ההגירה המחודשת של יהודים, במחצית השנייה של המאה ה-19, לערים בפלך כותאיסי, בעיקר של סוחרים קטנים, הביאה להגברת האנטישמיות בגאורגיה, שבאו לידי ביטוי בשיאן בעלילת הדם בסוראמי ובעלילת הדם בסצ'חרה, שבהן היה מעורב משה מונטיפיורי עצמו. אמנם, אין ידיעות לגבי קיום מפגשים בין מונטיפיורי ליהודי גאורגיה בעת ביקוריו ברחבי האימפריה הרוסית. לעומת זאת, ידוע כי, מונטיפיורי פגש עולים מגאורגיה בארץ, שחלקם לבשו מדים קווקזיים או צ'רקסיים. וחלקם נשא אותות כבוד על לבושם, דבר שהרשים אותו במיוחד. הם ציינו בפניו כי האותות ניתנו להם בגין השתתפותם האמיצה במלחמת רוסיה נגד הצ'רקסים, כמו כן ציינו כי אנשי העיר כותאיסי הרסו את המקום, ונותרו הלוחמים היהודים שהגנו על אוצר הממשלה הרוסית.
עלילת הדם של סצ'חרה נידונה בבית הדין המחוזי בכותאיסי. דבר העלילה זכה לפרסום רב בעיתונות היהודית ברוסיה. עלילת דם זו הביאה להתגייסותם של אישים יהודים, ובראשם הברון גינסבורג מסנקט פטרבורג. שני עורכי-דין נודעים, היהודי קרופניק (1845-1905) והרוסי אלכסנדרוב, שנקראו להגן על הנאשמים, הצליחו, ב-13 במרץ 1879, להפריך את ההאשמות, והנאשמים זוכו מכל אשמה. למרות זאת לא פסקה רדיפת היהודים בכותאיסי, ובשנת 1895 התחוללו מהומות בין הנוצרים ליהודים. מהומות אלו הביאו ליציאת המשוררים סרגיי מסחי ואנטון פורצלאדזה להגנת היהודים, תוך הבעת גינוי חריפה לתופעת הקנאות הדתית והלאומית כמנוגדת לתרבות ולמסורת הגאורגית. בשנת 1913 נסחטו היהודים באופן שיטתי על ידי כנופיה, בהוראתו של עוזר המושל של כותאיסי. כמה יהודים שהתנגדו, נורו.
בתחילת המאה ה-20 הופעלו בכותאיסי שני בתי כנסת, ובתפקיד הרב הראשי של מערב גאורגיה, שימש ר. אלואשווילי (1858-1922). בתקופה זו החלו לחלחל רעיונות הציונות בגאורגיה, בתחילה בין האשכנזים ולאחר מכן בקרב יהודי גאורגיה המקומיים. המתנגדים לציונות בגאורגיה הופעלו מכותאיסי, בהנהגת ר. אלואשווילי. בשנת 1880 הוקם בכותאיסי תלמודי תורה, ובשנת 1903 נפתח בכותאיסי בית הספר הציבורי היהודי, בית ספר שהיה בעל אופי חילוני. בשנת 1908 היו בבית הספר 328 תלמידים, ובשנת 1911 614 תלמידים.
מהפכת פברואר בשנת 1917 הביאה לתחייה מחודשת של החיים היהודיים. הקמת סניף של תנועת "צעירי ציון", יציאת הדו-שבועון הציוני "חמה אֶבּראֶליסה" ("קול היהודי") בשפה הגאורגית, בעריכת ס. ציציאשווילי (Ш. Цициашвили). בין הכותבים בביטאון היו דוד באזוב, בנו הרצל באזוב, נתן אליהשווילי, בן ציון אליגולשווילי ועוד. רבים מהיהודים התארגנו במסגרת אנטי-ציונית. קבוצה קטנה בשם "אסימילטורים" (נטמעים). בראשות האחים ג'. ומ. חננאשווילי, שנהנו מתמיכת של הדמוקרטים (מיעוט בקואליציה השלטת בממשלת גאורגיה). על פי טענת הקבוצה, מוצאם של יהודי גאורגיה הוא אותו המוצא של הגאורגים האחרים, והם נבדלים מהם רק בדתם, שאותה קיבלו על עצמם בשלב כלשהו בהיסטוריה. הם פרסמו מאמר, בעיתונות הגאורגית, כנגד יהודי רוסיה, שרצו להיטמע, כחלק מהאוכלוסייה הגאורגית. במאבק כנגד הציונות, תמכה קבוצת האסימילטורים בחוגים האורתודוקסיים. הם היו הקבוצה היהודית היחידה שלא השתתפה בקונגרס בטביליסי בשנת 1918. האנטי-ציונים ערכו בכותאיסי כינוס לבחירת המועמדים לבחירות שהיו אמורות להתקיים לפרלמנט של גאורגיה. הנציגים היו: רבי י. דברשווילי (1893-1980) וא. בוריאשווילי. לאחר פלישת הצבא האדום לגאורגיה, עזבו הרבה מהיהודים את גאורגיה. מביניהם היו רבים מכותאיסי כולל ר. אלואשווילי.
בשנות ה-20 של המאה ה-19 עסקו רוב יהודי כותאיסי במסחר ומלאכת יד. לפני המרד האנטי בולשביקי של 1924, לא רדפו השלטונות אחרי היהודים. לא הפריעו לפעילות ציונית, לא נסגרו בתי כנסת וכו'. אולם לאחר המרד נעצר כל מי שנחשב בפעילות ציונית, רבנים הוטרדו בחקירות, נסגרו בתי כנסות ועוד.
מאותה תקופה ועד אמצע שנות ה-30 של אותה מאה החלו השלטונות לשים לב לשיקום התרבותי וההשכלתי של יהודי גאורגיה. בכותאיסי נפתחו בתי ספר יהודיים, מועדונים, ספריות וחוגים. כמו כן נפתח סניף של "אוזט" ("ОЗЕТ", Общество землеустройства еврейских трудящихся), חברה לניהול הפעלים היהודים, שדאגו להציב את היהודים בתעשייה ובקואופרטיבים. כבר בשנת 1929, מספר נכבד של יהודי כותאיסי עבדו במפעל המשי המקומי.
בשנים 1937–1938 החל בכותאיסי, כמו בשאר ברית המועצות, מאבק נגד היהדות, ונגד התרבות היהודית החילונית. ראשי הקהילה היהודית נעצרו, ובהם: ג'. דברשווילי (1902-1986), הרב של כותאיסי בשנים 1927–1965, נ. אליהאשווילי (1888-1965), הרב הראשי של העיר כותאיסי בשנים 1955–1965 ואחרים.
במהלך מלחמת העולם השנייה הגיעו לכותאיסי פליטים יהודים, שבחלקם אף נשארו בעיר עם תום המלחמה, בכללם היה גם דב גפונוב, שתרגם מגאורגית את האפוס הגאורגי "עוטה עור הנמר". בעקבות תרגום היצירה הוא זכה בפרס טשרניחובסקי לתרגומי מופת, אך לא הורשה לצאת מברית המועצות כדי לקבלו. למרות זאת, התרגום עורר הדים בגאורגיה. העיתונות לא יכלה לוותר על התפארות בתרגום תרבותם ברחבי העולם, והם דיווחו בהרחבה על התרגום. בעקבות הפרסום, הפך גפונוב לסמל בעיני הציונים במדינה ועורר יהודים רבים לעלייה. בכותאיסי הוקם אתר הנצחה על שמו ב"רחוב שאוּמיאני", שהיה מאוכלס ברובו ביהודים עוד מתקופת ימי הביניים. הרחוב שנקרא על שם המהפכן שאומיאני משנת 1926 הוסב בשנת 1989 ל"רחוב גפונוב".
בשנים 1945–1946 היו בעיר שלוש קהילות, ולכל אחת מהן בית כנסת משלה: האחת ברחוב שאומיאני 8, שנבנה בראשית המאה ה-19; השני אף הוא באותו מבנה, שנבנה בשנות ה-80 של המאה ה-19; והשלישי באותו רחוב מספר 39, שנבנה באמצע המאה ה-19. בשנת 1952 ניסו הרשויות לסגור את אחד משלושת בתי הכנסת אך נתקלו בהתנגדות נמרצת, שבעקבותיה נאלצו השלטונות לוותר על כוונתם. שלושת בתי הכנסת המשיכו לפעול עד ראשית 1953.
בתקופת הקמפיין האנטישמי בברית המועצות בשנים 1948–1953 נעצרו יהודים רבים. בינואר 1953 נסגר בית הכנסת של כותאיסי.
יהודי כותאיסי מילאו תפקיד מכריע במאבקם של יהודי גאורגיה לעלות לישראל. על מכתב 18 המשפחות שנשלח לאו"ם היו חתומות 13 משפחות מכותאיסי.
החל משנות ה-80 המאוחרות, עם פתיחת שערי ברית המועצות, היו קיימים חיי קהילה ותרבות בכותאיסי. בשנים 1989–1991, עם התמוטטות ברית המועצות והקמת הרפובליקה של גאורגיה, הוקמה אגודה מקומית גאורגית-ישראלית. בשנים 1989 - 1993, בפקולטה להיסטוריה באוניברסיטת כותאיסי, נערך מחקר על ההיסטוריה של היהודים בגאורגיה בראשות ד. חננשווילי.
