בשנות האלפיים התחזקה מגמה שהחלה עוד בשנות ה-90 - הקבוצה מגדלת שחקני בית מוכשרים, אך ממהרת למכור אותם לקבוצות אחרות. מגמה זו הייתה לאחד הגורמים העיקריים להידרדרות הקבוצה אל תחתית הטבלה באופן כמעט קבוע החל מעונת 2002/2003. תחלופת השחקנים הפכה גבוהה במיוחד בשנים אלו, כך שבעונת 2005/2006 למשל, שיתפה הקבוצה 36 שחקנים במשחקי הליגה, החליפה עשרה שחקנים באמצע העונה ושחררה 18 בסיומה.
בעונת 2006/2007 ירדה הפועל פתח תקווה לליגה השנייה בפעם השלישית בתולדותיה, ובפעם הראשונה לאחר 23 עונות רצופות בליגה הבכירה. בשנה זו מכר שמיר את החזקותיו בקבוצה לידיים אחרות ובכך החלה הידרדרות המקצועית של הקבוצה. הקבוצה הצליחה להימנע משקיעה בליגת המשנה ועלתה לאחר שנה בלבד בחזרה לליגה הבכירה, לאחר שסיימה את עונת 2007/2008 במקום השני בליגה הלאומית. המגמה של תחלופת שחקנים בקצב חריג לא פסקה, ובקיץ 2009 שחררה הקבוצה 15 שחקנים וצירפה 17 שחקנים חדשים במקומם.
ביולי 2011 הקבוצה הגישה לבית המשפט המחוזי בקשת פירוק בשל חובות כבדים, ובקשה למנות מפרק זמני לקבוצה, כדי שיגייס תקציב מינימום לליגת העל בעונה הבאה. על-פי תקנות ההתאחדות לכדורגל, ממאזנה של קבוצה שנכנסת להליך פירוק מופחתות באופן אוטומטי 9 נקודות ליגה. בסוף החודש הודיעה הרשות לבקרת תקציבים להתאחדות כי הקבוצה לא הצליחה לגייס את סכום המינימום לתקציב בליגת העל. ב-8 באוגוסט 2011 החליט בית המשפט לאחר מספר הארכות ומספר דיונים לקבל את הערעור של הקבוצה להשאיר את הפועל פתח תקווה בליגה הבכירה, זאת לאחר שכבר הודיע בית המשפט כי הקבוצה תרד לליגת המשנה ובמקומה תעלה הפועל כפר סבא.
את עונת 2011/2012 פתחה הקבוצה במינוס 9 נקודות, וב-16 באפריל 2012 ירדה לליגה הלאומית לאחר שהייתה במקום האחרון לאורך כל העונה. לאחר שנתיים בליגה הלאומית, ב-9 במאי 2014 הבטיחה הקבוצה את עלייתה בחזרה לליגת העל, לאחר שסיימה את עונת 2013/2014 במקום השני בטבלה. בעונת 2014/2015 סיימה במקום ה-13 בטבלה וירדה בחזרה לליגה הלאומית לאחר עונה אחת, מחזור אחד לסיום העונה.
פירוק שני ודשדוש בליגה השנייה: 2016-הווה.
בעונת 2015/2016 סיימה במקום השישי בליגה הלאומית. בעונת 2016/2017 הופחתה לקבוצה נקודה ממאזנה בטבלה, עקב אי הגשת דוחות כספיים במועדן, והיא שוב סיימה את העונה במקום השישי. עונת 2017/2018 הייתה החלשה ביותר של הקבוצה מאז ירדה לליגה הלאומית, ולראשונה לא הצליחה להעפיל לפלייאוף העליון. לאחר שניצלה מירידה סיימה הקבוצה את העונה במקום התשיעי בטבלה.
בקיץ 2018 יצא המועדון לפירוק נוסף לבקשתם של עובדי המועדון שלא קיבלו שכר במשך תקופה ארוכה, כאשר החובות של המועדון עמדו על כ-4.5 מיליון שקלים. בעלי המועדון דורון גלנט הועזב על ידי בית המשפט, והקבוצה החלה את עונת 2018/2019 עם מינוס 11 נקודות. ב-12 במרץ 2019 אישרה ההתאחדות לכדורגל את העברת המועדון לידי עמותת ״הכחולה״, והפיכתו לקבוצת ספורט בבעלות אוהדים. למרות הפחתת 11 נקודות הצליחה הקבוצה לסיים במקום העשירי ולהישאר בליגה הלאומית.
