גם טרם נפילת ברית המועצות, שררה מתיחות רבה בין גאורגיה לשלטון הסובייטי המרכזי. לאחר נפילת ברית המועצות, המתיחות ביניהן הגיעה לשיאה במלחמת אבחזיה בשנית 1992 ו-1993. במלחמה זו, רוסיה תמכה בצורה ענפה בבדלנים האבחזים שלחמו נגד הממשלה הגאורגית. המלחמה הסתיימה בניצחון הבדלנים האבחזים ובטיהור אתני של גאורגים מכל שטחה של אבחזיה. בעקבות המלחמה, הכריחה רוסיה את גאורגיה להעביר בסיסים צבאיים גאורגים הממוקמים בשטחה של גאורגיה, לשליטה רוסית; וכמו כן הכריחה אותה להצטרף לחבר המדינות. בתגובה למלחמה, סייעה גאורגיה בצורה ענפה לבדלנים הצ'צ'נים בשטחה של רוסיה. בתחילת חודש אוגוסט 2008, החלה המלחמה בדרום אוסטיה עקב חילופי אש כבדים בין כוחות צבא גאורגיה לכוחות הבדלנים האוסטים בחבל דרום אוסטיה. ב-1 באוגוסט 2008 פתחה גאורגיה במבצע בחבל דרום אוסטיה כדי ללכוד את בירת החבל, צחינוואלי. לאחר שבוע, ב-8 באוגוסט, בנסיבות שנויות במחלוקת, שלחה רוסיה, מתוך התחייבות לבדלנים האוסטים, וכתגובה לסיוע של גאורגיה לבדלנים הצ'צ'נים כמה שנים קודם לכן, שלחה רוסיה כוחות ארטילריה, שריון וחי"ר אל החבל.
שנים ראשונות (1991 - 2003).
המאבק הגאורגי לעצמאות (1991 - 1992).
ב-9 באפריל 1989, בשיא המאבק האזרחי לעצמאות, ביצע הצבא האדום טבח בעצרת שקטה במרכז הבירה - 20 בני-אדם נרצחו (מרביתם נשים צעירות) ועשרות נפצעו. האירוע כונה "הטרגדיה של 9 באפריל", והיה אבן דרך במאבק הגאורגי לעצמאות. בדיוק כעבור שנתיים, ב-9 באפריל 1991, הכריזה גאורגיה על עצמאותה והקימה את הרפובליקה של גאורגיה, לא לפני הבחירות הדמוקרטיות הראשונות במרחב הסובייטי ב-28 באוקטובר 1990.
ב-26 במאי 1991 נבחר זוויאד גמסחורדיה לנשיאה הראשון של גאורגיה העצמאית. עם זאת, גמסחורדיה הוכיח עצמו כנשיא כושל, שלא הצליח להתמודד עם הבעיות הכלכליות והאתניות של גאורגיה, והודח בהפיכה צבאית ב-22 בדצמבר 1991. הפיכה זו היוותה חלק ממלחמת האזרחים הגאורגית, שכללה מאבק פוליטי בין תומכי גמסחורדיה, שכונו "זוויאדיסטים" ובין תומכי הנשיא שתפס את מקומו של גמסחורדיה, אדוארד שוורדנדזה, וכן מאבק בין הממשל המרכזי ובין שלושה חבלים בדלנים, שביקשו לפרוש מגאורגיה - אבחזיה, דרום אוסטיה ואג'ריה. המלחמה נמשכה עד שנת 1995 והסתיימה בתבוסת הזוויאדיסטים, בפרישתם של החבלים המורדים והכרזתם על עצמאות דה פקטו. עצמאותם של החבלים המורדים, שנתמכה על ידי הפדרציה הרוסית אך לא הוכרה על ידי הקהיליה הבינלאומית, הביאה לטיהור אתני בו גורשו כרבע מיליון גאורגים מאבחזיה ומדרום אוסטיה, וכן היגרו אוסטים מתחומי גאורגיה.
ב-2003 הודח שוורדנדזה (שנבחר בבחירות דמוקרטיות ב-1995 וב-2000) באירוע שכונה "מהפכת הוורדים", והיה בעיקרו מחאה עממית שהיוותה דוגמה ל"מהפכה הכתומה" באוקראינה, ואירועים דומים במרחב הפוסט סובייטי. המפגינים, שמחו על זיופים בבחירות לפרלמנט, העלו לשלטון באופן זמני את הנשיאה נינו בורג'נדזה, אך לאחר קיום בחירות דמוקרטיות נבחר לנשיא מיכאיל סאקשווילי.
