בחלק ממערכות המסתור מצויים חדרים ששטחם גדול מ-15 מטר מרובע. חדרים אלה נחצבו על ידי המורדים כחלק ממערכת המסתור, והם אינם מתקנים קדומים. תקרת האולמות גבוהה מתקרות החדרים, דבר שאיפשר שהייה נוחה בהם. אף אמצעי התאורה בהם רבים בהרבה מאשר בחדרים, ולעיתים כוללים מתקני תאורה תלויים (להלן), שאפשרו את הארת האולם כולו. נראה כי האולמות נועדו לשמש להתכנסויות ציבוריות של יושבי מערכות המסתור. במערכות מסוימות נבחרו לתפקיד אולם ההתכנסות מתקנים קדומים גדולים, כמו בית בד או בור מים. כמעט בכל מערכות המסתור הותקנו האולמות על פי תוכנית אחידה של צורה ומידות.
מחילות אוורור.
כל חלל תת-קרקעי המשמש בני אדם או בעלי חיים מצריך פתח אוורור. עם זאת, במתקנים קדומים בשפלת יהודה, כמו בתי בד תת-קרקעיים, מערות קולומבריום ועשרות מתקנים לגידול בהמות, לא אותרו כל מתקני אוורור או פתחים מיוחדים לצורך כך, אלא האוויר נכנס דרך פתחי הכניסה. החוקרים סבורים שהטמפרטורות בחללים תת-קרקעיים נמוכות בהרבה מאלה שבחוץ, ולדבר יש קשר גומלין ישיר להיעדר תחושת מחנק בעת שהייה ממושכת בהם.
בשל כך, כנראה, לא התקינו חוצבי מערכות המסתור בתחילה כל פתחי אוורור מיוחדים, שכן בזמן החציבה שהו רק מעט אנשים במערכות, ופתחי המחילות לא היו חסומים או מוסתרים. ההשערה היא כי המורדים לא העריכו נכונה את יכולת מערכות המסתור להכיל מספר כה גדול של מסתתרים ללא אוורור. הצורך באוורור נוצר, אפוא, רק עם פרוץ המרד, כאשר הלוחמים ובני משפחותיהם מילאו את מערכות המסתור, חסמו את פתחיהן, ואף הדליקו בתוכן נרות שכילו את החמצן. רק אז נפרצו מעברים מאולתרים מתוך המערכת אל פני השטח, דבר שפגע בתפקוד מתקני הביטחון של מערכות המסתור.
ניתן לזהות ללא קושי את המעברים האלה, שכן הם נחצבו בחפזון, ולרוב על חשבון התכנון הראשוני של המערכת. דוגמה לכך ניתן למצוא במערכת הקטנה בחורבת נקיק, בה נעשה חיבור חפוז על ידי מחילה צרה מאוד, בקוטר של 15 סנטימטרים, מהחלק הפנימי של המערכת אל מעבר האוויר של המערכת הציבורית הסמוכה. במערכת הציבורית עצמה היה צורך בפתרון בעיות אוורור, ומעבר נפרץ ממתקן הקולומבריום הסמוך והתחבר אל החצר המרכזית של המערכת דרך התקרה. בחורבת שם טוב, שהגישה אליה הייתה דרך מחילה מאובטחת ומשוכללת, נפרצה מחילת אוורור מחדר המבוא אל תקרת החדר הפנימי. במחילה זו לא שולב ולו מתקן נעילה אחד, ונראה בבירור כי היא נחצבה באופן חפוז ולא מתוכנן.
לעומת המערכות הקטנות, לא נוצרה כלל בעיה של אוורור במערכות המסתור הגדולות והמסועפות. הסיבה לכך היא שילובם של מתקנים קדומים גדולים, בעיקר מערות פעמון שפתחיהם העליונים הוסתרו, ולא היה צורך לחסום את פתחי המחילות שיצאו מהם. המתקנים שימשו כ"מכלי אוויר" רזרביים, וכך התאפשרה זרימת אוויר חופשית אל תוך המערכת.
מתקנים נוספים.
מתקני נעילה.
