מושל לוב, איטלו באלבו, ניסה להשפיע על מוסוליני לדחות או להקל את הגזרות בתואנה כי הם ימוטטו את כלכלת לוב. בניטו מוסוליני אישר לבלבו לקיים את חוקי הגזע כראות עיניו בלוב. למרות ההגנה היחסית שהייתה בתקופתו ליהודים, פוטרו עובדי ממשלה יהודים, ילדים הוצאו מבתי ספר ממלכתיים, מעבר בין ערים חויב ברישיון ועוד.
מהמחצית השנייה של 1940, בשל מות באלבו ובשל הצטרפותה של איטליה למלחמת העולם השנייה לצד גרמניה, הורע מצבם של היהודים. העיר טריפולי כולה שררה באנדרלמוסיה בשל פגיעות המלחמה.  רובע היהודי בטריפולי נפגע קשות מהפצצות צרפת ובריטניה, יהודים רבים נהרגו ונזקים כבדים נגרמו לרכוש. חלקם, כמו גם אוכלוסייה מוסלמית, ברחו לפנים הארץ. הקהילה היהודית בטריפולי שכרה בתי מגורים לנזקקים, הקימה מקלט תת-קרקעי ואף דאגה לחינוך חלופי לילדים שסולקו מבתי הספר.
ככל שחלף הזמן הלכו והוחמרו חוקי הגזע; יהודי מחוז קירינאיקה נשלחו למחנה ריכוז במחוז טריפוליטניה, מירב כוח העבודה של הקהילה בטריפולי נשלח למחנות עבודה בכפייה, יהודים בעלי נתינות של מדינות אויב הוגלו, וכל יתר הקהילה סבלה מחוקים גזעניים אשר פגעו קשה במעמדם הכלכלי והחברתי.
באמצע שנת 1942 החל מושל לוב להוציא צווים המחמירים את החקיקה הגזענית. ליהודים נאסר לבצע עסקאות נדל"ן מחוץ לקהילה, נאסר סחר חוץ, נאסר לפרסם חומר שאינו בתחום הדתי ועוד.
יהודי מחוז קירינאיקה בזמן חילופי השלטון.
שימוש מואץ בחוקי הגזע הביא את היהודים לאבד את אמונם בשלטון האיטלקי ולתמוך בכיבוש הבריטי. כאשר בריטניה כבשה לראשונה את מחוז קירינאיקה ב-9 בדצמבר 1940, שוחררו היהודים מעול חוקי הגזע. היהודים לא הסתירו את אהדתם לצבא המשחרר, במיוחד בשל המפגש עם חיילים יהודים מארץ ישראל, מהיחידה הארצישראלית הבריטית. החיילים הרבו להיפגש עם הקהילה בבנגאזי, חידשו את הפעילות הציונית וסייעו בפעילות החינוכית.
ב-3 באפריל 1941 כוחות איטלקים-גרמנים הדפו את הצבא הבריטי מבנגאזי, ואיתם נסוגו גם 250 יהודים. האזרחים האיטלקים ששהו בעיר בזמן השליטה הבריטית שמרו טינה ליהודים וביצעו בהם פרעות שבמהלכן נרצחו שני יהודים ורכוש רב נבזז ונהרס. כאשר חזר הסדר, השלטון האיטלקי עצר יהודים רבים בחשד לסיוע לאויב והאווירה האנטישמית הייתה בשיאה. בנובמבר אותה שנה בריטניה כבשה שוב את קירינאיקה והחיילים הארצישראליים ניסו לסייע לקהילה. אך בפברואר 1942 שב הצבא האיטלקי-גרמני לקירינאיקה. רק מספר פליטים יהודים קטן הצליח להימלט עם נסיגת הצבא הבריטי. איטליה החליטה להגלות את כל היהודים למחוז טריפוליטניה והטילה עונשים כבדים על אחדים מהם לרבות הטלת עונש מוות על שלושה יהודים. בעת הכיבוש האחרון של קירינאיקה בנובמבר 1942, נותר 360 יהודים מפוחדים אשר נזהרו מלבוא במגע עם הצבא הבריטי מחשש להיפוך שלטוני נוסף. לחיילים הארצישראליים היה חלק נכבד בשיקום שרידי הקהילה.
הפגיעה ביהודי קירינאיקה הייתה החמורה ביותר מכל קהילה אחרת בלוב. למעלה מ-500 יהודים נהרגו מתוך קהילה שמנתה 4,000 נפשות. חייהם של אלו ששרדו נותרו בסכנה. קרוב ל-2,600 יהודים נשלחו למחנה הריכוז ג'אדו ועוד כמה משפחות למחנה גריאן ולמחנה יפרן, כ-200 בעלי נתינות אנגלית הועברו לאיטליה וכ-250 בעלי נתינות צרפתית הועברו לתוניסיה.
