בעת שהותו בהאג קיים צ'ארלס מערכת יחסים קצרה עם לוסי וולטר (Lucy Walter), שמאוחר יותר טענה טענת שווא שהם נישאו בחשאי. בנה, ג'יימס סקוט, שמאוחר יותר היה דוכס מונמות', היה אחד מבניו הבלתי חוקיים הרבים של צ'ארלס שנעשו לדמויות בולטות בחברה הבריטית. צ'ארלס הראשון נכנע ב-1646. הוא נמלט ונתפס מחדש ב-1648. למרות מאמציו הדיפלומטיים של בנו להצילו, הוא הוצא להורג בעריפת ראש ב-1649 ואנגליה הפכה לרפובליקה. ב-6 בפברואר אותה שנה הכריז הפרלמנט של סקוטלנד על צ'ארלס כמלך בריטניה הגדולה בתוקף היותו יורשו של אביו, אך לא הותר לו להיכנס לסקוטלנד אם לא יסכים שהפרסביטריאניזם תהיה הדת השלטת באנגליה ובאירלנד.
כאשר עלו הדיונים על שרטון התיר צ'ארלס לגנרל מונטרוז (Montrose) לנחות באיי אורקני בראש צבא קטן כדי לאיים על הסקוטים בפלישה, בתקווה שבכך יכפה עליהם הסכם שיהיה לו נוח יותר. מונטרוז חשש שצ'ארלס יקבל כל פשרה שתוצע לו, והוא בחר לפלוש לסקוטלנד עצמה בכל מקרה. הוא נלכד והוצא להורג. צ'ארלס הבטיח בחוסר רצון שהוא יציית לתנאי הצהרת ברדה ושהוא יתמוך בשליטה של הכנסייה הפרסביטריאנית בכל רחבי בריטניה. עם הגעתו לסקוטלנד ב-23 ביוני 1650 הביע צ'ארלס את הסכמתו לכך באופן רשמי. החלטתו זו זיכתה אותו בתמיכה בסקוטלנד אך לחוסר פופולריות מוחלט באנגליה. צ'ארלס עצמו חש עד מהרה בוז ל"נבזות" ול"צביעות" של הכנסייה הסקוטית.
ב-3 בספטמבר 1650 הובסו תומכי הכנסייה הפרסביטריאנית בקרב דנבר (Dunbar) על ידי כוח צבאי קטן בהרבה בפיקודו של אוליבר קרומוול. כוחותיהם של הסקוטים נחלקו לרויאליסטים ולפרסביטריאנים, שאף נלחמו אלה באלה. מאוכזב מהפרסביטראינים, ניסה צ'ארלס באוקטובר להימלט מהם ורכב צפונה כדי להצטרף לכוחות הרויאליסטים, אך תוך יומיים לכדו אותו הפרסביטריאנים. אף על פי כן, נותרו הסקוטים תקוותו הגדולה ביותר של צ'ארלס להחזיר לעצמו את הכתר והוא הוכתר כמלך סקוטלנד בסקן (Scone) ב-1 בינואר 1651. עקב האיום שהיוו כוחותיו של קרומוול על מעמדו של צ'ארלס בסקוטלנד, הוחלט להתקיף את אנגליה. עקב סירובם של סקוטים רבים, בהם הלורד ארגייל ומנהיגים אחרים של הפרסביטריאנים ועקב הצטרפותם הדלה של רויאליסטים אנגלים מעטים למערכה, היא הסתיימה בתבוסה בקרב וורסטר (Worcester) ב-3 בספטמבר 1651, שלאחריו חמק צ'ארלס מהשבי כאשר הוא מתחבא בכל מיני מקומות, כולל על עץ אלון (שנקרא מאוחר יותר Royal Oak) בבית בוסקובל (Boscobel House). לאחר שישה שבועות של בריחה הצליח צ'ארלס להימלט מאנגליה כשהוא מחופש, ונחת בנורמנדי ב-16 באוקטובר, למרות פרס של 1000 ליש"ט שהוכרז על ראשו, האיום בעונש מוות שיוטל על כל מי שיסייע לו, והקושי של צ'ארלס להתחפש, עקב קומתו הגבוהה (1.85 מטר).
קרומוול מונה להיות הלורד פרוטקטור של אנגליה, סקוטלנד ואירלנד ובאופן מעשי הוטל על האיים הבריטים משטר צבאי. בהיותו מרושש כספית, לא הצליח צ'ארלס לגייס תמיכה מספקת כדי להוות אתגר רציני לממשלתו של קרומוול. למרות קשרי המשפחה של בית סטיוארט עם מרי נסיכת אורנג', כרתו צרפת והרפובליקה ההולנדית ברית עם ממשלתו של קרומוול ב-1654 ואילצו את צ'ארלס לפנות לעזרתה של ספרד ששלטה באותם הימים בארצות השפלה הדרומיות. צ'ארלס גייס צבא אספסוף מקרב נתיניו הגולים, אך הצבא הקטן הזה, הבלתי מתוקצב, המצויד בדלות ובעל המשמעת הלקויה, היה לגרעין של צבא אנגליה לאחר הרסטורציה.
רסטורציה.
לאחר מותו של קרומוול ב-1658 סיכוייו של צ'ארלס לזכות בכתר נראו בתחילה נמוכים מאחר שאת קרומוול ירש כלורד פרוטקטור בנו ריצ'רד קרומוול. עם זאת, ללורד פרוטקטור החדש לא היה את בסיס הכוח של תמיכת הפרלמנט או של הצבא החדש (New Model Army). הוא אולץ להתפטר ב-1659 ותפקיד הלורד פרוטקטור בוטל. במהלך אי השקט הצבאי והאזרחי שבא לאחר מכן, הביע ג'ורג' מונק (George Monck), מושל סקוטלנד את דאגתו שהאומה תשקע באנרכיה. מונק וצבאו צעדו לתוך הסיטי של לונדון והכריחו את הפרלמנט להתפטר ולערוך בחירות חדשות. "הפרלמנט הארוך" פיזר את עצמו ולראשונה מזה 20 שנה נערכו בחירות כלליות. הפרלמנט היוצא הגדיר את התנאים להיבחר כך שיתאימו לשובו של הרוב הפרסביטריאני.
המגבלות כנגד מועמדים ומצביעים רויאליסטים הוסרו ותוצאות הבחירות חילקו את בית הנבחרים באופן שווה למדי על בסיס פוליטי בין הרויאליסטים ולבין תומכי הפרלמנט ועל בסיס דתי בין האנגליקנים לבין הפרסביטריאנים. הפרלמנט החדש שכונה "הפרלמנט המכונס" (The Convention Parliament, פרלמנט שכונס מבלי שזומן על ידי המונרך), התכנס ב-25 באפריל 1660 וזמן קצר לאחר שפורסמה הצהרת ברדה, על פיה הסכים צ'ארלס, בין שאר הסעיפים, לחנינה של רבים מאויביו של אביו. הפרלמנט של אנגליה הכריז על צ'ארלס כמלך והזמינו לשוב, הזמנה שמצאה את צ'ארלס בברדה ב-8 במאי 1660. אספת נבחרים באירלנד כונסה מוקדם יותר באותה שנה והכריזה ב-14 במאי על צ'ארלס כעל מלך.
צ'ארלס יצא לאנגליה מסכוונינגן, נחת בדובר ב-25 במאי 1660 והגיע ללונדון ב-29 במאי, יום הולדתו ה-30. אף על פי שצ'ארלס והפרלמנט העניקו חנינה כללית לתומכיו של קרומוול, 50 איש הוצאו במפורש מחוק החנינה. בסופו של דבר הוצאו להורג 9 מתוכם שהיו מעורבים בהריגתו של צ'ארלס הראשון. הם נתלו נגררו ובותרו, בעוד שאחרים נשפטו למאסר או הודחו ממשרותיהם לכל חייהם. גופותיהם של אוליבר קרומוול, הנרי אירטון (Ireton) וג'ון ברדשאו (Bradshaw) הוצאו מקברם וזכו להוצאה להורג לאחר המוות.
צ'ארלס הסכים לביטולם של חוקי המיסים הפאודליים ובתמורה הפרלמנט העניק לו הכנסה שנתית של 1.2 מיליון ליש"ט כדי שיוכל לנהל את ממשלתו, שתוקצבה בעיקר ממכס ומבלו. בכל מקרה, הקצבה הוכחה כבלתי מספקת במשך כל תקופת מלכותו של צ'ארלס. סכום הקצבה היה למעשה הסכום המקסימלי השנתי שהמלך יכול היה למשוך מקופת האוצר. על פי רוב ההכנסות היו נמוכות בהרבה, דבר שהוביל לחובות גוברים וניסיונות נוספים לגייס כספים באמצעות מיסי גולגולת, מיסי קרקע, ומיסים על תנורים.
במחצית השנייה של 1660 העיבו על שמחתו של צ'ארלס על שובו לשלטון, מותם של אחיו הצעיר, הנרי ושל אחותו מרי, מאבעבועות שחורות. בערך באותו זמן, חשפה אן הייד, בתו של הלורד צ'נסלור, אדוארד הייד, כי היא הרה לאחיו של צ'ארלס, ג'יימס, שאיתו היא התחתנה בחשאי. אדוארד הייד, שלא ידע לא על הנישואין ולא על ההריון, קיבל את התואר של רוזן קלרנדון (Clarendon) ומעמדו כאחד מהשרים המועדפים על צ'ארלס, התחזק.
חוקי קלרנדון.
הפרלמנט המכונס פוזר בדצמבר 1660 וזמן קצר לאחר הכתרתו של צ'ארלס התאסף הפרלמנט השני בתקופת מלוכתו. פרלמנט זה היה רויאליסט ואנגליקני באופן גורף. הוא פעל כנגד חוסר נאמנות לכנסייה האנגליקנית והעביר שורה של חוקים שיבטיחו את השליטה שלה. חוק מועצות הערים (Corporation Act 1661) דרש מנושאי משרות עירוניות להישבע אמונים, חוק האחדות (Act of Uniformity 1662) הכניס לשימוש חובה את ספר התפילות האחיד (Book of Common Prayer), חוק ההתכנסויות (Conventicle Act 1664) אסר על כינוסים דתיים שמנו יותר מחמישה אנשים, להוציא כינוסים של הכנסייה האנגליקנית וחוק חמשת המיילים (Five Mile Act 1665) אסר על אנשי כמורה נונקונפורמיים שהודחו מתפקידם להתקרב למרחק של פחות מחמישה מייל (8 ק"מ) מהקהילה שממנה הם הודחו. חוק ההתכנסויות וחוק חמשת המיילים היו לתזכורת לתקופת שלטונו של צ'ארלס. החוקים היו ידועים כ"חוקי קלרנדון" (Clarendon Code), על שמו של הלורד קלרנדון, אף על פי שהוא לא היה מעורב ישירות בחקיקתם ואפילו התבטא כנגד חוק חמשת המיילים.
הרסטורציה לוותה גם בשינוי חברתי. הפוריטניות איבדה את תנופתה. תיאטראות נפתחו מחדש לאחר שהיו סגורים בתקופתו של קרומוול וסוגת התיאטרון "קומדיית הרסטורציה" (Restoration comedy) הפכה לסוגה מוכרת. רישיונות להפעלת תיאטראות שניתנו על ידי צ'ארלס היו הראשונים שבמסגרתם ניתן לנשים להופיע בתפקידים נשיים על בימות התיאטרון (לפני כן שיחקו בתפקידים אלה גברים). "ספרות הרסטורציה" הגיבה למצב החדש במשפטים כמו זה של ג'ון ווילמוט (John Wilmot) שאמר על צ'ארלס:
מסופר שצ'ארלס אמר בתגובה: "אכן, המילים אותם אני אומר הם שלי, אך המעשים שלי הם אלה של שרי".
המגפה הגדולה והשרפה הגדולה.
ב-1665 התמודד צ'ארלס עם משבר בריאותי גדול: המגפה הגדולה של לונדון. מניין המתים במגפה הגיע לשיא של 7000 בשבוע של ה-17 בספטמבר. צ'ארלס, יחד עם משפחתו וחצר המלכות שלו, עזבו את לונדון לסולסברי והפרלמנט התכנס באוקספורד. כל הניסיונות של רשויות הבריאות של העיר לבודד את המגפה, נכשלו, והמגפה התפשטה במהירות.
אסון נוסף שנפל על העיר, אך הביא לסיומה של המגפה, היה מה שנקרא מאוחר יותר השרפה הגדולה של לונדון שהחלה ב-2 בספטמבר 1666. השרפה כילתה כ-13,200 בתים ו-87 כנסיות, כולל קתדרלת סנט פול. צ'ארלס ואחיו ג'יימס חברו יחדיו וניהלו את מאמצי כיבוי השרפה. בציבור נפוצו האשמות שרמזו על קושרים קתולים שהציתו את השרפה, אף על פי שלמעשה השרפה החלה במאפיה בסמטת פודינג.
מדיניות חוץ ומדיניות קולוניאלית.