חואן הראשון, מלך קסטיליה מת בשנת 1390, ובנו אנריקה השלישי, מלך קסטיליה היה קטן מכדי למלוך. השלטון, שהיה נתון בידי אפוטרופוסים, היה חלש ולא הצליח למנוע את התפשטות המהומות.
מחמת הייאוש והסכנה היו שהמירו את דתם. הבולט בין היהודים המומרים היה שלמה הלוי מהעיר בורגוס שבקסטיליה שהפך כעבור זמן לאיש דת נוצרי חשוב ולמטיף נגד היהודים. הוא עלה לדרגת כהונה נוצרית וחיבר ספר ושמו "חקירה ודרישה של הכתובים" (Scrutinium Scripturarum) ובו הסביר מדוע הפך לנוצרי. הוא חיווה דעתו כי גזרות קנ"א גרמו ליהודים לגלות את "דת האמת". הוא המליץ להמשיך בהשפלת ודיכוי העם היהודי. לעומת זאת, רבים מהמומרים הוסיפו לראות עצמם יהודים לכל דבר, ונהגו כנוצרים רק כלפי חוץ; דוגמה בולטת לכך הוא הפילוסוף היהודי רבי פרופייט דוראן, שנאלץ להתנצר במהלך הפרעות אך שמר על זהותו ואמונתו היהודית, ואף המשיך לכתוב ולפרסם לאחר מכן בעילום שם דברי פולמוס לטובת היהדות וחיבורים לגלגניים נגד הנצרות.
תגובת השלטון.
בינתיים הגיעו הידיעות לחואן הראשון, מלך אראגון שישב בסרגוסה, והוא הגיב בזעם רב, וגער באחיו, השליט המקומי בקסטיליה, בשל אדישותו מול "פשע כה מתועב" - מחאה כמעט חסרת תקדים מול פרעות ביהודים. הפרעות הופסקו, אך מבצעיהן לא נענשו.המלך שיבח את אנשי ברצלונה, שבלמו את ההמונים, והודיע שבאוגוסט יבקר בעצמו בולנסיה כדי לעמוד על הפשעים שבוצעו נגד היהודים, אולם משהגיע אוגוסט נרצחו גם בברצלונה 400 יהודים בידי האספסוף, והיתר התנצרו. בין המתנצרים היו גדולי הנכבדים היהודים. בינתיים דחה המלך את יציאתו, אולי כדי להגן על יהודי עירו שלו.בכל הזמן הזה עשה המלך מאמץ גדול לבלום את המתקפות על היהודים, אך לשווא. רק בסרגוסה עירו ניצלו מרבית היהודים. ההרג ביהודים היה חלק מהתקוממות של איכרים, שהייתה עתידה להפוך בהיסטוריה של ספרד למלחמת אזרחים של ממש, אך השתתפו בה גם שכבות גבוהות.
אומנם קשה לראות את המלך חואן כחסיד אומות העולם, מפני שבמידה רבה היה מונע על ידי רצון לשמור את היציבות. את נכסיהם של מקדשי השם לקח לעצמו בהיותם בעיניו "מתאבדים" ולא הותיר אותם ליורשיהם הלגיטימיים. באוקטובר ערך המלך מסע לערים, ונהג כלפי הפורעים בסלחנות, אם כי כמה עשרות נתלו ונתבעו קנסות, שהגיעו לקופת המלך. בשנה שאחר כך דיכא המלך מהומות בעודן באיבן. עם חלוף הזמן ניסו חלק מהיהודים שנותרו ולא ברחו מהארץ, לשקם את קהילותיהם החרבות, ודבר זה זכה לברכת המלך, שחפץ להביא יהודים (אפילו בכפייה) להתיישב בברצלונה ובוולנסיה. המוציא והמביא בעניינים אלו היה רבי חסדאי קרשקש.
התגובה היהודית.
הפילוסוף הגדול רבי חסדאי קרשקש, שהיה ידיד המלך, ניסח את המצב באומרו: "מכל רכושנו לא נשאר לנו בלתי גוויותינו, ובכל זאת לבנו יהגה אימה ועינינו אל אבינו שבשמים". לגבי ההשתמדות משער יצחק בער, שדווקא העשירים והמשכילים היו נוחים יותר לנטוש את דתם, שבה האמינו אמונה פילוסופית, זאת לעומת פשוטי העם שדבקו בה מתוך אמונה תמימה.
