החדשות על השתלטות בית ברגנסה הפורטוגזי על המלוכה בפורטוגל לאחר מרד מוצלח כנגד המלך פליפה השלישי מספרד ההבסבורגית הגיעו למקאו ב-1642, שנתיים אחרי שהמאורע התרחש בפועל. תושבי מקאו חגגו את המאורע במשך עשרה שבועות, ולמרות שירדה מעושרה שלחה מקאו מתנות לז'ואאו הרביעי מלכה החדש של פורטוגל. בתמורה העניק המלך את התוספת "אין נאמנה ממנה" לתוארה של העיר. מקאו הייתה מעתה "עיר בשם האלוהים, אין נאמנה ממנה" (Cidade do Santo Nome de Deus de Macau, Não há outra mais Leal). מצד שני לפירוק האיחוד בין ספרד ופורטוגל הייתה השפעה שלילית - ב-1644 נסגר נתיב הסחר בין מקאו למנילה הספרדית.
ב-1685 הסתיים המעמד המועדף שקיבלו הפורטוגזים במסחר עם סין, לאחר שקיסר סין החליט לפתוח את המסחר עם כל המדינות הזרות. במהלך המאה שבאה אחר כך הצטרפו אנגליה, הולנד, צרפת, דנמרק, שוודיה, ארצות הברית ורוסיה לסחר עם סין וסוחרים ממדינות אלו הקימו תחנות מסחר במקאו ובגואנגג'ואו.
אירועים אלו אילצו את הסוחרים במקאו לשנות דפוסי מסחר. ביודעם כי לפורטוגל, מדינת האם, אין משאבים לתמוך במסחר ארוך טווח השאירו הסוחרים של מקאו את המסחר עם אירופה בידי סוחרים מהולנד ואנגליה והתמקדו במסחר בין סין לשווקים מקומיים באסיה כדוגמת העיר מקאסאר באי סולוואסי, האיים סולור, פלורס, וטימור, ממלכות וייטנאם, ואיוטאיה (כיום תאילנד), בנגל וקולקטה בהודו, בנג'רמסין באי בורנאו והעיר באטוויה שבג'אווה. המסחר כלל ייצוא של תה, משי וחרסינה מסין וייבוא של תבלינים דוגמת פלפל ואגוז מוסקט, עצי סנדל ריחניים, כותנה ואופיום. המסחר בין השווקים במזרח אסיה, אף שלא הניב רווחים כמו המסחר בעבר עם יפן, נשא פירות, ובמקאו התבסס מעמד סוחרים, סינים ופורטוגזים.
בספטמבר 1808, בתקופה בה הייתה פורטוגל בת ברית של צרפת תחת שלטון נפוליאון בונפרטה, נכבשה מקאו לזמן קצר על ידי חיל משלוח בריטי בראשות תת-אדמירל ויליאם אובראיין דרורי (William O'Brien Drury) בתואנה של הגנה מאיום צרפתי. חיל המשלוח התפנה לאחר שהסינים ריכזו צבא גדול בשערי היישוב.
עד 20 באפריל 1844 הייתה מקאו תחת תחום השיפוט של המושבות ההודיות של פורטוגל, תחת שליטת מושל הודו הפורטוגזית, המכונות המדינה הפורטוגזית של הודו ("Estado português da India"), אך לאחר תאריך זה הוכרזה מקאו בצו מלכותי, יחד עם מזרח טימור והאי סולור כמחוז מעבר לים של פורטוגל. בנוסף הורה הצו להעביר את כל סמכויות הממשל מידי ה"ליאל סנאדו" (הגוף ששלט חלקית בנעשה במקאו) לידי המושל הממונה. הסינים דחו צעד חד צדדי זה. חוזה השלום, הידידות והמסחר בין סין לארצות הברית נחתם במקדש גְווָאן יִין טָאנְג, המקדש העתיק ביותר במקאו השוכן בכפר וָאנְגְשְׂיָה (מונג הא בקנטונזית תקנית) שבחצי האי מקאו ב-3 ביולי 1844. המקדש, המתוארך לתקופת שושלת יואן (1368-1279) היה מקום מושבו של המנהלן הסיני שהיה אחראי לנושאים הקשורים לזרים. החתימה על החוזה סימנה את תחילת הקשרים בין סין לארצות הברית.
אפקט הונג קונג.
לאחר שסין מסרה את הונג קונג לבריטים ב-1842 התערער עוד יותר מעמדה של מקאו כמרכז סחר אזורי מרכזי, משום שספינות הסוחר הגדולות העדיפו לעגון במימיו העמוקים של נמל ויקטוריה שבהונג קונג.
