בבחירות של 1906 נבחר דיקין לכהן שוב כראש הממשלה, אף על פי שהלייבור זכה ביותר מושבים בפרלמנט מאשר מפלגתו של דיקין, המפלגה הפרוטקשוניסטית. כאשר ב-1907 התפטר ווטסון מתפקידו כמנהיג המפלגה, ירש אותו פישר בתפקידו. פישר נחשב למבין גדול בסוגיות כלכליות, היה טוב יותר בטיפול בחברי המפלגה, היו לו יחסים טובים יותר עם המנגנון המפלגתי ועם האיגודים המקצועיים והיה מצוי יותר בקו המדיני של המפלגה. הוא לא היה שותף לגישתו של יוז בנוגע לסחר חופשי או לדעותיהם של יוז וווטסון בנושאי ביטחון, ומאוחר יותר בנוגע לגיוס החובה. במונחים פוליטיים הוא היה ראדיקלי, שניצב באגף השמאלי של מפלגתו.
בוועידת המפלגה של 1908 דרש פישר את ייצוגן של נשים בפרלמנט:
על רקע חילוקי דעות בין מפלגת הלייבור לבין המפלגה הפרוטקשוניסטית בסוגיות כמו קצבאות זקנה, מיסי קרקעות, המימון להקמת הצי המלכותי האוסטרלי, העלאות מחירים נפלה ממשלתו של דיקין בנובמבר 1908.
ראש ממשלה.
כהונה ראשונה.
פישר הרכיב את ממשלתו הראשונה שהייתה ממשלת המיעוט היחידה בראשותו. הממשלה הביאה לחקיקתו של חוק מושב הממשלה שעל פיו הוקמה לאוסטרליה בירה חדשה בקנברה, העבירה את חוק עידוד הייצור שעל פיו שולמו תמריצים ליצרני ברזל ופלדה ששילמו שכר הוגן, הזמינה את רכישתן של שלוש משחתות ולקחה על עצמה את האחריות להגנה הימית של אוסטרליה באמצעות הצי המלכותי האוסטרלי שירש את מקומו של הצי המלכותי הבריטי בהגנת חופי הארץ. ממשלתו הראשונה של פישר גם דאגה לחקיקתו של חוק הפיצוי לימאים, שבמסגרתו שולמו פיצויים לימאים שהועסקו בספינות אוסטרליות ושנהרגו או נפצעו בעת מילוי תפקידם.
פישר דאג לתיקון החוקה כדי שתיתן סמכות לממשלה הפדרלית בנושאי עבודה, שכר ומחירים, הרחיב את כוחו של הצי, מיסד אימונים צבאיים לנוער, הרחיב את קצבאות הזקנה, הנהיג מס קרקעות, סלל קו רכבת לאורך היבשת, החליף את הלירה שטרלינג במטבע אוסטרלי חדש, הדולר האוסטרלי ודאג להגנת מחירים לענף הסוכר. במאי 1909 התמזגו אנשי האגף השמרני של המפלגה הפרוטקשוניסטית ואנשי מפלגת הסחר החופשי למפלגה הליברלית, בעוד שאנשי האגף הליברלי של המפלגה הפרוטקשוניסטית הצטרפו למפלגת הלייבור. כשלצידו רוב של חברי הפרלמנט, הצליח דיקין להפיל את ממשלתו של פישר, שבקשתו מהמושל הכללי לפזר את הפרלמנט, נדחתה.
כהונה שנייה.
בבחירות הכלליות של 1910 זכתה מפלגת הלייבור ב-16 מושבים נוספים בפרלמנט וסך כל חברי הפרלמנט מטעמה היה 42 מתוך כלל 72 המושבים. בנוסף זכתה המפלגה ב-22 מתוך 36 מושבי הסנאט. מצב זה אפשר ללייבור שליטה על שני הבתים וכך הוקמה ממשלתו השנייה של פישר, שהייתה ממשלת הרוב הראשונה באוסטרליה שנבחרה בבחירות, הממשלה הראשונה שנתמכה ברוב בסנאט וממשלת הרוב הראשונה בעולם מטעם מפלגת לייבור כלשהי. 113 החוקים שנחקקו בתקופת כהונתו זו של פישר עלו במספרם אף על כמות החוקים שנחקקו במהלך כהונתו השנייה של דיקין. ממשלה זו היוותה את שיא מעורבותו של הלייבור בפוליטיקה. הייתה זו תקופה של רפורמות שלא הייתה כדוגמתה עד לשנות הארבעים.
פישר ביצע רפורמות רבות בתחומי ההגנה, בסוגיות חוקתיות, בכלכלה, בתחבורה ובתקשורת וברווחה. הוא השיג את רובם המוחלט של היעדים של ממשלתו הראשונה, כמו הנהגתם של קצבאות זקנה ונכות, קצבאות לאמהות, פיצויי עבודה, הנפקת שטרות הנייר, הקמתו של הצי המלכותי האוסטרלי, סלילתו של קו הרכבת הטרנס-יבשתי, הרחבת ההרכב של בית המשפט העליון, ייסודה של קנברה והקמתו של Commonwealth Bank of Australia. ממשלתו השנייה של פישר הנהיגה גם תעריפי דואר אחידים בכל אוסטרליה, נקטה באמצעים לשבירת המונופולים, דאגה לפיקוח על שעות העבודה ועל שכר ותנאי העבודה ותיקנה את חוק הפיוס והבוררות של 1904. מס הקרקעות, שהוביל לפירוקן של אחוזות הקרקע הגדולות ופתח את הדרך ליצירתן של חוות קטנות, חוקק אף הוא. במקביל הוכנסו עובדי המגזר החקלאי ועובדי המדינות והממשל הפדרלי תחת הגדרתו של חוק הבוררות. בנוסף, הוקדם גיל הפנסיה לנשים מ-65 ל-60. הנהגתן של קצבאות האמהות הייתה רפורמה משמעותית ביותר, שכן היא אפשרה לנשים ללדת יותר ויותר תחת פיקוחם של רופאים, ובכך הביאה לירידה בתמותת התינוקות. הונהגה זכות קדימה לחברי איגודים מקצועיים בקבלה לתעסוקה ממשלתית, בעוד שחוק הפיצויים לימאים של 1911 וחוק הניווט של 1912, שיפרו את תנאי התעסוקה של הימאים. חלה ליברליזציה בזכאות לקבלת קצבאות. מדצמבר 1912 ואילך, לא נאלצו מתאזרחים חדשים להמתין שלוש שנים לקבלת קצבאות.
פישר שאף לכך שסמכות הממשלה הפדרלית תורחב בתחומים מסוימים, כמו הלאמתם של מונופולים. במשאל העם של 1911 הוצגו בפני הציבור שתי שאלות בסוגיות הקשורות למונופולים ולסמכויות חקיקה. שתי השאלות נדחו ברוב של 61% מתנגדים. שש שאלות נוספות הוצגו במשאל עם של 1913 בנוגע למסחר, תאגידים, תעשייה, נאמנויות, מונופולים ורכבות. כל השאלות הללו נדחו גם הן ברוב של 51% מתנגדים. בבחירות של 1913 הביסה המפלגה הליברלית בהנהגתו של ג'וזף קוק את הלייבור על חודו של מושב אחד בפרלמנט.
כהונה שלישית.
מפלגת הלייבור שמרה על שליטתה בסנאט וב-1914, קוק, שהיה מתוסכל משליטה זו שחסמה את הדרך בפני חקיקות, המליץ למושל הכללי החדש, סר רונלד מונרו פרגוסון, לפזר את שני בתי הפרלמנט כדי שיערכו בחירות חדשות. היו אלה הבחירות הראשונות באוסטרליה שנערכו בעקבות פיזור כפול של שני בתי הפרלמנט והיחידות מסוג זה עד לבחירות של 1951. בעיצומה של מערכת הבחירות פרצה מלחמת העולם הראשונה, כששני הצדדים התחייבו שאוסטרליה תתמוך באימפריה הבריטית. פישר הוביל מערכה ליצירתם של כוחות ההגנה של אוסטרליה כגוף עצמאי והתחייב שאוסטרליה "תעמוד לצידה של ארץ האם כדי לעזור לה להגן על עצמה עד לאיש האחרון ולשילינג האחרון". מפלגת הלייבור זכתה בבחירות כששוב היא שומרת על רוב בשני בתי הפרלמנט ופישר הקים את ממשלתו השלישית.
