קולצ'ק העביר את הודעת הטלגרף לממשלה הזמנית קודם דרך המטה הכללי העליון. ב-10 במרץ הוציא קולצ'ק את חלק נרחב מכוחות הצי לפעולות סיור שונות בשביל להסיט את תשומת הלב הרחק מהתהפוכות הפוליטיות המהפכניות המפלגות ולהשיב את המלחים להסדר. קול'צק קרא לפשרה במחנות הפוליטיים שאליהם התפצלו אנשיו, וזאת כדי לשמר את האחדות והאפקטיביות של הצי. ב-19 במרץ נערך בסבסטופול טקס שבועת אמונים של צי הים השחור לממשלה הזמנית. בעורפו של המצעד הצבאי צעדו פועלים שנשאו דגלים אדומים. בהוראתו של קולצ'ק שוחררו כל האסירים הפוליטיים בעיר ופוזרה המשטרה העירונית, כך שהצבא לקח אחריות מלאה על שימור השררה בקרב האוכלוסייה האזרחית. קולצ'ק, לאחר הסדר ועדה וקבלת דיווחה, קרא לרפורמה במנהל יחידות הצבא המרכזיות כך שכל יחידה תהיה נתונה ראשית ולפני הכל למפקדה הישיר. צעד זה נתמך בידי אלכסייב, אך פגש בהתנגדות מצד גנרלים כגון אנטון דניקין. בהמשך לאישורה של הרפורמה בקרב צי הים השחור, החלה הרחבתה לכל הצבא.
בתחילת אפריל החלו לעלות שמועות בנוגע למינוי אפשרי של קולצ'ק למפקד הצי הבלטי בקרב המלחים בצי הים השחור. כאשר נודע על שמועות אלו לאלכסייב, הוא מיהר לבטלם. קולצ'ק מצידו חשד כי המטה הכללי העליון עוקב אחריו וחושד בפעילותו ובנאמנותו לממשלה הזמנית. גורמים במטה הכללי של הצי טענו כי העברת קולצ'ק לפיקוד בצי הבלטי רק תוביל לאובדן גדול יותר של השררה בקרב יחידות הצי השונות כמו גם תעמיד בשאלה את האפשראות של הוצאת מבצע הבוספורוס לפועל.
איבוד הסדר ההנהגתי ומאבקים פוליטיים.
קולצ'ק בפטרוגרד.
ב-15 באפריל 1917 הגיע קולצ'ק אל פטרוגרד לפי זימונו של שר המלחמה של הממשלה הזמנית, אלכסנדר איוואנוביץ' גוצ'קוב. גוצ'קוב תכנן לבצע הפיכה צבאית נגד הממשלה הזמנית ותכנן לערב בה את קולצ'ק דרך מינויו למפקד הצי הבלטי. מינוי זה מעולם לא התקיים בסופו של יום, ייתכן ועקב התנגדות מצד גורמים פוליטיים וצבאיים שונים, וייתכן עקב התסיסה שגרמה לפיטוריו של גוצ'קוב ב-29 באפריל ולהתמוססות תוכניתו להפיכה צבאית. ב-5 במאי הוקמה ממשלה זמנית חדשה שהייתה לקואליציה של המפלגה הסוציאל-רבולוציונרית והמנשביקים, שניסתה להביא לשיתוף פעולה עם הסובייט של פטרוגרד. בעודו בפטרוגרד נכח קולצ'ק בוועידת הממשלה ודיווח על המצב המתערער בצי הים השחור כמו גם על המצב האסטרטגי הכולל בים השחור.
כאשר הוסב הדיון לעניין מבצע הבוספורוס, הגנרל אלכסייב שהיה נוכח הוביל לקבורתו הסופית של המבצע המתוכנן כאשר דחה את הוצאתו לפועל. החלטה זאת של אלכסייב התקיימה לאחר מעל שנה של תכנונים עבור המבצע המיועד. קולצ'ק שמר על משמעת צבאית בכך שנמנע מלהיכנס לוויכוח ישיר מול אלכסייב מול חברי הממשלה. קולצ'ק נכח בפגישת מנהיגי חזיתות המלחמה בפסקוב, איפה שפגש ודן עם מפקד מחוז הבירה הצבאי (מוצב הרגלים של פטרוגרד), הגנרל לאוור גיאורגוביץ' קורנילוב. קולצ'ק יצא מהפגישה עם רושם כי החזית המזרחית מול הגרמנים מעורערת ופגיעה לחלוטין.
קולצ'ק צפה בעת שהותו בבירה בחיילים מורדים נגד הממשלה הזמנית וראה את סירובה של אותה הממשלה להיעזר בכוחותיו של קורנילוב כדי להשתיק את המרידות. מכאן הסיק קולצ'ק כי אין בכוחה של הממשלה הזמנית להשתיק את המאבקים הפנימיים ששררו בתוך שורות הצבא והאשים את גוצ'קוב על כך שריצה מספר פעמים את המהפכנים בקרב החיילים בדרישותיהם הקיצוניות. ביוצאו מפטרוגרד ב-21 באפריל, כתב קול'צק לטימירבה:
משברים, מאבקים פנימיים ומרידות.
מיד בשובו לסבסטופול ב-25 באפריל ארגן קולצ'ק ועידה עם משלחת של חיילים ומלחים המוצבים בעיר כדי להתדיין עמם על המצב המדיני ולהבין את הלך הרוח בדרג הצבאי. בהתחשב בהערכתו לגבי כיוון הרוחות נגד רוסיה במלחמה, קולצ'ק היה קודר ופסימי לאורכה של הועידה. קולצ'ק הצביע על המהפכה כגורם לקריסת הסדר הצבאי עקב הפלת ההסדר השלטוני:
קולצ'ק החשיב את התעמולה הגרמנית והתערבותה במדיניות הפנים של רוסיה כגורם מרכזי בקריסתו של הצבא ובנפילת רוחם של החיילים. כדי לעצור זאת, קולצ'ק מיהר להתנגד לרפורמות של הממשלה עבור ה"דמוקרטיזציה" של הצבא. טענותיו של קול'צק בוועידה כונסו בנאומו מעל אוניית הדגל 'גיאורגי המנצח' כאשר הכריז על התנגדותו למשא ומתן עבור הסדר שביתת נשק עם הקיסרות הגרמנית. קולצ'ק פנה לסגן ראש מטה הצי, הרוזן אלכסיי פבלוביץ' קפניסט, שיפרסם את הנאום בעיתון אזרחי. בקשתו של קולצ'ק נענתה ונאומו פורסם במיליוני עותקים. בהשראת נאומו של קולצ'ק הגיעה המועצה הביצועית הצבאית המרכזית להחלטה להקים ועדה פיקודית מיוחדת עבור הצי הבלטי שנועדה לפעול למהלך המשך המלחמה. ניסיונותיו של קולצ'ק לשמר את הסדר בדרג הצבאי צלחו לזמן מה והוביאו לפרסום ואהדה נרחבים עבורו ברחבי רוסיה.
הצלחת התעמולה של קולצ'ק להביא לאחדות לאומית צלחה באופן זמני בלבד לפני שהקרעים הפוליטיים התגברו על האחדות הלאומית והתחזקו מחנות קיצוניים, בהם גם המפלגה הבולשביקית בראשותו של ולדימיר איליץ' לנין. לאחר מעצרו של מפקד הנמל של סבסטופול בגין גניבת רכוש מדיני, קרסו היחסים בין מטה הפיקוד של קולצ'ק לבין ועידת צי הים השחור. קולצ'ק התנגד למעצר עקב ראיות מעטות ו'דרש' בטלגרף ב-12 במאי שהמטה הצבאי העליון יורה על שחרורו של המפקד. במקביל לכך פורסם כתב זכויות חיילים שהיה לכתב פשרה עבור גורמים רדיקליים. קולצ'ק לא התנגד לכתב ישירות מחשש לפיטוריו ולהרם שמו ותדמיתו. בישיבת ועדה שזימן ב-14 במאי תקף קולצ'ק את מועצות החיילים והאשים אותם בטיפוח שחיתות וחוסר מוסר. ב-17 במאי הגיע לסבסטופול שר המלחמה החדש, אלכסנדר פיודורוביץ' קרנסקי, כדי להרגיע את הרוחות.
עם הזמן שלח קולצ'ק יותר ויותר משלחות סיור לים השחור כדי למנוע מצב שרוב המלחים פנויים מפעילות צבאית להתעסקות במאבקים פוליטיים. בעיתות בהן לא עמד קול'צק בפיקוד היה קושי הנהגתי חריף עקב התפרעויות בקרב החיילים. ב-13 במאי התנגשה אוניית מלחמה רוסית במוקש ימי שלא דווח מיקומו מול מצרי הבוספורוס, פיצוץ המוקש הוביל לתגובת שרשרת של שדה המוקשים האזורי ופגעה במערך השדה שנועד לבלום את התנועה הימית של מעצמות המרכז לתוך הים השחור ומחוצה לו. 15 קצינים ומלחים נהרגו ועוד 29 נפצעו. לאחר האירוע צוותים שונים החלו לסרב למלא משימות וב-18 במאי מועצת המלחים של המשחתת 'זארקי' דרשה מהפיקוד הצבאי העליון שידיח את קולצ'ק מעמדת הפיקוד באשמת "אומץ מנופח". מרירות בקרב הצי עלתה כאשר קולצ'ק שלח שתי אוניות מלחמה לשיפוץ, בפועל הייתה הסיבה לשיפוץ אוניות המלחמה שכמעט וכל צוותיהן הורכב מפעילים מהפכנים קיצוניים.
