עקב משאל העם מ 28 בספטמבר 1958 בנוגע לחוקת הקהילה הצרפתית-אפריקאית, גבון השיג את האוטונומיה והפכה לרפובלירקה האוטונומית של גבון כשלאון מ'בה ראש ממשלתה. בדצמבר 1959 האספה הטריטוריאלית הפכה לאספה מחוקקת והצביעה ב-19 בפברואר 1959 בעד הקמת הרפובליקה של גבון. לאון מ'בה התמנה לראש הממשלה של גבון. עדיין שיחק עם המחשבה להפוך את גבון למחוז (דפרטמנט) מעבר לים של צרפת, וביקש מלואי סאנמרקו, המושל לשעבר, לפנות בנושא זה לצרפתים. אבל הממשל דה גול שלל רעיון זה מכל וכל. עדיין בפברואר 1960 הציע מ'בה שגבון תאמץ דגל טירקולורי זהה בצבעיו לזה של צרפת, בתוספת צלמית העץ הלאומי "אוּקוּמֶה". אבל גם רעיון זה נדחה על ידי הצרפתים.
מצד שני מ'בה נרתע מהתוכניות הפדרליסטיות של ברתלמי בוגנדה המרכז-אפריקאי לכיוון שמירת איחוד עם שאר המרכיבים העניים יותר של אפריקה המשוונית הצרפתית - אובנגי-שארי, "קונגו האמצעית" וצ'אד.
בראש ממשלה של מדינה אוטונומית.
החל מיולי 1958 בזירה הפוליטית הופיע כוח פוליטי נוסף - מפלגת האחדות הלאומית הגבונית le Parti de l’Unité nationale gabonaise PUNGA בראשותם של רנה סוזאט וז'אן-ז'אק בוקאוול. מפלגה זו קראה להצביע "לא" במשאל העם מ 1958. לאחר מכן ארגנה הפגנות, בתמיכת UDSG, למען העצמאות וקיום בחירות פרלמנטריות חדשות.
בידיעה שצרפת תעניק ממילא עצמאות לגבון, במרץ 1960 מ'בה הוציא מחוץ לחוק את מפלגת ה PUNGA ופתח במסע רדיפה נגד מנהיגיה שכלל מעצרים וחיפושים בבתים. באווירה שנוצרה שלשה מנבחרי UDSG חזרו לתמוך בממשלה שהנהנתה כעת ברוב של 32 מתוך 40 חברי פרלמנט.
ב-27 במאי -28 במאי הפרלמנט הצביע בעד אמצעים להגבלת חירויות בפרט במיוחד מגבלות בזכות להתכנסות.
המשטר התחזק ואימץ בהדרגה סממנים של פולחן אישיותו של מ'בה, בעוד הבחירות הביאו מדי פעם לניצחון מפלגתו BDG, כולל בבחירות במחוזות ב 19 ביוני 1960.
אחרי הכרזת העצמאות. שלטון ריכוזי.
ב-17 באוגוסט 1960 גבון, בראשותו של לאון מ'בה, הכריזה על העצמאות. המדינה נקראה מכאן הלאה הרפובליקה של גבון ובספטמבר 1960 התקבלה לאו"ם. החוקה ה"נשיאותית" שהציע מ'בה לא הצליחה להשיג את הרוב הדרוש לאישור בפרלמנט, עקב התנגדות עיקשת של האופוזיציה ושל חוגים במפלגתו של מ'בה עצמו, בראשות יושב ראש האספה, פול גונג'ו. בסופו של דבר ב-4 בנובמבר 1960 אושרה חוקה שהתאימה להקמת משטר פרלמנטרי.
על מנת לכבוש את דעת הקהל מ'בה נקט בצעד לכאורה אנטיקולוניאלי והחליט לפטר מהממשלה את השרים הלבנים: שר פנים, אדואר דיאו Duhaut,
שר תעשיית העצים פייר מריאני ושר הבריאות, מוריס ז'ורדאן. עם זאת השפעת המתיישבים הצרפתיים במדינה נשארה עדיין חזקה באמצעות שיטות מושחתות יעילות ונפוצות מיסודו של רולאן ברו.
פיטורי השרים האירופיים נעשתה בניגוד לחוקה, ללא דיון בפרלמנט. על כן יושב ראש האספה, פול גונג'ו
, בן בריתו משכבר הימים של ראש ממשלה, הגיש הצעת חוסר אמון נגדו. מ'בה, רגיש לאיום על שלטונו, הגיב בצורה קשה ביותר: טען לקיום קשר נגדו ובתירוץ זה הכריז על מצב חירום וב-16 בנובמבר 1960 הורה באופן בלתי חוקי על מעצרו של גונג'ו ושל עוד שבעה יריבים מתוך מפלגתו BDG, בלי להתחשב בחסינותם הפרלמנטרית.
