לשכתו של שר החוץ מורכבת מעובדים במשרות אמון ומעובדים מקצועיים. הראשונים אינם עובדים מן המניין של המשרד, וכל שר חוץ רשאי למנות אותם על פי שיקוליו. העובדים המקצועיים הם העובדים הקבועים של משרד החוץ, והם אמונים על ביצוע העבודה השוטפת בלשכה.
בהיותו אחד התפקידים הבכירים בממשלה, תיק שר החוץ היה בשליטתן הכמעט-בלעדית של שתי מפלגות השלטון הגדולות: העבודה (על גלגוליה השונים) והליכוד. רבים מאלה שכיהנו בתפקיד שר החוץ כיהנו גם כראש ממשלת ישראל בתקופה אחרת בחייהם.
שר החוץ הנוכחי של ישראל הוא ראש ממשלת ישראל יאיר לפיד מטעם מפלגת יש עתיד.
שיקולים של מוסר במדיניות המשרד.
למשרד החוץ תפקיד מכריע בכינון יחסים דיפלומטים עם מדינות בעולם, הידוקם ושימורם. תפקיד זה מוטל על אגפיו השונים של המשרד, אך נשען על שרי החוץ ושגרירי ישראל כגורמי מפתח. כפי שמלמד העבר, ובכל אימת שהלה מייצגים את ישראל בעולם, הם פועלים לחזק ולהעמיק את קשריה של ישראל, עם מדינות שיש לישראל עימן יחסים דיפלומטים קיימים או עם מדינות איתן טרם הוכשרו היחסים. החלטותיהן של מדינות לניתוק או הגבלת היחסים הדיפלומטים עם ישראל נובעים ממניעים שונים, אידאולוגיים, ביטחוניים, כלכליים ודתיים. לאור זאת, אפשר לתמרן את מדיניותו של משרד החוץ לפעול באפיקים שונים, כדי "לשכנע" את אותן המדינות בתועלת שבקיום יחסים משותפים או בקיומם של אינטרסים משותפים. יחסים בין מדינתיים של ישראל עם מדינות המבוססים על יחסי מסחר, מכירת נשק, טכנולוגיה וכיוצא בזה תורמים אף הם לחיזוק היחסים.
עם זאת, ישנם קווים אדומים מוסריים בביצוע מדיניות החוץ, עליהם ישראל איננה מוכנה לעבור, אף על פי שהם פוגעים במטרותיה הבינלאומיות. מספר פעמים סירבה ישראל, בלחצם של נציגי משרד החוץ, למכור ולהעביר נשק אל גופים שונים בעולם, למשל לניקרגואה ולאל סלוודור. בשנות השמונים ניסה להימנע משרד החוץ מתמיכה פומבית במשטרי האפרטהייד באפריקה. שיקולים אלה של ישראל מסכנים ופוגעים ביחסיה הדיפלומטים עם מדינות שונות. אולם, שיקולים מוסריים שגויים עשויים אף הם להוביל להסתבכות ישראל בזירה הבינלאומית, כפי שהיה במבצע שלום הגליל, כאשר ניסתה ישראל לסייע למיעוט הנוצרי להגן על עצמו בלבנון.
הקמת המשרד.
בטרם הוקם המשרד, הפעילות בנושא מדיניות החוץ רוכזה במחלקה המדינית של הסוכנות היהודית, בראשה עמד משה שרת, לימים שר החוץ הראשון. ההחלטה על הקמת משרד החוץ נפלה בקיץ 1946 בישיבת הנהלת הסוכנות היהודית בראשות דוד בן-גוריון ומשה שרת. מלאכת ההקמה הוטלה על ד"ר ולטר איתן, דובר הסוכנות והמנכ"ל העתידי של המשרד. איתן הקים באותה שנה את המוסד להשתלמות שליד המחלקה המדינית. מוסד זה נועד להכשיר פקידים בכירים בשירות המדינה ובמשרד החוץ לכשיקום. תפקיד המוסד היה לחנך את בוגריו לתחום המגעים והקשרים עם גורמי חוץ. ב-30 בינואר 1948 העבירו חניכי המוסד הצעה להקמת משרד החוץ העתידי של ישראל לעיונו של שרת. אף על פי שלא התקיים דיון על המסמך בסוכנות ולא התקבלה החלטה עליו, עם הכרזת המדינה, הוקם משרד החוץ על פי התוכנית. בראשית ימי המדינה שכן משרד החוץ בתל אביב-יפו, גם לאחר שמשרדי ממשלה רבים עברו לירושלים. שר החוץ, משה שרת, חשש שמעבר משרד החוץ לירושלים, בניגוד להחלטות האומות המאוחדות, עלול לקומם את מדינות העולם.
במהלך 1952 עבר משרד החוץ לירושלים, לבתי הכפר הערבי הנטוש שייח' באדר, עד אז שוכנו במקום עולים חדשים שפונו מהבתים. בשטח הריק בין בתי הכפר הוקמו במהירות 25 מבנים נוספים, חד קומתיים, בבנייה טרומית, ששימשו בנוסף למשרד החוץ גם כמשרדים לרשות הפיתוח, הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה ומשרדי ממשלה נוספים.
בניין משרד החוץ החדש.
בתחילת שנות ה-90 של המאה ה-20 הוחלט להקים בניין חדש למשרד החוץ במקום המתחם בשייח' באדר. בעיות במימון הפרויקט הביאו להחלטה לממן את הבנייה בעסקה סיבובית. אדמת מתחם משרד החוץ, תועבר לידי קבלן שיקים במקום שכונה מיוחדת לדיפלומטים זרים וישראלים, על פי התוכנית המקורית במקום היה אמור לקום גם בית ההארחה הרשמי של מדינת ישראל
(דוגמת הבלייר האוס שבוואשינגטון) ושני בתי מלון עם 600 חדרים בסך הכל. בכסף ששולם בעבור אדמת מתחם משרד החוץ מומנה בנייתו של הבניין החדש. בשנת 2003 עבר משרד החוץ לבנייו החדש שהוקם ומינהל מקרקעי ישראל החל בשיווק הקרקע במתחם. חברת ב. יאיר זכתה במכרז על רוב השטח, תמורת 435 מיליון שקל, והחלה בהקמת פרויקט "משכנות האומה" בשנת 2007.
בשנת 2004, נבחר בניין משרד החוץ, בתחרות השנתית שעורך איגוד האדריכלים האמריקני (AIA) בשיתוף עם מגזין Business Week ו-Architectural Record, בין עשרת הבניינים הטובים בעולם לשנה זו. הבניין, בתכנון משרד האדריכלים הישראלי קולקר קולקר אפשטיין, בשיתוף האדריכל הקנדי אי.ג'י. דיאמונד.
שירות החוץ.
שירות החוץ מורכב מסגל העובדים הדיפלומטים, הממלאים תפקידים מדיניים, מינהליים וקונסולריים בנציגויות ובמטה המשרד בירושלים. התפיסה המונחת בבסיסו היא של שירות חוץ מקצועי ולא פוליטי. השירות נחלק לשניים:
עובדי המשרד שאינם חלק משירות החוץ שייכים לדירוג האחיד בשירות המדינה (השירות המינהלי) או מועסקים בחוזי העסקה אישיים.
הנהלים וההוראות הנוגעים לשירות החוץ מאוגדים בתקנון שירות החוץ, המתפרסם על ידי הנהלת המשרד. התקנון הנוכחי נכנס לתוקף ב-1 במרץ 2004 והוא מתעדכן מעת לעת. התקנון נפתח בקוד האתי של משרד החוץ, המפרט את הערכים והנורמות המצופים מאנשי שירות החוץ.
מינויים וקידום עובדים במשרד.
עבודת משרד החוץ מחייבת מבנה וארגון שונים של כח אדם מאלה של יתר משרדי הממשלה. על פי הסדרים בין הנהלת המשרד לוועד העובדים ולנציבות שירות המדינה, נקבע כי בשירות המדיני ובשירות החוץ המנהלי לא ימונו עובדים למשרות בישראל ומחוצה לה על פי מכרזים פנימיים, כנהוג בשאר משרדי הממשלה, אלא בידי ועדות מינויים של המשרד (ועדת מינויים לראשי נציגויות, ועדת מינויים עליונה וועדת מינויים שנייה). עם זאת, הממשלה יכולה למנות, על פי המלצת שר החוץ וחוות דעת נוספת של ועדת המינויים בנציבות שירות המדינה, 11 ראשי נציגויות דיפלומטיות. מינויים אלה פטורים ממכרז פומבי ואינם נדונים בוועדות המינויים של המשרד.
