בשנת 1996, החלו הפאמפקינס במסע הופעות עולמי לקידום Mellon Collie. קורגן אימץ בתקופה זו מראה חדש, שהפך לאייקון - ראש מגולח, חולצה שחורה וארוכת שרוולים, עליה הכיתוב "Zero" והדפס של כוכב, ומכנסים צבועים כסף. באותה השנה, נתנה הלהקה הופעת אורח בפרק של תוכנית הטלוויזיה משפחת סימפסון, אשר נקרא "Homerpalooza". קליפים של הפאמפקינס הופיעו תדירות בלוח השידורים של MTV, בתעשיית המוזיקה נזקפו לזכותם שבחים ופרסים רבים וחולצות "Zero" רבות נמכרות בקניונים. לאור כל אלו, הפכו הסמאשינג פאמפקינס לאחת הלהקות הפופולריות ביותר באותה התקופה.
למרות כל התהילה וההישגים, לא הייתה שנה זו חיובית לגמרי עבור הלהקה. במאי, ניגנו הפאמפקינס באולם The Point Theatre בדבלין, אירלנד. המקום היה מלא עד אפס מקום ולמרות בקשותיהם החוזרות ונשנות של חברי הלהקה מהקהל לחדול מריקודיהם הפרועים, נמחצה למוות ברנדט אובריין בת ה-17. בעקבות תקרית מצערת זו, הסתיים המופע והופעה שנועדה להתקיים בלילה שלאחר מכן בבלפסט בוטלה, מתוך כבור לברנדט.
בליל ה-11 ביולי 1996, קרתה טרגדיה לחברי הלהקה. צ'מברלין וג'ונתן מלוויין, הקלידן שהצטרף לסיבוב ההופעות של הלהקה, לקחו מנת יתר של הרואין בחדר מלון בניו-יורק. בעקבות זאת, נגרם מותו של מלוויין בעוד שצ'מברלין נותר בחיים ונעצר בגין החזקת סמים. מספר ימים לאחר מכן, יצאה הלהקה בהודעה רשמית, לפיה פוטר צ'מברלין בעקבות התקרית. הפאמפקינס בחרו להמשיך את סיבוב ההופעות עם קלידן ומתופף אחרים. מאוחר יותר, אמר קורגן שזו הייתה ההחלטה הגרוע ביותר שעשתה הלהקה מעודה, משום שפגעה במוזיקה ובמוניטין שלהם כאחד.
בראיונות שנערכו לאחר יציאת Mellon Collie הצהירו החברים, שיהיה זה האלבום הקונבנציונלי האחרון של הסמאשינג פאמפקינס, ושמוזיקת הרוק הופכת שבלונית. בסוף 1996 אמר ג'יימס איהא: "העתיד הוא במוזיקה האלקטרונית. באמת נראה משעמם להמשיך רק לנגן רוק".
האלבומים Machina ,Adore ופירוק הלהקה: 1998-2000.
אחרי יציאתו של Mellon Collie, תרמו הפאמפקינס שירים לכמה מפעלים. בשנת 1997 נכלל השיר Eye בפס-הקול של הסרט "כביש אבוד" בבימויו של דייוויד לינץ'. השיר נוצר כמעט כולו באמצעים אלקטרוניים ואותת על שינוי מהותי, בהשוואה לסגנון המוזיקלי הקודם של הפאמפקינס. בשעתו, אמר קורגן שמטרתו הייתה "לשנות את מוקד העניינים ולהניח לפורמט הרוק הקלאסי, של גיטרות-בס-תופים." מאוחר יותר באותה השנה, תרמה הלהקה את שירה The End is the Beginning is the End לפס-הקול של הסרט "באטמן ורובין". השיר הכיל צליל כבד, הדומה לזה של Bullet With Butterfly Wings, לצד מרכיבים אלקטרוניים רבים ותיפוף של מאט וולקר. בטקסי פרס גראמי לשנת 1998, זכה השיר בתואר "הופעת הרוק הכבד הטובה ביותר". למרות דבריו של קורגן, לפיהם השיר מייצג את הצליל העתידי של הלהקה, אלבומה הבא הכיל מעט שירים דומים, בהם מובילה הגיטרה.
בשנת 1998, זמן קצר לאחר גירושיו של קורגן ומותה של אמו, הוקלט האלבום Adore. האלבום סימל שינוי ניכר מהסגנון הקודם של הפאמפקינס, בו בלטו הגיטרות, ושינה את כיוונו אל עבר האלקטרוניקה. האלבום הוקלט בעזרת מתופפי אולפן ומכונות תופים והיה אפוף בחזות אפלה, זאת לעומת עבודת הלהקה שקדמה לו. הלהקה גם שינתה בתקופה זו את המראה הזרוק שאפיין אותה ואימצה הופעה יותר מאופקת. אף על פי ש-Adore זכה לביקורות טובות והיה מועמד לפרס גראמי בקטגוריה "ההופעה האלטרנטיבית הטובה ביותר", מספר העותקים שלו שנמכרו בארצות הברית עד סוף השנה עמד על כ-830,000 בלבד ותעשיית המוזיקה חשבה אותו לכישלון. לעומת זאת, מחוץ לארצות הברית נמכרה כמות עותקים גדולה פי שלושה.
ב-30 ביוני 1998, יצאה הלהקה לסיבוב הופעות בן 17 ימים, שהתפרש על פני 15 ערים בצפון אמריקה. הסיבוב נועד למטרות צדקה וקידום האלבום החדש ובכל תחנה בו, תרמה הלהקה את מלוא הסכום שנתקבל ממכירות הכרטיסים לארגון צדקה מקומי. הוצאות סיבוב ההופעות מומנו כולן מכיסם של חברי הלהקה. בסך הכל, תרמה הלהקה מעל 2.8 מיליון דולרים במסגרת יוזמה זו.
בשנת 1999, הפתיעה הלהקה את המעריצים כאשר התאחדה מחדש עם ג'ימי צ'מברלין, שהשתחרר מגמילה. הלהקה המאוחדת יצאה לסיבוב הופעות קצר, שנקרא "The Arising", בו נוגנו שירים ישנים כמו גם חדשים. האיחוד היה קצר ימים, שכן בספטמבר של אותה שנה, לאחר השלמת האלבום Machina/The Machines of God, הודיעה הלהקה על עזיבתה של דרסי רצקי. במקומה, גויסה הבסיסטית הקודמת של להקת Hole, מליסה אוף דר מאוור, אשר הצטרפה לסיבוב ההופעות "Sacred and Profane" ולקידום האלבום ואף הופיעה בקליפים שליוו אותו.
Machina יצא בשנת 2000 ובמסגרתו שבו הפאמפקינס לסגנון הרוק המסורתי יותר, לאחר הסגנון הגותי והאלקטרוני שאימצו ב-Adore. האלבום נכנס הישר למקום השלישי בדירוג המגזין בילבורד, אך נעלם מעייניי הקהל במהרה והוענק לו, בשנת 2007, אלבום זהב בלבד. עיתונאי המוזיקה, ג'ים דרוגטיס, תיאר את האלבום כ"אחד החזקים בקריירה שלהם". ג'ים התייחס למכירות הפושרות של Machina, לעומת העלייה המקבילה במכירות אלבומי הפופ ששווקו בעיקר לצעירים, ואמר שזוהי "הוכחה חותכת שגל מעריצי פופ צעירים הפנו את גבם לרוק האלטרנטיבי."
ב-23 במאי 2000, בראיון בשידור חי בתחנת הרדיו KROQ-FM, הודיע בילי קורגן על החלטת הלהקה להתפרק בסוף אותה השנה, לאחר שתצא לסיבוב הופעות ותבצע מספר הקלטות נוספות. האלבום האחרון של הלהקה לפני הפירוק, Machina II/The Friends &amp; Enemies of Modern Music, יצא בספטמבר 2000 בהפצה מוגבלת, על גבי תקליטי ויניל, עם הרשאה והנחיות להפצה חינמית באינטרנט בעזרת קהל המעריצים. 25 עותקים בלבד הופצו, כל אחד מהם מוספר בכתב יד והם נמסרו לחברי הלהקה ולחבריהם הקרובים. בתחילה, ביקשה הלהקה מחברת Virgin להציע את Machina II להורדה חופשית לכל מי שרכש את Machina. כש-Virgin סירבה, החליט קורגן להוציא את האלבום באופן עצמאי. האלבום הוקלט במסגרת חברת התקליטים Constantinople Records שייסד קורגן, והוא כלל שני LP ושלושה EP (עשרה אינץ'). היה זה האלבום הראשון של הסמאשינג פאמפקינס שלא הופץ תחת חברת תקליטים שבידי קבוצת EMI.
ב-2 בדצמבר 2000 התקיים מופע הפרידה של הסמאשינג פאמפקינס במטרו - המועדון בשיקגו שבו החלו את הקריירה שלהם 12 שנים לפני כן. ההופעה נמשכה ארבע שעות, במהלכן ניגנה הלהקה 35 שירים מתקופותיה השונות ובסופה, העניקה לנוכחים הקלטה של ההופעה הראשונה של הלהקה במטרו, Live at Cabaret Metro 10-5-88. במקביל למופעי הפרידה, יצא לאור הסינגל Untitled.
השנים שלאחר הפירוק: 2001-2004.
בשנת 2001 הפיצה הלהקה את אלבום האוסף Rotten Apples. האלבום יצא לאור במתכונת מצומצמת גם בגרסה כפולה, שכללה דיסק בי-סיידס בשם Judas Ø. במקביל יצא לאור Greatest Hits Video Collection - אוסף קליפים על גבי DVD שהקיף את כל שנות פעילותה של הלהקה, מ-Gish ועד Machina, לצד חומרים שנחשפו לראשונה במסגרתו. בשנת 2000 יצאו לאור DVD בשם Vieuphoria וכן הפסקול Earphoria, שהופץ תחילה לתחנות רדיו בלבד, ב-1994.
בילי קורגן וג'ימי צ'מברלין שיתפו פעולה ב-2001 במסגרת הפרויקט הבא של קורגן, הסופרגרופ קצרת ימים בשם Zwan. האלבום היחיד שהוציאו, Mary Star of the Sea, זכה לביקורות חיוביות. על אף זאת, לאחר מספר פעמים בהם ביטלה הלהקה הופעות, הודיע קורגן ב-2003 על פירוקה, בנסיבות שנותרו מעורפלות. במהלך 2001, יצא קורגן לסיבוב הופעות עם הלהקה New Order, ותרם את קולו לאלבום הראשון שלהם מזה 8 שנים - Get Ready. באוקטובר 2004, פרסם קורגן את ספרו הראשון - Blinking with Fists, אשר הכיל אוסף של שירים. ביוני 2005, הוא הוציא אלבום סולו, TheFutureEmbrace, אותו תיאר כהמשך עבודתה של הסמאשינג פאמפקינס. הביקורות לאלבום היו מעורבות ורק סינגל אחד ממנו יצא לאור- "Walking Shade".
בנוסף להשתתפותו ב-Zwan, ייסד ג'ימי צ'מברלין פרויקט רוק אלטרנטיבי - פיוז'ן בשם The Jimmy Chamberlin Complex. במסגרת הפרויקט, יצא ב-2005 האלבום Life Begins Again, בו התארח קורגן כסולן בשיר "Lokicat". ג'יימס איהא הצטרף כגיטריסט ללהקה A Perfect Circle וניגן עמה בסיבוב ההופעות לאלבום Thirteenth Step ובאלבום eMOTIVe משנת 2004. איהא לקח חלק בפרויקטים נוספים כמו Team Sleep של צ'ינו מורנו, חבר הלהקה Deftones, ו-Vanessa and the O's, שאלבומם זכה לביקורות נלהבות. כמו כן, הוא המשיך לעבוד עם חברת התקליטים שפתח במשותף עם מוזיקאים נוספים, שנקראה Scratchie Records. דרסי רצקי לא הופיעה בציבור או התראיינה מאז עזיבתה את הלהקה בשנת 1999. ב-25 בינואר 2000, היא נעצרה בעקבות רכישה לכאורה של שלוש מנות של קראק. האשמות בוטלו בהמשך, לאחר שהשלימה בהצלחה תוכנית לגמילה מסמים, בהתאם לצו בית משפט.
במהלך תקופה זו, התנגד קורגן לאיחוד הפאמפקינס. עם זאת, לאחר פירוק Zwan אמר בראיון כי "אני חושב שהלב שלי נשאר עם הסמאשינג פאמפקינס... אני חושב שהיה נאיבי מצידי לחשוב שאוכל למצוא דבר שיחליף זאת". ב-17 בפברואר 2004, פרסם קורגן הודעה בבלוג הפרטי שלו, בה כינה את רצקי "מסוממת מנוולת" והאשים את איהא בפירוק הסמאשינג פאמפקינס. ב-3 ביוני 2004, שינה קורגן את ההשמצות להבעת חיבה, כשכתב כי "עומק הפגיעה שספגתי (מאיהא) זהה לשיעור ההערכה שאני רוחש לו". איהא הגיב לטענות שהעלה קורגן ב-2005, באומרו: "לא, אני לא אחראי לפירוק הלהקה. היחיד שעשוי היה לגרום לכך הוא בילי".
האיחוד: 2005-היום.