בהמשך העשור חבר לה פולט לתנועה חדשה של פרוגרסיבים. אחת מתביעותיה המרכזיות נגעה למיסוי של החברות הגדולות. בניגוד לאזרחים פרטיים ששילמו מס על פי רכושם, החברות מוסו על פי הכנסותיהן. ב-1893 פקד את ארצות הברית משבר כלכלי, שהביא להתמרמרות גדולה בקרב אזרחים שגובה תשלומי המס שלהם לא השתנה על אף שהכנסותיהם הצטמצמו, בעוד שהחברות הגדולות חויבו בשיעורי מס נמוכים יותר. כתוצאה מכך התדרדר גם השירות לאזרחים במדינות וברשויות המקומיות. לה פולט אימץ תביעה זו כאחת ממטרותיו העיקריות, יחד עם המאבק לטיהור הממסד המפלגתי מהשליטה של בעלי האינטרסים ובייחוד משליטת תעשיית העץ וחברות הרכבת (להן היה כוח כלכלי עצום באותה עת), שנאבקו נגד התביעות להעלאת תשלום המיסים שלהן.
ב-1896 ניסה לה פולט לזכות במועמדות המפלגה הרפובליקנית למשרת מושל המדינה. אנשי מנגנון המפלגה לא בחלו באמצעים על מנת למנוע ממנו לזכות במינוי. ניסיונם להריץ מועמדי קש בבחירות לצירי ועידת המפלגה בוויסקונסין נכשל, ולה פולט הגיע לוועידה עם כמות צירים מספקת על מנת לזכות במינוי. אולם בעזרת הפעלת לחץ על תומכיו של לה פולט בקרב הצירים, ואף מתן שוחד לחלקם, הצליחו אנשיו של סויר להבטיח את המינוי לאיש שלהם, אדוארד סקופילד, שבבחירות הכלליות גם נבחר לתפקיד.
לאור ניסיון זה החליט לה פולט לקדם את רעיון הפריימריז הישירים למינויים המפלגתיים, שיעבירו את מוקדי הכוח מבכירי המפלגות לידי הציבור הרחב. בפברואר 1897 נשא נאום בנושא זה באוניברסיטת שיקגו בו הוא קרא: "חיזרו לערכים הבסיסיים של הדמוקרטיה. חיזרו אל העם!". על מנת להגביר את ההד של הנאום, הדפיס אותו ב-400 אלף עותקים ודאג שיצורפו חינם לעיתונים שונים ברחבי המדינה. הוא יצא למסע נאומים ברחבי המדינה בהם העלה את הדרישות לפריימריז ישירים ולהטלת מס על פי רכוש על חברות גדולות. כאשר המושל סקופילד הטיל וטו על חוק בנושא מיסוי חברות הרכבת, חשפו מקורביו של לה פולט בעיתונות המקומית שחברת רכבות גדולה הסיעה חינם סחורות של המושל מחוותו לביתו, ובהן אף אחת מפרותיו. לה פולט מיהר להפוך את "הפרה של סקופילד" לסמל לקשרי הון-שלטון.
ב-1898 נכשל שוב לה פולט בניסיונו לזכות במינוי המפלגה לתפקיד המושל, לאחר שגם הפעם שוחדו צירים שתמכו בו, ועל אלה מהם שעבדו בחברות הרכבת הופעלו איומים שיאבדו את מקום עבודתם. בניגוד לכישלון האישי, הצליח לה פולט להעביר בוועידת המפלגה של המדינה סעיף במצע שיתמוך ברעיון הפריימריז הישירים. בהתמודדותו השלישית על המינוי הרפובליקני למשרת המושל ב-1900, אחרי שסויר נפטר והמנגנון שלו איבד מכוחו, כבר הצליח לה פולט לזכות במינוי ללא התנגדות ממשית, ובהמשך גם בתפקיד המושל עצמו.
כהונתו כמושל ויסקונסין והנהגת הפריימריז הישירים.
