עם סיום מלחמת העצמאות נמכרו כל כלי השיט שהיו ברשות הצי הקונטינטלי, ובמשך כעשר שנים לא היה לארצות הברית כוח ימי, למעט הספינות של שירות ספינות המכס של ארצות הברית. במהלך אותן שנים היו אוניות הסוחר של ארצות הברית חשופות לתקיפותיהם של שודדי הים הברברים, שמולן לא היו ספינות שירות המכס יעילות. כדי להתמודד עם שודדי הים חוקק הקונגרס את חוק ההתחמשות הימית ב־1794, שאישר את בנייתן של שש פריגטות חדשות. עד אוקטובר 1797 נכנסו כבר שלוש מהן לשירות: קונסטליישן (USS Constellation), יונייטד סטייטס (USS United States) וקונסטיטושן (USS Constitution). ג'ון אדמס, שהיה סגן נשיא ארצות הברית באותה עת היה הדמות המובילה בבניית הפריגטות, ולעיתים קרובות מכונה "אבי הצי האמריקאי". בשנים 1798–1799 לקח הצי חלק ב, ובשנים 1801–1805 השתתף ב, במהלכה הגן הצי על אוניות סוחר אמריקאיות משודדי הים הברברים, הטיל הסגר על נמליהם ותקף את אוניותיהם.
במלחמת 1812 נטל הצי חלק משמעותי. אוניות צי ארצות הברית ניצחו ב־11 דו־קרבות מול אוניות של הצי המלכותי הבריטי, והביסו שייטת בריטית ב וכך הבטיחו את פעולות צבא ארצות הברית באותה זירה. כתוצאה מניצחונו של הצי החל צבא ארצות הברית בפלישה לקנדה, שהסתיימה בניצחון אמריקאי בקרב על התמז ב־5 באוקטובר 1813, שבמהלכו נהרג טקומסה, מנהיג השבטי הילידים האמריקאיים. מותו הביא למעשה לסיומה של הברית בין האינדיאנים הצפון האמריקאים לבריטים באזור דטרויט, והשליטה האמריקאית בימת אירי ניתקה את נתיבי האספקה שדרכם הזרימו הבריטים ציוד ותחמושת לבעלי בריתם, הילידים האמריקאים, ובכך הסתיימה למעשה מעורבותם של האחרונים במלחמה. ארצות הברית שלטה על כל האזור עד תום המלחמה. למרות הניצחון בימת אירי, צי ארצות הברית לא הצליח למנוע מהבריטים להטיל הסגר ימי על נמלי ארצות הברית ולא הצליח למנוע מהבריטים להנחית כוחות.
ב־1815, לאחר סיום המלחמה, התרכז הצי בהגנת אוניות הסוחר ונתיבי הים. שייטות של הצי נשלחו ל, דרום אמריקה, אפריקה ול. ב השתתפה שייטת של הצי ב שהסתיימה בניצחון ארצות הברית ומדינות אירופה ובחיסול תופעת הפירטיות מחופי צפון אפריקה. מ־1819 ועד לפרוץ מלחמת האזרחים עסקה שייטת אפריקה של הצי בדיכוי סחר העבדים. במהלך פעילות זו לכדו אוניות הצי 36 ספינות עבדים, אם כי תרומתן של הספינות האמריקאיות הייתה קטנה בהרבה מזו של אוניות הצי המלכותי הבריטי הגדול בהרבה.
במהלך מלחמת ארצות הברית–מקסיקו (1846–1848) הטיל צי ארצות הברית הסגר ימי על נמלי מקסיקו, לכד או שרף את אוניות הצי המקסיקני במפרץ קליפורניה, ולכד את כל הערים הגדולות בחצי האי באחה קליפורניה. שייטת האוקיינוס השקט סייעה בכיבוש קליפורניה בשורה של מבצעים משולבים עם כוחות קרקעיים של מיליציות מקומיות. בחוף המזרחי ביצע הצי לראשונה מבצע נחיתה אמפיבית נרחב ראשון בתולדותיו לכיבוש וראקרוס: אוניות הצי הנחיתו 12,000 חיילים, על ציודם, ביום אחד. מתנדבים משורות הצי הנחיתו תותחי אוניות כבדים והפעילו אותם בהרעשת העיר עד לכידתה. מבצע הנחיתה המוצלח וכיבוש וראקרוס פתחו את הדרך לכיבוש מקסיקו סיטי ולסיום המלחמה בניצחון אמריקאי.
