בתחילת עונת זכתה יובנטוס בסופר קאפ האיטלקי לאחר שניצחה את פארמה. הוא ערך 47 הופעות בכל המסגרות, 32 מהן בסרייה א'. יובנטוס העפילה לגמר ליגת האלופות לעונת 2002/2003, בו הפסידה למילאן בדו-קרב בעיטות עונשין, על אף שתי עצירות של בופון. הקבוצה זכתה באליפות שנייה ברצף בעונה זו, וספגה את מספר השערים הנמוך ביותר בליגה פעם נוספת – כשבופון סופג 23 שערים ב-32 הופעות. בופון זכה בתואר שוער השנה בסרייה א' בפעם הרביעית בקריירה, והיה השוער הראשון והיחיד לזכות בתואר שחקן השנה של אופ"א. הוא זכה גם בתואר שוער השנה של אופ"א, ונבחר לראשונה לנבחרת השנה של אופ"א. תואר נוסף בו זכה בופון לראשונה הוא השוער המצטיין של הפדרציה הבינלאומית להיסטוריה וסטטיסטיקה של הכדורגל.
בופון פתח את עונת עם עצירת פנדל בדו-קרב בעיטות עונשין בסופר קאפ האיטלקי נגד מילאן, בו זכתה יובנטוס לאחר 1-1 בתום הזמן החוקי. בליגת האלופות, הודחה יובנטוס בשלב שמינית הגמר על ידי דפורטיבו לה קורוניה לאחר הפסד 0–2 בסיכום שני המשחקים, בליגה סיימה יובנטוס במקום השלישי, כשבופון עורך 32 הופעות ליגה. בחודש מרץ 2004 נבחר בופון על ידי פלה כאחד מ-125 הכדורגלנים החיים הטובים בעולם, אך לא הצליח לזכות בתואר שוער השנה בסרייה א', אותו הפסיד לדידה, שוערהּ של מילאן. בופון נבחר פעם נוספת לנבחרת השנה של אופ"א וכשוער המצטיין של הפדרציה הבינלאומית להיסטוריה וסטטיסטיקה של הכדורגל. בעונה זו היה מועמד בופון לראשונה גם לתואר כדורגלן השנה בעולם, והוא סיים במקום ה-21 יחד עם חברו האיטלקי פאולו מלדיני.
2004–2006: פרשת הקלצ'ופולי והירידה לסרייה ב'.
בקיץ 2004 עזב מרצ'לו ליפי את יובנטוס על-מנת לאמן את נבחרת איטליה והוחלף על ידי פאביו קאפלו. בעונתו הרביעית במועדון, ערך בופון 48 הופעות בכל המסגרות, 38 מתוכן בסרייה א', וזכה באליפות איטליה השלישית שלו בארבע עונות בהן הוא משחק במועדון, וכן בתואר שוער השנה בסרייה א' בפעם החמישית בקריירה. יובנטוס הודחה בשלב רבע הגמר של ליגת האלופות על ידי ליברפול לאחר הפסד 1–2 בסיכום שני המשחקים. בופון היה מועמד בפעם הרביעית ברצף לנבחרת השנה של אופ"א, אך הפסיד את מקומו לפטר צ'ך.
ב-14 באוגוסט 2005 התנגש בופון בקאקה במהלך משחק גביע לואיג'י ברלוסקוני ופרק את כתפו, דבר שהצריך ניתוח. בעקבות כך, השאילה מילאן ליובנטוס את שוערהּ השני, כריסטיאן אביאטי, עד להחלמתו של בופון. בופון חזר לפעולה בחודש נובמבר, אך פציעה נוספת השביתה אותו עד לחודש ינואר. הוא חזר לשחק במשחק קופה איטליה נגד פיורנטינה, ובהמשך העונה עזר ליובנטוס לזכות באליפות השנייה שלה ברציפות והרביעית שלו בסך הכל, כשהוא עורך 18 הופעות ליגה. בליגת האלופות הודחה יובנטוס פעם נוספת בשלב רבע הגמר, הפעם על ידי ארסנל. בופון נבחר כשוער המצטיין של הפדרציה הבינלאומית להיסטוריה וסטטיסטיקה של הכדורגל בפעם השלישית בקריירה שלו, וכשוער השנה בסרייה א' בפעם השישית בקריירה. בנוסף סיים בופון במקום השני בקרב על תואר כדור הזהב, לאחר חברו לנבחרת פאביו קנבארו, במקום השמיני בדירוג כדורגלן השנה בעולם ונבחר לנבחרת השנה של אופ"א ולנבחרת השנה של פדרציית הכדורגל הבינלאומית לכדורגלים מקצוענים.
ב-12 במאי 2006 הואשמו מספר שחקנים, וביניהם בופון, בהשתתפות בהימורים בלתי חוקיים על משחקי סרייה א'. בופון שיתף פעולה מרצון ונחקר על ידי הרשויות בטורינו. בעוד שהוא מודה שהוא הימר על משחקי ספורט (עד שלהי שנת 2005, אז נכנסו לתוקף תקנות שאסרו על שחקנים לעשות זאת), הכחיש בופון כי הימר על משחקי כדורגל איטלקי. על-אף חששות כי נפגעו סיכויו של בופון להיות שוער נבחרת איטליה בטורניר מונדיאל 2006, הוא היה השוער הראשון שלה ועזר לה לזכות בתואר בפעם הרביעית בהיסטוריה. בחודש יוני 2007 נוקה בופון מכל ההאשמות על ידי התאחדות הכדורגל האיטלקית. לאחר עונשה של יובנטוס בעקבות פרשת הטיית המשחקים בסרייה א' 2006, שקבע כי שני תוארי האליפות האחרונים יילקחו ממנה והיא תרד לסרייה ב', היו שמועות שבופון יוצב בחלון ההעברות, אך הוא בחר להישאר בקבוצה, החלטה שזיכתה אותו בכבוד רב מצד אוהדי המועדון.
2006–2011: אליפות הסרייה ב', חזרה לסרייה א' והתמודדות עם השלכות פרשת הקלצ'ופולי.
בופון ערך 37 הופעות ליגה, ובתום העונה זכתה יובנטוס באליפות הסרייה ב' והעפילה בחזרה לסרייה א', ובופון האריך את חוזהו במועדון עד לשנת 2012. בופון נבחר בפעם הרביעית כשוער המצטיין של הפדרציה הבינלאומית להיסטוריה וסטטיסטיקה של הכדורגל, ונבחר בפעם השנייה ברציפות לנבחרת השנה של פדרציית הכדורגל הבינלאומית לכדורגלים מקצוענים.
בעונת היה בופון שחקן מפתח בקבוצה, ערך 34 הופעות ליגה, ועזר לה לסיים במקום השלישי בליגה ולהעפיל לליגת האלופות. בופון זכה בתואר שוער השנה בסרייה א' בפעם השביעית בקריירה, והיה מועמד לתוארי כדור הזהב וכדורגלן השנה בעולם פעם נוספת. בעונה זו החל בופון לסבול מבעיות גב בשל פריצת דיסק, שהשביתו אותו לסירוגין במהלך העונות הבאות. ב-10 במרץ 2008 האריך בופון את חוזהו במועדון עד לשנת 2013.
בעונת סבל בופון פעם נוספת ממספר פציעות. בין החודשים ספטמבר לינואר עמד בשער הקבוצה השוער המחליף, אלכס מנינגר, שזכה לתשבחות בשל הופעותיו. בשל פציעות חוזרות, הופעותיו המעולות של מנינגר והופעות מאכזבות של יובנטוס לקראת סוף העונה, נפוצו שמועות כי בופון אינו מרוצה ורוצה לעזוב את המועדון. בופון הודה כי הוא מאוכזב מהתוצאות, אך שלל כל כוונה לעזוב את המועדון. בסופו של דבר יובנטוס סיימה את העונה במקום השני בליגה, לאחר אינטר מילאנו, כשבופון עורך 23 הופעות ליגה. בקופה איטליה הודחה יובנטוס בשלב חצי הגמר לאחר הפסד 2–4 ללאציו בסיכום שני המשחקים (כשבופון משחק רק במשחק הגומלין), ובליגת האלופות היא הודחה בשלב שמינית הגמר לאחר 2–3 לצ'לסי בסיכום שני המשחקים. בתום העונה בופון היה מועמד פעם נוספת לתואר כדורגלן השנה בעולם.