בעונת 2019/2020 התחזקה הקבוצה על מנת לנסות ולהעפיל שוב לליגת העל אך הניסיונות עלו בתוהו ואחרי חילופי מאמנים הקבוצה סיימה שוב במקום העשירי בליגה. ב-1 בדצמבר 2020, לאחר שפתחה הקבוצה את עונת 2020/2021 עם שבעה הפסדים בעשרה משחקים, פוטר מסאי דגו מאימון הקבוצה, ובמקומו אימן זמנית עוזרו קלמי סבן למשך משחקים בודדים.
ב-14 בדצמבר 2020 מונה חיים שאבו למאמן הקבוצה עד סוף העונה. ובהמשך מונה קלמי סבן כמחליפו, ב-8 במרץ 2021. ב-10 בינואר 2021 נכנס כדורגלן העבר אייל ברקוביץ' כשותף בקבוצה וכמנהל מקצועי של המועדון, והצהיר כי הגיע על מנת לעזור למועדון להישאר בליגה בעונה הנוכחית, ובעונות שלאחר מכן להעפיל חזרה לליגת העל אחרי שנות היעדרות רבות. בסוף עונת 2020/2021 ירדה לראשונה בתולדותיה לליגה השלישית בחשיבותה, ליגה א', אך לפני תחילת עונת 2021/2022 נשארה לבסוף בליגה הלאומית על חשבונה של הפועל איכסאל שלא עברה את אישור הבקרה התקצבית והורדה במקומה לליגה א'.
אצטדיון הקבוצה.
בראשית ימיה שיחקה הקבוצה במגרש ברחוב קק"ל שבעיר. לאחר מכן עברה הקבוצה ל"מגרש הפועל" אשר היה מוכר בכינוי "הבריכה". האצטדיון נחנך בשנת 1940, והיה ממוקם ברחוב אברבנל. בשנת 1967 עברה הקבוצה לאצטדיון האורווה אשר נבנה מכספם האישי של אנשי מפא"י הפתח תקוואים, ותיקי ההסתדרות ואנשי פלוגת הסדרן. האצטדיון הכיל בשיאו כ-8000 מקומות ישיבה, ושימש את הקבוצה עד להריסתו בשנת 2011. בפרק הזמן שבין הריסת אצטדיון האורווה ועד לחניכת אצטדיון המושבה, קיימה הקבוצה את משחקיה הביתיים באצטדיון רמת גן.
בדצמבר 2011 עברה הקבוצה לאצטדיון המושבה אשר נבנה בסמוך לדרך אם המושבות ומכיל 11,500 מקומות ישיבה. בטרם נחנך האצטדיון, פתח היסטוריון הקבוצה ויקיר העיר ניסים קלדרון אליו הצטרפו בהמשך אוהדי הקבוצה במאבק על מנת שהאצטדיון יקרא "אצטדיון ראש הזהב" על שמו של נחום סטלמך כדורגלן הקבוצה בעבר, אולם בסופו של דבר החליטה עיריית פתח תקווה ששמו של האצטדיון יקרא "אצטדיון המושבה", שם המתקשר לכינויה של העיר, "אֵם הַמּוֹשָׁבוֹת". על אף ההחלטה, המשיכו אוהדי הקבוצה במאבק במטרה לשנות את החלטת העירייה.
הדרבי של פתח תקווה.
תשומת לב רבה מושכים משחקי הדרבי בין הפועל ליריבה העירונית מכבי פתח תקווה. מאז שרשרת האליפויות של הפועל שנקטעה באמצע שנות השישים נחשבות שתי הקבוצות לכאלו שלא מצליחות להיפטר מתדמית הבינוניות ולהתמודד על האליפות, כאשר יוצאי דופן הם זכייתה של הפועל בגביע בתחילת שנות התשעים, מיקומיה הגבוהים של מכבי בטבלה בשנות האלפיים והצלחות נקודתיות של שתי הקבוצות במאבקיהן באירופה. על כן, נחשבים משחקי הדרבי כזירה העיקרית לקרב על הבכורה בעיר. מתוך 113 מפגשים בדרבי ניצחה הפועל ב-43 מפגשים, הפסידה ב-34 וסיימה 36 מפגשים בתוצאת תיקו.
עמותת הכחולה.
עמותת "הכחולה" הוקמה בשנת 2016 על ידי אוהדי המועדון. מטרת העמותה היא חיזוק זהותה של קהילת האוהדים וסיוע בייצוג הקהילה בפני הנהלת הקבוצה. העמותה פתחה במגעים לרכישת המועדון בחודש פברואר 2017. בחודש אוקטובר 2017 משא המתן עלה על שירטון על רקע דרישת הבעלים לשעבר, דורון גלנט, לתשלום "הלוואת בעלים" שלטענת העמותה לא הוצגו סימוכין לקיומה.
