על פניו נראה היה, שנוצר מצב מסוכן ביותר לכוחות הארמייה השמינית, שמצאו עצמם מכותרים, או בסכנת כיתור. אולם למעשה, דווקא כוחותיו הניידים של רומל נמצאו במצב קשה, משום שהם היו חלשים מאוד (כ-1,600 איש בדיוויזיה ה-90 וכ-600 חיילי חרמ"ש ו-21 טנקים בדיוויזיית הפאנצר ה-21), והכוחות שהם התיימרו "לכתר" כללו עשרות אלפי חיילים, וכ-160 טנקים. התקפת נגד נחושה של הכוחות הבריטיים העדיפים הייתה עשויה להשמיד אותם ללא קושי. אולם גנרל ויליאם גוט (William Gott), מפקד הקורפוס ה-13, לא תפס את חומרת מצבו של האויב, ולכן הורה לשתי הדיוויזיות שבפיקודו לסגת באותו לילה אל קו ההגנה של פוקא, כדי להימנע מסכנת כיתור. כוחותיו הצליחו לפרוץ את הכיתור ולסגת כמעט ללא פגע, אך הותירו את הקורפוס ה-10 מנותק וללא סיוע באזור מרסא מטרוח. במקום להתארגן להגנת פוקא המשיכו כוחות הקורפוס בנסיגתם עד שהגיעו לקו אל-עלמיין.
בגלל קשיי תקשורת, מפקדת הקורפוס ה-10 לא הייתה מודעת כלל לנסיגת הקורפוס ה-13 עד לשעות הבוקר המוקדמות של ה-28 ביוני, ולכן לא ניסתה לארגן נסיגה מקבילה של כוחות הקורפוס בליל 27/28 ביוני. במהלך היום כיתרו כוחותיו של רומל את מערך הקורפוס ה-10, והתכוננו להסתער עליו, בעוד יחידות קורפוס אפריקה המשיכו להתקדם מזרחה לאורך כביש החוף, ובשעות הערב הגיעו לפוקא, השמידו את שארית הבריגדה ההודית ה-29, ותפסו שלל ציוד רב.
בליל 28/29 ביוני פרצו כוחות הקורפוס ה-10, שפוצלו לכוחות חטיבתיים, את הכיתור של כוחות הציר, ונסוגו לכיוון דרום ולאחר מכן מזרחה בחסות החשיכה. מרבית כוחות הקורפוס הצליחו לפרוץ את טבעת הכיתור ולהימלט מזרחה, אך דיוויזיית הפאנצר ה-21 תפסה כמה שדירות נסוגות ליד פוקא ותפסה כ-1,600 שבויים. בסך הכל לקחו כוחותיו של רומל 6,000-8,000 שבויים במהלך הקרב, ותפסו כמויות גדולות של ציוד (כולל תותחים רבים ו-40 טנקים) ושל אספקה. שתי הדיוויזיות של הקורפוס ה-10, שספגו אבדות כבדות, הועברו לעורף לצורך התארגנות מחדש, ולא יכלו לקחת חלק בשלב הראשון, הקריטי, של הלחימה בקו אל-עלמיין.
ההכנות להגנת אל-עלמיין.
אל-עלמיין הייתה תחנת רכבת חסרת חשיבות על חוף הים התיכון, אך המרחק הקצר יחסית שהפריד בינה לבין שקע קטארה מדרום לה, שנחשב בלתי עביר לתנועת שריון, הפך אותה לנקודה אידיאלית להקמת קו הגנה שיגן על תעלת סואץ מהתקפה מכיוון מערב. הייתה זו הנקודה היחידה במדבר המערבי (מצרים ולוב), בה אפשר היה להקים קו הגנה, שלא ניתן לאגוף אותו מדרום. תוואי הקרקע הבולט ביותר בקו אל עלמיין היה רכס רוויסאת, רכס נמוך וסלעי, שהשתרע במקביל לחוף הים, 16 ק"מ דרומית לאל עלמיין, ו-32 ק"מ צפונית לשקע קטארה, וסיפק לכוח השולט בו נקודת תצפית מצוינת על המדבר סביבו.
מפקדת הצבא הבריטי בקהיר הייתה מודעת לחשיבות האסטרטגית של אזור אל-עלמיין עוד לפני פרוץ המלחמה במדבר המערבי. לכן היא הכינה באזור זה שורה של "תיבות" - מתחמים מבוצרים המוקפים שדות מוקשים וגדרות תיל - לאורך קו הנמתח מן הים ועד לשקע קטארה. התיבה החזקה ביותר נבנתה סביב תחנת הרכבת באל-עלמיין, סביבה הונחו מוקשים וגדר תייל חלקית בסיוע הדיוויזיה הדרום אפריקאית ה-1. תיבה נוספת, בבאב אל-קטארה, כ-32 ק"מ מחוף הים וכ-13 ק"מ דרומית-מערבית לרכס רוויסאט, נחפרה, אך טרם מוגנה במוקשים או בגדר תייל, בעוד שבתיבת נאק אבו דוויס, על סיפו של שקע קטארה, נעשתה עבודת ביצורים מועטה מאוד. הפערים הגדולים בין התיבות המבוצרות בקו אל עלמיין לא היו מוגנים, והפיקוד הבריטי תכנן להגן עליהם באמצעות כוחות ניידים (בריגדות שריון או בריגדות ממונעות), שישמרו בעתודה.
הכישלון בהגנתה של מרסא מטרוח עורר פאניקה במפקדת הצבא הבריטי בקהיר וגרם לאוקינלק לתכנן תוכנית לנסיגה ולפינוי קהיר במקרה שעמדת אל-עלמיין תיכבש. עם זאת, החל אוקינלק להקים עמדות הגנה מערבית לאלכסנדריה והציף במים אזורים נרחבים בדלתא של הנילוס.
אוקינלק פרס את הקורפוס ה-30 שלו, שהורכב מ-3 דיוויזיות חי"ר (הדרום אפריקאית ה-1, ההודית ה-10 וה-50) באגף הימני של קו אל עלמיין, סמוך לחוף הים, ואילו הקורפוס ה-13, שכלל שתי דיוויזיות חי"ר (הניו זילנדית ה-2 וההודית ה-5) הוצב באגף השמאלי של הקו. הכוחות שנותרו מהדיוויזיות המשורינות ה-1 וה-7 נשמרו כעתודה ניידת, להגנה על הפערים במערך ההגנה הבריטי. כוונתו של אוקינלק הייתה לבסס את הגנת קו אל עלמיין על התיבות המבוצרות, שנועדו לפצל את כוחות הציר ולתעל את התקדמותם לאזורי השמדה, שם יותקפו מהאגפים ומהעורף על ידי העתודות הניידות הבריטיות.
תוכנית ההתקפה של רומל.
כאשר קרבו כוחותיו של רומל לקו אל-עלמיין ב-30 ביוני, הם היו מותשים ובתת-תקן. לשתי דיוויזיות הפאנצר של קורפוס אפריקה, למשל, נותרו רק 44 טנקים כשירים לתנועה, אולם רומל דחק בכוחותיו לנצל את ההצלחה ולפרוץ במהירות את קו ההגנה הבריטי החדש לפני שהבריטים יספיקו לסיים את ההכנות להגנת קו אל עלמיין ולתגבר את הכוחות שהגנו עליו. קווי התחבורה של רומל, שהתארכו מאוד בעקבות התקדמות כוחותיו לעומק שטח מצרים, גרמו לכך שכוחות הציר סבלו ממחסור בדלק, במים ובתחמושת.
תוכניתו של רומל הייתה דומה מאוד לתוכנית שביצעו כוחותיו בהצלחה בקרב מרסא מטרוח: הוא תכנן לפרוץ את קו אל עלמיין בין תיבת אל-עלמיין לדיר אל-עבייאד. לאחר פריצת הקו נועדה הדיוויזיה הקלה ה-90 לפנות צפונה לכיוון כביש החוף, לנתק אותו ולכתר את מגיני תיבת אל-עלמיין, בעוד דיוויזיות הפאנצר ה-15 וה-21 יפנו דרומה כדי לתקוף את הקורפוס ה-13 מעורפו. דיוויזיה איטלקית אחת תתקוף את תיבת אל-עלמיין ממערב ודיוויזיה נוספת תתקדם בעקבות הדיוויזיה ה-90. הקורפוס הממונע האיטלקי ה-20 נועד לתקוף את תיבת קטארה, בעוד דיוויזיית השריון "ליטוריו" מגינה על האגף הדרומי של כוחות הציר בסיוע יחידות סיור גרמניות.
