ניסיונם של אנשי האי"ל להשיג נשק ב"צד הארי" נכשל, שכן אנשי הארמייה קריובה, המחתרת הפולנית העיקרית, התייחסו אל המאבק היהודי באדישות, ולעיתים אף בעוינות. מנהיג הארמייה קריובה, הגנרל סטפן רובצקי, התלונן ש"היהודים מבקשים מאיתנו נשק כאילו מחסנינו מלאים". בנובמבר 1942 ארמייה קריובה סיפקה לאי"ל עשרה רובים, מהלך שעורר טרוניה בקרב אנשי הארמייה קריובה. במקביל, מפקד של המחתרת הפולנית בשם "ריאנט" הוציא הוראה שניחתה שהיהודים לא ילחמו באופן אקטיבי אלא יתמקדו בהישרדות כיחידים. זאת עקב עוינות של האוכלוסייה הפולנית כלפי היהודים, שסייעו לכיבוש הקומוניסטי של מזרח פולין, ולכן יש חשש שהנשק ישמש את היהודים במעשי שוד ואכזריות. אנשי האי"ל שבו ופנו אל הדלגטורה, נציגותה בפולין של ממשלת פולין בגולה וטענו כי כאשר הולכים היהודים אל רכבות ההשמדה ללא התנגדות מגנים אותם ארגוני המחתרת על כניעותם, אך אוסרים עליהם ההתנגדות החמושה. בעקבות פנייה זו סיפקה ארמייה קריובה לאי"ל בינואר 1943 49 אקדחים, 50 רימוני יד, ומעט חומר נפץ.
ביולי-ספטמבר 1942 גורשו כ-300 אלף מיהודי ורשה לטרבלינקה. כרוזי האי"ל שהסבירו למגורשים את הצפוי להם, לא הביאו להאטת קצב הגירוש. "דואר" שהגיע מטרבלינקה, ושלושה קילו לחם וקילו ריבה אותם חילקו הגרמנים לאלו שהתפתו והגיעו אל כיכר השילוחים, האומשלגפלץ, הם שהכריעו את הכף, כמו גם התנהגות חברי היודנרט והשוטרים היהודים.
ב-20 באוגוסט 1942 ביצע הארגון את פעולתו הראשונה. ישראל קאנאל איש הארגון ירה ביוסף שרינסקי, מפקדה של המשטרה היהודית בגטו אשר הייתה חלק ממנגנון המשלוחים. התנקשות בחיי קצין נוסף בשם שמרלינג נכשלה. היהודים בגטו התייחסו אל השוטרים היהודים בזעם ובסלידה. האי"ל התייחס אליהם כבוגדים ומשתפי פעולה והוציא "צווים" המורים על הוצאתו להורג של כל מי שיצטרף לשורותיהם. בין היתר הוצאו להורג: יעקב לייקין, ממלא מקומו של שרינסקי, ישראל פירשט, איש הקשר בין היודנראט והשלטונות הגרמניים, הרמאן כץ, מפקד המשטרה היהודית בגטו ווארשה, ד"ר אלפרד נוסיג ומשה ואלד.
מהלומה כבדה נחתה על הארגון ב-3 בספטמבר 1942, כאשר שמואל ברסלב ויוסף קפלן נתפסו על ידי הגרמנים והוצאו להורג. קפלן נאסר על ידי הגסטאפו כנראה בעקבות הלשנה על פעילותו, והוצא להורג. לאחר שברסלב שמע על מאסרו של קפלן, הוא יצא לנסות להציל אותו, נתפס על ידי שוטר, שלף סכין ונורה מיד למוות. יחד עמם נפל נשקו של הארגון – מספר אקדחים ורימונים: החניכה שנשלחה להעביר אותם למסתור אחר, רגינקה יוסטמן, נתפסה בידי שוטר כשבאמתחתה שק מלא בירקות ובנשק, הנשק הוחרם והיא נרצחה. המצב התייצב כאשר אל הארגון הצטרפו חברי התנועות גורדוניה והנוער הציוני.
ב-12 בספטמבר הכריזו הגרמנים רשמית על סיומו של הגירוש. בגטו ורשה נותרו כחמישים וחמישה אלף יהודים.
ב-29 באוקטובר 1942 נורה למוות על ידי המחתרת יעקב לייקין, סגנו של יוסף שרינסקי.
