קנריס חיכה ארבע שנים לפני שניסה להשיג את הזיכוי לבלוך, כי סוגיית הרקע של בלוך לא עלתה עד אז. רבים מלוחמי מלחמת העולם הראשונה שקיבלו עיטורים נהנו ממספר שנים של יחס מיוחד או של אי-התייחסות לחוקי הגזע. רק ב-1939 הרקע היהודי של בלוך עלול היה לסבך אותו. הבקשה להכיר בו כארי כללה את העבר הצבאי שלו, מסמכים מבית הספר התיכון והקולג' והמלצות ממורים וממפקדים, וכן תצלומים של הפרופיל שלו. המסמך הרשמי המכיר בו כארי בוודאי היה דומה לפורמט הסטנדרטי:
על ידי כך היו בלוך וצאצאיו מוגנים מפני אפליה גזעית.
ב-1944 הופיע בלוך בין 23 קולונלים ברשימה של 77 קצינים בכירים בצבא גרמניה שהיו ממוצא יהודי חלקי או נשואים ליהודיות וקיבלו את ה"זיכוי" כבעלי דם גרמני בחתימתו של היטלר. הרשימה הוכנה לפי הוראתו של היטלר, לצורך פיטוריהם מהצבא בשלב מאוחר של המלחמה.
התנהלותו במבצע חילוץ האדמו"ר ואחריו.
בקרב חסידי חב"ד רווחה מסורת שלפיה מנהיג החסידות בתקופת מלחמת העולם השנייה, האדמו"ר רבי יוסף יצחק שניאורסון (אדמו"ר הריי"צ), ניצל במבצע חילוץ שבראשו עמד חייל יהודי גרמני. הסיפור נראה בעבר פנטסטי מכדי להיות אמיתי. החוקר בריאן מארק ריג הצליח לאמת את הסיפור ולזהות את הקצין כארנסט בלוך, אשר נשלח בראש קבוצת אנשים על ידי ראש האבווהר, האדמירל וילהלם קנריס, להציל את האדמו"ר, שנלכד בוורשה בעקבות הכיבוש הנאצי. הרבי הסתתר באותו זמן עם 18 קרובי משפחתו מפני הנאצים. מציאת הרבי הייתה אתגר גדול, מכיוון שהיהודים חששו שבלוך מחפש את הרבי כדי לעוצרו ולא כדי להצילו. כדי להרגיע את היהודים המבוהלים שהיו עם הרבי, אמר להם בלוך כי גם הוא יהודי, כפי שהעיד מאוחר יותר מזכירו של הרבי, חיים ליברמן. בלוך בחר לביצוע המשימה שני חיילים נוספים, גם הם יהודים למחצה. הוא הגיע אל הרבי והעלה אותו ואת קרוביו לרכבות במחלקה ראשונה, ותוך סיכון רב הביא אותם לברלין. כמה ימים אחר כך הצליח להעבירם ברכבת את הגבול הלטבי, ומשם הגיעו לריגה בירת לטביה, ולבסוף לארצות הברית.
בבחירתו את בלוך ואת שאר האנשים, ובהם עוד אנשים שהיו ממוצא יהודי, לביצוע המשימה, סיכן קנריס את חייהם. הוא ידע על קיומן של יחידות האיינזצגרופן שהקים ריינהרד היידריך בהוראה ישירה מהיטלר ושהתלוו לצבא וחיסלו גורמים לא רצויים, בעיקר יהודים, ואת האליטה הפולנית. קנריס הבין שהמבצע יהיה עדין ומסובך, וידע היטב שעליו להפקיד את משימת ליווי האדמו"ר אל מחוץ לפולין בידי בלוך, שהיה קצין מצטיין בוורמאכט ויהודי למחצה. נראה שבלוך גם היה שותף לסלידתו של קנריס מהמדיניות האנטישמית של הרייך. מאחר שהאבווהר היה אחראי על מודיעין צבאי, לא היה מבצע חילוץ האדמו"ר במסגרת תפקידיו, וקנריס ידע שהוא זקוק למישהו שיוכל לסמוך עליו. ייתכן שבחר בבלוך לא רק משום שהיה חייל מצטיין, אלא גם בשל הרקע היהודי שלו, שכן הגיוני לשלוח אדם ממוצא יהודי להציל את חייו של הרב, למרות האירוניה שבהיותו קצין מצטיין בוורמאכט.
