בעונת 2014/15 העפילה הקבוצה לשלב הבתים בליגת האלופות אחרי שגברה על א.א.ל. לימסול (3:1) ועל סטנדרד ליאז' (4:0). זניט הוגרלה לבית ג' מול באייר לברקוזן, בנפיקה ליסבון ומונקו. הקבוצה סיימה את הטורניר במקום השלישי בבית, אחרי 3 הפסדים (בית וחוץ מול באייר לברקוזן וחוץ מול מונקו), 2 ניצחונות (מול בנפיקה בבית ובחוץ) ותוצאת שוויון (מול מונקו בבית). מאחר שסיימה במקום השלישי בבית, הקבוצה הודחה לליגת אירופה, שבה העפילה עד לשלב רבע הגמר אחרי שגברה על פ.ס.וו. איינדהובן (2:0, 2:0) ועל טורינו (2:0, 0:1) אך הודחה על ידי סביליה (1:2, 2:2).
בעונת 2015/16 הקבוצה סיימה במקום הראשון בבית שלה בשלב הבתים של ליגת האלופות לאחר שניצחה את כל יריבותיה: גנט, ולנסיה וליון, אולם הודחה בשלב שמינית הגמר על ידי קבוצת בנפיקה ליסבון. באותה עונה זכתה בגביע הרוסי לאחר שגברה על צסק"א מוסקבה בגמר הגביע בתוצאה 4:1 וסיימה במקום השלישי בליגה.
תקופת חילופי המאמנים.
ב-24 במאי 2016, הוחתם המאמן הרומני של שחטאר דונצק, מירצ'ה לוצ'סקו, למאמן זניט. הקבוצה בהדרכתו זכתה בסופרקאפ הרוסי לאחר שגברה 0:1 על צסק"א מוסקבה. בעונת 2016/2017 השתתפה הקבוצה בשלב הבתים של הליגה האירופית. בשלב הבתים ניצחה פעמיים את מכבי תל אביב ודאנדוק האירית, ניצחה את א.ז. אלקמאר פעם אחת ועל אף שהפסידה לה במחזור האחרון סיימה במקום הראשון בבית והעפילה לשלב 32 האחרונות.
לקראת סיום עונת 2016/2017 זניט עזבה את אצטדיון פטרובסקי ועברה לארח את משחקי הבית שלה באצטדיון קרסטובסקי החדש. בסיום העונה סיימה במקום השלישי בליגה ולוצ'סקו פוטר בשל חוסר יכולתו להביא להעפלה לליגת האלופות. ב-1 ביוני 2017 הנהלת הקבוצה הכריזה על מינויו של המאמן האיטלקי רוברטו מאנצ'יני למאמן הראשי. רשמית, הוא הוחתם למשך 3 שנים עם אופציה להארכה בשנתיים נוספות.
בעונת 2017/2018 זניט השתתפה שוב בליגה האירופית ופתחה את עונתה באירופה בשלב המוקדמות השלישי נגד בני יהודה תל אביב, עליה גברה בתוצאה 2:0 וחרף הפסד מפתיע במגרשה הבייתי 1:0 העפילה לשלב הבא. היא הצליחה לגבור על אוטרכט ולהעפיל לשלב הבתים בליגה האירופית, שנה שנייה ברציפות. במהלך חלון ההעברות בקיץ 2017, קמפיין הרכישה של זניט היה לגדול ביותר בתולדותיה משביצעה רכישה של 14 שחקנים חדשים, רובם זרים. היא הוציאה סכום של 85 מיליון דולר ושחררה משורותיה 19 שחקנים, מהם 9 שחקנים שהושאלו. באותה עונה הודחה הקבוצה בשלב שמינית גמר הליגה האירופית לאחר שסיימה במקום הראשון בבית עם מאזן של 5 ניצחונות ושוויון 1 וללא הפסד ועם כמות השערים הגבוהה ביותר בשלב הבתים, לאחר שהבקיעה 17 שערים. הקבוצה אומנם גברה על סלטיק אך הפסידה לר.ב. לייפציג בסיכום הכולל.
