כדי להתמודד עם אתגר תנועת ההשכלה והציונות שבאותו הזמן התפשטו באירופה והורידו מלימוד תורה וקיום מצוות תלמידי ישיבה רבים, ובכלל זה גם חסידיו, וכן עם אתגר הישיבה הליטאית (כגון ישיבת וולוז'ין), הבין רש"ב שעליו לעצב מרכז חסידי בדמותה של הישיבה הליטאית, המלוכדת סביב קבוצה נבחרת של צעירים רווקים מוכשרים, שתהפוך למוקד רוחני־דתי לחסידיו.
בט"ו באלול ה'תרנ"ז (1897), בסעודת השבע ברכות של בנו יוסף יצחק, ייסד את ישיבת תומכי תמימים בלובביץ' כמוסד שבו עוסקים בלימוד תורת חסידות חב"ד כחלק מסדרי הלימוד הקבועים, לצד לימודי תלמוד והלכה.
הרש"ב תיאר את תלמידי הישיבה כ"חיילי בית דוד", משל היו חיילים היוצאים לקרב להביא את המשיח, שהוא צאצא של דוד המלך. הוא דרש מהם להתמסר ללימוד התורה ולעבודת ה' עד כדי מסירות נפש. הוא כינה אותם "תמימים".
העברת מוקד ה"חצר" מזקני החסידים לתלמידי הישיבה השפיעה על עתיד חב"ד.ישנם הסבורים כי מערך זה איפשר לחסידות חב"ד־ליובאוויטש להתבלט יותר משאר הזרמים של חב"ד בעבר.
את שיטת הלימוד בישיבה התווה ב"קונטרס עץ החיים" (ה'תרס"ד (1904)), שבו הוא שולל את שיטת הפלפול קודם שהתלמיד הגיע לבהירות שלמה בסוגיה. הוא מורה גם שעל כל תלמיד להקדיש לפחות ארבע שעות ביום ללימוד תורת החסידות, ומסביר את החשיבות בלימוד זה.
משנתבססה הישיבה, היא הפכה לציר המרכזי לא רק של חיי ה"חצר" אלא של כלל החסידים. מאמרי הרבי נאמרו בפני התלמידים בלילות שישי, במשך השבת חזרו התלמידים על המאמרים בסיוע ה"חוזרים" שתפקידם היה לזכור בדיוק רב את מילות הרבי, לאחר מכן חזרו על הדברים לפני הרבי, תוקנו במדת הצורך, ובמוצאי השבת הועלו עלי כתב, הודפסו במכונת העתקה, והופצו בקרב החסידים. כך גם החסידים החיים במרחקים יכלו לעיין בדברי הרבי, זמן לא רב לאחרי אמירת המאמר. באופן זה מאמרי הרבי גיבשו את החסידים סביב הישיבה והרבי. ה"תמימים" נדרשו להתפרס בתפוצות החסידים ולספק את נפשם הצמאה באמצעות חזרה על מאמרי חסידות, סיפורים, והתוועדויות.
בשנת ה'תרע"ב (1912) שלח לחברון שבעה תלמידים מצטיינים ומשפיע, כדי להקים שם סניף של הישיבה בשם "ישיבת תורת אמת". לשם כך הוא קנה את בית רומנו, ושלח לשם מימון תדיר. כעבור חודשים אחדים חזרו שניים מהבחורים לרוסיה, ועם פרוץ מלחמת העולם ה־1 גם שאר בני הקבוצה חזרו אליה (הם היו נתיני רוסיה, ועזבו את הארץ שהייתה בשליטת הטורקים). בשנת ה'תרפ"ב (1922) הוקמה הישיבה מחדש בירושלים, שם היא פועלת עד היום.
פעילות ציבורית.
השפעתו לא הצטמצמה בין כותלי בית המדרש, אלא פעל למען כלל יהדות רוסיה, שסבלה מרדיפות, פוגרומים וחוקי מאי, ועשה זאת תוך ניהול מערכת קשרים ענפה עם רבני הדור, חסידים ומתנגדים כאחד. בימיו ההתנגדות לחסידות דעכה וכמעט לא הורגשה.
כאשר גורשו יהודי מוסקבה בשנת ה'תרנ"ב (1892), פעל לסייע להם כלכלית להתבסס במקומות חדשים.
החל משנות ה־20 וה־30 של המאה ה־19, ממשלת רוסיה מינתה רבנים מטעם הרשויות, שהיו ממונים על ניהול פינקסי רישום הנישואים, הלידות ומקרי המוות בקהילות היהודיות. לרוב, "רבנים מטעם" אלו לא היו ראויים לרבנות, ויש שאף לא היו שומרי תורה ומצוות. הם שימשו לצרכים פורמליים בעוד למעשה רבנים מסורתיים המשיכו בתפקידם הדתי. בשנת ה'תר"ח (1848) יסדה הממשלה "ועידה רבנית" - מוסד רשמי לצורכי בירור השאלות הדתיות של יהודי רוסיה - שהתכנסה כל כמה שנים. האספה החמישית של הוועידה התקיימה בחורף ה'תרנ"ד (1894) ובה התקבלה הצעה שגם הרב הדתי יתחייב בתעודת השכלה ואז יוכל גם הוא לנהל את פנקסי הרישום ושוב לא יזדקקו לרבנות כפולה. הדבר נודע לרבי כעבור מספר שנים, ובמשך השנים ה'תרנ"ז-ה'תר"ס (1897-1900) עמל רבות לבטל החלטה זו. הוא דרש לבטל את הרבנות הכפולה ולמנות פקיד שיהיה אחראי על הרישום הפורמלי, אך הדבר לא עלה בידו. החוק עצמו לא השתנה בנושא זה עד לנפילת משטר הצאר והתחלת השלטון הקומוניסטי.
החל משנת ה'תרנ"ג (1893), חוגי ההשכלה ניסו להשפיע על ממשלת רוסיה שתחייב את המלמדים בחדרים בתעודת השכלה, ושבחדרים ילמדו גם לימודי חול, לכל הפחות רוסית. הרבי פעל נגד הצעה זו.
בשנת ה'תר"ס (1900), פתחה בית ספר בלובביץ' חברת מרבי השכלה. הדבר החריד את הרבי שחשש מפני השפעת ההשכלה. הוא כינס אליו את ה"תמימים" והתבטא אודות חברי האגודה בחריפות, באומרו "הריני שונא אותם כולם".
בשנה זו עלה מספר בתי הספר של החברה לכ־150 בערך. עקב קשיים כלכליים היא פנתה לעזרת יק"א, וזו אישרה להעביר לידיה מיליון פרנק, סכום נכבד באותם ימים. הדבר נודע לרבי והוא פתח במערכה מקיפה לביטול התקציב. הוא סבר שתקצוב האגודה יוביל לפריחה במערכת החינוך החילונית, ומסורת ישראל תפגע. במכתב ארוך ניסה לשכנע את יק"א שעיקר מטרתה צריכה להיות שיפור מצבם הכלכלי של יהודי רוסיה, ללא התערבות במצבם הרוחני, ואף גייס לשם כך את עזרתם של גדולי הרבנים במכתב פניה נוסף ליק"א. שליחו דאג להחתים את הרבנים דוד מקרלין, אליהו חיים מייזל מלודז', חיים מבריסק וחיים עוזר מווילנא. הפעולות הרבות שנעשו בשיתוף פעולה עימם נשאו פרי, ולבסוף רוב התקציב לא הועבר לידי המשכילים.
בשנת ה'תרס"ב (1902) ביקש בתמיכת רבנים אלו מיק"א לסייע בהקמת בית חרושת לאריגה ולטוויה בידי יהודים בעיר דוברובנה, בעזרת האחים פוליאקוב, והארגון נענה לבקשתו. על פי מקורות חב"ד הועסקו במפעל כאלפיים יהודים.
עקב פנייתם של רבנים חרדים חשובים, הוא שקל לתמוך בארגון "מחזיקי הדת" שנוסד על ידי האדמו"ר מבלז, יהושע רוקח, ואף כתב בשנת ה'תרס"ב (1902) מכתב תמיכה ארוך ומפורט, אך הוא חזר בו ומכתב זה לא נשלח. במכתב אחר מאותה שנה הוא מסביר שהחליט להתנגד לארגון כי סבר שהארגון יזיק לדת יותר ממה שיועיל לה.
היה שותף לשלביה הראשונים של התארגנות אגודת ישראל, אך בשנת תרס"ט פרש ממנה עקב החלטתה לקבל לשורותיה גורמים מתונים, והחלטתה לתמוך במפעלי בנייה בארץ ישראל. הרש"ב הביע חשש שהאגודה תהפוך עם הזמן לציונית.