חברו של בלוך למשימה, סמל קלאוס שנק, יהודי למחצה מצד אמו, סיפר שבמהלך הבריחה מוורשה, בלוך יעץ לרב ולאנשיו שיהיה עליהם לבצע את הוראותיו במדויק, והזהיר אותם שייתכן שיהיה עליו לנהוג בהם בקשיחות כדי למנוע חשדות מצד אנשי אס-אס או מצד גרמנים אחרים. בלוך הסביר שבמצבי חירום קשים ייתכן שיהיה חייב לגעת בחלק מהנשים, אף על פי שיעשה כמיטב יכולתו להימנע מפגיעה כזאת ברגשותיהם הדתיים.
במהלך המסע, הרבי שאל את בלוך מדוע הוא מציל אותם. כאשר בלוך חשף את מוצאו האתני, הרבי שאל אותו אם הוא מרגיש יהודי. בלוך קרוב לוודאי נרתע מהשאלה והיסס. הוא השיב בשלילה, אבל הודה שהעבר היהודי שלו מאז ומתמיד סקרן אותו. תגובת הרבי הייתה: "יש בך נשמה יהודית עזה".
נשאלת השאלה אם בלוך ביצע את משימת חילוץ הרבי רק משום שקיבל פקודה לעשות זאת, או שבהתחשב במוצאו היהודי נרתם לך ברצון, ואולי משום כך סירב לוותר כאשר הסתבר שכל כך קשה לאתר את הרבי. לאחר שבלוך הצליח במשימה, קנריס הרשה או הורה לו להיות אחראי על משימות אחרות להצלת יהודים אחרים, ואולי בכלל זה אדמו"ר חסידות גור, אברהם מרדכי אלתר, מזכירתו של בלוך טענה שמאוחר יותר הוא סייע לשתי משפחות יהודיות להימלט לשווייץ.
אחריתו.
לאחר הצלת הרב שניאורסון ופמלייתו, חזר בלוך לתפקידו כאיש מודיעין העוסק בריגול תעשייתי, ובסוף 1940 הוא קודם לדרגת לוטננט-קולונל. הוא היה אז מפקדם של 40 קצינים ואנשי סגל. הוא סעד מדי פעם עם תעשיינים כמו גוסטב קרופ פון בוהלן אונד הלבך ומקס שלנקר, הוא זכה באמונם של מנהלים בכירים, כולל אלה של הקרטל הענק אי גה פארבן, שייצר אלפי מוצרים עבור הרייך השלישי, ובכלל זה הגז ציקלון בה ששימש לרצח יהודים בתאי הגזים, ובנה מפעל גדול באושוויץ שהשתמש בעובדי כפייה, אותם העביד עד מוות. בלוך סיפק לצבא מידע על היכולות התעשייתיות של מדינות שונות והסתייע בקשריו כדי להציב מרגלים בחו"ל. בתחילת 1941 הוטל עליו להעריך את היכולות התעשייתיות של בריטניה, ארצות הברית וברית המועצות. היו אלה משימות לא פשוטות שעל ביצוען הוענק לבלוך עיטור. ההערכה הרבה לבלוך התבטאה גם בכך שפילדמרשל ולטר פון רייכנאו ביקש לצרפו למטהו בארמייה הדרומית כדי לייעץ בנושאים כלכליים אך בקשתו נדחתה.
