שיעור היענות נמוך ביותר מצד התושבים בבחירות וזכייתו של קונאן-בדייה עם תמיכה של כ-96% הייתה ניצחון חלול. הציבור ראה בזכייה המשך לדמוקרטיה המדומה של תקופת הופואה-בואני ואי השקט בקרב התושבים גבר, על רקע המשך הדיכוי של מדיניות האיוואריות והבעיות הכלכליות המעמיקות.
ב-23 בדצמבר 1999 הציגה קבוצת קצינים שורה של דרישות בפני קונאן-בדייה, ביניהן שחרור פעילים של ה-RDR מהכלא. קונאן-בדייה סירב ולמחרת, ב-24 בדצמבר, נערכה הפיכה צבאית: המורדים השתלטו במהירות על שדה התעופה ועל גשרים חשובים באביג'אן בעוד מהומות מתחוללות ברחבי העיר. קונאן-בדייה הכריז על פיזור הפרלמנט ונמלט מהמדינה לטוגו ומשם לפריז. הוקמה ממשלה זמנית בראשות רובר גֵאִי, גנרל לשעבר שהודח על ידי קונאן-בדייה מצבא חוף השנהב ב-1997, אשר הכריז על עריכת בחירות בשנת 2000. בניגוד להבטחות קודמות החיה גאי את מדיניות קודמו וקבע כי על שני הוריו של מועמד לנשיאות להיות ילידי חוף השנהב. כך נמנעה פעם נוספת מועמדותו של ואטארה ונותר מועמד אחד שנחשב "איווארי" מספיק להתמודד מול גאי - לוראן גבאגבו. גבאגבו ניצח בבחירות באופן ברור אך גאי סירב לקבל את תוצאות הבחירות ורק לאחר הפגנות הסכים לוותר על השלטון, וגבאגבו הושבע כנשיא ב-26 באוקטובר 2000.
תחילת שלטונו של גבאגבו.
לכהונתו של גבאגבו הייתה התחלה מבשרת רעות. על אף שברכו על תבוסתו של גאי, לא היו תומכי ואטארה מוכנים להכיר בגבאגבו כנשיא בשל הנסיבות בהן נבחר, ודרשו כי ייערכו בחירות חדשות בהשתתפות כל המפלגות. גבאגבו ומפלגתו סירבו ויצרו את התנאים להתפרצויות אלימות, מעשי רצח וחוסר ביטחון כללי במדינה. בבחירות לפרלמנט שנערכו ב-10 בדצמבר נמנעה פעם נוספת השתתפותו של ואטארה, אשר הציתה מחאות אלימות של תומכיו. גבאגבו האשים מדינות זרות בהשפעה על הנעשה בחוף השנהב, ורמז על מעורבות כביכול של בורקינה פאסו בחוסר היציבות במדינה. כתוצאה מכך, החלו תומכיו וכוחות הביטחון של חוף השנהב לתקוף אזרחים זרים, בעיקר מבורקינה פאסו, וגרמו לכ-5,000 עד 6,000 איש להימלט בחזרה למדינה השכנה.
במרץ 2001 התקיימו בחירות מקומיות למחוזות חוף השנהב, אשר נחשבו כמבחן משמעותי לבדיקת כוחם של גבאגבו וה-PFI. בבחירות, שהתנהלו בשקט, השתתפו כל המפלגות ותוצאותיהן הראו כי מפלגת השלטון הייתה רק השלישית בכוחה בזירה המקומית: ה-RDR (מפלגת תומכי ואטארה) זכתה ב-63 מחוזות וה-PDCI (לשעבר מפלגת השלטון) ב-59, בעוד ה-PFI רק ב-33. גבאגבו ניסה לנטרל את המתח הגואה במדינה וקרא לקיום פורום פיוס לאומי בו השתתפו כ-700 נציגי כל המפלגות, המסגדים, הכנסיות והארגונים החברתיים. בפורום, שנערך בין ה-9 באוקטובר ל-18 בדצמבר השתתפו נשיא גאנה ג'ון קופואור ונשיא מאלי אלפה עומאר קונארה, וגם גבאגבו, גאי, קונאן-בדייה ששב מגלותו בנובמבר וואטארה, ששב למדינה בדצמבר.
בין ה-22 ל-24 בינואר 2002 כינס גבאגבו ועידת פסגה בימסוקרו בהשתתפות גאי, קונאן-בדייה וואטארה, על מנת לדון בהשגי הפורום עם סיומו. הארבעה הגיעו להסכמה על 14 ההמלצות שסוכמו בפורום ובנוסף התייחסו לעשרה נושאים נוספים שעסקו במימון המפלגות בהתאם לכוחן האלקטורלי על ידי המדינה, בהנפקת תעודות זהות אחידות והכרה בלגיטימציה של גבאגבו כנשיא. בנוסף קראו להפסקת ההתנכלויות לתושבי הצפון.
