התסיסה האזרחית באירלנד לאורך שנות ה-90 של המאה ה-18 הביאה אותה לסף מהפכה של הרוב הקתולי נגד המיעוט הפרוטסטנטי השלט. קאסלריי הטיף מזה שנים כי יש לערב את הרוב הקתולי בפרלמנט האירי כדי להימנע מתסיסה אזרחית רפובליקנית וקתולית. לצד זאת הוא התנגד נחרצות לתנועה המהפכנית של חברת 'האירים המאוחדים'. יום לאחר מינויו למזכיר הראשי פרסם הצהרה נגד שיסוי והסתה והרשויות החלו לרדוף אחר מנהיגי 'האירים המאוחדים'. בעקבות כך ובהשראת המהפכה הצרפתית פרץ המרד האירי של 1798. בתפקידו היה ללורד קאסלריי חלק חשוב בדיכוי המרד. הוא התמקד ברדיפת מנהיגי המרד תוך הצעת חנינה נרחבת לתומכים במורדים. צרפת מצידה שלחה צי לתמוך במהפכנים הרפובליקנים האירים אך צי זה הושמד כליל בסופה בעת שט דרך תעלת למאנש.
מבחינה גאוגרפית, אירלנד לא מתאימה למלחמת גרילה, וכך, מרגע שהמורדים ניסו להילחם בקרבות סדורים או להשתלט על שטח, ידם הייתה על התחתונה. דיכוי המרד נעשה בתקיפות, ולעיתים באכזריות, על ידי הבריטים ותומכיהם בקרב האוכלוסייה המקומית. בין הפרקטיקות שהופעלו בעת דיכוי המרד ניתן למצוא רצח שבויים ופצועים, מעשי טבח, עינויים, אונס ושריפת בתים של המורדים ותומכיהם, שאף הם לא ישבו בחיבוק ידיים. מעשי אכזריות אלה הוזנו מהיות המרד, במובנים רבים, מלחמת אזרחים. זאת כיוון שמגזרים חשובים בחברה האירית תמכו בשלטונות, וכתוצאה, הייתה מעורבות רגשית רבה כרוכה במאבק זה. סיבה אחרת למעשי האכזריות הייתה שהמורדים, נתיני הכתר הבריטי, נחשבו לבוגדים, והיחס אליהם היה בהתאם. עם כישלון המרידה כשל ניסיונה של צרפת המהפכנית להשיג דריסת רגל בתוך האיים הבריטיים.
חוק האיחוד בין בריטניה לאירלנד.
בעקבות המרידה האירית הרפובליקנית, הרוזן מקמדן הוחלף בתפקיד הלורד לויטננט בצ'ארלס קורנווליס, גנרל נודע מימי מלחמת העצמאות של ארצות הברית. קורנווליס כקודמו העריך את סגולותיו ומיומנותו של קאסלריי, כמו גם נאמנותו לאימפריה. שניהם ניסו לעתור לממשלת פיט בווסטמינסטר שתחון את עיקר המורדים ותומכיהם, אך ללא הצלחה נרחבת. בדצמבר 1798 הוזמן קאסלריי ללונדון להתדיין על האפשרות של איחוד בין ממלכת אירלנד לבין ממלכת בריטניה הגדולה (בנוסח דומה לחוקי האיחוד של 1707 בין ממלכת אנגליה וממלכת סקוטלנד).
משנת 1799 החל קאסלריי לפעול למען איחוד רשמי של אירלנד עם בריטניה, בעוד מעמדה של אירלנד עד אז היה של מלוכה נפרדת תחת הכתר הבריטי. הוא פעל מתוך אמונה שהדבר עשוי להרגיע את אי השקט המתמיד באי, כמו גם לחזק נקודת תורפה בהגנה על בריטניה שלחמה באותה עת כנגד צרפת (שהיוותה בעצמה איום על ארץ מולדתו כפי שהתברר במהלך המרד האירי). קאסלריי עבד יומם ולילה ושקד על שכנוע חברי הפרלמנט האירי בדבלין למעשה שיפזרו את עצמם - שכן משמעות האיחוד הייתה שיתקיים רק פרלמנט אחד בממלכה המאוחדת, וזה ישב בווסטמינסטר. כאשר כשל בשכנוע דרך נאומיו לעיתים העביר שוחד לחברי פרלמנט איריים כדי שישנו את עמדתם. לנוכח מאמציו להביא לאיחוד הממלכות עמד קאסלריי לנוכח ביקורת עזה מבית כאשר מתנגדים שונים לאיחוד איימו עליו בניסיון להביא לסחיטה ויריביו הפוליטיים תקפו אותו ופרסמו ברבים את העובדה שאין לו ילדים כדי להשמיצו ולפגוע במוניטין שלו.
