מפקד הזרוע הצבאית של החמאס, אחמד ג'עברי, אמר שהאסירים ששוחררו במסגרת עסקת שליט היו אחראים באופן קולקטיבי לרציחתם של 569 אזרחים ישראלים. על פי חיים רמון בספרו "נגד הרוח" המחבלים ששוחררו נדונו במצטבר ל-168 מאסרי עולם.
לפני שחרורם התבקשו האסירים לחתום על התחייבות להימנע מחזרה לפעילות טרור, אך רובם סירבו לכך.
שלב שני.
בשלב השני של העסקה, בהתאם להסכם, ישראל הרכיבה לבדה את רשימת האסירים המשוחררים, אך בהתייעצות עם מצרים. מבין האסירים המשוחררים: 300 הם אנשי פתח, 50 – אנשי החזית העממית, 20 – אנשי החזית הדמוקרטית וכל השאר חסרי השתייכות פוליטית. מצרים ביקשה מישראל לכלול ברשימה גם את תשע האסירות הפלסטיניות שלא שוחררו מהכלא הישראלי בשלב הראשון. בסופו של דבר סוכם שישראל תשחרר שש אסירות, ולאחר שבוע תשחרר אחת נוספת. בשעות שקדמו לשחרור, פרצו עימותים מחוץ לכלא עופר, בין כוחות הביטחון לבני משפחותיהם של אסירים פלסטינים הצפויים להשתחרר בעסקה, על רקע השעה המאוחרת לשחרורם שלטענתם פוגע בחגיגות השחרור וכן בשל העובדה שמרבית המשוחררים ממילא עמדו להשתחרר בקרוב (300 אמורים להשתחרר בעוד שנה). טרם ביצוע העסקה הופעלו לחצים על נתניהו לבצע מחווה כלפי אבו מאזן בשלב השני של העסקה, בשל העובדה שבשלב הראשון שוחררו אסירי חמאס ולא פת"ח. לחצים אלו כללו טיעון מצד אבו מאזן להבטחה שכזו מראש הממשלה הקודם אולמרט. על אף העובדה שבשלב השני לא שוחררו אסירי חמאס וכשני שלישים היו מאסירי פת"ח, כאמור, כ-300 הללו היו צפוים להשתחרר בעוד כשנה ממילא וברשות הטילו את האשמה על חמאס בנושא. כמו כן חמאס הצהיר כי ימשיך לחטוף חיילים על מנת לשחרר את שאר האסירים הפלסטינים.
על פי הקריטריונים הישראלים, האסירים ששוחררו בשלב השני של העסקה, מוגדרים ככאלו ש"אין להם דם על הידיים".
התייחסות לעסקה.
התייחסות בישראל.
ראש הממשלה בנימין נתניהו הצדיק את העסקה בדברים שנשא עם חזרת שליט, באומרו ששתי דרישותיו העיקריות התקיימו בה: המחבלים הבכירים ביותר לא ישוחררו, בהם דמויות כמרואן ברגותי, עבדאללה ברגותי ועבאס א-סייד. בנוסף, רבים מהמחבלים לא ישובו ליהודה ושומרון, אלא יגורשו.
באיגרת שהוציא הרמטכ"ל, בני גנץ, לרגל שחרורו של שליט הוא ציין "את מחויבותם של מדינת ישראל, של צה"ל ושל חייליו לעשות כל שניתן כדי להחזיר כל חייל שיצא למשימתו, ולא שב ממנה". לאחר ביצוע העסקה התבטאה יושבת ראש האופוזיציה ציפי לבני כנגד העסקה בטענה כי כושר ההרתעה של ישראל נפגע. לדבריה נמנעה מביקורת קודמת לאחר שהבטיחה זאת לנועם שליט. גם ראש המוסד לשעבר מאיר דגן התבטא כנגד העסקה באומרו "העובדה שראש הממשלה מקבל אותו והופך אותו לגיבור מפריעה לי. המחיר של העסקה הזאת יקר מדי, אבל אני שמח לראות את שליט בבית".
אלמגור - ארגון נפגעי טרור, מתח ביקורת על עסקת שליט והגדיר את העסקה בתור "ניצחון לטרור ולארגון החמאס". על פי נתוני ארגון אלמגור, חלק גדול מהמחבלים אשר שוחררו בעבר במסגרת עסקאות חילופי שבויים חזרו לפעילות הטרור וגרמו לרציחתם של כ-180 ישראלים. בעקבות אישור עסקת שליט, שבואל סחיווסחורדר, אשר הוריו ושלושת אחיו נרצחו בפיגוע התאבדות במסעדת סבארו בירושלים, השחית את אנדרטת יצחק רבין בתל אביב, מתוך כעס על כך ששני אסירים ביטחוניים אשר היו מעורבים בפיגוע במסעדת סבארו נכללו בעסקת שליט.