ב-30 באוקטובר 1942 הוקם "ועד התיאום", אשר לקח תחת חסותו את הנהגת האי"ל והביא לצירוף גורמים שנמנעו עד אז מלהצטרף לפעילות, כגון אנשי הבונד, פועלי ציון ופועלי ציון שמאל. את הבונד ייצג אברהם בלום, שהיה הבכיר מבין נציגי הבונד שנשאר בגטו. למפקד הארגון מונה עתה איש "השומר הצעיר" מרדכי אנילביץ', לסגנו יצחק צוקרמן, לאחראי על המודיעין מארק אדלמן ולנציג בצד הארי – אריה וילנר. כן מונתה "ועדת תעמולה" אשר בשורותיה פעל ההיסטוריון ד"ר עמנואל רינגלבלום.
הוועד אף שלח שליחים אל הגטאות השונים, על מנת שיארגנו שם תאי התנגדות בדומה לאי"ל בגטו ורשה. מרדכי טננבוים נשלח אל ביאליסטוק, אבא קובנר מונה כמפקד בווילנה וכן מונו נציגים נוספים בבנדין, קרקוב וצ'נסטוחוב.
פעילותו הדחופה והחשובה ביותר של האי"ל בצורתו החדשה הייתה הוצאתם להורג של משתפי הפעולה ששרדו את הגירושים והמשיכו את פעולתם בגטו. על אף שבין המניעים להריגות הייתה גם הנקמה, הרי שהמטרה העיקרית הייתה הרתעה מלהשתתף בפעילות דומה בעתיד, וניסיון להניע את היודנרט של גטו ורשה אל הכיוון הרצוי מבחינת אנשי האי"ל. כרוז שיצא לאחר הריגתו של יעקב לייקין, מפקד 'משטרת הסדר', הודיע כי הורשעו בדין כל חברי היודנרט בעוון שיתוף פעולה עם האויב וחתימה על גזירת העקירה. כן הוצאו להורג ישראל פירשט, אשר היה אחד המתווכים בין היודנרט ובין הגסטפו וד"ר אלפרד נוסיג, פעיל ציוני שהיה למודיע גרמני. בארכיון 'עונג שבת' נאמר כי בכיסו נמצא תזכיר אל השלטונות הגרמניים, בו הוא מסביר את כישלון הגירוש בינואר 1943, באשר נהגו באכזריות יתרה. הוא מציע לא לנהוג להבא בשיטות ברוטאליות כאלו בזמן הגירוש, משום שהדבר יעורר תגובה מצד היהודים.
ההתנגדות למשלוחים בינואר 1943.
בתקופה שלאחר הגירוש ההמוני מוורשה, תפסו אנשי האי"ל את מקומה של הנהגת הגטו המסורתית. אלפים, אשר ידעו כי במוקדם או במאוחר יגיע תורם להיות מגורשים אל המוות הבטוח במזרח, ירדו למחתרת והסתתרו במקומות מסתור שהוסוו והוכנו מראש. הגרמנים נלחמו כנגד תופעה זו בדרכי רמייה ושקר. "הדואר" מן המגורשים שב והחל לפעול. מנהל בתי החרושת, ולטר טבנס, הגיע אל הגטו ללא מדים והציע עבודה ומזון ליוצאים מן המסתור, והגרמנים הצהירו כי האומשלגפלץ לא יפעל עוד.
תגובתו של האי"ל הייתה הפצת כרוזים בהם נאמר ש"גם יהודי אחד לא ילך לרכבות. אנשים שאינם יכולים להילחם חייבים בהתנגדות שקטה. פירושו של דבר שעליהם להסתתר".
ב-18 בינואר 1943 הוקף הגטו לפתע באנשי SS ווורמאכט, ונראה היה כי עומד להתחיל גל נוסף של משלוחים. יחידות האי"ל לא יכלו לתקשר ביניהן. איש לא הוזהר מראש על האקציה, והאי"ל נתפס כשיחידותיו מנותקות זו מזו, וללא יכולת תיאום או הנהגה מרכזית. ההחלטה הסימולטנית שקיבלו הלוחמים, שלא נועצו ב"ועד התיאום" אלא פעלו במקביל ובאופן ספונטני, הייתה להילחם באופן פעיל בגירוש. האי"ל היה מחולק לחוליות קטנות של מספר אנשים, שפעלו לפי השתייכות מפלגתית.
אל המשלוח הראשון הסתננו מספר אנשי אי"ל בהנהגת מרדכי אנילביץ', ומשקיבלו את האות, יצאו מקהל האנשים שהמתין לגירוש אל המוות, ופתחו ביריות אל אנשי ה-SS. במקביל פתחו יחידות נוספות של האי"ל במתקפה. בסופו של דבר נהרגו כחמישים גרמנים, ונשקם נלקח שלל. אבדות אנשי האי"ל היו אף הן כבדות, (מן החוליה אותה הנהיג מרדכי אנילביץ' נותר אך הוא בחיים) אך הפעולה הפתיעה את הגרמנים, אשר הפסיקו את המשלוחים לאחר שלושה ימים, שבהם נשלחו אל מותם כחמשת אלפים יהודים. הפסקת המשלוחים נתפסה כניצחון אנשי האי"ל על הנאצים.
