הפצצות אשר נחתו על נארן החריבו אזורים שלמים והרגו מספר גדול של אזרחים, כמו גם ריסקו כליל את התשתית ואת יכולות ההגנה של הנארנים. צעד ההישרדות היחיד שנותר לנארנים היה להיכנע ללא תנאים. כוח סנטאורי השתלט על נארן ושיעבד את העם הנארני בצורה קשה ואכזרית. 500 נארנים הוצאו להורג על כל חייל סנטאורי שנהרג. הקא'רי – ממשל נארן – פורק, ומנהיגיו נעצרו ואף היו מהם שהוצאו להורג. ג'קאר, אחרון חברי הקא'רי, ביקש מקלט מדיני ממפקד בבילון 5 ג'ון שרידן, למורת רוחו של לונדו. סמכויותיו כשגריר בוטלו, אם כי הוא המשיך לפעול בסתר לשחרור נארן מעול הסנטאורים. תנועת מחתרת נארנית קמה וסיפקה נשק ואספקה לכוחות הכבושים.
כוחות נארנים עזרו גם לכוחותיו של שרידן במלחמה נגד הצללים, במידה מסוימת משיגים נקמה על אלה אשר נהרגו בכיבוש נארן. כמו כן, הם איישו תפקידי אבטחה בבבילון 5 והדפו את הכוחות הנאמנים לקלארק שהגיעו לעצור את הסגל הפיקודי. לקראת סוף 2260, ג'קאר נלכד ונכלא בחצר המלכות הסנטאורית.
שחרור נארן והשיקום.
במהלך 2261, ג'קאר עזר ללונדו להתנקש בחייו של הקיסר קתרג'יה המטורף, ובתמורה שוחררה נארן מעול הסנטאורים. תחושת המרירות שחשו הנארנים כלפי הסנטאורים לא שככה, אך בעקבות אבדותיהם הרבות לא היה ביכולתם להשיב מלחמה. ג'קאר סירב לעמוד בראש הממשל הנארני החדש, אלא אם הקא'רי יורכב מחדש.
הכוחות הנארנים המעטים שנותרו העניקו סיוע לכוחותיו של שרידן במהלך מלחמת האזרחים של ברית הארץ, ונארן ריכזה את כל מרצה בבנייתה המחודשת של נארן.
בשנת 2262, הכוחות הנארנים חזרו לפעילותם התקנית, ובשיתוף פעולה עם הדראזים השיבו לכוחות הסנטאורים כגמולם כאשר התגלה כי הסנטאורים עומדים מאחורי ההתקפות על הברית הבין-כוכבית, תוצאה ישירה של שליטת הדראק על לונדו מולארי. כמו כן, המינברים רצו לכפר על אי-מעורבותם במלחמה, ולכן שיתפו את הטכנולוגיה שלהם בעזרה לשיקום הנזק שנעשה לאקלים בנארן כתוצאה מההפצצות.
מלחמת הצללים.
מלחמת הצללים הראשונה.
בשנת 1260, הוורלונים והמינברים, שהיו מפולגים באותה עת, נלחמו נגד אויב עתיק שקם לכלותם. הם עמדו בפני מפלה, והיו זקוקים נואשות לבסיס מבצעים, כאשר לפתע הופיעה מצודה בחלל משום מקום, ובתוכה הופיע מינברי מסתורי בשם ויילן. ויילן ארגן מחדש את כתות המינברים, יצר את המועצה האפורה וייסד את כוח הסיירים האגדי. המצודה שבה הגיע ויילן שימשה כבסיס המבצעים הן למינברים והן לוורלונים, וויילן הוביל אותם לניצחון על הצללים.
כפי שהתברר מאוחר יותר, ג'פרי סינקלייר, מפקד תחנת בבילון 5 בעונתה הראשונה, לקח את תחנת החלל בבילון 4 במסע בזמן כאלף שנים אחורה בעזרת המכונה הגדולה בכוכב אפסילון 3. בעזרת פיסת טכנולוגיה מאותו כוכב, "שילוש האור", הוא הפך בתהליך שינוי צורה לוויילן, "מינברי שלא נולד מהמינברים".
מלחמת הצללים השנייה.
בשנת 2259 נודע כי הצללים חזרו וכי הם מתחילים לנוע שוב, ואף עוזרים בחשאיות לסנטאורים להביס את הנארנים. לאחר נפילת נארן, דלן מגלה לשרידן אודות קיומם של הסיירים ומציעה לו פיקוד משותף על בבילון 5 ועליהם.
בשנת 2260, הצללים ערכו מגעים חשאיים עם ממשלו המושחת של קלארק, נשיא ברית הארץ, לבנייתן של ספינות מלחמה בעלות טכנולוגיה של הצללים. שרידן מתחיל באיחודם של שאר הגזעים למלחמה נגד הצללים, אך כאשר הם אינם משיגים ניצחון עליהם, שרידן מגייס את הוורלונים למלחמה, במחיר מותו של קוש.
בתחילת 2261, חוזר שרידן לאחר שנחשב למת מעולם הבית של הצללים, זא'הדום. שאר הגזעים מפולגים וחושבים להיכנע לצללים כאשר הוא מאחד אותם בשנית, בברית הכוללת את בני האדם, המינברים, הנארנים וליגת העולמות הבלתי מאוחדים. בקרב שהתחולל בצביר הכוכבים קוריאנה 6, מצליח שרידן לגרום לעזיבתם של הן הצללים והן הוורלונים, בתואנה כי זמנם בגלקסיה הסתיים וכעת זהו זמנם של הגזעים הצעירים.
מלחמת האזרחים של ברית הארץ.
חשיפת הקנוניה והטלת משטר צבאי.
גנרל ויליאם הייג, יו"ר המטה הכללי של פיקוד הארץ, חשד מזה זמן מה במעורבותו של הנשיא קלארק בהתנקשות בנשיא הארץ לשעבר לואיס סנטיאגו, שהתרחשה בסוף שנת 2258. כדי לחשוף את הקנוניה הוא החל בתוכנית חשאית לחשיפתה, הכוללת את קפטן ג'ון שרידן, עקב עברו הצבאי בזמן מלחמת ארץ-מינברים ואופיו הבלתי מתפשר בחיפוש אחר האמת. כאשר שרידן קיבל את הפיקוד על בבילון 5, הוא החל לשתף את הצוות הפיקודי של התחנה במאמצים לחשוף את הקנוניה.
שנה לאחר עלייתו של קלארק לנשיאות, כאשר הייג ושרידן החלו לחשוף עדויות לקיומה של הקנוניה, ונערך שימוע בסנאט אודות מעורבותו בהתנקשות, הנשיא קלארק פעל במהירות. הוא הטיל משטר צבאי על ברית הארץ. חיילים מטעם פיקוד הארץ הסתערו על הסנאט והפסיקו את מהלכו של השימוע וכן השתלטו גם על משרדיו של יו"ר המטה הכללי שלא היה נאמן לקלארק. כוחות סיור צבאיים הוצבו בכל עיר, וכוח קומנדו הסתער על שידורי החדשות ועצר או הרג את אלה המנסים לחשוף את הפרשה. עד מהרה חזרה מתכונת החדשות למסלולה הרגיל, אם כי תחת צנזורה נוקשה של משטרו של קלארק.
הפיכתו של הייג והתנתקות המושבות.
לפני שנלכד, ניסה הייג לארגן התקוממות, ובעזרת חמש ספינות מלחמה ניסה להימלט אך נתקל בכוחות משטרו של קלארק. בקרב שהתחולל רק ספינתו של הייג, האלכסנדר, הצליחה להימלט.
מושל מאדים הודיע כי הוא מתכוון להפר את פקודותיו של קלארק בנוגע למשטר צבאי, וכתוצאה מכך קלארק הורה על הפצצה שיטתית על מרכזים אזרחיים. כמחאה, מושבות חלל אחרות הודיעו על התנתקותן מברית הארץ והפיכתן לעצמאיות, תחת ריבונות מלאה. ספינות הנאמנות לקלארק השיגו עליונות על מרחב החלל של המושבות בניסיון לנתקן ממקורות אספקה ולהרעיבן על מנת להכניען. בעקבות ההפצצות על מאדים, נכנע ממשל מאדים והותיר לממשל קלארק להשתלט על האזור, אם כי תנועת מחתרת על מאדים ניסתה ללא הרף לסכל את שליטתו. תוך מספר שבועות בלבד, בבילון 5 הייתה היחידה שלא הייתה נתונה לשליטתו של קלארק. כתגובה, הורה קלארק על הקמתו של ארגון "משמר הלילה" על סיפון התחנה שנועד לסכל כל ניסיון מרד, אולם ארגון זה נעצר במאמץ משולב של שרידן, גריבלדי וזאק אלן.
