מגנטו לקח את ונדה לארמונו המשוקם בג'נושה, שם התקבצו דמויות רבות מכל רחבי יקום מארוול בניסיון לטפל בה, אך כולם נכשלו. התסכול הגובר של מגנטו גרם לקוויקסילבר, בנו ואחיה של ונדה, לבקש ממנה להשתמש בכוחה כדי ליצור עולם בו מגנטו יקבל את אשר רצה - להיות שליט אימפריית מוטאנטים אשר תחלוש על פני העולם. ונדה עשתה כבקשתו ויצרה את העולם כך שאיש לא יזכור את העולם האמיתי. אך המצב הידרדר במהרה לכאוס כאשר המוטאנטית ליילה מילר - בעלת היכולת לגרום לאנשים להזכר בעולם האמיתי, החלה לעורר את גיבורי-העל השונים, ואלו הבינו כי העולם "החדש" הזה הוא תוצאה של עיוות המציאות. הגיבורים האשימו את מגנטו והחליטו להתקיפו במבצרו שבג'נושה. מגנטו, שנפל גם הוא קורבן לעיוות המציאות, הזדעזע משגילה את אשר קרה, שכן עם הרס ג'נושה ויתר על שאיפותיו להשתלט על העולם. משגילה כי היה זה בנו אשר גרם לכך הרג מגנטו את קוויקסילבר לעיני אחותו. ונדה החלה להאשים את אביה כי הוא עדיין מרושע ושכל האשמה נתונה בידי המוטאנטים. לבסוף שינתה את המציאות פעם נוספת ואחרונה - הפעם העולם החדש שנוצר ערער את יסודות עולם הקומיקס של מארוול, שכן מרבית אוכלוסיית המוטאנטים, שהייתה למרכז העלילות השונות עד כה, נשללו מכוחותיהם והפכו לבני אדם "רגילים".
בין אותם מוטאנטים שהפכו בהרף עין לבני אדם רגילים היה מגנטו עצמו. בזאת הגיע לגאולתו, כפי שהובע בפי וולברין, מגיבורי האקס-מן, כאשר הלה מצא את מגנטו - הוא הפך למה ששנא מכל - לאנושי. וולברין הניח למגנטו לחיות במצב זה, בהאמינו כי זהו העונש המתאים ביותר לחטאיו הרבים.
כהשלכות עלילת "בית אם", האנרגיה הקולקטיבית של המוטאנטים שכוחותיהם הופשטו מהם הצטברה לתוך מוטאנט סופג אנרגיה בשם מייקל פוינטר. מגנטו חסר הכוחות מותקף בידי קסורן, חוצן אשר התפתח לישות אנרגטית והתמזג עם פוינטר. קסורן מגלה כי התחזה למגנטו כדי לקבץ יחדיו את המוטאנטים נגד האנושות אך נכשל משום יכולת ההתחזות הפגומה שלו. כתוצאה מכך, הוא התחזה למגנטו והפעיל באופן זמני את כוחותיו בטרם הובס בידי האוונג'רס החדשים ונשלח לכיוון השמש. עקב כך, פוינטר ומגנטו השתחררו מאחיזתו של קסורן. מגנטו נעצר והובל למעצר בידי סוכנות S.H.I.E.L.D. אולם, המסוק אשר נועד להוביל אותו התפוצץ בהמראה ומגנטו השתמש בשארית הכוחות שהעניק לו קסורן כדי להימלט.
תסביך משיח ואומת אקס - החזרת הכוחות וגאולה נוספת.
בעקבות אירועי , מגנטו מופיע מחדש - לכאורה עם כוחות - ומפעיל מחדש את זקיפי הסנטינל הרובוטיים כדי לתקוף את קבוצת האקס-מן, אשר לא מזמן העבירה את בסיס המבצעים שלה לסן פרנסיסקו. האקס-מן מביסים אותו בקרב, ומתברר כי כוחותיו המוטאנטיים חוקו באופן מלאכותי על ידי שימוש בחליפה טכנולוגית שסיפק לו הוד התפתחותו, וכי התקפתו נועדה לשמש הסחת דעת בעוד הוד הפתחותו גונב חפץ מסתורי כחלק מברית שנכרתה בין השניים. זאת ועוד, הוד התפתחותו ערך במגנטו ניסוי טכנולוגי מסוכן ביותר שהשיב בהצלחה את כוחותיו.
