ב-21 ביוני 2005, ביום השקת האלבום שלו TheFutureEmbrace, פרסם קורגן מודעות בגודל של עמוד שלם בעיתונים שיקגו טריביון ושיקגו סאן טיימס, בהן הכריז על כוונתו לאחד את הסמאשינג פאמפקינס. "במשך שנה", כך כתב, "נשאתי עמי סוד, סוד שבחרתי לשמור. אבל עכשיו אני רוצה שתהיו הראשונים לדעת שאני מתכנן לחדש ולהשיב לחיים את הסמאשינג פאמפקינס. אני רוצה את הלהקה שלי בחזרה, את השירים שלי ואת החלומות שלי". בעת הופעותיו במועדוני תופים שונים ברחבי אירופה במהלך ספטמבר 2005, אישר ג'ימי צ'מברלין כי סיבוב הופעות לאות האיחוד נקבע לפברואר הבא, וכי ייתכן שהלהקה עתידה להוציא אלבום חדש. בפברואר 2006 דיווח האתר של ערוץ המוזיקה MTV כי קורגן וצ'מברלין חתמו על חוזה עם Front Line Management לניהולם המקצועי, ומליסה אוף דר מאוור ציינה שהשניים עובדים על אלבום חדש.
ב-20 באפריל 2006, אישר האתר הרשמי של הלהקה את דבר האיחוד. בהודעה נכתב: "זה רשמי. הסמאשינג פאמפקינס כותבים בימים אלה חומר לאלבומם הבא, הראשון מאז 1999". האתר דיווח מאוחר יותר שאת האלבום החדש יפיק רוי תומאס בייקר, שהפיק רבים מאלבומיה של Queen, לרבות A Night at the Opera. לפי רשומה בבלוג שפרסם ג'ימי צ'מברלין ב-20 באוקטובר 2006, הסתיימה העבודה עם בייקר וגויסה גם עזרתו של המפיק טרי דייט, שעבד בעבר עם פנטרה, Deftones ו-Soundgarden. בהמשך, אושר כי קורגן וצ'מברלין ייקחו חלק באיחוד, אך עדיין נותרה השאלה בדבר השתתפותם יתר החברים. באפריל 2007, הודיעו איהא ואוף דר מאוור, כל אחד מהם לחוד, שלא ייקחו חלק באיחוד. צ'מברלין ציין מאוחר יותר, שאיהא ורצקי לא רצו להשתתף באיחוד. על-פי שמועה, קורגן העדיף שאוף דר מאוור תתמקד בקריירת הסולו שלה.
במאי 2007 הופיעו הסמאשינג פאמפקינס בפריז, צרפת, הופעתם הראשונה מאז שנת 2000. בהופעה זו, חשפה הלהקה את שלושת חבריה החדשים, ג'ף שרודר - גיטריסט המשנה, וג'ינג'ר רייס - גיטריסטית הבס, וליסה האריטון - נגנית הקלידים. תחילה, לא היה ברור אם ישמשו השלושה כחברים מן המניין בלהקה, או כאמנים מופיעים בלבד, אולם, כאמור, מאוחר יותר אושרה חברותם בלהקה. באותו החודש, יצא לאור הסינגל Tarantula, הסינגל הראשון מהאלבום החדש. ב-7 ביולי, השתתפה הלהקה במופע Live Earth בניו ג'רזי. באותו החודש, יצא לאור אלבומה החדש של הלהקה, Zeitgeist, תחת Reprise Records, ונכנס הישר למקום השני בדירוג המגזין בילבורד. צ'מברלין הכריז, שהלהקה תחל בהקלטת אלבומה הבא עם תום סיבוב ההופעות הנוכחי.
סגנון מוזיקלי והשפעות.
