ממשלת סוריה הודיעה שהנשק שלה והספינה לינו עמדה להשתחרר ולצאת לדרך. שאול אביגור פקד להטביע את הלינו. צוות צוללים איטלקיים יוצאי השייטת העשירית הציעו לעדה סרני את שרותם לכך. אנשי הפלמ"ח דרשו שהביצוע יעשה ב'עבודה עברית'. עדה סרני הצליחה לעכב את היציאה כאשר הזכירה למשטרת בארי את החוק שספינה איטלקית הבנויה מעץ חייבת ברישיון מיוחד לשאת תחמושת.
הספינה התעכבה בנמל ותוכנית הפיגוע בה יצאה לפועל. המוקש נבנה מתוצרת בית מחמרים שנרכשו בבתי המרקחת. בליל 9/10 באפריל ניסו יוסף דרור ובני קרביץ להתקרב בשחייה ולהצמיד מוקש אל לינו, אך זרקורים שהפעילה המשחתת לא אפשרו זאת. עדה סרני העלתה בפני השלטונות האיטלקיים את הצד המגוחך בכך שמשחתת בריטית מאבטחת ספינה איטלקית בנמל איטלקי. השלטונות האיטלקים דרשו מהמשחתת הבריטית לצאת והמתינה מחוץ למים הטריטוריאליים. למחרת בליל 10/11 באפריל חדרו השחיינים לנמל. היות שמגורי הצוות נמצאו בירכתי הספינה, הדביקו את המוקש בחרטום. המוקש פעל היטב והפגיעה הייתה מדויקת לא נגרם נזק סביבתי ופרט לספינה ששקעה במקום לא נפגע אף אדם. השמועות היו שהבריטים חיבלו באונייה כי הנשק היה מיועד ליהודים.
הנשק היה מיועד לצבא ההצלה העיכוב מנע את התחזקותו בשלב קריטי של המלחמה בגליל. לאחר חודש הגיע מייג'ור מרדם ביי מסוריה והחלו פעולות למשייתו. בשלב זה הכינו אנשי יחידת החבלה מפה שמראה נתיב ההפלגה ומסלולי פיזור הנשק בערי איטליה. המפה הושמה בתיבה אטומה והושקעה בקרבת הלינו, במגמה שתימצא ותצביע על יעוד לשימוש באיטליה. התיבה לא נמצאה והוצאת הנשק נמשכה. התחמושת ששקעה עם לינו נפסלה לשימוש. הרובים טופלו על ידי הצבא האיטלקי, ומרביתם נשארו ראויים לשימוש.
חבלה בגשרים בלבנון.
ב-12 במאי 1948 ביזמת מפקדי חטיבת כרמלי הוטלה משימה על בסיס חיל הים בחיפה, שמטרתה פיצוץ גשר מצפון לראש הנקרה, בשטח הלבנוני. וזאת כדי למנוע העברת אספקה ותגבורת לכוחות הערביים בגליל המערבי. רוב הלוחמים שנבחרו לביצוע הנחיתה היו יוצאי "פלוגת הנמל", שעברו אימון ימי בסיסי בלבד. ב-13 במאי, הובלו הפושטים בגוררת. הנחיתה התבצעה בעזרת ספינת חתירה מעץ וסירת גומי. זמן החתירה הארוך הביא לגילוי הכוח, ונפתחה עליהם אש מקלעים וכן מספר פגזים שנורו משיריונית לבנונית שעברה במקום. הכוח הפושט נאלץ לסגת, חלקו בשחייה וחלקו בסירות גומי. מן הנסיגה נעדר אחד הלוחמים והוערך שטבע. לוחם אחר נפצע ברגלו, אולם הצליח להגיע אל הספינה.
הפעולה שבוצעה עם כוחות נחיתה ישראליים לא-מיומנים נבעה כנראה מאי-הכרת כוחות השמירה הלבנוניים לאורך החוף.
כלקח מכישלון הפעולה החפוזה, הייתה המסקנה שיש צורך ביחידת נחיתה מאומנת. נערכו הכנות להנחתת כוח פלוגתי מצפון לצור כולל פיצוץ גשר מעל הליטני. הפעולה לבסוף בוטלה אך ההכנות תרמו להקמת יחידת הנחיתה.
איגוף ימי בנהריה.
אזור הגליל המערבי והעיר נהריה היו מנותקים משאר היישוב עקב כך שעכו טרם נכבשה. צה"ל יצא למבצע שמטרתו הייתה טיהור הגליל העליון והמערבי מחמושים עוינים. אספקת הכוחות והציוד לאזור המנותק בוצעה דרך הים. ב-12–13 במאי 1948 בסיס חיפה של חיל הים הוציא מתוך מעגן חברת החשמל בחיפה 450 לוחמים על נשקם וציודם שהועמסו על אוניית השירות "חנה סנש" בחוף שמן והם הועברו לנהריה.
