הפגנות מקבילות נערכו גם ביפו ובחיפה. ארגון גל המחאות וההפגנות הביא לידי ביטוי בפעם הראשונה את יכולתן של האגודות הלאומיות לארגן פעולה ארצית מתואמת. ב-8 במרץ שוב נערכו הפגנות מאורגנות, במרבית המרכזים העירוניים בארץ ישראל. מטרתן הייתה להביע הזדהות עם הכתרת פייסל כמלך סוריה המאוחדת והן לוו בסיסמאות בעד עצמאות ונגד הציונות. ההפגנות היו בעלות נימה אנטי יהודית חריפה והן כללו קריאות להריגת היהודים ושימוש בסיסמה הפופולרית "פלסטין ארצנו והיהודים כלבינו". עקב זאת, ב-11 במרץ אסר השלטון הבריטי על ארגון הפגנות נוספות. אלא שבראשית אפריל 1920 ניצלו העסקנים הצעירים הערבים את חגיגות נבי מוסא לשם עריכת הפרעות הראשונות ביהודים (פרעות תר"פ). שניים מראשי המארגנים, אמין אל-חוסייני ועארף אל-עארף, נידונו בהיעדרם למאסר. הם ברחו לדמשק.
ב-31 במאי 1920, נוסדה בדמשק "האגודה הערבית הפלסטינית" ("אל-ג'מעיה אל-ערביה אל-פלסטיניה"), שלקחה את הנהגת התנועה הלאומית בשלביה הראשונים, ובראשה עמדו: עארף אל-עארף, רפיק אל-תמימי, עיזאת דראוזה, מועין אל-מאדי, אמין אל-חוסייני, אבראהים עבד אל-האדי וסלים עבד-אל-רחמן. האגודה עסקה בהפצת תעמולה אנטי-ציונית. היא פרסמה מחאה נגד החלטות ועידת סן רמו ונגד מינוי הרברט סמואל היהודי לנציב עליון בארץ ישראל. כמו כן, היא גם שלחה תזכיר לאפיפיור וביקשה את עזרתו נגד יהוד פלסטין באמצעות הצהרת בלפור.
ב-7 ביולי הכריז הנציב העליון הנכנס, הרברט סמואל, על חנינה כללית לכל האסירים הפוליטיים בארץ ישראל.
עם התמוטטות ממשלו של פייסל בסוריה באותו חודש, ולאחר שעל כמה מהם נפסקו עונשי מוות על ידי השלטונות הצרפתיים, נמלטו הפעילים הפלסטינים מדמשק וחזרו בסופו של דבר לארץ ישראל.
התקופה בה קיוו המנהיגים הפלסטינים לספח את פלסטין לסוריה, הסתיימה בעקבות שלושה מאורעות שאירעו ב-1920: אישור המנדט הצרפתי על סוריה והמנדט הבריטי על ארץ ישראל בועידת סן רמו באפריל, גירוש המלך פייסל מסוריה ביולי, והחלפת השלטון הצבאי בארץ ישראל למינהל צבאי ובואו של הנציב העליון הראשון בתחילת אותו חודש. השלב הראשון בהתארגנות הלאומית של ערביי ארץ ישראל – שלב "סוריה הדרומית", הסתיים משום שנשען על סיטואציה פוליטית שהשתנתה עתה. בפגישה משותפת בסוף יולי של האגודה המוסלמית-הנוצרית, "המועדון הספרותי" ו"המועדון הערבי", הוחלט להפריד את התנועה הלאומית הפלסטינית מזו הסורית ולרכז את כל המאמצים בארץ ישראל, מאחר שגם שאיפות היהודים מרוכזות בה בלבד. בעקבות התפתחות זו, הפכה האגודה המוסלמית-הנוצרית לגורם המרכזי בתנועה (שני המועדונים דעכו ופסקו מלהתקיים ב-1923). במהלך פגישות שנערכו בירושלים באוגוסט וספטמבר 1920, פנו הארגונים למוסא כאט'ם אל-חוסייני לקחת על עצמו את ההנהגה ואליו הצטרף עארף א-דג'אני, נשיא האגודה המוסלמית-הנוצרית בירושלים. בספטמבר נערכה בירושלים פגישה אליה הוזמנו נציגים מהמרכזים העירוניים האחרים בארץ, ובה נבחר אל-חוסייני לנשיא הארגון, ולצדו ועד כלל-ארצי (צפון הארץ הייתה מיוצגת על ידי חיפה בלבד). בנוסף על כך, פורסמה קריאה לכינוס נכבדי המוסלמים והנוצרים של הארץ, שזכתה להיענות חיובית. היה זה היסוד לכינוס הוועידה הפלסטינית השלישית.
