אפי איתם נכח בגוש קטיף בזמן פינויו במסגרת תוכנית ההתנתקות ופעל על מנת למנוע התנגשויות אלימות. לאחר פינוי נצר חזני שהה איתם בנצרים וליווה אותם ביום הפינוי. במאמר לסיכום ההתנתקות (מעריב, 27 באוגוסט 2005) כתב העיתונאי בן כספית, שלמתנחלים ולהנהגתם חלק גדול בכך שההתנתקות עברה בשלום, והוא ציטט את איתם שהסביר שעם כל הכבוד לכוחות המפנים, האלימות נמנעה בעיקר משום שהמתיישבים המפונים ומתנגדי ההתנתקות החליטו לנהוג באיפוק ולא להתנגד באלימות.
על הטענה שהועלתה בתקשורת, שלא הייתה אלימות בגלל הכמות הרבה של כוחות הפינוי, השיב:
האיחוד הלאומי.
בשנת 2005 הצטרפה מפלגת ציונות דתית לאומית מתחדשת לסיעת האיחוד הלאומי, שכללה את חברי הכנסת של מולדת, בני אלון ואריה אלדד, וחברי הכנסת של תקומה, צבי הנדל ואורי יהודה אריאל. במסגרת הרשימה לבחירות לכנסת ה-17 קיבלו איתם ויצחק לוי את המקומות השלישי והרביעי בהתאמה. איתם מונה לראש מטה ההסברה של האיחוד הלאומי בקמפיין הבחירות.
ב-1 בפברואר 2006 הגיע איתם, יחד עם חברי כנסת נוספים, למאחז עמונה, כדי למנוע הריסת 9 בתים שנבנו ללא היתר בנייה. במקום פרצו עימותים קשים בין המתנחלים לבין כוחות הביטחון, בהם נפצעו רבים מכוחות הביטחון ומהאזרחים שהתעמתו עמם, ובהם גם הח"כים אפי איתם, מוטי יוגב ואריה אלדד[./אפי_איתם#cite_note-35 [35]] איתם אושפז בבית החולים הדסה עין כרם, ותקף בחריפות את אהוד אולמרט, שאותו האשים בכך ש"השוטרים קיבלו פקודה להתיר את דמם של הילדים ומנהיגי הציבור. זה פוגרום שנעשה באנשים צעירים", בנוסף, ביקר בחריפות את אלימות המשטרה
בשבת, המשטרה שחררה קלטת וידאו אותה צילמה, המוכיחה לכאורה שאיתם לא נפצע מפרש משטרה, ולא היו פרשים בסביבתו סמוך לזמן הפגיעה. לטענתם נפצע איתם על ידי אבנים שזרקו המתנחלים ולא על ידי פרש משטרתי ב-8 בפברואר, לעומתה הציג איתם תמונות בהן הוא נראה סמוך לפרש משטרתי, לכאורה שניות אחרי שפגע בו, לפי דבריו
האיחוד הלאומי-מפד"ל.
ב-9 בפברואר הודיעו האיחוד הלאומי והמפד"ל על יצירת "רשימה יהודית לאומית מאוחדת". את המשא ומתן ניהלו בנימין אלון, איתם וזבולון אורלב. המשא ומתן צלח למרות המשקעים הכבדים בין השניים. במסגרת הבחירות לכנסת ה-17 איתם המשיך לכהן כראש מטה ההסברה של הרשימה המשותפת כאשר לצידו פעלו ח"כ אריה אלדד (איחוד לאומי-מולדת) וח"כ שאול יהלום מטעם המפד"ל. הבחירות והמאמץ המשותף, גרמו לזכיית המפלגה ב-9 מנדטים. בכנסת ה-17 היה איתם חבר בוועדת החוץ והביטחון של הכנסת.
ב-11 בספטמבר 2006, בעקבות נסיעתו של עזמי בשארה לסוריה, שם הודיע כי הוא תומך במאבק של סוריה נגד ישראל אמר איתם: "נצטרך להכריע הכרעה נוספת, וזה לסלק את ערביי ישראל מהמערכת הפוליטית. גם כאן הדברים ברורים ופשוטים: גידלנו לנו גיס חמישי, חבר של בוגדים מהמעלה הראשונה, ולכן לא נוכל להמשיך לאשר נוכחות כל-כך עוינת וכל-כך גדולה בתוך המערכת הפוליטית של ישראל." כמו כן אמר איתם שיש לגרש את ערביי יהודה ושומרון עקב היותם איום על ישראל. בתגובה זכה איתם לגינוים מהשמאל ומחברי הכנסת הערביים ובדרישה בפתיחת חקירה פלילית נגדו. לאחר כשלושה חודשים קבע היועץ המשפטי לממשלה מני מזוז כי קריאתו של איתם היא אכן עבירה פלילית, אך הוא לא יועמד לדין בשל מדיניות תביעה מצמצמת. עם זאת הצהיר מזוז כי קריאה דומה בעתיד עלולה להוביל להעמדה לדין של איתם.
