הכותב כריס קלרמונט, שהפך לכותב הוותיק והחשוב ביותר בתולדות הסדרה, כמו גם המאייר ג'ון ביירן, שהצטרפו בשנות ה-70, אחראים לכמה מסיפורי האקס-מן המפורסמים ביותר, ביניהם "סאגת הפניקס האפלה", "ימי עבר עתידי" ו"האל אוהב, האדם הורג", ששימש כבסיס של הסרט "אקס-מן 2". בשנות ה-80 המשיכה סדרת האקס-מן לצבור פופולריות, שהובילה להפקתן של סדרות-בת מצליחות נוספות, דוגמת "המוטנטים החדשים", "אלפא פלייט", "אקס-פקטור", "אקסקליבר" ובהמשך גם "אקס פורס". לרוב, הופיעו בסדרות השונות קבוצות אקס-מן המורכבות מחברים שונים, דבר שאיפשר יצירת סיפורי קרוס-אובר ייחודיים הנפרשים על פני מספר כותרים בו-זמנית, דוגמת " או ".
שנות ה-90: הקבוצה הכחולה והזהובה.
הפופולריות של סדרת חוברות האקס-מן צברה תאוצה בשנות ה-90 עם שידורה של ", והצטרפותם של כותבים כמו רוב ליפילד, פביאן ניצ'זה וסקוט לובדל. קבוצת האקס-מן התפלגה לראשונה לשתי קבוצות - הקבוצה הכחולה והקבוצה הזהובה ודמויות חדשות הוצגו לתוך יקום האקס-מן כדוגמת קייבל, בישופ וגמביט. במהלך עשור זה פורסמו מספר קרוס-אוברים משפיעים כמו " (1990), " (1991), " (1992), " (1993), " (1994), " (1995), " (1996) ו" (1997).
שנות ה-2000: תקופת מוריסון והרצה מחודשת.
הרצתו של גרנט מוריסון מתחילת המאה ה-21 שינתה את מאזן הכוחות של הקבוצה והציגה ליקום אקס-מן מספר עלילות שנויות במחלוקת כמו ", שבה נבלת-על בשם קסנדרה נובה משמידה את האי ג'נושה והורגת 16 מיליון מוטאנטים. מוריסון גם שיקם את דמותה של אמה פרוסט, וצירף את דמותה לאקס-מן. בתחילת העשור הוצגה קבוצת "אולטימייט אקס-מן" כחלק מחותם "אולטימייט מארוול" החדש, ובהמשך החלה הרצתה של סדרת "אקס-מן החדשים", ובה הוצגו תלמידים חדשים רבים לתוך יקום האקס-מן.
2010 ואילך.
טרילוגיית המשיח.
מעט לפני תחילתו של העשור השני של המאה ה-21, יקום האקס-מן על כל סדרות הקומיקס שבו זכה לטלטלה גדולה במיני סדרה "בית אם" והמשכיה, כאשר מרבית מהמוטאנטים הופשטו מכל כוחותיהם, וכך החל החיפוש אחר מושיע חדש בקרב המוטאנטים, כפי שסופר בסיפורים " ו" בכתיבתם של קרייג קייל וכריסטופר יוסט. סיפורים אלה זכו להמשך בשם ". במהלך תקופה זו פורסמו הסיפורים ", ", ", "" ו"אקס-מן: נקרושה". חברי האקס-מן גם השתתפו בסיפור "פלישה סודית".
פילוג, בריאה מחדש.
בשנת 2011, השלכות הסיפור "" הביאו לסכסוך בין סייקלופס לבין וולברין על מנהיגות הקבוצה וכן לתוצאות מרחיקות לכת. במהלך "הבריאה מחדש", וולברין הקים מחדש את בית הספר לצעירים מחוננים ע"ש ג'ין גריי על חורבות אחוזת אקס וכן הוביל קבוצה אקס-מן חדשה בסדרת החוברות "Wolverine and the X-Men". בשנת 2012, סיפור הקרוס-אובר "אוונג'רס נגד אקס-מן" הביא לסיומן של עלילות "בית אם" ו"השמדה", כאשר האקס-מן נלחמו בקבוצת האוונג'רס על עתידו של גזע המוטאנטים. בין היתר, גישתו של סייקלופס הפכה לאנרכיסטית יותר, מה שהביא למותו של פרופסור אקס.
אקס-מן מזמן העבר.
