בורק טוען שעל קאפרי להפגיש אותו עם סם. קאפרי מבקש זמן לחשוב על זה והוא ובורק מסכמים שאף אחד לא עושה צעד בלי השני. עם זאת, שניהם מפרים את ההסכם: קאפרי נפגש עם סם אך לא מראה לו את הקלטת, ובמקביל, בורק הולך לביתו של סם וחוקר אותו. סם מסרב לשתף פעולה, ונמלט מביתו לאחר שהבין שהרודפים אחריו עלו על עקבותיו עקב הרצת שמו בבסיס הנתונים של ה-FBI כשקאפרי ובורק מגיעים במהירות לביתו הם מגלים בית הרוס, אך מניחים שסם הספיק להימלט. הם כועסים זה על זה עקב הפרת האמון ההדדית.
קאפרי הכועס מגיע לביתו, שם הוא מוצא את סם שמסביר לו שהוא החליט ללכת עד הסוף במטרה להפיל את השוטרים המושחתים שנותרו ולגלות את האמת. הם מחליטים להציב את סם כפיתיון, וכשמישהו ינסה לתפוס אותו – הם יעקבו אחריו עד למפעיל שלו, וכך יחשפו את האמת.
בינתיים, בורק חושף שסם פלפס מת בפלורידה, כך שסם שנמצא כעת עם קאפרי הוא מתחזה. מישהו מסתורי מכה את סם בבית המסתור שלו וקאפרי מנצל את המצב לקחת מטלית ספוגה בדמו של סם כדי לברר מיהו באמת.
הם מגלים, במקביל, שמי שהכה את סם הוא דניס פלין ג'וניור, ראש משפחת הפשע פלין כיום, ובנו של ראש משפחת הפשע שאביו של קאפרי העיד נגדם בעבר ושלח אותם למאסר. הם מצליחים לחדור לארגון הפשע שלו ומגלים כי הוא זה שרצח את אלן. הם מפלילים אותו ומקווים להוציא ממנו בחקירה את זהות משלחו, כשלדעתם מדובר באדם עם כח רב מאוד בידיים. להפתעתם, מישהו רוצח אותו בדרכו לבית-הכלא.
דוגמיות הדם של סם חוזרות, וקאפרי מגלה להפתעתו המוחלטת כי סם המתחזה הוא אכן לא סם, אלא אביו, ג'יימס בנט. ג'יימס מספר לו שהוא פחד לספר מי הוא משום שחשש שקאפרי לא ירצה לראות אותו אחרי כל מה ששמע עליו. הוא מגלה לו גם כי אלן לא ידעה בחדשים האחרונים שהיא בקשר איתו ולא עם סם, משום שפחד שלא תרצה לפגוש אותו.
קאפרי כועס מאוד על אביו בשל כל מה שעשה, כולל העובדה שרימה אותו ואת אלן, ומבקש מאביו שיספר לו בדיוק מה היה אז, כשמצאו אותו ליד גופת מפקדו עם אקדח שעליו טביעות אצבעותיו.
אביו מספר לו שהוא היה שוטר מצליח מאוד, אך פעם אחת לא יכול היה להתאפק וגנב חבילת שטרות שנתפסה בידיו במהלך לכידת פושעים. המפקד שלו תפס אותו בדיוק באמצע הגנבה וסחט אותו שיסייע למשפחת פלין תמורת השארתו מחוץ לכלא בעוון גנבת הכסף.
בתחילה הוא עבד עבור משפחת פלין, אבל בשלב כלשהו הוא סירב להמשיך. פלין האב שלח אותו למשימה אחרונה, שעליה יספר לו מפקדו. ג'יימס הגיע למקום המפגש ומצא שם את גופת מפקדו שנורה באמצעות האקדח השני שלו שנגנב מתאו. בדיוק כשבדק דופק למפקדו – הגיעה לשם אלן ועצרה אותו על רצח.
אלן האמינה לו שלא הוא רצח את המפקד והתחילה לחפש אחר הרוצח האמיתי. ג'יימס קיבל איומים בכלא מאדם שטען שאם אלן לא תפסיק לחקור – הוא יהרוג אותה, את אשתו ואת ניל. בשל האיומים האלו הוא מחליט להודות ברצח שלא ביצע – לטענתו – ולהפיל איתו את כל ארגון הפשע של משפחת פלין. כשאמו של ניל שומעת שהוא הודה ברצח – היא מגישה בקשת גירושין מבעלה, משום שאינה רוצה לחיות עם רוצח שוטרים.
