הנרי נולד בטירת וינצ'סטר (Winchester) ב-1 באוקטובר 1207. הוא היה בנם הבכור של ג'ון, מלך אנגליה ושל איזבל מאנגולם. מעט ידוע על ראשית חייו של הנרי. בתחילה גודל הנרי על ידי מינקת בשם אלן בדרום אנגליה, הרחק מחצר מלכותו הנודדת של אביו וככל הנראה היו לו קשרים הדוקים עם אמו. להנרי היו ארבעה אחים ואחיות חוקיים - ריצ'רד, ג'ואן, איזבל ואלנור – וכמה אחים ואחיות לא חוקיים. ב-1212 הופקד חינוכו בידי פיטר דה רושה (Peter des Roches), בישוף וינצ'סטר ותחת הדרכתו ניתנה להנרי הכשרה צבאית והוא למד רכיבה על סוס.
מעט גם ידוע על מראהו של הנרי, גובהו הגיע ככל הנראה ל-1.68 מטרים ותיעוד שנעשה לאחר מותו מרמז שהיה לו מבנה מוצק. הנרי גדל כשהוא מביע לעיתים קרובות ניצוצות של רוח עזה, אך לרוב הייתה לו אישיות ידידותית ונוחה לבריות. הוא היה צעיר ישר, שהחצין את רגשותיו, ובעת שהשתתף בטקסים דתיים הזיל דמעה בקלות.
בראשית המאה ה-13, הייתה ממלכת אנגליה חלק מהאימפריה של מלכי אנגווין (Angevin), ששלטה על שטחים נרחבים ביותר במערב אירופה. הנרי נקרא על שם סבו הנרי השני, מלך אנגליה, שהניח את היסודות לשלטון על אדמות אלה שהשתרעו מסקוטלנד וויילס, דרך אנגליה, מעבר לתעלה האנגלית לטריטוריות של נורמנדיה, ברטאן, מיין (Maine) ואנז'ו, בצפון-מערב צרפת, ועד לפוואטו (Poitou) וגסקוניה בדרום-מערב צרפת. במשך שנים רבות היה מעמדו של הכתר הצרפתי חלש באופן יחסי, וכך התאפשר להנרי השני ואחריו לבניו ריצ'רד וג'ון להיות השליטים בפועל של צרפת.
ב-1204 איבד ג'ון את נורמנדיה, ברטאן, מיין ואנז'ו לפיליפ השני, מלך צרפת, והותיר את כוחה של אנגליה ביבשת מוגבל לגסקוניה ופוואטו. ג'ון הגדיל את עול המיסים שגבה כדי לממן את המערכות הצבאיות שנועדו לשמור על השלטון שלו על ממלכותיו, אך בכך עורר התנגדות בקרב רבים מהברונים של אנגליה. ג'ון חיפש בעלי ברית חדשים על ידי הכרזתה של אנגליה כפייף אפיפיורי המחויב לנאמנות לאפיפיור. ב-1215 ניהלו ג'ון והברונים המורדים משא ומתן על הסכם שלום ביניהם, המגנה כרטה. ההסכם נועד להגביל את הצעדים הכוחניים האפשריים של המלוכה, שחרר את הצבאות של הברונים ממחויבות למלך והסדיר חלוקה בנטל, אך אף אחד מהצדדים לא יישם את התנאים שלו. ג'ון והברונים הנאמנים לו התכחשו בתוקף למגנה כרטה וכתוצאה מכך פרצה מלחמת הברונים הראשונה, כשלצידם של הברונים המורדים עומד בנו של המלך פיליפ, מי שלימים ימלוך כלואי השמיני, מלך צרפת, שטען לכתר הבריטי. עד מהרה הסתיימה המלחמה בהסדר מבלי שאף אחד מהצדדים יוכל לטעון לניצחון. המלך חלה ומת ב-18 באוקטובר 1216, בהותירו את כס המלכות לבנו בן התשע, הנרי.
עוצרות (1216 - 1226).
הכתרה.
הנרי שהה בבטחה בטירת קורפה (Corfe) שבמחוז דורסט, יחד עם אמו, כאשר מת אביו. על ערש דווי מינה ג'ון מועצה של 13 אפוטרופוסים שיסייעו להנרי להכשיר את עצמו כמלך והוא ביקש שבנו יהיה תחת חסותו של ויליאם מרשל (William Marshal), אחד האבירים המפורסמים באנגליה באותה תקופה. מנהיגיהם של הנאמנים לכתר החליטו להכתיר את הנרי באופן מיידי כדי לכפות את תביעתו לכתר וההכתרה התקיימה בקתדרלת גלוסטר ב-28 באוקטובר 1216. בהיעדרם של סטיבן לנגטון, הארכיבישוף מקנטרברי או וולטר דה גריי, הארכיבישוף מיורק, בוצע טקס המשיחה על ידי הבישופים של ורסטר ואקסטר והוא הוכתר על ידי הבישוף של וינצ'סטר. הכתר המלכותי אבד או נמכר במהלך המלחמה ובמקומו הוכתר הנרי עם כתר פשוט מזהב שהיה שייך למלכה איזבל.
המלך הצעיר ירש מצב לא פשוט, כשמעל מחצית שטחה של אנגליה כבוש בידי המורדים ומרבית הנחלות של אביו ביבשת נמצאות בידיים צרפתיות. בכל אופן, הייתה לו תמיכה חזקה מידי הדיפלומט האיטלקי גואלה ביסקיארי (Guala Bicchieri), שקיווה לנצח במלחמה ולהעניש את המורדים. גואלה החל בחיזוק הקשרים בין אנגליה לבין האפיפיור, החל מטקס ההכתרה עצמו, בו ביצע הנרי טקס שבועת אמונים על פיו הכיר באפיפיור כאדונו הפיאודלי. האפיפיור הונוריוס השלישי הכריז כי הנרי הוא וסאל ובן חסות שלו ולנציג האפיפיור באנגליה יש את הסמכות להגן על הנרי ועל ממלכתו. כצעד נוסף, הנרי הכריז על עצמו כעל צלבן וכך זכה להגנה מיוחדת מרומא.
שניים מבכירי האצילים היו מועמדים למלא את תפקיד ראש מועצת העוצרים של הנרי. הראשון היה ויליאם מרשל עצמו, שלמרות גילו המופלג, היה ידוע בנאמנותו ויכול היה להוביל את המלחמה ולתרום מבחינת גיוס אנשים ומשאבים. השני היה ראנולף דה בלונדוויל (Ranulf de Blondeville), רוזן צ'סטר, שהיה אחד מהברונים הנאמנים והחזקים ביותר. בדיפלומטיות המתין ויליאם עד שגואלה וראנולף יבקשו ממנו לקחת על עצמו את התפקיד. לאחר שקיבל את התפקיד מינה ויליאם את פיטר דה רושה כאפוטרופוס של הנרי כדי שיוכל להתפנות לניהול המאמץ הצבאי.
סיום מלחמת הברונים.
המלחמה לא התנהלה בצורה טובה מבחינתם של הלויאליסטים וממשלת העוצרים החדשה שקלה לסגת לאירלנד. הנסיך לואי והברונים המורדים, התקשו גם הם לקדם את מעמדם. אף על פי שלואי שלט על מנזר וסטמינסטר, הוא לא יכול היה להיות מוכתר למלך אנגליה מאחר שהכנסייה של אנגליה והאפיפיור תמכו בהנרי. מותו של המלך ג'ון הפך את חלק מהדאגות של הברונים המורדים לחסרות בסיס והמצודות המלכותיות עדיין היו בחלק הכבוש של הארץ. כדי לנצל את היתרון שבכך, עודד הנרי את הברונים המורדים להצטרף למחנהו בתמורה להשבת אדמותיהם והוא אישר גרסה חדשה של המגנה כרטה, אף על פי שהוא ביטל חלק מהסעיפים, כולל אלה שהיו שליליים מבחינת האפיפיור. המהלך לא הצליח וההתנגדות לממשלתו החדשה של הנרי התגברה.
בפברואר הפליג לואי לצרפת כדי לגייס תגבורות. בהיעדרו התגלעו חיכוכים בין תומכיו האנגלים והצרפתים של לואי וגואלה הכריז שמלחמתו של הנרי כנגד המורדים היא מסע צלב דתי. צעד זה גרם לסדרה של עריקות מתנועת המורדים וכעת החל מאזן הכוחות לנטות לטובתו של הנרי. בסוף אפריל שב לואי וחידש את המערכה שלו, פיצל את כוחותיו לשתי קבוצות, שלח אחת לצפון להטיל מצור על מצודת לינקולן ואת השנייה השאיר בדרום כדי שתכבוש את טירת דובר. כאשר הבין ויליאם מרשל שלואי פיצל את צבאו, הוא הימר על האפשרות של הנחלת תבוסה למורדים בקרב אחד. ויליאם צעד לצפון ותקף את לינקולן ב-20 במאי, נכנס לעיר דרך שער צדדי, כבש אותה ברצף של קרבות רחוב עזים ובזז את בנייניה. מספר רב של ראשי המורדים נשבו, וההיסטוריון דייוויד קרפנטר מחשיב את הקרב כ"אחד המכריעים בתולדות אנגליה".
