יוחנן הורקנוס חידש גם את הקשרים עם בית תלמי המצרי, ויוסף בן מתתיהו מעיד אף על ידידות שנרקמה בין הורקנוס לבין נסיכות פרגמון ואף לודקיה שבאסיה הקטנה. מגמה זו מלמדת גם על יהודים שנטלו חלק בפעילות דיפלומטית ענפה, ותפסו מקום בין ידידיה ובעלי בריתה של רומא. הבריתות עם הרומאים ועם התלמיים סייעו לחיזוק מעמדו של יוחנן הורקנוס, ואף להצלחת מבצעיו הצבאיים והמדיניים. אולם, לטווח הרחוק הם פתחו את הפתח למעורבות גוברת והולכת של רומא ביהודה.
מדיניות הפנים של יוחנן.
עוד לפני עליית יוחנן החלה בעם היהודי פעולת הכתות. הפרושים, הצדוקים, האיסיים וכתות אחרות מתועדים עוד מימי יונתן החשמונאי.
יוחנן, אשר היה נכדו של הכהן מתתיהו ממודיעין נטה בתחילה אל הפרושים (שלא כחשמונאים מאוחרים יותר, כדוגמת אלכסנדר ינאי), אך קירב אליו את אנשי שתי הכתות, תוך שהוא מנסה לשמור על איזון ביניהן. היה מקובל על הכול כי שלטונו החילוני של הורקנוס, ואף הכהונה הגדולה שבידו, הם לטובה, וכי הוא ניחן אף בנבואה, שכן בעת אחת המלחמות שניהל, בעודו עובד את עבודת הכהן הגדול בבית המקדש ביום הכיפורים, שמע בת קול אשר סיפרה לו על ניצחון שניצחו בניו בקרב.
עם זאת, חלק מן הפרושים לא ראו בהחזקת הכהונה הגדולה בצוותא עם הנשיאות כדבר רצוי. הפרושים התקשו לראות את הכהן הגדול, שליחו של האל, מבצע פעולות שנדרשות משליט חילוני, כגון גיוס שכירים זרים לצבאו. על פי תפיסתם אדם הנושא בשתי המשרות חייב לשמור את הדת על כל פרטיה ודקדוקיה, בעוד שיוחנן ראה עצמו, על פי דגם המלכים שראה בסביבתו, כשליט יחיד אוטוקרטי, בעל סמכות חילונית, וזאת מעבר לחובותיו הדתיים. אחד מן הקיצונים שבפרושים, אלעזר בן פועירא, החל מפיץ שמועה כי אמו של יוחנן הייתה שבויה בעת שנולד, ולפיכך הוא "חלל" ופסול מלכהן בכהונה הגדולה (סיפור זה מופיע בתלמוד בשינויים מסוימים ומיוחס לאלכסנדר ינאי). משהעמידו יוחנן בפני משפט הסנהדרין, נדון בן פועירא לשלושים ותשע מלקות. יוחנן ציפה לעונש חמור בהרבה, כגון מוות, וראה בעונש הקל שהוטל על בן פועירא משום עלבון כלפיו מן הפרושים, אשר היו הרוב בסנהדרין. על פי השקפת העולם הפרושית, לא היה הבדל בין השליט ובין אזרחיו מבחינת החובות והזכויות הדתיות שעל פיהן דנו. יוחנן סבר כי המוציא דיבת המלך רעה שונה מהמוציא דיבה על כל אדם אחר. על רקע זה החל, בשנותיו האחרונות, לרדוף את הפרושים ולגרשם מעמדות הכוח שלהם בכהונה, בסנהדרין ובבתי הדין. בו בזמן החל להתקרב לצדוקים, שהחלו לצבור כוח ומעמד.
הייתה זו תחילתו של קרע היסטורי, שיגיע לשיאו במלחמת אזרחים גלויה בימי בנו של יוחנן, אלכסנדר ינאי, ותחילתו של תהליך בו הפכו בני חשמונאי ממשפחת כוהנים השולטת על פי הסכמה עממית נרחבת, למשפחת מלכים ושליטים חילוניים השולטת בכוח הזרוע, כדוגמת המלכים ההלנים.
מותו של יוחנן וירושתו.
יוחנן מת בשנת 104 לפנה"ס לאחר 31 שנות נשיאות. הוא הותיר אחריו חמישה בנים - יהודה אריסטובולוס הראשון, אנטיגונוס הראשון, אלכסנדר ינאי, אבשלום, ובן נוסף ששמו אינו ידוע.
