טייסת 69, שמטוסיה הגיעו לישראל מז'אטץ ביולי 1948, חנתה אף היא ברמת דוד. היא כללה שלושה מפציצים כבדים ('מבצרים מעופפים' B17) שהוברחו מארצות הברית. מפקדיה היו המתנדבים ריי קורץ (Kurtz), לשעבר מפקד טייסת B17 בחיל-האוויר האמריקני, ששימש בתפקידו זמן קצר, ואחריו ביל כץ. צוותי האוויר שהיו בטייסת ב-29 באוקטובר כללו 17 מצפון-אמריקה ותשעה מדרום-אפריקה, יחד עם ארבעה ישראלים, מהם שני טייסים. הטייסת, עוד בדרכה לישראל מז'אטץ, הפציצה את קהיר ואת רפיח. אחר-כך הפציצה את ראש-הגשר הסורי במשמר הירדן, את אל עריש, מג'דל (אשקלון), 'כיס פלוג'ה' ועוד. משימה ייחודית שביצעה הטייסת הייתה במסגרת מבצע שוטר, עת הפציצה מטרות בתוך גבולות המדינה היהודית על פי תוכנית החלוקה.
גף 35, שנוסד באוגוסט, חנה בעקרון. הגף הפעיל מטוסי 'נורסמן' לתובלה קלה. מפקדיו היו פיל מרמלשטיין ואחר-כך, מספטמבר, טד גיבסון (Gibson), לא-יהודי, שניהם מארצות הברית. היו בגף 15 טייסים, מהם שלושה ישראלים. הגף עסק בעיקר באספקה לסדום. אחר-כך, משנפתחה הדרך לסדום בנובמבר, הגף החל להפעיל מטוסי אימון 'הרוורד', אשר הוסבו להפצצות צלילה, ועסק בהפצצה על כיס פלוג'ה עד לסוף הקרבות נגד המצרים.
טייסת 1 חנתה בשדה דב. הטייסת כללה את המטוסים הקלים של שירות האוויר, ועסקה באספקה קלה, סיור ובמשימות תקיפה מאולתרות. ו מגוון מטוסים קלים, מכל הבא ליד, למעשה. חלק גדול ממצבת מטוסיה היוו ה'אוסטר'ים, אשר נקנו כאמור מן הבריטים. לאלה נוספו מגוון מטוסים קלים שונים, מכל הבא ליד, למעשה. טייסת הגליל התפצלה מטייסת 1 בתחילת מרץ 1948 ובסיסה היה ביבנאל. טייסת הנגב הוקמה בסוף מרץ 1948 כאשר התברר שקשה לקיים את הקשר עם הנגב על ידי טיסות מתל אביב, ומטוס אחד הועבר לנגב. היא חנתה תחילה בניר עם ואחר-כך, מ-19 במאי, בקיבוץ דורות. אז כללה שני מטוסי קישור, שני טייסים ושלושה-ארבעה אנשי צוות קרקע. לאחר מכן גדלה לשניים עד ארבעה טייסים ו-8–12 אנשי צוות קרקע. בדצמבר 1948 הטייסת עברה לבאר שבע ובסוף המלחמה מנתה כ-90 איש, מהם 13 טייסים, ושבעה מטוסים. הטייסת עסקה בפיקוח על קו המים לנגב, אספקה, חילוץ פצועים והפצצה בפצצות קטנות באזור הנגב הצפוני. טייסות הנגב, הגליל, וטייסת 1, אשר היו כולן יותר 'ישראליות' באופיין (ללא דומיננטיות של המח"ל) אוחדו בינואר 1949 לטייסת 100.
טייסת 106 נקראה עד ינואר 1949, וברוב התקופה המתוארת, (ATC ,Air Transport Command) ובעברית, מ-1 ביולי 1948, לת"א, (להק תובלה אווירית). עד אז, בשל הרכבה ואופי פעילותה הייחודי, הייתה גוף עצמאי וייחודי בתוך חיל האוויר. תחילתה של טייסת 106 בחברות הכיסוי Service Airways ו-LAPSA שנוצרו כדי להבריח את המטוסים והצוותים מאמריקה. בשל העובדה שאנשי הלהק לא גויסו על ידי חיל האוויר, ולא עבור חיל האוויר, אלא במשימות תובלה על ידי חברה אזרחית, נגרמו חיכוכים ואי-הבנות רבים. לאחר שהמטוסים והצוותים יצאו את אמריקה והתרכזו בצ'כוסלובקיה הפכו חברות כיסוי אלה ללת"א. למפקדה נתמנה הישראלי מאיר מרדר (מוניה מרדור), והחליף אותו בתחילת 1949, כבר כמפקד טייסת 106, גורדון לוויט (Levett), בריטי לא יהודי. בזמן שהותה של לת"א לגלגוליה השונים בצ'כוסלובקיה העמידה לרשותה הממשלה המקומית בסיס בז'אטץ. בסיס זה נסגר באוגוסט 1948, בעיקר עקב לחץ אמריקני. ואז עקר לת"א לבסיס עקרון.
הטייסת עסקה בהבאת ציוד לחימה, כולל מטוסים מפורקים, מחו"ל, בעיקר מצ'כוסלובקיה (מבצע 'בלק'). בזמן המבצע לת"א זכתה לאוטונומיה ארגונית רבה במסגרת החיל. בזמן השהות בצ'כוסלובקיה, כל צוותי האוויר (מספרם נע בין 49 ל-56), פרט לשלושה, היו מח"ל, יחד עם צוותי קרקע היו לעיתים למעלה ממאה אנשי מח"ל ביחידה, רבים-יחסית לא-יהודים. בין אלה הועסקו בטייסת גם כעשרים מכונאים וצוותי אוויר שכירים שוודים. לאחר המעבר לישראל, נוספו עוד ישראלים ללהק.
הלהק נשא על כתפיו את רוב העול של 'מבצע אבק' (סוף אוגוסט עד אמצע אוקטובר 1948). במהלך פעילותו במלחמת העצמאות ביצע הלהק כ-600 גיחות מבצעיות, ובהן הועברו מעל 3,000 טון מטען ויותר מ-5000 נוסעים. רוב אלה - 2,495 טון ו-5,098 נוסעים ב-417 טיסות, ו-417 טיסות חזרה - ב'מבצע אבק'; וכל זאת בכעשרה מטוסי תובלה, שמעולם לא היו שמישים כולם בעת ובעונה אחת. בנוסף, עסק הלהק באופן מאולתר בהפצצה בקרבות מול המצרים מאוקטובר 1948. לעיתים עסק הלהק במשימות הצנחת ציוד, למשל, לקבוץ יחיעם הנצור, בתחילת מאי 1948, עת נקרא עדיין בשם LAPSA. משימה אחרת של הלהק, ואחר-כך הטייסת, הייתה השימוש בהם כחברת התעופה בפועל של ישראל, יחד עם מספר מטוסים דרום אפריקניים, בתקופה הראשונה לקיומה.
משימות קרביות.
רקע - עליונות אווירית ערבית.
למרות הצלחותיו נגד האוכלוסייה הערבית המקומית, שירות האוויר לא השתווה לכוחות האוויר המשותפים של מדינות ערב. חילות האוויר היו בין הזרועות האפקטיביות ביותר של צבאות ערב בתחילת המלחמה, בעיקר בגלל העדר חיל אוויר ישראלי משמעותי שיוכל לגרשם משמי הארץ. הפצצותיהם היו יעילות למדי ונזק רב נגרם בהתקפותיהם על הערים הישראליות.
חיל האוויר המצרי היה החזק מבין חילות האוויר של צבאות ערב. הוא כלל מספר ניכר של מטוסי קרב מדגם ספיטפייר ומספר מטוסי תובלה דאגלס C-47 Skytrain אשר כונו דקוטה, שהוסבו למפציצים.
ב-15 במאי, במקביל לפלישה הקרקעית, יצאו המטוסים המצרים לגיחת הפצצה והטילו את פצצותיהם על תל אביב ושדה דב. מספר מטוסים קלים הושמדו על הקרקע ונגרם נזק לאחרים. בהתקפה זו איבדו המצרים מטוס ספיטפייר אחד שהופל באש נ"מ ישראלית.
ב-18 במאי הייתה התקיפה הקטלנית ביותר כאשר מספר מפציצים מצרים הפציצו את התחנה המרכזית בתל אביב וגרמו ל-42 הרוגים בקרב האוכלוסייה האזרחית.
כפות המאזניים מתאזנות.
החל מן המחצית השנייה של מאי, 25 מטוסי ה'אוויה' שחיל האוויר קנה מצ'כוסלובקיה הוטסו לארץ, בדרך כלל מפורקים, במסגרת מבצע בלק. עד 29 במאי הורכבו ארבעה מבין אותם מטוסים. אלה נשלחו לתקוף את ראש הטור המצרי אשר הגיע לגשר עד הלום. שני מטוסים חזרו בשלום מן הטיסה ואלה נשלחו למחרת לתקוף את ראש הטור העיראקי אשר נראה כמאיים לבתר את ישראל לשניים בשרון. בשני המקרים עצר הכוח הערבי את התקדמותו. ב-1 ביוני הפציצו מטוסי חיל האוויר מטרות צבאיות בג'נין, טולכרם וברבת עמון.
