הסרט הראשון מתחיל בהצגת הילד היתום הארי פוטר (דניאל רדקליף), המתגורר בביתם של דודתו פטוניה דרסלי (פיונה שו) ודודו ורנון דרסלי (ריצ'רד גריפת'ס) לצד בן דודו דאדלי דרסלי (הארי מלינג) רעי הלב. בגיל 11 מודיע לו ענק למחצה בשם רובאוס האגריד (רובי קולטריין) כי הוא למעשה קוסם וכי הוריו נרצחו על ידי קוסם רשע בשם לורד וולדמורט (רייף פיינס), שניסה לרצוח גם את הארי באותו לילה למרות היותו תינוק בן שנה, וכיצד קללת ההרג חזרה באופן מסתורי אל וולדמורט, רוקנה אותו מכוחותיו והשמידה את גופו. הארי הפך לדמות מפורסמת בעולם הקוסמים כתוצאה מכך. הארי מתחיל את שנתו הראשונה בבית הספר הוגוורטס לכישוף ולקוסמות בהנהלת אלבוס דמבלדור (ריצ'רד האריס\מייקל גמבון), נבחר לבית גריפינדור (מעין מקבצה) ולומד על קסמים. לצד דמבלדור עומדים פרופסור מקגונגל (מגי סמית'), המורה לשינויי צורה וראש בית גריפינדור, וסוורוס סנייפ (אלן ריקמן), המורה לשיקויים וראש בית סלית'רין, הבית האויב של גריפינדור. במהלך השנה הוא מכיר את רון ויזלי (רופרט גרינט) והרמיוני גריינג'ר (אמה ווטסון), שהופכים לחבריו הטובים, ולידם מכיר את דראקו מאלפוי (טום פלטון), בן סלית'רין שיישאר אויבו בנפש למשך כל הסדרה, ונוויל לונגבוטום (מתיו לואיס), דמות משנה שתתקדם לתפקיד חשוב יותר לבסוף. לאחר מאמצים רבים, הארי, רון והרמיוני מגיעים לבסוף לחלק מהמסתורין האופף את אבן החכמים שהוחבאה במרתפי בית הספר. בשיאו של הסרט נלחם הארי נגד לורד וולדמורט שהשתלט על גופו של אחד ממורי הוגוורטס, קוויריניוס קווירל (איאן הארט).
בסרט השני חוזרים הארי וחבריו לשנת הלימודים השנייה בהוגוורטס, והשנה מצטרפת תלמידה חדשה להוגוורטס: ג'יני ויזלי (בוני רייט), אחותו של רון. חדר הסודות נפתח, והמפלצת ששכנה בתוכו מאבנת מספר תלמידים ואת אחת מרוחות הרפאים של בית הספר, ניק כמעט-בלי-ראש (ג'ון קליז). הארי נאלץ להתמודד עם החשדות שהוא היורש של סלזאר סלית'רין (ממייסדי הוגוורטס ומי שבנה את החדר), עובדת היותו דובר לחשננית (שפת הנחשים), וכן לחשוף את תכונותיו המסתוריות של יומן קסום. בשיאו של הסרט נכנס הארי לחדר הסודות עצמו ונאבק בהצלחה בגרסה צעירה יותר של וולדמורט, שנודע אז כטום רידל, ומצליח להציל את ג'יני (אחותו של רון) שנחטפה לחדר.
בתחילת הסרט השלישי מצטרף פרופסור רמוס ג'ון לופין (דייוויד ת'יוליס) לצוות ההוראה של הוגוורטס בתפקיד המורה להתגוננות מפני כוחות האופל, ובמקביל הרוצח המורשע סיריוס בלק (גארי אולדמן) נמלט מכלא הקוסמים אזקבאן. משרד הקסמים מורה לסוהרסנים (שדים מוצצי נשמות המשמשים שומריו של הכלא) לשמור על הוגוורטס מפני בלק, שמנסה לכאורה לרצוח את הארי כדי לסייע לוולדמורט לשוב לכוחו ולגופו. הארי לומד דברים נוספים על עברו ועל הקשר שלו לסיריוס בלק, ועל כך שסיריוס הוא סנדקו של הארי ושהייתה חבורה ביחד עם ג'יימס, אבא של הארי, פרופסור לופין, ואדם נוסף בשם פיטר פטיגרו (טימותי ספול) שלכאורה נרצח בידי בלק. ובסוף הספר מגלה שהבוגד האמיתי שהסגיר את הוריו ואותו לוולדמורט, היה פטיגרו. זהו גם הסרט היחידי בסדרה שבו וולדמורט לא מופיע בצורה כלשהי אלא מוזכר בשמו בלבד.
בתחילת הסרט הרביעי מופיע הסימן האפל בשמים במהלך מתקפת אוכלי המוות על אליפות העולם בקווידיץ', ואילו הוגוורטס מארח מאורע אגדי: טורניר הקוסמים המשולש. אלאסטור "עין הזעם" מודי (ברנדן גליסון) משמש כמורה להתגוננות מפני כוחות האופל במקום רמוס לופין שהתפטר בסיום הסרט הקודם, ומציג בפני הארי וחבריו קסמים מתקדמים ואפלים יותר. הארי מתחיל לסבול מסיוטי לילה תכופים לאורך כל השנה. שלושה בתי ספר מאירופה משתתפים בטורניר, ושלושה נציגים מייצגים אותם בשלוש משימות מסוכנות עד כדי מוות. גביע האש בוחר את פלר דלאקור (קלמנס פואסי) מבית הספר הצרפתי בובאטון, ויקטור קרום (סטניסלב ינבסקי) מבית הספר הבולגרי דורמשטרנג וסדריק דיגורי (רוברט פטינסון) מהוגוורטס לנציגי בתי הספר, אך באופן מסתורי בוחר את הארי כנציג הרביעי. לאורך השנה מתמודד הארי עם משימות הטורניר המסוכנות, ובשיאו של הסרט מתמודד מול לורד וולדמורט שהצליח לבסוף להחזיר לעצמו את גופו ואת כוחותיו ופיטר רוצח את סדריק. לאחר מכן נחשפת זהותו של הבוגד שהסגיר את הארי לוולדמורט, ומתחיל הקרע בין הארי ואלבוס דמבלדור, מנהל הוגוורטס, מול משרד הקסמים.
בתחילת הסרט החמישי מותקפים הארי ובן דודו דאדלי דרסלי על ידי סוהרסנים. מאוחר יותר מגלה הארי כי משרד הקסמים מתכחש לעובדת שובו של לורד וולדמורט, ורודף באופן פעיל את כל מי שחושב אחרת ובראשם את הארי ודמבלדור. דמבלדור מקים מחדש את מסדר המלחמה בוולדמורט, מסדר עוף החול. המסדר מורכב בעיקר ממורי הוגוורטס, איתם גם עין הזעם ולופין, והילאים לשעבר ממשרד הקסמים, שמרגלים לטובת המסדר. חברים נוספים הם פלר דלאקור מטורניר הקוסמים המשולש, קינגסלי שאקלבולט ההילאי, הסקיבית גברת פיג (קתרין האנטר), הגנב מנדגוס פלצ'ר (אנדי לינדן), ונימפדורה טונקס (נטליה טנה), הילאית שבמהלך הספרים הבאים תתאהב בלופין ויהיה להם ילד. הארי מוטרד על ידי סיוטים הנראים כאמיתיים במקביל למינויה של פרופסור דולורס אמברידג' (אימלדה סטונטון), נציגתו של שר הקסמים קורנליוס פאדג' (רוברט הארדי), לתפקיד המורה להתגוננות מפני כוחות האופל. אמברידג' עושה כל שביכולתה לאורך הסרט כדי למרר את חייהם של הארי ושל חבריו. בסיום הסרט פורץ המאבק נגד וולדמורט שבו מעורבים מרבית תלמידי הוגוורטס, הארגון החשאי מסדר עוף החול שנוסד על ידי אלבוס דמבלדור, ומשרד הקסמים שנאלץ לקבל עובדה זאת לבסוף לאחר שוולדמורט חודר לתוככי המשרד ונלחם בדמבלדור. בסוף הסרט סיריוס בלק נרצח בידי בת דודתו, בלטריקס לסטריינג' (הלנה בונהם קרטר), שהשתחררה לצד אוכלי מוות אחרים, אנשיו של וולדמורט.
