יוליאנוס לא הסתפק במאבק אינטלקטואלי ופרוצדורלי בנצרות, אלא שאף ליצור מערכת דתית פאגאנית שתחליף את מקום הנצרות באימפריה. הוא מינה את עצמו לתפקיד הכהן העליון (פונטיפקס מקסימוס), ולכל פרובינקיה מינה כהן ראשי במטרה ליצור מערך דתי היררכי אחיד לכל האימפריה. הוא חיקה את דרך הנוצרים בטיפול בעניים ובחולים וביצירת ארגוני צדקה. לא ברור האם יוליאנוס הצליח להוציא את תוכניתו לפועל, ובאופן אירוני הסתמכותו על המבנה של הדת הנוצרית כבסיס למערכת הדתית "המחודשת" לא זכתה לתמיכה בקרב חסידי הפאגניות. אנשי הדת שהוא מינה לא הצליחו בזמן הקצר יחסית בין מינויים למות הקיסר, לאסוף תמיכה וסמכות מול המעמד המבוסס של אנשי הדת הנוצרית. ה"חיילים" במלחמתו של יוליאנוס להשבת התרבות ההלניסטית ופולחן פאגאני היו אנשי הדת מחוץ לעיר הבירה ובתוך הפרובינקיות וערי המחוז. הם היו מינויים ישירים של יוליאנוס, וקיבלו הנחיות ישירות מהקיסר במכתבים בהם הוא העלה את דעותיו בנוגע לדרכים שבהן אמורים לפעול. במכתב המיועד לכוהן העליון של הפרובינקיה גלטיה הוא קובע: "העובדה שההלניזם עדיין לא פורח כפי שראוי היא אשמת המטיפים", ומצווה על הדרכים שיש לנקוט על מנת לקדם את ההלניזם בפרובינקיה - מול המעמד האיתן של הנצרות, הכוהנים של גלטיה מצווים ללפעול על ידי דוגמה אישית ומעשים בפומבי על מנת לגבור על הנוצרים במגרשם הביתי ובעיקר לפתח ולטפח מוסדות צדקה שיתחרו על לב האוכלוסייה. יוליאנוס הקדיש לצורך זה כספים ומשאבים של חיטה ויין: .
יוליאנוס באנטיוכיה.
במחצית השנייה של 362 יצא יוליאנוס מקונסטנטינופול וקבע את מקום מושבו באנטיוכיה (אנטקיה), ככל הנראה במטרה להכין את המערכה כנגד האימפריה הסאסאנית, אך גם מתוך רצון לחזק את המערכה שלו להחזרת התרבות ההלניסטית. אנטיוכיה הייתה מרכז שלטוני עבור הפרובינקיות המזרחיות, ועיר מרכזית בחזונו של יוליאנוס, ששאף להפוך אותה ל"עיר של שיש" כדוגמת רומא של אוגוסטוס. הוא מינה את דודו לתפקיד קומיס אוריאנטיס (Comes Orientis) באנטיוכיה, והורה לו לבנות מחדש את מקדש אפולו שבפאתי העיר, הידוע גם כדפנה . המסע של השיירה הקיסרית לאורכה של אסיה הקטנה נתן לקיסר את ההזדמנות לבחון את ההתקדמות של הרפורמות שהשיק מכלי ראשון, והמראה היה מעורר מחשבה. הערים המרכזיות, שהיו אמורות להיות המקום בו יתממשו הרפורמות - ובראשן החזרת העטרת של הפולחן הפאגאני ליושנה- לא הצליחו להביא לתוצאות שיוליאנוס ציפה להן כתוצאה של מאבקי כוח בקרב הביורוקרטיה והתנגדות עיקשת של הכנסייה הנוצרית. יוליאנוס ביקר בעיר פסינוס , מרכז הפולחן של האלה קיבלה, וגילה שהמקדש שלה הוזנח על ידי הקהילה, והיה נתון לתקיפות חוזרות ונשנות על ידי נוצרים. גם מצבם של המקדשים בעיר קייסרי (קיסריה שבקפדוקיה) התגלה כקשה, והמיעוט הפאגאני היה תחת מתקפות חוזרות ונשנות של נוצרים. בקייסרי פעל יוליאנוס ישירות כנגד העיר ושינה את מעמדה המנהלתי - שינוי שהיו לו משמעויות כספיות משמעותיות. מהלך זה שיקף את הקשיים שביישום הרפורמות ההלניסטיות של יוליאנוס, שבסיכומו של דבר הייתה תהליך לעומתי ומפריע למהלך ולתהליך ההיסטורי שלאורכו צעדה האימפריה - גם במקומות בהם ההתנגדות הנוצרית לא הייתה משמעותית.
