ב-1943 הפיץ המופתי את הרעיון של הקמת מדינה מוסלמית בבוסניה והרצגובינה, וארגן כוחות צבאיים לסייע לצבא הגרמני בצפון הקווקז. גם בקווקז עסק בגיוס מוסלמים, במיוחד ליחידות אס אס. הוא פעל להרמת רוח הלחימה של ה"אוסטבטליונים" - יחידות מוסלמיות של חילות העזר של הצבא הגרמני, שהוקמו בתחילת 1942, ולחמו בצבא הסובייטי. הן גויסו מקרב הטאטארים של חצי האי קרים וקווקז, כמו גם מקרב מוסלמים במחנות השבויים, שמוצאם מטורקסטן ואזרבייג'ן. מנהיגיהם וקציניהם של היחידות הללו עברו הכשרה במכון האיסלאמי שהקים אל-חוסייני ליד דרזדן.
כתגובה ליצירת הבריגדה היהודית על ידי הבריטים, הפציר אל-חוסייני בגרמנים להקים לגיון ערבי. הוא סייע לארגן סטודנטים ערבים ומהגרים צפון-אפריקאים בגרמניה אל תוך הלגיון הערבי החופשי, במסגרת הוורמאכט.
אל-חוסייני ביקש להפוך לאישיות המרכזית בעולם הערבי, ומשום כך הסתכסך באירופה עם רשיד עאלי אל-כילאני, שגם הוא טען לעמדה זו. אולם ניסיונו של אל-חוסייני לייסד צבא ערבי-מוסלמי שיילחם בארצות המזרח התיכון, נכשל. הצעתו לא התקבלה על דעת ממשלת גרמניה וצבאה. עם השינוי לרעה במצב הגרמנים והאיטלקים בצפון אפריקה, הציע המופתי לגרמנים להכריז על עצמאות ה"מגרב" ולהקים צבא מוגרבי שילחם לצדם, אולם הגרמנים לא יכלו להבטיח את עצמאות המגרב. בסוף 1942 ובמהלך 1943 הובס הצבא הגרמני במדבר המערבי, והגרמנים לא השיגו אחיזה במזרח התיכון. אל-חוסייני ואנשיו נאלצו להסתפק במתן עזרה לגרמנים במאמץ המלחמתי שלהם, בהפעלת סוכנים ומרגלים שפעלו במזרח ובשידורי תעמולה בערבית ברדיו ברלין, כמו גם בשידול שבויי מלחמה ערבים מהצבא הבריטי להצטרף לצבא הגרמני, ובתעמולה בשטחי כיבוש המאוכלסים מוסלמים.
המופתי הפיץ שמועות בברלין, שאף שודרו בשידורים בערבית ב-20 באוקטובר 1942, על כך שהבריטים הקימו מחסני נשק ותחמושת ליד כיפת הסלע וכנסיית הקבר בירושלים. באמצע 1943 הציע למפקד הלופטוואפה (חיל האוויר הגרמני), הרמן גרינג, להפציץ את בניין הסוכנות היהודית במרכז ירושלים ב"יום הציוני", ה-2 בנובמבר 1943 (יום השנה להצהרת בלפור), אולם ב-17 ביולי דחה גרינג את ההצעה, משום שלא ראה בירושלים מטרה צבאית והיה מודע לחשיבותם של המקומות הקדושים ושל מוסדות הצדקה הבינלאומיים. במסמך של מטה חיל האוויר הגרמני מ-29 באוקטובר 1943, מסופר כי בחצי שנה האחרונה הציע המופתי מספר פעמים להפציץ את תל אביב. הוא הציע לבצע "התקפת אוויר על תל אביב, מבצרה של היהדות בפלשתינה", אולם הצעה זו נדחתה על ידי הגרמנים בשל שיקולים צבאיים. ב-1944 עמד אל-חוסייני מאחורי היוזמה לתכנון מבצע "אטלס", שיש הסבורים שנועד להרעלת מעיינות ראש העין בארסן חמצני במטרה להשמיד את יהודי תל אביב, על ידי שלושה צנחנים גרמנים ושני ערבים שצנחו באזור יריחו. יש הערכות שכרבע מיליון איש היו מתים אם התכנית הייתה מצליחה.