בתחילת יוני הגיעה קבוצת מהפכנים בולשביקים מוסווים לסבסטופול במטרה להפיץ אידיאלים מהפכניים בעודם מתחזים למשלחת מלחים מטעם הצי הבלטי. מחאות אזרחיות גדלות פרצו ברחבי העיר בעוד סמכות הקצינים המוצבים התערערה. לראשונה הופצו גם האשמות נגד קולצ'ק עצמו, בטענה שהוא מעביד איכרים ופועלים ואוחז בקרקעות נרחבות. קולצ'ק הגיב בחריפות נגד המעורבים בהשמצות, והנושא לא הועלה פעם נוספת במחאות. ההשמצה לשעצמה נועדה להשוות את קולצ'ק לאילי הון שתעמולה מהפכנית פעלה לייצג כאויבי העם. יריביו הפוליטיים הקיצוניים, בהם הבולשביקים, המשיכו מצידם בהשמצות נגדו, אך אלו לא עלו פעם נוספת מצד הדרג הצבאי. בשבועות האחרונים לפיקודו של קולצ'ק על צי הים השחור, לא ציפה עוד לתמיכה מצידה של הממשלה בפתרון סכסוכים פנימיים. עם הפרת המשמעת של הצי, התכנסה ב-3 ביוני עצרת מהפכנית שדרשה את פיטוריו של קולצ'ק, יד ימינו סמירנוב ומספר קצינים בכירים נוספים. ביום שלמחרת דיווח קולצ'ק לקרנסקי בטלגרף שהרגש המהפכני שהופץ בידי המשלחת הבלטית (שלמעשה הורכבה מחתרנים) יצאה מכלל שליטה של רשויות האכיפה.
בעצרת מהפכנית ב-5 ביוני חטפו מלחים קולונל וקולצ'ק הורה למשטרה הצבאית להתפרק מנשקה כדי למנוע שפיכות דמים. כאשר דרשו המלחים המהפכנים שקולצ'ק עצמו יתפטר, הלה עלה לסיפון 'גיאורגי המנצח' וטען שאין ברצונו עוד לפקד על צי הים השחור. קולצ'ק הציג בפני המלחים המרדנים את מטה הזהב שהונק לו על פעילותו בפורט ארתור ואמר: "היפנים, אויבנו, הותירו אותי עם נשק, ואתם לא תקבלו גם אותו." אמרתו של קולצ'ק הייתה בתגובה לדרישת המלחים המהפכנים שיתפרק מנשקו ולאחריה הא זרק את המטה לים. האירוע התפרסם בעיתונים אזרחיים וצבאיים ברחבי רוסיה וגרמו להעלאת שמו במעגלים פוליטיים אנטי-רפובליקנים. ב-6 ביוני הודיע קולצ'ק בטלגרף לממשלה הזמנית שלנוכח המרידה שפרצה בדרג אנשיו אין הוא עוד מפקד צי הים השחור. על דעת עצמו לא חיכה קולצ'ק לתגובת הממשלה והעביר את סמכויותיו לידי תת-אדמירל וניאמין קונסטנטינוביץ' לוקין. פעולה זאת של קולצ'ק, שבוצעה ללא הסכמת ההנהגה הצבאית, הייתה נגד המשמעת הצבאית.
סמירנוב השתמש בקשריו עם גורמים מתוך הצבא כדי להוציא הוראה מהממשלה על העברתו ועל העברתו של קולצ'ק מסבסטופול עקב סכנה לחייו מצידם של המלחים המהפכנים. קולצ'ק וסמירנוב לבסוף קיבלו הוראה מהממשלה לשוב לפטרוגרד לאחר ש"אפשרו" את פריצתו של מרד גלוי. עם שיבתו הושם קולצ'ק בחקירה על הפרת תפקידו והורד מדרגותיו ומשירותו הצבאי-פוליטי של הרפובליקה הרוסית. ב-7 ביוני עזבו קולצ'ק וסמירנוב את סבסטופול, חמישה ימים מאוחר יותר הוכיחה התמוססות הסדר והמשמעת בצי את השפעותיה על המערכה, כאשר ה'ברסלאו' הופיעה מחדש בים השחור והחלה להפגיז את חופי רוסיה לאחר שחדרה את שדות המוקשים שנותרו ללא השגחה או פיקוח.
מעורבות במעגלים אנטי-מהפכניים.