ב-1803 הדפיס חורין בווינה את חיבורו המקיף הראשון, "עמק השוה", עם הסכמה ממינץ. הוא גינה מנהגים ואמונות תפלות שנבעו מהקבלה המעשית, כמו קמעות ליולדות וכפרות, אף כי הגן על הקבלה עצמה. הוא עסק גם בעיקרי האמונה של הרמב"ם ובדברי אגדה. הספר היה מושפע בבירור מרעיונותיו של משה מנדלסון, וחתר להציג את הדת כעומדת בקנה אחד עם הנאורות. לדברי פלאי, כבר ניכר שם כיוון חשיבתו: הוא כתב, בין היתר, כי מדי פעם המתודות ההלכתיות השגרתיות אינן מספיקות, ו"מסרה התורה לחכמי זמן וזמן לתקן הפרטים." אך שינוי זה היה, לדבריו, צריך להיעשות לפי י"ג מידות. הספר היה רצוף התקפות על הדאיזם והדוגלים בו מבין היהודים, ביקורת המקרא המוקדמת, השבתאות והפרנקיזם. חורין ציין גם כי "אין לשנות דבר מברכות שבתפילה".
בנט מיהר להכריז ש"עמק השוה" מכיל דברי כפירה ויש לשרפו, אם כי סירב לדרישת המחבר לנמק זאת על בסיס הטקסט. לבסוף הצהיר שהוא בטוח שחורין מחזיק בדעות כאלו, גם בלי להישען ישירות על הכתוב. החיבור הביא לחורין תהילה בקרב משכילי גליציה, והחלה חליפת מכתבים בינו לבין דמויות כמו שי"ר. הקהילה באראד התפצלה לשניים: מחנה הרוב שתמך בחורין, ומיעוט גדול שניסה להיפטר ממנו. אחד מראשי הקהל קילל אותו בקול בעת דרשת שבת שובה תקס"ה (8 בספטמבר 1804). לבסוף הודיעו המתנגדים כי יתרצו, אם הרב מינץ יכריע שאין מדובר בכתב מינות. הלה השיב ב-8 באוגוסט 1805 וקבע כי אין ספק ש"עמק השוה" מכיל דברים למרות זאת היה מינץ נתון בלחץ כבד מרבים להעניש את חורין, וכינס ב-1 בספטמבר בית-דין שמנה אותו עצמו, את הרב ראובן ראקאניץ מז'מבק, ואת חתנו של האחרון, שמואל דוד בודשפיץ מאסאד.
חורין וכמה מיריביו בקהילתו הגיעו לאובודה. למחרת לא הופיע מינץ, ודיין אחר החליף אותו; בודשפיץ נטל את השליטה. הוא הורה לחורין לגנוז את 'עמק השוה' או שזקנו יגולח בעוון כפירה, והלה נאלץ לקבל את הדין. עם שובו לאראד, נסקל בחצר בית הכנסת על ידי ההמון, אך ועד העדה סירב לתביעה לפגוע בשכרו. לבסוף פנה לרשויות, ואלה קבעו שההליך לא היה תקין וביטלו את הפסק ב-24 ביוני 1806. המחלוקת באראד לא פסקה מעולם, ובין שני הפלגים המשיכו להתחולל מריבות וקטטות. פרשת "עמק השוה" הביאה לקרע עמוק בינו לבין יתר רבני הונגריה, אף כי לעת עתה חדל מלפרסם את דעותיו. בבית-הכנסת שלו באראד ערך בינתיים שינויים שהתאימו לתפישתו: הוא ביטל את השימוש בטעמי המקרא, השמיט רבים מהפיוטים, אסר להרעיש ולהתפרע בעת קריאת מגילת אסתר, לירוק בעלינו לשבח ועוד. הוא יצא נגד נטייתם של רבני דורו להרבות בהצבת גדרים כדי לבלום את הסחף של ההמעטה בשמירת המצוות, והביע דאגה כי זו תביא לאדישות דתית ולגידול בתנועת המתנצרים. סדרי בית הכנסת הקלוקלים, שבחסותם השתררה מהומה בעת התפילה, היו לדעתו עיקר הבעיה.
