תכנון מערכת המבנים מעניק יתרונות מסוימים לשחקן. מבנים צורכי אנרגיה, למשל, יצרכו פחות אנרגיה אם ייבנו ליד מחוללים, ואלו יפיקו אנרגיה בכמות גדולה יותר אם ייבנו ליד מאגרי כוח. מפעלים יצרכו פחות אנרגיה ומסה אם ייבנו ליד מבני ייצור או מחוללים וחולצי המסה. חולשתה העיקרית של הבנייה המתוכננת היא הרגישות לנזק: במקרה שהמחולל נהרס, המבנה הסמוך לו יצרוך יותר אנרגיה, אך לא ייהנה ממחולל שיפיק אותה עבורו.
לוחמה.
"סופרים קומנדר" מאפשר לשחקנים להיעזר ב"תקריב אסטרטגי" (זום), המאפשר להם לצפות בשדה המערכה מנקודה גבוהה יותר, כך שמפת המשחק כולה מוצגת בפניהם. בתצוגה נראות צלמיות היחידות במקום היחידות עצמן. ניתן להתקרב לשדה הקרב כך שיחידות גדולות, כספינות קרב, ימלאו את המסך כולו. לתמונת שדה הקרב חשיבות רבה בעת המשחק, שכן בקרבות עשויים להשתתף בו־זמנית גם אלפי יחידות. מערכת התקריב מאפשרת לשלוט במספר גדול של יחידות ולנהל קרבות גדולים ("אפיים").
הטקטיקה בקרבות מותאמת לסביבת הכוכב המיושב ולזירת המלחמה, העשויה להתנהל באזור מדברי או ארקטי. שיטות הלוחמה דומות לאלו הנהוגות בקרב מודרני, ובהן שימוש בטכנולוגיות חמקנות, וכן באמצעי הגנה כמו טילים. אמצעי לוחמה ייחודי למשחק הוא מערכת המעבורת דרכה ניתן להניע כלי־טיס. מערכת זו מאפשרת גם להעביר הוראות מפורטות לייצור יחידות שיגיעו באופן אוטומטי אל חזית הקרב. השחקן יכול, נוסף לאלו, לעיין בפקודות שנתן ולשנותן או להורות ליחידה להתקיף במתואם ובו־זמנית עם יחידה אחרת, גם אם הגיעו לאזור החזית במועד שונה.
רקע.
המשחק מתנהל בעתיד בו פותחה היכולת לעבור במרחבי הגלקסיה ב"מנהרות קוונטום" – שערים המובילים למקומות מיועדים. תחילה, נשלטו שערי הקוונטום על ידי אימפריית כדור הארץ, אך חורבנה של האימפריה הוביל למלחמה נצחית בין אומות הסייברן והאאון-אילומינייט.
צבאות.
במשחק שלושה צבאות השונים זה מזה באמצעים שבידם ובאידאולוגיה שלהם:
עלילה.
המלחמה בין שלושת הצבאות נמשכת כבר אלף שנים, ולכל אחד מהכוחות חולשות המונעות ממנו ניצחון סופי בקרב: כוחות הפדרציה מפוזרים על־פני שטח רחב מדי, הסייברנים סובלים ממחסור בתחמושת ובכוח־אדם, ואילו האאון סובלים מאי־שקט פנימי.
הפדרציה משקיעה מאמצים בבניית נשק בשם "שמש שחורה" היכול להחריב כוכבי לכת שלמים, וכל אחד מהצדדים הניצים מבקש לעשות שימוש בנשק זה למטרותיו: הסייברנים חותרים להחריב באמצעותו את רשת הקוונטום, ואילו האאון רוצים לעשות בו שימוש כדי להעביר מסר של שלום לכל תושבי הגלקסיה.
בחירת הצבא מנתבת את עלילת המאבק: ניצחון צבא הפדרציה יושג כאשר "השמש השחורה" תשמש להשמדת כוכבי הלכת החשובים לאאון ולסייברנים; הסייברנים יכולים לפתח אינטליגנציה מלאכותית בשם QAI, שתפיץ וירוס שיבטל את כל שערי הקוונטום בגלקסיה ותאפשר לסייברנים לשגשג באין מפריע במשך חמש שנים; ניצחון האאון יביא להפיכת הנסיכה מנהיגת האאון לחלק מרשת שערי הקוונטום, ובכך היא תוכל להגיע למוחו של כל אדם, להביא את כל הצבאות להניח את נשקם ולכונן שלום בין כל הצבאות. בכל המקרים, המשחק מסתיים ברמז להגעתו של אויב חדש, שיופיע במשחק המשך או בחבילת הרחבה.