בזמן שהממשלה כינסה את "אספת הרבנים" בסנקט פטרבורג בשנת ה'תר"ע (1910), היה מראשי האספה. בעת האספה נקט יחד עם הרב חיים מבריסק בגישה תקיפה, והתנגד לכל שינוי במסורת ישראל. במהלך הדיונים נשא נאום נלהב בו שכנע את הרבנים המתונים לתמוך בעמדתו. באספה הועלו שאלות בדבר ההשכלה וידיעת השפה הרוסית הנדרשת לרבנים על מנת לנהל את רישום הלידות והפטירות כפי הנהוג בימים ההם. הרש"ב נקט בעמדה הקיצונית ביותר לפיה לא תידרש לרב אף השכלה מלבד ידיעת התורה ואת הרישום ינהל פקיד מיוחד, דעתו שהייתה המיעוט בנושא נדחתה והוחלט שלרב תידרש ידיעה מינימלית של קריאה וכתיבה ברוסית.
במשפט בייליס המפורסם (ה'תרע"א, 1911), נטל חלק פעיל, במיוחד בוועד הפרקליטים. הוא יעץ לרב מזא"ה, שהיה אחראי על החלק ההלכתי בהגנה, בתחומי ההלכה והחסידות, ומינה את חסידו וקרובו ר' לוי יצחק שניאורסון, שהיה בקי בקבלה, להתעסק בתחום זה. בנוסף, ביקש מעורך הדין אוסקר גרוזנברג לסיים את נאום ההגנה ב"שמע ישראל". הוא מילא את בקשתו, כשבסוף נאומו קרא לבייליס שגם אם ביהמ"ש יפסוק לחובתו יצעד כיהודי גאה, בקריאת "שמע ישראל".
בזמן מלחמת רוסיה־יפן (ה'תרס"ד-ה'תרס"ה) דאג לשלוח לחיילים היהודים בחזית אוכל כשר, ובעיקר מצות לפסח. בעת מלחמת העולם ה־1, יסד בפטרוגרד ועד שעמל לספק את צורכי הדת של פליטי המלחמה מפולין וליטא, בעיקר באמצעות בניית מקוואות וייסוד חדרים, ופעל בהצלחה לשחרר את הרבנים והשוחטים מחובת שירות צבאי. בהמשך לזה הקים בשנת ה'תרע"ח (1918) דפוס "עזרא", בו הדפיסו ספרי קודש, ביניהם סידור תהילת השם בנוסח אשכנז ובנוסח האר"י.
יחסו לציונות.
הרש"ב היה אחד המנהיגים הבולטים והמיליטנטיים שהעמידה היהדות האורתודוקסית כנגד הציונות. הוא ראה בציונות ובציונים אויבים מרים המאיימים על עצם קיומו של העם היהודי במובנו המסורתי, והכריז עליהם מלחמה. בתנועה הציונית הוא ראה סכנה גדולה בהרבה מההשכלה וההתבוללות, משום שהנלכדים ברשת ההשכלה אינם מדמים בעצמם שהם יהודים כשרים, ולכן יש להם סיכוי לשוב בתשובה, ואילו הציונים שואפים לחולל שינוי ערכי בדת עצמה ובכך הם מחשיבים עצמם ליהודים כשרים יותר משומרי המצוות, ואין סיכוי שיחזרו אליה.
התנגדותו החריפה לציונות נבעה משלוש סיבות. מבחינה תאולוגית הוא סבר כי הציונות נוגדת באופן חד לעיקרון שפעילות ארצית למען בוא המשיח - תרחיקו. לתפיסתו, הגאולה צריכה להיות בידי שמיים ולא באמצעות מעשים ארציים. הוא היה הראשון שהשתמש במדרש שלוש השבועות כטיעון נגד הציונות, "ומכאן ואילך החל טיעון זה להיות רווח כארגומנט אנטי־ציוני מובהק בקרב החרדים במזרח אירופה". זאת בניגוד לתפיסת אביו שהתבטא שאילו היו אנשי ביל"ו עולים לארץ ישראל "באור השם", "הייתי גם כן נוסע ומביא מאה אלף חסידים לארץ ישראל". שנית, הוא טען כי מטעמים פרגמטיים הציונות המדינית איננה ישימה: אומות העולם לא יאפשרו כינון מדינה יהודית, והיהודים במהותם אינם מסוגלים לבנות מדינה ("גם אנחנו מצד תכונותינו אין אנו מסוגלים לזה"). שלוש, הוא חשש כי מטרת הציונות היא להחליף את המסורת היהודית כיסוד והעיקר של עם ישראל ב"לאומיות".
הוא אמנם המשיך במסורת אבותיו ותמך ביישוב החב"די בחברון ובחסידי חב"ד האחרים שהתגוררו בארץ, אולם בה בעת התנגד באופן חריף לתמיכה כספית באלה שהתיישבו בארץ במסגרת ה"ישוב החדש", וכינה את בני היישוב החדש בירושלים: "החוטאים והפושעים שמטמאים את הארץ".