דניאל סיקלס היה חבר בית הנבחרים של ארצות הברית מטעם מדינת ניו יורק. הוא נשא לאישה את תרזה בג'יולי סיקלס, בתו של המלחין אנטוניו בג'יולי. רעייתו של סיקלס ניהלה רומן עם פיליפ ברטון קיי, התובע הכללי של מחוז קולומביה ובנו של פרנסיס סקוט קיי, מחברו של המנון ארצות הברית. ביום ראשון, 27 בפברואר 1859, התעמת סיקלס עם קיי בכיכר לה פאייט שבוושינגטון, בהכריזו, "קיי, אתה בן בליעל, חיללת את כבוד ביתי, אתה בן מוות", ואז ירה בקיי למוות. לאחר מכן הוא הגיע לביתו של התובע הכללי ג'רמיה בלאק והתוודע על פשעו. ביום חמישי באותו שבוע הוא הואשם ברצח בפני חבר מושבעים גדול. פרשת סיקלס משכה את תשומת הלב של העיתונות ברמה הלאומית, הן בשל טבעה השערורייתי והן בשל קרבת האירוע אל הבית הלבן. עד מהרה העלתה העיתונות השערה שהעניין קשור לרומן בין רעייתו של סיקלס לבין הנשיא ביוקנן. עורך הדין הפלילי הבולט, ג'יימס ט. בריידי ושותפו, ג'ון גרהם, התייצבו להגנתו של סיקלס והפצירו בסטנטון להצטרף לצוות ההגנה.
הדיונים בתיק החלו להישמע ב-4 באפריל. התביעה רצתה לקדם את התאוריה שסיקלס ביצע מעשי ניאוף גם בעצמו ולא הקדיש מחשבה רבה לאשתו או למעשיה. כאשר השופט לא אפשר זאת, בחרה התביעה תחת זאת להבליט את אופיו המתועב של מעשה הרצח ולא להתייחס למניעי הפשע. צוות ההגנה של סיקלס טען מנגד שהוא סבל מהתקף אי שפיות זמנית. מקרה זה היה הראשון בהיסטוריה המשפטית האמריקאית בו הוצג טיעון של הגנת אי שפיות. האירועים באולם בית המשפט היו מעל הכול דרמטיים. כאשר נשא סטנטון את נאום הסיכום שלו, בציינו שהנישואים הם מוסד מקודש ולגבר צריכה לעמוד הזכות להגן על נישואיו מפני אלו הבוחרים לחלל את קדושתם, המה אולם בית המשפט מתשואות. סטודנט למשפטים שנכח בדיון תיאר את טיעוניו של סטנטון במהלך המשפט "רטוריקה ויקטוריאנית טיפוסית, אוצר מילים שנון של אמרות על קדושת מוסד המשפחה". חבר המושבעים קיים את דיוניו במשך שעה אחת ולאחר מכן פסק שסיקלס זכאי. השופט הורה שסיקלס ישוחרר ממעצרו. מחוץ לבית המשפט התקבלו סטנטון וצוותו בקריאות הערצה של הקהל.
ראשית הקריירה הפוליטית.
חבר בקבינט של ביוקנן.
בסוף 1860 עסק הנשיא ג'יימס ביוקנן בהכנת נאום מצב האומה והוא ביקש מהתובע הכללי בלאק לעזור לו לגבש את התובנה שבחוסר החוקיות והחוקתיות של פרישת מדינות הדרום. בלאק פנה לסטנטון לעזרה ועצה. סטנטון הכין לו טיוטה מנוסחת בחריפות כתשובה לנשיא, שבה הוגדר רעיון הפרישה כבלתי חוקי. ב-3 בדצמבר נאם הנשיא בפני הקונגרס. בינתיים היו חברי הקבינט של ביוקנן חסרי שביעות רצון יותר ויותר מטיפולו בסוגיית הפרישה וכמה מהם סברו שהוא חלש מדי כדי לטפל בה. ב-5 בדצמבר התפטר מזכיר האוצר האוול קוב. ב-9 בדצמבר הביע מזכיר המדינה לואיס קאס התמרמרות על כישלונו של ביוקנן בהגנת האינטרסים הממשלתיים בדרום, והגיש גם הוא את התפטרותו. ב-12 בדצמבר מונה בלאק להחליף את קאס. שבוע לאחר מכן סטנטון, שבאותה עת שהה בסינסינטי, נקרא לשוב מידית לוושינגטון לאחר שהסנאט אישר את מינויו לתפקיד התובע הכללי החדש. ב-20 בדצמבר הוא הושבע לתפקידו.
