יש הרואים בהתיישנות המקנה זכות זיקת הנאה ייחוד משאר סוגי ההתיישנות, בכך שאין הבדל אם היא הייתה בקרקע מוסדרת או בקרקע רגילה; בשני סוגי הקרקעות מוקנית זיקת הנאה אם התקיימו תנאי ההתיישנות. למעשה, סעיף 94 בחוק המקרקעין הדן בזיקת הנאה מכוח שנים אכן אינו מבחין בין קרקע מוסדרת לקרקע רגילה. אך סעיף 159 (ב) לחוק המקרקעין הדן בקרקע מוסדרת שולל את ההתיישנות בקרקע מוסדרת. בפסק דין בבית משפט השלום אכן ראה השופט את סעיף 94 המורה על זיקת הנאה מכוח שנים בכפיפות לסעיף 159, ופסק שאין זיקת הנאה מכוח שנים בקרקע מוסדרת. אך המשפטן יהושע ויסמן, שהיה מעורב בתהליכי החקיקה של חוק המקרקעין, טוען שאפשר לראות את סעיף 94 כהוראה ספציפית לזיקת הנאה, ואילו את סעיף 159 השולל את ההתיישנות בקרקע מוסדרת, כהוראה כללית, כך שאין היא חלה על המשתמע מההוראה הספציפית לזיקת הנאה, שאינה מבדילה בין קרקע מוסדרת לקרקע רגילה. ויסמן תוהה ואומר שאם אכן מקבלים את הגישה שזיקת הנאה מכוח שנים אינה חלה על קרקע מוסדרת הרי שבמדינת ישראל כמעט ולא תתאפשר מציאותית זיקת הנאה מכוח שנים, מאחר שכמעט כל מקרקעי המדינה הן מקרקעין מוסדרים. הוא מוסיף שבתהליך המתמשך להסדיר שכל הקרקעות במדינה תהיינה קרקעות מוסדרות, הרי שבעתיד הקרוב לא תהיה כלל אפשרות של זיקת הנאה מכוח שנים, כך שסעיף זה בחוק יתרוקן מתוכנו כליל. ויסמן מסיק שאכן זיקת הנאה מכוח שנים אפשרית גם במקרקעין מוסדרים.
מקרקעי ציבור.
חוק המקרקעין קובע שסעיף 94 המורה על זיקת הנאה מכוח שנים, לא חל על "מקרקעי ציבור". מקרקעי ציבור מוגדרים בחוק זה כ, מקרקעין של רשות מקומית ומקרקעין של תאגיד שהוקם על ידי חיקוק. ויסמן תוהה שוב שלפי הוראה זו, שוב לא תתאפשר זיקת הנאה מכוח שנים במרבית מקרקעי ישראל, מאחר שמרבית הקרקעות במדינה שייכות לקרן קיימת לישראל ורשויות הפיתוח כך שהם מוגדרים "מקרקעי ציבור". הבעלות על קרקעות אלה היא למעשה רק זכות חכירה. על כן, טוען ויסמן כי ייתכן שהוראה זו של החוק שוללת את ההתיישנות רק במקרקעי ציבור הנמצאים בשימוש הציבור, אבל אינה שוללת את זיקת ההנאה מכוח שנים במקרקעי ציבור מוחכרים.
שימוש המקנה זיקת הנאה מכוח שנים.
החוק אינו קובע במפורש איזה שימוש יכול להחשב כזיקת הנאה. ומשאיר את ההכרעה בשאלה זו לשיקול הדעת של בית המשפט והגדרות החוק השונות שניתנו לזיקת הנאה.
בהקשר הזה, אפשר לראות את הדעות החלוקות של השופטים בבית המשפט העליון בראיית "זכות מעבר" כזיקת הנאה, כפי שהן מתבטאות בעניין אסטרחאן נגד בן חורין שם לפי דעת השופט מיכאל בן יאיר זכות מעבר היא זכות הראויה להוות זיקת הנאה כי "זכות מעבר היא זכות קניינית במקרקעין כפופים, הגורעת מזכות הבעלות במקרקעין אלו ומרחיבה את זכות הבעלות במקרקעין הזכאים או את זכויותיהם האישיות של המשתמשים". חולק עליו השופט לוין, שדעתו נתקבלה על ידי השופט מלץ, הטוען שגם אם עקרונית אפשר לראות בזכות מעבר זכות הראויה להוות זיקת הנאה, הרי שעדיין יש לבית המשפט סמכות להפעיל שיקול דעת ספציפי למקרה כלשהו, כשבתוך כך הוא תוהה האם בית המשפט יכול שלא להכיר בזכות מעבר כזיקת הנאה כשאין כורח להשתמש בזכות זו, למשל, כשקיים מעבר חלופי.
ביטול זיקת הנאה מכוח שנים ופיצוי.
כאמור, זיקת הנאה היא זכות שתוקפה אינו פג למעט כשצוין אחרת במפורש. בזיקת הנאה מכוח שנים, שאינה נוצרת על ידי מערכת הסכמית או רצונית, החוק קובע כי עם זאת, בסעיף 96 לחוק נקבע כי "רשאי בית המשפט לפסוק פיצוי למי שנגרם לו נזק על ידי הביטול או השינוי".
בג"ץ הרחיב בעניין וקבע כי "שינוי מצב המקרקעין, הכפופים והזכאים, המצדיק את ביטולה של זיקת ההנאה, צופן בחובו שינוי של נתון אובייקטיבי במקרקעין, כמו שינוי בתכנון, וכן שינוי סובייקטיבי שמקורו בבעל המקרקעין, לדוגמה, רצונו לבנות מבנים חדשים על הקרקע שבבעלותו (פרשת אסטרחאן הנ"ל, בעמ' 742)... "יש לבחון אם ביטולה של זיקת ההנאה יגרום נזק למשיבים, בגינו יש לפסוק להם פיצויים".
האפשרות לבטל את הזיקה נתן המחוקק בשל בעיות העלולות לצוץ מעצם אופייה של זיקת הנאה. כגון: הנסיבות לזיקת ההנאה אינן תקפות עוד, שיבוש בפעילות הכלכלית כתוצאה ממנה, הפרעתה את תהליכי עִיור וכדומה. גם הקושי הקיים בחיזוי תרחישים עתידיים על ידי הצדדים, הוא שיקול בקביעת אפשרות לביטול זיקת הנאה, לפי שיקול בית המשפט.
מפסק דין שניתן בבית המשפט העליון בערעור של "אירית אורן נגד רן כהן ואח' ", ניתן ללמוד על אופי ביטולה של זיקת הנאה, על אופי "שינוי הנסיבות השימוש" המוזכר בחוק ועל הסיבות שהביאו למתן האפשרות לביטול זכות זיקת הנאה.
המחלוקת בין הצדדים נסובה על זכות זיקת הנאה של המשיבים לערעור בחלקה שבבעלות המערערים (מקרקעין כפופים). החלקה שימשה את המשיבים במשך תקופה ארוכה לצורכי מעבר כלי רכב שנועדו לצרכים חקלאיים בחלקה גובלת שהייתה בבעלות המשיבים, והמחלוקת נתגלעה כשהמשיבים שינו את שימושם בשטח שבבעלותם לצורכי מגורים במקום צרכים חקלאיים, והמשיכו להשתמש בחלקה שבבעלות המערערים לצרכים אחרים, בהתאם לשינוי בשטחם שהפך למקום מגורים. בית משפט השלום והמחוזי פסקו לטובת המשיבים בטיעון שאין כאן שינוי נסיבות; אך בית המשפט העליון בהידרשו לערעור, קיבל את הערעור, בהכירו בכך שהשינוי באופי השימוש מתוקף זיקת ההנאה, מהווה "שינוי נסיבות השימוש". השופט אדמונד לוי, שדעתו נתקבלה על השופטים האחרים בדיון (אליעזר ריבלין ואליקים רובינשטיין) כותב בפסק הדין:
זיקת הנאה מכורח הנסיבות.
במשפט המקובל קיימת גם זיקת הנאה "מכורח הנסיבות". זיקת הנאה זו היא זיקת הנאה שנוצרת מכך שהסיטואציה היא כזו שמכריחה את בעל זיקת ההנאה להשתמש במקרקעין הכפופים לצורך מעבר. כדי ליצור זיקת הנאה מסוג זה, על הכורח להיות "מוחלט", כלומר, שלא תהיה אפשרות מעבר אחרת מלבד במקרקעין הכפופים. המועד בו נבחן "האם יש כורח", הוא מועד עשיית העסקה, שגרמה שלמקרקעין הרלוונטיים לא תהיה אפשרות מעבר (כגון, עסקה בה פוצלו קרקעות, באופן שחלקם האחד זקוק למעבר בחלקם השני). בפסקי דין שונים שניתנו עד ל-1969, השנה בה נחקק חוק המקרקעין, הגישה היא שזיקת הנאה מכורח הנסיבות מתקיימת במשפט הישראלי; אולם חוק המקרקעין אינו מכיר בה.
מיסוי זיקת הנאה.
