בקצה השני עומדים הגר"א ותלמידו רבי חיים מוולוז'ין, המציינים את עליונות מעשה המצווה על כוונת האדם, וסוברים שאין להתחכם כנגד הדרכת התורה ומעשי המצוות. ובהתאם קובע רבי חיים מוולוז'ין כי "שאסור לנו לשנות ח"ו משום אחת מהנה ממצות ה', אף אם תהיה הכוונה לשם שמים, ואף אם ישיג האדם שאם יקיים מצותו המוטלת עליו, יוכל למיפק מיניה חורבא [=לצאת מזה חורבן] באיזה עניין", ולמעשה מתיר מציאות של עבירה לשמה רק כאשר נביא מקבל משמים הוראה מפורשת כזאת – אפשרות תאורטית שלא קיימת כלל בתקופתנו.
עם זאת, נראה כי רוב חכמי ישראל שעסקו בנושא זה היו במקום מסוים שבין שני הקצוות הללו, ונתנו מקום מסוים לעבירה לשמה, אף שסברו כי לא ניתן להפוך דבר זה לנורמה ולשגרה, וכי הדבר עלול ליצור אנרכיה ואנדרלמוסיה בנורמות החברתיות ובקיום מצוות, אלא שישנם מצבים חורגים או יוצאים מגדר הרגיל, שבהם הדבר מותר על פי הדוגמאות שהובאו לעיל מבנות לוט, תמר ויעל. בהקשר לכלל זה מטילים חכמי ההלכה הגבלות וסייגים שונים.
בעלי התוספות והמהרי"ק קובעים לפי התקדים של מעשה יעל ואסתר, כי מותר לעבור עבירה כדי להציל את כלל ישראל. בדומה להם, לדעת הראי"ה קוק עבירה לשמה הוא סעיף מתקנת "מגדר מילתא" (=לסייג את הדבר. תקנה לסייג דבר בדור) ו"הוראת שעה", על פי בית דין או נביא, שהרי יש בסמכותם לשנות הלכה באופן קבוע או זמני. ורק כאשר לאדם ברור ללא כל צל ספק, כי מטרת העבירה מקובלת על בית דין, כמו הצלת כלל ישראל, הוא יכול לעשות כן, גם מבלי להתייעץ איתם. עוד הוא קובע כי עבירה לשמה יכולה להתקיים בכל העבירות, אפילו גילוי עריות ושפיכות דמים, אבל לא בעבודה זרה. הגבלה חזקה יותר מטיל רבי יחזקאל לנדא ("הנודע ביהודה"), הקובע כי עבירה לשמה מותרת לבעל רוח קודש בלבד.
לעומתם, הנצי"ב מוולוז'ין מרחיב עבירה לשמה לדברים נוספים, בשל גישתו כי העולם מעורב מרע וטוב, ולעיתים יש להשתמש ברע שבדרך כלל ממית, כשם שמשתמשים בסם ממית לריפוי אדם. עם זאת, הוא סובר שצריך להיות שיקול ושקלול זהיר ומדויק שלוקח בחשבון את כל הנסיבות והתוצאות בעניין, והוא קובע שלושה תנאים כדי לקיים עבירה לשמה: 1. שהאדם לא ייהנה מהעבירה (כי אם הוא נהנה הוא יענש על העבירה על אף ההיתר), 2. שהוא יהיה "מושקע בדעת תורה" כי אם לא הוא יכול להכשל בהחלטתו לבצע עבירה שבאמת המקרה לא מצדיק, 3. שהוא לא יחפש עבירה לשמה אלא רק אם הקרה בא לידו ואין ברירה אחרת אלא לבצע עבירה לשם מצווה. גישה דומה שעבירה לשמה קיימת בכל תחומי החיים קיימת גם אצל רבי ישראל ליפשיץ (בעל תפארת ישראל למשנה), הכותב כי דבר זה אינו שווה לכל נפש, אלא רק לאדם גדול שיודע לשקול את השפעת העבירה לעומת המצווה, והוא אף מציין פרדוקס בהפיכת הכלל לשגרה, שאם לא נאמר כן, אפשר להגיע מתפיסה זו לגנבה ורמאות לצורך נתינת צדקה, דבר שקשה להעלות על הדעת.
במסגרת רחבה וכללית יותר, הרב ארי יצחק שביט עומד על כך שאפשר לראות בדבריו של הראי"ה קוק על תהליך הגאולה שנעשה בידי חילונים, במאמר הדור ובמקומות נוספים פירוש חדשני למושג של עבירה לשמה. והוא מציין כי "קיימת תופעה, שבגלל מגבלות הלכתיות או השמרנות הכללית הנחוצה בציבור הדתי, השינוי המיוחל מופעל בעזרת שליחים פורצים ופרוצים".
חשיבות הכוונה ומעלתה.
לעיתים הובאה תפיסה זו כדי לחדד את האבחנה שבין גוף המעשה לכוונה שטמונה בו. בדרך זו להדגיש את התפיסה של חשיבות הכוונה הראויה במעשה המצווה, עד שיש הסוברים כי בלעדי הכוונה המצווה ריקה מתוכן, כמו שכותב רבי יוסף אלבו (בספר העיקרים) שאף מצטט את חז"ל שמי שאכל פסח לשם אכילה גסה עליו הכתוב אומר "ופושעים יכשלו בם".
בהמשך לקו זה, המלבי"ם עושה שימוש בעבירה לשמה להדגיש את נושא טוהר המצפון והלב הטוב. בהסברו לפסוק במשלי "מכל משמר נצור לבך", על בסיס הפסוק "הֵיטִיבָה ה' לַטּוֹבִים וְלִישָׁרִים בְּלִבּוֹתָם" (תהילים קכ"ה ד') הוא סובר כי עיקר תיקונו של האדם הוא התיקון הפנימי, ולכן העיקר שהאדם יהיה ישר בלבו ובמצפונו, שהלב יהיה משומר מרע, והמעשה החיצוני אף שנראה מעוקל איננו רע, כי רחמנא ליבא בעי (=ה' רוצה את הלב).
ובדומה לכך גם סובר היעב"ץ בפירושו למסכת אבות, על כל מחלוקת שהיא לשם שמים - שסופה להתקיים, כותב כי שמי שמתכוון ללמוד לשם שמים, גם אם טעה, יחשב לו כאילו הגיע אל חקר האמת.
המהר"ל מפראג סובר שמי שעשה עבירה לשמה באמת, זוהי סיבה טובה לקולת עונשו, בהתייחסו לחטא עץ הדעת הוא סובר, כי אם חוה הייתה חוטאת בחטא זה בעיקר כדי להשכיל ולהחכים, ולא מפני שנתאוותה לדבר, היה החטא בגדר של עבירה לשמה, ועונשה לא היה גדול כל כך.
הרשב"ץ קובע שגם אדם חוטא יש לו לכוון לשם שמים, וכדוגמה הוא מביא את סיפור הגנב המתפלל לה' שיצליח בפריצה שלו, ואת השבועה שנשבע שאול בשם ה' כאשר ביקר אצל בעלת האוב בעין דור, שמדומה במדרש תנחומא לאישה נואפת שנשבעת בחיי בעלה.
מושגים קרובים.
כלל זה שונה מהכלל של פיקוח נפש שדוחה שבת שמופיע במשנה. בעת פיקוח נפש העבירה נדחית ואיננה קיימת, שכן השבת נדחית בפני קיום הנפש כמו גם שאר מצוות, למעט שלש עבירות מיוחדות שיש בהן דין ייהרג ואל יעבור. במצב של עבירה לשמה, העבירה ממשיכה להיות קיימת ויש לה תוצאות. למשל במקרה של אשת איש שתקיים יחסים אסורים תאסר על בעלה, אף שעשתה דבר חשוב כמו הצלת עם ישראל כבמעשה אסתר ויעל. הבדל נוסף שקיים ביניהם הוא שבפיקוח נפש, גם אם מעורב שם שיקול זר, שבת תדחה מכל מקום, ואין כאן עבירה כלל, בגלל ההיתר הכללי הקיים בדבר, לעומת זאת בעבירה לשמה, חייבת להיות כוונה לשם שמים, ואם מעורב שיקול זר, נשארת רק עבירה.
מושג דומה ל"עבירה לשמה" הוא מצווה הבאה בעבירה. במושג זה הרע והטוב מעורבים וכרוכים אחד בשני באותו ממד, בממד המעשי של המציאות. והכלל קובע שכאשר הרע והטוב כרוכים ביחד הם מאותו ממד, והטוב מבוסס על הרע, ובונה את בנינו עליו, הטוב אינו גובר על הרע, והמצווה איננה יכולה להכשיר את העבירה שמשמשת לה כמסד. קיים חוסר נוחות מכך שיתברר כי הסנגור הוא למעשה קטגור. לעומת זאת ב"עבירה לשמה", הרע והטוב שכרוכים זה בזה, הם משני ממדים שונים. הרע בממד המעשי והטוב בממד הרוחני של הכוונה, ותמיד הכוונה חזקה יותר מהמעשה בהתאם לכלל "הרהורי עבירה קשין מעבירה". זאת ועוד, ב"עבירה לשמה" יכולה להיות מציאות שבה ישנה רק עבירה ללא מצווה שנלוות אליה, ורק למפרע מתבררת הכוונה הטובה של עושיה, והטובה שיצאה ממהלך זה לעולם. ולכן במקרה כזה הכלל הוא שכאשר כוונה טובה מדריכה את המעשה הרע, הכוונה הטובה גוברת על הרע המעשי, ומכשירה אותו.
