גם בשעה בה התרחשה שקיעה דמוגרפית וארגונית של חסידות ברסלב, רבי נחמן ותורתו לא נשכחו. דמותו של רבי נחמן מברסלב היוותה השראה לחוקרים וליוצרים, גם כאלה שלא השתייכו ליהדות האורתודוקסית. הסופרים מרטין בובר, פנחס שדה ומאוחר יותר גם אלי ויזל, שילבו את קורות חייו ואת אימרותיו בתוך יצירותיהם, ובאקדמיה נחשב רבי נחמן כאחד מההוגים המרכזיים של הזרם האקזיסטנציאליסטי בפילוסופיה המודרנית כדוגמת סרן קירקגור וז'אן-פול סארטר.
לצד התרחבות חסידות ברסלב, נותרה גם התנגדות כלפיה. בשנת 2006 יצא קונטרס ובו תמלול שיחה של הרב ירמיה כהן מצפת התוקף את דרכו של רבי נחמן. הדבר גרר מחאה עד שנאלץ להתנצל, אם כי לא חזר בו לחלוטין מדבריו.
תחייתה של חסידות ברסלב.
מאז קום מדינת ישראל ועד שנות ה-70 של המאה ה-20 הייתה חסידות ברסלב קבוצה קטנה וסגורה בתוך הציבור החרדי, שפעלה בפרופיל נמוך בשני הריכוזים החרדיים הגדולים במדינת ישראל, בבני ברק ובאזורים החרדיים בירושלים. שלושים שנה לאחר מכן מנתה חסידות ברסלב עשרות אלפי אנשים והיא נפוצה כמעט בכל הערים בישראל וגם בריכוזים יהודיים בחו"ל.
הרב בנדר ותלמידיו.
הדמות הבולטת בחסידות ברסלב במאה העשרים היה רבי לוי יצחק בנדר. הוא היה תלמידם של משפיעי הדור הרביעי כמו הרב שמשון ברסקי והרב אברהם חזן. הוא נלחם במדיניות האנטי דתית של השלטונות הסובייטים לאחר המהפכה הקומוניסטית והצליח לחמוק מהנאצים ומהמשטרה החשאית הרוסית בזמן מלחמת העולם השנייה. הגיע לארץ לאחר קום המדינה ונתפס כסמל של חסידות ברסלב המקורית באוקראינה ובפולין.
בשנות השישים, לאחר מותו של הרב אברהם שטרנהרץ, ניסה הרב בנדר לבטל את הקיבוץ במירון, על מנת שכל חסידי ברסלב יחגגו את ראש השנה יחד בירושלים. תלמידיו של הרב שטרנהארץ, ובראשם הרב גדליה קעניג, סירבו לכך. בעקבות כך נוצר קרע בין הפלג הצפתי ובין שאר חלקי החסידות, שעד אותה תקופה הייתה הומוגנית למדי.
בתחילת שנות השבעים ניסה תלמידו של הרב בנדר, אליעזר ברלנד, להפיץ את תורת חסידות ברסלב בקרב תלמידי הישיבות הליטאיות הגדולות בבני ברק, כמו ישיבת פוניבז' וישיבת סלובודקה. הוא זכה להצלחה מסוימת, כאשר כמה אברכים ליטאיים יצרו "חבורת לימוד", שהתרכזה סביב בית כנסת ברסלב בבני ברק (שהוקם עוד בשנות הארבעים על ידי הרב יגלניק). לאחר מלחמת יום הכיפורים צמחה תנועת התשובה בעיקר בפעילותם של שליחי חב"ד ושל ישיבות ליטאיות כמו אור שמח. חסידות ברסלב הייתה אז קבוצה קטנה בתוך העדה החרדית שלא עוררה עד אז עניין אצל חילונים מחפשי דרך. בשנת 1974 הגיע הזמר דדי בן עמי לשמוע שיעורים של ברלנד בבני ברק. שנה לאחר מכן, הציע בן עמי לברלנד לקיים את מנהג ההקפות של שמחת תורה במושב נהלל, שבו התגוררו הוריו של בן עמי. בהקפות אלו השתתפו מבני הקיבוצים בעמק יזרעאל והן היוו מפגש ראשון בין בני ההתיישבות העובדת ובין חסידי ברסלב. בעקבות המפגש הזה התקיימו מפגשים נוספים שגרמו להקמת ישיבת שובו בנים בשנת 1978. חסידות ברסלב הפכה לגורם דומיננטי בתנועת התשובה. ישיבות ברסלביות נוספות לחוזרים בתשובה נפתחו בשנות השמונים ולאחריהן גם מדרשות לבנות ומוסדות חינוך יסודיים עבור ילדי החוזרים בתשובה.
