כחלק מהמעבר ממחתרת לארגון גלוי, ביקשו אלחנן אורן ויוחנן סמואל (מפקד מרחב תל אביב) לעצב לגדנ"ע סמל שיהווה ייצוג הולם של עברו ומטרותיו. בעת שחשבו על עיצוב הסמל, עמדו לנגד עיניהם פסוקי התנ"ך "...ללמד בני יהודה קשת..." (שמואל ב', פרק א', פסוק י"ח) ו"כחצים ביד גיבור כן בני הנעורים; אשרי הגבר אשר מילא את אשפתו מהם..." (תהילים, פרק קכ"ז, פס' ד'-ה') וכן העובדה שפקודת הנוער המלאה פורסמה בל"ג בעומר תשי"א - החץ והקשת הם מסמליו של מועד זה. הצעתם, סמל החץ וקשת, הועברה למפקד הגדנ"ע אלחנן ישי וממנו אל המטכ"ל. ההצעה אושרה, קיבלה ליטוש סופי בידי גרפיקאי במטכ"ל והיא השתמרה עד היום בצורתה המקורית על גבי תגיהם של המשרתים במערך הגדנ"ע. סמל החץ והקשת היה מוטיב שחזר על עצמו בסמליהן של מסגרות הגדנ"ע.
פיקוד הגדנ"ע בין מלחמת ההתשה למלחמת המפרץ.
סגירת פיקוד הגדנ"ע.
בתחילת שנות ה-90 הוחל בקיצוץ בתקציב הביטחון. באפריל 1991 מינה שר הביטחון משה ארנס את אהוד ברק לתפקיד הרמטכ"ל. ברק פתח את כהונתו בהנחיה "לקצץ כל מה שאינו יורה" – כאשר כוונתו הייתה בין היתר לתחנת הרדיו הצבאית גלי צה"ל ושפע הביטאונים הצבאיים. ראש אג"ת במטכ"ל עמרם מצנע לחץ לצמצום בהוצאות, וראש אגף הנוער והנח"ל, אלי כהן, קיבל הנחיה להעביר את פיקוד הגדנ"ע למרותו של קצין חינוך ראשי של צה"ל, ולהעביר בסיסי גדנ"ע אחדים אל הנח"ל. באוגוסט 1991 הוחל בהטמעתו של פיקוד הגדנ"ע בחיל החינוך וקיצוץ של 35 אחוזים מתקציבו של הגוף המשותף שהוקם.
הגדנ"ע בחיל החינוך והנוער.
בנובמבר 1991 פורסמה פקודת הארגון החדשה לחיל החינוך והגדנ"ע, בה נכתב, בין היתר, כי אחד הענפים במחלקת חינוך והכנה לשירות יטפל בנושאי הכנת נוער לשירות בצה"ל. עד אותה שנה טיפל פיקוד הגדנ"ע במשימה זו, בעוד חיל החינוך התרכז בהסברה וחינוך החיילים המשרתים בצה"ל ופחות בהפעלתם (חלוקה שהייתה נהוגה עוד מימי הקמתו של הגדנ"ע בהגנה). התפקידים שנכללו תחת הגדרה זו מתחלקים להכשרה ולהכנה ערכית ומנטלית: טיפוח כושר גופני ומיומנות קליעה, תוכניות הסברה לקראת שירות, תוכניות הכנה לגיוס לכלל הנוער (כולל אימון התנסות בבסיס גדנ"ע) ולמתנדבים ליחידות המובחרות בפרט וכן תיאום והנחיה של השירות הלאומי.
הגוף אשר בין שאר תפקידיו היה ממונה על פעילות בקרב הנוער נקרא מחלקת השכלה, נוער ומקא"ם (כאשר היה קיים ענף נוער שהוכפף לו). בערך בשנת 1997 נעשה בחיל החינוך שינוי ארגוני: הוקמו מרכזים נפרדים לתחומי העיסוק השונים של החיל-כך למשל הוקמו מרכז חינוך, מרכז אוכלוסיות מיוחדות, מרכז נח"ל ומרכז גדנ"ע. בשנת 2000 אוחדו מרכז הגדנ"ע ומרכז הנח"ל למרכז נוער ונח"ל. בשלהי שנת 2004 אוחדו מספר מרכזים למערך מג"ן, שעד היום הוא הגוף בצה"ל שעוסק בהכנת נוער לשירות, מלבד תפקידיו הנוספים.
מפקדי המחלקה, המרכזים ובהמשך מערך מג"ן, מהמוקדם למאוחר הם:
פעילויות הגדנ"ע.
שבוע גדנ"ע לתלמידים: בשבוע זה תלמידים מבתי הספר התיכוניים בישראל יוצאים להתנסות בת חמישה ימים. ההתנסות מתרחשת בבסיס אימונים המיועד לקלוט תלמידים ולהעבירם את החוויה הראשונית לקראת שירותם הצבאי. למרות החוויה המשמעותית לתלמיד, בשנים האחרונות קיימת מגמה של צמצום היקפי הגדנ"ע ופחות ופחות תלמידים עוברים דרך בסיסים אלה. החוויות אותן דוגמים התלמידים בשבוע זה הן ראשוניות בעבור רובם ומהוות אתגר גדול. חלק מהחוויות הן: לינה בת חמישה ימים מחוץ לבית, לינה באוהלים, מקלחות משותפות, עמידה בזמנים ומשמעת צבאית, שיעורים עיוניים המלמדים על הנשק, ירי במטווח ב-M16, שדאות, זחילות קרביות, עבודה צוותית מאומצת וכו'. תלמידים מעידים ששבוע זה גרם להם להבין קצת יותר לקראת מה הם הולכים מיד עם סיום לימודיהם בבתי הספר ובעיקר עזר להפחית חששות. עצם העלייה על מדים והשהייה הממושכת באווירה ובמשמעת צבאית עושות את שלהן.
פעילות משותפת לפיקוד הגדנ"ע ולגופים נוספים.
פיקוד הגדנ"ע היה הגוף הצבאי היחיד שהותר לו להפעיל בני נוער. חילות צה"ל וגופים נוספים שביקשו להפעיל את הנוער, נדרשו לפנות אל פיקוד הגדנ"ע.
חיל הים.
גדנ"ע ים.
גדנ"ע ים הוקם ב-1949 על ידי זאב פריד במטרה לאמן בני נוער בשיט וימאות, כהמשך טבעי של האגודות הימיות, שחלקן פעלו במחתרת בתקופת טרום המדינה.
הקורס הראשון-בן חודש-אורגן על ידי האגודה הימית זבולון בחיפה, בסיומו הועלו תריסר הנערים לאוניית הסוחר עצמאות ויצאו להפלגה בת ארבעה חודשים כדי להשתלם באומנות הים. בני הקורס הראשון היו פורצי הדרך, ואחרי קורס זה התארגנו 50 בני נוער תחת שרביטו של חנינא מלצר, קצין גדנ"ע ים ראשון. בקורס השני התאמנו 50 בני הנוער באימוני יבשה על הכרמל ובתום האימון היבשתי עלו להכשרה על שלוש מאוניות חיל הים ומאוחר יותר על אוניות הסוחר חיפה ותל אביב, כצוערים ימיים.
לימים בוטלו רבים מהחוגים החיליים, ומגדנ"ע ים נותר גדנ"ע צלילה.
גדנ"ע צלילה.
קורס גדנ"ע צלילה הראשון, בשיתוף פעולה בין פיקוד הגדנ"ע ובין 'השייטת' התקיים בקיץ 1975, ורס"ן (אז) רפאל חתוכה, שבדיוק סיים את תפקידו כמפקד בסיס הגדנ"ע בג'וערה, מונה לתפקיד מפקד הקורס הראשון מטעם הגדנ"ע. מבחני המיון למועמדים נעשו בברכת בת גלים בחיפה, בבצוע מדריכי 'השייטת' אך, באחריות כוללת של הגדנ"ע. הקורס כלל "צלילה במים רדודים" - פרק עיקרי שהועבר על ידי מדריכי השייטת, ופרק של אמונים יבשתיים שכלל בעיקר אמוני נק"ל וטופוגרפיה, בהדרכת מדריכי הגדנ"ע. הפיקוד הכולל על הקורס והאחריות לסדר יום מלא, היו באחריות פיקוד הגדנ"ע, כי רק הוא היה הגוף המוסמך לקיים קורסים קדם-צבאיים לנוער. הקורס התבצע בשני אתרים: אחד במתחם בית הספר הימי לקציני ים בעכו, והשני-העיקרי - על החוף, בסמוך למתקני 'השייטת' - אבל מחוץ לבסיס. מסעות הטופוגרפיה התקיימו בהר הכרמל.
הגדנ"ע צלילה קיימה קורסי ימאות ושיוט במועדוני המסגרת ברחבי ישראל, ומדי קיץ התקיים קורס במתכונת של היום-במהלכו התאמנו הנערים בבסיס הגדנ"ע לאימון יבשתי ובבסיס האימונים של השייטת בעתלית. רבים מבני הנוער שפקדו את בסיסי גדנ"ע צלילה, התגייסו לשייטת ולחיל הים. את המסגרת ארגן זאב פריד. עמוס בן צבי היה מפקד ומדריך ראשי של קורס מפקדי סירות בקיסריה.
גדנ"ע חובלים.
גדנ"ע חובלים הוא שבוע הכנה לקורס חובלים המיועד לבוגרי ובוגרות כיתה י"א.
ההרשמה לשבוע הגדנ"ע נפתחת כל שנה בסביבות חודש ינואר, ושבוע הגדנ"ע עצמו נערך במהלך החופש הגדול. המעוניינים להגיע לגדנ"ע עוברים יום מיון בביתן חיל הים בבסיס תל-השומר, בנוסף למבחנים בצו הראשון. מי שנמצא מתאים על פי שני אלה, מקבל זימון לגדנ"ע. הנתונים הדרושים תואמים לתנאי הקבלה לקורס החובלים (פרופיל 82 וקב"א 52).
שבוע הגדנ"ע נערך במשך 5 ימים בתנאי שדה בבה"ד חיל הים בחיפה. המשתתפים בגדנ"ע מתגוררים בבסיס, ולובשים מדים לאורך כל הפעילות. המשתתפים מחולקים לצוותים של 5–6 גדנ"עים, ולכל צוות מוצמד צוער בקורס החובלים בשלב הייעודי. המשתתפים לומדים על הקורס, על חיל הים ומפליגים הפלגות יום ולילה על סירות גומי אותן הם לומדים להרכיב ולהפעיל בעצמם. במהלך ההפלגות מצטרף לכל צוות חובל במילואים. שבוע הגדנ"ע כולל גם סיור בבסיס חיפה ובעכו העתיקה, מור"קים והכנה לגיבוש. בבוקר היום האחרון מתקיים טקס ברחבת המסדרים של הבה"ד אליו מוזמנים משפחות המשתתפים, והוא כולל גם משט תצוגה של החניכים בסירות גומי.
לאחר הגדנ"ע מקבלים משתתפיו זימון לגיבוש חובלים בן 4 ימים בבה"ד חיל הים. למי שעובר את הגיבוש בהצלחה מובטח מקום בקורס החובלים.
חיל האוויר.
גדנ"ע אוויר הוקם ב-1950 תחת השם "גדודי נוער תעופתיים", ופועלת עד היום, אם כי במסגרת אחרת. הפעילות התקיימה במועדונים, ובחופשות הלימודים נערכו פעילויות גם בבסיסי חיל האוויר.
כיום הגדנ"ע כוללת מסלול מקוצר המיועד לשוחרי חיל האוויר הכולל יום הדרכה אחד, ומסלול מלא המיועד לאחרים הכולל 4 מפגשים בפריסה של שנה-שנתיים, וכן סדרה בת ארבעה ימים בהם מבקרים התלמידים בבסיסי החיל.
חיל המודיעין.
במסגרת החוגים החיליים של שנות החמישים, קוימו חוגי מודיעין. במהלך קיץ 1953 וקיץ 1954 נערכו קורסים של גדנע מודיעין בבה"ד 15 ליד רמלה. רוב בוגרי הגדנ"ע מודיעין שובצו מיד עם סיום הטירונות בתפקידי מש"קי מודיעין. חלק מהם הגיע לדרגות בכירות בקהילת המודיעין במהלך השנים.
בשנת 1976 ענף קד"ץ (קדם צבאי) בחיל המודיעין יזם עם פיקוד הגדנ"ע סמינרים שמטרתם לקרב נוער במגמות ערבית בתיכונים להכיר את חיל המודיעין, לאתר מועמדים מראש ולגייסם לתפקידים הדורשים כישורי שפה. עד יוני באותה שנה התקיימו עשרה מחזורים של "סמינרי מזרחנים".
גדנ"ע מזרחנים, סמינר מודיעין באופק ופעולות נוספות מועברות על ידי מדור טיפוח לימודי מזרחנות בחיל המודיעין שבאופן כללי פועל לשם הגברת לימודי השפה הערבית בבתי ספר. בסופו של דבר, פעילות זו מביאה להגדלת כמות המתגייסים הפוטנציאלים לחיל, הגברת מידת ההיכרות של בני הנוער את התרבות הערבית ולשיפור כללי ברמת השפה.
חיל התקשוב.
בתקופתו של עקיבא עצמון, במסגרת יוזמת החוגים החיילים, פיקוד הגדנ"ע הפעיל את חוגי הקשר.