באופן רשמי, רשאים תושבי מזרח ירושלים הערבים, והדרוזים ברמת הגולן, להגיש בקשה להתאזרחות במנהל האוכלוסין מתוקף מעמדם כתושבי קבע, אך מרביתם אינם עושים זאת – בין אם מסיבות אידאולוגיות, בין אם מחוסר מודעות, ובין אם מחשש מנידוי שיוטל עליהם. גם מדינת ישראל אינה מעודדת אותם להתאזרח, משיקולים ביטחוניים ודמוגרפיים. למרות זאת, יש מיעוט מתוכם שקיבלו אזרחות ישראלית, בפרט ברמת הגולן. תושבי מזרח ירושלים אינם לומדים במערכת החינוך הערבית הממלכתית של מדינת ישראל, אלא בבתי ספר פרטיים על־פי תוכנית הלימודים של הרשות הפלסטינית או של ממלכת ירדן. רובם המכריע מחרימים את הבחירות המוניציפליות בירושלים, כך שאין להם ייצוג במועצת העיר ירושלים. הדרוזים ברמת הגולן נוסעים לעיתים ללמוד באוניברסיטאות הסוריות, שם הם זכאים ללימודים חינם, אם כי רבים מהם לומדים באוניברסיטאות ומכללות ישראליות.
תושבות הקבע נחשבת בעיני רבים מהמחזיקים בה למעמד יקר-ערך, כיוון שהיא מעניקה חופש תנועה בתוך מדינת ישראל, זכות למגורים ועבודה בתוך המדינה בלא הגבלה, וכן זכות להנות מהטבות הביטוח הלאומי ושירותים ממלכתיים אחרים. תושב קבע שעובר להתגורר מחוץ לתחומי המדינה, עלול לאבד את מעמדו. מבחינת ערביי מזרח ירושלים, פירוש הדבר, שמעבר אל מחוץ לגבולות המוניציפליים של ירושלים (כלומר אל הפרברים שממזרח לה, שלא סופחו לישראל) עלול להביא לביטול מעמדם כתושבי קבע בישראל. הסדר זה מביא להתמרמרות רבה בקרבם, בייחוד על רקע מצוקת הדיור במזרח ירושלים, מיעוט במתן אישורי בנייה לערבים ובניית גדר ההפרדה מסביב לירושלים.
רוב פרסומי הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה (למ"ס), מתייחסים לתושבי מדינת ישראל (בכלל זה תושבי מזרח ירושלים) ולא לאזרחי מדינת ישראל (זו הסיבה לפער בין הנתונים המובאים בערך זה לבין הנתונים שמפרסמת הלמ"ס).
יחסה של התקשורת הישראלית לאוכלוסייה הערבית.
מחקרים שהתבצעו בעולם בנושא מלמדים כי ללא ממד של שיתוף או הכרה, ייצוגן של קבוצות מיעוט בתקשורת נותר חלקי. המצב בישראל אינו שונה. על בסיס מחקרים שנערכו בישראל בין השנים 1994 ו-2004, טוען ד"ר שגיא אלבז כי אמצעי התקשורת בישראל "משעתקים את התרבות הפוליטית הדומיננטית" ונוטים להצניע או "לצייר בצבעים שליליים" את דמותה של האוכלוסייה הערבית-פלסטינית. לצורך הדוגמה, בחינת אופן הסיקור של יום האדמה מראה נטייה להגזים בהערכת האלימות הצפויה, גם כאשר בפועל הפרות הסדר הן מינוריות. אלבז סבור לכן שהעיתונים בישראל "עוסקים בהבניה של מציאות אחת ויחידה, מתוך הבנה שזו תתגשם - גם אם התשתית המונחת לבנייתה לוקה בחסר.
חוקרים אחרים טוענים כי ניתן לראות כי היחס למיעוט הערבי בישראל נע במסלול דו-מישורי: התעלמות כמעט מוחלטת מהבעיות האנושיות והאפליה הממוסדת מצד אחד, ודפוס קבוע של התמקדות באירועי "אי-סדר" מהם ניתן להבין כאילו פשע ואלימות טבועים באזרח הערבי, מצד שני.
פשיעה וטרור.
ד"ר אלבז חקר את מאפייני הסיקור של האזרחים הערבים בהקשרים ביטחוניים וגילה שקיים ייצוג יתר של המיעוט הערבי בפעילות עוינת, זאת בניגוד לנתונים, אשר לפיהם, אחוז ההרשעה של הערבים בבתי המשפט שולי ביחס לחלקם באוכלוסייה הכללית. אלבז טוען עוד כי "עובדה זו לא מונעת מהממסד לראות באזרח הערבי סיכון ביטחוני. גם העיתונות מאמצת את הראייה הזאת בעצם נטייתה להדגיש את מעורבותם של הערבים בפעילות ביטחונית ובפלילים.עבירות אמל"ח בחברה הערבית.
