משחק פתיחת העונה הפגיש את הקבוצה עם הפיינליסטית דאלאס מאבריקס וסיפק הזדמנות לספרס להשיג נקמה מסוימת לאחר ההדחה שוברת הלב. לאחר ניצחון במשחק זה המשיכו הספרס לפתיחת עונה טובה של 3–11. ברצף זה הפך דאנקן להית השחקן ה-98 בתולדות הליגה לחצות את קו 15,000 הנקודות. בהמשך העונה הספרס קבעו שיא מועדון של 12 ניצחונות חוץ רצופים. ב-2 בדצמבר הספרס עברו את הבוסטון סלטיקס במקום השני כקבוצה עם אחוזי הניצחון הגבוהים בהיסטוריית הליגה עם 59.5% אולם בהמשך העונה הקבוצה נקלעה למשבר, הפסידה במשחקים רבים ונפלה למקום השלישי במערב מאחורי דאלאס ופיניקס. בתקופה זו שמועות על טריידים ריחפו מעל הקבוצה ולקראת תום תקופת הטריידים המאמן גרג פופוביץ' עמד בפני ההחלטה האם לבצע שינויים בקבוצה או לא. בסופו של דבר החליט פופוביץ' שלא לבצע שינויים, החלטה שהתבררה כמכריעה. הקבוצה לפתע נכנסה לכושר מצוין, ניצחה 13 משחקים ברציפות וסיימה את העונה עם 25 ניצחונות ב-31 המשחקים האחרונים כאשר הם מחזיקים את היריבים על 87.9 נקודות בלבד. למרות סיום העונה החזק עם מאזן 24–58 הספרס לא הצליחו להשיג את דאלאס במאבק על ראשות המערב, אולם נכנסו מעודדים ובכושר טוב למשחקי הפלייאוף.
בסיבוב הראשון התמודדה הקבוצה מול הדנוור נאגטס וניצחה ללא קשיים מיוחדים 1–4. באותו זמן דאלאס שסיימה את העונה עם מאזן מצוין של 15–67 הפסידה במפתיע למדורגת השמינית במערב גולדן סטייט ווריורס לאחר 6 משחקים, בפעם הראשונה בהיסטוריית הליגה שמדורגת ראשונה מפסידה בסיבוב הראשון בסדרה של 7 משחקים. הפסדם המרעיש של דאלאס הפך את הסדרה בסיבוב השני מול פיניקס סאנס למאבק המכריע של הפלייאוף שהפגיש את שתי הקבוצות עם המאזן הטוב במערב מאחורי דאלאס. הספרס הצליחו לנצח את הסדרה 2–4 לאחר מאבק מתמשך ושנוי במחלוקת. הסדרה זכורה בעיקר בעקבות המשחק הרביעי בו ביצע הפורוורד הוותיק רוברט הורי פאול מכוער על כוכבה של פיניקס סטיב נאש. הורי הורחק לשני משחקים, אולם הנהלת הליגה בצעד מעורר מחלוקת הרחיקה בנוסף להורי גם את אמארה סטודמאייר ובוריס דיאו למשחק אחד אחרי שקמו מהספסל בזמן הקטטה שהתפתחה לאחר העבירה הקשה ועברו בכך על חוקי הליגה. הספרס שנהנו מההרחקות ניצחו במשחק החמישי בפיניקס והמשיכו לניצחון בטקסס במשחק השישי והאחרון. בגמר המערב התמודדו הספרס נגד היוטה ג'אז וכוכביה הצעירים דרן ויליאמס וקרלוס בוזר. לאחר הסדרה המתישה בסיבוב הקודם הפעם לא התקשתה הקבוצה מול שחקניה חסרי הניסיון של יוטה וניצחה בתום חמישה משחקים בלבד 1–4. גמר ה-NBA הפגיש את הספרס עם קליבלנד קאבלירס וכוכבה הצעיר לברון ג'יימס שהפתיעו את דטרויט פיסטונס והצליחו להעפיל למעמד החשוב, אולם קליבלנד שהתבססה בעיקר על יכולתו של ג'יימס נתקלה בהגנה חזקה של הספרס בכלל וברוס בואן בפרט על הכוכב הצעיר, והספרס ניצחו בסדרה ב קליל וזכו באליפות בפעם הרביעית בתולדות המועדון. אליפות זו הייתה הראשונה בה דאנקן לא נבחר למצטיין סדרת הגמר. הפעם נבחר הצרפתי טוני פארקר לMVP של סדרת הגמר ב-NBA והיה האירופאי הראשון לעשות זאת. בסך הכל השיג פארקר ממוצעים של 24.5 נקודות למשחק ב-57% אחוזי קליעה, נתון יוצא דופן עבור גארד.
