ההתייחסויות הפורטוגזיות הראשונות למאלקה מופיעות לאחר חזרתו של ואסקו דה גאמה ממסעו לקליקוט שפתח מסלול ישיר להודו סביב כף התקווה הטובה. היא תוארה כעיר שנמצאת 40 יום מהודו, בה נמכרו ציפורן, אגוז מוסקט, חרסינה ומשי, וכביכול נשלטה על ידי ריבון שיכול היה לאסוף 10,000 איש למלחמה והיה נוצרי. מאז, המלך מנואל גילה עניין ביצירת קשר עם מאלקה, מתוך אמונה שזה יהיה האנטימרידיאן של חוזה טורדסיאס. בשנת 1505 מונה דום פרנסיסקו דה אלמיידה על ידי המלך מנואל הראשון מפורטוגל כמשנה למלך בהודו הפורטוגזית, שהוטל עליו בין השאר, לגלות את מיקומו המדויק.
עם זאת, דום פרנסיסקו, לא הצליח להקדיש משאבים למיזם, שלח באוגוסט 1506 רק שני שליחים פורטוגזים סמויים, פרנסיסקו פריירה ואסטבאו דה וילנה, על סיפון ספינת סוחר מוסלמית. המשימה בוטלה לאחר שהתגלתה וכמעט נעשה בהם לינץ' והם חזרו לקוצ'ין בנובמבר.
העיר מאלקה.
נוסדה בראשית המאה ה -15, דרכה עבר כל הסחר בין סין להודו. כתוצאה ממקומה האידיאלי. בעיר גרו קהילות רבות של סוחרים שכללו ערבים, פרסים, טורקים, ארמנים, בנגלים, סיאמיים ועוד, כאשר המשפיעים ביותר היו הגוג'ראטים המוסלמים והג'אוונים, הינדים וסינים. על פי דבריו של הרופא הפורטוגזי טומם פירס, שחי במאלקה בין 1512 ל -1514, דיברו במאלקה 84 דיאלקטים. הפורטוגלי רואי דה אראוג'ו אמר כי היו בה 10,000 בתים, עם אוכלוסייה מוערכת של לפחות 40,000.
העיר נבנתה על אדמת ביצות והוקפה ביער טרופי, והייתה צריכה לייבא הכל למען קיומה, כמו אורז, המסופק על ידי הג'וואנים.
קשר ראשון עם הפורטוגזים.
המלך מנואל לא התרשם מחוסר התוצאות של אלמיידה, באפריל 1508, ושלח צי ישירות למאלקה, שהורכב מארבע אוניות בפיקודו של דייגו לופס דה סקיירה, שהוטל עליו גם לתאר את מדגסקר ולאסוף מידע על הסינים. סקיירה קיבל הוראות מלכותיות המורה לו באופן ספציפי לקבל אישור לפתיחת עמדת סחר בדיפלומטיה ובשלום, לא להגיב על שום פרובוקציות ולא לפתוח באש אלא אם יורים עליו.
באפריל 1509 הצי היה בקוצ'ין והמשנה למלך, דום פרנסיסקו דה אלמיידה, שילב צי נוסף כדי לחזק אותו. ההחלטה לא הייתה לגמרי תמימה, שכן על סיפונה נסעו כמה מתומכי יריבו הפוליטי של אלמיידה, אפונסו דה אלבוקרקי. בין אנשי הצוות שלה היה גם פרדיננד מגלן.
המשלחת הגיעה למאלקה בספטמבר 1509 ומיד ביקש סקיירה ליצור קשר עם הסוחרים הסיניים בנמל. הם הזמינו אותו אל סיפון אחת ספינות המסחר שלהם וקיבלו אותו יפה לארוחת ערב וקבעו פגישה עם הסולטאן מחמוד. הסולטן העניק מייד לפורטוגל את האישור להקים נציגות וסיפק מבנה פנוי למטרה זו. עם זאת, מתוך חשש מהאיום שהפורטוגלים הציבו באינטרסים שלהם, קהילות הסוחרים החזקות של גוג'ראס והג'אוויים המוסלמים שכנעו את הסולטאן מחמוד לבגוד וללכוד את הפורטוגזים.
סקיירה בינתיים היה כל כך משוכנע בחביבותו של הסולטאן, עד שהוא התעלם מהמידע אותו קיבל דוטרטה פרננדס, נוצרי שקיבל מידע בפונדק פרסי על ההכנות להשמדת הצי. המידע אושר אפילו על ידי הסוחרים הסיניים. הוא שיחק בשחמט על ספינת הדגל שלו כשהצי המלאי, המחופש לצי סוחר, ארב לספינות הפורטוגזיות. הפורטוגלים הדפו כל ניסיון עלייה לספינה, אך התמודדו עם מספר גדול של ספינות מלאיות, ולא הצליחו להנחית כוחות כדי להציל את הפורטוגלים שנשארו בנציגות בחוף. דה סקיירה קיבל את ההחלטה לשוט חזרה להודו לפני תחילת המונסון והשאיר אותם בדרום מזרח אסיה.
