אשתו של זולפיקאר עלי בהוטו, נוסראט בהוטו, הגישה תביעה כנגד שלטונו הצבאי של גנרל זיא וקראה תיגר על חוקיות ההפיכה הצבאית. תביעה זו הביאה את בית המשפט העליון של פקיסטן לפסוק, במה שיכונה מאוחר יותר כדוקטרינת ההכרח, כי לאור המצב המדיני הבלתי יציב והמסוכן קודם לביצוע ההפיכה, ההפיכה של גנרל זיא והדחתה בכוח של ממשלת בהוטו הייתה חוקית ובגדר הכרח בנסיבות שבהן התבצעה. פסק דין זה חיזק את אחיזתו של זיא בשלטון.
קבלת משרת נשיא המדינה.
אף על פי שרוב ממשלתו של בהוטו פוזרה, שוכנע נשיא המדינה פאזאל לאהי צ'אודרי להמשיך במשרתו הסמלית. ב-16 בספטמבר 1978, לאחר שתמה כהונתו, למרות ניסיונותיו של זיא להאריך את הכהונה, התפטר צ'אודרי וגנרל זיא נטל על עצמו אף את משרת הנשיא. בכך הפך לשליטה הבלעדי של פקיסטן.
במשך שש השנים הבאות חתם זיא על מספר צווים נשיאותיים, אשר תיקנו את החוקה והוסיפו לסמכויותיו. הבולט שבהם היה צו "חידוש חוקת 1973", אשר שם בידי זיא את הכוח לפזר את אספת הנבחרים על פי רצונו הבלעדי.
משפטו של זולפיקאר עלי בהוטו.
ב-4 באפריל 1979 הוצא זולפיקאר עלי בהוטו להורג בתלייה, לאחר שבית המשפט העליון דחה את ערעורו ואישר את גזר דינו של בית המשפט העליון בלהור, שהרשיעו בקשר לרציחת אביו של אחמד ראזה קאסורי, מדינאי שהתנגד למפלגת העם. פסק דינו של בית המשפט העליון של פקיסטן התקבל בהכרעה של ארבעה כנגד שלושה. זיא סירב להעניק לבהוטו חנינה, למרות פניות רבות מראשי מדינות זרות, באומרו כי מדובר ב"פעילות של איגוד מקצועי". התגובות להוצאתו להורג של ראש ממשלה נבחר על ידי שליט צבאי שתפס את השלטון בכוח זכו לביקורת עזה בעולם ובקרב הקהילה המשפטית בפקיסטן.
ייצוב המצב בבלוצ'יסטן.
הכרזת חנינה.
בעת שתפס את השלטון בפקיסטן, ירש זיא מרי אזרחי נרחב שהחל עוד בעת שלטונו של בהוטו, בפרובינציה הגדולה בפקיסטן, בלוצ'יסטן. סכסוכים שבטיים והתנגשויות על רקע שליטה בקרקעות הביאו את בלוצ'יסטן אל סף פרישה והכרזת עצמאותה מפקיסטן. זיא פעל במהירות והכריז על חנינה כללית לאלה אשר יניחו את נשקם וכן פעל לפיוס בין השבטים הניצים. כאשר ראה כי מאמציו אינם משפיעים על שינוי האווירה השלטת, זיא הורה על הסגת חלק ניכר מכוחות צבא פקיסטן מן החבל ובכך הביא לקיצן תנועות מרי אזרחי.
תקופת שלטונו של זיא נחשבת כתור הזהב של בלוצ'יסטן ובתקופתו נערכו השקעות ענק בחבל ארץ זה, אשר כללו פרויקטים גדולים.
מינוי רחימודין חאן.
זיא מינה את גנרל רחימודין חאן, אשר בלט עד לאותה עת כקצין מצטיין, למשרת המושל הצבאי בבלוצ'יסטן (ומאוחר יותר אף מושל חבל סינד). גנרל רחימודין החל מיד במדיניות של בידוד המשפחות הפאודליות ממשרות שלטוניות. הוא שלט בבלוצ'יסטן באופן קפדני ודיכא כל סימן למרי אזרחי.
מינויו של רחימודין, לאור אופי שלטונו הדיקטטורי בבלוצ'יסטן, עוררה מחלוקת במדינה, כיוון שלמעשה שלט בחבל ארץ זה כמעט באופן עצמאי מן השלטון המרכזי במדינה. הביקורת שהושמעה על המינוי נעלמה לאחר שהתבררו הישגיו של רחימודין בקידומה של בלוצ'יסטן בעת שלטונו (1978 - 1984).
שנותיו כנשיא המדינה.
הקמת המאג'ליס-א-שורא.
לאחר שפיזר את אספת נבחרים, החליט זיא להקים מערכת אלטרנטיבית. בשנת 1980 הוא הציג את המאג'ליס-א-שורא. רוב חברי השורא היו אינטלקטואלים, מלומדים, עיתונאים, כלכלנים ואנשי מקצוע מתחומי חיים שונים. השורא פעלה כמועצה מייעצת לנשיא. כל 284 חברי השורא מונו על ידי הנשיא באופן אישי.
משאל העם בשנת 1984.
גנרל זיא החליט לקיים בחירות בפקיסטן. אולם לפני העברת השלטון לידי נבחרי הציבור, הוא החליט להבטיח את משרתו כעומד בראש המדינה. בחודש דצמבר 1984 התקיים משאל עם שבו עמדה לבחירה השאלה, האם לבחור בגנרל זיא כנשיא המדינה העתידי. על פי התוצאות הרשמיות, יותר מ-95% מן הציבור בחר בהמשך כהונתו של זיא כנשיא המדינה, ולכן נבחר לתקופת כהונה נוספת של חמש שנים. אולם, משאל העם לווה בהאשמות קשות על אי-סדרים והפרות חוק באופן הנוגד בחירות דמוקרטיות.
התיקון השמיני ובחירות 1985.
לאחר שהבטיח את נשיאותו במשאל עם, החליט זיא לקיים בחירות כלליות במדינה בחודש פברואר 1985. הוא קבע כי בחירות אלה יהיו על בסיס לא מפלגתי. בתגובה החליטו רוב מפלגות האופוזיציה להכריז חרם על הבחירות, למרות זאת תוצאות הבחירות הצביעו על כך כי רבים מן הנבחרים השתייכו למפלגה כזו או אחרת. זיא בחר מבין חברי בית הנבחרים את מוחמד חאן ג'וניג'ו כראש ממשלה. לרבים בחירתו של ג'ונג'ו, אדם פשוט וחסר יומרות, סימלה את רצונו של זיא למנות ראש ממשלת בובות. בטרם יעביר באופן רשמי את השלטון לידי הממשלה הנבחרת, דאג זיא לכך שהאסיפה הלאומית תאשר באופן רטרואקטיבי את כל הפעולות השלטוניות אותן ביצע זיא במשך שמונה שנות שלטונו עד לאותה עת, כולל ההפיכה בשנת 1977. כמו כן, דאג כי האספה תאשר מספר תיקונים חוקתיים, הבולט שבהם היה התיקון השמיני אשר נתן בידי הנשיא "סמכות מילואים" המאפשרת לו לפזר את האספה הלאומית. אולם, תיקון זה הפחית במידה ניכרת את כוחו, קודם לבחירות, שכן אז היה יכול לפזר אף את בית המחוקקים ללא כל נימוק. התיקון השמיני איפשר לזיא לפזר את האספה הלאומית אך ורק אם מתמלאים שני תנאים: הראשון, הממשלה נפלה בהצבעת אי-אמון ולא נראה כי ניתן לבחור בממשלה חלופית. השני, הממשלה לא יכולה להמשיך ולתפקד בהתאם לחוקה.
הפלישה הסובייטית לאפגניסטן.
ב-25 בדצמבר 1979 פלשו כוחות ברית המועצות, אשר הייתה מעצמת-על באותה עת, לאפגניסטן. גנרל זיא, כנשיאה של פקיסטן השכנה, התבקש על ידי מספר חברי ממשלתו להימנע מלהתערב במלחמה, זאת לאור עליונותה הצבאית המוחלטת של ברית המועצות. אולם זיא, מוסלמי אדוק בדתו, לא היה יכול לקבל את הרעיון כי כוחות קומוניסטים השתלטו על מדינה מוסלמית שכנה ולא הסתיר את כוונותיו לסייע באופן כלכלי וצבאי לכוחות המוג'הידין האפגניים.
רפורמה כלכלית.
תחת שלטונו של זיא, בוטלו באופן הדרגתי פעולות ההלאמה מעת שלטונו של זולפיקאר עלי בהוטו והחלה תנועה של הפרטה במשק. זאת כחלק מתמיכתו המוצהרת של גנרל זיא בשיווין זכויות ובתיעוש המדינה.
