לאחר שהובסו שני הקווים הראשונים בצבאו של חניבעל נערכו הלגיונות מחדש בקו ארוך אחד (בניגוד ל-3 הקווים המסורתיים) במטרה להשתוות לאורך הקו הקרתגי. צבאו של סקיפיו צעד לעבר הקו הקרתגי האחרון, שהורכב מוותיקי צבא איטליה של חניבעל, שעדיין לא נטלו חלק בקרב. ההתנגשות הסופית הייתה קשה, והוכרעה רק כאשר כוחות הפרשים של סקיפיו אפריקנוס חזרו מהמרדף אחרי הפרשים הקרתגים, והסתערו על עורפו של הצבא הקרתגי. צבאו של חניבעל, שהותקף במקביל מחזיתו ומעורפו, הובס והתפורר, באופן המזכיר את שאירע לצבא הרומאי בשלבי הסיום של קרב קאנה.
לאחר הקרב.
אישים בולטים רבים בסנאט הרומאי, ובמיוחד קאטו, ציפו מסקיפיו להחריב כליל את קרתגו לאחר הניצחון, אולם סקיפיו הסתפק בהכתבת תנאי כניעה ששימרו את עצמאותה של קרתגו בענייני פנים, אף שהיו חמורים בהרבה מקודמיהם. כעת נתבעה קרתגו להעביר למסיניסה שטחים רבים באפריקה, לפצות את רומא בעשרת אלפים טלנטים בתשלומים למשך 50 שנה, להסגיר את הצי פרט לעשר ספינות, למסור מאה בני ערובה מאצילי העיר, ולא לפתוח במלחמה ללא אישור מרומא. בלית ברירה קיבלה קרתגו את ההסכם, שהפך לביטוי המתאר הסכם שלום שאינו הוגן (שלום קרתגו). התנאים הקשים הפכו את קרתגו לתלויה ברצונה של רומא וחשופה לפגיעות שכניה, מה שהוביל לבסוף לפרוץ המלחמה הפונית השלישית וחורבנה של קרתגו.
בהסכמת סקיפיו הותר לחניבעל להפוך למנהיג אזרחי בקרתגו, הסכמה שמשפחת קאטו לעולם לא שכחה לו. בניגוד למתינותו היחסית מול קרתגו, נהג סקיפיו באכזריות כלפי עריקים רומיים ולטיניים, ששירתו בצבאו של חניבעל - הלטינים נענשו בעריפת ראש והאזרחים הרומיים נצלבו.
חזרה לרומא.
בהגיעו לרומא התקבל סקיפיו בטריומף ביחד עם הכינוי (היה זה מקובל להעניק שם רביעי לאזרח רומי, שניתן כתואר כבוד) "אפריקנוס". הוא סירב לביטויי כבוד נוספים שאנשים התעקשו להעניק לו, למשל קונסול לכל החיים ודיקטטור. בשנת 199, סקיפיו נבחר לקנסור ולמספר שנים אחר כך הוא חי בשלווה ולא השתתף בפוליטיקה.
ב-193, סקיפיו היה אחד חברי ועדה שנשלחה לאפריקה כדי ליישב את המחלוקת בין מסיניסה לבין קרתגו. הוועדה לא הצליחה בכך. ייתכן שאת הכישלון יש לייחס לכך שחניבעל, בשירותו של אנטיוכוס השלישי מסוריה, בא לקרתגו כדי לאסוף כוחות להתקפה חדשה על איטליה. ב-190, כשרומא הכריזה מלחמה נגד אנטיוכוס השלישי, הציע סקיפיו שיחבור לאחיו לוקיוס קורנליוס סקיפיו אסיאטיקוס אם הסנאט יפקיד בידיו את הפיקוד העליון. שני האחים הביאו את המלחמה לסיום בניצחון מכריע בקרב מגנסיה ( חבל ארץ ביוון התיכונה, הנקרא על שמם של המגנטים, בני שבט יווני קדמון שהשתתף במלחמת טרויה), באותה שנה.
פרישה.
אויביו הפוליטיים של סקיפיו, בהובלת מרקוס פורקיוס קאטו קנסוריוס הידוע כ"קאטו הזקן" לו מיוחסת האימרה "מלבד זאת אני סבור שיש להרוס את קרתגו", התקדמו בזירה הפוליטית בהיעדרו. כשהסקיפיונים שבו לרומא, שני טריבונים העמידו לדין (שנת 187) את לוקיוס (אח של סקיפיו) באשמת מעילה שעיקרה, שימוש לא הוגן בכסף שהתקבל מאנטיוכוס. בעת שלוקיוס הציג את ספרי החשבונות שלו, אחיו חטף אותם בכוח מידיו, קרע אותם לגזרים, והשליכם על רצפת בית הסנאט. פובליוס (סקיפיו) לכאורה שאל את בית-המשפט (הכוונה לנוכחים במשפט) מדוע הם מתעניינים כיצד 3,000 טלאנטים בוזבזו וככל הנראה אינם מתעניינים כיצד 15,000 טלאנטים נכנסו לקופת המדינה (זה הסכום שאנטיוכוס שילם לרומא אחרי שהובס על ידי לוקיוס). המעשה המתנשא הזה גרם לתחושת בושה בקרב התביעה, ונראה שההאשמות נגד לוקיוס בוטלו, אף על פי שלוקיוס שוב יתבע, ובפעם הזו הורשע, אחרי מותו של פובליוס.
סקיפיו עצמו הואשם אחר-כך (185) ששוחד על ידי אנטיוכוס. בכך שהזכיר לאנשים שזהו יום השנה לניצחונו בזאמה, הוא גרם להתפרצות של התלהבות לטובתו. ההמון התאסף סביבו וליווה אותו לקפיטול, שם הם הודו לאלים וביקשו מהם להעניק לרומא עוד אזרחים כמו סקיפיו. למרות התמיכה העממית לה זכה סקיפיו, היו ניסיונות מחודשים להביאו למשפט, אך ניסיונות אלה הוכשלו על ידי חתנו לעתיד טיבריוס סמפרוניוס גרקכוס, הבכיר. ככל הנראה, היה זה המעשה הזה אשר הביא את סקיפיו להציע את ביתו הצעירה קורנליה אפריקנה מינור (אז בת 5) לגרקכוס, המבוגר ממנה במספר עשורים. (אין סימוכין מהתקופה למאורע זה; מה שידוע זה שגרקכוס נשא את קורנליה, כשהייתה בת 18 לערך, ב-172).
אפריקנוס פרש לביתו בכפר בליטרנום, אשר בחופה של קמפניה. הוא חי שם בשארית חייו, וגילה גדלות-נפש בכך שניסה למנוע את חיסולו של חניבעל הגולה. הוא מת, קרוב לוודאי, ב-183 (השנה והתאריך המדויקים אינם ידועים) בגיל 53 בערך. מותו, כך נאמר, היה בנסיבות חשודות. ייתכן שהוא מת בשל השפעה חוזרת ונשנית של קדחת אשר תקפה אותו בקצרה במערכה של שנת 190, או שהוא שם קץ לחייו מסיבות שאינן ידועות.
נאמר עליו שדרש להיקבר הרחק מעירו כפוית הטובה, ונאמר שהאימפרטור אוגוסטוס ביקר בקברו בליטרנום יותר מ-150 שנה לאחר מותו.
כך או אחרת, אין זה ודאי שהוא אכן נקבר בליטרנום, ואין עדויות בנות-זמננו למותו וקבורתו. נאמר שהוא הזמין כתובת למצבתו: "ארץ אבות כפוית טובה, לא תקבלי אפילו את עצמותיי" [לטינית: Ingrata patria, ne ossa quidem habebis].
הקשר ההדוק בין סקיפיו ליריבו הגדול חניבעל, נשמר גם בסוף חייהם. חניבעל ברקה מת כגולה, בדומה לסקיפיו ובסמוך למותו של סקיפיו. הוא סיים את חייו בביתיניה באותה שנה או מעט אחר כך, אולם בעוד מותו של סקיפיו היה שקט יחסית, חניבעל מת כשעד יומו האחרון הוא נרדף ונתון להצקות, מידי מצביאים רומים נלהבים דוגמת טיטוס קווינכטיוס פלמינינוס.
נישואים וצאצאים.
יחד עם אשתו אמיליה פאולה (שידועה גם כאמיליה טרטיה), ביתו של הקונסול לוקיוס אמיליוס פאולוס שנפל בקרב קאנאי ואחות לקונסול אחר, לוקיוס אמיליוס פאולוס מקדוניוס, היו לו חיי נישואים מאושרים ופוריים. אמיליה פאולה זכתה לעצמאות ועושר יוצאי דופן ביחס לאישה פטריקית נשואה, והייתה מודל לחיקוי חשוב לנשים רומאיות רבות. ביתה הצעירה קורנליה, אימו של גרקכוס, הייתה אף היא מודל לחיקוי לנשים אצילות רבות ברפובליקה הרומית המאוחרת, כולל כפי שטוענים, אימו של יוליוס קיסר.