מתקני נעילה היו אמצעי בטיחות, שנועדו למנוע את כניסתם של זרים לתוך המערכת. מתקני הנעילה מופיעים בכל מערכות המסתור, והם כוללים צורות שונות:
לעיתים ניתן למצוא מתקני נעילה מצורות שונות באותה מערכת מסתור, דבר המעיד כי מתקיני מערכות המסתור פעלו מתוך ידע נרחב בטכניקות נעילה. במערכות המסתור הקטנות היה מתקן הנעילה משולב בפיר הכניסה והיווה למעשה את אמצעי הביטחון היחיד של המערכת כולה.
אמצעי תאורה.
מערכות המסתור, מעצם היותן תת-קרקעיות, הפכו את אמצעי התאורה להכרחיים בכל שעות היממה.
דיו קסיוס, בתארו את מערכות המסתור, ציין כי "היהודים החדירו אור למערכות המסתור באמצעות פירים, שנחצבו במיוחד לשם כך". לדברים אלה לא נתגלה ביסוס בשטח, וניכר כי המסתתרים ביכרו שימוש באמצעי תאורה מלאכותיים על פני חשיפה, ואפילו קטנה, של המערכת כלפי חוץ למטרות תאורה. הארת המערכות נעשתה בעיקר באמצעות נרות חרס, שהיו אמצעי התאורה הפופולרי ביותר בתקופות הקדומות. הנרות הוצבו במערכות המסתור בתוך שקעים, במתקני תלייה ומעל בליטות:
מתקני סניטציה.
פתרונות תברואה וסניטציה היו חלק בלתי נפרד משהיית בני אדם במקומות סגורים לאורך זמן, קל וחומר כאשר מדובר בציבור גדול החי בתוך חללים קטנים, כפי שהיה במערכות המסתור. סקרים וחפירות ארכאולוגיות לא העלו כל ממצא מובהק למתקני סניטציה במערכות המסתור, וסביר כי כל חדר צדדי ומנותק יחסית, או מתקן קדום מרוחק, יכלו להתאים לצרכים אלה. מתקני סניטציה היו קיימים עוד בתקופת בית ראשון וגם בתקופה הרומית, אך היה זה רק בערים הגדולות ולא בכפרים ובישובי הפריפריה.
מתקני אחסון ואיסום.
שלושה סוגי מתקנים שימשו במערכות המסתור לאחסון מזון ותוצרת חקלאית: מתקנים ניידים; מתקנים שנחצבו כחדרים במערכת; ומתקנים קדומים, ששימשו מלכתחילה להסתרת תוצרת חקלאית או כמחסנים. המתקנים הניידים שימשו בעיקר במערכות המסתור הקטנות, ושרידי קנקני אגירה רבים נמצאו ברוב מערכות המסתור, הרבה יותר מכל כלי החרס האחרים. מתקני האחסון והאיסום שנחצבו כחלק מתוכנית המערכת דומים כמעט בכל לחדרי מגורים רגילים, אלא שבולט בהם מאוד העדר תנאי האוורור החיוניים למגורי בני אדם. לעיתים מדובר בחדר כה צדדי ומוסתר, עד כי נדמה שאפילו המסתתרים במערכת לא ידעו על קיומו. דוגמה לכך הוא חדר 'הסליק' בחורבת נקיק, שייתכן כי שימש להסתרת נשק; או 'חדר הגומחות' שבחורבת עיטון, ששימש אולי להטמנת מגילות.
מחסנים ומתקנים קדומים ששימשו להסתרת תוצרת חקלאית מפני גנבה, שולבו כהווייתם במערכות המסתור. המאפיין אותם הוא רצפת שקערוריות להצבת קנקנים, ומערות שברצפתן חצובים פתחי בקבוקונים. ניתן היה, להניח כי מתקנים אלה נחצבו כחלק ממערכות המסתור, אך צורת חציבתם המסוגננת, מיקומם ומתקני התאורה המעוצבים שבהם, מסגירים את שימושם המקורי.
אספקת מים.