ההשפעה המדינית.
במאמץ לעצור את ההידרדרות במצבה של מקאו הכריזה פורטוגל ב-1845 על מקאו נמל חופשי. עד 1849 שילמה פורטוגל דמי שכירות לסין בגין מקאו. באותה שנה הכריזה פורטוגל על עצמאות המושבה מסין, סגרה את בית המכס הסיני במושבה, גרשה את הפקידים והחיילים הסינים מתחומי היישוב, והטילה מיסים על התושבים הסינים. הממשל הסיני, שנחלש בעקבות מלחמת האופיום הראשונה, לא יכול היה להגיב ישירות על הכרזה זו, ותגובתו הייתה עקיפה. ב-22 באוגוסט 1849 נרצח מושל מקאו, ז'ואאו פריירה דו אמארל (João Maria Ferreira do Amaral) וידו הימנית וראשו נכרתו. במקאו התרוצצו שמועות כי הסינים מתכוונים לתקוף את המושבה וכי הם ריכזו לשם כך כוחות במצודת בָּאישָׁאלִינְג הסמוכה. בתגובה יצא סגן צעיר ממוצא אירואסייתי בשם ויסנטה ניקולאו דה משקיטה (Vicente Nicolau de Mesquita) ותקף בראש כוח קטן של חיילים פורטוגזים את המצודה וכבש אותה. שני האישים הפכו לגיבורים בנרטיב של תושבי המושבה ממוצא פורטוגזי, וב-1940, כאשר סין הייתה שקועה עמוק במלחמת סין–יפן השנייה, הוצבו במקאו פסליהם מארד כהתרסה כנגד התביעה הסינית להחזרת הריבונות על המקום.
באותה שנה השתלטה פורטוגל גם על האי וָאנְדְזָאי שמצפון למקאו, אך מסרה אותו בחזרה לסין ב-1887. לעומת זאת השתלטו הפורטוגזים על טייפה (בג'יוטפינג Tam5 Zai2, בפין-יין Dàngzǎi) וקולואן (בג'יוטפינג Lou6 Waan4 ובפין יין Lùhuán), שני איים השוכנים דרומית למקאו, בין 1851 ו-1864. מקאו ומזרח טימור אוחדו שוב כמחוז מעבר לים של פורטוגל תחת גואה ב-1883. הפרוטוקול המסדיר את היחסים בין סין לפורטוגל (שנחתם בליסבון ב-26 במרץ 1887) וחוזה בייג'ינג ("Tratado de Amizade e Comércio entre a China e Portugal", בעברית - "חוזה ידידות ומסחר בין סין לפורטוגל", שנחתם בבייג'ינג ב-1 בדצמבר 1887) אישרו את "השליטה והממשל הנצחיים" של פורטוגל על מקאו (תחת התחייבות פורטוגל בחוזה "שלא להעביר את מקאו והשטחים הנלווים לה לריבונות אחרת בלא הסכמת סין"). טייפה וקולואן נמסרו אף הם לפורטוגל, אך קו הגבול עם סין לא שורטט. האי הקטן "אילהה ורדה" (Ilha Verde פורטוגזית "האי הירוק", בסינית 青洲 בפין יין Qīngzhōu) מצפון מערב לחצי האי נכלל בטריטוריה של מקאו ב-1890, ועד שנת 1923 הפך חלק מחצי האי בעקבות מיזם של ייבוש הים.
הפורטוגזים השתלטו ב-1938 לתקופה קצרה על האיים שהם כינו לפּה (Lapa בסינית וָאנְדְזָאי), דום ז'ואאו (Dom João, בסינית שְׂיָאו חֶנְגְצִ'ין) ומונטניה (Montanha, שפירושה "הר" בפורטוגזית. בסינית דָה חֶנְגְצִ'ין). אלא שהיפנים שכבשו את האזור ב-1941 לא הכירו בריבונות פורטוגזית על האיים וגרשו מהם את הפורטוגזים. עם סיום המלחמה הוחזרו האיים לריבונות סין והם כיום בתחום השיפוט של הנציבות העירונית ג'וּהָאי.
ההשפעה הכלכלית.
