ב-1865, לאחר תום מלחמת האזרחים, מינה הנשיא אנדרו ג'ונסון את בלקנאפ, שפרש מהשירות הצבאי, לתפקיד גובה מיסי הפנים של איווה. בתפקידו זה היה בלקנאפ אחראי על גביית מיליוני דולרים של מיסים פדרליים. גובי המיסים קיבלו אחוז מסוים של המיסים שגבו, כך הפך תפקיד זה למשתלם ומבוקש מאוד. בלקנאפ שימש בתפקיד זה במשך ארבע שנים, עד שב-1869 התמנה כמזכיר המלחמה על ידי הנשיא גרנט. במהלך כהונתו בתפקיד זה זיהה בלקנאפ עצמו עם המפלגה הרפובליקנית בתקופת השיקום.
מזכיר המלחמה.
בעצתו של הגנרל ויליאם שרמן מינה הנשיא יוליסס סימפסון גרנט ב-25 באוקטובר 1869 את בלקנאפ למזכיר המלחמה במקומו של המזכיר הקודם, ג'ון רולינס שנפטר משחפת. שרמן עצמו שימש כמזכיר המלחמה בפועל לתקופה קצרה לאחר מותו של רולינס. בלקנאפ נתפס כחניכו של שרמן, לאחר שלחם במערכה על אטלנטה והתלווה אליו במהלך הצעדה אל הים. הנשיא גרנט סבר שבלקנאפ לחם כיאות במלחמה והיה ראוי לעמוד בראש מחלקת המלחמה. לאחר כניסתו לתפקיד יישם והמליץ בלקנאפ על כמה יוזמות. הוא המליץ שהקונגרס יפעל לקבוע את ה-1 במאי כתחילתה של שנת הכספים, וכך לאפשר פעולות חשבוניות מדויקות יותר של מחלקת המלחמה. הוא הנהיג את הכנתם של הדוחות ההיסטוריים של מפקדי הצבא לשעבר כדרך לתיעוד פעולותיהם לטובת הדורות הבאים והציע נקיטת צעדים לשימור הפארק הלאומי ילוסטון. עם זאת, לא כל צעדיו של בלקנאפ התקבלו בברכה. הוא עקף את שרמן כאשר החליט על מינויים וצמצם את התקציב שעמד לרשותו, ובכך החליש את סמכותו של הגנרל המפקד של הצבא.
ב-1874 הגיב שרמן לצעדים אלו בעזיבה של וושינגטון והעברת מפקדותיו לסנט לואיס. מייג'ור גנרל אוליבר הווארד "הוגלה" גם הוא על ידי בלקנאפ. ב-1874, בעודו מוצב באורגון, הביע הווארד את דעתו על בלקנאפ בגילוי לב. הוא הצהיר שבלקנאפ היה מקור אכזבה עבור גרנט, שהוא לא היה רפובליקני אמיתי ושהוא התרועע מדי לילה עם דמוקרטים "גסי רוח" מקנטקי. הווארד גם הביע את דעתו שבלקנאפ לא היה בעד מדיניות השלום של הנשיא גרנט מול האינדיאנים. הצהרות אלו קושרו ככל הנראה לעימות, שהתגלע במהלך תקופת כהונתו של בלקנאפ כמזכיר המלחמה, בין מחלקת המלחמה לבין מחלקת המלחמה בשאלה למי תהיה השליטה על המדיניות כלפי האינדיאנים. בהקשר של התקופה הזו, צעדיו של בלקנאפ לא נראו כתוקפניים או כמרחיקי לכת באופן גלוי. במונחים של תקופת השיקום, ציין ההיסטוריון ג'אן אדוארד סמית', שגרנט, כגנרל המפקד לשעבר, פיקח באופן אישי על השימוש שנעשה בצבא ושלבלקנאפ "היה פחות חופש פעולה בהשוואה לשאר חברי הקבינט".
גלריית הדיוקנאות של מחלקת המלחמה.
