תקרת אולם התווך של הכנסייה מעוטרת כולה בפרסקאות שנעשו בשיטת סיד קזאין. במרכז האולם נראה ישו אחרי תחיית המתים בתנוחת הפָּנְטוֹקְרָאטוֹר ("שליט הכל") – יושב על כס מלכות וידו הימנית מציגה שתי אצבעות מונפות אל על. ידו השמאלית אוחזת ספר ובו האות הראשונה והאות האחרונה באלפבית היווני - אלפא ואומגה, המסמלות את אמירתו של ישו "אני אלפא ואומגה; ההתחלה והסוף; הראשון והאחרון" (ספר התגלויות, פרק י"ג, 22). רגליו של ישו נשענות על גרמי השמים – השמש והירח, ומאחוריו קשת וסביבה כוכבים. את ישו מקיפים ארבעה עיגולים ובתוכם סמלי כותבי הבשורות – מתי, לוקס, מרקוס ויוחנן כאריה, נשר, פר ואדם. כן מקיפים אותו ארבעה מלבנים ובתוכם ארבעת מלאכי השרת – מיכאל, גבריאל, אוריאל ורפאל. סביב כולם נראים שנים-עשר השליחים, ממשיכי דרכו של ישו. ציורים וסמלים מסוג זה אופייניים מאוד לאמנות הביזנטית, ומטרתם כאן לחבר את הכנסייה החדשה למורשת העתיקה של המקום שבו נבנתה.
ציור הקיר בצדו הצפוני של האולם מציג את הזוג הקיסרי לבוש בבגדים בסגנון ימי-הביניים, כשהוא אוחז דגם של האכסניה והכנסייה. מנח זה אופייני אף הוא לתקופה הביזנטית, בדומה למשל, ל המופיעים בכנסייה הביזנטית איה סופיה שבאיסטנבול. הקיסר בתקרת כנסיית אוגוסטה ויקטוריה מלווה בדמות נשית המיצגת את החוכמה, ואילו הקיסרית – מלווה בדמות נשית המיצגת את הרחמים. מתחת לזוג הקיסרי נראים סמלים הראלדיים של בית המלוכה, של היוהניטים ושל הצלבנים.
בסטרא המערבית, מימין לכניסה, ישנה ויטרינה המציגה כמה פריטים הרלוונטיים לכנסייה, בהם המפתח המעוצב, שבאמצעותו פתח וילהלם השני את הכנסייה בטקס שנערך ב-1910; כף סיידים מסוגננת, המסמלת את עבודת הכפיים הרבה שהושקעה בבנייה; וכן סידור תפילה יהודי כתוב עברית הפתוח בדף בו מופיעה תפילה מיוחדת לשלום הקיסר וילהלם השני והקיסרית אוגוסטה ויקטוריה. מתחת שמם מוזכר לברכה גם יורש העצר פרידריך, אך הוא מכונה בטעות (כנראה פליטת קולמוס) בשם "הקיסרית פרידריך". באותה פינה מוצג אגן טבילה עשוי שיש, שנתגלה במקום במהלך חפירת היסודות, והוא מתוארך לתקופה הביזנטית. נראה שהאגן שימש "יהודים-נוצרים" (או "נצרנים" – יהודים מראשית התקופה הביזנטית, שהאמינו בישו כמשיח), שכן על אחת מידיות האגן נראה בבירור תחריט מנורה. מעל אגן הטבילה, בתוך גומחה, נראה פסלו של דוד המלך מנגן בנבל, והוא מייצג את הרוחניות. בסטרא המקבילה, באותו מקום, מוצגת בגומחה דמותו של משה רבנו, אוחז בלוחות הברית, כמייצג המוסר. מתחת לדמות של משה הוצב ב 2010 מזבח משוקם ומשוחזר באבני פסיפס מקוריות שנאספו במפעל פול ווגנר שבברלין. המזבח הועבר לכאן מהכנסייה של מתחם שנלר לאחר שצה"ל עזב את המתחם. בצפון מזרח האפסיס מצוי דוכן הטפה מעוטר באבני פסיפס מצופות זהב ובלוחות של דר צדפות. ממערב לאפסיס מצוי חדר גלוסקמאות ובו אוסף מרהיב של גלוסקמאות מקושטות שלמות ועל רובן חרותים שמות הנפטרים בעברית וביוונית.
