עם פרוץ מגפת הקורונה ב-2020, נמנעו אנשי הרב כהנמן מקיום לימודים בהיכל המרכזי, עקב אי יכולתה לעמוד בהנחיות הבריאות בתנאים אלו. מצב זה איפשר לאנשי הרב מרקוביץ שלא הקפידו על הנחיות אלו להשתמש באופן בלעדי בהיכל המרכזי במשך קרוב לשנה, עד להתערבות בית המשפט במאי 2021, אז קבע בית המשפט כי עד להכרעה סופית בסכסוך יחולקו מקומות הישיבה בהיכל המרכזי באופן שוויוני, חציו הדרומי של ההיכל ניתן לרב כהנמן, וחציו הצפוני לרב מרקוביץ. לאחר שהצו לא כובד בשבתות, הבהיר בית המשפט באוגוסט אותה שנה כי החלוקה השוויונית הזמנית בהיכל הישיבה חלה גם על ימי השבת ונזף באנשי הרב מרקוביץ שהפרו אותו למרות שהחלוקה השוויונית היטיבה עמם כשנתנה להם מעמד שווה על אף נחיתותה המספרית של הקבוצה. במהלך סבב זה של דיונים בבית המשפט, התפטר ביולי 2021 הבורר העליון הרב צימבליסט, שהואשם במשך השנים בידי אנשי הרב כהנמן בהטיה חד-צדדית, מתפקידו. במכתב ההתפטרות מנה הרב צימבליסט לצד מצב בריאותו את התנהלות אנשי הרב כהנמן והבורר מטעמו כסיבה לפרישתו, תוך שהוא מטיח האשמות קשות באנשיו של הרב כהנמן, וכן בבורר מטעמו הרב משה פרקוביץ. בעקבות פרישתו מינה בית המשפט בספטמבר 2021 את השופט בדימוס דוד חשין לשמש כבורר בסכסוך בין הצדדים.
הסכסוך הארוך על הנהגת הישיבה היה הביטוי הראשון לפיצול המחנה החרדי־ליטאי לשני פלגים, פיצול שבא לידי ביטוי באופן רחב החל מ־2012, לאחר פטירת הרב יוסף שלום אלישיב.
בשנת 2012 יצא הסרט התיעודי "זמן פוניבז'" שעוקב במשך כשנתיים אחר חייהם של כמה מתלמידי ורבני הישיבה.
באלול ה'תשע"ח (אוגוסט 2018), פתח הרב כהנמן בסמוך לישיבת פוניבז' הקטנה, את ישיבת "חיים אברהם" לצעירים מעדות המזרח, כאשר חלק מתלמידי 'בתי אבות' של פוניבז' ממשיכים שם את לימודם.
נושאי תפקידים.
שלושת הר"מים הראשונים - הרב שמואל רוזובסקי, הרב דוד פוברסקי והרב שך, שימשו כראשי הישיבה שנים רבות עד לפטירתם. בשנותיה הראשונות של הישיבה מונו כר"מים נוספים שלושה מבוגרי הישיבה: הרב ירחמיאל גרשון אדלשטיין (בה'תש"ח), הרב שלמה ברמן והרב ברוך דב פוברסקי, בנו של הרב דוד פוברסקי. בשנת תשמ"ח מונו לר"מים הרב שמואל מרקוביץ והרב אשר דויטש, ובהמשך מונו גם הרב דוד מילר והרב יונה זלושינסקי.
המנהלים הרוחניים והמשגיחים הבכירים שכיהנו בישיבה הם הרב אבא גרוסברד, הרב אליהו אליעזר דסלר והרב יחזקאל לוינשטיין. כמו כן כיהנו כמשגיחים הרב בן ציון במברגר, הרב חיים פרידלנדר, הרב דוד זינגרביץ והרב ראובן יהושע גינזבורג (חתנו של הרב לוינשטיין).
בנוסף לבעלי התפקידים הרשמיים, הביא הרב יוסף שלמה כהנמן לישיבה מספר תלמידי חכמים יוצאי ישיבות ליטא שילמדו בישיבה ויהוו דוגמה לבחורים. גם כיום לומדים בישיבה מספר אישים כאלו, בהם הרב חיים ברמן (אחיו של הרב שלמה, המוסר לבחורים) והרב אהרן יהושע צוקר.