ועדת המינויים לראשי נציגויות מחליטה על מינויים לראשי נציגויות (שגרירים וקונסולים כלליים) בכפוף לאישור הממשלה, ועדת המינויים העליונה מחליטה על מינויי סמנכ"לים וראשי אגפים. ועדת המינויים השנייה מחליטה על מינויים בדרגות נמוכות יותר: עד ראש חטיבה בישראל ועד ציר מחוץ לישראל, ובנוסף היא מחליטה גם על קידום עובדים - העלאה בדרגה או מעבר של עובד משירות לשירות. התקנון קובע ששיבוץ עובד בתפקיד או העברתו לתפקיד אחר טעונים אישורה של ועדת המינויים המתאימה.
מערך הנציגויות.
משרד החוץ מפעיל ברחבי העולם כמאה משלחות דיפלומטיות, מתוכן כשמונים שגרירויות, כעשרים קונסוליות כלליות ומשרדי ייצוג וחמש משלחות מיוחדות. בשל העובדה שלישראל יחסים דיפלומטיים עם כ-160 מדינות, רבות מהשגרירויות מואמנות ליותר ממדינה אחת. בנוסף, לישראל כעשרה שגרירים ניידים היושבים בירושלים ומואמנים למדינות שונות ברחבי העולם.
הנציגויות מופקדות על הידוק הקשרים בין ארץ השרות למדינת ישראל במישור המדיני, הכלכלי, ההסברתי, התרבותי והמדעי על פי מדיניות המשרד. בנוסף, עליהן להביא בפני הגורמים הממשלתיים הבכירים בארצות הכהונה את קווי המדיניות הישראלית בתחומים השונים. גודלן של הנציגויות משתנה ממדינה למדינה: בנציגויות גדולות עשויים לשרת שליחים רבים, הכוללים דיפלומטים מקצועיים לצד נספחים ביטחוניים ומסחריים, נספחי משטרה, תיירות, חקלאות ועוד. בנציגויות קטנות, לעומת זאת, משרתים לרוב 2–3 דיפלומטים, הממלאים את מגוון התפקידים הקשורים לעבודת הנציגות. ראשי הנציגויות, הנושאים באחריות הכוללת לעבודת הנציגות, כפופים למטה משרד החוץ ומדווחים לו על פעולותיהם.
אגפים תפקודיים במשרד.
האגפים התפקודיים, בשונה מן האגפים המרחביים אשר מחולקים לפי חלוקה גאוגרפית, מחולקים על פי התמחותם בנושא מסוים, כל אחד מן האגפים מרכז את הטיפול לפי התמחותו.
מערך הדיפלומטיה הציבורית.
אגף תקשורת והסברה.
אגף תקשורת והסברה הוא חלק ממערך דיפלומטיה ציבורית של משרד החוץ והוא אחראי על ההסברה במשרד. האגף מורכב ממספר יחידות: חטיבת הדוברות, מחלקת הסברה, מחלקת דיפלומטיה דיגיטלית, מחלקת מידע והפקה ומחלקת מינהל ותקציב. האגף מקיים את הקשר עם העיתונות הישראלית והכתבים הזרים, מספק ומפיץ מידע לגורמים הרלוונטיים, בכללם נציגויות וכתבים זרים, ועוסק בייצור חומר הסברה כתוב בנושאים שונים ובשפות שונות. האגף גם מנהל פרויקטים מיוחדים כמו משלחות נוער, קשר עם קמפוסים אוניברסיטאיים, שיגור מרצים והשתתפות בתערוכות ובמסעות יחסי ציבור. בנוסף, האגף מרכז את הטיפול בעיתונות העולם הערבי ובתקשורת הערבית.
בשנת 1969, בעקבות המלצתה של ועדה מקצועית לנושאי הסברה, החליט שר החוץ, אבא אבן, על ארגון מחדש בעבודת ההסברה של משרד החוץ, ולפיכך הוקם אגף הסברה שנכללו בו מחלקת ההסברה שהייתה קיימת ומחלקות נוספות. לאחר מלחמת יום הכיפורים נעשה ניסיון להקים משרד מיוחד להסברה, אולם הניסיון לא צלח, ונושא ההסברה חזר לאחריות משרד החוץ. המבנה הנוכחי של אגף ההסברה נקבע בשנת 1993, כאשר הקו המנחה אותו היא התאמת פעולות ההסברה לצרכים המשתנים ולשינוי ביחסי ישראל עם העולם הערבי והמוסלמי.