במסגרת תוכנית מתאר מקומית 2000 ירושלים שהוצגה בפני הציבור בשנת 2004 הוקדשו פרקים לשימור אתרים ולטיפוח אתרי טבע עירוני. במסגרת זאת, העירייה ביקשה לנסח מדיניות אקולוגית כלל עירונית ובתהליך ארוך ומעמיק הפיקה מסמך שכזה. על מנת להבין את ערכם של שטחי הטבע העירוני בעיר כמכלול וערכו של כל אתר ביחס לאחר, סווגו ומופו כלל השטחים הפתוחים ונבחנו על פי קריטריונים, כאשר לכל קריטריון ניתן ציון על פי חשיבותו.
לדוגמה, הקריטריונים – 'קישוריות' האתר לאתרים אחרים ו'מספר תצורות הצומח הנדירות' באתר קיבלו ניקוד גבוה יותר ממיקום האתר בעיר.
מתוך הממצאים, האתרים וסווגו ל-3 רמות פיתוח: אזור לשימור, אזור חיץ, ואזור מוטה פיתוח. בהתאם לכך נקבעו הנחיות התנהלות העיר באתרים. לדוגמה, קליטת קהל לא תתאפשר באזורים לשימור מלבד שבילים למעבר הולכי רגל, באזורי חיץ תתאפשר קליטת קהל בהתאם לגודלם ומיקומם ובאזורים מוטי הפיתוח, תתקיים קליטת קהל אינטנסיבית. נערך סקר מקיף שבמהלכו הוקם מסד נתונים של כ 150 אתרים. מתוך רשימת האתרים במסד הנתונים, נבחרו 5 אזורים לגביהם נקבע כי הם בעלי חשיבות וראויים להיכלל במסגרת ההגדרה של אתר טבע עירוני מחד ותוכנית המתאר מאידך. תוכנית המתאר קובעת הנחיות מפורטות המתוות דרכים להפעלת האתרים ולשמירת המגוון הביולוגי בשטחם. 15 אתרים נוספים הוגדרו "ייחודיים" ולגביהם ניתנו "הנחיות כלליות" האמורות להסדיר "פיתוח מבוקר".
בנוסף, בחנה העירייה את עצמה על פי מדד סינגפור, המעודד מעקב שוטף ומתעסק רבות בדרכי העלאת המודעות הציבורית בנושא, חינוך, קשרים בין-עירוניים ובינלאומיים והקצאת משאבים.
ארגונים ירוקים ובראשותם החברה להגנת הטבע מנהלים רשימה מקבילה, רחבה יותר של אתרי טבע עירוני ובראשם התחנה לחקר ציפורי ירושלים.
בריכת ממילא ובית הקברות.
בריכת ממילא היא בריכת אגירה בירושלים, הממוקמת במזרחו של גן העצמאות, בתחומו של בית הקברות ממילא בין רחוב הלל לרחוב אגרון. חלק מהבריכה בנוי וחלק ממנה חצוב בסלע. הבריכה היא בגודל 97×65 מטר ועומקה המרבי הוא 6.6 מטרים. למרות ניתוקה של הבריכה מאגן ההיקוות הטבעי שלה, בימי החורף מתנקזים אל הבריכה מי גשמים מועטים, ויוצרים שלולית חורף בכמחצית משטח קרקעית הבריכה. זוהי שלולית החורף היחידה באזור ירושלים. המערכת האקולוגית שמתקיימת בכל חורף בבריכה כוללת סרטנים זעירים, אצות וקרפדות, שמתעוררים לחיים עם הצפת השלולית.
גבעת התנ"ך.
גבעת התנ"ך היא גבעה חשופה מעל החאן הירושלמי מול תחנת הרכבת ירושלים. הגבעה נמצאת על קו פרשת המים של ירושלים - מצד אחד עמק רפאים הזורם לים התיכון ומצד שני גיא בן הינום ונחל קדרון הזורמים לים המלח. במורד הגבעה נמצאת כנסיית סנט אנדרוז הצופה לעבר גיא בן הינום והר ציון. הגבעה היא אחת משש הכיפות האחרונות שנותרו ללא בנייה בעיר. על אף שטחה המצומצם, הגבעה מתמלאת בפריחה צפופה בעונות המעבר- בסתיו נמצא בה בעיקר את הפרח בן-חצב סתווני וריכוז מרשים של חצבים. באביב הגבעה מתכסה במרבדי כלניות ונוריות ירושלים. בחורף ניתן לחזות במעבר עופות דורסים ועופות דואים אחרים מעל הגבעה וכן במספר חוגלות הנוחתות לביקור.
