לפי החוקרים הדוגלים בגרסה המאוחרת ביותר, ראשיתו של יום הכיפורים מאוחרת מימי עזרא ונחמיה. החוקרים הדוגלים בכך מעגנים את גישתם במספר עדויות טקסטואליות, רובן מתוך התיאור המקראי עצמו. בין עדויות אלו, התיאור בספר נחמיה את מעשי העם בחודש תשרי, אשר מבליט את חג הסוכות ואת "יום הצום והתשובה" בכ"ד בחודש ולא מזכיר כלל את יום הכיפורים, היעדרותו של המועד מרשימת ימי הצום שבספר זכריה, ציונם של מועדי טיהור המוקדש בספר יחזקאל בתאריכים בחודש ניסן ומתאורים מקראיים נוספים.
החוקרים הדוגלים בקדמותו של יום הכיפורים טוענים בתגובה שחג הסוכות נזכר בספר נחמיה מפני מצוות העלייה לרגל והישיבה בסוכה, לעומת טקסי יום הכיפורים בהם העם אינו מצווה להשתתף, ושרשימת ימי הצום שבספר זכריה מכילה ימי זיכרון לאסונות לאומיים ולכן אינה אמורה לכלול את יום הכיפורים. עוד הם מציינים את אופיים העתיק של טקסי שילוח השעיר לעזאזל וטיהור ארון הברית.
חוקרים רבים מחזיקים בגישת ביניים, לפיה מסורת יום הכיפורים נבנתה בהדרגה. החוקרים המצדדים בעמדה זו מציינים כי דיני יום הכיפורים שבתורה אינם מצווים על השתתפות העם בטקסים, וטוענים כי רק חלק מהמנהגים – למשל, מנהגי הצום ואיסור המלאכה – החלו אחרי תקופת עזרא ונחמיה, ואילו המועד עצמו נחגג בימי קדם בטקסי טיהור בבית המקדש, בדומה ליום הכפרה הבבלי שכונה "כופורו". השפעות בבליות שונות על עם ישראל בתקופה זו, לצד נקודות הדמיון הרבות בין מנהגי יום הכפרה הבבלי ליום כיפור – בהן שימוש בשעיר לעזאזל, הוראות הטיהור של הכהן הגדול ועוד – העלו השערה שמקורם של מנהגים רבים של יום הכיפורים ממסורות בבליות. חלק מהחוקרים הזכירו את המשנה המספרת שביום הכיפורים היו הבתולות יוצאות לחולל בכרמים והבחורים היו בוחרים להם נשים מתוכן, והציעו שבעבר הרחוק היה יום הכיפורים יום של ששון ושמחה על טיהור המקדש. על פי חוקר המקרא שחר ענבר, הטקסט העוסק ביום הכיפורים בספר ויקרא בעל מספר מאפיינים חריגים, המעידים כי שולב בסיפורו של משה בשלב מאוחר בהרבה. הטקסט הקדום ביותר שנמצא המתייחס למסורת של מנהגי צום ואיסור מלאכה הוא מין המשנה.
מסורות מקבילות של טיהור וכפרה, בעלות קווי דמיון למאפייני יום הכיפורים נמצאו במסמכיהן ההיסטוריים של מספר תרבויות מין המזרח הקדום, וייתכן ויש בכך להעיד על מקורם המוקדם של מנהגים אלו. חוקר המקרא שחר ענבר הציע שמקור מנהג שעיר לעזאזל במסורות קדומות שמקורן פוליתאיסטי.
קביעת המועד בעשירי בחודש מוסברת על ידי ההפרש בין שנת שמש לשנת ירח שהוא כעשרה ימים.
טיבו של יום הכיפורים.
לפי התורה, מטרת יום הכיפורים היא:
במורה הנבוכים כותב הרמב"ם:
בניגוד לחגים אחרים אין במקרא תיאור של קיומו בממלכת ישראל או בממלכת יהודה, והחוקרים חלוקים מתי נוסד מוֹעד זה. יש המבדילים בין התענית (שאינה מוזכרת במקרא מחוץ לתורה) לבין יום הטיהור של המקדש. במגילת המקדש, יום הכיפורים נתפס כיום של טיהור המקדש. לפי ספר היובלים, יום הכיפורים הוא יום אבל שנועד לכפר על מכירת יוסף.
תשובה וכפרת חטאים.
