על פי המקרא ממלכת יהודה נוסדה בעקבות פילוגה של ממלכת ישראל המאוחדת, עם מותו של שלמה המלך ועליית בנו רחבעם למלכות, בשנת 928 לפנה"ס לערך. לפי המסופר, הפילוג התרחש בשכם בעקבות סירוב המלך רחבעם להקל את נטל המיסים. כתוצאה מכך מרדו ברחבעם כל שבטי הממלכה למעט שבט יהודה ושבט בנימין אשר נותרו נאמנים לבית דוד. ירושלים הפכה לבירתה של הממלכה החדשה, שנקראה "ממלכת יהודה". בניגוד לממלכת ישראל שם התחלפו מספר שושלות מלכים, ביהודה שלט בית דוד רוב הזמן למעט זמן מלכותה של עתליה המלכה (842 עד 836 לפנה"ס).
במשך שישים השנים שלאחר הפילוג עוד ניסו מלכי יהודה להשליט עצמם מחדש על הממלכה של עשרת השבטים הנותרים, כך שהתקיים מצב של לוחמה מתמשכת בין שתי הממלכות. במשך 80 השנים הבאות לא הייתה מלחמה ביניהן. ברוב הזמן הן היו בנות ברית ידידותיות, ושיתפו פעולה נגד אויביהן המשותפים, בעיקר נגד דמשק, במשך 150 שנה.
לפי הארכאולוגיה המקראית.
תהליך היווסדותה של ממלכת יהודה כרוך במחלוקת לגבי שאלת קיומה של הממלכה המאוחדת. עד לשנות התשעים מקובל היה בקרב רוב החוקרים התיאור המקראי לראשית ההתנחלות הישראלית ולקיומה של ממלכת ישראל המאוחדת, שממנה התפצלה ממלכת יהודה. משום כך, טען בנימין מזר שהמעבר בין השלב הראשון של תקופת הברזל, תקופת הברזל 1, המאופיינת ביישובים כפריים קטנים ותרבות חומרית דלה, לשלב השני, תקופת הברזל 2א', בה התפתחו העיור והתרבות החומרית, חל בסביבות שנת 1000 לפני הספירה - שנים ספורות לאחר עליית דוד לשלטון, לפי הכרונולוגיה המקראית.
החל משנות ה-90, בעקבות נגישות למידע ארכאולוגי חדש, ארכאולוגים שונים החלו הטילו ספק בקיומה. טקסטים עתיקים שנמצאו מתייחסים בנפרד לממלכת ישראל וממלכת יהודה, ומכנים את ממלכת יהודה העתיקה בשם "בית דוד". על פי הממצאים הארכאולוגיים, כמות התושבים שהייתה באזור ממלכת יהודה לפני היווסדה נעה בין מאות לאלפי אנשים, ועל פי רוב הארכאולוגים, הממצאים אינם מעידים, למשל, על מערכת ביורוקרטית מתקדמת המאפיינת ממלכה מסודרת, ומכך עולה תמונה אפשרית שמלכות דוד המוקדמת הייתה קטנה ומקומית, וייתכן שאפילו הייתה בפועל ממלכת חסות של ממלכת ישראל. בשנת 1996 הציע ישראל פינקלשטיין את 'הכרונולוגיה הנמוכה', לפיה המעבר בין שלביה של תקופת הברזל אירע לאחר מסע שישק לארץ בשנת 925 לפנה"ס לערך (מל"א י"ד 25), לאחר התקופה בה לפי המקרא התקיימה הממלכה המאוחדת. אסכולות שונות במחקר מעריכות שממלכת יהודה נוסדה - בדומה לממלכות נוספות באזור כמו מואב ואדום - כמה עשרות שנים לאחר התפתחותן של ממלכות צפוניות יותר, ביניהן ממלכת ישראל.
על פי הערכות כלכליות של החוקרים, שטח הליבה של יהודה כולל את אזור ההר והמדבר החל מדרום הר חברון מדרום, ועד מעט צפונית לירושלים - אזור המאפשר גידולים של זיתים, ענבים ומעט דגנים, אך לא כולל דרכי סחר או משאבי טבע נדירים שיאפשרו התעשרות ועוצמה כלכלית ומדינית, אלא חיים דלים יחסית מבחינת האמצעים העומדים לרשות תושבי המקום. לפיכך נוצרת התמונה לפיה ממלכת יהודה יכלה להתחזק מבחינת עושרה ומעמדה המדיני רק לאחר שהשתלטה על שטחי השפלה ועין גדי, דבר אשר קורה רק בשלב מאוחר יותר. הכרונולוגיה הנמוכה לא התקבלה, בפרט בתחילה, על ידי רוב החוקרים, בעיקר משום משמעותה - שכבות היישוב המפוארות של ארץ-ישראל נותקו משלמה ותוארכו כ-80 שנה לאחר מכן, לימי בית-עמרי בישראל. כפתרון פשרה אפשרי למחלוקת, הרצוג וזינגר-אביץ הציעו על בסיס ניתוח כלי החרס של התקופות השונות למקם את המעבר בין שלביה של תקופת הברזל לאמצע המאה העשירית לפסה"נ, ובהתאמה להצעה זו הוצעה 'הכרונולוגיה המעודכנת' בידי עמיחי מזר, לפיה אירע המעבר בשליש הראשון של אותה המאה.
בדיקות תיארוך פחמן-14, היכולות לתארך שכבות ארכאולוגיות לפי בדיקות כימיות, תמכו בכרונולוגיה הנמוכה. ואולם סער גנור, יחד עם יוסי גרפינקל, פרסמו בדיקת פחמן 14 שסותרת את שיטתו של פינקלשטיין, ותומכת בתיארוך המסורתי.
הדיון אודות הממלכה המאוחדת ממשיך להתקיים גם עתה. יש שמכירים בקיומה של ישות מדינית שמושבה בירושלים, אבל טוענים שהממלכה המאוחדת לא הייתה גדולה או בעלת השפעה, וכי את המהפכה העירונית/תרבותית יש לייחס רק לימי הממלכה המפולגת. בספרו ראשית ישראל טען פינקלשטיין כי אין ראיות ארכאולוגיות לקיומה של הממלכה המאוחדת. לדבריו, הממלכה הראשונה שנוסדה היא ממלכת ישראל הצפונית, ורק לאחר חורבנה של זו הופכת ממלכת יהודה למשמעותית באזור. פינקלשטיין כתב שירושלים הייתה בתקופה המיוחסת לדוד ושלמה כפר עני קטן, ולא בירה של ממלכה עשירה. ואולם יש המערערים על מסקנותיו, וטוענים שהעדר ממצאים ניתן לתלות בגורמים שונים ואיננו מהווה ראיה, ובפרט בנוגע לדוד ושלמה, שהמקום הטבעי לממצאים מתקופתם הוא באתר בעייתי, עיר דוד, עליו פעלו כוחות סחף חזקים והיה חשוף לתהליכי חציבה, בנייה והרס במשך אלפי שנים - תהליכים שמחקו שרידים ועקבות של תקופות קדומות. ד"ר אילת מזר רואה בממצאים החדשים (ארמון המיוחס לדוד שנתגלה ב-2005 וחומות ירושלים המיוחסות לשלמה שנתגלו ב-2010), ערעור על טענת פינקלשטיין לחוסר ממצאים. אמנון בן-תור הסתמך על שלושת השערים הזהים באופן בנייתם שנמצאו בתל חצור (הגלילית), בגזר (בשפלת יהודה) ובמגידו (בצפון השומרון) כאסמכתא לכתוב במקרא (מלכים א ט' ט"ו) ששלמה בנה "את חצור ואת מגידו ואת גזר", כלומר שלט על שטח ניכר מארץ ישראל. בן-תור תיארך את השערים לפי בחינה ישירה של הרצף הסטרטיגרפי באתר והגיע למסקנה שיש לתארך את השער בחצור למאה העשירית, תוך הפרכה של התיארוך המאוחר של פינקלשטיין.
לדברי גרפינקל, גם הממצאים שנחשפו במבצר האלה מספקים הוכחה קדומה לקיומה של ממלכה ביהודה ולקיומו של מלך חזק וממשל ריכוזי בירושלים בתקופת דוד המלך.
התרחבות הממלכה.
שינוי גדול מתרחש בשנים 845-841 לפני הספירה באזור הלבנט בכלל, וכתוצאה מכך בממלכת יהודה בפרט. בעקבות שינויים פנימיים בממלכת ארם דמשק, מתפרקת ברית מקומית שהובילו ישראל ודמשק, ופורצות סדרה של מלחמות אזוריות, בהן מובסים צבאות יהודה וישראל, וכתוצאה מהן נחלשת משמעותית ממלכת ישראל, ומתמוטטת ממלכת גת הפלשתית, שהעיר גת שבמרכזה הייתה דומיננטית ביותר באזור שממערב ליהודה עד לאותה עת.
ממלכת יהודה נכנעת לארמים, ובהמשך מנצלת את היחלשות שכנותיה ומרחיבה את גבולותיה מערבה ודרומה, ומרחיבה את השפעתו התרבותית של אזור ירושלים. התפתחויות אלו, המתוארות במקרא וכן בכתובות אשוריות, מקבלות חיזוק גם מהממצאים הארכאולוגיים. הממצאים הארכאולוגיים שנמצאו מתקופה זו מצביעים גם על קפיצת מדרגה בהתפתחותה של יהודה מבחינה מנהלתית וכלכלית, ומראים התפתחות חסרת תקדים של פקידות, מערכת מנהל, עושר, מותרות ומעמד אליטה, וכן מתחדדים ההבדלים בין הממצאים של ממלכת יהודה לעומת אלו של ממלכות שכנות כמו מואב או אדום. הבדלים אלו באים לידי ביטוי בשינויי כתב למשל, ולפי חלק מהחוקרים גם בתחילת בנייתו של נראטיב היסטורי ייחודי שמטרתו להבדיל את יהודה מהממלכות האחרות באזור.
לאחר חורבנה של ממלכת ישראל בשנת 722 לפנה"ס בידי האשורים היגרו חלק מתושביה לממלכת יהודה ונטמעו בה. לאחר היחלשות אשור השתלטה יהודה על שטחים נרחבים מצפון, שהשתייכו בעבר לממלכת ישראל, מגמה שהסתיימה עם התחזקות כוחו של סרגון השני מלך אשור שבימיו חזרה ממלכת יהודה להשתעבד לאשור.
יהודה הווסאלית.
בשנת 705 לפנה"ס נפל סרגון השני בקרב מול שבטי הקימריים, דבר שעורר את כלל הממלכות המשועבדות לאשור למרוד בה ובהן גם ממלכת יהודה תחת המלך חזקיהו. העמים שמרדו בסרגון השני עשו זאת משתי סיבות עיקריות: א. הם ראו באשור עונש (שוט ובעברית מקראית: "שבט") בו מענישים האלים את העמים הסוררים כפי שניתן למצוא בספר ישעיהו למשל: "הוי אשור, שבט אפי". מותו של סרגון סימן בעיני רבים סימן אלוהי להפסקת עונש השעבוד לאימפריה האשורית ולמאיסת האלים בה. ב. מבחינה פוליטית מותו של מלך בשדה הקרב מעורר כאוס, זאת משום שלא מונה יורש עצר באופן מסודר ונפתחה מלחמת ירושה בין האחים הטוענים לכתר, מה שהחליש את אשור ואת אחיזתה בממלכות המשועבדות לה. בסופו של דבר תפס סנחריב, אחד מבניו של סרגון השני, את השלטון ובשנת 701 לפנה"ס יצא למסע עונשין נגד ממלכת יהודה. המלך חזקיהו שילם מס כבד לסנחריב לא לפני שהשאיר את ממלכת יהודה חרבה, כבש את העיר השנייה בגודלה, לכיש, והגלה את תושביה. ברם, לא עלה בידו של סנחריב להכניע את ירושלים או לשבות את המלך המורד חזקיהו.
בסוף המאה ה-7 לפנה"ס האימפריה האשורית החלה בתהליך התמוטטות, ולתקופת ביניים קצרה לא הייתה יהודה כפופה למרותה של אימפריה חיצונית. תקופת ביניים זו היא הרקע לרפורמות של יאשיהו, שמלך על יהודה באותה התקופה. רפורמה זו סימנה שינוי דרמטי מבחינה אידאולוגית ותאולוגית, והתמקדה באופן מעשי בעקירת פולחן האלילים, וריכוז הפולחן לה' בירושלים תוך הריסת מקומות הפולחן ברחבי הארץ. על פי השערת התעודות, עוד קודם לכן החלה להתגבש כחלק מהאליטה של יהודה קבוצה אידאולוגית אשר מזוהה עם "האסכולה הדויטרונומיסטית", וחוקרי מקרא רבים מקשרים את תקופה זו לתחילת כתיבתו של ספר דברים.
תקופת ביניים זו נמשכה שנים ספורות בלבד, ולאחריהן נשלטה יהודה באופן זמני וחלקי על ידי מצרים, עד שהובס הצבא המצרי בידי נבוכדנצר השני שהומלך למלך בבל, והשלים את השתלטות הבבלים על השטחים שהיו שייכים בעבר לאשורים, ביניהם ממלכת יהודה.
נפילתה הסופית של ממלכת יהודה הייתה בחורבן בית המקדש הראשון (586 לפנה"ס) על ידי נבוזראדן, מי שהיה מפקד שומרי הראש של נבוכדנצר השני.
מלך יהודה האחרון היה צדקיהו.