בתקופה זו, בימי רבי יוחנן וריש לקיש הידועים, התכנו התלמידים בישיבה בשם "חברייא" ולא בשם "חכמים". כינוי זה היה רווח אפוא למן הרבע השני של המאה השלישית לספירה ועד למחצית השנייה של המאה הרביעית לספירה. למושג "חברים", מעבר לביטוי חדש שמאפיין תקופה חדשה, או רצון ליצור משהו שונה מבעבר, יש גם אספקט חדש של מסגרת חדשה, קולגיאלית, מחוזקת, שאיננה מבית הנשיאות מחד אך גם איננה חוששת ממנו מאידך. ניתן אף להניח כי מסגרת חדשה זו הושפעה מהאווירה של הגילדות המקצועיות שפעלו בפרובינקיות הרומיות, כאלו שכינו את המשתייכים אליהם בשם "חברים". קיימת מחלוקת בין החוקרים, האם ה"חברייא" פעלו בטבריה או בקיסריה, ומסתברת יותר האפשרות הראשונה. בראש ה"חברייא" עמד מנהיג ידוע, כמו רבי אלעזר, רבי אסי, או רבי יונה.
לעיתים מובאות עדויות של חכמים בשם ה"חברייא", ולעיתים להפך, וכן ציון דעותיהם לצד עמדות של חכמים. על חשיבות המוסד המדובר תעיד העובדה שעורכיו ומסדריו של התלמוד הירושלמי החשיבו את בקיאותם ולמדנותם של בני ה"חברייא".
משולש ההנהגה.
מלאחר תקופתו של רבי יהודה הנשיא אנו עדים להתפתחות שלושה מוקדי כוח, כשאף לא אחד מהם היו קשור לבית הנשיאות, לא בקשר אישי ולא בזיקה פוליטית. קונסטלציה זו משקפת את התחזקות מעמד החכמים מזה ואת חולשת הנשיאות מזה. מדובר על מרכז גלילי (ציפורי-טבריה-עכברי), חופי (קיסריה) ודרומי (לוד). המרכז בלוד גיבש התארגנות של חכמי ה"דרום", הנזכרים כ"הדרומיים", או "זקני הדרום", בקיסריה התארגנו "רבנן דקיסרין" ובעכברה/עכברי (צפונית-מערבית לטבריה) התפתחה מסגרת של חכמים בשם "אילין דבי רבי ינאי", אשר עסקה בחקלאות – תבואה, יין, מטעים ודבש. מסתבר כי קבוצה זו נשמעה להוראותיו של רבי יוחנן הטבריאני, והוא שפסק לה הלכות, כגון בעניין הקלות בשנת השמיטה, וזאת על רקע המצב הכלכלי הקשה של המאה השלישית לספירה. הלכות מקלות אנו למדים גם מפי ראש החבורה – רבי ינאי, ובפרט זו המורה כי "פוקו וזרעו בשביעית משום ארנונה". הלכה מקילה ומתירנית זו נבעה מן המצב הכלכלי הקשה שבתקופת האנרכיה, ועל רקע סירוב השלטון הרומי לפסוח על גביית הארנונה בשביעית. יש לזכור כי מהלך דומה ניסה להריץ רבי יהודה הנשיא, אך נכשל בשל הסתייגות חברי הסנהדרין. לרבי ינאי היו מתחים עם בית הנשיאות של רבי יהודה נשיאה ולעיתים הללו נגררו להתנגשויות ממש.
בין המרכז בלוד לבין המרכז הגלילי שררו מתחים רבים, בנושאים מנושאים שונים, בעיקר מאז פטירתו של רבי יהודה הנשיא. רבי יונתן למשל, שחי ופעל בציפורי, התייחס לאנשי לוד כאל אנשים פשוטים וגסי רוח, כאלה שאינם "בני תורה", ולכן, אגב, הוא ממליץ שאין ללמד אותם הגדה, כזו לפחות שרק אוזן עדינה ורגישה ראוי לה שתיחשף לה. עם זאת נודעה הקבוצה שבדרום, זו שהתרכזה סביב המוקד שבלוד, כבעלת עמדות ברורות וידועות, וכמובן מפורסמות בתחומים שונים כגון קרבנות וטהרות. הללו התכנו בשם "זקני הדרום", או "הדרומיים", ולהם מיוחסות מסורות תנאיות עצמאיות, כגון המונח הפותח בנוסח של "מתניתא מן דרומא". בשני התלמודים שוקעו כאלפיים אמירות המיוחסות לחכמי לוד. ראויה לציון העובדה שהדרום פורח בתקופה זו, המאה השלישית לספירה, לאחר שידע תקופה קשה ביותר, בימי מרד בן כוסבה, אשר הביא כמעט להתרוקנותו המוחלטת מיהודים.