עם שוך הלחימה בלינקולן, נעצרה ההתקדמות של הלויאליסטים והתחדשה רק ביוני כאשר המנצחים החלו לארגן את שחרור לוחמיהם שנפלו בשבי. בינתיים, פחתה התמיכה בצרפת למסע המלחמה של לואי והוא הגיע למסקנה כי המלחמה באנגליה כבר אבודה. הנסיך הצרפתי ניהל משא ומתן עם הקרדינל גואלה על תנאי השלום, על פיהם הוא יוותר על תביעתו לכתר האנגלי ובתמורה יקבלו תומכיו בחזרה את אדמותיהם, משפטי בגידה יבוטלו והממשלה תבטיח את יישומה של המגנה כרטה. ההסכם המוצע עורר את תביעותיהם של כמה מהלויאליסטים שלדעתם היה נדיב מדי כלפי המורדים, במיוחד מדובר היה על הכמרים שהצטרפו למרד. עם כישלון הניסיון להגיע להסדר, נשאר לואי בלונדון עם שארית כוחותיו.
ב-24 באוגוסט 1217 נחת הצי הצרפתי על חוף סנדוויץ' כשהוא מביא איתו תגבורת חיילים, מכונות מצור ואספקה מחודשת. יוברט דה בורג (Hubert de Burgh), השר הראשי בממשלתו של הנרי, הפליג כדי לעצור את הצי הצרפתי בקרב סנדוויץ'. הצי של דה בורג פיזר את הצי הצרפתי, לכד את ספינת הדגל שלו והוציא להורג את מפקדה. עם הגעת החדשות הללו לאוזניו של לואי, הוא החל לנהל מחדש משא ומתן לשלום. הנרי, איזבלה, לואי, גואלה וויליאם חתמו על הסכם למבת' ב-12 בספטמבר 1217. נוסח ההסכם היה זהה להצעת השלום הראשונה, למעט הסעיפים הנוגעים לכמרים המורדים, שאדמותיהם הוחרמו. לואי קיבל מענק של 6,666 ליש"ט כדי להחיש את יציאתו מאנגליה והבטיח לנסות לשכנע את המלך פיליפ להשיב להנרי את אדמותיו בצרפת. לואי עזב את אנגליה כמוסכם והצטרף למסע הצלב האלביגנזי בדרום צרפת.
השבת הסמכות המלכותית.
עם תום מלחמת האזרחים הייתה ממשלתו של הנרי עסוקה בבנייה מחדש של הסמכות המלכותית בחלקים רבים של המדינה. עם סיומה של שנת 1217 נוצר מצב שרבים מהמורדים לשעבר התעלמו באופן שגרתי מהוראות שהגיעו מהמרכז ואפילו התומכים הנאמנים ביותר של הנרי המשיכו בקנאות להחזיק בשליטה עצמאית על המצודות המלכותיות. הם בנו באופן בלתי חוקי מבצרים שכונו (Adulterine castles) ושצצו ברחבי הארץ. רשת השריפים קרסה ואתה היכולת לגבות מיסים והכנסות מלכותיות. נסיך ויילס הראשון, ל'ואלין הגדול רב העוצמה, היווה איום רציני באזורי הספר של ויילס.
למרות ניצחונו במלחמה, ויליאם נחל הצלחה מועטה בהשבת הסמכות המלכותית בזמן השלום. סיבה אחת לכך נבעה מכך שויליאם מרשל לא היה מסוגל להציע חסות משמעותית, למרות הציפייה של הברונים הנאמנים שהם יתוגמלו על תמיכתם. ויליאם ניסה לכפות את הזכויות המסורתיות של הכתר לאשר בריתות נישואין וחסויות, אך עם הצלחה מועטה. עם זאת, היה בכוחו של מרשל לחדש את פעולתם של בתי המשפט ואת תפקידו של שר האוצר. הממשלה פרסמה את חוק היער (Charter of the Forest) שניסה לבצע רפורמה בשליטת הכתר ביערות. מועצת העוצרות הגיע לסיכום עם ל'ואלין בהסכם וורסטר (Worcester) ב-1218, אך תנאיו הנדיבים על פיהם ל'ואלין יהפוך לאחראי על השלטת החוק בפועל בוויילס מטעמו של הנרי, הדגישו את חולשתו של הכתר האנגלי.