ב־1854 תפס הצי את מקומו כשחקן מוביל בתחום יחסי החוץ של ארצות הברית, כאשר קומודור מת'יו פרי הצליח להכריח את שוגונות טוקוגאווה, שליטי יפן, לחתום על הסכם קנגאווה שפתח את שעריה של יפן וביסס קשרים דיפלומטיים עם ארצות הברית.
במלחמת האזרחים של ארצות הברית היה לכוח הימי תפקיד חשוב. צי האיחוד הטיל הסגר ימי על נמלי מדינות הדרום, שהלך והתהדק לאורך המלחמה וגרם למעשה לקריסת כלכלת מדינות הקונפדרציה. ספינות מהירות של הדרום הצליחו לחדור מדי פעם דרך ההסגר, בתדירות יורדת והולכת, והיוו קשר חיים דק עם העולם. יחידות מים חומים (יחידות צי הפועלות בנהרות) השתלטו לאורך שנות המלחמה על נתיבי המים העיקריים של הקונפדרציה (בעיקר נהר המיסיסיפי, מנעו תנועה של הדרומיים והקלו על תנועת כוחות צפוניים. ההשתלטות על נהר המיסיסיפי נעשתה בשורת מבצעים משולבים של הצי וצבא הצפון, וחצו את הקונפדרציה לשתיים. במהלך המלחמה התנהל הקרב הימי הראשון בהיסטוריה, קרב המפטון רודס, בין אוניות מחופות שריון מונעות בקיטור. הקרב התנהל בין אוניית צי ארצות הברית "מוניטור" ואוניית הקונפדרציה "וירג'יניה", והסתיים ללא הכרעה.
בתחילת מלחמת האזרחים מנה הצי 42 כלי שיט בלבד, אך בשיאה שירתו בצי 671 אוניות וספינות, מהן כמה עשרות מחופות שריון. למרות הגידול הרב במספרים וביכולות הוזנח הצי לאחר מלחמה. מספר האוניות הכשירות לקרב הלך וירד, והטכנולוגיות אותן הפעיל הצי היו מיושנות. בשנות ה־80 של המאה ה־19 היה הצי במצב שבו לא יכול היה להילחם מול שום כוח אירופי, ואף לא מול צי מלחמה מדרום אמריקה.
המאה ה־20.
בשנות ה־80 של המאה ה־19 הוחל בתוכנית חידוש ומודרניזציה של הצי. בניית אוניות מחופות שריון עבור הצי הניעו את תעשיית הפלדה של ארצות הברית, והולידו את "צי הפלדה החדש". ב־1898 הנחיל הצי תבוסה מוחצת ל במהללך מלחמת ארצות הברית–ספרד ורכש הערכה מחודשת לרמתו הטכנולוגית וליכולתו המבצעית. בנייה מהירה של אוניות מערכה, תחילת פרה־דרדנוט ולאחר מכן דרדנוטים הביאו את הצי לשורה הראשונה של ציי המלחמה בעולם, כולל הצי המלכותי הבריטי והצי הקיסרי הגרמני. ב־1907 יצאו רוב אוניות המערכה של הצי האמריקני, יחד עם כמה אוניות סיוע, למסע סביב העולם. הצי שיצא למסע נקרא "הצי הלבן הגדול", ומטרתו - כפי שהוגדרה על ידי נשיא ארצות הברית, תיאודור רוזוולט, הייתה להפגין את יכולתו של הצי לפעול גם בזירה העולמית. המסע נמשך 14 חודשים, ובמהלכו הקיף הצי את כדור הארץ. ב־1911 כבר היה הצי בעיצומן של בניית אוניות מערכה מסוג סופר דרדנוט בקצב גבוה, שהיה עתיד להגיע בתוך כמה שנים לתחרות ישירה עם הצי הבריטי, אז הצי הגדול והעוצמתי ביותר בעולם. באותה שנה, 1911, רכש הצי את המטוס הראשון, מהלך שהוביל להקמת הגיס האווירי של צי ארצות הברית, אם כי מטרתו הייתה הגנת בסיסים יבשתיים. רק ב־1921 החל הצי להפעיל זרוע אווירית במשמעותה האמיתית.