בופון ויובנטוס החלו את עונת בצורה טובה, על-אף שהקבוצה סבלה ממכה קשה והודחה בשלב הבתים של ליגת האלופות לאחר שסיימה במקום השלישי בבית, מעל למכבי חיפה הישראלית ומתחת לז'ירונדן דה בורדו הצרפתית ובאיירן מינכן הגרמנית. יובנטוס סיימה את העונה במקום השביעי והמאכזב בליגה (בופון ערך 27 הופעות ליגה, שאילץ אותה להעפיל לליגה האירופית דרך המוקדמות, ובקופה איטליה היא הודחה בשלב רבע הגמר לאחר הפסד 1–2 לאינטר מילאנו, שזכתה בסופו של דבר בטורניר. בשנת 2010 הוא נבחר כשוער העשור של הפדרציה הבינלאומית להיסטוריה וסטטיסטיקה של הכדורגל.
במחצית הראשונה של עונת החלים בופון מפציעה שספג במונדיאל 2010 ולא שיחק, והחליף אותו בשער מרקו סטורארי. יובנטוס סיימה את העונה במקום השביעי בליגה ולא הצליחה להעפיל למפעל אירופי, כשבופון עורך 16 הופעות ליגה בלבד.
2011–2014: השבת הדומיננטיות בסרייה א'.
בעונת , תחת המאמן החדש וקשר העבר של הקבוצה, אנטוניו קונטה, חזרה יובנטוס להיות מהקבוצות המובילות של הליגה. בופון חזר לכושרו המצוין, וסיפק מספר עצירות מרהיבות, כולל עצירת פנדל של פרנצ'סקו טוטי שסייעה ליובנטוס להשיג תוצאת תיקו חשובה נגד רומא בסטאדיו אולימפיקו. בחודש דצמבר 2011 נבחר בופון על ידי אוהדיה של יובנטוס לשחקן החודש של המועדון. יובנטוס זכתה באליפות איטליה לראשונה מאז פרשת הקלצ'ופולי מבלי להפסיד אף לא משחק אחד והעפילה לליגת האלופות לאחר היעדרות של שנתיים. בופון, כשהוא נעזר בשלישיית הגנה חזקה שכללה את ג'ורג'יו קייליני, לאונרדו בונוצ'י ואנדראה ברצאלי, ספג 16 שערים בלבד ב-35 הופעות ליגה, ושמר על רשת נקייה ב-21 משחקים, שיא אישי עבורו. הוא יצר 82 אחוזי הצלות, הנתון הגבוה ביותר לשוער בחמש הליגות הגדולות באירופה. בנוסף, נכלל בופון בנבחרת השנה של הסרייה א'.
ב-11 באוגוסט 2012 הניף בופון את הגביע הראשון שלו כקפטן יובנטוס, תפקיד אותו קיבל לאחר עזיבתו של אלסנדרו דל פיירו, לאחר ניצחון 2–4 על נאפולי בהארכה במשחק הסופר קאפ האיטלקי ששוחק בבייג'ינג. בשל הופעותיו בעונה זו הוא היה מועמד לתואר כדור הזהב של פיפ"א ולנבחרת השנה של אופ"א. הוא הפסיד את המקום בנבחרת השנה לאיקר קסיאס, שוערהּ של ריאל מדריד. הוא נבחר במקום השני, לאחר איקר קסיאס, בקרב על תואר השוער המצטיין של הפדרציה הבינלאומית להיסטוריה וסטטיסטיקה של הכדורגל, ונבחר כשוער המאה ה-21 על ידי אותו ארגון. ב-23 בינואר 2013 האריך בופון את חוזהו במועדון עד שנת 2015. ב-27 בינואר זכה בופון בתואר שוער השנה בסרייה א' בפעם השמינית בקריירה. יובנטוס זכתה בתום העונה באליפות נוספת וסיימה עם ההגנה הטובה ביותר בליגה, כשבופון סופג 19 שערים ב-32 הופעות ליגה. בליגת האלופות הודחה בשלב רבע הגמר על ידי באיירן מינכן הגרמנית לאחר הפסד 0–4 בסיכום שני המשחקים.