בפרק על סידורי הביטחון הוסכם כי ישראל תשמור בידיה את כל הסמכויות והאחריות לביטחון הפנים ולסדר הציבורי באזור 2-H. בנוסף הוסכם שישראל תמשיך לשאת באחריות לביטחון הכולל של ישראלים. בפרק על הסדרים אזרחיים הוסכם כי באזור H-1, הכוחות והאחריות האזרחיים יועברו לצד הפלסטיני, פרט לאלה הנוגעים לישראלים ולרכושם, שימשיכו להיות מופעלים על ידי הממשל הצבאי הישראלי. כן נקבעו הסדרים בנוגע לתשתיות ושירותים עירוניים שנועדו להבטיח שירותים לכל חלקי העיר וכן נקבע שהתנועה בעיר צריכה להיות פתוחה לכל אדם. האתרים היהודים הבאים: קבר עתניאל בן קנז, מעיין שרה, אשל אברהם ואלוני ממרא הועברו לרשות הפלסטינית ונקבע שהיא אחראית לכניסה חופשית של יהודים אליהם. כיום לאחר מבצע חומת מגן נכנסים ישראלים באישור צה"ל לאתרים אלו מספר פעמים בשנה בתשעה באב וחול המועד של סוכות ופסח.
מ-1997 ואילך.
בשנת 1998 הצהירה ממשלת נתניהו (הראשונה) כי: "מדיניותה של ממשלת ישראל היא לחזק ולפתח את היישוב היהודי בחברון", ובשנת 1999 אישר נתניהו הקמת בניין נוסף בשכונת אברהם אבינו. הבניין נקרא בית נחום ויהודה, על שם נחום הוס ויהודה פרטוש שנרצחו בידי מחבלים.
בשנת 2001 לאחר רצח שלהבת פס על ידי צלף ערבי, פלשו תושבי היישוב היהודי למבנים ברחבת השוק הסיטונאי הסמוכה לשכונת אברהם אבינו ושיכנו בהם 18 משפחות. את השכונה כינו "מצפה שלהבת". שוק זה נבנה בתקופת השלטון הירדני על אדמה בבעלות של יהודים שנעזבה בעקבות פרעות תרפ"ט. הפלסטינים שהפעילו את החנויות נטשו אותן במהלך שנות האינתיפאדה השנייה. ב-2006, החליט שר הביטחון שאול מופז על פינוי היהודים מהשכונה. בעלי השטח, מנהלי ההקדש "כוללות הספרדים מגן אבות" פנו למחדשי היישוב היהודי בחברון בבקשה ליישב את המקום מחדש. אך לבסוף המתנחלים התפנו מרצון והוסכם עם צה"ל על העברת הבעלות על הבתים לידי היישוב היהודי. בפועל עד היום (2022) הבתים עומדים נטושים.
בשנת 2002 הוקם על קרקע השייכת לפלסטינים בית הכנסת חזון דוד בציר ציון, על שם דוד כהן וחזי מועלם שנרצחו במקום על ידי מחבלים. 34 פעמים הוצאו צווי הריסה לבית הכנסת, אך לאחר כל הריסה תושבי האזור הקימו את בית הכנסת מחדש.
ב-19 במרץ 2007 נכנסו מתנחלים ל"בית השלום". בשנת 2008 החליט שר הביטחון אהוד ברק על פינוי המבנה. תושבי היישוב טענו כי רכשו אותו מבעליו הערבים וסירבו לפנותו. הם עתרו לבג"ץ בעניין זה אך עתירתם נדחתה והבית פונה בכוח. בשנת 2012, ארבע שנים לאחר הפינוי, אישר בג"ץ כי הבית נמכר כחוק למתנחלים ואישר להחזיר אותו אליהם.
בפברואר 2010 הוספה מערת המכפלה לתוכנית לשימור "אתרי מורשת".
באוגוסט 2017 חתם אלוף פיקוד המרכז על צו להקמת מנהלת שירותים מוניציפליים ליישוב היהודי בחברון, שהחליפה (למעשה הסדירה פורמלית) את "הוועדה המוניציפלית לניהול בתי היהודים בחברון". עיריית חברון עתרה לבג"ץ נגד הצו, בין השאר בנימוק שהוא מקים, הלכה למעשה, "עירייה בתוך עירייה", אך העתירה נדחתה.
במאי 2022 נכנסו 15 משפחות יהודיות להתגורר בבניין נוסף בשם בית התקומה, השוכן בסמוך לבית השלום. ביולי אותה שנה נכנסו תושבים מקריית ארבע להתגורר בניין נוסף בשם "בית החירות", מדרום למערת המכפלה.
ארגוני ימין ובייחוד מועצת יש"ע, מארגנים פעילויות ומסעות פרסום לתמיכה ביישוב תחת הסיסמה "חברון, מאז ולתמיד". האתרים באזור היישוב היהודי, בעיקר מערת המכפלה, מהווים מוקד משיכה לביקורים של יהודים-ישראלים, בעיקר בחול המועד, בשבת פרשת חיי שרה ובעשרת ימי תשובה למעמד סליחות. באותם ימים נמנעת כניסת פלסטינים הגרים מחוץ לאזור H-2, ומוגבלת תנועתם של פלסטינים תושבי המקום. תנועת היהודים בחברון מוגבלת לשכונות היהודיות בלבד.
אזורי המגורים.
מרבית המתנחלים ביישוב היהודי בחברון משתייכים לציבור הדתי לאומי והציבור החרדי לאומי. יש בהם פעילי ימין רדיקלי, כגון ברוך מרזל, אך יש בהם גם "ממלכתיים" רבים וישיבת שבי חברון היא אחת מישיבות הקו. בבחירות לכנסת ה-17, שנערכו בשנת 2006 הצביעו כ-35% מתושבי המקום עבור רשימת "חזית יהודית לאומית" של ברוך מרזל וקרוב ל-60% עבור האיחוד הלאומי-מפד"ל. בבחירות שקדמו להן הצביעו רוב תושבי המקום עבור "חרות - התנועה הלאומית", בראשות מיכאל קליינר.
יחסים עם הסביבה.
יחסי היישוב היהודי וכוחות הביטחון.
צה"ל מקצה כוח של בן כ-300 חיילים, המשרתים בחברון להגנה על תושבי היישוב היהודי ועל המבקרים בחברון ולמניעת הוצאת פעילות חבלנית עוינת מהעיר. לצדם מצויים כוחות של משטרה ומג"ב. פרט למשימות הביטחון השוטף, עוסקים החיילים והשוטרים במניעת תקריות חיכוך בין יהודים לערבים. במספר מקרים, נעשה שימוש גם בכוחות הביטחון כדי לפנות מתנחלים מבתים, בהתאם להחלטות משרד הביטחון ובג"ץ.
היחסים בין תושבי היישוב היהודי והחיילים המוצבים בעיר ידעו עליות ומורדות. מחד, התושבים מפעילים בקביעות פינת קפה עבור החיילים, ומחלקים קפה ועוגות בעמדות השמירה. כמו כן, חיילים מוזמנים לסעודות שבת אצל המשפחות או בבית חב"ד. עם זאת, במשפט בו הורשע הרב משה לוינגר, ממנהיגי היישוב היהודי בחברון, ציינה השופטת שלוינגר "אף לא היסס לנהוג באלימות נגד חיילי צה"ל, ואפילו נגד חיילים שהופקדו על אבטחתו האישית". כמו כן, נרשמו גם אירועי חיכוך בין מתנחלי חברון לשוטרים.
אל"ם דרור וינברג, מפקד חטיבת יהודה בין השנים 1999–2002, קיים מערכת יחסים קרובה עם תושבי היישוב היהודי בחברון והנהגתו. ב-2010 ציין מח"ט חברון היוצא, אל"ם אודי בן-מוחה, את השיפור האווירה בעיר ואת היחסים הטובים בינו לבין התושבים.
בשנת 2003 העניק הרמטכ"ל משה יעלון אות הערכה לקצין הביטחון של היישוב היהודי בחברון אליהו ליבמן.
בכמה מקרים התרחשו עימותים בין החיילים לבין אנשי היישוב ויהודים אחרים, אשר גלשו לאלימות פיזית, בעיקר על רקע פינוי בתים או מאחזים. דווח על מקרה בהם כינו אנשים מקרב המתנחלים או תומכיהם את החיילים "נאצים", ואף על מקרים של יידוי אבנים ומקרה של שפיכת טרפנטין.
יחסי היישוב היהודי והאוכלוסייה הערבית.
בתחילת שנת 1972 היו מרבית הנכסים בבעלות יהודים שנעזבו כתוצאה מטבח חברון, תפוסים בידי ערבים מקומיים.
