ההבדל בין אגנוסטיות קלאסית לפוסיבליאניזם נעוץ בכך שאגנוסטיות זו רק מציבה סימן שאלה ומניחה את חוסר היכולת של בני האדם לחקור קיום אלוהות באופן יעיל באמצעים פילוסופיים ולוגיים. הפוסיבליאניזם מציב סימן שאלה גם הוא, אך כן מקדם חקירה כזו (או לפחות מציג אותה כלגיטימית).
ביקורות אגנוסטיות לעומת ביקורת מן האתאיזם האגנוסטי.
ביקורת אגנוסטית רכה יותר על מושג האתאיזם בכללותו, מגיעה מאלו המגדירים עצמם "אתאיסטים אגנוסטיים", כלומר מי שמבחינה השקפתית אינם מגדירים עצמם כאתאיסטים גרידא אלא משלבים כביכול אגנוסטיות עם אתאיזם ואשר לדעתם, מצד אחד, ככל הנראה אין אלוהות, אך מצד שני, יש לדחות את הטענה המוחלטת כי בוודאי אין אלוהות. עם השקפה זו מזוהים ההוגים ברטראנד ראסל וריצ'רד דוקינס.
אקטיביסט האתאיזם ריצ'רד דוקינס טען כי הוא פונדמנטליסטי בעמדתו האתאיסטית כמעט כמו שכל נוצרי אוונגליסטי פונדמנטליסטי בעמדתו הנוצרית וכי ישנו הבדל בין דוגמטיות שמבוססת על אמונה מסוג דתי לבין אמונה שבסיסה ראיות מדעיות והוא שאדם דתי לא ישנה את דעתו גם אם ייחשף לראיות הסותרות אותה באופן מוחלט, בעוד שהחושב באופן מדעי כן ישנה את דעתו. בהזדמנויות מסוימות הגדיר דוקינס את עצמו כאגנוסטי. בספרו משנת 2006 "The GOD Delusion", הציע דוקינס להתייחס לשאלת קיום האל כאל היפותזה מדעית וטען כי הוא אגנוסטי כלפי אלוהים כמו שהוא אגנוסטי לגבי קיומן של פיות אם כי לא סיפק הגדרה למונח "אלוהים" בפסקה זו ואף התייחס מעט אחרת לקונספט האל הדאיסטי כמה דפים לפניכן ולאחר פרסום הספר.
ביקורת איגנוסטית.
חסידי האיגנוסטיות דוגלים באי קוגניטיביות תאולוגית, לפיה דיון על קיום האלוהות או על מהותה הוא בעייתי כיוון שלשיטתם המונח תמיד אינו מוגדר היטב ולא ניתן לתפישה במסגרת הקוגניציה האנושית. חסידי הזרם מבקרים את האתאיסטים (כמו גם את התאיסטים) בדיון על מושג עמום כמו "אלוהות" כאשר אף צד בוויכוח אינו מקדים את טיעוניו בניתוח מושגי ראוי למונח זה ואף לחלק מהמונחים הקשורים בו.
ביקורת דאיסטית.
דֶאִיזְם היא גישה הדוגלת בכך שהעולם נוצר כמערכת מכניסטית בכללותה על ידי ישות מטאפיזית, אולם ישות זו איננה מעורבת במציאות היום יומית ואינה אל אישי. בכך יש דמיון רב בין היחס המעשי של הדאיסטים והאתאיסטים לדת והשלכותיה על העולם. בדומה לאתאיזם, גם הדאיזם מתחלק לחלש וחזק (כלומר דוגל בגישה השערתית לעומת גישה אמונית). דאיסטים חזקים מאמינים כי קיימת מציאות מטאפיזית שטבעה אינו ברור ואשר ממנה נבעה המציאות הפיזיקלית המוכרת לפחות במצבה הראשוני וכי אין סיבות טובות להניח כי אותה מציאות מטאפיזית קדמונית היא למעשה אל אישי המתערב תדיר או בכלל במציאותנו. גרסה מתונה יותר של דאיזם היא דאיזם אגנוסטי אשר אינו קובע נחרצות קיום "אלוהות" כזו אלא מציע שאם קיימת אלוהות, סביר שהיא כזו, ומעצם היותה אפאתית לכאורה, אין זה סביר שבני האדם יוכלו להכיר את טבעה והיא לעד תישאר "מסתורין שבבסיס היקום".
