ראשית הרעיון של פאן־אפריקניות נעוץ בתפיסה בקרב עבדים משוחררים באיים הקריביים (שזכו לשחרור כבר בשנות ה־40 של המאה ה־19 בזכות פעולת של תנועות כגון תנועת "Quobna Ottobah Cugoano", שפעלה באנגליה בסוף המאה ה־18 נגד העבדות באימפריה הבריטית), לפיה הדרך להשגת זכויות אזרחיות מחייבת חזרה לאפריקה, בה יוכלו להקים חברה צודקת. תנועות שונות עודדו עבדים משוחררים לחזור לאפריקה, ומכיוון שהעבדים הובאו מקרב שבטים רבים ושונים יעד החזרה היה "אפריקה" ככלל ולא ניתנה עדיפות לשבט או לאזור מסוים. השינויים ההיסטוריים הם רק הרקע לצמיחתו של הרעיון, כאשר ביטויו המידי ביותר של פאן־אפריקניזם הוא פוליטי; דרך תנועות פוליטיות או תרבותיות שדחפו לרמות שונות של איחוד אפריקה עוד מימיי הקולוניאליזם הבריטי והצרפתי. במונחים כלליים יותר, פאן־אפריקניזם היא תחושת שייכות משותפת שיש לאותם האנשים ממוצא אפריקאי כלפי מוצאם (בשונה מלאומיות שחורה שמהותה סולידריות שחורה אך אינה מתבססת על זיקה גאוגרפית לאדמת אפריקה).
הנושא הגזעני היה מניע חשוב בהתפתחות הפאן־אפריקניזם לא רק בקרב עבדים משוחררים אלא בקרב שחורים מכל שכבות האוכלוסייה. הטענה הגזענית שהשחורים הם חסרי תרבות והיסטוריה דחפה אינטלקטואלים אמריקאים שחורים לחקור את מורשתם ששורשיה באפריקה וכך להתמודד עם הטענה בדבר מוצאם הפראי והצורך שלהם באדם הלבן בשביל תרבות והתפתחות. כך התפתח רעיון הזהות הגזעית, "אישיות אפריקנית" בעלת ייחוד וזהות חזקה העומדת בפני עצמה, ממנה מתפתחת גם "גאוות גזע". זהות זו מלווה את הפאן־אפריקניזם על כל גלגוליו, ומצטרפת לרעיון השוויון בין זכויותיהם של בני האדם.
מבחינה רעיונית, הפאן־אפריקניזם שלל את רעיון הלאומיות הטריטוריאלית של מדינה אחת וראה בה הנצחה של הישות הקולוניאלית שהייתה בעייתית עבור האפריקאים. האלטרנטיבה שלהם הייתה כינון איחוד פוליטי של כל מדינות היבשת, באופן אידיאלי, או לפחות חלוקה לאזורים מאחודים.
הפאן־אפריקניזם הוא סוג של לאומיות כלל־גזעית וכלל־יבשתית, שרעיון אחדות הגזע השחור הוא בסיסה והזיקה לאפריקה מולדתם היא מטרתה. מבחינה רעיונית הפאן־אפריקניזם דומה לעיתים לרעיון הציוני: כוננותה של התנועה הפאן־אפריקנית כ"לאומיות של שחרור", "לאומיות של מיעוט", ו"לאומיות של פזורה" מציבה קווי דמיון בינה לבין התנועה הציונית, שהחלה גם היא כניסיון לאחר גזע שלם סביב ייחודו וליצור סולידריות שתוביל לנקיטת פעולה משותפת תוך זיקה חברתית, תרבותית וגאוגרפית.
דגלים פאן־אפריקנים.
"הדגל הפאן אפריקאי" תוכנן על ידי מרקוס גארבי, והוא ידוע בשם "אדום, שחור וירוק". דגל זה מסמל את המאבק לאיחוד ושחרור של אנשים באפריקה. השחור הוא צבע עורם של תושבי אפריקה, האדום מסמל צבע דמם המכובד של השחורים אשר נשפך בכיבוש אפריקה והירוק מייצג את הצמחייה של אפריקה ואת יופייה.
