עונה ראשונה באי האלמוגים התקיימה בדצמבר 1968 ועונה שנייה במרץ-אפריל 1972. בראש המחקר עמד אלישע לינדר וסייעו בידו משה דותן – ארכאולוגיה יבשתית; א' פלינדר – תוכניות הביצורים בחופיו של האי; ה' אדג'רטון – סקר תת-ימי עם ציוד מיוחד; שוקה שפירא, יוסף גלילי ומספר צוללים מחברי האגודה שרכשו ניסיון רב במשלחות קודמות. האדריכל אלכס פלינדר מאנגליה הגיע עם צוות צוללים ובאמתחתו מפות ומסמכים שקיבל מהאדמירלות הבריטית. מטרת המשלחת הייתה לסקור את האי וסביבתו התת-ימית, כדי למצוא עדויות לקיומה של "עציון גבר", עירו של שלמה המלך המוזכרת במקרא, בה בנה אניות שהפליגו בים סוף, אך לא נתגלתה בסקרים יבשתיים. כאן הופעלה לראשונה "עריסה" שנגררה על ידי סירה ובתוכה צולל שיכול לכוונה מעלה ומטה. אם הצולל זיהה חפץ לא טבעי או ממצא מעניין הוא שחרר משקולת עם מצוף ולאחר מכן בדקו צוללים את האתר שסומן. לגילוי עצמים מתכתיים סמויים נעשה שימוש במגלה המתכות שנתרם על ידי האנגלים. בהמשך למשלחת זו התקיימו עוד שתי עונות סקר במעגן שעל האי, במהלכן נערכו בדיקות תת-קרקע עם ציוד סונארי. התגלו מספר כלי חרס, וציר דלת מאבן בזלת. כן התגלו שרידי כלי שיט ביזנטיים שנקברו מתחת לחול ולאלמוגים. ביום האחרון של הסקר, כאשר צלם המשלחת עלה על הגבעה הסמוכה לצלם את האי, נתגלו לעיניו באקראי שרידי מזח על קו החוף שבדרום מערב האי. מזח זה שרת כנראה את הסירות שהפליגו מהחוף לאי. בחפירות בדיקה בלגונה (המעגן) שעל האי הוברר, ללא צל של ספק, כי בעבר היה זה מפרץ פתוח, וכי הסוללה המפרידה בינו לבין מי המצר היא מלאכותית. על גבי הסוללה אותרו כארבעה שלבי ביצור ובניה. התברר כי "חומת הסוגרים", שזוהתה על האי בשנת 1957, היא למעשה השלב השלישי בביצורים, שתוארך לתקופה הביזנטית. את השלב השני של הביצורים ניתן לייחס לתקופה ההלניסטית, והשלב הראשון קדום יותר, אך ללא תארוך ודאי. לא נמצאו שרידים שיאפשרו תארוך בניית הסוללה שסגרה את הלגונה (המעגן) באי, אך ברור שהדבר נעשה לפני התקופה ההלניסטית. אמנם לא נמצאו עדויות חד משמעיות לקיומו של נמל מתקופת הברזל על האי, אולם לדעת חלק מהחוקרים ממצאי המחקר יכולים לאשש את הסברה כי עציון גבר של שלמה אכן שכנה במקום זה.
חופי סיני – משלחת חפירות וסקרים בספינה הטרופה משארם א-שייח'.
באפריל 1969, הביא קצין מחיל הים ששרת בשארם א-שייח' שני קנקני חרס. על פי דבריו הם נמשו במפרץ ליד מעגן חיל הים, וישנם בשטח עוד שברי חרסים פזורים. עומק המים במקום היה כ-8 מטרים והאתר נמצא כ-80 מטרים מקו החוף. חוליית סקר, שתפקידה לאמת את הסיפור ולבדוק את האתר, יצאה לשארם בטיסה. אבנר ושוקה, שעמדו בראש חוליית הסקר, דווחו על גילוי חלקי עץ של ספינה באתר. מקרקעית הים בצבצו כ־4-5 קצוות צלעות רקובות שהמשכן היה טמון מתחת החול. על פי המרחק בין הצלעות וממדיהן נראה היה כי מדובר בכלי שיט גדול יותר מאלה שהתגלו בעבר. כלי החרס נלקחו לאגף העתיקות והמומחית לקרמיקה טרודה דותן קבעה, כי טרם נתגלו כלים כאלו בארץ.
