בתקופה זו נוסדו שתי המפלגות, שעתידות היו להתמודד על השלטון בפרגוואי במשך שנים רבות. ה"קולורדוס" (הצבעוניים או האדומים), שהייתה מפלגה שמרנית, שייצגה את האינטרסים של בעלי האחוזות הגדולות מעמד, שנוצר לאחר המלחמה עקב ספסרות פרועה בקרקעות, וה"ליברלים" או הכחולים. התקופה שבין 1876 ובין 1904 ראתה את שלטון הקולורדוס תחת שלטונם של נשיאים מתחלפים, לרוב מרקע צבאי. ב-1900 הראה סקר דמוגרפי, כי המדינה חזרה לאיתנה מבחינה דמוגרפית. השוויון המספרי בין המינים הושג (לאחר שכמעט כל הגברים הבוגרים מתו במהלך מלחמת הברית המשולשת) והאוכלוסייה עלתה מעל 600,000 נפש. עם כניסתה של המאה ה-20 החלה גם התיישבות יהודית בפרגוואי. המשפחות הראשונות, שהגיעו לפרגוואי היו משפחות ספרדיות מטורקיה ומאזור הבלקן.
שלטון המפלגה הליברלית.
בשנת 1904 הובילה מרידה ליברלית לקיומן של בחירות. גם אלו לא הובילו ליציבות, הליברלים לא הצליחו להתאחד ועד מהרה הפכו לפלגי מפלגות הלוחמים זה בזה. השנים 1904 עד 1912 היו שנים של אי יציבות פנימית וחילופי משטרים תכופים (לא פחות מארבעה נשיאים התחלפו בשנת 1912 לבדה), אשר החלישו את המדינה, הציגו אותה כחלשה ופגיעה וגרמו לצד גורמים אחרים להשתלטותה של בוליביה על חבל הצ'אקו. בעת שפרגוואי הייתה עסוקה במלחמות פנימיות והזניחה חבל ארץ זה, השתלטה עליו בוליביה, פיתחה וביצרה אותו.
ב-1912 עלה לשלטון הנשיא אדוארדו שרר, אשר הצליח לספק למדינה יציבות פנימית, והיה הראשון מזה זמן רב, שהשלים תקופת כהונה בת ארבע שנים. לאחריו עלה בצורה מסודרת לשלטון הנשיא מנואל פרנקו. תקופת היציבות של שרר ופרנקו נשמרה עד שנת 1920, אז עלה לשלטון הנשיא מנואל גונדרה, שהיה שייך לפלג שונה של המפלגה הליברלית מאשר הפלג של שרר ופרנקו. הליברלים התפצלו ל"גונדריסטס" ו"שרריסטס", אשר החלו בלוחמה אקטיבית זה בזה, שנמשכה כשנה בין 1922 עד 1923. במלחמה ניצחו ה"גונדריסטס". ב-1924 ירש את גונדרה הנשיא אאוסביו איאלה. ה"גונדריסטס" בראשותו נקטו במדיניות שוק חופשי פרועה, אשר דרדרה את מצבם הכלכלי של תושבי המדינה, כאשר השלטון מייצג אך אליטה קטנה של בעלי אדמות פאודלים כמעט.
מלחמת הצ'אקו.
גילויו של נפט למרגלות הרי האנדים, הוביל את הגאולוגים להאמין, כי חבל הצ'אקו עשוי להיות עשיר בנפט. בשנת 1929 החלה בוליביה להפיק נפט בחבל זה, אשר מחדליהן של הממשלות הליברליות בפרגוואי בתחילת שנות העשרים הובילו לאובדן חלק ניכר ממנו. ב-15 ביוני 1932 כבש צבא בוליביה את העיירה פיטיאנטוטה במרכז חבל הצ'אקו. הייתה זו אך תקרית גבול אחת מני רבות, שאירעו לאורך כל שנות העשרים, אך תקרית זו הובילה למלחמה כוללת, כאשר הבינו שליטי פרגוואי, כי בוליביה עומדת להיות מדינת נפט עשירה על חשבון הפסדיהם הטריטוריאליים בחבל הצ'אקו. הייתה זו תחילתה של מלחמה, שהייתה הארוכה ביותר והעקובה מדם ביותר במאה העשרים בחצי הכדור המערבי, וכונתה מלחמת הצ'אקו.
