הנרי מורגנטאו נולד למשפחה בולטת מיהודי ניו יורק, כבנם של ג'וזפין (לבית סייקס) ושל הנרי מורגנטאו (האב), איל מקרקעין ודיפלומט, שנולדו בגרמניה. למורגנטאו היו שלוש אחיות. הוא התחנך באקדמיית פיליפס אקסטר, ומאוחר יותר עבר לבית הספר דווייט. לאחר סיום לימודיו הוא למד אדריכלות וחקלאות באוניברסיטת קורנל. ב-1913 היא הכיר את פרנקלין דלאנו רוזוולט ואת רעייתו אלינור רוזוולט והתיידד איתם. הוא רכש וניהל את חוות פישקיל ששכנה בסמוך לאחוזת משפחת רוזוולט בהייד פארק שבמדינת ניו יורק, והתמחה, כמו רוזוולט, בגידול עצי חג המולד. הוא היה מודאג בנוגע למצוקתם של החקלאים, שהיו יותר מרבע מאוכלוסייתה של ארצות הברית. ב-1922 הוא רכש את השליטה במגזין "החקלאי האמריקאי" , והפך אותו לקול של ההחזרה לטבע, השימור והחקלאות המדעית. ב-1929 מינה אותו רוזוולט, שהיה אז מושל ניו יורק, כיושב ראש הוועדה המייעצת לחקלאות של מדינת ניו יורק וכחבר ועדת השימור של המדינה.
מזכיר האוצר.
הניו דיל.
ב-1933 החל רוזוולט לכהן כנשיא ארצות הברית והוא מינה את מורגנטאו כנציב מועצת החקלאות הפדרלית . עם זאת, היה מורגנטאו מעורב בהחלטות מוניטריות. רוזוולט אימץ את הרעיון להעלאת מחיר הזהב כדי לפחת את שער המטבע ולבלום את עליית המחירים. הרעיון הגיע מפרופסור ג'ורג' וורן מאוניברסיטת קורנל. מורגנטאו כתב ביומנו:
ב-1934 כאשר ויליאם הרטמן וודין התפטר בשל בריאותו הלקויה, מינה הנשיא רוזוולט במקומו את מורגנטאו כמזכיר האוצר של ארצות הברית. מורגנטאו היה מוניטריסט קפדן. הנשיא רוזוולט, מורגנטאו ויושב ראש מועצת הנגידים של הפדרל ריזרב מרינר אקלס, שמרו יחדיו על תעריפי ריבית נמוכים במהלך השפל הגדול כדי לעודד צריכה ציבורית מסיבית, ובהמשך לתמוך בהתחמשות מחדש, לתמוך בבריטניה ובהשתתפותה של ארצות הברית במלחמת העולם השנייה.
ב-1934 ביקש רוזוולט ממורגנטאו לבדוק את תשלום המיסים של ויליאם רנדולף הרסט, שכן הוא "קיבל עצה שהרסט תכנן לעשות שימוש בעיתוניו כדי לשגר מתקפה על מדיניות הניו דיל ועל המדיניות הכלכלית שלו". מורגנטאו הסביר שהוא ביצע בדיקה של תשלומי המיסים של הרסט ושל השחקנית מריון דייוויס ו"יעץ לרוזוולט להכות מכה מקדימה על שניהם".
המערכה נגד השחיתות.
מורגנטאו עשה שימוש במעמדו כמזכיר האוצר כדי לחקור את הפשע המאורגן ושחיתות בממשל. המודיעין של האוצר וסוכנויות נוספות (למערכת אכיפת החוק הפדרלית של ארצות הברית שנודעה בחלוקתה לגופים שונים ורבים, היו חמישה גופי חקירה במחלקת האוצר לבדה) לא היו מתואמים במאמציהם. המאמצים ליצור סוכנות-על נבלמו על ידי ג'ון אדגר הובר, שחשש שהסוכנות החדשה תאפיל על ה-FBI שבראשו הוא עמד. על כל פנים, מורגנטאו יצר תפקיד של מתאם לסוכנויות של מחלקת האוצר. אף על פי שהמתאם לא יכול היה לשלוט בהן, הוא יכול היה להניע אותן לשיתוף פעולה בצורה זו או אחרת.
למשרה זו מונה ב-1937 ראש החקירות הפליליות של שירות הכנסות הפנים שלעבר, אלמר לינקולן אירי, שניהל כמה חקירות מרכזיות, כולל העמדתו לדין המוצלחת של אל קפונה. החקירות של השחיתות בממשל גרמו לנפילתו של הבוס הפוליטי תומאס "ביג טום" פנדרגסט מקנזס סיטי. קרב יריות שהיה קשור לפעילות המאפיה ושחיתות מסיבית בממשלה הובילו לחקירות מוצלחות נגד פנדרגסט והמאפיה המקומית בראשותו של צ'ארס קרולו. פקידי ממשל נוספים, בנוסף לגנגסטרים, במספר מקרים בודדים, הורשעו בזכות חקירותיו של מורגנטאו.
מדיניות מוניטרית.
מורגנטאו האמין באיזון תקציבי, במטבע יציב, בצמצום החוב הלאומי, ובצורך ליותר ויותר השקעות פרטיות. "חוק יחסי העבודה הלאומי של 1935" , או כפי שנודע בשם "חוק וגנר", שנגע לאיגודי העובדים, עמד בקנה אחד עם השקפותיו של מורגנטאו, בשל העובדה שהוא חיזק את הבסיס הפליטי של המפלגות ולא הצריך שום הוצאות כספיות חדשות. מורגנטאו ראה בתקציב הדו-שנתי של רוזוולט כלגיטימי, כלומר, תקציב מאוזן ו"תקציב חירום" עבור סוכנויות הממשל, כמו "מינהל קידום העבודות" (Works Progress Administration), "מנהל העבודות הציבוריות" וחיל השימור האזרחי, שיקבע את מימונן עד לשיקום מלא של המשק. הוא נאבק נגד הבונוס של וותיקי המלחמה עד שלבסוף עקף הקונגרס את הווטו של רוזוולט והקצה ב-1936 סכום של 2.2 מיליארד דולר. ב"שפל שבתוך השפל" של 1937 לא עלה בידו של מורגנטאו לשכנע את רוזוולט לחדול מהוצאת כספים מתמשכת על חשבון הגרעון. רוזוולט המשיך לדחוף להרחבת ההוצאה, ומורגנטאו מצידו קידם את רעיון התקציב המאוזן. בכל אופן, ב-1937 הצליח מורגנטאו לשכנע את הנשיא להתמקד סוף סוף באיזון התקציב באמצעות קיצוצים נרחבים בהוצאות והעלאת מיסים. הכלכלנים הקיינסיאנים טענו שניסיון זה של רוזוולט לאזן את התקציב יצר המיתון של 1937–1938 . ב-10 בנובמבר 1937 נשא מורגנטאו נאום בפני האקדמיה למדע המדינה במלון אסטור שבניו יורק, ובו הוא ציין שהשפל מצריך הוצאה על בסיס גרעון, אך על הממשלה לקצץ בהוצאות כדי להחיות את הכלכלה. בנאומו זה הוא אמר:
הצלחתו הגדולה ביותר של מורגנטאו הייתה תוכנית הביטוח הלאומי החדשה. הוא הפך על פיהן את ההצעות לממן את התוכנית מהכנסות המדינה ועמד על כך שהיא תמומן באמצעות מיסים חדשים שיוטלו על המועסקים. הוא עמד על כך שעובדים במגזר החקלאות ועובדים במשק בית לא ייכללו בתוכנית הביטוח הלאומי. הוא הטיל ספק בערכה של ההוצאה על חשבון הגרעון שלא הורידה את שיעור האבטלה ורק הוסיפה לחוב הלאומי:
כדי לצמצם את הגרעון טען מורגנטאו שיש להעלות מיסים, במיוחד מיסים על עושר.
הסיוע לפליטים היהודים.
מרגע שעמדו מול מוראות השואה, הגיבו בעלות הברית באיטיות. ב-1943 אישרה מחלקת האוצר בראשותו של מורגנטאו את התוכנית של הקונגרס היהודי העולמי להציל יהודים באמצעות שימוש בחשבונות בנק חסויים בשווייץ, אך מחלקת המדינה ומשרד החוץ הבריטי עיכבו אותה. מורגנטאו וצוותו עמדו על כך שיש לעקוף את מחלקת המדינה ובינואר 1944 הוא התעמת בסופו של דבר עם הנשיא על "הדוח למזכיר על ההסכמה שבשתיקה של הממשלה הזאת על רצח היהודים" באותו חודש הוא גרם לנשיא להחליט על הקמת הוועד לענייני פליטים. הוועד מימן את שליחותו של ראול ולנברג בבודפשט והתיר את הגדלת מספר היהודים שהותר להם להיכנס לארצות הברית בשנים 1944 ו-1945. כ-200,000 יהודים ניצלו באופן זה.
