החל מהמאה ה-4 לספירה הנצרות הוכרה כדתה הרשמית של האימפריה הרומית על ידי הקיסר קונסטנטינוס (Constantinus). מיד לאחר התנצרות האימפריה החלו לפעול של שתי מערכות במקביל: המערכת הדתית- כנסייתית בראשו של האפיפיור, והמערכת החילונית בראשו של הקיסר. במהרה הכנסייה החלה לצבור נכסים רבים ואדמות, בין השאר בשל תרומות של בני האצולה. הכנסייה תפסה את תפקידה המרכזי כהצלת נשמותיהם של המאמינים ואת תפקידה של הסמכות החילונית כעיסוק בעולם החומרי, מכאן שהכנסייה תפסה את סמכותה בהכרח כגבוה יותר שכן היא עוסקת בעניינים ברומו של עולם. במשך מאות שנים המערכות הללו שיתפו פעולה ופעלו מתוך תפיסת שותפות ומערכת איזונים הדדית. לראיה, האפיפיורים ואנשי הכנסייה שימשו פעמים רבות כיועצים פוליטיים, המנזרים היוו מוקד חשוב בפיתוח של חינוך ותרבות, הקיסר סייע בפעילות המסיון במסגרת כיבושיו השונים ושאב את הלגיטימציה לפעולותיו מתוך תפיסת כהונתו ב"חסד האל".
הפאודליזם אשר התפתח במאה ה-11 החליש את כוחה של הכנסייה שכן הנאמנות של המאמינים הפכה ללוקאלית, כלומר נאמנות לאציל המקומי. במאה ה-11 הכנסייה מצאה עצמה בעמדה חלשה מאוד ביחס למערכת החילונית וסבלה מבעיות מוסריות שונות. במובנים רבים הנזיר בעת הזו היה דומה יותר לאדם בעל תפקיד פוליטי ופחות לאדם בעל תפקיד רוחני. עם מינויי של היילדברנד (Hildebrand) לאפיפיור בשנת 1073 התרחשה "הרפורמה הגרגוריאנית" שקראה לחזרה למודל שהציבו ישו והשליחים . כך, גרגוריוס השביעי (Gregory VII) קרא לטיהור רוחני של הכנסייה והחזרתה לעמדת כוח, הטיהור כלל בין השאר לחימה בתופעות של מכירת משרות כנסייתיות בכסף ונישואי כמרים. גרגוריוס קרא להשבת הסדר הישן על כנו תוך הגבלת הסמכויות של הסמכות החילונית והכפפתה מחדש לסמכות הכנסייתית. גרגוריוס סבר שהכנסייה היא הריבון ומקור הסמכות בכל ההחלטות המתקבלות באימפריה הרומית המערבית, והמלוכה אינה אלא גוף מבצע של הנורמות אשר הכנסייה מכתיבה .
התכתיב האפיפיורי (Dictates papea) הוא מסמך בן 27 סעיפים המפרטים את עקרונות הרפורמה שערך גרגוריוס ופורסם בשנת 1075. המסמך מתאר אספקטים דתיים ופוליטיים בסמכותו של האפיפיור ומחזק את היותו בעל סמכות רוחנית ופוליטית עליונה ובעל יכולות ייחודיות "רק האפיפיור רשאי להדיח בישופים או לבטל הדחתם.. הוא רשאי להדיח קיסרים .. אסור לשום אדם לשפוט אותו.. הכנסייה הרומית לא טעתה מעולם ואף, כפי שמעידים כתבי הקודש אינה יכולה לטעות לעולם.." (התכתיב האפיפיור, סעיפים 3, 12, 19 22).
הסוגיה של מינוי אנשי הדת הייתה שורש המחלוקת בין האפיפיור לבין הקיסר, מחלוקת שכונתה "מאבק האינווסטיטורה" (The investiture controversy) על שם טקס ההסמכה של אנשי הדת. הבישופים היו לא רק בעלי סמכות דתית נרחבת אלא בעלי כוח פוליטי רב, בעיקר בשל היותם בעלי אדמות ואיכרים, ולפיכך בעלי סמכויות שיפוט וגביית מיסים. לכן, שאלת הסמכות למנותם הייתה שאלה משמעותית לא רק בשל האינטרסים הפוליטיים הברורים שמאחוריה אלא גם בשל האופן בו גרגוריוס תפס את תפקידו. בתור שליח האל בעולם, ממשיכו של ישו ושל פטרוס גרגוריוס סבר שזוהי חובתו לקבל החלטות משמעותיות ברחבי האימפריה, שכן רק כך יתקבלו ההחלטות הראויות אשר יובילו למימוש החזון הנוצרי ולגאולת נשמות המאמינים בגן העדן .
