ב-2002 הוקמה הרשות הממלכתית לאבטחת מידע (רא"ם) והוכפפה לשב"כ. הרשות מוסמכת להנחות גופים בעלי מערכות מידע קריטיות. רשימת הגופים מופיעה בתוספת הרביעית לחוק להסדרת הביטחון בגופים ציבוריים והיא מתעדכנת מעת לעת. הרשימה כוללת, בין השאר, את משרד ראש הממשלה, משרד האוצר, משרד הפנים, בנק ישראל, חברת החשמל, בזק, חברת קצא"א, מגן דוד אדום, מקורות ותשתיות נפט ואנרגיה.
המטה הכללי של צבא הגנה לישראל הקים בשנת 2003 את אגף התקשוב. בראיון שהעניק בראשית שנת 2011 מפקד האגף האלוף עמי שפרן, הוא מתאר את מטרות האגף ודרכי פעולתו. לדידו, מטרת האגף היא מתן מענה לזירת הקרב הקיברנטית. הוא מעריך כי "צה"ל הוא המטרה מספר אחת של כל גופי הטרור בעולם" ומציין כי צה"ל "נערך בימים אלו למלחמה במערכת הסייבר". הוא מסמן כמטרה לשנות העבודה הקרובות, בין היתר, את השגת היעדים הבאים: יצירת אחידות במערכות המחשוב הצבאיות, הסתמכות על מערכות צבאיות ללא תמיכה אזרחית, יצירת רשת מידע משותפת לכל שירותי החירום בישראל, ועוד.
באוגוסט 2011 אישרה ממשלת ישראל את הקמתו של מטה הסייבר הלאומי, אשר יוביל את פיתוח התחום הקיברנטי בארץ, יתאם בין הגורמים השונים העוסקים בתחום, ירחיב את ההגנה על תשתיות לאומיות מפני התקפות קיברנטיות ויעודד את קידום הנושא בתחום התעשייתי. ביולי 2012 פורסם כי אוניברסיטת בן-גוריון בבאר שבע תפתח בשנת הלימודים הבאה מסלולי לימוד לתואר ראשון ושני בתחום הסייבר, במסגרת המחלקה להנדסת מערכות מידע, במסגרת יוזמה משותפת עם משרד הביטחון ומטה הסייבר הלאומי, שנוצרה בעקבות הצורך הגובר בישראל במומחים בתחום זה. לימודי התואר השני יכללו שיטות לזיהוי תקיפות, הגנה מפני וירוסים, שיטות למידת מכונה, אבטחת מערכות הפעלה, אבטחת רשתות תקשורת וכדומה.
בינואר 2016 אישרה ממשלת ישראל את מינויו של בוקי כרמלי לראש הרשות הלאומית להגנת הסייבר, והטילה עליו להקים את הגוף המבצעי אשר יוביל את הגנת הסייבר של המרחב האזרחי של ישראל, ייטול את האחריות להגנה על תשתיות לאומיות קריטיות מפני התקפות סייבר ויעודד את קידום הנושא בכלל המשק. בעוד מטה הסייבר הלאומי עסק לאורך חמש שנות קיומו, מאז תחילת שנת 2012, בעידוד המחקר האקדמי ועידוד התעשייה בתחום הסייבר, הרשות הלאומית להגנת הסייבר התמקדה בשתי שנות קיומה ביצירת תשתית מבצעית ובטיפול באירועי סייבר במרחב האזרחי של מדינת ישראל. לאורך שנות קיומה עסקה הרשות באלפי אירועי סייבר, פרסמה מאות התרעות למשק האזרחי וקידמה את ההגנה על הנכסים הדיגיטליים במגזרי המשק השונים. בחודש אוגוסט 2016 אישרה הכנסת את התיקון לחוק להסדרת הביטחון - הוראת שעה. במסגרת תיקון זה קיבלה הרשות הלאומית להגנת הסייבר את האחריות על הגנת גופי התשתית הקריטית של מדינת ישראל. בחודש ספטמבר 2016 החלה הרשות הלאומית להגנת הסייבר בהפעלתו של מתקן ה-CERT בבאר שבע, מרכז סיוע לאומי למשק בעת אירועי סייבר. בחודש אפריל 2017 פרסמה הרשות הלאומית להגנת הסייבר את תורת ההגנה בסייבר לארגון, מסמך מקיף ויסודי בשפה העברית, שנועד להעניק להנהלות בכירות ולמנהלי אבטחת המידע בארגונים, את התשתית הנדרשת להגנה על נכסי הארגון. הרשות הלאומית להגנת הסייבר שהחלה דרכה בינואר 2016, מנתה בסוף שנת 2017 למעלה מ-220 עובדים. בסוף שנת 2017 אוחדו הרשות הלאומית להגנת הסייבר ומטה הסייבר הלאומי לגוף אחד, מערך הסייבר הלאומי, שהעומד בראשו אחראי לכלל המשימות שבעבר הושתו על מנכ"לי שני הגופים, ראש הרשות וראש המטה.
