בתוך פרארי החלו מתיחות בהנהלה ובין אנשי החברה שהגיעו לשיאם בנובמבר 1961. מנהל המכירות הוותיק של פרארי לא היה מוכן להמשיך אילולא אשתו של אנצו שעבדה בפרארי תעזוב את החברה הסיבה לכך כי היא הייתה מתערבת בתוך ההנהלה והייתה מפריעה מאוד בעיקר לאור הדבר שלא היה לה שום ידע במכוניות. השניים התווכחו לעיתים קרובות, והמחלוקת ביניהם הפכה למשבר עבור החברה כאשר המנהל רומולו טאבוני והמהנדס הראשי של החברה קארלו קיטי ביחד עם מנהל הפיתוח הציבו אולטימטום לאנצו, ודרשו את הוצאת אשתו מהחברה במכתב, ואם לא יוציא הם יפרשו מהחברה. כתוצאה מכך פיטר אנצו את מבקשי הוצאת אשתו מהחברה, דבר שהיה סכנה לחברת פרארי ורבים חשבו שהיא הולכת להתפרק, כל זה קרה בלילה המכונה "ליל הסכינים הארוכות", הלילה שבו בוצע סינון במפקדי הצבא הנאצי וכך גם בפרארי אותו לילה מכונה כך. אלה שאנצו פיטר הקימו חברה שהתחרה בפרארי במרוצים.
בתקופה הקשה הזאת שבה פרארי כמעט התפרקה אנצו החליט לפתח מכונית ספורט שתתחרה ביגואר E-טייפ, המכונית שהוצגה על ידי פרארי היא הפרארי 250 GTO המבוססת על הפרארי 250, הייתה קריטית עבור פרארי בעוד שגם עם סיום פיתוח המכונית לא היה ברור עם אפשר להתחרות איתה במרוצים ללא המנהל רומולו וסגניו.
לתוך התסבוכת אליה נקלעה פרארי הצטרף לחברה המהנדס מאורו פורגיירי עם מעצב הרכב האיטלקי סרג'ו סקאלייטי. פורגיירי חידד את עיצוב ה-250 GTO וההנדסה שלה. ה-250 GTO לאחר הטיפול של השניים הצטרפה למרוץ 12 השעות של סברינג עם הנהג פיל היל וזכה במקום הראשון. היא ניצחה בכל המרוצים עד שנת 1962. היא נחשבת לאחת ממכוניות המרוץ המפורסמות והטובות ביותר של פרארי בהיסטוריה. הכישרון ההנדסי של פורגיירי הפכו את שנות השישים לשנים המוצלחות ביותר של פרארי יותר מהעשור הקודם. פרארי החלה לפתחת דגמים כגון פרארי 275 ופרארי דייטונה.
לאחר ניצחונה של פורד את פרארי בשנת 1967, ההפדרציה הבינלאומית לרכב אסרה על השתתפות מכוניות אשר המנוע שלהם בנפח של מעל ל-3,000 סמ"ק (3.0 ליטר), דבר אשר השפיע גם על פרארי 330Ps מכונית המרוץ הטובה של פרארי. השינוי הוכרז בסוף 1967 ונכנס לתוקף בשנת 1968. באותה עונה סקודריה פרארי לא השתתפה בתחרות במחאה.
בשנת 1963 פורד הציעה לפרארי עזרה אך אנצו העדיף שלא, עקב כך הציגה פורד את ה-GT40 שהיווה אויב חזק לפרארי במרוצים וכך היא ניצחה אותה עד להצגת ה-250 טסטה רוסה. למרות השליטה של פורד במרוצים לאחר הצגת הפורד GT40, פרארי זכתה בניצחונות רבים בתחרויות רבות, על ידי הפרארי 250 טסטה רוסה וה-250 P או הפרארי 250 GTO אשר מיד גברו על יריבותיה בגרנד טורינג. אבל למרות הצלחות אלה, עתידה של פרארי עדיין לא היה ברור בשל קשיים כלכליים. זו הסיבה שב-18 ביוני 1969 אנצו מכר 50% ממניות פרארי לקבוצת פיאט. ההסכם גם קובע כי במותו, 40% נוספים יוענקו לפיאט בעוד 10 האחוזים האחרונים ילכו לבנו, פיירו פרארי.
דינו (1965–1980).
