מצב דברים זה התקבל במורת רוח מצדם של חצר המלוכה ורוב שרי ממשלת בריטניה. בהזדמנויות רבות נקט פרלמרסטון בצעדים חשובים מבלי ליידע אותם, דבר שגרם לחוסר שביעות רצונם. הוא שלט ביד רמה במשרד החוץ ולא אפשר לראש הממשלה להתערב בנעשה שם. המלכה ובן זוגה, הנסיך אלברט לא הסתירו את כעסם על כך שהם נתפסו כאחראים למעשיו של פלמרסטון על ידי חצרות המלוכה האחרים באירופה.
כאשר בנג'מין דיזראלי ואחרים בילו כמה לילות בבית הנבחרים כדי לתקוף את מדיניות החוץ של פלמרסטון, הגיב שר החוץ לנאום שנשא תומאס אנסטי ושארך חמש שעות, בנאום שלו שגם הוא ארך חמש שעות, הראשון מבין שני הנאומים הגדולים שבהם הוא הניח את היסוד לקווי ההגנה המקיפים על מדיניות החוץ שלו בכלל ועל מדיניות ההתערבות הליברלית בפרט. מקובל לחשוב שהן ראסל והן המלכה קיוו שאחד מהם ייקח את היוזמה ויפטר את פלמרסטון. את המלכה הניא הנסיך אלברט מלעשות כן, שכן הוא התייחס ברצינות למגבלות הסמכויות החוקתיות של המלוכה וחששו של ראסל נבע מיוקרתו של פלמרסטון, מהאהדה הציבורית כלפיו ומהחשש שלאחר צעד כזה ייוותר לרשותו קבינט חסר כישורים.
פרשת דון פסיפיקו.
ב-1847 הותקף ביתו של דוד פסיפיקו, סוחר יהודי גיברלטרי שחי באתונה, על ידי המון אנטישמי שעליו נמנו בניו של שר בממשלת יוון. משטרת יוון לא התערבה בנעשה, אף על פי ששוטרים נכחו במקום. בשל העובדה שפסיפיקו היה נתין בריטי, הביעה ממשלת בריטניה את דאגתה. בינואר 1850 ניצל פלמרסטון את טענותיו של דון פסיפיקו כנגד ממשלת יוון והטיל סגר ימי על נמל פיראוס. בשל העובדה שיוון הייתה קשורה בהסכמי הגנה עם שלוש מעצמות, מחו רוסיה וצרפת כנגד פעולה זו של הצי המלכותי הבריטי.
לאחר דיון בלתי נשכח שנערך ב-17 ביוני, זכתה מדיניותו של פלמרסטון לגינוי בבית הלורדים. ב-29 ביוני הביע בית הנבחרים נזיפה, על פי הצעתו של ג'ון רובק, וזאת לאחר ששמע את פלמרסטון ב-25 ביוני. היה זה הנאום הרהוט והעוצמתי ביותר שפלמרסטון נשא מעודו, ובו הוא שאף להצדיק לא רק את טענותיו כלפי ממשלת יוון בפרשת פסיפיקו, אלא את כל מדיניות החוץ שלו.
בנאום זה, שארך חמש שעות, הכריז פלמרסטון את ההצהרה הידועה שלו שכל נתין בריטי זכאי בכל מקום בעולם לקבל את הגנתה של הזרוע הארוכה של ממשלת בריטניה כנגד כל אי צדק או עוון. הוא השווה את יכולותיה של האימפריה הבריטית לאלו של האימפריה הרומית, שבה כל אזרח רומאי היה יכול להגיע לכל מקום בעולם מבלי להיות מוטרד על ידי כל מדינה שהיא. היה זה הנאום המפורסם שבו עשה פלמרסטון שימוש במשפט הידוע שטבע בזמנו קיקרו, "אזרח רומא אני" (בלטינית: Civis romanus sum). בנאום זה הגיעה האהדה הציבורית כלפי פלמרסטון לשיאה.
ההתפטרות.
על אף ניצחונו בפרלמנט בפרשת דון פסיפיקו, רבים מעמיתיו ותומכיו מתחו ביקורת על רוח הדברים שעל פיהם נוהלה מדיניות החוץ. המלכה שיגרה מזכר לראש הממשלה בו הביעה את חוסר שביעות רצונה מהתנהלותו של פלמרסטון ומהתחמקותו ממחויבותו לבקש אישור מלכותי לצעדיו וראתה בכך כשל בכנותו של פלמרסטון כלפי הכתר. מזכר זה הועבר לפלמרסטון שקיבל את הביקורת.
