ספר הזוהר מיוחס לפי המסורת היהודית לתנא רבי שמעון בר יוחאי. שלום סבר בתחילת דרכו כי הספר אכן מכיל "שרידי דורות קדומים", שרק נערכו על ידי ר' משה די ליאון (רמד"ל) ומקובלים אחרים בספרד במאה ה-13. היה זה נושא המאמר שכתב בכתב העת קריית ספר, בשנת תרפ"ה, והוא שב וחזר על כך, שנה מאוחר יותר, בטקס הפתיחה של המכון למדעי היהדות של האוניברסיטה העברית. עם זאת, לאחר שהמשיך לחקור את הספר ולשונו והשווה אותו לכתבים אחרים של הרמד"ל ולמקובלים אחרים בני אותו הדור, הוא חזר בו מקביעה זו וקבע כי רמד"ל הוא אומנם מחבר מרבית חלקי הספר. חיבור ספר הזוהר על ידי רמד"ל נעשה, לדעת שלום, בין השנים 1280 עד 1286 לערך, ולאחר מכן הוא גנז אותו והתפנה לכתיבת חיבורם של ספריו העבריים, אותם כתב בשמו האמיתי. לטענת שלום נכתבו חיבורים אלה כדי להכשיר את הקרקע לפרסומו של הזוהר מאוחר יותר. עוד טען שלום כי על אף העובדה שחלק מספר הזוהר נתפרסם כבר בשנת 1290, רק בשנת 1293 החל רמד"ל להפיץ את חלקי הזוהר באופן מסודר ברבים. מלאכת ההעתקה וההפצה של הספר נמשכה עד לשנת 1305, שנת מותו של רמד"ל.
במחקר מקיף שפרסם על הזוהר בספרו משנת הזוהר, חיזק ישעיה תשבי את דבריו של שלום וסיכם את מרבית הטענות וההוכחות כנגד קדמות הזוהר, אולם חלק עליו בקשר לשנים שבהן כתב רמד"ל את הזוהר. תשבי סבר כי מדובר בחלוקה מלאכותית אשר מעוררת בעיות רבות שקשה לישבן, אלא אם נניח שהמחבר כתב חלק מהספר עד שנת 1286, חלקים אחרים כתב בין שנת 1286 לשנת 1293, ואת מרביתו כתב לאחר שנת 1293.
הרב מנחם מנדל כשר דחה את קביעותיהם של שלום ותשבי ולו רק בשל העובדה שהארמית בספריו של רמד"ל אינה ברמה של "הארמית המקורית והחיה שבזוהר". בנוסף, דחה את הנחותיהם של שלום ותשבי, תוך דקדוק בדבריהם והסתמכות על כתבי יד ומקורות קדומים.
פרופ' יהודה ליבס סבור כי רבי משה די לאון לא כתב את ספר הזוהר לבדו, אלא מדובר בתוצר משותף של חוג מקובלים מקסטיליה ואולי אף מאשכנז (לפי מתכונת חבורתו של רשב"י בספר הזוהר). כמו כן סבור ליבס כי הספר נכתב ממחצית המאה השלוש עשרה לערך, ועד סוף השליש הראשון של המאה הארבע עשרה לערך.
בראיון טלוויזיוני שערך דב אלבוים, מיום 30 באפריל 2010, עם ד"ר רונית מרוז מאוניברסיטת תל אביב, החוקרת מזה שנים רבות את רוב מהדורות כתבי היד של הזוהר, נטען כי קיימים למעשה המון "ספרי זוהר", וכל דור כתב, הוסיף או שינה, חלק מהנוסח שהיה לפניו. ד"ר מרוז ציינה בראיון כי אספה עד עתה 650 מהדורות שונות של כתבי יד של ספר הזוהר ולהערכתה קיימים כ-1,000 מהדורות. כתב היד הקדום ביותר שבידה הוא מהמאה ה-11, ומקורו בארץ ישראל, וכתבי היד המאוחרים ביותר, שעדיין מראים נוסחים שונים, הם מהמאה ה-14.
סוגיית מחבר הזוהר וזמן חיבורו ממשיכה אפוא גם כיום להיות במחלוקת לא רק בין האקדמיה ליהדות האורתודוקסית, אלא גם בין חוקרים בתוך העולם האקדמי, ואף בקרב אישים ורבנים מזרם היהדות האורתודוקסית ישנם קולות שונים בקשר לסוגיה זו.