לפי חלק מהדאיסטים, השימוש של כלל האתאיסטים במונח "אלוהים" כוללני מדי ואתאיזם אינו בהכרח סותר את הטענה לקיום מציאות ראשונית-נצחית שבראה את היקום אך איננה מתערבת בנעשה בו, לפחות לא באופן המפר את חוקי הפיזיקה והלוגיקה המדויקים ובפרט כאשר התערבות כזו איננה גלויה, ולכן אין טעם לדחות מראש כל רעיון אלוהי, גם כזה שהאתאיסט טרם נחשף אליו.
הגות כללית.
אדמונד ברק טען כי "האדם בהרכבו הוא חיה דתית" וכי האתאיזם (כאשר הכוונה לאתאיזם אנטיתאיסטי) הולך נגד האינסטינקט האנושי הזה. לפי דעה, ביקורת זו משתמשת בפנייה אל הטבע. יצוין גם כי אתאיזם אינו בהכרח כולל חוסר דת וייתכנו גם אתאיסטים הנמנים עם דתות שאינן מחייבות אמונה באל אישי או "אלוהות" כל שהיא. טענתו של ברק קיבלה אישוש במחקרי האוניברסליות האנושית, שמצאו שלא קיימת ולו תרבות אנושית אחת שאין בה דת. כמו כן, חוקרים מתחום הפסיכולוגיה החיובית דיווחו על מתאם חיובי בין אמונות רוחניות שונות לבין אושרו של הפרט בתרבות המערב. על פי גישה זו, האתאיזם פסול מפני שהוא מביא סבל לאוחזים בו.
האפולוגט הנוצרי מאט סליק ביקר טענתם של אתאיסטים מסוימים לפיה יש לסווג תינוקות אשר לראשונה חווים תודעה כ"אתאיסטים". לפי סליק, תינוקות אלה שרויים במצב של אגנוסטיות כלפי המציאות אותה הם חווים ואינם בעלי עמדה אתאיסטית מגובשת (כלומר, בעלת הגדרה ואי אילו מאפיינים משניים). סליק מוסיף לטעון כי אין בסיס לטענה שאמונה באלוהים חייבת להיות מודעת וכי אפילו אם בני אדם היו מחווטים (hard wired) או מיועדים להאמין שאין (או שיש) אלוהות, לא היה זה משנה ולו בזעיר אנפין בשאלה אם קיימת אלוהות או לאו.
הפילוסוף משה רט נתן ביקורת על שימושם של אתאיסטים מסוימים בכלי ניתוח המידע תער אוקאם, להצדקת אתאיזם. לפי רט, העקרונות שבבסיס הכלי כגון "אין להרבות ישויות שלא לצורך" או "כל ישות היא בחזקת בלתי קיימת עד שלא יוכח אחרת" אינם מהווים עקרונות לוגיים ואינם ניתנים להנמקה, אלא מבטאים אינטואיציות ושיקולים פרגמטיים בלבד כאשר השאלה מה נחשב “שלא לצורך” היא עניין של נקודת מוצא סובייקטיבית, ושאם הולכים איתה עד הסוף המסקנה המתבקשת היא לא אתאיזם אלא סוליפסיזם. רט הוסיף כי האלגנטיות אליה חותר הכלי, איננה תמיד רלוונטית שכן בפועל לא כל תהליך או מערכת שניתן לייצג בשפה יהיו אלגנטיים. רט גורס את התער ככלי פילוסופי יעיל אך מוגבל, אשר כוחו יפה לתאר רק את מה שבהכרח קיים, להבדיל ממה שלא בהכרח קיים (אבל עשוי להיות קיים); קרי, אם אפשר להסביר תופעה גם ב-4 ישויות אך גם ב-3 ישויות, זה מעיד כי לפחות 3 הישויות הראשונות וודאי הכרחיות, כאשר הרביעית עדיין עשויה להיות קיימת, ויש להותיר אותה לפחות במעמד של ספק, ולא להניח שברירת המחדל היא אי-קיומה רק משום שהיא אינה הכרחית.
ביקורות תאיסטיות אודות מהות האתאיזם.
כותבים תאיסטיים מסוימים טענו כי העמדה האתאיסטית (בפרט בצורתה האמונית של אתאיזם חזק) היא פונדמנטליסטית בעצמה, או בבחינת "דת חדשה".
ביקורות תאיסטיות אברהמיות.
לאורך רוב ההיסטוריה של הדתות האברהמיות (יהדות, נצרות, ואסלאם) שלילת האלוהים הוגדרה ככפירה ואתאיזם מוצהר גרר רדיפה. רעיונות אתאיסטים נתפשו כבלתי לגיטימיים מיסודם ולכן הסמכויות הדתיות לא הרבו לכתוב עליהם או להתווכח איתם עד עידן הנאורות. אם הייתה ביקורת, סביר שלא כללה את המונח "אתאיזם". הרמב"ם, למשל, הכליל את הטוענים לאי קיום אלוהים כ"מינים", ופסק ש"אין להן חלק לעולם הבא, אלא נכרתין ואובדין, ונידונין על גודל רשעם וחטאתם, לעולם ולעולמי עולמים".
במיעוט מזרמי הנצרות, ברוב זרמי האסלאם וכן ביהדות הקדומה, כפירה באלוהי ישראל בצורה של עבודת אלוהים אחרים הוגדרה כחטא חמור שדינו מוות (כמו למשל בסקילה). במאות ה-16 וה-17 באירופה, המילה 'אתאיסט' עדיין הייתה כינוי גנאי בפולמוסים דתיים, ואף אדם לא כינה כך את עצמו. בעיקר החל מן המאה ה-18, הפכו זרמים מודרניים נפוצים של הדתות האברהמיות (בפרט של היהדות והנצרות ובפרט הרפורמיים) לבעלי גישה מתונה יותר והם מקיימים שיח אקטיבי עם התנועה האתאיסטית, למשל בצורה של דיבייטים.
בספר תהלים מופיע המשפט "לַמְנַצֵּחַ לְדָוִד אָמַר נָבָל בְּלִבּוֹ אֵין אֱלֹהִים" אך פסוק זה אינו נחשב לביקורת שכן המחבר המקראי אינו מסביר מדוע לדעתו אתאיזם קשור בנבלות.
ישעיהו ליבוביץ טען כי פסוק א' בספר בראשית מהווה שלילה של האתאיזם. לפי מיכה גודמן, הרב קוק ראה בתפיסותיה החילוניות (אתאיסטיות) של הציונות חלק באבולוציה הרעיונית של היהדות, כזה שאמור דווקא לחשל את הדת.
המתמטיקאי והפילוסוף בלז פסקל הציג את העמדה האתאיסטית כמאפשרת חשיבה פורייה, אך ככזו שלא מאפשרת ביקורת-עצמית אודותה, באומרו: "האתאיזם מביא עמו חשיבה איתנה, אך עד לנקודה מסוימת". פסקל טען כי ניתן להתייחס לשאלת קיום האלוהים (כפי שהוא מוצג בנצרות) גם כבעיית ניתוח סיכון-תועלת רציונלי. פסקל הציע להעמיד את ההסתברות לקיום האל לעומת התגמול או העונש שיקבל האדם אם ההימור יצליח. פסקל טוען כי גם אם ההסתברות לקיום האל היא נמוכה עדיין כדאי להאמין באל (ולהיות נוצרי), מכיוון שהתגמול או העונש הם לנצח. זאת לעומת העדר תגמול, לטוב ולרע אם אין אלוהים. כלומר, תחת תוחלת אינסופית האמונה באלוהים משתלמת. ההימור של פסקל כפוף לתורת הגמול, ולכן, גם לא-נוצרים (כגון יהודים, מוסלמים, בני דתות אחרות או בעלי השקפות פילוסופיות שונות) שעמדותיהם בנושא התגמול דומות, עשויים לעשות שימוש בגרסה מסוימת של טיעון זה. יש לכך מספר דוגמאות, בסופיזם, באסלאם ועוד. וולטר, שהיה דאיסט, ביקר את הטענה כי ההימור מוכיח קיום אלוהים באומרו "האינטרס להאמין בקיומו של דבר מה אינו מוכיח את קיומו".
ביקורת תאיסטיות אחרות.
המלתאיזם הוא גישה פילוסופיות המציעה כי אם ישנה אלוהות שתכננה את היקום וחוקיותו, אלוהות זו היא רעה במובן האנושי של המושג "רוע" והיא בראה את היקום, את המין האנושי ואולי גם צורות חיים אחרות בפלנטות אחרות, לשם שעשוע אכזרי. גישה זו מבקרת האתאיזם בטענה שאין צורך באתאיזם דווקא להסביר את בעיית הרוע (בה מצדדים פילוסופים אתאיסטיים ואחרים) והיא דוגמה נוספת לתרץ את הבעיה מתוך התאיזם עצמו (לצד הסברים תאיסטיים ואחרים המדברים למשל על תורת הגמול).
אין לבלבל גישת המלתאיזם עם גישת ה"אלוהות מועטת יכולות" (impotent god) לפיה ישנה אלוהות שהביאה להיווצרות יקום ראשוני שהתפתח ליקום הנצפה כיום אך מסיבה אחת או יותר איננה יכולה לשלוט על היקום הנוכחי ולמנוע בו סבל.