אף כי בהונגריה היו רבנים אינטלקטואלים שעסקו בחכמת ישראל ובניתוח ביקורתי של הדת, ולעף בראשם, משקלם היה נמוך; הציבור הנאולוגי הובל על ידי פרנסים שלא התעניינו בכך. מיכאל מאיר כתב כי אפילו בשנות ה-60, נגעו לעניינים אסתטיים כמו מיקום הבימה והחופה, השפעת חלוצי היהדות הרפורמית בגרמניה, בראשות אברהם גייגר, הייתה מועטה ביותר. אפילו לעף ראה בזכריה פרנקל ובשלמה יהודה רפפורט את מוריו, ויצא נגד האסיפות שהוביל גייגר בשנות ה-40. בוגרי בית המדרש לרבנים בברסלאו, מוקד האסכולה הפוזיטיבית-היסטורית בראשותו של פרנקל, היו מבוקשים מאוד בקרב הקהילות ההונגריות הליברליות יותר. עיקר מאמציהם של הנאולוגים בתחום הדתי כוונו לכונן מוסד ברוח דומה בארצם. הרב הנאולוגי חנוך יהודה קאהוט היה לימים אחד ממייסדי בית המדרש לרבנים באמריקה, ממנו צמחה היהדות הקונסרבטיבית המזהה את עצמה אף היא עם הקו של ברסלאו; שיעור ניכר מהחברים בדור הראשון של 'בתי הכנסת המאוחדים', אגף הקהילות של בית המדרש שם, כיהנו אף הם קודם בעדות נאולוגיות בהונגריה.
בימי מהפכת 1848 פעלו במספר ערים בממלכה רפורמים קיצוניים בראשות יצחק איינהורן (אדא הורן), שהושפע משמואל הולדהיים. הרב מסגד וחותנו-פטרונו, ליב שוואב אב"ד פשט, רדפו אותם. ב-1850, לאחר דיכוי המרד ההונגרי, ביקש הממשל האוסטרי מהציבור היהודי לגבש הצעה להקמת ארגון מייצג. בספטמבר 1851 התכנסה ועדה שמנתה את לעף, שוואב ומקורבים אליהם וערכה חוקה לציבור היהודי, שלא התקבלה לבסוף. הנציגים התנגדו לשינויים בתחומים כמו כשרות, דיני אישות ושבת ותבעו את סגירת האגודה של איינהורן; השלטונות נעתרו להם. במקביל תמכו בהחלת השינויים האסתטיים בכלל הארץ ושאפו להקים סמינר מודרני כמוסד היחיד שבו ניתן יהיה להסמיך רבנים. היוזמה האחרונה נתפשה על ידי השמרנים כאיום חמור. מאפיין נוסף, כתב יעקב כ"ץ, היה "הוויתור על ניסיון לכפות את קיומן של המצוות – אם בכפייה פיזית באמצעות השלטונות, אם בכפייה חברתית." באותה שעה ביקש הרב מאיר איזנשטטר, נציג האורתודוקסים, כי הממשלה תחזיר לרבנים חלק מהסמכויות שהיו להם בעבר לטפל ב"גורמים כפרניים."
בנוסף ליריבותם עם יורשי החת"ם סופר בפרשבורג, התנגדו לעף ומחנהו גם לעזריאל הילדסהיימר הנאו-אורתודוקסי, שמונה לרבה של אייזנשטט ב-1851. בעוד שהרבנים הנאולוגים סברו כי הראשונים לא הציעו דבר לציבור העירוני והמשכיל, הילדסהיימר היה מקרה אחר. הם האשימו אותו כי אימוצו את המודרנה שטחי בלבד וכי המוסד שהקים באייזנשטט, בו שולבו לימודי חול, הוא למעשה "ישיבה פולנית בתחפושת." ב-1858 פרסם הרב מסגד ביקורת צינית על איכות ההוראה שם ותיאר אותו כנחות מברסלאו.
