בינואר 2022 פורסם כי ערמות העפר שנשארו מהחפירות של זרטל בשנות ה-80, אשר נשמרו מאז במקום בטוח, עברו סינון בטכניקות חדשות על ידי החוקר צבי קניגסברג, והתגלתה בהן לוחית עופרת שעליה חריצים רבים, ביניהם אחד שנראה כמו ראש של פר (האות אל"ף בכתב עברי קדום), וכן אחד שדומה לפרח לוטוס, שהוא מוטיב נפוץ באמנות מצרית עתיקה. בחודש מרץ של אותה שנה נערכה מסיבת עיתונאים, בה נטען כי הלוחית היא קמע שעליו כתובה קללה המכילה את האזכור העתיק ביותר של השם המפורש, וכי לממצא יש השלכות מרחיקות לכת על חקר המקרא. טענות אלו התקבלו בביקורת על ידי אפיגרפים וארכאולוגים אשר טענו כי פענוח הכתובת, תיארוכה ומשמעותה מוטלים בספק, בין השאר משום שהחוקרים לא הציגו את הממצאים עצמם ולא פרסמו אותם בכתב עת מדעי הנתון לביקורת עמיתים.
מתקני המנחות.
בצפון האתר נחשף אזור של מתקנים אשר הובנו כמתקני מנחות. מתקן מנחה היה מורכב ממעגל פשוט של אבני שדה בינוניות שקוטרו 30 עד 40 ס"מ ובתוכו הונחה מנחה, אחת בכל מעגל אבנים. המתקן נבנה על הקרקע ותפקידו היה לשמור על המנחה בתוך טבעת אבנים כדי שלא תנזק. בין המנחות היו כלים מאבנים או חרס, חרפושיות ותכשיטים - עגילי זהב, עגילי כסף, צמידי ברונזה, חרוזים וגם סכיני צור (השווה ל). בין כלי החרס במנחות נתבלטו כלים קטנים ויוצאי דופן עם פך מזיגה וידית מזיגה שנקראו על ידי פרופ' זרטל בשם קנפכים. הם נתגלו רק באתר הר עיבל (למעט פריט אחד) וייתכן ששימשו למנחה מיוחדת כמו קטורת. באתר נתגלו מאות מתקני מנחה לעיתים זה על גבי זה בכמה שכבות. במתקן מנחה שנחצב בסלע היסוד בשכבה הקדומה ביותר של האתר נתגלתה החרפושית הנושאת את שמו של תחותמס השלישי.
התיארוך הארכאולוגי לעומת התיארוך המסורתי.
על פי הכרונולוגיה המקראית והמסורתית (ללא תיקון "השנים החסרות") תקופת ההתנחלות החלה בשנת 1271 לפנה"ס. על פי המקרא יהושע בן נון הנהיג את העם בראשיתה של תקופת ההתנחלות, שבמהלכה הוקם המזבח בהר עיבל. הממצאים הארכאולוגיים הקדומים ביותר באתר תוארכו לתקופת המעבר שבין תקופת הברונזה המאוחרת לבין תקופת הברזל, במאה ה-13 לפנה"ס. רמת הדיוק של התיארוך עומדת על מספר עשורים לכאן או לכאן, כך שאם הזיהוי של המבנה הקדום יותר כמזבח יהושוע נכון, הרי שעשויה להיות התאמה מסוימת בין התיארוך הארכאולוגי לתיארוך המסורתי, אולם אם הזיהוי אינו נכון, ייתכן שהאתר היה שייך לתרבות אחרת.
מזבח יהושע לפי מסורת ישראל.
ב מתוארת ההוראה של משה לזקני ישראל לבנות בהר עיבל מזבח, והוראות בניה. יהושע בן נון קיים את הצווי לאחר חציית הירדן וכיבוש יריחו והעי. בניית המזבח מתוארת ב:
לדעת רש"י בהסבר אחת הדעות בתלמוד, לאחר המעמד פורקו אבני המזבח והועברו לגלגל.
ניתוח הממצאים.
ההיפותזה של זרטל.