לאחר פטירתו של הרב יוסף שלמה כהנמן התמנה כנשיא הישיבה בנו אברהם, ולאחר פטירתו הוא הוריש את הישיבה לידי רעייתו רבקה. בעקבות מחלוקת ממושכת בישיבה, בסוף שנת תשס"ה התפצלה הישיבה, כך שלמעשה פועלות באותו מבנה שתי ישיבות. בישיבה האחת, בנשיאות הרב אליעזר כהנמן (בנו של הרב אברהם כהנמן וחתנו של הרב שלמה ברמן), משמשים כראשי הישיבה הרב גרשון אדלשטיין, הרב ברוך דב פוברסקי. החל משנת תשס"ז כיהן לצידם גם הרב חיים שלמה ליבוביץ עד לפטירתו בחורף תשע"ו. לישיבה הצטרפו כר"מים הרב דוד מילר, הרב חיים פרץ ברמן (בנו של הרב שלמה ברמן, וחתנו של הרב ברוך דב פוברסקי שמונה לר"מ לאחר פטירת אביו, כחצי שנה לפני הפילוג), ובהמשך מונו לר"מים נוספים הרבנים שמואל יהודה מלר (מה'תש"ע) והרב דוד לוי (חתנו של הרב גרשון אדלשטיין, מונה בשנת ה'תשע"א). בתשע"ז מונה הרב יעקב אפשטיין לראש ה"קיבוץ", בגיל 28. המשגיח בישיבה זו היה הרב אליעזר גינזבורג (בנו של המשגיח הקודם הרב ראובן, וחתנו של הרב שלמה ברמן), עד לפטירתו. באלול ה'תשע"ז (ספטמבר 2017) מונה למשגיח הרב עזרא רוטשילד, ולצדו מונה בהמשך הרב אליהו אליעזר קלרמן.
בראשות הישיבה השנייה עומד הרב שמואל מרקוביץ (חתנו של הרב אברהם כהנמן), בישיבתו המשיכו לשמש כר"מים הרב אשר דויטש והרב יונה זלושינסקי, ששמשו כרמי"ם בישיבה עוד קודם הפילוג. ובשנת תשס"ט מונו לר"מים נוספים הרב יחיאל דזימיטרובסקי והרב חנוך הבלין. המשגיחים הרב אהרון זאב גרוסברד, הרב אליהו אליעזר דסלר, בני משפחה של המשגיחים מהדורות הקודמים - המשיכו לשמש כמשגיחים בישיבה זו. בהמשך מונה הרב אהרן זלזניק כמשגיח קטן. בהמשך מונו לר"מים הרב מיכאל קופמן (חתנו של הרב מרקוביץ) והרב אהרן דוד מלאכי (אחיו של ח"מ עיריית ב"ב משה מלאכי) והרב אהרן יוסף קלרנשטיין.
מאז ראשית 1962 מאוגדים עובדי הישיבה בהסתדרות העובדים הכללית.
שיטת וסדרי הלימוד בישיבה.
דרך הלימוד בישיבה דומה ביסודה לצורת הלימוד בישיבות ליטא. מבין ראשיה בעבר ובהווה השפיע בעיקר הרב שמואל רוזובסקי. דרכו התבססה על הקפת הנתונים בכל סוגיה תלמודית, עימותם ההדדי ומסקנות חדשניות. גם לאחר פטירתו, בשנת תשל"ט (1979), הייתה דרכו הפופולרית ביותר בישיבה, עד למחצית השנייה של שנות ה־90, אז התרופפה השפעתו של הרב רוזובסקי ופינתה לצדה מקום לדרכים אחרות. סדרי הלימוד בישיבה הם כמקובל בשאר הישיבות הליטאיות. בפועל מתקיים הלימוד בבית המדרש לכל אורך שעות היממה.
בישיבה נהוג שגם ראשי הישיבות מוסרים שיעור יומי, וכן נהוג שבכל שנה מתחלפים לכל שיעור שלושה רבנים (אחד בזמן אלול וחצי זמן חורף, אחד בחצי זמן חורף ואחד בזמן קיץ), וכל רב מוסר שיעורים רק בשני שלישים של שנת הלימודים.
בהקמת הישיבה, תכנן הרב כהנמן שהתלמידים יסיימו את כל הש"ס בתקופת הלימודים בה. בעקבות זאת למדו בשנים הראשונות בחורי הקיבוץ אחרי הצהריים ובערב מסכתות אחרות מאלה הנלמדות בדרך כלל בישיבות הליטאיות, אך בסופו של דבר התקשו התלמידים לעמוד בתוכנית והיא בוטלה.
בעבר קצב הלימוד היה למעלה מעמוד גמרא ליום. כך למשל, בהקמת הישיבה בכסלו תש"ד למדו מסכת בבא מציעא, ועד לסוף הזמן חורף כעבור ארבעה חודשים, הגיעו עד דף נ', ובקיץ למדו עוד כשלושים דפים - קצב של 10–12 דפי גמרא בחודש. בהמשך ירד הקצב בהדרגה, ולאחר פטירת הרב כהנמן הוא הגיע לתשעה דפים לחודש. כיום הקצב של הרב אדלשטיין הוא של כ־5 דפים לחודש, אך מרבית התלמידים אינם לומדים בקצב זה אלא לאט יותר.
