הסופר והמחנך מוקי צור כתב, בתגובה לסדרת המאמרים של מרדכי שלו אודות פרנץ קפקא, כי:
יצירתו של מרדכי שלו.
עיקר יצירתו הכתובה של מרדכי שלו היא בביקורות פרשניות על יצירות מפתח ביצירה העברית והעולמית. שיטתו התאפיינה בזיהוי היצירות אותן הוא מפרש כ"חידות" שהמפרש "פותר", כחלק מז'אנר ספרותי עתיק יומין. אליבא דשלו, האקספרסיוניזם "שינה לבלי הכר את טעמה של החידה עד שנעשתה מנוכרת לעצמה וכבר אינה יודעת שהיא חידה". פתרונותיו של שלו מצטיינים במקוריותם וברוחב היריעה שלהם, כך שהביקורת הספרותית הופכת לביקורת תרבות, ועם זאת הם מנומקים היטב. כך, למשל, אמר א. ב. יהושע על "פתרונו" של שלו ל"חידת" סיפורו הקצר של יהושע "שלושה ימים וילד", כי עם קריאת פתרונו של שלו היה .
לגבי יצירתו שבעל-פה כמורה ופדגוג, מעיר תלמידו של מרדכי שלו, איש החינוך ומי שכיהן בעבר כמנהלו האקדמי של מכון מנדל למנהיגות ד"ר דניאל מרום שעולמו היצירתי של שלו היה רחב בהרבה ממה שהשתקף מפרסומיו, ושהשיטה הפרשנית הספרותית שלו היא יישום אחד בלבד של תפיסה הגותית ישראלית מקיפה שיושמה (בידי שלו עצמו ובידי אחרים, כולל ד"ר מרום) גם בתחומי החינוך והוראת דרך, הגות, מחקר, ועוד.
יונתן רטוש כתב על שלו כי
במאמר מבוא מקיף שהקדים לפרסום חוזר של מאמריו על קפקא כולל אבידב ליפסקר-אלבק . ליפסקר מוסיף כי .
במשך חייו סירב שלו להוציא ספר שיכנס את יצירותיו ורק סמוך למותו הביע שלו את הסכמתו. בשנת 2018 הוצאת דביר פרסמה את הספר גונבים את הבשורה, בו נכללו יצירותיו הבולטות ביותר של שלו. מסה מרכזית בספר היא "גונבים את הבשורה", שפורסמה לראשונה בכתב העת אלפיים.
פרשנותו ל"מחכים לגודו" של סמואל בקט.
במסתו "גונבים את הבשורה" ניגש מרדכי שלו לפרשנות "מחכים לגודו" של סמואל בקט. במסה מציג מרדכי שלו את שיטתו הגורסת "פתרון" ל"חידות" ספרותיות ותרבותיות מרכזיות, ומציב את בעיית היהודים אחרי אושוויץ במוקד התרבות האירופית.
עיקרי "פתרונו" של שלו הם שה"חידה" עוסקת בתגובת בני התרבות האירופאית להשתלטות היהדות (בדמות הנצרות) על עולמם האלילי, תגובה הנעה בין זעם רצחני לבין ניסיון לרשת את היהודים ולגנוב את הבשורה שנועדה להם (כפי שמרמז שם המאמר), שכן:
מאמר תגובה של דניאל שליט התפרסם בכתב העת "דימוי". התייחסות למסה מופיעה גם בנאומה של טובה אילן, "לחיות ביחד".
תגובתו ופרשנותו ליצירתו של נתן אלתרמן.
סיפור מרתק על מאבקו של מרדכי שלו בנתן אלתרמן בזמן המנדט מופיע במאמרו של מרדכי נאור, וסיפור דומה מספר גם צור ארליך. מרדכי שלו פרסם (תחת הכינוי "בן בַּלְאֲדָן") מדור בשם "טור מול טור" ביומון לח"י "מברק" ובכרוזי לח"י "המעש" ו"חזית הנוער" שהודבקו על הקירות, ובו התעמת בחרוזים עם "הטור השביעי" של אלתרמן ב"דבר" תוך שימוש בשפה וסגנון אלתרמניים וציטוט פסוקים וחרוזים מתוך שיריו של המשורר. שירי התגובה היו יצירות מרשימות, ומרדכי שלו אף שמע ש"שירות הידיעות" של "ההגנה" חשד כי אלתרמן עצמו הוא "בן בלאדן", שכן רק כך אפשר להסביר את רמתם הגבוהה של השירים. אלתרמן עצמו אמר למשורר יונתן רטוש שכתיבתו של "בן בלאדן" "חוצה את שירתי וכתובה נהדר", וביקש ממנו להסדיר לו פגישה עמו, אך שלו סירב. שיאו של העימות היה בבית הבא בו פונה שלו ישירות אל אלתרמן:
בשנת 1949 פרסם שלו, תחת שם-העט "ש. מרדכי" ביקורת על יצירתו של אלתרמן בשם "חרוזי נ. אלתרמן על ארץ הנגב" בכתב-העת "סולם".
