משלחתו של מורגנטאו נפגשה עם אלפי יהודים בוורשה וערים פולניות אחרות בהן ביקרה, אולם מנהיגים ציוניים פולנים התרחקו ממורגנטאו, שהיה מתבולל ביקורתי כלפי לאומיות יהודית. בזמן שהעיתונות הפולנית היהודית העניקה למשלחת קבלת פנים חמה, תגובת העיתונות הפולנית הלא-יהודית נעה בין קרירות לעוינות גלויה עם מקרים של ביטויים גלויים של עוינות אנטי-יהודית. העיתון היומי "Robotnicza" קרא לחרם מוחלט על יהודי פולין, בזמן שהשבועון המוביל "Mysl Niepodlegla" האשים את וילסון בהתיצבות נגד העם הפולני לטובת היהודים "החיים על הלוואה בריבית, רמאות, קבלת סחורה גנובה, סחר בנשים, זיוף ופשיטת רגל במתכוון". בזמן שפדרבסקי קיבל את החקירה ברצון, מורגנטאו מצא עוינות בחוגים פוליטיים פולנים אחרים, במיוחד מקרב המחנות של מנהיג המפלגה הלאומית הדמוקרטית ("Endecja")  רומן דמובסקי ויריבו, "ראש המדינה" יוזף פילסודסקי. בהשוואה לפדרבסקי, שהייתה בו תמיכה אמריקנית משמעותית, פילסודסקי נחשב אז כהרפתקן צבאי פחות אמין, ותואר על ידי מורגנטאו כ"שודד ממעמד גבוה". פילסודסקי התרעם על התערבותה של משלחת מורגנטאו בעניינים פולניים, למרות שהוא הוכר כיריב של האנטישמיות הגלויה של דמובסקי וכמנהיג המחויב למדיניות ליברלית כלפי היהודים ומיעוטים אחרים, שכיבדה את זכויותיהם. מורגנטאו השקיע עצמו בפגישות עם נציגים מכל חלקי החברה הפולנית מכל צדדי הסכסוך. הוא נכח בתפילה המונית למען 35 הקורבנות היהודים של הטבח בפינסק, שהתרחש באפריל 1919, וציין מאוחר יותר ש"זאת הייתה הפעם הראשונה שהבנתי לחלוטין מהו צער משותף של עם נרדף".
תרגום עיקרי הדו"ח.
משלחת של ארצות הברית לפולין
ועדה אמריקנית למשא ומתן לשלום
משלחת לפולין. פריז, 3 באוקטובר 1919
לוועדה האמריקנית למשא ומתן לשלום:
רבותיי:
1. משלחת הכוללת את מר הנרי מורגנטאו, בריגדיר גנרל אדגר ג'אדווין ומר הומר ה. ג'ונסון מונתה על ידי הוועדה האמריקנית למשא ומתן לשלום לחקור את ענייני היהודים בפולין. מינוי משלחת כזאת נתבקש קודם לכן על ידי מר פדרבסקי, נשיא מועצת השרים של רפובליקת פולין ב-30 ביוני 1919. המזכיר לאנסינג כתב למשלחת הזאת:
"מתבקש שהמשלחת תערוך חקירה זהירה בכל העניינים המשפיעים על היחסים בין הגורמים היהודים והלא-יהודים בפולין. זה, כמובן, יערב את חקירת מעשי הטבח, הפוגרומים ומעשי-זוועה אחרים שנטען שהתרחשו, החרם הכלכלי ושיטות אחרות של אפליה נגד העם היהודי. [...]"
2. המשלחת הגיעה לוורשה ב-13 ביולי 1919, ונשארה בפולין עד 13 בספטמבר 1919. כל המקומות בהם מעשי הזוועה העיקריים התרחשו נערך בהם ביקור. בנוסף לכך, המשלחת למדה גם את התנאים הכלכליים והחברתיים במקומות כמו לודז', קרקוב, גרודנו, פוזן, חלם, לובלין וסטניסלבוב. בנסיעה במכונית לאורך 2,500 מייל דרך פולין הרוסית, האוסטרית והגרמנית, המשלחת באה בקשר מידי גם עם תושביהם של עיירות קטנות וכפרים. כדי להעריך כיאות את התנאים התרבותיים והחברתיים הנוכחיים, המשלחת ביקרה גם במוסדות חינוך, ספריות, בתי חולים, מוזאונים, גלריות לאמנות, בתי יתומים ובתי כלא.
3. חקירות מעשי הזוועה נעשו לרוב בנוכחות נציגי הממשלה הפולנית והקהילות היהודיות. [...]
