האופרה נמכרת לזוג מנהלים חדשים, מר אנדרה ומר פירמין. הללו מגיעים יחד עם הוויקונט ראול דה־שאניי, פטרון האופרה, כדי לעמוד על טיבה של הרכישה. הם מגיעים בדיוק בזמן חזרה לאופרה "חניבעל". הדיווה המפונקת לה־קרלוטה שרה את האריה המרכזית אך מפסיקה באמצע בעקבות "תאונה" שנגרמה, על פי השמועות הרצות בקרב העובדים, על ידי "פנטום האופרה", רוח רפאים מסתורית הרודפת את המקום ומענישה באכזריות את אלה המפרים את דברה. קרלוטה מפסיקה את השיר בזעם, ואחת מהרקדניות (מג ז'ירי) מציעה את כריסטין דאה, רקדנית בינונית אך זמרת מוכשרת, כמחליפה לקרלוטה. כריסטין כובשת את לב כולם ובהופעת הבכורה שלה באופרה הופכת לכוכבת בזירת האופרה של פריז ("Think Of Me").
אחרי ההופעה, מתוודה כריסטין בפני מג על זהותו של המורה שלה לזמרה; לפני מותו, הבטיח אביה של כריסטין שישלח לה את ״מלאך המוזיקה״ שישמור עליה, והיא שומעת את קולו מתוך הקירות בחדרה ומקבלת ממנו שיעורים ("Angel Of Music"). באותו הערב, נכנס לחדרה של כריסטין הוויקונט ראול דה־שאניי, חבר ילדות שלה שהתאהב בה בעקבות הביצוע המרגש של האריה. כריסטין מוקסמת מחיזוריו אך מתחמקת מהצעתו לצאת איתה מפני שהיא מחכה לשיעור מהמלאך שלה ("Little Lotte"). הקול שכריסטין שומעת הוא למעשה קולו של הפנטום, המאוהב בה ונותן לה שיעורים דרך המעברים הסודיים שבקירות. הפנטום, שמקנא בראול, המחזר הצעיר, מתגלה בפני כריסטין כהשתקפות במראה שבחדרה, מתחזה ל״מלאך המוזיקה״ ("The Mirror (Angel Of Music)") ולוקח אותה איתו. הוא מוביל אותה אל משכנו הסודי בלב אגם תת-קרקעי במרתפי בית האופרה ("The Phantom Of The Opera"), ומנסה לשבות את לבה במוזיקה השמיימית שהלחין ("The Music Of The Night"). כריסטין נכבשת בקסמי המוזיקה של הפנטום, אך מגלה את הסוד הנורא שהוא מסתיר מתחת למסכה – פנים מפלצתיות ומעוותות. הפנטום נתקף בהתקף זעם ואומר לכריסטין שעכשיו לעולם לא תוכל להיות חופשיה, אך נרגע ומחזיר את כריסטין לבית האופרה ("I Remember / Stranger Than You Dreamt It"). באותו הלילה, פועל הבמה ג׳וזף בוקה מפחיד את רקדניות הבלט בסיפורים על פנטום האופרה ועל הפלצור שבו הוא הורג את קורבנותיו, אך מאדאם ז׳ירי, הכוריאוגרפית, מזהירה אותו שלא לדבר על הפנטום ("Magical Lasso").
ראול, קרלוטה ומנהליה החדשים של האופרה מקבלים מכתבים מפנטום האופרה, שבהם הוא דורש מהם לשלם לו את שכרו הגבוה, לשמור לו את תא מספר 5, ללהק את כריסטין לתפקיד הראשי באופרה ״איל מוטו״ ואת קרלוטה לתפקיד אילם ("Notes"). קרלוטה מזועזעת מהעלבון שבמכתבים הללו, אך המנהלים מפייסים אותה בהכריזם שלא יכנעו לדרישות הפנטום, שבו הם לא מאמינים, ומלהקים את קרלוטה לתפקיד הראשי ("Prima Donna"). בליל הבכורה של "איל מוטו", מופיע הפנטום ומתרעם על ההתעלמות מדרישותיו. הוא גורם לקרלוטה לקרקר כמו קרפדה במקום לשיר, רוצח את ג׳וזף בוקה באמצעות הפלצור שלו ומפיל את גופתו התלויה אל מרכז הבמה, מה שמתחיל מהומה גדולה בבית האופרה ("Poor Fool, He Makes Me Laugh"). בלב הכאוס, כריסטין בורחת עם ראול אל הגג, מקום בו היא חושבת שהם יהיו בטוחים מעיני הפנטום. שם היא מספרת לו על המפגש שלה עם הפנטום, על פניו המזעזעים ועל המוזיקה המדהימה שכתב ("Why Have You Brought Me Here"). ראול מנסה לשכנע אותה שזה היה רק חלום. השניים מתוודים על אהבתם ("All I Ask Of You"). ללא ידיעתם, הפנטום שמע את כל השיחה שלהם וליבו נשבר בגלל שכריסטין דחתה אותו. הוא נשבע לנקום, ומפיל את הנברשת הגדולה על הבמה בזמן ההשתחוויה ("All I Ask Of You - Reprise").