ב-3 ביוני 1948 נתקלו חילות האוויר הערביים לראשונה בהתנגדות: באותו יום המריא מודי אלון מפקד טייסת 101 משדה התעופה הרצליה ובאמצעות מטוסו, אוויה S-199, הפיל שתי דקוטות מצריות אשר הפציצו כמעט מדי יום את תל אביב. בצהרי אותו היום הפציצו ספיטפיירים מצריים את מחנה מטכ"ל, השני למן תחילת המלחמה, על גבעת החלמה ברמת גן ופגעו בלשכת שר הביטחון, עת שהה בה בן-גוריון, ובלשכת הרמטכ"ל ברחוב הסמוך. הפצצת ראשון לציון באותו יום גרמה ל-25 הרוגים. באותו היום פגעו מטוסי החיל במשטרת שכם.
ב-4 ביוני 1948 התקרבה הספינה המצרית "אמירה פאוזיה" ואיתה עוד שתי ספינות נוספות לחוף תל אביב, כנראה בכוונה של הנחתת כוחות בחוף. אח"י "אילת" נשלחה בניסיון לעצרם אך ללא הצלחה. לאחר מספר דקות של קרב ביקשה הספינה סיוע אווירי. לאחר כשעה הגיע הסיוע האווירי שגם יעילותו הייתה נמוכה. בתקיפה האווירית מול חוף נבי רובין, השתתפו שלושה מטוסי חיל האוויר מטייסת 1. אחד המטוסים נפגע ונפל לים, ושני טייסיו, דוד שפרינצק ומתי סוקניק נהרגו. הספינות המצריות נסוגו.
במקביל, החל חיל האוויר להפציץ מטרות בשטח מדינות ערב. ערי הבירה הערביות הופצצו על מנת להמחיש למדינות ערב כי המלחמה לא תוגבל אך ורק לשטח ארץ ישראל. ב-1 ביוני, לפנות בוקר, הפציצה טייסת 1 את עמאן. בהמשך, בליל 10–11 ביוני, כמו גם ב-17 ביולי לפנות בוקר, הופצצה גם דמשק על ידי טייסת 103, ועוד פעם בבוקר ה-18 ביולי על ידי טייסת 69. ב-15 ביולי ניסתה טייסת 69, בטיסתה לארץ מצ'כוסלובקיה, לפגוע בארמון עאבדין, מעונו הרשמי של המלך פארוק והחטיאה. הופצצו גם מטרות פחות בולטות מערי הבירה הערביות, כמו עזה, רפיח, קוניטרה וראש הגשר הסורי במשמר הירדן ביולי.
עליונות אווירית ישראלית.
החל מקרבות עשרת הימים החלה להסתמן עליונות אווירית ישראלית, וזו גברה והלכה במהלך המלחמה. באותם קרבות הופלו לראשונה מטוסי יירוט (להבדיל ממטוסי ה'דקוטה' שהופלו בתחילת יוני) של האויב בקרב אוויר. מספרם של מטוסי האויב שהופלו הלך וגדל במבצעי 'יואב' ו'חורב' ובין שני האחרונים. בנוסף, אותה עליונות אווירית התבטאה בליווי של מטוסי קרב למטוסים שעסקו במשימות הפצצה. ואכן, אלה הצליחו למנוע כל הפרעה מצד מטוסי יירוט של האויב למשימות אלה. בנוסף, למבצעים רבים של צה"ל קדמו או נלוו תקיפות אוויריות: מבצע שוטר, מבצע אגרוף, כפי שכונה חלקו של חיל האוויר במבצע 'יואב', מבצע חירם ועוד. למבצע 'חורב' ולמבצע חיסול, לקראת סוף המלחמה, נלוו תקיפות יומיומיות של חיל האוויר. עם זאת, לא הייתה זו עליונות מוחלטת, ועד סוף המלחמה סבלו הישראלים, הן אזרחים, הן צה"ל, מתקיפות מטוסי אויב. גם הסיוע האווירי הישראלי לא היה יעיל ביותר.
ב-7 בינואר 1949, בסוף מבצע חורב, הפיל חיל האוויר ארבעה מטוסים בריטיים שחגו סמוך לאזורי הקרבות, ועוד אחד הופל באש מן הקרקע.
משימות תובלה.
למשימות התובלה של חיל האוויר הייתה השפעה אסטרטגית ניכרת במהלך המלחמה.
להלן המבצעים והמשימות העיקריים אשר בוצעו על ידי חיל האוויר: