לאחר 5 שנים ללא תואר, חזרה מיונאריוס להיות הקבוצה המובילה בקולומביה. ב-1959 לקח את משרת המאמן מי שהיה שוער הקבוצה בתקופת הזהב הראשונה, גבריאל אוצ'ואה אוריבה. הקבוצה שיחקה 44 משחקים, בהם הפסידה רק 8 פעמים וזכתה באליפות החמישית שלה כאשר היא מסיימת עם שש נקודות יתרון על פני אינדפנדיינטה מדיין השנייה.
לאחר הפסקה של שנה, בה לא זכתה באליפות בעיקר מפני שהשקיעה את מירב מאמציה בקופה ליברטדורס שבו הגיעה לחצי הגמר, שבה הקבוצה וזכתה באליפות של 1961. זו הייתה קבוצה שאף שברה את הסטטיסטיקה וזכתה באליפות כאשר היא מנצחת 25 משחקים ומפסידה רק שבע פעמים. השחקן המצטיין היה דליו גמבואה ששיחק באותה תקופה באטלס המקסיקנית והגיע למיונאריוס לבקשתו של המאמן אוריבה.
היא המשיכה את התקופה המצוינת כאשר זכתה גם באליפויות של 1964, 1963, 1962 והפכה בעצם לקבוצה הראשונה שזוכה בארבע אליפויות קולומביה רצופות. אחד משחקניה הבולטים היה הברזילאי ז'וז'ה רומיירו שכונה "פפה" ונבחר לשחקן המצטיין באליפות של 1963. בכך השלימה הקבוצה סך הכל תשע אליפויות ב-16 שנות קיומה של הליגה.
הבצורת שנשברה אחרי 24 שנים.
שליטתה האבסולוטית של הקבוצה הלכה וקטנה ככל שמועדונים אחרים נאבקו על התארים וכך מצאה עצמה מיונאריוס בהמתנה ארוכה יחסית בין תואר לתואר, דבר שאליו לא הייתה רגילה. האליפות העשירית הגיעה אחרי 8 שנים תמימות שבהן אומנם סיימה את חלקן כסגנית, אבל לא יותר מכך. עם חזרתו לספסל האימון של אוריבה, הציגה מיונאריוס שלישייה קדמית שכללה את הכוכב הגדול, ווילינגטון אורטיס, חיימה מורון ואלחנדרו ברנד. במחזור האחרון השיגו תיקו 0-0 ביתי מול דפורטיבו קאלי, שהייתה חייבת ניצחון בשביל לקחת את התואר והשלימו עשר זכיות בתואר האליפות.
באותן ימים הייתה למיונאריוס קבוצה חזקה שהספיקה להגיע פעמיים לחצי גמר גביע הליברטדורס וכן הגיעה פעמיים לגמר הטורניר המקומי אך כשלה. את הטורניר ב-1978 היא החלה רע וסיימה במקום השישי בטורניר האפרטורה ובמקום השני בטורניר הקלאוסורה כדי להעפיל לבית הגמר שכלל את אתלטיקו נסיונל, דפורטיבו קאלי ואינדפנדיינטה סנטה פה. ללא ברנד הפצוע אבל עם אורטיס ומורון וגם אם שחקנים כמו חואן איריגויין ודניאל אונגה, מיונאריוס ניצחה את נסיונל במדיין, ניצחה את הקלאסיקו מול סנטה פה וסיימה בשלוש תוצאות תיקו מול נסיונל ופעמיים מול דפורטיבו קאלי. במחזור האחרון היא התמודדה מול אינדפנדיינטה סנטה פה וכבר בדקה ה-18 הוליכה 0–3 משערים של איריגויין, מורון ואורטיס. סנטה פה רק צימצמה במחצית השנייה אבל לא הצליחה למנוע ממיונאריוס את הזכייה באליפות ה-11.
המועדון היה צריך לחכות תשע שנים עד לאליפות ה-12, בעשור שהיה שייך בעיקר לאמריקה קאלי. אבל בשנת 1987, תחת הדרכתו של המאמן לואיס אוגוסטו גרסיה, הצליחה מיונאריוס לזכות באליפות אחרי ניצחון בבית הגמר במשחק האחרון על ג'וניור 0-1. זה היה הטורניר הטוב ביותר של המועדון, שלא הפסיד 22 משחקים, ניצח גם בטורניר האפרטורה וגם בקלאוסורה וכבש 101 שערים.
