ב-10 בספטמבר, לקראת ישיבת הממשלה ב-12 בספטמבר 1948, העביר שר החוץ משה שרתוק את ההוראות למשלחת ישראל לעצרת האו"ם. במסמך מספר פרקים, בפתיחתו עסק בניסיונה של מדינת ישראל להתקבל כחברה בארגון האומות המאוחדות ובקבלת ההמלצה להמתין עד להתחלפות נשיא מועצת הביטחון הבריטי באמריקאי. הנחות היסוד באשר לירושלים היו:
לאור הנחות אלה נקבעת עמדת המשלחת:
ב-16 בספטמבר נטש ברנדוט את הצעתו להעביר את ירושלים כולה לידי ירדן עם אוטונומיה יהודית, וחזר לרעיון הבינאום. למחרת היום, 17 בספטמבר 1948, נרצח ברנדוט על ידי "חזית המולדת" (לוחמי לח"י).
בין התאריכים 19–22 באוקטובר נערכו מבצע ההר ומבצע יקב, כנגד כוחות הצבא המצרי שהחזיקו בדרום פרוזדור ירושלים ובהר חברון. תוך הקפדה שלא לגרור את הלגיון הירדני לקרב, שוחררו צירי גישה בפרוזדור ירושלים, מהלך שאפשר עיצוב נוח יותר לישראל של מפות הסכמי שביתת הנשק ברודוס.
ב-30 בנובמבר נחתם הסכם ההפוגה הכנה במוסררה בין סא"ל משה דיין וקולונל עבדאללה א-תל מהלגיון ובו הותוותה מפת הקו העירוני - הגבול החוצה את ירושלים בין ישראל לירדן.
ב-1 בדצמבר החליטה הוועידה הערבית פלסטינית ביריחו לאחד את ירדן ופלסטין תחת שלטון עבדאללה וב-7 בדצמבר הצהירה ממשלת ירדן על הסכמה לאיחוד הירדני-פלסטיני.
בהמשך לשליחותו של ברנדוט התקבלה ב-11 בדצמבר החלטת או"ם 194(III) להעמיד את ירושלים תחת משטר פיקוח אפקטיבי של האו"ם, לצורך כך התבקשה ועדת הפיוס (Palestine Conciliation Commission) להגיש הצעות לפיקוח כזה.
ב-13 בדצמבר 1948 אישר הפרלמנט הירדני את האיחוד הירדני-פלסטיני.
סיום הממשל הצבאי - החלת החוק הישראלי וביצור מעמד ירושלים.
יום 25 בינואר 1949 נקבע ליום הבחירות לאספה המכוננת.
ב-4 בפברואר 1949, על פי החלטת הממשלה, בוטל הממשל הצבאי בירושלים והוחל עליה החוק הישראלי, מהלך שמשמעותו - מעבר להשפעתו המעשית על חיי היומיום של התושבים - כי ירושלים היא חלק משטחי מדינת ישראל.
עמדת מפא"י בנושא ירושלים.
במועצת המדינה הזמנית הייתה מפלגת פועלי ארץ ישראל - מפלגתו של בן-גוריון - מפלגת הרוב, ורוב זה התקיים גם באספה המכוננת (לימים - הכנסת). לכן יש משקל לעמדתה של מפא"י בנושא ירושלים. במצעה של מפא"י לקראת הבחירות לאספה המכוננת נכתב:
מפא"י, במצע זה, ראתה את הכללת ירושלים במדינת ישראל כיעד. ירושלים כונתה: "עיר הבירה הנצחית של האומה העברית", אך לא בירת מדינת ישראל.
על דעות מפא"י ניתן ללמוד גם ממנשר בשם "אגרת לשליחים" שהופץ על ידי המחלקה לענייני הגולה ו"החלוץ" במרכז מפא"י. אגרות אלה מביאות, אמנם, מידע מגמתי, עם זאת יש בהן "מריח התקופה", האגרות אינן חתומות בשם כותבן. באחת האגרות, תחת הכותרת: "בוטל הממשל הצבאי בירושלים" נכתב:
עשרה ימים אחר כך - מבלי להכריז על ירושלים כבירה, ב-14 בפברואר, נפתח המושב הראשון של האספה המכוננת בירושלים. ב"אגרת לשליחים" נכתב: "עוד שעות אחדות ונעלה ירושלימה. לא רבים זכו לכרטיס כניסה. אנו דואגים כי בעקב זכות זו לא תקופחו השבוע בקבלת האיגרת, שגם תהיה הפעם קצרה יותר." בהמשך ניתן תיאור ססגוני ונרחב של ההכנות בבניין המוסדות הלאומיים לקראת האירוע, ששולב בחגיגות ט"ו בשבט ובנטיעות. בן-גוריון עמד על פתיחת האספה בבית הסוכנות, אירוע שחייב שבירת קירות חיצוניים, מפאת כמות המשתתפים בו והדברים לא היו פשוטים. בן-גוריון העמיד אולטימטום: או באולם שבבית הסוכנות - או במקום אחר לא בירושלים. בסופו של דבר, בן-גוריון ניצח גם כאן. בגיליון שיצא עשרה ימים אחר כך נכתב:
עמדות הכנסת והממשלה בנושא ירושלים.
