דאנקן נולד בכריסטיאנסטד שבאי סנט קרואה, הגדול ביותר מבין איי הבתולה של ארצות הברית. אמו, איון, הייתה מיילדת ואילו אביו, ויליאם, עבד כבנאי. בילדותו היה דאנקן תלמיד מצטיין ושאף להשתתף במשחקים האולימפיים בתור שחיין, בדומה לאחותו הגדולה, טרישה. כנער הצטיין דאנקן בשחייה ובלט במיוחד במשחים בסגנון חופשי. הוא שאף להשתתף באולימפיאדת ברצלונה ב-1992 כחלק מנבחרת השחייה של ארצות הברית.
סופת ההוריקן "הוגו", שפשתה ב-1989 באיים הקאריביים ובארצות הברית, הרסה את בריכת השחייה האולימפית היחידה באי, ודאנקן נאלץ להתאמן בשחייה באוקיינוס. השחייה באוקיינוס לא הייתה נוחה והתלהבותו מהשחייה פחתה. מספר ימים לפני יום הולדתו ה-14 נפטרה אמו ממחלת הסרטן, אירוע שלו הייתה השפעה רגשית ניכרת עליו. דאנקן לא שב לשחייה תחרותית לאחר מכן, אך השתכנע לשוב לפעילות ספורטיבית ולהתנסות בכדורסל.
על אף שהתקשה תחילה להסתגל לכדורסל, בשל מידות גופו הרחבות, הוא התבלט במשחקו בקבוצת הכדורסל של תיכון סנט דאנסטן (St. Dunstan). בשנתו האחרונה בתיכון קלע 25 נקודות בממוצע למשחק. בשל כישרונו הזמינוהו מספר אוניברסיטאות ללמוד אצלן ולהצטרף לנבחרותיהן בכדורסל. מאמן קבוצת הכדורסל של אוניברסיטת וייק פורסט, דייב אודום, הוא מאלו שגילו בו עניין: הוא חיפש שחקן גבוה ופיזי, בעל כישורי קליעה טובים מתחת לסל, והוא התעניין בדאנקן לאחר ששמע כי בזכותו הסתיים משחק רחוב קבוצתי שבו שיחק מול כוכב ליגת ה-NBA, אלונזו מורנינג, בתוצאת תיקו. דאנקן בחר בסופו של דבר אכן להצטרף לאוניברסיטת וייק פורסט.
במהלך שנותיו בוייק פורסט זכה דאנקן פעמיים באליפות חטיבת החוף האטלנטי (ACC) של ליגת המכללות. בשנת 1997 זכה בשלושה תארים המוענקים לשחקן המצטיין בליגת המכללות של ארצות הברית: פרס נייסמית', פרס ג'ון אר. וודן והפרס מטעם התאחדות עיתונאי הספורט. באותה עונה קלע 20.8 נקודות בממוצע למשחק והוביל את דירוג הריבאונדים בליגת המכללות עם 14.7 בממוצע. את הקריירה שלו במכללה סיים דאנקן כחוסם השני בטיבו בתולדות הכדורסל במכללות. לאחר שסיים לימודי תואר ראשון בפסיכולוגיה, החליט דאנקן להעמיד עצמו לבחירה בדראפט של ליגת ה-NBA ב-1997.
קריירת כדורסל ב-NBA.
שיתוף הפעולה עם דייוויד רובינסון.
בדראפט ה-NBA נבחר דאנקן בבחירה הראשונה של הדראפט, בידי קבוצת סן אנטוניו ספרס. סן אנטוניו עברה עונה לא מוצלחת בעונה שקדמה לבחירתה את דאנקן, עונת , וסיימה אותה עם מאזן שלילי של 20 ניצחונות בלבד מול 62 הפסדים, בין היתר בשל פציעת שחקנה המוביל דייוויד רובינסון. מאזן זה הקנה לה השתתפות בהגרלה ("לוטרי") על הבחירות הראשונות בדראפט, שבה זכתה בבחירה הראשונה. בעונתו הראשונה עלה יפה שיתוף הפעולה בין דאנקן לרובינסון. שניהם הצטיינו בהגנה מתחת לסל, ושיתוף הפעולה ביניהם, שני שחקנים גבוהים במיוחד, זיכה אותם בכינוי "מגדלי התאומים" ("Twin Towers"). כבר בתחילת הקריירה הוכיח עצמו דאנקן כשחקן בולט וכישרוני, והתמודד בהצלחה מול כוכבי הליגה. הוא סיים את עונתו הראשונה עם ממוצעים של 21.1 נקודות, 11.9 ריבאונדים, 2.7 אסיסטים ו-2.5 חסימות למשחק. בשל תרומתו הרבה למשחק ההגנה של קבוצתו, נבחר להיכלל בחמישיית ההגנה השנייה של העונה, ואף נבחר לרוקי השנה ב-NBA. סן אנטוניו דורגה במקום החמישי לקראת משחקי הפלייאוף במערב, אך הפסידה בסיבוב השני בסדרת משחקים מול יוטה ג'אז. בשני המשחקים הראשונים בסדרה זו התמודד דאנקן בהצלחה מול הפאוור פורוורד המוביל של יוטה, קארל מלון, אך ככל שהתקדמה הסדרה התגבר מלון המנוסה על דאנקן בהגנה והצטיין בהתקפה. בסופו של דבר הפסידה סן אנטוניו בסדרה בתוצאה של 1–4 בסיכום המשחקים.
