בסוף שנות ה-20 נקלע מטבח הפועלים שהוקם על ידי ליפקה ליבשיץ לקשיים כספיים בגלל המשבר הכלכלי, ומפני שליבשיץ לא היה יכול לשאת מראה פועל עברי רעב והאכילם ללא תשלום. בתחילת שנות ה-30 פשט רגל. חושי, שהבין את המשמעות הפוליטית של בסיס כוח הנשען על מקום המספק ארוחות לאלפי אנשים ביום (בשיאו הסעיד מטבח הפועלים החיפאי 8,000 איש ליום), והבין במסעדנות, שכנע את ליבשיץ לפנות להסתדרות ולהפוך את מטבח הפועלים לחברת בת של חברת העובדים.
מזכיר מועצת פועלי חיפה.
בשנת 1932 נבחר אבא חושי לתפקיד מזכיר מועצת פועלי חיפה (תפקיד שאותו מילא עד שנת 1950).
הוא האמין שעל מועצת הפועלים לקיים קשר עם כל פועל ופועלת המתגוררים בתחום השיפוט של המועצה (דהיינו בתחום העיר חיפה), ודאג שבכל מקום עבודה יוקמו ועדי עובדים (במקומות העבודה הקטנים נבחרו "נאמנים"), אשר דאגו לקשר בין פועלי מקום העבודה לבין ההסתדרות. פעולותיו של אבא הביאו לגידול רב במספר הפועלים בארגונים השונים.
מאבקים בענף הבנייה.
בשנת 1934 נעשה ניסיון מצד קבלנים עבריים בעיר להעסיק פועלים ערבים שהיו זולים יותר ולא פועלים עבריים. ההסתדרות הגיבה בשביתות פועלים ובמשמרות מחאה. שיא העימותים היה בבית בורובסקי – הקבלן העביר את הבנייה לפועלים ערבים בלבד, ולא "שריין" מקומות עבודה לפועלים יהודיים. בתגובה שלח חושי לבניין משמרות של פועלים, שהפריעו למהלך העבודה. הקבלן התלונן במשטרה והפועלים נאסרו, אולם חושי המשיך לשלוח פועלים שיפגינו. 684 ימים שמרו הפועלים בכניסה לאתר הבנייה, והשובתים השונים ישבו בסך הכול 2259 ימי מאסר. בסופו של המאבק נכנע הקבלן והתחייב להעסיק פועלים עבריים המאוגדים במועצת הפועלים.
דאגה למחוסרי העבודה.
בשל המשבר הכלכלי שהיה בארץ ישראל בשנות ה-30 דאג חושי למצבם של הפועלים המובטלים בעירו. כמזכיר מועצת הפועלים שכנע את חברי המועצה לקיים בעיר מנגנון הדואג למובטלים על ידי גיוס ימי עבודה במקומות העבודה וחלוקתם; משמעות הדבר הייתה שפועלים במקומות העבודה הקבועים ויתרו על עבודות מסוימות, והן ניתנו למובטלים. שיטות אלה היו שונות מהמקובל במועצות פועלים אחרות בארץ. בין היתר כפתה המועצה על פועלים צעירים ובעלי סיכויים גבוהים למצוא מקום עבודה חליפי לוותר על מקום עבודתם לטובת פועלים מבוגרים שאיבדו את מקום עבודתם.
ארגון "הפועל".
אחת הפעולות הראשונות שיזם אבא חושי בחיפה הייתה הקמת ארגון הספורט "הפועל" בחיפה. הוא נעזר בחברי ארגון זה, שנקראו פלוגות הסדרן, על מנת לשמור על מוסדות ההסתדרות ועל ציות למוסדות ההסתדרות ולמועצת הפועלים. הוא תמך בקבוצת הכדורגל של הארגון בעיר, הפועל חיפה. חושי לקח חלק ביחסים המתוחים בין הפועל ומכבי בחיפה. הוא ביקר את מכבי על שהיא הולכת במסלול של מעבר לספורט מקצועני במקום להתרכז בספורט עממי בלבד. אולם באוגוסט 1927, כחבר מרכז הפועל, הוא חתם על הסכם שיתוף פעולה בין הפועל ומכבי.
הבאת פועלי הנמל הסלוניקאים לחיפה.
