לקראת סוף המאה ה-19 חיו באי כ-300 יהודים. הקהילה היהודית עברה לאיים אחרים, כתוצאה מרעידות האדמה התכופות שאירעו באי וממצב כלכלי רעוע. בית הכנסת הכרתני כמעט ולא היה פעיל. מרבית הגברים היהודים עסקו בפחחות וייצור כלי בית, והנשים עסקו במלאכת יד והתקינו כיסויים ושמיכות שנמכרו ברחבי האי. יהודי האי היו שקטים ואנשי עבודה. קשה היה למצוא ביניהם חסרי כל, ועם זאת, הם לא היו עשירים.
לעלילת הדם שהתרחשה באי קורפו היו השלכות גם באי זקינתוס. קבוצת תושבים נכנסה לרובע היהודי כשהיא יורה באוויר. כוח צבאי קטן שהיה מוצב במקום פיזר את היורים ועצר את מנהיגם ללילה אחד. הכוח הצבאי חוזק. וב-19 באפריל 1891 המכונה "יום שישי הטוב" ניסו תושבים נוצרים לפרוץ בכוח לרובע היהודי כדי לפרוע בתושביו. מפקד המשמר ניסה למנוע את הדבר, אולם הפורעים לא היו מוכנים לסגת. מפקד המשמר פקד לירות בפורעים, חמישה מהם נהרגו. ורבים אחרים נפצעו. הדבר עורר זעם רב בעיר, חיל המשמר נסוג לתוככי הרובע היהודי, והפורעים הצליחו לפרוץ לבתי יהודים ולבזוז אותם. מצוין שתושבים נוצרים נתנו מחסה ליהודים. באירוע זה, שלא בדומה לאי קורפו, לא נהרגו או נפצעו התושבים היהודים. למחרת הגיעו באוניה 500 חיילים, בשתי ספינות מלחמה, האחת בריטית והאחרת צרפתית, שעגנו ונותרו במקום למשך ימים רבים, ולאחר המהומות פסקו.
מאז 1900 ואילך לא היו תקריות אנטישמיות באי. מערכת היחסים בין התושבים היהודים לנוצרים השתפרה עד מאוד. היהודים נטלו חלק במלחמות הבלקן ובאירועים שהתרחשו באומה היוונית, לטוב או לרע. ילדים יהודים ונוצרים ישבו ביחד בספסלי בתי הספר הציבוריים והוריהם השתתפו בחגיגות דתיות.
בתי הכנסת.
בשנים הראשונות של המאה ה-17 היהודים התכנסו בבית כנסת אחד - זקינתיוטי (Zakynthiot), שהיה גדוש תמיד כי יהודים המשיכו להתיישב באי. בהמשך הוקם בית כנסת שני - כרתני (Cretan), אשר היה מכונה גם קופיו, על ידי פליטים יהודים שהגיעו מכרתים ב-1669. במשך 20 שנה הם פעלו בהרמוניה, אבל עם המשך ההתיישבות של יהודים באי שהביאו עמם מנהגים ומסורות שונים, נוצרו עימותים בין שני בתי הכנסת. עימותים אלו פסקו עם הקמתו של בית כנסת שלישי שענה לצורכיהן של המשפחות החדשות שהתיישבו באי. הקהילה נחלקה, על כן, על פי מוצא המשפחות.
בתי הכנסת נהרסו ברעידות האדמה שאירעו באי ב-1768, ב-1787 וב-1789. שני בתי הכנסת - הזקינתיוטי והכרתני - הוקמו מחדש. הקהילה העניקה לבית הכנסת הזקינתיוטי, את השם "שלום" בעת הקמתו מחדש ב-1833.
בית הכנסת המרכזי "שלום".
בית הכנסת "שלום" שכן ברחוב מארטינגו (כיום רחוב טרצטי), ובית הכנסת הכרתני שכן 100–150 מטר ממנו. ב-1953 בית הכנסת הכרתני לא היה פעיל עקב המספר הקטן של יהודים שנותרו באי אחרי מלחמת העולם השנייה. לאחר רעידת האדמה שאירעה באי ב-12 באוגוסט 1953, שני בתי הכנסת נהרסו. על חורבותיו של בית הכנסת המרכזי "שלום" הוקם ב-1992 אתר הנצחה לחסידי אומות העולם שהצילו את הקהילה היהודית באי: הארכיבישוף כריסוסטומוס דימיטריו וראש העיר לוקאס קארר.
קהילת יהודי זקינתוס בשואה.