מחנה הריכוז ג'אדו.
למחנה הריכוז ג'אדו הממוקם כ-235 ק"מ דרומית לטריפולי, נשלחו כאמור רובה המוחלט של קהילות קירינאיקה לרבות קהילת בנגאזי. הקהילה העירונית המשגשגת נדחקה לביתנים באותו מחנה צבאי ישן שהומר למחנה ריכוז. הביתנים היו ללא מחיצות, ולכל אחד מהם נדחסו כ-350 נפש בצפיפות נוראית. תנאי התברואה היו מחפירים ויהודים אף סבלו מתת-תזונה. המחנה, שנוהל על ידי קצינים איטלקים סיפק 100–150 גרם לחם ליום לצד אספקה שבועית קטנה של מזון בסיסי. היהודים היו אחראים לחלוקת המזון הדל, שלא הספיק. לאחר דחיות רבות של בקשותיהם של נציגי היהודים להגדלת קצבאות המזון, נעתרו לבסוף מפקדי המחנה והרשו לסוחרים ערבים למכור סוגי מזון בסיסיים יומיים בשבוע. המוצרים נמכרו ביוקר ורק מעטים יכלו לרכושם. לאחר בקשות רבות אחרות אושר גם סיוע מהקהילה בטריפולי.
בינואר 1943, ימים ספורים לפני כיבוש המחנה בידי בעלות הברית, נקראו כל עצירי המחנה לרחבה הכללית אל מול מכונות הירייה. תחושתם של אנשי המחנה הייתה שבכל רגע תתקבל שיחת הטלפון שתפקוד על הירי. כשהגיעה שיחה זו, הפקודה לא נשמעה. לאחר מספר ימים נסוגו שומרי המחנה, וכ-200 עצירים ברחו על נפשותיהם.
בבוא הבריטים למחנה הם מצאו את רוב היהודים במצב רעוע ולא מאורגן. בחודש מרץ אותה השנה ביקר במחנה הרב הצבאי הבריטי אורבך, שקיבל את הסכמת הממשל להעלות כ-60 יהודים לארץ ישראל. פליטי המחנה הועברו תחילה לטריפולי וגרמו לנטל גדול על הקהילה המקומית, ועד אוקטובר 1943, שבו מרבית הניצולים לבנגאזי. פני הקהילה לא חזרו לקדמותם, רק מעטים הצליחו להתייצב כלכלית. קרוב ל-600 נפש נספו, מתוך 2,600 היהודים ששהו במחנה הריכוז ג'אדו.
עבודות כפייה.
בסוף יוני 1942 פרסם מושל לוב צו המשווה את מעמדם החוקי של הגברים בלוב לאלו שבאיטליה, ומשמעות הדבר הייתה גיוסם לשירות אזרחי של כל הגברים בני 18–45. באוגוסט 1942, כ-3,000 יהודים נשלחו למחנה העבודה "סידי עזאז" סמוך לכ'מוס, אך בשל העדר תשתית מתאימה לקליטתם, נותרו במקום בין 600 ל-1,000 יהודים והיתר הוחזרו לבתיהם, לעבודות בשירות המדינה בעיר ולמחנות עבודה בקירינאיקה. יהודים אלו היוו כוח עבודה משמעותי שחסר לקהילה והקשה עליה כלכלית.
המחנה היה מבודד ומדברי, ושומריו המעטים היו איטלקיים. לא היו מבנים אלא רק אוהלים. המחנה היה פתוח, ועשירי המחנה אף רכשו מוצרי מזון בכ'מוס ולעיתים חלקו אותו עם האחרים. עם הזמן גם החלו משפחות מטריפולי לבקר את קרוביהם.
הכלואים במחנה החלו את יומם בשעה 6:00 במפקד שמי והסתיים בשעה 17:00. המזון שקיבלו הכלואים היה חצי ק"ג לחם או אורז או כוס מקרוני. התחשבות מיוחדת חסרת תקדים הייתה כאשר השומרים האיטלקים התירו ליהודים לנוח בשבת. תקרית אלימה בודדת התרחשה לאחר שאחד העצירים, כמוס זאנגו, התווכח עם שומר איטלקי וכתוצאה מזה נורה למוות. השומר הועבר למחנה אחר, ומאותו הרגע נמנעו היהודים מוויכוח כלשהו עם השומרים האיטלקים.
