טוני עוברת לגור בבית בעלה במינכן, אך כעת היא איננה מצליחה להסתדר עם אורח החיים הדרומי כבעבר, ונוסף לכך, מר פרמנדר מוכר את מבשלת השיכר שבבעלותו ופותח בחיי בטלה הזרים למורשתה, ובתם המשותפת מתה בעת הלידה.
בשלהי 1858 שולחת טוני מברק למשפחתה בו היא מודיעה להם על עזיבת בעלה לאלתר ועל חזרתה לבית שברחוב מנג. היא מגיעה נסערת ומספרת שבעלה בגד בה עם עוזרת הבית בעודו שיכור ואף אמר לה דבר שלא יאמר. לאחר הפצרות רבות סיפרה כי אמר לה "לכי לעזאזל טינופִיה שכמותך". טוני מתחילה לבדוק את האפשרות לפתיחת הליך גירושין, אך למרבה ההפתעה שולח מר פרמאנדר מכתב ובו הוא מודיע על רצונו להתגרש שכן נוכח לדעת כי "אין הם מתאימים זה לזה כלל וכלל"- ומייד לאחר מכן מתבצעים הגירושים.
חלקים שביעי ושמיני.
גרדה יולדת בן והמשפחה מתכנסת לטקס ההטבלה בכנסייה שבו נקרא הילד "יוהאן", על שם סבו המנוח, או בשם החיבה "האנו". כריסטיאן פונה לאחיו תומאס בבקשה להלוואה דחופה עבור עסקיו השקועים בחובות, אך אחיו משיב לו בבוז בטענה שמצבו נגרם לו בעקבות התרועעותו עם נשים מופקרות.
לאחר מותו של זקן הסנאטורים, מתמודדים הקונסול בודנברוק והקונסול האגנשטרום על המקום הפנוי בסנאט, ובסופו של מאבק צמוד מתמנה תומאס לסנאטור בעירו.
בשל מעמדו החדש והולדת בנו מחליט תומאס לבנות בית חדש ומפואר למשפחתו בסמטת הדייגים. עם סיום בניית הבית מתחילה רוחו של תומאס להיעכר עליו, ובשיחה עם אחותו טוני הוא מביע לפניה רגשות אלו, אלא שטוני איננה מבינה את פשרם, בעיקר לנוכח ההצלחות האחרונות.
לבסוף, חששותיו של תומאס מתממשים, כשנודע לו כי אמו החליטה לתת את כסף ירושתה של אחותו קלרה שמתה לא מזמן, מאה עשרים ושבעה אלף טאלרים, לבעלה הכומר האלמן; ועם ניצחונה המוחץ של פרוסיה על אוסטריה במלחמת שבעת השבועות נפלה גם פירמה גדולה בפרנקפורט שהייתה בקשרי מסחר הדוקים עם הפירמה "יוהאן בודנברוק", דבר שגרם להפסד נוסף של עשרים אלף טאלר.
בתחילת החלק השמיני אריקה גרינליך, בתה של טוני, חוגגת יום הולדת עשרים והיא מתאהבת במר הוגו ויינשנק, שהתמנה זה לא מכבר למנהל החברה העירונית לביטוח מפני שרפות. מר ויינשנק מבקש את ידה של אריקה שנענית לו בשמחה. הזוג נישא בכנסיית מריה, ועובר לגור בבית ששופץ ורוהט על ידי טוני.
טוני שומעת על מצבה העגום של משפחה שהתארחה אצלם בעבר ומחליטה לעזור להם באמצעות אחיה. היא פונה לתומאס ומציעה לו לבצע את עסקת חייו בקניית יבול בסיכון חצי מחיר. בתחילה תומאס מסרב, וטוען כי "עסקה שכזאת לא עשינו במאה שנות קיומה של הפירמה, ואין בדעתי להיות הראשון שייתן ידו למעשי ספסרות מפוקפקים." אך לבסוף הוא משתכנע ומחליט לבצע את העסקה שלבסוף עלתה יפה.
טוני מחליטה לציין את יובל המאה לפירמה, שהוקמה ב-7 ביולי 1768, בחגיגות בהשתתפות כל תושבי העיר.
