פרי אימץ את גישת "ההגנה המונעת" (preventive defense) כקו המנחה שלו למדיניות ההגנה בעולם שלאחר המלחמה הקרה. בתקופת המלחמה הקרה נסמכה ארצות הברית על הרתעה יותר מאשר על מניעה, כעקרון המרכזי של האסטרטגיה הביטחונית שלה. פרי התווה שלושה עקרונות בסיסיים לאסטרטגיה המניעתית: מניעת הופעתם של האיומים; הרתעת אלו שהופיעו בפועל; ואם המניעה וההרתעה כשלו, חיסול האיום באמצעו כוח צבאי. בשפה מעשית הסתמכה אסטרטגיה זו על תוכניות להפחתת האיומים (צמצום מערך הנשק הגרעיני של ברית המועצות לשעבר), מאמצים למניעת שגשוג הנשק הגרעיני, יוזמת השותפות לשלום של ברית נאט"ו והרחבת שורותיה, והחזקתם של כוחות צבאיים ומערכות נשק במוכנות לפעולה על פי הצורך. כדי להוציא לפועל את האסטרטגיה הזאת, סבר פרי שיהיה זה נחוץ לשמור על כוח צבאי מודרני בעל מוכנות, שמסוגל להילחם בשתי מלחמות אזוריות ראשיות בו-זמנית.
תקציב ההגנה.
כמו אצל כל מזכירי ההגנה, הכנתו של תקציב ההגנה והעברתו בקונגרס הייתה אחת ממטלותיו החשובות של פרי. הבעיה כיצד להתמודד עם מחסורים רחבים צפויים בתקציב ההגנה בין השנים 1995–2000, סוגיה שהחלישה את מעמדו של קודמו בתפקיד של פרי, לס אספין, והובילה להתפטרותו, נמשכה גם עם כניסתו של פרי לתפקיד. מיד כאשר הוא הגיש את הצעת התקציב שלו לשנת 1995, שהוגדר כ"תקציב שלאחר המלחמה הקרה", ציין פרי שמחלקת ההגנה זקוקה לעוד כמה שנים של צמצום ושתשתיותיה צריכות גם הן להתייעל. הצעת התקציב, הוא אמר, השומרת על כוח בעל מוכנות ללחימה, מוכוונת לתוכנית התייעלות (כולל תוכנית רצינית למחקר ופיתוח), מניעה תוכנית לניהול העסק באופן שונה (רפורמות בתחום הרכש), ומובילה להשקעה מחדש של התקציב המתפנה בכלכלת ארצות הברית.
פרי הגיש הצעה של 252.2 מיליארד דולר לשנת התקציב 1995, כולל הוצאות על מספר רב של מערכות נשק, כמו נושאת מטוסים חדשה, שלוש סיירות מצוידות במערכת הנשק הימית "אגיס" ושישה מטוסי תובלה בואינג C-17 גלובמאסטר III. התקציב שיקף הפחתה צפויה נוספת של 85,500 איש בכוחות המזוינים הפעילים, והשארתם בשירות של 1.52 מיליון איש. בסופו של דבר אישר הקונגרס תקציב של 253.9 מיליארד דולר, כ-2 מיליארד דולר יותר מהתקציב של 1994, אך למעשה קיצוץ של 1.2% במונחים ריאליים.
בפברואר 1995 הגיש פרי הצעת תקציב של 246 מיליארד דולר לשנת התקציב 1996. הצעה זו הפכה לנושא למחלוקת במהלך אותה שנה בהקשר למסמך "החוזה עם אמריקה" (Contract with America) של נציגי הקונגרס הרפובליקנים, מאמציהם להוציא יותר על הגנה בהשוואה לשאיפות הממשל, והצורך המתמשך לצמצום הגרעון התקציבי. פרי הזהיר את הקונגרס בספטמבר בנוגע לאפשרות שהנשיא קלינטון יטיל וטו על חוק תקציב ההגנה לשנת 1996 בשל העובדה שהקונגרס הוסיף 7 מיליארד דולר על ההוצאה הכוללת, בעיקר עבור מערכות נשק שמחלקת ההגנה לא הייתה מעוניינת בהן ובשל ההגבלות על מבצעים מתוכננים שהקונגרס הוסיף לנוסח החוק. שלושה חודשים מאוחר יותר הוא המליץ שהנשיא יטיל וטו על החוק. כאשר בסופו של דבר יישבו הקונגרס והממשל את המחלוקת על התקציב, אושר למחלקת ההגנה תקציב של 254.4 מיליארד דולר, סכום קטן במעט מזה של 1995, אך נמוך ב-2% ממנו במונחים ריאלים.
