הרומאים, שחשיבות יהודה בעיניהם ירדה לאחר דיכוי רוב המרד, נטשו עד מהרה את המבצר והוא עמד בשיממונו כיובל שנים, עד שנתפס בשנית בידי יהודים. אותם יהודים שהתיישבו בהר, חצבו בקרביו מערכת של מערות מסתור (המזכירות את מערכות המסתור של בר כוכבא בבית גוברין) והכינו אותו כאתר ללוחמת גרילה לעתיד לבוא. עם פרוץ מרד בר כוכבא שימש האתר כמקום מקלט למורדים היהודים, אך הוא ננטש לחלוטין עם דיכוי המרד בשנת 135.
לאחר שוך הקרבות נותרה הרודיון נטושה במשך כשלוש מאות שנים. במאה ה-5 החלו נזירים ביזנטים ליישב בהדרגה את צפונה של הרודיון תחתית, ולבסוף קמה באתר התיישבות נזירים נוצרית שהסבה אחדים מחדרי הארמון לכנסיות. בחפירות שנערכו בצפון האתר התגלו ארבע כנסיות שכאלה, אשר רצפותיהן מעוטרות עיטורי פסיפס.
טענה נוספת גורסת כי בתקופה הביזנטית היה היישוב מושבת מצורעים שהקימה הקיסרית אודוקיה (אשתו של הקיסר הרומי תאודוסיוס מהמאה הרביעית). בתקופה הביזנטית נחשבו החולים בצרעת לקדושים הסובלים בעולם הזה למען כלל האוכלוסייה, הצרעת אף נקראה בשל כך בתקופה זו "המחלה הקדושה". החברה התייחסה אל חולי הצרעת בייראה אך בד בבד הרחיקה אותם ככל הניתן ממרכזי היישוב. בחיבור מהמאה ה-14 עולה כי בביקורה בירושלים, בנתה הקיסרית משכן לחולי הצרעת וכינתה אותו "פורידיסיה", מילה שמקורה בפרסית ופירושה - "גן" (מכאן גם מקור המילה העברית "פרדס"), שמשמעותה התגלגלה והפכה ל"גן עדן" (Paradise). שמו הערבי של האתר, ג'בל פורידיס ("הר פורידיס", הר הגן) תומך בטענה שהאתר אכן שימש כמקום מושב למצורעים בתקופה זו. עם הכיבוש הערבי במאה ה-7 ננטש המקום בפעם האחרונה.
כיום שוכן בצפון האתר הכפר הפלסטיני זעתרה, היישוב המרכזי של בני שבט התעמרה, שבתיו מכסים חלק מהעתיקות. גם כביש הגישה לאתר, שנחצב בתקופה שבה היה האתר תחת שלטון ירדני, עובר בשטח שבו שכנה לפנים העיר העתיקה.
האתר.
הרודיון תחתית.
הרודיון תחתית הייתה רוב רובו של ארמון הורדוס במקום. בעיר התגלו שרידי ארמון מפואר המשתרע על שטח רב ומכיל חדרים רבים, גנים, אורוות, מחסנים ועוד. חיי הארמון התנהלו כמעט לחלוטין בעיר התחתית, בעוד הארמון המבוצר משמש כמבצר לעתות סכנה ודוחק בלבד. אחד האתרים המרשימים ביותר בהרודיון תחתית הוא בניין ענק, בנוי אבני גזית, שאורכו 130 מטרים ורוחבו כ-60 מטרים. הארכאולוגים מצאו את הבניין במצב שימור עלוב, אך גם מן השרידים המעטים שנותרו ניתן להסיק כי מדובר היה במבנה רב חשיבות לבוניו. בין המבנה הענק למבצר מחבר שביל מעשה ידי אדם באורך של כ-350 מטרים, אשר פשרו אינו מוסבר לחלוטין על ידי החוקרים. יש הטוענים כי הייתה זו דרך שנסללה במיוחד לרגל מסע הלוויה של המלך הורדוס, שנקבר בסופו של דבר במבצר עצמו ולא בעיר התחתית בנבכי הבניין הענק המוזכר כאן.
הרודיון עילית.
המילוי המלאכותי של ההר מקיף מעטפת הבנויה משתי חומות עגולות. החיצונית בקוטר 63 מטר והפנימית בקוטר 56 מטר. בין שתי חומות המעטפת תווך בן 3.5 מטר שנועד למעבר בין מגדלי השמירה ולאחסון ציוד ומזון. המעטפת התנשאה לגובה של 10–12 מטר מעל לרצפת הארמון אותו היא מקיפה. המעטפת הבנויה גם מתחת לרצפת הארמון יורדת ומגיעה עד לסלע הטבעי של ההר. החלל בין החומות חולק לכמה קומות על ידי תקרות ורצפות שנתמכו בקורות עץ.
