העניין המשותף של ההבראיסטים הנוצרים ואנשי הרוח היהודים בדקדוק העברי, גרם לשיתוף פעולה ולדיאלוג פורה ביניהם, מבלי שאחד מהצדדים יוותר על המסגרת הדתית בה הוא נמצא, להוציא מקרים חריגים. ככל שגברה התעמקותו של מינסטר בדקדוק העברי, כך גדל הצורך שלו במציאת מדריך שיסייע לו בהבנת נפתולי השפה. עמיתו לעבודה באוניברסיטת היידלברג, זימון גרינאוס (Simon Grynaeus), שהיה פרופסור לשפה היוונית והלטינית, הציג בפניו את עבודותיו של אליהו בחור ששבו את ליבו והניעו אותו ליצור עמו קשר. משנת 1525, החל לתרגם את ספריו של אליהו בחור מעברית ללטינית ולהוציאם לאור בשתי השפות, ובכך תרם לפרסומו של אליהו בחור בקרב ההבראיסטים הנוצרים. במהלך השנים קיים עמו סבסטיאן מינסטר גם קשר מכתבים מקצועי, בו זכה להדרכה לא מבוטלת באשר לסוגיות השונות שהעלה בפניו בתחום שפת הקודש.
בשנת 1531 הוציא סבסטיאן מינסטר לאור את הספר מהלך שבילי הדעת, פרי עטו של משה קמחי, שיצא לאור כבר בשנת 1508 על ידי אליהו בחור, שהוסיף לטקסט המקורי פרשנויות משלו. סבסטיאן מינסטר תרגם את מהדורת אליהו בחור ללטינית והוציא אותה לאור בבזל. הטקסט שבחר סבסטיאן מינסטר לתרגם, מאשש שוב את השקפתו לגבי הצורך לעמול על מלאכת הדקדוק ואת בחירתו במדקדק משה קמחי, שבטקסט הפתיחה לספרו, קבל על "המדקדקים למיניהם" שהוציאו ספרי דקדוק ללא עיקרי הדברים. הוא האשים אותם כי הדקדוק בעיניהם הוא מעמסה שמכבידה עליהם להבין את תכליתם של המילים והפעלים בהם הם עוסקים.
תרגום ספר זה, על ידי סבסטיאן מינסטר, עורר שנים מאוחר יותר את מורת רוחו של אליהו בחור, על כך שסבסטיאן מינסטר מעולם לא ביקש את רשותו לתרגם את הספר ולהוציאו לאור. ביטוי לכך עלה במכתב תשובה שכתב בחור לסבסטיאן מינסטר בשנת 1531, לשאלותיו בנושאים שונים הקשורים בשפה העברית:
בהמשך המכתב מביע בחור את אי הבנתו מדוע ערבב מינסטר "בספרו שילוש לשונות לשונות אחרות שאינן לשון עברי כלל, רק לשון הגרי ופרסי". את המכתב הוא חותם כך:
סבסטיאן מינסטר ענה במכתב לאליהו בחור כי הספר כבר יצא לאור, ולכן בלתי ניתן לתקן את השגיאות שנעשו בו. באותה עת עמד לצאת לאור ספר פרשנויות של רבי דוד קמחי לספר עמוס הנביא, בעריכת סבסטיאן מינסטר. כדי לפייס באופן כלשהו את אליהו בחור, עיכב מינסטר את הדפסת הספר, כדי להוסיף בו את מכתבו של אליהו בחור, בו הוא מלין על השגיאות שנעשו בספרו 'דקדוק אליהו'.
בהתעמקותו בתורת הדקדוק העברי, הסתמך סבסטיאן מינסטר כהבראיסטים רבים בני זמנו, על כתבי אברהם אבן עזרא, על ספרי בית קמחי, על ספריו של אליהו בחור ועל חיבורי דקדוק אחרים, וכמוהם נוכח אף הוא לדעת את חשיבות שורשי לשון הקודש וזו של טעמי המקרא, שביטויה מופיע בפתגמים כגון: "כל פירוש שאינו פירוש הטעמים – לא תאבו לו ולא תשמעו לו", "כתיבה בלא נקודה – כגוף ללא נשמה", וכן "כתיבה בלא טעמה – כמלך בלא עטרה".
תורת הדקדוק.
