המבנה הגאולוגי של הר גריזים הוא שעשה אותו למקור חשוב להזנת אקוות ההר, המצויה מתחת להרי השומרון. בתחתית ההר, בעיר שכם, נמצאים שלשה מעיינות עתירי שפיעה, המהווים את המקור היציב והחשוב לאספקת המים לעיר וסביבתה, מימי קדם ועד היום.
מקובל לזהות את המקום שמכונה כיום הר גריזים כהר גריזים המקראי, אולם יש המזהים את ההר כהר דרומי יותר, ליד יריחו - או מזרחי יותר, בהר כביר. הר גריזים הוא מקום מקודש לעדה השומרונית, ומהווה בשבילה מוקד לעלייה ברגל בשלוש הרגלים. משנת 1982 עד שנת 2000 התבצעו בהר חפירות ארכאולוגיות בידי יצחק מגן. המִמצאים שנחשפו בהר, מעידים על קיום מקדש על הר גריזים שפעל מהתקופה הפרסית ועד התקופה החשמונאית ולצידו עיר בשטח של 20 דונם, בה ישבו יותר מעשרת אלפים תושבים. המִמצאים שנחשפו גודרו והוכנו לקראת ביקורי הקהל, אך מסיבות ביטחוניות אתר העתיקות היה סגור לקהל במשך שנים רבות. ביולי 2012 נחנך בהר גריזים אתר תיירות המקיף שטח של 400 דונם, וכולל את שרידי העיר ההלניסטית והמתחם הביזנטי.
גאוגרפיה.
ההר בנוי משני רכסים עיקריים הנמשכים מדרום־מזרח לִצפון־מערב. הרכס הצפוני אורכו כ-4 ק"מ ורוחבו כק"מ אחד, ובחלקו המזרחי נמצאת פסגת ההר. הרכס הדרומי אורכו כ-2.5 ק"מ ורוחבו כ-1.5 ק"מ. שני הרכסים מחוברים בינם במזרח. מצדו המזרחי של הרכס הצפוני משתרעת שלוחה הנקראת תל א-ראס.
מסביב לרכס מצויים היישובים שכם (מצפון), כפר קליל (ממזרח), בורין ומדמא (מדרום) וערק בורין (ממערב). על הרכס הדרומי נמצא היישוב הר ברכה, ועל חלק מהרכס הצפוני נמצאת שכונה שומרונית, הקרויה קריית לוזה.
מקור מים.
המבנה הגאולוגי של הר גריזים, הר עיבל והעיר שכם מכונים בשם קער שכם. הר גריזים בנוי מיחידות אאוקניות (קרסטיות) של חבורת עבדת ומונח מעל חבורת הר הצופים האטימה. מדובר בקער, שכן השכבות הגאולוגיות של בקעת שכם, הן אלה הצעירות - מתקופת אאוקן תחתון (33.9–55.8 מיליון שנה), והשכבות של הר גריזים הן העתיקות יותר - מתקופת קרטיקון עליון (65–97 מיליון שנה). נוצר מצב שבשלב מסוים בקעת שכם שקעה לעומת ההרים מצידה, מצב המכונה גראבן.
מרכיבי השכבות הגאולוגיות בהר גריזים ובהר עיבל, ואף בעיר שכם, יוצרים מצב שבו מי הגשמים בהרי השומרון בכלל ובהרים אלה בפרט, מחלחלים דרך השכבות הקרסטיות בהר ונושקים לשכבות האטומות בתחתית ההרים, עד כדי הצטברות באקוות ההר. מאקוה זו נובעים מי הגשמים שחלחלו בהר במעיינות בעיר שכם. המעיינות למרגלות הר גריזים מהווים את מקור המים העיקרי העתיק והיציב של שכם והסביבה. בין החשובים שבמעיינות ניתן למנות את "קריון" ואת "ראס אל עין ואסל". כל המעיינות באזור שכם, עשרה במספר, מניבים 2 מלמ"ש (מיליון מ"ק בשנה). חמישה קידוחים נוספים מספקים עוד 6 מלמ"ש.
הר גריזים במקרא.
מעמד הר גריזים והר עיבל.
הר גריזים מופיע בתנ"ך במספר מקומות. בספר דברים (; ) צווה משה שבסמוך לכניסתם לארץ ישראל, יקיימו עם ישראל את מעמד הר גריזים והר עיבל, בו יכרתו ברית עם ה' על מצוות הארץ המופיעות בספר דברים, שעליהן לא כרתו ישראל ברית עם ה' עד כה (לעומת שאר המצוות עליהן נכרתה ברית המופיעה בפרשת בחוקותי).
טקס זה מתואר ב.
משל יותם.
האזכור האחרון של הר גריזים קשור ליותם בן גדעון, אשר מפסגת הר גריזים נשא את משל יותם בו הוכיח את אבימלך ואנשי שכם על רשעותם ברציחתם את שבעים אחי יותם ().
זיהוי ההר.
ליד גלגל יריחו.
בתלמוד הירושלמי הועלתה הטענה המפקפקת בנכונות זיהויו של הר גריזים עם ההר המקראי. אולי מתוך פולמוס עם השומרונים. לפיה הרי גריזים והר עיבל מצויים בשתי גבעות הסמוכות לגילגל שבעמק הירדן. גרסה זו גם אומצה על ידי נוצרים - כנראה מאותה הסיבה.
וכך נאמר בתלמוד הירושלמי:
בספר יהושע מתקבל כי בני ישראל עלו מהירדן והגיעו להר עיבל ביום אחד. לפי כך כתוב בתלמוד: "על דעתיה דרבי יהודה מאה ועשרים מיל הלכו באותו היום.". אם ההרים הם "מול גלגל" אז יש רק 20 מיל ובני ישראל יכולים לבצע את הדרך ביום אחד.
בספר יהושע נאמר:
בהר כביר.
גם היום יש החולקים על זיהויו של הר גריזים וטוענים כי הטעות בזיהויו נובעת מהתיישבותם של עמים זרים באזור לאחר חורבן ממלכת ישראל בידי אשור, אשר "אימצו" את השם גריזים להר עליו הם התיישבו. לפי טענות אלה הר גריזים המקורי הוא הר כביר דהיום, והר עיבל המקורי הוא אותו הר עיבל של ימינו ושעליו נמצא המזבח. טענות אלו מסתמכות על הנאמר בדברים י"א ל':"הלא-המה בעבר הירדן אחרי דרך מבוא השמש... אצל אלוני מרה". דרך מבוא השמש לפי טענות אלו היא הדרך העולה לשכם ממזרח (מכיוון גשר דמיה דהיום) על בסיס נחל תרצה וכשמגיעים מהכיוון הזה למעשה מתייצבים בין שני ההרים - הר כביר והר עיבל. אדם זרטל מספר כיצד עלה הרעיון כי הר כביר הוא הר גריזים: על בסיס תצפיות על סמך ציטוטים מקבילים לתאורים גאוגרפיים בתנ"ך הגיע למסקנה כי הר כביר הוא הר גריזים.
אדם זרטל מתמודד עם הטענה בתלמוד הירושלמי כי אם בני ישראל עלו מהירדן והגיעו להר עיבל ביום אחד, הרי לא ייתכן כי ההרים הם במקומות המשוערים היום. זרטל סבור כי בני ישראל, בטרם נכנסו לארץ היו ב"ערבות מואב מול ירדן יריחו". השטח החנייה של בני ישראל היה בין צפון ים המלח לבין אדם העיר. מגשר אדם העיר, דרך נחל פרעה לשכם של היום, אפשר להגיע תוך יום אחד.
אתרים מקודשים לשומרונים.
הר גריזים מקודש לעדה השומרונית. כמחצית מאוכלוסיית העדה השומרונית גרה ב"שכונת לוזה" בשיפולים המערביים של הר גריזים. באותו מקום גם נמצא אתר הקרבת "זבח פסח", מוזיאון השומרונים - גריזים ובית הקברות של העדה.
על ההר עמד מקדש השומרונים שהוקם במחצית השנייה של המאה ה-5 לפנה"ס ככל הנראה על ידי סנבלט השני, ונחרב בשנת 112 או 111 לפנה"ס בהוראת השליט החשמונאי יוחנן הורקנוס. כלל השומרונים, הן מהקהילה בשכם והן מהקהילה בחולון, עולים לרגל להר גריזים שלוש פעמים בשנה: בחג הפסח ובו הם מקריבים את הזבח, בחג השבועות ובחג הסוכות.
מקובל כי בהר ישנם עוד מקומות קדושים לעדה השומרונית:
בעבר זיהו במקום שתי מצבות יעקב בתחנה השלישית.
החפירות הארכאולוגיות.
