אולם החלטות אלה לא מולאו תמיד ויהודים בעלי הון ממשיכים לחכור זכויות ארנדה נרחבות בעיקר באזורים המרוחקים. בעוד שלאצולה הפולנית היה מונופול על חכירה ישירה מהמלוכה, המשיכו יהודים רבים להתפרנס מחכירה של אמצעים הקשורים לכלכלת הערים והעיירות וכן מחכירה של ענפיי חקלאות שונים. ידוע על הכנסות היהודים מעסקי כריית אשלג (לדישון), בריכות דגים, טחנות קמח, מבשלות בירה ולעיתים אף מחכירת אחוזות בשלמותן. עד אמצע המאה ה-16 היו מרבית החוכרים של תחנות מכס בליטא וברוסיה-הלבנה יהודים, שחלקם היגר מפולין במיוחד למטרה זו. ב-1569 העניק הסיים הליטאי לאצולה המקומית מונופול על כל עסקי החכירה באזורים נרחבים שכללו גם את אוקראינה ורוסיה-הלבנה. החלטה זו גרמה למשבר כלכלי בקרב הציבור היהודי בליטא. ועד ארבע-ארצות התייחס גם הוא לעסקי הארנדה הגדולה שגרמו לתחרות עסקית חריפה בין היהודים לבין מעמד האצולה. על מנת להימנע מחיכוך זה, ומחשש לפעולות נקם אסר ועד ארבע- ארצות, בשנת 1580, על מעורבות יהודים בעסקי הארנדה הגדולה.
למרות זאת, כארבעים שנה מאוחר יותר, בשנת 1623, העביר הוועד היהודי של ליטא (אחת מארבע-ארצות) שתי החלטות המתעמתות עם החלטת הסיים הפולני ועם האיסור של ועד ארבע-ארצות. בהחלטותיו הדגיש הוועד הליטאי את החשיבות שהוא ראה להמשך מעורבותם של היהודים בעסקי גביית המכסים. "ראינו בגלוי את הסכנה הגדולה הנובעת מפעולת המכס בידי הגויים, כי בהיות המכס בידיים יהודיות הוא ציר שסביבו נע כל דבר במסחר, ובאמצעותו היהודים יכולים להפעיל שליטה " קיימות עדויות לכך שיהודים המשיכו להיות מעורבים בעסקי ארנדה גדולה, למעט טביעת מטבעות, עד סוף המאה ה-17.
גם ברוסיה, במאות 16–17, עסקו יהודים רבים בחכירה משנית, מאצילים בעלי זיכיונות ראשיים, של עסקי מכס, מלח ומיסוי על משקאות. רישומים בעברית וביידיש מתחנות מכס משנת 1580 מעידים על מעורבות יהודית בעסקים אלה גם בתקופה שנאסר זאת עליהם בתוקף החוק. הביקוש הרב לכישוריהם בנושאים אלה הביאו ככל הנראה לשותפות, לעיתים סמויה, עם בעלי זיכיונות רשומים אשר רבים מהם היו ממוצא ארמני.
ארנדה חקלאית.
