בתקופת הייאן המוקדמת, הצבא הלאומי לא הצליח להתמודד עם האמישי, עם ברברי שהתיישב בצפון האי הונשו, וכך הופיע תואר השוגון, מפקד מבצע צבאי המתמנה לתקופת המבצע. במקום להשתמש בצבא הסדיר, פנה הקיסר לעזרתם של הקלאנים שישבו קרוב ליעד הכיבוש. בראש הקלאן עמד בדרך-כלל צאצא של הקיסר עצמו או של בן אצולה, אשר עזב את החצר בגלל הסיכויים הנמוכים לקבל תואר וירושה, ואליו הצטרפו לוחמים בעלי קרקעות בני המקום. בין המנהיג ללוחמיו השתרשו יחסים פיאודליים, הדומים ליחסי האדון-וסאל של אירופה הפיאודלית. עם הזמן, פוזר הצבא הסדיר, ומרגע זה כוחו של הקיסר הלך ופחת. מכאן ואילך ניתן לדבר על הסמוראים כמעמד של לוחמים בעלי מעמד, להבדיל מהחיילים הפשוטים: הסמוראים לחמו על סוסים, היו מיומנים בלחימה עם יומי, הקשת היפנית, ולבשו שריון מיוחד המתאים ללחימה על סוסים, המכונה אוֹ-יוֹרוֹי.
עליית הסמוראים לשלטון.
לקראת המאה ה-12 התגבשו שני שבטים גדולים - שבט מינאמוטו בצפון-מזרח יפן, אשר עסקו בלחימה בשבטי אמישי, ושבט טאירה בדרום-מערב, אשר התמודדו עם בעיית שודדי ים בים הפנימי. במהלך מרד הוגן בשנת 1156 שני הקלאנים האלה הפכו לכוחות פוליטיים מרכזיים ביפן, לצד משפחת פוג'יווארה, משפחת חצר בעלת כוח רב. לאחר מרד הייג'י בשנת 1159, ראש משפחת טאירה טאירה נו קיומורי טיפס במהרה בסולם הדרגות, ובשנת 1167 הוא הגיע לדרגת השר הבכירה בחצר, כאשר הוא מקים את ממשלת הסמוראים הראשונה בהיסטוריה של יפן. מאז ועד רסטורציית מייג'י בשנת 1868, נשלטה יפן על ידי לוחמים.
בעת מלחמת גנפיי בשנים 1180–1185, אשר הסתיימה בניצחון שבט מינאמוטו ובחיסול שבט טאירה, ניתן לראות את מה שיהפוך לימים לבסיס קוד ההתנהגות הנוקשה של סמוראים, בושידו: עקרונות הכבוד, האומץ והנאמנות האישית, הקפדה על כללי דו-קרב הוגן, ואף מקרים בודדים של ספוקו, התאבדות טקסית. בנוסף, על דוגמאות של סמוראים בודדים נראית השאיפה של הסמוראים להשכלה ואמנות. הסמוראים ניסו לחיות את האמרה העתיקה "בוּן בוּ ריוֹ דוֹ" (文武両道, מילולית "אמנות הכתיבה, אמנות הלחימה - שתי הדרכים"), כלומר לשלוט בעט כמו שהם שולטים בנשק.
מנצח המלחמה, מינאמוטו יוריטומו, החליט שלא להפוך עצמו לקיסר, אלא לקח לעצמו את תואר השוגון כתפקיד קבוע, והתיישב בכפר הקטן קמאקורה, אשר שימש כמחנה הראשי שלו במהלך מלחמת גנפיי. בכפר זה הקים את קמאקורה בָאקוּפוּ (מילולית "ממשלת אוהלים"), ומאז הפך מקום מושבו של השוגון למוקד השלטון ביפן. בכך התחילה תקופת קאמקורה, שנמשכה כ-150 שנה. לקראת סוף התקופה ניתן לומר שסמוראים הפכו למעמד שווה-אצולה בפועל. הם אימצו את מנהג האצולה לעסוק באמנויות כגון איקבנה וקליגרפיה, וגם האצילים הושפעו מהסמוראים ואימצו חלק ממנהגיהם.
במאה ה-14 הנפח מָאסָאמוּנה המציא את שיטת ייצור החרבות שהולידה את הקטאנה, הנשק האיקוני המזוהה עם הסמוראים עד היום. החרב היפנית הפכה לנשק הקר הטוב ביותר במזרח, והייתה אחד ממוצרי הייצוא המובילים ביפן: מאות אלפי חרבות נמכרו לסין ומדינות אסיה אחרות, וחלקן הגיעו עד הודו. במאה זו מתגבשים גם מסמכים ראשונים הקובעים את ההתנהגות היאה לסמוראי. מסמכים אלה הושפעו לא מעט מזן בודהיזם, אשר חדר באותה תקופה ליפן מסין והפך לפופולרי בקרב הסמוראים.