בשנת 1982 החלו החפירות הארכאולוגיות בהר גריזים ונמשכו ברציפות 22 שנים. היום האתר ערוך לקבלת מבקרים ומנוהל על ידי רשות הטבע והגנים. האתר סגור בימי שבת.
הנושא המעניין בחפירות היה, למצוא עדות לדבריו של יוסף בן מתתיהו, אשר טען שהמקדש על הר גריזים, שנבנה בידי סנבלט, נבנה בתבנית הבית המקדש בירושלים. וכך הוא מספר ב"קדמוניות היהודים": כאשר נפטר יוחנן, הכהן הגדול, ירש בנו את הכהונה הגדולה אחריו. היה לו גם בן נוסף ושמו מנשה. בשומרון משל ב"פחה", סנבלט, כותי לפי גזעו (ממוצא שומרוני) אשר מונה לתפקידו על יד דרוויש המלך האחרון (מלך פרס). "הוא ידע שירושלים הייתה עיר מפוארת ומלכיה הסבו טרדות רבות לאשורים ולתושבי חילת סוריה. לכן שמח לתת למנשה (בנו של הכהן הגדול)) את בתו, הקרויה ניקאסו, לאישה... זקני ירושלים התמרמרו על כך שאחיו של הכהן הגדול החדש יישא אישה נוכריה. מנשה בא לסנבלט והתמרמר שהוא אוהב את ניקאסו אבל הוא לא רוצה להפסיד את האפשרות שהוא יגיע אי-פעם לכהונה הגדולה..."
סנבלט הבטיח לו, שלא זו בלבד שישמור לו על הכהונה, אלא גם ישיג לו את השלטון וימנה אותו מושל על כל המקומות שהוא עצמו שלט בתנאי היה שירצה לדור עם בתו. סנבלט הודיע לו כי ייבנה על הר גריזים, שהוא הגבוה שבהרי שומרון, בית מקדש הדומה למקדש בירושלים וזאת על דעת המלך דריווש .
המקדש נבנה, נהרס ונשרף בידי המלך החשמונאי יוחנן הורקנוס הראשון (135 עד 104 לפנה"ס). עד כה לא התגלו ממצאים התומכים בסיפור של יוסף בן מתתיהו. לא מן הנמנע כי המקדש הוא מתחת לכנסייה בראש התל, מקום שטרם נחפר.
לפי גרסת ספר נחמיה, סנבלט פחת בקש בהקמת המקדש לרצות את נכדו של הכהן הגדול אלישיב שנישא לבתו. הוא החליט להשיא את בתו לנצר של הכהונה הגדולה בירושלים ובכך להפוך את זרעו אחריו לכהנים מן העדית של הכהונה הירושלמית. נראה שיחד עם נכדו של אלישיב הכהן הגיעו להר גריזים כהנים יהודים נוספים שבנו את המקדש בהר גריזים בתבנית המקדש בירושלים, ושימשו בקודש. הדבר עורר את זעמו של נחמיה, וסילק את אלישיב מירושלים: "ומבני יהוידע בן אלישיב הכהן הגדול חתן לסנבלט החרני ואבריחהו מעלי" (נחמיה יג כח).
על סמך החפירות הארכאולוגיות מתברר, שעל הר גריזים נבנו שני מקדשים הראשון במאה ה-5 לפנה"ס והשני, גדול יותר, בראשית המאה ה-2 לפנה"ס. מסביב למקדש הוקמה עיר גדולה ששטחה למעלה מ-400 דונם ושאוכלסה בלמעלה מעשרת אלפים איש.
בחפירות נתגלו כארבע מאות אלף עצמות קורבנות שכללו את בעלי החיים שהקריבו, על-פי התורה, כבשים, עזים, מעט פרות ותורים - בני-יונה.
בחפירות נתגלו כשבעה-עשר אלף מטבעות זהב, כסף וארד, אלפי כלי חרס, כלי אבן, כלי נחושת כסף וזהב.
אתרי ההר.
מלבד האתרים המקודשים לשומרונים, מצויים בהר כמה אתרים אחרים:
בצפון מזרח ההר נמצא מקום בשם "מצפה יוסף" המשקיף על קבר יוסף. במקום ישנו בית מדרש מאולתר הנקרא "יסוד הנצח" המשמש את היהודים שבאים להתפלל במקום.
בשנת 1983 הוקמה על הגבעה הסמוכה לשומרונים היישוב היהודי הר ברכה. במקום הוקמה גם ישיבה.
המדרגות להר.