בסניף לימדו בין השאר ליטוגרפיה, תחריט ופיסול הצייר דוד בן-שאול, הצייר והפסל אברהם אופק והפסל והצייר דוד פלומבו שעבר להתגורר בהר בשנת 1961.
באותן השנים פעל רבות בהר ציון שמואל זנוויל כהנא (שז"כ), מנכ"ל משרד הדתות, על מנת לבסס את הר ציון כמקום קדוש וכמקום ממלכתי. לראשונה בהיסטוריה קבר דוד היה נתון תחת שלטון יהודי והתקיימו בו טקסים דתיים שונים בניצוחו ובעידודו של שז"כ. כמו כן, באותן השנים קם בהר ציון מרתף השואה, האתר הראשון להנצחת השואה, ביוזמתו ובעידודו של שז"כ. גג קבר דוד זכה לכינוי "מצפה הר הבית" ומדי שנה בתשעה באב ובחגים מרכזיים נהגו יהודים לעלות לשם כדי לצפות לעבר הר הבית והר הזיתים, מקומות אשר היו תחת שלטון ירדני ולא היו נגישים באותה תקופה. בשנת 1962, הציע שמואל זנוויל כהנא להקים רכבל להר, אך ראש עיריית ירושלים, מרדכי איש שלום, התנגד לרעיון מחשש לפגיעה בנוף ההר.
העלייה להר ציון הייתה אז דרך שביל עפר תלול, שטיפס מתחתית גיא בן הינום, וההולכים בו היו נתונים לסכנת ירי מידי חיילי הלגיון הירדני שעמדו על החומות. בשנת 1964 נסלל כביש גישה אל ההר, "כביש האפיפיור". הכביש, שעבר בשטחי ההפקר, נסלל בהסכמת הירדנים, לקראת ביקור האפיפיור פאולוס השישי בהר ציון. הכביש שימש לאחר הביקור לתנועת ישראלים.
במוצאי שבת, 13 באוגוסט 1966, נהרג הפסל והצייר דוד פלומבו, שהתגורר בהר ציון, בעקבות תאונת דרכים כאשר הקטנוע שעליו רכב נתקל בשרשרת למניעת מעבר כלי רכב בשבת, שהוצבה מטעם משרד הדתות במורד כביש האפיפיור. הוא הועבר לבית החולים ביקור חולים ומשם לבית החולים הדסה, שם נפטר. חודשים ספורים לאחר מותו נפתח "מוזיאון דוד פלומבו" הממוקם בסדנת עבודתו בהר ציון.
לאחר איחוד העיר.
בדצמבר 1967 עברה ישיבת התפוצות להר ציון, ביוזמת שמואל זנוויל כהנא. הישיבה השתכנה במספר מבנים, ביניהם מבנה ששימש כבית כנסת ספרדי, ומבנה בו ממוקם גם מרתף השואה.
מסורות דתיות.
קברו של דוד המלך.
המסורת היהודית העיקרית הקשורה בהר ציון קשורה בקבר המזוהה עם קברו של דוד המלך, שעל פסגתו. בתנ"ך נכתב עיר דוד היא חלק מהגבעה המזרחית של ירושלים המקראית, לעומת ההר הנקרא כיום 'הר ציון' שנמצא בגבעה המערבית. ועל פי זה טען הרב טיקוצ'ינסקי שקבר דוד מצוי בעיר דוד ולא ב'הר ציון'. המקורות הכתובים הראשונים הקושרים את ההר לדוד המלך הם מן התקופה המוסלמית הקדומה. בחפירות ארכאולוגיות שנערכו באתר בשנות ה-80 על ידי גבריאל ברקאי, התגלתה במרחק מה מערת קבורה המתוארכת לימי מלכי יהודה, אך לא ניתן לזהותה בוודאות כקברו של דוד המלך.
המוסלמים מכנים את המקום "קבר הנביא דוד" (قبر النبي داود "קבּר א-נבּי דאוד"), ואת המתחם שסביבו, שבו נמצא כיום בית כנסת, "מקאם נבי דאוד" (مقام نبي داود), כיוון שדוד המלך נחשב באסלאם כנביא.
הסעודה האחרונה.
