בעונת השיגו הנטס את המאזן הטוב ביותר בהיסטוריה של המועדון ב-NBA, 52–30, אשר הציב אותם במקום הראשון באזור המזרחי. בפלייאוף גברו ניו ג'רזי על אינדיאנה פייסרס (3–2), שארלוט הורנטס (4–1) ובוסטון סלטיקס (4–2), והעפילו לראשונה לגמר ה-NBA. בסדרת הגמר התמודדו הנטס מול אלופת הליגה לוס אנג'לס לייקרס, אשר הביסה את הנטס בדרך לזכייה שלישית ברציפות באליפות ה-NBA.
לקראת עונת העבירו הנטס את ואן הורן וטד מקולו לפילדלפיה 76', בתמורה לשחקן האולסטאר הוותיק דיקמבה מוטומבו. המהלך היה אמור לשפר את הקבוצה, אך רוב העונה מוטומבו לא שיחק בגלל פציעה. על אף היעדרותו הארוכה של מוטומבו, סיימו הנטס את העונה במקום השני באזור המזרחי, עם מאזן 49–33, בזכות יכולת גבוהה של קיד, ג'פרסון ומרטין. בסיבוב הראשון של הפלייאוף ניצחו הנטס את מילווקי באקס 4–2, ובשני השלבים הבאים הדיחו בסוויפ את בוסטון סלטיקס ודטרויט פיסטונס, בהתאמה, ועלו לגמר NBA שני ברציפות. בגמר התמודדה ניו ג'רזי מול סן אנטוניו ספרס, ולאחר ארבעת המשחקים הראשונים הקבוצות התחלקו בניצחונות בצורה שווה, 2–2, אך הספרס ניצחו בשני משחקים ברציפות וזכו באליפות על חשבון הנטס.
בסיום אותה עונה חתם קיד על הארכת חוזה עם הנטס, בטענה שיש לו "עניינים שהוא חייב לסיים" בניו ג'רזי. על מנת לעודד את קיד להישאר בקבוצה, החתימו הנטס את שחקן האולסטאר אלונזו מורנינג, אשר פיספס את העונה הקודמת בעקבות השתלת כליה. במהלך עונת , כשהקבוצה במאזן 22–20, פוטר המאמן ביירון סקוט ובמקומו מונה עוזר המאמן לורנס פרנק. על אף פתיחת העונה החלשה הצליחו הנטס לסיים במקום השלישי במזרח (47–35), ובסיבוב הפלייאוף הראשון אף הדיחו בסוויפ את ניו יורק ניקס. בחצי גמר המזרח כבר הובילו הנטס על דטרויט פיסטונס בתוצאה 3–2, אך הפסידו את שני המשחקים הבאים והודחו בידי האלופה שבדרך.
2004–2008: הגעת וינס קרטר.
לקראת עונת העבירו הנטס את קרי קיטלס וקניון מרטין ללוס אנג'לס קליפרס ודנוור נאגטס, בהתאמה, בתמורה לבחירות דראפט עתידיות. לאחר כחודש מפתיחת העונה, בעוד הקבוצה מחזיקה במאזן ניצחונות שלילי 7–15, ביצעו הנטס טרייד גדול כשהעבירו את אלונזו מורנינג, ארון ויליאמס, אריק ויליאמס ושתי בחירות דראפט עתידיות לטורונטו ראפטורס, בתמורה לשחקן האולסטאר העולה וינס קרטר. לאחר הטרייד הציגו הנטס את אחד מהקווים האחוריים הכישרוניים בליגה, עם קיד, ג'פרסון וקרטר, אך במהלך העונה נפצע ג'פרסון ונזקק לניתוח שהשבית אותו ממחשק עד לסיום העונה. פציעתו של ג'פרסון לא פגעה בנטס בצורה קשה מדי הודות לשיתוף הפעולה בין קיד לקרטר, והנטס הצליחו להגיע לפלייאוף, אך הודחו בסיבוב הראשון בסוויפ למיאמי היט על אף חזרתו של ג'פרסון בתחילת הסדרה.
בקיץ 2005 בחרו הנטס את הסמול פורוורד אנטואן רייט בבחירה ה-15 בדראפט, ורכשו את מארק ג'קסון מפילדלפיה 76'. כמו כן הם האריכו את החוזה של קליף רובינסון והחתימו את ג'ף מקיניס שהיה אמור לתת גיבוי לקיד בקו האחורי. את עונת סיימו הנטס במאזן 49–33, במקום השלישי במזרח. בסיבוב הראשון של הפלייאוף ניצחו את אינדיאנה פייסרס בתוצאה 4–2, אך בחצי גמר המזרח הודחו שוב מול מיאמי היט, הפעם בתוצאה 1–4. שחקן הנטס, קליף רובינסון, הושעה על ידי הליגה בתחילת הסדרה לאחר שכשל בבדיקת סמים.