מלחמה זו הייתה אסון לשני הצדדים. השכבה האירופית השלטת בבוליביה כפתה את הגיוס על יתר האוכלוסייה, אשר לא חשה הזדהות עם המדינה. למרות שפרגוואי הצליחה לייצר להט לאומני, היו חייליה לא מאומנים, ובלתי מוכנים לתנאים הקשים של האקלים בהם נתקלו. למעשה, מתו יותר חיילים ממגפות כמלריה מאשר בלחימה בפועל.
במלחמה נעשה שימוש בציוד מודרני - חיל אוויר, טנקים ושריוניות. פרגוואי זכתה כמעט בכל הקרבות החשובים במלחמה, באמצעות כיתור כוחות בוליביאניים עודפים מבחינה מספרית. הנהגה עדיפה והיכרות עם השטח היו הגורם המכריע לטובת פרגוואי. עם זאת, היו מגבלותיה של פרגוואי חומריות - עובדה היא כי מתחילת המלחמה, לאחר הקרבות הראשוניים, הסתמך צבא פרגוואי על שלל בוליביאני, כך שרוב המשאיות, הארטילריה, מכונות הירייה והנשק האישי של צבא פרגוואי היו מתוצרת בוליביה.
ב-1935 כבשה פרגוואי את כל השטח השנוי במחלוקת. הפוליטיקאים בפרגוואי ביקשו להמשיך את הלחימה אל תוככי בוליביה. בוליביה, מצידה, הייתה נחושה להחזיר את שאיבדה, ונשענה על עתודות ענקיות של כוח אדם.
לבסוף הבינו הצדדים כי יש להפסיק את המלחמה. פרגוואי שבתה 300,000 בוליביאנים, שכלכלתם הייתה עליה. המלחמה הביאה לידי מיצוי את כוח האדם של פרגוואי, והיא לא יכלה לסבול עוד אבדות.
כאשר השכילו הצדדים להסכים על הפסקת אש, ב-12 ביוני 1935, פרגוואי הייתה בעלת שליטה במרבית האזור. שליטה זו הוכרה באופן רשמי בהסכם הפסקת האש משנת 1938 שנחתם בארגנטינה, ובו קיבלה פרגוואי את השליטה בשני שלישים מחבל המריבה. לאחר מכן התברר כי אין כל נפט בחבל הצ'אקו. מחיר המלחמה היה שלושים אלף הרוגים מצבא פרגוואי, וכשישים אלף הרוגים מצבא בוליביה.
חוסר יציבות, מלחמת אזרחים.
לאחר מלחמת הצ'אקו מאס עמה של פרגוואי בשלטון הרקוב של המפלגה הליברלית. בשנת 1936 עלה לשלטון כוח שלישי, קיצוני, שהחזיק בעמדות שהיו צירוף של פאשיזם וסוציאליזם. את המפלגה הנהיג הקולונל רפאל פרנקו, טייס לשעבר בחיל האוויר של פרגוואי, אשר חזר מגלות פוליטית בארגנטינה. המפלגה החדשה שייסד פרנקו, "פברסיסטס", הכריזה על הלאמת אמצעי הייצור, ואיסור על מפלגות פוליטיות מתחרות. ללא תמיכה עממית של ממש, החזיקה המפלגה בשלטון בכוח במשך כמה חודשים, אך משניסה פרנקו ליישם סעיף בהסכם השלום עם בוליביה, לפיו תורשה לבוליביה העברת סחורות עד לנהר פרגוואי, הביא הדבר להדחתו. הוא הוחלף בידי אזרח בשם פליקס פאיווה, אשר היה אך כיסוי לשלטון הצבא. בשנת 1939 תפס את השלטון הגנרל חוזה מריה אסטיגריביה, שהיה מפקד הצבא בעת מלחמת הצ'אקו. אסטיגריביה פעל לשיקום המשטר הדמוקרטי, אך נהרג בתאונת מטוס בשנת 1940.
בשנת 1940 עלה לשלטון הדיקטטור איחיניו מוריניגו. הוא שלט מכוח צו נשיאותי בין השנים 1940 עד 1946, כאשר ממשלתו היא צירוף בלתי אפשרי של פברסיסטס וקולורדוס. ממשלתו עמדה בפני התנגדות עממית נרחבת, שכללה שביתות כלליות, אך הוא הצליח לשמור על נאמנותו של הצבא הפרגוואי, לו הקצה 45% מתקציב המדינה, וכך לשמור על שלטונו במשך שש שנים. משטרו היה מעין תמונת ראי, ולעיתים אף גרורה של משטרו של חואן דומינגו פרון בארגנטינה.