מסורת ששורשיה בתקופה הביזנטית הצביעה על הר ציון כמקום בו התקיימה הסעודה האחרונה, כמתואר בברית החדשה. בעקבות השתרשותה של מסורת זו, הקימו הצלבנים כנסייה על קברו של דוד המלך הקיימת עד היום ונושאת שם זה. מבחינה גאוגרפית אין היגיון בקביעה זו, ונראה כי ביטאה את הרצון לקשור את דוד לדמותו של ישו, שמזוהה בברית החדשה כצאצא של דוד המלך, ונתפס כ"משיח בן דוד".
ירידת רוח הקודש על השליחים.
לפי המסורת הנוצרית שליחיו של ישו התכנסו באותו חדר בו התקיימה הסעודה האחרונה לחגוג את חג השבועות שחל חמישים יום לאחר חג הפסח. במעמד זה ירדה רוח הקודש בצורת לשונות של אש על השליחים והם התחילו לדבר בלשונות שונות על מנת להפיץ את תורתו של ישו. אירוע זה מסמל את לידת הכנסייה ומצוין בחג הפנטקוסט.
בית קיפא הכהן.
בתקופה הביזנטית החלו להתפתח מסורות נוצריות בהר ציון, דבר שהקנה לו חשיבות רבה, עד כדי הקפתו בחומה והכללתו בתחומי העיר. באותה תקופה החלו לזהות בשיפולי ההר את בית קיפא הכהן, אשר על פי הברית החדשה כינס את הסנהדרין בביתו ושם התקבלה ההחלטה להסגיר את ישו לרומאים. ספק אם קיפא אכן התגורר בהר ציון, וסביר יותר שחי בקרבת בית המקדש, בתחומי הרובע היהודי של היום.
התכחשותו של פטרוס.
באותו אתר זוהה גם המקום שבו פטרוס התכחש לישו שלוש פעמים לאחר שהוסגר לידי הרומאים:
אירוע זה מונצח היום בכנסייה מודרנית הנקראת פטרוס אין גליקנטו ("פטרוס של קריאת התרנגול" - בלטינית: גליס=תרנגול, קנטו=קריאה).
תרדמתה של מרים.
מסורת מהתקופה הביזנטית שהתעצמה בתקופה הצלבנית קושרת את תרדמתה של מרים להר ציון. על פי מסורת זו, מותה של מרים אם ישו לאחר שנרדמה. המסורת הנוצרית מזהה את הר ציון כמקום שבו נרדמה מרים לנצח, ולאחר מכן הועברה לקבורה בקבר מרים שבתחתית נחל קדרון (מסורת אחרת מצביעה על קברה באפסוס שבטורקיה). כנסיית דורמיציון הבנדיקטינית-גרמנית מציינת היום את המסורת זו.
אתרים מרכזיים.
קבר דוד המלך.
קבר דוד המלך הוא האתר היחיד בהר ציון הקדוש ליהדות, לנצרות ולאסלאם. המקום פועל כאתר פולחן יהודי, אשר בקצהו המזרחי חדר לא גדול ובו סרקופג ענק עטוף בפרוכת רקומה. הסרקופג נסמך אל קיר המתוארך על פי מרבית החוקרים לתקופה הביזנטית, אשר במרכזו גומחה הפונה צפונה.על דעת רוב הארכאולוגים הגומחה היא חלק מכנסיית האגיה ציון.  אך לדעת יעקב פינקרפלד הגומחה היא היכל (ארון הקודש) של בית כנסת עתיק ששכן במקום.
חדר הסעודה האחרונה.
חדר הסעודה האחרונה שוכן בקומה השנייה, מעל קבר דוד המלך (הכניסה מסביב, מול כנסיית דורמיציון). על פי מסורת ימי־ביניימית, זהו המקום בו סעד ישו את סעודתו האחרונה. המבנה אופייני לכנסיות צלבניות וכולל קמרונות צולבים וכותרות עמודים בסגנונות שונים. בפינה הדרום-מערבית ישנו גרם מדרגות המוביל אל קומת הקריפטה, בה נמצא קבר דוד.
חדר הנשיא מצפה הר הבית.
על גג חדר הסעודה האחרונה נמצא חדר קטן אשר מיוחס לנשיא יצחק בן צבי. במקור המקום תוכנן עבור הנשיא הראשון, חיים ויצמן אולם רק יצחק בן צבי, הנשיא השני הגיע למקום. מספרים שיצחק בן צבי נהג להגיע במיוחד בחגים ולברך את העולים להר ציון. בתקופת העיר החצויה הגג שימש כתצפית להר הבית ולהר הזיתים אשר לא היו נגישים אז ליהודים ולכן זכה לכינוי מצפה הר הבית. על הגג מוצבת מצבת זיכרון לזכר לוחמי הרובע היהודי שנהרגו בתש"ח.
