תקופה זו מסמנת את תחילתה של החקלאות המאורגנת, והתקדמות ביכולות הבנייה והכנת הכלים הקרמיים. במקביל, חלק מהמערכות הפוליטיות הפכו למתוחכמות מספיק בשביל להגביר את היקף ההשפעה של בעלי השררה מעבר למתכונת שבטית, כאשר החוקרים מסכימים שהתפקידים הפוליטיים הבכירים היו קשורים בשלב זה להנהגה הרוחנית. עלייה בהיקף האוכלוסייה בזכות החקלאות הובילה לתחרות על משאבים, מה שהפך את היכולות של המנהיגים לארגן מיזמי חקלאות משותפים לקריטיים. אותן מערכות לשיתוף פעולה אשר שימשו ביום-יום לחקלאות, יכלו לשמש בעת הצורך גם לצורכי צבא. בסביבות שנת 500 לפני הספירה מתחיל תיעוד בכתב של ההיסטוריה אצל כמה מהתרבויות.
בתקופה זו מתרחשת פריחתן של תרבויות האולמקים והזפוטק סמוך למפרץ מקסיקו, ותחילת התפתחותן של תרבויות המאיה והמישטקים אשר תהפוכנה לדומיננטיות יותר בתקופות הבאות.
בחלק המוקדם של תקופה זו, התקופה פרה-אולמקית, ישנן עדויות חומריות לשימוש המוקדם ביותר במשקאות קקאו, ככל הנראה כבר מסביבות שנת 1900 לפני הספירה.
אולמקים.
האולמקים היו אומה קדומה שהתקיימה במרכז אמריקה מסביבות 1500 לפנה"ס עד לשנת 400 לפנה"ס. האולמקים חיו באזור השפלה הטרופית של דרום-מרכז מקסיקו של העת המודרנית, בעיקר באזורים שמהווים היום את מדינת וראקרוס ומדינת טבסקו במצר היבשה טהואנטפק (Tehuantepec). השפעתם התרבותית הייתה נרחבת יותר, ויצירות אמנות של האולמקים נמצאו אפילו באל סלוודור. ממצאים שונים רומזים על כך שלאליטת האולמקים הייתה גישה לרשת מסחר נרחבת במרכז אמריקה. נראה שהגנו על המסחר על ידי מערכת צבאית כלשהי.
כנראה היו האולמקים אלה שהמציאו את הטלאצ'טלי, משחקי הכדור הקדומים באמריקה המרכזית, הנפוצים בתרבויות שונות של האזור, ושימשו למטרות בידור ודת – ניתן לקבוע בוודאות שהם הראשונים שתיעדו משחקים כאלה.
עד סביבות שנת 400 לפנה"ס, ננטשו מסיבה לא ידועה כל הערים המרכזיות שלהם, אם כי החשיבות של מערכת הטקסים המורכבת שלהם כנראה המשיכה להתקיים גם לאחר התמוטטות תרבותם ומדינתם של האולמקים. כמה מאות שנים לאחר שהם נטשו את הערים העיקריות שלהם, הגיעו תרבויות אחרות כדי לרשת את מקומם, ולהתבסס באדמותיהם.
תרבות זפוטק של התקופה הפרה-קלאסית.
התרבות הזפוטקית הייתה תרבות שפרחה באזור עמק אואחאקה שבאזור מקסיקו של העת המודרנית. עדויות ארכאולוגיות מראות כי התרבות שלהם הייתה נוכחת באזור זה לפחות 2,400 שנה לפני זמננו. בני התרבות הזפוטקית בנו בתקופה זו כמה יישובים, ביניהם העיר סן חוזה מוגוטה שהייתה היישוב הגדול ביותר שנמצא, נכון לשנת 2007, וכנראה גם החשוב ביותר, בשלבים מסוימים של התקופה הפרה-קלאסית. במשך תקופה ממושכת, שנמשכה באמצע המילניום שלפני הספירה, איבדו יישובי התרבות הזפוטקית את מרבית התושבים שלהם מסיבה לא ברורה. במאות השנים שלאחר מכן, התאוששה בהדרגה התרבות הזפוטקית, והחלה להשתלט על שטחים אשר מחוץ לעמק האואחאקה, שכן בשלב הזה אף אחת מהתרבויות הסמוכות לא יכלו להתמודד עם העוצמה הפוליטית והצבאית של תרבויות העמק.
התקופה הקלאסית.