בהדרגה התחזק מעמדם של תומכי האיחוד, עד שאכן התקבל חוק האיחוד של 1800, ונכנס לתוקף בתחילת השנה שאחריה, כאשר ב-1 בינואר 1801 הסתיים קיומה של אירלנד כישות מדינית עצמאית והיא התאחדה עם ממלכת בריטניה הגדולה לכדי הממלכה המאוחדת של בריטניה הגדולה ואירלנד. כיוון שלא נלוותה לאיחוד אמנציפציה לקתולים ובפרט, רשות לישיבתם בפרלמנט המאוחד, כפי שקאסלריי הבטיח באופן לא רשמי, הוא התפטר במחאה. עם זאת, קאסלריי נחשב בעיני קתולים רבים כמפר של ההבטחה האמורה. האמנציפציה לא ניתנה עקב התנגדותו העזה של ג'ורג' השלישי, מלך הממלכה המאוחדת, שהחשיב מהלך שכזה כבגידה בשבועת ההכתרה שלו ובעקרון היותו ריבון פרוטסטנטי וראש הכנסייה האנגליקנית. על אף ההתנגדות לפעולותיו מבית, קאסלריי האמין כל חייו כי פעל לטובתה של אירלנד ותמיד הגדיר עצמו אירי ולא בריטי.
מזכיר המלחמה והדו-קרב מול קנינג.
קאסלריי תפס את מושבו בפרלמנט המאוחד בווסטמינסטר. תחילה לא הוצעה לו משרה בקבינט אך הוא נחשב לכוכב פוליטי עולה. בהמשך, בדומה לקאסלריי עצמו, גם פיט התפטר מתפקידו, בהיותו ראש הממשלה, בעקות סירוב המלך להביא לאמנציפציה. לאחר 17 שנים בשלטון נפלה ממשלת פיט ולפי בקשתו של זה מינה המלך את הנרי אדינגטון (חבר ילדות של פיט), לראש הממשלה החדש. פיט שכנע את קאסלריי, שבנקודה זאת פנה לשורות המפלגה הטורית בעקבות התנגדותו לזיקה המהפכנית של הוויגים, לפעול להשיג משרת קבינט בממשלת אדינגטון. ב-1802 נכנס לקבינט כנשיא הוועד המפקח (President of the Board of Control), הממונה מטעם הממשלה לפיקוח על חברת הודו המזרחית הבריטית (האחראית על הודו הבריטית). בתפקידו זה הצליח להרגיע את המחלוקות הקשות שבין החברה לבין המושל הכללי של הודו, ריצ'רד ולזלי. עוד באותה השנה ניכר קרע זמני ביחסיו עם פיט בעקבות תמיכתו בשלום הזמני של ממשלת אדינגטן עם צרפת בהנהגת נפוליאון בונפרטה.
המלחמות הנפוליאוניות.
ב-1803 התחדשה המלחמה כנגד צרפת, וב-1804 התמנה ויליאם פיט הבן לראש ממשלה בשנית. קאסלריי שב לתמוך במלחמה לנוכח ההפרות הממושכות של ההסכם בידי נפוליאון והאיום שהטיל על השליטה הבריטית במלטה, הנושאת חשיבות אסטרטגית מרכזית מעצם היותה יושבת בלב הים התיכון. בנוסף, ב-1804 נפוליאון הכתיר עצמו לקיסר הצרפתים והקים את הקיסרות הצרפתית הראשונה, צעד שהיווה קריאת תיגר על מלכי אירופה והשפיע על פרוץ מלחמת הקואליציה האנטי-צרפתית השלישית. קאסלריי התמנה לשר המלחמה והמושבות (Secretary of State for War and the Colonies) בממשלתו החדשה של פיט, ולמעשה היה סגנו.
