ב-12 ביולי 2006, תקפו פעילי ארגון הטרור חזבאללה שני כלי רכב צבאיים שסיירו על קו הגבול בין ישראל ללבנון באזור זרעית. שלושה חיילי צה"ל נהרגו בהתקפה, שלושה נפצעו קשה ושניים, רס"ל אודי גולדווסר וסמ"ר אלדד רגב, נחטפו. בעקבות האירוע יצאה מדינת ישראל למלחמת לבנון השנייה. כעבור כשנתיים, לאחר משא ומתן, סוכמה עסקה להחזרת החטופים בתמורה לחמישה אסירים לבנוניים (ובהם סמיר קונטאר) ו-199 גופות של מחבלים. בתאריך 16 ביולי 2008 בוצעה עסקת החילופים בין צה"ל והחזבאללה. חמ"ץ קיבל את האחריות הכוללת לאבטחת המבצע. החיל היה אחראי על תיאום המבצע מול משטרת ישראל. בשלב ההיערכות למבצע לא היה בידי צה"ל מידע ודאי לגבי מצב החטופים. למרות ההערכה, שלפיה השניים נהרגו כבר ביום החטיפה, הנחת העבודה הייתה שהחטופים בחיים. בשל חוסר הוודאות, נערכו לכל אפשרות ולכל תרחיש. האזור ממחנה "לימן" (שם הוחזקו האסירים הלבנוניים לקראת ההחלפה) ועד מעבר הגבול בראש הנקרה הוכרז כשטח צבאי סגור. בשעות הבוקר הגיע למעבר הגבול ב"נקורה" רכב חזבאללה וממנו הורדו שני ארונות קבורה שחורים. באותו רגע נודע גורלם של השניים באופן ודאי. הגופות הועברו לראש הנקרה, שם הן זוהו והוכנו לקבורה. בשלב זה לא הותר סיקור תקשורתי של האירוע מכל סוג שהוא ועל כן היה צורך בווידוא סטרילי של האזור. החיל הקצה כוחות לסגירת מעבר ראש הנקרה ומחנה "שרגא", שגם הוא הוגדר כשטח צבאי סגור. במחנה זה הוקמו נקודות למפגש ולהתייחדות של המשפחות עם גופות יקיריהם. יום לאחר ביצוע העסקה הובאו החטופים לקבורה ורבבות אנשים לקחו חלק בלוויות. ניידות מ"צ ליוו מלפנים ומאחור את הנ"נים ובהם ארונות הקבורה בנסיעה מראש הנקרה למחנה "שרגא". בהמשך, ליוו הניידות את מסעות הלוויה ממחנה "שרגא" לבתי העלמין. מדובר היה באירוע לאומי רגיש. החיל נדרש ל"אפס תקלות" ועמד במשימה בכבוד.
הכשרה.
ההכשרה בחיל מתבצעת בבית-הספר למשטרה צבאית (בה"ד 13). בתחילה שכן הבה"ד בשייח מוניס, בהמשך הוא עבר לצריפין והיה חלק מבה"ד 11. ב-1969 עבר בה"ד 13, לבסיס קדום, שבשומרון ליד קדומים. בשנת 1995 עבר למחנה בית-ליד ע"ש מוטה גור ליד צומת השרון שליד נתניה, ובמאי 2015 עבר למיקומו הנוכחי בקריית ההדרכה על שם האלוף אריאל שרון בדרום, והוא הבה"ד הראשון שהחל לפעול שם. הבה"ד מרכז תחתיו הן את ההכשרה הבסיסית (טירונות, קורסים בסיסיים), הן את הכשרות המתקדמות בחיל והן את הכשרות המפקדים (קורס מ"כים, קורס סמלים, השלמה חילית לקצונה, קורס מ"פים וקורס קמ"ץ בכיר).
רוב חיילי המשטרה הצבאית עוברים טירונות ברמת רובאי 02 (שאורכה שישה שבועות), אך המיועדים לתפקיד לוחמי המעברים, עוברים טירונות ברמת רובאי 03. בסוף הטירונות החיילים נשבעים אמונים לצה"ל ברחבת הטקסים בעיר הבה"דים ולאחר מכן ממשיכים לאימון מתקדם.
מיד לאחר הטירונות ממוינים החיילים לקורסים שונים שנערכים גם הם בבה"ד.
מערכים ותפקידים.
בחיל מגוון מערכים ותפקידים:
מערך השיטור.