לעיתים רבות נחשב דגלה של אתיופיה כמייצג התנועה הפאן־אפריקנית. כך שכמו בדגל הפאן־אפריקני, הצבעים אדום וירוק מייצגים את דמם של השחורים שנשפך ואת הצמחייה של היבשת, ובנוסף לאלו בדגל זה ישנו גם צבע צהוב, אשר מייצג את הזהב אשר נלקח מהעמים האפריקאים במהלך הכיבוש האירופאי.
כיום בין שליש לחצי (21 במספר) מדגלי מדינות אפריקה, נושאים שלושה או ארבע מכלל צבעים אלו (אדום, צהוב, שחור וירוק).
מפלגות וארגונים.
"השיבה לאפריקה" היא תנועה אותה הקים מרטין דילייני , רופא ועיתונאי אמריקני. רעיון השיבה לאפריקה החל להתגבש בקרב הקהילות השחורות ב"עולם החדש" במחצית הראשונה של המאה ה־19. גלי העלייה לאפריקה גברו בתקופות של רדיפות קשות, כמו מהומות הגזע בשנת 1829. הזיקה בין השחורים משני עברי האוקיינוס האטלנטי הועמקה הן בכנסים והן בפעילות של ארגונים ותנועות שהדגישו את האחווה בין הפזורה למולדת. רבים גרסו וביניהם דילייני כי אפריקה גאה וחזקה תביא מזור להמוני השחורים המדוכאים בפזורה. בפאן־אפריקניזם היבשתי כללה המסגרת הטריטוריאלית את כל אפריקה ולא רק את אפריקה השחורה. בשנת 1900 כינס סילווסטד וילאמס את הוועידה הפאן־אפריקנית (Pan African Conference) בלונדון וכמו כן, את התנועה הפאן־אפריקנית (Pan African Movement) שארגנה קונגרסים בפריז (1919), בלונדון (1921), בליסבון (1923), בניו יורק (1927) ובמנצ'סטר (1945). בפריז צמחו ארגונים פאן־אפריקנים בהנהגת אינטלקטואלים פרנקפוניים מסנגל, דהומיי (היום בנין), סודאן הצרפתית (היום מאלי) וגם מהאיים הקריביים הצרפתיים. החשובים שבהם היו "הליגה האוניברסלית להגנת הגזע השחור" (Ligue Universalle pour la Defense de la Race Noire) בראשות איש דהומיי מרק קוג'ו טובלו הוונו, אשר נוסדה בשנות ה־30 בפריז על ידי משכילים אפריקנים פרנקופוניים. התנועה פרסמה קריאה להקמת "מדינה כושית גדולה על בסיס מודרני – ציונות אפריקנית". מטרותיה של "הליגה האוניברסלית להגנת הגזע השחור" הן דוגמה למטרות פרו־לאומיות בין מלחמות העולם כגון חופש העיתונות, רפורמות משפטיות, ביטול "חוק הילידים" שהיה קובץ חוקים אחיד שהגדיר את מעמדם ואופן התנהגותם הרצוי של הנתינים בכל המושבות הצרפתיות במערב אפריקה, הגדלת ההשתתפות של הילידים במוסדות ציבור, הקמת מוסד להשכלה גבוהה בקמרון, הקמת בתי ספר תיכוניים, מסחריים וחלקאיים, ייצוג בפרלמנט הצרפתי, ביטול של עבודות כפייה, הבטחת שכר מינימום, הלאמת תעשיות גדולות ורפורמה במיסוי.
"הוועד להגנת הגזע השחור" בראשות הסנגלי למין סנגור (Lamine Senghor ו"הליגה להגנת הגזע הכושי" בראשות איש סודאן הצרפתית טיימוקו גרן־קויאטה היו ארגונים בעלי השפעה על אפריקה הצרפתית, ורובם היו מקושרים למפלגה הקומוניסטית הצרפתית. הלך הרוח של הארגונים הללו משתמעת מקריאתו של סנגור: "הכושים היו בתרדמה זמן רב מדי. אירופה שימי לב, אלה שישנו אינם חוזרים לישון כשהם מתעוררים. היום השחורים מתעוררים."
