ב-1997 העניקה ה-NHL זיכיונות מותנים לקבוצות משקיעים באטלנטה, נאשוויל, קולומבוס והערים התאומות במינסוטה. הזיכיון באטלנטה ניתן לקבוצת משקיעים בראשות טד טרנר, מבעלי קונצרן הבידור טיים וורנר ומייסד רשת החדשות CNN שמשרדיה נמצאים בעיר. טרנר היה גם בעלי קבוצת ה-NBA אטלנטה הוקס וקבוצת הבייסבול אטלנטה ברייבס. הזיכיון ניתן לאטלנטה 17 שנה לאחר שקבוצת ה-NHL הקודמת של העיר, אטלנטה פליימס, עזבה אותה ועברה לקלגרי.
הזיכיון היה מותנה בהקמת אולם חדש שיאכלס את הקבוצה. לאחר בדיקת מספר אפשרויות החליטה קבוצת המשקיעים של טרנר להרוס את ה"אומני", האולם של ההוקס הצמוד למשרדי CNN במרכז העיר שהיה גם האולם הביתי של הפליימס בשעתם, ולבנות במקומו אולם חדש עבור ההוקס ועבור קבוצת ה-NHL החדשה. האולם, פיליפס ארנה, הושלם ב-1999 והקבוצה החדשה יכלה להתחיל לפעול.
במשאל אוהדים נבחר עבור הקבוצה השם Thrashers, על שם הדשוש החום (brown thrasher), הציפור הלאומית של מדינת ג'ורג'יה.
1999 - 2001: עונות בכורה קשות.
כמו כמעט בכל מקרה של קבוצת התרחבות בעידן המודרני, העונה הראשונה, עונת 2000, הייתה קשה מאוד לת'ראשרס. לקשיים הרגילים של קבוצת התרחבות התווסף גם כישלון גדול בבחירות הדראפט של הקבוצה, כאשר החלוץ הצ'כי פטריק שטפן שנבחר על ידי הקבוצה במקום הראשון בדראפט התגלה כאכזבה גדולה, ונחשב היום לאחד הכשלונות הגדולים בהיסטוריה של דראפט ה-NHL. הנבחר השני של הקבוצה (במקום ה-30 הכללי), לוק סלרס, שיחק בקבוצה רק משחק אחד. הקבוצה התקשתה להבקיע, כאשר המבקיע המוביל שלה, אנדרו ברונט, סיים עם מאזן צנוע של 23 שערים ו-27 אסיסטים. הת'ראשרס סיימו עם המאזן הגרוע בליגה - 14 ניצחונות, 57 הפסדים, 7 תיקו ו-4 הפסדים בהארכה, 39 נקודות בסך הכל.
עונת 2001 הראתה שיפור קל כאשר החלוץ הוותיק ריי פרארו שהגיע לקבוצה הוביל אותה עם 76 נקודות, אולם הקבוצה עדיין סיימה עם מאזן חלש מאוד של 23 ניצחונות ו-60 נקודות בטבלה.
2002 - 2004: ימי היטלי וקובלצ'וק.
בעונת 2002 המשיכו הקשיים של הקבוצה שסיימה שוב אחרונה בליגה עם 19 ניצחונות ו-54 נקודות בלבד, אולם אחרי כישלונות הדראפט המוקדמים יכלו הת'ראשרס להתנחם בהצלחת שני נבחרי הדראפט דני היטלי ואיליה קובלצ'וק. היטלי כבש 26 שערים ומסר 41 אסיסטים, נבחר לרוקי העונה ב-NHL וזכה בגביע קאלדר. קובלצ'וק היה מבקיע השערים המצטיין של הקבוצה עם 29 שערים.
היטלי וקובלצ'וק המשיכו להוביל את הקבוצה גם בעונת 2003, ואליהם הצטרף החלוץ הוותיק ויאצ'סלב קוזלוב שכיכב בשנות ה-90 בדטרויט רד וינגס. סיום טוב של העונה תחת מאמן חדש, בוב הרטלי, הוביל את הת'ראשרס למאזן של 31 ניצחונות מול 39 הפסדים, 7 תיקו ו-5 הפסדים בהארכה - 74 נקודות, המאזן הטוב ביותר של הקבוצה עד אז, אך עדיין רחוק ממקום בפלייאוף.
עם סיום העונה מכרה קבוצה המשקיעים של טד טרנר את הקבוצה לחברת "אטלנטה ספיריט", שותפות של שמונה אנשי עסקים, יחד עם ה"פיליפס ארנה" וקבוצת הכדורסל, ההוקס.
