השליטים של הנמלים הקטנים הודיעו על כניעה להולנדים במטרה להסיר את המצור, אבל רבים מהם השתמשו בהכנסות שקיבלו במסחר על מנת לתמוך כספית בסולטאן. המלחמה באצ'ה התמשכה במשך שנים. הכוחות ההולנדים המתקדמים הפגיזו ושרפו כפרים והאוכלוסייה נמלטה להרים והמשיכה במאבק שקיבל אופי דתי של ג'יהאד כנגד הכופרים הנוצרים. ב-1881 הכריזו ההולנדים כי המלחמה הסתיימה, כשבשטח עדיין התנהלה מלחמה שעלתה לממשל הקולוניאלי הון ואלצה אותו להעלות מיסים באזורים אחרים של אינדונזיה של ימינו. למעשה בשנים 1883–1884 נסוג הצבא ההולנדי לבסיסיו באזור, ומרבית אצ'ה חזרה לשלטונו של הסולטאן.
שני אישים הולנדים הצליחו להתגבר בסופו של דבר על ההתנגדות של האוכלוסייה לשלטון הולנד, החוקר סנוק הורחרוניה, שהתמחה בדת ובתרבות המוסלמית, והמפקד הצבאי ון הֵטס (J. B. van Heutsz). השניים היו אחראים לקביעת מדיניות שכוונה לשילוב מנהיגים חילוניים (Ulèëbalang) בממשל מחד, ולחימה בלתי מתפשרת במנהיגים הדתיים של המרד (העולמא) מאידך. ההולנדים היו נחושים למגר את המרד, בייחוד לאחר שלצד המניע הקולוניאלי ושמירת יוקרתם בעיני התושבים הצטרף המניע הכלכלי משהסתבר כי יש נפט באדמת אצ'ה. ב-1903 נכנע הסולטאן טונאקו דאוד שאה, אם כי הוא המשיך לתמוך בסתר במורדים, ובסופו של דבר הוגלה. במקביל אליו נכנע גם המפקד הצבאי הראשי של המורדים ושולב בממשל ההולנדי. העולמא המשיכו להילחם לפחות עשור אחר-כך, אם כי מרביתם נהרגו בקרבות של 1910–1912.
עדויות שנחשפו מוכיחות כי בלחימתם במורדים ביצעו ההולנדים מעשים הנחשבים בימינו כפשעי מלחמה על אף שמבחינת ההולנדים הסתיים המרד ב-1903, בהיסטוריוגרפיה של אצ'ה המרד מעולם לא הסתיים. עובדה היא שעם תום מלחמת העולם השנייה, כאשר השתלטו ההולנדים השתלטו על מושבותיהם, הם לא חזרו לאצ'ה. ב-1946 נכלאו מרבית המנהיגים החילוניים שהעמידו ההולנדים, וחלקם גם הוצא להורג.
שלטון יפני.
במהלך מלחמת העולם השנייה השתלטו כוחות האימפריה היפנית על אצ'ה. בתקופה זו התחזקו העולמא והחליפו בשלטון את המנהיגים ששיתפו פעולה עם ההולנדים. בונקרים של בטון מתקופה זו עדיין מצויים בחופים הצפוניים ביותר של המחוז.
עצמאות אינדונזיה.
עם תום מלחמת העולם השנייה בשנת 1945 פרצה מלחמת אזרחים בין הצד שתמך בחזרתם של ההולנדים בראשות המנהיגים האזרחיים (Ulèëbalang) שהעמידו ההולנדים בראש הממשל לבין אנשי הדת (העולמא) שתמכו במדינת אינדונזיה. אנשי הדת ניצחו וההולנדים אף לא ניסו לכבוש את אצ'ה מחדש במהלך מלחמת העצמאות של אינדונזיה. עם סיום הלחימה עמד מנהיג מפלגת העולמא, דאוד ברואה (Daud Bereueh) בראש הממשל הצבאי של אצ'ה.
המרד המוסלמי.
