לאחר שנשאר לזמן מה עם סבתו באייווה, חי הובר את השנה וחצי הבאות עם דודו, אלן, בווסט ברנץ'. בנובמבר 1885, עבר לאורגון כדי לגור עם דודו, דוקטור ג'ון מינטורן, שהיה רופא ואיש עסקים. במשך שנתיים וחצי, עבד הובר כעוזר במשרד הנדל"ן של דודו. אף על פי שלא למד בתיכון, הוא למד לימודי ערב, הנהלת חשבונות, קצרנות וחשבונאות. הובר הצעיר היה ביישן, רגיש, מופנם ומעט חשדן, מאפיינים שהתפתחו, לפחות בחלקם, בתגובה לאובדן הוריו בגיל כה צעיר. הוא למד באקדמיית 'חברי האוקיינוס השקט' בניוברג, אורגון, וסיים את לימודיו עם ציונים ממוצעים ומטה בכל המקצועות מלבד מתמטיקה. למרות זאת, נחוש להתקדם ללימודי השכלה גבוהה באוניברסיטת סטנפורד שהוקמה זמן קצר קודם לכן בפאלו אלטו, קליפורניה, הובר למד קשה ובקושי רב עבר את מבחן הקבלה של האוניברסיטה. הוא המשיך להתמחות בגאולוגיה והשתתף בשורה של פעילויות מחוץ לבית הספר, שימש כגזבר כיתות של גופי התלמידים הצעירים והבוגרים. כדי לשלם את שכר הלימוד שלו, הובר עבד כפקיד במשרד הרישום והראה מיומנות יזומית רבה על ידי פתיחת שירותי כביסה לסטודנטים.
הייתה זאת שנתה הראשונה של האוניברסיטה והתלמידים הראשונים שילמו באופן פחות מהנדרש מהכיתות הבאות לבוא. הובר טען שהיה התלמיד הראשון באוניברסיטה, כיוון שהיה הראשון לישון במעונות עם פתיחת האוניברסיטה. הוא ניהל את נבחרות הפוטבול והבייסבול של האוניברסיטה, והיה חלק מהמשחק הראשון שלה מול אוניברסיטת קליפורניה בברקלי. ב-1892 הזמין את המלחין הפולני, איגנצי יאן פדרבסקי, לנגן קונצרט לצדקה. פדרבסקי הסכים לבצע זאת ללא תשלום, כדי שיוכלו לשלם את שכירות האולם. ב-1919 פדרבסקי היה ראש ממשלת פולין, ונסע לארצות הברית כדי להודות להובר על העזרה החומרית שהגיש לפולין במהלך המלחמה. ב-1895 סיים את לימודיו עם תואר בגאולוגיה. במהלך שנות לימודיו עבד בעבודות שונות. הוא התנגד לאחוות השונות באוניברסיטה.
מהנדס מכרות.
אוסטרליה.
לאחר סיום לימודיו, עבד הובר בהפקת זהב בקליפורניה, לפני שהשיג עבודה בחברה להנדסת מכרות. ב-1897 נסע למערב אוסטרליה בחסות חברת הפקת זהב בריטית. הוא עבד במכרות זהב שונים באזור. הבית שלו במערב אוסטרליה הוא אטרקציה תיירותית. הובר נחשב לחלוץ בנושא הנדסת המכרות. הוא עבד בתנאים קשים, אף על פי שהשיג משכורת של 5,000 דולרים (שווי ערך ל-100,000 דולר היום). הוא עסק בגאולוגיה ובהנדסת מכרות, וחיפש שדות זהב להשקעה. לאחר מינויו לתפקיד מנהל המכרה בגיל 23, פעל להרחבת המכרה, והעסיק מהגרים איטלקים כדי להוריד עלויות ולפגוע באיגוד העובדים של הכורים. הוא האמין שהכורים האיטלקים היו עדיפים, ושהיריבות בינם לבין הכורים המקומיים תרמה לכרייה.
לאחר מכן קודם הובר לניהול מכרה בסין, ונפרד מחברתו מימי האוניברסיטה, לו הנרי.
סין ומיזמים גלובליים אחרים.
הובר החליט להתחתן עם לו הנרי ב-1899, והיא הפכה לקווייקרית גם היא. היו להם שני בנים- הרברט צ'ארלס הובר, ואלן הנרי הובר. הזוג הנשוי עבר לסין, שם שימש הובר כמהנדס ראשי עבור משרד המכרות הסיני. לאחר מכן עבד כמהנדס בכיר, ואשתו למדה מנדרינית. גם הובר למד קצת מהשפה, ונאמר שהזוג השתמש בשפה בבית הלבן כדי להימנע מהאזנות. הובר שיפר את תנאי העסקת הפועלים, והוביל רפורמות. ביוני 1900, פרצה מלחמה באזור, והובר עצמו הנהיג את הנחתים האמריקנים באזור. אשתו טיפלה בפצועים.
