לנפוליאון כמעט ולא היו פרשים, ויחס הכוחות בקרב שהתפתח היה כ-2 או 3 ל-1 לטובת הממלוכים. על מנת להדוף את הפרשים הממלוכים, סידר נפוליאון את צבאו בריבועים דיוויזיוניים, מערך אשר נטרל את יתרונם המספרי של הממלוכים וניצל עד תום את יתרונם האיכותי של חיילי הרגלים הצרפתים על אלו הממלוכים. ההתקפות החוזרות ונשנות של הממלוכים נשברו על כידוני החיילים הצרפתים, ומכשנכשלו למוטט את הריבועים הם נסוגו משדה הקרב תוך אבדות כבדות. לאחר כישלון ההתקפות הממלוכיות הסתערו אנשי נפוליאון על הפרבר אמבבה, והשמידו את הכוחות הממלוכים שהתבצרו בו. מוראד ביי פנה דרומה אל מצרים העליונה והמשיך להילחם שם נגד חיילי נפוליאון, ואילו איברהים ביי נמלט אל סיני ומשם לאזור רצועת עזה של היום.
הישגו של נפוליאון הפך עד מהרה לאסון, כאשר בסוף חודש יולי גילה נלסון, לאחר חיפוש של חודשיים, את צי הפלישה הצרפתי עוגן במפרץ אבו קיר. בקרב שהתחולל ב־1 באוגוסט 1798 השמיד נלסון את הצי הצרפתי.
נפוליאון ואנשיו היו עתה ללא כל יכולת לחזור ממצרים לצרפת, או לקבל אספקה מצרפת. הם היו חיל כיבוש בארץ זרה, ומנותקים לחלוטין מן המקום ממנו באו.
אל צי הפלישה התלוו כמאה מדענים, חוקרים, אנשי צבא ואומנים. תרומתם לחקר התרבויות והגאוגרפיה של המקומות שאליהם פלש נפוליאון האפילה על ההישגים הצבאיים של המבצע הכושל, ולתוצאותיה הייתה השפעה נרחבת בהרבה מההיבט הצבאי. בין תוצאות אלו ניתן למנות את פיענוח כתב החרטומים לאחר גילוי אבן רוזטה, וכן את יצירת המפות המדויקות הראשונות על ידי הכרטוגרף פייר ז'אקוטן, שעמד בדרגת קולונל בראש צוות של מודדים ומהנדסים והשתמש באמצעים כרטוגרפיים מודרניים ובכלי מדידה בטכנולוגיה של המאה ה-19.
ההחלטה לכבוש את ארץ ישראל.
לאחר קרב אבוקיר היו נפוליאון וחייליו מבודדים. נפוליאון לא השכיל לקרב אליו את האוכלוסייה המקומית. הדיבורים על "התאסלמותו" כביכול, והכרוזים שהפיץ היו מחוות ריקות מתוכן. אומנם שלטון הממלוכים היה שנוא על העם המצרי, ששמח בתחילה מתבוסת איברהים ביי ומוראד ביי, ואף בזז את בתיהם, אך השליט הזר התגלה כשנוא עליהם אף יותר מן הממלוכים. בתחילה נערכו ניסיונות ליצור מועצות שלטוניות מקומיות, שבהן ניתן ייצוג לאוכלוסייה המקומית על כל גווניה, השייח'ים, הממלוכים, ונציגות צרפתית, אך אלו הסתברו כפורומים שמטרתם לרשום את הוראות הנציב הצרפתי המקומי שקיבל סמכויות דיקטטוריות.
אובדן הצי הצרפתי והשמועות על ברית חשאית בין הסולטאן ובין בריטניה, כמו גם פעולותיו של מוראד ביי, שהמשיך בלחץ צבאי כנגד הצרפתים במצרים העליונה, עודדו מאוד את מתנגדי נפוליאון במצרים, וניפצו את האגדה כי הכובשים הם בלתי מנוצחים. מרידה בקהיר ב־22 באוקטובר 1798 שדוכאה בכוח הזרוע, סיימה למעשה את העמדת הפנים של שיתוף הפעולה עם האוכלוסייה המצרית המקומית. הפגיעה במהלך הפעולה לדיכוי המרד במסגד אל-אזהר, היוותה עלבון קשה.
