שלטונה של מלאקה שרד במשך כמאה שנים, אולם הייתה לו חשיבות רבה, כיוון שכיום הוא נחשב כעידן הזהב של השלטון העצמי המאלאי, וסולטאני מלאקה הפכו למודל עבור כל שליטי מאלאיה שבאו אחריהם. מלאקה הפכה למרכז תרבותי גדול, ויצרה את מרכז התרבות המאלאית של ימינו: תערובת של יסודות מלאיים מקומיים וכאלה שיובאו מההודים, הסינים והמוסלמים. המנהגים של מלאקה בתחומי הספרות, אומנות, מוזיקה, ריקוד, לבוש והפאר של חצר המלוכה, הפכו למעין תקן עבור כל המאלאים. כמו כן, חצר המלוכה של מלאקה תרמה גם לשפה המאלאית, שהחלה להתפתח בסומטרה והובאה למלאקה כאשר היא נוסדה. במשך הזמן המאלאית הפכה לשפה הרשמית של כל המדינות המאלאיות, אם כי ראוי לציין שחלק מהשפות המקומיות גם כן שרדו.
הדומיננטיות האירופאית.
הסגירה הממושכת של הנתיב היבשתי מאסיה לאירופה על ידי האימפריה העות'מאנית, והמונופול על הסחר עם הודו ודרום-מזרח אסיה שהיה בידי סוחרים ערביים, גרמו לאירופאים לחפש נתיב תחבורה ימי לאזור. ואסקו דה גאמה, שנשלח על ידי המלך הפורטוגלי מנואל הראשון, גילה את הדרך להודו העוברת מסביב לכף התקווה הטובה, וב-1511 אפונסו דה אלבוקרקי עמד בראש משלחת למאלאיה. לאחר מצור שנמשך חודש שלם, המשלחת הצליחה לכבוש את מאלאיה והפכה אותה לעיר הבירה של החלק המזרחי של האימפריה הפורטוגלית.
בנו של הסולטאן האחרון של מלאקה ברח מהאי בינטאן לדרום מאלאיה, וייסד שם מדינה חדשה שלבסוף הפכה לסולטנות ג'והור. לאחר שהשתחרר משליטתה של מלאקה, הוקמו באזור מספר מדינות, בזו אחר זו, שהיו מצויות בסכסוכים קבועים. החשובות שבהן היו אצ'ה, ברוניי, ג'והור ופראק. מדינות אחרות כגון באנטן, יוגיאקארטה, קדה (Kedah), סלאנגור, סולו וטרנגנו נוסדו גם כן כסולטאנויות עצמאיות. לקראת סוף המאה ה-16 הסוחרים האירופאים גילו בצפון מאלאיה את מכרות הבדיל, ופראק הפכה למדינה חזקה כאשר היא מתבססת על רווחים מייצוא בדיל. אולם, האירופאים לא הסתפקו רק באזור זה. הפורטוגלים השתלטו על אזורי גידול האורז שבאיי מאלוקו, וב-1571 ספרד כבשה את מנילה.
ההולנדים הגיעו לאזור ב-1596. בינם לבין הפורטוגלים הייתה יריבות בעלת שורשים דתיים ומסחריים, והם היו נחושים לגרש אותם מהאיים הרווחיים שכונו על ידם הודו ההולנדית. תחת הנהגתה של חברת הודו המזרחית ההולנדית הם ניצחו במהירות את הסולטאנויות החלשות בג'אווה וייסדו את באטאביה (כיום ג'קרטה) ב-1619 כעיר הבירה. מאזור העיר הם הרחיבו את שליטתם לרוחב הארכיפלג, ויצרו ברית עם ג'והור נגד היריבים העיקריים שלהם, הפורטוגלים במלאקה וסולטאן אצ'ה. ב-1641, לאחר מספר ניסיונות, כוחות הברית הצליחו לכבוש את מלאקה, ושברו את בסיס הכוח הפורטוגלי במאלאיה לצמיתות – בידיה של פורטוגל נותרה רק המושבה מזרח טימור. בגיבוי הולנדי, ג'והור השיגה הגמוניה רופפת על המדינות המאלאיות, מלבד פראק, שסייעו לה להתמודד עם אנשי סיאם בצפון ולשמור על עצמאותה.
