מדען המוח והפילוסוף סם האריס הציג את שתי הגישות כהסבר חלופי אפשרי אך בלתי סביר לשיטתו כאתאיסט, לסבל הרב בעולם.
ביקורות העוסקות בהשלכות האתאיזם.
ביקורות אלה מציגות את העמדה האתאיסטית כלא סבירה מעצם השפעותיה כביכול על הפרט או הקבוצה הנמצאים בה.
אתאיזם וכאוס מוסרי.
יש מבקרים אשר זיהו את העמדות האתאיסטיות השונות כמקדמות כאוס או אנרכיה מוסרית ולפיכך מוסריות פחותה מזו של חלק ניכר מהתאיסטים.
הוגה הדעות השמרן היהודי דניס פרגר, טוען שרק קיום האלוהים מבטיח קיום של טוב ורע אובייקטיביים שאינם בגדר דעה ושאתאיזם משמע גם רלטיביזם מוסרי. פרגר מבסס את אמירתו על כך שכל פילוסוף אתאיסט שהוא קרא או ערך עמו עימות מודה בכך שאם אין אלוהים, אין מוסר אובייקטיבי. זאת למרות, שבסקר גדול נמצא ש-59.2% מהפילוסופים האתאיסטים תומכים בריאליזם מוסרי, גישה לפיה קיימות אמיתות מוסריות אובייקטיביות.
אחת הביקורות המוקדמות על אתאיזם נוגעת במושג ההחלטה המוסרית. קבלת החלטה מוסרית (או אחרת) יכולה להיות במסגרת אישית (אדם המחליט משהו לגבי עצמו) או במסגרת הסכם בין שני צדדים או יותר והדבר מתבטא למשל בהבטחות, שבועות וחוזים. הפילוסוף ג'ון לוק טען כי ניתוק הקשר בין שלושת המושגים הללו לאלוהים, מבטל את ערכם. מערכת המשפט בארצות הברית, נקטה בעבר בעמדה קרובה ואסרה על אתאיסטים להעיד בבתי משפט, בטענה ש"אין לאתאיסט שום סיבה להגיד את האמת". דעה זו של מערכת המשפט האמריקנית הקדומה נחשבת לאנכרוניסטית ועל פי רוב גם לאתאופובית.
אתאיזם ופוליטיקה.
לאורך העת החדשה עלתה ביקורת כנגד משטרים אתאיסטים מוצהרים (אתאיזם מדיני) ומשטרים אשר צמרת השלטון בהם הייתה ברובה אתאיסטית או אנטי דתית, כי משטרים אלה מעטי רסן, יחסית למשטרים אחרים, ביצירת מלחמה ורצח עם, מהיותם חסרי מוסריות דתית אשר נוטה לקדש יותר כביכול, חיי אדם.
טענות אלה הועלו בעיקר בהקשר הממשל בברית המועצות, וסין הקומוניסטית. בין הפרסומים הביקורתיים בתחום זה, בולטת עבודתו של היסטוריון ברית המועצות אלכסנדר סולז'ניצין.
מנגד, עלתה ביקורת על דתות תאיסטיות מסוימות, או לפחות על זרמים מסוימים שלהן, אשר נוטים להמעיט בחיי אדם (ראו למשל: ארבע מיתות בית דין, קורבן אדם, מסעות הצלב, וטרור אסלאמי).
ביקורות העוסקות באטיולוגיה לאתאיזם.
המונח אטיולוגיה מתאר את התהליך ממצב אחד למצב אחר. בהקשר זה, מה גרם לאדם לאמץ עמדה אתאיסטית ובהתאם לכך גם להכריז על עצמו אתאיסט. לפי חלק מהביקורות, לא תמיד התהליך הזה כרוך בלוגיקה פרטית וייתכנו לו גם גורמים נוספים, כגון גורמים רגשיים, חברתיים וחינוכיים, שהם לעיתים בלעדיים.
ביקורות מן הפסיכולוגיה.