כאשר טבריה החליפה את ציפורי כעיר הנשיאותית התרבו המתחים בין טבריה ללוד, ולקראת שלהי המאה השלישית, כשלוד הייתה בתפארתה, דרש רבי סימון להכיר בה כמרכז בכיר וראשון לסמיכתם של חכמים. עימותים אלה החריפו לאחר פטירת רבי יוחנן הטבריאני בשנת 279 לספירה, או-אז מעומעמת קמעא אורה של טבריה ומאידך מתחזקים המרכזים בקיסריה בהנהגת רבי אבהו ובלוד בהנהגת רבי סימון.
בתלמוד הירושלמי מובא קטע מעניין על אודות שתי משפחות מיוחסות, בית רבי הושעיה ובית בר פזי, המקורבות לבית הנשיאות, שנהגו בטקסיות של מתן כבוד רב לבית הנשיאות, מתוך כוונה לשדרוג מעמדי. הראשונה ייצגה את הדרום והשנייה את הגליל, והסתבר כי את הכבוד נתנו יותר לגלילית מאשר לדרומית.
הפגנת כוח נשיאותית.
כאמור לעיל התקשו הנשיאים, יורשי רבי, להנהיג את הציבור היהודי, לפחות כמו רבי בשעתו, וזאת מהטעמים הבאים: אף לא אחד מהם טיפס למעמדו ולעמדתו של רבי; הנחיית פיצול הסמכויות שגיבש רבי לקראת סוף ימיו; בתקופתם התנהל המשבר האימפריאלי ברומא; העדר היציבות הפוליטית ברומא הקשה על קיום מערכת יחסים תקינה ורציפה עם השלטונות; המצוקה הכלכלית שפגעה באוכלוסייה והתקשותה להיחלץ מן המצב חשפה בפניה את הריפיון הנשיאותי; התחזקותם של קבוצות חכמים, כאלה אשר איישו את שלושת המוקדים הנ"ל: טבריה, קיסריה ולוד.
עם זאת הנשיאות לא ויתרה. היא ביקשה להסתמך על קדושת השושלתיות, על המסורת של ההנהגה הנשיאותית, על העושר שהורש להם ועל הפיצול והמתחים שבין מוקדי הכוח של החכמים. המאבק בין הנשיאות לסנהדרין על עמדת הכוח התבטא בתחומים שונים: בשאלת כינוסי הסנהדרין, בשאלת מינוי החכמים, בשאלת התקנת תקנות, בעניין מוסד השליחות ואף בעניינים אישיים.
והנה, הן רבן גמליאל ברבי והן רבי יהודה נשיאה היו מכנסים חברי סנהדרין למסגרת שנקראה בשם "מניינים", ושם היו דנים בסוגיות שונות ומנסחים תקנות. במקורות נזכר מושג ושמו "הולכי אושא" בפיו של רבי יוחנן, ויש המשערים כי מדובר באותו מקום אליו נדד הסנהדרין לאחר מרד בן כוסבה (בר כוכבא), ושם נהג הנשיא לכנס מספר חברי סנהדרין.
מקורות חז"ל מעידים על מוסד אחר, סמכותי ופטריארכאלי אחר, ושמו בית הדין של הנשיא, או כפי שהוא מופיע במקורות: "רבן גמליאל ובית דינו" ו"רבי (יהודה נשיאה) ובית דינו". אין לדעת האם סימל מוסד זה קשר לסנהדרין, או שמא מדובר במוסד פרטי, או פרטי בחלקו. בכל מקרה הוא משקף את האווירה המיוחדת שנוצרה בהנהגה היהודית בתקופה זו.
מפורסמת תקנתו של רבי יהודה נשיאה בדבר ההיתר שניתן להשתמש בשמן שהופק על ידי הנוכרים. רבי יהושע בן לוי ביקש להבהיר את טיבה של התקנה, באומרו כי . כלומר בשל מיעוט השמן באזור שמחוץ להר המלך (נקודה גאוגרפית הנתונה למחלוקת בין החוקרים) שבאזור גב הר יהודה ושפלת יהודה שמצפון לירושלים מחד ובשל ריבוי השמן בגזרת הר המלך, הסתכנו יהודים בהעברת שמן (הכוונה לזיתים כמובן) מן ההר החוצה.
