פרי היה תומך נלהב של ברית נאט"ו. הוא נקט במאמצים כבדים לקדם את יוזמת שותפות לשלום, שבה ראה ממשל קלינטון כדרך לקשור את נאט"ו עם הדמוקרטיות החדשות במזרח אירופה, כולל רוסיה, וכפשרה בין שאיפותיהן של מספר מדינות מזרח אירופאיות להפוך לחברות מלאות בנאט"ו לבין התנגדותה הנחושה של רוסיה לכך. המדינות השונות יכלו להצטרף למיזם השותפות לשלום במסגרת הסכם נפרד עם נאט"ו, ורבות אכן עשו כן, כך שהתאפשר להן להשתתף באימונים ותרגילים צבאיים משותפים של נאט"ו מבלי להיות חברים בארגון באופן רשמי. פרי נועד מספר פעמים עם שר ההגנה של רוסיה, פאבל גרצ'וב, במאמץ להרגיע את חששותיה של רוסיה בנוגע לכך וכדי להבטיח את חברותה בשותפות של שלום. הסוגיה המשיכה להיות במרכז העניינים עד תום כהונתו של פרי בראשית 1997, ועד לאותה עת פיתחה נאט"ו תוכניות חלופיות לצירופן של כמה חברות לשעבר של ברית ורשה במהלך קיץ אותה שנה.
רוסיה.
אף על פי שהוא הכיר בעובדה שהרפורמה ברוסיה לא תנחל הצלחה, עשה פרי ככל שעלה בידו לשפר את היחסים עם מוסקבה. הוא הדגיש את הצורך להמשך שיתוף הפעולה הצבאי ולסיוע למדינות ברית המועצות לשעבר לאפשר את פירוק הנשק הגרעיני שברשותן. הוא עשה שימוש בחוק "הפחתת האיום המשותפת" (Cooperative Threat Reduction) שחוקק בשנת 1992, שהקצה מימון לפירוק נשק גרעיני ברוסיה, באוקראינה, בבלארוס ובקזחסטן, כדי להסיר את האיום הגרעיני. הוא האיץ בקונגרס להמשיך את התוכנית והגן עליו מול טענות שלמעשה היא שימשה לסיוע צבאי לרוסיה. ביוני 1996, כאשר פרי נסע לאוקראינה כדי לצפות בהשלמת תהליך העברת ראשי הנפץ הגרעיניים שלה לרוסיה, היו הטילים היחידים של ברית המועצות לשעבר מחוץ לרוסיה רק בבלארוס. פרי תמך באשרור הסכם START II ב-1996. באוקטובר אותה שנה הוא נאם בישיבה של הדומה הרוסית במוסקבה והאיץ בחבריה לאשרר את ההסכם.
אסיה.
באסיה, כמו מזכיר ההגנה שכיהן עשור לפניו, השתדל פרי לשפר את היחסים, הן עם סין והן עם יפן. הוא היה מזכיר ההגנה הראשון שקיים ביקור בסין לאחר אירועי כיכר טיין-אן-מן ב-1989, כאשר הרשויות בסין ריסקו בכוח את תנועת ההתנגדות. בעוד שהוא לא התעלם מבעיות ארוכות שנים כמו מכירת כלי הנשק על ידי סין והפרת זכויות האדם בה, הוא האמין שארצות הברית וסין צריכות לשתף פעולה בתחום הצבאי. פרי עשה התקדמות מסוימת, אף על פי שכאשר סין איימה על טאיוואן זמן קצר לפני הבחירות לנשיאות שהתקדמו בזו האחרונה במרץ 1996, שיגרה ארצות הברית שתי נושאות מטוסים על כוחות המשימה שלהן אל האזור כדי שיהוו משקל נגד לפעולותיה של סין.
ב-1995 נאנסה נערה צעירה על ידי שלושה חיילים אמריקאים שהיו מוצבים באוקינאווה שביפן. פשע זה גרם לדרישות שארצות הברית תסיים את נוכחותה הצבאית באי. ב-1996 הסכימה ארצות הברית לפנות 20% משטחי הקרקע שהיא החזיקה באי ולסגור חלק מהמתקנים הצבאים שלה שם, כולל הבסיס האווירי של חיל הנחתים בפוטנמה. היפנים הסכימו ש-28,000 החיילים שנותרו באי ימשיכו להיות מוצבים בו.
מלחמת בוסניה.
