מתוך החלטה שקבוצת האקס-מן צריכה לשמש בתפקיד חיפוש והצלה וכן להציג את המוטאנטים באשר הם באור חיובי יותר, סייקלופס בחר קבוצה חדשה, "אקס-מן המדהימים", שהפכה בבוא הזמן לסדרת הדגל של אקס-מן בידי חברת מארוול. הקבוצה התמודדה עם הנבל החוצני אורד מכוכב הלכת ברייקוורלד, אשר סיפק למדענית קביטה ראו "תרופה" למוטציה. הקבוצה הביסה את אורד, לא לפני שהיא לומדת שאחד מחבריה יהיה אחראי להשמדת הכוכב בשנה הקרובה. מעט לאחר מכן, חדר הסכנה של הקבוצה מקבל בינה מלאכותית, ו"היא" קראה לעצמה בשם "דיינג'ר". דיינג'ר לבשה צורה אנושית, התקיפה את האקס-מן וחיפשה להרוג את אקסבייר. היא גילתה לקבוצה שאקסבייר ידע שהיא בעלת מודעות עצמית מאז שטכנולוגיית השי'אר הותקנה בה לפני מספר שנים, ובחר להתעלם מכך ולאמן בעזרתה את קבוצות האקס-מן בצורה לא אנושית. לאחר שהקבוצה הובסה באי ג'נושה, חברי הקבוצה עזבו את אקסבייר מלאי תחושת גועל, וסייקלופס לא הסכים לקבל את פניו בבית הספר לילדים מחוננים. כמו כן, סייקלופס הדריך יחידת מוטאנטים חדשה בשם "קורסאיירס" על שם אביו. היחידה כללה את דריאד, קוויל, ספקטר ואת קוקיות סטפורד הנותרות.
במהלכו של טיפול תרפיה טלפתי, אמה פרוסט הציגה בפני סייקלופס את האפשרות שמקור חוסר השליטה שלו במטחי האנרגיה האופטיים נובע לא מנזק מוחי אלא ממחסום מנטלי שסקוט הצעיר כפה על עצמו לאחר הטראומה המשולבת ממות הוריו, הפרדתו מאחיו וההתפתחות הפתאומית של כוחותיו. הדבר נתפס כמו מנגנון התמודדות, שנתן לסקוט משהו להתמקד בו ושמר על סוג של שליטה בתקופה בה מאורעות יצאו מכלל שליטה בחייו וניפצו את חייו עד לאותה נקודה.
סקוט התוודה שתאוריה זו היא נכונה, ושהוא חסם ממוחו אפילו את העובדה שקיבל את ההחלטה, לשמר את ההפרכה שבכך ולמנוע מאחרים לגלות את ה"סוד" שלו. הגיליון הסתיים כאשר סקוט נמצא במצב קטטוני, עיניו חשופות ובעלות גוון טבעי חום ללא חשש להתפרצות כוחותיו. בהמשך התברר כי הוא קיבל שליטה זמנית עליהם.
בריאה קטלנית, מלחמת אזרחים.
לאחר אירועי "בית אם", כמעט כל המוטאנטים הופשטו מכוחותיהם, ואקסבייר נעדר. נבל מסתורי התקיף את קבוצת אקס-מן והביס כמה מחבריה בקלות, ביניהם סייקלופס ובתו מהמציאות החלופית רייצ'ל. השניים נלכדו ונלקחו למיקום לא ידוע, אותו סייקלופס זכר במעומעם מהעבר. הם הצליחו לשחרר את עצמם ולהימלט, אך לבסוף נתקלו בחוטפיהם, וולקן, שיידע את סייקלופס כי הוא אחיו הצעיר. אקסבייר גם אישר זאת לקראת סופו של הסיפור, דבר שהעכיר יותר את האווירה בין המורה לתלמידו. סייקלופס דרש מאקסבייר לעזוב את בית הספר, וכי המקום איננו שלו יותר.
סייקלופס הכריז על נטרליות יחד עם חמשת חברי האקס-מן הנותרים בנוגע למלחמת האזרחים של יקום מארוול. הוא גילה סימפתיות לעמדתו של קפטן אמריקה, שכמו האקס-מן גם הוא נרדף בשל הרצון לעשות את מה שנכון, אולם הוא גם האמין שהאקס-מן סבלו אבדות רבות עד כה בשביל לנקוט בעמדה נחרצת בשל הפשטת הכוחות ההמונית שהתרחשה לאחר אירועי "בית אם". בישופ עזב את הקבוצה כדי להצטרף לתומכי חוק רישום העל-אנושיים וכדי לרדוף אחר המוטאנטים העריקים. סייקלופס עזר לחבורת האקס-מן העתידית להשיב את המוטאנטים הלכודים, וזאת באמצעות שליטה מנטלית. כמו כן, הוא התקיף את בישופ על ידי כך שהוא גרם לעומס יתר בספיגת האנרגיה שלו.
תסביך משיח, הייעוד הגלוי.
סייקלופס הוביל את הקבוצה לאלסקה, שם סרברו איתר מוטאנט חדש - תינוקת שרק נולדה. בהגיעם למקום, הם מצאו שכל הילדים בעיירה מתו, מספר מחברי "המשוטטים" ו"המטהרים" מתו, וכי התינוקת עליה מדובר אינה נמצאת. הוא שלח קבוצה המונה את וולברין, נייטקרולר, אנג'ל וקולוסוס כדי למצוא את חברי "השוליות" לשעבר למידע על "המשוטטים". הוא התווכח עם אקסבייר על כך שלא אמר לו לגבי קבוצתו. סקוט אמר לו שאלה אינם האקס-מן שלו יותר וכי הוא יכול לעשות מה שהוא רוצה. בנוסף, הוא קרא לקבוצת אקס פקטור חקירות לעזור עם הסיטואציה, ביקש מריקטור להסתנן לתוך "המטהרים" וביקש ממדרוקס וליילה מילר להפגש עם פורג'. סייקלופס למד שקייבל חטף את התינוקת המוטאנטית, והורה על הרכבתה של קבוצת אקס פורס חדשה כשוולברין עומד בראשה. משימתם הראשונה הייתה לרדוף אחר קייבל ולהשיג את התינוקת. לאחר מכן, סייקלופס שבר את כל קשריו עם אקסבייר ואמר לו לעזוב את האחוזה, וזאת משום שאקסבייר המשיך לפקפק בשיקוליו. סייקלופס נראה יחד עם קבוצתו ולצד אקס פקטור, כדי לעזור לוולברין נגד קבוצת "הבוזזים" ולהשיב את התינוקת מידיו של קייבל.
סייקלופס מצא את מקום מחבואם של "המשוטטים" באי מיואר ושלח לשם את אקס פורס ואת בישופ. במהלך הקרב הסופי, סייקלופס שלח את האקס-מן החדשים נגד "המשוטטים", בהאמינו כי כוחותיו של סיניסטר יופתעו אם יתקלו ביריבים לא מוכרים. התברר כי התלמידים החדשים יעילים ביותר. סייקלופס התעמת חזיתית עם קייבל על החזקה בתינוקת. קייבל החזיק אקדח שלוף על אביו ומתחנן בפניו שיאפשר לו לברוח לעתיד עמה, אך הוא מוסר לו את התינוקת לאחר שאקסבייר מציין שעתידם של כל המוטאנטים מונח על כף המאזניים וכי סייקלופס, מנהיג האקס-מן, מדבר בשם כל המוטאנטים. סייקלופס החזיק בתינוקת, ובהבינו כי היא ראויה לסיכוי לעצב את גורלה במו ידיה, מוסר אותה בחזרה לקייבל. קייבל השתגר לעתיד בדיוק כשבישופ ירה לעבר התינוקת. הירייה מחטיאה אותה ופגעה באקסבייר בראשו. סייקלופס ירה בבישופ בעזרת מטח אנרגיה והכריז על פירוקה של קבוצת האקס-מן.
במהלך תקופה זו, סקוט יוצא לחופשה עם אמה בארץ הפראית לאחר שסירב להצעתו של טוני סטארק לצרף את האקס-מן ליוזמת חמישים המדינות. הם ענו לבקשת העזרה של וורן בסן פרנסיסקו. השניים חזרו ומצאו את סן פרנסיסקו תחת שליטתה של מרטיניק ג'ייסון, בתו של המאסטרמיינד המקורי ג'ייסון וינגארד. הם שחררו לא רק את וורן והאקס-מן משליטתה, אלא גם את העיר כולה. כתוצאה מכך, ראש העיר הציעה לקבוצת האקס-מן להתמקם בעיר בדרך קבע. לאחר שהשלימו את בניית מפקדתם החדשה בעיר, סייקלופס שלח בעזרת אמה פרוסט קריאה טלפתית לכל המוטאנטים באשר הם שסן פרנסיסקו היא כעת מקום מפלט למוטאנטים וכי כולם מוזמנים להצטרף אליהם. הקבוצה מאושרת בידי כוחות העיר, ביניהם המשטרה, ששוכרים את האקס-מן לעזרה במקומות שמחוץ ליכולתם.