שאלת שבתאותו של רבי יהונתן אייבשיץ.
מחלוקת בין שלום לרב ראובן מרגליות ואחרים על קביעתו של שלום כי רבי יהונתן אייבשיץ אכן היה שבתאי (תמיכה לעמדתו בנושא של רבי יעקב עמדין), שעוררה בזמנה סערה גדולה. המחלוקת התפרצה לאחר בקורת שכתב שלום על הספר Jacob Emden: a man of controversy, מאת מורטימר ג' כהן (Mortimer J. Cohen).
אגב ויכוח זה התעוררה מחלוקת שנייה בין השניים בקשר לדרוש התנינים לנתן העזתי. שלום ראה בדברים שהכניס רבי אייבשיץ לספרו לוחות עדות (ספר סניגוריה שכתב כנגד המקטרגים עליו) בעניין זה הוכחה לשבתאותו, ואילו הרב מרגליות יצא כנגד קביעה זו, בטענה שזהו שם של מאמר בזוהר וכמו שכינוהו המקובלים, שלום הגיב לדברי מרגליות במאמר ארוך, בהמשך לאחר ששלום מצא הגהות של היעב"ץ לדרוש התנינים חזר בו.
שאלת מחברו של הספר חמדת ימים.
מחלוקת עם אברהם יערי, לאחר פרסום ספרו של יערי תעלומת ספר: ספר חמדת ימים, מי חיברו ומה הייתה מידת השפעתו.
הספר נתפרסם לראשונה באיזמיר, בשנים תצ"א-תצ"ב, ללא שם מחברו, על ידי הרב יעקב ב"ר יום טוב אלגאזי, וזכה לפופולריות רבה בקרב העם, בפרט בארצות המזרח. רבי יעקב עמדין, צייד השבתאים הנודע, חשד כי מחבר הספר הוא נתן העזתי, ולפיכך אסר על לימוד מתוכו. דעתו של עמדין נתקבלה על ידי ההיסטוריונים צבי גרץ ודוד כהנא. האחרון אף הקדיש פרק שלם לכך בספרו על תולדות השבתאות. לעומתם, השתדל המקובל הירושלמי, הרב מנחם מנכין היילפרין, להוכיח כי לא נתן העזתי היה מחברו של הספר, אם כי לא הציע שם אחר במקומו.
לאחר חקירה מדוקדקת בארבעת כרכי הספר ובמקורות נוספים, טען יערי כי אכן לא נתן העזתי הוא מחברו של הספר, אלא רבי בנימין הלוי, שנולד בצפת ועבר שנים אחר כך לירושלים.
בדברי הביקורת שכתב על הספר קבע שלום כי רבי בנימין הלוי איננו מחברו של הספר. שלום טען כי הפרטים שייחס יערי לרבי בנימין הלוי אינם מיוחדים לאישיות מסוימת והולמים המון חכמים שהיו בשליחות ארץ ישראל לגולה ואף הוכיח שפרטים ביוגרפיים נוספים שכתב יערי עליו הם שגויים או בגדר השערה בלבד. הוא גם יצא כנגד דרכי החקירה של יערי והאופן שבו הסיק את תאריך חיבור הספר. כמו כן, דחה שלום את השערתו של יערי כי המחבר, שהיה זקן מופלג בשנים המיוחסות לו כתיבת הספר, הכתיב אותו לבנו. בנוסף הראה כי המחבר לא יכול היה להיות מצפת או מירושלים. גם טענתו של יערי כי מורו של המחבר, המוזכר פעמים רבות בספר, הוא רבי חייא רופא, נסתרה על ידי שלום. לבסוף, הראה שלום את זיקתו של הספר במקומות רבים לשבתאות.
יערי פרסם תגובה מפורטת לביקורתו של שלום, והשתדל להסביר ולסתור כל טענה מטענות שלום. שלום השיב ליערי ודחה את טענותיו אחת לאחת.
בין לבין, פרסם ישעיה תשבי, תלמידו של שלום, מספר מאמרים המפריכים את כל טענותיו של יערי ומצביעים על כך שהספר חוּבּר בקרב חוגו של רבי חיים אבולעפיא באיזמיר, נותן ההסכמה לספר, והכולל גם את רבי יעקב אלגאזי, המביא לדפוס של הספר לראשונה, וחבריו לבית המדרש "כתר תורה", וכן המדפיסים רבי יונה אשכנזי ורבי דוד חזן. תשבי קבע כי הספר חובר בחלק הראשון של המאה השמונה עשרה, כחלק מהפעילות השבתאית של החוג. מרבית ממצאיו של תשבי לעניין הספר הם המקובלים כיום בעולם האקדמיה.
