בעקבות זכייתה, פגשה נסיונל ב-17 בדצמבר 1989 את מילאן האיטלקית במשחק על הגביע הביניבשתי המסורתי שנערך בטוקיו, בירת יפן. לאחר 0-0 בתום 90 הדקות, שיחקו הקבוצות עוד 30 דקות של הארכה ודקה לפני שהמשחק יוכרע בבעיטות הכרעה, כבש אלבריגו אבני את שער הניצחון למילנזים בבעיטה חופשית.
ב-1990 שוב נפגשו נסיונל וקלוב אולימפיה, הפעם בחצי גמר הליברטדורס ובניגוד לגמר אשתקד, שחקני אולימפיה היו אלו שחגגו בסיום. באותה שנה נסיונל הספיקה להפסיד לבוקה ג'וניורס במשחק הרקופה אבל זכתה בגביע בינ"ל נוסף כאשר ניצחה בגמר גביע אינטראמריקנה את פומאס ממקסיקו 1-6 בסיכום המשחקים.
נסיונל הוסיפה לעצמה עוד שתי אליפויות קולומביה בשנים 1991 ו-1994. בשנים אלו הקבוצה מוציאה עוד שחקנים שהיוו את הבסיס לנבחרת הלאומית כמו פאוסטינו אספרייה, ויקטור אריסטיסאבאל, מאוריסיו סרנה, חואן פבלו אנחל והרמן גביריה. הקבוצה מצליחה להגיע בפעם השנייה בתולדותיה לגמר גביע הליברטדורס של שנת 1995 כאשר בחצי הגמר היא עוברת את קבוצת הפאר מארגנטינה, ריבר פלייט. לאחר ניצחון באצטדיון אטנאסיו חירארדוט 0-1 משער מדהים של השוער היגיטה בבעיטה חופשית, הפסידה נסיונל בגומלין בתוצאה זהה כשהיגיטה שוב מצטיין ומונע הפסד גבוה יותר. בבעיטות ההכרעה שוב הצטיין השוער כאשר כבש מצד אחד והדף מן העבר השני כדי להעלות את קבוצתו לגמר הטורניר מול קבוצת גרמיו הברזילאית.
לאחר שהפסידה במשחק הראשון בברזיל 1-3, לא הצליחה נסיונל לבצע מהפך במדיין וסיימה בתיקו 1-1, מה שנתן את הגביע לגרמיו.
בשנת 1996 רכשה קבוצת ארדילה לוייה את הקבוצה. בראש הקבוצה עומד המיליארדר קרלוס ארדילה לוייה, שבבעלותו בין היתר גם הערוץ הממלכתי RCN וכן חברת המשקאות הגדולה פוסטובון, שהיא גם נותנת החסות של הקבוצה. נסיונל הפכה לקבוצה הקולומביאנית הראשונה שנרכשת בידי בעלים פרטי.
ב-1997 זכתה הקבוצה בגביע אינטראמריקנה שני שלה לאחר שהחליפה את מחזיקת הגביע, גרמיו, שהחליטה לפרוש. נסיונל פגשה את דפורטיבו סאפריסה מקוסטה ריקה וניצחה אותה בסיכום 2-3.
עד סוף המאה ה-20 הוסיפה נסיונל עוד שלושה תארים. ב-1998 זכתה בגביע מרקונורטה אחרי ניצחון בסיכום הכללי 1–4 על דפורטיבו קאלי. שנה לאחר מכן זכתה באליפות קולומביה השביעית בתולדותיה, תחת אימונו של שחקן העבר, לואיס פרננדו סוארס, אחרי שגברה בגמר השנתי על אמריקה קאלי בבעיטות הכרעה. זו הייתה האליפות השלישית בה זוכה נסיונל על חשבונה של אמריקה, מה שהגביר עוד יותר את היריבות בין המועדונים ואת המפגשים ביניהם כקלאסיקו של קולומביה.
בשנת [2000] זכתה שוב פעם בגביע המרקונורטה והפכה לשיאנית המפעל, כאשר גברה בגמר על מיונאריוס 1–2 בסיכום הכללי.
שליטה מקומית במילניום החדש (2000–2014).
לאחר שנה לא מוצלחת הן בליגה המקומית והן בטורניר היבשתי, נסיונל הוזמנה להשתתף בטורניר חדש שהקימה הקונפדרציה הדרום אמריקאית, גביע סודאמריקנה, שהחליף את גביע מרקונורטה וגביע מרקוסור. היא עברה בדרך את אמריקה קאלי, סנטיאגו וונדררס ונסיונל מאורוגוואי, כדי להעפיל למשחק הגמר מול סן לורנסו. לצערה היא קרסה במשחק הראשון ודווקא בבית מול האוהדים, כשהפסידה 0–4 ובעצם איבדה סיכוי לזכות. הגומלין השתיים בתיקו 0-0 והקבוצה מארגנטינה חגגה זכייה ראשונה במפעל החדש. גם בליגה המקומית היא הגיעה לגמר, אבל הפעם אמריקה קאלי הייתה זו שחגגה על חשבונה.