החומה הראשונה.
החומה הראשונה (מכונה גם החומה הישנה) היא אחת מתוך שלוש חומות חזקות ומבוצרות שנבנו להגנתה של ירושלים. חומה זאת נבנתה בתקופת החשמונאים, אך יסודותיה קדומים יותר והונחו כבר בתקופת בית ראשון. בזמן שיבת ציון שוקמה החומה על ידי נחמיה, ובימי החשמונאים חוזקו ואף נבנו חלקים נוספים ממנה. החומות הנוספות הן: החומה השנייה - נבנתה בסוף תקופת החשמונאים או בימי הורדוס, והחומה השלישית - החלה להיבנות בימי אגריפס הראשון, ובנייתה הושלמה בראשית המרד הגדול.
מרתף השואה.
מרתף השואה השוכן מול קבר דוד מצד מזרח הוא המוזיאון להנצחת השואה הראשון בעולם. המוזיאון הצנוע נחנך בשנת 1948 על ידי הרב שמואל זנוויל כהנא, ששימש כ"מושל הר ציון" באותה עת. הדגש במוזיאון הוא על הנצחת קהילות, ותכניו בעלי אופי חרדי. מרתף השואה מנוהל היום על ידי ישיבת התפוצות.
ישיבת התפוצות.
ישיבת התפוצות (מכונה לעיתים גם ישיבת הר ציון), ישיבה חרדית לבני חוץ לארץ, על הר ציון בירושלים, ליד מתחם קבר דוד.
המרכז הבין-תרבותי לירושלים.
המרכז הבין-תרבותי לירושלים, מוסד המקדם את החזון של ירושלים כעיר כשירה תרבותית ומותאמת לכל התרבויות והזהויות שבה. המוסד נמצא באחד הבתים ההיסטוריים והציוריים שבהר ציון, שהוקם בשלהי המאה ה-19 על ידי משפחת דג'אני, ושבשנות ה-60 וה-70 של המאה ה-20 גרה בו פאולין רוז (Pauline Rose) שאף כתבה ספר על חייה בבית זה ועל החיים בהר ציון לפני ואחרי מלחמת ששת הימים ("Window on Mount Zion"). המרכז הבין-תרבותי לירושלים אחראי על תוכנית ואתר אינטרנט בשם "חלון להר ציון" שמקדם את הר ציון ביחד עם כל המוסדות, הארגונים והפרטים השוכנים בהר.
מעלה השלום.
מעלה השלום הוא רחוב בירושלים שמחבר את כביש 60 עם רחוב מעלות עיר דוד. הרחוב עובר בצד הדרומי של העיר העתיקה, בין החומה לגיא בן הינום. הוא מתחיל בפינה הדרום-מערבית של העיר העתיקה, ממשיך לשער ציון ומסתיים בשער האשפות.
כנסיית דורמיציון.
כנסיית דורמיציון נבנתה בשנת 1906 על ידי הקיסר הפרוסי וילהלם השני, והיא כוללת מבנה עגול בעל גג חרוט אפור ומגדל פעמונים. הקרקע נמסרה לקיסר במתנה מאת סולטאן הטורקי. הוא העניק אותה כמחווה של רצון טוב לקהילה הגרמנית-קתולית בירושלים, (אף כי הגרמנים בעיקרם פרוטסטנטים-לותרנים). האגדה הירושלמית מספרת כי הגרמנים-הקתולים הגיבו במחווה משלהם ועיצבו את מגדל הפעמונים של הכנסייה בדמותו של וילהלם. הכנסייה הוקדשה להנצחת הירדמותה של מריה (לעיל), ולכן המיצג המרכזי בקריפטה הוא פסל של "מריה הישנה", ומעליה פסיפס של נשים הלבושות בסגנון "מקראי", המלוות אותה בדרכה האחרונה. לכנסייה צמוד מנזר ובו חיה קהילת נזירים דוברי גרמנית. הנזירים מפעילים במקום סמינר ללימודי דת בשפה הגרמנית וכן קפיטריה וחנות מזכרות.
תעלת הקשר והרכבל להר ציון.