למרות צו הגירוש חזרו יהודים מרוסיה לגאורגיה כיחידים, כשהם עושים שימוש ברישיונות ישיבה זמניים שהוצאו רק לבעלי מלאכה מומחים ונדרשים, או לחיילים לשעבר בצבא הרוסי. חיילים אלה קיבלו היתר מגורים מחוץ לתחום המושב. צווי גירוש נוספים הוצאו בשנים 1815 ו-1847, ובמחצית הראשונה של המאה ה-19 נמנו עם היהודים האשכנזים בטביליסי רק כמה עשרות משפחות. בשנת 1852 חזרו השלטונות והתירו התיישבות יהודים רוסים בגאורגיה, תוך הגבלות רבות, ומאז חל גידול מתמיד במספרם. החלת הצו לשחרור הצמיתים בגאורגיה בשנת 1864 לא שינתה בתחילה מאומה. הנסיכים לא מיהרו לשחרר את היהודים מהתחייבויותיהם, ולאחר שחרורם, נותרו רבים מהם מרוששים וחסרי אמצעי מחיה.
ההתפתחות הכלכלית של גאורגיה במחצית השנייה של המאה ה-19 השפיעה גם על מצב היהודים: סלילת דרכים ומסילות ברזל, פיתוח הנמלים בים השחור ופיתוח החקלאות והתעשייה הביאו עמם תנופת מסחר. צמח מעמד של סוחרים בקרב היהודים, שעסקו בסחר בין חלקי הארץ השונים וחדרו גם לסחר הבינלאומי. התפתחויות אלו הביאו לשינויים דמוגרפיים: קהילות שלמות עקרו מהכפרים לערים. קהילות יהודיות חדשות נוסדו בערים סוחומי, פותי ובתומי שעל חוף הים השחור. בטביליסי, שבה היו בתחילת המאה רק יהודים מעטים, הלך מספרם וגדל. הקהילה היהודית שבאחלציחה, שמעמדה כמרכז לסחר עם טורקיה נפגע, נידלדלה והלכה לקראת סוף המאה, ויושביה היגרו למרכזי מסחר שונים בקווקז, בעיקר לטביליסי. לעומתה, גדלה הקהילה בכותאיסי במספר אנשיה ובעושרה. עם יהודי כותאיסי נמנו כמה מסוחריה הגדולים של הארץ, שהנודע בהם היה אהרון אליגולשווילי.
יהודים רבים הגיעו למקום ללא אישורים מתאימים וחיו בחשש מתמיד מפני גירוש. בשנת 1890 ישבו בבתומי כמאה משפחות יהודיות אשכנזיות, אך רק ל-47 מתוכן הייתה זכות ישיבה. רוב היהודים עסקו במלאכה, אך היו גם שעסקו בסחר בנפט, שהגיע בצינור מבאקו שעל הים הכספי. השלטונות עצמו עין כל עוד לא התעוררו בעיות כלשהן. גם בערים הגדולות האחרות חיו רבים ללא רישיונות.
עד סוף המאה ה-19 היו היהודים האשכנזים והיהודים המקומיים זרים זה לזה. הגאורגים ראו באשכנזים כופרים. האשכנזים, לעומתם, זלזלו במקומיים וראו בהם אנשים נחשלים. כמעט שלא התקיימו קשרים בין היהודים המקומיים לבין האשכנזים. גם שפתם הייתה שונה.
השלטון הצארי החדש שהובא לגאורגיה על ידי הפקידות הצארית והכנסייה הפרובוסלבית, שניסתה לדחוק את רגלי הכנסייה הגאורגית המקומית, היה בעל נטיות אנטישמיות, שמצאו הד בקרב חוגים מסוימים באוכלוסייה המקומית. נטיות אלה באו לידי ביטוי בעלילות דם, שכמה מהן לא התפרסמו מעבר לאזור הכפרי שבו התרחשו, אך שתיים מהן עוררו הדים בגאורגיה ומחוצה לה.
עלילת הדם בסוראמי.
ביוני 1850 נעלם ילד קטן, בן לזוג מהעיר גורי, שהתארח בבית משפחה בסוראמי. גופתו של הילד נמצאה כעבור ארבעה ימים, והיהודים הואשמו ברציחתו. לאחר מציאת הגופה, הזעיק, ראש הפלך דאז, דמיטרי אבשידזה, את רופא השירות. בנתיחה שלאחר המוות נמצאו מים במוחו של הילד ועשבים בקיבתו, ולפיכך קבע הרופא כי הילד לא הומת בידי אדם. אולם, התושבים לא באו על סיפוקם והאשימו את הרופא בקבלת שוחד. הם פרצו לבתי היהודים על מנת להתעלל בהם, ובמקביל מנעו מהיהודים להזעיק עזרה. בלילה עלה בידם של ארבעה יהודים להערים על שמירת התושבים, והם יצאו לטביליסי. עוזרו של הנציב שיגר אנשים לחקור את המקרה.