לאחר העברת השלטון מממשלת הולנד לממשל האינדונזי ב-1949, צורפה אצ'ה למחוז הסמוך צפון סומטרה, החלטה שהובילה לתרעומת בקרב תושבי אצ'ה רבים בשל ההבדלים האתניים המרובים שבינם לבין עם הבאטאק הנוצרי ברובו המהווה רוב בצפון סומטרה. ההתמרמרות הפכה למרד גלוי ב-1953, שמטרתו הקמת מדינה מוסלמית (דארול אסלאם - Darul Islam) באצ'ה, מהלך שהוביל מנהיג מפלגת העולמא, דאוד ברואה. דיכוי המרד ארך שנים. ב-1959 נכנעה ממשלת אינדונזיה חלקית והעניקה לאצ'ה מעמד של "טריטוריה מיוחדת ("Daerah istimewa"), שאפשר לאצ'ה אוטונומיה נרחבת יותר מהממשל המרכזי בג'קרטה מאשר קיבלו מרבית האזורים האחרים באינדונזיה. לדוגמה, הממשל המקומי קיבל רשות להקים מערכת משפטית בלתי תלויה במערכת הלאומית. ב-1963 חתם דאוד ברואה על הסכם שלום שסיים את המרד המוסלמי.
תנועת אצ'ה החופשית.
במהלך שנות ה-70 של המאה ה-20, החלו חברת נפט וגז אמריקניות לנצל את משאבי הטבע של אצ'ה על פי הסכם עם הממשל האינדונזי המרכזי. טענות לחלוקה בלתי שוויונית של הרווחים בין הממשל המרכזי ותושבי המחוז הביא את חסן די טירו (Hasan di Tiro), לשעבר שגריר של דארול אסלאם, לקרוא לעצמאות אצ'ה. הוא הכריז על עצמאות אצ'ה ב-1976.
בתחילה היו לתנועה תומכים מעטים, וחסן די טירו נאלץ לחיות בגלות בשוודיה. בינתיים בוצעה במחוז מדיניות הפיתוח הכלכלי והתיעוש של סוהארטו. בשלהי שנות ה-80 הובילו כמה אירועים ביטחוניים את הממשל המרכזי של אינדונזיה לנקוט צעדי דיכוי ולשלוח כוחות צבא לאצ'ה. פגיעות בזכויות האדם היו חזון נפוץ בעשור אחר-כך, והם גרמו להתמרמרות התושבים כנגד הממשל המרכזי.
בשלהי שנות ה-90 ניצלה תנועת אצ'ה החופשית את הכאוס ששרר בג'אווה ואת הממשל המרכזי הבלתי אפקטיבי, והחל השלב השני במרד, הפעם תוך תמיכה גדולה של תושבי אצ'ה. תמיכה זו הופגנה במשאל העם של שנת 2000 בבנדה אצ'ה שבו השתתפו קרוב לחצי מיליון איש (מתוך אוכלוסייה של ארבעה מיליון במחוז). הממשלה האינדונזית הגיבה ב-2001 בהרחבת האוטונומיה של אצ'ה על ידי מתן היתר לממשלה המקומית ליישם את חוקי השריעה בצורה נרחבת יותר, ואת הזכות לקבל ישירות השקעות מגורמי חוץ. ב-2003 הופעלה באצ'ה מערכת חוקים המתבססת על השריעה המוסלמית. עם זאת, אוטונומיה זו לוותה בצעדי דיכוי, וב-2003 החלה באצ'ה מתקפה צבאית והוכרז במחוז מצב חירום. המלחמה עדיין התנהלה שעה שפגע במחוז אסון הצונאמי של 2004.
אסון הצונאמי.
האזורים לאורך החוף המערבי של אצ'ה, כולל הערים בנדה אצ'ה, קאלאנג ומאולאבו היו בין האזורים שנפגעו בצורה הקשה ביותר מהצונאמי שנוצר עקב רעידת האדמה באוקיינוס ההודי ב-26 בדצמבר 2004. בעוד שחלקים של בנדה אצ'ה, בירת המחוז, לא נפגעו, האזורים הקרובים לחוף, בייחוד בקמפונג ג'אווה (Kampung Jawa) ובמאוראשה (Meuraxa) נהרסו כליל. מרבית יתרת החוף המערבי נפגעה קשה, וערים רבות נעלמו לחלוטין. ערים אחרות לאורך החוף המערבי שנפגעו מהאסון כללו את להוקנגה (Lhoknga), לאופונג (Leupung), למנו (Lamno), פטק (Patek) ועוד. גם בחוף הצפוני והמזרחי היו נזקים. בין הערים שנהרסו באזורם אלו סמאלנגה (Samalanga) ולהוקסאומאווה (Lhokseumawe). כ-130,000 איש איבדו את חייהם ברעידת האדמה ובצונאמי באצ'ה, כ-200,000 נותרו ללא קורת גג. הטרגדיה של הצונאמי התרחבה עוד יותר, כאשר ב-26 במרץ 2005 התחוללה בים בין האיים סימאולו (Simeulue) שבאצ'ה לניאס (Nias) שבצפון סומטרה רעידת אדמה נוספת שהוערכה ב-9.1 בסולם מגניטודה לפי מומנט. רעידת האדמה השנייה גרמה למותם של 905 איש נוספים בניאס ובסימולו, הותירה עשרות אלפים נוספים חסרי קורת גג, והרחיבה את הטיפול בצונאמי גם לניאס.
