יהדות גרמניה, שעד לעליית הנאצים לשלטון הייתה מפולגת לזרמים - אורתודוקסים, ליברלים, מתבוללים וציונים - התאחדה אל מול התמורה. במסגרת איחוד זה, הוקם ארגון גג משותף: "הנציגות הארצית של יהודי גרמניה", שבראשה עמד הרב ליאו בק. הארגון ניסה לספק פתרונות לבעיות שהלכו והחמירו. דוגמה: בשנותיה הראשונות של המלחמה, המשיכו התלמידים היהודים לפקוד את בתי הספר הכלליים, אך סבלו שם מרדיפות על רקע אנטישמי. על כן, עברו ללמוד בהדרגה בבתי ספר יהודיים. נוסף על הצעירים, אמון היה הארגון על מתן השכלה למבוגרים. ב־1933, הקימה בברלין קבוצת אמנים יהודים, באישור השלטונות, את "איגוד התרבות היהודי". לאחריו, הוקמו תזמורת סימפונית, בית אופרה ותיאטרון יהודיים; תחילה בברלין, ולאחר מכן גם בערים אחרות; וב־1934, ייסד מרטין בובר את "הרשות להנחלת השכלה יהודית למבוגרים".
לנוכח הנסיבות ההולכות ומחמירות, כמו גם בשל עידוד הגירה של יהודים על ידי השלטונות הנאציים אל מחוץ לגרמניה, החליטו רבים מהם לעזבה. במהלך השנים 1933–1939 נמלטו מגרמניה 282,000 יהודים - למעלה ממחצית מיהודי גרמניה בעת עליית הנאצים לשלטון, וכ־117,000 יהודים נמלטו מאוסטריה, שסופחה לגרמניה (כשני שלישים ממספר יהודיה). מרבית היהודים הפליטים היגרו לארצות הברית, לדרום אמריקה, לארץ ישראל, ולבריטניה. עם פרוץ מלחמת העולם השנייה ב־1 בספטמבר 1939, הצטמצמו באופן ניכר אפשרויות ההגירה של היהודים אל מחוץ לתחומי הרייך השלישי, ובשלהי 1941 נסגרו כמעט לחלוטין.
התנועה הציונית, שעד לעליית הנאצים לשלטון הייתה קטנה וחלשה יחסית, קלטה לאחר 1933 חברים חדשים רבים, לרוב צעירים, ועיתונה "יידישע רונדשאו" הגדיל את תפוצתו. אנשי התנועה הציעו פתרונות הגירה אחדים לארץ ישראל, בין השאר באמצעות ארגון עליית הנוער, ואף העברת חלק מהרכוש באמצעות הסכם העברה.
ב־28 באוקטובר 1938 החל מאסר של תושבים יהודים בעלי אזרחות פולנית, ותוך ימים מעטים הועברו כ־17,000 יהודים לגבול גרמניה-פולין, לאחר שהורשו לקחת עמם כעשרה מארק גרמני בלבד. שלטונות פולין סירבו לקבלם, והם רוכזו בתנאים קשים בעיירות גבול, דוגמת זבונשין. השלטונות הנאצים הבינו שמטרתם, פינוי הרייך מיהודים, לא תושג באמצעים חוקיים בלבד. הם ארגנו את "ליל הבדולח" (Die Kristalnacht), אשר נערך בליל 9–10 בנובמבר 1938, וכונה כך בשל הזגוגיות הרבות שנופצו באותו לילה. בכל רחבי גרמניה נופצו חלונות של בתים ועסקים יהודיים, מאתיים חמישים בתי כנסת נשרפו, יהודים הוכו, נשדדו, ועשרות נרצחו, וכ־30,000 יהודים נשלחו למחנות ריכוז. אנשי הגסטפו פרצו והרסו את רוב משרדי המוסדות היהודיים, והתשתית הקהילתית היהודית נפגעה אנושות.
מחנות ריכוז.
הקמת מחנות ריכוז במדינה הנאצית החלה מיד לאחר עליית הנאצים לשלטון. ב־23 במרץ 1933, הוקם מחנה הריכוז הראשון, "דכאו", שייעודו הראשוני היה לכלוא פעילים פוליטיים גרמנים קומוניסטים, סוציאליסטים וליברלים שנחשבו מתנגדי המשטר. במחנות ריכוז אחרים נעצרו הומוסקסואלים, על אף שמספר בכירים נאצים היו כאלה בעצמם.
