השפות הרשמיות בטרנסניסטריה הן רוסית, אוקראינית ומולדובנית (רומנית). כל השפות הרשמיות נכתבות באלפבית קירילי, ועל אף שהרומנית נכתבת באותיות לטיניות ברומניה ובמולדובה, נכפה על האוכלוסייה המולדבית האלפבית הקירילי, כחלק מרכזי בהטמעת התרבות הסלאבית.
על 34% מתושביה הרומנים מוטלות מגבלות: קיים איסור על לימוד השפה הרומנית באותיות לטיניות כנהוג ברומניה וברפובליקת מולדובה, וארבעה מתוך ששת בתי הספר במדינה ששפת הלימוד בהם היא רומנית, נסגרו על רקע הלימוד בכתב הלטיני ומאוחר יותר נפתחו כבתי ספר פרטיים בלחץ הקהילה האירופית.
הפרות זכויות אדם בטרנסניסטריה.
בחבל טרנסניסטריה נתונים אזרחים להפרות זכויות אדם וקיפוח מצד הרשויות. הקהילה הבינלאומית מתחה ביקורת על יחס הרשויות כלפי בני אדם המצויים בשטח החבל לאור דיווחים ותיעוד מתוך דוחות של ארגוני זכויות אדם, פסיקות בית הדין האירופי לזכויות אדם וגורמים נוספים.
טרנסניסטריה מצויה בטריטוריה של מולדובה, אך נשלטת דה-פקטו על ידי רוסיה באמצעות משטר בעל אופי קומוניסטי ושליטה בכוח שהוביל לפגיעות קשות ואיומים על הביטחון האנושי. לעבר שלטונות טרנסניסטריה מופנות טענות בשל המשטר המתנהל בצורה אוטוריטרית וכתוצאה מכך הוא אכזרי ומדכא את האוכלוסייה בייחוד פלח האוכלוסייה האתני-מולדבי. דוח אמריקאי בשם Freedom in the World תיאר את טרנסניסטריה כטריטוריה "בלתי-חופשית עם רישומים נמוכים הן בזכויות פוליטיות והן בזכויות אזרחיות".
בין הפרות זכויות האדם והתנהלות השלטון נכללים מעצרים והחלטות מנהליות שרירותיים; שימוש מופרז בכוח מצד כוחות משטרתיים עד כדי עינויים; תנאי מעצר וכליאה בלתי-הומניים; הגבלות נוקשות על קיום הפגנות ומחאות. מתוך מטרה מוצהרת לשיפור מדדי זכויות האדם וכדי שאלה יעלו בקנה אחד עם הסטנדרטיים האירופיים, בשנת 2006 הוקם משרד לתלונות הציבור. תכליותיו מפורטות בחוקת טרנסניסטריה, אולם בשל חוסר הנכונות של הממשלה לשתף מידע אודות התנהלות הרשויות לא קיים מידע זמין לציבור.
חופש העיתונות וחופש המידע.
פוליטיזציה צורמנית ו"אוליגרכיזציה" של המדיה מהוות בעיות מרכזיות. התעסוקה כמו גם התכנים במדיה משרתים אינטרסים פוליטיים של פוליטיקאים, כך למשל הקשר בין חברת "" לבין נשיא טרנסניסטריה לשעבר איגור סמירנוב. לחברה מונופול על סוגי מדיה שונים ולגביה נטען כי היא מייצגת את האינטרסים והאג'נדה של הנשיא לשעבר איגור סמירנוב.
ניהול המדיה מצוי תחת מגבלות בקרה של הרשויות. כמעט כל המדיה נמצאת בבעלות שלטונית או לחלופין תחת שליטה הדוקה של השלטון ואף אם הן בבעלות פרטית, הרשויות מכתיבות עבורן תכנים. כך למשל המגבלה המרכזית החלה עליהן היא הימנעות מביקורת פוליטית קרי חופש הביטוי הפוליטי, קל וחומר כזו שמופנית לעבר הרשויות. דיווחים ביקורתיים גוררים הטרדות מצד הרשויות כנגד אותן חברות ועיתונאים; דיווחים נחסמים באמצעות מנגנוני בירוקרטיה; אי-מסירת מידע ככלי לעכב פרסומים על ידי המדיה הפרטית מכאן שיש פגיעה שחופש המידע.
