סרטיו של אלמודובר חורגים בעקביות מהמוסר המקובל, זה שהוליווד הקפידה עליו בקוד הייז, ולמרות זאת התייחסה אליו הוליווד באהדה גם כשזנח את קוד הייז. קדושת הנישואים אינה קיימת בסרטיו של אלמודובר - גיבוריו מנהלים רומנים או נקלעים למין מזדמן תוך התעלמות מהיותם נשואים. מעשי פשע, ובכללם רצח והריגה, אינם מביאים לענישת הפושע, וכאשר הוא נענש - אין זה עונש מהממסד (המשטרה ומערכת המשפט), אלא עונש מהחברה המתעלמת מהממסד. לצריכת סמים נוכחות ניכרת בסרטיו של אלמודובר. בחלקם היא מוצגת כהתמכרות שלילית, ובאחרים כהתנהגות כמעט נורמטיבית.
נשים.
בראיון עצמי שכתב בשנת 1984 ציין אלמודובר (כמראיין): "אתה הולך ומתמחה בבימוי נשים. זו אחת האיכויות הבודדות שכולם מודים שיש לך...", והגיב על כך: "יש רגש משונה של הדדיות בינן לביני. אני נוטה לעורר בנשים רגשות אימהיים, והנשים נוטות לעורר רגשות אמהיים בי. לכן אנחנו מבינים זה את זה טוב כל כך על הסט."
על מאפייני הנשים בסרטיו של אלמודובר עמד פבלו אוטין:
ברבים מסרטיו של אלמודובר, כגון "נשים על סף התמוטטות עצבים" ו"הכל אודות אמא", לנשים מקום בולט ביותר. לשיא, מבחינה זו, הגיעו הסרטים "הרגלים מגונים" "לחזור" ו"אמהות מקבילות", שבהם לגברים מקום זניח למדי, והמעטים שמופיעים בהם נעלמים תוך דקות מעטות מרגע שהופיעו.
בשלושה מסרטיו מתמקד אלמודובר ביחסי אם-בת מורכבים. לדוגמה, בסרט "עקבים גבוהים" יחסי אם-בת הם הנושא המרכזי לכל אורך הסרט; בסרט "פרח הסוד שלי" יחסיה של האם עם שתי בנותיה הם בעלי משקל לא מבוטל בעלילה; הסרט "לחזור" מגולל את סיפורן של שתי אחיות, ריימוּנדה וסוֹלֶה, אִמן, ובתה של ריימונדה, הנערה פאולה - שלושה דורות של נשים שסבלו משוביניזם גברי והתמודדו אתו, כל אחת בדרכה.
שחקניות שמילאו תפקיד בולט באחד מסרטיו של אלמודובר או שהופיעו בסרטיו שוב ושוב זוכות לעיתים לכינוי "נערות אלמודובר" (Chicas Almodóvar). מספר שחקניות מפורסמות שהוצמד להן כינוי זה הן כרמן מאורה, פנלופה קרוז, מריסה פארדס, ויקטוריה אבריל, ססיליה רות, לולס לאון, צ'וס למפראבה, רוסי דה פלמה, ביבי אנדרסן ואנטוניה סן חואן; תופעת "נערות אלמודובר" נעשתה כה בולטת, עד שהזמר הספרדי חואקין סבינה כתב את השיר "אני רוצה להיות נערת אלמודובר" (Yo quiero ser una chica Almodóvar).
משפחה.
המשפחה ותהפוכותיה תופסות מקום מרכזי ברבים מסרטיו של אלמודובר. בפרט עוסק אלמודובר במסגרת זו בזוגיות, ובעיקר פירוקה והרכבתה, וביחסי הורים וילדים, הנפרסים לעיתים על פני שלושה דורות. דוגמאות בולטות:
קדושת הנישואים אינה קיימת בסרטיו של אלמודובר. היעדרה בולט בפתיחת הסרט "מה עשיתי שזה מגיע לי?", שבה גלוריה, הנשואה לאנטוניו, מקיימת מין מזדמן עם גבר זר. בסרט "אהבת בשר ודם", בגידותיהן של שתי נשים נמצאות במרכז העלילה. במרכזו של הסרט "חיבוקים שבורים" ניצב רומן שמקיימת לנה, הנשואה לארנסטו, עם מטיאו בלנקו, במאי קולנוע שבסרטו, המופק במימון בעלה, היא משתתפת. בסרט "נשים על סף התמוטטות עצבים" קרלוס, העומד להתחתן עם מריסה, אינו מהסס לנהל רומן עם קנדלה בזמן שמריסה ישנה שינה עמוקה בחדר הסמוך. בסרט "עקבים גבוהים" מקיימת רבּקה, הנשואה למנואל, יחסי מין עם לטאל (אם כי היא מסתייגת מהם), בזמן שבעלה מחזר אחר אמהּ. בסרט "קיקה", הגיבורה, קיקה, מפנטזת על יחסי מין עם חמיה.
