רוב הצעירים עזבו את האיים לאחר המלחמה, ובשנת 1928 האוכלוסייה מנתה רק 37 תושבים. לאחר מותם של ארבעה אנשים משפעת ב-1926, ושורה של כישלונות בתחום החקלאות, ניחתה המכה האחרונה כאשר אשה צעירה בשם מארי גיליס מתה מדלקת התוספתן בינואר 1930. ב-29 באוגוסט העבירו השלטונות למורוורן שעל החוף הסקוטי את 36 התושבים שנותרו, לאור בקשתם האישית. מזג האוויר בבוקר הפינוי היה נאה. תושבי האיים הותירו בכל בית ספר תנ"ך וערימה קטנה של שיבולת-שועל, נעלו את הדלתות ועלו על סיפון האונייה. דווח כי הם לא היו עצובים במהלך הפינוי. אולם, לאחר שהתרחקו מהאיים ולא יכלו עוד לראות אותם הם פרצו בבכי.
האיים נרכשו על ידי לורד דאמפריז ב-1931, לאחר שקודם לכן היו בבעלותו של סר ריצ'רד מקלאוד. ב-26 השנים שלאחר מכן האיים היו שוממים, למעט ביקור מזדמן בעונת התיירות או החזרה של אחת המשפחות.
אירועים צבאיים מאוחרים.
לאיים לא היה תפקיד במלחמת העולם השנייה, ובמהלכה הם היו נטושים לחלוטין למעט שלושה כלי טיס שהתרסקו בהם. מטוס קרב בריטי מסוג בריסטול בופייטר התרסק בקונאצ'ייר בין 3 ל-4 ביוני 1943, במרחק 100 מטרים מהפסגה. שנה אחת לאחר מכן, זמן קצר לאחר חצות של 7 ביוני 1944 (יום אחד לאחר הפלישה לנורמנדי), התרסקה סירה מעופפת מסוג שורט סנדרלנד ליד גלין מאר. בכנסייה שנותרה יש לוח זיכרון לזכר הרוגי התאונה. מפציץ ויקרס ולינגטון התרסק בחוף הדרומי של סואיי ב-1943. רק ב-1978 נעשה הניסיון הראשון לחקור את הריסות המטוסים, וזהותו המדויקת לא נקבעה באופן מוחלט. בין ההריסות התגלתה כומתה של חיל האוויר הקנדי, וייתכן כי היא הגיעה לשם ממטוס שעקבותיו נעלמו באזור האיים ב-28 בספטמבר 1943.
ממשלת בריטניה החליטה ב-1955 לשלב את סנט קילדה כחלק מבסיס ניסוי טילים בבנבקולה. מסיבה זו הוקם בסנט קילדה יישוב קבע חדש ב-1957. לצורך כך הוקמו מגוון מבנים צבאיים ותרנים, כולל אזור המגורים או עסקים הראשון בתולדות האיים שפעל לפי רישיון. משרד ההגנה שוכר את סנט קילדה מהקרן הלאומית של סקוטלנד תמורת סכום קבוע. בהירטה עדיין מתגוררים בכל ימות השנה מספר אזרחים העובדים בבסיס הצבאי.
שימור הטבע.
לאחר מותו של לורד דאמפריז ב-14 באוגוסט 1956 נפתחה צוואתו שבה נקבע כי האיים יועברו לחזקתה של הקרן הלאומית של סקוטלנד, בתנאי שזו תסכים לקבלם בתוך שישה חודשים ממועד הקראת הצוואה. לאחר מספר דיונים הוועדה המבצעת הסכימה לעשות זאת בינואר 1957. תהליך החידוש והשימור של הכפר החלו באיטיות, והשתתפו בהם בעיקר מתנדבים שהיו בחופש בתקופת הקיץ. בנוסף, החל מחקר מדעי של אוכלוסיית הכבשים הטבעית בסואיי, ושל היבטים נוספים בסביבה הטבעית. ב-1957 האזור הוכרז כשמורת טבע לאומית.
ב-1986 האיים היו למקום הראשון בסקוטלנד שהוכרז כאתר מורשת עולמית, כאשר ICOMOS ציינה את מאפייניהם הטבעיים והטריטוריאליים. בשנת 2004 הורחבה הגדרת אתר המורשת גם לאזור הימי המקיף את האי, בזכות מאפייניו הטבעיים, בתי הגידול למינים נדירים המצויים בסכנת הכחדה, ואוכלוסיית העופות הימיים הבינלאומית שלו. בשנת 2005 סנט קילדה הפך לאחד מבין 24 מקומות ברחבי כדור הארץ שהוכרזו כאתר מורשת עולמית בזכות חשיבותם הטבעית והתרבותית. האיים חולקים את המעמד הזה ביחד עם אתרים בינלאומיים חשובים אחרים כגון מאצ'ו פיצ'ו בפרו, הר אתוס ביוון ודראקנסברג שבדרום אפריקה.
