במשך שנים רבות שידרה התחנה שידורים המופנים בעיקר לחיילים, תוכניות מוזיקה עם ד"שים (דרישות שלום) מחיילים ותוכניות שונות על צה"ל. משנת 1973, לאחר מלחמת יום הכיפורים, עברה התחנה לשדר 24 שעות ביממה, ומפקדה מיוני 1974, מרדכי נאור, נאבק לאחר כניסתו לתפקיד להמשיך מתכונת שידורים זו. במהלך כהונתו הרחיבה את שידוריה לכלל אזרחי המדינה והוסיפה שידורי חדשות ותוכניות אקטואליה, והוכנסו חידושים כמו שימוש ב"טלפון האדום" לקבלת ידיעות מהמאזינים ותוכניות "האוניברסיטה המשודרת". נאור נאבק על עצמאות גלי צה"ל אל מול רשות השידור.
ב-1983 החליט הרמטכ"ל, רב-אלוף משה לוי, להפסיק את שידורי החדשות של גלי צה"ל, לקצץ את תקציב התחנה ולצמצם את מספר עובדיה. בעקבות לחצים שהתעוררו בכנסת ובוועד המנהל של רשות השידור בוטלה תוכניתו.
בשנות ה-90, בתחילת כהונתו הציע הרמטכ"ל רב-אלוף אהוד ברק, לסגור את התחנה או להעבירה מצה"ל לידי משרד החינוך או רשות השידור. בעקבות לחץ ציבורי, גם הצעה זו לא מומשה.
ב-1993 החלה גלי צה"ל להפעיל ערוץ רדיו נוסף בשם גלגלצ, המשדר מוזיקה בשילוב דיווחי תנועה בשיתוף הרשות הלאומית לבטיחות בדרכים. באותה שנה החלה תחנת גלי צה"ל לשלב פרסומות בשידוריה.
במרץ 2012 מונה העיתונאי ירון דקל למפקד התחנה, וערך בה שינויים ארגוניים ותוכניים בולטים. תוכנית הדגל "אוניברסיטה משודרת" בוטלה.
החל מספטמבר 2012 לבשו מהדורות החדשות, המובאות בכל שעה עגולה, צורה חדשה. המהדורה נקראה: "מה שקורה עכשיו" והיא נפתחה והסתיימה באות חדש. בנוסף, בוטלו מרבית מבזקי החצי, יומן הצהריים ויומן חצות ומחלקות התחנה השונות אוחדו לשלוש מחלקות בלבד – אקטואליה, תוכניות וגלגלצ בעקבות ביטול התקנים פרשו בעלי תפקידים בולטים בתחנה, בהם ראש מחלקת התרבות אתי אנטה-שגב, השדרן הוותיק אהוד גרף שעמד בראש מחלקת התעודה (לאחר מכן חזר לתחנה לקריין מהדורות חדשות), ראש מחלקת התוכן גלעד אמיליו שנקר, אחראי הארכיון שמוליק לדרמן ועוד שינויים אלו עוררו ביקורת בקרב גורמים בתחנה ואנשי תקשורת שונים. מהדורות החדשות משודרות מירושלים (בבוקר) ומיפו (החל מ15:00), ובין הקריינים הבולטים: רן יבנאי, ערן אליקים, אפי טריגר, אלעזר בן לולו, גוני כהן, ועוד. לצד חיילים: טל שנהב, עדן לוי, ועוד. עורכים: רועי ולד, ערן קורץ, אלעזר בן לולו, מוריה אסרף.
ב-31 באוגוסט 2017 החל שמעון אלקבץ לכהן כמפקד גלי צה"ל. כבר בטקס החלפת המפקדים הודיע אלקבץ כי הוא יחזק את הקשר עם צה"ל ויחזיר את הג'ינגל המוכר "הבית של החיילים". בנוסף נוספו ללוח השידורים תוכניות נוספות בהגשת חיילים, ביניהן "שטח אש" – יומן שבועי המסכם את חדשות צה"ל, ו"שוברים דיסטנס" – תוכנית בידורית בימי חמישי בערב.
ב-22 ביוני 2020 המליץ הרמטכ"ל אביב כוכבי לשר הביטחון וראש הממשלה החלופי בני גנץ להוציא את התחנה מהצבא ונימק "לא סוגיה של חיסכון בתקציב. גל"צ לא צריכה להיות חלק מצה"ל. זה לא נכון על גבול לא ערכי. נטפל בזה".
הזיקה לצה"ל.
גלי צה"ל פועלת במסגרת צה"ל, כיחידה של אגף כוח האדם, ובעל התפקיד הבכיר בתחנה מוגדר כ"מפקד גלי צה"ל". תקציב התחנה הוא חלק מתקציב הביטחון של ישראל.
אחד המאפיינים הייחודיים לגלי צה"ל הוא שילובם של חיילים בשירות סדיר בתפקידים בתחום התקשורת, כולל קריינים, כתבים, עורכים, מפיקים, מגישי חדשות, מגישי מוזיקה, עורכים מוזיקליים ועוד. לצידם עובדים בתחנה עיתונאים המועסקים על ידי צה"ל (אזרחים עובדי צה"ל – אע"צ). שילוב זה הפך את גלי צה"ל לחממה המצמיחה עיתונאים ואנשי תקשורת, שמועסקים אחר כך בעיתונים ובערוצי השידור האזרחיים.
בין אנשי התקשורת שהחלו את דרכם בתקשורת בגלי צה"ל ניתן למצוא את ענת דולב, גאולה אבן, יעקב אילון, יצחק איתן, עודד בן-עמי, טל ברמן, אריה גולן, דב גיל-הר, אברי גלעד, אילנה דיין, ירון דקל, ארז טל, גולן יוכפז, יונית לוי, תמר איש-שלום, גדי ליבנה, קרן מרציאנו, קרן נויבך, עמית סגל, גיא פינס, סיון רהב-מאיר, עידו רוזנבלום, רפי רשף, יעל שטרנהל, מתן חודורוב, יאיר שרקי, דפנה ליאל, גיא רולניק, אורי לוטן, ודליה מזור.
כמה מבוגרי התחנה השתלבו בפוליטיקה, וביניהם השרים מרב מיכאלי, ניצן הורוביץ, מירב כהן ומפקד התחנה לשעבר השר ודובר צה"ל לשעבר נחמן שי.
קבלה לשירות בגלי צה"ל.
כאלפיים מלש"בים (מיועדים לשירות ביטחון – צעירים לפני גיוס) מבקשים לשרת בגלי צה"ל מדי שנה, אך רק כעשרים מהם מתקבלים לשירות בתחנה, בסופו של תהליך מיון ארוך ומורכב. תהליך המיון כולל בחינות ידע כללי וידיעת הארץ, ידע במסורת ותרבות, אתיקה עיתונאית, בחינות קול, ראיונות וסימולציות (הדמיות). הדרישות הבסיסיות העיקריות הן אינטליגנציה וידע כללי נרחב, כושר ביטוי הולם, עברית ברמה גבוהה ויכולת אלתור. כמו כן, תהליך המיון כולל שלב ראיון אישי, ובו נדרש המועמד להוכיח את איכותו מול בוחנים בכירים. קורס העיתונאים של גל"צ מתקיים פעמיים בשנה, בחודשים אוגוסט-ספטמבר ופברואר-מרץ, והעוברים אותו מתחלקים לתפקידים השונים: כתבים, קריינים, מפיקי חדשות, מפיקי תוכניות, עורכי מוזיקה ועורכי דיגיטל.
מחלקות ומדורים בגלי צה"ל.
תחנת גלי צה"ל מורכבת ממספר מחלקות העוסקות בשידור:
אתר גלי צה"ל.
אתר האינטרנט, שמותג בעבר כ"גלי צה"ל און-ליין", זוכה לכ-125 אלף כניסות ביום ומלווה את פעילות תחנת הרדיו. מחלקת הדיגיטל, שמתחזקת את האתר, הרחיבה את פעילותה ברשתות החברתיות – בפייסבוק, באינסטגרם ובטוויטר, בו עשרות אלפים עוקבים אחרי עדכוני החדשות של התחנה.
האתר הוקם ב-1999 על ידי ראש מחלקת האינטרנט הראשון גידי אורשר בתמיכה טכנית של מיקרוסופט ישראל והיה חלק עיקרי מפורטל MSN. גל"צ לא שילמה לMSN - או לחברת אינטרנט זהב עבור הפעלת האתר, אך הייתה לספק החדשות הראשי של הפורטל ופרסמה אותו בשידורי התחנה ובאתר.
בשנת 2004 מתח מבקר המדינה, אליעזר גולדברג, ביקורת על התחנה וקבע כי ההתקשרות בין הצדדים נעשתה ללא "תמחור כולל של השירותים שנותן כל אחד מן הצדדים". עקב כך דרש המבקר מהתחנה לצאת למכרז מחודש לבחירת אתר חסות. גלי צה"ל רכשה את זכויות האינטרנט והתחילה להפעיל את האתר בכוחות עצמה.
