לאחר מלחמת ששת הימים המשיך המופתי בקשריו עם המלך חוסיין. ב-16 בספטמבר 1967 כינס המלך בעמאן, לבקשת חאג' אמין, קונגרס אסלאמי עולמי, שדן ב"תוצאות התוקפנות הציונית". אל-חוסייני ישב בראשו ובנאומו הזהיר מכוונות ההתפשטות של ישראל לעבר ארצות ערב. הוא הדגיש את התנגדותו לתוכניות של שוקיירי וטען כי משמעותן "הקמת ישות רופפת בשם פלסטין" ו"ניתוק קשרי האחוה בין שתי הגדות". הוא הזהיר את הפלסטינים שבגדה המערבית וברצועת עזה, "שלא יפלו קורבן לפיתויי האויבים" ושימשיכו ב"עמידתם האיתנה" ("צומוד") נגד הכיבוש הישראלי. ב-18 בספטמבר עמד בראש כינוס דתי נוסף, הפעם בהשתתפות אנשי דת מוסלמים ונוצרים מארצות ערב, לנוכח "המעשים הברבריים והבלתי אנושיים שמבצעים הציונים על ידי חילול המקומות הקדושים". בשם הכינוס, הוא שלח מברקים למזכ"ל האו"ם, לאפיפיור ולאחרים וקרא להם לשחרר את המקומות הקדושים ולהחזירם "לידי חוסיין". אחרי התפטרות שוקיירי, ובמיוחד לאחר שערפאת הפך לראש הוועד הפועל של אש"ף בפברואר 1969, הרבה אל-חוסייני לבקר בעמאן.
בתקופה זו עדיין מומנו פעילויותיו של אל-חוסייני על ידי הסעודים. הוא ניסה להקים ארגון צבאי משלו, ובתחילת 1969 העלה בשיחות עם חוגים מוסלמים בירדן את הרעיון להקים ארגון בשם "אל-פתח אל-אסלאמי". אולם הארגון לא הפך לגורם משמעותי, ובטרם ביצע פעילות מזוינת כלשהי, הובס בקיץ 1969 בהתנגשות עם יחידת פת"ח, שהתקיפה את בסיסו במחנה הפליטים "אל וחדאת" ופירקה את אנשיו מנשקם. בתחילת 1969 אל-חוסייני גם ארגן מחדש את יחידות ג'יהאד אל מוקאדס, כחלק מהמאמץ לגבש כוח פלסטיני בחסות ירדן, אולם כעבור מספר חודשים שכנע ערפאת את הסעודים להפסיק לממן אותן, ואל-חוסייני נאלץ להגיע איתו להסכם על צירוף אנשיהן לפת"ח.
אל-חוסייני אף נמנע מלגנות את ירדן לאחר טבח ספטמבר השחור בשנת 1970. המזרחן צבי אל-פלג העריך שהמופתי קיווה להשתלב ואולי אף לעמוד בראש האוטונומיה שהועיד המלך חוסיין שתתקיים בשטחי יהודה והשומרון כאשר יחזרו לפי הערכתו, לשליטת ירדן.
ירידת קרנו ומותו 1969–1974.
בסוף שנות ה-60 כבר איבד אל-חוסייני את השפעתו הפוליטית, מה שהביא גם לפיחות במעמדו בזירה האיסלאמית. בוועידת הפסגה של ראשי המדינות המוסלמיות, שהתכנסה בספטמבר 1969 ברבאט, נכחה משלחת של אש"ף, אולם הוא עצמו כלל לא הוזמן אליה. ב-1972 פנה אמין אל-חוסייני, באמצעות עורך דין ישראלי, לממשלת ישראל, בבקשה להחזיר לו את ביתו שעל הר הצופים, אולם שר המשפטים, יעקב שמשון שפירא, השיב בתשובה לשאילתה בכנסת כי הבית לא יוחזר. בפברואר 1974 התכנסה ועידת פסגה שנייה של המדינות המוסלמיות בלאהור, פקיסטן, ואת הפלסטינים ייצג יאסר ערפאת. אמין אל-חוסייני הוזמן אליה והושב על ידו, אולם ללא מעמד רשמי כלשהו.
באותה שנה אמר: "אין כל מקום לדו־קיום של שלום עם אויבינו. הפתרון היחיד הוא חיסולו של הכיבוש הזר בפלסטין... והקמת מדינה לאומית פלסטינית על יסוד תושביה המוסלמים והנוצרים והיהודים שחיו כאן לפני הכיבוש הבריטי וצאצאיהם".
