גופו של אופטימוס פריים נקבר במאוזוליאום ענקי בחלל, יחד עם רובוטריקים נופלים אחרים. בשנת 2006, גופו הושחת והוחייה מחדש בידי הקווינטסונס בניסיון לפתות את הרובוטריקים למלכודת בחלל ולהשמידם. המטריקס טיהר את פריים מהשפעת הקווינטסונס, והוא הורה לרובוטריקים להתפנות מהמקום בזמן שהוא הטיס את ספינת החלל הנושאת את מטען הנפץ לכיוון השמש הקרובה. פריים הושמד כביכול בפיצוץ. לפי הפרק האחרון בעונה השלישית, גופו של פריים נחלץ בעזרתם של שני מדענים שניות לפני הפיצוץ. כאשר ספינתם עזבה, היא כוסתה בנבגים סולאריים, שמעוררים רגשות זעם ודחפי שיגעון בכל יצור חי שבא עמם במגע, ואשר השתחררו עם פיצוץ השמש. בשנאתם הרבה לרובוטריקים, שני המדענים בנו מחדש את אופטימוס פריים ותכננו להשתמש בגופו ככלי קיבול לנבגים הסולאריים כדי להשמידם. כשלא יכלו להחיותו מחדש, הם השתמשו בגופו של פריים כדי לפתות את הרובוטריקים למעבדה. כש"מגפת השנאה" החלה להתפשט ברחבי הגלקסיה, הרובוטריק סקיי לינקס הצליח לשבות קווינטסון שהחזיר את אופטימוס פריים לחיים. פריים ציפה את עצמו בשכבת הגנה, והצליח להשיב את מטריקס המנהיגות מרודימוס. בעזרת הכוח והחוכמה המרוכזים במטריקס, הוא הצליח להשמיד את מגפת השנאה.
בעקבות שחרור האנרגיה של המטריקס, פריים החל לסבול בשנת 2007 מחזיונות שהתריעו על שינוי גדול בסייברטרון. אותם אירועים החלו עם גנבת המפתח לחדר אנרגיית הפלזמה, ופריים התייעץ עם אלפא טריון בתוך וקטור סיגמא. התגלה שמחשב-העל החל רצף אירועים שיאתחלו מחדש את עידן הזהב של סייבטרון. כשחדר אנרגיות הפלזמה נפתח ואיים להפוך את שמש הארץ לסופרנובה, ספייק ויטוויקי ותושבי נבולון שנקלעו לקונפליקט הצליחו לספוג את עודף האנרגיה הסולארית ולהחיות מחדש את סייברטרון. כעת שהשקרניקים סולקו מסייברטרון ותושבי נבולון היו חופשיים משלטון רודני, סייברטרון החל בעידן זהב של שלום ושגשוג תחת שלטונם של אופטימוס פריים והרובוטריקים.
כאשר סדרת האנימציה של הרובוטריקים הגיעה לסיומה בשנת 1987 לאחר הפרק בשלושת החלקים, תהליך ההפקה המשיך ביפן עם שלוש סדרות ספין אוף. הראשונה שבהן, "רובוטריקים: אדוני הראש" (Transformers: Headmasters), התעלמה מעלילת "Rebirth". כעת כשהשקרניקים הובסו, הרובוטריקים היו ביחסים קרובים יותר לתושבי כדור הארץ. הם גם החלו בקולוניזציה של עולמות אחרים. הראשון שבהם היה אתניה ואופטימוס פריים בחר להיות מוצב בו. מעט לאחר מכן התברר שהשלכות שחרור האנרגיה של המטריקס כדי לרפא את מגפת השנאה היו מרחיקות לכת יותר ממה שאופטימוס ציפה לו. ללא המטריקס שישמש כגורם מאזן, חישוביו של מחשב-העל וקטור סיגמא התערערו. השקרניקים חזרו כדי לנצל זאת, ותקפו את סייברטרון כדי להשיג שליטה על מחשב-העל. פריים לקח יחידת חיילים שתעזור בקרב על הכוכב, וכשאדוני הראש של הרובוטריקים הגיעו והטו את הקרב לטובתם, הוא החליט להיכנס לעומקו של סייברטרון ולייצב את וקטור סיגמא בכל מחיר.
