עם כל זאת, היה היחס הפולני לשואה מצד האוכלוסייה בכללותה לעיתים אדיש, ולעיתים אף משתף פעולה. הגרמנים ניצלו את הרגשות האנטישמיים של האוכלוסייה. רבים הסגירו את שכניהם היהודים, ויש שעשו לעצמם מחייה כ"ציידי היהודים". באזורים המזרחיים של פולין (בהם מרבית האוכלוסייה הייתה ממוצא אוקראיני או ליטאי) הייתה האנטישמיות חזקה במיוחד, ורבים האשימו את היהודים בסיוע למשטר הקומוניסטי במהלך הכיבוש הסובייטי בשטחי מזרח פולין בשנים 1939 – 1941, האשמה שהיה לה על מה להתבסס. בעיירה ידוובנה במחוז ביאליסטוק הושמדו יהודי העיירה על ידי האוכלוסייה המקומית בסמוך לאחר כיבושה מן הגרמנים, ביולי 1941. פרטי תקרית זו עדיין שנויים במחלוקת, אם כי הממשלה הפולנית הביעה את צערה על פעולות האזרחים הפולנים.
התייחסות לאחר המלחמה.
כחלק ממגמת השלטון הפולני להגן על תדמית הפולנים במלחמה ולהגן בפני התקשורת הבינלאומית המקשרת בין רצח העם והטבח שביצעו הנאציים לבין הפולנים, העביר ב-2018 הסנאט של פולין חוק האוסר התבטאויות דוגמת "מחנות ההשמדה הפולניים" או האשמות שיתוף פעולה, שיש בהן כדי לרמוז על חלקם של אזרחי פולין בהקמת מחנות ההשמדה ובמעשי הזוועה ביהודים תחת הכיבוש הנאצי. החוק התקבל ברוב של 57 מול 23, ולאחר מספר ימים קיבל את אישורו של נשיא פולין אנדז'יי דודה. עבירה על החוק צפויה לעונש של עד שלוש שנות מאסר.
סגן שר המשפטים של פולין, פטריק ג'קי, מסר לכתבים בפרלמנט כי "עלינו לשלוח מסר ברור לעולם שאנחנו לא מוכנים שימשיכו להעליב את פולין יותר". מנכ"ל הערוץ הממלכתי של פולין TVP2 אמר במהלך שידור כי "אולי צריך לקרוא למחנות ההשמדה 'מחנות ההשמדה היהודיים' כי כולנו יודעים מי הפעיל את התנורים". במהלך ההצעה והחקיקה הושמעו במערכת הפוליטית של ישראל גינויים על החוק החדש, על שמנסה לטשטש ולשכתב את ההיסטוריה בהכחשת מעורבותם של הפולנים בהשמדת היהודים. ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו ניהל על כך שיחה עם ראש ממשלת פולין מתאוש מורבייצקי, סגן השגריר הפולני נקרא לשיחת הבהרה במשרד החוץ, וכן שגרירת ישראל בוורשה קיימה מגעים עם לשכת נשיא פולין; המהלכים הובילו לסיכום על הקמת צוותים משותפים לדיון בנושא, אך בתוך כך התיקון לחוק אושר בסנאט ואף קיבל את אישורו של נשיא פולין.
ארצות הברית ביקשה מפולין לשקול מחדש את קיום החוק, תוך שהיא מציינת כי תהיינה לחוק השלכות ביחסים שבין המדינות. דוברת משרד החוץ האמריקאי הת'ר נאוארט ציינה כי החקיקה עשויה "לחתור תחת חופש הביטוי והשיח האקדמי". משרד החינוך בישראל, בהנחייתו של נפתלי בנט, הודיע על מערך שיעור בנושא "מעורבות האוכלוסייה המקומית, בהן פולין, בשואת העם היהודי" שיילמד בבתי הספר בישראל.
הממשלות הפולניות בגולה.
הממשלה הפולנית התכנסה מחדש בפריז ויצרה ממשלה גולה. ולדיסלב רצקייביץ' הושבע כנשיא, ובחר בגנרל ולדיסלב שיקורסקי כראש ממשלה. רוב הצי הפולני נמלט לבריטניה, ואלפי חיילים פולנים נמלטו דרך רומניה או דרך הים הבלטי על מנת להמשיך בלחימה. פולנים רבים נטלו חלק בקרבות בנורווגיה, ולאחר מכן בהגנת צרפת בקרב על בריטניה ובמבצעים רבים נוספים.