הובר הפך לשותף בחברת מכרות ב-18 בדצמבר 1901, והשיג אחריות על הפעילויות העסקיות. שכרו היה 12,500 דולר לשנה, בנוסף ל-20% מהרווחים. התאגיד שלט ב-50% מהפקת הזהב באוסטרליה. ב-1901, הוא כבר לא חי באוסטרליה, אולם ביקר בה ב-1902, 1903, 1905 ו-1907. בנוסף היה דירקטור בתאגיד המכרות הסיני וסיפק מהגרי עבודה למכרות בדרום אפריקה. לאחר שנודעו תנאי העסקת העובדים, נאלץ הובר להפסיק זאת.
בין אוגוסט לספטמבר 1905, הקים תאגיד להפקת כסף. הכנסת שיטות חדשות אפשרה לתאגיד להפוך למפיק כסף גדול.
בעלים יחיד.
ב-1908, הפך הובר ליועץ מכרות עצמאי, וטייל ברחבי העולם עד לפרוץ מלחמת העולם הראשונה ב-1914. הוא השקיע בכל יבשת, והיו לו משרדים בסן פרנסיסקו, לונדון, ניו יורק סיטי, פלורידה, פריז, ובורמה. הוא הפיק כמויות מינרלים גדולות, אולם חלה במלריה ב-1907. בנוסף העלה את הפקת הנחושת ברוסיה, וניהל מכרה בפקודת הצאר. הוא הפך את המכרה למחצב העשיר ביותר בעולם לפני המהפכה הקומוניסטית.
בזמנו הפנוי, כתב הובר. הרצאותיו באוניברסיטת קולומביה ובסטנפורד פורסמו ב-1909. הובר ואשתו תרגמו ב-1912 ספר על כריית מתכות.
ב-1914, היה הובר איש עשיר, עם הון של ארבעה מיליון דולר. בתקופה זאת אמר, שאם אדם לא הפך למיליונר עד גיל ארבעים, הוא לא שווה הרבה. הוא היה בעלים במכרה בבורמה עד סגירתו ב-1963, שנה לפני מותו. המכרה הביא לו הון רב. בשנותיו המאוחרות תיאר את עצמו כרופא למכרות חולים.
עבודה הומניטרית.
פעולות הצלה באירופה ובבלגיה.
כשמלחמת העולם הראשונה פרצה באוגוסט 1914, ארגן הובר את החזרת 120,000 אמריקנים מאירופה. הוא הוביל 500 מתנדבים באספקת מזון, ביגוד, פחם ומזומן. הייתה זאת תחילת הקריירה הציבורית שלו. הוא טען שההבדל בין דיקטטורה ודמוקרטיה הוא פשוט: הדיקטטורים מארגנים מלמעלה למטה, ואילו הדמוקרטיות "מלמטה למעלה".
במהלך משבר המזון בבלגיה, לאחר שזאת חוותה פלישה גרמנית, הוביל הובר מאמצי הצלה חסרי תקדים. הוא סיפק מזון לכל בלגיה במהלך המלחמה. מיליוני טונות מזון הובאו לבלגיה, בתקציב של 11 מיליון דולרים לחודש, שמומנו מתורמים פרטיים.
במהלך השנתיים הבאות, עבד הובר 14 שעות ביום מלונדון, וסיפק שני מיליון טונות של מזון לתשעה מיליון קורבנות מלחמה. הוא חצה את הים הצפוני ארבעים פעמים כדי לשכנע את הרשויות הגרמניות לאשר את משלוחי המזון, והיה לגיבור בינלאומי. בשיאו, האכיל מנהל הסיוע האמריקני 10.5 מיליון איש בכל יום. בריטניה התנגדה לתמיכה במיזם של הובר, והעדיפה שהגרמנים ידאגו לאוכלוסייה כבושה. וינסטון צ'רצ'יל, שאותו הובר לא חיבב, טען שהמאמץ לשיקום בלגיה היה אסון צבאי.
במהלך אותה התקופה, הותיר הובר רושם על השגריר האמריקני בבריטניה, וולטר פייג'. במזכר מ-30 בדצמבר 1916, כתב פייג' שהובר יצליח במחלקת המדינה, בגלל הצלחתו במשא ומתן עם הממשלות הזרות. הממשלה הבריטית, לטענת פייג', הציעה להובר אזרחות בריטית ותפקיד בכיר בממשלה, אולם הוא סירב לוותר על אזרחותו האמריקנית.
מנהל המזון האמריקני.
לאחר כניסת ארצות הברית למלחמה באפריל 1917, מינה הנשיא וודרו וילסון את הובר להוביל את מנהל המזון האמריקני. הובר היה משוכנע שריכוז סמכויות היה הדרך הטובה לשמור על המצב. הוא השיג כוחה רב, ובחר באנשים מיומנים לנהל את התפקידים (ביניהם היה רוברט טאפט בצד הפוליטי).
הובר ביסס ימים בהם אנשים לא יכלו לאכול מוצרים מסוימים ולשמור אותם למנות קרב: הוא יזם את פרויקט יום שני ללא בשר (שהפך לאחר מכן לפרויקט טבעוני) ויום רביעי ללא חיטה. המנהל הוביל לשליטה במחירים והנפיק רישיונות ליצרני מזון כדי למקסם את התפוקה. כמה תאגידים הרוויחו מכך.
פעולות הצלה לאחר המלחמה.
לאחר המלחמה, כחבר במועצה הכלכלית העליונה וראש מנהל הסיוע האמריקני, ארגן הובר משלוחי מזון למיליוני גוועים ברעב במרכז אירופה.
הובר סיפק עזרה לגרמניה לאחר המלחמה, וגם לאזורים מוכי הרעב בשליטת הבולשביקים ברוסיה ב-1921, למרות התנגדות הרפובליקנים. כשנשאל האם במעשיו לא עזר לבולשביזם, טען "עשרים מיליון איש גוועים ברעב. לא משנה מה הפוליטיקה שלהם, צריך להאכיל אותם!". בנוסף, הבין הובר ששליטתו באספקת המזון נתנה לו יתרון על הממשל הבולשביקי.
עם סוף המלחמה, קבע הניו יורק טיימס שהובר הוא אחד מעשרת האמריקנים החיים החשובים ביותר. כשחזר לארצות הברית ב-1919, שקל להיכנס לפוליטיקה. המפלגה הדמוקרטית ראתה אותו כמועמד נשיאותי, והנשיא וילסון ראה אותו כיורש עתידי. פרנקלין דלאנו רוזוולט, אז כוכב עולה במפלגה בניו יורק, טען שהובר הוא בחירה מצוינת. מאחר שהובר האמין שהרפובליקנים ינצחו ב-1920, החליט לתמוך ברפובליקנים. בנוסף, טען שלא יוכל להיות חבר במפלגה שהחבר היחיד בה בבית ילדותו היה השיכור של העיירה.
הובר אסף מידע על המלחמה, ותרם לשם כך את כל המסמכים מתקופת פעילותו במלחמה. עלונים, פרסומים, מסמכים ממשלתיים, עיתונים, כרזות וחומרים אחרים נאספו, וכיום הם נמצאים באמתחתו של "מכון הובר".
יעילות.
לאחר שעבד עם מנהל המזון, הפך הובר לנשיא איגוד המהנדסים של ארצות הברית. הוא התמקד בהקטנת הבזבוז והעלאת היעילות. הוא ניסח תוכנית לבדיקת הבזבזנות בסקטור התעשייתי, והתמקד בפועלים. הדו"ח שהפיץ התפרסם מאוד.
כשמונה למזכיר המסחר, התפטר מאיגוד המהנדסים, אולם במהלך שנותיו במשרד פעל לאור הדו"ח.
מזכיר המסחר.
הובר דחה את חיזורי המפלגה הדמוקרטית ב-1920. הוא היה רשום כרפובליקני, אף על פי שתמך במפלגה הפרוגרסיבית של תיאודור רוזוולט ב-1912. כעת הכריז על עצמו כעל רפובליקני וכמועמד נשיאותי.
הוא ניסה להתמודד בבחירות המקדימות בקליפורניה, שם כמעט ניצח את הסנאטור הפופולרי היירם ג'ונסון. הובר לא נחשב למועמד רציני, גם לא כשהוועידה הרפובליקנית התחלקה בין מושל אילינוי פרנק לואדן והגנרל ליאונרד ווד. אף על פי שהיו לו חילוקי דעות אישיים עם וורן הרדינג, תמך בו הובר מבחינה ציבורית ונאם לטובתו.
לאחר היבחרו, הציע הרדינג להובר מינוי לתפקיד מזכיר הפנים או לתפקיד מזכיר המסחר. הובר בחר בתפקיד מזכיר המסחר, שהיה קיים רק שמונה שנים, ונחשב לתפקיד משני ובעל אחריות מוגבלת.