לפני הצונאמי של דצמבר 2004 מנתה האוכלוסייה באצ'ה 4,271,000 תושבים. ב-15 בספטמבר 2005 מנתה אוכלוסיית המחוז 4,031,589 תושבים.
בפברואר 2006, כשנה לאחר הצונאמי, עדיין התגוררו תושבים רבים במגורים זמניים, דמויי מחנות צבא, או באוהלים. הבינוי היה בעיצומו, אך בשל גודל האסון, ובעיות לוגיסטיות, ההתקדמות הייתה איטית. מרבית עבודת הבינוי נעשתה על ידי המקומיים תוך שימוש בתערובת של שיטות מסורתיות ובנייה מתועשת. המימון לבנייה הגיע מאנשים פרטיים, מארגונים בינלאומיים רבים ומכיסם של התושבים. הממשלה האינדונזית הציעה תחילה הקמת אזור חיץ בן 2 קילומטרים באזורים הנמוכים לאורך החוף שבו תיאסר בנייה קבועה, אך הצעה זו נדחתה על ידי התושבים המקומיים, בייחוד על ידי משפחות הדייגים התלויות לפרנסתם במגורים בסמוך לחוף.
ההשלכות של הצונאמי היו נרחבות יותר מההשפעה המידית על חייהם של תושבי אצ'ה שהתגוררו בסמוך לחוף ועל הרס ושיקום התשתיות. עקב האסון חתמה תנועת המרד האצ'ינית (GAM), שלחמה למען עצמאות מאינדונזיה במשך 29 שנים, ב-15 באוגוסט 2005 הסכם שלום (ראו הפסקה הבאה). התפישה שהצונאמי היה עונש בשל היחלשות הדבקות הדתית במחוז מוסלמי גאה זה הייתה אחד הגורמים לחיזוק חשיבות הדת לאחר הצונאמי. ניתן היה להבחין בהגברת יישום חוק השריעה, כולל הפעלה שנויה במחלוקת של משטרת השריעה. לאחר שהצרכים הבסיסיים של התושבים במגורים ובמזון התמלאו, החלו התושבים לדרוש שיפור איכות החינוך, הגדלת התיירות, ופיתוח תעשייה בת קיימא.
הערכות ראשונות של עלות הנזקים, שנעשו על ידי ממשלת אינדונזיה והבנק העולמי, הגיעו ל-6.2 מיליארד דולר אמריקנים. סיכום שנעשה על ידי הבנק העולמי בדצמבר 2009, 5 שנים אחר האסון, העריך שהסוכנות הממשלתית שמונתה לטפל (Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi או בראשי תיבות BRR) השקיעה 7 מיליארד דולר בשיקום. באפריל 2009 העבירה הסוכנות את המשך הטיפול בשיקום הנזקים לממשל המקומי בסיוע סוכנות תכנון הפיתוח הלאומי (BAPPENAS).
בפברואר 2009 פתחה ממשלת אינדונזיה בבנדה אצ'ה את מוזיאון הצונאמי של אצ'ה, מוסד שנוי במחלוקת בשל עלות הקמתו (5.6 מיליון דולרים שנלקחו מהקרן לשיקום הנזקים). המוזיאון מנציח את הצונאמי בעזרת תמונות, סיפורים אישיים וסימולציה של רעידת האדמה שגרמה לצונאמי.
הסכם השלום והבחירות המקומיות הראשונות.