כנגד פקיסטן הוטחו האשמות על ידי הודו, אפגניסטן, ארצות הברית, ועל ידי הממלכה המאוחדת, במעורבות בפעילות טרור בקשמיר ובאפגניסטן. ביולי 2009 הודה נשיא פקיסטן, אסיף עלי זרדארי שממשלת פקיסטן הקימה וטיפחה קבוצות טרוריסטיות כדי להשיג את מטרותיה קצרות הטווח בתחום מדיניות החוץ. על פי ניתוח שפורסם עבור פורום סבן במכון ברוקינגס ב-2008, הייתה פקיסטן המדינה תומכת הטרור הפעילה ביותר.
ההתקוממות בקשמיר.
על פי כמה דיווחים שפורסמו על ידי "המועצה ליחסי חוץ" (Council on Foreign Relations), העניקו כוחותיה הצבאיים של פקיסטן וגופי המודיעין שלה תמיכה סמויה לארגוני טרור בקשמיר, כולל לארגון ג'יש-י מוחמד המסונף לאל-קאעידה. פקיסטן הכחישה כל מעורבות בפעילות הטרור בקשמיר וטענה שהיא רק מעניקה תמיכה פוליטית ומוסרית לקבוצות בדלניות השואפות להיפרד מהשלטון ההודי. קבוצות מיליטנטיות קשמיריות רבות מחזיקות מפקדות בחלק של קשמיר המנוהל על ידי פקיסטן, אזאד קשמיר, עובדה שממשלת הודו עושה בה שימוש נוסף לטענותיה כנגד פקיסטן.
העיתונאי הבריטי גורדון תומאס ציין שפקיסטן "עדיין תומכת בקבוצות טרור בתוככי מדינת קשמיר, מממנת, מאמנת ומכוונת אותם לנהל מלחמת התשה כנגד הודו". העיתונאי האמריקאי סטפן סולימאן שוורץ מציין שכמה קבוצות מיליטנטיות וארגוני פשע "מקבלים גיבוי מקצינים בכירים בצבא פקיסטן, הממסד המודיעיני של המדינה וגופים חמושים נוספים".
מתקפות והתקוממיות נוספות.
המתקפה על הפרלמנט ההודי הייתה ללא ספק המתקפה הדרמטית ביותר שבוצעה על ידי טרוריסטים שנהנו לכאורה מתמיכה של פקיסטן. הודו האשימה את פקיסטן כאחראית על המתקפה, האשמה שנדחתה בתקיפות על ידי פקיסטן. המתקפה והפולמוס סביבה כמעט והביאו את שתי המדינות אל סף מלחמה גרעינית בשנים 2001 – 2002. אף על פי כן, מאמצי השכנת שלום בינלאומיים סייעו לצנן את המתחים.
בנוסף, האירוע הבולט ביותר שהיווה רקע למתיחות בין שתי המדינות היה חטיפת המטוס בטיסה 814 של חברת "אינדיאן איירליינס" (Indian Airlines) שעשה את דרכו מקטמנדו לניו דלהי. המטוס נחטף ב-24 בדצמבר 1999 כשעה לאחר ההמראה ואולץ לטוס לנמל התעופה של אמריטסר ולאחר מכן לנמל התעופה של לאהור. לאחר שתודלק המריא המטוס לדובאי ולבסוף נחת בקנדהאר שבאפגניסטן. לאחר לחץ תקשורתי כבד נענתה ממשלת הודו לדרישות החוטפים ושחררה את מסוד אזהר ממאסר בתמורה לשחרור הנוסעים ההודים שהיו על הטיסה. על החלטה זו שילמה ממשלת הודו ביוקר. אזהר, שככל הידוע מסתתר בקראצ'י, היה מאוחר יותר מנהיג ג'יש-י מוחמד, ארגון טרור שביצע מספר מתקפות כנגד כוחות הביטחון ההודיים בקשמיר.
ב-22 בדצמבר 2000 התפרצה קבוצת טרוריסטים שהשתייכה ללשקאר-א-טייבה אל המצודה האדומה בדלהי. במצודה מוצבת יחידה של צבא הודו וקיים בה מתקן חקירות חשוב המשמש הן את הצבא והן את לשכת החקירות המרכזית של הודו. הטרוריסטים הבקיעו בהצלחה את מעטפת האבטחה סביב למבצר ופתחו באש על חיילים בתפקיד והרגו שניים מהם. מתקפה זו הייתה משמעותית בשל העובדה שהיא בוצעה יומיים בלבד לאחר ההכרזה על הפסקת האש בין הודו לבין פקיסטן.
המתקפה על הפרלמנט ההודי התרחשה ב-13 בדצמבר 2001 ובמהלכה נהרגו 9 אנשים, מתוכם שישה שוטרים, שני מאבטחים של הפרלמנט וגנן עובד הפרלמנט וחמשת המחבלים, חברי לשקאר-א-טייבה וג'יש-י מוחמד, נהרגו אף הם. מתקפה זו הגבירה את המתחים בין הודו לבין פקיסטן וגרמה למתיחות שהשתררה בין שתי המדינות בשנים 2001 – 2002. כתוצאה ממתיחות זו רוכזו כוחות משני צדי הגבול בין שתי המדינות ולאורך קו השליטה באזור קשמיר. היה זה מצב המתיחות הראשון בין שתי המדינות מאז מלחמת קרגיל ב-1999. הודו ריכזה את כוחותיה כתגובה למתקפה על הפרלמנט וכתגובה למתקפה על האספה המחוקקת של ג'אמו וקשמיר. הודו טענה שהמתקפות בוצעו על ידי שני ארגוני הטרור שבסיסם בפקיסטן, לשקאר-א-טייבה וג'יש-י מוחמד ושהודו טענה שהם מקבלים גיבוי משירות הביון הבין זרועי של פקיסטן, טעה שהוכחשה על ידי פקיסטן. המתח בין שתי המדינות נרגע בעקבות תיווך דיפלומטי בינלאומי שכתוצאה ממנו נסוגו צבאות שתי המדינות באוקטובר 2002 מעמדותיהם על הגבול.
ב-2002 טענה הודו שוב שטרוריסטים מג'אמו וקשמיר הסתננו להודו, טענה שהוכחשה על ידי נשיא פקיסטן, פרבז מושארף, שטען שהסתננויות אלו נפסקו. דובר משרד החוץ ההודי כינה את טענת פקיסטן "מינוח בלתי מדויק". חודשיים בלבד לאחר מכן חדרו שני טרוריסטים קשמירים שהשתייכו לג'יש-י מוחמד אל מקדש הינדי בעיר אחמדאבאד שבמדינת גוג'ראט ורצחו 30 איש, כולל 18 נשים ו-5 ילדים. המתקפה בוצעה ב-25 בספטמבר 2002, ימים ספורים לאחר שנערכו הבחירות במדינת ג'אמו וקשמיר. שני מכתבים זהים נמצאו על גופותיהם של המחבלים בהן נטען שהמתקפה בוצעה כנקמה על מותם של אלפי מוסלמים במהלך המהומות בג'וגראט בפברואר ובמרץ אותה שנה.
ב-25 באוגוסט 2003 התפוצצו שתי מכוניות תופת בדרום העיר מומבאי. אחת ליד השער להודו והשנייה ליד זאוורי בזאר ובפיצוצים נהרגו לפחות 48 איש ונפצעו 150. אף על פי שאף ארגון טרור לא לקח על אחריותו את המתקפה, העלו משטרת מומבאי והאגף למחקר וניתוח את החשד שידו של הארגון לשקאר-א-טייבה הייתה במעל.
ב-5 ביולי 2005 הסתערו שישה מחבלים שהשתייכו ללאשקר-א-טייבה אל מתחם ראם ג'נמבהומי באיודהיה. לפני שעלה בידם להגיע אל המסגד שבמקום, הם נורו על ידי כוחות הביטחון. מתפלל הינדי אחד ושני שוטרים נפצעו בתקרית.
ב-18 בפברואר 2007 בוצעה מתקפת טרור על קו הרכבת סמג'האוטה אקספרס. רכבת זו היא קו בינלאומי שמחבר בין ניו דלהי, הודו לבין לאהור, פקיסטן והוא אחד משני קווי הרכבת שחוצים את הגבול בין שתי המדינות. לפחות 68 איש נהרגו במתקפה, ברובם אזרחי פקיסטן, אך גם כמה אזרחים ואנשי ביטחון הודים.
במתקפת הטרור במומבאי שבוצעה ב-26 עד ה-29 בנובמבר 2008 על ידי עשרה מחבלים פקיסטנים, נהרגו 173 (מתוכם 8 ישראלים) ונפצעו 308. המחבל היחיד שנותר בחיים, אג'מל קסב, ושנעצר במהלכו, היה בעל אזרחות פקיסטנית. במאי 2010 הרשיע אותו בית משפט הודי בארבעה מעשי רצח, בניהול מלחמה נגד הודו, בקשירת קשר ובמעשי טרור והוא נדון למוות.
הודו האשימה את ארגון לאשקר-א-טייבה בתכנון ובבצוע המתקפה. ממשלת פקיסטן דחתה את הטענות ודרשה הוכחות. הודו סיפקה הוכחות, כולל העדויות, כלי הנשק, אריזות מזון שנמצאו על המחבלים ומכשירי טלפון. פקידים רשמיים הודים דרשו את הסגרתם של חשודים פקיסטנים וטענו שלאור התחכום של המתקפה, מבצעיה היו חייבים לקבל סיוע מגופים רשמיים של ממשלת פקיסטן.
נשק להשמדה המונית.
להודו היסטוריה ארוכה של פיתוח נשק גרעיני. שורשיה של תוכנית זו מתחילים עוד כאשר החלה תוכנית הגרעין ההודית מיד לאחר קבלת העצמאות. בשנות ה-40, ה-50 וה-60 של המאה ה-20 התקדמה התוכנית בהדרגה לקראת הפיכתה למבצעית ובמהלך כל המאה התרחבה תשתית התוכנית. ההחלטות על ייצור נשק גרעיני התקבלו על ידי הנהגת המדינה לאחר מלחמת הודו–סין והסיפוח של חלקים משטח הודו לסין בעקבותיה. ב-1967 הוגדרה מטרת התוכנית לייצור נשק גרעיני בפיקוחה של אינדירה גנדי. ב-1971, לאחר מלחמת הודו-פקיסטן השלישית השיגה הודו יתרון צבאי על פקיסטן. ההכנות לניסוי גרעיני החלו ב-1972 ובסופו של דבר פוצצה הודו את הפצצה הגרעינית הראשונה שלה בניסוי "פוקהרן" ב-1974 ששם הקוד שלו היה "בודהה המחייך". בשנות ה-80 וה-90 של המאה ה-20 החלה הודו לפתח טילים בעלי יכול נשיאה של נשק גרעיני כתגובה למאמציה של פקיסטן להתמודד מולה במרוץ לחלל. במקביל פיתחה פקיסטן אף היא נשק גרעיני וטילים והחלה לבצע טיסות חלל בלתי-מאוישות באמצע שנות ה-90 והיא ממשיכה בכך עד היום.
לאחר התבוסה במלחמה ב-1971, החלה פקיסטן להריץ את תוכנית הגרעין שלה ב-1972 והגבירה את מאמציה ב-1974, לאחר שהודו פוצצה את הפצצה הגרעינית הראשונה שלה. ב-1983 הגיעה להישג חשוב במאמציה לאחר שביצעה סדרה של ניסויים גרעיניים בשם הקוד "קיראנה-1". ממשלת פקיסטן לא הוציאה שם הודעה רשמית על ניסויים אלו. בשנים שלאחר מכן הרחיבה פקיסטן את תוכנית הגרעין שלה ושיכללה אותה כדי לרתום אותה למערך אספקת החשמל של המדינה. ב-1988 הושגה הבנה הדדית בין שתי המדינות, על פיה התחייבה כל אחת מהן לא לתקוף את מתקני הגרעין של זולתה. עוד קודם לכן, ב-1988 הושגה הסכמה על חילופי תרבות ועל קיום קשרי תחבורה אווירית. ב-1998 ערכה הודו את הניסוי הגרעיני השני שלה, "פוקהרן 2", שבעקבותיו ערכה פקיסטן שני ניסויים נוספים, "צ'גאי-1" ו"צ'גאי-2".
שיחות וצעדים לבניית אמון.
לאחר מלחמת 1971 התקדמו הודו ופקיסטן בהדרגה לקראת נרמול היחסים. ביולי 1972 קיימו ראשת ממשלת הודו, אינדירה גנדי וראש ממשלת פקיסטן, זולפיקר עלי בהוטו פגישה בעיר שימלה וחתמו על הסכם שעל פיו תשחרר הודו 90,000 שבויים ותשיב לפקיסטן שטחים שנכבשו במערב. כמו כן הוסכם ששתי המדינות "תיישבנה את חילוקי הדעות ביניהן בדרכי שלום באמצעות משא ומתן דו-צדדי". הקשרים הדיפלומטיים וקשרי המסחר חודשו ב-1976.
שנות התשעים.