פרופ' זרטל מזהה את המבנה המרכזי כמזבח ישראלי, ומזהה אותו עם המזבח הנזכר בספר דברים פרק כ"ז ובספר יהושע פרק ח'. הזיהוי כמזבח נובע מעצם המבנה, אשר תואם במידה רבה את תיאורי המזבחות בתנ"ך ובמשנה. בין הסממנים המובהקים של מזבח ישראלי:
הרב יואל בן נון כתב מאמר הלכתי בו הוא מוצא סימנים רבים נוספים שמזבח זה נבנה על פי ההלכה, ביניהם: חומה מקיפה את המזבח במקביל לקלעים שבמשכן, ה"יסוד" איננו מקיף את כל הצדדים, כבש כפול למזבח וליסוד, ריוח בין ה"יסוד" למזבח, שתי מערכות של אש, משטחים חלקים שנמצאו מסביב למזבח ושימשו אולי כבסיס לשחיטה, מתקנים שונים נוספים הצמודים למערב הכבש וגובה מוערך בכ-10 אמות.
גם היותו של המזבח חלול היא מאפיין של מזבחות ישראלים. כך אפשר להבין שהעפר שנמצא שפוך סביבות המזבח מילא אותו בעת ההקרבה, ובעת גניזת האתר שפכו את העפר החוצה ומילאו את המזבח באפר הקרבנות.
לדברי זרטל, המסקנות מהחפירה בהר עיבל לגבי ראשית ישראל והאמינות של חלקו הקדום של המקרא, מרחיקות לכת: .
הביקורות.
ארכאולוגים רבים לא קיבלו את זיהוי האתר כמזבח או את זיהויו עם מזבח יהושע.
המתנגדים הראשונים היו הארכאולוגים אהרן קמפינסקי ואנסון רייני שטענו כי מדובר במגדל שמירה קדום. קמפינסקי פירט שהמגדל היה חלק מכפר, שאכלוסו כלל שלושה שלבים:
זרטל תקף בחריפות את מודל שלושת השלבים של קמפינסקי, וטען שהוא סותר חלק גדול מן הממצאים הקיימים בשטח. באחת מהתבטאויותיו אמר כי המודל "הוא המצאה היפותטית שאין לה קשר לאתר".
כחלק מן הטענות נגד התאוריה כתב זרטל כי:
הארכאולוג ישראל פינקלשטיין, טען כי "מבחינה מקראית ברור כי תיאור בנייתו של מזבח הר עיבל על ידי יהושע משקף מציאות מאוחרת - ומבחינה היסטורית קשה לקבל שהיה מרכז פולחני ישראלי על שבטי בתאריך כה מוקדם כפי שהציע זרטל". לחיזוק טענתו הוסיף פינקלשטיין כי הזיהוי לא וודאי היות ש"יש קשיים לא מבוטלים בזיהוי המבנה המרכזי כמזבח: השוני בין המבנה הזה ומזבחות ישראליים אחרים; כ-70% מן החומר הקרמי באתר הם קנקני שפת צווארון, שאינם כלי מנחה או פולחן אופייניים". עם זאת, פינקלשטיין סבור כי אכן מדובר באתר פולחני. גם בנימין מזר ומ"ד קוגן סברו שמדובר באתר פולחני. נדב נאמן הציע לזהות את האתר עם האתר הפולחני של שכם בתקופת הברזל הראשונה.
זרטל תקף את הביקורת של פינקלשטיין בטענה כי היא נובעת מהנחתו המוקדמת בדבר אי אמינות המקרא, וכי היא מתעלמת מממצאים שהציג במחקרו משנת 1985 לפיהם היו שלבים שונים בהתפתחות האתר. עוד ציין זרטל כי לא ניתן להתעלם מהכמות העצומה של כלי הפולחן שכן נמצאו באתר, וכי בעוד כלי הפולחן נמצאו בעיקר בתוך המזבח ונגנזו בצורה ברורה, יתר הכלים נמצאו בעיקר מסביב לו, ולהערכת זרטל שימשו את המשתתפים בסעודה שנעשתה במסגרת טקס ההקרבה. בין הכלים האלה גם קנקני שפת הצווארון שהכילו מים לשתייה.
חוקרים אחרים ציינו, כי גם אם אכן מדובר במזבח כדברי זרטל, הממצאים באתר עדיין אינם תואמים עם התיאור של ספר יהושע שכן העצמות שנמצאו באתר שימשו כמילוי למזבח ומשום כך הוקרבו טרם הקמתו. כמו כן, לא נמצאו עצמות על גבי המזבח, וגם לא סימנים להקרבה על גביו שיתאימו לתיאור המקראי. כמו כן המזבח הוא מלבני בצורתו, בשונה מהמזבחות המקראיים של המשכן והמקדש המתוארים כרבועים. כך גם פינות המזבח מכוונות לרוחות השמים, גם זה בשונה ממזבח המשכן והמזבח אותו מתאר יחזקאל, המתוארים כמי שירכותיהם מכוונים לרוחות השמים ולא פינותיהם.
