בראשית אותה שנה קיבלה הישיבה תרומה גדולה של 50,000 ל"י מחברת האחים חיים ואברהם שרמן בקארדיף. מתרומה זו הוקמה ספריית שרמן, ואחד מחדרי הישיבות הגדולים בקומת הכניסה לבניין הישיבה המרכזי נקרא "אולם שרמן". לפי פרסום של הישיבה משנת 1962 עמדו הוצאות הישיבה בשנה זו על כ-1,500,000 ל"י שהיו אז כ-500,000 דולר ארצות הברית.
ב־1963 למדו בישיבה עצמה 370, בישיבה הקטנה 170 ובכולל פוניבז' 130 תלמידים.
באוגוסט 1964 חנכה הישיבה, באירוע שכלל כתיבת ספר תורה, מבנה פנימייה לילדי "בתי אבות". המבנה נבנה ברחוב הרב הירש הסמוך ובו 24 חדרים ומועדונית בשלוש וחצי קומות ששטחן 1,200 מ"ר. המבנה נקרא על שם התורמים צבי אליעזר ואסנת קרויזהאר מארצות הברית שתרמו לפני כן את הבניין המרכזי של הישיבה ומבנים נוספים. בשל תרומותיהם הרבות, הכריז הרב כהנמן לקראת חנוכת מבנה זה על קריאת שם הכיכר הסמוכה "כיכר קרויזהאר". עם סלילת הרחוב ובניית מבני המגורים לכל ארכו, כיכר זו אינה קיימת עוד. עם צמצום מספר הילדים במוסדות "בתי אבות" התרוקן המבנה והחל משמש פנימייה לבחורי הישיבה עצמה. בפנימייה זו מתגוררים בעיקר בחורים צעירים. לצד הפנימייה נבנה חדר אוכל גדול ששימש בערבים כאולם אירועים, האולם נקרא אף הוא "אולמי קרויזהאר" ושימש במשך עשרות שנים לחתונות ואירועים אחרים. בראשית העשור השני של המאה ה-21 נסגר האולם והושכר למעון יום.
בשנת ה'תשכ"ח, 1968, חלה הרב כהנמן. הוא נותח בארצות הברית. בכ' באלול ה'תשכ"ט, 3 בספטמבר 1969 נפטר. ההלוויה התקיימה למחרת בגבעת הישיבה והשתתפו בה כ־40,000 מלווים. עם תום ה"שבעה" התכנסו תומכי הישיבה בראשות אברהם הרצפלד במלון דבורה והקימו ועדה במטרה להמשיך את התמיכה הכלכלית במפעליו. בוועדה השתתפו חברי כנסת, כלכלנים ותעשיינים, והיא התעתדה לגייס קרן של מיליון דולרים בעולם. ועדת-המשנה הישראלית, התחייבה לגייס 700,000 ל"י בהתאם להצעתו של חבר הוועדה, מנכ"ל בנק המזרחי משה מן. בעקבות פטירת הרב כהנמן התהדקו קשריו של הרצפלד עם הישיבה, הוא סייע ליצירת קשרים עם תורמים ואף הגיע ללמוד בה בעצמו במסגרת "ירחי כלה" שנערכו בישיבה בחופשת הקיץ. ב-1971 הבשיל קשר כזה בתרומה של רבע מיליון ל"י שהרים התעשיין והפילנתרופ היהודי-בריטי ארתור הוברט לישיבה. על שמו נקרא אחד מחדרי הישיבות הגדולים בקומת הכניסה לבניין הישיבה המרכזי "אולם הוברט". במסיבה שנערכה לכבודו במלון דבורה בתל אביב בעקבות התרומה, נאם הרצפלד וסיפר על קשריו עם הרב כהנמן.
שנות ה־70–ה־90.
באוקטובר 1978 נהרגו שנים מתלמידי הישיבה ונפצעו שלושה בהתהפכות רכבם בכביש החוף. בשנות ה־80 וה־90, אירעו אירועים דומים, והרב שך אסר על תלמידי הישיבות בכלל ללמוד נהיגה ולהוציא רישיונות נהיגה ואף הצהיר כי תלמידים שיוציאו רישיונות יאבדו את זכותם לבקשת דחיית שירות בצבא. ועד הישיבות אימץ הנחיה זו רק ב-1995 בעקבות מותו בתאונת דרכים של תלמיד נוסף מישיבת פוניבז'.
