בעודו מורחק ממוקד העניינים המשיך האנפשטנגל בתפקידו כאיש הקשר עם העיתונות הזרה עד לשנת 1937. בשנה זו נעשה ניסיון לחסלו באופן אלגנטי. באמתלה כי הוטל עליו לבצע משימה במסגרת תמיכתה של גרמניה הנאצית בכוחות הלאומנים במלחמת האזרחים בספרד, נועד האנפשטנגל לצנוח ממטוס על אדמת ספרד בשטח המוחזק על ידי הכוחות הרפובליקנים ולפעול כסוכן עבור הכוחות הלאומנים של פרנסיסקו פרנקו. הטיסה נערכה ב-10 בפברואר 1937, בעת הטיסה, כאשר שמע האנפשטנגל מהטייס פרטים נוספים על המשימה כביכול, הוא החל לחוש סכנה לחייו, הטייס הודה בפניו לבסוף כי היה עליו להצניחו לאמיתו של דבר בשטח המוחזק על ידי הלאומנים. בכך התאמתו חששותיו של האנפשטנגל כי מדובר בניסיון לחסלו. לבסוף התחשב הטייס בפחדיו, העמיד פנים כאילו יש תקלה במנוע והנחית את המטוס בשדה תעופה קטן ליד העיר לייפציג ואיפשר להאנפשטנגל להימלט. בשל תחושת הסכנה לחייו החליט האנפשטנגל להימלט מגרמניה. הוא בחר בערב אחד בו היטלר, גרינג וגבלס נוכחו בקונצרט של התזמורת הפילהרמונית של ברלין וחצה את הגבול לשווייץ.
אלברט שפר, מראשי המשטר הנאצי, שהיה האדריכל האישי של אדולף היטלר, טען בזכרונותיו כי המזימה לחסל את האנפשטנגל לא הייתה אלא מתיחה אכזרית. לדבריו סיפר גבלס, בעת סעודה בלשכתו של היטלר, כי האנפשנגל התבטא בזלזול על רוח הלחימה של החיילים הגרמנים שלחמו לצד כוחותיו של פרנקו. לשמע הדבר רתח היטלר מכעס ואמר "יש ללמד אותו לקח, את הברנש מוג הלב הזה, שיידע שאין לו כל זכות לחלק ציונים על מידת אומץ לבם של אחרים". שפאר המשיך ותיאר את השתלשלות העניינים שלאחר מכן:
גרסה שנתפרסמה בעיתון "נציונל צייטונג" (Nationale Zeitung) של בזל לאחר מכן קישרה את הנתק של האנפשטנגל מהיטלר ואת מנוסתו מגרמניה בכך שהאנפשטנגל, לדברי העיתון, חשף סוד צבאי ומדיני שגרם לנזק כבד. לדברי העיתון המרשל הסובייטי מיכאיל טוכאצ'בסקי, שנשפט והוצא להורג באשמת קונספירציה צבאית-טרוצקיסטית וריגול לטובת גרמניה הנאצית, אכן ריגל לטובת גרמניה והאנפשטנגל בפטפטנותו התרברב על קשריו עם המרשל, חשף סוד זה וגרם למותו של המרשל. לגרסה זו לא יהיו בעתיד כל סימוכין והדעה הרווחת היא כי המרשל היה חף מפשע באשמת בגידה לטובת גרמניה והוצא להורג כקרבן שווא.
S-Project.
לאחר שהגיע לשווייץ ניסתה ההנהגה הנאצית לשדל את האנפשטנגל לשוב לגרמניה. גרינג ביקש ממנו לראות את תקרית המטוס כבדיחה וגבלס הציע לו להשתתף בהפקת סרט קולנוע, אך הוא לא נענה. לאחר שהאנפשטנגל הצליח בדרך כלשהי להסדיר את יציאת בנו אגון בן השש עשרה מגרמניה, הוא עבר לבריטניה. בבריטניה הושם האנפשטנגל, בפרוץ מלחמת העולם השנייה, במעצר כנתין מדינת אויב. הוא נחקר על ידי קציני מודיעין בריטים וגילה נכונות לסייע להם. תוך כדי כך חשף גם את הגזענות והאנטישמיות הטבועות בו כשאמר לחוקריו: "ההרס של ההיטלריזם אינו אומר שיקומם של יהודי גרמניה". ופנה אל חוקריו במילים: "אנגלי בלונדיני חייב לדבר עם גרמני בלונדיני".
