לנגדון, סאטו ואנדרסון יורדים אל הקריפטה של הקפיטול ומגיעים לחדר בו הם מוצאים אביזרי פולחן וסמלים של הבונים החופשיים, כמו גם פירמידת אבן קטנה, עליה מגולפת כתובת מסתורית. במקביל צפתה סאטו בצילום הרנטגן מהבידוק הביטחוני של חפציו של לנגדון וגילתה כי הוא מחזיק פירמידה קטנה יותר בחבילה הנמצאת בתיקו. סאטו, זועמת על זה שלנגדון לא חשף את דבר הפירמידה הקטנה שבתיקו, מתעמתת עם לנגדון אשר מסביר כי לא ידע מה יש בחבילה. סאטו, מסרבת להאמין לו, מכוונת אקדח אל לנגדון ודורשת לעצור אותו אך במפתיע אדם נוסף שירד לקריפטה תוקף אותה ואת אנדרסון, ומחלץ את לנגדון מבניין הקפיטול. האדם הזה הוא וורן בלאמי, אחראי המנהלה של בניין הקפיטול, בונה חופשי בעצמו וחבר קרוב של פיטר. לנגדון ובלאמי נמלטים במעבר תת-קרקעי סודי אל בניין ג'פרסון, האגף העיקרי של ספריית הקונגרס.
במקביל לקו העלילה של רוברט לנגדון בבניין הקפיטול, נפרסים שני קווי עלילה נוספים. האחד מנקודת מבטה של ד"ר קתרין סולומון, אחותו של פיטר סולומון. קתרין היא מדענית מבריקה מהמכון למדעים נואטיים ועורכת מחקרים פורצי דרך בפאראפסיכולוגיה אשר להשקפתה ולדעתו של פיטר עשויים לשנות את תפיסת המין האנושי את המדע והאמונה. את מחקריה היא עורכת במשך שנים במעבדה מתקדמת השוכנת במתמ"ס, מרכז התמיכה של מוזיאון הסמית'סוניאן היושב בסמוך לוושינגטון. קו עלילה נוסף מתחקה אחרי "מלאך", האדם המסתורי אשר חטף את פיטר ויצר קשר עם לנגדון בתחילת הספר. מלאך לא רק יוצר קשר עם לנגדון, אלא גם עם קתרין. הוא מתחזה לרופאו האישי של פיטר ומסתנן כך אל המתמ"ס, שם הוא רוצח את טריש דאן, העוזרת של קתרין. הוא תוקף את קתרין אך זו מצליחה להימלט ממנו. לאחר מכן הוא מפוצץ את המעבדה שלה במטרה למנוע מתוצאות מחקריה להתממש.
מניעיו וזהותו האמיתית של מלאך אינן ידועות תחילה. אך באמצע הספר, במספר פלשבקים של פיטר, קתרין ומלאך מתבאר העבר הסבוך של משפחת סולומון ומלאך עצמו. לפני שנים בנו של פיטר, זאכרי, זכה לכספים רבים מההון של המשפחה ולצערו של אביו סירב להצטרף לבונים החופשיים. אביו הציע לו לשמור על פירמידה מסתורית בה חבוי כוח עצום, אך זאכרי הפגין חוסר עניין. במקום זאת עזב לאירופה של ניהל חיי הוללות עד שנעצר ונכלא בטורקיה בגין הברחת סמים. פיטר טס לטורקיה על מנת לפעול לשחרור בנו, שם הציע לו מנהל בית הכלא לקבל שוחד בתמורה לשחרור הבן. פיטר סירב מתוך כוונה לחנך את בנו כי אי אפשר לקנות בכסף כל דבר, והמתין להסגרתו של זאכרי לארצות הברית. זמן קצר לאחר מכן נודע בחדשות כי זאכרי נרצח. החשודים המרכזיים היו מנהל בית הכלא ואנדרוס, לכאורה שותפו לתא של זאכרי. נטען כי אנדרוס רצח את זאכרי ויחד עם מנהל בית הכלא הם גנבו את כספו הרב ונמלטו ליוון. מאוחר יותר אנדרוס רצח את מנהל בית הכלא וניכס את כל הכסף לעצמו. אנדרוס חי מספר שנים באיי יוון בעושר רב, אך מאס כעבור זמן מחייו והחל לחפש אחר משמעות. הוא אימץ את השם "מלאך", ופיתח אובססיה לבונים החופשיים ולפירמידה אותה הם מסתירים, עליה שמע לכאורה מזאכרי בכלא הטורקי. הוא יצא לארצות הברית לאחוזת משפחת פיטר, שם הרג את אמו של פיטר וניסה להשיג את הפירמידה. הוא נורה לבסוף על ידי פיטר, אך שרד, נמלט ועבר להתגורר בניו יורק. הוא החל לקעקע על כל גופו שורה של קעקועים בעלי סמליות מיסטית, כמו עמודי יכין ובועז על שתי רגליו ועוף חול אימתני על חזהו. לאור הכישלון בגנבת הפירמידה מפיטר, החליט להסתנן לבונים החופשיים כחבר מן המניין על מנת לשים ידו על סודות המסדר. עד מהרה הוא הגיע לדרגה הבכירה ביותר בארגון, אך התאכזב לגלות כי עדיין הפירמידה ורבים מהסודות של האחווה מוסתרים ממנו.
לאחר שנמלטה מידו של מלאך, קתרין יצרה קשר עם לנגדון ונפגשה איתו ועם וורן בלאמי בספריית הקונגרס. בספרייה קתרין ובלאמי לוחצים על לנגדון לפעול לפענח את הפירמידה עבור מלאך במטרה להציל את פיטר, אך לפתע סוכנים חמושים של ה-CIA פרצו אל המקום. השלושה בורחים על מרתפי אחסון תת-קרקעיים שמתחת לחדרי הקריאה. בעוד הסוכנים דולקים אחריהם, לנגדון וקתרין עם הפירמידה נכנסים למסוע המוביל אותם אל בניין אדמס, האגף המזרחי של הספרייה. בלאמי נשאר על מנת לחפות על בריחתם במסוע ונתפס על ידי סוכני ה-CIA. לנגדון וקתרין יצאו מבניין אדמס ועשו דרכם אל הקתדרלה הלאומית, שם הבטיח להם בלאמי שיזכו להגנה. בלאמי הובל לגן הבוטני של ארצות הברית, שם אינואה סאטו חקרה אותו וניסתה לגלות ממנו לאן נמלטו לנגדון וקתרין. תחילה בלאמי נמנע משיתוף פעולה אך לבסוף משתכנע כי סאטו אינה עובדת יחד עם מלאך אלא נגדו. בלאמי חושף את המקום אליו נמלטו, ובסביבת הקתדרלה לנגדון וקתרין נתפסים. סאטו אשר מגיעה למקום הסבירה להם כי יש לתפוס את מלאך בדחיפות היות שבכוונתו לחשוף שורה של סרטונים פנימיים המתעדים דמויות מפתח מהממשל האמריקני לוקחות חלק בטקסי פולחן שונים. לנגדון עורך פיענוח ראשוני של הפירמידה ומגלה כי לכאורה היא מצביעה על כיכר פרנקלין . בלאמי מתקשר אל מלאך וקובע להיפגש איתו בכיכר, שם ידריך אותו אל המקום הספציפי אליו מצביעה הפירמידה, שם טמונה לכאורה "חכמת כל הדורות". בהמתנה לבואו של מלאך, הוצבו בכיכר סוכנים חמושים שתכננו לתפוס אותו.