בינתיים, שיחדו תושבי המקום ילדה יהודייה, שהעידה נגד אביה על כך שהוא החזיק את הילד על ברכיו ופצע אותו, ואילו יהודי אחר אסף את דמו לצורך שימוש בחג הפסח. כשהגיעו החוקרים, פנו מיד לחיפוש ראיות נוספות בבתי היהודים ומצאו פיסת בד מוכתמת בדם (כנראה דם וסת). שלושה חודשים לאחר שהחוקרים אספו את הראיות, זומנו המאשימים לבית המשפט למתן עדות, והיהודים נדרשו להודות באשמה. כיוון שלא הודו, נשלחו למאסר שמונה מלומדים מיהודי סוראמי, ועברו עינויים שם. שניים מהם מתו בעקבות עינויים אלה. יהודי המקום פנו אל הקהילה היהודית בקושטא, והביאו את העניין לידיעת משה מונטיפיורי. האחרון פנה לנסיך מיכאיל סמיונוביץ' וורונצוב, המושל הכללי של הקווקז שישב בטביליסי, בבקשה לטהר את שמם של היהודים. וורונצוב התחמק וטיהר את רשויות המשפט הרוסיות מאשמה של עיוות דין ואת הסוהרים מאשמת עינויים. מאידך גיסא, הוא טען כי על פי העדויות המצויות כרגע, היהודים שהואשמו הם בגדר חשודים בלבד, ולכן הורה לשחרר את העצורים, ולהמשיך בחקירה. בפועל, לא שוחררו העצורים לבתיהם אלא נשלחו לסיביר.
עלילת הדם בסצ'חרה.
עלילת דם מפורסמת יותר התרחשה ב-4 באפריל 1878 בכפר פרוויסי ליד סצ'חרה שבנפת סצ'חרה אימרתי, שם הואשמו תשעה רוכלים יהודים ברצח ילדה נוצרייה בת 6, זארא מודבדזה, ושימוש בדמה לאפיית מצות. הם הועמדו למשפט בבית הדין המחוזי בכותאיסי. דבר העלילה זכה לפרסום רב בעיתונות היהודית ברוסיה, והיא הביאה להתגייסותם של אישים יהודים, ובראשם הברון גינצבורג מסנקט פטרבורג. שני עורכי דין נודעים, קרופניק היהודי ואלכסנדרוב הרוסי, שנקראו להגן על הנאשמים, הצליחו ב-13 במרץ 1879 להפריך את ההאשמות, והנאשמים זוכו.
לאחר עלילת הדם בסאצ'חרה והמהומות שאירעו בשנת 1895 בכותאיסי בין נוצרים ליהודים, יצאו המשוררים סרגיי מסחי ואנטון פורצלאדזה להגנת היהודים, תוך הבעת גינוי חריפה לתופעת הקנאות הדתית והלאומית כמנוגדת לתרבות ולמסורת הגאורגית. הגישה האוהדת ליהודים שרווחה בחוגי האינטליגנציה מצאה את ביטויה גם בתחום הפוליטי, כאשר הצירים הגאורגים בדומה הרוסית הגנו לא אחת על ענייני היהודים. סטודנטים גאורגים עמדו לצד היהודים בזמן הפרעות שפרצו ביהודי אודסה ב-1905, הגנו עליהם בגופם, ואחד מהם אף שילם על כך בחייו.
עליית הגורג'ים לישראל.
בסוף המאה ה-19 ובתחילת המאה ה-20 כבר היו קיימות בגאורגיה קהילות של יהודים אירופיים, ויחסים מתוחים שררו בינם לבין היהודים המקומיים.
בשנת 1863 החלו יהודים מגאורגיה לעלות לארץ ישראל, ובשנת 1914 היו בארץ כ-500 עולים מגאורגיה שכונו "גורג'ים" (שמם על פי הטורקים ששלטו בארץ ישראל באותם ימים). הם התגוררו בעיקר בירושלים, בין השאר בשכונת הגורג'ים. במפקד אוכלוסין משנת 1916 צוינו 8 עדות גדולות בירושלים, והגורג'ים נמנו עליהן. למעשה, "שכונת הגורג'ים" הירושלמית קיימת עד היום.