המופתי אל-חוסייני רשם ביומנו חרוזים ששודרו לאחר מכן בתחנות הרדיו שלו, ובהם: "איך ייתכן שמכבדים יהודים בשל עושרם - בעוד הם מביאים לעולם עוני, רוע-לב ורשע. הם עינו את נביאיהם החפים מפשע, הם הרגו את יחיא (יוחנן המטביל) התכחשו לעיסא (ישו). הם משחיתי המוסר בכל מדינה...הם שודדי הרכוש, בגזל וריבית, תוך ניצול...ומביאים סבל לעולם, הם כעש המכרסם בכל המידות הטובות, הם שהכינו לרוזוולט את מרכבי המלחמה, וכך המיטו על העולם אסון. הם קנו את אנגליה למען תאוותיהם, והם החריבו בגרזנים את מולדתנו. הם מפלצות ושורש כל הרע בעולם, וגם נבי מוסא (משה) התנכר להם".
בדצמבר 1942 נאם המופתי באירוע הפתיחה של המכון האיסלאמי המרכזי (Islamisches Zentralinstitut) בברלין, בו כיהן כיושב ראש של כבוד. בנאומו תקף בחריפות את אלה שהחשיב כתוקפנים כלפי מוסלמים, ובמיוחד: "יהודים, בולשביקים ואנגלו-סקסים". בזמן פתיחת המכון, היו כ-3,000 מוסלמים בגרמניה, ובכללם 400 גרמנים שהמירו את דתם, והמכון העניק להם קשרים מוסדיים לרייך השלישי. ב-21 באפריל 1943 ערך אל-חוסייני עם פמלייתו ביקור רשמי ב"מכון לחקר השאלה היהודית" בפרנקפורט, בהזמנת אלפרד רוזנברג. אל-חוסייני, שסייר במכון עם רוזנברג עצמו, הצהיר בביקורו כי "הערבים והגרמנים שותפים ובעלי-ברית במאבק נגד היהודים". הוא ביקש ממארחיו שיצרפו למכון נציג ערבי, שיתרגם את החומרים ואת פרסומי המכון לערבית. בזיכרונותיו סיפר כי בעת שהותו ב"מוסד למחקר הבעיה 'הישראלית'" בפרנקפורט, למד על פועלם של היהודים בגרמניה: מתוכם קמו גם הקפיטליסטים הנצלנים שגרמו למשבר הכלכלי בגרמניה, וגם הסוציאליסטים שבאו לחזק את אויביה ולהביא להתמוטטותה. את קרל מרקס כינה "היהודי מרדכי". ב-1944 הקים אל-חוסייני ברחוב קלופשטוק 8 בברלין, במימון הגרמנים, את "המכון הערבי לחקר השאלת היהודית", שהיה המקבילה הערבית למכון בפרנקפורט.
ב-1 במרץ 1944 אמר אל-חוסייני ברדיו ברלין: "ערבים, קומו כאיש אחד והילחמו על זכויותיכם הקדושות. הרגו את היהודים היכן שתמצאו אותם. הדבר משביע את רצון אלוהים, ההיסטוריה והדת. הדבר מציל את כבודכם. אלוהים עמכם".
גרמניה הנאצית מימנה את אמין אל-חוסייני, כמו גם את רשיד עאלי. לאחר המלחמה, קארל ברטהולד פרנץ רקובסקי (Carl Berthold Franz Rekowski), בכיר במשרד החוץ הגרמני שהתנהל מול חוסייני, העיד כי משרד החוץ תמך כספית בשני המנהיגים הערבים, במשפחותיהם ובערבים אחרים ובפמליותיהם שברחו לגרמניה לאחר מרד רשיד עאלי בעיראק. תיק הסי איי איי על חוסייני כולל מסמך המצביע על כך שהיה ברשותו צוות של 20–30 איש בברלין. בין אביב 1943 לאביב 1944, חוסייני קיבל באופן אישי 50,000 מארק גרמני בחודש להוצאות מבצעיות (משכורת הבסיס של פילדמרשל בצבא הגרמני הייתה 26,500 לשנה). בנוסף לסכום זה, קיבל הוצאות מחייה בממוצע של 80,000 מארק לחודש. מלבד זאת, קיבל מטבע זר כדי לתמוך בחסידיו מחוץ לגרמניה.
המופתי התגורר בבית גדול ב"קרומה-לנקה - רוטה שטראסה" (Krumme Lanke) בברלין, בבעלות שגריר גרמניה בארגנטינה. הבית נפגע בזמן המלחמה והגרמנים שיקמו אותו, אולם כשהפך האזור למסוכן, העבירו אנשי משרד החוץ הגרמני את המופתי למקום מגורים אחר ולאחר מכן החליפו את מקום מגוריו לעיתים קרובות.
במשך זמן ממושך חי פריץ גרובה במחיצתו של המופתי בגרמניה. מאוחר יותר סיפר גרובה לעיתונאי ישראלי שהמופתי מצא נחמות "בזרועות בנות הגזע העליון". כדי שלא ירגיש בודד, הגרמנים דאגו לו ל"נשים גרמניות צעירות ויפות מאד", שהיו מתחלפות "כדי לגוון את חייו הקשים של הגולה הדגול".
תמיכה בהשמדת יהודים.
עם החרפת הסכסוך המזרח-תיכוני והתרחבות העיסוק במורשת השואה והשלכותיה על מערכות היחסים באזור, מצד חוקרים, פוליטיקאים ומדינאים, הועלתה הטענה שהמופתי שכנע את היטלר לבצע את "הפתרון הסופי" במהלך פגישה בינו ובין היטלר ב-28 בנובמבר 1941, שקדמה למה שמכונה "ועידת ואנזה". טענה כזאת הושמעה למשל על ידי בארי רובין וולפגנג שוואניץ בספר "Nazis, Ilsamists and the Making of the Modern Middle East" שיצא בהוצאה לאור של אוניברסיטת ייל. פרופ. דן מכמן טוען שהמקור היחידי לטענה הן עדויות בתר-מלחמתיות על שיחות שניהל דיטר ויסליצני עם שני יהודים בזמן המלחמה. הוא גם קורא עליה תיגר בנימוק שהישיבה בוואנזה היא אירוע ברצף של אירועים ותיאומים בתהליך התפתחותו והתגבשותו של "הפתרון הסופי" ולא רגע של החלטה, שכן מבצע הרצח כבר התנהל במשך חודשים ארוכים. וכן שמתוכן הפגישה המתועדת בין השניים ניתן ללמוד על יחסי הכוחות בין שני האישים וברור שהמופתי לא היה כלל במעמד המאפשר "שכנוע" של היטלר, מה גם שכלל לא הציע במעמד זה ג'נוסייד.
בזכרונותיו, שנתפרסמו ב"אחבאר אל יום" הקאהירי לאחר המלחמה, כתב חאג' אמין כי "אחד התנאים שלנו לשיתוף פעולה צבאי בין הערבים לבין גרמניה היה מתן יד חופשית לחיסול היהודים בפלשתינה ובמדינות ערב אחרות. באיגרת ששלחתי לאדולף היטלר תבעתי הצהרה מפורשת מצד גרמניה ואיטליה כי הן מכירות בזכותן של המדינות הערביות לפתור את בעיית המיעוטים היהודים בצורה ההולמת את השאיפות הגזעיות והלאומיות שלהן, ובהתאם לשיטות המדעיות בהן נקטו גרמניה ואיטליה כלפי היהודים שלהן".
ב-1942 פתחו הגרמנים בהשמדה המונית של יהודים באירופה. המופתי תבע את הגדלת קצב ההשמדה. בין היתר, טרח להכשיל תוכנית להוצאת יהודים דרך רומניה והעברתם לארץ ישראל. ב-1942 הסכימה ממשלת רומניה להתיר את צאתם של רבבות יהודים תמורת תשלום כופר, אולם ממשלת גרמניה התנגדה לכך בנימוק כי "יישובם של יהודים בסוריה ובפלשתינה סותר את ההסכמים עם הערבים". בסוף 1942 ותחילת 1943, ערב ההתפנות מלוב של כוחות הציר, הציע אל-חוסייני "לטהר" את טריפולי מיהודיה ולהפקיע את רכושם. ב-12 במאי 1943 פנה אל-חוסייני לרוזן קוסאטו, שגריר איטליה בברלין, וסיפר כי נודע לו שהצלב האדום הבינלאומי קיבל מממשלת בולגריה אישור להעברת 4,500 יהודים לפלשתינה, וביקש ממנו לשגר למשרד החוץ האיטלקי איגרת על הסכנה שמהווה העברה זו. למחרת פנה בעניין גם למשרד החוץ הגרמני. ב-28 ביוני 1943 הוא שלח מכתבים כמעט זהים (בצרפתית) לשר החוץ ההונגרי ולשר החוץ הרומני.