חיזוק תוכנית הגרעין הפקיסטנית.
הנשיא זיא תרם באופן משמעותי להשגת יכולתה הגרעינית של פקיסטן. פעולותיו זכו לביקורת מחוץ לפקיסטן, מצד שלל ארגונים בינלאומיים ובמיוחד על העובדה כי פקיסטן לא הצטרפה לאמנה למניעת הפצת נשק גרעיני. דרכו של זיא להגיב לביקורת שהושמעה נגד מדיניותו הייתה להדגיש את הקשר שבין פעולות ארצו לבין תוכנית הגרעין ההודית. הוא אף ניסח הצעה בת חמש נקודות כתגובה ללחץ הבינלאומי הכוללת גינוי לשימוש בנשק גרעיני. למרות זאת, הוא לא הסתיר את תמיכתו הכלכלית במפעל להעשרת אורניום בקחוטה בניהולו של ד"ר עבדול קאדיר חאן, מי שלימים סייע ללוב בתכנון תוכנית גרעין משלה.
מעמדו הבינלאומי וחידוש הסיוע.
הנשיא זיא זכה לעליה במעמדו הבינלאומי לאחר הצהרתו כי ילחם בפולש הסובייטי לאפגניסטן ובזמן קצר השתנתה תדמיתו בתקשורת המערבית, מזו של שליט צבאי עריץ לאלוף העולם החופשי. ביחסי ארצות הברית ופקיסטן ידעו הרעה עם הכרזתו של הנשיא ג'ימי קרטר על הפסקת הסיוע לפקיסטן, לאור סירובה לנקוט בצעדים לריסון תוכנית הגרעין שלה. אולם ב-25 בדצמבר 1979, עם הפלישה הסובייטית לאפגניסטן, הציע הנשיא קרטר סיוע אמריקאי של 325 מיליון דולר למשך שלוש שנים. זיא דחה את ההצעה בטענה שמדובר ב"פירורים". לאחר עלייתו של רונלד ריגן לשלטון, בבחירות 1980 בארצות הברית, הוטב יחסה של ארצות הברית לפקיסטן. הודות למאמציו של חבר הקונגרס צ'ארלי וילסון, ובמסגרת מבצע ציקלון של ה-CIA, הוגבר הסיוע האמריקאי לפקיסטן ולמוג'הידין באופן משמעותי, בניסיון לגייס את זיא להילחם את מלחמתה של ארצות הברית כנגד ברית המועצות.
מעורבות במלחמת אפגניסטן.
עם עליית ריגן לשלטון מצא עצמו זיא בעמדה שבה יכול היה לדרוש ולקבל מיליארדי דולר בסיוע עבור המוג'הידין. מעורבות שירותי הביון הפקיסטנים והכוחות המיוחדים שלה במלחמת אפגניסטן הלכה וגברה, זאת בשיתוף פעולה עם ה-CIA ועם הכוחות המיוחדים של צבא ארצות הברית. בשנת 1981 סיפק ממשלו של ריגן לזיא משלוח ראשון של 40 מטוסי F-16, אולם הסובייטים המשיכו לשלוט בשמי אפגניסטן עד שנת 1986, אז סיפקו האמריקאים טילי סטינגר למוג'הידין. מאותה עת הלכה ונחלשה אחיזת הסובייטים באפגניסטן, עד לנסיגתם בינואר 1988. לפקיסטן היה תפקיד מרכזי במעורבות מדינות המערב במלחמת אפגניסטן.
האיסלמיזציה של זיא אל-חאק.
ב-2 בדצמבר 1978, לרגל ציון ההג'רה, פנה זיא בנאום לאומה והאשים מנהיגים שקדמו לו על שניצלו את שם האסלאם למטרותיהם: "רבים השליטים שעשו ככל העולה על רצונם בשם האסלאם." אם תפיסת השלטון החל זיא בתוכנית של מחויבות ציבורית לאכיפת ניזאם-א-אסלאם (שיטת חוק האסלאם), אשר היוותה תפנית חדה למסורת החוק האנגלו-סכסי, עוד מימי השלטון הבריטי. כצעד ראשוני לביסוס חברה איסלמית בפקיסטן הכריז זיא על יסוד מוסד השריעה.