ברוב ספרי הדקדוק שערך הקדיש מינסטר הקדמה הפונה לתלמידי לשון הקודש המבהירה להם הן את מהותם של הספרים והן את המלאכה העומדת לפתחם בבואם ללמוד את שבילי הדקדוק. בספר שורשים עם נגזרים - Dictionarivm Hebraicum, כתב: "הנה אהוביי, הכרתי לתועלתכם את ספר השרשים, אשר בו שמתי בסדר האלפא ביתא את כל (שרשים) עם שמות הנגזרים מהם, באשר יכולתי למצואם בעשרים (וארבע) ספרים ובשרשי רבי קמחי ז"ל והוספתי לכל אחד ואחד עניינו ופירושו בלשון הרומיים כשרבי הגזבר מתרגם אותם. גם אביא מקומות אשר בהם זה או זה שורש ומילה נמצא ולא אפיל דבר אחר שנצטרך בספר הזה מאשר תלמידי (הלשון) הקודש, ימצאו הכל שיבקשו, חפץ השם בידי יצלח לתום מעשה הזה עד הסוף". ובספר מלאכת הדקדוק כתב: ספר הזה שלכם, חמד ורצון ללמוד לשון הקודש, כי בו אלמדכם. בכחי לקרוא ולדבר ולהבין לשון הזה והודעתיכם כל שבילי הדקדוק בשמות ובפעולות ומלות, ובטעם ובנגינות".
הגותו.
בספרו The Cosmograpia of Sebastian Munster ציין מתיו מקלין (Matthew Mclean)
כי בכל מהלך חייו של סבסטיאן מינסטר, כהבראיסט וכגאוגרף, כמורה וככותב, היוו עבורו העיסוקים הללו, מקשה אחת - דרך חיים שביטאה באופן הרמוני את פילוסופית החיים שלו ובהקדמה לספר כתב כי המילים הספורות שנחקקו על מצבתו של מינסטר, הן כניסה אינטימית ראשונית לעולמו, וכי הן מאירות את הגותו כהומניסט, כאיש רוח וכאיש אשכולות.
לדבריו, האזכור של סטראבון ועזרא מגלם יותר מכל את המשמעות ההומניסטית של עבודתו הן בתחום הגאוגרפיה והן בתחום שפות הקודש ומצביעות על האחריות שנשא על כתפיו עם כניסתו למחלוקות שאפיינו את תקופת הרפורמציה. כפי שחייו בבזל היו מוקפים בעמיתיו ההומניסטים, כך גם במותו, נטמן מינסטר לצד חבריו מאוניברסיטת בזל שחלקו עמו השקפת עולם זהה: הרפורמטור ג'והן אוקלומדיאוס ראש כנסיית בזל, זימון גרינאוס ויעקב מאיר ראש העיר הראשון של בזל.
"אוגוסטינוס סבר כי רק מי שבקי בחוכמות החיצוניות יכול להגיע אל האמת הרוחנית החבויה בכתבי הקודש, אמת נסתרת מעין המתבונן השטחי. עבודת הפרשנות נתפסה כמשימה מדעית ולא כפרי השראה על טבעית. מי שניגש לכתבי הקודש צריך להיות מצויד בידע בסיסי רחב. עליו להכיר בין השאר, את טבע החיות והצמחייה, את סמליות המספרים, את ההרמוניות של המוזיקה ואת תנועת גרמי השמים", כמו כן סבר כי היהודים הם עדים לאמיתות האמונה הנוצרית ובעלי תפקיד מכריע במהלך ההיסטוריה המדעית.
סבסטיאן מינסטר אימץ תפיסות אלה, וביטא באמצעות עבודותיו בתחום כתבי הקודש והגאוגרפיה את רעיון הפלורליזם העומד מאחורי מסורת ההומניזם שהתבטא בפשרה בין הנצרות לבין התרבות האלילית שקדמה לה בעולם העתיק.
מינסטר הרחיק לכת בעבודתו בתחום ספרות הקודש, בכך שקרא תגר נגד המונוליטיות הדתית. הכנסייה הקתולית ניסתה לפקח על הידע שבידה ולמנוע מהמון העם את האפשרות לקרוא באופן עצמאי בכתבי הקודש, מחשש לצמיחת דעות של מינות וכפירה וראתה את תרגום כתבי הקודש לשפות הדיבור כפעילות מרדנית נגד הסמכות הכנסייתית. אמנם את ספרות הקודש ואת החיבורים הרבניים תרגם מינסטר בעיקר ללטינית שהייתה שפתם של המלומדים בלבד, אך עם זאת, הוא תרם לכך ששפות אלה יקבלו לגיטימציה, כשפות לימוד באוניברסיטאות ובכך הרחיב הן את מעגלי הקוראים והן את השאיפה לתרגם אותן לשפות מדוברות. הוא קיווה כי ספריו יקראו בחופשיות אם בספרד או בכל מקום אחר, כפי שהם נקראים בקונפדרציה של שווייץ.