היחלשותן של המדינות המאלאיות בתקופה זו אפשרה לאנשים אחרים להגר לאזור זה. הקבוצה העיקרית ואחת החשובות ביותר הייתה הבוגיס, ימאים מאזור מזרח אינדונזיה של ימינו, שערכו פשיטות רבות על חופי מאלאיה, ולבסוף הצליחו לכבוש את ג'והור לאחר ההתנקשות בסולטאן האחרון ממשפחת המלוכה של מלאקה ב-1699. אנשי בוגיס אחרים כבשו את סלאנגור. אנשי מינאנגקאבאו מסומטרה היגרו למאלאיה, ובסופו של דבר ייסדו מדינה משל עצמם בנגרי סמבילאן. נפילתה של ג'והור הותירה חלל שלטוני בחצי האי המלאי, שנשלט בחלקו על שליטי ממלכת איוטהאיה שבסיסה היה בתאילנד, שהפכו את חמש המדינות בצפון מאלאיה (קדה, קלאנטאן, פאטאני, פרליס וטרנאגנו) לווסאלים שלהם. כמו כן, שקיעתה של ג'והור הותירה את פראק כמנהיגה הבלתי מעורערת של האזור.
במהלך המאה ה-18 עלתה חשיבותה של מאלאיה עבור אירופה מבחינה כלכלית. סחר התה הגובר בין סין ובריטניה גרם לעליית הביקוש לבדיל מאלאי איכותי, ששימש עבור הכנת מגשי תה. פלפל מאלאי זכה למוניטין טוב באירופה, בעוד שבקלאנטאן ופאהאנג היו מכרות זהב. הגידול בכריית הזהב והבדיל, וכן תעשיות השירותים הנלווים, היה אחד הגורמים שהובילו לשטף המהגרים הראשון לאזור – בתחילה הערבים וההודים, מאוחר יותר הסינים – שהתיישבו בערים ובמהירה שלטו בפעילויות הכלכליות. אירועים אלה קבעו את מאפייני החברה המאלאית ל-200 השנים הבאות – אוכלוסייה כפרית מאלאית הולכת וגדלה הנמצאת תחת שליטה של קהילות מהגרים עירוניות ועשירות, שהסולטאנים לא יכלו להתמודד איתן.
הסוחרים האנגליים פעלו במימי מאלאיה החל מהמאה ה-17, אולם רק לקראת אמצע המאה ה-18 חברת הודו המזרחית הבריטית, שבסיסה היה במושבה הבריטית בהודו, החלה להתעניין בנושאים הנוגעים למאלאיה. התפתחות הסחר בין סין לבריטניה גרמה לחברה לרצות להקים בסיסים נוספים באזור. מספר איים שימשו למטרה זו, אולם רכישת הקבע הראשונה הייתה פינאנג, שנחכרה מסולטאן קדה ב-1786. בעקבות זאת חכרו הבריטים טריטוריה על היבשת שנמצאה מול פינאנג (ידועה כפרובינציית ולסלי). ב-1795, במהלך המלחמות הנפוליאוניות, הבריטים כבשו את מלאקה ההולנדית על מנת לסכל כל ניסיון צרפתי עתידי לכבוש את האזור.
כאשר מלאקה הוחזרה להולנד ב-1818, המושל הבריטי, סטאמפורד ראפלס, חיפש אתר אחר למיקום הבסיס וב-1819 הוא רכש או חכר את החוף הדרומי של סינגפור מסולטאן ג'והור. יזמה פרטית קבלה גבוי ממשלתי בשנת 1823 וב-1824 נצלו הבריטים חוסר ערנות של שלטאן ג'והור והשתלטו על כל האי סינגאפורא. הבסיסים התאומים בפינאנג וסינגפור, ביחד עם היחלשותו של הצי ההולנדי, סייעו לבריטניה להפוך לכוח הימי הדומיננטי באזור. סיבה נוספת להתגברות ההשפעה הבריטית הייתה החשש של תושבי מאלאיה מפני התרחבות של שליטי סיאם, שבריטניה היוותה משקל נגד יעיל כנגדם. במהלך המאה ה-19 סולטאני מאלאיה הפכו לבני ברית נאמנים של האימפריה הבריטית.
מאלאיה הבריטית.
ב-1824 ההגמוניה הבריטית באזור קיבלה תוקף רשמי בעקבות החתימה על האמנה האנגלו-הולנדית, שהייתה אחד האירועים המכריעים שהובילו להקמת מלזיה של ימינו. ההולנדים נסוגו ממלאקה וויתרו על האינטרסים שלהם בשאר מאלאיה, ואילו הבריטים הכירו בשלטון ההולנדי בשאר הודו המזרחית. האמנה קבעה גבול שרירותי לעולם המאלאי, גבול שמעולם לא בוטל. פנאנג, מלאקה וסינגפור אוחדו לישות אחת בשם היאחזויות המצוקה, שנשלטו על ידי מושל בריטי שישב בסינגפור.
במהלך המאה ה-19 הבריטים חתמו על סדרת הסכמים עם המדינות המאלאיות, ושלחו אליהן "תושבים" שייעצו לסולטאנים, ובסופו של דבר יועצים אלה הפכו לשליטים האמיתיים. העושר של מכרות הבדיל של פראק גרם למשקיעים הבריטיים להשקיע בשמירה על היציבות הפוליטית, ובכך פראק הייתה למדינה המאלאית הראשונה שהסכימה לפיקוח בריטי.
רק ג'והור התנגדה לכך, והתמידה בסירובה עד 1914. ב-1909 ממלכת סיאם החלשה נאלצה לוותר לבריטים על קדה, קלאנטאן, פרליס וטרנאגנו (סיאם שמרה על שליטתה בסולטנות פאטאני, מה שהותיר מיעוט מוסלמי בדרום תאילנד שהיווה מקור למספר בעיות עבור הממשלות התאילנדיות שבאו לאחר מכן).
במהלך המאה ה-19 הבריטים הצליחו להשתלט על החוף הצפוני של בורנאו, באזור שבו ההולנדים מעולם לא שלטו. החלק המזרחי של אזור זה (כיום סבה) היה תחת שליטה רשמית של סולטאן סולו, שהיה וסאל מהפיליפינים הנתונים לשליטת ספרד. יתרת האזור הייתה הטריטוריה של סולטנות ברוניי.
ב-1841 הרפתקן בריטי בשם ג'יימס ברוק חכר את העיר קוצ'ינג מהסולטאן, ומינה את עצמו לתפקיד "הראג'ה הלבן" של סאראוואק, ובהדרגתיות הוא הרחיב את הטריטוריה שלו על חשבון ברוניי. בצפון-מזרח בורנאו התיישבו סוחרים בריטים, וב-1881 חברת צפון בורנאו הבריטית קיבלה את מושכות השלטון על הטריטוריה תחת פיקוחו של מושל סינגפור. השלטון הספרדי בפיליפינים מעולם לא הכיר באובדן הטריטוריה של סולטאן סולו, מה שהניח את הבסיס לטענת הבעלות הפיליפינית על סבה.
שארית ברוניי הפכה ב-1888 למדינת חסות בריטית, וב-1891 אמנה אנגלו-הולנדית נוספת קבעה את הגבול בין החלק ההולנדי לבריטי של בורנאו. מסיבה זו ניתן לומר שגבולותיה של מלזיה המודרנית נוצרו באמצעות המגמות הקולוניאליסטיות, ללא התחשבות בגורמים לשוניים או אתניים.
לקראת 1910 התבסס דפוס השלטון הבריטי באזור המאלאי. היאחזויות המצוקה היו למושבת כתר, שנשלטה על ידי מושל שהיה נתון לפיקוח מזכיר המדינה לענייני מושבות. כמחצית מאוכלוסיית האזור הייתה ממוצא סיני, אולם כל התושבים (ללא קשר למוצאם) היו נתינים בריטיים.
המדינות הראשונות שקיבלו מעמד רשמי כחלק מבריטניה (פראק, סלאנגור, נגרי סמבילאן ופאהאנג) נקראו פדרציית מדינות מאלאיה: בעוד שמבחינה טכנית הן היו עצמאיות, הן היו נתונות לשלטונו של גנרל-תושב החל משנת 1895, ובכך הן נהיו למושבות בריטיות לכל דבר מלבד השם.
המדינות המאלאיות הלא-פדרטיביות (ג'והור, קדה, פרליס וטרנאגנו) זכו למעט יותר עצמאות, אם כי עדיין לא היה ביכולתן להתנגד לרצונותיהם של הבריטים. ג'והור, כבעלת הברית הקרובה ביותר לבריטניה בעניינים המאלאים, זכתה לכך שתהיה לה חוקה כתובה. לפי החוקה לסולטאן יש את הסמכות הבלעדית למנות את הקבינט שלו, אם כי הסולטאנים הקפידו להתייעץ עם הבריטים לפני שפעלו בנושא.
מאלאיה כמדינה רב-גזעית.