בתקופה זו פיתחו הקרתגנים תרבות עשירה ושיטת ממשל מפותחת. שיטת הממשל הקרתגנית הלכה בעקבות שיטת הממשל בצור, אך הערים הפיניקיות נשלטו על ידי מלכים, בעוד שהקרתגנים נשלטו על ידי "שופטים" (suffete) שייצגו את האריסטוקרטיה של בעלי הקרקעות. ה"שופטים" שנקראו במילה זו ממש גם בשפה הפיניקית, הקרובה לעברית, היה תערובת של רשות מבצעת ורשות שופטת. למשרה מונו האצילים ובעלי ההון, שנבחרו על ידי כלל האזרחים לתקופות בנות שנה אחת, שבהן כיהנו שני שופטים במקביל, בדומה למוסד הקונסול ברומא. השופטים לא היו בעלי כוח צבאי, והמשרות הצבאיות ניתנו לגנרלים שמונו לפי הצורך ונבחרו בנפרד. לצד השופטים נבחרה מועצת זקנים, בת מספר מאות חברים, בדומה לסנאט הרומי. בעיתים של מחלוקת או מצוקה, כונסה אף אספת עם גדולה, בה ניתן קול לאנשים נוספים מקרב אזרחי העיר. לא ידוע כיצד מונו החברים באספת עם גדולה זו.
אריסטו תיאר בספרו "פוליטיקה" את הממשל בקרתגו כ"מעורב", הסדר שכלל אלמנטים של מונרכיה, אריסטוקרטיה ודמוקרטיה.
המלחמות הפוניות וחורבן העיר.
עלייתה של הרפובליקה הרומית ויומרתן של שתי המדינות לשלוט בנתיבי הסחר בים התיכון, הביאה את קרתגו לסדרה של מלחמות, המכונות המלחמות הפוניות, שהביאה בסופו של דבר לחורבנה.
המלחמה הפונית הראשונה בין 264 לפנה"ס ל-241 לפנה"ס החלה בסיציליה והתפתחה למלחמה ימית שבה למדו הרומים את אמנות הלחימה הימית, והצליחו לשלוט בה ולנצח. קרתגו איבדה את סרדיניה ואת שליטתה במערב סיציליה.
המלחמה הפונית השנייה בין 218 לפנה"ס ל-201 לפנה"ס החלה בעיר סגונטו בספרד של ימינו. חניבעל, מנהיג הקרתגנים כבש את העיר, שהייתה בעלת ברית חשובה של רומא. הפעולה הביאה לסכסוך ולהכרזת מלחמה. מסגונטו החל חניבעל להתקדם אל איטליה כשהוא מוביל את צבאותיו המצוידים בפילים אל מעבר להרי האלפים. בתחילה זכה לניצחונות, אך לאחר שכל בעלות בריתה של רומא נותרו נאמנות לה, נכשל בניסיונו לכבוש את העיר. המערכה באיטליה נמשכה במשך שנים רבות. לבסוף פלשו חיילי רומא בהנהגת סקיפיו אפריקנוס למושבות קרתגו בספרד, ולאחר מכן נחתו באפריקה, ליד העיר קרתגו, והכריחו את חניבעל לשוב אל העיר. לאחר תבוסת הקרתגנים בקרב זאמה בשנת 202 לפנה"ס איבדה קרתגו את מושבותיה בחצי האי האיברי, ובמערב הים התיכון, כמו גם את השפעתה על המלכים הנומידים ששלטו מסביבה. בתקופה זו שלטה קרתגו בסביבה הקרובה לעיר קרתגו בלבד, הוטלו עליה פיצויי מלחמה בסכום גבוה, ועצמאותה אבדה.
במהלך התקופה שלאחר מכן בנו הקרתגנים את האימפריה שלהם מהיסוד, ובמהלך שנים ספורות התאוששו ושבו להיות מרכז מסחרי משגשג במערב הים התיכון, אם כי לא חזרו לגדולתם הקודמת. רומא הביטה בהתפתחויות אלו בדאגה, ולבסוף, לאחר הכרזת מלחמה של קרתגו על המלך הנומידי מסיניסה, הכריזה רומא מלחמה על קרתגו בטענה כי בניגוד לתנאי כניעתה הכריזה מלחמה שלא ברשותה של רומא. המלחמה הפונית השלישית שהתרחשה בין 149 לפנה"ס ל-146 לפנה"ס הביאה לאובדנה המוחלט של קרתגו. העיר נהרסה, ותושביה נמכרו לעבדים.