פיט היה אחראי על הקמתה של הקואליציה נגד צרפת בעוד קאסלריי השקיע את רוב זמנו ברה-ארגון ורפורמה נרחבת של צבא האימפריה הבריטית. בחזית הימית, ב-1805 קרב טרפלגר הוכיח אחת ולתמיד את העליונות הימית הבריטית וקטל כל סיכוי של התעלות צרפתית על הצי הבריטי. במקביל, בחזית היבשתית, הקואליציה השלישית התמוטטה בקרב אוסטרליץ וזמן קצר אחריה גם הקואליציה הרביעית נפלה בקרב ינה-אאורשטדט. הגרנד ארמה הצרפתי בפיקודו של נפוליאון הוכיח עצמו במערכות אלו כצבא היבשה הגדול והחזק באירופה. חיל המשלוח שקאסלריי מיהר לארגן לתמיכה בממלכת פרוסיה לא שינה את המצב בשטח ופרוסיה, כמו גם האימפריה האוסטרית, הושפלו ונפוליאון הטיל עליהן פיצויי מלחמה כמו גם ויתורים טריטוריאליים חריפים. רוסיה המשיכה במלחמה נגד הצרפתים עד אשר חוזה טילזיט ב-1807 פורר סופית את הקואליציה הרביעית והביא לפנייתה של האימפריה הרוסית לברית עם צרפת נגד בריטניה.
בשל בריאותו הרופפת של פיט, שהובילה למותו ב-1806, נטל ממנו קאסלריי יותר ויותר סמכויות. לאחר מותו של פיט התפטר קאסלריי מהממשלה, אך נתמנה שוב לאותו תפקיד ב-1807, בממשלתו החדשה של ויליאם קוונדיש, הדוכס פורטלנד. ב-1808 ניסה נפוליאון להפוך את ספרד למדינת חסות צרפתית נוספת דרך הכתרת אחיו למלך עליה ובמקביל נאבק בממלכת פורטוגל שלא נענתה לדרישותיו ושמרה על קשריה עם בריטניה. המהלך הוביל לפרוץ מלחמת חצי האי שבמהלכה התמודד הצבא הצרפתי מול גרילה ספרדית, הצבא הפורטוגזי כמו גם חיל משלוח בריטי שקאסלריי הורה לשלחו למערכה. קאסלריי ראה את הצבא מוכן למערכה לנוכח השלמת הרפורמה ומינה את הקצין הצעיר, ארתור ולסלי, לימים הדוכס הראשון מוולינגטון, לפקד על חיל המשלוח שנועד לשחרר את ליסבון מידי הצרפתים. קאסלריי הפך לפטרון של ולסלי ותמך בקידומו לתפקידי מפתח בצבא לאורך המשכן של המלחמות הנפוליאוניות.
לאחר ניצחון מוקדם בקרב וימיירו ב-1808, ולסלי הוחלף בפיקוד על צבא המשלוח וחילות הברית נחלו מפלה נוספת בידי הצרפתים. הנסיגה הבריטית-פורטוגזית ביישה את ולסלי ואת קאסלריי ופגעה במוניטין של שניהם. ב-1809, בהמשך למדיניותו של פיט למימון ממלכות אירופה למלחמה בצרפת, קאסלריי תמך במימון הכלכלי של אוסטריה למערכה נוספת שהוביל לפתיחת מלחמת הקואליציה האנטי-צרפתית החמישית. הקואליציה החמישית, כקודמותיה, הסתיימה בכישלון, אך היא דרשה מנפוליאון להסיט חלק ניכר מכוחותיו הרחק מהמערכה בחצי האי האיברי.
הדו-קרב מול קנינג וההתפטרות.
עוד ב-1809 הסתכסך קאסלריי עם שר החוץ, ג'ורג' קנינג, באשר לשיגור חיל משלוח לוולכרן (Walcheren) שבארצות השפלה כדי לתמוך במאמץ המלחמה האוסטרי. משלחת זאת נראתה לקנינג כפיזור כוחות אשר יפגע במאמץ העיקרי, שהיה באותו זמן בחצי האי האיברי, מה גם שהתוכנית נראתה לו כחסרת סיכוי (ואכן נכשלה). קאסלריי וקנינג שניהם היו אירים שנולדו בהפרש של שנה. בעוד קאסלריי נולד למשפחת אצולה, קנינג נולד למשפחה מוכת עוני והיה תלוי בכספי דודו למימון לימודיו. כמו כן, קנינג נחשב לרטוריקן המוצלח של העת בעוד קאסלריי התקשה בנאומיו. קנינג ניסה להביא להדחתו של קאסלריי מן הקבינט ונעזר בעובדה שראש הממשלה הישיש, הדוכס מפורטלנד, התקשה להביא להסדר בין שריו.