את עונת שקוצרה בשל שביתה של כדורסלני הליגה, פתחה סן אנטוניו בצורה חלשה, ועם מאזן שלילי של שישה ניצחונות ושמונה הפסדים, שבעקבותיו הופנתה ביקורת בעיתונות כלפי המאמן גרג פופוביץ'. אף על פי כן עמדו דאנקן ורובינסון, שהיו מובילי הקבוצה, מאחורי פופוביץ', והובילו את הקבוצה לתקופת משחקים טובה, שבמהלכה ב-36 משחקים רצופים בסיום העונה מאזנה עמד על 31 ניצחונות מול חמישה הפסדים בלבד. דאנקן סיים את עונתו השנייה בליגה עם ממוצעים של 21.7 נקודות, 11.4 ריבאונדים, 2.4 אסיסטים ו-2.5 חסימות, ונבחר לחמישייה הראשונה של העונה ב-NBA ולחמישיית ההגנה הראשונה של העונה. דאנקן זכה בעונה זו באליפות ה-NBA הראשונה שלו, לאחר ניצחונה של קבוצתו בסדרת הגמר על ניו יורק ניקס בתוצאה 1–4. בשני המשחקים הראשונים בסדרה זו עלו דאנקן ורובינסון במשחקם על צמד הגבוהים של הניקס, כריס דאדלי ולארי ג'ונסון. במשחק השלישי הפסידה סן אנטוניו, אך במשחק שלאחריו שוב הצטיין דאנקן וסייע לקבוצתו לעלות ליתרון 1–3 בסדרה. במשחק החמישי קלע דאנקן 31 נקודות והוריד 9 ריבאונדים, וסייע לקבוצתו לנצח במשחק הצמוד (78-77 בסיום לטובת הספרס) ולזכות באליפות הראשונה בתולדותיה. הוא זכה בסיום הסדרה בתואר ה-MVP של סדרת הגמר ב-NBA.
בעונת המשיך דאנקן לבסס את מעמדו כשחקן מוביל ב-NBA. הוא קבע ממוצעים של 23.2 נקודות ו-12.4 ריבאונדים למשחק ונבחר שוב לחמישיית העונה ולחמישיית ההגנה של העונה. הוא נבחר באותה עונה בפעם השנייה להשתתף במשחק האולסטאר של ה-NBA, ואף זכה בתואר ה-MVP של המשחק, ביחד עם שאקיל אוניל. עם זאת, סיום העונה היה מאכזב עבור סן אנטוניו. דאנקן נפצע במניסקוס זמן קצר לפני סיום העונה הסדירה, ולא היה יכול להשתתף במשחקי הפלייאוף. בעיקר בשל פציעה זו, הודחה הקבוצה בסיבוב הראשון בפלייאוף של שנת 2000, לאחר הפסד 1–3 בסדרה לפיניקס סאנס. בעונה הבאה, הציג דאנקן במהלך העונה הסדירה יכולת גבוהה, עם ממוצעים של 22.2 נקודות ו-12.2 ריבאונדים, ונבחר בפעם השלישית ברציפות לחמישייה הראשונה של העונה. בפלייאוף עברה סן אנטוניו את מינסוטה טימברוולבס ואת דאלאס מאבריקס והעפילה לגמר המערב, שלב אחד לפני גמר הפלייאוף, אך הפסידה בארבעה משחקים ללוס אנג'לס לייקרס, שבה כיכבו קובי בראיינט ושאקיל אוניל. לאחר ההדחה הופנתה כלפי דאנקן ביקורת על שנחלשה רמת המשחק שהפגין דווקא ברגעים הקריטיים של העונה.