התקופה הקלאסית מתוארכת לרוב סביב השנים 250–900 לספירה, והתאפיינה בהופעתן של חברות עירוניות בכל רחבי אמריקה המרכזית, כשגולת הכותרת היא טאוטיווקאן. התרבות הזפוטקית הקימו את המצודה של מונטה אלבאן ששלטה על אזור רחב בעמק אואחאקה. מרכזים תרבותיים ורוחניים קמו באזורים רבים, כשאת חוד החנית התרבותי הובילו בתקופה זו בני המאיה. התרבויות המובילות של האזור כבר פיתחו בשלב זה מסורות מיתולוגיות המתארות את מעברן ממתכונת שבטית לממלכה ממוסדת. תרבויות אלו שגשגו לאורך מאות שנים.
כאשר הגיעה שנת 900, רוב המרכזים התרבותיים הגדולים כבר היו נטושים. ישנן תאוריות שונות המנסות להסביר את ההתמוטטות חברתית, אך אף אחת מהן לא מצליחה להסביר את הסיפור כולו. רוב ההשערות מתמקדים בשילוב של חוסר היציבות חברתי-פוליטי סביב פערים חברתיים בין האליטות להמונים, לבין שינויי אקלים, ודלדול משאבים עקב ריבוי היתר.
חלק מהאזורים מצליחים לחזור ולשגשג לתקופה מסוימת, אך כולן חוות משבר חברתי-פוליטי עמוק שנמשך דורות רבים.
התרבות הזפוטקית של התקופה הקלאסית.
מהתקופה הקלאסית נשמרו עדויות רבות המעידות על התפתחות מרשימה בתחומים כמו עיור, דת, אדריכלות של מקדשים, חקלאות, דרכי מסחר, לוח שנה וכתב. בתקופה זו הגיע גודלה של העיר המרכזית של התרבות הזפוטקית - מונטה אלבאן - ל-6.5 קמ”ר והיא מנתה, על פי הערכות שונות, 30,000 תושבים, ועל פי הערכות מסוימות בשלב מסוים הייתה העיר הגדולה ביותר ברמות של דרום מקסיקו. הזפוטקים התפשטו לשטחים הרחוקים בהרבה מעבר לעמק אואחאקה. דבר זה בא לידי ביטוי, למשל, בשינויים בקרמיקה שנראים באזורים שמעבר לעמק. הקרמיקה הייחודית לאזורים אלו הוחלפה בקרמיקה של הזפוטקים.
טאוטיווקאן.
טֵאוֹטִיװַאקַאן הייתה העיר הגדולה ביותר שהתקיימה ביבשת אמריקה טרם עידן הקולוניאליזם. בשל מרכזיותה ומורכבותה, נהוג לכנות בשם טאוטיהואקן אף את הציוויליזציה והמבנים התרבותיים המתייחסים לעיר. התרבות והאדריכלות בעיר הושפעו מאולמק, שנחשבת לציוויליזציית האם באמריקה התיכונה. המבנים הראשונים בעיר הוקמו בשנת 200 לפנה"ס, והפירמידה הגדולה ביותר בה, המכונה פירמידת השמש, הושלמה בשנת 100 לספירה.
העיר הגיעה לשיא עוצמתה בין השנים 150 ו-450 לספירה, כששימשה כמרכזה של תרבות מפותחת, אשר השפעתה התפשטה לאזורים נרחבים באמריקה התיכונה. בשיאה השתרעה העיר על פני 30 קמ"ר, והתגוררו בה כ-150,000, ואולי אף כ-250,000 איש. ברבעים שונים בעיר התגוררו אנשים מכל רחבי האזור שהושפע מתרבות טאוטיהואקן. העיר נעדרה ביצורים ומתקנים צבאיים. טבע היחסים הכלכליים והפוליטיים בין טאוטיווקאן למרכזי המאיה הסמוכים עדיין לא הובן כהלכה - הוכח מעל לכל ספק שהיו קשרים בין שתי הישויות ושהשפעות טאוטיהואקניות הורגשו במרכזי המאיה אפילו שנים רבות לאחר שקיעת העיר, אך חוקרים רבים מתפלמסים אודות טיב היחסים, והשערותיהם נעות החל משליטה ישירה ואפילו צבאית וכלה באימוץ השפעות מרצון, כחלק מתהליך רצוני, סלקטיבי והדדי של "דיפוזיה תרבותית".
העיר הייתה מרכז תעשייה, ביתם של כדרים רבים, יהלומנים ואומנים, ונודעה במוצרי האומנות העשויים בזלת שחורה. עדויות מספרות על אצילי העיר שנסעו למחוזות רחוקים באזור, השוכנים לדוגמה בהונדורס המודרנית, ואולי אף כבשו חלקים מהם. אחת העדויות, מספרת על אדם שכינויו "ינשוף זורק חנית", שכנראה היה שליט העיר ומשל בה כ-60 שנה, ואשר מינה את קרוביו לשליטי ערים בגואטמלה.