בעקבות ההגבלות על חכירת זיכיונות של אוצר המלך עברו היהודים, בהדרגה, לעסקי חכירה הקשורים לענפי חקלאות – המוגדרים כארנדה חקלאית. במהלך המאות 16–17 הפכו היהודים לרוב בקרב החוכרים זכויות על קרקעות, אחוזות חקלאיות או ענפים ספציפיים (למשל ייעור או יצור משקאות). בתקופה זו חלה עליה גדולה בביקוש לתוצרת חקלאית ברחבי אירופה. האצילים בעלי הנחלות היו זקוקים לחוכרים מיומנים שיוכלו לנהל חוות או ענפי חקלאות שונים בדרכים יעילות על מנת להפיק את מירב התנובה מאדמותיהם. רבים מהם ביקשו לנצל את יכולות הניהול העסקי והכספי של היהודים ואיפשרו להם לחכור פעילות חקלאית ענפה ברחבי האזורים הכפריים. רבות מעסקאות אלה ראשיתן בהלוואות ובמימון שנטלו בעלי האחוזות מיהודים אשר כנגדן העמידו כערבויות את ההכנסות מענף מסוים באחוזה. היהודים, מצידם, הלכו ונרתמו לניהול ענפים בתחום החקלאי, בעיקר לנוכח התגברות קשיי הפרנסה בערים הגדולות בפולין והמאמצים להפלותם ולדחוק את רגליהם שם. בליטא וברוסיה חכרו יהודים לא רק אחוזות בודדות, אלא לעיתים אף עיירות שלמות. בשנת 1595 שומעים על יהודי בשם אברהם בן שמואל החוכר מהדוכס גרגורי קושירסקי נכסים, נחלות ועסקים נרחבים אשר יחדיו מוגדרים בלשון החוזה שביניהם כ"מפתח". המפתח כולל את "...אחוזותינו המפורטות להלן, היינו העיירה ועמה (כמה אחוזות וכפרים)...ואת תשלומי הכסף הבאים מהם, מטחנותיהם, מהאכסניות ובתי המזיגה לכל המשקאות, ומי הדבש. כן את המכס הרגיל שבעיר ואת כל האנשים החייבים בעבודות והלא חייבים בהן, הגרים באותן ערים וכפרים, שדות החריש שלהם, עבודותיהם ועגלותיהם, מס התבואה, הכוורות...הבריכות, הטחנות ותשלומיהן, אלה הקיימות כעת ואלה שתבנינה בעתיד, יחד עם האגמים, מקומות הציד...האחו, היערות, החורשות, הגרנות...ובכלל עם כל מקורות המחיה השונים, לחמש שנים מלאות רצופות...תמורת חמשת אלפים זהוב פולניים..." כאשר ארנדה חקלאית הייתה גדולה בהיקפה נהוג היה שהחוכר הראשי יעביר חלק מהפעילויות או ענפים שונים לחוכרי משנה. היו אלו בדרך כלל בני משפחה וקרובים של החוכר הראשי. בדרך זאת התיישבו יהודים רבים באזורים החקלאים אך אינם עוסקים בעצמם בעבודה חקלאית אלא בניהול ענפים שונים או במסחר בתוצרת החקלאית. הודות לפעילות זאת הפכו חוכרים יהודים לגורם חשוב בתהליך ההתיישבות באוקראינה. קיימת הערכה שמספרם של החוכרים הראשיים עמד על מספר מאות ואילו מספר החוכרים המשניים הגיע לכמה אלפים. הארנדה החקלאית הביאה את היהודים אל המרחב הכפרי ותרמה לשילובם ברקמת החיים שם. היהודים התפזרו על פני אזורים נרחבים שהפכו מקור חשוב להצלחתם העסקית. בעקבות ההתבססות הכלכלית חל גידול ניכר באוכלוסייה היהודית בפולין ובליטא.
יישום הארנדה.
בשיטת הארנדה התאפשרה לאצולה פעילות כלכלית המבטיחה הכנסה קבועה תוך צמצום סיכונים בטווח הקצר. האציל בעל הקרקע הגן על עצמו מפני מצב שבו ההכנסה מהנכס החכור תעלה על המשוער בעת קביעת דמי החכירה. ההגנה באה לידי ביטוי בהגבלת חוזה הארנדה, בדרך כלל, לתקופה של שנה או, במקרים מסוימים, עד שלוש או חמש שנים. בתום תקופת החוזה יכול היה בעל הנכס לדרוש מחיר גבוה יותר או לחפש חוכר אחר. קיימות עדויות שחוכרים יהודים שילמו כסף לנציגי האציל על מנת שאלו יפעלו למניעת עליית המחיר. לעיתים, כאשר ההכנסות מהנכס היו נמוכות מדי, דרש החוכר, במעמד חידוש הארנדה, להוריד את דמי החכירה. אחד מתפקידי הקהילה היה למנוע תחרות בין יהודים על חוזים אלה באמצעות הצעות מחיר גבוהות יותר. יהודי שעבר על איסורי הקהילה בעניין זה היה צפוי לחרם. למרות הגנת הקהילה, פעל החוכר תחת אילוץ כלכלי גבוה במאמץ לעמוד בדרישות המחכיר ובה בעת להבטיח פרנסה מספקת לו ולמשפחתו. התשלומים שהיה על החוכר להעביר כדמי חכירה לאציל וכן דמי ההסכמה של הקהילה הביאו אותו להתייחס לצמיתים בקפידה על מנת להבטיח תפוקה נאותה ורווחים גבוהים ככל היותר מהנכס שבניהולו. כתוצאה מכך עמד החוכר היהודי מול לחצים הן מצד האציל בעל נכס והן מצד איכריו. חיכוכים אלה הם בין הגורמים להתחזקות תופעות אנטישמיות בפולין של ימי הביניים.
