מצבו של הרובר שוחזר על ידי רוברים זהים על כדור הארץ כדי לבחון אפשרויות חילוץ, מחשש שניסיונות החילוץ יכניסו את הרובר עמוק יותר לאדמה. לאחר בחינת האפשרויות על כדור הארץ, הפעילו נהגי הרובר את אחד מגלגלי הרובר ב־13 במאי 2005 (יום המאדים ה-463). ב־4 ביוני 2005 (יום המאדים ה-484) הושלמו פעולות החילוץ ואופורטוניטי הוציא את כל 6 גלגליו מהחול. במהלך ימי מאדים 498 עד 510 אופורטוניטי חקר את הדיונה בה טבע ולאחר מכן המשיך אל מכתש ארבוס.
מכתש ארבוס.
אופורטוניטי חקר את מכתש ארבוס, מכתש רחב, רדוד קבור למחצה ותחנת ביניים בדרך למכתש ויקטוריה, בין אוקטובר 2005 למרץ 2006.
בעיות בזרוע הרובוטית.
הזרוע הרובוטית של אופורטוניטי חוֹוה בעיות מיום המאדים השני לנחיתתו (25 בינואר 2004). טכנאי הרובר גילו כי מחמם שמוקם על ה־azimuth joint של הזרוע, האחראי על תנועתה של הזרוע לצדדים, היה תקוע על מצב מופעל. בדיקה מדוקדקת יותר העלתה כי המתג ככל הנראה נפגע בזמן שהרובר היה בכדור הארץ. עם זאת, אופורטוניטי היה מצויד במנגנון בטיחות אוטומטי בשם "T-stat box" שסיפק הגנה נגד חימום יתר. כשה־azimuth joint היה מתחמם יתר על המידה המנגנון היה מכבה את המחמם זמנית וכשה־azimuth joint היה מתקרר שוב המנגנון היה מאפשר למחמם לפעול מחדש. בצורה זו המחמם פעל במשך כל הלילה אבל לא במשך כל היום.
מנגנון הבטיחות של הרובר עבד עד לחורף המאדים הראשון. כשהשמש החלה לסגת אל תחתית השמים והלוחות הסולאריים של הרובר הפיקו פחות חשמל מבדרך כלל, היה ברור כי אופורטוניטי לא יוכל לשמור על הסוללות שלו טעונות כאשר המחמם "שותה" חשמל כל הלילה. ביום המאדים ה-122 (28 במאי 2004) מפעילי הרובר החלו להשתמש בפרוצדורה בשם "שינה עמוקה" בה הרובר ניתק את עצמו מאספקת חשמל מהסוללות למשך הלילה. השינה העמוקה מנעה מהמחמם, ומכל שאר הרכיבים של הרובר למעט השעונים ומחממי הסוללות, להשתמש בחשמל. כשהשמש עלתה בבוקר היא חיממה את הלוחות הסולאריים, הסוללות חיברו את עצמן אוטומטית, הזרוע הרובוטית נכנסה לפעולה, ה־azimuth joint התחמם ומערכת ההגנה נגד חום הופעלה והפסיקה את פעולת המחמם. כתוצאה מכך, ה־azimuth joint היה חם מאוד ביום וקר מאוד בלילה. תנודות הטמפרטורה הגדולות האלו, שגורמות למנועים חשמליים למות מהר יותר, התרחשו כמעט כל יום.
אסטרטגיה זו עזרה לאופורטוניטי עד ליום המאדים ה-654 (ה־25 בנובמבר 2005) כאשר מנוע ה־azimuth joint נתקע בגלל ההתנגדות החשמלית רבה. מפעילי הרובר הזרימו בתגובה כמויות גדולות יותר של זרם אל המנוע. דרך זו הייתה יעילה אך המנוע המשיך להיתקע מדי פעם. כאמצעי זהירות, הזרוע הרובוטית של הרובר נשארה פרוסה כל הזמן (בדרך כלל היא הייתה מקופלת ומונחת על הרובר) כך שתוכל לפעול לפחות מעט אם מנוע הזרוע יפסיק לפעול לחלוטין. הזרוע קופלה אך ורק בזמן נסיעה ונפרשה מיד בעצירה.
