השלטון הקולוניאלי הביא איתו התפתחות ומודרניזציה לדרום המדינה ועוד בסוף המאה ה־19 כבר היו במערב ניגריה רופאים ועורכי דין אפריקניים. לעומת הדרום, פסחה המודרניזציה על הצפון המוסלמי כמעט לגמרי. הסיבות לפערי המודרניזציה בין הצפון לדרום היו שונות ומגוונות. אחת מהן הייתה המגע האפריקני־אירופי האינטנסיבי שהיה בדרום, עקב הקרבה לחוף. הצפון נשאר נחשל גם בשל התחייבותם של סר ג'ורג' גולדי, ממייסדי ניגריה, ולורד פרידריק לוגארד, הנציב העליון של צפון ניגריה, לשליטי הצפון המוסלמיים שלא לאפשר למיסיון הנוצרי לפעול בצפון, אי לכך, הצפון לא הושפע מפעולתיו של המיסיון הנוצרי. שבט היורובה, במערב, היו הראשונים שפגשו בבריטים וכתוצאה מכך, תהליכי המודרניזציה שלהם היו המואצים ביותר. משנות ה-30 של המאה ה-20 ואילך, בני שבט האיגבו הדביקו את הפיגור הראשוני אולם המוסלמים נשארו מאחור.
לקראת סוף התקופה הקולוניאלית היו פערים עצומים בין הצפון המוסלמי לדרום הנוצרי. בצפון ניגריה לא היה בוגר אוניברסיטה עד 1951. באותה שנה היו בניגריה 160 רופאים, אך רק אחד מההאוסה פולאני המוסלמי, לעומת 76 מהיורובה, 49 מהאיבו, ו־34 מבני המיעוטים. בשנת 1965 היו יודעי קרוא וכתוב בדרום כ־20 אחוז, בעוד שבצפון הם היו רק שני אחוזים. בפרובינציית קאנו בצפון המוסלמי, מחצית מיודעי קרוא וכתוב היו מהגרים מהדרום שהתרכזו בעיר קאנו. בעיר עצמה הפער היה עצום: בשכונת הדרומיות, מספר הילדים המבקרים בבתי ספר היה 98 אחוזים, בעוד שברבעים המוסלמיים של ההאוסה פולאני ביקרו בבית הספר לא יותר מחמישה אחוזים מהילדים. ב־1961, 99 אחוז מהפקידות הפדרלית בצפון ניגריה הייתה דרומית.
לאחר סיום מלחמת העולם השנייה החלה דרישה בקרב תושבי ניגריה לעצמאות. בשנת 1957 העניקו הבריטים עצמאות למזרח ולמערב ניגריה וכראש ממשלה נבחר אבובכר טפאווה בלווה, וזמן קצר לאחר מכן הוענקה עצמאות גם לצפון ניגריה. ב־7 באוקטובר 1960 הצטרפה ניגריה לאו"ם כחברה ה־99, ב־1966 נרצח ראש הממשלה בלווה בהפיכה צבאית.
קונפליקטים בתקופה הקולוניאלית.
השלטון הקולוניאלי הבריטי יצר תשתית חיונית לניגריה מאוחדת. הוא יצר את המסגרת, תחם את הגבולות והפך את המושג ניגריה למציאות פוליטית ובינלאומית. הקולוניאליזם בנה רשתות תחבורה ותקשורת, הקים מערכת חינוך מערבית, הנהיג מערכת מנהל, אך למרות זאת ניתן לומר שעיקר תרומתם של הבריטים לאחדות ניגריה הייתה עקיפה. מצד שני, המדיניות הבריטית הערימה מכשולים בדרך לאיחוד ניגריה, הפרידה והפלתה בין הקבוצות האתניות בצפון ובדרום. ב־1914 נוצרה אמנם מסגרת קולוניאלית אחת, אך המנהל הקולוניאלי בצפון נשאר במידה רבה אוטונומי. הבירוקרטיה הבריטית בצפון הדגישה את ייחודו של הצפון, ולעיתים אף לחצה להפרדה מלאה. יחסיה עם המנהל הקולוניאלי בדרום היו יחסי עוינות ותחרות. המועצה המחוקקת שהוקמה בלגוס ב־1923 הייתה של הדרום בלבד, ולצפון לא ניתן ייצוג עד 1947. ב־1947 נכנסה לתוקף חוקה חדשה שהחלה למסד אוטונומיה מרחיקת לכת למזרח, למערב ולצפון, על ידי הקמת מועצות מחוקקות אזוריות, מה שיכול היה לעודד תהליך של התנתקות בין האזורים. הוקמו בתי מחוקקים וממשלות אזוריות, מערכת שיפוט, מנהל ציבורי, גם צפוני, גם מערבי וגם מזרחי, ואף מונו מושלים וראשי ממשלה אזוריים (הדרום הפך ברובו לנוצרי, אך הבריטים מנעו מהמיסיונרים להיכנס לצפון). לא ניתן כל עידוד לצמיחת מוסדות וארגונים פוליטיים כלל ניגריים.
