לאחר הבחירות ב-1858, החליטו הרדיקלים הדרומיים, בהנהגת הסנאטור ג'פרסון דייוויס ממיסיסיפי, להעביר חוקי עבדות שיגנו על העבדות בטריטוריות וימנעו החלטה עממית בנושא העבדות כפי שרצה דאגלס. בפברואר 1859, כשהוויכוח בנושא החל, הכריזו דייוויס ודרומיים אחרי שיעזבו את המפלגה אם המצע ב-1860 יתמוך בריבונות העם, ואילו דאגלס ותומכיו טענו שיעזבו את המפלגה אם תתמוך בחוקי העבדות. הקונגרס התפזר ב-4 במרץ ללא העברת חוקי עבדות. למרות העימותים בנוגע לעבדות בטריטוריה, לאחר שנושא קנזס ירד מעל סדר היום, הדרומיים שתמכו באיחוד נותרו כוח חזק, ואילו הרפובליקנים דאגו בנוגע להתעוררות דמוקרטית בצפון.
באוקטובר 1859, הוביל מתנגד העבדות ג'ון בראון פשיטה על מחסן נשק בהארפר'ס פֵרִי, וירג'יניה, בתקווה לעורר מרד עבדים. תוכניתו נכשלה, ורוב עמיתיו נהרגו או נלכדו. המנהיגים הרפובליקניים הכחישו כל קשר לבראון, שהוצא להורג בדצמבר 1859 בידי מדינת וירג'יניה. אף על פי שמנהיגים מעטים בצפון אישרו את פעולותיו של בראון, הדרומיים כעסו, והאשימו מנהיגים רפובליקניים כסיוארד באחריות על הפשיטה. בהודעתו לקונגרס בדצמבר 1859, ביקר ביוקנן את הפשיטה וטען שהייתה חלק ממלחמה פתוחה שהצפון יזם כדי לבטל את העבדות בדרום, וקרא לחקיקת חוקי עבדות ממשלתיים. סדרת שימועים בסנאט ניקתה את הרפובליקנים מכל אחריות לנושא, אולם הדרומיים המשיכו לחשוד ברפובליקנים.
מדיניות חוץ.
ביוקנן נכנס לתפקידו עם מדיניות חוץ שאפתנית, שהתמקדה בהשגת הגמוניה במרכז אמריקה על חשבון בריטניה. הוא קיווה להגיע להסכמים חדשים שלא יגבילו את ההשפעה האמריקנית באזור. הוא גם רצה ליצור שטחי חסות אמריקניים בצ'יוואווה ובסונורה, והחשוב מכל, לרכוש את קובה מספרד. לאחר משא ומתן ארוך מול הבריטים, הצליח לשכנע אותם למסור את איי ביי להונדורס ואת חוף מוסקיטו לניקרגואה. למרות זאת, בית הנבחרים חסם את רצונו להשיג השפעה בקובה ובמקסיקו. ביוקנן שקל לקנות את אלסקה מהאימפריה הרוסית, כמושבה למתיישבים מורמונים, אולם לא הצליח להסכים על מחיר עם הרוסים. בסין, אף על פי שלא היה מעורב במלחמת האופיום השנייה, הצליח להשיג לארצות הברית עמדות סחר בחוזה טיינג'ין. ב-1858, ציווה על מסע ימי לפרגוואי, כדי להעניש אותה על כך שירתה על ספינה אמריקנית. לבסוף התנצלה פרגוואי ושילמה על הספינה.
ועדת קובוד.
במרץ 1860, הקים בית הנבחרים את ועדת קובוד, כדי לחקור מקרי שוחד וקניית קולות בידי הממשל. הוועדה, שכללה שלושה רפובליקנים ושני דמוקרטים, הואשמה בחוסר ענייניות פוליטית בידי תומכי ביוקנן. הדמוקרטים שמונו היו ממתנגדי ביוקנן. בנוסף, יושב ראש הוועדה, חבר הקונגרס הרפובליקני ג'ון קובוד, הואשם בטינה כלפי ביוקנן: הנשיא הטיל וטו על חוק למעל הענקת שטחי ציבור למכללות חקלאיות, שהיה אמור לסייע לחברת הרכבות של קובוד.
הוועדה לא הצליחה לבסס אישומים כנגד ביוקנן, אולם הדו"ח שלה מ-17 ביוני חשף שחיתות וניצול כוח לרעה בקרב חברי הקבינט, והאשמות (ללא ראיות שיכלו להוביל להדחה) מצד הרפובליקנים שביוקנן ניסה לשחד חברי קונגרס כדי שיתמכו בצירוף קנזס לאיחוד. הדו"ח הדמוקרטי שפורסם בנפרד טען שאין מספיק ראיות, אולם שהאישומים קיימים. אחד מהנציגים הדמוקרטים טען שהסכים עם הדו"ח הרפובליקני אולם לא חתם עליו.
ביוקנן טען שעבר את המשבר הזה ללא שום רבב. למרות זאת, הרפובליקנים פרסמו עותקים מהדו"ח במסע הבחירות שלהם לנשיאות.
בחירות 1860.
הוועידה הדמוקרטית הלאומית של 1860 התכנסה באפריל 1860 בצ'ארלסטון, קרוליינה הדרומית. ביוקנן מילא את הבטחתו לכהן רק כהונה אחת, אולם חברי ממשלו חיפשו יורש שימשיך את מדיניותו. לאחר הבחירות ב-1858, סטיבן דאגלס היה המנהיג האהוד של הדמוקרטים הצפוניים, אולם רוב הדרום וביוקנן הסתייגו מעמדתו על העבדות בטריטוריות. אחרי מריבה גדולה, הוועדה אישרה מצע שתמך בעיקרון ריבונות העם והתנגד לחוקי עבדות. שבעה נציגים ממדינות דרומיות פרשו מהוועידה בתגובה למצע. יושב ראש הוועדה, שהיה מנאמניו של ביוקנן, קבע שהמועמד שייבחר יצטרך להשיג רוב של שני שלישים מהצירים, כולל צירי הדרום הפורשים. המשמעות הייתה שהמועמד יצטרך לזכות בחמש שישיות מהצירים שהיו בוועידה. לאחר חמישים ושבעה סיבובים בהם הוביל דאגלס, הוועידה התפזרה עם תוכניות להיפגש שוב ביוני בבולטימור, מרילנד. בוועידה החדשה, רוב הצירים הדרומיים, וכמה צפוניים שתמכו בביוקנן, עזבו את הוועידה לאחר שהוועידה סירבה לקבל את הצירים הנוטשים. הצירים שנותרו תמכו בדאגלס לנשיאות. דאגלס העדיף את אלכסנדר סטיבנס כסגנו, אולם החליט שהצירים הדרומיים שנותרו יבחרו בסגנו, והם בחרו בסנאטור מאלבמה, בנג'מין פיצפטריק. פיצפטריק סירב לכך, והמושל הרשל ג'ונסון מג'ורג'יה הסכים לקבל את המועמדות.
הצירים הפורשים נפגשו גם הם בבולטימור. לאחר שהבטיח שלא האמין בכך שעל הדרום לפרוש אם הרפובליקנים ינצחו בבחירות, נבחר סגן הנשיא ברקינרידג' בסיבוב הראשון של הוועידה. הסנאטור ג'וזף ליין מאורגון נבחר לסגנו. ביוקנן והנשיא לשעבר פרנקלין פירס תמכו בברקינרידג' ובמצע שלו, שקרא להגנה ממשלתית על העבדות בטריטוריות. כמה וויגים לשעבר שלא תמכו בברקינרידג' וברפובליקנים, ולא הצליחו להגיע להסכם עם דאגלס, ייסדו את מפלגת האיחוד החוקתי, ובחרה בג'ון בל כמועמדם הנשיאותי. שמם רמז על המצע הישיר שלהם, שדרש להכיר אך ורק בחוקת ארצות הברית כמסמך המחייב של המדינה, באחדות המדינות ובאכיפת החוקים. הם קיוו שבכך שלא יתמכו או יתנגדו לעבדות או להרחבתה, הנושא ירד מעל סדר היום.
הוועדה הרפובליקנית הלאומית של 1860 בחרה בלינקולן כמועמדה הנשיאותי בסיבוב השלישי, אף על פי שסיוארד הוביל בשני הסיבובים הראשונים. לינקולן טען שיש להגביל את העבדות אך ורק אל הדרום, והבטיח שהרפובליקנים לא מתכננים לבטל את העבדות בדרום עצמו. כשארבעה מועמדים התחרו, קיווה ביוקנן שאף מועמד לא יצליח להשיג רוב מבחינת האלקטורים ושהבחירות יוכרעו בבית הנבחרים.
