למרות החוקים השונים, התנאים שלפיהם נוהל התהליך המשפטי, היו בלתי קבועים ונקבעו על פי הצרכים הפוליטיים המידיים. לעיתים ננקטו פעולות כתגובה לתלונה לגיטימית של הברונים. בהזדמנויות אחרות זכו התלונות להתעלמות. לבתי המשפט שנדדו ברחבי הארץ (Eyre) וסיפקו צדק ברמה המקומית עבור הברונים הזוטרים שהיו ממורמרים כלפי הברונים הבכירים, היה כוח מוגבל, וכך התאפשר לברונים הבכירים לשלוט במערכת המשפט המקומית. כוחם של השריפים המלכותיים גם הוא התערער במהלך ימי מלכותו של הנרי. בעת ההיא התמנו אנשים פחות איכותיים לתפקיד גביית מיסים. מאמציהם הגדולים יותר להטיל קנסות ולגבות חובות, גרמו לפופולריות פחותה שלהם בקרב המעמדות הנמוכים. שלא כמו אביו, לא גבה הנרי חובות כבדים שחבו הברונים לעיתים קרובות לכתר והוא היה איטי בקצב גביית חובותיו.
חצר המלכות.
חצר המלכות של הנרי אוישה באישים הנאמנים עליו, כמו ריצ'רד דה קלייר, האחים יו ורוג'ר ביגוד (Bigod), המפרי דה בוהון (de Bohun) ואחיו של הנרי, ריצ'רד. הנרי שאף לנצל את חצר המלכות כדי לאחד את נתיניו האנגלים ונתיניו מהנחלות שביבשת והחצר כללה גם את סימון החמישי דה מונפור, במקור אביר צרפתי שנישא לאחותו של הנרי, אלינור וקיבל את התואר רוזן ליסטר, בנוסף לקרובים שהיו להנרי מאוחר יותר ממשפחות ליזיניאן ומדוכסות סבויה. חצר המלכות של הנרי הלכה בעקבות הסגנונות והמסורות האירופאיות והושפעה מאוד מהמסורות של משפחתו של הנרי מאנגווין. צרפתית הייתה השפה המדוברת, לחצר היו קשרים הדוקים לחצרות המלכות של צרפת, קסטיליה, האימפריה הרומית הקדושה וממלכת סיציליה והנרי פרש את חסותו על אותם אנשי רוח כמו שליטים אירופאים אחרים.
הנרי העביר פחות זמן במסעות בהשוואה לקודמיו, בחפשו שקט ושלווה ובשהות ארוכה יותר בכל אחד מארמונותיו. כתוצאה מכך הוא העניק תשומת לב מרובה יותר לארמונותיו ולמעונותיו. על פי ההיסטוריון של האדריכלות, ג'ון גודול (Goodall) היה הנרי הפטרון הכפייתי ביותר של האומנויות והאדריכלות מבין כל מלכי אנגליה. הוא הרכיב את המכלול המלכותי בוסטמינסטר, אחד מהמעונות החביבים עליו, בנה מחדש את הארמון ואת המנזר בעלות של כמעט 55,000 ליש"ט. הוא בילה בווסטמינסטר זמן רב יותר מאשר כל אד מקודמיו ובכך ביסס את מעמדה של לונדון כבירת אנגליה.
הנרי הוציא 58,000 ליש"ט על מצודותיו המלכותיות, ביצע עבודות נרחבות במצודת לונדון ובמצודות של לינקולן ודובר. ההגנה הצבאית ומבני המגורים של מצודות אלה שופרו באופן משמעותי. שיפוץ רחב ממדים בטירת וינדזור הפך אותה לארמון מפואר, שהסגנון שלה השפיע על עיצובים של מבנים רבים באנגליה ובוויילס. מצודת לונדון הורחבה כדי ליצור את המבצר המרכזי עם אגפים נוספים, אף על פי שהנרי השתמש במצודה בעיקר כמקום מקלט בעת מלחמה או מתחים פנימיים. הנרי גם החזיק בפינת חי במצודת לונדון, מסורת שהוחל בה בימיו של אביו, והיא כללה פיל, נמר וגמל.
