ב-23 באוקטובר 2001 הכריזה אפל באופן מפתיע על כניסה לשוק נגני ה-MP3 עם נגן חדש בשם אייפוד. בניגוד לרוב מתחריו, שהסתמכו על כרטיסי זיכרון פלאש השתמש הנגן הקטן והמעוצב של אפל בדיסק קשיח קטן בנפח של 5 ג'יגה בייט שאפשר אחסון של עד 1,000 שירים. הנגן יועד אז רק למחשבי מקינטוש.
למרות תגובות ראשוניות פושרות, בתוך תקופה קצרה, התברר לאפל שבידיה מוצר מצליח. העדות הטובה ביותר לכך הייתה העובדה שבשוק הופיעו שפע עזרי תוכנה שנועדו לעקוף את מגבלת חיבור האייפוד למק בלבד ולאפשר חיבורו למחשבי "חלונות".
ביולי 2002 הכתה אפל ארבע פעמים. היא הכריזה על הוצאת גרסאות פיסי של אייפוד, הוציאה גרסה לחלונות של נגן אייטיונז שלה והוציאה שני דגמים חדשים ומרשימים של הנגן. המגבלה היחידה שנותרה הייתה הצורך בחיבור FireWire למחשב, חיבור סטנדרטי בכל מקינטוש, אך נדיר הרבה יותר על מחשבי פיסי.
במקביל, המשיכה אפל לשפר את מערכת ההפעלה 10, עם הוצאת גרסה 10.1.5 וביולי 2002 גרסה 10.2 (המכונה "יגואר"). עם הוצאת גרסה זו, שכללה שיפורים משמעותיים בתפקוד המערכת והוספת תכונות חדשות, החל מעבר מהיר של משתמשי המק ומפתחי המק למערכת ההפעלה החדשה. ג'ובס הכריז באותה נקודה על "מותה" המטאפורי של מערכת ההפעלה הישנה, לפחות מנקודת מבטם של המפתחים. עד סוף שנת 2003, הפכה מערכת ההפעלה החדשה למועדפת על רוב משתמשי המק.
עוד באותה תקופה, בנתה אפל בהדרגה את מה שכינתה "מרכז החיים הדיגיטלי והטכנולוגי": ערכות תוכנה הממוקדות באפשרויות כמו נגינת מוזיקה, עריכת סרטים פשוטה וקלה, עריכת מוזיקה, צריבת DVD, עריכת תמונה פשוטה, וכדומה. בשכבה שמעל, בנתה אפל גם שורה של תוכנות שנועדו לבעלי מקצוע בעריכת מוזיקה, גרפיקה, סרטים ומולטימדיה, דוגמת Logic Pro (תוכנה להפקה ועריכה מקצועית של מוזיקה) ו-Final Cut Pro (תוכנה להפקה ועריכה מקצועית של וידאו).
אפל גם פתחה בהליך מתמשך שורה ארוכה של חנויות אפל ייעודיות, תחילה בארצות הברית ומאוחר יותר גם ביפן ובאירופה. חנויות אלו הניבו בהדרגה כעשרה אחוז מהכנסותיה של החברה. נכון לשנת 2010 ישנן 300 חנויות כאלו, רובן בארצות הברית.
במרץ 2003 הוציאה אפל גרסה של אייטיונז (iTunes) שהפכה את התוכנה גם לחנות. כלומר, התוכנה אפשרה לבצע רכישה והורדה של שירים באמצעות התוכנה משרתי החברה. הרעיון עצמו לא היה חדש, אך אפל שילבה שני חידושים משמעותיים: ראשית, החברה אפשרה לבצע את כל תהליך הרכישה באמצעות התוכנה, בלי להזניק דפדפן ולגשת לאתר. שנית, אפל הדגישה שמדובר במכירה של שירים, לא בתוכנית מנויים או חכירה זמנית. באוקטובר 2003 פתחה החנות את שעריה גם למשתמשי פיסי.
פתיחת איי-טיונז ואיי-פוד גם למשתמשי פיסי הביאה לעליה משמעותית בקצב המכירות. איי-פוד, למשל, נמכרו מיליון מכשירים ב-20 החודשים הראשונים לקיומו. ברבעון האחרון של שנת 2004 מכרה אפל 4.5 מיליון מכשירי איי-פוד. מכירות השירים באיי-טיונז הגיעו עד אוקטובר 2003, מועד יציאת גרסת הפיסי של החנות, למעט יותר מעשרה מיליון. בשנה שאחרי כן נמכרו כבר 150 מיליון שירים. בחודשיים שעד סוף שנת 2004 הגיע קצב הרכישה לכ-25 מיליון שירים לחודש.
