ב-1223 דוגן ומיוזן נסעו לסין על מנת ללמוד שם זן. מיו-זן מת ממחלה ודוגן נשאר ללמוד זן לבדו בסין. על אף שדוגן למד זן תחת מורים רבים בסין הוא לא היה מרוצה מההוראה שלהם ואף סירב להיות ממשיך דרכו של אחד מהם. לבסוף ב-1225 דוגן מצא את המורה שלו רוג'ינג (ניוג'ו ביפנית) שהיה היורש ה-13 בשושלת של זרם הסוטו. דוגן הפך ליורשו של רוג'ינג ב-1227.
דוגן חזר ליפן והתמקם במנזר קן-נין-ג'י של זרם הטנדו. בעקבות מתחים בין הזרמים, דוגן חידש מנזר נטוש וקרא לו קושו-הורין-ג'י בעיר אוג'י. לבסוף דוגן עבר למחוז פוקוי וייסד שם את מנזר איהייג'י שהוא אחד משני מנזרי הזן הראשיים של הסוטו זן. דוגן כתב את החיבור פוקאנזאזנגי שהפך להנחיה הראשית למתאמנים בסוטו זן. החיבור העיקרי של דוגן הוא הספר בעל 95 הפרקים: שובוגנזו ("העיניים והאוצר של החוק האמיתי" בתרגום מיפנית). יצירה זו נחשבת לאחד מיצירות המופת בספרות היפנית בכלל. כמו כן דוגן חיבר יצירות נוספות לרבות בן-דו-אה (שיחה אודות תרגול הדרך בלב שלם) ואייהי שין-גי (התקנות הטהורות של אייהי או תקנות הטוהר של אייהי, שהם חוקים לקהילת הנזירים).
לדוגן היה תלמיד בשם קון אג'ו (1198–1280) וכן תלמיד שהיה לאחד מהיורשים של אג'ו, טאטסו גיקאי (1219–1309). גיקאי עזב את אייהיג'י בעקבות וויכוח עם ממשיכיו של אג'ו על המשך דרכו של מנזר אייהיג'י. התלמיד הבולט של גיקאי היה קאיזן ג'וקין (1268–1325). בתקופתו של קאיזן זרם הסוטו הפך לפופולרי ביפן. קאיזן (ובמידה מסוימת גיקאי) הפך את הזן ליותר רך והכניס אלמנטים יפנים לתוך הזן. בצורה זו קאיזן הפך את הסוטו זן לנגיש ליפנים. קאיזן ייסד את המנזר הראשי סוג'יג'י שבפאתי יוקוהמה והיו לו ממשיכים רבים. כמעט כל מנזרי הסוטו ביפן משויכים לסוג'יג'י. על אף שיש מעט מנזרים שמשויכים לאייהיג'י, אייהיג'י נקרא לפעמים מנזר שהוא ראשי רק לעצמו.
במסורת הסוטו זן דוגן וקאיזן נחשבים למורים החשובים בייסוד המסורת ביפן. דוגן בעל הנפש המחמירה דאג להעברה נכונה של הזן ליפן, וקאיזן בעל הנפש הרכה הצליח להנגיש את הסוטו ליפנים ולהפיץ זרם זה. כיום זרם הסוטו הוא הזרם הגדול והפופולרי ביותר ביפן. קודו סאוואקי נחשב אחד המורים הבולטים ביפן של המאה ה-20.
זרם האובאקו.
אובאקו הונהגה במאה ה-17 על ידי אינגן, נזיר סיני. המנזר הראשי של זרם האובאקו הוא מאם-פוקוג'י שבעיר אוג'י. הזרם נובע מהזן שהיה נהוג בסין של שושלת מינג. זרם אובאקו משלב ישיבת זאזן ביחד עם שירת הנמבוצו (המנטרה "נאמו אמידה בוצו" או "נאמו אמיטאבהה"), לרבות חזרה על מנטרות נוספות שקשורות לבודהה אמיטאבהה שלקוחות מזרם הארץ הטהורה בבודהיזם. על אף שאובאקו הוא הזרם הקטן מבין השלושה הייתה לו השפעה רבה על הזן ביפן. הפופולריות שלו גרמה לצמיחה מחודשת של זן בזרם הרינזאי והסוטו לרבות בכל הקשור לכללי המנזר.
זן ובודהיזם.
יש שמחשיבים את הזן כמסורת נפרדת לחלוטין מהבודהיזם, מכיוון שכמה לא-בודהיסטים, בייחוד במערב, הכירו באופן רשמי במורי זן. זן לפעמים מתוארת כ"דרך חיים" שאינה תלויה בתרבות המסוימת של האדם. מורי זן רבים מצהירים שהם מנסים ללמד כל אדם ללא השתייכות דתית וללא התעקשות בהכרה בדת הבודהיסטית.
עם זאת, המוסדות שתומכים במנהגי הזן היו בודהיסטים בכל ההיסטוריה הידועה, ושומרים על התורות העיקריות של הבודהה גאוטמה. אפילו היום, יש מעט מאוד מורי זן שאינם בודהיסטים, ומעט ארגונים שתומכים בפעילות לא-בודהיסטית. לפיכך, מבחינה מעשית, הזן הוא זן בודהיזם.
אם כי מנהגי המדיטציה של הזן אכן מגיעים מתורת השביל המתומן המקורי של בודהה, שבו דהיינה הוא אחד מהיסודות של הדרך המתומנת, זן לעיתים מבוקר על ידי בודהיסטים מזרם התרוודה על כך שהוא אינו מדגיש כיאות את היסודות האחרים של השביל המתומן, ועל כך שאינו מדגיש את הלימוד של הקנון הבודהיסטי המסורתי, וכן שהוא אינו מעוניין בפילוסופיה הבודהיסטית באופן כללי. למעשה, לרוב המורים, הנזירים והמרכזים של הזן יש קשרים טובים עם האסכולות הבודהיסטיות האחרות ולעיתים הם אף משתפים פעולה עימן.
בפועל מנזרי ומרכזי הזן בודהיזם המסורתי מציינים חגים בודהיסטים, למשל יום הולדתו של גאוטמה בודהה, יום ההארה שלו, יום מותו, טקסים להעלאת זכרו של הארהט. ברוב המרכזים המסורתיים הנזירים והלא נזירים מקבלים על עצמם את עיקרי הדת. הלא נזירים מקבלים על עצמם לרוב את חמשת העיקרים (הכללים). מתנזרים בזרם הסוטו למשל מקבלים על עצמם גרסה מורחבת של 16 עיקרים של הבודהיסאטווה. בכניסתם למנזר הנזירים מקבלים על עצמם גם את כל התקנות של המנזר. קבלה של הכללים האלו היא קבלה של ה"סילה" או חוקי המוסר הבודהיסטים. לפי התפיסה בזן בודהיזם, ה"פרג'נה" (חוכמה) וה"סמהאדי" (ריכוז, מאמץ), שני החלקים האחרים של הדרך המתומנת מצויים בתרגול עצמו כמו גם בעיקרים והתקנות.
תורות ומנהגי הזן.
תורות הזן פעמים רבות מבקרות לימוד טקסטים ואת החיפוש אחר הגשמה בעולם הזה, כשהן מתרכזות בעיקר במדיטציה בחיפוש אחר תודעה ישירה של התהליכים של הקיום (ובתוכו המחשבה) או אחר עזיבה של כל תפיסה. אך הזן אינו רק דוקטרינה חסרת מעש: מורה הצ'אן הסיני באיזהנג (720–814) (ביפנית: הייקוג'ו), הותיר אחריו אמרה ידועה שהייתה העקרון המנחה של חייו, "יום ללא עבודה הוא יום ללא אכילה". כאשר באיזהנג היה זקן מדי כדי לעבוד בגינה, תלמידיו הסתירו ממנו את כלי הגינון שלו. בתגובה לזה, המורה סירב לאכול, באמרו: "אין עבודה, אין חיים".
על אף שהזן ממעיט בחשיבות לימוד טקסטים, הזן מושרש עמוקות במסורת הטקסטואלית הבודהיסטית, בעיקר מסוטרות המהאיינה שחוברו בהודו ובסין. סוטרות מהודו שהזן קרוב עליהן הן: סוטרות הפרג'נה פרמיטה (בסנסקריט) ובפרט סוטרת הלב וסוטרת היהלום של הפרג'נה פרמיטה, סוטרת הלנקווטרה, פרק 25 מתוך סוטרת הלוטוס - "סמנטמוכה פריוורטה" (בסנסקריט), סוטרת ואמאלאקירטי, סוטרת מהפרינירוונה. יש כתבים רבים של מורי זן ממסורות שונות שמקורם בסין, יפן, קוריאה ווייטנאם, למשל:
זן הוא לא פילוסופיה אינטלקטואלית או חיפוש אישי ובודד. מרכזי זן מדגישים את הפעילות היומיומית, ומקיימים התבודדויות מדיטציה חודשיות אינטנסיביות. פעילות יחד עם אנשים אחרים חשובה, ונחשבת כצורה להימנע ממכשולי האגו. כשהם מסבירים את הזן למערביים, מורי זן יפנים הצביעו פעמים רבות על כך שזן הוא "דרך חיים" ולא רק תרגול אופן התודעה. ד. ט. סוזוקי כתב כי ההיבטים של חיים אלה הם: "חיים של צניעות; חיים של עבודה; חיים של שירות; חיים של תפילה והודאה; חיים של מדיטציה". מורי זן מדגישים יציאה לחברה לעיסוקי היומיום ומזהירים מהתבודדות.
זאזן.
מדיטציית זן קרויה זַאזֵן (zazen). ניתן לתרגם את זאזן כמדיטציה בישיבה, אם כי אפשר ליישם אותה למעשה בכל תנוחה. בזמן הזאזן, בדרך כלל מגיעים לתנוחת לוטוס, חצי-לוטוס, ישיבה בורמזית, או סיזה (תנוחת ישיבה על הברכיים, נפוצה בעיקר ביפן), כשלצורך הישיבה נעזרים בכר עגול (זאפו) על כר מרובע דמוי שטיח (זאבוטון) (ניתן להשתמש גם בכסא).
ההולכים בדרך הרינזאי יושבים בדרך כלל מול מרכז החדר והתודעה מופנית לעבר הבנה והכרה מלאה של התנוחה והנשימה. בצורה זו, המשתתף במדיטציה מנסה לעלות מעל למחשבה ולהיות מודע ליקום באופן ישיר.
בזרם הרינזאי מקובל להגיע לזאזן עם משימה, או קואן מפי המורה הרוחני. בסוף המדיטציה/זאזן ניגשים התלמידים לסנסיי ומציגים בפניו את "ממצאיהם". זהו כלי בידי המורה הרוחני לבדוק את מידת ההתקדמות – ויש שיגידו את ההתרוקנות – אצל התלמיד.
בזרם הסוטו יושבים מול קיר. בסוטו, מדיטציית שיקנטזה ("רק ישיבה"), כלומר, מדיטציה ללא מטרה, עוגן, "גרעין" או תוכן, היא המעשה העיקרי. המורה של דוגן, רוג'ינג אמר: "עזבו גוף ונפש". לפי דוגן טבע הדברים עליו אנו מנסים לחדור קיים במציאות בין אם אנו מתאמנים או לא. בנוסף אם מנסים להשיג הארה, קיימת הסכנה להצמד להארה, בעוד שכדי להגיע להארה יש לעזוב אפילו שאיפות ותפיסות של הארה. לכן שיטות האימון (כלומר אימונים למען מטרה כלשהי) חסרות תועלת ויכולים אפילו להפריע להארה. דוגן מסביר שקיימת זהות עצמית בין תרגול זן והארה, וכן שזן (והזאזן) היא דרך חיים שמובילה בטבעיות להארה בחיי היומיום. לכן כל שיש לעשות זה לעשות זן בשביל זן ולא בשביל מטרה כלשהי. צריך רק לעזוב כל תפיסה בין אם היא קשורה להארה או לאשליות ולא להתמקד במשהו מסוים. הצדקות טקסטואליות, פילוסופיות ופנומנולוגיות נוספות של צורת מדיטציה זו נמצאים בשובוגנזו ופוקאן-זאזן-גי של דוגן.
הזמן המושקע מדי יום בזאזן משתנה, דוגן אומר כי אפילו 5 דקות מדי יום עבור בעלי בתים הוא דבר מועיל. המפתח הוא הסדירות היומית, מאחר שהזן מלמד כי האגו יתנגד באופן טבעי, והמשמעת של הסדירות היא חיונית. נזירי זן פעילים עשויים להעביר 4–6 פעמים של זאזן, 30–40 דקות כל אחד מדי יום, ביום רגיל. בזמן ההתבודדות החודשית, באורך של יום, 3, 5 או 7 ימים הם עשויים להעביר 9–12 פעמים של זאזן קבוצתי, ולעיתים זאזן אישי נוסף מאוחר בלילה. הזאזן בדרך כלל מופסק על ידי פעילות קצרה יותר של מדיטציית הליכה על מנת להקל על הרגליים.