המחלוקת במהותן של ברכות השחר, האם הן ברכות על כלל העולם או ספציפיות לאדם מסוים עוררה את הסוגיה האם יש לברך את ברכת "שעשה לי כל צורכי" (שהיא ברכה על נעילת הנעליים) ביום הכיפורים (ואף בתשעה באב). הסוברים שהן ברכות הספציפיות לאדם מסוים, ומימלא במידה ולא ביצע אותן אינו מברך, כך אין מברכים ברכה זו ביום הכיפורים שכן יום הכיפורים אסור בנעילת הסנדל. לדברי האומרים שהיא ברכה על כלל העולם הדבר נשאר תלוי במחלוקת: יש הסוברים שאף לשיטה זו אין לברך, שכן כל העולם אסור בנעילת הסנדל ולא רק אדם ספציפי. ברם יש חולקים וסוברים שיש לברך ברכה זו ככל יום רגיל שכן מותר לנעול נעליים שאינן מעור או אפילו נעלי עור במקרים מסוימים (כגון שחושש מעקרב). גם למעשה חלוקים המנהגים: אצל האיטלקים והאשכנזים (למעט ההולכים בדעת הגר"א) נהוג לברך. אצל התימנים נהוג שלא לברך, ואילו אצל הספרדים הדבר שנוי במחלוקת עד היום: יש נוהגים לברך ויש שאינם מברכים. יש נוהגים כפשרה לנעול נעלי עור בצאת הצום ואז לברך, ויש מברכים כרגיל.
עשרה מזמורי תשובה.
בסידור רב עמרם גאון מובא שאומרים בפסוקי דזמרא מזמורי תהילים נוספים, רובם מעניין התשובה. המנהג הובא באבודרהם ובטור ולמעשה נוהגים כך כיום רק הספרדים. מוסיפים את המזמורים לאחר מזמור צ"א בזמירות, שהוא המקום בו נוהגים הספרדים להוסיף מזמור מעניינו של יום בחגים. המזמורים שמוסיפים הם: י"ז, כ"ה, ל"ב, נ"א, ס"ה, פ"ה, פ"ו, ק"ב, ק"ג, ק"ד.
הוספות בתפלת נשמת כל חי ובברכות קריאת שמע.
כפי שהוסבר לעיל, במנהגים הישנים נאמרים פיוטים בנקודות מסוימות בתפילה החל מלפני תפילת נשמת כל חי, בינה לבין הקדיש, ובברכות קריאת שמע. כיום הנטייה במרבית הקהילות לדלג עליהם או לדחות את אמירתם לאחר מכן, אבל יש בהחלט קהילות שנוהגות כפי המנהג המקורי.
חזרת הש"ץ.
חזרת הש"ץ כוללת שלושה סוגי תוספות שלא כולם נאמרים בכל המנהגים (הסבר מפורט יותר על תוספות אלו נמצא בראשית הערך):
מיד לאחר חזרת הש"ץ נאמרת תפילת אבינו מלכנו. אם חל יום הכיפורים בשבת יש נוהגים להשמיט אותה כפי שהוסבר לעיל. אצל הספרדים והתימנים אומרים לאחר מכן את הסליחות לאחריהם מוסיפים הספרדים את הרשויות לנשמת ולקדיש שהושמטו (בקהילות בהן משמיטים אותם) והתימנים מוסיפים גם נפילת אפיים.
קריאה בתורה והפטרה.
הקריאה בתורה היא בספר ויקרא, בקטע הלקוח מפרשת אחרי מות (), הדן בסדר העבודה במשכן ביום הכיפורים. האיטלקים נוהגים להוסיף גם את , ככל הנראה על מנת להשלים ביום הכיפורים את הקריאה של כל פרשת אחרי מות (שכן בתפילת מנחה קוראים את ), וכן נהגו גם בנוסח רומניא.
ביום הכיפורים ישנם שישה עולים (אחד יותר מיום טוב רגיל ואחד פחות משבת) אבל אם חל יום הכיפורים בשבת ישנם שבעה עולים. בקהילות ספרדיות מסוימות קיים מנהג שכל בית הכנסת עולה לתורה כמוסיפים, או לכל הפחות להוסיף עולים רבים.
אצל האשכנזים ישנם טעמי מקרא מיוחדים לימים נוראים. הקריאה בתורה של שחרית נעשית בטעמים אלו, ויש שינויי מנהגים באיזה ניגון לקרוא את המפטיר.
למפטיר קוראים (בדומה למועדים אחרים) קטע העוסק בקרבנות היום מפרשת פינחס ().