בעשור השני של המאה ה-21 השיק צה"ל חמ"ל סייבר המאויש 24 שעות ביממה ומגן על תשתיות המחשוב של צה"ל. כמו כן פתח צה"ל קורס מגיני סייבר המכשיר חיילים להגנת מערכות המחשוב והמידע של צה"ל מפני התקפות ממוחשבות.
המכון למחקרי ביטחון לאומי מקיים תוכנית לוחמת סייבר, בראשות הד"ר גבריאל סיבוני. תוכנית המחקר ללוחמת סייבר עוסקת במספר תחומים ובהם: המשגה של הנושאים השונים בהקשר לביטחון הלאומי, פיתוח ובחינה של מדיניות לאומית בתחום ואיתור קווים מנחים לתורת לחימה חדשה במרחב הסייבר ברמה הלאומית והבין ארגונית במדינת ישראל. המחקר נועד לתרום לדיון הציבורי המושכל בנושא הביטחון הקיברנטי, ולקדם מדיניות ציבורית ברמה הלאומית. תוכנית המחקר נעשית בשיתוף בית הספר למדעי המחשב באוניברסיטת תל אביב.
עם כניסתו של גדי איזנקוט לתפקיד הרמטכ"ל, הוא הכריז על הקמת זרוע חדשה - זרוע הסייבר שהייתה צפויה לעסוק בהגנה והתקפה בסייבר שנוהלו עד אז באמ"ן ובאגף תקשוב. בסופו של דבר לא הוקמה הזרוע החדשה בתקופתו של איזנקוט.
ביוני 2018 פורסם "תזכיר חוק הסייבר" שאמור לאסדר את התחום בחקיקה ראשית.
בפברואר 2019 התפרסמה כתבה בעיתון "פורבס" בנוגע למיצובה של ישראל בשוק הסייבר העולמי. לפי פרסום זה ישראל בולטת לטובה בהיבטים רבים ובמיוחד בהשקעות שהיא מושכת אליה, להשקעה בחברות הזנק.
אירועי תקיפה מפורסמים.
במפנה המאה ה-21, החלה צמיחתו של העולם המקוון, בו מידע ותקשורת נשמרים ומנוהלים יותר ויותר ברשת האינטרנט. מגמה זו העלתה את החשיבות בשמירה על המידע מצד אחד, אך בד בבד גם העלתה בקרב גורמים יריבים את הפיתוי להשיגו או לפגום בו. כמה מתקפות סייבר שהתבצעו בסוף העשור הראשון של המאה ה-21 סוקרו בעניין בתקשורת העולמית, ובעשור השני של המאה ה-21 קצב האירועים התגבר, התופעה הפכה לנפוצה יותר, וחשיבות הנושא עלתה בסיקור התקשורתי ובשיח הציבורי. במקרים אלו בדרך כלל זהות התוקף נותרת במסגרת ספקולציה בלבד.
אירועי תקיפה רחבי ההיקף והממוסדים הראשונים משויכים לממשלת סין. חברת מקאפי הציגה מידע על מתקפה שכזו, שהחלה בשנת 2006 ונמשכה חמש שנים, ופגעה ב-72 ארגונים ומוסדות מרחבי העולם. משנת 2009 ועד שנת 2011 התנהל מבצע תקיפה רחב, שיוחס לממשלת סין, וקיבל בדיעבד את השם מבצע אורורה. במבצע זה בוצעו מתקפות לגנבת מידע, בעיקר מחברות הייטק. בין השאר, הותקפו החברות גוגל, אדובי, ג'וניפר ועוד.
בסוף העשור הראשון של המאה ה-21 החלה רוסיה להשתמש בלוחמת רשת במאבקים בינלאומיים, במטרה להטות את הכף לטובת רוסיה הן בסכסוך דיפלומטי מול אסטוניה בשנת 2007, והן במלחמה בגאורגיה בשנת 2008.