ב-2 ביולי 1974 לקה אמין אל-חוסייני בהתקף לב והועבר לבית החולים האמריקני בביירות, וב-4 ביולי מת. ראשי אש"ף, שזמן קצר לפני כן נמנעו מלהיפגש איתו, באו אל ביתו באל-מנצוריה שבביירות מיד כשנודע על מותו. בנו, צאלח, הגיע מספרד וקיבל את פני המנחמים. אל-חוסייני ביקש שגופתו תיקבר על הר הבית, אך ממשלת ישראל דחתה את בקשת המועצה המוסלמית העליונה לערוך לו הלוויה בירושלים. ב-7 ביולי נערכה לו הלוויה ממלכתית בביירות, וחרף הסכסוך המדיני הממושך, בראש מלוויו צעדו מנהיגי אש"ף ובראשם יאסר ערפאת. משפחת אל-חוסייני בירושלים קבעה שלושה ימי אבל וקיבלה את המנחמים בבתים פרטיים ובבתי מלון. נכבדי הגדה המערבית פרסמו מודעות אבל וזכרו הועלה בדרשות יום שישי במסגדים ברחבי הארץ. שנתיים לאחר מותו בזזו הפלנגות הנוצריות בלבנון את הווילה שלו וגנבו את מסמכיו ואת הארכיון שלו.
משפחתו.
לעיישה ואמין אל-חוסייני נולדו מספר ילדים. לא ברור מספר הבנות (בין שתיים לשש). שתיים מהן היו זיינב (נולדה ב-1924) וסועד (נולדה ב-1925). אחד מחתניו של אל-חוסייני נתמנה ב-1973 לשר התחבורה בממשלת ירדן. לאל-חוסייני היה בן אחד, צאלח (נולד ב-1930). בתחילת אוקטובר 1945 הוא הגיע ללמוד ב"אל-אזהר" בקהיר, כמו אביו. כשבגר, עבד במשרד החוץ של סעודיה, בין היתר כקונסול במוגדישו, סומליה. נכדתו של אל-חוסייני נישאה לעלי חסן סלאמה, מייסד ארגון ספטמבר השחור.
תדמיתו בקרב הפלסטינים.
בשל אחריותו החלקית לנכבה, לא נחשב אל-חוסייני לגיבור פלסטיני, למרות פעולותיו הרבות שתרמו ברבות הימים ליצירת התנועה הלאומית הפלסטינית. הוא הסביר את עצמו היטב בספרו, שיצא לאור בשנת 1954, "חקאאק ען קצ'יית פלסטין" ("עובדות על בעיית פלסטין"). בספרו טען כי החלטות המושב השלישי של הליגה הערבית, בעאליה בלבנון באוקטובר 1947, בו הוחלט על הכנות לפלישה לארץ ישראל, היו ראשית הבגידה של מדינות ערב בעניין הפלסטיני, ושכבר ב-1948 חשש שמטרת הפלישה הייתה להפקיע את החזקה המדינית על הארץ מידי הפלסטינים. כמו כן, רמז שממשלות ערב עודדו את הבריחה ההמונית של הפלסטינים, בכך שהעניקו לבורחים תעודות-מסע.
בספרו סותר אל-חוסייני את הטענות שהופנו נגדו על חלקו באי הכנת הפלסטינים למלחמה ואי הכנתם לעימות הגדול עם הציונים. אל-חוסייני טען כי אם מדינות ערב היו מספקות לפלסטינים נשק ותחמושת ככל שנדרש, והיו נותנות לפלסטינים להילחם כרצונם, הרי שהם היו מביסים את היהודים. הוא האשים בבגידה גם את עבדאללה מלך ירדן שהיה מושפע מקציני הלגיון הבריטי ועשה יד אחת עם הציונים לחלוקת פלסטין. הוא סתר את הטענה כי ניתן היה להסכים על תוכנית החלוקה, שכן לא ניתן להסכים ולו חלקית למשהו שאינו צודק כלל במהותו.
הוא טען כי הצבת הלגיון הערבי העבר הירדני במאחזים חיוניים באזור ההר ובשפלה הפנימית של ארץ ישראל, נועדה למנוע הקמת מדינה פלסטינית.
