כיוונו של רכס ההרים השני אף הוא מצפון לדרום, והוא משתרע לאורך הגבולות המערביים של נפת אגוסן ומחוז דבאו, מהאי קמיגין (Camiguin) בצפון ועד נקודת טינאקה (Tinaca) בדרום. רכס זה, הקרוי "רכס בוקידנון-דבאו", כולל לפחות שלושה הרי געש פעילים. בחלקו הצפוני והמרכזי של רכס זה יש כמה פסגות שגובהן בין 2,000 ל-2,500 מטרים (כמו הר סומגיה), ורוחב הרכס במקומות אלה מגיע ל-50 קילומטרים. מערבית לעיר דבאו סיטי מצויים שני הרי געש פעילים, הר טאלומו שגובהו 2,693 מטרים, והר אפו בגובה 2,938 מטרים, ההר הגבוה ביותר בפיליפינים, השולט על קו הרקיע. רכס הרים זה נמוך יותר דרומית להר אפו, וגובהן הממוצע של הפסגות בחלק זה של הרכס נע בין 1,100 ל-1,800 מטרים. דרומית לדבאו סיטי מתנשא הר הגעש הפעיל בלוט (Balut) מעל אי באותו שם.
רכס הרים נוסף משתרע במערב מינדנאו בין מפרץ איליגן (Iligan) למצר בסילן (Basilan) והוא יצר את זמבואנגה (Zamboanga), חצי האי ארוך דמוי כף יד. הרים אלו מגיעים לגבהים של עד 1,200 מטרים, גבוהים פחות מרכסי ההרים האחרים במינדנאו. בנוסף, יש כמה מקומות בהרי זמבואנגה שבהם נוצרו עמקים בינות ההרים, שלהם פוטנציאל עתידי לעיבוד חקלאי. הקצה הצפון-מזרחי של רכס זה מסתיים בפסגה הכפולה של הר מאלינדנג (Malindang) הר געש רדום, המיתמר מאחורי העיר אוזאמיס (Ozamis) לגובה של 2,425 מטרים. הר דפיה (Dapia) הוא ההר הגבוה ביותר בחצי האי זמבואנגה וגובהו 2,617 מטרים. ההר הגבוה ביותר בחלקו הדרומי של חצי האי הוא "נקודת בטוראמפון" (Batorampon), גובהו 1,335 מטרים בלבד והוא שוכן בגבול העיר זמבואנגה סיטי.
קבוצה של הרי געש מצויה בסמוך לאגם לאנאו (Lanao) בקשת רחבה המשתרעת דרך הנפה "לאנאו דל סור" (Lanao del Sur), צפון הנפה קוטאבטו (Cotabato) ומערב הנפה בוקידנון (Bukidnon). לפחות שישה מתוך עשרים ומשהו הפסגות באזור זה הם הרי געש פעילים, וכמה מהם מרשימים מאוד כשהם מתנשאים בבדידות למחצה. הר מקאטורינג (Makaturing) המתנשא לגובה של 1,940 מטרים התפרץ ככל הנראה בסוף המאה ה-19. פסגות בוטיג (Butig) שבהם שוכנים ארבעה אגמי לוע, נראות בבירור מהעיר קוטאבטו. הר מקאטורינג (Makaturing) ההר המבודד ביותר הוא הר ראגנג (Ragang), הר געש פעיל שגובהו 2,815 מטרים. ההר הגבוה ביותר בקשת הרים זו הוא הר קיטנגלאד (Kitanglad) שגובהו 2,896 מטרים.
רכס ההרים החמישי הוא רכס נוסף של הרי געש המשתרע בדרום מערב קוטאבטו כשהוא מקביל לקו החוף. אורך הרכס כ-110 קילומטרים מצפון-מערב לדרום-מזרח ורוחבו 30 קילומטרים. ההר הידוע ביותר ברכס זה הוא הר פרקר (Parker). גובה פסגתו 2,040 מטרים, ובלועו, כ-300 מטרים מתחת לפסגה, יש אגם לוע מעגלי שקוטרו 2,000 מטרים. הר מטוטום (Matutum) הוא אזור מוגן ונחשב אחד מנקודות הציון של נפת דרום קוטאבטו.
רמות.
