בראיון שהעניק בולסונארו לעיתונאי קלאודיו דנטאס סקוויירה מה-O Antagonista, אמר בולסונארו ש"על אף השתוללות המדיה השמאלנית" המכוונת נגדו, עמדותיו חופפות במישרין לאלו של עמדות המרכז-ימין האמריקאי, ביחס לבעלות על נשק, הפלות, מיניות ויחסי מין, ומסחר. בולסונארו חזר וציין שהוא מתכוון לשנות ב-180 מעלות מספר חוקים העוסקים באיסור על החזקת נשק, לשפר את הביטחון ולהעצים את קשרי המסחר עם ארצות הברית אשר התקלקלו, לטענתו, במהלך כהונותיהם של ממשלות סילבה ורוסף.
בולסונארו מתנגד ללגליזציה של איחוד אזרחי בין בני אותו המין וכנגד נישואים חד-מיניים. בולסונארו מתנגד להנהגת העדפה מתקנת או לשיריוּן מכסות לכל קבוצה חברתית שהיא, כמו גם ללגליזציה של סמים קלים. שורה של עמדות והערות בוטאו על ידי בולסונארו כלפי הפוליטיקאית מריה דו רוזאריו, ועוררו פולמוס מסוים. במקרה אחד, במהלך ריאיון בו ביטא בולסונארו את השקפתו, לפיה קטינים המבצעים פשעים נתעבים דוגמת רצח או אונס צריכים לזכות ליחס של בגירים, כינתה אותו דו רוזאריו "אנס"; לכך הגיב בולסונארו באומרו: "לעולם לא הייתי אונס אותך, כי זה לא מגיע לך (או "כי אינך ראויה לכך")", אמירה שגררה תגובות סוערות במערכת הפוליטית בברזיל. על ההערות הללו נמתחה ביקורת חריפה, והשופטת טטיאנה דיאס דה סילבה, חייבה את בולסונארו לפצות את דו רוזאריו בסכום של 10,000 ריאל ברזילאי.
בולסונארו ידוע באמירותיו נגד קהילת הלהט"בים והכריז בעבר שהוא "הומופוב גאה". לדבריו, אסור לעודד תיירות גאה בברזיל. עוד אמר שאם בנו היה הומו לא יכול היה לאהוב אותו, וכי במקרה כזה הוא מעדיף שבנו היה נהרג בתאונה ("ילדיי לא יכולים להיות הומואים, הם מחונכים טוב מדי)". בנוסף טען כי אם יראה שני גברים מתנשקים ברחוב הוא יכה אותם.
בולסונארו צוטט שהצהיר כי "פושע טוב הוא פושע מת". בתחילת 2019 הכריז על מבצע למיגור הפשיעה ברחבי ברזיל. בתחילת המבצע בריו דה ז'ניירו נהרגו בחילופי אש 13 בני אדם, ונמצאו כמויות של כלי נשק שונים, כגון אקדחים ורימונים.
נשיא ברזיל.
כנשיא הנבחר, בולסונארו התחיל במשא ומתן להרכב צוות הקבינט שלו, אשר, כפי שהוצע, הצטמצם ל-22 שרים, עקב מיזוג תיקים. הוא הגן, באותה עת, על קריטריונים טכניים של מינוי והחשיב מינויים אלו כלא-אידאולוגיים, אף על פי שבחר למנות שמונה חיילים לתפקידים אלה. הבולטים ביותר, המועמדים בעלי ההשפעה הגדולה ביותר היו שר הכלכלה, פאולו ז'ואדס וסרז'יו מורו, שמונה אז לשר המשפטים והביטחון הציבורי והיה אחראי על משפטו של הנשיא לשעבר לולה בדבר פרשיות שחיתות.
ב-1 בינואר 2019 הושבע בולסונארו לנשיאה ה-36 של הרפובליקה הברזילאית והחליף את מישל טמר בתפקיד. בנאום השבעתו קרא לרפורמות מרחיקות לכת, לקח על עצמו התחייבות למאבק בפשיעה וב"אידאולוגיה מגדרית", לאחר שברך את המשפחה והתייחס למודל שמרני ומסורתי של הממסד המשפחתי. הוא גם לקח על עצמו התחייבות, תחת הסיסמה "יותר ברזיל ופחות ברזיליה", להוריד מסמכות הממשל הפדרלי ולקרב את הפוליטיקה לתחום המקומי. בהדגשת תוכניות שקידם עוד מהיותו חבר בית הנבחרים, בולסונארו קידם הגנה על החזקת נשק פרטית, הבטיח תמיכה ממשלתית במגזר החקלאי והגנה על השוק החופשי כמו גם תשתיות חברתיות וממסדיות, בהן הבטחה להקמת מערכת בריאות לאומית.