לאחר קרב עיקש עם ספינות המלחמה של קלארק, מחליט שרידן להעניק לספינת המלחמה אלכסנדר סיוע הומניטרי על אף הוראותיו של קלארק ללכוד או להשמיד את הספינה. נודע כי כוח צבאי מטעם קלארק שם פעמיו לבבילון 5 במטרה לעצור את הסגל הפיקודי ולהטיל על התחנה משטר צבאי. שרידן מכריז על עצמאותה של בבילון 5 ומצטרף למרד האזרחים של המושבות עד אשר הנשיא קלארק יוחלף בתפקידו. בקרב כולל בין ספינות המלחמה הנאמנות לקלארק לבין בבילון 5 ואלכסנדר, הקרב נראה אבוד כאשר שלוש ספינות מלחמה מינבריות מתערבות ומסיימות את הקונפליקט.
במהלך 2260, גם שרידן וגם קלארק נקטו בשביתת נשק מאולצת. שרידן נאלץ להדוף את התקדמות הצללים, ואילו קלארק עסק בבנייתן של ספינות מלחמה בעלות טכנולוגיה של הצללים, לאחר שכרת עמם ברית. לקראת סוף 2260, מושבות החלל עמדו בפני כניעה, לאחר שהמצור שהוטל עליהן הותיר אותן ללא כל אספקת מזון. ספינת המלחמה אלכסנדר תרה אחר ספינות מלחמה נוספות המתנגדות לקלארק, ובכך הרחיבה את תנועת המרד. קלארק הורה על הטלת עוצר על בבילון 5, בתקווה להטיל מום בכלכלתה. בנוסף, משתמש קלארק בשידורי החדשות המוטים להשפעתו כדי להכפיש את שמו של שרידן. כתגובה, בבילון 5 מתחילה לשדר תעמולה משלה, בשם מושבות החלל.
מהלך המלחמה.
באוגוסט 2261, החריף קלארק את המאבק כאשר הורה על טבח של יותר מעשרת אלפים אזרחים המבקשים לברוח ממושבות החלל עקב הטלת המצור והרעב הקשה שנוצר בעקבות כך. במועצת חירום מיוחדת שכינס שרידן עם יתר ממשלות הגזעים הוא החליט על התערבותו ושחרור המושבות הנצורות. בעזרת ציי הספינות של הגזעים האחרים, הכניע שרידן את ספינות המלחמה המצרות על המושבות והגדיל את כוח המתנגדים לקלארק.
במהלך השבועות הבאים העמיק שרידן את גודל המערכה כנגד קלארק, כאשר יותר ויותר ספינות מלחמה נוטות לצדו וקלארק אט אט מאבד את כוחו. אף על פי שזעם על רציחתם של אזרחים חפים מפשע, הורה שרידן לא להשמיד ספינות מלחמה הנאמנות לקלארק אלא להציע להן חלופות בדרכי שלום. ידיעות על לכידתו של אביו הובילו את שרידן למאדים, שם נשבה ועונה בעינויים קשים בניסיון לשבור את רוחו. הוא ניצל בידי גריבלדי.
בקרב המערכה על שליטה בכוכב מאדים, ניסה קלארק לעצור את כוחותיו של שרידן באמצעות ספינות המלחמה המשודרגות שלו, בעלות טכנולוגיית הצללים, אך בעזרתה של ליטה אלכסנדר הטלפתית הצליח שרידן לשתק את התקדמותן, לאחר שנודע שספינות הצללים פגיעות לתקיפות טלפתיות.
תנועת המחתרת בכדור הארץ השיגה את תמיכת הסנאט, וכוח נשלח לשים את הנשיא קלארק תחת מעצר, אך זה האחרון התאבד ביריית אקדח, לא לפני שתכנן את מערכת ההגנה שמסביב לכדור הארץ בנוהל "אדמה חרוכה", המפנה את הגנות הכוכב כלפי עצמו. לצורך הקרב האחרון, נטל שרידן פיקוד זמני על ספינתו הקודמת, האגממנון. לאחר שספגה נזק כבד בקרב, שהותיר אותה ללא אפשרות לירות, הורה שרידן לנגח את מערכת ההגנה כאמצעי אחרון למנוע את השמדת הארץ. ברגע האחרון התערב מפקדו של שרידן בעת מלחמת ארץ-מינברי, אשר בתחילה התייצב כנגדו, וקרב המערכה הסתיים.
השלכות.