עוד לפני שהחלה עונת 2004 פקדה טרגדיה את הקבוצה. דני היטלי נהג במכוניתו כאשר לצידו חברו הטוב, חלוץ הקבוצה דן סניידר, כאשר איבד את השליטה על מכוניתו והתנגש בקיר. סניידר נפצע אנושות ומת חמישה ימים לאחר מכן. היטלי שבר את זרועו ואת לסתו וקרע את שתי הרצועות הצולבות באחת מברכיו. בבדיקה שנערכה התברר שהיטלי לא נהג תחת השפעת אלכוהול, אך נהג ברשלנות ובמהירות מופרזת, ועל כך הועמד לדין.
קובלצ'וק, קוזלוב והקפטן שון מקקרן נטלו את המושכות בהיעדרו של היטלי, כאשר קובלצ'וק קבע מאזן שיא מבחינתו של 41 שערים ו-46 אסיסטים. היטלי חזר לקראת סיום העונה, אך פציעתו והטראומה שעבר ניכרו בו והוא סיים עם 13 נקודות בלבד ב-31 משחקים. הת'ראשרס שיפרו במעט את מאזנם מהעונה הקודמת עם 33 ניצחונות ו-78 נקודות, מרחק גדול של 13 נקודות מהכרטיס לפלייאוף.
2006 - 2007: מתחרים על הפלייאוף.
לאחר עונת 2005 שבוטלה בשל סכסוך עבודה בין ה-NHL לשחקניה, החלו הת'ראשרס את עונת 2006 בהרכב חדש. דני היטלי שלא התאושש מאירועי תאונת הדרכים בקיץ 2003 ביקש לעזוב את הקבוצה והועבר לאוטווה סנטורס. במקומו הגיע החלוץ הסלובקי המנוסה מריאן הוסה. הת'ראשרס הוסיפו עוד בגרות לקבוצה עם שורה של שחקנים מנוסים נוספים - השוער מייק דנהם והחלוצים פטר בונדרה, סקוט מלנבי ובובי הוליק. השוער הראשון של הקבוצה, הפיני קרי להטונן, סבל מפציעות חוזרות ונשנות. קובלצ'וק, הוסה ומרק סבארד שהגיע עונה קודם לכן הובילו שיפור ניכר בהתקפת הקבוצה כאשר כל אחד מהם התקרב לצבירת 100 נקודות, כאשר קובלצ'וק קבע שיא מועדון עם 52 שערים. בפעם הראשונה נאבקו הת'ראשרס על מקום בפלייאוף, וסיימו את העונה עם מאזן חיובי של 41 ניצחונות מול 33 הפסדים ו-8 הפסדים בהארכה/מכות עונשין. המאזן הסתכם ב-90 נקודות בטבלה, והת'ראשרס נחלו אכזבה כאשר חסרו להם שתי נקודות כדי לעלות לפלייאוף ראשון.
עונת 2007 המשיכה את השיפור של העונה הקודמת. מרק סבארד עזב, אך במקומו הגיע חלוץ מנוסה נוסף, סטיב רוצ'ין. להטונן התגבר על פציעותיו וייצב את עמדת השוער. מריאן הוסה כבש 43 שערים ומסר 57 אסיסטים, ובסך הכל 100 נקודות - השחקן הראשון בתולדות הקבוצה שהגיע ל-100 נקודות. קוזלוב וקובלצ'וק תמכו בו עם מאזנים יפים משל עצמם. הת'ראשרס זכו בפעם הראשונה באליפות הבית הדרום-מזרחי ועלו לפלייאוף הראשון שלהם כמדורגים במקום השלישי בחטיבה המזרחית, כשלפניהם סדרה עם יתרון ביתיות מול ניו יורק ריינג'רס.
אולם הסדרה הסתיימה באכזבה קשה. הריינג'רס סימנו את העומד להתרחש כאשר עלו במהירות ליתרון 2:0 במשחק הראשון, בדרך לניצחון 4:3, ולאחר מכן ניצחו גם במשחק השני והסדרה עברה לניו יורק כשלריינג'רס יתרון מכריע. היתרון מומש כאשר הריינג'רס הביסו את הת'ראשרס 7:0 במשחק השלישי במדיסון סקוור גארדן, ואחריו ניצחו גם במשחק הרביעי והדיחו את הת'ראשרס.
זו הייתה סדרת הפלייאוף היחידה של הת'ראשרס, כך שהת'ראשרס לא ניצחו ולו משחק פלייאוף אחד בכל ימיהם באטלנטה.
2008 - 2011: שקיעה מחודשת.
בעונות 2008 ו-2009 שקעה הקבוצה מחדש בבינוניות, עם מאזן זהה של 76 נקודות בשתי העונות, רחוק מהפלייאוף. במהלך שתי העונות האלה איבדו הת'ראשרס את מריאן הוסה ואיליה קובלצ'וק, שסירבו להאריך את חוזיהם בקבוצה, והועברו בעיסקאות תמורת שחקנים אחרים בטרם יהפכו לשחקנים חופשיים.