רעיון התשובה מוזכר בתורה במספר מקומות, וספרי הנביאים מרחיבים עליו בפסוקים אין־מספר. יום הכיפורים על פי תפיסת חז"ל הוא היום המרכזי לסליחה, למחילה ולטהרה, שבו האל מוחל וסולח לעוונות עמו ישראל. כיוון שלהלכה אין מחילה ללא תשובה, מוקדש יום זה להתנקות ולהשתחררות מחטאים ומקיבעונות שליליים וכדי לקדם את תחילת השנה החדשה עם מצפון נקי ו"ראש שקט".
על פי חלק מהדעות בחז"ל, יום הכיפורים מאופיין באווירה טהורה, שכוחה יפה לטהר את האדם, גם מבלי שהאדם ישוב בתשובה. "עיצומו של יום מכפר". לכל הדעות, אין יום הכיפורים מכפר על עבירות שבין אדם לחברו אלא אם כן ביקש את מחילת חברו.
הוגים רבים דנו בשאלה הגדולה של התשובה, כיצד מעשה החטא שהאדם עשה יכול להתבטל ולהתפוגג כלא היה, אף שהדבר כבר נעשה, ולעיתים אף יש לו תוצאות ורישומים בעולם, אך ברור הוא שרעיון התשובה הוא רעיון יסודי ביהדות, הכרוך עם יום הכיפורים.
לדעתו של רבינו יונה בספרו שערי תשובה ישנה מצוות עשה מיוחדת ביום הכיפורים לשוב בתשובה, מצווה הנפרדת מהמצווה הכללית כל ימות השנה לשוב בתשובה, הוא מפרש כך את הפסוק "לפני ה', תתטהרו", כלומר, בעודכם לפני ה' היינו יום הכיפורים, אז תטהרו, שובו בתשובה.
קדושת היום.
יום הכיפורים נחשב ביהדות ליום הקדוש ביותר בשנה, זאת על סמך ההדגשה הרבה של מאפייני הקדושה של האל בתפילות היום והקדושה שבהתנתקות מהוויות העולם באיסור המלאכה ובצום. עם זאת, על פי ההלכה, השבת קדושה מיום הכיפורים. יש המביאים מקור לכך מתפילת השבת: "וקידשתו מכל הימים", כמו גם מכך שעונש חילול שבת (סקילה) חמור מעונש חילול יום הכיפורים (כרת), ומספר העולים לתורה בשבת גדול מביום הכיפורים (שבעה למול שישה). הרב עדין אבן ישראל טוען כי אף על פי שמבחינת ההלכה השבת אכן קדושה מיום הכיפורים, בפועל, העם היהודי לדורותיו ראה תמיד ביום הכיפורים את היום הקדוש ביותר בשנה.
יום הכיפורים בזמן המקדש.
יום כיפור לא מוזכר בתיאורי חנוכת בית המקדש על ידי שלמה המלך בחודש תשרי, שנחנך שבעת ימים, מח' בתשרי ועד ערב חג הסוכות, כולל יום הכיפורים. לדעת רבי יוחנן היה זה מפני שבאותה שנה לא קיימו את יום הכיפורים, החלטה שזכתה להסכמה משמים באמצעות בת קול. גם בתיאורים של הקמת המזבח על ידי יהושע בן יהוצדק וזרובבל בן שאלתיאל ושל קריאת התורה על ידי עזרא הסופר, שהתקימו בתשרי, מוזכרת חגיגת סוכות אך לא יום הכיפורים.
אופיו של יום הכיפורים בזמן המקדש נסוב ברובו סביב העבודה בבית המקדש. למעשה, במקרא מוצג יום זה כיום שבו מכפרים על המקדש מטומאות בני ישראל, ונראה כי כפרתם של בני ישראל נועדה "לנקות" אותם כדי לאפשר את המציאות שבה שוכנת נוכחות אלוהית תמידית בתוך עם שמטבע הדברים חוטא "וכיפר... וכן יעשה לאהל מועד השוכן אתם בתוך טומאותם".
ביום זה היה מונהג במקדש סדר יום מיוחד, שעיקרו היה התרת כניסתו של הכהן הגדול, שהותרה פעם אחת בלבד בשנה - אל תוך קודש הקודשים, המקום המקודש ביותר במקדש, שאליו נאסרה כניסה בכל ימות השנה. עבודת יום הכיפורים כוללת הקרבת קורבנות מיוחדים: מוקרב פר לחטאת ואיל לעולה, ומובאים שני שעירים שעליהם נערך גורל - שעיר אחד משולח לעזאזל ושעיר אחד מוקרב. את דם הפר ודם השעיר מזים לפני ארון הברית בקודש הקודשים ועל הפרוכת בהיכל. על הקרבנות מתוודה הכהן הגדול על עוונותיו, עוונות אחיו הכהנים, ועל עוונות עם ישראל.