אסטרטגיה זו עזרה לאופורטוניטי עד ליום המאדים ה-1,502 (ה־15 באפריל 2008) כאשר מנוע הזרוע נתקע במהלך פריסת הזרוע בסיום נסיעה, כך שהזרוע נשארה חלקית מתחת לרובר. המנוע המשיך להיתקע שוב ושוב בכל ניסיון של מפעילי הרובר להזיז את הזרוע. מפעילי הרובר ניסו להזיז את הזרוע בשעות שונות של היום ומצאו כי ההתנגדות הייתה הנמוכה ביותר (נורמלית, למעשה) כאשר ה־azimuth joint היה חם ביותר, בשעות בבוקר, אחרי שהמחמם פעל במשך כל הלילה. מפעלי הרובר ניסו להזיז את הזרוע בזמן זה וב־08:30 בבוקר יום המאדים ה-1,531 (ה־14 במאי 2008) הצליחו מפעילי הרובר להניע את הזרוע הרובוטית.
משום שאופורטוניטי ככל הנראה לא יוכל לקפל את הזרוע הרובוטית שלו יותר, פיתחו טכנאי ונהגי הרובר טכניקה לנסיעה בטוחה עם הזרוע במצב פרוס.
למידע מפורט אודות האירועים שעברו על אופורטוניטי ב־2006 ראו ארכיון נאס"א: אופורטוניטי 2006
ב־22 במרץ 2006 (יום המאדים ה-760) עזב אופורטוניטי את מכתש ארבוס והחל במסע אל מכתש ויקטוריה אליו הגיע בספטמבר 2006 ונשאר שם עד אוגוסט 2008. בדרך, עבר במכתש ביגל.
מכתש ויקטוריה.
מכתש ויקטוריה הוא מכתש פגיעה הנמצא כ־7 ק"מ מאתר הנחיתה של אופורטוניטי. קוטרו של מכתש ויקטוריה הוא 750 מטרים ומדענים האמינו כי חקירת דפנותיו הפנימיים של המכתש תלמד אותם יותר על ההיסטוריה הגאולוגית של מאדים.
ביום המאדים ה-951 (26 בספטמבר 2006) הגיע אופורטוניטי אל שפת המכתש ושלח תמונות ראשונות של המכתש ושדה הדיונות שבמרכזו. אחר כך החל הרובר להקיף את המכתש, מסע שנמשך עד ל־11 בספטמבר 2007, אז הגיע אל נקודת ההתחלה. המקפת לסקר מאדים (MRO) צילמה את אופורטוניטי ב־6 בנובמבר 2006 כשעמד על שפת המכתש.
למידע מפורט אודות האירועים שעברו על אופורטוניטי ב־2007 ראו ארכיון נאס"א: אופורטוניטי 2007
שדרוג תוכנה.
ב־4 בינואר 2007 שני הרוברים ספיריט ואופורטוניטי עברו שדרוג של התוכנה במחשביהם. השדרוג כלל הוספת יכולת לרובר להחליט אילו תמונות לשלוח לכדור הארץ ומתי להפעיל את זרועו הרובוטית כדי לבחון סלעים. שדרוגים אלו עזרו למדענים וחסכו להם זמן רב במיון תמונות חשובות, ובחקירת פני השטח.
אירועי ניקוי.
מספר אירועי ניקוי (רוחות שמנקים את הלוחות הסולאריים של הרוברים מהאבק שנצבר עליהם ומאפשרים להם להמשיך לייצר אנרגיה חשמלית) שהחלו ביום המאדים ה-1,151 (20 באפריל 2007) איפשרו לרובר להעלות את הפקת החשמל שלו ליותר מ־800 ואט־שעה ליום. ביום המאדים ה-1,164 (4 במאי 2007) הזרם שהפיקו הלוחות הסולאריים היה יותר מ־4 אמפר, זרימה שלא נמדדה מאז יום המאדים ה־18 (10 בפברואר 2004). עם זאת, סופות החול והאבק הגדולות שהחלו במאדים באמצע 2007 הורידו את תפוקת הכוח של אופורטוניטי ל־280 ואט־שעה.
סופות אבק.
לקראת סוף יוני 2007 החלו סופות אבק להאפיל את אטמוספירת מאדים. סופות האבק התגברו וב־20 ביוני אופורטוניטי וספיריט עמדו בפני סכנה ממשית של "מוות" בגלל מחסור בחשמל אותו הם התקשו להפיק עם ענני האבק העבים שהסתירו את אור השמש. ענני האבק העבים הסתירו כ־99 אחוזים מאור השמש הישיר שהיה מגיע אל אופורטוניטי (אל ספיריט, שהיה בצד השני של הכוכב, הגיע מעט יותר אור שמש).