עם כניסתו לקבינט מצא סטנטון כי קיים אי סדר בנוגע לסוגיית הפרישה. ביוקנן לא חפץ לעורר את חמתן של מדינות הדרום יתר על המידה וגילה אהדה למטרתם. ב-9 בדצמבר סיכם הנשיא עם חברי הקונגרס מקרוליינה הדרומית שמתקני הצבא בתחום מדינתם לא יתוגברו, אלא אם כן יופעל כלפיהם כוח. עם זאת, באותו יום בו נכנס סטנטון לתפקידו, העביר מייג'ור רוברט אנדרסון את יחידתו אל פורט סאמטר, צעד שנציגי קרוליינה הדרומית ראו כהפרת הבטחה מצדו של הנשיא. זמן קצר לאחר מכן חוקקה קרוליינה הדרומית חוק לפרישתה והכריזה עצמה כעצמאית מארצות הברית. אנשי קרוליינה הדרומית דרשו שהכוחות הפדרליים יעזבו את נמל צ'ארלסטון עד האחרון שבהם ואיימו בטבח אם דרישתם לא תענה. ביום המחרת הציג הנשיא ביוקנן טיוטה לתגובתו לקרוליינה הדרומית. מזכיר האוצר פיליפ פרנסיס תומאס סבר שתגובתו של הנשיא הייתה תוקפנית, סטנטון, בלאק, והמנהל הכללי של הדואר ג'וזף הולט סברו שהיא פייסנית מדי. מזכיר הצי אייזק טוסי היה היחידי שתמך בנוסח תגובתו של ביוקנן.
סטנטון לא היה שבע רצון מתגובתו הסותרת של ביוקנן כלפי משבר הפרישה של קרוליינה הדרומית וחפץ שהוא יקשיח את עמדתו כלפי דרישות המדינה הפורשת. ב-30 בדצמבר הגיע בלאק לביתו של סטנטון והשניים הסכימו לנסח בכתב את התנגדויותיהם להוראתו של הנשיא לנסיגה מפורט סאמטר. השניים, יחד עם הולט, הסכימו שאם תתבצע נסיגה כאמור, הם יגישו את התפטרותם. ביוקנן נעתר להם. בערב ראש השנה נמסרה לנציגי קרוליינה הדרומית תגובתו של הנשיא שהוא לא יורה על נסיגת הכוחות מנמל צ'ארלסטון.
עד ה-1 בפברואר כבר הלכו בעקבותיה של קרוליינה הדרומית שש מדינות דרומיות נוספות שפרשו מן האיחוד והכריזו שהן כבר לא חלק מארצות הברית. ב-18 בפברואר הושבע ג'פרסון דייוויס כנשיא קונפדרציית המדינות של אמריקה. בינתיים רווחו בוושינגטון דיבורים על מזימות והפיכות. סטנטון חשש שב-13 בפברואר, יום התכנסות חבר האלקטורים, יערערו חילוקי הדעות את השלווה בוושינגטון, אך דבר לא אירע. בהמשך, הביע סטנטון את חששו שיתחוללו מעשי אלימות ביום השבעתו של אברהם לינקולן ב-4 במרץ וגם חששו זה נתבדה. טקס ההשבעה של הנשיא החדש נתן לסטנטון שביב של תקווה שהמאמצים להגן על פורט סאמטר לא יהיו לשווא ושהתוקפנות הדרומית לא תעמוד בפני כוחו של הצפון. בנאום ההשבעה שלו לא ציין הנשיא לינקולן שהוא ידאג להוצאתה מחוץ לחוק של העבדות בכל רחבי ארצות הברית, אך הוא אמר שהוא לא יתמוך בפרישה בשום צורה שהיא ושכל ניסיון לפרוש מהאיחוד הוא חסר תוקף חוקי. מבחינתו של סטנטון היו מילים אלו ביטוי של אופטימיות זהירה. ב-5 במרץ בחר לינקולן את חברי הקבינט החדש שלו, ובסוף אותו יום סטנטון כבר לא היה התובע הכללי. הוא נשאר בתפקידו לזמן מה כדי לסייע למחליפו, אדוארד בייטס, להתמקם ולקבל ממנו הדרכה.
יועצו של קמרון.