סביב המעטפת בנויים שלושה מגדלי שמירה חצי עגולים שפונים החוצה לכיוון צפון, מערב ודרום. גם המגדלים, כמו המעטפת, חולקו לקומות וכל קומה חולקה ל-4 חדרים. המגדלים שמשו למגורי חיילי המשמר ולמשרתי הארמון.
מגדל נוסף, רביעי, נבנה מעל המעטפת בצד המזרחי שלה. המגדל, בצורת עיגול שלם, וקוטרו 18 מטר. בזמנו התנשא המגדל לגובה 45 מטר אך כיום הוא מתנשא לגובה 20 מטר בלבד מעל רצפת הארמון. בגלל גובהו ומשבי הרוח שהיו בו הוא שימש, בין היתר, למגורי משפחת המלוכה בימי הקיץ החמים. המסד שלו היה אטום והוא נבנה על גבי הסלע הטבעי לשם חיזוקו ומניעת קריסתו בזמן רעידות אדמה. המגדל העגול נבנה אבני גזית, יחד עם זאת משערים החוקרים כי הוא טויח בטיח לבן על בסיס סיד.
הכניסה אל הארמון נמצאת בין המגדל הצפוני למגדל המזרחי, בכיוון צפון מזרח. הכניסה נמצאת בסופו של גרם מדרגות גדול באורך 120 מטר וברוחב 6.5 מטר שמוביל מהרודיון תחתית לארמון ההר המבוצר. גרם המדרגות היה עילי ועבר מעל המילוי המלאכותי של ההר. אולם, בחלק העליון שלו, לקראת סופו, נכנס גרם המדרגות אל תוך המילוי המלאכותי של ההר אל הכניסה היחידה לארמון. באזור זה נבנו קירות תמך משני צידי גרם המדרגות שנתמכו בקשתות למניעת קריסתם בלחץ המילוי המלאכותי של ההר. באמצע גרם המדרגות ובקרבתו מצד שמאל התגלתה במאי 2007 אחוזת קבר שזוהתה על ידי הארכאולוג אהוד נצר כקברו של הורדוס.
הארמון עצמו נמצא בין חומות המעטפת העגולות. השטח שבין החומות מתחלק לשני חלקים שווים, החלק המזרחי והחלק המערבי. החלק המזרחי הוא חצר פריסטילית, מוקפת עמודים משלושה כיוונים: דרום, מערב וצפון. בצד המזרחי, חצאי עמודים, פילסטרים, אשר מחוברים אל הקיר המזרחי שנתמך במגדל המזרחי. החצר הפתוחה שימשה גן נוי של הארמון.
בדרומו של החלק המערבי של הארמון נמצא הטרקלין. זהו אולם גדול במידות 10X15 מטר, ללא עמודי תמך כי תקרתו נבנתה על קורות עץ ענקיות. בטרקלין נערכו סעודות בית המלוכה. רצפת הארמון לא נמצאה בשלמותה אך נמצאו שרידים של רצפת פסיפס בסגנון אופוס סקטילה עם צורות גאומטריות צבעוניות. הטרקלין היה פתוח בחלקו לכיוון החצר הפריסטילית על ידי פתח רחב ושני חלונות רחבים. בסמיכות לטרקלין נמצא אגף חדרי השינה של הארמון. נמצאו 4–5 חדרי שינה, כולם מעוטרים בציורי פרסקו.
בסמוך לאגף חדרי השינה נמצא בית המרחץ של הארמון. הכניסה אליו דרך חדר ההלבשה, האפודיטורים, אל החדר הפושר, הטפידוריום. משם אפשר לעבור אל החדר החם, הקלדריום, או אל החדר הקר, הפריגידריום. החדר החם בנוי בשיטת ההיפוקאוסט, רצפה כפולה מונחת על עמודי אבן קטנים דרכם עבר האוויר החם שחימם את החדר. החדר הקר שימש גם כמקווה טהרה בתקופת המרד הגדול.
חקר האתר וחפירתו.