כמו קודמיו הוויגים, סירב לינקולן לנהל מסע בחירות לאחר הוועידה והותיר זאת לאחרים במפלגתו. בשתיקתו, לא הגיב לינקולן להאשמות הקיצוניים מהדרום שהוא רוצה לבטל את העבדות. בקיץ וסתיו 1860, שקלו כמה מושלים דרומיים לפרוש מהאיחוד, וביוקנן לא פעל נגדם. מצד שני, התמקד דאגלס במסע הבחירות שלו בתקיפת מתנגדי האיחוד, שדאג שינסו לבצע הפיכה לאחר שלינקולן ינצח. ברקינרידג' ובל לא זכו לתמיכה צפונית, ולכן כדי להביס את לינקולן היה צריך שדאגלס ינצח בכמה מדינות צפוניות, אולם ביוקנן סירב לעזור לו. לינקולן לא זכה לתמיכה בדרום, אולם התמיכה מהצפון הספיקה לצורך רוב בחבר האלקטורים. ביוקנן היה הדמוקרט האחרון שנבחר לנשיאות עד ל-1884. אף על פי שלינקולן נבחר לנשיאות, הרפובליקנים לא השיגו רוב בבית הנבחרים או בסנאט, ובית המשפט העליון נותר זהה למה שהיה כשפסק בנושא דרד סקוט. לעבדות בדרום לא הייתה סכנה מידית.
בתחילת אוקטובר, הזהיר וינפילד סקוט את ביוקנן שהיבחרו של לינקולן עלולה לגרום לפרישה של לפחות שבע מדינות מהאיחוד. הוא המליץ לביוקנן לשלוח אל המדינות הללו צבא כדי להגן על הרכוש הפדרלי, אף על פי שהצבא היה במצב קשה באותו זמן. הקונגרס סירב להקצות משאבים לצבא מאז 1857. ביוקנן לא סמך על סקוט, יריבו הפוליטי, והתעלם מהמלצותיו. לאחר היבחרו של לינקולן, שקל ביוקנן לשלוח צבא אל המדינות, אולם מזכיר המלחמה שלו, ג'ון פלויד, שכנע אותו לא לבצע זאת.
פרישה.
לאחר ניצחונו של לינקולן, הדרום התחיל לשקול פרישה ברצינות, והמצב הגיע לנקודת רתיחה לקראת הודעתו האחרונה של ביוקנן לקונגרס. בהודעה האחרונה שלו לקונגרס, ב-3 בדצמבר 1860, נאלץ ביוקנן להתייחס לדבר. שני הצדדים חיכו לראות כיצד ביוקנן יטפל במצב. ביוקנן תלה את המשבר בהתנגדות הצפון לעבדות. הנשיא ביוקנן קבע כי אין למדינות הדרום זכות חוקית לפרוש מן האיחוד, אך חששותיו מעימות אלים גרמו לו לקבוע גם כי לממשלה הפדרלית אין זכות חוקית למנוע זאת מהן, אולם שיש לו זכות להגן על רכוש ממשלתי. הצעתו היחידה לפתור את המשבר הייתה תיקון חוקתי שיאשר את העבדות, את חוק העבד הנמלט ואת זכותם של תושבי המדינות לאשר את העבדות בתחומן. הצפון זעם על תגובתו הרפה לפרישה, והדרום זעם על ביטול זכותו לפרוש מהאיחוד.
במהלך החודשים האחרונים של מושב הקונגרס, הוגשו יותר ממאתיים הצעות חוק בנוגע לעבדות. רובן ניסו להגיע לפשרה ולמנוע עימות צבאי. דייוויס הציע אחת שתגן על זכויות הרכוש בנושא העבדים. כמה מחברי בית הנבחרים הציעו להקים ועדה לאומית שתטפל בנושא הפרישה, ותחלק את הרכוש הפדרלי ואת זכויות הניווט בנהר המיסיסיפי.
הסנאט הקים ועדה של שלושה עשר בניסיון לעצור את המשבר. היו בה דמוקרטים צפוניים, דמוקרטים דרומיים ורפובליקנים. ב-18 בדצמבר, הוצעו שישה תיקונים חוקתיים, פשרת קריטנדן. הפשרה הייתה אמורה להגן על העבדות בטריטוריה מדרום לקו הרוחב '36°30, ולאסור עליה מצפון לקו הרוחב, כשהמדינות החדשות יחליטו על העבדות בתחומן. על הקונגרס יהיה איסור לאסור על העבדות בכל מדינה או במחוז קולומביה, או להתערב בנושא סחר העבדים הפנימי. ביוקנן תמך בהצעה, אולם הקיצוניים מהדרום סירבו לוותר על הגנה על העבדות בכל המדינה, ולינקולן סירב להיכנע לאיום הפרישה של הדרום. בהנחיית לינקולן, רוב הרפובליקנים בוועדה דחו את הפשרה, שנדחתה עם שישה מתנגדים ושישה תומכים.