מותה של מרי ב-7 בינואר 1695 הוביל לפיוס רשמי אך קר בין ויליאם השלישי לבין אן, שכעת הייתה היורשת של הכתר האנגלי. מרלבורו קיווה כי כתוצאה מפיוס זה הוא ימונה מחדש לתפקידים מהם הודח, אך אף על פי שהותר לו ולשרה לחזור לארמון המלך הוא לא קיבל הצעת עבודה כלשהי.
היעקוביט המיליטנטי ג'ון פנוויק טען ב-1696 כי ג'יימס רקם קשר לבגידה עם מרלבורו, גודולפין, ראסל ושרוסברי. ההאשמות הוכחו לבסוף כבדיה ופנוויק הוצא להורג, כשהמלך לא מייחס לנושא חשיבות רבה. ב-1698, שנה לאחר חתימה הסכם רייסווייק שהביא לסיום מלחמת תשע השנים, חל מפנה ביחסיהם של ויליאם ומרלבורו. לפי המלצתו של לורד סנדרלנד, שאשתו הייתה חברה טובה של שרה צ'רצ'יל, מונה מרלבורו לתפקיד מנהל משק הבית המלכותי של הנסיך ויליאם, בנה הבכור של אן; דרגתו הצבאית ותפקידו כחבר המועצה המלכותית הושבו לו. כשוויליאם עזב להולנד ביולי מרלבורו היה אחד מהאנשים הבכירים שהופקדו על ניהול המדינה בהיעדרו; הוא נתקל בקשיים כשניסה לגשר בין חובותיו למלך לבין רצונו לחדש את קשריו עם הטורים.
חייו המאוחרים (1700 - 1722).
מלחמת הירושה הספרדית.
קרלוס השני, מלך ספרד, מת ב-1 בנובמבר 1700 ללא ילדים, וסוגיית הירושה לכתר הספרדי והשליטה הנובעת מכך באימפריה הספרדית גררה את אירופה למלחמה הידועה כ"מלחמת הירושה הספרדית". על ערש דווי ביקש קרלוס להוריש את כתרו לפיליפ, דוכס אנז'ו, שהיה נכדו של לואי הארבעה עשר. פוטנציאל זה לאיחוד בין ספרד לצרפת תחת בית בורבון לא היה מקובל על אנגליה, הרפובליקה ההולנדית והקיסר האוסטרי לאופולד הראשון שהיה בעל זכות טיעון לכתר הספרדי. בריאותו של ויליאם הייתה רעועה באותה תקופה, והוא החליט לתת למרלבורו תפקיד מרכזי בסוגיות האירופאיות בין השאר בזכות השפעתו על הנסיכה אן, שהייתה היורשת שלו. משימתו של מרלבורו הייתה לנהל משא ומתן לצורך הקמת קואליציה חדשה כנגד צרפת וספרד, ולצורך כך הוא מונה לנציגו האישי של ויליאם בהאג ולמפקד הכוחות הבריטיים.
ב-7 בספטמבר 1701 חתמו אנגליה, הקיסר והרפובליקה ההולנדית על הסכם הברית הגדולה השני, על מנת להרתיע את לואי ה-14 השאפתן ולמתן את כוחו של בית בורבון. ב-19 במרץ 1702 נפצע ויליאם בתאונת רכיבה ומת מפצעיו, ואן ירשה את מקומו. מותו של המלך גרם לחוסר סדר בקרב כוחות הקואליציה, אך הרוזן יוהאן ונצל ורטיסלאב פון מיטרוביץ מבוהמיה דיווח כי "הנחמה הגדולה ביותר בבלבול הזה היא שמרלבורו קיבל את כל המידע בסוגיה זו, ובגלל קשריו עם המלכה יכול לעשות הכל".
"הקשרים עם המלכה" הוכיחו את עצמם כרווחיים עבור חבריה הוותיקים. אן רצתה לגמול למרלבורו עבור הישגיו הדיפלומטיים והקרביים באירלנד ובאירופה, ומינתה אותה למפקד הכללי של חיל התותחנים (Master-General of the Ordnance), שהיה תפקיד שמרלבורו היה מעוניין בו במשך זמן רב, לאביר במסדר הבירית ולקפטן-גנרל של כוחות הצבא באנגליה ומחוץ לאנגליה. במקביל לכך מונתה ליידי מרלבורו לנערת הגלימה (Groom of the Stole), הגבירה אשר על הגלימות (Mistress of the Robes), ושומרת התקציב המלכותי (Keeper of the Privy Purse). ג'ון ושרה היו בשיא כוחם מבחינת הקשר עם המלכה, ונהנו מהכנסה שנתית של למעלה מ-60,000 לירות שטרלינג והשפעה רבה בארמון המלוכה.
תחילת המערכה, נישואי בנותיו ומות בנו הבכור.
אנגליה הכריזה מלחמה על צרפת ב-15 במאי 1702. מרלבורו קיבל את הפיקוד על כוחות בריטיים, הולנדים וגרמנים שכירים, והייתה זו הפעם הראשונה בחייו שבה פיקד על כוח צבאי כה גדול בשדה הקרב. היה לו הרבה פחות ניסיון מאשר גנרלים הולנדים וגרמנים שהיו כפופים לו. הסמכות הפיקודית שלו הייתה מוגבלת במידת מה. בתפקידו כקפטן-גנרל הייתה לו סמכות לתת פקודות לגנרלים הולנדים רק במקרה שחייליהם נטלו חלק בפעולה ביחד עם אנשיו; במקרים אחרים הוא היה צריך להסתמך על כוח השכנוע והטאקט שלו, ולקבל את הסכמתם של הקצינים ההולנדים או הנציגים הדיפלומטיים של הפרלמנט ההולנדי.
למרות ההיסוס הראשוני של בעלי הברית שלו, המערכה בארצות השפלה (הזירה העיקרית של המלחמה) החלה היטב מבחינת מרלבורו. לאחר שביצע תמרונים אחדים הוא הצליח לגבור על מרשל בופלר (Boufflers), ולאחר מכן כבש מספר ערים (בהן לייז'). בזכות ההישגים הללו העניקה לו המלכה את תואר דוכס מרלבורו ומרקיז בלנדפורד בדצמבר. המלכה התכוונה גם להעניק לו משכורת שנתית של 5,000 לירות שטרלינג למשך חייו, אך הפרלמנט דחה את היוזמה הזאת. שרה נעלבה מכך, ובכעסה הציעה לבעלה לוותר על התואר שקיבל.
ב-20 בפברואר 1703, זמן קצר לאחר קבלת התארים, נישאה אליזבת', בתו של מרלבורו, לסקרופ אגרטון, רוזן ברידג'ווטר. בקיץ שלאחר מכן התארסה בתו מארי לג'ון מונטגיו, והשניים נישאו ב-31 במרץ 1705. אירועים אלה התרחשו לאחר ששתי בנותיו הגדולות כבר היו נשואות: הנרייטה נישאה לפרנסיס גודולפין (בנו של סידני גודולפין) באפריל 1698, ואן נישאה לצ'ארלס ספנסר, הרוזן השלישי מסנדרלנד, ב-1700. אולם, תקוותיו של מרלבורו היו להקים שושלת אצולה משל עצמו, והוא תלה אותן בבנו ג'ון, שהיה הבן הבכור שלו וגם היחיד שהגיע לבגרות. אולם, בעת שלמד בקיימברידג' בתחילת 1703 לקה ג'ון באבעבועות שחורות. הוריו הגיעו במהירות למיטת חוליו, אך בבוקר ה-3 במרץ הוא מת ממחלתו במה שגרם לדוכס לצער רב.
מרלבורו חזר להאג כעבור ימים אחדים בעודו מתאבל על בנו, והותיר מאחוריו את שרה. בזמן שמרלבורו שהה באנגליה החליף מרשל וילרואה את בופלר כמפקד בארצות השפלה הספרדיות. אף על פי שמרלבורו הצליח לכבוש את בון, אואי, ולימבורג, הוא לא הצליח לגרור את הצרפתים לקרב משמעותי בגלל ההססנות ההולנדית. הוא נתקל גם בהתנגדות מבית. מרלבורו וגודלפין ספגו ביקורת מיריביהם הטורים שהעדיפו להפעיל את הצי המלכותי על מנת להגדיל את כוחה הקולוניאלי של אנגליה, אך מנגד תמכו הוויגים בשליחת הצבא ישירות לתוך צרפת. תמיכה זו דעכה במקצת לאחר המערכות הקודמות של כוחות הברית, אך מרלבורו, שהשכיל לנצל את כישוריו הדיפלומטיים לצורך ניהול הברית, היה כבר גנרל בעל מוניטין בינלאומי, ותוך זמן נשכחה ההצלחה המוגבלת של 1703 לעומת מערכת בלנהיים של 1704.
