אחרי 1931 המשיך יאן לתת תמיכה מסויגת לממשלת נאנג'ינג, תוך שמירה על שליטה בפועל בשאנשי. לחלופין, הוא יצר שיתוף פעולה עם גורמים קומוניסטים הפועלים במחוז שלו. אף על פי שהוא לא היה משתתף פעיל, יאן תמך בתקרית 1936 של שיאן, שבה צ'יאנג קאי-שק נעצר על ידי קצינים לאומניים בראשות ג'אנג צ'וליאנג ויאנג הואצ'נג ושוחרר רק כאשר הסכים לעשות שלום עם הקומוניסטים, וליצור "חזית מאוחדת" שתתנגד לפלישה היפנית הצפויה לסין.
בשנת 1936, יאן הצביע על כך שהקרע הגדל בינו לבין צ'יאנג נבע מהחרדות של יאן מפני הפוטנציאל לפלישה יפנית ודאגה לגורלה של סין. כמו כן יאן לא היה משוכנע שהמדיניות של ציאנג להתמקד במאבק בקומוניסטים במקום להתכונן לפלישה היפנית, היא מדיניות נכונה. במהלך תקרית שיאן עצמה יאן היה מעורב בעצמו במשא ומתן, שלח נציגים כדי למנוע את הוצאתו להורג של צ'יאנג בעודו דוחף לחזית מאוחדת ולהתנגדות לפלישה היפנית לסין.
היחסים הפיננסיים בין שאנשי לבין השלטון המרכזי נותרו מסובכים. יאן הצליח ליצור קומפלקס של תעשיות כבדות סביב טאי-יואן, אך הוא לא פרסם את מידת הצלחתו מחוץ לשאנשי, כנראה כדי להטעות את צ'יאנג קאי-שק. למרות ההצלחות שלו במודרניזציה של תעשיית שאנשי, יאן פנה שוב ושוב לממשלה המרכזית לסיוע כספי כדי להרחיב את רשת הרכבות המקומית, אך בקשותיו נדחו בדרך כלל. כאשר יאן סירב לשלוח מיסים שנאספו מסחר מלח לממשלה המרכזית, צ'יאנג הציף השוק הצפוני של סין עם כל כך הרבה מלח (שיוצר באזור החוף של סין), שמחירי המלח במחוזות הצפוניים צנח מאוד. בשל מחירי המלח הנמוכים באופן מלאכותי, המחוזות השכנים כמעט הפסיקו לקנות מלח משאנשי. ב-1935 הכריז צ'יאנג על "תוכנית חמש שנים" למודרניזציה של התעשייה הסינית בהשראת ההצלחות של "תוכנית העשור" שיאן הכריז עליה לפני מספר שנים.
סכסוך עם יפן.
יאן לא נכנס לעימות רציני עם היפנים עד ראשית שנות ה-30. בעודו גולה בדאליין ב-1930, היה מודע לתוכניות יפניות לפלוש למנצ'וריה, ויצר שיתוף פעולה עם היפנים כדי ללחוץ על צ'יאנג קאי-שק כדי לאפשר לו לחזור לשאנשי, לפני שהזהיר את צ'יאנג על כוונתה של יפן. הצלחתה של יפן לאחר מכן בכיבוש מנצ'וריה ב-1931 הפחידה את יאן, שאמר כי מטרתה העיקרית של תוכנית העשור שלו הייתה לחזק את ההגנה על שאנשי נגד היפנים. בשנות השלושים המוקדמות הוא תמך במהומות אנטי-יפניות, גינה את הכיבוש היפני של מנצ'וריה כ"ברברית", פנה בפומבי לצ'יאנג לשלוח חיילים למנצ'וריה וארגן את ארסנל הנשק שלו כדי לחמש את הפרטיזנים הלוחמים בכיבוש היפני במנצ'וריה.
בדצמבר 1931 הזהיר יאן, כי לאחר ההשתלטות על מנצ'וריה, ינסו היפנים להשתלט על מונגוליה הפנימית על ידי חתרנות נגד הסמכות הסינית באזור. כדי למנוע זאת, הוא השתלט על סויואן תחילה, פיתח את מרבצי הברזל הגדולים שבה (24% מכלל הברזל בסין), והעביר למחוז אלפי חיילים-חקלאים. כאשר לבסוף פלשו היפנים למונגוליה הפנימית ב-1935, יאן קיבל על עצמו תפקיד "יועץ" ״מועצה המדינית של מונגוליה״ גוף שהוקם על ידי השלטון המרכזי כדי לארגן התנגדות ליפנים.
