בפעילותם כקונסולים פעלו קראסוס ופומפיוס להחלשת כוחו של הסנאט - הם ביטלו את ההגבלות שהטילו הרפורמות של סולה על הטריבונים והחזירו את כוחה של המשרה למצבה לפני הרפורמות, הם ביטלו את הבלעדיות של מעמד הסנאטורים לכהן בבתי המשפט על ידי חוק שחייב צירוף חברים ממעמד הפרשים לחבר השופטים. כמו כן הם החיו מחדש את משרת הקנסור שלא הייתה מאוישת מאז שנת 86 לפנה"ס. עם סיום כהונתו כקונסול בחר פומפיוס שלא לקבל פרובינקיה למשול בה ובמקום זאת העדיף להיות זמין ולחכות שפיקוד צבאי חשוב "יצוץ" ודבר זה אכן קרה בשנת 67 לפנה"ס.
מסעותיו במזרח.
הדברת שודדי הים.
בשנת 67 לפנה"ס שנתיים לאחר שסיים את תפקיד הקונסול, קיבל על עצמו פומפיוס את לכידתם של שודדי הים במזרח הים התיכון. הדבר התאפשר אחרי מאבק פוליטי מר. טריבון הפלבס אולוס גביניוס העביר חוק לקס גביניה לפי אדם אחד יקבל פיקוד על כוחות צי וצבא להתמודד עם איום שודדי הים. הדבר היה חסר תקדים ואויביו הפוליטיים מקרב האופטימאטים זעקו מרה. הבעיה מבחינתם הייתה הענקת אופציה לזכות ביוקרה פוליטית רבה כל כך למנצח יחיד של מערכה גדולה, במיוחד שפומפיוס צבר כבר יוקרה רבה בזכות ניצחונותיו הקודמים.
על פי הצעת החוק לא ננקב שמו של פומפיוס באופן מפורש, אך היה ברור לכל שהוא זה שיקבל את המינוי בזכות התמיכה הציבורית הרבה. חרף התנגדות האופטימאטים זכה בסופו של דבר פומפיוס במינוי. הוא קיבל אימפריום בכל רחבי הים התיכון וחמישים מילים מהחופים, כמו כן הוא קיבל שליטה על צי גדול, סכומי כסף נכבדים, כוחות רגלים ופרשים גדולים ורשות לבחור מצביאים כראות עיניו.
מלחמת מיתרידטס השלישית.
משהסתיימה משימתו לא שב פומפיוס לרומא. טריבון הפלבס גאיוס מאנילוס יזם העברת חוק שהעניק לפומפיוס את המשך הפיקוד במלחמת מיתרידטס השלישית. המצביאים שפיקדו על הכוחות הרומאים עד כה: לוקולוס, מאניוס אקיליוס גלבריו (Manius Acilius Glabrio) וקווינטוס מרקיוס רקס (Quintus Marcius Rex) היו אמורים לעבור תחת פיקודו. לוקולוס שזכה בניצחונות מזהירים נגד מיתרידטס השישי, מלך פונטוס וטיגרנס הגדול, מלך ארמניה היה הממורמר מכולם. לוקולוס הרגיש שניצחונו נגנב ממנו ברגע האחרון ועשה ככל העולה בידיו כדי להתנגד לחוק המוצע, אך תומכי החוק טענו שלוקולוס מאריך את המלחמה שלא לצורך. לוקולוס כבר איבד חלק מהפיקוד שלו בגלל תככי הפובליקנים (גובי המיסים) שלא היו מרוצים מיחסו כלפיהם. הורטנסיוס וקווינטוס לוטאטיוס קאטולוס (Quintus Lutatius Catulus) התנגדו, אך ללא הועיל. לוקולוס נותר ללא בעלי ברית חזקים ואיבד את הפיקוד באופן סופי.
במהלך מסע מלחמה זה הביס פומפיוס את מיתרידטס השישי והפך את ארצו לפרובינקיה רומית. כן הביס את טיגרנס מלך ארמניה, ואת אנטיוכוס ה-13 מלך הממלכה הסלאוקית, והפך את הממלכה הסלאוקית לפרובינקיה רומית בשם סוריה. סגניו היו אולוס גביניוס, מטלוס וסקאורוס.
כן חקר את אזור הקווקז והגיע עד לשפת הים השחור, תוך כדי שהוא מנהל רישומים באשר לגאוגרפיה, הפוליטיקה והמשאבים הטבעיים של האזור.
כיבוש ירושלים.