בדצמבר 1920 נערכה בחיפה הוועידה הערבית הפלסטינית השלישית. עם ועידה זו הפכו האגודות המוסלמיות-נוצריות למסגרת הארגונית העיקרית של התנועה הלאומית הפלסטינית. בוועידה זו כבר לא היה אף אזכור לתביעה לאחדות עם סוריה או לשם התואר "סוריה הדרומית". בוועידה זו עלה למנהיגות הראשית מוסא כאט'ם אל-חוסייני, שעד מותו בשנת 1934 עמד בראש הלאומיות הפלסטינית הקיצונית. בוועידה זו נבחר לראשונה מוסד מנהל קבוע לתנועה הלאומית הפלסטינית - הוועד הפועל הערבי בראשותו של אל-חוסייני. הוועד הפועל הופיע כמוסד המייצג היחיד, המוסמך והמוסכם של ערביי פלסטין ועמד בראש התנועה הלאומית. לאחר התכנסות הוועידה השלישית, השיב אל-חוסייני לספקות ממשלת המנדט בדבר החשבתה כנציגה אמיתית של האוכלוסייה הפלסטינית: "הוועידה נבחרה על ידי העם, כי היא מייצגת את הרוב המוחלט של העם הפלסטיני, המוסלמי והנוצרי, וכי היא מאגדת בתוכה את נכבדי הארץ ונשואי פניה, אשר ייצגוה בכל עת וזמן". בכך חשף את תפיסתה החברתית של האליטה הפלסטינית: מקור סמכותה היה מסורתי ולא דמוקרטי, ומשום כך ראתה עצמה כנציגת האוכלוסייה כולה, כיוון שלא יכולה הייתה להתפתח נציגות אחרת.
למרות המציאות החדשה של פלסטין נפרדת מסוריה, חלום הסיפוח לסוריה הגדולה לא נגוז לגמרי עדיין, ובשנים 1920–1923 פעלו המנהיגים הפלסטינים ומשלחותיהם לחוץ לארץ תוך שיתוף עם מנהיגי סוריה הלאומית ושליחיהם.
במאי 1921 פרצו פרעות תרפ"א, שלהסתה להן היה לוועד הפועל הערבי חלק רב.
ביוני–יולי 1921 נערכה בירושלים הוועידה הרביעית, שהחליטה על שיגור משלחת מטעם הוועד הפועל לאירופה, בראשות אל-חוסייני. משלחת זו ביקרה בבירות שונות באירופה.
ב-25 באוגוסט 1921 נתכנסה בז'נבה הוועידה "הסורית-פלסטינית", שבצד הפלסטיני שלה כללה שלושה מחברי המשלחת לאירופה ואת "האגודה הפלסטינית" במצרים. ב-21 בספטמבר פרסמה ועידה זו גילוי דעת לחבר הלאומים, שהיה בבחינת פשרה בין הסורים והפלסטינים, ובו דרשה הכרה בעצמאות ובשלטון הלאומי של סוריה, לבנון ופלסטין.
המשלחת הפלסטינית הראשונה, בראשות אל-חוסייני, שהתה החל מאוגוסט 1921 ועד קיץ 1922 בלונדון, במשא ומתן עם משרד המושבות הבריטי (שהיה אחראי על המנדט בארץ ישראל) והגשת תזכירים ומחאות. אולם מאמציה לבטל את הצהרת בלפור והמנדט, ולהשיג עצמאות לארץ ישראל הערבית, נכשלו. לדברי יהושע פורת, כתב הסמכות של המשלחת, שהצריך אישור מוקדם של הוועידה לכל הסדר אפשרי, העיד על חוסר אמון הדדי בין הציבור ומנהיגיו והיה אופייני למידה הקטנה של האינטגרציה שהאוכלוסייה הפלסטינית נמצאה בה באותה תקופה.
