במשך שנת 1919 אירעו למעלה מ-1,300 פרעות מתועדות. 80% מתוכן התחוללו בפלכי קייב, ווהלין ופודוליה, שבהם התגורר חלק הארי של האוכלוסייה היהודית. מתוך כ-900 פוגרומים נפרדים שנרשמו ונבדקו על ידי פעיל זכויות האדם היהודי-אוקראיני נחום גֶרגֶל , ובהם נמנו 31,000 הרוגים, 40% בוצעו על ידי יחידות נאמנות לדירקטוריום, ו-23% נערכו על ידי כנופיות חסרות השתייכות פוליטית ברורה. כל הצדדים הלוחמים השתתפו בפוגרומים, והם בוצעו בה במידה תחת הוראות מפורשות ועקב חוסר שליטה ביחידות הסדירות-למחצה שהמשמעת בהן הייתה רופפת. גם צבא הטריטוריה החופשית של נסטור מאכנו, שכמה מקציניו הבכירים היו יהודים ושמפקדו התנגד לאנטישמיות נחרצות, רצח יהודים ובזז את רכושם. ההיסטוריון פטר קֶנֶז העריך שמכנו לא רק שלא היה מסוגל לכפות את מרותו בתוהו ובוהו ששרר, אלא אף היה נכון לנצל את הזיהוי האנטישמי העממי בין יהודים לקומוניסטים כדי לגייס תמיכה נגד אויביו הבולשביקים.
לקראת האביב, בעוד דיווחים על אלפי נרצחים ומעשי התעללות ואונס המוניים זורמים מכל רחבי המדינה, המפלגות היהודיות השלימו את התנתקותן מהדירקטוריום. מנהיגים יהודים כמו משה רפס האשימו את הממשל של ויניצ'נקו ביותר מאשר חוסר אונים (אם כי יש להביא בחשבון כי זיכרונותיהם נכתבו בברית המועצות, וכיוונו גם להשחיר את הממשלה הלאומנית) וראו את מדיניותו כנרפית במכוון עקב רצון להפיק תועלת מהאנטישמיות להשגת תמיכה עממית. השיח והתעמולה שנפוצו פרטו רבות על נימה זאת; הזיהוי בין בולשביקים ליהודים בתודעת חוגי הצבא והשלטון היה מושרש ביותר, והם האמינו בכנות כי הם נלחמים נגד אויב יהודי-קומוניסטי. השקפה זו, למרות ההצהרות הרשמיות מגבוה – באפריל הוציא הדירקטוריום שוב גינוי חמור לפורעים והורה על מאסרם ושפיטתם; במאי אף הוקמה ועידת חקירה מיוחדת – הביאה לכך שגם כשמבצעי פוגרומים נעצרו הם כמעט ולא הורשעו או נענשו. בסוף מרץ 1919, אחרי הפוגרום הקשה בז'יטומיר, כתב אליהו חפץ שמשלחת יהודים שעלתה אל ויניצ'נקו נענתה על ידו במילים: בשלב זה הצהירה אפילו "פועלי ציון" על אי-הסכמה עם מדיניות הדירקטוריום. השר לעניינים יהודיים, נציג "פועלי ציון", אברהם רבוצקי, התפטר ב-9 באפריל. הוא הוחלף על ידי פנחס קראסני, שחסר תמיכה פוליטית ואף הוקע וגונה רבות על ידי הפוליטיקאים היהודים האחרים. קראסני עסק רבות בסיוע לנפגעי הפרעות, כשהוא מקצה דמי פיצויים שהדירקטוריום הקצה למטרה זו. גם סגן-שר החוץ האוקראיני, היהודי ארנולד מרגולין , התפטר במחאה על הפוגרומים, אם כי המשיך לתמוך בממשלה כנציגהּ לוועידת השלום בפריז.