בספרו "Faith of the fatherless", הציע הפסיכולוג הנוצרי פול ויץ , בחינה פסיכואנליטית לאטיולוגיה לאתאיזם המוצהר של מספר הוגים אתאיסטים. לפי ויץ, מלבד נקיטת עמדה אתאיסטית מוצהרת בהיעזר בלוגיקה פרטית, גורם אפשרי נוסף לאמצה הוא קשר גרוע עם האב, שאתאיסטים מסוימים מזהים באופן לא מודע, עם אלוהים המקראי הנחשב ל"אבהי", וזאת משום הסלידה החזקה מדמויות אב שהאדם פיתח בעקבות יחסיו עם אביו האנושי לאורך חייו. הספר מזכיר 20 הוגים, חלקם אתאיסטים מוצהרים וחלקם אגנוסטים או דאיסטים שהוכללו כאתאיסטים על ידי וייץ, אשר דיווחו על קשרים גרועים עם אביהם, דוגמת זיגמונד פרויד או לודוויג פוירבאך. בהמשך הספר הציע ויץ כי מנגנון דומה עשוי להסביר מדוע הוגות רבות מן הפמיניזם הרדיקלי מזדהות, או לפחות מזוהות על ידי אחרים כ"אתאיסטיות"; לפי ויץ, סביר כי פמיניסטיות אלה מזהות את קונספט האל המקראי כמסמן עיקרי לגבריות, ומכאן כאבן יסוד של מה שחלקן מגדירות כהגמוניה גברית, או תרבות דיכוי פטריאכלית ועל כן דוחות קונספט זה, דרך מושג האתאיזם. מנגד, ישנן פמיניסטיות שמלבד שאינן אתאיסטיות, מזוהות עם השקפות חילוניות אחרות או פמיניסטיות דתיות הפועלות לרפורמיזם דתי או כמנהיגות של תנועות רוחניות שונות שאינן אתאיסטיות.
ביקורות תרבותיות, חברתיות וחינוכיות.
ויליאם ג'יי מארי, בנה של מדלין מארי אוהייר, אקטיביסטית אתאיזם ומייסדת ארגון אתאיסטים אמריקנים, מספר כי חונך על ידי אימו לאתאיזם באופן נלהב. בהיותו נער פעלה אימו רבות לביטול תפילות המוניות של ילדים בבתי ספר והוא רואיין לתקשורת כנער, אז תמך במוצהר בפעולות אימו. עם זאת, עם השנים, לדבריו, החל למאוס במה שהגדיר כ"סגנון החיים האתאיסטי" אותו תיאר כ"הרסני" וכמקדם אנוכיות וחומרניות. תקופה לאחר מכן, בגיל 34, התנצר אוהייר, מה שגרם לקרע בינו לבין אימו ובידולו מן המשפחה. אוהייר פרסם את קורותיו בספרו "My life without god" (My life without god).
הפיזיקאי אלברט איינשטיין סלד מהניסיונות לשייכו למחנה מסוים בנושאים שבאמונה, תאיסטי, או אתאיסטי: "לדעתי הרעיון של אלוהים אישי הוא ילדותי. יכולים לכנותי אגנוסטיקן, אך אינני שותף לרוח הלוחמת של האתאיסטים, שהתלהבותם נובעת בעיקר מהפעולה הכואבת של שחרור כבלי ההטפה הדתית שקיבלו בנעוריהם", וכן תקף: "יש עדיין אנשים שאומרים שאין אלוהים, אך מה שבאמת מכעיס אותי הוא שאותם אנשים מצטטים אותי על מנת לתמוך בעמדתם", אך גם לא חסך שבטו מאלו המאמינים שניסו לגייס את דבריו למטרותיהם: "מה שקראת על אמונתי הדתית היה, כמובן, שקר – שקר שחוזרים עליו באופן שיטתי. אינני מאמין בהשגחה פרטית ומעולם לא הכחשתי זאת אלא הבעתי זאת בבהירות. אם יש בי משהו שניתן לכנותו דתי, זוהי הערצה בלתי מוגבלת למבנה העולם ככל שהמדע שלנו יכול לגלותו."
ביקורות אחרות.
ביקורת אלה עוסקות בעיקר בפנייה למדע להצדקת אתאיזם, או בפעילותם האקטיביסטית של גופים ויחידים אתאיסטים.
הפיזיקאי ניל דה-גראס טייסון מגדיר עצמו כאגנוסטיקן ומתעקש שלא ישייכו אותו לקהילה האתאיסטית, אשר לטענתו פעילים שונים בה הרבו לטעון שהוא חלק ממנה. הוא מסביר שמוזר שהמושג "אתאיסט" בכלל קיים בהתחשב בכך שהדבר המשותף היחיד בין אתאיסטים הוא חוסר האמונה באלוהים. לדבריו:
פנייה למדע להצדקת אתאיזם.
הביולוג ג'ורג' ואלד טען בשנת 1958 כי ישנן 2 דרכים אפשריות להיווצרות החיים, היווצרות תא חי מחומר דומם ללא התערבות אדם (אביוגנזה ספונטנית) או היווצרות חיים ישירות על ידי אלוהים. לטענתו, מצד אחד היווצרות תא מחומר דומם הופרכה אמפירית באופן מוחלט ומצד שני, הוא עצמו אינו רוצה להאמין באלוהים ולכן לטענתו, הוא בוחר להאמין באי קיום אלוהים, מה שהוא עצמו מגדיר כבלתי אפשרי.