סגנונה המוזיקלי של הסמאשינג פאמפקינס מוכתב על ידי בילי קורגן, המשמש בה כגיטריסט ראשי, סולן ומחבר השירים העיקרי. מבקר הרוק, גרג קות, כתב: "המוזיקה (של הסמאשינג פאמפקינס) לא הייתה כפי שהיא אלמלא השאפתנות והחזון שלו, קשריו הידועים כשבריריים עם משפחתו, חבריו ועמיתיו ללהקה". לאור הידיעות על איחוד הלהקה, צוטטה מליסה אוף דר מאוור באומרה: "הכל יודעים שבילי אינו זקוק לאנשים רבים כדי ליצור אלבום חדש של הפאמפקינס, מלבד ג'ימי (צ'מברלין) - אשר כבר הצטרף אליו". רבים מן המילים שכתב קורגן הן ביטויים צלולים לרגש, מלאות בהרהורים אינטימיים והאשמות כלפי עצמו והסובבים אותו. מבקרי מוזיקה לא נהגו להתייחס בחיוב לשיריו, המלאים בחרדה. ג'ים דרוגטיס כתב ב-1993 במאמרו ב"שיקגו סן-טיימס", כי שיריו של קורגן "נשמעים לא אחת כאילו נכתבו בידי סטודנט בשנה ב'". עם זאת, ראה דרוגטיס מידה של שיפור בהמשך, במילות השירים של האלבומים Adore ו-Machina.
עד ליציאתו של Adore, כלל הסגנון המיוחד של הפאמפקינס צירוף רצועות גיטרה רבות, אשר הוערמו בשכבות לכדי שיר אחד. הצירוף התבצע במהלך ההקלטות באולפן, בתהליך שנקרא "אובר-דאבינג". פלוּד, אחד השותפים בהפקת Mellon Collie, כינה את הטכניקה "צבא הגיטרות של הפאמפקינס". הטכניקה יושמה בכמה רצועות ב-Gish, אבל לדברי קורגן, הוא עשה בה שימוש של ממש ב-Siamese Dream. הוא ציין כי השיר "Soma" לבדו מכיל יותר מ-40 שכבות חופפות של רצועות גיטרה. קורגן היה מודע לכך שביצוע חי של רבים מן השירים יהיה בלתי אפשרי (למעשה, גרסת הבמה של שירים אחדים שונה דרסטית מגרסת האלבום שלהם), והסביר את השימוש באובר-דאבינג באומרו: "כשאתה עומד להקליט שיר, הקלטה סופית שתופיע באלבום ושלא ניתן לשנותה, מדוע לא להעניק לה את מידת החזון הגדולה ביותר?". מקור ההשראה לכתיבת הצלילים רבי שכבות אלה באהבתו של קורגן לרוק האצטדיונים שניגנו להקות כמו Queen, Boston ו-Electric Light Orchestra, כמו גם בשוגזייר, סגנון רוק אלטרנטיבי שהופיע בבריטניה בשנות ה-80 המאוחרות וראשית שנות ה-90, וביסודו שכבות גיטרה מעורבלות. קורגן אהד את עבודתו של אלן מולדר בהפקת להקות שוגייז כמו My Bloody Valentine, Ride ו-Slowdive. מסיבה זו, נשכרו שירותיו של מולדר להפקת Siamese Dream. מאוחר יותר, היה מולדר לאחד משלושת השותפים בהפקת Mellon Collie.
כמו להקות אלטרנטיביות אחרות, עשו הסמאשינג פאמפקינס שימוש בשינויי דינמיקה בשירים, מצלילים שקטים לרמים וההפך. Zen Arcade, האלבום המשפיע של Hüsker Dü, היווה דוגמה ללהקה באשר לאופן בו יש להציג חומר מתון אל מול חומר יותר עוצמתי. קורגן יצר שינויים כאלה בדינמיקה כדי להגשים את שאיפותיו המוזיקליות. לדבריו, נשא חן בעיניו הרעיון לפיו הוא יוצר עולם אלטרנטיבי משלו באמצעות הצלילים, שבעצם אומר למאזין: "ברוך הבא לפאמפקינלנד ("ארץ הפאמפקינס"), כך נשמעים הדברים בכוכב פאמפקין". דגש על האווירה הושם גם באלבום Adore (אשר תוארה בידי קורגן כ"צלילי לילה כמוסים", בראיון שנערך לפני צאת האלבום) ובאלבומי Machina (שני אלבומי קונספט המגוללים את סיפורה של להקת רוק דמיונית).
