תחת בן צבי מקור ראשון הגדיל את נוכחתו בשיח הציבורי בישראל ואת מנעד תחומי העיסוק. עם זאת גם בתקופת שלמה בן צבי סבל מקור ראשון מגרעון כלכלי, כמו גם מניהול תזזיתי שהביא לריבוי הוצאות. מיד עם רכישת העיתון הועברה המערכת מפתח תקווה לבית קלקא בתל אביב ומשם לגן הטכנולוגי במלחה שבירושלים. מוספים נפתחו ונסגרו, עיתונאים, כותבים ומנהלים גויסו ופוטרו. כדי להתגבר על המשבר הורה בן צבי על קיצוצי שכר וצעדי התייעלות נוספים. בד בבד, לאחר שעובדים גילו כי לא קיבלו הפרשות סוציאליות ושכרם עוכב זמן רב, הם פתחו במאבק כנגד הנהלת העיתון. בנובמבר 2008 דווח על קשיים כספיים אליהם נקלע העיתון ועובדי העיתון אף הגישו לבית המשפט בקשה לפירוק העיתון. העיתון התמודד עם המשבר על ידי קיצוץ בתוכן, העלאת מחירים, פיטורי עובדים, סגירת אתר האינטרנט וארכיון הכתבות של העיתון, וצעדים נוספים. חרף הקשיים הפנימיים העיתון המשיך לצאת באופן סדיר.
בפברואר 2012 אתר העיתון הותקף הבוקר על ידי האקרים פלסטינים.
בספטמבר 2012 רכש בן צבי את עיתון מעריב. הוא שילב את כותבי מקור ראשון במעריב ובאתר העיתון מעריב nrg, בנוסף העביר את הדפסת "מקור ראשון" לבית הדפוס של "מעריב", במקום בית הדפוס של "הארץ". עם זאת, רכישת הענק הביאה את שני העיתונים לקריסה. העיתונים, שבאותה עת כבר היו לפותים זה בתוך זה, הן בתוכן הן בניהול, נקלעו להליך פירוק. ב-9 במרץ 2014 אושרה בקשתו של בן צבי לצו הקפאת הליכים לחודשיים לעיתונים "מקור ראשון" ו"מעריב". העיתון העומד למכירה יחד עם העיתון "מעריב", והוגשו מספר הצעות כולל מ"ישראל היום", ""ג'רוזלם פוסט", ידיעות אחרונות" וקבוצה בראשות המנכ"ל אודי רגוניס.
תקופת אדלסון.
ב-30 במרץ 2014 אישר בית המשפט המחוזי בירושלים את מכירת העיתון ל"ישראל היום" ב-14 מיליון שקלים ואת מכירת אתר nrg תמורת 3 מיליון שקלים. ביצוע המכירה התעכב עקב בדיקה ממושכת של הממונה על ההגבלים העסקיים דייוויד גילה,עקב חשש לפגיעה בתחרות בשוק העיתונים בישראל. עובדי העיתון יצאו למאבק ציבורי, וב-30 באפריל 2014 אושרה הרכישה. תוכני העיתון פורסמו באתר nrg עד לינואר 2018, אז נסגר אתר nrg והחליף אותו אתר חדש של "מקור ראשון". ארכיון nrg, ובכלל זה כתבות "מקור ראשון" שפורסמו באתר, זמינים באינטרנט תחת הדומיין של "מקור ראשון".
ביולי 2014 מינה אדלסון את חגי סגל לעורך הראשי של העיתון. בנוסף גייס את אראל סג"ל כבעל טור, והכפיל את מספר העותקים המופצים לכ-80 אלף.
לפי סקר TGI מינואר 2018, החשיפה אליו בסופי השבוע עומדת על 3.8 אחוזים.
בינואר 2019 נפסק שכתבה שפורסמה ב"מקור ראשון" בשנת 2012 הייתה בגדר הוצאת דיבה, והעיתון חויב לפצות את התובע ב-80,000 ש"ח ועוד 40,000 ש"ח הוצאות משפט.
מבנה העיתון.
מאז 2005 כולל מקור ראשון את המוספים הבאים:
מוספי עבר.
מ-1 בינואר 2005 ועד פברואר 2006 הופיע מדי שבוע 'השבועון', מוסף תרבות ומדריך שידורים והצגות. את 'השבועון' ערכה תמר נשר-רטי. סגן העורכת היה שי צלר.
בתחילת דרכו של העיתון בפורמט החדש הופיע מוסף נופש, שהפך לדו-שבועי ועד מהרה בוטל.
ביוני 2006, חודשים אחדים לאחר ביטול 'השבועון', נוסף מוסף דו-שבועי שנקרא 'שישי ישראלי', שתוכנן להפוך לשבועון. הוא היה מוסף כרומו, בפורמט קטן, ובו מדורים, טורים, ובעיקר כתבות מגזין בנושאי אקטואליה ואקטואליה רכה. לאחר כשלושה חודשים הוא בוטל.
המוספים כלכלה בעריכת הכלכלן ערן בר-טל וספורט בעריכת דותן מלאך, היו בעבר מוספים נפרדים, אך מאז יולי 2012 הם חדלו להופיע כמוספים נפרדים, ונכנסו אל תוך דפי המגזין "מוצש". בינואר 2013 נחתם הסכם עם עיתון העסקים "גלובס" להפקת מוסף יומי, בתחום העסקים והכלכלה שצורף למהדורה היומית של "מעריב" ו"מקור ראשון". לאחר פחות משנה שיתוף פעולה זה פסק.
במשך תקופה מסוימת הוציא העיתון את שבת הגדול - מוסף הגות מורחב, שהופיע שלוש פעמים בשנה בעריכת יואב שורק, ואף את מקורי - עלון שבת שהופץ חינם בבתי הכנסת וכלל כתבות מקוצרות מהעיתון "מקור ראשון" ומדורים נוספים, אך הוא חדל להופיע בשלהי 2010.
צדק - חדשות ופרשנות מעולם המשפט, הדין וההלכה. ערך: יהודה יפרח.
המוסף "שבת".
מוסף "שבת" של "מקור ראשון" הוא מוסף בנושאי הגות, ספרות ומחשבה תורנית היוצא מאז שנת תשס"ד (2004). עורך המוסף מאז הקמתו ועד שנת תשע"ב היה יואב שורק, העורך כיום הוא הרב אלחנן ניר ועורך מדור ביקורת הספרים הוא ד"ר שמואל פאוסט.
מוסף 'שבת' משלב תכנים יהודיים מובהקים עם תכנים ספרותיים ואמנותיים כלליים - במתכונת דומה למוסף "תרבות וספרות" של עיתון הארץ. תחומי עיסוקו רחבים יותר ממוסף ספרותי רגיל, וכן היקפו - 24 עמודים כמעט לכל אורך שנות הופעתו. המוסף זוכה להערכה רבה ונחשב במה מכובדת, שבה מפרסמים סופרים, משוררים, מתרגמים, חוקרים, ותלמידי חכמים באופן שוטף, והוא משמש גם במה לפרסום סיפורים קצרים ושירה. פורמט המוסף עבר שינויים קלים בלבד מאז הופיע לראשונה. בשער מופיעה יצירת אמנות (ציור או צילום) ובצידה ציטוט.
תקופה קצרה המוסף יצא במתכונת דומה כמוסף התרבות של העיתון מעריב בשם "ערב שבת", והכיל חומרים ייחודיים ובהם טור שבועי של דב אלבוים ואת טורו של יאיר שלג. המדורים במוסף הם: מאמר קבוע על פרשת השבוע שכותבו משתנה מחומש לחומש; "ערכים מלקסיקון יהודי" - מדורו של הפרופ' שלום רוזנברג; מדור ביקורת שירה של יונתן ברג; מדור ביקורת מוזיקה של עמיחי חסון; "לפנאי ולפנים" – טור של חיותה דויטש; "בשפה אחרת" - סקירה חודשית של כתבי עת מן העולם מאת זאב שביידל; "ישן מפני חדש" טור ספרים של אדמיאל קוסמן; מדור העוסק ברבנות בקהילות יהודיות בעולם אותו כותב הרב אליהו בירנבוים.
ביקורת.
הקו הליברלי של העיתון בענייני אמונה, הלכה וצניעות ספג ביקורת מכמה גורמים בציבור הדתי לאומי. בסיוון תשע"א פרסם הרב ישראל רוזן מאמר ביקורת על מוסף 'שבת' של העיתון בעלון שבת בשבתו, ובו כינה את המוסף "קונסרבטיבי" ואת עורכו, יואב שורק, "מטיף ומדיח". בטבת תשע"ז התייחס הרב שמואל טל בריאיון לעלון עולם קטן לפניו הנוכחיות של העיתון אותו הקים, ביקר את אי-מחויבותו של העיתון להלכה, את היותו במה למאמרי כפירה, ואת רמת הצניעות שלו; ואמר שהוא גרוע בעיניו הרבה יותר מאשר עיתון חילוני מוצהר. בתגובה לדברי הרב טל, טען עורך העיתון חגי סגל כי אין שחר לטענות. למאמר הגיבו הרב ארל'ה הראל והרב הראל דביר אשר חיזקו את דברי הרב טל וענו לטענותיו של חגי סגל.
