בתוך העיר עצמה עסקו הנצורים בהכנות קפדניות. אל המומחיות הצבאית של סידני סמית ואנטואן דה פיליפו, הצטרפה המומחיות הארגונית של חיים פרחי, יועצו היהודי של אל ג'זאר, והמוח שמאחורי ההתנגדות לנפוליאון.
בינו לבין עצמו קבע נפוליאון את ה-25 באפריל כמועד סיום המצור. אך גם מועד זה חלף, והעיר טרם נכבשה. בינתיים הצליח הצי הבריטי להעביר אל הנצורים תגבורת של חיילים ואספקה.
ב־8 במאי הצליחו אנשיו של ז'אן לאן להבקיע את החומה, והסתערו אל תוך העיר. אך שלא כמו ביפו, שבה גרמה הבקעת החומה להתמוטטות כל קווי ההגנה, הייתה חדירתם של הצרפתים לעיר קשה ביותר, ולאחר חדירה מועטה נתקלו התוקפים בהפתעה קשה. בעת המצור הקימו דה פיליפו ופרחי חומה נוספת, במקום שהיה גינתו של אל ג'זאר. חומה זו ריפתה את ידי התוקפים, והם נסוגו כלעומת שבאו. התקפה זו, השביעית במספר, הייתה גם האחרונה. מתכנן הגנת העיר, אנטואן דה פיליפו, לא זכה לראות בניצחונו. הוא מת מהתייבשות כשבועיים בטרם הוסר המצור.
בוריין מעריך את מספר ההרוגים הצרפתים בכ-3,000 במהלך כל המצור. רבים מתוכם מתו במחלת הדבר. תנאי התברואה הירודים באותה תקופה גרמו לכך שגם פגיעות קלות היו עלולות להמית, כפגיעתו של קפארלי שמת מהרעלת דם. אין נתונים כמה מבין מגיני העיר מתו במצור, אך יש להניח כי המדובר במספר דומה.
שמועות על התקוממות במצרים, כמו גם מחלת הדבר ויאושם של הצרים, שנתקלו במכשולים בלתי צפויים, הביאו את נפוליאון למסקנה כי לא יוכל לכבוש את העיר, וב-20 במאי 1799, לאחר חמישים וארבעה ימי מצור, נסוג מן העיר. לימים, בשבתו בגלות בסנט הלנה, יאמר לכותב זכרונותיו "אם עכו הייתה נופלת, הייתי משנה את פני העולם", וכן "גורל המזרח נקבע בעיירה קטנה זו".
הנסיגה למצרים וסיום המערכה המצרית.
הנסיגה למצרים.
ב־18 במאי 1799 החלו ההכנות לנסיגה מעכו. תחילה נשלחו דרומה החולים והפצועים, ולאחר מכן, בליל ה-20 במאי עזב הצבא כולו, בחשאי, את העיר, שכן חשש מהסתערות על ידי הנצורים שיבינו כי ניצחו בקרב. השיירה ירדה דרומה בדרך החוף, כאשר הפצועים נישאים על גמלים ופרדות, וסובלים מצמא, מרעב ומהחום העז. עוד באותו יום חנו הצרפתים בטנטורה, שם נאלצו להותיר בחולות את תותחי המצור הכבדים. ב-22 במאי חנו בקיסריה, וב-24 במאי שבו ליפו, בה חנו עד 28 במאי. במהלך שהייתם ביפו נתן נפוליאון לרופאיו את הפקודה הקשה להרוג חלק מהפצועים ומהחולים, שנראה היה כי לא יעמדו בתלאות המסע. ב-1 ביוני שבו הצרפתים לאל עריש וב-14 ביוני שב נפוליאון לקהיר.
סיום המערכה במצרים.
במהלך נסיגת נפוליאון, אספו הממלוכים את כוחותיהם להסתערות נוספת. איברהים ביי ומוראד ביי חברו שוב כנגדו, ובשבוע האחרון של יולי התחולל קרב נוסף באבוקיר, בו שב נפוליאון והכה בכוחות הממלוכים, אשר נעזרו בצי הבריטי שעליו פיקד סידני סמית.