בשנים 1969–1984 עזבו אלפי יהודים את כותאיסי ועלו לישראל. מתחילת העלייה המסיבית לישראל, משנת 1989, עלו לישראל מכותאיסי 1,945 יהודים, ובינואר 2001 – 49 יהודים. על פי הסוכנות היהודית היו בכותאיסי 2,300 יהודים ב-1993. עד סוף 1999 נותרו בעיר כ-600 יהודים.
ספורט.
לכותאיסי יש מסורת ארוכה בספורט, עם הרבה מועדוני ספורט מפורסמים.
מרדכי אלון
הרב מרדכי (מוטי) אֵלון (נולד בח' בכסלו ה'תש"ך, 9 בדצמבר 1959) הוא רב ציוני דתי. כיהן כראש התנועה הרוחנית-חברתית "מבראשית", כראש ישיבת חורב (תשמ"ח-תשס"ב) וכראש ישיבת הכותל (תשס"ב-תשס"ח).
ב-2013 הורשע בשתי עבירות של מעשה מגונה בכוח בנער בן 17.
ביוגרפיה.
נולד בירושלים, בנם הצעיר של המשנה לנשיא בית המשפט העליון השופט פרופ' מנחם אלון ורות. למד בישיבת ירושלים לצעירים, ישיבת מרכז הרב וישיבת אור עציון. הצטרף לגרעין הייסוד של ישיבת קריית שמונה עם הקמתה והחל ללמד בה מגיל צעיר. לאחר מכן עבד כמורה למחשבת ישראל בישיבת חורב שבירושלים. בהמשך שימש כמחנך של כיתה י"א (שנת תשמ"ג), וביוני 1987, כשהוא בן 28 בלבד, מונה לראש הישיבה. בתפקיד זה החזיק עד שנת 2002, אז עזב את ישיבת חורב כדי לכהן כראש ישיבת הכותל ברובע היהודי שבעיר העתיקה בירושלים. כיהן גם כרב בית הכנסת "ניצנים" בשכונת בקעה בירושלים במשך יותר מעשר שנים.
דחה מספר פעמים הצעות להשתלב במערכת הפוליטית. לקראת הבחירות לכנסת השבע עשרה, כשהחלו מגעים לאיחוד בין המפד"ל לסיעת האיחוד הלאומי (שבראשה עמד אחיו, הרב בני אלון), הוצע לו תפקיד ראש הרשימה המאוחדת; הוא סירב להצעה באומרו כי השפעתו בפוליטיקה תהיה פחות מועילה מהשפעתו בתחום החינוכי.
היה חבר המועצה להשכלה גבוהה, היחיד שאין ברשותו תעודת בגרות או תואר אקדמי כלשהו (אי-זכאותו לתעודת בגרות נבעה מהיעדר יחידה במקצוע מחשבת ישראל, אף שלימים היה שותף בהכנת מבחני הבגרות במקצוע זה).
בשנת 2002 הקים את עמותת "מבראשית" הפועלת בתחום החינוך הלא פורמלי והפורמלי בישראל ובעולם היהודי, בהם המיזם "מסע ישראלי". ב-2012 סיימה העמותה את העסקתו.
בשנת תשס"ו (2006) הודיע על יציאה לחופשה והפסקת השיעורים הקבועים ללא ציון סיבה ברורה למהלך. מאוחר יותר התברר כי הדבר אירע בעקבות חתימתו על מסמך הגבלות שהוטלו עליו על רקע חשדות למעשים מגונים. מאז מיעט בעריכת חתונות ובהגעה ללוויות. על אף יציאתו לחופשה המשיך לשמור על קשר עם "מבראשית" ועם "ישיבת הכותל". הוא עבר להתגורר במושבה מגדל. ב-31 בדצמבר 2007 הודיע רשמית על פרישתו מראשות ישיבת הכותל ועל מעבר מרב "דורש" לרב "כותב", והחל לכתוב את פירושו על חמישה חומשי תורה. בשנת תשס"ח (2008) העביר במגדל שיעורים בימי חמישי בלילה עד לפנות בוקר, בפרשת השבוע ובנושאי החג המתקרב. רבים מתלמידיו, שלא יכלו לשמוע את שיעוריו במשך תקופה ארוכה הגיעו לשיעור זה, שלרגל הביקוש עבר מבית כנסת קטן לאמפי בית הספר ביישוב.