לעונת 2010 התייצבה הקבוצה עם סגל שעבר תהפוכות רבות. הקבוצה הראתה התאוששות מסוימת כשסיימה עם 34 ניצחונות ו-83 נקודות, חמש נקודות מהכרטיס לפלייאוף. התוצאות בעונת 2011 היו כמעט זהות, והת'ראשרס שוב החמיצו את הפלייאוף.
בנוסף לבעיות המקצועיות, הגיע לבית המשפט סכסוך בין אחד השותפים ב"אטלנטה ספיריט", השותפות המחזיקה בקבוצה, לבין שבעת השותפים האחרים, סכסוך שהחל עוד ב-2005 כאשר כל צד טוען להפרה לכאורה של חוזה השותפות על ידי הצד האחר, הפרה המאפשרת לו לרכוש את חלקו של הצד האחר במחיר עלות. התביעה ההדדית עדיין מתבררת, כאשר לפי מסמכים שהוגשו לבית המשפט בינואר 2011 התברר של"אטלנטה ספיריט" נגרם הפסד של 130 מיליון דולר.
2011 - 2014: המעבר לוויניפג.
לאחר שנים של ניסיונות כושלים לבנות סביב הקבוצה בסיס אוהדים רחב ויציב, ומשההפסדים הכספיים הלכו ותפחו והיה ברור שיתפחו עוד, מכרה "אטלנטה ספיריט" את הקבוצה לקבוצת המשקיעים "טרו נורת'" מוויניפג. העסקה הוכרזה רשמית ב-31 במאי 2011, והקבוצה עברה לוויניפג לקראת עונת 2012. בכך חזרה ה-NHL לוויניפג לאחר שקבוצת ה-NHL הקודמת של העיר, ויניפג ג'טס, עזבה אותה לפיניקס ב-1996 והפכה לפיניקס קויוטיס.
ההכרזה על המעבר לוויניפג התקבלה בשמחה גדולה בעיר הקנדית. תושבי העיר חגגו ביום ההכרזה כשרבים מהם לובשים את מדי הג'טס בגלגולם הקודם, אם כי באותה עת הבעלים החדשים של הת'ראשרס טרם החליטו כיצד תיקרא לאחר שתעבור. תושבי ויניפג הראו את התלהבותם גם בקנייה של כ-6000 מנויים עונתיים בתוך 4 דקות באינטרנט, וביחד עם מכירה מוקדמת ללקוחות עסקיים נמכרו בתוך זמן קצר למעלה מ-13000 מנויים עונתיים. בכך עמדו קוני הקבוצה בתנאי המסחרי העיקרי להעברת הקבוצה לעיר. ב-21 ביוני 2011 אישרו בעלי הקבוצות האחרות והנהלת ה-NHL באופן רשמי את המכירה ואת המעבר לוויניפג.
במהלך טקס הדראפט של 2011 הכריזה הקבוצה על שמה - ויניפג ג'טס, כשמה של הקבוצה הקודמת של העיר.
העונה הראשונה בבית החדש התקבלה בהתלהבות גדולה מצד האוהדים שגדשו את ה-"MTS סנטר" (כיום קנדה לייף סנטר) וקיבלו את קבוצתם החדשה בתשואות גדולות, למרות שהובסה במשחקה הביתי הראשון על ידי מונטריאול קנדיאנס. במהלך העונה אירחו הג'טס פעמיים את פיניקס קויוטיס, הקבוצה הקודמת של העיר שנשאה את אותו שם.
הג'טס נראו לפרקים כבעלי אפשרות להשתחל לפלייאוף כבר בעונה הראשונה בביתם החדש, אולם לבסוף לא עלה הדבר בידם. כך היה גם בעונות 2012/13 ו-2013/14, כאשר הג'טס, על אף שהיו מעורבים במאבקי הפלייאוף, החמיצו אותו במעט.
2014 - 2017: פלייאוף ראשון בוויניפג.
בעונת 2014/15, אחרי שני כישלונות בהם הייתה קרובה למקום בפלייאוף, עלה בידי הקבוצה לסיים במקום השמיני במערב ולהשיג בכך מקום הפלייאוף, לראשונה בביתה החדש. בכך שב פלייאוף ה-NHL לוויניפג לראשונה מזה 19 שנה.
סדרת הפלייאוף מול אנהיים דאקס החזקה, המדורגת ראשונה במערב, הסתיימה בתבוסה ב-4 משחקים בלבד וללא ניצחון - כך שעד אז הקבוצה עדיין לא ניצחה משחק פלייאוף, עוד מאז היווסדה באטלנטה.
בעונות 2015/16 ו-2016/17 שוב החמיצה הקבוצה את הפלייאוף.
ריצת הפלייאוף של 2018.