במשך השנתיים הבאות סייר בורשקרווינק באירופה ובאוסטרליה, בחיפוש אחר תמיכה וגיבוי לרעיונותיו למשלחת, אך לשווא. אחד האנשים שעמם ביקש לאחד כוחות היה ויליאם ספירס ברוס, שתכנן משלחת משלו לאנטארקטיקה. תוכניותיהם המשותפות קרסו, כאשר בורשקרווינק, שניתק את קשריו עם הנריק בול, שמע שברוס מנהל דיונים עמו; "אני מצטער שמשום כך לא נוכל לשתף פעולה", כתב בורשקרווינק לברוס. עוד גילה, שהחברה הגאוגרפית המלכותית מטפחת תוכניות משלה למשלחת אנטארקטית מאז 1893. בהשפעת נשיא החברה, סר קלמנטס מרקהם, נתפס חזון המיזם הזה של החברה הגאוגרפית לא רק כיוזמה מדעית, אלא כניסיון להחיות מחדש את תהילת חקר הקטבים של הצי המלכותי. יוזמה זו התפתחה בסופו של דבר לכדי המשלחת האנטארקטית הלאומית עם הספינה "דיסקברי", בהנהגת קפטן סקוט, ותוכניות אלה עניינו את האגודות המדעיות יותר מהצעותיו הצנועות יותר של בורשקרווינק. מרקהם התנגד בלהט ליוזמות פרטיות, שעלולות היו להסיט תמיכה כספית מן המיזם שלו, ובורשקרווינק מצא עצמו נאבק נואשות להשגת עזרה מעשית: "נאלצתי לדחוף את הסלע האנטארקטי שלי במעלה גבעה תלולה," כתב.
סר ג'ורג' ניונס.
במהלך חיפושיו אחר מממנים, פגש בורשקרווינק את סר ג'ורג' ניונס, מו"ל חשוב של כתב-עת בריטי וחלוץ ראינוע, שהישגיו כללו את ה"וסטמינסטר גאזט", "טיט-ביטס, "קאנטרי לייף" ו"סטראנד מגזין". לא היה זה יוצא דופן למוציאים לאור של כתבי עת לממן משלחות - יריבו הגדול של ניונס, אלפרד האמרסוורת' (לימים לורד נורת'קליף) מימן זמן קצר קודם את המשלחת של פרדריק ג'ורג' ג'קסון לארץ פרנץ יוזף, והתחייב להעניק מימון למשלחת הלאומית לאנטארקטיקה. ניונס התרשם די הצורך מבורשקרווינק כדי להציע לכסות את מלוא העלויות של משלחתו המתוכננת - בסביבות 40,000 ליש"ט (לפחות 3 מיליון ליש"ט במונחי 2008). הנדיבות הזאת העלתה את חמתם של סר קלמנטס מרקהם והממסד הגאוגרפי, שראה את בורשקרווינק כנורווגי חסר-פרוטה, ששם את ידו על הון בריטי, שהיה אמור, לדעתם, להיות שלהם. מרקהם נקט כלפי בורשקרווינק יחס של בוז ואיבה.
ניונס הציב תנאי לתמיכתו, לפיו חייבת המשלחת להפליג תחת דגל בריטי ותסווג כ"משלחת בריטית לאנטארקטיקה". כפי שהתברר, רק שניים מ-29 חברי הקבוצה היו בריטים, אחד אוסטרלי והשאר נורווגים. אף על פי כן, בורשקרווינק נקט צעדים להדגיש את אופייה הבריטי של המשלחת, הניף את הדגל האישי של ג'ורג' החמישי דוכס יורק, ולקח עמו 500 מוטות במבוק עם דגלוני יוניון ג'ק מיניאטוריים שנועדו, כפי שהציג זאת, "למטרת סקר והרחבת האימפריה הבריטית".
משלחת צלב הדרום.
חורף באנטארקטיקה.
לאחר שמימון המשלחת הובטח, רכש בורשקרווינק את ספינת ציידי הלווייתנים "פולוקס", שינה את שמה ל"צלב הדרום" והתאים אותה לשייט במימי אנטארקטיקה. "צלב הדרום" הפליגה מלונדון ב-22 באוגוסט 1898, ולאחר שהייה בת שלושה שבועות בהובארט שבטסמניה, הגיעה אל כף אדייר ב-17 בפברואר 1899. כאן, על האתר שבורשקרווינק תיאר לקונגרס, הקימה המשלחת בסיס חוף ראשון מאז ומעולם על יבשת אנטארקטיקה - באמצע מושבת פינגווינים. הבסיס נקרא "מחנה רידלי", על שם אמו של בורשקרווינק. ב-2 במרץ הפליגה הספינה לחרוף בניו זילנד, והותירה מאחור קבוצה של 10 אנשים עם אספקה, ציוד ו-70 כלבים. היו אלה הכלבים הראשונים שהובאו לאנטארקטיקה; כמו כן, המשלחת הייתה חלוצה בשימוש שעשתה שם בפרימוס, שהומצא בשוודיה שש שנים קודם לכן.
