ראשיתה של תנובה בשנת 1926 בוועידת "המשביר", עת החליטו 13 משקים חקלאים עבריים בארץ ישראל (מושבים וקיבוצים) לרכז ולאגד את הטיפול בכל שלבי העיבוד, הייצור והשיווק של תוצרת חקלאית טרייה ולהקים לצורך זה אגודה שיתופית. אליעזר יפה היה למנהלה הראשון של החברה, וניהל את החברה עד שנת 1937. במקביל לארגון הארצי הוקמה בשנת 1924 בירושלים מחלבה מקומית על ידי חברי הקיבוצים השכנים, קריית ענבים, עטרות ורמת רחל, ששיווקה את החלב של הקיבוצים תחת השם תנובה. מחלבת ירושלים, אותה ניהל יוסף בן אברהם מקריית ענבים התמזגה עם הארגון הארצי בשנת 1927.
תנובה איגדה את כל היישובים החברים בהסתדרות שהתחילו לשווק את תוצרתם דרך תנובה. בנוסף, בוועידת תנובה של שנת 1931 בנהלל נקבע שתנובה תסכים לשווק תוצרת של יישובים שאינם חברים בהסתדרות על בסיס זכויות וחובות שוות לחברי תנובה, ובלבד שהם מקפידים על עבודה עברית ומאורגנת. בנוסף, באותה ועידה נתקבלו לתנובה כחברים, באופן יוצא מן הכלל, מספר יישובים שאינם חברי ההסתדרות, בהם כפר חסידים, כפר גדעון ובתי ספר חקלאיים. תנובה פעלה להרחיב עד כמה שניתן את המשקים המשווקים את תוצרתם דרכה ושיווקה תוצרת של משקים שלא היו חברים בה, בהם יבנאל, בית גן, המושבה כנרת, נהריה וקריית חיים. בשנת 1938 ביקשה הנהלת תנובה לקבוע שלאחר חמש שנות התקשרות יוכלו יישובים אלו להצטרף לתנובה ובלבד שהם מקפידים על עבודה עברית ומאורגנת.
בתחילה שיווקה תנובה רק חלב טרי, ומאוחר יותר גם מוצרי חלב. עם התבססותה בתחילת שנות ה-30 החלה לשווק גם תוצרת טרייה נוספת של המשק החקלאי: ביצים, עופות, ירקות ופירות. בנובמבר 1966 החלה תנובה לשווק חלב בשקיות במקום בבקבוקים.
ב-1976 פתחה תנובה בראשון לציון את המרכול הראשון שלה, ובכך נכנסה לתחום הקמעונאי. בינואר 1981 רכשה תנובה ב-10 מיליון שקלים את המפעל ליצור תיבות אריזה של "פרדס" ברחובות. ב-1981 נכנסה תנובה לתחום הגלידות כאשר רכשה את החברות "טנא נגה" (מפעל הגלידות בקריית מלאכי) ו"סנוקרסט" (מפעל בפתח תקווה). תנובה היא מונופול מוכרז בתחום החלב לשתייה ומוצרי החלב החל משנת 1988.
פרשת הסיליקון בחלב.
בספטמבר 1995 נחשף בתחקיר של רונאל פישר במוסף "סופשבוע" בעיתון מעריב, כי חברת "תנובה" נהגה להוסיף לחלב עמיד דל-שומן שייצרה, כימיקל בשם פולי דימתיל סילוקסאן (שנחרט בתודעה הקולקטיבית כ"סיליקון"), על פי מידע פנימי ובדיקות כימיות שבוצעו במעבדת 'ספקטרולאב' ברחובות. הכימיקל שימש כחומר מונע קיצוף, ואיפשר לאטום ביתר קלות את אריזות החלב. חומר זה חשוד כחומר מסרטן והכנסתו למזון אסורה ברוב מדינות העולם, לרבות בישראל.
תנובה הכחישה עובדות אלה, ואף יצאה בקמפיין נרחב לשם כך, אך עם הצטברות העדויות, לרבות תמונות שצולמו במצלמה נסתרת, נאלצה להודות כי אכן פעלה כך. היא הורשעה בבית משפט השלום ברחובות בהטעיה פלילית, ונקנסה בסכום של 28 אלף שקל. בפסק דין שניתן בתובענה ייצוגית נגד תנובה, חייב בית המשפט המחוזי בתל אביב ב-2008 את החברה לשלם 55 מיליון ש"ח לקבוצת התובעים. בערעור לבית המשפט העליון הופחת התשלום ל-38.5 מיליון ש"ח.
השינוי הארגוני.