מתקני המים במערכות המסתור נועדו לאגור ולספק מים למסתתרים במהלך המרד. למטרה זו שולבו מתקנים קדומים, וגם נחצבו מאגרים מיוחדים במהלך התקנת מערכות המסתור. לעיתים שימש המתקן לאגירת מים שנאספו לפני המרד, ולעיתים שולבה בו מערכת תעלות חיצוניות לניקוז מים במהלך המרד עצמו, אולי מפני חשש שהכמות שנאספה מראש לא תספיק. שיטת התקנת מתקני המים הייתה שונה ומגוונת במערכות שונות, וזאת על פי טיב החציבה, ובהתאם לבעיות מקומיות שעמדו בפני המתקינים: התמודדות עם מסלע וטופוגרפיה, האפשרות להעביר את המים בתעלות במורד פיר הכניסה או מתקני הנעילה וכדומה.
חציבה במחתרת.
המחקר מצביע על מתודה של חפירת מערכות המסתור שהוכתבה על ידי גודל המערכת, שילוב של חללים קיימים ופינוי הפסולת. במחילות הצרות עבד אדם אחד ובתחילת החציבה נאלצו החוצבים לשכב על בטנם או גם על גבם בקטעי-חציבה שונים, במחילות ואפילובחדרים ,עד להרחבת החלל הנחצב. ככל הנראה לצדו של כל חוצב הייתה חוליה של מסייעים שפינו את חומר החציבה לאחור. במקרים אחדים אוחרו פירים שדרכם הוצא חומר החוצה, בעת
החציבה, והם נסתמו לאחר-מכן בבנייה. בחישוב שנערך באחד האתרים בו השתמשו החוצבים בחללים קיימים נמצאו שמונה נקודות-חציבה שונות בעת ובעונה אחת: שתי כניסות מבור-מים דמוי-פעמון, שלוש כניסות ממערת-קולומבריום ושלוש כניסות מפירים שנסתמו אחר-כך. החוקרים מעריכים כי מערכת של 100 מטר הושלמה תוך כחודש ימים של עבודה ומערכות שכללו חדרים גדולים ואולמות נחצבו במספר חודשים. באתר אחר, קטן יותר שבו כניסה יחידה מפני השטח נמצא, כי משך החציבה של המחילה העיקרית יכול היה להסתיים תוך כעשרה שבועות, כאשר במקביל מתקינים חוצבים אחרים את החדרים, צוואר הבקבוק של העבודה היה פינוי החומר דרך אותה מחילה יחידה עובדה שהאריכה את הזמן הנדרש לסיום הכנת מערכת המסתור
קיומן של מערכות המסתור הרבות והענפות מעוררת שאלות רבות, ובהן - כיצד הספיקו המורדים לחצוב כמות כה גדולה ומחוכמת של מערכות מסתור בזמן כה קצר? וכן, כיצד העלימו את פסולת הגיר והקירטון, מבלי שהרומאים הבחינו בכך? בראשית שנות ה-90 נערך ניסוי ליד בית גוברין, בו בני נוער נתבקשו לחצוב מחילה בקירטון, שעומקה כמטר וחצי, רוחבה כ-60 סנטימטרים וגובהה כ-80 סנטימטרים. על אף החציבה החובבנית וגילם הצעיר של המתנדבים, הם עמדו במשימה ללא קושי מיוחד בתוך שלוש שעות בלבד. הניסוי הוכיח כי התקנת מערכות המסתור לא הצריכה עבודה רבה, שכן המסלע הרך היה פשוט לחציבה.
באשר לסילוק פסולת הקירטון: בדיקות מדגמיות שנערכו בפריפריית מערכות המסתור העלו משארי קירטון חצוב פזורים בקשת רחבה בכל האזור, דבר שלימד כי החוצבים הוציאו את החומר בערימות קטנות ופיזרו אותו על פני שטח נרחב, כנראה בלילה. חורבת עקד, שהותקנה בתוך גיר, היוותה בעיה, שכן רסיסי הגיר הלבן בולטים למרחוק. פתרון התעלומה נמצא, כאשר החוקרים איתרו מערומים נמוכים של שברי סלע ושיירי חציבה מאחורי קיר נמוך בשדות. ההנחה היא שהחוצבים הקימו את הקיר כדי להסתיר מעיני הרומאים את שברי הגיר במהלך היום, ופיזרו אותם בלילות.
חיסול המרד.