בהמשך מונה יצחק רבין לקצין המבצעים של הפלמ"ח ובמקומו מונה כמפקד הגדוד השני משה נצר. בסוף נובמבר נמסר לנצר במטה הפלמ"ח שיש לתגבר את היחידות בנגב ושפלוגה ב' שמחלקותיה בנען, גבעת ברנר וכפר מנחם יתגברו את פלוגה י"ב שבנגב. נצר קיבל את הפיקוד על כל הנגב ולסגנו מונה משה ברכמן. דוד ניב היה לקצין במבצעים ודוד קרון איש הש"י השלים את המטה שלו. ב-29 בנובמבר ירדה לנגב פלוגה ב' בפיקודו של נימרוד לויטה לנגב הדרומי והייתה בהמשך חלק מהגדוד השמיני ומיד אחר כך ירדה גם פלוגה ה' שהתפרסה בקיבוצים הצפוניים והתחברה ליחידות שהיו לחלק מהגדוד השני.
עד אמצע דצמבר נפלו שלוש חוליות של אנשי הפלמ"ח שביצעו סיורים רגליים בנגב, דבר שהסעיר את הפיקוד העליון. ב-15 בדצמבר הציע שלום עשת יועצו הצבאי של בן-גוריון לפנות את כל המרחב שמדרום לכביש עזה באר שבע. בן-גוריון סירב להצעה והטיל על עשת לתכנן את ביצור הנגב. תוכניתו של עשת שהוגשה למחרת לבן-גוריון כללה תגבור של חמישים לוחמים בכל ישוב, בסך הכל כ־1000 איש, בניית ביצורים, פינוי אוכלוסייה בלתי לוחמת מצפון לקו עזה - באר שבע, גדרות תיל, מוקשים, פטרולים כלי רכב לפטרולים וכדומה.
גם יצחק שדה שחזר מסיור בנגב ב-15 בדצמבר, המליץ לבן-גוריון להגדיל את כוח האדם לאלף איש. לספק ללוחמים כלי רכב משוריינים, נשק ארוך טווח, לבצר את היישובים כהלכה ועוד. ב-20 בדצמבר הוקמה ועדת הנגב שמשימותיה היו ציוד היישובים וביצורם. ב-11 בינואר החליט מטה הפלמ"ח להקים בנגב גדוד נוסף, את הגדוד השביעי, ולהכליל את הפיקוד על כל הכוחות בנגב במסגרת חטיבה תחת פיקודו של נחום שריג. ב-18 בינואר הציע יגאל אלון בישיבה למנות את שריג למפקד ולצרף אליו מטה של מספר אנשים שיטפלו גם בנושאים האזרחים. בן-גוריון הציע למנות לתפקיד מושל עם שני סגנים אחד לנושאים צבאיים ושני לנושאים אזרחים. הוא הציע לתפקיד את שאול אביגור ואת דיין ושריג לסגניו. גלילי שכנע את אביגור לא לקבל את התפקיד והוא יצא בשליחות רכש לחו"ל.
בשלב זה החליט שריג לבצע חלוקה חדשה של היחידות כאשר הכוחות שבנגב הדרומי יהוו גדוד חדש: גדוד שמיני בפיקודו של חיים בר-לב שהיה עד שלב זה מפקד קורס מ"כים של הפלמ"ח.
כך למעשה על בסיס שני גדודים בלבד: הגדוד השמיני בנגב הדרומי בפיקודו של בר לב שמפקדתו הייתה בצאלים, והגדוד השני בנגב הצפוני בפיקודו של משה נצר שמפקדתו הייתה ליד ניר עם, ועם מטה החטיבה במחנה מקורות שליד ניר עם שהיה בו גם מרכז לוגיסטי, בית חולים שדה ועוד, הוקם הבסיס לחטיבת הנגב. סך כל החטיבה על שני גדודיה מנו כ־900 איש.
עד אמצע מרס 1948 ניסה בן-גוריון להפריד את חטיבת הנגב ממטה הפלמ"ח ולמנות במקום נחום שריג את שלמה שמיר יוצא הצבא הבריטי לשעבר.
למעשה פיקד נחום שריג על הנגב חודשיים לפני שקיבל את אישור הפיקוד העליון.
היסטוריה.
מלחמת העצמאות.
ערב מלחמת העצמאות.
החטיבה הוקמה על בסיס שני גדודי פלמ"ח:
הגדוד השני בפיקודו של משה נצר,
הגדוד השמיני בפיקודו של חיים בר-לב, אשר בעצמו הוקם על בסיס פלוגה ב' של הגדוד השני.
גדודים שצורפו לאחר הקמת החטיבה:
הגדוד השביעי בפיקודו של יוחנן זריז,
הגדוד התשיעי גדוד פשיטה ממוכן שהוקם בהמשך מתוך החטיבה בפיקוד ישראל כרמי. בסיסו של הגדוד היה ליד קיבוץ רוחמה בנגב.
