כאשר ביוני 1940 נכבשה ליטא על ידי ברית המועצות במסגרת הסכם ריבנטרופ–מולוטוב שחילק את האזור בין ברית המועצות לגרמניה הנאצית, התדפקו פליטים יהודים רבים מפולין ומליטא על דלתות הקונסוליה שעמדה לפני סגירה. לאחר ששוחח איתם, החליט סוגיהארה לעזור להם לעזוב את ליטא. האמצעי היה הנפקה של אשרת מעבר ליפן עבור אלו שקיבלו מהקונסול ההולנדי בקובנה, יאן זווארטנדיק (לימים מחסיד אומות העולם), ויזת יעד לכיוון היעד הפיקטיבי, האי קורסאו, שהיה אז בשליטה הולנדית. הנפקת ויזת מעבר איפשרה לקבל ויזת יציאה מרוסיה, ומליטא שהייתה אז שטח כבוש בידי הרוסים. הפליטים היו צריכים לגייס סכומי כסף גבוהים (180 דולרים אמריקניים, שהיו הון עתק באותם ימים), לנסיעה ברכבת הטרנס-סיבירית שחצתה את רוסיה, עד לעיר הנמל הרוסית ולדיווסטוק בנסיעה שארכה 11 ימים, ומשם בשיט בספינה ליפן. בשל הסיבות הכלכליות וכן בשל קושי להאמין בכוחה של הוויזה, לא פנו בתחילה פליטים רבים בבקשה לקבל ויזה מן הקונסוליות ההולנדית והיפנית, אך עם הידרדרות המצב ובעיקר בשל השתדלותם של העסקנים היהודים שהיו ממנהיגי הפליטים מפולין ששהו בליטא, ובראשם ד"ר זרח ורהפטיג (לימים שר במדינת ישראל), הייתה עלייה חדה במספר הפליטים שפנו לבקש ויזה שכזו.
שלוש פעמים ביקש סוגיהארה אישור מהממונים עליו במשרד החוץ היפני להנפיק ויזות. כיוון שהנפקת ויזה דרשה תהליך הרשמה מסודר והוכחה מצד המבקש שברשותו דמי קיום מספיקים, נענה סוגיהארה בשלילה. כשראה שהמצב הביטחוני מחמיר, המרה את פי הממונים עליו, והחל ב-31 ביולי 1940 להנפיק ויזות ככל שיכול, עד לסגירת הקונסוליה היפנית בלחץ הרוסים, בספטמבר 1940. ב-4 בספטמבר עזב סוגיהארה את תפקידו ויצא ברכבת עם משפחתו לברלין, להמשך שירות דיפלומטי שם.
על פי האומדן, עד מועד סגירת הקונסוליה היפנית, הספיק סוגיהארה להנפיק יותר מ־2,150 ויזות, בכתיבה ידנית מרתונית ביחד עם אשתו ועוזרו (בחלק מהזמן סייע להם משה זופניק, תלמיד ישיבת מיר).
מספר הניצולים היה גבוה יותר ממספר הוויזות, כיוון שוויזות למבוגרים כללו גם את ילדיהם. מספר הניצולים נאמד על ידי יד ושם ב-1,600 לכל הפחות. סוגיהארה עצמו העריך את מספרם ב-3,500 ואשתו העריכה ב-6,000. הערכות לא-רשמיות אף עוברות את ה־10,000. במסגרת הוויזות הללו הונפקו ויזות לכל שלוש מאות תלמידי ישיבת מיר, שעברו בשלב ראשון לקובה שביפן והמשיכו שם בלימוד תורה, ולאחר כשמונה חודשים לשאנגחאי.
מעשיו חשפו אותו ואת משפחתו לפגיעתם של הגרמנים, אך על אף שהאחרונים ככל הנראה ידעו על מעשיו, לא פגעו בו. סוגיהארה המשיך למלא תפקידים דיפלומטיים ברחבי אירופה. בסוף תקופת המלחמה נעצר ביחד עם אשתו וילדיו בידי הסובייטים, ושהה במשך למעלה משנה במחנה מעצר. לדברי בן-עמי שילוני הסובייטים התייחסו אליו בצורה טובה יותר משאר הדיפלומטים היפנים שנעצרו.
אחרי המלחמה.
ב-1947 חזר סוגיהארה ליפן. הוא פוטר ממשרד החוץ בשל היותו איש המשטר הישן. הוא נאלץ לעבוד בעבודות כפיים שונות, במשך תקופה לא קצרה, ואף עבד בחנותו של אחד מראשי הארגונים היהודיים.
ב-1960 קיבל משרה בחברה מסחרית ברוסיה, ועבד בה כ־16 שנים. בסוף 1969 ביקר בישראל, בה למד בנו, נפגש עם שר הדתות זרח ורהפטיג וקיבל תעודת הוקרה מיד ושם.
בשנת 1985 קיבל סוגיהארה הכרה כחסיד אומות העולם על ידי יד ושם. סוגיהארה לא הסכים לקבל כיבודים או טובות הנאה כלשהם, מלבד מלגת לימודים שניתנה לבנו נובוקי בידי מדינת ישראל. ככלל, לא הסכים להתראיין, ובראיון נדיר אחד אמר שצריך לעשות את הדבר הנכון משום שהוא נכון – ולא מכל סיבה אחרת.
סוגיהארה נפטר ב-31 ביולי 1986 בגיל 86, והותיר אחריו אשה ושלושה ילדים.
אישים שהציל.
על היהודים שהציל נמנים, בין השאר:
אריה לייב בארון, יעקב בנאי ("מזל"), אבא מרדכי ברמן, שמואל ברנבוים, זרח ורהפטיג, יחזקאל לוינשטיין, נחום לסמן, מנחם סבידור ראובן פיין, יחיאל מיכל פיינשטיין, נחום פרצוביץ, ישראל חיים קפלן, לוי קרופני, חיים שמואלביץ ובנו רפאל שמואלביץ.
מורשתו והנצחתו.
מדינת ישראל, באמצעות החברה הממשלתית למדליות ומטבעות, הביעה את הוקרתה בהטבעה של מדליה מיוחדת לזכרו.
עיריית תל אביב יפו קראה רחוב על שמו ביפו, בין רחוב התקומה לשדרות ירושלים, לצד קולנוע אלהמברה.
אחד ההסברים לכינויו "סמפו" הוא בכך שכשהיהודים להם הנפיק ויזות שאלוהו לשמו, חשב שהשם "צ'יאונה" יהיה קשה להגייה על ידי מי שלא מורגל בשפה היפנית. לכן אמר ששמו "סמפו", שהיא צורת קריאה נוספת לסימניות הקאנג'י המרכיבות את שמו.
סוגיהארה קיבל הכרה רשמית מממשלת יפן והוכר בה כגיבור לאומי. בעיר קובנה, שם שירת כקונסול, נקרא רחוב על שמו. נעשה עליו סרט תיעודי בשם "סוגיהארה", בבימויו של רוברט קירק.
בשנת 1992 נבנתה לכבודו אנדרטה בעיר מולדתו, ובה פסל בדמותו. עיריית יאוטסו החליטה להקים פארק לזכרו על גבעה המשקיפה על העיר. שמו של הפארק ביפנית הוא 人道の丘 - Jindou no oka, שפירושו "גבעת האנושיות". בטקס חנוכת הפארק השתתפו גם ניצולים רבים, בהם זרח ורהפטיג, ששיתף עמו פעולה בהצלה בקובנה. בשנת 2000 נחנך בפארק מוזיאון סוגיהארה, בו ביקרו כבר למעלה מ-100 אלף מבקרים, בהם ישראלים רבים.
ב-1998 הנפיק השירות הבולאי בישראל, בשיתוף יד ושם, בול דואר ליום הזיכרון לשואה ולגבורה, הנושא את דיוקנותיהם של חמישה דיפלומטים חסידי אומות העולם, בהם סוגיהארה.
ב-2001 הוקם פארק עצי סאקורה בווילנה, לציון 100 שנים להולדתו של סוגיהארה.
ב-2016 נקרא על שם סוגיהארה רחוב בפארק המדע פלנתניה בעיר נתניה, הכולל גם גן יפני.
בראשית 2019 התברר, כי חורשה שניטעה לזכרו בבית שמש על קרקע של קרן קיימת לישראל, ובתרומות יפנים, נעקרה ובמקומה הוקמה שכונת המגורים "קנה הבושם".
ב-29 ביולי 2019, גוגל הקדישה "דודל" לזכרו של סוגיהארה.
ב-11 באוקטובר 2021 נחנכה בירושלים כיכר על שמו, הכיכר נמצאת בשכונת עיר גנים, בין רחוב קוליץ ורחוב פנמה.
