שקד התפקדה לליכוד בגיל צעיר. בינואר 2012 נבחרה שקד למרכז הליכוד בסניף קריית ארבע וכן למועצת סניף צפון תל אביב, אך ביוני 2012 פרשה מהליכוד והודיעה על כוונתה להתמודד על מקום ברשימת הבית היהודי לכנסת, יחד עם נפתלי בנט. ב-14 בנובמבר 2012 נבחרה בפריימריז של המפלגה למקום השלישי, ובעקבות איחוד הרשימות של הבית היהודי עם האיחוד הלאומי הוצבה במקום החמישי ברשימה המשותפת בבחירות לכנסת התשע עשרה. יחד עם בנט ייצגה את המפלגה בתעמולת הבחירות. רשימת הבית היהודי זכתה ל-12 מנדטים, שקד נכנסה לכנסת והייתה חברת הכנסת החילונית הראשונה במפלגה.
בכנסת ה-19 הייתה שקד יושבת-ראש השדולות למען יונתן פולארד, לטיפול בבעיית המסתננים, למען עולים דוברי אנגלית ולמען הספרות הישראלית ועידוד הקריאה בישראל. כמו כן הייתה חברה בשדולת חברות הכנסת, בשדולה לשוויון תעסוקתי, בשדולה למען חיילי המילואים ועוד.
בעקבות פתיחת המשא ומתן בין ישראל לפלסטינים (2013) שתמורתו הסכימה ישראל לשחרר מחבלים פלסטינים עם "דם על הידיים", כתבה שקד מכתב פומבי לשר החוץ האמריקאי ג'ון קרי והאשימה אותו בצביעות על כך שהוא לוחץ על ישראל לשחרר רוצחים שיסכנו את ביטחונה בעוד שארצות הברית לא רק שלא משחררת מחבלים, אלא גם לא משחררת את יונתן פולארד.
ב-12 במרץ 2014 אישרה הכנסת את שהציעו חברי הכנסת איילת שקד, אורית סטרוק ויריב לוין המעגן בחוק יסוד את החובה לערוך משאל עם על הסכם שכולל מסירת שטחים שבריבונות ישראל.
בכנסת ה-19 יזמה ביחד עם ח"כ יריב לוין (הליכוד) את שבאה לתת עיגון חוקתי להיותה של מדינת ישראל מדינת הלאום היהודי ומדינה יהודית ודמוקרטית.
לקראת הבחירות לכנסת העשרים הגיעה שקד למקום הראשון בפריימריז של הבית היהודי, והוצבה במקום השלישי ברשימה (אחרי היו"ר בנט ויו"ר תקומה אורי אריאל). בבחירות קיבלה הבית היהודי 8 מנדטים ושקד נכנסה לכנסת.
"ועדת שקד" ותיקון חוק שירות ביטחון.
שקד הייתה יושבת-הראש של "הוועדה לשוויון בנטל" שהוקמה על ידי ממשלת ישראל השלושים ושלוש כדי להכין חוק שיסדיר את נושא גיוס החרדים לצה"ל ושילובם במשק. הוועדה עמלה שבעה חודשים תוך ויכוחים רבים על תיקון מס' 19 לחוק שירות ביטחון וחקיקת חוק שירות לאומי-אזרחי המסדירים את גיוס בני הישיבות ושירות החרדים בצה"ל ובשירות לאומי-אזרחי. שקד אמרה שהחוק אינו מושלם ואינו שוויוני, אך הוא נחקק לתכלית ראויה - שילוב החרדים בחברה, בצבא ובמשק, ושלא ניתן להשיג יותר, שכן כפיית גיוס על החרדים לא תשיג את מטרתה. ב-12 במרץ 2014 אושרו חוקים אלה.
שרת המשפטים.
במסגרת המשא ומתן הקואליציוני על הקמת ממשלת ישראל ה-34 קיבלה שקד את תיק המשפטים. בעקבות הסתה נגד שקד מצד מתנגדיה הפוליטיים, שכללה בין השאר פרסום תמונה שלה במדים נאציים ואיומים על חייה, הציבו יו"ר הכנסת וקצין הכנסת אבטחה צמודה עליה.
ב-14 במאי 2015 הושבעה לתפקיד שרת המשפטים. במסגרת תפקידה עמדה שקד בראש ועדת השרים לענייני חקיקה והוועדה לבחירת שופטים, והייתה חברה בקבינט המדיני-ביטחוני. שקד הייתה חברה גם בוועדה למינוי דיינים.
