לאחר עזיבת הצוות המקצועי מינה בראון את גלון רוידר ששימש כמאמן קבוצת המילואין, למאמן ב-9 במאי 2001. ההחתמות הראשונות שלו היו החזרו של דון האצ'ינסון למועדון תמורת 5 מיליון ליש"ט, ורכישת הבלם הצ'כי תומאש רפקה, והקבוצה סיימה במקום השביעי בעונתה הראשונה תחתיו. עונה לאחר מכן בעונת 2002/2003 רוידר שקיבל כריש דם במוחו ואושפז, והוחלף במאמן הזמני טרבור ברוקינג. בסוף העונה ירדה הקבוצה לצ'מפיונשיפ לאחר שסיימה בתיקו נגד ברמינגהאם סיטי במחזור האחרון וסיימה במקום ה-18 המוביל לירידת ליגה יחד עם וסט ברומיץ' וסנדרלנד (והייתה לקבוצה עם המספר המקסימלי של 42 נקודות ב-38 מחזורים שעדיין יורדת ליגה). לאחר הירידה שחקנים בולטים בקבוצה כמו ג'ו קול, פאולו די קאניו ופרדי קאנוטה עזבו את המועדון.
בעונה לאחר מכן בליגה השנייה, התאושש רוידר מהאירוע הרפואי שחווה וחזר לתפקיד המאמן, אולם לא החזיק הרבה לאחר שהקבוצה לא הצליחה להתרומם והוא פוטר ב-24 באוגוסט 2003, מה שהחזיר את ברוקינג לעמדת המאמן הזמני. באוקטובר 2003 מונה אלאן פארדיו למאמן העשירי בהיסטוריה של וסטהאם יונייטד. פארדיו החל לבנות את הקבוצה מחדש שהביא את השחקנים נייג'ל ריאו קוקר, מרלון הארווד ובריאן דין. בעונתו הראשונה של פארדיו הצליחה הקבוצה להגיע לפלייאוף העלייה לפרימיירליג אך הפסידה בו לקריסטל פאלאס ונשארה בצ'מפיונשיפ. בקיץ עשתה הקבוצה רכש מרשים בדמות בובי זמורה, מאת'יו את'רינגטון, כריס פאואל וטדי שרינגהאם, שאומנם סיימה רק במקום השישי בליגה, אך הצליחו משם להעפיל לגמר הפלייאוף נגד פרסטון נורת' אנד, ניצחו 0–1 וחזרו לפרימיירליג.
השנים האחרונות באצטדיון בולין (2005 - 2016).
בעונתה הראשונה לאחר שחזרה לפרימיירליג סיימה הקבוצה במקום התשיעי בליגה, אולם הצליחה להעפיל לגמר גביע ה-FA, והפסידה רק בדו-קרב פנדלים לאחר תיקו 3-3 מול ליברפול שנחשבה לעדיפה בהרבה ממנה.
באוגוסט 2006 השלימה וסטהאם חלון העברות מרשים בו הצליחה להחתים את קרלוס טבס וחאבייר מסצ'ראנו, ובנובמבר 2006 המועדון נרכש על ידי קבוצת רכישה איסלנדית בראשותו של אגרט מאגונסון. בינתיים פארדיו פוטר מאימון הקבוצה אחרי תוצאות רעות בליגה, והוחלף במאמנה הקודם של צ'רלטון את'לטיק, אלאן קורבישלי. החתמתם של טבז ומסצ'ארנו משכו את תשומת לב התקשורת לאחר שהתגלה בחקירה שסכומי רכישתם לא דווחו במלואם, והקבוצה נמצאה אשמה ואולצה לשלם 5.5 מיליון פאונד קנס באפריל 2007 (אך נמנעה מהפחתת נקודות בטבלה). הימנעות מהפחתת נקודות הוכחה כקריטית לאחר שניצלה בעונת 2006/2007 מירידה הודות להפרש קטן של נקודות על פני היריבות שהתרעמו על הימנעות מסנקציית הפחתת נקודות כלפי המועדון מצד הפרמייר ליג, אך הקבוצה סיימה במקום ה-15 בסוף ונמנעה מירידה, אחרי שהיא מנצחת 7 מתוך תשעת המשחקים האחרונים בליגה.
בעונת 2007/2008 וסטהאם התמידה להישאר בחלק העליון של הטבלה, לאחר שפרדריק יונגברי, קרייג בלאמי וקיירון דייאר הצטרפו לקבוצה, וסיימה במקום העשירי בליגה.
אחרי חילוקי דעות עם ההנהלה עקב מכירת אנטון פרדיננד וג'ורג' מקארטני לסנדרלנד, קרבישלי התפטר מתפקידו בספטמבר 2008. במקומו מונה שחקן העבר ג'אנפרנקו זולה למאמן הקבוצה, והוא היה המאמן הלא-בריטי הראשון שמונה למאמן וסטהאם.
בעונת 2008/2009 סיימה הקבוצה במקום התשיעי בליגה. בעונת 2009/2010 לקבוצה היה משחק סוער במהלך העונה נגד היריבה המרה מילוול, כאשר המשחק נגרר לפרעות של האוהדים מחוץ לאצטדיון, מהומות ביציעים, ואף לפריצת אוהדים לדשא. באוגוסט 2009 נקלעה הקבוצה למשבר כלכלי חריף עקב עזיבת המשקיעים האיסלנדיים, עד שנמצא בעלים חדש, אך טלטלה זו הובילה את הקבוצה לקרבות תחתית בפרימיירליג, בסופם הצליחה הקבוצה לשרוד עוד עונה בליגה שני מחזורים לסיום. במאי 2010, יומיים לאחר סיום העונה הכריזה הקבוצה על סיום תפקידו של זולה בקבוצה ואי חידוש החוזה. במקומו מונה המאמן הישראלי אברהם גרנט, אך הקבוצה לא הצליחה להתרומם. את עונת 2010/2011 סיימה הקבוצה במקום האחרון וירדה לצ'מפיונשיפ אחרי 6 עונות ברציפות בפרמייר ליג, למרות שכן הצליחה להגיע לחצי גמר גביע הליגה. מיד אחרי הירידה פוטר גרנט מתפקידו במועדון, ובמקומו מונה ביוני 2011, סאם אלדריץ'.
בסוף עונת 2011/2012 חזרה וסטהאם לאחר עונה אחת בצ'מפיונשיפ, לפרמייר ליג בזכות ניצחון 1–2 על בלקפול משער של ריקרדו ואז טה בדקה ה-90 בגמר הפלייאוף.
לקראת אולימפיאדת לונדון 2012 ובניית האצטדיון האולימפי, הודיעה הנהלת וסטהאם על תוכנית לעזיבת בוליין גראונד ומעבר לאצטדיון החדש. בעונת החזרה לפרימיירליג, 2012/2013, החתימה הקבוצה את ג'יימס קולינס, ג'ורג' מקארטני, מאט גרוויס ואנדי קארול, והצליחה לסיים במקום ה-12.
לקראת סוף עונת 2013/14, בה סיימה במקום ה-13 בליגה, הפרישה וסטהאם יונייטד את החולצה מספר 38, כאות כבוד לדילן טומבידס, שחקן קבוצת הנוער של הקבוצה שהלך לעולמו בגיל 19 עקב מחלת הסרטן. כמו כן, הופרשה חולצתו של בובי מור, קפטן הקבוצה ונבחרת אנגליה שהניף את גביע העולם ב-1966, ששיחק עם הספרה 6.
בעונת 2014/2015 סיימה הקבוצה במקום ה-12 בליגה, אך קיבלה כרטיס להשתתפות בליגה האירופית לעונת 2015/2016 עקב דירוגה במקום הראשון בדירוג המשחק ההוגן של אופ"א.
לקראת עונת 2015/2016 החתים המועדון את שחקן העבר סלאבן ביליץ' למאמן הקבוצה, והיא סיימה במקום השביעי בליגה, תוך שהיא שוברת מספר שיאים קבוצתיים בהיסטוריה שלה: כמות הנקודות הגדולה ביותר לעונה (62), כמות השערים הגדולה ביותר לעונה (65), כמות ההפסדים הקטנה ביותר לעונה אחת (8 בלבד), וכמות הפסדי החוץ הקטנה ביותר (5). עונה זו גם הייתה העונה האחרונה של וסטהאם באצטדיון בולין גראונד (המכונה גם "אפטון פארק") אחרי 112 שנים בהן שיחקה בו (בין השנים 1904 ל-2016), אשר הכיל כ-35,000 מקומות ישיבה. עקב זכייתה של מנצ'סטר יונייטד בגביע האנגלי של 2016, וסטהאם קיבלה מהמקום השביעי בליגה את הכרטיס למוקדמות הליגה האירופית של העונה הבאה.
אחרי המעבר לאצטדיון לונדון (2016 - כיום).
בתחילת עונת 2016/17 עברה וסטהאם יונייטד לארח את משחקיה הביתיים באצטדיון האולימפי (מכונה גם "אצטדיון לונדון") לאחר שזכתה במכרז על הזכות לחכור אותו למשך 99 שנים. תחילה תוכנן שתכולת האצטדיון תוקטן מ-80,000 מקומות ל-54,000, אך עקב ההצלחה של הקבוצה בעונת 2015/16, הוחלט על תכולה של 60,000 מקומות ישיבה. כמו כן, האצטדיון הותאם הן למשחקי כדורגל והן לאירוח תחרויות אתלטיקה. המועדון הודיע שלקראת עונת 2016/17 נמכרו כל 52,000 המנויים שיצאו למכירה, כמות המנויים השנייה בגודלה באנגליה.
בתחילת העונה בליגה האירופית הקבוצה כשלה בעליה לשלב הבתים לאחר שהפסידה בשלב הפלייאוף לאסטרה ג'יורג'יו הרומנית. בפרימיירליג בעונת הבכורה באצטדיון החדש, סיימה הקבוצה במקום ה-11 בליגה, לאחר שנאלצה להתמודד עם עזיבת הכוכב דימיטרי פאייה. את עונת 2017/2018 התחילה הקבוצה רע מאוד עם 2 ניצחונות ב-11 המשחקים הראשונים שלהם, ולאחר הפסד נוסף לליברפול שאיים על מקומה של הקבוצה בפרימיירליג, פוטר ביליץ' ב-6 בנובמבר 2017, והוחלף על ידי מאמן סנדרלנד בעבר דייוויד מויס שהוחתם עד סוף העונה. הקבוצה נלחמה עד סוף העונה, אך הצליחה להישאר בליגה וסיימה במקום ה-13 בליגה. בסוף העונה למרות שנשארה בליגה, לא הומשך החוזה של מויס והוא עזב את המועדון. ב-22 במאי 2018 מונה מאמן העבר במנצ'סטר סיטי מנואל פלגריני למאמן הקבוצה בחוזה ל-3 עונות. בעונה הראשונה תחתיו סיימה הקבוצה במקום העשירי, לאחר עונה לא יציבה מבחינה מקצועית. בחצי הראשון של עונת 2019/2020 פוטר פלגריני אחרי יכולת רעה של הקבוצה (בדצמבר 2019), כאשר הקבוצה נקודה אחת בלבד מהמקום המוביל לליגה השנייה. הקבוצה מינתה את מויס שחזר לקדנציה שנייה במועדון למאמן עד לסיום העונה, בה סיימה במקום ה-16.
לקראת סיום העשור, החל מ-2017, עלה רף חוסר שביעות רצון של אוהדי וסטהאם מההנהלה של המועדון בראשותו של הבעלים דייוויד סאליבן ודייוויד גולד, מה שהתבטא גם בפריצה לכר הדשא לאחר ההפסד הביתי 0–3 לברנלי ב-10 במרץ 2018, ובצעדת המחאה עם 2,500 אנשים שנערכה ב-29 בפברואר 2020.
בעונת 2019/2020 סיימה במקום ה-16 וניצלה מירידת ליגה כאשר באמצע העונה מונה דייוויד מויס למאמן הקבוצה. בעונת 2020/2021 תחת מויס סיימה במקום השישי והעפילה למפעלים האירופיים לראשונה מאז 2016. בעונת 2021/2022 בליגה האירופית הקבוצה העפילה לחצי הגמר של הטורניר אך הודחה על ידי איינטרכט פרנקפורט, כאשר סיימה במקום הראשון בשלב הבתים ועברה בדרך את שיאנית הזכיות סביליה בשמינית הגמר ואת אולימפיק ליון ברבע הגמר, בליגה, סיימה הקבוצה במקום השביעי והעפילה שוב למפעלים האירופיים שנה שנייה ברציפות.
אוהדים וחוליגניזם.
השיר הפופולרי ביותר בקרב אוהדי וסטהאם הוא "I'm Forever Blowing Bubbles" שהנחיל במועדון המאמן צ'ארלי פיינטר בתקופת שנות ה-20 המאוחרות. שיר זה נלקח מפרסומת אמריקאית של חברת הסבון "Pears", בו ילד בעל שיער מקורזל בשם מילאייס שר את השיר. כיוון שהילד היה דומה לשחקן מבית הספר פארק סקול, מקומי בשם בילי ג'יי "באבלס" מארי. מנהל בית הספר, קורנליוס בייל, שהיה ידוע בזכות החרוזים והשירים שהיה מחבר, כתב והחריז את המילים לשיר, והאוהדים החלו לשיר אותו בכל פעם שלשחקן הקבוצה היה משחק טוב. בייל היה חבר טוב של פיינטר, שהפיץ את זה בקרב הקהל שהחל לשיר אותו לפני כל משחק בית. כיום בנוסף לשירה של הקהל את השיר לפני משחקים, ישנם מכונות בועות שעושות בועות רבות בחלל האצטדיון בזמן שהשיר מתנגן.