בשנת 1999 שיתפה אתניX פעולה בפעם האחרונה פעולה עם גולן, באלבומו "הסתכלי אלי". האלבום מכר מעל למאה אלף עותקים, והתפרסמו ממנו השירים "הסתכלי אלי", "בעירי" ו"לב חולה". באותה שנה הוציאה אתניX את אלבומה "מוריס", שהמשיך את הקו המזרחי של קודמו. מתוכו בלטו שירים כ"מחר אני בבית", "קמיעות" ו"האינטרנט שלי". בשנה זו הופיעה אתניX בבינת ג'בייל ברצועת הביטחון בלבנון בפני חיילי צה"ל וצד"ל יחד עם אייל גולן וסי היימן.
את שיתוף הפעולה ביניהם חתמו אתניX וגולן באלבום ההופעה "המופע המשותף", שהוקלט והופץ בשנת 2000. הופיעו בו ביצועים לשירים של גולן שכתבו נחמה וקליסקי לצד שירים של אתניX מתחילת דרכה, כמו "תותים" ו"ג'סיקה". באותה שנה יצא אלבום אוסף שני של אתניX, "מקסימום אתניX". במקביל הפיקו נחמה וקליסקי לנגן הגיטרה יהודה קיסר את האלבום האינסטרומנטלי "הקיסר האחרון". עוד באותה שנה הפיקו חברי אתניX אלבום בשם "רוק מחנה יהודה" ללהקת הגמלים.
התקופה השלישית: 2001–2007.
בשנת 2001 חזרו חברי הלהקה לסגנון הרוק, באלבומם "בדרך שלך". מספר שירים אף היו בסגנון רוק כבד או אלקטרוניקה. את עטיפת האלבום עיצב סטורם ת'ורג'רסון, המעצב משנות ה-60 ועד היום את עטיפות האלבומים של להקת פינק פלויד. מן האלבום התפרסמו השירים "תראה עולם" ו"נשרפת מבפנים". באותה שנה הלחינו וביצעו אתניX למילים של ירון תגר ומיקי בר את השיר "בשבילי הכוכב זה אתה", שנבחר להמנון חברת הסלולר "סלקום". היה זה שיתוף פעולה חלוצי בין חברות סלולר ליוצרים בישראל.
בשנת 2002 הוציאה אתניX את האלבום "13", כמספר שנות פעילותה. מתוכו התפרסמו השירים "איך אפשר לשיר על אהבה", "רק תחייכי אליי" ו"בטנדר לדרום". באותה שנה זכתה הלהקה בפעם השישית בתואר "להקת השנה".
בשירותרום של שנת 2003 הקליטו חברי הלהקה גרסה מחודשת לשיר "חסקה" של להקת חיל הים. באותה שנה הוציאה את הסינגלים "חמש שלוש אחת" ו"יהיה לנו טוב", שהיה לאחד השירים המשודרים ביותר בשנת הפעילות הראשונה של ערוץ מוזיקה 24. בסוף השנה יצא הסינגל "אחת מאלף" של חיילי הנקמה ורינת בר, שכתבו נחמה וקליסקי. השיר הופיע באלבום "סובארו פשע" של חיילי הנקמה, צמד ראפרים שהיו אז בני 18 וכונו "דם חם" ו"קאליבר". באלבום, שיצא בשנת 2004, כתבו נחמה וקליסקי בשיתוף הצמד את רוב שירי האלבום, ובנוסף ל"אחת מאלף" בלטו בו דואטים עם ישי לוי ("תרקדי"), מרגלית צנעני ("אישה עובדת"), נימרוד לב ("וגאס") ושר-אל ("מסיבה").
בשנת 2005 יצא האלבום "אמריקה", שבו חזרה הלהקה שוב לסגנון הרוק. שיר הנושא והשיר "כוכב סרטים" זכו להצלחה יחסית. פרט להם כולל האלבום את השירים "אפריקה", "ג'ואיש בוי" ו"מדרגות". את העטיפה המיוחדת של האלבום עיצב אמן יפני בשם נאוטו האטורי. ביוני 2005 קיימה הלהקה מופע לציון 20 שנות יצירה (של נחמה וקליסקי יחד) בבריכת הסולטן בירושלים, לעיני 8,000 איש. במופע השתתפו קובי אוז, יזהר אשדות, זהבה בן, שרית חדד, שרון חזיז, רינת בר וחיילי הנקמה, נימרוד לב, אלי לוזון, שלומי סרנגה, חמי רודנר וכן נגנים נוספים, כיוסי בוזין בכלי הקשה, אבי סינגולדה בגיטרות, יהודה קיסר בגיטרות, חיים רומנו בגיטרות ורביעיית כלי מיתר.