שנה מאוחר יותר, שוב השיגה הקבוצה תואר אליפות, ה-13 שלה, שהיה מאוד קשה. המצב בטבלה המשוקללת היה צמוד בינה לבין אתלטיקו נסיונל, כאשר מיונאריוס מוליכה בגלל הפרש שערים טוב יותר. במחזור האחרון התארחה הקבוצה בברנקייה מול ג'וניור בעוד שנסיונל התמודדה בבוגוטה מול סנטה פה. לאחר המחצית הראשונה פיגרה מיונאריוס 0–1 בעוד שנסיונל הוליכה במשחקה 0–1, אבל בחצי השני השיגה מיונאריוס את השוויון במשחקה. אף על פי שניסתה לנצח ולא להיות תלויה בכלום, לא הצליחה לבסוף מיונאריוס והמשחק נגמר בתיקו, אבל כאשר התקב הדיווח כי גם בבוגוטה נגמר המשחק בתיקו, חגגה הקבוצה אליפות מספר 13.
מכאן החלו שנים מאוד רעות של הקבוצה, שפעם אחר פעם כשלה בניסיון לזכות בתואר. ב-1989 גם החלה היריבות המרה עם אתלטיקו נסיונל, כאשר שתי הקבוצות נפגשו ברבע גמר גביע הליברטדורס שבו גברה בסיכום המשחקים הקבוצה ממדיין והעפילה לחצי הגמר. לאנשי מיונאריוס היו טענות קשות כלפיי השופט וחלקם אף טענו שברון הסמים פבלו אסקובר, מעורב בנושא ונתן הוראה להעלות את קבוצתו האהודה על חשבונה של מיונאריוס.
בסופו של דבר, הקבוצה הצליחה לשבור בצורת ארוכה בת 24 שנים, כאשר זכתה בטורניר הפינליססיון של 2012. תחת המאמן הרנן טורס, הגיעה הקבוצה לחצי גמר הקופה סודאמריקנה והעפילה לפלייאוף בליגה. ההתחלה הייתה מאוד קשה, עם הפסדים לג'וניור ודפורטיבו פאסטו, מה שהצריך את מיונאריוס לנצח לפחות שלושה מתוך ארבעת המשחקים שנותרו. ניצחון כפול על דפורטס טולימה וניצחון פאסטו, הביאו את הקבוצה למרחק משחק אחד מהגמר. את המשחק האחרון לא הצליחו ה"שגרירים" לנצח וסיימו בתיקו 0-0 מול ג'וניור. האוזניים הקשיבו לתוצאה שהגיעה מפאסטו והתיקו שהשיגה טולימה קבע כי מיונאריוס העפילה לגמר מול אינדפנדיינטה מדיין. המשחק הראשון באצטדיון אטאנסיו חיררדוט הסתיים בתיקו 0-0, מה שהותיר תקווה גדולה מאוד למיונאריוס לקראת הגומלין. לעיני 36,000 צופים העלה ווילברטו קוסמה את מיונאריוס ליתרון וקירב אותם לקראת אליפות אחרי כל כך הרבה זמן, אבל מדיין השוותה בחצי השני ושלחה את ההכרעה להקבע על ידי פנדלים. הגיבור היה השוער של מיונאריוס, לואיס דלגאדו, שכבש ועצר את הפנדל המכריע, כדי לקבוע 4–5 בסיום ואליפות ראשונה אחרי 24 שנים.
עבור התואר ה-15, האוהדים לא היו צריכים לחכות יותר מדי זמן, חמש וחצי שנים ליתר דיוק. מיונאריוס סיימה את הליגה הסדירה במקום הרביעי ונקבעה כראש בית בפלייאוף, בו התמודדה מול לה אקידד ברבע הגמר. לאחר תיקו 1-1 במשחק הראשון עם שער של החלוץ, איירון דל וייה, ניצחה מיונאריוס בבית 1–2 בגומלין משערים של הקפטן אנדרס קדויד ודויד מקליסטר סילבה. בחצי הגמר פגשה מיונאריוס יריבה היסטורית - אמריקה קאלי. הכחולים הצליחו לגבור בחוץ על אמריקה 1–2 משערים של דל וייה וסילבה והבטיחו העפלה לגמר לאחר שבגומלין באצטדיון אל קמפין נפרדו הקבוצות בתיקו 0-0. לראשונה בהיסטוריה נקבע משחק גמר אליפות הליגה בין שתי הקבוצות הבכירות של בוגוטה - מיונאריוס מול אינדפנדיינטה סנטה פה. למרות ששתי הקבוצות משחקות באותו האצטדיון, שמיונאריוס אירחה ראשונה לעיני הקהל שלה, משחק אותו ניצחה 0–1 משער של מתיאס דה לוס סנטוס. בגומלין כעבור ארבעה ימים, הצליחה מיונאריוס לחלץ 2-2 בדקות הסיום כאשר הנרי רוחאס כובש שער שוויון חמש שדקות מהסוף כדי להעניק את האליפות לכחולים.