כן כוללת העבודה הקטרת קטורת, שנעשית בקודש הקודשים. ביציאתו משם מתפלל הכהן תפילה קצרה על עם ישראל. הקטרת הקטורת ביום הכיפורים היוותה סלע מחלוקת בימי בית שני בין הפרושים והצדוקים, כאשר הצדוקים טענו שיש להקטיר את הקטורת קודם הכניסה לקודש הקודשים, כדי להיכנס לשם מלווים בענן, ואילו הפרושים טענו שיש להקטיר אותה רק בפנים. יש הקושרים ויכוח לכאורה טכני זה עם אמירות מהותיות, כגון השאלה האם יש לפנות אל האל בדעה צלולה או בערפל מיסטי, וכו'.
עבודת כהן גדול המיוחדת ליום הכיפורים נעשית בבגדי לבן - ארבעה בגדים פשוטים מבד, השונים מבגדיו הרגילים של הכהן הגדול, בגדי זהב, הכוללים ארבעה בגדים נוספים ומפוארים, שבו הוא עובד גם ביום זה את העבודות הרגילות. נראה שבגדי הלבן מסמלים עמידה של התבטלות בפני האלוהים, כהתאמה ליום זה של טהרה וכפרה, לעומת הפאר הרגיל שיש בעבודת מלך מלכי המלכים.
הכהן הגדול היה עורך את כל עבודות היום (כולל העבודות הרגילות). בין עבודה רגילה לעבודה המיוחדת ליום הכיפורים, הוא היה טובל במקוה ומחליף את בגדיו. בנוסף, הכנות רבות היו נערכות לפני יום הכיפורים (ביניהם, היה פורש מאשתו שבעה ימים קודם לכן) על מנת שיבוא מוכן כדבעי אל עבודת יום זה, במיוחד הקטרת הקטורת שנחשבת כ"עבודה קשה שבמקדש".
מקבילות בתרבויות האזור.
טקסי כפרה במזרח הקדמון מוכרים גם מהספרות האכדית. לשורש כפ"ר בעברית מקביל הפועל האכדי kuppuru המשמש בספרות האכדית בטקסים לפיוס האלים על ידי טיהור והרחקת הרע. בתעודה המפרטת את טקסי ראש השנה הבבלי, מתועד טיהור מקדשיהם של מרדוך ונבו ביום החמישי לחג, תוך שימוש בפגר כבש ובשילוב תפילה של הכהן הגדול בסוף היום. עם זאת, הדמיון ליום הכיפורים העברי כללי בלבד. כך למשל, בעוד התורה מחייבת את הכהן הגדול לבצע את כל עבודת היום בעצמו, התעודה הבבלית מטילה אותה על משרתי המקדש ואוסרת על הכהן הגדול לחזות בה, לבל יטמא.
ערב יום הכיפורים.
בערב יום הכיפורים, הוא ט' בתשרי, נהוגים מנהגים אחדים הקשורים בחג שבא מיד אחריו, יום הכיפורים. מנהגים אלה כוללים:
מצוות ומנהגים במהלך יום הכיפורים.
ליום הכיפורים מספר מאפיינים:
צום ותענית.
ביהדות, יום הכיפורים הוא יום צום ותענית. המצווה היסודית ביום זה, על פי ההלכה, היא עינוי הגוף, ככתוב בתורה:
במקרא לא פורטו עינויי הנפש של יום הכיפורים, אך חז"ל למדו שמדובר באיסור על חמשת עינוגי הגוף - אכילה ושתייה, רחיצה, סיכה בשמנים, יחסי מין, ונעילת נעלי עור - כיוון שעינוי יום הכיפורים הוזכר חמש פעמים במקרא. על פי חלק מהדעות רק אכילה ושתייה אסורות מן התורה, ושאר העינויים מקורם באיסור חכמים, אשר יכולים להקל בהם כאשר הנסיבות דורשות זאת.
שיעור האכילה האסורה ביום הכיפורים מהתורה הוא כותבת הגסה, והאוכל שיעור זה תוך כדי אכילת פרס עונשו כרת. שיעור השתייה האסורה להתחייב כרת הוא כמלוא לוגמיו. על פחות משיעורים אלו אין עונש כרת, אך עדיין אסור מהתורה לאכול ולשתות אפילו מעט.
מטרת הצום מבוארת בתורה, בפסוק הסמוך לציווי על העינוי: