במספר מקרים בישופים קתולים התנגדו, ואף יצאו במסע פרסום פעיל כנגד נישואים חד-מיניים, אימוץ על ידי זוגות חד-מיניים וזכויות להט"ב נוספות, כולל הסרת הומוסקסואליות כעבירה פלילית מספר החוקים של מספר מדינות, ואף פעם אחת באו"ם. במקרים אחרים בישופים קתולים ביקרו את "ההפלייה הלא צודקת" והוקיעו את ההגדרה הפלילית של ההומוסקסואליות. הכנסייה הקתולית מאמינה כי נישואים הומוסקסואלים הם סביבה לא מועדפת להתפתחות נורמלית של ילד כלשהו, וכי נישואים שכאלו "מקפחים את חוויית האבהות או האמהות" מהילד. כמו כן הכנסייה הקתולית מאמינה כי מתן מעמד חוקי לנישואים כאלו ישנה באופן רדיקלי את מושג הנישואים ויגרום לנזקים חמורים לחברה.
קתולים רבים לא מסכימים עם העמדה הרשמית של הדרגים הגבוהים של הכנסייה הקתולית בנושא הומוסקסואליות, ועם שנות האלפיים, במקומות רבים, כמו בצפון אמריקה וכן מערב וצפון אירופה ודרום אמריקה, נצפית תמיכה והלכת וגוברת בזכויות להט"ב (כמו נישואים חד-מיניים או הגנה מפני אפליה) הרבה מאשר האוכלוסייה הכללית.
כמו כן יש מספר חילוקי דעות בתוך ההיררכיה והכמורה של הכנסייה הקתולית לעמדה הרשמית.
אף על פי שהעמדה הקתולית מגנה מעשים הומוסקסואלים בלתי מוסרים באופן חמור, היחס שלה שונה ביחס להומוסקסואלים עצמם, בהתאם לאמרתו של אוגוסטינוס, הוותיקן פרסם גילוי דעת במסמך מ-2005, כי . עוד נטען כי הכנסייה הקתולית סוברת כי הומוסקסואליות כמצב הנמצא מעבר לבחירתו של אדם, היא לא טעות או מעשה חטא. אך כפי "שזה שגוי עבור הטרוסקסואלים לא נשואים לקיים יחסי מין, כך גם מעשים הומוסקסואלים בטעות יסודם".
בעוד שבתקופת האפיפיור יוחנן פאולוס השני התרכך מעט היחס כלפי ההומוסקסואלים, והם נתפסו כתועים יותר מאשר כחוטאים, נחשב האפיפיור בנדיקטוס ה-16 כמתנגד נחרץ הלוחם כנגד ההומוסקסואליות בדרשותיו השונות והיחס כלפי ההומוסקסואליות אינו סלחני.
הקטכיזם, מדריך האמונה של הכנסייה הקתולית, הביע בשנת 2008 את התנגדותו לעונש פלילי נגד הומוסקסואליות. הוא מביע את דרישת הכנסייה הקתולית מאלו הנמשכים לבני מינם או לבני המין הנגדי לנהוג בצניעות, שכן הכנסייה מלמדת שיש לתת ביטוי למיניות בתוך נישואים, הכוללים מין הנעשה באופן צנוע, למטרות קבועות, הטרוסקסואליות ומונוגמיות של הבאת ילדים". הוותיקן מבחין בין "נטיות הומוסקסואליות עמוקות" ו"ביטוי של בעיה חולפת" ביחד להסמכת כמרים.
עם מינויו של האפיפיור פרנציסקוס ב-2013 הוא הנהיג שינוי בולט במדיניות הכנסייה כלפי להט"בים. באחת מההתבטאויות היוצאות-דופן ביותר שהשמיע אי פעם בכיר בכנסייה הקתולית, האפיפיור פרנציסקוס אמר,
וכן כי כמו כן הדיח פרנציסקוס מתפקידו בישוף, שנהג להתבטא נגד נישואים חד-מיניים ולהתנגד בחריפות להפלות, ואף קבע כי "הכנסייה אובססיבית כלפי הומואים".
עמדת הכנסייה האנגליקנית.