4. היהודים נכנסו לפולין במספרים גדולים במהלך המאות ה-12 וה-13, כאשר היגרו מגרמניה וארצות אחרות כתוצאה מרדיפות קשות. שפתם הייתה גרמנית, שלאחר מכן התפתחה לדיאלקט עברי-גרמני, או יידיש. טרם הגירה זו רק שני מעמדות היו קיימים בפולין (בעלי האדמות והאיכרים) המהגר היהודי הפך לחלוץ המסחר והכספים, ביושבו בעיירות ובכפרים. במהלך הזמן זה הפך ידוע ברחבי אירופה שפולין הייתה מקלט ליהודים, ומספריהם גדלו כתוצאה מרדיפות במערב אירופה. יותר לאחרונה כתוצאה מגירוש היהודים מרוסיה בגלל אכיפת תחום המושב וחוקי מאי של שנת 1882, מספרם גדל עוד יותר.
5. חרף העובדה שפולין הייתה מקלט ליהודים, היו תנועות אנטי-יהודיות בזמנים שונים. התחושה האנטישמית הנוכחית לבשה צורה פוליטית ברורה לאחר המהפכה הרוסית של 1905. תחושה זו הגיעה לשלב רציני ב-1912, כאשר המפלגה הלאומית הדמוקרטית הפולנית מינתה אנטישמי לייצג את ורשה בדומה הרוסית והיהודים הצביעו עבור הסוציאליסט הפולני וניצחו בבחירות. המפלגה הלאומית הדמוקרטית החלה אז בתעמולה אנטישמית נמרצת. בזמן הכיבוש הגרמני התעמולה הזאת הופחתה זמנית. בסוף המלחמה הגדולה מצב העניינים הכאוטי והלא-טבעי שבו פולין מצאה עצמה, העניק בסיס טוב למצב של אי-שקט חברתי, שיחד עם הנטייה העולמית הנמרצת לכיוון הגדרה עצמית לאומית, הדגישו את הרגשות בין גורמים יהודים ולא-יהודים. התגובה השוביניסטית שנוצרה מרכישה פתאומית של חירות מבוקשת מזה זמן הבשילה את דעת הקהל לרגש אנטישמי או אנטי-זרים, שהותסס בחוזקה על ידי העיתונות ועל ידי הפוליטיקאים. זה בסופו של דבר עודד ביטויים פיזיים או עלייה אלימה מעל לפני הקרקע של מצב חברתי בלתי מאוזן.
6. כאשר בנובמבר 1918, צבאות הכיבוש האוסטרי והגרמני עזבו את פולין, לא הייתה ממשלה יציבה עד הגעת הגנרל פילסודסקי... וזה היה בתקופה זו, לפני שהרפובליקה הפולנית נוצרה, שהראשון מבין מעשי-הזוועה התרחש. השימוש במונח "פוגרום" נמנע באופן מכוון, מאחר שהמילה משמשת לכל דבר מהתפרצויות קטנות למעשי טבח מתוכננים מראש ומאורגנים בקפידה. אין הגדרה קבועה שמובנת בדרך כלל. היו שמונה מעשי-זוועה עיקריים, המתוארים כאן בסדר כרונולוגי:
7. היו גם פה ושם מקרים פרטיים של רצח שלא ממוספרים בפסקה הקודמת ... יש לזכור שמתוך שמונה הערים שבהן קרו הפרות-סדר בולטות, רק קילצה וצ'נסטוחובה הן בגבולות פולין הקונגרסאית. [...]
האחריות למעשי-זוועה אלה היא לרוב של הטירונים הפולנים הבלתי-ממושמעים ובלתי-כשירים, שבהיותם בלתי-נשלטים על ידי קציניהם הבלתי-מנוסים ולעיתים מפוחדים, חיפשו להרויח על חשבון חלק זה באוכלוסייה שהם רואים בו זר ועוין ללאומיות והשאיפות הפולניות. [...] מדיניות עקבית ותקיפה יותר ופרסום כללי יותר של דיווחים על העמדות לדין משפטיות וצבאיות היו מצמצמות את מעשי-הזוועה הבאים על ידי ערעור האמונה בין אנשי הצבא ששוד ואלימות יכולים להתבצע ללא עונש.
