לפעילות זו של רשת אליאנס קמו שני מתנגדים עיקריים. הממסד הרבני וההסתדרות הציונית. הממסד הרבני תקף את מגמת החילון שאפיינה את תוכנית הלימודים, תוך קביעה שיש בה סכנה לערכי המסורת. התנועה הציונית קבעה שעל מערכת החינוך לנקוט קו לאומי על פני הקו האוניברסלי אשר מדגישה תוכנית הלימודים במוסדות הרשת. בהמשך, טענה התנועה הציונית כי הרשת משרתת אינטרסים צרפתיים וב-1898 הציעה רפורמה בתוכנית הלימודים של הרשת, אשר נדחתה על ידי הנהלתה. העימות החריף תוך שראשי התנועה הציונית מאשימים את הרשת ב"מיסיונריות צרפתית" ובמקביל פעלה התנועה הציונית להקמת בתי ספר עבריים בערים השונות ובכלל זה בסופיה, מתוך מטרה שיהיו בעלי אוריינטציה ציונית לאומית. כפועל יוצא מהעימות סגרה רשת אליאנס את שערי בתי ספרה.
בממלכת בולגריה - תהליך החילון.
ב-1891 פורסם בבולגריה חוק השכלת העם ובמסגרתו הוכרו בתי הספר של הקהילה כמוסדות רשמיים ובוגריהם יכלו להמשיך את לימודיהם במוסדות להשכלה גבוהה. בהמשך, תועדו ביקורים של מפקחים מטעם משרד החינוך הבולגרי בבתי הספר של הקהילה. שיטות הלימוד הישנות המתבססות על שינון הוחלפו בחדשות והוצאו לאור ספרי לימוד חדשים. ב-1894 פרסם הרב מרדכי גרינוואלד את הספר "מדריך למורים היהודים" שנכתב בלאדינו ושימש בסיס ראשוני להאחדת שיטות הלימוד המודרניות בבתי הספר. בסופיה החלה לצמוח שכבת אינטליגנציה אשר פעלה לקידום החינוך בכל רובדי הקהילה וב-1895 הוקם ארגון "השחר" שמטרתו סיוע ומתן מלגות לימודים לתלמידים נזקקים מקרב הקהילה. חלק מצעירי הקהילה הצטרפו לארגונים שמטרתם יישוב ארץ ישראל כגון ארגון "אהבת ציון" שחבריו הצטרפו לגרעין ההתיישבות בחורן, ו"אחים ליישוב ארץ ישראל" שחבריו הצטרפו לגרעין ההתיישבות בהרטוב.
במקביל להתפתחות החינוך המודרני, חל תהליך "בולגריזציה" של הקהילה היהודית שאופיין בחילון ובגידול במגדירי השפה הבולגרית על פני הלאדינו כשפתם העיקרית. בין 1898 ל-1910 ירד שיעור הלא אוריינים בבולגרית מ-8.7 אחוזים מבני הקהילה ל-1.52 אחוזים. ב-1926 הגדירו 89.43 אחוזים את הלאדינו ו-7.62 אחוזים את הבולגרית כשפת אימם וב-1934 הגדירו 57.86 אחוזים את הלאדינו ו-39.8 אחוזים את הבולגרית כשפת אימם. במקביל הצטמצמה כמעט לחלוטין עיתונות הלאדינו.
לתהליך זה הייתה השלכה על מספר התלמידים אשר למדו בבתי הספר היהודיים. למרות הגידול המשמעותי באוכלוסיית בני הקהילה בתקופה שבין מלחמות העולם, חלה ירידה מקבילה במספר התלמידים בחינוך היהודי. חלק ניכר מהמשפחות האמידות העדיפו לשלוח את בניהם לבתי ספר כלליים בסופיה ואף מחוץ לבולגריה. אחוז התלמידים בחינוך היהודי נותר גבוה יחסית בשכונת העוני יוצ'בונאר וזאת בשל הוצאות הלימוד הנמוכות. ב-1921 למדו 1,230 תלמידים במערכת החינוך היהודית, נתון המהווה 47 אחוזים מכלל התלמידים מקרב בני הקהילה. באמצע שנות ה-20 עמד תקציב מערכת החינוך היהודית על 2.14 מיליון לבות ומתוכו מומנו 23 אחוזים על ידי עיריית סופיה ועוד 0.7 אחוזים על ידי משרד החינוך הבולגרי.
