בשנת 1809 שוב התקיפה אוסטריה את צרפת. לאחר כמה קרבות משניים שבהם הפסידו, התנגשו האוסטרים עם הכוחות העיקריים של נפוליאון בקרב וגראם (5 ביולי - 6 ביולי 1809). על אף שהקרב היה די שקול, האבדות הכבדות של האוסטרים גרמו להם לחתום על הסכם שנברון ב־14 באוקטובר 1809, שבו נאלץ פרנץ לכרות ברית עם נפוליאון, העברת שטחים לאימפריה הצרפתית, הצטרפות למערכת הקונטיננטלית, ולתת את בתו מריה לואיזה לנפוליאון לאשה.
המערכה בגרמניה (1813).
בשנת 1813 הצליחו בעלות הברית לצרף את האימפריה האוסטרית לצידם. שתי ארמיות אוסטריות על 300,000 חייליהם התפרשו בגרמניה, וכך עמדו לרשות בעלות הברית כ-800,000 לוחמים, ועוד כ-350,000 כעתודה.
ב-26 באוגוסט 1813 נטל נפוליאון את היוזמה וניצח בקרב דרזדן, שם הסב אבדות קשות לבעלות הברית, אך מחסור בפרשים מנע ממנו לרדוף אחרי הכוח המובס ולנצל את ניצחונו. הוא נסוג עם 175,000 חייליו לעיר לייפציג שבסכסוניה שם האמין שיוכל להקים קו הגנה ולנצח את בעלות הברית. אולם, בקרב לייפציג שנערך בין ה-16 ל-19 באוקטובר 1813, הפסיד הצבא הצרפתי שמנה כ-191,000 חיילים, לשלוש ארמיות של בעלות הברית שמנו יותר מ-330,000 חיילים.
לאחר כמה קרבות נוספים, נכנסו בעלות הברית לפריז ב־30 במרץ 1814 והורידו את נפוליאון מכסאו.
קונגרס וינה.
בשנים 1814–1815 אירח פרנץ בווינה את הוועידה הדיפלומטית החשובה - קונגרס וינה, שבה הוא יוצג על ידי קלמנס פון מטרניך. בוועידה הוחלט על מסירת ונציה ולומברדיה יחד עם עוד שטחים לאוסטריה, ובנוסף עמדה אוסטריה בראשות הקונפדרציה הגרמנית. כמו כן הצטרף פרנץ לברית הקדושה, יחד עם אלכסנדר הראשון, קיסר רוסיה ופרידריך וילהלם השלישי, מלך פרוסיה.
הריאקציה השמרנית.
בשנים הבאות קיצץ פרנץ את התקציב הצבאי, מ-50% בשנת 1817 ל-23% בשנת 1830.
על אף שפרנץ הגדיר את עצמו כמלך פתוח ורגיש, נחשבה המשטרה החשאית האוסטרית ליעילה ביותר באירופה, והצנזורה השתדלה לדכא כל התנגדות לשלטונו.
ב-2 במרץ 1835 נפטר פרנץ בווינה מקדחת פתאומית בגיל 67, בנוכחות רבה של משפחתו והכהונה הדתית. הלווייתו הייתה מרשימה, לאחר שבמשך שלושה ימים חלפו המוני אזרחים על יד ארונו שהיה מוצב בבית התפילה של ארמון הופבורג. פרנץ נטמן במקום מנוחתם המסורתי של מלכי בית הבסבורג בקריפטה הקיסרית, מוקף ארבע נשותיו, ובמקומו עלה לשלטון בנו פרדיננד.
אביב העמים.
ב-24 בפברואר 1848 הדיחו ההמונים בפריז את לואי פיליפ, מלך הצרפתים, והכריזו על הקמת הרפובליקה השנייה, היה זה הניצוץ שהדליק את התבערה בכל אירופה, ובמיוחד בווינה ובבודפשט.
בחודש מרץ 1848 הגיעה רוח המרד הן לווינה והן להונגריה. ב-3 במרץ 1848 נשא קושוט נאום שבו דרש ממשלה פרלמנטרית להונגריה, וממשלה חוקתית ליתר אוסטריה. הוא פנה לבית הבסבורג ו"לארכידוכס האהוב שלנו פרנץ יוזף" (אז בן 17 שנים ויורשו המיועד של הקיסר פרדיננד), להחזיר את התהילה העתיקה של שושלת הבסבורג, בכך שיתנו תוקף לתקוותיהם של העמים החופשיים בקיסרות. ב-14 במרץ גירש המון זועם ברחובות וינה את מטרניך לגלות בלונדון. יום לאחר מכן, ב-15 במרץ, פרצו המהומות בהונגריה. בחזית המוזיאון הלאומי של הונגריה התקבץ המון של אלפים, בפניו ניצב המשורר שנדור פטפי שהקריא את השיר הלאומי ואת "12 הנקודות", במסגרתן דרשו ההונגרים חופש מן הצנזורה, ממשלה לאומית, שוויון זכויות אזרחי ודתי, שחרור אסירים פוליטיים, איחוד עם טרנסילבניה תחת שלטון הונגרי וזכויות חוקיות על האדמה לאיכרים ההונגרים.
הבית התחתון של הפרלמנט ההונגרי דרש כינון ממשלה לאומית. הייתה זו שעתו הגדולה של קושוט. המנהיג הליברלי אישטוון בתיאני הקים ממשלה, שבה מינה את קושוט לשר האוצר ואת סצ'ני לשר העבודות הציבוריות. הממשלה החדשה הכריזה על רפורמות מקיפות, אשר כללו שינויים ליברליים מרחיקי לכת בכל תחומי החיים. "חוקת אפריל" כפי שנקראו התיקונים, יצרה עצמאות הונגרית בשטחים רבים, וכן ביטלה למעשה את המשטר הפיאודלי כמעט אשר שרר בהונגריה. האצילים איבדו רבות מזכויות היתר שלהם, את חסינותם ממיסוי ובוטלה הצמיתות. הקיסר פרדיננד, בחשש לכיסאו ולעצם חייו, אשרר את התיקונים.
קושוט החל בארגון משאביה של הארץ, על פי החוקה החדשה ייסד מטבע הונגרי נפרד, והשתמש בכל האמצעים שברשותו על מנת לעורר תודעה לאומית הונגרית. קושוט ייסד עיתון חדש, אשר נשא את שמו, ושטרי הכסף החדשים נשאו את חתימתו באופן בולט, כך שבתודעת האנשים היה קושוט מקושר עם המשטר החדש יותר מן הנשיא, או מן ה"פלטין" (בעל המשרה הרמה ביותר מטעם המשטר ההבסבורגי בהונגריה).
הקבוצות האתניות בהונגריה חששו מהשתלטות המדיארים על המדינה. חששם היה מוצדק, שכן מנהיגי המרידה ההונגרית, על אף שהיו חרדים לזכויותיהם הם, לא אבו להעניקן למיעוטים בתוך מדינתם - הסלובקים, הרומנים, הסרבים, והגרמנים האתניים.
האוסטרים ניצלו מצב זה, ושיסו בהונגריה את צבאו של המצביא הקרואטי יוסיף ילאצ'יץ'. ילאצ'יץ' השתלט על קרואטיה עוד בחודש מרץ, ובאפריל הודיע על ניתוק קשריו עם הונגריה.
אל מול הסכנה נשא קושוט נאום ב-11 ביולי ובו דרש מן האומה להתחמש אל מול הסכנות, ולהקים צבא בן מאתיים אלף חיילים. הוא נענה בהתלהבות פרועה. כאשר צבאו של ילאצ'יץ' צעד לעבר פשט בשליחות בית הבסבורג, עבר קושוט מעיר לעיר, כשהוא מלהיב את האנשים למלחמה. לאחר התפטרותו של בתיאני, מונה קושוט לראש מועצת הביטחון ההונגרית, והפך במידה רבה לשליטה בפועל של הונגריה.
קושוט היה לשליט הונגריה ללא כל ניסיון צבאי. הוא נכשל בניהול המלחמה, ולא הצליח לשלוט במפקדי הצבאות, במיוחד במצביא ההונגרי ארתור גרגאי, שסירב להישמע לרצונו. במהלך החורף הבא נאבק קושוט בגורמים מבית ומחוץ כאשר המאבק הצבאי הפך לגלוי, החל המאבק בתחילה לנטות כנגד ההונגרים. בסוף השנה נכבשה פשט על ידי האוסטרים, אשר סירבו לניסיונות גישור של נציג ארצות הברית, והממשלה וקושוט עברו לעיר דברצן. בשלב זה התפטר הקיסר פרדיננד לטובתו של פרנץ יוזף הצעיר, אשר החל את כהונתו בכך שהכריז על ביטול מחויבות הכתר לתיקוני אפריל 1848, והוצאת קושוט וממשלתו אל מחוץ לחוק. אך ניצחונותיו של גרגאי הביאו לבסוף, ב-14 באפריל 1849 לשחרורה של הונגריה מהכיבוש האוסטרי, ולהצהרה על עצמאותה. צעד זה נעשה בניגוד מוחלט לדעותיהם של השמרנים, ושל אנשי הצבא ובראשם גרגאי. לעימותים פנימיים אלה חלק נכבד בנפילתו של קושוט לבסוף. המדינה העצמאית החדשה הפכה לרפובליקה, וקושוט הכריז על עצמו כנשיאה.