הצפון והדרום ראו את המדיניות הבריטית בצורה שונה: בעוד הלאומניים הדרומיים האשימו בדרך כלל את הבריטים ב"הפרד ומשול" ובהגברת הפיצול בניגריה, נשמעה שנים רבות בצפון טענה הפוכה, שהבריטים כפו על הצפון אחדות שאינה טבעית עם הדרום.
ב־1951 איימו מנהיגי הצפון המוסלמיים לפרוש מניגריה אם לא יובטחו לצפון לפחות מחצית מהמושבים באספה המחוקקת. הדרום קיבל את הדין כדי לשמור על אחדות המדינה, ובכך החלה השתלטות הצפון על הפדרציה הניגרית.
ב־1953 דרשו מפלגות הדרום שהאסיפה המחוקקת הכלל ניגרית תקבל החלטה בזכות שלטון עצמי ניגרי מ־1956, אך הצפון התנגד לכך בטענה שאינו מוכן לעצמאות. התנגדות הצפון לשלטון עצמי עוררה זעם בקרב הלאומניים הדרומיים שראו את תמיכת הצפון בהמשך השלטון הבריטי כבגידה. בלגוס שבדרום הפגינו המונים כנגד הפוליטיקאים והמנהיגים הצפוניים, ובתגובה נערך בקאנו שבצפון פוגרום בבני האיבו.
ההתפלגות הפוליטית האתנית.
הרחבת זכות הבחירה והקמת מפלגות פוליטיות הפכו את המאבק הפוליטי בניגריה להתגוששות אתנית. כך למשל הפכה "המועצה הלאומית של ניגריה וקמרון" (NCNC) ממפלגה פאן־ניגרית למפלגה שעיקר כוחה היה בקרב האיבו. מפלגת "קבוצת הפעולה" (AG) הייתה מזוהה עם היורובה, ומפלגת קונגרס עמי הצפון (NPC) הייתה מזוהה עם האוסה־פולאני. מפלגות AG ו־NPC בנו את כוחן על ידי תעמולה נגד האיבו והדרום ה"שתלטני". מפלגת NPC גם בנתה את תדמיתה כמפלגת המוסלמים המגינה על האסלאם מפני הדרום הנוצרי.
בבחירות שהתקיימו ב־1959, שנה לפני קבלת העצמאות של ניגריה מהבריטים, זכתה מפלגת NPC ב־157 מנדטים, מפלגת NCNC זכתה ב־89 מנדטים, ומפלגת AG זכתה ב־75 מנדטים. הוקמה ממשלה קואליציונית עם מפלגות NCNC ו־NPC. בקואליציה הזו, הצפון היה השותף הבכיר, והמזרח היה השותף הזוטר. בדרום ראו את הצפון כשולט בניגריה, ושלטון הצפון המוסלמי והנחשל יצר רגשות עוינות ותסכול בקרב הדרום הנוצרי והמפותח. ב־1962 שלטה במערב מפלגת NNDP, שהתפלגה ממפלגת AG, והייתה בת ברית למפלגת NPC הצפונית. דבר זה גרם לרוב מוחלט ל־NPC בפרלמנט, מה שהפך את מפלגת NCNC הדרומית לפחות חשובה, והתמוטטות הקואליציה הייתה בלתי נמנעת.
בחירות 1964.
ב־1964 הגיע הקיטוב בין הצפון והדרום לשיאו, כשלקראת הבחירות של אותה שנה, התארגנו שני גושים גדולים: גוש UPGA, גוש דרומי שכלל את המפלגות NCNC ו־AG, ובני בריתן מקרב המיעוטים. מולם גוש NNA, גוש בהנהגת מפלגות NPC, ובת בריתה במערב NNDP, ובני בריתן מקרב המיעוטים. מסע תעמולת הבחירות עמד בסימן של הסתה אתנית חסרת תקדים.
