הממשלה הסינית חשדה מיד בכנסיית האל הכול-יכול בשל תורתה האנטי-קומוניסטית והחלה רדיפה קשה באמצע שנות התשעים, כנגד "צעקנים" ו"כנסיית האל הכול-יכול", שההבדלים התאולוגיים שלהם לא היו ברורים לרשויות הסיניות. בשנת 2000, ג'או ויאנג נסעו לארצות הברית, הם נכנסו לשם ב -6 בספטמבר, וב -2001 הם קיבלו מקלט מדיני. מאז הם חיים ומנהלים את התנועה מארצות הברית. בתחילת 2009, חה ג'שון (He Zhexun) שהיה אחראי על העבודה של הכנסייה בסין, נעצר על ידי השלטונות הסיניים. ב -17 ביולי 2009, Ma Suoping (אישה, 1969-2009), אשר לקחה לעצמה את תפקידו של ג'קסון, נעצרה גם על ידי המשטרה הסינית ומתה בעת מעצרה.
למרות הרדיפה הממשלתית, והעובדה שכמה ממנהיגי הכנסיות הנוצריות הגדולות האשימו את כנסיית האל הכל-יכול בכפירה, הכנסייה גדלה בסין, ולפי מקורות רשמיים סיניים הגיעה לשלושה או אפילו ארבעה מיליון חברים בשנת 2014, אף על פי שחוקרים רואים בנתונים אלה הגזמה מסוימת. מאז הרצח של זאויואן במקדונלד'ס בשנת 2014, הרדיפה בסין החריפה, וכמה אלפי חברים נמלטו לחו"ל, שם הקימו כנסיות בדרום קוריאה, ארצות הברית, איטליה, צרפת, ספרד, קנדה, יפן, הפיליפינים ומדינות אחרות, בנוסף לאלה שהוקמו בהונג קונג ובטייוואן, עם חברים שאינם סינים שהצטרפו לתנועה. תוצאה בלתי מתפשרת של התפוצה הייתה פריחה, בארצות שבהן כנסיית האל הכל-יכול יכולה לפעול בחופשיות, של ייצור אמנותי ניכר של תמונות וסרטים, עם מספר סרטים שזכו בפרסים בפסטיבלי סרטים נוצריים.
אמונות.
שלושה גילאים.
"הברק המזרחי", לפי הכנסייה, הוא ישו המשיח החוזר כאל הכל-יכול, ממדינה במזרח, סין, לפתוח את העידן השלישי של האנושות, עידן הממלכה, אשר עוקב אחר עידן החוק, כלומר זמן התנ"ך, ואת עידן החסד, אשר הלך מלידתו של ישו עד כניסתו של אל הכל-יכול במאה ה-20. עם הקרבה של ישו על הצלב, החטאים של בני האדם נסלחו, אבל האופי החטיאי שלהם לא נמחק. בעידן הממלכה, אל הכל-יכול עובד כדי לחסל את אופי חטאי. במילותיו של האל הכל-יכול עצמו, "כל תוכנית הניהול שלי, תוכנית המשתרעת על פני ששת אלפים שנה, מורכבת משלושה שלבים, או שלושה גילאים: עידן החוק בהתחלה, עידן החסד (שהוא גם עידן הגאולה), ועידן הממלכה בימים האחרונים, עבודתי בשלושת הגילאים האלה שונה בתוכן לפי אופיו של כל גיל, אך בכל שלב הוא מתאים לצרכיו של האדם"; ו: "אם כי ישוע עשה עבודה רבה בקרב האדם, הוא רק השלים את גאולת כל האנושות והיה קורבן החטא של האדם, ולא התפטר האדם מכל נטייה מושחתת שלו ... וכך, לאחר האדם נסלח מחטאיו, אלוהים חזר לבשר כדי להוביל את האדם לעידן החדש".
כתבי הקודש.
בכנסיית האל הכל-יכול, ביבליה מתקבלת ככתבי הקדוש עבור עידן החוק ועידן החסד, אף שהם טענים כי "נרשמה על ידי בני אדם, היא מכילה הודעות מאלוהים וכמה תובנות אמת, אשר מועילים לדעת את עבודת האלוהים בעידן החוק ובעידן החסד, אך היא נושאת גם טעויות אנושיות רבות ". בימינו, הכנסייה מאמינה כי אנו מוצאים מדריך בטוח יותר בהיגוי האל הכל-יכול, אשר נרשם בספר המסיבי "המילה מופיעה בבשר", המורכב מיותר ממיליון מילים, תוך התייחסות למספר שאלות של היסטוריה קדושה, תאולוגיה, אתיקה ורוחניות, ונחשב לנורמטיבי על ידי התנועה.
