הבולשביקים תקפו את ליטא ממזרח בניסיון למנוע ממנה את עצמאותה. גם מדינות אחרות בתוך ברית המועצות – גאורגיה, בלארוס ואוקראינה – הכריזו על עצמאותן באותה תקופה, אך הצבא הרוסי הצליח להשתלט עליהן מחדש לאחר שהסתיימה מלחמת האזרחים ברוסיה. אולם המצב בליטא היה שונה, שכן בעזרת מתנדבים סקסונים הצליחו הליטאים להגן על גבולותיהם ולהרחיק מהם את הרוסים.
הברמונטיאנים היו חיילים רוסים שנלקחו בשבי על ידי גרמניה במהלך מלחמת העולם הראשונה ושוחררו תחת הבטחה שיעזרו להילחם בקומוניסטים במלחמת האזרחים הרוסית. אולם במקום זאת הם החליטו, תחת הנהגתו של פאבל ברמונט-אבלוב, לתקוף את המדינות החדשות שגרמניה העניקה להן עצמאות – ליטא ולטביה. הברמונטיאנים הצליחו להשתלט על שטחים נרחבים במערב ליטא וכן על בירת לטביה, ריגה. אף על פי שהליטאים נאלצו ללחום הן בברמונטיאנים והן בבולשביקים בו זמנית, עלה בידם לכבוש מחדש את השטחים במערב. לבסוף הובסו הברמונטיאנים, ונשלחו בחזרה לרוסיה ברכבות.
העצמאות החדשה של ליטא ופולין הובילה לסכסוכי גבול ארוכים, במיוחד באזור העיר וילנה, שנחשבה לבירה ההיסטורית של ליטא אולם רוב האוכלוסייה בה הייתה ממוצא פולני. סכסוכים אלו הובילו בשנת 1920 למלחמת פולין-ליטא, שנמשכה מספר חודשים. באותו זמן ביקשו גם הסובייטים לכבוש שטחים אלו, אולם הם הובסו על ידי הפולנים במהלך המלחמה הפולנית-סובייטית. באוקטובר 1920, לאחר שהחלו הסובייטים לסגת מהאזור, כבשו כוחות מורדים של הצבא הפולני את וילנה וסביבתה והקימו את רפובליקת מרכז ליטא. הרפובליקה התקיימה במשך 18 חודשים, שלאחריהם סופח האזור לפולין לאחר בחירות כלליות.
מחוז וילנה.
מחוז וילנה, שכלל את דרום-מזרח ליטא המודרנית וחלק מצפון-מערב בלארוס המודרנית, סופח רשמית לפולין באישור חבר הלאומים בשנת 1922, אולם ליטא המשיכה לטעון לבעלות על וילנה, בירתה ההיסטורית. הממשלה הליטאית, שישבה בבירה הזמנית קובנה, סירבה לקבל את ההשתלטות על הפולנית על אזור וילנה, וניתקה את יחסיה הדיפלומטיים עם פולין.
שלטון דיקטטורי.
ב-17 בדצמבר 1926, לאחר ארבע שנים של שלטון דמוקרטי בליטא, הופלה הממשלה בהפיכה צבאית. אנטאנס סמטונה, שכיהן כנשיא הליטאי הראשון בשנים 1919–1920, קיבל על עצמו שוב את תפקיד הנשיא אך עם סמכות דיקטטורית. סמטונה כיהן בתפקיד עד שנת 1940.
במשך שנים רבות האמינו רבים בצבא הליטאי כי מכיוון שלליטא ולפולין היה אויב משותף (ברית המועצות), צריכות שתי המדינות לסיים את החרם הדיפלומטי ביניהן. בשנת 1938, לאחר תקרית בגבול שבין שתי המדינות שבה נהרג חייל פולני, הציבה פולין אולטימטום לליטא, לפיו אם היא לא תחדש את השיחות הדיפלומטיות תוכרז עליה מלחמה. הליטאים, שידעו כי במצב של מלחמה עם פולין לא תהיה להם שום עזרה מבחוץ, הסכימו לשוב ולהידבר, ושני הצדדים חתמו על הסכם בטאלין שבאסטוניה. אף על פי שליטא עדיין טענה לבעלות על אזור וילנה, השתפרו מאוד היחסים בין שני העמים והרוחות שככו.
במאי 1939, לנוכח האגרסיביות הגרמנית הגוברת והחשש ממלחמה, הציעה ליטא לפולין לחתום על ברית צבאית בין שתי המדינות, אולם הפולנים סירבו להצעה.
מלחמת העולם השנייה.
באוגוסט 1939 נחתם הסכם ריבנטרופ–מולוטוב בין גרמניה הנאצית לברית המועצות, שקבע בין השאר את חלוקת המדינות הבלטיות בין שני הצדדים. למרות שלפי ההסכם ליטא הייתה אמורה להיות מסופחת לגרמניה, סירובה לתמוך בהתקפה הגרמנית על פולין גרם לכך שהיא סופחה לבסוף לברית המועצות. הצבא האדום, שכבש את וילנה מידי הפולנים, העביר את העיר לשליטת הליטאים. באוקטובר 1939 הוצבו במדינה 20,000 חיילים סובייטים. לפני הסיפוח נשא הנשיא סמטונה נאום רדיו בשפה הלטינית, כמחאה.
תחת השלטון הסובייטי הראשון.
על אף שליטא וברית המועצות היו חתומות על הסכם אי-התקפה, הסובייטים הציבו בשנת 1940 אולטימטום, שלפיו אם מספר פוליטיקאים ליטאים בכירים לא יודחו וייעצרו – הם יתקפו את המדינה. הנשיא סמטונה התנגד לאולטימטום, וטען כי ליטא צריכה להילחם, אולם רוב חברי הממשלה תמכו בקבלת האולטימטום, שכן האמינו כי ליטא תפסיד במלחמה נגד ברית המועצות. לבסוף נכנעה ליטא לאולטימטום, וב-15 ביוני 1940, בעוד הנשיא עוזב את המדינה, נכנסו אליה 150,000 חיילים סובייטים ללא התנגדות.
לאחר קבלת האולטימטום הוקמה בליטא ממשלה חדשה, שהייתה נאמנה לסובייטים. שרי הממשלה וכן ראש הממשלה נבחרו לא בבחירות כלליות אלא לפי הוראותיו של ולדימיר דקנוזוב, השגריר הסובייטי בליטא, שבחר אותם מתוך המפלגה הקומוניסטית הליטאית. ב-21 ביולי 1940 הוחלט בפרלמנט הליטאי על הצטרפות לברית המועצות, והרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית הליטאית הוקמה באופן רשמי.
בליטא פעלה מחתרת אנטי-סובייטית בכינוי "הפרטיזנים הליטאים". במקביל הוקמה בברלין, בחסות גרמניה הנאצית ובתמיכתה, חזית הפעילים הליטאית. היה זה גוף על-מפלגתי של גולים שתמך במחתרת וסייע לה בתעמולה, בציוד ושימש גם כסוכן מודיעין צבאי של האבווהר. באפריל 1941 הוקמה בברלין ממשלה זמנית בראשות מנהיג החזית, קאזיס שקריפה, שתכננה להקים מדינה עצמאית מיד לאחר שהגרמנים יסיגו את הרוסים מאדמת ליטא.
ליטא העצמאית.
ב-22 ביוני 1941 פלשה גרמניה הנאצית לברית המועצות. הליטאים, שהאמינו כי המתקפה תחליש את הסובייטים קיבלו את הצבא הגרמני כמשחרר והכריזו על עצמאותם. הכוחות הסובייטים שנסוגו מליטא טבחו בדרכם מזרחה בעשרות אסירים פוליטיים ליטאים, במה שנקרא כיום טבח ראיניאי.
הגרמנים, שלא ששו לאפשר עצמאות לליטא, שמו את שקריפה במאסר בית ולא איפשרו לו לחזור לליטא. במקומו התמנה לראש הממשלה הזמנית יואזאס אמברזוויצ'וס-ברזאיטיס. עוד לפני השלמת הכיבוש הנאצי השתתפו חברי חזית הפעילים הליטאית במבצעי טיהור הארץ מהיהודים. חבריה, שוטרים ומתנדבים ליטאים השתתפו בפרעות בקובנה ובהובלת יהודים למוות בפורט התשיעי בעיר. ממשלתו הזמנית של אמברזוויצ'וס הקימה גם את הגטו היהודי בקובנה ויצרה את משטרת העזר הליטאית ככוח רצח מסייע להשמדת יהודי ליטא.
הממשלה הזמנית ניסתה לשאת ולתת עם גרמניה הנאצית, בתקווה שהיא לא תפגע בעצמאותה של ליטא, אולם הכוחות הגרמניים השלימו את הכיבוש, ממשלת ליטא העצמאית התפרקה ב-5 באוגוסט 1941 ותחתיה הונהג שלטון גרמני ישיר.
הממשלה הליטאית פורקה רשמית ב-7 באוגוסט 1941.
