בתחילת שנות ה-50 קיימה גרמניה המזרחית קשרי מסחר ותרבות רופפים מאוד עם ישראל. יחסים אלו התקררו לאורך העשור, כחלק מהתקררות יחסי הגוש הקומוניסטי עם ישראל, עד שנפסקו לגמרי עקב חוסר נכונותה של גרמניה המזרחית להכיר באחריות לשואה. מדיניותה הרשמית גרסה כי השואה אמנם התקיימה בשטחה של גרמניה אך טענה כי לעם הגרמני אין כל חלק בה וכי את השואה ביצעו קפיטליסטים ופשיסטים. ב-1956 דרש שר החוץ המזרח-גרמני לותאר בולץ, כי ממשלת גרמניה המערבית תפסיק להעביר לישראל משאבים, במסגרת של מה שמכונה "פיצויים ליהודים" ותפנה את המשאבים הללו, "שמשמשים לחימוש התוקפנות הישראלית", לתשלומים לממשלת מצרים כדי לפצות אותה, על מה שכינה בולץ, התוקפנות הישראלית של "מלחמת סיני".
במרץ 1959, במהלך ישיבת ממשלה, הודיע ראש הממשלה בן-גוריון על חתימת חוזה ביטחוני עם גרמניה המערבית. השר ישראל ברזילי (מפ"ם) הביע התנגדות למכירת נשק למדינה זו ובן-גוריון תקף אותו בתגובה על נסיעת חברי מפלגתו לגרמניה המזרחית וערך הבחנה: "לגרמניה המערבית מותר לנסוע. לגרמניה המזרחית – לא: הם רוצחים ושודדים ולא החזירו את השוד. גרמניה המערבית לכל הפחות רוצה לפצות. יש הבדל בין גרמניה המערבית והמזרחית: אלה רצחו וגם ירשו".
שנות ה-60.
במשפט אייכמן ב-1961 ביקשה גרמניה המזרחית לנצל את ההזדמנות כדי להתנגח בגרמניה המערבית. מדינת ישראל סירבה לאפשר לה להופיע כתובעת-משנה במשפט. התקשורת המזרח-גרמנית שלחה שלושה עיתונאים יהודים ניצולי שואה כדי לסקר את המשפט ואלה ניצלו את ההזדמנות כדי לדווח למפלגה על המתרחש בישראל. כאשר התברר למשטר המזרח-גרמני שממשלת ישראל לא תפליל את ממשלת גרמניה המערבית ככוללת בתוכה פושע מלחמה, איבדה התקשורת המזרח-גרמנית עניין במשפט לקראת סופו.
בפברואר 1965 ביקר ולטר אולבריכט בקהיר, שם פרסם הצהרה משותפת עם נשיא מצרים גמאל עבד אל נאצר, בה גינו "את התוכניות התוקפניות של האימפריאליזם, שלפיהן ישראל נוצרה כראש חץ לשרת את מטרותיו נגד זכויות העמים הערביים ומאבקם לשחרור לאומי ולקדמה".
ב-12 במאי 1965 כוננו יחסים דיפלומטיים בין ישראל וגרמניה המערבית. למחרת פרסמה ממשלת מזרח גרמניה הודעת גינוי לשיתוף הפעולה "בין החוגים השולטים בישראל והכוחות האימפריאליסטיים והנאו-קולוניאליסטיים במערב גרמניה".
גרמניה המזרחית הייתה חלק מהגוש הקומוניסטי, אולם הייתה המדינה היחידה בו שלא קשרה יחסים דיפלומטיים עם ישראל, וזאת בזמן שהייתה הראשונה בו שהכירה באש"ף.