גזירות קנ"א הן שיצרו את המוני האנוסים, אלו שהמירו דתם בעל כורחם, והדוקטרינה הנוצרית שללה מהם את האפשרות לחזור ליהדות (אף שלא תמכה בהמרתם בכפייה מלכתחילה).
רבי שם טוב אבן שם טוב (הראשון) ראה בהמרת הדת ההמונית תוצאה של הגישה הפילוסופית לאמונה, וטען שאלו שהחזיקו באמונה תמימה נשארו איתנים בדתם למרות הגזירות.
גל ההגירה.
גזרות קנ"א הובילו לגל הגירה גדול מחצי האי האיברי. דוגמה לכך היא משפחת אברבנאל שהיגרה מסיביליה לפורטוגל אחרי המרת שמואל אברבנאל בימים הסמוכים לגזרות קנ"א. תחילה הלכו המהגרים לפורטוגל ובהמשך פנו רובם לצפון אפריקה ואפילו למדינות בספרד מחוץ למסגרת המלוכה של אראגון, קסטיליה ונווארה.
בין המהגרים הידועים שהגיעו לצפון אפריקה יש לציין את הריב"ש (ר' יצחק בר ששת) והרשב"ץ (ר' שמעון בן צמח דוראן) שהיו למנהיגיה הרבניים החשובים של קהילת אלג'יר. למהגרים היהודים-ספרדים הייתה השפעה עצומה על הקהילות היהודיות בצפון אפריקה והם הביאו לתחייה תרבותית בקרב יהודי האזור.
ימי המאה ה-15 היו ליהודים מעין אתחלתא דגאולה. נפילת קונסטנטינופול, היא "רומא השנייה", בידי הסולטאן העות'מאני מהמט השני ב-29 במאי 1453, ואותות שנראו בשמים באותם הימים סייעו לאמונות העממיות על לידת המשיח במזרח, ולכן אנו עדים להתעוררות בקרב האנוסים להגר לשטחי האימפריה העות'מאנית באותם הימים. כנראה יצאו לאמירות גרנדה המוסלמית, משם לנמל מאלגה ובאוניות לאיטליה וללבנט. השיבה ליהדות מחוץ לגבולות ספרד נקטעה בשנת 1487 עם הקמת האינקוויזיציה.
כך פנו מהגרים לארץ ישראל. עם זאת, מספר העולים לארץ ישראל בעקבות הגזרות ולאורך המאה ה-15, היה קטן למדי. רק לאחר הגירוש מספרד בשנת רנ"ב (1492) החלו להגיע לארץ ישראל גלי עלייה גדולים מחצי האי האיברי.
חלק קטן מן הנמלטים הגיעו לצ'כיה (כמו הלוויים בני משפחת הורוביץ) ולמזרח אירופה דרך נדודים יבשתיים או באמצעות ספינות ששטו מנמלי פורטוגל.
תעודת יהודי (האגרון העברי).
באסופת אגרות (אגרון) מסרגוסה מהמאה ה-15, נמצאה תעודה עברית ששימשה מעין תעודת-דרכון ליהודי, פליט גזרות קנ"א, המעידה על נושאו כי הוא יהודי כשר שלא המיר את דתו. בתעודה זו, של מאיר ב"ר טודרוס בר' חסדאי (כלומר נכדו של רבי חסדאי קרשקש), רשום שהוא "קרוב מאוד למאור הגדול מרנא ורבנא הה"ר חסדאי ע"ם יש"י" (על משכבו ינוח בשלום). התעודה ניתנה בשנת 1412. מטרת התעודה לאפשר לבעליה להציגה בפני קהילות יהודיות אם יצא "אל מרחקי ארץ", ואז ייוודע ברבים כי: "זאת תורת טהרת הבחור הלז, כל הימים טעמו בו, וריחו לא נמר".
תעודה זו מעידה על יהודים שלמרות הבעת הנכונות להמיר את דתם לנצרות, התכוונו להגר לקהילה אחרת אפילו בחצי האי האיברי, ולשמור על יהדותם, ועל מומרים שהתכוונו לחזור ליהדותם.
ריימונדוס מרטיני
ריימונדוס מרטיני (Raymundus Martini) או רמון מרטי (Ramón Martí) (1220–1285) היה חכם נוצרי שנודע בעיקר בשל חיבורו "פגיון האמונה נגד המוסלמים והיהודים" ("Pugio fidei adversus Mauros et Iudaeos").
כתיבתו.
