את המידע על מיקומו של אייכמן ייחס ויזנטל לברון אוסטרי, עמית לתחביבו, איסוף בולים, שהראה לו מעטפות נושאות בולים מארגנטינה וסיפר לו שאחת מהן מכילה מכתב מחבר ארגנטינאי שמדווח על הימצאות אייכמן בבואנוס איירס. שנים מאוחר יותר, לאחר מותו של גולדמן, הכחיש הקונגרס הציוני העולמי שמידע שכזה הועבר אי פעם. לאחרונה התאפשרה הגישה לארכיונו של נחום גולדמן בארכיון הציוני המרכזי בירושלים, ושם נמצא מכתבו של ויזנטל משנת 1954 ובו הדיווח על מגוריו של אייכמן בבואנוס איירס, ארגנטינה. וכך מתיישבת גרסתו של איסר הראל, ראש המוסד, לפיה לא היה ויזנטל מעורב באיתורו של אייכמן לקראת לכידתו ב-1960, עם גרסתו של ויזנטל.
קרל סילברבאואר.
לאחר ששאב עידוד ממשפט אייכמן חזר וייסד את ארגונו, "המרכז לתיעוד של אגודת הקורבנות היהודים של המשטר הנאצי", (Dokumentationszentrums des Bundes jüdischer Verfolgter des Nazi Regimes) הפעם בווינה, שעסק באיתור פושעי מלחמה נאצים. הוא התפרסם במיוחד עם גילויו ומעצרו של קרל זילברבאואר (Silberbauer), קצין הגסטפו שעצר את אנה פרנק ומשפחתה, ובכך הזם טענות של מכחישי שואה כי יומנה של אנה פרנק הוא שקרי.
זילברבאואר מעולם לא טרח להתחבא למרות עברו הנאצי ואף על פי שהיומן של אנה פרנק, שבו הופיע שמו בשיבוש קל, הפך לרב מכר. הוא המשיך לגור עד לתפיסתו בפרוורי וינה והודה בחקירתו כי הוא זה שעצר את פרנק ומשפחתה. אוטו פרנק העיד לטובתו, והוא לא הורשע כפושע מלחמה.
פרנץ שטנגל.
פרנץ שטנגל – מפקד מחנות ההשמדה טרבלינקה וסוביבור ומפקד הניסיונות הראשונים ב-"טיהור הגזע" בטירת הרטהיים ליד לינץ, שהועמד לדין בגרמניה ונידון למאסר עולם. הוא התחבא בברזיל. את המידע על זהותו הבדויה של שטנגל ועל מקום מגוריו החדש קנה ויזנטל מאדם שהתייצב במשרדו, לאחר שוויזנטל ערך מסיבת עיתונאים בתא הגזים לשעבר שבטירת הרטהיים וביקש מהציבור מידע על שטנגל. אי-שחרורו ממעצר בברזיל דרש את התערבותו של התובע הכללי של ארצות הברית, רוברט קנדי. שטנגל היה אחראי על מותם של בין 400,000 לבין 700,000 יהודים ומת מאוטם בשריר הלב, מספר חודשים לאחר תחילת מאסרו.
יוזף מנגלה.
אף על פי שהמידע שוויזנטל סיפק נמצא מועיל בסיוע בתפיסתם של פושעי מלחמה נאצים רבים, המידע שסיפק על מקום הימצאו של יוזף מנגלה התברר כשגוי. מידע זה הוביל את המחפשים אחרי מנגלה לפרגוואי במקום לברזיל, שם ככל הנראה גר וטבע למוות בשנת 1979. שגיאה זו הביאה לוויזנטל מבקרים, אף על פי שהתברר בדיעבד שאחת הסיבות לאי דיוק המידע הייתה סירוב ממשלת גרמניה לצותת לקווי הטלפון של בני משפחתו, שכפי שוויזנטל צפה, היו עם מנגלה בקשר קבוע. מנגלה סייע לנהל את העסק המשפחתי ממקום מחבואו.
מורשתו.
ויזנטל תרם לזיכרון השואה בישראל ובעולם. הוא יזם את טקס קבורת אפר יהודי אוסטריה בירושלים (1949) – טקס הזיכרון הראשון לנספי השואה לאחר קום המדינה שנשא צביון ממלכתי. הקדיש את פועלו למען המלחמה באנטישמיות, בגזענות ובנאו-נאציזם ולמען הנחלת לקחי השואה בעולם.
ב-1977 נפתח מרכז שמעון ויזנטל בלוס אנג'לס, שנקרא על שמו כהוקרה למפעל חייו. המרכז עוסק במעקב אחר אנטישמיות ותנועות נאו-נאציות ומפעיל מוזיאונים לסובלנות. בסוף שנות השבעים הפעיל המרכז, בשיתוף ויזנטל עצמו, מסע הסברה מצליח בבונדסטג לביטול חוק ההתיישנות על מעשי הנאצים. בשנים האחרונות עסק המרכז גם במאבק ציבורי כנגד הטרור וכנגד ההסתה האנטי-ישראלית. בראש המרכז עומדים הרבנים אברהם קופר ומרווין הייר. למרכז גם סניף בירושלים, העוסק בציד נאצים (ראו להלן).
מרכז קטן בהרבה פעיל בקריית מוצקין, בשם "מרכז משמעו"ת להוראת השואה על שם שמעון ויזנטל".
בווינה כיום פועל מרכז שמעון ויזנטל המנציח את מורשתו.
ויזנטל פרסם 12 ספרים בתחום עבודתו ומחקרו. נתן חומר לספר רב המכר "תיק אודסה" (1969) שעובד גם לקולנוע. שמואל רודנסקי מגלם את דמותו בסרט "תיק אודסה" (1974). ויזנטל שימש השראה לדמותו של "עזרא ליברמן" ברומן המתח של איירה לוין "הנערים מברזיל", שעובד לסרט באותו שם (1978), שבו משחק לורנס אוליבייה את תפקיד ליברמן. כמו כן הופיע במספר סרטים תיעודיים.
ויזנטל זכה במספר אותות כבוד, בהם מדליית הזהב של הקונגרס האמריקני (1980), אות לגיון הכבוד הצרפתי (1986), מדליית החירות הנשיאותית מידי נשיא ארצות הברית, ביל קלינטון (2000), ואבירות כבוד ממלכת אנגליה (2004).
ויזנטל היה מהראשונים לדון בפומבי בחלקם של הצוענים וההומוסקסואלים בין קורבנות הנאצים והיה בין האנשים שהפעילו לחץ פומבי על ממשלת ברית המועצות לחשוף את עקבותיו של ראול ולנברג.
כיום ממשיך את דרכו "צייד הנאצים האחרון", ד"ר אפרים זורוף מנהל מרכז ויזנטל בירושלים.
יריבים.
ויזנטל צבר אויבים מכמה סיבות. היו אנשים שחששו כי יתפוס אותם או את יקיריהם בשל עברם הנאצי. חשש זה הלך והתגבר בשנות השבעים כאשר הובהר שוויזנטל לא יפסיק את פעילותו ולא יסתפק רק בהבאה לדין של מדגם פושעי מלחמה בכירים בלבד, אלא יפעל להבאה לדין של כל פושע מלחמה נאצי באשר הוא. היו גם אנשים, ארגונים ומדינות שהוא האשים באי עשייה מספקת לאיתור והסגרת פושעים נאצים או אפילו בסיוע מכוון להחבאתם. מעבר לזאת, גם נאו-נאצים ואנטישמים אחרים עניינו אותו משום שהם אהדו את רעיון השמדת היהודים. נאו-נאצים ניסו להתנקש בחייו ובחיי בתו כשחזר לפעילות בשנות ה-60. בתו הלכה במשך שנים ארוכות אל בית הספר, כשהיא מלווה בשומר ראש צמוד מטעם משטרת אוסטריה.
מלבד אלה, היו אנשים שטענו כי הוא לא נתן הכרה מספקת לתרומתם שלהם באיתור נאצים. הם טענו כי ויזנטל טוען לבעלות על הישגיהם. ויזנטל נמנע מלפרסם פרטים על אודות פעילות המוסד הישראלי וציידי נאצים אחרים אתם עבד על חקירות שונות, בעיקר על זו של אייכמן. ככל הנראה, מניעה זו נבעה מהרצון שלא לחשוף את שיטות העבודה של ציידי הנאצים השונים ושל שירותי הריגול הישראליים. אולם, אי פרסום זה יצר רושם שוויזנטל טוען למונופול על ההצלחות המשותפות והדבר הביא לו מבקרים. ראש המוסד לשעבר איסר הראל טען, כאמור, כי לוויזנטל לא היה כל חלק באיתור ותפיסת אדולף אייכמן, אם כי מסמכים שנתגלו בעזבונו מראים כי לעיתים פעל בשירות המוסד. צייד הנאצים טוביה פרידמן, שעבד תקופה מסוימת עם ויזנטל, כינה אותו שקרן, נוכל ואנטי-ציוני, שהתפרסם והתעשר מסיפורי בדים על לכידת אייכמן ונאצים אחרים.
יחסי ויזנטל עם ממשלות שונות.
על הרקע הזה היו לוויזנטל תקופות של יחסים מתוחים עם ממשלות בדרום אמריקה, עם ממשלת ארצות הברית, ממשלת ישראל וממשלת אוסטריה. במרבית הפעמים שוויזנטל דרש להוציא צו מעצר לאדם החשוד בפשעי מלחמה נאציים, הוא פנה אל ממשלת גרמניה המערבית. אולם, גם עם ממשלה זו היו לו לפעמים חילוקי דעות, כמו בקשר לדרישתו ממנה שתאזין לטלפונים של קונצרן הציוד החקלאי הגרמני שבבעלות משפחתו של יוזף מנגלה.
עם ממשלת ישראל סירב לתאם את מאבקיו ולהכפיף אותם לצרכיה המדיניים. כמו כן התנגח עם מוסדותיה על שלל נושאים, למשל פרשות טקס הקבורה והתרומה ללכידתו של אייכמן. כמו כן, סירב ויזנטל לעלות לישראל, למרות בקשותיה של אשתו ולמרות עלייתם של בתו, חתנו ונכדיו. אולם, לפי צוואתו, הוא נקבר בהרצליה.
את ארצות הברית האשים ויזנטל לאורך השנים בזניחת המאבק ללכידת הנאצים ומשתפי הפעולה עמם, וזאת לאחר עבודה משותפת עם האמריקאים מיד לאחר המלחמה ולמרות קיום המרכז בלוס אנג'לס הנושא את שמו כהוקרה למפעל חייו. כאשר חשף ויזנטל את פושעת המלחמה הרמינה בראונשטיינר שחיה כעקרת בית שלווה ברובע קווינס שבניו יורק - בירתה הכלכלית של ארצות הברית, הדבר הוכיח אי סדרים אצל רשויות ההגירה האמריקניים והביך את הממשלה. ארצות הברית שינתה את מדיניות ההגירה ויצאה מחוזקת מהמשבר.
משבר נוסף עם ממשלות ארצות הברית וישראל היה כאשר ויזנטל דרש שלא להכריז על קורט ולדהיים כאישיות בלתי רצויה, משום שראה בו זכאי מחוסר הוכחות. במשבר זה, אפילו מרכז ויזנטל שבקליפורניה תמך בדעת ממשלת ארצות הברית ולא בדעתו של ויזנטל.
יחסי ויזנטל - אוסטריה.
בשנת 1975 היה לוויזנטל ויכוח פומבי עם קנצלר אוסטריה, ברונו קרייסקי. ויזנטל הפסיד בשל הוויכוח את חיבתה של דעת הקהל האוסטרית וההתנכלויות האלימות לו ולבני ביתו הלכו וגברו עד ששכניו הפצירו בו לעבור דירה ובריאותה של אשתו התרופפה.
באוסטריה, שבה התגורר וממנה פעל מאז תום מלחמת העולם השנייה ועד מותו, הוא היה יעד להתקפות קשות במהלך שנות ה-50 עקב רדיפתו המתוקשרת אחר נאצים, שרבים מהם היו אוסטרים. למרות זאת, ויזנטל ראה עצמו אוסטרי – הוא נולד באימפריה האוסטרו-הונגרית, אביו נהרג במלחמת העולם הראשונה כשנלחם בשורות הצבא האוסטרו הונגרי, הוא דיבר גרמנית והרגיש חלק מן החברה האוסטרית – עד כדי סירוב לעזוב את וינה אף בתקופה שבה נאלצה בתו להגיע לבית הספר בליווי משטרתי מחשש לפגיעה בה. היחס אליו התחיל להשתנות רק באמצע שנות ה-60, עם צמיחתו של דור חדש באוסטריה וגרמניה. ירח הדבש בין ויזנטל לדעת הקהל האוסטרית הסתיים ב-1975, עם פרשת קרייסקי.