באפריל 1987, פרקליטות מחוז מריקופה שבאריזונה האשימה שלושה שחקנים פעילים בפיניקס (ג'יימס אדוארדס, ג'יי האמפריז וגרנט גונדרזיק) ושני שחקני עבר (גאר הרד ומייק בראץ) בשימוש ובסחר בקוקאין. ההאשמות היו מבוססות בחלקן על עדות שמסר שחקן הקבוצה וולטר דייוויס, אשר קיבל חסינות משפטית. בסופו של דבר נשלחו אדוארדס והאמפריז לתוכנית לגמילה מסמים והמשיכו לשחק בקבוצה, בעוד גונדרזיק, לו ניתנה תקופת מבחן, עבר לשחק בצרפת. בקיץ 1987 העמיק המשבר של פיניקס מחוץ למגרש, כאשר סנטר הקבוצה ניק ואנוס נהרג בהתרסקות מטוס במישיגן.
שערוריית הסמים פגעה במוניטין של המועדון, וסיפקה לקולנג'לו הזדמנות לרכוש ביחד עם כמה משותפיו את הקבוצה במחיר של 44 מיליון דולר. העסקה בוצעה ב-16 באוקטובר 1987; יום העסקים האחרון לפני "יום שני השחור".
עידן קווין ג'ונסון (1988–1992).
בעונת השתפרה רמת המשחק של פיניקס לאחר עזיבתם של דייוויס ונאנס, וצירופם של קווין ג'ונסון, טום צ'יימברס והמאמן קוטון פיטסימונס. הסאנס רשמו שיפור של 27 ניצחונות לעומת העונה הקודמת (55–27) והעפילו לפלייאוף לראשונה מזה 4 עונות, ובכך החלו ברצף של 13 ביקורים בפלייאוף. בשתי סדרות הפלייאוף הראשונות גברה פיניקס על דנוור נאגטס (3–0) וגולדן סטייט ווריורס (4–1), בטרם הפסידה בגמר המערב מול לוס אנג'לס לייקרס (0–4). בסיום אותה עונה זכה פיטסימונס בפרס מאמן השנה, בעוד קווין ג'ונסון זכה בפרס השחקן המשתפר של העונה ואדי ג'ונסון זכה בפרס השחקן השישי של העונה. בעונת שוב העפילה הקבוצה לגמר המערב, הודות ליכולת טובה של צ'יימברס, קווין ג'ונסון וג'ף הורנסק, אך היא הודחה על ידי פורטלנד טרייל בלייזרס בתוצאה 2–4.
בעונת ניצחו הסאנס 55 משחקים והודחו מהפלייאוף בסיבוב הראשון, מול יוטה ג'אז (1–3). בעונה העוקבת הובילו את הקבוצה ג'ונסון, הורנסק ודן מארלי לחצי גמר המערב, בו הפסידו מול הטרייל בלייזרס בתוצאה 1–4. המשחק הרביעי באותה סדרה הסתיים לאחר שתי הארכות בתוצאה 153–151 לטובת פורטלנד, ובכך נקבע סך הנקודות הגבוה ביותר אי פעם במשחק פלייאוף. משחק זה היה האחרון בתולדות ה-NBA אשר שוחק באולם אריזונה וטרנס ממוריאל קוליסאום, בו אירחו הסאנס את משחקיהם מאז הקמת המועדון.
עידן צ'ארלס בארקלי (1992–1996).
בקיץ 1992 עברה הקבוצה לאולמה החדש במרכז פיניקס – אמריקה וסט ארנה. באותה שנה בוצעו שינויים משמעותיים בסגל, עקב גדילה בתקציב המועדון; המהלך המרכזי היה הוספת הפורוורד צ'ארלס בארקלי, אשר הגיע בטרייד מפילדלפיה 76' תמורת ג'ף הורנסק, אנדרו לאנג וטים פרי. הרכישה של בארקלי, אשר זכה באותה עונה בתואר ה-MVP של העונה הסדירה, הייתה אחד הגורמים המרכזיים להצלחתה של פיניקס בעונות הבאות. בנוסף לבארקלי, החתימו הסאנס גם את דני איינג' וצירפו את שני שחקני הרוקי המבטיחים – הסנטר אוליבר מילר והפורוורד ריצ'י דומאס. תחת הדרכתו של המאמן הנכנס פול וסטפאל (שהיה שחקן בקבוצה שהגיעה עד הגמר ב-1976), ניצחה פיניקס שיא מועדון של 62 משחקים בעונת . לאחר שהדיחו בפלייאוף את לוס אנג'לס לייקרס, סן אנטוניו ספרס וסיאטל סופרסוניקס, הגיעו הסאנס לגמר ה-NBA בפעם השנייה בתולדות המועדון, אך בסופו של דבר הם הפסידו לשיקגו בולס בתוצאה 2–4. המשחק השלישי של סדרת הגמר כלל שלוש הארכות; בכך הייתה פיניקס שותפה בשני משחקי הגמר הארוכים ביותר בתולדות NBA.
