נגד שר הפנים אריה דרעי הוגש לכנסת ב-2 באוגוסט 1993 כתב אישום בשלל עבירות ובהן קבלת שוחד. בעקבות זאת כתב היועץ המשפטי לממשלה יוסף חריש לראש הממשלה יצחק רבין כי "החל משעה זו ועד תום בירור משפטו יהא זה בניגוד לעקרונות יסוד של משפט וממשל ואף לא יהא זה מן המידה כי מר דרעי יוסיף לכהן כשר בממשלה". בהמשך לכך הגישה התנועה למען איכות השלטון בישראל עתירה לבג"ץ בדרישה להפסקת כהונתו של השר דרעי.
עמדת ראש הממשלה, יצחק רבין, כפי שהוצגה לבג"ץ, הייתה שאין עליו חובה מכוח הדין להשתמש בסמכותו לפי סעיף 21א ל (כנוסחו באותה עת) כדי להעביר את השר דרעי מתפקידו. ראש הממשלה סבר כי הסמכות להעביר שר מתפקידו נתונה לשיקול דעתו המוחלט של ראש הממשלה, ואין לחייבו להכריע כך או אחרת. טענה נוספת שהעלה רבין הייתה שהוא התחייב לשר דרעי שלא יעבירו מהתפקיד טרם הגשת כתב האישום לבית המשפט (לאחר הסרת חסינותו), וכי הפרת הבטחה זו תפגע באמון הציבור יותר מאשר הימנעות מפיטורי השר. בין השאר ציין ראש הממשלה כי במקרה עבר המשיך לכהן בתפקידו השר אהרן אבוחצירא גם לאחר שהוגש נגדו כתב אישום, וכי היועץ המשפטי לממשלה לא הורה להפסיק את כהונתו.
בג"ץ, בהרכב של חמישה שופטים (מאיר שמגר, אהרן ברק, דב לוין, אליעזר גולדברג ואליהו מצא), פסק פה אחד שעל ראש הממשלה להעביר את השר דרעי מתפקידו שכן בנסיבות העניין יש לייחס משקל מכריע לפגיעה באמון הציבור, וכל החלטה אחרת נפסלת מכוח עילת הסבירות. את הטענה הנובעת מהתחייבותו של רבין לדרעי דחו השופטים בשל הוראה מפורשת בחוק היסוד שמונעת התחייבות כזו. בלשונו של נשיא בית המשפט העליון, מאיר שמגר:
בעקבות קביעה זו התפטר דרעי מתפקיד שר הפנים.
פסק הדין בעניינו של סגן השר רפאל פנחסי.
חבר הכנסת רפאל פנחסי כיהן כסגן שר הדתות, והוגש נגדו כתב אישום באשמת רישום כוזב במסמכי תאגיד וניסיון לקבלת דבר במרמה, עקב העברת כספים שלא כדין לפעילי ש"ס במערכת הבחירות. עמותת אמיתי - אזרחים למען מינהל תקין וטוהר המידות עתרה לבג"ץ נגד ראש הממשלה, על שאינו עושה שימוש בסמכות הנתונה לו לפי סעיף 36א לחוק־יסוד: הממשלה להעביר סגן שר מכהונתו. עמדתו של היועץ המשפטי לממשלה הייתה שיש לקבל עתירה זו.
עמדת ראש הממשלה הייתה שאין עליו כל חובה להשתמש בסמכותו לפי סעיף 36א לחוק יסוד: הממשלה ולהעביר את סגן השר פנחסי מתפקידו. הטעם לכך נעוץ בעובדה שחוק יסוד: הממשלה אינו מסדיר את עניין השעייתם של שרים וסגני שרים או העברתם מתפקידם עקב חשדות וחקירות או הרשעות בפלילים, בניגוד להסדרים המפורשים בחוק בנוגע לפקידים.
בג"ץ, בהרכב של חמישה שופטים (זהה לזה שפסק בעניינו של השר דרעי) פסק פה אחד שעל ראש הממשלה להעביר את סגן השר פנחסי מכהונתו. בפסק דינו ציין השופט ברק:
גבולות ההלכה.