הוחלט לקיים משלחת הצלה בראשותו של שוקה שפירא ובסיוע אבנר רבן כמנהל המדעי. חיל הים, יחידות מרחב שלמה ודובר צה"ל אימצו את המשלחת וסייעו רבות. בקיבוץ רמת יוחנן נרתמו הצוללים להכנת מסגרות מברזל זווית לצורך מיפוי הספינה. למסגרות הותאם מגדל לצילומי רצף. באילת הועלו ציוד המשלחת וחבריה על ספינת חיל הים "בת גלים" והפליגו לשארם, שם עברו לנחתת שהעבירה אותם אל החוף מול האתר. על החוף הוקם מחנה ובו שלושה אוהלים ושני מכלי קובייה לאספקת מים. חברת סולל בונה העמידה לרשות המשלחת מדחס, שסיפק אוויר לנרגילות ולמכשיר החפירה התת-– ימית (אייר ליפט). מפקד המרחב הקצה חדר, בו הוקמה מעבדת צילום, כך שמדי לילה פותחו והודפסו הצילומים שצולמו במהלך אותו היום. מעל האתר הוצבה רפסודה ועליה ארבעה צינורות ללחץ אוויר נמוך, לנרגילות שסיפקו אוויר לארבעה צוללים. במשלחת היה צוות קבוע של שמונה צוללים והיתר, שבעה צוללים, התחלפו מדי שבוע, וזאת על מנת לאפשר לצוללים נוספים ליטול חלק במשלחת ראשונה בהיקף כזה. תנאי הריחוק, הזבובים ומי השתייה גרמו לכך שכל צולל נפל למשכב ליומיים שלושה. הרופא הצבאי של הבסיס טיפל בחולים במסירות, תוך ידיעה שזה גורלו של כל מי שמגיע לכאן. סה"כ נטלו חלק בחפירה כ-40 צוללים לסירוגין. במשך 24 ימי הצלילה נחפרו ופונו כ-400 מטרים מעוקבים של חול, נחשפה ספינה באורך של כ-40
מטר ו-12 מטר רוחב, ועדויות לשרפה גדולה שפרצה בספינה וככל הנראה גרמה לנטישתה ולטביעתה. לא נמצאו חפצים ששימשו את הצוות ולא עצמות אדם. בסיום העבודה כוסתה הספינה בחול על מנת למנוע הרס. חלקי עץ והממצאים הועברו צפונה למחקר. מהמחקר עלה שמדובר בספינה באורך של יותר מ-50 מטר ובמעמס המתקרב ל־500 טון. כלי השייט נבנה מעץ שיובא למספנות קליסמי (סואץ) מצפון טורקיה, ונבנה על פי מסורת הבנייה העות'מאנית. הספינה טבעה כתוצאה משרפה שפרצה בה בהיותה עוגנת במפרץ. ממטענה של ספינת הסוחר שרדו קרוב לאלפיים כלי חרס, בעיקר בקבוקי מים, "צרצורים" בעלי מסננות בבסיס צווארם, אשר יוצרו באזור או דרומית לו, בחופי חיג'אז. כן התגלו מקטרות וגלגיליות עץ. כלי השייט טבע בשנות הארבעים או החמישים של המאה ה־18. לאחר הסכם השלום עם מצריים הוחזרו כל הממצאים שנתגלו בסיני, לרבות ממצאי הספינה משארם, למצרים.
סקר חופי מפרץ אילת.