בשלבו הראשון, כלל הגדוד שתי פלוגות ג'יפים של "יחידת הפשיטה" ואת יחידת "חיות הנגב" בהרכב של שתי מחלקות שהועברה לצורך זה מהגדוד השני וצוידה ב-10 זחל"מים, והוסבה לפלוגת חרמ"ש.
הגדוד התשיעי היה הגדוד היחידי מחטיבת הנגב-פלמ"ח, שהמשיך להתקיים לאחר סיומה של מלחמת העצמאות.
ערב הכרזת העצמאות
השתתפה החטיבה בכיבוש משלטי חוליקאת (האזור שמצפון למקום בו נמצאת היום העיר שדרות), במטרה לקדם את פני הפולש המצרי.
לחטיבה צורפו מספר יחידות נוספות, בהן פלוגת שיריוניות ומחלקת "חיות הנגב" של הגדוד השני, בפיקודו של שמחה שילוני, שהקימה את גדוד הפשיטה (הגדוד התשיעי). למפקד החטיבה התמנה נחום שריג. "חיות הנגב" החלו את דרכם כשהם רכובים על-גבי ג'יפים בגדוד השני, והתפרסמו כשהניסו את ההתקפה המצרית השנייה על קיבוץ נגבה. המחלקה גדלה לכדי פלוגה, ובמבצע יואב כבר הייתה לגדוד פשיטה שנקרא בשם גדוד 9. גדוד 9 עצמו עבר גלגולים שונים והיום הוא גדוד חש"ן בחטיבה 401.
פרוץ המלחמה.
הצבא המצרי שפלש לנגב ב-15 במאי 1948 תקף תחילה את כפר דרום, נירים ויד מרדכי. הוא התעכב חמישה ימים בכפר דרום ונירים, ועוד חמישה ימים בקרב על יד מרדכי. לאחר מכן המשיך צפונה, עד סמוך לג'סר איסדוד כ-3 קילומטרים מצפון לעיירה הערבית איסדוד. שם נבלמה התקדמות הצבא המצרי על בסיס מכשול טבעי, גשר על נחל לכיש (ואדי סוכריר) במקום שנקרא היום על שם האירוע: "גשר עד הלום".
הצבא המצרי לא חידש התקפתו צפונה, אלא ביסס קו רוחב שנשען על מג'דל במערב וחטיבה שהתמקמה באזור אל-פאלוג'ה (צומת פלוגות היום).
לאחר מלחמת העצמאות.
בשלהי 1949 הפכה חטיבת ה"נגב" (12) לחט' חי"ר מילואים בצה"ל ונטלה חלק בפעילות בט"ש ואימונים. מפקדת החטיבה וגדודיה השתתפו בתרגילים הפיקודיים והמטכליים בשנות החמישים, שכונו "תמרונים". במסגרת החטיבה פעלה בין השנים 1951–1952 יחידת סיור סדירה בשם יחידה 30 שעליה הוטלה המשימה להילחם במסתננים באזור מסוים שכונה "המערב הפרוע", באזור בית גוברין.
החטיבה הוכפפה לפיקוד דרום.
מלחמת סיני.
בשנת 1955 התמנה קצין יוצא פלמ"ח ותיק, אל"ם דוד אלעזר, "דדו", למפקד החטיבה.
1.2.55 - החטיבה מוכפפת לפיקוד המרכז, כשהיא כוללת 3 גדודי חי"ר: גדוד 44 (אחר כך 132), גדוד 75 (אחר כך 76) ו-112.
במבצע קדש, במהלך החודשים אוקטובר ונובמבר 1956, הופעלה החטיבה בצפון רצועת עזה בלכידת חוליות ה"פדאיון" וכיבוש הרצועה. גדוד 112, הוטס לא-טור, כבש את אזור א-טור וראס סודר, החליף את כוח הצנחנים שהיה באזור ואיפשר להם לנוע דרומה לעבר שארם א-שייח'.
1966-1958.
בשנת 1958 עברה החטיבה תהליך התארגנות מחדש. גדוד 44 שונה ל-132 וגדוד 75 קיבל את המספר 76.
10.9.58 - מספר החטיבה שונה לחט' 99 היא קלטה חיילים צעירים ועסקה באימונים מוגברים. היו בה חיילים בגילאים שונים, עולים חדשים לצד חיילים ותיקים. לתושבי הדרום והנגב היה בה ייצוג נכבד. באותה תקופה פיקדו על החטיבה אל"ם אהרון (ארוין) דורון, אל"ם אברהם טמיר (אברשה), ואל"ם אורי בר-רצון.
מלחמת ששת הימים.