לאחר שתי אכזבות רצופות במשחקי הפלייאוף השתפר דאנקן במידה ניכרת בעונת הוא קבע שיאי קריירה של 25.5 נקודות ו-12.7 ריבאונדים. באותה עונה הוא זכה בפרס ה-MVP של העונה הסדירה בליגה, והצטרף לדייוויד רובינסון כאחד משני השחקנים היחידים של סן אנטוניו שזכו אי פעם בתואר זה. באותה עונה החלה סן אנטוניו להסתגל לכך שרובינסון בן ה-36 כבר לא יכול היה להוות שחקן מוביל בקבוצה, ובעקבות כך החל הסנטר מליק רוז לשחק באופן תכוף יותר לצדו של דאנקן. עם זאת, סן אנטוניו הודחה מהפלייאוף בסיבוב הראשון, בסדרת משחקים מול לוס אנג'לס לייקרס, שזכתה בסופו של דבר באליפות. דאנקן קלע 34 נקודות והוריד 25 ריבאונדים במשחק החמישי בסדרה, אך הקבוצה הפסידה בכל זאת. על אף ההדחה, התקשורת שיבחה את דאנקן על יכולתו הטובה בסדרה, וטענה שלא קיבל עזרה מספקת מחברי קבוצתו.
דאנקן הצטיין גם בעונת עם ממוצעים של 23.3 נקודות ושיא קריירה של 12.9 ריבאונדים למשחק. הוא שב וזכה בתואר ה-MVP גם בעונה זו. על אף שרובינסון הודיע על פרישתו לאחר סיום העונה ומיעט לקבל דקות משחק מפופוביץ', דאנקן סיים עם סן אנטוניו במקום הראשון באזור המערב בעונה הסדירה, עם מאזן של 60 ניצחונות מול 22 הפסדים. על אף שבקבוצה שיחקו שני שחקני התקפה מובילים חדשים, טוני פארקר ומאנו ג'ינובילי, דווקא דאנקן היה הבולט ביותר בסדרת חצי גמר המערב נגד הלייקרס, והוביל את קבוצתו לניצחון על הלייקרס לאחר שנתיים רצופות שהפסידה לה. במהלך סדרה זו שיחק דאנקן מול רוברט הורי ושלט במאבקים מולו לאורך הסדרה כולה. במשחק השישי בסדרה, שבו ניצחה סן אנטוניו ועלתה לגמר המערב, קלע דאנקן 38 נקודות והוריד 16 ריבאונדים. סן אנטוניו המשיכה לסדרת גמר ה-NBA מול ניו ג'רזי נטס, שבה ניצחה 2–4 וזכתה באליפות השנייה שלה. דאנקן כמעט השיג קוואדרופל דאבל במשחק האחרון בסדרה, וקיבל, כמו ב-1999, את תואר השחקן המצטיין של סדרת הגמר. בעקבות העונה המוצלחת שלו ושל הקבוצה, זכה דאנקן, יחד עם דייוויד רובינסון, בפרס ספורטאי השנה של ספורטס אילוסטרייטד לשנת 2003.
בתור מוביל סן אנטוניו.
בעקבות פרישתו של דייוויד רובינסון, נותר דאנקן לבדו כמובילה של סן אנטוניו ספרס. הוא הוביל קבוצה שכללה את הסנטר הסלובני ראשו נסטרוביץ', הסמול פורוורד ברוס בואן שהצטיין בהגנה, הקלע הארגנטינאי מאנו ג'ינובילי והרכז הצרפתי הצעיר טוני פארקר. מהספסל עלו הפאוור פורוורד רוברט הורי, שהיה קלע בולט, הידו טורקוגלו שהפגין יכולה טובה בהיבטים שונים על המגרש וכן מליק רוז וקווין ויליס הוותיקים. בעונת השיג דאנקן ממוצעים של 22.3 נקודות ו-12.4 ריבאונדים למשחק והוביל את קבוצתו לחצי גמר המערב, שם פגשו שוב הספרס את לוס אנג'לס לייקרס. במשחק החמישי בסדרה קלע דאנקן סל שהציב את סן אנטוניו ביתרון של נקודה 0.4 שניות לסיום. למרות הזמן הקצר שנותר הצליח דרק פישר לקלוע עם הבאזר ולהוביל את הלייקרס לניצחון במשחק. סן אנטוניו הפסידה לבסוף 2–4 בסדרה; דאנקן הצביע על הגנתה החזקה של הלייקרס כגורם להפסד.