פאלמר הוכיח שהשקפתו לא עולה בקנה אחד עם התחושה הציבורית כאשר, לאחר הטבעת הלוסיטניה במאי 1915, הוא הביע את דעתו בפני עיתונאים ש"אין לבקש מכל האומה לסבול" כדי לנקום את מותם של נוסעים שהתעלמו מאזהרות לא להפליג בספינות שנשאו תחמושת.
לאחר כניסתה של ארצות הברית למלחמת העולם הראשונה באפריל 1917, התנדב פאלמר, על אף הרקע הקוויקרי שלו, "לשאת נשק כטוראי" אם יהיה צורך בכך, או "לפעול במסגרת כל תפקיד ללא קבלת שכר". הוא היה יושב ראש ועדת הגיוס המקומית, ובאוקטובר הוא מונה על ידי הנשיא וילסון כאפוטרופוס על נכסי זרים , תפקיד בו הוא שימש עד מרץ 1919. כסוכנות שפעילה בזמן מלחמה, היה משרד האפוטרופוס אחראי על תפיסה, ניהול, ולעיתים מכירה של רכוש אזרחי האויב בארצות הברית. הרקע של פאלמר במשפטים ובבנקאות הכשירו אותו לתפקיד, לצד נאמנותו המפלגתית.
היקף הנכסים שפאלמר שלט עליהם כאפוטרופוס התברר במשך השנה הבאה. בסוף 1918 דיווח פאלמר על ניהול כמעט 30,000 נאמנויות על נכסים בשווי של 500 מיליון דולר. הוא העריך ש-9,000 נאמנויות נוספות בשווי של 300 מיליון דולר ממתינים להערכה. רבים מהנכסים הללו היו מפעלים שייצרו מוצרים שהיו חשובים למאמץ המלחמתי, כמו תרופות, גליצרין לייצור חומרי נפץ ופחם עץ לייצור מסכות גז. על הנכסים הנוספים נכללו מכרות, מבשלות ועיתונים. פאלמר הקים צוות של מקצוענים יחד עם מומחים לבנקאות וצוותי חקירה כדי לאתר נכסים סמויים. ניהול הסוכנות לנכסי זרים אפשר לו לספק עבודה לאנשים מקושרים פוליטית. לדוגמה, הוא מינה את אחד מעמיתיו לוועדה הדמוקרטית הלאומית כיועץ משפטי לחברת טקסטיל ואחר כסגן נשיא חברת ספנות. הוא תמיד חשב מנקודת מבט של פוליטיקאי ודאג שפעילות הסוכנות שבראשה עמד תזכה לפרסום.
בספטמבר 1918 העיד פאלמר בשימוע מול ועדת אוברמן , שהייתה ועדת משנה של ועדת המשפט של הסנאט, שאיגוד המבשלות של ארצות הברית וגורמים נוספים בתעשיית המשקאות החריפים היו בעלי דעות פרו-גרמניות. הוא ציין שבעלי המבשלות הגרמניים, בשיתוף עם איגוד המבשלות של ארות הברית ניסו לרכוש עיתון גדול ולשלוט על הממשלה והאומה, היו באופן כללי אנטי-פטריוטיים, ואהדו את הגרמנים.
כאפוטרופוס על נכסי הזרים, הוביל פאלמר בהצלחה מערכה להרחבת סמכויותיו להיפטר מנכסים באמצעות מכירה כדי להתמודד עם התוכנית ארוכת הטווח של גרמניה להשתלט על העולם באמצעים תעשייתיים גם לאחר המלחמה. גם לאחר כניעת גרמניה, המשיך פאלמר את המערכה לשחרור התעשייה האמריקאית מבעלות גרמנית, לדוגמה, מכירות רבתי של נכסים בתעשיית המתכות באביב 1919. הוא הציג את הרציונל שלו בנאום שנשא בפני עורכי דין: "כוח המלחמה הוא בהכרח כוח מובנה בכל מלחמה. זהו הכוח לשמירה עצמית ואין לו מגבלות מעבר לצורך החירום".
התובע הכללי של ארצות הברית.
בראשית 1919, כאשר ביקש הנשיא וילסון לאייש את משרת התובע הכללי של ארצות הברית, גיבו אנשי צמרת המפלגה הדמוקרטית, כולל עמיתיו של פאלמר בוועדה הדמוקרטית הלאומית ורבים שנהנו מחסותו הפוליטית במהלך כהונתו כאפוטרופוס על נכסי הזרים, את מינויו לתפקיד כנגד מועמדים אחרים שהיו בעלי רקע משפטי חזק יותר. הם טענו שמדינות הדרום זכו כבר לייצוג יתר בקבינט ושהתובנה הפוליטית של פאלמר חיונית. ג'וזף טאמלטי, מזכירו האישי של וילסון, ייעץ לנשיא שלתפקיד זה "עוצמה פוליטית רחבה. אל לנו לבטוח באף אחד שלא בצד שלנו בכל ליבו ובכל נשמתו". הוא הפעיל על הנשיא לחצים מספר פעמים. הוא הבריק לו לפריז: "צעד הוקרה כלפי פאלמר ...יהיה מרענן ויסייע לאנשים הצעירים במפלגה ...לא תבצע שום שגיאה אם מינוי זה יצא לפועל. זה ייתן לכולנו אהבה ואומץ. המפלגה זקוקה כעת לרוח רעננה כזאת". הוא כינה את פאלמר "צעיר לוחמני, פרוגרסיבי וחסר פחד". ב-27 בפברואר 1919 הגיש הנשיא וילסון לסנאט את מינויו של פאלמר, וב-5 במרץ נכנס פאלמר לתפקידו כמינוי פגרה.
פאלמר כיהן כתובע הכללי ממרץ 1919 ועד מרץ 1921. טרם כניסתו לתפקידו הושמעה לו התנגדות מ"הליגה האמריקאית להגנה" , ארגון של אזרחים פרטיים שניהלה מספר רב של פעולות נגד אלו שלא התגייסו לצבא ונגד מהגרים ממוצא גרמני שהיו חשודים באהדה לגרמניה. אחת הפעולות הראשונות של פאלמר כתובע הכללי הייתה שחרורם ממעצר של 10,000 זרים ממוצא גרמנים שנעצרו במהלך המלחמה. הוא הפסיק לקבל מידע מודיעיני שנאסף על ידי הליגה. מנגד, הוא סירב לשתף מידע שמקורו מהליגה כאשר הסנאטור מאוהיו ג'יימס מידלטון קוקס ביקש אותו. הוא כינה את המידע של הליגה "רכילות, שמועות ומסקנות" והוסיף ש"לא ניתן לעשות שימוש במידע מסוג זה מבלי סכנה לגרימת עוולות רציניות לאנשים שככל הנראה חפים מכל פשע". במרץ 1919, כאשר חברי קונגרס ועיתונאים האיצו בו להחזיר לקדמותם את היחסים של מחלקת המשפטים עם הליגה כפי שהיו בתקופת המלחמה, הוא אמר לעיתונאים ש"פעילותה בכל קהילה מהווה סכנה חמורה".
פשיטות פאלמר.
ניסיונות הרצח וחבילות הנפץ.
פשיטות פאלמר התרחשו בהקשר הרחב של הבהלה האדומה, מונח שניתן לחשש מפני הרדיקלים הקומוניסטים והתגובה אליהם בארצות הברית בשנים שלאחר מלחמת העולם הראשונה. שביתות משכו את תשומת הלב הלאומית, מהומות גזעיות התרחשו ביותר משלושים ערים בארצות הברית, ושתי סדרות של הפצצות התרחשו באפריל וביוני 1919, כולל התקפות על ביתו של פאלמר.
חבילת נפץ שנועדה לרצוח את פאלמר נשלחה אליו על ידי אנרכיסטים שהיו קשורים ללואיג'י גלאני. הפצצה הראשונה התגלתה ופורקה, אך חודשיים לאחר מכן ניצלו פאלמר ומשפחתו בקושי ממוות כאשר אנרכיסטים פוצצו פצצה על מרפסת ביתם ברחוב R מספר 2132 שבוושינגטון די. סי.. גם ביתו של סוכן משרד החקירות של מחלקת המשפטים, רמי ווסטון פינץ', הותקף על ידם. פינץ' היה זה שקודם לכן עצר שני פעילים מרכזיים של גאלני כאשר הוביל פשיטה משטרתית על משרדי העיתון שלהם Cronaca Sovversiva.
בסך הכל, באפריל 1919 נשלחו 36 חבילות נפץ לאישי ציבור, כולל פקידי מחלקת המשפטים, עורכי עיתונים ואנשי עסקים, ביניהם ג'ון ד. רוקפלר.
התגובה והפשיטות.
בתחילה פעל פאלמר באטיות כדי לאתר את מקור ההתקפות. פשיטה ראשונית שהתקיימה ב-1919 כנגד קבוצה אנרכיסטית קטנה בבאפלו נכשלה כאשר השופט שבפניו הובאו העצורים פסל את התביעה. באוגוסט הוא ארגן יחידה של המודיעין הכללי במחלקת המשפטים וגייס לעמוד בראשה את ג'ון אדגר הובר, בוגר בית ספר למשפטים צעיר בן 24 שעבר את המלחמה בעבודה במשרד אזרחי מדינות האויב של מחלקת המשפטים. ב-17 באוקטובר, שנה לאחר שחוק ההגירה של 1918 הרחיב את ההגדרה של הזרים שניתן לגרשם, דרש הסנאט מפאלמר הסברים על כישלונו נגד הרדיקלים. בתשובתו מה-17 בנובמבר תיאר פאלמר את האיום מהאנרכיסטים והקומוניסטים כלפי הממשלה. יותר ממחצית הדוח שלו תיעד את הרדיקליזם בקהילה השחורה ואת "ההתנגדות הגלויה" של המנהיגים השחורים שדחפו לתגובה נגד האלימות הגזעית והקיץ האדום בקיץ הקודם.
פאלמר פתח במערכה שלו נגד הרדיקליזם בנובמבר 1919 ובינואר 1920 עם סדרה של פעולות משטרתיות שנודעו בשם פשיטות פאלמר. סוכנים פדרליים, מלווים בכוחות משטרה מקומיים, קיבצו קבוצות גדולות של חשודים ברדיקליות, לעיתים בהתבסס על חברות בקבוצות פוליטיות יותר, מאשר על בסיס מעשים שבוצעו. פסילתם של רוב המקרים על ידי עוזר מזכיר העבודה לואיס פרלינד פוסט, הגבילה את מספר המגורשים ל-556. בישיבת קבינט באפריל 1920, קרא פאלמר למזכיר העבודה ויליאם בואושופ וילסון לפטר את פוסט, אך וילסון הגן עליו. הנשיא הקשיב למזכירי המחלקות שלו מתקוטטים ביניהם ולא הגיב, אך הוא סיים את הישיבה באומרו לפאלמר "אל תתן למדינה הזו להפוך לאדומה". מזכיר הצי, ג'וזפוס דניאלס, שרשם את פרוטוקול הישיבה, היה סבור שהנשיא צידד בפאלמר בשל הנטייה של פאלמר "לראות אדום" תחת כל שיח רענן, ובכל דרישה לעליית שכר.
מתוך חשש מאלימות וממהפכה של קיצוניים, תמך הציבור האמריקאי בתחילה בפשיטות. פעילי זכויות אדם, השמאל הראדיקלי, ומומחי משפט הקימו קול מחאה. פקידי מחלקת העבודה, במיוחד פוסט, הניחו ששלטון החוק כמשקל נגד למערכה של פאלמר, וניסיונות הקונגרס להדיח את פוסט או לנזוף בו, היו קצרי ימים, אף על פי שפאלמר קיבל את הזכות להגן על עצמו בעדות שמסר במשך יומיים בפני ועדת הכללים של בית הנבחרים ביוני 1919. העיתונות ברובה שיבחה את עבודתו של לואיס פוסט. מנגד פאלמר, ולא הנשיא וילסון, הואשם בתוצאות השליליות של הפשיטות.
יחסי עבודה.
לפאלמר היה עבר של תומך פועלים בקונגרס, אם כי הוא מעולם לא נחל הצלחה מרובה בזכייה בקולות הפועלים בבחירות. אף על פי שבמשך רוב שנת 1919 הוא לא הצטרף למקהלה שהלכה וגברה נגד האיגודים המקצועיים ונגד הקומוניזם שקדמו לשביתה הכללית בסיאטל ולשביתת המשטרה בבוסטון. יריביו הפוטנציאליים לנשיאות ב-1920 היו פעילים. בספטמבר ובאוקטובר 1919 הוביל הגנרל לאונרד ווד את כוחות צבא ארצות הברית נגד עובדי תעשיית הפלדה ששבתו בגארי, אינידיאנה. המעסיקים טענו שלשובתים היו מטרות מהפכניות והמודיעין הצבאי גיבה את ההאשמות הללו, כך שווד גרף שבחים כמתנגד לפועלים ומתנגד לראדיקלים בנוסף למוניטין שלו כגיבור מלחמה, מבקר של וילסון ומועמד מוביל של המפלגה הרפובליקנית בבחירות לנשיאות של 1920.
שביתת כורי הפחם.