ב-1966, בעת שהיו חנוך ומרים בשירות צבאי, הם ביקשו להתחתן ועל כן פנו לבית הדין בפתח תקווה. לצורך בירור הנושא הופיעו בפני בית הדין עדים, שהמשמעותי בהם היה בולק בורקובסקי עצמו. הוא טען בתוקף שהוא יהודי כשר ושגיורו התבצע כהלכה. מאחר שלא היו עדים לגיור, הייתה חשיבות לשאלה אם מנהל בורקובסקי אורח חיים יהודי. על פי ההלכה, אורח חיים כזה כשלעצמו יכול להעמיד אדם בחזקת גר ולהוות אישוש לטענה שהתגייר. בורקובסקי טען שהוא מניח תפילין מדי יום ושומר שבת. בית הדין ערך לו בחינה קצרה ביהדות. בורוקובסקי ידע לומר שמניחים תפילין בבוקר, ולא בשבת. לעומת זאת, לא ידע כיצד מניחים תפילין (אמר שמניחים תפילין של ראש לפני תפילין של יד), לא ידע את פתיחת פיוט לכה דודי, ובעיקר - טעה בהשלמת הפסוק שמע ישראל. מכרים של בורוקובסקי העידו שאכלו עמו חזיר וראו אותו הולך לכנסייה, אולם מנגד היו גם שהעידו שנחשב בקהילה ליהודי כשר. בסופו של דבר פסק בית הדין לדחות את בקשת האח והאחות להינשא.
האח והאחות ערערו לבית הדין הרבני הגדול בירושלים. בהרכב ישבו שלושה דיינים. שניים מהם, מבכירי פוסקי ההלכה בישראל, הביעו השקפות מנוגדות. הרב שאול ישראלי, סבר שיש מקום לפסול את יהדותו של בורקובסקי ולהקל בדינם של האחים, גם בעקבות חוסר יכולתו של בורקובסקי להשלים את קריאת "שמע ישראל". לעומתו, הרב יוסף שלום אלישיב, סבר שיש להתייחס בצורה מקלה יותר אל דיני הגיור ולקבוע שאף אם הגר עובר על דברי חז"ל, אין בכך סתירה לכך שהוא רואה את עצמו כיהודי, מאחר שבקהילה היהודית שהוא חי בה מקובל כך: "בזמננו יש לדון שהתנהגות בדרכי יהדות שעל ידה נקבעת גרות לובשת קצת צורה אחרת".
שאלה נוספת הייתה האם האופן שבו סיפר בורקובסקי על התגיירותו נחשב לקביל מבחינת ההלכה, הדורשת פירוט מסוים לגבי בית הדין שבו נערך הגיור, פירוט שבורקובסקי לא סיפק. גם בשאלה זו היה הרב יוסף שלום אלישיב מקל מבחינת דיני הגיור ולפיכך מחמיר בשאלת הממזרות. על אף הדיון הנרחב החליטו לבסוף הרבנים שלא להכריע בסוגיה ולהחזיר את התיק לבית הדין הרבני בפתח תקווה, כדי שיבדוק אם כשהגיע בורקובסקי לארץ הייתה לו חזקת יהדות, כלומר האם הוחשב ליהודי.
בית הדין בפתח תקווה שמע עדים נוספים, בין השאר את עדותו של גבאי שסיפר כי תקופה ארוכה היה בורקובסקי מבקר בבית הכנסת בשבתות, ומצד שני עדויות אחרות לפיהן נצפה עומד בתפילה חסר מעש. לבסוף הכריע בית הדין שנית שבורקובסקי יהודי וקביעת הממזרות תקפה. התיק הושב לדיון נוסף בערכאת הערעור בבית הדין הרבני הגדול. אל הרבנים אלישיב וישראלי הצטרף הרב עובדיה יוסף. בניגוד לפסק דין הביניים, התקבלה הפעם פה אחד החלטה קצרה ולא מנומקת - לא לשנות את פסק הדין של בית הדין בפתח תקווה.
הפיכת הפרשה לציבורית.
האח והאחות שבקשתם סורבה פנו במכתב לשר הביטחון משה דיין בבקשה שיסייע להם. דיין איים שאם הבעיה לא תיפתר הוא יעלה בכנסת חוק לנישואים אזרחיים. ראש הממשלה גולדה מאיר קיבלה אותם לשיחה ומצוקתם נגעה ללבה. בעקבות הפרשה העלתה סיעת הליברלים העצמאיים הצעת חוק שנועדה להתיר נישואים אזרחיים לפסולי חיתון, והדבר גרם משבר קואליציוני. במקביל ללחץ הציבורי של האח והאחות להתיר אותם מממזרותם, פעלו בורקובסקי ובניו הבוגרים יותר נגד הפרסומים שהוא אינו יהודי.
