עם פרוץ מלחמת האזרחים האמריקנית נטה פלמרסטון לאהוד את קונפדרציית המדינות של אמריקה. על אף היותו מתנגד לעבדות, הייתה לפלמרסטון עוינות רבת שנים כלפי ארצות הברית והוא האמין שפירוק האיחוד יחליש אותה ויגביר את כוחה של בריטניה. בנוסף, הוא סבר שהקונפדרציה "תפתח שוק פעיל ורב ערך עבור התעשייה הבריטית".
עם פרוץ המלחמה ב-13 במאי 1861 פרסמה בריטניה הצהרת נייטרליות. הקונפדרציה הוכרה כצד לוחם במלחמה אך זה היה מוקדם מדי כדי להכיר בה כמדינה ריבונית. מזכיר המדינה של ארצות הברית, ויליאם סיוארד, איים להתייחס לכל מדינה שתכיר בקונפדרציה כמדינת אויב. בריטניה הייתה תלויה יותר בתירס שיובא מארצות הברית מאשר בכותנה שיובאה ממדינות הקונפדרציה ומלחמה נגד ארצות הברית לא התיישבה עם האינטרסים הכלכליים הבריטיים. פלמרסטון הורה על שליחת תגבורות לקנדה, שכן הוא היה משוכנע שהצפון יכרות שלום עם הדרום ויפלוש לקנדה. הוא היה מרוצה מהניצחון של הדרום בקרב בול ראן הראשון, אך 15 חודשים לאחר מכן הוא חש "שהמלחמה באמריקה... כבר לא משיגה במפורש את המטרות שלה מבחינת הצפון, למעט תהליך שבו הם נפטרו מכמה אלפי עושי צרות אירים וגרמנים. חשוב להבהיר, בכל אופן, שהגזע האנגלו-סכסי משני הצדדים הראה אומץ והתמדה ראויים לציון". פרשת טרנט בנובמבר 1861 גרמה לזעם בבריטניה ולתקרית דיפלומטית. ספינת מלחמה אמריקאית עצרה את ספינת הדואר הבריטית "טרנט" (RMS Trent) ועצרה שני שליחים של הקונפדרציה שהיו על סיפונה בדרכם לאירופה. פלמרסטון ראה בפעולה כעלבון, דרש את שחרורם של שני הדיפלומטים והורה לשלוח 3,000 חיילים לקנדה. במכתב למלכה ששלח ב-5 בדצמבר אמר פלמרסטון "שבריטניה נמצאת כעת בעמדת כוח חזקה יותר מאי פעם כדי להכות מכה ניצחת וכדי ללמד את ארצות הברית לקח שלא יישכח עד מהרה". במכתב אחר שכתב לשר החוץ שלו, הוא צפה פריצת מלחמה בין בריטניה לבין ארצות הברית:
למעשה, לא היה אף אירי ששלט על עיתון כלשהו בצפון וארצות הברית החליטה לשחרר את שני העצורים כדי להימנע מהסתכנות במלחמה. פלמרסטון היה משוכנע שנוכחותם של הכוחות הבריטים בקנדה גרמה לאמריקאים להסכים לכך.
לאחר הודעתו של הנשיא לינקולן בספטמבר 1862 שהוא יפרסם את הצהרת האמנציפציה תוך תשעים יום, התנהל בקבינט הבריטי דיון על אפשרות להתערב כדי לסיים את המלחמה כצעד הומניטרי. באותה עת התחולל בצרפת משבר על רקע הדחתו של מלך יוון ועל החמרת השאלה המזרחית בנוגע לרוסיה. ממשלת בריטניה הייתה צריכה להגדיר אם המצב בצפון אמריקה או בלימתה של רוסיה חשובים ודחופים יותר. ההחלטה שהתקבלה הייתה לתת עדיפות לאיומים הקרובים יותר לבריטניה גופא ולדחות את הצעתה של צרפת להתערבות משותפת באמריקה. האיום על כניסה למלחמה על רקע גזעי ועל רקע מיגור העבדות מעולם לא מומש. פלמרסטון דחה את כל המאמצים של הקונפדרציה להשיג הכרה בריטית.
