מראשית דרכה, מועצת יש"ע תוקצבה חלקית מדמי חבר ששילמו הרשויות המקומיות החברות בה. בנובמבר 2004 עתרה "שלום עכשיו" לבג"ץ נגד השימוש בתקציב רשויות מקומיות לשם מימון פעילות של מועצת יש"ע נגד תוכנית ההתנתקות. בג"ץ הוציא צו ביניים האוסר על העברת הכספים מהרשויות, אך במאי 2006 נפסק שהעברת הכספים היא חוקית, ומקור המימון העיקרי של מועצת יש"ע הוא דמי החבר של הרשויות המקומיות.
בראש המועצה עומד דוד אלחייני, יו"ר מועצה אזורית ערבות הירדן.
מחלקת ההסברה והתקשורת.
מחלקת ההסברה והתקשורת של מועצת יש"ע עוסקת בענייני התקשורת ויחסי הציבור של המועצה, עורכת ומדפיסה חומרי הסברה, מובילה את הקמפיינים והמאבקים השונים של ההתיישבות, אחראית לטיפול ברשתות החברתיות ועורכת סיורים והרצאות למעצבי דעת קהל. בראש המחלקה עומד דוברת מועצת יש"ע דורית אוסטרובסקי שכטר.
כחלק מעבודתה השגרתית, מפיצה מחלקת התקשורת תגובות שונות לאירועים אקטואליים המתחרשים בישראל ובעולם, ויוזמת כתבות בכלי התקשורת הישראלים והבינלאומיים אשר זוכות לסיקור רב. כמו כן, המחלקה אחראית לתדמיתה של מועצת יש"ע ומפעילה מגוון את מערכת הרשתות החברתיות של המועצה, בפלטפורמות השונות. בעבר יצא מטעם מועצת יש"ע העלון השבועי ישע שלנו אשר חולק בבתי הכנסת בארץ והוצאתו הייתה באחריות המחלקה.
בשנת 2010 ייסדה מחלקת התקשורת את "כנס יש"ע להסברה ותקשורת", אשר מושך אליו מדי שנה מאות אישי ציבור ואנשי תקשורת מכל גוני האוכלוסייה. הכנס הראשון החל כקורס שגרירי הסברה, ועם השנים הפך לכנס מסודר בתחום ההסברה ועבודה התקשורתית. בין המשתתפים שלקחו חלק בכנס בשנים האחרונות: עמית סגל, אילנה דיין, רענן שקד, אבי בניהו, אהוד יערי ועוד רבים. הכנס השישי, שהתקיים בשנת 2016, הוקדש לפתיחת שנת היובל למלחמת ששת הימים ושנת המאה להצהרת בלפור, ובו דנו בתוכניות מדיניות אפשריות וכן בקריאה לפעילים להשפיע ברשתות החברתיות.
בשנים האחרונות הוציאה מחלקת התקשורת מגוון ספרים וחוברות מידע בנוגע להתיישבות הישראלית ביהודה ושומרון, ביניהם: "ישראל שלי במפות" הכולל אטלס מפות עם הסבר היסטורי וגאוגרפי על אזור יהודה ושומרון, "כיבוש קשקוש" המיועד לבני נוער ועונה על שאלות נפוצות בסגנון קל, "יהודה ושומרון - זה שלנו, זה חיוני, זה אפשרי" המקיף באופן נרחב את הרעיון הבסיסי של תנועת ההתיישבות ומועצת יש"ע ושתורגמה למספר שפות ועוד. כמו כן, באירועים מיוחדים, או כחלק מקמפיין ציבורי, מוציאה מחלקת התקשורת חומרי הסברה נוספים הקשורים באותו נושא ומציגים את זווית הראייה של המועצה.
לרגל חגיגות יובל שנים למלחמת ששת הימים, הוציאה המועצה ספר טיולים - מעיינו"ש - המדריך מטיילים ב-50 מעיינות ביהודה ושומרון. בהמשך הוציאה ספר נוסף העוסק במסלולים אזור.
בראש השנה תש"פ, הוציאה המועצה מהדורה מעודכנת וחדשה של מפת ההתיישבות. המפה כוללת את כל נקודות היישוב ביהודה, שומרון ובקעת הירדן והקו הירוק אינו מופיע בה באופן מכוון.
מנהלת ההסברה.
יהודה ושומרון – מנהלת ההסברה היא גוף שהוקם במועצת יש"ע, במטרה להעמיק את הזיקה שבין הציבור הישראלי לשטחי יהודה ושומרון. הגוף הוקם ב-2008 ופעל בכמה מישורים: קיום סיורים למעצבי דעת קהל, הפצת מחקרים וניירות עמדה בנושאים שונים הקשורים ליהודה ושומרון, הוצאת העלון השבועי ישע שלנו אשר חולק בעבר בבתי הכנסת בארץ, הכשרה של דוברים ואנשי הסברה ("כל מתיישב הוא מסביר") ובעזרת קמפיינים פרסומיים.
המנהלת נוסדה לאחר שבמועצת יש"ע הגיעו למסקנה שבדיון הציבורי על עתיד שטחי יהודה ושומרון הוזנחו הטיעונים הערכים והמהותיים, וכן העובדה ששטחי יהודה ושומרון הם ערש התרבות היהודית. הכישלון במניעת תוכנית ההתנתקות הוביל את הנהגת מועצת יש"ע למסקנה שטיעונים ביטחוניים בלבד אינם מספיקים מול הטיעונים הערכיים, שעומדים מאחורי הגישה של "שטחים תמורת שלום". לכן הוחלט כי מול הטיעונים לפגיעה בזכויותיו של עם אחר יש להעמיד את טיעוני זכויותיו של העם היהודי על חבלי ארץ אלו, ולהדגיש את ערכם ההיסטורי, התרבותי והדתי, תוך השוואה מול בחירת התנועה הציונית בהתיישבות בארץ ישראל, מול חלופות אחרות כגון תוכנית אוגנדה.
המנהלת פעלה להגברת הזיקה של החברה הישראלית ליהודה ושומרון, ולהפצת מידע בנושאים כגון: דמוגרפיה, מעמד יהודה ושומרון במשפט הבינלאומי, המורשת היהודית ביהודה ושומרון, ביטחון וגבולות בני הגנה, התיישבות יהודית חדשה. באמצעות מסעות פרסום, אתר תוכן ומידע, עידוד התיירות ביהודה ושומרון, תעמולה ממוקדת קהל והשתתפות בפאנלים ובאירועים.
חלק מקמפיין "הסיפור של כל יהודי" הדגיש שסיפורים רבים מהמקרא ומתקופות מאוחרות יותר התרחשו ביהודה ושומרון, כגון קרבות המכבים, חלום יעקב, השכנת משכן שילה ועוד.
עם השנים, הפכה "מנהלת ההסברה" למחלקת ההסברה והתקשורת של מועצת יש"ע והיא כבר לא פועלת תחת שם זה.
אגף קשרי החוץ ואגף מזרח-אירופה.
בשנת 1992 הקימה מועצת יש"ע את אגף קשרי החוץ (בעבר: דסק חו"ל) שבראשו עמד יחיאל לייטר עד שנת 1996. בשנת 2013 חודשה פעילותו של אגף קשרי החוץ ובראשו עמד דני דיין עד שנת 2015. בשנים 2016 - 2020 עמד בראש האגף ראש מועצת אפרת עודד רביבי.
עיסוקו העיקרי של האגף הוא הסברה בינלאומית על ידי אירוח משלחות ואח"מים מחו"ל, כתיבת מאמרים והופעה בתקשורת הזרה, השתתפות בכנסים בינלאומיים והעברת הרצאות למקבלי החלטות בחו"ל. מטרתן של פעולות אלה היא הסברת עמדתה של מדינת ישראל בכלל וההתיישבות בפרט בפני גורמים בינלאומיים, אשר יסייעו למדינת ישראל במערכה נגד החרם ושלוחות ה-BDS.
בשנת 2019 הוקם במועצת יש"ע אגף מזרח-אירופה, אשר מתמקד בישראלים דוברי רוסית, במטרה להביא אותם לבקר ביהודה ושומרון ולגשר על הפערים שזוהו בין המגזר דובר הרוסית לבין המתנחלים. האגף עוסק בהסברה בשפה הרוסית, תיירות והכשרת מורי דרך, עריכת כנסים בנושא יהודה ושומרון, פרסום בתקשורת הרוסית ואף פתחה אתר רשמי למועצת יש"ע בשפה הרוסית. בראש האגף עומד ראש המועצה האזורית גוש עציון שלמה נאמן.
מועצת יש"ע בזמן ההתנתקות ולאחריה.
המאבק בתוכנית ההתנתקות.
החל מתחילת הדרך, הייתה מועצת יש"ע המתנגדת המאורגנת הנחרצת ביותר נגד תוכנית ההתנתקות. בקרב ציבור המתנחלים שרר הלם מהחלטתו של ראש הממשלה אריאל שרון, ומועצת יש"ע עימתה את ממשלת ישראל בפני הקולות שמשמיע צה"ל נגד תוכנית ההתנתקות, שטוענים כי עקירת יישובים תהיה ניצחון לטרור. בתחילה, הביעה מועצת יש"ע רצון להוריד את התכנית מסדר יומה של הכנסת בדרכים שדלניות, לאחר שזה לא הצליח וחוק יישום תוכנית ההתנתקות עבר בהצבעה ראשונה בכנסת, ניסתה המועצה להביא למשאל עם. לאחר שהחוק עבר במלואו, קרעו ראשי מועצת יש"ע את נוסח החוק בצעד הפגנתי מחוץ למליאת הכנסת.
ההתנגדות המסיבית של מועצת יש"ע סחפה רבים מבני הציונות הדתית והציבור המתנחלי. היה זה המאבק המסיבי ביותר של מועצת יש"ע מאז המאבק על הסכמי אוסלו. המאבק נבצע בצבע הכתום, שמזוהה מאז עם המאבק, ולקראת יום העצמאות 2004 פתחו המתנחלים ב"מבצע כתום" שבמסגרתו חולקו (במימון מועצת יש"ע) סרטים כתומים רבים שתחילה הוצמדו לדגלי ישראל ולאחר מכן לאנטנות של מכוניות וצמידים כתומים, להזדהות. הצבע הכתום נבחר, מכיוון שהיה צבע נס המועצה האזורית חוף עזה.
בעקבות החלטת הממשלה על התחלת החקיקה ליישום תוכנית ההתנתקות החלה מועצת יש"ע בשורה של פעילויות נגד ההחלטה. אחת מהפעילויות הייתה ליצור שרשרת אנושית לאורך 90 הקילומטרים מגוש קטיף לירושלים, ביום 25 ביולי 2004, בסמוך לתשעה באב. על פי דיווחי המשטרה הגיעו לשרשרת האנושית כ-130 אלף איש שעמדו בצידי הכבישים בין גוש קטיף לירושלים, במפגן שקט של הזדהות עם תושבי גוש קטיף. ב-13 בספטמבר 2004 הפגינו 40 אלף מפגינים בכיכר ציון בירושלים.
בימים שקדמו למאבק, התקיימו ישיבות של הנהלת מועצת יש"ע באופן כמעט יומיומי לתכנון המאבק לפרטי פרטים. באמצע יולי 2005 צעדו עשרות אלפי מתנגדים להתנתקות מנתיבות לעבר מחסום כיסופים, בכוונה מוצהרת לצעוד לתוך גוש קטיף המסוגר ב"צעדת התחברות". אלפי שוטרים וחיילים חסמו את נתיב הצעדה לפני כפר מימון, עד שהוחלט לאפשר לצועדים ללון בתוך הכפר ולכתר אותו. המשטרה, שניסתה למנוע מאוטובוסים ברחבי הארץ להביא מפגינים, ספגה ביקורת חריפה על פגיעה בחופש הביטוי וחופש התנועה (למשל הסופר סמי מיכאל מהאגודה לזכויות האזרח). הצעדה התפזרה לבסוף בשלום, אך מועצת יש"ע הודיעה שתארגן הסתננויות של קבוצות קטנות לתוך גוש קטיף.
ב-11 באוגוסט ערכה מועצת יש"ע בכיכר רבין בתל אביב העצרת האחרונה נגד ההתנתקות. לפי הערכות, השתתפו בה בין 200 אלף (על פי המשטרה) ל-250,000 בני אדם (על פי המארגנים). סיסמת העצרת הייתה "גוש קטיף וצפון השומרון, אני נשבע!" ובה המפגינים נקראו לרדת לדרום על מנת לחסום את ציר כיסופים תוך הימנעות מאלימות.
בעת פינוי היישובים בגוש קטיף ובצפון השומרון היו ראשי מועצת יש"ע ברחבי האזורים המפונים ומחו על הפינוי. לאחר ביצוע תוכנית ההתנתקות, החליטו במועצת יש"ע להשאיר את האות עי"ן בשם המועצה, כזכר ליישובי חבל עזה, אשר פונו במסגרת תוכנית ההתנתקות - "זהו גל-עד לזיכרון עולם לחורבן היישובים הפורחים וחבל הארץ המשגשג בחבל עזה", נכתב בהודעת המועצה.
ביקורת וארגון מחדש לאחר ההתנתקות.
לאחר כישלון המחאה נגד תוכנית ההתנתקות נשמעה ביקורת קשה בקרב חלק ממתנגדי ההתנתקות נגד מועצת יש"ע. הביקורת התייחסה למספר נקודות: