בשל העובדה שאחיו של באיזיט, הנסיך ג'ם, היה עדיין בחיים ובשבי הנוצרים, חשש באיזיט להפעיל את מלוא כוחותיו במלחמה זו ולפיכך ניהל מלחמה מוגבלת. מצב הלוחמה הבלתי פוסק בין הגאזים המוסלמים לשכירי חרב נוצריים החריף לעימות כולל בין השנים 1492–1495, כאשר לוחמים עות'מאניים יצאו לפשיטות לאורך נהרות הדנובה והסאווה, אל תוך הדוכסיות האוסטריות במחוזות שטיריה, קרניולה (היום בסלובניה) וקרינתיה. לאחר תבוסה ליד העיר וילאך ב-1492, כמעט והשמיד צבא הגאזים לחלוטין את הכוחות הקרואטיים ליד אדבינה ב-1493. שביתת נשק שנחתמה לשלוש שנים, מול הצבא ההונגרי, הביאה סוף למעשי איבה אילו.
כעת, פרץ סכסוך בין העות'מאנים לפולין על רקע חסימת הנתיב לים השחור על ידי הטטרים של קרים. ב-1497 פתחה פולין במערכה כדי לשבור את החיץ לים השחור, על ידי כיבוש קיליה ואקרמן וכן ביקשה להפוך את נסיכות מולדובה למדינת חסות פולנית. המולדובים בסיוע כוחות עות'מאניים הדפו את התקפות הפולנים עד להבסתם המוחלטת בקרב באוקטובר 1497. בשלב זה, ראזים עות'מאניים בשילוב עם כוחות מולדביים ופרשים טטרים, פשטו לתוך פולין והחריבו חלקים ניכרים מהמחוזות פודוליה (היום באוקראינה) וגליציה. באפריל 1499 חתמו מולדובה ופולין על הסכם שלום ולאחר מכן חודשה שביתת הנשק בין העות'מאנים לבין הפולנים. לאחר הכישלון היחסי של המערכה כנגד הממלוכים, ביקש באיזיט לספק לחייליו נשק מתקדם והתקפי יותר מהקיים וכן ליצור מערך ארטילרי גדול ונייד יותר. במקביל הגדיל וחיזק באיזיט את הצי העות'מאני, תוך בניית אניות רבות בנמלים בים האגאי ובים האדריאטי. חיכוכים לאורך הגבול של המובלעת הוונציאנית לחופי חצי האי מוראה (בחצי האי פלופונסוס), וכן באלבניה ובדלמטיה, בין הגאזים העות'מאנים לבין שכירי החרב הנוצריים, וכן תקריות ימיות, הובילו את באיזיט להכריז מלחמה על ונציה בשנת 1499. המלחמה הוכרזה גם מהסיבה, שלאחר מות אחיו ג'ם, לחצו בכירי החצר העות'מאנית על באיזיט לנקוט מדיניות אגרסיבית יותר כלפי הנוצרים. באוגוסט 1499 נפלה העיר לפנטו לידי העות'מאנים, פשיטות נערכו על העיר פריולי שבסלובניה, והשטחים הוונציאניים הוחרבו עד לעיר ויצ'נצה שבעמק הפו. ב-1500 נכבשו הערים מודון, קורון ונאווארינו (פילוס), שבנסיכות מוראה ודורס שבאלבניה. ונציה, שהסכסוך רושש את קופתה, ביקשה להפסיק את הקרבות, וב-1503, נחתם הסכם שלום בו היא ויתרה למעשה על כל נכסיה במוראה ובאלבניה. העות'מאנים זכו בטריטוריות נוספות וכן הפכו לכוח ימי חזק באגן הים התיכון. בתקופת המלחמה עם ונציה (1499–1503), הצליחו ספינות הצי העות'מאני החדש להתמודד בהצלחה עם הצי הוונציאני החזק בים הפתוח.
