נראה היה ששאלת הנציגות העליונה של ערביי פלסטין נפתרה בעזרת התערבותה הישירה של הליגה הערבית, אולם כעבור זמן קצר מאוד נתברר שהשאלה עדיין לא נפתרה. הכוחות ה"צעירים" והמשכילים, הבלתי-מפלגתיים, ארגוני הפועלים והקומוניסטים לא שותפו בוועד העליון ולא הכירו בו. הם דרשו בחירות דמוקרטיות לוועד חדש ואף כמה מחברי הוועד עצמם לא השתתפו בישיבותיו (ח'אלידי, נשאשיבי, עלמי וסלאח). חלקם התעלמו ממנו ואחרים אף תקפו אותו בגלוי. מלבד זאת, מאחר שהמפעלים האופרטיביים היחידים של הפלסטינים - משרדי התעמולה ו"המפעל הקונסטרוקטיבי" ו"קופת האומה" (שמטרתם "הצלת קרקעות"), לא היו כפופים לוועד, נותר הוועד גוף של מכריזי הכרזות בלבד, ללא סמכות וכוח ביצוע בשאלות רבות.
בסוף ינואר 1946 הותר לג'מאל אל-חוסייני לשוב לארץ ישראל, ומיד עם שובו לקח לידיו את המנהיגות הראשית במפלגה החוסיינית ובוועד הערבי העליון.
בחודש מרץ נתפרק הוועד בגלל סכסוכים בין המנהיגים וחוסר פעולה. ג'מאל אל-חוסייני מינה באותו חודש ועד עליון חדש, ורצה להרחיב אותו: לצרף לו שני נציגים של כל אחת מחמש המפלגות המסורתיות (שכבר לא היו קיימות למעשה) שמחוץ למפלגה החוסיינית, שבעה נציגים "חוסייניים" ו-12 "נייטרליים" (שכמעט כולם מקורבים לחוגים החוסייניים). אלא שמנהיגי חמש המפלגות האחרות לא נענו להזמנה והודיעו כי אינם מכירים בוועד החדש, ומאוחר יותר הקימו ועד נגדי בשם "החזית הערבית העליונה" (אל-ג'בהה אל-ערביה אל-עליא), המורכב מנציגי חמש המפלגות. בכך הביא מסע ההשתלטות של החוסיינים לחידוש החזיתות המקובלות של החוסיינים ומולם אופוזיציה. שאלת המוסד המייצג נפתרה לבסוף בחודש יוני, כאשר מינתה הליגה הערבית מגבוה ועד עליון לערביי פלסטין: חג' אמין אל-חוסייני (נשיא שאין מזכירים את שמו בגלוי. רשמית: "מקום הנשיאות פנוי"), ג'מאל אל-חוסייני (ממלא מקום הנשיא), ד"ר חוסיין אל-חאלידי (מזכיר), אחמד חלמי ואמיל אל-ע'ורי (חברים). בכך סמכה הליגה את ידיה על המנהיגות של החוסיינים. הגוף החדש הוקם עתה בשם "המוסד הערבי העליון" (אל-היאה אל-ערביה אל-עליא), והוא הוכפף ל"ועדת פלסטין" של המזכירות הכללית של הליגה הערבית, לשם פיקוח על תוכניות הסיוע עבור ערביי ארץ ישראל. בתחילת מאי 1946 החליט הוועד הערבי העליון על הקמת "בית האוצר הערבי" (בית אל-מאל אל-ערבי) כמוסד הפיננסי המרכזי של התנועה הלאומית הפלסטינית, שנועד לרכז את גביית הכספים מהציבור הפלסטיני ואת התרומות מארצות ערב, ולממן את פעילות המוסדות הלאומיים של הפלסטינים. באפריל 1947, לאחר מסע לחצים שכלל הטלת חרם על "קופת האומה", הושלמה השתלטות הוועד עליה. באותו הזמן החל לפעול "בית האוצר הערבי", אולם הצלחתו בגיוס כספים מערביי ארץ ישראל הייתה זעומה.
בינואר 1947 צירף אמין אל-חוסייני אל הוועד שמונה חברים נוספים, ללא התיעצות עם מזכירות הליגה הערבית או עם חברי הוועד שאינם נמנים עם "החוסיינים".
הרכב הוועד החדש איחד את מרבית הפלגים של ערביי ארץ ישראל והצליח לצבור כוח משמעותי, לייסד סניפים ולהשיג כספים.