רוב העולים היו מהערים הגדולות: כותאיסי, אחלציחה וצחינוואלי, ומעיירות והכפרים: בנדזה, קולאשי וסצ'חרה. ב-1920/21 מנתה קהילה זו 1,700 איש. קבוצה נוספת של יהודים הובאה בשנת 1929 על ידי פקידי הברון רוטשילד, שרכש את אדמות היישוב בנימינה מידי פיק"א והביא בין היתר גם משפחות של יהודים יוצאי גאורגיה כדי לסייע בחקלאות ובתעשיית הבשמים.
יהדות גאורגיה במאה ה-20.
במאה ה-20 התגוררו בגאורגיה ארבעה עדות יהודיות:
בתחילת המאה ה-20 היה ניכור בין הרבנים האשכנזים לבין רבני היהודים המקומיים. השלטון הצארי היה שנוא הן על יהודי גאורגיה והן על ידי הגאורגים המקומיים. לאחר המהפכה הכושלת של 1905, גילו השלטונות הרוסיים יחס נוקשה כלפי היהודים שהתגוררו ברחבי האימפריה הרוסית. יהודי גאורגיה התרחקו מיהודי רוסיה כדי להדגיש את נאמנותם למונרכיה.
תקופת העצמאות הגאורגית המוקדמת ולאחריה.
ב-26 במאי 1918 הכריזה הרפובליקה הדמוקרטית של גאורגיה על עצמאותה. הדבר הביא לשינויים רדיקליים בקהילה היהודית בגאורגיה, והיהודים קיבלו שוויון זכויות מלא במדינה. החידוש באפשרות של נאום בחופשיות, חופש העיתונות וחופש ההתארגנות הובילו לחידוש המעורבות היהודית בחיים הציבוריים.
שינויים אלה הובילו גם לחידוד את הקשר בין הציונים למתנגדיהם. דוד באזוב, ממנהיגי התנועה הציונית בגאורגיה, בנאומו בפני ועידת ציוני הקווקז בבאקו בשנת 1917, הצליח להפנות את תשומת לבם של המשתתפים והביא לאחת מהצלחות הציונים - ייסוד בית ספר עברי-ציוני בטביליסי ב-1918. בית ספר זה היה מושתת על יסודות פדגוגיים מודרניים. בראשו עמד נתן אליהשווילי, מורה ציוני צעיר מצחינוואלי שהגיע באותה שנה להשתקע בעיר, והלימודים בו התקיימו בשיטת עברית בעברית, שיטה שהופעלה קודם לכן על ידי אברהם חוולס, בשנת 1906 בצחינוואלי. באותה שנה יצא לאור בכותאיסי הדו-שבועון הציוני הראשון בשפה הגאורגית, "אֶבּראֶליס חמה" ("קול היהודי"). בין הכותבים בביטאון היו דוד באזוב עצמו, בנו הרצל באזוב, נתן אליהשווילי, בן ציון אליגולשווילי ועוד. מצד שני, חוגים חרדין שמרניים שהושפעו מרבני חב"ד בגאורגיה, התנגדו בחריפות לציונות וללימודי החול. בראש הזרם הזה עמד הרב ראובן אלואשווילי (רבה של כותאיסי), ודמויות מרכזיות בו היו הרב משה דברשווילי והרב שמואל הלוי לויטין.
המפלגה הסוציאליסטית המנשביקית שהייתה בשלטון ראתה ביהודי גאורגיה חלק בלתי נפרד מן העם הגאורגי ולא הכירה בזכותם לקיום לאומי נפרד, ובהתאם לקו זה עסקה העיתונות המנשביקית בבעיה היהודית. לכאורה שרר אז בגאורגיה חופש עיתונות, אך מחופש זה נהנו בעיקר המצדדים בהתבוללות. "קול היהודי", שרוב קוראיו היו יהודים, צידד בייחודו של העם היהודי.
התכונה בקרב יהודי גאורגיה לקראת הבחירות לאספה הלאומית הגאורגית הייתה רבה. מצד אחד התארגנו הציונים במסגרת של הועד הלאומי של יהודי גאורגיה, שלא זכו, בסופו של דבר להכלל ברשימה המנשביקית. ומצד שני היו מתנגדי הציונות מכותאיסי, שבחרו נציגים הנפרד. נציגי כותאיסי, חכם משה דבראשווילי, תלמידו של אברהם חוולס מצחינוואלי, ויוסף אליגולאשווילי, שנבחרו להיות בין 109 נציגי המנשביקים שנבחרו לאספה הלאומית הגאורגית. חתימותיהם מתנוססות על הצהרת העצמאות של הרפובליקה.