במשך ארבעה ימים נערכו שש ישיבות. ב-16 בפברואר נבחר חיים ויצמן לכהונת נשיא המדינה, אם כי כיהן בתפקיד בפועל גם קודם לבחירתו. אותו יום נערך דיון בחוק הראשון שחוקקה האספה המכוננת - חוק המעבר. מנחם בגין מתנועת החרות, אמר בדבריו לאספה המכוננת שהוא בא להגן על ההצעה להכניס סעיף מיוחד בחוקת-המעבר על מקום מושבן של האספה המחוקקת או של הכנסת והממשלה, בהתאם לתקדימים במדינות רבות שבשעת חירום נאלצו להעתיק את מקום המושב הקבוע של ממשלתם לעיר אחרת, כגון צרפת בשתי המלחמות העולמיות, ברית המועצות - במלחמת העולם השנייה וארצות נוספות. לדבריו אין לטעון שלא זה המקום וזה לא הזמן לקבל החלטה ברורה ביחס למקום המושב הקבוע של הממשלה ואין להשיב על כך בהצעה לעבור לסדר-היום מנימוקים פורמליים. הוא סיים במילים: "גם אם תעברו לסדר-היום, ההיסטוריה תעבור על החלטתכם לעבור לסדר-היום וירושלים תהיה בירת ישראל ומדינתו. זוהי על כן ההצעה: מקום מושבן של האספה המכוננת והממשלה הוא ירושלים הבירה."
אחריו נאם שר החוץ משה שרתוק ומדבריו עלה כי:
לבסוף הוחלט שיש לקיים בנושא ירושלים דיון נפרד.
המושב השישי של הכנסת נערך ב-17 בפברואר, אז גם הושבע הנשיא חיים ויצמן. במושב זה נסתיים המושב הירושלמי של הכנסת.
מושב הכנסת השביעי התקיים ב-8 במרץ בתל אביב. ב-10 במרץ, בישיבה ה-12 השתמע מדברי בן-גוריון שרעיון הכרזת ירושלים כבירת מדינת ישראל, הוא רעיון שכעת השתיקה יפה לו, אך עוד יבוא יומו.
בתאריך 27 במרץ עלה בישיבת הממשלה נושא כינון ירושלים כבירה דה פקטו גם אם לא דה יורה. סעיף ג' על סדר היום היה "העברת משרדי ממשלה לירושלים". מזכיר הממשלה, זאב שרף, סקר את שנעשה בנושא. מסתבר שאף שכבר הייתה החלטה להעביר משרדים ומחלקות שונות לירושלים, ערערו משרדים שונים על הכוונה להעבירם. הדיון נגע בעניינים פרקטיים ויומיומיים, כגון הצורך של חלק מהשרים להיות נוכחים בישיבות הכנסת והממשלה בתל אביב, דבר שלא מותיר להם פנאי לעבודה במשרדיהם בירושלים, שכן הנסיעה אז מתל אביב לירושלים וחזרה, לא הייתה פשוטה וכן הקשיים התקציביים שבביצוע ההעברה:
המילה "בירה" לא נכללה אמנם בהחלטות, אך המשמעות היא שיהיו בירושלים הפונקציות המנהליות שישנן בעיר בירה.
ב-3 באפריל נחתם הסכם רודוס הוא הסכם שביתת הנשק בין ישראל לבין ירדן ובו אושרר הקו העירוני, כפי ששורטט ב-30 בנובמבר 1948 על ידי משה דיין ועבדאללה א-תל החוצה את ירושלים בין ישראל לירדן.
ב-8 בנובמבר נערכה ישיבת ממשלה גם בנושא "המשך בניית הקריה" (ראש הממשלה עצמו עזב טרם הדיון בסעיף זה).