בשנת 2010 התגלתה מתקפת סייבר מתוחכמת במיוחד שנקראה סטקסנט. ככל הידוע, זו הפעם הראשונה שבה נחשף מהלך מדינתי רחב היקף שתכליתו לפגוע בעולם הפיזי של תשתיות קריטיות במדינת יעד ובמקרה הזה, בצנטריפוגות להעשרת אוראניום של איראן. בשנת 2017 פרסם "הניו יורק טיימס" תחקיר ולפיו ארצות הברית מנהלת מבצע סייבר מתמשך במטרה לחבל בתוכנית פיתוח הנשק הבליסטי של קוריאה הצפונית באופן דומה.
החל משנים אלו, איתרו חברות אבטחת מידע מספר מבצעי תקיפה רחבי היקף שבוצעו על ידי קבוצות מאורגנות במשך מספר שנים. תקופה זו מתאפיינת במרוץ טכנולוגי בין חברות האבטחה לבין פושעי הסייבר, בניסיון לחסום את המתקפות מצד אחד, ומצד שני למצוא דרכים חדשות להמשיך במתקפות מבלי להתגלות.
בשנת 2014 דווחו כמה פרשיות של ריגול וגרימת נזקים באמצעות לוחמת רשת – מצד ממשלת סין כלפי צבא ארצות הברית. מתקפות אלו גרמו לארצות הברית, בצעד תקדימי עולמי, להגיש כתב אישום פלילי נגד אזרחים של מדינה זרה, קצינים בשירות פעיל, שנמצאים במדינה זרה ולא פלשו לטריטוריה של מגיש התביעה. בשנה זו התבצעה כנגד ארצות הברית גם מתקפת ההאקרים על סרטי סוני, שמיוחסת לממשלת קוריאה הצפונית, ששאפה לפגוע בחברת סוני מכיוון שהיה בכוונתה לפרסם סרט שבראיית המשטר של קוריאה הצפונית, הוא פוגעני כלפיהם.
בשנת 2016 ספגה ארצות הברית מספר מתקפות סייבר, כשבראשן שלוש בולטות במיוחד. הראשונה להיחשף הייתה מתקפה על "המשרד לניהול כוח אדם" של ארצות הברית, במהלכה נחשף מידע רגיש של כארבעה מיליון עובדי מדינה, לרבות ממצאי בדיקות פוליגרף, סטטוס כספי, טיפולים פסיכולוגיים, מידע לגבי קרובי משפחה, נטיות מיניות וכדומה. בהמשך אותה שנה בוצעה תקיפת DDOS מסיבית על שרתי ה-DNS של חברת DYN בארצות הברית. ככל הידוע, זו הפעם הראשונה שבה נעשה שימוש ב"בוטנט" שה"זומביז" שלו היו "התקנים מחוברים", (התקנים שהם חלק ממה שמכונה "האינטרנט של הדברים"). לפי הדיווחים, רוב ההתקנים שבהם השתמשו כדי לבצע את התקיפה בפועל היו מצלמות ווידאו מחוברות לאינטרנט, מתוצרת סין. התקיפה גרמה לכך ששרותי אינטרנט של "טוויטר", "PayPal", אמזון, טאמבלר, Spotify, נטפליקס וחברות רבות נוספות, לא היו זמינים למשך למעלה משעתיים.
שיאן התקשורתי של מתקפות הסייבר של 2016 הגיע במתקפה שמזוהה כהתערבות רוסיה בבחירות לנשיאות ארצות הברית ב-2016. האתר ויקיליקס פרסם כמות גדולה של פריטי דוא"ל ממחשבי פוליטיקאים דמוקרטים, שנגנבו במשך חודשים ארוכים. כשהוגש בהמשך כתב אישום כנגד גורמים שונים שהיו מעורבים בפרשה, הם הואשמו בלוחמה פסיכולוגית, הפצה מסיבית של חדשות מזויפות, תעמולה, הכפשת פוליטיקאים ועוד. בסוף אוקטובר 2016, התפרסמו מסמכי דוא"ל שנגנבו מהמחשב האישי של ולדיסלב סורקוב - מי שהיה סגן ראש הממשלה וסגן ראש המטה של נשיא רוסיה, פוטין. חלק מהחוקרים הציעו שמדובר ב"תגובה מידתית" של ארצות הברית לתקיפות על מחשבי המפלגה הדמוקרטית. ארצות הברית הכחישה כל קשר לנושא.
בשנת 2017 דווחו על כמה מהמתקפות הגדולות ביותר עד אז. בפרשיה גדולה במיוחד הגישה ארצות הברית כתב אישום כנגד ארבעה אזרחים רוסים, שניים מהם עובדי סוכנות הביון הרוסית, בגין פריצה לפרטיהם של כחצי מיליארד ממשתמשי אתר יאהו.