הקרב החל כאשר מחנה מכה התקיף אולם הם נלחמו בסגנון הערבי הישן כאשר כל אחד מבתי האב מוביל את אנשיו שלו ללא פיקוד מרכזי. ואילו הכוחות המוסלמים שמרו על משמעת קפדנית. הם התייצבו בשורה צפופה והתגוננו בקשתות, היו הרוגים בשני הצדדים. מוחמד ירד ממגדל התצפית כדי להיות קרוב לכוחותיו, לפקד עליהם ולהלהיב אותם בקריאותיו. הוא נתן הוראה ללוחמיו להתקיף רק עם נשק שטווח המטרה שלו קרוב, ולהילחם כנגד קורייש רק במגע פנים אל פנים. הקרב עצמו נמשך כמה שעות בלבד עד לשעות אחר הצהרים המוקדמות. הכוחות המוסלמים החלו לגבור על אויביהם וכוחות מכה נפוצו בבהלה.
בין החללים של מכה היו גם אחד מראשי החמולות של שבט קורייש, אומיה בן ח'לף, ובנו שלחם עם אביו. הם נתפסו בידי הכוחות המוסלמים והוצאו להורג בעריפת ראשם. אבו גַ'הל ומספר מפקדים נוספים נהרגו בקרב.
מבין המוסלמים נהרגו 14 חיילים, ואילו בקרב צבא מכה נהרגו שבעים לוחמים ושבעים אחרים נשבו. החללים המוסלמים נקברו בקצה שדה המערכה וקברם משמש עד היום מקום עלייה לרגל. את גופות החללים של שבט קורייש זרקו המוסלמים לבאר יבשה.
עתה היה על מוחמד להתמודד עם שאלת חלוקת שלל המלחמה.
החלוקה נערכה על פי עקרון השוויון וכל משתתפי הקרב, גם הכוחות האחוריים, קבלו חלק שווה בשלל. מאה וחמישים גמלים, עשרה סוסים וערימה של ציוד וכלי נשק חולקו שווה בשווה. כל אחד שילם למוחמד מס ח'ומס (חמישית).
על פי החוק האסלאמי שבויי מלחמה נעשים לעבדים. במקרה המיוחד של קרב בדר, הוכרז שהשבויים המלומדים יהיו חופשיים לאחר מטלת לימוד והאחרים יוכלו לרכוש את שחרורם על ידי תשלום כופר. כמה מהשבויים שוחררו ללא כופר על פי מצוות מוחמד.
ההשלכות.
קרב בדר מסמל את ראשית עלייתו של האסלאם כגורם צבאי ופוליטי משמעותי בחצי האי ערב. ניצחונו של מוחמד בקרב זה, הרשים את השבטים המקומיים ורבים החלו להצטרף לשורותיו. ניתן אישור לסמכותו כמנהיג האסלם והחל תהליך התפשטותו. כמו כן, זמן קצר לאחר מכן הרגיש מוחמד בטוח במעמדו וגירש מבתיהם את אנשי השבט היהודי קינוקאע שישב בסביבות העיר מדינה.
הקרב במסורת האסלאמית.
על פי המסורת האסלאמית, קרב בדר הוא הקרב המכריע הראשון באסלאם.
אחת משיירות המסחר, בהנהגת מנהיג קוריש דאז, אבו סופיאן, הייתה בדרכה חזרה מסוריה למכה. סיור מזוין של המוסלמים הבחין בשיירה ומהר לחזור לאלמדינה כדי להודיע להם על השיירה הגדולה ועל מיקומה.
בשיירה היה רכוש רב של מנהיגי מכה. היו כאלף גמלים עמוסים בסחורה בשווי יותר מ-50,000 דינר (בערכים של הזמן ההוא). שומרי השיירה היו יותר מ-40 איש. זאת הייתה הזדמנות פז למוסלמים להכות במכה מכה כלכלית ניצחת. לכן, הנביא מוחמד, אמר למוסלמים:
"זאת שיירת הגמלים של מכה, ובה כספי ראשי הכופרים, אולי אַלְלָה ירצה שתיקחו את הכספים האלה".
מוחמד לא הכריח אף מוסלמי, והמוסלמים חשבו שזה יהיה אחד הסיורים שמתצפתים על דרך המסחר לאלמדינה בלי קרב. לכן הרבה אנשים לא יצאו עם מוחמד, ואלה שיצאו לקחו אתם מעט מאוד נשק.
מוחמד יצא ואתו 313 לוחמים, רובם מהתומכים (אלאנצאר) אנשי אלמדינה, ומיעוטם מהמהגרים (אלמוהאג'רון) ממכה. היו אתם סוס אחד או שניים, ו-70 גמלים. נס הפיקוד ניתן למוסעב בן עומיר. הפיקוד העליון נשאר בידי הנביא.