8. כשם שהיהודים היו מתרעמים על היותם מגונים כעם על מעשם של כמה מבני-דתם הלא-רצויים, כך יהיה זה בהתאם לכך לא הוגן לגנות את האומה הפולנית בכללותה על האלימות המבוצעת על ידי חיילים בלתי-נשלטים או אספסוף מקומי. מעשי-זוועה אלה היו ככל הנראה לא מתוכננים, מאחר שאם היו חלק מתוכנית שנהגתה מראש, מספר ההרוגים היה עולה לאלפים במקום להסתכם בסביבות 280. הסברה היא שמעשי-זוועה אלה היו תוצאה של דעות קדומות אנטישמיות רווחות שהוחמרו בשל האמונה שהתושבים היהודים היו עוינים מבחינה פוליטית למדינה הפולנית. כאשר גבולות פולין יקובעו והארגון הפנימי של המדינה יושלם, ממשלת פולין תוכל יותר להגן על כל חלקי האזרחות הפולנית. מאחר שהרפובליקה הפולנית חתומה על ההסכם המספק הגנה על מיעוטים גזעיים, דתיים ולשוניים, מצופה בביטחון שהממשלה תקבל בלב שלם את האחריות... גם לחנך את ההמונים מעבר למצב הרוח שעושה תוקפנות כזאת לאפשרית.
9. מלבד מעשי-הזוועה הללו דווחו למשלחת מקרים רבים של צורות אחרות של רדיפות. כך, כמעט בכל אחת הערים והעיירות של פולין, יהודים נעצרו על ידי החיילים וזקנם נתלש או נגזר... כתוצאה מכך רבים מהם מפחדים לנסוע. התוצאה של כל הרדיפות הקטנות הללו היא לשמור את האוכלוסייה היהודית במצב של פחד ולהכניס בהם את הפחד שמעשי-זוועה חמורים יותר עלולים שוב להתרחש.
10. ...היה קשה יותר לקבוע את שיעור האפליה נגד יהודים. אפליה זו מוצאת את התגלמותה הברורה ביותר בצורה של חרם כלכלי. המפלגה הלאומית הדמוקרטית נהלה ללא הרף תעמולה לחנק כלכלי של היהודים. דרך העיתונות והודעות פוליטיות, כמו גם על ידי נאומים בפני ציבור, מפצירים ביסודות הלא-יהודים של העם הפולני להימנע מביצוע עסקאות עם היהודים. בעלי קרקעות מוזהרים שלא למכור את נכסיהם ליהודים, ובחלק מהמקרים שמכירות כאלה נעשו, שמותיהם של העבריינים נרשמו בהודעות בעלות מסגרת שחורה המציינות שמוכרים כאלה "מתים בפולין". אפילו בתקופה זו, תעמולה זו נערכת על ידי רוב העיתונות הלא-יהודית, שתומכת בקביעות בכך שהחרם הכלכלי יהיה בשימוש כאמצעי לפטירת פולין מהיסוד היהודי שלה. תעמולה זו יצרה במחשבתם של חלק מהיהודים את ההרגשה שיש חבל בלתי-נראה סביב צווארם, והם טוענים שזוהי הרדיפה החמורה ביותר שניתן לכפות עליהם לשאת. פועלים לא-יהודים סירבו במקרים רבים לעבוד לצדם של יהודים. אחוז היהודים במשרות ציבוריות, במיוחד אלה שבתפקידים זוטרים, כמו עובדי רכבת, כבאים, שוטרים וכיוצא באלה, קטן באופן מהותי מאז שהממשלה הנוכחית קבלה את השלטון. מסמכים שסופקו למשלחת הראו שהרכבת בבעלות הממשלתית פיטרה עובדים יהודים ונתנה להם אישורים שהם פוטרו בשל שום סיבה אחרת מלבד זה שהם שייכים לעם היהודי.
11. נוסף על כך, הקמתן של חנויות קואופרטיביות היא לטענת יהודים רבים צורה של אפליה. נראה אמנם, שתנועה זו היא מאמץ לגיטימי להגביל את פעילותו ובכך את רווחיו של המתווך. למרבה הצער, כאשר חנויות אלו הופיעו בפולין הן פורסמו כאמצעי לחיסול הסוחר היהודי. ליהודים, לכן, נגרם להרגיש שהקמת הקואופרטיבים היא התקפה עליהם. בזמן שהקמתם והחזקתם של קואופרטיבים ייתכן והושפעה על ידי רגש אנטישמי, זוהי צורה של פעילות כלכלית שכל קהילה רשאית לחלוטין להתמיד בה. מצד שני, היהודים מתלוננים שאפילו הקואופרטיבים היהודיים ויהודים פרטיים מופלים לרעה על ידי הממשלה בחלוקת האספקה הנשלטת על ידי הממשלה.