שבתאות ופרנקיסטים.
שתי הכתות השבתאות והפרנקיסטים שפעלו במאה ה-17 ובמאה ה-18 צידדו בין היתר במושג של "עבירה לשמה". כלומר לעבור עבירות, במיוחד בתחום המיני, כדי ל"תקן" כל מיני "תיקונים רוחניים". על פי המסופר חלקם ביצעו ריטואלים מיניים שונים, על פי הדגם של תמר ויהודה או יעל וסיסרא. בין היתר סופר עליהם כי עסקו באורגיות וגילוי עריות, כחלק מהטקס הדתי שלהם. על יעקב פרנק עצמו סופר כי נהג לקיים יחסי מין עם בתו חוה, כסימולציה לרעיון קבלי.
נתן העזתי נביאו של שבתי צבי, ניסה להצדיק את ההתאסלמות של משיחו, בשנת 1666 ולהציגה כ"עבירה לשמה", באמצעות שימוש במונחים קבליים הלקוחים מתורת האר"י, והוצאתם מהקשרם המקורי, שכן לתפיסתו ההתאסלמות נועדה, לפדות את ה"ניצוצות" הנתונים בשבי ה"קליפות", להעלותם ולהחזירם לשורשם.
הרמח"ל בספר קנאת ה' צבאות, התפלמס עם השבתאות מנקודת מבט תאולוגית-קבלית באופן שיטתי תוך שהוא מבקרה באופן חריף ביותר, שבחרה "להמיר טוב ברע ורע בטוב, ולהפך דברי אלהים חיים ללענה ורוש". בספר זה הוא מונה את השגיאות של כתות אלו, כשבין היתר הוא חושף את הסוד שקיים בעבירה לשמה, ובו הוא קובע שכשמדובר בעבירה לשמה על רקע מיני, היא מתייחסת דווקא לנשים ולא לגברים, ודווקא בהוראת שעה ולא כמצב מתמשך.
חסידות ומתנגדים.
בחסידות נמצאות כמה התייחסויות לעניין זה, ולעיתים מושג זה נעשה שיטה בעבודת ה', אם כי לעיתים הוא מוגבל לצדיק במעלה גבוהה שכבר זיכך את עצמו.
רבי אלימלך מליז'נסק ("נועם אלימלך"), בן הדור השלישי לחסידות. מגדיר את עבירה לשמה, בכך שעל האדם לשמוע בקול השם, ולעשות את המצווה עליו אף על פי שהדבר נראה לו לא נכון. בכך, טעה שאול המלך, שלא הרג את נשי העמלקים, למרות ציווי הקדוש ברוך הוא.
תלמידו החוזה מלובלין ניסה לתרץ את אי הקפדת החסידים בזמני קריאת שמע ותפילה, בחשיבות הכוונה ורצונו של הקב"ה בליבו של האדם, וכתב כי לפעמים כאשר הצדיק שוקל כי עתה רצון הבורא שיעסוק בדבר שיגרום נחת רוח לבורא ית"ש, הוא עובר לפעמים על זמן קריאת שמע ותפילה.
רבי מרדכי יוסף ליינר מאיזביצה ("מי השילוח"), סובר כי צדיק שבירר את עצמו מהיצר הרע, אם מתגבר עליו יצרו, ועושה עבירה, הדבר הוא רצון ה' וחלק מההשגחה (מי השילוח, פרשת פינחס), כעין מקרהו של יהודה בתמר, לפרשנות חז"ל.
אצל תלמיד "מי השילוח" רבי צדוק הכהן מלובלין, ההגות במושג זה אף היא תופסת מקום, אם כי לפי תפיסתו, מושג זה הוא בעיקר דיעבדי, לאחר שנעשה מעשה, אפשר לבחון אם הוא היה בגדר של עבירה לשמה לפי התוצאות של המעשה.