השתלבותם של החוזרים בתשובה בחסידות ברסלב נתקלה גם בהתנגדות. בשנת 1985 החל הרב ישראל מאיר ברנר, תלמיד של הרב בנדר, להעביר ב"שול" שיעורי חסידות בעברית. מאוחר יותר גרם הדבר עימותים שבמהלכם סולקו מרבית בעלי התשובה מה"שול", ובראשם אליעזר ברלנד. הפילוג הסתיים למעשה בה'תשנ"ג, כאשר יצא פסק דין של בד"ץ העדה החרדית שהביע התנגדות לסגירת בית הכנסת בפני יהודי כלשהו. פסק הדין גרם לחזרתם של בעלי התשובה לבית הכנסת ולעזיבתם של רבים מהחסידים המקוריים, שהקימו בתי כנסת נפרדים, בהם "אנשי מוהר"ן" ו"באר שבע".
תלמידיו של הרב אברהם שטרנהרץ.
בשנת 1955 נפטר הרב אברהם שטרנהרץ, שהיה נינו של רבי נתן מברסלב. תלמידו הרב גדליהו אהרן קניג הגשים את צוואתו לבנות קהילה של חסידי ברסלב בצפת (ראו להלן)", באמרו כי עד שלא תיבנה צפת לא תיבנה ירושלים.
תלמיד נוסף של הרב קניג, הרב שמחה בר לב, לימד את תורת ברסלב לקבוצות של אברכים ותלמידי ישיבה ליטאיים בבני ברק החל מאמצע שנות השמונים.
הרב ישראל אודסר.
הרב ישראל אודסר נמנה עם זקני חסידי ברסלב בירושלים. אחרי שמלאו לו שמונים עבר לבית אבות גריאטרי ברעננה. מספר חודשים אחר כך סיפר שעשרות שנים קודם לכן קיבל "פתק" מרבי נחמן שבו מופיעה לראשונה המנטרה נ נח נחמ נחמן מאומן. הרב אודסר עזב את בית האבות בעזרת מעריציו ויצא למסעות הסברה ברחבי העולם, שבהם ניסה להסביר את חשיבות המסר שקיבל. במקביל ייסד את הוצאת הספרים "קרן רבי ישראל אודסר". סמלה של הקרן, "האש שלי", נמצא בשימוש גם אצל חסידי ברסלב אחרים. המילים לקוחות מדברי רבי נחמן: "מיין פייערל וועט שוין טלויען ביז משיח וועט קומען" ("האש שלי תוקד עד ביאת המשיח").
בראשית שנות התשעים גדלה תנועתו של הרב אודסר. בזרם המרכזי של חסידות ברסלב התנהלו ויכוחים סביב היחס לבעלי התשובה ולשפה העברית, ובעלי תשובה רבים נמשכו לדמותו העממית של הרב אודסר, כשהם מזדהים גם עם ההתנגדות שהייתה לו כלפי מנהיגי הציבור החרדי.
פלגים בחסידות ברסלב כיום.
חסידות ברסלב כוללת מספר רב של תת-קבוצות. בהסתמך על ספרי הטלפון הפנימיים הזמינים של הפלגים השונים, היא מנתה כ-14,000 משפחות נכון ל-2016, אם כי הקריטריונים להשתייכות של מרבית קהילותיה גמישים בהרבה ביחס לכל חסידות אחרת (החוקר מרצ'ין וודזינסקי הציע להפחית את המספר ב-50% על מנת שניתן יהיה להשוות לחצרות אחרות).
פלג השוּל.
אחד הזרמים בחסידות ברסלב מכונה "פלג השוּל" או "שול מֵישוֹרים", הקרוי על שם בית המדרש הגדול של החסידות במאה שערים", מורכב בעיקר מצאצאי חסידי ברסלב בעבר אך גם מחרדים אחרים וחוזרים בתשובה. זרם זה שואף ללכת בדרכו של הרב בנדר והוא ממשיך במידה רבה את חסידי ברסלב של הדורות הקודמים. בני הפלג לומדים במוסדות חרדיים רגילים. הפלג אינו קנאי באופן רשמי ונושאי קנאות כמו השתתפות בבחירות ודיבור בעברית נתונים לבחירה אישית.
על מנהיגי זרם זה נמנים: הרב נתן ליברמנש, הרב יהודה לייב פרנק, הרב בנימין זאב קנפלמכר, הרב ניסן דוד קיוואק, הרב ישראל מאיר ברנר והרב שמעון טייכנר. חלק ממתפללי בית הכנסת נוהגים להתפלל בצעקות, לאור דברי רבי נחמן שיש להיות "כחיות הנוהמות ביער". בעבר היו מנהיגי הזרם הרב יעקב מאיר שכטר והרב שמואל משה קרמר, אך לאחר מחלוקות על אופי הנהגת החסידות הזרם התפלג, ולאחר מספר שנים הקים הרב שכטר בית כנסת נפרד.
