קווים רבים של הרכבת התחתית של ניו יורק עוברים על אותן מסילות (בניגוד לקווי רכבת תחתית אחרים בעולם שבהם כל קו עובר רק על מסילה אחת). בשל כך המונח "קו" בעברית נאמר לרוב בהקשר של "מסלול" (Route) ולא בהקשר של מסילת ברזל פיזית (Line). בניו יורק, המסלולים של קווי הרכבת משתנים לעיתים קרובות, כאשר תחנות קישור חדשות נפתחות או כאשר דפוסי השירות משתנים. לפי המינוח הרשמי של מפעילי הרכבת התחתית של ניו יורק, המונח "קו" (Line) מתאר את מסילת הברזל הפיזית שבה "מסלול" הרכבת (Route) משתמש בדרך ממסוף אחד למשנהו. ה"מסלולים", אשר מכונים לעיתים גם "שירותים" (Services), מסומנים במספרים ובאותיות, ואילו ל"קווים" (Lines) יש שמות.
על מנת לאפשר תנועה מקבילה של רכבות מהירות ומאספות, קווים (Lines) רבים בנויים בני 3 או 4 מסילות (Tracks). בקו בן 4 מסילות זוג המסילות החיצוני מיועד לרכבות מאספות והפנימי למהירות. בקו בן 3 מסילות זוג המסילות החיצוני מיועד לרכבות מאספות, ואילו המסילה הפנימית היחידה לרכבות מהירות בכיוון השיא (למנהטן בבוקר וממנהטן החוצה בערב), כאשר בכיוון השני כל הרכבות פועלות כמאספות. בקו בן 2 מסילות אין מקום לרכבת מהירה, אך לפעמים מיושם פתרון אחר, הנקרא skip-stop: חלק מהרכבות מדלגות על חלק מהתחנות, וחלק אחר מדלגות על חלק אחר; נכון לשנת 2016 כך מאורגנת רק תנועת הקווים J ו-Z בשעות שיא בכיוון השיא.
הרכבת התחתית של ניו יורק מורכבת כיום בסך הכל מ-25 קווי רכבת (Routes) שונים. לכל קו ישנו צבע המציין את הרחוב במנהטן שבו הוא עובר (ולכן לפעמים אותו צבע שייך לכמה קווים), ובנוסף שמות הקווים מציינים בין היתר אם הקו הוא מאסף או מהיר. שיטת סימון הצבעים הוצעה על ידי עורך הדין ר. ריילי ד'אדמו אשר זכה בתחרות שהוצעה על ידי רשות התחבורה בשנת 1964. ד'אדמו הציע שיטה שבה צבע נפרד כמעט לכל קו (קודם לכן נעשה שימוש בשלושה צבעים בלבד לכל קווי הרכבת התחתית). על אף שיטת הצבעים - הקווים אינם נקראים על שם צבע הקו (היינו אין "קו כחול" או "קו ירוק").
בקווי הרכבת התחתית של ניו יורק גם קו שנקרא "קו מהיר" אינו בהכרח מהיר לכול אורכו. לדוגמה: "קו מהיר ברודוויי- השדרה השביעית" מהיר אומנם ברחובות- ברודוויי ובשדרה השביעית אך בברונקס ובברוקלין הוא מאסף ועוצר בכל התחנות, ולכן זהו שמו, כלומר: קו מהיר ברחוב ברודוויי ובשדרה השביעית.
מחלקה A (IRT) כוללת:
מחלקה B (BMT/IND) כוללת:
בלוח הזמנים קיימים 5 סוגי "תקופות זמן":
רשימת הקווים המוצגת לעיל משקפת את הלו"ז שתקף בצהריים. בשעות שיא חלק מהקווים הופכים ממאספים למהירים בכיוון העומס (כלומר למנהטן לפה"צ וממנהטן אחה"צ), או מגיעים לתחנות נוספות שהם אינם מגיעים אליהן בשעות אחרות. בתקופות זמן אחרות (סוף שבוע, ערב ולילה) חלק מהקווים מתבטלים, או מתקצרים, או הופכים ממהירים למאספים.
עם כל השינויים בשעות השונות, כמעט כל התחנות פעילות 24 שעות ביממה. שתי תחנות (כיכר טיימס וגרנד סנטרל בקו רחוב 42) סגורות בלילה, אבל שתיהן מהוות תחנות מעבר לתחנות אחרות הפתוחות 24 שעות.