באותו חודש הוזמן הוועד על ידי ממשלת בריטניה לוועידה בלונדון על בעיית ארץ ישראל.
לקראת ועידת לונדון בינואר 1947, התעקש הוועד הערבי העליון על השתתפותו של אמין אל-חוסייני, אולם שר החוץ הבריטי, ארנסט בווין, לא רצה בהשתתפותו, מחשש שהופעתו תעורר זעם בעולם ושהדבר יגרום לסוכנות היהודית לא להגיע לשיחות. בווין ביקש משליטי מדינות ערב שיניאו את חוסייני מכוונתו להגיע, והוועד הערבי העליון הסכים לכך. בתמורה לאי הגעתו, שוחררו 25 עצורים ערבים, ובווין הבטיח שהממשלה לא תתמוך בחלוקה והסכים לכך שהמשלחת הערבית לא תשב פנים אל פנים עם המשלחת היהודית.
במאי 1947 הוחלט באו"ם כי הוועד הערבי העליון ייצג את ערביי ארץ ישראל כלפי האו"ם.
הוועד הערבי העליון במלחמת העצמאות 1947–1948.
מלחמת העצמאות פרצה לאחר שהוועד הערבי העליון החליט לדחות את החלטת החלוקה עוד לפני שהתקבלה, כדבריו של חבר הוועד, ג'מאל אל חוסייני: "פלסטין תתמלא באש ובדם [אם היהודים יקבלו חלק ממנה]" ב-24 בנובמבר 1947 וכן דחה אותה רשמית ביום החלטת האו"ם.
יומיים לאחר ההחלטה, הכריז הוועד על שביתה כללית בת שלושה ימים.
מתחילת המאורעות ועד להכרזה על הקמת מדינת ישראל וההצטרפות הרשמית של מדינות ערב למערכה (נובמבר 47' עד מאי 48'), נחשב הוועד הערבי העליון במידה רבה לגוף השלטוני הראשי המייצג את ערביי ארץ ישראל, ומוביל המאבק כנגד היישוב היהודי. כוחו של הוועד התבטא בתקופה זו בין השאר בהקמתן של תנועות נוער פלסטיניות, אשר התבססו על מודל סמי-צבאי, הכולל לבישת מדים. בין ארגונים אלו היו הנג'אדה והפואתוה, אשר נשאו בחלק נכבד של הלחימה בתקופה זו. כמו כן, פעל לשם ארגון מספר וועדות פנימיות למען ארגונה של ההגנה הערבית.
לוועד הערבי העליון היה מסונף "ארגון נשות פלסטין". מתיאל מוע'נם, נוצרייה ילידת לבנון שהתגוררה בירושלים ועמדה בראשו, אמרה בראיון ב-10 בינואר 1948: "מרגע שהוכרזה 'מלחמת קודש' אין שום סיכוי [למדינה היהודית] לשרוד. הסוף יהיה שכל היהודים ייטבחו". עז א-דין שוא, נציג הוועד בלונדון, אמר לדיפלומט אמריקני ב-21 בינואר 1948 שהערבים עומדים "להטיל את היהודים בפלסטין אל הים".
ב-6 בפברואר 1948 הכריז הוועד הערבי העליון שלעולם לא יכיר בחוקיות החלוקה או בסמכותו של האו"ם ליישם אותה. ב-7 בפברואר דחתה הליגה הערבית את דרישת הוועד הערבי העליון להקמת ממשלה פלסטינית זמנית במקביל לפינוי הבריטי, ולמסירת השלטון באזורים המפונים לידי "ועדות לאומיות". כמו כן, הליגה לא אישרה מינוי נציג של הוועד ליד המפקדה הכללית של צבאות הפלישה לארץ ישראל.
ב-8 במרץ 1948 כתב אמין אל-חוסייני איגרת אל ממשלות סוריה, מצרים ולבנון, בה הצהיר כי הוועד הערבי העליון החליט שאף ערבי פלסטיני לא יורשה לעזוב את הארץ בלי הסכמתו, וכי "הערבים הפלסטינים המרובים שעזבו את ארצם מאז תחילת הקרבות", יחויבו לחזור "למען האינטרס הלאומי". לפיכך ביקש משלוש הממשלות שתסרבנה להאריך את רישיונות ישיבתם ולהוציא רישיונות חדשים בלי הסכמת הוועד הערבי העליון.
בתוך "המוסד הערבי העליון" (שמו החדש של הוועד הערבי העליון) היו מתחים שהביאו להתפטרות שניים מחבריו, ונערכו ויכוחים סביב החזרה לארץ ישראל, שהביאו לביקורת קשה שנמתחה על המוסד בקרב הציבור הפלסטיני. מספר חודשים לפני הפינוי הבריטי (במאי 1948), בכינוס מנהיגים פלסטינים בדמשק, הציע ד"ר חוסיין אל-ח'אלידי "להציל את כבוד המוסד הערבי העליון" על ידי חזרת כל חבריו לירושלים. אולם חבריו לא קיבלו את ההצעה והעדיפו להישאר בקהיר, שהייתה מרכז הפעילות הבינערבית.
במהלך מרץ 1948 דחה הוועד הצעה לכוח שלום של האו"ם וב-10–11 במאי קרא לכל האליטה שברחה למדינות השכנות לשוב לקראת סיום המנדט. חרף זאת, סמכותו של המוסד הערבי העליון לא הוכרה על ידי כלל הלוחמים מהצד הערבי. במשך כל תקופת פעילותו של צבא ההצלה כדוגמה, אשר התמקד באזור הצפוני של הארץ, התקיים במקרה הטוב תיאום רופף בין צבא ההצלה לוועד הערבי העליון, ובמרבית המקרים ניתוק מוחלט, לא מעט בשל יריבות אישית בין המופתי לבין מנהיג צבא ההצלה, פאוזי קאוקג'י.
חמישה ימים לפני פלישת צבאות ערב לארץ ישראל, כבר הודיע עבדאללה הראשון, מלך ירדן כי הוועד הערבי העליון אינו רשאי לדבר בשם הפלסטינים.
זמן קצר לאחר הפינוי הבריטי ופלישת צבאות ערב, התעלם אמין אל-חוסייני מהחלטות הליגה הערבית והורה ממקום מושבו בקהיר לוועדים הלאומיים להחזיר את הפקידים הפלסטינים שעבדו במנהל המנדטורי לתפקידיהם הקודמים. כמו כן, מינה "המוסד הערבי העליון" (שמשרדו היה בירושלים והיה נתון למרותו של אל-חוסייני) מנהלי מחלקות במקומם של המנהלים הבריטים ופרסם הודעה על מצב חירום בכל הארץ. בתגובה על כך, שלח עבדאללה איגרת לאל-חוסייני, בה תבע ממנו לא לפרסם "הודעות הגורמות לבלבול".
חלקה השני של המלחמה (מאי 48 – יולי 1949), התאפיין בירידה מהירה בכוחו ובסמכותו של הוועד כמנהיגם של ערביי ארץ ישראל, ולמעברה של הנהגת המאבק ביישוב היהודי לידי מדינות ערב. באופן כללי ניתן להצביע על שני גורמים עיקריים לתהליך. הגורם הראשון הוא ריסוק כוחם הצבאי של ערביי הארץ למול כוחו ההולך וגובר של היישוב היהודי, במיוחד החל מחודש אפריל 1948. הגורם השני הוא כניסתן של מדינות ערב למערכה, וכתוצאה מכך דחיקת המוסד מתפקידו כמנהיג הרשמי של המערכה כנגד היישוב היהודי. עם כניסת מדינות ערב למערכה, וחרף הכרתה הרשמית של הליגה הערבית בארגון כמייצגה של האוכלוסייה הערבית הארץ-ישראלית, התעלמו מדינות ערב במידה רבה מעצם קיומו של הוועד, ופעלו כל אחת במסגרת האינטרסים שלה. עם נפילת לוד ורמלה לידי כוחות צה"ל נחלש מאוד כוחו של הוועד והוא הגיע למצב של תלות מוחלטת במדינות ערב ובעיקר במצרים.
במהלך המלחמה ובעיקר בחודשים אפריל-אוגוסט, קרא הוועד לתושבים הערביים להתפנות זמנית מבתיהם, על מנת שלא להפריע לצבאות הפולשים. קריאות אלו גרמו למשל לעזיבתם של ערביי חיפה למרות ניסיונות ההנהגה היהודית במקום להשאירם. באופן כללי, מרבית הגרסאות מתארות את הוועד הערבי העליון כגוף, שאף אם לא תמך מפורשות בפינוי אזרחים מאזורי הלחימה, כפי שטענו לימים חבריו, הרי שלא יצא בפומבי כנגדו, לפחות בחלקה הראשון של המלחמה. עובדה זו עתידה לשמש בעתיד גורם משמעותי לביקורת על פעולותיו של הוועד, ושל המופתי כמנהיגו.