חוק שפוגע בחוק-יסוד הוא חוק לא חוקתי. אם הפגיעה עולה עד לכדי שינוי, החוק בטל מלכתחילה ובית המשפט רק מצהיר על כך (כי לפי הפסיקה ניתן לתקן חוק-יסוד רק בחוק-יסוד). ניתן להכשיר חוק פוגע כחוקתי אם הוא פוגע בסעיף שניתן לפגוע בו ברוב מסוים, והפגיעה נעשתה ברוב הזה (למשל סעיף 4 לחוק-יסוד: הכנסת). אם הפגיעה היא בזכות המוגנת בחוק-יסוד: חופש העיסוק או בחוק-יסוד: כבוד האדם וחירותו, ניתן להכשיר את הפגיעה אם היא עמדה בתנאי פסקת ההגבלה. יש שסוברים שבית המשפט יכול "לייבא" את פסקת ההגבלה גם לחוקי-יסוד אחרים או לפחות כדי להכשיר פגיעה בזכויות המוגנות בהם (הזכות לבחור ולהיבחר או השוויון בבחירות המוגנים בחוק-יסוד: הכנסת; זכות הערעור בחוק-יסוד: השפיטה).
כל חוק נהנה מ"חזקת החוקתיות" לפיה החוק הוא חוקתי, ועל העותר להוכיח פגיעה. לפי הדעה הרווחת, במקרה של פגיעה בזכויות האדם רק אם הצליח בכך העותר, תצטרך המדינה להוכיח שהחוק עומד בתנאי פסקת ההגבלה. העותר צריך להוכיח שהזכות שנפגעה מוגנת בחוקי-היסוד, ובהקשר זה נמתחה ביקורת על בית המשפט שקרא אל תוך "הזכות לכבוד" זכויות שלא נקבעו במפורש בחוקי-היסוד (ושהצעות חוק שביקשו לעגנן במפורש לא התקבלו), כמו שוויון, חופש ביטוי והזכות לתנאי קיום מינימליים. גם אם הזכות מוגנת, יש מחלוקת בשאלה מה היקף ההגנה: כך למשל יש טענות שבשונה מההגנה שבמשפט המינהלי, ההגנה החוקתית לא מגנה על הביטוי הגזעני במסגרת חופש הביטוי או על הזכות לחיות עם מי שאינו אזרח במסגרת הזכות לחיי משפחה. אנשי שמאל בקרו את בג"ץ שקבע הגנה רחבה לזכויות הקניין, חופש העיסוק וחופש החוזים, אך לא לזכויות החברתיות. ביקורת דומה נשמעה על הפסיקה לפיה המונח "אדם" בחוקי-היסוד כולל גם תאגידים. השאלה האם חוקי-היסוד חלים מחוץ לישראל הוכרעה רק בנוגע לאזרחים ישראלים, שם נפסק שכן.
אם הוכחה פגיעה, בוחנים את פסקת ההגבלה שכוללת ארבעה תנאים: הפגיעה היא בחוק או מכוחו (תנאי הרלוונטי לחקיקת משנה והחלטות מינהליות); היא הולמת את ערכי מדינת ישראל כיהודית ודמוקרטית; היא לתכלית ראויה; והיא במידה שאינה עולה על הנדרש (מבחן החופף את מבחן המידתיות המינהלי). אחת הביקורות על הביקורת השיפוטית על חקיקה היא ששני המבחנים האחרונים הם ערכיים ולא ראוי שייושמו על ידי שופטים.
בפסק הדין בנק המזרחי קיבלו מרבית השופטים את עמדתו של הנשיא ברק לפיה מבחן המידתיות כולל שלושה מבחני משנה:
המבחן השלישי היה שנוי במחלוקת בקרב השופטים. הנשיא בדימוס שמגר סבר כי יש להשתמש רק בשני המבחנים הראשונים, וכי אין זה מתפקידו של בית המשפט לדון בשאלת האיזון הראוי בין התכלית לפגיעה. קבלתו של מבחן זה העניקה לבית המשפט שיקול דעת רחב בשאלה הערכית של האיזון בין התועלת לבין הפגיעה.
אם החוק לא עבר את מבחני המידתיות, מכריז בית המשפט על החוק (או על חלקו) כבלתי חוקתי. בית המשפט יכול לבטל אותו לאלתר, או להשהות את בטלותו כדי לאפשר למחוקק לתקנו.
ביקורת שיפוטית על חוק יסוד.
בעקבות חקיקת הוגשו לבג"ץ 15 עתירות המבקשות לפסול את חוק היסוד, בשלמותו או בחלקו. בג"ץ דן בעתירות בהרכב מורחב של 11 שופטים, ודחה את העתירות (ראו בג"ץ חוק הלאום.