הסאנס המשיכו לחזק את סגל הקבוצה עם הוספת שחקני מפתח כגון איי. סי. גרין, וסלי פרסון ודני מאנינג, עמם המשיכה הקבוצה להציג יכולת גבוהה עם מאזן מצוין של 115–49 (70.1%) בעונות ו-. על אף ההצטיינות בעונה הסדירה, בשתי העונות הודחה פיניקס מהפלייאוף על ידי יוסטון רוקטס בשלב חצי גמר האזור המערבי. בקיץ 1994 יזם המנג'ר הנכנס של הסאנס, בראיין קולנג'לו (בנו של ג'רי), עסקה שהתבררה בדיעבד ככישלון; הוא שלח את הגארד דן מארלי ביחד עם בחירת דראפט עתידית לקליבלנד קאבלירס, בתמורה לסנטר ג'ון "הוט רוד" ויליאמס. העסקה נועדה לספק את הצורך בסנטר עם יכולות חסימה גבוהות, אך עם הזמן היא התבררה כלא-מועילה כאשר הנוכחות של מארלי חסרה, בעוד התפוקה של ויליאמס לא ענתה על הציפיות.
עונת הפכה לעונה מאכזבת ביותר מבחינתה של פיניקס כאשר היא הציגה מאזן בינוני של 41–41, והודחה כבר בסיבוב הראשון על ידי סן אנטוניו ספרס. המאמן וסטפאל פוטר באמצע העונה, וקוטון פיטסימונס חזר במקומו לתפקידו הקודם. היחלשות הקבוצה הובילה למתיחות בין בארקלי לג'רי קולנג'לו, אשר התבטאה בהתנצחות הדדית דרך אמצעי התקשורת. בסיום אותה עונה, שלח קולנג'לו את בארקלי ליוסטון רוקטס בתמורה לסם קאסל, רוברט הורי, מארק בראיינט וצ'אקי בראון.
תקופות קיד ומרבורי (1996–2004).
לאחר "תקופת בארקלי", פתחה פיניקס את עונת עם 13 הפסדים רצופים, ובכך קבעה שיא מועדון שלילי. במשך רצף ההפסדים התפטר פיטסימונס מעמדת המאמן, והוחלף על ידי שחקן העבר דני איינג'. אחרי ריב מתמשך בין איינג' לבין רוברט הורי, השחקן הועבר ללוס אנג'לס לייקרס בתמורה לסדריק סבאלוס, ולאחר מכן הועברו סם קאסל, מייקל פינלי ואיי. סי. גרין לדאלאס מאבריקס תמורת ג'ייסון קיד. עם חמישייה נמוכה ומהירה, פיניקס הרכיבה רצף של 11 ניצחונות רצופים שהביא אותם לפלייאוף, בו הפסידו בסיבוב הראשון מול סיאטל סופרסוניקס. בפגרת המשחקים שלפני עונת רכשו הסאנס את שחקן האולסטאר פני הארדוויי, אשר לצד ג'ייסון קיד הרכיב את קו אחורי מוכשר ומבטיח. אולם, על אף הציפיות הגבוהות, השילוב של הארדוויי וקיד אף פעם לא מומש במלואו עקב פציעות של הארדוויי במשך העונה הרגילה, ושבר בקרסול של קיד לקראת הפלייאוף. בסיבוב הפלייאוף הראשון הצליח הארדוויי להוביל את הקבוצה לניצחון מפתיע מול סן אנטוניו ספרס, אך חרף חזרתו של קיד לסיבוב השני הודחה פיניקס על ידי לוס אנג'לס לייקרס, אשר זכתה בהמשך בתואר האליפות.
בקיץ 2001 החליפו הסאנס את ג'ייסון קיד, בין היתר בשל האשמות על הכאת אשתו, בסטפון מרבורי מניו ג'רזי נטס. בעונת כשלה פיניקס להעפיל לשלב הפלייאוף, לראשונה מזה 14 שנים. בדראפט 2002 בחרו הסאנס בבחירה התשיעית את שחקן התיכונים אמארה סטודמאייר. בעונת מרבורי נבחר לחמישייה השלישית של העונה, סטודמאייר זכה בתואר רוקי העונה, והקבוצה רשמה מאזן חיובי 44–38 וחזרה לפלייאוף. בסיבוב הראשון הודחו הסאנס פעם נוספת על ידי הקבוצה שבסופו של הפלייאוף תוכתר כאלופת הליגה - סן אנטוניו ספרס. לאחר פתיחה חלשה לעונת , אותה סיימה עם מאזן שלילי 29–53, העבירה פיניקס את מרבורי והארדוויי לניו יורק ניקס, בתמורה לאנטוניו מקדייס.
עידן סטיב נאש (2004–2012).
תקופת מייק ד'אנטוני.
עונת סימנה את החזרה של פיניקס לצמרת הליגה, כשהסאנס מסיימים את העונה הרגילה עם המאזן הטוב בליגה; 62–20. המאזן שווה לשיא המועדון אשר נקבע בעונת שבה הסאנס הגיעו עד הגמר. המהפך הגדול התרחש בעיקר בזכות הצטרפותם של הרכז סטיב נאש, אשר זכה בסיום אותה עונה בתואר ה-MVP של העונה הסדירה ב-NBA, ושל המאמן מייק ד'אנטוני אשר זכה בתואר מאמן העונה. המפתח להצלחה של הקבוצה היה סגנון המשחק המהיר המכוּנה "7 שניות או פחות" ("Seven seconds or less"), המעודד את השחקנים להגיע למצב זריקה במהלך 7 השניות הראשונות של שעון הזריקות. הסאנס סיימו את העונה כקבוצה עם מספר הנקודות הגבוה ביותר בממוצע למשחק (110.4), מספר השלשות הגבוה ביותר בממוצע למשחק (9.7) ואחוזי הקליעה ל-3 נקודות הגבוהים ביותר (39.3%). כמו כן הייתה לפיניקס נציגות גבוהה בסוף-שבוע האולסטאר; סטיב נאש זכה באתגר הכישורים, ג'ו ג'ונסון וקוונטין ריצ'רדסון (שגם זכה) השתתפו בתחרות השלשות, אמארה סטודמאייר הגיע למקום השני בתחרות ההטבעות, ונאש, מריון וסטודמאייר השתתפו גם במשחק האולסטאר עצמו.
הסאנס הגיעו לפלייאוף 2005 מהמקום הראשון באזור המערבי, אשר הבטיח להם יתרון ביתיות לכל אורך הפלייאוף. בסיבוב הראשון הביסה הקבוצה את ממפיס גריזליס בתוצאה 4–0, ובסיבוב השני ניצחה את דאלאס מאבריקס בתוצאה 4–2. בסדרת גמר המערב הצליחה סן אנטוניו ספרס להגביל את הסאנס לממוצע של 104 נקודות למשחק בלבד, והם גברו על הסאנס בתוצאה 4–1. לאורך הסדרה מול הספרס קלע סטודמאייר 37 נקודות בממוצע למשחק, אשר היה ממוצע הנקודות הגבוה ביותר אי פעם של שחקן בביקורו הראשון בגמר אזורי.
עונת נפתחה ברגל שמאל כאשר סטודמאייר נאלץ לעבור ניתוח ארטוסקופיה בברכו הימנית עוד לפני פתיחת העונה, ושותף בשלושה משחקים בלבד לכל אורך העונה. בנוסף, הקלע המבטיח ג'ו ג'ונסון הועבר בטרייד לאטלנטה הוקס, שבתמורה העבירה לפיניקס את בוריס דיאו יחד עם שתי בחירות דראפט עתידיות. החתמות נוספות באותה פגרה כללו את ראג'ה בל, טים תומאס וקורט תומאס, אשר פספס את חציה השני של העונה בעקבות פציעה בברכו. על אף חילופי השחקנים והפציעות המשמעותיות, זכו הסאנס באליפות הבית הפאסיפי בפעם השנייה ברציפות, והשיגו את המקום השני בליגה כולה עם מאזן 54–28. סטיב נאש זכה בתואר ה-MVP של העונה הסדירה בפעם השנייה ברציפות, כשהוא הופך לרכז השני בלבד (אחרי מג'יק ג'ונסון) אשר זוכה בתואר יותר מפעם אחת. בנוסף, בוריס דיאו זכה בתואר השחקן המשתפר של העונה.