מילניאליזם.
כנסיית האל הכל-יכול מלמדת צורה של מילניאליזם. עידן הממלכה אינו מבולבל עם עידן המילניום, זמן עתידי בעקבות האסונות האפוקליפטיים המתנבאים בביבליה, כאשר המסר של האל הכל-יכול יתקבל בכל הארצות, טבעו החוטא של האדם ישתנה, ובני האדם מטוהרים על ידי עבודת אלוהים יחיו לנצח על פני האדמה. לדברי הכנסייה, לאחר שאל הכל-יכול המתגלם (אשר, לדעתם, לא מיועד לחיות לנצח על פני כדור הארץ) ישלים את עבודת אל על כדור הארץ בימים האחרונים, קטסטרופות נבואות ב-"ספר ההתגלות" של ביבלייה יבוא, בצורה של רעב, רעידות אדמה ומלחמות. עם זאת, "כדור הארץ לא יושמד, ומי שטוהר על ידי אל יישמר בקטקליסמים של הימים האחרונים, ויחיה על פני האדמה לנצח". לדברי חוקר אמריקאית הולי פולק (Holly Folk), "החלוקה של ההיסטוריה למספר תקופות משקף את השפעתם של "אחיו של פלימות' "() ומיסיונרים אוונגליסטים אחרים בסין. דיספנסציונליזם, שיטה של פרשנות של ביבליה התומכת בתפיסה קוסמית של ההיסטוריה הכוללת את ימים האחרונים, פותחה במאה התשע-עשרה על ידי ג'ון נלסון דארבי (John Nelson Darby), "אף על פי שיש גם הבדלים בין דארבי לבין “כנסיית האל הכל-יכול”.
הדרקון האדום האדיר.
"כנסיית האל הכל-יכול" מאמינה כי אל הכל-יכול הוא חזרתו של ישוע בימינו ונולד בסין, מדינה, על פי הכנסייה, מייצגת באותו זמן את המקום שבו הדרקון האדום האדיר הרשע של ספר ההתגלות מתגלם במפלגה הקומוניסטית הסינית והיכן מגיע גם ביאתו השנייה של ישוע המשיח. כפי שציינה אמילי דאן, התאולוגיה שמזהה את הדרקון האדום האדיר עם כוח פוליטי הרודף את הנוצרים לא הומצאה על ידי כנסיית האל הכל יכול, אבל יש מסורת ארוכה בקרב הנוצרים הסינים, כולל הצעקנים.
חוסר סקרמנטים; פולחן.
כנסיית האל הכל-יכול מאמינה כי הסקרמנטים (טקסים נוצריים), כולל הטבילה, היו נוהלי עידן החסד ואין להם מקום בעידן הממלכה. לפיכך, אין טבילה בכנסיית האל הכל-יכול, ובן אדם הופך לחבר של הכנסייה על ידי הודה כי האל הכל-יכול הוא הביאה השנייה של ישו הנביא והופעה היחידה של אל אמיתי בימים האחרונים, מוכנות להתפלל בשם האל הכל-יכול, ויכולת להבין ולקבל את האמונות של כנסיית האל הכל-יכול. חוסר של הסקרמנטים אינו אומר כי התכנסות יחד, תפילה וסגוד לאל אינו חשוב עבור חברי הכנסייה של אל הכל-יכול. הם "מתקיימים" באופן קבוע על ידי מפגש ודיון בכתבי הקודש שלהם, דרשות שמיעה, מזמורי שיר, שיתוף עדויות; החוקר האיטלקי מסימו אינטרוביין (Massimo Introvigne) מציין כי במובן זה "עוצמת החיים הדתיים מנוגדת לסגנון מינימליסטי של פולחן".
מחלוקות.
האשמות על פשעים חמורים נגד כנסיית האל הכל יכול, אשר מופיעות לעיתים קרובות בתקשורת, באות משני מקורות: המפלגה הקומוניסטית של סין וכנסיות נוצריות אחרות. הממשלה הסינית ותקשורת מאשימים מדי פעם את כנסיית האל הכל יכול בפשעים. ההאשמות השכיחות ביותר עוסקות בארבע תקריות מרכזיות: רצח פולחן במקדונלד'ס בזאויואן בשנת 2014, משיכת עיניו של ילד צעיר ב-2013 בשאנסי, חטיפת מנהיגים נוצריים ב-2002, והפרעות הקשורות להודעות סוף העולם שאמור להתרחש בשנת 2012.
