עבור מדיה נשלפת (כמו כונני הבזק USB, תקליטורים, ו־DVD) ישנם כלי עזר הבודקים נוכחות וזמינות של מדיום ולאחר מכן מבצעים mount כי ללא התערבות המשתמש. במערכות Unix מתקדמות ישנה גם יכולת supermount, המאפשרת להוציא CD מהמערכת (בתנאי שבוצע סינכרון נתונים מולו לפני כן) ולהחליפו באחר וזאת מבלי שיש צורך בביטול ה־mount וביצועו מחדש, מערכת ההפעלה מבחינה בעצמה בשינוי הדיסק ומשנה את הספרייה המתאימה בהתאם לתוכן החדש (וזאת בדומה לטכנולוגיה דומה הקיימת במערכות חלונות). ישנו גם חידוש דומה המועדף על ידי חלק מהמשתמשים והוא השימוש במערכת AutoFS, שכמו supermount, מבטלת את הצורך בפקודות mount ידניות. ההבדל בינה לבין supermount, מלבד תאימות לטווח גדול יותר של יישומים כגון גישה למערכות קבצים על שרתי רשת, הוא שה־mount של התקנים מבוצע באופן שקוף כאשר ניגשים לקבצים השמורים על מערכות הקבצים (כפי שמתבצע במערכות קבצים רשתיות), ולא מסתמכים על אירועים כגון הוספה של מדיה.
מערכות קבצים המשתמשות בדיסק משותף, כמו גם אשכולות מחשבים משתמשים לרוב בתוכנות הייחודיות להן על מנת לבצע את ה־mount רק בשעת הצורך (למשל כאשר אשכול מסד הנתונים הוא מסוג אקטיבי-פסיבי הרי יש צורך בביצוע mount רק בהפיכת השרת הפסיבי לאקטיבי).
מערכות קבצים תחת לינוקס.
לינוקס תומכת במערכות קבצים שונות ורבות, אבל המערכות הנפוצות עבור דיסק המערכת כוללות את משפחת *ext‎ (כגון ext2, ext3, ext4) ואת XFS, JFS, ReiserFS ו־btrfs.
מערכת ההפעלה הרשתית הנפוצה היא NFS אולם בסביבות מעורבות עם חלונות יש שימוש גם ב־CIFS. ניתן להריץ בלינוקס מערכות קבצים בסביבת המשתמש (userspace), דבר המתאים במיוחד למערכות קבצים וירטואליות (כמו GmailFS הכותבת את הנתונים ל־Gmail ולא לדיסק), מקצת מערכות הקבצים, למשל ZFS חייבות לרוץ במוד זה בשל בעיות של רישיונות.
מערכות קבצים תחת Solaris.
ברירת המחדל לגרסאות המוקדמות של מערכת ההפעלה Solaris היא UFS (שאינה מתועדת והפעולות בה אינן נרשמות). תמיכה עבור מערכות קבצים אחרות וכן שיפורים משמעותיים נוספו במשך הזמן, כולל תמיכה ב־VxFS של VERITAS, במערכת QFS (לאשכולות) של סאן עצמה, בתיעוד של UFS ובמערכת ZFS (הכתובה בקוד פתוח, תומכת במאגרי אחסון, תומכת בדחיסה, משתמשת במבנים בגודל 128 סיביות, ותומכת בתיקון שגיאות אוטומטית).
בנוסף נוספו לגרעין הרחבות כדי לאפשר פעולת אתחול מ־VxFS. תיעוד ורישום נוספו ל־UFS בגרסה 7 ומאוחר יותר נוספה לגרסאות הקוד הפתוחות תמיכה באחתול מ־ZFS.
ה־LVM של המערכת מאפשר למערכת קבצים להשתמש במספר התקנים לצורך הוספת יתירות, קיבולת או לצורך הגדלת קצב הקלט/פלט. סביבות ישנות עשויות להשתמש ב־Solaris Solaris Volume Manager (הידוע יותר בשמו הקודם Solstice DiskSuite). כיום משתמשים יותר במערכת Veritas Volume Manager הנתמכת במערכות הפעלה נוספות. מערכות חדשות עשויות להשתמש גם בניהול האחסון הווירטואלי של ZFS.
מערכות קבצים תחת Mac OS X.