השמועות בדבר הברית בין הסולטאן והבריטים התגברו. ראש ממשלת בריטניה ויליאם פיט הבן מעולם לא הניח את נשקו כנגד צרפת. גם לאחר שמדינות כאוסטריה חתמו על הסכמי שלום נפרדים עם צרפת, המשיכה בריטניה במאמצים דיפלומטיים על מנת להמשיך את המאבק כנגד מה שנראה כשליטה צרפתית ביבשת אירופה. בדצמבר 1798 נראה היה כי מאמצים אלו נושאים פרי, וכי קואליציה נוספת נוצרה כנגד צרפת ביבשת. אנגליה, רוסיה, אוסטריה וממלכת נאפולי הכריזו על מלחמה נגד הרפובליקה הצרפתית, והפעם הצטרפה אליהם אף האימפריה העות'מאנית, שמצרים הייתה אמורה להיות חלק משטחה. גם כאן באה אל סופה העמדת הפנים של נפוליאון, כאילו נועד מסע הכיבוש להשליט את השליט החוקי העות'מאני במצרים. הנאמנות המוזרה שנדרשה מתושבי מצרים במהלך החודשים הראשונים לפלישה - נאמנות לנפוליאון ולסולטאן כאחד, הוכחה כבלתי אפשרית.
נפוליאון העריך בשלב זה כי הפעולה נגדו תיערך בתנועת מלקחיים - נחיתה בריטית בחופי מצרים שתסתייע בתנועת חיילים שיגיעו דרך ארץ ישראל וסיני. נפוליאון העריך כי הנחיתה הבריטית אינה אפשרית בחודשי החורף. לפיכך העדיף להקדים, ולהשמיד את זרוע המלקחיים הימנית, בכך שיתפוס את ארץ ישראל וסוריה וימנע בכך כל תנועה של כוחות צבא ואספקה בריטיים דרכן אל מצרים. לכל זאת יש להוסיף את הצורך הצבאי שנוצר להשמיד את כוחותיו הנותרים של איברהים ביי, שמצאו מקלט באל עריש וברצועת עזה, ואת כוחותיו של אחמד אל ג'זאר, פחת צידון, היושב בעכו והנאמן לסולטאן, אשר היוו אף הם איום שיש להתחשב בו.
ההכנה למסע נערכה בדקדקנות במשך חודשים. בין היתר ערך נפוליאון מסע אישי לסיני על מנת לבחון את תנאי השטח. במהלך חציית ים סוף מדרום לעיר סואץ כמעט וטבע, שכן חצה את הים בשעות הבוקר בזמן השפל וניסה לחצות בחזרה בשעות הלילה, במקום אחר, בשעת הגאות. בימיו האחרונים באי סנט הלנה נזכר נפוליאון באירוע, וטען כי באותו היום היה בסכנה הגדולה ביותר בחייו, וכמעט שסיים את חייו באותה צורה שבה סיים פרעה את חייו, דבר שהיה נותן למטיפים הנוצרים חומר תעמולתי נגדו במשך הדורות הבאים. באותם ימים החל בתכנון מעשי ראשון של חפירת תעלת סואץ, שהושלמה בסופו של דבר בידי הצרפתי פרדיננד דה לספס, כמה עשרות שנים לאחר מכן.
קרב אל עריש.
ב־6 בפברואר 1799 יצאו חיילו של נפוליאון בדרכו אל ארץ ישראל. החיל כלל כשנים עשר אלף איש, מהם כעשרת אלפים רגלים, וכן ארטילריה וגדודים מיוחדים של פרשי גמלים. כוח החלוץ, דיוויזיה בפיקודו של הגנרל ז'אן לואי אבנעזר רנייה הקדימה את צאתה על מנת לתפוש את מצודת אל עריש, ושאר הכוח כלל שלוש דיוויזיות. נפוליאון עצמו פיקד על אחת הדיוויזיות, (כאשר תחתיו פועל שלישו לואי אלכסנדר ברתייה), והאחרות היו תחת פיקוד הגנרלים ז'אן-בטיסט קלבר וז'אן לאן.
כשל מודיעיני גרם לכך שהכוח לא היה מודע לחוזקה של מצודת אל עריש, ולכוחם של המחזיקים בה. תותחי המצור הכבדים, שיכולים היו להכריע את המצור באופן מהיר, נשלחו בדרך הים אל עכו, בהנחה שייאספו בנמל עכו כאשר זו תיפול בידי נפוליאון בהמשך המסע, וכי גרירתם דרך חולות המדבר לאל עריש אך תעכב את המסע המסובך גם כך מבחינה לוגיסטית.
כאשר הגיע רנייה לאל עריש ב־8 בפברואר 1799 מצא כי המדובר במצודה חזקה, המוחזקת על ידי כוח של כ-1,500 חיילים, רובם פרשים ממוצא אלבני וכן חיילים מן המגרב (מרוקו). כן נמצאו במקום כמה משרידי כוחו של איברהים ביי, אשר מצאו במקום מפלט לאחר התבוסה בקרב הפירמידות.
ההתנגדות במבצר הייתה עזה ביותר. הכפר אל עריש נפל אומנם (לאחר לחימה קשה מבית לבית), אולם המצודה, ועימה מקורות המים היקרים כל כך לצבא האלפים הצועד במדבר, החזיקה מעמד. כבר בשלב זה נשקפה סכנה לכוח הפולש, שכן תכנונו של המסע על ידי נפוליאון הסתמך על תפיסת אל עריש בידי כוח החלוץ, כדי שתשמש בסיס אספקה לכוחות העתידים לבוא.
לאחר מצור בן אחד-עשר ימים, אשר כלל עימות עם חלק מחיילי חיל המצב של המצודה שנותרו מחוץ למצודה לאחר תחילת המצור, ואיימו על כוח הצר, ולאחר ששאר שלוש הדיוויזיות הגיעו וצרו על המצודה, נפלה אל עריש לידיו של קלבר ב־19 בפברואר 1799. נפוליאון שחרר את רוב חיילי המצודה והשביע אותם כי ירוצו ישירות עד בגדאד ולא יילחמו בו שוב לעולם. במסעו צפונה יפגוש שוב רבים מהם, שכן רובם הצטרפו מיד לחילות אל ג'זאר בעזה וביפו.
קרב אל עריש היה ראשון המכשולים במה שתוכנן להיות מלחמת בזק. נפוליאון תכנן את המסע כולו (ואף ביצע אותו) לשלושה חודשים לערך. העיכוב בן אחד-עשר הימים בתוכניות שנגרם עקב המצור על אל עריש, היה רק תחילתם של השיבושים במסע המתוכנן.
ב-23 בפברואר חדר נפוליאון לארץ ישראל ליד רפיח, במקום שבו נקבע גבולה של הארץ מאה שנה מאוחר יותר, אם כי באותה תקופה לא היה למיקום הזה משמעות מיוחדת או הבחנה ברורה בין שנמצא ממערב וממזרח לו.
כיבוש עזה ורמלה.
נפוליאון המשיך בדרכו צפונה ממדבר סיני לאחר חציית הגבול ברפיח. ב־24 בפברואר 1799 כבש את עזה לאחר קרב קצר, וב-1 במרץ חנה נפוליאון ברמלה אשר נכבשה ללא התנגדות, וישן שם במנזר הקתולי. עד היום מראים הנזירים את החדר שבו ישן נפוליאון.
מזכירו האישי של נפוליאון, בוריין, מספר בזכרונותיו על ההתלבטות שעמדה בפני נפוליאון לאן להמשיך מרמלה, צפונה אל נמלי יפו ועכו או לחדור לפנים הארץ, לכיוון ירושלים דרך מעברי ההרים. משהציע בוריין לנפוליאון כי ישים פעמיו לירושלים, אמר לו נפוליאון "או לא. ירושלים אינה בקו המבצעים שלי. איני חפץ להיות מוטרד בידי אנשי ההרים בדרכים משובשות, ובצד השני של הדרך להיות מותקף בידי נחילי פרשים".
שיקול זה הוא שיקול הגיוני, בהתחשב בעובדה כי מטרת מסעו של נפוליאון הייתה מלכתחילה חסימת דרכו של הצבא העות'מאני מצפון, ולשם כך היה עליו לתפוס את המעברים בצפון הארץ, וכן את נמלי הים ביפו ובעכו. ירושלים אינה נחוצה לצורך זה. נפוליאון הסתפק במשלוח מכתב לתושבי ירושלים לפיו לא יפגע בהם לרעה אם לא יפעלו נגדו. מכתב זה לא נענה.
מרמלה המשיך נפוליאון צפונה לאזור יפו, ומעולם לא היה בירושלים. מסתבר כי האגדות הכורכות את שמו של נפוליאון עם ירושלים הן אך בדיה, כמו האגדה כי מעל יד אבשלום התנוססה דמות יד, שנפוליאון פגע בה ביריית תותח, משום שכעס על אבשלום על שמרד באביו דוד.
בעת שהותו של נפוליאון ברמלה, בטרם פנה אל יפו, נפוצה שמועה כי פניו מועדות לירושלים. יהודי העיר השתתפו בעבודות ביצור העיר, ואף קיבלו רשות מרב העיר, משה יוסף מרדכי מיוחס, לעבוד ביום השבת. לעובדה זו ישנה חשיבות לנוכח ניסיונותיו של נפוליאון לאחר מכן להטות את לבם של היהודים כלפיו בהבטחות לגאולה לאומית.