מודל זה של ביון הושפע במידה רבה על ידי החלוקה הדחפית של וילפרד טרוטר. שלושת הדחפים במודל של טרוטר - דחף השימור העצמי, דחף המין ודחף התזונה מקבילים לשלוש ההנחות הבסיסיות של ביון - "לחימה-בריחה", "זוגיות" ו"תלות" בהתאמה. מודל ההנחות הבסיסיות, כמו מודל הדחפים של טרוטר, מבטא מבנה עומק של הנפש שאינו בא לידי ביטוי רק כאשר האדם נמצא בקבוצה; לא מדובר בתופעה קבוצתית, אלא בתכונה נפשית של הפרט המתגלה בשדה הקבוצתי. מכיוון שמדובר במעין מודל "דחפי", אפשר לראות בו התחלה של מודל פסיכואנליטי של הנפש. מודל ההנחות הבסיסיות מציע לראות את ההתנהגות הקבוצתית כמצביעה על הדומיננטיות של אחת ההנחות הבסיסיות בכל עת, כאשר השתיים האחרות "ממתינות" ברקע. ביון מציע את המבנה התאורטי שכינה בשם "המערך הפרוטו-מנטלי" - מערך שבו אין הבחנה בין תוצרים גופניים לנפשיים, שם "נמצאות" ההנחות הבסיסיות שאינן פעילות. רעיונות אלה יפותחו על ידי ביון בהמשך, בספרו "התנסויות בקבוצות ומאמרים נוספים", למודל פסיכוסומטי, ומהווים מעין התחלה של תיאורית החשיבה המאוחרת שלו.
המחקר של ביון על קבוצות הפך לקלסיקה וסלל את הדרך לגישה המיוחדת לפסיכותרפיה קבוצתית הנמשכת במרפאת טביסטוק ובמכון טביסטוק ליחסי אנוש עד היום.
תאוריה של חשיבה - שנות ה-50 וה-60.
שנות החמישים מהוות את השלב הבא בהתפתחות עבודתו של ביון. בשנים אלה פרסם סדרת מאמרים שנפתחה בהרצאת ההתקבלות שלו לחברה הפסיכואנליטית הבריטית, והעוסקת בחשיבה פסיכוטית ובניסיון להבין דרכה את החשיבה הלא-פסיכוטית. ביון מפתח את המשגותיו בנושא מתוך אינטואיציות עמוקות שהוא מתאר במאמרים אלו הקשורות לעבודתו הפסיכואנליטית עם מטופלים פסיכוטיים קשים. הוא עשה זאת בתקופה שבה ההנחה השלטת הייתה שאי אפשר לעבוד בגישה הפסיכואנליטית עם מטופלים פסיכוטיים, ורק אנשי טיפול מעטים עשו זאת. סדרת מאמרים זו אוגדה בספר "במחשבה שנייה" (1967).
ביון מדגיש פעמים רבות את הדמיון בין עיסוקו לבין עיסוקם של פילוסופים בנושא החשיבה, אולם מבהיר שוב ושוב כי הוא עוסק קודם כל בחוויה הרגשית ובתהליכי הטרנספורמציה שחוויה זו עוברת בנפש. החשיבה על פי ביון היא תהליך רגשי והיא התהליך הבסיסי ביותר של נפש האדם ומקור החיות שלו. הוא תופס את כל ההפרעות הנפשיות כ"הפרעות חשיבה" במובן שהוא משתמש במושג. ביון מסכם את סדרת מאמריו משנים אלה במאמרו "תאוריה פסיכואנליטית של המחשבה" (1962). מאמר זה מספק את ההמשגה שאותה התאמץ למצוא במאמרים הקודמים כדי להתמודד עם האינטואיציות הקליניות החדות שלו. מאמר זה הוא מעין מבוא להמשך הכתיבה של ביון בספריו הבאים: "ללמוד מן הניסיון" (1962) ו"יסודות הפסיכואנליזה" (1963) בהם הוא משתדל להרחיב את מודל החשיבה לו ולהפוך את המודל הפסיכואנליטי למודל שיטתי יותר ו"התרשמותי" פחות. הוא מנסה לארגן את חשיבתו ברמות הפשטה שונות, ותוך כך לזהות את היסודות המרכיבים את התאוריה הפסיכואנליטית על מנת שאפשר יהיה לארגנם בתצורות תאורטיות שונות ולהימנע מריבוי מיותר של תאוריות.
