אף שישראל חתומה על אמנה בדבר מעמדם של פליטים היא לא חוקקה חוקים ייעודיים המסדירים את נושא מבקשי המקלט. המדינה הזמינה בעבר פליטים ממספר אזורי עימות כמחווה הומניטרית שנכנסו באופן חוקי. המקרים הידועים הם כמאתיים פליטי סירות וייטנאמים בשנת 1977, כמאה פליטים מבוסניה בשנת 1993 וכמאה פליטים אלבנים מקוסובו בשנת 1999. עד שנת 2001 לא היו נהלים בעניין בדיקת מעמד מבקשי מקלט וממשלת ישראל הותירה בפועל את סמכות ההחלטה בידי הנציגות המקומית של נציבות האו"ם לפליטים. בשנת 2001 מוּסד התהליך על ידי היועץ המשפטי לממשלה והונהג נוהל שבו מבקש המקלט פונה בבקשה לנציבות האו"ם לפליטים, זו בוחנת את עניינו והמלצתה מועברת לוועדה מייעצת המעבירה את המלצותיה לשר הפנים. כך ששר הפנים הוא בעל הסמכות הסופית למתן היתר לשהייה בישראל.
סעיף 12 לחוק הכניסה לישראל קובע כי אדם הנכנס לישראל או יושב בה בניגוד לחוק, דינו מאסר של שנה. עם זאת, לא הוגשו כתבי אישום נגד עובדים זרים או מסתננים על סמך סעיף זה. יצוין כי כנגד אזרחי ישראל מוגשים כתבי אישום בגין אותו סעיף.
בשנת 2008 החליטה מדינת ישראל לבחון בקשות מקלט ישירות ולהפסיק את תיווך נציבות האו"ם לפליטים. הוקמה יחידת התשאול והזיהוי במשרד הפנים, שהופקדה על קבלת בקשות מקלט ורישומם. ביולי 2009 החלה גם לפעול יחידה בשם "יחידת טיפול במבקשי מקלט במשרד הפנים", שתפקידה לבחון בקשות מקלט בישראל באמצעות קיום ראיונות למבקשי המקלט, מחקר אודות נתונים רלוונטיים במדינות מוצאם וגיבוש הערכה האם אדם עומד בתנאי האמנה לפליטים. דו"ח של מבקר המדינה בשנת 2018 קבע כי מדינת ישראל משתהה בבדיקת בקשות מקלט.
מדינות המוצא של המסתננים.
אריתריאה.
מסתננים מאריתריאה מהווים כ-72% מכלל המסתננים לישראל נכון למרץ 2018. מסתננים שהגיעו ממדינה זו מבקשים לזכות במקלט מדיני בישראל מכיוון שאריתריאה היא דיקטטורה. מעבר על חוק ההתאגדות או הבעת ביקורת בפומבי על המשטר מסתיימים לרוב במאסר ללא משפט, ומרבית האזרחים שנעצרו על רקע פוליטי עדיין מצויים במאסר. כמו כן ישנן באריתריאה הגבלות קשות על חופש דת ופולחן כאשר מאמינים שאינם משתייכים לזרם של הנצרות (כ-50% מהאוכלוסייה) או האסלאם הסוני (כ-40% מהאוכלוסייה) נעצרים וסובלים מיחס אכזרי. נציבות האו"ם לפליטים הכריזה על אריתריאה כמדינה שבה מתרחש משבר הומניטרי.
אריתריאה הייתה מסוכסכת במשך שנים עם שכנותיה: ג'יבוטי, אתיופיה וסודאן. בעקבות סכסוכים אלו מונהג באריתריאה גיוס חובה של 18 חודשים לגברים ונשים כולל דיווחים על חיילים ילדים. בפועל עבור רבים נמשך השירות הצבאי ללא הגבלת זמן ויש כאלו אשר לא משוחררים כלל או מועסקים בעבודות כפייה. ישנן עדויות שלפיהן בשנים האחרונות משך השירות הלאומי התקצר והטיפול בעריקים הפך לפחות נוקשה. מי שעורקים בפעם הראשונה נכלאים למספר חודשים. אזרחים המסרבים לשרת בצבא נעצרים, עוברים עינויים ואף נרצחים. על עריקה בזמן שירות צבאי מוטל לעיתים עונש מוות. לאור מצב זה ועמדת הקהילה הבינלאומית נמנעת ממשלת ישראל מלהחזיר לאריתריאה את אזרחי מדינה זו.
