בשנת 1598 אורגנה הפסקת אש, ובמסגרתה קיבל או'ניל חנינה רשמית מאליזבת. הוא הפר את הפסקת האש בתוך חודשיים ימים, וב-14 באוגוסט הכה בכוח אנגלי גדול, במקום הקרוי "הערוץ הצהוב" (Yellow Ford), אך לא ידע לנצל את ההצלחה בצורה אסטרטגית, ולא הצליח לחבור לכוחות שבט פיצג'רלד בדרום.
שמונה חודשים לאחר הקרב בערוץ הצהוב הגיע לאירלנד, בראש צבא אנגלי גדול וחמוש היטב, הרוזן מאסקס, איש אמונה (ויש אומרים המאהב) של המלכה אליזבת, ובה בעת אחד הטוענים לכתר כנגדה. אסקס נפגש עם או'ניל ב-7 בספטמבר 1599, והשיג הפסקת אש. אך אליזבת לא הייתה מרוצה מתנאי הפסקת האש, וראתה בכך התייחסות לאו'ניל כשווה במעמדו לאסקס. או'ניל, מצדו, המשיך להלהיט את הרוחות, והוציא עלון ובו קרא לכל הקתולים באירלנד להצטרף אליו, תוך שהוא מציג את עצמו כמגן האמונה הקתולית כנגד הכופרים האנגלים.
אסקס מיהר לחזור לאנגליה, ושם התעמת עם המלכה אליזבת ואף קשר קשר כנגדה (האות למורדים אמור היה להיות העלאת המחזה ריצ'רד השני מאת ויליאם שייקספיר, בו מודח מלך בלתי ראוי בידי הטוב ממנו). קשר זה הסתיים בהוצאתו להורג של אסקס, ואת ניהולה של המלחמה כנגד המרד האירי לקח לידיו הלורד מאונטג'וי, אשר היה בעל שאיפות פחותות בהרבה, ויכל לדכא את מרידתו של או'ניל ללא כל הפרעות חיצוניות.
לאחר מסע מלחמה ללא הכרעה במנסטר בינואר 1600 שב או'ניל לדונגל שם קיבל אספקה ותגבורת מספרד, ואת ברכתו של האפיפיור קלמנטיוס השמיני.
ב-1601 הצליח או'ניל ליצור כוח משותף עם כוחותיהם של או'דונל ושל הספרדים בראשות דון חואן ד'אקילה. התקפת הכוח המשולב על האנגלים נכשלה לחלוטין. או'דונל נמלט לספרד ומת שם בסמוך לאחר מכן, ואו'ניל בראשות שרידי כוחותיו עלה צפונה, וניסה לקבל חנינה מן המלכה. בתחילת 1603 הסמיכה אליזבת את מאונטג'וי לפתוח במשא ומתן עם ראשי השבטים המורדים, ובאפריל או'ניל, מבלי לדעת כי אליזבת מתה בינתיים, נכנע למאונטג'וי.
בדבלין, שם נעצר על ידי מאונטג'וי שמע או'ניל כי על כס המלוכה עלה המלך ג'יימס השישי, מלך סקוטלנד. ביוני 1603 עלה או'ניל ללונדון, ביחד עם רורי או'דונל, אשר החליף את יו רו או'דונל, והציג עצמו בפני המלך החדש. הוא קיבל חנינה, וכן הושב לו התואר "רוזן טיירון" ונחלותיו. הייתה זו כניעה מוחלטת. אמנם על פי תנאים נדיבים מבחינה אישית, אך למעשה היה זה סופה של הממלכה הגאלית האחרונה באירלנד.
יישוב אלסטר (The Ulster Plantation).
בריחת הרוזנים (Flight of the Earls).
אך שב או'ניל לאירלנד, ומיד החלו שוב סכסוכים הנוגעים לנחלותיו, לאדמותיו ולכפופים לו. האנגלים ניסו להצר את צעדיו, ולחלק את נחלותיו. בשנת 1607 הועלה העניין להכרעה בפני המלך ג'יימס ללונדון, ונוכחותו של או'ניל בלונדון נדרשה על מנת להעלות את טיעוניו. או'ניל הוזהר על ידי רורי או'קונל כי ביטחונו האישי בסכנה, וכי בכוונת או'קונל ואנשים נוספים להימלט לספרד על מנת להצטרף למלחמות ספרד כנגד הפרוטסטנטים בארצות השפלה. או'ניל ידע כי אם יימלטו שאר הרוזנים, והוא יגיע ללונדון, ייחשב כבוגד וכמסייע לרוזנים שנמלטו אל שורות האויב.
ב-14 בספטמבר 1607 נמלטו או'ניל, או'דונל, משפחותיהם, וכתשעים ותשעה מאנשיהם, בחצות הליל בסירה, כשמטרתם להגיע לספרד. הם נחתו בהולנד ובאפריל 1608 הגיעו לרומא שם התקבלו על ידי האפיפיור פאולוס החמישי. ב-1613 הכריז הפרלמנט האירי על הוצאתו של או'ניל אל מחוץ לחוק, והוא מת ברומא ב-20 ביולי 1616. איש מאלו שנמלטו עמו לא שב לראות את אירלנד.
הימלטות או'ניל ואנשיו, המכונה "הימלטות הרוזנים" (Flight of the Earls) נחשבת למאורע מעצב בתולדות אירלנד, והיא מסמנת את התחלת גל ההגירה הגדול של האירים לארצות העולם (ובמיוחד, לאחר שנים רבות, אל ארצות הברית), ואת גורלו העצוב של העם האירי שנגזר עליו לחיות בכיבוש או בגלות. בעיר דרייפרסטאון בצפון אירלנד ישנו מוזיאון המוקדש ל"הימלטות הרוזנים". חשיבותו של האירוע לא הייתה רק סמלית. אלסטר וצפון אירלנד התרוקנו מראשי השבטים הגאליים, והדבר הקל על הממשלה האנגלית בתוכניתה לגרש את האירים הקתולים מאלסטר וליישב שם אנגלים פרוטסטנטים, כך הפכה צפון אירלנד (בתהליך איטי, אך מכוון) מן המוקד להתנגדות הגאלים וללאומיות האירית שהייתה לפני יו או'ניל, למרכז האנגלים והפרוטסטנטים באירלנד.
כיום כאשר אלסטר הוא חבל המריבה בין הקתולים והפרוטסטנטים באירלנד, הצגתה של "הימלטות הרוזנים" תלויה בצד שמציג אותה. בעוד שהפרוטסטנטים רואים בה הודאה בבגידה, והימלטות מן העונש הצודק שהיה צפוי לאו'ניל ולאנשיו, והצדקה למפעל ההתיישבות האנגלי הגדול באלסטר, רואים בה הקתולים משום בריחה מוצדקת (או אף נסיגה טקטית) על מנת להמשיך ולחיות ולשמר את המסורת הקתולית והגאלית אל מול פני רדיפות, גירוש, ושעבוד, הצפויים לאירים בארצם שלהם.
ג'יימס הראשון ויישוב אלסטר.
משהתרוקנה אלסטר מאציליה האירים, ראה ג'יימס הראשון את ההזדמנות להפוך את אלסטר, ואת צפון אירלנד כולה, למושבה פרוטסטנטית, ובכך לקדם את האינטרס הדתי, ולהגביר את הכנסות הכתר האנגלי ואת כוחו. יש לזכור כי ג'יימס היה מלך סקוטלנד, וראה בחזונו את "בריטניה הגדולה" איחוד של כל ממלכות האי - אנגליה, סקוטלנד, ווילס ואירלנד, תחת כתרו.
אמנם "הימלטות האצילים" לוותה מיד במרידתו של האציל קייהיר או'דוהרטי. אך לאחר שהמרידה דוכאה (וקייהיר עצמו בותר לארבעה חלקים שנשלחו לערים ראשיות בצפון) ניתן היה להמשיך במפעל היישוב (Plantation of Ulster מן הבחינה שבמקום הקתולים שנעקרו "ניטעו" פרוטסטנטים). נכתב ספר מסודר הקרוי "הספר המודפס", ובו התוכנית - אדמות האצילים הבורחים ואלו שהשתתפו במרידת או'דוהרטי הוחרמו, (בסך הכול כשישה מחוזות במרכז אלסטר ומערבה), וניתנו לשלוש קבוצות אנשים: מאה משפחות של "יזמים" אנגלים וסקוטים אשר אמורים היו להביא עמם משפחות נוספות שיעבדו עבורם ויישבו את הנחלות שניתנו להן, משפחות אנגליות פרוטסטנטיות אשר קיבלו תמורה עבור שירות מיוחד לכתר, ואירים "ראויים". חלקים ניכרים נמסרו לידי הכנסייה של אירלנד וטריניטי קולג', על מנת להגביר את הנטייה הפרוטסטנטית בקרב המתיישבים.