בטורניר הגביע הקבוצה הודחה בשלב 16 האחרונות על ידי יריבתה העירונית דינמו סנקט פטרבורג, חרף היותה הפייבוריטית במפגש. בליגה, זניט פתחה את עונת 2017/2018 בליגת העל הרוסית בכדורגל עם רצף של 11 משחקי ליגה רצופים ללא הפסד. ברם, היא איבדה גובה בהמשך, התקשתה לחבר רצף ניצחונות והגיעה לנתון של 5 משחקי שוויון רצופים ואפשרה ללוקומוטיב מוסקבה לעקוף אותה ולזכות באליפות על חשבונה כשזניט מסיימת את העונה במקום החמישי, במה שמהווה להישג הגרוע ביותר בתולדות הקבוצה, מאז דצמבר 2006. ב-13 במאי 2018, מנצ'יני עזב.
תקופת סרגיי סמאק.
ב-29 במאי 2018 מונה סרגיי סמאק, שחקן עבר בקבוצה, למאמן הראשי, תמורת מיליון יורו לעונה. בכך היה למאמן הרוסי הראשון על הקווים בזניט מאז 2002 שאינו ממלא מקום. במפעלים האירופים זניט הייתה על סף הדחה בסיבוב המוקדמות השלישי של הליגה האירופית בעקבות הפסד 4:0 לדינמו מינסק אך הקבוצה רשמה את אחד הקאמבקים הגדולים בתולדות המפעל, כשניצחה 8:1 באצטדיון פטרובסקי, במשחק ללא קהל והייתה לקבוצה החמישית בהיסטוריה של הכדורגל האירופי לחזור מפיגור 4 שערים ומעלה ולנצח במשחק גומלין. הקבוצה העפילה לשלב 32 האחרונות בליגה האירופית והפכה לקבוצה הרוסית הראשונה שמעפילה לפלייאוף המפעלים האירופיים כבר 9 עונות רצופות. בסופו של דבר הודחה באותה עונה בשלב שמינית הגמר, אחרי שהגיעה למאזן של 9 משחקים ללא ניצחון במשחקי חוץ באירופה וללא ניצחונות חוץ כלל בעונת 2018/2019.
בגביע הקבוצה פגשה את וולגר אסטרחן, בשלב 16 האחרונות ואחרי שגברה עליה בתוצאה 0–4 העפילה לשלב שמינית הגמר. אך הודחה בשמינית הגמר על ידי רוסטוב בעקבות תבוסה 3:1. את עונת 2018/2019 בליגה זניט פתחה עם 5 ניצחונות רצופים ללא ספיגת שער, בהישג הטוב ביותר שלה מאז 1997 ועם 8 מחזורים רצופים ללא הפסד והצליחה להתבסס בראש טבלת האליפות במשך 30 מחזורים רצופים כשהיא מובילה את טבלת האליפות במשך כל העונה כולה. ברם הגיעה גם למאזן עגום של 5 הפסדים, שהוא המאזן הגרוע ביותר שלה מאז 2009. עם זאת, סמאק הצליח היכן שקודמיו נכשלו והוביל את זניט לזכייה באליפות רוסיה (3 מחזורים לסיום) ולהתמודדות בליגת האלופות, לאחר היעדרות של 5 שנים.
בליגת האלופות הוגרלה מול בנפיקה ליסבון, ר.ב. לייפציג ואולימפיק ליון, אך לא הצליחה להעפיל לשמינית גמר וסיימה במקום האחרון בבית לאחר שהפסידה פעמיים ללייפציג ופעם אחת לבנפיקה; בליגה הרוסית בעונת זניט זכתה באליפות הששית שלה והשנייה ברציפות, למרות התפרצות נגיף הקורונה ברוסיה שהביאה לעצירה זמנית של העונה. הזכייה באה אחרי שפתחה את העונה עם רצף של שישה מחזורים בלבד ללא הפסד ונצמדה לצמרת טבלת הליגה כשבמאזנה 18 שערי חובה בלבד (שניים מהם משער עצמי), במה שמהווה לנתון הטוב ביותר בתולדותיה ולטוב ביותר בליגה, כשהיא מסיימת את שנת 2019 ללא הפסד במשחקי הבית בגזפרום ארנה ומגיעה לרצף של 18 משחקים ללא הפסד, מספטמבר 2019 עד יולי 2020 (עם 15 ניצחונות ו-4 שוויונות בסך הכל) ביחס של 47 שערי זכות וחובה ועם פער של 15 נקודות מסגניתה. זניט זכתה באליפות ארבעה מחזורים לסיום העונה, שהייתה האליפות הכי מוקדמת אי פעם בה זכתה קבוצה בפרמייר-ליג הרוסי; באותה עונה זניט זכתה בדאבל אחרי שזכתה בגביע הרוסי בעקבות ניצחון על חימקי, כשהיא מעפילה לשלב הגמר, אחרי שגברה על טום טומסק, יניסיי, אחמט גרוזני וספרטק מוסקבה. לקראת , זניט רכשה את דיאן לוברן וונדל, שחררה שחקנים ותיקים כמו אלכסנדר קוקורין, ברניסלב איוואנוביץ', איגור סמולניקוב, אולג שאטוב, הרנני ואמיליאנו ריגוני ושלחה להשאלה את עמנואל ממאנה. היא התמודדה בטורניר הסופר קאפ נגד סגניתה בעונה הקודמת לוקומוטיב ואחרי שגברה עליה בתוצאה 2:1 זכתה בתואר השלישי שלה ובטרבל הפנימי הראשון בתולדותיה, כשזכתה בכל התארים הלאומיים בשנת 2020: אליפות, גביע וסופר קאפ.
