ב-1837 הרסה רעידת אדמה את הרובע היהודי בצפת, דבר שהביא לעקירה של רבים מיהודי צפת לירושלים ולגידול משמעותי באוכלוסיית הרובע. הדבר התרחש בעיצומו של מרד שליטי מצרים, מוחמד עלי ואבראהים פאשא נגד השלטון העות'מאני, שבמהלכו כבשו המורדים את ארץ ישראל וביקשו לספחה לשלטונם. דיכוי המרד בשנת 1840 הביא למפנה הפוליטי המשמעותי הראשון במצבם של היהודים, לאחר שמעורבותן של אנגליה וצרפת בדיכוי המרד אילץ את העות'מאנים לנהוג כלפי נתיניהן בתחומי האימפריה העות'מאנית באופן ראוי יותר. השלטון נאלץ להכריז באופן גורף על רפורמות חוקתיות, שנקראו בשם קפיטולציות, אשר היו למעשה הסכמים עם מעצמות אירופאיות אחדות על זכויות נתיניהן בשטחי האימפריה העות'מאנית. הקפיטולציות תרמו לחיזוק מעמדם של היהודים נתיני האימפריות הרוסית, האוסטרית (מאוחר יותר - אוסטרו-הונגרית) והבריטית, והקרינו לטובה על מצב היישוב בכלל.
גידול במאה ה-19.
בעקבות שיפור היחס והקלת התנאים כלפי הנתינים היהודים בחסות המעצמות האירופאיות, הגיעו האשכנזים להסדר השבת החוב לנושים המוסלמים בעיר. נדבנים רבים סייעו בדבר, ובעיקר הברון רוטשילד, שהשלים את כל יתרת החוב. בעקבות כך החלו האשכנזים לשוב לירושלים, ובשנות ה-50 של המאה ה-19, אף הקימו מחדש את בית הכנסת 'החורבה', ששמו הרשמי הפך ל'בית יעקב', על שם אבי הברון. לאחר שנים אחדות, הקימו האשכנזים החסידים את בית הכנסת תפארת ישראל, והקהילה האשכנזית הפכה אט אט לגדולה ודומיננטית בעיר, כמו ברחבי ארץ ישראל. לאחר מאות שנות דיכוי אתני ודתי, התנשאו ברובע היהודי בירושלים שני בתי כנסת גבוהים ובעלי כיפה שחלשו על סביבותיהם.
גידול האוכלוסייה היהודית הביא לפיצוץ אוכלוסין ברובע היהודי, ולהתיישבות של יהודים גם ברבעים אחרים, במיוחד ברובע המוסלמי (שם הוקמו בתי כנסת, ישיבות ופעלה מערכת העיתון "חבצלת"). הצפיפות הקשה נגרמה בשל עוני רב (בין השאר בגלל חלוקת כספי 'החלוקה' למספר רב יותר של נפשות), למגפות ולהאמרת מחירי שכר הדירה. כולל הו"ד (כולל הולנד ודויטשלנד) נחלץ לעזור לעניים, וב-1857 בנה בדרום הרובע היהודי את בתי מחסה. היה זה מתחם המגורים החדש האחרון שנבנה ברובע, שכן לאחריו לא נותר עוד שטח ריק מבתים. באותו זמן התגוררו ברובע היהודי למעלה מ-10,000 תושבים, מחציתם אשכנזים ומחציתם ספרדים. לפי הערכה, בסוף המאה ה-19 חיו ברובע היהודי כ-20.000 יהודים.
בית המטבחיים העירוני.
בית המטבחיים העירוני היה מערבית לרובע היהודי, ליד בתי הכנסת הספרדיים. בית המטבחיים הפיץ סירחון בסביבתו. נוסע שהיה במקום בשנת 1806 כתב כי "הדבר גורם לריחות רעים ברובע" וכי היהודים סבורים כי המוסלמים קבעוהו במתכוון במקום זה במטרה לפגוע בהם. מקור משנת 1854 מספר כי היה זה המיקום של בית המטבחיים כבר מהתקופה הצלבנית ובכוונה הושאר במקום כדי לשמש מטרד לאוכלוסייה היהודית. מסכם הכותב: "לאור העובדה שברובע הנוצרי שוכן בית-בּוּרְסְקִי גדול, יש מקום להניח כי שני הפגעים הם תוצאה של העלבה מחושבת, המצביעה על שנאה אכזרית מצד המוסלמים כלפי מי שאינם מוסלמים".
