היינריך השלישי ביצע רפורמות גדולות באימפריה בזמן שלטונו. הוא דאג להקטין את כוח הכנסייה הקתולית שנגדו ולהכפיף אותה תחתיו. הוא ביצע הדחות של האפיפיור המכהן שלוש פעמים, ותמיד הציב בתפקיד קרדינלים ממוצא גרמני. בשנת 1044 ניצבו אז שלושה אפיפיורים שונים על תפקיד הכס הקדוש. היינריך ידע זאת והחליט להדיח את שלושתם בפעם אחת בדצמבר 1046 והציב במקום שלושתם (שחלק מהם קנו בכסף את התואר האפיפיורי) אדם בשם Suitger שנהפך לאפיפיור קלמנס השני על ידו. בשלב מאוחר יותר החליט להפוך יוצרות ולהציב את ליאו התשיעי ולבסוף את ויקטור השני- כולם אפיפיורי הכנסייה הקתולית כל אחד בתורם. הוא התערב רבות גם במינוי אנשי דת קתוליים בנוסף לארגון חדש של מנזרי התקופה. פעולות אלו היו כחלק מרפורמה רחבה שקידם אז היינריך. להיינריך היה כוח שלטוני חזק יחסית בכך שהצליח לבסס את שלטונו היטב כשהוא מחליש באופן ניכר את כוחותיהם של בני האצולה הגבוהה. בנוסף לכל אלו נראה כי ההשפעה הכלל-אזורית שלו באירופה הייתה חזקה יחסית כשהוא אף מכיר בדוכסים חדשים ממוצא נורמני באזור פוליה של היום כל זאת בשנת 1046.
היינריך הרביעי.
היינריך הרביעי היה לקיסר חשוב בתולדות האימפריה הרומית קדושה שנודע בעיקר בשל סכסוכו עם מוסד האפיפיורות שנגמר במסעו אל הטירה בקנוסה והשפלתו שם בפני האפיפיור. כאשר אביו היינריך השלישי מת בשנת 1056 רחשו קולות בגרמניה (של היום) להכתיר אותו כמלך הגרמני אך לא היה יכול לעשות זאת עקב גילו הצעיר (הוא היה אז רק בן שש שנים בלבד). לשם כך היה צורך במינוי עוצר להיינריך ולתפקיד זה התמודד הארכיבישוף אנו מקלן ( Anno of Cologne) לצד מתחרים נוספים. בכל מקרה הצטרכה הכנסייה הקתולית להתערב שנית במינוי הקיסרי, פעם נוספת אחרי 1046 כשהיא מחמירה בצעדיה ופוגעת ביוקרת שם השלטון האימפריאלי בעיקר בעיני הכמורה תומכת הרפורמות של אותם הימים באימפריה עקב כך שהיא צריכה להתערב בעניינים הפנימיים שלה. אירוע חשוב שחל בימיו של היינריך הרביעי היה המרד הסקסוני הגדול (המלחמה הסקסונית) שהוא עצמו הוביל במידת מה לפריצתו. בנוסף לכך בשנת 1075 כשהיה אמור להיבחר ארכיבישוף חדש למילאנו התקררו היחסים בין היינריך הרביעי לאפיפיור גרגוריוס השביעי עקב כך כאשר גרגוריוס מסרב באופן החלטי לאפשר לקיסר ולמלך הגרמני להיות ממונה על מינוי הכמורה הבכירה באימפריה. עניין זה הדאיג את היינריך הרביעי שהיה צריך לוודא כי הכמורה הגרמנית והאיטלקית שתחתיו צמודה לשלטון המלך. בנוסף הטיל האפיפיור אף חרם על היינריך הרביעי והוא שלח בתמורה משלחת של בישופים שמטרתה הייתה להדיח את האפיפיור המכהן. המשלחת לא הצליחה להגיע בסופו של דבר אל רומא עקב היותה של מתילדה מקנוסה בצד האפיפיור ולא אפשרה את מעברה של המשלחת אל רומא. בשנה זאת החלו התהליכים האפיפיורים להדחתו של היינריך בנוסף. היינריך ארגן משלחת בשנת 1077 וחצה (באופן ייחודי לקיסר) את האלפים עד הגעתו לקנוסה (ששם באותו הזמן נמצא האפיפיור). בינתיים הציבו בחודש מרץ אנטי-מלך להיינריך והוא רודולף מריינפלדן אך האפיפיור שקיווה כי היינריך יחזור בו ברצונו למנות את הכמורה הבכירה בעצמו מתנגד למהלך זה ולא מכיר בו כמלך החדש במקומו של היינריך. רודולף התייצב מול היינריך כשחזר לגרמניה והשני הפעיל מערכת פעולות נגדו. בכל מקרה רודולף לא הרבה לחיות ומת בשנת 1080 - אז קם לו יורש פוטנציאלי והוא הרמן מסאלם (אך פרש מהניסיון למלוכה במהלך הזמן). במקביל שני בניו החליטו למרוד בו עקב כך שלכל אחד מהם הובטחה הירושה העתידית לבוא. נוסף לכל צרות אלו הוא היה צריך להתמודד כנגד האפיפיוריים ברומא בשאלת מינוי הבישופים. היינריך הציב אפיפיורים משלו ברומא- מה שלא ממש הצליח לבסס שם שלטון יציב. מחלוקת זאת יצרה לעיתים אף ריבוי בישופים למושב אחד- דבר שיצר אי סדר מנהלתי באימפריה ושהוביל את חלקם לצבור כוח הולך וגדול ומעין אוטונומיה הולכת וגוברת בתוככי האימפריה.
היינריך החמישי.
היינריך החמישי עמד בניגוד לאביו (היינריך הרביעי) בזמן תקופת שלטונו- הוא הוכתר על ידי המוסד האפיפיורי הלא-גרמני ונודע בעיקר בשל השתתפותו בהסכמים המכונים בשם קונקורדט וורמס. הוא שלט על האימפריה בזמן שבינתיים ברומא קורסת האפיפיורות של היינריך הרביעי והנהיג מסע בשנת 1108 אל הונגריה ופולין אך כשל בו.
האימפריה תחת פרידריך ברברוסה.
פרידריך הראשון, שנודע בכינוי שהלך לפניו והוא "ברברוסה" (מאיטלקית לעברית: אדום הזקן) הוכתר למלך של כל גרמניה ב-4 במרץ (בידי הארכיבישוף ארנולד מקלן) שנת 1152 והיה לקיסר האימפריה הרומית הקדושה אפילו מבלי שהוכתר כקיסר על ידי האפיפיור.
פרידריך עצמו נחשב למעין "סלע מאחד" בין שתי המשפחות הדומיננטיות ביותר באימפריה אז- בית וולפס (Welfs) ובית הוהנשטאופן ( Hohenstaufen) כבר משחר ילדותו, עקב כך שהיה הבן לשתי משפחות יריבות זו לזו. את הקרע פתר בכך שנתן להיינריך הארי מבית ולף (שייצג את הבית) שליטה על דוכסות סקסוניה ודוכסות בוואריה. במהלך תקופת שלטונו היה ביחסים חשובים עם אדריאנוס הרביעי, האפיפיור של מדינת הוותיקן, ותוך כדי שיתוף פעולה איתו סילק את ארנולד מברסיה משלטונו ברומא (והוכתר לקיסר האימפריה עקב זאת). פרידריך הסתכסך פעמים רבות עם הוותיקן במשך שנות שלטונו עקב עיקרון שהיה טמוע בו והוא שהוא איננו כפוף לאפיפיור באף מובן. מפעולותיו הראשונות של פרידריך היו להנמיך את השפעתו של הכס הקדוש באימפריה, כדי לאפשר מרחב תנועה גדול יותר לקיסר (כלומר הוא עצמו). פעולות אלו בוצעו על ידי הפרת החוזה שהיה קיים באותה התקופה בין האימפריה הביזנטית לאימפריה הרומית הקדושה כנגד המלך הנורמני של סיציליה ויצר אמנה חדשה כנגד בשם "אמנת קונסטנץ" . אמנה זאת, חייבה את האפיפיור לקיים קשר מאולץ עם האימפריה שפרטיו כוללים הימנעות מיצירת שלום עם הממלכה הנורמנית היושבת בסיציליה או עם הקומונה שישבה ברומא באותה התקופה ושהובלה על ידי ארנולד מברסיה (אויביו המושבעים של האפיפיור אאוגניוס השלישי באותה התקופה). שני אויבים אלו איימו על האפיפיורות היושבת באיטליה מהדרום ומאזור רומא ובכך סיכנו את קיומה ולכן בחר אאוגניוס השלישי אכן לכרות את האמנה עם פרידריך הראשון. אל כל אלו הבטיח פרידריך לשמור על כבודו הרם של האפיפיור הקרוי בשם "honor papatus" ולא לתת אף לא שטח אחד לאימפריה הביזנטית. פרידריך רצה להעלות את כוחו והובטח לו כי יקבל את התואר הקיסרי השמור ושמעמדה האימפריאלי של המונרכיה לא יפול. במכתב הבא שהעביר פרידריך לאפיפיור כהודעה על בחירתו כמלך מציין פרידריך את התחייבותו אל הכנסייה הקתולית במהלך כהונתו העתידה לבוא:
בנוסף, תחת ברברוסה שבה ועלתה תפיסת ה"רומאיות" של האימפריה, שהייתה, ככל הנראה, ניסיון להצדיק את עוצמתו הנפרדת של הקיסר ביחס למוסד האפיפיורות, שהלך והתחזק בשנים אלה. מערכת החוקים שאימץ ברברוסה כללה מרכיבים רבים, ששורשיהם היו בחוק הרומי המסורתי. ביניהם ניתן למנות טביעת מטבעות, סלילת דרכים, גביית מיסים וקנסות וכן מינוי פקידים. אותה מערכת חוקים הייתה קשורה קשר הדוק למשפט הפיאודלי, במה שאפשר לברברוסה לקיים לעיתים שלטון ריכוזי למדי, תוך שהוא כובל את הדוכסים העקשנים לחוקי האימפריה כולה. למעשה ההשפעה של האימפריה הייתה כל כך גדולה בתקופתו שהם היו חזקים מכל מוסד אחר באירופה, ומהחזקים בעולם. ג'ון מסליסבורי אף אמר:
צעד חשוב נוסף שעשה ברברוסה היה כינון שלום פנימי בתוך האימפריה, ה-Landfrieden. היה זה בבחינת ניסיון לסיים את הסכסוכים הפנימיים ואת נקמות הדם בין הדוכסים המקומיים השונים, אך גם אמצעי להכפפת נתיני הקיסר למערכת משפטית אחת, הכוללת דין פלילי ציבורי - מעין גלגול קדם-מודרני של רעיון "שלטון החוק", שבשלב זה לא היה נורמטיבי.