סבב שני תוכנן ללילה שבין 7 ל-8 ביוני, אך תא"ל עמוס ירון, מפקד הכוח בחוף, דרש להקדים את העברת התגבורת אליו ככל האפשר, וזאת אף על פי שעדיין לא שותקו כל מקורות הירי ונמשכה הטרדה ארטילרית באזור ראש החוף. הקדמת הסבב אושרה על ידי הרמטכ"ל רפאל איתן שהוסיף שאם במהלכה תהיינה נפילות פגזים בקרבת הנחתות יש להפסיק את ההנחתה ולדחות אותה לשעות החשיכה. למפקד הכוח הימי אברהם אשור הועברה הודעה: . אשור פקד על הנחתה באור יום ובשעה 14:30 הנחיתו שתי נחתות ה-60 מטר את הכוחות שעליהן. בשעה 16:00 הגיעה הנחתת אח"י בת שבע האיטית יותר. אלדר נשאר עם שתי נחתות ה-60 מטר באזור טווח התותח עד סיום הנחיתה של אח"י בת שבע, כדי לגרום למחבלים להפנות ממנה את הירי. בסבב זה הונחתו שני טנקי "מגח", 25 נגמ"שים ושני תותחים מתנייעים. אף שנפילות פגזי תותחי האויב היו קרובות, הסתיים סבב הנחיתה השני בלי פגע.
סבבים נוספים ואיגוף קצר.
בהמשך הלחימה העבירו הנחתות משאיות תחמושת מחוף נהריה לראש החוף באוואלי, וכן הועברו כוחות משפך נהר זהרני, מדרום לצידון, אל שפך האוואלי; זאת, כדי לחסוך את הנסיעה בדרך החוף דרך צידון, שהלחימה בה טרם הסתיימה. אזור ההעמסה בשפך הזהרני היה זרוע בסלעים תת-מימיים רבים, והחוף הראשוני שהוגדר להעמסה לא היה מתאים; זו התבצעה בחוף שנמצא מעט צפונה מהנקודה הראשונית שנבחרה. הנחתות הגיעו לחוף ההעמסה באור יום, בגישה שהייתה קשה לביצוע; החוף היה גבולי וההעמסה נעשתה באיטיות. באחת היציאות נפגע מדחף הנחתת 'אח"י אשדוד' שנאלצה לבטל את הנחיתה באוואלי, להוריד את הכלים שהועמסו ולשוב לחיפה להספנה. במהלך ההפלגות שימשו הנחתות גם כפלטפורמות לפינוי פצועים שהועברו מהן במסוקים לבית החולים רמב"ם. כמו כן העבירו הנחתות אמצעי לחימה שהיו מיועדים לכוחות הנוצרים: טנקים ונגמ"שים רבים הובאו באוניית גל-נוע לנמל ביירות ובנחתות לחוף ג'וניה.
שונות.
תקשורת צמודה - הנחיתה בשפך נהר אל-אוואלי הייתה הנחיתה הראשונה שתועדה בתקשורת המצולמת. צוות של הטלוויזיה הישראלית, בראשות כתב הטלוויזיה מיכה לימור, היה על הנחתת פ-61 בצמוד למפקד הנחתות מייק אלדר. הכתבה שודרה בטלוויזיה הישראלית לאחר כשבוע, ולאחר מכן שודרה ברשתות טלוויזיה בכל העולם.
פינוי אזרחים פצועים - ביום השלישי ללחימה יצא מייק אלדר עם שתי נחתות בחוף האוואלי. האזור היה עדיין לא היה בטוח מסכנת ירי תותחי המחבלים. לכן השאיפה הייתה לשהות בחוף זמן קצר ככל האפשר באור יום. תוך כדי היציאה של פ-61 מהחוף, הגיע ג'יפ צנחנים ועליו שתי ילדות לבנוניות פצועות. דרשו בקשר לחזור לקחת אותן. מפקד הנחתת רפי בנימין באישורו של אלדר חזר ונחת תוך סיכון, הילדות נאספו. לאחר היציאה מהחוף, הונחת מסוק על הסיפון והילדות נלקחו לבית חולים רמב"ם. הן הבריאו והוחזרו ללבנון כחודשיים לאחר המלחמה.
סיוע לכוחות היבשה.
ספינות הטילים הפגיזו מטרות בציר החוף הלבנוני, על פי בקשות של הכוחות הקרקעיים שנעו בציר החוף. הסיוע היה בהיענות מיידית לבקשת יחידת היבשה; במשך עשרת ימי הלחימה פתחו ספינות חיל הים באש על מטרות קרקעיות 130 פעמים. בסה"כ נורו כ-3,500 פגזים מתותחי 76 מ"מ, ונצפו פגיעות טובות: הושמדו עשרות עמדות ומתקנים של המחבלים. הירי המהיר, בקצב אש גבוה, הצליח להפתיע את המחבלים ופגע בהם לפני שהספיקו לתפוס מחסה. הירי נעשה תוך הקפדה על גזרות אש, ולא אירעו מקרים של ירי דו צדדי, שקרו בגזרות אחרות.