בספטמבר 2011, עשרות מודעות נתלו באזור יהודה ושומרון נגד העיתון, עקב עמידתו הנחרצת באותה תקופה נגד פעולות "תג מחיר" שנקטו פעילי נוער הגבעות.
שכפול DNA
שכפול DNA הוא תהליך יצירת העתק של מולקולות ה-DNA בתאיהם של יצורים חיים.
מולקולת ה-DNA החדשה מסונתזת מנוקלאוטידים חופשיים הנמצאים בתא. השכפול מתבצע באמצעות האנזים DNA פולימראז. מולקולת ה-DNA הקיימת משמשת כתבנית ליצירת המולקולה החדשה. תהליך השכפול מתרחש טרם הפליגה, המיטוזה והמיוזה ומהווה אחד משורת התהליכים הקודמים לחלוקת התא. שלב שכפול ה-DNA במחזור התא נקרא גם שלב S. אם שלב זה מוכתר בהצלחה, בסיומו קיימות בתא 2 מולקולות DNA דו-גדילי אשר זהות למולקולה המקורית. השכפול הוא תהליך סמי-קונסרבטיבי—כל אחת ממולקולות ה-DNA החדשות מכילה גדיל אחד שמקורו במולקלת ה-DNA המקורית וגדיל אחד אשר נוצר בזמן תהליך השכפול.
מזלג ההכפלה (Replication fork) הוא השם שניתן לצורה המתקבלת בעת שכפול ה-DNA. שני הגדילים המרכיבים אותו מופרדים זה מזה בעזרת האנזים הליקאז (Helicase), אשר שובר את קשרי המימן בין הבסיסים. במצב זה מקבל ה-DNA צורה המזכירה מזלג או Y ומכאן השם.
לאחר הפרדת הגדילים נוצרים שני חד גדילים, כדי למנוע מהם לשוב וליצור קשרי מימן זה עם זה נקשרים אליהם חלבונים הנקראים חלבונים קושרי חד-גדיל (SSBP - Single strand binding proteins). הדנ"א פולימראז מזהה את האזור שאליו הוא אמור להקשר בעזרת פריימר, נקשר אליו ומתחיל לסנתז גדיל כפול מחד הגדיל תוך שהוא מסיר את ה SSBP. בפרוקריוטיים, בכל מקור שכפול נוצרים שני מזלגות הכפלה, עם התקדמות הפולימראז מתחברים מזלגות אלו כך שהגדיל כולו מוכפל.
אילוצים הקיימים בשכפול DNA.
על-מנת לשכפל כרומוזומים שלמים בתאים האאוקריוטיים, התא משקיע אנרגיה רבה ביצור אנזימים אשר משכפלים את ה-DNA במקביל, בקצב של 50 זוגות בסיסים בשנייה, כל אחד. התהליך מואץ על ידי התחלה סימולטנית של תהליך השכפול ממספר מקורות שכפול, וכך שכפול כלל ה-DNA בתא אאוקריוטי (כ-3 מיליארד בסיסים בתא אנושי) לוקח כ-8 שעות בלבד. בתאים פרוקריוטיים קצב השכפול מהיר יותר (כ-1000 בסיסים לשנייה), אך מתבצע ממקור הכפלה אחד בלבד, כך שתהליך השכפול של כרומוזום של חיידק דוגמת אי קולי, שאורכו כמה מיליוני בסיסים, אורך כ-40 דקות.
דיוק התהליך הוא בעל חשיבות עליונה שכן למוטציות ב-DNA יכולות להיות השפעות הרסניות על תפקוד התא ועל גורל האורגניזם כולו. על-מנת לשמור על מהימנות ה-DNA החדש, קיים בתא מנגנון לתיקון DNA שתפקידו לתקן פגמים בזיווג הבסיסים ולתקנם.
עיקרי המנגנון מוכתבים על ידי מספר הגבלות ביוכימיות אשר מסבכות את המלאכה:
שלבי שכפול ה-DNA.
תהליך השכפול מתחלק לשלושה שלבים: אתחול (Initiation), שכפול (Replication) וסיום (Termination).
אתחול.