באשר לשטחים התת-קרקעיים, לפי פסק הרמב"ם, "המחילות הפתוחות לעזרה - קודש, והפתוחות להר הבית - חול". דין זה שימש להתרת עבודות לחשיפת אולם תת-קרקעי שמאחורי שער וורן בכותל המערבי בשנת 1981.
מחנה שכינה מחנה לוויה ומחנה ישראל.
שטחו ההלכתי של הר הבית, מחולק לשני אזורים עיקריים: מחנה לוויה ובתוכו מחנה שכינה. כל מקום אחר בירושלים ובערים מוקפות החומה האחרות נקרא בהלכה מחנה ישראל. לכל אחד מאזורי קדושה אלה ישנם דינים ואיסורים שונים זה מזה. ככל שהאזור פנימי יותר כך הוא מקודש מחברו, הלכותיו חמורות יותר, ודיני הכניסה אליו נוקשים יותר.
בתקופת המשכן במדבר.
שילוח טמאים מהמחנות.
דיני הכניסה בטומאה לאזורי הקדושה השונים נלמדים על ידי חז"ל מפסוקים במקרא הנוגעים לשילוח והרחקת טמאים ממחנה בני ישראל במדבר. במקרא מוזכר איסור כניסת מצורעים, זבים, טמאי קרי וטמאי מתים לאזור הנקרא "מחנה":
חז"ל פירשו פסוקים אלו כעוסקים בשלושה מחנות שונים:
בתקופת המקדש בירושלים.
כשנכנסו בני ישראל לארץ והחליף המקדש בירושלים את המשכן, הועתקו שלושת המחנות לירושלים, כדברי התוספתא:
גם במקדש שבירושלים נותרו דיני שילוח מדאורייתא כדיני המשכן במדבר. אולם בימי בית ראשון ושני הוסיפו חז"ל סייגים ודינים מדרבנן בהלכות שילוח טמאים מן המחנות, הן על ישראל והן על הגויים. כדברי המשנה:
לפיכך, תחומי הכניסה האסורים לאזורי הקדושה השונים בטומאה הם:
כניסה בטומאה בהיתר.
יש מקרים שהותרה הכניסה אפילו בטומאה, כגון שנצרכו לתקן דבר במקדש ואין טהורים שיעשו זאת. כמו כן, כאשר כל העם או רובו טמאי מתים, הותרה כניסה גם מעבר לחיל לצורך הקרבת קורבנות, לפי הכלל שטומאה הותרה בציבור.
ביאה ריקנית.
הנכנס לעזרה שלא כדי לעבוד או להשתחוות, לוקה, והנכנס לקודש הקודשים חייב מיתה. במשנה מוזכר גם שאסור לעבור בהר הבית כקיצור דרך למקום אחר (קפנדריא), והרמב"ם הוסיף: . דין זה למד הרמב"ם, לפי הכסף משנה, בקל וחומר מבית כנסת.
הקדושה באין מקדש.
בגמרא מופיעה מחלוקת האם קדושת מקום המקדש תקפה גם כאשר המקדש חרב. הראשונים נחלקו כמי ההלכה. הרמב"ם, פסק כרב הונא שקדושה ראשונה קידשה לעתיד לבוא ולכן הנכנס חייב כרת: כשיטה זו סוברים גם התוספות, ספר יראים והריטב"א.
בדבריו מחלק הרמב"ם בין קדושת ארץ ישראל מימות יהושע בן נון, שלדעתו בטלה עם גלות בבל וחודשה עם שיבת ציון: לבין קדושת מקדש שלמה, שקדושתו עומדת לעולם, אף בחורבן. את ההבדל מסביר הרמב"ם:
לעומת זאת, הראב"ד חולק על דברי הרמב"ם ואומר: . המאירי, מאחרוני הראשונים, הבין מדברי הראב"ד שכוונתו להתיר כניסה למקום המקדש לאחר החורבן. ואף העיד ששמע שכך נוהגים בפועל: . לעומת זאת, יש שהסבירו שאמנם אין עונש כרת בכניסה למקום המקדש בזמן הזה, אולם איסור, כנראה איסור דאורייתא, יש בכניסה למקומות האסורים גם לפי הראב"ד.
מכל מקום, הפסיקה הרווחת בימינו חוששת לכך שקדושת המקדש עודה בתוקף אף לאחר החורבן.
זיהוי מקום המקדש.
זיהוי מקום המקדש בתוך מתחם הר הבית הוא שאלה שדנו ועסקו בה רבות, הן רבנים ואנשי הלכה, והן במחקר הארכאולוגי, ויש בה כמה שיטות שונות. זיהוי מקום המקדש הוא בעל חשיבות גדולה לכניסה להר הבית על פי ההלכה, שכן יש מקומות בהר הבית אליהם הכניסה אסורה אפילו לאחר טבילה, המקומות אליהם טמא מת אסור בכניסה. כיום, כשאין בנמצא אפר פרה אדומה, ואי אפשר להיטהר מטומאת מת, מותרת הכניסה רק למחנה לוייה עד מקום החיל, וזאת לאחר טבילת היטהרות מטומאות היוצאות מגוף האדם. רק זיהוי מקום המקדש וידיעת מקום החיל, העזרה והדביר, יכול לאפשר כניסה להר הבית למקומות המותרים, והתרחקות מהמקומות האסורים בכניסה בטומאת מת.
כיום, יהודים שומרי הלכה העולים להר הבית בטהרה אוחזים כשיטה המרכזית, המזהה את קודש הקודשים במקומה של כיפת הסלע, ויש מהם החוששים לשיטתו של הרב שלמה גורן המזהה את כיפת הסלע כמקום המזבח. לפי שתי שיטות אלה, ניתן להיכנס להר הבית לאחר טבילה המטהרת מטומאות היוצאות מגוף האדם, וללכת בו במסלול היקפי, בהתרחקות מהאזור המוגבה במרכז ההר האסור לכניסה לטמא מת והיצמדות לכתלים, לפי מסלולים מוגדרים המותרים בהליכה ומפורסמים על ידי העמותות המעודדות עליית יהודים להר הבית.
כיפת הסלע - מקום קודש הקודשים.
השיטה המפורסמת והמקובלת ביותר היא זו המזהה את מקום קודש הקודשים במקומה של כיפת הסלע, ואת הסלע הנמצא שם כאבן השתייה. זיהוי זה מבוסס הן על עדויות ומסורות רבות, והן על מחקרים טופוגרפיים של הר הבית, ובזיהוי זה אוחזת הפסיקה ההלכתית המקובלת. הבסיס האיתן עליו עומד הזיהוי ההלכתי של קודש הקודשים במקום כיפת הסלע הוא תשובתו של הרדב"ז, המביא מסורת ברורה על מקום קודש הקודשים כמקום כיפת הסלע, ופוסק: , וכן . כדברי הרדב"ז פסקו החיד"א, החת"ם סופר, החפץ חיים והחזון איש. למסורת זו שפסק הרדב"ז נוספות עדותו של רבי בנימין מטודלה שביקר בירושלים בערך בשנת 1170, וכתב שעומאר בן אל-ח'טאב בנה כפה גדולה על מקום המקדש. כן מעיד גם רבי פתחיה מרגנשבורג כחמש שנים לאחריו. בראשית המאה ה-14 ביקר בירושלים תלמידו של הרמב"ן שכתב בין השאר: "על אבן שתייה בנו מלכי ישמעאל בנין מפואר מאד". נוסף על כך, המחקר הטופוגרפי של ההר והתאמתו לדברי חז"ל במסכת מידות שקודש הקדשים היה במקום הגבוה ביותר בהר לא מותיר אפשרויות אלא להציב את קודש הקודשים במקום כיפת הסלע, כך על פי מחקרו של הרב זלמן מנחם קורן בספרו "חצרות בית ה'".
כיפת הסלע - מקום מזבח העולה.
שיטה נוספת היא שמקום כיפת הסלע הוא מקום המזבח, וזיהוי 'בור הרוחות', הנמצא במערה שתחת לאבן, כ"שיתין", הצינורות דרכם התנקז דם הקרבנות. טענה זו הסתמכה בעיקר על עדותו של המהנדס והארכאולוג האיטלקי ארמטה פיירוטי כי הוא הצליח להגיע באמצעות אחד הבורות הנמצאים צפונית לאזור אל בור זה. הרב שלמה גורן הסכים עם שיטה זו בספרו "הר הבית". הרב גורן אף ביצע מדידות בהר הבית על ידי חיל ההנדסה של צה"ל בשבועות שלאחר כיבוש ההר במלחמת ששת הימים, זאת כדי לחשב את המרחקים בהר ולהגיע למסקנה לאן מותר להיכנס להר.
שיטות אחרות.
שיטות נוספות מזהות את מקום המקדש בדרומו של מתחם הר הבית, כשיטתו של האדריכל טוביה שגיב או כפי שמשתמע מעדותו של רבי אשתורי הפרחי מחבר ספר כפתור ופרח, כי שער המזרח נמצא בשליש הדרומי של הכותל המזרחי, ראיה לשיטתם הביאו גם מדברי האריז"ל שאין שום מבנה על מקום הבית. שיטה נוספת היא שיטתו של החוקר אשר קאופמן שהמקדש היה בצפונו של מתחם הר הבית, תחת כיפת הרוחות. אולם אלה שיטות יחידאיות במחקר.
