בין הפעילויות הראשונות של האגודה היה סקר שיטתי של מים רדודים (עד 12 מטר עומק) בחופי הים התיכון של ישראל. בשנת 1964 הוקמה ה"אגודה לסקר ארכאולוגי של ישראל". הנהלת אגודת הסקר החליטה לשתף את צוללי ה"אגודה למחקר תת-ימי בישראל" במבצעיה. באוגוסט 1964 הצטרפו לסקר היבשתי חוליות צוללים שביצעו סקר תת-ימי בין נווה ים לחיפה. בעקבות גילוי שדרית ספינה בתל חרייז, ליד קיבוץ החותרים, התארגנה משלחת ונמצאו שרידי ספינות מהתקופות הפרסית והרומית, שכללו כלי חרס מטיפוס ידית סל פרסית, עוגן עופרת, מסמרי נחושת ועוד. בנוסף התגלו שרידי ישוב נאוליתי שכוסה על ידי הים, שכללו: עצמות, מוקד שרפה, קובעת בזלת וקערת אבן. לימים התגלו חלקים נרחבים באתר תל חרייז ובאתרים נאוליתיים מוצפים נוספים (עתלית-ים, נווה ים, כפר סמיר, כפר גלים, מגדים) שנחקרו על ידי אהוד גלילי בעבודות מוסמך ודוקטורט ומחקרים שביצע במסגרת אוניברסיטת חיפה ורשות העתיקות. בסקר שביצעה האגודה בתל חרייז נלמדו לקחים ראשונים אודות ניידות החולות וחשיפת שטחים על קרקעית הים. הסקרים שבוצעו הקיפו אזורים שונים, תוך מעקב מתמיד אחר חשיפתם של שטחים חדשים. סקרים מקיפים בוצעו בשלושת הנמלים העתיקים הבנויים (עתלית, עכו וקיסריה) ובמעגנים העתיקים לאורך החוף הישראלי. נאסף מידע רב, ששימש בעתיד כבסיס להרחבת הפעילות וביצוע משלחות חפירה במקומות שונים בארץ, ובעיקר בנמלים העתיקים.
ספינת נפוליאון במעגן דור.
במרץ 1968 התקבלה במשרד האגודה ידיעה על גילוי תותח מזהב ליד אי שחפית בטנטורה (דור). צוללי האגודה יצאו למקום על מנת לבדוק את הידיעה. תותח ה"זהב" לא נמצא, אולם במהלך הסקר נתגלו פגזי מרגמה מברזל ורובי מוסקט מכוסים בצימדת ים. כעבור חודש ימים התקיימה באתר משלחת בראשותו של יוסף גלילי, במהלכה נסרק האזור ביסודיות ונתגלו, בנוסף למכלול הרובים וכדורי המרגמה, גם שני עוגנים גדולים, חלקי עץ של ספינה ותותח סיפון על ציר. חלק מהרובים נימשה ובצילום של אחד מהם נראה בבירור כדור עופרת עגול בקנה. מסתבר שכלי נשק אלו שייכים לצבא נפוליון, שהושלכו לים בעת נסיגתו מעכו דרך דור. לימים הורחבו הסקרים באזור זה על ידי אגף העתיקות ונתגלו תותח ומרגמה עשויים ברונזה, המוצגים כיום במוזיאון המזגגה בקיבוץ נחשולים. ייתכן ואחד מתותחי ברונזה אלו אובחנו בעבר בטעות כ"תותח הזהב".
סקרים בחוף מושב מגדים.
בנובמבר 1968, נתגלו לסירוגין ממצאים רבים על קרקעית הים סמוך למושב מגדים. בסקר ראשון שנערך במקום נתגלו מטבעות ברונזה וכסף, מספר עוגני אבן, קערות, אביזרי פרזול וקישוט מברונזה, ואבן רחיים מבזלת, המעידים על שבר ספינה מהתקופה הממלוכית. במשלחת זוטא שהתקיימה במקום נתגלו חלקי פסלים הלניסטיים וממצאים מהתקופה הביזנטית. היו השערות שונות למגוון הממצאים, ולימים התברר שהיו אלו שלוש ספינות שנטרפו זו ליד זו בפרקי זמן שונים. עד לעת האחרונה מתגלים ממצאים חשובים רבים באזור זה על ידי צוללי היחידה לארכאולוגיה ימית ברשות העתיקות. בשנת 1969 נערך סקר באזור מגדים דרום, במהלכו התגלה מטען ספינה הכולל שני תותחי ברונזה, מטבעות כסף ועשרות כלי בישול גדולים מברונזה. בשנת 1970 התגלה בחוף הצפוני של מושב מגדים תותח ברונזה ימי גדול מהמאה ה-16 עם מרכב העץ עליו היה מוצב. אנשי האגודה תיעדו את התותח ושרידי מרכב העץ על קרקעית הים וארגנו ספינה עם מנוף כדי למשותו מהים. בבואם לאתר גילו כי התותח נעלם ועל קרקעית הים נותרו מספר כלי עבודה ושרידי גרירה, והתברר שהתותח נגרר אל החוף בידי אלמונים. לאחר כמה ימים
התברר כי חברי קיבוץ החותרים, שלא ידעו כי התותח נחקר על ידי אנשי האגודה, משו אותו באמצעות טרקטור. התותח הועבר למוזיאון הימי בחיפה שם היה מונח כמה שנים. יוסקה פרסם כתבה בעיתון של חיפה תחת הכותרת "למוזיאון הימי דרוש תורם לבניית מרכב לתותח עתיק שהתגלה על קרקעית הים" בעקבות הכתבה נמצא תורם בשם חיים כפרי מחברת אורלן. אודי הכין תוכנית של חלקי העץ והפרזול ובנה מרכב חדש עליו הוצב התותח בחזית המוזיאון הימי.