במקרים אחדים הוקמו מחנות ריכוז על ידי משתפי פעולה מבין התושבים המקומיים; כך, למשל, הקימו קרואטים ובוסנים שפעלו במסגרת תנועת ה"אוסטאשה" מחנות ריכוז ללא עזרת הגרמנים, ואף תפעלו אותם בעצמם. באמצע אוגוסט 1941, הקימו את מחנה העבודה "קראפייה", ובנובמבר הקימו את "ציגלאנה" (יאסנובאץ), שהיה מחנה השמדה שלא בשליטת הנאצים.
שלב שני, בשנים 1939–1941: תחילת מלחמת העולם השנייה.
ב־1 בספטמבר 1939 פלשה גרמניה לפולין ותוך כחודש חולקה פולין בין גרמניה לברית המועצות בהתאם להסכם ריבנטרופ–מולוטוב. במהלך הכיבוש הופצצה העיר ורשה מן האוויר ובתים רבים הפכו להריסות והרחובות התמלאו בפליטים. האוכלוסייה היהודית, כחלק מהאוכלוסייה הכללית, הופתעה מהפלישה המהירה, ובשל התנהגותו המתונה של הצבא הגרמני בכיבוש מזרח אירופה במלחמת העולם הראשונה, לא הבינה את המצפה לה.
פולין חולקה לשלושה חלקים:
חלוקתה של פולין פיצלה את האוכלוסייה היהודית; מתוך כ־3.3 מיליון היהודים שישבו בפולין ערב המלחמה, נמצאו כ־2 מיליון יהודים בתחום השליטה של גרמניה, ואילו השאר נמצאו בשטח שסופח לברית המועצות או נמלטו אליו. רוב הנמלטים לשטח הרוסי היו צעירים, וכן חלק ניכר מהמנהיגות היהודית ובכללם פעילי תנועות הנוער הציוניות ואחרות, שחששו ממעצרם המיידי בידי הצבא הגרמני. אולם, לאחר זמן קצר חזרו רבים מהם לפולין שתחת הכיבוש הגרמני. יהודי פולין שברחו אל ברית המועצות מצאו את עצמם במדינה בעלת משטר טוטליטרי וקומוניסטי, וחלקם הוגלו למחנות ברחבי המדינה. עם זאת, היחס אליהם וסבלם בשנות המלחמה היו בדומה לכלל האוכלוסייה הרוסית.
המדיניות של הנאצים כלפי היהודים בפולין, שהיוו כ־10 אחוזים מכלל אוכלוסיית מדינה זו, הייתה חמורה יותר מהמדיניות שנקטו בשטחי הכיבוש שלהם במערב אירופה, וזאת לאור עקרון "מרחב המחיה" של גרמניה לכיוון מזרח. כך, עם כניסתם לפולין, פתחו כוחות האיינזצגרופן, שנלוו ליחידות הצבא הגרמני, הוורמאכט, במעשי התעללות והרג חסרי הבחנה בקרב היהודים וגם בקרב המנהיגות הפולנית, כנבחרי ציבור ואנשי כמורה; ורצחו אלפי בני אדם בשבועות הראשונים לפלישתם לפולין. באותה עת, השלטונות הנאצים איפשרו לג'וינט, ארגון פילנתרופי יהודי, להגיש עזרה בסיסית ליהודי פולין.
ב־9 באפריל 1940 פלשו הגרמנים לדנמרק ולנורווגיה. כחודש לאחר מכן פלשו גם להולנד, לבלגיה וללוקסמבורג ובתחילת יוני לצרפת. באפריל 1941 כבשו הגרמנים גם את יוגוסלביה ואת יוון. בעקבות הכיבוש עברו גם יהודי מדינות אלה לשליטת הגרמנים. המדיניות האנטי־יהודית במדינות אלה ובמדינות־גרורות אחרות של גרמניה, בהשפעת לחצי גרמניה, השפיעה על חיי היהודים במידה ניכרת.
מדיניות נאצית באזורי הכיבוש במזרח אירופה.
ב-21 בספטמבר 1939 שלח ראש משטרת הביטחון ריינהרד היידריך את איגרת הבזק שהורתה לאיינזצגרופן על האופן שבו יש לנהוג ביהודים לקראת מה שכינה "המטרה הסופית". ההוראות כללו ארבע הנחיות עיקריות:
שבועות אחדים לאחר כיבוש פולין התארגן הממשל האזרחי הגרמני, ובראשו הועמד. הוא פרסם סדרה של צווים ותקנות, בהשראת "איגרת הבזק", שמשמעותם והשלכותיהם היו:
מחנות עבודה בכפייה.
