לאחר כישלון שליחותו של ברנד המשיכו אנשי ועד ההצלה לעמוד בקשר עם אייכמן ואנשיו, כשהנושא ונותן העיקרי מביניהם הוא ישראל קסטנר. כתוצאה מכך התירו הנאצים את יציאתה מהונגריה של רכבת ובה 1,684 יהודים שנבחרו על ידי קסטנר ועל ידי אוטו קומוי, יושב ראש ועד ההצלה. הרכבת הייתה מעין "תיבת נח" של יהדות הונגריה, והיו בה אישים מכל מגזרי היהדות ההונגרית, כולל חרדים כמו הרב יואל טייטלבוים מייסד חסידות סאטמר ואיש אגודת ישראל הרב אברהם דויטש. ברכבת היו בני משפחתו של קסטנר, חבריו, בעלי הון (ששילמו כאלפיים דולר עבור כל אדם) וחברי תנועות נוער שונות. בין ניצולי הרכבת היו גם: הרב יהושע מנחם אהרנברג, הרב יונתן שטייף, הצייר פסח עיר-שי, מבקר האמנות אויגן קולב, המנהיגים הציוניים ד"ר ניסן כהן וד"ר בן-ציון קאודרס והפסיכיאטר לאופולד סונדי (ובנו פטר זונדי). בין הצעירים יותר היו הפרופסורים לעתיד: יהודה בלום, שושנה בלום-קולקה, שאול לדני ו-, הסופרת יהודית רותם, איש העסקים והפילנתרופ פיטר מונק. קסטנר סבר כי רכבת זו תהווה תקדים ולאחריה תצאנה רכבות נוספות, אך תקוותו לא התגשמה. במקום להגיע לארץ נייטרלית הגיעה הרכבת למחנה ברגן-בלזן.
המשא ומתן על תוכנית ה"סחורה תמורת דם" המשיך להתנהל בין קורט בכר לבין נציגי הג'וינט והסוכנות היהודית, ובמהלכו שוחררו 318 מאנשי הרכבת באוגוסט 1944 ונשלחו לשווייץ, ובדצמבר נשלחו לשווייץ גם יתר 1,366 אנשי הרכבת.
פעילותו של קסטנר הייתה שנויה במחלוקת קשה לאחר השואה, ובמשפט דיבה מפורסם שהגיש היועץ המשפטי לממשלה נגד מלכיאל גרינוולד קבע שופט בית המשפט המחוזי, בנימין הלוי, כי קסטנר "מכר את נפשו לשטן" וכי הוא סייע לגרמנים בהשמדת יהודי הונגריה. היועץ המשפטי הגיש ערעור לבית המשפט העליון שטיהר את קסטנר, ברוב דעות של שלושה נגד שניים, מאשמת שיתוף פעולה עם הנאצים, רצח בעקיפין של יהודי הונגריה ושותפות גזל עם הנאצים, אולם קבע כי אכן סייע בהצלת נאצים לאחר המלחמה. אך בעת מתן פסק הדין בערעור כבר לא היה קסטנר בין החיים, שכן נרצח על ידי צעירים שהושפעו מחומרת ההאשמות שעלו כנגדו במשפט הדיבה. אייכמן עצמו סיפר בראיון לוילם סאסן כי קסטנר
הצנחנים הארץ-ישראלים.
בשנת 1943 ארגנה הנהגת היישוב העברי בארץ ישראל בשיתוף עם הצבא הבריטי קבוצת צנחנים, אשר תפקידם היה כפול: שליחי היישוב לקהילות היהודיות במקומות בהם יצנחו, וכן סוכנים בריטיים, שיאתרו ויצילו שבויי מלחמה בריטים שנמלטו.
מלכתחילה הייתה השליחות בעייתית, שכן בשלב בו הוצנחו הצנחנים פעל כבר מנגנון ההשמדה הגרמני במלוא המרץ, ופעולת הצנחנים הייתה למעשה חסרת תועלת, ורובם נתפסו מיד עם הגיעם לשטח האויב. בין הלוחמים שהוצנחו הייתה חנה סנש. ב-15 במרץ 1944 צנחו חנה סנש וחבריה בקרואטיה, ליד הגבול ההונגרי, שם הצטרפו לקבוצת פרטיזנים מקומית. ביוני 1944 חצתה את הגבול להונגריה, נתפסה על ידי חיילים הונגרים. היא נשלחה לכלא בבודפשט, שם נחקרה בעינויים.