בעניין עמ 1044/05 פרנקו ברבון, ראובן גול נ' פקיד שומה גוש דן, פקיד שומה תל אביב, נקבע כי בחינת חוק מיסוי מקרקעין (שבח ורכישה) תשכ"ג-1963, מלמדת כי לא כל "זכות קניינית" תהא "זכות במקרקעין" לעניין חוק זה וממילא אפשר שזכות קניינית במקרקעין לא תמוסה מכוחו. על כן, עסקה שבה הנמכר היא "זיקת הנאה" יש למסות על פי הכללים החלים במיסוי רווחי הון.
בית המשפט הזכיר בעניין זה את דבריו של פרופ' א. נמדר בספרו מיסוי מקרקעין:
"ישנן זכויות קנייניות אחרות שאינן נכללות בגדר זכות במקרקעין ומכירתן לא תתחייב במס שבח או במס רכישה. בגדר זכויות שכאלה תבואנה: זכות המשכנתא, זיקת הנאה וזכות קדימה. למרות היותן של שלוש הזכויות הנ"ל זכויות קניניות לפי חוק המקרקעין, אין הן עולות כדי זכות במקרקעין לפי חוק מיסוי מקרקעין ... לכן, חוק מיסוי מקרקעין מותיר אותן מחוץ לתחומו, והן תימוסנה במקום זאת, במס רווחי הון לפי סעיף 88 לפקודת מס הכנסה" (א' נמדר מיסוי מקרקעין, בסיס המס [א] 142 (2009), ההדגשות נוספו).
בית המשפט הסיק אפוא כי משעה שאין המדובר בנכס שממועט מהגדרת "נכס" בסעיף 88 לפקודה, כי הרי שיש למסות את הרכיב כרווח הון.
עוד קבע בית המשפט כי רכיב "המחיר המקורי" של הזכות הנמכרת, הנדרש לצורכי מיסוי, יחושב על-פי הנוסחה הבאה:
"יחס שווי זיקת ההנאה יוכפל בעלות מרכיב הקרקע של המקרקעין במועד רכישתם. התוצאה תהווה את המחיר המקורי של זכות זיקת ההנאה. דהיינו באמצעות יחס שווי זיקת ההנאה במועד המכירה, יחולץ שוויה של זיקת ההנאה, במועד הרכישה, מתוך מרכיב הקרקע של שווי הרכישה של המקרקעין והוא יהווה את המחיר המקורי. היה והמערערים יבקשו להכיר במחיר מקורי כאמור, תנוטרל עלות זו בבוא היום בעת מכירת המקרקעין או חלק מהם ולא תהווה חלק מ 'שווי הרכישה' (מחיר מקורי) לצורך קביעת שבח (רווח) ממכירת המקרקעין כאמור."
בית המשפט נדרש לקביעה זו שכן החלופה הייתה לקבוע כי לזכות הנמכרת אין מחיר מקורי.
הנאה מהזיקה.
זיקת הנאה, בניגוד לזכויות קניין אחרות, יכולה להיות לטובת אדם, קבוצת אנשים או הציבור כולו ויכולה שתהא לטובת מקרקעין.
לטובת אדם.
זיקת הנאה לטובת אדם, היא זכות זיקת הנאה שיש לאדם במקרקעין הכפופים.
לטובת מקרקעין.
בזכות זיקת הנאה קיימת אפשרות ייחודית שהיא תהיה מוקנית לטובת מקרקעין המכונים "מקרקעין זכאים". הזכות של זיקת הנאה מסוג זה שייכת למקרקעין ולא לבעליהם. הזכות שיש למקרקעין זכאים מתבטאת בכך, שאותם מקרקעין הם בעלי זכות למניעת ביצוע פעולה מסוימת בהם על ידי בעלי המקרקעין הכפופים, מניעת הזכות להימנע מביצוע פעולה כזאת או חיוב אותם בעלים לבצע פעולה מסוימת במקרקעין הכפופים.
דוגמה למקרקעין זכאים: חלקת קרקע א' הנמצאת בעומק השטח שנמצא ליד כביש ואינה בעלת גישה לכביש. יכולה שתהיה בעלת זכות לבעליה לעבור דרך חלקה ב' הסמוכה לה גישה לכביש. זכות מעבר זאת היא זיקת הנאה שאינה לטובת בעלי חלקה א', אלא לטובת חלקה א' עצמה. כך, למשל, אם בעלי חלקה א' ימכרו אותה, הזכות לעבור לכביש דרך חלקה ב' תעבור לקונה מאחר שהיא שייכת לחלקה שקנה ולא למוכר ממנו קנה.