לפני מלחמת ששת הימים, שפרצה ב-1967, התמנה מח"ט חדש, אל"ם יקותיאל אדם.
החטיבה נכללה באוגדה בפיקודו של האלוף אריק שרון ופוצלה לשני צוותי קרב. הצוות הראשון, שכלל את מפקדת החטיבה, יחידותיה האורגניות, גדוד חי"ר 76, ושני גדודים מפיקוד הנח"ל (גדוד בית הספר למ"כים של הנח"ל וגדוד האחזויות 907), בפיקוד המח"ט, כבש את מתחם ההגנה העיקרי של הצבא המצרי באום-כתף כחלק מהקרב האוגדתי המשולב. חט' 99 הגיעה אל המתחם המצרי במסע רגלי מבריק ומדויק דרך הדיונות שמצפון למתחם. לאחר הרעשה ארטילרית כבדה של חיל התותחנים הישראלי, הסתערו שלושת הגדודים וחדרו לתוך תעלות הקשר של המתחם המצרי. תוך לחימה נחושה הצליחו לכבוש את התעלות ואת המתחם בקרב מורכב שנמשך כל הלילה. בכך נפתחה הדרך לשריון לנוע אל תוך המתחם והובקע המעוז העיקרי במערך המצרי בסיני.
שישה מלוחמי החטיבה המורחבת זכו לצל"ש הרמטכ"ל על גבורתם.
הצוות החטיבתי השני, בפקוד אל"ם אורי ביידץ, אשר כלל את גדודי החי"ר 112, ו-132, וכוח טנקים, כבש את מוצבי ה"סבחה", הטריד וריתק את מתחם קוסיימה הגדול, וב-7 ביוני כבש אותו, לאחר שרוב הכוח המצרי נמלט.
בתום הכיבוש, נעה החטיבה צפונה לפעולות סריקה והשתלטות על שטחים באזור אל עריש. בפעולה זו נפלו בין השאר שני לוחמים מפלוגת הסיור החטיבתית שזכו לצלש"ים על גבורתם בניסיון לחילוץ הנפגעים. כמו כן, קיבל סרן דניאל ורדון את צל"ש הרמטכ"ל ואת עיטור הגבורה, ורב"ט יוסף חכמון קיבל את צל"ש אלוף הפיקוד.
מלחמת ההתשה.
לאחר מלחמת ששת הימים התארגנה החטיבה מחדש. החל מספטמבר 69 עסקה בפעילות מבצעית בדרום סיני בכפיפות לחטמ"ר מרחב שלמה 72, אך יחידותיה פעלו גם בהגנת הקווים ברמת הגולן, ובמלחמת ההתשה בתעלת סואץ ובעמק בית שאן.
אחת ההצלחות הייתה בתעסוקה בגזרת חטמ"ר צמח במרדף של יחידה מגדוד 76 בפיקוד המג"ד, סא"ל שמואל רוביצ'ק, אחר קבוצת מחבלים גדולה מארגון ג'יבריל שחדרה ב-1970 לרמת הגולן. המרדף הסתיים באזור נוקייב ובלחימה נהרגו 2 מחבלים ו- 8 נישבו.
מלחמת יום הכיפורים.
כחודש לפני מלחמת יום הכיפורים, ב־1973, החזיקו יחידות מהחטיבה את קו המוצבים הצפוני של תעלת סואץ. עם פרוץ המלחמה גויסה החטיבה והוצבה להגנת אילת בפיקודו של אל"ם אורי ביידץ. כוחות החטיבה התארגנו להגנת מרחב אילת. לאחר שהובהר כי הירדנים אינם פותחים בחזית נוספת, נשלחו חלק מיחידותיה למרחב שלמה בפיקודו של אל"ם טיבי שפירא, ששימש גם כמפקד חטיבה 72. יחידותיה עסקו במרדפים אחר יחידות קומנדו מצרי שהונחתו ממסוקים באזורי עיון מוסה, אבו זניימה ואבו רודס. במרדפים אלו הרגו אנשי החטיבה עשרות אנשי קומנדו מצרים ושבו מאות. יחידות אחרות של החטיבה כמו הסיירת החטיבתית הצטרפו לחטיבות שלחמו בחזית סיני. גדוד מהחטיבה בפיקודו של המח"ט אל"ם בידץ חצה את התעלה והתארגנו להגנה בצידה המערבי של התעלה בגבולה של הארמייה השלישית הנצורה ובמרחב ג'בל ג'ניפה. לאחר תום המלחמה המשיכה החטיבה לשרת בפיקוד מרחב שלמה החדש שהוקם במהלך המלחמה.
לאחר מלחמת יום הכיפורים.
בשלהי 1974 הפכה החטיבה לחטיבה "מזוחלמת".
בתאריך 10.10.74 - שונה מספרה ל-688, כמו כן שונו מספרי הגדודים.