מלקולם "דטרויט רד" ליטל, פושע זעיר וחברו, שורטי, צועדים במורד הרחוב בבגדים ראוותניים. הם מתכננים פשעים שונים על מנת להרוויח כסף. לבסוף, ליטל חובר לגנגסטר מהארלם בשם ווסט אינדיאן ארצ'י (לינדו). ארצ'י לוקח את ליטל כבן חסותו, אולם בסופו של דבר הם רבים בנוגע לכסף שליטל חייב לארצ'י, שמאשים את ארצ'י בהיותו מעורער נפשית. אחרי קרב, ליטל נס בחזרה לבוסטון. שם, הוא מתאחד מחדש עם שורטי ומנהל רומן עם אישה לבנה. ליטל ושורטי מתכננים לשדוד את ביתם של זוג לבנים עשיר. ברם, הם נאסרים אחרי-כן ונידונים לשמונה עד עשר שנות מאסר בכלא.
מלקולם ליטל אינו מציית בתחילה לשומריו ודוחה בזעם את כומר הכלא (פלאמר). אחרי שהוא יוצא ממאסר ממושך בצינוק, אסיר אחר, ביינס (הול), מנסה לסייע לו בזמן תהליך הגמילה שלו מהתמכרות לקוקאין, ליטל מסכים לקבל לכך באי-רצון. אבל, ליטל בנו של כומר בפטיסטי שמת באלימות (ליטל מאשים במותו את חברי הקו קלוקס קלאן) חושד בביינס. ביינס מאמין באסלאם וליטל כופר בו. אולם הוא מתחיל לרכוש כבוד ואמון בביינס, שמנחיל לו השכלה ומציג בפניו את אומת האסלאם ועומד על כך שאלוהים הוא שחור, ליטל מטיל בכך ספק. כשהוא שומע מאסיר אחר שברוקלין דודג'רס קידמו את ג'קי רובינסון (אז שחקן בולט בליגת הכדורסל השחורה), ליטל מאושר, אך ביינס מזכיר לליטל לעולם לא לשכוח את ארבע מאות שנות העבדות. ביינס מספר לליטל שמקורם של השחורים הוא בשבט שאבאז שאבד בצפון אפריקה, שכל הלבנים הם שדים, שאלייז'ה מוחמד (פרימן) יכול להוביל אותם לאור. אולם, כשביינס מעודד אותו להתפלל בדרך המוסלמית, ליטל אינו יכול להביא את עצמו לכרוע ברך למרות שהוא אומר שהוא רוצה לעשות כן. אחרי-כן, ליטל חוזה בהתגלות בתאו, הוא קורא מכתב מאלייז'ה מוחמד כשרוחו של מוחמד מתגלה בפניו ואומרת לו: "באתי לתת לך משהו שלעולם לא יכול להילקח ממך. אני מביא לך תחושה של חשיבות". כשהרוח נעלמת, אקס מסוגל לכרוע ברך ולהתפלל. כשהוא משתחרר מכלאו, ליטל המומר שהשלים את המרת דתו מבקר את מוחמד, שמשבח את המפנה בחייו. הוא מתנער משם משפחתו מכיוון שהוא שם של עבדים, ובוועידה של אומת האסלאם, מאמץ את השם "X", שהוא סמלו המתמטי של הלא-נודע.
במהלך השנים הבאות, מלקולם אקס נהפך לכומר חשוב יותר ויותר באומת האסלאם, תומך בעקרונות אסלאמיים ובדבריו של אלייז'ה מוחמד, שלבסוף מורה על מלקולם לפתוח מסגדים בכל רחבי המדינה. עורכים לו הכרה עם בטי אקס (באסט). הם מתחתנים ומקימים משפחה (בסרט מציגים שלושה מילדיו, ואילו בנותיו התאומות, נולדו למעשה לאחר מותו). הוא מתאחד עם שורטי, שמיידע אותו על מקום הימצאם של חבריהם הפושעים מהעבר. ווסט אינדיאן ארצ'י מתגורר כיום ברובע הברונקס. הוא חסר-כול וחי בעזובה וסובל מבעיות בריאותיות ונפשיות חמורות בשל התמכרותו לסמים. מלקולם מרחם על ארצ'י ונשבע לעזור לו.
למרות גידולה המשמעותי של אומת האסלאם בזמנו של מלקולם אקס, האופוזיציה נגדו הולכת ומתעצמת. הסיעה שמצדדת באלייז'ה מוחמד (בכללם ביינס), סבורה שמלקולם אקס מחשיב את עצמו כאומת האסלאם ושהוא עלול לנשל את מוחמד מעמדת הנהגה. מוחמד שומר אמונים לבן-חסותו, ואומר לביינס שכל מה שמלקולם עשה הוא לתועלת האומה. אבל, מלקולם מתפכח כשהוא מתוודע לצביעות של המנטור שלו כשהוא קורא בעיתונים על ההאשמות שלאלייז'ה מוחמד הוא אב לשמונה ילדים מחוץ לנישואים כתוצאה מקשריו עם נערות בנות עשרה והוא מוודא את אמיתות הסיפורים כשהוא משוחח עם הנערות. מלקולם מתעמת עם מוחמד, שמצדיק את ניאופיו בצורך "לשתול את הזרע על קרקע פורייה". אחרי שהוא יוצא בהצהרות פרובוקטיביות לגבי רציחתו של הנשיא ג'ון קנדי, תוך הפרה של הוראתו של אלייז'ה מוחמד שאף אחד מהכמרים לא יגיב על כך, מלקולם אקס מושעה מכל פעילות במשך תשעים יום. הוא מקבל על עצמו את העונש.
בסופו של דבר, מלקולם אקס נאלץ לעזוב את אומת האסלאם. הוא מכריז פומבית על כוונתו להגות את מחשבותיו שלו עצמו ולאמר את מילותיו שלו ולייסד את המסגד העצמאי Muslim Mosque, Inc. הוא גם מכריז על כך שהוא יעשה עלייה לרגל למכה, אליה כל מוסלמי חייב לעלות לרגל לפחות פעם אחת בימי חייו. בזמן היותו שם, במכתב לאשתו בטי, שהיא קוראת בפני קבוצת אנשים, מעדכן אותה מלקולם על פעילויותיו. הוא מיידע אותה שעוקבים אחריו שני אנשים לבנים, שהוא מאמין שהם סוכני ה־CIA. הוא גם אומר שהוא מתפלל בצוותא עם מוסלמים בני כל הגזעים - בכללם לבנים. הוא חותם את המכתב בשני שמותיו המאומצים החדשים, "אל-חאג' מאליק אל-שאבאז" ובשמו המוכר יותר. הוא שב לארצות הברית עם דעות מתונות הרבה יותר ומתכחש לגזענות. הוא גם מכריז על רצונו לעבוד עם מנהיגי זכויות אדם אחרים, אותם הוא ביקר קשות בעבר.
ברם, פעילותו מעוררת את זעמו של אלייז'ה מוחמד. בנוסף למסכת הטרדות טלפונית, בנו של ביינס, מנסה להרוג אותו על ידי הטמנת מטען חבלה במכוניתו של מלקולם. אחרי-כן, בקווינס, מפוצץ הבית בבעלות האומה של האסלאם שבו מלקולם ומשפחתו מתגוררים. המשפחה נמלטת ללא פגע. בריאיון לכתב טלוויזיה מקומי שהוא נותן במהלך ניסיונם של הכבאים לכבות את הלהבות, הוא מאשים את אלייז'ה מוחמד בכך שציווה על כך. ביינס מכנה זאת תעלול פרסומת.
ב-21 בפברואר 1965, מלקולם אקס נושא נאום באולם הנשפים אודובון במנהטן. אבל, קול תסיסה בקהל מפריע לו. מלקולם מנסה להשקיט את האנשים, אך רגעים ספורים אחר-כך, הוא נורה פעמים רבות. אשתו וילדיו עדים לכך. נתפשים שלושה חשודים שניסו להימלט מזירת הפשע. אחרי-כן, דובר בית החולים נושא הצהרה פומבית: "האדם שאנחנו מכירים כמלקולם אקס נפטר."
בתצלום ארכיון, הכומר מרטין לותר קינג אומר: "רציחתו של מלקולם אקס הייתה טרגדיה מצערת שמגלה שישנם אנשים רבים באומתנו שהם מנוונים מוסרית עד כדי כך שהם מביעים את התנגדותם באמצעות רצח ואנחנו לא למדנו שלא להסכים בלי להביע זאת באלימות."
בקטע קולי, השחקן והאקטיביסט אוזי דייוויס מצטט את ההספד שנשא בהלווייתו של מלקולם אקס כמצרף, כמו כן קטעי ארכיון חדשים וישנים ומופיעים תצלומים של מלקולם אקס:
הסרט מסתיים בסצנה בה רואים מורה שחורה בכיתת לימוד אמריקנית. מאחוריה רשומות על הלוח המילים "יום מלקולם אקס" (MALCOLM X DAY) היא אומרת לכיתה שזהו יום הולדתו של מלקולם אקס.
מלקולם אקס זה אתם – כולכם – ואתם מלקולם אקס", היא אומרת.
בזה אחר זה נעמדים כמה מתלמידיה וקוראים, "אני מלקולם אקס!" הסצנה מתחלפת לתלמידים אפריקנים שמחקים את התלמידים האמריקנים. הסרט מגיע אל סופו בהראותו את נלסון מנדלה, האקטיביסט שהתנגד לאפרטהייד ונשיאה לעתיד של דרום אפריקה מצטט אחדים מנאומיו של מלקולם אקס.
ההפקה.
המפיק מרווין וורת' רכש את הזכויות של הספר "האוטוביוגרפיה של מלקולם אקס" ב-1967. וורת' פגש את מלקולם אקס, שהיה מכונה אז "דטרויט רד" (Detroit Red), כנער שמכר סמים בניו יורק. וורת' היה בן חמש עשרה באותה עת, ובילה במועדוני הג'אז של האזור. וורת' מעלה זכרונות: "הוא מכר גראס. הוא היה בן שש עשרה או שבע עשרה אולם נראה מבוגר יותר. הוא היה שנון מאוד, ברנש מצחיק, והייתה לו כריזמה יוצאת דופן. הוא היה רקדן נהדר והתלבש בטוב טעם. הוא היה נאה מאוד, ומאוד מאוד גבוה. בחורות נמשכו אליו. הוא היה בחור די מיוחד."
כבר בשלב מוקדם נקלעה ההפקה לקשיים בסיפור מהלך חייו כולו, באופן חלקי הדבר נבע מהשאלות שנותרו ללא מענה שאפפו את רציחתו של מלקולם אקס. ב-1971, וורת' עשה סרט תעודי שזכה לשבחים, ששמו מלקולם אקס, והיה מועמד לפרס האוסקר בקטגוריית הסרט התעודי הטוב ביותר. הפרויקט נותר בשממונו. ברם, מספר בדרנים מרכזיים נמשכו אליו בזמנים שונים, בכללם ריצ'רד פריור, אדי מרפי והבמאי סידני לומט.
התסריט.
ב-1968, הטיל וורת' את כתיבת התסריט על הסופר ג'יימס בולדווין, שאליו הצטרף אחרי-כן ארנולד פרל, תסריטאי שהיה קורבן לרשימה השחורה של ג'וזף מקארתי. אולם, כתיבת התסריט ארכה זמן רב מעל המצופה. פרל נפטר ב-1971.
בולדווין פיתח את עבודתו על התסריט לספרו משנת 1972 One Day, When I Was Lost: A Scenario Based on Alex Haley's The Autobiography of Malcolm X. בולדווין מת ב-1987. כמה מחברים ניסו לעבוד על הטיוטה, בכללם דייוויד מאמט, דייוויד בראדלי, צ'ארלס פולר וקלדר וילינגהם. ברגע שספייק לי נטל את מושכות הבימוי, הוא כתב מחדש את התסריט של בולדווין-פרל. בגלל השכתובים, משפחתו של בולדווין ביקשה מהמפיק להסיר את שמו מרשימת הקרדיטים. לכן הסרט מלקולם אקס כולל קרדיטים רק לפרל ולי כתסריטאים ולאלקס היילי כמחבר "האוטוביוגרפיה של מלקולם אקס".
קשיי ההפקה.
ההפקה נחשבה לשנויה במחלוקת הרבה לפני שהצילומים החלו. לב הבעיה נעוץ בחרחור הריב של מלקולם אקס ובהתקפתו הזועמת לעיתים על הלבנים לפני שהוא עלה לרגל למכה. ככלל הוא לא היה דמות מוערכת בקרב האוכלוסייה הלבנה, אך הוא נהפך לגיבור בקהילה השחורה ולסמל למאבקם של השחורים, במיוחד בזמן תקופות הנשיאות של רונלד רייגן וג'ורג בוש. בשלוש השנים שקדמו ליציאתו של הסרט לבתי הקולנוע, מכירות "האוטוביוגרפיה של מלקולם אקס" עלו בשלוש מאות אחוזים, וארבעה מספריו הראו גידול של פי תשעה במכירות בין השנים 1986 ל-1991.
סוגיית הגזע של הבמאי.
ברגע שהאחים וורנר הסכימו לפרויקט, הם רצו בתחילה את במאי הסרטים זוכה האוסקר נורמן ג'ואיסון לתפקיד במאי הסרט. ג'ואיסון, במאי הסרט "כחום הלילה", שעוסק בזכויות אדם, הביא את דנזל וושינגטון שיגלם את דמותו של מלקולם אקס. התעורר גל מחאה לגבי העובדה שבמאי לבן הופקד על עשיית הסרט.