למחרת פיזר את הפרלמנט והודיע על בחירות כלליות ב 12 בפברואר 1961.
ב 4 בדצמבר 1961 נבחר ללמזכיר כללי של BDG במקום גונג'ו העצור ופנה עם קריאה לאופוזיציה מתוך רצון לחזק את מעמדו. יחד עם אובאם הרכיב רשימה של איחוד לאומי, שתיראה מאוזנת ומספיק מושכת לבוחרים.
המועמדים לבחירות החדשות הצטוו להפקיד 100.000 פרנקים, מה שהיקשה על מועמדים מחוץ לאיחוד הלאומי.
כמו כן מ'בה הכריז על חובת ההצבעה. בנסיבות אלה הרשימה של האיחוד הלאומי השיגה 99.75 % מהקולות. לאון מ'בה כמועמד יחיד נבחר לנשיאות הרפובליקה.
ז'אן אילר אובאם התמנה לשר במקום אנדרה גוסטב אנגילה.
ב-21 בפברואר 1961 מ'בה הצליח להעביר בפרלמנט החדש חוקה חדשה שהעניקה לנשיא סמכויות נרחבות -"היפר-נשיאותיות".
בהתאם לחוקה נשיא הרפובליקה מילא מעכשיו גם את תפקיד ראש הממשלה ומינה שרים שהיו אחראים רק בפניו.
המשטר הפך לשלטון אישי של הנשיא. עובדה זו עוררה באופן בלתי נמנע למתחים.
כמה סטודנטים שמחו נעצרו. בפברואר 1960 שוב נעצרו כ 20 אישים. הנשיא עצמו נהג לעיתים להעניש בעזרת מכות השוט המסורתי "שיקוט" (chicotte) אזרחים סוררים ש"שכחו" לברך אותו לשלום.
גילוי הנפט. התחזקות השלטון האישי של הנשיא.
קבוצות תעשיית הנפט הצרפתיות התחילו את פעילותם בגבון עוד בשנת 1957. מעמדן התחזק במיוחד אחרי גילוי מצבורי הנפט על יד חוף גבון בשנת 1962. הנפט עמד לתרום תרומה מכריעה בשגשוג הכלכלי של גבון כשהמדינה הפכה לאחד מעמודי התווך באספקת הנפט של צרפת.
ב-9 בפברואר 1963 מ'בה העניק חנינה לעצורים וכעבור 10 ימים סילק את בן בריתו, אובאם, מתפקיד שר החוץ. השרים של מפלגת UDSG (פרט לאחד) התפטרו מהממשלה, חוששים כמו אובאם, שמ'בה זומם מיזוגה
הטוטלית של סיעתם בתוך האיחוד הלאומי והשכנת משטר חד-מפלגתי.
על מנת להרחיק את אובאם מהזירה הפוליטית מינה אותו ב-25 בפברואר לנשיא בית המשפט העליון.
אבל כשנדרש להתפטר מהפרלמנט, אובאם העדיף לא לעשות זאת אלא לעזוב את המשרה המשפטית החדשה.
נוכח המתיחות בפרלמנט, למרות ששלט ב70 % מהמושבים, מ'בה פיזר אותו ב-21 בינואר 1964.
האופוזיציה איימה להחרים את הבחירות שעמדו להתקיים בתנאים בלתי הוגנים.
מדיניות החוץ.
מדיניותה של גבון תחת שלטונו של מ'בה התבססה על קשר הדוק עם המעצמה הקולוניאלית לשעבר ,צרפת.
יש שראו בזאת דוגמה קלאסית של נאוקולוניאליזם. כחודש לפני הכרזת העצמאות, ב-15 ביולי 1960 גבון חתמה על 15 הסכמי שיתוף פעולה עם צרפת שהיו חיוניים בהבטחת המשך מינהל תקין וניהול הכלכלה.
החל מהחתחלת שנות ה-1960 גבון הפכה למיבאת חשובה של אורניום ומנגאן ובהמשך כצוין לעיל מיבאת של נפט. ארצות הברית, צרפת, ומדינות אירופיות נוספות השקיעו רבות בפיתוח הפקת חומרי גלם אלה.
