ב-1973 עבר מיגלי לברצלונה, מהבכירות שבכדורגל בספרד. מכיוון שהיה עליו להשלים שירות צבאי, בעונתו הראשונה בקבוצה שיחק רק במשחק ליגה אחד, בתיקו עם ריאל סרגוסה ב-18 בנובמבר. ברצלונה זכתה באליפות ראשונה מזה 14 שנים והתואר נרשם לזכותו. החל מהעונה הבאה הפך לשחקן משמעותי בקבוצה, שבאותם ימים אומנה על ידי רינוס מיכלס ההולנדי ושיחקו בה שחקנים כיוהאן קרויף, חואן מנואל אסנסי ויוהאן ניסקנס. בעונת 1974/1975 ערך 29 הופעות בליגה, שבסיומה הגיעה ברצלונה למקום ה-3. מיגלי כבש שערים ראשונים במדי הקבוצה. הראשון היה בניצחון 3-1 על סלמנקה ב-27 באוקטובר 1974, והשני בהפסד בדרבי העירוני לאספניול ב-24 בנובמבר. בעונת 1975/1976 הוסיף לשחק דרך קבע בהגנת הקבוצה ואף כבש 5 שערים בליגה, כמות השיא בקריירה שלו לשערים בעונה. לכך הוסיף גם שער אחד בגביע אופ"א על ואשאש ההונגרית, טורניר בו הודחה ברצלונה על ידי ליברפול בחצי הגמר.
בעונת 1976/1977 כבש מיגלי שער אחד, השער היחיד בניצחון 1-0 על סביליה בביתה ב-7 בנובמבר 1976. ב-2 במרץ 1977 נפצע מיגלי לחודשיים והוא שב לשחק בסוף העונה. ברצלונה הייתה סגנית האלופה שנה שנייה ברציפות. בעונה הבאה המשיך להיות מבכירי שחקני ההגנה בברצלונה. ברבע גמר גביע אופ"א פגשה ברצלונה את אסטון וילה. המשחק הראשון הסתיים בתיקו 2-2, ובגומלין שנערך ב-15 במרץ 1978 בקאמפ נואו, עלתה אסטון וילה ליתרון ראשונה. מיגלי השווה את התוצאה 10 דקות לאחר מכן, אסנסי הוסיף שער משלו וברצלונה עלתה לחצי הגמר. בחצי הגמר כשלה ברצלונה לגבור על פ.ס.וו. איינדהובן. בליגה, בה כבש מיגלי פעמיים ב-33 הופעות, סיימה ברצלונה פעם נוספת במקום השני. ב-19 באפריל זכתה ברצלונה בגביע הספרדי הודות לניצחון 3-1 על לאס פאלמס בגמר, בו פתח מיגלי בהרכב הקבוצה. מיגלי זכה בפרס דון בלון כשחקן הספרדי המצטיין בליגה הספרדית לעונת 1977/1978.
בעונת 1978/1979 סבלה ברצלונה מחוסר יציבות בליגה והמאמן לוסיאן מולר פוטר באמצעה והוחלף בז'ואקים ריפה. למרות חוסר היציבות בליגה, המשיך מעמדו של מיגלי להיות איתן, והוא היה שותף בכיר לזכייתה של הקבוצה בגביע מחזיקות הגביע. בשמינית הגמר פתח בשני המשחקים נגד אנדרלכט, בהם הצליחה הקבוצה לחזור מפיגור של שלושה שערים ולנצח בדו-קרב בעיטות עונשין בגומלין. לאחר שהפסידה ברבע הגמר לאיפסוויץ' טאון 2-1 במשחק החוץ, כבש מיגלי את השער היחיד בגומלין, וברצלונה העפילה לחצי הגמר בזכות חוק שערי חוץ. במשחק הגמר, שנערך נגד פורטונה דיסלדורף בבזל ב-16 במאי 1979, שיחק מיגלי עם שבר בעצם הבריח. ברצלונה ניצחה 4-3 בהארכה וזכתה בתואר זה לראשונה בתולדותיה. העונה הבאה הייתה דומה לקודמתה וגם בה ברצלונה החליפה את המאמן באמצע העונה. הלניו הררה החליף את ריפה ועזר לקבוצה לעלות מהמקום ה-9 לרביעי. מיגלי הבקיע שני שערים ב-31 הופעות וכן הורחק בכרטיס אדום בדרבי נגד אספניול שנערך ב-13 בינואר 1980. מגביע המחזיקות הודחה על ידי ולנסיה ברבע הגמר.
