כאשר מונה הדוכס הגדול ניקולאי ניקולאייביץ' למשנה למלך במלכות המשנה של הקווקז, פעם נוספת הוא טען כי על הצי לשרת את כוחות היבשה וכי אין לו מעמד עצמאי מרכזי במערכה הכוללת של המלחמה. כאשר הדוכס הגדול דרש אספקה והעברת כוחות באופן רחב היקף מידי צי הים השחור, קולצ'ק סירב להעניק זאת, ובהתחשב בעובדה שניקולאי ניקולאייביץ' כבר לא היה בעמדת פיקוד מעל קולצ'ק, לא יכול היה לכפות את דרישתיו על הצי (קודם לכן שירת ניקולאי ניקולאייביץ' בסטאבקה ורחובנוגו גלבנוקומַנדובנייה הקיסרית, שהייתה למטה הפיקוד העליון). קולצ'ק הורה על מבצע הטלת מוקשים נרחב לחופיה הצפוניים של אסיה הקטנה (כיום חופי מחוז הים השחור, טורקיה), ובכך מנע כל פעילות ימית עות'מאנית בים השחור לחלוטין. בנוסף על כך הוטלו מוקשים אל מול ערי הנמל הבולגריות וארנה וזונגולדאק. קולצ'ק שמר על מערך ימי שכוח הגנה הכולל סיירות בעיקרו הגן על עורף המקשים במהלך המבצעים. כמו כן וידא קולצ'ק כי באופן קבוע יהיו אוניות מלחמה רוסיות במרחק של בין 80 ל-160 קילומטרים ממצרי הבוספורוס, שלשעריהם הוטלו כ-4,000 מוקשים אשר טרפו את הקלפים במערכה לטובתה של רוסיה.
באוקטובר ובנובמבר 1916 הוטבעו שתי צוללות של מעצמות המרכז בידי מוקשים שהוטלו בידי צי הים השחור הרוסי. אסון אחד בולט התרחש תחת משמרתו של קולצ'ק: הדרדנוט אימפרטריצה ​​מריה התפוצצה בנמל בסבסטופול ב-7 באוקטובר 1916. חקירה מדוקדקת לא הצליחה לקבוע אם הגורם לאסון היה תאונה או חבלה. כאשר הוטבעה אוניית הדגל שלו לא היה נוכח קולצ'ק על סיפונה ולאחר מכן התמוטט קולצ'ק מרוב לחץ שהוטל מעליו במסגרת מילוי תפקידו הפיקודי. לאחר הטבעתה של אוניית הדגל שלו נשלחו אליו מכתבי ניחומים וחיזוקים רבים, בהם גם מגורמים רמי דרג.
תכנון מבצע הבוספורוס.
מטה הצי קידם את תוכניותיו הראשוניות של ראש המטה הכללי הקיסרי, מיכאיל אלכסייב, עבור מבצע פלישה והשתלטות על הבוספורוס שיוביל להתמוטטותה של האימפריה העות'מאנית. תכנון המבצע בהמשך פותח בידי קולצ'ק שקרא לנחיתת חי"ר רוסי בצפון מצרי הבוספורוס מאוניות מלחמה מהים השחור וכיבוש מהיר של קונסטנטינופול בתמיכת החזית הרומנית והצי הבריטי המלכותי שיפעל דרך הים האגאי. שם הקוד של המבצע היה 'סובורוב', על שמו של הגנרליסימו הרוסי בן המאות ה-18 וה-19, אלכסנדר סובורוב. הצאר התלהב מהתוכנית לפי הנוסח שפותח בידי קול'צק, אך אלכסייב התנגד לה חריפות. אלכסייב העדיף להישען על תוכניתו המקורית, שקראה להעברה כמעט בלתי-אפשרית של חלק נרחב מהחיילים במערכה מול גרמניה במזרח אירופה עבור כיבוש הבוספורוס. למעשה, אלכסייב ציפה לניצחון מול גרמניה ואוסטרו-הונגריה עם מתקפה מיועדת על גליציה באביב-קיץ 1916 (הגנרל אלכסיי ברוסילוב אכן קידם בקיץ 1916 את מתקפת ברוסילוב הקרויה על שמו בגליציה, אך המתקפה, על אף הניצחון הזמני שהביאה עבור הצבא הרוסי בחזית המזרחית, לא הספיקה להטות את הכף לטובת מדינות ההסכמה בחזית).
