לאחר ההפסקה חזרו חברי הלהקה במראה חדש, כששיערם הארוך שאפיין אותם בעבר, קוצר לטובת תספורות קצוצות. מבחינת הסגנון המוזיקלי, Load מהווה הקצנה של "האלבום השחור" מבחינת התרחקות מהסגנון המקורי של הלהקה ומעבר לסגנון מתון, שקט יחסית וקליט.
Load נחשב לאכזבה גדולה בעיני רוב מעריצי הלהקה, ומכר פחות מהמצופה - על אף שנתוני מכירות היו נחשבים מרשימים לכל להקת מטאל אחרת מלבד מטאליקה. אם את "האלבום השחור" רוב המעריצים יכלו לקבל ואף אהבו, הרי ש-Load נחשב בעיני חלק מהמעריצים למסחור מוחלט של הלהקה, חדה ברמה האמנותית, ובעיקר ברמה הטכנית (או לפחות בהפגנת הרמה הטכנית). דווקא שאיפתה של הלהקה להתחבב על ההמונים גרמה לכישלונה המסחרי היחסי.
בשנת 1996 הלהקה לראשונה נתנה אישור שמוזיקה שלה תהיה מוזיקה לסרט - בסרט תיעודי .
בשנת 1997 הוציאה מטאליקה את אלבומה השביעי, "ReLoad". כצפוי, האלבום מהווה המשך מבחינה סגנונית לאלבום השחור ול-Load. למרות השתייכותו של האלבום לסגנון החדש של מטאליקה, האלבום הצליח יותר מקודמו, אך גם הוא נחשב לממוסחר ולמוערך פחות מארבעת האלבומים הראשונים ומ"האלבום השחור".
בשנת 1998 הוציאה מטאליקה את האלבום "Garage Inc."; אלבום כפול שכלל גרסאות כיסוי לשירי רוק ישנים, כאשר התקליטור הראשון הכיל הקלטות חדשות מ-1998 ואילו השני הקלטות מוקדמות יותר. מטרת האלבום הייתה להתאים את המלודיות הישנות והעדינות לסגנון רוק כבד. במיוחד בולטות גרסאות המטאל לשיר "Turn the Page" של זמר הקאנטרי בוב סיגר ולשיר "Astronomy" של להקת הרוק הקלאסית בלו אויסטר קאלט. בשתי הגרסאות בלט השילוב של נגינה מטאלית כבדה עם שירה מלאת רגש של הטפילד.
כמו כן, כולל האלבום גרסת כיסוי לשיר "Sabra Cadabra" של להקת המטאל הראשונה, בלאק סבאת', מספר גרסאות כיסוי ללהקות מז'אנר הגל החדש של ההבי מטאל הבריטי וכן גם מחרוזת ארוכה (מעל ל-10 דקות), של גרסאות כיסוי למספר שירים של להקת המטאל הדנית מרסיפול פייט. המחרוזת בוצעה בסגנון הת'רש מטאל הישן של מטאליקה. בנוסף חודשו שירים של להקת הגל החדש של ההבי מטאל הבריטי דיאמונד הד, להקה שהשפיעה על מטאליקה מבחינה מוזיקלית, כמו Am I Evil?"".
בשנת 1999 ארגנה הלהקה הופעה מיוחדת וחד-פעמית עם התזמורת הסימפונית של סן פרנסיסקו. במשך חודשים עמלו הגיטריסט והסולן ג'יימס הטפילד, המתופף לארס אולריך ומנצח התזמורת מייקל קיימן על התאמת יצירותיה של מטאליקה מכל התקופות לכלי התזמורת.
בהופעה גם ניגנה הלהקה שני שירים חדשים: "No Leaf Clover" ו-"Human", אשר לא נוגן מעולם ללא התזמורת.
ההופעה הוקלטה לאלבום כפול בשם "S&amp;M", אשר נמכר עד היום במיליוני עותקים. יש האומרים כי אף אלבום זה הוא ממוסחר, וכל מטרתה של ההופעה הייתה רווח כספי, אך בעיני רוב המעריצים והמבקרים כאחד, נחשב האלבום לאחד משיאיה של הלהקה. בשל הצלחתה הרבה של ההופעה החליטו חברי הלהקה להוציא את ההופעה כקלטת וידאו ולאחר מכן גם כמארז DVD.
2000–2005: המחלוקת סביב נאפסטר, עזיבתו של ניוסטד ו-"St. Anger".