עם כניסתו לתפקיד יזם בלקנאפ את הכנת הדיוקנאות של ראשיה האזרחיים לשעבר של מחלקת המלחמה לקראת יום העצמאות המאה של ארצות הברית ב-1876, ולשם כך שכר את שירותיהם של האומנים הידועים, דניאל הנטינגטון, רוברט ווייר והנרי אולקה. דיוקנו של בלקנאפ ציור על ידי הנטינגטון ב-1874. הדיוקנאות קובצו באוסף מיוחד לצפייה על ידי הציבור. את היוזמה הזו המשיכו יורשיו של בלקנאפ בתפקיד. בנוסף לדיוקנאותיהם של מזכירי המלחמה, כלל האוסף דיוקנאות של אישים נוספים שבלטו בתרומתם לתחום הצבאי. מאמץ זה לשימור היסטורי נחשב להצלחה, ובלקנאפ קיבל שבחים על מיזם זה.
פרשת תחנת הסחר בפורט סיל.
במהלך קיץ 1870 עלה בידו של בלקנאפ לשכנע את הקונגרס להעניק לו סמכות בלעדית למנות ולהסמיך ספקים אזרחיים שיהיו צמודים למחנות הצבא בחזית המערב ושידאגו לאספקת ציוד עבורם, בחוזים בעלי היקף כספי רב. ב-15 ביולי בוטלה סמכותו של הגנרל המפקד של הצבא למנות את הספקים הללו והיא הועברה לידיו של בלקנאפ ובכך כורסמו עוד יותר סמכויותיו של שרמן. כדי להבטיח רווחים מרביים, הורה בלקנאפ לכוחות שהוצבו במוצבים לרכוש אספקה רק מספקים שאושרו על ידו. החיילים בחזית המערבית, שלפיכך אולצו לרכוש סחורות במחירים מופקעים, נותרו בחובות או בחוסר כל. אינדיאנים עוינים רכשו אספקה מספקים אלו, כולל רובים באיכות גבוהה. בה בעת סופקו דרישות הצבא לרובים על ידי מחלקת המלחמה ורובים אלו התאפיינו בתקלות תכופות. למדיניות זו הייתה השפעה שלילית על כוח האש של חיילי הצבא ותרמו לתבוסתו של ג'ורג' ארמסטרונג קסטר ושל רגימנט הפרשים השביעי בקרב ליטל ביגהורן ביוני 1876, חודשים ספורים לאחר שבלקנאפ סיים את תפקידו.
אשתו השנייה של בלקנאפ, קריטה הייתה שאפתנית מבחינה חברתית ולא הייתה מוכנה להתגורר בוושינגטון על בסיס משכורתו השנתית של בעלה שעמדה על 8,000 דולר (כ-157,000 דולר בערכים של 2018). כאשר הגיע הזוג לוושינגטון מקאיקק ב-1869, שכר בלקנאפ בית גדול שזמן קצר קודם לכם פונה על ידי מזכיר המדינה ויליאם סיוארד. באירוח מסיבות גדולות, דרישה חברתית טיפוסית לחברי הקבינט, חרגו בני הזוג בלקנאפ בכמות המוזמנים. באחד מהאירועים שהם אירחו נמנו 1,200 אורחים, כולל קציני צבא צעירים רבים. ההתנהלות הצורמנית שנגרמה מכך גרמה לנזק רחב ולוונדליזם, כולל הריסת וילונות, כורסאות ורהיטים נוספים. בני הזוג בלקנאפ לא יכלו להרשות לעצמם לשלם את הנזקים ועמדה בפניהם הברירה לעזוב את וושינגטון כדי להפחית את הוצאותיהם ולהתגורר במלון, או למצוא דרך להגדיל את הכנסותיהם. הם החליטו לחפש אפיק הכנסה נוסף וקריטה הגתה תוכנית ליצירת "פרה חולבת" בדמות תחנת סחר במבצר פורט סיל שבטריטוריה האינדיאנית של אוקלהומה. קריטה עודדה את בעלה למנות את קיילב פ. מארש, קבלן מניו יורק, לנהל את תחנת הסחר בפורט סיל. ג'ון ס. אוונס, סוחר מנוסה, כבר מונה לנהל את תחנת סחר זו ולא היה מעוניין לוותר. כדי ליישב את המחלוקת, הגה מארש חוזה שותפות בלתי חוקי שבו התאפשר לאוונס להמשיך ולנהל את תחנת הסחר, בתנאי שהוא ישלם למארש סכום של 12,000 דולר לשנה בארבעה תשלומים שנתיים (236,000 ב-2018). מארש מצדו נדרש להעביר מחצית מסכום זה לקריטה, גם כן בארבעה תשלומים שנתיים. כל הצדדים הסכימו להסדר. עם זאת, קריטה קיבלה רק תשלום אחד לפני מותה משחפת לאחר לידה בדצמבר 1870.