מאפיין חשוב נוסף של הגאוגרפיה של מינדנאו הם סדרת רמות בנפות בוקידנון ולאנאו דל סור. שטחן של רמות אלו נרחב למדי והן מקיפות מספר הרי געש באזור זה. הרמות נוצרו משפכי לבה מעורבים באפר געשי וטוף. בסמוך לשולי הרמות חצבו נהרות קניונים עמוקים, ובכמה מקומות נשפכים מפלי מים מרהיבים אל שפלת החוף הצרה. מפלי מים אלו טומנים בחובם הבטחה משמעותית לפיתוח אנרגיה הידרואלקטרית. ואכן, אחד ממקומות אלו, מפלי מריה כריסטינה, כבר הפך למקור עיקרי להפקת חשמל. משום שגובהן הממוצע של הרמות הוא 700 מטרים מעל לפני הים, הן מציעות מפלט מהחום המעיק של מישור החוף. אגם לאנאו משתרע על מרבית שטחה של אחת הרמות בנפת לאנאו דל סור. זהו האגם הגדול ביותר במינדנאו והשני בגודלו בפיליפינים, שטחו 340 קמ"ר וצורתו כשל משולש שאורך צלעו הארוכה ביותר היא 25 קילומטרים. האגם שוכן בגובה 780 מטרים מעל לפני הים והוא מוקף מצדדיו המזרחיים, הדרומיים והמערביים בסדרת פסגות שגובהן מגיע עד 2,300 מטרים. תנאים גאוגרפיים אלו והטמפרטורה הנוחה שלחופיו מעמידים את האגם בשורה הראשונה של אתרי הנוף בפיליפינים. העיר מאראווי (Marawi) שלחופו הצפוני של האגם נחצית על ידי נהר אגוס (Agus) שמימיו מזינים את מפלי מריה כריסטינה. אגמים נוספים במינדנאו כוללים את בולואן (Buluan), מאיניט (Mainit) ופגוסי (Pagusi).
אתר מפל מים מרהיב נוסף במינדנאו שוכן במאלאבנג (Malabang), 24 קילומטרים דרומית לאגם לאנאו. בנקודה זו מציגים מפלי חוסה אבאד סנטוס (Jose Abad Santos) את אחד מחמדות הטבע היפות במדינה כשער הכניסה לפארק פיתוח לאומי שגודלו 2,000 דונם.
מפלי לימונמסודן (Limunsudan), השוכנים בעיר איליגן (Iligan), שגובהם כ-240 מטרים הם מפלי המים הגבוהים בפיליפינים.
שפלות.
שתי שפלות נרחבות שוכנות בלב מינדנאו, העמקים של הנהר אגוסן והנהר מינדנאו (Rio Grande de Mindanao) בנפות אגוסן וקוטאבטו בהתאמה. עמק האגוסן הוא קער נרחב בין רכס ההרים המרכזי באי לרכס החוף המזרחי. אורך העמק 180 קילומטרים מצפון לדרום ורוחבו נע בין 35 ל-50 קילומטרים. כ-55 קילומטרים צפונית להתחלת מפרץ דבאו שוכן קו פרשת המים בין האגוסן ליובלים של הנהר ליבוגנון (Libuganon) הזורם למפרץ. גובה קו פרשת המים הוא מתחת ל-200 מטרים, עובדה המסמלת את התמשכות השפלה בפועל מים מינדנאו בצפון ועד מפרץ דבאו בדרום.
הנהר מינדנאו ויובליו העיקריים, הנהרות קטיסן (Catisan) ופולאנגי (Pulangi) יוצרים עמק שאורכו המרבי 190 קילומטרים ורוחבו נע בין 19 קילומטרים בשפך הנהר ל-100 קילומטרים במרכז קוטאבטו. ההמשך של עמק קוטאבטו כלפי דרום משתרע בלא הפרעה תוך חציית קו פרשת המים בגובה 350 מטרים ממפרץ אילאנה (Illana) בצפון מערב ועד מפרץ סראנגני (Sarangani) בדרום מזרח.
במקומות שונים יש שפלות לאורך החוף של מינדנאו. רבות מהן הן כיסים מבודדים קטנים, למשל לאורך החוף הצפון-מערבי של חצי האי זמבואנגה. במקומות אחרים, כמו במישור דבאו, מגיע רוחבן של שפלות חוף אלו עד ל-15 קילומטרים ואורכן לפי כמה ממספר זה.
מהעיר דיפולוג (Dipolog) מזרחה לאורך החוף הצפוני של מינדנאו כמעט עד העיר בוטואן (Butuan) משתרעת שפלת חוף המנומרת בגבעות שרוחבה משתנה. בנפת מיסאמיס אוקסידנטל (Misamis Occidental) יצר הר הגעש הרדום מאלינדנג (Malindang) שפלה שרוחבה 13 קילומטרים. מפרץ פנקיל (Panquil) הרדוד מפריד בין נפה זו לנפת לאנאו דל נורטה (Lanao del Norte), ובשוליו מצויים שפלות שניקוזן גרוע ויערות מנגרובים נרחבים. רוחב המישור צר במיוחד בנפת מיסאמיס אוריינטל (Misamis Oriental), ובמקומות אחדים הוא נלחץ בין ההרים הפראיים המגיעים עד הים. מזרחית לעיר קגאיאן דה אורו מתמשך חצי אי הררי ארוך לתוך ים מינדנאו.
אקלים.
למעט נפת סוריגאו שבצפון מצוי האי מינדנאו מעבר לרצועת הטייפונים. גשם יורד במינדנאו כל השנה. בחצי האי מיסאמיס ובחצי האי זמבואנגה יש תקופה יבשה יחסית בין נובמבר לאפריל, וגשומה יחסית בשאר השנה. בחלק המזרחי של האי אין בכלל עונה יבשה ובין נובמבר לינואר יורדים באזור ממטרים עזים. בשאר האי יורדים גשמים בצורה מאוזנת, והטמפרטורות נוחות במשך כל השנה - טמפרטורה ממוצעת של 27°C, לחות יחסית של 77% וממוצע משקעים של 2,030 מ"מ גשם בשנה בשפלת החוף. הצירוף של פיזור הגשמים, הטמפרטורות הנוחות והיעדר ההשפעה ההרסנית של הטייפונים מאפשר את קיומה של חקלאות משגשת, אחד הגורמים לכינויו של האי "אי ההבטחה".
היסטוריה.
עד הגעת האסלאם.
מינדנאו קרוי על שם עם המגינדנאו (Maguindanao) שהסולטנות שהקימו הייתה הגדולה ביותר בהיסטוריה של האי, וממפות ששורטטו במאה ה-17 וה-18 מוכיחות כי ילידי המקום באותה תקופה השתמשו בשם זה כשהתייחסו לאי. עדויות להתיישבות אנושית באי מתוארכות ללפני כמה עשרות אלפי שנים. בתקופה הפרהיסטורית ישבה באי אוכלוסייה של ילידים ממוצא נגריטו. סביב 1500 לפני הספירה התפשטו עמים אוסטרונזיים בכל רחבי הפיליפינים ומעבר להם. ממצאים ארכאולוגיים שנתגלו מהתקופה מאוחרת יותר כוללים ספינות עץ שתוארכו לשנת 320 לספירה בבוטואן (Butuan) וחרסים שתוארכו לשנת 585 בדרום קוטאבטו. מהחפירות בבוטואן נתגלה כי בין מינדנאו לבין סין, הודו, ודרום-מזרח אסיה התנהל מסחר והסחורות וכלי המתכת שנתגלו מוארכים ל-900 לספירה. מרכזי הסחר באי היו בוטואן בשפך הנהר אגוסן, קרגה (Caraga) בחוף המזרחי, מגינדנאו שעל נהר המינדנאו ודפיטן (Dapitan) בחוף המערבי.
בוא האסלאם.
האסלאם התפשט באזור לראשונה במאה ה-13, באמצעות סוחרים ערבים שהגיעו ממלזיה ואינדונזיה של ימינו אל מינדנאו והאיים בארכיפלג סולו. קודם למגע זה היו תושבי האזור בעיקר אנימיסטים שחיו בקהילות אוטונומיות קטנות. האוכלוסייה המקומית התאסלמה במהירות, והמסגד הראשון בפיליפינים נבנה ב-1380 באי הקטן סימונול (Simunul). ב-1450 הוקמה באי ג'ולו (Jolo) שבארכיפלג סולו סולטנות סולו, וחמישים שנים אחר-כך הוקמה סולטנות מגינדנאו באי מינדנאו. האסלאם התפשט לעם המראנאו (Maranao – פירוש השם "עם האגם") שהתגורר לחוף אגם לאנאו, וגם בקרב קבוצה אתנית זו קמה סולטנות. בין מגינדנאו (פירוש השם "עם המישורים") לבין סולו וטרנאטה, סולטאניות מוסלמיות קרובות, התקיימו קשרי סחר ונחתמו בריתות.
האימפריה הספרדית.