התייחסות פלסטינית.
בהודעתו על ההסכם התגאה ח'אלד משעל בהישג של שחרור 1,027 אסירים, בני כל הפלגים הפלסטינים, והבטיח להמשיך במאמצים לשחרור האסירים הפלסטינים שנותרו בכלא. בקבלת הפנים שערך בקהיר לאסירים המגורשים לחו"ל הבטיח להם משעל שעוד ישובו לפלסטין, והוסיף: "משא ומתן על בסיס כוח הוא מה שאילץ את ישראל לשלם את המחיר".
במקביל חגג איסמעיל הניה בעזה את השחרור, וציין שהעסקה מהווה "נקודת מפנה אסטרטגית במאבק באויב הציוני".
אחמד ג'עברי, ראש הזרוע הצבאית של החמאס לשעבר, הצהיר כי "פעולות חטיפת חיילים וקצינים ישראלים יימשכו, כל עוד יש אסירים פלסטינים בבתי הכלא בישראל".
ממשלת החמאס בעזה הודיעה על מענק של 2,000 דולר לכל אסיר משוחרר שהועבר לרצועת עזה, והרשות הפלסטינית הודיעה על מענק של 5,000 דולר לכל אסיר משוחרר.
בנאום פומבי שנשא חליל אל-חייה, בכיר בהנהגת החמאס בעזה, ששודר בערוץ אלאקצא (Al-Aqsa TV) ב-19 באוקטובר 2011 שיבח חלק מהאסירים המשוחררים, ובהם אמיר סעוד צאלח אבו סרחאן ואשרף בעלוג'ה על כך ש"דקרו את אויבי אללה", את חליל אבו אלבה אשר "נהג במכונית ומחץ את אויבי אללה", את עבד אל האדי ע'נאיים על כך ש"הסיט אוטובוס ממסלולו אל תוך תהום ליד ירושלים". עוד הוסיף כי "אסור לנו לשכוח את מהפכת הסכינים... אחינו עבד אל רחמן אל דיב וחאלד אל ג'יידי... ברחובות הללו, הם הורידו את היהודים אחד אחרי השני".
התייחסות בינלאומית לעסקה.
שחרור גלעד שליט תפס מקום נרחב בסיקורים של התקשורת העולמית. הידיעה תפסה מקום בעמודים הראשיים של עיתונים באירופה ובארצות הברית. מנהיגים שונים בירכו על העסקה, בהם קנצלרית גרמניה אנגלה מרקל ונשיא צרפת ניקולא סרקוזי, שאף הזמין את שליט לביקור בארמון האליזה. עם זאת, בארצות הברית הושמעה ביקורת ודאגה, עקב העובדה שבין המשוחררים יש מחבלים שרצחו אזרחים אמריקנים. כמו כן עלתה לדיון ההשוואה בין ההתייחסות הישראלית לנושא החטופים מול ההתייחסות האמריקנית.
בעקבות עסקת שליט.
ב-18 באוקטובר 2011 הצהירה משפחתו של שלמה ליבמן, שנרצח בפיגוע ירי 13 שנים קודם לכן, כי הם מציעים גמול כספי בגובה 100 אלף דולר על ראשם של שני הרוצחים של שלמה, חוילאד רמדאן ונידאר רמדאן, ששוחררו במסגרת עסקת שליט. ב-25 באוקטובר 2011 איש הדת והמטיף הסעודי הנודע עווד אל-קרני הציע 100 אלף דולרים למי שישבה חייל ישראלי כדי להחליפו באסירים פלסטיניים נוספים. ב-29 באוקטובר 2011 הנסיך הסעודי חאלד בן טלאל הצהיר כי החליט לגלות סולידריות עם אל-קרני וכי הוא מציע סכום של כ-900,000 דולרים, כדי שהגמול הכספי שיוצע למי שיצליח לחטוף חייל ישראלי נוסף יעמוד על מיליון דולרים.
בעקבות העסקה יצאה תנועת "רעננים" ביוזמה לחתימה על "כרטיס חוסן" - הצהרה של חייל שאין לשחרר מחבלים תמורתו אם ייפול בשבי של ארגון טרור.
חמישה משומריו של שליט נהרגו בתקיפות של חיל האוויר ובקריסת מנהרות, תוך כדי השבי ולאחריו.
מעורבותם של האסירים ששוחררו בפעולות טרור.
חלק מהאסירים ששוחררו בעסקה שבו לעסוק בטרור (לפי הערכת גורם ביטחוני בכיר: כ-40%. מאוחר יותר צבי האוזר טען בנאום בכנסת שרוב משוחררי העסקה חזרו לטרור), והם היו מעורבים בין היתר ברצח עשרה ישראלים ופציעת רבים אחרים. ב-27 באוגוסט 2017 פרסם שר הביטחון אביגדור ליברמן ש-202 ממשוחררי העסקה נעצרו עד אז על ידי כוחות הביטחון פעם נוספת, לאחר ששבו לפעילות טרוריסטית. 111 מהם נותרו כלואים בתאריך זה.
במרץ 2012 הרג צה"ל את אחד המשוחררים, אחמד אל-חנני, בפעולת סיכול ממוקד של מזכ"ל ועדות ההתנגדות העממית, זוהיר אל-קייסי.
בדצמבר 2013 דיווח המודיעין הישראלי כי ארגון טרור ביהודה ושומרון, המכונה "מטה הגדה", מופעל בידי מחבלים שריצו עונשי מאסר ממושכים על רצח ישראלים, שוחררו בעסקת שליט וגורשו לרצועת עזה.
ב-14 באפריל 2014 נרצח בפיגוע ירי ניצב משנה ברוך מזרחי בידי זיאד עווד, ממשוחררי עסקת שליט. הרוצח נלכד.
ביוני 2014 מחמוד קוואסמה, מחבל חבר חמאס ממשוחררי העסקה, יזם ופיקד על רצח שלושת הנערים. בעקבות האירוע נעצרו ביהודה ושומרון ובמזרח ירושלים עשרות מהמשוחררים בעסקת שליט. שישה מהעצורים ממזרח ירושלים, ובתוכם עלאא ביזאן ממשוחררי עסקת ג'יבריל, שבו לשאת את עונשם המקורי לאחר שוועדת שחרורים מיוחדת קבעה שהפרו את תנאי שחרורם. בעקבות המעצרים, חמאס הגביר את שיגורי הרקטות שלו לישראל, דבר שהוביל ליציאת צה"ל למבצע צוק איתן.
ב-19 ביוני 2015 נרצח ליד דולב דני גונן ונפצע אזרח נוסף בפיגוע ירי שביצעה חוליית מחבלים שעליה נמנה אסאמה אסעד, ששוחרר בעסקת שליט.
ב-29 ביוני 2015 נרצח בפיגוע ירי ליד שבות רחל מלאכי רוזנפלד בידי חוליית חמאס, שהפעיל אחמד נג'אר, ששוחרר בעסקת שליט.
ב-1 ביולי 2016 נרצח בפיגוע ירי הרב מיכאל מרק מעתניאל ונפצעו אשתו ושניים מילדיו. הרוצח הוא מחמד פקיה, ממשוחררי עסקת שליט, שנהרג מאוחר יותר במהלך קרב עם כוחות הביטחון. בני משפחת הנרצח קראו לחשבון נפש מצד מובלי המאבק לשחרור גלעד "בכל מחיר" ומצד מקבלי ההחלטה בדבר העסקה.
ב-9 בדצמבר 2018 נפצעו שבעה בפיגוע ירי מרכב חולף לעבר טרמפיאדה בכניסה ליישוב עפרה. אחת הפצועות קשה הייתה בהריון מתקדם. העובר יולד וכעבור שלושה ימים נפטר. ב-13 בדצמבר 2018 נהרגו שני חיילים, סמל יוסף כהן וסמ"ר יובל מור יוסף, בכניסה ליישוב גבעת אסף. על פי הערכות הרשות הפלסטינית, המחבל שעמד מאחורי חוליית חמאס שביצעה את שני פיגועי הירי הוא ג'אסר ברגותי, ממשוחררי עסקת שליט.
כרטיס חוסן.
בעקבות העסקה, הוקמה יוזמה בשם "כרטיס חוסן", כרטיס שהחותמים עליו, חיילי צה"ל בסדיר ובמילואים ושוטרי משטרת ישראל, מצהירים שאינם מסכימים כי ישוחררו עבורם מחבלים פלסטינים אם ייחטפו ויוחזקו בשבי. הכרטיס נוצר ביוזמת חברי תנועת "רעננים", צעירי הציונות הדתית, יוצאי יחידות קרביות המשרתים במילואים, בשיתוף משפחתו השכולה של החייל ירון חן שנחטף ונרצח ב-1993. לדברי יוזמי הכרטיס, העסקה פגעה בכוח ההרתעה של ישראל ובמורל הלאומי ומעודדת חטיפות דומות נוספות. לדעת היוזמים, חתימת רבבות חיילים על כרטיס חוסן תגביר את החוסן הלאומי ותחזיר את כוח ההרתעה. ההחתמה על הכרטיס החלה בסוף אוקטובר 2011 ותוך ימים ספורים חתמו עליו מאות חיילים.