בשנת 1525 הצליח גרן להשתלט על נסיכות הראר ולהדיח את שליטה המקומיים. עם חוש כריזמטי, הוא הצליח לאחד סביבו מוסלמים רבים מדרום קרן אפריקה ולמרוד בקיסרות האתיופית ולבסוף גם לערוך בה במשך 17 השנים הבאות פשיטות חסרות תקדים. מרד גרן, הוביל לכיבוש רחב של ערים סולומניות והחרבה של כנסיות, מנזרים וכפרים רבים. ההרס והחורבן, הוביל במהירות לצניחה של כל מפעילי התרבות הרחבים של קיסרי הסולומנים בחמש מאות שנים האחרונות. וחוסר היכולת של הקיסרים להתמודד מול האיום, הוכיח את חולשתם. רבים מהאתיופים נאלצו להתאסלם בתקופה זאת, הדת הנוצרית נפגעה מכך רבות, והקיסרות עמדה על כיליון. בלב בררה, הקיסרים ביקשו את עזרתם של הפורטוגזים שידם על גרן הצליחה במאבק עיקש אשר הסתיים רק בשנת 1543, לאחר התאבדותו של גרן. ואכן מאז זעזוע גרן, אשר נותרה חקוקה זיכרון האתיופי, לא קם כוח אסלאמי מאיים נוסף על הקיסרות והיא הצליחה להשתקם במהרה, אף שהמרד הוביל לחיזוק משמעותי של האצולה המקומית וירדת כוחה של המלוכה הריכוזית.
למרות זאת, הצליחו השליטים האתיופים לא לאבד את כיתרם ולהישאר ברמה האזורית כשליטים כאשר ידם על העליונה, מכל איום עתידי לרבות האצולה והמיסיון הישועי. אולם, הקיסרות מעולם לא צלחה להשיב לעצמה את יוקרת שלפני המרד. וכל מפעלי התרבות של קיסרה לדורות אבדו באש. כמו כן, במשך מאה השנים הבאות עד שנת 1635, פעלה ברחבי הקיסרות מיסיון קתולי-ישועי נרחב ובחצר המלכות נמנו רבים מהכמרים והספנים הפורטוגזים כיועצי המלך, אשר קראו תיגר על הדת האורתודקסית ועל המנהגים האתיופים לדורותיה, עובדה שיצרה ניכור מתמשך בין ההנהגה המסורתית לבין המלך ובין הנחלות של האצילים ששמרו את דתם האורתודקסית. עם כן, מערכת היחסים המורכבת והתיגר שהציבה הדת הקתולית לכריסטולוגיה והתאולוגיה האתיופית, הגיעו לסיומן במאה ה-17, בעת צו גירוש שיזמו הקיסרים האתיופים כנגד המשלחות הפורטוגזיות והמיסיונרים הישועים. בהדרגה החלו הקיסרים לעקור משורש את ההשפעה הפורטוגזית בחצרם ולאחר מכאן מענו את פעילותם של המיסיון הקתולי, ולהשיב את יוקרתה המסורתית של מוסד הכנסייה האורתודקסי לכס הקיסרות האתיופית.
בשנת 1635 העבירו הקיסרים את בירתם לגונדאר אשר בערים. המעבר לעיר גונדאר, סימל את תקופת ההסתגרות של הקיסרות וגירוש הפורטוגזים מאדמתה. אך גם, בשל פלישת שבטי האורמו מדרום, האיצה את תהליך ההסתגרות והוכיחה את השחיקה שעברה הקיסרות בשליטה של שליטי אתיופיה באתיופיה גופא, שרק הלכה והתרופפה לידי שליטים מקומיים ושבטי האורמו עיונים. האורמו החלו במאה ה-17 לפלוש לצפון קרן אפריקה ובהדרגה קיבלו על עצמם את האסלאם והעמידו אתגר דתי-צבאי עיקש לקיסרות האתיופית הגוועת לישוע.
האימפריה הגונדרית (1632–1855).
תקופת התחייה.
גירוש המיסיון הקתולי והמעבר לגנדאר הצילו במידה רבה את הקיסרות האתיופית מחורבן. אולם, לא הצליחו לעצור את הידרדרות המתמדת של הקיסרות במישור הפוליטי. שליטת על האימפריה המשיכה להידרדר בין השנים 1635–1769. לאורך כל התקופה, אצולה המקומית התחזקה ופוררה עת-לעת את הריכוזיות בממלכה מימיו של זרע-יעקוב. כמו כן, כוחם של האורמו התחזק במידה רבה והחל לחדור לשטחי הקיסרות בתיגרה, ליסט והרמה האתיופית ולקרוא תיגר על סמכות הקיסרות האתיופית בשטחים לעיל. בנוסף הנסיכויות האסלאמיות כמו זאת של הראר בדרום המדינה, יצרו קשרים עם השליטים הטורקים ומאוחר יותר המצרים, והפכו לבני חסותם, במקום הקשר המסורתי עם קיסרי אתיופיה מה שהחליש את השפעת הקיסרות על קרן אפריקה באופן מתמיד. ולכן בראשית המאה ה-17 האתיופים שבו להיות מובלעת נוצרית בתוך עולם אסלאמי, כפי שהיה לפני התקופה הסולומונית.
לפיכך, חוסר היכולת להשליט את המרותה, הובילה להידרדרות צבאית וכלכלית הולכת מחריפה, אשר כולם יהיו תקדים לתקופת השופטים. אולם, לא רק המצב הכלכלי והפוליטי החריף. גם במישור הדתי תאולוגי, החל להיסדק ההגמוניה האורתודקסית שמשלה ללא ערעור בכיפה הנוצרית של אתיופיה. הכריסטולוגיה הנוצרית של הכנסייה התערערה בידי המיסיון הקתולי, שאף כי בשנת 1635 הוא פסק חלוטין, הד השפעתו לא הסתיימה. וויכוחים חדשים סביב מהות האלוהית של ישו (בהשפעה ישירה מהנצרות הקתולית) וכן שוב נידונו מחדש מנהגי הכנסייה האתיופית על דורותיה. תהליכים אלו ואחרים המשיכו לתוך המאה ה-18, ניכור בין האצולה, הכמורה והמלוכה המשיך והחריף. וכן האיומים מצד האורמו החלו וגדלו, הובילו בשנת 1769 לרצח של הקיסר איואס ובכך לראשית תקופת ביניים הידוע בשם - תקופת השופטים.
אולם אף על מצבה המדרדר של אתיופיה בתקופת התחייה, דווקא ניתן לציין מספר אירועים, אשר נעו במישור החיובי. כך למשל בתקופת הקיסר פאלדיסו, נערכו תיקונים דתיים ונבנו מחדש כנסיות ומנזרים רבים שחרבו בתקופת גרן. הספרות המשיכה לפרוח. וכן, הדת האורתודקסית החלה לייצר סביבה ספרות פולמוסית ענפה, כנגד זרמים נוצרים עיונים לרבות הקתולים. ספרות זאת, תשמור את גחלת הנצרות האורתודקסית הייחודית של אתיופיה למשך דורות גם אחרי תקופת התחייה. ותמשיך בזכותם להוות אבן ייסוד לגיבוש התודעה האתיופית למשך דורות.
תקופת השופטים.
שליטתם של הקיסרות האתיופית מהבירה גונדר החלה והתרופפה לאורך המאה ה-18. שליטים מקומיים תפסו מעמדות כוח, והקיסר חדל מלהוות גורם משפיעה על הפוליטיקה האתיופית. המצב הפוליטי המשיך והדרדר בהדרגה לאורך המחצית הראשונה של אותה מאה, עד אשר בשנת 1769 תפס את כס השלטון תכלה-הימנות השני, לאחר שאביו יוהאנס השני נרצח בהרעלה. עלייתו לשלטון של תכחלת-ימנות השני, החלה תקופה ארוכה של סכסוכים, חוסר אחדות ואתגרים תאולוגיים קשים לכנסייה במשך קרוב למאה שנה. תקופה זאת היודע בשם - "תקופת השופטים" הייתה סימן להחלשות הקיסרות האתיופית ואחדות הכתר והצלב שאפיינה אותה במשך מאות שנים. בתקופת השופטים, התפוררה למעשה הקיסרות האתיופית ליחידות פוליטיות עצמאיות וקטנות. הקיסר שהיה לראש המדינה, הפך ללא יותר מתואר ייצוגי בלבד נטול כל השפעה על הפוליטיקה האתיופית. בתקופת השופטים, ידוע כתקופה של מאבקים פנימים רבים, הן במישור הדתי והן במישור הצבאי-פוליטי. כמו כן, חוסר האחדות ומלחמות פנים, הורידו עת-עת את תהילת העבר של הקיסרות.