הפרובינקיה הרומית אפריקה.
לאחר חורבן קרתגו הפך שטחה של העיר לחלק מהפרובינקיה הרומית אפריקה. הפרובינקיה, ששטחה חפף לערך את שטחה של תוניסיה המודרנית הייתה פרובינקיה מרכזית ועשירה, ורבים מן האירועים המרכזיים בתולדות רומא העתיקה התרחשו בה. תושבי הפרובינקיה שמרו במידת מה על ייחודם האתני, והשפה הכנענית בה דברו תושבי קרתגו נותרה שפת הדיבור במשך מאות שנים לאחר חורבן העיר עצמה.
גאיוס מריוס, דמות מפתח בתולדות רומא, זכה לניצחון חשוב במלחמת יוגורתה שנערכה על אדמת הפרובינקיה אפריקה, בשנת 109 לפנה"ס. בשנת 47 לפנה"ס נחת יוליוס קיסר על אדמת הפרובינקיה אפריקה, במהלך המרדף אחר גנאיוס פומפיוס מגנוס, שותפו לטריומווירט הראשון, ויריבו. בשנת 46 לפנה"ס ניצח קיסר בקרב תאפסוס, היה שלב חשוב בדרכו של קיסר אל השלטון האבסולוטי, ובסיום מלחמת האזרחים. קיסר סיפח את נומידיה וקרא לה "הפרובינקיה אפריקה נובה", והקים עיר חדשה על חרבות קרתגו בשם "קולוניה יוליה קרתגו".
הקיסר אוגוסטוס, יורשו של קיסר, החל בשיקום העיר קרתגו במהלך המאה ה-1 והמאה ה-2 לספירה. בשנת 14 לספירה החליפה קרתגו את אוטיקה כבירת הפרובינקיה אפריקה. במקום שוכנו חיילים ותיקים, והשפע החקלאי במקום הביא לשגשוג ופריחה. גרעין של דוברי לטינית התיישב בלב דוברי הפונית והשפות הברבריות. הפרובינקיה הפכה לחלק בלתי נפרד מהאימפריה.
ספטימיוס סברוס נולד על אדמת הפרובינקיה אפריקה, והיה במוצאו פוני, צאצא לבני לפטיס מגנה. את השפה הלטינית דיבר במבטא צפון אפריקני. למרות זאת נחשב כבן לאליטה הרומאית הקוסמופוליטית. בשנת 193 היה לקיסר רומא. שלטונו בן 18 השנים היה רווי במלחמות גבול, ובהדיפת הפולשים לתחומי האימפריה הרומית. בנו קרקלה היה לקיסר בשנת 211, ולאחריו משלו אחייניו אלאגבאלוס ואלכסנדר סברוס. שלטונה של השושלת הסברית נמשך עד לשנת 235.
בשנת 238 חוללו אנשי הפרובינקיה מרד. בעלי קרקע עשירים חימשו את אריסיהם, והכריזו על מושל הפרובינקיה הקשיש גורדיאנוס הראשון, ועל בנו גורדיאנוס השני כקיסרים במשותף. גורדיאנוס הראשון היה איש ממשל ותיק, ושירת ברומא כקונסול. כל זאת אירע בעוד שהקיסר הנוכחי, מקסימינוס לחם באזור הדנובה. ברומא הכריז הסנאט על תמיכתו במורדים. כאשר דוכא המרד באמצעות כוחות מקומיים שנותרו נאמנים לקיסר, הצליח לבסוף נכדו של גורדיאנוס הראשון, גורדיאנוס השלישי להתמנות לקיסר, לאחר שמקסימינוס נרצח על ידי חייליו. שלטונו נמשך עד לשנת 244.
בשלב זה הגיעה הנצרות לאפריקה, והתפשטה בה במהירות. התאולוג החשוב אוגוסטינוס נולד על אדמת הפרובינקיה אפריקה, ופעל בה במהלך המאה ה-4 והמאה ה-5.
המינות הדונאטיסטית שהולדתה על אדמת קרתגו, היוותה מכשול להתפתחות הנצרות באזור. המינות נוצרה לאחר רדיפת הנוצרים על אדמת אפריקה בידי הקיסר דיוקלטיאנוס בסוף המאה ה-3 ותחילת המאה ה-4. רדיפה זו גרמה לפיצול בשורות הנוצרים. נוצרה מחלוקת בשאלה האם לקבל לשורות הכנסייה נוצרים שהמירו את דתם בלחץ הרדיפות. מחלוקת נוספת הייתה האם יכול כומר, שאינו ראוי מבחינה אישית, להעניק את הסקרמנט. בשנת 315 אירע הפיצול, כאשר בראש הכופרים עמד הבישוף של קרתגו, דונאטוס. לכפירה בממסד הצטרפה גם תסיסה עממית נגד האימפריה הרומית ונגד המיסים הכבדים. בתחילת המאה החמישית לספירה, גרש הקיסר הרומי הונוריוס את הדונאטיסטיים מכנסיותיהם. גם אוגוסטינוס נלחם בדונאטיסטים. הם חברו למהפכנים עממיים ונקראו משוטטים (circumcelliones). הדונאטיסטים גינו את העוני והעבדות, וקראו לשחרור עבדים ושמיטת חובות. הם שדדו והרגו עשירים, ואף ביקשו למות בעצמם: הם קפצו לאש או מעל סלעים תלולים.
בשלב זה הייתה האימפריה הרומית מצויה בדעיכה. בשנת 439 כבשו הוונדלים בהנהגת מלכם גנזריך את הפרובינקיה אפריקה, והפכו את קרתגו לבירתם. הוונדאלים, שבט ממוצא גרמני, שהאמינו בנצרות האריאנית, שלטו באפריקה תקופה קצרה. בשנת 553 כבש בליסאריוס, שר הצבא הביזנטי את קרתגו, והפך אותה לחלק מהאימפריה. שלטונם של הוונדלים כמו גם של הביזנטים לא חרג מתחומי קו החוף. בפנים הארץ שלטו הברברים.
ימי הביניים.
הכיבוש הערבי.
ראשוני הפולשים המוסלמים הגיעו לשטח תוניסיה עוד בשנת 648 בתקופת שלטונו של הח'ליף עות'מאן בן עפאן. בשנת 670 נכנס לתוניסיה צבאו של השליט המוסלמי עוקבה בן נאפע. הערבים שהגיעו בדרך היבשה, כבשו את המבצרים הביזנטים שלאורך החוף. הם הקימו את העיר קירואן בשנת 673 והשתמשו בה כבסיס על מנת להשליט את דת האסלאם אל מול כיסי התנגדות של נוצרים וברברים. בתהליך זה הוחרבה שוב העיר קרתגו, בשנת 698. לאחר חורבן קרתגו הייתה תוניסיה למוסלמית, וכך נותרה עד היום. תוניסיה הפכה למרכז טבעי להשפעה הערבית והאסלאמית בצפון אפריקה, וזאת בשל היותה בעלת תשתית עירונית, חקלאית ומסחרית הדרושה להקמת מדינה ריכוזית. בתוך דור אחד קיבלה כל האוכלוסייה באזור את האסלאם, ואף הברברים, שמעולם לא קיבלו עליהם את הנצרות, הפכו למוסלמים.
השושלת האע'לבית.
שליטיה הערבים של תוניסיה לחמו במהלך המאה ה-8 נגד הברברים, ששאפו לעצמאות, ובמקביל התרופפו קשריהם עם השלטון המרכזי בבגדאד. נוצרה אריסטוקרטיה ערבית מקומית, שהתנגדה להתערבות הח'ליפים בענייניה. בשנת 797 פרץ מרד. בשנת 800 הגיע המרד לקירואן. השליט המקומי, איברהים אל-אע'לב, הציע לח'ליף הארון א-רשיד כי יכיר באופן רשמי בשלטון הח'ליפות בבגדאד, אך אזור איפריקיה (إفريقية), כפי שכונתה הפרובינקיה הרומית אפריקה בפי הערבים, יוענק לו כאחוזה פיאודלית תורשתית. אל-אע'לב ויורשיו, הידועים כאע'לבים, שלטו בשטח הקרוי כיום תוניסיה, טריפוליטניה ומזרח אלג'יריה בין 800 ל-909. האליטות הצבאיות האע'לביות כללו הן את הפולשים הערבים, הן ברברים שהתאסלמו והן עבדים שחורים ששימשו כחיילים. מהגרים ערבים מפרס, ילידים דוברי ערבית ושפת המקום, נוצרים ויהודים שימשו כמנהלנים במדינה האע'לבית.