נקודת מפנה בקשר בין היהודים הנוצרים לבין הנוצרים הגויים הייתה במועצה האפוסטולית בירושלים, שהתכנסה בשנת 50 לערך והחליטה שגויים מתנצרים לא יהיו מחויבים לשמור על רוב חוקי התורה, לרבות הכללים בנוגע למילה של זכרים. עם זאת, המועצה שמרה על האיסורים על אכילת דם, בשר המכיל דם ובשר של בעלי חיים שלא הומתו כראוי, ועל ניאוף ועבודה זרה. המועצה מוזכרת במעשי השליחים פרק טו.
אכילת לחם הקודש.
ההסתייגות הראשונה של יהודים מהכת הנוצרית החדשה מוזכרת בברית החדשה, , שם מסופר כי כאשר ישו נשא את דרשת לחם החיים, ואמר כי יוושע רק מי שיאכל את בשרו של ישו וישתה את דמו, פרשו רוב הנוכחים מהקהל ונותרו רק שנים-עשר השליחים.
ויתור על הכשרות.
פטרוס, שהיה בעצמו יהודי, רצה לצרף אל האמונה החדשה גם גויים ("נִבְרְכוּ בְךָ כֹּל מִשְׁפְּחֹת הָאֲדָמָה."(בראשית, י"ב, ג') שלא מקפידים על קלה כחמורה. כאשר היה בבית שמעון הבורסקאי, חלם את חזון החיות:
מחלום זה הסיק כי אין צורך בשמירת הכשרות וכך היה יכול לנצר את קורנליוס, שר המאה מהגדוד הרומאי בקיסריה ואת אנשיו. שאר השליחים התרעמו על כך שאכל בחברת לא-יהודים: אולם פטרוס סיפר להם את שחלם והוסיף: והם השתכנעו .
כך נפתח הפתח לשנות את הגישה באנטיוכיה, במקום לפעול בקרב היהודים בלבד פעלו לצרף לקהילה גם גויים .
היה זה באנטיוכיה שתלמידי ישו כינו עצמם לראשונה "משיחיים" ("כריסטיאנים", ביוונית: Χριστιανοί).
המרת הדת הגדולה.
בחג השבועות, אותו עדיין חגגה הקהילה היהודית נוצרית יחד עם שאר היהודים, התכנסו תלמידי ישו, ועל פי המסופר במעשי השליחים נשמע רעש מהשמיים, הדומה לקולה של רוח סערה. לשונות אש ירדו מהשמים ונחתו על כל אחד מהשליחים, הם התמלאו ברוח קודש והטיפו בלשונותיהם של עולי הרגל שהגיעו מארצות שונות. לשונות אותם לא ידעו לפני כן.
האירוע נחשב כאירוע מכונן ומסופר בספר מעשי השליחים פעמיים: פעם ב ופעם ב. על פי המסופר נוספו לקהילת היהודים-נוצרים באותו יום 3,000 מאמינים חדשים מקרב היהודים.
פאולוס, יהודי במוצאו אף הוא, הרחיק את קבוצות המתנצרים מהזרם היהודי המרכזי, דבר שבא לביטוי במשפט שאמר: איגרת יעקב מייצגת מחשבה שהגיעה דרך היהודים נוצרים על חשיבות קיום המצוות.
ביטול ברית המילה.
אבן הנגף האחרונה בדרך לספח קבוצות גדולות של אנשים הייתה ברית המילה. סוגיה זו העסיקה את הקהילה היהודית-נוצרית, גרמה חיכוכים רבים ולמעשה פיצלה את הכת הנוצרית לשניים, לכנסיית הנימולים, Ecclesia ex circumcisione, ולכנסיית הגויים, Ecclesia ex gentibus (שלא נימולו). אחת הסיבות למרכזיותה של סוגיה זו היא העובדה שמילה היא סימן זיהוי הניתן לבדיקה ואימות מיידיים.