תקופת סנגוקו.
העידן מתחילת תקופת קאמאקורה (1185–1333) ועד תחילת מלחמת אונין מכונה לעיתים "תור הזהב של הסמוראים" - תקופה אשר במהלכה הסמוראים, עוד מועטים יחסית במספריהם, הצליחו לשמור על אורח חיים ברמה גבוהה. אך עם הזמן גדל הלחץ בתוך המשטר, ועם נפילת הממשל בקמאקורה ותחילת תקופת מורומאצ'י (1336–1573) העביר השוגון החדש, אשיקאגה טקאוג'י, את הבאקופו לקיוטו, דבר שהוביל לניוון הממשל ולהחלשות השלטון המרכזי. משפחות שונות בקיוטו ובמחוזות השתמשו בחולשת השלטון כדי לפתוח במלחמות אחת כנגד השנייה. המצב הידרדר בסופו של דבר למלחמת אזרחים בת יותר ממאה שנים. בתקופה זו, תקופת סנגוקו, היטשטשו גבולות מעמד הסמוראים, ואדם הנולד למעמד אחר היה יכול להוכיח את עצמו בלחימה ולהפוך לסמוראי בפועל. יותר מכך, בתקופה זו כמעט כל גבר יפני, אפילו איכר פשוט, השתייך לצבאו של אחד המושלים. גם חוקי הבושידו היו רלוונטיים פחות בלחימת הסמוראים על אדמות והשפעה: כך, חוֹג'וֹ סוֹאוּן, חייל פשוט אשר הפך בכוחות עצמו לדאימיו, השתלט על אחד המחוזות לאחר שסידר את רצח מושל המחוז במהלך ציד.
במהלך תקופת סנגוקו, השתנו דרכי הלחימה ביפן, ובמקום להשתמש בכמויות קטנות יחסית של סמוראים, כפי שהיה נהוג בתקופת קאמאקורה, היו נוהגים לגייס צבאות גדולים של אָשיגָארוּ, לוחמי רגלים, בנוסף לכוח הפרשים של סמוראים. בקרבות של אותה תקופה השתתפו צבאות של כמאה אלף בני אדם. בשנת 1543 הגיע ליפן רובה הארקבוז, ותוך עשורים ספורים היו ביפן מאות אלפי ארקבוזים, יותר מאשר בכל מדינה אירופאית.
תקופת מורומאצ'י (1336–1573) הגיע לסופה כאשר אודה נובונאגה, סמוראי למופת ואסטרטג מבריק, התחיל לאחד מחדש את המדינה היפנית, כאשר הוא מחליש את כוחם של המנזרים הבודהיסטים, אשר לא פחות מהמושלים המקומיים השתתפו במריבות וסכסוכים בתקופת המדינות הלוחמות. בנוסף לחידושים הרבים שלו בתחום הלחימה, הוא תרם לפיתוח התעשייה והמסחר ביפן, והעריך מאוד חידוש וקדמה. הוא נהרג בשנת 1582, כאשר אחד מהגנרלים שלו, אָקָצִ'י מִיצוּהִידֶה, בגד בו ותקף אותו עם חייליו. אחד מהגנרלים של נובונגה, טויוטומי הידיושי, הביס את מיצוהידה ונהיה ליורשו של נובונאגה. אף על פי שהידיושי בעצמו היה בן למשפחת איכרים, אשר התקדם לתפקיד המצביא בזכות כישוריו, בתקופת שלטונו הוא הוציא חוק אשר הפך את תואר הסמוראי לתורשתי ועצר את הניידות בין המעמדות. בנוסף, על כלל האוכלוסייה מלבד הסמוראים נאסר לשאת נשק. למרות ההגבלה הזאת, מספר הסמוראים היה רב מאוד, היות שרבים מהאשיגרו הועלו לדרגת הסמוראי. לפי מקורות מסוימים, בתקופת אדו כל גבר חמישי באוכלוסיית יפן היה סמוראי. משפחות סמוראיות רבות נהרסו בעת המלחמות בין טויוטומי הידיושי לטוקוגאווה איאיאסו, אשר היה גם הוא בין החברים הקרובים של אודה נובונגה.
תקופת אדו.