עד שנות ה־90 נמסרו השיעורים בישיבה ביידיש. בשנות ה־90 החלו הר"מים למסור שיעורים בעברית, למעט הרב דוד פוברסקי שהמשיך למסור שיעורים ביידיש, עד לפטירתו.
המאה ה-21 ומאבק השליטה בישיבה.
מאז סוף שנות ה־90 של המאה ה־20 מתקיימים בישיבה מאבקי שליטה קשים, במשך למעלה מעשור (1997–2009) התקיימו בישיבה מתיחות וחיכוך כמעט יומיומיים בין תומכי נשיא הישיבה הרב אליעזר כהנמן וראשי הישיבה הרב גרשון אדלשטיין והרב ברוך דב פוברסקי (מחנה זה מכונה "שונאים", בהגיה מלעילית), לבין תומכי ראש הישיבה הרב שמואל מרקוביץ (מחנה זה מכונה "מחבלים" בהגיה מלעילית). בעקבות הסכסוך נוצר פיצול חלקי במבני הישיבה כשבני המחנות תחמו את עצמם עם הזמן למבני פנימייה שונים. במסגרת המאבק שנויים במחלוקת המינויים של אנשי הצוות החדשים משני המחנות. בין הסכסוכים גלשו לעיתים לאלימות, והמשטרה נאלצה להתערב מספר פעמים. בשלב מסוים הורה הרב אדלשטיין לאנשי מחנה כהנמן הסרים למשמעתו לוותר על תפילות השבת והחגים בהיכל המרכזי של הישיבה ולקיים אותן בהיכל "אוהל קדושים" הסמוך, כדי להפחית את החיכוך. בהמשך הופרדו גם מקומות הישיבה בחדר האוכל ובפועל מתקיימות במבני הישיבה שתי ישיבות נפרדות לחלוטין, למעט ישיבה משותפת באולמות הלימוד בשעת תפילות הישיבה. הסכסוך ממשיך להתפרץ מעת לעת, ובפרט בתחילת שנת הלימודים, כאשר מגיעים תלמידים חדשים.
מלבד ראשי הישיבה, הרבנים אדלשטיין ופוברסקי, הצליח כהנמן הנכד לגייס את תמיכתם של הרב אהרן יהודה ליב שטינמן, הרב נסים קרליץ, הרב חיים קניבסקי, והרב מיכל יהודה ליפקוביץ'. גיסו הרב מרקוביץ זכה לתמיכת הרב יוסף שלום אלישיב והרב שמואל אוירבך.
דיון בוררות בין שני הצדדים התנהל בפני הרכב דיינים בראשות הרב חיים צימבליסט, הרב פינחס שרייבר והרב מאיר הייזלר. הבוררות קבעה כי הבעלות הממונית על נכסי הישיבה תהיה של בנו של אברהם כהנמן, אליעזר כהנמן. ראשות הישיבה אמורה הייתה להתחלק בין הרב פוברסקי, הרב אדלשטיין והרב מרקוביץ. פסיקה זו לא כובדה במלואה עקב מחלוקת בין הצדדים הקשורה לפרשנות המעשית של ביצוע פסק הבוררות. בשנת 2005 אישר בית המשפט המחוזי בתל אביב את הבוררות במעמד צד אחד, אך כשנה לאחר מכן ביטל בית המשפט העליון את אישור הבוררות והחזיר את הדיון לבית המשפט המחוזי. בשלב מסוים פרש הבורר מטעם כהנמן, הרב פינחס שרייבר מן הבוררות כשהוא מותח ביקורת על התנהלות ההליך כולו. הרב צימבליסט שישב בראש ההרכב דחה את המהלך וקבע כי ההרכב ימשיך לדון בתיק.
עם פטירת נשיא הישיבה אברהם כהנמן, בנו של מייסדה הרב כהנמן, בשנת תשס"ט (2009), הוריש בצוואתו את זכויותיו בישיבה לרעייתו רבקה. לפי הצוואה אם לא תהיה רבקה בין החיים בשעת פתיחתה, יחולק החלק שלה בין הבן אליעזר (60%) נוסף על חלק שהקנה לו בחייו (10%), לבין הבת ציפורה אשת הרב שמואל מרקוביץ (40%). שלושים יום לאחר פטירתו ייפתה האלמנה רבקה את כוחו של בנה אליעזר לנהל בשמה את הישיבה. למרות זאת, בפועל לא השפיעה הצוואה על הסכסוך שהיה מוטל אותה עת בבוררות, והתעוררה מחלוקת משפטית באשר לתוקפה של הצוואה והסמכויות הנגזרות ממנה. שני הצדדים טענו כי הצוואה מחזקת את מעמדם המשפטי וכי עולה ממנה כי דעת המנוח הייתה לטובתם.
בשנת 2013 פנה הרב כהנמן לבית המשפט המחוזי בתל אביב בדרישה לפסול את הבוררים, הרב הייזלר והרב צימבליסט, שהמשיכו לדון בתיק, בטענה שפעלו שלא כהוגן ועשו יד אחת עם הרב מרקוביץ, אולם בית המשפט דחה את הבקשה. גם ערעורו על החלטה זו בבית המשפט העליון נדחה, ובשנת 2014 שבו הבוררים לדון בתיק. באפריל 2014 שיגרו שלושה דיינים מבית הדין של הרב קרליץ מכתב לבורר הרב צימבליסט ובו כתבו כי "אין להמשיך הבוררות, ואין לזה שום תוקף על פי התורה, וכל כוחם הוא רק מכח הערכאות בלבד". על המכתב חתמו גם הרב אהרן לייב שטיינמן והרב חיים קניבסקי. בעקבות זאת פנה הרב כהנמן לבית המשפט בדרישה לבטל את הבוררות והציג מכתב בחתימת הרב צימבליסט ובו נכתב שאם הרב שטיינמן ימצא לנכון לבקש מהבוררים שלא להתכנס יקבלו את דעתו. אולם בית המשפט דחה את הבקשה.
בדצמבר 2014 ניתן פסק בוררות ובו כתב הרב צימבליסט כי הרב מרקוביץ וקבוצתו "הם ממשיכי ישיבת פוניבז' המקורית" ואילו הרב כהנמן ואנשיו הקימו ישיבה נפרדת. אנשי הרב כהנמן ערערו על פסק הבוררות ובאוגוסט 2015 ביטלה אותו שופטת בית המשפט המחוזי יהודית שבח. השופטת קבעה שמערכת היחסים בין שלושת הבוררים הפכה כה עכורה, עד שקמה עילה להעבירם מתפקידם, לאחר שיקבלו הכרעה סופית בעניין סכומי הכסף השוטפים שיועברו לרב מרקוביץ ולתלמידיו. קביעה זו בוטלה על ידי בית המשפט העליון, שהורה שהבוררים ימשיכו בתפקידם, ושמצופה מהם להתנהל באופן מקצועי ומכבד. בתחילת 2018 הגיש הרב כהנמן בקשה נוספת לפסול את הדיינים צימבליסט והייזלר מתפקידם, בעקבות ראיות חדשות.
פסק הבוררות האמור הביא להתלקחות מחודשת של הסכסוך בין הצדדים, שהובילה לאלימות, להשחתה של הספרייה ולמאבקים סביב תפילת הערבית בבית המדרש המרכזי של הישיבה. ב־29 בינואר 2015 פשטה המשטרה בכוחות גדולים על הישיבה ועצרה כ־25 תלמידים ממחנה הרב מרקוביץ. כעבור מספר ימים נעצר בנו של אליעזר כהנמן, יוסף, בחשד לתקיפת הרב מרקוביץ. כדי למנוע את המאבקים בבית המדרש החליטה המשטרה על חלוקתו מדי ערב בשעה שבע בין המחנות, תוך שהיא מפקחת על כך.