יבגני שבצ'וק אשר כיהן כנשיא טרנסניסטריה, הנפיק צו שחייב רשויות ממשלתיות, ארגונים פרטיים ואף אזרחים לדווח אודות תכנים "קיצוניים" שפורסמו במרשתת. הצו אפשר לרשויות לסגור אתרים שנמצאו חשודים בהפצת מידע שקרא להפלת הממשלה. הרשויות המקומיות הגבילו פורומים מקוונים ללא הסבר. המנהיג הטרנסניסטרי התייחס אליהם כאל "אתרי מזבלה אנונימיים" ועמד על כך שכל רשתות המדיה החברתיות יירשמו כמוסדות של תקשורת ההמונים כדי לאפשר פיקוח ומעקב אם הם יהיו ביקורתיים מדי על הממשלה. כך בשנת 2015 עיתונאי בשם סרגיי ילצ'נקו נעצר בגין הסתה ופעילות "קיצונית" בעקבות פרסומים באינטרנט .
הזכות לחינוך בשפת הלאום.
העימותים האתניים בין מולדובה לבין חבל טרנסניסטריה סביב סוגיית השפה היוו גורם מרכזי לפרוץ הקונפליקט הסורר בין השתיים. מכאן מקור העקשנות של שלטון טרנסניסטריה שהחינוך בבתי הספר של המיעוט המולדבי יהיה בניב קרילית מולדבית במקום השימוש בניב הלטיני .
בחבל טרנסניסטריה ישנם שמונה בתי ספר שמיועדים לאוכלוסייה האתנית-מולדבית המצויה בטריטוריה שלה. דו"ח שנערך על ידי ארגון זכויות אדם מעלה כי בתי הספר הללו חשופים תדיר למאמצי הפחדה והטרדה מצד הרשויות במטרה לכפות עליהם להסב את מערכת האותיות מלטינית לקריליות.
אחת המטודות בהן הרשויות נקטו הייתה קיצוץ בתקציבי החינוך לבתי ספר שסירבו לבצע את השינוי המהותי. כתוצאה מכך נוצר עומס יתר בכיתות הלימוד עד כדי מצב שבו נמנעה מילדים הגישה לקבלת השכלה. החלטה זו לטענת ארגון פרומו-לקס הייתה הפרה בוטה של הזכות לחינוך. פעולה נוספת שגררה ביקורת חריפה הייתה שיפור ניכר בתשתיות בתי הספר הקונבנציונליים על חשבון בתי הספר המולדבים שסירבו להיענות לדרישות הרשויות .
חופש ההתאגדות.
כל הפעילויות הלא ממשלתיות חייבות להיות מתואמות עם הרשויות המקומיות. קבוצות שאינן פועלות בהתאם לכך ניצבות בפני הטרדה, כולל מעקב וביקורים של גורמי הביטחון. ארגוני החברה האזרחית מתמודדים עם בעיות גוברות באשר לעבודה בטרנסניסטריה וארגונים בין-לאומיים זקוקים לאישור הרשויות לצורך הפרויקטים, הביקורים והפגישות שלהם עם החברה האזרחית והתקשורת.
חופש דת.
האמונה הדומיננטית בטרנסניסטריה היא הנצרות האורתודוקסית. הרשויות לא מכירות ואף לא מתירות רישום לקבוצות דתיות קטנות ושונות. קבוצות דת שאינן רשומות ומוכרות על ידי הרשויות נתונות להטרדות מצד המשטרה.
פרשת אילסקו.
אחת מהפרשות הבולטת ביותר בתחום זכויות האדם שאירעו בחבל טרנסניסטריה, עסקה בהרשעתו של הפעיל הפוליטי ובעל לאומיות מולדבית איליו איליאסקו בשנת 1993 בגין הריגתם של שני נציגים טרנסניסטריים רשמיים. בפרשה זו הואשמו שלושה אזרחים מולדבים נוספים, עליהם בית משפט העליון של טרנסניסטריה גזר בין 12 ל-15 שנות מאסר ובנוסף לכך הורה על עיקול והחרמת נכסים ורכוש המצויים בבעלותם .
עיקר הפרשה (המכונה גם " פרשת קבוצת אילאסקו") נסבה על שורה של הפרות ושלילת זכויות בסיסיות של הנאשמים שבוצעו על ידי הרשויות הטרנסניסטריות. הזכויות אותן המבקשים טענו שהופרו חוסות תחת הגנת האמנה האירופית לזכויות אדם (ECHR), ביניהן הזכות להליך משפט הוגן, הזכות לחיים, הזכות לחירות וביטחון, איסור על עינויים ועוד.
