אף על פי שהפך לבעל ברית נאמן לרומא, עדיין המדיניות הרומית מנעה ממנו מדיניות חוץ פעילה כפי שהנהיג בעבר, והוא נאלץ להתמקד במדיניות פנים שנועדה להבטיח את שלטונו ולייצב אותו. הוא סיים לשלם את פיצויי המלחמה, וכתוצאה מכך היה האוצר המוקדוני מרושש. לפיכך, הוא הטיל מס מיוחד על תוצרי חקלאות וסחר ימי, פיתח מחדש מכרות, והאיץ את טביעת המטבעות. הודות לפועלו, הפכה עד מהרה דמטריאס לאחד ממרכזי הסחר החשובים ביותר ביוון כולה. בעיה נוספת שעמדה בפניו, הייתה בעיית הדמוגרפיה. המלחמות הממושכות שניהל פיליפוס, דיללו בצורה משמעותית את אוכלוסיית מוקדון. הוא עודד ילודה, על ידי כך שחוקק חוק שהכריח הורים לגדל ילדים. כמו כן הוא לא היסס להביא מתיישבים תראקים למוקדון. אולם כשניסה לנצל סכסוכים פנימיים בתוך ערי גבול כדי להשתלט עליהן, מחו על כך הרומאים בתוקף. ועדה מיוחדת שנשלחה לזירה מטעם הסנאט, הציגה את פיליפוס כנאשם, ונהגה בו כפושע לכל דבר. כל משפט שהעז להגיד, שימש כהוכחה נגדו. באחת הפעמים הוא ציטט באקראי מתוך שיר של תיאוקריטוס את המילים: "עוד לא הסתירה השמש את פניה ממני", והדבר מיד נופח מעבר לכל קנה מידה ופורש כרמז תוקפני ואימפריאליסטי מצדו. בסופו של דבר הוא אולץ להחזיר את השטחים שכבש, וכנקמה ביצע סדרת התנקשויות חשאיות בערים המדוברות.
פיליפוס למד את הלקח – אם רצונו לשמור על מלכותו, עליו להימנע מכל חיכוך מיותר עם רומא. עם זאת, הוא הרחיב את גבולו הצפוני בהדרגה באמצעות מלחמות ובריתות. אלא שהמדינות היווניות שעיינו את פיליפוס, הבינו היטב שדעתם של הרומאים משוחדת מראש לרעת פיליפוס בשל התוקפנות הארוכה שלו כלפיהם, וניצלו זאת היטב. בחורף 184 לפנה"ס רחשה רומא משלחות מכל רחבי יוון, שהציגו שלל טענות נגד פיליפוס, החל מסכסוכי גבולות, וכלה בגנבת בקר. פיליפוס שיגר משלחת משלו לרומא בהנהגת בנו דמטריוס. דמטריוס שהה זמן רב ברומא כשבוי לאחר המלחמה המוקדונית השנייה, ועל כן עמדתו במשא ומתן הייתה כנועה ומתרפסת. הרומאים סברו שאחרי השלטון הקשה של פיליפוס, יוכל דמטריוס הכנוע להיות שליט נוח למדי. דמטריוס חזר למוקדון עמוס בהבטחות ורמיזות מצד הרומאים, שהותירו אותו מבולבל ומשתעשע בתקוות. פלמינינוס אף נפגש עמו ביחידות, והצהיר במפורש שרומא מעוניינת בו כמלך. עם זאת, ידוע היה לכל שפיליפוס מעדיף את בנו הבכור פרסאוס, שבניגוד לדמטריוס נודע כתוקפן וקשה עורף. פיליפוס אף נתן מעין הצהרה פומבית להעדפותיו, כאשר ייסד בתראקיה עיר חדשה וקרא לה על שם פרסאוס.
דמטריוס החל לקוות ברצינות שיירש את הכתר, ועל פי העדויות בילה יותר זמן במחיצת השגרירים הרומאים מאשר במחיצת אביו. המוני העם במוקדון, שמאסו במלחמות, תמכו בסתר בדמטריוס, וכך גם רבים בחצר המלוכה ובצבא. בשנת 182 לפנה"ס, במהלך טקס ה"היטהרות" השנתי, הציע אי מי לערוך קרב מדומה בין החיילים תומכי דמטריוס לחיילים תומכי פרסאוס. ה"קרב" הסתיים ב"ניצחון" תומכי דמטריוס, אולם ללא נפגעים. אלא שהלהיטות שבה לחמו תומכי דמטריוס, הבהירה לפרסאוס שחלק משמעותי של הצבא תומך באחיו. הוא העלה את קובלנותיו בפני פיליפוס, ואף טען שדמטריוס ניסה לרוצחו. פיליפוס ניסה לפייס בין האחים, והתכחש לתקרית כולה. אולם העמדת הפנים לא יכלה להימשך לאורך זמן, והרומאים הבהירו היטב שרק הודות לדמטריוס, פיליפוס עדיין מולך.