הגביע הקולומביאני.
בניגוד למספר האליפויות הרב שיש לקבוצה, מספר מועט של זכיות יש לה בגביע הקולומביאני. הסיבה היא העובדה שעד לשנת 2008 הגביע התקיים רק בשנים בודדות. מיונאריוס זכתה בו פעמיים עד לעידן החדש. תחילה בשנת 1953 כאשר ניצחה במפגש כפול 2–5 את בוקה ג'וניורס קאלי, יריבתה הגדולה באותם זמנים.
עשור מאוחר יותר, שוב חזרה הקבוצה להניף את הגביע, עם ניצחון על דפורטס טולימה 1-4. באותן שנים שלטה מיונאריוס ללא עוררין וזכתה בארבע אליפויות רצופות.
ב-2011 הצליחה מיונאריוס לזכות בגביע במתכונתו החדשה. היה זה תואר מקומי ראשון מאז 1988 והונח בו הבסיס לאותה קבוצה טובה שגם זכתה באליפות שנה מאוחר יותר. היא פגשה בגמר את בויאקה צ'יקו וניצחה אותה בשני המפגשים בתוצאה הגלובלית של 0–2. מאייר קנדלו, אדיסון טולוסה, פדרו פרנקו ואריק מורנו הוליכו את הקמפיין של מיונאריוס בדרך לזכייה.
ב-7 בפברואר 2018 הוסיפה הקבוצה לארונה בפעם הראשונה בהיסטוריה גם את הסופרליגה אחרי שגברה בגמר על אתלטיקו נסיונל. לאחר 0-0 במשחק הראשון באצטדיון אל קמפין, הצליחה מיונאריוס לנצח דווקא בחוץ 1–2 מצמד של רוברטו אובלר.
טורנירים בינלאומיים.
מיונאריוס היא אחת מהקבוצות הקולומביאניות שהשתתפו הכי הרבה בגביע הליברטדורס. הישגה הטוב ביותר במפעל היה בטורנירים של 1960, 1973 ו-1974, בהן הגיעה הקבוצה לחצי הגמר. בקופה סודאמריקנה הגיעה הקבוצה פעמיים לחצי הגמר, בשנתונים 2007 ו-2012.
התואר הבינלאומי הרשמי היחיד שהשיגה היה בשנת 2001, כשהשתתפה בטורניר האחרון של גביע מרקונורטה. שנה לאחר שהפסידה בגמר הטורניר לאתלטיקו נסיונל, הצליחה מיוס לזכות בגביע. היא צלחה את הבית המוקדם עם 12 נקודות מתוך 18 מול יריבות כמו צ'יבאס גוודלחרה ממקסיקו, איטלצ'קאו מוונצואלה וניו יורק מטרוסטארס מארצות הברית. לאחר שהשיגה שער ניצחון בדקה ה-93 באצטדיון הג'יאנט סטאדיום שבארצות הברית, העפילה מיונאריוס לחצי הגמר מול עוד יריבה מקסיקנית, נקקסה. הפסד 2–3 בחוץ וניצחון בבית בתוצאה דומה, העבירו את ההכרעה לנקודה הלבנה, אותה ניצחה מיונאריוס והעפילה לגמר מול אמלק מאקוודור.
גם כאן התוצאה בסיכום הייתה זהה לאחר שני משחקי תיקו 1-1. בדו-קרב הפנדלים היה זה שוערה של מיונאריוס, רפאל דודאמל, שהדף שתי בעיטות והיה מהגורמים המכריעים בזכייה ההיסטורית של המועדון.
יריבויות.
שלוש היריבות העיקריות של מיונאריוס בליגה הן אינדפנדיינטה סנטה פה, אתלטיקו נסיונל ואמריקה קאלי. מול סנטה פה מדובר על יריבות גאוגרפית, מה שקרוי דרבי. שתי הקבוצות מייצגות את העיר בוגוטה ומאחר ושתיהן שיחקו מתחילתה של הליגה ועד היום מבלי לרדת לליגת המשנה, מדובר בקלאסיקו הגאוגרפי הוותיק בקולומביה.