מגנטו מגיע ל, אומת המוטאנטים החדשה שנוצרה בידי האקס-מן משרידי אסטרואיד M. הוא מדהים את הקבוצה באומרו להם שהוא מעוניין לעבוד עמם במשותף משום שהצליחו במשימתם להגן על המוטאנטים. מגנטו חושש לגורלם של המוטאנטים, אשר מספרם צנח דרמטית ממיליונים לכמה מאות בעקבות אירועי "בית אם", וסייקלופס מודיע לו שמשיחת המוטאנטים הופ סאמרס חיה וקיימת. מגנטו מקיים את הבטחתו ועוזר לאקס-מן להגן על אוטופיה מפני המפלצות של המוטאנט "טורף אקס". כעת כשהוא חבר מן המניין של הקבוצה, מגנטו עוזר ליצב את האסטרואיד השקוע על פני האוקיינוס השקט. הוא עובד יחד עם נאמור והעם האטלנטי לבנות עמוד תומך לאוטופיה. למרות מאמציו ועל אף שאקסבייר מכיר לו תודה על כך, מגנטו עוזב את הקבוצה לאחר שסייקלופס נוזף עליו שפעל ללא אישורו. במאמץ אחרון כדי להשיג את אמונם בו, מגנטו נכנס למצב מדיטטיבי-קטטוני שאיפשר לו למקד את כוחותיו למרחקים בין-גלקטיים ולהחזיר את הקליע משמיד העולמות חזרה לכדור הארץ, בו הייתה כלואה קיטי פרייד. אולם, שימוש קיצוני זה בכוחותיו גרם לו למתח נפשי רב והשאיר אותו בתרדמת.
באירועי , מגנטו יוצא מהתרדמת שלו מיד לאחר שהופ שוגרה לאוטופיה בידי נייטקרולר הגוסס. בשעה שאוטופיה עמדה בפני מצור בידי רובוטי הנמרוד - למרות מצבו החלוש - מגנטו הצליח להביסם על ידי שיפודם בעזרת מוטות מתכת מגלעין האי. לאחר הקרב, מגנטו מגלה שהאוונג'רס הצעירים מחפשים אחר מכשפת השני, שעדיין נחשבת לנעדרת. בנוסף מתגלה כי צמד הגיבורים ויקאן וספיד הם למעשה גלגול נשמותיהם של ילדיה של ונדה. מגנטו נפגש עמם, רוצה שהם יכירו בו כסבם, ועוזר להם למצוא את ונדה. קבוצת האוונג'רס מנסה לעצור את מגנטו ונלחמת בו ללא הצלחה, עד אשר ויקאן משגר את מגנטו ואת קבוצת האוונג'רס הצעירים משם. הם פוגשים בקוויקסילבר, שמנסה להרוג את אביו.
מגנטו מקבל הצעה לפתור את סוגיית הימצאותו באי אוטופיה. זאת משום שכלפי העולם החיצון, הוא ידוע כטרוריסט ומהפכן ואין הדבר מתיישב עם ניסיונותיו האחרונים לכפרה. יחצ"נית לענייני מוטאנטים מציעה לו לשנות את צבע חליפתו ללבן כסמל לכך, אך הוא מסרב. בשעה שפורצת בסן פרנסיסקו רעידת אדמה, מגנטו משתמש בכוחותיו כדי ליצב את מבני העיר ולהשקיט את עוצמת הרעידות. בכך הוא מונע נזק נוסף לעיר ומציל עשרות חפים מפשע. כתוצאה מכך, אזרחים מסוימים מחליטים לבוא לקראתו, אך עדיין כמה מהם נזכרים בעברו המרושע ועד כמה הוא מסוכן.
בריאה מחדש, אוונג'רס נגד אקס-מן.
לאחר ה בין סייקלופס לוולברין בשל חילוקי דעות אידאולוגיים, מגנטו עבר לצידו של סייקלופס, והצטרף לצוות ההכחדה שלו. כאשר שוחררו לתקשורת צילומים המראים את מגנטו כשהוא רוצח פעילים שונאי מוטאנטים, הוא הופתע מכך מאוד, היות שהוא היה עם סייקלופס בצידו השני של העולם. השניים נקראו לפגישה עם קפטן אמריקה ואיירון מן, שבה סייקלופס ערב לחפותו. התברר כי הפושע האמיתי היה ג'וזף, שחזר לחיים מהמישור האסטראלי, וביחד עם חברי אחוות המוטאנטים שימשו ככפילים לאקס-מן.