במקביל, נעשתה פנייה אל הרב גורן בעודו הרב הצבאי הראשי, אשר בדק את התיק וחיווה את דעתו שניתן להתיר את האח והאחות לבוא בקהל. דיין פנה אל הרב הראשי הספרדי דאז, הרב יצחק נסים בבקשת עזרה, והרב ניסים ניסה למצוא בית דין שידון בפרשה מחדש. הרכב דיינים בבית הדין בירושלים בראשות הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא שאליו פנה הרב ניסים החליט שאין לו סמכות לדון בנושא במקום בית הדין בפתח תקווה.
בספטמבר 1971 הודיעו שבעת דייני בית הדין הרבני הגדול שהם מוכנים לשוב ולדון בתיק. אולם האח והאחות התמהמהו בהחלטה אם לפנות אל בית הדין הגדול, שמא החלטה שלילית שלה תסתום את הגולל על הפרשה.
הפרשה ריחפה מעל מערכת הבחירות לרב הראשי, כפי שמתאר אחד הביוגרפים של הרב עובדיה יוסף, שלמה צזנה:
בסופו של דבר הרב גורן אכן נבחר לרב ראשי כמחליפו של הרב איסר יהודה אונטרמן, שהיה בעל השקפה מחמירה בעניין האח והאחות. לצד הרב גורן נבחר הרב עובדיה יוסף כראשון לציון וכמחליפו של הרב ניסים.
פסיקת בית הדין המיוחד.
הרב גורן הפעיל את סמכותו כרב ראשי וכינס בית דין רבני מיוחד להכריע בעניין. תשעה רבנים כונסו ורק אחד מהם, הרב גורן עצמו, הזדהה בשמו. השאר שמרו על אנונימיות "כדי למנוע מהם וממשפחותיהם איומים, פגיעות והשמצות מצד קבוצות המהלכים אימים וזורעים טרור", כלשונו של הרב גורן. בשלב מסוים התפרסמה זהותו של הרב שלום מזרחי שנבחר אז לבית הדין הגדול כאחד מהדיינים בהרכב. לאחר שנים טען הרב איתם הנקין כי בין הרבנים הנוספים היו אף הרב אליעזר שפירא - דיין בית הדין בירושלים ולימים דיין בבית הדין הגדול (שאף פרסם מאמר בעד הרב גורן בהצופה), הרב שלמה ילוז - אז אב"ד אשדוד (הפסק נדפס בספרו שו"ת אשר לשלמה), הרב יעקב ניסן רוזנטל - אב"ד חיפה והרב שמואל תנחום רובינשטיין (אשר כפי הנראה חזר בו אחר כך), הוא מביא את דבריה של ד"ר משלוב המאמתת אף את זהותם של הרב יוסף גליקסברג רבה של גבעתיים והרב חיים פרדס מתל אביב.
בית דין מיוחד זה, שלדברי הרב גורן הורכב מדיינים, מאבות בתי דין ואף מדיין של בית הדין הרבני הגדול, הכריע לטהר את הממזרים, בעיקר בשל ערעור על עצם קיומה של הגירות.
מיד ביום פרסום ההכרעה, ב-19 בנובמבר 1972, נערכה חתונתם הכפולה של האח והאחות – הרב הצבאי הראשי, הרב מרדכי פירון, השיא את חנוך לנגר ואת כלתו, ולאחריהם השיא את מרים לנגר עם חתנה. החתונות נערכו בהשתתפות שר הביטחון, ושני הזוגות החדשים זכו למברק ברכה מראש הממשלה גולדה מאיר. מפלגות השמאל הביעו סיפוק ותקווה שהרבנות תמשיך להיענות לצרכיה של "החברה הנאורה והמתקדמת". הרב גורן הושם תחת שמירת המשטרה, וצעירי המפד"ל הודיעו שיסכימו להתגייס להגן עליו. מקום קבורתו של אביו, שיום האזכרה שלו חל בסמוך, נשמר בסוד מחשש שיחוּלל.
הפסק.