Mac OS X משתמשת במערכת הקבצים שירשה מ־Mac OS בשם +HFS (המסתמכת על מערכת ישנה יותר הנקראת HFS) המכילה מטא מידע עשיר. שמות הקבצים במערכת זו יכולים להכיל עד 255 תווים מסוג Unicode והמערכת שומרת על אותיות גדולות/קטנות. סוג הקובץ ב־Mac OS X, יכול להיקבע על פי קוד סוג (שנשמר כמו במקינטוש קלאסי במטא המידע של הקובץ) או על פי הסיומת בשם הקובץ.
בעקבות שורשי ה־Unix של Mac OS X נוספו ל+־HFS הרשאות בסגנון הסטנדרטי של Unix. בגרסאות המאוחרות יותר של +HFS התווסף גם תיעוד על מנת למנוע השחתה של מבנה מערכת הקבצים והוצגו מספר אלגוריתמים לאופטימיזציות של הקצאה בניסיון לאפשר איחוי של הקבצים באופן אוטומטי וללא צורך בשימוש במאחה חיצוני.
ב+־HFS יש שלושה סוגים של קישורים: קישורים "קשים" (כלומר מיקום כפול של הקובץ), בסגנון קישורים "רכים" (סיבוליים) וכינויים. כינויים נועדו לשמור על קישור לקובץ המקורי גם אם הם הועברו או שמם שונה והם לא מפוענחים על ידי מערכת הקבצים עצמה, אלא על ידי קוד מנהל הקבצים בסביבת המשתמש.
המערכת תומכת גם ב־UFS, הנגזר מ־BSD Unix Fast File System (כחלק מהקוד שנורש מ־NeXTSTEP). עם זאת, כמו החל מגרסה 10.5 (Leopard), כבר לא ניתן להתקין את מערכת ההפעלה עצמה על UFS, ולא ניתן לשדרג מערכת שכבר מותקנת על UFS ל־10.5.
מערכת הקבצים HFS+ ספגה ביקורת קשה מצד מפתחי תוכנה, במיוחד מצד לינוס טורבלדס (מפתח ליבת לינוקס) שקרא לה "מערכת הקבצים הגרועה ביותר שמשחיתה באופן פעיל ומודע את הקבצים של המשתמש".
החל מגרסה 10.13, מערכת ההפעלה macOS משתמשת במערכת קבצים חדשה בשם Apple File System.
מערכות קבצים תחת OpenVMS.
מערכת OpenVMS משתמשת במערכת הקבצים Files-11, שהיא בשימוש (בצורה חלקית) גם במערכת RSX-11 הישנה יותר. Files-11 היא מערכת הקבצים הירארכית, עם תמיכה ברשימות בקרת גישה (ACL), מערכת קלט/פלט באורינטצית רשומות (כלומר הנתונים נקראים ברשומות שלמות ולא כתווים בודדים), בעלת יכולת גישה לקבצים מרוחקים, ובעלת תמיכה בריבוי גרסאות של קובץ. Files-11 דומה למערכות הקבצים של מערכות ההפעלה הקודמות של Digital Equipment כגון TOPS-20 ו־RSTS/E אבל היא מתקדמת יותר במידה משמעותית.
למעשה "Files-11" היא מונח כללי המייצג חמש מערכות קבצים נפרד, המכונה מבנה על דיסק (on-disk structure - ODS) רמות 1 עד 5:
מערכות קבצים תחת MVS (מיינפריים של IBM).
שמות קבוצות מידע (DSNs - Data set names, המונח במיינפריים עבור שמות קבצים) מאורגנים בהיררכיה ברמות אשר מופרדות עם נקודות, למשל "DEPT01.SYSTEM01.FILE01". כל רמה בהיררכיה יכולה להכיל עד שמונה תווים ואורכו הכולל (כולל הנקודות) המרבי של שם קובץ הוא 44 תווים. מקובל להשתמש ברכיבים המופרדים בנקודות בצורה הדומה לארגון הקבצים בספריות במערכות הפעלה אחרות. לדוגמה קיימות תוכניות שירות אשר מבצעות פונקציות דומות לאלו המעטפת של Unix (בדרך כלל העיבוד נעשה במצב אצווה) - הוספה, שינוי שם או מחיקת אלמנטים חדשים ודיווח את כל התוכן של רכיב מסוים. אולם, בניגוד למערכות רבות אחרות, רמות אלו אינן ספריות בפועל אלא רק מוסכמה למתן שמות (כמו במערכת קבצים של מקינטוש המקורי - MFS, שבו היררכית התיקיות הייתה אשליה שנוצרה על ידי Finder). ממשק TSO תומך בקידומת ברירת המחדל עבור קבצים (בדומה להגדרת "הספרייה הנוכחית"), ואילו תת-המערכת RACF תומכת בהגדרת בקרות גישה המבוססות על דפוסי שמות קבצים, יכולת האנלוגית לבקרות גישה על ספריות בפלטפורמות אחרות.
