עד שנת 1820 היה הצבא המצרי מורכב מסדרה של חילות לא-סדירים. מוחמד עלי כשל בניסיון לבצע אימונים חדשים ויחידות בלתי - ממושמעות בצבא לעיתים ערקו והחלו לשדוד ולבזוז כפרים ויישובים ברחבי מצרים. מוחמד עלי בתמורה העניק תשלומים כספיים למשפחות שנפגעו מהבזיזות הללו. תשלום זה, בתגובה, האדיר את שמו של מוחמד עלי ואת התמיכה העממית בשלטונו. הודות לתמיכה העממית בו, יכול היה מוחמד עלי להרחיק את הכוחות הלא-סדירים והבלתי-ממושמעים משדרת ההנהגה הצבאית. הוא הקשה על יחידות אלו ליצור כוח מורד אחיד וסדיר בכך שפיזר אותם בין מוצבים ברחבי מצרים לכדי יחידות קטנות. כמו כן, במטרה למנוע מאלו להצית מרידות, מוחמד עלי שלח שניים מבניו לפקד על המוצבים הלא-סדירים בערי הנמל לחופי הים התיכון: טוסון פאשא ואסמאעיל קאמיל פאשא. בהמשך הקים מוחמד עלי אקדמיה צבאית באסואן והחל לגייס קצינים מהגרנד ארמה הצרפתי שפורק לתפקידי הדרכה באקדמיה הצבאית. בהמשך הקים מוחמד עלי את משרד המלחמה המצרי, אשר היה בעל אחריות על המטה הכללי, הפיקוד הצבאי העליון וכל הכוחות המגויסים.
במטרה להביא לפיתוח מואץ של מצרים בתחומי החברה והכלכלה, מוחמד עלי פעל להקים אליטה משכילה בחברה המצרית אשר תעמוד בראש הפיתוח התעשייתי שאליו הוא שאף להגיע. בתי ספר ממלכתיים בסגנון אירופאי החלו להיבנות תחת הנהגתו והחינוך הדתי שהונהג זה מאות שנים בידי אל-אזהר, החל לאבד מסמכותו ומהשפעתו על האוכלוסייה המצרית הכוללת. בשנת 1816 החלה שליחה של סטודנטים מצרים למדינות אירופאיות, עם המטרה להשיג חינוך מועדף ובסופו של דבר לשוב למצרים. מוחמד עלי שלח את בנו, מוחמד סעיד פאשא, להתחנך בפריז, במהלך תקופת המונרכיה של יולי. בתוך המסגרת החינוכית תמך מוחמד עלי בתרגום שלל כתבים מאנגלית, צרפתית ואיטלקית (שהייתה השפה האירופאית המדוברת ביותר במצרים עד סוף המאה ה-18) לערבית ולטורקית. פיתוחים חינוכיים לצד פיתוחים תעשייתיים ומנהליים תרמו רבות להקמתו של גרעין מנהל במדינה המצרית שהורכב מהצבא, הצי והפקידות האזרחית. מושלים שקדמו למוחמד עלי הנהיגו מדיניות של פשרות עם כוחות פוליטיים פנימיים כגון הממלוכים, מוחמד עלי בשונה מהם שלט על מצרים ביד ברזל והסדיר את מרותו על כל תושבי מצרים.
בתקופה הקצרה של השלטון הצרפתי על מצרים, הוצאו רשמים אודות הפוטנציאל התעשייתי של מצרים. רישומים אלו שומשו מאוחר יותר בידי מוחמד עלי במטרה לפתח את המדינה המצרית מבחינה תעשייתית. בשנת 1820 החל מוחמד עלי, לאחר ייצוב הכלכלה החקלאית העצמאית של מצרים, להפוך את מדינתו למייצאת מרכזית של יבולים חקלאיים לאירופה. במידה רבה היה מוחמד עלי אחראי להפיכתה של מצרים לאחת המובילות ביצור הכותנה, שנית אך ורק לארצות הברית מבחינת ייצוא כותנה ליבשת אירופה. במקביל, מוחמד עלי ביטל את ארגוני הגילדות במסגרת הפיתוח של הכלכלה התעשייתית במצרים. מוחמד עלי השקיע בתשתית ובנה תעלות ודרכים, בעיקר במטרה לספק את הדרישה לנוכח גדילת סחר החוץ הבינלאומי. בין השנים 1816 - 1850, עלתה כמות עובדי התעשייה במצרים כמעט בחצי מיליון איש.
מסעותיו הצבאיים.
בחסות העות'מאנים.