שטח ההכרזה כאתר מורשת עולמית על ידי אונסק"ו הוא 242,014 דונם, הכולל שטחים בים וביבשה. החלק הקרקעי משתרע על פני שטח של 8546 דונם.
האיים הוכרזו גם כמונומנט עתיק, אזור נוף לאומי, אתר בעל עניין מדעי מיוחד, ואזור מוגן מיוחד של האיחוד האירופי. היאכטות המבקרות במקום מוצאות מקלט בווילג' ביי, אך אלו שרוצים לרדת אל האיים עצמם נדרשים לתאם זאת מראש עם הקרן הסקוטית. קיימת דאגה מפני החדרתם של מינים פולשים לסביבה הטבעית הרגישה של האיים.
בסביבה הימית של סנט קילדה יש אפשרויות צלילה מגוונות כיוון שהיא מורכבת ממערות תת-ימיות, קשתות ותהומות. הקרן הלאומית של סקוטלנד זכתה בשנת 2008 לתמיכתו של השר לעניינים סביבתיים של סקוטלנד בתוכניתה למנוע רדת עכברים מספינה ספרדית שעגנה בהירטה, כיוון שיש חשש כי אוכלוסיית העופות באיים תיפגע בצורה חמורה.
אדריכלות.
מבנים פרהיסטוריים.
המבנים העתיקים ביותר בסנט קילדה הם החידתיים ביותר. הכפר הנמצא באן לאג בהו'ן טואת' (החור בצפון) הוא נקודת ההתחלה של דירים גדולים, ובהם יש טבעות אבן בצורת סירה. לפי דגימות האדמה נטען כי הטבעות הן משנת 1850 לפנה"ס, ייחודיות לסנט קילדה, ומטרתן איננה ברורה. בגלין מאר (צפונית-מערבית לווילג' ביי מאחורי הרכס המרכזי של הירטה) נמצאים 20 "מבנים מקורננים", שהם בעיקר מבנים הרוסים שביניהם חצר מרכזית שמידותיה הן 3X3 מטרים, שני תאים קטנים או יותר, וחצר קדמית הנוצרת על ידי קירות בצורת קרן. גם המבנים הללו ייחודיים לסנט קילדה, ושימושם המקורי לא ידוע. בגלין מאר יש מקום בשם טאיג נא באנה-גהאיסגיך (Taigh na Bana-ghaisgich), מבנה שמשמעות שמו היא "בית האמזונות". מרטין דיווח ב-1703 כי סיפורים רבים בסנט קילדה נוגעים לנשים הלוחמות הללו.
ההשערה היא כי בהאריס היו ידועים סיפורים דומים על עוד אישה לוחמת שצדה במה שהיום הוא השטח השקוע בין ההברידיים החיצוניים לסנט קילדה. החצר הקדמית של המבנה קרובה למבנים המקורננים, אך בדומה ל"אמזונה" של מרטין המטרה המקורית שלה היא הבסיס לאגדה, ולא אתר ארכאולוגי.
בארכיפלג כולו יש מאות קלייטיאנים שעליהם יש מידע רב. מבנים כיפתיים אלו נבנו מסלעים שטוחים שבראשם כיפת כבול. שיטה זו אפשרה לרוח לעבור דרך החריצים, אך מנעה מהגשם לחדור. הקלייטיאנים שימשו לאחסון כבול, רשתות, תירס, בשר משומר וביצים, דשן, חציר ומקלט לכבשים בחורף. לא ידוע מתי נוצרו המבנים הללו, אך הם היו בשימוש רציף החל מהתקופה הפרהיסטורית ועד לפינוי ב-1930. בהירטה יש למעלה מ-1,200 קלייטיאנים הרוסים, ובאיים הסמוכים יש 170 נוספים.
בבית מספר 16 בכפר המודרני יש צלב אבן נוצרי קדום שנבנה בתוך קיר החזית, המתוארך למאה ה-7.
כפר ימי הביניים.
