למרות החקיקה המקיפה, החוקים לא היו אפקטיביים בהגנת הטבע והחי ולא באו לידי ביטוי בפועל משום שהם נועדו בראש ובראשונה לשרת מטרות פוליטיות. מנהיגי גרמניה הנאצית היו נכונים להפר את החוקים כל אימת שהדבר הלם את המטרות שלהם. החוקים להגנת הטבע והחי כללו אי בהירויות, עמימות ופרצות רבות. חודש בלבד לאחר שהחוק להגנת בעלי חיים נחקק בנובמבר 1933, המשטר הנאצי השתמש בהאחדה כדי לסלק את חברי הארגונים לרווחת בעלי חיים מפעילותם בוועדות להגנת בעלי חיים בניסויים שבאוניברסיטאות. המשטר הנאצי סבר כי ניסויים בבעלי חיים חיוניים למחקר ולכן מטרת לשון החוק נזנחה במהירות. בניגוד ללשון החוק, בעלי חיות מחמד סירסו ועיקרו את בעלי החיים שבבעלותם, ובשנת 1936, יו"ר ארגון הווטרינרים בדרמשטאדט הגיש תלונה רשמית נגד חוסר האכיפה כלפי סירוסים ועיקורים בלתי חוקיים.
למשטר הנאצי לא הייתה מחויבות אמיתית לרעיונות של הגנת הטבע והחי. האינטרסים המדיניים, הכלכליים והצבאיים עלו על התועלת הפוטנציאלית של החקיקה הנאצית להגנת הטבע והחי. סוכנויות ומוסדות נאציים רבים הפרו את החוק להגנת הטבע שנחקק בשנת 1935, וההנהגה הנאצית לא הביעה עניין בניסיון לאכוף אותו. שירות התעסוקה של הרייך , שנועד לצמצם את האבטלה, החריב שטחי טבע רבים, ופגע קשות בטבע אולם אף גורם לא ניטר פגיעה זו. מהנדסי האוטובאן התעלמו בשיטתיות מהקריאות שביקשו להבטיח שבניית הכבישים תהיה תואמת לחוק הגנת הטבע. הרמן גרינג אמנם סייע בהעברת החוק להגנת הטבע בשנת 1935, אולם כשר הציד והיערות וכמנהל תוכנית ארבע השנים הוא פעל בניגוד מוחלט לאינטרסים של הגנת הטבע, וגם היטלר גילה בנושא זה עניין מועט. למעשה, הנאומים אותם נשא היטלר העבירו מסרים הרחוקים מהאינטרסים של התנועה לשימור הטבע והחי, וחלקם אף עמדו בניגוד לאג'נדה של תנועה זו. אמירתו הידועה ביותר של היטלר בנושא זה היא קריאתו להגביר את החקלאות על מנת לקדם כלכלה אוטרקית, והוא קיווה כי "אף מטר מרובע לא יישאר בלתי מעובד". בסופו של דבר, למרות הישגים קטנים, התנועה להגנת הטבע והחי נחלה אכזבה גדולה מהמשטר הנאצי בנושא זה, משום שהמשטר הנאצי פגע באזורי טבע והרס בתי גידול יקרי ערך של בעלי חיים לטובת פיתוחים כלכליים, הכנות למאמץ המלחמתי והתפשטות גזענית.
בחקיקה זו היה כרוך תמרון פוליטי רב, ובפועל היה פער בין הרטוריקה למציאות. התקוות הגדולות של חברי התנועה להגנת הטבע והחי התחלפו בתסכול כשהם הבינו שגרמניה הנאצית מפרה למעשה את החקיקה, במיוחד כשההכנות למלחמה הפכו יותר ויותר דומיננטיות במדיניות הנאצית. גם כאשר חברי ההנהגה הנאצית שיבחו את החקיקה להגנת היערות במונחים דרמטיים הם עשו כן לצורכי תעמולה. בפועל, המשטר הנאצי ניצל את היערות בגרמניה ובאירופה הכבושה באופן אגרסיבי משום שתעשיית המלחמה הנאצית דרשה ניצול אדיר של משאבי טבע.
היחס אל בעלי החיים במשטר הנאצי בפועל.