כמו כן הועברו כ-15 טון אספקה עבור היישובים חניתה ומצובה, 3 טון חומרי נפץ ותחמושת, 1000 גלון בנזין וצרכי רפואה. בפעולות אלה השתתפו בנוסף ל"חנה סנש", שתי ספינות דיג, שתי גוררות וסירות פריקה. ב-14/15 במאי הועברו מנהריה לנמל חיפה 300 נשים וילדים, שפונו מהגליל המערבי והוכנסו לנמל חיפה למרות נוכחות הבריטים.
הצי המלכותי המצרי.
הצי המצרי הוקם בסיוע בריטי, וכלל כלי שיט וטכנולוגיה המתאימים למזרח הים התיכון. בסדר הכוח נמצאו כלי שיט מלחמתיים עם מערכות חימוש מכ"ם וקשר ולא נדרשו לאלתורים. לצי המצרי הייתה עדיפות טכנית כנגד מקבץ כלי השיט והחימוש המאולתר של חיל הים הישראלי, וכמות עדיפה של כלי שיט בכושר לחימה. כלי שיט בסדר הכוחות של הצי המצרי:
המשימות שהוטלו על הצי המצרי.
כל עוד נמצאו הבריטים בארץ ישראל נמנעה מצרים מלהשתתף בפעולות האיבה של הציבור הערבי בארץ, והמתינה לסיום המנדט. בינתיים עסק חיל הים המצרי בהכנות, ותוגבר ברכישת כלי שיט, אוניות סוחר שחומשו והוסבו להסעת חיילים. לקראת סיום המנדט הבריטי החליט מלך מצרים וסודאן פארוק הראשון להצטרף לפלישת צבאות ערב לארץ ישראל עם סיום המנדט הבריטי, ואכן ב-15 במאי 1948 הורה פארוק על כניסת הכוחות המזוינים המצריים לתוך השטחים הפלסטיניים, לטענתו כדי להגן על השטחים ועל האוכלוסייה הערבית.
החלטת המלך פארוק הראשון לצאת למלחמה לא נבלמה על ידי הבריטים. למצרים היה חוזה הגנה עם בריטניה שנבע מאינטרס בריטי לשמירת התנועה בתעלת סואץ. היזמה ההתקפית המצרית נעשתה בביטחון מלא שהבריטים ימשיכו ויגנו על מצרים מהים ומהיבשה, לפי ההסכם.
חיל הים המלכותי המצרי, נדרש להגן על אגף כוחות היבשה שפעלו במקביל לחוף, ולבצע את המשימות הבאות:
כן הוטל על חיל הים המצרי לעקוב אחר הפעילות בנמלים הישראליים בעת הפסקת האש.
על-פי הסכם ההגנה בין מצרים ובריטניה הגן הצי המלכותי הבריטי על מצרים מהים ומהיבשה, וכן איבטח את נמל פורט סעיד, המשמש כניסה לתעלת סואץ. ממשלת מצרים הרגישה מוגנת על ידי הבריטים וחופשיה לנקוט פעילות התקפית. הצי המלכותי המצרי נדרש להגן רק על נמל אלכסנדריה הרחוק מאוד מגזרת הקרבות בארץ ישראל.
מהלך המלחמה בים.
יזמה התקפית מצרית נבלמת.
בפתיחת המלחמה פעל חיל הים המצרי ולבצע תובלות ימיות לצורכי אספקת כוחות היבשה. מהר יחסית החל חיל הים המצרי ביזמה התקפית בהפגזת הנמלים הישראליים כדי להגביל את פעילות התובלה הימית הישראלית בהבאת עולים, אמל"ח וציוד. בתחילת חודש יוני פתח הצי המצרי ביזמה התקפית שהתבטאה בפיזור מאמץ לנקודות שונות:
תקיפת קיסריה.
ב-2 ביוני 1948 הפגיזה מקשת מצרית מספר צי 101 בתותח 3" את נמל קיסריה ומעגן שדות ים. הנזק היה קל ואיש לא נפגע. בדיווח המצרי נפגעה סירת דיג במעגן. המקשת נסוגה בלא תגובה ישראלית, וקיבלה שם חדש קיסריה.
תקיפת נהריה.
באותו יום (ב-2 ביוני 1948) נשלחה שולת המוקשים מספר 102 במשימת יירוט ספינת רכש 'קתרין מארי' מדרום לקפריסין ולהטביעה. במגמה למנוע מהגעת מטען הנשק, הציוד והתחמושת שנשאה, לישראל. בהמשך לנוע לנמל נהריה, כדי להפגיזו על מנת להשמיד ולהטביע את כלי השיט הנמצאים בו.