באביב של השנה הבאה, יצא פיליפוס למסע צבאי גדול צפונה. המסע סבל מליקויים רציניים בתכנון, ובמהלכו ניכרה התרופפות רצינית במשמעת בקרב הצבא המוקדוני. במהלך המסע, העפיל פיליפוס בעצמו, מתוך סקרנות בלבד, אל ראש ההר אימוס, שנטען שממנו אפשר להשקיף עד הרי האלפים. פיליפוס הקריב על ההר לזאוס והליוס, אולם אפילו מעשה תמים זה נוצל לרעה בידי אויביו הפוליטיים, ונטען שפיליפוס למעשה בוחן את תוכניות הכיבוש הבאות שלו. בניסיון להימנע מחיכוך בין בניו, לקח עמו פיליפוס למסע רק את פרסאוס, ואת דמטריוס השאיר בבית. על פי חלק מהמקורות, דמטריוס ניסה להנהיג קשר, אולם הדבר אינו ודאי. כך או כך, ידוע שדמטריוס אינו חש עוד בטוח במוקדון. הוא ניסה לברוח לרומא, אולם תוכניתו נתגלתה, ופיליפוס העניש אותו בכך שהשליך לכלא את אחד מידידיו. פיליפוס חש שבנו הגדיש את הסאה, והוכיח אותו קשות באופן אישי, תוך שהוא מבהיר לו בצורה חד משמעית שהוא מועיד את המלוכה לפרסאוס. בשנת 180 לפנה"ס, התנקשו תומכי פרסאוס בדמטריוס. לא ברור אם פיליפוס לקח חלק פעיל במעשה, אולם ככל הנראה הוא ידע מכך ונתן הסכמה בשתיקה.
מותו.
מותו של דמטריוס לא פתר את בעיית הירושה. אדרבה, מותו של בנו גרם לפיליפוס להפוך לאדם בודד ומדוכא, והוא הסתגר בדמטריאס. מרבית הנהלת הממלכה עברה בשלב זה לידי פרסאוס, מה שגרם למרבית תומכי דמטריוס לחשוש לחייהם. אחד מהם, אנטיגונוס, שהיה קרוב משפחה של המלך, התיידד עם המלך הבודד והצליח למעשה לשלוט בו לחלוטין. ביוזמתו של אנטיגונוס, נסחטה בעינויים הודאה מפי אחד מהבכירים שבתומכי פרסאוס, שלמעשה לא היה בדמטריוס כל אשם והוא נרצח על לא עוול בכפו. בהמשך אף הודיע פיליפוס שהוא ממנה את אנטיגונוס ליורשו העתידי. עם זאת, חוקרים כגון פרנק ויליאם וולבנק מפקפקים באמיתת טענה זו, וסבורים שמדובר בשקר מאוחר יותר שהמציאו תעמולנים רומאים כדי לפקפק בחוקיות הירושה של פרסאוס.
בקיץ של שנת 179 לפנה"ס, עזב פיליפוס את דמטריאס במטרה להגיע לסלוניקי. עם זאת, באמפיפוליס הוא חלה אנושות ומת. רופאו הסתיר את מותו מעיני הסובבים אותו עד שפרסאוס הגיע בעצמו אל אמפיפוליס וקיבל את הכתר. פרסאוס חיסל את אנטיגונוס מיד, אולם הסתפק בכך ולא חיסל עוד תומכים לשעבר של דמטריוס. הוא אף הגדיל לעשות וביקש מהסנאט ברומא להכיר בו כמלך. הרומאים מצאו את המהלך משביע רצון מבחינתם, ולא הטרידו אותו בעניין דמטריוס. אך היחסים הטובים בין פרסאוס לרומאים לא האריכו ימים, ובשנת 168 לפנה"ס נפתחה "המלחמה המוקדונית השלישית", שבסופה הוגלה פרסאוס אל רומא, והממלכה כולה הובאה תחת עול רומאי.
סיכום פועלו של פיליפוס.