יש הסוברים כי זהו ההר המוזכר בספר יהושע (טו ח) בהקשר לגבולות נחלת שבט יהודה: "וְעָלָה הַגְּבוּל גֵּי בֶן-הִנֹּם, אֶל-כֶּתֶף הַיְבוּסִי מִנֶּגֶב--הִיא, יְרוּשָׁלִָם; וְעָלָה הַגְּבוּל אֶל-רֹאשׁ הָהָר, אֲשֶׁר עַל-פְּנֵי גֵי-הִנֹּם יָמָּה, אֲשֶׁר בִּקְצֵה עֵמֶק-רְפָאִים, צָפוֹנָה."
הגבעה ממוקמת בקואורדינטות
עמק הצבאים.
עמק הצבאים, שנקרא עד 2005 בשם 'עמק פרי הר', הוא עמק פתוח המשתרע על שטח של כ-200 דונם בלב ירושלים, בין שכונת גבעת מרדכי, צומת פת וכביש בגין. הוא קרוי עמק הצבאים על שם עדרי הצבאים שחיו בו, מהם נותרה (נכון לאפריל 2015) צביה אחת, אשר אליה התווספו כמה צבאים מיובאים מגני חי ברחבי ישראל. במשך שנים נקרא עמק הצבאים בשם 'עמק פרי הר' על שם האגודה החקלאית של הקיבוצים מעלה החמישה וקריית ענבים, אשר חכרו את הקרקע ממינהל מקרקעי ישראל. הקרקע שימשה את הקיבוצים למטרות חקלאיות, עד שהשימוש החקלאי בה הפך לא כדאי מבחינה כלכלית.
ניתוק העמק על ידי כביש בגין ושאר הכבישים המרכזיים שסביבו יצר מעין מכלאת ענק בה התקיימו הצבאים בתנאים קשים. רבים מהם מצאו את מותם תחת גלגלי מכוניות, נטרפו על ידי תנים וכלבים משוטטים וגם נלקחו על ידי מבקרים. תוכניות בנייה שהוגשו על ידי הקיבוצים החל משנות ה-90 של המאה ה-20 עוררו התנגדות והביאו להתארגנות של תושבים וגופים חברתיים וסביבתיים. בעקבות ההתנגדות העזה בוטלה התוכנית והעמק הוכר כאתר המיועד לאתר טבע עירוני. מלבד הצבאים מקיים העמק מגוון ביולוגי הכולל מגוון מערכות צומח, מכרסמים, זוחלים וטורפים.
נחל זמרי.
נַחַל זִמְרִי הוא נחל אכזב בצפון ירושלים, המתחיל ברום של 750 מטרים מעל פני הים. הנחל עובר בתוך שכונת פסגת זאב, תוך שהוא חוצץ בין פסגת זאב מרכז (מצפון) ובין פסגת זאב מזרח (מדרום), ומתחבר מזרחה לאפיק נחל פרת. בנחל מתקיימת פעילות קהילתית ענפה שמטרתה לקדם את השמירה על השטחים הפתוחים שבפסגת זאב ולקרב את התושבים אל הטבע שנמצא מתחת לבית. בעתיד יוקם במקום פארק טבע עירוני השני בירושלים אחרי עמק הצבאים.
נחל זמרי נמצא בין ההר למדבר, והמערכת האקולוגית בתחומו עשירה בערכי טבע שחלקם ייחודים ואף בסכנת הכחדה. סקר הטבע העירוני האחרון שבוצע בנחל זמרי והאתרים הסמוכים יער מיר ויער ענתות (יער ענתא) התקיים בשנת 2010. מאז לא התקיימו סקרים עקביים ומקיפים בשטח. בשנת 2019 התקיים סקר טבע לקראת הקמת פארק טבע עירוני נחל זמרי, ובו תועדה אוכלוסיית צבאים מרשימה, ומיני צומח וציפורים מגוונים. בשנת 2020 ביוזמת תושבי השכונה ובשיתוף עם רשות הטבע והגנים התקיימה ספירת צבאים מקיפה בנחל זמרי ויער ענתות המחוברים, בסקר תועדה אוכלוסיית צבאים גדולה.
בעבר נחל זמרי היה חלק מרצועת שטחים פתוחים המקיפה את פסגת זאב ומתחברת לפרוזדור האקולוגי המזרחי ולמדבר יהודה ממזרח. מאז תחילת המאה ה-21, נחל זמרי נותק ממדבר יהודה על ידי בניית מכשול קו התפר, ובכך גם הופרד מיער מיר הנמצא מצפון. כתוצאה מכך הופרדו עדרי הצבאים מבתי הגידול הסמוכים ואלו שנותרו בנחל זמרי נותרו 'כלואים' בתא השטח הכולל את נחל זמרי ויער ענתות. כיום אוכלוסיית הצבאים בריאה, אך בעתיד יידרשו פעולות ניטור ופיקוח נוספים על מנת לשמור על אוכלוסיית הצבאים מוגנת ובריאה.