רבי שמלאי ביקש לשכנע את רבי יהודה נשיאה להתיר אף את פיתם של נוכרים, אלא שהנשיא חשש מתגובתם המסויגת של החכמים, שעלולים לכנות את בית דינו בשם "בית דין שריא" (בית דין מתיר) ומשך ידו מן הרעיון.
מוסד השליחות, ה"אפוסטולוי", כגורם ששיקף את הפרה-רוגטיבה הנשיאותית, זה עשרות בשנים, התמיד אף במאה השלישית. מדובר במספר חכמים, מקורבי הנשיאות, כאלה שהנשיא חפץ ביקרם, ולעיתים אף גורמים אופוזיציוניים שנועדו להתרכך אגב השליחות, היו משוגרים מטעם הנשיא למשימות שונות, הן לקהילות ישראל שבתפוצות והן לשליחות פוליטית ברומא. השליחים הביאו את דבר המרכז לתפוצות, הודיעו על קידוש החודש ועיבור השנה, היטו אוזן באשר לאווירה ששררה בקהילות השונות ואף שימשו צינור להעברת תרומות למרכז הארצישראלי. מוסד השליחות אמור היה לשמר ולהנציח את עליונות המרכז הארצישראלי מול הקהילות שבתפוצות, אם כי במקרים רבים הייתה תמונת המצב הפוכה לחלוטין, ובעיקר בקרב הקהילה היהודית שברומא, ומטעמים מובנים. אחד השליחים היה רבי שמלאי, חכם ודרשן, בן הדור השני לאמוראי ארץ ישראל. מדובר על חכם "דרומי" אשר פעל רוב ימיו בציפורי. הנשיא ניצל את כישוריו של זה ואף את קשריו (הוא עצמו יליד בבל) כדי להישלח לבבל (אמצע המאה השלישית לספירה) ולהשפיע על שמואל, מנהיגה של הקהילה בנהרדעא לחדול מן הניסיון להתקין לוח תאריכי מיוחד לבני הגולה, מה שהיה בבחינת קריאת תיגר וערעור על בכורתה של ישראל מול התפוצות.
רבי שמלאי יצא לבבל ואף לקהילות אחרות, כגון לאנטיוכיה שבסוריה ולקהילות אסיה הקטנה.
השליחים גם ביצעו משימות מקומיות, כגון שלושת החכמים ששוגרו מטעמו של רבי יהודה נשיאה השני לקהילות ישראל שבפרובינקיה כדי לפקח על טיב ההוראה במקום.
כדוגמת סבו המפורסם, רבי יהודה הנשיא, שקיים קשר אישי הדוק עם השלטונות הרומיים, ואף המכובדים שבהם, אנו מוצאים את רבי יהודה נשיאה (הנכד) שולח מתנות לנציב הרומי ביום אידו, ביום חגו האלילי, ונכדו של זה, רבי יהודה נשיאה השני נפגש עם הקיסר דיוקלטיאנוס.
פרשה קצת מוזרה לכאורה, שנקשרה בבית הנשיאות, הייתה קבוצת הגותיים שפעלה משמו של הנשיא. האם מדובר בעבדים, או אולי בשכירי חרב גרמניים, שהיוו משמר אישי לנשיא ואולי מוציאים לפועל את הוראותיו ועונשים את ה"עבריינים", או שמא מעין העתקה פרובינציאלית של משמר הכבוד הקיסרי. בכל מקרה מהווה עדות זו אספקלריה לניסיונותיו של בית הנשיאות לצבור סמכות ולהטיל מרות, בדרכים שקודם לכן כלל לא היו מקובלות.
פונקציה מיוחדת שבה נתלו הנשיאים כדי לחזק את מעמדם הייתה תעניות ציבור, ובימי בצורת הייתה נוכחותו של הנשיא במעמד זה מאוד מרכזי, מכיוון שהיה אחראי על קביעת הצומות. פעילות זו מתועדת מאמצע המאה השלישית לספירה, מימי רבי יהודה נשיאה ואילך. זאת ועוד, במות הנשיא היה על כל אחד לקרוע את בגדו ולא לאחותו, ולעיתים נהגו אף באופן מופגן ומופלג, כשסגרו את כל בתי המדרש במות הנשיא.
הנשיא היה אחראי לקביעת הלוח העברי, ובשעה שניסו להפקיע ממנו זכות זו, כגון ביוזמת התקנת הלוח של שמואל בנהרדעא, שיגר אליו את רבי שמלאי כדי לבטא את מחאתו בנידון.