תגובתם של הילידים האבוריג'ינים להגעתם הפתאומית של המתיישבים הבריטים לאוסטרליה הייתה מגוונת, אך הייתה באופן בלתי נמנע עוינת כאשר נוכחותם של המתיישבים הובילה לתחרות על משאבים ולניצול האדמות של הילידים. מחלות שהובאו על ידי המתיישבים האירופאים הכחידו חלק ניכר מהאוכלוסייה האבוריג'ינית ותפיסתם של האדמות והריסתם של מקורות המזון של הילידים גרמה לתמותה מרעב. בדרך כלל, לא הבריטים ולא האבוריג'ינים לא ניהלו את העימותים בצורה מאורגנת ומסודרת והעימותים התרחשו בין קבוצות של מתיישבים לבין שבטים יחידים יותר מאשר בצורה של לחימה שיטתית. בכל מקרה, במלחמות הספר היו מעורבים החיילים הבריטים ומאוחר יותר משטרות הרוכבים. לא כל שבטי האבוריג'ינים התנגדו להשגת הגבול הלבנה לשטחיהם. חלק מהם התגייסו למשטרות הרוכבים והיו מעורבים במתקפות על שבטים אחרים.
העימותים בין האבוריג'ינים לבין האירופאים היו מקומיים, מאחר שהאבוריג'ינים לא איחדו את כוחותיהם כדי שיוכלו לקיים התנגדות ממושכת. כתוצאה מכך, לא הייתה מלחמה אחת, אלא סדרה של התכתשויות אלימות ומעשי טבח ברחבי היבשת. בין אם הייתה מאורגנת ובין אם לאו, הדפוס של לוחמת הספר התרחש החל מראשית המאה ה-19 והמשיכה עד לעשורים הראשונים של המאה ה-20. התרחשותה של לוחמה זו שוברת את המיתוס של התיישבות "שלווה" באוסטרליה. בהתמודדותם עם ההתנגדות האבוריג'ינית, המתיישבים הגיבו בכוח ובכך גרמו ללא הבחנה למעשי טבח. התגובה הרשמית הממשלתית למעשי הטבח לא הייתה נוקשה. עם זאת, היו מקרים שידם של השלטונות הייתה קשה והיו מקרים שכמה מתיישבים הוצאו להורג על חלקם במעשי הטבח.
יהיה זה בלתי מדויק לאפיין את העימות כמעשה חד צדדי של המתיישבים כלפי הילידים. הסיבה שהרבה יותר אבוריג'ינים איבדו את חייהם מאשר בריטים, נובעת מהיתרונות הטכנולוגים והארגוניים של האירופאים. שיטות הלוחמה של האבוריג'ינים היו מגוונות, אך היו מבוססות בעיקר על יכולות הצייד וכלי הנשק שלהם, חניתות, אלות וכלי נשק קרים אחרים. שלא כמו העמים הילידים של ניו זילנד ושל צפון אמריקה, האבוריג'ינים של אוסטרליה נכשלו באופן כללי בהתמודדותם עם האירופאים. הגם שהיו מקרים בודדים של יחידים וקבוצות מקרב האבוריג'ינים שהשיגו נשק חם והשתמשו בו, לא הייתה זו תופעה רחבת היקף. האבוריג'ינים מעולם לא היוו איום צבאי של ממש על המתיישבים, וזאת ללא קשר לרמת הפחד של המתיישבים מפניהם. בהזדמנויות שונות תקפו האבוריג'ינים בקבוצות גדולות מתיישבים בשטחים פתוחים והתפתח קרב, אשר במהלכו ניצלו האבוריג'ינים את יתרונם המספרי. התקפות אלה היו אפקטיביות לפעמים. האבוריג'ינים היו מאגפים ומקיפים את המתיישבים במבנה של חצי סהר ולאחר מטח היריות הראשון, כאשר המתיישבים טענו מחדש אתר רוביהם, התקיפו אותם הילידים במטחי חיצים. בדרך כלל סוג כזה של לוחמה גרם לאבדות רבות יותר לאבוריג'ינים מאשר למתיישבים.
הגורם העיקרי להצלחתם של האירופאים היה השימוש שלהם בנשק חם. עם זאת, היתרון שיוחס לרובים היה לפעמים מוגזם. עד סוף המאה ה-19 הרובים היו רובי מוסקט מסורבלים שהיו נטענים דרך הלוע לאחר ירי בודד ונעילת הבריח שלהם הייתה ידנית. כלי נשק אלה ייצרו קצב אש איטי, היו סובלים ממעצורים רבים והטווח היעיל שלהם היה לא יותר מ-50 מטרים. חסרונות אלה העניקו יתרון לילידים שניצלו אותו להתקרב כמה שיותר למתיישבים ולהתקיפם בחצים ובאלות. שיפורים שחלו בטווח כלי הירייה באמצע המאה ה-19 העניקו למתיישבים את יתרון המרחק, עם רובה הקולט שהיה מסוגל להיטען ב-6 כדורים, עם רובה הלי אנפילד שהיה נטען מאחור ומאוחר יותר רובה המרטיני-הנרי ורובה הוינצ'סטר שהיה בעל קצב אש גבוה. כלי נשק אלה, בשילוב עם הניידות שהקנתה הרכיבה על סוסים, אפשרו להקיף קבוצות של אבוריג'ינים וגרמו להצלחות רבות יותר. האירופאים גם סיגלו לעצמם את הטקטיקות שהתאימו למהירות התנועה וליכולת ההסתתרות של יריביהם. דרכי הפעולה שאומצו היו מתקפות פתע ליליות ותמרונים שגרמו לילידים לרדת מהצוקים או לסגת לתוך נהרות תוך כדי התקפתם על הגדה.
מלחמות הספר נמשכו מעל 150 שנים והפריסה הגאוגרפית של הקרבות התקדמה על פי התקדמות ההתיישבות האירופאית. החל בניו סאות' ויילס עם הגעתם של האירופאים הראשונים במאי 1788, המשך בסידני ובסביבותיה עד שנות העשרים של המאה ה-19 ועד להתקדמות הלחימה מערבה לאזורים המרוחקים יותר של המושבה בשנות הארבעים. בטסמניה הלחימה התרחשה החל מ-1804 לתוך שנות השלושים בעוד שבויקטוריה ובחלקים הדרומיים של אוסטרליה הדרומית רוב מקרי האלימות התרחשו בשנות השלושים והארבעים של המאה ה-19. בחלקים הדרום מערביים של אוסטרליה המערבית הלחימה התרחשה בשנות השלושים והארבעים. בקווינסלנד, הלוחמה החלה בבריסביין בשנות הארבעים והמשיכה עד 1860 בעוברה למרכז קווינסלנד במהלך שנות החמישים והשישים ועברה לצפון קווינסלנד לתקופה שבין 1860 לסוף המאה. במערב אוסטרליה העימותים עברו צפונה עם התקדמות ההתיישבות צפונה ב-1880 עם התנגשויות אלימות שהתרחשו עד שנות העשרים של המאה העשרים. בטריטוריה הצפונית העימותים התרחשו אף בתקופות מאוחרות יותר, במיוחד באזורים של מרכז היבשת והתמשכו משנות השמונים של המאה ה-19 ועד לשנות השלושים של המאה העשרים. ההערכות לגבי מספר האבדות לשני הצדדים מסתכמות בכ-2500 הרוגים אירופאים ובכ-20,000 הרוגים לפחות מקרב הילידים. הרסנית הרבה יותר הייתה השפעתן של המחלות שהביאו איתן האירופאים על האבוריג'ינים שהקטינו את האוכלוסייה שלהם בצורה משמעותית עם פרוס המאה העשרים. תופעה שגם היא הגבילה את יכולתם של הילידים לשרוד את פלישת הלבנים לאדמותיהם.
המלחמות בניו זילנד.
מלחמת טארנקי הראשונה.
ב-1861 ספינת מלחמה של המושבה ויקטוריה נשלחה לסייע לממשל הקולוניאלי של ניו זילנד במלחמתו במאורים בחבל טארנקי. הספינה שימשה בסופו של דבר למשימות סיור ולתמיכה לוגיסטית, אף על פי שכמה מאנשיה היו מעורבים בפעולות כנגד ההתבצרות המאורים. מלח אחד נהרג מתאונת נשק במהלך משימה זו.
הפלישה לוואיקטו.
בסוף 1863 הממשלה הניו זילנדית ביקשה כוחות שיסייעו לה בפלישה לחבל ואיקטו כנגד המאורים. בקבלם הבטחה לאדמות על השטח שיכבש, יותר מ-2,500 אוסטרלים גויסו לארבעה רגימנטים. אוסטרלים נוספים שימשו כסיירים. אף על פי שהתנסו בתנאים קשים, האוסטרלים לא היו מעורבים באופן בולט בקרב ושימשו בעיקר בתפקידי סיור וכחייל מצב. כעשרים מתוכם איבדו שם את חייהם. הפלישה הסתיימה ב-1864 והרגימנטים פורקו ב-1867. רבים מהחיילים שבחרו לקבל את כברת האדמה שהובטחה להם בתום הקרבות, העתיקו את מקום מגוריהם לעיירות ולערים עד סוף העשור ורבים אחרים שבו לאוסטרליה.
הכוחות הצבאיים הקולוניאלים 1870 - 1901.
מ-1870 עד 1901 כל אחת משש הממשלות של המושבות הייתה אחראית על הגנתה העצמית. הממשל במושבות התמסד בתקופה שבין 1855 עד 1890 ובעוד שמשרד המושבות בלונדון שלט בכמה תחומים, המושל של כל מושבה נדרש להקים כוח צבאי משלו. לצורך כך הם קיבלו הרשאה מלכותית להקים כוח צבאי וימי. בהתחלה היו אלה מיליציות שסייעו לכוחות הסדירים הבריטים אך כאשר הסתיימה התמיכה הצבאית למושבות ב-1870, המושבות קיבלו על עצמן את האחריות הביטחונית. הכוחות הצבאיים הקולוניאלים כללו מיליציות מתנדבים וגרעין קטן של משרתי קבע. הם היו מבוססים בעיקר על חיל רגלים ועל פרשים, לא שכנו בבסיסים קבועים ולא היו כפופים למשמעת צבאית. גם לאחר רפורמות משמעותיות בשנות השבעים, כולל הרחבת כוחות הקבע והוספת כוחות ארטילריה והנדסה, הם עדיין נותרו קטנים למדי ולא יציבים מספיק כדי להיחשב לצבאות במובן המודרני של המילה. ב-1885 כוח האדם שלהם עמד על 21,000 איש. אף על פי שהם לא הצטרכו להתחייב לשירות מעבר לים, רבים מהמתנדבים ממש השתתפו בעימותים המזוינים של האימפריה הבריטית במהלך המאה ה-19 כשהמושבות ארגנו חילות משלוח לסודאן, דרום אפריקה וסין.
למרות המוניטין הרע שיצא לאנשי המושבות, רבות מהיחידות שצמחו בהן היו מאורגנות כהלכה, ממושמעות, מקצועיות ומאומנות היטב. במהלך התקופה הגנתה של אוסטרליה סבבה בעיקר סביב הגנה סטטית בשילוב חיל רגלים וארטילריה שישבו בבסיסים על החוף. עם זאת, בשנות התשעים של המאה ה-19 התפתחותן של מסילות ברזל בין המושבות בחלקה המזרחי של היבשת הובילו את מפקדי הצבאות להבין שניתן להגן על המושבות על ידי שינוע של כוחות רגלים לכל מקום בו יידרשו. במקביל החל להתגבש הרעיון של איחוד הצבאות ולמעבר מצבא מתנדבים לצבא מקצועי. הרעיון לא צבר לו תומכים עקב חשדנותם של המושבות הקטנות כלפי ניו סאות' ויילס וויקטוריה אך סוגיית הביטחון המשותף שימשה בהדרגה זרז לדיונים על איחוד המושבות למדינה אחת.