במקרים אחדים שבהם הוגשו עתירות המסתמכות על הלכת דרעי-פנחסי נדחו העתירות, ובכך חודדו גבולותיה של הלכת דרעי-פנחסי:
הלכת דרעי-פנחסי עוסקת במצב שנגד שר או סגן שר הוגש כתב אישום. ההלכה אינה עוסקת בשלב מוקדם יותר, שבו קבעה המשטרה שנמצאו ראיות להגשת כתב אישום. בין קביעת המשטרה להחלטת היועץ המשפטי לממשלה עלול לעבור זמן רב והפרקליטות עשויה גם שלא לקבל את המלצת המשטרה, וכך קרה שראש הממשלה, בנימין נתניהו, החליט למנות את דוד ביטן לשר החקלאות תשעה חודשים לאחר שהמשטרה הודיעה שהתגבשה תשתית ראייתית מספקת לביסוס חשדות שלפיהם ביצע עבירות שוחד, הלבנת הון, קבלת דבר במרמה, מרמה והפרת אמונים ועבירות מס, ב-12 מקרים, ולקדם את יעקב ליצמן מסגן שר לשר, חמישה חודשים לאחר שהמשטרה הודיעה שיש ראיות מספיקות כדי להעמידו לדין בגין עבירות מרמה והפרת אמונים, הדחת עד והצעת שוחד.
החלפת חוק יסוד: הממשלה.
בחוק יסוד: הממשלה, כפי שהיה בתוקף בעת הדיון בעניינם של דרעי ופנחסי, נקבעה סמכותו של ראש הממשלה לפטר שר וסגן שר, אך לא נקבעו מצבים המחייבים הפסקת כהונה של שר וסגן שר. במרץ 2001 הוחלף חוק יסוד: הממשלה. החלפת חוק היסוד נעשתה בידי ממשלתו של אהוד ברק, שעה שבכהונת שר המשפטים נשא ד"ר יוסי ביילין ובראש ועדת החוקה, חוק ומשפט של הכנסת, שדנה בהחלפת חוק היסוד, עמד פרופ' אמנון רובינשטיין. החוק החדש קבע שכהונתם של שר וסגן שר תפקע ביום שבו הורשעו בבית משפט בעבירה שיש עמה קלון (סעיף זה אינו חל על ראש הממשלה, שלגביו נקבע כי כהונתו תפקע רק לאחר הרשעה בפסק דין חלוט).
היו שראו בתיקון חוק היסוד ביטוי לרצונו של המחוקק לשנות את הלכת דרעי-פנחסי ולהעדיף את חזקת החפות על פניה, אך בית המשפט העליון ציין במספר אמרות אגב בעניינם של נבחרי ציבור ברשויות המקומיות, כי ההלכה לא התבטלה, שכן קביעה בחקיקה של תנאי הפוסל אדם מכהונה ציבורית אין פירושו שאין מקום לשיקול דעת בעניין פסילה כאשר לא מתקיים תנאי זה.
כך נאמר בהחלטה של השופטת איילה פרוקצ'יה:
בהחלטתה הנ"ל, איזכרה השופטת אילה פרוקצ'יה רק את הלכת פנחסי. היא לא הזכירה כלל ועיקר את הלכת דרעי (וקיימים הבדלים בין הלכות אלה. הראשונה נוגעת לסגן שר; השנייה נוגעת לשר).
חזרה על עיקרון זה המשנה לנשיא בית המשפט העליון, מרים נאור: "נקודת המוצא לפסקי הדין אלה הייתה כי דיני הפסלות הסטטוטוריים אינם בגדר רשימה סגורה, וכי בנסיבות המתאימות גם מקרים החורגים מתנאי הפסלות הסטטוטוריים יחייבו את הפסקת כהונתו של נושא המשרה הציבורית."
שני פסקי הדין הללו, של השופטת אילה פרוקצ'יה ושל המשנה לנשיא מרים נאור, דנו במצב דברים שחוק יסוד הממשלה משנת 2001 לא חל עליו - הם עסקו בנבחרי ציבור ברשות מקומית, שהוראות הדין לגביהם שונות מן ההוראות שבחוק יסוד: הממשלה משנת 2001. הלשון שבהוראות החוק לגבי נבחרי ציבור ברשויות מקומיות העניקה שיקול דעת למועצת העיר או לראש העיר בשאלה אם להעביר נבחר ציבור מכהונתו, ממש בדומה להוראת סעיף 21א לחוק יסוד הממשלה שהיו בתוקף בעת שניתנו פסקי הדין בעניין דרעי ופנחסי (שלשונן הייתה שראש הממשלה "רשאי").
לפי פסק דין העוסק בהרכבת ממשלה על ידי חבר הכנסת (בהתאם לסעיף 10 בחוק יסוד: הממשלה), הלכה זו בכל הנוגע למינוי ולהעברה של שרים מתפקידם, ממשיכה לחול גם לאחר חקיקת חוק יסוד: הממשלה החדש משנת 2001. כך גם ראו את הדבר חברי הכנסת שדנו בחוק יסוד: הממשלה החדש. זאת לפי פרוטוקול הדיון בוועדת החוקה חוק ומשפט.
