לאחר סיום תפילת העמידה אומרים וידוי. בכל התפילות למעט נעילה (לגבי הווידוי הנאמר בתפילת נעילה ראו בערך תפילת נעילה) כולל הווידוי את הקטעים "(אנא ה') אלהינו ואלהי אבותינו", "אשמנו, בגדנו" (מסודר לפי אותיות אלף-בית), "מה נאמר", "על חטא" ו"אלהי עד שלא נוצרתי" (יש מוסיפים לאחר מכן את הקטע "אלהי נצור לשוני מרע" כמו בכל יום ויש שמשמיטים אותו).
לגבי הקטע "על חטא" ישנם שני מנהגים: מנהג תימן והספרדים במערב אירופה שאומרים נוסח קצר, ומנהג רוב הספרדים, האשכנזים והאיטלקים שאומרים בסדר אלף-בית (גם כאן יש מספר מנהגים, יש נוהגים אלף בית רגיל, יש אלף בית כפול ויש בסדר ישר ולאחר מכן בסדר תשר"ק).
הווידוי גם נאמר בחזרת הש"ץ באמצע ברכת קדושת היום, ובתפילת ערבית בה אין חזרה, לאחר הסליחות. אצל פייטני ספרד נתחברו פיוטי וידוי לכל אחת מתפילות היום. כיום ברוב קהילות הספרדים נהוג להשמיט וידויים אלו בשל חשש להפסק בתפילה או בשל אריכותה, ואומרים רק את פיוט הווידוי של תפילת ערבית שבו אין חשש הפסק ("רבונו של עולם אתוודה על עבירות קלות וחמורות") ואת הווידוי של שחרית לרב נסים גאון.
סליחות.
עיקרו של יום הכיפורים הוא בקשת הסליחה והמחילה על העוונות, לפיכך החלק המרכזי בתפילות הוא אמירת פיוטי הסליחות, משולבות בשלוש עשרה מידות הרחמים. המנהג הקדום לומר את הסליחות בחזרת הש"ץ באמצע הברכה הרביעית של כל תפילות היום, ובתפילת ערבית בה אין חזרה - לאחר תפילת העמידה, השתמר בצורתו המקורית רק במנהג איטליה (וגם שם אינן נאמרות בתפילת מוסף) ובקצת קהילות האשכנזים (בעיקר קהילות שיצאו מגרמניה ומהונגריה, וכן יש תלמידי הגרי"ד סולובייצ'יק שאומרים סליחות בכל התפילות). במנהג אשכנז המאוחר אמנם שמרו על מיקום הסליחות בתוך החזרה - אך ברובם של קהילות אשכנז המזרחי ויתרו על אמירתן והן נאמרות רק בתפילת ערבית ובתפילת נעילה. אין לטעות בין פיוטי הסליחות לבין הקרובות (שהן סוג אחר של פיוט הנקרא "קרובץ") הנאמרות אף כיום בחזרת הש"ץ של כל תפילות היום במנהג אשכנז אפילו בקהילות שנשמטו הסליחות.
מנגד אצל הספרדים והתימנים שנהגו על פי סידורי בבל בהם אין משלבים קטעים נוספים בתוך חזרת הש"ץ, אלא אומרים את הסליחות בנפרד מהתפילה כאשר לפניהן אומרים קדיש לעילא ולאחריהן קדיש תענו ותעתרו.
פיוטים.
בתקופת הפייטנות הקלאסית של ארץ ישראל, וכן בתור הזהב של שירת ספרד בימי הביניים, התחברו פיוטים רבים שנועדו לעטר (או אף להחליף, במסורת הארץ ישראלית) את קטעי התפילה השונים כגון נשמת כל חי (רק במסורת ספרד), כמה קטעים בברכות קריאת שמע וכן קרובה לחזרת הש"ץ מסוג קדושתא (אוסף רחב של פיוטים המעטר את שלוש הברכות הראשונות והקדושה). בתקופות מאוחרות יותר קוצצו הפיוטים בהרבה קהילות והוזזו ממקומם בשל החשש ההלכתי להפסק בתפילה. בנוסף, בשל התפתחות החזנות שהאטה את התפילה בהכניסה תכנים מוזיקליים שלא אפשרו אמירה של קטעי פיוט רבים כל כך ובשל הקשיים לשבת בבית הכנסת כל היום כפי שנהגו בעבר בקהילות האשכנזים הושמטו חלק מהפיוטים.