העתירות הצריכו דיון תקדימי בשאלת סמכותו של בית המשפט העליון לפסול חוק יסוד. עוד קודם להגשת עתירות אלה, הנשיא ברק חיווה דעתו, בדיון על חוק טל, שפסילה כזו אפשרית כאשר חוק יסוד נוגד את עקרונות היסוד של המשטר. שרת המשפטים, איילת שקד, חיוותה דעתה על פסילה אפשרית: "צעד כזה יהיה רעידת אדמה - מלחמה בין רשויות. ביהמ"ש לא יכול לפסול חוקי יסוד". יושב ראש הכנסת, יריב לוין כתב לנשיאת בית המשפט העליון, אסתר חיות, כי "עצם הדיון בבית המשפט העליון הנכבד בעניינים של חוקי יסוד, מהווה קריאת תיגר על העקרונות הדמוקרטיים הבסיסיים ביותר של ריבונות העם, הפרדת הרשויות ושלטון החוק". ראש הממשלה, בנימין נתניהו אמר כי "לבית המשפט אין סמכות לדון בתוקפם של חוקי יסוד מכיוון שחוקי היסוד שמחוקקת הכנסת הם הנורמה החוקתית העליונה במדינה". גם פרופ' מני מאוטנר חיווה דעתו שעל בית המשפט העליון להימנע מלדון בשאלת החוקתיות של חוקי היסוד. פרופ' סוזי נבות וד"ר יניב רוזנאי חיוו דעתם ש"שאלת הסמכות לביקורת שיפוטית של חוקי-יסוד ותיקונים חייבת להיות מושפעת, למצער במידה מסוימת, בקושי או בקלות היחסית של הליך התיקון של אותה חוקה ובזהות השחקנים המעורבים בהליך השינוי החוקתי."
יישום הביקורת השיפוטית על חקיקת חוקים.
מאז המהפכה החוקתית פסל בית המשפט העליון, בעיקר בשבתו כבג"ץ, 20 הוראות חוק: ב־19 מקרים בית המשפט העליון פסק שהוראה בחקיקה סותרת את או את (מתוכם שני מקרים של סעיפים תקציביים), ובמקרה נוסף פסק שנפל פגם בהליכי החקיקה של חוק. ביטולי הוראות חוק אלה הם מתוך 321 עתירות לביטול הוראות חוק שהוגשו בשנים 1995–2017.
ביטול חוקים בשל סתירה לחוקי יסוד.
ב-19 מקרים פסק בית המשפט העליון שחוק פוגע פגיעה לא חוקתית בזכויות האדם, וביטל את החוק או חלק ממנו:
במקרה נוסף ביטל שופט בית משפט השלום בתל אביב, דוד רוזן, סעיף בפקודת מס הכנסה, בנימוק שהוא נמצא בסתירה לחוק יסוד: חופש העיסוק, בפסק דין הנדלמן.
מקרה מיוחד היה סעיף שהופיע מדי שנה, מאז 1982, בחוקי התקציב השנתיים, והעניק קצבת הבטחת הכנסה לאברכים - בזמן שחוק הבטחת הכנסה שלל אותה מהם, מסטודנטים ומשאר קבוצות שלמדו במוסדות שנקבעו בחוק. בית המשפט מצא שחוק התקציב הוא חוק מיוחד שכפוף לחוק אחר - חוק יסודות התקציב. בית המשפט פסק שחוק יסודות התקציב קובע שתמיכה במוסדות צריכה להיות שוויונית, וחוק התקציב מתקצב למעשה ישיבות, וישיבות בלבד, באופן לא שוויוני. בית המשפט לא פסל את הסעיף, אך פסק שלא ייכלל בחוק התקציב הבא. בתגובה לפסק הדין החליטה הממשלה להעניק מלגות לימוד לאברכים, והחלטה זו נפסלה אף היא על ידי בית המשפט.
בנוסף לחוקים אלו, בארבעה מקרים פסק בג"ץ שנפגע עקרון השוויון בבחירות שבסעיף 4 לחוק-יסוד: הכנסת, שלא ברוב הדרוש לכך, והורה לרשות המבצעת להימנע מלפעול לפי התיקונים כל עוד לא יתקבלו ברוב הדרוש.
מקרה מיוחד היה חוק האזרחות והכניסה לישראל, שהגביל את יכולתם של אזרחים ישראלים לחיות בישראל עם בני זוג, הורים או ילדים מהשטחים. בפסק הדין הראשון בעניין החוק, משנת 2006, חמישה שופטים בראשות המשנה לנשיא בדימוס מישאל חשין סברו שהחוק חוקתי, וחמישה בראשות הנשיא אהרן ברק סברו שלא. השופט אדמונד לוי, שהיה לשון המאזניים, עמד בפסק דינו על לבטיו הרבים ועל נטיית לבו להצטרף לעמדת ברק, אך נמנע מלבטל את החוק ופסק ש: "הצבתה של מסגרת על פיה יידרשו המשיבים להעמיד בתוך תשעה חודשים הסדר משופר, היא סבירה". משום כך הצטרף לעניין הסעד לדעתו של השופט חשין בדבר דחיית העתירות וסיים את דבריו באומרו: "אם לא ישכילו המשיבים למלא אחר שהתבקשו, ספק בעיני אם יוכל החוק להתמיד ולצלוח את הביקורת השיפוטית גם בעתיד." לאחר עתירה נוספת נגד החוק, נפסק בשנת 2012, ברוב דעות של שישה שופטים כנגד חמישה, שהחוק הוא חוקתי ואין לבטלו (לדעת המיעוט הצטרף הפעם השופט לוי, בפסק דינו האחרון בבית המשפט העליון, שפסק שהחוק אינו חוקתי ומתח עליו ביקורת חריפה).
ביטול חוקים בשל פגמים בהליך החקיקה.
בהערת אגב במסגרת פסק הדין בעניין מיעארי נדונה לראשונה האפשרות שבית המשפט יפסול חוק, אף אם תוכנו אינו מעלה שאלות חוקתיות, במקרה שבו הליך החקיקה מנוגד לדין. בבג"ץ נמרודי ציין בית המשפט מקרים אפשריים שבהם הדבר ייתכן: אי קיום הוראות תקנון הכנסת בדבר אישור החוק בשלוש קריאות, איו קיומו של דיון בוועדה מוועדות הכנסת, אם לא היה רוב לאישור החוק, או אם נפל בהליך החקיקה פגם אחר היורד לשורשו של עניין.
בבג"ץ ארגון מגדלי העופות בישראל הוגשה עתירה נגד ביצועה של רפורמה שנעשתה בענף החקלאות במסגרת חוק ההסדרים של 2003. בעתירה נטען, בין היתר, כי יש לפסול את החוק, מאחר שנפלו פגמים בהליך החקיקה. בפסק הדין, פסק בג"ץ כי פרשנות הביטוי "פגם היורד לשורשו של עניין" בהקשר זה תיבחן בהתייחס ל"עוצמת הפגיעה שפגם זה פוגע בערכים מהותיים של משטרנו החוקתי או בערכים הבסיסיים של משטרנו החוקתי המונחים ביסוד הליך החקיקה". זאת, על מנת להבטיח את "האיפוק והריסון המתחייבים בביקורת על הליכי החקיקה". בפסק הדין צוינה רשימה לא סגורה של מקרים שייחשבו ל"פגם היורד לשורשו של עניין" שיצדיק התערבות שיפוטית: פגיעה בעקרון הכרעת הרוב, בעקרון השוויון הפורמלי (לפיו לכל חבר כנסת קול אחד), בעקרון הפומביות ובעקרון ההשתתפות (לפיו כל חבר כנסת זכאי להשתתף בהצבעה). בית המשפט קבע כי גם אם ימצא כי נפל פגם היורד לשורשו של עניין לפי המבחנים שקבע, יהיה עליו להתחשב במכלול נסיבות המקרה, בהתאם למודל הבטלות היחסית, ולכן אין הכרח שהתוצאה הסופית תהיה ביטול החוק.
בשנת 2017 נפסל לראשונה חוק בשל פגם בהליך החקיקה: מס ריבוי דירות, שהוטל במסגרת פרק י"ב לחוק ההתייעלות הכלכלית (תיקוני חקיקה להשגת יעדי התקציב לשנות התקציב 2017 ו-2018), התשע"ז-2016, בוטל בבג"ץ מס ריבוי דירות, בנימוק שבהליך החקיקה נפל פגם יסודי.
הביקורת על הביקורת השיפוטית.
בכוח שמעניקים חוקי היסוד לבית המשפט, להכריז על בטלותו של חוק שחוקקה הכנסת, עורער לכאורה עיקרון עליונות המחוקק והופר האיזון בין הרשות המחוקקת לרשות השופטת במדינת ישראל, משום שהוגבר כוחה של הרשות השופטת. כבר בפס"ד בנק המזרחי ניסה אהרן ברק להרגיע את החוששים, וכלל בדבריו את ההצהרה הבאה: