בשנת 2004, טען תיאודור שקלס, נשיא מכללת רנדולף-מקון, כי במהלך הדיון בסוגיית האיידס, ניסה מבקי לתאר את המערב בתור שעיר לעזאזל על מנת לאחד מאחוריו את הרוב במדינה. מנגד, הציע ברטון גלמן הסבר אלטרנטיבי לתולדת השקפותיו של מבקי, תוך תיאורו כ-"...מין אינטלקט חסר מנוחה, שאוהב לגלוש רבות באינטרנט ולהציב את עצמו לצידם של אלו המתנגדים לממסד. אחרי הכל, הוא בילה את כל חייו הבוגרים בלחימה באפרטהייד...". בנוסף ציין כי גם אילו מבקי היה עוקב וממלא כל המלצה של הקהילה המדעית המרכזית בנוגע למניעת איידס, עדיין לא הייתה ביכולתו את האפשרות לפתור המצוקה, ולכן, לדברי גלמן, מבקי "שמר על אי-הודאות המדעית בחיים משום שאינו רצה להציג את עצמו כחסר אונים".
הכחשת האיידס בדרום אפריקה לאורך השנים.
ב-10 במאי 1994, מונה נלסון מנדלה לנשיא דרום אפריקה, עד שהוחלף על ידי תאבו מבקי לאחר כהונה בת חמש שנים. במהלך כהונתו, נותר מנדלה אדיש במידה רבה לאיידס/HIV ולא נהג לדבר אודות הסכנה הנשקפת לדרום אפריקה עד תחילת שנות ה -2000. מנדלה לאחר מכן הביע צער על כך שלא עשה יותר מאמצים להילחם באיידס במהלך כהונתו.
בתחילת 1997 ניגש מבקי, שהיה אז סגן נשיא דרום אפריקה, אל חברי הקונגרס הלאומי האפריקאי, במטרה להציג את השימוש האפשרי בתרופה חדשה נגד איידס, שפותחה בדרום אפריקה, הנקראת וירודאן. יתרונותיה, אשר קסמו למבקי על פני התרופות האנטי-רטרוויראליות שהיו קיימות בשוק, כללו עלותה הנמוכה (כ־0.5% ממחיר הטיפול האנטי-רטרוויראלי המשולב) ואת האפשרות לעקוף את הממסד הרפואי המערבי אם הטיפול בו יוכח כאפקטיבי. מהלך זה הוביל לזימונם של קבוצת חולי איידס שטופלו בתרופה להעיד בפני הקבינט של דרום אפריקה. העדויות שלהם כללו הצהרות רבות על עלייה במשקל, והעלמות שלפוחיות ופצעים מפניהם לאחר שהתחילו בטיפול.
עם זאת, יצוין כי רישיונם של יצרני וירודאן נשלל בעבר על ידי המועצה הרפואית לתרופות דרום אפריקאיות. החברה טענה כי צעד זה ננקט משום שממסד האיידס הדרום אפריקאי לא רצה בכך ששום תרופות מלבד האנטי-רטרוויראליות תהיינה זמינות, היות שהוא ממומן על ידי חברות תרופות מערביות. מבקי השתכנע מטיעון זה ולאחר מכן אושר הטיפול בווירודאן באופן חוקי וקודם באינטנסיביות בכלי התקשורת, עד שהתברר כמהווה סכנה בריאותית חמורה, ושימושו הוצא מן החוק.
ב-14 ביוני 1999, נבחר מבקי לנשיא דרום אפריקה
ב -26 בספטמבר של שנה זו, אישר דוברו של מבקי כי מבקי אכן הצהיר שאינו מכיר אף חולה איידס. הערה זו עוררה ביקורת רבה מצד פעילי איידס ופוליטיקאים באופוזיציה במדינה, כאשר אחד ממבקריו אף ציין כי מבקי "אינו חי בדרום אפריקה האמיתית".
כאשר נשאל מבקי על ידי הפרלמנט הדרום אפריקאי אם הוא סבור כי אונס מילא תפקיד כלשהו בהפצת מחלת האיידס, השיב כי "מחלת הגזענות" הובילה שהשחורים יתוארו כ"עצלנים, שקרנים, מצחינים, חולים, מושחתים, אלימים, לא מוסריים, סוטים, פראי אדם ואונסים". במאמר דעה שנכתב כעבור ארבע שנים, רוג'ר כהן ציטט את ההערה הזאת כראיה לכך שמבקי ראה בHIV ואיידס "שקר שהופץ על אפריקאים על ידי לבנים המנסים להסיח את היבשת מבעיותיה האמתיות בדמות של גזענות ועוני, וכי שקר זה אומץ על ידי שחורים שגדלו תחת מנטליות העבדות שהוליד האפרטהייד".