היפנים החלו לקדם את נושא "האוטונומיה" לצפון סין בקיץ 1935. נראה כי יפנים רמי דרג בסין האמינו כי יאן ורבים אחרים בצפון יהיו בעדם בתמורה להגנה מצ'יאנג קאי-שק. יאן פרסם מכתב פתוח בספטמבר שבו הוא האשים את היפנים שרצו לכבוש את כל סין במהלך שני העשורים הבאים. על פי מקורות יפנים, יאן נכנס למשא ומתן עם היפנים ב-1935, אך מעולם לא התלהב מאוד מ"אוטונומיה "ודחה את עמדתם כאשר הבין שהם מתכוונים להפוך אותה לגרורה שלהם. יאן כנראה השתמש במשא ומתן כדי להפחיד את צ'יאנג קאי-שק באמצעות צבאותיו כדי להגן על שאנשי, שכן הוא חשש כי צ'יאנג מתכונן להקריב את צפון סין כדי למנוע לחימה ביפנים.
יאן והמפלגה הקומוניסטית הסינית.
אף על פי שיאן העריך את הפילוסופיה ואת השיטות הכלכליות הקומוניסטיות, הוא חשש שהאיום הנשקף מהקומוניסטים הסינים גדול כמעט כמו החשש מהיפנים. בתחילת שנות השלושים הוא העריך שאם הקומוניסטים יפלשו לשאנשי, הם ייהנה מתמיכתם של רוב תושבי החבל. כדי למנוע איום קומוניסטי על שאנשי, שלח יאן כוחות ללחימה בהם וארגן את רשויות האצולה והכפרים כנגדם. הוא גם ניסה, ללא הצלחה מרובה, לבצע תוכנית בקנה מידה גדול של רפורמה קרקעית.
רפורמות אלה לא מנעו את התפשטותן של פעולות הגרילה הקומוניסטיות לשאנשי. האסטרטגיה של לוחמי הגרילה של הקומוניסטים הייתה יעילה ביותר נגד כוחותיו של יאן, שנחשב קורבן למתקפות פתע. הקומוניסטים עשו שימוש טוב בשיתוף פעולה של איכרים מקומיים כדי להתחמק ולמצוא בקלות את כוחותיו של יאן. כאשר תגבורת שנשלחה על ידי השלטון המרכזי אילצה את הקומוניסטים לסגת משאנשי, נמלט הצבא האדום על ידי פיצול לקבוצות קטנות שקיבלו אספקה מתומכים מקומיים. יאן עצמו הודה כי כוחותיו נלחמו בצורה גרועה במהלך המערכה.
מלחמת סין–יפן השנייה.
במהלך מלחמת סין–יפן השנייה (1937 - 1945), רוב האזורים של שאנשי נכבשו במהירות על ידי היפנים, אבל יאן סירב לברוח מהמחוז גם לאחר שאיבד את הבירה המחוזית, טאי-יואן. הוא העביר את מפקדתו לפינה מרוחקת של המחוז, והתנגד למעשה לניסיונות יפניים לתפוס את שאנשי. במהלך מלחמת סין–יפן השנייה, היפנים עשו לא פחות מ-5 ניסיונות לנהל משא ומתן על הסכם השלום עם יאן, אבל יאן סירב ונשאר בצד הסיני.
ברית עם הקומוניסטים.
לאחר הניסיון הכושל של הצבא האדום הסיני להקים בסיסים בדרום שאנשי בתחילת 1936, השתכנע יאן שהקומוניסטים היו איום קטן יותר על שלטונו מאשר הלאומנים או היפנים. הוא נכנס למו״מ והקים ברית עם הקומוניסטים והתיר להם לקיים פעילויות קומוניסטיות בשאנשי.
יאן ניסה לגייס אינטלקטואלים צעירים ופטריוטים לממשלתו כדי לארגן התנגדות מקומית לאיום הפלישה היפנית. ב־1936 הייתה טאי-יואן נקודת מפגש לאינטלקטואלים אנטי-יפנים שברחו מבייג'ינג, טיינג'ין וצפון-מזרח סין, ששיתפו פעולה עם יאן. הוא גייס גם את תושבי שאנשי שחיו ברחבי סין ללא קשר לאגודות הפוליטיות הקודמות שלהם.
היפנים פלשו לחבל שאנשי, וזכו להצלחות צבאיות. כאשר התברר ליאן כי כוחותיו לא יצליחו להדוף את הצבא היפני, הוא הזמין כוחות צבא קומוניסטיים להיכנס שוב לשאנשי. גנרל ז'ו דה הפך למפקד של הצבא השמיני שפעל בשאנשי ונקרא סגן מפקד אזור המלחמה השנייה, תחת פיקודו של יאן עצמו.
