"ספר פתרון תורה" הועתק בשנת 1328 על ידי יוסף בן שמואל, בעיר סמבאדגאן באיראן. בשנת 1978 זכה לתרגום על ידי פרופ אפרים א. אורבך. הספר כולל מדרשים ופירושים ומתפלסף נגד הקראות, הנצרות והאסלאם. הספר כולל מעשיות מוכרות ולא מוכרות ממקורות אחרים.
בשושלות השיעיות.
יהודי פרס סבלו רבות מצד קנאים שיעים שלא פעם ניסו להמיר אותם לדת האסלאם. רבות קרה שהמוסלמים סגרו את בתי-הכנסת ואילצו יהודים להיכנס להתפלל במסגדים תוך הצהרה בקול רם כי הם מאמינים בקוראן ובנביא מוחמד. יהודי פרס סבלו מחוקים מפלים רבים ושונים לאורך הדורות ובמיוחד בימי שלטון עבאס שאה הראשון (1629-1588) עבאס השני (1667-1642), ושאה צפי (1642-1629). בספר כתאב-י אנוסי (ספר האנוסים), מתאר המשורר באבאי בן לוטף מכאשאן את הרדיפות מהם סבלו יהודי איראן בין השנים 1613–1662, ובתוך כך את מקרי אניסת יהודים להמרת דתם, רצח, שדידה והתרוששות כלכלית. תוך תיאור הרבנים היהודים שידעו להגן ולהנהיג את קהילותיהם, לעיתים תוך מוות לשם קידוש השם. בספר כתאב-י סרגדשת-י כאשאן (ספר קורות כאשאן) מתאר באבאי בן פרהאד מכאשאן את הפלישה האפגאנית (1722–1730) ואת הרדיפות מהם סבלו היהודים. בין השנים 1501 ל-1736 הורע מצב היהודים באיראן לאחר שהשושלת הספווית השתלטה על איראן והשליטה את הזרם השיעי כדת המדינה, תוך עידוד פרעות אלימות נגד האוכלוסייה היהודית. בין יתר המנהגים השיעים שאומצו בשנים אלו בקרב העם בהתייחס ליהודים היה רעיון טומאתם של היהודים שיכולה לעבור למוסלמי. יהודים לא כובדו בחנויות של מוסלמים, נאסר עליהם לגעת במוסלמים, נאסרה עליהם הכניסה לבתי רחצה מוסלמים, נאסר עליהם ללכת ברחוב ביום גשום, נדרשו לתת כבוד למוסלמים ולהנמיך קומה, נאסר הלימוד בבתי ספר ממשלתיים והשיבה לצד מוסלמים.
עבאס שאה הראשון העביר אוכלוסיות גרוזיניות ומתוכם גם יהודים לאזור דרום הים הכספי, וזאת על מנת לפתח את האזור ובכלל זה את הערים פרח אבאד, מאזנדראן, דילמן, קזווין וגילאן. נאדר שאה מאוחר יותר העביר יהודים מאזורי קזווין, דילמן, גילאן ועוד לאזור משהד, על מנת לחזק את האזור ומינה את היהודים לשומרי אוצרותיו. יהודי גילאן דיברו בשפה הגילאכית, שלפי חוקרים מסוימים מהווה להג מסוים משפת מדי. יהודים מסוימים בישראל שעלו מאזור אפגניסטן עודם מדברים בשפה זו.
בימי עבאס השני גורשו יהודי אספהאן ורבים הוכרחו להמיר את דתם לאסלאם. תלמידי חכמים מקומיים שהתווכחו עם חכמים מוסלמים טענו כי אין טעם בהמרה באונס, כי הם תמיד ימשיכו להאמין בליבם בדת משה, סופם היה שהוצאו להורג. יהודי כאשאן סירבו לקבל את האסלאם גם אם דמם יישפך כנהרות. בסביבות שנת 1881 העלילו אנשי העיר על יהודייה כי הרגו ילד מוסלמי למטרות פולחן. המוסלמים שדדו, הרגו והשמידו כמעט את הקהילה כולה. לאחר שהתגלתה גופת אישה מוסלמית בבאר בחבל מאזנדראן הואשמו היהודים ברצח האחרונה. קנאים מוסלמים הגיעו לרובע היהודי, הרגו כל יהודי שנקרה בדרכם, נכנסו לבית-הכנסת והרגו את הרב ומתפללים, השחיתו ספרי תורה ושרפו את בית הכנסת כולו. לאחר מכן שרפו עוד שני בתי-כנסת. 100 משפחות יהודים התאסלמו וניצלו ממוות בטוח. בנוסף, לאור חוקי הקנאות הדתית היו יהודים שהמירו למראית עין לאסלאם והמשיכו לקיים את היהדות בסתר. בעוד אחרים עזבו את האזורים הקנאים דתית ועברו לבוכרה או אפגניסטן.
במהלך שנת 1743 התחוללה בבגדד מגפה שבה נספו יהודים רבים, כולל מנהיגי הדת, בשל כך פנתה הקהילה לקהילה היהודית בחלב בבקשה לקבל רבנים שינהיגו אותם במקום אלה שנהרגו. הרב צדקה בכור חוסיין מחלב החליט לנהל ועדה שבה הוחלט לשלוח לקהילה בבגדד את הרב שמואל לניאדו, שבעקבותיו החליטו להגר עוד 50 משפחות של מגורשי ספרד מחלב לעיראק ושחלקם הפכו לבית הדין של בגדד ובצרה, והנחילו בקרב יהודי בבל בפרט ויהודי עיראק כולה את הנוסח היהודי ספרדי, היהודים הספרדים הללו הביאו עמם מקורות רבניים ופיוטיים מחלב, מליבורנו, מסלוניקי ואף חיבורים עתיקים שנטען כי נכתבו עוד בספרד לפני גירוש ספרד. לפני המהלך הזה בשלהי המאה ה-18, יהודי בגדד היו מושפעים מיהדות פרס שתמכה בהם כלכלית ואילו מעתה ואילך היו משפיעים עליה.
בשנת 1747 התיישבו היהודים הראשונים בעיר הקדושה משהד. חמישים שנה לאחר מכן נחרבה קהילת תבריז. בשנת 1839 החל תהליך שבו אסלמו בכוח את יהודי משהד - רבים נרצחו ונפצעו בפרעות שנלוו לכך. התוקפים המוסלמים הרגו עשרות ועמדו לכלות את יהודי העיר, באמתלה שיהודי משהד לעגו לזכרו של חוסיין- האימאם השלישי של השיעים. כדי להינצל ממוות בטוח התאסלמו כל יהודי העיר. כמאה שנים חיו אנוסי משהד כמוסלמים כלפי חוץ וכיהודים בסתר. היהודים במשהד שמרו על יהדותם בסתר עד שנות ה-30 של המאה ה-20. כיום קהילה זו מפוזרת בין היתר בישראל, ארצות הברית, איטליה, גרמניה והממלכה המאוחדת.
עד עלייתו של רזא שאה לשלטון ב–1925 נחשבו היהודים טמאים (נג'ס), והחוק אסר על כל מגע ביניהם ובין המזונות של שכניהם. לקראת המאה ה-18 נגזר על היהודים מלעסוק עוד בסחר או בממכר מזון, ויהודי איראן, שנטלו עד אז חלק חשוב בסחר המזון והתבלינים שהתנהל בין הודו וסין לארצות אירופה וצפון אפריקה, נאלצו לחדול מעיסוקם בתוככי איראן. בתחום הייצור הצטמצמו היהודים בעיקר להכנת יין ושיכר, שלא הותרו למוסלמים על פי עקרונות דתם דבר שגרר לא פעם האשמות של השחתת היהודים את הנוער המוסלמי ועקב כך עילה לפרעות. חוקים מפלים אלו צמצמו את הקשרים בין היהודים לגויים ופגעו ביחסי השכנות בין שני העמים.על היהודים נאסר להחזיק מאפיות והם נאלצו לקנותו משכניהם המוסלמים. בניגוד למקובל אצל יהודי האסלם הסוני בכלל ויהדות מרוקו בפרט בהן היה נהוג לכבד את הגויים במגוון מטעמים מקוריים לרגל חגים, קפדנות מערכת הטאבו הפרסית לעומתם לא אפשרה מפגשים שכאלה בגלוי מחשש טומאה.
