ב-10 במאי 1862 אישר הצאר אלכסנדר השני ¡את התוכנית של מפקדי הקווקז. בפועל לא המתינו האחרונים לאישור, והחלו לפעול מיד אחרי החלטת הפיקוד בשנת 1860. כך יצאה רוסיה לחלק האחרון במלחמה: רצח הצ'רקסים וגירושם מאדמות הקווקז.
ביצוע תוכנית הגירוש (1864-1859).
בשנת 1859 החלו הרוסים בכיבוש המעוזים הצ'רקסיים, ואף כי הושגה הפסקת אש עם חלק מהשבטים, נמשכה התקיפה. עד 1860 כבר נכנעו רבים מהשבטים הפריפריאליים וקיבלו רשות להישאר בשטחם. למרות זאת, נמשך הכיבוש הרוסי והעמיק לתוך צ'רקסיה. בעקבות הפרות הסכמי הכניעה הוקמה ב-25 ביוני 1861 ממשלה רשמית לכל הצ'רקסים שעסקה בניסיון לאחד את הצ'רקסים, ובשליחת בקשות עזרה לאומות העולם. בניגוד להבטחות הרבות מצד הבריטים, שום עזרה כזאת לא נשלחה. אך בזכות כינוס זה, מאמצם של האָבְּדזָאחים ופקידים צבאיים חתרנים בתוך הצבא הרוסי, נפגשה ב-28 בספטמבר 1861 נציגות של הצ'רקסים עם הצאר בתקווה שיעצור את מסע הכיבוש וההרג.
המאמצים סוכלו, והצאר אלכסנדר השני נתן לצ'רקסים אולטימטום של חודש להחליט אם הם רוצים להישלח לטורקיה או לשטחים בתוך רוסיה. אחרי הכרזת האולטימטום התארגנו רוב השבטים לגירוש לטורקיה, בעוד שהאָבְּדזָאח, השָאפְּסִע' והוֻּבִּח היו חלוקים ביניהם: חלקם החליטו לעזוב וחלקם בחרו להישאר בהרים ולהילחם.
לאחר שנת לחימה אינטנסיבית שבמהלכה דחקו הרוסים את השבטים שעוד התנגדו עמוק יותר לתוך ההרים ודרום-מזרחה לעבר החוף, כמעט ולא נותר כוח צבאי צ'רקסי. לאחר שחיסלו את שטחי הנַתְח'וָּאי בחוף המערבי, ובשנת 1863 גם את שטחי הבּזָ'דוּע' בצפון, נשאר לרוסים רק שטח הליבה הפנימי של שלושת השבטים הגדולים: שארית שטחי האָבְּדזָאח, השָאפְּסִע' והוֻּבִּח.
בחורף 1863 ניהלו השָאפְּסִע', הוֻּבִּח והג'יגטים (שבט אבחזי) קרבות נגד הכוח הרוסי ההולך וסוגר עליהם. לבסוף, במאי 1864, משהתקרבו הרוסים לעמק קבאדה, שם אמורים היו להיפגש כל הכוחות הרוסים, נתקל הצבא הרוסי בהתנגדות עזה אחרונה של הוֻּבִּח והג'יגטים במה שנודע בתור הקרב האחרון במלחמה. המתנגדים הצליחו להחזיק מעמד ארבעה ימים ולהסב אבדות כבדות לרוסים, אך לבסוף הובסו ונטבחו בידי הצבא הגדול ביותר שהרוסים הרכיבו מול הקווקז מאז ומעולם. שמו של מקום הקרב שונה מאוחר יותר לקרסניה פוליאנה, "העמק האדום", לזכר הדם הצ'רקסי הרב שנשפך במערכה האחרונה.
ב-2 ביוני (ה-21 במאי לפי לוח השנה הרוסי הישן) הכריז יבדוקימוב כי לא נותרו עוד "שוכני הרים" מדרום לקובאן, וכי מלחמת הקווקז בת מאה השנים הסתיימה בניצחון. נערכה חגיגה במקום וחולקו מדליות. במהלך השנה וחצי הבאה עד סוף 1865 סרק הצבא הרוסי שוב את כל השטחים הכבושים על מנת לוודא שלא נשאר אף צ'רקסי בצ'רקסיה. הגנרל איואן דרוזדוב שהיה המפקד של אחד הכוחות הגדולים ביותר במלחמה, סיכם באלו המילים: .
"ההכנעה הסופית" של הצ'רקסים.
הצ'רקסים הציבו את הצבא הרוסי במצב ייחודי: לא הייתה להם הנהגה מרכזית שאפשר לקבל את כניעתה, וגם בשבטים או בקואליציות שהייתה להם הנהגה לא היה לזו כוח מוחלט על האוכלוסייה. מנגד השתמשו הרוסים בטקטיקה ששוכללה כבר לדרגת אמנות במהלך מלחמותיהם בקווקז, בעיקר מול הצ'צ'נים ובמידה פחותה נגד קבארדה: בנייה מהירה ואינטנסיבית של דרכים ומבצרים דרך היערות וההרים שמיד מאחוריהם פזורים כפרים קוזקים מוצלבים בצפיפות כדי לספק חיפוי הדדי במקרה של איום, וכפרים אלו משמשים כנקודות יציאה למסעות כיבוש נוספים. במקביל היה פושט הצבא הרוסי על ההרים, שורף את הכפרים, רומס את היבולים ובוזז את הבקר, כך שלצ'רקסים לא נותרו אמצעי מחיה והם נאלצו להיכנע כדי לא למות בקור הקווקזי.
אך היה דבר-מה ייחודי באמצעים שהרוסים תכננו להשתמש בהם נגד צ'רקסיה: על פי מיכאיל ווניוקוב, מפקד וגאוגרף צבאי, . במערב הקווקז הוצעה שיטה חדשה – "הכנעה סופית". משמעות "ההכנעה הסופית" הייתה גירוש כל האוכלוסייה הלא רצויה מהשטח הרצוי, וזאת במקום הכנעה זמנית של האוכלוסייה שיכולה להתמרד מחדש מאוחר יותר. במילים אחרות: אחרי כיבוש של כל שטח לא היו מסתפקים בכניעתם של המתיישבים המקומיים או בהכרזת כפיפותם לצאר, אלא היו מוליכים בשיירה צבאית את כל השבויים שנכנעו לכפר הקוזקי הקרוב, ומשם לחוף.
יש שפע של עדויות על מעשי טבח חסרי הבחנה לאורך השלב הזה של המלחמה, חלקם מתוך נקמה וחלקם הגדול יותר לשם "יעילות". במקרה אחד כזה ביוני 1862 הפגיז כוח צבאי שעסק בהקמת דרכים על נהר הבלאיה את היער שהתחבאו בו צ'רקסים שהכפרים שלהם נשרפו. באותו האופן עלה בספטמבר צבאו של יבדוקימוב במעלה הקובאן והפגיז כפר בגדה השנייה. יושבי הכפר ברחו ליער, ויבדוקימוב הפציץ אותו במשך שש שעות רצופות.
בחורף 1863, כשכבר כמעט לא הייתה התנגדות צ'רקסית של ממש, נהפך מסע ההרג לשיטתי אף יותר: יחידה צבאית הייתה עולה במעלה ערוץ ומחפשת כפרים. הצ'רקסים היו בורחים ומתחבאים ביער. הצבא היה שורף את כל המבנים והמזון שהצליח למצוא, אוסף את כל הבקר ויורד בחזרה לתחתית הערוץ. שם היו החיילים מחכים שבוע או שבועיים ואז עולים שוב, גבוה יותר בערוץ, והורסים ושורפים כל מחסה מאולתר או משאבים אחרים שהצ'רקסים הספיקו להקים, וחוזרים לערוץ. התהליך חזר על עצמו מספר פעמים עד שיבדוקימוב השתכנע שכל תושבי הכפר ברחו או מתו, ואז עבר הצבא ליעד הבא.
בשיטתיות דומה תיעד יבדוקימוב בדקדקנות את מהלכי המלחמה בדוחותיו הצבאיים. הוא דיווח על סדרי הגודל של הכוח שלו, המיקומים, התאריכים, מספרי הנפגעים המדויקים בכוחותיו ועוד. אל מול שיטתיות זו בולט בכל דוחותיו היעדר כל מידע על קורבנות הצד השני. לא מצוינים כמויות האנשים או מצבם של אלה שעמדו מהצד השני של המתרס שחלקם היו ילדים, נשים או זקנים. לפעמים צורף מידע לאקוני על מספר מסוים של "שבויים משני המינים", מספר שהיה לא פעם קטן עשרות מונים ממספר האנשים שיישבו את האזור המדובר. טשטוש עקבי זה מצביע על אופי המידע שמפקדי הקווקז היו מעוניינים להסתיר, ויותר מכך: הוא יטיל תמיד צל על ההבנה שלנו על חלק מטיב הפעולה בהרי מערב הקווקז ועל מספר הנפגעים הישירים ממנה.
