ב־1802 נפוליאון בונפרטה שלח כוח פלישה גדול בפיקודו של גיסו, שארל לקלרק. במשך תקופה מסוימת לקלרק נחל הצלחות, ואף הצליח לכבוש ולהעביר לשליטה צרפתית ישירה את החלק המזרחי של האי, כפי שנאמר בהסכם בזל עם ספרד מ־1795. הצרפתים הצליחו להשיג ניצחונות משמעותיים לאחר הקרבות באמצעות 40,000 חיילים אירופים וסיוע מהמתיישבים והמולאטים שהיו נתונים לפיקודו של אלכסנדר פטיון, שבעבר היה אחד מהסגנים של ריגו. שניים מבין הסגנים של טוסן החלו להכיר בכך שלא ניתן להתגונן עוד כנגד כוחות הפלישה, והחלו בנפרד לנהל משא ומתן עם הפולשים, שבסופו הסכימו להעביר את נאמנותם. בנקודה זו לקלרק הזמין את טוסן לשולחן המשא ומתן על מנת להגיע להסדר. אולם, לקלרק רימה את טוסן, עצר וגירש אותו לצרפת. טוסן מת בצרפת באפריל 1803 כתוצאה מדלקת ריאות, לאחר שנכלא בפור דה ז'ו (Fort de Joux) שבהרי היורה.
נפוליאון אישר ב־20 במאי 1802 הצעת חוק שלפיה העבדות תישמר במקומות שבהם היא לא בוטלה (מרטיניק, טובגו וסנט לוסיה). העתק סודי של ההחלטה הזו נשלח אל לקלרק, שקיבל אישור להחזיר את העבדות על כנה כאשר יהיה נוח לעשות זאת. באותו זמן חל כרסום נוסף בזכויותיהם של הז'ן דה קולר באמצעות תקנות נוספות. כל התקנות הללו לא פורסמו או הוצאו לפועל בסן-דומנג, אך באמצע הקיץ החלו להגיע למושבה שמועות על כוונתה של צרפת להחזיר את מצב העבדות על כנו. בגידתו של טוסן ופעולות הצרפתים במרטיניק ערערו את מצב שיתוף הפעולה ששרר בין מנהיגים שונים כגון דסאלין, כריסטוף ופטיון. המנהיגים השונים החלו להיאבק בלקלרק כיוון שהיו משוכנעים כי אותו גורל מונח לפתחה של סן-דומנג. המלחמה שפרצה בעקבות האירועים האחרונים הייתה כוחנית מאוד. במקביל לתחילת עונת הגשמים חלה עלייה בתחלואה בקדחת ובמלריה, שפגעו קשות בפולשים. לקלרק עצמו מת מקדחת בנובמבר, ובנוסף לכך מתו ואושפזו אלפי חיילים צרפתים כתוצאה מהמחלות.
לאחר מכן לקלרק הוחלף על ידי דונטין מארי ז'וזף דה וימה, ויקונט רושאמבו. רושאמבו כתב לנפוליאון כי על מנת לשלוט בסן-דומנגצרפת צריכה "להכריז על הכושים כעבדים, ולהרוס לפחות 30,000 כושים וכושיות". בייאושו הוא החל לנקוט בפעולות יותר אכזריות; הצרפתים פעלו בכוח רב מאוד (כגון עינויים) נגד אסירים שחורים. נטען גם כי באחד הלילות הוא ערך נשף שאלין הזמין נשים מולאטיות חשובות רבות, ובחצות הודיע להן כי בעליהם מתים. אולם, המורדים הגיבו על כל פעולה אכזרית. לאחר הקרב רושאמבו קבר בחיים כ־500 אסירים, ודסאלין הגיב באמצעות תלייתם של 500 אסירים צרפתים. שיטותיו האכזריות של רושאמבו סייעו לליכוד שורותיהם של המורדים.
כאשר המצב במלחמה החל לנטות לטובת העבדים לשעבר נפוליאון נטש את שאיפתו להשיב על כנה את האימפריה הצרפתית שמעבר לים. המלחמה בין צרפת והממלכה המאוחדת נמשכה גם ב־1803, כאשר הצי המלכותי שולט בימים, והתגבורות והאספקה לא הגיעו בזמן לרושאמבו. נפוליאון החליט להתרכז במלחמה שהתחוללה באירופה, ובאפריל הוא חתם על רכישת לואיזיאנה, הסכם שבו ארצות הברית קנתה מצרפת את הטריטוריה שלה בצפון אמריקה. צבאו של דסאלין הביס את הצבא הצרפתי בפיקודו של רושאמבו באופן סופי בקרב ורטייר שנערך ב־18 בנובמבר 1803.