בראיון לבן כספית ממעריב ב-15 בספטמבר חזר איתם על הדברים, ודיבר אף על הצורך של יצירת משוואה של אזרחינו מול אזרחיהם ושבמתקפה של האויב על העורף יש לגבות מחיר כבד במתקפה על עורף האויב, כולל הרג אוכלוסייה אזרחית במספרים גבוהים ובמכוון. בנוסף אמר, כי במקרה של אי-רגיעה בשטחים, יש לשקול גירוש כל ערביי יהודה ושומרון. עוד דיבר איתם על הצורך לשידוד מערכות בצה"ל והפיכתו לכוח שתפקידו להשמיד את כוחות האויב ולא "להוגיע" וביקר את החברה הישראלית על רגישות היתר שלה לחיי חיילים וחוסר הנכונות להקריב קורבנות עבור המדינה. כמו כן דיבר איתם על הצורך בהקמת ממשלת אחדות לאומית שתמודד מול האיום האיראני, איום הטרור ואיום ערביי השטחים וערביי ישראל.
בנובמבר 2006 רמז איתם על רצונו לאחד את מפלגת האיחוד הלאומי-מפד"ל עם מפלגת הליכוד.
לטענתו, בנימין נתניהו הוא היחיד שנמצא במערכת הפוליטית עם ניסיון של ראש ממשלה, ועל המחנה הלאומי להתרכז סביב מועמדותו. עוד טען איתם כי נתניהו יצטרך לעבוד עם צוות ביטחוני וחברתי, והוא הדמות הביטחונית שיכולה להיות לצדו של נתניהו.
ב-4 בינואר 2007 מונה איתם לעמוד בראש תת-ועדה שתבחן את הכשרת הקצונה הבכירה בצה"ל לאור מלחמת לבנון השנייה ב-3 ביולי 2007 הגישה הוועדה את מסקנותיה ובין המלצותיה נכללו החזרת קורס מפקדי אוגדות ומפקדי חטיבות בצה"ל ושינוי בדרך מינוי האלופים והקצינים הבכירים.
באוקטובר 2007 כתב איתם באתר הבית שלו שעל הציונות הדתית לשנות מוקד ממאבק על ההתנחלויות ויישוב ארץ ישראל השלמה למאבק על אופייה היהודי של המדינה ולהחזרה בתשובה.
ב-2008 הציע איתם לאחד את האיחוד הלאומי על מפלגותיו עם המפד"ל למפלגה חדשה שתכונה אח"י - ארץ, חברה, יהדות, שתפנה אל הציבור הציוני, הלאומי, המסורתי והדתי-לאומי. איתם זכה לתמיכתו של חתן פרס נובל, פרופסור ישראל אומן.
ב-5 במרץ 2008 גינה איתם בחריפות את הפגנות ערביי ישראל נגד מבצע חורף חם ברצועת עזה שבהן נשמעו השוואות בין הציונות וישראל לנאצים ונקראו קריאות לבצע פעולות טרור נגד ישראל. איתם גינה את ההפגנות וראה בהם כבגידה בעת מלחמה וקרא לגרש את הח"כים הערבים שהשתתפו בהן.
ב-7 במרץ 2008, האשים איתם את הח"כים הערביים בהסתה שהובילה לפיגוע בישיבת מרכז הרב והגיש תלונה ליועץ המשפטי לממשלה מני מזוז נגדם. ב-19 במרץ, על רקע פרסום דו"ח מרכז מוסאוא, האשים איתם את הנהגת הציבור הערבי והח"כים הערביים בתמיכה באויב ובוגדנות ובשנאה שיש בציבור היהודי כלפי הערבים וקרא "הציבור הערבי בישראל חייב להתנער מהח"כים המתיימרים לייצג אותו כדי שיוכל להמשיך ולזכות בכל הזכויות של אזרחים החיים במדינה יהודית ודמוקרטית".
ב-9 באוקטובר 2008, בעקבות המהומות האלימות שהתרחשו בעכו, גינה איתם חד-צדדית את הפורעים ואת הח"כים הערביים שתמכו בפורעים: "זהו פוגרום אנטישמי בלב מדינת ישראל, ביום הקדוש ביותר לעם היהודי. העובדה שהח"כים הערבים מסרבים לגנות את הפרעות ומגבים את הפורעים, היא הוכחה נוספת לחוסר נאמנותם למדינה".
הליכוד-אח"י.
ב-2 בנובמבר 2008, לקראת הבחירות לכנסת השמונה עשרה, הודיע איתם על רצונו להתמודד ברשימת הליכוד. איתם נימק זאת בכך שרשימת האיחוד הלאומי-מפד"ל מייצגת בעיקר את הציבור הדתי-לאומי ולא פתחה את שורותיה לכלל הציבור במפקד חברים פתוח וכללי, וקיום בחירות לרשימת ומוסדות המפלגה. ב-23 בדצמבר התמזגה מפלגת אח"י לתוך הליכוד, אך איתם הודיע שאיננו מעוניין במקום ברשימה ובכך למעשה פרש מהחיים הפוליטיים. בבחירות התמודדה הרשימה המשותפת בשם הליכוד-אח"י, כששני חברי אח"י ברשימה הוצבו במקומות לא ריאליים ולא נבחרו לכנסת ה-18.
חקיקה.
במהלך כהונתו בכנסת, יזם איתם, יחד עם גלעד ארדן, תיקון בחוק המרשם הפלילי, המסמיך את ראש אגף חקירות ומודיעין במשטרה למחוק מרישומי המשטרה החלטות שלא לחקור או שלא להעמיד לדין, ומחייב אותו למחוק רישומים כאלה בתוך 7 שנים מיום האירוע, למעט בנסיבות מסוימות שיקבע השר לביטחון הפנים בתקנות.
המשך הקריירה.
בשנת 2010 מונה איתם לנשיא חברת "ג'ני אנרג'י אינטרנשיונל", שחברה בת שלה, "IEI", פעלה בין השאר להפקת נפט מפצלי שמן שנמצאו בישראל. איתם טוען שבישראל יש עתודות נפט בתצורת פצלי שמן והגיש בקשה שנדחתה לקידוח בחבל עדולם, שבסמוך לבית שמש. כמו כן חברת הבת "אפק" עוסקת בבדיקת כדאיות הפקת נפט שמצאה ברמת הגולן. בשנת 2021 סיים את תפקידו.
בנובמבר 2020 אישרה הוועדה לבדיקת מינויים בחברות ממשלתיות את מועמדותו של איתם לתפקיד יו"ר "יד ושם".
ההחלטה ספגה ביקורת. כ-200 חוקרי שואה ויהדות חתמו על עצומה נגד המינוי, אשר סוכל בסופו של דבר.
הוא חבר הוועד המייעץ של תנועת הביטחוניסטים.
חיים אישיים.
לאיתם תואר שני במדע המדינה ויחסים בינלאומיים מאוניברסיטת חיפה. גר במושב נוב ברמת הגולן ונשוי לעילית, אב לשמונה. בנו עמיצור הוא שופט בבית הדין לעבודה בירושלים. בנו הרב אביחי, רב המושב כפר פינס, נשוי לבתה של מרים פרץ. בתו אמנה נשואה לאל"ם יאיר צוקרמן.
חופמי-זרעים
חופמי זרעים
חופמי זרעים (שם מדעי: Thinocoridae) היא משפחת עופות מסדרת החופמאים. בצורתם ובאורח-חייהם דומים לשליו או לקטה. הכנפיים ארוכות וחדות והרגליים קצרות, 4 אצבעות, המקור קצר וחרוטי.
שוכני שטחים גלויים בהרים הגבוהים עד גובה 4000 מטר.
מזונם העיקרי: זרעים בתוספת חרקים. מקננים על האדמה. 5-4 ביצים הדומות בצורתן ובצבען לביצי שאר החופמאים.
במשפחה 2 סוגים, בהם 4 מינים. תפוצתם בהרי האנדים, מארץ האש עד אקוודור.
השם המדעי בשל משכנם גם בחופים סלעיים. שם כנראה נתגלו בראשונה, שני הסוגים הם:
מיון.
משפחה חופמי זרעים (Thinocoridae)
מקוריתיים
מקוריתיים (שם מדעי: Rostratulidae) היא משפחת עופות השייכת לסדרת החופמאים.
המינים השייכים למשפחה זו מתאפיינים במקור ארוך, דק וכפוף בקצהו, הנחיריים בחריץ עמוק, הרגליים והאצבעות ארוכות. דו צורתיות זוויגית בולטת. הנקבות הן הגדולות והמקושטות. לנקבה צוואר ערמוני מבריק. זפק וחדר תהודה, קולה עמוק וחזק, היא הנחלתית והמחזרת אחרי הזכר. הזכר הוא הבונה קן, דוגר ומטפל באפרוחים. סימן היכר - לשניהם טבעת לבנה סביב לעין.