שיטור ותעבורה - מערך השיטור כולל את היחידות בפיקודים המרחביים, את היחידה המרכזית לפיקוח תעבורה ואת יחידת מ"צ מטכ"ל. המערך עוסק באכיפת החוק והסדר בצבא בתחומי: משמעת, משמעת רכב, תעבורה, עריקים ומשתמטים. במ"צ מטכ"ל עוסקים בעיקר בבידוק כלי-הרכב המבקשים להיכנס לבסיס רבין (מחנה הקריה). בתחום לכידת העריקים מופעלים בלשים ומש"קי הערכה שתפקידם להביא לאיתורם ולמעצרם של העריקים והמשתמטים. הבלשים נעים בלבוש אזרחי ולעיתים הם אף עוטים "תחפושות" שונות. ביום ממוצע ניתנים 34 דו"חות משמעת ובחודש ממוצע מתמודדים עם 68 תאונות דרכים של כלי רכב צבאיים.
נוכח איום ארגוני הטרור לחטוף חיילים, מבצעת המשטרה הצבאית מבצעי "חטיפות דמה" - הם מסיירים במכוניות אזרחיות ובלבוש אזרחי ומציעים טרמפים לחיילים. אלו שנענים להצעה ועולים לרכב, מקבלים דו"ח, ונשפטים בפני תת-אלוף. זה התחום שבו המ"צ הכי ידוע לכלל חיילי צה"ל, ומרתיע אותם מלעלות על טרמפים.
מערך החקירות (מצ"ח).
מצ"ח אמונה על חקירת חיילים החשודים בביצוע עבירה. היחידה מטפלת במגוון רחב של אירועים המעלים חשד לפלילים, כגון: עבירות סמים, עבירות רכוש, מרמה וזיוף, עבירות גוף (אלימות וכדומה), מוות שאינו בפעילות מבצעית, תאונות דרכים, תאונות אימונים, עבירות מחשב ועוד. היחידה מחולקת ליחידות משנה במקביל לשלושת הפיקודים המרחביים. בכל פיקוד פועלים מספר בסיסים: חקירות פליליות, בסיס המתמחה בחקירת תאונות דרכים ויחידה מרכזית (ימ"ר) האמונה על התיקים הפליליים המורכבים יותר. במקרים הפליליים הרגישים והחמורים ביותר (סחר בסמים, הברחות סמים מגבולות המדינה, סחר באמצעי לחימה וכדומה) תטפל היחידה המרכזית לחקירות מיוחדות (הימל"ם). היחידה הארצית לחקירות הונאה (יאח"ה) מטפלת בפרשיות כגון: גנבת דלק, קבלת שוחד, הטיית מכרזים וכולי. במצ"ח משרתים חוקרים, רכזי מודיעין, בלשים ומש"קי הערכה. ביחידה נעשה שימוש באמצעים טכנולוגיים מתקדמים. ביום ממוצע נפתחים 12 תיקים פליליים.
מערך הכליאה.
במערך הכליאה משרתים שוטרים צבאיים בתפקיד מפקד/ת כלואים. המערך כולל את נווה צדק (כלא עשר), תאי מעצר יחידתיים ומתקני השהייה לעצירים ביטחוניים באיו"ש. עד שנת 2021 כלל המערך גם את בסיס הכליאה (בס"כ) 394 (כלא ארבע - צריפין), בסיס הכליאה 396 (כלא שש - עתלית) שנסגרו עם פתיחת נווה צדק (כלא עשר). בבסיסי הכליאה מוחזקים במשמורת חוקית אסירים אשר נשפטו בבתי הדין, חבושים אשר נשפטו בדין-משמעתי ועצורים הממתינים למשפטם. מדריכי הכלואים עוסקים בפיקוד על חיילים אלו במטרה להחזירם לשירות תקין בצה"ל. בבס"כים פועלים גם גורמי חזרה לשירות תקין (גחל"ת), אשר כולל מש"קיות ת"ש, הוראה, חינוך ובעיקר מאבחנות שנפגשות עם כלואים מסוימים העונים לקריטריונים במטרה לאתר את הגורמים שהובילו אותם לביצוע העבירות ולהמליץ בנוגע להמשך שירותו של החייל בצבא. עד 2006 היה החיל אחראי גם להחזקתם של אלפי עצורים ביטחוניים. בשנת 2006 הועבר אחרון מתקני הכליאה (מת"כים) לידי שירות בתי הסוהר. תחת הימל"ת, פועלת פלוגה עצמאית (פלוגת הליוויים) שאחראית להעביר עצורים לבתי דין, בין בס"כים, פינויים לבתי חולים, מקומות אזרחיים כגון- הפניות, בתי דין אזרחיים, ולקיחת עצורים לפני משפט ממעצרים בכל חלקי הארץ לבס"כ.
מערך המעברים.
במערך המעברים משרתים שוטרים צבאיים בתפקיד לוחמי מעברים (לו"מ) (מאבחנים ביטחוניים (מא"ב) בעבר). בשנת 2004 הוחלט בצה"ל להטיל על המשטרה הצבאית את האחריות על הבידוק במעברי קו התפר. לשם כך הוקמו שני גדודים - גדוד ארז, וגדוד תעוז, אשר מטרתם היא למנוע כניסת פעילות חבלנית עוינת, הברחת אמצעי לחימה, סיכול פיגועים, מניעת הסתננות ומניעת סיוע לארגוני טרור המנסים להפר את מרקם החיים התקין בשטחי מדינת ישראל.
לגדודי המעברים הישגים מבצעיים רבים. כך למשל, בשנת 2013 פעילות גדודי המעברים בגדה כללה 14,911 פעולות לתפיסת מחבלים, אמל"ח, שב"חים, דרושי חקירת שב"כ ומבוקשים.
החל משנת 2012, שוטר צבאי המשרת בתפקיד הלו"ם מקבל תעודת לוחם לאחר 20 חודשי שירות. החל משנת 2017, עם כניסתה לתוקף של הרפורמה בסטטוס הלוחם של הרמטכ"ל אייזנקוט, נחשבים הלו"מים ללוחמים.
גדוד תעוז.
גדוד תעוז אחראי על הבידוק במעברים רבים באזור יהודה ושומרון, בהם: רנתיס, מכבים, בקעות ועוד. הוא מחולק ל-4 פלוגות: איתן, סחלב-חליף, הכתר ולהב.
גדוד ארז.
גדוד ארז היה אחראי בעבר בעיקר על מעבר ארז שבצפון רצועת עזה. הגדוד הוקם בשנת 1995 כחלק ממימוש הסכמי אוסלו. בעבר, הגדוד היה שייך לאוגדת עזה בפיקוד הדרום ופעל בשיתוף פעולה עם חיל המשטרה הצבאית.
בעשור הראשון של המאה ה-21, הגדוד שייך לחמ"ץ ואחראי על המעברים המרכזיים בעוטף ירושלים ובהם קלנדיה, ביתוניא, אל ג'יב, עופר, רחל, חיזמא, הזיתים, א-זעיים, סוואחרה, שיח סעד, מזמוריה, שועפט, מנהרות (דרכי האבות) ובית"ר. הוא מחולק לארבע פלוגות: א', ב', ג' ופלוגת המפקדה.
יחידות.
יחידות המשטרה הצבאית מחולקות בהתאם לפיקודים המרחביים: צפון, מרכז ודרום. בכל פיקוד קיימת י"פ חמ"ץ (יחידה פיקודית חיל המשטרה הצבאית) ובסיסי משטרה צבאית ומצ"ח.
בסיסי השיטור כפופים מקצועית למפקדת קצין המשטרה הצבאית הראשי (מקמצ"ר במחנה דורי) ופיקודית לאלוף הפיקוד הרלוונטי. בסיסי מצ"ח כפופים ישירות למקמצ"ר הן מקצועית והן פיקודית.
פיקוד המרכז.
כמו כן, י"פ חמ"צ 391 אחראית על פלוגת הליווים במג"ב (למתקני ההשהייה).
יחידות נוספות.
יחידות אלה כפופות ישירות מקצועית ופיקודית למפקדת קצין המשטרה הצבאית הראשי:
בסיסי כליאה צבאיים.
בראשית ימי צה"ל היה למשטרה הצבאית בסיס כליאה מרכזי אחד: בסיס הכליאה 394 (כלא ארבע) בצריפין. נוסף אליו התקיימו בתי מעצר פיקודיים. במהלך שנות ה-50 הוקם כלא 400 לנשים ששוכן בתחילת דרכו במבנה המשטרה הבריטית ליד נהלל וכן הוקם בסיס הכליאה 396 (כלא שש). בשנות ה-70 נפתח כלא מגידו עבור כלואים לתקופות ארוכות. בשנות ה-80 הוסב בית סוהר מגידו לכליאת אסירים ביטחוניים וחיילים השפוטים לעונשי מאסר נשלחו אליו לביצוע תפקידי שמירה לא חמושה ועבודות אחזקה. לימים כלא 400 הפך לפלוגה בתוך כלא 4. בהמשך הוקמה פלוגת כליאה נוספת לנשים בכלא 6 - פלוגה 600.
בשנת 2021, לאחר שנים בהן פעלו מתקני הכליאה כלא 4 ו-6, נסגרו ואוחדו למתקן כליאה אחד - כלא 10 הממוקם בנווה צדק, המהווה בסיס הכליאה המרכזי והיחידי של כלואי צה"ל ומכיל בתוכו פלוגת נשים. הוקמה גם קרייה משפטית הצמודה לבסיס הכליאה.
משטרה צבאית בחירום.