בנוסף להפסקת כהונתם של השר דרעי וסגן השר פנחסי, התקדים שנוצר בפסקי דין אלה הוביל להפסקת כהונתם של אישי ציבור נוספים, לעיתים בעקבות פסק דין שחייב לכך, ולעיתים ללא שעניין כהונתם הובא לבית המשפט.
דיון ציבורי.
נבחרי הציבור אימצו את הנורמה שנקבעה בהלכת דרעי פנחסי והתפטרו אחרי הגשת כתב אישום. לדוגמה, בנימין נתניהו, אביגדור ליברמן וסאלח טריף. היו נבחרי ציבור שהתפטרו מתפקידם אף לפני הגשת כתב האישום כמו אברהם הירשזון ואהוד אולמרט, למרות שההלכה מחייבת את התפטרותם רק לאחר הגשת כתב האישום.
בדומה למקרה של דרעי ומקרים אחרים, התנועה לאיכות השלטון טענה שהשר חיים כץ חייב להתפטר עקב כתב האישום שהוגש נגדו.
פרופ' מרדכי קרמניצר סבור שהלכת דרעי-פנחסי יצרה נורמה נאותה, שראוי להחילה, מקל וחומר, גם על ראש ממשלה בממשלת מעבר, וזאת על אף שהוראות חוק יסוד הממשלה משנת 2001, שונות בתכלית מן ההוראות שהיו בתוקף בעת שניתנו פסקי הדין בפרשות דרעי-פנחסי (שנת 1993). גם פרופ' יובל שני וד"ר עמיר פוקס תמכו בגישה זו, בין היתר על סמך החקיקה והפסיקה הקיימת.
פרופ' ברק מדינה וד"ר אילן סבן סבורים שהלכת דרעי-פנחסי יצרה נורמה נאותה, שראוי להחילה, מקל וחומר, גם על ח"כ שמקבל את המנדט להרכבת הממשלה לטענתם, במובן המהותי, "ביסודה של ההלכה בנושא ניצבים שני שיקולים עיקריים: הבטחת אמון הציבור בשלטון ומניעת החשש מפני שימוש לרעה בסמכויות שלטוניות ... אמון הציבור מבוסס על התפיסה שנושאי משרה שלטונית, שבידיהם כוח רב, יפעילו אותו לקידום האינטרס הציבורי בלבד."
לעומתם, פרופ' רות גביזון מתחה ביקורת על הלכת דרעי-פנחסי, בה היא ראתה "צעד דרמטי נוסף בכיוון של הכפפת המערכת השלטונית-פוליטית לביקורת שיפוטית". אף שגביזון הסכימה כי "טוב לחברה ואף לממשלה כי לא יהיו שרים וסגני שרים שיש נגדם אישומים פליליים חמורים", היא סברה שהיה לבית המשפט להניח את הנושא למשפט הציבור.
גם פרופ' דניאל פרידמן סבר כי בית המשפט שגה כשהורה לפטר את דרעי ופנחסי. לפי פרידמן, ההחלטה נבעה מרצונו של בית המשפט "לעסוק בעניינים פוליטיים, להשליט את רצונו ואת הנורמות הראויות בעיניו, ואף לחוקק לשם כך את החוקים שייראו לו". לדבריו, אף שההחלטה ביקשה לשמור על אמון הציבור בשלטון, אין כל ביסוס עובדתי לכך שפיטורי השניים תרמו לאמון זה, וייתכן כי הוא דווקא נפגע בגללו.
פרופ' יואב דותן התנגד אף הוא להלכת דרעי-פנחסי, וציין כי "התוצאה הבלתי נמנעת של 'הלכת דרעי' היא שהמסלול החקירתי והפלילי נהפך לדרך המלך לחיסול מתחרים ומתנגדים במערכת הציבורית והפוליטית".
במדינות אחרות.
במדינות מסוימות יש גם נורמה (הנובעת מתרבות פוליטית או לחץ ציבורי) שלפיה שרים צריכים להתפטר על רקע שחיתות או עבירות אחרות. ב-2012 בבריטניה שר התפטר על רקע כתב אישום בשיבוש הליכי משפט. ב-2019, שרים ביפן התפטרו עקב חשד להענקת תוצרת חקלאית למצביעים בניגוד לחוק. במאי 2019 התפטר השר היינץ כריסטיאן שטראכה על רקע פרשת איביזה, ואז התפטר קנצלר אוסטריה סבסטיאן קורץ.