ההפטרה היא בספר ישעיה (נ"ז, י"ד - נ"ח י"ד (בנוסח רומניא התחילו ); האיטלקים והתימנים מוסיפים גם את נ"ט, כ-כ"א). עיקר ההפטרה היא דברי ביקורת על הצמים ואינם משנים את מעשיהם:
הזכרת נשמות.
לאחר ההפטרה נהוג בקהילות אשכנז לערוך הזכרת נשמות. מקור המנהג הוא בקהילות האשכנזים במזרח אירופה שם נהוג להזכיר נשמות ביום טוב האחרון של שלוש הרגלים. המנהג חדר מהמזרח גם למרבית קהילות האשכנזים במערב אירופה ולחלק מקהילות איטליה, אך אינו מוכר בקהילות הספרדים, התימנים ומספר קהילות אשכנזיות במערב גרמניה, אלזס ושווייץ.
תפילת מוסף.
לפני תחילת התפילה נהוג ברוב קהילות אשכנז שהחזן אומר תפילה הפותחת במילים "הנני העני ממעש". בקהילות אשכנז המזרחי, הוא בדרך כלל נאמר בקול עם ניגון מרשים, ואילו בקהילות אשכנז המערבי, הוא נאמר בלחש. בתוך חזרת הש"ץ (או לאחריה) נאמרים, בדומה לתפלת שחרית, קרובה, סליחות ווידויים. בקהילות אשכנז המזרחי ואיטליה בולט במיוחד הסילוק ונתנה תוקף שנאמר גם במספר קהילות ספרדיות בודדות.
סדר העבודה.
חלקה המרכזי של חזרת הש"ץ של תפילת מוסף (למעט מנהג תימן שדוחה את אמירתו לאחר החזרה מחשש להפסק) הוא אמירת תיאור של סדר העבודה של הכהן הגדול בבית המקדש. לשם כך נכתבו פיוטים מיוחדים הידועים כ"סדרי עבודה". במנהגים שונים נהוגים סדרי עבודה שונים.
במנהגי ספרד ואשכנז, לאחר סדר העבודה באים מספר פיוטים לתיאור מראה הכהן הגדול בצאתו מקודש הקודשים, קינות על ביטול העבודה במקדש וצער הגלות, ותקווה לבנין בית המקדש וחידוש העבודה.
במרבית קהילות הספרדים והאשכנזים נהוג להשתחוות במהלך אמירת סדר העבודה, כאשר החזן מגיע לתיאור הכריעה של העם שעמדו בעזרה בעת שהכהן הגדול היה מזכיר את השם המפורש. מנהג זה, יחד עם מנהגים נוספים, נועד כדי לבטא שאמירת סדר העבודה אינה רק הזכרה של מה שהיה בעבר, אלא מעין קיום של סדר העבודה בפועל על ידי אמירתו בפה.
בנוסח ספרד החסידי, למרות שבדרך כלל שומרים על הפיוטים של נוסח אשכנז המזרחי, בהרבה קהילות הנהיגו לומר סדר העבודה במוסף של יום הכיפורים אתה כוננת עולם מראש במקום אמיץ כח, ובהרבה מחזורי נוסח ספרד הדפיסו את שתי הנוסחאות.
המשך התפילה.
לפי מנהג המקורי אומרים אחרי סדר העבודה את הסליחות; במנהג איטליה ומרבית קהילות אשכנז כיום הן לא נאמרות בכלל, ובמנהג ספרד הן נאמרות לאחר חזרת הש"ץ. בקהילות אשכנז שכן אומרים סליחות כפי מנהג המקורי, אומרים אותם מיד אחרי הפיוטים הנ"ל שאחרי העבודה. במנהג אשכנז המערבי, אין מעבר ברור בין הפיוטים והסליחות, ולא אומרים "אל ארך אפים אתה" כמו בי"ג המידות הראשון בשאר התפילות. במנהגי אשכנז המערבי, וגם בקצת קהלות מנהג אשכנז המזרחי, מאוד בולט הסליחה אני הוא השואל המתאר בתיאור מאוד מרגש את מה שחסר לנו בלי עבודת יום הכיפורים בבית המקדש, ובהרבה קהילות גם מושר בניגון מאוד מרגש; בדרך כלל, גם בקהילות בהן נהוג לבחור בכל שנה רק חלק מרשימת הסליחות, אמירת סליחה זו קבועה. שריד לסליחות במנהג אשכנז (המזרחי בלבד) הוא הקינה אלה אזכרה על עשרה הרוגי מלכות שנאמרת אצל הספרדים בתשעה באב.
לאחר חזרת הש"ץ הספרדים אומרים את הסליחות, התימנים אומרים את סדר העבודה ונפילת אפיים והאיטלקים אומרים פיוט מסוג עושה שלום. לאחר מכן (ואצל האשכנזים מיד לאחר החזרה) אומרים קדיש תתקבל (או קדיש תענו ותעתרו אצל הספרדים).
לאחר הקדיש, ברוב קהילות משלמים את התפילה כבכל יום (אין כאלהינו, פיטום הקטורת וכדומה, בהתאם למנהג הקיים בשבתות ובמועדים, הספרדים מוסיפים גם תפילה על הפרנסה), אך בנוסח אשכנז (המערבי והמזרחי כאחד, וכן בנוסח ספרד) לא מסיימים את תפילת מוסף כמו בשאר הימים, אלא מיד לאחר סיום החזרה מתחילים בהוצאת ספר תורה של תפילת מנחה.
תפילת מנחה.
תחילת התפילה.
המנהג הקדום באשכנז היה להמשיך את התפילה כל היום ולא לעשות שום הפסק בין מוסף למנחה, וכן נוהגים עד היום בקצת קהילות. בקהילות אחרות (וכן היום בהרבה קהילות אשכנז, מאחר שהשמיטו הרבה פיוטים), קיים פער בזמן בין סיום תפילת מוסף לתפלת מנחה. בפרק זמן זה יש נוהגים לקרוא מזמורי תהילים, משניות מסכת יומא, נבואת יחזקאל על בנין בית המקדש השלישי, מדרש על הריגת רבי עקיבא, הפיוט כתר מלכות לרשב"ג (יש שקוראים אותו בלילה או לפני תפילת שחרית) או פיוטים אחרים עד לתפילת מנחה.
סדר תפלת המנחה מתחיל ברוב העדות כבכל יום עם אשרי ובהוספת ובא לציון כמו בשבתות וימים טובים, ואצל חלק מקהילות הספרדים נהוג להוסיף לפני תחילת התפילה גם את פרשת העקדה. הרבה מהספרדים מוסיפים בקריאת הקרבנות של מנחה סדר עבודה מקוצר של בין הערביים, כיוון שחביבה מצווה בשעתה. אצל האשכנזים (נוסח אשכנז המערבי והמזרחי, וכן בנוסח ספרד), פותחים מיד בקריאה בתורה ולא אומרים קטעים אלו (אותם משלימים בתפילת נעילה).
קריאה בתורה והפטרה.
הקריאה בתורה, בדומה לתפילה שחרית, לקוחה מפרשת אחרי מות (). הפרשה עוסקת בעניין האיסור על גילוי עריות. שני טעמים לקריאת פרשה זו דווקא ביום הכיפורים מובאים באבודרהם: "ומה שקורין בפרשת העריות אומר הטעם במדרש: רבונו של עולם! אתה הזהרתנו שלא לגלות ערוה - אף אתה לא תגלה ערותנו ותכפר לנו. ויש אומרים טעם אחר, לפי שנפשו של אדם מתאוה להם ובני אדם נכשלין בהם כל השנה וגם ביום הכיפורים...וכל מי שיש בידו אחת מהן יפרוש ממנה ויחזור בתשובה ויתכפר לו". ויש מסבירים משום שהוא המשך של הקריאת בשחרית.
כזכור לעיל, אצל האשכנזים יש טעמי המקרא מיוחדים לימים נוראים, אבל קריאת התורה במנחה נעשית בטעמים הרגילים.
הקריאה בהפטרה היא בספר יונה, וברוב הקהילות נהגו להוסיף שלושת הפסוקים האחרונים של ספר מיכה (). במנהג אשכנז המקורי (ובדומה לנוסח רומניא), אין מוסיפים פסוקים אלו, ובקצת קהילות האשכנזים הנהיגו בתקופה המאוחרת להוסיפם. ספר יונה וכן הפסוקים הנוספים של מיכה עוסקים בעניין התשובה ולפיכך קוראים אותם כהפטרה.
אצל האיטלקים מוסיפים לפני תחילת ההפטרה את הפסוק האחרון של ספר עובדיה (). הסיבה לכך היא ככל הנראה השפעה של החלוקה לסדרים של התנ"ך במסורת הארץ ישראלית הקדומה. הסדר בו נמצא ספר יונה התחיל בפסוק האחרון של ספר עובדיה, וזו הסיבה להכללתו בהפטרה בה קוראים את ספר יונה. ויש שכתבו שפסוק זה נוסף כתשובה לנוצרים, שסילפו את ספר יונה, ועוד שמדבר במלכות ה' שהיא אחד מהדגשים של ימים הנוראים.