גם בטהראן לא זכו היהודים לחיים שקטים. ב-1897 הקיפו מוסלמי העיר את השכונה היהודית בעיר ובטענות שווא הכו רבים ואילצו אותם לשאת טלאי אדום על חזיהם. נציג כי״ח שהגיע לעיר שנה לאחר מכן נדהם לראות את היהודים האומללים נושאים טלאי ופנה לשלטונות. מאמציו לפני השלטונות כשלו עד שלבסוף הושגה פשרה- במקום טלאי נשאו היהודים את סמל המתכתי של כי״ח (יד אוחזת יד), כדי שאפשר יהיה לזהות אותם.
מאז אמצע המאה ה-19, עם יסוד התנועה הבהאית, יהודים רבים ובעיקר מאזור המדאן וכאשאן עברו לדת הבהאית, ממספר סיבות: (1) היחס הגרוע השנאה מצד המוסלמים והערבים ליהודים, בעוד הבהאאים נתפסו כאנשים מכובדים ונכבדים. (2) הציעו ליהודים שיהפכו לבהאאים ויתחתנו עם בההאים ובהאאיות כסף רב. לפני זה בתקופות העתיקות יותר ובקופת ראשית האסלאם אך גם לאורך כל הדורות וההיסטוריה הציעו ליהודים, ובמיוחד לצאצאי הכהנים והלווים, כסף ותכשיטים רבים לחתונתם. זאת בנוסף להבטחה לקידום והנהגה במעמד של בני מוחמד אם יתאסלמו, רבים מהם הסכימו, כשלרוב נדרשו יהודים אלו להינשא למוסלמית על-מנת להוכיח שאכן התאסלמו.
בעת החדשה.
לאחר ששלחו יהודי איראן מכתב בקשה לוועד שליחי הקהילות ולארמון המלוכה הבריטי בשנת 1871 בבקשה להקל על מעמדם המופלה לרעה באיראן. הצהיר נאצר אל דין שאה על כוונותיו לפרוס את חסותו תחת כל נתיניו ללא הפרשי מעמדות, דתות או אמונות. תקופה קצרה לאחר מכן הגיע הברון רוטשילד לביקור אצל נאצר אל דין בבקשה להשתדל למען היהודים באיראן. אל דין בתגובה העלה בפני רוטשילד את הרעיון:
בעקבות השיחות שופר מצב היהודים והוסכם על פתיחת בתי ספר של "כל ישראל חברים" באיראן. בשנת 1884 התבצע טבח ביהודי בארפורוש. בערך באותה התקופה החלה הגירה יהודית מאיראן לארץ ישראל, בערך בשנת 1884, במקביל לעלייה הראשונה מאירופה ולעליית אעלה בתמר מתימן. בשנות השלושים העלייה מאיראן התחזקה. עם השנים, לקראת סוף המאה ה-19, השתפר מצב היהודים במדינה, והם החלו לקבל זכויות בדרכם לאמנציפציה. בשנת 1898 נפתח בטהראן בית הספר של "כל ישראל חברים". זיקתם של יהודי פרס לארץ ישראל באה לידי ביטויים רבים. שלוחי ארץ ישראל פקדו מאז ומתמיד את איראן והתקבלו בהערצה, ויהודים מאיראן עלו לרגל לירושלים (קיבלו את התואר חג'). פעילות ציונית במובנה המודרני החלה בתחילת המאה ה-20.
במאה ה-20 ואילך.
בתקופת השושלת הפהלווית.