הספינה של הקונפדרציה "אלבמה" (CSS Alabama) נבנתה בנמל הבריטי בבירקנהד והיא היוותה קושי נוסף מבחינתו של פלמרסטון. ב-29 ביולי 1862 דיווח קצין משטרה שהוא קיבל הוראה שעליו לעכב את הספינה, שכן בנייתה הייתה הפרה של הנייטרליות של בריטניה. פלמרסטון הורה על העיכוב ב-31 ביולי, אך הספינה הפליגה לפני שההוראה הגיע לבירקנהד. במסגרת פעילותה לאחר מכן, שבתה והטביעה ה"אלבמה" ספינות סוחר רבות של האיחוד, כפי שעשו ספינות נוספות שנבנו בבריטניה. ארצות הברית האשימה את בריטניה כשותפה לדבר עבירה. היה זה הבסיס ל"תביעות אלבמה" שהוגשו לבריטניה לאחר המלחמה על נזקים שנגרמו, שאותם סירב פלמרסטון לשלם. לאחר מותו של פלמרסטון הכיר גלאדסטון בתביעות הללו של ארצות הברית והסכים להליך בוררות שבמסגרתו שילמה בריטניה 15.5 מיליון דולר על הנזקים.
באביב 1862, פתח גלאדסטון, אז שר האוצר, דיון בקבינט על השאלה אם בריטניה צריכה להתערב. לגלאדסטון הייתה דעה חיובית על הקונפדרציה והוא תמך בעבדות (עושרה של משפחתו נסמך על העבדות באיי הודו המערבית הבריטיים). הוא הדגיש את הצורך להתערב כדי לעצור את מרחץ הדמים המזעזע ואת כישלונו של האיחוד להשיג הישגים צבאיים ממשיים, אך לפלמרסטון היו דאגות אחרות באותה עת, כולל המשבר שהיה קשור להדחתו של מלך יוון, ששם את השאלה המזרחית בעדיפות גבוהה יותר. הקבינט החליט שהמצב באמריקה דחוף פחות בהשוואה לצורך לבלום את ההתפשטות הרוסית והוא דחה את הצעותיו של גלאדסטון.
דנמרק.
קנצלר פרוסיה אוטו פון ביסמרק שאף לספח את הטריטוריה הדנית שלזוויג ואת הטריטוריה הגרמנית הולשטיין, שהדוכס שלה היה מלך דנמרק, בעיקר בגלל הנמל שלה שבעיר קיל, ולצורך כך הוא כרת ברית עם אוסטריה. בנאום שנשא בבית הנבחרים ב-23 ביולי 1863, אמר פלמרסטון שממשלת בריטניה, כמו ממשלות צרפת ורוסיה, מקווה ש"העצמאות, השלמות והזכויות של דנמרק יישמרו, אנו משוכנעים – ולכל הפחות אני משוכנע – שאם ייעשה ניסיון אלים כל שהוא לפגוע בזכויות הללו ולהפר את העצמאות, אלו שיעשו את הניסיון הזה יבינו כתוצאה מכך שדנמרק לא תעמוד לבדה". עמדתו של פלמרסטון התבססה על האמונה המסורתית שצרפת היוותה איום גדול יותר לבריטניה והייתה חזקה יותר מאוסטריה ופרוסיה.
במשך חמישה חודשים לא עשה ביסמרק דבר. בכל אופן, בנובמבר חוקקה ממשלת דנמרק חוקה חדשה שעל פיה הולשטיין הייתה קשורה לדנמרק. שלזוויג הייתה כבר חלק מדנמרק זה מאות שנים. עם חלוף השנה, התקבצו צבאות פרוסיה ואוסטריה בהמוניהם על גדות נהר האיידר. ב-1 בפברואר 1864 פלשו צבאות פרוסיה ואוסטריה ופתחו את מה שנקרא מלחמת שלזוויג השנייה. עשרה ימים לאחר מכן ביקשה ממשלה דנמרק את סיועה של בריטניה. ראסל האיץ בפלמרסטון לשלוח את הצי לקופנהגן ולשכנע את נפוליאון השלישי שעליו לנייד את חייליו שחנו על הגבול מול חבל הריין. פלמרסטון השיב שהצי לא יוכל לסייע רבות לדנים בקופנהגן ושאין לעשות שום צעד כדי לשכנע את נפוליאון השלישי לחצות את הריין.
באפריל עשה כבר הצי האוסטרו-הונגרי את דרכו לתקיפה בקופנהגן ופלמרסטון נועד עם השגריר האוסטרי בלונדון והודיע לו שבריטניה לא תוכל להרשות לספינות האוסטריות לעבור בתעלת למאנש אם מטרתן היא לתקוף את דנמרק ואם הם ייכנסו אל הים הבלטי, התוצאה תהייה מלחמה עם בריטניה. השגריר השיב שהצי האוסטרי לא ייכנס אל הים הבלטי, ואכן כך היה.
פלמרסטון קיבל את הצעתו של ראסל שהמלחמה צריכה להיפתר בוועידה, אך בוועידת לונדון שהתקיימה במאי וביוני 1864 סירבו הדנים לקבל את אובדן שלזוויג-הולשטיין. שביתת הנשק הסתיימה ב-26 ביוני ועד מהרה פלשו צבאות פרוסיה ואוסטריה לחלקים נרחבים יותר של דנמרק. ב-25 ביוני היה הקבינט הבריטי נגד יציאה למלחמה להצלת דנמרק, אך הצעתו של ראסל לשלוח את הצי המלכותי הבריטי להגן על קופנהגן התקבלה על חודו של קולו המכריע של פלמרסטון. בכל אופן, פלמרסטון אמר שהצי לא יוכל לצאת וזאת על רקע המחלוקת העמוקה על ההחלטה בקרב חברי הקבינט.
ב-27 ביוני מסר פלמרסטון את הצהרתו בבית הנבחרים ואמר שבריטניה לא תוכל לצאת למלחמה כנגד הגרמנים אלא אם כן קיומה של דנמרק כמדינה עצמאית יעמוד על כף המאזניים או שבירתה תהיה תחת איום. השמרנים השיבו שפלמרסטון בגד בדנים והצעת אי-האמון עברה בבית הלורדים על חודם של תשעה קולות. בדיון שהתנהל בבית הנבחרים אמר חבר הפרלמנט ג'ונתן פיל: "האם הגיעו הדברים לידי כך שדבריו של ראש ממשלת אנגליה, שנאמרו בפרלמנט של אנגליה, נחשבים רק כאיום סרק שהמעצמות הזרות מתייחסות אליהם בצחוק ובבוז?" פלמרסטון השיב בלילה האחרון של הדיון: "אני אומר שאנגליה נמצאת בעמדה חזקה מאי פעם ואלו שאומרים שכוחה ירד להערכתם של מדינות העולם, הם לא האנשים שצריכים להיות חלק מהכבוד והיוקרה של אנגליה".
הצעת אי-האמון ירדה בבית הנבחרים עם 313 מתנגדים מול 295 תומכים, כשיריביו הוותיקים של פלמרסטון במחנה הפציפיסטי, קובדן וברייט, הצביעו בעדו. תוצאות ההצבעה הוכרזו בשעה 2:30 לפנות בוקר וכאשר הגיעו החדשות לאוזניו של פלמרסטון הוא שעט במעלה המדרגות אל גלריית הגבירות וגרם לאשתו למבוכה. בנג'מין דיזראלי כתב: "איזה אומץ לב לטפס על המדרגות האיומות הללו בשעה שלוש לפנות בוקר ובגיל שמונים!"
ניצחון בבחירות.
פלמרסטון ניצח בבחירות נוספות שהתקיימו ביולי 1865 והגדיל את הרוב שלו. מנהיגותו של פלמרסטון הייתה נכס אלקטורלי גדול עבור המפלגה הליברלית. לאחר מכן היה עליו להתמודד עם פעילותם האלימה של אחוות הפניאנים באירלנד. פלמרסטון הורה למשנה למלך אירלנד, הלורד וודהאוס, לנקוט נגדם באמצעים, כולל השעיה אפשרית של ניהול משפטים באמצעות מושבעים ומעקב אחר אמריקאים שנסעו לאירלנד. הוא האמין שההסתה של הפניאנים מקורה באמריקה. ב-27 בספטמבר 1865 הוא כתב לשר המלחמה: "נראה כעת שהתקיפה האמריקאית באירלנד תחת שמם של הפניאנים נכשלה, אך הנחש רק נפצע ולא נהרג. זה בהחלט אפשרי שהקושרים האמריקאים ינסו למצוא נחמה בפרובינציות שלנו בצפון אמריקה על תבוסתם באירלנד".
הוא הנחה לשלוח כוחות נוספים לקנדה ולאירלנד. במהלך השבועות האחרונים הללו של חייו הרהר פלמרסטון על ההתפתחויות במדיניות החוץ. הוא החל לחשוב על ידידות חדשה עם צרפת כ"סוג של ברית הגנה מוקדמת" כנגד אמריקה וראה כיצד פרוסיה הופכת לרבת עוצמה יותר וכיצד זה יהווה איזון מול האיום ההולך וגובר מצד רוסיה. במכתב שכתב לראסל הוא הזהיר שרוסיה "תהפוך בזמן המתאים למעצמה גדולה כמעט כמו האימפריה הרומית גרמניה חייבת להיות חזקה כדי לבלום את התוקפנות הרוסית".
מותו.