ראשיתה של הפרשה במעצרם של איליו איליאסקו - אשר שימש כמנהיג מפלגת "החזית העממית" והיה מהתומכים הבולטים והפעילים לאיחוד מולדובה ורומניה, אנדראי איבנטוק, טודור פטרוב-פופה ואלכסנדרו לסקו. איליו אילסקו בדומה לשלושת המבקשים הנוספים נעצר בביתו ביוני 1992, אשר תואר בפסק הדין של בית הדין האירופי כמעצר “בלתי-חוקי ואף שרירותי”. מיד עם מעצרו (על פי גרסתו של איליסקו), הוא נלקח לחקירות רבות תוך שהוא נתון להתעללות על סוגיו השונים (פיזית ומנטלית) הן במהלך החקירות עצמן והן לאורך החזקתו לפני ואחרי הרשעתו. למשל, הוא סיפר כי סוהרים הכו בו כאשר ידיו כבולות באזיקים.
במהלך המשפט, הנאשמים הוחזקו בכלובים ("Reinforced iron cages") בשל רמת הסיכון שהם היוו. ההחלטה להחזיק אותם בתנאים שכאלה עוררה זעקה מצד ארגוני זכויות אדם. תנאי הכליאה של המבקשים נותרו אכזריים במרבית תקופתם בבתי הסוהר. בפרט תנאיו של אילסקו הוחמרו באופן ניכר שכן במשך שנים רבות הוא הוחזק בצינוק ללא גישה לסיוע רפואי ולצלב האדם אף לא ניתן לבקר אותו.
טענה מרכזית נוספת שהובאה בפסק הדין היא הפרה של סעיף 5 לאמנה האירופית לזכויות אדם : היעדר חימום בתקופת החורף, נוקשות יתר בהעברת חבילות ומכתבים לידי אילסקו, החרמת מתנות על ידי הסוהרים, מחסור באור שמש, איסור מוחלט על תקשורת עם אסירים אחרים.
בתוך כך ארגוני זכויות אדם טענו שהמבקשים הועמדו לדין מפאת השתייכותם למפלגת "החזית העממית" גרידא, טענה אשר נועדה לערער את הוגנות ההליך. במשך שנים הרשויות מנעו מארבעת חברי קבוצת אילסקו להגיש בקשה לפתיחת הליך משפטי בבית הדין האירופי לזכויות אדם. למעשה נפסק כי הרשויות התערבו בניסיונות הארבעה לפנות ל-ECtHR ועל-כן פעלו בניגוד להוראות סעיף 34 לאמנה האירופית לזכויות אדם.
סופה של הפרשה ב-8 ביולי 2004 בפסיקתו של בית הדין האירופי לזכויות אדם. בפסק הדין קבע בית הדין האירופי שביחס לארבעת המבקשים, רשויות טרנסניסטריה פגעו בזכויות החירות וביטחון שלהם. בנוגע לאיליו איליאסקו, נקבע כי היחס שקיבל מצד רשויות טרנסניסטריה לאורך תקופת כליאתו עולה לכדי עינויים. בנוסף, נפסק כי על המדינות מולדובה ורוסיה- השולטת דה פקטו בטרנסניסטריה לשאת בפיצויים על סך $76,8399 בגין קיפוח חירות הנאשמים ובגין התעללותם תוך שהם מוחזקים במשמורת.
איליאסקו שוחרר בשנת 2001 בעוד ששאר חברי קבוצת איליאסקו שוחררו בין השנים 2004–2007, לאחר שסיימו לרצות את עונשם.
פרשת קטן.
ב-2012 קבע בית הדין האירופי לזכויות אדם את פסיקתו בפרשת Catan vs. Moldova and Russia (no.43370/04). חוק "השפות" מ-1992 אסר על לימוד באותיות לטיניות וכן החלטה שלטונית קבעה שבתי ספר בבעלות זרה חייבים ברישום והכרה רשמית על ידי הרשויות. בשנת 2004 הרשויות החלו בנקיטת מהלכים לסגירת בתי ספר שהתנהלו בניגוד לאמור לעיל. אלקסי קטן ועשרים ושבעה עותרים נוספים נפגעו ממהלכים אלה מפני שבית הספר המולדבי בו למדו ילדיהם של העותרים נסגר, ובעקבות זאת מבנה בית הספר הוחרם. בצל האירועים, ילדים ומורים גורשו ונאלצו להשתמש במבנים חלופיים עם רמת תשתיות ירודה ובהיבט הנגישות הפיזית מיקומם יצר אי-נוחות וקושי רב.