גרדה מגלה את כישרונו המוזיקלי של בנה ומזמינה את מר פפול ללמד את הילד אחת לשבוע נגינה בהרמוניום. להבדיל מגרדה וממר פפול, דעתו של תומאס אינה נוחה מאופיו הרגשני וחסר היציבות של יוהאן הקטן ומדרך התפתחותו, ועל כן הוא מנסה לעשות הכול כדי למשוך את ליבו של הילד לחיי המסחר. האנו פוגש בבית הספר את קאי, ילד שובב ומלא חיים המגיע ממשפחת אצולה שירדה מנכסיה, ועל אף השוני הבולט בין השניים, הם הופכים לחברים טובים.
בחג המולד של אותה השנה נפתח משפט נגד הוגו, בעלה של אריקה, בחשד לעבירות של מרמה, ובסוף החג נידון מר ויינשנק לשלוש וחצי שנות מאסר בפועל. מקרה זה הגדיש את הסאה מבחינת טוני, שעוברת להתגורר עם בתה, והיא מגיעה למסקנה כי נגזר עליה לחיות חיי סבל.
חלקים תשיעי ועשירי.
הקונסולית חולה בדלקת ריאות ומתה. לאחר מותה מתחיל תומאס בהליכים למכירת הבית שברחוב מנג, למרות התנגדותה של טוני כי במקום זה חקוקים לעד זיכרונותיהם ושמחותיהם. תומאס מסכים עמה אך עומד בכל זאת על שלו ולבסוף, בתחילת 1872, הוא מוכר את הבית לידי יריביהם, משפחת האגנשטרום.
בחלק העשירי מתחיל תומאס לסכם את חייו ושוקע בדכדוך עמוק על אף גילו הצעיר יחסית. הוא שואל את עצמו שאלות פילוסופיות ומגיע למסקנה כי את פסגת חייו הוא לבטח כבר עבר מזמן.
האנו נשאר חלוש ורזה כפי שהיה מראשית חייו ואיננו מפיק תועלת מהוראות הרופא. כדי להיטיב עם בריאותו של האנו הצעיר מחליטה המשפחה לחרוג ממנהגה בשנים האחרונות ולנסוע לחודש של חופשה על שפת הים. אך הים, שאותו אוהב האנו בכל לבו, לא עזר הרבה לשיפור מצבו הבריאותי.
בראשית שנת 1873 נענה הסנאט לבקשת החנינה של הוגו ויינשנק, חתנה המועל של טוני, והוא משתחרר מכלאו חצי שנה לפני תום תקופת המאסר שנפסקה לו, אך אריקה מחליטה, בעצה אחת עם אמה, להתגרש ממנו.
תומאס מתחיל לגלות עניין רב בספר פילוסופיה שמצא באחת מהמגירות בביתו, אך כעבור חודש ימים הוא מחזיר אותו לארון ושוכח את כל מה שלמד. הרופא טוען כי תומאס אינו נמצא בקו הבריאות ועל כן עליו לצאת לחופשה שתיטיב עמו, ואכן תומאס יוצא להתרעננות במרחצאות בליווי אחיו כריסטיאן. לאחר חזרתו הוא שב לפעילות סדירה עד שבאחד הימים, בצאתו מישיבת סנאט, הוא חש בכאב עז באחת משיניו. הוא פונה לרופא השיניים שמנסה לעקרה, אך רק מחריף את המצב עוד יותר. הרופא מפציר בתומאס לסור למרפאה ביום המחרת לניסיון שני, אך בדרכו הביתה תומאס מתעלף מעוצמת הכאב, נופל על פניו באמצע הרחוב ונלקח משם שותת דם וחסר הכרה. לאחר פרק זמן קצר, נופח תומאס את נשמתו ומובל לקבורה במסע הלוויה מכובד.
חלק אחד עשר.
הפירמה עומדת לפני חיסול ורצונו של הסנאטור תומאס, אשר הובע מפורשות בצוואתו, היה כי יש לפרקה תוך שנה. גרדה שוכרת את שירותיהם של מקצוענים על מנת שיעזרו לה בעניין הפיננסי בחיסול הפירמה ובסיכום ההכנסות. היא מחליטה למכור את הבית ולעבור לבית אביה עם בנה, אך האנו נדבק בטיפוס ומת בדמי ימיו. גרדה עוזבת בודדה ושבה אל חייה משכבר הימים, לנגינה עם אביה, הכנר המפורסם.
הסיפור מסתיים בשיחה חזקה ונגעת ללב בין טוני, פרידריקה בודנברוק (קרובת משפחתה), וסזמי וייכברודט, מורתה הישישה של טוני, על משמעות האלוהים בחיי האדם ועל העולם הבא אשר בו יתחדש האיחוד המשפחתי לעתיד לבוא:
נושאים עיקריים.
הרומן הגרמני.
