ברברוסה העניק לטורגוט את ספינת הדגל הפנויה שלו ואת הפיקוד על מספר כלי שיט אחרים, ובאותה שנה נחת טורגוט רייס בבוניפאציו בקורסיקה, כבש את העיר וגרם נזק מיוחד לאינטרסים של גנואה. בשנת 1544 הוא תקף את האי גוזו, נלחם נגד כוחות האביר ג'ובאני חימנז ולכד מספר ספינות מלטזיות אשר הביאו מטען יקר לסיציליה. ביוני 1545 פשט על חופי סיציליה והפציץ מספר נמלים על הים הטירני. ביולי הוא בזז את האי קפראיה ונחת בחופי ליגוריה והריביירה האיטלקית בכוח של 15 גליאות ופוסטות. הוא בזז את מונטרוסו וקורניגליה, ואחר כך נחת במנארולה ובריומאג'ורה.
בימים הבאים הוא נחת במפרץ לה ספציה וכבש את רפאלו, את פגלי ואת לבנטו. בשנת 1546 הוא כבש את מהדיה, ספקס, סוסה ומונסתיר בתוניסיה, ולאחר מכן השתמש במהדיה כבסיס על מנת לתקוף את אבירי יוחנן הקדוש במלטה. באפריל 1546 פשט על חופי ליגוריה. במאי, עדיין בליגוריה, הוא כבש את לייגגליה, מחוז של סאבונה, עם כוח של 1000 איש. מאוחר יותר הוא תפס את אנדורה ולקח את הפודסטה של העיר כאסיר. הוא וחבריו נחו לתקופה קצרה, בטרם חזרו למתקפה על הריביירה האיטלקית ונחתו בסן לורנצו אל מארה. הוא גם הרס את הכפר סיבצה. משם הוא הפליג שוב לעבר מלטה והטיל מצור על האי גוזו.
ביוני 1546 התמנה אנדריאה דוריה על ידי הקיסר צ'ארלס החמישי כדי לאלץ את טורגוט רייס להתרחק ממלטה, ודוריה ביסס את כוחותיו באי פאביניאנה. אבל שני האדמירלים לא נפגשו, מפני שטורגוט רייס הפליג לטולון באוגוסט 1546, שהה שם כמה חודשים והניח לאנשיו לנוח בנמל הצרפתי.
מפקד הכוחות הימיים העות'מאנים בים התיכון.
לאחר מותו של ברברוסה ביולי 1546, טורגוט ירש אותו כמפקד העליון של הכוחות הימיים העות'מאניים בים התיכון.ביולי 1547 הוא תקף שוב את מלטה בכוח של 23 גליאות וגאליוטות, לאחר ששמע את הידיעה שממלכת נאפולי התערערה על ידי המרד נגד המשנה למלך דון פייטרו מטולדו, שהפך את האפשרות של תמיכתם במלטה ללא סבירה. טורגוט רייס הנחית את חייליו במארסה שירוקו, הנקודה הדרומית הקיצונית של האי, הפונה לחופי אפריקה. משם צעדו הכוחות העות'מאנים במהירות לעבר כנסיית סנטה קטרינה. שומרי מגדל הכנסייה ברחו ברגע שראו את כוחות טורגוט רייס, ונמנע מהם להצית את אגן אבק השריפה - שיטה שכיחה ששימשה אז כדי להזהיר את התושבים המקומיים מהתקפות.
לאחר שבזז את האי, פנה טורגוט רייס לעבר קאפו פאסרו בסיציליה, שם כבש את הגליאה של ג'וליו צ'יקלה, בנו של הדוכס וינצ'נצו סיקה. מאוחר יותר הוא הפליג לאיים האיוליים, ובאי סאלינה הוא תפס ספינה מסחרית מלטזית עם מטען יקר. משם הפליג לאפוליה ולקראת סוף יולי 1547 תקף את העיר סאלבה. מאוחר יותר הוא הפליג לקלבריה, ואילץ את האוכלוסייה המקומית לברוח לעבר ההרים. משם הוא נסע לקורסיקה ותפס מספר ספינות.
ביילרביי של אלג'יריה.
בשנת 1548 טורגוט מונה לביילרביי (המושל הראשי) של אלג'יריה על ידי סולימאן המפואר. באותה שנה הוא הורה על בניית גליאת קוודרירמה בארסנל הימי של ג'רבה, והחל להשתמש בה בשנת 1549. באוגוסט 1548 הוא נחת בקסטלמארה די סטאביה שבמפרץ נאפולי וכבש את העיר יחד עם העיר פאזולי הקרובה. משם המשיך אל פרוצ'ידה. כמה ימים לאחר מכן הוא כבש גליאה ספרדית עמוסת חיילים וזהב בקאפו מיסנו ליד פרוצ'ידה. בהמשך הוא כבש את הגליאה המלטזית, לה קתרינטה, במפרץ נאפולי, עם מטען של 70,000 דוקאטים זהב שנאספו על ידי אבירי יוחנן הקדוש מהכנסיות של צרפת במטרה לחזק את ההגנות של טריפוליטניה, שהיה אז תחת שליטה מלטזית.
במאי 1549 הוא הפליג לעבר ליגוריה עם 21 גליאות וביולי הוא תקף את רפאלו, לאחר מכן חידש את ספינותיו במים ובאספקות אחרות בסן פרוטוזו. משם הוא הפליג לפורטופינו ונחת בנמל, לפני שהגיע לסן רמו, שם הוא כבש גליאה של ממלכת אראגון של ברצלונה שנסעה לעבר נאפולי. משם הוא הפליג לראשונה לעבר קורסיקה ולאחר מכן לכיוון קלבריה, שם הוא תקף את העיר פלמי.
בפברואר 1550, כשהפליג בכוח של 36 גליאות, הוא כבש מחדש את מהדיה יחד עם מונסתיר, סוסה ורוב תוניסיה. במאי 1550 הוא תקף את הנמלים של סרדיניה וספרד ונחת על החופים שלהם עם כוח של 6 גליאות ו-14 גאליוטות. בהמשך הוא ניסה ללא הצלחה לכבוש את בוניפאציו בקורסיקה. בדרכו חזרה לתוניסיה, הוא עצר בגוזו כדי לחדש את מלאי המים ולאסוף מידע על הפעילות של האבירים המלטזים. מאוחר יותר הוא הפליג לעבר ליגוריה.
ביוני 1550, בעוד טורגוט מפליג ליד גנואה, תקפו אנדריאה דוריה וביליף קלוד דה לה סנגל מהאבירים המלטזים את מהדיה בתוניסיה. בינתיים, טורגוט רייס היה עסוק בתקיפת ובזיזת ראפאלו בפעם השלישית, לפני שפשט על חופי ספרד. לאחר מכן הוא הפליג אל הים הטירני וכבר בתחילת יולי נחת בחוף המערבי של סרדיניה, לפני שחזר לג'רבה, שם נודע לו כי דוריה וקלוד דה לה סנגל תקפו את מהדיה ותוניס. הוא אסף כוח של 4500 חיילים ו-60 סיפאהים וצעד לכיוון מהדיה כדי לסייע בהתנגדות המקומית. הוא לא הצליח וחזר לג'רבה עם חייליו.
בספטמבר 1550 נכנעה מהדיה לכוח הספרדי-סיציליאני-מלטזי המשותף. בינתיים, טורגוט רייס תיקן את ספינותיו על החוף של ג'רבה. באוקטובר הופיע אנדריאה דוריה עם ציו בג'רבה וחסם את הכניסה ללגונה של האי בספינותיו, כשהוא לוכד את הגליאות של טורגוט רייס בתוך ערוץ קנטרה. טורגוט רייס גרר את כל ספינותיו על היבשה על ידי תעלות חפורות בחפזון ומשומנות היטב לצד השני של האי והפליג לקונסטנטינופול, ובדרך לכד שתי גליאות, אחת מגנואה ואחת מסיציליה, שהיו בדרך לג'רבה כדי לסייע לכוחות דוריה. הנסיך אבו בקר, בנו של הסולטאן של תוניסיה, שהיה בעל ברית של ספרד, היה על הגליאה הגנואית.
לאחר שהגיע לקונסטנטינופול, גייס טורגוט רייס, תחת שלטונו של הסולטאן סולימאן, צי של 112 גליאות ושתי גליאצות עם 12,000 יניצ'רים, ובשנת 1551 הפליג עם האדמירל סינאן פאשה לעבר הים האדריאטי והפציץ את הנמלים הוונציאניים. במאי 1551 הם נחתו בסיציליה והפציצו את חופי האי המזרחיים, בעיקר את העיר אוגוסטה, כנקמה על תפקיד המשנה למלך סיציליה בפלישה והרס של מהדיה, שם נרצחו רוב התושבים על ידי האיחוד הספרדי-סיציליאני-מלטזי. לאחר מכן הם ניסו לכבוש את מלטה, ונחתו עם כ-10,000 לוחמים בנמל הדרומי של מרשה מוסקיאטו. הם הטילו מצור על המצודות של בירגו וסנגלאה, ואחר כך עברו צפונה ותקפו את מדינה, אך הרימו את המצור לאחר שהבינו שלא ניתן לכבוש את האי עם מספר החיילים שברשותם.
במקום זאת, הם עברו לאי השכן גוזו, שם הם הפציצו את המצודה במשך מספר ימים. מושל האבירים, גלטיאן דה ססה, שהבין שההתנגדות חסרת תועלת, נכנע ומסר את המצודה, והפיראטים בזזו את העיר. לאחר מכן לקחו כמעט את כל אוכלוסיית גוזו (כ-5,000 איש) לשבי, טורגוט וסינאן הפליגו לכיוון לוב, שם שלחו את השבויים לעיר טרחונה. מאוחר יותר הם הפליגו לעבר טריפולי במטרה לכבוש את עיר הנמל האסטרטגית וסביבותיה.
מושל מחוז טריפולי.
באוגוסט 1551 תקף טורגוט רייס את טריפולי (טריפוליטניה העות'מאנית, לוב המודרנית), אשר הייתה ברשותם של אבירי יוחנן הקדוש מאז 1530. גספאר דה וילרס, מפקד המצודה, נתפס, יחד עם עוד אבירים בולטים מספרד וצרפת.
עם זאת, עם התערבות השגריר הצרפתי בקונסטנטינופול, גבריאל ד'ארמון, שוחררו האבירים הצרפתים. מנהיג מקומי, אגה מוראט, הושם בתחילה למושל טריפולי, אך לאחר מכן טורגוט עצמו השתלט על האזור. בהוקרה על שירותיו העניק הסולטאן סולימאן לטריגוט את טריפולי ואת סביבתה, יחד עם התואר סנג'ק ביי ("שר הברית").
בספטמבר 1551, טורגוט רייס הפליג לליגוריה וכבש את העיר טגיה, לפני שלכד נמלים אחרים של הריביירה האיטלקית, לאחר שהכוחות העות'מאנים נחתו בחוף ריבה טריגוסו. מאוחר יותר באותה שנה הוא חזר לטריפולי וביקש להרחיב את שטחו, וכבש את כל אזור מיסראתה עד לזוארה וג'רבה ממערב. בהיכנסו לתוך הארץ הוא הגדיל את שטחו עד שהגיע לגבל.
קרב פונזה ומסעות בים התיכון.
בשנת 1552 מינה הסולטאן סולימאן את טורגוט רייס למפקד ראשי של הצי העות'מאני ששלח לאיטליה (על בסיס הסכם בין הסולטאן ואנרי השני מלך צרפת). טורגוט רייס נחת ראשית באוגוסטה וליקאטה שבסיציליה, לפני שכבש את האי והטירה של פנטלריה. ביולי 1552 נחת בטאורמינה ולאחר מכן הפציץ והשבית את הנמלים במפרץ פוליקסטרו. הוא נחת מאוחר יותר בפאלמי וכבש את העיר, בטרם הפליג למפרץ נאפולי כדי להיפגש עם המשלחת השנייה של הצי העות'מאני בפיקודו של סינאן פאשה ועם הצי הצרפתי בפיקודו של פולין דה לה גארדה.
לאחר שהגיע למקום המפגש, טורגוט רייס עגן את ספינותיו בחוף סקורי, ליד פורמיה, שם נפגש עם הצי של סינאן פאשה, אך בעל בריתם הצרפתי לא הגיע בזמן. לאחר המתנה של כמה ימים החליט סינאן פאשה לחזור לקונסטנטינופול, בעקבות פקודה של סולימאן לעשות זאת במקרה של עיכוב או דחיית המפגש. טורגוט רייס שכנע את סינאן פאשה להצטרף אליו, והצי המשולב שלהם הפציץ את נמלי סרדיניה וקורסיקה, לפני לכידת האי פונזה.
משם הפליג הצי הטורקי לעבר לאציו והפציץ את הנמלים השייכים למדינת האפיפיור ולממלכת נאפולי, למרות שהנרי השני הבטיח לאפיפיור שהצי העות'מאני לא יפגע ברכוש של הוותיקן. עם זאת, בשל מזג אוויר גרוע, טורגוט רייס וסינאן פאשה הפליגו בחזרה למפרץ נאפולי ונחתו במאסה לוברנסה ובסורנטו, וכבשו את שתי העיירות. מאוחר יותר הם כבשו את פאזולי ואת כל קו החוף עד מינטורנו ונולה.