המתח בין הפוזיטיבים-היסטוריים לנאו-אורתודוקסים בגרמניה התפוצץ עם פרסום "דרכי המשנה" של זכריה פרנקל, בו הביע את דעתו כי בהלכה למשה מסיני הכוונה היא למנהגים עתיקים שהתקבלו ככאלה. רש"ר הירש הוקיע את פרנקל ככופר בתורה מן השמים. הילדסהיימר, לעף ותומכיהם נטלו חלק בפולמוס שהתעורר. ספיחי העימות הגיעו לשיאם בהונגריה ב-1863, כשהיינריך גרץ, איש אסכולת ברסלאו, פרסם מאמר בו פירש את ישעיהו נ"ג כהתייחסות לעם ישראל הנגאל ככלל, ולאו דווקא למשיח מסוים. הכנסייה הקתולית תבעה אותו בבית משפט בווינה באשמת כפירה. הילדסהיימר, שהביע תדיר חשש מכך שדעת הקהל לא רואה הבדל בין שתי הקבוצות בכל הקשור לשמירת מצוות, ניצל את ההזדמנות להפגין שוב כי ישנם הבדלים דוגמטיים מכריעים ביניהן וארגן עצומה נגד ההיסטוריון שגינה אותו ככופר באמונה במשיח ובאמיתות המקורות (הוא תקף גם את רבה האורתודוקסי של וינה, אלעזר הלוי איש הורוויץ, כשזה סירב להצטרף למסע נגד גרץ והעיד לטובתו). בני חוגו של לעף, שלגלגו מזה שנים על נסיונותיו של הילדסהיימר לבסס לעצמו מוניטין אקדמיים בתחום חכמת ישראל, עטו אף הם על הפרשה והציגו אותו כ"פונדמנטליסט" המתנגד למחקר מדעי בכתבי הקודש. מתוך כ-350 רבנים שכיהנו אז בהונגריה, בערך 70 ניצבו מחוץ למחנה האורתודוקסי. אז כמקודם, משקלם של הרבנים היה שולי יחסית והפרנסים הוסיפו לקבוע את הטון. הסכסוכים בתוך הקהילות בין שמרנים לדוגלים בהתערות והעימותים האינטלקטואליים בין הרבנים הביאו את יהודי הונגריה למצב של מלחמת תרבות במהלך שנות ה-60.
חלוקת הקהילות.
ב-1867 עלתה היוזמה בקרב ראשי קהל פשט לכונן ארגון הנהגה מרכזי. האורתודוקסים ראו זאת כמזימה שתאפשר ליריביהם להשתלט עליהם. כשלא הצליחו לשכנע את השלטונות לבטל את קונגרס הייסוד, ניסו לשתק אותו ולבסוף הגישו אולטימטום בדרישה לקבוע כי השולחן ערוך יהווה בסיס לכל החלטה שתתקבל. כשהנשיא איגנאץ הירשלר סירב לקבל זאת בטענה כי מדובר בנושא דתי בו אינם מוסמכים לדון, פרשו כמחצית מהצירים השמרנים ודרשו ארגון ארצי משלהם. הילדסהיימר והמתונים נותרו במליאה. עמדת היוצאים התקבלה לבסוף, והם הקימו ועד נפרד.
כמעט כל הקהילות הליברליות הצטרפו לארגון החדש שהוקם ב-1871 על יסוד התקנות שהתקבלו בקונגרס, "הלשכה הארצית של בני ישראל ההונגרים" (Magyarorszagi Izraelita Orszagos Irodaja). הם נודעו בקיצור כ"קונגרסאים" או "נאולוגים". מספר מצומצם של עדות שנטו לעמדה זו – קבוצות מיעוט שפרשו מעדות האם האורתודוקסיות שלהן עקב החלוקה הארצית אך העדיפו לא להצטרף ללשכה, או כאלה שאחזו בקו מתון – לא נספחו, אלא נותרו במעמד של עצמאי של קהילות הסטטוס קוו אנטה. הממשלה הכירה בחלוקה המנהלית בין היהודים אך הוסיפה לראות בהם בני אותה דת, למרות שיריביהם הצהירו כי הנאולוגים משתייכים לאמונה נפרדת. השלטון הגדיר את שלוש הקבוצות כ'פלגים' (irányzat), אך לא כזרמים דתיים (vallásfelekezethez).