בנוסף לתשבי, פרסמו יעקב ברנאי ומאיר בניהו אף הם מאמרים, המצביעים על הזיקה השבתאית של הספר. לעומתם, טען משה פוגל, כי מחבר הספר השתמש אומנם בקטעי ליטורגיה ותיקוני תשובה שבתאים, אך עשה זאת בשל ערכם ואיכותם, ואין בכך כדי להצביע על שבתאותו. בנספח למאמרו, ערך פוגל דיון בקשר לדמותו של בעל חמדת ימים, והציע: "במקום לנסות ולהצביע על הדמות ההיסטורית שחיברה-ערכה את חמדת ימים עדיף להסתפק בשרטוט קווים המאפיינים את המחבר". מתוך כך, הוא הגיע למסקנה כי העבודה על הספר - הן כתיבה והן עריכה של קטעים קדומים שצרף המחבר לספר - ארכה עשרות שנים, משנת 1671 לשנת 1712, והייתה מפעל חייו, אם כי הוא לא הספיק להשלימה.
מחוץ לטענתו של רבי יעקב עמדין כי מחבר הספר הוא נתן העזתי והצעתו של אברהם יערי לראות ברבי בנימין הלוי כמחבר הספר, היו ניסיונות נוספים לזיהוי המחבר, כדלקמן: דוד פרנקל, שסבר כי המחבר הוא ישראל שלמה לינגו. ההצעה נדחתה על ידי שלום; ישעיה תשבי, שסבר בשנות הארבעים (קודם עריכת מחקריו הנ"ל), כי המחבר הוא ר' חזקיה דה סילוא, מחבר הספר פרי חדש, אך לא המשיך במחקר בשאלה זו; יעקב ברנאי, שהעלה השערה כי המחבר הוא רבי יעקב וילנא, אך נראה כי זנחהּ. מאיר בניהו, שסבר כי המחבר הוא יעקב אלגזי; והרב יעקב משה טולדנו, שהציע את רבי חייא ב"ר יוסף דיין כמחבר הספר.
חקר החסידות.
הרב חיים ליברמן, שהיה חוקר חסידות וביביליוגרף, מנהל ספריית חב"ד ומזכירו האישי של האדמו"ר יוסף יצחק שניאורסון מליובאוויטש, יצא כנגד דרכי החקירה וקביעותיהם של שלום ותלמידיו בחקר החסידות, ולמעשה כנגד כל חוקר חסידות שאיננו חסיד.
ליברמן טען כי שלום ותלמידיו חסרים את הכלים להבנת ספרי חסידות, מגמתיים וממהרים להסיק מסקנות שגויות, על בסיס מידע חסר. עוד טען ליברמן כי בלהיטותם לתגליות חדשות מאשימים שלום ותלמידיו את גדולי ישראל בשבתאות, ללא הוכחות מוצקות. דברים אלה כנגד שלום נכתבו במחלוקת אחרת של ליברמן עם יוסף וייס, תלמידו של שלום. המחלוקת התעוררה בשל דברים שכתב וייס במאמרו על החסידות, שהתפרסם בכתב העת ציון. וייס כתב כי הרב יעקב יוסף כ"ץ, תלמיד הבעש"ט, שינה את נוסח הספרי על ספר במדבר בכמה תיבות, כדי לנסות ולהביא לשינוי היחס השלילי ל"בעלי שמות". ליברמן דחה תאוריה זו, ובין היתר הסתמך על מדרש מקביל הנמצא בילקוט שמעוני שם נמצאו גם כן תיבות אלו.
מחלוקת אחרת, שלא באה על פתרונה עד היום, התעוררה תחילה כנגד ההיסטוריון שמעון דובנוב ואחרים ונסבה סביב הספר נזד הדמע. ליברמן דחה את פרשנותו של דובנוב וטען כי הספר לא נכתב כנגד חסידי הבעש"ט. בתגובה שפרסם שלום הוא דחה את דבריו של ליברמן ועל דברים אלה השיב לו ליברמן במאמר נוסף.