הציבור והמפלגות היהודיות (לא רק באוקראינה אלא גם בבלארוס ואזורים נוספים, שגם בהם נערכו פרעות קשות על רקע מלחמת האזרחים) פנו לכוח היחיד שפעל בנחרצות נגד הפוגרומים, הצבא האדום. בחילות הבולשביקים רווחה אנטישמיות עממית נרחבת, והם בעצמם ערכו פרעות רבות. מבין הנתונים החלקיים שאסף נחום גרגל בשעתו, עלה כי נרצחו על ידי הצבא האדום לפחות 725 יהודים. אך צעדיהם של לנין, כריסטיאן רקובסקי ויתר ההנהגה הסובייטית נגד אנטישמיות היו נוקשים. היבסקציה, המחלקה היהודית של המפלגה הקומוניסטית, אף השיקה מסע חינוכי אינטנסיבי בקרב החיילים. הפורעים בשורותיהם נענשו או רוסנו בדרך כלל. במאי 1919, אגפי השמאל הפורשים של הבונד, הפֿאַראייניקטע ופועלי ציון הקימו ביחד את מפלגת ה"קוֹמפַרבָּנד" (קאָמפֿאַרבאַנד; הברית הקומוניסטית היהודית באוקראינה). מספר המתגייסים היהודים לצבא האדום באוקראינה היה מרובה כל כך, עד שהוקמו מוסדות מיוחדים לטפל בהם. ידם של הסובייטים הייתה על העליונה בכל מקרה: עוד בטרם האביב נדחקה הממשלה הלאומנית לרצועה צרה ממערב לקו ז'יטומיר–חרסון.
ב-9 מאי 1919 פתח האטמן ניקיפור הריהורייב, איל מלחמה מקומי במחוז חרסון שהחליף צדדים ללא הרף מתחילת הסכסוך, במרד כולל נגד פטרוניו הבולשביקים. צבאו זרע הרס במסעו צפונה – ובכלל זה פוגרומים בעשרות קהילות יהודיות, שהבולטים שבהם היו מבין הגדולים בכל אותה שנה. ב-15 במאי החל טבח בן שלושה ימים ביליזבטגראד שבו נהרגו יותר מ-1,500 יהודים, ולמחרת טבחה יחידה אחרת של הריהורייב כ-700 יהודים בצ'רקאסי. הריהורייב דוכא בתוך שבועות ספורים על ידי הצבא האדום. פרעות גדולות אחרות התרחשו ביתר חבלי אוקראינה. באומן נרצחו יותר מ-400 יהודים ב-14 במאי בידי האוכלוסייה אחרי שגדוד מורדים סוציאל-רבולוציונרי שמאלי גירש את הבולשביקים; לפי עד בן התקופה, מנהיג הסוציאל-רבולוציונרים האזורי שוטגרין הודה במשפטו על ידי הצבא האדום שהוא משתמש בהסתה אנטישמית גם דנילו טרפילו , "האטמן הירוק" שתמך בסוציאל-רבולוציונרים, היה מצוי במרד נגד הדירקטוריום מאז ינואר. טרפילו לחם נגד כל הצדדים, ובין מאי ליולי ניהלו כוחותיו מערכה עקובה מדם במחוז קייב במאמץ לבלום מתקפה בולשביקית מקומית. אנשיו היו אחראים לפרעות ב-15 מקומות יישוב, בהן נהרגו להערכת אליהו חפץ כ-2,000 יהודים. בטרוסטיאנץ , באמצע מאי, נטבחו עוד כ-400 יהודים בהתפרצות שהחלה כשכנופיה לא-מזוהה עברה בעיר. אלו היו רק הבולטים מבין עשרות ומאות פוגרומים שהתחוללו ללא הרף, ובהם נהרגו מספרים קטנים יותר.
במאי ויוני פלש למזרח אוקראינה מקובאן צבא המתנדבים של הגנרל הלבן אנטון דניקין. בצבא המתנדבים הייתה השפעה ניכרת למפלגת הקדטים הליברלית, וגם סוציאליסטים מתונים יחסית סיפקו לו תמיכה פוליטית ושאפו לראות בתבוסת הבולשביקים. אך הצורך לרצות את הימין השמרני, שעמו נמנה דניקין עצמו, גבר. הקצינים ואנשי מחלקת התעמולה היהודיים פוטרו כולם במרץ 1919; בקרב הקצונה בצבא המתנדבים רווחה האנטישמיות המסורתית של המשטר הצארי, שהוחרפה לאין שיעור במלחמת האזרחים, ומחלקת התעמולה הפיצה מנשרים שזיהו באופן מוחלט את האוכלוסייה היהודית עם הבולשביקים והטיפו לאלימות חסרת רסן. כוחות דניקין התמקדו בבולשביקים, ששלטו במרבית אוקראינה. הלאומנים היוו גורם שולי מבחינתם. הדירקטוריום הכריז על דניקין מלחמה, כמעט באופן סמלי, ב-24 בספטמבר. המטרה הפוליטית של הלבנים הייתה רוסיה מאוחדת, והם רדפו את מוסדות ונציגי הלאומיות האוקראינית בשטחים שכבשו. תוך זמן קצר הם הביסו את הצבא האדום והגיעו עד חרקוב וצ'רניהיב. בטולצ'ין נטבחו על ידי כנופיות מקומיות יותר מ-500 יהודים ב-14 ביולי. אותו החודש סימן את דעיכת המעורבות של הכוחות הלאומנים המוכים בפרעות; אולם אלו כלל לא חדלו, אלא התעצמו תחת הצבא הלבן.
צבא המתנדבים חולל במשך החודשים הבאים שורת פוגרומים, שנבדלו מהקודמים להם ברמת האלימות וההרס שגרמו ובכך שהמוני העם נטלו בהם רק חלק מועט. הם נערכו על ידי יחידות סדירות ובאורח מאורגן. אליהו צ'ריקובר כתב: . בסביבות קייב, שנפלה לידיהם בסוף אוגוסט, החל גל אלימות שבו נהרגו כמה מאות יהודים בחודשים הבאים. יחידות הקוזאקים של הלבנים גם הרבו במיוחד במעשי אונס המוניים של נשים יהודיות; על אף שמעשי אונס, ועמם עינוי ורצח קורבנותיהם, היו שכיחים ב-1919, כמה מהמתעדים הראשונים של המאורעות ציינו במפורש שצבא דניקין הפגין התנהגות חמורה במיוחד. העקובה מדם שבכל פרעות הלבנים נערכה בספטמבר ביהודי פסטוב, וגבתה יותר מ-1,000 הרוגים. דניקין, שסלד ממעשי הטבח אך לא עשה דבר למונעם, נעשה בשלב זה תלוי לגמרי בתקווה שצבאות מעצמות ההסכמה יתערבו לטובתו. כדי לפייס את דעת הקהל במערב, שידיעות על מעשי הזוועה הגיעו אליה, הוא אף הוציא באוקטובר גינוי חמור לפורעים, שצבאו פירש כמחווה כלפי חוץ ושלא הייתה לו שום השפעה ממשית על מעשיהם. לזמן-מה, כשצבא המתנדבים התקדם מעבר לגבולות אוקראינה אל תוך רוסיה, הייתה רגיעה מסוימת. אך עם התבוסה המוחצת שספגו מידי הצבא האדום בנובמבר ונסיגתם המזורזת בשטח המדינה עד לחצי האי קרים, הם ערכו גל פרעות נרחב נוסף בדצמבר וינואר.
גם הדירקטוריום הלאומי, ששלטונו הוגבל למובלעת קטנה שבירתה הייתה קמניץ-פודולסק, תלה את כל יהבו בהתערבות של צרפת, בריטניה ואמריקה נגד הבולשביקים. ב-26 וב-27 באוגוסט הוציא פטליורה, שבאותה עת היה כבר חסר כוח ממשי, שני צווים נוקשים נגד עורכי פוגרומים. אלו נועדו בייחוד לריצוי דעת הקהל המזועזעת במערב ולסתירת התעמולה הבולשביקית נגדו שם, שהפוגרומים היו עבורה נכס מרכזי. פטליורה נעזר במיוחד בנציגו בפריז, מרגולין. הלה סבר כי הדירקטוריום נאבק בכנות, וכמיטב יכולתו בנסיבות הקשות, בפורעים הלא-ממושמעים, וכי האשם העיקרי היו הלבנים, הכנופיות וגם הבולשביקים עצמם. הציר בפריז היה מהמעטים בקרב יהודי אוקראינה שהוסיפו לדגול בתמיכה בממשלה הלאומנית, בעת שהרוב העדיף את ההגנה שהבטיחו הסובייטים וראה בצעדיו של פטליורה מחוות ריקות.
כוח נוסף שנטל חלק בפרעות נגד היהודים במדינה היה הצבא הפולני. לאומנים אוקראינים הקימו בנובמבר 1918 את הרפובליקה העממית של מערב אוקראינה בגליציה המזרחית והשתלטו על רוב שטחה, כשהם מדכאים את האוכלוסייה דוברת-הפולנית. ב-22 בינואר 1919 הוכרז איחוד בין המדינה החדשה לרפובליקה העממית של הדירקטוריום, אם כי שתי הישויות נותרו נבדלות למעשה. צבא פולין העצמאית עולת הימים הדף את המערב-אוקראינים מגליציה תוך שהוא עורך פוגרום ביהודי לבוב, שאותם זיהה עם הבולשביקים, ופרעות נוספות. הפולנים חצו את הגבול הישן וחדרו לאוקראינה הרוסית גופא, שם התמידו באלימות נגד היהודים. נחום גרגל תיעד 9 פרעות שערך הצבא הפולני, ובהן נהרגו 134 יהודים.