שואת יהודי יוון החלה עם כיבוש יוון בידי גרמניה הנאצית באפריל 1941 והסתיימה עם שחרור יוון באוקטובר 1944. מרבית הקהילות היהודיות של יוון הושמדו.
בתחילת מלחמת העולם השנייה חיו באי כ-275 יהודים. ב-1 במאי 1941 נכבש האי על ידי צבא איטליה. עד שנת 1943 נשלט המקום על ידי האיטלקים והיהודים חיו ללא חשש. במהלך השנתיים בהן שלטו האיטלקים באי שררה אווירה עליזה למדי: החיילים האיטלקים היו בליינים שאהבו לשבת בימים על שפת הים ולדוג דגים ובלילות להתארח בבתי המרזח של האי ולשיר שעות. בקיץ, האיטלקים ארגנו קייטנות לילדים. כל זאת השתנה לאחר נפילתו של מוסוליני. הגרמנים כבשו את השטחים בהם שלטו האיטלקים, וב-9 בספטמבר 1943 פלשו הגרמנים לאי.
הארכיבישוף כריסוסטומוס דימיטריו הורה לראש העיר לוקאס קארר לשרוף את כל רשימות היהודים באי, ופנה לגרמנים בתחינה שלא יגרשו את היהודים, היות שהם אזרחים יוונים לכל דבר ולכן אינם אמורים להיענש בגירוש. כריסוסטומוס פנה למפקדים הגרמניים בשפתם כדי לבטל את גזירת גירושם של היהודים. גם הופעתו של ראש הקהילה משה גני, בלבוש סחבות כדי לעורר את הרושם שהיהודים עניים מרודים, והגרמנים לא יזכו ברכוש גדול מעצם גירושם, לא הניבה את ביטול הצו. יהודי כרתים, שמצבם הכלכלי היה דומה למצבם הכלכלי של אחיהם היהודים בזקינתוס, רוכזו והועלו על ספינה במטרה להובילם למחנות ההשמדה. לאחר שניסיונות לבטל את הגירוש לא צלחו, מנהיגות האי, הדתית והאזרחית, ראש העיר קארר והמטרופוליט כריסוסטומוס - חברו יחדיו לעצור את מכונת ההשמדה. הגרמנים רצו לרכז את היהודים לקראת הגירוש ופרסמו צווים שונים לצורך זה, בכלל זה דרשו את רשימת היהודים של האי. הארכיבישוף הורה ליהודים לברוח בלילה ולהתפזר בכפרים, באמונה שתושבי הכפרים יעזרו ליהודים באספקה של מים ומזון. למחרת התייצבו השניים למפקד הכוחות הגרמניים והגישו לו את "רשימת היהודים". כשהלה פתח את הרשימה, הוא גילה שני שמות בלבד: ראש העיר לוקאס קארר והארכיבישוף של האי כריסוסטומוס דימיטרי, שטענו שהם יהודים, ושיש לגרש אותם אם מגרשים את היהודים.
בזעם רב, המפקד הגרמני שלח את חייליו לעיר להוציא את היהודים מבתיהם, אך הם כבר לא נמצאו שם. לאורך השנה, נעשו פשיטות על הכפרים כדי למצוא יהודים. אולם הדבר לא צלח בידי הגרמנים, משום שמפקד הפרטיזנים באי דמיטריוס קטייבאטיס, הזהיר את הכפריים בדבר פשיטה העומדת להתחולל בכפרם על ידי כוחות גרמנים במטרה לגלות את מקומות המחבוא של היהודים, ולא היה תושב יווני אחד שהלשין לכוחות הגרמנים על הימצאותם של יהודים בכפרו. בשלהי קיץ 1944 הגיעו שלוש ספינות של הצי הגרמני - במטרה להצליח במשימה שכשלה עד כה - להוציא את היהודים ממקומות המחבוא שלהם - ולרכזם לגירוש למחנות ההשמדה. מפקד הפרטיזנים קטייבאטיס, איים שפקודיו יגנו על היהודים בכל מחיר, ושהקורבנות בחיי אדם יהיו גבוהים מאוד משני הצדדים.
היו אלו הכוחות הגרמניים שב-12 בספטמבר 1944 עלו על הספינות שהיו מיועדות לגירוש היהודים, כשנסו מן האי. חודש לאחר מכן שוחררה יוון מהכיבוש הנאצי, והקהילה היהודית באי זקינתוס נותרה ללא פגע. תודות למחווה של הארכיבישוף וראש העיר לוקאס קארר ולמנהיגותם האמיצה והערכית לא נשלחו יהודי זקינתוס למחנות המוות. בתום המלחמה, שרדו כל יהודי זקינתוס. הייתה זו הקהילה היהודית היחידה ביוון, ממערב לחצי האי פלפונס, ששרדה בשלמותה את הכיבוש הנאצי. בתום מלחמת העולם השנייה עלתה מרבית הקהילה היהודית, שהייתה מאוד ציונית, לארץ ישראל. באי נותרו 53 יהודים.
בשנת 1978 הוענקו לכריסוסטומוס ולקארר תואר חסידי אומות העולם על ידי "יד ושם". את התואר לדימיטריו, שנפטר ב-1958, קיבלה בשמו אחותו ואסיליקי סטראבולמוס (Βασιλικη Στραβολαιμος). בעלה, ההיסטוריון דיוניסוס סטראבולמוס כתב ספר על הצלת יהדות זקינתוס: (1988) "An act of Heroism-An act of Vindication. The Saving of the Jewsof Zakynthos during the (Nazi) Occupation (מעשה של גבורה - מעשה של הצדקה)".
קורות הקהילה לאחר השואה.
יומיים לאחר כניעתה הרשמית של גרמניה, ב-10 במאי 1945, הקהילה היהודית של זקינתוס שיגרה מכתב תודה לראש העיר של זקינתוס לוקאס קארר ולחברי מועצת העיר, בו הביעה הקהילה הכרת תודה עמוקה, על "הגישה הפטריוטית", ההתערבות היומיומית החזקה והעניין שאין מקביל לו - בגורלם של היהודים בתקופה אפלה. הדבר בא לידי ביטוי, בכך שאף נפש יהודי לא נפגעה, וכמו כן, הרכוש של היהודים שהושאר בעת בריחתם, נותר. הקהילה מציינת במכתבה שהצלתה הייתה מעשה יוצא דופן בקהילות יוון ובאירופה. ב-20 במרץ 1947, שוגר מכתב תודה והוקרה לראש הכנסייה האורתודוקסית בזקינתוס - ארכיבישוף כריסוסטומוס דימיטרי ולראש העיר (לשעבר) לוקאס קארר. על רקע יום הזיכרון השנתי להשמדתה של יהדות יוון (תחילת המשלוחים מסלוניקי) - הצלתה של יהדות זקינתוס הייתה מעשה יוצא דופן. "אנו חייבים את חיינו," נכתב במכתב, "במיוחד לך, כבוד הארכיבישוף, וכן לאדוננו ראש העיר של זקינתוס לוקאס קארר" (שם, עמוד 83). על החתום: משה (מואיסיס) גאני נשיא הקהילה, והמזכ"ל יוסף (יוסיף) קונטנטיניס. ב-1948, התנדבה קבוצת יהודים להתקין את שמשות הוויטראז' בכנסייה החדשה של "פטרון האי ד'יאוניסוס הקדוש". יעקב דלמדיגוס, יליד זקינתוס, המשמש חזן בבית הכנסת "שלום" ליוצאי זקינתוס בתל אביב, מציין את שמות המתנדבים היהודים: אביו רוברטו דלמדיגוס, אחיו של מוהל הקהילה - אברהם "ביניו" מצא, רפאל מורדו, אליהו עמר, ואליאקו מורדו (אחיו של היהודי האחרון שנותר באי, ארמנדו מורדו) . הללו גמרו אומר להתקין ללא תמורה כספית את הוויטראז'ים בכנסייה. הם עשו זאת, לאחר יום העבודה, כאשר הם עמלים עד השעות המאוחרות של הערב, וכל זאת כביטוי הוקרה עמוקה לתושבי האי שלא הסגירו אף יהודי לידי הנאצים, ועשו ככל יכולתם על מנת לסייע בידם לשרוד ולהינצל מהנאצים, בתנאי רעב ואימה.
מרביתה של הקהילה היהודית בזקינתוס, עלתה לארץ ישראל לאחר המלחמה. באוגוסט 1953 נהרס הרובע היהודי של האי בעקבות רעידת אדמה קשה שהחריבה את העיר זקינתוס. חיל הים הישראלי ששייט באזור נחלץ במהירות לסייע לתושבי האיים זקינתוס וקפלוניה שנפגעו מרעידת האדמה. יהודי האי ניצלו מהרעידה, למעט ליזה מצא שנספתה באסון. לאחר אירוע זה, עזבו היהודים המעטים שנותרו באי את זקינתוס. מרביתם עלו לישראל.
בשנת 1982 נפטר אחרון יהודי האי זקינתוס - ארמנדו אברהם מורדו, וכך נסגר המעגל של חיי היהודים בו.
הנצחת סיפורה של הקהילה.