בית הכנסת הראשון בירושלים של הזרם, בו הוקמה תנועת הנוער של הזרם המרכזי "מורשת הנחל", הוא בית הכנסת "אור אברהם" בשכונת גוש 80 שהוקם על ידי הרב משה בורשטיין בקטמון ובשנות ה-90 נמכר ועבר למקומו החדש. בית כנסת זה היה מרכזו של "זרם המרכזי", עד שגם ה"שול" עבר לשליטתם. בית כנסת נוסף בולט בירושלים הוא בית הכנסת "אנשי מוהר"ן" של משפחת ירבלום, בשכונת הבוכרים. בית כנסת זה הוקם בשנת 2006 לאחר החיכוכים בין הזרמים בברסלב. הוא אינו משתייך רשמית לאחד הזרמים ומתפללים בו הן אנשי הזרם המרכזי והן אנשי הרב שכטר.
בבני ברק יש לזרם המרכזי בית הכנסת ברחוב אלשיך. החל מאמצע שנות התשעים הוקמו מרכזים גם בבית שמש, מודיעין עילית, ביתר עילית ועוד.
לזרם המרכזי יש ישיבה בבני ברק.
חבורות "מורשת הנחל".
"מורשת הנחל" הוא ארגון המארגן חבורות לגילאים מגוונים. הארגון משתייך לזרם המרכזי בברסלב. הארגון הוקם בשנת ה'תשס"ב - 2002 בידי הרב אליעזר בורשטיין, ובהכוונת המשפיע הרב נתן ליברמנש. הארגון הוקם מלכתחילה עבור בחורים ממשפחות ברסלביות ותיקות שאינן דוברות יידיש, שעד אז לא היו להם חבורות. בשנת ה'תשס"ג - 2003 הוקמו מסגרות דומות גם לדוברי יידיש שהגיעו ברובם מחבורת "קרן אור" בראשות הרב יעקב מאיר שכטר, המתקיימות בבית הכנסת המרכזי של ברסלב במאה שערים. החבורות מתאספות בבית כנסת "אור אברהם" בשכונת עזרת תורה בירושלים. מקימי החבורות סברו שחבורות "קרן אור" פועלות באופן דומה מדי לשאר החסידויות, המדגישות טישים, התוועדויות, שירה סוערת, אמירת לחיים ופורים שפיל; בזמן שדרכו של רבי נחמן מדגישה את עבודת התפילה ואת הלימוד בכתבי ברסלב, כולל לימוד עצמי.
כחמש שנים לאחר הקמת הארגון, בעקבות הצטרפות חברי הנהלת בית הכנסת המרכזי של ברסלב במאה שערים (ה"שול") לארגון, עברו החבורות לבית הכנסת. במקביל מתקיימות שם גם החבורות של קרן אור.
נכון לשנת ה'תשע"ג - 2013, משתתפים בפעולות הארגון כמאתיים בחורים בירושלים וכמאתיים ילדים בירושלים ובבית שמש. זאת בנוסף לכמה מאות בחורים בביתר, בני ברק, מודיעין עילית ועוד, ולמעלה מאלף אברכים במקומות אלה. הארגון עורך לחברים בו שבתות התאחדות במירון ובמקומות נוספים.
הרב אליעזר שלמה שיק ותלמידיו.
הרב אליעזר שלמה שיק (מכונה מוהרא"ש) היה רבה של קהילת "היכל הקודש". תלמידיו מתרכזים בעיקר ביבנאל (המכונה בפיהם "עיר ברסלב") ובניו יורק. בשני המוקדים הם מחזיקים גני ילדים, תלמוד תורה ובית ספר לבנות, ישיבות וכוללי אברכים, וכן מפעלי חסד ועזרה הדדית בקהילה. הקהילה מדפיסה את ספרי ברסלב וספרי הרב שיק. בארצות הברית יש לקהילה בתי מדרש בבורו פארק, במונרו, במונסי ועוד.
הרב שיק חיבר מאות קונטרסים וספרים, שחיבר, ובפרט סדרת ספרי השאלות והתשובות 'אשר בנחל' (כ-150 כרכים שהודפסו). הקונטרסים העיקריים הודפסו ב-12 שפות ומופצים במחיר הקרן. הוא עודד את תלמידיו להפיץ ברחובות את ספרי ברסלב והקונטרסים שחיבר.