ממשלה גולה זו, אשר התכנסה בתחילה בפריז, ולאחר נפילת צרפת עברה ללונדון הייתה מוכרת על ידי כל ממשלות בעלות הברית. עם ההתקפה הגרמנית על ברית המועצות ב-1941, כוננו יחסים דיפלומטיים אף עם ברית המועצות, על אף תפקידו של סטלין בהרס המדינה הפולנית ב-1939 וחוסר הוודאות המציק באשר לגורלם של עשרות אלפי קצינים פולנים אשר נפלו בשבי הרוסים. מאות אלפי חיילים שוחררו מן השבי הרוסי, והקימו צבא תחת פיקודו של הגנרל ולדיסלב אנדרס. אלו הורשו לעזוב את ברית המועצות דרך איראן ובהמשך המלחמה לחמו לצד בעלות הברית המערביות בחזית איטליה כמו גם במקומות נוספים. בין אנשים אלו היה ראש ממשלתה העתידי של מדינת ישראל, מנחם בגין.
מפנה ביחסים בין ברית המועצות לממשלה הפולנית הגולה חל בשנת 1943 עת גילו הפולנים קברי המונים ביער קטין, ליד סמולנסק. היו אלו קבריהם של הקצינים הפולנים שנרצחו על ידי הנ.ק.ו.ד. בהוראת סטלין בשנת 1940. ברציחות, אשר כונו טבח יער קאטין נרצחו כ־22,000 איש. סטלין טען כי הגרמנים הם שרצחו את הקצינים הפולנים, אך שיקורסקי דרש לקבל את ממצאי חקירת הצלב האדום הבינלאומי אשר הוזמן על ידי הגרמנים לבדוק את האתר. כתוצאה מכך ניתק סטלין את היחסים עם הממשלה הגולה.
סטלין החל מיד בארגונו של גרעין של קומוניסטים פולנים שישמשו כממשלה אלטרנטיבית לזו שישבה בלונדון, והחל בהקמת צבא קומוניסטי פולני שיילחם עבור ממשל זו. ביולי 1943 צבא זה, שהובל על ידי הגנרל זיגמונט ברלינג כלל 40,000 חייל. מכיוון שהיה ברור כי תהייה זו ברית המועצות, ולא בעלות הברית המערביות, אשר תשחרר את פולין מידי הנאצים, היה תפקידו של צבא זה חשוב ביותר. בה בעת, התערב הגורל, ושיקורסקי איבד את חייו בתאונת מטוס בגיברלטר. שיקורסקי הוחלף בידי סטניסלב מיקולאיצ'יק אשר לא ניחן באישיותו של שיקורסקי, ולא יכל לשאת ולתת עם ראשי בעלות הברית כשווה בין שווים כפי שיכל שיקורסקי.
במהלך שנת 1943 ו-1944 עשו ראשי בעלות הברית מאמצים לחדש את הקשרים בין סטלין ובין הפולנים בלונדון. אך מאמצים אלו נכשלו. טבח קאטין היה אך אחד משורת נושאים אשר אף אחד מן הצדדים לא יכל להתפשר לגביהם, ודנו את כל מאמצי המשא ומתן לכישלון מראש. הנושא החשוב היה שאלת גבולות פולין לאחר המלחמה. סטלין התעקש על שמירת השטחים שנכבשו על ידו בשנת 1939, מזרחית לקו המכונה "קו קרזון". שטחים אלו היו מיושבים בתערובת של תושבים, ללא רוב פולני, וחלק ניכר מתושביהם היו בלארוסים ואוקראינים. בתמורה חשב סטלין לפצות את פולין בשטחים במערב, להחזיר לה את המסדרון הפולני ולספח לשטחה את פרוסיה המזרחית, ולמעשה להזיז את המדינה כולה קילומטרים רבים מערבה. אנשי לונדון, ומיקולאיצ'יק בראשם לא יכלו להסכים לכך. נושא נוסף היה התעקשותו של מיקולאיצ'יק כי סטלין לא יקים בשטחים שייכבשו על ידי הצבא האדום ממשלת בובות קומוניסטית. סטלין התעקש כי הוא יהיה הקובע באשר לגורלה של פולין. באותה העת לא הייתה פולין בעל הברית החשוב כפי שהייתה בתחילת המלחמה. כניסתם של הענקים התעשייתיים והצבאיים – ברית המועצות וארצות הברית למלחמה המעיטה מאוד בערכה של פולין. בישיבות בהן דנו ראשי המעצמות בגורלה של פולין – ועידת טהראן, ועידת יאלטה וועידת פוטסדאם התקבלה דעתו של סטלין בשאלת גבולות פולין והממשל בה. בסופו של דבר הצטרף אף מיקולאיצ'יק, על אף מחאת חבריו, לממשלה שהקים סטלין בפולין (ולאחר מכן נאלץ להימלט מפולין בבושת פנים, משהחל המשטר לחשוף את פרצופו האמיתי).
