לפני סתיו 1942 היו השלטונות הרומניים מוכנים לאפשר הגירת 3,000 יהודים בלבד תמורת תשלום של שני מיליוני לאי. אחרי מועד זה הציעו שלטונות רומניה לאפשר הגירת 75,000 עד 80,000 יהודים תמורת כמה עשרות מיליארדי לאי. השלטונות הרומניים הטילו על היהודים מס נסיעה של 40,000 לאי לנפש, בנוסף לתשלום ההפלגה שגובהו היה כ-600 דולרים אמריקאיים.
בתקופה שבין מרץ 1941 ובין סתיו 1942 נאסרה ההגירה, משום ששליט רומניה, המרשל יון אנטונסקו, על פי סיכום עם גרמניה הנאצית, התכונן לשלוח את כל יהודי "הרגאט" להשמדה במחנה בלז'ץ בפולין, וכבר החלו בתיאומי לוחות זמנים של רכבות לשם כך. רק לאחר ששינה את טעמו בלחץ אנשי רוח והכנסייה הותרה שוב ההגירה. למרות כל האמור לעיל, בתקופה שבה הותרה העלייה, יצאו מרומניה רק 17 כלי שיט עם 4,500 יהודים. הרומנים לא סייעו, אלא רק נתנו את הסכמתם, תמורת שלמונים. על קציני הים הרומנים נאסר לעבוד עבור היהודים, כלי השיט שהיו ברשות היהודים הוחרמו במסגרת ה"רומאניזציה", והוטל איסור על ארגונים יהודים להיות בעלים של כלי שיט. במצב זה, בתקופת מלחמה, הארגונים היהודים יכלו רק לשכור, במחירים מופקעים, כמה כלי שיט זרים במצב ירוד למדי. הספינה Darien II, שהפליגה בפברואר 1941 עם 522 נוסעים, הצליחה להגיע ליעדה. האוניה Milka יצאה מקונסטנצה ב-30 במרץ עם 243 מהגרים, Belacit יצאה ב-4 באפריל עם 120 ילדים יתומים משורדי טרנסניסטריה ו-30 משגיחים, קזבק שיצאה ביום 6 ביולי עם יותר מ-700 נוסעים. בלילה שבין 3 ובין 4 באוגוסט 1944 יצאו מקונסטנצה הספינות Morina, Bülbul ומפקורה. הספינה מפקורה, שהובילה יותר משלוש מאות נוסעים, הוטבעה על ידי כלי שיט גרמניים, נוסעים שלא טבעו נקטלו ביריות מקלעים ורק 5 נוסעים ו-6 מלחים ניצלו ונמשו על ידי הספינה Bülbul.
התנועה הציונית ברומניה, בהנהגת אברהם לייב זיסו, פעלה גם במהלך מלחמת העולם השנייה - בעקבות החלטה סודית של ממשלת בריטניה, עליה נודע לאנשי המוסד לעלייה ב', כי הכניסה לארץ ישראל תאושר לכל יהודי שיגיע לטורקיה. הסכמה נדרשה גם מהצד הרומני, שבו שלטה באותה העת ממשלתו הפשיסטית של המרשל יון אנטונסקו. בחודש מאי 1944, במסגרת גילוי עצמאות לאומית ולקראת סוף המלחמה, אישרה הממשלה הרומנית לסוכנות היהודית להקים משרד הגירה והצהירה כי מדיניות זו לא נועדה לסייע ליהדות רומניה בלבד, אלא גם ליהודים ממרכז אירופה ומדרומה. הקמת המשרד אושרה סופית בידי אנטונסקו עצמו ב-9 ביוני ובמכתב הסיכום של הפגישה ננקב בשמה של הספינה קזבק, יחד עם שלוש ספינות נוספות, ככאלו שיורשו להפליג תחת דגל זר מרומניה, ואשר ישאו על סיפונן "יתומים מטרנסניסטריה, פליטים יהודיים ממדינות אחרות שאינם יכולים להישאר עוד ברומניה, ופליטים אחרים".
חלק מהשלטונות ברומניה התנגדו לעלייה בטענה שהעוזבים הם הצעירים והעשירים והנשארים ברומניה הם הזקנים והעניים, שיזדקקו לתמיכת המדינה. בחודש אוגוסט 1944, זמן קצר לפני הפיכת 23 באוגוסט 1944, הציע ראדו לקה, הממונה מטעם הממשלה על מרכז היהודים (רומניה), לבטל את המוסד שעסק בארגון העלייה.