סייקלופס שלח את וולברין כדי לאתר את מיסטיק והקים מחדש את קבוצת אקס פורס כיחידת מבצעים מיוחדים אשר משימתה היא לסכל איומים שונים לגזע המוטאנטים אשר אינם ניתנים לטיפול בדרך הרגילה תחת עינו הפקוחה של הציבור. סייקלופס מינה את וולברין למנהיג הקבוצה ושמר עליה בסוד מחברי האקס-מן האחרים, ביניהם גם פרוסט הטלפתית (סייקלופס יצר מעין "קופסה שחורה" במוחו כדי למנוע ממנה לדלות את המידע). כמו כן הוא דרש שקבוצת אקס פורס תישאר חשאית אף מעיני הציבור. אולם, סייקלופס השתמש בחברי האקס-מן בחלק מהמשימות של אקס פורס, כמו חיה וקוקיות סטפורד. למרות מאמציו להסתיר את הקבוצה, היא איננה זהירה, וחבריה מותירים בגדים מוכתמים בדם מסביב ומעלים את חשדותיה של פרוסט. המחלוקת על מנהיגותו של סייקלופס עולה שוב בעקבות פלישת גזע הסקרול החוצני לסן פרנסיסקו, שבה הוא אישר שימוש בלוחמה ביולוגית נגד הסקרול בידיעה שהדבר ידביק אותם בגרסה עדכנית של וירוס הירושה אותה יצר חיה, בלי הבדיקה המוקדמת שקיימת גם תרופה.
מלחמת המשיח.
במהלך מעורר מחלוקת נוסף, סייקלופס שלח את אקס פורס לאתר את מלכת המצורעים, שהדביקה מוטאנטים בווירוס הירושה כדי להשתמש בכוחותיהם נגד בני האדם ובכך להעלות את ההיסטריה האנטי-מוטאנטית. חיה איתר את קייבל בעתיד וסייקלופס פקד על חברי אקס פורס לנטוש את משימתם הנוכחית כדי לעזור לקייבל ולתינוקת, הופ, בעתיד. הוא קיבל את ההחלטה הקשה להפעיל את מכונת הזמן למרות הידיעה שמלכת המצורעים חטפה את סורג', בום-בום והליון ומתכוונת להרוג אותם. דומינו עצמה נמצאה במרחק של כמה רגעים מלהרוג את מלכת המצורעים, כאשר הקבוצה שוגרה לזמן העתיד ומלכת המצורעים ירתה בראשה של בום-בום ושולחת את סורג' ואת הליון לבניין האו"ם, בו מתרחשת התקפה נוספת. עם שובו, וולברין התעמת עם סייקלופס על החלטתו והסיכון שלקח בעקבות זאת.
מחאה אנטי-מוטאנטית ושובה של מדלין פריור.
סיימון טראסק שחרר לתקשורת צילומים מהעיר קופרטאון, אלסקה, והוא התכוון להשתמש בכך כדי להטעות את הציבור לחשוב שההרס נגרם בידי משיח מוטאנטים חדש שנולד, ולא קבוצת המטהרים. הצילומים, יחד עם קבוצת שונאי המוטאנטים החדשה אותה הקים, "קואליציית אנושות עכשיו!", הובילו להצעת חוק אנטי-מוטאנטית שמבקשת לשלוט ברבייתם של המוטאנטים. בעקבות כך התחילו להתרחש פשעי שנאה נגד מוטאנטים, מה שאילץ את סאמרס לפתוח את שערי אחוזת אקס לכל אלה אשר מחפשים מקלט. בתקופה זו, החשאיות הגוברת שלו לגבי קיומה של קבוצת אקס-פורס וחשדותיה של אמה לגבי דבר מה אותו הוא מסתיר ממנה גרמו לקרע בין השניים. אמה נשמעת לעצתה של סטורם כי מעשיו של סייקלופס הם לטובת המוטאנטים, ומצטרפת לקאבאל של נורמן אוסבורן בניסיון משלה להבטיח את שלומם של המוטאנטים.