מלחמת העולם השנייה ולאחריה.
במהלך מלחמת העולם השנייה הוקפאה פעילותם של בתי הספר היהודיים והיא חודשה רק בשלהי 1944, לאחר ההפיכה שהובילה חזית המולדת הבולגרית וחזרתם של מגורשי סופיה לבירה. חזית המולדת היהודית בראשות פרופסור ז'אק נתן שמה לה למטרה להשתלט על כל מוסדות הקהילה ובכלל זה מערכת החינוך. החזית נקטה קו פרו-קומוניסטי מובהק ופעלה לביטול הזהות היהודית של המוסדות. בתחילה בוטלו לימודי העברית ובהמשך פוטרו כל המורים לעברית. מאוחר יותר, בוטלה חופשת יום השבת ובמקומו הונהגה חופשה בימי ראשון כמנהג הנוצרים. ב-1946 נמסרו בתי הספר מניהול הקהילה לידי משרד החינוך הבולגרי ובמהלך גל העלייה הגדול עם הקמת מדינת ישראל, הם נסגרו סופית. בשלהי 1946 יסדה רשת אורט ועד מרכזי בסופיה והפעילה מספר בתי ספר מקצועיים ברחבי בולגריה וגם בסופיה שכללו סדנאות לנגרות, חייטות, כריכת ספרים, תפירה ודפוס. ב-1951 למדו בבית הספר למלאכה של רשת אורט בסופיה 261 תלמידים ורק 109 מהם היו בני הקהילה היהודית. ב-1952 העבירה רשת אורט את בתי הספר שלה לרשות הקונסיסטוריון ובהמשך הם נמסרו לחזקת המדינה.
בראשית המאה ה-21 למדו כ-300 מבני קהילת סופיה בבתי ספר ממלכתיים, אשר בהם מועברים תכנים ייעודיים לבני הקהילה ובכלל זה שיעורי עברית ומסורת. חלק מצעירי הקהילה משתתפים במחנה קיץ שנתי בו משתתפים צעירים מכל קהילות בולגריה.
אגודות נשים, נוער וספורט.
מכבי.
ב-1900 הוקמה על ידי חברי אגודת "השחר" להשכלה עצמית, אגודת ספורט בשם "שמשון". ביוני 1903 הלכו ברגל מסופיה לבזל שלושה מחברי אגודת שמשון בסופיה במטרה להשתתף בקונגרס הציוני. בהגיעם לווינה קיבל אותם בנימין זאב הרצל לשיחה ומשם המשיכו לבזל. ב-1905 התפלגה אגודת שמשון, כאשר חלק מחבריה הקימו את תא אגודת "מכבי" בסופיה והנותרים חברו לאגודת "גיבור". בהמשך הפכה סופיה למקום מושבו של האיגוד הארצי של תנועת מכבי. ב-1921 נדחתה בקשת מכבי בולגריה להצטרף לארגון מכבי העולמי על רקע העובדה שהוועד המרכזי של מכבי בולגריה לא הכריז רשמית על הארגון כציוני. ב-1925 התקבל ארגון מכבי בולגריה לארגון מכבי העולמי. ב-1932 השתתפו חברי מכבי במכביה הראשונה, ובינואר 1933 ביקר בסופיה נשיא הכבוד של ארגון מכבי העולמי הלורד מלצ'ט ונפגש עם ראשי האגודה.
ב-1939, עם החמרת המדיניות האנטי יהודית בממלכה, הורה שר הפנים הבולגרי על סגירת אגודת מכבי והחרמת רכושה. האגודה עתרה לבית המשפט המחוזי בסופיה בנושא וזה ביטל את החלטת שר הפנים. ממשלתו של בוגדאן פילוב הביאה את העניין לדיון מיוחד בפרלמנט הבולגרי ובמסגרתו אושר חוק מיוחד שקבע שהחלטת שר הפנים איננה ניתנת לערעור על ידי בית המשפט. וכך, בראשית 1940 הופסקה פעילות האגודה ורכושה הוחרם. לאחר מלחמת העולם השנייה חודשה פעילותה של אגודת מכבי וכן המכבי הצעיר שפעל במסגרת תנועת "החלוץ המאוחד". ב-18 בינואר 1948 הודיעה תנועת מכבי הצעיר על הפסקת פעילותה ובראשית 1949 הפסיקה גם אגודת מכבי את פעילותה.
