בעונת 1985 מיאמי סיימה עם מאזן 12-4, ובמשחק של יום שני הנחילו לשיקגו ברס, שהיו בלתי מנוצחים עד אז, את ההפסד היחיד שלהם. במשחק מול הבראונס, מיאמי חזרה מפיגור 21-3 לניצחון 24-21. היו ציפיות למשחק החוזר מול שיקגו בסופרבול XX אבל ל"סינדרלה" של העונה הניו אינגלנד פטריוטס היו תוכניות אחרות. ובמשחק הגמר של ה-AFC מול הדולפינס הם כפו עליהם שישה איבודי כדור בדרך לניצחון 31-14 זה היה הניצחון הראשון של הפטריוטס מזה 18 משחקים רצופים שבהם הם הפסידו במיאמי.
בעונת 1986 בעיות בהגנה מנעו מהדולפינס הצלחה והביאו אותם למאזן של 8-8 ולפספוס של הפליי-אוף בפעם הראשונה מאז עונת 1977. כמו כן הדולפינס הפסידו במשחק האחרון שלהם באצטדיון האורנג' בול, לפטריוטס בתוצאה 34-27 במשחק של יום שני. הבעיות המשיכו בעונת 1987 עם מאזן של 8-7 (בשנת 1987 הייתה שביתה של איגוד השחקנים אבל הם הצליחו לבטל רק שבוע אחד, בעלי הקבוצות מילאו את השורות עם שחקנים מחליפים ושחקני קבוצת המילואים) בעונתם הראשונה באצטדיון ג'ו רובי החדש. עונת 1988 הייתה העונה הראשונה מאז עונת 1976 שלמיאמי היה מאזן שלילי (6-10), ובשנה שלאחר מכן מיאמי סיימה עם מאזן 8-8.
שנות ה-90.
בעונת 1990 מיאמי פתרו את הבעיות בהגנה וסיימו עם מאזן של 12-4 שניים ב-AFC מזרח וזכו במקום בפליי-אוף בעזרת הווילד קארד. במשחק הווילד קארד הם ניצחו את הקנזס סיטי צ'יפס 17-16, אבל הפסידו לבאפלו בילס סיבוב לאחר מכן 44-34. הקבוצה נאבקה עם פציעות בהגנה בעונת 1991 ופספסו את הפליי-אוף בגלל הפסד בהארכה לניו יורק ג'טס.
הדולפינס חזרו בעונת 1992 והגיעו למאזן 11-5 וזכו בתואר אלופי ה-AFC מזרח אחרי עונה מצוינת של הרץ האחורי מארק היגס והטייט אנד קית' ג'קסון. בסיבוב הראשון בפליי-אוף הם הביסו את הצ'רג'רס 31-0 אבל הפסידו לאחר מכן לבאפלו בילס 21-10 במשחק על אליפות ה-AFC.
בעונת 1993 עבר דן מרינו פציעה שסיימה לו את העונה ומיאמי לא הגיעו לפליי-אוף למרות פתיחה טובה של 9-2. מרינו חזר לעונת 1994 והוביל את הדולפינס למאזן של 10-6 ולתואר אלופי ה-AFC מזרח. אחרי ניצחון על ג'ו מונטנה והצ'יפס במשחק הווילד קארד. הדולפינס הצליחו לפספס יתרון של 15 נקודות ולהפסיד 22-21 אחרי שפיט סטויאנוביץ' מפספס בעיטה לשער שדה ומונע מדן מרינה לשחק בעיר הולדתו מול הסטילרס בשחק גמר ה-AFC.
בעונת 1995 מרינו שבר שיאי קריירה שהחזיק פראן טארקנטון ליארדים (48,841) טאצדאונים (352) והשלמות (3,913), אף על פי ששני משחקים בהם הוא שבר שיאים אלו היו הפסדים לאינדיאנפוליס קולטס. הדולפינס סיימו את העונה עם מאזן של 9-7 שניים ב-AFC מערב אך בכל-זאת הם הגיעו לפליי-אוף דרך הווילד קארד. רק כדי להפסיד לבילס במשחק הווילד קארד. לאחר עונת 1995 פרש דון שולה מאימון הקבוצה והפך לבכיר בהנהלה, את שולה נבחר להחליף ג'ימי ג'ונסון שזכה פעמיים בסופרבול עם דאלאס. במסיבת העיתונאים בה שולה הודיע על פרישתו הוא אמר שהחליט "לזוז הצידה" מה שגרם לחשוב שהבעלים הויזנגה עשה הכל חוץ מלפטר אותו.
בעונת 1996 מיאמי סיימו עם מאזן 8-8 ובלי פליי-אוף, אבל עם עונה טובה מאוד של הרץ הצעיר עבדול קארים אל-ג'אבר שהשיג 1,116 יארדים על הקרקע, כמו כן הצטיין הליינבקר הצעיר זאק תומאס. בעונת 1997 מיאמי הגיעו לפליי-אוף אבל הפסידו לניו-אינגלנד במשחק הווילד קארד.
עונת 1998 הייתה עונה טובה למיאמי והם סיימו אותה עם מאזן 10-6 בזכות עונה מצוינת של התופס או ג'יי מקדאפי, אבל היכולת הזאת לא הספיקה כדי לעבור את הג'טס ולזכות באליפות ה-AFC מזרח. הדולפינס ניצחו את הבילס במשחק הווילד קארד אבל הפסידו בסיבוב הבא לדנבר ברונקוס שבסופו של דבר זכתה באליפות (הברונקוס הפסידו רק שני משחקים במהלך העונה ואחד מהם היה לדולפינס).
בעונת 1999 הקבוצה הגיע לפלי-אוף עם מאזן של 9-7 דרך הווילד קארד. אחרי מאבק צמוד במשחק הווילד קארד ניצחו הדולפינס את סיאטל 20-17 אבל הפסידו בהפסד הגבוה ביותר במשחק פליי-אוף לג'קסונוויל ג'אגוארס 62-7. אחרי עונת 1999 ג'ימי ג'ונסון עזב את הקבוצה ודן מרינו פרש.
שנות ה-2000.
לפני תחילת עונת 2000 הדולפינס החתימו את מאמן הברס לשעבר דייב וונסטד ואת הקוורטרבק לשעבר של הג'גוארס ג'יי פידלר, למרות זאת קוורטרבק הגיבוי של מרינו דיימון הוארד נחשב לבכיר. למרות ציפיות נמוכות ההגנה הצטיינה. ג'ייסון טיילור וטראייס ארמסטרונג השיגו 10 סאק כל אחד וסאם מדיסון בריאן ווקר ברוק מריון ופטריק סורטאין כל אחד עם לפחות חמש חטיפות כדור, הליינבקר המצטיין זאק תומאס הוסיף הרבה תיקולים ולאמר סמית השיג עונה עם 1,139 יארדים על הקרקע, ומיאמי סיימה בראש ה-AFC מזרח עם מאזן 11-5. בסיבוב הראשון מאמי הגיע עם הקולטס להארכה וניצחה בעזרת טאצ'דאון של לאמר סמית, אבל הדולפינס הפסידו בסיבוב הבא לאוקלנד ריידרס.
בפגרת עונת 2001 הדולפינס הביאו את התופס הטירון כריס צ'יימברס, אבל טרייס ארמסטרונג עזב וכמו כן עזבו גם שני שחקני קו התקפה ביניהם ריצ'מונד ווב ששיחק בפרובול והיה עוגן הקבוצה משנת 1990. הדולפינס שהסתמכו על הגנה חזקה סיימו עם מאזן 11-5 כרטיס לפליי-אוף דרך הווילד קארד ומקום שני ב-AFC מזרח אחרי מנצחת הסופרבול (בסופו של דבר) הניו אינגלנד פטריוטס. הדולפינס הפסידו בסיבוב הראשון לבולטימור רייבנס 20-3.
מיאמי חיזקה את משחק הריצה שלה לקראת עונת 2002 כשהרץ האחורי ריקי ויליאמס הגיע מניו אורלינס סיינטס, בנוסף הטייט אנד הטירון רנדי מקמייקל הראה את נוכחותו. הדולפינס, תחת מערך התקפי חדש שבנה מתאם ההתקפה החדש נורב טרנר ומשחק ריצה חזק התחילו טוב עם מאזן 5-1, כולל חזרה בדקה האחרונה נגד הברונקוס כדי לנצח במשחק ביניהם. בהמשך פידלר פצע את הבוהן ולא שיחק תקופה ארוכה, עובדה זו סקרנה כמה מאוהדי הדולפינס שחשבו שקוורטרבק הגיבוי ריי לוקאס יכול לשחק טוב יותר מפידלר המושמץ, אך לוקאס שיחק רע בשני משחקיו הראשונים השתפר מעט בשלישי אבל לא מספיק והקבוצה הפסידה שלושה משחקים ברציפות, מיאמי התאוששה מול בולטימור וסן דייגו אבל הפסידה לבאפלו, מיאמי ניצחה בהפגנתיות במשחק מול אוקלנד והעמידה את המאזן שלה על 9-5 כשנותרו עוד שני משחקים והם עוד בעמדה טובה לזכות ב-AFC מזרח, אבל לאחר שאיבדו יתרון של 11 נקודות מול הפטריוטס בשבוע 17 מה שהוביל להפסד במשחק, מצאו עצמם מחוץ לפליי-אוף, בגלל שובר השוויון והג'טס זכו בתואר אלופי הבית. אוהדים רבים קראו לפטר את וונסטד, אבל הוא נישאר לעונת 2003 ולמרות הכל הדולפינס האמינו שיש למה לחכות כשריקי ויליאמס שבר את שיאי הריצה עם 1,853 יארד על הקרקע ו-16 טאצ'דאונים.