בתגובה לתכתיב האפיפיורי הקיסר הגרמני היינריך הרביעי (Heinrich IV) מכנס ועידה בשנת 1076 ושולח אל גרגוריוס מכתב במסגרתו הוא מטיח טענות שונות באפיפיור, בעיקר טענות אישיות הנוגעות לחוסר מוסריותו של גרגוריוס: " אני היינריך המלך בתוקף הסמכה קדושה של אלוהים כותב אל היילדברנד שאינו נזיר אמיתי אלא נזיר מזויף. הנך ראוי לברכה זאת שכן לא יימצא ולו גם דרג אחד בכנסייה אותו לא הבאת לידי אי-כבוד... לא היססת להרים יד נגד הסמכות המלכותית שהוענקה לנו על ידי אלוהים. אדוננו ישו המשיח זימן אותנו אל המלוכה אך לא זימן אותך אל הכהונה אליה הגעת על ידי מרמה, ממון וחרב... אתה אשר אינך ירא את האלוהים מבזה אותי הממונה על ידי האלוהים. אנוכי היינריך, מלך בחסד האל" (מתוך: המכתב של הקיסר היינריך לאפיפיור גרגוריוס). מכתבו של היינריך היה מכתב מתריס למדי, במסגרתו הוא הגדיר עצמו כשליחו האמיתי של האל וקרא להדחתו של האפיפיור, זאת תוך ציון תמיכתם של מרבית בישופי גרמניה בהדחה .
תגובתו של גרגוריוס לקריאת התגר לא איחרה לבוא. הוא הכריז חרם על הקיסר, הדיח את כל הבישופים הגרמנים ושחרר את כל הווסאלים מנאמנותם אל היינריך. כך הוא הצליח להחליש את כוחו של היינריך ולהוכיח את עליונתה של הכנסייה על הסמכות החילונית. השיא של המאבק בין השניים הגיע בשנת 1077 במעמד שכונה לימים "ההליכה לקנוסה" (The walk to Canossa) ואף הפך למטבע לשון המסמך הפסד משפיל. בעוד האפיפיור גרגוריוס שהה בטירתו שבקנוסה, עיר בהרי האלפיים האיטלקיים, הקיסר היינריך הבין שאם לא יתפייס עם גרגוריוס זה יכרות ברית עם מתנגדיו ויחליש אותו עוד יותר. היינריך המתין מספר ימים בשלג לפגישתו עם האפיפיור, אלמנט משמעותי של השפלה ושל הפסד. לבסוף, השניים נפגשו במפגש שתועד רבות על ידי סופרים וציירים של התקופה. כך, מתאר גרגוריוס לנתיניו את המאורע: "שם במעמד מעורר רחמים הוא השליך הצידה את בגדי מלכותו, נשאר עומד לפני השער יחף, ולא חדל להתחנן בדמעות לעזרה ולנחמה. אכן, רבים תמהו על הקשיחות הבלתי רגילה של ליבנו, לבסוף משגברה עלינו כנות חרטתו ותחנוניו המתמידים, התרנו עבותות החרם וקיבלנו אותו חזרה" (מתוך: המכתב של האפיפיור גרגוריוס לנתיניו).
מאורע זה לא הביא לסופה של המתיחות בין השניים ובוודאי לא לסוף "מאבקי האינווסטיטורה" והמתיחות שבין הסמכות החילונית לסמכות הדתית. סיומו של המאבק מתוארך לשנת 1122 עם פרסום ה"קונקורדט של וורמס" (Concordat of Worms) אשר הגדיר מחדש את חלוקת הסמכויות. עם זאת, השאלה של הסמכות והיחס בין הדת והשלטון נותרה מורכבת וסבוכה באימפריה הרומית המערבית לאורך כל ימי הביניים. במובנים רבים הרצון להפריד את התחומים וליצור שתי מערכות מקבילות לא צלח, שכן מאבקי כוח ושאלות מוסריות גרמו לכך שכל סמכות "כרסמה" בתחומי האחריות של הסמכות השנייה ואף דמתה לה .
המודל הנוצרי: ביזנטיון.
