התסיסה החברתית ברחבי גרמניה הגיעה לשיא במרד ימאים בקיל ובהכרזה על "רפובליקה סובייטית" בבוואריה בתחילת נובמבר. הסוציאל-דמוקרטים, שהיו חלק מהקואליציה הפרלמנטרית של מקס פון באדן, הבינו כי אם לא יביאו להתפטרותו של וילהלם, ידחפו את אוהדיהם לידי אנשי השמאל הקיצוני והמהפכני, ברית הספרטקיסטים ו"הסוציאליסטים העצמאיים". ב-29 באוקטובר שלח פיליפ שיידמן מכתב למקס פון באדן בו דרש כי הקנצלר ייעץ לקיסר להתפטר. הקיסר עצמו עזב את ברלין, ויצא אל מטהו הכללי בעיר ספא בבלגיה. התירוץ שנתן היה כי עליו לעמוד בראש כוחותיו. למעשה, לא היה עוד ביטחונו האישי מובטח בתחומי ברלין.
ב-9 בנובמבר נועד הקיסר עם הינדנבורג וראש מטהו, הגנרל וילהלם גרנר, שהחליף את לודנדורף שנמלט לשוודיה. גרנר הודיע לקיסר כי הצבא אינו עומד עוד מאחוריו. גם אירועים אלו לא הביאו להתפטרותו של וילהלם. מקס פון באדן נאלץ להודיע על דעת עצמו, בברלין, כי הקיסר התפטר. משהועמד בפני עובדה מוגמרת, יצא הקיסר להולנד, ששמרה על נייטרליות במשך כל המלחמה, ובה שלטה שארת בשרו וילהלמינה, כדי לבלות בה את שארית חייו בגלות.
הסכם ורסאי, שנחתם בתחילת 1919, כלל בין יתר סעיפיו את סעיף 227 שקרא במפורש להעמדתו של הקיסר לדין בעוון "עבירה עילאית כנגד המוסר הבינלאומי וקדושת ההסכמים הבינלאומיים", אך וילהלמינה סירבה להסגיר את הקיסר חרף הפנייה המפורשת בעניין מצד בעלות הברית המנצחות. בתחילה ישב הקיסר בעיירה אמרונחן הסמוכה לאוטרכט, ולאחר מכן רכש טירה בעיירה דורן , שבה גר משנת 1920 ועד מותו. ממקום משכנו בדורן מחל הקיסר לקציניו ומשרתיו על שבועת הנאמנות שנשבעו כלפיו, אך מעולם לא ויתר באופן רשמי על תאריו, וטיפח את התקווה לשוב לגרמניה כאשר הנסיבות יאפשרו זאת.
גלות ומוות.
בדורן חי וילהלם חיים שקטים. לאחר מות אשתו אוגוסטה ויקטוריה ב-1921, נישא בשנת 1922 לאצילה גרמנית בשם הרמינה, נסיכת רויס-גרייץ. בתקופה זו פרסם גם את זכרונותיו, שבהם טען כי לא הוא האשם בפרוץ המלחמה, והגן על התנהגותו בתקופת שלטונו, במיוחד בכל הנוגע למדיניות החוץ.
לעיתים היה זוכה לביקוריהם של אורחים מכובדים באחוזה, ושמר על עניין וקשר עם הפוליטיקה האירופית. את רוב זמנו בילה בגילוף עץ, תחביב שאליו נתפס רק לאחר שהגיע לדורן. הוא גידל זקן, דבר ששינה את דיוקנו המוכר לכל, והחל לומד את השפה ההולנדית. כן עסק בציד, תחביב שבו עסק עוד בעת שלטונו.
הצלחת המפלגה הנאצית בתחילת שנות ה-30 הפיחה בו תקוות לשוב לגרמניה וייתכן כי אף לעמדת השפעה. אשתו הרמינה פנתה אל הממשלה הנאצית בשם בעלה, אך היטלר מנע כל דיון בעניין. על אף ששמר על קשר עם בכירים בממשל הנאצי, ואירח את הרמן גרינג באחוזתו לפחות פעם אחת, טיפח וילהלם טינה כלפי היטלר. הוא סלד מאירועים כליל הסכינים הארוכות וליל הבדולח, והביע את חוסר אמונו במשטר החדש.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה וניצחון הגרמנים על פולין בספטמבר 1939, פנה שלישו של וילהלם, הגנרל פון דומס, במכתב רשמי להיטלר, והבטיח לו כי בית הוהנצולרן "נותר נאמן" לממשל החדש, וכי תשעה מצאצאיו של וילהלם מוצבים בחזית. דרך הגנרל פון דומס נותר וילהלם בחליפת מכתבים עם היטלר, ואף בירכו על כיבוש פריז עם סיום המערכה על צרפת. אך גם לאחר כיבושה של הולנד במאי 1940 לא התאפשר לווילהלם לשוב לגרמניה, והוא נותר במדינה זרה תחת כיבוש גרמני.
כשנה לאחר מכן, ב-4 ביוני 1941, מת וילהלם בדורן, כתוצאה מתסחיף ריאתי, כשהוא נמצא תחת משמר של חיילים גרמנים. היטלר כיבד את בקשתו שלא להשיבו לגרמניה כל עוד זו לא השיבה את המשטר המלוכני, והוא נטמן בדורן, בטקס צבאי שבו נכחו כמה מאות אנשים, לרבות אנשים שהיו קרובים אליו בתקופת המלחמה ושמרו עמו על קשר לאחריה, כגנרל הקשיש אוגוסט פון מקנזן. בקשתו כי דגל צלב הקרס לא יונף בהלווייתו לא כובדה. הוא נטמן במאוזוליאום באחוזת דורן, ומאז היה המקום למקום עלייה לרגל למונרכיסטים גרמנים, המקפידים לפקוד את המקום ביום השנה למותו.
וילהלם עצמו הביע את דעתו על היטלר בראיון למגזין קן ב-1938
היסטוריוגרפיה, מורשת והנצחה.
במשך שנים רבות לאחר מלחמת העולם הראשונה נתפס וילהלם כאחראי למלחמה. תעמולת מדינות ההסכמה שהציגה אותו כרודן מרושע נתפסה כעובדה. העיסוק בו פסק לאחר מלחמת העולם השנייה, אז נראו מעלליו בטלים בשישים לעומת זוועות הנאציזם. משנות ה-50 החל זרם היסטוריוגרפי שראה חשיבות פחותה בדעותיו ובמעשיו, לעומת זרמי עומק מדיניים וכלכליים, שהם שניווטו את המדיניות הגרמנית בתקופה זו. לאחר שנות ה-70 החל עניין מחודש בווילהלם. היסטוריונים כג'ון סי. ג'י. רהל וניקולס זומברט עסקו בו ובאישיותו, והעניקו לו מקום מרכזי בקביעת המדיניות הגרמנית בתקופתו. ביוגרפיות מקיפות כ-"Wilhelm II and the Germans: A study in leadership" (1991) של תומאס קוהוט החזירו את הגישה ההיסטוריוגרפית הפרסונלית למרכז התמונה, ואיזנו מעט את הגישה ההיסטוריוגרפית הקודמת.
מורשתו של וילהלם נראית כיום כמורשת של דמות היסטורית מן השורה בגרמניה, בעלת פגמים ומגרעות, אך גם בעלת חשיבות היסטורית. אתרים ככנסיית הזיכרון על שם הקייזר וילהלם בברלין, עודם נשמרים ומטופחים, ומקומות רבים עדיין מקושטים בפסליו ובתמונותיו. זכרו נשמר גם במדינת ישראל. בשנת 1982 ביקר בחיפה נכדו של וילהלם, ולכבודו שיפצה עיריית חיפה את אנדרטת אובליסק הקיסר בחיפה שהוקמה בביקורו של וילהלם ב-1898, ואף הציבה במקום לשם נוי תותח עות'מאני ישן משנת 1857 אותו העבירה מגן הזיכרון ליד העירייה.
יחסו ליהודים.
יחסו של וילהלם ליהודים היה יחס מעורב. לחובתו נרשמו במספר הזדמנויות התבטאויות אנטישמיות בוטות, ומאידך, הגיעו היהודים תחת שלטונו לפריחה תרבותית ולמשרות רמות. וילהלם הושפע מהכומר האנטישמי אדולף שטקר, שתמך בחקיקה אנטי-יהודית, ומגזענים פאן-גרמניים כמיסטיקן האנגלי יוסטון סטיוארט צ'מברלין. עם זאת קירב אליו קבוצת יהודים, שאותם כינה חיים ויצמן בזלזול "יהודי הקייזר" (Kaiserjuden, על משקל יהודי החצר). הדומיננטי בקבוצה זו היה אלברט באלין, איל ספנות יהודי מהמבורג שהיה בין היועצים המשפיעים ביותר על הקיסר ואחד מידידיו האישיים הקרובים. חברים אחרים בקבוצה היו איש העסקים היהודי ג'יימס סימון, האחים אמיל ווולטר רתנאו, וקרל פירסטנברג. יהודים אלו מיתנו במידת מה את גישותיו האנטישמיות, אך ניסיונותיהם לשכנעו להקל באפליית יהודים באוניברסיטאות, בשירות המדינה ובצבא, כשלו.
לאחר עליית הנאצים לשלטון ואירועי ליל הבדולח אמר: "לראשונה, אני מתבייש בהיותי גרמני". עם פרוץ מלחמת העולם השנייה, הביע וילהלם חוסר שביעות רצון ממדיניותו של היטלר כלפי היהודים.
עם זאת, האמין וילהלם כי היהודים גרמו לשתי מלחמות העולם, ובמכתב לאחותו בשנת 1940 כתב "יד האלוהים יוצרת עולם חדש... היהודים מגורשים מכל המדינות אותן הם דירדרו לעוינות כלפיהם."
וילהלם והתנועה הציונית, מסעו לארץ ישראל.
עם תחילת פעילותו הציונית של תיאודור הרצל, תלה הרצל תקוות גדולות בתמיכת הקיסר וילהלם השני בציונות. גרמניה הייתה אויבתה הגדולה של צרפת, והיה לה עניין רב ואינטרסים בנעשה במזרח התיכון. הרצל סבר כי ימצא שפה משותפת עם הקיסר וכי יוכל להביאו לתמיכה בעניין הציוני.
לאחר שיחות שכנוע עם דודו, פרידריך הראשון, הדוכס הגדול של באדן, כתב הקיסר אל דודו והודה לו על שהביא לתשומת לבו את הציונות. הוא הביע את תקוותו שהציונות תפנה את "המרץ היוצר של שבט בני שֵם לעניינים טובים יותר ממציצת דמם של נוצרים, בני שם רבים שבשעה זו מסיתים את האופוזיציה ואחוזים בדיבוק הסוציאליזם, יהגרו למזרח, ושם ודאי ימצאו להם עיסוק ראוי יותר שאין סופו בכלא... יודע אני כי תשע עשיריות מכל הגרמנים יסטו מעלי בגועל־נפש לכשיתברר להם שאני אוהד את הציונים ופורש חסותי עליהם. אבל עלי לציין כאן כי אלוהים יודע עוד יותר מאתנו כי היהודים רצחו את הגואל, והוא אף העניש אותם על כך. אבל אלוהים לא התיר לא לאנטישמים, ולא לאחרים ואף לא לי עצמי לטפל בהם ביד קשה על־פי דרכנו... מטעם זה אתערב לטובתם אצל הסולטאן, שכן נאמר בכתבי־הקודש, 'קנו לכם אוהבים בכסף, עשו יד אחת אף עם ממון רשע'".
לאחר מאמצים גדולים הצליח הרצל להתקבל לראיון אצל הקיסר בעת שזה ביקר בקונסטנטינופול. הפגישה נערכה ב-18 באוקטובר 1898 בנוכחות יועציו הקרובים של הקיסר, פון בילוב ואוילנבורג. הרצל הביע בפני הקיסר את רעיונו ליישוב ארץ ישראל ביהודים, והלה הביע הסכמה. הרצל תיאר את הפגישה ביומנו במילים אלה:
בסיכומה של השיחה הסכים וילהלם להעלות את הנושא בפני הסולטאן העות'מאני בביקורו הקרוב בארץ ישראל, ולדרוש כי תוקם "Chartered Company" בחסותו של הקיסר, שתיישב יהודים בארץ ישראל.
ב-28 באוקטובר 1898 נפגש הקיסר שוב עם הרצל, הפעם בארץ ישראל, ליד בית הספר החקלאי מקוה ישראל. בפגישה נכחו גם ד"ר משה שנירר, דוד וולפסון ומקס בודנהיימר. בפגישה עצמה נענה הרצל במילים "חן חן לו בעד ידיעותיו, שעוררו בי עניין רב. העניין טעון עוד על כל פנים חקירה מפורטת ובירורי דברים נוספים". הרצל הבין מן הנאמר כי אין לקיסר תשובה חיובית או שלילית, אך לאחר מכן התברר כי בין שתי הפגישות ביניהם נועד וילהלם עם הסולטאן הטורקי, והלה לא הביע התלהבות מהתוכנית. אישים בקרבתו של הקיסר, כבילוב, הסתייגו אף הם. לאחר פגישה זו נפגש הרצל פעם נוספת עם הקייזר במחנהו בירושלים, ב-2 בנובמבר. הריאיון עם הקיסר נמשך פחות מרבע שעה, ולא היה בו תוכן ממשי. לאחר מכן לא נפגש עוד הרצל עם הקיסר, והשקיע את מאמציו להכרה מדינית במקומות אחרים. הקיסר, מצידו, לא הביע עוד עניין בתנועה הציונית.