מאחורי הסלעים החמישי והשישי ממוקם מתקן ריבועי, ובו שיקוע ריבועי. הועלו מספר סברות בדבר מהות מתקן זה. אחת הסברות המקובלות לגביו היא היותו מזבח, אם כי שום סימני שרפה לא נתגלו על האבן. סברה אחרת שהועלתה היא כי האבן שימשה בסיס לסלע נוסף. מקאליסטר שיער כי הסלע שימש ככרוב לאשרה, כחלק מטקסי הסגידה לה, וגם נמצאו מספר עדויות לקורבנות ילדים בסביבה. לבסוף נטען כי שימש המתקן ככלי לניקוי, טרם לקיחת חלק בטקס דתי.
אולברייט כינה את הבמה קַפֶּלַת־מתים, והשווה את האבנים למצבות מקדש דגון באוגרית, ושדה האסטלות האשורי. במכלול, סביר להניח כי האבנים שימשו כלא יותר מחומרי בניין לבמה האמיתית, או כאתר טקסי לחידוש וכריתת בריתות בין גזר ותשע הערים הסובבות אותה.
תקופת הברונזה המאוחרת.
בעקבות כיבושה האלים בידי תחותמס השלישי, ננטשה גזר כמעט לגמרי עד תקופת הברונזה המאוחרת I ב'. קברים בני אותה התקופה מספרים על קושי החיים בגזר, ועל חוליי הפרקים של יושביה. כחלק מתהליך התאוששות העיר, ובהשפעת המסחר הפורח בימי האימפריה המצרית, החלו מופיעים בעיר מיני כלי חרס וזכוכית מהודרים, תכשיטי שנהב, ארון קבורה מיקני ושאר פריטים מיובאים.
עושרה התרבותי של העיר הורגש בעוצמה לקראת המאה ה-14 לפנה"ס, ימי השלטון המצרי על האתר. בחסות המצרים שוקמה העיר לתפארתה המוקדמת והפכה במהרה לאתר מרכזי בארץ ישראל. חפירות בתחום VI של האתר העידו על תרבות העיר: קירות בתיה עובו, חצרותיה סוידו באיכותיות ותעלות ניקוז הובילו אל הבתים. נחשפו באתר מיני כלי זכוכית וזהב שאופיים המצרי בלתי מעורער. תקופה זאת נחשבת למקבילה לתקופת אל עמרנה המצרית.
לפתע, כמאה שנים מאוחר יותר, החל מצב העיר להידרדר מחדש, בדומה לשאר יישובי כנען בזמן נסיגת תקופת אל-עמרנה. אין סימנים להרס אזורי מקיף כלשהו, אומנם בתי העיר לא היו בשימוש במאה ה־13 לפנה"ס. ממצאים פרטיים לשני בתים מעידים על הרס, ומאוחר יותר על הופעת קדרות פלשתית. לטענת מרבית החוקרים, גזר חרבה בהתקפה. אולם התקפה זאת לא הייתה פלשתית.
יש המייחסים את החורבן לכיבוש זמני של העיר בימי יהושע בן נון, בעקבות הכתוב בתנ"ך לגבי הניצחון של יהושע בן נון על הורם מלך גזר.
ממצא חשוב מתקופה זו היא חרפושית מפרעה מרנפתח. יש המקשרים אותו לכתובת במצבת ישראל.
הפרעונים המצריים ניסו לחזק את שליטתם באזור, לאור התערערות השלום היחסי עם פלישת גויי הים (אשר התנ"ך מכנה פלשתים). פרעה רעמסס השלישי עשה חיל בהדיפת הפולשים מכפתור למצרים גופה, אולם לא הצליח למנוע את חדירתם לשטחי כנען.
בבוא הפלשתים לגזר הם מצאוה נטושה, כך מעיד הפער שבין אחרוני החרסים מעת חורבן מרנפתח לסדרת החרסים הפלשתיים הדיסטינקטיביים שנמצאו באתר.
התקופה הפלשתית (תקופת הברזל המוקדמת).
התקופה הפלשתית הייתה תקופת מעבר קצרה בגזר, שקישרה בין ימי האימפריה המצרית לבין ימי המלוכה הישראלית, וסימלה את בוא תקופת הברזל המוקדמת לגזר. תקופה זאת החלה, כאמור, שנים מספר אחר חורבן העיר בימי מרנפתח. הקביעה הברורה של זמנה היא באמצעות חרסיה החד-גוניים והדו-גוניים ("מונוכרום פלשתי" ו"ביכרום פלשתי"), שתפוצתם תואמת את התפשטות הפלשתים בארץ ישראל בתקופה זו. גזר ישבה על גבולה הצפוני ביותר של הממלכה הפלשתית.
ההשפעה הפלשתית ניכרת בשטח VI (האקרופוליס הגזרתי), שבו נמצאו מספר מבני מגורים נאים ומתוכננים היטב, ואסם שנהרס פעמיים, נבנה מחדש, נהרס פעם נוספת, והוסב לבתי מגורים גדולים בעלי חצר. תופעה זאת של הרס משולש אופיינית ליתר הממצאים שנחפרו מימי השלטון הפלשתי בעיר.
עם הזמן החלו הן טיב הבנייה והן טיב החרסים לרדת. סוף האתר בעת ההיא היה, לפחות לטענת ספר התנ"ך, כיבוש בידי פרעה מצרים, שמאוחר יותר מסר את העיר למלך שלמה, כנדוניית בתו (
). יש הטוענים כי מדובר בפרעה סיאמון, אולם לא נמצאה הוכחה לטענה זו.
תקופת המלוכה העברית (תקופת הברזל המאוחרת).
לאורך ימיה כעיר פלשתית עמדה גזר מחוץ לטווח הישגם של מלכי ישראל שאול ודוד, כמתואר בשמואל ב' : .&lt;BR&gt;
שכבה VIII מבשרת על בואה של תקופת המלוכה העברית לתל גזר. לפי המתואר בתנ"ך, נמסרה העיר לשלמה המלך מידי מלך מצרים בערך בשנת 950 לפנה"ס. מתואר כי שלמה בנה את גזר, אולם הבתים מתקופתו קטנים, החרסים אדומים ועליהם מירוק יד, לא נמצאו קברים מהתקופה, אך נמצאו חפצים אופייניים לתקופה בקברים מוקדמים יותר. נוסף לבמה, שכבר יצאה מכלל שימוש לפני ימי שלמה, נמצא גם מזבח קטן ועליו דמותו של בעל.
בשנת 924 לפנה"ס הותקפה העיר ונחרבה במסע פרעה שושנק, הוא שישק התנ"כי. בהיעדר ראיות, נטען במשך מספר שנים כי גזר נתרוקנה מיושביה. בשנים האחרונות הוכח כי אין בסיס לסברה זו, וכי גזר המשיכה להתקיים באופן מצומצם יותר. כעבור 200 שנים הותקפה גזר במסעו של מלך אשור, תגלת-פלאסר השלישי, שתוארך לשנים 734 - 732 לפנה"ס, ואכן בתקופה זאת חרב שערה של גזר ונשרפו בתי מגורים רבים. ישנה קורלציה בין חורבן גזר לבין אחד מתבליטי המלחמה שפיארו את ארמון תגלת פלאסר, בו מוזכרת גָזְרֻ.
הכיבוש האשורי והפרסי.
כיבושה הסופי של העיר בידי אשור נעשה במאה השביעית לפנה"ס. בימיה כעיר אשורית שימשה גזר כמרכז חשוב לפיקוד ופיקוח על מישור החוף, ונמצאו בה מספר רשומות מקומיות המעידות על כך. שתי תעודות בכתב אשורי, מן השנים 651 ו-649 לפסה"נ, שהתגלו בתל גזר (ותל חדיד) ובהם רשומים שמותיהם של 21 שמות פרטיים באחת מהן מוזכר hazzanu, דהיינו שר העיר (של גזר) ובנוסף שם ישראלי אחד: אדם בשם נתניהו הסוחר בקרקע .
לאחר ימי אשור ננטש האתר, עד ימי הממלכה הפרסית, בהם הייתה העיר חלק מפחוות 'יהוד'. קברים עשירים (הקברים הפלשתיים של מקאליסטר), שרידי קירות בתים ובורות מים הם השרידים היחידים שנותרו מהתקופה הפרסית באתר. תקופה זאת נחלקה לשני שלבי יישוב.
התקופה ההלניסטית.
במאות השלישית והשנייה ניתן להבחין ביישוב הלניסטי בעיר. גזר הפכה למרכז הכוחות הסלאוקיים בשפלה ושכן בה מבצר, וממנה יצאו הכוחות להילחם ביהודה המכבי בקרב בית חורון. אחרי הפסדים נוספים בקרב אמאוס נסוגו הכוחות היווניים לגזר. בתל גזר נמצאו ממצאים שונים מהתקופה שלפני כיבוש העיר על ידי שמעון החשמונאי, בהם מטבע של תלמי השישי. בימי המצביא בקכידס נבנה מחדש שער העיר ושופצו ביצוריו. אולם לאחר עזיבתו, כבש שמעון החשמונאי את העיר בשנת 142 לפנה"ס. הכיבוש היהודי של גזר מוזכר גם בגאוגרפיקה של סטראבון, הגם שהוא בלבל אותה עם גדרה.
במחקריו הראה רוני רייך כי שבעה מתקני מים מדורגים שחשף מקאליסטר בשכבה העליונה ביותר בתל אינם אלא מקוואות טהרה שנוספו לגזר לאחר כיבושה בידי שמעון. בכך הוא אושש את המסופר על העתקת אוכלוסייה יהודית שומרת מצוות ממקום לא ידוע (ירושלים?) לגזר. בזיקה לבית אחד הראה רייך כי החדר ובו מקווה הטהרה הוסף לבניין קיים, אל נכון לבניין שפונה מן האוכלוסייה הפגאנית שהייתה בו, וטוהר אחרי הכיבוש.
בנו של שמעון החשמונאי, יוחנן הורקנוס הראשון, קבע את העיר כבסיסו, ובנה בה מצודה (על חורבות שער שלמה, מה שהביא לטעות בזיהוי אצל מקליסטר). שבויים יוונים הוחזקו כנראה באתר, כפי שניתן ללמוד מהכתובת, שנמצאה חרוטה על אבן באתר:
משמע "פמפרס (אומר) : מי יתן ותרד אש השמים על בית שמעון". באתר נמצאו מטבעות דמטריוס השני ואנטיוכוס השביעי, כלי חרס וכלי ברזל.
בקדמוניות היהודים מופיעה בקשתו של יוחנן הורקנוס הראשון מהרומאים בשנת 132 לפני הספירה, לסייע לו כנגד דרישת אנטיוכוס השביעי להשיב לידיו את גזר, יפו ופיגי. מנחם שטרן כתב שהערים נכבשו על ידי אנטיוכוס השביעי ויוחנן הורקנוס ביקש סיוע בהשבתם לידיו.
גזר המשיכה להשתייך לממלכה החשמונאית עד סופה, הגם שהיא חדלה להיות עיר מחוז, ובמקומה שימשה אמאוס.
שער העיר עבר את שיפוצו האחרון לקראת הכניסה לתקופה ההרודיאנית באתר, שכבה I. בימי המלך הורודוס ירד סופית מעמדה של גזר. מספר קברים, בית מרחץ, כמה בקתות וחומה גדולה (לא למטרות הגנה, אלא תחימה) הם שרידי היישוב בתקופה הרומית. מספר קברים נוספים נותרו מהתקופה הביזנטית.
התקופה הצלבנית.
עם כיבוש הארץ על ידי הצלבנים נכללה גזר בתחום הסניורה של רמלה ובמקום היה ככל הנראה יישוב לא מבוצר. בשנת 1177 היה התל זירה לקרב גזר בין צבא ממלכת ירושלים, בראשות בלדווין הרביעי, מלך ירושלים לצבא המוסלמי של צלאח א-דין. הצבא המוסלמי הופתע על ידי צבא צלבני קטן, התמוטט תחת מהלומת ההסתערות של קומץ אבירים, ונמלט על נפשו חזרה למצרים - תבוסה זו הייתה הקשה ביותר שספג המצביא המוסלמי המהולל אך לא הצליחה להציל את הצלבנים מתבוסה מוחצת בקרב קרני חיטין.
שארל קלרמון-גנו זיהה את תל גזר כמונטגיסרד הצלבנית (MontGisart). על פי מחקרו, ובהסתמך על מסמך המתאר את נכסי הכנסייה של המדינה הצלבנית, הוא שיער כי לאחר הקרב הקימו הצלבנים כנסייה על שמה של קתרינה הקדושה בלטינית - Sainte Katerine de Mongisart. חפירות שנערכו בתל גזר לא העלו שרידים למבנים צלבניים - אשר ייתכן ונמצאים באזור שרידי הכפר הערבי.
מהמאה ה-13 עד היום.
מאוחר יותר נעשה שימוש בבית הקברות הביזנטי על ידי תושבים ממלוכים.
למרגלות התל הוקם בתקופה העות'מאנית הכפר הערבי אבו שוּשֶה. בני משפחת מלוויל ברגהיים הצליחו בשלבים לרכוש את כל אדמות התל, אך עקב קשיים כלכליים איבדו אותן. הקרקעות נקנו בשנת 1913 על ידי הברון רוטשילד, ובהמשך עברו לידי הרברט בנטוויץ', שעמד בראש חברת הקרקעות הציונית "מסדר המכבים".