מאז שנות התשעים, הכנסייה האנגליקנית התמודדה עם חילוקי הדעות ביחס להומוסקסואליות. ב-1998 ועידת למבת' (Lambeth) ה-13 של הבישופים האנגליקנים העבירה החלטה לפיה מעשים הומוסקסואלים "מנוגדים לכתבי הקודש". ב-2002, הבישופות של ניו וסטמינסטר, השייכת לכנסייה האנגליקנית של קנדה, התירה קידוש של איחודים חד-מיניים. ב־2003, שני הומואים גלויים באנגליה ובארצות הברית הפכו למועמדים לבישופות. בכנסייה האנגלית, ג'פרי ג'ון (Jeffrey John) נכנע לבסוף ללחץ להסיר את שמו ממועמדות לבישופות רידינג (Reading). בכנסייה האפיסקופלית של ארצות הברית, ג'ין רובינסון (Gene Robinson) נבחר לבישוף של ניו המפשייר, ובכך הפך לבישוף ההומוסקסואל הגלוי הראשון בכנסייה האנגליקנית. מינוי זה היה שנוי מאוד במחלוקת והביא להחרמת ועידת למבת' לשנת 2008 על ידי כמה מאות בישופים. כחלופה לוועידת למבת', רבים מבישופים אלו נכחו בוועידת העתיד האנגליקנית העולמית שהתקיימה בירושלים.
פרובינציות אנגליקניות רבות, בעיקר מדרום כדור הארץ, אשר מייצגות כמעט מחצית מ-80 מיליון האנגליקנים ברחבי העולם, הגיבו לוויכוחים תאולוגים אלו על ידי שחרור הצהרה כי הם נכנסים למצב של איחוד כנסיות מעורער עם עמיתיהם האנגליקנים במערב. קבוצות מיעוט בפרובינציות המערביות הביעו את ההתנגדות שלהם למה שהם תופסים כפעולות המנוגדות לכתבי הקדוש בהם נקטו כנסיות אנגליה, קנדה, אוסטרליה וארצות הברית. מאז 2000, חלק מהפרובינציות הדרומיות השמרניות מינו בישופים מיסיונרים לארצות הברית ולקנדה כדי שיורו את הדרך לאנגליקנים המנוכרים לאמונתם. תהליך זה, הידוע בשם "ההיערכות האנגליקנית המחודשת" (The Anglican Realignment) נחשב על ידי הכנסייה האפיסקופלית של ארצות הברית ושל קנדה כהתערבות בלתי לגיטימית בטריטוריות שלהם. אולם אנגליקנים שמרנים טענו שהתערבויות אלו נחוצות בגלל הכישלון של כנסיות אלו לתמוך בתפיסה האורתודוקסית ביחס למיניות אנושית.
דזמונד טוטו, הארכיבישוף האנגליקני של קייפטאון וחתן פרס נובל, תיאר הומופוביה,
עמדת הכנסייה האורתודוקסית.
הכנסייה האורתודוקסית מחזיקה בדעה כי מיניות היא חלק מהעולם מושחת מבחינה מוסרית. בתאולוגיה האורתודוקסית הן נזירות והן נישואים הם דרכים לישועה. רווקות היא הדרך האידיאלית, והיא באה לידי ביטוי בנזירות, בעוד דרך הנישואים זוכה לברכה רק כאשר היה מגיעה מתוך אהבת אמת. כך לדוגמה בטקס הנישואים האורתודוקסי נאמר: "אדם אוהב את אשתו כפי שישו אוהב את הכנסייה שלו". ניתן לפרש הקשר זה על ידי מי שאינו אורתודוקסי כחל גם על הומוסקסואליות, אך הרוב המוחץ של האורתודוקסים רואים בהומוסקסואליות מחוץ למה שמותר לפי הגדרה זאת. באופן מסורתי, הכנסייה אימצה השקפה שלא נוטה לדבקות נוקשה בחוק בכל הנוגע לחטא, כאשר הומוסקסואליות נחשבת כחטא. אף על פי שחלק מחברי הכנסייה האורתודוקסית שימשו בתפקיד פעיל בעידוד סטריאוטיפים חברתיים שליליים כנגד אינדיבידואלים הומוסקסואלים שלא עושים תשובה, הם לא מייצגים כהלכה את העמדה של הכנסייה האורתודוקסית. לפי עמדה זו, אין לקדם שיפוט של אנשים, אלא שיפוט של מעשים. אולם חלק מהחברים הבולטים בכמורה האורתודוקסית יצאו בהצהרות המגנות הומוסקסואליות.