וכך, ב-1610 החל המפעל הגדול של הפיכת צפון אירלנד לאנגלית ופרוטסטנטית. בעשר השנים הראשונות יישבו את המחוזות הצפוניים כשלושה עשר אלף אנגלים וסקוטים. האירים שישבו באדמות אלו לא הורשו להמשיך ולהתגורר בהן. מכיוון שהאדמות היו נרחבות, ומכיוון שהאירים היו מוכנים לשלם דמי חכירה גבוהים על מנת להישאר על אדמתם, מעולם לא בוצע "טיהור אתני" מקיף, ואירים רבים נותרו במחוזות. (ב-1628 שונתה המדיניות כך שהותר לאירים להישאר עבור דמי חכירה). כך נוצרה התערובת הנפיצה של אירים קתולים ואנגלים פרוטסטנטים המהווה את אוכלוסיית צפון אירלנד עד היום.
צ'ארלס הראשון וונטוורת.
צ'ארלס הראשון יורשו חסר המזל של ג'יימס הראשון היה בעל סדר יום שונה לחלוטין מזה של קודמו. עיקר עניינו היה בהשגת שקט ומזומנים, על מנת לכפות את שלטונו האישי. הוא פיזר את הפרלמנט ב-1629, ובאנגליה שלט, בפעם הראשונה מזה מאות בשנים, מלך ללא פרלמנט. מצב שהביא בסופו של דבר למלחמת האזרחים האנגלית ולעלייתו של אוליבר קרומוול.
צ'ארלס שלח לאירלנד את תומאס ונטוורת הרוזן מסטפורד, אשר שימש שם, במשך שבע שנים החל מ-1633 כמשנה למלך. ונטוורת זה היה מראשי התומכים במלך, מינהלן חרוץ ואחראי, והוא שלט באירלנד ביד רמה. עיקר עניינו היה המיסוי, והוא לחץ את כל המעמדות - הגאלים הקתולים, ה"אנגלים הוותיקים" צאצאי המתיישבים מימי הביניים, קתולים אף הם, והמתיישבים החדשים - אשר חלקם היו פרסביטריאנים, וחלקם פוריטנים שתי כתות שנרדפו עד חורמה בידי הפורמליזם של הכנסייה האנגליקנית ששלט באותם הימים.
משטרו של ונטוורת היה כה יעיל, וללא שפיכות דמים, עד שכאשר פרץ מרד בסקוטלנד כנגד הרדיפות הדתיות, הצליח ונטוורת לגייס כשמונת אלפים חיילים אירים (חלקם הגדול קתולים) שיילחמו לטובת המלך צ'ארלס.
במאי 1641 זומן ונטוורת ללונדון, על מנת לסייע בצעדים כנגד המרד הסקוטי. הפרלמנט האנגלי (אשר כונס מחדש לאור הסכנה הסקוטית) שכבר היה על סף מרידה גלויה, ראה מקום לבוא חשבון כנגד גדול תומכי המלך, והעמיד אותו לדין, כאשר אחת ההאשמות הייתה כי הצבא האירי גויס, לא על מנת להכניע את הסקוטים, אלא על מנת לכפות את עריצותו של צ'ארלס על העם האנגלי. הפרלמנט מצא את ונטוורת אשם בעבירה זו, והוא נערף. היה זה צעד מרחיק לכת כנגד המלך מצד הפרלמנט, אך מבחינת אירלנד, נראה כי חילוקי הדעות שבין האנגלים ובין עצמם הביאו למותו של המושל היעיל ונטוורת, וכי מעתה תהיה אנגליה עסוקה בענייני עצמה. באירלנד זהו סימן כי הגיעה העת למרידה נוספת.
מרידת 1641, ודיכויה.
מרידת 1641.
הריגתו של ונטוורת הייתה האות להמון האירי כי הרסן הותר, וכי מעתה יוכלו לעשות כטוב בעיניהם. עשרות שנים של דיכוי, שנאה אתנית ושנאה דתית התפרצו באחת. קורבנות הזעם היו בעלי הקרקעות, המתיישבים החדשים, והפרוטסטנטים, הן ב"תחום" והן מחוצה לו. הייתה זו התפרצות של חמת זעם מעמדית, באופן המוכר מן המהפכה הצרפתית או אף המהפכה הרוסית מאות שנים לאחר מכן.
על מספר הקורבנות הפרוטסטנטים יש חילוקי דעות, ונעשה שימוש תעמולתי בקורבנות על מנת לשלהב את היצרים ולהצדיק את הדיכוי שדיכא קרומוול את המרידה ביד ברזל מספר שנים לאחר מכן. אין עוררין על כך כי המדובר באלפי קורבנות שנרצחו, ואלפים רבים נוספים הושארו למות מחשיפה לקור ולאימתני הטבע, כשבתיהם וחוותיהם נשרפו, והם גורשו אל השממה. ברור כי המדובר באחוז ניכר מן האוכלוסייה הפרוטסטנטית באלסטר (ובאירלנד כולה) באותה התקופה.