כשהרובוטריקים חיפשו אחר המטריקס בכדור הארץ, אופטימוס פריים חיפש אחר וקטור סיגמא והודרך על ידי רוחו של אלפא טריון בנבכי הקטקומבות של הכוכב. בהגיעו אל מחשב-העל הוא גילה שהשקרניקים סייקלונוס וסקורג' חסמו את דרכו. באותו רגע מגיע הוט-רוד עם המטריקס ומפעיל את וקטור סיגמא. המטריקס שינה את צורתו של הוט-רוד לרודימוס פריים, ובפעם הראשונה שני הפריימים נלחמו זה לצד זה כדי להביס את גלבטרון. לפני שרודימוס יכל להכניס את המטריקס לוקטור סיגמא כדי ליצבו, אופטימוס פריים התמזג לתוך המחשב והשיב את האיזון על כנו כדי להציל את הכוכב. וכך, אופטימוס פריים הקריב את עצמו מספר פרקים לאחר שיבתו לחיים.
מלחמות החיות/מכונות חיות.
אופטימוס פריימל (מלשון Primal, קדמוני), מנהיג סיעת המאקסימלים בסדרות האנימציה התלת ממדית " ו", הוא אינו אופטימוס פריים המקורי. פריימל הוא אחד מצאצאיהם המאקסימלים של הרובוטריקים, שלקח את השם כדי לכבד את שמו של פריים. אותו דבר גם תקף למגהטרון של אותה תקופה. לפני שהחלה סדרת האנימציה, חברת הסברו חזתה את פריים ואת מגהטרון בצורת החיה שלהם, אולם אחרי שהסדרה החלה השתנתה התוכנית והעיצובים השונים של הדמויות - כמו לוחית הפנים החצויה לשניים של פריימל שחושפת פה - מראים על כך. למרות הכל, אופטימוס פריים ומגהטרון היו הסיבה העיקרית להתחלתן של מלחמות החיות.
מלחמות החיות נערכו בכדור הארץ הפרהיסטורי, והובילו בסופו של דבר לגילוייה של ספינת "התיבה" הקבורה בהר הגעש. מגהטרון מנהיג הפראניקים ניסה לשנות את ההיסטוריה על ידי השמדת אופטימוס פריים, ששהה עדיין במצב הקפאה על סיפון "התיבה", וזאת בעקבות הוראתו של מגהטרון המקורי. מגהטרון קיווה שהדבר יבטיח את ניצחונם של השקרניקים במלחמה הגדולה ובסופו של דבר לשלטונם האולטימטיבי של הפראניקים - צאצאם של השקרניקים - על סייברטרון. מגהטרון שחרר את מלוא עוצמת הנשק שו על פניו של אופטימוס פריים, מה שהביא לפציעות אנושות, אך אופטימוס פריימל לקח את הניצוץ של פריים לתוך גופו כדי להגן עליו מפני טראומה בזמן שפציעותיו נרפאו. הגברת הכוח שנגרמה מחיבור הניצוץ של פריים למטריקס שינתה את פריימל לצורת טרנס-מטאל בשם "אופטימל אופטימוס", הכוללת שלושה שינויי צורה (למטוס, רכב שטח וגורילה). עם תום התיקונים, הניצוץ של פריים חודש, והוא הופעל לזמן קצר בטרם שקע שוב בהקפאה.
דרימווייב הפקות.
בעיבוד המחודש מהמאה ה-21 של חברת הקומיקס Dreamwave Productions להמשכיות המקורית של הדור הראשון, אופטימוס פריים החל את דרכו כמארכב מידע בשם אופטרוניקס, או אוריון לחבריו הקרובים. לאחר שהבחין ברשומות על קרב שבו מנהיג הרובוטריקים סנטינל פריים נהרג בידי מגהטרון, הוא זומן למועצת הזקנים ונודע לו שמטריקס המנהיגות בחר בו להיות המנהיג הבא של הרובוטריקים. עם קבלת המטריקס, הוא הורה על פינוי הרובוטריקים מסייברטרון. הוא התכוון להניח לשקרניקים לנפשם, אך בעקבות קרב עם מגהטרון בקרקעית הכוכב, בנוסף לחזיונות של המטריקס, הוא קיבל דחף ללחום עבור ביטחון עולם ביתו.
הוצאת IDW.
כאשר חברת IDW Publishing קיבלה את הזכויות לסדרה, כותב הקומיקס המקורי של מארוול קומיקס סיימון פורמן נשכר כדי לפקח על ליין הקומיקס, והוא החליט שהמשכיות הדור הראשון זקוקה לאתחול מחודש ומודרני, כדי שימשוך קהל קוראים עכשווי. המשכיות זו קובעת שאופטימוס פריים הוא המנהיג הנוכחי של צבא רובוטריקים שמפוזר בכל רחבי הגלקסיה ביחידות קטנות, ואשר מנהל מלחמה חשאית נגד יחידות הסתננות של שקרניקים על עולמות עשירים במחצבים.