תותח ברונזה נוסף מספינה זו, נושא עיטורים מרהיבים, התגלה שנה מאוחר יותר על ידי שני דייגים חובבים במרחק כעשרים מטרים מהחוף. אודי הוזעק למקום מטעם האגודה ובעזרת חברי הקיבוץ גרר את התותח לחוף ותכנן להציבו בחזית המוזיאון לצד התותח הראשון. אולם לאחר הליך משפטי התברר כי חוק העתיקות המנדטורי, שהיה בתוקף בתקופה זו, אפשר למוצא לשמור ברשותו את העתיקות שמצא. עקב כך ניתנה הנחיה להעביר את התותח לידי הדייג שמצא אותו, וברשותו הוא נמצא עד היום. ארבעים ושלוש שנים לאחר מכן, בקיץ 2013 נסגר המעגל. אודי ובנו אופק צללו באתר וגילו תותח ברונזה נוסף השייך לספינה. התותח נמשה מהים והועבר לטיפול ברשות העתיקות. מחקר שנערך העלה כי התותחים שייכים לספינה ונציאנית מהמאה ה-16 שנטרפה בחוף מגדים.
סקרים בחוף עתלית.
בחודש נובמבר שנת 1977, לאחר הסערות של ראשית החורף, איתרו צוללי האגודה במפרץ הצפוני של עתלית שרידי מטענים של שני כלי שיט, האחד מהתקופה הפרסית והאחר מהתקופה ההלניסטית. בין חפצי הברונזה שהתגלו היו: סיכות רכיסה, רגל כיסא, מסמרים, שברי פסלים, קרסים ומחטים לתיקון רשתות דייג. בשנת 1978 התגלו במפרץ הצפוני בעתלית שרידי מטען כלי שיט מימי הביניים, אבני בליסטרה, עוגן ברזל וקסדת ברונזה ממלוכית. לימים גילה אהוד גלילי במקום תותח ברונזה וארבעה תותחי סיפון בעלי ציר סיבוב מהמאה ה -15. הסתבר כי אבני הבליסטראות שהתגלו בעבר הם למעשה פגזי התותח. בסקר תת- ימי שנערך צפונית לנווה ים התגלה ותועד מטען של אבני רחיים עגולות מבזלת (רכבים בלבד). המטען תועד וצולם ושבע אבני רחיים נמשו לצורכי מחקר ותצוגה במוזיאונים.
סקרים בחופים הדרומיים של חיפה.
בשנים 8–1967 נחשפו לראשונה אזורים נרחבים על קרקעית הים בחופים העירוניים הדרומיים של חיפה, כתוצאה מסחיפת החולות על ידי סערות הים וכריית חול לצורכי בנייה. באזורים שנחשפו התגלו מטענים של מספר ספינות שהיו נתונות לשוד עתיקות בידי דייגים. בסקרים תת-ימיים שערכו חברי האגודה במטרה להקדים את שודדי העתיקות התגלו מטעני ספינות מתקופות שונות . בסקר שערכו יוסף ואהוד גלילי בגזרה המרכזית של החופים העירוניים התגלה מטען ספינה מהתקופה הרומית המאוחרת. בסקר זה נעשה לראשונה שימוש מוצלח באב טיפוס של מגלה המתכות התת-ימי שפותח על ידי הראלד אג'דטון ושנתרם לאגודה כמה שנים קודם לכן. מול סוכת המצילים בחוף זמיר איתר מגלה המתכות שרשרת ברונזה עם תליון בדמות אבר מין זכרי, ששימש סגולה לפוריות. כן התגלו מספר חפצי ברונזה ועופרת, מטבעות וארבעה פסלוני ברונזה של האלים אפרודיטה, ארטמיס וצמד הדיוסקורים, התאומים קסטור ופולוקס, בניו של זאוס ומגני יורדי הים. בגזרה הדרומית נתגלו עוגני אבן, מטבעות כסף (טטרדרכמות) צוריות מהמאה הראשונה לפני הספירה וכן חפצי מתכת, מסמרי נחושת ולוחות עופרת שציפו את גוף הספינה. באזור זה התגלו גם מספר מטבעות ברונזה וזהב מהמאה ה־9 לספירה, שמקורם ככל הנראה בספינה אסלאמית שנטרפה במקום. מטען ספינה נוסף מהתקופה ההלניסטית נחשף בגזרה הצפונית של החופים העירוניים וממנו לקחו דייגים ומצילים מאות מטבעות כסף של מלכים סלאוקיים משושלת אנטיוכוס, שמשלו בסוריה ומלכים מבית תלמי, שמשלו במצרים ובארץ ישראל. חלק מהמטבעות הגיעו למוזיאון העירוני בחיפה, אך רובן הגיעו לשוק העתיקות ונמכרו לכל המרבה במחיר. מטען של מטילי בדיל נדירים הנושאים סימני כתב קדום, נימשה מהגזרה המרכזית בידי דייגים ונמכר למתקן רדיאטורים (מצננים), שמחזר את המטילים ועשה בהם שימוש לתיקון מכוניות. כאשר התגלה הדבר, נרכשו מספר מטילים מבית המלאכה לתיקון מצננים וכיום הם מוצגים במוזיאון הארץ ובמוזיאון הימי בחיפה.
סקרים תת-ימיים נוספים התקיימו במעגן אפולוניה, באשקלון וסמוך לכפר הנוער נעורים. בסקרים התגלו שרידים רבים של ספינות טרופות ומטענים.
חופי סיני – סקרים וחפירות באי האלמוגים (ג'זירת פרעון).