מרטיני, נזיר דומיניקני ומיסיונר ספרדי, חיבר את "פגיון האמונה" על מנת להוכיח את האמת שבנצרות מתוך כתבים יהודיים, דרך הוכחה מתוחכמת וחדשה שנוסתה עוד לפני כן בוויכוח ברצלונה שהתנהל עם הרמב"ן. בוויכוח זה היה למרטיני חלק פעיל.
מרטיני, ששלט בעברית ובארמית, הביא תחילה את המקור העברי בו חפץ לעשות שימוש, ורק לאחר מכן את התרגום הלטיני. במדרשים שהביא, שכדי להגיע אליהם הסתייע בצוות עוזרים, נעשה שימוש רחב בפולמיקה הנוצרית בדורות הבאים, בין השאר בוויכוח טורטוסה. על ההתנצחות באמצעות המסורות התלמודיות הרומזות לדעתו למסורות נוצריות אמר:
מרטיני הביא לא רק מדרשים המרמזים על ישו, אלא גם מדרשים שבעיניו היו כפירה גמורה, כדי להוכיח שלא ייתכן שיהודי ההווה אוחזים באמונה המקראית.
חלק מהמדרשים שהביא מרטיני הם בעלי מקור לא ברור, ושאלה גדולה היא האם הם מזויפים, כפי שטענו חכמי ישראל בוויכוח טורטוסה, או שמא נכתבו בחוגים יהודיים. כיום נוטה הכף לצד שסובר שהמדרשים אותנטיים. חלקם, מקורם כנראה במדרש בראשית רבתי של רבי משה הדרשן (שממנו ציטט רש"י לא פעם). ברור, בכל אופן, שמרטיני הרבה להוציא דברים מהקשרם ולסלף את משמעותם.
הרשב"א, שהיה בן דורו של מרטיני, כתב חיבור מיוחד כנגד "פגיון אמונה".
שנאת ישראל בעולם היווני-רומי
שנאת ישראל בעולם היווני-רומי היא שנאת ישראל שהייתה קיימת בעת העתיקה בשטחי הרפובליקה והאימפריה הרומית, ובשטחי העולם ההלניסטי בקרב הפגנים.
המגעים בין יהודים לעובדי אלילים צברו תאוצה בעקבות מלחמותיו של אלכסנדר הגדול, אשר הביאו את ארץ ישראל על יהודיה תחת שלטון הלניסטי. קהילות יהודיות גדולות חיו לצד עובדי אלילים בערים גדולות כמו אלכסנדריה ורומא. הסיבות לשנאת היהודים בעולם היווני-רומי שנויות במחלוקת בקרב החוקרים: יש הסוברים כי הייתה זו ההיבדלות היהודית ממגע עם נכרים שגרמה לתיוגם של היהודים כמיזנתרופים ועוינים, בעוד אחרים סוברים שהיו אלו סכסוכים פוליטיים כמו מרד החשמונאים וחיכוכים בין הקבוצות היהודיות והלא-יהודיות בארץ ישראל, סוריה ורומא.
היוונים והרומאים הביעו השתוממות ואף לעג כלפי מנהגים יהודיים כמו ברית מילה, הימנעות מאכילת בשר חזיר ושמירת שבת. כנגד היהודים הופצו עלילות שקריות כמו עלילת החמור, עלילת קורבן האדם ועלילת המצורעים, וכן גרסה אלטרנטיבית עוינת לסיפור המקראי על יציאת מצרים.
הסיבות לשנאת ישראל.
במהלך השנים הוצעו הסברים רבים לשנאת היהודים בעת העתיקה. הגישה שהייתה מקובלת בעבר על פיה היהודים פגעו כלכלית ברומאים וביוונים, וכי המצרים קינאו בפריחה ובשגשוג שלהם זכו יהודי אלכסנדריה, אינה מקובלת כיום במחקר. תחתיה רווחות גישות אחרות, גישה אחת היא הגישה המכונה לעיתים "הגישה המהותנית": גישה זו גורסת כי שנאת היהודים בעת העתיקה הייתה מתבקשת בהתחשב באופייה המונותאיסטי של היהדות, השונה באופן מהותי מהפגאניות של היוונים והרומאים. גישה זו הייתה מקובלת במיוחד בקרב היסטוריונים אנטישמיים בתקופת המאה ה-19 ותחילת המאה ה-20 שביקשו לקבל צידוק היסטורי לאנטישמיות בזמנם. אך היא אומצה גם בידי פרופסורים יהודיים כמו אביגדור צ'ריקובר ויוסף קלוזנר.