2007/2008.
את עונת פתחו הספרס בצורה טובה עם מאזן 3–17 אך בסופו של דבר סיימה הקבוצה עם מאזן 26–56 שהעניק להם את המקום השלישי במערב, בעונה יוצאת דופן בה הפרידו בין המקום הראשון והשמיני במערב 7 ניצחונות בסך הכל. העונה עמדה בסימן טריידים גדולים שהתבצעו ובעיקר טריידים שהביאו את קווין גארנט וריי אלן לחבור לפול פירס ולהרכיב הרכב שכונה "the big 3" בבוסטון סלטיקס. בנוסף הפאוור פורוורד הספרדי פאו גאסול הצטרף לקובי בראיינט בלוס אנג'לס לייקרס. אף על פי שהספרס נמנעו מלבצע עסקאות משמעותיות הם הצליחו להחתים את הפורוורד הוותיק קורט תומאס במהלך העונה.
בסיבוב הראשון שיחזרה הקבוצה את מפגשם הזכור והמעורר מחלוקת מול הפיניקס סאנס. מעודדים מניצחון במשחק הראשון שהושג באמצעות שלשה נדירה של טים דאנקן בסוף ההארכה המשיכו הספרס לניצחון 1–4. הסיבוב השני הפגיש את הספרס עם ניו אורלינס הורנטס וכוכבם הרכז הצעיר כריס פול. למרות פתיחה טובה של ההורנטס שניצלו את הביתיות לעלות ליתרון 0–2 מוקדם בסדרה הצליחו הספרס להשוות את הסדרה במשחק השישי. המשחק השביעי התקיים בניו אורלינס והספרס ניצלו את ניסיונם והצליחו לנצח ובכך לזכות בסדרה. ניצחון זה היה הפעם הראשונה בהיסטוריית המועדון שהקבוצה ניצחה סדרה במשחק שביעי שמתקיים בחוץ. בגמר המערב פגשו הספרס את קובי בראיינט והלוס אנג'לס לייקרס שגילו עליונות מוחלטת וניצחו בסדרה בתום חמישה משחקים בלבד.
2008/2009.
הספרס פתחו את עונת עם שלושה הפסדים רצופים וקבעו בכך את פתיחת העונה הגרועה ביותר שלהם מאז 1973. ג'ינובילי נאבק עם פציעה בקרסול הימני לאורך העונה ושיחק 44 משחקים בלבד. כתוצאה מכך הספרס נאלצו להסתמך על פארקר ודאנקן שיובילו את המועדון לאורך העונה. פארקר נענה לאתגר והציג שיאי קריירה בממוצעי נקודות ואסיסטים. הספרס סיימו עם מאזן 24–58 ותפסו שוב את המקום השלישי במערב עם סיום העונה הסדירה. הפציעה של ג'ינובילי גרמה לו להחמיץ את כל משחקי הפלייאוף וכפועל יוצא מכך הספרס הפסידו כבר בסיבוב הראשון לדאלאס מאבריקס 1–4. הפסד זה בסיבוב הראשון היה הראשון של המועדון מאז הצטרפותו לקבוצה של טים דאנקן.
2009/2010.
לקראת פתיחת עונה הג'נרל מנג'ר של המועדון אר.סי. ביופורד החליט להצעיר במעט את סגל הקבוצה. השחקנים המבוגרים ברוס בואן בן ה-38, קורט תומאס בן ה-34 ופבריסיו אוברטו בן ה-34 נשלחו למילווקי באקס בתמורה לסמול פורוורד ריצ'רד ג'פרסון בן ה-29. בבחירת דראפט שנחשבה כ"גניבה" בסיבוב השני בחרה הספרס בבחירה ה-37 את הסנטר המצטיין דואן בלייר שהידרדר במיקום בשל פציעות ברכיים שעבר. בנוסף הצליחה הקבוצה להחתים את הפאוור פורוורד המבוקש אנטוניו מקדייס לחוזה של שנתיים תמורת 11 מיליון דולר.