פישר ומפלגתו יצאו מיד לדרך כשהם מארגנים צעדי ביטחון לתכנון ויישום של המאמץ המלחמתי האוסטרלי. פישר ביקר בניו זילנד באותה תקופה ובילי יוז כיהן כראש הממשלה בפועל במשך חודשיים. פישר והלייבור המשיכו ליישם את הבטחותיהם לחקיקה, כולל את חוק מימי נהר המארי של 1915, את חוק הסדרי המטען של 1915, את חוק רכישת הסוכר של 1915, וחוקי קרקעות שונים. חוקים הנוגעים למלחמה שנחקקו באותה תקופה היו חוקי אמצעי הזהירות בזמן מלחמה (שהעניק למושל הכללי סמכויות ביטחוניות), חוק הסחר עם האויב, חוק מפקד האוכלוסין למלחמה, חוק הפשעים, חוק המענק לבלגיה וחוק ביטול החוזים עם האויב. בדצמבר 1914 הועבר חוק תשלומי הגמלאות למלחמה, שהסדיר את תשלומי הגמלאות לחיילים פצועים או למשפחות חיילים שנהרגו.
באוקטובר 1915 דיווח העיתונאי קית' מרדוק על המצב בגליפולי על פי בקשתו של פישר, ועדכן אותו ש"חששותיו התגשמו". הוא תיאר את המערכה כ"סדרה של אסונות" וכ"אחד הפרקים הנוראיים בהיסטוריה שלנו" וסיכם:
פישר העביר את הדוח הזה ליוז ולשר ההגנה, ג'ורג' פירס, ובסופו של דבר פונו הכוחות האוסטרלים מגליפולי בדצמבר 1915. הדוח היה גם בשימושה של ועדת החקירה שבה היה פישר חבר כאשר מאוחר יותר שימש כנציב העליון של אוסטרליה בלונדון.
פישר התפטר מתפקידו כראש הממשלה ומחברותו בפרלמנט ב-27 באוקטובר 1915, לאחר שנעדר מדיוני הפרלמנט במשך שלושה ימים ללא הסבר. שלושה ימים לאחר מכן נבחר בילי יוז להחליפו.
הנציב העליון של אוסטרליה בלונדון.
פישר כיהן כנציב העליון השני של אוסטרליה בלונדון מ-1 בינואר 1916 ועד 1 בינואר 1921. הוא התנגד לגיוס החובה וכך היו יחסיו עם יוז קשים. יוז ביקש מפישר את תמיכתו באמצעות מברק שלושה שבועות לפני משאל העם הראשון בנושא, אך פישר השיב לו שעקב תפקידו הוא מנוע מלהביע דעה. משאל העם על גיוס החובה של 1916 נכשל לאחר ש-52% התנגדו ומשאל העם שנערך ב-1917 נכשל ברוב של 54% מתנגדים. פישר ביקר את הכוחות האוסטרליים בבלגיה ובצרפת ב-1919 ומאוחר יותר העניק לפירס אלבום תמונות משדה המערכה מ-1917 ומ-1918, בו נראו התנאים הנוראיים שהיו מנת חלקם של החיילים.
הוועדה לחקר המערכה בדרדנלים, שבה היה פישר חבר, חקרה עדים בשנים 1916 ו-1917 והגישה את הדוח הסופי שלה ב-1919. היא הגיעה למסקנה שהמערכה תוכננה ובוצעה בצורה גרועה ושהקשיים הצפויים לא הוערכו בצורה ראויה. הבעיות הוחמרו על ידי מחסור באספקה ועל ידי עימותים על רקע אישי וסחבת בדרגים הגבוהים. 480,000 חיילים של מדינות ההסכמה הוקצו למערכה זו, כשכמחצית מתוכם נהרגו. שום מסקנות אישיות כלפי אישים פוליטיים או מפקדים צבאיים לא הוסקו.
פישר ביקש להמשיך לשרת כנציב העליון של אוסטרליה בלונדון כאשר ב-1921 הסתיימה תקופת כהונתו, אך יוז לא היה מוכן להתיר זאת. עם שובו לאוסטרליה נעשו ניסיונות להבטיח את בחירתו מחדש לפרלמנט, אך פישר לא היה מעוניין בכך. ב-1922 הוא שב ללונדון כדי לחיות חיי פרישה בסאות' היל פארק שבהמפסטד עד ליומו האחרון. בשנותיו האחרונות נכנע פישר למחלת השיטיון, והוא איבד אף את היכולת לחתום את שמו. הוא לקה בהתקף קשה של שפעת בספטמבר 1928 וב-22 באוקטובר 1928 הוא הלך לעולמו. אנדרו פישר נטמן בבית הקברות פורצ'ן גרין שבמערב המפסטד.
הנצחתו.