תחת הכיבוש הנאצי.
הליטאים גילו במהרה כי לנאצים לא הייתה שום כוונה לאפשר לליטאים שלטון אוטונומי, וכי הם ראו בתושבי ליטא אזרחים מדרגה שנייה. הגרמנים צירפו את ליטא לנציבות הרייך אוסטלנד והביאו אליה אלפי מתיישבים שתפסו את אדמותיהם של החקלאים המקומיים. תוך זמן קצר הוקמו במדינה שתי תנועות התנגדות – האחת שלחמה עבור עצמאותה של ליטא והשנייה, שכללה בעיקר לוחמים רוסים, בלארוסים ויהודים, לחמה עבור השבתה של ליטא לתוך ברית המועצות. המחתרת הפולנית (ארמייה קריובה) פעלה אף היא בשטחי ליטא, שכן הפולנים האמינו כי לאחר המלחמה ישוב אזור וילנה להיות תחת שלטון פולני. הארמייה קריובה פעלה לא רק נגד הנאצים אלא גם נגד המשטרה המקומית הפרו-נאצית, כוח ההגנה הטריטוריאלי הליטאי, ונגד הפרטיזנים הסובייטים. היחסים בין המחתרות השונות לא היו טובים והורעו עם התמשכות המלחמה (ר' יחסי פולין-ליטא במלחמת העולם השנייה).
ליטאים רבים שיתפו פעולה עם הכוחות הנאצים. כוחות שיטור מקומיים רבים התאחדו ליצור משטרה חשאית ופלוגות משטרה לאומיות שכללו יותר מ-8000 איש בשנת 1942. פלוגות אלו השתתפו במעשי טבח רבים באוכלוסייה היהודית ברחבי ליטא וצפון בלארוס והיו אחראים לרציחתם של עשרות אלפי יהודים. למרות זאת, ליטאים רבים התנגדו למשטר הנאצי במדינתם ורבים אף סיכנו את חייהם על מנת להציל יהודים. 504 תושבים ליטאים נכללים ברשימת חסידי אומות עולם.
יהדות ליטא.
לפני מלחמת העולם השנייה התגוררו בליטא כ-160,000 יהודים (לא כולל וילנה והסביבה). ליטא הייתה אחד המרכזים החשובים ביותר באירופה לתאולוגיה ופילוסופיה יהודית במשך מאות שנים, עוד לפני תקופתו של הגאון מווילנה במאה ה-18. עד שנת 1941 הגדילו יהודי וילנה והסביבה (הושבה לליטא באוקטובר 1939 ומניינם למעלה מ-70,000) ופליטים יהודיים מפולין את האוכלוסייה היהודית בליטא לכ-250,000. לאחר הכיבוש הנאצי של ליטא עודדו הגרמנים את האוכלוסייה המקומית לבצע פוגרומים ביהודים ולשרוף בתי כנסת. ב-11 הימים הראשונים לכיבוש הגרמני נהרגו בליטא כ-40,000 יהודים בידי האוכלוסייה הליטאית.
בין החודשים יוני ליולי 1941 החלו פלוגות איינזצגרופן גרמניות, יחד עם פלוגות שיטור ליטאיות, במעשי רצח המוני של יהודי ליטא, בעיקר באזורים הכפריים, כמו הטבח בפונאר. 40,000 היהודים הנותרים במדינה היו מרוכזים בגטאות בערים הגדולות: וילנה, קובנה, שאולאי ושווינציאן, וכן במספר מחנות ריכוז, שבהם מתו רבים מרעב וממחלות. בשנת 1943 חוסלו הגטאות, ותושביהם נשלחו למחנות השמדה. עם סיום המלחמה נותרה רק עשירית מיהדות ליטא בחיים.
יהודים ליטאים רבים ניצלו מהשואה הודות למאמציהם של צ'יאונה סוגיהארה, קונסול יפן בליטא, ויאן שוורטנדייק, קונסול הולנד בליטא, חסידי אומות העולם, שהעניקו לאלפי יהודים ויזות ליפן ולאנטילים ההולנדיים ובכך אפשרו את בריחתם מהנאצים.
תחת השלטון הסובייטי השני.
בקיץ שנת 1944 נכנס הצבא האדום למזרח ליטא, בעוד המחתרת הפולנית כובשת את אזור וילנה. עד ינואר 1945 הגיעו הרוסים עד לים הבלטי, וסיפחו את ליטא כולה לתוך ברית המועצות, כרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית הליטאית, עם הסכמתן של ארצות הברית ובריטניה.
סטליניזם.