לבסוף, הוחרמו הבחירות על ידי גוש UPGA הדרומי, שלא הכיר בתוצאות הבחירות, בעוד שגוש NNA עמד בתוקף על חוקיותן. בתי המשפט הכריעו בסוגיה לטובת NNA.
הוקמה ממשלה רחבה בראשות NPC, שנהנתה עתה מרוב מוחץ בממשלה ובפרלמנט, והחלה במסע אפליה נגד הדרומיים שבצפון (שלילת רישיונות מסחר, איסור מכירת קרקעות לדרומיים, ועוד).
בשנים 65–1964 הכריז ראש ממשלת הצפון, אל חאג'י סיר אמדו בלו (Al-Hajji Sir Ahmadu Bello) על חוסר נכונותו להמשיך לשתף פעולה עם האיבו ה"בוגדניים". ראש ממשלת המזרח, ד"ר מייקל אוקפארה (Michael Okpara), דיבר לראשונה בדצמבר 1964 על אפשרות של פרישה מהפדרציה, ונשיא ניגריה, ננמדי אזיקיווה (Nnamdi Azikiwe). הנמנה עם בני שבט ה"איבו", הכריז קבל עם ועולם שאולי "עדיף להיפרד בשלום מאשר להיפרד בחתיכות" (It is better for us to disintegrate in peace and not in pieces).
ההפיכה הצבאית.
ב־15 בינואר 1966 מרדה חבורת קצינים רדיקליים והביאה למותם של בכירים בממשל, כולל ראש הממשלה. המרידה זכתה למידה מסוימת של תמיכה, אך התמונה החלה להשתנות כשהתברר שרוב המורדים היו משבט האיבו, ושכל אנשי הממסד הפוליטי, מבני האיבו, ניצלו בהפיכה. בצפון החלה להתפשט האמונה שזהו מרד של האיבו נגד ההאוסה פולאני. שלטון ה־NPC התמוטט כליל, אך המורדים הצעירים, בראשות רב-סרן צ'וקוואמה נזאוגוו (Chukwuma Nzeogwu), לא הצליחו למלא את החלל שנוצר. מי שתפס את השלטון היה הרמטכ"ל בן האיבו אומונקוו אגואיי אירונסי (Umunnakwe Aguiyi-Ironsi), שניסה להפיג את חששות הצפוניים במספר קידומים בדרגה של קצינים צפוניים.
ב־24 במאי 1966 הכריז אירונסי על ביטול החלוקה לחבלים, ועל הקמת ניגריה מאוחדת, מה שהיה בהתאם לאינטרס האיבו, אך בניגוד לאינטרס ההאוסה־פולאני. הכרזת אירונסי עוררה זעם בצפון, שפירש זאת כניסיון האיבו להשתלט על הצפון ועל המדינה כולה. הצפוניים הגיבו בפוגרום בדרומיים שיושבים בצפון, שבו נפגעו בעיקר בני האיבו. בסוף מאי 1966 נרצחו מאות ואלפים מהם בערי הצפון, בידי המוני מפגינים.
הפיכת הנגד.
ב־29 ביולי 1966 הצפוניים הצליחו לארגן הפיכה כנגד שלטון האיבו. קצינים וחיילים צפוניים בכל רחבי ניגריה התקוממו, הרגו 43 קצינים ו־171 חיילים ונגדים מבני האיבו, והוציאו להורג את הגנרל אירונסי, ואת מושל המערב. מטרת המורדים הייתה כנראה להביא לפרישת הצפון מניגריה, ולכונן "מדינת האוסה" עצמאית. אחרי תפיסת השלטון המרכזי שינו דעתם והעדיפו שלטון בכל ניגריה. מי שעלה לשלטון היה קולונל יעקובו גואון (Yakubu Gowon) נוצרי ממרכז המדינה.
ההפיכות של ינואר ויולי 1966, שלוו בשפיכות דמים רבה, סימלו את ההתפוררות והשנאה הרבה ששררה בניגריה. מאותה סיבה שהצפון הגיב בדאגה וזעם למרידת הדרום בינואר 1966, הדרום חשש לעתידו לאחר מרידת הצפון ביולי באותה שנה. גם צבא ניגריה היה מפולג ושסוע ממתחים אתניים. מרידת ינואר 1966 הוכיחה שכאשר הרקע האתני של רוב הקצינים שונה מהרקע האתני של שליטי המדינה, ישנה סכנה ברורה ליציבות המדינה.