מתיאס ראת', רופא ואיש עסקים גרמני, נסע לדרום אפריקה על מנת למכור ויטמינים אשר טען כי יעילים בריפוי איידס. הוא החל לארגן ניסויים קליניים לבחון את יעילותם של ויטמינים אלה, התעוררה ביקורת בקרב ארגוני המאבק באיידס שהובילה לתביעתו מאוחר יותר באותה שנה. עם זאת, שרת הבריאות של דרום אפריקה, צ'אבללה מסימאנג עמדה לצידו של ראת' ואף הופיעה בפורום בחודש אפריל כדי להגן על "זכותו לחופש ביטוי" של ראת' ולטעון כי לתרופותיו "תוקף שווה" לתרופות אנטי-רטרוויראליות. רק לאחר מאבק משפטי ממושך עם המועצה הרפואית לתרופות דרום אפריקאיות, הוכרזו הניסויים לבסוף כבלתי חוקיים. פעילי איידס קשרו את שיווקם ותפוצתם של וויטמינים אלו על ידי ראת' למותם של מספר חולי איידס/HIV.
ב-9 באוגוסט, למרות דרישות חוזרות ונשנות לפיטוריה של שרת הבריאות צ'אבללה מסימאנג, מבקי החליט לפטר את מדלאלה-רוטלדג', שכיהנה כממלאת מקומה ושרת הבריאות בפועל, והייתה ממבקריה הגדולים של מדיניות מבקי. הסיבה הרשמית לפיטורים אלו הייתה שמדלאלה-רוטלדג' נכחה בוועידת האיידס ללא רשותו, אך מבקרים רבים טענו כי זהו לא יותר מתירוץ בשביל להדיח את מתנגדיו. מאחר שמעט בכירים בשלטון דרום אפריקה היו מוכנים לבקר את השקפת עולמו של מקבי, המגזין The Economist הביע את חששותיו מפיטורי מדללה-רוטלג' ומנסיגה מהמדיניות שעזרה להטמיע.
ב-31 לאותו החודש, חרף מתקפה תקשורתית על צ'אבללה מסימאנג בעקבות דברים שאמרה בהם הכחישה כי מחלת האיידס נגרמת על ידי נגיף הHIV וכן בעקבות קידומה של שיטות לא שגרתיות לטיפול במחלה, קפץ מבקי להגנתה, וכתב בכתב העת הדרום-אפריקאי ANC Today כי היא תיזכר בדפי ההיסטוריה בתור "... אחת מחלוצי הארכיטקטים לבניית מערכת בריאות הציבור הדרום אפריקאי אשר מטרתה להבטיח את בריאות כל תושבינו ובעיקר תושבינו קשי היום", בנוסף הוא טען כי צ'אבללה מסימאנג "גיבורה”, וכי מבקריה הם "חיות”.
ביקורת על ההתנהלות בזמן כהונתו של מבקי.
בזמן כהונתו של מבקי, חוקרים רבים מעולם הרפואה ביקרו את מדיניותו בנוגע לנגיף האיידס, וטענו כי מדיניות זאת תביא למקרי מוות רבים. גם רוברט רוטברג, מאוניברסיטת הרווארד, היה ממבקריו של מקבי ובשנת 2000 אמר כי "זה טיפשי ולא אופייני לו". בשנת 2002 מדיניותו של מקבי נתקלה בביקורת נוקבת אף יותר, הפעם מנלסון מנדלה, אשר אמר בראיון "מדובר במלחמה. זה (איידס) הרג יותר אנשים מאשר כל המלחמות ומאשר כל אסונות הטבע. אסור לנו להמשיך להתדיין, להתווכח, כאשר אנשים מתים." גם הארכיבישוף האנגליקני של קייפטאון, נג'ונגונקולו נדונגם, ביקר את המדיניות, כאשר טען כי הממשלה "חטאה" בכך ש"הסתירה את האמת ושמרה על שתיקת ההכחשה" בנוגע לאיידס. בנוסף לכל אלה, גם דזמונד טוטו דיבר בגלוי נגד מדיניות הכחשת האיידס של מקבי, והשווה אותם אל "ההונאה בזמן נפילת רומא". נדונגנה, בשיתוף עם מקס אסקס, טענו כי המדיניות הקלוקלת של מקבי אינה נובעת רק משיפוט לקוי - נדונגמה אף תיאר את מדיניות זו כפשע