לאחר מלחמות השושנים, עלה בית טיודור לשלטון בממלכת אנגליה. רוזני קילדייר משושלת פיצג'רלד, שהיו לשליטי אירלנד בפועל באותה התקופה, הפכו לבעלי ברית לא נאמנים לשלטון החדש באנגליה. בשנת 1487 הזמין גארט מור פיצג'רלד כוחות בורגונדים לתוך הבירה דבלין על מנת לגרש את כוחות בית טיודור, ולהמליך את למברט סימנל מבית יורק למלך אנגליה. בשנת 1536, תומאס פיצג'רלד, רוזן קילדייר העשירי, פתח במרד גלוי כנגד הכתר האנגלי. תחושת המיאוס במתרחש באירלנד גברה בעקבות המרד והפכה לצורך ממשי בכיבוש האי על מנת למנוע מרידות דומות וחוסר נאמנות בעתיד ולהימנע מפלישה של כוחות זרים לאנגליה דרך אירלנד. בשנת 1541, הפך אותה הנרי השמיני, מלך אנגליה משטח שליטה של לורדים שונים לממלכת אירלנד. הוא מינה את עצמו למלך אירלנד הישיר באותה השנה בפרלמנט של אירלנד, והייתה זו הפעם הראשונה שראשי הממלכות האיריות הורשו להצטרף לאריסטוקרטיה הנורמנית בישיבותיה בפרלמנט. לאחר מכן החל הנרי בבניית ממלכת אירלנד החדשה, תהליך שלקח כמעט מאה שנים, ובמסגרתו פורקו או נכבשו כלל שטחי השליטה של הלורדים האנגלו-נורמנים, כמו גם כלל הממלכות האיריות העצמאיות וכונסו תחת הכתר של ממלכת אירלנד.
כיבושה מחדש של אירלנד על ידי האנגלים הושלם בתקופת שלטונם של אליזבת הראשונה וג'יימס הראשון, וזאת לאחר מספר מערכות ברוטליות ומסעות מלחמה ארוכים באי, כשהבולטים בהם היו דיכוי מרד דזמונד ומלחמת תשע השנים. לאחר סיום הכיבוש, הממשלה האנגלית שהוקמה בדבלין החילה לראשונה את שלטונה על האי כולו, ופירקה בהצלחה את השבטים האיריים האחרונים מנשקם. מצד שני, האנגלים לא הצליחו להמיר את האיריים הקתולים לנצרות הפרוטסטנטית, והדרכים האכזריות בהן ניסו להטיל את מרותם על האי, וביניהן החלת ממשל צבאי, הגבירו את התרעומת שחשו כלפיהם התושבים האיריים.
החל מאמצע המאה ה-16 ועד לתחילת המאה ה-17 פצחה הממשלה האנגלית באירלנד במדיניות החרמת אדמות מהתושבים האירים הקתולים וקולוניזציה של אדמות אלו על ידי מתיישבים פרוטסטנטיים מאנגליה ומסקוטלנד, מדיניות שנודעה כיישוב אירלנד. בתקופה זו, יושבו בעיקר פרובינציות אלסטר ומנסטר והמחוזות אופאלי וליש. מתיישבים אלו היו למעמד העליון באירלנד החדשה שיצרה ממלכת אנגליה, בעוד האירים הפכו כעת לחברי המעמד הנמוך ביותר. מספר חוקי עונשין חוקקו כנגד הקתולים, הבפטיסטים והפרסביטריאנים וזאת במטרה שימירו את אמונתם לכנסייה האנגליקנית.
מלחמות וחוקי העונשין.
