בעונת 1938/1939 תחת המאמן החדש טוני קארגנלי האוסטרי זכתה הקבוצה בגביע האיטלקי בפעם הראשונה אחרי ניצחון 2:1 בגמר על נובארה.
בעונת 1940/1939 זכתה הקבוצה באליפות חמישית למרות פציעה קשה של מאצה שהחסיר את רוב העונה. שמונה ימים אחרי זכייתה של אינטר בתואר ב-10 ביוני נכנסה איטליה למלחמת העולם השנייה.
ב-1942 רכש את הקבוצה איש העסקים קרלו מאסרוני.
בין השנים 1943–1945 הושבתה הליגה בגלל המלחמה.
השנים שלאחר המלחמה.
לאחר מלחמת העולם השנייה ב-27 באוקטובר 1945 החליט הנשיא מאסרוני להחזיר למועדון את שמו המקורי המשמש אותו עד היום.
הליגה חודשה בעונת 1945/1946, עונה שהתאפיינה בקשיים רבים עקב ההרס הרב ששרר באיטליה לאחר המלחמה ובה סיימה הקבוצה במקום הרביעי.
לקראת עונת 1946/1947 יצא נשיא הקבוצה מאסרוני למסע רכש בדרום אמריקה והביא לקבוצה חמישה שחקנים, את החלוץ האורוגוואי זאפיריין, המגן האורוגוואי פדמונטה, הקשר הארגנטינאי קריאוני, הקשר האורוגוואי וולפי והחלוץ הארגנטינאי בוביו למרות הרכש היקר נכשלה הקבוצה ובאמצע העונה פוטר המאמן קרלו קרקאנו ובמקומו מונה ג'וזפה מאצה ששימש גם כשחקן וגם כמאמן ולבסוף סיימה במקום העשירי בטבלה.
ב-29 ביוני 1947 שיחק ג'וזפה מאצה, הכוכב הגדול של שנות ה-30 ושנות ה-40, את משחקו האחרון בקבוצה אחרי 408 הופעות ו-284 שערים.
בין השנים 1948–1952 התמודדה הקבוצה על האליפות עם יובנטוס, טורינו ומילאן אך לא הצליחה לזכות בתואר.
לקראת עונת 1952/1953 חתם בקבוצה המאמן אלפרדו פוני שיחד עם כוכבי הקבוצה לאנרט סקוגלונד השוודי, בניטו לורנצי האיטלקי ואיסטבן ניירס הצרפתי-הונגרי הוביל את הקבוצה לאליפות שישית בהיסטוריה וראשונה משנת 1940 אחרי עונה צמודה עם יובנטוס ומילאן. ניירס סיים ככובש המצטיין של הקבוצה עם 15 שערים.
עונה לאחר מכן ב-1953/1954 זכתה הקבוצה באליפות שביעית ושנייה ברציפות אחרי עונה שבה היו אינטר ויובנטוס צמודות בראש הטבלה עם אותו מספר נקודות עד למחזור 32 שני מחזורים לסיום העונה שבו סיימה אינטר בתיקו נגד פלרמו ויובנטוס הפסידה לאטאלנטה, כתוצאה מכך פתחה אינטר פער של נקודה שנשמר עד סיום העונה.
לה גרנדה אינטר.
בשנת 1955 מכר הנשיא מאסרוני את הקבוצה לאנג'לו מוראטי, איל נפט עשיר, שפתח עידן חדש בהיסטוריה של הקבוצה. מוראטי השקיע סכומים גדולים בקבוצה וב-1957 רכש מבוקה ג'וניורס את החלוץ הארגנטינאי אנטוניו אנג'לילו תמורת 30,000 ליש"ט (שיא עולמי להעברות באותם ימים). בעונת 1958/1959 הבקיע אנג'לילו 33 שערים ב-33 משחקים, נתון שאף שחקן לא שיחזר מאז.
בשנת 1960 הביא מוראטי לאינטר את המנהל איטאלו אלודי והמאמן הארגנטינאי הלניו הררה שהנהיג בקבוצה את שיטת "הקטנאצ'ו" ששמה דגש על הגנה נוקשה בשילוב של התקפות מתפרצות. כוכבים כמו לואיס סוארס, סנדרו מאצולה, ג'אצ'ינטו פאקטי, טרצ'יזיו בורניץ', מריו קורסו, דה קוסטה ג'איר והקפטן ארמנדו פיקי הובילו את הקבוצה לתור הזהב שלה ולתקופה הטובה בהיסטוריה שלה. קבוצה זו כונתה לה גרנדה אינטר – אינטר הגדולה, והיא ידועה עד היום כאחת הקבוצות הטובות ביותר בהיסטוריה של הכדורגל האיטלקי והאירופי.
לה גרנדה אינטר זכתה באליפות ראשונה תחת הררה ב-1963 ושנה לאחר מכן זכתה בגביע אירופה לאלופות הראשון שלה כשניצחה במשחק הגמר בווינה 3:1 את ריאל מדריד. באותה שנה איבדה אינטר את האליפות לבולוניה אחרי שהפסידה לה 2:0 במשחק הכרעה מיוחד בסיום העונה, לאחר ששתי הקבוצות סיימו עם אותו מספר נקודות. בסוף אותה שנה השתתפה אינטר בגביע הבין-יבשתי ובמסגרתו יצאה למשחק רשמי ראשון מחוץ לאדמת אירופה כששיחקה בבואנוס איירס והפסידה לאינדפנדיינטה 1:0. במשחק הגומלין שנערך במילאנו, ניצחה אינטר 2:0, לאחר שלזכותה כבשו סנדרו מאצולה ומריו קורסו. במשחק המכריע בסנטיאגו ברנבאו במדריד ניצחה אינטר בהארכה משער של מריו קורסו וזכתה לראשונה בגביע הבין-יבשתי.
עונה לאחר מכן ב-1965 זכתה אינטר שוב בגביע אירופה, לאחר ניצחון 1:0 במשחק הגמר על בנפיקה במילאנו. באותה עונה זכתה גם באליפות איטליה ובגביע הבין-יבשתי, לאחר ששוב ניצחה את אינדפנדיינטה אלופת דרום אמריקה. ב-1966 זכתה אינטר באליפות העשירית שלה והוסיפה כוכב לסמלה, אך הודחה מגביע האלופות לאחר שהפסידה בחצי הגמר לריאל מדריד. שנה לאחר מכן הגיעה אינטר לגמר גביע האלופות בליסבון אך הפסידה לסלטיק.
ב-18 במאי 1968 הודיע הנשיא מוראטי שהוא עוזב את הקבוצה ומוכר אותה לאיבנואה פראיצולי, יחד איתו עזבו גם המאמן הררה והמנהל אלודי ובזה תם העידן הגדול והמצליח של לה גרנדה אינטר.
בחודש יוני 1968 זכו פאקטי, מאצולה, בורגניק, גוארנרי ודומנגיני שחקני הקבוצה, באליפות אירופה לאומות במדי נבחרת איטליה.
שנות השבעים והשמונים.
לקראת עונת 1969/1970 קנה הנשיא החדש פראיצולי את חלוץ נבחרת איטליה רוברטו בונינסנייה מקליארי, עם החלוץ החדש והכוכבים הוותיקים סיימה הקבוצה במקום השני אחרי תחרות צמודה מצד קליארי המפתיעה, שזכתה בתואר לראשונה בתולדותיה. במונדיאל 1970 שיחקו שישה משחקני הקבוצה פאקטי, מאצולה, בונינסנייה, ברוגניק, ברטיני והשוער ויירי בשורות נבחרת איטליה שהגיעה לגמר והפסידה לנבחרת ברזיל.
את עונת 1970/1971 התחילה אינטר רע מאוד ובנובמבר, אחרי הפסד בדרבי למילאן מובילת הטבלה, פוטר המאמן הריברטו הררה ובמקומו מונה מאמן הנוער ג'ובאני אינברניצי. עם המאמן החדש התחברה הקבוצה, עקפה את מילאן וזכתה באליפות ה-11 של המועדון.
עונה לאחר מכן הגיעה אינטר לגמר גביע אירופה אחרי שהדיחה את א.א.ק. אתונה, בורוסיה מנשנגלדבך, סטנדרד ליאז' וסלטיק. במשחק הגמר ברוטרדם פגשה את אייאקס עם הכוכב יוהאן קרויף והפסידה 2:0.
ב-1977 מונה למאמן איוג'ניו ברסליני שהגיע מסמפדוריה והוביל את הקבוצה ב-1978 לזכייה בגביע האיטלקי השני בתולדותיה אחרי ניצחון 2:1 בגמר על נאפולי.
ב-1980 הוביל ברסליני את הקבוצה לאליפות 12 אחרי עונה צמודה עם יובנטוס, בשורות הקבוצה שיחקו אלסנדרו אלטובלי, גבריאלה אוריאלי, גראצינו ביני ואבריסטו באקלוסי. עונה לאחר מכן הגיעה אינטר לחצי גמר גביע אירופה והודחה על ידי ריאל מדריד.
ב-1982 זכתה הקבוצה בגביע האיטלקי השלישי בתולדותיה אחרי ניצחון 2:1 על טורינו בסיכום שני משחקים. בקיץ 1982 זכו שחקני הקבוצה ברגומי, אלטובלי, אוריאלי, מאריני והשוער בורדון במונדיאל עם נבחרת איטליה.
ב-18 בינואר 1984 מכר הנשיא פראיצולי את הקבוצה לארנסטו פלגריני. הנשיא החדש רכש בקיץ את כוכב נבחרת גרמניה קרל היינץ רומניגה, אחד השחקנים הטובים בעולם באותן שנים, בהשקעה גדולה, אך הקבוצה סיימה רק במקום ה-3 כשאת האליפות לוקחת הלאס ורונה המפתיעה, לראשונה בתולדותיה.
בקיץ 1986 החתים הנשיא פלגריני את המאמן המצליח ג'ובאני טרפטוני. לקראת עונת 1988/1989 רכש את צמד השחקנים הגרמניים לותר מתאוס ואנדראס ברמה, שיחד עם ג'וזפה ברגומי, רמון דיאס, ניקולה ברטי והשוער וולטר זנגה הובילו את הקבוצה לאליפות 13 בתולדותיה. הקבוצה סיימה עם 58 נקודות (באותה תקופה ניצחון היה שווה 2 נקודות) וקבעה שיא נקודות לעונה בליגה של 18 קבוצות. למאמן טרפטוני הייתה זו האליפות השביעית בקריירה אחרי 6 אליפויות עם יובנטוס.
אינטר חוזרת למשפחת מוראטי.
שנות ה-90 היו קשות ומאכזבות לקבוצה, בזמן שיריבותיה הגדולות יובנטוס ומילאן זכו בתארים באיטליה ואירופה נחלה הקבוצה כישלונות בליגה שנה אחר שנה כשהשיא השלילי מבחינתה, היה בשנת 1994 כשהקבוצה סיימה במקום ה-13, הנמוך בתולדותיה. באירופה נחלה הקבוצה הצלחה יחסית, כשזכתה בשלושה גביעי אופ"א ב-1991, 1994 ו-1998.
בשנת 1995 קנה את הקבוצה בנו של אנג'לו מוראטי – מאסימו מוראטי. מוראטי הבטיח לאוהדים הצלחות רבות והשקיע סכומי כסף אדירים במטרה לשחזר את הצלחותיו של אביו, והביא לקבוצה כוכבים כמו רוברטו קרלוס, איוואן זמורנו ורוברטו באג'ו. בנוסף, שבר את שיא ההעברות העולמי כשרכש מברצלונה את רונאלדו, השחקן הטוב בעולם באותם ימים. אך למרות ההשקעה הגדולה, שנות ה-90 נשארו העשור היחיד בו לא הצליחה הקבוצה לזכות באליפות.
לקראת עונת החליט מוראטי לעשות מהפכה בקבוצה, והחתים את המאמן המצליח של יובנטוס, מרצ'לו ליפי. יחד עם ליפי יצא מוראטי למסע רכש נרחב ושבר את שיא ההעברות העולמי בפעם השנייה כשרכש מלאציו את כוכב נבחרת איטליה כריסטיאן ויירי תמורת 31 מיליון יורו. יחד עם ויירי הובאו גם השוער אנג'לו פרוצי, הבלם לורן בלאן הקשר ולדימיר יוגוביץ' ועוד מספר שחקנים, בהשקעה של מעל מאה מיליון דולר. בתקשורת האיטלקית הצביעו על אינטר כמועמדת הבטוחה לאליפות כשבחוד ההתקפה של הקבוצה נמצאים שניים מהכוכבים הגדולים בעולם ויירי ורונאלדו שזכו לכינוי "החוד האטומי", אך הקבוצה נכשלה שוב כשויירי ורונאלדו זוכים לשחק יחדיו מספר מועט של משחקים עקב פציעתו הקשה של רונאלדו ולבסוף סיימה רק במקום הרביעי.
בתחילת עונת הודחה אינטר במפתיע ממוקדמות ליגת האלופות על ידי הלסינגבורג. כתוצאה מכך, פוטר המאמן ליפי ובמקומו מונה מרקו טארדלי. בסיום העונה פוטר גם טארדלי, לאחר שהקבוצה סיימה במקום החמישי ומחוץ לליגת האלופות.
לקראת עונת מונה הקטור קופר למאמן הקבוצה. אינטר הובילה את הטבלה מרבית העונה כשלקראת סופה חזר רונאלדו לשחק אחרי שנתיים של פציעות קשות, והגיעה למחזור האחרון ב-5 במאי, לאולמפיקו שברומא, למשחק מול לאציו. אינטר הייתה זקוקה לניצחון כדי להבטיח אליפות מספר 14, וראשונה לאחר 13 שנה, אך הפסידה 4:2 במשחק ויובנטוס זכתה בתואר.