בעונת 1980/1981 סבל מיגלי ממספר פציעות שהגבילו את השתתפותו במשחקי הקבוצה. כמו כן, אירועי חטיפתו של קיני במרץ 1981 זעזעו את הקבוצה והביאה לירידה חמורה ביכולתה. מיגלי ערך 20 הופעות בליגה, בהן כבש 3 שערים, וברצלונה, שהייתה במקום השני למשך שישה מחזורים לקראת סוף העונה, צנחה עד המקום ה-5. בסוף העונה זכתה ברצלונה בגביע הספרדי לאחר שניצחה בגמר את ספורטינג חיחון, אך מיגלי לא שותף במשחק. לקראת עונת 1981/1982 מונה המאמן הגרמני אודו לטק למאמן הקבוצה, והוא החליט למעט לשתף את מיגלי. מיגלי פתח במשחק ליגה אחד ונכנס כמחליף בשניים נוספים. למרות זאת, בגמר גביע המחזיקות מול סטנדרד ליאז' שנערך בקאמפ נואו, פתח מיגלי בהרכב וסייע לקבוצתו לחזור מפיגור 1-0 לניצחון 2-1 וכך לזכות בתואר בפעם השנייה בתולדותיה.
מיגלי שב לשחק בהגנת הקבוצה בעונת 1982/1983, לרוב לצדו של חוסה רמון אלשנקו. הוא הבקיע שער אחד בליגה, בהפסד 2-1 ללאס פאלמס, במהלך 31 משחקים בהם שותף, וברצלונה סיימה במקום הרביעי. לקראת סוף העונה הגיע ססאר לואיס מנוטי לאמן את הקבוצה במקומו של לאטק. ב-4 ביוני 1983 פגשה ברצלונה את ריאל מדריד בגמר הגביע הספרדי. מיגלי פתח בהרכב במרכז ההגנה לצדו של טנטה סאנצ'ס, ברצלונה ניצחה 2-1 הודות לשער בדקה ה-90 של מרקוס אלונסו פניה וזכתה בתואר. כמו כן, זכתה ברצלונה במהדורה הראשונה של גביע הליגה הספרדית, כשגם בגמר טורניר זה גברה ברצלונה על ריאל מדריד. בעונה הבאה, במשחק הראשון של שמינית גמר גביע המחזיקות, הבקיע מיגלי שער לרשתה של ניימכן אך הורחק מאוחר יותר בכרטיס אדום. ברצלונה הפסידה 3-2 במשחק זה, אך ניצחה 2-0 בגומלין ועלתה לשלב הבא, בו הודחה על ידי מנצ'סטר יונייטד. מיגלי זכה עם הקבוצה בתואר הסופר קאפ הספרדי היחיד בקריירה שלו כשברצלונה גברה על אתלטיק בילבאו האלופה. בליגה השתתף ב-30 משחקים מבלי להבקיע שער, וברצלונה הגיעה למקום ה-3. בגמר הגביע הספרדי, עם מיגלי בהרכב פעם נוספת, הפסידה ברצלונה לבילבאו 1-0, במשחק שנודע בשל המריבה האלימה שהתנהלה במהלכו.
טרי ונבלס האנגלי החליף את מנוטי כמאמן ברצלונה בקיץ 1984, והוא הוביל את ברצלונה לאליפות ראשונה מזה 11 שנים. מיגלי, שהיה השחקן המבוגר ביותר בסגל הקבוצה בהיותו בן 33 בתחילתה, הופיע ב-32 משחקים. במהלך העונה הבקיע 4 שערים, ששלושה מהם היו בעלי חשיבות רבה: ב-28 באוקטובר 1984 הבקיע את שער הניצחון על אתלטיקו מדריד באצטדיונה הביתי, הוויסנטה קלדרון. בקלאסיקו נגד ריאל מדריד שנערך בקאמפ נואו ב-30 בדצמבר הבקיע את אחד משערי קבוצתו, שניצחה 3-2 בעשרה שחקנים לאחר הרחקתו של ויקטור מוניוס. ב-20 בפברואר 1985, במשחק השני נגד אתלטיקו מדריד, הבקיע שער והמשחק הסתיים בתיקו. אתלטיקו מדריד הייתה סגניתה של ברצלונה בסוף העונה. בגביע הליגה הגיעה ברצלונה עד לרבע הגמר, שם הודחה על ידי ריאל מדריד ב-דו-קרב בעיטות עונשין. מיגלי פתח בארבעת משחקי קבוצתו בטורניר.
