ב-10 באוגוסט ערכה צעירי אגודת חב"ד בשיתוף עם המטה לשלום העם והארץ עצרת תפילה המונית בכותל המערבי למען ביטול ההתנתקות. בעצרת התפילה השתתפו למעלה מ-70,000 בני אדם ועוד עשרות אלפים התקהלו ברחובות העיר העתיקה. חלק קטן מהמתפללים היו חרדים. את התפילה הובילו 3 רבנים ראשיים לשעבר: הרב עובדיה יוסף, הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא והרב מרדכי אליהו.
ב-11 באוגוסט ערכה מועצת יש"ע בכיכר רבין בתל אביב העצרת האחרונה נגד ההתנתקות. לפי הערכות, השתתפו בה כ-200 -250 אלף איש. סיסמת העצרת הייתה "גוש קטיף וצפון השומרון, אני נשבע!" ובה המפגינים נקראו לרדת לדרום על מנת לחסום את ציר כיסופים תוך הימנעות מאלימות.
ב-14 באוגוסט הוכרזה ביישוב שירת הים הרשות היהודית העצמאית בחבל עזה שפנתה לשרון לסיוע בנשק ותחמושת עבור הקמת ישות ריבונית חדשה. כמו כן, נעשתה פניה לאומות המאוחדות ולצלב האדום. אריה יצחקי, מזכיר הרשות, הכריז כי 2500 מתושבי גוש קטיף הסכימו לקבל על עצמם את אזרחות הישות החדשה.
ב-17 באוגוסט הציתה את עצמה ילנה בוסינובה, פעילת ימין תושבת קדומים במחאה על תוכנית ההתנתקות והתעלמות הממשלה מהמחאות וההפגנות. כעבור תשעה ימים היא נפטרה מפצעיה.
ערב מימוש התוכנית דווח שאלפי אנשי ימין, הסתננו לגוש קטיף לסייע לתושביו בהתנגדות לפינוי. מאוחר יותר התברר שמדובר ב-5000 מתנגדי התנתקות שהצליחו להסתנן לתוך גוש קטיף ועוד מאות שהצליחו להסתנן ליישובי צפון השומרון. הללו המשיכו בפעילות המחאה גם בעת הפינוי עצמו. בתקשורת כונו שבח"ים ובידי המתיישבים "משוב"חים" או "מתגברים".
ב-17 באוגוסט רצח אשר ויזגן, תושב השומרון, ארבעה פועלים ערבים באזור שילה כמחאה וכניסיון למנוע את תוכנית ההתנתקות.
מחאות המפונים בזמן ביצוע תוכנית ההתנתקות.
רוב תושבי גוש קטיף נשארו בבתיהם גם אחרי תום "מבצע יד לאחים" וחיכו לפינוי בכוח (17.8) על מנת להביע את מחאתם. המחאה כללה שיחות נוקבות עם החיילים המפנים, קריעת קרע בבגד לאות אבלות, מייצגי מחאה, הפגנות, תחינות של המשפחות לחיילים לא לפנות אותם וכן תפילות המוניות. היו משפחות שביקשו מהחיילים לסחוב אותם מאחר שלא יכלו לעזוב מרצון ואחרים הביעו התנגדות פסיבית שאילצה את המפנים להרימם עד לאוטובוס. כמה תושבים בנווה דקלים, רפיח ים ופאת שדה הציתו את ביתם לאות מחאה. בעצמונה הוכנו מספר מייצגי מחאה חריפים, ביניהם משפחה אחת שיצאה מהבית עם טלאי כתום. ככלל, מחאת תושבי הגוש הייתה לא אלימה. מה שגרם, ככל הנראה, להצלחת התוכנית. גם במנחת קטיף חנו מספר אוטובוסים אשר הביאו עשרות מפגינים לתוך הגוש או מתוך הגוש עצמו.
ברחובות היישובים פעלו מאות בני נוער שהסתננו לגוש על מנת להפריע לפינוי באופן בלתי אלים. הפעילות כללה חסימת צירים בהמוני אנשים, חסימת השערים בצמיגים ופחי אשפה בוערים ובמספר מקומות - התבצרות במבני ציבור ודת. חלק מהנערים קיללו את המפנים ואחרים קראו למפנים לסרב פקודה.
ביישובי צפון השומרון התבצרו עשרות מסתננים ומסתננות במבני ציבור ובתי כנסת ופונו בכוח באמצעות שוטרים, חיילים, מנופים ומכולות. האלימות בעת הפינוי ביישובים אלה הייתה מינורית. לפני פינוי היישובים אירעו מספר תקריות אלימות, חלקן חמורות, בין המסתננים ובין כוחות הפינוי שחסמו את האזור.
מחאות אחרי הפינוי.
רבים מהמפונים, בעיקר מנצר חזני ואלי סיני, הקימו במהלך שנת 2005 ערי אוהלים במחאה על כך שמנהלת סל"ע כשלה בלדאוג להם לפתרון זמני ופתרון קבע השומר על המסגרת הקהילתית.
ב-23 באוגוסט 2005 הודיעו מספר פעילי ימין על יוזמה להקמת מוזיאון "יד ושם" לקהילות גוש קטיף וצפון השומרון שנחרבו. היוזמה זכתה לגינוי מאנשי ציבור ישראלים בגלל השימוש בשם "יד ושם" המזוהה עם המרכז להנצחת השואה. בהלוויה המונית שנערכה בצמידות לקבורתם של 15 חללי גוש קטיף (מתוך 48) נאמו אנשי ציבור שהספידו את הגוש ואת המתים. בין הנואמים היה הרב הראשי לשעבר ישראל מאיר לאו, ניצול שואה, שקרא לא להרוס את בתי הכנסת של גוש קטיף אלא להשאירם כדי ש"הם יהיו ה'יד ושם' של גוש קטיף, יד ושם לחורבן שהיה, הם יהיו האנדרטה לחבל ארץ פורח ופורה שהיה בגוש קטיף ואיננו".
ב-31 באוגוסט הצית את עצמו עולה חדש מארצות הברית, ברוך בן מנחם, באולפן עציון בירושלים במחאה על יישום ההתנתקות ונפצע אנושות. ב-6 בספטמבר הוא מת מפצעיו בבית החולים הדסה.
ב-27 בספטמבר קיימו מפוני גוש קטיף טקס "נזכור ונחזור" ליד מחסום כיסופים. במהלך הטקס הורד דגל ישראל לחצי התורן, והונף מחדש בכפר מיימון בטקס "גוש קטיף - אני נשבע". למחרת התקיימה עצרת מחאה בגן סאקר בירושלים בה נכחו כ-13,000 מפגינים. העצרת נערכה תחת הכותרת "תודה בכתום – כואבים, מוקירים, מתפללים וממשיכים באמונה" ועיקרה הייתה הצדעה לבני הנוער שהשתתפו במאבק נגד תוכנית ההתנתקות ולמשפחות שפונו. בעצרת נאמו מספר רבנים, שקראו להמשיך באמונה, ולמרות הכאב - להמשיך להתחבר לצה"ל ולישראל. בסמוך לכותל, הפריעו מספר נערות לטקס קורס קצינים של חיל החינוך ואף השליכו ביצים על התזמורת.
במהלך החודשים אוקטובר 2005 עד פברואר 2006 לא נערכו הפגנות ענק, למעט מספר הפגנות בירושלים במחאה על הזנחת מפוני גוש קטיף וצפון השומרון וחוסר הטיפול בהם מצד מנהלת סל"ע ורשויות המדינה. תחושת הנבגדות, הכעס הרב על הזנחת המפונים, והתחושה שפינוי היישובים נתפש בעייני הציבור כ"קל מידי" ולכן מעודד תנועות שמאל לקרוא לפינויים היו בין הגורמים שתרמו להסלמה ולהתלהטות הרוחות בעמונה.
ההתנגשות בעמונה (שהתרחשה עקב עתירת שלום עכשיו לבג"ץ להרוס 9 בתים לא-מורשים בפאתי היישוב) הייתה חסרת תקדים באלימות שלה וחרגה בהרבה (הן בהיקף והן בסוג) מהאלימות שהופגנה במהלך ביצוע תוכנית ההתנתקות וכללה הן אלימות קשה מאוד מצד שוטרי היס"מ שפצעו כ-200 מפגינים, דבר שהגביר את הקרע עם הציונות הדתית, שחשה נרדפת על ידי רשויות המדינה מאז ההתנתקות, והן אלימות קשה מצד המתנחלים - כ-80 שוטרים, שהיו לבושים במיטב המיגון האישי, נפצעו בעמונה. מספר ימים אחרי העימות הקשה בעמונה נערכה בכיכר ציון הפגנת ענק (שכללה עשרות אלפי מפגינים) תחת הסיסמה "אולמרט רע ליהודים" ובה האשימו ראשי מועצת יש"ע ומפלגות הימין את ממלא מקום ראש הממשלה אהוד אולמרט בכך שחתר להתנגשות האלימה והורה למשטרה להפעיל אלימות קשה נגד המתבצרים בעמונה.