יחד עם פעיל שונא מוטאנטים בשם כריסטופר באך, ג'וזף היה מעוניין ללכלך את שמו הטוב של מגנטו ולהחדיר שוב פחד בעולם בשמו. בנוסף, הוא רצה להפוך את המוטאנטים לכוח מסוכן שיש לחשוש מפניו. ג'וזף לעג למגנטו משום שהצטרף לאקס-מן ולמעשה "התרכך", אך מגנטו הגן על עצמו באומרו כי הוא עושה מה שתמיד עשה - נלחם למען הישרדותו של הגזע המוטאנטי. מגנטו חשף מזימה להרוג תומכי אנושות בהפגנה נגד מוטאנטים, והצליח לעצור את המתקפה. הוא הרג את כפיליהם של האקס-מן וגם את כריסטופר באך.
עם בואו של כוח הפניקס לכדור הארץ, מגנטו מתחבר לצד האקס-מן במלחמתם נגד האוונג'רס, וזאת כדי לשמור על משיחת המוטאנטים הופ סאמרס. כאשר האוונג'רס פלשו לאי אוטופיה, הוא נלחם באיירון מן, אך הובס על ידו לאחר שדעתו הוסחה. בעוד איירון מן גורם לפיצולו של כוח הפניקס, חמשת חברי האקס-מן סייקלופס, אמה פרוסט, נאמור, קולוסוס ומג'יק הופכים לחמשת הפניקסים, שמטרתם לסיים את המלחמות הרבות ולהביא קץ לרעב וחולי בעולם. האוונג'רס ממשיכים ללחום בהם, מתוך אמונה כי חמשת הפניקסים יאבדו שליטה וכוחם יושחת. בשעה שחברי האוונג'רס מתגברים על נאמור, קולוסוס ומג'יק, מתברר כי כוחותיהם עוברים ליתר חברי הפניקסים - סייקלופס ואמה פרוסט. זו האחרונה משליטה שלטון רודני באי אוטופיה, ומגנטו מנסה לדבר עמה בהגיון, אך ללא הועיל. הוא קורא לפרופסור אקס לעזרה. בקרב הסופי נגד הפניקסים, סייקלופס שואב לתוכו את יתרת הכוחות, ומגנטו מאבד את ההכרה. סייקלופס הופך לפניקס האפל והורג את אקסבייר, אך הוא מובס כאשר הופ סאמרס ומכשפת השני, בתו של מגנטו, מפזרות את כוח הפניקס על פני העולם - בכך למעשה מפעילות מחדש את הגן המוטאנטי באנשים.
למרות נסיונותיו לעזור לאקס-מן, מגנטו וצוות ההכחדה מוצאים את עצמם נרדפים בידי רשויות החוק. כשסקוט סאמרס נכלא מרצון בשל פעולותיו כפניקס האפל, הוא מסרב להצעתו של מגנטו להבריח אותו מהכלא, אולם משנה את דעתו לאחר מכן. צוות ההכחדה משחרר אותו, וביחד הם פועלים לחפש אחר המוטאנטים החדשים בעולם שנכלאו בשל הפחד מכוחותיהם החדשים, לעזור להם לשלוט בכוחות אלו ולהצטרף למהפכה שלהם. בזמן שמגנטו וסייקלופס משחררים את אמה פרוסט מהשיירה בה היא מועברת לכלא, השניים מאבדים שליטה בכוחותיהם, ומגלים כי זוהי תופעת לוואי לחשיפתם לכוח הפניקס. הם מנסים לעזור למוטאנט חדש, כאשר חמשת חברי האקס-מן המקוריים מתעמתים מולם, לאחר שהובאו לזמן ההווה בידי חיה.
לאחרונה, מגנטו הגיע לבסיס סודי של סוכנות S.H.I.E.L.D ונכנע, כשהוא מתוודה בפני מריה היל כי בכוונתו לבגוד בסייקלופס משום שזה האחרון הרג את אקסבייר וגם משום שהוא אחראי לאיבוד השליטה בכוחותיו של מגנטו.
כוחות ויכולות.
מגנטו הוא אחד מהמוטאנטים החזקים ביותר ביקום של מארוול. הוא מנצל את כוחותיו העצומים ורחבי ההשפעה ביחד עם האינטלקט הגאוני שלו כדי לממש את תוכניותיו ולהתמודד עם יריבים רבים וחזקים, שלעיתים תוקפים אותו כקבוצה.
כנובע משמו, מגנטו יכול לשלוט בשדות מגנטיים ולעצב אותם לפי רצונו. הוא שואב כוח מהשדה המגנטי של כדור הארץ, שמגביר את כוחו ואת יכולותיו.