גישה נוספת, מכונה "הגישה הפונקציונליסטית". על פי גישה זו, הסכסוך היהודי-נכרי בעת העתיקה, לא היה מבוסס על מהותה של היהדות, אלא על סכסוכים פוליטיים. חלק מהחוקרים כמו אליהו ביקרמן וכריסטיאן האביכט אף לוקחים את הטענה רחוק יותר, וגורסים שכלל לא התקיימה שנאת יהודים בעולם העתיק לפני מרד החשמונאים. לאחר המרד, החשמונאים כוננו מדינה יהודית, נטלו לידיהם את תפקיד הכהן גדול וחיברו את שלטון הדת עם השלטון החילוני. הם הרחיבו את גבולות ממלכת החשמונאים לכל עבר, על חשבון שכניהם. הם הטילו אימה על הנוכרים וכפו עליהם גיור. כלומר, הם הפעילו את אותה גישה שממנה סבלו הם עצמם רק זמן קצר קודם לכן. עובדות אלו, לטענת אותם חוקרים, גרמו לשנאת היהודים שהתפתחה במצרים התלמיית והאימפריה הסלאוקית, והתפשטה ברחבי האימפריה הרומית. ההיסטוריון צבי יעבץ תוקף בחריפות גישה זו. ראשית כל, הוא מפריך את הטענה שאין סימנים לשנאת ישראל לפני מרד החשמונאים, ומביא כראיה את שריפת המקדש היהודי ביב 264 שנים קודם לכן. טענה נוספת שלו היא, שבעוד שרבה הביקורת מצד מקורות יהודיים (כמו יוסף בן מתתיהו) על שלטון בית חשמונאי, הביקורת מצד היסטוריונים יווניים ורומאיים היא מועטה. יתרה מכך, התוקפנות כלפי האדומים והגיור של היטורים שביקרמן והאביכט כה הדגישו את חשיבותו בתהליך, לא נזכרים כלל בספרות היוונית-רומית.
יש אף הסוברים כי לא הייתה כלל שנאת ישראל מובחנת ברומא העתיקה. לדעת אותם חוקרים, הרומאים היו גזענים באופן כללי ושנאו כל עם שנבדל מהם בדתו ובאמונתו, והיהודים לא היו יוצאים מן הכלל. אותם חוקרים סבורים כי היחס העוין שגילו היוונים והרומאים כלפי היהודים, אינו נובע משנאה מתמדת ורגשי איבה מולדים אלא היא תוצאה של אי הבנה, ומסמל למעשה בוז ולא תיעוב ושאט נפש. לדעת אותם חוקרים, מחקר מבודד על שנאת ישראל בעת העתיקה הוא מוגבל ומטעה ובמקומו יש להתמקד ביחס הכללי שגילו הרומאים והיוונים כלפי עמים אחרים. צבי יעבץ מסכים כי אפשר לטעון שהמחקר היהודי בשטח זה לוקה ברגישות מופרזת, אך העובדות מלמדות כי אכן יש לראות בשנאת היהודים שנאה מובדלת, הרומאים בזו לעמים אחרים אך בניגוד ליחסם ליהודים, בשדה הקרב גילו הרומאים לרוב כבוד כלפי אויביהם בני העמים האחרים, במיוחד אם לחמו באומץ. שנאה זו מתבטאת לטעמו של יעבץ גם בעובדה שבעוד הלעג על מנהגים מוזרים של עמים אחרים בספרות היוונית-רומית הוא אקראי ואינו מסודר, הלעג כלפי מנהגי היהודים הוא עקבי.
מוקדי סכסוך בולטים.
המקדש ביב.