יצירתו המרכזית של שלו על אלתרמן היא מסתו הגדולה, "מי מפחד משמחת עניים", שהופיעה לראשונה בכתב העת "אלפיים" חוברות 6-5, תשנ"ב 1992. המסה הופיעה שנית תוך קיצור ועיבוד (שכן המחבר השמיט חלק ניכר ממערכת ההנמקות הספרותיות והמסורתיות לתזות שלו) בכתב העת "עיונים בתקומת ישראל".
נוסח "מתוקן ומשוכלל" הופיע, ביוזמתו של שלו, כחלק המרכזי במסכת בשם "נתן אלתרמן - שמחת עניים" בעריכת עלי אלון ויריב בן אהרון במסגרת "מחברת שדמות" (מספר 14) בהוצאת הקיבוץ המאוחד המדרשה באורנים, תשס"א 2001 (עם ציור שער של ריקה שלו).
תמצית "פתרונו" של שלו היא שמחזור השירים עוסק בעימות בין הציונות ליהדות: . וזאת על רקע אירועי התקופה - הצבא הגרמני שהתקרב אז לשערי הארץ ולידת בתו של המשורר, תרצה אתר.
התגובה הראשונה על המסה התפרסמה בד-בבד עם פרסום חלקה השני במאמר מאת עמוס עוז. התייחסויות נוספות ניתן למצוא בספרה של רות קרטון-בלום "בין הצל והלץ", ובמאמרו של עוזי שביט "אפוקליפסה, אסכטולוגיה וישועה ב'שמחת-עניים' של אלתרמן" (הופיע בספר היובל לגרשון שקד 2000). נסים קלדרון כתב מאמר ביקורת בשם "הבדלים - ימים אדומים ומחשבה ספרותית". אלישע פורת כתב ביקורת מקיפה על "שמחת עניים מסכת נתן אלתרמן". המסה נידונה במאמרו של דודו פלמה "בעד ההתנתקות (מהיהדות)".
ביקורת מקיפה על המסה מופיעה בשער הרביעי של הספר "שורת המורדים: מחקרים בספרות העברית החדשה" מאת בועז ערפלי (הוצאת כרמל 2009), במאמר שכותרתו "לא יהדות, לא ציונות: מרדכי שָלֵו כותב מחדש את שמחת עניים". בתיאור הספר באתר ההוצאה מתוארת הביקורת כך: "אם שלושת השערים הראשונים של הספר דנים בנציגים בולטים של מסורת המרד שעיצבה את התרבות העברית החדשה, הרי השער הרביעי מציג ניסיונות אופייניים להסיג את התרבות הזאת לאחור ולטשטש את המסורת החדשה שפרנסה אותה. המאמר הראשון והמרכזי בשער הזה חושף את המגמה הזאת - "ייהודו" של אלתרמן - בבסיס פרשנותו של מרדכי שלו ליצירתו המופלאה שמחת עניים, ומראה שפירוש זה איננו אלא אחיזת עיניים". המאמר הופיע ארבע שנים קודם לכן באותו שם בקתרסיס כתב עת לביקורת במדעי הרוח והחברה.
בהמשך חזר שלו לאלתרמן ול"שמחת עניים" בסדרת מאמרים שפרסם ב"הארץ", בהם חזר אל היצירה במלאת 60 שנה לכתיבתה במסגרת ביקורתו על ישראל שאחרי תהליך אוסלו. הוא פרסם ארבעה מאמרים בנושא: "שנה למלחמת ראש השנה ושישים שנה ל'שמחת עניים'", "דור אוסלו ודור ה'כאילו'", "משטורם אונד דרנג לדרנג נאך אוסטן", ו"חג המולד הנוצרי וחג המולד הצברי".
פרשנותו ליצירותיו של פרנץ קפקא.
מאמר ראשון של שלו על קפקא, "ביטול מושג הגורל ב'המשפט' לקפקא" התפרסם ב-1953, ובו טען שלו כי האירועים בספר אינם נובעים מכוח עליון שאין לשנותו, אלא דווקא מרצונו החופשי ובחירותיו של יוסף ק.