ב-1 ביוני 2015 גיבשה שקד מתווה פשרה שסיים את שביתת הפרקליטים בפרקליטות המדינה.
במטרה להיאבק בחרם על ישראל ובקמפיין ה-BDS יזמה שקד ב-2015 תוכנית לוחמה משפטית שעיקרה תביעות אזרחיות ופליליות נגד פעילי וארגוני החרם בגין פגיעה בסחר, אפליה וגזענות. היא קידמה חוק שמטרתו צמצום מעורבותן של ממשלות זרות בדמוקרטיה הישראלית, ולפיו עמותות שיקבלו תרומה מישות מדינית זרה ישלמו 45% מס על התרומה.
ב-20 ביולי 2015 אישרה הכנסת תיקון לחוק העונשין שיזמו ציפי לבני ואיילת שקד, הקובע שעל מי שיידה אבנים על כלי רכב יהיה ניתן לגזור עונש של עד 10 שנות מאסר גם אם לא הוכחה כוונה לפגוע ועד 20 שנות מאסר אם הוכחה כוונה לפגוע. כמו כן החוק קובע שיידוי אבנים על שוטר או על כלי רכב משטרתי ייחשב לתקיפת שוטר בנסיבות מחמירות. ההצעה באה בעקבות עלייה חדה בפיגועי יידוי אבנים, בייחוד ביהודה ושומרון, בשנים 2014-2015. ב-2 בנובמבר 2015 אישרה הכנסת כהוראת שעה את הצעת החוק של ראש הממשלה בנימין נתניהו ושרת המשפטים איילת שקד המטילה עונשי מינימום למיידי אבנים ומאפשרת שלילת קצבאות מהורים שילדיהם הורשעו ביידוי אבנים וחפצים מסוכנים.
ב-2016 הביאה לסיום את הליכי החקיקה של חוק המאבק בטרור, שמשרד המשפטים יזם עוד ב-2011, אך לא הצליח להעבירו בכנסות ה-18 וה-19. החוק מחמיר את הענישה על עבירות טרור, מרחיב את ההגדרה מהי פעילות טרור, מעגן בצורה רשמית תקנות רבות שהיו חלק מתקנות ההגנה, ומסדיר את נושא ההכרזה על ארגון כארגון טרור ואת השימוש במעצר מנהלי.
באוגוסט 2016 אישרה הכנסת את חוק נציבות תלונות הציבור על מייצגי המדינה בערכאות שגיבשו שקד, ציפי לבני וראש ועדת חוקה, חוק ומשפט ניסן סלומיאנסקי. חוק זה מסדיר את פעילות נציבות תלונות הציבור על מייצגי המדינה בערכאות, ומכוחו מינתה שקד את השופט דוד רוזן לראש הנציבות.
בנובמבר 2016 קידמה עם בנט את החוק להסדרת ההתיישבות ביהודה והשומרון שהגישו חברי הכנסת שולי מועלם-רפאלי, בצלאל סמוטריץ' ויואב קיש. ב-6 בפברואר 2017 עבר החוק בקריאה שנייה ושלישית ברוב של 60 תומכים מול 52 מתנגדים.
ב-22 בפברואר 2017 בחרה הוועדה לבחירת שופטים בראשותה את השופטים דוד מינץ, ג'ורג' קרא, יעל וילנר ויוסף אלרון לבית המשפט העליון. שלושה מתוך ארבעת השופטים שמונו נחשבים לבעלי קו שמרני, ומינויים נתפש כהישג של שקד.
ביוני 2017 השלים משרד המשפטים בהנחיית שקד הליך רישום זכויות במקרקעין בישראל שהחל בשנות ה-50 של המאה ה-20, ורשם 180,000 דונם מהנגב המערבי כאדמות בבעלות המדינה.
בדצמבר 2017 פרסמה שקד את תזכיר שבא להסדיר את מערכת היחסים בין הרשות המחוקקת (הכנסת) לרשות השופטת, ובפרט את נושא פסילת חוקי הכנסת על ידי בג"ץ. בתזכיר הוצע שבג"ץ לא יוכל לפסול חוק אלא בהרכב של 9 שופטים וברוב של שני שלישים, ושהכנסת תוכל להתגבר על פסילה כזו באמצעות רוב של 61 חברי כנסת.
בפברואר 2018 בחרה הוועדה לבחירת שופטים בראשותה שני שופטים חדשים לבית המשפט העליון: הפרופסור אלכס שטיין, שהיה מועמדה של שקד ונחשב למשפטן מוערך ולשמרן משפטי, והשופט המחוזי עופר גרוסקופף, שנחשב אקטיביסט והיה מועמדה של נשיאת בית המשפט העליון אסתר חיות. שקד זקפה לזכותה את מינויו של שטיין גם בהמשך.
