בסיום העונה הבאה הודיע נייט מקמילן, שחקנה הוותיק של הקבוצה על פרישה ממשחק. במקביל, אי הסכמות בין הנהלת הקבוצה והמאמן הובילו לסיום עבודתו של קארל בקבוצה ולמינויו של פול וסטפאל לתפקיד.
1998-2008: עשור של מאבקים.
וסטפאל פוטר במהלך עונת 2000/01 ובמקומו מונה נייט מקמילן ששימש כעוזרו. בעונת 2002/03 הועבר גארי פייטון בטרייד למילווקי באקס, תמורת ריי אלן. באותה העונה לא הגיעה הקבוצה לפלייאוף לאחר שסיימה במאזן 40–42, פעם ראשונה מזה 11 עונות שהקבוצה מסיימת עונה במאזן שלילי. בעונת 2004/05 הפתיעה הקבוצה בהובלת ריי אלן ורשארד לואיס, כשסיימה בראשות הבית במאזן 30–52. סיאטל הצליחה לעבור את סקרמנטו קינגס בסיבוב הראשון של הפלייאוף, אך נכנעה לסן אנטוניו ספרס בשישה משחקים בסיבוב השני. הופעה זאת, הייתה ההופעה האחרונה של הקבוצה מסיאטל בפלייאוף. בסיום העונה עזב מקמילן את הקבוצה, לטובת משרת המאמן בפורטלנד טרייל בלייזרס.
בדראפט של 2007 ניצלה סיאטל את הבחירה השנייה ובחרה את קווין דוראנט ומיד לאחר מכן שלחה את ריי אלן בטרייד לבוסטון סלטיקס. תהליך חידוש הקבוצה המשיך עם עזיבתו של רשארד לואיס לאורלנדו מג'יק.
המאבק סביב העברת הקבוצה.
בשנת 2006 נמכרו הסופרסוניקס תמורת 350 מיליון דולר לקבוצת משקיעים מאוקלהומה סיטי בראשותו של קליי בנט, אישור להעברת המועדון הושג בחודש אוקטובר שלאחר מכן. בשנת 2007, הודיע בנט כי המועדון יעבור לאוקלהומה סיטי ברגע שחוזה השכירות עם אולמה של הקבוצה הקי ארנה יפוג.
ביולי 2008 עבר הדיון בין הצדדים לבית משפט פדרלי ולאחר שישה דיונים הגיעו הצדדים להסדר פשרה. על פי ההסדר נקבע כי בנט ישלם לעיר 45 מיליון דולר בתמורה ליציאה המוקדמת מחוזה השכירות. בנוסף הוסכם כי הקבוצה החדשה תוותר על השם סופרסוניקס, סמל הקבוצה, וצבעי המדים, ותשאירם בסיאטל לאפשרות שמועדון עתידי יגיע או יקום בעיר. בתמורה יקבל המועדון "נכסים" אחרים, כולל דגל האליפות וגביעים אחרים. במהלך השנים היו שמועות שונות והתקיימו מגעים על מנת להקים את המועדון מחדש, אך הם לא הבשילו לכדי מעשה.
במשך 41 שנותיהם בעיר סיאטל, השיגו הסופרסוניקס מאזן של 1,745-1,585 (52.4% הצלחה) במהלך העונה הסדירה ומאזן של 107–110 (49.3% הצלחה) במשחקי הפלייאוף. תוארי המועדון כללו שלוש אליפויות המערב ואליפות NBA אחת בשנת 1979.
2008 והלאה: אוקלהומה סיטי ת'אנדר.
2008-09: עונת הבכורה.
ב-29 באוקטובר 2008 קיימה הת'אנדר את הופעת הבכורה שלה, בהפסד למילווקי באקס. ארל ווטסון קלע את הנקודות הראשונות של הת'אנדר בזריקת המשך. שלושה לילות לאחר מכן ב-2 בנובמבר, נצחו הת'אנדר בפעם הראשונה בהיסטוריה של המועדון כאשר גברו על מינסוטה טימברוולבס, ושיפרו את מאזנם ל-1-3. לאחר הניצחון רשמה הקבוצה 10 הפסדים רצופים, דבר שהוביל לפיטורי המאמן פי. ג'יי. קרליסימו ועוזר המאמן פול וסטהד. לאחר מכן מינתה הנהלת המועדון את עוזר המאמן סקוט ברוקס למאמן זמני. הת'אנדר המשיכו והפסידו בארבעת המשחקים הבאים והשוו את שיא המועדון המפוקפק שהושג בסיאטל העומד על 14 הפסדים רצופים. אך הקבוצה הצליחה להימנע מלעשות היסטוריה כאשר נצחה במשחק הבא בחוץ מול הממפיס גריזליס. לאחר שהחלו אתה עונה במאזן 3–29, סיימו הת'אנדר את ה-50 המשחקים האחרונים של העונה במאזן 20–30 ושיפרו את מאזנם מעונתם האחרונה בסיאטל שעמד על 20–62. הצלחתם בשלהי העונה תרמה להחתמתו של סקוט ברוקס כמאמן הקבוע של הקבוצה.