לאחר פרשת הסיליקון בחלב ב-1995, עברה תנובה שינוי ארגוני מקיף, וחולקה לחטיבות נפרדות בעלות הנהלות עצמאיות, כגון: תשלובת החלב, חטיבת הבשר, חטיבת הביצים, וכדומה. ובכך הפכה לחברת החזקות.
בשנת 2001 נפטרה תנובה מהחזקותיה בפירות וירקות, ורק הבעלות על חלק מהמבנים בחלק מהשווקים הסיטונאיים נוצרה ברשותה. כמו כן הפסיקה תנובה את פעילותה בתחום הדגים הטריים, והקימה את חברת "דגי תנובה" באזור התעשייה הר-טוב שליד בית שמש. מפעל זה מייצר דגים מעושנים ומעדני דגים.
הפיכת האגודה לחברה ומכירתה לקרן אייפקס.
לאחר שהחברים באגודה השיתופית תנובה קיבלו החלטה עקרונית על הסכמה להפיכת האגודה לחברה בע"מ ולמוכרה למשקיעים פרטיים, זכתה ב-20 בנובמבר 2006 קרן אייפקס פרטנרס במכרז לרכישת תנובה בשווי של 1.025 מיליארד דולר. מכרז זה נעשה בטרם מוצה תהליך ההתמחרות (קביעת שוויה) והמחיר נקבע בעיקר על סמך הנדל"ן שברשותה, וכמעט שלא תומחרה פעילותה היצרנית . העסקה הייתה מחויבת באישור בעלי תעודות ההשתתפות בתנובה – כ-1,000 קיבוצים ומשקים חקלאיים. חלק מבעלי תעודות ההשתתפות התנגדו להליך המכירה והעלו לוועידה, שהתקיימה במרץ 2007, הצעה אלטרנטיבית. האלטרנטיבה זכתה למיעוט קולות ונדחתה, ונסללה הדרך למימוש המשך העסקה עם אייפקס. בהמשך הדרך התנגד משרד האוצר לעסקה עקב סירובם של 16 קיבוצים למסור את חלקם במניות למדינה (בעת שתהפוך האגודה לחברה) בהתאם למתווה הסדר הקיבוצים. על אף המשברים הרבים, הגיעה העסקה לכלל ביצוע, והושלמה ב-7 בינואר 2008. לאחר מכירת גרעין השליטה בחברה, מצב ההחזקות באגודה (נכון ל-18 בינואר 2008) הוא: קרן אייפקס - 56.05%, מבטח שמיר - 20.67% ותאגיד החזקות המאגד את החזקות הקיבוצים שלא מכרו את כל תעודות ההשתתפות - 23.3%. העסקה מאפשרת לבעלי השליטה להפוך את האגודה לחברה בע"מ בכל עת שיחפצו בכך.
בתחילת חודש מרץ 2009 התפטרו מנכ"ל החברה ליעד כהן וסמנכ"ל הכספים אלי סנדרוביץ'.
פעילות בשליטת קרן אייפקס.
במהלך שלוש שנים מקניית גרעין השליטה, הרוויחה קרן אייפקס יותר ממיליארד דולר רק באמצעות דיבידנדים שמשכה ועליית ערך המניות שבבעלותה. לפי ההערכות, 79% ממחזור ההכנסות של תנובה ב-2010 נבע מפעילותה בשוק החלב, ופעילותה בשוק הנדל"ן תרמה הכנסות של 300 מיליון דולר, כלומר 16% מההכנסות.
בפברואר 2012 חילקה תנובה דיבידנד בסך 280 מיליון ש"ח, וביולי 2012 חילקה שוב דיבידנד בסכום של 280 מיליון ש"ח לבעלי מניותיה. ברבעון הראשון של 2012 הרוויחה תנובה 114 מיליון ש"ח מתוך מחזור של 1.87 מיליארד ש"ח לעומת רווח של 89 מיליון ש"ח ומחזור של 1.85 מיליארד ש"ח ברבעון המקביל הקודם.
מחאות צרכנים והתפטרות בעלי תפקידים.
בחודש יוני 2011 פתח איציק אלרוב דף מחאה בפייסבוק וקרא לחרם על גבינת הקוטג', מוצר בולט וסמלי של תנובה, בשל עלייה מהירה במחירו, מאז הוסר מעליו הפיקוח הממשלתי. למחאה, שכונתה "מחאת הקוטג'", הצטרפו מעל 100,000 גולשים, היא גרמה להד תקשורתי רחב, ולבסוף הכריזה תנובה על הורדת מחיר המוצר. בהמשך, במהלך המחאה החברתית ביולי ובאוגוסט 2011, נתפסה תנובה כאחד הגורמים המזוהים ביותר, בתחום המזון, עם העלאה מופרזת במחירים.