דמי החכירה של ארנדה היו גבוהים מאוד והשתנו בהתאם לגודל הנכס ולזכויות הגלומות בו. המימון היהודי לדמי חכירה הגיע ממקורות שונים. בין המגורשים שהגיעו לפולין היו כאלה שהגיעו עם רכוש בעל ערך אותו הם מכרו כדי לגייס את ההון הדרוש לרכישת זכויות החכירה. אחרים היו בעלי מקצוע או סוחרים שצברו הון במהלך השנים שאפשר להם לממן רכישת ארנדה. אך היו גם כאלה שהסתכנו בלקיחת הלוואות לצורך זה. האצילים היו במרדף מתמשך אחר הכנסות, לצורך מימון רמת חייהם הגבוהה. העיסוק האינטנסיבי בהחכרת נכסים וזיכיונות יצר עבורם תזרים מזומנים שוטף שהיה חשוב גם לכיסוי חובות עבר. דמי החכירה שולמו בתשלומים בסוף כל רבעון ולעיתים חולק התשלום הרבעוני לשיעורין. אך עם זאת יכול היה בעל הנכס לדרוש תשלומים מיוחדים מהחוכר, והאחרון חייב היה לעמוד בדרישת התשלום. אי עמידה בדרישות התשלום עלולה הייתה לגרום להפקעת נכסיו הפרטיים של החוכר ואף על נכסים של הקהילה.
חולשת השלטון המרכזי בפולין אפשרה לאצולה חופש פעולה מלא בניהול השטחים שהועברו לבעלותם. בני משפחות אלה (בכל דור כ-20 משפחות במעמד הגבוה ביותר) נטלו לעצמם סמכויות חקיקה, משפט, פיקוד צבאי והם היו למעשה האחראים על כל הפעילות הכלכלית, הפוליטית, הצבאית והאזרחית – כל אחד באזור השליטה שבבעלותו (לטיפונדות). מתוקף זה, ועל מנת להבטיח את הפעילות הכלכלית הסדירה, התחייב האציל להעניק הגנה צבאית לחוכרי הארנדה וכן סיוע באכיפת סדר וצייתנות בקרב האיכרים.
יחס מוסדות הקהילה לארנדה.
בעקבות הזכויות לממשל עצמי התפתחו בקהילה היהודית מוסדות שלטון ברמה המקומית, ואף ברמה הארצית (על ידי ועד ארבע-ארצות). הקהילה היא שבחרה מבין חבריה את המועמדים לרכישת זיכיון וחתימת חוזה ארנדה עם אציל זה או אחר. רשומות בפנקסי ועד ארבע-ארצות מ-1671 ומ-1677 אוסרות על חכירת נחלות ללא הודעה לקהילה. מועמדים לרכישת זיכיונות ארנדה נדרשו לשלם דמי הסכמה למוסדות הקהילה. הקהילה ניסתה גם למנוע מחבריה להיכנס לשותפות סמויה עם נוכרי בהתמודדות על השגת ארנדה, ובכך להימנע מתשלום דמי ההסכמה. לעומת זאת הגנו תקנות הקהילה, על בעל ארנדה מפני תחרות מצד חברים אחרים בקהילה. רבנים שונים (המהר"ם מלובלין למשל) דנים בשו"ת לענייני הארנדה וביחסי העבודה בין נוצרים ליהודים ובבעיות המתפתחות עקב כך כמו העסקת צמיתים בשבת, מסחר בבהמות לא כשרות וכדומה.