היה זה השליט החשמונאי הראשון שמת במוות טבעי. על פי יוספוס, יוחנן "ניהל את המדינה באופן נעלה... הוא איחד בנפשו את שלשת הדברים המעניקים את האושר הגדול ביותר: הנהגת האומה, הכהונה הגדולה ומתת הנבואה".
לפני מותו מינה את אשתו לכהונת המושלת, ואת בנו אריסטובולוס מינה לכהונה הגדולה. אך לאחר מותו כלא אריסטובולוס את אמו ואת אחיו (פרט לאנטיגונוס, אשר אותו מינה לשר צבאו), ולקח לידיו את שתי הכהונות.
שמעון התרסי
שמעון התרסי או הַתַּסִּי (נרצח בשנת 134 לפנה"ס) היה כהן גדול ונשיא היהודים החל משנת 143 לפנה"ס. הוא היה בן לשושלת החשמונאים, בנו השני של מתתיהו הכהן.
תולדות חייו.
בראשית המרד.
שמעון היה ככל הנראה השני בבניו של מתתיהו הכהן והשתתף במרד החשמונאים בתחילה תחת הנהגתו של אביו. עם העברת ההנהגה הצבאית ליהודה והמדינית ליונתן לשמעון ניתנה ההנהגה החברתית והדתית.
בתקופת יהודה ויונתן.
שמעון המשיך להשתתף במרד גם בהנהגת אחיו הצעיר יהודה המכבי. לאחר הניצחונות על אנשי הממלכה הסלאוקית בקרב אמאוס, וכיבוש ירושלים, החליטו אנשי בית חשמונאי לכבוש את הארץ ולטהרה מזרים. שמעון נשלח אל הגליל, שם עמדו היהודים כנגד אנשי הערים ההלניסטיות עכו, צור וצידון. במאבק האתני בין האוכלוסיות הצליח שמעון להכות בחילות תושבי הגליל שאינם יהודים, אשר רבים מהם נמלטו אל עכו המבוצרת. בו בזמן העביר יהודים שהיו מצויים במיעוט ובסכנה במקומות מגוריהם אל ארץ יהודה.
לאחר תבוסתו ומותו של יהודה המכבי בשנת 160 לפנה"ס בקרב אלעשה, נמלטו שמעון ואחיו יונתן הוופסי אל עבר הירדן, והמשיכו משם את המרד. בשנת 157 לפנה"ס לאחר מאבק ממושך ואף מצור הצליחו, יונתן ושמעון לגרום לבקכידס להפסיק את רדיפותיו, לתת להם מעמד כלשהו, ולעזוב את יהודה. יונתן התיישב במכמש הסמוכה לירושלים והנהיג את יהודה משם, כמנהיג לא רשמי. בשלב זה טרם ניסה לחזור ולהשתלט על ירושלים.
יונתן הצליח לנצל את הסכסוכים הפנימיים בממלכה הסלאוקית, ולהשיג לעצמו מן השליט אלכסנדר באלאס את משרת המושל ואף הכהן הגדול. הייתה זו תקופה של ביסוס ויציבות של השלטון היהודי העצמאי בארץ, בחסות הסלאוקים, אך לאחר שבאלאס נרצח, והוחלף בדמטריוס השני, החלה שוב תקופה של אי יציבות. על שלטונו של דמטריוס השני ערער אנטיוכוס השישי בנו הצעיר של באלאס, שהיה אך ילד, ונתמך על ידי שר צבא בשם טריפון. יונתן תמך בטריפון, אך זה פיתה אותו לעכו, ושם כלא אותו.
הנהגתו של שמעון.
כליאתו של המנהיג הכריזמטי והפופולרי אשר הנהיג את העם לעצמאות מאז מותו של יהודה המכבי, הייתה נקודת שפל, ופחד נפל על רבים מפני אובדן העצמאות וחידוש הגזירות, אך שמעון לקח על עצמו את ההנהגה באופן מיידי. בתחילה חיזק את חומות ירושלים, כבש את יפו וגירש את תושביה. טריפון הצעיד את צבאו ליהודה כשהוא מוביל את יונתן בשרשראות, ועבור שחרורו, דרש משמעון כופר של מאה כיכר כסף ואת שני בניו כבני ערובה בשביל להבטיח את נאמנותו. שמעון מילא את דרישותיו, "אף כי ידע כי בנבלה ידבר, ויעש כן לבל ילונו עליו העם". טריפון אכן לא עמד בדיבורו, אלא המשיך לתקוף את יהודה. צבאו של שמעון עמד מולו, וטריפון נסוג לגלעד, ובדרך הרג את יונתן.
