בעונת עלתה הפועל כפר סבא, בראשותו של המאמן אלישע לוי, לליגת העל. בעונה העוקבת השלימה הקבוצה מסע הישרדות מרשים בניצוחו של המאמן אלי אוחנה, לאחר שהייתה במקום האחרון בטבלה במרחק של 13 נקודות מהקו האדום, ובתום העונה נשארה בליגת העל.
בעונת העפילה הקבוצה לגמר גביע הטוטו, והפסידה 1–2 למכבי הרצליה בהארכה. בליגה סיימה הקבוצה במקום השמיני.
לקראת עונת רכשה כפ"ס כמה שחקנים חדשים וביניהם אורי אוזן וכפיר אדרי, ובחלון העברות בינואר הצטרף גם מאור מליקסון ממכבי חיפה. כפר סבא פתחה את העונה בצורה טובה יחסית והתמקמה במרכז הטבלה, אולם בהמשך העונה נחלשה, התדרדרה לתחתית והגיעה למחזור האחרון כשהיא מתחת לקו האדום. במשחקה האחרון בעונה ניצחה כפר סבא את הפועל תל אביב 0-1 באצטדיון בלומפילד, משערו של סמואל יבואה, אך ירדה לליגה הלאומית בשל הניצחון של יריבתה בתחתית מכבי פתח תקווה. יבואה כבש 15 שערים בעונה זו, ונבחר למלך השערים של ליגת העל.
בתום עונה זו ולקראת עונת בליגה הלאומית, עזבו שחקנים רבים את הפועל כפר סבא וביניהם כוכבי הקבוצה גיז'רמו ישראלביץ', סמואל יבואה דאגלס דה סילבה, בן לוז ואביחי ידין. במהלך העונה, לאחר עזיבת הבעלים אלי טביב והעברת הקבוצה לאיתן ספיר, הפגינה הקבוצה רמת משחק לא אחידה ולא הצליחה לחזור לליגת העל אף על פי שבאותה עונה 6 הקבוצות הראשונות בטבלה העפילו לליגת העל.
ב-14 ביוני 2009 העביר אלי טביב רשמית את זכויות הניהול חזרה לאגודת הפועל כפר סבא, אחרי 14 שנה של שליטה במועדון.
לקראת עונת כפר סבא שינתה את פניה והחלה בהחזרת אישים המזוהים עם המועדון. המאמן סלובודן דראפיץ' ורוב שחקני הסגל עזבו את הקבוצה. קובי לויטה, בנו של היו"ר לשעבר יאיר לויטה, מונה למנכ"ל הקבוצה, ותומר קשטן (בנו של דרור) מונה למאמן. שחקני העבר של המועדון, אלי יאני ואברהם מרצ'ינסקי, קיבלו תפקידי אימון בכירים במחלקת הנוער. בעונה זו היה לקבוצה את אחד התקציבים הנמוכים בליגה, ומטרתה הייתה להישאר בליגה. עם זאת, היא הצליחה לשחק ברמה גבוהה מעל המצופה, ולא העפילה לליגת העל רק בעקבות הפסד להפועל רמת-גן גבעתיים במשחקי המבחן.
ביוני 2010 החליטה אגודת הפועל כפר סבא להעביר את הקבוצה לידיו הפרטיות של שאולי דור במהלך אשר הוביל למחאת אוהדים, בהמשך הוא החליט להעניק את זכויות הניהול של הקבוצה לידיו של איש העסקים הראל רייכמן לפרק זמן של חמש שנים כדי להתחמק מביקורת הקהל.
העשור השני של המאה ה-21.
במרץ 2011 הלך לעולמו שחקן הקבוצה פטריק דופלה לאחר שנמצא ללא רוח חיים בביתו שבליבריה. מותו של דופלה עורר תדהמה רבה בקרב אנשי הקבוצה ואוהדיה במיוחד בשל גילו הצעיר של הליברי ואופן היותו בריא, הסיבות למוות נותרו מסתוריות.
בעונת הייתה כפר סבא לאורך רוב העונה במקומות הראשונים, ונחשבה למועמדת מובילה לעלות לליגת העל, אך לאחר הקיזוז איבדה הקבוצה גובה, ואף על פי שבמשחקי הפלייאוף הייתה זקוקה לניצחון אחד על מנת להבטיח את העלייה, פיספסה את העלייה במחזור האחרון, כשסיימה רק במקום השלישי המוביל למשחקי המבחן. מיד לאחר המחזור האחרון בליגה הלאומית פוטר תומר קשטן מתפקידו כמאמן הקבוצה ובמקומו מונה גיא עזורי. במשחקי המבחן מול הפועל פתח תקווה כשלה הקבוצה ונותרה בליגה הלאומית.