במהלך שנתו השישית של הארי בבית הספר מגבירים לורד וולדמורט ואוכלי המוות שלו את מתקפת הטרור שלהם על עולם הקוסמים ועל עולם המוגלגים מחוסרי הקסם. אלבוס דמבלדור משכנע את חברו ועמיתו הוותיק הוראס סלגהורן (ג'ים ברודבנט) לשוב לתפקיד המורה לשיקויים, ואילו המורה סנייפ מגשים את משאלת לבו ומקבל את משרת המורה להתגוננות מפני כוחות האופל. עם זאת, דמבלדור רומז כי קיימת סיבה נוספת וחשובה יותר שבגינה הוא ביקש מסלגהורן לשוב. במהלך שיעור השיקויים הראשון מקבל הארי ספר לימוד בשיקויים המכיל הערות כתובות רבות, המתואר כרכושו של "הנסיך חצוי-הדם", ומקנה לו מוניטין כרוקח שיקויים מצטיין בזכות תחכומן של ההערות. במקביל עובדים דמבלדור והארי בחשאי על מציאת הדרך להשמדת וולדמורט לתמיד. הארי מתאהב בג'יני ויזלי, אחותו של רון, וזהו אחד מקווי העלילה של הספר והסרט. במקביל לכל זאת פועל דראקו מאלפוי על מנת לרצוח את דמבלדור כפי שהורה לו לורד וולדמורט. בסופו של הסרט חושפים הארי ודמבלדור את סודו הקטלני של וולדמורט, אך במקביל מצליחים אוכלי המוות לחדור להוגוורטס ולגרום לתוצאות קטלניות. למרות הצו של וולדמורט, דראקו אכן מנטרל את דמבלדור מנשקו, אבל סוורוס סנייפ רוצח את דמבלדור לבסוף. הארי, רון והרמיוני מחליטים לעזוב את הוגוורטס כדי להשלים משימה שניתנה להם על ידי דמבלדור.
לאחר המאורעות שהתרחשו בסיום השנה הקודמת מתחילים הארי, רון והרמיוני במסע להשמדת ההורקרוקסים - חפצי הקסם שהפכו את וולדמורט לבן אלמוות. שנה זו הייתה אמורה להיות האחרונה שלהם בהוגוורטס, אך נפילת משרד הקסמים ועליית כוחו של וולדמורט מונעים מהם לחזור. הארי נאלץ להתמודד עם מכשולים רבים לרבות אוכלי המוות והחטפנים המסייעים בידיהם, משרד הקסמים הנשלט בידי וולדמורט, אוצרות המוות המסתוריים והחיבור המתחזק בין התודעות של הארי ולורד וולדמורט. במהלך הסרט מצליח רון להתגבר על פחדיו העמוקים ביותר ולהשמיד את אחד מההורקרוקסים של וולדמורט. החלק הראשון של הסרט מסתיים במותו של גמדון הבית דובי ובהשתלטותו של וולדמורט על אחד מאוצרות המוות.
בחלק השני של הסרט ממשיכים הארי, רון והרמיוני במסעם. וולדמורט, שהבין כי הארי וחבריו רודפים אחר ההורקרוקסים שלו, פותח בשלב האחרון בניסיונו להשיג כוח מוחלט ומתחיל במתקפה רצחנית על הוגוורטס, שאליו חוזר הטריו למערכה האחרונה נגד וולדמורט. במהלך הקרב מתים עשרות קוסמים ביניהם פרד וויזלי (אחיו של רון), רמוס לופין ונימפדורה טונקס. עיקר הסרט מתמקד בקרב, שמסתיים בתבוסתו של וולדמורט מידיו של הארי פוטר. הסצנה האחרונה בסרט מתארת את האירועים המתרחשים באפילוג של הספר השביעי.
יציאה לאקרנים.