ב-2 בדצמבר 1851 ביצע לואי נפוליאון, שנבחר ב-1848 כנשיא צרפת, הפיכה שבה הוא פיזר את האספה הלאומית ועצר את מנהיגי הרפובליקנים. בחדרי חדרים בירך פלמרסטון את נפוליאון על ניצחונו וציין שלחוקת בריטניה שורשים היסטוריים אך צרפת עברה חמש מהפכות מאז 1789 וחוקת צרפת מ-1848 הייתה "הטיפשות של שלשום שמוחותיהם המפוזרים של ארמנד מרסט ואלכסיס דה טוקוויל הגו כדי להביא את האומה הצרפתית למבוכה ולייסורים". אף על פי כן, החליט הקבינט שבריטניה חייבת להישאר נייטרלית ולפיכך הנחה פלמרסטון את פקידיו לנקוט בגישה דיפלומטית. התמיכה הרחבה שפלמרסטון זכה לה בקרב העיתונות ודעת הקהל גרמו לחשש ולחוסר אמון בקרב פוליטיקאים אחרים ולזעם בארמון המלוכה. הנסיך אלברט התלונן שפלמרסטון שיגר איגרת מבלי להראותה קודם לכן למלכה. בתגובה הגיש פלמרסטון את התפטרותו.
שר הפנים (1852–1855).
לאחר תקופת כהונה קצרה של ממשלת מיעוט של השמרנים, נבחר הלורד אברדין לעמוד בראש ממשלת קואליציה של הוויגים וחסידיו של רוברט פיל, כשראסל מכהן בתפקיד שר החוץ והשר המקשר לבית הנבחרים. הדעה המקובלת הייתה שמבחינת שניהם לא ניתן היה להקים ממשלה ללא פלמרסטון, ולפיכך הוא מונה בדצמבר 1852 לתפקיד מזכיר הפנים. רבים החשיבו מינוי זה כמוזר, שכן מומחיותו של פלמרסטון הייתה ללא ספק מדיניות החוץ. התהלך סיפור שלאחר גל שביתות ששטף את צפון אנגליה, זימנה המלכה את פלמרסטון כדי לדון במצב. כאשר היא שאלה אותו בנוגע לחדשות האחרונות, נאמר שתגובתו של פרלמרסטון הייתה: "אין חדשות מיוחדות, גברתי, אך ברור שהטורקים חצו את הדנובה".
רפורמות חברתיות.
ב-1853 העביר פלמרסטון את חוק בתי החרושת שביטל פרצות בחוק הקודם ואסר על העסקתם של צעירים בין השעות 6 בערב ל-6 בבוקר. הוא ניסה להעביר הצעת חוק שאישרה את זכויות העובדים להתאגד, אך ההצעה נפלה בבית הלורדים. הוא העביר את חוק סחר החליפין שמנע ממעסיקים לשלם לעובדיהם בסחורות במקום בכסף, או לאלץ אותם לרכוש סחורות מחנויות שהיו בבעלות המעסיקים. באוגוסט 1853 העביר פלמרסטון את חוק הפחתת העשן כדי להיאבק בעשן שהיתמר יותר ויותר מארובות מכרות הפחם, בעיה שהחריפה בעקבות המהפכה התעשייתית. הוא גם דאג להעברתו של חוק החיסון, שהוגש כהצעת חוק פרטית ושכנע את הממשלה לתמוך בו. החוק קבע לראשונה שחיסון ילדים יהיה חובה על פי החוק. פלמרסטון הוציא מחוץ לחוק את מכירתם של מקומות קבורה. הזכות לקבור את המתים בכנסיות הוחזקה על ידי משפחות עשירות שאבותיהם רכשו אותה בעבר. פלמרסטון התנגד לנוהג זה על רקע שיקולי בריאות הציבור והבטיח שכל המתים יוכלו להיקבר בחצרות הכנסיות או בבתי קברות ציבוריים.
רפורמה בחוק הפלילי.
