כאשר צעדו הגרמנים אל הגטו נתקלו בהתנגדות כבדה מצד הלוחמים אשר ירו בהם מחלונות הקומות העליונות של בתי המגורים שהתרוקנו מיושביהם. לוחמת הגרילה שבה השתמשו מגיני הגטו, הביאה ליתרון זמני של המגינים על הגרמנים, ואלו נאלצו לסגת ולהתארגן מחדש. בבוקר היום שלאחר מכן ניתן ללוחמים אולטימטום להניח את נשקם עד השעה עשר בבוקר. כוחות הואפן אס.אס. שהגיעו למקום נתקלו בהתנגדות כבדה.
בשלב זה החלו הגרמנים להצית את בתי הגטו. פעולה זו הייתה היחידה שבכוחה היה להתגבר על ההתנגדות המזוינת בגטו. כאשר נמלטו הלוחמים מן הקומות העליונות הבוערות אל הבונקרים התת-קרקעיים, כילתה השריפה שמעל את אספקת החמצן שמתחת, והפכה את הבונקרים למלכודות חנק.
הסיוע שקיבלו הלוחמים מן הפולנים שמחוץ לגטו היה מוגבל. הארמייה קריובה לא השתתפה בלחימה, ולמעט יוזמה מקומית של אחד מן הקצינים שתקף בראש אנשיו עמדה גרמנית ב-20 באפריל, היה היחס למרידה אדיש. הרדיו המחתרתי אשר שידר מלונדון, הודיע על ההתקוממות היהודית אך שבועיים לאחר פריצתה. אנשי הארמייה לודובה ביצעו מספר פעולות, ובמיוחד פעלו כנגד קווי התחבורה של הגרמנים אל הגטו, אך השפעת פעולות אלו הייתה מוגבלת, ונראה כי ערכן היה סימבולי בלבד.
הלחימה נמשכה מבית לבית עד ה-16 במאי. ב-8 במאי נהרגו אנילביץ' וחברי מפקדתו בבונקר שלהם, ברח' מילא 18, כשהם לוחמים עד הסוף, ואיש מהם לא נפל חי בידי הגרמנים. רבים שלחו יד בנפשם. כמה עשרות, ביניהם שניים ממנהיגי המרד - צביה לובטקין ומארק אדלמן הצליחו להימלט בעזרת קאז'יק - שמחה רותם (ראטהייזר) שחילץ אותם דרך תעלות הביוב אל "הצד הארי" ומשם בעזרת משאית אל היער . ב-16 במאי 1943 הודיע הגנרל יירגן שטרופ כי "גטו ורשה איננו עוד".
לאחר המרידה בוורשה.
גם לאחר הודעת הפיקוד הגרמני על השמדת הגטו, נמצאו מספר יהודים בבונקרים תת-קרקעיים, הן בתחומי הגטו והן "בצד הארי". רבים הצליחו להימלט מהגטו אל "הצד הארי" עוד בטרם החלה הלחימה. יורק פלונסקי, למשל, מכר סיגריות בכיכר שלושת הצלבים יחד עם קבוצת ילדים יהודים (הדבר מתואר בספר "מוכרי הסיגריות מכיכר שלושת הצלבים" מאת יוסף ז'מיאן). חלק מהלוחמים כמו חייקה בלכטובסקה שפיגל ובעלה הצליחו לברוח ליערות סביב העיר.
יחידת הפרטיזנים ע"ש מרדכי אנילביץ' הוקמה על ידי שרידי הלוחמים בגטו ורשה, חברי אי"ל. היא כללה כ-80 לוחמים יהודים, שיצאו מהגטו הבוער דרך תעלות הביוב בשתי קבוצות בסוף אפריל ובראשית מאי 1943. בסיוע של המחתרת הפולנית הקומוניסטית ארמייה לודובה, הם הועברו ליערות וישקוב, כ-60 ק"מ צפונית לוורשה, ובמשך כ-5 חודשים [מאי-ספטמבר 1943] הם ביצעו פעולות נגד הכוחות הגרמנים, וביניהן חבלה במסילות ברזל, וכן פעולות עונשין נגד משתפי פעולה עם הגרמנים. מרבית הלוחמים נהרגו במהלך יולי-ספטמבר 1943 ביערות וישקוב בלחימה נגד חיילים גרמנים, שקיבלו סיוע מתושבים מקומיים ופולקסדויטשה שהסגירו את הלוחמים היהודים וכן על ידי חברי המחתרת הפולנית הגדולה, ארמייה קריובה, שהתנגדו לפעילות של כוח פרטיזני חדש, שקשור לארמייה לודובה, באזור שנתון למרותה. חלק מהלוחמים היהודים נהרגו עקב הלשנה במקום מסתור בוורשה. יצחק צוקרמן ומארק אדלמן השתתפו בראש אנשיהם במרד ורשה באוגוסט 1944, כשהם מהווים פלוגה של הארמייה לודובה אשר לחמה לצד הארמייה קריובה. בסיום המלחמה נותרו 10–20 לוחמים מיחידת הפרטיזנים.
אחרון הלוחמים היהודיים ששרדו הן את מרד גטו ורשה והן את מרד ורשה, ליאון קופלמן, הלך לעולמו בגיל 97 באוגוסט 2021.
האי"ל במקומות אחרים.
קרקוב.
הארגון היהודי הלוחם הוקם בגטו קרקוב באוקטובר 1942, בידי חברי התנועות עקיבא, דרור, השומר הצעיר ופעילים נוספים. בשונה מחבריהם בוורשה, בקרקוב החליטו חברי הארגון לפעול כנגד הגרמנים בעיקר מחוץ לחומות הגטו. הפעולה המשמעותית ביותר של אנשי המחתרת בקרקוב הייתה ההתקפה על "קפה ציגנריה" ב-22 בדצמבר 1942. בית הקפה, ששכן מחוץ לגטו והיה מקום מפגש ובילוי לקצינים גרמנים, הותקף ברימון יד ובקבוקי מולוטוב שהושלכו לתוכו בשעת ערב הומה. מקורות גרמניים מסרו על כ-20 הרוגים ופצועים, ולפי מקורות פולניים נהרגו בהתקפה 11 איש ונפצעו 13. המבצע קיבל תהודה רבה בגטו ומחוץ לו. מבצעי הפעולה נתפסו עוד באותו לילה בדירת מסתור בעיר. עשרות מחברי הארגון נאסרו בידי הגסטפו בעקבות הפעולה, ופעילות המחתרת בגטו קרקוב שותקה. 10 מבין העצורים הוצאו להורג בכלא הגסטפו.
ערים אחרות.
גם בברודי, בצ'נסטוחוב, בבנדין, בביאליסטוק ובוילנה הוקמו תאי האי"ל באמצעות שליחים שנשלחו למקומות אלו ביולי 1942. תאים אלו קיימו פעילות מחתרתית בנוסח הפעילות אותה קיימו אנשי ורשה, אך לא ניתן לראות בהם חלק מתנועה אחת, בעלת הנהגה מרכזית, אלא, במיוחד לאחר חיסולו של גטו ורשה, ארגונים מקבילים בעלי אופי פעילות מקומי. במהלך מבצע ריינהרד חוסלו הגטאות אף במקומות אלו. חברי הארגונים הלוחמים התנגדו למשלוחים. רבים התבצרו בבונקרים ובמתחמים מבוצרים בתחומי הגטאות. חלקם נפלו כשנשקם בידם, חלקם הצליחו להימלט אל היערות הסמוכים. חיסול הגטו בקמיונקה, לשם נשלחו יהודי בנדין, נמשך כשבועיים. בביאליסטוק נלחמו המורדים כחמישה ימים. אנשים אלו ראו לנגד עיניהם את מסורת הגבורה שהותירו אחריהם לוחמי גטו ורשה, אשר לחלקם היו מוכרים באופן אישי, והיו חברי אותן תנועות הנוער – החלוץ, גורדוניה ואחרות. סופם הטראגי של הגטאות בתחום הממשל הכללי לא הגיע ללא התנגדות, הודות לפועלם של אנשים אלו.
הנצחת חברי האי"ל.
בשנת 1949, ביום השנה השישי למרד, הקימו אחדים מלוחמי האי"ל שנותרו בחיים את קיבוץ לוחמי הגטאות המפעיל את בית לוחמי הגטאות. המקום משמש מרכז הנצחה לגבורה היהודית בשואה, וכן לפעולות ההתנגדות והמחתרת.
מורשת הגבורה של אנשי תנועות הנוער הציוניות במסגרת האי"ל נשמרת אף כיום על ידי אנשי התנועות הפעילות בכל רחבי העולם. כיום פעילות השומר הצעיר והבונים דרור בארצות כדרום אפריקה, בריטניה, ארגנטינה, צ'ילה, איטליה, ארצות הברית, ישראל, מקסיקו ואוסטרליה.
מורשת האי"ל וכלל פעילותן של תנועות הנוער היהודיות בזמן השואה, נשמרת במיוחד בתנועות הנוער הציוניות סוציאליסטיות כגון: הנוער העובד והלומד והשומר הצעיר הרואות עצמן כשליחות בחברה של היום במטרה לעצב את החברה הישראלית כחברה צודקת ושוויונית יותר.