ליד טובאר צ'ילדה נמצא כפר מימי הביניים, במרחק של 350 מטרים מהחוף ולמרגלות קונאצ'ייר. המבנה העתיק ביותר הוא מעבר תת-קרקעי הצמוד לשני מבנים הנקראים טאיג אן ט-סית'יץ' (Taigh an t-Sithiche), שם שמשמעותו היא בית הפיות, המתוארך לתקופה שבין שנת 500 לפנה"ס לשנת 300. תושבי האיים האמינו כי המבנים הללו שימשו כבית מגורים או כמקום מחבוא, על אף שלפי תאוריות מאוחרות יותר המקום היה ככל הנראה בית קירור.
באיים נותרו שרידים גדולים של קירות שדה וקלייטיאנים, בנוסף לשרידיו של בית מימי הביניים שבצמוד אליו נמצא מבנה בצורת כוורת טבעית. בסמוך לשרידים הללו נמצא "בית השור", שהוא מבנה מלבני חסר גג שבו נשמר השור של האי בזמן החורף. טובאר צ'ילדה עצמו הוזן על ידי שני מעיינות שזרמו מחוץ לחומה הראשית שנבנתה מסביב לכפר על מנת למנוע מהכבשים והבקר לגשת אל אזורי עיבוד המזון המגודרים על ידי החומה. בסך הכל היו 25 עד 30 בתים. רובם היו בתים שחורים בעיצוב הברידיאני טיפוסי, אך חלק מהמבנים היותר עתיקים היו עשויים מאבן זיזית, והיו מגודרים ולא מסוככים. מטרת הגידור הייתה למנוע את חדירת הרוח והגשם, והבניינים העתיקים היו דומים יותר לתלוליות ירוקות מאשר לבית מגורים.
מבנים מאוחרים.
החומה הראשית נבנתה ב-1834 כאשר כפר ימי הביניים ננטש, והחל התוכנית לבניית כפר חדש בין טובאר צ'ילדה לים במרחק של 200 מטרים במורד המדרון. אירוע זה קרה כתוצאה מביקורו של סר תומאס דאייק אקלנד, חבר הפרלמנט הבריטי מטעם מחוז דבון. אקלנד הזדעזע מהתנאים הפרימיטיביים, ותרם סכום כסף ששימש לבניית יישוב חדש שכלל 30 בתים שחורים. הבניינים הללו שונו לאחר שחלקם נפגעו מסערה עזה שפרצה באוקטובר 1860. לאחר הסערה נבנו 16 בתים מודרניים בין הבתים השחורים, בנוסף לבית חדש עבור מנהל הקרקע.
הבתים הללו נבנו מאבן יבשה, קירותיהם היו עבים והגג היה עשוי מכבול. בכל בית היה חלון אחד קטן ופתח קטן שדרכו העשן היה יכול לצאת. כתוצאה מכך, הצד הפנימי של הבתים נצבע בשחור על ידי הפיח. הבקר הועבר לאחד הקצוות של הבית בחורף, ופעם בשנה הקש שעל הרצפה הוצא מהבית ופוזר על הקרקע.
אחד מאתרי החורבות הבולטים ביותר בהירטה הוא האתר הידוע בשם "הבית של ליידי גריינג'". ליידי גריינג' הייתה נשואה ליעקוביט בשם ג'יימס ארסקין במשך 25 שנה, שהחליט כי ייתכן שהיא שמעה יותר מדי על מזימותיו הבוגדניות. ג'יימס הורה לחטוף אותה, והיה אחראי לכך שהיא נכלאה בחשאי באדינבורו למשך שישה חודשים. משם היא נשלחה לאיי מונאך, שם חייתה במשך שנתיים בבידוד בזמן שהוא טען שהיא מתה וארגן את הלווייתה. היא נלקחה להירטה ושהתה שם בין 1734 ל-1742, ותיארה את התקופה כך: "אי עני מסריח, מרושע ומגעיל". לאחר ניסיון בריחה כושל היא נלקחה על ידי ג'יימס לאי סקאי, ומתה שם. ה"בית" שבו שהתה הוא קלייטיאן באזורי המרעה של הכפר.
בוזוול וג'ונסון דנו על הנושא בזמן שסיירו בהברידיים ב-1773. בוזוול כתב "לאחר ארוחת הערב היום, אנו שוחחנו על העובדה יוצאת הדופן שליידי גריינג' נשלחה לסנט קילדה, ונכלאה שם למשך מספר שנים, ללא כל אמצעי רווחה. דוקטור ג'ונסון אמר, אם מקלאוד היה מפרסם כי יש לו מקום כזה עבור נשים פזיזות, הוא עשוי להפוך את זה לאי רווחי מאוד".