מסילת העמק.
קו מסילת העמק החדש נפתח עם ארבע תחנות; תחנה נוספת שתוכננה בו לא נבנתה עקב מחלוקת על המיקום שלה:
מסילת לוד-אשקלון.
תחנות המתוכננות להיבנות במסילת לוד-אשקלון או בקרבתה:
תחנת הרכבת שפירים.
תחנת הרכבת שפירים היא תחנה שתוכננה להיות מוקמת במסגרת פרויקט הנתיב המהיר בכביש 1. לפי התוכנית, התחנה הייתה אמורה לקום בצמוד לחניון "חנה וסע" ממזרח למחלף שפירים. לאור התנגדויות לא הוקמה התחנה, וכיום אינה נכללת בתוכנית הפיתוח של רכבת ישראל.
בבניית קו הרכבת לנמל התעופה בן-גוריון תוכננה תחנת רכבת ממערב למנהרת שפירים, שתשמש תחנת החלפה בין הקווים ללוד, באר שבע, בן-גוריון, וקו הרכבת המהיר לירושלים, אך רעיון זה לא התממש בגלל העלות הרבה והסמיכות לקווי רכבת עמוסים ופעילים.
בשנת 2005, הצליחו ארגוני הירוקים לשכנע את משרד התחבורה לבנות תחנת רכבת ממזרח למחלף, כחלק מחניון חנה וסע של פרויקט הנתיב המהיר בין מחלף בן-גוריון למחלף קיבוץ גלויות. בניית הנתיב הסתיימה בשנת 2010 אך תחנת הרכבת בחניון לא הוקמה. לאור התנגדות רכבת ישראל להפעלת שתי תחנות גם במחלף שפירים וגם בכפר חב"ד, בשל קרבתן (תחנת הרכבת כפר חב"ד הנוכחית ממוקמת כקילומטר מהמיקום המוצע של תחנת שפירים), והתנגדות מצד תושבי כפר חב"ד, שסירבו להשלים עם סגירת תחנת הרכבת כפר חב"ד לטובת הפעלת תחנה בשפירים. בשנת 2012, דיווחה חברת שפיר הנדסה, זכיינית הנתיב המהיר בכביש 1, כי הגיעה להסכם על פיו תבוטל התחנה בכפר חב"ד ובתמורה תתחייב החברה לספק לתושבים הסעות חינם בתדירות גבוהה לתחנה בשפירים, אך התחנה לא נבנתה.
קווי רכבת חדשים.
מסילת ראשון לציון – מודיעין.
הקטע המערבי של מסילת ראשון לציון – מודיעין יחבר את שתי תחנות ראשון לציון הקיימות (משה דיין והראשונים) דרך תחנה חדשה. החלק המזרחי ייפרס בין ראשון לבין אזור מחלף ענבה, שם יהיה פיצול למסילות לירושלים ולמודיעין, ויכלול תחנה נוספת.
המסילה המזרחית החדשה.
חידוש המסילה המזרחית מחדרה ללוד יכלול הכפלת המסילה הפעילה (כיום בעיקר למטענים) מראש העין דרומה וסלילת מסילה בחלק הצפוני, בתוואי דומה למסילה המזרחית ההיסטורית. התחנות המתוכננות בתוואי (בנוסף לראש העין צפון ולוד, הפעילות כיום):
מסילת מנשה.
מסילת מנשה תחבר את מסילת העמק למרכז הארץ דרך המסילה המזרחית, במסלול שיחסוך את המעבר בתחנות חיפה ובמסילת החוף. בתוואי מתוכננות שתי תחנות:
קו הרכבת המהיר לירושלים.
הקו הושלם בין תל אביב לירושלים אך קיימות תוכניות להאריך אותו תת-קרקעית מתחנת יצחק נבון מזרחה לתוך העיר, ומשם דרומה לאזור החאן ואולי אף לתחנת מלחה.
בהצעות קודמות נשקל להמשיך את הקו אל מתחת לעיר העתיקה ולבנות שם תחנה נוספת - ירושלים הכותל.
מסילת כרמיאל – קריית שמונה.
בתוכנית להארכת המסילה מכרמיאל לקריית שמונה כלולות שלוש תחנות:
מסילת העמק.
המסילה הושלמה בין חיפה לבית שאן אך קיימת תוכנית להאריך אותה צפון מזרחה עד הגבול עם ירדן, ולבנות שם תחנת מעבר לנוסעים ולסחורות:
מסילת עפולה-טבריה.
מסילת עפולה-טבריה מתוכננת כהתפצלות ממסילת העמק באזור עפולה וצפויה לכלול שתי תחנות חדשות:
מסילת ראש העין - אריאל.
