הרמב"ן ביקר בעיר בשנת 1267, בגיל 72, וייסד מחדש את היישוב היהודי בה. בבואו הוא מצא בה רק שתי משפחות יהודיות של זוג אחים אשר עסקו במלאכת הצביעה. בעקבות כך, במכתב לבנו, הוא כתב:
בראשית המאה ה-14 כתב רבי יצחק צרפתי שהתיישב בארץ "על יתרון מלכות ישמעאל". הוא קורא ליהודים לעלות לארץ. עקב כך, מספרם של היהודים בעיר גדל, נבנו עוד בתי כנסת והם התיישבו ברחוב מיוחד. אשתורי הפרחי (1280–1355) הגיע לירושלים, עקב חישוב קץ, והיה בה שנה אחת (בין 1313–1317). הפרחי כתב את ספרו כפתור ופרח כדי להכין את רבבות העולים למצפה להם בארץ. ב-1488 עלה לירושלים והשתקע בה רבי עובדיה מברטנורא, והחל משנה זו גברה עליית הספרדים והגיעה לשיאה אחרי 1492 - גירוש ספרד. בסוף המאה ה-15 היו בירושלים למעלה מ-200 משפחות יהודיות, שהתגוררו סמוך ל"גרעין" הרובע היהודי של ימינו.
התקופה העות'מאנית.
השלטון הממלוכי בארץ ישראל הסתיים בשנת 1516 עם כיבושה של הארץ בידי העות'מאנים, לאחר תבוסת הממלוכים בקרב מרג' דאבק. בסוף דצמבר 1516 נכנס הסולטאן סלים הראשון לירושלים ללא קרב, ותושביה קיבלו אותו בזרועות פתוחות. התקופה העות'מאנית הייתה תקופת השפל בתולדות העיר בה קפאה העיר על שמריה בדלות מנוולת עד שנסתיימה עם כיבושה בידי בריטניה בשנת 1917.
מאז תום התקופה הצלבנית כמעט קפאה ירושלים על שמריה, מבחינה אזרחית. אומנם הממלוכים בנו בתי מדרש רבים, והסולטאן העות'מאני סולימאן המפואר שיקם את החומה, אך עד לכיבוש המצרי ב-1831, היקף הבנייה בעיר היה קטן והתבטא בבנייה דתית בעיקר ובתחזוקה חלקית. השלטון היה של פחות מקומיים שהנהיגו משטר של ניצול ולא העניקו ביטחון ושירותים עירוניים נאותים לתושבי העיר. העות'מאנים העריכו את ירושלים מבחינה דתית-מוסלמית ומקומות הדת המשיכו לשרת מוקדי עלייה לרגל למוסלמים בדרכם לחג' או בחזרה ממנו. במסגרת זו שופצו מבנים רבים בעיר וניתנו מלגות לעולמא (חכמי הדת). כמו כן ניתנה הגנה להולכי הרגל בתוך העיר.
במהלך רוב שלטון האימפריה העות'מאנית על אזור ירושלים, מספר התושבים בעיר לא השתנה - בין 8,000 ל-10,000 נפש (בדומה לעכו ולעזה). במחצית הראשונה של המאה ה-19 שטח העיר בתוך החומות היה 850 דונם. העיר נחלקה לארבעה רבעים: מוסלמי, יהודי, נוצרי וארמני. סביב ירושלים נבנתה חומה בה היו ארבעה שערים מרכזיים לארבע רוחות השמיים. אשר היו בנויים עם תפנית של זווית ישרה למניעת פריצה של כרכרות וסוסים. השער הפעיל יותר היה שער יפו, שבסמוך לו שכן בית המכס. בנוסף היו בחומות חמישה שערים נוספים אשר היו סגורים להולכי רגל. השערים הראשיים היו נפתחים בבוקר ונסגרים עם רדת הלילה בשל החשש מבדואים. כמו כן הם היו סגורים גם בזמן תפילת יום השישי. מערך הרחובות נשמר עוד מהתקופה הרומאית וכלל שני רחובות עיקריים מאונכים זה לזה. הקארדו והדקומנוס (נחל צולב). אשר חצו את העיר משער אחד למשנהו. שאר הרחובות היו צרים ומתפתלים, מלוכלכים ומלאי הריסות. חלקם ללא מוצא וחלקם מתחת לקמרונות חשוכים. במרכז הרחובות היה משטח צר במפלס נמוך לניקוז הביוב. ישנם עדויות על זוהמה רבה ואפילו פגרי חיות בסמטאות. "ניקוי" הפגרים נעשה באמצעות צבועים ששוחררו בעיר בלילה.
היציאה מן החומות.
"היציאה מן החומות" הוא תהליך ההתפשטות האורבנית של מבנים, דרכים ושכונות מגורים בירושלים אל מחוץ לחומות העיר העתיקה. תהליך זה החל במחצית המאה ה-19, וזאת לאחר אלפי שנים שבהן גרו תושבי ירושלים בתחום החומות, ואף נעלו את שעריהן בלילה. התהליך היה כה אינטנסיבי, עד כי בתוך פחות מחמישים שנה הוטה מרכז הכובד העירוני בירושלים אל "העיר החדשה" שמחוץ לחומות.
מעצמות זרות וכנסיות שנדרשו לשטח למפעליהם המתוכננים בירושלים, החלו במחצית המאה ה-19 לגלות התעניינות ברכישת קרקעות בשטחים הסובבים את העיר - בעיקר ממערבה ומצפונה. בין אלה היה הנדבן היהודי-אנגלי משה מונטיפיורי, שבביקוריו בעיר הוטרד ממצוקת הדיור של יהודי ירושלים בין חומות העיר העתיקה, מהיעדרם של שרותי רווחה ובריאות הולמים, ומהיעדר אמצעי כלכלה שיאפשרו ליהודים להשתחרר מן התלות בנדבות לקיומם.
ל"משכנות שאננים", השכונה הראשונה שנבנתה מחוץ לחומות העיר-העתיקה, קדמו מספר מפעלים פרטיים שהוקמו בשנות החמישים של המאה ה-19. בין היתר הוקמו באותה עת בית הקיץ של הקונסול ג'יימס פין בטלביה ומפעלו בכרם אברהם, ביתו של יוהאן לודוויג שנלר בליפתא ובית הספר הפרוטסטנטי שהקים הבישוף סמואל גובאט על הר ציון. ב-1860, כמעט בו זמנית עם משכנות שאננים החלו בהקמת מגרש הרוסים ובית היתומים של שנלר. לאחר משכנות שאננים נבנו מחוץ לחומות העיר העתיקה גם השכונות נחלת שבעה, מאה שערים, מחנה ישראל, מחנה יהודה ואחרות.
הקהילה היהודית.
הקהילה היהודית התחלקה לשני זרמים מרכזיים. הספרדים אשר היוו את הרוב בעיר במשך רוב התקופה, ואשכנזים, שהגיעו במאה ה-19, והפכו לרוב בסופה. הרישום העות'מאני מצביע על מספרים נמוכים בהרבה של יהודים מהמשוער. ייתכן כי מרבית היהודים המהגרים העדיפו להיות רשומים כנתינים זרים בקונסוליות מאשר ברישום הטורקי. לכן ייתכן שהיהודים היו האוכלוסייה הגדולה בעיר במאה ה-19. היהודים היו מופלים לרעה, מצבם השתפר מעט לאחר סילוק הכיבוש המצרי עם קבלת חסות בריטית, ועם תרומת פטרונים כמשה מונטיפיורי לשיפור תנאי החיים העלובים בעיר. הרובע היהודי התגבש במקומו המוכר היום כבר במאה ה-15, מפני שהיה אז שטח ריק ומרוחק ממקומות מקודשים לנצרות ולאסלאם.
חלק מהיהודים עסקו במלאכה ובמסחר. סחר האריג לדוגמה, היה כמעט כולו בידי יהודים. מרביתם התקיימו בדוחק מכספי "החלוקה". היהודים נאלצו להיאבק עם הנטיות המיסיונריות של הנוצרים שניסו לדבר אל לב היהודים במתנות ומתן שירותים חיוניים כמו רפואה.
המנדט הבריטי.
ב-9 בדצמבר 1917, לאחר 400 שנות שלטון עות'מאני, נכנעה ירושלים בפני הצבא הבריטי. יומיים לאחר מכן ערך הגנרל אלנבי טקס לרגלי המצודה במגדל דוד, בו הכריז על העקרונות שינחו את השלטון הבריטי בארץ, ועל תוכניותיו בנוגע לעתיד ירושלים. בין היתר, הכריז אלנבי על נקיטת צעדים לשימור הסטטוס קוו בעיר, וכן על שמירת המקומות הקדושים לכל הדתות.
הכיבוש, שהסתיים עם כניעתה של ירושלים בפני הצבא הבריטי ללא קרב, ביטא בעיני הבריטים את הגשמת השאיפה לחידוש השליטה הנוצרית בירושלים שהסתיימה עם תבוסתם של הצלבנים ועזיבתם את ארץ ישראל למעלה משש מאות שנים קודם לכן (בשנת 1291).
למושל ירושלים מונה רונלד סטורס, אדם משכיל ורחב אופקים, שביקש לשים קץ להזנחה ולחוסר התכנון והאנרכיה, שאפיינו את ירושלים בתקופה העות'מאנית. זמן קצר לאחר כניסתו לתפקיד פרסם סטורס פקודות, צווים מנהליים ותקנות הנוגעים לבנייה בירושלים, דוגמת החובה לצפות בתים חדשים באבן.
ירושלים שלאחר מלחמת העולם הראשונה הייתה עיר נחשלת חסרת תשתיות ובה מתגוררים 53,000 תושבים מהם 31,000 יהודים, 12,000 נוצרים, והשאר מוסלמים. ופעל מיידית להביא את ירושלים אל סיפה של המאה ה-20 שבכל שאר העולם החלה 17 שנים קודם לכן. קביעתה של ירושלים כעיר הבירה ומרכז מנהלתי נעשה אך ורק משיקולים של קשר דתי - תרבותי והיסטורי של הבריטים לארץ ישראל, קשר שמקורו בתנ"ך ובברית החדשה - המקור לנצרות. תהליכים טבעיים של גאוגרפיה ופוליטיקה קבעו - מול ירושלים - מרכז פוליטי חברתי וכלכלי בתל אביב.
ביולי 1920 קיבל הממשל האזרחי הבריטי את סמכויות השלטון הצבאי. ראש ממשל המנדט נקרא הנציב העליון. סגנו וממלא מקומו של הנציב העליון כונה המזכיר הראשי של ממשלת המנדט ובתפעול השוטף היה אחראי על כל הפעילות האדמיניסטרטיבית השלטונית. הנציב העליון היה בא כוחו של המלך, ובכך מונה לעמוד בראש השלטון, הן הצבאי והן האזרחי. הממשל האזרחי פעל להנחת תשתיות המתאימות לעיר מודרנית, נבנתה מערכת אספקת מים מודרנית, מערכת אספקת חשמל ומערכת טלפונים ותקשורת. הבריטים ייסדו מערכת ממשל מודרנית ומערכת מנהל עירוני בדוגמה אירופאית ובה מחלקות מקצועיות שהופקדו על אחזקת העיר ופיתוחה. מערכת זו איפשרה התפתחות אורבנית שכללה שכונות גנים יהודיות, שכונות ערביות, הקמת טיילת החומות, נטיעת עצים ברחבי העיר, שימור מבנים היסטוריים שונים, הקמת מבנים ציבוריים כגון מוזיאונים, ספריות וגלריות, טיפוח שטחים פתוחים, שיקום השווקים העתיקים ופיתוח שווקים חדשים.
בתקופת המנדט התרחבו מאוד תחומי השפעתה ושטחי שלטונה של עיריית ירושלים, בעיר שהתרחבה מאוד ושהפכה למרכז השלטון של ארץ ישראל. עיריית ירושלים נאלצה להתמודד עם הפיכתה של העיר מיישוב לבנטיני מוזנח ונחשל לכרך סואן. בתקופה זו כבר התבסס מרכז הכובד של העיר בעיר החדשה שמחוץ לחומות, והונהגו תוכניות מוסדרות לבינויה ולהתפתחותה העתידית, בהשראה בריטית. הבריטים הנהיגו מערכת שלטון מקומי מוסדרת, שכללה מחלקות מקצועיות לטיפול בעניינים המוניציפליים השוטפים. כן נתנה העירייה את דעתה לסוגיות של שימור מורשתה ההיסטורית של העיר ומרכזיותה הרוחנית והדתית, תוך שילובן בהתפתחותה המודרנית.