מלחמת העולם הראשונה והשנים שבין מלחמות העולם.
במהלך מלחמת העולם הראשונה התמקד צי ארצות הברית במספר משימות. עם כניסת ארצות הברית למלחמה החל הצי לסייע בהגנה על האוניות שהעבירו מאות אלפי חיילים ונחתים מעבר לים, כחלק מחיל המשלוח של ארצות הברית. העברת חיל המשלוח מארצות הברית לצרפת, דרך האוקיינוס האטלנטי, בשיאה של לוחמת הצוללות הבלתי מוגבלת שהתנהלה באותה עת חייבה את ארגון האוניות בשיירות וליווין על ידי אוניות מלחמה. כחלק מהמערכה נגד הצוללות השתתף צי ארצות הברית בהנחת מחסום המוקשים הצפוני. פיקוד הצי היסס בשאלת משלוח אוניות מערכה לבריטניה, ורק לקראת סוף 1917 נשלחה לבריטניה פלגת אוניות המערכה התשיעית, שמנתה ארבע אוניות (מאוחר יותר צורפה אוניית מערכה חמישית). הפלגה נקלטה ב כאסקדרון המערכה השישי, ואפשרה לבריטים להוציא משירות אוניות מערכה מיושנות ולחלק את צוותיהן לאוניות אחרות. משחתות וכלי טיס של צי ארצות הברית השתתפו במבצעי לוחמה נגד צוללות. כוחו של צי ארצות הברית המשיך לגדול מתוקף תוכנית שאפתנית לבניית אוניות, שנשענה גם על חוק שהועבר בקונגרס ב־1916.
ב, שהתקיימה לאחר המלחמה וושינגטון בין 12 בנובמבר 1921 ל־6 בפברואר 1922, הוסכם על הטלת הגבלות על בניית אוניות מלחמה, בעיקר אוניות מערכה. שתי נושאות המטוסים הראשונות של הצי, סרטוגה (CV-3) ולקסינגטון נבנו על בסיס סיירות מערכה שבנייתן הופסקה על פי אמנת וושינגטון, שנחתמה בסיום הוועידה. בשנים הבאות עשה ממשל רוזוולט שימוש בתקציב המינהל לעבודות ציבוריות, שהוקם כחלק מהניו דיל, לבניית אוניות עבור הצי. בין האוניות שנבנו בדרך זו היו יורקטאון (CV-5) ואנטרפרייז (CV-6). ב־1936, עם השלמת נושאת המטוסים וואספ (CV-7) היה ההדחק הכולל של נושאות המטוסים של ארצות הברית 165,000 טון, אם כי הנתון הרשמי היה 135,000 טון, כדי לא לחרוג מההגבלות הרשמיות של אמנת וושינגטון.
אחד מהתומכים העיקריים בצי באותה תקופה היה פרנקלין רוזוולט, שהיה סגן שר הצי במלחמת העולם הראשונה. הוא העריך את הצי ונתן לו סיוע משמעותי. המפקדים הבכירים בצי היו להוטים לחדש וניסו מגוון טכנולוגיות חדשות, בהן טורפדו מגנטי, ופיתחו תוכנית מלחמה שנקראה תוכנית מלחמה "כתום" למלחמה היפותטית עם יפן באוקיינוס השקט, מלחמה שהפכה למציאות בתוך כמה שנים.
מלחמת העולם השנייה.