היציעים.
הכניסה ליציעים היא דרך גרם מדרגות, היוצא מהפינה הצפונית-מערבית של הכנסייה (גרם מדרגות זו ממשיך מעלה אל המגדל). על קיר היציע המערבי תלויה תמונה גדולה מאוד של ישו המגיע לבית פגי, ומתקבל בו בכבוד רב, כמסופר בברית החדשה:
מכל סצינות הברית החדשה, נבחרה דווקא זו, שכן בית פגי שוכנת בהר הזיתים. בהמשך, מעל פתח הגישה ליציע הצופה אל האפסיס ממערב, ישנו ציור המתאר את ישו מנבא על חורבנה של ירושלים באוזני יושביה. בתקרת היציע המערבי ישנו ציור המציג את דוד המלך עם ישעיהו הנביא ומלכיצדק, ששימש "כוהן לאל עליון", ונחשב לדמות מפתח בתאולוגיה הנוצרית.
ציור התקרה ביציע הסִטרא המזרחית מציג את שלמה המלך ואת הנביאים ירמיהו ודניאל. בציור שמעל לפתח יציע האפסיס נראה ישו בחברת מרים אמו ומריה מגדלנה בבית עניה בעת החייאת לזרוס. אירוע זה מסמל את האמונה בישו כגואל ממוות. זהו גם המקום בו התקבל בזרועות פתוחות במסעו האחרון לירושלים; לשם חזר מדי ערב מהעיר; ומכאן נערכה כניסת הניצחון שלו לירושלים, לאחר שחלף בבית פגי.
מן היציע נראית הכנסייה כולה, ומשם ניתן גם להבחין בכותרות העמודים השונות זו מזו, כיאה לכנסייה צלבנית קלאסית. כן ניתן לראות מן היציע את העוגב הענק, הצמוד לקיר הצפוני של הכנסייה. העוגב נבנה בשנת 1910 במפעל Sauer שבפרנקפורט ושופץ בשנת 2009. סורגי היציעים עשויים אבן גיר לבנה ועליהם תשליבים גרלנדות ובעלי חיים כמו פיל, עיט דרקון ועוד.
המגדל.
מגדל הפעמונים של הכנסייה מתנשא לגובה של כ-50 מטרים, ובראשו ארבעה פעמונים שמשקלם הכולל הוא 12 טונות. העלייה לראש המגדל עוברת דרך 220 מדרגות, ומשם ניתן לצפות מערבה אל מרחב ירושלים העתיקה והישנה; צפונה אל מתחם האוניברסיטה, לכפר עיסאוויה, לשכונת פסגת זאב ועל הדרך היורדת ליריחו מהגבעה הצרפתית; מזרחה למדבר יהודה, כולל הכפרים הערבים שבדרך עד מעלה אדומים; ודרומה לכפרי הר הזיתים וכנסיית העלייה הרוסית.
המגדל נבנה במתכונת האופיינית לכנסיות הערים באיטליה, ונראה תמיד כאמצעי מבין "שלושת המגדלים של ירושלים" יחד עם מגדל כנסיית העלייה הרוסית ומגדל האוניברסיטה העברית. המגדל נראה היטב ממרבית נקודות התצפית בעיר.
במגדל 4 פעמונים, הראשי מכונה "Herrenmeister" ומשקלו 6120 ק"ג, הצליל שלו הוא "סול". התבליטים שעליו כוללים את שמו, העיט הפרוסי נח על צלב מסדר סנט ג'והן וסדרה של תאריכים היסטוריים (598 גרגורי הגדול - האפיפיור גרגורי שולח מכתב לפטריאך ירושלים, 1098 גרהרד-האח גרהרד היה האחראי על ההוספיס של סנטה מריה לטינה במוריסטאן, 1120 ריימונד מפואי- בימי האח ריימונד הפך המסדר של ההוספיס למסדר האבירים ההוספיטלרים והוא הפך ל"Meister" ממנו התפתח התואר של ראש המסדר "Herrenmeister", 1898 ווילאם השני ו 1910 הנסיך פרידריך). שלושת הפעמונים הנוספים ("keiserin" הקיסרית, קיסר גרמניה "deutscher Keiser" ושלום "Friede") במגדל מכוונים לתווים, סי, מי, ורה. הסעת הפעמונים ממפעל יציקת הפעמונים "APOLDA" ועד יפו עלה 616 מארק ואילו מיפו לירושלים 1476 מארק וזאת עקב כך שהעגלות היו רחבות מכדי לעבור ברחובות יפו עד לרכבת ולכן עקפו את יפו ושקעו בבוץ ובחולות וצריך היה לחלץ את הפעמונים חזרה לרציף ולסלול כביש עוקף מנמל יפו אל תחנת הרכבת. מתחנת ירושלים העלו אותם להר הזיתים בעגלות רתומות לשני תריסרי פרדות. בשנת 1927 התמוטט חלקו העליון של המגדל ברעידת אדמה, והוא שופץ כמעט כליל. נראה כי הוא הונמך אז מעט וצורתו שונתה, זאת בהשוואה לצילומי המגדל לפני רעידת האדמה, שם הגג משופע יותר.
יש הטוענים כי שלוש הכנסיות שבנה הקיסר – אוגוסטה ויקטוריה, הגואל ודורמיציון - מחוברות יחד למנגנון צלצול פעמונים אחד, ואילו ניתן היה "להחריש" את שאון העיר לזמן קצר, ניתן היה לשמוע את פעמוניהן של השלוש מצלצלים יחד במועד אחד. נכון לשנת 2007, המעלית המובילה לראש המגדל אינה תקינה זה שנים רבות. לטענת האחראים, הסיבה לכך כספית, שכן מדובר בתיקון מקיף של המנגנון כולו.
במגדל מוצגות תמונות והסברים על הפעמונים ועל מיזמיו של שנלר.
אולם קבלת הפנים.
צמוד לקיר הצפוני של הכנסייה, בגובה היציע, שוכן "אולם קבלת הפנים", ששימש כאולם אירועים רשמי של המקום. אולם זה שימש כחדר מעבר מהאכסניה לכנסייה, ואפשר לבאים להתרשם מן הכנסייה כולה, בטרם ירדו אליה לתפילה. בחלקו המזרחי של האולם קבוע קמין מפואר, מעוטר בתשליבי אבן עדינים, שהשתמר ללא פגע מיום היווסדו. ברצפה משולבים אריחים אדומים, המציגים צלחות ודגים. מדובר בעיטור נפוץ במבנים נוצריים דתיים, שכן הוא רומז לעיסוקו של ישו, שהיה דייג. סביב קירות האולם ישנם עמודים צמודים, ועליהם פסלי אריות מוזהבים, המסמלים את מלכותו של הקיסר. שניים מהם מוצגים כנקבות, המניקות את גוריהן. בקיר המערבי ישנן שתי כותרות עמודים יוצאות דופן, המחקות באופן מושלם כמעט כותרות דומות מן התקופה הצלבנית: העמוד השמאלי מציג דמויות גרוטסקיות המשולבות זו בזו; והכותרת השמאלית מציגה סצינות מלחמה, השאובות מהעולם העתיק ומהמיתולוגיה היוונית.
אולם קבלת הפנים עבר שיפוצים נרחבים בשנות ה-80 של המאה ה-20, שכללו גם חלקים מהכנסייה. בקיר המזרחי הושארו חלק מעיטורי הפרסקו המקוריים, כדי לתת למתבונן מושג כיצד נראה החדר כולו בראשיתו. החדר משמש כאולם הרצאות ותערוכות מתחלפות, וכולל תערוכת קבע אחת ובה תמונות ישנות של המתחם. בקיר המערבי ישנם שני ציורי קיר שמימיים, ועליהם כיתוב בגרמנית ובערבית: "כִּי רָעֵב הָיִיתִי וּנְתַתֶּם לִי לֶאֱכֹל; צָמֵא הָיִיתִי וְהִשְׁקֵיתֶם אוֹתִי; עוֹבֵר אֹרַח הָיִיתִי וַאֲסַפְתֶּם אוֹתִי; עָרוֹם - וְהִלְבַּשְׁתֶּם אוֹתִי; חוֹלֶה הָיִיתִי וּבִקַּרְתֶּם אוֹתִי; בְּמַאֲסָר הָיִיתִי וּבָאתֶם אֵלַי." (הבשורה על-פי מתי, פרק כ"ה, פסוקים 35–36). (נכון ל-2009 - סגור לרגל שיפוצים).
בית החולים.