עד ספר זה של תומאס מאן, דגלה הספרות הגרמנית המסורתית בעיצוב עולמות פנימיים, מופנמים ומכונסים בעצמם, בניגוד מובהק לכותבי הרומנים ברוסיה ובצרפת, שדגלו בריאליזם ושאפו להאיר תהליכים חברתיים על ידי עיצוב הגיבורים באופן כזה, שבנוסף לפן האינדיבידואלי שלהם, הם גם ייצגו מעמד חברתי זה או אחר.
בדבקות הקנאית של מאן לתאר את העולם לפרטי פרטים יש ביקורת גלויה על הפרוזה הגרמנית המסורתית, ולגלוג סמוי על מסורת הכתיבה הגרמנית הרומנטית מבית היוצר של נובאליס וא.ת.א. הופמן, שהעדיפו תמיד את דרך הכתיבה הספרותית, שמאן מייחס לנער קאי, חברו הטוב של האנו, כפי שהיא מובאת בספר:
מאן, שהיה מודע לנחיתותו של הרומן הגרמני בתחום זה, פנה להיעזר בספרי המופת של הרומן הריאליסטי האירופי בכלל, וברומן הצרפתי והרומן הרוסי בפרט. מאן מזכיר את האחים גונקור, טורגנייב, ובראש ובראשונה את טולסטוי (שתמונתו עמדה על שולחנו במשך כל התקופה שבה כתב את "בית בודנברוק") – כמקורות השראתו העיקריים, ואילו את תיאודור פונטאנה, שהיה הסופר הגרמני הריאליסט הראשון בעל שיעור קומה וחשיבות, כמקור השראה משני בלבד, שהשפעת יצירתו "אפי בריסט" על תומאס מאן ניכרת רק בתיאור אירוסיה הכפויים של טוני בודנברוק לבנדיקס גרינליך.
"בית בודנברוק" מהווה אבן דרך בתולדות הספרות הגרמנית, והוא מסמל את תחילת המעבר של רוב הספרות הגרמנית שנכתבה לאחר מכן בתחילת המאה ה-20, ממופנמות ורומנטיקה לריאליזם.
רומן חברתי.
מאן התגאה בזמנו בכך, ש"בית בודנברוק" הוא "הרומן הנטורליסטי הראשון והיחיד בספרות הגרמנית". תפיסה זו של המחבר רואה בגורלה של משפחת בודנברוק, אשר מעמדה מתערער מדור לדור ולבסוף היא עוברת מן העולם, סמל לגורלה של הבורגנות האירופית כולה, שההגמוניה שלה על בימת ההיסטוריה הגיעה אל קיצה והיא נאלצת לפנות את מקומה לבני "המעמד הרביעי" - הבורגנים-הזעירים והפרולטריון.
אך למרות הצהרתו של מאן ורצונו לפרוץ את מסורת הכתיבה הגרמנית, ולמרות העובדה שעד "בית בודנברוק" לא ידעה הספרות גרמנית פרישה רחבה של המציאות והארה מפוכחת ומעמיקה של מכלול התהליכים המתחוללים בה, התיאור של בית בודנברוק כרומן חברתי אינו מדויק.
ראשית, עניין 'שקיעתה של הבורגנות' לא מעלה ולא מוריד מן היצירה. בפתח הרומן קונה משפחת בודנברוק את הבית הגדול מדי משפחת סוחרים שירדה מנכסיה (משפחת ראטנקמפּ). ואילו לקראת סוף הרומן, כשתהליך ירידתם של הבודנברוקים מתקרב אט אט אל קצו העגום, חוזר הבית הגדול ונמכר למשפחה אחרת של סוחרים עשירים, שהגיע תורם לפלס להם את דרכם למרום החברה (משפחת האגנשטרום). קניית הבית שברחוב מנג ומכירתו נטענות במהלך היצירה במשמעויות חברתיות כבדות משקל לגבי כל שלוש המשפחות שגורלן נקשר בו: קנייתו היא אות להצלחה, לשגשוג ולאושר ולעומת זאת מכירתו היא סימן להידרדרות ושקיעה.
מכאן, שתהליך השקיעה והירידה אינו מעוצב ברומן כתהליך חברתי אלא כתהליך של "משפחה באה ומשפחה הולכת, והבורגנות לעולם עומדת", ולמרות היריעה הריאליסטית הרחבה שנפרסת ברומן, קשה לראות תהליך זה כשינוי חברתי ופוליטי המשפיע על אירופה כולה.