הבריטים לא נתנו בו אמון והשאירו אותו במעצר. בשנת 1940, כאשר סכנת הפלישה הגרמנית לבריטניה (מבצע ארי-הים) הפכה לאפשרות ממשית, הועברו נתיני האויב העצורים בבריטניה והאנפשטנגל בכללם למעצר בקנדה.
בשנת 1941 מינה הנשיא רוזוולט את העיתונאי ג'ון פרנקלין קרטר ואת
האנתרופולוג הנרי פילד לספק לו מידע על גולים מגרמניה ומהארצות הכבושות, כדי לאתר את אלו מביניהם שעלולים להיות מרגלים בשירות הנאצים. בשליחותו של הנשיא הגיע קרטר לקנדה וראיין את האנפשטנגל. קרטר השתכנע כי האנפשטנגל להוט לפעול למען בעלות הברית נגד גרמניה הנאצית. הוא דיווח על כך לנשיא והנשיא הורה להעביר את האנפשטנגל לארצות הברית. ב-30 ביוני 1942 הוטס האנפשטנגל לארצות הברית במטוס מיוחד תחת השם "ארנסט סדג'וויק". ושוכן במחנה צבאי ליד וושינגטון הבירה. שם נחקר על ידי קרטר ופילד, שרצו לבדוק את התאמתו לתפקיד שיוטל עליו. התרשמותו של פילד הייתה כי האנפשטנגל נראה כאדם בלתי נעים עם אישיות תוקפנית. הוא נחרד לשמוע מפי האנפשטנגל כי הגרמנים צופים מתקפה אמריקאית על קזבלנקה, זאת בזמן שהנחיתה האמריקאית על חופי צפון אפריקה הייתה בשלבי תכנון, והסיק כי קרתה דליפת מידע ביטחוני. רק התערבותו של הנשיא הרגיעה אותו והפיגה את חששותיו כי האנפשטנגל פעל מלכתחילה כמרגל גרמני.
הנשיא רוזוולט, שהכיר אישית את האנפשטנגל מתקופת לימודיהם המשותפת באוניברסיטת הרווארד, סירב להפגש עמו, אבל לאחר שקרא דוחות מחקירתו הסכים לפוגשו ולגייסו למאבק. וינסטון צ'רצ'יל, לעומת זאת, התנגד לכך מפני ששלל את ההבחנה בין נאצים לשעבר טובים לרעים. האנפשטנגל הופגש עם הנשיא. שיחתו עם הנשיא נגעה לפעילותו העתידה בשרותו של המשרד לשירותים אסטרטגיים - ה-OSS. האנפשטנגל, שלא היה יכול להשתחרר מן האנטישמיות שלו, מצא לנכון להתבטא בצורה אנטישמית ובהתנשאות מעמדית. הוא הסביר לנשיא כי ההתנהגות של הצמרת הנאצית נגועה ב"שנאה עצמית יהודית". הוא תיאר באוזני הנשיא את גרמניה הנאצית כ"תוהו ובוהו דינמי" שנגרם על ידי יוצאי מעמד ביניים תחתון מנוון. מקצתם, לטענתו, ממוצא יהודי. בין אלו מנה את הנס פרנק, המושל של פולין הכבושה, שאבי סבו היה לדבריו יהודי. על אלפרד רוזנברג, האידאולוג הראשי של המפלגה הנאצית, אמר כי היה לכאורה תשעים וחמישה אחוז יהודי. שר החוץ הנאצי יואכים פון ריבנטרופ היה לדבריו מקורב לחוגי יהודים עשירים. בשל "הנפש הנורדית" שלו הוא מצא לנכון להתרחק מהם. לדבריו "אפשר בהחלט לאבחן תכונות יהודיות מסוימות אצל האנטישמים האלימים ביותר".
חרף הבעת דעות זו, בשל החשיבות המודיעינית הנובעת מהיכרותו עם אנשי הצמרת הנאצית, הוטל על האנפשטנגל להיות יועץ ללוחמה פסיכולוגית ופוליטית במלחמה נגד גרמניה הנאצית. הוא הוצב בחווה במדינת וירג'יניה, לשם מילוי תפקידו זה במסגרת מיזם מודיעיני שנקרא S-Project. המיזם נועד לרכז מידע ממקור ראשון על אנשי הצמרת של המשטר הנאצי, אורח חייהם, חולשותיהם וסטיותיהם ולהרכיב פרופיל פסיכולוגי לכל אחד מהם. לצורך כך לא היה האנפשטנל רק נאצי לשעבר, אלה אדם שליווה את היטלר מאז שנת 1922, אחת עשרה שנים לפני עלייתו של היטלר לשלטון, ושימש איש הקשר שלו לעיתונות הזרה במשך ארבע שנות שלטונו הראשונות. ככזה היה מקור בלתי נדלה למידע פנימי מחוגי השלטון בגרמניה הנאצית. הקשר האישי ארוך השנים שלו אל היטלר איפשר לו גם לספק הסברים למעשיו והחלטותיו ותחזיות על המשך צעדיו. האנפשטנגל סיפק מידע על 400 אישי צמרת. על היטלר בלבד הכין דו"ח בן 68 עמודים.