באופן מתוכנן או לא, שינו איי-פוד ואיי-טיונז את אפל. באופן חריג עבור חברה שייצגה במשך שנים את המיעוט המקינטושאי, ניצבת אפל היום בעמדת מוביל השוק. כ-85 אחוז מכלל הנגנים מבוססי הדיסק הקשיח הנמכרים בשוק הם איי-פודים. כ-70 אחוז מכלל השירים הנמכרים באינטרנט הם של איי-טיונז.
הצלחה זו התרחשה בשוק תחרותי מאוד. בשוק חנויות המוזיקה פעילות היום כ-150 חנויות ולמרות נבואות כי גורמים כמיקרוסופט או וולמארט ישתלטו על השוק עם כניסתן אליו, הדומיננטיות של אפל בשוק דווקא הלכה וגברה. התמונה בולטת עוד יותר בשוק הנגנים. גם כאן, רבים סברו כי חברות כקריאייטיב ולבטח סוני או דל שהצטרפו לשוק ינגסו בנתח השוק של אפל. בפועל, השתלטה אפל באותה תקופה כמעט לחלוטין על שוק הנגנים מבוססי הדיסק. בראשית ינואר 2005 הכריזה אפל גם על נגן חדש, מבוסס כרטיסי פלאש, שלפי דיווחים ראשוניים זוכה להצלחה גדולה ועשוי להגדיל את נתח השוק שלה עוד יותר.
לבד מהתוספת הנכבדת להכנסות החברה (ברבעון הראשון של שנת 2005 היוו המכירות בשוק המוזיקה 40 אחוז מהכנסות החברה), מחוללת המהפכה המוזיקלית גם שינוי באופייה. מחברה העוסקת בייצור מחשבים, מערכות הפעלה ותוכנה הפכה אפל לחברה שחלק נכבד מהכנסותיה מגיע ממכירת מכשירים אלקטרוניים ומחנויות מקוונות.
המהפכה הפנימית הגיעה לשלב כזה שדגם האי-מק האחרון של אפל, משנת 2004 חיקה במראהו את האיי-פוד, ואפל אף השתמשה בסיסמה: "מחשב מהאנשים שהביאו לכם את איי-פוד". מכירות הדגם הכפילו את עצמן ברבעון האחרון של שנת 2004. בראשית 2005 הוציאה אפל דגם חדש של מחשב, Mac Mini, שתמחורו הוא התוקפני ביותר בתולדותיה של אפל, וירד בפעם הראשונה מקו ה-500 הדולרים. המטרה המוצהרת של הורדת המחיר היא לנצל את "אפקט ההילה" של איי-פוד, כדי לשכנע משתמשי מחשבים בעלי איי-פוד לטעום מן התפוח המוזל של אפל.
במטרה להרחיב, כנראה, את שירות האייטיונס, אפל רכשה מד"ר דרה את חברת הסאונד המצליחה ביטס ואת שירות המוזיקה Beats Music בכ-3.2 מיליארד דולר, אחת מרכישותיה הגדולות ביותר של אפל.
מהפכת אינטל.
ב-6 ביוני 2005 הודיעה אפל על מעבר למעבדים של חברת אינטל. מעבר זה נותן למחשבי אפל כוח חדש בתחומי השליטה של מחשבי IBM PC ותואמיהם, ומאפשר הפעלת מערכת חלונות (על כל יישומיה) על גבי מחשבי מקינטוש במקביל למערכת ההפעלה של אפל וכן העברה קלה של נתונים ממערכת למערכת.
אפל כבר הספיקה להעביר את כל מחשביה לעבוד על מעבדי אינטל, והמחשב הראשון אותו הוציאה במעבד אינטל – ה-iMac – עבר עיצוב מחדש.
מהלך זה נתקל בביקורת מצד משתמשים ותיקים של אפל, אשר נתקלו לעיתים בחוסר תאימות של תוכנות למעבדי Intel Mac או להפך,
כלומר חוסר תאימות בין תוכנות חדשות למעבדי Power PC, להם הפסיקה Apple לתת תמיכה.
ההתפטרות של סטיב ג'ובס ומותו.
ב-24 באוגוסט 2011, הכריזה חברת אפל כי סטיב ג'ובס התפטר מתפקיד מנכ"ל החברה. ג'ובס הגיש למועצת המנהלים מכתב בו הוא מצהיר על התפטרותו הרשמית מהמשרה, אך מבקש להישאר יו"ר הדירקטוריון. במכתב אותו מסר כתב את מקומו החליף טים קוק, שהיה מנהל התפעול של אפל. כחודש לאחר מכן נפטר ג'ובס כתוצאה מסרטן הלבלב.
בניהול טים קוק.