ההתיישבות היהודית במצרים מתוארכת לשלהי המאה ה-8 לפנה"ס – עוד בתקופה המקראית. האירוע הראשון בהיסטוריה היהודית שניתן לפרשו כהתפרצות של רגשות אנטי-יהודיים, התרחש בעיר יב (אלפנטינה) שבמצרים. היהודים ביב היו ברובם שכירי חרב שהועסקו בהגנה על גבולות מצרים מפני הנובים. היהודים ביב הקימו את "מקדש יב" לאל היהודי, אשר שכן בסמוך למקדש האל המצרי חנום, אשר היה האל הרשמי של האזור. לאחר כיבוש מצרים בידי האימפריה הפרסית היהודים קיבלו יחס מיוחד מהשלטון הפרסי, ומפקדיהם היו פרסים. בניגוד למקדשים המצריים הרבים שהוחרבו בשיטתיות בידי כנבוזי השני, המקדש היהודי ביב נותר על תלו. בשל כך, נתפסו היהודים בעיני אוכלוסיית יב (ברובה מצרית ילידית) כמדכאים. בשנת 425 לפנה"ס, עזב המושל הפרסי ארשם את מצרים, כיוון שיצא להילחם למען דריווש השני במהומות הפוליטיות שפרצו לאחר מותו של ארתחששתא הראשון באותה שנה. היעדרותו עוררה מרד מצרי כנגד השלטון הפרסי, אולם היהודים נותרו נאמנים לשלטון הפרסי כפי שמעיד אחד הפפירוסים של יב: "[כאשר] חילות המצב המצריים מרדו אנחנו [היהודים] את משמרתנו לא עזבנו". עובדה זו הגבירה את המרירות המצרית כלפי היהודים, ובפפירוסים הבאים מאותה תקופה ישנן עדויות ברורות ליחסים גרועים בין היהודים למצרים המקומיים. בשנת 410 לפנה"ס עזב ארשם שוב את האזור, אלא שהפעם עזיבתו לא לוותה במרד נגד השלטון הפרסי. תחת זאת, כהני חנום הסיתו את וידרינג, מפקד חיל המצב הפרסי באזור זה של מצרים, להרוס את המקדש היהודי. וידרינג נתן הוראה לבנו, נפין, אשר היה מפקד חיל המצב הפרסי-מצרי ביב, להחריב את המקדש בעזרת כוחותיו.
יש הסוברים שהחרבת המקדש בוצעה על רקע סכסוך דתי בין כהני המקדש שהקריבו כבש בחג הפסח, בעוד כאמור הדת השלטת באזור הייתה פולחן חנום, אשר הכבש היה מקודש לו. וידרינג ומעורבים נוספים בפרשה נענשו, אולם היהודים לא קיבלו אישור לשקם את המקדש. בקשה שנשלחה אל בגוהי מושל פחוות יהודה, לא נענתה. שלוש שנים מאוחר יותר פנו היהודים שוב לבגוהי ולאישים רבי השפעה נוספים, והפעם קיבלו את האישור לבנות את המקדש מחדש. גורל המקדש לאחר מכן, כמו גם מועד חיסול הקהילה היהודית ביב, לא ידוע.
אלכסנדריה.
התפרצות נוספת של שנאת יהודים פגאנית במצרים, התרחשה באלכסנדריה. חלק מהחוקרים מגדירים אותה בתור: "ההתפרצות האלימה ביותר של רגשות אנטי-יהודיים בעת העתיקה". באלכסנדריה הייתה קהילה יהודית ותיקה, אשר לכל אורך השנים בהן שימשה אלכסנדריה כבירת מצרים התלמיית חיה בשלום עם הרוב היווני-מצרי בעיר. הניכור החל כאשר רומא השתלטה בהדרגה על מצרים, במיוחד לנוכח התמיכה שהעניקו יהודי מצרים ליוליוס קיסר במהלך מערכתו במצרים בין השנים 48–47 לפנה"ס. במהלך העשור השני לספירה הטיל אוגוסטוס מס גולגולת על אזרחי אלכסנדריה, אולם פטר את היוונים מלשלם אותו. מעשה שחידד את הבדלי הגזע והדת בין אזרחי העיר.
תיאור האירועים בא לידינו בעיקר מספריו של פילון האלכסנדרוני "נגד פלאקוס" ו"המשלחת לגאיוס": באוגוסט 38 לספירה, בתקופת שלטונו של הקיסר הרומי קליגולה, ביקר באלכסנדריה המלך היהודי אגריפס הראשון. הביקור עורר זעם רב בקרב הפגנים בעיר, ולאחר שעזב המלך פרץ פוגרום ביהודים. חלקו של המושל הרומאי של מצרים, אאולוס אוויליוס פלאקוס בפרשה כולה, לא ברור. פילון טוען שפלאקוס נוצל בידי מנהיגי הכנופיות האנטי-יהודיים בעיר. פלאקוס היה מיודד בעבר עם קווינטוס נביוס מקרו, לשעבר מפקד המשמר הפרטוריאני אשר אולץ להתאבד בידי קליגולה. בשל כך, היה מעמדו של פלאקוס רופף למדי באותה תקופה, והוא חשש שיסולק בקרוב מתפקידו, ואף גרוע מכך (כפי שאכן קרה לבסוף). פילון טוען שפלאקוס חיפש נואשות בעל ברית כלשהו, והמנהיגים האנטי-יהודיים דיוניסוס, לאמפון ואיסידורוס, הבטיחו לו את תמיכת אזרחי אלכסנדריה אם יסגיר בידיהם את היהודים. בשל כך, העלים פלאקוס עין ממעשי האספסוף האלכסנדרוני, ואף תמך בהם בסתר.