בתחילה דרשו מכל המצטרפים לכת היהודית נוצרית לעבור ברית מילה, כפי שנדרשו לכך כל המצטרפים ליהדות:
אולם פאולוס וברנבא, יהודים במוצאם, הבינו כי החשש הגברי מחיתוך בסכין של איבר המין יפחיד את המיועדים להצטרף עד כי לא יסכימו לעבור את הטקס ולא יצטרפו לכת, ולכן פעלו לפטור אותם מעריכת ברית מילה ובמקום זאת להסתפק בהתרחקות מטומאות האלילים. אחרי ויכוח פנימי הוחלט כי אלוהים טיהר את לבבם של המצטרפים לקהילה על ידי האמונה ואין צורך שיעברו ברית מילה:
הנימוק לכך מתבסס על הפסוק שקדם למעשה המילה, ואם כן מספיק להאמין באל:
הנושא לא עבר ללא התנגדות, ואחרי שהוחלט כי אין צורך במילה, קיבל פאולוס קבוצת מצטרפים שלא עברו מילה אולם הקהל בבית המקדש התנגד למעשה ורק התערבות חיילים רומיים הפסיקה את המהומה.
גם השליחים חילקו בינם לבין עצמם את השליחות, כפי שכתב פאולוס
חברי כנסיית הנימולים (מאמיני תורת משה וישו) המשיכו להקפיד על מצוות הדת, ובמשך מספר שנים עמדו בראש קהילות הנוצרים בארץ ישראל יהודים-נוצרים (יעקב אחי ישו הבישוף של ירושלים ואחריו אחיו שמעון, בימי הקיסר דומיטיאנוס היו נכדיו של יהודה אחי-ישו ראשי הקהילות בגליל). כת האביונים התפתחה כנראה מתוך כנסיית הנימולים. חברי הכת שמרו על המילה, על השבת ועל כל המצוות החשובות שביהדות במקביל לאמונתם בישו.
המילה נאסרה בגזירות אדריאנוס (איסור סירוס וברית מילה בשנת 120 לערך). עם עלותו לשלטון של אנטונינוס פיוס, קיסר רומא משנת 138 לספירה, הותר ליהודים למול את בניהם, אך האיסור נותר בתוקפו ביחס לשאר האוכלוסייה, ובכך מנע אפשרות של גיור גברים. הנצרות שלא דרשה מילת גברים יכלה לצרף אליה מצטרפים חדשים ללא מגבלות.
ויתור על כיסוי ראש.
פאולוס, באיגרת אל הקורינתים קבע כי גברים לא חייבים לכסות את ראשם בזמן התפילה (דבר שהיה נהוג בקרב חלק מפולחנים פגאניים):
העברת יום המנוחה ליום ראשון.
כל עוד היו רוב הנוצרים יהודים, היה "יום האלוהים" (יום התפילה הנוצרי) מצוין בשבת, ורק במאה השנייה לספירה, כאשר המתנצרים מקרב האוכלוסייה האלילית באימפריה הרומית הפכו לרוב, עברו ההתכנסות והתפילה ליום ראשון. העדות הראשונה למעבר יום התפילה הנוצרי משבת לראשון היא בכתביו של איגנטיוס מאנטיוכיה (תלמידו של יוחנן כותב הבשורה) מתחילת המאה השנייה (שנת 110), אשר מנומקת בתחייתו של המשיח ובשאיפה להיבדל מהיהודים שלא קיבלו את בשורתו של ישו:
ייתכן כי שמו של היום המזוהה עם השמש (dies Solis בלטינית) התאים ל"יום אלוהים" יותר מיום שבת, שמזוהה בתרבות הרומית עם האל סטורנוס - שסירס את אביו אוראנוס ואכל את בניו.
יום ראשון היה גם יומו של מיתרה וייתכן שעל מנת לחבב את הדת החדשה על מאמיני מיתרה העבירו את יום המנוחה ליום שהיה קדוש עבורם ומוכר כיומו של האל.
ב-321 הוציא הקיסר קונסטנטינוס צו ובו נדרשו העירונים לסגור את עסקיהם ולהפסיק מלאכתם ביום הנכבד של השמש, venerabili die solis, הוא יום ראשון. צו זה עדיין לא חל באותו שלב על הכפריים, שנדרשו להמשיך בעבודות החקלאות גם בימי ראשון.
שינוי מועדי החגים.
הלוח הליטורגי הנוצרי נקבע כך שחגים משמעותיים כמו פסחא לא נחגגים באותו תאריך בו נחוג חג הפסח. קביעת תאריך שונה גרמה לנתק בין החג לבין מועדי העלייה לרגל וגרמה לתחושת קונפליקט.
ברכת המינים.