מקורות רשמיים סיניים מזכירים לעיתים גם האשמות אחרות. בשנת 2017 חוקרים ממערב, כולל מאסימו אינטרוביג (Massimo Introvigne) 'והולי פולק (Holly Folk), שעשו מחקרים על הכנסייה, הוזמנו לחנאן (Henan) על ידי "האגודה הרשמית נגד הפולחן של סין" לכנס על כתות מסוכנות ו-"כנסיית האל הכל-יכול". כנס שני אורגן על ידי אותה "האגודה הרשמית נגד הפולחן של סין" מאוחר יותר, בשנת 2017, בהונג קונג, והחוקרים קיבלו מאנשי אכיפת החוק הסינים מידע ומסמכים על הפשעים האחרונים המתייחסים ל"כנסיית האל הכל-יכול" ואשמתה. לטענתם, ההאשמות הנוספות מופיעות לעיתים רחוקות ופחות נתמכות על ידי מסמכים ביחס להאשמות בנוגע לארבע התקריות המרכזיות.
אף על פי שהכנסייה מואשמת לעיתים קרובות ב"ניגוד למשפחה ", מחקר שפורסם על ידי אותו אינטרוביג בשנת 2018 ב"כתב העת הבינתחומי לחקר הדתות של אוניברסיטת ביילור" טען כי למעשה התאולוגיה של המשפחה היא מסורתית למדי ושמרנית, ומציג סקר עדות לכך שרוב החברים הסינים שנמלטו לדרום קוריאה, ארצות הברית והפיליפינים הוסבו לכנסיית האל הכל-יכול על ידי בני משפחתם.
רצח פולחן במקדונלד'ס בזאוויאן.
ב -28 במאי 2014, שישה "מיסיונרים" שטענו כי הם מייצגים את "האל הכל-יכול" עוררו זעקה לאומית כאשר הם תקפו והרגו אישה במסעדת מקדונלד'ס בזאוויאן (Zhaoyuan), עיר במחוז שנדונג בסין. חמישה מהמיסיונרים (השישי היה קטין) נשפטו והורשעו ב -10 באוקטובר. שניים מהם נידונו למוות והוצאו להורג ב -2015, אחד למאסר עולם, והשנים אחרים ל-7 ול-10 שנות מאסר.
רצח מקדונלד'ס נחקר מאוחר יותר על ידי חוקרים של תנועות דתיות חדשות כגון אמילי דאן (Emily Dunn), דוד ברומלי ומאסימו אינטראווין. הם הגיעו למסקנות שונות ביחס לדו"חות קודמים של רוב התקשורת הסינית והמערבית, וטענו שהמתנקשים הם חלק מפולחן קטן ועצמאי שאינו קשור ל"ברק המזרחי", שהשתמשו במילים "האל הכל-יכול " בשל לציין את "אליל כפול"- שתי מנהיגות התנועה. ג'אנג פאן (בתו של המתנקש הראשי, ג'אנג לידונג, הוצאה להורג עם אביה ב-2015) ולואי יינגצ'ון (Lü Yingchun). במשפט, הנאשמים ציינו במפורש כי אף על פי ששניהם השתמשו בשם "אל הכל-יכול", הקבוצה שלהם ו"כנסיית האל הכל-יכול" בראשות ז'או וויישן הם שני ארגונים שונים. אחת המנהיגות, לואי יינגצ'ון, הצהירה, "המדינה מסווגת את "כנסיית האל הכל-יכול" המזויפת של ג'או וויישאן ככת רעה, ואנו מכנים אותם "רוחות רעות". רק ג'אנג פאן ואני... יכולנו לייצג את הכנסייה האמיתית של האל הכל-יכול. ג'אנג פאן ואני הן הדוברות הייחודיות של אל הכל-יכול. הממשלה מתנפצת על האל הכול-יכול שז'או ויישן מאמין בו, לא על 'אל הכל-יכול' שאנו מזכירים. הם "אל הכל-יכול" מזויף, אך אנחנו "אל הכל-יכול" אמיתי.
התקשורת הסינית פרסמה לאחר מכן את הודאות המאסר של שתיים מחברי הקבוצה שנמצאות בכלא, לואי יינגצ'ון וג'אנג פאן, ואומרות כי הן "מחונכות מחדש". הם טוענים כי מנהיגי הקבוצה קראו ספרות של "כנסיית האל הכל יכול", אבל תומכים בזה שהם תנועה אחרת עם אמונות הליבה השונות.
מקרה של גואו שיאובין.