Ernesto Acevedo-Muñoz, בספרו "Pedro Almodóvar", רואה את גורלה של המשפחה, המתפרקת ונוצרת מחדש, כמשל לקורותיה של ספרד, העוברת משבר תחת שלטונו של פרנקו ומשתקמת לאחר מכן.
מיניות.
חלק לא מבוטל מסרטיו של אלמודובר עוסק במיניות לגווניה:
מוות.
בשנת 1984, לאחר שצילם את סרטו השלישי, כתב אלמודובר: "מעולם לא הבנתי את המוות, אני יודע שהוא קיים, אבל עוד לא ממש הפנמתי אותו. ומכיוון שאני המחבר של הסיפורים שלי, דחיתי אותו בעבר - בפפי ובמבוך. הוא לא הופיע אף פעם. עכשיו, לעומת זאת, אני מנסה להכניס אותו, כאילו כדי להתרגל אליו. וזה גם מוטיב דרמטי טוב." ואכן, מסרטו השלישי ואילך, כמעט בכל סרטיו למוות מקום מרכזי, ולעיתים הוא הכוח המניע שמאחורי עלילת הסרט. לעיתים זהו מוות טבעי, אך בדרך כלל זהו מוות בלתי שגרתי: מוות מנטילת הרואין מורעל ("הרגלים מגונים"), אישה שהורגת את בעלה ("מה עשיתי שזה מגיע לי?" ו"עקבים גבוהים"), רצח שהוא חלק מאורגזמה ("מטדור"), ילדה שגורמת למות אביה ("עקבים גבוהים"), סדרת רציחות ("קיקה"), בני זוג שיורים זה בזה ("אהבת בשר ודם"), נער שנדרס למוות ומוות מאיידס ("הכל אודות אמא"), התאבדות ("דבר אליה"), טרנסג'נדרית המזריקה הרואין לעצמה טהור בטעות ("חינוך רע"), בני זוג שנספו בשרפה ונערה שהורגת את אביה ("לחזור"), אישה שנהרגה בתאונת דרכים ("חיבוקים שבורים").
בניגוד למציאות, בחלק מהסרטים המוות הוא תהליך הפיך. בסרט "קיקה" צעיר הנחשב כמת חוזר לחיים במהלך איפור גופתו, ובסרט "לחזור" אישה שנחשבה כמתה מופיעה כרוח רפאים, שמתגלה לאחר מכן כאישה חיה. לעומת זאת, הסרט "פרח הסוד שלי" מתחיל בסצנה שבה שני רופאים עמלים לשכנע אם שהמוות המוחי של בנהּ אינו הפיך - אף שהוא מחובר עדיין למכונת הנשמה ולכאורה נושם, אין כל אפשרות להחזירו לחיים. בהמשך הסרט המוות מתגלה בכל זאת כהפיך: ליאו הנואשת בולעת גלולות רבות בניסיון התאבדות. היא נרדמת במיטתה, והמסך ההופך לשחור מבהיר לצופה את גורלה, אך שיחת טלפון מאמהּ, הנשמעת באמצעות המשיבון, מעירה אותה. היא מקיאה את הגלולות, והסכנה לחייה חולפת.
צריכת סמים.
לצריכת סמים נוכחות ניכרת בסרטיו של אלמודובר. בחלקם היא מוצגת כהתמכרות שלילית, ובאחרים כהתנהגות כמעט נורמטיבית. דוגמאות:
הפושע אינו נענש.
באחדים מסרטיו של אלמודובר נכללים מעשי פשע, ובכללם רצח והריגה, שהפושע אינו נענש עליהם. לעיתים הפשע מגיע לידיעת המשטרה, שאינה מצליחה להביא את הפושע למשפט, ולעיתים המשטרה כלל אינה יודעת על הפשע.
דיבורים (גם אל מי שאינו יכול לשמוע).
אלמודובר מעיד שהדמויות בסרטיו מאוד מילוליות - הן מדברות גם כאשר בן שיחן אינו מסוגל לשמוע או לענות. הדוגמאות שאלמודובר מביא:
לדוגמאות אלה יש להוסיף את הדוגמה הבולטת ביותר (שנוצרה לאחר שאלמודובר כתב את דבריו אלה) - הסרט "דבר אליה": בניגנו משוחח ארוכות עם אליסיה בזמן שהוא מטפל בה אף על פי שהיא שרויה בתרדמת.
אלמודובר עמד על כוחן של המילים: "לדעתי, שתי שורות טובות של דיאלוג בפיה של דמות שפותחה היטב יעילות כמו האפקטים המיוחדים בסרט "".
הקולנוע הוא חלק מהעלילה.
אלמודובר העיד על עצמו: "תמיד גיליתי עניין בסרטים שמתארים את עולם הקולנוע. סרטים שעלילתם היא תעשיית הקולנוע עצמה, האנשים שמאחוריה, תפארתה ושפלותה". ואכן, ברבים מסרטיו של אלמודובר, הקולנוע הוא חלק מעלילת הסרט.
"חיבוקים שבורים" הוא סרט ארס פואטי, משום שבמידה רבה גיבורו של הסרט הוא הקולנוע עצמו. עלילת הסרט סובבת סביב צילומו והפקתו של סרט בשם "נשים ומזוודות", ובה משולב סיפור צילומו של סרט תיעודי אודות הפקת הסרט. מבקר הקולנוע יאיר רוה ציין כי זהו "סרט שעוסק ישירות בקולנוע, בכתיבה, ביצירה, באופן בו הקולנוע נכנע לחיים, אבל גם במקום שבו הקולנוע מסוגל לשכתב את החיים, ושיש לו כוחות של השבה לחיים – גם אם רק באופן סמלי" קדמו ל"חיבוקים שבורים" הסרטים "קשור אותי! אהוב אותי!" ו"חינוך רע", שגם בהם חלק מהעלילה מוקדש לצילומו של סרט.
מטיאו ולנה, גיבורי הסרט, צופים בסרטו של רוברטו רוסליני, "מסע לאיטליה", המוקרן בטלוויזיה. בסצנה מוצג זוג המבקר בפומפיי, ומדריך הטיולים מצביע בפניהם על בני זוג שהופתעו על ידי הלבה בעת שהיו חבוקים. לנה צופה בהתרגשות בסצנה זו, ומחבקת את מטיאו תוך הבעת תקווה שגם מותה יגיע בעת שהיא מחבקת את אהובה.
גם בסרטים נוספים של אלמודובר, צפייה בסרטי קולנוע היא חלק בלתי נפרד מעולמם של גיבורי הסרט:
לעיתים הגיבורים מצטטים סרטים נודעים שבהם צפו:
בנוסף, סרטיו של אלמודובר כוללים מחוות לסרטים נודעים ונודעים פחות בהיסטוריה של הקולנוע:
כל העולם במה.
רבות מהדמויות בסרטיו של אלמודובר מופיעות בפני קהל, בדרך קבע או באופן חד-פעמי. פעמים רבות ההופעה היא חלק רב משמעות בעלילה.
מדריד כמרכז העלילה.
מדריד, בירת ספרד, היא מקום ההתרחשות העיקרי של מרבית סרטיו של אלמודובר. בסרט "מבוך התשוקות" מתוארת מדריד כ"מרכז היקום". חריגה ממצב זה מתרחשת בסרט "הכל אודות אמא", שאמנם מתחיל במדריד, אך עיקר עלילתו מתרחש בברצלונה. בסרט "חיבוקים שבורים" מרחיקים הנאהבים לנה ומטיאו עד לנסרוטה שבאיים הקנריים, אך עיקר העלילה מתרחש במדריד.
נופיה של מדריד נשקפים בסרטים. בצורה מפורשת ניכר הדבר בתחילתו של הסרט "אהבת בשר ודם", שבה נולד ויקטור תוך כדי נסיעה של אמו באוטובוס לבית היולדות. מלווה של האם מרימה את ויקטור התינוק, מפנה אותו אל החלון, ואומרת לו "ראה ויקטור: מדריד". הנוף שנשקף מהחלון הוא שער אלקלה, שהוקם בסוף המאה ה-18 כשער כניסה לעיר.
באחדים מסרטיו מציג אלמודובר צעירים שעברו מהכפר למדריד (צעד שאף הוא עצמו עשה), ואתם מתגוררת סבתא (אם של הצעיר שעבר אל העיר), הכמהה לחזור לכפר, ובסופו של דבר מגשימה כמיהה זו. מוטיב זה מופיע בסרטים "מה עשיתי שזה מגיע לי?" ו"פרח הסוד שלי". גם בסרט "לחזור" נעות הגיבורות בין מדריד ובין הכפר.
זוויות צילום בלתי שגרתיות.