הקבוצה שברה את שיא מספר הניצחונות הרצופים בבונדסליגה לקבוצה, לאחר שניצחו 19 משחקים רצופים (השיא הקודם היה 15).
בעונה זאת התנהל משפט כלפי נשיא הקבוצה וכוכב הקבוצה בעבר, אולי הנס, בגלל העלמת מס בשווי 27.2 מיליון יורו. בית המשפט בגרמניה קבע שעונשו יהיה שלוש וחצי שנים בכלא. יום לאחר מכן בתאריך ה-14/3 הודיע הנס על פרישה מתפקיד נשיא באיירן מינכן, ובמקומו מונה לנשיא קארל הופפנר.
ב-25 במרץ 2014, זכתה באיירן באליפות ה-24 בתולדותיה, כשזכתה באליפות המהירה ביותר בבונדסליגה אי פעם אחרי 27 משחקים. כאשר נותרו עוד שבעה משחקים עד לתום העונה. ב-17 במאי 2014, זכתה באיירן בגביע הגרמני לאחר שניצחה בגמר 2–0 את יריבתה בורוסיה דורטמונד, וזכתה בדאבל שני ברציפות.
לקראת העונה החדשה, צירפה באיירן מספר שחקנים וביניהם רוברט לבנדובסקי, צ'אבי אלונסו, ופפה ריינה. באיירן הפסידה את התואר הראשון של העונה, הסופרקאפ הגרמני, בתוצאה 0–2 לדורטמונד. בסיום העונה זכתה הקבוצה בדאבל: האליפות ה-25 בתולדותיה והגביע הגרמני.
את החלק של באיירן בליגת האלופות היא פתחה בשלב הבתים שם ניצחה בחמישה משחקים והפסידה משחק אחד.
בשלב שמינית הגמר פגשה את שחטאר דונצק מאוקראינה, אותה ניצחה באיירן 7–0 בסיכום, אחרי 0-0 במשחק הראשון ו 7–0 במשחק השני.
בשלב רבע הגמר באיירן פגשה את פורטו וניצחה בסיכום שני המשחקים 7–4 אחרי הפסד 1–3 במשחק הראשון וניצחון 6–1 במשחק השני.
בחצי הגמר הוגרלה מול ברצלונה. באיירן הפסידה 0–3 לקבוצה מקטלוניה במשחק הראשון, ובמשחק השני ניצחה 3–2 והודחה מליגת האלופות.
עונה לאחר מכן הוגרלה בשלב הבתים עם ארסנל, אולימפיאקוס ודינמו זאגרב. באיירן סיימה במקום הראשון עם 15 נקודות. היא הוגרלה בשמינית הגמר מול יובנטוס. המשחק הראשון שנערך בטורינו נגמר בתוצאה 2-2. במשחק הגומלין ניצחה באיירן 2–4 לאחר הארכה.
ברבע הגמר באיירן הוגרלה מול בנפיקה ליסבון במשחק הראשון ניצחה 1–0 ובמשחק השני סיימה בתיקו 2-2. בחצי הגמר הוגרלה מול אתלטיקו מדריד. במשחק הראשון הפסידה 0–1 משער של סאול ניגס הספרדי, במשחק השני ניצחה 2–1 אך הודחה בשל שער חוץ של אתלטיקו.
בתחילת עונת מונה קרלו אנצ'לוטי למאמן הקבוצה הבווארית במקום גווארדיולה.
החזרה לפסגת הכדורגל האירופי ותקופת האנזי פליק.
בעונת 2016/2017 באיירן השיגה תואר אחד, זכייה בליגה הגרמנית. באיירן נוצחה על ידי דורטמונד בחצי גמר הגביע הגרמני 2–3.
את שלב הבתים בליגת האלופות סיימה באיירן במקום השני בפיגור של 3 נקודות אחרי אתלטיקו מדריד. בשמינית הגמר ניצחה באיירן את ארסנל בתוצאה של 2–10 (1-5 בשני המשחקים). ברבע הגמר הודחה מליגת האלופות על ידי ריאל מדריד אחרי משחק בו נוצחה 1–2 וגומלין שהגיע להארכה אחרי גול עצמי של ראמוס ופנדל של לבנדובסקי. סביב משחק הגומלין ישנם חילוקי דעות רבים מכיוון שבמשחק זה קיבל ארתורו וידאל כרטיס אדום שלדעת חלק מהצופים היה שלא בצדק. במשחק זה רונאלדו כבש שלושער, אך חלק מהצופים טוענים ששניים מהגולים היו בנבדל. תוצאת הגומלין הייתה 2–4 לטובת ריאל מדריד, שבסופו של דבר זכתה בליגת האלופות.