בינואר 2019 אישרה השופטת בתיק הפירוק, עירית וינברג נוטוביץ את בקשתו של המפרק עו"ד יצחק יונגר, למכירת הקבוצה לידי עמותת הכחולה. בנוסף לקבוצת הבוגרים הרכישה כוללת גם את מחלקת הנוער, בסכום של כמיליון שקלים, שנגבו כדמי חבר על ידי 978 חברי העמותה מיום הקמתה (דמי החבר השנתיים נעים בין 408 ל-1,104 ש"ח). ב-13 בפברואר 2018 ניתן אישור ה"ועדה להעברת זכויות" של ההתאחדות לכדורגל להעברת הקבוצה מידי המפרק לעמותה.
כדורגלני עבר בולטים.
לדעת רבים, הכדורגלן הגדול בכל הזמנים והשחקן החשוב ביותר של הפועל פתח תקווה מאז היווסדה הוא החלוץ נחום סטלמך, המכונה "ראש הזהב" בזכות יכולת הנגיחה החזקה והמדויקת שלו. סטלמך הוא מלך השערים של הקבוצה בכל הזמנים עם 152 שערים. אחריו בדירוג נמצא מוטי קקון, המכונה "העיט", עם 131 שערים. סטלמך נחשב לכוכב של נבחרת ישראל, אך קקון לא הצליח להשתלב בנבחרת בכלל וערך במדיה 2 הופעות בלבד במשחקי ידידות. בשנות ה-50 וה-60 בלטו לצידו של סטלמך גם יעקב ויסוקר, יצחק ויסוקר, בועז קופמן, זכריה רצאבי, שלמה נהרי, (יצחק דרוקר), שאול חייק ושמואל רוזנטל. בסוף שנות השבעים בלט דב רמלר. בתקופה בה חזרה הקבוצה לצמרת בשנות ה-80 וה-90, שחקניה הבולטים היו בני קוזושווילי, ניר לוין, יוסי שושני, יוסי לוי, איתן בודניוק, מני בסון ודני ניראון.
במהלך שנות התשעים צברה לעצמה מחלקת הנוער של הקבוצה מוניטין של אחת הטובות בארץ ושחקנים מובילים רבים גדלו בה. המועדון לא השכיל לנצל זאת על מנת להגיע להישגים, ותחת זאת מכר את רובם לאורך השנים. בשנות התשעים ותחילת שנות האלפיים מרבית ההעברות היו מפתח תקווה למכבי חיפה, ובין השחקנים שנמכרו היו אלון חזן, רפי כהן, אדורם קייסי, אופיר קופל, ואליד באדיר, מנור חסן ומיכאל זנדברג, שרובם הפכו בהמשך לשחקנים מרכזיים בקבוצתם החדשה ובנבחרת ישראל. בהמשך החלה הקבוצה לשחרר את שחקניה המובילים גם לקבוצות אחרות, כמו אלי אברבנל שעבר להפועל חיפה, יוסי שבחון שעבר למכבי תל אביב, יוסי רוזן שעבר להפועל תל אביב וטוטו תמוז שעבר לבית"ר ירושלים. עם התדרדרותה של הקבוצה הבוגרת בעשור השני של המאה ה-21, גם מחלקת הנוער ירדה מגדולתה.
תארים והישגים.
ליגת העל:
גביע המדינה:
גביע הטוטו
גביע אלוף האלופים:
גביע הטוטו בליגת המשנה
גביע ה-20:
גביע ליליאן
מאמני הקבוצה לאורך השנים.
לפחות 56 מאמנים שונים (ב-70 קדנציות) אימנו את הפועל פתח תקווה מאז היווסדה.
להלן רשימת המאמנים של הפועל פתח תקווה לאורך שנותיה:
קרב מרתון
קרב מרתון (ביוונית: Μάχη τοῦ Μαραθῶνος; 490 לפנה"ס) היה קרב במלחמת פרס–יוון, שהיה הניסיון המשמעותי ביותר של דריווש, מלכה של האימפריה האחמנית הפרסית לכבוש ערים יווניות ביוון היבשתית. הקרב שהתרחש בין צבא אתונה לצבא הפרסי, התפרסם בעיקר בשל הניצחון האתונאי על אף נחיתותו המספרית של צבאם.
הרקע המדיני לקרב.
בשנת 500 לפנה"ס פרץ מרד של הערים היווניות באיוניה, חבל ארץ בחוף המערבי של אסיה הקטנה, כנגד השלטון הפרסי. לבקשת העזרה שנשלחה על ידי המורדים לערים העיקריות ביוון באותה עת נענו רק אתונה וארטריה, בשלחן אוניות סיוע למורדים.
המרד נכשל והסתיים בשנת 494 לפנה"ס עם כיבוש העיר האיונית המובילה, מילטוס ושריפתה.