי יהודה, שנודע בכינויו היסו"ד (=הרב יהודה ספרא ודיינא) והיה שותף לכינון הסכם הפשרה עם העירייה, דאג לאסוף את כתבי הזכויות או הוכחות לקיומם ולהעמידם למשמרת. השתדלן הווילנאי שאול בן מרדכי הצליח לקבל אשרור של כל הזכויות הללו מידי המלך אוגוסט השלישי. גם העירייה אשררה כתבי זכויות ישנים שלה וב-1756 הגיעו הדברים לפיצוץ מחודש: העירייה הגישה תביעה לטריבונל הליטאי נגד הקהילה היהודית בטענה שהחוזה מ-1742 לא יושם בידי היהודים, היהודים הציגו מנגד את טענותיהם נגד העירייה וביקשו להשאיר את החוזה בתוקפו אף על פי שהכביד עליהם מאוד. הטריבונל קיבל במקרה זה את עמדת היהודים והשאיר את החוזה בתוקף, אך לא עסק בסוגיות האחרות שהועלו. בעשרים השנים הבאות הועלו מעת לעת טענות על כך שהיהודים אינם מקיימים את החוזה והיהודים השיבו שהעירייה אינה משקיעה את כספי המיסים ששילמו באבטחת האזור היהודי ובמערכת המים העירונית כפי שהוסכם בחוזה, הטריבונל סירב להכריע ודחה את ההחלטה בעניין כמה פעמים. עמדת העירייה נחלשה עם הזמן בשל שתי קבוצות לחץ עיקריות שהעמידו דרישות משלהן מול הקהילה היהודית ומול העירייה: מעמד הסוחרים ומעמד הפועלים. כל אחת מקבוצות אלו האשימה את העירייה שבעת ההסכם מול הקהילה זנחה את האינטרס שלה, והעירוניים הנוצרים התקשו להציג חזית אחידה מול הקהילה היהודית. היחלשות עמדת העירוניים סייעה במידת מה למעמד הקהילה, אך מנגד הפחיתה את הצורך של מעמד האצולה בתחרות היהודית מול העירוניים והדבר הוביל לאורך כל המאה למקרים של התעמרות מצד האצילים ביהודים, ולמקרי שוד של אצילים עניים שהופיעו ברחובות היהודים כשהם חמושים ודרשו לקבל ממון ומזון.
ב-1783 הגיעה עת ההכרעה, העירייה הגיעה להבנות עם הסוחרים ובעלי המלאכה ונערך משפט בטריבונל הליטאי בינם ובין הקהילה היהודית. על הפרק עמדו הגבלות המסחר, חופש המגורים והמסים העירוניים. שני הצדדים גייסו את מרב המאמצים לקראת ההכרעה הסופית שתסדיר מכאן ואילך את מעמד היהודים בעיר, באווירה ששררה באותן שנים לא היה ניתן עוד להשאיר את מעמדה של אוכלוסייה גדולה בלתי-מוגדר ונתון לגחמותיהם של כוחות מקומיים. היהודים גם ידעו שרוח השוק החופשי, רעיון שהחל צובר תאוצה, לא תאפשר להשאיר עליהם הגבלות בתחום זה, ולכן התמקדו בניסיון להסיר מעליהם כל מגבלה מפלה. הם קיוו לעזרתו של סגן הקנצלר הליטאי, יואכים חרפטוביץ , שיעמוד כעבור עשר שנים בעצמו בראש הטריבונל, אדם משכיל ומתקדם שהסכים לייצג אותם ולסייע להם. גם השתדלן הווילנאי אריה ליב מייטס פעל רבות בקרב כל הנוגעים בדבר. פסק-הדין שהוציא הטריבונל שיפר משמעותית את מעמד יהדות וילנה והסדיר מחדש את קיומה בתוך המרקם העירוני.
התקנות החדשות יושמו ככתבן וכלשונן. העירייה ערכה סקר מקיף של כל נכסי היהודים בעיר כדי לתכנן את גביית המיסים, ורשימת תושבים יהודיים ארעיים שבה הופיעו כ-300 יהודים שלא שלמו מסי קהילה ולא היו רשומים בה. בתום הסקר עלה שמסי היהודים יוכלו לממן מדי שנה שליש מהוצאות העירייה. כאמור, היו התקנות החדשות טובות לקהילה היהודית ואפשרו את המשך התפתחותה. קלויזנר מצטט את האפיטף על מצבת קברו של מייטס, השתדלן שהביא את ההישג הגדול. נאמר בה: . במקביל לתהליכי השוויון שהחלו בתקופה זו, התערערה במחצית השנייה של המאה האוטונומיה של ועד הקהילה ("הקהל") ששלט עד אז באוכלוסייה היהודית שלטון ללא מצרים, גם בשל אירועים פנימיים בקהילה. תרמו להתערערות זו: 1. הסכסוך הקשה בן שלושים השנים (1762–1791) בין ועד הקהילה לרבה האחרון של העיר, רבי שמואל בן אביגדור, חתנו של היסו"ד, על סמכויותיו ועל שיתוף קרובי משפחתו במוסדות הוועד. בעקבות פרשה קיבל ועד הקהילה החלטה שלא למנות יותר רבנים לאיוש משרת רב העיר ולהסתפק במשרת המו"ץ (ראו להלן "נושאי משרות בקהילה"). במהלך סכסוך זה הועברו תלונות לשלטונות בנוגע לאי-סדרים בקופת הקהל, לא נמצא דבר אך עצם ההתערבות פגע קשות באוטונומיה של הקהילה וערער אותה. 2. סבבי המחלוקת והחרמות נגד כת החסידים שהובילו להלשנות הדדיות בפני השלטונות, תרמו אף הם לערעור מעמדה האוטונומי של הקהילה והגברת מעורבות השלטונות בנעשה בין יהודי העיר.
ב-1788 קיבלה המפלגה הפטריוטית רוב בסיים הפולני, מפלגה זו פעלה בניגוד לעמדת בית המלוכה לניתוק הקשר עם האימפריה הרוסית. סייעה למגמה זו פרוסיה, וב-1790 הובילו הפטריוטים לחתימת הסכם הגנה עם פרוסיה. כאשר העביר הסיים את החוקה החדשה ב-1792 החלו הרוסים לחשוש שבכוונת הפולנים להגדיל את שטחי האיחוד הפולני-ליטאי לגבולות המקוריים שלו בטרם חלוקת פולין הראשונה (1772), והחלו להפעיל את המפלגה הפרו-רוסית בפולין כנגד מגמה זו. הרוסים פלשו לפולין והפרוסים הפרו את חוזה ההגנה וכבשו אף הם משטחי האיחוד, חלוקת פולין השנייה הייתה לעובדה מוגמרת בינואר 1793. בעקבות חלוקה זו, פרץ ב-1794 מרד קושצ'ושקו בהנהגת תדאוש קושצ'ושקו, הגנרל יאקוב ישינסקי כבש את וילנה וכונן בה ממשלה זמנית. ביום שבת 17 במאי 1794 נאם ד"ר שלמה פולונוס, מיהודי העיר, בעד המורדים. הקהילה התחייבה לשלם למורדים 25,000 זהובים, וראש הקהל נח בלוך התחייב לספק להם תחמושת. המפלגה הפרו-רוסית שרצתה להטות את היהודים לתמיכה בה, דאגה ליחס טוב של האימפריה הרוסית ליהודים, ועם הכרעת המרד וסיפוח שטחי ליטא לאימפריה, הסכים הנסיך ניקולאי רפנין שהיה המפקד העליון של כוחות הצבא הרוסי לבקשת יהודי וילנה וגרודנו לבטל את הכפפתם לשיפוט בבתי המשפט העירוניים, חוק שהתקבל בסיים בהרכבו הפטריוטי המרדני ב-1791. התנגדות עיריית וילנה נדחתה, והחרגת יהודי וילנה וגרודנה מסמכות השיפוט העירוני הייתה בתוקף עד 1808, אז נחקק חוק אחיד לכל תושבי המדינה בנושא זה.
בסוף המאה ה-18, בעקבות ההתפתחויות המדיניות ושוך הקרבות, התחזק מעמד יהודי וילנה. מספר היהודים בעיר גדל מאוד, הם מנו קרוב ל-6,000 איש מתוך 17,000 תושבי העיר, והיו לכח הכלכלי הגדול בעיר.
המאה ה-19.