בשנת 1943 ביקש ראש ה-OSS, הגנרל ויליאם דונובן, מד"ר ולטר לנגר, פסיכואנליטיקאי אמריקאי ממוצא גרמני, לערוך ניתוח פסיכולוגי מפורט של אדולף היטלר ולהשיב בעיקר על שתי שאלות: הראשונה - מתוך הנחה שהיטלר הוא סוטה מין, מהי סטייתו? והשנייה - אם גרמניה תובס במלחמה, האם ישנה אפשרות שהיטלר ייכנע? ד"ר לנגר, בעזרת שלושה מומחים, שני פסיכיאטרים ופרופסור למחקר סוציאלי, בדק את כל המידע בדבר הביוגרפיה של היטלר, את החומר המודיעיני אודותיו וערך ראיונות למספר עדים, שהכירו את היטלר אישית בגרמניה, אשר הגיעו לארצות הברית. ארנסט האנפשטנגל והרמן ראושנינג, מי שהיה הנשיא הנאצי של הסנאט של העיר החופשית דנציג, שהפך למתנגד לנאצים, ברח לארצות הברית ופרסם את הספר "שיחותי עם היטלר", היו מחשובי העדים. את ממצאיו הגיש ד"ר לנגר בדו"ח מפורט בן עשרות רבות של עמודים ובו ניתוח פסיכואנליטי של היטלר, הרקע המשפחתי החריג שלו, תסביכיו והאנטישמיות שלו. במענה לשאלה בדבר סטיותיו המיניות של היטלר השיב ד"ר לנגר תשובה שלא ניתן היה להוכיחה באותה עת ואף לא בעתיד לבוא, אך באשר לשאלת התנהגותו הצפויה של היטלר אם תובס גרמניה במלחמה, השיב ד"ר לנגר תשובה חד-משמעית, כי היטלר לא ינהל שום משא ומתן לכניעה או להסדר, אלא יתאבד. תחזית זו אומתה במציאות כאשר היטלר שם קץ לחייו ב-30 באפריל 1945 בבונקר שלו בברלין.
המידע שמסר האנפשטנגל ל-OSS היה רב ערך והועבר אל מחלקת המדינה, אל המשרד למידע מלחמתי (Office of War Information), שתפקידו היה להפיץ תעמולה על האויב המבוססת על נתוני אמת, וכן אל המודיעין של צי ארצות הברית.
בשנת 1944, כאשר מעגל המלחמה כבר התהפך ותבוסתה של גרמניה הנאצית כבר נראתה לעין, לא היה הנשיא רוזוולט זקוק יותר לשירותיו של האנפשטנגל. ההקצבות הכספיות למיזם הופסקו והוא הוחזר לבריטניה להמשך מעצרו.
לאחר המלחמה.
הבריטים המשיכו להחזיק את האנפשטנגל במעצר גם לאחר תום המלחמה. רק ב-3 בספטמבר 1946 שב האנפשטנגל לגרמניה. בגרמניה הוא הועמד בפני אחד מבתי הדין לדה-נאציפיקציה, טריבונלים שנועדו למנוע עמדות השפעה מאנשי המשטר הנאצי ולהביא להעמדתם לדין של פושעי מלחמה נאצים. האנפשטנגל טען כי מאחר שברח מגרמניה הנאצית הרי הוא ממילא אנטי-נאצי. שמו טוהר ב-13 בינואר 1949 כאשר בית הדין החליט כי אין להעמידו לדין כנאצי מאחר שהוא נכלל בספר השחור, שהיה רשימת אישים ומנהיגים בבריטניה, שהוכנה על ידי הנאצים בשנת 1940 לקראת מבצע ארי הים לכיבושה של בריטניה, אשר הגסטפו אמור היה לעצרם וחסלם. הותר לו להמשיך ולהפעיל את העסק המשפחתי של מסחר בחפצי אמנות. הוא עשה חיל בעסקיו והמשיך להתגורר בווילה המשפחתית המפוארת שבה נהג לארח בעבר את היטלר וראשי הנאצים.