באזור ביירות נעשה שימוש גם במספר טילי "גבריאל" שהותאמו לירי ים-קרקע. טילים אלה נקראו "הילטון", ונורו אל מטרות שזוהו כמטרות אויב. על ספינות הטילים נורתה אש מן החוף.
התברר שאחד ממקורות הירי הוא תותח 130 מ"מ, שירה מאזור שדה התעופה של ביירות. הוזמן סיוע אווירי ומסוקי תקיפה הגיעו השמידו את התותח ברקטות.
צורה נוספת של סיוע היוותה הצבת צוותי האזנה לקשר המחבלים בספינות הטילים ששייטו לאורך החוף. במידע שנאסף נעשה שימוש מיידי.
מצור על נמלי לבנון.
על נמלי לבנון, מגבול ישראל ועד ביירות, הוטל הסגר ימי, שמנע תנועת נוסעים ואספקה. כל פעילות כלי השיט הותנתה בהסכמת ישראל, ובכלל זה פינוי תושבי חוץ. בדרך זו נמנעה תנועת מחבלים מהחוף. חלק מן ההסגר נעשה בסיוע הפלנגות הנוצריות, שתפשו את נמל ביירות. הנוצרים אישרו לחלק מהאוניות להפליג, ואוניות אחרות נבדקו והוחזרו לנמל. אונייה חשודה בשם אדי, עליה היו כ-150 איש, הופנתה לבדיקה יסודית יותר בנמל חיפה. האונייה הסובייטית רפינו, שנשאה עליה בין היתר 175 מאנשי השגרירות הסובייטית, הורשתה לנוע ישירות מביירות ללטקיה ללא חיפוש.
ביוני 1982, במסגרת מבצע דרייפוס, הטביעה צוללת מסוג גל של חיל הים הישראלי ספינה שעליה 25 אזרחים שנמלטו מנמל טריפולי, לאחר שנוסעי הספינה זוהו בטעות כמחבלים.
בידוד הזירה מהתערבות סורית.
חיל הים הסורי היה עדיין תחת השפעת התבוסה בקרבות מלחמת יום הכיפורים, תשע שנים לפני כן, מאידך הסורים חידשו את כוחם מאז 1973 והצטיידו בספינות טילים רבות.
לכן נדרשה נוכחות כוח ספינות טילים ישראליות בטווח התערבות מיידית ואכן הערכות זו הרתיעה את הצי הסורי ומנעה את התערבותו במלחמה.
גם אחרי שכוחות קרקעיים ומטוסים סוריים נלחמו בבקעת הלבנון לא הוכנס כוח ימי סורי למערכה.
האמנעה הזו נעשתה עוד לפני מעורבות חיל האוויר במערכה.
לנמל טרטוס נכנסו כלי שיט של השייטת הרוסית, פלוגת נחתים ומחלקת טנקים להגנה, ברית המועצות הפגינה בכך את היערכותה להגנה על הנמל.
פעולת צוללות חיל הים הישראלי.
שתי צוללות של חיל הים הישראלי, אח"י גל ואח"י רהב הופעלו מתחילת המערכה (צוללת שלישית, אח"י תנין, הייתה בטיפולי אחזקה). הצוללות הופעלו בעיקר למטרות מודיעין ובניגוד לדרך הפעילות הרגילה שלהן - פעולה חשאית וללא קשר שוטף עם יחידות אחרות - הפעם פעלו הצוללות בקשר ישיר עם ספינות הטילים ועם גורמים אחרים. המידע שהביאו היה ייחודי, ושימש לפגיעה במטרות אויב בזמן אמת.
פעילות שייטת 13.
לאחר תפישת ראש החוף והמארבים שהונחו בליל מבצע הנחיתה, הופעלו כוחות שייטת 13 במשך כל הלחימה בפשיטות ומארבים על החוף, בעיקר מצפון לחוף הנחיתה ובאזור ביירות. כמו כן הועמדו כוחות הקומנדו הימי בכוננות למבצעים שונים, ונערכו לקראת האפשרות שצי ברית המועצות יתערב בלחימה. חלק גדול של השייטת הוחזק זמן ארוך בלב ים; המשימות המשתנות חייבו לימוד וארגון הכוחות והיערכות טכנית ומבצעית רבה. הצי הסורי לא התערב וצה"ל לא שש להתעמת עם צי ברית המועצות שהגן על נמלי סוריה. בעת הכניסה לביירות תוכננה פשיטה באור יום הכוללת חבירה לנוצרים, פשיטה שבוטלה כאשר התברר כי האזור המיועד לנחיתת כוחות השייטת מוחזק על ידי מיליציית "אמל" העוינת.