לאחר שהקבוצה פתחה את עונת בצורה רעה, פוטר גיא עזורי ובמקומו מונה משה הרשקו, אשר אימן בעונה הקודמת את קבוצת הנוער של המועדון. לתפקיד מאמן הנוער נבחר אסי דומב. בתום העונה מונה דומב למאמן הקבוצה הבוגרת.
בעונת עזב הראל רייכמן את כפר סבא ובמקומו הגיע ג'קי מויאל, שמינה את אלון מזרחי למאמן במקומו של דומב. מויאל נכשל בניסיון לרכוש את הקבוצה בשל חוסר היכולת להעמיד ערבויות מתאימות ולא קיבל את אישור ההתאחדות לכדורגל. בינואר 2013 נכנסה הקבוצה להליך של פירוק והופחתו 9 נקודות ממאזנה. מזרחי התפטר מתפקידו ובמקומו מונו לתפקיד תמיר בן-חיים ועידן שום. בתום העונה סיימה הקבוצה במקום האחרון בליגה, וירדה לראשונה בתולדותיה לליגה א'.
ב-30 ביוני 2013 הועברו זכויות הניהול בקבוצה לידיהם של סתיו שחם ושחקן ומאמן הקבוצה בעבר, אלי יאני, המחזיקים כל אחד ב-45% מהבעלות על הקבוצה, ו-10% מהבעלות הועברו לעמותת אוהדי הקבוצה "הלב הירוק". לקראת עונת מונה שייע פייגנבוים למאמן הקבוצה. ימים ספורים לפני פתיחת העונה החליטה ההתאחדות לכדורגל על הישארותה של הקבוצה בליגה הלאומית, בעקבות הורדתה המנהלתית של מכבי אום אל-פחם. ב-25 בספטמבר 2013 התהפכה ההחלטה, ובית הדין קבע כי מכבי אום אל-פחם תישאר בלאומית, וכפר סבא תשחק בליגה א'. לאחר מספר מחזורים הוחלט לפטר את פייגנבוים, ובמקומו מונה למאמן פליקס נעים. בסיום העונה חזרה הפועל כפר סבא לליגה הלאומית לאחר שסיימה את העונה במקום הראשון בליגה א' צפון. ב-22 במאי 2014 העביר אלי יאני את חלקו בקבוצה לסתיו שחם, שהחזיק ב-90% מהבעלות על המועדון.
ב-22 במאי 2015 הבטיחה הקבוצה את העפלתה בחזרה לליגת העל לאחר שבע שנים, לאחר שבמחזור האחרון של הליגה הלאומית ניצחה 3–1 את הפועל רמת-גן גבעתיים, והשלימה שתי עליות ליגה רצופות תוך שנתיים. ב-3 בינואר 2016 פוטר מאמן הקבוצה פליקס נעים מתפקידו לאחר שנתיים וחצי עקב רצף הפסדי הקבוצה, ובמקומו מונה שרון מימר, אשר הצליח בסיום העונה להשאיר את הקבוצה בליגת העל.
ב-23 בינואר 2017 פוטר מימר מתפקידו כמאמן הקבוצה לאחר שהקבוצה הסתבכה במאבקי התחתית ובמקומו מונה אלי כהן למאמן הקבוצה. ב-13 באפריל 2017 פוטר כהן לאחר שהקבוצה נקלעה למקום האחרון, ובמקומו חזר פליקס נעים למועדון. במהלך העונה הצהיר בעלי הקבוצה, סתיו שחם, על אהדתו להפועל תל אביב ועל רצונו לרכוש אותה ולעזוב את הפועל כפר סבא, דבר אשר גרם למשבר עם אוהדי הקבוצה. במהלך העונה נקלעה הקבוצה למאבקי התחתית, ולקראת סוף העונה חזרה הקבוצה להתייצב ולנצח תחת הדרכתו של נעים, אולם בסופו של דבר נשרה הקבוצה לליגת המשנה במחזור הנעילה של הליגה.
ב-28 ביוני 2017 מונה מסאי דגו למאמן הקבוצה. ב-23 ביולי 2017 עברה הבעלות על המועדון מידיו של סתיו שחם לידיו של השחקן והמאמן בעבר, יצחק שום. הקבוצה פתחה את העונה בצורה טובה ובתום הסיבוב הראשון הייתה במקום הראשון בטבלה. בגביע המדינה ניצחה בשמינית הגמר 3–1 בדרבי את בית"ר כפר סבא, אך למחרת פוטר דגו והקבוצה לא ניצחה במשך זמן רב, כולל רצף של 11 הפסדים רצופים, הדחה ברבע גמר הגביע על ידי בית"ר ירושלים, ושני מאמנים (ריימונדס ז'וטאוטאס וחיים שאבו) שהתפטרו. לאחר התפטרותו של שאבו אימן שום בעצמו, ולפני המחזור האחרון מינה שום את ארז בנודיס למאמן. הקבוצה סיימה את העונה במקום ה-14 המוביל למשחקי המבחן, ניצחה את עירוני טבריה מליגה א' 5–3 בסיכום שני המפגשים ונשארה בליגה.
בעונת 2018/2019 המשיך בנודיס כמאמן הקבוצה, והקבוצה התחילה את העונה בצורה טובה, אך לאחר רצף של שישה משחקים ללא ניצחון בסוף הסיבוב השני, פוטר בנודיס ב-11 במרץ 2019 ובמקומו מונה אופיר חיים. בפלייאוף ניצחה הקבוצה ב-6 מתוך 7 משחקיה, סיימה את העונה במקום הראשון לאחר ניצחון 3–2 על הפועל עפולה בחוץ במחזור האחרון, לאחר שפיגרה 0–2 במחצית, הודות לשער של עומר פדידה בדקה ה-97, והעפילה לליגת העל. בסיום עונת 2020/2021 שבה הקבוצה לליגה הלאומית.
אצטדיון.
בעבר אירחה הפועל כפר סבא את משחקייה הביתיים במגרש הפרדסים. בשנת 1986 עברה הקבוצה לשחק באצטדיון לויטה הממוקם במזרח העיר, שם היא משחקת עד היום. אצטדיון לויטה מכיל כ-5,800 מקומות ישיבה, ועבר מספר שיפוצים עד היום. האצטדיון משמש גם כאצטדיון הביתי של בית"ר כפר סבא אשר משחקת בליגה א'.
אצטדיון לויטה לא אושר למשחקי הליגה הבכירה עם חזרתה של הקבוצה לליגת העל בעונת 2019/2020 ובעונת 2020/2021, והיא שיחקה באופן זמני באצטדיון המושבה בפתח תקווה.
יריבויות.
להפועל כפר סבא אין יריבות משמעותית עם הקבוצות האחרות בעיר, בית"ר כפר סבא והפועל עליה כפר סבא, מכיוון שהן משחקות בליגות הנמוכות ולא מתמודדות מולה במשחקים רשמיים. לקבוצה יש יריבות ארוכת שנים עם "שכנתה", מכבי נתניה, והמשחקים ביניהן מכונים "דרבי השרון". היריבות הגיעה לשיא בעונת , כאשר זכתה הפועל כפר סבא באליפות היחידה בתולדותיה, על חשבון מכבי נתניה שהובילה את הטבלה לאורך כל העונה. גם משחקיהן של הפועל כפר סבא ומכבי נתניה נגד הקבוצות הנוספות מאזור השרון, מכבי הרצליה והפועל רעננה, מכונים לעיתים "דרבי השרון".
סמל הקבוצה.
במשך השנים החליפה הקבוצה מספר פעמים את סמלה. הסמל הראשון שילב את סמל הפועל הכולל דמות של ספורטאי עם הפטיש והמגל, סמל המייצג את מעמד הפועלים (פועלי התעשייה מיוצגים באמצעות הפטיש והחקלאים באמצעות המגל).
לאחר הגעתו של אלי טביב לקבוצה בשנת 1995 שונה הסמל כמעט לחלוטין. הסמל החדש הכיל עץ הדר (שאפיין את העיר כפר סבא במשך שנים רבות), והפטיש והמגל הוצגו בגרסה מוקטנת.
בשנת 2014, לאחר העברת הבעלות על הקבוצה לידיהם של סתיו שחם, אלי יאני ועמותת האוהדים, הוחזר הסמל הישן עם שינויים קלים.
תארים.
ליגת העל
גביע המדינה
גביע אלוף האלופים
סגל שחקנים.
נכון ל-27 באוגוסט 2021
אלי יאני
אלי יאני (נולד ב-21 ביולי 1959) הוא כדורגלן עבר ישראלי ששיחק בעמדת החלוץ, ומזוהה בעיקר עם קבוצת הפועל כפר סבא.
קריירה.