טים קוק מונה למנכ"ל אפל ב-24 באוגוסט 2011. בתקופתו המשיכה החברה להציג בהצלחה דגמים חדשים של אייפון, מאייפון 4s ואילך. כשנה לאחר מינויו ערך קוק שינויים נרחבים בהנהלת החברה.
ב-9 בספטמבר 2014, באירוע השקת אייפון 6 ואייפון 6 פלוס, חשפה החברה גם Apple Watch - מוצר בקטגוריה אליה לא נכנסה עד אז – שעון חכם.
באפריל 2017 עבר מטה החברה לאפל פארק בקופרטינו, קליפורניה. בבניין מרכזי אחד של 4 קומות, בצורת טבעת ענקית, מועסקים יותר מ־12,000 עובדים, ובהם למעלה מ־2,000 עובדי מחקר ופיתוח.
ב-5 ביוני 2017, בכנס המפתחים העולמי של אפל, הציגה החברה את HomePod - רמקול חכם המריץ את Siri, שבעזרתה ניתן לשלוט על הרמקול, על מכשירי אייפון המסונכרנים אליו ועל מכשירי HomeKit.
ב-2 באוגוסט 2018 הייתה אפל לחברה הציבורית הראשונה בהיסטוריה ששווי השוק שלה חצה את רף טריליון הדולר במהלך המסחר, אך בהמשך אותה שנה צנח שווי השוק לפחות מ-750 מיליארד דולר.
ב-25 במרץ 2019 אפל חשפה באירוע מיוחד מספר שירותים חדשים שהחברה תציע: +Apple News, לצריכת תוכן חדשותי ומגזינים בתשלום חודשי, +Apple tv, שירות סטרימינג שיתחרה בנטפליקס ופריים וידאו ואפל ארקייד, שירות גיימינג בתשלום למכשירי אייפון. בנוסף, הציגה החברה את "אפל קארד" - כרטיס אשראי דיגיטלי, כחלק משירותי אפל פיי.
זהות.
לוגו.
את השם "אפל" (באנגלית: תפוח) הגה סטיב ג'ובס, ממייסדי החברה, שבאותה תקופה דגל בפרוטרייניזם, תת-קטגוריה של טבעונות שבה נאכלים בעיקר פירות, שבניגוד לאכילת שורשים וחלקי צמח אחרים, אינה הורגת את הצמח. ג'ובס התרה בשותפיו להציע שם טוב יותר, אך כשכזה לא צץ דבק השם "אפל". גם השם "מקינטוש" שניתן למחשבי אפל מקורו בזן של תפוח.
לוגו החברה הוא צללית של תפוח עץ נגוס בצידו. המשמעות העומדת מאחוריו או מקורו לא פורסמה, אך קיימות השערות שונות. השערה מקובלת אחת היא שהלוגו נועד להזכיר את אבי הפיזיקה המודרנית, אייזק ניוטון ואת הסיפור על התפוח שנפל עליו. השערה אחרת גורסת שזוהי מחווה לזכר אלן טיורינג, שהתאבד באכילת תפוח טבול בציאניד. השערה זו מוסיפה שצבעי הקשת בלוגו המקורי היו גם הם לזכר טיורינג שהיה הומוסקסואל. השערה שלישית קושרת את התפוח לפרי עץ הדעת. על כל פנים, לוגו התפוח תואם לשמה של החברה.
ב-9 בינואר 2007 הודיעה החברה על החלפת שמה מ-Apple Computer ל־Apple, שינוי שמצביע על מעבר החברה מלהיות יצרנית מחשבים בלבד לחברה המוכרת מגוון מוצרים, ביניהם מחשבי לוח, נגני מוזיקה וטלפונים חכמים.
פרסום.
הסלוגן הראשון של אפל, "Byte into an Apple" ("תן נגיסה בתפוח"), נטבע בסוף שנות ה-70. מ-1997 עד 2002, שימש במסעות פרסום הסלוגן "Think Different" ("תחשוב אחרת"), ועדיין נחשב למזוהה עם החברה. לאפל יש גם סלוגנים עבור מוצרים ספציפיים, כגון "iThink, therefore iMac" שהיה בשימוש בשנת 1998 כדי לקדם את מחשב ה-iMac, ו-"Say hello to iPhone" ("תגיד שלום לאייפון") שמזוהה עם מכשירי האייפון. המילה Hello (שלום) שימשה גם כדי להציג את המקינטוש המקורי, הניוטון, האיימק והאייפוד.
אפל ידועה במאמציה לשיווק ופרסום יעיל. הפרסומות והאירועים, בעיקר אירועי ההשקה השנתיים של החברה זוכים לתשומת לב רבה.