בשנת 1965 ניסתה פרארי להשיק תת-מותג חדש, "דינו", על שם אלפרדו דינו פרארי, בנו הראשון של אנצו, שנפטר ב-1956 ממחלת ניוון שרירים. בתכננו של אנצו הוא היה אמור להיות היורש שלו. טרם פטירתו עמד דינו פרארי מאחורי מהלך פיתוח מנוע V6, כאשר שכנע אביו לעשות זאת בהשראת המנועים המצליחים של לנצ'יה, האחרונה שפיתחה מנועים כאלו באותן שנים. דינו פרארי גם היה מעורב בפיתוח המנוע עצמו, עליו הופקד ויטוריו ג'אנו, שהגיע לפרארי יחד עם קבוצת המרוצים של לנצ'יה (אשר השתלט עליה אנצו לאחר שלנצ'יה החליטה לפרוש ממרוצים בעקבות מותו של אלברטו אסקרי ב-1955).
הרעיון היה להציע חברה שתייצר רכבים כמו של פרארי אך יותר עממיים, שתתחרה ב-911 של פורשה. הרעיון לשווק את המכוניות כמותג נפרד נגנז לאחר זמן קצר אך המכוניות עצמן כונו דינו בלי סמל של פרארי עליהן וזכו להצלחה גדולה. תכנון המכונית כלל שהמנוע היה בתצורת מנוע מרכזי אך אנצו סבר כי תצורה זו הייתה פחותטובה מבחינת התנהגות כביש ותהיה מסוכנת בידי נהגים מן השורה. בסופו של דבר התרצה אנצו ונתן אישור לסרג'יו פינינפארינה לעצב את המכוניות בצורה המושלמת ביותר של רכבים קלאסיים.
הדינו 206 הראשונה הוצגה כקונספט בשנת 1965, והגיעה לייצור שנתיים לאחר מכן. מנועה היה בנפח 2.0 ליטר עם 6 צילינדרים בתצורת V וסיפק 180 כ"ס, עקב שימוש באלומיניום בלבד במרכב המכונית, משקל המכונית עמד על 900 ק"ג. בשנת 1969 המנוע נפח המנוע הוגדל ל-2.4 ליטר עם הצגת הדינו 246, היא הייתה המכונית הראשונה של פרארי שיוצרה במספרים גדולים, קרוב ל-3,800 יחידות בזמן של 5 שנים. הדינו 308 GT4 שהוצגה בשנת 1976 הייתה האחרונה שנשאה את השם והסמל של דינו. לאחר מכן עברו המכוניות להיקרא פרארי, כולל הסמל. יחד עם הדינו אשר זכתה להצלחה רבה הושקה עוד מכונית כמעט במקביל, פרארי 365 GTB/4 דייטונה, היא כללה מנוע עם 12 צילינדרים בתצורת V עם מנוע קדמי.
מותו של אנצו פרארי (1988).
באוגוסט 1988 נפטר אנצו פרארי, מותו השפיע על החברה, והשנים המוצלחות של פרארי אשר החלו בשנות ה-60 נעצרו עם תחילת שנות ה-90. מותו של אנצו השפיע קשות על החברה כלכלית ומכירות המכוניות ירדו מ-4,595 שנתיים קודם לכן ל-2,289 מכירות. באותה תקופה המכוניות של פרארי היו ידועות במכניות שלהם אך הנוחות והאיכות ירדו, דבר שהשפיע מאוד על המכירות וכמעט גרם לסגירת פרארי. שנה לפני מותו פרארי בנתה את ה-F40 אשר הוקדשה לסמל את הישגיו. כדי לציין 60 שנה למפעל, הושקה ב-2002 מכונית שנקראה על שמו, פרארי אנצו. עם מותו של אנצו הגדילה פיאט את החזקתה בפרארי לכדי 90%.
שנות השמונים והמילניום החדש.
החל משנות ה-80 החלה פרארי לייצר מכוניות עם הסגנון המוכר לנו היום, העיצוב המודרני המנועים המשופרים וכיוצ"ב. בשנת 1990 פתחה פרארי את מוזיאון פרארי שממוקם במרנלו, במוזיאון מוצגים רכבים היסטוריים של פרארי לצד מכוניות מרוץ היסטוריות של מרוצי הפורמולה 1. בנובמבר 1991 מונה לוקה די מונטזמולו לשעבר מנהל סקודריה פרארי בין השנים 1974 ל-1977 להיות נשיא פרארי.
המילניום החדש הוביל את פרארי לתקופה של הצלחה. פרארי השיגה שורה של ניצחונות מרשימים על אדמת אמריקה, כולל שלושה ניצחונות ב-12 שעות של סברינג ו-24 שעות של דייטונה. בין 2000 ל-2008, פרארי זכתה ב-13 אליפויות עולם.
באותן שנים של הצלחה בפורמולה 1 היו גם הצלחות במכירות, הושקו הדגמים אנזו ו-F430 שהביאו הצלחות רבות לפרארי (בעיקר ה-F430). בשנת 2002 הושקה החנות הראשונה של פרארי במרנלו, לאחר מכן הקימה עוד כמה חנויות ברחבי איטליה ולאחריה בעוד מקומות בעולם, נכון ל-2021 יש לפרארי למעלה מ-30 חנויות ברחבי העולם, כולל סנקט פטרסבורג, דובאי, אבו דאבי, סינגפור, ניו יורק ומיאמי.
פרארי כיום.
החל משנת 2010 מחזקת פרארי שווקים כגון המזרח התיכון, סין, יפן ושאר המזרח הרחוק על ידי הקמת אולמות תצוגה והרחבת היצע הדגמים ועוד, כמו כן היא מחזקת אותה על ידי הקמת מטה מקומי ואולמות תצוגה רבים בשווקים כמ ארצות הברית, בריטניה וגרמניה. בשנים האלה הרחיבה פרארי את היצע הדגמים שלה על ידי דגמים שחלקם יותר נוחים לכביש יותר יוקרתיים וטכנולוגים, בנוסף ממשיכה פרארי להציע מכוניות חזקות מאוד וספורטיביות יותר שפחות מיועדות לנסיעה בכבישים, למכוניות האלה מגבילה פרארי את הייצור לרוב.
באוקטובר 2014 הודיעה קבוצת FCA כי בכוונתה להפריד את פרארי מ-FCA, נכון להודעה ה-FCA שלטה ב-90% מפרארי. באוקטובר 2015 החלה פרארי בתהליך הפרדות מפיאט, במסגרת התהליך הוקמה חברת פרארי אן. וי. (Ferrari N.V.) כחברת החזקות המנהלת את פעילות הקבוצה. במסגרת תהליך ההפרדות הנפיקה פיאט 10% ממניותיה בבורסה בניו יורק. ב-4 בינואר 2016 פרארי נרשמה גם בבורסה האיטלקית והפכה לחברה עצמאית.
ב-21 ביולי 2018 הוחלף נשיא ומנכ"ל פרארי, סרג'ו מרקיונה בג'ון אלקן המכהן כנשיא ומנכ"ל פרארי.
כיום עם התפתחות העידן החשמלי במכוניות והחוק שעד שנת 2035 תיאסר מכירת רכבי בנזין ודיזל באיחוד האירופי, פרארי החלה לייצר מכוניות היברידיות כאשר ה-296 GTB שהוצגה בשנת 2021 כללה מערכת הנעה היברידית גם המכונית הבאה של פרארי שתמונות ריגול שלה נחשפו ומיועדת להיות ה"לה פרארי" הבאה תהיה גם בעלת הנעה היברידית, כמו כן מנכ"ל פרארי דאז סרג'ו מרקיונה הודיע בתחילת 2018 כי כשפרארי תציג מכונית חשמלית היא תהיה המכונית החשמלית הכי מהירה שיש הן בתאוצה והן במהירות.
באפריל 2021 הודיע ג'ון אלקן כי עד שנת 2025 יציגו את המכונית החשמלית הראשונה שלהם, וכי הם מתכננים שעד שסוף העשור פרארי תייצר רק מכוניות חשמליות, באותו זמן ציין כי פרארי תשיק עוד שלושה רכבים חדשים, הראשונה שבהם היא ה-296 GTB שהושקה חודשיים לאחר מכן.
ספורט מוטורי.
סקודריה פרארי (באיטלקית: Scuderia Ferrari) היא קבוצת המרוצים של חברת פרארי המתחרה באליפות הפורמולה 1. הקבוצה היא הוותיקה ביותר בסבב האליפות והשתתפה בכל העונות שהתקיימו מאז שנת 1950. במהלך השנים רשמה הקבוצה 16 פעמים זכיות באליפות היצרנים ו-15 זכיות באליפות הנהגים. אלברטו אסקרי זכה באליפות הראשונה בשנת 1952 וקימי רייקונן זכה באחרונה בשנת 2007.
החל מאמצע שנות ה-40' ועד מחצית שנות ה-70' לקחה הקבוצה חלק באליפות העולם למכוניות ספורט וזכתה ב-13 תוארי אליפות. את הניצחונות הראשונים רשמה הקבוצה במרוץ המייל מילייה (Mille Miglia) אותו ניצחה בשנת 1950 וב-1951. בעקבות התוצאות החלשות שהשיגה קבוצת הפורמולה 1 בעונת 1973 החליט אנצו פרארי על הפסקת ההשתתפות באליפות העולם למכוניות ספורט והתמקדות בפורמולה 1 בלבד.