במרץ 1947, בשיקוף של הפנייה שמאלה של התנועה הקומוניסטית הבינלאומית בעקבות המלחמה הקרה, מנהיג המפלגה לאי טק "טוהר" (טק נעלם ולא ידוע מה היה גורלו) והוחלף על ידי לוחם הגרילה לשעבר צ'ין פנג, שבהנהגתו פנתה המפלגה לכיוון של פעולה ישירה. ביולי, בעקבות שרשרת התנקשויות במנהלי מטעים, הממשלה הקולוניאלית השיבה מלחמה, הכריזה על מצב חירום, הוציאה את המפלגה אל מחוץ לחוק ועצרה מאות פעילים שלה. המפלגה נסוגה לג'ונגל והקימה את צבא השחרור המאלאי העממי, שמנה כ-3,000 חיילים, כמעט כולם סינים.
מצב החירום המלאי נמשך שש שנים שבהן התחוללו קרבות מרים בחצי האי המלאי. האסטרטגיה הבריטית, שבסופו של דבר הוכחה כמוצלחת, הייתה לבודד את המפלגה הקומוניסטית מבסיס התמיכה שלה באמצעות שילוב של ויתורים לסינים ויישובם מחדש באזורים חופשיים מהשפעת המפלגה. גיוסם היעיל של המאלאים ועידודם לפעול נגד המפלגה הקומוניסטית היווה מרכיב חשוב נוסף במדיניות הבריטית.
החל מ-1949 חלה ירידה בכוחה של המפלגה ומספר חבריה ירד בצורה חדה. אף על פי שפעילי המפלגה הצליחו להתנקש בנציב הבריטי סר הנרי גרני באוקטובר 1951, מעבר זה לטקטיקה טרוריסטית גרם לסינים רבים לעזוב את המפלגה. הגעתו של לוטננט גנרל ג'רלד טמפלר, שמילא את תפקיד המפקד הבריטי, הייתה תחילת הסוף של מצב החירום. טמפלר פיתח את טכניקות המלחמה בסגנון מרידת נגד, ויישם אותן ללא רחמים.
לעבר מלזיה.
תגובת הסינים נגד המפלגה הקומוניסטית המאלאית הייתה באמצעות הקמתה של התאחדות הסינים המאלאים (MCA) ב-1949 כבסיס לדעות פוליטיות סיניות מתונות. מנהיג ההתאחדות, טאן צ'נג לוק, העדיף מדיניות של שיתוף פעולה עם ה-UMNO על מנת להביא לעצמאותה של מאלאיה לפי מדיניות של שוויון זכויות אזרחי, אולם עם מספיק ויתורים שירגיעו את חששות המאלאים. טאן יצר שיתוף פעולה קרוב עם הנסיך עבדול רחמן, השר הראשי של קדה, והחל מ-1951 מחליפו של און בראשות ה-UMNO.
כיוון שהבריטים הודיעו ב-1949 על כוונתם להפוך את מאלאיה למדינה עצמאית בתוך זמן קצר וכי אין בדעתם להתחשב בדעתם של המאלאים בנושא, שני המנהיגים היו נחושים לכרות ביניהם הסכם שיהיה מקובל על קהילותיהם כבסיס למדינה עצמאית יציבה. הברית בין UMNO ל-MCA (אליה הצטרף מאוחר יותר הקונגרס המאלאי ההודי - MIC) השיגה ניצחונות משכנעים בבחירות המקומיות והאזורים שנערכו באזורים המאלאים והסיניים בין 1952 ל-1955.
קיומן של הבחירות הכלליות לממשלה היה צעד חשוב נוסף במאבק מול הקומוניסטים. לאחר מותו של סטלין ב-1953 חל פיצול בהנהגת ה-MCP בעקבות ויכוח על המשך המאבק החמוש. רבים מהחברים המיליטנטיים של המפלגה הקומוניסטית פרשו, ובזמן שטמפלר עזב את מאלאיה ב-1954 מצב החירום נגמר, אף על פי שצ'ין פנג הוביל קבוצה קטנה שארבה לאנשים בג'ונגלים שלאורך הגבול עם תאילנד במשך זמן רב. מצב החירום הותיר מורשת של מרירות בין המאלאים והסינים.
במהלך 1955 ו-1956 הקימו ה-UMNO, MCA והבריטים תשתית עבור מאלאיה העצמאית. UMNO נאלצה להסכים לעיקרון של זכויות אזרח לכל הגזעים. בתמורה, ה-MCA הסכימה שראש המדינה ייבחר מקרב הסולטאנים המאלאים, שמאלאית תהיה השפה הרשמית, ושיינתן סבסוד ממשלתי לחינוך ולכלכלה.
מבחינה מעשית, משמעות הדבר הייתה שמאלאיה תנוהל על ידי המאלאים, בייחוד כיוון שהם המשיכו לשלוט בשירות האזרחי, הצבא והמשטרה. כמו כן, הסינים וההודים יקבלו ייצוג הולם בקבינט ובפרלמנט, ינהלו את המדינות שבהן הם הרוב, והמעמד הכלכלי שלהם יזכה להגנה. פתרון סוגיית השליטה במערכת החינוך נדחה לאחר הכרזת העצמאות. הכרזה זו התבצעה ב-31 במאי 1957, כאשר טונקו עבדול רחמן הפך לראש הממשלה הראשון של מאלאיה העצמאית.
עצמאותה של מאלאיה הותירה בעיה לא פתורה בדמות הטריטוריות האחרות באזור שהיו תחת השלטון הבריטי. לאחר שהיפנים נכנעו משפחת ברוק וחברת צפון בורנאו הבריטית ויתרו על שליטתם בסאראוואק וסבה, בהתאמה, והטריטוריות הפכו למושבות כתר בריטיות. הן היו פחות מפותחות בהשוואה למאלאיה, והמנהיגים הפוליטיים המקומיים (שהיו ברובם נוצריים) היו חלשים מכדי לדרוש עצמאות, למרות ההבדלים התרבותיים הגדולים בין שתי הטריטוריות למאלאיה.
סינגפור, שבה היה רוב סיני, הפכה לאוטונומיה ב-1955, וב-1959 המנהיג הסוציאליסטי הצעיר לי קואן יו התמנה לתפקיד השר הראשי. סולטאן ברוניי נותר תלוי בבריטים במובלעת הנפט העשירה שלו. בין 1959 ל-1962 הממשלה הבריטית ניהלה מספר סבבי משא ומתן בין המנהיגים המקומיים הללו לבין ממשלת מאלאיה.
ב-1961 עבדול רחמן העלה לדיון את הרעיון של יצירת מדינה חדשה בשם מלזיה, שתורכב ממאלאיה, סינגפור, סבה, סאראוואק וברוניי, שכולן היו מושבות בריטיות. ההיגיון מאחורי הצעה זו היה שהדבר יאפשר לממשלה מרכזית אחת לשלוט ולהילחם בפעילים הקומוניסטים, ובייחוד באלה שבסינגפור. כמו כן, היה חשש שאם סינגפור תזכה לעצמאות, היא תיהפך למעוז סיני שיהווה איום על הריבונות המאלאית. על מנת לאזן את ההרכב האתני של האומה החדשה, שאוכלוסיית המאלאים והילידים שבה יבטלו את הרוב הסיני הסינגפורי, נכללו גם המדינות האחרות.
אף על פי שלי קואן יו תמך בהצעה, יריביו מהחזית הסוציאליסטית הסינגפורית התנגדו, וטענו שמדובר במזימה שמטרתה להנציח את השלטון הבריטי באזור. רוב המפלגות הפוליטיות בסאראוואק התנגדו גם כן למיזוג. בסבה, שלא היו בה מפלגות פוליטיות, נציגי הקהילה הביעו את התנגדותם. אף על פי שסולטאן ברוניי תמך במיזוג, מפלגת ראייקאט התנגדה לכך גם כן.
בפגישת ראשי מדינות חבר העמים הבריטי שנערכה ב-1961 עבדול רחמן נתן הסברים נוספים למתנגדי ההצעה. באוקטובר הוא השיג את הסכמתה של הממשלה הבריטית לתוכנית, בתנאי שתהיה הסכמה של המדינות המועמדות למיזוג. ועדת קובולד, שנקראה על שם לורד קובולד שעמד בראשה, ערכה מחקר בטריטוריות בורנאו ואישרה את המיזוג עם סבה וסאראוואק; אולם, הוועדה מצאה שעדיין יש מתנגדים רבים למיזוג בקרב תושבי ברוניי. בסינגפור נערך משאל עם כדי לקבל תמונת מצב עדכנית, ו-70% הביעו תמיכה במיזוג ובמתן אוטונומיה נוספת לממשלת המדינה.