ברם, היא סיימה במקום האחרון בשלב הבתים של ליגת האלופות בעונת 2020/2021, בקמפיין האירופי הגרוע ביותר בתולדותיה כשאיבדה סיכוי להעפיל לשלב הבא כבר במחזור הרביעי ובמאזנה תיקו אחד וארבעה הפסדים ובפברואר 2021 הודחה משלב שמינית גמר הגביע הרוסי בכדורגל 2020/2021 לאחר הפסד מפתיע לארסנל טולה. ברם, במאי 2021, זניט הצליחה לשמור על עליונותה בליגה הרוסית והשיגה זכייה שלישית ברציפות באליפות והפכה לקבוצה הלא מוסקבאית הראשונה לזכות בשלוש אליפויות רצופות, זאת שני מחזורים לסיום וכשהיא משיגה הישג שיא בליגה עם מירב השערים שהובקעו על ידי קבוצה אחת (71 בסך הכל).
את עונת 2021/2022 זניט פתחה עם זכייה שביעית במספר ב אחרי ניצחון 3:0 על לוקומוטיב מוסקבה, אך ללא שחקני הרכב מרכזיים שעזבו כמו אנדריי לוניוב, יורי ז'ירקוב וסבסטיאן דריוסי. עם זאת, הצליחה להשאיר בסגל את ארטיום דזיובה, סרדאר אזמון ודוגלאס סנטוס והחתימה את הקשר קלאודיניו והשוער סטניסלב קריציוק שסייעו לה לשמור על המקום הראשון בטבלת הליגה במחצית הראשונה של העונה. כך, מעונת 2012/13 זניט סיימה בפעם השישית כשהיא במקום הראשון כשיצאה לפגרת החורף. מתוכן ארבע עונות זניט סיימה עם זכייה באליפות (בעונות 2014/15, 2018/19, 2019/20 ו־2020/21), כשרק באליפות 2013/14, לאחר הפגרה, היא איבדה לצסק"א את המקום הראשון; את קמפיין ליגת האלופות זניט פתחה בשלב הבתים עם הפסד 1:0 לצ'לסי, אך התאוששה עם ניצחון 4:0 בבית על מאלמו. אך התקשתה מול יובנטוס כשהפסידה לה 1:0 ולאחר מכן 4:2. עם זאת, בנובמבר 2021, סחטה שוויון 1:1 בחוץ מול מאלמו והבטיחה מקום בשלב 16 האחרונות של הליגה האירופית והשיגה בכך העפלה לפלייאוף אירופי ראשון מזה 3 שנים. עם זאת, חלוץ הקבוצה סרדאר אזמון עזב לגרמניה ובעקבות הפלישה הרוסית לאוקראינה עזב אותה שחקן ההגנה האוקראיני יארוסלב רקיצקי. הקבוצה הודחה בשמינית גמר הגביע לאלניה ולדיקווקז אבל בזכות החתמת חלוצים כמו יורי אלברטו ואיוואן סרגייב הבטיחה זכייה רביעית ברציפות באליפות רוסיה, 3 מחזורים לסיום. בתום העונה עזבו אותה שחקני מפתח כמו ארטיום דזיובה, מגומד אוזדוייב ויורי אלברטו, שהושאל לקורינתיאנס. במקומם הוחתמו זלימחאן בקאייב, מתיאו קאסיירה, איוואן קווארסמה וגוסטבו מנטואן.
יריבויות.
היריבות העירונית.