קידום רפורמות כלכליות.
ברזיל עמדה בפני פריחה כלכלית גדולה עד שנת 2013. התוצר של ברזיל צמח פי 40 תוך 13 שנים בלבד. הוצאות המדינה והשחיתות יצאו מכלל שליטה מה שהוביל לעצירת הפריחה. מאז 2014, הכלכלה הברזילאית נתונה במצוקה. האבטלה, כמו גם הגירעון, נמצאים בעלייה היסטורית. המשבר הכלכלי היה גורם מרכזי שהוביל לבחירתו של בולסונארו לנשיאות. אחת הבעיות הגדולות ביותר העומדות בפני הכלכלה הברזילאית היא הוצאות הענק עבור פנסיות. ממשלת ברזיל, בעת התמנה בולסונארו לנשיא, שילמה יותר מ-8% מהתמ"ג של המדינה בעבור פנסיות. תשלומים מופרזים אלה היו לגורם מרכזי בפרוץ הגירעון. אולם הפנסיה אינה רק בעיה כלכלית. כיוון שהפנסיה משפיעה על פרנסתם של מספר רב של ברזילאים, הרי שהנושא התפתח לכדי סוגיה פוליטית. ממשלתו של מישל טמר כשלה בניסיונה לקדם רפורמות בפנסיות. משקיעים רבים תמכו בבולסונארו בעודם מקווים כי יוכל לקדם רפורמה בתחום הפנסיות.
ב-22 באוקטובר 2019, אישר הסנאט הברזילאי רפורמה גורפת שקידמה ממשלת בולסונארו במערכת הפנסיה. ההצבעה עברה בתוצאה של 60 - 19. ההצבעה בסנאט הייתה השלב האחרון בתהליך תיקון חוקתי הנדרש לשינוי חוקי הפנסיה, שכן הזכות להטבות פרישה חקוקה בחוקת המדינה מ-1988. הנשיא בולסונארו העביר את הצעת החוק לרפורמה בפנסיה לקונגרס עוד ב-20 בפברואר. הממשלה העריכה כי רפורמה זו תצמצם את ההוצאה הציבורית לפנסיה ב-800 מיליארד ריאל ברזילאי בעשר השנים הבאות. החל מ-1 במרץ 2020 שיעור הביטוח הלאומי לעובד (אשר במקור נע בין 8%, 9% או 11%) ינוע בין 7.5% ל-11.68%, תלוי ברווחים. במסגרת המערכת החדשה קצבת הפנסיה מבוססת על ממוצע כל השכר לאורך חיי העבודה של הפרט, בשונה מ-80% שהיו קודם לכן.
הכלכלה הברזילאית מונעת על ידי המדינה. החברות הגדולות ביותר מולאמות. בולסונארו קידם הפרטה של החברות בכדי לייעל אותן ולהיפטר מהשחיתות שלהן, זאת בעוד סירב להעביר אותם לידי רשותם של משקיעים זרים. בתחום מדיניות המס בולסונארו הציע לצמצם באופן דרסטי את מס ההכנסה של חברות ועסקים עצמאיים. הוא סבור כי הורדות מס אלה יחד עם פישוט קוד המס יובילו לעלייה עצומה בהשקעות התאגידים. בכך ציפה כי יוכל לבלום את בעיית האבטלה הגדלה של ברזיל מהשנים האחרונות. בולסונארו טען כי הורדות מס ייצרו מיליוני מקומות עבודה והם התשובה המושלמת לבעיית האבטלה.
מדיניות חוץ.
בעת נשיאותו היה דונלד טראמפ יריב נחרץ להסכם הסחר החופשי של צפון אמריקה (NAFTA). התנגדותו נבעה מהטענה שמדינות אחרות מרוויחות על חשבון ארצות הברית בעסקאות סחר כאלה. הוא קידם נטישה של עסקאות סחר אלה לטובת עסקאות דו - צדדיות נוספות עם מדינות שונות, בהן ארצות אמריקה הדרומית. הערכה כלכלית זאת נתמכת גם בידי בולסונארו. הוא התנגד נחרצות להסכם מרקוסור שיש לברזיל ביחד עם מדינות דרום אמריקאיות אחרות. הוא סבור כי ההסכם מחייב ומגביל באופן מיותר וכי אינו מאפשר לברזיל למצות את מלוא הפוטנציאל שלה. במטרה לחזק את השותפות הכלכלית בין ברזיל וארצות הברית, יעצו הנשיאים לגורמי המשא ומתן שלהם להעמיק את השיחות לקראת החתימה האפשרית על הסכם סחר דו - צדדי. בולסונארו וטראמפ נפגשו מספר פעמים להתדיין על הסכם הסחר האפשרי.
בולסונארו מתח פעמים רבות ביקורת על הרפובליקה העממית של סין, וביסס חלק נרחב מקמפיין הבחירות שלו על רטוריקה נגד סין. עם זאת, סין מהווה הקונה הגדול ביותר של סחורות ברזילאיות. למעשה, המיתון בכלכלה הברזילאית נגרמה בין לבין מכיוון שהסינים החלו לרכוש פחות מוצרים ברזילאים. ברית מיוחלת בין ברזיל וארצות הברית עלולה לפגוע באינטרסים הברזילאים מכיוון שהסינים הם בעלי העניין העיקריים בכלכלתם.
השרפות באמזונאס.
לברזיל יש יערות הגשם הטרופיים הגדולים בעולם באגן האמזונאס. עד לפני כמה שנים הייתה ירידה בקצב כריתת יערות בברזיל, באמצעות אכיפה וקנסות. הדבר נתקלת בהתנגדות מצד חקלאים בברזיל שיושבים ליד היערות וטוענים כי יש להגביר את קצב ברוא היערות. בולסונארו וממשלתו מתחו ביקורת על מדיניות שימור היערות, והובילו לירידה חדה של החרמת עץ שנכרת באופן לא חוקי. בולסונארו הזמין את נשיא ארצות הברית דונלד טראמפ להגביר את קצב ניצול אוצרות הטבע מיערות ברזיל. בשנת 2008 הקימה ממשלת ברזיל את "קרן האמזונאס", מדינות תרמו כספים לארגונים לשימור יערות. בולסונארו הודיע כי כל הכסף שייתרם לקרן יעבור לחוואי הבקר, דבר שהוביל לסגירת הקרן.
על פי "וושינגטון פוסט", "בולסונארו תומך בעסקים חקלאיים ... ועשוי להעדיף רווחים על שימור... בולסונארו לחץ על גופים זרים שמנסים להגן על יערות הגשם באמזונאס, קבוצות כמו קרן חיות הבר בעולם, ואמר כי הוא לא יסבול את סדר היום שלהם בברזיל, הוא גם יצא בחריפות נגד שטחים שמורים לשבטים ילידיים, ויועצי בולסונארו גם אומרים שהוא מתכנן להרחיב את הכוח הגרעיני וההידרואלקטרי לאמזונאס". בחודש מאי 2019 נרשם שיא חדש בקצב בירוא יערות הגשם בברזיל, 739 קמ"ר ב-31 ימים. בשנת 2019 פרצו 73 אלף שריפות ביערות הגשם עד אוגוסט, לפי סוכנות החלל הברזילאית, זו עלייה של 80% לעומת שנת 2018.
באוגוסט 2019 התחוללו שריפות ענק באמזונאס. הערכה היא כי שריפות אלו החלו כתוצאה מהצתות מכוונות. חוואים רבים הכריזו על "יום אש" כדי לבער אדמות באמזונאס, נוכח תמיכת ממשלת בולסונארו בצעד זה. היערות בערו במשך 3 שבועות. לפי הערכות מדעני סביבה, קרוב ל-20% משטח האמזונאס נפגעו בשריפה. סוכנות החלל של ארצות הברית זיהתה את השריפות מהחלל. העשן מהשריפה הגיע עד סאו פאולו, מרחק 3,500 ק"מ מהיער, וגרם לתושבים להסתגר בבתים ולסגור תריסים כדי להימנע מזיהום האוויר הכבד. תמונות לוויין מראות כי העשן מכסה כמחצית מברזיל וכבר הגיע לפרו, לבוליביה ולפרגוואי.
בולסונארו טען בתחילה כי אין לממשלתו די כסף כדי לעצור את השריפה הענקית, וטען גם כי פעילי סביבה הם שהציתו את האש. לאחר הפעלת לחץ מצד מדינות אירופאיות ולאחר הפגנות מול שגרירויות ברזיל ברחבי העולם, שלח בולסונארו כוחות צבא לכבות את האש.