לאחר שסקרה את ממצאי ועדת קובולד, ממשלת בריטניה הקימה את וועדת לנדסדאון על מנת לנסח חוקה עבור מלזיה. החוקה שחוברה הייתה בעיקרון דומה, אם כי כללה מספר שינויים. לדוגמה, ההעדפות לטובתם של המאלאים נעשו לנחלתן של כל הבומיפוטרה, קבוצה המורכבת מהמאלאים ומילידי מלזיה. רמת האוטונומיות של המדינות החדשות שודרגה בהשוואה לתשע המדינות המקוריות שהרכיבו את מאלאיה. לאחר משא ומתן שנערך ביולי 1963 הוסכם שמלזיה תוקם מבחינה רשמית ב-31 באוגוסט 1963, ותורכב ממאלאיה, סינגפור, סבה וסאראוואק. ברוניי נסוגה מהרעיון לאחר שמפלגת ראייקט פתחה במהפכה חמושה, שלמרות דיכויה הוצגה כגורם שיערער את יציבות האומה החדשה.
הפיליפינים ואינדונזיה התנגדו בצורה נחרצת להתפתחות זו, כאשר אינדונזיה טוענת שמלזיה מייצגת צורה של "נאוקולוניאליזם" והפיליפינים טוענת שסבה שייכת לה. סוקרנו, נשיא אינדונזיה, פעל בגיבוי של המפלגה הקומוניסטית האינדונזית, ובחר להתייחס למלזיה כאל מזימה "נאוקולוניאליסטית" נגד מדינתו, ותמך בהתקוממות קומוניסטית בסאראוואק, שכללה בעיקר חלקים מהקהילה הסינית המקומית. כוחות לא-סדירים של אינדונזיה חדרו לסאראוואק, היכן שנתקלו בלוחמים של חבר העמים הבריטי ומלזיה. קרבות התחוללו גם באזור האי סבאטיק בין הצבא הסדיר של אינדונזיה וכוחות מחבר העמים הבריטי וממלזיה ובאזור זה אין הסכמה מלאה על קו הגבול עד היום.
תקופה זו, שנקראה קונפרונטאסי, נמשכה עד 11 באוגוסט 1966, למעלה מ 10 חדשים לאחר כישלון ההפיכה באינדונסיה ב-30 בספטמבר 1965 בעקבותיה הודח סוקרנו והוכחדה מפלגת PKI מעל פני האדמה, מי שנחשד בתמיכה בה נרצח או נכלא. תחת שלטונו של סוהארטו, היורש של סוקרנו, נחתם הסכם השלום והשתפרו יחסי אינדונזיה-מלזיה. בינתיים, נשיא הפיליפינים דיוסדאדו מאקאפאגאל העלה מחדש את הדרישה הפיליפינית לקבלת סבה, שבעבר הייתה חלק מסולטנות סולו. הטענה הועלתה מחדש בעיקר לצורך ענייני פנים של הפיליפינים. ב-1966 החליט הנשיא החדש פרדיננד מרקוס לוותר על הדרישה ולהכיר במלזיה. אבל הדרישה לספוח סבה אל הפיליפינים לא נזנחה כליל. היא הועלתה שוב ושוב בפי פוליטיקאים פיליפיניים בהזדמנויות שונות. האזכור הרשמי האחרון של דרישה זאת צץ בשנת 2001 כאשר הפיליפינים בקשה להתערב בבוררות בין מלזיה לאינדונזיה על האיים סיפאדאן וליגיתאן. הפיליפינים בקשה לקבל את סבה, ולא אכפת היה לה לותר על סיפאדאן וליגיתאן לטובת אינדונזיה. האו"ם דחה את הבקשה. מלזיה זכתה בבוררות ו 2 האיים נותרו חלק של סבה.
מלזיה הפכה לישות מדינית ממשית ב-16 בספטמבר 1963 כאשר מאלאיה, סינגפור, סבה וסאראוואק התאחדו. לא הצטרפה ברוניי אל האחוד כי השלטאן חשש בגלל המרד שהבריחו מארצו בשנת 1962. הבריטים הם שהשיבוהו לשם והוא ויורשו העדיפו להישאר בחסות בריטית עד 1 בינואר 1984.
ב 9 באוגוסט 1965 הוכרזה עצמאות סינגפור שפרשה ממלזיה ובמלזיה לא הצטערו על הדבר. שמע זאת סוקרנו ואמר: "גם אלף אלים לא יצילו את מלזיה עכשו".
בעיות העצמאות.
השפל הגדול במהלך שנות ה-30 ופריצת מלחמת סין–יפן השנייה גרמו לסיום ההגירה הסינית למאלאיה. תוצאה זו גרמה לייצוב המצב הדמוגרפי והורידה מן הפרק את האפשרות שהמאלאים יהיו מיעוט בארצם. בזמן קבלת העצמאות ב-1957 המאלאים היוו כ-55% מהאוכלוסייה, כאשר הסינים היוו 35% וההודים 10%. כיוון שהריבוי הטבעי של המאלאים היה גבוה יותר באותה תקופה, החלק היחסי שלהם באוכלוסייה גדל מאז ובשנת 2000 הגיע לכ-60%.