כל הרשויות האורתודוקסיות, כמו הכנסייה האורתודוקסית של אמריקה, קיבלו על עצמם גישה המקדם בברכה אנשים "עם תחושות ורגשות הומוסקסואלים", בעוד הם מעודדים אותם לעבוד לקראת "התגברות על האפקטים המזיקים בחיים שלהם". כמו כן הם לא מתירים לאנשים המצדיקים פעילות הומוסקסואלית לקחת חלק בסקרמנטים.
האספה של הבישופים האורתודוקסים הקנונים של צפון ומרכז אמריקה, הגוף הייצוגי הגבוה ביותר של האורתודוקסים באמריקה, אישר מחדש את ההצהרה בספטמבר 2013 לפיה, עוד נטען כי
הומוסקסואלים וארגונים נוצרים.
הומוסקסואלים והאמונה.
ג'ורג' ברנה (George Barna), נוצרי שמרן, סופר וחוקר, ערך סקר בארצות הברית ב-2009 ומצא כי יש יותר להט"בים המשתייכים לקהילה נוצרית הם רבים בהרבה ממה שהניחו קודם לכן. הוא אפיין חלק מהמסקנות המובילות שלו הנובעות מהנתונים שאסף כך,:
מחקר של 20 תכונות הקשורות לאמונה חשף הבדלים משמעותיים בין אוכלוסיות הטרוסקסואליות והומוסקסואליות בארצות הברית, כאשר עלה כי המגיבים ההומוסקסואלים גרסו כי פחות סביר שהיו נולדים נוצרים מאשר המגיבים ההטרוסקסואלים (27% לעומת 47%), ומידת המחויבות לאמונה ולמשפחות גם הייתה שונה. ניגודים שונים הובחנו גם ביחס לעמדות "הליברליות" מול "השמרניות", כמו גם ההבנה של האלוהים, עם 43% מהמשתתפים שהצהירו כי הם מחזיקים בהבנה "אורתודוקסית-תנ"כית" ביחס לאל, בניגוד ל-71% מהמשתתפים ההטרוסקסואלים. עולה אפוא כי ללהט"בים דרך שונה לפרש את כתבי הקודש.
קנדיס צ'ליו-הודג' (Candace Chellew-Hodge), המייסדת הלסבית הנוצרייה של המגזין המקוון "ווסואבר" (Whoseoever), הגיבה על ממצאים אלו,:
צ'ליו-הודג' טוענת כי ברנה ניסח את המחקר שלו עם אירוניה מוגזמת וסקפטיות, והוא נכשל לקחת בחשבון את הסיבות לנתונים שלא תמכו ב"הנחה יסוד הקדומה" שלו. היא טוענת כי הסיבה לכך שמספר מצומצם של הומוסקסואלים נוכחים בכנסייה היא שיש מספר מאוד מצומצם של כנסיות שיקבלו אותם. באופן דומה, הומואים ולסביות לא רואים בכתבי הקודש כאמת חד משמעית, כיוון שהם
נאלצים לקרוא אותם יותר בזהירות ועם פחות תמימות, מה שמביא אותם להבחין בסתירות הרבות שבהם.
ארגונים עבור הומוסקסואלים.
ארגונים עבור נוצרים הומוסקסואלים מתקיימים בטווח רחב של אמונות ומסורות. ב"רשת הנוצרית ההומוסקסואלית העל-זרמית" (The interdenominational Gay Christian Network) יש מספר חברים המקבלים מערכות יחסים חד מיניות (מכונים צד A על ידי הרשת) בעוד שיש כאלו שלקחו על עצמם נזירות (מכונים צד B). לפי המייסד ג'סטין לי (Justin Lee),: