אוסף כלי הנשק והשריון של המוזיאון, המכיל כ-15,000 מוצגים, הוא אחד האוספים הפופולריים ביותר של המוזיאון. באוסף מוצגים שריונים רבים החל מהמאה החמישית ועד המאה ה-19 ובהם שריוני סוסים, מאירופה ועד יפן.
באוסף מוצגים מהמזרח התיכון, אפריקה, אוקיאניה, ויבשת אמריקה, ומוצגים שהיו שייכים לאנרי השני, מלך צרפת ולפרדיננד הראשון, קיסר האימפריה הרומית הקדושה. כמו כן האוסף כולל כלי נשק של קולט מהמאה ה-19 וראשית המאה ה-20.
אמנות אפריקה, אוקיאניה, והאמריקות.
המוצגים הראשונים שנרכשו על ידי המוזיאון מאפריקה, אוקיאניה ויבשת אמריקה הצפונית ודרומית היו אוסף של עתיקות מפרו שנרכשו בשנת 1882. אולם המוזיאון לא רכש אוספים מיבשות אלה בצורה מסודרת עד שנת 1969 עת שאיש העסקים האמריקאי נלסון רוקפלר תרם למוזיאון את אוספו בן 3,000 המוצגים. כיום למוזיאון למעלה מ-11,000 מוצגים מאפריקה הדרומית למדבר סהרה, מאיי האוקיינוס השקט ומיבשת אמריקה, המוצגים בשטחי תצוגה ששטחם כ-4,000 מ"ר, באגף על שם רוקפלר בקצהו הדרומי של בניין המוזיאון. בין האוספים ציורי קיר שצוירו על ידי אבוריג'ינים מאוסטרליה, עמודי זיכרון שגובהם כ-5 מטרים שיוצרו על ידי תרבות האסמט של גינאה החדשה, מוצגים מניגריה ומחצר בית המלוכה של בנין. בין המוצגים תכשיטים עשויים זהב ומתכות יקרות אחרות.
מכון התלבושות.
בשנת 1937 אוחד המוזיאון לאמנות התלבושות עם מוזיאון המטרופוליטן לאמנות, והפך למחלקה נפרדת במוזיאון. אוסף מכון התלבושות כולל למעלה מ-80,000 תלבושות ואביזרים נלווים. האוסף אינו מוצג בשלמותו, ואין לו תערוכת קבע. מדי שנה מוצגות שתי תערוכות מתחלפות מתוך אוספי המכון על מנת להמחיש הקשר מסוים או תמה מסוימת. כך למשל הוצגו בעבר תערוכות תלבושות של המעצבים קוקו שאנל או ג'אני ורסצ'ה. מאז 1948 מארגן המכון מדי שנה את נשף המט גאלה כאירוע לאיסוף תרומות. הנשף נערך תחת נושא הזהה לנושא של התערוכה השנתית, ומוזמנים אליו שחקנים, זמרים ומובילי דעת קהל.
אמנות אסיה.
אוסף אמנות אסיה והמזרח הרחוק של המוזיאון הוא האוסף המקיף ביותר הקיים במדינות המערב (אירופה וצפון אמריקה). מוצגי אמנות מאסיה היוו חלק מאוספי המוזיאון מאז הקמתו.
בין המתנות הראשונות שניתנו למוזיאון לאחר הקמתו היו יצירות רבות שמקורן באסיה, וכיום אגף שלם בתצוגת הקבע של המוזיאון מוקדש ליצירות אמנות אלה. בידי המוזיאון למעלה מ-60,000 מוצגים המציגים כ-4,000 שנות אמנות אסייתית מכל תרבות אסייתית. המוצגים כוללים ציורים, הדפסים, פסלים ועבודות מתכת (תכשיטים וכלים שימושיים). במוזיאון אוסף מקיף של קליגרפיה סינית, ציורים סיניים, יצירות נפאליות וטיבטיות, יצירות מהודו ומיפן וכן מדרום-מזרח אסיה. כחלק מהאוסף הקבוע קיים גן המדמה גן אופייני לתקופת שושלת מינג בסין, המבוסס על גן הממונה על רשתות הדיג בסוזהו.
רישומים והדפסים.
רישומים והדפסים מוצגים במחלקות שונות של המוזיאון בהתאם להקשרם, אולם מחלקה נפרדת מייחד עצמה ליצירות רישום והדפסים מצפון אמריקה ומערב אירופה, ובייחוד יצירות שנוצרו לאחר ימי הביניים במערב אירופה. באוסף למעלה מ-11,000 רישומים, למעלה מ-1.5 מיליון הדפסים, ולמעלה מ-12,000 ספרים מאוירים.
ראשיתו של אוסף זה במתנה של 670 רישומים שניתנו למוזיאון על ידי ויליאם הנרי ואנדרבילט בשנת 1880. במחלקה רישומים מעשה ידי מיכלאנג'לו, לאונרדו דה וינצ'י, ורמברנדט וכן הדפסים ושירטוטים מעשה ידי אנתוני ואן דייק, אלברכט דורר, ואדגר דגה.
אמנות מצרית.
בעת הקמתו, מקור מרבית אוספי האמנות המצרית העתיקה של המוזיאון היה באוספים פרטיים, לאחר שהמוזיאון ערך מספר משלחות ארכאולוגיות למצרים בין השנים 1906–1941, מהווים מוצגי משלחות אלה למעלה ממחצית אוסף האמנות המצרית אשר נמצא כיום בידי המוזיאון. האוסף כולל למעלה מ-36,000 מוצגים, החל מהתקופה הפלאוליתית ועד התקופה הרומית. האגף המצרי של המוזיאון כולל למעלה מ-40 חדרי תצוגה. בין היצירות החשובות ביותר באוספי המוזיאון הן אוסף של 24 דגמים מעץ שהתגלו בקבר בקרבת דיר אל-בחרי בשנת 1920. דגמים אלה מציגים את אורח החיים במצרים העתיקה בראשית הממלכה התיכונה, וכוללים דגמים של גנים, סצנות דייג, בתי מלאכה ובתי מגורים. מוצג נוסף ופופולרי ביותר הוא מקדש דנדור אשר הובא בשלמותו ממצרים, לאחר שהיה נתון לסכנת הצפה בשל בניית סכר אסואן הגבוה. המקדש ניתן במתנה לארצות הברית על ידי ממשלת מצרים בשנת 1965 והוקם באגף סאקלר של המוזיאון בשנת 1978. סביב המקדש נבנתה בריכת השתקפות, וקיר זכוכית גדול (בצידו הצפוני של האגף) פונה לסנטרל פארק ומאפשר הארת המקדש בתאורה טבעית.
ציור אירופאי.
למוזיאון אחד האוספים המקיפים והטובים ביותר של אמנות אירופאית, אף שהאוסף מכיל רק כ-2,200 תמונות. האוסף מתמקד באמנים צרפתיים, פלמיים איטלקיים. באוסף 37 יצירות של קלוד מונה, 21 ציורי שמן מאת פול סזאן, 18 ציורי שמן של רמברנדט ואן ריין ובהם "אריסטו עם פסל ראשו של הומרוס". באוסף 5 ציורים של יאן ורמיר (מספר היצירות הגדול ביותר של אמן זה המצוי באוסף אחד), וכן יצירתו של וינסנט ואן גוך "דיוקן עצמי עם כובע קש", יצירתו של פיטר ברויגל האב "הקוצרים", יצירתו של ז'ורז' דה לה טור "מגדת העתידות", ויצירתו של ז'אק-לואי דויד "מותו של סוקרטס".
מדיניות המוזיאון היא למכור את יצירותיו הפחות ידועות, במטרה לרכוש יצירות איכותיות יותר וידועות יותר. במסגרת מדיניות זו רכש המוזיאון את יצירתו של דייגו רודריגס דה סילבה אי ולסקס "חואן דה פארחה" בשנת 1971 ו"מדונה עם ילד" של דוצ'ו בשנת 2004 בעלות של 45 מיליון דולרים.
פיסול ועיצוב אירופאי.
בנפרד ממחלקת הציור האירופאי, מחלקה נפרדת מוקדשת לפיסול ולעיצוב אירופי. למוזיאון אוסף פסלים וכלים נרחב הכולל למעלה מ-50,000 פרטים החל משלהי ימי הביניים ועד ראשית המאה ה-20. האוסף מתמקד בפסלים מתקופת הרנסאנס, וכן כולל רהיטים, תכשיטים, כלי זכוכית וחרס, שטיחי קיר, טקסטיל, שעונים, כלים מתמטיים וכלים מדעיים. במסגרת אגף זה של המוזיאון ישנם עשרות חדרים תקופתיים המציגים את המוצגים בהקשר תרבותי ותקופתי. בין החדרים התקופתיים ישנו חדר כניסה מהטירה הספרדית של ולז בלאנקו (חדר בן שתי קומות), ובין הפסלים הידועים המוצגים באוסף, פסלו של ברניני "באכחנל", העתק מפסלו של אוגוסט רודן "שועי העיר קאלה", וכן פסל ראשו של וולטר מעשה ידי בתו, סאבין.
אמנות יוונית ורומית.
אוסף מחלקת האמנות היוונית והרומית של המוזיאון כולל למעלה מ-17,000 מוצגים. מקורו של האוסף היווני והרומי של המוזיאון באוספים הראשונים שנתרמו למוזיאון. המוצג הראשון של המוזיאון היה סרקופג רומי. כיום המוזיאון כולל כדים רבים (ובהם כדי דמות שחורה וכדי דמות אדומה), סיכות של טוניקות רומיות ואף פסלים שמקורם ביוון העתיקה ורומא. בין המוצגים הידועים של המחלקה ניתן למנות את קערת אאופרוניוס המתארת את מותו של סארפדון ואת מרכבת מונטלאונה האטרוסקית, וכן פסלים קיקלדיים מאמצע האלף השלישי לפנה"ס) באולמות התצוגה מוצגים ציורי קיר שהתגלו בוילה בבוסקוראלה (ונקברו בעקבות התפרצות הר הגעש וזוב בשנת 79 לספירה). בשנת 2007 הורחבו שטחי התצוגה של המחלקה, וכיום שטחי התצוגה הם כ-6,000 מ"ר, ומוצג בהם מרבית האוסף הקבוע של המחלקה.
אמנות אסלאמית.
אוסף האמנות האסלאמית של המוזיאון כולל, בנוסף לאמנות דתית, גם אמנות דקורטיבית. האוסף כולל למעלה מ-12,000 מוצגים ובהם כלי חרס, טקסטיל וכתבי יד שמקורם מספרד, דרך צפון אפריקה ועד אסיה המרכזית. בין מוצגי האוסף ציורי מיניאטורה מאיראן והאימפריה המוגולית, וכן קליגרפיה אסלאמית הכוללת מוצגים ובהם צווים של הסולטאן סולימאן המפואר וכתבי קוראן מתקופות שונות. באגף חדרים תקופתיים כגון "חדר נור אל דין" מדמשק מראשית המאה ה-18 הכולל חדר בשלמותו (לרבות רהיטיו, כלים, עיטורים וספרים).
אגף האמנות האסלאמית צפוי לעבור שיפוץ החל משנת 2008.
אוסף רוברט לימן.
לאחר מותו של הבנקאי רוברט לימן בשנת 1969 תרם את אוספיו ובהם 3,000 מוצגים למוזיאון, במטרה שהאוסף יוצג באגף נפרד שיקרא "אגף רוברט לימן". הגלריות שהוקמו להצגת האוסף, נועדו ליצור אשליה למבקר בהם כאילו הם מבקרים בביתו של לימן, וצופי באוספו הפרטי. אוסף זה אינו מתרכז בתקופה מסוימת או סגנון אמנות מסוים, אלא מציג את האוסף של לימן כפי שנאסף על ידו. האוסף כולל ציורים מתקופת הרנסאנס האיטלקי, בעיקר מאזור סיינה, יצירות של בוטיצ'לי, ושל דומניצ'ו ונזיאנו, ציורים של אמנים ספרדיים ובהם יצירות של אל גרקו ופרנסיסקו דה גויה, וכן יצירות של רמברנדט ואלברכט דירר.
הספריות.
הספרייה המרכזית של המוזיאון היא הספרייה על שם תומאס ג' ווטסון. אוספי הספרייה מתרכזים בעיקר בספרים הנוגעים לאמנות, להיסטוריה של האמנות, וכן קטלוגים ופרסומים של המוזיאון. לחלק מאגפי המוזיאון ספריות המתמחות בנושאי האגפים השונים. בספריית ווטסון מוצגים ספרים עתיקים וספרים היסטוריים אשר מהווים יצירות אמנות בזכות עצמן - ובהם ספרי הדפסים של אלברכט דורר ואתאנאסיוס קירשר וכן מהדורות של המגזין הסוריאליסטי VVV, והעתק של "Le Description de l'Egypte" שהוצא בשנת 1803 בהוראת נפוליאון בונפרטה.
אמנות ימי הביניים.
אוסף אמנות ימי הביניים של המוזיאון הוא אוסף מקיף ביותר הכולל חפצי אמנות, חפצי דת וספרים שמקורם במערב אירופה והאימפריה הביזנטית החל מהמאה הרביעית ועד המאה ה-16. האוסף כולל למעלה מ-11,000 מוצגים שונים המחולקים בין מבנה המוזיאון המרכזי המצוי בשדרה החמישית לבין מבנה הקלויסטרס המצוי בפארק פורט טריון בצפון האי מנהטן.
תצוגות במבנה הראשי.