בשנת 2005 זאב נחמה ותמיר קליסקי כתבו לשרית חדד את השיר בושם צרפתי מתוך האלבום מיס מיוזיק
והלחינו את השיר למות מאהבה גם מתוך האלבום .
בשנת 2006 הופיע השיר "אני חי" שיצרו נחמה וקליסקי באלבומו של ליאור נרקיס "מילים שלא אמרת". ביוני באותה שנה הוציאה הלהקה שני סינגלים, "לינדה" ו"שיר התרנגול". "לינדה" פורסם בתקשורת כשיר בסגנון של רוק לבנוני. לאחר מכן יצאה הלהקה יחד עם אייל גולן, לסדרת מופעים בארצות הברית, קנדה ואירופה. לאחר חזרתה של הלהקה מסיבוב הופעות בארצות הברית ולאחר מלחמת לבנון השנייה הודיעה הלהקה על גניזת הדיסק שהיה אמור לצאת באותה שנה, עקב "חוסר בנשמה בשירים" על פי טענת הסולן.
התקופה הרביעית: 2007–2016.
החל משנת 2007 עובדים חברי הלהקה ביחד ולחוד בפרויקטים שונים. שירים של להקת אתניX ממשיכים לראות אור לצד הפקות בהן נחמה וקליסקי יוצרים ומפיקים בנפרד.
בשנת 2007 כתבו נחמה וקליסקי את השיר "משקר" לאלבומה של זהבה בן "הולכת עם האור". בשנה זו השתתפו חברי אתניX לצד אמנים נוספים בהקלטת השיר "רוח האדם" (מילים: סי היימן, סיני מיתקי ובשמת אדמון; לחן: סי היימן), לכוונת הגברת המודעות לשיקום נפגעי נפש. הגברת המודעות לשיקום הייתה דרך עמותת אנוש.
ביוני 2007 זאב נחמה כתב והלחין את השיר שמח של שרית חדד מתוך האלבום זה ששומר עליי.
באוקטובר 2007 התפרסם כי שלושה מחברי הלהקה הקימו הרכב בשם "טוטובל". ההרכב כולל את גל הדני המתופף, יורם פויזנר, שמלבד גיטרות ובס, אחראי גם על העיבודים וההפקה המוזיקלית, וזאב נחמה, שכותב את השירים ומנגן בגיטרות נוספות. ההרכב הוציא את הסינגל הראשון שלו, "מים" לתחנות הרדיו, לקראת אלבום מלא. למרות הקמת ההרכב, הודיעו חברי אתניX כי הם ימשיכו לפעול. באפריל 2008 יצא אלבומה של "טוטובל" להורדה בחינם באינטרנט. האלבום, הכולל אחד עשר שירים, לא הופץ כתקליטור בחנויות. ההרכב הוציא את האלבום וקידם אותו באתרים ברשת ודרך אתרי הלהקה השונים.
במאי 2008 יצא לרדיו השיר "דיסקוטק". בשיר השתתפו כל חברי הלהקה וכן הנרי וניקה (שניהם מחוץ למסגרת הצמד שהקימו "Henree feat. Nika"), ודי ג'יי PM בגרסאות משלהם.
בעקבות הצלחת השיר "אישה נאמנה", שכתב נחמה לישי לוי, הקליטו חברי הלהקה באותה שנה את השיר "נשמה", שבו אירחו את לוי. באוקטובר הם הופיעו יחד בפסטיבל באילת. בדצמבר יצא לרדיו השיר "שוקולד", שאותו יצרו נחמה ופויזנר, לזמרת העולה מרוסיה קתרין דיאצ'קוב. השיר נכתב במסגרת פרויקט של "סלקום" לצעירים יוצאי רוסיה.
בפברואר 2009 הופיע השיר "בתוך הלב" בביצוע חיים משה. את השיר כתב נחמה והלחין יחד עם פויזנר.
אחרי חודשים רבים באולפן, הופיע ביוני 2010 הסינגל "מתי לחזור" מתוך אלבומה החמישה עשר של הלהקה. השיר נכתב והולחן על ידי נחמה, ועובד על ידי פויזנר. בחודש אוקטובר 2010 יצא הסינגל "במכונית". בחודש נובמבר 2010 יצא סינגל בשם "זאוס" באינטרנט בלבד, ובמקביל ראתה אור יצירה של הרב קוק "המרפא" בביצוע של נחמה ועובדיה חממה, שהחלו את דרכם האמנותית יחד בלהקת "מוסקבה". בדצמבר 2010 יצא הסינגל "יש אלוהים", שאת מילותיו כתבו יחד מוקי וזאב נחמה. באותו חודש נערך המופע "היא עוד תשוב", מחווה ללהקת אתניX ולשיריה במועדון האוזן בר בתל אביב. מופע המחווה נערך במלאת 20 שנה לאלבום הבכורה של אתניX והשתתפו בו הזמרים והלהקות: computer camp, המועדון, אנטיביוטיקה, אבי עדאקי, לברדור לבורטוריז, בני בשן, Jack in the box, קוב, Guilts, בוא לבר, רוצי בובה, קרוסלה ועוד. באותו שבוע הוציא הצמד "Doctor Core", שבו חברים רון בונקר וחגי שלזינגר, אלבום מחווה מלא לאתניX, ובו ביצועים שלהם לשירים של הלהקה.