הבירה גונדר, נבזזה ונכבשה שוב-ושוב, האוכלוסייה הידלדלה במהירות והאיכרים סבלו מרעב כבד, בעקבות המלחמות ונטל המיסים הכפוי. גם מוסד הכנסייה עמד באתגר קשה במיוחד, הכריסטולוגיה הנוצרית של הכנסייה האתיופית המשיכה להגביר את המחלוקות הקשות סביב מהותו של ישו. עוד במאה ה-17 היוניוניסטים, מאמיני אחדות המהות של ישו מול האוניקציוניסטים, מאמני הדעה הדיאופיסטית על שתי המהויות המתגלמות בבשר אחד. נאבקו אחד בשני בחורמה. ועתה באמצע המאה ה-18, הצטרפו למאבק גם הנזירים החסידיים (גרייסיסטים) שהאמינו בגואלת ישו כבן האלוהים רק בזכותה של רוח הקודש. אמונה זאת קראה תיגר על שתי הכריסטולוגיות המתחרות ובזכות אי-האחידות הפוליטית בתקופת השופטים, זכו האמונות הכריסטולוגיות הללו לפרוח ולשחוק את מעמדה של הכנסייה הנוצרית באתיופיה. בעקבות כך, מעמד האבונא החל להיסדק בעוד מעמדו של האצ'גה - ראש הנזירים - החל לעלות. האצג'ה היו מספר ראשי מנזרים, אשר נטלו את מעמדו של האבונא בעיני מאמיניהם. בשל הפילוג וחוסר יציבותו של ממסד מלוכני שייצב את מעמדו של האבונא.
בין השנים 1823 ועד 1833 בכלל לא התקיים מוסד אבונא באתיופיה. החלו מאמצים רבים בקרב ראשי המנזרים לקיים כנסיות לאומיות קטנות בדומה לדגם של הכנסייה הארמנית ומנותק מהכנסייה באלכסנדריה עליה היו קשורים הכמרים והנזורה האתיופית במשך 1,500 שנה. כמו כן, תקופת השופטים הביאה עימה אתגרים נוספים פרט להיחלשות המוסדות המלוכה והדת המסורתיים. אתגר דתי נוסף החל במחצית השנייה של המאה ה-19, והוא המיסיון הפרוטסטנטי והקתולי אשר החל לחדור אל אפריקה בידי מדינות קולוניאליות כצרפת ובריטניה. אתגר המיסיון הוביל לניצור של עמים רבים באפריקה ובהם גם אתיופים רבים שנטשו את דרך הכנסייה המסורתית ועברו אל חיק הכנסייה הפרוטסטנטית או הקתולית. האוניקציוניסטים היו מבין הנזירים אשר הושפעו רבות מתנועת המיסיון הפרוטסטנטית, וקיבלו על עצמם את תורתם בשל הקרבה הכריסטולוגית ששררה ביניהם. למרות הצלחת המיסיון, רבים עדיין נותרו נאמנים לאמונות המקומיות והכנסייה המסורתית. אף על פי שהמאה ה-19 נפתחה באתגרים רבים הניצבים בפני הכנסייה והקיסרות האתיופית, כבר במחצית השנייה של המאה ה-19, עלו מספר מנהגים דתיים ופוליטיים אשר החזירו את אתיופיה לגדולתה ופטרו את אתיופיה מצרת המיסיונרים האירופאים.
האימפריה החדשה (1855–1974).
ארבעת הקיסרים.
תוודרוס השני.