לאחר המעבר מסיאטל לאוקלהומה סיטי, מצבה התפעולי של הקבוצה השתפר ללא הכר. בדצמבר 2008, המגזין פורבס העריך את שווי המועדון ב-300 מיליון דולר - עליה של 12% מהשנה הקודמת בה הוערך שוויו של המועדון ב-268 מיליון דולר, כאשר באותה עת הוא היה ממוקם בסיאטל. המגזין פורבס ציין גם עליה בכמות הכרטיסים הזמינים שנמכרו, מ-78% מאזנו של המועדון שנה שעברה ל-100% בעונת .
2009-10: עונת המפנה.
הת'אנדר לא ביצעו התאמות גדולות במהלך הפגרה, מעבר לבחירתו של ג'יימס הארדן מאוניברסיטת המדינה של אריזונה כבחירה השלישית בדראפט 2009. מתחילת העונה נראו הת'אנדר מגובשים ונחושים. עונת כללה כמה ניצחונות על הקבוצות הגדולות של הליגה, כולל ניצחון ב-28 נקודות הפרש על אלופת המזרח האורלנדו מג'יק וניצחון ב-16 נקודות הפרש על האלופה המכהנת הלוס אנג'לס לייקרס, ניצחונות חוץ על הסן אנטוניו ספרס, היוטה ג'אז, המיאמי היט, הבוסטון סלטיקס, והדאלאס מאבריקס. הת'אנדר סיימו את העונה הסדירה במאזן של 30–52, כשהם יותר ממכפילים את מספר הניצחונות המעונה הקודמת וסקוט ברוקס נבחר למאמן העונה. קווין דוראנט הפך לשחקן הצעיר בהיסטוריה של ה-NBA הזוכה בתואר מלך הסלים של הליגה, כשהוא קולע בממוצע 30.1 נקודות למשחק כשהוא משתתף בכל 82 המשחקים של העונה הסדירה. הת'אנדר סיימו במקום הרביעי בבית הצפון-מערבי וזכו בכרטיס למשחקי הפלייאוף. ב-22 באפריל, השיגו הת'אנדר את ניצחונם הראשון בפלייאוף לאחר שגברו באוקלהומה סיטי על האלופה המכהנת הלוס אנג'לס לייקרס 96–101 אך, הודחו לבסוף בסיבוב הראשון של הפלייאוף בשישה משחקים, 4-2.
מצבו התפעולי של המועדון המשיך להשתפר גם כן בעונת 2009/10. המגזין פורבס העריך עתה את שוויו של המועדון ב-310 מיליון דולר, 10 מיליון דולר יותר בהשוואה לשנה הקודמת, עם רווח תפעולי מוערך של 12.7 מיליון דולר (הרווח התפעולי הראשון הנראה במועדון מזה שנים).
2010-2014: מאבקים בצמרת.
בעונת 2010/11 שיפרה הקבוצה את מאזן הניצחונות שלה ל-55 וזכתה באליפות הבית הצפון-מערבי. זכייה ראשונה באליפות הבית מאז המעבר וזכייה רביעית בסך הכל. בסיבוב הראשון של הפלייאוף נצחה הקבוצה את דנוור נאגטס בחמישה משחקים. בסיבוב השני פגשה הקבוצה את ממפיס גריזליס, שהדיחה במפתיע את סן אנטוניו ספרס, שדורגה ראשונה בסיום העונה הסדירה. אוקלהומה הובילה 2–3 בסדרה, אך משחק חלש של קווין דוראנט שקלע רק 11 נקודות אפשר לממפיס להשוות את הסדרה ולכפות משחק שביעי ומכריע. במשחק השביעי קלע דוראנט 39 נקודות וראסל וסטברוק הוסיף טריפל דאבל כשקלע 14 נקודות, מסר 14 אסיסטים ולקח 10 ריבאונדים, בדרך לניצחון בסדרה. בגמר המערב הפסידה הקבוצה את הסדרה ב-5 משחקים לדאלאס מאבריקס, שזכתה באליפות בסיום העונה.