במאה ה-17 אירלנד זועזעה מתקופת מלחמה ארוכה. בבריטניה פרצה מלחמת שלוש הממלכות, שהייתה לסדרה של מלחמות אזרחים שבמסגרתן נלחמו תומכי המלוכה בתומכי הפרלמנט בכל רחבי האיים הבריטיים, ובסופה, הכוחות הפרלמנטריים בראשות אוליבר קרומוול ניצחו את כוחות המלוכנים בראשות המלכים צ'ארלס הראשון וצ'ארלס השני והמלוכה בוטלה לטובת שלטון היחיד של קרומוול. המלחמה הגיעה לאירלנד לראשונה כמלחמת אחת עשרה השנים, שתחילתה היה במרד האירי של 1641 כנגד השלטון האנגלי והמתיישבים הפרוטסטנטיים. בשיא המלחמה, האצולה הקתולית אף שלטה באירלנד לתקופה קצרה בתור הקונפדרציה האירית, ואף חתמה על ברית עם הכוחות המלוכנים. הכוחות המאוחדים ניסו להשמיד את הצבא הפרלמנטרי בדבלין, אך אלו ניצחו אותם בקרב רת'מינס. אוליבר קרומוול נחת בדבלין ב-15 באוגוסט 1649 על מנת לפרק את הברית המלוכנית-אירית. כיבושיו של קרומוול היו האכזריים ביותר בהיסטוריה של אירלנד, ובסופם מחצית מאוכלוסיית האי נרצחה או שועבדה לעבדות והוגלתה. כעונש על המרד של שנת 1641, האדמות שעוד נותרו בידי אדונים קתולים הוחרמו ויושבו על ידי מתיישבים מבריטניה וליתר הקתולים במדינה הוצעה הצעה על ידי משטר קרומוול - גיהנום או קונכט - מוות או מעבר לפרובינציית קונכט שבמערב האי, אליה גורשו עשרות אלפי אירים עד 1654.
עבודות כפייה.
בין המאה ה-15 למאה ה-18, אסירים אירים, אנגלים, סקוטים וולשים הוגלו לעבודות כפייה באיים הקריביים לתקופת מעצרם. מספרים גדולים אף יותר עברו לאיים בהתנדבות על מנת לעבוד בהם. בהמשך היו מגלים אסירים גם למושבות באמריקה ולאוסטרליה. האנגלים העבירו את האירים תהליך של דה-הומניזציה וכינו אותם פראיים, כך שגירושם אל מעבר לים נראה כפעולה מוצדקת. ב-1654 קיבל אוליבר קרומוול יד חופשית בטיפול בתושבים האיריים ה"לא רצויים". קרומוול רדף קתולים במערב אירלנד ושילח אותם בספינות לאיים הקריביים, בייחוד לאי ברבדוס, אליו גורשו כ-12,000 אירים עד 1655.
מהרסטורציה עד איחוד הפרלמנטים.
הרסטורציה והמהפכה המהוללת.
לאחר מותו של אוליבר קרומוול בשנת 1658, לא הצליח איש לתפוס את מקומו. לכן, הוחלט בפרלמנט האנגלי על השבתו של בית סטיוארט לשלטון, וצ'ארלס השני, מלך אנגליה הושב מגלותו בהולנד למלוך בשנית על ממלכתו. שבוע לאחר הכתרתו הוא הומלך גם כמלך אירלנד. על אף שהקתולים האמינו שחזרתו של צ'ארלס לכס המלוכה תטיב עמם, ההפך הוא שקרה - צ'ארלס שב למלכותו בעזרת ובתמיכת הרוב הפרוטסטנטי באנגליה, ולא היה יכול לפעול כנגד האינטרסים שלהם, ועל כן, הנידוי הקתולי, חוקי העונשין הקשים ונישולם מאדמתם נותרו על כנם.
את צ'ארלס החליף על כס המלוכה ג'יימס השני, מלך אנגליה הקתולי, שהיה בעל שאיפות לתקן את העוול ההיסטורי כנגד הקתולים בממלכתו, והוא ביצע מספר מהלכים באירלנד על מנת לחלץ את הקתולים משעבודם. ג'יימס עלה לכס המלוכה על אף היותו קתולי מאחר שהעם באנגליה שבע ממאבקי שלטון ומאחר שכל בנותיו היו פרוטסטנטיות, כך שהסיכוי ליורש קתולי למלך היה קלוש. אולם, ביוני 1688 נולד לג'יימס בן זכר ובכך הובטח המשך השלטון הקתולי על אנגליה. כתוצאה מכך, התרחשה המהפכה המהוללת, במהלכה דרש העם את הדחתו של המלך והפרלמנט האנגלי מינה במקומו את ויליאם מאורנז', בעלה הפרוטסטנטי מהולנד של ביתו הבכורה מרי. ויליאם הצליח לדכא את תומכיו של ג'יימס באנגליה, אך בפריפריה - בסקוטלנד ובאירלנד הקתוליות ברובן היה כוחו של ג'יימס חזק, ושם נמצאו לו תומכים אשר לא היססו למרוד בכתר בשמו.