בלוך המשיך לשרת באבווהר עד לאישור בקשתו להישלח לחזית הרוסית כמפקד גדוד באפריל 1941 והצבתו ליד קייב. קודם לכן דחה הצבא בקשות של בלוך להתמנות למפקד בשדה הקרב בגלל גילו. לא ברור מה שינה את עמדת הצבא בעניינו, אבל מספר קצינים נוספים באבווהר נשלחו לחזית באותו הזמן. אפשר לתהות מדוע בלוך עזב את האבווהר כדי להשתתף בקרבות. בנו ומזכירותיו העלו את הסברה שהוא עשה זאת משום שזאת הייתה הדרך היחידה שלו לקידום ומשום שהרגיש שהוא שייך לשם, כי העדיף ככל הנראה את השירות בחזית על פני השירות במשרד.
במהלך קרב קורסק פיקד בלוך על יחידות עורפיות בשמירה על קווי הקשר והאספקה ליחידות בחזית. בשלב זה הוא פיקד על אלף חיילים והיה במגע שגרתי עם האויב. בכל פעם שאנשיו נכנסו לקרב עם הרוסים, הוא מיד הגיע למקום ולקח חלק בלחימה. לאחר תבוסת הגרמנים בקורסק, הוביל בלוך את הגדוד שלו בנסיגה מאורגנת תוך כדי קרבות אכזריים בתנאים קשים ביותר. תוך שלושה חודשים, הדיוויזיה של בלוך נסוגה למעלה מ-400 ק"מ לאזור שמסביב לעיר ז'יטומיר שבאוקראינה, כ-113 ק"מ מערבית לקייב. בלוך עסק שם בהצבת יחידות חי"ר וארטילריה ויחידות מיוחדות לאורך קו ההגנה שלו. הוא לן כל לילה בגזרה אחרת של החזית לצד אנשיו, מחשש לקרבות גרילה עם הפרטיזנים, שהוא ואנשיו לא היו רגילים להם ושבהם היו מעשי אכזריות קשים משני הצדדים. למרות זוועות המלחמה, בלוך שאב גם הנאה מהלחימה. יחד עם תיאור הקשיים, הוא כתב לרעייתו: " אני מרגיש טוב מאוד נוכח האפשרות שהייתה לי לחוות קטע ממשי מהמלחמה הזאת". מהמכתבים של בלוך לרעייתו ניתן להסיק שהמניע של בלוך בלחימתו היה הרצון להגן על מולדתו מפני הקומוניזם. הוא לא חיבב את היטלר, אבל הוא פחד יותר מהסובייטים.
בספטמבר 1944 גילה היינריך הימלר שלבלוך, שכבר היה אז קולונל, היה הורה יהודי. אחד הקצינים במשרדו של הימלר כתב ב-15 בספטמבר 1944 לשלישו הצבאי של היטלר, גנרל וילהלם ברגדורף, שהימלר דורש את שחרורו של בלוך ומבקש שיישלח לגדוד של עבודות כפייה. ב-26 בספטמבר 1944, השיב ברגדורף לפניית משרדו של הימלר ואישר שבלוך שוחרר, אך הוסיף שב-1943 ביקש בלוך להישלח לחזית, למרות פציעותיו במלחמת העולם הראשונה. עובדה זאת וגם העובדה שבלוך תואר כ"נציונל-סוציאליסאט חיובי", לא עזרו לבלוך, והוא עזב את תפקידו ב-27 באוקטובר 1944. ב-15 בפברואר 1945 חתם היטלר על הפקודה הרשמית המשחררת את בלוך בשל מוצאו היהודי. ברגדורף הודיע לבלוך על שחרורו באופן רשמי: "הפיהרר החליט לשחררך משירות פעיל מיום 31 בינואר 1945. לכבוד הוא לי להודות לך בשם הפיהרר על שירותך במשך המלחמה ובעתות שלום למען עמנו ומולדתנו. אני מאחל לך כל טוב בעתיד. הייל היטלר." בלוך היה המום, משום שידע כי היטלר עצמו הכריז עליו בעל דם גרמני. חבר קרוב של בלוך, ולטר ברוקהוף, כתב ב-31 באוקטובר 1945 לאשתו של בלוך, סבין, כדי לשאול מדוע בלוך שוחרר. ברוקהוף כתב: "אין משחררים קצין אמיץ ולמוד קרבות מהחזית בתקופה של סכנה גדולה כל כך. יש רק קצינים ספורים ברמתו".