הייתה זו תקופה של פריחה. מערכות השקיה נרחבות ומפותחות הותקנו על מנת לספק מים לערים ולשדות. התוצר החקלאי המקומי התבסס על גידול הזית. באזור קירואן הותקנו מאות אגני מים. נתיבי מסחר חשובים קישרו את תוניסיה עם הסהרה, סודאן והים התיכון. הכלכלה המשגשגת איפשרה את פיתוח האומנויות, והשליטים הקימו ארמונות מפוארים. בשנת 835 כבשו האע'לבים את סיציליה. על אף השגשוג וההתפשטות הטריטוריאלית, רבים הביעו התנגדות לשלטון בשל יחסו המפלה כלפי הברברים. האסכולה המאליכית, שהתפתחה בקירואן בתקופה זו, הטיפה למדיניות המוסלמית המסורתית של יחס שווה לכל המאמינים בלי קשר למוצאם.
השלטון הפאטמי.
אי היציבות הפוליטית הוחמרה על ידי השושלת הפאטמית שקמה במצרים. אחרון האע'לבים, זיאדאת אללא השלישי, הובס בידי הפאטמים בשנת 909. הפאטמים כבשו את כל צפון אפריקה ומצרים. בשנת 973 קבעו את בירתם בקהיר. את השלטון בתוניסיה הותירו בידי מנהיג מקומי בשם בולוקין אבן זירי, שהקים את השושלת הזירית. האזור הפך בהדרגה לזירה לקרבות וסבל מאי יציבות פוליטית, שהביאה לשקיעת התרבות והחקלאות ששגשגו בעבר. בשנת 1050 מרד אמיר מקומי בשם אל-מועיז בשלטון הפאטימי, ובתגובה שלחו השליטים המצרים נוודים בדואים שידכאו את המרד. בשנת 1057 נכבשה קירואן ונבזזה על ידי הפולשים הבדואים. הבדואים הצליחו לשלוט בפנים הארץ, בעוד שהזירים החזיקו מעמד באזור החוף. בשלב זה איבדו המוסלמים את השלטון בסיציליה, והוקמה בה ממלכה נורמנית. בשנת 1087 נכבשה בירת הזירים מהאדיה על ידי איטלקים מפיזה וג'נובה והאמיר נאלץ לשלם להם כופר על מנת שיעזבו.
השושלת החַפצית.
האנרכיה שאפיינה את ימיהם האחרונים של הזירים, הפכה את תוניסיה למטרה קלה לפולשים מבחוץ. בין 1124 ל-1148 שלטו הנורמנים מסיציליה במהדיה, בגבס, בספקס ובאי ג'רבה. ב-1148 השתלטו הנורמנים על כל רצועת החוף ושמו קץ לשלטון הזירי. השליטים המוסלמים החזקים במגרב באותה התקופה היו בני השושלת האלמואחדית, ששלטו במרוקו. אלו הצליחו להניס את הנורמנים בשנת 1160 בהנהגת הח'ליף עבד אל-מומין. על אף כוחם הצבאי של האלמואחידים, שכבשו את מרוקו, התערבו בנעשה בספרד, ופלשו לאלג'יריה ותוניסיה, לא קנתה הדוקטרינה הדתית לה הטיפו אחיזה בתוניסיה. האסכולה המאלכית נותרה בעלת שורשים עמוקים במקום, כמו גם כתות מקומיות ששילבו את האסלאם עם אמונות מקומיות בקדושים ועם עקרונות סופיים מסוימים.
ב-1230 השתלט על תוניסיה מנהיג מקומי שכונה אבו זכריה. הוא ייסד את השושלת החפצית (الحفصيون; 1229–1574), שהוכרה על ידי השלטון המרכזי במכה, ובתמורה הכירו באל-מסתנצר כח'ליף. ב-1270 ערך מלך צרפת לואי ה-9 ניסיון לפלוש לתוניסיה שכונה "מסע הצלב השמיני". הפלישה הצרפתית נהדפה. תוניסיה שגשגה תחת השלטון החַפצי, הגבירה את הסחר הן עם המדינות המוסלמיות והן עם אירופה. בירתם של החַפצים הייתה תוניס, ובה נבנו ארמונות וגנים מפוארים. אחוזת הח'ליף בביזרטה נחשבה ליפה בעולם בתקופתה. ניסיון פלישה צרפתי נוסף נערך ב-1390 על ידי הדוכס מבורבון, ונכשל.
