הפילוסוף היהודי פילון האלכסנדרוני (30 לפנה"ס – 40 לספירה), שחי באלכסנדריה, מעיד על מספרם הגדול של היהודים במצרים. הוא כותב כי בתקופתו התגוררו מיליון יהודים במצרים, בלוב ובכוש, וכי שניים מחמשת הרבעים של אלכסנדריה, נחשבו "שכונות יהודיות".
היחסים בין האוכלוסייה ההלניסטית ליהודים הידרדרו ומפעם לפעם פרצו מהומות על רקע זה. נפילה נוספת במעמדם של היהודים ארעה בעקבות כישלון המרד הגדול והחובה בתשלום המס היהודי. בשנים 115–117 יהדות מצרים הצטרפה למרד התפוצות. היסטוריון מצרי מעיד על בריחת היהודים אל ביצות הנילוס. המושל הרומאי של מצרים, מרקוס רוטיליוס רופוס, היה חסר אונים אל מול ההצלחה היהודית בתחילת במרד. הוא שלח שני גדודים להגן על תושבי ממפיס. לבסוף הקיסר טראיאנוס שלח חילות משלוח למצרים ודיכא את המרד היהודי. הוא ציווה עליהם לשלם עבור תיקון המקדשים הרומאים ובסופו של דבר הושיב בלוב אוכלוסייה נוכרית. בסופו של המרד הושמדו כ-90% מיהדות מצרים.
התקופה הערבית הקדומה.
בתקופה שלטון האסלאם במצרים היה היחס ליהודים היה כאל אנשי חסות שנקרא ד'ימה. היהודים נחשבו כאנשי הספר (אהל אל-כתאב) הזכאים להגנה של השלטונות המוסלמים. הם זכו לביטחון אישי והותר להם לקיים את אמונתם בתמורה להכרה בעליונות האסלאם, בתשלום מס ג'זיה וכן מגבלות נוספות. ביניהן בתחום הלבוש, רכיבה על בהמות וכן איסור נשיאת נשק ואיסור בניית מקומות פולחן חדשים. רוב המגבלות נשאו אופי חברתי וסמלי יותר מאשר מוחשי ומעשית. עם זאת המגבלות הכלכליות הקשו על חיי היהודים. נוסף למס הג'זיה, היהודים חויבו במיסים נוספים כמו מסי מעבר ומכסים וחוקי ירושה מפלים. לדוגמה מומר לאסלאם לא יכול להוריש לקרוביו הד'ימים. בעתות של התאסלמות בכפייה, גם אם זמנית, מגבלה זו הסבה סבל רב ליהודים.
היהודים נהנו בדרך כלל ממידה של אוטונומיה. הם היו כפופים למרות המנהיגים שלהם שניהלו את ענייני המשפחה, האישות והדת על פי תורתם. בתקופות מסוימות הקהילות היהודיות היו אחראיות אף להטלת מיסים וגבייתם עבור השלטונות. אף על פי שבדרך כלל פנו היהודים לבתי הדין היהודיים, ששפטו על פי ההלכה היהודית, לעיתים פנו יהודים לבתי הדין המוסלמים, לבירור משפטי בנוגע לסכסוכים פנימיים. לעיתים יהדות מצרים חוותה רדיפות אלימות מצד השלטון, בפרט על ידי הח'ליף הפאטמי אל-חאכם שאף כפה על יהודים להתאסלם ושרף את הרובע היהודי בעיר אל-ג'וואדריה. עם זאת מירב האלימות כלפי היהודים הייתה לא-ממוסדת, ונערכה על ידי ההמונים בתקופות של חוסר יציבות.
הקראים.
לפי אחת ההשערות הקראים ישבו במצרים עוד לפני הכיבוש הערבי בשנת 641. ענן בן דוד, נשיא הקראים, הוא זה שחיזק וביסס את הקהילה הקראית במצרים, שהייתה מרכז קראי חשוב במשך דורות. החל מחזקיהו הנשיא (1064), ישבו במצרים הנשיאים מבית דוד המלך, צאצאי ענן בן דוד הנשיא, שנשאו בתואר "נשיא" ובתואר "ראש הגולה". הקהילה הקראית התקיימה לאורך מאות שנים בפוסטאט ונראה שהייתה לה השפעה רבה בעיר. בבית הכנסת "בן עזרא" שבפוסטאט התגלתה גניזת קהיר המפורסמת, שבה בין היתר נמצא חומר קראי רב. נראה שבית הכנסת היה שייך לקראים ועבר לידי היהודים הרבניים רק במאה ה-14. ידועות גם קהילות בצהרג'ת, בתניס, בדמיאט ובאלכסנדריה. עם ייסוד העיר קהיר ושרפתה של פֻסְטאט בשנת 1168 עבר חלק גדול מהקראים מפסטאט לקהיר, שם התקיימה הקהילה לאורך מאות שנים, והיו תקופות בהן הייתה לאחד מהמרכזים הקראיים החשובים.