"טקסט וטריטוריה היוו נושאים לתיקונים קפדניים של הפילולוגיה והמדעים האמפיריים בתקופת הרנסאנס...ומינסטר סבר כי לגאומטריה, לגאוגרפיה ולספרות הקודש יש משמעות זהה". הגישות הללו באו גם לידי ביטוי בעבודתו גאוגרפיה אוניברסליס ובמפעל חייו קוסמוגרפיה.
הספר גאוגרפיה אוניברסליס, יצא לראשונה לאור בשנת 1540 כמהדורה מתוקנת ומורחבת של הספר שכתב תלמי, בו תיאר את הידע הגאוגרפי של העת העתיקה מתוך נקודת מבט פילוסופית. תלמי כתב בספרו כי "אף אחד לא יכול לתאר טוב יותר את העולם, אלא אם כן הוא אמן" וכי יש לחקור את המדע של הגאוגרפיה, בדומה לשאר המדעים, מנקודת מבטו של הפילוסוף..." סבסטיאן מינסטר, ערך מחדש את הספר, הוסיף לו מפות, דיאגרמות וטקסטים. בספר זה מופיעים 27 מפות של העולם העתיק ו-21 מפות מודרניות של העולם, כפי שהיה מוכר בתקופת הרנסאנס, שחלקן "מהוות את המפות המשמעותיות ביותר בהיסטוריה של הקרטוגרפיה".
בספר מוצגים לראשונה מפות מופרדות של ארבע היבשות, המפה המופרדת הראשונה של אנגליה והמפה הראשונה של אמריקה הצפונית ואמריקה הדרומית.
ספרו קוסמוגרפיה "משקף את יחסו של מינסטר לערכיות של הידע ולהיותו אנטיתזה של הבערות, את תשוקתו לחגוג את ההישגים של האדם בעולם כולו ואת יחסו כאיש שוחר שלום לדת ולמלחמות, באופן בו זהותו מכתיבה את אופי כתיבתו...הוא סלד משפיכות הדמים שבאה לעיתים לידי ביטוי בדרשות כפי שסלד מזו המתקיימת בשדה הקרב".
הספר קוסמוגרפיה, נחשב כתיאור הגרמני הקדום של העולם, כמונומנט תרבותי וכמקור לימוד ומחקר של ההיסטוריה, במיוחד זו של המאה ה-16. הוא יצא לראשונה לאור בשנת 1544 במתכונת של 649 עמודים ובמהלך השנים הורחב והודפס ב-35 מהדורות. המהדורה האחרונה שיצאה לאור בשנת 1628, כוללת 1,750 עמודים.
באחד מפרקי הספר, הגדיר מינסטר את תכליתו:
כדבריו של מינסטר, עוסק הספר בגאוגרפיה, בהיסטוריה, בזואולוגיה, בבוטניקה, באתנוגרפיה ובאסטרונומיה ומלווה בטקסטים ובמאות מפות ואיורים של מדינות וערים ברחבי העולם. סבסטיאן מינסטר הקדיש בספרו תשומת לב רבה לצמחייה הגדלה במקומות שונים בעולם, לתלבושות המסורתיות שהיו נוהגים ללבוש בתקופות שונות, לתיעוד מלכים ונסיכים, באמצעות ציורי דיוקן, לתיעוד מלאכות, בעלי חיים, מפלצות ויצורים מיתולוגיים, קרבות ואנשים ממעמדות שונים ומתרבויות שונות. כמו כן נתן ביטוי לפרשנויות השונות של תיאור העולם על ידי סטראבון, קופרניקוס, תלמי ואחרים ולהתפתחות הקרטוגרפיה והאסטרונומיה באמצעות תיאור כלי מדידה ושיטות מתמטיות. מינסטר התייחס בספרו לנמלי הים, לכפרים, לחוות ולנתיבי הנהרות לא כאל אובייקטים העונים להגדרות יבשות הנובעות מחישובי קנה מידה, מרחקים בין מיקומם בשטח וגודלם, אלא כאל אובייקטים הראויים להתייחסות הנובעת מנקודת מבט הומניסטית והבנה עמוקה של מהות הטבע.