ידיעות ראשונות על שואת יהודי פולין הגיעו ליישוב כבר בשלהי שנת 1939, ובראשית שנת 1940 יצאה לאור בירושלים חוברת בשם "שואת יהודי פולין". אחד מעורכיה, אפולינרי הרטגלס , אשר היה ממנהיגי התנועה הציונית בפולין, כתב בה כדברים האלו: "אם לא יתרחש איזה נס כי אז ישאר על אדמתה של מדינת פולין רק בית עלמין יהודי גדול".
בפברואר 1941, בעקבות הפוגרומים ברומניה, כתב העסקן והפובליציסט אידוב כהן בעיתון "העובד הציוני" כי יהדות אירופה עומדת בסכנת השמדה.
איגרתו של שר החוץ הסובייטי ויאצ'סלב מולוטוב, אשר פורסמה בראשית 1942, הסבה את תשומת הלב להשמדה במזרח אירופה, אך התקבלה בספקנות בשל החשש מתעמולה סובייטית. במרץ 1942 התפרסם בארץ ישראל דיווחו של ברנד יעקבסון, נציג ה"ג'וינט" ב, כי חיילים הונגרים שחזרו מהחזית דיווחו על השמדת 250,000 יהודים באוקראינה. באפריל 1942 פורסמו בעיתונות פרטים על רצח 90,000 יהודים במינסק. על ידיעה שפורסמה בעיתון הצבא האדום, "הכוכב האדום", על קבורה של יהודים בחיים, הגיבה העיתונות העברית בארץ ישראל בזהירות רבה.
ב-30 ביוני 1942 הודיע דובר הקונגרס היהודי העולמי בארצות הברית כי לפחות 1,000,000 יהודים נרצחו בידי הנאצים. הודעה זו פורסמה בעיתון "דבר" עוד באותו יום.
חרף הידיעות השונות על השמדת היהודים בשואה, הבנה והפנמה של משמעות הידיעות הגיעה באיחור רב. וכפי שניסח זאת דוד בן-גוריון בדברים שנשא במרכז מפא"י: "ודאי שישנה כאן אינפורמציה על כל אלו, אבל הדבר הזה איננו עובדה מרכזית בחויה של היישוב".
הידיעה הממשית הראשונה המתארת את הפתרון הסופי הגיעה לידיעת ראשי היישוב היהודי באמצעות חיים ברלס, נציג הסוכנות היהודית בז'נבה, באוגוסט 1942. תעשיין גרמני בשם אדוארד שולטה העביר דיווח על ועידת ואנזה והשימוש בציקלון B להשמדה – דיווח שאושר כאמין על ידי תת-שר החוץ האמריקאי סמנר ולס (Welles). הדיווח התקבל בספקנות גדולה על ידי התנועה הציונית. גרהארט ריגנר נציג הקונגרס היהודי העולמי בשווייץ שקיבל את המידע מידי שולטה, העבירו במברק, שלימים קיבל את הכינוי מברק ריגנר, לידיעת בעלות הברית.
למעשה, המפנה הגיע רק לאחר 14 בנובמבר 1942, כאשר לארץ ישראל הגיעה קבוצה בת 69 אנשים, בעלי נתינות ארץ-ישראלית, שרוכזו מ-13 ערים בפולין והוחלפו בנתינים גרמנים שהוחזקו בידי הבריטים. אמנם, אנשי קבוצה זו לא הביאו לראשונה עדויות מהימנות על ההשמדה, אולם הייתה זו הפעם הראשונה שבה יכלה הסוכנות היהודית לקבל מידע מאירופה הכבושה מבלי לסכן את המקורות ודרכי התקשורת. לאחר שעוכלו הידיעות פרסמה הנהלת הסוכנות היהודית, ב-22 בנובמבר 1942, הודעה שלפיה נתקבלו ידיעות "ממקורות מהימנים ומוסמכים" שהנאצים החלו במסע השמדה שיטתי של יהודי פולין. ב-30 בנובמבר וב-1 בדצמבר נערכו הפגנות ועצרות עם ברחבי הארץ, והעיתונים הופיעו כשעמודיהם הראשונים נתונים במסגרות שחורות. אחד מחברי הקבוצה, יעקב קורץ, החליט להעלות את עדותו על הכתב, ובשנת 1944 יצא לאור בהוצאת עם עובד ספרו "ספר עדות, רשימותיו של יהודי מוצל מן הגיהנום הנאצי בפולין", שבו העלה בפרטי פרטים את חוויותיו כעד ראייה לשואה ולהשמדה.