המשבר הבינלאומי המתמשך הרציני ביותר בתקופת כהונתו של פרי הייתה מלחמת בוסניה. כאשר נכנס פרי לתפקידו ב-1994, צרו הבוסנים הסרבים על סרייבו, בירתה של בוסניה, אך הסרבים אולצו לסגת לנוכח האולטימטום של האו"ם והאזהרות על מתקפות אוויריות. זמן קצר לאחר מכן איימו הסרבים להציף את העיר המוסלמית גורז'דה שבמזרח המדינה. בתחילה שלל פרי אפשרות של פעולה צבאית אמריקאית, אך באפריל 1994 השתתפו מטוסי קרב אמריקאים בתקיפה האווירית של האו"ם על העיר, וגרמו לבוסנים הסרבים לסגת.
בהצהרה על בוסניה שנשא פרי ביוני 1994 הוא ניסה להבהיר את מדיניותה של ארצות הברית שם, והכריז שהעימות קשור לאינטרסים הלאומיים של ארצות הברית, הומניטריים או אחרים, אך לא לאינטרסים "עליונים". כדי לצמצם את היקף האלימות בבוסניה, התחייבה ארצות הברית להקצות כוח אווירי במסגרת נאט"ו כדי לבלום את ההפצצות של הערים הבוסניות, לספק סיוע אווירי לכוחות האו"ם ולבצע משימות הומניטריות. פרי והבית הלבן עמדו בפני לחצים בקונגרס להסיר את האמברגו שהוטל קודם לכן על ידי האו"ם על כל הצדדים המעורבים בסכסוך. בשנים 1994–1995 שאפו כמה סנאטורים כולל מנהיג הרפובליקנים, בוב דול, שהאמברגו נגד המוסלמים הבוסנים יוסר כדי לאפשר להם להתמודד נגד הסרבים בצורה יעילה יותר. למעשה המוסלמים הבוסנים קיבלו כלי נשק מגורמים חיצוניים. בינתיים, אף על פי שהוא הצהיר שוב ושוב שהוא לא ישלח כוחות קרקעיים לבוסניה, הביע ממשל קלינטון בדצמבר 1994 את רצונו לשגר כוחות אמריקאים שיסייעו לכוחות שמירת השלום של האו"ם בבוסניה, אם אלה ייסוגו. במאי 1995, לאחר שהבוסנים הסרבים חטפו כ-3,000 אנשי כוח שמירת השלום, היו ארצות הברית, צרפת, גרמניה ורוסיה נחושות בדעתן להקים כוח מצויד יותר של האו"ם.
לאחר הפעלת לחץ רב, עלה בידי ארצות הברית בנובמבר 1995 לשכנע את נשיאי סרביה, בוסניה וקרואטיה להשתתף בוועידה בדייטון, אוהיו, שלאחר ויכוחים רבים הצליחה להניב הסכם שלום, שנחתם באופן רשמי בפריז באמצע דצמבר. על פי ההסכם הופסקו מעשי האיבה, הכוחות נסוגו לקווים מוסכמים, נוצר אזור הפרדה והוצב כוח האכיפה (IFOR) בבוסניה. המועצה הצפון-אטלנטית, בהשתתפותו של פרי, החליטה בספטמבר אותה שנה להקים כוח בהובלת נאט"ו שלטובת הסכם שלום כל שהוא, ימנה 60,000 איש, כולל 20,000 אמריקאים. בעדות לפני הקונגרס בנובמבר הסביר פרי מדוע על חיילי ארצות הברית להיות בבוסניה: המלחמה איימה על אינטרסים פוליטיים, כלכליים וביטחוניים של ארצות הברית באירופה; הייתה זו הזדמנות אמיתית להפסיק את שפיכות הדמים; ארצות הברית הייתה האומה היחידה שיכלה להוביל את כוח נאט"ו כדי ליישם את הסכם השלום; והסיכון לארצות הברית בהמשך המלחמה היה גדול יותר בהשוואה לסיכונים שבמבצע צבאי מתוכנן.
החיילים האמריקאים הראשונים נכנסו לבוסניה בראשית דצמבר 1995 ובינואר 1996 הושלמה הצבתו של כל הכוח שמנה כאמור 20,000 חיילים. אף על פי שפרי אמר מוקדם יותר שהם יעזבו את בוסניה תוך שנה, ביוני 1996 הוא רמז על שהייה ארוכה יותר אם נאט"ו תחליט שהשלום בבוסניה לא יחזיק מעמד בלעדיהם. פרי הסכים להצעה שהוגשה בספטמבר 1996 על ידי שרי ההגנה של נאט"ו לכוח ממשיך ל-IFOR. בסופו של דבר, בנובמבר 1996, לאחר הבחירות לנשיאות, הודיע הנשיא קלינטון, בתמיכתו של פרי, שארצות הברית תציב 8,500 חיילים כחלקה בכוח ההמשך של נאט"ו. כוחות ארצות הברית צומצמו בהדרגה ב-1997 וב-1998 עד לנסיגתם הסופית ביוני 1998.
המשבר בהאיטי.
פרי גם ירש מאספין את בעיית האיטי, שם המשיך המשטר הצבאי לסרב להשיב לכהונתו את הנשיא המודח, ז'אן-ברטראן אריסטיד. באביב 1994 התנהל ויכוח בקונגרס על השאלה אם להתערב בכוח צבאי כדי להדיח את ראול סדרס, מנהיג המשטר הצבאי, כדי להשיב את אריסטיד למשרתו. הנשיא קלינטון אמר שארצות הברית לא שוללת שימוש בכוח צבאי ואף הציע את האפשרות שצוותים צבאיים יישלחו להאיטי כדי לאמן את כוחות הביטחון והמשטרה המקומיים. בינתיים, מספרים גדולים של פליטים נמלטו מהאיטי בסירות, מתוך תקווה להיכנס לארצות הברית. כלי שיט אמריקאים לכדו את רובם בים והעבירו אותם לבסיס של הצי האמריקאי במפרץ גואנטנמו בקובה.
על אף לחץ מתמשך והכנות ברורות לפלישה אמריקאית להאיטי, סירב המשטר הצבאי להיעתר לדרישה. ב-19 בספטמבר 1994, זמן קצר לאחר שהנשיא לשעבר ג'ימי קרטר ניהל דיונים על הסכם, שיגרה ארצות הברית כוחות באישור האו"ם. ב-15 באוקטובר הסכימו המנהיגים דה פקטו של האיטי, כולל סדרס, לפרוש, כך שאריסטיד יוכל לשוב לכס הנשיאות. בסוף ספטמבר כבר מנה הכוח האמריקאי בהאיטי 19,600 חיילים והוא היה חלק מ"מבצע קיום הדמוקרטיה" (Operation Uphold Democracy). בסוף מרץ 1995, תפס את הפיקוד מפקד מטעם האו"ם וארצות הברית הציבה 2,400 חיילים מתוך 6,000 של כלל כוח האו"ם שנשאר בהאיטי עד פברואר 1996. על רקע ההתנגדות לפעולה עם תחילתה, דאגתה העיקרית של ארצות הברית הייתה לבצע את משימותיה המוגבלות ולהימנע ככל האפשר מאבדות בקרב החיילים. עם הנסיגה הסופית של כוחות ארצות הברית, ובחירתו של יורש חוקי לאריסטיד בפברואר 1996, יכלו הפנטגון וממשל קלינטון להכריז על המבצע בהאיטי כמוצלח.
קוריאה הצפונית.
קוריאה הצפונית הציבה בעיה נוספת בפני פרי, שגיבה את מדיניות הממשל ללחוץ על המשטר הקומוניסטי שלה לאפשר את הפיקוח על מתקניה הגרעיניים על ידי הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית. מפברואר ועד אוקטובר 1994 הגבירה ארצות הברית את הלחצים שלה על קוריאה הצפונית. במרץ הזהיר פרי שארצות הברית לא תאפשר את פיתוח ארסנל הנשק הגרעיני. מלחמה לא הייתה ממשמשת ובאה, הוא אמר, אך הוא ציין שהוא הורה על הכנות צבאיות לקראת עימות צפוי. זמן קצר לאחר מכן הצהיר פרי שארצות הברית תציע לאו"ם להטיל סנקציות כלכליות אם קוריאה הצפונית לא תאפשר פיקוח בינלאומי על הוצאת הדלק הגרעיני המתוכננת מכור גרעיני שהכיל מספיק פלוטוניום לארבע או חמש פצצות גרעיניות. במאי 1994 החלה קוריאה הצפונית לפנות משם דלק גרעיני מבלי לאפשר סמכויות פיקוח לסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית ומאוחר יותר הודיעה שהיא תפרוש ממנה.