זמן מה לאחר ניצחונו זה, ולנוכח המאורעות בצרפת ובאירופה - הקמת הקואליציה השנייה כנגד צרפת על אדמת אירופה, והתערערות משטרו של הדירקטורט - שב נפוליאון לאירופה, ומינה את קלבר למפקד הכוחות במצרים. סמוך לאחר שובו, ב־10 בנובמבר 1799 (הוא ה"שמונה עשר בברימאר" על פי הלוח המהפכני), הכריז נפוליאון על עצמו כעל "קונסול הראשון", וקיבל את השלטון האבסולוטי בצרפת. לקלבר ולשייח'ים של קהיר מסר כי ייעדר לתקופה בת שלושה חודשים בלבד.
נפוליאון עזב את צבאו במצרים ללא כל סיכוי ריאלי שצבא זה ישרוד. הצבא היה עמוק בתוך טריטוריה עוינת, מוקף מכל עבר באויבים, כאשר דרך המוצא שלו לצרפת, הים התיכון, חסומה בידי הצי הבריטי. הסולטאן שב ושלח חיילים על מנת לכבוש את מצרים.
קלבר נשא ונתן עם סידני סמית, והשניים אף חתמו על הסכם באל עריש ב-24 בינואר 1800, שלפיו יפונו הכוחות הצרפתים ממצרים, אולם מפקדו של סמית', הלורד קית', לא אשרר את ההסכם, שכן סבר כי יש להשמיד את הצרפתים, ולא להשיבם אל היבשת, שם יוסיפו להילחם נגד כוחות הקואליציה.
קלבר נאלץ לשוב ולהתמודד עם כוחות הסולטאן, ואף ניצח אותם במספר קרבות. קלבר אף השכיל לכרות ברית עם מוראד ביי, ומסר לו את השלטון במצרים העליונה, אך ב-14 ביוני 1800 נרצח קלבר בידי קנאי מוסלמי בשם "סולימאן מחאלב", והפיקוד על הצבא הועבר לבארון מנו.
במרץ 1801 נחתו הבריטים באבוקיר וניסו לכבוש את אלכסנדריה. ב-30 במאי עלו הבריטים והממלוכים על קהיר. הצדדים שוב נשאו ונתנו, ועתה הוסכם על חזרתם של הצרפתים באוניות לצרפת. באוגוסט הפליגו כארבעה עשר אלף חיילים מקהיר, וצבאו של מנו, שחנה באלכסנדריה ועמו כעשרת אלפים אנשים נוספים, שב לצרפת בספטמבר. כך תמה המערכה הצרפתית במצרים ובארץ ישראל.
השפעת המסע על ארץ ישראל.
למסעו של נפוליאון בארץ ישראל לא היו השפעות מרחיקות לכת מבחינת הארץ ותושביה. שלטונו של אחמד אל ג'זאר נמשך לאחריו כשם שהיה לפניו, ומעמדה של הארץ, פרובינציה נידחת בקצהה של קיסרות גוססת, הנתונה לשלטונם של בעלי זרוע, לא השתנה.
שהותו של נפוליאון בגבולות הארץ במשך כשלושה חודשים לא הותירה אחריה בנייה, אך גם לא הרס. הערים שנכבשו עמדו על תילן כמקודם, כמו גם עכו, אשר לא נכבשה. מכל הערים שנכבשו על ידי צבא נפוליאון, הפגיעה ביפו הייתה הקשה ביותר, אך בהיותה בתקופה זו נמל מרכזי, הצליחה יפו להתאושש מהמכה ואף גדלה והתרחבה במהלך המאה ה-19. שתי גבעות, האחת באזור רמת גן ואילו השנייה בעכו, נקראות "גבעת נפוליאון". זהו החותם שהותיר אחריו נפוליאון על הגאוגרפיה של ארץ ישראל. חפירות ארכאולוגיות הנערכות מעת לעת בעכו מגלות לעיתים שלדים של חיילים שמצאו את מותם במצור והושארו מאחור. ניתן לומר שנפוליאון חלף בקורות הארץ כלעומת שבא, ולא הותיר אחריו כמעט דבר.
עם זאת, גרם מסעו של נפוליאון במזרח למיקוד מסוים של תשומת הלב העולמית למקום זה, שכמעט ונשכח מאז עזבו אותו אחרוני הצלבנים כחמש מאות שנה קודם לכן. תיאורי הארץ שמסרו האירופאים, כמו גם מפותיו של פייר ז'אקוטן, עוררו את העניין הדתי, האנושי והמדעי בארץ ישראל. החל משנות השלושים של המאה ה-19 חלה עלייה גדולה בהתעניינות המעצמות באזור. כישלונו של נפוליאון בעכו הוכיח כי ייתכן שגורלו של המזרח כולו תלוי יהיה בכיבושה של "עיירה קטנה" בארץ ישראל. הוכח כי ארץ ישראל היא השער למזרח, לאיראן, להודו ולסין ובעידן הקולוניאליזם והאימפריאליזם, הייתה לעובדה זו משמעות רבה.
