בהסכם השלום בין ישראל למצרים נקבע שישראל תהא רשאית להמשיך בפעילות איתור נעדרי צה"ל גם בתחום מצרים, ובעזרתם של המצרים. חיפוש "דקר" הוצג למצרים כפעילות לאיתור נעדרים. הוברר כי קשרי שר הביטחון עזר ויצמן עם חוסני מובארכ יאפשרו ואפילו יעודדו חיפושים בחופי מצרים. בחיל הים הוצג הנושא כ"ניצול חלון ההזדמנויות".
מעבר לבסיס התאורטי לחיפושים, ההיקש השגוי ממחקרי המצוף, נסמכו אלה גם על שמועות שונות שהיו בחיל הים, ושחיזקו לכאורה את הסברה ש"דקר" טבעה ליד חופי מצרים. שמועות אלה טענו, ש"דקר" ביקשה ואף קיבלה נתונים על מכ"מים בסוריה ובמצרים, וכי באותה עת נערך תרגיל ימי מצרי-סובייטי בקרבת החוף המצרי, בו הייתה "דקר" מעוניינת לצפות.
עיון ביומן הקשר מראה שלשמועות אלה לא היה בסיס. "דקר" לא ביקשה את נתוני המכ"מים במצרים וסוריה, ולא נרשמה כל פעילות מצרית-סובייטית מיוחדת בים התיכון באותה עת. אכן, בתרשומת הקשר בשעה 231230 (23 בינואר, 12:30) ביקשה "דקר": "שלח נתונים ומועדי הפעלה של המכ"מים החופיים שאנו עשויים לגלות בתבליט בסביבות הארץ". למחרת העבירה המפקדה את נתוני המכ"מים בחיפה ובאשדוד. דו"ח מודיעין חיל הים שנשלח לצוללת תיאר פעילות רגילה לחלוטין של הצי המצרי והרוסי.
פיקוד חיל הים קיווה להשיג באמצעות החיפושים במצרים כמה מטרות נוספות: ראשית, שיתוף פעולה עם חיל הים המצרי במשימה שתתקבל היטב בציבור; ריצוי שר הביטחון על יזמתו; רכישת ציוד איתור והקנית כושר חיפושים מתחת למים; וכן הפגנת מחויבות חיל הים כלפי המשפחות, שלאחר דו"ח המצוף האמינו ש"דקר" תימצא שם.
הדו"ח שהיווה את בסיס לחיפושים הוגש למצרים ולאמריקאים. קציני חיל הים היו ממודרים מהדו"ח הזה כדי למנוע חשיפת התנגדויות לו. המסמך תחת כותרת דו משמעית "Where Does Dakar Lies" תיאר את הבדיקות והניסויים, שערך הטכניון על המצוף. זאת כדי לתת מסכה של אמינות למסקנות לכאורה. בדו"ח שונו מספר נתונים עיקריים. כגון:- העלאת המהירות הצוללת, שינוי שעת הדיווח ל-08:00, תיאור זרם תת-מימי שסייע לכאורה לצוללת, ועוד. כל זאת כדי להצדיק בקשה לחיפוש מול נמל אלכסנדריה, אף על פי שגזרה זו הייתה מערבית יותר לגזרה ששורטטה בדו"ח המצוף, אזור שבו כביכול הותקפה "דקר" על פי הידיעות בעיתונים המצרים. האדמירל האמריקאי שקיבל את הדו"ח שאל את נספח חיל הים, אל"ם יעקב ניצן, אם הוא מאמין שמפקד ישראלי יכול היה לעשות חריגה כזאת מנתיבו. ניצן התחמק מתשובה.
אלוף שלמה אראל התנגד לחיפושים אלה; במכתב שהופנה למפקד חיל הים, אלוף זאב אלמוג, לרמטכ"ל רב-אלוף רפאל איתן, ולשר הביטחון עזר ויצמן, שב והביע אראל את אמונו במפקדי כלי השיט של חיל הים וביעקב רענן, מפקד "דקר" בפרט, והדגיש את חוסר התוחלת בחיפושים בחוף המצרי. מכתבו לא הועיל.
חיל הים רכש ציוד איתור תת-מימי מתוצרת ארצות הברית. יחידת האיתור התת-מימית של חיל הים הפעילה גוררת של החיל לצורך החיפושים. ניהול החיפושים נמסר לידי סא"ל יואב עיטם, שעמד מאחורי דו"ח המצוף מ-1969 ונעשה לראש ענף הידרוגרפיה בחיל הים. להפלגה הראשונה הוזמן כתב הטלוויזיה מיכה לימור כדי לתעד את מציאת שברי הדקר.