גבון נחשבה כחלק מהמחנה השמרני יותר מבין המדינות האפריקאיות שהשתחררו מעול הקונוליאליזם הצרפתי, יחד עם שאר 11 המדינות שייסדו בשנת 1960 את "קבוצת ברזוויל", הידוע רשמית כ"איחוד האפרו-מלגשי" שזכה בברכת צרפת: קונגו תחת הנהגתו של פולבר יולו, אפריקה המרכזית בהנהגתו של דויד דאקו, צ'אד שבהנהגתו של פרנסואה טומבלבאי וכו', לעומת המשטרים שהתקרבו לברית המועצות ולסין העממית, כדוגמת גינאה ומאלי. בהמשך קבוצת ברזוויל התחברה במאי 1961 למדינות דוברות אנגלית "שמרניות" כגון ניגריה, סיירה לאון וליבריה, לאתיופיה, טוגו, תוניסיה וסומליה כדי ליצור את קבוצת מונרוביה.
למרות שהתנגד לאיחוד פדרטיבי עם החברות האחרות ב"אפריקה המשוונית הצרפתית" לשעבר, מ'בה היה שותף בהקמת כמה ארגונים אזוריים כמו "קרן החינוך הגבוה של אפריקה המרכזית" FESAC (שנוסד ב 12 בדצמבר 1961, איגוד המכס והכלכלה של אפריקה המרכזית(UDEAC) שכלל גם את קמרון והתארגן ב 8 בדצמבר 1964.
במאי 1962 לאון מ'בה ערך ביקור ממלכתי בישראל וב-9 במאי נכח במצעד של יום העצמאות של מדינה זו, לצידו של הנשיא יצחק בן-צבי וראש הממשלה דוד בן-גוריון.
ניסיון ההפיכה ב-18 בפברואר 1964.
בלילה שבין 17-18 בפברואר 1964 בשעה חמש בבוקר, 150 אנשי צבא בפיקודם של הלטננטים ז'אק מומבו וואלר אֶסון עצרו את הנשיא מ'בה, את יושב ראש האספה הלאומית לואי ביגמן וחלק מהשרים בממשלה. ברדיו הקושרים הודיעו לעם שהתחוללה הפיכה צבאית וביקשו ממשלחת הסיוע הצרפתית לא להתערב.
לאון מ'בה הוכרח לנאום לאומה ברדיו ולהודות בתבוסתו. האירועים התרחשו מבלי שנורה כדור אחד.
לא היו תגובות ברחובות. הקושרים הרכיבו ממשלה חדשה על טהרת האזרחים, חברים בשתי המפלגות הגדולות UDSG וBDG, כולל פול גונג'ו. את ראשות הממשלה העניקו ליריבו של מ'בה, ז'אן-אילר אובאם. הצבא הגבוני הקטן, שאומן על ידי קצינים צרפתיים נשאר בקסרקטינים. לא נראה שאנשי הצבא הקושרים לקחו את השלטון לעצמם.
לאון מ'בה הועבר לנז'ולה, אזור שתושביו תמכו באובאם. אחר כך, בגלל מזג אוויר סוער הועבר ללמאברן, 250 ק"מ מהבירה. ראש הממשלה החדש, אובאם, פנה לשגריר צרפת, פול קוסראן, על מנת להרגיעו כי ביטחון האזרחים הזרים ושל רכושם יובטח.
אולם בפריז נשיא צרפת, דה גול ויועצו בעיניני אפריקה, ז'אק פרוקאר, לא היו שבעי רצון מהתפתחות העניינים בגבון. הרי לאון מ'בה נחשב אחד מהנאמנים שבבעלי הברית של צרפת ביבשת השחורה.
הם לא שכחו את הצהרתו בביקורו בצרפת בשנת 1961: "לכל גבוני יש שתי מולדות: צרפת וגבון".
בנוסף, למרות סילוק השרים הצרפתים מהממשלה הגבונית, כפי שצוין לעיל, המשטר המשיך לנהוג בידידות כלפי המתיישבים הלבנים.
בהתאם להסכמים החותמים בין שתי הארצות, צרפת החליטה להחזיר לשלטון את הממשלה החוקית. נדרשה לכך פנייה מראשי המדינה. מפני שמ'בה היה עצור, הצרפתים כתבו פניה שנחתמה בדיעבד על ידי סגן הנשיא פול מארי ימביט, שהיה חופשי. בליל 18 - 19 בפברואר כוחות צרפתיים שהובאו מסנגל וקונגו (ברזאוויל) נחתו בליברוויל והחזירו את לאון מ'בה לשלטון. בקרבות שהתנהלו נהרג חייל צרפתי ובין 15-25 גבונזים. זאת הייתה ההתערבות הצבאית הצרפתית הראשונה במדינה אפריקאית, אחרי השגת העצמאות.
שנותיו האחרונות.
בחזרתו בראש המדינה, מ'בה הביא בפני משפט את המעורבים בהפיכה, כולל אובאם, למרות שהלה לא היה בסודות הקשר. אובאם נידון ל-10 שנות עבודות פרך ול10 שנות גלות.