ביום העצמאות ה-58 נערך בבית הנשיא טקס הענקת אותות לחיילים מצטיינים. בטקס זה, סירב חייל מצטיין בשריון בשם חננאל מגד-דיין ללחוץ את ידו של הרמטכ"ל דן חלוץ מאחר שמשפחתו פונתה מגוש קטיף במהלך ההתנתקות. המחאה עוררה סערה כאשר היא זכתה לתמיכה בימין וגינויים בשמאל. בצה"ל הגיבו בהדחת החייל מתפקידו אך בעקבות פניית עורך דין נגד צעד זה הוחלט לשחרר את החייל משירותו הצבאי לישיבת הסדר.
ביקורת על תוכנית ההתנתקות לאחר ביצועה.
לאחר ביצוע תוכנית ההתנתקות ביקרו מספר קצינים ופוליטיקאים את תוכנית ההתנתקות.
רב-אלוף במיל' משה יעלון הביע בזמן כהונתו וגם לאחר פרישתו מתפקידו, בצורה ברורה את התנגדותו לתוכנית ההתנתקות ("רוח גבית לטרור"). וכי היא מנוגדת לערכי צה"ל, וכנראה נבעה בשל מצוקה אישית של שרון. בזמנו הוא גם ביקר את תהליך קבלת ההחלטות של התוכנית, וטען ששמע עליה בתקשורת, ולא נוהלו שום דיונים מסודרים בצבא לגביה.
האלוף יפתח רון טל, שכיהן כמפקד זרוע היבשה בזמן ההתנתקות וקרא במסגרת תפקידו לחיילים לבצע את ההתנתקות כמשימה לאומית, אף הלך רחוק יותר ואמר בריאיון לכפר חב"ד, כי ההתנתקות הייתה התאבדות, וכי אינו מבין מדוע המשטרה והצבא עשו זאת בהתלהבות ושמחה, וכי ההתעסקות של צה"ל בהתנתקות פגעה בהכנות למלחמה, והייתה בין הגורמים לכישלון במלחמת לבנון השנייה.
ראש השב"כ בעת ההתנתקות, יובל דיסקין, ביקר את יעילותה, ואת הדרך שבה היא הוצגה לציבור הרחב. דיסקין אמר שלא ימליץ להמשיך במהלכים חד צדדיים, כאשר אין גוף אוכף חוק בצד השני. האלוף גרשון הכהן שהיה אחד מראשי הצבא שעסקו בפינוי הכה על חטא בביקור תנחומים אצל משפחת מורנו, שבנה נהרג בפשיטה בלבנון, ואמר כי ההתנתקות הייתה פשע שהוא היה שותף לו.
גם הרב הצבאי הראשי בעת ההתנתקות, הרב ישראל וייס, מיד עם פרישתו בטקס הפרידה מתח ביקורת על תוכנית ההתנתקות ואמר "לעולם לא עוד להתנתקות אנושית".
אלוף נוסף במיל גיורא איילנד שהיה ראש המועצה לביטחון לאומי בזמן ההתנתקות, והיה גם אחראי על תכנונה, ביקר את התוכנית ואמר בראיון פרישה ביוני 2006, כי ההתנתקות מרצועת עזה הייתה החמצה היסטורית אדירה. הוא גם ביקר את תהליך קבלתה והתנהלותה.
האלוף גרשון הכהן, הקצין הממונה על תוכנית ההתנתקות בגוש קטיף, הכה על חטא בשנים שלאחר ההתנתקות, ואף טען שמדובר בלא פחות מאשר פשע כנגד העם היהודי לו היה שותף.
בפברואר 2007, האלוף במילואים יום טוב סמיה, שהיה אלוף פיקוד הדרום ופרש מצה"ל לפני ההתנתקות וחזר לשירות צבאי לאחר מלחמת לבנון השנייה לשמש כסגן-אלוף פיקוד הדרום, ביקר בחריפות את עזיבת ציר פילדלפי וטען כי צה"ל צריך לחזור אליו.
ב-8 בנובמבר 2007 אמר בנימין בן אליעזר, שתמך בתוכנית בשעתה, שההתנתקות הייתה טעות, ושהתקדים שבו ישראל פינתה שטח והוא הפך ל"בסיס טרור" הוא מסוכן.
בסוף פברואר 2009, נשיא המדינה שמעון פרס, הודה בגלוי שטעה בצורת היישום של תוכנית ההתנתקות.
ביקורת על המאבק.
דוגמה לחששות השמאל מול מחאת המתנחלים ביטא מאמר המערכת בעיתון "הארץ":
העיתון מעריב, לעומת זאת, ציין כי מחאת המתנחלים, כפי שהתבטאה ב"צעדת ההתחברות" הייתה "מפגן דמוקרטי מרהיב" ונטול אלימות.