אירוע אחר אופייני לתקופת בוהארי הייתה פרשת עומארו דיקו, שר תחבורה לשעבר. דיקו נמלט מהמדינה זמן קצר אחרי ההפיכה שהדיחה את ממשלת שאגארי, בה היה שותף. הוא הואשם במעילה בשווי 1 מיליארד דולר מתוך רווחי הנפט. בעזרת אנשי המוסד הישראלי, הבולשת הניגרית איתרה אותו בלונדון וסוכנים ניגרים וישראלים סיממו אותו וחטפו אותו לניגריה. הוא הוכנס לשק פלסטיק בתוך ארגז שעליו היה כתוב "מטען דיפלומטי". הארגז עם החטוף הוטס במטוס ריק בואינג 707 של חברת התעופה הניגרית. הקשר נחשף בשדה תעופה בריטי על ידי אנשי ביטחון בריטיים.
במסגרת יוזמה למיגור השחיתות במדינה, בתוך 20 חודשי הנשיאות של בוהארי, כ-500 פוליטיקאים, פקידים בכירים ואנשי עסקים נכלאו באשמת שחיתות.
הדחתו בהפיכה בשנת 1985 ומאסרו.
באוגוסט 1985 הודח הגנרל בוהארי בהפיכה שתוכננה על ידי הגנרל איברהים בבנגידה ועמיתים אחרים במועצה הצבאית העליונה SMC. בבנגידה מינה בממשלו החדש הרבה מקרב אלו שביקרו בחריפות את שלטונו של בוהארי, לרבות אחיו של פלה קוטי, אולוקויה רנסומה-קוטי, רופא שהוביל שביתת מחאה נגד הידרדרות שירותי הבריאות. בוהארי נכלא בבנין סיטי עד שנת 1988. חסידיו משוכנעים שהודח על ידי גורמים מושחתים בממשלו, שחששו כי יובאו בפני משפט בזמנים שמדיניותו התחילה להגיע להישגים בתחום המשמעת הציבורית, הורדת רמת השחיתות, הורדת האינפלציה, העלייה בכוח האדם העובד ושיפור פריון העבודה.
איברהים בבנגידה טען, להפך, שבוהארי נכשל בהתמודדות עם הבעיות הכלכליות של המדינה והבטיח לרענן את הכלכלה הפגועה בעקבות שנים רבות של ממשל לקוי ושחיתות.
יושב ראש ה- Petroleum Trust Fund.
בימי השליט הצבאי סאני אבאצ'ה שהדיח את בבנגידה, בשנת 1988, שוחרר בוהארי מן המאסר והתמנה ליושב ראש הקרן Petroleum Trust Fund (PTF), גוף כלכלי שהוקם על בסיס ההכנסות של ניגריה בעקבות העלייה במחיר מוצרי הנפט, במטרה לקדם מיזמי פיתוח ברחבי המדינה. כתבה בירחון "ניו אפריקן" שיבחה בשנת 1998 את ניהולו "השקוף" של PTF תחת הנהגתו של בוהארי וכינה אותו "סיפור הצלחה" נדיר. עם זאת ציינה הכתבה כי היו מבקרים שתמהו בנוגע להקצאת 20% ממקורות הקרן לצבא שהכנסותיו אינם מדווחים כראוי.
חזרתו לחיים הפוליטיים אחרי 2003.
מאוחר יותר, בעת חזרת ארצו למשטר אזרחי, בשנת 2003 הציג בוהארי את מועמדותו בבחירות לנשיאות ניגריה מטעם מפלגת "כל העם של ניגריה" ANPP. הוא הובס על ידי מועמד המפלגה הדמוקרטית של העם PDP, הנשיא לשעבר, הגנרל בדימוס אולוסגון אובסנג'ו, בהפרש של מעל 11 מיליון קולות.
בדצמבר 2006 שוב נבחר בוהארי למועמד מוסכם פה אחד של מפלגת "כל העם של ניגריה". יריבו בבחירות באפריל 2007 היה מועמד המפלגה הדמוקרטית של העם, עומארו יאר אדואה שמוצאו מאותו אזור, מדינת קצינה. לפי התוצאות הרשמיות של הבחירות 70 % מן הקולות היו בעד יאר אדואה, מול 18 % בעד בוהארי. בוהארי ערער על הממצאים. אחרי כניסתו לתפקיד של הנשיא יאר אדואה, מפלגתו ANPP הסיכמה להצטרף לממשלה בניגוד לדעתו.
במרץ 2010 עזב בוהארי את המפלגה לטובת מפלגה חדשה שהקים עם אחרים: CPC - הקונגרס למען שינוי פוליטי,
אחרי מותו של יאר אדוואה ממחלה, בבחירות הכלליות באפריל 2011 בוהארי היה שוב מועמד לנשיאות מול שלושה מועמדים עיקריים:הנשיא המכהן, גודלאק ג'ונתן מטעם המפלגה הדמוקרטית של העם, מלאם נוהו ריבאדו מטעם קונגרס הפעולה של ניגריה ACN ואיברהים שקאראו ממפלגת ANPP.
בוהארי רץ לנשיאות על בסיס מצע ממוקד במאבק בשחיתות והתחייב להסיר את חסינות המובטחת לבכירי הממשל. הוא הצהיר על תמיכה בחיזוק שלטון השריעה, חוק האסלאם התקף במדינות הצפון של ניגריה, מה שהרחיק ממנו את המצביעים הנוצרים מדרום המדינה.
מערכת הבחירות התלוותה במעשי אלימות בהם איבדו את חייהם כ-800 בני אדם. חסידים של בוהארי תקפו יישובים נוצריים ממרכז המדינה. המהומות שנמשכו שלושה ימים יוחסו לדברי הסתה של בוהארי. למרות טענות ה Human Rights Watch שהגדיר את הבחירות כ"הגונות ביותר בהיסטוריה של ניגריה", טען בוהארי לזיופים. גודלאק ג'ונתן ניצח בבחירות עם 22,495,187 קולות, לעומת ביהארי שהשיג 12,214,853 קולות. אחרי ניצחונו של ג'ונתן הואשם ביהארי בהסתה לאלימות. "אם מה שקרה ב-2011 יחזור ב-2015 הוא אמר, "בעזרת אלהים, גם הכלב וגם הבבון יתרחצו בדם". הוא הבטיח שיהפוך את המדינה לבלתי משילה על ידי הנשיא החדש.
עם זאת חלק מהציבור נטה להעריץ אותו על ביטוייו נגד לשחיתות.
בבחירות 2015 בחר בוהארי כשותף למירוץ כמועמד לתפקיד סגן הנשיא את משפטן והכומר פרופ' ימי אוסינבאג'ו. הבחירות ב-2015 מתקיימות תחת סימן האיום הביטחוני של הארגון האיסלמיסטי הקיצוני בוקו חראם. המחנה של הנשיא ג'ונתן המבקש לחדש את המנדט ביקש פסילתו של בוהאי מלהשתתף במירוץ לנשיאות בטענה שהוא הפר את החוקה. לפי הכללים המקובלים, כדי להציג מועמדות לנשיאות אדם צריך שתהיה לו לפחות תעודה אחת של בוגר בית ספר. בוהאי לא הצליח להביא תעודה כזאת וטען שהתעודות המקוריות שלו אבדו בעת ההפיכה שהדיחה אותו מהשלטון ב-1985.
בבחירות לנשיאות ב-2015 היה בוהארי מועמד מטעם "הקונגרס של כל המתקדמים". מצעו בנוי היה שוב סביב תדמיתו כלוחם בשחיתות ואדם בלתי משוחד וישר כסרגל, בנוסף לנושא הביטחון הפנימי שהפך למרכזי. ביהארי הבטיח שלא יעמיד לדין מנהיגים לשעבר ויעניק חנינה לבכירים שגנבו בעבר בתנאי שיביעו חרטה על מעשיהם.
בינואר נציגים של תנועת המורדים "לאמנציפציה של הדלטא של ניג'ר" MEND העוינים כלפי הנשיא המכהן גודלאק ג'ונתן הביעו דברי תמיכה במועמדותו של בוהארי לנשיאות, אם כי הצהרות אלה יש לקבלן בהסתייגות בהתחשב ליחסו השלילי ביותר של בוהארי כלפי ארגון זה.
האתגרים הביטחוניים; ההתנקשות של בוקו חראם בחייו.
ב-2012 הוזכר שמו של הגנרל בדימוס בוהארי על ידי הארגון בוקו חראם ברשימה של אנשים שנחשבו מקובלים עליו כדי לתווך בינו לממשלה הפדרלית.
ב-2013 הצהיר בוהארי כמה הצהרות שנויות במחלוקת בהן ביקש מהממשלה הפדרלית להפסיק הריגת חברי בוקו חראם והטיל את האחריות על עליית כוחו של ארגון זה על ההשפעה הגוברת של פעילים נוצרים באזורי הדרום. הוא הטיל את אחריות להידרדרות המצב הביטחוני בניגריה על פעילויות של ארגון הדלטא של ניג'ר. הוא תמה על היחס המיוחד של הממשלה הפדרלית כלפי פעילים נוצרים אלה וציער את הריגתם של פעילי בוקו חראם ואת הריסת בתיהם. יושב ראש האיגוד הנוצרי של ניגריה, הכומר איו אוריטזג'פור מחה על דבריו וקרא למעצרו.
במאי 2014 אחרי חטיפת התלמידות בצ'יבוק על ידי אנשי בוקו חראם, גינה ביהארי בחריפות את פעילות הארגון הזה. הוא פנה לניגרים לשים הצידה כל חילוקי דעות דתיות, פוליטיות ואחרות כדי למחוץ את המרד, שלדבריו, משך קנאים מטורפים המתחזים למוסלמים". ביולי 2014 ניצל בוהארי מהתנקשות באמצעות מתאבד עם פצצה בקדונה, פיגוע שעלה את חיי 82 בני אדם.
בדצמבר 2014 בוהארי התחייב כי יגביר את הביטחון במדינה אם ינצח בבחירות בהתחלת שנת 2015.
תוך כדי התערערות המצב הביטחוני בחלק מהמדינה בגלל מתקפות ומעשי הטבח המרובים של הארגון בוקו חראם ומצב חוסר האונים לכאורה של ממשלת הנשיא גודלאק ג'ונתן נוכח אירועים אלה, התחילו הרייטינג של בוהארי התחיל לעלות בסקרי דעת הקהל. בנסיבות אלה, בעילה ביטחונית, החליטו השלטונות בעצת גורמי ביטחון החלטה שנויה במחלוקת לדחות את הבחירות שהיו צריכות להתקיים ב-14 בפברואר 2015 עד ל-28 במרץ 2015. הועלה חשד כי הבחירות נדחו כדי לעצור את העלייה בפופולריות של בוהארי. הנשיא גודלאק ג'ונתן הכחיש שהיה מעורב בעניין.
דעות לגבי חופש הדת.
בעבר תמך בוהארי ביישום השריעה במדינה. הוא צוטט בשנת 2001 אומר: "אני אמשיך להראות באופן גלוי ובתוכי את מחויבותי המלאה לתנועת השריעה הסוחפת את כל ניגריה", והוסיף "בעזרת האל, לא אעצור את התנועה ליישום מלא של השריעה בארץ".
ב-4 בינואר 2014 הכריז בוהארי שהוא בעד חופש הדת, שכל ניגרי צריך שיהיה חופשי ובטוח לנהל את חייו הדתיים לפי האמונות השונות: "לעולם לא צריכה הדת להוות תירוץ לפילוג בינינו, לדיכוי או לפריבילגיות. כל חיי הבעתי את אמונתי שכל הניגרים צריכים לעבוד את האל בהתאם לרצונם". הוא דחה את הטענות כי יש לו אג'נדה אסלאמיסטית רדיקלית. ב-6 בינואר 2015 אמר: "מפני שלא יכולים לתקוף את הרקורד שלי, הם מאשימים אותי באופן כוזב בשוביניזם אתני, הם מאשימים אותי באופן כוזב בפונדמנטליזם דתי. מפני שאינם יכולים לתקוף את הרקורד שלי, הם מאשימים אותי באופן שקרי באלימות בחירות - בעוד שאנו דרשנו רק שלום. אפילו כראש מדינה, לא נכפה לעולם את השריעה". ב-12 בפברואר 2015 הצהיר כי שריעה איננה יכולה להיות החוק של ניגריה".
החל ממאי 2016 נודע על בעיות בבריאותו, יצא למספר חופשות מחלה ונסיעות לבדיקות רפואיות בחו"ל.
חייו הפרטיים.
מוחמדו בוהארי התחתן פעמיים. בשנת 1971 התחתן עם ספינאטו לבית יוסוף, שהייתה הגברת הראשונה של ניגריה בשנות שלטונו באוגוסט 1985 - דצמבר 1983. נולדו להם 5 ילדים: 4 בנות ובן. הבת הבכורה, זולייכט נפטרה בגיל 40 בנובמבר 2012 מאנמיה חרמשית, יומיים אחרי שילדה תינוק. בשנת 1988 בני הזוג התגרשו. הגרושה, סאפינאטו, נפטרה בינואר 2006 מסיבוכי סוכרת והובאה לקבורה בבית הקברות המוסלמי אונגוואר רימי.
בדצמבר 1989 נשא בוהארי לאשה את עיישה לבית חלילו. מנישואים אלו נולדו עוד בן וארבע בנות.
החל מחודש מאי 2016 הנשיא בוהארי סבל מבעיות בריאות, יצא לחופשות מחלה ארוכות, וצמצם את הופעותיו הציבוריות.
אלי בין
רב-מגן אלי בין (נולד ב-12 בנובמבר 1963) הוא מנכ"ל מגן דוד אדום מאז שנת 2005.
ביוגרפיה.