הלהקה הוציאה בפברואר 2011 את הסינגל "געגועים (געגועי לללניה)", שזכה לאהדת כלי התקשורת. במקביל הכריזו חברי הלהקה על מופע גדול בקיסריה שייערך בקיץ. לקראת המופע הוציאה במרץ את הסינגל "קאזה דה לונה" (בעברית: "לילות שרב"). השיר נכתב והולחן על ידי נחמה והופק על ידי יועד נבו. במאי ראה אור הדואט של אתניX עם ריקי גל, "אהבה עושה לך טוב", שנכתב והולחן על ידי נחמה. ביוני 2011 ראה אור האלבום "געגועים", ובו 15 שירים. באותו חודש יצא מתוך האלבום הסינגל השביעי, "הטעם שנשאר", שזכה להשמעות רבות ברדיו. את השיר כתב נחמה יחד עם מוקי, פרננדו סיישס ובנג׳מין קולהו. את העיבוד, כמו במרבית האלבום, יצר פויזנר.
ב-2 ביולי 2011, התקיימה ההופעה בקיסריה. המופע סימל את חזרתה של הלהקה למרכז העשיה וקצר שבחים רבים. במופע הורחב ההרכב עם שלוש זמרות ליווי, רבעיית כלי מיתר וכלי הקשה. הלהקה ייבאה לארץ מערכת תאורה מיוחדת וזכתה לאהבה גדולה מהקהל שהתגעגע. במהלך המופע נפרדו חברי הלהקה מהגיטריסט גיל אלון, אשר ניגן בה משנת 1990 ועבר עם משפחתו לארצות הברית. עם סיום המופע, הכריזה הלהקה על סיבוב מופעים ארצי, העונה לשם "שיא הקיץ". באותה שנה הצטרף ללהקה הגיטריסט גלעד פסטרנק.
ב-12 באוגוסט 2012 יצא אלבום האולפן ה-13 במספר וה-16 בסך הכול של הלהקה, שנקרא "אהבת חינם". מבין שיריו התפרסמו הסינגלים "אהבת חינם", "כי החיים כל כך יפים" ו"מה יוצא". האלבום הביא לזכייתה של הלהקה בתואר "להקת השנה" במצעדי הפזמונים השנתיים של גלגלצ ושל רשת ג'.
ב-2012 נחמה הלחין למכבי תל אביב שיר אליפות נוסף, "צהוב עולה", למילים של דידי הררי שאותו ביצעה הלהקה.
מ-7 בדצמבר 2013 עד 23 ביולי 2015 עבדה הלהקה על אלבום האולפן ה-14, שנקרא "הטוב קורה". באלבום יש את השירים: השיר "גשם שלי" בביצוע משותף עם אוהד מושקוביץ. את השיר כתב והלחין זאב נחמה ועיבד אותו יורם פויזנר. ב-12 במרץ 2014, יצא השיר "צ'ארלי" בביצוע משותף עם יורם פויזנר. את השיר כתב והלחין זאב נחמה ועיבד אותו יורם פויזנר. ב-29 ביולי 2014, יצא השיר "הטוב קורה" בביצוע משותף עם שרון חידרסקי ונטע רד. את השיר כתב והלחין זאב נחמה ועיבד אותו יורם פויזנר. השיר "תחליטי את", השיר "מאנייאנה" (מחר) עם איזי, השיר "אם תלכי", השיר "איש הקרח", השיר "תם הנקם", השיר "הלב יודע", השיר "משה", השיר "ג'יגולו", השיר "ניו יורק" עם נטע רד, השיר "רובים ונשיקות", השיר "אינקה" והשיר "מדבר" מתוך הפרויקט "עוד מעט נהפוך לשיר" של גלי צה"ל. באותה השנה הוציאה אתניקX את השיר "מקסיקאנה" ביחד עם עדן בן זקן. השיר כבש את פסגת המצעד של מדיה פורסט.
התקופה החמישית: 2016–הווה – המחלוקת.