מערכה שנייה.
המערכה השנייה נפתחת כחצי שנה לאחר אסון הנברשת. בתקופה זו הפנטום לא תקף וכל צוות האופרה בטוחים שניצלו מהרוח הנקמנית ("Entr'Acte").
המערכה עצמה נפתחת בנשף מסכות לרגל השנה החדשה, שבו מתגלה שכריסטין וראול מאורסים בסתר ("Masquerade" - זהו השיר שמנגנת תיבת הנגינה שנמכרה בפרולוג, ומופיעה שוב ושוב לאורך הסיפור). במהלך הנשף מופיע הפנטום, מחופש למוות האדום, הפנטום מכריז בפני המנהלים כי כתב אופרה בשם "ניצחונו של דון חואן" ומאיים שאם לא תופק ותבוצע, יתרחש עוד אסון נורא ("Why So Silent"). מאדאם ז׳ירי מספרת לראול על מוצאו של הפנטום, גאון מוזיקלי, אדריכל וקוסם שהוצג לראווה במופע מוזרויות, עד שברח ונעלם, ומצא מקלט במרתפי האופרה גרנייה. מנהלי בית האופרה, קרלוטה ובן זוגה הטנור אובלדו פיאנג׳י מקבלים פעם נוספת שורה של דרישות מעליבות במכתבים מן הפנטום, שבהם הוא דורש, בין השאר, ללהק את כריסטין לתפקיד הראשי ("Notes"). ראול משכנע את כריסטין להסכים לכך, מתוך כוונה להשתמש בה כפיתיון לפנטום, שיבוא לראות אותה בערב הבכורה. כריסטין מסכימה באי-רצון ("Twisted Every Way"). בזמן שהחזרות לאופרה של הפנטום מתחילות, כריסטין מבקרת בקבר אביה ("Wishing You Were Somehow Here Again"). בבית הקברות, הפנטום מנסה לכבוש את לבה של כריסטין על ידי התחזות למלאך המוזיקה ששלח אביה ("Wandering Child"). כריסטין ניצלת ברגע האחרון בידי ראול, והיא מצידה מונעת מראול להתעמת עם הפנטום ולמות. הפנטום מכריז מלחמה על שניהם ("Bravo, Monsieur").
במהלך הופעת הבכורה של האופרה, רוצח הפנטום את הזמר הראשי אובלדו פיאנג'י ולוקח את מקומו. במהלך דואט מרגש של הפנטום ושל כריסטין, מיטשטשים הגבולות בין יחסי הדמויות שהם מגלמים באופרה לבין היחסים שלהם עצמם ("The Point Of No Return"). בסוף הדואט, הפנטום מבקש פעם נוספת את אהבתה של כריסטין, אך היא מסירה את המסכה שלו וחושפת את פניו המעוותות לקהל המזועזע. מג מוצאת את גופתו המרוטשת של פיאנג׳י, ופעם נוספת נוצרת מהומה באולם. הפנטום מנצל את המהומה וחוטף את כריסטין למאורה התת-קרקעית שלו ("Down Once More"). מאדאם ז'ירי מובילה את ראול למאורה של הפנטום. באותו זמן צוות האופרה והקהל מנסים למצוא את המאורה כדי ללכוד את הפנטום ("Track Down This Murderer").
הסיום.