פלמרסטון הפחית את משך הזמן המרבי בו יכלו אסירים להיות מוחזקים בתא בידוד מ-18 חודשים ל-9 חודשים. הוא גם שם קץ להעברתם של אסירים לטסמניה כאשר הוא העביר את חוק עבודות הפרך שגם קבע עונשי מקסימום לרוב העבירות. ב-1854 הוא העביר את חוק המוסדות לעבריינים שהעניק למזכיר הפנים את הסמכות לשלוח אסירים בני נוער למוסדות לעבריינים במקום לבתי כלא. הוא נאלץ לקבל את התיקון לחוק שהבטיח שהאסירים יבלו קודם לכן שלושה חודשים בכלא. באוקטובר 1854, כאשר הוא ביקר בית הכלא פרקהרסט ושוחח שם עם שלושה נערים אסירים, הוא התרשם מהתנהגותם והורה שהם יישלחו למוסד לעבריינים. הוא מצא שמצב האוורור בתאי הכלא בלתי מספק והורה לשפר אותו.
רפורמת הבחירות.
פלמרסטון התנגד נחרצות לתוכניותיו של ראסל למתן זכות ההצבעה למעמדות העובדים העירוניים. כאשר בדצמבר 1853 הסכימה הממשלה להגיש את החוק במהלך המושב הבא של הפרלמנט בנוסח שאותו רצה ראסל, התפטר פלמרסטון. אף על פי כן, הלורד אברדין הודיע לו שלא התקבלה כל החלטה מסוימת על הרפורמה ופלמרסטון שוכנע לשוב לקבינט. חוק רפורמת הבחירות לא עבר בפרלמנט באותה שנה.
מלחמת קרים.
משמעות הדרתו של פלמרסטון ממשרד החוץ הייתה שלא הייתה לו שליטה מלאה על האירועים שהובילו לפרוץ מלחמת קרים. אחד הביוגרפים שלו, ג'ספר רידלי, טען שאם הוא היה בשליטה על מדיניות החוץ באותה תקופה, מלחמת קרים לא הייתה פורצת. פלמרסטון טען בקבינט, לאחר שהכוחות הרוסיים התרכזו על גבול האימפריה העות'מאנית בפברואר 1853, שעל הצי המלכותי להצטרף אל הצי הצרפתי בדרדנלים כאמצעי אזהרה נגד רוסיה. בכל אופן, דעתו לא התקבלה.
במאי 1853 איימו הרוסים לפלוש לוולאכיה ונסיכות מולדובה אלא אם כן הסולטן יענה לדרישותיהם. פלמרסטון דחף לביצוע פעולה החלטית. לדבריו על הצי המלכותי להישלח אל הדרדנלים כדי לסייע לצי העות'מאני ושעל בריטניה להודיע לרוסיה על כוונתה להיכנס למלחמה אם היא תממש את איומיה לפלוש לוולאכיה ולמולדובה. בכל אופן, אברדין התנגד לכל הצעותיו של פלמרסטון. לאחר וויכוחים ארוכים, הסכים אברדין באי רצון לשלוח את הצי אל הדרדנלים אך התנגד להצעותיו האחרות. הצאר הרוסי זעם על הצעדים הבריטיים אך זה לא היה מספיק בשביל להרתיע אותו. כאשר הגיע הצי הבריטי אל הדרדנלים היה מזג האוויר קשה והספינות חיפשו מקלט במים שמחוץ למיצרים. הרוסים עמדו על כך שזהו צעד שמהווה הפרה של אמנת המיצרים משנת 1841 ולפיכך פלשו לשתי הנסיכויות. פלמרסטון היה סבור שזה היה תוצאה של חולשה בריטית וחשב שאם היה מובהר לרוסים שכיבוש הנסיכויות יהווה עילה למעבר הציים הבריטי והצרפתי את הבוספורוס וכניסה אל הים השחור, הדבר היה מרתיע אותם. בקבינט האיץ פלמרסטון להגיע להחלטה על הכרזת מלחמה על רוסיה, אך אברדין התנגד, שכן הוא שאף לשלום. דעת הקהל, שהייתה לצדם של הטורקים ולצדו של אברדין, החלה להיחלש בהתמדה. בפברואר 1854 ציין הלורד דדלי סטיוארט: "לכל מקום אליו אני הולך, אני שומע דעה אחת בנושא, ודעה זו הובעה במילה אחת, או בשם אחד – פלמרסטון".