משפחות החללים היו מרוצות מאוד מתחילת החיפושים. הערכתם הייתה שכאשר יתחילו בחיפושים תיווצר תנופה שלא תיעצר עד למציאת הצוללת. חוה ברקאי, אלמנתו של "בומי" ברקאי, אמרה: ברבות הימים התברר כי צדקה.
החיפושים בחוף המצרי נערכו בשנים 1981–1982. הם חייבו את חיל הים להתארגנות לוגיסטית רבה, שכללה גם פרישת חוליות ישראליות בחוף המצרי, ותרמו לתרגול ורכישת ניסיון על ידי יחידת האיתור. לאחר מבצע שלום הגליל ב-1982 ביטלו המצרים את נכונותם לחיפושים. מאוחר יותר ב-1986 הסכימו לחיפושים בתנאי שיעשו על ידי חברה אמריקאית.
בוצעו שלוש סדרות חיפושים בחוף המצרי ובהם לא נמצאה ה"דקר". בינתיים התגלו פרטים חדשים על הזרמים במזרח הים התיכון, ולאור המידע החדש הגיע ראש ענף הידרוגרפיה יואב עיטם למסקנה שיש לעשות פסק זמן בחיפושים ולחזור ולבדוק את הממצאים. חלקים מהמצוף שכבר הוצב במוזיאון ההעפלה וחיל הים נשלחו לבדיקות חדשות.
משפחות החללים עקבו אחר התנהלות ועם הפסקת החיפושים במצרים שלא העלו דבר ביקשו לקיים בדיקה. מפקד חיל הים נענה לבקשה. מונתה ועדה שכללה את אלוף יוחאי בן נון, סא"ל מיל זאב אלמוג (אברוצקי) - מפקד אח"י לויתן (צ-75) בעת הטביעה ואת שלמה בן אלקנה מומחה לחיפוש נעדרים. הוועדה לא הגיעה למסקנות חדשות. בסוף שנות ה-90, כאשר חיל הים עמד בפני פריצת דרך, שקלו המשפחות לדרוש ועדת חקירה ממלכתית. פניה שהגיעה לראש הממשלה שמעון פרס, שלא מטעמם, לא נענתה. קציני צה"ל למדו לכבד את חשיבותה של ועדת חקירה והצורך להתארגן לקראתה. הערכה הרווחת בח"י שבניגוד לתחקיר יחידתי או חילי שיכול היה להביא לשיפור, חקירה בנושא שלא הסתיים הייתה פוגעת קשות במוטיבציה. ההערכה בחיל הים הייתה שאם הייתה מתמנית ועדת חקירה ממלכתית היו היוזמות נקטעות והמאמצים נפסקים.
לצורך חיפושי הדקר נרכש ציוד לחיפושים במים רדודים. נסרקו אזורי ים נרחבים בחוף המצרי ובקטע המזרחי של הים האגאי. במקביל, ביוזמת מפקד יחידת האיתור, יוסי כבשני, הוזמנה ב-1984 חברה אמריקאית להציג את יכולתה. נציגים מחברת "Williamson Associates" מסיאטל, הציגו יכולת חיפוש תת-מימי בעומקים שונים. אולם פיקוד חיל הים היה אז שרוי בקונספט החוף המצרי ולא התעניין בהצעת החברה האמריקאית.
חיפושים בים האגאי.
ב-16 במרץ 1988 מינה מפקד חיל הים אלוף אברהם בן שושן את תא"ל במילואים הדר קמחי לנהל את המשך החיפושים. קמחי שלל את התרחיש המצרי, בעיקר על בסיס נתוני הזמן והמרחב, ומינויו סימן את סיום הפעילות בחופי מצרים. תשומת הלב הופנתה לאזורים בהם הייתה הצוללת עשויה להימצא במקומות או מסלולי שיט שאינם בניגוד לפקודת ההפלגה.
מבואות הים האגאי מהוים נתיב ים חשוב לישראל, והם נמצאים בתחום המים טריטוריאליים של יוון. במסגרת החוק הבינלאומי ניתנת לכלי שיט זכות המעבר בתום לב במים אלה, אך לא לנקוט בפעילות צבאית. צוללת יכולה לעבור גם היא אך עליה לשוט על פני המים ; מצב צלילה אינו נכלל במסגרת "מעבר בתום לב".
רענן הכיר את החוק הבינלאומי והכיר היטב את האזור, ויש להניח שאם הייתה לו כוונה להיכנס לאזור זה היה מודיע על כך. בשל כך, הימצאות "דקר" בקרבת מיצרי הים האגאי הייתה יכולה לנבוע רק מאילוץ, תרחיש שניתנה לו סבירות נמוכה: על פי תרחיש זה "דקר" ניזוקה מסיבה כל שהיא ואיבדה את יכולתה ליצור קשר עם המפקדה. בשל כך פנתה הצוללת לחוף הקרוב ביותר, אך היא לא הצליחה להגיע אליו וטבעה.
בבחירת אזור החיפושים בים האגאי שררה עדיין ההנחה הבסיסית השגויה מדו"ח המדענים שהמצוף היה מחובר כל שנת 1968 לצוללת. בדיקות ספקטרומטריות חדשות שבוצעו לחול שנאסף מפינות המצוף, הראו שהוא מתאים דווקא לים האגאי. קמחי גם שם לב לכך שקו המים בתוך מכל המשדר היה אלכסוני וסבר שזה סימן להימצאות המצוף בתוך הצוללת עצמה.
מפקד חיל הים, האלוף מיכה רם, קיבל את המלצת קמחי לחיפושים, תוך ידיעה שהחיפושים נערכים באזורים בהם הסבירות להמצאות הדקר נמוכה. השלטונות היווניים לא העמידו קשיים, ובאישורם נסרקו חופי כרתים, קסוס, קרפאתוס ורודוס. הסריקות נערכו בקרבת החופים ועד עומק של 350 מטרים, אך לא הניבו תוצאות.
שמועות שהועלו בעיתונות באותה תקופה סיפרו על קריעת רשתות דייגים מול חופי סיני, והועלתה הסברה שהמדובר בשרידי הצוללת. על אף שהסבירות לכך הייתה אפסית, נשלחה ספינת איתור תת-מימי של חיל הים למקום. למרות הפרסום הרב שמשכו לעצמם הדייגים, לא נמצא דבר.
חזרה לחיפושים על הנתיב.
יכולת חיפוש בעומק רב.
יכולות איתור וחיפוש על קרקעית הים בעומק רב היו באותה תקופה רק בידי האמריקאים. ב-1963 נמצאו שברי הצוללת הגרעינית האמריקאית ת'רשר רק זמן רב לאחר שהתפוצצה בעת קריסתה, אף על פי שמקומה היה ידוע במדויק. שבריה אותרו על ידי הבתיסקף טריאסטה ואוניית המחקר האוקיינוגרפי של הצי האמריקאי "מיזר" . שרידי "ת'רשר" שנמצאו כללו שישה שברים גדולים ושברים קטנים רבים שהיו מפוזרים על שטח גדול.
במהלך השנים שלאחר מלחמת העולם השנייה רישתו האמריקאים בהידרופונים את מרחבי הימים וקיימו האזנה רצופה. ההידרופונים קלטו את רעשי הצוללות וגם הצליחו לאתר שברי צוללות שקרסו. הצוללת הגרעינית הליבוט , שהוכשרה למשימות איתור תת-מימי, מצאה באוגוסט 1968 את שרידי הצוללת הרוסית "K-129" בעומק 4,800 מטרים באוקיינוס השקט, וזאת לאחר חיפוש של שלושה שבועות בלבד.
באוקטובר 1968 נמצאה הצוללת הגרעינית סקורפיון שאבדה עקב פיצוץ מצבר בטורפדו, ב-5 ביוני 1968 בלב האוקיינוס האטלנטי. החיפושים נעשו באתר שנקבע לפי הצלבת רעשים שנרשמו במערכת , כאשר העומק באותו אזור הוא כ-3,000 מטרים. היות שפיקוד הצי סירב לקבל את האפשרות שהאובדן נגרם בעקבות הפעלה לא רצונית של טורפדו, נעשו החיפושים על ידי אוניית המחקר האוקיינוגרפי של הצי מיזר בגזרה מערבית לאתר הראשוני. לאחר חמישה חודשי חיפוש עקרים עברה מיזר לחפש מזרחה מהאתר ושברי הסקורפיון נמצאו תוך שבוע ימים.
יכולת האיתור התת-מימי הייתה חלק ממרכיבי העוצמה האמריקאית במלחמה הקרה, והם שמרו עליה בסודיות רבה גם בפני בעלי בריתם. המידע על כושר החיפוש האמריקאי במים עמוקים הגיע לישראל באמצע שנות השמונים, ונוצל לחיפוש הדקר רק באמצע שנות התשעים.
מיקוד גזרת החיפוש.