כיום ישנם אתאיסטים הטוענים כי אביוגנזה (כולל אביוגנזה בה נוצרו צורות חיים הפשוטות יותר מתא חי) מפריכה קיום אלוהות, אך ישנם מבקרים לטענה זו (תאיסטים ונונתאיסטים כאחת) אשר מבחינתם אין בהכרח סתירה בין אביוגנזה לקיום אלוהות, בפרט כשמדובר באלוהות אפאתית כמו אלוהות דאיסטית. בהקשר דומה, ראו גם אבולוציה תאיסטית.
לפי הפיזיקאי והרב מיכאל אברהם, ללא אמונה באל שיצר את המציאות הפיזיקלית באופן רציונלי, אין כל תוקף למושג הרציונליות. בספרו אלוהים משחק בקוביות טען אברהם כי הסינתזה האבולוציונית המודרנית (כולל אביוגנזה, אותה הוא מכליל בסינתזה זו), אשר נדחית על ידי תאיסטים רבים, אינה סותרת בפועל את האמונה באל בורא, וגם לא פוגעת בראיות לקיומו.
ביקורת על האתאיזם החדש.
אקטיביסטים אתאיסטים מתנועת האתאיזם החדש דוגמת פיטר אטקינס הואשמו בהכללת הציבור הדתי כאנטי מדעי וכפונדמנטליסטי וכן בשימוש בטכניקה הרטורית של "קטילה" (הגחכה) של טענות דתיות להבדיל מהדגשת חשיבה ביקורתית על הדת המסורתית, כפי הרווח בתנועה הסקפטיציסטית. בפועל ישנם מדענים דתיים וכן דתיים אגנוסטיים (ראו תאיזם אגנוסטי וכן רפורמיזם דתי המהווה אנטיתזה לפונדמנטליזם). ביקורת על תנועת האתאיזם החדש עלתה גם מן הביולוג והפילוסוף מסימו פיגליוצ'י לפיו רבים מן האקטיביסטים בתנועה זו מעלים טענות פילוסופיות רעועות ושגויות, לכאורה מבלי שקראו אפילו מאמר מדעי מקצועי אחד בתחום זה. לפי הפילוסוף והרב הבריטי יונתן זקס, האתאיזם החדש מבקר את הדת מבלי להתעמק ברעיונותיה ומסית נגדה. הרב זקס טען:
המתמטיקאי הנוצרי ג'ון לנוקס טען כי דווקא אמונתם הנוצרית של אבות המדע (דוגמת ניוטון), הביאם לעשות מדע בלהט. לנוקס הוסיף כי אמונתו הנוצרית איננה עוצרת אותו מלעשות מדע אלא דווקא דוחפת אותו להמשיך ולגלות את חוקיות היקום אשר לטענתו כתובה בשפת המתמטיקה. הפיזיקאי הדאיסט פאול דייוויס (Paul Davies) טען דברים דומים באומרו כי התפיסה של "חוק פיזיקלי" היא תפיסה "תאולוגית בבסיסה". דייוויס הציע כי ניוטון קיבל את תפיסתו כי היקום מושלם ומתוקנן דווקא מהדוקטרינה הנוצרית לפיה אלוהים ברא את היקום וחוקיותו בצורה רציונלית.
ביקורת ניתנה גם מן הביופיזיקאי הבריטי והכומר הנוצרי אנגליקני אליסטר מקגרת' (Alister McGrath), אותה פרסם בספרו "דילוזיית דוקינס" המביא תגובה בין היתר לטענותיו של דוקינס בספר "יש אלוהים?" ומציג אותן כחלשות מבחינה תאולוגית ואת טענותיו על הדת ועל השפעותיה השונות על האדם כמכלילניות או מוגזמות.
סיינטיזם.
המונח סיינטיזם מתאר מצב בו נעשה ניסיון ליישם את עקרונות השיטה המדעית לחקר טענות פילוסופיות שאינן ניתנות לבחינה מדעית, או להתעלם מהן כיוון שאינן בנות-בחינה בשיטה הזו.
הכותב הדאיסט פיטר מרפי טוען כי אימוץ השקפה אתאיסטית דוגמטית נובע מהבנה לקויה של השיטה המדעית כך שהפרט בוחן את הטיעונים לקיום אלוהות בקריטריונים מדעיים, במקום פילוסופיים.
המתמטיקאי הנוצרי ג'ון לנוקס מבקר פילוסופים אתאיסטים המשיבים בסיינטיזם לטענות פילוסופיות ולוגיות לקיום אלוהות, בטענה כי פעולתם זו מקדמת בורות וחוטאת למיזם המדעי עצמו.