הסינגל I Disappear יצא ב-2000 כחלק מפסקול הסרט משימה בלתי אפשרית 2. מוקדם יותר באותה השנה גילו חברי הלהקה שגרסת דמו לשיר פורסמה ברשת הקצה לקצה של נאפסטר. העבודה על השיר עדיין לא הושלמה והמטרה הייתה להוציא אותו במקביל ליציאת הסרט לאקרנים. בעקבות גילוי זה התברר להם שכל הקלטותיהם מאז ומעולם זמינות בשירות נאפסטר. הלהקה הגישה תביעה נגד נאפסטר ודרשה כי 300,000 המשתמשים שסחרו בשירי מטאליקה יסולקו מהרשת. הם תבעו גם את אוניברסיטת ייל, אוניברסיטת דרום קליפורניה ואוניברסיטת אינדיאנה על כך שלא החרימו את נאפסטר מהקמפוסים שלהן. ב-2001 הגיעו מטאליקה ונאפסטר להסדר מחוץ לכותלי בית המשפט שגרם להחרמתם של משתמשי נאפסטר רבים. הלהקה מעולם לא תבעה אף אדם ישירות על הפרת זכויות יוצרים.
הפרשה יצרה למטאליקה תדמית של כוכבי רוק אגואיסטיים ומנותקים מהקהל שלהם. חברי להקת מוטלי קרו תרמו את קולותיהם לסרטון אינטרנט ששיבח את תוכנות שיתוף הקבצים והציג את מטאליקה כלהקה תאבת-בצע; היה זה אחד מסרטוני קריקטורה רבים, שלעגו בעיקר ללארס אולריך. מספר מבקרים אף לעגו לאולריך באמצעות איות שמו כ"$Lar". אולריך טען בתגובה כי מטאליקה איננה מעוניינת במעריצים שמתנים את הערצתם בכך שיורשו להוריד את המוזיקה שלה בחינם. המבקרים הגיבו על כך בטענה כי הצלחתה המסחרית של מטאליקה בתחילת דרכה נבעה מסחר מחתרתי בבוטלגים שלה, שהיווה למעשה את המקבילה של שנות ה-80 לנאפסטר.
בשנת 2001 הודיע ג'ייסון ניוסטד על עזיבתו מסיבות אישיות לאחר 14 שנות פעילות בלהקה, על רקע התנגדותו של הטפילד לפרויקט-הצד של ניוסטד, Echobrain. את מקומו של ניוסטד נבחר לתפוס רוברט טרוחיו, נגן הבס של זמר המטאל האנגלי אוזי אוסבורן. ניוסטד הצטרף מאז ללהקת הת'ראש מטאל הקנדית וויבוד (Voivod).
הסכסוך בין ניוסטד להטפילד וכן התמכרותו המחודשת של הטפילד לאלכוהול ו"התמכרויות אחרות", כלשון הלהקה (אם כי הוא עבר אחרי כן עוד טיפול גמילה), גרמו לשיתוק מוחלט בפעילותה של מטאליקה למשך קרוב לשנה וסימנו לכאורה את סופה הקרב של הלהקה. ואלבום האולפן השמיני של מטאליקה, St. Anger, יצא רק בשנת 2003 כאשר מפיק הלהקה בוב רוק ממלא בו את תפקיד הבסיסט. לאחר מכן הוא הוחלף בידי טרוחיו.
St. Anger נחשב לאלבום האגרסיבי ביותר של מטאליקה מזה עשור וכן השנוי ביותר במחלוקת של הלהקה. הדעה הרווחת בקרב קהל המטאל היא, שהלהקה אשר בעבר נמנתה על הלהקות האיכותיות ביותר בעולם, ואשר היוותה דוגמה למקוריות אמנותית, הידרדרה לשפל אמנותי. הטענות שנשמעו היו כי הלהקה, ששימשה כאבות רוחניים-אמנותיים לעשרות להקות רוק ומטאל צעירות, הוציאה לאור אלבום שמחקה לכאורה את הלהקות הללו. עם זאת, היו גם מעריצים שסברו כי"St. Anger" אמנם אינו משחזר את האמת האמנותית של ארבעת אלבומי המופת, אך עדיין מהווה שיפור לעומת "Load" ו-"ReLoad", ולמעשה, התחלה של דרך אמנותית חדשה. למרות חוסר הערכה מצד הקהל המסורתי של הלהקה, האלבום זכה להצלחה מסחרית גדולה.
זמן קצר לאחר שעזב ניוסטד את הלהקה, ולפני שהתחילו בהקלטות ל-"St. Anger," נכנסו שלושת חבריה הנותרים לטיפול קבוצתי. הטיפול תועד בסרט דוקומנטרי בשם "Some Kind of Monster". בסרט תועד כל תהליך יצירת האלבום, החל משכירת האולפן ועד לרמיקסים, וגם חוויות אינדיבידואליות של חברי הלהקה. הסרט הופץ ב-DVD, וזכה להצלחה מסחרית גדולה.
2006–2011: "Death Magnetic", "Lulu" ו-"Beyond Magnetic".
בדצמבר 2006 הוציאה הלהקה לאור אלבום וידאו בשם "The Videos 1989–2004". האלבום מכר כ-28,000 עותקים ברחבי העולם, וניצב במקום השלישי במצעד האלבומי הווידאו של הבילבורד. בפברואר 2007 פורסמה גרסה אקוסטית לשיר "The Ecstasy of Gold", שנכתבה על ידי אניו מוריקונה. גרסה זו הועמדה לפרס בקטגוריית שיר הרוק האינסטרומנטלי הטוב ביותר בטקס פרסי גראמי ה-50. באותו החודש הודיע מפיק הלהקה בוב רוק על פרישתו. את מקומו תפס ריק רובין, שעבד עם חברי הלהקה במספר פרויקטים קודמים. ב-12 בספטמבר 2008 הוציאה לאור את האלבום "Death Magnetic". טרם צאתו, הוא הודלף ונמכר באופן לא חוקי בצרפת כבר מ-2 בספטמבר, ובממלכה המאוחדת מ-10 בספטמבר. חברת התקליטים שהפיקה את האלבום האחים וורנר, שקלה לנקוט צעדים משפטיים נגד חנות הקמעונאות הצרפתית, אך לבסוף חזרה בה. "Death Magnetic" ניצב בפסגת מצעד הבילבורד 200 במשך שלושה שבועות – האלבום החמישי ברציפות של מטאליקה, שהגיע למקום הראשון במצעד.. "Death Magnetic" זכה להצלחה דומה גם באירופה. הוא הגיע למקום הראשון במצעד האלבומים של היבשת, ובמצעדי מוזיקה של מדינות שונות דוגמת אוסטריה, קרואטיה, צ'כיה, דנמרק ופינלנד. בשנה הראשונה לצאתו נמכר האלבום בכ-490,000 עותקים ברחבי העולם, ואף הוכרז כאלבום הנמכר ביותר באוסטרליה לשנת 2008.
ב-14 בינואר 2009 הוכרז כי מטאליקה תיכנס להיכל התהילה של הרוק אנד רול באפריל 2009. ב-16 ביוני 2010 יצאו חבריה למסע הופעות ברחבי העולם, כאשר הופעתם הראשונה נערכה בעיר ורשה, בירת פולין, כחלק מאירועי פסטיבל סוניספרה. במסגרת סיבוב ההופעות, ביצעה את מיטב להיטיה במספר ערים גדולות באירופה, דוגמת סופיה, בוקרשט, איסטנבול ופריז. סיבוב ההופעות הסתיים ב-21 בנובמבר 2010, בעיר מלבורן, אוסטרליה. לפני הגעתם לאוקיאניה, הוציאו חברי הלהקה לאור מיני-אלבום הופעה בשם "Six Feet Down Under". כמה ימים לפני הופעת בפסטיבל בוונארו, ב-26 בנובמבר, הוציאה לאור מיני-אלבום הופעה נוסף בשם "Live at Grimey's". ב-9 בנובמבר 2010 הכריזה על הופעתה בפסטיבל "רוק בריו", בעיר ריו דה ז'ניירו שבברזיל כמופעו המרכזי. ב-15 ביוני 2011 הודיעה כי סיימה להקליט את אלבומה העתידי, "Lulu", שיצא לאור ב-31 באוקטובר באותה השנה. האלבום נכתב בהשראת המחזות "Earth Spirit" ו-"Pandora's Box" של פרנק ודקינד. ב-16 באוקטובר אישר רוברט טרוחיו את השמועות על כתיבת אלבומה הבא של הלהקה. לדבריו, כתבו חברי הלהקה מספר שירים שיוקלטו ב-2012.