היא הועמדה לדין באשמת ריגול ובגידה במולדת (שהרי נולדה בהונגריה), אך עוד קודם שהסתיים משפטה הוצאה להורג, ב-7 בנובמבר 1944, בגיל 23.
ההשמדה.
יהודי הונגריה (חוץ מיהודי בודפשט), הושמדו במהירות שיא חסרת תקדים במסגרת תוכנית ההשמדה האכזרית ביותר של המלחמה. היהודים בערי השדה התנהגו באורח כנוע ומתוך השלמה עם המציאות במהלך הכנסתם לגטאות וגירושם למחנות ההשמדה.
ב-15 במאי 1944 החלו הגירושים מהגיטאות בערי השדה למחנה ההשמדה אושוויץ. הריכוז בגטאות היה נורא כשלעצמו, והיהודים סבלו שם מחוסר במזון, בתנאי תברואה וטיפול רפואי. אך הגטאות התקיימו שבועות ספורים בלבד (ראו: גטו קולוז'וואר). התקדמותו של הצבא האדום אל עבר גבולות הונגריה, הביאה את הגרמנים להאיץ את השמדת היהודים בכל השטחים שעוד נותרו בידם. בתוך שבועות ספורים בלבד גורשו לאושוויץ כ־450,000 יהודים. עם סיום המשלוחים, ביולי 1944, לא היו עוד יהודים בהונגריה מחוץ לבודפשט.
רוב היהודים נרצחו במחנה אושוויץ מיד עם הגיעם למחנה, בתאי הגזים בבירקנאו. יתר היהודים, שהיו בדרך כלל הצעירים שהיו כשירים לעבודה, נשלחו לעבודת פרך במחנות ריכוז שונים, וחלקם הגדול מצא שם את מותו, ברעב ובעינויים.
ג'ורג' מנטלו (George Mantello) דיפלומט יהודי של אל סלוודור בשווייץ, יזם נסיעה של בלדר לבודפשט לבירור המצב. משה קראוסמסר לו דו"חות, כולל תמצית של דו"ח ורבה-וצלר, וב-21 ביוני 1944 הדו"חות הגיעו לג'ורג' מנטלו, שהפיץ מיד עותקים ליעדים רבים, בשווייץ ובעולם. ההשמדה באושוויץ עלתה לכותרות העיתונים השווייצריים ואחר כך העולמיים.
בעקבות הרעש התקשורתי פנו מדינות וגופים רבים לשליט ההונגרי מיקלוש הורטי בדרישה להפסיק את ההשמדה. נשיא ארצות הברית פרנקלין רוזוולט שלח מכתב מאיים (על ידי שר החוץ קורדל הול) ב-26 ביוני 1944 לשליט הונגריה מיקלוש הורטי ובו נכתב: "אני סומך לא רק על שיקולים הומניטריים אלא גם על כוח הנשק... גורל הונגריה לא יהיה כמו אף אחת מהארצות התרבותיות... אלא אם המשלוחים יופסקו מידית". מספר ימים אחר כך, ב 2 ביולי 1944 בודפשט הופצצה קשות על ידי 600 מפציצים אמריקאים. המכתב (עם מכתבים נוספים של מלך שוודיה, האפיפיור ועוד) יחד עם ההפצצה שכנעו את הורטי להפסיק את המשלוחים לאושוויץ.
ואכן, הורטי עצר את המשלוחים ב-9 ביולי, למעט יוצאים מהכלל.
בשלב זה היו כמאה וחמישים אלף יהודים בבודפשט בין החיים, אך רובה של יהדות הונגריה הושמדה באושוויץ. לאחר הפסקת המשלוחים הציע הורטי למעצמות המערב כי שארית הפליטה תישלח למדינות שתסכמנה לקבלן. המשא ומתן על הצעה זו נמשך מספר שבועות, אך טורפד על ידי הגרמנים. אייכמן לחץ לחדש את המשלוחים וגירושם של יהודי הבירה תוכנן ל-25 באוגוסט 1944. היינריך הימלר ניהל משא ומתן עם סאלי מאייר, נשיא קהילות יהודי שווייץ, ובתמורה להבטחה מעורפלת של מאייר הורה הימלר ברגע האחרון לבטל את משלוח יהודי הבירה.
בתקופה זו שבין יולי לספטמבר 1944 חדלה ההשמדה לשבועות מספר.
התרעות ליכטהיים.
ריכרד ליכטהיים, נציג הסוכנות היהודית בז'נבה, עקב אחר גורל יהדות אירופה, ומראשית המלחמה התריע בהתמדה על הסכנה הנוראה הנשקפת לה. ב-13 באפריל 1943 כתב ליכטהיים לירושלים: "לא נותר לי אלא לקוות כי לא יחול שינוי לרעה באיטליה ובהונגריה - מדינות הציר היחידות שקהילותיהן היהודיות עדיין בטוחות למדי, אולם אין לדעת מה יביא איתו יום המחרת".
