בעונת 1998/1999, תחת הדרכתם של דושאן אוהרין ודניאל בריילובסקי, סייע בניון למכבי חיפה להעפיל לרבע גמר גביע אירופה למחזיקות גביע, כאשר כבש את שער השוויון נגד פריס סן ז'רמן וכן כבש נגד ריד האוסטרית. בעונת 1999/2000 הציג עונה מוצלחת (19 שערים ו-16 בישולים) במדי הקבוצה, אך היא כללה גם עימות עם המאמן אלי כהן, שבו בניון לכאורה סירב להתחלף במהלך משחק. אירוע זה, בנוסף לשורת הפסדים, גרם להתפטרותו של כהן ולאכזבה במכבי חיפה.
בעונת 2000/2001, תחת הדרכתו של אברהם גרנט, הוביל בניון את מכבי חיפה לאליפות ראשונה אחרי 7 שנים ונבחר לשחקן העונה, כאשר הוא מסיים את העונה הן כמלך השערים של הקבוצה והן כמבשל המצטיין שלה (13 שערים ו-13 בישולים).
בניון היה פצוע בתחילת עונת 2001/2002, אך כשהחלים תרם רבות למשחקה של מכבי חיפה, שכללה בתקופה זו גם את השחקנים ג'ובאני רוסו, יעקובו איגביני וריימונדאס ז'וטאוטאס, וזכה עם הקבוצה באליפות שנייה ברציפות. בניון סיים את העונה עם 7 שערים ו-11 בישולים, ובסך הכל שיחק במכבי חיפה במשך ארבע עונות וכבש במדיה 55 שערים, כולל שני משחקים שבהם כבש שלושער.
המעבר לאירופה.
בעונה שלאחר מכן עבר בניון לשחק בראסינג סנטנדר בליגה הספרדית ונחשב לאחד מכוכבי המועדון. לאחר 3 עונות מוצלחות, שבהן היה ידוע בעיקר בשעריו מול ריאל מדריד, הוצע כרטיסו של בניון למכירה. ראסינג קבעה מחיר גבוה מאוד והיחידה שעמדה במחיר היא הקבוצה הרוסית פ.כ. מוסקבה, שבה סירב בניון לשחק. לאחר הורדת המחיר עלתה ההתעניינות גם מקבוצות אירופאיות נוספות.
ביולי 2005 חתם בניון בקבוצת וסטהאם יונייטד האנגלית, אחרי מרוץ צמוד שניהלו עליו וסטהאם ובולטון וונדררס.
הופעת הבכורה שלו במדי וסטהאם בליגה האנגלית הייתה הצלחה. בניון בישל שני שערים בניצחון 3–1 על בלקברן רוברס במחזור הראשון. את שערו הראשון במדי הקבוצה כבש באפטון פארק בניצחון הביתי 4–0 מול אסטון וילה. ב-13 במאי 2006 שיחק בגמר גביע ה-FA נגד ליברפול באצטדיון המילניום שבקארדיף, ובכך הפך לשחקן הישראלי הראשון במעמד.
ליברפול.
ב-11 ביולי 2007 עבר בניון מווסטהאם לליברפול, ששילמה עבורו 5 מיליון ליש"ט. הוא השתכר בליברפול כ-45 אלף פאונד לשבוע (כמיליון וחצי שקל בחודש). בעקבות המעבר, בניון הפך לשחקן הישראלי השלישי בליברפול בעשורים האחרונים, אחרי אבי כהן ורוני רוזנטל. בעונתו הראשונה בליברפול לבש בניון את חולצה מספר 11.
ב-25 בספטמבר 2007 הבקיע בניון את שער הבכורה שלו במדי ליברפול, במשחק מול רדינג במסגרת גביע הליגה. ב-29 בספטמבר כבש את שערו הראשון בליגה במדי הקבוצה, במשחק מול ויגאן את'לטיק.
ב-6 בנובמבר 2007 הבקיע בניון את שעריו הראשונים בליגת האלופות כאשר כבש שלושער, שהראשון שבהם הוא השער ה-500 של ליברפול באירופה, והוסיף 2 בישולים בניצחון 8–0 על בשיקטאש הטורקית. זה היה גם הניצחון הגבוה ביותר של קבוצה כלשהי במסגרת ליגת האלופות. בסוף המשחק נבחר בניון לשחקן המצטיין של המשחק, ובאופ"א קבעו כי הוא השחקן המצטיין של המחזור במפעל. ב-22 באפריל 2008 רשם בניון הופעה בחצי גמר ליגת האלופות נגד צ'לסי, שמאמנה אז היה אברהם גרנט. ב-30 באפריל 2008 פתח בגומלין חצי הגמר, ואף בישל שער לפרננדו טורס. עם עזיבתו של פיטר קראוץ' בקיץ שקדם לעונת , שב בניון ללבוש את חולצה מספר 15, עמה שיחק בקבוצות קודמות.
שנת 2009 הייתה שנת הפריצה של בניון בליברפול ובעקבותיה נבחר לספורטאי השנה של מעריב. ב-25 בפברואר כבש את שער הניצחון במשחק שמינית גמר ליגת האלופות מול ריאל מדריד בסנטיאגו ברנבאו. הייתה זו הפעם השנייה בלבד בה קבוצה אנגלית מנצחת את ריאל באצטדיונה. בהמשך העונה כבש בניון שערים חשובים נוספים ונבחר למצטיין בכמה משחקים. את עונת סיים בניון עם 8 שערים בליגה (ו-9 שערים בכל המסגרות) ו-6 בישולים. בעקבות ביצועיו במהלך שנת 2009, הוארך חוזהו של בניון בליברפול לשנתיים נוספות (עד 2013). ב-12 בספטמבר 2009 כבש בניון שלושער במשחק ליגה נגד ברנלי. כיוון שכבש שלושער במשחק גביע כנגד האוואנט אנד ווטרלוויל, בעונתו הראשונה בליברפול, הפך לשחקן היחידי אי פעם שכבש שלושער גם בליגה, גם בגביע האנגלי וגם בליגת האלופות.
עונת הייתה עונה לא טובה עבור ליברפול. היחסים בין בניון למנג'ר רפא בניטז התקררו, ובניון שיחק פחות בהרכב הפותח.
צ'לסי.
בעקבות המשבר הכלכלי אליו נקלעה ליברפול, נמכר בניון למועדון הצמרת האנגלי צ'לסי תמורת 6 מיליון ליש"ט, וב-1 ביולי 2010 הוא חתם על חוזה לארבע שנים במועדון. את הופעת הבכורה שלו במועדון ערך במשחק מגן הקהילה בו הפסידה הקבוצה למנצ'סטר יונייטד. במחזור השני בעונת כבש את שער הבכורה שלו בקבוצה וקבע את תוצאת הסיום – 6–0 לצ'לסי. ב-22 בספטמבר סבל בניון מקריעה בגיד אכילס וב-18 באוקטובר עבר ניתוח בשוודיה, בעקבותיו נעדר לפרק זמן של כמעט חמישה חודשים, באפריל 2011 חזר ליטול חלק במשחקים רשמיים של הקבוצה. ביולי 2011 השתתף בניון במשחק ידידות של הקבוצה במלזיה, והקהל המוסלמי הפנה לעברו קריאות גזעניות. בעקבות תלונה רשמית של צ'לסי, התנצלה ההתאחדות המלזית בפני בניון והקבוצה. לאחר עונה שבה מיעט לשחק, ובעיקר בשל החתמתו של חואן מאטה בצ'לסי, החליטו בניון והנהלת המועדון לשחררו כדי שיוכל לעבור לקבוצה אחרת.
ארסנל.
ב-1 בספטמבר הושאל בניון לארסנל למשך עונה אחת, לאחר שיחה עם מאמנה, ארסן ונגר. בניון שיחק במדי ארסנל בפעם הראשונה ב-10 בספטמבר, אז השלים 28 דקות, וסייע לארסנל לנצח 1–0 את סוונסי. את שערו הראשון בניון כבש מול שרוסברי בגביע הליגה, וסייע לארסנל לנצח 3–1 בסיום. ב-6 בדצמבר כבש בניון שער מצמק בהפסדה של ארסנל בליגת האלופות, 1–3 לאולימפיאקוס בפיראוס – היה זה שערו הראשון של השחקן במפעל זה במדי התותחנים. ב-22 בדצמבר 2011 עלה בניון כמחליף בדקה ה-81 של משחק החוץ מול אסטון וילה, וכעבור 5 דקות הבקיע את שער הליגה הראשון שלו במדי ארסנל, שהיה גם שער הניצחון של ארסנל במשחק. במחזור שאחריו פתח בניון בהרכב ובישל בתיקו 1–1 מול וולבס. בחודשים ינואר ופברואר מיעט בניון לשחק במדי ארסנל וישב רבות על הספסל, כשלעיתים קרובות אף לא שולב כמחליף. בסוף פברואר 2012 חזר להרכב של ארסנל, ועזר לה לסיים במקום השלישי תוך כדי הבקעת שלושה שערים.
סוף התקופה באנגליה.
