ההגדרה הפורמלית של המועצה וסמכויותיה.
למועצה, לפי החוקה, מונה נשיא לכל ימי חייו, שנשא בתואר "רָאִיס אל-עֻלָמָא" (ראש החכמים). הראיס היה אמור להיבחר בבחירות כלליות, אך הדבר מעולם לא בוצע וחג' אמין נותר כראיס המועצה לפי מינויו על ידי הבריטים עד לפיטוריו ב-1 באוקטובר 1937 (עקב רצח מושל מחוז הגליל לואיס אנדרוס). לצידו כיהנו ארבעה חברי מועצה קבועים שנבחרו לראשונה בינואר 1922 על ידי 46 בוחרי-משנה שנבחרו בעצמם על ידי בעלי זכות הבחירה לפי מחוזות. הבחירות לארבעת הנציגים היו אמורות להיות כל ארבע שנים.
הרכב המועצה ב-1922: סעיד שוא (עזה, מחוז ירושלים), עבדאללה דג'אני (יפו, מחוז ירושלים), עבד אל-לטיף צלאח (מחוז שכם), מוחמד מראד (מופתי חיפה, מחוז עכו).
הרכב המועצה ב-1926, שמונתה על ידי הממשלה לאחר פסילת הבחירות: סעיד שוא, עבד אל-רחמאן אל-תאג'י (רמלה, מחוז ירושלים), אמין אל-תמימי (מחוז שכם), מוחמד מראד.
הרכב המועצה ב-1929: סעיד שוא (נפטר ב-1930), עבד אל-רחמאן אל-תאג'י, אמין אל-תמימי, אמין עבד אל-האדי (חיפה, מחוז עכו; מונה על ידי הממשלה במקום מראד).
הרכב המועצה ב-1930: מוחי א-דין עבד אל-שאפי (עזה, מחוז ירושלים; מונה על ידי הממשלה במקום שוא), עבד אל-רחמאן אל-תאג'י, אמין אל-תמימי, אמין עבד אל-האדי.
תפקידי המועצה לפי החוקה היו:
על פי דוח ועדת פיל (1937) עולה שחוקה זו ריכזה למעשה בידי המועצה סמכות רחבה ביותר. היה ביכולתה לחוקק חוקים לציבור הנשמע לה, היה לה כח פוליטי-ארגוני-ציבורי כתוצאה משליטה במינויים מרכזיים, שליטה בתקציבו הגדול של הווקף שאיפשרה יכולת ביצועית ושליטה בבתי המשפט כתוצאה ממינוי הדיינים. כל זאת ללא פיקוח של ממש מצד הציבור (כיוון שהבחירות לא התנהלו תמיד כסדרן) ומתוך רמה גבוהה של אוטונומיה מצד שלטונות המנדט. לשם השוואה, תקציבו של הוועד הלאומי הציוני היה מפוקח על ידי ממשלת המנדט וכל מינוייו עברו אישור של השלטונות, ולאספת הנבחרים וכנסת ישראל נערכו בחירות דמוקרטיות על ידי הציבור ביישוב.
בדוח ועדת פיל נאמר: "לפי דעתנו מצער הדבר שלא נעשה מאומה כדי להסדיר את הבחירות למועצה המוסלמית העליונה, שנתפתחה עד כדי ממשלה בתוך ממשלה, ושבראשה עומד נשיא שאי אפשר לפטרו."
עקב המרד הערבי הגדול (1936–1939), מסקנות ועדת פיל ומלחמת העולם השנייה כיהן בשנים 1937–1946 פקיד בריטי מפקח כאחד מארבעת חברי המועצה הקבועים. בין 1946 למאי 1948 חזרה הנהגת המועצה לידי המוסלמים, אך ללא נשיא, שתפקידו לא אויש מחדש.
המג'ליסיון והמעארדיון.
סביב המועצה התרכז הזרם המרכזי של הציבור הערבי, בני החמולות המקורבות למשפחת חוסייני. הם זכו למינויים שזיכו אותם בטובות הנאה חומריות ובמעמד ציבורי. הדבר יצר פילוג עמוק (שהתבסס על הפילוג ההיסטורי שהיה קיים כבר מזה דורות, בין שבטי קייס וימן) בין קבוצת הנהנים מהקרבה למועצה, שנקראו "אל-מַגְ'לִסִיוּן" ("אנשי המועצה") או "החוסיינים", לבין האופוזיציה, שנותקה ממנעמי השלטון המרכזי, בראשות משפחת נשאשיבי, שכונתה "אל-מֻעָארְדִיוּן" (שליטתם של אלה הייתה בעיקר בשלטון המקומי).