בשנים הראשונות של הישיבה מסר הרב כהנמן שיעור בשולחן ערוך אורח חיים עם מגן אברהם.
בשנות ה־70 נקבע שהתלמידים החדשים בשיעור א' ילמדו בשעות הערב עם עמיתיהם מהקיבוץ. חברותא זו מכונה "אילן". בשנת ה'תש"ע ביטל הרב אדלשטיין את הנוהג, והוא מתקיים כיום רק בישיבה בראשות הרב מרקוביץ'.
ארון הקודש מאיטליה.
באולם בית הכנסת מוצב ארון קודש מסוגנן אשר הובא מאיטליה על ידי שלמה אומברטו נכון. ארון הקודש, הבנוי מעץ ומצופה זהב, היה מוצב בבית הכנסת האיטלקי הגדול (Scuola Grande Italiana) בעיר מנטובה שבאיטליה. הארון נבנה בשנת ה'שצ"ה (1635), ולפי הכתובת שבמרכז הארון, שופץ מחדש (כחלק משיפוצו מחדש של בית הכנסת במנטובה) בשנת ה'תק"י (1750). בתחילת שנות השמונים שופץ ארון הקודש על ידי הרסטורטור רן שנער, מתרומה של איל ההון היהודי לודוויג יסלזון.
בשונה מן המקובל ברוב ארונות הקודש בעולם, הארון אינו נושא את סמל לוחות הברית. בעולם היהודי קיימים כמה העתקים של הארון, בהם בשטרסבורג ובניו סקוור.
אולמות הלימוד.
היכל הישיבה - שוכן בבניין המרכזי ובו כשש מאות וחמישים מקומות. לומדים בו בחורים משתי הישיבות.
תלמידי ישיבתו של הרב אדלשטיין לומדים גם בעזרת הנשים של הבניין המרכזי (כמאתיים מקומות), ביציע של בניין אוהל קדושים ובחדר שלידו (כ-400 מקומות) וב"היכל הגרח"ש" באותו בניין (כ-500 מקומות). הם לומדים גם בבית הכנסת "אהבת חסד" ועוד בתי מדרשות סמוכים.
תלמידי ישיבתו של הרב מרקוביץ לומדים גם בהיכל הכולל הישן ("פרלמן", כ-200 מקומות), ב"אולמי סגל" שבבניין המרכזי (כמאה מקומות) וכן בבית המדרש "התימנים" ברחוב מהרש"ל ועוד בתי מדרשות סמוכים.
מוסדות נוספים השייכים לישיבת פוניבז'.
קריית ישיבת פוניבז' - אשדוד.
בשנות ה־60 של המאה ה־20 הוקמה שלוחת ישיבת פוניבז' על קרקעות שרכש הרב כהנמן באשדוד. בנובמבר 1963 הונחה אבן הפינה לקריה, והחלה הקמת 1,400 יחידות דיור ומוסדות חינוך. לקראת פתיחת שנת הלימודים ה'תשכ"ו נחנכו שם שלושה מוסדות:
ישיבות ברוח הישיבה.
רבות מהישיבות הליטאיות הגדולות הפועלות בישראל משנות ה־80 וה־90 של המאה ה־20, נוסדו על ידי בוגרי ישיבת פוניבז'. מחזור הלימודים ושיטת הלימוד (בעיקר של הרב שמואל רוזובסקי) הם כבישיבת פוניבז'. ברובן של ישיבות אלה (כמו גם בתי כנסת שנפתחו על ידי בוגרי הישיבה) גם ניגוני התפילות בימים הנוראים הם כמקובל בישיבת פוניבז', מיסודם של משה פורטמן (על בסיס נוסח ישיבת טלז) והרב צבי אייזנשטיין (ראש ישיבת תפארת ציון).
בין ישיבות אלו: ישיבת מאור התלמוד, ישיבת בית מתתיהו, ישיבת אור ישראל, ישיבת כנסת יצחק, ישיבת באר התורה וישיבת אורחות תורה.
בוגרים בולטים.
לישיבה בוגרים בולטים רבים, בהם ראשי הישיבה כיום וכן:
ראו גם.
זמן פוניבז' - סרט תיעודי שעקב במשך כשנתיים אחר חייהם של כמה מתלמידי ורבני הישיבה.
יצחק הרצוג
יצחק (בוז'י) הרצוג (נולד ב-22 בספטמבר 1960, א' בתשרי ה'תשכ"א) הוא נשיא מדינת ישראל.
הרצוג שימש בעבר כיושב ראש הסוכנות היהודית, ראש האופוזיציה, שר, חבר הכנסת מטעם מפלגת העבודה בשנים 2003–2018 ומזכיר הממשלה. עורך דין בהכשרתו.
ביוגרפיה.