לואיס ברנאקי, הפיזיקאי האוסטרלי של המשלחת, כתב לאחר זמן: "מבחינות רבות, בורשקרווינק לא היה מנהיג טוב. בורשקרווינק לא היה אוטוקרט, זה ברור, אך, כדברי ברנאקי, ללא מסגרת של היררכיה מקובלת, שרר במשלחת מצב של "אנרכיה דמוקרטית", שבו "לכלוך, ערבוביה וחיבוק ידיים היו דבר יום ביומו". יתר על כן, עם התקדמות החורף, נכזבו תקוותיו של בורשקרווינק, כי פגעי מזג האוויר האנטארקטי בכל חומרתם יפסחו על כף אדייר; למעשה, הוא בחר באתר, שהתגלה כחשוף במיוחד לרוחות המקפיאות שנשבו צפונה מן הקרח שבפנים הארץ. עם חלוף הזמן, נשחקו סבלנותם וכוח עמידתם של האנשים; הקבוצה הייתה נרגזת ועצבנית והשיעמום השתלט עליה. תאונות ארעו: נר שהושאר דולק גרם לנזק רחב-היקף כתוצאה משריפה, ובמקרה אחר היו כמה מחברי הקבוצה קרובים להיחנק מאדים שפלט התנור. בורשקרווינק ניסה אומנם להשליט שגרה קבועה, והעבודה המדעית המשיכה להתבצע במשך כל תקופת שהייתם במקום, אך, כפי שכתב בורשקרווינק עצמו, בהתייחסו להיעדר הכללי של תחושת רעות: "השקט רועם באוזניים". פגיעה נוספת במוראל הקבוצתי חוללו מחלתו, ובהמשך מותו, של זואולוג המשלחת, ניקולאי הנסן; הוא לא הגיב לטיפול שניתן לו ומת ב-14 באוקטובר 1899.
כשהחורף הדרומי הסתיים ואפשר היה לחדש את מסעות המזחלות, התנפצו השערותיו של בורשקרווינק בכל הנוגע לנתיב קל אל פנים הארץ; רכסי ההרים מכוסי הקרחונים בהמשך לחכף אדייר מנעו כל אפשרות למסע אל פנים הארץ והגבילו את מסעות החקר באזור שמסביב לכף. עם זאת, תוכנית המשלחת הבסיסית של בורשקרווינק - לחרוף על היבשת האנטארקטית ולהוציא לפועל תצפיות מדעיות במקום - הושגה. כש"צלב הדרום" חזרה בסוף ינואר 1900, החליט בורשקרווינק לנטוש את המחנה, אם כי כמות הדלק ומצרכי המזון שנותרה הייתה מספיקה לשהות של עוד שנה. במקום לחזור ישר הביתה, הפליגה "צלב הדרום" דרומה עד שהגיעה אל חומת הקרח הגדולה, שג'יימס קלארק רוס גילה במהלך מסעו בשנים 1839–1843, זו שכונתה בהמשך מדף הקרח רוס על שמו. איש לא פקד את חומת הקרח מאז, ורוס לא הצליח להנחית שם אנשים מספינתו. בורשקרווינק גילה מפרצון בשולי החומה; שנים לאחר מכן יקרא שקלטון למפרצון זה בשם מפרץ הלווייתנים. כאן, ב-16 בפברואר 1900, נחתו לראשונה בורשקרווינק, הימאי ויליאם קולבק ונוהג הכלבים הלאפי, פר סאביו, על חומת הקרח והתקדמו, עם כלבים ומזחלות, 16 ק"מ דרומה לקבוע שיא חדש של קצה הדרום ב-'78°50 דרום. "צלב הדרום" ביקרה בעוד איים בים רוס לפני שפנתה לשוב הביתה, והגיעה אל ניו זילנד ב-1 באפריל 1900. אז הפליג בורשקרווינק על אוניית קיטור לאנגליה, לשם הגיע בראשית יוני.
חזרה וקבלת-פנים.
קבלת הפנים שציפתה למשלחת בשובה לאנגליה הייתה פושרת. עניין הציבור ותשומת-לבו היו נתונים למשלחת הלאומית המתוכננת, שקפטן סקוט מונה לעמוד בראשה, ולא למיזם, שנחשב לבריטי רק בשם. על אף הישגיה של משלחת צלב הדרום, רחשה עדיין טינה בחוגים הגאוגרפיים - בעיקר מצד סר קלמנטס מרקהם - כלפי בורשקרווינק, על שקיבל את תרומתו של ניונס. זאת ועוד, ברוס קבל, שבורשקרווינק ניכס לעצמו תוכניות, שהוא פיתח אך נאלץ לוותר עליהן. גם הנימה הרברבנית שעלתה מכמה מאמרים שניונס פרסם בכתבי העת שלו לא תרמה לאמינות של בורשקרווינק, כמו גם הסגנון העיתונאי של הדין וחשבון שכתב בחיפזון על קורות המשלחת, "ראשונים על יבשת אנטארקטיקה", שיצא לאור באנגלית בשנת 1901.
כשתיאר את משלחתו כהצלחה רבתי, דיבר בורשקרווינק על "קלונדייק שני", שפעת דגים, כלבי ים וציפורים, וכן "גבישים, שאפשר להבחין בהם במתכות". בספרו מנה את הישגיה העיקריים של המשלחת: הוכחה לכך, שמשלחת יכולה לחיות בארץ ויקטוריה במשך החורף; תצפיות מגנטיות ומטאורולוגיות לאורך שנה תמימה; אומדן מיקומו העכשווי של הקוטב הדרומי המגנטי; תגליות של מיני חרקים חדשים וחיים במים רדודים; מיפוי חופשים וגילוי איים חדשים; הנחיתה הראשונה על האי רוס ואחרונה, ההעפלה על חומת הקרח הגדולה והמסע במזחלות עד ל-'78°50 דרום, "קצה הדרום שאליו הגיע האדם עד אז".
פרשנים אחרים מציינים, שבחירת האתר למחנה החורף בכף אדייר הוציאה מכלל אפשרות מסעות חקר גאוגרפיים רציניים אל פנים אנטארקטיקה. התוצאות המדעיות של המשלחת נפלו מן המצופה, בחלקו עקב אובדן רשימות הטבע של ניקולאי הנסן. ייתכן, שבורשקרווינק היה האחראי לאובדן זה.
בהמשך היה בורשקרווינק מעורב בסכסוך עם מעסיקיו הקודמים של הנסן, מוזיאון הטבע של לונדון), בנושא הרשימות האבודות ודגימות אחרות שהנסן אסף.
בשנים שלאחר חזרתו העניקה החברה הגאוגרפית האמריקאית אות כבוד לבורשקרווינק ואוסקר השני, מלך נורווגיה ושוודיה מינה אותו לאביר מסדר אולאף הקדוש. לאחר זמן קיבל תוארי כבוד מדנמרק ואוסטריה, אבל אנגליה התעלמה במידה רבה במשך שנים רבות מעבודתו, על אף ההכרה מצד מיל ב"עבודה חלוצית מרשימה, מועילה באימון אנשים לשירות בהמשך". ההיסטוריון דייוויד קריין מחווה דעתו, שלו היה בורשקרווינק קצין צי בריטי, הייתה אנגליה מתייחסת להישגיו ביתר רצינות.
החיים לאחר המשלחת.
בקיץ 1902 היה בורשקרווינק אחד משלושה גאוגרפים שהוזמנו אל החברה הגאוגרפית הלאומית (NGS) לדווח על השפעות הלוואי של ההתפרצויות הקטסטרופיות של מאונט פלה, באי הצרפתי-קריבי מרטיניק. ההתפרצויות האלה, במאי 1902, הרסו את העיר סן-פייר, מרטיניק וגרמו לאובדן חיים רבים. בורשקרווינק ביקר באי ביוני, כשהפעילות הגעשית העיקרית שככה, ומצא את ההר "שקט לחלוטין" ותושבי האי נרגעים מן התבהלה שאחזה בהם. אף על פי כן, הוא לא סבר שסן-פייר יתאכלס אי פעם מחדש. הוא דיווח על המזל ששיחק לו ולאנשיו, כשסילון של קיטור התפרץ מן האדמה לרגלי ההר, ממש במקום שבו עברו רגעים קודם לכן. "לו פגע במי מאיתנו, היינו נכווים למוות". בהמשך הציג את הדו"ח שלו לחברה הגאוגרפית הלאומית בוושינגטון.
פרישה.