הנשיא החדש פתח בשורת רפורמות שמטרתן לחזק את צבאה וכלכלתה של גאורגיה, ולהשליט את מרותה של גאורגיה בחבלים הבדלניים. הצלחה ראשונה נחל סאקשווילי כאשר הצליח לאחד עם גאורגיה את מחוז אג'ריה. אך הצלחה זו לוותה בהחרפת העימות בדרום אוסטיה, שהדרדר לחילופי אש בשנת 2004 שאיימו על יציבות הסדר הפסקת האש שהושג בחבל בשנת 1992. אירועים אלו הביאו להחרפת היחסים עם רוסיה, שסייעה לבדלנים באוסטיה ובאבחזיה באופן גלוי כמעט.
מלחמת אבחזיה (1992 - 1994).
מלחמת אבחזיה שניטשה בין השנים 1992 ל-1994, ובה לחמו צבא גאורגיה מצד אחד כנגד בדלנים אבחזים מצד שני, הייתה אחד העימותים החריפים בקווקז בתקופה שלאחר התפרקות ברית המועצות. הסכסוך נשא אופי אתני בין הגאורגים והאבחזים. המיעוטים באבחזיה, גאורגים וארמנים לחמו לטובת ממשלת גאורגיה שהתנגדה לפרישת החבל מגאורגיה. לטובת הבדלנים הצטרפו יחידות מתנדבים של קוזקים מצפון הקווקז, ואף כוחות הפדרציה הרוסית שהיו מוצבים בסמוך.
המלחמה נחשבת לחלק ממלחמת האזרחים של גאורגיה, שכללה עימות פוליטי פנימי בין הגאורגים ובין עצמם, בו לחמו תומכי הנשיא המודח זוויאד גמסחורדיה ותומכי הנשיא המכהן אדוארד שוורדנדזה, ועימותים בין הממשל המרכזי בגאורגיה ובין תנועות בדלניות כגון המשבר בחבל דרום אוסטיה שהתפתח אף הוא לעימות צבאי. עימותים אלו התנהלו במקביל ללחימה באבחזיה, סיבכו את הלחימה, ותרמו לתוצאתה.
הפרות זכויות האדם ומעשי זוועה דווחו באשר לפעולות שני הצדדים, ושיאם היה לאחר המלחמה ולאחר כיבוש סוחומי ב-27 בספטמבר 1993 במסע טיהור אתני בו גורשו הגאורגים מאבחזיה. לפני המלחמה מנו האבחזים 17.8% מאוכלוסיית אבחזיה ואילו הגאורגים מנו 45.7%. מספרה הכולל של האוכלוסייה היה כחצי מיליון נפש. ארגון האומות המאוחדות אימץ החלטה המכירה בזכות השיבה של הפליטים הגאורגים לאבחזיה.
גאורגיה שקיבלה עצמאותה לאחר נפילת ברית המועצות, הושפעה באופן עמוק מהמלחמה, וסבלה נזק כלכלי, אנושי ופסיכולוגי. אבחזיה נהרסה במלחמה, ובעימותים שבאו בעקבותיה. אבחזיה, ששומרת על עצמאות דה פקטו, עדיין סובלת מבעיות כלכליות וחברתיות בעקבות המלחמה.
הפעילות הגאורגית בצ'צ'ניה.
רוסיה, לאורך מלחמת צ'צ'ניה הראשונה ובעיקר במהלך זו השנייה, האשימה רבות את גאורגיה בסיוע ישיר לבדלנים הצ'צ'נים, הן במימון כספי ובתמיכה צבאית, שלחמו נגד הרוסים לעצמאות.
משבר אג'ריה (2004).
במאי 2004, התרחשה מה שמכונה "מהפכת הוורדים השנייה" בבתומי, אג'ריה. אחרי חודשים של מתיחות קיצונית בין ממשלת סאקשווילי לבין אסלן אבשידזה, הדיקטטור הווירטואלי של המחוז האוטונומי. אלפי אג'רים, נשלחו על ידי התנועה הלאומית המאוחדת וקמארה, להפגין כנגד מדיניותו של אבשידזה של בדלנות ומיליטריזציה. אבשידזה עשה שימוש בכוחות הביטחון וכוחות הפרלמנט כדי לפזר את ההפגנות שברחובות בתומי וכובולתי. מכל מקום, הוא נכשל בדיכוי ההפגנות, שמאוחר יותר יתגברו. הגשר על נהר הצ'לוכי, שנמצא על הדרך הראשית המחברת בין אג'ריה לבין יתר גאורגיה, פוצץ ב-2 במאי 2004 בהוראת המנהיגות הגולה של אג'ריה בראשות אסלן אבשידזה, כאשר הוא קורא להחלטה להפציץ את הגשר שנמצא בנפת כובולתי "אמצעי מניעה כנגד פעולות צבאיות אפשריות של ההנהגה המרכזית הגאורגית". ב-6 במאי 2004 (שוב יום גיאורגי הקדוש), מפגינים מכל אג'ריה התקבצו בבתומי, אף על פי שפוזרו בכוח יום לפני. ראש ממשלת גאורגיה, זוראב ז'ווניה, ושר הפנים, גיאורגי ברמידזה קיימו משא ומתן עם שר הפנים האג'רי ג'מאל גוגיטידזה, לנסיגת כוחותיו מהגבול האדמיניסטרטיבי על נהר הצ'לוכי, והנהיג את הכוחות המיוחדים של גאורגיה לתוך אג'ריה. אבשידזה צפה את הבלתי נמנע, התפטר עוד באותו ערב ועזב למוסקבה. הנשיא סאקשווילי ביקר בבתומי ביום שלמחרת, ופגש במפגינים האג'רים המנצחים.
פלישת רוסיה לגאורגיה (2008).
ב-7 באוגוסט 2008 נכנסו כוחות גאורגיים לדרום אוסטיה, ופתחו במבצע בדרום אוסטיה, שמטרתו כיבוש צחינוואלי והשתלטות על החבל הבדלני. בתגובה ביצעו הרוסים ב-8 באוגוסט 2008 שורה של תקיפות אוויריות נגד מטרות צבאיות ואחרות בגאורגיה. גם לאחר נכונותה של ממשלת גאורגיה לסגת מהחבלים הבדלניים במדינה ולחתום על הפסקת האש המוצעת של האיחוד האירופי, המשיכה המתקפה הרוסית, אשר כללה פלישה לשטחי גאורגיה עצמה, הן מכיוון דרום אוסטיה והן מכיוון אבחזיה, הפגזת נמל התעופה הבינלאומי של טביליסי, הטלת מצור על נמלי הים של גאורגיה (הופסקה לאחר לחץ אוקראיני), כיבוש העיר גורי ופגיעה בעורק התחבורה הראשי המחבר בין מזרח גאורגיה למערבה, מתוך כוונה לערער את משטרו הפרו-מערבי של סאקשווילי. צעדים אלה גרמו לפי הערכות האו"ם לכ-115 אלף פליטים גאורגים.
ממשלות ארצות הברית, הממלכה המאוחדת וצרפת דרשו מממשלת רוסיה לסגת משטחיה של גאורגיה וגינו את מוסקבה על הפעלת הכוח המאסיבית נגד גאורגיה, וממשלת גאורגיה בקשה סיוע מממשלות המערב ומנאט"ו. לבסוף, לאחר חמישה ימי לחימה, הודיע נשיא רוסיה דמיטרי מדבדב כי הכוחות הרוסיים נסוגים משטחי גאורגיה, אך בפועל לא התבצעה נסיגה, דבר שהביא ב-19 באוגוסט להודעה חריפה מצד נאט"ו ולטיוטת החלטה במועצת הביטחון של האו"ם נגד רוסיה.
בעקבות הפלישה הצביע הפרלמנט הגאורגי פה אחד לא לחדש את חברות גאורגיה בחבר המדינות, וזו הסתיימה ב-17 באוגוסט 2009.
היחסים לאחר המלחמה.
בפברואר 2012 גאורגיה הכריזה כי היא שוקלת לאפשר מעבר חופשי מויזה בין המדינות, לצורך ביקורים קצרים. בדצמבר 2012, נפגשו נציגים רוסיים וגאורגים לפגישה ראשונה בין נציגי שתי המדינות, מאז פרוץ הלחימה. בנובמבר 2013 נבחר גיורגי מרגוולשווילי לנשיא גאורגיה. מרגוולשווילי הצהיר כי הוא תומך בנורמליזציה של היחסים בין רוסיה לגאורגיה, ברם בסתיו 2015 תכנן להיפגש עם נשיא רוסיה ולדימיר פוטין אך הפגישה לא נערכה לבסוף ובנאומו בפרלמנט הגאורגי הוא אמר כי רוסיה היא האיום העיקרי על ביטחון דרום הקווקז ומדינות הים השחור. בנאומו לעם הגאורגי במלאת 70 שנה לניצחון על הנאצים ב-9 במאי 2015 פוטין לא הזכיר את מרגוולשווילי. ב-2016 פוטין בירך את נשיא גאורגיה מרגוולשווילי לקראת יום הניצחון, מה שהיה אירוע מיוחד עקב אי קיום יחסים דיפלומטים בין המדינות.