יאן בתחילה הגיב בחום על כניסתם מחדש והגעתם של הכוחות הקומוניסטיים, והם קיבלו את פניו בהתלהבות. הכוחות הקומוניסטיים הגיעו לשאנשי בדיוק בזמן כדי לסייע להביס כוח יפני חזק יותר, שניסה לעבור במעבר הרים אסטרטגי. לאחר מכן היפנים הגיבו לתבוסה זו על ידי איגוף המגינים ונעו לעבר בירת החבל - טאי-יואן. הקומוניסטים ארגנו מילציות של איכרים, וניצלו את המצב לבצע רפורמות חברתיות וכלכליות רדיקליות, הקשורות בעיקרן לחלוקה מחדש של קרקעות ואדמות. המאמצים הקומוניסטיים להתנגד ליפנים זכו לאהדה גם של האינטלקטואלים בשאנשי. הקומוניסטים עוררו את שנאתם של מיליונים באזור הכפרי של שאנשי אל היפנים. בתוך שנה לאחר בואם מחדש אל שאנשי, הקומוניסטים השתלטו על רוב שאנשי, שלא הוחזקו בידי היפנים.
הקרב על טאי-יאן היה אכזרי וקשה, היפנים סבלו 30,000 הרוגים מספר שווה של פצועים במאמץ שלהם לכבוש את שאנשי הצפונית. יאן עצמו נאלץ לסגת לאחר שרוב צבאו נהרס, כולל כוח גדול של תגבורת שנשלח לשאנשי על ידי השלטון המרכזי. במהלך 1937, רבים מהמנהיגים הקומוניסטים הבכירים, כולל מאו דזה-דונג, שיבחו את יאן על ניהול מסע התנגדות בלתי מתפשר נגד היפנים.
זמן קצר לפני שהפסיד את טאי-יואן יאן העביר את מטהו ללינפן, בדרום-מערב שאנשי, אבל גם משם היפנים דחקו אותו ואילץ את יאן לסגת עם מה שנותר מצבאו מעבר לנהר הצהוב. שם ארגן מחדש את צבאו ללוחמת גרילה וזינב והכה ביפנים, אך השפעת מהלכים אלה על המלחמה כולה היה שולית. בתקופה זו הורעו יחסיו של יאן עם הקומוניסטים, והוא ראה בהם כוח שמנסה לחסל את שלטונו.
בשנת 1940, ידידו היפני של יאן, ריוקיצ'י טנאקה, הפך לראש מטה של ​​הצבא היפני הראשון, שהוצב בשאנשי. לאחר שהתבררה האיבה של יאן עם הקומוניסטים, טנאקה פתח במשא ומתן עם יאן בניסיון לעודד אותו להיכנס לברית אנטי-קומוניסטית עם יפן. יאן הסכים לשלוח נציג ברמה גבוהה כדי להיפגש עם היפנים, וקיבל רשות מהממשל המרכזי לנהל משא ומתן איתם להסכם כדי להשיג את כל כוחותיהם משאנשי תמורת שיתוף הפעולה של יאן. בשנים הבאות 1941–1943, ניהלו עוד כמה פעמים היפנים משא ומתן עם יאן אך ללא תוצאות מעשיות.
לאחר 1945.
לאחר כניעת יפן וסופה של מלחמת העולם השנייה, יאן שיאן גייס לצבאו אלפי חיילים יפנים שהיו מוצבים בצפון מערב שאנשי ב-1945, כולל מפקדיהם. על ידי גיוס היפנים לשירותו הוא שמר את המתחם התעשייתי נרחב סביב טאי-יואן וכמעט כל אנשי הניהול והטכניים המועסקים היו יפנים. יאן הצליח לשכנע את היפנים שנכנעו לעבוד בשבילו, ואלה זרמו לבירתו מחלקים אחרים בצפון סין ושרתו את ממשלתו וצבאו. בצבאו היה כוח יפני שעמד על 15,000 חיילים, בתוספת קצינים ששירתו בכל יחידות צבא יאן האחרות. הם סייעו לו להילחם בקומוניסטים, מספרם צומצם עד נפילת בירתו לידי הקומוניסטים באפריל 1949.
בחורף 1947 הוגבלה שליטתו של יאן בשאנשי לשטח הסמוך לטאי-יואן. יאן ציין כי הקומוניסטים התחזקו וצפה כי בתוך שישה חודשים הם ישלטו על מחצית סין. לאחר שהפסיד בדרום שאנשי יאן התחייב להגן על טאי-יואן אולי בתקווה שאם הוא ומנהיגים אנטי-קומוניסטים אחרים יוכלו להחזיק מעמד מספיק זמן, ארצות הברית תצטרף בסופו של דבר למלחמה לצדם ותציל את כוחותיו מחורבן.