בימים הראשונים שלאחר שחרור הר הבית במלחמת ששת הימים, הגיע קהל רב לכותל המערבי. רוב הבאים עברו דרך הר הבית בטומאה וללא טבילה, ובכך גם עשו את הר הבית קיצור-דרך ('קפנדריא') לכותל, שלא כהלכה.
יומיים לאחר שחרור הר הבית במלחמת ששת הימים, התכנסה מועצת הרבנות הראשית ודנה בהוראות הנוגעות לציבור אחר כיבוש הר הבית והכותל המערבי, וזו לשון החלטתה:
באותם ימים, החל הרב הצבאי הראשי, שלמה גורן, לארגן תפילות יהודים יומיומיות במקומות המותרים לכניסה בהר הבית. בתפילות אלה השתתפו בעיקר קציני וחיילי הרבנות הצבאית, שקבעה את משכנה בהר הבית והקימה 'מדרשה תורנית' מצידו הפנימי של שער המוגרבים. רצונו של הרב גורן היה לקבוע לדורות מקום תפילה קבוע בחלקו הדרומי של הר הבית ליהודים גברים טהורים, ולהפוך את הכותל המערבי למקום תפילה לטמאים שלא טבלו ולנשים. הרב גורן ערך בהר ימי עיון, ושלוש תפילות במניין, עם קריאת התורה, התקיימו בהר מדי יום. הרב גורן ראה בכך החזרת המנהג העתיק של תפילת יהודים בהר מאז חורבן הבית, שפסק לדבריו רק עם הכיבוש הצלבני. תפילת מנחה של תשעה באב שנערכה בדרום הר הבית עם ארון קודש וקריאת התורה וההפטרה, עוררה הדים בתקשורת הישראלית והעולמית.
לקראת שבת נחמו החל הרב גורן לארגן עצרת תפילת המונים בהר. מששמע על כך שר הביטחון משה דיין, הורה לבטל את התפילה המתוכננת בהר, ולכל הפחות לדחותה. לאחר כמה ימים החליט שר הביטחון להעביר את האחריות לניהול סדרי הר הבית לידי הוואקף, ופקד על הרבנות הצבאית להתפנות מהר הבית, להפסיק את התפילות במקום, ולא להתערב יותר בשום עניין מענייניו. אף שהרב גורן זעם והזדעדע מההחלטה וכתב מכתב חריף לוועדת השרים לשמירת המקומות הקדושים, החליט לא לצאת למאבק גלוי מול שר הביטחון, והרבנות הצבאית עזבה את ההר.
בחודש אלול תשכ"ז פורסם כרוז אזהרה, שבראשו חתמו הרבנים הראשיים הרב איסר יהודה אונטרמן והרב יצחק נסים, יחד עם הרב יחזקאל אברמסקי, הרב יוסף שלום אלישיב, הרב שלמה זלמן אוירבך, הרב עובדיה הדאיה הרב אליעזר וולדינברג, הרב שאול ישראלי, הרב עובדיה יוסף, הרב יוסף משאש, הרב צבי יהודה קוק, ועוד עשרות רבנים לפיו:
בכניסה להר מוצבים מאז שלטים מטעם הרבנות המזהירים מפני איסור הכניסה להר.
כינוס המועצה בשנת תשל"ו.
בחודש אדר ב' תשל"ו, התכנסה מועצת הרבנות הראשית ודנה בנושא הכניסה להר הבית בשתי ישיבות. בישיבות אלו הציג הרב הראשי שלמה גורן את תמצית מחקריו, ואת מסקנותיו בשאלת גבולות הר הבית והעזרות ומעמדם ההלכתי של שטחים שונים בהר, והציע לפני מועצת הרבנות הראשית להוריד את שלטי האיסור לעלות אל ההר שקבעו הרבנים הראשיים הקודמים לו. מספר חברי מועצה שחתמו על כרוז איסור העלייה משנת תשכ"ז, ביקשו לדחות את ההחלטה בנושא עד פרסומם והוצאתם לאור של מחקריו של הרב גורן. בתום הישיבות פרסמה הרבנות הראשית את ההחלטה הבאה:
אולם, הרב גורן לא פרסם את מחקריו אלא שנים רבות אחר כך, ומועצת הרבנות הראשית לא התכנסה שוב לדון בשיטתו.
כינוס המועצה בשנת תשמ"ו.
