בשנת 1921 לי דזונגז'ן, לווה את השליט שלו בפלישה השנייה למחוז גואנגדונג. הפלישה של לו נכשלה והוא עמד בפני תבוסה גדולה. רוב הקצינים ששרתו בצבא השליט שלו היו שודדים לשעבר שגויסו קודם לכן על ידי השליט מאזורי ג'ואנג בגואנגדונג. במהלך הקרב רבים מהקצינים שלו ערקו ועברו לכוחות גואנגדונג, ולקחו איתם את יחידותיהם. מה שנותר לאנשי הגדוד של לי לעשות, היה לסגת משדה הקרב כדי להציל את עצמם.
העלייה לשלטון.
לאחר תבוסתו של לו, רוב היחידות התפרקו ליחידות צבא עצמאיות. רבים מהם פנו חזרה לשוד כדי לשרוד. מיסיונרים זרים ועובדי סיוע שפעלו בגואנג-שי בתקופה זו דיווחו כי השוד בגואנגשי היה נפוץ וחמור ביותר, כהשודדים נוהגים לבזוז את כל המזון ודברי ערך מכפרים בלתי מוגנים, תוך שימוש ברצח ובחטיפות כדי לסחוט כופר מקרובי בני אדם. לי, ששאיפותיו היו להיות יותר מסתם שודד, החל לבנות כוח צבאי אישי של חיילים מקצועיים. הכוח שלו הפך לשווה ערך בעוצמתו לכל קבוצת שודדים או לכוחות הבלתי-סדירים, שלו רונגטינג שיקם כדי להחזיק במחוז גואנגשי. לי הצטרף לסון יאט בקואומינטנג אחרי שסון הקים סניף למפלגה בגואנגדונג.
כשתוהו ובוהו הפכו לנורמה במחוז גואנגשי, לי הפך למפקד עצמאי של אזור בגבול גואנגדונג, והצטרף אליו ידידו הוותיק הואנג שאושסינג. השליטה של לי והואנג באזורם הייתה טובה יחסית והאזור היה בטוח וחופשי משודדים ומקרבות קטנוניים שהטרידו מקומות אחרים באותה עת. בשנת 1924, בעוד לו היה נצור על ידי המורדים בגווילין, לי ועמיתיו כבשו את בירת המחוז, נאן-נינג. לאחר מכן נמלט לו ומצא מקלט בהודו-סין הצרפתית. חודש לאחר מכן, הכיר סון יאט-סן, בלי דזונגז'ן ובעל-בריתו הואנג שאושסינג ובאי צ'ונגשי כשליטי גואנגשי. יחד הם נודעו בשם ה״קליקה החדשה של גואנגשי״.
בקואומינטאנג.
לי ארגן מחדש את כוחותיו ומונה למפקד העליון; הואנג שאהונג, התמנה לסגן המפקד ובאי צ'ונגשי, כרמטכ"ל. באוגוסט הם הוציאו את כל הכוחות האחרים מהפרובינציה. לי דזונגז'ן, הפך למושל צבאי של גואנגשי, ובעל השפעה שם מ-1925 - 1949.
ב -1926 הוא הרשה לחייליו להתפקד לצבאות הקואומינטאנג, אך שמר על שליטה אישית בחייליו. יועץ סובייטי נשלח לגואנגשי, וכוחותיו של לי שינו את שמם לקורפוס השביעי. לי השתתף כגנרל במבצע ״המשלחת הצפונית״, במהלכו מונה למפקד הארמייה הארצית הרביעית, שהייתה מורכבת מצבא גואנג-שי וכוחות אזוריים אחרים בהיקף צבאי גדול מאוד.
הניצחונות הראשונים של לי כגנרל לאומני היו בחונאן, שם ניצח את יריבו וו פאיפו בשני קרבות רצופים ותפס את בירת המחוז, ווהאן, בשנת 1926. לאחר הניצחונות האלה הפך לי לגנרל מפורסם ופופולרי בתוך הקואומיטנאנג וצבאו קיבל את הכינויים "הצבא המעופף" ו"צבא הפלדה". כאשר וואנג ג'ינגוויי הקים סיעה של מפלגת הקומוניסטית בווהאן, ניסה היועץ הסובייטי בורודין לגייס את לי שהצטרף לשורות הקומוניסטים, אך לי היה נאמן לצ'יאנג קאי שק וסירב. בניגוד לעצת יועציו הסובייטים, לי עבר לצד הצפוני של נהר היאנג-צה כדי לתקוף את הכוחות של סאן צ'אפאנג. סאן היה מנהיג "הברית של חמשת המחוזות" (ג'ג'יאנג, פוג'יין, ג'יאנגסו, אנחווי וג'יאנגשי), ועצר בהצלחה את התקדמות צ'יאנג לשטחם בג'יאנגשי. לי הביס את סאן בשלושה קרבות רצופים, והבטיח את השטחים לקוומיטנאג.
כאשר לי דזונגז'ן ניצח את סאן צ'אפאנג, הוא זכה למוניטין כמתנגד בתוקף לקומוניזם וחשד מאוד בקומינטרן בסין, וצבאו היה אחד המעטים, ללא השפעה קומוניסטית רצינית. לאחר שהבטיח את תמיכתו לציאנג קאי צ׳ק יחידותיו של לי הועברו מחדש לבירה החדשה של נאנג'ינג. שם צ׳אנג הסתייע ביחידות של לי, כדי לטהר את ההשפעה הקומוניסטית מיחידות הצבא אחרות שהיו בבירה. בטיהור הוצאו להורג אלפי קומוניסטים חשודים. המפקד הקרוב של לי, ביי צ'ונגשי, לקח חלק מרכזי בטיהור זה.
באפריל 1928 הוביל לי, עם באיי צ'ונגשי, את הארמייה הרביעית בהתקפה על בייג'ינג, וכבש האנדאן, בודינג ושיג'יאג'ואנג ב-1 ביוני. ג'אנג דזוו-לין נסוג מבייג'ינג יומיים מאוחר יותרי, וצבאו של לי השתלט על העיר ועל טיינג'ין. לאחר נפילת ממשלת וואנג ג'ינגוויי בווהאן, וגירושם של כל היועצים הסובייטיים מהשטחים המוחזקים על ידי הקואומיטנאג, מונה לי לאחד מראשי המועצות הפוליטיות שהוקמו כדי לנהל את השטחים שבשליטת הלאומנים, שבסיסם היה בווהאן. בינואר 1929 התגלה קרע בין לי ובין צ׳אנג קאי צק, ולי עזב את ווהאן ויצא לשנחאי והוא פוטר מתפקידיו הממשלתיים, וגורש מהמפלגה לכל חייו.
חזרה לגואנגשי.
לאחר הקרע עם צ'יאנג קאי-שק חזר לי דזונגז'ן לגואנגשי והתמסר למינהל הפנימי של המחוז, בהצלחה מסוימת. בשנת 1929 הוא תמך במשטרו של השליט האזורי בשאנשי, יאן שיאן, בניסיון להקים ממשלה מרכזית חלופית שבסיסה בבייג'ינג. מהלך שהוביל ל״מלחמת המישורים המרכזיים״. לי הוביל כוחות בניסיון לכבוש מחדש את הונאן, אבל הם הובסו על ידי צ'יאנג שאילץ את לי לסגת לגואנגשי.
בעקבות התבוסה של יאן במלחמת המישורים המרכזיים, התחבר לי עם צ'ן ג'יטנג להתכונן לקרב מכריע עם צ'יאנג קאי-שק. מלחמת אזרחים נוספת הייתה יכולה לפרוץ, אם יפן לא הייתה פולשת למנצ'וריה, שגרמה ללי ולצ'יאנג להפסיק את מעשי האיבה ביניהם ולהתאחד נגד האימפריה היפנית.
מלחמת סין–יפן השנייה.
בשנת 1937 פרצה מלחמה בקנה מידה מלא בין יפן לסין, והחלה מלחמת סין–יפן השנייה (1937 - 1945). צ'יאנג קאי-שק ניסה לעשות שימוש בניסיונו הצבאי של לי על ידי קידומו כמנהל אזור המלחמה החמישי של הקואומיטאנג. פעולתו הראשונה של לי נגד היפנים הגיעה ב-1938 בקרב טאייר-ג'ואנג, לאחר שהקומוניסט ז'ואו אנלאי (שסייע ללאומנים כחלק מהחזית המאוחדת), זיהה את לי כגנרל הלאומני המוכשר ביותר, והשתמש בהשפעתו כדי שהוא ימונה להיות המפקד הבכיר, למרות הסתייגויותיו של צ'יאנג בנוגע לנאמנותו של לי.
תחת פיקודו של לי קרב ההגנה של טאיירז'ואנג היה ניצחון גדול עבור הסינים. הם הרגו 20,000-30,000 חיילים יפנים ולכדו כמות גדולה של ציוד ונשק. הניצחון היה בזכות תכנון של לי ושימוש בטקטיקות מיוחדות, שבהם פותו היפנים להיכנס למלכודת ושם הושמדו. הקרב על טאייר-ג'ואנג היה אחד הניצחונות הסיניים הגדולים ביותר במלחמה נגד יפן, והוא הוכיח כי עם נשק טוב ומנהיגות נכונה, הצבאות הסיניים יכולים להחזיק את עצמם. לי השתתף גם בקרבות רבים נוספים נגד היפנים, בשנים 1939 – 1940.
בשנים 1943 – 1945 מונה לי ראש מנהל המטה של צ׳אנג קאי שק. למעשה זאת הייתה פרישה בלתי רצויה מפיקוד פעיל לאחר הצלחותיו הקרביות הקודמות.
מלחמת האזרחים הסינית.
לאחר סיום המלחמה עם יפן, נתמנה לי לתפקיד מנהל מפקדת שדה פיפינג בשנים 1945–1947. זה היה תפקיד ללא כוח ממשי, והוא היה שולי מבחינת האירועים הצבאיים בחלק הראשון של מלחמת האזרחים הסינית.
ב -28 באפריל 1948 נבחר לי על ידי האספה הלאומית לתפקיד סגן נשיא. הבחירה הייתה חמישה ימים אחרי שצ'יאנג קאי-שק הפך לנשיא (צ'יאנג התנגד לתפקידו של לי, ותמך במועמדותו של סאן פו במקום). צ'יאנג התפטר בשנה שלאחר מכן, ב -21 בינואר 1949, בעקבות כמה ניצחונות קומוניסטיים סיניים גדולים בצפון סין, ולי הפך לנשיא בפועל למחרת.
לאחר התפטרותו של צ'יאנג מהנשיאות, עצר מאו דזה-דונג לרגע את ההתקפות על שטחי קוומינטנג, בניסיון לשאת ולתת על כניעתם. שמונה הנקודות שדרש כדי לשים קץ למלחמת האזרחים, היו:
בהכירו כי הסכמה לנקודות אלו תמסור למעשה את השליטה על סין לידי הקומוניסטים, ניסה לי לנהל משא ומתן על תנאים מתונים יותר, שעשויים היו להביא לסיום מלחמת האזרחים. באפריל 1949, כאשר הקומוניסטים הכירו בכך שלי לא היה מוכן לקבל את התנאים שלהם, הם נתנו לו אולטימטום לחמישה ימים. כאשר סירב, חזרו הקומוניסטים למערכה.
ניסיונותיו של לי לנהל משא ומתן עם הקומוניסטים פורשו על ידי אחדים בקואומיטנג כחולשה, והם הגדילו את המתיחות בין לי וצ'יאנג. לי ניסה לנהל משא ומתן עם הקומוניסטים על הסדר המבוסס על יישום מדיניות השלום הגדולה שלו:
ניסיונותיו של לי לבצע את מדיניותו הביאו להתנגדות מצד תומכיו של צ'יאנג. צ'יאנג התנגד במיוחד ללי, והעביר לטייוואן סכום כסף ענק של 200 מיליון דולר ארצות הברית בזהב השייכים לממשלה המרכזית. ציאנג עשה זאת אף על שידע שלי היה זקוק נואשות לכסף כדי לכסות את הוצאות הממשלה. כאשר הקומוניסטים כבשו את בירת נאנג'ינג הלאומנית באפריל 1949, סירב לי ללוות את השלטון המרכזי כשברח לגואנג-דונג, הביע את אי שביעות רצונו מצ'יאנג ופרש לגואנגשי.
יאן שיאן, שנמלט לנאנקינג רק חודש לפני כן, התערב במהרה בסכסוך שבין לי לצ'יאנג, בניסיון לשכנעם ליישב את חילוקי הדעות במאמץ להתנגד לקומוניסטים. לבקשתו של צ'יאנג ביקר יאן את לי כדי לשכנע אותו לא לעזוב את החיים הציבוריים. יאן נשבר בדמעות תוך כדי דיבור על אובדן מחוז ביתו בשאנשי על ידי הקומוניסטים.
יאן הזהיר את לי שהרעיון הלאומנית נידון לאובדן, רק אם לי ילך לגואנגדונג. לי הסכים לחזור בתנאי שצ'יאנג ימסור את רוב הזהב והדולרים שבבעלותו, שהיו שייכים לממשלה המרכזית, וצ'יאנג יפסיק להתעלם מסמכותו של לי. לאחר שיאן העביר את הדרישות הללו וצ'יאנג הסכים לציית להן, לי יצא לגואנג-דונג.
בגואנג-דונג ניסה לי ליצור ממשלה חדשה המורכבת משני תומכי צ'יאנג וגם כאלה המתנגדים לצ'יאנג. בחירתו הראשונה של לי לראש הממשלה הייתה צ'ו צ'נג, חבר ותיק בקואומינטאנג, שגורש למעשה לגלות בשל התנגדותו החריפה לצ'יאנג. לאחר שהמחוקקים דחו את צ'ו, נאלץ לי לבחור את יאן שיאן במקום זאת. בשלב זה היה יאן ידוע היטב בהסתגלותו, וצ'יאנג בירך על מינויו.