כיוון שהמערכת פועלת 24 שעות ביממה, אין אפשרות לבצע עבודות תחזוקה כשאין תנועת רכבות. לכן תחנות או קטעי מסילה נסגרים לפי הצורך, והרכבות מופנות במסלולים חלופיים. באתר של MTA (חברה המפעילה את הרכבת התחתית בניו יורק) ניתן לברר מה השינויים בתנועת רכבות בתאריך מסוים.
תחנות הרכבת התחתית.
מבנה תחנה.
אורך רציפי תחנות הרכבת התחתית נע בין 150 ל-180 מטרים. מדרגות מובילות את הנוסעים ממפלס הרחוב אל הקופות ומכונות רכישת הכרטיסים הנמצאות במפלס נמוך יותר. מעבר לקופות ולמכונות מכירת הכרטיסים נמצא מחסום שניתן לעבור אותו באמצעות העברת הכרטיס דרכו, ומעברו נמצא הרציף. ברבעים ברונקס, קווינס וברוקלין וכן בחלקו הצפוני של האי מנהטן ישנן תחנות מעל הקרקע (לרוב תחנות עיליות) שמגיעים אליהן באמצעות מדרגות או מעליות.
מנורות סימון.
בכניסה למרבית תחנות הרכבת התחתית הוצבו מנורות בצורת גלובוס. מנורות אלה נועדו להציג למשתמשים את זמינות התחנה - כאשר מנורה ירוקה סימנה שהתחנה פועלת 24 שעות ביממה, מנורה צהובה סימנה שהתחנה פועלת רק בשעות היום ומנורה אדומה סימנה שהפתח הוא ליציאה בלבד או שהתחנה אינה פועלת. כיום, לאחר הפעלת כרטיס המטרו קארד, בכניסה לתחנות נמצאות מנורות ירוקות המסמנות כניסה פעילה בכל שעות היום והלילה ומנורות אדומות המסמנות כניסות הפעילות בשעות היום בלבד או יציאות.
רציפים.
בשל המספר הרב של המסילות המשמשות מספר קווים, רציפים רבים משמשים למעשה קווים שונים רבים (בדומה לכמה מרציפי הרכבת התחתית של לונדון).
ישנם מספר מבני תחנות אופייניים: בתחנות בעלות שתי מסילות, ישנם רציפים הנמצאים בין שתי המסילות, או שני רציפים משני צידי התחנה, כאשר המסילות נמצאות במרכזה.
בתחנות בעלות 3 או 4 מסילות יהיו לרוב שני איי רציפים במרכז התחנה כאשר המסילות עוברות משני צדי הרציף, ואלה מקושרים ביניהם באמצעות גרמי מדרגות וגשרים העוברים מעל המסילות.
תחנות שבהן עוצרות רכבות מאספות בלבד יכללו שני רציפים משני צידי התחנה, כאשר במרכז התחנה יהיו 3 או 4 מסילות - שתי מסילות לרכבות מאספות בסמוך לרציפים, ומסילה פנימית אחת או שתי מסילות לרכבות המהירות שאינן עוצרות בתחנה. בתחנות רבות אין מעבר חופשי בין הרציפים, לכן על הנוסע להחליט על כיוון הנסיעה הדרוש טרם כניסתו לתחנה.
ישנן שלוש תחנות בלבד שבהן אי רציפים פנימי משרת את הרכבות המהירות, ואילו שני רציפים חיצוניים משרתים את הרכבות המאספות - וזאת על מנת למנוע מעבר נוסעים בין רכבות של אותו כיוון ולהגביל את מספר האנשים ברציפים, מפני שתחנות אלה נמצאות בקרבת תחנת גרנד סנטרל ותחנת אטלנטיק.
יצירות אמנות ועיטורים.
תחנות רבות מעוטרות באריחי קרמיקה - חלקם הותקנו בתחנות בשנת 1904 עת שנפתחו תחנות הרכבת הראשונות. מסורת זו נמשכה עם בניית תחנות נוספות, שעוטרו אף הן באריחים.
כמו כן מקושטות תחנות שונות בפסלים, פסיפסים וציורי קיר.
גישה לנכים.
מרבית תחנות הרכבת התחתית של ניו יורק אינן מאפשרות גישה לנכים בכיסאות גלגלים. מספר מועט של תחנות שנבנו בשנים האחרונות או שופצו בשנים האחרונות (בעיקר תחנות ראשיות) הותאמו לגישה לנכים בהתאם לתקן ADA.
בידור.
מאז שנת 1987 רשות התחבורה יזמה ומימנה את מיזם "מוזיקה מתחת לניו יורק" - תוכנית שבה מורשים מוזיקאים שונים לנגן בתחנות הרכבת התחתית. מדי שנה מגישים כ-70 מועמדים את מועמדותם לנגן בתחנות התחתיות ונערכים להם תחרויות מקדימות. כיום כ-100 נגנים וקבוצות מנגנים מדי שבוע ב-150 מופעים ב-25 תחנות שונות ברחבי הרכבת התחתית.