במאורת הפנטום, מנהלים הפנטום וכריסטין ויכוח נוקב, בו רגשותיה של כריסטין כלפי הפנטום נעים בין כעס, שנאה ורחמים. כאשר כריסטין תוקפת אותו באומרה:
כאשר ראול מופיע ומנסה להציל את כריסטין, הפנטום גובר עליו ולוכד אותו בפלצור שלו, ומציב בפני כריסטין אולטימטום: להינשא לו ולחיות איתו לנצח, או שהוא יהרוג את ראול. כריסטין מתלבטת ולבסוף מחליטה להציל את ראול ולחיות עם הפנטום. כריסטין מגייסת את רחמיה כלפי הפנטום ומנסה לגלות כלפיו רוך, חמלה וחיבה כמיטב יכולתה על מנת לחדור אל לבו. היא שרה לו:
ואז מנשקת אותו נשיקה ארוכה. הנשיקה שוברת את לבו של הפנטום והוא פורץ בבכי. כאשר הם שומעים את ההמון שמגיע ללכוד את הפנטום, הוא מחליט לוותר לכריסטין ולתת לה לחיות עם מי שהיא באמת אוהבת. הוא אומר לכריסטין ולראול לשכוח אותו ולברוח. כאשר ההמון בא ללכוד אותו הוא נעלם ואחת הרקדניות (מג ז'ירי) מציגה בפניהם את המסיכה כראייה כביכול למותו.
הבדלים בין המחזמר לספר.
מלבד הבדלי העלילה הברורים, יש כמה שינויים מהותיים בין הספר של לרו לבין המחזמר של ובר:
דמותו של הפנטום.
בספר, פניו של הפנטום מעוותים לגמרי, והוא מזכיר שלד חולני. במחזמר, רק חצי מפניו מעוות, והוא נפוח, חלק ממוחו חשוף ושתי עיניו בצבעים שונים.
על אף שבספר הפנטום נוטה לעטות את המסיכה רק במקרים הדורשים זאת, במחזמר הפנטום עוטה אותה כל הזמן ואף נעזר בפאה.
בספר, הפנטום ידוע בשמו, אריק, וזה השם אשר משתמשים בו כדי לתארו. לעומת זאת, במחזמר הוא מכונה "הפנטום" מהתחלתו ועד סופו.
הבדלים עיקריים בעלילה.
בניגוד לספר, שבו אמנם הפנטום גומר את "דון חואן המנצח", אך לא מעלה אותה, והאופרה המועלית היא האופרה "פאוסט", במחזמר הפנטום דורש להעלות את האופרה, ולתת לכריסטין את התפקיד הראשי. השיר שבו נחטפת כריסטין הוא דואט בין כריסטין לבין הזמר הראשי, ובמצב זה - הפנטום.
הפלת הנברשת, אחד מרגעי השיא של המחזמר והספר כאחד, מתרחשת בספר לאחר שהפנטום גורם לקרלוטה לקרקר - הוא קורא "בשירתה היא עוד תפיל את הנברשת!" והנברשת מתרסקת. במחזמר, אף על פי שקיימת סצנה דומה (אם כי הנברשת מתנדנדת במקום ליפול), הנברשת נופלת לאחר שהפנטום מגלה על אהבתה של כריסטין לראול, ובייאושו מרסק את הנברשת.
הצלחה והישגים.
המחזמר זכה להצלחה עצומה וחסרת תקדים. עשרות הפקות של הפנטום הועלו ברחבי העולם והפנטום עדיין ממלא אולמות בלונדון ובברודוויי.
המחזמר הועלה לראשונה ב־9 באוקטובר 1986 בתיאטרון הוד מלכותה בלונדון (Her Majesty's Theatre) ורץ שם עד היום, דבר ההופך אותו למחזמר שרץ הכי הרבה זמן אי פעם: למעלה מ־33 שנה שבה המחזמר מופיע ללא הפסקה. ב־9 בינואר 2006, בהצגה ה־7486 שלו, שבר "פנטום האופרה" את השיא של הריצה הארוכה ביותר בברודוויי, בו החזיק המחזמר Cats (גם הוא של אנדרו לויד ובר). ב-2012 חגג את הופעתו ה-10,000 והיה המחזמר הראשון אי-פעם שעשה זאת.
המחזמר זכה בפרסים הבאים:
המחזמר מחזיק בשיאים הבאים:
תפאורה ואפקטים.
במחזה ישנה תפאורה מורכבת שכוללת אפקטים מיוחדים.
אפקט מרכזי בתפאורה הוא הנברשת, המועלית בתחילת ההופעה אל תקרת האולם ו"מתרסקת" בסוף המערכה הראשונה. הנברשת מורכבת מ-48 נורות ושוקלת כמעט 700 ק"ג. היא נופלת בעזרת ארבעה כבלים, שניים מאחורי הקלעים ושניים בתקרת האולם, העוזרים לנברשת להתייצב בזמן הנפילה. הנפילה כולה אורכת בין 7 ל-8 שניות. אפקט נפילת הנברשת נחשב לאחד האפקטים המרשימים והאהודים ביותר בברודוויי.
אנשי צוות ושחקנים בולטים.