ביון רואה בתהליך החשיבה כתהליך "מטבולי" המבוסס על המודל של מערכת העיכול. לדוגמה, במודל של תינוק ואֵם, לתינוק נטייה מולדת המתאימה לציפייה לשד האם שאמור להזין אותו. נטייה זו היא ה"פרה-קונספציה". כאשר הפרה-קונספציה באה לידי מימוש, או בדוגמה זו, התינוק בא במגע עם שד האם, התוצאה הנפשית היא "קונספציה". כל מפגש של פרה-קונספציה עם מימושה מייצר קונספציה, שיש לצפות שתהיה מלווה בתחושה של סיפוק. אולם אם מסיבות כלשהן ציפייתו של התינוק להזנה אינה מתממשת, התוצאה היא תסכול. עבור התינוק זו חוויה שאינו בשל לשאתה, וכתוצאה מכך הוא "מסלק" את מה שעבורו נתפס כאובייקט מתקיף. בהיעדר הבחנה בשֵלה בין יסודות נפשיים ליסודות גופניים, החוויה נתפסת עבורו כגופנית. האמצעים העומדים לרשות התינוק, כגון בכי או צרחות, מבטאים את האופן בו הוא "מסלק" (תהליך של אבקואציה) את החוויה הקשה, ובאותה עת מייצר תקשורת המעוררת חוויה רגשית אצל הסביבה - הוא מזמן אליו את אמו (או כל גורם מטפל אחר), האמורה "לקחת לתוכה" כביכול את מצוקת התינוק בכך שהיא עצמה תחוש מצוקה הקשורה למצוקתו (ביון עושה כאן שימוש במונח של מלאני קליין, "הזדהות השלכתית", המתאר תהליך נפשי זה). מאחר שמערך החשיבה שלה בשל, היא יכולה לחשוב את המצוקה שהיא חווה כתוצאה ממצוקת התינוק ובכך "לעכל" את החוויה, לחשוב אותה, להקנות לה קוהרנטיות ופשר, ולהגיב באמצעים שונים המיועדים להרגיע את התינוק. פעולות אלה מחזירות לתינוק בצורה "מעוכלת" את מה שהיה עבורו "האובייקט המתקיף" שעמו יכולה כעת נפשו הלא-בשלה להתמודד. בה בעת האם גם מאפשרת לתינוק להפנים את פונקציית העיכול הזאת שהיא בעצם פונקציית חשיבה. התפתחותה של פונקציה זו מאפשרת לאדם לגשר בין התעוררות צורך לבין סיפוקו באמצעות יצירת מחשבה, או "הזיה של סיפוק". הזיה/מחשבה זו עומדת בבסיס התפתחות החשיבה, וחוסר יכולת ליצור אותה מותיר את התסכול כתפיסה של נוכחות גופנית ומביא לשימוש במנגנונים פסיכוטיים הקשורים בסילוק "נוכחות" זו.
כדי להימנע מהמשמעויות הנלוות למילים בהן עשה שימוש, ביון מציין תהליכים אלה באמצעות אותיות יווניות. החוויה הבלתי ניתנת לעיכול על ידי התינוק היא "יסוד β (ביתא)". יסודות ביתא הם רשמים חושיים נטולי משמעות, או תחושות חסרות שם שגורמות לתסכול. הן יכולות להיות רודפניות או דיכאוניות באופיין אולם הן אינן קוהרנטיות. הן אינן מעוכלות ונחוות כגופים זרים בתוך הנפש המתאימות לסילוק בלבד משום שלא ניתן לחשוב עליהן. סילוק זה מתרחש באמצעות הזדהות השלכתית לתוך גוף אחר או לעולם החיצון. הפונקציה המעכלת יסודות אלה היא "פונקציית α (אלפא)" ותוצריה הם יסודות נפשיים - יסודות α. פונקציית α פועלת על הנתונים שעולים מתוך החוויה הרגשית השלמה של האדם, כולל אלה שמקורם מהקלט החושי. היא הופכת חוויה רגשית זו ולמשהו מובן ומשמעותי על ידי הפקת "יסודות α" המורכבים מרשמים חזותיים, שמיעתיים ורשמי טעם וריח הניתנים לאחסון בזיכרון ולשימוש בחלימה ובחשיבה לא מודעת במצב עֵירות. החוויה עברה תהליך של פונקציית אלפא ובכך הפכה למשהו הניתן להטמעה על ידי הנפש, וכך מעשירה את החשיבה המודעת ויכולה להיות מקור הניתן להפיכה לסמל.