ב-26 ביוני 1944 הודיע באיגרת לירושלים כי כל מחוזות הונגריה הצפונית והמזרחית הם עתה "יודנריין". הוא הוסיף: "אפילו מבודפשט הגיעו אלינו מכתבים המספרים, כי כבר אפסה תקוותם של ידידינו כי יינצלו. למעשה הם שולחים לנו ברכת פרידה". הוא המשיך וכתב כי מהונגריה מגורשים מדי יום 10,000 עד 12,000 אלף איש אל מחנות המוות". באיגרתו קרא ליכטהיים לנקוט פעולת תגמול נגד הנאצים כדרך היחידה שיכולה להפסיק את הקטל. כן קרא ליכטהיים לתת פרסום רב לעובדות על אודות ההרג ולהזהיר את ממשלת הונגריה כי תשא באחריות לרצח ההמונים.
באותו היום שבו כתב ליכטהיים את איגרתו לירושלים הוא כתב גם לאיש הצירות הבריטית בברן בירת שווייץ על גורלם של יהודי הונגריה, וביקש להעביר למשרד החוץ הבריטי את המסר הבא: "עוד ועוד ידיעות מגיעות אלינו על גורלם המחריד של יהודי הונגריה ועל הטבח ההמוני שהגרמנים מבצעים במחנות המוות בפולין ובשלזיה העילית". בהתבסס על דברי ליכטהיים ועל מכתב שהגיע אליו ממשה קראוס מנהל המשרד הארצישראלי בבודפשט כתב הציר ללונדון: "קיבלתי ידיעות חדשות מהונגריה המציינות, כי קרוב למחצית מכלל 800,000 היהודים בהונגריה כבר גורשו בקצב של 10,000 עד 12,000 ביום. רוב הטרנספורטים האלה יצאו למחנה ההשמדה בירקנאו, ליד אושווינצ'ים בשלזיה העילית".
בסוף איגרתו הציע ליכטהיים ארבע הצעות: ראשית - לנקוט פעולות תגמול נגד הגרמנים שבידי בעלות הברית, שנית - להפציץ את מסילות הברזל המוליכות מהונגריה לבירקנאו, שלישית - לערוך הפצצות על מתקני ההשמדה שבמחנות המוות, רביעית - להפציץ את כל בנייני הממשלה בבודפשט.
בעלות הברית לא עשו דבר מכל הצעותיו של ליכטהיים. את הבריטים הדאיג החשש שמאות אלפי היהודים מהונגריה יגיעו לארץ ישראל והם החלו לדבר על יעדים חלופיים בכל קצווי העולם, הצעה שלא היה לה באותן נסיבות כל אפשרות להתממש, אך ליכטהיים נתפס לה כמוצא אחרון והבריק ללונדון ב-24 ביולי 1944 כי שווייץ מוכנה לקלוט מספר מסוים של ילדים יהודים וכי שוודיה הכריזה על נכונותה לקלוט את כל היהודים מהונגריה אשר אזרחים שוודים כלשהם יסכימו לתת ערבות להחזקתם.
ממשלת צלב החץ.
כאשר עמד הורטי על סף ההודעה כי הונגריה פורשת מן המלחמה לצד גרמניה, ותומכת בצדן של בעלות הברית, הדיחו הנאצים את הורטי ב-15 באוקטובר 1944, ומינו את הפשיסט האנטישמי פרנץ סלשי, ראש מפלגת צלב החץ לראש הממשלה, ולמעשה לשליט הבלעדי במדינה.
עם עלייתו של סלשי לשלטון תמה הגנת השלטונות ליהודי בודפשט. כנופיות "צלב החץ" השתוללו ברחובות בודפשט. אלפי יהודים נרצחו ברחוב והושלכו אל נהר הדנובה אשר האדים מדם. עשרות אלפים נשלחו למסעות מוות ולעבודת כפייה. כמאה אלף מן היהודים שנותרו רוכזו בגטו בחודש דצמבר 1944 בתנאים קשים. אם כי את עיקרה של שואת יהודי הונגריה ביצעו הגרמנים ועושי דברם בהונגריה בתקופה שקדמה לשלטונו, אחראי סלשי לרציחתם במקום המצאם, באכזריות שאינה פחותה מאכזריות הנאצים, של אלפי יהודים.