פלאקוס התיר לאספסוף לתפוס את בתי הכנסת היהודיים, ולהציב בהם צלמים של הקיסר. על פי המקורות, לאחר מכן הוציא פלאקוס צו מיוחד אשר נועד להגדיר מחדש את מעמדם של יהודי אלכסנדריה. על הצו עצמו ידועים פרטים מעטים, אולם בעקבותיו הוגדרו יהודי אלכסנדריה כ"זרים ונכרים". מה שאמר שאזרחותם בוטלה ודמם הותר. בעקבות הצו, נערך פוגרום מחריד בתושבי אלכסנדריה היהודים. פילון, אשר היה עד ראייה למאורעות, מוסר תיאורי זוועה של הפוגרום:
היהודים נאלצו לעזוב את בתיהם (אשר נבזזו מיד בידי המצרים), ולעבור לחלק אחר של העיר - "רובע דלתא". לטענת ההיסטוריונית מרי סמולווד זהו הגטו הידוע הראשון. הרובע היה צר מלהכיל את כל היהודים, ורבים נפלטו אל החופים, בתי הקברות והמזבלות. רבים גוועו ברעב בתוך הרובע, וכאשר העזו חלקם לצאת מהרובע כדי לקנות אוכל למשפחותיהם, הותקפו בידי המצרים. 40 מזקני היהודים הולקו והושפלו בפומבי, ופלאקוס שלח את אנשיו לחפש נשק בבתי היהודים. בספטמבר או אוקטובר של אותה שנה, נקרא פלאקוס באחת לשוב לרומא. הוא הוגלה לאי אנדרוס ומאוחר יותר הוצא להורג. לא ידוע הרבה על מה שקרה לאחר מכן, ונראה שהשתרר שלום מתוח בין היהודים למצרים. בחורף 39/40 שלחו הן היהודים והן האלכסנדרונים משלחות להתווכח בפני הקיסר קליגולה. בראש המשלחת היהודית עמד פילון, ובראש המשלחת האלכסנדרונית עמד הסופר האנטי-יהודי אפיון. באביב של שנת 40 העניק קליגולה למשלחת היהודית ריאיון קצר, ודחה את הפגישה לפעם אחרת. בסתיו של אותה שנה הוא העניק לשתי המשלחות ראיון ארוך יותר, אולם השיחה נסבה בעיקר על שאלות אחרות, וכאשר ניסו חברי המשלחת היהודית להעלות את נושא אזרחותם שלשמו באו, קטע אותם הקיסר בגסות.
ב-24 בינואר, 41 נרצח קליגולה בידי המשמר הפרטוריאני, וקלאודיוס עלה לשלטון. הידיעות על חילופי השליטים עודדו את היהודים לנסות לנקום באלכסנדרונים על פרעות שנת 38, ותקפו את בני עירם. המידע על התוקפנות היהודית מועט, אולם נראה שהתפתח מרחץ דמים רציני כיוון שהצבא הרומי נאלץ להתערב ולהשליט סדר. בפברואר או מרץ הוציא קלאודיוס פקודה אשר החזירה ליהודים את זכויותיהם הקודמות. בסוף אפריל, נשפטו והוצאו להורג מנהיגי הסיעה האנטי-יהודית באלכסנדריה איסידורוס ולאמפון, וב-10 בנובמבר פרסם קלאודיוס איגרת נוספת אשר ידועה כ"איגרת הקיסר קלאודיוס לאלכסנדרונים" ושרדה בתור פפירוס, ובה אישר מחדש את אזרחותם של היהודים.
רומא.
עמדתם של הרומאים ביחס ליהודים מורכבת יותר. מחד, ירשו הרומאים את שנאתם של המצרים ליהדות, ואת הבוז שהיוונים רחשו לה, אך מאידך גם חשו כלפיה רגשות התעניינות ומשיכה, שהתבטאו במספר גדול של גרים.