ב-2 בנובמבר 1921 הצליחו החוגים הקיצוניים, באמצעות צעירי "המועדון הערבי", להפוך את הפגנת המחאה נגד הצהרת בלפור להתפרצות נגד היהודים. אולם הוועד הפועל והמנהיגות המסורתית בירושלים הסתייגו ממנה וקראו להימנע ממהומות, כוח המגן היהודי הצליח לבלום אותה והמשטרה הצליחה לדכאה. לאחר הפגנה זו, לא היו עוד התפרצויות אלימות עד פרעות תרפ"ט ב-1929. היו לכך מספר סיבות: המנהיגות המסורתית התנגדה בתוקף לשיטת הפעולה הזו; הממשלה הגיבה בתקיפות והענישה רבים מהמשתתפים בהתפרעויות; ב-1921 החלה להתבלט קבוצת המדינאים הבריטים הפרו-ערבים, שהייתה לה השפעה רבה על המנהיגות הפלסטינית, ואלה יעצו לה להימנע מהתפרצויות אלימות, משום שאלו עלולות להציג באור שלילי את התנועה הלאומית הפלסטינית ככזו שאינה כשרה לממשל עצמי.
בינואר 1922, כחלק מהקמת ההנהלה העצמית שבריטניה הייתה מעוניינת בה, הקימה ממשלת המנדט את המועצה המוסלמית העליונה, וכך ניתן לעסקנים הקיצוניים ששלטו בוועד הפועל, מעמד רשמי כמנהלי מוסד עדתי הקשור לממשלה.
כינון המועצה בעלת הסמכויות הנרחבות נתקבל על ידי הפלסטינים המוסלמים בשביעות רצון, ואמין אל-חוסייני, שנבחר לנשיאה, נזקק להשלמת הממשלה עם מעמדו החדש ופועלו, ולכן שינה לחלוטין את עמדתו לגבי הפעילות האלימה ומאז ואילך פעל עם תומכיו למניעת התפרצויות אלימות נוספות.
ב-1922 החלו המועצה המוסלמית העליונה והוועד הפועל לנהל מסע תעמולה בארץ ישראל ובעולם המוסלמי, שהזהיר מפני סכנת השתלטות יהודית על קודשי האסלאם בארץ ישראל, תוך שימוש בציור יהודי שבו נראה מסגד כיפת הסלע כשעליו מגן דוד, כהוכחה לכך. תעמולה זו הגיעה לשיאה בסוף יוני אותה שנה, עם יציאתה של משלחת פלסטינית למסע תעמולה ואיסוף כספים בחג'אז בעונת החג'. בטרם צאתה, פרסמה המשלחת קול-קורא לערביי פלסטין, בו הסבירה שמטרתה "להזעיק את האומות האסלאמיות במזרח העולם ומערבו לעזרת העם הפלסטיני בהגנה על ארצו". המשלחת ביקרה בדרכה במצרים, שם ביקשה לעורר את דעת הקהל באמצעות פגישות עם ראשי האסלאם במדינה וניסחה פניות אל מנהיגי המוסלמים בעולם. הביקור במצרים נוצל לגיוס אהדת העולם האסלאמי למאבק הפלסטיני, תוך הצגת הנושא כחובה דתית. ב-11 ביולי הגיעה המשלחת למכה, שם נפגשה עם המלך חוסיין בן עלי ועם נציג המלך עבד אל-עזיז אבן סעוד, וערכה תעמולה בקרב ראשי הציבור המוסלמי ועולי הרגל, כאשר תמונת כיפת הסלע ובראשה מגן-דוד שימשה כמכשיר העיקרי. גולת הכותרת של המסע הייתה כינוס "ועידת אל-ג'זירה" על ידי הפלסטינים, בהשתתפות ראשי עולי הרגל הערביים. לדברי יהושע פורת, תעמולה מוסלמית זו בנושא המסגדים הייתה בבחינת "נדבך ראשון בהתגבשות הסולידאריות הכל-ערבית בעניין ארץ ישראל".
באוגוסט 1922, נערכה בשכם הוועידה החמישית.
באוקטובר אותה שנה, יצאה המשלחת הפלסטינית השנייה לוועידת לוזאן וללונדון. בתחילת נובמבר הגיעה המשלחת לקהיר וסירבה לדרישת הסורים לפעול תחת הסיסמה "סוריה לסורים, כשהיא עצמאית בגבולותיה הטבעיים", כלומר, לרבות פלסטין. היא התעקשה על הנוסח "עצמאות לפלסטין, לסוריה וללבנון, לכל אחת מהן לחוד" ועל בסיס זה הופיעה "המשלחת הסורית-הפלסטינית" בלוזאן. היא הגישה תזכיר לוועידת השלום, אך מהר מאוד חזרה המשלחת הפלסטינית לפעול בנפרד.
המציאות החדשה של פלסטין נפרדת מסוריה נתחזקה על ידי שני אירועים נוספים: הפרדת עבר הירדן מארץ ישראל המערבית והקמתו כמדינה בראשות עבדאללה, והספר הלבן הראשון ב-1922.