יוליאנוס הגיע לשערי אנטיוכיה ביום 18 ביולי, בזמן פסטיבל לכבודו של האל אדוניס. בעיר, שסבלה באותה עת מבצורת ומחסור במזון, ציפו התושבים לחגיגות בהשתתפות הציבור ומופעי בידור, אולם יוליאנוס תכנן טקסי דת במקדשים, ששיאם הקרבת קורבנות במספרים גדולים.
בניגוד לציפיות של יוליאנוס ובניגוד לתמונה שראה בעיני רוחו, תושבי אנטיוכיה ראו בנצרות דת המייצגת את רגשותיהם הדתיים, וראו בקונסטנטיוס השני ובבית קונסטנטינוס מקור ובסיס לנאמנות השלטונית שלהם. תושבי אנטיוכיה סירבו הלכה למעשה לאמץ את הרפורמות, והאשימו את יוליאנוס בהפיכת סדרי עולם. הם ראו בו מהפכן ומורד כפי שיוליאנוס ראה את קונסטנטינוס והמקדש החדש של אפולו שיוליאנוס קידש הפך לסלע המריבה.
באוגוסט ירד יוליאנוס מביקור במקדש זאוס בהר קל על מנת להשתתף בפסטיבל השנתי מתוך ציפייה ל"זבחים, חגיגות, ריקודים לכבוד האלים, קטורת, וקהל של אנשים צעירים סביב המקדש לבושים במחלצות לבן", אך גילה כהן אחד לבדו במקדש מקריב אווז אחד ממשק ביתו. יוליאנוס פירש את האירוע כהצהרה של שלטונות אנטיוכיה כנגד הרפורמות שלו והצהרה כי מעשיו ונוכחותו אינם רצויים. הוא הרצה לפקידי הממשל של העיר על חובתם לאפשר לכוהני הדת לנהל את הטקסים הדתיים. הצעד הבא של יוליאנוס היה ניסיון לבסס מחדש את פולחן אפולו כמרכז של האורקל המקומי בדפנה. מרכזים אלו שבהם, לכאורה, האל "אמר את דברו" היו למעשה הבסיס לסמכות הדתית על מערכות השלטון והחיים האזרחיים. לצורך זה הוא הורה על פירוק קברו וסילוק גופתו של הקדוש הנוצרי המקומי בבילס מאנטיוכיה . על פי ההיסטוריונים בני התקופה, משבא יוליאנוס להוועץ באורקל של אפולו הוא לא קיבל תשובה לשאלתו, ונאמר לו שהקדוש הנוצרי מרעיל את האווירה ומונע מהאורקל מלחזות את העתיד. המאוזוליאום על קברו של הקדוש הנוצרי הוקם על ידי הקיסר גאלוס, בטקס דתי שנערך בפעם הראשונה בהיסטוריה, ובמהלכו הוצאה גופתו של הקדוש מקברה ונקברה מחדש בדפנה בצמוד למקדש אפולו במטרה ברורה להילחם ולהשבית את הטקסים הפאגניים במקום. הקהילה הנוצרית הוציאה את גופתו של הקדוש מקברו, אבל טקס הקבורה מחדש של השיירים במקום הקבורה המקורי היה טקס של קריאת תגר על הקיסר הפגאני מחד גיסא ומאידך גיסא היה הפגנה של סולידריות של הקהילה והעיר מאחרי הדת הנוצרית. היחסים בין הקהילות ובין הקיסר ותושבי העיר הגיעו לסף רתיחה, ששיאה הגיע כאשר שריפה מסתורית שפרצה ביום 22 באוקטובר כילתה את הגג ואת הפסל של מקדש אפולו בדפנה. הנוצרים ראו בשרפה יד אלוהים ועונש על השפלת הקדוש ויוליאנוס ראה בשרפה מעשה זדון מכוון כנגדו. הוא הורה על סדרת צעדי עונשין כנגד הקהילה הנוצרית. הכנסיות הראשיות נסגרו, נכסיהן הוחרמו ויוליאנוס הפך באופן סופי לדמות השליט הרודף והמדכא.