בעונת 2011/12 סיימה אוקלהומה במקום השני. במהלך העונה זכה קווין דוראנט בתואר ה-MVP של משחק האולסטאר ובסיומה זכה בתואר מלך הסלים, עונה שלישית ברציפות. בסיבוב הראשון של הפלייאוף פגשה את דאלאס מאבריקס, האלופה, וניצחה אותה בסוויפ. בסיבוב השני ניצחה את הלייקרס 1–4 ועלתה לגמר המערב בו פגשה את סן אנטוניו. הספרס ניצחו בשני המשחקים הראשונים, אך אוקלהומה השיגה ארבעה ניצחונות רצופים וזכתה באליפות המערב. בגמר פגשה אוקלהומה את מיאמי היט בהובלתו של לברון ג'יימס, לאחר ניצחון במשחק הפתיחה, הפסידה בארבעת המשחקים האחרים והפסידה בסדרה 4-1.
3 ימים לפני פתיחת עונת 2012/13, לאחר שלא הגיעה להסכמות על גובה החוזה, ביצעה הקבוצה טרייד מפתיע והעבירה את ג'יימס הארדן ליוסטון רוקטס תמורת קווין מרטין, ג'רמי לאמב ובחירת דראפט עתידית. את העונה הסדירה סיימה הקבוצה במאזן 22–60 וזכתה באליפות אזור המערב, לראשונה מאז עברה הקבוצה לאוקלהומה. בסיבוב הראשון של הפלייאוף פגשה הקבוצה את הרוקטס וג'יימס הארדן. במהלך המשחק השני בסדרה נפצע ראסל וסטברוק בברכו, פציעה שסיימה עבורו את העונה. דוראנט התאמץ לחפות על העדרו של וסטברוק, כשקלע ממוצע של 30.8 נקודות, לקח 9 ריבאונדים ומסר 6.3 אסיסטים ב-44 דקות ממוצע למשחק. המאמץ הספיק בשביל לגבור על הרוקטס בשישה משחקים, אך בסיבוב השני, פגשה הקבוצה את ממפיס גריזליס שהדיחה את הת'אנדר לאחר חמישה משחקים.
הפציעה של וסטברוק מנעה ממנו לפתוח את העונה יחד עם הקבוצה, אך הוא חזר למגרשים במחזור השלישי. בסוף דצמבר נאלץ לעבור ניתוח נוסף עקב נפיחות בברכו, ניתוח שהשבית אותו עד אמצע חודש פברואר. חסרונו של וסטברוק כמעט ולא הורגש הודות לעונה המצוינת של קווין דוראנט שנבחר 4 פעמים לשחקן החודש במערב, קלע 25 נקודות או יותר ב-41 משחקים רצופים, קלע שיא אישי של 54 נקודות במשחק, סיים את העונה כמלך הסלים עם ממוצע של 32 נקודות למשחק ונבחר כ-MVP של העונה הסדירה. את העונה סיימה הקבוצה במאזן 23–59, במקום השני במערב. בפלייאוף הגיעו הת'אנדר עד לגמר המערב בו הפסידו בשישה משחקים 4:2 לסן אנטוניו ספרס שהמשיכה וזכתה באליפות ה-NBA.
2014-15: מאבק בפציעות.
באוקטובר 2014 התגלה שבר מאמץ ברגלו של קווין דוראנט, פציעה שאילצה אותו לעבור ניתוח ולהחמיץ את 17 המשחקים הראשונים בעונה. במהלך המשחק השני של העונה נפגע ראסל וסטברוק בכף ידו והחמיץ את 14 המשחקים הבאים. בהיעדרם של שני הכוכבים הצליחה הקבוצה לנצח רק ארבעה מתוך שש עשרה המשחקים הראשונים בעונה. דוראנט חזר למגרשים בסוף חודש דצמבר, אך בשל הפציעה הושבת עוד מספר פעמים במהלך העונה ובמהלך חודש פברואר הודיעה הקבוצה שהשחקן סיים את העונה. הפעם היה זה תורו של וסטברוק להוביל את הקבוצה - הוא זכה בתואר שחקן העונה במערב 3 פעמים ברציפות, השיג 11 טריפל דאבלים וסיים כמלך הסלים של הליגה עם ממוצע 28.1 נקודות למשחק. בשבועות האחרונים של העונה ניהלה הקבוצה מאבק צמוד עם ניו אורלינס פליקנס על המקום השמיני במערב, המוביל לפלייאוף, אך בסופו של דבר סיימה הקבוצה רק במקום התשיעי ולא העפילה לפלייאוף, לראשונה מאז מונה סקוט ברוקס למאמן. בעקבות חוסר ההצלחה פוטר ברוקס ובמקומו מונה לתפקיד בילי דונובן.
2015-16: חזרה לצמרת.