דסאלין הכריז על עצמאות ב־1 בינואר 1804, וקבע כי האומה החדשה תיקרא בשם הטאיינו של האיטי ("ארץ ההרים"). רוב המתיישבים הצרפתים שנותרו נסו לאחר תבוסת הצבא הצרפתי, וחלקם היגרו ללואיזיאנה או קובה. בניגוד לטוסן, דסאלין היה עוין מאוד כלפי האירופים. בפעולה אחרונה של תגמול הצרפתים הנותרים נטבחו על ידי כוחות הצבא של האיטי. כ־2,000 צרפתים נרצחו בקפ-פרנסיס, 800 בפורט־או־פרנס ו־400 בז'רמי. דסאלין הצהיר כי "אנחנו גמלנו לקניבלים האלה, מלחמה עבור מלחמה, פשע עבור פשע, זעם עבור זעם".
אחת מהחריגות הצבאיות הייתה כוח צבאי של חיילים פולנים שנלחמו לצידו של נפוליאון. חלקם סירבו להילחם בתושבים הילידים, ותמכו בעקרון חירות האדם; למעשה, כ־100 מתוכם אף הצטרפו למורדים. כתוצאה מכך הפולנים הורשו להישאר ולא סבלו מהגורל שהמתין לאירופים אחרים. מאות בודדות מתוך אלפי הפולנים אכן בחרו באפשרות זו. מתוך שאר הפולנים כ־700 חזרו לצרפת, ורבים אחרים אולצו לשרת ביחידות בריטיות לאחר הכניעה. צאצאיהם של הפולנים שנותרו לבסוף בהאיטי חיים בה עד היום.
עצמאות: השנים הראשונות (1804–1843).
תחילה אחז דסאלין בתואר של נשיא האיטי, ראש המדינה החדשה. למרות זאת, בספטמבר 1804 הכריז על עצמו בתור קיסר האיטי ועל הקמתה של מונרכיה חוקתית שבפועל הייתה דיקטטורה בעוד הוא לקח על עצמו את התואר 'ז'אק הראשון, קיסר האיטי'. עם עלייתו לשלטון קבע דסאלין את עיר הנמל פורט-או-פרנס להיות לו לבירה.
עם קבלת השלטון, דסאלין אישר את החוקה של 1804. חוקה זו, במונחים של חירויות חברתיות, קראה ל:
שלטונו הדיקטטורי והאכזרי של דסאלין הוביל לעליית ההתנגדות לשלטונו עם הזמן. עיקר ההתנגדות למשטר נבעה מאילי הון ובעלי נחלות שהיו בעבר השחורים המשוחררים בסדר המעמדות שהתקיים במהלך תקופת המושבה הצרפתית. מנהיג האופוזיציה של בעלי הנחלות, אלכסנדר סאבס פטיון (Alexandre Sabès Pétion), החל מרד נגד דסאלין במהלך שנת 1806. דסאלין שלח כוחות להפיל את המרד ומצא את מותו בהתנקשות פוליטית שהתרחשה במאבק שפרץ. לאחר מכן נחלקה השליטה בהאיטי בין אלכסנדר סאבס פטיון ותומכו ואנרי כריסטוף (Henri Christophe).
כריסטוף יצר את מדינת האיטי הסמכותנית בצפון, ופטיון הקים את הרפובליקה של האיטי בדרום. כריסטוף ניסה לשמור על מערכת קפדנית של עבודה וייצור חקלאי הדומה למטעים לשעבר. למרות שבאופן קפדני, לא הונהגה עבדות, הוא כפה שיטה פיאודלית למחצה, שבה כל אדם בעל יכולת נדרש לעבוד במטעים כדי לייצר סחורות למדינה הצעירה. השיטה שלו, אף על פי שהיא מעיקה ללא ספק, הניבה את מירב ההכנסות של שתי הממשלות.