לפני עונת 2017/2018 באיירן החתימה שחקנים רבים כגון ניקלאס זולה, סרג' גנאברי, קורנטן טוליסו (ההחתמה הכי יקרה בתולדות הבונדסליגה - 41.5 מיליון יורו) וסבסטיאן רודי, והשאילה את הקשר חאמס רודריגס מריאל מדריד לשנתיים, עם סעיף רכישה.
באיירן החלה את העונה בזכייה בסופרקאפ הגרמני, לאחר שגברה על בורוסיה דורטמונד בפנדלים לאחר שסיימו בתיקו 2-2 בתום תשעים הדקות. בעקבות הזכייה בתואר, הפכה באיירן לשיאנית הזכיות במפעל עם 6 זכיות. את ליגת האלופות פתחה הקבוצה בניצחון 0–3 על אנדרלכט.
ב-28 בספטמבר 2017, פוטר המאמן קרלו אנצ'לוטי יממה לאחר התבוסה 0–3 לפריז סן-ז'רמן בשלב הבתים של ליגת האלופות. במקומו מונה כמאמן זמני שחקן העבר וילי סניול ששימש כעוזר המאמן של אנצ'לוטי עד למינויו הזמני של יופ היינקס אשר אימן עד סוף עונת 2017/2018.
באיירן סיימה במקום השני בשלב הבתים בליגת האלופות מאחורי פריז סן ז'רמן, כאשר לשתי הקבוצות 15 נקודות, אך פריז הובילה במספר הגולים. בשמינית הגמר הוגרלה באיירן מינכן לצמד משחקים מול באשיקטש. במשחק הראשון ניצחו הבווארים בתוצאה 0–5, והמשחק השני נגמר בתוצאה 1–3. בסיכום שני המשחקים התוצאה הייתה 1–8 לטובת באיירן.
בינואר 2018 חתם החלוץ סנדרו וגנר בבאיירן, והקשר לאון גורצקה סיכם על חוזה של ארבע עונות שיכנס לתוקף מ-1 ביולי.
בשלב שמינית הגמר בליגת האלופות ניצחה את הקבוצה הטורקית בשיקאשט בתוצאה המצטברת 1–8 ועלתה לרבע הגמר. בשלב רבע בגמר הוגרלה מול סביליה, ותוצאת המשחק הראשון הייתה 1–2 לבווארים.
ב-7 באפריל ניצחה באיירן את אאוגסבורג בתוצאה 1–4 וזכתה בבונדסליגה הגרמנית בפעם השישית ברציפות ובפעם ה-28 בתולדותיה.
ב-11 באפריל שיחקה את משחק הגומלין מול סביליה באליאנץ ארנה, משחק שנגמר בתוצאה 0-0. באיירן עלתה בזכות התוצאה מהמשחק הראשון. יומיים לאחר מכן הוכרז כי ניקו קובאץ' יחליף את יופ היינקס בתפקיד המאמן. באיירן מינכן הוגרלה נגד ריאל מדריד בחצי הגמר והפסידה 3–4 בסיכום שני המשחקים. גם בגביע הגרמני לא זכתה, לאחר שהפסידה לאיינטרכט פרנקפורט 3-1 בגמר.
לפני תחילת עונת 2018/2019 מונה ניקו קובאץ' למאמנה של באיירן. ב-13 במרץ 2019 באיירן מינכן הודחה מליגת האלופות לאחר שהפסידה לליברפול. במרץ 2019 לוקא הרננדס חתם במועדון עבור 80 מיליון יורו. זוהי ההעברה הגדולה בתולדות המועדון ובתולדות הבונדסליגה.
בסוף עונת 2018/19 נפרדה הקבוצה משני הקיצונים אריין רובן (שיחק במועדון 10 עונות וזכה ב-8 אליפויות) ופרנק ריברי (שיחק במועדון 12 עונות וזכה ב-9 אליפויות). השניים שהיו מהבולטים בשחקני הקבוצה בעשור האחרון ואף הובילו את הקבוצה שלוש פעמים לגמר ליגת האלופות וגם הביאו לבאיירן מינכן את הזכייה בליגת האלופות נגד בורוסיה דורטמונד ב-2012/13.
ב-18 במאי 2019, במחזור האחרון בבונדסליגה, זכתה באיירן באליפות לאחר ניצחון בתוצאה 5–1 על איינטרכט פרנקפורט. ב-25 במאי זכתה בגביע הגרמני בפעם ה-19 בתולדותיה לאחר שניצחה את ר.ב. לייפציג בתוצאה 0–3. בסוף עונה זו היא שברה פעם נוספת את שיא הזכיות בליגה הגרמנית ברציפות (7) ואת שיא הזכיות באליפות הבונדסליגה (29).