פעולות נוספות.
בתחילת המלחמה עלה חשש כי צוללת לובית עושה את דרכה לזירה כדי לסייע לכוחות אש"ף. בשל כך לוו הנחתות בספינות לוחמה נגד צוללות - סט"ילים שהותאמו למטרה זו. שלושה ימים לאחר תחילת הלחימה, ב-9 ביוני, התקבלה ההערכה כי האיום אינו קיים, והדגש עבר להגנה נגד מטוסים.
בסיס חיפה היה הבסיס העיקרי שממנו יצאו כלי השיט של חיל הים הישראלי למשימותיהם. רוב אנשי בסיס אשדוד הגיעו לבסיס חיפה כדי לסייע בפעילותו, והתמקמו ברציף הצבאי בקרבת מספנת חיל הים.
הגנת האגף הימי במהלך המלחמה בוצעה באמצעות סיורי ספינות טילים ודבורים. גבול מרחב השליטה של בסיס חיפה הורחב צפונה עד לקו מקביל לקו שליטת כוחות צה"ל ביבשה. כדי לסייע בגילוי ובאבטחה מהים הוצבו תחנות מכ"ם ניידות במספר נקודות בחוף לבנון; מפקד חיל הים, זאב אלמוג, לא אישר בקשה של מח"ט גולני להציב תחנות מכ"ם על החוף בגזרת שדה התעופה של ביירות, אך לקראת הכניסה לביירות באמצע ספטמבר הוצבה חוליית מכ"ם ניידת על גג בית מלון בעיירה דאמור.
קצינים בכירים במילואים מחיל הים שותפו בפעילות צה"ל בלבנון. חמישה קצינים בדרגות סא"ל ואל"ם גויסו לשמש קציני שיפוט במעברי הגבול ולחדש את המשמעת בצבא. אל"ם יעקב ניצן קיבל פיקוד על מחנה צה"ל שהוקם במעבר ראש הנקרה.
סא"ל , שהגיע מאילת, הוצב לתפקיד קצין שיפוט בכיר בצור. עוד באותו לילה, 11 נובמבר 1982, קרס בית הממשל באסון צור הראשון והוא נהרג.
זירת ים סוף.
ספינת הטילים אח"י חרב, מדגם סער 3, הייתה בשלב האחרון של השיפוץ במספנת אילת. בעת ההכנות למבצע ניתנה עדיפות לספינות בצפון, ולכן התעכבה השלמתה. הספינה עברה בתעלת סואץ ב-24 ביוני, והצטרפה לשייטת ספינות הטילים בחיפה. שיפוץ אח"י סופה, שתוכנן להתחיל עם גמר שיפוץ אח"י חרב, נדחה עד לאחר המלחמה.
כוח דקל - שלוש נחתות טנקים (נט"קים) באורך 36 מטר, שלפי הערכת חיל הים מצבן לא איפשר נשיאת רק"ם, הועברו בשנת 1981 לאילת והושבתו על החוף. בסוף חודש מאי דרש הרמטכ"ל, רפאל איתן, להעביר אותן לים התיכון. הכנת הנחתות להפלגה הוטלה על זירת ים סוף. הוראת הרמטכ"ל בוטלה ב-5 ביוני אך בהחלטת מפקד חיל הים המשיכה זירת ים סוף בהכנות והכוח יצא לדרכו ב-17 ביוני 1982. בצפון מפרץ סואץ פגשו ים סוער ובאחת הספינות הושבתו המנועים ונגרמו נזקים. צוות המילואים הצליח להתגבר על התקלות ושתי הנחתות הגיעו לבסיס אשדוד ב-21 ביוני. כדי להצדיק את ההשקעה נשלחו לביים נחיתות בחוף לבנון במטרה לאתר מקורות ירי. אך במצבן הטכני הגרוע לא ניתן להמשיך בהפעלתן והן הועברו לפירוק.
הערכת הפעילות של חיל הים הישראלי.
בפעולת האיגוף הימי נחסכו אבדות מכוחות היבשה, וחיל הים הישראלי הצליח לבצע את הפעולה ללא אבדות. צורכי צה"ל מחיל הים מולאו מהר, במדויק וללא נפגעים. חיל הים הצליח להימנע מחיכוך עם ציים זרים ששייטו באזור, ומנע מחיל הים הסורי להתערב בלחימה.