צורתו הייחודית של האתר משכה את תשומת לבם של הנוסעים והחוקרים של ארץ ישראל, ובהם קונרד שיק, אדוארד רובינסון והורשיו קיצ'נר. במהלך המאות ה-18 וה-19 נערכו במקום סקירות של הממצאים החשופים על פני השטח. בין השנים 1956–1962 נערכו באתר חפירות ארכאולוגיות בראשות האב וירג'יליו קורבו מבית הספר הפרנציסקני למקרא בירושלים. משלחת זו חשפה את מרבית הממצאים הידועים על המבצר עצמו.
לאחר כיבוש האזור במלחמת ששת הימים נשלחה לאתר משלחת מטעם האוניברסיטה העברית בראשות פרופ' אהוד נצר, שהחלה את חפירותיה בהרודיון תחתית בשנת 1972. נצר המשיך בחפירת האתר במשך שנים רבות וגולת הכותרת של תגליותיו הייתה הקבר המשוער של הורדוס (ראו למטה).
האתר הרודיון הוכרז כגן לאומי שנים ספורות לאחר תחילת החפירות. ב-2 ביולי 1982 נרצח במקום על ידי מחבלים, דוד רוס רוזנפלד שהיה אחראי על הרודיון מטעם רשות הגנים הלאומיים. לוחית זיכרון לזכרו נמצאת בכניסה לאתר. בימי האינתיפדה השנייה נעצר זרם המבקרים. עם הרגיעה הביטחונית ומאז גילוי הקבר ב-2007 מספר המבקרים במקום עלה משמעותית.
ב-25 באוקטובר 2010, בעת ביקור עם קבוצת ארכאולוגים, נפל נצר בהרודיון, נפצע באורח קשה ונפטר כעבור שלושה ימים.
מציאת קבר הורדוס.
במאי 2007 הכריז פרופ' אהוד נצר כי מצא את קבר הורדוס, לאחר יותר מ-30 שנות חיפושים באתר. האתר המזוהה עם קבר הורדוס התגלה במהלך חפירות במדרון החיצוני של ההר, מתחת לשרידי חומה המקיפה את הרודיון מסביבו, ומעל הארמון התחתון ששימש כנקודת היציאה למסע ההלוויה של הורדוס, בסמוך לשרידים של גרם מדרגות שעולה אל האתר מהרודיון התחתית. במקום, הצופה צפונה לכיוון ירושלים, התגלה מסד של מאוזוליאום הבנוי אבני גזית מפוארות ושברי סרקופג מנותצים. עיטורי הסרקופג דומים לעיטורי הסרקופגים שהתגלו ב"קברי המלכים" בירושלים מתקופה זו, אך מפוארים מהם.
מסד המאוזוליאום הוא 10X10 מטר. האבנים גדולות יותר משאר אבני ההרודיון והובאו מרחוק.
לדעת פרופ' נצר, המורדים היהודים שהסתתרו במבצר במהלך המרד הגדול, כ-70 שנה לאחר מותו של הורדוס, הם אלה שניתצו את הסרקופג, בגלל שנאתם התהומית להורדוס, שמלך בחסות הרומאים.
דעות אחרות סוברות כי דווקא המורדים של מרד בר-כוכבא שישבו שם, הם אלה שדאגו לניתוץ הסרקופג.
לדעת נצר, הסיבה להימצאות הקבר מחוץ לשטח הרודיון היא השמירה הקפדנית של דיני טומאה וטהרה, שאפיינה את תקופת בית שני. טומאת מת היא טומאה בדרגה הגבוהה ביותר ביהדות ולכן הורדוס, שראה עצמו כיהודי, ביקש לקבוע את מקום קבורתו מחוץ לאזור המגורים בהר, כדי לאפשר לילדיו להשתמש בארמון העליון. באתר עצמו טרם נמצא ממצא אפיגרפי (כתובת חרוטה) כלשהו באתר שיוכיח באופן חד משמעי שאכן מדובר בקברו של הורדוס או בני משפחתו.
המשך החפירות במתחם הקבר חשפו ממצאים נוספים, הבולטים שבהם הם שני סרקופגים נוספים. נצר מציע כי האחד הוא של מלתקי, אשתו השישית של הורדוס, ואימו של ארכלאוס. השני, מציע נצר, הוא של גלפירה אשתו של ארכלאוס. יוסף בן מתתיהו מצידו אינו מוסר היכן נקברו מלתקי וגלפירה. הוא גם אינו מתעד שבהרודיון נקברו דמויות נוספות פרט למלך הורדוס עצמו.
ב-2012 שוחזר קבר הורדוס.
התיאטרון.