במאמר שפורסם בידי המכללה לביטחון לאומי בשיתוף עם אוניברסיטת חיפה בשנת 2009 כתב ד"ר משה טרדמן, בהתבסס על עבודתו כמתשאל מסתננים, שהסיבה העיקרית להסתננות היא רצון למצוא תעסוקה ולעלות ברמת החיים. בשנת 2017 התוצר לנפש של אריתריאה היה כ-1,400 דולר לעומת כ-36,000 דולר בישראל. בין האריתראים גם מי שנרדפו ממניעים פוליטיים, עריקים ואתיופים המתחזים לאריתראים, טענה דומה העלה שגריר אריתריאה בישראל, מנגד כתבה ד"ר טרישה רדאקר, פרופסור עמית לאנתרופולגיה באוניברסיטת טנסי בארצות הברית, מומחית בענייני אריתריאה באמנסטי אינטרנשיונל ונציבה בוועדה הבינלאומית לפליטים אריתראים, כי האריתראים אינם מהגרי עבודה או עריקים אלא פליטים. לדבריה, המשטר האריתראי כלא והעלים מבקשי מקלט שהוחזרו לאריתראה בכפייה ממדינות אחרות.
בדצמבר 2016 פרסם גוף המחקר הרשמי של האיחוד האירופי, EASO, דוח שלפיו מי שעזבו את אריתראה יכולים לחזור אליה ללא שייענשו או שיחויבו לשרת בצבא, אם הסדירו זאת מראש ושילמו מס של 2% על הכנסתם, בתנאי שאינם מתנגדים פוליטיים. עוד פורסם כי כשליש מהתל"ג של אריתריאה מקורו מכספים ששולחים מהגרים מהמדינה למשפחותיהם.
ביוני 2017 פסק בית הדין האירופי לזכויות אדם בעניין גירושו של אזרח אריתריאה שנכנס באופן בלתי חוקי לשווייץ. האזרח טען כי עריקתו מהצבא במולדתו תעמיד אותו בסכנה אם יוחזר אליה. בית הדין הכריע כי ניתן לגרשו, בין היתר בנימוק שלא הוכח שהשבתו לשם תעמיד אותו בסכנה חמורה. גם בית המשפט המנהלי הפדרלי בשווייץ פסק שעזיבה בלתי חוקית של אריתריאה אינה מקנה בהכרח מעמד פליט. באוגוסט אותה שנה פסק בית המשפט שניתן להחזיר אריתראים שכבר שירתו בצבא אל מולדתם. באפריל 2018 החלה ממשלת שווייץ בהליכי גירוש 3,200 אריתראים חזרה למולדתם, מתוך 9,400 אריתראים בשווייץ בסך הכל. ביולי 2018 פסק בית הדין הפדרלי בשווייץ כי השירות הצבאי באריתריאה איננו עילה לפליטות ולא נחשב לעבדות או לעבודות כפייה.
בעקבות פסיקה של בית דין לביקורת משמורת של שוהים שלא כדין בפברואר 2018, הורה היועץ המשפטי לממשלה לרשות האוכלוסין וההגירה לגבש מחדש קריטריונים לבחינת בקשות פליטות מאריתריאה.
ביולי 2018, לאחר 20 שנות סכסוך, חתמה אריתריאה הסכם שלום עם אתיופיה. מספר שבועות לאחר מכן נחתם חוזה שלום נוסף עם ג'יבוטי והסכם שיתוף פעולה עם סומליה. סודאן, קרובה גם היא לפיוס. מזכ"ל האו"ם אנטוניו גוטרש בירך על ההסכמים וב-14 בנובמבר 2018 החליטה מועצת הביטחון של האו"ם להסיר את העיצומים שהוטלו על אריתריאה.
סודאן ודרום סודאן.
מסתננים מסודאן מהווים כ-20% מכלל המסתננים לישראל. בין השנים 2003 ל-2009 התחולל רצח העם בדארפור שבמערב סודאן. רבים הפכו לפליטים וחלק מהם נמלטו למצרים. לאלו נוספו פליטים מדרום סודאן, עקב מלחמת האזרחים, בין אנשי הצפון המוסלמים-ערבים לאנשי הדרום הנוצרים והאנימיסטים; מלחמה אשר הובילה לקבלת העצמאות של דרום סודאן בשנת 2011. לאחר מכן הגיעו פליטים נוספים עקב מלחמת אזרחים בין קבוצות אתניות בדרום סודאן.
נכון לשנת 2017, התוצר לנפש לשנה בסודאן הוא כ-4,600 דולר ובדרום סודאן כ-600 דולר לעומת כ-36,000 דולר בישראל, כך שעדיף יותר, מבחינה כלכלית, להסתנן לישראל.
מדינות נוספות.
מסתננים הגיעו גם מסומליה, חוף השנהב, גאנה, ניגריה, הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו, וקמרון. נכון ל-2017, התוצר לנפש לשנה בניגריה, המדינה המפותחת ביותר באפריקה מבחינה כלכלית הוא כ-5,900 דולר.
מסלול ההגעה.
המסתננים מאפריקה הגיעו לישראל דרך מצרים וסודאן. חלקם הגיעו בטיסות מח'רטום, בירת סודאן, לקהיר, ומשם באוטובוסים וטנדרים שהביאו אותם למרחק של כ-200 מטר מן הגבול. גם במצרים וגם בסודאן יש סניף גדול של נציבות האו"ם לפליטים.
חלק מהמסתננים שילמו למבריחים בדואים, סכומים שהגיעו לעיתים לחמש מאות עד אלף דולר, כדי שיעבירו אותם עד לגבול ישראל. על פי דו"ח של "מוקד סיוע לעובדים זרים", היו מקרים שבהם מסתננים נרצחו או הושפלו ומסתננות נאנסו בידי המבריחים. ארגון "רופאים לזכויות אדם" דיווח על כך שזיהה וטיפל בין 2009 ל-2011 בכ-1,300 מקרים של קורבנות עינויים שעונו במדבר סיני, 7.2% דיווחו כי נחטפו והובאו לסיני ולישראל מבלי שירצו בכך. כמו כן דיווח על מאות אנשים המוחזקים במחנות עינויים בסיני. לפי נתוני קבוצת מעקב של האו"ם, הגיעו סכומי הכופר בקיץ 2012 לחמישים אלף דולר למסתנן. סכנה נוספת האורבת למסתננים היא מצדו של הצבא המצרי שחייליו יורים בהם לעיתים כדי לסכל את ההסתננות.
מהגרי עבודה, מבקשי מקלט ופליטים.
מהגר עבודה הוא מי שעזב את ארצו כדי לחפש עבודה ולשפר את מצבו הכלכלי.
פליט הוא מי שברח ממלחמה או מסכנה אחרת. לפי אמנת הפליטים של האו"ם, פליט הוא מי שנמצא מחוץ לארצו (או שהוא חסר אזרחות ונמצא מחוץ למקום מגוריו הקבוע), ואינו יכול לחזור אליה בשל פחד "מבוסס היטב" להיות נרדף ממספר טעמים המפורטים באמנה. מבקש מקלט הוא מי שמבקש מקלט כפליט. רובם של המסתננים מאפריקה לישראל לא ביקשו מקלט, ועל כן קבע בג"ץ ב-2017 כי לא ניתן לקרוא לכל הקבוצה "מבקשי מקלט".
המסתננים בישראל.
בין המסתננים היו גם קטינים שהגיעו באופן עצמי, רובם מאריתריאה. תחילה הושמו הקטינים במשמורת עם בוגרים ובהמשך הועברו לאגפים נפרדים. באוגוסט 2010 החל לפעול מתקן "מתן", שבו הוחזקו קטינים בלבד. באוגוסט 2013 נסגר המתקן ושוכניו שוחררו. בעקבות פסיקת בית המשפט המחוזי בחיפה בעתירה שהגישו ארגוני סיוע למסתננים בשנת 2007, התחייבו הרשויות לממן ייצוג משפטי למסתננים קטינים.
מספר המסתננים.
עד לסוף ספטמבר 2015 נכנסו לישראל כ-64 אלף מסתננים. מספר זה אינו כולל ילדים שנולדו להם בישראל. רובם נכנסו לישראל בין השנים 2006 - 2012. כ-36 אלף באו מאריתריאה, כ-14 אלף מסודאן (מתוכם כאלף מדרום סודאן) וכ-6 אלפים ממדינות אחרות. במחצית השנייה של 2012 החלה ירידה במספר המסתננים ובסוף דצמבר 2012, בעקבות השלמת בניית הגדר לאורך כמעט כל גבול מצרים וצעדי הרתעה נוספים שבהם נקטה ממשלת ישראל, דווח כי מספר המסתננים ירד בצורה משמעותית ובמחצית הראשונה של 2013 הסתננו 34 איש בלבד מול 9,570 בתקופה המקבילה ב-2012.