בשנות ה-30 של המאה ה-20 הוא חיזק את התוכנית הפוליטית של הליגה המוסלמית ותמך ברעיון של הקמת פקיסטן כמדינה נפרדת. ב-1936 הוא מונה לתפקיד המזכיר הכללי של הסניף הבנגלי של הליגה המוסלמית והגן בהצלחה על מושבו באספה המחוקקת של בנגל בבחירות שנערכו בשנים 1934 ו-1937.
תמיכתו הנלהבת בתנועת פקיסטן חיזקה בהמשך את מעמדה של הליגה המוסלמית ואת התוכנית הפוליטית שלה ובין השנים 1937–1943 הוא כיהן כשר המסחר והעבודה בממשלת בנגל בראשותו של עבול קאסים פזול חאק.
ב-1943 מינה אותו ראש ממשלת בנגל, חוואג'ה נזימודין, לתפקיד שר האספקה האזרחית ובתקופת כהונתו בתפקיד זה התחולל בבנגל רעב המוני. אף על פי שלדעתו של מושל בנגל, ריצ'רד קייסי הוחזק נזימודין כבלתי ראוי לתפקידו והועלו האשמות שגרם לרעב באופן מכוון ועשה מעט מאוד כדי למנוע אותו. סוהרוורדי, מאידך, טען שהייתה זו אשמתם של הממשלה המרכזית בניו דלהי ושל אנשי השוק השחור שהשתלטו על סחר האורז והחיטה לבנגל.
פרשנות מנוגדת הועלתה על ידי הסופר ההודי, מדהושרי מוקרג'י, והוא הטיל את האחריות לרעב על ראש ממשלת בריטניה, וינסטון צ'רצ'יל שהפנה את אספקת המזון לטובת מאמצי המלחמה ומנע סיוע אמריקאי לבנגל. בהמשך הואשם סוהרוורדי ביישום מדיניות אדמה חרוכה כנגד התקדמותו של הצבא היפני הקיסרי ממזרח והורה על שריפתן של אלפי סירות דיג כדי לבולמו. צעדים אלו החמירו את הרעב ותושבי בנגל זכו להקלה רק כאשר הורה מושל הודו, ארצ'יבלד וייוול לצבא הודו הבריטית לארגן פעילות סיוע. בכל אופן, באותה עת הבשילו יבולי החורף ומצב הרעב הוקל כבר, וזאת לאחר שמיליונים נספו. העיתונות ההודית, בעיקר ההינדית, מתחו ביקורת קשה על תפקידו ותושבי בנגל ההינדים ראו בסוהרוורדי כאחראי הישיר לרעב.
ראש ממשלת בנגל.
בבחירות הכלליות שנערכו בהודו ב-1945 התמודד סוהרוורדי מול נזימודין על תפקיד ראש ממשלת בנגל והוא הבטיח לעצמו תמיכה פוליטית מספקת מהליגה המוסלמית שאפשרה לו להרכיב ממשלה במחוז, כך הוא היה לראש הממשלה היחיד בכל מחוזות הודו מטעם הליגה. מפלגת הקונגרס מתחה ביקורת קשה על ממשלתו של סוהרוורדי.
בשנים 1946–1947 עלתה באופן משמעותי התמיכה בתנועת פקיסטן בקרב המוסלמים בהודו והקמתה של מדינה מוסלמית נפרדת במסגרת חלוקת הודו הייתה בלתי נמנעת. הרעיון של חלוקת השטחים על בסיס האמונה הדתית של תושביהם מנע את הכללתם של המחוזות בעלי הרוב ההינדי בפנג'אב ובבנגל בשטחיה של פקיסטן, שכן מפלגת הקונגרס ובעלת בריתה מפלגת מהסבהה, שאפו לחלק את המחוזות הללו על בסיס אתני.
כדי למנוע מעשי אלימות, מהומות וסכסוכי גבולות ארוכי טווח, שיתף סוהרוורדי פעולה עם הדרישות למנוע את חלוקתה של בנגל על ידי קידום הרעיון של בנגל עצמאית מאוחדת, יחד עם אישים בנגלים נוספים.
סוהרוורדי הצליח להגיע לפשרה עם סראט צ'נדרה בוס כאשר הוא פעל למען יצירת ממשלה קואליציונית עם הסניף הבנגלי של מפגלת הקונגרס יחד עם מקבילו בליגה המוסלמית. תומכי התוכנית דחקו בציבור ההודי בבנגל לדחות את רעיון החלוקה על בסיס דתי ולקדם את חזון בנגל העצמאית והמאוחדת. במסיבת עיתונאים שנערכה בניו דלהי ב-27 באפריל 1947 הציג סוהרוורדי את תוכניתו לבנגל העצמאית ועבול האשים הוציא הצהרה דומה יומיים לאחר מכן בכלכותה.
רעיון בנגל המאוחדת נתמך על ידי מוחמד עלי ג'ינה שראה את היתרונות שהיו בה לטובת המוסלמים של בנגל. ג'ינה ראה את התוכנית הזאת מנקודת מבט גיאו-אסטרטגית לטווח רחוק בהאמינו שבנגל עצמאית בהנהגתו של ראש ממשלה מוסלמי תקיים יחסים קרובים יותר עם פקיסטן מאשר עם הודו.
על אף הגיבוי שזכה הרעיון מצדו של ג'ינה, התוכנית נתקלה בהתנגדות חזקה מצדם של חוואג'ה נזימודין, אחיו חוואג'ה שהבודין, נורול אמין ומוחמד אכרם, שתמכו באיחוד של בנגל עם פקיסטן. בקרב ההינדים בבנגל לא זכתה התוכנית לתמיכה, ולפיכך הם תמכו ביצירתה של מדינת מערב בנגל ובחלוקה. באותה עת הוביל סוהרוורדי עצרות המוניות מדי יום שישי לטובת קבלת עצמאות בנפרד מהודו.
יום הפעולה הישירה.
על פי המדווח, נשאו סוהרוורדי ומנהיגים נוספים של הליגה המסלמית נאומים פרובוקטביים שהזכירו למוסלמים של בנגל את הניצחון ההיסטורי של האסלאם ודחקו בהם לפעול באותו אופן ב-16 באוגוסט. ההיסטוריון הפופולרי, דוונדרה פאניגרהי, בספרו המפורסם "חלוקת הודו: סיפור הנסיגה של האימפריאליזם", ציטט מהעיתון הרשמי של הליגה המוסלמית The Star of India: "המוסלמים חייבים לזכור שהיה זה בזמן הרמדאן שנתנה הרשות לקיים ג'יהאד על ידי אללה. היה זה בעת הרמאדן כשהתנהל קרב בדר, העימות הגלוי הראשון בין האסלאם לבין עובדי האלילים ובו נלחמו ונצחו 313 מוסלמים ושוב היה זה בעת הרמאדן כאשר 10,000 מוסלמים בהנהגת הנביא הקדוש כבשו את מכה והקימו את ממלכת השמיים ואת אומת האסלאם בחצי האי ערב. שפר מזלה של הליגה המוסלמית שהיא מתחילה את פעולותיה בחודש הקדוש הזה". על פי ההיסטוריון ג'ותיקה רוי, העניק ג'ינה יד חופשית לסוהרוורדי להטיל אימה על ההינדים ולפרוע בהם פרעות. ב-16 באוגוסט 1946 פרצו מהומות דמים קשות בכלכותה בהן נהרגו עשרות הינדים על ידי ההמון. סוהרוורדי ניסה לשלוט במצב על ידי קריאה בלתי מוצלחת לשלום ועל ידי שליחת צבא הודו הבריטית לעיר ללא הצלחה. המהומות שככו רק לאחר שאלפים נהרגו והעיתונות ההודית האשימה את סוהרוורדי בהכשלת עבודת המשטרה, זאת על פי תיעוד של כמה היסטוריונים ועל פי עדויות עדי ראייה. על פי הרשויות, המהומות התלקחו בעקבות פעולתם של חברי הליגה המוסלמית ושל כוחות המתנדבים הקשורים אליה לאחר שהאזינו לנאומים של נזימודין ושל סוהרוורדי שבהם הוכרז על ידי הליגה המוסלמית שעל המוסלמים להשבית את כל העסקים כדי לתמוך בדרישה לפקיסטן עצמאית. אף על פי כן, תומכי הליגה המוסלמית האמינו שמפלגת הקונגרס עמדה מאחורי המהומות כדי להחליש את ממשלת בנגל. ההיסטוריון ג'ויה צ'טרג'י הטיל את רוב האחריות למהומות על סוהרוורדי בשל העובדה שהוא יזם את העימות וכשל בבלימת המהומות, אך ציין שהאשמה רבצה גם לפתחם של המנהיגים ההינדים.
דוח מודיעיני שהוגש לאחר המהומות לקצין בריטי בכיר בפורט ויליאם שבכלכותה, חשף את טבעו המרושע של סוהרוורדי. בדוח נכתב: "בקושי ניתן למצוא בכלכותה אדם שיוכל לומר מילה טובה על סוהרוורדי, כולל הנכבדים המוסלמים. במשך שנים הוא היה ידוע כ'מלך הפושעים', ודעתי האישית היא שהוא בהחלט ידע מה עומד לקרות, אפשר למצב להתגלגל מעצמו וככל הנראה ארגן את המהומות עם כנופיות הפושעים שלו". על פי טאטגאטה רוי, פוליטיקאי הודי מראשית המאה ה-21, תכנן סוהרוורדי את המהומות זמן רב קודם לכן, וזאת על סמך שינויים דמוגרפיים שנעשו במשטרת כלכותה. אף ההיסטוריון הבנגלדשי הארון-אור-ראשיד, הוקיע בספרו "מבשרי בנגלדש: הליגה המוסלמית של בנגל והפוליטיקה המוסלמית 1947-1906" את תפקידו המרושע של סוהרוורדי בארגון המהומות כנגד ההינדים באופן מתוכנן מראש ובהגנה על הבריונים המוסלמים מפני המשטרה.
בסופו של דבר, תוכנית בנגל המאוחדת כשלה עקב התנגדות חריפה מצד כל הצדדים והמפלגות. ההינדים בבנגל הצביעו בעד תוכנית החלוקה ומערב בנגל סופחה להודו ולמזרח בנגל לא נותרה ברירה אלה להצטרף ב-14 באוגוסט 1947 לפקיסטן.
קריירה פוליטית בפקיסטן.
שר בממשלה.
ב-14 באוגוסט 1947 איבד סוהרוורדי את השליטה על הפלג הבנגלי של הליגה המוסלמית והפסיד בבחירות לחוואג'ה נזימודין שנבחר לתפקיד השר הראשי של בנגל. לאחר חלוקת הודו נשאר סוהרוורדי בכלכותה וקרא קריאות לשלום תוך שהוא מבקש עזרה ממהאטמה גנדי. ב-5 במרץ 1949 הוא שב לפקיסטן.
לאחר מותו של ג'ינה ב-1948 ומינויו של נזימודין במקומו לתפקיד המושל הכללי של פקיסטן, אולץ סוהרוורדי לפרוש מהליגה המוסלמית וב-1949 הוא הקים את ליגת אוואמי יחד עם איש הדת השמרני, מאולנה בהאסני ואחרים. הוא הפנה את גבו לגישת האחדות המוסלמית ואימץ את גישת הלאומיות הבנגלית והיה למבקר חריף של ממשלת מזרח פקיסטן. ב-1950 הוא החל להביע את התנגדותו למדיניותה של ממשלת נזימודין וכרת ברית עם המפלגה הקומוניסטית ומפלגות אחרות מהאגף השמאלי של המפה הפוליטית, מה שנודע כקואליציה המפלגות "החזית המאוחדת".
לאחר פיטוריו של ראש הממשלה חוואג'ה נזימודין ב-1953 הצטרף סוהרוורדי לממשלה בראשותו של מוחמד עלי בוגרה כשר המשפטים, ולקח על עצמו את מלאכת ניסוח חוקת פקיסטן. הוא גם דאג ליישום ההחלטה על איחוד פקיסטן המערבית כמשקל נגד לזו המזרחית לטובת ממשל יעיל יותר.
במערכת הבחירות של 1954 הנהיג סוהרוורדי את החזית המאוחדת מול הליגה המוסלמית בהנהגתו של נורול אמין ונחל ניצחון סוחף. ליגת אוואמי כרתה ברית משולשת עם הליגה המוסלמית ועם המפלגה הרפובליקנית והקימה ממשלה קואליציונית. בממשלה זו, בראשותו של צ'אודהרי מוחמד עלי, הוא מונה כשר הבריאות.
במקביל הוא כיהן כראש האופוזיציה לצדו של אבראהים אסמאעיל צ'ונדריגר מהליגה המוסלמית. לאחר שראש הממשלה צ'אודהרי מוחמד עלי סירב לתמוך בקריאה לחקירה להאשמות מצדה של הליגה המוסלמית כלפי המפלגה הרפובליקנית בהנהגת פירוז ח'אן נון, הצטרף סוהרוורדי לתומכים בהצעת אי-האמון של הליגה המוסלמית כנגד ראש הממשלה מטעמה. לאחר שהצעת אי-האמון עברה באספה הלאומית קיימה ליגת אוואמי משא ומתן עם הליגה המוסלמית ועם המפלגה הרפובליקנית על מינוי סוהרוורדי כראש הממשלה החדש.
ראש ממשלת פקיסטן.
מדיניות פנים ורפורמות חוקתיות.
ב-12 בספטמבר 1956 הושבע סוהרוורדי כראש הממשלה על ידי נשיא בית המשפט העליון, מוחמד מוניר בבית המושל בקראצ'י, אז בירת פקיסטן.