בתקופת טוקוגאווה (1603–1868), החוקים חילקו את החברה לארבעה מעמדות: הסמוראים, האיכרים, בעלי המלאכה והסוחרים. גם הניידות בתוך מעמד הסמוראים עצמו הייתה מוגבלת יחסית. זו הייתה תקופה של בידוד כמעט מוחלט של יפן ושל יציבות פנימית יחסית, והסמוראים מהשכבות העליונות של המעמד הפכו לחצרנים ופקידי שלטון. הסמוראים הפשוטים יותר, אשר שימשו בעיקר לדיכוי המרידות של האיכרים, נאלצו לעיתים קרובות לעזוב את בעליהם במקרה של קיצוצי צבאות, והפכו לרונין.
רבים רואים בתקופה זו תקופת ניוון של הסמוראים: בהיעדר הצורך בלוחמים, הסמוראים פנו לעיסוקים אחרים. כאשר זוג החרבות האיקוני של הסמוראי, דאישו, הופך לסמל סטטוס בלבד, ביחד עם הזכות הסמלית להרוג כל איכר שלא הראה כבוד מתאים לסמוראי. מעמד הסוחרים, אף על פי שהוגדר כמעמד הנמוך ביותר של החברה, צבר משקל וכוח כיוון שסמוראים רבים נכנסו לחובות והיו חייבים סכומי עתק לסוחרים עשירים. מצד שני, עודף הזמן הפנוי איפשר לסמוראים להתעסק בצד הרוחני של לחימה: נפתחו דוג'וים רבים לאמנויות לחימה, והתחדש עיסוק הסמוראים באמנויות השונות, כגון טקס תה, ציור ושירה. הסמוראים גם הקדישו צורך בלהצדיק את נחיצות מעמדם, ונכתבו ספרים רבים על בושידו ומהות הסמוראי. בתקופה זו החלה רומנטיזציה של אורח חייו של הסמוראי והבושידו: דוגמה טובה לכך היא כתביו של ימאמוטו צונטומו, אשר כתב כי "דרך הסמוראי היא דרך המוות... אם תצטרך לבחור בין החיים והמוות, בחר במוות."
לאחר הגעתו של מת'יו פרי לחופי יפן ופתיחתה לעולם המערבי, התחילה המודרניזציה של הצבא והצי היפני. יפן שכרה מהנדסים צרפתים כדי לבנות ספינות קיטור ושלחה תלמידים לבתי-ספר ימיים במערב.
אף על פי שנוכחותם של הזרים ביפן עוררה מודעות לאומית אשר הייתה אחת מהסיבות לרסטורציית מייג'י, ולכן הסמוראים הם אלה שהביאו את השלטון לקיסר החדש וגם הרכיבו את רוב ממשלתו החדשה, המודרניזציה של הכוחות המזוינים ביפן הביאה לסוף תקופת השלטון של מעמד הסמוראים. המלחמה האחרונה בה השתתפו סמוראים משני הצדדים הייתה מלחמת בושין אשר במהלכו ניצחו מצדדי הקיסר את כוחות השוגונות.
תקופת מייג'י - סוף עידן הסמוראים.
הממשל החדש של מייג'י, למרות היותם של חברי הממשל סמוראים צעירים ברובם, שאף לעצב את יפן לפי הדגם של מדינה מערבית. לפיכך, בתקופת מייג'י הוקם צבא סדיר מודרני, והסמוראים הפכו למעמד מיוחד בשם שיזוקו. הם קיבלו שכר מהממשלה, אך נשללה זכותם לשאת נשק בציבור, וגם הזכות להרוג איכרים שלא התנהגו בכבוד כלפיהם. הסמוראים כמעמד גם איבדו את כוחם הפוליטי, במיוחד כשהוקם הפרלמנט היפני, אשר חלק מנציגיו היו נבחרים. המצב הזה, ביחד עם השפעת המערב הגורפת על יפן, הביא לתסכולם של סמוראים רבים, אשר התבטא במספר מרידות סמוראים, כאשר הגדול ביניהם הוא מרד סצומה בשנת 1877. זוהי כנראה המלחמה האחרונה בה השתתפו סמוראים.
עם הזמן, קוצצו המשכורות של הסמוראים, ובשלב מסוים הוצע להם מענק חד-פעמי. רבים מהסמוראים השתלבו במערך הלחימה החדש בתור חיילים וקצינים והדבר השפיע מאוד על איכות הצבא הקיסרי: חלק גדול מקציניו, סמוראים לשעבר, היו מיומנים, ממושמעים ומלאים מוטיבציה. חלק מהסמוראים השתתפו במערכת החינוך, וחלקם השתמשו במענק שקיבלו מהממשלה כדי להקים עסקים ולהשתלב בכלכלה היפנית. המונח שיזוקו בוטל מחוקי יפן לאחר מלחמת העולם השנייה, בשנת 1948.
תרבות.
השמות.