נראה שבמאה ה-12 הייתה לקראים השפעה רבה גם על הרבניים, ויש מהרבניים שעברו לקראות. כאשר בא הרמב"ם למצרים בשנת 1166 הוא מצא כי מנהגי הקראים פשטו בקרב הרבניים, למשל דרך טהרה באמצעות יציקת מים ותפילה קראית. הרמב"ם יעץ לקרב את הקראים ולהתנהג עמם כאחים. יחס האחווה כלפיהם מותנה, לפי הרמב"ם, בכך שלא יביעו זלזול פומבי בתלמוד וברבנים. אך עם זאת הוא ניסה למנוע השפעות קראיות ונראה שגם הצליח.
רב סעדיה גאון.
פעל בצעירותו במצרים וכנראה נולד בה. התפרסם בוויכוחים שהיו לו עם יהדות הקראית. רס"ג סבר שצפויה סכנה ליהדות הרבנית מהקראים, אשר לא מכירים בתורה שבעל פה. כאשר ראה רס"ג שאין מי שיכול לגבור על טענותיהם של הקראים, הוא החל, חרף גילו הצעיר (באותו הזמן היה רס"ג רק בן 23), במלחמה נגדם. הוא חיבר הרבה חיבורים פולמוסיים, בהם "ספר התשובות נגד ענן". חיבורו זה של רס"ג קומם נגדו את חכמי הקראים, שראו בו איום על עמדתם; בתגובה לרס"ג נכתבו לא מעט חיבורים קראיים פולמוסיים, כגון זה של סלמון בן ירוחם, שבספרו "מלחמות ה'" התפלמס עם כל טענות רס"ג, שנקרא על ידו ה"פיומי". רב סעדיה גאון תרגם את התנ"ך לערבית ובכך תרם להכנסת ערכים יהודיים לתרבות האסלאמית.
הרמב"ם.
הרמב"ם היה כמנהיג הדתי של קהילת קהיר ואחד מטובי הרופאים בקהיר. בשנת 1185 הפך לרופאו של המשנה למלך, הוזיר אל-אלפצ'ל. כתוצאה מכך, בילה חלק ניכר מזמנו בארמון המלוכה.
הגניזה בקהיר.
בסוף המאה ה-19 התגלו בחדר בית הכנסת בן עזרא שבפוסטאט שבקהיר מאות אלפי כתבי יד. אלה ספרים ותעודות מהמאה ה-10 ועד המאה ה-12. לאור האקלים היבש של מצרים הם נשארו שלמים. פיענוחם לא הסתיים עד היום. דוגמה למסמך שנמצא בגניזת קהיר, הוא מכתבו של יהודי אשר חי בירושלים, בשם שלמה הכהן בן יוסף, ראש ישיבת ירושלים בשנת 1025 על גובה המס השנתי שהוטל עליו.
השלטון הממלוכי.
התקופה הממלוכית הייתה תקופה קשה עבור יהדות מצרים ביחס לתקופה הפאטמית. במהלך התקופה נפוצו עמדות עוינות ללא-מוסלמים על רקע המלחמה במסעות הצלב. במקרים רבים התפרעויות אנטי-נוצריות התגלגלו גם להיות התפרעויות אנטי-יהודיות. חוקי עומר נאכפו באדיקות על ידי הממלוכים והיהודים היו נתונים תחת איום תמידי לחייהם ורכושם. למשל בתלוכות לוויה של יהודים, דבר שמוסלמים רבים ראו כפולחן פומבי של דת המיעוט, ולכן כהפרה של חוקי עומר. המס שהוטל על היהודים עקב מעמדם כבני חסות הוכפל תחת סולטאנים ממלוכים מסוימים. השליט הממלוכי בַּיְבַּרְס, לאחר שחזר ממלחמה בסוריה, אסף יהודים ונוצרים רבים, והורה על חפירת בור עבורם ועל שריפתם בעודם בחיים. עם זאת, בתמורה לממון רב, הוא הסכים לשחררם. בשנת 1301 פרצו פרעות נגד נוצרים ויהודים ברחבי מצרים, רבים נהרגו, ורבים אחרים נאלצו להתאסלם, כולל כל יהודי העיר בילביס במצרים התחתונה.