חיילי הבריגדה היהודית וקהילת בנגאזי.
עם הכיבוש הבריטי את האזור בשנת 1943, הגיעו גם חיילים מהבריגדה היהודית לעיר, וקשרים נרקמו בינם לבין בני הקהילה היהודית. חיילי הבריגדה אף הקימו בית ספר עברי בבנגאזי, והיו מעורבים בפעילותו.
לאחר השואה.
כבר במרץ 1943 נפתח בית-הספר העברי בבנגזי בבניין תלמוד התורה הישן, ובו שבעים תלמידות ותלמידים בארבע כיתות. לשני המורים המקומיים הצטרפו חיילים ארצישראליים מתנדבים, ומספרם של אלה עלה ככל שגבר קצב הילדים השבים מג'אדו. תוכנית הלימודים כללה שעורי עברית, חשבון, אנגלית, גאוגרפיה, מולדת ושירה. בתוך זמן קצר שררה בין כותלי בית-הספר אווירה דומה לכל בית-ספר ארצישראלי. השפה העברית החלה להיות שגורה בפיות התלמידים ושירי מולדת נשמעו באון. העברית הייתה שפתן של ההצגות שהעלו התלמידים, וכן שפתם של דגלים ודיגלונים, לוחות וכתוביות שקישטו את הכיתות בערבי קבלת השבת ובמסיבות בחגים ובמועדי ישראל. בסיוע החיילים הארצישראליים שיקמה הקהילה את בנין בית-הספר הקהילתי והכשירה אותו לייעודו המקורי. בבית-הספר חודשו הלימודים, הן היהודיים המסורתיים והן העבריים המלאים, והוא נקרא מאז "בית-הספר העברי – תלמוד תורה בנגאזי".
הפעילות החינוכית העברית-הציונית התעצמה עם בואו לבנגאזי של הגדוד השני, שבו שרתו גם מורים מקצועיים מהארץ. מורים, שהופנו להורות בבית-הספר העברי על פי המתכונת הארצישראלית. אולם הצלחה זו עוררה דאגה בשלטון הבריטי, ששם עינו בחינוך העברי-ציוני והחל להערים מכשולים. בקיץ 1943 פרסם השלטון הבריטי הוראה לסגור את בית-הספר לחופשת הקיץ, שלאחריה נדרשו הילדים להירשם לבית-ספר ערבי, בטענה הצבועה, שהעברית אינה שפה רשמית, ועל כן בית-ספר יהודי אינו זכאי למימון וסיוע ממשלתי. המפקדה הבריטית אסרה על המורים הארצישראליים להורות את התלמידים היהודים וצוותה עליהם לשוב אל יחידותיהם. נוצרה סכנה ממשית לחינוך העברי הציוני בקירנאיקה, אלא שהחיילים הארצישראליים שכנעו את מנהיגי הקהילה, שלא להיכנע להוראות הבריטים, ולא לרשום את בני הקהילה לבית-הספר הממלכתי הערבי. בינתיים, בחופשת הקיץ, בד בבד עם מתן שעורים בעברית למבוגרים ולעוד כ-40 נערות, ארגנו החיילים הארצישראליים סמינריון הכשרה למורים מקומיים, שבשלב הראשון נטלו בו חלק ארבע עלמות, ומאוחר יותר הצטרפו אליהן מתנדבים נוספים. פעילות זו של החיילים הארצישראליים התאפשרה בשל פתיחת מועדון החייל העברי בבניין "תלמוד תורה", על פי בקשת הרב הצבאי, ונוכחותם של החיילים הארצישראליים במקום חיפתה על פעילותם החינוכית של המורים העבריים.
בתום חופשת הקיץ, נפתח מחדש בית-הספר העברי ב"תלמוד תורה" הישן בהנהלתו של המחנך המקומי יעקב גוויטע, ומומן מעתה בידי הקהילה ובלא סיוע ממשלתי. בית-הספר הוכר כפרטי, ולמדו בו בשנת תש"ד כ-400 תלמידים בעשר כיתות, ועוד כשישים תלמידים, שעבדו ביום ולמדו בערב. למרות האיסור, החיילים הארצישראליים המשיכו לסייע בהוראת התלמידים, בזכות הקצינים העבריים, שחיפו על העדרם של המורים מן הפלוגות באמתלות שונות, כמו הוצאת אשורי מחלה פיקטיביים. סיוע, שנתנו החיילים הארצישראליים גם לתלמידים יהודים בברצ'ה, בדרנה ובמקומות אחרים בקירנייקה.