כחודשיים מפתיחת עונת נפצע הסנטר הפותח ננאד קרסטיץ' בברכו והושבת עד סיום העונה. כמו כן נפצע ריצ'רד ג'פרסון אשר נעדר כחודשיים. הנטס סיימו את העונה במאזן 41–41, במקום ה-6 במזרח, ופגשו בסיבוב הפלייאוף הראשון את טורונטו ראפטורס. הנטס ניצחו את הראפטורס בתוצאה 4–2, בעיקר בזכות הופעה מצוינת של ג'פרסון ברבע הרביעי של המשחק השישי, בו ניצחו הנטס בנקודה. בסיבוב השני הודחו הנטס לאחר שהפסידו לקליבלנד קאבלירס בתוצאה 2–4.
2008–2012: פירוק הטריו קיד-קרטר-ג'פרסון.
בתחילת עונת חזר קרסטיץ' מהפציעה, וביחד עם הרכישה של שחקן האולסטאר לשעבר ג'מאל מגלור ובחירת הדראפט שון ויליאמס, פתחה ניו ג'רזי את העונה עם ציפיות גבוהות. בפועל עונה זו הייתה מאכזבת ביותר; פציעות בתחילת העונה לקרסטיץ' ולקרטר הפריעו לנטס להציג יכולת טובה, והקבוצה לא העפילה לפלייאוף לראשונה מזה 7 שנים, אחרי שהשיגו מאזן 34–48.
ב-19 בפברואר 2008 העבירו הנטס את שחקן האולסטאר ג'ייסון קיד ביחד עם מאליק אלן ואנטואן רייט לדאלאס מאבריקס, וקיבלו בתמורה את הרכז דווין האריס ביחד עם קית' ואן הורן, מוריס אייגר, סאגנה ג'ופ, טרנטון האסל, 3 מיליון דולר ובחירות דראפט בסיבוב הראשון ב-2008 ו-2010. על אף היכולות הטובות יחסית של שון ויליאמס, ג'וש בון ומרכוס ויליאמס, הקבוצה המתחדשת לא הצליחה להתעלות וסיימה את העונה במקום העשירי במזרח עם 34 ניצחונות בלבד.
בעונת הנטס פירקו את הטריו קיד-קרטר-ג'פרסון לחלוטין; ב-26 ביוני 2008 שלחו הנטס את ג'פרסון למילווקי באקס בתמורה לאי ג'יאנליאן ובובי סימונס. כמו כן בחרה ניו ג'רזי בדראפט את הסנטר ברוק לופז (בחירה עשירית), והפורוורדים ראיין אנדרסון (בחירה 21) וכריס דאגלס-רוברטס (בחירה 40). הנטס הוסיפו עוד שחקנים צעירים לקבוצתם כשהחתימו את אדוארדו נהרה וג'ארוויס הייס, ורכשו את קיון דולינג בטרייד מאורלנדו מג'יק. הנטס סיימו את העונה במאזן 34–48, מאזן זהה למאזן מהעונה שעברה וסיימו את העונה במקום ה-11 במזרח. ברמה האישית עונה זו הייתה מעודדת יחסית; דווין האריס שיחק לראשונה במשחק האולסטאר, וברוק לופז סיים שלישי בהצבעה לתואר רוקי השנה ב-NBA, ונבחר לחמישיית הרוקיז של העונה ב-NBA. ב-26 ביוני 2009 הנטס העבירו את קרטר לאורלנדו מג'יק, ביחד עם ראיין אנדרסון, בתמורה לרייפר אלסטון, קורטני לי וטוני באטי. הערתו של קרטר סימנה את סיומו של עידן הטריו.
ב-24 בספטמבר 2009 מיכאיל פרוכורוב, האיש השני בעושרו ברוסיה לפי ירחון פורבס, אישר את כוונותיו להפוך לבעלים היחיד של הנטס. פרוכורוב אמר שאם יהפוך לבעלים הוא ישקיע בקבוצה 700 מיליון דולר כדי לקנות אולם חדש בברוקלין, ניו יורק, כדי לקדם את הכדורסל הרוסי בעוד שלב.
אחרי שהפסידו ב-16 המשחקים הראשונים של עונת פיטרו הנטס את המאמן לורנס פרנק, ועוזרו טום באריס מונה במקומו. אחרי עוד שני הפסדים רצופים ללוס אנג'לס לייקרס ולדאלאס מאבריקס הנטס קבעו שיא שלילי לפתיחת העונה ב-NBA, 0–18. ב-4 בדצמבר הנטס מינו את קיקי ואנדוויי לעמדת המאמן עד סיום העונה. ב-18 בפברואר 2010 הנטס חתמו על עסקה הכוללת את אולמם הביתי הזמני, פרודנשל סנטר, שיעמוד לרשותם עד 2012 כשהאולם בברוקלין עתיד להיות מוכן. את העונה הזו סיימו הנטס עם מאזן 12–70, המאזן החמישי הכי גרוע בתולדות ה-NBA.
בדראפט 2010 הנטס קיוו לקבל את הבחירה הראשונה ולבחור בג'ון וול, אך הם קיבלו את הבחירה השלישית בלבד ובחרו בפאוור פורוורד דריק פייבורס. ב-10 ביוני הנטס מינו את אייברי ג'ונסון לעמדת המאמן, ומעט מאוחר יותר הם מינו את סם מיצ'ל לעמדת עוזר המאמן. ב-23 בפברואר 2011 ביצעו הנטס טרייד משמעותי למועדון, כששלחו את פייבורס וכוכב הקבוצה, דווין האריס, ליוטה ג'אז בתמורה לשחקן האולסטאר דרן ויליאמס. את עונת סיימו הנטס עם מאזן 24–58, במקום ה-12 במזרח.
המעבר לברוקלין ותקופת קווין דוראנט: 2012-הווה.
ב-2004, אחרי שנכשלו להשיג עסקה על בניית אולם בניוארק, ניו ג'רזי, היאנקינטס (בעלי הנטס והניו יורק יאנקיז) מכרו את הקבוצה לברוס רטנר תמורת 300 מיליון דולר. רטנר רצה להעביר את הקבוצה לניו יורק, וב-2005 הודיעו הנטס שהם ימקמו את האולם הביתי של הקבוצה בברוקלין שבניו יורק. אחד מחברי קבוצת הרכישה הוא הראפר ג'יי זי, אשר מתגורר בברוקלין ומחזיק ב-0.07% שליטה בקבוצה. נודע ששם הקבוצה ישתנה בהתאם, או ל"ברוקלין נטס", או לשם הקבוצה הקודם "ניו יורק נטס", ולבסוף נבחר שם הקבוצה "ברוקלין נטס".
ב-23 בספטמבר 2009 הפך מיכאיל פרוכורוב לבעלים של הקבוצה והוא היה אחד מהמשקיעים באולם החדש, כשהלכה למעשה הוא היה לבעלים הרוסי הראשון של קבוצת כדורסל אמריקאית. באוקטובר 2009 הנטס שיחקו שני משחקי טרום עונה בפרודנשל סנטר. המשחקים שם היו מוצלחים בעיני בעלי הקבוצה, שחתמו על הסכם שבו נאמר שהנטס ישחקו באולם זה עד שנת 2012. אחרי שהעסקה כמעט בוטלה בעקבות בעיות עם האולם הקודם של הנטס, האייזוד סנטר, התחילו הנטס משא ומתן מחודש ולבסוף הוחלט שהנטס ישחקו בפרודנשל עד שהאולם בברוקלין יהיה מוכן. ב-2010 הקבוצה חתמה על הסכם בן שנתיים לשיתוף פעולה עם אירופלוט, הנחשבת לאחת מהספונסריות של הקבוצה.
באפריל 2012 אישר חבר המנהלים של ה-NBA את מעבר הקבוצה לברוקלין, וב-30 באפריל שונה שמה באופן רשמי לברוקלין נטס.
ביוני 2013 הוחתם ג'ייסון קיד – כשבוע לאחר פרישתו ממשחק – בתור מאמן הקבוצה. בהמשך אותו חודש הגיעה הנהלת הנטס להסכמה עם בוסטון סלטיקס על טרייד, שבו העבירו את כריס האמפריז, ג'רלד וולאס, מרשון ברוקס, קית' בוגאנס (ב"סיין-אנד-טרייד") וכריס ג'וזף , לצד הזכויות על שלוש בחירות הדראפט של המועדון בסיבוב הראשון בשנים 2014, 2016 ו-2018 והאופציה להחליף בין קבוצות את בחירת הדראפט שלהן ב-2017. בתמורה קיבלה הקבוצה את פול פירס, קווין גארנט, ג'ייסון טרי ודי. ג'יי. וייט . בכך נוצרה בברוקלין "קבוצת-על", עם חמישייה של דרון ויליאמס, ג'ו ג'ונסון, גארנט, פירס וברוק לופז. בסופו של קיץ, שילמה ברוקלין לשחקניה את הסכום הגבוה ביותר בליגה, 102 מיליון דולר, בנוסף למס יוקרה שהוערך ב-86 מיליון דולר.