תוכנת עימוד הרצפים פותחה לראשונה על ידי בן לנגמיד ושותפיו (Ben Langmead et al). באוניברסיטת מרילנד בשנת 2009. תפעול התוכנה לרוב מתבצע עם אורכי קריאה קצרים ורצף ייחוס ארוך, או עבור אנליזת גנום שלם (whole genome analysis). התוכנה משווקת כ "תוכנת עימוד לרצפי DNA קצרים אולטרה-מהירה ויעילה בזיכרון". השיפור במהירות התוכנה נובע בחלקו מיישום שיטת התמרת בורווס-וילר עבור עימוד, אשר מפחיתה את טביעת הרגל של הזיכרון- שימוש בזיכרון הגישה אקראית (בדרך כלל ישנו צורך ב-2.2 ג'יגה-בייט עבור הגנום האנושי). שיטה דומה משמשת תוכנות העימוד BWA ו-SOAP2.
התכנה מבצעת אלגוריתם חיפוש לעומק בצורה איכותית, חמדנית ורנדומית דרך העימודים האפשריים. מפני שהחיפוש הוא חמדני, העימוד המתאים הראשון הנבחר על ידי Bowtie לאו דווקא יהיה ה'טוב ביותר' מבחינת מספר החוסר התאמות או במדדי איכות.
בנוסף, משתמשים ב-Bowtie לצורך עימוד רצפים במספר אלגוריתמים נוספים הקשורים לביולוגיה חישובית כגון TopHatCufflinks וחבילת CummeRbund Bioconductor.
חבילת Bowtie 2.
ב-16 באוקטובר 2011, מפתחי Bowtie הוציאו לאור גרסת בטא של פיצול הנקראתBowtie 2.
בנוסף לשיטת התמרת בורווס-וילר, Bowtie 2 משתמשת גם בFM-index (בדומה למערך סיפות) על מנת לשמור על טביעת הרגל של הזיכרון נמוכה. Bowtie 2 מתאימה יותר למציאת רצפים ארוכים יותר ובעלי רווחים לעומת הגרסה המקורית של Bowtie. אין חסם עליון לאורכי הרצפים ב־2 Bowtie והיא מאפשרת בעימוד הרצפים מצבים שבהם החפיפה היא דו משמעית ברצף הייחוס.
פאת'פיינדר (משחק תפקידים)
משחק התפקידים פאת'פיינדר הוא משחק תפקידים מז'אנר הפנטזיה, שיצא לאור באנגלית בשנת 2009, על ידי חברת פאיזו. המהדורה הראשונה של המשחק התבססה על מבוכים ודרקונים מהדורה 3.5. המהדורה השנייה של פאת'פיינדר יצאה לאור באוגוסט 2019, וכוללת שינויים ושיפורים לשיטה, שהפכו אותה לשונה מהותית ממהדורה 3.5.
היסטוריה.
חברת פאיזו הוציאה תוכן של מבוכים ודרקונים התואם למהדורה 3 ו-3.5, כולל המגזינים הרשמיים של השיטה: Dragon, Dungeon. בשנת 2007, החוזה בין פאיזו לחברת מכשפי החוף הופסק, לקראת ההשקה של המהדורה הרביעית של מבוכים ודרקונים.
עקב חששות לגבי העתיד של מבוכים ודרקונים ועצמאות החברה, החליטה פאיזו ליצור את משחק התפקידים פאת'פיינדר, שהוכרז במרץ 2008 ועבר תהליך פלייטסט ציבורי שנמשך כשנה. השיטה יצאה לאור באוגוסט 2009.
יש מספר הבדלים בחוקים בין פאת'פיינדר לבין מבוכים ודרקונים 3.5, עקב הרצון של פאיזו להפוך את מקצועות הבסיס ליותר מעניינים ולפשט את השיטה באופן יחסי למהדורה 3.5. עם זאת, השיטה שומרת על תאימות לאחור, כך שניתן בהמרות פשוטות יחסית להשתמש בתוכן של מבוכים ודרקונים 3.5 עם פאת'פיינדר ולהפך.
בשנת 2018 הוכרזה המהדורה השנייה של פאת'פיינדר, שגם היא עברה תהליך של פלייטסט פומבי. באוגוסט 2019 יצאה לאור המהדורה השנייה באנגלית.
ההצלחה של השיטה.
בשנים הראשונות של פאת'פיינדר, היא זכתה להצלחה רבה כשבאותה המהדורה הרביעית של מבוכים ודרקונים לא זכתה לאהדה בקרב שחקנים וותיקים. בחלק מהשנים עד 2014, פאת'פיינדר אף הייתה השיטה הנמכרת ביותר בארצות הברית.
מצב זה השתנה עם היציאה לאור של המהדורה החמישית של מבוכים ודרקונים ב-2014, כשהיא זכתה לשבחים רבים ושברה שיאי מכירות. בשלב זה המכירות של פאת'פיינדר ירדו מתחת למכירות של מבוכים ודרקונים. זהו אחד הגורמים להוצאה לאור של המהדורה השנייה, ביחד עם תחושה שהמכניקה של המהדורה הראשונה, שהתבססה על מהדורה 3.5 שיצאה לאור בשנת 2003, מיושנת.
המהדורה השנייה יצאה לאור באוגוסט 2019, וזכתה לביקורות חיוביות באתרים שונים.
פאת'פיינדר בישראל.
בשנת 2015, תרגמה חברת מאנקי-טיים את פאת'פיינדר לעברית, זאת לאחר שהמהדורה החמישית של מבוכים ודרקונים יצאה לאור, ולא הגיעו להסכם על תרגומה לעברית.
לשיטה יצאו חצי-תריסר ספרים בעברית והם:
יונתן פולק
יונתן פולק (נולד ב-1982) הוא פעיל פוליטי-חברתי, אנרכיסט המשתייך לשמאל הרדיקלי, ממייסדי "אנרכיסטים נגד גדרות" ופעיל למען זכויות בעלי חיים. ב-2021 הורשע בהפרעה לשוטר בשעת מילוי תפקידו ונידון לחודש מאסר.
ביוגרפיה.
נולד בתל אביב לשחקן יוסי פולק ולתמי, פסיכולוגית וסופרת. עובד כמעצב גרפי במערכת עיתון "הארץ".
החל בפעילות פוליטית בנעוריו, עת הצטרף לעמותת "אנימלס". בגיל 18 נסע לאמסטרדם שבהולנד, שם פעל בתחום האנטי-גלובליזציה. השתתף בהפגנות בפראג נגד כינוס הבנק העולמי וקרן המטבע הבינלאומית. ביולי 2001 השתתף בהפגנות נגד ועידת ה-G8 בג'נובה שבאיטליה. בעקבות פעילותו נעצר בתחילת 2002 על ידי המשטרה המקומית וגורש לישראל.
בשנת 2003 הקים עם אנרכיסטים אחרים מחנה אוהלים על אדמות הכפר מסחה שבשומרון כדי להשתתף במחאת תושביו נגד הקמת גדר ההפרדה, בטענה שהגדר מונעת מהם גישה לאדמתם. שם התגבשה תנועת "אנרכיסטים נגד גדרות". השתתף באופן קבוע בהפגנות נגד הגדר בסמוך לכפרים הפלסטיניים בלעין, נעלין ועוד. בשנת 2005 נפצע קל בראשו מרימון גז שנורה לעברו. לטענתו, הפגיעה בו נעשתה במכוון ובניגוד להוראות הירי של הצבא. מנגד, דובר צה"ל טען שרימון הגז ניתז מהקרקע ולא מדובר בפגיעה מכוונת. משתתף בהפגנות נוספות נגד הכיבוש הישראלי, בהן הפגנות בנבי סאלח במחאה על מה שהוא מחשיב כהשתלטות מתנחלים על עין אל-קוס, ובכפר קדום נגד חסימת הדרך לשכם. פולק הוא גם מתאם התקשורת של "הוועדה לתיאום המאבק העממי" - ארגון פלסטיני המתאם את פעילות ועדות המאבק העממיות המקומיות.
בשנת 2004 השתתף בהפגנה נגד הקמת הגדר מול מחנה רבין בתל אביב, בעקבותיה הורשע בהתקהלות אסורה ונגזר עליו מאסר על-תנאי של שלושה חודשים. בתחילת 2008, במהלך הסגר על רצועת עזה, השתתף בהפגנה של רוכבי אופניים בתל אביב נגד המדיניות כלפי רצועת עזה שגרמה לעיכוב התנועה, בעקבותיה הואשם בשנית בהתקהלות אסורה. סירב להצעת השופט לרצות את עונשו בעבודות שירות, כדי שלא לשתף פעולה עם השלטונות, בנימוק שהעבודות היו מועילות להם ואילו מאסר גורם להם נזק כלכלי. בסוף 2010 נפסק להחיל את העונש על-תנאי – שלושה חודשי מאסר, וכן קנס של 1,500 ש"ח. פולק לא ערער, לטענתו בשל כך שכ"ישראלי יהודי אשכנזי מרקע מסוים" היה כנראה מזוכה בערעור, וכך שמה הטוב של הדמוקרטיה הישראלית לא היה נפגע והייתה מוסתרת העובדה שמי שאיננו פריבילגי כמוהו היה נשלח לכלא. עוד אמר שלא ערער מכיוון שאין הוא מכיר בסמכות בית המשפט.
בשנת 2018 הוגשה נגדו קובלנה פלילית על ידי ארגון "עד כאן צעירים למען ישראל", בטענה שתקף עם אחרים את חיילי צה"ל בהפגנות שבהן השתתף. פולק לא התייצב בבית המשפט, וסירב לשלם ערבות לכך שיתייצב, בנימוק שאינו מכיר בזכות בית המשפט לדון בהתנגדות למשטר הישראלי בשטחים הכבושים. בעקבות כך הוצא נגדו במאי 2019 צו הבאה. ביולי 2019 הותקף ופניו נשרטו בסכין בדרכו מעבודתו. על פי עדותו, התוקפים כינו אותו בכינויי גנאי על היותו שמאלני. הוא נעצר בינואר 2020, המשיך לסרב להפקיד ערבות כדי להשתחרר, ולכן נשאר במעצר. במקביל, הוצא נגדו צו הרחקה מיהודה ושומרון לחמישה עשר יום. לאחר ששהה במעצר קרוב לחודשיים, שוחרר פולק בעקבות החלטת היועץ המשפטי לממשלה לעכב את ההליכים נגדו. המשנה ליועץ המשפטי לממשלה נימקה את ההחלטה בכך שראוי שהאכיפה בנושא תיעשה על ידי רשויות המדינה ולא על ידי צדדים במחלוקת הפוליטית.
פולק הביע תמיכה בתנועת ה-BDS, אך אמר שלדעתו חשוב אף יותר לתמוך במאבק העממי הפלסטיני. במאמר שפרסם באתר הארץ כתב פולק: "עלינו לחצות את הקווים ולהפר את החוק. למרות המחיר, עלינו להצטרף אל ילדי האבנים ובקבוקי התבערה. עלינו לצעוד בעקבותיהם". בפברואר 2020 הודיע המשנה ליועץ המשפטי לממשלה רז נזרי כי פולק ייחקר בחשד להסתה לטרור בעקבות דברים אלה.
ב-13 באפריל 2021 הרשיע בית המשפט את פולק בהפרעה לשוטר בשעת מילוי תפקידו, בעת הפגנה שנערכה בסמוך לקבר רחל בשנת 2017, וגזר עליו חודש מאסר בפועל. פולק לא שיתף פעולה עם ההליך המשפטי ולא מסר את גרסתו. חברו קובי סניץ שעמד עמו לדין באשמה דומה זוכה מחמת הספק.
פולק הוא חתן פרס ליבוביץ של תנועת יש גבול לשנת 2021, יחד עם ישי מנוחין.
משפחה.
אחיו למחצה הם השחקן אבשלום פולק והבמאי שי כרמלי פולק. סבו הוא נמרוד אשל, מנהיג שביתת הימאים.
ג'ורג'ה ברונזיני
ג'ורג'ה ברונזיני (באיטלקית: Giorgia Bronzini; נולדה ב-3 באוגוסט 1986) היא רוכבת אופני כביש ואופני מסלול איטלקית לשעבר. היא אלופת העולם באופני כביש (מלבורן 2010 וקופנהגן 2011) ואלופת העולם במרוץ הנקודות באופני מסלול (פרושקוב 2009).
חיים אישיים.
ברונזיני נולדה וגדלה בפיאצ'נצה שבאיטליה.
ברונזיני היא לסבית מוצהרת. בת זוגה הנוכחית היא אמיליה פאלין, רוכבת אופני כביש שוודית.
קריירה.
כביש.
ברונזיני סיימה חמישית באליפות העולם עד גיל 19 באופני כביש ב-2001, ב-2005 סיימה במקום השישי במקצה העלית.
ההצלחה הראשונה שלה באליפות העולם הגיעה ב-2007, כשזכתה במדליית ארד במקצה העלית באליפות שהתקיימה בשטוטגרט.
ב-2010 זכתה במדליית זהב באליפות העולם במלבורן, כשגברה על מריאנה ווס, על אמה יוהנסון ועל ניקול קוק במאוץ סיום. ברונזיני שחזרה את ההישג ב-2011, כששוב ניצחה במאוץ רב משתתפות.
ברונזיני נבחרה לסגל איטליה לאולימפיאדת לונדון (2012), וסיימה חמישית במרוץ הכביש. ב-2014 סיימה רביעית באליפות העולם. ב-2016, ברונזיני סיימה שישית באליפות אירופה.
מסלול.