בקרב קהילות אשכנזיות רבות נהוג כיום לומר רק קטעים מתוך הקרובות לחזרת הש"ץ בארבע תפילות היום, ורק קהילות בודדות אומרות אותן בשלמותן ואף אומרות את פיוטי היוצר (ולמרות מה שכתוב בלוח לארץ ישראל שרוב קהילות הפרושים אומרות גם את היוצר בימים נוראים). ברם, האשכנזים שמרו על המיקום המקורי של הפיוטים. גישה דומה קיימת גם אצל האיטלקים, אלא שאצלם המגמה שמרנית יותר, והם אף אומרים פיוט יוצר (אם כי לא במקומו המקורי אלא בין הקדיש לברכו).
ברוב הקהילות הספרדיות, בהן אומרים פיוטי רשות לנשמת וקדיש, העבירו את הפיוטים לאחר חזרת הש"ץ והסליחות (אף הסליחות עצמן הועברו לשם חרף מיקומן המקורי בתוך החזרה), וכיום ישנה מגמה לצמצם אותם למינימום (במספר קהילות נאמר רק האופן "שנאנים שאננים" לר' שלמה אבן גבירול). קהילות מעטות עדיין שומרות על המנהג לומר את הפיוטים הללו במקומם המקורי, בעיקר הקהילות במערב צפון אפריקה ובמערב אירופה. הקרובות לחזרת הש"ץ, שימי הביניים נאמרו בשלמותן, קוצצו כמעט לגמרי והן מכילות כיום רק פיוטי קדושה. באשר למיקומם של פיוטי הקדושה, במרבית הקהילות הספרדיות התקבל פתרון ביניים לפיו הם נאמרים אמנם במקומם המקורי (בניגוד לרשויות), אלא שהחזן עצמו אינו אומרם אלא הסומך שלו (אדם שעומד ליד החזן). בקצת קהילות החזן עצמו אומרם ומנגד קהילות אחרות דוחות את אמירתם לאחר הסליחות, יחד עם פיוטי הרשויות לנשמת והקדיש. המגמה הכללית אצל הספרדים היא אפוא, למעט בפיוטים ככל שניתן, מגמה הקיימת גם בתכלאל הבלדי.
שינויים בסדר התפילה ביום הכיפורים שחל בשבת.
אם חל יום הכיפורים בשבת ישנם כמה שינויים בתפילה, העיקריים שבהם:
תפילות יום הכיפורים לפי סדרן.
תפילת מנחה של ערב יום כיפור.
התלמוד במסכת יומא קובע כי יש לומר את הווידוי גם לפני הצום "שמא תטרף דעתו בסעודה", ולהלכה נפסק שמזכירים את הווידוי בתפילת מנחה, אותה יש להתפלל לפני הסעודה המפסקת.
הווידוי נאמר על ידי היחידים לאחר תפילת העמידה. בנוגע לחזרת הש"ץ מציין אבודרהם כי "רב עמרם כתב שליח ציבור אומר וידוי במנחה לאחר שיסיים תפילתו כדי להוציא את הרבים ידי חובתן...נהגו בספרד שחוזר שליח ציבור התפילה וכשיגיע לברכת סלח לנו אבינו...אומר הווידוי...". ברם מובאת שם גם תשובה לרב האי גאון שלא ראוי ששליח ציבור יאמר את הווידוי בחזרת הש"ץ של ערב יום הכיפורים. הבית יוסף מציין כי לא נהגו ששליח ציבור אומר וידוי בתפילתו כי נהגו להתפלל תפילה אחת בקול רם ללא חזרה, ומביא את דברי הר"ן שכתב שכיוון ששליח ציבור אומר וידוי לאחר תפילתו כמו שאר היחידים אין הוא אומר אותו בקול רם. ברם המהרי"ץ בתכלאל עץ חיים מציין כי בתימן נהגו שכאשר מתפללים תפילה אחת בקול רם (ללא חזרה) שליח ציבור אומר את הווידוי בקול רם לאחר תפילתו והציבור אומר עמו, וכך גם נהוג בקהילות הספרדים במערב אירופה. למעשה, ברוב הקהילות, נהוג שהש"ץ אינו אומר וידוי בסוף חזרת הש"ץ, אבל בנוסח איטליה אומרים.
אין אומרים תחנון. אצל יהודי אשכנז נהוג להשמיט את תפילת אבינו מלכנו שבדרך כלל נאמרת בתפילות שחרית ומנחה של עשרת ימי תשובה, אך בשאר המנהגים אומרים אותו כרגיל, ולאחר מכן קדיש תתקבל ומסיימים את התפילה כרגיל. אצל הספרדים במקום (או בנוסף ל) מזמור ס"ז אומרים את המזמורים פ"ה וק"ל.