ייחודיות.
כריס טיילור טען בראיונות כי אחד המאפיינים הבולטים של המשחק הוא קנה המידה הגדול שלו בהשוואה למשחקים אחרים. טיילור טען שגודל המפות הוא הסיבה לכך, שכן הן כוללות אוקיינוסים, אגמים והרים המאפשרים את קיומן של יחידות כדוגמת הצוללות הגרעיניות. השחקן יכול להיעזר בתקריב אסטרטגי כדי לנהל בהצלחה קרבות גדולים הכוללים אלפי יחידות, ומערכת זו לא יושמה במשחק כלשהו קודם לכן. כותב באתר חדשות המשחקים Gamespot פתח את ביקורתו על ידי ציון קנה הגודל של המשחק כהבדל החיובי העיקרי בין "סופרים קומנדר" לבין משחקים אחרים מסוגו.
במשחק זה לא היה יישום של שיטת ה"אבן נייר ומספריים", המאזנת בין היחידות השונות בכך שלכל יחידה יש אחרת לה היא עליונה באופן מעגלי. במקום זאת הושם דגש על אופי השימוש ביחידות. לדוגמה, שליחת 50 טנקים אל קדמת יחידה ניסיונית תסתיים לרוב בכישלון מוחלט, בעוד הקפת היחידה הניסיונית עם הטנקים תסתיים בניצחון.
היבט נוסף במשחק, שפותח בתשומת לב, הוא הלוחמה הימית. ביחס למשחקי אסטרטגיה אחרים, ספינות המלחמה במשחק גדולות ומציאותיות יותר ובעלות טווח ירי גדול יותר.
מבחינה טכנולוגית, המשחק היה מבין המתקדמים בתקופתו. לצד טכנולוגיות הגרפיקה העדכניות שיושמו במשחק, מתאפיין המשחק בהדמיית שדה קרב התואמת את חוקי הפיזיקה: כך, למשל, בעת פגיעה בסביבת הקרב ניזוקים העצים ונוצרים בורות באדמה. כמו כן, יחידות שהושמדו יתפרקו על פי אופן השמדתן.
פיתוח.
Gas Powered Games החלה את פיתוח המשחק בינואר 2004. כריס טיילור, מקים החברה ומעצב המשחק, מאמין כי רוב משחקי האסטרטגיה המודרניים הם בעצם משחקי טקטיקות בזמן אמת, כי קנה המידה שלהם קטן מדי. שאיפתו הייתה ליצור משחק אסטרטגי באמת, עם אפשרויות התאמה עשירות. שאיפה נוספת הייתה לשווק את המשחק עם כלי הפיתוח של הצוות, אך מטרה זו לא יושמה. סופרים קומנדר הוא אחד המשחקים הראשונים שנבנו כדי לנצל מעבדים מרובי ליבה וצגים מרובי מסכים, ויודע להקצות משימות וחישובים מסוימים לליבות השונות במעבד.
ב-6 בפברואר 2007 יצא דמו של המשחק, שכלל קטע קצר ממסע המלחמה, ורק אומת הסייברן הייתה זמינה בו. אחרי צאת הגרסה הרשמית (גרסה 3189) יצאה גרסה 3220 (מרץ 2007) שאפשרה להריץ את המשחק ללא דיסק בכונן. גרסאות 3260 ו-3269 (יולי, אוקטובר) כללו יחידות חדשות ושיפורים במשחקיות. טיילור רמז כי בכוונתו לפתח בעתיד גרסה המותאמת לקונסולות משחק.
פסקול.
פסקול המשחק הולחן על ידי ג'רמי סול (המלחין בסדרת Guild Wars ו-The Elder Scrolls). סול הלחין גם את המוזיקה למשחק "Total Annihilation", אביו הקדמון של סופרים קומנדר. פסקול המשחק זמין להורדה בשלמותו מאתר החברה.
סול ניסה להעניק למאזין למוזיקה הרגשה אפית - עצומת ממדים - תוך שמירה על סגנון מוזיקלי דומה בכל הרצועות. המוזיקה משתנה בזמן המשחק באופן דינמי, על מנת להתאים לאירועים המתרחשים. לדוגמה, כאשר השחקן בונה את בסיסו בתחילת המשחק מושמעת מוזיקה רגועה. לעומת זאת, בעת קרב מושמעת מוזיקה קצבית יותר. במשחק לשחקן היחיד מושמעת מוזיקה שונה בהתאם לצבא שבחר השחקן. בביקורות על המשחק צוינה לחיוב עבודתו של סול.
