ב-2 במרץ חתם הגנרל ג'ון דוויט (John L. DeWitt) על הצו הציבורי מספר 1, שבו הודיע לבעלי מוצא יפני כי הם עתידים להיות מורחקים מ"האזור הצבאי מספר 1" (למעשה היה זה החוף המערבי) ונדרשה מהם התראה מראש על כוונה לשנות מקום מגורים. ב-11 במרץ 1942 נחתם הצו הנשיאותי 9095 להקמת המשרד לנכסי זרים. המשרד הקפיא עשרות נכסים של זרים וגרם בכך לקשיים כלכליים מיידיים לרבים מהם. ב-24 במרץ 1942 הורה הגנרל דוויט על הרחקת זרים מחלקים ספציפיים של "האזור הצבאי מספר 1". כעבור שלושה ימים הורה דוויט בצו מספר 4 לכל האנשים ממוצא יפני לעזוב את האזור עד להודעה חדשה.
כליאת היפנים.
ב-3 במאי 1942 הכריז דוויט בצו הרחקת האזרחים מספר 346 כי על כל האזרחים והזרים ממוצא יפני להתייצב במרכזי כינוס עד להעברתם הקבועה למחנות עקורים. יותר מ-112,000 איש נעקרו במסגרת פעולה זו. כשני שלישים מהעקורים היו אזרחי ארצות הברית מלידה, חלקם הגדול איכרים מזה עשרות שנים. את יתר המגורשים ניתן היה לעקור על בסיס הוראת "צו הנתינים הזרים". המהגרים מאסיה לא יכלו לקבל אזרחות אמריקאית בשלב זה ולכן בהכרח סווגו כנתיני מדינת אויב. גם צאצאים למשפחות מעורבות של יפנים עם לא-יפנים ואפילו נכדיהם סווגו לצורך הצו כיפנים.
בתחילה נשלחו העקורים היפנים לאחד מ-17 "מרכזי כינוס אזרחיים" זמניים, שם חיכו להעברה למחנה קבע. המחנות הוקמו על ידי רשות העקירה המלחמתית שהוקמה לצורך זה. כמעט 120,000 אזרחים אמריקאים ממוצא יפני ואזרחים יפנים נעקרו מבתיהם בקליפורניה, מערב אורגון, וושינגטון ודרום אריזונה, במבצע העקירה הגדול בהיסטוריה של ארצות הברית.
רוב מחנות העקורים היו בשמורות של ילידים אמריקנים (אינדיאנים), והם הוקמו מבלי להיוועץ באינדיאנים או לפצותם. לאחר מעשה סברו התושבים, שלכל הפחות הם זכאים ליהנות מהשבחת האזור ומהמבנים שהוקמו בו, אולם מבנים אלו נמכרו או נהרסו בידי הממשל. סטודנטים בגיל הלימודים הורשו לעזוב את המחנות וללמוד במוסדות שהסכימו לקבל סטודנטים ממוצא יפני. בתחילה מספר הסטודנטים היה זעום אולם עד ל-31 בדצמבר 1943 הוא גדל ל-2,263.
על פי דו"ח של רשות העקירה המלחמתית מ-1943 שוכנו העקורים במבנים בעלי קירות ברזנט, נטולי צנרת או מטבח. מרבית המחנות נבנו ב-1942 בידי קבלנים אזרחים בסגנון בנייתם של מחנות צבאיים ולא התאימו למגורי משפחות. התנאים היו קשים: במחנה בצפון ויומינג ניתן תקציב של 45 סנט ליום לאדם למזון, וההיגיינה הייתה בעייתית. רוב העקורים לא קיבלו התראה הולמת ולא ידעו לאן ייעקרו. בשל כך לבושם לא תאם לחורף הקשה בוויומינג, שבו הטמפרטורה יורדת למתחת ל-17 מעלות צלזיוס מתחת לאפס.
בתחילת 1944 החל הממשל לאשר לבודדים לחזור לחוף המערבי. ב-2 בינואר 1945 בוטלה פקודת ההרחקה לחלוטין. העקורים החלו לעזוב את המחנות אך המחנות נותרו כדי לשמש את אלו שטרם היו ערוכים לעזיבה. מחנה העקורים האחרון נסגר באוגוסט 1948 אף על פי שתושביו פינו אותו כבר ב-1945.
אחד ממחנות העקורים, "מנזנר" (Manzanar) בעמק אוונס בקליפורניה, הוכרז אתר היסטורי לאומי ב-1992 "לשימור והסברה של ההיסטוריה, התרבות והמוצגים הקשורים לעקירת האמריקאים-יפנים במהלך מלחמת העולם השנייה".