מתוך ראיית התנועה כממשיכת דרכן של תנועות הנוער הציוניות באירופה, ובמיוחד של תנועת דרור, הקימה תנועת הנוער העובד והלומד את תנועת החיים דרור ישראל. בפולין מונצחים אנשי המרד כגיבורים לאומיים, במיוחד מארק אדלמן, איש הבונד, אשר שרד, חי בה עד מותו והמשיך בפעילות פוליטית.
מנהיגי המרידה ששרדו בחיים – ביניהם יצחק צוקרמן, מארק אדלמן, רוז'קה קורצ'אק וצביה לובטקין היו למתעדים החשובים של השואה ושל הגבורה. צוקרמן ולובטקין אף העידו במשפטו של אדולף אייכמן.
פרט ל"לוחמי הגטאות" מונצחים אנשי האי"ל בשמות רחובות ומוסדות ברחבי הארץ, לרבות היישובים יד מרדכי הקרוי על שמו של מרדכי אנילביץ' ומעלה צביה על שמה של צביה לובטקין.
ביטוי ויזואלי עז מבע לפועלם של חברי האי"ל נותן ביצירתו הפסל נתן רפופורט אשר פסלו הידוע לזכרם של אנשי הגטו הלוחמים המוצב הן בלב גטו ורשה, והן ברחבת יד ושם בירושלים, הוא אחד הסמלים המוכרים של מורשת השואה והגבורה שהותירו אחריהם אנשי האי"ל.
משוררה הגדול של קינת העם היהודי בפולין יצחק קצנלסון, הנציח את פועלם של אנשי האי"ל בשורות אלו (מתוך "השיר על העם היהודי שנהרג - פרק י"ד - הסוף" תרגום מנחם זלמן וולפובסקי):
ארמון טופקאפי
ארמון טופקאפי (בטורקית: Topkapı Sarayı – "ארמון שער התותח") הוא ארמון השוכן בעיר העתיקה של איסטנבול, בצידה האירופי של איסטנבול. הארמון היה מבנה המגורים הרשמי של הסולטאנים העות'מאנים והמרכז האדמיניסטרטיבי של האימפריה העות'מאנית בין השנים 1465–1853. הארמון שוכן בנקודת סראגליו (רצועת אדמה) בין קרן הזהב וים מרמרה, לגדת מצר הבוספורוס.
בניית הארמון.
הארמון נבנה במצוות הסולטאן מהמט השני בין השנים 1459 ו-1465. הארמון מורכב ממספר רב של מבנים קטנים המוקפים על ידי ארבע חצרות.
הארמון נקרא "טופקאפי" – "שער התותח" – בשל מיקומו ליד שער באותו שם הפונה אל הבוספורוס.
בתקופת השיא התגוררו במתחם הארמון כ-4,000 נפש פרט למשפחת המלוכה.
מבנה הארמון.
המתחם מחולק לארבעה מתחמים, מהציבורי לפרטי.
החצר הראשונה.
החצר הראשונה קרויה Alay Meydanı, היא החצר הגדולה ביותר ותופסת את כל שטח סראגליו. החצר מוקפת חומה וניתן להיכנס אליה דרך השער הראשי של הארמון – "השער הקיסרי" (Bab-ı Hümayun). בחצר נמצאת המטבעה המלכותית (הוקמה בשנת 1727), כנסיית איה אירנה שהפכה למחסן הנשק של הסולטאן, המוזיאונים לארכאולוגיה של איסטנבול וגנים נרחבים.
"שער קבלת הפנים" (Babüsselam או Orta Kapı) מקשר בין החצר הראשונה לשנייה.
רק הסולטאן עצמו היה רשאי להיכנס בשער זה ברכיבה. חיילי היניצ'רים שעמדו בשער קבלת הפנים, מנעו כניסה רכובה על גבי בהמות רכיבה מהחצר הראשונה לשנייה ואף הגבילו נשיאת נשק.
החצר השנייה.
החצר השנייה (Divan Meydanı) כוללת את בית החולים המלכותי, המאפייה והמטבחים המלכותיים בדרום החצר, האורוות, ומגורי היניצ'רים. מחצר זו ישנה גישה אל הארמון המלכותי בצפונה.
בתקופת הסולטנות, נכנסו לחצר זו רק פקידים וקצינים רמי דרג ועובדי הארמון. כאן קיבל הסולטאן את העותרים אליו וניהל משפטים.
"שער הרוגע" (Bab-üs Saâdet) הוביל מהחצר השנייה לחצר השלישית.
החצר השלישית.