הפאמפקינס שאבו השראה ממבחר ז'אנרים אחרים, שבחלקם לא היו פופולריים בקרב מבקרי המוזיקה בשנות ה-80. בייחוד נודע קורגן בפתיחותו לרוק כבד, כאשר דיבר בשבחו של דיימבאג דארל מלהקת פנטרה, וכינה אותו הגיטרסט המודרני האהוב עליו מכל. באחד מהראיונות עם קורגן ואיהא, ציין המראיין ש"הסמאשינג פאמפקינס היא אחת מהלהקות שמשיבות את הלגיטימציה לרוק הכבד" ושהם "בין הרוקרים האלטרנטיביים הראשונים אוזי אוסבורן וBlack Sabbath בלא שמץ של בוז". קורגן הילל את האלבומים Master of Reality של Black Sabbath ו-Unleashed in the East של Judas Priest. השיר "Zero", שהזכיר לאיהא את שיריהם של Judas Priest, הוא דוגמה למה שכונה בפי הלהקה "סייברמטאל". להקות הנמנו עם ז'אנר הפוסט-פאנק והרוק הגותי, כמו Joy Division ,The Cure, Bauhaus, New Order ו-Depeche Mode השפיעו על הלהקה עוד מראשית דרכה, שאף נהגה לבצע גרסאות כיסוי לשיריהן בהופעות ובאלבומים. לדבריי קורגן, "איש לא אהב בתקופה זו צלילי גיטרות רועשים או מוזיקה פסיכדלית. אז, כפי שאופייני לפאמפקינס, כמובן שאלה הם בדיוק הדברים שהיה עלינו לעשות." קורגן אישר שאקורד אותו נהג לכנות בתור בדיחה "אקורד הפאמפקין" (אקורד #G בשריג מס' 11, בשילוב עם מיתר E), עליו התבססו "Cherub Rock", "Drown" ושירים אחרים, נוגן למעשה עוד קודם לכן, על ידי ג'ימי הנדריקס. ברבות השנים, הזכיר קורגן להקות נוספות שהשפיעו על הפאמפקינס בראשיתה, בהן Cream, The Stooges ו-Blue Cheer.
בהתייחס להשפעת הפאמפקינס על להקות אחרות, כתב גרג קוט ב-2001: "בעוד ש-Nirvana הביאו להולדתם של אינספור מיני-Nirvana (להקות הדומות לה), הפאמפקינס נותרו אי כלשעצמם". עם זאת, מעט אמנים ולהקות ציינו את הפאמפקינס כמקור השראה, כגון נלי פורטדו וחברי הלהקה My Chemical Romance. סולן My Chemical Romance, ג'ררד ווי, אמר שהם התוו את הקריירה שלהם בהתאם לקריירה של הפאמפקינס, לרבות תשומת הלב הרבה שהשקיעו ביצירת הקליפים לשיריהם. חבריי הלהקה Kill Hannah, שנוסדה גם היא בשיקגו, מיודדים עם קורגן, וסולנה, מט דווין, תיאר קווי דמיון בין הרכבם לפאמפקינס. צ'ינו מורנו, סולן להקת Deftones, העיד בראיון כי הוא מעריץ של האלבום Adore, נוהג להאזין לו לעיתים תכופות בעת סיבובי הופעות וכי השיר "Once Upon a Time" "מאוד מרגש" אותו. מבקרי מוזיקה אף מצאו נוכחות של צליל הפאמפקינס באלבומים של Deftones.
וידאו קליפים.