היהדות הממוסדת הייתה בין אלו שדחקו את המשיחיים החוצה, הן את הנימולים והן את הבלתי-נימולים. וזאת בין היתר על ידי ברכת המינים שהתווספה ל-תפילת שמונה עשרה בתקופתו של רבן גמליאל הזקן. ברכה זו סימלה את הנתק בין היהדות לנצרות בדורות הראשונים להופעת הנצרות, יחד עם עוד תקנות שנועדו לכך, כמו ביטול אמירת "עשרת הדברים" יחד עם קריאת שמע וכמו האיסור לעמוד בזמן קריאתם בתורה.
יש עדויות על כך שגם אחרי הכנסת ברכת המינים לתפילה, יהודים-נוצרים השתתפו בתפילות. למשל בדיאלוג עם טריפון היהודי, בפנריון של אפיפניוס
איסור רדיפת מומרים.
בתחילת המאה ה-4 קונסטנטינוס הטיל עונש מוות בשריפה על יהודים התוקפים או רודפים מומרים. חוק זה מופיע גם בקודקס תאודוסיאנוס (16:8:1) וגם בקודקס יוסטיניאנוס (1:9:3). החוק אומר שאם יהודי יתקוף באבנים או בדרך אחרת של תוקפנות מישהו שעזב את היהדות לטובת עבודת האל (dei cultum, הכוונה לנצרות שהפכה לדת המדינה באותה תקופה), אותו יהודי יוצא להורג בשריפה יחד עם שותפיו.
היחס אל ישו.
כיהודים לא יכלו היהודים-הנוצרים לקבל את האמונה הכריסטולוגית באלוהותו של ישו. להשקפתם ישו לא החשיב את עצמו כמשיח ולא כאל, אלא ראה עצמו כסוג של נביא. נוצרים שהגיעו מהשקפת העולם היהודית ראו הפרה של עשרת הדיברות בקבלת האינקרנציה על ידי הממסד הנוצרי ועבירה על הדיבר "לֹא יִהְיֶה לְךָ אֱלֹהִים אֲחֵרִים עַל פָּנָי".
שלילת הרעיון של ישו כאלוהי בעצמו נמצאת גם בברית החדשה,
התייחסות לחורבן בית המקדש.
חורבן המקדש (בתשעה באב שבשנת 70) השפיע בצורה שונה על תת-הקבוצות של היהודים-נוצרים. מיעוט, בעיקר רוב הנימולים ראו בחורבן הבית אסון דתי ולאומי. אולם רוב היהודים-נוצרים לא ראו בכך אסון וראו בחורבן הזדמנות ליצירת מקדש רוחני חדש וכן
השלכות מרד בר כוכבא.
גזירות אדריאנוס אסרו בין היתר על המילה והעבירו שליטה בערים מההנהגה היהודית להנהגה נכרית, עם ירידת כוחה של ההנהגה היהודית והיהודית-נוצרית, עלתה כוחה של ההנהגה ההלניסטית, הלא יהודית גם בקהילות המשיחיות.
אחת ההשלכות של מרד בר כוכבא הייתה התדלדלות אזורים נרחבים בארץ ישראל מאוכלוסייה יהודית, לחלק מהמקומות היגרו נכרים ובחלק מהמקומות קמו קהילות נוצרים ממוצא פגני. כל אלו החלישו את כוחם של היהודים נוצרים והעבירו את ההגמוניה לידי הנוצרים הבלתי נימולים.
על פי אוסביוס, אחרי המרד נאסרה כניסתם של יהודים ונימולים לאיליה קפיטולינה, העיר הייתה מקום מושבו של פטריארך ירושלים, אחת המשרות החשובות אותה עת בקהילה הנוצרית. העובדה שרק לא נימולים יכלו להיכנס לעיר, כלומר הרחוקים יותר מהיהדות, גרמה לכך שמשרות כהונה חשובות התמלאו על ידי הלא-נימולים.
הקרע מהכנסייה.
היהודים נוצרים, שהמשיכו בקו אותו נקטו היהודים המשיחיים הראשונים, המשיכו לדבוק בחוקי התורה (ובהם על חוקי הטהרה) ועל מנת לא לחלל שבת שמרו הן את יום ראשון והן את יום השבת. לדבקותם בחוקי התורה יש ביטוי בבשורה על פי-מתי שם נאמר מפי ישו