בתאריך י' בשבט תשמ“ו שבה ודנה בנושא מועצת הרבנות הראשית. לישיבה זו הוזמנו (לפי בקשתם) נציגים של תנועת “נאמני הר הבית“, בה הסבירו למועצה מדוע לפי דעתם יש צורך חיוני לאפשר כניסת יהודים להר הבית, אולם אחר שרבים מחברי המועצה הביעו דעתם הנחרצת, החליטה המועצה שלא לשנות דבר מהחלטותיה הקודמות. בישיבה זו סיפר הרב שאר ישוב כהן שהטעם בגינו נמנע גיסו, הרב גורן, לפרסם את מחקריו בנושא, היה חשש למכשולות ההלכתיים שעלולים להיגרם מכניסת המון-העם להר, וזאת מלבד העמדה העקרונית שבנושא זה אין מקום לדון במועצה ללא שיתוף גדולי הרבנים.
לימים, בספרו 'הר הבית' המציג את שיטתו ומחקרו על הר הבית, גבולותיו והלכותיו, כתב הרב גורן כי העובדה שאיסור הרבנות על עלייה להר נשאר על כנו ושלטי האיסור על כניסה להר לא הוסרו, גרמה לדעתו להסגרה בפועל של הר הבית לוואקף המוסלמי.
הקמת ועדה לבחינת הקמת בית-כנסת בהר.
בשנת תש"ס, לפי בקשת הרב שאר ישוב כהן, רבה של חיפה וחבר מועצת הרבנות הראשית, החליטה הרבנות הראשית למנות וועדה בראשותו לבחינת ההצעה להקים בית כנסת בהר. הרבנות הדגישה כי לפי שעה נותרה בעינה ההוראה האוסרת כניסה להר, אולם הרב שאר ישוב כהן ראה את הקמתה כביטול ההוראה הגורפת של הרבנות בעניין. הוועדה לא הגישה המלצות.
הדיון במועצת הרבנות הראשית בשנת תשע"ט.
בשנת תשע"ט הצביעה מועצת הרבנות הראשית על הצעה להחליף את השלט בשער הכניסה להר ולפיו הרבנות הראשית אוסרת את העלייה להר, בשלט האומר כי קיימת מחלוקת הלכתית בעניין. שניים מחברי המועצה הצביעו בעד החלפת השלט, ותריסר - בעד השארת המצב הקיים.
המחלוקת סביב עליית יהודים להר הבית כיום.
יחס הרבנים להוראות הרבנות הראשית לישראל.
חלוקות הדעות בין הרבנים בנוגע להסברן ותוקפן של החלטות מועצת הרבנות הראשית הנ"ל לזמננו, כמו גם פסקו של הרב קוק, בעיקר בתוך הציונות הדתית. דעת האוסרים את העלייה להר היא שהאיסור חל במלוא תוקפו, וכי דבר לא השתנה מאז החלטת מועצת הרבנות אז לימינו אלה.
לעומתם, הרבנים המתירים את העלייה להר סוברים שפסק הרבנות הראשית לאסור כניסה להר נקבע בדרך הוראת שעה. בעקבות מלחמת ששת הימים ושחרור הר הבית, עלו יהודים רבים להר הבית ללא הבחנה בין מקומות מותרים ואסורים, וללא טבילה. כדי לגדור גדר ולעצור את הציבור מלהגיע למקומות אסורים בהר, אסרה הרבנות באופן גורף כניסה להר הבית. גם את פסקו של הרב קוק מסבירים המתירים כגדר שהרב קוק גדר בפני עולי הרגל, שלא ידעו להבחין בין מקום מותר ואסור בהר, ולא הקפידו על טבילה, וכי הרב קוק "לא המציא איסור חדש" של כניסה להר, איסור שלא קיים לגבי מחנה לוייה. יש המסבירים כי בזמנו של הרב קוק טרם מדדו את ההר, ולא עסקו בשאלת גבולות הכניסה להר. כך הרב שלמה זלמן רענן, נכדו של הרב קוק אשר למד עם הרצי"ה בחברותא, טען כי הראי"ה והרצי"ה לא אסרו את הכניסה למקומות המותרים בהר.
גם הרב שאר ישוב הכהן, רבה של חיפה וחבר מועצת הרבנות הראשית, טען כי בכמה שיחות עמו הרצי"ה הביע דעתו כי על יהודים להתפלל ולהיות השולטים בקדושה ובטהרה בהר הבית – אך זאת רק על ידי החלטה של מועצת הרבנות הראשית לישראל, והוסיף כי לדעתו אילו הרצי"ה היה יודע על היחס ליהודים העולים להר הבית ואיסור התפילה שם כיום, היה מרעיש עולמות. לכן עודדו הרצי"ה לפעול לקידום כניסת יהודים בטהרה ותפילתם בהר הבית במועצת הרבנות.
