בזמן הפגישה בין הורדוס ואנטוניוס, פשטה שמועה שאנטוניוס עינה את הורדוס למוות. כשחזר הורדוס, עדכנה אותו שלומית שאלכסנדרה כבר הצליחה לשכנע את יוסף לברוח מהארמון ולהימלט אל המחנה הרומאי לשם הגנה, בתקוה שאחר כך יראה אנטוניוס את מרים ויחזיר להן את השלטון. מלבד זה, העלילה שלומית על יוסף ש"נזדווג למרים לעיתים תכופות". שקריה של שלומית על בגידתה של מרים בהורדוס, נבעו בין היתר מהתנשאותה של מרים על משפחת הורדוס בכלל ועל הנשים במשפחתו בפרט. היא הייתה לועגת לאחותו ואמו על מוצאה הנחות של משפחתן והשנאה הייתה הדדית.
כאשר שב הורדוס לאשתו, חקר אותה לגבי יחסיה עם יוסף, אולם מרים הכחישה ונשבעה שלא היו דברים מעולם. הורדוס, "שנשא תמיד בלבו חום ואהבה למרים", שוכנע מדבריה ואף התנצל על שהאמין למה ששמע. השניים התפייסו, אולם כאשר הורדוס "הראה לה את תשוקתו העזה לה, כי לא יאהב עד עולם אשה זולתה", הטיחה בפניו מרים: "את כל עזוז אהבתך הראית בפקודתך אשר נתת בידי יוסף להמיתני". הורדוס הבין שיוסף גילה למרים את הוראתו, והשתכנע בשל כך כי בהיעדרו זנתה תחתיו מרים עם יוסף, אחרת לא היה מעז לספר לה. הוא נתקף טירוף ושלומית מצאה הזדמנות לחזק את קנאתו בעזרת שקרים, מה שגרם לו לצוות להוציא את יוסף ומרים להורג, אולם "תקפה עליו אהבתו אליה" ורק יוסף הוצא להורג בשל כך.
נסיעת הורדוס אל אוגוסטוס.
הורדוס ייעד למלוכה את שני בניה הגדולים של מרים "בעבור כבוד משפחת אמם", אולם יותר מכך בשל רגשותיו כלפיה, וזאת על אף שלא היו הדדיים:
חילופי השלטון ברומא אחרי קרב אקטיום (31 לפנה"ס) העמידו בסכנה את שלטון הורדוס, שהיה נאמנו של אנטוניוס.
בשנת 30 לפנה"ס, האשים הורדוס את הורקנוס השני, סבה של מרים, בתכנון הפיכה והוציא אותו להורג.
בהמשך אותה שנה, יצא הורדוס לרודוס להתייצב בפני המנצח, הקיסר אוגוסטוס, והשאיר את אימו, אחותו וכל משפחתו במצדה, ואילו את מרים ואלכסנדרה, שבגלל מריבותיהן עם שלומית וקיפרוס לא יכלו לגור באותו מקום, השאיר באלכסנדריון. גם בנסיעה זו הפקיד את מרים, הפעם בידי סואמוס היטורי (עליו המליצה בעצמה), כביכול כדי לשמור על כבודן שלה ושל אמה, אך ציווה כי אם לא ישוב בשלום, יש להרוג אותן.
בזמן נסיעתו, החניפו מרים ואלכסנדרה לסואמוס במילים ובמתנות עד שזה גילה להן את פקודותיו של הורדוס, בתקוה שהורדוס יחזור ללא אישור להמשך שלטונו והוא עצמו יזכה להכרת טובה מהנשים שעשויות למלוך בעצמן. סואמוס העריך שאפילו אם יחזור הורדוס ושלטונו בידו, "לא יוכל לסרב לאשתו בשום דבר שתרצה", מאחר שידע כי אהבתו אליה "גדולה משאפשר לבטאה במילים". כאשר חזר הורדוס ליהודה, מצא את מרים "שרויה ברוגז", מאחר שהיא ואמה הבינו כי הושמו תחת שמירה, לא כדי להגן עליהן, אלא כדי לכלוא אותן. כאשר חזר הורדוס מפגישתו המוצלחת עם אוגוסטוס, סיפר את הבשורות הטובות לראשונה לאשתו מרים, וזאת גם מפני ש"רק אותה כיבד מכל האנשים". אולם מרים לא הפגינה שמחה. בזמן שחיבק אותה, פרצה בבכי והכריזה בגלוי על צערה מהצלחתו. התנהגותה של מרים הביאה את הורדוס במבוכה: "כשראה את השנאה המוזרה של אשתו אליו...נטרד במבוכה וכעס על המעשה, ומבלי יכולת לכבוש את אהבתו לא היה מתמיד בכעסו...אלא תמיד היה פוסח מרגש אחד אל משנהו...וכך נקלע באמצע בין שנאה לאהבה, והיה מוכן לעיתים תכופות להיפרע ממנה על הבוז שלה כלפיו, אלא שלא היה בו די כוח להעביר את האשה מן העולם, מפני שנפשו נלכדה קודם באהבתה".