ב-1247 ביצע הנרי רפורמה במערכת המטבע של אנגליה. לצורך מימון הרפורמה, נזקק הנרי לסיוע כספי מאחיו ריצ'רד, אך המעבר בוצע במהירות וביעילות. בין השנים 1243–1258 אסף הנרי שני מטמוני מטבעות גדולים של זהב.
הנרי היה ידוע בשל הפגנות האדיקות הפומביות שלו. הוא קידם את קיומן של תפילות מפוארות והדורות ובאופן אופייני לתקופה הוא ניהל מיסה לפחות אחת ליום. הוא תרם בנדיבות למטרות דתיות, שילם עבור כלכלתם של 500 עניים כל יום ותמך ביתומים. הוא צם לפני טקסי האזכרה לאדוארד המודה ונהג לרחוץ את רגליהם של מצורעים. הנרי נהג לקיים עליות לרגל למנזרים שונים, אף על פי שלעיתים ניתן היה להבין שהוא השתמש במסעותיו אלה כתירוץ להתחמק מהתעסקות בבעיות שעה בוערות.
הנרי היה שותף בהרבה מדעותיו הדתיות עם לואי מלך צרפת, ונראה היה שהשניים מנסים להתחרות איש ברעהו באדיקותם. לקראת סוף תקופת מלכותו, החל הנרי להיות מעורב בטיפול בחולי שחפת, על ידי קיום מגע איתם שנקרא "המגע המלכותי" (Royal touch), ככל הנראה מתוך ניסיון לחקות את מנהגו הדומה של לואי. ללואי היה אוסף מפורסם של שרידי קדושים הקשורים לישו שאותם הוא אכסן בכנסיית סנט שאפל והוא הוביל את הצלב האמיתי בחוצות פריז ב-1241. ב-1247 השיג הנרי את שריד הקדושים שנקרא "הדם הקדוש" (שעל פי האמונה היה דמו של ישו), שאיתו הוא צעד דרך וסטמינסטר כדי לאכסנו במנזר וסטמינסטר.
הנרי תמך במיוחד במסדרי הנזירים המנדיקנטים והקים עבורם מנזרים במקומות שונים ברחבי אנגליה. הוא תמך במסדרים צבאיים נוצריים וב-1235 הוא נעשה לפטרון של המסדר הטבטוני. עלייתן של האוניברסיטאות של אוקספורד וקיימברידג' עוררה אף היא את תשומת הלב המלכותית. הנרי חיזק את האוניברסיטאות ועודד מלומדים לעבור מפריז וללמד בהן. מוסד אקדמי מתחרה שהוקם בנורת'האמפטון הוכרז על ידי הנרי כבית ספר כדי שהוא לא יחשב לאוניברסיטה.
לתמיכה שניתנה להנרי ממוסד האפיפיורות במהלך שנות מלכותו הראשונות, הייתה השפעה ארוכת טווח על יחסו כלפי רומא והוא הגן על מעמדה של הכנסייה במשך כל תקופת מלכותו. רומא במאה ה-13 הייתה מרכז כלל אירופאי של הכנסייה ומרכז פוליטי במרכז איטליה, שאיים על האימפריה הרומית הקדושה מבחינה צבאית. במהלך תקופת מלכותו של הנרי, פיתח מוסד האפיפיורות, מרכז מנהלי חזק ומרכזי. על רקע זה התגלעו ב-1250 מתחים בין הממסד הדתי ברומא ובישופים מקומיים באנגליה. אף שהכנסייה הסקוטית הייתה יותר עצמאית באותה תקופה, נציג האפיפיור סייעו להנרי להמשיך להטיל את השפעתו על האירועים שם ממרחק. ניסיונותיו של האפיפיור אינוקנטיוס הרביעי לגייס תרומות החלו להוות תחרות לכנסייה האנגלית באותה תקופה. ב-1240 עוררה הגעתה של משלחת האפיפיור לאיסוף כספים למימון המלחמה של מדינת האפיפיור עם האימפריה הרומית הקדושה, מחאות שעליהן התגברו המלך והאפיפיור עד מהרה ובשנות החמישים של המאה ה-13 זכו ההתרמות של הנרי לטובת מסעי הצלב ליחס דומה.
יחסיו עם היהודים.
היהודים באנגליה באותה תקופה נחשבו לרכוש הכתר, והם שימשו באופן מסורתי כמקור להלוואות זולות ולמקור קל לגביית מיסים, וזאת בתמורה להגנה מלכותית כנגד אנטישמיות. היהודים סבלו מרדיפות במהלך מלחמת הברונים הראשונה, אך בראשית תקופת מלכותו של הנרי פרחה הקהילה היהודית באנגליה והפכה לאחת המשגשגות ביותר באירופה. כל זה קרה כתוצאה מעמדתה של ממשלת העוצרות, שנקטה בשורה של צעדים להגנתם של היהודים ועודדה מתן הלוואות. צעדים אלה הונעו על ידי אינטרסים כלכליים עצמאיים, שכן המדינה הפיקה רווחים מקהילה יהודית חזקה באנגליה. מדיניות זו הופעלה בניגוד להנחיות שהועברו מהאפיפיור, שהניח יסודות לצעדים אנטי-יהודיים בועידת לטראנו הרביעית ב-1215. ויליאם מרשל המשיך במדיניותו למרות הטענות שהועלו מצידה של הכנסייה.
ב-1239 הניח הנרי יסודות למדיניות חדשה, בנסותו שוב לחקות את זו של המלך לואי בצרפת. מנהיגים יהודים בכל רחבי אנגליה נכלאו ואולצו לשלם קנסות בשווי של שליש מערך רכושם וכל יתרת ההלוואות שנתנו היהודים בוטלה. בהמשך הועמדו בפני היהודים דרישות כספיות נוספות כבדות. לדוגמה, סכום של 40,000 ליש"ט נדרש מהם ב-1244, מתוכם שני שלישים נאספו במשך חמש שנים, והרסו את היכולת של הקהילה היהודית להלוות כספים כהלוואות מסחריות. הנרי הקים בלונדון "בית המרה" (Domus Conversorum) ב-1232 כדי לסייע ליהודים להמיר את דתם לנצרות והמאמצים הללו נעשו אינטנסיביים יותר לאחר 1239, כאשר 10 אחוזים מיהודי אנגליה המירו את דתם עד לסוף שנות החמישים של המאה ה-13. עלילות דם פרחו בשנות החמישים ובתגובה העביר הנרי את חוק היהדות (Statute of Jewry) ב-1253, שמטרתו הייתה לבודד את היהודים ולכפות עליהם לענוד את הטלאי הצהוב, אך לא ברור באיזו מידה יושם החוק למעשה.
שלטון יחיד (1234 – 1258).
נישואין.
הנרי בדק מגוון של אפשרויות למועמדות לנישואין בימי צעירותו, כל המועמדות לא היו מתאימות מסיבות פוליטיות מקומיות ובינלאומיות. ב-1236 הוא נשא בסופו של דבר לאישה את אלאנור, בתם של רמון ברנגר (Ramon Berenguer), רוזן פרובאנס ושל ביאטריס מסבויה. אלאנור הייתה טובת הליכות, תרבותית ורהוטה, אך הסיבה העיקרית לנישואין אלה הייתה פוליטית, מאחר שהנרי עמד ליצור מערכת של בריתות חשובות עם שליטי דרום ודרום-מזרח צרפת. בשנים הבאות התגלתה אלאנור כפוליטיקאית ממולחת וחזקה. ההיסטוריונים מרגרט האוול ודייוויד קרפנטר מתארים אותה כדמות הרבה יותר לוחמנית, קשוחה ונחושה מאשר בעלה.
הסכם הנישואין אושר ב-1235 ואלאנור נסעה לאנגליה כדי לפגוש את הנרי בפעם הראשונה. טקס הנישואין התקיים בקתדרלת קנטרברי בינואר 1236 ואלאנור הוכתרה כמלכה בווסטמינסטר זמן קצר לאחר מכן. בין השניים היה פער גילים ניכר. הנרי היה בן 28 ואלאנור הייתה בת 12, אך מרגרט האוול מציינת שהמלך היה נדיב וחמים והכין את עצמו להיות בעל דואג ואוהב לאשתו. הנרי העניק לאלאנור כמות גדולה של מתנות והקדיש תשומת לב אישית להכנתו ולציודו של משק הבית שלה. הוא גם שיתף אותה באופן מלא בחייו הדתיים, כולל מסירותו לאדוארד המודה.