המשחק בתקשורת.
לפני צאתו עורר סופרים קומנדר סקרנות רבה ואף זכה בתערוכת E3 בפרס משחק האסטרטגיה הטוב ביותר לפי GameCritics, ובתואר המשחק העתידי הטוב ביותר של IGN.
הביקורת הראשונה על המשחק נכתבה על ידי PC Gamer. המבקר שיבח את הרבגוניות של הזום האסטרטגי וביטא את תיעובו כלפי משחקים שעתידים לצאת בלי שיכללו אפשרות זו. השימוש בשני מסכים ועיצוב המשימות זכו לכבוד רב והייתה הכרה לחלק הרגשי של עלילת המשחק. למרות זאת, הציון קוצץ עקב חוסר הגיוון הכללי בסוגי היחידות, ודרישותיה הגבוהות של המערכת. הציון הסופי שנתן המגזין היה 91%.
לאחר צאתו, נכתבה באתר Eurogamer אחת הביקורות הראשונות ברשת על המשחק. אפשרויות משחק חדשניות, כדוגמת תמיכה בריבוי מסכים, זכו לשבחים בביקורת זו, וגודל המשחק והקרבות בו הותיר על המבקר רושם טוב. אף-על-פי-כן ציין המבקר כי קשה להתרגל למשחק, ואמר שהוא הרגיש כי הדגש על קנה המידה הגדול מותיר את הפרטים הקטנים בצד, ולכן הוחמץ חלק מסוים במשחק. עם זאת, ציון "מעולה" של 9/10 הוענק למשחק.
האתר IGN נתן למשחק את הציון 9/10. נקודת האור המרכזית בביקורת הייתה גמישות מערכת הזום האסטרטגי, בעוד הנקודה השלילית הייתה דרישותיה הגבוהות של המערכת, דהיינו הצורך במחשב מתקדם לתפעול המשחק.
אולם המשחק לא זכה לשבחים באופן גורף. בניגוד לביקורות הללו, הגרסה האוסטרלית של GamePro הביעה דעה שלילית על המשחק, והעניקה לו את הציון 5/10. ההערכה של GamePro הייתה שהמשחק שאפתני יתר על המידה, ובעיות הביצועים שלו (מבחינת מהירות ההרצה שלו) "מתחת לכל ביקורת", אף במחשבים מתקדמים. המבקרים בחנו את ביצועי המשחק - אלה ירדו בהדרגה עם התקדמות המשחק. הביקורת הייתה כה שנויה במחלוקת, עד ששני אתרים האוספים ציוני ביקורות באינטרנט, Metacritic ו-Game Rankings, הסירו את הביקורת מאתריהם.
באופן כללי היו הביקורות על המשחק חיוביות, והציון הממוצע שהוא קיבל על פי Metacritic היה 86/100. גם ביקורות לא-אנגליות על המשחק היו חיוביות, למשל, האתר הגרמני GameStar העניק למשחק ציון של 82 מתוך 100. המבקר העריך לחיוב את הגודל של המשחק, והתרשם כי לא קשה ללמוד אותו ולהכירו.
חבילת הרחבה והמשך.
ב-6 בנובמבר 2007 הוציאה חברת THQ חבילת הרחבה בשם "Forged Alliance", ובה שיפורים במנוע המשחק ובמהירותו, למעלה ממאה יחידות חדשות, ואפשרויות משחק חדשות. בהרחבה יכול השחקן לבחור בצד לוחם רביעי, השרפים. בנוסף לכך, מוצג ממשק מחודש, ותחום לוחמת המודיעין שופר. האתר Gamespot נתן למשחק ציון של 8.5 מתוך 10.
משחק ההמשך לסופרים קומנדר, סופרים קומנדר 2, פותח גם הוא על ידי Gas Powered Games ויצא ב-2 במרץ 2010. מבחינת העלילה, מתחיל המשחק השני 25 שנים לאחר השמדת ה"שרפים", בסוף הרחבת המשחק הראשון, על ידי הברית בין שלוש האומות. עלילת המשחק עוסקת באירועים שלאחר פירוק הברית בעקבות רצח המנהיג שלה, ובקורותיהם של שלושה חברים משלוש האומות הנאלצים להילחם זה בזה. במשחק השני יכול השחקן לשחק באחד משלושת הצדדים של המשחק המקורי, ללא אומת השרפים בשל השמדתם בהרחבת המשחק המקורי.
דוגמאות להבדלים בין המשחק הראשון למשחק השני:
קילומטר אפס