בשנת 1914 עמד מרקוס גארבי בראש תנועת (UNIA (Universal Negro improvement Association And African Communities League. רצונה של תנועה זו היה לכונן באפריקה "אימפריה כושית" שאליה יזרמו המוני שחורים מכל הפזורות, והיא פעלה למען זה תוך בניית תשתית לכך; גארבי הקים כנסיות אפריקניות "לאומיות", גרעין של צבא שתפקידו היה לשחרר את אפריקה, וקו ספנות "הכוכב השחור" להחזרת הגולים למולדת. אמנם תוכניותיו של גארבי נכשלו ותנועתו התפוררה לימים, אך התרומה שלו להתעוררות הלאומית באפריקה הייתה תרומה גדולה, האפריקאים הושפעו השפעה עמוקה מגארבי, מתורתו ובשורתו.
בשנות השלושים ג'ורג' פדמור מטרינידד וטובגו, היה משכיל גדול, למד באוניברסיטת ניו יורק ולאחר מכן בהווארד, סופר, עיתונאי ופעיל פאן־אפריקאי, היה ראש תנועת המחאה כנגד כיבוש אתיופיה על ידי בניטו מוסוליני. תנועת מחאה שתרמה מאוד לצמיחת הלאומיות האנטי־קולוניאלית. הוא ייסד את התנועה הבין־לאומית "החברים האפריקנים של חבש" (International African Friends of Abyssinia) ומאוחר יותר התנועה הייתה "הפדרציה הפאן־אפריקאית".
ההישג העיקרי של הפאן־אפריקניזם היבשתי היה בשנת 1963 כאשר הוקם "הארגון לאחדות אפריקה" (OAU (Organization Of Afican Unity שלימים בשנת 2002 נהפך הארגון ל"איחוד האפריקני" (African Union). אלו היו שני ארגונים בין מדינתיים, אשר חברות בהם כל מדינות היבשת. "הארגון לאחדות אפריקה" הוקם כמענה לשתי מגמות נוגדות שרווחו באפריקה בשנות החמישים, ובעיקר בראשית שנות השישים, כשמדינות רבות יצאו לעצמאות. מגמה ראשונה הייתה הפאן־אפריקניות, שהדגישה את אחדות היבשת, את העבר הקולוניאלי המשותף, את אחוות האפריקנים, את הצורך במדינה חזקה וגדולה. מייצגה של תנועה זו היה קוואמה נקרומה, מנהיג אפריקאי אנטי קולוניאלי (ראה בהמשך: מגמות נגד לפאן אפריקניות), אשר היה מייסדה ונשאיה הראשון של גאנה, ששאף לכונן את "ארצות הברית של אפריקה", שמתגברת על הגבולות המלאכותיים והקולוניאליים. הארגון לאחדות אפריקה הוקם באדיס אבבה, שהייתה גם למקום מושבו ולמרכז מוסדותיו. הארגון כיבד את ריבונות כל המדינות והכריז על התנגדות לכל שינוי גבול. בכך התייצב הארגון נגד הפאן־אפריקניזם ונגד כל בדלנות אתנית. אמנת הארגון כוננה לשיתוף פעולה בין מדינות ריבוניות, ובכך הוא דומה יותר לאו"ם מאשר לארצות הברית. כאשר נהפך הארגון ל"איחוד האפריקני" (African Union), היו לארגון זה מספר מטרות עיקריות; להשיג אחדות בין מדינות אפריקה ועמי אפריקה, להגן על הריבונות, על השלמות הטריטוריאלית ועל עצמאות המדינות החברות, לקדם עמדות משותפות האפריקניות בסוגיות חשובות ליבש ולעמיה ולהגן עליהן, לקדם שלום, ביטחון ויציבות ביבשת ולעודד שיתוף פעולה בין־לאומי בהתחשב כראוי במגילת האו"ם ובהצהרה הכללית על זכויות האדם.