בשלב זה היו אנשי האי"ל לשליטי גטו ורשה. הגרמנים חששו מן ההליכה ברחובות הגטו, לא נראו עוד לאחר החשיכה, צעדו רק בקבוצות והמעיטו את נוכחותם. משתפי הפעולה היהודים הוצאו להורג.
היודנראט נאלץ להישמע להוראות האי"ל, ואף שילם לקופתו רבע מיליון זלוטי לצורך רכישת נשק, לאחר שמרק ליכטנבאום, ראש היודנראט שבא במקומו של אדם צ'רניאקוב, קיבל אולטימטום כי אם הסכום לא ישולם תוך שלושה ימים – יומת בנו.
מס הוטל על תושבי הגטו, וברוב המקרים הוא שולם ברצון. בתוככי הגטו הוקם כלא בו הושיבו אנשי האי"ל את סרבני המס, כמו גם אנשי קבוצות מזוינות שהתחזו לחברי האי"ל וגבו את המס. מקור הכנסה נוסף היה שוד בנקים, אשר פעלו בגטו ועליהם שמרו שומרים פולנים.
מבנה האי"ל התגבש סופית. הוא חולק לעשרים ושתיים קבוצות, אשר חיו יחדיו כקולקטיב, והיו שקראו לעצמן קיבוץ. כל לוחם היה חמוש באקדח. הקבוצות חולקו על פי השתייכות מפלגתית: ארבע מהשומר הצעיר, חמש מתנועת דרור, אחת מעקיבא, אחת מגורדוניה, ארבע מהבונד, אחת מפועלי ציון שמאל, אחת מפועלי ציון, אחת מהנוער הציוני, וארבע מן המפלגה הקומוניסטית PPR.
בינואר 1943 בוצעה אקציה גדולה ביהודי צ'נסטוחוב. אנשי האי"ל במקום ביצעו פעולת מגננה הרואית, וכולם נפלו בקרב. היה ברור כי יום מבחנם של חברי האי"ל בוורשה קרב ובא.
בתקופה זו החל ביתר שאת מסע התעמולה הגרמני. אנשי ה"שופים" נותני העבודה הגרמנים הגיעו לגטו על מנת לשכנע את היהודים להתייצב מרצונם למשלוחים. ולטר טבנס, מנהלו הגרמני של בית החרושת הגדול בגטו התמנה למנהל המשלוחים. בחודש מרס החלו במשלוח פועלי המפעלים. האי"ל הגיב בשריפת המפעלים, ולמחרת איש מבין הפועלים לא התייצב אל המשלוח. כחלק מן המסווה הזמין ולטר טבנס את אנשי האי"ל להתייעצות. ההזמנה הועברה אל הלוחמים דרך היודנרט, ואלו דחו אותה. משפנו הגרמנים אל אנשי היודנרט כי ייקחו על עצמם את פעילות המשלוחים, נענו על ידי ראש היודנרט מרק ליכטנבוים כי לא היודנרט אלא אנשי האי"ל הם השולטים בגטו.
בתקופה זו אירע חיכוך עם אנשי הארגון הצבאי היהודי. היה זה ארגון מחתרת יהודי חמוש מקביל, מאויש ברובו בחברי תנועות בית"ר והצה"ר. אנשי האי"ל סירבו לקבל את אנשיו לשורותיהם, אם מחמת השוני הפוליטי, ואם, כטענת אנשי האי"ל בשל ניסיון אנשי האצ"י להשתלט על הנהגת האי"ל. החיכוכים, שעסקו בעיקר בשאלות של גביית הכספים וחלוקת הנשק שהגיע אל הגטו, הסתיימו בהסכמה, נקבעה חלוקת נשק, סמכויות וגבולות גיזרה. קשר משמעותי, עם זאת, לא התקיים בין הארגונים.
מרד גטו ורשה.
השלב הסופי בחיסולו של הגטו החל בערב פסח, 19 באפריל 1943. רחובות הגטו רוקנו מאנשים. רוב שישים אלף היהודים שנותרו בגטו הסתתרו במקומות מחבוא ובבונקרים שהוכנו מראש, אשר ברבים מהם הייתה אספקת מים וחשמל, אך לא הייתה מהם כל דרך ליציאה אל מחוץ לגבולות הגטו.