הפרפקט הפרטוריאני (לטינית: praefectus praetorio, דרגה שבתקופת אוגוסטוס הייתה דרגה צבאית לכל דבר, הפכה עוד בעת שלטון טיבריוס לדרגה שכללה גם תפקידים משפטיים ומנהליים נרחבים. בנוסף לתפקידיו הצבאיים, הפרפקט הפרטוריאני קיבל סמכות שיפוט בעניינים פליליים כנציג הקיסר בבית הדין. בשיא תקופת ההשפעה של המשמר עמדו בראשו 2 שלא היו שווים במעמדם. הבכיר מבין השניים היה בדרך כלל יד-ימינו של הקיסר ושימש כממלא מקומו במועצות שלטוניות, קיבל את סמכויות השיפוט באיטליה מעבר לאבן המייל המאה מרומא (בתוך העיר הסמכות הייתה בידי הסנאט - לכאורה) ואת האחריות על אספקת התבואה לעיר. קשה להפריז בכוח שנצבר על ידי המפקד הבכיר של המשמר הפרטוריאני וחשיבות המשמר בניהול האימפריה. בעת שלטונם של שליטים חלשים היו מושכות השלטון בידי מפקד המשמר ובעת שלטונם של קיסרים חזקים היה מפקד המשמר אחד מהאנשים החזקים והמשפיעים באימפריה.
בתקופת דיוקלטיאנוס קיבל הפרפקט הפרטוריאני, במסגרת הרפורמות השלטוניות הנרחבות, סמכויות ביצועיות נוספות ושימש הלכה למעשה כראש הזרוע המבצעת של השליט. רפורמת הטטררכיה של דיוקטליאנוס (בערך בשנת 296) קבעה שהאימפריה הרומית תשלט על ידי 4 אנשים (מכאן טטררכיה - טטרה - 4). שני השותפים הבכירים נקראו "אוגוסטוס" וכל אחד מהם בחר לעצמו סגן שנקרא "קיסר". כל אחד משני הזוגות של אוגוסטוס וקיסר שלטו במחצית מהאימפריה. במסגרת רפורמה זו הוכפל גם מספר הנושאים במשרה: היה פרפקט פריטטוריאני כרמטכ"ל (צבאי ומינהלי) - ולא כמפקד המשמר - עבור כל אחד משני האוגוסטי, אך לא עבור שני הקיסרים. כל מחוז פרטוריאני פיקח על אחד מארבעת חלקי האימפריה שיצר דיוקטליאנוס, ארבעת המחוזות נשארו כיחידה המינהלית הגבוהה ביותר, האחראית על מספר דיאוקסיות (קבוצות של מחוזות או פרובינציות רומיות), שכל אחת מהן נוהלה על ידי פקיד בדרגת ויקריוס.
השינוי הגדול הבא חל בעת שלטונו של קונסטנטינוס הראשון, שהסיר את סמכויות הפיקוד הצבאי ממשרת הפרפקט הפרטוריאני ומסר אותם לידי המגיסטר מיליטום (בלטינית: magister militum), ובמקביל פירק את המשמר בשנת 312. בארגון מחדש הפך הפרפקט למנהל הכללי הראשי האחראי לאספקה ​​הלוגיסטית של הצבא. תחת שלטונם של יורשי קונסטנטינוס הראשון, מחוזות פראטוריאנים מוגדרים טריטוריאלית הופיעו כחטיבה המנהלית ברמה הגבוהה ביותר של האימפריה. הפרפקטים הפרטוריאניים תפקדו כשרים הראשיים של המדינה, לשכת הפרפקט ניהלה את החובות הממלכתיים שהוטלו על תושבי האימפריה, והייתה בעלת סמכויות חקיקה נרחבות. גם לאחר התמוטטות האימפריה הרומית המערבית המשיכה המשרה כחלק מהשדרה האדמיניסטרטיבית העליונה של האימפריה הרומית המזרחית עד שלטונו של הרקליוס, קיסר האימפריה הביזנטית במאה ה-7 לספירה, כאשר רפורמות רחבות היקף צמצמו את סמכויות המשרה והמירו אותן למפקחים בלבד על הממשל המחוזי. המשרה עברה מן העולם במחצית השנייה של המאה ה-9.
מחנה המשמר.
בתקופת שלטונו של הקיסר טיבריוס רוכזו כל 9 הקוהורטות במחנה מיוחד מחוץ לשער הצפוני-מזרחי של רומא, שקיבל את השם קַסְטְרָה פְּרֶטוֹריָה- (בלטינית: Castra Praetoria - קסטרה פירושו מחנה בלטינית). לדברי ההיסטוריון סווטוניוס, המבנים הוקמו בין השנים 21–23 על ידי לוקיוס איליוס סיאנוס. המתחם נועד לרכז במקום אחד כמה יחידות משמר. מחנה המגורים נבנה מחוץ לעיר רומא, בקצה הצפון מזרחי של העיר. הוא הוקם באחד האתרים הגבוהים ביותר בעיר רומא, בגובה של 50 - 60 מטרים מעל פני הים, והוקף בחומות אבן. אורכו של המחנה היה 440 מ' ורוחבו 380 מ'. המחנה המרובע חולק לארבע על ידי רחוב ראשי (הקארדו מקסימוס, cardo Maximus) שחצה אותו מדרום לצפון, ורחוב שחצה אותו ממזרח למערב. הקארדו קישר בין שני שערים, הפורטה פרטוריה והפורטה דוקומנה (לא ברור איזה שער היה בצפון, ואיזה בדרום), והרחוב המזרחי-מערבי קישר בין הפורטה פרינקיפליס דקסטרה (ממזרח) והפורטה פרינקיפליס סיניסטרה (ממערב) חומות המתחם נבנו מבטון ומלבנים והתנשאו לגובה של 4.73 מטרים. שלוש מתוך ארבע החומות שהקיפו את המחנה שולבו בחומת אורליאנוס בעת הקמתה, והוגבהו ב-2.5-3 מ'. מצידה החיצוני של החומה נחפר חפיר בעומק של כ-2.3 מטרים.
היסטוריה של המשמר הפרטוריאני.
בתקופת השושלת היוליו-קלאודית.
התיאור ההיסטורי של המשמר הפרטוריאני בתקופת שלטון השושלת תחת טיבריוס מתמקד במידה רבה בפעולותיו של הפרפקט הפרטוריאני סיאנוס ויורשו מאקרו, ובכוח שהם החזיקו כמפקדיהם של כמה אלפי חיילים ברומא. בפיקודו של סיאנוס, כל הפרטוריאנים הובאו לרומא והוצבו במתחם מבוצר משלהם, קסטרה פראטוריה. מהלך זה הפך את המשמר מאיום פוטנציאלי על הכוח האימפריאלי לאיום ממשי. סיאנוס ניצל את הפגיעות שנבעה מנסיגת קיסר מהחיים הציבוריים והאציל חלק ניכר מהניהול היומיומי של האימפריה לידי המפקד הפרטוריאני שלו. אז נחשפו הסכנות של פרפקט שאפתני. בעקבות נפילתו של סיאנוס ועלייתו לתפקיד הפיקוד של מאקרו, יורשו, אשר מתוך האינטרסים של הבטחת עתידו תחת יורשו של טיבריוס קליגולה זירז את מותו של טיבריוס, והפך לראשון הפרטוריאני הראשון שגרם לפטירתו של קיסר.
תחת פיקודו של סיאנוס.
לוקיוס איליוס סיאנוס (בלטינית: Lucius Aelius Seianus) היה מפקד המשמר הפרטוריאני בימי הקיסר טיבריוס. עם עלייתו של טיבריוס לכס הקיסרות בשנת 14 הוא מינה את סיאנוס, יחד עם אביו לוקיוס ססיוס סטראבו, למפקד המשמר הפרטוריאני וכשאביו נפטר הוא הפך למפקדו היחיד של המשמר. הוא הפך לעמוד התווך של טיבריוס ברומא והוא אף כינהו "חברו לעמל". לסיאנוס ניתנה הזכות למנות את חבריו לקנטוריונים ולטריבונים צבאיים (טריבון צבאי היא דרגה בכירה בצבא הרומי). הוא נהנה מזכות מלאה לשמור על קשרים עם חברי הסנאט. החל משנת 19 לשנת 31 מסר למעשה טיבריוס את הניהול של האימפריה לידי סיאנוס, והשפעתו הלכה וגברה עם פרישתו של טיבריוס לקאפרי בשנת 26, וכך סיאנוס הפך למעין משנה לקיסר. בזמן זה עוצבו תפקידי המשמר הפרטוריאני ומעמדם של מפקדי המשמר.
סיאנוס הפך למשנה לקיסר לענייני משפט וישב בראש בית דין שהיה שני רק לבית הדין של הקיסר. פסקי הדין של בית המשפט שימשו כתקדימים מנחים לכל מערכות המשפט באימפריה. בהמשך ההיסטוריה של המשמר היו רבים ממפקדיו משפטנים. בסיכומו של דבר, יחסיו של סיאנוס עם טיבריוס התערערו, הקיסר מינה בחשאי מפקד חדש למשמר הפרטוריאני, וב-17 באוקטובר 31 שלח טיבריוס את מאקרו, מפקדו החדש של המשמר הפרטוריאני, עם מכתב לסנאט שבו הוא מגנה את סיאנוס. עוד באותו היום הסנאטורים ציוו לשים אותו במעצר ולמחרת היום גזרו עליו דין מוות, והוא הוצא להורג. החל מסוף תקופה זו ועם הוצאתו להורג של סיאנוס באשמת בגידה היה המשמר הפרטוריאני כחרב פיפיות בידי הקיסר- כוח צבאי גדול וזמין שיכול היה להיכנס לתוך הפומריום (הגבול הקדוש של רומא) עם נשק - בניגוד למסורת ולחוק הרומי. מחד גיסא כוח זה חיזק את סמכות השליט ואכף את חוקיו ומאידך גיסא המשמר תמיד היה איום מוסווה, ומפקדי המשמר התפתו להשתמש בכוחם הרב על מנת לאיים על הקיסר, להתערב בפוליטיקה ולצבור השפעה ורכוש.
תחת קליגולה.
לאחר הדחתו של סיאנוס מינה טיבריוס את מאקרו (לטינית: Naevius Sutorius Macro) למפקד המשמר הפרטוריאני. גם מאקרו התגלה כמפקד שאפתן שניצל את כוחה של המשרה לצבור כוח והשפעה. הוא הימר על עתידו של קליגולה, אחד היורשים העתידיים של הקיסר. על פי דבריו של ההיסטוריון הרומי סואטוניוס מאקרו לא בחל בשום מעשה על מנת לקדם את ענייניו. כאשר קליגולה החל לקיים יחסי מין עם אשתו של מאקרו, אניה תרסילה , השלים מקרו עם הבגידה. לא ברור אם מאקרו יזם זאת כדי לקדם את עצמו, או שקליגולה התחיל ברומן כדי להבטיח את נאמנותו של מאקרו על ידי כך שגרם לו להאמין שהשלמה בבגידה של אשתו תועיל לו בעתיד ולכן הוא יעזור לקליגולה להיפטר מטיבריוס. כך או כך, להזנות את אשתו של פקיד בכיר לקיסר הייתה חובה חדשה עבור פרפקט פרטוריאני.
כאשר טיבריוס נפטר בשנת 37, מאקרו הטיל את כובד משקלו לטובת קליגולה כקיסר החדש. לטענת טקיטוס, עשה יותר מכך- משהתפשטו השמועות על מותו של טיבריוס הכריז קליגולה על עצמו כקיסר הבא, בטרם עת. טיבריוס התעורר ומאקרו רצח אותו בחניקה על מנת להעניק את כס השלטון לקליגולה. מאקרו היה בטוח שקנה בכך את עולמו וכי מעשיו יתנו לו מעמד וכוח מול הקיסר הצעיר והלא מנוסה. אך קליגולה היה מודע לאיום הפוטנציאלי שמאקרו הציב ובמהרה, במהלך שנת שלטונו הראשונה, הדיח אותו מתפקידו. הוא נשלח למצרים ושם נעצר והוצא להורג או התאבד.
תחת קלאודיוס.