בינואר 2013 עבר האתר שינוי עיצובי, שבמסגרתו נמחקו מאתר כל התכנים הרבים שנצברו בו עד אותה עת.
בשנת 2017 האתר עוצב מחדש, ועבר לפורמט וסגנון מודרני המבוסס על טכנולוגיית HTML5. האתר כולל כעת שידור חי, קטעי אודיו ותוכניות להאזנה מאוחרת ותחנות דיגיטל, ומחובר עם גלגלצ באותו אתר, עם האפשרות לעבור לגלגלצ ובחזרה בלחיצה על לוגו המופיע בצד שמאל לתפריט באמצע האתר. השימוש בכתבות טקסט באתר הופסק לטובת קטעי אודיו רלוונטיים מתוכניות שונות.
תוכניות בתחנה.
במשך השנים נוצרו בתחנה תוכניות אשר הפכו עם הזמן לנכסי צאן ברזל, חלקן משודרות כבר לאורך עשרות שנים.
תוכניות ביום חמישי.
ביום חמישי משודרות רצועות שונות מיתר ימי החול.
גלריה.
ביאורים
האוניברסיטה המשודרת.
האוניברסיטה המשודרת היא אחת מתוכניות גלי צה"ל הוותיקות ביותר, נוסדה כמיזם בשיתוף אוניברסיטת תל אביב. התוכנית היא סדרת הרצאות אקדמיות מגוונות, אותה יזם בשנת 1977 מפקד גלי צה"ל, מרדכי נאור.
במתכונתה הנוכחית, התוכנית משדרת ארבעה סוגי הרצאות: ביום א', "מסע סביב רעיון" – סדרת הרצאות, המוגשת על ידי מומחים שונים, שנסובה סביב רעיון-על אחד. ביום ב', "המדען העירום" – בן שני נפגש עם חוקרים שונים לשיחה אחד-על-אחד מול קהל. ביום ג', "מבוא ל-" – קובי מידן נפגש עם חוקרים שונים לראיונות סביב נושא משותף. ביום ד', "מהים התיכון למזרח התיכון", ליעד מודריק נפגשת עם מומחים בנושא הגאו-פוליטיקה של ישראל וסביבתה. העורכת הראשית היא מאיה גייר.
תביעות בבית המשפט.
בינואר 2020 הסכימה תחנת גלי צה"ל, בעקבות תביעת דיבה נגדה, לשלם למני נפתלי פיצוי של 16 אלף ש"ח בגין התבטאות של גלית דיסטל-אטבריאן בראיון שערכה איתו בתחנה.
ביקורת ציבורית כלפי גלי צה"ל.
על תחנת השידור הצבאית נמתחה במשך השנים ביקורת בנושאים שונים:
ביקורת בנושא איזון סקטוריאלי.
נטען כי לתחנה תדמית אשכנזית, חילונית ותל אביבית, המדירה משידוריה חלקים נרחבים של האוכלוסייה. שדר התחנה, אברי גלעד, סיפר כי בעת שירותו הצבאי בתחנה כחייל, היו מתקיימים טקסים של הטחת תקליטים מזרחיים אל הקיר בכל עת שאלו היו נשלחים לתחנה מטעם האמנים. על פי עדותו, הטקסים לוו בתחושות "סיפוק", "עליונות" ו"יהירות". בשנים האחרונות נשמעת ביקורת כלפי מדיניות הפלייליסט של גלגלצ (מחלקה ותחנת בת של גלי צה"ל), על פיה השירים המושמעים בתחנה נקבעים על ידי מספר מצומצם של עורכים. הזמר-יוצר עמיר בניון טען שגלי צה"ל וגלגלצ מחרימים אותו מאז שהוציא את השיר "אני אחיך" המבקר את השמאל הרדיקלי על שיתוף פעולה עם ועדת גולדסטון והגשת תביעות כנגד חיילי צה"ל. בתוכנית סאטירה ליום העצמאות 2014 הקומיקאי אריאל ויסמן הביע רצון לדלל את אוכלוסיית החרדים וטען כי יש להם טעם מגעיל. לבסוף התנצלה התחנה על הדברים. העיתונאית יעל פז מלמד ביקרה אף היא את גל"צ וכתבה שהעובדה שאנשי התקשורת הישראלית בילו ברובם את שירותם הצבאי ככתבים בתחנה, לא אפשרה להם להכיר את גווניה של החברה הישראלית ולקבל פרספקטיבה רחבה ואמינה יותר כלפיה.
חוסר איזון והטיה פוליטית.