אחת התוצאות של המסע לארץ הייתה סדרת מפות המתארות חלקים של ארץ ישראל, בעיקר את אותם האזורים בהם עבר צבאו של נפוליאון, והן המפות הראשונות של ארץ ישראל ששורטטו בהתבסס על מדידות במכשירי מדידה שהיו בשימוש במאה השמונה עשרה, אשר היו מדויקים יחסית במדידת המרחקים והזוויות. במפות אלו, בקנה מידה של 1:100,000, מצוינים שמות המקומות בצרפתית, בלטינית ובערבית.
קובץ מפות זה (ידוע בשם: האטלס של ז'אקוטן), היה למקור מידע חשוב בידיעת ארץ ישראל ולאורך המאה ה-19 היו אלה המפות היחידות של האזור עד למיפוי הארץ בידי הבריטים.
המאבק הבינלאומי לאחר תקופת נפוליאון, בין בריטניה צרפת ורוסיה, שכל אחת רצתה להגדיל את השפעתה באזור ולדחוק את רגלי יריבותיה, הגיע אף לארץ ישראל. הגברת ההתעניינות הבינלאומית בארץ התבטאה בייסוד מושבות סחר וקונסוליות (הקונסוליה הבריטית נפתחה בשנת 1838 והמעצמות האחרות באו בעקבותיה), כמו גם מוסדות דת וצדקה. קונסוליות אלו הרחיבו את שטחי פעולתן, ונגסו בסמכות השלטון העות'מאני המרכזי, תוך שהן פורשות את חסותן על קהילות מיעוטים כקהילה היהודית. תהליך זה, שבו התמעטה סמכותם של העות'מאנים, הגיע לשיאו עם כיבוש הארץ בידי הבריטים במלחמת העולם הראשונה.
המסע בהיסטוריוגרפיה.
מבחינה היסטוריוגרפית, מסעו של נפוליאון בארץ-ישראל לא נחקר בצורה מקיפה. מחקר שנערך באוניברסיטה העברית ועקב אחרי אוסף ביוגרפיות נפוליאוניות מראה שפרק חשוב זה בתולדות שלטונו מתואר בקיצור נמרץ, ולרוב תוך התעלמות מהפרשות הלא-מחמיאות שבמהלכן. הביוגרפים הגרמנים והצרפתים נוטים להציגו באופן חיובי כל-אימת שהגינותו עומדת בספק, הרוסים נוטים ללבות את האגדה סביב האיש, ורק האנגלים מוצאים לתאר את האירועים במבט חסר-פניות.
שיאה של המגמה הפרו-נפוליאונית הזו נמצאת בסקירה שכתב ההיסטוריון הצרפתי הנודע לואי מדלין, ובחר לסכם את כל הפרק המצרי-ארץ-ישראלי במשפט בודד:
מבחינה היסטורית תיאור זה חסר-שחר. תבוסתו של הצי הצרפתי בקרב אבוקיר הפקירה את הים התיכון לספינות האנגליות עד לסוף ימיו של נפוליאון.
מסע נפוליאון והיהודים.
באפריל 1799, בעודו צר על חומות עכו, פרסם נפוליאון , בו קרא ליהודים להצטרף אל שורותיו, תוך כדי הכרה בעוולות ההיסטוריות שנגרמו ליהודים, ובזכותם להקים ישות מדינית יהודית עצמאית בארץ ישראל. המכתב הסתיים בפסקה הבאה:
אין לדעת מה גרם לנפוליאון לכתוב מניפסט זה, אשר הקדים את בנימין זאב הרצל בקרוב למאה שנים, ואת הצהרת בלפור במאה ושמונה עשרה שנים. מידת הרצינות שיש ליחס לדברים אינה ברורה, לאור הצהרותיו בפתיחת המערכה כי הוא מקבל את דת האסלאם, ואת עקרונות הנביא מוחמד. נראה כי בכתיבת המנשר חפץ ליהנות משיתוף הפעולה של היהודים (בעת ההיא היה בארץ ישראל רק מיעוט קטן של יהודים), ובמיוחד לכבוש את לבו של חיים פרחי. במשימה זו נכשל.