היוצאים חולקו ל-2:
1. חלק בפיקודו של סעד בן מועאד (אלאנצאר).
2. חלק בפיקודו של עלי בן אבו טאלב (אלמוהאג'רון).
המוסלמים יצאו מאלמדינה, כשכולם חושבים שזה עניין פשוט שאחריו יחזרו בשלום לאלמדינה. המוסלמים נעו לעבר דרך השיירות. לאחר מכן, לאחר שנודע להם כי השיירה עברה את האזור, סטו לעבר באר בשם "בדר".
באותו זמן ידע אבו סופיאן, מנהיג קוריש וראש השיירה, על בוא המוסלמים. הוא שלח שליח לקוריש כדי שיודיע להם ולדרוש מהם להציל את השיירה מידי המוסלמים. המוסלמים רצו לזכות בשיירה, להחזיר לעצמם חלק מהרכוש והכספים שנגזלו מהם, ולא להיכנס לקרב. אבל אַלְלָה רצה שתהיה הכרעה.
הסיפור מצוי בפסוקים אחדים בקוראן, מתחילת סורה 8, ושם נאמר:
אנשי מכה התכוננו לצאת לקרב. הצטרפו אליהם לוחמים משבטים תומכים אחרים. בהתחלה מנה צבא קוריש היוצא 1300 לוחמים, ואתם מאה סוסים, שש מאות מגנים, והרבה גמלים. המפקד העליון של לוחמי קוריש היה אבו ג'הל. צבא קוריש הלך לכיוון באר בדר במהירות. בדרך קבלו מסר מאבו סופיאן, האומר להם שהשיירה ניצלה ושהם יכולים לחזור למכה. כשהגיע מסר זה ללוחמי קוריש, רובם רצו לחזור למכה, אבל מפקדם, אבו ג'הל, התעקש וסירב לחזור, והחליט להגיע לבאר בדר בכל מחיר, ושם לחגוג את ניצחונו על המוסלמים (כדי שתחושת המנהיגות על השבטים תישאר למכה). חלק מאלה שרצו לחזור לא שמעו להפצרות אבו ג'הל וחזרו למכה בלי מלחמה. החוזרים היו בני שבט זהרה. מצבא מכה נשארו כ-1000. המוסלמים חששו שאם ייסוגו עכשיו לאלמדינה, ירדוף אחריהם צבא מכה, והקרב יתרחש בתוך אלמדינה ובין בתיה. מוחמד, ערך ישיבת התייעצות עם מפקדי ולוחמי המוסלמים. הם אמרו לנביא, להמשיך בדרכו והם אחריו, ואפילו לפניו. אחד המוסלמים, בשם אלמוקדאד אמר לו: "המשך, ואנחנו אתך! לא נאמר לך מה שאמרו אחרים לנביאם: לֵךְ אתה ואלוהיך והילחמו לכם שניכם, ואילו אנו נשארים יושבים. אנו אומרים לךָ, לֵךְ אתה וריבונך להילחם, ואנו אתכם במלחמה הזאת!".
מוחמד, היה מרוצה מעמדת פקודיו. הוא, בעצמו, וחברו אבו בכר, יצאו לאסוף מידע על צבא קוריש. בלילה ירד גשם זלעפות על צבא מכה. בזמן שהיה גשם קל על צבא המוסלמים. לאחר איסוף המידע, מהר הנביא מוחמד, לבאר בדר כדי לשלוט במימיו ולא לאפשר לצבא מכה לשתות ממנו. המוסלמים חנו במקום מסוים ליד הבאר, ואז אמר אחד המוסלמים בשם אלחבאב, שהיה מומחה לענייני צבא, למוחמד: "האם לחנות כאן זאת עצת אַלְלָה או החלטת אדם?" מוחמד אמר: "זאת החלטת אדם!" אלחבאב אמר: "אני מציע שנחנה במקום אחר, כדי שנשלוט על כל מימי בדר, ונמנע מהכופרים לשתות".
אז מוחמד, שמע בעצמת חבאב, וצבא המוסלמים חנה במקום שהציע. המוסלמים בנו למוחמד חמ"ל קדמי, סוכה שממנה ישלוט בקרב. המוסלמים נרדמו בלילה לפני הקרב כדי להתכונן לקרב ביום המחר. אַלְלָה אמר בפסוק 11 מסורה 8 בקוראן:
"הוא הפיל עליכם תנומה של רוגע ממנו, והוריד עליכם מים מהשמיים כדי לטהר אתכם בהם וכדי להעביר את נגע השטן מעליכם, ולמען יחשל את לבכם ויציב איתן את רגליכם".