כחלק מהרצת "מארוול עכשיו!" של שנת 2012, מרבית כותרי האקס-מן בוטלו והוצגו חמשת חברי האקס-מן המקוריים שהובאו מזמן העבר. לרגל חגיגות 50 שנים לקיומו של מותג האקס-מן פורסמו קשתות הסיפור ", " ו"".
ענן הטריגן.
הרצת "מארוול החדשה והשונה" של שנת 2015 הציגה את דמותו של , ו-X-23 נטלה את זהותו של וולברין. קבוצת האקס-מן עמדה בפני האיום של ערפילי טריגן, והתפתח עימות בינה לבין הבלתי אנושיים, מה שהוביל ל ולמלחמת הבלתי אנושיים נגד אקס-מן.
תחייה מחודשת.
שנת 2017 הציגה הרצה מחודשת של כותרי האקס תחת החותם "תחייה מחודשת" ("ResurrXion") ופרסומן של חוברות אקס חדשות כדוגמת "אקס-מן הקבוצה הכחולה", "אקס-מן: הקבוצה הזהובה" וכרכים חדשים ל"נשק אקס", "Generation X", קייבל, אייסמן וג'ין גריי. כחלק מהרצת "תחייה מחודשת", דמויות מרכזיות חזרו לחיים, ביניהן ג'ין גריי (בסיפור ""), וולברין (בסיפור "שובו של וולברין") וסייקלופס והאקס-מן הצעירים חזרו לזמנם המקורי בקשת הסיפור ".
שחר אקס.
במאי 2019, חברת מארוול הודיעה כי כל כותרי האקס-מן יבוטלו ותחל הרצה חדשה בכתיבתו של ג'ונתן היקמן אשר תשנה את מאזן הכוחות ביקום האקס-מן לחלוטין לאחר הסיפורים " ו"". זאת ועוד, בכנס קומיק-קון נחשף כי הרצה חדשה של שש סדרות אקס יובילו את העידן החדש של "שחר האקס": סדרת הדגל של האקס-מן (בכיכובם של סייקלופס, ג'ין גריי, קייבל, וולברין, רייצ'ל סאמרס, האבוק, וולקן וקורסאייר), מיתוג מחודש לסדרת הנבלים "המשוטטים" (בכיכובם של קיטי פרייד, סטורם, אייסמן, בישופ, פיירו ואמה פרוסט), אקסקליבר (בכיכובם של בטסי בראדוק כקפטן בריטניה, רוג, גמביט, ג'ובילי, ריקטור ועין סבח נור), המוטנטים החדשים (מג'יק, סאן-ספוט, וולפסביין, מיראז', קארמה, סייפר, צ'יימבר וקבוצת הסטארג'אמרס), יחידת המבצעים המיוחדים של אקס פורס (בכיכובם של חיה, ג'ין גריי, סייג', דומינו, וולברין, קולוסוס וקיד אומגה) וסדרה מחודשת לכותר וותיק בשם "מלאכים נופלים", שבה קוואנון מגייסת את קייבל ואת X-23 למשימה אישית שיכולה לסכן את עתיד גזע המוטאנטים.
אלמנטים עלילתיים.
חוברות האקס-מן משתמשות בכלים עלילתיים ומוטיבים חוזרים ונשנים במשך השנים לקשתות הסיפור שלהן, דבר שנעשה לשגרה בקאנון האקס-מן.
מסע בזמן.
רבים מסיפורי האקס-מן נוגעים בנושא המסע בזמן במובן שבו הקבוצה עורכת מסע דרך מרחב הזמן במהלך משימה, נבלי-על נוסעים בזמן כדי לשנות את ההיסטוריה, או שדמויות מסוימות מזמן העבר או העתיד מגיעות לזמן ההווה כדי לעזור לחברי הקבוצה. קשתות סיפור אשר משתמשות במוטיב זה כוללות את ", ", "אקס-מן החדשים", " ו". דמויות המשויכות למסע בזמן כוללות את אפוקליפס, בישופ, קייבל, , פרסטיג', הופ סאמרס וסטרייף.
מוות ושיבה לחיים.
אחד מהכלים העלילתיים ששבים וחוזרים בזיכיון האקס-מן הוא מוות ושיבה לחיים, לרוב בשל דמותה של ג'ין גריי והחיבור שלה לכוח הפניקס. אולם, גם רבים מחברי האקס-מן האחרים מתו וחזרו לחיים, אם כי לא בצורה ייחודית ואייקונית כמו הפניקס. מוות ושיבה לחיים הפך לדבר שבשגרה בחוברות האקס, כך שהדמויות העירו בעצמן שהמוות אינו זר להן, או שלמוות אין השפעה ארוכת טווח בנוגע אליהם. הסיפור "" הוא דוגמה עיקרית לכך, שבו סלנה מחזירה לחיים רבים מבני בריתם ואויביהם המתים של האקס-מן כדי להשיג את אלוהותה.