ב-1 בספטמבר 2012 הושאל בניון לווסטהאם יונייטד, בה החל את הקריירה שלו בפרמייר ליג. ב-1 בינואר 2013 סיים את תקופת ההשאלה שלו בווסטהאם לאחר ששותף ב-6 משחקי ליגה בלבד, וחזר לצ'לסי. באותה עונה שותף בחמישה משחקים במסגרת הליגה האירופית, ובתום העונה זכה בתואר זה עם צ'לסי, על אף שלא שותף במשחק הגמר מול בנפיקה ליסבון. עם סיום חוזהו שוחרר מהמועדון.
ב-10 בדצמבר 2013 חתם בניון בקווינס פארק ריינג'רס מהצ'מפיונשיפ עד תום עונת וקיבל את המספר 35. ב-21 בדצמבר 2013, ערך בניון את הופעת הבכורה שלו בק.פ.ר כשעלה כמחליף בדקה ה-68 בהפסד קבוצתו 0–1 ללסטר סיטי. ב-22 במרץ 2014, אחרי שנתיים של בצורת, כבש בניון שער בניצחון של ק.פ.ר 3–1 על מידלסברו. בסך הכל הבקיע עד סוף העונה שלושה שערים ב-16 הופעות, וסייע להעפלתה של הקבוצה לפרמייר ליג.
החזרה לישראל.
ב-6 ביוני 2014 סיכם בניון את תנאיו לשנתיים במכבי חיפה, תמורת 500 אלף דולר לעונה, ובתום חוזהו יתמנה לתפקיד המנהל הספורטיבי במועדון. בעקבות פרישתו של יניב קטן מונה בניון לקפטן הקבוצה. ב-6 בספטמבר 2014 נפצע בניון במהלך משחק קדם עונה במסגרת גביע הטוטו מול בני סכנין וסבל מקרע חלקי ברצועה הפנימית שהשבית אותו במשך שלושה שבועות. את הופעת הבכורה המחודשת שלו בליגת העל ערך בניון ב-28 בספטמבר 2014, בניצחון קבוצתו 3–1 על הפועל פתח תקווה במסגרת המחזור השלישי של עונת 2014/2015. ב-14 בדצמבר 2014, יותר מ-12 שנים לאחר שערו האחרון בליגה הישראלית, כבש בניון את שער הבכורה שלו לעונה זו, בניצחון 4–0 בדרבי מול הפועל חיפה. בסך הכל כבש בעונה זו 5 שערים ובישל 4 ב-26 הופעות בליגת העל. בעונתו השנייה בחיפה התגלעו חיכוכים בין בניון לקהל, אך בליגה הוא כבש 6 שערים ובישל 4 נוספים. ב-24 במאי 2016 זכה עם מכבי חיפה בגביע המדינה לאחר 18 שנה שבה המועדון לא זכה בתואר. היה זה גם גביע המדינה הראשון והיחיד שבניון זכה בו בישראל. לאחר משחק הגמר, בו ניצחה חיפה עם בניון בהרכב 1-0 את מכבי תל אביב, הודיע כי יעזוב את מכבי חיפה לטובת קבוצה אחרת, עם רמיזה שמדובר במכבי תל אביב, איתה יש לחיפה יריבות ספורטיבית ממושכת, והדבר החריף עוד יותר את הקרע בין בניון לאוהדים.
ב-13 ביוני 2016 חתם בניון במכבי תל אביב לעונה אחת. ב-7 ביולי 2016 ערך את הופעת הבכורה שלו במדי מכבי תל אביב וכבש את שער הניצחון (1–0) על גוריצה במסגרת מוקדמות הליגה האירופית. בעונת 2016/2017 כבש בניון גם שער אחד בליגה, שער אחד בגביע ושער אחד בגביע הטוטו, העפיל עם הקבוצה לגמר הגביע וסיים עמה במקום השני בליגת העל.
ביוני 2017 חתם בניון לעונה אחת בבית"ר ירושלים. ב-29 ביוני 2017 ערך את הופעת הבכורה שלו במועדון, כאשר עלה כמחליף מול ואשאש ההונגרית בסיבוב הראשון של מוקדמות הליגה האירופית. בניון כבש במשחק זה את שערו הראשון במדי בית"ר ירושלים, ובישל שער נוסף מה שהוביל למהפך מ-1–3 ל-4–3 בכ-4 דקות בלבד. ב-15 בנובמבר 2017 קיימה בית"ר משחק אימון נגד מ.ס. דימונה בפגרת הליגה, וכמחווה לעיר ולמועדון בו שיחק כילד, עלה לשחק במדי דימונה במחצית השנייה של המשחק, ואף ענד את סרט הקפטן במדי שתי הקבוצות.