בטבלה למטה מצויה התפלגות היהודים בממלכה לפי השתייכות. מ-1920, עקב חוזה טריאנון, אבדו שטחים נרחבים שמרבית היהודים בהם היו אורתודוקסים. מפקד 1941 - אחרי תכתיב וינה הראשון והשני; מפקד 1944 נערך ערב השילוחים למחנות בטריטוריה שלאחר טריאנון בלבד; מפקד 1948 שיקף את אובדן החיים בשואה.
כזרם ממוסד.
מהפירוד ועד מלחמת העולם השנייה.
לאחר הפרישה אימצו העסקנים שהנהיגו את הלשכה קו זהיר: הם חששו כי הממשלה תאמץ את קביעת הצד השני לפיה הם מהווים דת חדשה, ושאפו למזעור הפערים. לעף, שהלך והתקרב מצדו לעמדותיו של גייגר, איבד את רוב השפעתו עוד בטרם הקונגרס שהוא עצמו התנגד אליו. במהלך הפילוג הביע תמיכה בזכותם של האורתודוקסים לנהל את ענייניהם בעצמם. הנהלת בית המדרש לרבנים בבודפשט, שהוקם לבסוף ב-1877 לפי מתכונת האבטיפוס בברסלאו ובו הוכשרו מרבית רבני הנאולוגים, ניתנה לרב משה אריה בלוך, איש הלכה ושמרן מובהק. בוגרי המוסד היו מסורתיים למדי. השינויים הקיצוניים ביותר שנערכו בארחות בתי-הכנסת, בהתאם לדרישת הציבור, נותרו במישור האסתטי וכללו הכנסת עוגב ומקהלות מעורבות לקהילות נאולוגיות רבות. נוסח התפילה שומר במלואו, למעט קהילות ספורות שהשמיטו את כל נדרי או אב הרחמים. לא הונהגו אפילו טקסי קונפירמציה לצעירים; משפחתו של בנימין זאב הרצל ערכה את הבר-מצווה שלו בבית הכנסת הגדול של בודפשט ב-1873, אך נאלצה לארח את הקונפירמציה בביתה הפרטי. בהתאם לאופיו הבלתי-אידאולוגי של הארגון הקהילתי, הרבנות הנאולוגית חבקה קשת רחבה: משמאל ניצב לעף הרפורמי – אם כי הוא לא נתן להשקפתו שום ביטוי מעשי, ובבית-הכנסת שלו בסגד לא פעל אפילו עוגב בתפילה – ומאידך היו כמה רבנים שהיו מזוהים בבירור כאורתודוקסים, כמו מרדכי עמרם הירש באובודה ושמואל לייב בריל בפשט. עם זאת, רוב אלה ששירתו בקהילות הלשכה הארצית היו קרובים למדי לקו שהתווה בית-המדרש בבודפשט, ברוח הפוזיטיבית-היסטורית של ברסלאו.
השמרנות היתרה של הנהגת הסמינר, שסלדה מכל עניין שנגע בסוגיות אמוניות, לא רק מנעה כל גלישה לרפורמה עקרונית בפועל, אלא הקשתה אפילו על המחקר התאורטי של ההיסטוריה היהודית. אף מבין המלומדים המעטים בחכמת ישראל שפעלו בהונגריה, העדיפו הרוב להגר לגרמניה, שם יכלו לחקור ולפעול בחופשיות. בסירובה להיגרר לשאלות יסוד, הרבנות הקונגרסאית ראתה עצמה כממשיכת המסורת היהודית שהדגישה את המעש היום-יומי וחיי הקהילה על פני נושאים כאלו (שהפיכתם לליבת היהדות בגרמניה אכן הייתה השפעת הסביבה הפרוטסטנטית); עם זאת, מבקרים מבפנים כמו איגנץ גולדציהר, שהעדיף בינו לבינו גישה רפורמית וראה בה התמודדות כנה עם החיים המודרניים, תיארו אדישות ואילמות אידאולוגית זו כסימן לנרפות. גולדציהר התלונן פעם ביומנו שהממסד הדתי הנאולוגי העצום, ששירת מאות קהילות אך חסר כל עמדה קוהרנטית בשאלות אמונה או הלכה, לא היה אלא "זרם דתי ללא דת" (Konfession ohne Religion).