בשנים האחרונות חל גידול ניכר בעבירות אמל"ח ועבירות ירי, בעיקר בקרב האוכלוסייה הערבית. התכליות העיקריות של השימוש באמל"ח הן פתרון סכסוכים בין עבריינים ובין משפחות, הפגנת כוח והגנה עצמית. כמו כן נעשה שימוש באמל"ח באירועים מיוחדים, כמו חתונות. הזמינות הגבוהה של אמל"ח בחברה הערבית מביאה לגידול במספר אירועי האלימות החמורה, כמו רצח, הריגה ותקיפה. אירועי אלימות אלה מתרחשים בעיקר ביישובים שבהם מתגוררת אוכלוסייה ערבית, וקורבנותיהם הם בעיקר בני החברה הערבית. עבירות האמל"ח והירי מסכנות חיים ופוגעות לא רק במעורבים בהן, אלא גם בביטחון האישי ובאיכות החיים של אזרחים חפים מפשע. שיעור השימוש בנשק חם בחברה הערבית בעבירות רצח בשנים 2013 - 2019 גבוה יותר מפי שלושה משיעורו בחברה הלא-ערבית. מספר נפגעי הירי בחברה הערבית עלה פי שלושה וחצי ויותר בשנים 2016 - 2018. ובשנים 2017–2020 נרשמו בתיקי חקירה של משטרת ישראל 10,891 קורבנות מהם כ-84% ערבים תושבי ישראל. בשנים אלו גדל ב-83% מספר הצעירים הערבים תושבי ישראל בגילאי 18–24 שנחשדו בעבירות נשק. כמו כן, מספר הקטינים הערבים שנחשדו בעבירות נשק גדל בתקופה זו ב-69%.
הנשק הלא חוקי מגיע לישראל משלושה מקורות עיקריים:גניבות ממקורות חוקיים ובעיקר מצה"ל, הברחות וייצור בלתי-חוקי. ההברחות הן מגבול ירדן ודרך המעברים בין יו"ש לישראל, המשטרה לא הקימה עדיין יחידה מבצעית ייעודית לטיפול בהברחות אלה. כמו כן, אין שיתוף פעולה ממוסד ומסודר בין המשטרה לצה"ל בסוגיית הברחת האמל"ח במעברים.
מעורבות בטרור.
בדו"ח של השב"כ נקבע כי ערביי ישראל מהווים יעד מועדף להפעלה אצל ארגוני הטרור. כתושבי מדינה, הם בעלי יכולת לנוע בצורה חופשית בכל שטחי המדינה ובעלי ידע שעלול לעזור לארגוני הטרור. כך למשל, בשנים 2001–2004 נחשפו 104 התארגנויות טרור בהם נטלו חלק כ־200 ערבים ישראלים שהיו מעורבות בפיגועים שבהם נרצחו 136 ישראלים. הדו"ח הדגיש כי "העוסקים בטרור מקרב ערביי ישראל הם שוליים קיצוניים המהווים אחוז קטן מאוד מאוכלוסייה זו".
במאי 2003 נעצר מנהיג הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית (ראו להלן), השיח' ראאד סלאח (الشيخ رائد صلاح) יחד עם חברים נוספים בארגון. הם הואשמו בהעברת כספים לארגון חמאס וב"העברת ידיעות לאויב", והוחזקו במעצר כשנה וחצי. בסופו של דבר הושגה עסקת טיעון שבה הודו הנאשמים רק ב"מגע עם סוכן זר" ובמתן שירות ל"התאחדות בלתי מותרת", עברות הנחשבות קלות יחסית. בית המשפט המחוזי בחיפה אישר את עסקת הטיעון וגזר עליהם עונשי מאסר קלים יחסית.
בשנים 2005–2006 נחשפו 38 התארגנויות נוספות בהן היו מעורבים 46 ערבים ישראלים. בדו"ח של השב"כ הודגש כי כ־40% מכלל המעורבים בטרור מקרב הערבים הישראלים הם פלסטינים שקיבלו תעודת זהות ישראלית והיתר שהייה בישראל בעקבות הליך של איחוד משפחות על רקע נישואים לבני זוג ערבים ישראלים.