הממשל האמריקאי שוכנע לבסוף באמיתות מברק ריגנר, וב-24 בנובמבר 1942 פרסם הרב סטיבן וייז את תוכנו בעיתונות. מידע דומה מסרה גם הממשלה הפולנית הגולה בלונדון, ומשרד החוץ הבריטי אישר אף הוא את המידע. הידיעות על רצח היהודים החלו להופיע בכותרות ראשיות של עיתונים במדינות השונות.
פרסום דבר ההשמדה הגיע לשיאו כאשר ממשלות בעלות הברית וממשלת צרפת החופשית פרסמו ב-17 בדצמבר 1942 הודעה משותפת, שהתפרסמה בו בזמן במוסקבה, בלונדון ובוושינגטון, על השמדת יהודי אירופה.
תגובות ביישוב על השואה.
ימים ספורים לאחר פרסום הצהרת הסוכנות היהודית, פרסם ב-27 בנובמבר 1942 נתן אלתרמן במדורו "רגעים" בעיתון הארץ, את שירו "מכל העמים", המפנים את גודל הזוועה ללא אשליות, ומטיח כתב-אשמה חריף כלפי העולם החופשי המאפשר את ההשמדה. אחר כך חיבר אלתרמן ופרסם ב"טור השביעי" שירים נוספים בנושא ("מכתבו של מנחם מנדל", "הלשון השוודית" ועוד). בסוף השיר מתאר אלתרמן את תחושת הביטחון שהאל ינקום - לא רק ברוצחים אלא גם בשותקים, בעמי העולם שעמדו מנגד ("אתה [אלוהים] תבקשנו [את הדם השפוך] מידי הרוצחים/ ומידי השותקים גם יחד"). ההיסטוריון מרדכי נאור מעלה את השאלה האם בין "השותקים" של אלתרמן מצויים לא רק אומות העולם אלא גם היישוב היהודי בארץ ישראל, שאותו השיר בא לעורר.
בהגיע האישור הוודאי הכריזה הנהגת היישוב על שלושה ימי אבל מ-30 בנובמבר עד 2 בדצמבר 1942. נערכו הפגנות ועצרות עם ברחבי הארץ, בוטלו כל הצגות הקולנוע ברחבי הארץ והעיתונים הופיעו כשעמודיהם הראשונים נתונים במסגרות שחורות.
אולם חרף מאמציו, במהלך השואה היישוב היהודי בארץ ישראל היה בעיקר חסר אונים. בתמציתו, סיפורו של היישוב הוא של חוסר ישע, מבוכה והלם: בסופו של דבר הצילו אלפי יהודים, שהיו אחוז זעום בלבד ממיליוני היהודים שנשארו באירופה הכבושה. רק חלק קטן מבין הניצולים ניצלו בזכות מאמצי ההצלה של הממסד והתנועה הציונית. ניתן לומר, כי הנתק הנפשי בין הממסד הציוני באותה תקופה בארץ לבין היהודים בחוץ לארץ היה עמוק ביותר.
בשבועון מפא"י נכתב: "אנחנו (היישוב היהודי) רשאים, כמובן, לקבל עתה פרס בעד ידיעתנו בהיסטוריה, בעד הפירוש הנכון שפירשנו את ההיסטוריה היהודית". דעה מעודנת מעט הביע משה שרת: "אין כוונתם של הציונים לנצל את הטרגדיה האיומה של יהדות אירופה, אבל אין ביכולתם להימנע מהדגשת העובדה שהמאורעות הצדיקו לחלוטין את העמדה הציונית על פתרונה של הבעיה היהודית".
אחדים ממנהיגי הסוכנות היהודית סברו כי שאין זה מתפקידה הכלכלי של הסוכנות היהודית להציל את יהודי אירופה. ציטוט חלקי מדבריהם ולעיתים אף מגמתי עשוי להביא למסקנות לא מדויקות בדבר יחסם של המנהיגים הציונים להצלה. למשל, דוד בן-גוריון עצמו נשא דברים באוגוסט 1943 במרכז מפא"י, שבו התריע מפני הטלת האחריות להצלה על הסוכנות היהודית כ"ערבוב מושגים" – "משגה שעושים לה ולעזרה ליהודי אירופה הנאצית". הוא אף הרחיב ואמר שייתכן שלפעמים חשוב יותר להציל ילד אחד מזאגרב, לדוגמה, אבל תפקידה של הסוכנות להציל יהודים באמצעות העלאתם לארץ ישראל. "לזאת היא חייבת לדאוג לזאת תפקידה אבל תפקידי העזרה להציל עוד יהודי אחד זה עניין חשוב מאוד לזאת חייבת להיות אורגניזציה אחרת וכספים אחרים". במקרים רבים הציטוט מדברי בן-גוריון מתייחס לילד מזאגרב בלבד.
ואכן בספטמבר 1943 הופיע בן-גוריון בפני אנשי עסקים, הפציר בהם "שאיש מאתנו לא ינוח ולא ישקוט כל זמן שלא תהיה לו הרגשה שעשה משהו בשביל הצלה זו", וקבע כי הצלת היהודים קודמת להצלת היישוב והציונות אשר ללא עם יהודי אין להם ערך.
המורכבות של תפיסתו של בן-גוריון וההפרדה שערך בין פעולות עלייה, שהן תפקידה וחובתה של הסוכנות היהודית, ובין פעולות הצלה, שהן תפקיד היהודי כולו, הזינה ומזינה את הפולמוס הציבורי בנוגע לתגובת היישוב היהודי לשואה.
לבן-גוריון יוחסה גם התבטאות מעוררת מחלוקת נוספת: "אם אדע שאפשר להציל את כל ילדי גרמניה על ידי העברתם לאנגליה ורק מחציתם על ידי העברתם לארץ ישראל, אני אבחר בדבר השני, כי לפנינו לא רק חשבון הילדים האלה, אלא חשבון היסטורי של עם ישראל". שנתיים קודם לכן יוחסה לבן-גוריון אמרה הפוכה, וסביר להניח שידע שהשאלה היפותטית לחלוטין ואין בידו להציל אפילו ילד אחד, לא בארץ ישראל ולא באנגליה.
תגובה נוספת הייתה התארגנות בשם "אל דמי" שארגן רבי בנימין באוקטובר 1942, ובה אנשי רוח, בהם ש"י עגנון ומרטין בובר ופעילים חברתיים מכל המפלגות, שביקשה להעלות את המודעוּת ביישוב לנעשה באירופה. דב שטוק (סדן), שהיה חבר הקבוצה ועורך-משנה ב"דבר", החליט החל מדצמבר 1942 להעביר את הידיעות על יהדות אירופה ממקומן בעמוד 4 לעמוד השער של העיתון.
בשנת 1943 בן-גוריון ומשה שרת נפגשו עם ראש מודיעין של ארצות הברית באזור ראסל א. אוסמון במטרה לשכנע אותו שארצות הברית תתחיל לפעול להצלת היהודים, אך ללא הצלחה.
ביקורת על היישוב היהודי בארץ ישראל נוכח השואה.
העיתונאי וההיסטוריון תום שגב מציג בספרו "" דעה קיצונית על מה שאפשר לפרש כ"ניצוּל יהודי" של השואה. הדעה המרכזית שמוצגת בספר ואף נכתבת מפורשת היא ש"השואה, בסופו של דבר, היוותה נימוק מרכזי להצדקת הקמתה של מדינת ישראל ולהצדקת המלחמות על קיומה".
פובליציסטים חרדים כדוגמת משה שנפלד ואחרים האשימו את התנועה הציונית בשיתוף פעולה עם הנאצים ובהתעלמות מכוונת מגורל יהודי אירופה את הפער בין רוב הטענות המופיעות בספרו "שרופי הכבשנים מאשימים" לתיעוד הדוקומנטרי המלא, תלה שנפלד בשוני שבין עמדתה הרשמית של מדינת ישראל לבין האמור בחוברת ובספרים רבים אחרים. החוברת וכן ספרו של הרב מיכאל דב וייסמנדל (מן המצר. ירושלים 1960) נאסרו להפצה על ידי הצנזורה.
גם בהקשר לסיפורה הטרגי של ה"סנט לואיס" נטענו טענות כלפי היישוב: ארגון הג'וינט ביקש מהסוכנות היהודית להקצות לנוסעי האונייה כמה מאות רישיונות מתוך המכסה השוטפת, אך הסוכנות סירבה. יותר מכל, השואה שהתחוללה באירופה הציתה את המאבק האידאולוגי בין שתי תפישות שונות: האם תפקיד הציונות הוא פיתוח הארץ ודאגה קודם כל אל בני היישוב, או שמא עליה לדאוג לכלל היהדות. כמעט כל ראשי הסוכנות הסכימו כי את המעטים את אשר להציל יש לבחור על פי צורכי המפעל הציוני.