ב-6 בספטמבר 2011 הודיעה אגודת הסטודנטים של אוניברסיטת תל אביב על חרם נגד כלל מוצריה של תנובה. עוד קודם לכן הופיעו פרסומים בתקשורת על ירידה במכירות החברה בשיעור של כ-12%, על אף מבצעי הנחות שונים עליהם הכריזה תנובה.
ב-2 באוקטובר 2011, בעקבות המחאה הציבורית וחקירת רשות ההגבלים העסקיים בדבר חשדות להסתרת מידע על ידי תנובה, ובעיקר את דו"ח מקינזי, שבהסתמך עליו העלתה תנובה את מחירי הגבינה הצהובה, הגבינה הלבנה והקוטג', כי הביקוש להם נמצא קשיח ועליית מחירם לא פגעה בביקוש ובמכירות, התפטרה זהבית כהן מתפקידיה כיושבת ראש הדירקטוריון של תנובה ושל פסגות, אך המשיכה לכהן כדירקטורית בחברה.
נגד החברה הוגשה תובענה ייצוגית על העלאת מחיר הקוטג' בניגוד לחוק התחרות הכלכלית, ונפסק שעליה לשלם 20 מיליון ש"ח לקרן של משרד המשפטים. "תנובה" ערערה על פסק הדין, ולפי בקשתה עוכב ביצועו עד מתן הכרעה בערעור.
חקירה נוספת של רשות ההגבלים העסקיים (2012).
ביולי 2012, ניהלה רשות ההגבלים העסקיים חקירה נוספת, של חשדות להתערבות תנובה בפלנוגרמה (סידור המדף) ברשת מגה, במסגרת הסכמים בין החברות, תוך השפעה ישירה על שטחי המדף והנראות של המתחרים של תנובה, בתמורה לתשלומים שהעבירה תנובה לרשת מגה. אם החשדות יתבררו כנכונים, אין בעובדות אלה כדי להוות עבירה של רשת מגה אלא של הספק בלבד – תנובה. ארבעה בכירים בתנובה נחקרו תחת אזהרה מספר ימים ברציפות, ובהם: מנכ"ל קבוצת תנובה – אריק שור, מנכ"ל תשלובת החלב – אייל מאליס, ומנהל חטיבת המזון – ארז וולף.
התעללות בבעלי-חיים במשחטת אדום אדום (2012).
ב-6 בדצמבר 2012 שודר ב"כלבוטק" תחקיר סמוי של פעילי עמותת אנימלס שחשף התעללות קשה ושיטתית בעגלים ובטלאים בידי עובדי משחטת "אדום אדום" של תנובה. בעקבות התחקיר, הורשעו ב-2018 בעבירות של התעללות בבעלי-חיים מנהל קו השחיטה במקום וממלא מקומו. ב-2020 נגזר עליהם עונש מאסר שיבוצע בעבודות שירות ותשלום קנס ופיצויים לטובת עמותת אנימלס.
פעילות בשליטת ברייט פוד.
במאי 2014 הוסכם שקרן אייפקס תמכור את חלקה בתנובה (56%) לחברת ברייט פוד מסין לפי שווי חברה של 8.6 מיליארד ש"ח, והעסקה הושלמה במרץ 2015.
בחודש יוני 2021 התפרסמה פרשת שוחד, בה קיבלה תנובה הקלות בסימון מוצריה כחלק מהרפורמה של משרד הבריאות, בתמורה לתרומה לעמותות המקורבות למוטי בבצ'יק, עוזרו האישי של שר הבריאות יעקב ליצמן.
מבנה החברה.
תשלובת החלב.
מוצרי החלב מיוצרים בכמה מחלבות:
תנובה משווקת את תוצרתן של כ-600 רפתות בקר ושל כ-60 דירי עזים וכבשים.
תשלובת החלב משווקת כ-70% מתוצרת החלב ומוצריו בישראל והיקפי פעילותה העסקית, כ-4 מיליארד ש"ח בשנה, מהווים כמחצית ממחזור הקונצרן כולו.
תנובה היא בעלת זיכיונות לייצור מוצרים של חברות בינלאומיות שונות כמו יוגורט יופלה אותו היא משווקת. בעבר שיווקה את מותג היוגורט אמי, אך שיווק מותג זה פסק עם תחילת שיווק המותג יופלה.
חטיבת הביצים.