ערב מלחמת ששת הימים ב-1967, התייחסה התקשורת המזרח-גרמנית אל ההכנות הצבאיות של מצרים, סוריה וירדן כאל צעדים הגנתיים בלבד. גרמניה המזרחית גינתה את המתקפה המקדימה של ישראל והציגה אותה כיוזמת המלחמה. ב-7 ביוני פרסמה מועצת השרים של גרמניה המזרחית הודעה רשמית על "התוקפנות הישראלית נגד מדינות ערב". העיתון "נוייס דויטשלנד" הסביר כי גודלו "חסר הפרופורציות" של הצבא הישראלי, "המודרני ביותר", מחייב את מדינות ערב להתחמש באופן שמכביד "באופן משמעותי על התפתחותן הכלכלית". יומיים לאחר פרוץ המלחמה, התקבלו בסניפי המפלגה הקומוניסטית בברלין עלוני הסברה לציבור הרחב, בהם נכתב כי האוכלוסייה בישראל "היא ברובה יהודית, אך אין זו מדינה יהודית אלא מדינה אימפריאליסטית", שהקמתה "אורגנה על ידי הבורגנות הגבוהה היהודית והייתה קשורה לגירוש מיליון וחצי ערבים". ב-9 ביוני דרש חבר הפוליטביורו היהודי אלברט נורדן להציג את התקיפה הישראלית כמקבילה לתקיפת היטלר את ברית המועצות ב-1941. בהתאם לכך, האשימה התקשורת המזרח-גרמנית את ישראל בביצוע "פוגרומים" בערבים ובהקמת "גטאות". מספר ימים לאחר פרוץ המלחמה, נותקו כליל יחסיהן של מדינות הגוש הסובייטי עם ישראל. מיד לאחר המלחמה ארגנה גרמניה המזרחית "משלוחי סולידריות" בסך שישה מיליוני מארק למצרים, סוריה, ירדן, עיראק ואלג'יריה. בספטמבר 1967 פרסם משרד הכלכלה הוראה לכבד את החרם הערבי על ישראל ו"לא לקיים כל סחר עם חברות ישראליות מ'השטחים הכבושים'".
ב-1969 קשרה גרמניה המזרחית קשרים דיפלומטיים עם מדינות ערביות נוספות. בהסכם עם סוריה דובר על מאבק משותף נגד "הציונות ושאר הדוקטרינות האימפריאליסטיות והקולוניאליסטיות, שמבוססות על תקיפת עמים ועל דיכוים". ב-27 באוקטובר 1969 שלח ולטר אולבריכט איגרת לברז'נייב, בה המליץ לעודד מלחמת התשה נגד ישראל ולאמן לצורך כך מתנדבים כטייסים ומפקדי טנקים.
שנות ה-70.
לאחר טבח הספורטאים באולימפיאדת מינכן ב-1972, קלטה גרמניה המזרחית לתחומה פלסטינים שגורשו מגרמניה המערבית בעקבות הטבח. עם התקיפות האוויריות הישראליות נגד מטרות פלסטיניות בסוריה ובלבנון, חידשה התקשורת המזרח-גרמנית את התקפותיה על ישראל והטייסים הישראלים הוצגו כרוצחי נשים וילדים.
גרמניה המזרחית הובילה את ההכרה של הגוש המזרחי באש"ף ובאוגוסט 1973 נפתח בברלין המשרד הראשון של הארגון באירופה. בהודעה על פתיחת המשרד נאמר כי מטרתו "להעמיק את הסולידריות במאבק המשותף נגד האימפריאליזם והציונות". בתחילת אוגוסט נחתם מזכר הבנה על אספקת ציוד צבאי ל"מאבק השחרור הלאומי הפלסטיני". בשנים הבאות, העניקה גרמניה המזרחית לאש"ף גם סיוע אזרחי בשווי מיליוני מארקים מדי שנה.
במלחמת יום הכיפורים ב-1973, אימץ המשטר מדיניות אנטי-ישראלית בעלת אופי אנטישמי. התקשורת הציגה את המלחמה כתוקפנות ישראלית ואריך הונקר קרא לאזרחי ארצו לבצע פעולות מחאה אנטי-ישראליות ברחבי המדינה. במבצע חשאי שנקרא על שם העיר חלב, שיגרה גרמניה המזרחית מטוסי קרב מדגם מיג-21 לסייע לסוריה, כולל תחמושת ו-63 אנשי צוות בהם 14 טייסים. בין 18 ו-21 באוקטובר הועברו לסוריה המטוסים המפורקים במטוסי תובלה סובייטים. בחניית ביניים בבודפשט נמסר לראשונה לאנשי הצוות היעד שאליו הם נשלחים וניתנה להם האפשרות לחזור הביתה במקרה והם מסרבים להשתתף במבצע, אולם איש מהם לא התנגד לסייע במלחמה נגד ישראל. בחלב הושלמה הרכבת המטוסים ואף נערכו טיסות מבחן, אולם ב-24 באוקטובר הוכרזה הפסקת אש.
גרמניה המזרחית ניצלה את קבלתה לאו"ם ב-1973, כדי לקדם את עמדותיה הפרו-פלסטיניות. כלי התקשורת שלה יצרו אידיאליזציה של הפלסטינים, בניגוד לתדמית השלילית של ישראל.
בנובמבר 1975 תמכה באופן פעיל בהחלטה 3379 של העצרת הכללית של האו"ם, שהגדירה את הציונות כ"סוג של גזענות". ב-1976 נאסר רשמית על כל פעולת סחר עם ישראל. בשנות ה-70 צוינו מדי שנה שבוע הסולידריות עם אש"ף ויום הסולידריות עם קורבנות התוקפנות הישראלית.