התנגדות לכיבוש הגרמני.
ההתנגדות לכיבוש הגרמני החלה כמעט מיד, למרות שישנו מרחב מועט בפולין המתאים לפעולות גרילה. ארגון ארמייה קריובה ("צבא המולדת") הנאמן לממשלה הפולנית בלונדון, נוצר כתוצאה מאיחודן של כמה קבוצות קטנות יותר בשנת 1942. בשנה זו נוצר אף הארגון השמאלי "גבארדיה לודובה" ("משמר העם") אשר הפך בתחילת שנת 1944 לארמייה לודובה ("צבא העם"). הארמייה לודובה נתמכה על ידי ברית המועצות, והייתה למעשה זרועה הצבאית של המפלגה הקומוניסטית הפולנית. בשנת 1944 היו כ-200,000 פולנים חברים בארמייה קריובה, וכ-35,000 בארמייה לודובה. בפעולות הארמייה קריובה נהרגו כמאה וחמישים אלף גרמנים.
ארגונים יהודים לוחמים הוקמו על אדמת פולין. מצבם של היהודים היה קשה ביותר. הם היו מבודדים בגטאות ובמחנות העבודה, ונמנע מהם קשר עם האוכלוסייה הכללית. הארגון היהודי הלוחם היה אך אחד מכמה ארגונים מזוינים שפעלו בגטאות. מרד גטו ורשה, באפריל 1943, היה הפעולה הגדולה ביותר וההירואית של ארגונים אלו. מרידות בגטאות נערכו אף בקרקוב, ברודי, צ'נסטוחוב, בנדין, ביאליסטוק ווילנה. ככלל היה יחסם של אנשי הארמייה קריובה למרידות היהודים עוין עד אדיש. בהוראת הממשלה הפולנית הגולה סופק מעט נשק ללוחמים היהודים, אך הוראה זו נתקלה בהתנגדות של לוחמי הארמייה קריובה בשטח, וכמעט שלא יצאה אל הפועל. עם זאת נעשו על ידי אנשי הארמייה לודובה ניסיונות לסייע ללוחמים היהודים. ברוב המקרים לחמו היהודים לבדם.
במהלך 1943 בנתה הארמייה קריובה את כוחותיה לקראת התקוממות כללית ברחבי פולין. עם התקרבותו של הצבא האדום לגבולות פולין, וכאשר היה ברור כי מטרתו של סטלין היא להקים משטר בובות קומוניסטי, אשר החל למעשה את פעולתו בלובלין אשר נכבשה על ידי הרוסים ביולי 1944. משטר זה החל את התארגנותו על אדמת ברית המועצות ובשטחי פולין עוד מספר חודשים קודם לכן, עם התערערות היחסים בין הממשלה הגולה, אשר זכתה להכרת ברית המועצות עד לשנת 1943, ובין ממשלת ברית המועצות, עקב פרשת טבח יער קאטין. תוכניתם של אנשי הארמייה קריובה הייתה להתקומם ברחבי פולין, להכות בגרמנים הנסוגים, ועם בוא הצבא האדום לקבלו לא כמשחרר, אלא כאורח. תוכנית זו זכתה לשם הקוד מבצע סופה. במסגרת זו החלו בשנת 1944 אנשי הארמייה קריובה במלחמה בגרמנים בערים שונות, אליהן התקרבו כוחות הצבא האדום. ביולי 1944 התקרב הצבא האדום לוורשה, וחנה על גדת הויסלה. מפקד הארמייה קריובה, הגנרל תדיאוש בור קומורובסקי הורה לאנשיו, ב-1 באוגוסט 1944 להתקומם כנגד הגרמנים. במהלך החודשים אוגוסט וספטמבר 1944 לחמו אנשי הארמייה קריובה בגרמנים, אשר היו עדיפים במספרם ובחימושם, בעוד הצבא הרוסי עומד מנגד. סטלין אף מנע שימוש בשדות תעופה למטרת הצנחת אספקה ללוחמים על ידי בעלות הברית המערביות.