לדברי צבי אל-פלג, כמעט כל שריד של זכרו נעלם מהמודעות הפלסטינית והפלסטינים לא הציבו שום אתר לזכרו או ספרים המנציחים את מעשיו. פרופ' מאיר ליטבק מסביר כי מעמדו של אל-חוסייני בקרב הפלסטינים לא מזהיר היום: "הפת"ח והרשות לא מתלהבים ממנו ואין לו מקום בולט בזירה הציבורית, בעיקר משום שהם רואים בו אחראי מרכזי לתבוסה שלהם במלחמת העצמאות". ליטבק מוסיף: "האנציקלופדיה הפלסטינית, למשל מדלגת על השנים שבהן המופתי שהה בגרמניה בערך הכתוב עליו, חמאס וחוגים אסלאמיים נוקטים גישה שונה, הם משבחים את המופתי מאוד על עמדתו הבלתי מתפשרת במאבק שלו בציונות. משבחים אותו על שהבין את מרכזיות הדת במאבק בציונות ואת הצורך לרתום את האסלם למלחמה ביהודים, אין להם שום בעיה עם שהייתו בגרמניה הנאצית".
חוקר מדע המדינה הגרמני, מתיאס קונצל, טוען בספרו "ג'יהאד ושנאת היהודים" כי את ארגון הטרור אל-קאעידה, כמו גם קבוצות איסלמיסטיות אחרות, מנחה אידאולוגיה אנטישמית שאותה ייבאו מהנאצים דרך תפיסותיהם של אל-חוסייני ותנועת "האחים המוסלמים" המצרית.
ההיסטוריון האמריקני פיטר נוביק טען שהתיאור ההיסטוריוגרפי של אמין אל-חוסייני שנעשה לאחר מלחמת העולם השנייה, שיקף אינטרסים גאו-פוליטיים מורכבים. לטענתו, הטענות בדבר שיתוף פעולה פלסטיני ברצח היהודים בשואה היו במידה מסוימת אסטרטגיה של התגוננות כנגד התלונה הפלסטינית שאם ישראל פוצתה על השואה, אין זה צודק שהם ישלמו את המחיר על פשעי נוצרים באירופה. הטענה שהפלסטינים היו שותפים לפשע בשואה הייתה מבוססת בעיקרה על מעשי המופתי, אולם הטענות לאחר המלחמה שהיה לו חלק משמעותי בשואה, מעולם לא אומתו. עובדה זו לא מנעה מעורכי האנציקלופדיה של השואה מלהעניק לו ערך ארוך מאד: מכל הערכים הביוגרפיים באנציקלופדיה, רק הערך על היטלר והערך על אייכמן (כשהוא כולל את הערך-משנה על המשפט) ארוכים ממנו במעט.
באוקטובר 2015 התעורר דיון ציבורי בנוגע לחלקו של המופתי בשואה, בעקבות נאומו של בנימין נתניהו, שאמר שמלכתחילה היטלר לא תכנן להשמיד את היהודים, אלא רק לגרש אותם, אך המופתי בפגישתם אמר לו שאז יגיעו לארץ ישראל, ויעץ לו לשרוף אותם. דברי נתניהו עוררו ביקורת בישראל ובעולם, בנימוק שיש בהם שכתוב ההיסטוריה והסתה. לנוכח הביקורת הבהיר נתניהו שמטרתו הייתה להציג את תמיכתו של אל-חוסייני בהשמדת היהודים, ולא לטהר את היטלר. ב-30 באוקטובר פרסם הבהרה נוספת בעברית ובאנגלית בדף הפייסבוק הרשמי שלו, ובה הטיל אחריות מלאה על השואה על היטלר והנאצים, אך גם גינה את המופתי הפלסטיני על החלק שנטל בשואה ועל ההסתה האנטישמית שלו ושל ממשיכי דרכו.
מלכי-צדק
מַלְכִּי-צֶדֶק מלך שלם, היא ירושלים, כהן לאל עליון, הוא דמות מקראית. דמותו החידתית במקרא קנתה לו מעמד מיוחד בקרב חוגים שונים ביהדות בית שני, ומאוחר יותר, גם בנצרות. ככל הנראה, למלכי ירושלים היה שם שעבר בירושה בין מלכי העיר, וכך נקרא המלך בימי יהושע בן נון אדני צדק (), על שם האל הכנעני הראשי בעל שעל שמו נקרא גם כוכב צדק.
מלכי-צדק במקרא.
דמותו של מלכי-צדק מופיעה במקרא פעמיים: בספר בראשית בפרשת לך לך ובאחד ממזמורי תהילים.
בראשית.
בבראשית מסופר שמלכי-צדק קיבל את פניו של אברהם בלחם ויין ובירך אותו לאחר שניצח במלחמה את ארבעת מלכי המזרח והציל מהם את שבויי סדום והסביבה ואת לוט בן אחיו.