למי ששרד את הלחימה עצמה והצליח לברוח או להתחמק מאש הרוסים, לא נודע בהכרח גורל טוב יותר. ללא מזון, ללא מחסה, עם ציוד מועט, אם בכלל, לעיתים תוך כדי כמה מהחורפים הקשים ביותר שידע מערב הקווקז, בהרים קשים ובוגדניים, גוועו לא מעט מהפליטים הצ'רקסים ברעב ומתו בהמוניהם מאבעבועות וטיפוס. לעולם לא נדע כמה נשים, זקנים וטף איבדו כך את חייהם בהרים.
אלו שנתפסו על ידי הרוסים הובלו בשיירות ארוכות לחוף, שיירות שבהן מתו רבים מקור, מרעב וממחלות. מי ששרדו את כל תלאות הדרך מצאו את עצמם בחורף 1864-1863 במצב קשה אף יותר: תנאי הרעב, המחלה והעוני נותרו בעינם, והפעם היו השורדים מחוץ לכל מחסה שסיפק היער, בחוף מוכה רוחות, באחד החורפים הגרועים שידע הים השחור בתקופה הזאת. רבים מתו גם בשלב הזה, בעיקר מטיפוס ומדיזנטריה. אולשבסקי, המפקד הרוסי על כוחות הגיבוי במלחמה, תיאר את החוף כבית קברות ענק. כאשר שמע הצאר את הדיווחים הוא שלח את הנסיך מיכאיל, מפקד הקווקז הראשי, לבדוק את המצב. בדיווחו טען מיכאיל שאין כלל חולי ושלצ'רקסים יש מים ואוכל בשפע.
הגירוש בספינות החל בינואר 1864, בתקופה הגרועה ביותר בשנה בים השחור. לכל אורך שלב הגירוש דרך הים הועמסו הספינות הרבה מעבר לקיבולתן, בין היתר משום שהן קיבלו תשלום פֶּר ראש. תנאי הים לא נלקחו בחשבון, והפליטים שבקרבם כבר היו מגפות מהחוף הביאו את אלה אִתם לספינות. בתנאי הצפיפות והרעב נמחקו צוותים שלמים, וספינות רבות טבעו. הערכות מסוימות גורסות שחצי או יותר מהנוסעים שעלו על הספנות לא הגיעו לחוף השני בחיים.
תוצאות המבצע.
בסוף המבצע נשארו רק צ'רקסים בודדים מדרום לקובאן. ההיעדר השיטתי, ולכן המכוון ככל הנראה, של תיעוד ההרוגים במסע הטיהור הצבאי, שלא לדבר על אלו שנהרגו בשיירות או על החוף, יוצר קושי גדול להעריך את כמויות ההרוגים הצ'רקסים במבצע הגירוש וההרג הרוסי. העובדה שגם מספר הצ'רקסים במערב הקווקז לפני המלחמה שנוי במחלוקת, ושההערכות נעות בין חצי מיליון לשני מיליון, תורמת לערפול זה. לפי החישובים של וולטר ריצ'מונד, מספר ההרוגים הצ'רקסים תחת צבאו של יבדוקימוב, בהשמטת אלו שמתו על הספינות או בטורקיה, עומד על מעל ל-625,000 מתוך אוכלוסייה של לפחות 1,250,000 צ'רקסים, כלומר הרג של רוב הצ'רקסים. לפי אומדן אחר, של שנפילד, המתבסס על אוכלוסייה של שני מיליון צ'רקסים ואבחזים לפני הכיבוש הרוסי, חסרים בנתונים שלעיל כ-1,150,000 אנשים שלא נשלחו לטורקיה, לא יושבו מחדש ולא היגרו מרצון לפני המלחמה – כלומר מתו באש הרוסית, ביערות או בחוף. אליהם יש להוסיף את אלו שמתו בדרך לטורקיה, ולכן שנפילד מעריך שלפחות מיליון וכנראה קרוב יותר למיליון וחצי צ'רקסים מתו במהלך הכיבוש הרוסי ובמסע לטורקיה, כלומר שני שלישים מהעם.
גם אחרי שהגיעו שבטי הצ'רקסים לחוף הטורקי לא נגמר סבלם: הטורקים לא השקיעו מספיק משאבים בשיקום הפליטים שהגיעו מרוסיה. מוכי מחלות, רעבים, חלקם למודי התעללויות מצוותי האוניות, מתו רבים מהצ'רקסים בשטח הטורקי. לראיה: דו"ח אחד של השגריר הרוסי בטרבזון מציין 19,000 מתים מתוך גל של 240,000.
גורל הפליטים באימפריה העות'מאנית.