ב-21 ביולי חוו הצפון והדרום את ההתנגשות העיקרית הראשונה ביניהם בקרב בול ראן הראשון. אנשי הצפון חשבו שהקרב יסיים את המלחמה וינחיל לקונפדרציה תבוסה מוחלטת. תחת זאת, מרחץ דמים זה הסתיים בנסיגת צבא האיחוד אל וושינגטון. לינקולן ביקש להגדיל את מספר הלוחמים של הצפון לאחר הקרב, ורבים בצפון האמינו שהמלחמה תהייה מפרכת יותר בהשוואה למה שהם ציפו בהתחלה ויותר מ-250,000 איש התגייסו ולרשות הממשלה הפדרלית לא היה מספיק ציוד עבורם. מחלקת המלחמה הודיעה למדינות שהם ירכשו את האספקה בהבטיחה להן שהוצאותיהן יוחזרו. זה הוביל למכירת ציוד לממשלה הפדרלית על ידי המדינות שבדרך כלל היה פגום או חסר ערך במחירים גבוהים מאוד. אף על פי כן, רכשה הממשלה ציוד זה.
עד מהרה הואשם, סיימון קמרון, מזכיר המלחמה בקבינט של לינקולן, בניהול בלתי תקין של ענייני המחלקה והיו שקראו להתפטרותו. קמרון ביקש את עזרתו של סטנטון בייעוץ בסוגיות משפטיות שבין השאר נגעו לענייני הרכש של מחלקת המלחמה. הקריאות להתפטרותו של קמרון הלכו וגברו כאשר הוא הגיב לנאומו המליצי של קולונל ג'ון קוקריין בנובמבר בפני חיילי יחידתו. בנאום זה אמר קוקריין "עלינו לקחת את ידו של העבד, להניח בה רובה מוסקט, ולצוות עליו בשם האל להילחם בשם החירות של המין האנושי". קמרון תמך בדעתו של קוקריין שיש לחמש את העבדים, אך הרעיון לא זכה לתמיכה בקבינט של לינקולן. מזכיר הפנים קיילב סמית' גער בקמרון על תמיכתו בקוקריין.
קמרון כלל את קריאתו לחימוש העבדים בדיווח שהיה אמור להיות מוגש לקונגרס ושנשלח יחד עם פנייתו של לינקולן לבית המחוקקים. את הדוח העביר קמרון לסטנטון שהכניס בו פסקה שבה נדרש חימוש העבדים ביתר תוקף, בציינו שאלו שמרדו נגד הממשלה איבדו את בעלותם על כל סוג של רכוש, כולל עבדים, ושזה "ברור וצודק שהממשלה תחמש את העבדים כאשר זה יהיה נחוץ כמו שימוש באבקת שרפה ובתותחים שיילקחו מהאויב". קמרון מסר את הדוח לנשיא לינקולן והעביר כמה עותקים ממנו לקונגרס ולעיתונות. הנשיא ביקש שהחלקים בדוח שכללו קריאה לחימוש העבדים יושמטו, בעוד שהעיתונות קיבלה את הגרסה שכללה אותם. כאשר המסמך פורסם בעיתונים בשלמותו, נמתחה ביקורת על הנשיא על ידי הרפובליקנים, שטענו שהוא לא נחוש דיו בסוגיית העבדות והיו ממורמרים על כך שהוא ביקש להסיר את הבקשה לחימוש העבדים.
כאשר עוררו מתנגדי העבדות בצפון את המחלוקת, היה לינקולן נחוש בדעתו לפטר את קמרון. קמרון מצדו לא היה מוכן להתפטר עד שיהיה ברור מי יירש אותו בתפקידו ועד שיהיה ברור שהוא יעזוב את תפקידו ללא פגיעה בשמו הטוב. כאשר התפנתה משרת שגריר ארצות הברית ברוסיה, הסכימו לינקולן וקמרון שהוא יקבל את התפקיד לאחר התפטרותו. בנוגע ליורשו של קמרון, הנשיא לינקולן חשב שג'וזף הולט יתאים לתפקיד, אך מזכיר המדינה ויליאם סיוארד רצה שסטנטון יירש את קמרון. סלמון צ'ייס, מזכיר האוצר וידידו של סנטון, הסכים לכך. באותה עת התכונן סטנטון לייסד שותפות עסקית עם סמואל ברלאו בניו יורק, אך וויתר על כך כאשר שמע על מינויו המתוכנן. ב-13 בינואר מינה הנשיא לינקולן את סטנטון כמזכיר המלחמה ומספר ימים לאחר מכן אושר מינויו על ידי הסנאט.
מזכיר המלחמה בממשל לינקולן.
ימיו הראשונים בתפקיד.