המידע של מודיעין מכה על המוסלמים, שהם כ-300 לוחמים, נשקם דל, וציודם דל, אבל ברור שילחמו עד טיפת הדם האחרונה. המודיעין של מכה הציע לכוחותיה לחזור למכה בלי קרב. כשראה המפקד אבו ג'הל שחלק גדול מצבאו רוצים לחזור למכה בלי קרב נגד המוסלמים, רצה להתחיל בקרב מיידי.
כשמוחמד הבין שהקרב תכף מתחיל, אמר לאלוהיו, לפני לוחמיו "הוי אַלְלָה, הנה קוריש באה בכל עצמתה, ובכל גאוותה, להילחם במאמינים שלך, ולהכחיש מה שאומר השליח שלך.
הוי אַלְלָה, תן לנו את ניצחונך שהבטחת לנו".
הנביא התחיל לסייר בין לוחמיו ולסדר אותם לקרב ובידו מקל.
הוא דחף במקל בבטנו של אחד הלוחמים שלא עמד במקומו. הלוחם אמר למוחמד: "הכאבת לי, שליח אַלְלָה, תן לי להחזיר לך את הדחיפה".
הנביא חשף את בטנו ואמר לחייל: תחזיר לי וקח את שלך.
הלוחם חיבק את בטנו של הנביא, ונישק אותה. כשנשאל הלוחם מדוע הוא עושה כך, אמר: שיהיה סוף מעשיי נגיעה בבשרו של נביאי האהוב עלי.
קרב בדר התחיל בקרבות בין יחידים, בין שלושה מקוריש ושלושה מהמוסלמים. שלושת אנשי קוריש נהרגו מיד. אחד משלושת המוסלמים נפצע ומת 5 ימים אחרי קרב בדר.
כשאנשי קוריש ראו ששלושה מטובי מפקדיהם ולוחמיהם נהרגו, הם התקיפו בפיקודו של אבו ג'הל כאיש אחד את המוסלמים. המוסלמים, מעמדות הגנה, הפילו עשרות מהכופרים כהרוגים. בזמן שהנביא מבקש כל הזמן מאלוהיו שיעזור למוסלמים לנצח בקרב. מוחמד היה אומר:
"הוי אַלְלָה, אם קבוצת המאמינים הזאת תנוצח היום, לא יהיו מי שיעבדוך אחרי היום הזה". אַלְלָה שלח את מלאכיו להילחם לצד המוסלמים. אַלְלָה אומר בפסוק מספר 9 בסורה מספר 8: "הנני מזמין לכם אלף מלאכים אשר יבואו בזה אחר זה".
הנביא נרדם לתנומה קלה. הוא התעורר ממנה ואמר למוסלמים: אני מבשר לכם, שהנה אני רואה את הניצחון בא!".
מוחמד, יצא מסוכתו, מילא את ידו בחול וחצץ דק וזרק אותו לעבר פרצופי קוריש, ואז אַלְלָה הוריד את פסוק 17 מסורה 8,ובוא אמר:" ולא אתה ידית, כאשר ידית, כי אם אַלְלָה ידה".
אחרי שזרק את החצץ והחול לעבר לוחמי קוריש, פקד מוחמד על לוחמיו להתקיף חזיתית. הלוחמים המוסלמים התקיפו בחירוף נפש, ובמיוחד כשראו שמוחמד נלחם לפניהם בחרבו. מוחמד היה אומר בקרב "הצבא הזה ינחל תבוסה וייסוג לאחור". פסוק 45 מסורה 54
הקרב התחמם והרבה ראשים מראשי הכופרים עפו ללא נגיעת חרב. לכן אמרו המוסלמים שאלה המלאכים. עד שכוחות מכה התחילו לסגת, ולברוח מזירת הקרב.
המוסלמים התחילו לקחת שבויים מלוחמי קוריש. אבו ג'הל ניסה להסית את לוחמיו ולאמץ את ידיהם להמשיך בקרב. אבל אט-אט, התחילו שורות הכופרים להתדלדל. החרבות והקשתות שהגנו על אבו ג'הל התמעטו והיה אפשר להשיגו. שני נערים מנערי המוסלמים חפשו את אבו ג'הל להורגו, כי הוא מקלל את שליח אַלְלָה. אחד מהנערים הכה בחרב את רגלו של אבו ג'הל והאחר פצע אותו פצעים אנושים.
עבדאַלְלָה בן מסעוד, אחד מגדולי חברי מוחמד, מצא את אבו ג'הל גוסס, והוא סיים את המלאכה. כשראה מוחמד את גופת אבו ג'הל, אמר "זה פרעה של הערבים".