מלחמת האזרחים הראשונה.
תחילת מלחמת האזרחים.
ב-19 בספטמבר 2002 אירע ניסיון הפיכה בזמן שגבאגבו שהה מחוץ למדינה. המורדים תקפו בו זמנית את בואקה, קורוגו ואביג'אן ובקרבות הרחוב שהתפתחו באחרונה נהרג גאי יחד עם אשתו ונאמנים נוספים, ולטענת תומכיו נרצח בביתו בידי אנשיו של גבאגבו. תאריך זה סימן את תחילתה של מלחמת האזרחים הראשונה בחוף השנהב. המורדים כבשו תוך זמן קצר את כל אזור צפון חוף השנהב והפכו את העיר בואקה לבסיסם הראשי. אנשי הצבא שנותרו נאמנים לממשלה הצליחו להחזיק בדרום ולמנוע את השתלטות המורדים על אביג'אן. כוחות צבא צרפת שהיו מוצבים במדינה סייעו לכוחות הממשלה לעצור את התקדמות המורדים דרומה ב-22 בספטמבר, ושלחו כוחות לצפון למשימות חילוץ אזרחים זרים. צבא חוף השנהב ערך ניסיונות כושלים להשתלט מחדש על בואקה ועל הצפון, אך המורדים תוגברו בנשק כבד שהגיע דרך בורקינה פאסו, גייסו לוחמים חדשים, ביססו את שליטתם על הצפון ולחמו בכוחות הממשלה על ערים אסטרטגיות במערב המדינה. ב-17 באוקטובר הושגה הפסקת אש בתיווך ארגון הקהילייה הכלכלית של מדינות מערב אפריקה (Economic Community of West African States, או ECOWAS), והצדדים היריבים, המורדים, שהקימו את התנועה הפטריוטית של חוף השנהב (Mouvement patriotique de Côte d'Ivoire, או MPCI) בראשות גיום סורו והממשלה בראשותו של גבאגבו, החלו במשא ומתן.
ב-28 בנובמבר כבשו שתי קבוצות מורדים חדשות, התנועה האיווארית הפופולרית של המערב הגדול (Mouvement populaire ivoirien du Grand Ouest או MPIGO) והתנועה לשלום ולצדק (Mouvement pour la justice et la paix, או MJP), את העיירות מאן ודאנאנה שבמערב המדינה וצרפת ניהלה מולן משא ומתן ויצאה במקביל למבצע חילוץ של אזרחים זרים מהאזור, במהלכו נפצעו מספר חיילים צרפתים ונהרגו כעשרה מורדים. מאוחר יותר הפכו קבוצות אלה לחלק מקואליציה בראשות ה-MPCI שנקראה כוחות החדשים של חוף השנהב (Forces Nouvelles de Côte d'Ivoire, או FNCI).
משא ומתן והפסקת אש.
בין ה-15 ל-26 בינואר 2003 נפגשו הצדדים בצרפת כדי לדון על החזרת השלום למדינה וחתמו על הסכם פשרה, לפיו נותר גבאגבו נשיא חוף השנהב ויריביו הוכנסו לממשלת אחדות וקיבלו לידיהם את משרדי ההגנה והפנים. 4,000 חיילים צרפתיים וכוחות נוספים ממדינות מערב אפריקה השכנות החברות ב-ECOWAS הוצבו בתווך, תוך יצירת אזור חיץ בין הצדדים. המפלגות היריבות הסכימו לעבוד בשיתוף פעולה ולעצב את מחדש את הזהות הלאומית, הזכאות לאזרחות, וחוקי החזקה על הקרקע, אשר משקיפים רבים סברו כי האחרונה הייתה בין הגורמים לפרוץ הסכסוך.
ב-27 בפברואר 2004 אישר האו"ם את הקמתו של ONUCI (United Nations Operation in Côte d'Ivoire) כחלק מכוח שמירת השלום בחוף השנהב, וזאת בנוסף לכוחות צבא צרפת ו-ECOWAS. חוסר השקט הפוליטי נמשך לאורך שנת 2004, על אף חתימה של הצדדים על "הצהרת סיום הלחימה", שהכירה בגבאגבו כנשיא וכללה התחייבות לביצוע ההסכם שנחתם בינואר 2003 בצרפת, לפירוק ארגוני המורדים מנשקם ושילובם מחדש בצבא חוף השנהב. התחייבות זו לא בוצעה והצדדים נכנסו למבוי סתום פוליטי שנמשך עד נובמבר 2004. במהלך כל תקופה זו נותרה המדינה מחולקת בין המורדים שהשתייכו לקבוצות אתניות מוסלמיות ששלטו בצפון והפכו את בואקה לבירתם לבין כוחות הממשלה ששלטו בדרום בו היה רוב נוצרי.
המשך הלחימה ומעורבות צרפתית.
ב-4 בנובמבר 2004 תקף חיל האוויר של חוף השנהב את בואקה שבצפון המדינה. ב-6 בחודש הפציץ מטוס תקיפה מדגם סוחוי SU-25 בסיס בו שהו כוחות צרפתיים סמוך לבואקה. תשעה חיילים צרפתיים ועובד סיוע אמריקני של האו"ם נהרגו ו-31 איש נפצעו. בתגובה ביצעו חיילים צרפתים תקיפה יבשתית על שדה התעופה בימוסוקרו והשמידו בו זוג מטוסי סוחוי SU-25 ושלושה מסוקי קרב, ושני מסוקים נוספים של צבא חוף השנהב הופלו מעל אביג'אן. הצרפתים השתלטו במהירות על שדה התעופה של אביג'אן והטיסו אליו תגבורות. כתוצאה מכך החלו מהומות אנטי-צרפתיות בעידוד הממשלה באביג'אן ובימוסוקרו, ומאות אזרחים זרים, רובם צרפתים, פונו. מספר לא ידוע של מפגינים נהרגו בעימותים עם החיילים הצרפתיים. עד ה-8 בנובמבר עזבו רוב האזרחים הזרים שחולצו את המדינה.
סיום העימות (2005–2007).
בין ה-3 ל-5 באפריל 2005 נפגשו נציגי המפלגות היריבות בפרטוריה, תחת חסותו של נשיא דרום אפריקה, תאבו מבקי. בין החלטות הסכם פרטוריה הייתה ההכרזה על סיום הלחימה באופן סופי ומיידי בכל רחבי חוף השנהב. כוחות המורדים החלו להסיג כלי נשק כבדים מקו החזית החל מה-21 באפריל. תאריך הבחירות לנשיאות חוף השנהב נקבע ל-30 באוקטובר 2005, אך המזכיר הכללי של האומות המאוחדות, קופי אנאן, הכריז בספטמבר כי לא ניתן יהיה לעמוד ביעד.
העפלתה ב-2006 של נבחרת חוף השנהב לטורניר גביע העולם בכדורגל סייעה בהבטחת הפסקת האש בין הצדדים ושכנעה את גבאגבו לפתוח מחדש במשא ומתן. בנוסף, סייעה הנבחרת בהפחתת המתח כאשר ערכה משחק בבירת המורדים בבואקה באירוע שהפגיש בפעם הראשונה בין שני הצבאות והסתיים בשלום. מועד הבחירות נדחה, כאשר החליט האו"ם להאריך את המנדט שניתן לממשלתו של גבאגבו בשנה נוספת, על אף התנגדות האופוזיציה, ובסוף 2006 נדחה פעם נוספת לאוקטובר 2007.
ב-4 במרץ 2007 נחתם הסכם שלום בין כוחות הממשלה לכוחות החדשים (FNCI) בואגאדוגו שבבורקינה פאסו, וגיום סורו מונה כראש ממשלת המעבר ונכנס לתפקידו בתחילת אפריל. ב-16 באפריל פורק אזור החיץ בטקס בנוכחות גאבגבו וסורו וחיילים מכוחות הממשלה והכוחות החדשים השתתפו במצעד צבאי משותף בפעם הראשונה. הנשיא גאבגבו הכריז בטקס כי המלחמה הסתיימה, וב-18 ביוני החלו משרדי הממשלה לחזור לצפון המדינה. ב-29 ביוני נעשה ניסיון להתנקש בחייו של סורו, באמצעות רקטות שנורו לעבר מטוסו בעת המראה משדה התעופה בבואקה. ב-30 ביולי ביקר גבאגבו בפעם הראשונה מאז תחילת הסכסוך בצפון ונערך טקס בהשתתפות סורו, בו הוכרז שוב סיום הסכסוך והרצון לקיים בחירות חדשות, אשר תוכננו ל-2008. גבאגבו שב לבקר בצפון גם ב-28 בנובמבר וב-22 בדצמבר החלו כוחות הממשלה והמורדים לסגת מאזור החיץ ונערכו מחדש בבסיסים בימוסוקרו ובבואקה, בהתאמה.
בחירות 2010 ומלחמת האזרחים השנייה.