הלוחות הסולאריים של הרוברים היו מפיקים בדרך כלל כ־700 ואט־שעה של אנרגיה ליום אך במהלך הסופות, האנרגיה שהפיקו הלוחות הצטמצמה משמעותית. כאשר הלוחות מפיקים פחות מ־150 ואט־שעה ליום, סוללות הרובר נכנסות לשימוש וכשהן נגמרות, רכיבים שונים של הרובר עלולים לקפוא מהקור ששורר במאדים. ב־18 ביולי 2007 הפיק אופורטוניטי 128 ואט־שעה בלבד (שיא שנשבר בנובמבר 2008 על ידי ספיריט שהסתפק ב־89 ואט־שעה בלבד) ונאס"א הסתפקה בהתקשרות אחת בשלושה ימים כדי לחסוך בחשמל.
סופות האבק נמשכו גם בחודש יולי, ובסוף החודש הודיעה נאס"א כי אף על פי שהרוברים היו במצב בו הם השתמשו בכמות מזערית של חשמל, יכול להיות שהם לא ישרדו. ב־7 באוגוסט 2007 החלו סופות החול להחלש ואף על פי שרמות האנרגיה היו נמוכות הרובר החל לשלוח תמונות. ב־21 באוגוסט רמות האבק המשיכו לרדת, סוללות הרובר נטענו במלואן והרובר נסע בפעם הראשונה מאז שהחלו הסופות.
Duck Bay.
אופורטוניטי הגיע אל Duck Bay (נקודת ההתחלה שלו סביב המכתש) ב־11 בספטמבר 2007, אחרי שסיים להקיף את מכתש ויקטוריה. באותו יום נהגי הרובר הסיעו את הרובר כך שכל ששת גלגליו היו על מדרון המכתש ואז הסיעו אותו ברוורס כדי לראות האם הוא יוכל לצאת מהמכתש אחרי שיכנס לחקור אותו. הניסוי עבר בהצלחה והרובר ניכנס כולו אל תוך המכתש ב־13 בספטמבר 2007 והחל לבחון את קירותיו הפנימיים של המכתש.
למידע מפורט אודות האירועים שעברו על אופורטוניטי ב־2008 ראו ארכיון נאס"א: אופרטונטי 2008
יציאה ממכתש ויקטוריה.
אופורטוניטי יצא ממכתש ויקטוריה ב־24 עד ל־28 באוגוסט 2008 לאחר שחווה בעיה מסוימת, דומה לזאת שהובילה להשבתת הגלגל הימני־קדמי של תאומו, ספיריט.
מטרה: מכתש אנדוור.
מכתש אנדוור הוא מכתש בקוטר 22 ק"מ הנמצא כ־12 ק"מ דרומית־מזרחית למכתש ויקטוריה. נהגי הרובר העריכו כי הנסיעה למכתש תארך כשנתיים. מדענים מצפים לראות במכתש אנדוור ערמות עמוקות יותר של אבנים בעלי שכבות משהיו במכתש ויקטוריה.
"ליקוי מאדים".
ב־29 בנובמבר 2008 החל תהליך שנקרא התקבצות עליונה, בו כדור הארץ ומאדים נמצאים בשני צדדים שונים של השמש, כך שהשמש נמצאת בין מאדים לבין כדור הארץ (או בעצם "ליקוי מאדים"). במהלך תקופה זו, שנמשכה עד ל־13 בדצמבר 2008 (שבועיים), לא נוצרה אף התקשרות עם הרוברים ספיריט ואופורטוניטי על מאדים.
למידע מפורט אודות האירועים שעברו על אופורטוניטי ב־2009 ראו ארכיון נאס"א: אופורטוניטי 2009
ב־7 במרץ 2009 (יום המאדים ה-1,820) ראה אופורטוניטי לראשונה את שפתו של מכתש אנדוור, אחרי שנסע כ־3.2 ק"מ מאז שיצא ממכתש ויקטוריה באוגוסט 2008. אופורטוניטי ראה גם את מכתש לאזו שהיה מרוחק ממנו כ־38 ק"מ וקוטרו כ־7 ק"מ.
ב־7 באפריל 2009 (יום המאדים ה-1,850) אירוע ניקוי העלה את רמת הפקת האנרגיה החשמלית ביותר מ־40% לכמות של 515 ואט־שעה.
ב־18 ביולי 2009 נצפה סלע שחור וגדול בכיוון ההפוך למסלולו של אופורטוניטי. אופורטוניטי הסתובב לכיוון הסלע והגיע אליו ב־28 ביולי. הסלע נחקר והתברר כי הוא מטאוריט וקיבל את השם "Block Island". אופורטוניטי חקר את הסלע עד ל־12 בספטמבר אז חזר אל מסלולו המקורי לכיוון מכתש אנדוור.