באביב 1806 חיבר מכתב לאברהם פורטדו, נשיא אספת הנכבדים שהכינה את הסנהדרין של פריז. הוא שיבח את יוזמת הממשל הצרפתי, ובין היתר ציין שבית דין רשאי לבדוק גזירה שגזרו בעבר, לבחון אם היא מתאימה לנסיבות הזמן ולבטל אותה אם אין בה עוד תועלת. כמו כן, הוסיף שיר שבח לקיסר נפוליאון.
ב-1811 שוב נקלע חורין לעימות עם בנט, כשזה הכשיל את מינויו לרב בווינה, שם קיווה להתבסס על תמיכת הנאורים בעיר. מעתה ואילך החל להוציא בעקביות פסקים שנגדו את דעת מרבית בעלי ההלכה בארץ: במחצית הראשונה של העשור התיר אכילת פנינייה, שנחשבה לטמאה על ידי רבים מרבני אשכנז, ובהמשך אפשר – לאחר שבקשתה נדחתה על ידי כמה רבנים – לאלמנה שתינוקה היה בן שלושה חודשים בלבד, להינשא שוב. בשלב זה היה כבר מבודד כמעט לחלוטין מפוסקי ארצו, ורק מינץ עוד נטה לו חסד.
ריב ההיכל.
ב-1818 יצר דרשן נודד בשם אליעזר ליברמן קשר עם חורין. הוא פעל לאסוף שו"תים שיתמכו בבית-הכנסת החדש שהקים ישראל יעקבסון בברלין, ושכלל חידושים כמו נגינה בעוגב בשבת על ידי נכרי, והוספת קטעים בגרמנית לנוסח התפילה. המניין החדש פוזר על ידי השלטונות עקב התנגדות רבה של ברלין, מאיר בן שמחה וייל. יעקבסון ואנשיו שם החליטו לוותר על התארגנות נפרדת, ולנסות להחיל את דרכם בתוך ביה"כ המרכזי. כדי למצוא להם סעד, פנה ליברמן לרבנים שנודעו כליברלים במרכז אירופה, ולפוסקים באיטליה. בין היתר שיגר את מכתבו גם למינץ, אך זה לא נענה, והזהיר את חורין שלא להתערב בעניין.
הרב מאראד התעלם ממנו, ופנה לסייע למחדשים. בשו"ת 'קנאת האמת' שהשלים ב-17 באפריל 1818, דן בפירוט בנקודות נגדן יצאו השמרנים בברלין: הקמת קהילה נפרדת ('לא תתגודדו'), הנהגת הברה ספרדית בתפילה, נגינה בעוגב, ביטולם של הטעמים ושל התפילה בלחש בשמונה-עשרה, הוספת קטעים שלא בלשון הקודש ועוד. חורין הסכים לכך שיש להתפלל בלשון המובנת, אך קרא לאנשי ברלין לדאוג להורות לבניהם עברית, ודרש לשמר קטעים כמו קריאת שמע ושמונה-עשרה בשפה בנימוק של את השימוש במבטא ספרדי ביסס על מעשיהן של דמויות כמו נתן אדלר. הוא היה מוכן 'ללמד זכות' על ביטול התפילה בלחש, לא מתוך הצדקה אלא מעקרון של עת לעשות, וביטל את החשש שעוגב מצוי בגדר של חוקות הגויים – באותו טעם שמצאו מרבית העונים לליברמן, שכינס את דבריהם במאסף "נוגה הצדק" – תוך הישענות על דברי המהרי"ק, כפי שהובאו על ידי הרמ"א, כי האיסור חל רק על דברים שאין בהם טעם חיובי. בסוף דבריו שיבח את יעקבסון וסיעתו, "האנשים החרדים לדבר השי"ת" ורוצים בשיפור סדרי בית-הכנסת כדי להפסיק את הזליגה החוצה מתוך היהדות. סמט סיכם כי בכתב תמיכתו בליברמן לא היה כמעט "גילוי פנים בתורה שלא כהלכה, אלא מרד בממסד הרבני ובמדיניות הפסיקה שלו."