במקביל לנגדון וקתרין יחד עם סוכן CIA עשו דרכם לקאלורמה הייטס , שם סברו כי פיטר מוחזק. בהגיעם למקום גילו כי מלאך לא התפתה להגיע לכיכר פרנקלין אלא נשאר בדירתו. הוא רוצח את הסוכן ושובה את קתרין ולנגדון. הוא מכניס את לנגדון אל מכל חסך חושי ומאיים להטביע אותו אם לא ישלים את פיענוח הפירמידה. לנגדון משתף פעולה ומכווין את מלאך אל בית המקדש , היכל של הבונים החופשיים מצפון לבית הלבן. מלאך לוקח עימו את פיטר ונוסע לשם. כשהתברר לסאטו כי מלאך לא מגיע לכיכר פרנקלין היא שלחה את כוחותיה לקאלורמה הייטס ושחררה את לנגדון וקתרין ומשם הם עשו את דרכם לבית המקדש. שם בינתיים גילה מלאך לפיטר כי הוא בעצם בנו, זאכרי. הוא ביקש מאביו פיטר להקריב אותו באמצעות הריגתו בסכין גדולה שהביא לו, כמעין שחזור של עקדת יצחק אשר אמור להביא להפיכתו לישות אלוהית. מלאך נשכב על מזבח האבן שבמרכז האולם ופיטר מניף את הסכין, אך לפתע כוחות CIA פורצים לאולם. במקביל באמצעות פעימה אלקטרומגנטית מצליח ה-CIA לשבש את תוכניתו של מלאך להפיץ את הסרטונים הפנימיים. קתרין, לנגדון ופיטר מתאחדים, ופיטר לוקח את לנגדון אל אנדרטת וושינגטון, המקום האמיתי אליו מכוונת הפירמידה.
חידת הפירמידה.
במרכז עלילת הספר מפענח רוברט לנגדון חידה מסתורית עתיקה. בספר מובאת אגדה לפיה הבונים החופשיים הטמינו במיקום סודי בוושינגטון את "חכמת כל הדורות" או "המיסטריות העתיקות". מסופר כי הארגון החביא פירמידה קטנה אשר באמצעות פיענוח הצפנים בה תוביל אל המיקום הסודי. בתחילת עלילת הספר מוצא לנגדון פירמידת אבן קטנה בחדר נטוש באחד ממרתפי קריפטת הקפיטול. הפירמידה נמצאה קטומה, כלומר חסרת החלק העליון שלה. על ראשה היו חרוטים בטבלה של ארבע שורות של ארבע אותיות 16 תווים אשר כללו צורות הנדסיות פשוטות. באמצעות שימוש בצופן המאסוני המיר לנגדון את 16 התווים לצירוף של 16 אותיות. עם זאת 16 האותיות ניראו כצירוף אותיות חסר משמעות.
בהמשך מוצאים בחבילת עץ קטנה את ראש הפירמידה – פירמידת זהב קטנה אשר משלימה את פירמידת האבן חסרת הראש. על הפירמידה היו חרוט המשפט "The secret hides within The Order", הסוד מתחבא בתוך הסדר (או המסדר). כמו 16 האותיות, גם משפט זה נראה תחילת כחסר פשר של ממש. בהמשך נחשף כי על קופסת העץ חרוטה הכתובת "AD 1514". תחילה היה נראה כי הסימון AD מייצג שנה לספירה, כלומר שנת 1514. אך מאוחר יותר התברר כי האותיות AD מייצגות את ראשי התיבות של שמו של איש האשכולות הגרמני אלברכט דירר, ו-1514 מייצג את היצירה המפורסמת אותה פרסם בשנה זאת, היצירה מלנכוליה-I. במלנכוליה מוצג ריבוע קסם בן 16 ספרות בו כיאה לריבוע קסם כל שורה, עמודה ואלכסון שווים לאותו הסכום, 34 במקרה הזה. לאחר שלנגדון סידר מחדש את טבלת 16 האותיות לפי סדר המספרים של ריבוע הקסם של דירר, התקבל המשפט "Jeova Santcus Unus", אל אמיתי אחד בלטינית. על אף שכעת 16 האותיות קיבלו משמעות, לא היה ברור איך הן מסייעות להבין על איזה מיקום סודי מצביעה הפירמידה. לבסוף לנגדון וקתרין הבינו כי המשפט מצביע על אייזק ניוטון, אשר חתם כמה מעבודותיו במשפט זה, אשר מהווה גם אנגרמה של שמו בלטינית.