במקביל לעימותים על רקע דתי, שהביאו לאלימות ברחובות ערי המזרח, התמודדו תושבי אנטיוכיה עם בצורת שהביאה למחסור חריף במזון, שהוחמר על ידי מניפולציות של סוחרים עשירים ובעלי הון בעיר, שסיפסרו במוצרי מזון בסיסיים על מנת להשיג את מירב הרווח הכספי ממצוקתם של אזרחי העיר. תחילה ניסה יוליאנוס לשכנע את עשירי העיר שלא לעשות את המשבר למקור רווח ולאחר שלושה חודשים בהם לא נמצא פתרון למשבר ובהם סיפסרו פרנסי העיר במזון החל יוליאנוס להוציא צווים המורים על פיקוח על מחירים, ובמקביל הורה על הבאת מצרכי מזון בסיסיים אל תוך העיר ממחסני המדינה והסיט משלוחי מזון מאלכסנדריה אל אנטיוכיה. מאמצים אלו לא הצליחו לתקן את המעוות מאחר שאחת הסיבות העיקריות למחסור במזון הייתה התכנסות יחידות צבאיות סביב אנטיוכיה כהכנה למסע המלחמה המתוכנן כנגד האימפריה הסאסאנית. גורם זה, שהמשאבים שהועמדו לרשותו היו גדולים יותר משעמדו לרשות אזרחי העיר, הביא להגדלת הדרישה לסחורות ומזון ומנע ירידה של ממש במחירים. המראה של חיילים שבעים ומטופחים ברחובות העיר היה לצנינים בעיני תושבי אנטיוכיה שהתקשו למצוא מזון. כך התמוססו כוונותיו הטובות של יוליאנוס וצעדים שנועדו לקדם חוק וסדר לא הצליחו להביא לפתרון, כאשר עצם נוכחות הקיסר וצבאו והתערבותם בחיי העיר הביאו למתיחות ועימותים קשים.
ביום 1 בינואר 363 הפך יוליאנוס לקונסול בפעם הרביעית. הטקס והחגיגות הציבוריות התעמעמו על ידי מותו של אחד הכוהנים הבחירים בפמליית הקיסר. מותו הביא את יוליאנוס לכדי הפגנת אבלות מופגנת בפומבי - התנהגות שנתפסה כלא מכובדת ופגעה בתדמיתו הציבורית. ראש השנה היה פסטיבל בו הותר לאזרחים לומר את אשר על ליבם ולמתוח ביקורת (במידה) על השלטון והקיסר. אזרחי אנטיוכיה, שקצה נפשם ביוליאנוס, ניצלו את ההזדמנות ללעוג לקיסר וכיוונו את חיצי הלעג למראהו החיצוני, לזקנו, למנהגיו ולהתנהגותו המוזרה והלא-מקובלת. בתגובה תלה יוליאנוס על קירות הארמון טקסט סאטירי בשם מיסופוגון ("שינאת הזקן") בו הוא לועג במרירות לאוכלוסיית העיר אנטיוכיה, למועצת העיר ולפרנסיה.
מערכה בפרס.
הסיבה הראשונית לבואו של יוליאנוס לאנטיוכיה הייתה הכנת מסע מלחמה לכיבוש האימפריה הסאסאנית, כיבוש שבסופו אמור היה יוליאנוס להוריד את השליט שאפור השני מכסאו ולהמליך תחתיו את גיסו - הנסיך הסאסאני הורמיזד.
רקע והכנות.