בשל התבוסה ההבסבורגית נאלצו האוסטרים לקרוא לעזרתם את הצבא הרוסי, בהנהגת הצאר ניקולאי הראשון. פניות ההונגרים לעזרה ממעצמות המערב לא נענו, ושלושה ימים לאחר התבוסה בקרב ליד העיר טמשוואר, ב-9 באוגוסט 1849, התפטר קושוט לטובתו של גרגאי, על מנת שהגנרל הפופולרי יושיע את האומה. גרגאי נאלץ להיכנע לרוסים. האוסטרים חסו על חייו של גרגאי, אך הוציאו להורג שלושה עשר ממנהיגי המהפכה הלאומית ההונגרית, ובראשם בתיאני.
לאחר התבוסה ההונגרית באה תקופה של דיכוי קשוח וחסר רחמים. נאסרו אסיפות פומביות, והפגנת כל סממן לאומי הונגרי. הגרמנית הוכרזה לשפה הרשמית. הונגריה הפכה לחמישה מחוזות בלתי נפרדים מאוסטריה, ללא כל צורה של שלטון עצמי. ייתכן שנחמה פורתא מצאו ההונגרים בכך שכלפי המיעוטים האתניים שתמכו בבית הבסבורג בשעת המרד ההונגרי, לא מצאו האוסטרים מקום להקל בצעדים אלו, ואף הם דוכאו ביד קשה.
הפשרה של 1867.
לאחר מפלת 1849, קם להונגרים מנהיג נבון ומתון. היה זה פרנץ דיאק. דיאק, אחד ממנהיגי 1849 ששרדו, התנגד לאלימות אף בעוד המרד בעיצומו. לאחר דיכוי המרד הוביל דיאק את התנגדותו הפסיבית של העם ההונגרי, וטען כי מבחינה חוקית אין לביטולן החד-צדדי של הרפורמות מ-1848 כל תוקף, שכן היה על הפרלמנט ההונגרי לבטלן, ואין די בהכרזת הקיסר לשם כך.
בשנים אלו התערער מאוד מצבו של בית הבסבורג. תבוסותיו במלחמה באיטליה (1859), וכנגד פרוסיה (1866), הביאו להכרת מנהיגי אוסטריה כי יהיה עליהם לפתור את בעיות המיעוטים בשטחם הם, אם ברצונם להחזיק מעמד. בשנים 1860 ו-1861 הציע הקיסר פרנץ יוזף להונגרים תוכנית של אוטונומיה מוגבלת, אך אלה, בהנהגתו של דיאק, דחו את התוכנית, ודרשו את החזרת החוקה של 1848.
בשנים אלו החל משא ומתן ארוך ואיטי לפשרה, כאשר דיאק מנהיג את עמו אל עבר פתרון, אשר החזיק מעמד חמישים שנה. הפשרה ("Ausgleich" בגרמנית "Kiegyezés" בהונגרית) אשר נתקבלה בסוף, הייתה הקמת ממלכה דואלית, כאשר הקיסר פרנץ יוזף מוכתר הן כמלכם של האוסטרים, והן כמלכם של ההונגרים. ההונגרים ראו בהכתרתו של הקיסר כמלכם, את השבת כל הזכויות שניטלו מהם. פרלמנט חדש הוקם בבודפשט, והיה בכוחו לקבוע את החוקים בשטחה של הונגריה ההיסטורית, אם כי על בסיס שיש בו כדי לשמר את הדומיננטיות האתנית של ההונגרים, דהיינו כי הזכויות הפוליטיות לא ניתנו למיעוטים האתניים בשטחה של הממלכה ההונגרית. ענייני החוץ, הביטחון והכלכלה נותרו בידי בית הבסבורג, אך מעתה, גדלה והלכה השפעת ההונגרים בחצר הקיסר האוסטרי, ובעתיד יהיו רבים מן השרים הבכירים בחצרו הונגרים.