פירס נסע לוושינגטון בנובמבר 1833, לקראת תחילת מושב הקונגרס ב-2 בדצמבר. כהונתו השנייה של ג'קסון החלה, והדמוקרטים שלטו בבית הנבחרים, והתכוונו למנוע את חידוש הזיכיון לבנק השני של ארצות הברית. הדמוקרטים, כולל פירס, חיסלו הצעות חוק של המפלגה הוויגית, וזיכיון הבנק פג. פירס נפרד ממפלגתו, והתנגד לחוקים דמוקרטים למימון שיפורים פנימיים בכסף ממשלתי. הוא טען שהבנק וההשקעה בתשתיות לא היו חוקתיים, ושהשיפורים הפנימיים הם אחריות המדינות. כהונתו הראשונה לא הייתה בולטת מבחינת חקיקה, והוא נבחר מחדש במרץ 1835. כשלא היה בוושינגטון, המשיך ללמוד משפטים, וחזר בדצמבר לוושינגטון כדי להתחיל את הכהונה השנייה שלו.
התנועה לביטול העבדות התחזקה באמצע שנות השלושים, והקונגרס הוצף בעצומות להגבלת העבדות במדינה. פירס ראה במעשיהם של מתנגדי העבדות כמטרד, והתנגד לכל פעולה ממשלתית כנגד העבדות, למרות שהתנגד לעבדות עצמה. הוא התנגד לרטוריקה הדתית של מתנגדי העבדות, שהציגו את יריביהם כחוטאים. פירס טען שיש לחסל את התנועה לביטול העבדות למען שלמות האיחוד.
למרות זאת, פירס התנגד למניעת קבלת העצומות מטעם מתנגדי העבדות. לעומת זאת תמך בחוק "סתימת הפיות", שהיה אמור למנוע מעצומות נגד העבדות להיקרא בקונגרס. החוק עבר ב-1836. מתנגדי העבדות טענו שהיה "צפוני עם עקרונות דרומיים". פירס טען שאף אחד בניו המפשייר לא התנגד לעבדות, וכעס כשג'ון קלהון קרא עצומה נגד העבדות מניו המפשייר בסנאט. פירס טען שרוב החותמים היו נשים וילדים, וקלהון התנצל בפניו.
הסנאט.
התפטרות הסנאטור אייזיק היל, שנבחר למושל ניו המפשייר במאי 1836, גרמה לכך שהמועצה המחוקקת של ניו המפשייר נאלצה להחליט בנוגע למחליפו. כהונתו הייתה אמורה להסתיים במרץ 1837, ולכן המועצה הייתה צריכה לבחור גם באדם שיזכה לכהונה מלאה. פירס נחשב למועמד מקובל, אולם לא הצליח להיבחר למחליפו של היל. בדצמבר 1836, נבחר לכהונה מלאה בסנאט, שהחלה במרץ 1837, והפך לאחד מהסנאטורים הצעירים ביותר. במהלך אותה תקופה, אביו, אחותו ואחיו חלו, וג'יין המשיכה לסבול מבעיות בריאות. כסנאטור, סייע לחברו נתניאל הות'ורן להשיג עבודה במחלקת המכס של בוסטון.
פירס תמך במפלגתו ברוב המקרים. הוא היה סנאטור טוב, אולם לא התבלט מעל שלישיית הסנאטורים המובילים: ג'ון קלהון, הנרי קליי ודניאל ובסטר. פירס נכנס לסנאט במהלך משבר כלכלי, בהלת 1837. הוא טען שהסיבה למשבר הייתה צמיחת מערכת הבנקאות, שהובילה לעודף סחר ולספקולציות. כדי שהכסף הממשלתי לא יתמוך בהלוואות ספקולטיביות, תמך בהצעתו של הנשיא הדמוקרטי, מרטין ואן ביורן, ליצור מערכת אוצר עצמאית, הצעה שפילגה את המפלגה. העימות על העבדות המשיך, ומתנגדי העבדות הציעו את ביטולה במחוז קולומביה. פירס תמך בקלהון שהתנגד לכך, בטענה שההצעה היא רק הקדמה לקראת ביטול עבדות כלל ארצי. הוויגים החלו להתחזק, ולקראת סוף העשור לדמוקרטים היה רק רוב קטן בקונגרס.
פירס התעניין בצבא. הוא התנגד לחוק שהיה אמור להגדיל את מספר הקצינים ללא הטבות לקצינים בעמדות הקרב. הוא התעניין בקצבאות ליוצאי הצבא, והיה יושב ראש הוועדה בנושא בין 1839 ל-1841. הוא תמך במודרניזציה של הצבא.
פירס תמך בואן ביורן במהלך הבחירות של 1840. ואן ביורן ניצח בניו המפשייר אולם הפסיד לויליאם הנרי הריסון, גיבור צבאי, והוויגים השתלטו על הקונגרס. הריסון מת חודש לאחר שנכנס לתפקידו, וסגנו ג'ון טיילר החליף אותו. פירס והדמוקרטים מיהרו לאתגר את הממשל החדש, התנגדו לפיטוריהם של בעלי תפקידים ממשלתיים ולתוכניות הוויגיות להקמת בנק לאומי. בדצמבר 1841 החליט פירס להתפטר. הדמוקרטים בניו המפשייר לא רצו שאף סנאטור יכהן יותר מכהונה אחת. פירס גם כעס על כך שהיה במיעוט בסנאט והעדיף לעסוק בעריכת דין ולהתמקד במשפחתו. פעולותיו האחרונות לפני התפטרותו בפברואר היו להתנגד לחוק שהיה מספק כסף ממשלתי למדינות - באמונה שעל הכסף ללכת לצבא - ודרישה שהוויגים יחשפו את תוצאות חקירת בית המכס בניו יורק, שהוויגים טענו שהיה נגוע בשחיתות דמוקרטית אולם לא מצאו ראיות לכך.
מנהיג במפלגה.
עורך דין ופוליטיקאי.
למרות התפטרותו מהסנאט, לא עמד פירס לעזוב את הפוליטיקה. המעבר לקונקורד אפשר לו להשיג יותר תיקים כעורך דין, ולהרשות לג'יין לעסוק יותר בחייה הקהילתיים. ג'יין נשארה בקונקורד עם בנה הצעיר פרנק ועם ילדה החדש, בנג'מין, לקראת סוף כהונתו של פירס בסנאט, וההפרדה פגעה במשפחה. פירס החל להצליח כעורך דין כשחזר לקונקורד ב-1842, ומעמדו התחזק. הוא היה ידוע בחן האישי שלו, ברהיטות דיבורו ובזיכרונו המצוין. הוא ייצג עניים ללא תגמול.
פירס נותר מעורב במפלגה הדמוקרטית, שהתפלגה בגלל כמה נושאים. המושל היל, שייצג את העירוניים במפלגה, תמך בשימוש בעזרה ממשלתית למען תאגידים, ובמתן אישורים בלעדיים לבניית מסילות רכבת. האגף הכפרי יותר תמך בהרחבת התוכניות החברתיות ובחוקי העבודה, ובהגבלות על התאגידים. המדינה החלה לשנוא בנקים ותאגידים בשל בהלת 1837, והיל הפסיד בבחירות. פירס היה קרוב יותר לרדיקלים, ואף תבע את היל בערעור בנוגע לבעלות על עיתון. היל הפסיד והקים עיתון משלו, שתקף את פירס.
ביוני 1842, מונה פירס להיות יושב ראש הוועדה הדמוקרטית המקומית. בבחירות של השנה לאחר מכן, סייע לאגף הרדיקלי להשתלט על המועצה המחוקקת. המפלגה המשיכה להיות מפולגת בנוגע לפיתוח מסילות הרכבת ולאיסור על אלכוהול. פירס נאלץ לפשר בין הנצים, כשהקו המנחה שלו היה לשמור על אחדות המפלגה. פירס ראה בהתנגדות לעבדות נושא שיפרק את המפלגה.
ניצחונו המפתיע של המועמד הדמוקרטי, ג'יימס פולק, שנחשב לסוס שחור בבחירות של 1844, היה חדשות טובות עבור פירס, שתמך ביושב ראש בית הנבחרים של ארצות הברית לשעבר. שניהם התחברו במהלך שירותם בקונגרס, פירס תמך בפולק בבחירות, ופולק מינה אותו להיות התובע הכללי של ניו המפשייר. פולק הוביל את סיפוחה של רפובליקת טקסס, שהובילה לפילוג במפלגה הדמוקרטית. חלק מהדמוקרטים התנגדו לצירוף מדינת עבדות חדשה. פירס תמך במהלך, וניתק קשרים עם חברים רבים שהתנגדו לו. הפילוג הדמוקרטי הוביל לכך שמועמד וויגי נבחר להיות מושל.
מלחמת ארצות הברית–מקסיקו.
פירס חלם על שירות צבאי פעיל, כיוון שהעריץ את שירותיהם של אחיו ואביו בצעירותו. כמחוקק, תמך במיליציות. כקצין במיליציה, התנסה בלוחמה. כשהקונגרס הכריז על מלחמה מול מקסיקו במאי 1846, מיד התנדב פירס לצבא, למרות שלא היה קיים גדוד בניו אינגלנד. תקוותו להילחם במלחמת ארצות הברית–מקסיקו הייתה הסיבה שסירב להפוך לתובע הכללי בממשל פולק. הגנרל זאכרי טיילור נעצר בצפון מקסיקו, והגנרל וינפילד סקוט הציעה ללכוד את וראקרוס ולעקוף דרכה אל מקסיקו סיטי. הקונגרס יצר עשרה גדודים, ופירס מונה להנהיג את גדוד חיל הרגלים התשיעי בפברואר 1847.
ב-3 במרץ 1847, קודם פירס לדרגת בריגדיר גנרל, ופיקד על בריגדת תגבורת לצבאו של סקוט. פירס הגיע אל וראקרוס הכבושה בסוף יוני עם אספקה. המסע היה קשה, ורק בתחילת אוגוסט הצליח הגדוד להצטרף אל צבאו של סקוט, בזמן לקרב. סוסו של פירס נפל במהלך הקרב, ופירס נפצע בברכו. חייליו חשבו שהוא התעלף, וקראו להחליפו בשל כך שהיה פחדן. פירס חזר להילחם למחרת היום, אולם שוב נפצע בברכו וצלע אל הגדוד, ועד שהגיע הקרב כבר הסתיים לטובת האמריקנים.
לקראת הקרב ב-20 באוגוסט, ציווה סקוט על פירס להיות בעורף הגדוד. פירס ביקש ממנו להוביל את הבריגדה שלו, אולם התעלף מרוב כאב בברכו. האמריקנים ניצחו ופירס עזר להגיע לשביתת נשק. הוא חזר לפקד והוביל את הבריגדה שלו בשאר הקרבות, כולל בקרב על מקסיקו סיטי באמצע ספטמבר. במהלך רוב הקרב שהה באוהל החולים, חולה משלשול. פירס המשיך לפקד על הבריגדה שלו במהלך הכיבוש על העיר, וכעס על העיכוב בשיחות השלום. הוא ניסה להתרחק מהמחלוקות בין סקוט לשאר הגנרלים.
פירס חזר אל קונקורד בדצמבר 1847, והתקבל כגיבור. הוא התפטר מהצבא. האהדה כלפיו עלתה, אולם היו כאלו שהאשימו אותו בפחדנות בגלל הפציעות שלו.
יוליסס סימפסון גרנט, שראה את פירס במהלך המלחמה, התנגד להאשמות וטען שפירס היה אמיץ וג'נטלמן.
חזרה לניו המפשייר.
פירס חזר לקונקורד וחזר לעסוק בעריכת דין. אחד מהתיקים המפורסמים שלו היו כשהגן על חירותם הדתית של קהילת השייקרים. הוא המשיך להיות המנהיג המפלגתי, ולחם מול מתנגדי העבדות והמלחמה.
השטח שהושג ממקסיקו פילג את ארצות הברית. הצפוניים הציעו את הצעת וילמוט כדי למנוע את העבדות בשטחים הללו, ואחרים רצו שהעבדות תיאסר, כפי שנקבע בפשרת מיזורי, מצפון לקו הרוחב '36°30. ההצעות פילגו את הדרום ואת הדמוקרטים. בוועידה הדמוקרטית של 1848, רוב הדמוקרטים תמכו בסנאטור לשעבר ממישיגן, לואיס קאס, כמועמדם לנשיאות. מיעוט הקים את מפלגת הארץ החופשית ותמך בנשיא לשעבר ואן ביורן. הוויגים בחרו בגנרל זאכרי טיילור, שלא היה ידוע בעמדותיו הפוליטיות. למרות שפירס תמך בעבר בואן ביורן, הפעם תמך בקאס. הוא הצליח בתפקידו וטיילור, שנבחר לנשיאות, השיג בניו המפשייר את אחוזי התמיכה הנמוכים ביותר שלו.