למרות התוכניות לרוקן את הרייך השלישי מיהודים וקבוצות אחרות, עלה הרעיון לנצל את כוח העבודה של העמים הכבושים או הנידונים למוות לפי תורת הגזע, או של אלו שנתפסו כ"אויבי המשטר" הנאצי עד לשחיקתם הגופנית הגמורה. שכן, מחנות העבודה הופעלו גם על פי רעיון של השמדה באמצעות עבודה (בגרמנית: Vernichtung durch Arbeit). העובדים רוכזו במחנות מגודרים או שונעו מהם (למשל מגטו ורשה), והועסקו במילוי שלל צרכים של השלטונות הנאציים, ובמיוחד כחלק מן המאמץ המלחמתי, וכן, מתוך כוונה להרבות משאבים ונכסים של האומה הגרמנית. מחנות עבודה בכפייה הוקמו בפולין עם כניסת הצבא הגרמני לשטחי הכיבוש. העובדים נוצלו למאמץ המלחמתי של גרמניה הנאצית: הם הועסקו בהקמת ביצורים ליד הגבול עם ברית המועצות, בסלילת כבישים, בבניית גשרים ובסדנאות ומפעלי תעשייה. העבודות נעשו ללא כל תמורה כספית, ולוו בהשפלות ובפגיעות גופניות. תנאי המחיה, העבודה, המגורים והתזונה במחנות העבודה היו גרועים ביותר, והאסירים לא זכו אלא לאספקת צורכיהם הבסיסיים המינימליים ביותר. כך נשחקו במהירות כוחותיהם של העובדים, והם סבלו מתחלואה ומשיעורי תמותה גבוהים.
בשנת 1940 ניצול כוח העבודה של היהודים עלה שלב. עשרות אלפים הופרדו ממשפחותיהם ונשלחו למחנות העבודה, שהיו מפוזרים בכל רחבי הגנרלגוברנמן.
הקמת הגטאות וניהולם.
הגטאות שהוקמו על ידי הגרמנים בפולין, ובהמשך גם בשטחי ברית המועצות ובמדינות הבלטיות, נועדו לבודד את היהודים מן האוכלוסייה הלא-יהודית. בהדרגה רוכזו היהודים בגטאות, שרובם הוקמו ברבעים יהודיים ובסביבתם בערים. אף כי טרם גובשה תוכנית פעולה להשמדה המונית, בגטאות שררו רעב, קור, מחלות ותנאי מחיה תת-אנושיים. בנוסף לכך עבודות הכפייה והטרור במחנות העבודה הפילו חללים רבים. הגטאות הוקמו בהדרגה למן החודשים האחרונים של 1939, ורובם בשנים 1940–1941. ראשוני הכלואים בגטאות היו יהודי פולין, שאכלסו גטאות שקמו בשנים 1939–1941. שני הגטאות הגדולים ביותר הוקמו בערים ורשה (בשיאו, במרץ 1941 התגוררו בגטו ורשה 445,000 בני אדם) וגטו לודז' (בעת סגירתו למעבר חופשי ב-1 במאי 1940, התגוררו בו 164,000 בני אדם). אחר כך הוקמו גטאות בשטחי כיבוש נוספים של הנאצים.
זמן קצר לאחר שהוקמו וגודרו, נסגרו הגטאות למעבר חופשי. כך למשל, סביב גטו ורשה הוקמה חומת לבנים בגובה שלושה מטרים ועליה גדר תיל ושברי זכוכית, כדי למנוע הסתננות או בריחה. רוב היהודים לא יכלו ולא הורשו לצאת מתחומי הגטו, עד לגירושם בטרנספורטים למחנות ההשמדה. אלפים אחדים יצאו מדי יום לעבודות כפייה. ואף כי היוצאים ללא רישיון שנתפסו זכו לעונשים חמורים שהגיעו עד הוצאה להורג, רבים (בהם גם היוצאים לעבודות כפייה) עסקו בפעילות הברחת מוצרים ענפה אל הגטו, תוך שהם נעזרים באוכלוסייה הפולנית. יוצא דופן היה הגטו שהוקם בטרזיינשטט, בו רוכזו מגזרים נבחרים מיהודי גרמניה, אוסטריה, צ'כיה, הולנד ובלגיה, כדי להטעות את דעת הקהל במערב ולהציג "יישוב יהודי לדוגמה". אולם גם מטרזיינשטט נשלחו יהודים (חלקם מרצונם, ומבלי לדעת על המתרחש, כדי להתאחד עם קרובי המשפחה שכבר נשלחו) לאושוויץ. בשנת 1942 חוסלו רוב הגטאות, ושרידי הנשארים הועברו לגטאות מרכזיים, שם נרצחו גם הם.