עולה מדברי שרף, שעוד בתקופת הבריטים הייתה דרישה מלמטה להקים משרדי ממשל בתל אביב לצורך קיום חיי היומיום של ריכוז האוכלוסייה הגדול ביותר בארץ, אך בשלב ההוא נושא קיום מוסדות הממשלה בירושלים כבר היה מובן מאליו, ונתעורר הצורך "להגן" על מעמדה של תל אביב דווקא. כלומר, ירושלים הלכה ורוכשה מעמד מעשי של בירה בפועל, ומרכז שלטוני. עם זאת, גם כאשר השאלה הביטחונית, לכאורה, שוב לא הייתה קיימת, עמדו על סדר היום בעיות מינהל ציבורי. רוב רובו של היישוב היה מרוכז בתל אביב וסביבותיה, ונדרש צורך לקיים את מוסדות השלטון באופן פרופורציונלי לנזקקים לשירותיהם.
מהדברים עולה שעוד טרם הכרזת הבירה, כבר כוננה ירושלים כבירת מדינת ישראל בפועל.
הכרזת הבירה והאירועים שהובילו להכרזה.
האירועים המדיניים בחודשים נובמבר - דצמבר 1949, הם אלה שהובילו, בסופו של דבר, להכרזה הרשמית של ירושלים כבירת מדינת ישראל.
"במקביל למאבק הדיפלומטי מבחוץ התנהל מאבק פנימי מבית על קביעת מעמדה של ירושלים כבירת ישראל והצורך בנקיטת צעדים להעברת מוסדות השלטון לעיר... בניגוד לעמדתם של דורשי החשת התהליך גרס שרת כי קביעת עובדות בירושלים תסכן את סיכויי ישראל להדוף את המתקפה המדינית הצפויה באו"ם וביקש להמתין עד לסיום עבודתה של העצרת... דיונים אחדים שהתנהלו בממשלה בחודשי הקיץ של שנת 1949 החריפו את היחסים בין שר החוץ לבין ראש הממשלה וכמה מהשרים... שרת הוטרד והעמיד את חבריו בממשלה על פגיעתם במעמדו של משרד החוץ ובעקיפין גם במדיניות החוץ של ישראל. עד להחלטת הבינאום הצליח שרת לעמוד בפני הלחץ הפנימי בישראל. משנתקבלה ההחלטה כשל במאמציו..."
ב-15 בנובמבר, לקראת הדיון בהצעה השוודית באו"ם, עלתה לדיון על שולחן הממשלה "שאלת ירושלים בעצרת האומות המאוחדות". שר החוץ סקר את המהלכים המדיניים ואת דרכי הפעולה האפשריות של מדיניות החוץ הישראלית, השיב לשאלות השר יעקב שמשון שפירא, ואז אמר ראש הממשלה:
מכל חברי הממשלה שדיברו בישיבה זו, ראש הממשלה הוא לבדו העלה את נושא המעבר לירושלים כפועל יוצא מהחלטת האו"ם. שאר השרים עסקו בנושא מעמד מדינת ישראל בירושלים ומעמד עבדאללה בעיר העתיקה, לא דנו במעבר לירושלים וגם לא הסתייגו מכך.
ב-22 בנובמבר, בצל ההמתנה להחלטת האו"ם, נערך דיון בכנסת, בו העלה בגין שוב את נושא עיר הבירה. הוא מתח ביקורת על כך שההחלטה במושב הירושלמי של האספה המכוננת, להטיל על ועדת החוקה להביא הצעת פתרון למעמדה של ירושלים ולקרוא למושב מיוחד של האספה המכוננת לדיון ביחס למעמדה של ירושלים, לא הוצאה לפועל במשך קרוב לשנה, ולפיכך הוא מבקש להכריז כי ייקבע "חוק עיר הבירה, ירושלים". בן-גוריון, שבשלב זה עדיין נזהר מעשיית מעשה שיקומם על מדינת ישראל עולם ומלואו, פנה לחבר הכנסת מנחם בגין, באומרו "כי יש נימוקים אחרים שלא נדון עכשיו על ירושלים. אני פונה למר בגין שלא יעמיד את הצעתו להצבעה", ומנחם בגין הסכים לכך.
"המאמץ הדיפלומטי הישראלי בשאלת ירושלים ערב כינוס העצרת התרכז בשלילת תוכנית ועדת הפיוס שהציעה לכונן משטר בינלאומי בירושלים... מנאומיהם של ראשי המשלחות לאו"ם במליאת העצרת ומן הפעילות הדיפלומטית הענפה שקיימו בין באי העצרת הגיעו נציגי ישראל למסקנה שתוכנית הוועדה תיפול בדיונים המעשיים וכי אין סכנה שתוכנית הבינאום תועלה שוב.