מלבד מופעים מורשים אלה (בתחנות המרכזיות) רשאי כל נוסע ברכבת לנגן בתחנות כרצונו, כל עוד אינו מפריע למעבר נוסעים אחרים.
שירותים.
מספר תאי השירותים הציבוריים ברחבי תחנות הרכבת התחתית מועט ביותר. שירותים ציבוריים מצויים בתחנות המרכזיות בלבד.
חנויות וקמעונאות.
בתחנות העיקריות ישנן חנויות המוכרות עיתונים ומזון מהיר. חנויות אלה מושכרות על ידי רשות התחבורה לשוכרים שונים.
סוגי הקרונות והרכבות.
מערכת הרכבת התחתית מפעילה קרונות משני סוגים. במחלקה A משתמשים בקרונות צרים יותר שבהם שלושה זוגות דלתות בכל צד של הקרון, כאשר לרוב בכל רכבת 11 קרונות. במחלקה B משתמשים בקרונות רחבים יותר בעלי ארבעה זוגות דלתות בכל צד, כאשר לרוב רכבות מורכבות מעשרה קרונות. רכבות הסעית (שאטל) המקשרות בין שתי תחנות יכולות לעיתים לכלול שני קרונות בלבד.
מערכת הרכבת התחתית כוללת למעלה מ-6,400 קרונות, ואורכן של הרכבות נע בין 46 ל-183 מטרים.
עלויות נסיעות.
מאז פתיחת הרכבת התחתית בשנת 1904 ועד איחוד המערכות השונות בשנת 1948 תעריף הנסיעה ברכבות התחתיות היה 5 סנטים. ב-1 ביולי 1948 הועלה המחיר ל-10 סנטים. עם הקמת רשות התחבורה של העיר ניו יורק ביולי 1953 הועלה המחיר ל-15 סנטים, והרשות הוציאה למכירה אסימונים במחיר זה, ובמהלך השנים המחיר עלה בהדרגה. עד ל-13 באפריל 2003 התשלום עבור הנסיעה ברכבת התחתית היה באמצעות אסימונים שנרכשו מקופות בתחנות השונות.
בשנת 1994 החל השימוש בכרטיס המטרוקרד הנמכר ממכונות מכירה בתחנות השונות. כרטיס זה יכול לכלול נסיעה אחת או מספר נסיעות. בעקבות הצלחת הכרטיסים בוטלה בשנת 2003 מכירת האסימונים. נכון ל-22 במרץ 2015 מחיר הנסיעה הוא 2.75 דולרים, כאשר נעשה שימוש במטרוקרד, ו-3.00 בכרטיס לנסיעת המשך (הכרטיס מוגבל לשעתיים).
תוכניות עתידיות.
תוכנית ההתרחבות המרכזית של מערכת הרכבת התחתית היא הקמת קו השדרה השנייה - קו שתכנונו החל בשנות ה-20 של המאה ה-20. עבודות הבנייה החלו בשנות ה-70 של המאה ה-20 והופסקו בעקבות משבר כלכלי שעברה העיר ניו יורק בשנות ה-80 של המאה ה-20. הקו החדש נפתח לציבור בינואר 2017.
בשנת 2003 התקשרה רשות התחבורה עם חברת סימנס להקמת מערכות שילוט דיגיטליות ב-158 תחנות אשר ידווחו על מועדי הגעת הרכבות.
באוגוסט 2006 הוכרז על תוכנית להקמת מערכות מיזוג אוויר בכל תחנות הרכבת התחתית.
הצפות של הרכבת התחתית.
מאז הקמת מערכת הרכבת התחתית, הייתה המערכת נתונה להצפות בעת סופות גשם. מים שחדרו למנהרות גרמו לקצרים במערכת המקבלת חשמל באמצעות קו חשמלי על קרקעית המנהרה. מאז שנת 1992 הושקעו למעלה מ-357 מיליון דולרים בשיפור מערכת 269 המשאבות. באוגוסט 2007 הוקצו 115 מיליון דולרים נוספים לשיפוץ מערכת המשאבות.
לקראת הוריקן סנדי ב-30 באוקטובר 2012 מערכת הרכבת התחתית נסגרה על פי צו משטרת ניו יורק. במהלך ההוריקן מנהרות המערכת הוצפו ונגרם נזק ניכר לתשתיות.
מפת הרכבת התחתית.