בייחוד מאז יציאת צה"ל מדרום לבנון במאי 2000, מנצל חזבאללה את מערך הקשרים המשפחתיים והפליליים עם ערביי ישראל להעברת כלי-נשק, סמים וכסף אל ישראל, ומפעיל אנשים לצורך איסוף מודיעין וגיוס. שיטה אחרת היא הקמת תשתיות לארגוני ביצוע ומודיעין של טרור ערבי ישראלי. דו"ח השב"כ העוסק בכך מצא לנכון לציין: "יודגש כי רובם המכריע של ערביי ישראל הם אזרחים שומרי חוק הפועלים על פי הכללים הקיימים במדינה דמוקרטית".
עם התבססות ארגון המדינה האיסלאמית בשטחי סוריה ועיראק, התגלו בקרב ערביי ישראל ביטויי תמיכה והזדהות מצומצמים כלפי הארגון. בין 2014 ל־2016 עצר השב"כ מעל 100 ערבים ישראלים בחשד שתכננו להצטרף לארגון ולעבור לשטחי פעילותו, ובחשד לתכנון פיגועים בישראל על בסיס אידאולוגיית הארגון, כאשר ישנה עלייה בתמיכה ובהזדהות עם הארגון בקרב צעירים מקרב ערביי ישראל במהלך שנים אלו. חשש משמעותי קיים מערבים–ישראלים חברי הארגון שישובו לארץ וינסו לבצע פעילות טרור על בסיס הכשרה צבאית שעברו בידי הארגון. בחקירה של אחד מפעילי הארגון שחזר לארץ, עלה שמפקדיו הורו לו להתארגן לפעילות טרור בתוך ישראל, ולחלופין לבצע עבירות שונות של פשיעה חקלאית וגרימת נזק לרכוש כדרך התנגדות למדינת ישראל.
ב־14 ביולי 2017, שלושה מחבלים ערביי ישראל מאום אל־פחם ביצעו פיגוע בהר הבית בו רצחו ביריות שני שוטרים דרוזים לפני שנורו למוות על ידי כוחות הביטחון. בלילה שבין 26 ביולי ל־27 ביולי נערכה הלוויית המחבלים באום אל־פחם, לאחר שישראל שחררה את גופותיהם בעקבות עתירה וצו של בג"ץ. בהלוויה השתתפו אלפים מקרב ערבי ישראל שצעקו סיסמאות בשבח המחבלים, אותם כינו "שהידים", וכן קראו "ברוח ובדם, נפדה אותך אל־אקצא". הנהגת ערביי ישראל נמנעה מלגנות את הפיגוע במילים ברורות והוקעה על כך על ידי נשיא המדינה ראובן ריבלין: "השתיקה והתגובות הרפות של חלק מהמנהיגות הפוליטית הערבית מקוממות. טרור חייב להיות מוקע ללא תנאי וללא התפתלויות." התגובה הרפה הוקעה על ידי ראשי העדה הדרוזית.
במרץ 2022 אירעו שני פיגועים קטלניים שביצעו ערבים-ישראלים: הפיגוע המשולב בבאר שבע (22 במרץ) ופיגוע הירי בחדרה (27 במרץ), בהם נרצחו 6 בני אדם.
מאפייני הפשיעה.
דו"ח של מרכז המחקר והמידע של הכנסת עוסק בפשיעה בחברה הערבית בישראל. לפי הדו"ח, בשנת 2009, ערבים, המהווים כ־20% מאזרחי ישראל, היו 41% מכלל החשודים בתיקי רצח; 36% בתיקי ניסיון רצח; 36% בתיקי תקיפה חמורה; 41% בתיקי הצתה; 36% בתיקי שוד וב־43% בתיקי שוד בנסיבות מחמירות. בנוסף ישנם סוגי פשיעה ייחודיים למגזר זה כגון קטטות בין חמולות.
דו"ח ועדת המחקר של הכנסת קבע כי אף על פי שערביי ישראל מהווים כ־20% מכלל האוכלוסייה, הרי שבראשית נובמבר 2009 כ־40% מכלל העבריינים בבתי הכלא בישראל בגין עבירות של אלימות במשפחה היו ערבים, ונתון זה "בולט במיוחד לאור העובדה ששיעור התלונות על אלימות במשפחה במגזר הערבי נמוך מאוד לעומת חלקם באוכלוסייה הכללית" (לדוגמה, "בחודשים ינואר - ספטמבר 2009 רק 11.8% מכלל התלונות בנושא אלימות במשפחה הוגשו על ידי נשים ערביות"). בולט גם מקומן של עבירות נקמת דם ורצח על רקע כבוד המשפחה.