ב-11 באפריל 2016 הבקיע זהבי צמד שערים בליגה בניצחון 3–2 על בית"ר ירושלים והעלה את מאזנו העונתי ל-31 שערים. בכך הפך לשחקן שהבקיע הכי הרבה שערים בעונה יחידה בהיסטוריה של הליגה הבכירה בישראל, תוך שבירת שיאו של ניסים אלמליח מבית"ר תל אביב (30 שערים בעונת 1954/1955) שהחזיק מעמד 61 שנה. עד לסיום העונה הבקיע עוד ארבעה שערים והעמיד את השיא על 35 שערים לעונה. במחזור האחרון של העונה ניצחה מכבי תל אביב את מכבי חיפה בתוצאה 6–0. למרות השיא האישי של זהבי, הקבוצה סיימה עונה מאכזבת ללא זכייה באף תואר, לאחר שנוצחה בגמר הגביע 0–1 על ידי מכבי חיפה.
במהלך הקיץ עזב זהבי את הקבוצה ועבר לשחק בקבוצת גואנגג'ואו R&amp;F שבליגה הסינית ששילמה עבורו למכבי תל אביב סכום שיא לשחקן ישראלי אי פעם, שמוערך בכ-8 מיליון דולר. שותא ארבלדזה מונה למאמן הקבוצה, ויוסי בניון חתם בקבוצה. הקבוצה הצליחה להעפיל לשלב הבתים בליגה האירופית לאחר שבשלבים המוקדמים גברה על גוריצה הסלובנית, קאיראט אלמטי הקזחית, פאנדורי הרומנית והיידוק ספליט הקרואטית. בשלב הבתים הקבוצה שובצה בבית ד' יחד עם זניט הרוסית, אלקמאר ההולנדית ודאנדוק האירית. מכבי תל אביב לא העפילה משלב הבתים וסיימה במקום השלישי בבית ד' כשברשותה 7 נקודות, עם ניצחון חוץ מול אלקמאר בהולנד, תיקו ביתי עם אלקמאר וניצחון ביתי מול דאנדוק.
ב-25 בספטמבר 2016, במסגרת המחזור ה-5 בעונת 2016/2017, גברה מכבי תל אביב 5–0 על הפועל תל אביב והשוותה את הניצחון הגדול מעונת עונת 1969/1970. בעקבות חוסר ההצלחה בליגה וההדחות מאירופה ומגביע הטוטו פוטר ארבלדזה בתחילת חודש ינואר, וקרויף שהיה בתפקיד המנהל הספורטיבי במועדון, ירד לקווים ואימן את הקבוצה באופן זמני. כעבור כחודש מונה ליטו וידיגל האנגולי, שסיים עם הקבוצה במקום השני בליגה, העפיל עמה לגמר גביע המדינה ועזב מיד בסיום העונה.
ב-14 ביוני 2017 הודיעה מכבי על מינויו של ז'ורדי קרויף כמאמן הקבוצה באופן רשמי וקבוע לקראת עונת עונת 2017/2018. ב-14 בדצמבר 2017 זכתה הקבוצה בגביע הטוטו לאותה עונה, החמישי בתולדותיה, לאחר ניצחון 1–0 על הפועל באר שבע. בסוף העונה סיימה הקבוצה כסגנית אלופה בפעם השלישית ברציפות - והעפילה למוקדמות הליגה האירופית ואף עלתה לשלב הבתים תחת קרויף, מכבי הייתה בבית א' עם ויאריאל, אסטנה וסלביה פראג. מכבי סיימה את הקמפיין האירופי עם 4 נקודות כאשר ברשותה ניצחון, תיקו וארבעה הפסדים. לפני סיום העונה הודיע הבעלים גולדהאר כי קרויף לא ימשיך במכבי תל אביב וכי ימונה צוות מקצועי חדש בקיץ, ואחרי 6 שנים במועדון בתור מנג'ר ומאמן, הסתיים עידן קרויף במכבי תל אביב.
המשך תקופת גולדהאר.
בסוף מאי 2018 מונה ולדימיר איביץ' למאמן הקבוצה. במוקדמות ליגה אירופית הקבוצה עברה את שלושת סיבובי המוקדמות אך הודחה בשלב הפלייאוף על ידי . ב-26 בספטמבר 2018 זכתה הקבוצה בתואר הראשון תחת ולדימיר איביץ', גביע הטוטו, לאחר ניצחון 1–2 על מכבי חיפה.
