האירועים הביאו לריכוז השלטון בידי רובספייר, אבל גם לאווירה של פחד. בנוסף, הצבא המהפכני זכה להצלחה בחזית הצפונית, והתחושה של רבים הייתה שהטרור לא הכרחי עוד כדי לנצח במלחמה. לפי ההיסטוריון ויליאם דויל, אחרי הניצחון בקרב פלורוס "כולם קיוו לנשום יותר בקלות; אבל בעת שוועדות הממשל היו מפולגות על ידי חשדות הדדיים, וכשרמזים אפלים ואיומים נתכו מכל הצדדים, איש לא ידע כיצד לעצור את הטבח, מלבד באמצעות חיסול אויביו לפני שיחוסל בעצמו".
באווירה זו של פחד כל אחד יכול היה לדמיין את עצמו בתור הקורבן הבא, והתפרקות אפשרית של השלטון נראתה באופק. אחד הבכירים שהבינו את הסכנה הקרבה היה ברטרן בארר (Barère), שניסה לגשר בין הפלגים, ושכנע את סן-ז'וסט לכתוב דוח בדבר חשיבות האחדות בממשלה, ולשאתו בנאום בפני הוועדה. על אף המאמצים של בארר, ב-26 ביולי, יום לפני הנאום המיועד של סן-ז'וסט, נשא רובספייר נאום לוחמני בפני הוועידה. בנאום הוא הזהיר מפני קשרים כנגד השלטון המהפכני וקרא להעניש את הבוגדים. רובספייר נקב בשמות מעטים והשאיר את הזהות של "הבוגדים" עמומה. כך, הפחד של רבים מחברי הוועידה הלאומית הפך מוחשי מתמיד. התוצאה הלא-צפויה של הנאום הייתה איחוד של המתנגדים של רובספייר, שהבינו שאם לא יתאחדו נגדו, יסתכנו בנפשם.
הוויכוח הראשון לאחר הנאום היה באשר לשאלה אם הנאום יודפס ויופץ. בלילה שלפני ההפיכה רובספייר נאם שוב בפני היעקובינים, ולאחר מכן חברי המועדון הצביעו בעד גירוש אלה שהתנגדו לפרסום הנאום. בעקבות ההצבעה הזו במועדון היעקוביני, כמה מהמתנגדים לפרסום - ובראשם קולו-ד'ארבואה וביו-וארן - פרשו וככל הנראה הם העבירו את הלילה בתכנון ההפיכה שהתרחשה ביום למחרת.
ההפיכה.
בבוקר ה-9 בתרמידור סן-ז'וסט הגיע לוועידה הסוערת כדי לשאת את נאומו. היות שניסיונות הפיוס סוכלו על ידי רובספייר עצמו, בפני סן-ז'וסט עמדה בחירה באשר לאופן בו יישא את הנאום, ובחירתו הגורלית הייתה לצאת בנאום החלטי להגנת רובספייר. הנאום שהוא עלה לשאת הופרע מתחילתו והמולה פשטה בוועידה. רובספייר דרש לדבר בעצמו, אבל קולו-ד'ארבואה, שהיה נשיא הוועידה, מנע זאת ממנו. נציגים החלו לקרוא בגנות רובספייר וכינו אותו "רודן". לבסוף רובספייר נעצר, יחד עם תומכיו - אחיו, אוגוסט רובספייר, סן-ז'וסט, קוטון, פיליפ לה-בה, ומפקד המשמר הלאומי פרנסואה אנריו.
למרות המעצר, לרובספייר עדיין הייתה תקווה שהקומונה של פריז והמשמר הלאומי יעמדו לצידו, וכך היה בתחילה. הקומונה הורתה לבתי הסוהר בפריז לא לקלוט את העצורים, ולאנריו התאפשר לברוח. הוא הורה למשמר הלאומי לשחרר את רובספייר והיתר, והם נלקחו למעוז הקומונה באוטל דה ויל. אנריו פקד על כוחות המשמר הלאומי להתאסף בכיכר העירייה, אבל רק 17 מתוך 48 הפלוגות העירוניות צייתו לו. הכוחות של הקומונה התפזרו ורובספייר ותומכיו נותרו ללא הגנה של ממש. תחת החוקים שהם עצמם העבירו, כאסירים נמלטים ניתן היה להוציאם להורג ללא משפט. כוחות הוועידה קיבלו הוראה לתפוס אותם, חיים או מתים. בשתיים לפנות בוקר של 28 ביולי, פרצו החילות הנאמנים לוועידה ולקושרים, בפיקוד פול בראס, לאוטל דה ויל.
כשתמונת המצב התבהרה אוגוסט רובספייר וקוטון זרקו את עצמם מחלונות בית הוועידה בשני ניסיונות התאבדות כושלים. לה-בה התאבד בירייה בראשו, היחיד שהצליח בכך מיד. רובספייר ספג קליע בראשו, ככל הנראה בניסיון התאבדות (אם כי ייתכן שנורה על ידי אחר), אבל נשאר בחיים כשלסתו מרוסקת. סן-ז'וסט הסגיר את עצמו ונשבה. אנריו נזרק גם הוא מחלון ונמצא מאוחר יותר חבול. בו ביום, רובספייר ועשרות מתומכיו הוצאו להורג באמצעות הגיליוטינה. החל שלטון "התרמידוריאנים", כפי שנודעו יוזמי ההפיכה.
שלטון תרמידור.
ההפיכה הובילה לשינוי משמעותי במשטר המהפכני ולתקופה חדשה בתולדות המהפכה. בתוך כחודש מיום ההפיכה, המוסדות שאיפשרו את שלטון הטרור עברו שינויים שהובילו לירידה משמעותית במספר ההוצאות להורג. כבר ב-29 ביולי הוחלט שרבע מחברי הוועד לשלום הציבור יפרשו בכל חודש ולא יוכלו להיבחר מחדש באופן מיידי. ב-1 באוגוסט בוטל חוק ה-22 בפרריאל שפישט את התהליך המשפטי כנגד בוגדים לכאורה והגביר את קצב ההוצאות להורג בתקופת שלטון הטרור. באותו היום הוועד לשלום הציבור איבד את סמכויותיו בענייני פנים.
מהלכים אלה החזירו לקונבנט הלאומי חלק ניכר מהכוח שרוכז לפני כן בקומונה הפריזאית ובוועד לשלום הציבור. בנוסף, עד סוף אוגוסט שוחררו כ-3,500 אסירים, מהלך שזכה לתמיכה של רוב הציבור הפריזאי. גם מחוץ לפריז המערך השלטוני עבר רפורמה משמעותית. שינוי בולט נוסף באותם החודשים היה ההסרה של מגבלות על פולחן דתי וחופש הביטוי. ב-21 בפברואר 1795 הקונבנט הכריז על חופש הפולחן והדת כעיקרון של הרפובליקה והכנסיות ברחבי צרפת נפתחו לציבור.
על אף שתהליכים אלה בישרו התמתנות של השלטון ודעיכה של הטרור, השינוי הפתאומי והזיכרון של שלטון הטרור הביאו לאווירה של פחד וחוסר וודאות. לפי ברוניסלב בצ'קו, השלבים הקודמים של המהפכה התאפיינו ברטוריקה ופרקטיקה של פילוג והדרה של יריבים פוליטיים. מורשת זו נותרה איתנה גם בשלטון תרמידור, ו"המדיניות שהתאימה ביותר ללהט הקולקטיבי הייתה, בפשטות, מדיניות של נקמה." עם זאת, המעבר למדיניות של נקמה בתומכי שלטון הטרור היה הדרגתי ולא בא לידי ביטוי מלא בחמשת החודשים הראשונים לאחר ההפיכה.