ובהווה, לאחר שפלין ג'וניור נרצח, אבדה תקוותם של בורק וקאפרי למצוא דרכו את משלחו, אך הם מקווים ללכוד אותו בכל זאת משום שמעט מאוד אנשים ידעו שפלין נלכד, ואם יגלו מי בדק את טופסי המאסר שלו – יגלו מיהו הרוצח, שכנראה גם שלח אותו ופחד שמא פלין יסגיר אותו. בינתיים, קאפרי שולח את אביו מחוץ לעיר, כדי שיישאר בטוח. הם מקווים למצוא את התליון של אלן, שבו, לדבריה, טמונה הגישה לתיבת הראיות נגד השוטרים המושחתים.
בורק וקאפרי מגלים שסנאטור בשם טרנס פראט חתם על העברתו של פלין לוושינגטון, כנראה כדי שיוכל לחסל אותו בדרך. השערתם מתחזקת עקב העובדה שהוא היה מפקד כח משטרה באותה תקופה של אלן וג'יימס, כך שכנראה הוא היה מנהיג השוטרים המושחתים. מתוקף היותו סנאטור – הייתה לו גם האפשרות לראות מתי שמם של אלן או סם מופיע בבסיס הנתונים כדי לחסל אותם. הוא אמנם חיסל את אלן, אבל פלין נלכד לפני שפגע בג'יימס.
במקביל, הם מוצאים את התליון של אלן, ובתוכו מגלים מפתח מוזר המורכב משני חלקים נפרדים. הם בודקים את המפתח באמצעות מוזי, והוא מגלה כי המפתח לא פותח כלום, אלא בעצם מפת הבניינים וקו הרקיע של מנהטן מנקודה מסוימת. הם מבינים שהמקום הוא מזח בקווינס, שאליו קאפרי היה נוהג ללכת, ומגלים שם שאלן הפנתה אותם לחפש בבניין ה"אמפייר סטייט בילדינג".
בורק מזמין את פראט לחקירה. פראט מבין שהם בעקבותיו וזומם להפיל אותם. קאפרי מצליח להשיג את הלו"ז של הסנאטור כשישהה בניו-יורק, והם מנצלים הזדמנות כשהוא במספרה כדי לשתול במכשיר הפלאפון שלו מכשיר ציתות ומצלמה במזוודתו. הם מגלים כי הוא נפגש בחשאי עם יזם נדל"ן מצליח שתורם רבות למסע הבחירות שלו.
פראט מחבל בבלמים ברכבו של בורק כדי לפגוע בו. בורק נפגע בתאונה, אך לא מוותר וממשיך לרדוף אחריו. הם מגלים שיזם הנדל"ן של פראט, קול אדוארד, מחליף חומרים יקרים במהלך הבניה בחומרים זולים יותר שלא עומדים בשום תו-תקן, ובכך מרוויח מיליונים. הם מקווים להפיל דרכו את פראט. הם מפלילים את אדוארד, אך זה מסרב להפליל את פראט מתוך תקווה שזה ימשוך בחוטים ויסייע לו.
פראט, בתגובה, ממשיך בצעדיו נגד מחלקת צווארון לבן, ומפטר את העומד בראשה, ריס היוז. הוא ממנה במקומו את הסוכנת אמנדה קאלווי, סוכנת שניהלה קודם לכן את מחלקת צווארון לבן באטלנטה ומשוחדת על ידו. היא מחליטה לסגור את התיק נגד פראט, אך קאפרי ובורק ממשיכים לחקור אחריו כשהם מסתירים זאת היטב.
קאפרי ומוזי מגלים כי אלן הועסקה על ידי חברת בנייה שנים קודם לכן בקומה ה-50 של בניין ה"אמפייר סטייט". הם מאמינים שהיא החביאה את התיבה בתקרה שבפינת הבניין. בעזרת סורק רנטגן אופטי מיוחד שקאפרי לוקח מהאף.בי. איי. ומוזי משתיל בתוך מלבין רצפות – הם מצליחים לסרוק את כל התקרה שמתחת לקומה ה-51, ומגלים את מיקומה של תיבת-הראיות.
הסוכנת קאלווי מגלה שקאפרי השתמש בסורק ומצליחה לשחזר חלק מהחומר שהיה בתוכו. היא מגלה מהתוצאות שקאפרי השתמש בסורק כדי לסרוק את בניין ה"אמפייר סטייט" בין הקומה ה-33 לקומה ה-61. היא שולחת צוות של האף.בי. איי. לסרוק את הקומות האלו ולמצוא את התיבה.