פסק דינו של הרב גורן פורסם בהרחבה בחוברת שהוציא זמן מה לאחר פרסום ההחלטה. הרב גורן טען כי ההלכה שבית דין לא יכול "לבדוק אחר בית דין אחר" אינה תקפה בימינו, בפרט בעניין ממזרות ששקול לדיני נפשות, וכי אין פסול הלכתי בכך שרק אב בית הדין מזהה עצמו בשמו והדיינים האחרים נותרים אלמונים. לגופו של מקרה קבע הרב גורן כי אין עדות שבורקובסקי התגייר בבית דין, אין ידיעות ברורות על האופן שבו נימול וטבל, ודבריו שניהל אורח חיים יהודי הם חסרי שחר, לאור העובדה שלא ידע להשלים את פסוק שמע ישראל או את לכה דודי. הוא הוסיף כי הרב שחיתן את חוה לנגר בשנית ודאי שמע על נישואיה הראשונים, אך לא ייחס להם חשיבות משום שבורקובסקי הוחזק כלא יהודי.
הרב אלישיב סירב לקבל את העדים שבורקובסקי חי כגוי, משום שהם עצמם התבררו כחוטאים: אחד מהם העיד שאכל עמו טרפה והאחר העיד שהוא עצמו חי בעבר עם נוצרייה. על כך ענה הרב גורן שעל פי ההלכה, אין אדם משים עצמו רשע, ועל כן, על פי הכלל פלגינן דיבורא, העדים אינם נאמנים להגיד רע על עצמם, אולם הם נאמנים בחלק דבריהם שבו הם מעידים בגנות חברם. בנוסף קיימים עדים כשרים לכל הדעות המעידים שבורקובסקי לא ידע כיצד להתפלל. מטעמים הלכתיים רבים הכלל שלפיו אדם יכול לבוא ולהעיד על היותו גר (מדין הפה שאסר הוא הפה שהתיר), אינו תקף במקרה זה. בראש ובראשונה, כלל זה חל רק לגבי אדם אשר הכול סבורים שהוא יהודי כשר, דבר שאינו קיים כאן. הרב גורן ציין עוד כי נוספו מסמכים חדשים שלא באו בפני בתי הדין הקודמים, ולפיהם העידו עובדים סוציאליים כי בורקובסקי גידל את בנו ברוח הנצרות.
על כל אלו הוסיף הרב גורן טעמים נוספים המחזקים את פסיקתו שאותם פירט בהרחבה בחוברת. עוד הביא דעה שלפיה גם גר שהתגייר כהלכה, אם שב לסורו והפסיק לקיים מצוות - גרותו פוקעת, ולדבריו במקרה זה ניתן לצרף שיטה זו כדי לקבוע שגרות האב אינה תקפה.
הרב בצלאל ז'ולטי הגיב בכתב לפסק של הרב גורן. הוא כתב שאין בעדויות שהגר עבר על עבירות אלו או אחרות, להפקיע את חזקת הגירות של בורקובסקי, שהרי הוא ידוע בציבור כגר. עוד כתב שאסור היה לקבל את העדים משום שהדבר היה שלא בפני בעל דין. בתגובה לדברי הרב גורן שאין חובה להזכיר את שמות חברי בית הדין הביא הרב זולטי שזו מחלוקת הפוסקים האם צריך המיעוט לחתום על פסק הדין, אך ברור שהדיינים חייבים לחתום על הפסק שלהם. הוא ציטט את המובא כי "מעשה בית דין" נחשב רק לכזה אם חתמו עליו שלושה דיינים. הרב גורן כתב כי כשם שחזקת שלוש שנים אינה חזקה אם אין עימה טענה כך גם הגר צריך להסביר את האופן שבו נתגייר, אחרת אין לו חזקת גירות. הרב ז'ולטי ענה שכאן אין מדובר בטענות משפטיות אלא בחזקת הנהגה, המבוססת על פרסומו בציבור של האדם כגר, גם אם אינו טוען זאת כלל.
התגובות לפסיקה.
תגובת החרדים לפסק הדין הייתה קשה. מועצת גדולי התורה התכנסה בראשות הרב משה חברוני בהרכב מורחב שכלל לראשונה את הרב אלישיב והרב שלמה זלמן אוירבך, ופרסמה קול קורא המכריז על בטלות פסק הדין והכרזה ש"אין לסמוך כלל" על כל פסיקותיו של הרב גורן. במקביל פורסמו מודעות החתומות על ידי גדולי רבני הציבור החרדי בארץ ישראל התוקפות את הרב גורן, בהן הוכרז "שכל הוראותיו של איש זה בטלין ומבוטלין ואסור לסמוך עליו כלל וכלל", והשוו אותו לרבני היהדות הרפורמית.