במהלך העונה ספגה הקבוצה הפסד אחד בלבד והבטיחה את הזכייה באליפות כשנותרו עוד שמונה מחזורים לסיום, הזכייה המהירה בתולדות הליגה. בעונה נקבעו שיאים רבים כגון 89 נקודות בסיום העונה, הפרש שערים של +60 ופער 31 נקודות מהמקום השני בטבלה. בני יהודה, הקבוצה היחידה שניצחה את מכבי במהלך העונה, הייתה גם זאת שהדיחה אותה מגביע המדינה לאחר ניצחון 0–1 במשחק חצי הגמר שנערך באצטדיון טדי.
עונתו השנייה של ולדימיר איביץ' כמאמן התחילה עם הדחת מכבי תל אביב ממוקדמות ליגת האלופות על ידי קלוז' הרומנית וכן הודחה בסיבוב המוקדמות השלישי של הליגה האירופית על ידי סודובה הליטאית. כל זה לא מנע מאיביץ' לסיים עונה נוספת בתור מאמן השנה בליגה הישראלית ולקחת אליפות עם 87 נקודות, ושבירת שיא של ספיגת שערים לעונה כאשר קבוצתו ספגה רק 10 שערים במשך כל העונה והפרש שערים של 53+ והפסד אחד בלבד במחזור האחרון של העונה נגד הפועל באר שבע.
ב-6 ביולי 2020 ולדימיר איביץ' עזב את הקבוצה, ופטריק ואן לוון, המנהל המקצועי של מחלקת הנוער, אימן את הקבוצה במחנה האימונים שערכה בירושלים ובמשחקים הכפולים במסגרת אלוף האלופים נגד הפועל באר שבע, אשר בסופם זכה עם הקבוצה בתואר לאחר תוצאה מצטברת של 0–4.
ב-12 באוגוסט 2020 לאחר 37 ימים ללא מאמן קבוע, הודיע המועדון על מיניו של יורגוס דוניס בתור מאמנה החדש של הקבוצה. ב-22 באוגוסט 2020 זכתה הקבוצה בתואר הראשון תחת המאמן החדש, גביע הטוטו, לאחר ניצחון 0–2 על בני סכנין. לאחר הזכייה הפסידה מכבי במחזור הראשון בליגה אך ניצחה את פ.צ ריגה, סודובה ודינמו ברסט במשחק יחיד נגד כל אחת (בשל השפעות וירוס הקורונה) במוקדמות ליגת האלופות, בשלב הפלייאוף התקיימו שני משחקים נגד רד בול זלצבורג ומכבי הפסידה בהם (5:2 בסיום שני המשחקים ביניהן) ונשרה לשלב הבתים בליגה האירופית תחת דוניס, לראשונה מאז עונת 2017/2018. מכבי הוגרלה לבית ט' יחד עם ויאריאל מספרד, קרבאך מאזרבייג'ן וסיוואספור מטורקיה. בסיום שלב הבתים העפילה הקבוצה לשלב 32 האחרונות של המפעל בפעם השנייה, לאחר שסיימה במקום השני בבית ט' עם 11 נקודות. ב-23 בדצמבר הקבוצה הודיעה על פיטוריהם של דוניס וצוותו לאחר 11 מחזורי ליגה, בהם השיגה 17 נקודות במאזן של שני הפסדים, חמש תוצאות תיקו וארבעה ניצחונות.
לאחר פיטורו של דוניס חזר פטריק ואן לוון לעמדת המאמן עד למציאת מאמן קבוע. בשתי הופעותיו הראשונות כמאמן ניצח את קריית שמונה (1:0) ואת הפועל תל אביב בדרבי (4:0), לאחר הדרבי הוחלט כי ואן לוון ימשיך כמאמן עד סוף העונה בשל היכרותו המקצועית עם הקבוצה הבוגרת. בסוף עונה זו הוביל פטריק ואן לוון את הצהובים לניצחון בגמר הגביע (1:2) על הפועל תל אביב. ב-22 ביוני הצהיר גולדהאר על מיניו של ואן לוון כמאמן הקבוצה לשתי העונות הבאות.
ב-30 ביוני 2021 הוכרז על שינוי סמלה של הקבוצה, לראשונה מאז 1994.
בקיץ 2021 עזבו את הקבוצה שחקנים חשובים רבים כמו דור פרץ, יונתן כהן ואיתן טיבי. במקומם הגיעו שחקנים רבים שהבולט שבהם הוא גבי קניקובסקי. באותו קיץ שיחקה הקבוצה לראשונה במוקדמות הליגה האזורית, כאשר זו העונה הראשונה לפעילותו של המפעל. בשלב המוקדמות גברה מכבי על סוטייסקה ניקשיץ' ממונטנגרו, ספרטק טרנבה מסלובקיה ושחטיור קרגנדה מקזאחסטן ועלתה לשלב הבתים של המפעל. בשלב הבתים מכבי הוגרלה לבית א' יחד עם ל.א.ס.ק. לינץ מאוסטריה, ה.י.ק. הלסינקי מפינלנד ואלאשקרט מארמניה. בסיום שלב הבתים סיימה במקום ה-2 והעפילה לשלב הנוקאאוט הראשוני שם פגשה את פ.ס.וו. איינדהובן ההולנדית והודחה לאחר 1–2 להולנדים בסיכום.
ב-26 באוקטובר 2021 פוטר ואן לוון מאימון הקבוצה עקב חוסר ההצלחה בליגה כאשר לאחר 7 מחזורי ליגה הקבוצה במקום ה-12 עם 33% הצלחה, ברק יצחקי מונה למחליפו הזמני. ב-9 בדצמבר 2021 מונה מלאדן קרסטאיץ' למאמנה החדש של הקבוצה. קרסטאיץ' הוביל את הקבוצה למקום השלישי בליגה ולחצי גמר גביע המדינה. בסיום העונה, ב-24 במאי 2022, המועדון הודיע על כך שקרסטאיץ' והצוות המקצועי לא ימשיכו בקבוצה.
ב-12 ביוני 2022, לקראת עונת 2022/2023, חזר ולדימיר איביץ' לעמדת המאמן בחוזה לשנתיים. שבועיים לאחר מכן חזר לקבוצה ערן זהבי, שסיים את חוזהו בפ.ס.וו. איינדהובן ההולנדית. ביולי 2022 מכרה מכבי 22,000 מנויים בכך שברה שיא מכירת מנויים.
אצטדיונים ומתחמי אימונים.
מיום הקמתו של המועדון עד לשנת 1935 שחקה מכבי תל אביב ב-8 מגרשים שונים, בעלי משטחי חול, חמרה וכורכר.
בשנת 1923 החלה מכבי לשחק ב"מגרש הדקלים" שהיה ממוקם בשכונת פלורנטין, בשנת 1926 עברה מכבי לשחק ב"מגרש מכבי" שהיה ממוקם בין שכונת שפירא לשכונת נווה שאנן.
בשנת 1935 עברה מכבי לשחק באצטדיון המכביה שעל גדות הירקון, אשר שימש כבית של המועדון במשך 34 שנה עד לשנת 1969. במהלך תקופה זו אירחה מכבי לפרקים באצטדיון באסה ביפו במשחקים מרובי קהל, וכמו כן באצטדיון בלומפילד, מפאת המספר הקטן של מקומות הישיבה באצטדיון המכביה, והפרצות שהיו בגדרות שמסביבו.
בעקבות המשבר הכלכלי שפקד את מכבי באמצע שנות ה-60, החליט יושב ראש הקבוצה ג'רי בית הלוי, לעבור לארח באצטדיון בלומפילד באופן קבוע. מהלך זה נעשה בשנת 1967, אך רק בשנת 1969 הפסיקה מכבי להשתמש באצטדיון המכביה לאירוח משחקים רשמיים. בשנת 1985 עברה מכבי לשחק באצטדיון רמת גן, אשר שימש כאצטדיונה הביתי עד לשנת 2000 (מלבד עונת 1986/1987 ועונת הדאבל ב-1995/1996 בה שיחקה הקבוצה בבלומפילד), החל משנת 2000 הפך אצטדיון בלומפילד לביתה הרשמי של מכבי תל אביב.
בשנים 2019-2016 עברה הקבוצה לארח באופן זמני באצטדיון נתניה, בעקבות הרחבת אצטדיון בלומפילד.
בשנת 2019 חזרה הקבוצה לארח באצטדיון בלומפילד לאחר שהורחב ל-29,400 מקומות ישיבה.
מתחם האימונים קריית שלום.
החל מאמצע שנות ה-70 מכבי תל אביב עורכת את אימוניה במתחם האימונים קריית שלום הממוקם מדרום לשכונת קריית שלום בתל אביב ובסמוך לצומת חולון, ולכן מתחם האימונים והנהלת הקבוצה מכונים על ידי תקשורת הספורט ועל ידי הציבור הרחב בשם השכונה.
המתחם כולל ארבעה מגרשים, שני חדרי כושר, 10 חדרי הלבשה וטריבונה המכילה 100 מקומות ישיבה. במתחם פועלת גם אקדמיית הנוער על שם אבי כהן.
מכבי מפעילה עוד שני בתי ספר לכדורגל בתל אביב, באוניברסיטת תל אביב ובמרכז הספורט הלאומי תל אביב.
יריבויות.
היריבות העירונית.