במקור תוכננה מסילת ראש העין - אריאל כחלק מרשת המסילות הארצית (הסתעפות מהמסילה המזרחית באזור תחנת ראש העין צפון), אך במקום זאת נבחנת אפשרות להקמת רכבת קלה בתוואי. תחנות חדשות בתוכנית המקורית:
מסילת באר שבע - ערד.
מסילת באר שבע - ערד צפויה להתפצל ממסילת הדרום ממזרח לבאר שבע ולכלול את התחנות:
מסילת דימונה - ירוחם.
מסילת דימונה - ירוחם צפויה לכלול תחנה חדשה אחת:
קו הרכבת לאילת.
התוכניות לבניית קו רכבת לאילת עברו תהפוכות רבות לאורך העשורים האחרונים, והדבר תקף גם למספר התחנות ולמיקומן.
בהצעה קודמת הועלו תחנות נוספות - חצבה, פארן, יהל, יטבתה ושחורת (אולם ללא קטורה).
תחנות לפי עיר.
ירושלים.
את בירת ישראל משרתות שלוש תחנות בשני קווים נפרדים - תחנה תת-קרקעית חדשה (יצחק נבון) בכניסה לעיר על הקו המהיר לתל אביב דרך נתב"ג ושתי תחנות (גן החיות התנ"כי ומלחה) בדרום מזרח העיר על מסילה המקושרת לבית שמש בתוואי הישן, במסלול איטי והררי. בהמשך אותו קו, שאינו פעיל כיום מעבר למלחה, פעלה תחנת ירושלים ההיסטורית מ-1892 (חלק מקו הרכבת הראשון בארץ) בשכונת בקעה שבמרכז העיר. לגבי הקו המהיר, בעתיד ייתכן שהוא יימשך מזרחה עד לעיר העתיקה כמעין קו רכבת תחתית כבדה, ויכלול מספר תחנות נוספות (מרכז, ממילא, הר הבית והכותל).
תחנת יצחק נבון סמוכה לתחנת האוטובוסים המרכזית של ירושלים.
כרונולוגיה:
תל אביב.
בין נתיבי איילון ממוקמות ארבע תחנות המכונות תחנות תל אביב (מצפון לדרום: אוניברסיטה, סבידור מרכז, השלום, ההגנה), והן התחנות הפעילות ביותר במדינה מבחינת תנועת נוסעים (סבידור מרכז, הוותיקה מביניהן, והשלום הן הפעילות ביותר באופן מובהק), אם משום שכמעט כל קווי הרכבת עוצרים בכולן ואם בגלל מרכזיות העיר מבחינה תעסוקתית ותרבותית. עם זאת קיימות מספר תחנות נוספות הנמצאות בשטח העיר או בצמוד לה - בני ברק - רמת החייל (שכונתה בעבר "תל אביב צפון") על מסילת הירקון ותחנות חולון (צומת חולון וחולון – וולפסון), גם הן בין נתיבי איילון, על מסילת תל אביב – פלשת, וכמו כן תל אביב דרום, ששכנה באזור בית הדר והועברה לאזור מחלף קיבוץ גלויות, והיום משמשת למטרות תפעוליות ולהכשרת עובדי רכבת, ותחנת יפו ההיסטורית מ-1892 (חלק מקו הרכבת הראשון בארץ) שהוסבה ל"מתחם התחנה".
תחנת ההגנה נמצאת במרחק מספר דקות הליכה מהתחנה המרכזית החדשה של תל אביב, שהיא תחנת האוטובוסים המרכזית הגדולה והמשמעותית ביותר בישראל. תחנת סבידור מרכז סמוכה למסוף 2000.
כרונולוגיה:
חיפה.
בשטח העיר חיפה או בצמוד לו קיימות 7 תחנות נוסעים פעילות ותחנה היסטורית/תפעולית, כולן על מסילת החוף (אף שהוקמו בתקופות שונות). שלוש משבע התחנות מכונות על שם חיפה (מדרום-מערב לצפון ולמזרח: חוף הכרמל, בת גלים, מרכז – השמונה). הארבע הנוספות בהמשך הקו הן מרכזית המפרץ, חוצות המפרץ, קריית חיים וקריית מוצקין, הממוקמת על גבול חיפה עם הקריה. שתי תחנות המפרץ הן היחידות בארץ שהוקמו במימון של יזמים פרטיים, אולם הרחבת תחנת לב המפרץ למרכזית המפרץ (שכלל חיבור לתחנת האוטובוסים ולמסילת העמק) לא מומנה על ידי היזם. התחנה האחרת (חיפה מזרח, מ-1904) הייתה התחנה הראשונה של חיפה, ואף שכנו בה משרדי הנהלת הרכבת; התחנה בוטלה כתחנת נוסעים והמשרדים עברו לתל אביב אך היא משמשת כתחנה תפעולית חשובה ולידה נמצא מוזיאון הרכבת, כמו גם משרדי הרכבת בחיפה. בנוסף היו בחיפה מספר תחנות היסטוריות על קו רכבת העמק, כגון תחנת כרמל (שנותרה שכונה על שמה). מאחר שהמסילה בחיפה מפריעה לגישה לרוב החוף של העיר נשקלות מגוון אפשרויות להעברתה לתוואי אחר; ייתכן שתוקם תחנה בקריית הממשלה (בית המכס) ואולי אחת נוספת בקריית אליעזר במקום תחנות מרכז - השמונה ובת גלים.