ההיסטוריון בן התקופה אבן כמאל, ציין שהעות'מאנים התעלו מעל כל הסולטאנים המוסלמיים הקדומים, בין היתר על ידי כך שהפכו את ארצם למעצמה ימית בים התיכון. הוקמה אקדמיית צי, אשר בוגריה נקראו "הגאזים של הים". הצי העות'מאני הופיע גם בחלק המערבי של הים התיכון, כאשר השלטון המוסלמי בספרד היה נתון במצוקה ופנה לבאיזיט לסיוע. מאוחר יותר, גם הממלוכים פנו לעות'מאנים בבקשה לאספקת ציוד ומומחים, כדי לבנות מחדש את הצי שלהם בסואץ, אחרי תבוסתם לפורטוגל ב-1509. לאחר מלחמה זו הפכו העות'מאנים לגורם מרכזי בפוליטיקה האירופאית, כאשר תמכו בנסיכויות מילאנו ונאפולי כנגד הברית הצרפתית-ונציאנית. באיזיט הבטיח לנפוליטנים לשלוח 25,000 חיילים לעזרתם, אך בתמורה ביקש להחזיר לידיו את העיר טאראנטו שבקצה הדרום מזרחי של המגף האיטלקי.
השנים 1503–1512 היו שנות משבר בחזית המזרחית. איסמעיל, מנהיג המסדר הדתי הספווי, החל ב-1499 במסע כיבושים, עד להשגת שליטה בפרס. הספווים הפעילו תעמולה בשם השיעה בקרב השבטים הטורקמנים של אסיה הקטנה בהצלחה גדולה, ומרבית צבאו של איסמעיל בפרס הורכב מבני שבטים אלו, אשר נהו אחריו. כאורתודוקסים סונים, היו לעות'מאנים סיבות לחשוש מחדירת האידאולוגיה השיעית לשטחם, אך גם סכנה פוליטית למעבר של שטחים באסיה הקטנה, מחסות עות'מאנית לחסות פרסית. סכנה נוספת נבעה מהתפשטות האמונה השיעית לאורך הגבולות באזור הרי הטאורוס, אשר נתונים היו במחלוקת בין העות'מאנים לממלוכים. באיזיט, שהיה ער לסכנה, גירש ב-1502 אלמנטים שיעים רבים מאסיה הקטנה לאזור מוראה, והציב חילות משמר בגבול המזרחי, בעיקר בשנים 1507–1508, בהן השאה איסמעיל נתון היה במלחמה עם נסיך אלביסטן ( Elbistan), אשר בנפת קרמאנמרש שבאנטוליה וכבש גם שטחים נרחבים מכורדיסטן.
כלכלת האימפריה בימי באיזיט.
כתוצאה מהתגובה האלימה לצעדיו הכלכליים של אביו, מהמט השני, נאלץ באיזיט השני לנקוט בקו פייסני. הוא השיב בעלויות על קרקעות ורכוש לבעליהם הקודמים - אם מכובדים פרטיים או מוסדות דתיים - אשר מהם נלקחו וחולקו מחדש במסגרת שיטת הטימאר (Timar), שהונהגה עוד בתקופת באיזיט הראשון. במסגרת שיטה זו, הוקצתה קרקע או נחלה לאנשי צבא תמורת העלאת מס, שירות צבאי אישי והעמדת חיילים לרשות הצבא העות'מאני בעת מלחמה. שיטת מיסוי זו התאימה לשליטה בבלקן, מפני שהיא שחררה את הכפריים מעריצותם של בעלי הקרקע ומעול המיסים הכבד שהטילו עליהם. תקופתו שלטונו של באיזיט השני, אפשרה פיתוח פנימי מקיף, ואיסטנבול התבססה כעיר מסחר שוקקת, עם פעילות כלכלית ענפה. ההתרחבות המשמעותית של המוסדות הפיננסיים הרשמיים ומיסוד והעמקת גביית המיסים, אפשרו השקעה ממשית בהרחבת הצבא וחימושו ברובים שנופקו לחיל היניצ'רים. הצי העות'מאני נבנה למעשה מחדש, ובפיקוח מהנדסים ונציאניים נבנו ספינות מלחמה, בגדלים שטרם נראו כמותם באגן הים התיכון.
הסחר במשי, כמו הסחר בתבלינים, היה אחד הנושאים הכלכליים המשפיעים ביותר על הפוליטיקה העולמית החל מ-1250. המדינות שהיו מעורבות בסחר המשי - פרס, האימפריה העות'מאנית וערי המדינה האיטלקיות - היו מודעות היטב לחשיבותו העצומה לכלכלתן. מאבק ניטש על השליטה על הערים בורסה ותבריז, השוכנות על דרך המשי בין האימפריה הספווית באיראן לבין האימפריה העות'מאנית, לכל אורך המאה ה-15 וה16. תחת באיזיט השני, אשר שמר על שלום באזור המזרחי של ממלכתו, רשם יבוא המשי שיאים חדשים, והכנסות משמעותיות זרמו לאוצר העות'מאני.