מסוף 1916 קודמו הכנות ממושכות לקראת מתקפה על הבוספורוס נוסח מבצע 'סובורוב' שתכנן קולצ'ק; החל חקר מפורט של חופי המצרים והגאוגרפיה המקומית כמו גם הסדר חלוקת הכוחות העות'מאנים המוצבים באזור; אימונים מיוחדים של כוחות רגלים ומשחתות יחדיו בשיתוף פעולה; דיוויזיית נחתים מיוחדת הוקמה גם כן והוטלה תחת פיקודם של אלכסנדר אנדרייביץ' סבצ'ין ואלכסנדר איוואנוביץ' ורחובסקי, שהיו תחת פיקודו הישיר של קולצ'ק. ב-31 בדצמבר 1916, לקראת המבצע המיועד, הורה קולצ'ק על הקמת טייסת מיוחדת של חיל האוויר הרוסי הקיסרי עבור צי הים השחור. עוד באותו היום, קולצ'ק, בראש יחידה בת שלוש אוניות מלחמה ושני מטוסי תובלה, סקר את חופי האימפריה העות'מאנית לים השחור ובסוף הסיקור החליט לדחות הצעה להפצצת החוף.
ממהפכות 1917 ועד למלחמת האזרחים.
מהפכת פברואר ופיטורי הצאר.
במהלך התסיסה האזרחית הגואה ברוסיה שקדמה למהפכת פברואר 1917, היו מספר צירים של קושרים מהפכנים, לרבות גורמי אופוזיציה ליברלים, שניסו להסיט גורמים בהנהגה הצבאית לטובת מהפכה. במהלך אותה העת נפגש קולצ'ק באופן שכיח עם אחד הקושרים, מיכאיל ואסילייביץ' צ'לנקוב, במהלך אוגוסט 1916. במהלך סתיו אותה השנה נקרא קולצ'ק לדווח לראש המטה הקיסרי אלכסייב על המתרחש במערכה בים השחור. השניים דנו בשתי פגישות רשמיות, אך מעבר להן נפגשו מספר פעמים נוספות באופן לא רשמי, שם התדיינו, בין לבין, גם על המצב הפוליטי ברוסיה.
בפברואר 1917, קולצ'ק, על גבי שתי משחתות, הגיע לבתומי (גאורגיה המודרנית), כדי להתדיין על הליכי מסחר והאספקה דרך הנמל של העיר טריבזון עם הדוכס הגדול ניקולאי ניקולאייביץ'. בעת שהתדיינו השניים, הגיעה לאוזניהם הידיעה על מהפכה רפובליקנית בבירה, שהובילה להכרזת הקמתה של הרפובליקה הרוסית. הדיווח הגיע כטלגרם בהול לידיעת קולצ'ק מבסיס צי הים השחור על מרידה בבירה פטרוגרד (שמה של סנקט פטרבורג הוחלף עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה). קולצ'ק העביר את הידיעה לדוכס הגדול. במכתב לטימירבה ששלח קולצ'ק רשם על ההתנהלות לנוכח אירועי המהפכה:
ב-28 בפברואר עזב קולצ'ק את באתומי ושב לסבסטופול ב-1 במרץ. לנוכח העברת מידע מופרך בקווי התקשורת והלוגיסטיקה, קולצ'ק הורה על ניתוק קשרי הטלגרף בין חצי האי קרים לפטרוגרד כדי לא להוביל לתסיסה בקרב התושבים ובקרב החיילים שעלולה להיות מבוססת על "עובדות" שקריות. כל הדיווחים על המתרחש בבירה נועדו להפנייה ישירות לקולצ'ק. מנהיג מפלגת האוקטובריסטים, מיכאיל ולדימירוביץ' רודזיאנקו, הודיע על מעבר סמכויות השלטון מהצאר לידי הממשלה הזמנית של הרפובליקה ובהמשך הגיע הודעה מצידו של שר המלחמה, איוואן קונסטנטינוביץ' גריגורוביץ' על כך שהרשויות הרפובליקניות משיבות עם הזמן את השררה לרחובות הבירה. טלגרף מאלכסייב הודיע על כך שהמון מהפכני שטף את כל הבירה והאדמירל אלכסנדר רוסין דיווח על מרידות מקרב שורות חייליו.
בפגישת קצינים בכירים בראשותו של קול'צק הוחלט שלא לדווח על אירועי המהפכה לכלל החיילים המוצבים בסבסטופול ולכלל המלחים בצי הים השחור כדי להימנע מתסיסה בקרבם. קולצ'ק לצד זאת ביטל את חסימת הדיווחים אל חצי האי קרים אך וידא את סיווגם. חסימת קשר זאת הפכה לחסרת ערך כאשר יחידות המודיעין גילו בדיווחים הגרמנים התדיינות על המהפכה בפטרוגרד. קולצ'ק ציטט לפקודיו את המסר של רודזיאנקו על מעבר הסמכויות השלטוניות. במסגרת הצהרותיו לפקודיו לא הדגיש קולצ'ק תמיכה אישית למהפכנים ולמעשה אף סיים הצהרה מרכזית אחת בטון מלוכני מובהק:
ב-1 במרץ דן הגנרל ניקולאי רוזסקי מטעם הוועדה הזמנית עם הצאר כדי שיתפטר מתפקידו לפי דרישת הממשלה הזמנית הרפובליקנית. לאחר ויכוח שנמשך שעות הסכים הצאר להעברת סמכויותיו לידי הממשלה הזמנית שהרכבה הוסדר יום אחרי עם מינוי גאורגי לבוב לראש הממשלה. העברת הסמכויות של הצאר נתמכה, בין לבין, בידי הגנרל אלכסייב. ניקולאי התפטר ב-2 במרץ, והוריש את הקיסרות לידי אחיו, מיכאיל השני, קיסר רוסיה, שהתפטר גם ביום אחרי ובכך הוביל לביטול המוסד הקיסרי הרוסי. בערב 2 במרץ דיווח אלכסייב לקולצ'ק על התפטרותו של הצאר. הודעה דומה נשלחה מאלכסייב גם למפקד הצי הבלטי, האדמירל נפנין. בעוד נפנין הודיע לאלכסייב על תמיכתו בפיטוריו של הצאר, קולצ'ק נותר שותק. בצהריי 3 במרץ דרש קולצ'ק מהסטאבקה הבהרה מי המפקד העליון המכהן של הצבא ומה היא הסמכות השלטונית 'הלגיטימית' המכהנת נכון לאותה העת.
ב-11 במרץ שלח קולצ'ק טלגרף למשרד המלחמה בו שאל מה עליו לעשות עם כלל דגלי המלחמה שעליהם נכתב "עבור הצאר". קולצ'ק כל אותה העת סירב לחשוף את דעותיו הפוליטיות האישיות בעניין המלוכה. על אף מאמציו של קולצ'ק, לא ניתן היה לשמור על השררה לחלוטין בדרגות אנשיו. כאשר נודע למוצב הרגלים בסבסטופול על המהפכה בפטרוגרד, רבים מחייליו הפסיקו להיענות למפקדיהם, להצדיע ולמלא פקודות. כמו כן פרצו מחאות אזרחיות בעיר ומאבק פנימי בצוות האונייה 'יקטרינה הגדולה' שנסוב אודות האשמות מלחים בעלי שמות משפחה גרמנים בהיותם מרגלים עבור הקיסרות הגרמנית. קולצ'ק זעם על התנהלות המלחים, דיבר ללא משוא פנים וסירב באופן חד משמעי לפטר או להוריד מדרגותיהם קצינים ומלחים בעלי שמות משפחה גרמנים.
ב-4 במרץ נודע לכל על נפילתה של המונרכיה. בעוד הצי המשיך לבצע את משימותיו במסגרת המלחמה, פרצו מחאות של תושבי העיר סבסטופול. ב-5 במרץ סקר קולצ'ק את כל יחידות הרגלים בעיר מחשד למהפכנים בשורותיהם. בסיומה של הסקירה פרצו התפרעויות אזרחיות מחדש. מלחים מרדנים הצטרפו לפורעים האזרחיים, חסמו את שערי העיר ודרשו שקולצ'ק ישלח טלגרף רשמי המביע את תמיכת צי הים השחור בממשלה הזמנית. קולצ'ק הבטיח להיענות לדרישה ובטלגרף לראש הממשלה לבוב לא הזכיר את המהפכה או את ההתפרעויות בקרב אנשיו. קולצ'ק לא אהד את הממשלה הרפובליקנית, אך טען כי יתמוך בכל משמלה שהיא כל עוד תוכל להביא את רוסיה לניצחון נגד מעצמות המרכז במלחמה הגדולה. בדיווח לאלכסייב ולאדמירל רוסין מ-6 במרץ הודיע: