התפתחות אירועי המלחמה, ביניהם ריבוי הפליטים, הקריאות של ההנהגה לסייע לפלישה על ידי פינוי השטח, שיתוף פעולה של כפרים רבים עם הכוחות היהודיים, ובמיוחד בריחתן של האליטות - המיטו מכה קשה מאוד על התנועה הלאומית הפלסטינית. למרות ניסיונות מסוימים, שהמרכזי בהם היה הקמת ממשלת כל פלסטין בעזה בספטמבר 1948, התמוטטו כל מרכזי הכוח של התנועה הלאומית הפלסטינית, ולמעשה היא חדלה להיות תנועה מאורגנת.
בין הנכבה למלחמת ששת הימים 1967-1948.
כתוצאה מאירועי מלחמת העצמאות של ישראל, ובעקבותיהם הטלת הממשל הצבאי על ערביי ישראל, ממשל צבאי מצרי ברצועת עזה, וכן כתוצאה ממדיניות ירדן בגדה המערבית שדיכאה את הניסיונות של התנועה להתארגן באזור השליטה שלה, לא הצליחה התנועה להשתקם בתוך ארץ ישראל. פעילותה עברה לאזורים אחרים בעולם הערבי.
ביוזמת הליגה הערבית הוכרזה ב-22 בספטמבר 1948 בעיר עזה (באותו זמן תחת שליטה מצרית) ממשלת כל פלסטין, כניסיון לתת מענה לשאיפות הלאומיות הפלסטיניות בישות פוליטית עצמאית שאינה תלויה בממשלת עבר הירדן או כפופה אליה, וזאת כתגובת נגד להחלטתו של עבדאללה מלך ירדן לספח את שטחי הגדה המערבית לממלכתו ולהעניק אזרחות ירדנית לתושביה הפלסטינים, צעד שנתפס כמנוגד לשאיפה למדינה פלסטינית ריבונית ועצמאית. עם הקמתה, בראש הממשלה עמד אחמד חילמי עבד אל-באקי, ושר החוץ היה ג'מאל אל-חוסייני. לנשיא מונה חאג' אמין אל-חוסייני. מלבד שש מדינות ערביות, הממשלה הפלסטינית והמדינה שהיא הכריזה עליה לא קיבלו הכרה בעולם. בסוף 1948 פונתה ממשלת כל פלסטין מרצועת עזה עקב התקדמות הצבא הישראלי ומעולם לא הורשתה לחזור מקהיר אף על פי שעזה נפלה תחת שליטה צבאית מצרית. ב-1959 חדלה ממשלת כל פלסטין להתקיים, על-פי החלטתו של נשיא מצרים גמאל עבד אל נאצר שהחליט לפרקה.
בסוף שנות החמישים החלה להתגבש תנועת הפת"ח באוניברסיטת קהיר, ומאוחר יותר במפרץ הפרסי. גם ארגונים אחרים החלו להתארגן בתקופה זו במפרץ הפרסי ובאוניברסיטאות קהיר (שם טופחו על ידי המשטר). לימים יהיו ארגונים אלה חברים ב"ארגון לשחרור פלסטין" (אש"ף), אשר נוסד בשנת 1964. ב-28 במאי 1964 בקונגרס הפלסטיני הראשון שנערך במלון אינטרקונטיננטל במזרח ירושלים, מונה אחמד שוקיירי כיושב ראש הראשון של אש"ף. בקונגרס נקבע הנוסח הראשון של האמנה הלאומית הפלסטינית, המסמך המכונן של אש"ף. לאחר מלחמת ששת הימים, נתכנסה המועצה הפלסטינית בקהיר בימים 10–17 ביולי 1968 ועדכנה את נוסח האמנה.
החל מתחילת שנות השישים עלתה השפעת התנועה הפאן-ערבית ואיתה הנאצריזם. תנועה זו גרמה לשתי תופעות מנוגדות:
בין מלחמת ששת הימים לאינתיפאדה הראשונה 1987-1967.
התבוסה שנחלו צבאות ערב במלחמת ששת הימים גרמה לתפנית בהתייחסות של התנועה הלאומית הפלסטינית. עד למלחמה, הרעיון המרכזי היה היעזרות בצבאות ערב על מנת להכניע את ישראל. גישה זו נכשלה, ובתוך זמן קצר פינתה את מקומה לגישה של המאבק המזוין: מלחמה ללא פשרות בישראל על מנת להשיג את מטרותיה של התנועה, שעיקרם - חיסול מדינת ישראל והקמת מדינה פלסטינית על חורבותיה. גישה זו קיבלה עידוד מהצלחתה של אלג'יריה להשתחרר משלטון צרפת בדרך של מרד.
את המהפך מסמלת ההשתלטות של ארגוני הטרור ובראשם הפת"ח על אש"ף ב-1968–1969. השתלטות זו הציבה את יאסר ערפאת כמנהיג הבלתי מעורער של התנועה, מעמד שבו החזיק עד למותו ב-2004.
שחרור ערביי ישראל מן הממשל הצבאי ב-1966, והתחדשות התקשורת ביניהם לבין קרוביהם בשטחים, גרמו להצטרפות של חלקם לתנועה.
במהלך תקופה זו הפך אש"ף לנציג הכמעט יחיד של התנועה הלאומית הפלסטינית, תוך שהוא דוחק לקרן זווית את הגורמים המעטים שהתנגדו לו.
בשנים אלה ניסה אש"ף להשתלט תחילה על הגדה המערבית (1967-1968), אחר-כך על ירדן (גורש משם בספטמבר השחור ב-1970), ולבסוף על לבנון (משם גורש בעקבות מלחמת לבנון הראשונה עד 1983). במהלך ניסיונות אלו הסתכסך אש"ף עם מרבית מדינות ערב.
מצד שני, התנועה הלאומית הפלסטינית צברה כוח לא מועט בדמותה כאש"ף בשנים אלו, תוך שהיא זוכה להכרה מצד מדינות ערב, ולאחר קבלת תוכנית השלבים גם מצד חלק ממדינות המערב.
תוצאות מלחמת יום הכיפורים ב-1973 התקבלו בעולם הערבי כניצחון גדול (לעומת תבוסת מלחמת ששת הימים), וב-1974 אימץ אש"ף את תוכנית השלבים שלו, שבה התחייב לייסד "סמכות לאומית עצמאית לוחמת על כל חלק טריטוריה של פלסטין שישוחרר". אימוץ התוכנית ביטא את ההכרה של רבים בתנועה הלאומית הפלסטינית בעובדה שאין אפשרות להשיג בכוח ובצורה מיידית את כניעתה המוחלטת של ישראל, ולכן יש לנקוט בגישה הדרגתית.
בדרום לבנון, במרחב שמביירות דרומה עד צור ומזרחה עד החרמון, שלט אש"ף במעין "מדינה" משלו. יאסר ערפאת הצהיר מספר פעמים כי אש"ף יצא מלבנון רק לפלסטין, ובכך בעצם שיעבד את לבנון לבעיה הפלסטינית.
כתוצאה מהסכם השלום בין ישראל למצרים זכתה התנועה הלאומית הפלסטינית, לראשונה, להכרה חלקית של ישראל. בהסכם השלום סוכם על מתן אוטונומיה חזקה (אולם ללא יחסי חוץ וצבא) לפלסטינים בשטחים, ונפתחו שיחות האוטונומיה שנמשכו עד לפרוץ מלחמת לבנון הראשונה ב-1982. למרות זאת, דחו פלגי התנועה את הצעת האוטונומיה, והמשיכו להכריז כי המטרה היחידה היא חיסול ישראל.
בזמן מלחמת לבנון הראשונה, היה הכוח הצבאי של אש"ף בדרום לבנון כבר צבא סדיר למחצה, המיועד להיות צבאה של המדינה הפלסטינית העתידית.
האינתיפאדה הראשונה 1993-1987.
פרוץ האינתיפאדה הראשונה גרם לשינוי בתנועה הלאומית הפלסטינית. לראשונה מאז הנכבה, חזר מרכז הכובד של התנועה לתוך ארץ ישראל. העובדה כי האינתיפאדה פרצה מ"השטח" ולא עקב החלטה מלמעלה הייתה כזריקת עידוד עבור התנועה.
ההשפעות העיקריות של האינתיפאדה בטווח המיידי היו:
במקביל, החל תהליך התמוטטות של התנועה הקומוניסטית הבינלאומית עקב התפרקות ברית המועצות. להתפתחות זו היו שתי השפעות:
הכרזת העצמאות ב-1988.
ב-15 בנובמבר 1988, בתקופת האינתיפאדה ולאחר שביולי אותה שנה הכריז חוסיין מלך ירדן על ניתוק הזיקה בין ממלכתו לגדה המערבית, הכריז אש"ף באלג'יר על הקמת מדינה פלסטינית, דבר שיחד עם ההכרה בהחלטות 242 ו-338 של מועצת הביטחון הביא להכרה בינלאומית רחבה בשאיפותיה של התנועה הלאומית הפלסטינית.
הצהרת העצמאות עצמה נכתבה, ככל הנראה, בעיקר על ידי המשורר מחמוד דרוויש ותרגומה האנגלי הוכן על ידי אדוארד סעיד. בניגוד להצהרות קודמות של המועצה הלאומית ואש"ף, שקבעו כי החלטה 181 של העצרת הכללית של האו"ם (החלטת החלוקה מ-1947) "בטלה ומבוטלת", הצהרת העצמאות הגדירה אותה כאישור בין-לאומי ולגיטימיות ל"זכות העם הפלסטיני לריבונות". ההצהרה שללה פעולות אלימות "נגד השלמות הטריטוריאלית של מדינות אחרות", אך מבלי לציין את מדינת ישראל בשמה, וקראה לעם הפלסטיני להמשיך במאבק "עד סיום הכיבוש", אך מבלי להבהיר אם מדובר בשטחים שנכבשו ב-1967 או בכל השטח שבידי ישראל. ההצהרה הסתיימה בתפילה לאללה, "אדון הממלכה".
ועידת מדריד 1991.
תמיכתם של הפלסטינים בסדאם חוסיין במהלך מלחמת המפרץ הראשונה (1990–1991), מתוך תקווה שילחם עבורם בישראל, הביאה לירידת מעמדה הבינלאומי של התנועה ואף לעוינות כלפי הפלסטינים במדינות המפרץ, דבר שהתבטא בגירושם של רבים מהם.
בשנת 1991 נערכה ועידת מדריד, שבה השתתפה משלחת פלסטינית, אשר, בשל לחצי ישראל, הייתה מאוחדת פורמלית עם המשלחת הירדנית.
ישראל התנתה את ההשתתפות פלסטינית בוועידה בכך שהמשלחת לא תכלול אנשי אש"ף, שנציגיה יהיו תושבי הגדה המערבית ורצועת עזה בלבד ולא ממזרח ירושלים, ושהדיון יהיה בכינון ממשל עצמי פלסטיני בלבד, מבלי לעסוק במעמד הקבע של שטחי האוטונומיה. הסכמת אש"ף לתנאים הללו שיקפה את מצבה הפוליטי הירוד של התנועה הלאומית הפלסטינית ערב כינוס הוועידה, כתוצאה מדעיכת האינתיפאדה ותוצאותיה הקשות של מלחמת המפרץ לפלסטינים.
אלא שבוועידת מדריד קיבלה התנועה הלאומית הפלסטינית הכרה עולמית משמעותית, ובמקביל להכרה זו, התחזקו בתנועה הקולות הפרגמטיים שקראו להשלים (ולו רק זמנית) עם קיומה של מדינת ישראל.
הסכמי אוסלו 2000-1993.
תוצאת תהליכים אלו, בצירוף היחלשות אש"ף לאחר מלחמת המפרץ וההשפעה של האינתיפאדה הראשונה על דעת הקהל הישראלית, הייתה הסכמי אוסלו. הסכמים אלה היו הכרה בפועל של התנועה הלאומית הפלסטינית והציונות זו בקיומה של זו, דבר שהתבטא בחילופי המכתבים בין יצחק רבין ויאסר ערפאת לקראת אישור ההסכמים. למרות ההסכמים, חלק נכבד מאנשי התנועה הלאומית הפלסטינית סירב להכיר בישראל, ואף חלק מאלו שהכירו בה רשמית - דיברו על הכרה זו כחלק מתוכנית השלבים החותרת להכחדתה בסופה.
כפועל יוצא של הסכמי אוסלו הוקמה הרשות הפלסטינית. זו הייתה הפעם הראשונה שבה קיבלה התנועה הלאומית הפלסטינית לניהולה שטח בהסכמה בינלאומית. בשלב זה נדמה היה כי התנועה הלאומית הפלסטינית קרובה מתמיד להגשמת מטרותיה, אך המציאות בפועל הייתה שונה. הסכמי אוסלו היו הסכמי ביניים שבהם נדחו מרבית המחלוקות עם ישראל לשלב מאוחר יותר של הסכמי הקבע. כאשר הגיעה העת לדון בהסכמי הקבע (החל מ-1996), החל כל צד להאשים את רעהו בהפרות חמורות של ההסכמים, דבר שהביא להתרחקות מהשגת המטרות של התנועה.
עצירת "תהליך אוסלו" עם הגברת הטרור הפלסטיני ופרוץ מהומות מנהרת הכותל, תרמו רבות לעוינות ההדדית. כתוצאה, התחזקו הגורמים הרדיקליים בתנועה הלאומית הפלסטינית (חזיתות הסירוב) ומחוצה לה.