בשנת 1946 פרשו הפברסיסטס מן הממשלה, שכן הרגישו כי מוריניגו מעדיף את הקולורדוס על פניהם. הם יצרו ברית עם המפלגה הליברלית והמפלגה הקומוניסטית של פרגוואי, ועד מהרה הידרדר המצב למלחמת אזרחים בשנת 1947. למרות שחלקים גדולים של הצבא תמכו במורדים, הצליח מוריניגו להשתלט שוב על המדינה עד סוף אותה שנה. בשנת 1948 התפטר מוריניגו לאחר הפיכה של תומכיו, ויצא לגלות בארגנטינה. את מקומו תפסו מנהיגים חלשים ומתחלפים, עד לעליית מפלגת הקולורדו בראשות פדריקו שאבס. שלטון זה החזיק מעמד בין שנת 1949 ו 1954.
אלפרדו סטרסנר.
בשנת 1954 הוביל הגנרל אלפרדו סטרסנר מרד צבאי כנגד משטרו של הנשיא שאבז. סטרוסנר, שעמד בראש הצבא, חבר אל כוחות אזרחיים, שחששו כי הנשיא בן ה-73 ינהיג משטר של דיקטטורה עממית נוסח חואן פרון בארגנטינה. כחודשיים לאחר המרידה הצבאית, הכריזה מפלגת "קולורדו" על סטרוסנר כמועמדה לנשיאות, וב-15 באוגוסט 1954 נבחר סטרוסנר לנשיאות, והחל את השלטון הדיקטטורי הארוך ביותר בתולדות אמריקה הלטינית.
שיטת הממשל של סטרוסנר נשענה על הקפאת החוקה הדמוקרטית (מכוחה, כביכול, נבחר) לטובת צווי חירום "זמניים" אשר היו מוסרים אחת לארבע שנים על מנת לקיים בחירות נוספות, בהן היה זוכה סטרוסנר ברוב של 90% מהקולות. "בחירות" אלו נערכו שמונה פעמים. כל התנגדות לשלטונו של סטרוסנר, ובמיוחד מרידות עממיות ומרידות סטודנטים בשנים 1958–1959 דוכאו ביד רמה. כן יש המאשימים את המשטר ברצח האינדיאנים משבט האשה (Ache), ששכנו באזור עשיר במינרלים ועמדו בדרכו של סטרוסנר לפיתוח האזור באמצעות תאגידים בינלאומיים.
מדיניות החוץ של סטרוסנר הייתה של תמיכה ללא סייג בארצות הברית (ובתמורה קבלת סיוע חוץ נדיב, ועזרה לייצוב משטרו), וכן של שיתוף פעולה עם ברזיל בהקמת המפעל הענק של סכר איטאיפו, שתחנת הכוח שלו, הגדולה מסוגה בעולם, היא מקור הכנסה עיקרי לממשלת פרגוואי עד היום.
משטר זה הואשם בשיתוף הפעולה עם מנהיגים נאצים נמלטים. במשך שנים הייתה שמועה, כי פרגוואי משמשת מקלט לבכירים נאצים. בין אלו ששמם הוזכר, היה רופא המוות ממחנה אושוויץ, ד"ר יוזף מנגלה.
ב-3 בפברואר 1989 כוחות בפיקודו של סגנו של סטרוסנר, הגנרל אנדרס רודריגז, תפסו לפתע את מרכזי הכוח בבירה אסונסיון. בלחימה, שהתפרצה נהרגו 300 אנשים. סטרוסנר הושם במעצר בית, אך הורשה לו לאחר מכן לצאת לגלות. סטרוסנר חי בשנותיו האחרונות בברזיל ומת בשנת 2006.
פרגוואי לאחר סטרוסנר.
שלטונו של הגנרל רודריגז הוביל לקבלת חוקה ביוני 1992. החוקה יצרה מערכת ממשל דמוקרטית, והגנה על זכויות האדם. במאי 1993 מועמד מפלגת הקולורדו חואן קרלוס ווסמוסי נבחר להיות נשיאה האזרחי הראשון של פרגוואי במשך ארבעים שנה, בבחירות שהוגדרו על ידי משקיפי חוץ כחופשיות והוגנות. בשנת 1996 ערך מפקד הצבא לינו אוביידו ניסיון הפיכה, אשר דוכא בעזרת ארצות הברית והמדינות הסמוכות לפרגוואי, והדמוקרטיה במדינה התחזקה מאוד.