נגד האנושות באותו קנה מידה של האפרטהייד. לאחר שהתפרסם המחקר של צ'יגוודרה, אשר העריך כי מדיניות הכחשת האיידס בדרום אפריקה הוביל לכ-300,000 מקרי מוות, הפילוסוף, פיטר סינגר, טען בעקבות מסקנת המחקר כי "מקבי, בדיוק כמו מנדלה, היה מפעילי המאבק כנגד האפרטהייד. ועדיין מחקר הרווארד מראה כי הוא אחראי למוות של פי 5,000 מקרי מוות של שחורים בדרום אפריקה, יותר מהמשטרה הלבנה בדרום אפריקה אשר פתחה באש לעבר ההמון בשארפביל". סינגר גם כתב כי אף על פי שמקבי לא מונע מכוונות זדון בנוגע למדיניות האיידס שלו, הוא "אשם, לא על התמיכה בדעה הנתמכת על ידי מיעוט בעולם המדע, אלא על ההיצמדות לדעה זאת מבלי לאפשר לדעה זאת להיבדק בדיון הוגן ופתוח בין מומחים". מבקרים אחרים, כמו קרי קרושינקי, ציינו שדרום אפריקה, בשונה משכינותיה, "...יש לה את אנשי הרפואה, ואת האמצעים הכלכליים בשביל להתמודד עם אתגרי הHIV והאיידס", ולכן העובדה שמקורות אלו לא באו לידי שימוש כל כך הרבה זמן מצערת.
היקף הפגיעה כתוצאה מהמדיניות הרשלנית בדרום אפריקה והמצב לאחרונה.
פעילי איידס וחוקרים בתחום טענו במשך שנים כי המדיניות הרשלנית בנושא ה-HIV של נשיא דרום אפריקה לשעבר, תאבו מבקי, גרמה לאובדן מסיבי ובלתי נסבל של חיי אדם. ניתן לומר כי כיום, הודות לעבודת התזה של דוקטורנט בהארוורד בבית הספר לבריאות הציבור (HSPH), אנו יודעים לאמוד את היקף הנזק.
יותר מ -330,000 בני אדם מתו בטרם עת מאיידס/HIV בין השנים 2000 ו -2005, בשל חסימתה של ממשלת מבקי לטיפול מציל חיים, ולפחות 35,000 תינוקות נולדו עם נשאים לנגיף האיידס, אשר ניתן היה למנוע.
אך לאחר מספר שנים ניכר שינוי משמעותי בגישה כלפי האיידס בדרום אפריקה. מספר האנשים המקבלים טיפול באיידס באמצעות המגזר הציבורי בדרום אפריקה גדל מפחות מ-500,000 בשנת 2008 ליותר משלושה מיליון עד שנת 2015. מנתוני המועצה למחקר רפואי של דרום אפריקה נראה כי תוחלת החיים של דרום אפריקה נסקה בחזרה למעלה משפל של גיל צעיר מ-53 בשנת 2005 לגיל 62 בשנת 2015, בין השאר כתוצאה מהעובדה שחיי התושבים נשמרו באמצעות טיפול באיידס. בעוד עלייה דרמטית זו מעידה על העשייה הטובה שנעשתה בהנהגתו של השר מוטוואלדי, היא גם עדות עד כמה קשה ופוגעת הייתה מדיניותו של מבקי בתוחלת החיים בדרום אפריקה.
בשנת 2016 ועידת האיידס הבינלאומית חזרה לדורבן שבדרום אפריקה. הפעם האחרונה בה הייתה בדורבן נחשבה במידה רבה לנקודת מפנה בתגובת האיידס העולמית. בסיומה של אותה ועידה ב -2000, אמר מנדלה: "בעולם התלותי והגלובלי הזה שוב נהיה שוב שומרי אחינו ואחותנו. המאבק המשותף נגד איידס/HIV הוא שלנו".
לפי הסקר הלאומי ל-HIV ועגבת בתרום-לידה שנערך בשנים 2005, 2007, ו-2011 אחוז הנשים ההרות הלוקות בHIV הוא:
לפי מחקר שנערך על ידי משרד הבריאות הדרום אפריקאי בשנת 2006, 13.3% מ-9,950 תושבי דרום אפריקה ממוצא שחור שהשתתפו במחקר היו נשאי HIV. מתוך 1,173 תושבי אפריקה לבני עור, 0.6% היו נשאי HIV.