עם הקמת נמל חיפה שכנע ברוך עוזיאל, יוצא סלוניקי שהתגורר בחיפה, את מועצת הפועלים להעלות פועלים סלוניקאים לחיפה, במטרה שמרבית פועלי הנמל יהיו פועלים עבריים. בעקבות פנייתו של עוזיאל נסע חושי לסלוניקי שביוון, והצליח לשכנע פועלי נמל יהודיים לעלות עם בני משפחותיהם ארצה. לאחר ביקורו בסלוניקי הוא כתב בדיווחו לוועד הפועל של ההסתדרות:
בעקבות הצלחתו נסע חושי לפולין והצליח להלהיב סבלים יהודיים לעלות לארץ ולעבוד בנמל. עלייתם של פועלי הנמל מסלוניקי הביאה להעברת רוב עבודות הנמל בחיפה לידי היהודים, ואפשרה את הפעלת הנמל והמשך הייצוא של התוצרת היהודית בארץ בתקופת מאורעות תרצ"ו-תרצ"ט. ב-1 במאי 1936 משהיה חשש שהפועלים הערביים ישביתו את הנמל, הורה חושי שהפועלים יעבדו באחד במאי על אף היותו חג הפועלים, ונמנעה השבתה של הנמל. ב-8 באוגוסט 1936 הפסיקו הפועלים הערביים לבוא לעבודה בנמל, והנמל הופעל על ידי פועלים יהודיים בלבד במשך מספר חודשים.
היחס לאוניות הגרמניות בנמל חיפה.
ב-29 בדצמבר 1938, תוך כדי הטענת פרי הדר על האונייה הגרמנית "במברג" בנמל חיפה, אמר הקצין השני באונייה לאחראי על הטענת הפרי כי "ליהודים אין כל מקום בעולם, אפילו לא בקוטב הצפוני, ... הדרך היחידה היא לשלוח את כל היהודים 'לעולם השני'". הפועלים היהודיים ששמעו את דבריו העבירו את הדברים ליתר הפועלים בנמל, ובהמשך הודיעו אלה על האירוע למזכירת מועצת פועלי חיפה והוחלט להשבית את העבודה. נציגי מועצת פועלי חיפה הורו גם לפועלים הערביים בנמל להפסיק לעבוד, ונמל חיפה הושבת. אבא חושי הודיע לדב הוז, ראש המחלקה המדינית בסוכנות, על ההחלטה שלא להמשיך ולטעון אוניות גרמניות בנמל חיפה. דוד הכהן הודיע לו על התנגדותו למהלך, מאחר שלא התקבל על ידי מוסדות היישוב הרשמיים, אולם הוועד הפועל של ההסתדרות הכללית אישר את המהלך.
למחרת, ב-30 בדצמבר פנה קונסול גרמניה בעיר לבאי-כוח התאחדות עולי גרמניה בחיפה וביקש מהם שישפיעו על חושי לחדש את הטעינה. הקונסול הגרמני הודע שהקצין השני הגרמני יתנצל וייענש, אולם אבא חושי הודיע כי לא תחודש הטענת אוניות גרמניות בנמל, והאונייה הפליגה לגרמניה ריקה.
על מנת לא לפגוע באינטרסים של היישוב היהודי בארץ, פנה חושי באותו יום ל"מרכז פרי הדר יפו" בבקשה למצוא אוניות חלופיות למשלוח פרי ההדר לאירופה, וכתב להם:
טיפוח קשרים עם הערבים והדרוזים.
ברית פועלי ארץ ישראל.
בשנת 1927 התקיימה הוועידה השלישית של ההסתדרות, ובה הוחלט לעודד את שיתוף הפעולה בין הפועלים היהודים והערביים ולהקים לצורך זה את ברית פועלי ארץ ישראל. חושי היה פעיל בסניף החיפאי של ברית זו, וסייע לפועלים הערביים בעיר לשבות על מנת להעלות את שכרם ולשפר את תנאיהם. מועצת פועלי חיפה עזרה להצלחת השביתות, הפועלים היהודיים תרמו ימי עבודה על מנת לסייע לשובתים ומועצת הפועלים עזרה לשביתות במימון ובייעוץ משפטי, אולם הארגון הערבי המקביל להסתדרות – אגודת הפועלים הערבית הפלסטינית – התנגדה לברית פועלי ארץ ישראל, ובכנס של אגודת הפועלים הערבית הוחלט שלא לשתף פעולה עם ברית זו.
במהלך פעולותיו קשר חושי קשרי ידידות עם ערבים, דרוזים ובני עדות אחרות המתגוררים בחיפה ובקרבתה.