גורל.
רבות מהדמויות עוסקות בנושא הגורל. יכולות החיזוי של המוטאנטית דסטיני השפיעו על קווים עלילתיים בהיסטוריה הפרסומית של האקס-מן הרבה אחרי שהיא נהרגה, וזאת כשגם האקס-מן וגם אויביהם חיפשו אחר יומניה של דסטיני אשר חזו זמני עתיד אפשריים. נושא הגורל חוזר שוב בקשת הסיפור "הקיצוניים" (The Extremists), שבו מתחוללת מתקפה על המורלוקים כאשר אחד מהם רואה עתיד שחור לחבריה. כמה דמויות מאמינות שהן יודעות כבר את הגורל שלהן, כמו אפוקליפס שמאמין שגורלו הוא לשלוט בגזע המוטאנטים, או שמגנטו מאמין שגורלו הוא להוביל את המוטאנטים בהתקוממות נגד בני האדם. דמויות נוספות שיודעות את דבר גורלן ושנקטו באמצעים כדי לשנות אותו כוללות את ג'ין גריי, פרסטיג', אוון סבאח נוח, הופ סאמרס ווורן וורתינטון השלישי.
מסע בחלל.
מסע בחלל היה מוטיב חוזר בסדרות האקס-מן מאז "". מאז, סיפורים אשר התרחשו בחלל היו קשורים לשי'אר - בני בריתם של האקס-מן ולעיתים יריביהם - ולסיפורים הקשורים בכוח הפניקס החוצני. החלל היה גם הרקע לסיפורים הנוגעים לגזע הברוד, למשל הסיפור הראשון בו הם הוצגו. באמצעות סיפורים אלה הוצגו גם דמויות קשורות כדוגמת קבוצת סטארג'אמרס והאח השלישי לבית סאמרס - וולקן. מסע בחלל שיחק תפקיד חשוב בהרצתו של ג'וס וידון לחוברות אקס-מן המדהימים ("Astonishing X-Men") עם הצגתו של ארגון S.W.O.R.D. ואחד מהסיפורים האחרונים שבכתיבתו שנקרא "בלתי ניתן לעצירה". קשתות סיפור עיקריות המשתמשות במוטיב זה הן "", "עלייתה ונפילתה של אימפריית השי'אר", "", "מלחמת המלכים" ו".
שפיות.
נושא השפיות נדון בעלילתם של רבים מגיבורי ונבלי האקס-מן. המפורסמות שבעלילות אלו הן כאשר ג'ין גריי קיבלה כוח כמעט אומניפוטנטי דרך כוח הפניקס, וכאשר צ'ארלס אקסבייר השתמש בכוחותיו בצורה אלימה נגד מגנטו, מה שהוביל ליצירתו של נבל-העל . שפיותה של מיסטיק משתנה לכל אורך שנות פרסומו של הזיכיון, היות ששינויי הצורה התכופים שלה גורמים למוחה להיסדק. דוגמה נוספת לכך היא פסיילוק, שמאז שהחליפה גופות עם ריוואנש נאבקה לשמור על שפיותה לאור אישיותה האגרסיבית והכוחות החדשים שקיבלה ממנה. דמותו הבוטה של דדפול ידועה באי שפיותה. אחרי שמגנטו הפשיט את וולברין מעצמותיו המתכתיות, זה האחרון הפך ליותר ויותר חייתי בהתנהגותו בסיפורים של אמצע שנות ה-90. מקור כוחה של רוג, הסופגת את כוחותיהם וזיכרונותיהם של כל מי שהיא נמצאת איתו במגע, היה לנושא משפיע על שפיותה כשהמפורסם ביניהם היה ספיגת כוחותיה של גברת מארוול בסיפורים של שנות ה-80. בסיפור העדכני ביותר, ", אמה פרוסט איבדה את שפיותה לאחר שסייקלופס מת בזרועותיה והיא הכריזה מלחמה על הבלתי אנושיים. דמויות נוספות שהיו להם בעיות שפיות היו סייקלופס, סייברטות', מג'יק, קוונטין קווייר, X-23 ופרסטיג'.
לוחמה פוליטית.