בשנות ה-70 ותחילת שנות ה-80 הביעו מדינות הגוש המזרחי, ובהן גרמניה המזרחית, תמיכה מלאה בעמדות הפלסטינים: נסיגה מלאה מהשטחים שנכבשו ב-1967, בחינת החוקיות של תפיסת שטחים על ידי ישראל מעבר לגבולות תוכנית החלוקה מ-1947, זכות השיבה של הפליטים וחלוקת ירושלים.
שנות ה-80.
עם פרוץ מלחמת לבנון הראשונה ב-1982, גברו ההתקפות על ישראל מצד גרמניה המזרחית, ואלו הגיעו לשיאן לאחר הטבח בסברה ושתילה. התקשורת השוותה את צה"ל לנאצים. ארגון נרדפי הנאצים, הקשור למפלגה הקומוניסטית, פרסם הודעה בה נאמר כי "מערכת ההשמדה של המשטר הישראלי נגד העמים הפלסטיני והלבנוני מתבצעת בשיטות הנפשעות של המשטר ההיטלראי", והטבח בסברה ושתילה הוצג כפעולה של "רוצחים ישראלים", ללא התייחסות כלשהי למבצעיו הנוצרים הלבנונים. ביטאון צבא העם השווה את כניסת צה"ל ללבנון "לפשעי הפשיסטים הגרמנים במלחמת העולם השנייה". אולם לאחר ההפגנה בכיכר מלכי ישראל, נעשתה הבחנה בין "המשטר הציוני" לעם בישראל ומחנה השמאל הישראלי זכה בתקשורת המזרח-גרמנית לסיקור חיובי.
ב-1982 הפך משרד אש"ף בברלין לשגרירות מלאה.
לאורך שנות ה-80 הסתמנה פתיחות כלפי ישראל. כבר בסוף 1980 ביקרה בישראל משלחת של מפלגת האיחוד הסוציאליסטי, כדי לבחון את מצבה של המפלגה הקומוניסטית הישראלית.
לאחר 1985 היה שינוי בעמדה המזרח גרמנית ואיתות לכיוון נורמליזציה עם ישראל, בין השאר בגלל רוח השינוי שהביא איתו מנהיג ברית המועצות מיכאיל גורבצ'וב.
בזמן האינתיפאדה הראשונה שפרצה ב-1987 דיווחו כלי התקשורת המזרח גרמניים על "מעשי זוועה של הכובש" ו"רצח המוני" של אוכלוסיית השטחים. ארבעה ימים לאחר הכרזת ערפאת באלג'יר על הקמתה של המדינה הפלסטינית ב-15 בנובמבר 1988, הכירה בה גרמניה המזרחית. ב-16 בינואר 1989 הפכה שגרירות אש"ף בברלין המזרחית לשגרירות פלסטין.
ב-9 בנובמבר 1988 נערכו בברלין המזרחית טקסי זיכרון לליל הבדולח, בהשתתפות יהודים רבים, גם מארצות הברית וישראל. זו הייתה הפעם הראשונה שגרמניה המזרחית הזמינה אורחים רשמיים מישראל, עובדי יד ושם קיבלו גישה לארכיונים שלה, והונקר הניח את אבן הפינה לשיקומו של בית הכנסת הגדול. ההתקרבות ליהודים וישראל לוותה בפרץ של תקיפות אנטישמיות: חילול בתי קברות בברלין ובפוטסדאם וריסוס כתובות אנטישמיות על קירות של בתים.
לאור הדיווחים שקיבל על התפתחות היחסים בין מדינות הגוש הקומוניסטי לישראל, הורה הונקר להיערך למהלך דומה מצד גרמניה המזרחית, אולם נמנע מתהליך מופגן שכזה, כפי שעשו פולין והונגריה, בשל סיבה כלכלית. מדינות ערביות היו חייבות לגרמניה המזרחית מיליארדי מארקים ותהליך כזה היה עלול לגרום למחיקת החובות מצדן. שגריר לוב אף הודיע כי אם גרמניה המזרחית תשלם פיצויים לישראל, לוב תדרוש ממנה פיצויים על הנזקים שנגרמו לה במלחמת העולם השנייה.
בסוף ינואר 1989 ערך מזכיר המדינה המזרח גרמני לענייני דת קורט לופלר ביקור רשמי בישראל בראש משלחת דיפלומטים ממשרד החוץ, שבמהלכו חתם בירושלים על הסכם שיתוף פעולה עם יד ושם.