חידוש היישוב היהודי בחברון הביא לתקריות רבות בין המתנחלים היהודים לבין התושבים הערבים. ההתנחלות היהודית התקבלה במחאות חריפות מצד התושבים ובעלי הקרקעות שהופקעו. ראש עיריית חברון, השייח' מוחמד עלי אל ג'עברי, אמר בפברואר 1972, כי 'אם לא היו תקריות אלימות מצד נושאי נשק נגד היישוב [היהודי], הרי זה מפני שהערבים ידעו כי התנגדות כזאת תוביל להריסת השכונות הערביות הסמוכות'. במהלך השנים התבצעו עשרות אירועי טרור כנגד יהודים, ומספר אירועי טרור כנגד ערבים.
במשפט שבו הורשע הרב משה לוינגר, ממנהיגי היישוב היהודי בחברון, בשלל עבירות, ציינה השופטת שלוינגר "לא אחת הטיל מורא ופעל באלימות נגד האוכלוסייה הערבית בחברון, פגע בפרנסתה ובכבודה".
בהסכם חברון בשנת 1997 נקבע שהעיר חברון כולה תהיה פתוחה ליהודים וערבים. בפועל מיד לאחר העברת מרבית העיר לרשות הפלסטינית, נאסרה כניסת יהודים לשטח זה.
בחודש אוקטובר 2000, עם פרוץ האינתיפאדה השנייה, נסגר רחוב השוהדא (הקרוי בפי מתיישבי חברון רחוב דוד המלך) שבחברון לתנועת פלסטינים, ללא צו צבאי בתוקף.
ארגון "שוברים שתיקה", מארגנים סיורים ומפרסמים דו"חות ביקורתיים כלפי היישוב, ובמיוחד את הפגיעות הנגרמות בעטיו לטענתם לתושבי חברון הפלסטינים.. בדו"ח שפרסמו "בצלם" ו"האגודה לזכויות האזרח" בשנת 2007 נטען כי מערכת הביטחון נותנת חסות באופן שיטתי למעשי אלימות מצד תושבי היישוב, וכן שקיימת בחברון מדיניות הפרדה ישראלית מכוונת, הדוחקת את רגליהם של הפלסטינים ממרכז העיר. דו"ח נגדי שהוגש על ידי נציגי היישוב היהודי בחברון מצדיק את המגבלות על הפלסטינים כנובעות מהפיגועים שיש מצדם וטוען כי דווקא יהודי חברון מופלים לרעה על יד כוחות הביטחון. פעיל "בצלם" אף הקימו ערוץ טלוויזיה ניסיוני, תיעודי ומקוון, בשם HEB2, שבא להביא לתודעה הציבורית את המתרחש בחברון. יהודי חברון ותומכיהם טוענים כנגד ארגונים אלו כי הסיקור שלהם לא אובייקטיבי, מוטה, פרובוקטיבי ואף אנטישמי.
משפחת אבו עיישה גרה בתל רומיידה. ביתה גודר, לטענת המשפחה בשל פחד מהתנכלות יומיומית של שכניה היהודים. בשנת 2007, במסגרת פרויקט "חמושים במצלמות" של "בצלם", נחשף סיפורה של משפחת אבו עיישה, ובין השאר הובא תיעוד של מתנחלת בשם יפעת אלקובי מקללת ומאיימת על בת המשפחה. דובר היישוב היהודי בחברון הודה באופן חלקי כי מתרחשות התנכלויות, אך טען כי משפחת אבו עיישה מנסה לעורר פרובוקציות. הסיפור עורר דיון ציבורי נוקב, וראש הממשלה, אהוד אולמרט, התייחס לתקרית בחומרה והממשלה החליטה להקים ועדת שרים בנושא אכיפת החוק בחברון, בראשות שר הביטחון, עמיר פרץ. הוועדה החליטה בין היתר לתגבר את כוחות המשטרה בחברון ולהגביר את השימוש בצווי הרחקה. בפברואר 2022 חתכו שני מתנחלים את הרשת המגדרת את בית משפחת אבו עיישה, נכנסו לחצר ויידו אבנים לעבר בני המשפחה.
בשנת 2008 פונו בכוח הרוכשים היהודים מבית השלום, עקב טענת המוכר (שלימים בית המשפט קבע שאינה נכונה) שהמכירה לא בוצעה כדין. קודם לפינוי, וביתר שאת לאחריו, התפתחו אירועים אלימים בין יהודים לערבים בעיר.
באותה שנה נפגשו נציגי היישוב היהודי בעיר בראשות נועם ארנון וראש המועצה המקומית קריית ארבע צבי קצובר, עם השייח' אבו חאדר ג'עברי וחאג' אבו אכרם אבו סנינה. במפגש אמר השייח' ג'עברי כי "אנו לא רואים בכם מתנחלים אלא תושבים. העיר שלנו כמו שלכם".
אירועי אלימות.