המיני סדרה "מביא הסערה" ("Transformers: Stormbringer") מסבירה שעולם הבית של הרובוטריקים, סייברטרון, הוא עולם מת שנחרב כתוצאה מאסון עתיק שנגרם בידי מלחמת הרובוטריקים בשקרניקים. פריים נאלץ לחבור אל יריבו הוותיק מגהטרון כדי לסיים את החורבן. בסדרה עצמה, התערבותם של ג'טפייר והטכנוטריקים במזימה של בלדג'יאון השקרניק מתריעה בפני אופטימוס את האפשרות שהאסון הסייברטרוני יתחיל מחדש ויתפשט לעולמות אחרים. פריים קורא ליחידת "ההורסים" (Wreckers) ונפגש עמם על קרקעית סייברטרון, בדיוק בזמן לחזות בחזרתה של ישות בשם ת'נדרווינג, שמשחקת תפקיד מרכזי בגרימתו של האסון. כוחם המשולב של פריים, ההורסים, ג'טפייר, השקרניקים שמונהגים בידי הפראניקים ויחידת סנטוריונים מזדקנים בקושי מצליחים להוציא את ת'נדרווינג מכלל פעולה.
הקבצים שבלדג'יאון השיג מביאים את אופטימוס לכדור ארץ, היכן שסיעת רובוטריקים של פראול גילתה שיחידת הסתננות של סטארסקרים עקפה נהלים סטנדרטים לאחר שגילתה סוג חדש של אנרג'ון. סוג זה מתברר כאותו אחד שבלדג'יאון השתמש בו כדי להחיות מחדש את ת'נדרווינג, ששכב בתרדמת למשך עידנים לאחר האפוקליפסה. סטארסקרים השתמש באנרג'ון המיוחד כדי לנסות לחתור תחת מנהיגותו של מגהטרון, כפי שתואר במיני סדרה "רובוטריקים: הסתננות".
במיני סדרה "רובוטריקים: הסלמה" ("Transformers: Escalation"), מגהטרון מתעמת עם פריים כשהוא מתודלק בידי האנרג'ון המיוחד, ומתגבר עליו. הרובוטריקים מאמינים שהמנהיג שלהם מת, והם מנסים לקנות את הוט-רוד החדש. פריים העביר את התודעה שלו לזיכרון גיבוי שבסמי-טריילר שלו וייעץ להם לנצל את החולשה שבאנרג'ון המיוחד, ולשתק את השקרניקים על ידי ניהול מתקפה כוללת על מגהטרון וניתוק אספקת האנרג'ון שלהם.
אופטימוס פריים, באמבלבי, ג'אז, פראול וראטצ'ט הופיעו בסדרת "רובוטריקים/האוונג'רס החדשים", קרוסאובר של חברת IDW עם מארוול קומיקס משנת 2007.
במיני סדרה "רובוטריקים: נגע" ("Transformers: Infestation"), אופטימוס פריים מוביל את באמבלבי, דריפט, קאפ, פראול, ראטצ'ט ווילג'ק כשספינת חלל סייברטרונית מתרסקת בלאס וגאס. בספינה זו נמצאים גלבטרון, סייקלונוס, סקורג' ועדר זומבים מיקום אחר. גלבטרון מנסה להשתלט על מנהיגות הרובוטריקים ואחרי שנלחם בהם מסביר את משימתו להילחם בנגע הזומבים. וילג'ק מפעיל מגן אנרגיה על העיר כדי לתחום את הנגע למשך 24 שעות.
רובוטריקים: רובוטים במסווה.
ביקום של סדרת האנימציה "", אופטימוס פריים משנה צורה למשאית כיבוי אש. הוא מדובב על ידי ניל קפלן בסגנון דומה לקולו של פיטר קאלן. בשל שמו בדיבוב היפני, ״כבאית״, מגזין Wired דירג את דמותו של פריים מסדרה זו כאחת מהדמויות המגוחכות ביותר בזיכיון הרובוטריקים. ביקום זה, אופטימוס פריים ואחיו אולטרה מגנוס נוצרו באותו זמן בידי אלפא טריון, אך כשפריים נבחר לשאת את המטריקס, מגנוס חש שמתעלמים ממנו ושמר על טינה ממושכת נגד אחיו.