במזימה מתוחכמת, קאפרי ומוז מצליחים לגנוב את תיבת-הראיות לפני הסוכנים ולהבריח אותה מן הבניין. סנאטור פראט נפגש בבניין עם ג'יימס ומתכוון לירות בו. ג'יימס יורה בפראט עם אקדחו של בורק ונמלט. קאלווי מוצאת את בורק ליד גופתו של פראט, כשבידו האקדח שלו ושאריות של אבק שרפה על אצבעותיו. הוא נשלח למעצר. במקביל, קאפרי נפרד מחברתו שרה שהולכת לנהל את סניפה של חברת הביטוח "סטרלינג בוש" בלונדון.
בינתיים, קאפרי מוצא ראיות נגד אביו בתיבת-הראיות ומבין שאביו שיקר עליו, ובאמת היה זה הוא שרצח את מפקדו משום שנמאס לו שסוחטים אותו. קאפרי מבין גם שאם אביו לא יודה ברצח הסנאטור – בורק יישלח לכלא בעבירת רצח הסנאטור. הוא מנסה לשכנע את אביו להודות ברצח, אך זה מסרב ונמלט.
גם בעונה זו קאפרי מתחזה לדמויות מגוונות, מהם: שחקן טניס; יזם מצליח; אנליסט ביוכימי בכיר; ברוקר; מתאגרף; זייפן אלכוהול שמזייף וויסקי ברמה מושלמת; פקיד במשרדו של ראש עיריית נו-יורק; אדריכל רבי-קומות; מנהל כישרונות ופסל ברמה עולמית.
עונה 5 (פרקים 63–75) – ה"קודקס".
העונה החלה ב-17 באוקטובר 2013 והסתיימה ב-2 בפברואר 2014.
בורק בכלא, מחכה למשפטו. קאפרי יודע שאם יוגש נגד בורק כתב אישום – הוא לא יוכל להמשיך לשרת ב-FBI גם אם יצא זכאי. משום מקום, מופיע פתאום קרטיס הייגן, "ההולנדי", האדם הראשון שנכנס לכלא בידי קאפרי ובורק ביחד, ומציע הצעה: הוא יזייף הודאה על רצח הסנאטור פראט בקולו של ג'יימס, אביו של קאפרי, שתגרום לבורק לצאת זכאי. בתמורה הוא מבקש מקאפרי לגנוב בשבילו משהו. קאפרי מסכים לעסקה ללא ידיעתו של בורק.
כל ההאשמות נגד בורק מבוטלות בזכות הקלטת ההודאה. להפתעתו, ה-FBI מציע לבורק לעבור ולנהל את מחלקת "צווארון לבן" בוושינגטון, וכהכנה לכך – הם ממנים אותו לעמוד בראש מחלקת צווארון לבן בניו-יורק, במקום היוז וקאלווי.
הייגן מבקש מקאפרי בתמורה לגנוב לו מטבעות זהב וולשי מכספת מסוימת. קאפרי גונב את הזהב אך הייגן טומן לו מלכודת ומסריט אותו בזמן השוד. הייגן סוחט את קאפרי ומבקש ממנו שישמיד את הראיות נגדו שנמצאות במחסני ה-FBI וקאפרי עושה זאת. בינתיים, בורק החל לחפש במרץ אחר שודד המטבעות הוולשיות, והוא חושד שלקאפרי יש קשר לזה.
במקביל, בורק מחליט שהוא לא רוצה להיות יותר מעורב רגשית עם קאפרי, והוא מחליט למנות לו מפעיל חדש, מישהו שיגיע מחוץ למשרד ולא יהיה מוטה רגשית בנוגע לקאפרי. למפעיל החדש קוראים דייוויד סיגל, ממחלקת צווארון לבן בשיקגו. בורק ממנה גם את הסוכן קלינטון ג'ונס לסוכן המיוחד במחלקה, התפקיד שאותו מילא בורק קודם לכן.
במבצע הראשון שלהם, סיגל פושט על חברת ההברחות של מוזי. קאפרי מצליח לחלץ את מוזי בעור שיניו, אבל כעת מוזי לא יכול להיחשף יותר משום שסיגל ראה את פניו. הם מזייפים את מותו של מוזי והוא מסתתר בקרבת מקום למחסן בו זייפו את מותו. דיאנה, שנכנסה בינתיים להיריון באופן עצמאי, חושפת את מחבואו של מוזי, אך מתחילה את צירי הלידה שלה בעודה שם. מוזי מיילד את התינוק, והיא, כתמורה, לא מלשינה עליו לרשויות.