לאחר מותה של קריטה, המשיך מארש להעביר את התשלומים לאחותה הצעירה אמנדה, שנודעה בכינוי "פוס", שעברה להתגורר עם משפחת בלקנאפ, לכאורה כדי לשמש כמנהלת קרן הנאמנות של ילדה של אחותה. הסדר זה בין מארש לבין אמנדה נעשה בידיעתו המלאה של בלקנאפ ובהסכמתו. לאחר מות ילדה של קריטה ביוני 1871, עזבה אמנדה לאירופה ובלקנאפ המשיך לקבל את התשלומים עד דצמבר 1873, כאשר אמנדה שבה מאירופה והייתה לרעייתו השלישית של בלקנאפ. אמנדה הייתה אשת החברה הגבוהה ונאה למראה. מתוך כוונה לשמור על הירושה הצנועה שהיא קיבלה ממשפחתה וכדי להשיג מעמד גבוה בחברה הוושינגטונית, היא דרשה מבלקנאפ לחתום על הסכם קדם נישואין. בלקנאפ שכר בית גדול חדש ברחוב G, שנבנה על ידי אורוויל בבקוק, מזכירו האישי של הנשיא גרנט. מכאן והלאה המשיכו בלקנאפ ואמנדה לקבל את התשלומים התקופתיים ממארש. אמנדה נחשבה לאישה מפונקת יותר בהשוואה לאחותה המנוחה, היא לבשה שמלות ססגוניות, ענדה תכשיטים ואביזרים למסיבות ולאירועים וכונתה על ידי החברה הוושינגטונית "היפהפייה הפזרנית" (spendthrift belle). סגנון החיים הראוותני של בני הזוג, שדאגו לבידור לחברה הוושינגטונית, שערכו נשפים מפוארים ושלבשו ביגוד אלגנטי, הוביל לקנאה הן בקרב דמויות פוליטיות במפלגה הדמוקרטית והן בקרב התושבים הקבועים של העיר. בכל אופן, הידיעה על קבלת הכספים הללו התפרסמה רק בפברואר 1876, כאשר בית הנבחרים שהיה בשליטה דמוקרטית, פתח בחקירה, שבה התגלה שבלקנאפ ונשותיו קיבלו סכומים שהסתכמו ב-20,000 דולר כשוחד ממארש (כ-394,000 דולר בערכים של 2018).
מכירת הנשק לצרפת.
במלחמת צרפת–פרוסיה שהתנהלה בין השנים 1870 – 1871, הכריזה ארצות הברית על עצמה כמדינה נייטרלית. בלקנאפ הואשם על ידי מבקרי ממשל גרנט, כולל הסנאטורים צ'ארלס סמנר וקארל שרז, בהפרת הנייטרליות ובמכירת כלי נשק לסוכני רכש צרפתים. למעשה, מכר בלקנאפ כלי נשק מיושנים של מחלקת המלחמה לשכן של משפחת רמינגטון, בעלת חברת נשקי רמינגטון. סמואל רמינגטון, כסוכן למכירת כלי נשק לממשלת צרפת, הסדיר את מכירת כלי נשק אלו לצרפתים. לאחר מכן מכר בלקנאפ בצורה זו 54 מיליון קליעים לצבא צרפת, כדורים שהתאימו לכלי הנשק שנמכרו קודם לכן דרך רמינגטון. חקירה של הקונגרס שנערכה ב-1872, טיהרה את בלקנאפ ולא הוגשו נגדו האשמות פליליות לצורך הדחה.
חנינת הצוער סמית'.