פרשנותו של שלו על "לפני החוק" של קפקא פורסמה כסדרת מאמרים ב"הארץ" בשלושת הרגלים תשנ"ח. בסדרה המקורית תוכננו ארבעה מאמרים, אך רק שלושה מהם פורסמו. בסוכות תשנ"ח פורסמו הטקסטים המקוריים עליהם מסתמכת סדרת המאמרים, "לפני החוק" של פרנץ קפקא בתרגום אילנה המרמן ומעשה ברב ובבן יחיד מאת רבי נחמן מברסלב, וכן המאמר הראשון "מעשה התאבדות הוא לא ללכת לבית-הכנסת". בפסח תשנ"ח פורסם המאמר השני "קפקא, ברגמן וסדר פסח", ובשבועות המאמר השלישי "ובשערו הפתוח אינך חפץ לבוא". מערכת "הארץ" הוסיפה אחר כך הערה סתומה (ומשובשת) לפיה "מאמר ההמשך בסדרת המאמרים של מרדכי שלו לא נדפסה מסיבות שאינן תלויות במחבר וב'תרבות וספרות'."
על פי "פתרונו" של שלו ליצירה, קפקא מדבר בה על יחסו למורשתו היהודית, כך.
ב-3 ביולי 1998 פורסם ב"הארץ" מבחר ובו חמש תגובות על סדרת המאמרים הזו תחת הכותרת "הגול המהמם של מרדכי שלו". המערכת הקדימה הערה לפיה המאמרים עוררו הדים רבים. בין המגיבים היו עמוס עוז, שהלין במכתב אל מרדכי שלו על כי
מוקי צור כתב בתגובתו את הציטוט לעיל אודות שלו כמורה, וככלל הביקורות היו נלהבות מאוד.
המאמר הרביעי החסר פורסם לבסוף במסגרת פרק מיוחד שהוקדש לביקורתו של שלו על קפקא בתוך "מעשה סיפור - מחקרים בסיפורת היהודית" כרך ג בעריכתם של אבידב ליפסקר-אלבק ורלה קושלבסקי, שפורסם בשנת 2013. אחרי פתח דבר מאת ליפסקר הופיעו שלושת המאמרים של שלו אודות "לפני החוק" מעיתון הארץ ואחריהם המאמר הרביעי החסר תחת השם "קפקא והספרות הישראלית החדשה".
פרשנותו ליצירתו של א. ב. יהושע.
מרדכי שלו חזר אל יצירתו של א. ב. יהושע כמה פעמים במהלך השנים. בשנת 1968 פרסם ב"הארץ" שני מאמרים אודות "שלושה ימים וילד", שעוררו את תגובתו לעיל של יהושע. בשנת 1970 פרסם מאמר המשך ב"הארץ" בשם "הערבים כפתרון ספרותי", ובשנת 1972 פרסם שני מאמרים נוספים בשם "מסיפור אקטואלי לטקסט ריטואלי [על בתחילת קיץ 1970]".
את מכלול פרשנותו על היצירות סיכם שלו במאמרו "חותם העקידה ב'שלושה ימים וילד', ב'תחילת קיץ 1970' ו'מר מאני'" שהתפרסם בקובץ "בכיוון הנגדי - קובץ מחקרים על מר מאני לא"ב יהושע".
על "מסיפור אקטואלי לטקסט ריטואלי" הגיב מרדכי שלגי במאמר "זה אני הנשחט, בני".
חנן חבר, במאמרו "עברית בעטו של ערבי : שישה פרקים על 'ערבסקות' מאת אנטון שמאס" משלב את מאמרו של שלו, "הערבים כפתרון ספרותי" במארג ספרותי ומטה-ספרותי מורכב במסגרת הרומן של שמאס "ערבסקות". לפי חבר, שמאס מתאר את בר-און, המקבילה הבדיונית של א. ב. יהושע, כמי שמנסה ברומן החדש שלו להתמודד (לשווא) עם הביקורת של שלו. חנן חבר גם בוחר לפתוח את מאמרו "רוב כמיעוט לאומי בסיפורת ישראלית מראשית שנות השישים" בציטוט נרחב ממאמרו זה של שלו, אליו הוא חוזר במהלך המאמר.
בשנת 2010 נדפס שוב המאמר "הערבים כפתרון ספרותי" במסגרת קובץ המאמרים "מבטים מצטלבים; עיונים ביצירת א"ב יהושע".
פרשנותו ליצירתו של עמוס עוז.
בשנת 1968 פרסם שלו מאמר בשם "מיכאל שלי לעמוס עוז", בו הוא מדבר בין היתר על השתקפות יחסי יהודים-ערבים ביחסי הגיבורה חנה עם חבריה התאומים הערבים.