לקראת הבחירות השניות לנציגי המועצה, שהיו אמורות להתנהל ב-1926, פרץ סכסוך בין המג'ליסיון למעארדיון בנוגע לסדרי הפיקוח על הבחירות. כאשר הבינו אנשי המעארדיון שהבחירות לא יפוקחו על ידי העיריות אלא על ידי המועצה עצמה, הגישו קובלנה לשלטון, שנדחתה. לבסוף התקיימו בחירות בינואר 1926, אולם הן בוטלו על ידי הנציב העליון מאחר שהמעארדיון הוכיחו שהיו מוטות. לפיכך מינה הנציב חברי מועצה "עד לבחירות" ומאז לא התקיימו עוד בחירות והמועצה נותרה גוף ממונה.
פעילות המועצה.
מקור ההכנסות הקבוע והשופע של המועצה היה הווקף, נכסים רבים שכל רווחיהם הוקדשו לטובת פעילות מוסלמית. אמנם בתעודת ההקדשה ננקב שם המוסד הדתי או פעילות הצדקה הממומנת, אך למנהל ההקדשות (המועצה) מותר למנות מנהל שכיר שיזכה למשכורת מן ההקדש. כך מימנה המועצה בעלי תפקידים רבים ויכלה להעניק משרות משתלמות לתומכיה.
אחת היוזמות הראשונות של אל-חוסייני בתפקידו כנשיא המועצה המוסלמית העליונה, הייתה החלטת המועצה לתבוע איסור מוחלט על היהודים להביא חפצים אל הכותל המערבי.
ב-1922 החלה המועצה, יחד עם הוועד הפועל הערבי, לנהל מסע תעמולה בארץ ובעולם המוסלמי, שהזהיר מפני סכנת השתלטות יהודית על קודשי האסלאם. המועצה עשתה שימוש בציור יהודי שבו נראה מסגד כיפת הסלע כשעליו מגן דוד והפיצה אותו ברחבי העולם המוסלמי כהוכחה לכך.
אחת מפעולותיה הראשונות של המועצה היה מפעל שיפוץ המסגדים על הר הבית. יוזמה זו של המופתי הייתה גם אמצעי לגיוס תשומת לבם של מיליוני מוסלמים לבעיה הפלסטינית. בסיוע הממשלה, הוציאה המועצה המוסלמית העליונה ב-1923 ו-1924 משלחות לחג'אז, הודו, עיראק, כווית ובחריין, כדי לאסוף כספים לשיפוץ המסגדים. המשלחות הדגישו בארצות הללו גם את היותם בסכנה, כביכול, מצד הציונים שמתכוונים להשתלט עליהם. ההיענות הייתה רבה ועד סוף 1924 נתרם סכום עתק, בין 85 ל-95 אלף ליש"ט. השיפוצים נמשכו עד סוף שנות ה-20, וגולת הכותרת של המפעל היה ציפוי בזהב של מסגד כיפת הסלע. המועצה גם הקימה במתחם המסגדים מוזיאון לאמנות מוסלמית וספרייה בנושאי דת. למפעל השיפוץ הייתה חשיבות רבה, משום שהוא חיזק את חשיבותם של שני המסגדים ומשך תשומת לב עולמית לעברם, וכתוצאה מכך גם לירושלים וארץ ישראל.
בנוסף, גייסה המועצה כספים מרחבי העולם הערבי לשיפוץ ובנייה של מסגדים, בהם מסגד חסן בק, כחלק ממגמה כוללת של שימור ושחזור מסגדים שהייתה חלק מהמאבק הלאומי הערבי.
לפי הערכת יעקב שמעוני היו ב-1947 300 מסגדים בשליטת המועצה וכ-200 בשליטת העיריות והמועצות המקומיות האופוזיציוניות.
ביום הכיפורים ב-1928 פרצה תקרית שהחלה את פרשת סכסוך הכותל. זו אפשרה למועצה ולנשיאה לספק מימד דתי למאבק הלאומי נגד היהודים ובדרך זו לגייס את תמיכת השכבות העממיות, שהסיסמאות הלאומיות לא דיברו אל ליבם עד אז. מיד לאחר התקרית, פתחה המועצה במסע תעמולה נמרץ להגנת מסגד אל-אקצא ושמירת זכויות המוסלמים בכותל. בחודשים מאי–אוגוסט 1929 נקטה המועצה מדיניות פרובוקטיבית מכוונת ליד הכותל, כדי ללחוץ על הממשלה לנקוט צעדים נגד הבאת ספסלים והקמת מחיצות ליד הכותל על ידי היהודים. ביוזמת המועצה, החל עוד קודם לכן המואזין שבמסגד שליד הכותל לקרוא לתפילה בזמן תפילת היהודים, ועתה החלו להיערך טקסי ד'כר רועשים בזאוויה החדשה שהוקמה בסמוך. באותה תקופה גם נפתח פתח באחד הקירות הניצבים לכותל, כדי שרחבת הכותל תהפוך לדרך מעבר משכונת המוגרבים לשער המוגרבים.