במותו, היו לסקיפיו שני בנים חיים. שניהם היו לפרייטורים ב-174, אך לא היו מעורבים בחיים הציבוריים מעבר לכך; שניהם מתו לא נשואים וצעירים יחסית. פובליוס קורנליוס סקיפיו, הבכור והיורש, אימץ את דודנו הראשון – אמיליוס פאולוס אשר נולד ב-185 בתור פובליוס קורנליוס סקיפיו אמיליאנוס. זאת הרבה לפני קרב פידנה שהתרחש ב-168 לפנה"ס, במהלכו הוביל אמיליוס את הרומאים לניצחון, ובכך שם קץ למלחמה המקדונית השלישית.
לסקיפיו ואמיליה פאולה היו גם שתי בנות חיות. הבכורה, קורנליה, נישאה לדודנה השני פובליוס קורנליוס סקיפיו נאסיקה קורסולום (בנו של הקונסול לשנת 191 גנאיוס קורנליוס סקיפיו קאלבוס). החתן היה רומאי מכובד בזכות עצמו. הוא היה לקונסול (והתפטר בשנת 162 מסיבות דתיות ונבחר מחדש ב-155), קנסור בשנת 159, יושב ראש הסנאט, ומת כפונטיפקס מקסימוס, התפקיד הדתי החשוב ביותר ברומא העתיקה ב-141. סקיפיו נאסיקה זכה לכיבודים רבים בזכות חמו המנוח, והיה ידוע בעמדתו האיתנה (גם אם בסופו של דבר כושלת) כנגד קאטו הזקן, בדבר עתידה של קרתגו מ (בערך)- 157-149. היה להם לפחות בן אחד ששרד.
הבת הצעירה הייתה מפורסמת יותר בהיסטוריה; קורנליה אפריקנה, הרעיה הצעירה של הקשיש טיבריוס גרקכוס הבכיר, טריבון הפלבאים, פריטור, ואחר כך קונסול לשנת 177 (אחר כך קנסור וקונסול שוב). קורנליה אפריקנה הייתה אם ל-12 ילדים, הבנים השורדים היחידים מהם היו טיבריוס גרקכוס וגאיוס גרקכוס ואחותם סמפרוניה. כל שלושת הילדים השורדים מנישואים אלה נתקלו בגורל מר; האחים הגרקכים מתו צעירים יחסית, נרצחו או אולצו להתאבד על ידי קרובי משפחה שמרנים. הבכורה, שהייתה גם הבת היחידה ששרדה, סמפרוניה, נישאה לבן דודה הראשון של אימה (ובן דודה שלה דרך אימוץ) סקיפיו אמיליאנוס אפריקנוס. לזוג לא היו ילדים, וסמפרוניה שנאה את בעלה לאחר שהוא מחל על רצח אחיה טיבריוס ב-132. במותו המסתורי של סקיפיו ב-129, בגיל 56, היו שהאשימו את אשתו. ואחרים האשימו את אויביו הפוליטיים.
צאצאיו היחידים של סקיפיו שחיו בתקופת רפובליקה המאוחרת היו צאצאי שתי בנותיו. בניו מתו ללא צאצאים חוקיים ששרדו. אחרון הילדים השורדים מביתו הצעירה, סמפרוניה, אשתו ואלמנתו של סקיפיו אמיליאנוס, חי עד שנת 102 לפנה"ס. צאצאית נוספת הייתה הנינה של נינתו, שמה - פולביה, הנכדה היחידה של גאיוס גרקכוס, המוכרת בעיקר כאשתו השלישית העשירה של חבר הטריאומוויראט מרקוס אנטוניוס, שנטש אותה לטובת קלאופטרה. לפוליביה היו מספר ילדים, לפחות על אחד מהם, יולוס אנטוניוס, ידוע שהיו לו צאצאים שורדים במאה הראשונה לספירה.
נכד נוסף שלו שידוע עליו, פובליוס קורנליוס סקיפיו נאסיקה סראפיו, היה הרבה יותר שמרן מבני דודיו הגרקכים. הוא וצאצאיו נהיו שמרנים יותר ויותר, בניגוד ניכר לאב ולסבים. נאסיקה סראפיו שהיה נכדו הבכור של סקיפיו אפריקנוס, התמנה לקונסול ב-138. נאסיקה סראפיו רצח את בן דודו טיבריוס סמפרוניוס גרקכוס, בשנת 132. נאסיקה סראפיו, אף על פי שהיה פונטיפקס מקסימוס, נשלח לאסיה הקטנה על ידי הסנאט במנוסה מזעמם של תומכי האחים הגרקכים, ומת במסתוריות בפרגמון. נטען שהורעל על ידי סוכן של הגרקכים.