שמעון כרת ברית עם אויבו של טריפון דמטריוס השני. ברית זו הייתה המשך למדיניותו של יונתן לנצל את הסכסוכים הפנימיים בין הפלגים היריבים בממלכה הסלאוקית, על מנת להשיג הישגים מדיניים. עקב הברית הוכרזה ממלכת יהודה לממלכה חופשית ועצמאית, שאינה משלמת מס לממלכה הסלאוקית. שנה זו, 142 לפנה"ס, בה קיבלה הממלכה את עצמאותה, נחשבה אז לשנה הראשונה לספירה החדשה, וממנה החלו למנות את השנים בימי ממלכת החשמונאים, אשר הייתה הממלכה העצמאית הראשונה מאז ימי צדקיהו אחרון מלכי בית דוד.
שמעון ניצל את מעמדו החדש, והשיג הישגים צבאיים. עם הישגיו הצבאיים נמנים כיבוש גזר, יפו, והכנעת חיל המצב היווני שישב במצודת החקרא בירושלים, והיה מטרד בלתי פוסק בימי יהודה ויונתן, ומעוזם האחרון של המתייוונים. המצודה נכבשה בכ"ג באייר שנת 141 לפנה"ס, ויום זה נקבע אף הוא ליום שמחה בימי ממלכת החשמונאים. האירוע נחשב לאחד מהישגיו הצבאיים הגדולים של שמעון, והונצח בספר המכבים, ואף במגילת תענית. כן נחרטו לוחות נחושת המפרטים את מעלליו של שמעון, ובהם כיבוש החקרא, והוצבו על הר ציון.
בין פעולותיו החשובות של שמעון – חידוש הברית עם רומא, עליה כתב ההיסטוריון צבי גרץ כי "חזון נפרץ הוא, כי יד הנוטע את עץ הדרור תשים בקרבו גם את התולעת המכרסמת את פרחי החן". ואכן, ברית זו, ככל שנראתה בשעתה מעשה מתבקש, וכריתת ברית עם כוח עולה שיוכל לסייע לממלכה החדשה נגד אויביה החיצוניים, נשאה בחובה את פירות החורבן העתידי.
מדיניות הפנים.
בתחום מדיניות הפנים פעל שמעון למתן לגיטימציה לשלטון שושלת החשמונאים, מסוג זו שהייתה בעבר לשלטון בית דוד. בשנת 140 לפנה"ס כינס שמעון אספת עם גדולה (לדעת חלק מן החוקרים יש לתרגם את שם המוסד שנזכר בספר מקבים א, פרק י"ד, פסוק ל"א בתרגום (יצחק זעקיל פרענקיל) כ"כנסת גדולה": אספה שהייתה מכונסת במקרים בהן נדרשה החלטה קונסנסואלית בעניין הרה גורל, כמו אישור האמנה בימי נחמיה, או עם פרוץ המרד הגדול ובמקרים אחרים; אספה זו כונסה על מנת לתת לגיטימציה לשלטונו של שמעון ושלטון יורשיו. שמעון הוכרז כ"מוֹשל וכוהן הגדול לעולם עד עמוד נביא נאמן". בכך הוא מונה למנהיג האומה לכל דבר, פרט לתואר "מלך" שלא הוענק לו על ידי האספה.
תחום מלכותו של שמעון השתרע אף על מקומות בהם גרו לא יהודים, ואלו לא השלימו בקלות עם שליטם החדש. בתל גזר נמצאה כתובת בה מקלל אדם בשם פמפרס -
משמע "פמפרס (אומר): מי יתן ותרד אש השמים על בית שמעון".
תקופת אנטיוכוס השביעי - סידטס.
יורשו של דמטריוס השני, אנטיוכוס סידטס, האיר פנים בתחילה כלפי שמעון וכרת עמו ברית, שכן היה זקוק לו במלחמתו כנגד טריפון במאבקי כס המלכות הפנימיים. הוא אישר את מעמדו העצמאי, ואף אישר לו לטבוע מטבעות: "ועתה הנה הניחותי לך כל אשר הניחו המלכים לפני, והכוח בידך לעשות מטבעות זהב וכסף בארצך כנפשך". קיים ויכוח האם מטבעות שונים שנטבעו בתקופה זו (מטבע שקל שעליו כתובת "שקל ישראל" מצד אחד, ומן הצד השני "ירושלים הקדושה") אכן משויכים לתקופת שמעון. יש הסבורים כי כן, ויש הסבורים כי שמעון לא טבע מטבעות על אף שקיבל זכות זו, מסיבות כלכליות.
נוסף לכך, אנטיוכוס נתן עצמאות לשמעון ועמו: "העיר ירושלים תהיה קודש וחופשית, והערים הבצורות אשר בנית וכל כלי קרב אשר אספת יהיו תחת ידיך".