גם על טענות אלו השיב זרטל וציין כי העצמות והאפר נגנזו בתוך המזבח בכוונה תחילה לאחר סיום ההקרבה (מזבחות ישראליים אשר נבנו בדרך כלל כחלולים איפשרו זאת) כחלק מגניזתו הכללית של האתר שבאה לידי ביטוי לכל אורך הממצא. זרטל אף טען כי ההשוואה של המזבח למזבחות הקטנים האחרים שנמצאו בארץ שגויה מיסודה היות שאלו היו מזבחות מקומיים קטנים ועיבל הוא מזבח מסוג לאומי הדומה רק לזה שעמד בירושלים ומעולם לא אותר. גם ליתר הטענות ולטענות נוספות השיב זרטל באריכות. הרב יואל בן נון במאמרו על המזבח בהשוואה לתיאורים המקראיים וההלכתיים של מזבחות, כתב גם הוא כי באתר יש את כל סימני המזבח המקראי וכי הדרישה להיות המזבח מרובע כלל אינה ברורה מפשט המקרא היות שייתכן וביטוי זה מכוון לזווית ישרה בלבד ולא מונח ריבוע כפי שאנו מבינים ביטוי זה כיום.
ב-1991 אמר פרופ' לארי סטייגר מאוניברסיטת הרווארד בהקשר לממצאים: "אם עמד מזבח עולה על הר עיבל, ההשפעה על מחקרינו היא מהפכנית. על כולנו (ארכאולוגים מקראיים) לשוב לגן הילדים".
בשנת 1999 כתב זרטל, שלאחר שהציג את תגליתו בשנות ה-80 היו לגביה ויכוחים מעטים, אך מאז שפרסם את הדו"ח המפורט ומאמרים רבים – "ירדה שתיקה על עולם המחקר"; אולם יש הטוענים כי שתיקה זו נבעה מכך שמרבית החוקרים סברו שהוויכוח מוצה, וכי בשום סיכום מדעי שהתפרסם בשנים שלאחר מכן לא הייתה הכרה בהיותו של המבנה מזבח. לאחר ההתכתבות הענפה בין זרטל לבין הספקנים ומתנגדיו ולאחר גילוי המתחמים הפולחניים הדומים הנוספים על ידי זרטל בבקעת הירדן, דעת רוב הארכאולוגים אמנם נוטה לראות באתר לכל הפחות מבנה פולחן ישראלי מסוג כלשהו.
סוגיית הר גריזים.
זרטל סבר שפסוקי המקרא, המצוטטים לעיל, מתייחסים למיקומו של המזבח ולפי פרשנותו את הכתוב בהם הם דורשים שהמזבח יימצא בקו ראייה עם הר גריזים, והיות ומהמזבח לא ניתן לראות את הר גריזים, הוא טען שזיהויו הנוכחי של הר גריזים שגוי, והוא תולדה של התיישבות השומרונים שם לאחר חורבן ממלכת ישראל. לטענתו, מיקומו האמיתי של הר גריזים הוא הר כביר הנמצא מדרום מזרח להר עיבל, צפונית-מערבית לאלון מורה (בראייה מהר כביר המזבח נראה בבירור כיוון שהוא נראה על רקע קו ההר), ואילו השומרונים, שעל פי המסורת היהודית הוגלו מארצם המקורית בידי אשור, אימצו את השם "גריזים" להר הלא נכון.
לעומת זרטל, זאב ח' ארליך סבר, כי אין כלל צורך "להזיז" את הר גריזים ממקומו כדי להסכים עם זיהויו של המזבח כמזבח יהושע. עיון בפסוקי ספר יהושע יראה כי לא אמור להיות כל קשר בין מיקומו של המזבח בהר עיבל לבין הר גריזים, כך שהקושי שזרטל ניסה לענות עליו, כלל איננו קיים. קשר העין בין ההרים הללו היה רק בעת הקראת הברכות והקללות, שכאמור, לא היו בהכרח באזור המזבח, אלא באזור אחר בהר, הצופה על הר גריזים. כמו כן, המסורת אודות מיקומו של קבר יוסף, שעל פי המקרא נמצא בחלקת השדה שרכש יעקב סמוך לשכם הקדומה המזוהה עם התל המצוי בפתחה המזרחי של העיר שכם, נוגדת את זיהויו של זרטל, שכן שכם שוכנת בין הר גריזים והר עיבל, וגם משל יותם נאמר מהר גריזים אל עבר העיר שכם, דבר בלתי אפשרי לפי זיהויו של זרטל.