למרות השלום שנחתם עם ונציה ב-1479, שררה מתיחות רבה בין שתי המדינות. באיזיט השני עודד את הידוק היחסים עם העיר המתחרה פירנצה, ולנציגיה הייתה נוכחות קבועה באיסטנבול. זאת גם בגלל חששו של באיזיט מאחיו הטוען לכתר ג'ם, אשר עשה נפשות למטרתו ברחבי אירופה המערבית. ב-1483 הבטיח הסולטאן, באמצעות שגרירו בפירנצה, לרכוש מדי שנה בגדי צמר וצמר גולמי, תוך פטירתם ממס. ניתנו הקלות לסוחרי פירנצה, וכמה עשרות מהם אף התיישבו ברובע גלטה באיסטנבול. בשל השליטה הימית של הוונציאנים באזור המגף האיטלקי, פעלו הסוחרים בנתיב סחר יבשתי, שעבר דרך הבלקן. המלחמה מול ונציה בשנים 1499–1503 גרמה למחסור בסחורות ולהאמרת מחירים, ובעת הזו הגיע המסחר עם סוחרי פירנצה לשיאו. לאחר הסכם השלום, הלך ודעך המסחר עם פירנצה, והסוחרים הוונציאניים חזרו למלא תפקיד דומיננטי במסחר.
באיזיט היה מנהלן מעולה ופעל להאחדה בכל תחומי החיים ברחבי האימפריה. במערכת החוקים של 1502, פורסמו אפילו שמות אחידים למצרי מזון וגבינות. כך נולדו שמות של מוצרי מזון הנהוגים עד עצם היום הזה, כגון גבינות קשקבל ופטה. תקופת שלטונו של באיזיט השני הייתה תקופת פיתוח כלכלי ניכר, בתנאי שקט וביטחון יחסיים באימפריה, וגם הערים אדירנה ובורסה זכו לתנופת בינוי מואצת ונראו כערים אימפריאליות.
אחרית שלטונו וימיו של באיזיט השני.
המרידות בשלטונו.
לאחר 1500 הביאה חולשת ממשלו של באיזיט למרד של גורמים שונים בשלטון המרכזי. שבטים טורקמניים חזקים מרמות מרכז אנטוליה ומהרי הטאורוס התנגדו לריכוזיות השלטון העות'מאני, וזה נקט פעולות רבות כדי למשול בהם, אם על ידי רישום הקרקעות שלהם או בדרך של הכנסתם למנגנון מיסוי מסודר. אך הממשל המרכזי התקשה להתמודד עם שבטי הנוודים בעלי מערכת החוקים השבטית, שהתקיימה לצד חוקי האסלאם הסוני-אורתודוקסי, אותם ניסה ליישם הממשל המרכזי. נסיכות אק קויונלו הייתה מקור לעימותים מול העות'מאנים עוד בתקופת אביו של באיזיט, מהמט השני, אשר ב-1473 הביס את שליטם אוזון האסן.
ב-1500 איסמעיל ספווי, צאצא למשפחת שייחים מארדביל וקרוב משפחתו של אוזון האסן, החל ליצור לעצמו בסיס כוח באזור אק קויונלו. כמנהיג מסדר הטרודוקסי, הוא הרחיב את השפעתו לכל האזורים בהם ישבו טורקמנים באנטוליה, על ידי שליחים שהטיפו לתורתו. אלפי נתינים עות'מאנים נהו אחרי איסמעיל והוא הפך למנהיג הפוליטי והדתי של שבטים טורקמנים אלו, אשר נקראו "קיזילבאש" (Kızılbaş - "הראשים האדומים"), בשל כיסוי הראש שנהגו לחבוש. התנועה הפכה לאיום על שלמות האימפריה העות'מאנית, ובשל האיום מהמזרח פעל באיזיט לסיום המערכה מול ונציה במערב.
באיזיט אימץ קו פייסני מול קריאת התגר של איסמעיל. ב-1511 החמיר המצב באימפריה, כאשר מרד שיעי פרץ באזור טקה (Teke) באסיה הקטנה (בימינו בשטחי נפת אנטליה), שעד לאותה תקופה היה אזור הטרודוקסי. המורדים הגיעו עד העיר בורסה, לפני שהובסו וראשיהם הוצאו להורג.
מלחמת הירושה.