פיליפוס עלה לשלטון בתקופת השיא של העולם ההלניסטי. אבותיו הפכו את מוקדון לאחת המעצמות המובילות של התקופה, בשורה אחת עם מצרים התלמיית והאימפריה הסלווקית. תקופת שלטונו הייתה ארוכה וסוערת, ומלאה במלחמות. הוא עלה לשלטון בימי מפנה משמעותיים ביותר בהיסטוריה העולמית, ימים שהסתמנו בעלייתה של רומא ממעצמה מקומית באיטליה למעצמה עולמית השולטת על מרבית העולם. ההיסטוריון דוד גולן מסכם את חייו ופועלו של פיליפוס במילים: "פיליפוס קיבל את מוקדון למלוך בה בעולם אחד, והותירה בעולם אחר".
מרבית החוקרים מסכימים כי בתחילת שלטונו הוכיח את עצמו פיליפוס כמצביא מוצלח ביותר. הוא עלה לשלטון בגיל 17, צעיר אף יותר מהגיל שבו עלה לשלטון אלכסנדר הגדול. תוך זמן קצר הוא הצליח להיפטר מאופוזיציה מרדנית שהורכבה מקצינים מנוסים ומבוגרים בהרבה ממנו, והוביל את ממלכתו לסדרת ניצחונות מרשימים ביותר שהושגו תוך זמן קצר. עם זאת, אין ספק שהיה מדינאי גרוע. הצלחותיו נגד האיטולים גרמו לו להעריך את עצמו יתר על המידה, והוא הכריז מלחמה על רומא בפזיזות, כאשר התועלת שיכל להרוויח ממנה הייתה מועטת ורומא ללא ספק כלל לא רצתה במלחמה. במלחמה המוקדונית הראשונה נאלצו הרומאים להשקיע מעט מאוד חיילים, והצליחו הודות לפעילות דיפלומטית ענפה שמטרתה לגרום לאויביו האחרים של פיליפוס להילחם למענם את רוב המלחמה. מרגע שהשיגו הרומאים דריסת רגל משמעותית ביוון, שוב לא ניתן היה להחזיר את הגלגל אחורנית, וברור היה שגם לאחר הסכם השלום הרומאים מחרחרים מלחמה. המלחמה המוקדונית השנייה הייתה הרת אסון הרבה יותר מקודמתה, ולאחריה איבדה מוקדון למעשה את מעמדה כמעצמה. בתמימותו סבר פיליפוס שיוכל לחיות בשלום לצד המנצחים, אם כי היסטוריונים בני העת העתיקה מאשימים אותו שתכנן בסתר מלחמה חדשה נגד רומא. במחקר המודרני נדחית סברה זו מכל וכל. חלק מהחוקרים אף מעריכים שהרומאים כבר החלו לתכנן מסע מלחמה מוחץ ואחרון נגד מוקדון, ורק מותו בטרם עת מנע או למען הדיוק עיכב זאת.
פרט לכך שהעניק חירות יתר לערים שתחת שלטונו, מה שהתבטא בין היתר ביציקת מטבעות נחושת בצורה עצמאית, בתקופת שלטונו של פיליפוס, לא נשתנתה הרבה מדיניות הפנים של מוקדון. עם זאת, מדיניות החוץ שלה השתנתה בצורה דרסטית: ממעמד של ראש ברית יוונית וכוח מרכזי בזירת העולם ההלניסטי, ירדה מוקדון בימי פיליפוס לשפל של גרורה של רומא המודחקת אל ארץ הגרעין בלבד ואסורה בכל יוזמה ביוון. מכאן קצרה הייתה הדרך עד שסופחה מוקדון כליל אל המעצמה החדשה.
משפחתו.
פיליפוס היה נצר לשושלת האנטיגונידית, שושלת מלוכה שייסד הדיאדוך הידוע אנטיגונוס מונופתלמוס ("שתום העין"). אביו היה דמטריוס השני, אשר כונה "איטוליקוס" בשל ניצחונותיו על הליגה האיטולית. סבא שלו היה אנטיגונוס השני ("גונאטס"), וסבא רבה שלו היה דמטריוס פוליורקטס ("הצר על הערים"). אין מידע ברור בנוגע לאמו. לטענת אב הכנסייה אוסביוס מקיסריה, היא הייתה שבוית מלחמה בשם כריסאיס (Chryseis). ההיסטוריון ויליאם טרן, במאמרו משנת 1940, מזהה אותה עם אשה אחרת של דמטריוס, פתיה. בעקבות סברתו של טרן הלכו חלק גדול מהחוקרים עד ימינו. פתיה הייתה נסיכת ממלכת אפירוס, בתם של אלכסנדר השני, מלך אפירוס ואולימפיאס השנייה, ונכדתו של פירוס. לפיליפוס הייתה אחות למחצה בשם אפמאה השלישית, ואח למחצה בשם סאמוס.