שאלת מערכת ההגנה הלאומית בלטה במיוחד במאבקים שניהל פרי על התקציב. אספין הכריז על ביטולה של יוזמת ההגנה האסטרטגית ("מלחמת הכוכבים"), אך תומכים ותיקים בה, בקונגרס ומחוצה לו, קראו להחייאתה, בעיקר כאשר התנהלו הדיונים על תקציב ההגנה. פרי דחה את הקריאות להחייאת היוזמה, בטענה שהתקציב שהוקצה עבורה ישמש למטרות ראויות יותר כמו הגנות נגד טילים בשדה הקרב ולמודרניזציה של הכוחות. הוא גם טען שארצות הברית לא ניצבה באותה עת בפני איום של ממש ושאם המערכות ייבנו ויושמשו, הדבר יסכן את היחסים עם רוסיה. פרי חפץ להמשיך לממן את עבודות הפיתוח של מערכת לאומית, כך שאם יתעורר הצורך, ארצות הברית תוכל לבנות אותה ולהפוך אותה למבצעית בתוך שלוש שנים. בראשית שנת 1996 חתם הנשיא קלינטון על תקציב ההגנה לאותה שנה רק לאחר שהקונגרס הסכים למחוק ממנו את המימון למערכת הגנה לאומית נגד טילים.
זמן קצר לפני הגשת תקציב 1997 במרץ 1996, הזהיר פרי שארצות הברית עלולה לוותר על האסטרטגיה של מוכנות של הכוחות המזוינים לשני עימותים אזוריים ראשיים, אם יוטל עליהם קיצוץ נוסף. תוכנית ההתחדשות החמש-שנתית שהגיש פרי במרץ 1996 שיקפה את הנחות היסוד שלו שתקציב ההגנה לא יפחת בשנת 1997 ואף יגדל. התוכנית אף מימשה חסכון משמעותי מקיצוצים בתשתיות, בעיקר סגירתם של בסיסים צבאיים. חיסכון נוסף הגיע מביטול פעולות סיוע רבות והתחדשות של מערכת הרכש הביטחונית.
עבור שנת התקציב 1997 הגיש ממשל קלינטון הצעת לתקציב הגנה בגובה של 242.6 מיליארד דולר, כ-6% פחות בהתאמה אינפלציונית בהשוואה לתקציב של השנה שקדמה לה. הצעת התקציב דחתה את תהליך ההתחדשות בשנה אחת, אף על פי שקודם להן נאמר מטעם הממשל שהוא ימליץ להגדיל את המימון עבור כלי נשק ומערכות ציוד חדשים בשנה זו. ההצעה כללה מימון רחב למבצעי מגירה צבאיים, שבשנה הקודמת מומנו באמצעות תקציבי השלמה. גידול ריאלי צנוע בתקציב ההגנה לא יתרחש עד שנת התקציב 2000, במסגרת תחזיות שש-שנתיות של מחלקת ההגנה. במהלך אותה תקופה יגדל תקציב הרכש מ-38.9 מיליארד דולר בשנת 1997 ל-60.1 מיליארד דולר בשנת 2001. בנוגע לתקציב 1997, אישר הקונגרס בסופו של דבר 244 מיליארד דולר, כולל מימון לכמה מערכות נשק שממשל קלינטון לא היה מעוניין בהן.
אף על פי שהוא לא היה סבור כך קודם לכן, האמין פרי בראשית 1997 שהאפשרות להתחדשות של הכוחות המזוינים של ארצות הברית היא סבירה גם על בסיס תקציב פדרלי מאוזן. פרי דחף לקיומו של סדר כוחות של קצת פחות מ-1.5 מיליון איש כמינימום ההכרחי לשמור על תפקידיה העולמיים של ארצות הברית. קיצוצים נוספים בתקציב ההגנה לאחר 1997 יצריכו הקטנות בגודל הכוחות ויהיה זה בלתי אפשרי שארצות הברית תמשיך להיות מעצמת-על.
ייעול התשתיות הצבאיות.
פרי הקדיש חלק נכבד מזמנו לארגון מחדש של מדיניות ונוהלי הרכש עוד בתקופה שכיהן כסגן מזכיר ההגנה. שישה ימים לאחר כניסתו לתפקיד מזכיר ההגנה הוא פרסם מסמך שהתווה מגוון של שינויים מוצעים בנוהלי הרכש, כולל פישוט של תהליכי רכש בעלות של מתחת ל-100,000 דולר; היסמכות מרבית על מוצרי מדף; התאמת החוזים הצבאיים, המכרזים, מערכת החשבונאות והליכים עסקיים אחרים לשיטות עבודה עסקיות ככל האפשר; ביטול תקנות שעבר זמנן אשר עיכבו תהליכי רכש; והכרזה על דרישות רכש צבאיות על בסיס חילופי נתונים שבאופן נורמלי נעשה בהן שימוש על ידי המגזר העסקי הפרטי להגברת התחרות בין הספקים. ביוני 1994 חתם פרי על הוראה ניהולית לכוחות המזוינים לרכוש מוצרים ורכיבים ממקורות שמציעים רכיבי מדף ככל שזה מתאפשר ולהעדיף זאת על פני רכש מקבלנים צבאיים, ובכך סימן את נטישת "התקן הצבאי של ארצות הברית" (Milspec) בנוגע ליותר מ-30,000 מפרטים ותקנים שלמעשה גרמו לניפוח ההוצאה על פריטים צבאיים.
במרץ 1996 אישר פרי מדיניות רכש מקיפה חדשה ששמה את הדגש על הליכים ומוצרים מסחריים. לראשי התוכניות ולפקידי רכש אחרים ניתנה הסמכות לעשות שימוש בשיקול דעתם המקצועי בתהליכי הרכש. התוכנית ביטלה יותר משלושים מזכרי מדיניות רכש ותבניות דיווח והחליפה מסמכי מדיניות קיימים בחדשים שהיו קצרים בכ-90%. פרי ראה ברפורמה זו את אחד מהישגיו החשובים ביותר ואת החיסכון שנבע מהנהלים החדשים כחלק מהמפתח לתקצוב הנאות של מערכת הביטחון בעידן של תקציבים שהיו מוקפדים בצורה תמידית. במאמץ נוסף לחסוך בעלויות ביצע פרי סגירה של בסיסים ותכנון מחודש שלהם. במאי 1994 הכריזו פרי ויושב ראש המטות המשולבים, גנרל ג'ון שאליקשווילי שהביטחון יישמר, כפי שנדרש על פי החוק, וסבב סגירת הבסיסים של 1995 יימשך. בכך מערכת הביטחון תשקול את ההשלכות הכלכליות על הקהילות שתושפענה מכך ואת היכולת לנהל את השימושים החדשים של המתקנים שייסגרו.
במרץ 1995 פרסם פרי את תוכנית "ההתאמה מחדש וסגירת הבסיסים" (Base Realignment and Closure - BRAC ), בהמליצו על 146 פעולות. הוא העריך שיישום תוכנית זו יוביל לחיסכון חד פעמי של 3.8 מיליארד דולר וחיסכון של 4 מיליארד דולר לשנה בתקופה של שש שנים.
יחסי חוץ.
בעת מינויו לתפקיד מזכיר ההגנה לא נצפה שפרי יהיה מעורב באופן אגרסיבי במדיניות החוץ. עד מהרה הוא הפריך את הרושם הזה. תוך ימים ספורים מכניסתו לתפקיד הוא עזב את וושינגטון למסעו הראשון מעבר לים לפגישה של שרי ההגנה של אירופה. באפריל 1994, נכתב במאמר בעיתון האקונומיסט שכותרתו הייתה Perrypatetic: "האיש שהחל להישמע כמו מזכיר המדינה הוא למעשה מזכיר ההגנה, ויליאם פרי. ...הוא מופיע בציבור בכל מקום אפשרי ונכנס לעניינים אסטרטגיים בגדול". למעשה בתקופת כהונתו בת שלוש השנים בילה פרי בנסיעות מעבר לים יותר מכל אחד מקודמיו בתפקיד. שלא כמו רוב קודמיו, פרי הקדיש תשומת לב למדינות האחרות של יבשת אמריקה, ואירח את ועידת שרי ההגנה הראשונה של היבשת בויליאמסבורג, וירג'יניה ב-1995 והשתתף בוועידה השנייה שהתקיימה בשנה שלאחר מכן בארגנטינה. נסיעותיו התכופות תאמו את סגנונו הישיר. במסעותיו הוא שם דגש על מגעים ישירים עם בכירי הצבאות בארצות בהן ביקר. נסיעותיו התכופות גם שיקפו את המספר הרב של המשברים הבינלאומיים שהתרחשו בתקופת כהונתו, כולל כמה מקרים שהצריכו את הצבתם המהירה של הכוחות האמריקאים במקומות שונים.
נאט"ו.