תיאור נוסף מצביע כי המטרד השפיע על הסביבה. "אל בית המטבחיים הוביל מעבר צר אל חצר פתוחה, מרובעת ומוקפת חומות ומחסנים. הבהמות הקשורות לעמודים נשחטות במקום והחלקים זרוקים על הקרקע, הדם ניגר מכל עבר וגם את הזבל אין מסלקים".
הנוסע הצרפתי ש. דה-פארדיו ביקר ברובע בשנת 1849 ומסר תיאור עגום:
היציאה מהחומות.
הנדבן היהודי-בריטי משה מונטיפיורי חס על יהודי הרובע החולים ששוכנו בצפיפות, והחליט להקים עבורם בית חולים מחוץ לחומות. לשם כך רכש חלקת אדמה במרחק של כחצי קילומטר משער יפו, על צלע ההר שמול הר ציון. רק לאחר רכישת הקרקע, נמלך מונטיפיורי בדעתו, והחליט להפוך את המקום לשכונת מגורים. בשנת 1860 הקים מונטיפיורי את משכנות שאננים, השכונה היהודית הראשונה מחוץ לחומה. יהודי הרובע לא מיהרו לעזוב את העיר העתיקה, ותהליך היציאה מהחומות נמשך עשרות שנים. על פי מפקד שנערך בשנת 1880 (ראו נתונים דמוגרפיים בטבלה להלן) התגוררו בעיר העתיקה כ-15,000 יהודים, וכאלפיים בעיר החדשה. מגמה זו הלכה והשתנתה, ועד מלחמת העולם הראשונה עברו רבים אל העיר החדשה.
התפלגות דמוגרפית של יהודי העיר העתיקה, משלהי המאה ה-19 ועד מלחמת העצמאות (באלפים):
תחילת המאה העשרים.
בתחילת המאה העשרים חיו כ-20,000 יהודים בעיר העתיקה, כשליש מתוכם ברובע המוסלמי. הצפיפות הרבה (140 נפש לדונם), העוני והקנאות הדתית הביאו אט אט להגירת יהודים אל מחוץ לחומות, עד כי ברובע נותרו בעיקר עניים וחרדים. את עליבותו של הרובע באותה עת תיאר ארי בן זהב "בסוד עניי הכותל":
תיאור אופטימי יותר של החיים בחצר הספרדים ('החָכּוּרה') ברובע היהודי הביא הסופר יהודה בורלא ב"ילקוט סיפורים":
במלחמת העולם הראשונה סבלה ירושלים כולה, אולם יושבי הרובע היהודי, שהיו העניים מכולם, הגיעו עד פת לחם. הסופר הירושלמי יצחק ראב תיאר את מראות הרובע באותם ימים: "לא הייתה פינה אחת בעיר שלא נראו בה ילדים עטופי סחבות רובצים כשלדים, וידיהם שלוחות ועיניהם מתחננות לפת לחם. ולא היה יום ולא הייתה שעה בלי לוויה של מת, ונושאי המיטה אצים רצים ועוברים ביעף את הרחוב".
בתקופת המנדט הבריטי.
המצב הביטחוני ברובע בימי המנדט הבריטי הלך והדרדר, עם פרוץ פרעות תר"פ, תרפ"א, ותרפ"ט בשנות ה-20. אנשי הגדודים העבריים ואחר כך ההגנה הגיעו לרובע היהודי והגנו על התושבים. אולם הפרעות הביאו לבריחה של יהודים אל מחוץ לעיר העתיקה, והנשארים הצטופפו באזור בתי הכנסת בלב הרובע. בימי המרד הערבי הגדול (1936-1939) הגנו הבריטים על הרובע היהודי על ידי הקפתו בגדרות תיל, אולם הוא הותקף שוב ושוב בירי ופצצות. הגישה לכותל דרך שכונת המוגרבים המוסלמית הייתה כמעט לבלתי אפשרית, והרובע הלך וננטש מתושביו ומתלמידי הישיבות שבו. ב-1939 נקבע בפתח הרובע שער ברזל להגברת הביטחון, אך בידולו הפכו גם למעין גטו.
הרובע היהודי בימי מדינת ישראל.
הרובע במלחמת העצמאות.
כ-1,700 יהודים נותרו ברובע היהודי עם עזיבת הבריטים את הארץ ב-13 במאי 1948, ולהגנתם רק כ-150 לוחמים, אנשי ההגנה ואצ"ל. עם יציאת הבריטים תפסו לוחמי הרובע את העמדות הבריטיות במסגרת מבצע שפיפון. ב-16 במאי החלו הערבים לתקוף את הרובע, ובמהלך מתקפת היומיים כבשו כשליש משטחו. בלילה שבין ה-17 ל-18 במאי ניסתה חטיבת עציוני לפרוץ לעזרת הנצורים באזור מגדל דוד אך נכשלה. בלילה שבין ה-18 במאי ל-19 במאי הצליח כוח פלמ"ח מחלקתי בפיקודו של דוד אלעזר, לפרוץ את שער ציון, ובעקבותיו נכנסה תגבורת, בפיקודו של מרדכי גזית (שהיה גם במשך זמן קצר מפקד הרובע, עד שנפצע קשה מאוד בקרב), עם כשמונים חיילי חטיבת עציוני אל הרובע. בניגוד לדרישת מפקד ההגנה בירושלים דוד שאלתיאל, עזבו לוחמי הפלמ"ח את השער. באותו בוקר הצטרפה ירדן לקרבות בירושלים, וחיילי הלגיון הירדני תפסו את שער ציון והדקו את המצור על הרובע היהודי. בית כנסת תפארת ישראל, שכיפתו הגבוהה שימשה כעמדת מגיני הרובע, נתפס כבר עם תחילת הקרבות ופוצץ. במהלך הימים הבאים כבש אט אט הלגיון הירדני בפיקודו של עבדאללה א-תל חלקים נכבדים מהרובע וכלא את התושבים באזור ארבעת בתי הכנסת הספרדים. ב-27 במאי, לאחר ימי לחימה קשים, כבשו הערבים את בית הכנסת החורבה ופוצצו אותו. במשך כל ימי הקרבות ניסו כוחות ישראליים לפרוץ אל הרובע ולסייע לאנשיו, אך ללא הצלחה. המתים וההרוגים נקברו באופן זמני בחצר קטנה בתחומי הרובע, מתוך תקווה להעבירם לבית עלמין לכשיתאפשר. במהלך כל התקופה נהרגו 69 לוחמים ואזרחים.
ב-28 במאי נותרו פחות מחמישים לוחמים יהודים כשירים ברובע. בלחץ האוכלוסייה האזרחית המותשת ומתוך דאגה לחייהם, חתם מפקד הרובע משה רוסנק אחר הצהריים על כתב הכניעה. בכיכר בתי מחסה התאספו התושבים בטרם צאתם מהרובע ומתוכם נלקחו גברים אל השבי. בסך הכל יצאו 341 לוחמים ותושבים לשבי בירדן. תושבי הרובע גורשו מערבה אל מחוץ לחומות, וכל הרכוש ברובע היהודי הולאם. הירדנים לא התירו ליהודים להוציא את מתיהם, ואלה נותרו בקברם הזמני בלב הרובע עד מלחמת ששת הימים. פליטי הרובע היהודי שוכנו בשכונת קטמון, שרק כחודש לפני כן נכבשה על ידי הפלמ"ח וההגנה. שבויי הרובע שוחררו לאחר המלחמה תוך תשעה חודשים.
בתקופה הירדנית.
לאחר כיבוש הרובע היהודי, הרסו הירדנים בשיטתיות את הבניינים בבעלות היהודים שהיו בו. בתי הכנסת הגבוהים פוצצו, ואחרים הפכו למגורי בהמות. רוב בתי המגורים ברובע נהרסו כבר בימי המלחמה מירי פגזים ירדנים, ואלה שנותרו שימשו פליטים ערבים ממערב העיר, שביתם היה בשטח מדינת ישראל. כך, למשל, שוכנו ברובע תושבי הכפר הערבי ליפתא ששכן בכניסה לירושלים ממערב. בימי השלטון הירדני לא נעשו כל פעולות שיקום או בנייה ברובע היהודי, ובמהלך 19 שנים אלו, עד מלחמת ששת הימים, קרסו רוב בתי הרובע היהודי הנטושים וחרבו.
בניגוד להסכם שביתת הנשק עם ירדן, שבו נקבע שישראלים יוכלו לפקוד את הכותל המערבי, השלטון הירדני לא אפשר לישראלים להגיע למקום.
בשלטון מדינת ישראל.