ב"עיר הקריסטל" בטקסס היה מחנה עקורים בו שכנו יפנים, גרמנים, נתיני אויב מאמריקה הלטינית ואנשים נוספים. עשרות אלפי גרמנים ואיטלקים נעצרו, רובם לא היו אזרחי ארצות הברית. היפנים בקנדה נכלאו אף הם בידי ממשלתם. יפנים במדינות שונות באמריקה הלטינית נכלאו בהשפעה אמריקאית. על היפנים בהוואי לא הופעלה מדינות עקירה שכזו, למרות היותם קרובים למתקנים צבאיים חיוניים יותר מרוב היפנים ביבשת. בהתחשב בכך שכשליש מהאוכלוסייה בהוואי הייתה ממוצא יפני הרי שעקירתה הייתה מובילה לפגיעה משמעותית בכלכלה. ישנן עדויות על שליחתם של יפנים מהוואי למחנות עקורים בארצות הברית היבשתית. למרות זאת היחס לעקורים בהוואי היה טוב בהרבה מלאלה ביבשת. ניתנה להם התראה ארוכה יותר והם יכלו למכור את רכושם או להפקידו בידי בני משפחה.
נאמנות היפנים.
אנשי ממשל וצבא חשדו בנאמנותם של היפנים בחוף המערבי וראו בהם סיכון ביטחוני. דייוויד לואמן, מחבר ספר בנושא ובעברו איש שירותי הביטחון האמריקניים, טען כי תוצאות פרויקט MAGIC לפענוח הצופן של משרד החוץ היפני מעידות שבידי מנהיגי יפן מידע שהושג מרשת ריגול רחבה בארצות הברית. היסטוריונים המסתמכים על לואמן טוענים כי חלק מהתשדורות שפוענחו ציינו במפורש כי המידע הושג על ידי מרגלים אמריקאים-יפנים. ב-25 בינואר 1942 הצהיר משרד המלחמה היפני כי "אף לא ספינה אחת הפליגה מנמלי האוקיינוס השקט מבלי שתותקף לאחר מכן". על פי החשד, התקפות אלו התאפשרו הודות לריגול. בנוסף לריגול, עלה החשש שבמקרה של פלישה יפנית לארצות הברית יבוצעו מעשי חבלה במתקנים צבאיים ואזרחיים. הועלו חששות לגבי ביטחון מערכת המים של קליפורניה וחרדה מהצתות.
כהוכחה למסוכנות של אזרחי ארצות הברית ממוצא יפני, מביאים היסטוריונים רוויזיוניסטים את הטענה שכ-20,000 אמריקאים-יפנים ששהו ביפן בפרוץ המלחמה הצטרפו למאמץ המלחמתי היפני ומאות התגייסו לצבא היפני. הם אף מזכירים את טויומו קוויקטה, אזרח אמריקאי ששירת כמתרגם וכשומר שבויים והשתתף בעינויים של חיילים אמריקאים ובהריגתו של לפחות אחד. בנוסף, יפנים רבים, בהם גם כאלו שנולדו בארצות הברית, חונכו ביפן או קיבלו חינוך יפני. מערכת החינוך היפנית הדגישה את הנאמנות לקיסר היפני, וחינוך זה הגביר את החשש בדבר נאמנותם של היפנים. ייתכן גם כי שיתוף הפעולה של האוכלוסייה הגרמנית בחבל הסודטים עם היטלר, רק שנתיים קודם, תרם אף הוא לחשש מגיס חמישי.
עם זאת, מתנגדי מעצר היפנים טענו כי החשדות לא היו מבוססים וכי אין מקרים ידועים של ריגול על ידי אמריקאים ממוצא יפני, ואף לא אזרח אמריקאי אחד ממוצא יפני הואשם בריגול לטובת יפן במהלך מלחמת העולם השנייה. אף שאנשי סגל יפנים עשו ניסיונות לגייס מרגלים מקרב האוכלוסייה, הם לא בהכרח הצליחו. לגבי הטענות על שימוש של היפנים במידע של מרגלים נטען שחלק ניכר מהמידע עליו דיבר לואמן היה זמין בגלוי, בין השאר בעיתונות.
לוטננט-קומנדר קנט רינגל, קצין מודיעין בצי שתפקידו היה להעריך את נאמנות האוכלוסייה האמריקאית-יפנית, העריך ב-1941 שיותר מ-90% מבני הדור שני ומעל ל-75% מבני הדור הראשון של המהגרים נאמנים לחלוטין לארצות הברית. בדוח שהוכן בהוראתו של רוזוולט נכתב כי
הצורך בהפעלת אמצעים קשים יותר כנגד היפנים מאשר כלפי אזרחים ממוצא גרמני או איטלקי גם הוא לא מבוסס. רק 6,056 מתוך 16,811 הזרים שנעצרו מסיבות ביטחוניות בידי ה-FBI בין ה-7 בדצמבר ל-30 ביוני 1945 היו לא אירופאים.
לא במפתיע, כליאתם של היפנים הובילה להפחתה במידת נאמנותם. מספר קבוצות פרו-יפניות התארגנו במחנות ובכמה מחנות פרצו התפרעויות. מארגני ההתפרעויות נתפסו ונשלחו למחנה עקורי המלחמה של אגם טולי, שתנאיו היו מחמירים יותר. כאשר הציע הממשל לכלואים לוותר על אזרחותם האמריקנית, עשו זאת 5,589 מהם. 1,327 מהמוותרים גורשו ליפן. האגודה האמריקאית לזכויות האדם הצליחה לבטל את רוב הוויתורים בשל התנאים שבהם נעשו.
שאלון מטעם הממשל שהועבר בקרב הכלואים במטרה לחפש מתנדבים לצבא גילה ש-94% מהגברים בגיל צבא הצהירו שלא ישרתו בכוחות המזוינים של ארצות הברית. למרות זאת, מספר לא מבוטל של כלואים התנדבו ושירתו בין היתר ברגימנט 442 המעוטר אשר לחם באירופה.
המחלוקת בדבר הכליאה והמונחים.
הכליאה והצדקתה שנויים במחלוקת בארצות הברית. באקדמיה האמריקאית יש קונצנזוס כי הכליאה הייתה תוצאה של היסטריה בזמן מלחמה ושל גזענות. אמריקאים יפנים רבים רואים את הניסיונות להצדיק את הכליאה דומים להכחשת השואה.
מלבד המחלוקת על עצם האירועים והצדקתם, ישנה מחלוקת בדבר המונחים בהם יש להשתמש. בספרות ההיסטורית מתייחסים על פי רוב למחנות כאל מחנות כליאה, מונח נייטרלי. יש המעדיפים את המונח "מחנות עקורים" (relocation camp). אחרים, קיצוניים יותר, משתמשים במונח "מחנה מעצר" או אף "מחנה ריכוז". התומכים במונח מחנות עקורים מנמקים זאת בכך שהשם הרשמי למחנות באותו זמן היה "מרכז ליישוב מחדש", בכך שהמחנות לא הוגדרו רשמית כבית כלא ובכך שבין שלושים לחמישים אלף איש התיישבו בסופו של בדבר באזור אליו הועברו.
מנגד יש הטוענים כי "מחנות עקורים" הוא מונח נקי ומכובס המסתיר את טבעם האמיתי של המחנות. הם מציינים כי המחנות עומדים בהגדרה של מחנה ריכוז אולם בשל היותו כה טעון אין להשתמש במונח המשמש לתיאור מחנות הריכוז של הגרמנים או אלו של הבריטים בדרום אפריקה במהלך מלחמת הבורים.
יהיה המונח אשר יהיה, המחנות היו מגודרים, נשמרו על ידי שומרים חמושים והיו מרוחקים מכל מרכז אוכלוסייה. ישנם מקרים מתועדים של ירי בכלואים שחצו את הגדרות. אומנם עם הזמן הנהיגה הנהלת המחנות חופש יחסי ביציאה מתחומן. קרוב לרבע מהכלואים עזבו את המחנה לחיות ולעבוד במקומות אחרים בארצות הברית, מחוץ לאזור ההרחקה. לבסוף חלקם אף הורשו לחזור לאזור ההרחקה, שבו שהו בפיקוח משפחה לבנה או בפיקוח הממשלה, שסוכניה הזהירו את המשטרה המקומית מסכנת העצורים. כן הוזהרו גורמים אזרחיים נוספים שעמם יכולים היו המורחקים לבוא במגע. אחד המחנות, אגם טולי, הפך לבסוף לכלא. לאגם טולי נשלחו אנשים שנחשדו בריגול, בגידה או חוסר נאמנות, יחד עם בני משפחותיהם. אחרים הוחזקו שם בשל בקשתם לחזור ליפן. במהלך המלחמה היו מספר הפגנות תמיכה ביפן באגם טולי.
חרטה ופיצוי.