בתקופה שבין 1938 ובין אוגוסט 1944 יצאו מהנמלים הרומניים 47 ספינות שהובילו כ-26,700 עולים. 3 ספינות, שהובילו עולים, טבעו ויותר מ-1,200 יהודים טבעו איתן.
מסוף מלחמת העולם השנייה ועד הכרזת המדינה.
בשנים 1944 - 1945 לא יצאו יהודים מרומניה בדרך חוקית, אבל עם סיום המלחמה כבר החלו בודדים, במיוחד מבני העדה הספרדית, לנסות לחצות את הדנובה בשחייה, בדרכם לארץ ישראל - חלקם נהרגו בגבולות. בתקופה זו היה מפגש אינטרסים נדיר בין התנועה הציונית ובין השאיפות הקומוניסטיות לדחוק את רגלי הבריטים מארץ ישראל. ב-1 בדצמבר 1944 שר המיעוטים הלאומיים של רומניה, פרופסור ולדסקו-רקואסה הצהיר: "לרומניה אין אפשרות להעמיד לרשות היהודים כלי שיט לצורכי הגירה, כי הם מגויסים עבור המלחמה, אך מנקודת מבט אנושית הגירת היהודים לא תיתקל בקשיים."
סימיון זייגר, מי שהיה שר העבודה בממשלה הקומוניסטית הרומנית, העיד לאחר עלייתו ארצה שבשנת 1947, לאחר ששב ממשלחת שביקרה בצ'כוסלובקיה, דיווח לגאורגה גאורגיו-דז' על כך שמתארגנת בריגדה של יהודים צ'כוסלובקים, שייצאו להילחם בארץ ישראל. גאורגיו דז' התלהב מכך, טען שמאמץ כזה ראוי לתמיכה ולהתלהבותו הצטרפו עוד שני מנהיגים קומוניסטים, ואסילה לוקה ותאוהרי ג'אורג'סקו ושלושתם הציעו להקים גם בריגדה לוחמת של יהודים רומנים, כדי לשלוח אותה לארץ ישראל. אנה פאוקר הסתייגה, ביקשה זמן למחשבה ובהמשך (כנראה לאחר קבלת הנחיות ממוסקבה) אמרה שזה לא בר ביצוע.
בשנת 1946 יצאו 4,400 יהודים, 1,400 בקיץ ו-3,000 בסתיו. בשנת 1947 הוערך מספר היהודים שיצאו מרומניה בשלושים אלף, לפי החלוקה הבאה: 3,500 בחודש ספטמבר, 500 ילדים שיצאו להולנד, 2,000 נסיעות לא מאורגנות ו-10,000 יציאות בלתי חוקיות. בשנת 1948, עד להכרזת מדינת ישראל, לא היו יציאות של יהודים. כל הנתונים האלה דווחו על ידי "הוועד הדמוקרטי היהודי".
לפי נתוני הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה הגיעו מרומניה לארץ ישראל בשנים 1946, 1947 ו-1948 (עד הכרזת המדינה) 16,185 עולים. כ-23,000 מהיהודים שבאו מרומניה נאלצו לעבור דרך מחנות ההסגר הבריטים בקפריסין.
ב-7 במאי 1946 יצאה מקונסטנצה הספינה Smirna (השם שונה למקס נורדאו לכבוד המנהיג הציוני) אל ארץ ישראל, אך זו הייתה ההפלגה החוקית האחרונה, כי בעקבות המחאות הבריטיות הפסיקו הרומנים את ההפלגות מקונסטנצה. נמצאו נתיבים חדשים ויהודי רומניה המשיכו לצאת לכיוון ארץ ישראל, אך בדרכים לא חוקיות. חלקם יצאו כתיירים לארצות השכנות ומשם המשיכו ארצה, כשהם משאירים מאחוריהם את רכושם ולפעמים גם חלק ממשפחתם הגרעינית. בעצימת עין של שלטונות רומניה זרמו היהודים לנמל הקרואטי (באותה תקופה יוגוסלבי) באקאר, משם יצאו ספינות שאורגנו על ידי ההגנה, Aegia Anastasia (שמה שונה ל"הקדושה"), שנשאה 2678 עולים ו"כנסת ישראל", שנשאה 3000 עולים.
משנת 1947 יצאו רבים דרך הנמל הבולגרי בורגס באמצעות אוניות המשא פאן יורק (השם שונה ל"קיבוץ גלויות") ופאן קראשצ'נט (השם שונה ל"עצמאות"), שחולקו לתאי מגורים לצורך העניין. הייתה זו העלייה הגדולה ביותר בתולדות ההעפלה, (כ-16,000 איש בשתי האוניות) אך גם יציאה זו לא הייתה מוסדרת ממש, והשלטונות לא סיפקו לנוסעים דרכונים או תעודות מסע. בעיצומה של ההפלגה, הופיעו משחתות בריטיות שליוו את האוניות והובילו אותן למחנה המעצר קראולוס בקפריסין.
מלאניה ינקו, שהשתמשה בשם המחתרתי "נינה", הייתה אשת הקשר בין התנועה הציונית ובין הקומוניסטים הרומנים. היא שכנעה את אברהם בונאצ'יו, שהיה מנכ"ל משרד הפנים הרומני, בצורך לפעול נגד האינטרסים של בריטניה על ידי כך, שיאפשר ליהודים להגיע לארץ ישראל. לצורך העניין מונה מפקח משטרה בשם לפה (Lefa) שתפקידו היה לאפשר יציאתם של יהודים, שיציגו את חתימתה של "נינה".
ההרכב הדמוגרפי של עולי רומניה בתקופה שלאחר מלחמת העולם השנייה הושפע ממנה והתאפיין באחוז נמוך של ילדים (15%) ועודף גדול יחסית של נשים על פני הגברים ובהן אלמנות רבות (בעיקר מיאשי, אלמנות נרצחי פרעות יאשי).
בשנים האלה שירותי הביטחון הרומנים עקבו אחר היהודים ומוסדותיהם, החדירו מודיעים לשורותיהם וניהלו רישומים ומעקבים אחר הפעילות הציונית. סוכני הסקוריטטה הרומנים איתרו מספר נתיבי יציאה בלתי לגליים מרומניה, דרכם יצאו היהודים:
חלקם של עולי רומניה במלחמת העצמאות.
בתחילת מלחמת העצמאות היו בארץ ישראל כחמישים אלף יהודים ילידי רומניה, שהיוו כ-8% מהאוכלוסייה היהודית. במהלך שנת 1948 עלו לישראל עוד כ-25,000 יהודים מרומניה, אך חלקם היחסי באוכלוסייה היהודית לא השתנה, כי היו גם עולים רבים מארצות אחרות.
יוצאי רומניה שרתו בהגנה, בפלמ"ח, בחי"ש, בחי"ם ובגדנ"ע, באצ"ל ובלח"י ולאחר הקמת צה"ל שרתו בכל אחת מ-12 חטיבות היבשה, בחיל הים ובחיל האוויר, בחיל הקשר, בחיל החימוש, בחיל הרפואה, בחיל ההנדסה, בשירותי הביטחון, במשטרה ובתעשייה הביטחונית. יוצאי רומניה שילמו גם את מחיר הדמים של המלחמה, 450 מחללי המלחמה, 7%, היו ילידי רומניה. לא רק גברים, גם נשים נמנו בין הלוחמים וגם בין הקורבנות. עדה ורחל זלצר (רייס), אם ובתה היו בין הנופלים.
העלייה מרומניה בתקופת השלטון הקומוניסטי.
בתקופה בה שלטו ברומניה הקומוניסטים, לאחר הכרזת העצמאות של מדינת ישראל, יחסם של שלטונות רומניה לעלייה היה שלילי (פרט לניסיון שלא צלח לחזק את המפלגה הקומוניסטית הישראלית), העלייה נחשבה להצבעת אי אמון בשלטון הקומוניסטי ודוגמה רעה ליתר תושבי רומניה. למרות עמדה בסיסית זאת ישראל והארגונים היהודים הצליחו לשכנע את השלטונות, מפעם לפעם, לתת ליהודי רומניה לעלות לישראל, אך זה לא היה בחינם, השלטונות הרומניים גבו מישראל ומהארגונים היהודים תמורה בצורת העדפות סחר, ציוד מבוקש, טכנולוגיות תעשייתיות וחקלאיות, הלוואות בתנאים טובים במיוחד, תשלומים עקיפים ולבסוף תשלום ישיר עבור כל עולה ועולה לפי תעריפים קבועים.
1948–1952.
לפי נתוני הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה, בין 15 במאי 1948 לבין 1952 עלו לישראל מרומניה יותר ממאה ועשרים אלף יהודים. עיקר גל העלייה היה בין השנים 1950 (46,171 עולים) ל-1951 (39,046 עולים).