ב-1492 הביאה נפילת ממלכת גרנדה המוסלמית, כמו גם גירוש ספרד להגירה מוסלמית ויהודית לתוניסיה. הבאים הביאו עמם כישורים וכוח אדם איכותי שהביא לפריחת הממלכה החַפצית. אך שגשוג זה היה קצר ימים.
ירידת כוח השלטון המרכזי הפך את תוניסיה למקור לפעילות שודדי ים שאף ייסדו בה ממלכה בהנהגת יורד הים הטורקי ח'יר א-דין (ברברוסה) בשנת 1534. ברברוסה, שפעל בשמו של הסולטאן העות'מאני סולימאן המפואר הדיח את השליט החַפצי אל חסן, שנאלץ לפנות לעזרת גורמים חיצוניים. הספרדים כבשו את תוניסיה והשליטו בה את אל חסן כשליט בובה.
בין 1534 ל-1574 הייתה תוניסיה זירה למאבק הכוחות בין ספרד וטורקיה. באזור החוף שלטו הספרדים, ואילו מעבר לשם שררה האנארכיה. מצב עניינים זה נמשך עד לכיבוש הארץ בשנת 1574 על ידי האימפריה העות'מאנית.
התקופה העות'מאנית.
במהלך המאה ה-16 אוחדה המדינה התוניסאית אל האימפריה העות'מאנית. העות'מאנים הפכו את תוניסיה למחוז באימפריה שלהם בשנת 1574, והציבו בה חיל מצב ובו 4,000 יאניצ'רים שהובאו מאנטוליה, וחוזקו במומרים בכפייה לאסלאם שהגיעו מאיטליה, ספרד ופרובאנס. ב-1591 התמרדו היאניצ'רים המקומיים, והחליפו את השליט מטעם הסולטאן בשליט מטעמם שכונה דיי. הדיי שלט בחופה של תוניסיה, כביכול מטעמו של השלטון המרכזי בטורקיה, ובפנים הארץ שלט שליט בעל תואר ביי, משושלת שהקים גובה מיסים קורסיקני בשם מוראד בשנת 1640. תוניסיה הפכה זירה למאבקים בין הדיי, הביי, שבטי הברברים, תושבי ערי החוף, ושודדי הים שהקימו מעין אוטונומיה לחופה של תוניסיה, והיו בעלי השפעה רבה על השלטון במדינה. בשנת 1705 השתלט ביי בשם חוסיין אבן-עלי על כל שטחה של תוניסיה. אבן עלי היה לביי הראשון של תוניסיה, והקים את השושלת החוסיינית (الحسينيون), ששלטה במדינה עד לשנת 1957. להלכה המשיכה תוניסיה להיות וסאל של האימפריה העות'מאנית: הדרשות בתפילות יום השישי הזכירו את שמו של הסולטאן (אות לקבלת שלטונו), המטבעות הוטבעו בשמו, ואחת לשנה הופיע בחצר הסולטאן שליח מתוניסיה שהעניק לו מתנות. במציאות הייתה תוניסיה מדינה עצמאית לחלוטין.
תוניסיה הצרפתית.
השפעתם של שודדי הים על המדיניות של תוניסיה הביאה להתערבות אירופית גוברת בענייני תוניסיה. שליטי תוניסיה, מצידם, שאפו למודרניזציה, וקיבלו את הבאים בברכה. הביי אחמד בן מוחמד, ששלט בין 1837 ל-1855 ניסה להנהיג רפורמות בסגנון אירופי. הוא ביטל את העבדות בתוניסיה, העניק זכויות אזרח ליהודים, והסתייע בצרפתים בבניית צבאו. מוחמד השלישי א-סאדיק ששלט בין 1859 ל-1882 היה אישיות מפתח בהתגברות ההשפעה הצרפתית בתוניסיה. ב-1861 פרסם, בהשפעת נפוליון השלישי חוקה, שהייתה החוקה הראשונה בעולם הערבי, וצעד קדימה לקראת הקמת רפובליקה בנוסח אירופי. החוקה כללה מתן זכויות נרחבות לאירופים השוהים בתוניסיה. אך הרפורמות נקטעו בשל מצבה הכלכלי החמור של תוניסיה. א-סאדיק נאלץ ללוות כספים מצרפת, לשם ניהול ענייני המדינה ודיכוי המרידות, וב-1869 הכריז כי אינו יכול להחזיר את חובותיו, וכלכלת המדינה ניתנה בידי ועדת נציגים של נושיו מצרפת, בריטניה ואיטליה. איטליה גילתה אף היא עניין רב בנעשה בתוניסיה, ושתי המדינות, צרפת ואיטליה, התחרו ביניהן על השליטה בממלכה השוקעת.
בקונגרס ברלין ב-1878 הגיעו המעצמות להסכמה כי לצרפת תינתן שליטה בתוניסיה. רכישת מסילת הברזל שבין תוניס לגולטה על ידי האיטלקים זירזה את הצרפתים לנקוט פעולה. ב-1881 פלשו לתוניסיה בתואנה לפיה חיילים תוניסאים חצו את הגבול לאלג'יריה, המושבה הצרפתית העיקרית בצפון אפריקה. איטליה מחתה, אך לא רצתה להסתכן במלחמה עם צרפת. במאי 1881, תוניסיה הפכה לפרוטקטורט צרפתי, עם חתימת "הסכם בארדו" על ידי א-סאדיק ונציגי צרפת. הצרפתים קיבלו את משרות המנהלה העיקריות בשירות המדינה התוניסאי, והיו אחראים לכלכלה, לשירותי הדואר, לחינוך, לטלגרף, לעבודות הציבוריות ולחקלאות. הם ביטלו את תפקיד הוועדה הבינלאומית ששלטה בכלכלת תוניסיה, וערבו לחובה החיצוני של תוניסיה. הצרפתים הקימו מערכת שיפוטית נפרדת לאירופאים, והתושבים נותרו כפופים לחוק השריעה. הצרפתים פיתחו דרכים, נמלים, מסילות ברזל ומכרות. באזורי הספר חיזקו את הממשל המרכזי ולחמו בשבטים העצמאיים. הם עודדו התיישבות צרפתית במדינה. ב-1906 היה מספר הצרפתים תושבי תוניס 34,000 וב-1945 - 144,000, כאשר בבעלותם חמישית מהאדמה הניתנת לעיבוד.
המאבק לעצמאות ומלחמת העולם השנייה.
לאחר מלחמת העולם הראשונה החלו גואים בתוניסיה הרגשות הלאומיים. ב-1920 הוקמה בתוניסיה מפלגת "דסתור" (מפלגת החוקה), מפלגה לאומית שתבעה עצמאות לתוניסיה. המפלגה צברה תמיכה עממית, וב-1925 הוצאה על ידי השלטונות הצרפתיים מחוץ לחוק. ב-1934 נוסדה מפלגת "ניאו דסתור", כאשר בין מנהיגיה חביב בורגיבה. ב-1938 בעקבות גל מהומות לאומניות, נאסרה הפעילות במפלגה ובורגיבה נאסר.
במהלך מלחמת העולם השנייה הועלו תביעות מצד איטליה לריבונות בתוניסיה. מוסוליני תבע את תוניסיה עוד ב-1939. עם זאת, לאחר תבוסת הצרפתים וכניעתם לגרמנים ולאיטלקים, ביוני 1940 לא נענו הדרישות האיטלקיות לשליטה בתוניסיה, וזו נותרה כפרוטקטורט של ממשלת שיתוף הפעולה המכונה צרפת של וישי. איטליה המשיכה להתערב בנעשה בתוניסיה, וטיפחה את אנשי מפלגת "ניאו דוסתור", שנכלאו על ידי הגרמנים בעת שלטון וישי בתוניסיה, ולאחר מכן הוסגרו לידיה. מנהיג ה"ניאו דוסתור" חביב בורגיבה סירב לשתף פעולה, על אף היחס המועדף שניתן לו ברומא. לבסוף אולץ לשאת נאום שניתן היה לפרשו בדוחק כפרו איטלקי מ"רדיו בארי", ובתמורה הורשה לו ולאנשיו לשוב לתוניסיה, בשנת 1943, שם חידשו את פעולתם למען עצמאותה.
עם פתיחת מבצע לפיד, נחיתת בעלות הברית בצפון אפריקה, בנובמבר 1942 כאשר היה ברור לגרמנים כי התנגדותם של הצרפתים תהיה סמלית, השתלטו הגרמנים על תוניסיה, אך הותירו את הביי מוחמד אל מונסף, שעלה לשלטון מספר חודשים קודם לכן, ב-19 ביוני 1942 על כיסאו, כשליט בובה של המשטר הנאצי. תוניסיה הייתה המדינה המוסלמית היחידה בעולם שנכבשה ונשלטה באופן ישיר על ידי גרמניה הנאצית.