הדולפינס של עונת 2003 היו קבוצה קשה להגדרה. ההגנה הייתה חזקה ויצרה הרבה איבודי כדור לקבוצות היריבות שמצאו את עצמן מתקשות להניע את הכדור, לעומת זאת הקו ההתקפי שיחק גרוע ולא איפשר לריקי ויליאמס הרבה מקום לרוץ כמו כן הקו ההתקפי ויכולתו הדלה הקשה על משחק ההתקפה. הדולפינס החלו את העונה כמו שסיימו את הקודמת כשהתפרקו מול היוסטון טקסאנס אבל התאוששו וניצחו בארבעת המשחקים הבאים. במהלך הפסד בהארכה לניו אינגלנד ניפצע הקוורטרבק ג'יי פידלר ואילץ את הקבוצה להציב את בריאן גריסי שהוביל את הקבוצה לניצחון על סן דייגו שבוע לאחר מכן. זאת, גריסי נתן משחק טוב בהפסד מול הקולטס אבל שיחק גרוע מול הטנסי טייטנס והיה לא יעיל בכלל מול הרייבנס. כשגריסי והדולפינס היו בפיגור מול הרדסקינס, פידלר קם מהספסל כדי לנצח במשחק בתוצאה 24-23 ולהציל לדולפינס את העונה. מיאמי ניראו טוב אחרי הניצחון מול הקאובויס עם מאזן של 8-4, וסיימו עם מאזן של 10-6 אך זה לא הספיק להם לפליי-אוף.
פגרת 2004 הייתה הרסנית לדולפינס, הטייט אנד מקמייקל נעצר בעקבות אלימות והתופס מסן דייגו, דייוויד בוסטון נפצע במחנה האימונים ופספס את כל העונה (כמו כן בוסטון נכשל בבדיקת הסטרואידים שנערכו בהמשך העונה), אבל התדהמה הגדולה באה בעקבות פרישתו של ריקי ויליאמס מסיבות לא ידועות, עד שלבסוף התגלה שהוא עבר את העבירה השלישית שלו בשימוש בחומרים אסורים. מיאמי הפסידו בששת משחקיהם הראשונים בעונת 2004, אחרי שהדולפינס הגיעו למאזן 1-8 המאמן וונסטד התפטר מתפקידו בנובמבר 2004 ואותו החליף על בסיס זמני מתאם ההגנה ג'ים בייטס. הדולפינס השתפרו קצת תחת בייטס וניצחו שלושה מתוך שבעת משחקיהם האחרונים, כולל ניצחון 29-28 על האלופים המכהנים הפטריוטס במשחק של יום שני. למרות זאת הקבוצה החליטה לא להעסיק את בייטס על בסיס קבוע, במקומו הדולפינס העסיקו את מאמן מכללת LSU ניק סבן. סבן לא הצליח להוביל את הקבוצה לפליי-אוף במהלך תפקידו בן השנתיים בקבוצה.
בינואר 2007 סבן הודיע שהוא הסכים לחוזה לשמונה שנים וכסף מובטח של 32 מיליון דולר כדי לאמן את קבוצת הפוטבול של אוניברסיטת אלבמה. סבן עזב למרות הבטחות לתקשורת, לאוהדים ולבעלים שישאר המאמן של הדולפינס. קאם קמרון מתאם ההתקפה לשעבר של הצ'רג'רס הועסק בתור המאמן החדש של הדולפינס. בעונת 2007 לדולפינס היה משחק "בית" שהתקיים באצטדיון ומבלי בלונדון, היה זה המשחק הראשון מהעונה הסדירה של ה-NFL שמשוחק מחוץ לצפון אמריקה. הג'ייאנטס ניצחו את הדולפינס 13-10 אך הדולפינס ניצלו מעונה של 16 הפסדים על ידי ניצחון על בולטימור רייבנס בהארכה בתוצאה של 22-16, למרות הניצחון על הרייבנס הקבוצה הפסידה בשני המשחקים הבאים וסיימה את העונה עם מאזן של 1-15, מאזן שנתן להם את הבחירה הראשונה בדראפט של שנת 2008.