השומר הצעיר.
ב-17 בספטמבר 1925 נערכה בסופיה הוועידה הראשונה של ארגון השומר הצעיר בבולגריה. פעילותו של השומר הצעיר השיקה לפעילות ארגון "מכבי" והנושא הוביל לתחרותיות ובהמשך לעימות בין ראשי הארגונים. ב-1934, לאחר ההפיכה שביצעו בבולגריה חברי הליגה הצבאית, הוצרו צעדיהם של ארגונים המזוהים עם השמאל הפוליטי והוטל פיקוח על ארגון השומר הצעיר. ב-1939 הפסיק הארגון את פעילותו. לאחר שחרור בולגריה על ידי הצבא האדום, חידש הארגון את פעולתו, בהמשך חבר לארגון "החלוץ המאוחד", ובקיץ 1946 נערכה הוועידה ה-11 והאחרונה של הארגון. הקומוניסטים היהודים, חברי חזית המולדת הפעילו לחץ כבד על ארגוני הנוער הציונים להפסיק את פעילותם. במקביל, החל גל העלייה ההמוני ומספר החברים הלך וקטן. ב-18 בינואר 1948 הודיע ארגון "השומר הצעיר" על הפסקת פעילותו. ב-1992 חודשה פעילותו של הארגון בסופיה ובהמשך גם של בני ברית.
ויצו.
ב-1923 יסדה רחה פריאר את אגודת ויצו בבולגריה. פריאר הייתה רעייתו של הרב הראשי ליהודי סופיה, ד"ר מוריץ פריאר ושמה דגש על פעילות תרבותית יהודית, תוך שהיא מרצה בלאדינו בפני נשות העיר. ב-17 בינואר 1926 התקיימה בבית העם "הישן" בסופיה, הוועידה הראשונה של ויצו בבולגריה. לאחר שעזבו פריאר ובעלה את בולגריה עמדה בראש ויצו בולגריה, רגינה זילברשטיין ועד לסוף שנות ה-30 של המאה ה-20 עלה מספר חברות הארגון ל-3,500 נשים. לאחר החלת החוק להגנת האומה, הופסקה פעילות הארגון והיא חודשה לאחר עליית חזית המולדת הבולגרית לשלטון. בינואר 1948 הפעילו הקומוניסטים היהודים לחץ על ארגון ויצו בבולגריה להתפרק ולחדול מפעילות. ב-29 בינואר הגישו ראשי ויצו עצומה לראש הממשלה גאורגי דימיטרוב וב-2 בפברואר הוא הודיע שהארגון רשאי להמשיך את פעילותו. לאחר תום גל העלייה ההמוני לישראל הפסיק הארגון את פעילותו בשל חוסר בחברות.
החלוץ המאוחד.
ב-19 בספטמבר 1944 הוקם בסופיה ארגון "החלוץ המאוחד" ואליו השתייכו כל חברי תנועות הנוער שפורקו במהלך המשטר הפאשיסטי. לארגון הצטרפו חברי המכבי הצעיר, בית"ר, השומר הצעיר, הנוער הציוני ועקיבא. אלפי בני נוער הצטרפו לארגון החדש, שעד מהרה נקלע לעימות עם הקומוניסטים היהודים במאבק על ההגמוניה בקרב בני הנוער. הקומוניסטים אסרו על תלמידי בית הספר להשתתף בכינוסי החלוץ המאוחד, אך הוראה זו לא קוימה. העימותים מול הקומוניסטים היהודים בשילוב גל העלייה הובילו להפסקת פעילות הארגון ב-18 בינואר 1948.
הפוליטיקה הפנימית.
הפעילות הפוליטית.
בנסיכות בולגריה.