בליגת האלופות באיירן גברה על צ'לסי בשמינית הגמר 7–1 ודרסה 8–2 את ברצלונה ברבע הגמר ובכך העפילה לחצי גמר ליגת האלופות כשהיא הקבוצה הראשונה להבקיע 8 שערים בטורניר ומחזיקה במאזן של 155 שערים לעונה, כשהשיא הקודם היה בעונת 1972/73 כשבאיירן כבשה 152 שערים. גם בליגת האלופות מינכן רשמה נתון היסטורי: 39 שערים בעונה. כשקודם לכן, התוצאה הטובה ביותר הייתה 33 שערים בעונת 2014/15. בכך, באיירן העפילה לחצי גמר ליגת האלופות בפעם השביעית בתוך תשע עונות. בחצי הגמר ניצחה את אולימפיק ליון בתוצאה 3–0, ובגמר ניצחה את פריז סן ז'רמן בתוצאה 1–0 משער של קינגסלי קומאן. בכך השלימה טרבל בשנה זו.
בהמשך השנה זכתה גם בסופר קאפ האירופי, הסופר קאפ הגרמני ובאליפות העולם לקבוצות ובכך הפכה לקבוצה השנייה בהיסטוריה אחרי ברצלונה שזוכה בכל ששת התארים בשנה אחת.
בעונת 2020/21 לא הצליחה לשמר את מלא הישגיה מהשנה הקודמת והודחה מהגביע הגרמני בסיבוב השני אחרי הפסד בפנדלים להולשטיין קיל בהמשך אותה עונה הודחה גם מליגת האלופות בשלב רבע הגמר אחרי הפסד לפריז סן ז'רמן 3–2 בבית וניצחון 1–0 בחוץ מה שלא הספיק לה בשל יתרון שערי החוץ של פריז. בהמשך בעקבות ההפסד של לייפציג 3–2 לדורטמונד היא זכתה באליפות ה-31 שלה והתשיעית ברצף.
בתום עונת 2020/2021 עזב המאמן פליק את המועדון לאחר שנתגלעו חיכוכים מתמשכים בינו לבין המנהל המקצועי חסן סאליחמיג'יץ'. במקומו הגיע יוליאן נגלסמן, מאמנה של לייפציג. יחד עם פליק עזבו רבים מהצוות המקצועי של המועדון, לצד שחקנים ששיחקו במשך שנים ארוכות במועדון, כמו דויד אלאבה, ג׳רום בואטנג וחאבי מרטינז.
את עונת 2021/2022 באיירן פתחה בסערה עם שיא כיבושים עד פגרת החורף בבונדסליגה. בהמשך העונה באיירן הציגה יכולת מאוד לא יציבה כשלצד ניצחונות גדולים היא חוותה גם תבוסות כמו ה 5–0 מול בורוסיה מנשגלאדבך בסיבוב השני בגביע וה-4–2 מול בוכום בליגה. בליגת האלופות באיירן סיימה שלב בתים מושלם עם 18 נקודות ושני ניצחונות על ברצלונה. בשמינית הגמר סיימה בתיקו 1–1 ושער מאוחר במשחק הראשון נגד רד בול זלצבורג, ולבסוף הצליחה לעלות לשלב הבא עם 1–7 בגומלין במינכן. ברבע הגמר הקבוצה המשיכה את היכולת הלא יציבה שלה והודחה נגד ויאריאל הספרדית אחרי הפסד 1–0 בספרד ותיקו 1–1 במינכן. באפריל 2022 הקבוצה השלימה זכייה 10 ברציפות בבונדסליגה וזכתה באליפות ה-32 שלה אחרי ניצחון 1–3 על בורסיה דורטמונד.
"המועדון היהודי".
מתחילת דרכה, בראשית המאה העשרים כונתה באיירן על ידי הגרמנים בשם "המועדון היהודי". שניים מבין 17 האבות המייסדים שלה ב-1900, היו יהודים: יוזף פולאק והפסל בנו אלקן, אשר אחד מהפסלים המוכרים ביותר שלו, פסל המנורה, מוצב בגן הוורדים בירושלים, מול משכן הכנסת, וקרוי מנורת הכנסת.
גם בהמשך דרכה של הקבוצה, רבים ממנהליה ומאמניה היו יהודים, כמו ריכרד קוהן, שניהל ואימן אותה בשנות השלושים וזכה עימה באליפות הראשונה ב-1932, אוטו אלבר ביר, שניהל את מחלקת הנוער שלה עד הדחתו מהתפקיד עם עליית הנאצים לשלטון בגרמניה (הוא ומשפחתו נרצחו ב-1941 בגטו קובנה שבליטא), ועוד.