בחודשים אוגוסט וספטמבר החלו להתפרסם עיתונים ועלונים שהוקיעו את משטר הטרור של רובספייר ואת אלה שהשתתפו בו, אבל בתחילה הוועידה הייתה מהוססת ולא סמכה את ידיה על הקו התקיף של מתנגדי הטרור, שעתה נקראו "התרמידוריינים". ב-29 באוגוסט הוצע בקונבנט שיודחו חלק מתומכיו הבולטים של שלטון הטרור בתקופה של רובספייר, אך הצעה זו נדחתה. היעקובינים, שחששו מריאקצייה כנגדם, ראו זאת כזריקת עידוד וב-4 בספטמבר הדיחו משורותיהם שניים מהמנהיגים הבולטים של התרמידוריינים, טאליין ופררון. פררון גם הוכה ברחוב יום לאחר הדחתו. אולם, מהלכים אלה היו חריגים במגמה הכללית שנטתה כעת לריאקציה נגד היעקובינים ותומכיהם. התרמידוריינים מיסדו עיתונים ויצרו קבוצות רחוב עממיות של אנשים שסבלו מהטרור ורצו נקמה. כנופיות הרחוב שתמכו בתרמידוריינים והחלו לאיים על היעקובינים והסנקילוטים נקראו "מוסקדינים" (בצרפתית: Muscadins, ובתרגום מילולי "מדיפי ריח מושק). בתמיכת חלק גדול מהציבור, הם הטילו אימה על כל מי שנחשד כפעיל במשטר הטרור וארגנו מספר הפגנות אלימות. לראשונה מאז תחילת המהפכה המילה "יעקוביני" הפכה למילת גנאי וההזדהות כיעקוביני הפכה למסוכנת. בנובמבר, בעקבות מספר מתקפות על יעקובינים ואנשי שלטון הטרור לשעבר, הוועידה הלאומית הוציאה צו לסגירת המועדון היעקוביני.
לצד הרצון בנקמה, הבעיות הכלכליות של הרפובליקה עודדו גם כן את הריאקציה כנגד היעקובינים, שרבים תפסו כגורם לבעיות אלה. השלטון החדש לא הצליח לייצב את הכלכלה ולמנוע את האינפלציה. בדצמבר 1794 בוטלה המערכת של מחירי המקסימום שהייתה אמורה למנוע את עליית מחירי המזון ומוצרי הצריכה. עליית המחירים הוחמרה בעקבות צעד זה ובעקבות ההחלטה להנפיק כמות גדולה של אסינייאטים. בנוסף, החורף של 1794–1795 היה קשה במיוחד והביא לירידה בהיצע של מזון ומוצרי צריכה אחרים. בינואר ופברואר אזרחים רבים מתו מרעב ומחסור. הממשלה עצמה התקשתה לממן את פעילותה והדרך היחידה להתמודד עם הבעיה הייתה הדפסה של אסייאנטים נוספים, צעד שהחמיר את האינפלציה עוד יותר.
עד האביב הריאקציה כנגד תומכי השלטון הקודם הפכה לעובדה מוגמרת והוועידה ויתרה על הניסיון למתן אותה. בחודשים ינואר-אפריל הוסרו המגבלות על אנשים שנחשבו בתקופת הטרור לאויבי הרפובליקה - ז'ירונדינים שנשארו בחיים וחיו בינתיים בהיחבא, פדרליסטים שדוכאו בתחילת קיץ 1793 ומהגרים. רבים מהם רצו בנקמה והפכו לתומכי המוסקדינים או הכנופיות הימניות שסבבו באזורי הכפר. במקביל, הוועידה יישמה את מה שסירבה לעשות בחודשים הראשונים לאחר ההפיכה: צירים בולטים שתמכו בשלטון הטרור ושינו את טעמם רק סמוך לנפילת רובספייר, כמו בארר, ביו-וארן וקולו-ד'ארבואה, הודחו מתפקידם. הם הועמדו לדין במרץ 1795.
התקוממויות.
בעקבות המחסור פרצו במרץ 1795 מהומות ששיאן ב-1 באפריל, ב"התקוממות ה-12 בז'רמינל". ביום זה עשרות אלפי אזרחים רעבים הסתערו על הוועידה בדרישה ללחם ולכינון מחדש של החוקה של 1793. ההתקוממות הייתה עממית ולא מפלגתית, אך היא הונהגה על ידי גרעין של יעקובינים. היא דוכאה בסיוע של המוסקדינים, אבל הותירה אחריה תחושה של חוסר יציבות שרק הגבירה את הרצון לדכא את שאריות התמיכה במשטר הקודם. מייד לאחר ההתקוממות הנציגים העצורים נשפטו לגלות בגיאנה הצרפתית.