החוקר אריאל הורביץ טוען שבסוף 1943 ניסחה מחלקת האוצר דוח שקרא להקמתה של סוכנות מיוחדת להצלת יהדות אירופה. באותה עת יצרו כמה חבר הקונגרס קשר עם "קבוצת ברגסון" בראשותו של הלל קוק, שהציעו גם הם פתרון שקרא להקמתה של סוכנות כזו. ב-16 בינואר 1944 הציג מורגנטאו בפני הנשיא רוזוולט את הדוח של מחלקת האוצר והנשיא הסכים להקים את הוועד לענייני פליטים, הניסיון העיקרי הראשון של ארצות הברית להתמודד עם השמדת יהדות אירופה.
ג'ון מורטון בלום טוען שבאמצע 1944 הוועד לענייני פליטים:
בנקודת זמן מסוימת בקיץ 1944 הציע מורגנטאו לנשיא רוזוולט ש-50 עד 100 העומדים ברשימת "הארכי-פושעים" הגרמנים יירו מיד עם תפיסתם. בראשית 1945 הוא שינה את דעתו והציע שהם יישפטו באופן רשמי.
תוכנית מורגנטאו.
ב-1944 הציע מורגנטאו את תוכנית מורגנטאו לגרמניה שלאחר המלחמה, בה הוא קרא להפוך את גרמניה למדינה נטולת תעשייה כבדה. הוא טען ש"צריך לא רק לפרק את מתקני התעשייה הקיימים בחבל הרוהר כעת, אלא גם להחליש אותו ולהטיל עליו שליטה כך שבעתיד הנראה לעין הוא לא יוכל להפוך שוב לאזור תעשייה". גרמניה הייתה אמורה להמשיך ולהחזיק באזורי החקלאות העשירים שלה במזרח. עם זאת, סטלין עמד על קיומו של קו אודר-נייסה, שניתק את גרמניה משטחי חקלאות אלו. לפיכך, תוכנית מורגנטאו המקורית ירדה מעל הפרק. ג'ררד וינברג טוען שהתוכנית נזנחה בשל היותה "רכה מדי כלפי הגרמנים, ולא קשה מדי כפי שאנשים מסוימים מעלים על דעתם".
בועידת קוויבק השנייה שהתקיימה ב-16 בספטמבר 1944, שיכנעו רוזוולט ומורגנטאו את ראש ממשלת בריטניה וינסטון צ'רצ'יל, שהיסס בתחילה, להסכים לתוכנית מורגנטאו, ככל הנראה באמצעות הסכם השאל-החכר בהיקף של 6 מיליארד דולר. צ'רצ'יל בחר בכל אופן לצמצם את היקף הצעתו של מורגנטאו באמצעות ניסוח גרסה חדשה של המזכר, שהייתה בסופו של דבר הנוסח עליו חתמו שני המדינאים. תמצית המזכר שנחתם היה "תוכנית זו לחיסול התעשיות הביטחוניות בחבל הרוהר ובחבל הסאר מיועדת להפיכתה של גרמניה למדינה שכלכלתה מבוססת בעיקר על חקלאות ומקנה".
התוכנית עוררה התנגדות בקבינט של רוזוולט, בעיקר מצידו של הנרי סטימסון, וכאשר היא דלפה לעיתונות, התעוררה ביקורת ציבורית כלפי רוזוולט. בתגובה לכך הכחיש הנשיא את דיווחי העיתונות. כתוצאה מההדלפה התערערו לזמן מה יחסיהם של מורגנטאו והנשיא רוזוולט.
שר התעמולה של גרמניה יוזף גבלס עשה שימוש בתוכנית המודלפת, במידה מסוימת של הצלחה, כדי לעודד את העם הגרמני לחזק את מאמציהם כדי למנוע את הפיכת ארצם ל"שדה תפוחי אדמה". גנרל ג'ורג' מרשל התלונן בפני בפני מורגנטאו שההתנגדות הגרמנית התחזקה. מתוך תקווה לרכך את גישתו של מורגנטאו לתוכניתו עבור גרמניה, הסביר לו חתנו של רוזוולט, לוטננט קולונל ג'ון בוטיגר, שעבד במחלקת המלחמה, כיצד היה על הכוחות האמריקאים להילחם במשך חמישה שבועות מול התנגדות גרמנית עזה כדי לכבוש את אאכן והלין בפניו שתוכנית מורגנטאו הייתה "שווה לגרמנים שלושים דיוויזיות". בסוף 1944 יריבו למירוץ לנשיאות של רוזוולט, תומאס דיואי, אמר שהיא הייתה שווה "עשר דיוויזיות". מורגנטאו סירב להתפשר.