במכתבו רמז סבסטיאן מינסטר על עריכתו את הספר ערוך (Dictionarivm Chaldaicum). עבודה זו של סבסטיאן מינסטר, שיצאה לאור בשנת 1527, היא מהלקסיקונים המוקדמים ביותר שיצאו לאור בשפה הארמית והלטינית, המהווה המשך ישיר לעבודתו הקודמת דקדוק דלישן ארמי (Chaldaica Grammatica), שיצא לאור מוקדם יותר באותה שנה. באחרית דבר לספר דקדוק זה, התייחס סבסטיאן מינסטר לתוכניתו להוציא לאור את הספר ערוך, וכך כתב: בכתיבת הלקסיקון, אותו ערך לפי סדר אלפביתי, התבסס סבסטיאן מינסטר על הספר "הערוך" שכתב המדקדק בן המאה ה-12, רבי נתן בן יחיאל, אותו מצא במנזר דומיניקני ברגנסבורג. כמו כן, הכניס לספר הערות שכתב מורהו לעברית פליקן, המתייחסות לאוצר המילים של התלמוד. בדברי הפתיחה למהדורה זו, הבהיר כי הלקסיקון נועד לסייע למלומדים להבין את הספרות הרבנית וחלק מספרי התלמוד שנכתבו בארמית. לקסיקון זה, כלקסיקון הקודם, הוא בין השאר, פועל יוצא משאיפתו של סבסטיאן מינסטר להקנות כלים לקריאת ספרי דניאל ועזרא, המהווים חלק מהברית הישנה, אותם על פי תפיסתו, ראוי כי הנוצרי יוכל להבינם גם בשפה הארמית - שפת המקור בה הם נכתבו. הודות לסבסטיאן מינסטר וליוהאן פרובן (Johann Froben), עבודה זו, כמו רבות אחרות, הפכה לכלי משמעותי לתרגול הבלשנות הרבנית בידי ההבראיסטים הנוצרים.
בחלק העליון של התחריט המופיע בשער הספר, מתנוסס שמו של הנס הולביין.
כחלק מהתעמקותו של מינסטר במקורות של הפילוסופיה העתיקה, תרגם באותה עת את ספרו של הרמב"ם מילות הגיון (Logica sapientis) שהיווה דוגמה מובהקת לשימוש של הרמב"ם במונחי היסוד בלוגיקה של אריסטו, שסייעו לו בביאור לוגי של מושגים ומילים בשפה העברית. ספר זה, שנכתב במקור בערבית יהודית, נקרא "מקאלה פי צנאעת אלמנטק". הוא תורגם לעברית שלוש פעמים, ואת תרגומו של רבי משה אבן תיבון תרגם מינסטר ללטינית. הספר יצא לאור בהוצאת יוהאן פרובן בבזל, 1527.
בשנת 1529 התגשמו תקוותיו של מינסטר. הוא התפטר ממשרתו כמרצה, לאחר שנענה להזמנה לשמש כראש הקתדרה ללימודי עברית באוניברסיטת בזל. עם המעבר לבזל, נטש את המסדר הפרנציסקני, לאחר שאימץ את ההשקפות הלותרניות של תנועת הרפורמציה שקראה לשינוי ערכי ומוסדי בכנסייה הקתולית, והמיר את השקפתו התאולוגית מקתולית לפרוטסטנטית. נטישת הדת הקתולית והמרתה לפרוטסטנטית הייתה עבור סבסטיאן מינסטר מהלך בלתי נמנע שתאם את תפיסותיו ההומניסטיות.
שנה לאחר השתקעותו של סבסטיאן מינסטר בבזל, נשא לאישה את אנה פטרי, אלמנתו של אדם פטרי, אצלו הועסק שנים קודם, ובשנת 1532 נולדה בתם ארציה (Aretia). הנישואין הללו ביססו את מצבו הכלכלי של מינסטר ואפשרו לו להמשיך במחקריו הגאוגרפיים לצד משרתו באוניברסיטה, ללא דאגות פרנסה. הנישואין הניבו עבורו יתרון כלכלי נוסף. בנו של אדם פטרי, היינריך, המשיך לנהל את בית הדפוס המשפחתי ואפשר למינסטר להדפיס שם את ספריו. מתיו מקלין כתב כי החיים בבזל "הסכימו עם מינסטר", שכן עבודתו, קשריו המקצועיים והאווירה האינטלקטואלית שאפיינה את העיר שהייתה פרוטסטנטית במהותה, היוו יחדיו ביטוי הרמוני לאישיותו ולהשקפותיו ההומניסטיות.