חיפה היא עיר נמל ותעשייה, ומתקיימת פעילות ענפה של רכבות משא באזור המפרץ. יש מספר מסופים בנמל חיפה, ומספר שלוחות מסילה מתפצלות ממסילת החוף לעומק הנמל. תחנת מטען פעילה בממגורות דגון. קיים גם מסוף מטענים מצפון למתחם "סדנאות הקישון" (ממערב לתחנת חוצות המפרץ). שלוחת מסילה המתפצלת באזור צומת ידין (ומגיעה למתחם דשנים שבשטח קריית אתא) מספקת גישה למסוף באזור התעשייה של בתי הזיקוק.
תחנת חוף הכרמל סמוכה לתחנת האוטובוסים מרכזית חוף הכרמל. תחנת מרכזית המפרץ משולבת בתחנת האוטובוסים מרכזית המפרץ. תחנת בת גלים סמוכה לתחנת העבר מרכזית בת גלים, הנטושה כיום. תחנת מרכז - השמונה סמוכה לאולם הנוסעים של נמל חיפה ולתחנה של הכרמלית, והיא ייחודית בישראל בשני ההיבטים האלה.
כרונולוגיה:
נתניה.
את נתניה משרתות שלוש תחנות נוסעים - נתניה, נתניה - ספיר ובית יהושע, הנמצאת מחוץ לשטח נתניה אך משרתת את דרום העיר במקביל לתחנת ספיר, שמעט פחות נגישה לכבישים ראשיים ושנפתחה כ-60 שנה לאחר שתי התחנות האחרות.
כרונולוגיה:
באר שבע.
בבאר שבע קיימות שתי תחנות נוסעים פעילות - צפון / אוניברסיטה ומרכז. המסילות מהתחנה הצפונית מתפצלות כך שיש לה ארבע תחנות שכנות (להבים-רהט, דימונה, באר שבע מרכז, אופקים, וגם המסוף ברמת חובב), והיא ייחודית בכך מחוץ לתל אביב. תחנת מרכז, הסמוכה לתחנת האוטובוסים המרכזית, היא נקודת הסיום של כל רכבות הנוסעים המגיעות לדרום מלבד הרכבות לדימונה. בנוסף קיימת תחנה היסטורית (תחנת הרכבת הטורקית, מ-1915) באזור העיר העתיקה.
כרונולוגיה:
פתח תקווה.
בפתח תקווה קיימות שתי תחנות נוסעים פעילות (סגולה וקריית אריה) על מסילת הירקון, קרוב לקצה הצפוני של העיר. בנוסף קיימת תחנה היסטורית (תחנת הרכבת הישנה פתח תקווה, מ-1922).
כרונולוגיה:
ערים נוספות שיש בהן יותר מתחנה אחת.
בלוד קיימות שתי תחנות - לוד ולוד - גני אביב. התחנה הוותיקה, ששורשיה בימי העות'מאנים, מהווה גם היום מרכז תפעולי חשוב הכולל צומת רכבות מרכזי, מוסכים ומשרדים. חשיבותה ארוכת השנים ניכרת בשכונה הסמוכה הנקראת על שמה. התחנה השנייה נמצאת בקצה הצפון מערבי של העיר, בסמוך לשכונת גני אביב.
במודיעין קיימות שתי תחנות - פאתי מודיעין, הסמוכה לאזור תעשייה, ומודיעין - מרכז, הסמוכה לתחנת האוטובוסים המרכזית שבמרכז העיר.
את חולון משרתות ארבע תחנות הגובלות בשטחה - צומת חולון וחולון - וולפסון בצפונה, הגובלות בתל אביב, ושתי תחנות בת ים (יוספטל וקוממיות) במערבה.
בבת ים גובלות ממזרחה שתי תחנות (יוספטל וקוממיות) הצמודות גם לחולון. כמו כן תחנת חולון - וולפסון סמוכה לצפון בת ים.