נחל זמרי הוא פרויקט שהוקם על ידי תושבי השכונה, וכן מתקיים כיום בשיתוף והובלת תושבים. החל משנת 2015 מתקיימת בנחל זמרי פעילות קהילתית ענפה, ובשנת 2019 התקבלה החלטה בעיריית ירושלים על הקמת פרק טבע עירוני הבא של ירושלים בנחל זמרי - שני לעמק הצבאים. תכנון הפרויקט נעשה בשיתוף התושבים הפעילות ותושבי השכונה. הפארק עתיד לכלול מתחם ספורט, מתחמים קולטי קהל, מרכז מבקרים ואגני מים, מסתורי תצפית, שביל מונגש, מצפה כוכבים ותוכנית פעילות שנתית בהמשך לפעילות המתקיימת כבר כיום.
חורשת הירח.
חורשת הירח היא חורשת אורנים בשכונות טלביה וקטמון הישנה בירושלים, מתחת לתיאטרון ירושלים. החורשה גובלת מדרום ברחוב גדליהו אלון (המושבה הגרמנית) ורחוב הגדוד העברי (קטמון הישנה) ומצפון ברחוב דובנוב ורחוב שופן (טלביה). במרכז החורשה עובר כביש שמחבר את רחוב דוד מרכוס ורחוב כ"ט בנובמבר. החורשה משמשת כאתר נופש פעיל לתושבי העיר ומתקיימות בה פעילויות בתי ספר, חוגי טבע ותנועות נוער ומדורות ל"ג בעומר.
החורשה ניטעה בסוף המאה ה-19 לשמש כגן סביב מבנה ששימש כביתו של המנהל האדמיניסטרטיבי של בית החולים למצורעים - הנסן שהוקם בסמוך מספר שנים קודם לכן. כמו כן הוקמו במקום כמה מבני משק גדולים ובהם רפת לפרות, שלפני כן שוכנו במרתף בית החולים. בצילום אוויר של המתחם, משנת 1917, נראים במתחם החווה, המוקפת כולה בחומת אבן גבוהה, שלושה בתי אבן דו-קומתיים גדולים בעלי גגות רעפים ולצדם מבני עזר. בתקופת המנדט שופץ המבנה והחורשה שסביבו והוא הושכר לכנסייה הסקוטית, ואחר כך הוסב למשכן רשמי של מנהל בנק ברקליס בירושלים, אלפרד סטנלי קלארק. חורשת הירח הייתה אז חלק מגן מטופח וגדול סביב הבית, שהיו בו גם מגרשי טניס ובריכה, התקיימו מסיבות ומפגשים חברתיים בהשתתפות פקידים וקציני ממשל בריטים, נכבדים יהודים, נוצרים ומוסלמים, בני כל העדות בעיר. מאותה תקופה נודע הבניין כ"בית קלארק" או "בית הבנק".
לאחר קום המדינה עבר המבנה לבעלות הקרן הקיימת לישראל כנכס נפקדים והיא המשיכה להשכיר אותו למנהל בנק ברקליס. בשנת 1963, עם בחירתו של זלמן שזר לנשיא המדינה, הוצע לשקם את "בית קלארק" ולהפכו למשכן רשמי של נשיא מדינת ישראל. בנק ברקליס קיבל תשלום על פינוי המבנה, והוחל בעבודות שכללו הריסת החומות שהקיפו את המתחם. זמן קצר אחר כך הוחלט שהמבנה אינו מתאים לשמש כמשכן הנשיא אלא על הקמת מבנה חדש בסמוך, ושעד סיום בנייתו ישמש "בית קלארק" כמשכן ארעי. אך לבסוף נקבע שאין טעם להוציא סכום כסף גדול על שיפוץ המבנה רק שישמש כמשכן ארעי, והקרן הקיימת החליטה למסור אותו לעיריית ירושלים. המבנה ששימש את העירייה לעריכת קייטנות, אך לאחר שנה וחצי הוא ננטש. בתחילת 1966 נהרס המבנה, לאחר שהיה מוזנח, נטוש ופלשו אליו אנשים שונים. באותן שנים לא הייתה מודעת לשימור מבנים היסטוריים, והמבנה נהרס על ידי הקרן הקיימת לא כל דיון.