לפני היציאה הוא שלח הודעה לסולטן בצורת שני שבויים כל אחד עם חץ דרך גולגולתו כעדות על מה שיקרה להם אם ייגרם נזק ל -20 הפורטוגזים שנשארו מאחור.
הכנות לכיבוש.
כשהגיע לטרוונקור באפריל, שמע סקיירה כי אפונסו דה אלבוקרקי החליף את דום פרנסיסקו דה אלמיידה כמושל הודו הפורטוגזית. מתוך חשש מפני פעולות תגמול מאלבוקרקי על תמיכתו בעבר באלמידה, סקיירה הפליג מייד לפורטוגל.
באותה תקופה בליסבון, שלח המלך מנואל צי נוסף קטן יותר בפיקודו של דייגו דה וסקונלוס כדי לסחור ישירות עם מאלקה, מתוך הנחה שסקיירה הצליח ליצור קשרים מסחריים עם העיר. וסקונלוס הגיע לאי אנגדיבה באוגוסט 1510 ושם מצא את המושל אפונסו דה אלבוקרקי, כשהוא מארגן את כוחותיו לאחר שלא הצליח לכבוש את גואה כמה חודשים לפני כן, וחשף את כוונותיו להפליג מייד למאלקה. אלבוקרקי קיבל בינתיים הודעות מהשבויים במאלקה. המכתבים נשלחו באמצעות השליחים של הסוחר החזק ביותר במאלקה, הינדי בשם נינה צ'אטו שהתערב עבור הפורטוגזים. במכתבים היה פירוט כוחו הצבאי של הסולטאן, החשיבות האסטרטגית של מאלקה כמו גם את היחס אליהם. אלבוקרקי היה מודע לחלוטין לכך שאם וסקולנוס ימשיך למאלקה בכוח צבאי קטן הדבר יהיה כמעשה התאבדות. הוא הצליח לשכנע אותו לסייע לכבוש את גואה בהמשך אותה שנה במקום מאלקה.
כשגואה נכבשה בידי הפורטוגלים בדצמבר, התעקש וסקונסלוס לאפשר לו להמשיך למאלקה. וסקולנוס ניסה להפליג כנגד הוראות אלבורקיקי, ולכן הוא נכלא. אלבוקרקי לקח לעצמו פיקוד ישיר על המשלחת ובאפריל יצא מקוצ'ין יחד עם 1000 איש ו -18 אוניות.
מעבר האוקיינוס ההודי.
במהלך המעבר לדרום מזרח אסיה, הארמדה איבדה שתי אוניות. בסומטרה חילץ הצי תשעה אסירים פורטוגזים שהצליחו להימלט לממלכת פדיר. הם הודיעו לאלבוקרקי שהעיר מפולגת בתוכה, וכי לאחרונה נרצח גזבר העיר. שם הם פגעו בכמה סדנאות של סולטנות גוג'אראט, אויבי הפורטוגלים.
כאשר עבר על יד ממלכת פאסם, בסומטרה, הפורטוגלים נתקלו באונייה מאוד גדולה, יותר מאשר ספינת הדגל שלהם, ה"פלור דו מאר". התפתח קרב ימי, שבתחילה נראה כי הפורטגלים לא מצליחים להשמיד את האוניה העצומה, אך לאחר יומיים של הפגזה רצופה, נהרס ההגה התורנים שלה נפלו ורוב אנשי הצוות נהרגו. כשעלו על סיפונה מצאו הפורטוגלים בן למשפחת המלוכה של פאסם, שאלבוקרקי קיווה שיוכל להחליף אותו עבור האסירים הפורטוגלים.
הכיבוש הפורטוגלי.
באחד ביולי הגיעה הארמדה הפורטוגזית למאלקה, פרשה את תותחיה והסתדרה במערך קרבי, מה שגרם למהומה רבה בנמל. אלבוקרקי הצהיר ששום ספינה לא תוכל להפליג ללא רשותו ומיד ניסה לנהל משא ומתן על החזרתם הבטוחה של כל האסירים שנותרו עדיין לכודים במאלקה. כיוון שאלבוקרקי ראה בהתנהלותו של הסולטאן בגידה, הוא דרש להחזיר את האסירים ללא כופר, אך מחמוד שאח השיב בצורה מעורפלת ומתחמקת והתעקש שאלבוקרקי יחתום על הסכם שלום לפני כן. במציאות, הסולטאן ניסה לקנות זמן כדי לבצר את העיר ולהחזיר את הצי.
אלבוקרקי בינתיים המשיך לקבל הודעות מהאסיר רואי דה אראוג'ו, שהודיע לאלבוקרקי על כוחו הצבאי של הסולטאן, באמצעות נינה צ'אטו. הסולטאן יכול היה לגייס 20,000 איש, שכללו חיילים טורקים ופרסים, אלפי כלי ארטילריה ועשרים פילי מלחמה, אך הוא ציין כי התותחים היו ישנים. אלבוקרקי עצמו ידווח אחר כך למלך כי רק 4,000 אנשים מהם היו מוכנים לקרב.
הסולטאן מצידו לא נבהל יותר מדי. בהמשך כתב אלבוקרקי למלך מנואל כי למורת רוחו הגדולה הצליח הסולטאן איכשהו להעריך נכונה את המספר הכולל של החיילים שעל סיפון האוניות. לפיכך, הוא, הסולטאן נשאר בעיר וארגן את הגנתה, "ולא הבין את הסכנה הגדולה שהוא מכניס את עצמו".
לאחר שבועות של משא ומתן תקוע, באמצע יולי, הפציצו הפורטוגלים את העיר. הסולטן נבהל, ושיחרר מייד את האסירים ואלבוקרקי ניצל את ההזדמנות ודרש עוד פיצויים מהסולטאן: 300,000 קרוזדו ואישור לבנות מבצר בכל מקום שירצה. הסולטאן סירב. יש להניח כי אלבוקרקי כבר צפה את תגובתו של הסולטאן. המושל אסף את קברניטיו וחשף את תוכניתו - כי התקיפה תתרחש למחרת בבוקר, 25 ביולי, יום סנטיאגו.
במהלך המשא ומתן ביקרו את אלבוקרקי נציגים של כמה קהילות סוחרים, כמו ההינדים, שהביעו את תמיכתם בפורטוגזים. הסינים הציעו לעזור בכל דרך שיוכלו. אלבוקרקי ביקש רק מספר דוברות שיעזרו להנחית את הכוחות ואמר כי הוא לא מאחל לסינים לסבול פעולות תגמול אם התקיפה תיכשל. הוא גם הזמין אותם כדי לצפות בלחימה בבטחה מרחוק, והרשה לכל מי שרוצה לצאת להפליג ממאלקה. דברים אלה הותירו על הסינים רושם טוב מאוד.
תקיפה ראשונה.
אלבוקרקי חילק את כוחותיו לשתי קבוצות, הקטנה יותר בפיקודו של דום ז'ואו דה לימה וכוח גדול יותר עליו פיקד באופן אישי. הנחיתה החלה בשעה שתיים לפנות בוקר. בזמן שהצי הפורטוגזי הפגיז עמדות אויב בחוף, חיל הרגלים חתר בסירות לחופים משני צדי גשר העיר. הם נתקלו באש ארטלרית לא יעילה.
אלבוקרקי הנחית את כוחותיו ממערב לגשר, המכונה Upeh, ואילו דום ז'ואאו דה לימה נחת בצד המזרחי, שם נמצאו ארמון הסולטאן והמסגד. הפורטוגזים התקיפו את עמדות ההגנה, שברו כל התנגדות לפלישתם. עם התגברות הקרב הם תקפו ברחוב הראשי והמשיכו לעבר הגשר, שם התמודדו עם התנגדות נוקשה והתקפה שהגיעה מאחוריהם.
בצד המזרחי התמודדה הקבוצה של דום ז'ואאו במתקפת נגד של חיל המלכות עם פילי מלחמה, בפיקודו של הסולטאן עצמו, בנו אלאדין וחתנו, הסולטאן מפאנג. הפורטוגלים הרימו את החניתות שלהם ותקפו את הפיל המלכותי, וגרמו לו לפנות בבהלה, שאר הפילים ברחו וגרמו לאי סדר בכוחות המגינים. הסולטאן נפל מהפיל שלו ונפצע, אך הצליח להימלט בתוך הבלבול שנוצר. באמצע היום נפגשו שתי הקבוצות הפורטוגליות על הגשר, ותקפו את אחרוני המגינים שקפצו לנהר ושם יירטו אותם צוותי דוברות הנחיתה. כשהגשר מאובטח, הרימו הפורטוגלים יריעות קנבס כדי להגן על הרגליים המותשים מהשמש העזה. המשך ההתקפה נדחה.