בעונת 1985/1986, עדיין עם ונבלס כמאמן, פתח מיגלי ב-29 משחקי ליגה, וברצלונה הגיעה למקום השני. בנוסף, פתח מיגלי בכל משחקיה של ברצלונה בגביע אירופה, כשהיא גוברת בדרכה לגמר על הקבוצות ספרטה פראג, פורטו, יובנטוס וגטבורג. בגמר, שנערך ב-7 במאי 1986 באצטדיון ראמון סאנצ'ס פיחואן שבסביליה, פגשה ברצלונה את סטיאווה בוקרשט, והמשחק הגיע לדו-קרב בעיטות עונשין לאחר שהוא הסתיים ללא אף שער הן בתום 90 הדקות והן בתום ההארכה. ברצלונה החטיאה את כל בעיטותיה, מבלי שמיגלי יבעט את בעיטתו, וסטיאווה הוכתרה כאלופת אירופה. ברצלונה זכתה לאחר מכן בגביע הליגה אך מיגלי לא שותף בטורניר זה. בעונה הבאה היה מיגלי כבר בן 35, אך זה לא מנע ממנו להמשיך לשחק ואף להשתתף בכמות שיא של משחקים. הליגה הורחבה ל-44 מחזורים ומיגלי פתח ב-41 מהם. ברצלונה סיימה את העונה במקום השני, לאחר שהובילה במשך חלקים גדולים ממנה, והגיעה עד לרבע גמר גביע אופ"א.
גילו של מיגלי החל לתת את אותותיו בעונת 1987/1988, בה דעך מעמדו תחת המאמן לואיס אראגונס, שהחליף את ונבלס מספר מחזורים לפתיחת העונה. לעיתים פתחו במקומו פפ מורטאיה וסלבה גרסיה במרכז ההגנה, וסך הכול ערך מיגלי 24 הופעות בליגה, בה כשלה ברצלונה וסיימה במקום השישי בלבד. ב-30 במרץ 1988 פתח בהרכב בגמר הגביע הספרדי נגד ריאל סוסיאדד. הוא עזר לקבוצתו לנצח 1-0 משער של חוסה רמון אלשנקו, חברו הוותיק בהגנת הקבוצה, וגביע זה היה התואר האחרון בו זכה במדי הקבוצה. ב-30 באפריל פתח בקלאסיקו מול ריאל מדריד לאחר שזו הבטיחה את זכייתה באליפות. ברצלונה ניצחה 2-0, והיה זה משחקו האחרון של מיגלי בקאמפ נואו, האצטדיון הביתי של ברצלונה. במהלך העונה ערך ניתוח כדי לטפל בפציעה שעבר. בקדם העונה של עונת 1988/1989, עם יוהאן קרויף כמאמן ברצלונה, נפצע פעם נוספת. לאחר שהחלים בספטמבר 1988, שוחח עם נשיא המועדון ז'וזפ ליואיס נונייז והודיע לו על פרישתו ממשחק, בגיל 36. ב-5 בספטמבר 1989 נערך לכבודו משחק הוקרה נגד נבחרת בולגריה.
מיגלי, שלבש את חולצה מספר 3, היה שיאן ההופעות של המועדון עם 548 משחקים במדי הקבוצה, עד שבינואר 2011 שיחק צ'אבי את המשחק ה-549 שלו בקבוצה. עם הקבוצה זכה מיגלי ב-11 תארים. ביניהם ניתן למנות שתי אליפויות ספרד, ארבעה גביעי ספרד ושני גביעי אירופה למחזיקות הגביע.
קריירת נבחרות.
מיגלי לא שיחק בנבחרות הצעירות של ספרד. את הופעת הבכורה בנבחרת ספרד ערך ב-20 בנובמבר 1974, בניצחון נבחרתו על נבחרת סקוטלנד 2-1 במסגרת מוקדמות יורו 1976, עם המאמן לאסלו קובאלה. הוא השתתף בעוד 3 משחקים בשלב הבתים של המוקדמות ועזר לנבחרתו להעפיל לשלב רבע הגמר מהמקום הראשון בביתה. הוא פתח במשחק הראשון מבין השניים נגד , שהסתיים בתיקו, אך בגומלין הפסידה ספרד ולא הצליחה להעפיל לטורניר הגמר.
מיגלי השתתף במוקדמות מונדיאל 1978, בו סייע לנבחרתו לסיים במקום הראשון בביתה עם ו וכך להעפיל לטורניר הגמר, שנערך בארגנטינה. מיגלי פתח במשחק הראשון של שלב הבתים, בו הפסידה ספרד ל, וכן במשחק השני, שהסתיים בתיקו מאופס עם . הוא לא השתתף במשחק השלישי בו ניצחה ספרד את , וספרד סיימה את דרכה במונדיאל כבר בשלב הבתים. קובאלה המשיך להעניק למיגלי לקחת חלק פעיל במשחקי הנבחרת גם במוקדמות יורו 1980, ובמהלך משחק ידידות עם ב-16 באפריל 1980 הבקיע את שערו הראשון והיחיד במדי הנבחרת, במשחק שהסתיים בתיקו 2-2. מיגלי פתח בכל שלושת משחקיה של נבחרת ספרד בשלב הבתים של יורו 1980, אך ספרד הפסידה פעמיים, לנבחרות ו, והודחה גם בשלב הבתים של טורניר זה.