במאה ה-6 שקעה העיר בהדרגה. ייתכן שקרה הדבר בשל התקוממויות פנימיות, כמה שנים רצופות של בצורת, או בעקבות שילוב הגורמים.
תרבות המאיה של התקופה הקלאסית.
תרבות המאיה הגיעה לשיאה בתקופה שבין המאה ה-3 והמאה ה-9 לספירה, אז הגיעה אוכלוסייתה לכ-14,000,000 נפשות. בני המאיה התגוררו במספר רב של ממלכות קטנות, שלכל אחת מהן עיר מרכזית, שהיוותה את מרכז הממשל והפולחן. אחת הערים המוכרות שהותירו אחריהם בני המאיה הייתה צ'יצ'ן איצה. תרומה גדולה להתפתחות האימפריה הייתה הידע שנצבר בתחום ניצול מקורות המים לצורכי חקלאות ולגידול מבחר רב של צמחים - כשהבולט בהם הוא התירס, וכן המאמץ לבניית מערכת מסחר ענפה ודרכים יבשתיות בין מרכזי יישוב מרוחקים. קצב הבנייה וההתפשטות של המאיה הואט ואף נעצר במאה ה-9, והממלכות הגיעו לקיצן זמן לא רב לאחר מכן - במהלך המאה ה-10. ההשערה המקובלת בימינו היא שהתמוטטה של התרבות נבעה מרצף של שנות בצורת שגרמה להתקוממות של התושבים כנגד מעמד הכוהנים, ולאחר שנפל המעמד השליט ובעל הידע, לא הצליחו בני המאיה להמשיך ולכונן תרבות משוכללת.
התקופה הפוסט-קלאסית.
התקופה הפוסט-קלאסית מתוארכת לרוב מסביבות שנת 900, ועד להגעת המשלחות האירופאיות לאמריקה.
בתקופה זו משתכללות מאוד המערכות הפוליטיות מבחינת הפן המסחרי, ובריתות פוליטיות לחיזוק הדדי הפכו נפוצות. נבנו בתים גדולים ומרשימים למעמד הגבוה, ועם עליית הפופולריות והאיכות של יצירות אומנות, סוחרים ואומנים רבים חיפשו את החומרים הנדירים והאקזוטים ביותר כדי שיוכלו להעניק את המתנות המרשימות ביותר ולחזק את מעמדם החברתי, והחלה אופנה חוצת-תרבויות של סחר חליפין בפריטים נדירים שחצו בדרך זו את חלק זה של היבשת.
לאחר נפילתה של טולה, עיר טולטקית ששלטה במרכז מקסיקו מהמאה ה-9 עד למאה ה-13, עברו העמים האצטקים דרומה לאגם טשקוקו. עם הזמן, התחזקו עד שיכלו להשפיע על מאזן הכוחות באזור, וכהכרה במעמדם זכו לברית נישואים מלכותית עם משפחה טולטקית מפוארת, והפכו בהדרגה לשליטים לגיטימיים עבור תרבויות רבות. באמצע המאה ה-15, המשיקה, החזקים ביותר מבין שבעת העמים האצטקים המקוריים, איגדו את יריביהם לשעבר לאימפריה האצטקית ויחד הם כבשו שטחים נרחבים באמריקה המרכזית.
תרבות טולטק.
לקראת סוף התקופת הקלאסית, בין המאות ה-6 ל-8 לספירה, החלו התרבויות המסו-אמריקאיות לדעוך מסיבות לא ברורות. במקומן עלתה בהדרגה תרבות טולטק אשר שלטו באזור נרחב במרכז מקסיקו, שמרכזו בעיר טולה, בתחילת התקופה הפוסט-קלאסית (900–1168). הטולטק ייסדו תרבות כה משגשגת, שכאשר פלשו האצטקים לאזור במאה ה-15, הם ראו בטולטקים עם בעל חכמה, ואפילו ראו בהם את האבות הרוחניים שלהם. מסיבה זו, דאגו האצטקים לתעד את ההיסטוריה והתרבות הטולטקית. תיעוד זה, אשר שופע גם בנראטיבים פוליטיים ומיתולוגיים של האצטקים, זכה לפרשנויות ומחלוקות שונות בניסיון לקבוע איפה עובר הגבול בין מציאות היסטורית לתיאור דמיוני על תרבותם וההיסטוריה של הטולטקים.
המישטקים.