המשטר הנאצי היה מלא בסתירות. מצד אחד, המשטר חוקק חוקים לרווחת בעלי חיים, ומצד שני, משום שהמשטר סבר שאכזריות כלפי בעלי חיים מובילה לאכזריות כלפי בני אדם, נערי היטלר ואנשי האס אס נדרשו להפגין אכזריות כלפי בעלי חיים על מנת להקשיח את לבם. לאחר 12 שבועות של אימונים צמודים עם כלב רועה גרמני, כל חייל אס אס נדרש לשבור את המפרקת של כלבו מול הקצין שלו וזאת כדי לזכות בדרגות. בעשותם כן, הפגינו החיילים משמעת וצייתנות להיטלר - דבר שהיה חשוב הרבה יותר מהפגנת רגשות לבעלי חיים. בשנת 1940, החוקר הגרמני, יוסט הרמאנד , נשלח בגיל 10 למחנה נוער של האס אס. במחנה זה הורו לו לבצע פעולות שמפרות באופן בוטה את החוקים להגנת החי. הרמנד נדרש לשחוט ארנבים ותרנגולים, לשבור ליונים את המפרקת ולבלוע צפרדעים חיות. כמו כן, הנאצים קיימו קרבות דמים בין בעלי חיים.
היחס של הנאצים לבעלי חיים אינדיבידואלים ולבני אדם אינדיבידואלים היה שונה מהיחס שלהם למסות גדולות של בעלי חיים ובני אדם. המנהיגים הנאצים עשויים היו להפגין יחס הולם לחיות המחמד שלהם אולם יחס זה לא מנע שפיכות דמים כלפי מסה של בעלי חיים. הגרמנים נהגו לירות ללא היסוס בכלבים "יהודים". במהלך האנשלוס, הגרמנים הרגו את כל הכלבים של היהודים. מאותה הסיבה, הם ירו למוות גם בכלבים שהיו בגטו ורשה. לאחר שכלב הפודל של מזכירו האישי של היטלר, מרטין בורמן, הותקף בידי כלב האונד , הורה בורמן להספיג את פרוותו של כלב ההאונד בבנזין ולהציתו באש. החוק בגרמניה הנאצית קבע כי יש להמית את כל בעלי החיים המבויתים החולים או הזקנים וכן את חתולי הרחוב, ואלפי חתולים נורו בשל חוק זה בכל שנה. בתגובה כתב בשנת 1937 חוקר החתולים, פרופ' פרידריך שוונגארט (Friedrich Schwangart), בספרו Vom Recht der Katze (בעברית: על זכויות החתולים) כי חתולי הרחוב של גרמניה נמצאים במצב חירום ושהם חייבים לזכות בהגנה משום שבשום מקום ובשום תרבות אחרת, חתולי הרחוב לא מקבלים יחס כזה גרוע כמו בגרמניה הנאצית. ב-15 בפברואר 1942, נכנס לתוקפו חוק שאסר על האזרחים היהודים והאזרחים שאינם ארים להחזיק בחיות המחמד שלהם. החוק אמור היה להיות תקף לכלל אזרחי גרמניה אולם בהתערבותו של היטלר, הוא הוגבל ליהודים ולאזרחים לא ארים בלבד. חוקר הספרות הגרמני, ויקטור קלמפרר, ואשתו אווה, שהחוק חייב אותם, החליטו להעביר בחשאי את חתולם האהוב מסיל לווטרינר כדי שימיתו בזריקה ללא כאבים במקום למסור אותו כמתחייב לידי משטרת הגסטפו - בה היה צפוי לו מוות אכזרי. קלמפרר כתב ביומנו: "אם המשטר לא יקרוס מחר, אנחנו נחשוף את החתול למוות אכזרי או שאחשוף עצמי לסכנה. השארתי את ההחלטה לאווה. החתול הקטן משחק, הוא מאושר ואינו יודע שהוא ימות מחר. אווה לקחה את החתול לווטרינר. היא הייתה נוכחת בזמן שהוא הורדם. החתול לא סבל, אבל היא סבלה".
בספטמבר 1939, ניתנה הוראה להרוג את חיות הטרף שנמצאות בגני החיות בגרמניה. בגן החיות של ברלין נורו למוות כל האריות, הטיגריסים, הנמרים והדובים, למעט מספר גורי אריות שהרמן גרינג לקח לגן החיות הפרטי שלו באחוזת הצייד שלו. בגן החיות בהמבורג כל חיות הבר נורו למוות לרבות אריות, טיגריסים, כלבי ים, אריות ים, סוסי ים וכל הזוחלים. בגן החיות בדרזדן נורו למוות האריות, הטיגריסים ושאר הפנתרים. גן החיות של מינכן הצליח להתחמק מהוראה זו למעט המתה של מספר שימפנזים.
בשנת 1933, במסגרת ההאחדה, כפה המשטר הנאצי על כל הארגונים בגרמניה, שעסקו בקידום צמחונות ובשימור הטבע והחי, להתאחד תחת ארגון נאצי לאומי אחד שנקרא Reichsbund Volkstum und Heimat . כל ארגון שסירב להתמזג עם שאר הארגונים תחת אותו ארגון לאומי - הוצא אל מחוץ לחוק. חברים רבים בתנועה לשימור הטבע והחי התנגדו למהלך זה, הם לא רצו לוותר מרצון על כוחם אולם המשטר הנאצי לא הותיר להם ברירה. התנועה לשימור הטבע והחי הייתה מגוונת ומפוצלת מאוד, ומשמעות ההאחדה הייתה ביטול האוטונומיות של הארגונים השונים והפקעת כוחם וסמכותם, ולכן מיזוג זה פגע קשות בתנועה זו. הארגון Reichsbund Volkstum und Heimat נוסד ב-27 ביולי 1933 ועד סוף שנה זו כלל 5 מיליון חברים, אולם היה קיים פער גדול בין מטרות התנועה לשימור הטבע והחי בגרמניה לבין מטרת ארגון זה. בראש הארגון עמד ורנד הוורבק , צעיר בן 23, שרצה לכונן ארגון ריכוזי שפונה למעמד הפועלים ולנוער, בעוד הארגונים בתנועה לשימור הטבע והחי פנו בעיקר לבני מעמד הביניים האינטלקטואליים. בסופו של דבר, רעיון שימור הטבע והחי במשטר הנאצי התגלה כהתחזות כאשר ארגון לאומי זה פורק בשנת 1935. פירוק זה הותיר למעשה את כל התנועות לקידום צמחונות ושימור הטבע והחי מחוץ לחוק בגרמניה הנאצית. משנת 1935, המשטר הנאצי החל להתנגד יותר ויותר לעובדי מדינה שעסקו בקידום הגנת הטבע והחי. כל העובדים שפעלו לקידום רעיונות אלו שהיו מנוגדים לאינטרס הכלכלי - פוטרו. שר היערות, שפעל לשימור היערות, פוטר בשנת 1937 בעקבות הצורך של גרמניה בכריתת עצים. לאחר מכן, משרד היערות הצהיר שמטרת פיתוח היערות אינה עבור פיתוח יער טבעי אלא עבור פיתוח יער כלכלי. גם יועץ הוועדה לשימור הטבע והחי נאלץ להתפטר מתפקידו.
פיצוץ גני חיות על ידי הצבא הגרמני.
כאשר גרמניה הנאצית פלשה לפולין בספטמבר 1939, המדיניות שלה הייתה להחריב לא רק את ערי פולין אלא גם את התרבות והמדע שלה. הנאצים תפסו את ורשה כעיר פרובינציאלית קטנה שאינה ראויה לגן חיות. ב-25 בספטמבר 1939, יומיים לפני כניעתה של פולין, הצבא הגרמני הפציץ בכבדות את גן החיות של ורשה . ההיסטוריון, פרנק פוקס (Frank Fox) מתאר את שאירע בגן החיות בעת ההפצצה: בעלי החיים צרחו וגססו מפצעיהם. פרוותם הלבנה של דובי הקוטב נצבעה באדום מדם. הפילה קסיה מתה מפגז, וביתה טוזינקה בת השנתיים זעקה במצוקה. ג'ירפה גססה כשרגליה פסוקות לרווחה. בתוך הכלובים, תוכים שעלו באש נופפו בכנפיהם בניסיון לברוח אך נשרפו בחיים. גם הקופים שהיו כלואים בכלובים צרחו בזמן שנשרפו בחיים. כלבי הים נמלטו מההפצצות לנהר ויסלה. יענים ודובי נמלים שוטטו ברחבי העיר. מנהלת גן החיות של ורשה ולימים חסידת אומות העולם, אנטונינה ז'בינסקי כתבה: "ההיפופוטמים והלוטרות איכשהו שרדו. חלק מהדובים, הביזונים, הסוסים, הגמלים, הזברות והזוחלים שרדו גם כן". בתום ההפצצה, הגיע למקום קצין האס אס ומנהל גן החיות של ברלין, לוץ הק , על מנת לבזוז את בעלי החיים ששרדו ולהעבירם לגרמניה. אף על פי שהק הבטיח כי ישמור על בעלי החיים שבזז, חלק מאנשי הגסטפו לא הצליחו להתאפק וירו בהם.