עם התנצרות האימפריה הרומית במאה ה-4 לספירה האימפריה המזרחית נקטה בגישה שמזכירה את המודל המוסלמי בכל הנוגע ליחסי הדת והשלטון. החיבור ההדוק בין הדת לשלטון התבטא בדמותו של הקיסר הביזנטי שנתפס כמיישם התוכנית האלוהית בעולם. הקיסר היה גם הכהן הגדול וגם מקור החוק והשלטון והנצרות נתפסה כדבק המלכד של האימפריה .
אמברוזיוס, (Ambrose), בישוף והוגה מרכזי בנושא יחסי הדת והשלטון מתאר את המצב באימפריה המזרחית במאה ה-4 כך: "היכן שמעת הו אימפרטור רב חסד שאנשים שמחוץ לכנסייה יוכלו לשפוט בישוף בענייני אמונה? תן לאנשים שמחוץ לכנסייה להשמיע את טענותיהם, והבישופים יקשיבו להם. תן לבישופים ללמוד מאנשים שמחוץ לכנסייה. אך, ללא צל של ספק, כשאנו מעיינים בכתבי הקודש או בדברי הימים, מי יכול לשלול את העובדה כי בענייני אמונה, אני אומר בכל הנוגע לאמונה, הוטל על הבישופים לשפוט את האימפרטורים הרומיים ולא להישפט על ידם" (מכתבו של אמבורזיוס לוולנטיניאנוס). כך, אמברוזיוס מתנגד לחוסר ההפרדה בין המערכת החילונית לזו הדתית באימפריה הרומית במזרחית.
התקופה המודרנית.
במדינות רבות כיום נהוגה הפרדת דת ומדינה ברמות שונות. עם זאת עדיין קיימות מדינות בהן שולטת הדת והמדינה כפופה לה, דוגמת איראן.
מניעים לדיון בנושא.
להלן מספר סיבות התומכות בהפרדת הדת מן המדינה:
חילוניות מול שלטון הדת (תאוקרטיה).
חילוניות היא האמונה שמוסדות המדינה צריכים להיות חילוניים. כלומר, העדרה של דת מדינה, אי העדפת דת אחת על פני האחרת, ואי קיומם של מניעים דתיים לפעולותיהם של הפוליטיקאים. במדינה חילונית, לדתות אין כל כוח פוליטי או השפעה פוליטית על הממשלה. רבות מן הדמוקרטיות המערביות מעניקות חשיבות רבה להפרדת הדת מן המדינה. לחלקן, כגון ארצות הברית וקנדה, אף יש סעיפים מיוחדים בחוקה שפורשו כאיסור על הממשלה להעדיף דת אחת על פני האחרת.
בדמוקרטיות אחרות, כגון בריטניה, קיימת דת מדינה אך השפעתה מוגבלת ולא נוגעת כמעט לשוויון בין האזרחים. במדינות כאלו ייתכן שראש הממשלה או ראש המדינה, או אישים בכירים אחרים, יידרשו לפי חוק להיות בני הדת המוגדרת כדת מדינה.
קצהו השני של הספקטרום היא התאוקרטיה: מדינה בה אין כלל הפרדה בין דת ומדינה, ובה החוק והמשפט מבוססים על פירוש טקסטים דתיים, כגון התנ"ך או הקוראן. מדינות כאלו הן למשל ערב הסעודית, איראן והוותיקן. במדינות כאלו מנוהלים עסקי המדינה על ידי סמכות דתית או נציגיה המורשים. האזרח בתיאוקרטיה אמור להיות בן דת המדינה מתוקף היותו אזרח, ונדרש חוקית להאמין ולקיים מצוות דת זו.
אף על פי שהם דוגלים במדינה נייטרלית מבחינה דתית, בדרך כלל אין החילונים חושבים שעל המדינה להתנגד לדת. בכל זאת האשימו ביקורות דתיות מסורתיות את החילוניות כאתאיזם. אלו שהאמינו כי למדינה מחויבויות דתיות, או שעליה להישמע לערכים דתיים, החשיבו בדרך כלל את החילוניות כאתאיזם או אי-דת.
מספר פילוסופיות פוליטיות, כגון המרקסיזם, מתנגדות ככלל לדת, ורואים בהשפעתה על המדינה והחברה גורם שלילי. מדינות הדוגלות רשמית בגישה זו, כגון מדינות הגוש המזרחי במזרח אירופה, יהיו אתאיסטיות באופן רשמי, וירדפו מי שיאמין בדת כלשהי. כיוון שמצב של אתאיזם מדיני נדיר מאז נפילת הגוש הקומוניסטי, לרוב לא מדובר עליו, והדיון נסוב בעיקר בין אלו המצדדים בחילוניות לבין אלו המצדדים בשלטון הדת.