האשמתה בניסיון להרעיל את הורדוס.
יוסף בן מתתיהו מציין שמרים "הייתה חסרה מידת המתינות, וגדול יותר היה יצר המדנים הטבוע בה". הוא מתאר את יחסה אל הורדוס:
מרים הייתה לועגת בגלוי על אמו ואחותו בשל ייחוסן המשפחתי הנחות, ובין הנשים שררה "מריבה ושנאה שאין לה כפרה".
שלומית וקיפרוס ניצלו את כעסו של הורדוס על יחסה המריר של מרים אליו, הסיתו אותו נגדה ועוררו את קנאתו אליה.
אולם מרים לא חששה לומר לו את אשר על לבה: "ובבטחה כי דבק בה לב בעלה, הייתה מיסרת אותו בדברים פנים אל פנים על תועבותיו אשר עשה להורקנוס אבי אמה ולאריסטובולוס אחיה".
במשך שנה מאז שחזר הורדוס מפגישתו עם אוגוסטוס, סיפרו הנשים על מרים עלילות כדי להחשיד אותה בעיניו. בעיצומה של אחת מהמריבות בין הורדוס ומרים, מצאה שלומית הזדמנות לשכנע את אחיה להיפרע מאשתו. יום אחד בעודו נח בשעת צהריים, קרא הורדוס למרים. היא אכן באה, אולם סירבה לשכב לידו וגידפה אותו על כך שרצח את אחיה ואת סבה. שלומית ניצלה את המהומה ושלחה את שר המשקים לספר להורדוס, שמרים פיתתה אותו להכין איתה "שיקוי אהבה" בשביל הורדוס והוא לא יודע מה בדיוק יש בשיקוי. הורדוס עינה את הסריס הנאמן ביותר למרים וזה אמר לו כי שנאתה של מרים נגרמה בשל הדברים שסיפר לה סואמוס. גם הפעם הסיק הורדוס כי סואמוס, שהיה נאמן לו מאוד, לא היה מגלה לה את פקודותיו אלמלא בגד בו איתה. הוא ציווה מיד לתפוס אותו ולהוציאו להורג, ואילו למרים ערך "משפט" בפני חבריו הקרובים באשמת ניסיון התנקשות בו, שבו שימש בעצמו "קטגור". עקב כעסו הבולט של הורדוס, דנו הנוכחים את מרים למוות. לאחר מכן הורדוס ומקורביו שינו את דעתם וחשבו לכלוא אותה באחת המצודות, אבל שלומית ואנשיה שכנעו אותו שהשארת מרים בחיים תעורר מהומות ויש לבצע את גזר הדין.
ההיסטוריון יוסף קלוזנר התייחס לדמיון הרב בין הסיפורים אצל יוסף בן מתתיהו על שתי הנסיעות של הורדוס ולהבדל בין הגרסה שב"מלחמת היהודים" לבין זו שב"קדמוניות היהודים". קלוזנר סבר שפקודת הורדוס להרוג את מרים ניתנה רק פעם אחת, בנסיעתו הראשונה (אל אנטוניוס), והיא ניתנה לסואמוס (בתרגום קלוזנר: "שוהם") ול"יוסף שר-האוצרות", שנתחלף אצלו בטעות ליוסף בעלה של שלומית. לדעת קלוזנר, העובדה שמרים הוצאה להורג יותר מאוחר, אף לאחר נסיעת הורדוס לאוגוסטוס, גרמה לכך שהריגתה נקשרה בטעות בפקודה סודית שנייה, שמעולם לא הייתה, מזמן נסיעתו השנייה.
מותה.
כשראתה אלכסנדרה את בתה מובלת אל מותה, הבינה כי גורלה שלה יהיה דומה ונתקפה בהלה. כדי להראות שאין לה חלק בדברים שהאשימו בהם את מרים, העמידה פנים כמוכיחה אותה. היא "קפצה וגידפה את בתה וצעקה באוזני כול, שאשה רעה הייתה וכפויית־טובה לבעלה" ואף תפסה בשערותיה, ואילו בפני מרים "השתקף הבוז" כלפי אמה, והיא "לא הוציאה דבר מפיה והביטה בלא התרגשות על הכיעור שבזו". מרים הלכה באיפוק אל מותה: .
יוסף בן מתתיהו מספר כי לאחר מותה של מרים, התחרט הורדוס על הוצאתה להורג והתייסר בשל כך:
למותה של מרים הייתה השפעה מכרעת על הורדוס מבחינה נפשית: "לאחר שנרצחה מרים, נתלקחה תשוקתו של המלך אליה ביתר שאת... שכן אהבתו אליה לא הייתה נטולת רגש סוער ולא אהבה הבאה מתוך הרגל, אלא היא שלטה בו גם קודם לכן בטירוף... אולם אותה שעה נראה היה, שאהבתו אחזה בו ביתר כוח מתוך איזו נקמת אלוהים על המתת מרים, ולעיתים קרובות היה קורא לה, ותכופות היה שופך דמעות שלא לפי כבודו. והמציא כל דבר שאפשר היה להמציא כדי להסיח את דעתו, ועשה לו משתאות ומסיבות, אך שום דבר מאלה לא הועיל לו. הוא סירב להתעסק בעסקי המדינה, וצערו דיכא אותו במידה כזו עד שאפילו ציווה פעם את משרתיו לקרוא למרים כאילו עודנה בחיים ויכולה לשמוע". באותם ימים פרצה מגפה בארץ והורדוס הוטרד מאוד מהמחשבה שהציבור יפרש זאת כ"חרון אף אלוהים" על מות מרים. בעקבות זאת החל להתבודד ב"מקומות-מדבר, כביכול לשם ציד, והתמכר שם לצערו".
בהמשך, הוציא הורדוס להורג גם את אמה של מרים, אלכסנדרה.
צאצאיה.
יוסף בן מתתיהו מציין כי הורדוס השיא לאחיו פירורא את "אחות אשתו". כפי הנראה, מדובר באחותה של מרים. לאחר שאשה זו נפטרה, אירס לו הורדוס את בתו הגדולה ממרים, שלומציון, אולם פירורא התחמק מנישואין אלה כי התאהב בשפחתו, והורדוס השיא אותה לאחיינו פצאל. כעבור זמן, ביקש הורדוס מפירורא לשאת את בתו השנייה ממרים, קיפרוס (ילידת 29 לפנה"ס). פירורא הסכים, אולם ממש לפני מועד החתונה חזר לאהובתו. שלומית ביקשה מהורדוס להשיא את בתו ממרים לבנה מקוסטובר, אנטיפטרוס, אולם פירורא שכנע אותו לשנות את האירוסין והנערה נישאה לבנו הצעיר.
בנה של מרים, אלכסנדר, נישא לגלפירה בת ארכלאוס מלך קפדוקיה; בנה אריסטובולוס נישא לברניקי בת דודתו שלומית והם הוריו של המלך אגריפס הראשון; בתה שלום-ציון נישאה לפצאל בן פצאל; בתה קיפרוס נישאה לאנטיפטרוס בן דודתה שלומית.
שנאתה של מרים להורדוס עברה גם לבניה אחרי מותה: "הבנים ירשו את משטמת אמם ומדי העלותם על לבם את מעשה הנבלה אשר עשה אביהם חשבו אותו לשונאם בנפש... וכאשר הלכו הנערים הלוך וגדול בשנים, כן גדלה שנאתם". בעקבות יחסם אליו, קירב אליו הורדוס את בנו אנטיפטרוס מאשתו הראשונה דוריס והעמיד אותו כיורשו, עד כי העז אנטיפטרוס "להעלות את אמו על יצועי מרים". לאוזני הורדוס הגיעה שמועה, כי "שני בניו מעלים תמיד על שפתיהם את שם אמם ומקללים את רוצחי נפשה", ומדי פעם, כאשר הוא נותן מבגדיה לנשותיו האחרות, הם מאיימים כי בקרוב, במקום בגדי המלכות הללו, ילבשו שק (לאות אבל).
שלומית, אויבתה של מרים ושל בניה לאחר מותה, הפעילה לחץ על בתה ברניקי לספר לה מה נאמר בין בעלה אריסטובולוס ואחיו, וזו, כדי לרצות את אמה, סיפרה לה שהם מזכירים ביניהם את אמם ומאיימים שבמקרה ויגיעו פעם לשלטון, אם יראו את הנשים של הורדוס "שולחות ידן במלבושי אמם", יכלאו אותן כשהן לבושות סחבות.
לאחר שנים, כאשר הורדוס שוכנע כי הם עומדים למרוד בו ולהדיחו, הוציא להורג גם את אלכסנדר ואריסטובולוס.