סמפו סוגיהארה
נגד פלאקוס והמשלחת לגאיוס
נגד פְלָאקוּס (ביוונית: Εἰς Φλάκκον, בלטינית: In Flaccum) והמשלחת לגָאיוּס או המלאכות אל קאיוס (יוונית: Περι αρετων και πρεσβειας προς Γαιον, לטינית: De legatione ad Caium), הם צמד חיבורים של פילון האלכסנדרוני המציגים את רדיפת יהודי אלכסנדריה בימיו של גאיוס קיסר (הידוע גם בשם קליגולה), קיסר האימפריה הרומית. פילון, תושב אלכסנדריה, היה עד למהומות, ומשום כך אופי הכתבים גרפי למדי.
שני החיבורים משמשים מקור בעל חשיבות עליונה בחקר ההיסטוריה של העם היהודי במחצית הראשונה של המאה ה-1 לספירה.
הסדרה המקורית.
לימינו שרדו רק שני הספרים המוזכרים לעיל, אולם סביר להניח כי הם היו שנים מתוך חמישה כרכים. הראשון מבין השנים, "נגד פלאקוס" (בחלק מכתבי היד נקרא גם "על ההשגחה"), מתחיל באמירה המרמזת על ספר קודם, והחיבור השני, "המשלחת לגאיוס", מסתיים באמירה המרמזת על ספר המשך.
חיבור זה לא נשתמר בשלמותו.
הספר שקדם לנגד פלאקוס, דן ביחס הקיסר טיבריוס, רדיפת היהודים על ידי יד ימינו סיאנוס ויחסו של פונטיוס פילאטוס.
הוא עסק ככל הנראה באירועים ברומא בשנים 31-19 לספירה ונקרא כנראה "נגד סיאנוס".
הספר האחרון כנראה עסק ביחסו של הקיסר קלאודיוס, יורשו של קליגולה, ליהודים. ממקורות אחרים ידוע לנו כי הספר שעסק ברדיפת סיאנוס היה השני מסה"כ העבודות, ומכאן שמספר הספרים היה חמש.
תוכן הספרים.
"נגד פלאקוס".
לאחר שהקיסר גאיוס קליגולה מינה את אגריפס למלך על שליש ממלכתו של סבו, הורדוס, חזר אגריפס (בשנת 38 לספירה) ליהודה דרך אלכסנדריה.
האנטישמים באלכסנדריה הסיתו את הנציב הרומי במצרים, אאולוס אוויליוס פלאקוס, והוא התיר להם להציב בכוח פסלים ותמונות בבתי הכנסת. לאחר כמה ימים, הכריז פלאקוס שהיהודים הם זרים ואין להם זכות לישיבת-קבע באלכסנדריה. בשלב השלישי, פלאקוס התיר את דמם של היהודים, בגלל סירובם להשתתף בפולחן הקיסר (הצבת פסלו בבתי הכנסת). תחת חסותו, פצחו המצרים-היוונים במסע פרעות נגד יהודי העיר. מתוך חמש שכונות העיר, שתיים מהן היו בעלות רוב יהודי. במהלך ההתנפלות, נדחקו היהודים לחלק צר של רובע "דלתא", הגובל בחוף, במזבלה ובבית קברות. בתיהם ובתי העסק שלהם נבזזו, בעוד הם נתונים במצור בתנאיי רעב. אלה שנקלעו לפרעות בשאר חלקי העיר, נרצחו תוך עינויים קשים. פלאקוס צווה לאסור 38 מחברי הגרוסיה (מועצת הזקנים) היהודית ולהובילם כפותים דרך מרכז השוק אל התיאטרון, שם הם הופשטו והולקו במגלבים.
בעקבות תלונתו של אגריפס אל גאיוס, על מעשיו של פלאקוס, נעצר פלאקוס ונלקח לרומא. רכושו הופקע והוא הוגלה לאי אנדרוס בים האיגאי. כעבור זמן מה, צווה קליגולה להוציאו להורג.
"המשלחת אל גאיוס".
לאחר שגאיוס קליגולה הופך לקיסר (37 לספירה), הוא נחשב כשליט טוב ופופולרי, אך כעבור זמן מה אופיו מתהפך. הוא מפתח שגעון ובטירופו מכריז על עצמו אל. מצב זה של פולחן הקיסר כאל הוא בלתי אפשרי ליהודים והם הופכים בעל כורחם ל"אויבי" האימפריה ומושא שנאתו של קליגולה. התרת דמם מאפשרת את הפוגרום המתואר ב"נגד פלאקוס", בחג סוכות של שנת 39. במהלך הפרעות נשרפו בתי כנסת ברחבי אלכסנדריה ובאלה שהיו באזורים היוונים של העיר, הוצבו פסלי הקיסר.