הספרס נאלצו להתמודד עם עונה רווית פציעות של שחקניה אך הצליחה לסיים את העונה הסדירה עם יותר מ-50 ניצחונות. בסיבוב הראשון שחזרה הקבוצה את המפגש מהפלייאוף הקודם עם הדאלאס מאבריקס אך הפעם הצליחה לצאת כשידה על העליונה עם ניצחון 2–4 למרות הפסד במשחק הראשון. בסיבוב השני התמודדה הקבוצה מול הפיניקס סאנס אך הופתעה והודחה בסוויפ 0–4 אף על פי שתוצאות כל המשחקים היו צמודות למדי.
2010/2011.
בדראפט ה-NBA לשנת 2010 הספרס בחרו את בחירתם הגבוהה ביותר מאז דאנקן שנבחר במקום הראשון בשנת 1997 ובחרו בבחירה ה-20 את הרוקי ג'יימס אנדרסון, אולם אנדרסון נפצע במהרה ונאלץ להחמיץ את מחציתה הראשונה של עונת . בפעם הראשונה מזה זמן רב הטריו המוביל של הקבוצה הצליח לשמור על פתיחת עונה נטולת פציעות והודות לכך הספרס פתחו בצורה טובה את העונה והגיעו לערב חג המולד עם מאזן 4–25. ריצ'רד ג'פרסון שעבר עונת התאקלמות לא פשוטה, שחתם על חוזה לשלוש עונות נוספות והתאמן בקיץ באופן אישי עם המאמן גרג פופוביץ', השתפר אף הוא בצורה משמעותית בהשוואה לעונתו הראשונה בקבוצה. גורם משמעותי נוסף בהצלחת הקבוצה היה הסנטר הברזילאי טיאגו ספליטר, בחירת דראפט קודמת של הספרס שנשאר מספר עונות בספרד בקבוצת טאו ויטוריה בטרם הצטרף לקבוצה. ספליטר שהחמיץ עקב פציעה את אליפות העולם בכדורסל 2010 שהתקיימה בקיץ בטורקיה שולב בהדרגה לתוך סגל הקבוצה על ידי פופוביץ' והצליח להתאים את משחקו לרמת המשחק הפיזית ב-NBA בהשוואה לאירופה. שחקן משמעותי נוסף שפופוביץ' שילב בהצלחה הוא הקלע גארי ניל ששיחק מספר עונות באירופה לפני שהצליח לקבל חוזה בספרס והפתיע רבים ביכולת הטובה שהפגין במשחקו. לאורך כל העונה התמידו הספרס ביכולתם הטובה ופופוביץ' קצר מחמאות רבות על השינוי הבולט שהקבוצה הפגינה. הקבוצה שהתפרסמה בעבר בעיקר אודות להגנתה הטובה ומשחקה המסודר בהתקפה שהתבסס על שחקן הפנים טים דאנקן החלה לשחק משחק יותר מהיר בהתקפה שהתבסס בעיקר על יכולתו של טוני פארקר לרוץ את המגרש ביעילות. עם סיום העונה סיימה הספרס במקום הראשון במערב עם מאזן של 21–61 והפתיעה רבים שהספידו את הקבוצה לאחר ההדחה המוקדמת בפלייאוף האחרים והתבגרותם של כוכבי הקבוצה דאנקן וג'ינובילי.
בסיבוב הראשון של הפלייאוף התמודדה הקבוצה מול הממפיס גריזליס וכוכבה זאק רנדולף. רבים ציפו כי ממפיס שאיבדו במהלך העונה את רודי גיי עקב פציעה לא יהוו יריב משמעותי עבור הספרס. המשחק הראשון שהתקיים בטקסס התנהל בשליטה ברורה של קו הפנים של ממפיס שקיבלו מראנדולף וממארק גאסול 49 נקודות במשותף ובסיומו יצאה ממפיס עם ניצחון צמוד 98–101. המשך הסדרה לא היה מוצלח יותר עבור הספרס שלא הצליחו להתמודד על רנדולף שהוביל את הגריזליס לניצחון שישה משחקים כולל שיא פלייאוף אישי במשחק השישי והמכריע עם 31 נקודות. הפסד זה בסיבוב הראשון היה הפעם רביעית בלבד בהיסטוריית הליגה שקבוצה במקום הראשון מפסידה לקבוצה במקום השמיני.
2011/2012.