תפילת ערבית.
החלק המרכזי הפותח את תפילת ערבית של יום הכיפורים ולמעשה את תפילות יום הכיפורים כולן הוא תפילת כל נדרי. לפני אמירת תפילה זו נהוג לומר מספר פיוטים בקהילות השונות. ברוב קהילות ספרד ותימן מקובל לומר את הפיוטים "לך אלי תשוקתי", שיש מייחסים לר' אברהם אבן עזרא ו"שמע קולי" המיוחס לרב האי גאון (בקהילות הספרדיות של מערב אירופה לא אומרים את "לך אלי תשוקתי" ומתחילים ישר מ"שמע קולי"). ברבות מקהילות האשכנזים (בעיקר במזרח אירופה) נהוג לומר "תפילה זכה", שבה האדם מתוודה וסולח לאנשים שפגעו בו. תפילה זו נעשית בשקט בין האדם לעצמו. בקהילות איטליה אין מנהג אחיד, יש אומרים מספר מזמורי תהלים העוסקים בנושא התשובה ויש המוסיפים לומר את הפיוט "שמע קולי" הלקוח מן המסורת הספרדית.
בנוסח איטליה, נוהגים לומר את הנוסח הרגיל של הוצאת והכנסת ספר תורה בשעה שמוציאים ומחזירים את ספרי התורה לאמירת "כל נדרים" (כל נדרי).
לאחר אמירת כל נדרי נהוג בקהילות רבות לומר פרקי מי שברך, תפילה לשלום המלכות, הזכרת נשמות (של חכמים וחברי הקהלה) ועוד. בולט במיוחד מנהג שנהוג בכמה מקהילות הספרדים להזכיר את נשמות כל הרבנים שפעלו בקהילה.
לאחר מכן, כבכל חג, מברכים את ברכת שהחיינו. את ברכת שהחיינו נוהגים לומר בכל חג בעת הקידוש (אם כי מדין התלמוד ניתן לאומרה אפילו בשוק, אלא שיש הידור לאומרה על הכוס), אך ביום הכיפורים, בו אין קידוש, אומרים את הברכה לפני תפילת ערבית.
לאחר מכן פותחים בתפילת ערבית עצמה. בניגוד לתפילות שבתות וימים טובים ובדומה לתפילות יום חול, תפילת ערבית של יום הכיפורים פותחת במרבית המנהגים (למעט מנהג אשכנז וקצת קהילות הספרדים) בפסוק "והוא רחום יכפר עוון", כבקשה למחילת החטאים. תפילת ערבית היא רגילה ללא פיוטי מעריב (למעט מחזור רומניא). לפני חצי קדיש אומרים את הפסוק "כי ביום הזה יכפר עליכם" (ויקרא טז,ל) אך במנהג איטליה אומרים את הפסוק "אלה מועדי ה'" (ויקרא כ"ג, ד'). בחלק מקהילות האשכנזים לא אומרים פסוק בכלל.
מיד לאחר תפילת העמידה אומרים ברוב המנהגים קטעי סליחות בצירוף שלוש עשרה מידות הרחמים, אך אצל התימנים אומרים אותן רק לאחר סיום כל התפילה ומיד לאחר תפילת העמידה אומרים נפילת אפיים. לאחר סיום אמירת הסליחות אומרים קדיש תתקבל (או קדיש תענו ותעתרו אצל הספרדים), בקהילות הפורטוגזים נהגו שכל הקהל שר את הקדיש ביחד ובנעימה, ובהרבה מקומות מוסיפים לומר קטעים נוספים, כל מקום לפי מנהגו (למשל תפילה על הפרנסה, מזמורי תהלים, שירי הייחוד ועוד).
תפילת שחרית.
נטילת ידיים.
קיימת מחלוקת אצל הראשונים האם יש לקיים נטילת ידיים של שחרית ביום הכיפורים. המצדדים שלא ליטול סוברים שכיוון שיום הכיפורים אסור ברחיצה אין ליטול ידיים, וכן דעת הרמב"ם (מאותו טעם אין מברכים לשיטתו גם את ברכת "המעביר שינה מעיני") ורש"י. לעומתם יש סוברים שכשם שהותר ליטול ידיים כאשר ידיו מטונפות כך נוטלים ידיים בקימה בבוקר משום רוח רעה השורה על ידיו של האדם במהלך השינה, וכן דעת רבנו תם, הר"ן, הטור וכן נפסק להלכה בשולחן ערוך.
ברכת שעשה לי כל צורכי.