באפריל 1970 חברו מפקדת מרחב שלמה, המינהל לפיתוח מרחב שלמה ורשות שמורות הטבע לקיום סקר מקיף של כל דרום סיני. לאגודה הוקצה הסקר התת-ימי - מפרצי החוף משארם א-שייח' עד לאילת, לרבות האיים טירן וסנפיר. המשלחת בראשותם של שוקה שפירא ואבנר רבן כללה כ-20 צוללים, הארכאולוג פסח בר אדון, הגאולוג יעקב ניר ובני פלד ששימש כרופא צלילה. לרשות המשלחת עמדה הספינה "נוויבה" עם קברניט יורם גלפמן ושני אנשי צוות, שתי סירות גומי, שני ג'יפים שנעו על החוף במקביל לספינה, תא להפגת לחץ (דקומפרסיה), מדחס למילוי מכלים וכל יתר הציוד לביצוע המשימה. בנוסף לסיקור הארכאולוגי-גאולוגי, הוקצה צוות לביצוע משימות על פי הנחיות ודרישות של צה"ל. הסקר התבצע החל משארם א-שייח', האיים טירן וסנפיר וצפונה בואכה אילת. בכל יום עגנה הספינה באחד המפרצים במרכז גזרת הסקר, הצוותים יצאו בהתאם למשימות שהוטלו עליהם עם סירות הגומי והג'יפים כשהם מצוידים בציוד המתאים, מים ואוכל. לעת ערב חזרו לספינת האם עמוסים רשימות, שרטוטים, צילומים וכמובן חוויות. החומר שהגיע לספינה עם הצוותים שפעלו בחוף ובים קיבל טיפול מידי, הושלמו רשימות ותחקירים, הציוד נשטף והמכלים מולאו באוויר. בינתיים דילגה הספינה למפרץ הבא ועגנה בו במשך הלילה. פעולות הסקר התחדשו למחרת באזור חדש, וכך חוזר חלילה. הסקר ארך כחודש ימים. החומר והמידע שנאסף במשלחת זו עובד ופורסם בספר עב כרס בשם "דרום סיני סיכום סקר".
חופי סיני – סקר וחפירה ב"ספינת הכספית".
בספטמבר 1970 שלח צולל שווייצרי בשם פ' ווינקלר ליוסף גלילי שתי תמונות צבעוניות של כדים גדולים המונחים זה לצד זה על קרקעית הים, עם תיאור המקום בו צולמו, לרבות עומק ומרחק מהחוף. ב-17 ביולי 1971 יצאו יוסף גלילי ושמעון פיינשטיין, פקח רשות שמורות הטבע בשארם, לסקר מוקדם באתר. תועדו וצולמו כדים בנפח של כ-150 עד 400 ליטר, מטיפוס שאינו מצוי בים התיכון. בנוסף צולמו מספר כלי חרס קטנים שהיו צמודים לאלמוגים בעומק של 30 עד 40 מטר ובמרחק של כ-50 עד 70 מטר מהחוף, במדרון תלול מאוד מכוסה באלמוגים. באפריל –מאי 1972 אורגנה משלחת חפירה של כ-15 צוללים בראשותם של שוקה שפירא ואבנר רבן. נחקרו שרידי מטענו של כלי שיט שטבע בעומק של יותר מ-30 מטר, בין העיר אופירה (צפונית לשארם א-שייח') ומפרץ נעמה (מרס אל עיט). אתר זה מוכר כ"אתר הכספית" בשל תכולתם של קנקני החרס וקדרות הנחושת שנשא כלי השיט על סיפונו. הגישה לחוף הייתה קשה. בסיוע מפקד מרחב שלמה הוקם בסיס חוף שכלל אוהל קטן, מדחס למילוי מכלים ועוקב מים. מאהל נוסף, שכלל אוהל גדול לשינה ומטבח הוקם בוואדי בשארם אלמויה, לימים חוף הדיפלומטים. התנאים היו קשים, מקום השהייה האידיאלי היה במים, אבל מאחר שהעבודה הייתה בעומק רב, יכול היה כל צולל לבצע לכל היותר שתי צלילות ביום. התגלו כלי חרס שהכילו תחמוצת כספית צמודים לאלמוג כגוש אחד וכלי ברונזה שונים. כשחפרו הצוללים בורות רדודים בקרקעית החולית באתר הופתעו לגלות כספית זורמת אל קרקעית החפירה. באתר נתגלה עוגן מעניין עם חלקי עופרת וכתובת בערבית, שהושאר על קרקעית הים. במהלך עשרת ימי החפירה נימשה חלק מכלי החרס, אחרים הושארו במקום במטרה להקים אתר עתיקות תת-ימי. סביר להניח שהכדים הגדולים שימשו לאחסון והובלת מים ואילו הקטנים שימשו להובלת הכספית. נראה שהספינה טבעה בשלהי המאה ה-16 או ראשית המאה ה-17. מהמחקר עולה שהיה זה כלי שיט קטן שנבנה לפחות בחלקו, מעצי שיטה סלילנית מקומית, ואשר הוביל מטען כספית מעקבה לחופי דרום-ערב, כנראה לצורך ניצולה בתהליך הפרדת זהב מחומרי הטפל במרכזי הפקה באתיופיה ובדרום אפריקה. לאחרונה התגלה מכרה זהב בקרבת אילת וייתכן ומטען הספינה קשור להפקת זהב באזור אילת.
חופי סיני – סקר מפרץ נעמה דרום.