לרוע מזלו של רומל, הערכת המודיעין שלו לגבי פריסת כוחות הארמייה השמינית בקו אל עלמיין הייתה מוטעית לחלוטין, ובחפזונו לפתוח במתקפה לא התפנה לערוך סיור מקדים של עמדות האויב. רומל העריך שהקורפוס ה-10 כולו מחזיק בתיבת אל עלמיין ובתיבה נוספת בדיר אל עביאד, אך למעשה הוחזקה תיבת אל עלמיין על ידי בריגדה יחידה של הדיוויזיה הדרום-אפריקאית ה-1, ובדיר אל עביאד כלל לא הייתה "תיבה" בריטית. שתי הבריגדות האחרות של הדיוויזיה הדרום-אפריקאית החזיקו בשתי תיבות מאולתרות בין תיבת אל עלמיין לבין רכס רוויסאת. הדיוויזיה המשוריינת ה-1 (שרומל העריך שנמצאת בדרום קו אל עלמיין) החזיקה ברכס רוויסאת, בעוד הבריגדה ההודית ה-18 החזיקה בתיבה מאולתרת מצפון לרכס, בדיר אל שיין, 5 ק"מ מזרחית לדיר אל-אבייעד. הדיוויזיה הניו זילנדית ה-2 החזיקה בתיבות בבאב אל קטארה (קרת אל עבד) ובדיר אל מונאסיב, בעוד הבריגדה הממונעת ה-7 מהדיוויזיה המשוריינת ה-1 הוצבה באזור קרת אל חמימאת, על מנת למנוע איגוף המערך הבריטי מדרום. הבריגדה ההודית ה-9 החזיקה בתיבה בנקב אבו דוויס, מצפון לשקע קטארה.
מהלך הקרב.
התקפת קורפוס אפריקה.
התקפת כוחות הציר נפתחה ב-1 ביולי בשעה 03:00 (שעון גרמניה). הדיוויזיה ה-90 ניסתה לעקוף מדרום את תיבת אל עלמיין, אך נתקלה בעמדות הבריגדה הדרום אפריקאית שהגנה עליה, ורותקה למקומה. שתי דיוויזיות הפאנצר של קורפוס אפריקה התעכבו בדרכם בשל סופת חול ותקיפה מהאוויר, והגיעו לעמדות המוצא שלהן רק לאחר עלות השחר. הם גילו שאין "תיבה" בריטית בדיר אל-עביאד, אך כשניסו להמשיך לנוע מזרחה נתקלו בבריגדת החי"ר ההודית ה-18, שהגיעה רק יומיים קודם לכן מעיראק, והחזיקה במתחם מבוצר בדיר אל-שיין, בסיוע 23 תותחי 25 ליטראות, 16 מתותחי הנ"ט החדשים של 6 ליטראות ו-9 טנקי מטילדה.
החל משעה 10:00 התקיפו כוחות קורפוס אפריקה את דיר אל שיין. הם הצליחו להכריע שניים מגדודי הבריגדה ה-18, אך שארית הבריגדה החזיקה מעמד בתיבה עד לשעות הערב, ונסוגה משם בחסות החשיכה. העיכוב בכיבוש דיר אל-שיין אפשר לבריטים לבצר את הקצה המערבי של רכס רוויסאת, ולהזרים לשם כוחות. בינתיים התקדמו הטנקים של הדיוויזיה המשוריינת ה-1 לאזור דיר אל-שין, שם נתקלו בדיוויזיית הפאנצר ה-15, ואילצו אותה לסגת מערבה. בסוף יום הלחימה נותרו לקורפוס אפריקה רק 37 טנקים כשירים מתוך 55 הטנקים בהם פתח בהתקפה.
בשעות אחר הצהריים, נחלצה הדיוויזיה ה-90 מאזור תיבת אל-עלמיין וחידשה את תנועת האיגוף שלה, אולם כוחותיה ספגו ריכוז אש ארטילרית מ-4 רגימנטים של ארטילריה. ההפגזה הכבדה גרמה לבהלה המונית בשורות הדיוויזיה, והיא נאלצה לעצור ולהתחפר במקומה, למרות נסיונותיו של רומל להמריץ אותה להמשיך בהתקפה.
ב-2 ביולי חידש רומל את התקפתו. הדיוויזיה ה-90 שוב לא הצליחה להתקדם, ולכן שינה רומל את תוכניתו והורה לדיוויזיות השריון של קורפוס אפריקה לתקוף ולכבוש את רכס רוויסאת, שהיה נקודת מפתח במערך ההגנה הבריטי. המגננה הבריטית ברכס רוויסאת נשענה על צוות קרב מאולתר שכלל יחידות ארטילריה, נ"מ וח"יר מוסע, ונקרא Robcol, על שם מפקדו, הבריגדיר רוברט וולר. השדרה המאולתרת הצליחה לעכב את קורפוס אפריקה עד להגעת שתי הבריגדות המשוריינות של הדיוויזיה המשוריינת ה-1 לאזור, והללו הדפו את דיוויזיות הפאנצר מהרכס לפני רדת החשיכה. בתום היום נותרו לקורפוס אפריקה 26 טנקים כשירים בלבד.