בשנותיו הראשונות בבזל סיים מינסטר לתרגם ללטינית את ספר התנ"ך מקדש ה' (Hebraica Biblia), ולהוציאו לאור בשני כרכים בשנים 1534–1535. כרך זה מכיל את חמשת חומשי התורה, ספר יהושע, ספר שופטים, ספר שמואל, ספר מלכים, ובמהדורה שיצאה לאור בשנת 1537, נוספה גם הבשורה על-פי מתי, בעברית ובלטינית.
כדי להבהיר את הטקסט התנ"כי ולהוסיף משנה תוקף לתרגומו ברוח ההבראיסטית, הוסיף סבסטיאן מינסטר לטקסט, פרשנויות של רבנים ופרשנויות משלו. בפתיחה לספר כתב מינסטר, כי אסור לגנות את הפרשנות הרבנית, אך בגלל המלכודות הפוטנציאליות הטמונות בה, יש להתייחס אליה במשנה זהירות. עם זאת, הוסיף ואמר כי לפרשנות הזו יש ערך רב ומקורות מידע שאין להתעלם מהם.
תרגום זה של סבסטיאן מינסטר היה בסיס לתרגומים מאוחרים יותר של התנ"ך לשפות נוספות.
במהלך השנים הבאות התמסר סבסטיאן מינסטר למפעל הגדול של חייו – איסוף חומרים עבור ספרו גאוגרפיה ובעיקר עבור ספרו קוסמוגרפיה, שיצא לראשונה לאור בשנת 1544, בשפה הגרמנית. בשנת 1547, התמנה מינסטר לרקטור של אוניברסיטת בזל, משרה בה אחז עד ליום בו חלה ונפטר כתוצאה ממגפת הדבר שפשטה בעיר בזל. חברו הקרוב ועמיתו לעבודה וללימודים, אראסמוס אוסוולד שרקנפוקס (Erasmus Oswald Schreckenfuchs), נשא נאום לזכרו בשפה העברית, ובמצבה שהונחה על קברו, נכתב בין השאר בלטינית: "Germanus Esdras Heic Straboque conditur" - "כאן מונח סטראבון הגרמני", כדי להצביע על כך שחשיבותו עומדת בקנה אחד, עם זו של הגאוגרף היווני סטראבון.
הרקע לתפיסת עולמו ההומניסטית.
סבסטיאן מינסטר חווה במהלך חייו את השינויים הרבים שהתחוללו עם תום ימי הביניים ותחילת העידן החדש של תקופת הרנסאנס. תקופה זו הביאה עימה את לידתה של הרפורמציה והתנועה הפרוטסטנטית שבין מנהיגיה הבולטים היו ההומניסטים, מרטין לותר, ויוהנס רויכלין שהיה אחד ממוריו לעברית של סבסטיאן מינסטר. הם מתחו ביקורת נוקבת על מנגנוני הכנסייה המנופחים, על מסורת הפולחן הנוקשה והתנגדו לטקסי מחילת העוונות למיניהם (האינדולגנציות), שהתנהלו בתיווכם של הכמרים, הן מכיוון שהם התקיימו בתמורה לתשלום, והם ראו בכך הונאה, והן בשל תפיסת עולמם, לפיה על האדם לפנות במישרין לאל בבקשת מחילה. הוגי הדעות ההומניסטים הנוצרים יצאו כנגד הפרשנות הדוגמטית המקובלת של הברית הישנה שבעטיה, כך טענו, התרחקה הנצרות מן הדרך הנוצרית המקורית. על פי השקפתם, "הברית הישנה, היא המקור היחיד של האמת הדתית (sola Scriptura), הנוסח הראשון של ההבטחה למאמינים - המציאות שישו צמח ממנה".
את חיצי ביקורתם הם הפנו גם כלפי 'הוולגטה', תרגום התנ"ך, מעברית ללטינית, פרי עמלו של הירונימוס הקדוש (420-325 בערך), שעד היום נחשב על ידי הכנסייה הקתולית, לאחד מפרשני המקרא החשובים ביותר בתולדות הנצרות. הם טענו כי התרגום משובש ואינו משקף בנאמנות את הטקסט התנ"כי. בין מנהיגי הפרוטסטנטים הראשונים שפעלו לצידו של מרטין לותר, היו הבראיסטים רבים. מרביתם היו תלמידיו של רויכלין, שהיה מומחה לשפה העברית, אותה למד מפרשן המקרא והמשנה רבי עובדיה ספורנו. ידיעת השפה העברית על בוריה, הייתה לדעתם הדרך היחידה להגיע להבנה מלאה של הברית הישנה, מבלי ליפול למלכודות הטמונות בפרשנויות ובשיבושים הקיימים בתרגומים השונים.
הרפורמציה הפרוטנסטנטית התפשטה במהלך המחצית הראשונה של המאה ה-16 לדרום מערב גרמניה, והתקבלה באופן רשמי על ידי הנסיך הבוחר אוטו היינריך, שריכז בחצרו בהיידלברג הומניסטים רבים, ביניהם רויכלין, שהשפיע באמצעות הרצאות שנתן, על חיי הרוח באוניברסיטת היידלברג.
סבסטיאן מינסטר, הושפע רבות מהרוחות החדשות שנשבו באירופה ומאנשי הרוח ההבראיסטים שהקיפו את מעגל חייו, הן בתקופת היותו סטודנט והן בתקופת היותו מרצה. בנסיעתו הראשונה בשנת 1518 לבזל, שהייתה עיר פרוטסטנטית ברובה ומרכז של אינטלקטואלים שהגיעו אליה מכל רחבי אירופה, ספג את האווירה הקוסמופוליטית של העיר ויצר קשרים עם אנשי הרוח שהתקבצו בה. הוא ורבים מהם, הסתופפו סביב אראסמוס מרוטרדם שהקים שם את ביתו באותה עת. הם היו קשובים למשנתו, שהטיפה לטיהור הדוקטרינה הפורמליסטית הנוקשה שאפיינה את מוסדות הנצרות בימי הביניים ואת רעיונותיו ביישום המחקר הטהור, שהובילו אותו לסרב לחבור באופן רשמי לתנועה הפרוטסטנטית או לכל תנועה אחרת, על-מנת שיוכל לעסוק במחקריו ללא משוא פנים וללא כל התחייבות לדוקטרינה כלשהי.
כאשר התמנה מינסטר ללמד עברית ופרשנות של המקרא באוניברסיטת היידלברג, הוא הביא עמו למקום את המטען התרבותי שספג בבזל, שהשתלב היטב עם המורשת ההבראיסטית שהותיר אחריו רויכלין, שנים לאחר מותו.
זיקתו לשפת הקודש ולספרות הרבנית.
"אם היו עומדים בפני הירונימוס, כתבים יהודים, כגון פירושי אבן עזרא, הרמב"ן ואחרים, גם הוא היה מתרגם ומפרש את המקרא באופן שונה". טענה זו, אותה פרסם מינסטר בספרו 'Hebraica Biblia' (תרגום התנ"ך ללטינית), שמשה עבורו, מעין כתב הגנה על שימושו בפרשנות הרבנית במחקריו. טענה זו האירה גם את גישתו הביקורתית כלפי הפירושים השרירותיים, שהיו מקובלים על הכנסייה הקתולית ואת מהות תפיסתו, כי הבנת הנוסח העברי של התנ"ך, כרוכה בלימוד יסודי ומעמיק של ספרות רבנית וחיבורי דקדוק עבריים. תפיסה זו תאמה גם את השינויים שחלו אצל היהודים בתחום לימודי הקודש. לימוד הדקדוק והמקרא, החל לקבל את ברכתם של אנשי רוח יהודים, שאימצו את רוח הטקסט שכתב קלונימוס בן קלונימוס באיגרת מוסר לבנו: "בני התמד קריאת חכמת הדקדוק ולימודה, כי היא ראשית, חכמה ויסוד כל מדע, ומי שיסכל אותה, לא ימלט מבושת ומפגם בדיבורו ובמכתביו".