התקופה העות'מאנית.
בשנת 1517 נכבשה מצרים על ידי האימפריה העות'מאנית, אך לממלוכים נותרה אוטונומיה בענייני פנים.
על פי מקורות פורטוגולים, בשנת 1735 התרחש טבח המוני ביהודי קהיר בהתפרצות קנאית מצד ההמונים, שצבאו על הרובע היהודי בעיר והרגו את רוב תושביו היהודים. בעשרות השנים לאחר מכן מתמעטות הידיעות על יהודי מצרים, ובעת פלישת נפוליאון בשנת 1798 נמצאו בקהיר כ-3,000 יהודים בלבד. פעילותם הכלכלית של היהודים בתקופה זאת ירדה, מספר בתי הכנסת פחת, והמצב הביטחוני הרעוע גרם לכך שכל הלוויה יהודית לוותה בשומרי ראש שכירים. נפוליאון הביס את הכוחות הממלוכים בשנת 1798 כאשר פלש למצרים.
ב-7 בספטמבר 1798 הוא פרסם צו שבו הוכרו כל התושבים, כולל היהודים, שווי זכויות.
לאחר שנפוליאון עזב את מצרים הכוחות הצבאיים שהשאיר לא הצליחו לדכא את המרד הממלוכי, ובעקבותיו, בשנת 1801 נאלצו הכוחות הצרפתיים שהשאיר לברוח ממצרים.
עם סופו של השלטון הצרפתי, חזרו היהודים מבחינה רשמית למעמד של ד'מים.
בשנת 1806 מונה מוחמד עלי פאשא למושל מצרים ובכך הסתיימה שליטת הממלוכים במצרים. בהובלתו של מוחמד עלי וצאצאיו (במיוחד אסמאעיל פאשא) מחוז מצרים עבר תהליכי מודרניזציה בהשפעה אירופאית שכללו הקמת מערכת חינוך מודרנית, ייסוד תעשייה מודרנית, פתיחת תעלת סואץ, רפורמות אגרריות ורפורמות כלכליות וחברתיות שונות, מהם נהנו גם יהודי מצרים. מימי מוחמד עלי, חל שיפור הדרגתי במעמד היהודים, ובעיקר מאז הכיבוש הבריטי ב-1882.
המעורבות האירופית בכלכלת מצרים חיזקה גם את מעמדם הכלכלי של המיעוטים ושל בעלי הנתינויות הזרות, והתפתחות זו משכה למצרים גל גדול של מהגרים מאגן הים התיכון, מרחבי העולם העות'מאני וממזרח אירופה, ובעקבות גל המגרים גדל הציבור היהודי במצרים מכמה אלפים לכמה רבבות.
במאה ה-17, הגישו יהודי מצרים סיוע כספי ליהודי ירושלים וליישוב הארץ ישראלי. דוגמה אחת לכך, היא טיפול ראשי הציבור היהודי במצרים במשבר הכספי שנקלעה אליו הקהילה האשכנזית בירושלים, בראשית שנות התשעים של המאה השבע עשרה. הם הלוו לקהילה האשכנזית 15 אלף גרוש לסילוק החובות. גבירי מצרים קרובי מלכות, פעלו לטובת העניין תוך ניצול קשריהם הטובים להשגת הסדר תשלומים נוח. כמו כן, חכמי מצרים, שלחו איגרות בקשה לסיוע אל קהילות איטליה, מרכז אירופה ומזרחה.
השפעת הלאומיות על הקהילה.
הקהילה היהודית במצרים עברה שינויים בגודלה במשך המאה ה-19 וה-20. היא נוהלה כאוטונומיה בידי נכבדיה, בקהיר ובערים אחרות. נבנו בתי כנסת, נוסדו אגודות שונות לעזרה הדדית, הוקמו בתי ספר שונים, בתי חולים והיו בה חיי תרבות עשירים. במהלך השנים האלו ידעו היהודים עליות ומורדות ביחס כלפיהם דבר שהשפיע על גודל האוכלוסייה. בשנים של פריחה כלכלית במצרים ופתיחת תעלת סואץ הגיעו למצרים יהודים רבים ממגרב ומארצות המזרח התיכון, ובשנים של התעוררות לאומנית ודתית שהביאו בעקבותן פרעות והתעמרות באוכלוסייה היהודית חלה הדלדלות מספרית.