במהלך כהונתה של שקד מינתה הוועדה לבחירת שופטים 330 רשמים ושופטים, שעל מינויים אמרה שקד: "אני גאה לומר שיש היום מקום לדעה אחרת, והיא מתנוססת בגאון. שברנו את הקונספציה". להצלחתה זו של שקד תרמה בחלק מהמקרים תמיכתו של ראש לשכת עורכי הדין בתקופתה, אפי נוה, לעומת נציגים של הלשכה בוועדה בעבר שנטו לתמוך בעמדת השופטים.
שקד יזמה מהלך המעביר סמכויות שיפוט בעניינים מנהליים (בפרט: תוכניות בנייה, סכסוכי קרקעות, ענייני כניסה ויציאה, צווי הגבלה ופיקוח) ביהודה ושומרון מבג"ץ לבית המשפט המנהלי בירושלים. אחת התוצאות העיקריות של מהלך זה היא שבסכסוכי קרקעות ובנייה על העותרים יהיה להוכיח בעלות על הקרקע כדי שעתירתם תתקבל, בניגוד למצב שהיה בבג"ץ. בנוסף, לדברי שקד ונוסח הצעת החוק שאושרה, מהלך זה יקטין את העומס על בג"ץ שטיפל בעתירות אלה. ב-17 ביולי 2018 השלימה שקד, ביחד עם שר הביטחון אביגדור ליברמן והח"כים ניסן סלומינסקי ובצלאל סמוטריץ', את המהלך באמצעות חקיקה בכנסת.
הבחירות לכנסת ה-21.
ב-29 בדצמבר 2018, לקראת הבחירות לכנסת העשרים ואחת, הודיעה שקד עם נפתלי בנט כי הם פורשים ממפלגת הבית היהודי כדי להקים את מפלגת הימין החדש שתכלול דתיים וחילונים, ובמסגרתה ירוצו בבחירות אלו כיושבי ראש משותפים של המפלגה.
במהלך מערכת הבחירות הציגה שקד תוכנית לשינויים במערכת המשפט, שעיקרה החרגת שופטי בית המשפט העליון מהוועדה למינוי שופטים ומינוים בהמלצת שר המשפטים באישור הממשלה והכנסת לאחר שימוע ציבורי, העברת פסקת ההתגברות במתכונתה המלאה, מתן אפשרות לשר לייצג את עצמו בבית המשפט גם בניגוד לדעת היועץ המשפטי של משרדו והעברת חוק היועמ"שים - שלפיו ימונה היועץ המשפטי לממשלה בהמלצת שר המשפטים. המפלגה לא עברה את אחוז החסימה אף שזכתה ל-138,598 קולות, ושקד נותרה מחוץ לכנסת. ב־2 ביוני 2019 הודיע ראש הממשלה על פיטוריה, עם נפתלי בנט.
הבחירות לכנסת ה-22.
לקראת הבחירות לכנסת ה-22 הוצבה שקד בראש רשימת הימין החדש. בנאום שנשאה קראה שקד לאיחוד וריצה משותפת בין הימין החדש לאיחוד מפלגות הימין ומפלגות ימין נוספות. בהמשך חבר הימין החדש לאיחוד הלאומי ולבית היהודי והקים את רשימת "ימינה", עם שקד בראשה הרשימה קיבלה בבחירות שבעה מנדטים. מיד לאחר הבחירות התפרקה הרשימה לשתי סיעות, למרות רצונה של שקד להמשיך באיחוד.
הבחירות לכנסות ה-23 ו-24 וכהונה כשרת הפנים.
לקראת הבחירות לכנסת העשרים ושלוש הוצבה שקד במקום השלישי ברשימת ימינה, שנייה מטעם הימין החדש, ונבחרה לכנסת אחרי שהרשימה זכתה לשישה מנדטים.
בבחירות לכנסת ה-24 הוצבה שקד במקום השני ברשימת ימינה והיא ומפלגתה חתמו על הסכם קואליציני עם יש עתיד על ממשלת חילופים בין בנט ליו"ר יש עתיד, יאיר לפיד. עם הקמת ממשלת ישראל השלושים ושש מונתה שקד לשרת הפנים והיא האישה הראשונה שמכהנת בתפקיד זה. היא מינתה את יאיר הירש למנכ"ל משרדה.