כמו המערכות האחרות מאותה משפחה, MVS היא מערכות נתונים מכוונת רשומות. MVS ירשה שלושה סוגי קבצים עיקריים מקודמותיה:
קבצים סדרתיים ו־ISAM יכולים לאחסן רשומות באורך קבוע או באורך משתנה ומכיוון שכל סוגי הקבצים משתמשים במבנה VTOC על הדיסקים הרי הם יכולים להתפשט על יותר מדיסק אחד. מערכות ניהול מסדי נתונים מוקדמות של IBM השתמשו בשילובים שונים של קובצי BDAM ו־ISAM, בדרך כלל ב־BDAM לאחסון נתונים בפועל וב־ISAM עבור אינדקסים.
בשנות ה-70 המוקדמות מערכות הפעלה של IBM שהשתמשו בזיכרון וירטואלי הציגו רכיב ניהול הקבצים חדש, VSAM, אשר סיפק יכולות דומות אך:
תכונות אלו הפכו את VSAM לבסיס של מערכות של IBM לניהול מסדי נתונים, IMS/DB ו־DB2 - שבדרך כלל ESDS משמש לאחסון נתונים עצמם ו־KSDS משמש לאחסון האינדקסים.
VSAM כולל גם רכיב קטלוג ששימש כקטלוג הראשי של MVS.
קובצי נתונים עם מחיצות (Partitioned datasets) הם קבצים רציפים שהיו לחלק לתוך "חברים" אותם ניתן לעבד כמו קבצים רציפים נפרדים. השימוש החשוב ביותר של PDS הוא עבור ספריות תוכניות - מנהלי מערכת משתמשים ב־PDS הראשי כדרך להקצות שטח דיסק לפרויקט ולאחר מכן צוות הפרויקט יוצר ועורך את החברים.
קבוצות נתונים דוריות (Generation Data Groups - GDGs) תוכננו במקור כדי לתמוך בהליכי גיבוי של סבא-אבא-בן - אם קובץ שונה, הגרסה החדשה הפכה ל"בן", ה"בן" הקודם הפך ל"אבא", ה"אבא" הקודם הפך ל"סבא" וה"סבא" הקודם נמחק. אבל משום שניתן להגדיר GDG-ים עם הרבה יותר מ־3 דורות הרי כמה יישומים משתמשים בהם כדי לאסוף נתונים ממקורות שונים ולהכניס את המידע לתוכנית אחת - כל תוכנית איסוף יוצרת דור חדש של הקובץ והתוכנית הסופית קוראת את כל הקבוצה כקובץ אחד רציף (על ידי השמטת ציון הדור ב־JCL).
גרסאות מודרנית של MVS (כלומר z/OS) תומכת בתאימות למערכות קבצים מסוג POSIX (כאלו הדומות ל־Unix ומשתמשות ב-/) יחד עם יכולות לשילוב שני סוגי מערכות הקבצים. כלומר, מערכת ההפעלה יכולה להשתמש במערכי נתונים של MVS כקובץ בתת-מערכת או תוכנית POSIX. מערכות קבצים אלו כוללות מערכת קבצים היררכית חדשה HFS (איננה קשורה לזו של אפל) ו־ZFS (אין קשר ל־ZFS של Sun).
מערכות קבצים תחת Plan 9.
מערכת ההפעלה Plan 9 תוכננה במקור כדי להרחיב כמה נקודות מוצלחות ב־Unix, ולהכניס כמה רעיונות חדשים תוך תיקון הליקויים של Unix (שכמו Plan 9 תוכננה במעבדות בל).