עם כניסתו לתפקיד החל לה פולט במאבק להעברת שתי הרפורמות שהיו בראש מעייניו: הפריימריז הישירים ומיסוי חברות הרכבת. חלק מאנשי מפלגתו ציפו שעם בחירתו הוא ירכך את דרישותיו, אולם לה פולט ראה בהבטחות הבחירות שלו חוזה עם הבוחרים, וסירב להצעות פשרה. הוא אף הטיל וטו על חוק שהנהיג פריימריז רק באופן חלקי, על משרות מקומיות. הוא הצליח להרגיז גם חלק מתומכיו בכך שהתמקד רק בשני נושאים אלה, והזניח נושאים אחרים. המאבק התיש אותו, וגרם לו במאי 1901 להתמוטטות נפשית שנמשכה כשנה ולוותה גם בבעיות עיכול קשות. למרות זאת, במהלך 1902 שב לפעילות פוליטית, והצליח לזכות שוב במינוי מפלגתו למשרת המושל. בבחירות הכלליות התמודד מול ראש עיריית מילווקי, דמוקרט שכראש עיר תמך במונופולים והתנגד לרפורמות. לה פולט איבד מצביעים רפובליקנים שמרנים ומקורבים לעסקים הגדולים, אולם זכה בתמיכתם של מצביעים דמוקרטים תומכי רפורמות.
בקדנציה השנייה שלו הצליח לה פולט להעביר בבית המחוקקים, למרות התנגדות מצד חלק מנציגי מפלגתו הרפובליקנית ובעזרת תמיכה של נציגים דמוקרטיים, את שתי הרפורמות עליהן נלחם: הרפורמה במס על חברות הרכבת וחוק הפריימריז הישירים, שהתקבל בכפוף למשאל עם שנערך בבחירות של 1904 בו זכה החוק לרוב גדול. במקביל, סימן לה פולט מטרה חדשה: רגולציה של תעריפי הובלת הסחורות ברכבות, אותה ראה כהכרחית על מנת לא לאפשר לחברות הרכבת לגלגל את העלאת המיסים אל כיסו של הנוסע. גם רפורמה זו נתקלה בהתנגדות קשה מצד בעלי בריתם של בעלי חברות הרכבת בבית המחוקקים. בתגובה יצא לה פולט במסע נאומים ברחבי המדינה, בהם הסביר לאזרחים מדוע הרפורמה הזו תשרת אותם. במיוחד הוא הגיע למחוזות הבחירה של מתנגדי הרפורמה ובעיקר תקף דווקא נציגים ממפלגתו, נאם נגדם, הקריא את רשימת הצבעותיהם ("roll call") נגד הרפורמות, וטען שהם בוגדים ברצון הבוחרים.
אחד ממתנגדיו הפוליטיים בוויסקונסין תיאר את סגנון נאומו:
"הוא נלהב, הוא דרמטי, הוא רב עוצמה. הוא ניצב מול הקהל בעיניים בורקות ובאנרגיה של ארבעים איש. הוא משכנע על ידי שימוש ברטוריקה באופן מתוכנן בקפידה - לא ספונטני, ולכן אפקטיבי. הקהל נשטף בזרם של מילים ומשפטים מבלי שיהיה להם זמן, ובדרך כלל גם לא רצון, לשקול ולנתח אותם."
הקרב שניהל לה פולט נגד מתנגדיו בתוך המפלגה (שנודעו בשם "Stalwarts" - "נאמנים") הגיע לשיא דרמטי בוועידת המפלגה הרפובליקנית של ויסקונסין בקיץ 1904. לה פולט זכה ברוב של הצירים לוועידה, אבל מתנגדיו לא הכירו בכך, ניסו לעורר מהומה ובחסותה להכניס בכוח לאולם הוועידה נציגים שלא נבחרו, וכשנכשלו בכך פרשו לוועידה משלהם שהוכנה מראש, בה בחרו מועמד אלטרנטיבי לתפקיד המושל ונציגים מטעמם לוועידת המפלגה הארצית. המוסדות הארציים של המפלגה הרפובליקנית הכירו בוועידה של "הנאמנים", מתנגדי לה פולט, אולם בית המשפט העליון של ויסקונסין הכיר בוועידה של תומכי לה פולט, ובמינויים שלהם למועמדים לקראת הבחירות במדינה, כולל מועמדותו של לה פולט למושל. לה פולט ניצח בבחירות הכלליות ברוב קטן, אולם משאל העם על הנהגת הפריימריז עבר ברוב גדול, וגם הרכב בית הנבחרים הפך לנוח יותר מבחינתו.
בתקופה זו החל לה פולט לזכות גם בתשומת לב ארצית, בזכות העיתונאים "גורפי הרֶפֶשׁ" ("Muckrakers") שחשפו עוולות ושחיתויות, ובייחוד בזכות לינקולן סטפנס שפרסם ב-"McClure's Magazine" כתבה נרחבת עליו ועל מאבקו בממסד הרפובליקני בוויסקונסין.