לדברי יהושע פורת, פרשת הכותל הייתה תחילתה של התפתחות שאלת ארץ ישראל משאלה ארצית לשאלה כלל-ערבית וכלל-אסלאמית, משום שהודות למסע התעמולה שניהלה המועצה בשנות ה-20, החלה דעת הקהל המוסלמית בעולם להתעניין בנושא ארץ ישראל והמקומות הקדושים שבה.
בראשית פעילותה של המועצה, עמד תקציבה השנתי על סכום של 50,000 ליש"ט. ב-1931 עמד התקציב על סכום של 62,000 לא"י.
המועצה הקימה רשת חינוך ובה 11 בתי ספר (2 בירושלים, 3 ביפו, ואחד בכל אחת מהערים עזה, רמלה, עכו, נצרת ויריחו). מוסדות אלה נחשבו לירודים מבחינת הרמה ולמיושנים מבחינת שיטות ההוראה.
כן ארגנה המועצה בית יתומים ובית תמחוי בחָאצקי סולטאנה, ברובע המוסלמי בירושלים ומרפאות לעניים בחברון, ירושלים, חיפה וטבריה.
המועצה אף הקימה את מלון פאלאס המפואר במרכז ירושלים.
ב-1934 החלה המועצה במסע הסברה נרחב לשכנע את הציבור הערבי להפסיק את מכירות הקרקע ליהודים. בקיץ 1935 איבד מסע ההסברה מתנופתו והמועצה המוסלמית העליונה לא הצליחה לחדשו.
בין השנים 1927–1936 יצא לאור העיתון "אל-ג'אמעה אל-ערביה" ("החברה הערבית"), שהיה ביטאון המועצה והחוגים החוסיינים. עורכו הראשי היה מוניף אל-חוסייני. העיתון זוהה עם "המועצה המוסלמית", והתחרה בביטאוני העילית העירונית "אל-כרמל" ו"מראת א-שרק" בהבעת עוינות לציונות.
המרד הערבי הגדול.
ב-1936, בזמן המרד הערבי הגדול, נמצאה המועצה במצב מביך, כאשר הוסיפה לפעול בזמן שנשיאה, אמין אל-חוסייני, היה גם ראש הוועד הערבי העליון, שהנהיג את השביתה הכללית במשק הערבי. יריביו הפוליטיים לחצו עליו להשבית גם את המועצה, כדוגמה לכלל עובדי הציבור הערבים. בהשפעת הלחץ, סגר אל-חוסייני ב-11 ביוני את משרד המועצה, אולם הניח למוסדות שהיוו את עיקר פעולתה - בתי הדין השרעיים, האוקאף, המסגדים ושירותי הסעד - להמשיך לפעול. לאחר ששר המושבות הדגיש בנאומו בפרלמנט ב-19 ביוני את המשך פעילותה של המועצה, שלח אל-חוסייני מכתב זועם אל הנציב העליון וב-15 ביולי הגישו הקאדים של בתי הדין השרעיים תזכיר לממשלה, שבו הם מביעים את הזדהותם עם מטרות השביתה.
בחודשיים הראשונים של השביתה נמנע אמין אל-חוסייני מצירוף המועצה המוסלמית העליונה לשביתה ומשימוש בסמכותו כנשיאה לצורכי תדלוק המרד בתעמולה דתית. אולם בחודש יוני החל מפנה בגישתו ובהוראת המועצה המוסלמית העליונה החלו אנשי הדת המוסלמים בכל הארץ לעורר את ההמונים וקראו להם בשם האסלאם להצטרף אל המורדים. לאחר שלב ההטפה הדתית, החלה המועצה המוסלמית העליונה לקחת חלק גדול יותר במרד. עובדי המועצה ברחבי הארץ סייעו למורדים. נעשה שימוש בקאדים כדי לספק להם כסף, נשק ומידע. פעילות זו הודרכה על ידי המופתי ממקום מקלטו על הר הבית, שם קיים פגישות במחתרת, הסתיר נשק והעניק מקלט למורדים מבוקשים. כוחות הביטחון הבריטיים לא העזו להיכנס לשם. גם במסגדים אחרים בארץ נעשה שימוש דומה.
לאחר 1948.