באמצע המאה ה-19 הייתה מקאו שרויה במשבר כלכלי. כמעט כל הסחר הימי שהתבצע עד אז דרך הנמל הרדוד שלה עבר לנמל המים העמוקים שפעל במושבה הבריטית החדשה הונג קונג שהוקמה בצד השני של הדלתה של נהר הפנינה. על מנת לשרוד נקט הממשל במקאו בשני צעדים. האחד, ריכוז המסחר במונופולים שניתן היה לגבות מהם מסים. מאמצע המאה ה-19 נקבע מונופול לכל ענף כלכלי. כך למשל היו מונופולים על מכירת דגים, בשר חזיר, מלח וכו'. הצעד השני היה התמחות בענפים כלכליים שלא פעלו בהונג קונג ובקנטון השכנות. מקאו התבססה על שלושה ענפים עיקריים, המסחר בעובדים זרים (קולים, בפועל עבדות בשם אחר), המסחר באופיום וענף ההימורים. בשל לחץ ציבורי הופסק המסחר בעובדים זרים, ולכן מ-1860 ועד 1900 התמקדה המושבה במסחר באופיום ובהימורים. שני ענפים אלו היוו ב-1910 70% מהכנסות הממשל המקומי. בלחץ בינלאומי הופסק המסחר באופיום במאי 1946, אבל ההימורים ממשיכים להיות גם כיום נדבך כלכלי חשוב מאוד בכלכלת מקאו ואחד המעסיקים הגדולים ביותר של תושבי מקאו.
בתקופה זו החלה לפעול תעשייה קלה. במקאו קמו בתי חרושת לתה, לגפרורים, לזיקוקין די-נור, לטבק ולצמנט. מגזר זה של הכלכלה של מקאו היה שולי עד שנות ה-70 של המאה ה-20 ואז חלה בו התפתחות והתרחבות רבה. גם ענף המסחר עם סין, אף שהצטמצם מאוד בהשפעת הונג קונג, לא נעלם לחלוטין. סוחרים, סינים ברובם, המשיכו לסחור עם מקומות שונים בסין ובדרום-מזרח אסיה כשמקאו משמשת תחנת ביניים. גם בחלק מפעילויות סחר אלו, למשל ייבוא, מכירה וייצוא של נפט קבע הממשל במונופול את החברה הפרטית הזכאית לעסוק בפעילות זו.
סחר עבדים.
מ-1848 ועד תחילת שנות ה-70 של המאה ה-19 הייתה מקאו ידועה לשמצה כנמל המוצא בסחר הקולים (לכאורה עובדים בשכר, בפועל עבדות בשם אחר) מדרום סין. רובם נחטפו ממחוז גואנגדונג והוסעו באוניות דחוסות לקובה, לפרו ולנמלים אחרים באמריקה הדרומית על מנת לעבוד במטעים או במכרות. רבים מתו בדרך לשם בשל תת תזונה או מחלות. ה"דיאה דל מאר" (Dea del Mar) שהפליגה ממקאו לנמל קלאו בפרו ב-1865 כשעל סיפונה 550 סינים הגיעה לטהיטי כשרק 162 מתוכם עדיין בחיים.
הימורים.
בתרבות הסינית מקובל מאוד לשחק משחקי לוח, דוגמת מה-ג'ונג, תמורת כסף; יותר מכך, אצל חלק מהסינים נחשב רק משחק שבו כסף מחליף ידיים כמשחק "אמיתי". עם זאת קיימת אצל הסינים דיכוטומיה בין הגדרת עיסוק במשחק חברתי, גם אם הוא מלווה בהפסד כספי ניכר, כ"משחק" (waan2 בג'וטפינג), מונח בעל משמעות חיובית המציין פעילות חברתית רצויה, לבין הגדרת העיסוק כ"הימור" (do2), מונח בעל משמעות שלילית המתאר התמכרות להימורים עד כדי פגיעה בחובותיו של האדם כלפי חבריו ומשפחתו. בשל הפופולריות של משחקי מזל אצל הסינים הייתה פעילות של הימורים נפוצה בסין, אם כי השלטונות ראו פעילות זו בעין רעה ולעיתים קרובות אסרו עליה. במקאו, כבכל סין, היו ההימורים נפוצים, אלא שבמקאו, שלא כמו בסין, ראו בהימורים קרש הצלה כלכלי. לכן התיר המושל איזידורו פרנסישקו גימראינש (Isidoro Francisco Guimarães) את פעילות הימורים באופן רשמי החל משנת 1847. באמצע המאה ה-19 פעלו בתי הימורים רבים של המשחק פאן-טאן, משחק מזל שיש לו דמיון מסוים לרולטה. כמו כן היו כמה משחקים שבהם הימרו הסינים על תוצאות של קרבות תרנגולים, קרבות צרצרים, ואירועים פומביים, אבל משחק החשוב ביותר בתחום זה היה ההימור השנתי על המועמדים שיזכו בבחינות הקיסריות.