שולת המוקשים המצרית לא מצאה את אוניית הנשק בים ונעה בכיוון לנהריה. לפי הדיווח המצרי, כאשר הגיעה לקרבת החוף בשעת השקיעה, לא מצאה את האניה בנהריה, והיא החלה לחפש אחר מטרות להפגיז. עם רדת החשיכה היא התקרבה לחוף והפגיזה את נהריה בתותח 3 אינץ' שלה במשך רבע שעה. כאשר שבה שולת המוקשים 102 לבסיסה באלכסנדריה, היא קיבלה את השם נהריה.
זהות אוניית הנשק הישראלית המדוברת לא ברורה. ברישומים הישראלים לא קיימת אוניית רכש בשם 'קתרין מארי'. כמו-כן, בנהריה לא היה נמל או מעגן כלשהו, אם-כי ייתכן שהימצאות הבריטים בנמל חיפה חייבה הפנית אניות נשק לחופי פריקה אלטרנטיביים. על-אף הדיווח המצרי לא נרשמה בצד הישראלי כל תקרית בנהריה באותו הלילה.
קרב תל אביב.
ב-4 ביוני 1948 יזמו המצרים פעולה חבלה, שנועדה להביא לחסימת נמל תל אביב ולהוצאתו מכלל שימוש. לשם כך הם ריכזו כוח, שכלל את אוניית התובלה אמירה פאוזיה מלווה בשולת המוקשים מס 104, שגררו שתי נחתות קטנות מלאות בחומר נפץ. הכוח נועד להחדיר את הנחתות לתוך הנמל ולפוצץ אותן שם. הפעולה הייתה אמורה להתבצע במקביל לתקיפת מטוסי חיל האוויר המצרי.
הכוח המצרי התגלה על ידי תצפיות בחוף, ומפקדת חיל הים קיבלה הודעה: . הפיקוד הישראלי העריך כי מדובר בניסיון מצרי להנחית כוח פלישה בתל אביב בדרך הים, במקביל להתקדמות חיל המשלוח המצרי צפונה. אח"י אילת (א-16) שנמצאה 7 מיל מול תל אביב ואונית השירות חנה סנש שנמצאה מול עתלית נשלחו כנגד כוח הנחיתה. התפתח קרב בין המקשת המצרית לבין אח"י אילת (א-16) שנפגעה בשני פגזים שלא גרמו נזק. אחד התותחים יצא מכלל פעולה.
מטוס בוננזה ישראלי יחיד תקף במכונות ירייה את האוניות, ונתקל באש נגד מטוסים חזקה. המצרים הפעילו עשן למיסוך. פעולת המטוס לא גרמה לאוניות המצריות נזקים. מטוס נוסף הפציץ את אמירה פאוזיה, אך לא גרם לה נזק. בשלב שני תקפו שני מטוסי פיירצ'ילד את הספינות המצריות והצליחו לפגוע באמירה פאוזיה. המצרים הסיקו שאיבדו את גורם ההפתעה ואת הסיכוי להצלחת פעולת החבלה, והכוח הימי נצטווה לחזור לבסיסו. נסיגת הספינות המצריות פורשה בישראל כניצחון בקרב.
במהלך הקרב נפגע מטוס ישראלי מאש נגד מטוסים ושני טייסיו דוד שפריצק ומתי סוקניק אבדו בים. האניות אח"י אילת (א-16) ו"חנה סנש" שהצטרפה חיפשו אחרי הטייסים, אך עד היום הם לא נמצאו.
ב-17 ביוני תקף מטוס ספיטפייר מצרי את אח"י וג'ווד באותו אזור. המטוס הופל באש מתותחי אורליקון של האונייה.
ב-9 ביולי 1948 תקף מטוס ספיטפייר מצרי במקלעים את אח"י אילת (א-16) מול חוף תל אביב וגרם להרוג ושישה פצועים.
הפעלת חיל הים הישראלי להפגזת מטרות אויב מהים.
אף כי החימוש של כלי השיט, שעמדו לרשות ישראל, בתותחים קלים והעדר מערכת בקרת אש מרכזית, פגמו ביכולתו של חיל הים הישראלי להפגיז ביעילות מטרות אויב בחופי הים התיכון, נעשה במהלך המלחמה שימוש בהפגזות מהים בשלוש גזרות לחימה.
ב-16 ביולי 1948 הופעלו ספינות חיל הים להענקת סיוע ארטילרי לכיבוש הכפרים הערביים בחוף הכרמל.