הרבנים האוסרים.
בשנת תשע"ו, פורסם כרוז עליו חתומים 100 רבנים, בראשות הרבנים הראשיים לישראל הרב יצחק יוסף והרב דוד לאו, האוסר עלייה להר הבית. בכך חידשו את האיסור של מועצת הרבנות הראשית לעלות להר בשנת תשכ"ז.
נימוקים שונים העלו הרבנים האוסרים כניסה להר הבית בימינו:
בין המתנגדים בולטים הרב יוסף שלום אלישיב, הרב עובדיה יוסף, הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא, הרב צבי ישראל טאו, הרב משה שטרנבוך, הרב שלמה אבינר והרב יצחק יוסף ראו עוד לעיל בתמונות כרוזי הרבנים המעודדים והמתנגדים לעלייה להר הבית. הרב מרדכי אליהו, על אף שגיבה הצעה להקים בית כנסת במקומות המותרים לכניסה בהר, אסר גם הוא את הכניסה לכל שטח הר הבית במצבו הנוכחי.
הרב זלמן נחמיה גולדברג כתב בשנת תשע"ז למחברי ספר העוסק בליבון מקום הר הבית, שעל העולים להר הבית להיזהר ולשים לב לכך שמי שאינם יודעים עדיין את הדברים לא ילכו אחר היודעים, כי בקל ניתן להיכשל. לאחר שפורשו הדברים כתמיכה בעלייה להר, כתב על גבי גילוי הדעת שפורסם לאחר מלחמת ששת הימים: "דברי הרבנים, גדולי הדור הקודם, אינם צריכים חיזוק [...] ובוודאי שאיסור חמור לא לקבל דבריהם". בראיון בעניין לשבועון משפחה הציג בהרחבה את התנגדותו לכניסה בכל אחד מהשערים ואת תמיכתו בהחזרת השומרים שיתריעו על איסור הכניסה. גם אגודת הרבנים בארצות הברית וקנדה פרסמה מודעה לציבור האוסרת את העלייה להר.
הרבנים המתירים.
עם זאת, רבנים רבים בקרב הציבור הדתי הלאומי, ומספר מועט של רבנים מהציבור החרדי מתירים ואף מעודדים כניסת יהודים למתחם הר הבית, באזורים מסוימים המותרים בכניסה לכל הדעות שאליהן יש לחשוש לדעתם, לאחר טבילה כשרה. סביב הרבנים המעודדים עלייה להר הבית התאגדו תנועות העוסקות בהפצת רעיונות אלו וקוראות לעליית יהודים בטהרה להר הבית ולתפילה בו.
בין הרבנים המצדדים בעלייה להר בתקופה האחרונה, בולטים הרב שלמה גורן, הרב דוב ליאור, הרב נחום אליעזר רבינוביץ', הרב אליעזר ולדמן, הרב אליעזר מלמד, הרב ישראל אריאל, מייסד וראש מכון המקדש, הרב יעקב מדן, הרב שאול דוד בוצ'קו, הרב צפניה דרורי, הרב אליהו רחמים זייני והרב דוד דודקביץ'. הרב שמואל אליהו והרב מאיר מאזוז הביעו תמיכה בישיבת הר הבית, אף שהם לא עולים. הרב חיים דרוקמן והראשון לציון הרב יצחק ניסים התירו עלייה ליחידים. נימוקים מרכזיים לעידוד העלייה הם חיזוק הריבונות הישראלית בהר, שנתפס כחלק ממצוות יישוב ארץ ישראל, לצד העלאת המודעות לחתירה לבניין בית המקדש השלישי, שלבניינו מייחלת התפילה היהודית מאז החורבן. הנימוקים ההלכתיים להיתר העלייה מתבססים על מרכזיותו של זיהוי הסלע שתחת כיפת הסלע עם מקום קדש הקדשים, בנוסף להוכחה שהמסלול בו נהוג כיום להקיף את הר הבית, מאפשר הליכה בו גם תוך התחשבות בזיהויים הנוספים למקום המקדש במתחם הר הבית.
בעולם התורה הספרדי, הרב דוד שלוש, התיר את העלייה בטהרה למקומות מסוימים בהר הבית בספרו שו"ת "בני עמי", ואף הציע להקים בית כנסת בהר שישמש כמקום תפילה, "בהיותו קדוש הרבה יותר מהכותל המערבי".