כמו כן פעל אבא חושי לשם יצירת קשרים עם הדרוזים בארץ ישראל, בסוריה ובלבנון. הוא ביקר פעמיים בהר הדרוזים, בשנת 1937 ובאוגוסט 1938, ויצר קשרים ידידותיים עם מנהיג הדרוזים סולטאן אל-אטרש (שהנהיג את המרד נגד הצרפתים בסוריה). יחד עם יצחק בן-צבי (לימים נשיא מדינת ישראל) הגיע חושי לסיכום עם סולטאן אל-אטרש על שיתוף פעולה בין הדרוזים ובין היהודים. מסופר שהשייח' הדרוזי, חסן אבו רוקן, הסתיר את חושי בבית דרוזי מפני הבריטים למשך שלושה ימים, הלבישו בלבוש אישה דרוזית והבריח אותו מעספיא להר הדרוזים, שם התארח בבית משפחת אל-אטרש. בתקופת מאורעות תרצ"ו-תרצ"ט התקשרו איתו דרוזים מהר הכרמל, שסבלו מידי הכנופיות הערביות, וסוכם על שיתוף פעולה ביניהם לבין "ההגנה".
באוגוסט 1939 התארח לסעודה חגיגית בכפר עראבה (נפת ג'נין) בהזמנת ראשי "חבורות השלום" שלחמו במורדים בזמן המרד הערבי הגדול.
1945 - 1948.
סיוע להגנה.
בשל מעמד ההסתדרות בחיפה והכוח הרב שהיה לה בקרב תושבי העיר, אירעו חיכוכים בין פלוגות הפועל לבין "ההגנה". 'פלוגות הסדרן' אבטחו בחיפה את מוסדות ההסתדרות ואת מנהיגיה, בייחוד כאשר היו חיכוכים בין ההסתדרות ומפלגות הפועלים לבין התנועה הרוויזיוניסטית וצעירי בית"ר. תפקיד זה שמילאו פלוגות הסדרן בחיפה חפף למעשה את תפקידי "ההגנה", שנועדה להגן על מוסדות היישוב הציוניים. אבא חושי הציע שפלוגות הסדרן יתקבלו בשלמותן, על מפקדיהן, ל"הגנה", אולם הנהגת "ההגנה" לא אהבה הצעה זו.
בעקבות תפיסת אניית המעפילים "אנצו סרני", ועליה 908 מעפילים, והבאתה לנמל חיפה בלילה ה-18 בינואר 1946, חששה "ההגנה" כי המעפילים יוחזרו לאיטליה. בהתערבותו של חושי ובעזרת קשריו, הסכימו הבריטים שהמעפילים יועברו לעתלית ושם יישארו במחנה המעפילים עד שיימצאו עבורם רישיונות עלייה.
בעקבות אירוע זה גבר שיתוף הפעולה בין אבא חושי ל"הגנה" לזמן קצר, אולם עם מינויו של משה זליצקי למפקד מחוז חיפה של "ההגנה" שוב הורעו היחסים בין ארגון "ההגנה" למועצת פועלי חיפה.
השבת השחורה.
בשנת 1946, לאחר ליל הגשרים, בו חיבלו יחידות הפלמ"ח באחד עשר גשרים שחיברו את ארץ ישראל עם מדינות הסביבה, החליטו הבריטים בשבת השחורה (29 ביוני 1946) לאסור את מנהיגי היישוב. אבא חושי, חבר ועדת המצב בחיפה, נכלל ברשימת המועמדים למעצר, אולם מאחר שתכנן לנאום בפני פועלים בנתניה באותו היום, שהה בפנסיון בנתניה והבריטים לא הצליחו למוצאו. מששמע על המעצרים הצליח להתחבא בבית הבראה של קופת חולים, ומאוחר יותר הסתתר במקומות מסתור נוספים ובהם פנסיון בודנהיימר ובתי חברים בחיפה. לאחר שחרור עצורי "השבת השחורה", ב-6 בנובמבר 1946, חזר לפעילותו הציבורית הגלויה.
הקמת המדינה.
גם במלחמת העצמאות שמרו כל העת כפרים דרוזים, בהם עספיא ודלית אל-כרמל שליד חיפה, על השקט ועל שיתוף הפעולה עם אבא חושי ו"ההגנה". למרות הקשרים של חושי (ושל אחרים, כמו דב הוז) עם הדרוזים, ובניגוד לעמדתו של מנהיג הדרוזים סולטאן אל אטרש, פעל גדוד דרוזי מסוריה בתחילת מלחמת העצמאות נגד קיבוץ רמת יוחנן; אולם לאחר מכן התפרק הגדוד, והדרוזים (לרבות חלק מקציני הגדוד שמסוריה) הצטרפו כלוחמים לצד "ההגנה".
עד לכיבוש העיר התחתית על ידי "ההגנה" דאגה "ועדת המצב" של חיפה בהשתתפות חושי לשיכון הפליטים היהודיים אשר נטשו את בתיהם בעיר התחתית, ולהקמת חומות מגן ברחובות שגבלו בשכונות הערביות.