כניסת יהודים להר לאחר חורבן בית המקדש.
מחורבן בית שני עד התקופה הממלוכית.
גם לאחר החורבן המשיכו יהודים להיכנס להר הבית ומקום המקדש. כך מפורש במקורות תנאיים ותלמודיים. בתקופה המוסלמית המוקדמת היה בית כנסת פעיל בהר, ובעדות הרמב"ם על עלייתו להר הבית נראה שמדבר על בית כנסת זה. כמו כן מובאת עדות סלמון בן ירוחם על תפילת יהודים בהר, וכן עדותם של רבי אברהם בר חייא הנשיא ורבי מנחם המאירי שנהגו היהודים להיכנס להר במאה ה-12. כניסת יהודים לעליות שבהר מתוארת בדברי הרדב"ז, וכך מתאר גם האדמו"ר מקלויזנבורג, רבי יקותיאל יהודה הלברשטאם. עדות נוספת מביא רבי שמואל בר שמשון שכותב שעלה להר יחד עם רבי יהונתן הכהן מלוניל.
התקופה הממלוכית והעות'מאנית.
במשך התקופה המוסלמית המאוחרת, התקופה הממלוכית והתקופה העות'מאנית נאסר על לא-מוסלמים לבקר במקום. עם תום מלחמת קרים בשנת 1853 והתגברות השפעת המעצמות על השלטון העות'מאני, נפתח ההר למבקרים שאינם מוסלמים ורבני היישוב הישן אסרו את העלייה להר.
עליות מפורסמות להר באותן הימים הן עלייתו של משה מונטיפיורי בשנת 1855 בלוויית ד"ר אליעזר הלוי והקונסול הבריטי בירושלים, ג'יימס פין. צעד זה עורר זעם בקרב יהודי העיר, ויש שאף רצו להחרימו. לאחר שננזף בידי הרבנים פנו מונטיפיורי וד"ר הלוי אל רבני ירושלים והתנצלו, והלוי הסביר כי עשו זאת בתום לבב על-פי שיטת הראב"ד המתיר כניסה למחנה שכינה בטומאה בימינו.
בסוף 1855 הייתה בצורת שבעקבותיה עלו מחירי המזון ועניי ירושלים הגיעו למצוקת רעב. הפחה הודיע ליהודים כי יורשו להיכנס למתחם הר הבית כדי להתפלל לגשמים מול אבן השתייה, אולם היהודים דחו את ההצעה מהטעמים הדתיים.
ביקורו של הברון רוטשילד בהר עורר גם הוא תרעומת גדולה, ובשנת 1914 כתב עליו הרב קוק:
תקופת המנדט הבריטי.
הרב קוק, שהיה הרב הראשי לארץ ישראל אסר את העלייה ל"מקום המקדש". לפני החגים הוא נהג לפרסם כרוז בעברית ובאנגלית אשר מזהיר את המבקרים מפני עלייה להר הבית ("השמרו נא מהאיסור החמור של הכניסה למקום המקדש והר הבית"). באיגרת תתעח כתב: "טמאי מתים אנחנו, ועד הזמן אשר תבוא טהרתנו בעת אשר הישועה השלמה תופיע אין אנחנו דורכים במקום הקודש, רק עומדים אנחנו באימה ופחד בגודל-רוח וביטחון נמרץ לפני 'הכותל המערבי'".
לעומת הצעה לבנות בית כנסת בהר הבית, כתב: "נכון הדבר שנשתדל כולנו, שהחצרות שהם סמוך להר הבית וכותל המערבי ימסרו לישראל [...] ועל מקומם תבנה בית הכנסת נאה ומהודרה מאד סמוך ממש לכותל המערבי [...] וכל ישראל חברים יתאגדו על ידו לאגודה אחת, לכוין את לבבם לאביהם שבשמים בלא פרץ ובלא יוצאת, בלא שום הריסות גדר ובלא שום חשש איסור של חילול הקודש וטומאת קדשיו בלא פרץ ובלא יוצאת, בלא שום הריסות גדר ובלא שום חשש איסור של חילול הקודש וטומאת קדשיו".
יחס הרבנות הראשית לכניסת יהודים להר כיום.
החלטות הרבנות הראשית לאחר השחרור.
כינוס המועצה בשנת תשכ"ז.