במקביל לאירועים אלו האימפריה הרומית הייתה מסובכת במלחמת אזרחים הידועה גם כשנת ארבעת הקיסרים (69–70 לספירה), הניסיון הרומאי לגייס חיילים נוספים לחילות העזר שנעשה מבלי לבחול באמצעים היה הניצוץ שהצית מרד גלוי תחת הנהגתו של סיביליס שניצל את העובדה שחלק מהלגיונות נעדרו מאזור הריין עקב מלחמת האזרחים, וחלק מהשבטים הגרמאניים עברו לצד המורדים. שני לגיונות שנשלחו נגד סיביליס הובסו כאשר יחידות האלה ממוצא בטאווי ערקו לצבא המורדים. הצי הרומאי של נהר הריין (לטינית :Classis Germanica) שהיתתה מאוישת ברובה על ידי מלחים וחיילים בטאוויים עברו לצד המורדים ולבסוף 8 קוהורטות בטאוויות שהוצבו במיינץ כחלק ממצבת הכוחות של הלגיון הארבעה עשר גמינה הצטרפו למורדים והביסו בבון כוח רומי שניסה לחסום את חזרתם למולדתם. בשלב זה פיקד סיביליס על כוח של כ-6,000 איש, חיילי עזר מאומנים ומצוידים בכלי נשק רומאיים, וכן על מספר גדול בהרבה של יחידות לוחמים מהשבטים הגרמאניים. כשהמרד התפשט לשאר חלקי גליה בלגיה כמה יחידות גרמניות וגליות נוספות שנשלחו נגדו ערקו, וסיביליס וצבאו הצליחו להשמיד את שני הלגיונות הנותרים בגרמאניה אינפריור, הלגיון החמישי אלאודה והלגיון החמישה עשר פרימיגניה
בשלב זה, מעמדה ושלטונה של רומא על הריין ואפילו בגאליה היה בסכנה. עם סיום מלחמת האזרחים ועליית אספסיאנוס לשלטון הרומאים גייסו כוח משימה ענק של שמונה לגיונות (חמישה נשלחו מאיטליה, שניים מספרד ואחד מבריטניה) כדי להתמודד עם המורדים. לאחר סדרת קרבות מרים ואבדות כבדות לשני הצדדים נחתם הסכם שלום שפרטיו לא שרדו בדפי ההיסטוריה. מה שידוע הוא שהבטווים חזרו לשרת את האימפריה הרומית כחיילים בחילות העזר על לסוף המאה הרביעית.
השושלת הפלאבית.
המרד הבטאווי שהיה למעשה מרד של יחידות חיל העזר הוביל לשינוי משמעותי במדיניות הממשל הרומי לגבי פריסתן. המרד הוכיח שבתקופות של סכסוכים אזרחיים ואי יציבות פוליטית, כאשר הלגיונות היו רחוקים מבסיסיהם היה מסוכן להשאיר מחוזות אך ורק בידי גדודי עזר שגויסו מקרב האוכלוסייה המקומית במהלך התקופה היוליו-קלאודית, גדודי עזר נפרסו לעיתים קרובות הרחק ממחוז הבית המקורי שלהם אבל בתקופת השלטון של השושלת הפלאבית (69–96), הייתה זו המדיניות הקבועה. בנוסף לכך לא הורשו עוד אצילים וראשי שבטים מקומיים לפקד על יחידות עזר מהשבט שלהם.
בתהליך התמעה ארוך, לאחר תקופה ממושכת במחוז זר התבוללו חיילי הגדוד באוכלוסייה המקומית, חלק מהמתגייסים החדשים ליחידה היו תושבי הפרובינקיה שבה היה מוצב, או ממחוזות שכנים, עם זאת, יש עדויות לכך שרגימנטים אחדים לפחות המשיכו למשוך כמה מתגייסים ממחוזות הבית המקוריים שלהם. בתקופה הפלאבית נוצרו לראשונה יחידות גדולות בגודל כפול, הן חיל רגלים והן חיל פרשים, בעוצמה נומינלית של 1,000 אם כי הן למעשה היו קטנות יותר, כ-800 לוחמים. אלו היו המקבילות של של הלגיונות בעוצמה כפולה שהוצגו גם בזמן זה. יחידות כאלה נותרו מיעוט מהאוקסיליה.
המאה השנייה עד לסוף משבר המאה השלישית.
בשנת 106 לספירה, הקיסר טראיאנוס הביס סופית את ממלכת דקיה ואת מלכה האחרון דקבלוס הגדול) וספח אותה כמחוז הרומאי דאקיה טראיאנה. עד אמצע המאה ה-2, היו מוצבים 44 רגימנטים של חילות העזר בדקיה שעל פי הערכות המחקר המודרני היו כ-10% מכלל כוחות העזר. בפרובינציה בריטניה היו מוצבים 60 רגימנטים של חילות העזר ביחד, שתי הפרובינציות הללו הכילו כרבע מכלל גדודי העזר.
במהלך המאה ה-2, כמה יחידות עם שמות החדשים "נומרוס" (לטינית: numerus "קבוצה") ווקסיליאטיו (לטינית: vexillatio "פלוגה") מופיעות בדיפלומות של חיילים גודלם של יחידות אלו אינו ודאי, אך ככל הנראה היה קטן יותר מהאלות וקוהורטות, שכן במקור הם היו כנראה פלוגות מהמבנים הצבאיים המקוריים, הגדולים יותר שקיבלו מעמד עצמאי. מכיוון שיחידות אלו מוזכרות בתעודות, הן היו ככל הנראה חלק מחיל העזר. המונח נומרוס היה גם מונח כללי ששימש לתיאור יחידות של חיילים משבטים ברבריים שנחשבו ליחידות מחוץ לסדר הכוחות הרגיל של חילות העזר. על פי המחקר המודרני יחידות העזר בתקופת אמצע המאה השנייה מנו בין 89 ל-88 יחידות אלה, בין 247 ל-279 קוהורטות סה"כ בין 327 ל-367 יחידות חיל עזר בסך הכל. מספר החיילים המשוער על פי מחקרים מודרניים עומד על 56,160 ל-74,624 פרשים ו-164,640 ל-143,200 חיילים רגלים. מספרים אלו מעידים כי במה השנייה היו חילות העזר עיקר מצבת כוח האדם של הצבא הרומאי, בעוד 28 הלגיונות במצבת כוח אדם זו מנו כ-155,000 חיילים מתוכם 3360 פרשים. במהלך המחצית השנייה של המאה ה-2, הצבא הרומי עבר התרחבות משמעותית נוספת, עם תוספת של חמישה לגיונות חדשים (27,500 איש) סה"ב 33 לגיונות עד סוף שלטונו של ספטימיוס סוורוס (211 לספירה) נוספו כנראה מספר תואם של עזר (כלומר כ-50 רגימנטים, אם כי רק שמותיהם של כ-25–30 שרדו בתיעוד האפיגרפי).
בשנת 212, הוציא הקיסר קרקלה את תקנת קונסטיטוטיו אנטוניניאנה ולפיה הוענקה אזרחות רומית לכל התושבים החופשיים. קונסטיטוטיו אנטוניניאנה היה השלב ההיסטורי האחרון בתהליך הארוך של מערכת היחסים בין המרכז השלטוני של האימפריה לפרובינקיות ובסיכומו של דבר הביאה, לפחות לתקופה מסוימת, למערכת של שותפות בין חלקי האימפריה השונים. אין ראיות לכך שגם חוק שקבע כי השירות בלגיונות הצבא הרומאי שהוגבל לאזרחים בלבד בוטל בשלב זה. הלגיונות פשוט השיגו בסיס גיוס רחב בהרבה, מכיוון שהם יכלו כעת לגייס כל תושב חופשי של האימפריה. יחידות עזר גויסו לאחר כניסת התקנה בעיקר מאזרחים רומאים, אך ככל הנראה המשיכו לגייס ברברים שאינם אזרחים מחוץ לגבולות האימפריה. התהליך הואץ ובמנהך המאה השלישית, עם התעצמות המשבר שהקטין א מספר המתגייסים לצבא הוסרה המגבלה לגיוס אזרחים רומאיים בלבד ללגיונות, שכן עד למאה ה-4 נמצאו הרומאים והברברים משרתים יחד בכל היחידות.
באמצע עד סוף המאה ה-3, הצבא סבל משילוב של אסונות צבאיים ומגפה, אירועים שקיבלו את השם משבר המאה השלישית. בשנים 251–271, גאליה, אזורי האלפים ואיטליה, הבלקן היו תחת לחץ בלתי פוסק של שבטים גרמאניים בעוד פרובינקיות המזרח היו תחת לחץ של צבא האימפריה הסאסאנית במקביל, נאבק הצבא הרומי עם השפעותיהן של המגפה האנטונינית ולאחריה מגפת קיפריאנוס כתוצאה ממשברים אלו הצטמצם כוחו של הצבא הרומאי ויחידות העזר. המחסור בגיוס שנגרם מהמשבר הוביל לגיוס ברברים לעזרה בהיקף גדול בהרבה מבעבר. עד המאה ה-4, ההערכה היא שכ-25% מהמתגייסים לצבא הסדיר היו ממוצא גרמאני במאה ה-3 מופיעות ברישום מספר קטן של יחידות עזר רגילות הנושאות לראשונה שמות של שבטים ברברים מחוץ לאימפריה. שינוי זה זו עשויה להוות דוגמה מוקדמת לתהליך שבו יחידות לא סדירות של מגויסים "ברבריים" הפוידרטוס שבמקור היו על בסיס הסכמים עם שבטים ברברים כגון הפרנקים, הוונדלים, האלנים והוויזיגותים בתמורה לאספקת חיילים לצבא הרומי, יחידות אלו הפכו ליחידות עזר מן המניין תהליך זה התעצם במאה ה-4: ה - מספר רב של יחידות סדירות עם שמות ברברים מופיעות כיחידות סדירות במסמך הנוטיטיה דיגניטטום שמקורו ככל הנראה במאה ה-5. כתב יד זה, מפרט את המבנה של הממשל הרומי באימפריה המערבית ובאימפריה המזרחית (האימפריה הביזנטית), ומכיל רשימה של אלפי פקידים ונושאי תפקידים רשמיים מאנשי חצר הקיסר ועד למושלים בפרובינקיות, מפקדים לפי ההיררכיה הצבאית ומיקום ופרטי היחידות.
צבא הקיסרות המאוחרת.
שלטונו של דיוקלטיאנוס היה נקודת מפנה בהיסטוריה של האימפריה הרומית, המבנה השלטוני של האימפריה שיסודותיו הונחו על ידי אוגוסטוס קיסר השתנה במהלך 300 השנים עד לשלטונו של דיוקלטיאנוס אך המסגרות והמערכות השלטוניות נותרו על כנן. דיוקטליאנוס ויורשיו ובראשם קונסטנטינוס גדלו והתחנכו בתוך הצבא של האימפריה של המאה השלישית. והותירו אחריהם צבא ששונה מהותית מצבא האימפריה של המאה השלישית לפני שלטון הטטררכיה. מדובר בסדרת רפורמות מעמיקות שהביאו לשינויים משמעותיים באופיו של הצבא הרומאי. מספר החיילים שהיו מוצבים לאורך הגבולות פחת באופן משמעותי והלגיונות הפכו לחיל מצב מקומי. יחידות העילית שהיו מבוססות על חיל רגלים במשך מאות שנים הפכו ליחידות חיל פרשים. הרכב החיילים ביחידות הצבא השתנה אף הוא: החיילים שהיו אזרחי רומא - עמוד השדרה של הלגיונות המסורתיים איבדו את מקומם וחשיבותם ואת מקומם תפסו חיילי יחידות שבעבר הוגדרו כיחידות עזר אושהורכבו מחיילים ממוצא גרמאני רובם גותים או סרמטים. רפורמה זו הייתה מחויבת המציאות לאור הדלדלות האוכלוסין בגין מחלות ומגיפות שהיו סימן היכר של המאה השלישית ובגין מלחמות אזרחים בלתי פוסקות. אחת מהתוצאות של הרפורמות הייתה הגדלת מצבת כוח האדם של הצבא הרומאי, ההערכה במחקר המודרני היא צבא הפרינקיפט מנה כ-250,000 חיילים הצבא תחת פיקוד דיוקלטיאנוס מנה כ-400,000 חיילים וצבאו של קונסטנטינוס מנה כ-500,000.