שני המלכים נלחמו על השליטה באירלנד במהלך המלחמה הוויליאמית, שהייתה חלק ממלחמת תשע השנים באירופה כולה. במהלך המלחמה נלחמו הקתולים תומכי ג'יימס בפרוטסטנטים תומכיו של ויליאם. בתחילת המלחמה השיגו הקתולים ניצחונות רבים ומשמעותיים על אויביהם וכבשו את הערים הגדולות באירלנד. ניצחונות הקתולים המשיכו עד להגעתן של שלוש מאות ספינות עמוסות חיילים מאנגליה בראשות ויליאם אל האי ביוני 1690. בהמשך, בסיומו של קרב בוין, הובסו כוחותיו של ג'יימס - הצבא היעקוביטי התפזר וג'יימס נאלץ להימלט לצרפת. הקתולים המשיכו להילחם במעט האמצעים שנותרו בידיהם עד שהובסו במצור על לימריק באוקטובר 1691. לאחר הפסד הקתולים, חתם עמם ויליאם על הסכם במסגרתו יושבו להם אדמותיהם אם יישבעו אמונים אליו כמלכם, והפולחן הקתולי יותר במדינה - אולם, ההסכם מעולם לא כובד על ידי הפרוטסטנטיים האירים או על ידי אנגליה עצמה והשעבוד הקתולי נותר כשהיה.
השלטון הפרוטסטנטי.
במהלך המאה ה-18, רוב אוכלוסיית אירלנד הורכבה מאיכרים קתולים, ברובם עניים ונרפים מבחינה פוליטית לאחר שמנהיגיהם המירו את דתם לנצרות הפרוטסטנטית על מנת להימנע מכנסות כלכליים ופוליטיים. למרות זאת, מתחת לפני השטח ולאורך תקופה ארוכה, התרחשה באירלנד התעוררות לאומית קתולית. באי היו שתי קבוצות גדולות של פרוטסטנטיים - הפרסביטריאנים באלסטר שחיו בתנאים כלכליים גבוהים מאוד אך היו נטולי השפעה פוליטית, וקבוצה קטנה יותר של אנגלו-אירים, שהיוו כ-5% מהאוכלוסייה והיו חברי הכנסייה האנגליקנית. קבוצה זו החזיקה ברובו של הכוח הפוליטי באירלנד - הם החזיקו בחלקן הארי של האדמות החקלאיות באי, בהן עבדו האיכרים הקתולים, שלטו במערכת המשפט, בממשל המקומי והיו לרוב בשני הבתים בפרלמנט. רוב חברי הקבוצה התגוררו באנגליה ולא באירלנד וחבריה שימשו כבעלי אדמות נפקדים, שנאמנותם הייתה לחלוטין שייכת לאנגליה. אלו שכן נותרו באירלנד, זיהו את עצמם יותר ויותר כאירים לאומנים והיו כעוסים על השליטה האנגלית הזרה על ממלכתם. הדוברים שלהם, שרובם היו אנשי רוח כמו ג'ונתן סוויפט ואדמונד ברק, ביקשו יותר שלטון עצמאי עבורם. לאנגלו-אירים היה חוסר אמון מוחלט בפרסביטריאנים שבאלסטר והם האמינו שלקתולים צריכות להיות זכויות מינימליות. לא הייתה לקבוצה זו שליטה מוחלטת מבחינה פוליטית על האי, מאחר שלממשלה בלונדון הייתה הסמכות העליונה, אשר תפסה את אירלנד בתור מושבה בחצר האחורית של ביתה. לאחר המהפכה האמריקאית בשנות ה-70 של המאה ה-18 ניסו האנגלו-אירים למשוך למען חיזוק כוחם - הם לא ביקשו עצמאות מאחר שידעו על נחיתותם המספרית אל מול הצבא הבריטי ומאחר שהיו זקוקים להגנתו.
האנטגוניזם החריף שחשו האירים כלפי אנגליה החמיר בעקבות המצב הכלכלי הקשה ששרר באי - חלק מבעלי האדמות הנפקדים ניהלו את נכסיהם באופן רשלני, ורוב המזון שיוצר באי נועד לייצוא ולא לצריכה מקומית. שני חורפים קרים במיוחד לקראת סופו של עידן הקרח הקטן הובילו לרעב בשנים 1740 ו-1741 שגרם למותם של מעל 400,000 אלף תושבים ולהגירתם של 150,000 נוספים. בנוסף, הייצוא מאירלנד פחת בעקבות חקיקת חוקי הסחר הימי בפרלמנט הבריטי, שהעלה מכס מגן על סחורות שנכנסו לאנגליה מאירלנד אך פתר ממכס סחורות שמגיעות לאירלנד מאנגליה. למרות כל אלו, המאה ה-18 הייתה שקטה בהרבה משתי המאות שקדמו לה והאוכלוסייה האירית הכפילה את עצמה ל-4 מיליון תושבים.
המרד של 1789.