במרץ 1807, במסגרת המלחמה האנגלו-עות'מאנית, כוחות האימפריה הבריטית החלו בניסיון לכיבוש צבאי של מצרים במטרה להקים בסיס מבצעי באלכסנדריה. המלחמה הייתה מקושרת למלחמות הנפוליאוניות שכן הסולטאן העות'מאני סלים השלישי חידש את הברית הפרנקו-עות'מאנית עם הקיסרות הצרפתית הראשונה שהייתה במלחמה ממושכת נגד האימפריה הבריטית. הבריטים השיגו עליונות ימית והשתלטו על אלכסנדריה ללא קרב שכן תושבי העיר התנגדו לשלטון מוחמד עלי אך לא היו מסוגלים להתקדם מעבר לה. הכוחות הבריטים הוציאו לפועל שני ניסיונות כושלים לכבוש את העיר רשיד (רוֹזֵטָה כפי שנודעה באותם הימים) אשר הייתה השער לתנועה דרך נהר הנילוס. לאחר התבוסה המכרעת בקרבות על רשיד, הכוחות הבריטים נסוגו חזרה לאלכסנדריה. כוחות הצבא המצרי תחת מוחמד עלי הטילו מצור על העיר ומנעו התקדמות של הכוחות הבריטים. כמו כן, הכוחות הבריטים לא היו מצוידים כראוי למערכה ארוכה ועל כן היה על חיל המשלחת לעזוב את העיר ולוותר על המערכה הכושלת לכיבוש מצרים.
בית סעוד השתלט על חצי האי ערב, הקים את (המדינה הסעודית הראשונה) והפיץ וריאציה קיצונית ופוריטאנית של האסלאם, הווהאביזם, סיעה דתית שהתנגדה לכל שינוי באורח החיים והשבת המצב החברתי לזה של תקופת הקמת האסלאם. כחלק מהמלחמה הווהאבית-עות'מאנית, ביקש הסולטאן מוסטפא הרביעי ממוחמד עלי לצאת למסע צבאי נגד בית סעוד. רק ב-1811 היה צבאו של מוחמד עלי מוכן לצאת לקרב, בפיקודו של טוסון, בנו הבכור של מוחמד עלי. צבאו של מוחמד עלי נחל הצלחה חלקית אולם לא הצליח להכניע את בית סעוד, ואלו נסוגו לנג'ד והתיישבו בא-דרעיה וסביבתה ומשם המשיכו להטריד את הכוחות העות'מאנים (כולל הצבא המצרי). מוחמד עלי שלח כוח צבאי נוסף, בפיקודו של בנו הבכור, אבראהים פאשא. צבא זה נע דרך מדבריות חבלי חג'אז ונג'ד וכבש לבסוף את א-דרעיה, מושב ההנהגה הסעודית. לאחר הנחלת ההצלחה, שבה אבראהים פאשא את מנהיג בית סעוד, עבדאללה בן סעוד, שנשלח לקונסטנטינופול, שם הוא הוצא להורג בהוראת הסולטאן העות'מאני.
במקביל למערכה הראשונה בחצי האי ערב תחת טוסון פאשא, מוחמד עלי הורה על משלחת נוספת לכיבוש חופי ים סוף ביבשת אפריקה. הכוחות המצריים כבשו עד לאזור באב אל-מנדב (ג'יבוטי של היום) המקשרים את ים סוף עם מפרץ עדן וכלל האוקיינוס ההודי. בשנת 1820 מוחמד עלי שיגר לסודאן צבא של 5,000 חיילים בפיקודם של בנו השלישי, אסמאעיל, ושל המצביא עאבדין (عابدين بك) שהיה מושל אל-מניא במצרים העליונה, הצבא המצרי הצליח להתגבר על התנגדותם של השבטים המקומיים וכבש את השטח. המטרה העיקרית של המערכה בסודאן הייתה העבדת האוכלוסייה המקומית לצורכי כוח אדם לקראת מסעות המלחמה הבאים וחיפוש אחר מחצבים טבעיים שישומשו למען מטרות כלכליות. כמו כן, מוחמד עלי השתמש בעבדים מסודאן כדי להוציא לפועל פשיטות דרומה לאזור שמדרום לסאהל במטרה למנוע מעלייתה של ישות פוליטית העלולה לאיים על מצרים מדרום וכדי להסדיר את השלטון המצרי על אורכי נהר הנילוס. הפשיטות הללו בדרום נמשכו בתקופת יורשיו של מוחמד עלי והגיעו לשיאן בעת שלטונו של אסמאעיל פאשא, כאשר גררו אחריהן מאבק טריטוריאלי שהסלים לכדי מלחמה בין מצרים והאימפריה האתיופית.
מלחמה ביוון.
מלחמת העצמאות היוונית התפרצה בתחילת 1821. הסולטאן מהמוט השני ביקש ממוחמד עלי עזרה בדיכוי המרד ובתמורה הבטיח לו את השליטה באי כרתים. מוחמד עלי ארגן כוח צבאי בן 16,000 לוחמים שנשלח בפיקודו של בנו אבראהים פאשה. ב-24 בפברואר 1825 נכנסה מצרים למלחמה נגד הרפובליקה ההלנית הראשונה. במהלך חודש מרץ התרחש כיבוש מצרי של האי כרתים ולאחריו החלה פלישה לתוך יוון עצמה והחל כיבוש מצרי של חצי האי פלופונסוס ומצפון לו. עם תחילת הכיבוש של יוון עצמה, התרכז אבראהים פאשא בכיבוש העיר מיסולונגי. הכוחות היוונים בתוך העיר החזיקו מעמד במשך כמעט שנה שלמה עד אשר נפלו לכוחות הברית המצרית-עות'מאנית. בהמשך החל כיבוש של חצי האי מאני בדרום פלופונסוס. במהלך המערכה על פלופונסוס היה הצבא המצרי במאבק ממושך נגד כוחותיו של תיאודורוס קולוקוטרוניס אשר מנעו את התנועה המצרית לעבר הבירה הזמנית היוונית בנאפפליו.
בתגובה למאבק היווני לעצמאות, המעצמות האירופאיות המובילות (בריטניה, רוסיה וצרפת) התערבו לטובת הכוחות היוונים במטרה להחליש את מעמדה של האימפריה העות'מאנית ולחזק את השפעתם על שטחיה. ב-20 באוקטובר 1827, במהלך קרב נאווארינו הוטבע רוב הצי המצרי בידי כוחות ברית בריטית-צרפתית-רוסית תחת פיקודו העליון של אדוארד קודרינגטון. ללא תמיכת הצי לא הייתה לכוח הצבאי אפשרות לחימה ואבראהים פאשה הסיג את הכוחות חזרה למצרים. ללא התמיכה המצרית ולנוכח פתיחת חזית מלחמה נוספת נגד האימפריה הרוסית, האימפריה העות'מאנית נכנעה והכירה בהסכם השלום בריבונותה של יוון, אשר מאוחר יותר הפכה לממלכת יוון. המלחמה הייתה יקרה במיוחד לכוחות המצריים אשר לא השיגו דבר ממנה. בסופה של המלחמה סירב הממשל העות'מאני להכיר בכרתים תחת חסות מצרית של מוחמד עלי (אף על פי שבפועל היו כוחות הצבא המצרי בכרתים ושלטו על האי בכל מקרה) כפי שהובטח קודם לכן. כפיצוי על אובדן הצי וכתמורה על הסיוע, מוחמד עלי ביקש מהשער הנשגב את סוריה וארץ ישראל והבין שיש נכונות להיענות לבקשתו.
מלחמות בעות'מאנים.
ההתנגדות העות'מאנית להעברת כרתים לממשל המצרי של מוחמד עלי עוררו משבר ביחסי קהיר - קונסטנטינופול וכאמור לא היה להנהגה העות'מאנית כל סמכות פנימית על מצרים מלבד ההכרה ההלכתית של הסולטאן העות'מאני כשליט על מצרים. עד 1831 הקים מוחמד עלי צי חדש, גייס ואימן צבא חדש ושלח את בנו, אבראהים פאשא, להוביל את צבא היבשה לכיבוש ארץ ישראל וסוריה בתמיכת הצי בפיקודו של אבראהים יקאן, ובכך פתח את המלחמה המצרית-עות'מאנית הראשונה. לדעתו של מוחמד עלי, הנסיבות היו לטובת מהלך זה. הצבא העות'מאני היה חלש בגלל פירוק צבא היניצ'רים ב-1826 על ידי הסולטאן מהמוט השני בגלל מעורבתם במרידות נגד המשטר. במקביל הוואלי של דמשק היה נטול כוח מעשי ומוחמד עלי קנה את תמיכת משפחות האליטה בהרי שכם ובירושלים. לטענתו של מוחמד עלי, ארץ ישראל הובטחה לו על ידי הסולטאן כתמורה על עזרתו בדיכוי המרד היווני ולפיכך כיבושה היה מימוש זכותו. בנוסף, שליט עכו עבדאללה פאשא, לווה ממנו סכום כסף משמעותי והתחמק מלהחזיר את ההלוואה ואף לא הסכים להחזיר למצרים כמה אלפי פלאחים שנמלטו מעול המיסים והגיוס לצבא אל ארץ ישראל.