לחורין היה משקל גדול יותר מיתר המשיבים ב'נוגה הצדק'. על אף שחובר עבור ברלין, הספרון הפך למוקד מחלוקת דווקא בריב ההיכל בהמבורג. בית-הכנסת האמור בהמבורג חיקה את דוגמת קודמו בבירה הפרוסית, אך כלל גם נוסח תפילה רדיקלי ששינה קטעים רבים המתייחסים לחידוש עבודת הקרבנות ולציפייה לקיבוץ גלויות. החת"ם סופר, שריכז את התמיכה מרחבי היבשת בבד"ץ העיר במאבקו נגד המוסד החדש, כתב למינץ ובקשו לדרוש מחורין לחזור בו. מינץ כתב לאראד, והבהיר כי ידאג לסלק את הרב ממשרתו אם לא יוציא הודעת חרטה. אל מול אובדן התמיכה מאחרון פטרוניו, נכנע חורין וכתב מנשר, בו הצדיק את ההיתרים שנתן, אך הוסיף כי לא ידע על השמטת התפילות וכי הוא מבטל את הרשאותיו מחשש שמכשלה זו יצאה תחת ידיו. סופר השמיט את המבוא המצטדק, ופרסם את הביטול בקובץ "אלה דברי הברית" נגד ההיכל. בחיבור זה נכלל גם מכתב גינוי ממהר"ם בנט, שאסר לקנות הוראה מפי חורין.
הרב מאראד התרעם על הצנזור. בחודשים הבאים, כשסערה המחלוקת, סבב ליברמן ברחבי הקיסרות והפיץ את דעותיו. הוא האשים את הרבנים בנוקשות ובאטימות אל מול צורכי הדור. בקהילת וינה עלתה הצעה, שנתמכה על ידי הפרנס מיכאל בידרמן וגורמים משכיליים אחרים, להקים בעיר בית-כנסת דוגמת המבורג, ולמנות את חורין לעמוד בראשו. הלה יצא אל הבירה, שם הדפיס את הספר "דבר בעתו", בו הצדיק את ההיתרים שנתן וביקר את החת"ס ובנט על טיפולם בנושא. בחיבורו כתב כי הזדהה בתחילה עם עמדתם של האוסרים, מחשש שהשואלים בברלין ינצלו את דבריו לרעה, אך לבסוף הכריע לפי דוגמת הנודע ביהודה שיש להרבות לפרסם היתרים דווקא בדור פרוץ. הוא ביקר קשות את רבני זמנו ש וכל העובר על מנהג באותו ספר רמז גם לראשונה לרצונו לכנס אספת רבנים, מעין סנהדרין חדשה, שתתקן את הטעון שיפור.
המגע עם משכילי ברלין, לראשונה, חשף את חורין גם לרעיונות שרווחו בקרבם. אם קודם לכן היו הדעות שהביע מוגבלות למקורות ההלכתיים, באופן נועז ככל שיהיה, מעתה והלאה החל לבטא גישה הדומה לזו של המאספים המאוחרים. ב'דבר בעתו' ניכרה השפעת זו: הוא ציין, בין היתר, כי הקטעים המתייחסים לעכו"ם אינם נוגעים לאומות של ימיו, שהרי הנוצרים מאמינים בבורא, בהישארות הנפש ועוד. עוד כתב שם כי בית-הכנסת חייב להיות מזמין גם עבור הנשים: בנושא היחס אליהן הכריז בחלקו השני של החיבור, שנכתב בגרמנית באותיות עבריות, כי הוא הוסיף כי המצוות המסדירות את היחסים בין אדם לחברו הן העיקר ושמצוות "ואהבת לרעך כמוך" חשובה מכל.
הניסיון לחקות את דוגמת המבורג, ואף היוזמה שהעלה הרץ הומברג לחייב בחוק אמירת תפילות בלשון המדינה, סוכלו על ידי רבני הקיסרות ב-1820 וב-1821. חורין נאלץ לשוב לאראד. בבית-הכנסת המודרני שנוסד בווינה ב-1826 נערכו לבסוף שינויים קלים בלבד, ויצחק נח מנהיימר המתון היה זה שמונה לנהלו. למרות הכישלון, זכה חורין לאהדה גדולה בחוגי המשכילים הרדיקלים יותר. פרץ בר, יעקבסון, דוד פרנקל ואחרים בשורותיהם, ראו בו מופת. הוא כתב טורים עבור כתבי-העת שלהם.
ימיו האחרונים.