לאחר מותה של המלכה החשמונאית שלומציון, בשנת 67 לפנה"ס, נחלקה הארץ לשני מחנות יריבים. מן הצד האחד בנה יוחנן הורקנוס השני, ועמו אנטיפטרוס האדומי יועצו, ומן הצד האחר בנה יהודה אריסטובולוס השני, כאשר כל אחד מן הצדדים הניצים שואף לקבל לעצמו את המלוכה.
אריסטובולוס התבצר בירושלים, וכוחותיהם של הורקנוס ואנטיפטרוס, הנעזרים בחרתת מלך הנבטים צרו על העיר. באותה העת היה בסוריה שר צבאו של פומפיוס, סקאורוס. סקאורוס שמע על האירועים בירושלים, וראה בכך שעת הזדמנות להגדיל את עושרו וכוחו של אדוניו. הוא עלה על ירושלים, ושם פנו אליו שני האחים כי יסייע בעדם. אריסטובולוס שיחד את סקאורוס בשוחד כספי רב, וסקאורוס הכריח את הנבטים לסגת מן העיר, ובדרכם חזרה הכה אותם אריסטובולוס.
בינתיים הגיע פומפיוס עצמו לאזור. בישבו בדמשק באו בפניו שלוש משלחות לשטוח את טענותיהן באשר לנעשה ביהודה. משלחתו של אריסטובולוס, משלחתו של הורקנוס, ומשלחת שלישית מאת "העם" אשר דרשה את הסרת שלטון בית חשמונאי, והחזרת שלטונם של הכהנים הגדולים. פומפיוס נמנע מלהכריע במריבה, וירד עם חייליו לירושלים.
פומפיוס הטיל על העיר מצור. יוסף בן מתתיהו כותב כי אריסטובולוס רצה בתחילה להיכנע לצבאו של פומפיוס, אך תומכיו סירבו להכניס את פומפיוס אל העיר. פומפיוס אסר את אריסטובולוס, ובשנת 63 לפנה"ס כבש את העיר ואת בית המקדש, לאחר מצור שנמשך שלושה חודשים. העיר עמדה כנגד כוחותיו של פומפיוס בגבורה, אך פומפיוס ניצל את מנוחת מגיני העיר בשבת, בנה סוללה על פני הערוץ העמוק שהפריד בין צפון העיר ובין חומותיו הצפוניים של הר הבית, וכבש את העיר. באירוע זה נהרגו שנים עשר אלף יהודים. פומפיוס קיבל גם סיוע מתלמי השנים עשר מלך מצרים התלמיית, ששלח אליו שמונת אלפים פרשים כדי לסייע לו בקרבות.
לאחר כיבוש בית המקדש, חילל פומפיוס את הקודש ונכנס אל קודש הקודשים מקום בו הורשה רק הכוהן הגדול לשהות. פומפיוס נמנע מלבזוז את אוצרות המקדש, ויום לאחר כיבוש המקדש, הורה לטהר את המקום שחולל, ולהמשיך בעבודת המקדש.
כניסתו של פומפיוס לירושלים מסמנת את סופה של עצמאות יהודה בארצו תחת בית חשמונאי.
פומפיוס הכריז על הורקנוס כאתנארך ("ראש העם" תואר נחות מן התואר "מלך"), אך הכוח האמיתי בממלכה ניתן לאנטיפטרוס האדומי. יהודה לא הפכה לפרובינקיה ולא הושם עליה נציב, אך הושת עליה מס. הערים ההלניסטיות שנכבשו על ידי החשמונאים, מימי יונתן הוופסי עד לימי אלכסנדר ינאי, כבית שאן ויפו נגרעו מן הממלכה. בכך הייתה פגיעה חמורה מאוד בממלכה החשמונאית. המדיניות הרומית באזור לשנים הבאות נקבעה - תמיכה ביושבי הארץ ההלניסטים אל מול היהודים, והושבת נאמנם של הרומאים כשליט ביהודה.
תהלוכת הניצחון ברומא.
פומפיוס שב לרומא בסוף שנת 62 לפנה"ס וזכה לטריומף נוסף אותו חגג ביום הולדתו ה-45. אירוע זה, במהלכו חולקו לעם מתנות ותשורות כספיות, היה מאורע בלתי נשכח בתולדות רומא, שהגביר את הפופולריות של פומפיוס. שני ימים הוקדשו למצעד, ותהלוכה של שלל, שבויים, צבא ודגלים מילאה את הרחובות המובילים למקדשו של האל יופיטר:
חוץ מהטריומף זכה פומפיוס בגינוני כבוד רבים נוספים כגון האישור ללבוש את בגדי הטריומפטור גם מחוץ למצעד הניצחון וגינוני כבוד נוספים.
הטריומווירט.
לאחר סדרת ניצחונות צבאיים שלא היה לה תקדים בתולדות רומא, החליט פומפיוס לנהוג על פי הדינים והמנהגים, ולנסות להרגיע את מתנגדיו שטענו כי הוא שואף לשלטון יחיד. הוא פירק את לגיונותיו והחל בחיי פוליטיקאי רומי מן השורה. לשם כך נזקק לאדמות על מנת לשכן בהם את ותיקי גדודיו ולקיים את הבטחותיו מימי המלחמות. הסנאט לא סייע בידו במשימה זו. לעזרתו נחלץ בעל ברית בלתי צפוי, קראסוס, האיש העשיר ביותר ברומא, אשר בעבר שימש לצדו כקונסול, והיה עד אז אויבו בנפש. עד מהרה התייצב לצד שני אלו יוליוס קיסר, אשר שב מספרד, שם שימש כמושל, וחיפש לעצמו את משרת הקונסול. שלושתם הקימו את מה שמכונה הטריומווירט הראשון, ברית בלתי רשמית. סווטוניוס כותב כי דבר לא נעשה ברומא מבלי ששלושתם כאחד יסכימו לו, אם כי זאת הגזמה. סוכם כי כספו של קראסוס והשפעתו של פומפיוס יקנו לקיסר את משרת הקונסול, והוא יקדם את ענייניהם של שותפיו במסגרת משרתו. על מנת לחזק את הברית השיא קיסר את בתו היחידה, יוליה, לפומפיוס המבוגר ממנה בהרבה. למרות הבדלי הגילים היו נישואים אלו נישואי אהבה.
בשנת 59 לפנה"ס מונה פומפיוס למושל הפרובינקיה היספניה אולטריור ("ספרד הרחוקה"), אך נותר ברומא ושלט בה באמצעות שליחים. הוא לקח את האחריות על אספקת התבואה לעיר ואף בנה תיאטרון גדול. בשנת 56 לפנה"ס התכנסו הטריומווירים בלוקה, ובמהלך הכינוס הוחלט שפומפיוס וקראסוס ירוצו לכהונת הקונסול. פומפיוס אכן נבחר בשנת 55 לפנה"ס לקונסול כשקראסוס לצדו. השניים האריכו בחמש שנים את כהונת קיסר כפרוקונסול בגאליה על מנת לאפשר לו לסיים את מלחמתו שם, שהתחילה עוד בשנת 58 לפנה"ס.
לאחר כל אלו יצא קראסוס למלחמה בפרתים ונהרג בקרב חרן. מותו הותיר את קיסר ואת פומפיוס כשותפים יחידים אל מול התנגדות השמרנים בסנאט. בשנת 54 לפנה"ס מתה אשתו האהובה של פומפיוס יוליה בעת לידתה, והותירה את פומפיוס שבור לב, ועורער יסוד הברית בינו לבין קיסר.
מלחמת האזרחים.
פרוץ המלחמה.
לאחר התפרקות הטריומווירט, ביקש פומפיוס להסתייע באופטימאטים, חברי הסנאט השמרנים, שעד עתה היו גדולי מתנגדיו. בשנת 52 לפנה"ס נישא לקורנליה מטליה, בתו של אחד מראשי הסיעה האופטימאטית, מטלוס סקיפיו.
בהשפעתם של האופטימאטים פרסם פומפיוס מספר חוקים, ביניהם חוק הקובע כי ניתן יהיה להעמיד אדם לדין על שוחד בחירות בעבר. חוק זה הכשיר את הקרקע להעמדתו של קיסר לדין עם שובו ממסעות המלחמה שלו בגאליה. קיסר חשש מהעמדה לדין, ואף טרח להעביר את חוק עשרת הטריבונים שהקנה לו אפשרות להתמודד למשרת הקונסול בעודו נמצא מחוץ לרומא, עם צבאותיו בגאליה. קיסר היה זקוק לחסינות שהקנתה משרת הקונסול על מנת שלא לעמוד לדין, אך פומפיוס מנע ממנו להתמודד על המשרה מבלי להיות נוכח ברומא.
פומפיוס במלחמת האזרחים.
בשנת 49 לפנה"ס החליט קיסר, שחשש לגורלו, לבצע מעשה נועז. במקום לחזור לרומא ללא חילותיו ולהסתכן בהעמדה למשפט שעלול להסתיים בהוצאתו להורג, בחר קיסר לעלות על העיר עם חייליו. פומפיוס הורה על נסיגת כוחותיו מן העיר, והותיר אותה בידי קיסר, כשהוא עצמו נמלט לעיר ברינדיסיום (ברינדיזי) בדרומה של איטליה.