לעומת זאת, פטיון פירק את האחוזות הקולוניאליות לשעבר וחילק את הקרקע לאחזקות קטנות. בגלל העמדה הבינלאומית החלשה ומדיניות העבודה שלה (רוב האיכרים חיו דרך כלכלת קיום), ממשלתו של פטיון הייתה תמיד על סף פשיטת רגל. עם זאת, במשך רוב זמנה, היא יצרה את אחת הממשלות הליברליות והסובלניות ביותר בהאיטי אי פעם. בשנת 1815, בתקופת מפתח במאבקו של בוליבר למען עצמאות ונצואלה, הוא העניק למנהיג ונצואלה מקלט וסיפק לו חיילים ותמיכה חומרית משמעותית. היו לה גם הכי פחות התכתשויות צבאיות פנימיות, למרות הסכסוכים המתמשכים שלה עם הממלכה הצפונית של כריסטוף. אולם ב-1816, לאחר שמצא את נטל הסנאט בלתי נסבל, הוא השעה את בית המחוקקים והפך את תפקידו לנשיא לכל החיים . זמן לא רב לאחר מכן, הוא מת מקדחת צהובה, ועוזרו ז'אן פייר בואייה החליף אותו.
בשנת 1811, הנרי כריסטוף הכריז על עצמו כמלך אנרי הראשון של ממלכת האיטי בצפון והזמין כמה מבנים יוצאי דופן. הוא אפילו יצר מעמד אצולה באופנת המלוכה האירופית. אולם בשנת 1820, נחלש ממחלה ועם ירידה בתמיכה במשטרו הסמכונתני, הוא התאבד בכדור כסף במקום להתמודד עם הפיכה. מיד לאחר מכן, יורשו של פטיון, בואייה, איחד מחדש את האיטי באמצעות טקטיקות דיפלומטיות ושלט כנשיא עד להדחתו ב-1843.
כמעט שנתיים לאחר שבואייה ביסס את השלטון במערב, האיטי פלשה לסנטו דומינגו (הרפובליקה הדומיניקנית של היום) והכריזה על האי כמשוחרר ממעצמות אירופה. ב-30 בנובמבר 1821 הכריז המושל הספרדי חוסה נונייס דה קאסרס, על עצמאותו של מזרח האי, בשם "הרפובליקה של האיטי הספרדית" - "Haiti Español", וביקש לצרפה לפדרציה של רפובליקת קולומביה הגדולה שייסד סימון בוליבר בצפון יבשת דרום אמריקה באותה התקופה. תשעה שבועות לאחר מכן שבו בני האיטי, בראשות ז'אן פייר בואייה, וכבשו את מזרח האי, בהכריזם על איחודו של האי היספניולה תחת שלטון האיטי. בדרך זו הוא השיג את אחדות האי, אשר בוצעה רק לפרק זמן קצר על ידי טוסן לוברטור בשנת 1801. כיבוש הצד הספרדי של בואייה הגיב גם למאבקים פנימיים בקרב הגנרלים של כריסטוף, להם העניק בואייה סמכויות נרחבות ואדמות במזרח.
שליטתה בת עשרים ושתיים השנים של האיטי בשטחו המזרחי של האי היספניולה, זכורה על ידי התושבים כתקופה של משטר צבאי אכזרי, אך המציאות הייתה מורכבת בהרבה. בשנות המלחמה והמהפכה צברה האיטי חוב ענק לגורמי חוץ, ובמיוחד לצרפת, שהיה עליה לשלמו. בתמורה להכרה דיפלומטית מצרפת, נאלץ בואייה לשלם שיפוי עצום על אובדן הרכוש הצרפתי במהלך המהפכה. כדי לשלם על כך, הוא נאלץ להעלות הלוואות בצרפת, מה שהכניס את האיטי למצב של חובות. בויאר ניסה לאכוף את הייצור באמצעות חקיקה, שאושרה ב-1826, אך לבעלי איכרים חופשיים, בעיקר חיילים מהפכנים לשעבר, לא הייתה כל כוונה לחזור לעבודות הכפייה שנלחמו כדי להימלט. עד 1840, האיטי הפסיקה לייצא סוכר לחלוטין, אם כי כמויות גדולות המשיכו לגדל לצריכה מקומית "כטאפיה" - רום גולמי. עם זאת, האיטי המשיכה לייצא קפה, שדרש מעט גידול וצמח פראי למחצה.
כלכלת האי נסוגה לכלכלה חקלאית בסיסית, ושיטת הפרמאז' הפאודלית למחצה, שהונהגה על ידי דסאלין, ובה חויב כל אדם כשיר לעבוד במטעים כצמית, נותרה בתוקף על אף רצונו של בואייה להכריתה. כדי לנסות ולשפר את המצב, הנהיג בואייה רפורמה אגררית מקפת, לפי תוכנית שתוכננה ונזנחה עוד בימיה הראשונים של המהפכה. המטעים הגדולים חולקו ליחידות קטנות יותר, ותושבי הכפרים הוצמדו ליחידות חקלאיות קטנות, שלהן ניתנו מכסות ייצור.