כשהתכנס בית הנבחרים החדש של ויסקונסין בתחילת 1905 הוא בחר בלה פולט כסנאטור מטעם המדינה בסנאט של ארצות הברית (בתקופה זו, לפני קבלת התיקון ה-17 לחוקת ארצות הברית, מינו בתי הנבחרים של כל מדינה את נציגי המדינה לסנאט האמריקאי). אולם לה פולט השאיר את המושב בסנאט ריק והמשיך בכהונתו כמושל עד לסוף השנה, כדי להשלים את הליכי חקיקת הרגולציה על תעריפי הרכבות.
עם עזיבתו את התפקיד השאיר אחריו לה פולט מורשת של ממשל שיוזם רפורמות, בשיתוף עם קבוצות אזרחים ועם האקדמיה (ובייחוד אוניברסיטת ויסקונסין), מורשת שנמשכה גם על ידי רבים מיורשיו בתפקיד ושהפכה את המדינה ל"מעבדת דמוקרטיה" במה שכונה "The Wisconsin Idea".
הפריימריז הישירים שהוא היה הראשון להנהיגם בוויסקונסין כמושל, הלכו ותפסו מקום חשוב במערכת הפוליטית האמריקאית במהלך המאה ה-20, עד שבשנות ה-70 הפכו לדרך העיקרית לבחירת מועמדים לתפקידים השונים.
תחילת הכהונה בסנאט.
ב-1 בינואר 1906 התפטר לה פולט מתפקיד מושל ויסקונסין, ושלושה ימים אחר כך הושבע כסנאטור והחל את כהונתו בסנאט, שנמשכה עד יומו האחרון.
לה פולט החל את כהונתו בתקופה בה הסנאט היה מצוי תחת גל של ביקורת ציבורית רבה על שמרנותו ועל הפיכתו לכלי שרת בידי האינטרסים של בעלי ההון החדשים ("הברונים השודדים"). גל הביקורת הגיע לשיאו בפברואר 1906, כשהמגזין קוסמופוליטן של ויליאם רנדולף הרסט פרסם סדרת כתבות של העיתונאי "גורף הרפש" דייוויד גראם פיליפס בשם "בגידת הסנאט".
עם כניסתו לסנאט, כבר היה לה פולט דמות מוכרת בציבור ברחבי ארצות הברית, וההנהגה הרפובליקנית שחששה ממנו מינתה אותו לוועדות שוליות. אף על פי כן, המשיך לה פולט במאבקו בשם הצרכן נגד חברות הרכבת. שתי פעולותיו הראשונות בנושא נכשלו מבחינה חקיקתית, אולם שימשו את לה פולט ציבורית: הוא ניצל דיון ב"וועדה לענייני אינדיאנים" כאשר חשף סעיף בחוק שנדון בה שאיפשר לחברות הרכבת לרכוש אדמות בשמורות אינדיאנים בהן היו מאגרי פחם. הוא דרש להטיל מגבלות על כמות האדמות שיכול לקנות רוכש יחיד, ואף לתת סמכויות לנשיא למנוע מכירת אדמות ציבור לכרייה עד שתובטח תחרות שתביא להורדת מחירים לצרכן. לה פולט הובס בסנאט, אך הצליח לעניין את העיתונות בנושא.
כאשר הובא באותה השנה לדיון "חוק הפבורן", שקידם הנשיא תאודור רוזוולט, והקנה לנציבות הסחר הבין-מדינתי סמכות לפיקוח על תעריפי הרכבת, הציע לה פולט תיקונים שנועדו להרחיב עוד יותר את סמכויות הנציבות ביחס למה שהציע החוק, ושיאפשרו לה לדון בתלונות על פגיעה בצרכנים, ולא רק בתלונות מטעם חברות המובילים הגדולות. לה פולט נימק את התיקון בנאום ארוך במליאת הסנאט, בניגוד לנוהג שהיה מקובל אז שסנאטורים חדשים נמנעים מנאומים במליאה. כאשר הסנאטורים שנכחו באולם עזבו במחאה, הוא המשיך לנאום לפרוטוקול ולקהל ביציע, אמר שציבור הצרכנים חושד בסנאטורים בבגידה ושבכך שהם יוצאים מהאולם הם מרשיעים את עצמם, והזהיר אותם שבעתיד הציבור ידאג שהם לא יחזרו למקומות אותם עזבו. בהצבעה נפלה הצעת התיקון ברוב גדול, אולם שוב הצליח לה פולט לעורר עניין ציבורי בעזרת העיתונות.