בלנהיים וראמיאי.
מרלבורו השתכנע בצורך לשלוח סיוע צבאי לאזור הדנובה, לאור המצוקה של אוסטריה שהייתה נתונה לאיום מצד צרפת ובוואריה במערב ומורדים מהונגריה במזרח. מרלבורו הגה תוכנית נועזת על מנת ליטול את היוזמה מיריביו. הוא תכנן להטעות את ההולנדים שלא היו מוכנים לקבל את החלשת כוחות הברית באזור ארצות השפלה הספרדיות. לצורך הגשמת מטרה זו הוא פקד על כוחותיו לנוע לעבר הנהר מוזל, אך ברגע שהגיעו לשם הוא תכנן לא להתחשב בהולנדים ולהוביל את כוחותיו לחבירה עם הכוחות האוסטריים בדרום גרמניה.
מרלבורו הגשים את תוכניתו באמצעות שילוב של הונאה אסטרטגית וניהול מוצלח. לאחר שצעדו לאורך 400 קילומטרים מארצות השפלה, החלו כוחות הברית להילחם מול הפרנקו-בוואריים באזור הדנובה. ההיתקלות הגדולה הראשונה אירעה ב-2 ביולי 1704, כאשר מרלבורו והנסיך לודוויג מבאדן הסתערו על שלנברג (Schellenberg). ב-13 באוגוסט הנחיל מרלבורו, ביחד עם המפקד האימפריאלי הנסיך אויגן מסבויה, תבוסה ניצחת בקרב בלנהיים לכוחותיהם של מרשל טאלאר והנסיך הבוחר של בוואריה. המערכה נחשבת לאחת המרשימות ביותר בתקופה שקדמה לנפוליאון, וידועה בזכות התכנון האסטרטגי שלה והשפעתה על המלחמה, שהתבטאה ביציאת בוואריה מהמערכה ושיבוש תוכניותיו של לואי הארבעה עשר לניצחון מוקדם. מרלבורו התבלט כאחד החיילים הטובים ביותר באותה תקופה לאחר נפילת לנדאו שעל הריין וטריר וטרארבאך שעל המוזל, וגם יריביו הטורים נאלצו להכיר בהצלחתו הרבה.
המלכה תיגמלה את מרלבורו באמצעות הענקת האחוזה המלכותית בוודסטוק והבטחה להקים ארמון כהנצחה לבלנהיים, אך במקביל לכך חלה התדרדרות ביחסים בינה לבין שרה. מרלבורו ואשתו עלו לגדולה בין השאר בזכות קשריהם עם אן, אך תמיכתה העקבית של שרה בוויגים גרמה לריחוק ביניהם, כיוון שהמלכה נטתה לכיוון הטורים שהביעו תמיכה עקבית בכנסייה האנגליקנית. אן, שכעת הייתה מלכה ולא נערה מתבגרת הנתונה להשפעתה של שרה, מאסה במזגה החם וחסר הטאקט של שרה, במה שהרס בסופו של דבר את מערכת היחסים ביניהן וערער את מעמדו של הדוכס.
במהלך צעידתו של מרלבורו לעבר הדנובה הציע לו הקיסר לאופולד הראשון תואר נסיך באימפריה הרומית הקדושה, בנסיכות הקטנה מינדלהיים. אן הסכימה לכך, אך המערכות ב-1705 לא גרמו לאותה שביעות רצון כמו מערכת בלנהיים. מרלבורו תכנן לפלוש לצרפת דרך עמק המוזל, אך בעקבות התנגדות יריביו וידידיו נאלץ לסגת לעבר ארצות השפלה. הוא פרץ את קווי ההגנה של בראבאן (Brabant) בקרב אליקסהיים, אך היסוסיו, בנוסף לאלו של ההולנדים שחששו לביטחון מולדתם, מנעו ממנו לנצל את היתרון. מרלבורו לא ניסה להסתיר את כעסו, ולאחר שפנה לפרלמנט ההולנדי הוחלט לפטר את מפקד הכוחות ההולנדיים. הצרפתים והטורים באנגליה דחו את הטענה שההססנות ההולנדית מנעה ממרלבורו להשיג ניצחון גדול ב-1705, ודבקו בגישתם כי קרב בלנהיים היה מקרה ממוזל וכי מרלבורו הוא גנרל שאין לחשוש מפניו.