ביון מדגיש שכינויים אלה מהווים "השערות עבודה", ניסיון לתאר תהליך שאין לנו גישה ישירה אליו, ולמעשה הם אינם אלא הבניות תאורטיות שאין להן מקבילה פנומנולוגית. את המקבילה הפנומנולוגית, כלומר חוויות שאנחנו יכולים להכיר, ביון מתאר באמצעות מונחים המגדירים את היסודות הנפשיים המפותחים יותר, כגון "מחשבות חלום" או "מצבי ציפייה (קונספציות)".
תאוריה של חשיבה - שנות ה-70.
לקראת סוף שנות ה-60 ניתן להצביע על מעבר פרדיגמטי בעבודתו של ביון, אותו ניתן כבר לזהות בפרק "הערות פרשניות" העוסק בהערכה מחדש של חשיבתו המוקדמת, שביון צירף לספרו "במחשבה שנייה" (1967). בחשיבתו המוקדמת ביון משתמש כאמור במודל הדומה במהותו למערכת העיכול ומתאר תהליך "מטבולי" המבוסס על תפקודה של מערכת זו, אולם בהמשך הוא מדגיש את הסייגים שיש להציב בעת השימוש במודלים פסיכואנליטיים מעין אלה, תוך הפניית הקשב לרמת הפשטה המשתנה במונחים השונים בהם השתמש במודל המטבולי, כגון "עיכול" או "סילוק" לעומת "חשיבה" או "חלימה". המעבר הפרדיגמטי מתבטא במובהק במאמציו של ביון להנחיל "משמעת" אנליטית ולזקק את מחשבותיו למעין "הוראות הפעלה". בשנת 1970 התפרסם ספרו "קשב ופרשנות" שבו התגבשה כבר חשיבתו החדשה.
שינוי החשיבה מתואר פעמים רבות כמעבר ממודל המבוסס על טרנספורמציות ב-K - מימד הידיעה (Knowledge), אל מודל המבוסס על טרנספורמציות ב-O. מודל הטרנספורמציות ב-K מתאר תהליכי חשיבה הקשורים בהשתלשלות של ייצוגים - יסודות נפשיים שאותם הדעת יכולה לשאת. טרנספורמציות ב-O מבוססות על חומר נפשי שאינו בר-ייצוג, אך כזה הלוחץ על הנפש להיכנס לתוך שרשרת הייצוגים. חומר נפשי זה הוא שהומשג על ידי המונח "יסודות β". ביון מדגיש שניתן לדון רק באותם היבטים של O שהשתלשלו אל תוך הייצוג, כלומר לתוך K. ביחס לאותם היבטים שלא השתלשלו, כדי לחוות אותם על הפסיכואנליטיקאי לוותר על התלות בצורות מוכרות של הרגעה הנובעות מעדות החושים, כגון שימוש בתוכן של אמירות המטופל כעדות מוחשית לנכונות הפירושים שמציע, וכן לוותר על ה"זיכרון והתשוקה" - הזיכרון של מודלים ותאוריות שנלמדו יחד עם הזיכרון של היסטורית ההתנסויות במפגשים עם מטופלים, והתשוקה ל"ריפוי" של המטופל או לתוצאות אחרות של הטיפול הפסיכואנליטי. בלשונו של ביון: "בפסיכואנליזה אין מקום לתשוקה; אין מקום לזיכרון, בהיותו מבוסס על התשוקות הקשורות לפעילויות-עבר השונות מן הפסיכואנליזה ובלתי נפרד מהן. התשוקה להיות פסיכואנליטיקאי טוב מפריעה להיות פסיכואנליטיקאי." במקומם ביון מציע לאמץ גישה של "אמונה" (F - act of faith) כדי שהנפש תוכל להישאר פתוחה 'לקלוט' את ההיבט האמיתי במערכת היחסים עם המטופל.
אפשר לראות בכתיבתו של ביון מעברים בין אינטואיציה להמשגה. הוא התחיל את כתיבתו בשנות ה-50 במאמץ ללכוד את האינטואיציות הקליניות שלו בכל הקשור במצבי נפש קשים, בשנות ה-60 הוא "מתמיר" אינטואיציות אלה לתאוריית חשיבה המבוססת על השתלשלות של ייצוגים - עובר מאינטואיציה להמשגה, ובשנות ה-70 הוא מנסה לשוב אל האינטואיציה, הפעם לא מתוך כורח הנובע מהיעדר המשגה, אלא כתוצאה ממשמעת פסיכואנליטית המאפשרת מגע הדוק יותר עם התרחשות הנפשית הגולמית הממשית, תוך מעברים הלוך ושוב בין ייצוגים לבין היעדרם. .