המעבר למתכונת הליגה החדשה של שני טורנירים בשנה עשה רק טוב לקבוצה. היא החליטה גם לשנות את פילוסופיית המועדון בכל הקשור להחתמת שחקנים קולומביאנים בלבד ולאחר 17 שנים החתימה זרים ראשונים: הקשרים חורחה רוחאס מוונצואלה והוגו מוראלס מארגנטינה. במהלך שנת 2004 עלתה הקבוצה לגמר בשני הטורנירים, אבל הפסידה לאינדפנדיינטה מדיין וג'וניור בהתאמה. הגמר מול ג'וניור היה דרמטי בצורה בלתי רגילה. נסיונל הפסידה במשחק הראשון בברנקייה 0-3 ולא הרבה נתנו לה סיכוי בגומלין. אבל בעזרת 45,000 אוהדיה שמילאו את אצטדיון אטנאסיו חירארדוט למרות התוצאה במשחק הראשון, נסיונל שלטה ללא עוררין לאורך כל המשחק, עד שכבר הוליכה בתוצאה 1–5, מה שהיה מקנה לה את האליפות. לצערה, ג'וניור הצליחה לכבוש שער מצמק בדקה ה-88 והישוותה את התוצאה בסיכום ל-5-5. האליפות שוב הוכרעה בפנדלים וג'וניור הייתה זו שניצחה בסופו של דבר אחרי גמר הירואי.
ב-2005 מונה למאמן הקבוצה אחיו הבכור של אנדרס אסקובר, סנטיאגו. לקבוצה חזר החלוץ ויקטור אריסטיסאבאל ששיתף פעולה בהתקפה עם הכישרון הצעיר, אדיקסון פראה. יחד עם רוחאס ומוראלס, עם הקפטן הוותיק, מאוריסיו סרנה והמגן חואן קאמילו סונייגה בצעדיו הראשונים בבוגרים, נסיונל הייתה הקבוצה הטובה ביותר בסמסטר הראשון וגם בפלייאוף סיימה ראשונה את הבית שלה. במשחק הגמר היא פגשה את אינדפנדיינטה סנטה פה. אחרי 0-0 באצטדיון אל קמפין, נסיונל זכתה באליפות השמינית שלה אחרי ניצחון 0–2 בגומלין במדיין.
ב-2007 מתמנה למאמן הקבוצה אוסקר הקטור קינטבני הארגנטינאי, שחודש לפני כן הפתיע את קולומביה כשלקח אליפות עם דפורטיבו פאסטו הקטנה. הקבוצה מחתימה גם שחקנים כמו חיירו פטיניו, אלקין מורייו, אלדו לאאו רמירס ואיוואן הורטדו, שחוברים לדויד אוספינה, חואן קאמילו סונייגה, כרמלו ולנסיה, ויקטור אריסטיסאבאל וסרחיו גלבן ריי. נסיונל רושמת שנה היסטורית והופכת לקבוצה הראשונה שזוכה בשתי אליפויות בעונה אחת מאז שעברו לשיטת הליגה הקצרה. ניצחון על לה אקידד בגמר האפרטורה וניצחון על אתלטיקו וילה בגמר הפינליססיון, נתנו לנסיונל את אליפויות מספר 9 ו-10.
לאחר שהקבוצה רשמה תואר נוסף ב-2011 ושוב תחת המאמן אסקובר, המטרה הייתה גביע הליברטדורס. מאחר שכשל בטורניר עצמו, פוטר אסקובר וחואן קרלוס אוסוריו מונה במקומו במאי 2012. לאוהדים היה קשה להסתגל לשיטות החדשות של אוסוריו והקבוצה הייתה רחוקה מלהרשים. האוהדים דרשו את פיטוריו אבל ההנהלה נתנה לו גיבוי שהתחזק עם הזכייה בגביע הקולומביאני. הקבוצה העפילה לשלב הבפלייאוף בטורניר האפרטורה 2013, אבל שוב יכולת חלשה העמידה אותה בסיכוי קלוש להעפיל לגמר, מחזור אחד לסיום. הקבוצה הייתה חייבת לנצח את איטגווי כדי להעפיל והתוצאה הייתה 1-1 בדקה ה-88, כאשר נפסק כדור חופשי לנסיונל. חואן דויד ולנסיה היה הבועט הקבוע והוא זה שגם כבש את שער הניצחון. נסיונל העפילה לגמר מול סנטה פה ולאחר 0-0 במדיין, ניצחה 0–2 בבוגוטה וזכתה באליפות ה-12 שלה. מה שלא היה ידוע אז, זה שאותו שער של ולנסיה פתח את הדרך לשושלת מאוד מוצלחת של נסיונל תחת אוסוריו.
הקבוצה השלימה דאבל או טרבל ב-2013, כאשר זכתה גם באליפות טורניר הפינליססיון וגם שוב בגביע הקולומביאני. כלומר ב-2013 זכתה נסיונל בכל התארים המקומיים והודחה בשלב חצי הגמר של גביע סודאמריקנה בידי סאו פאולו. ב-2014 הפך אוסוריו למאמן המעוטר ביותר בתולדות נסיונל, כאשר הוליך את הקבוצה לאליפות שלישית ברציפות, לראשונה מאז החלו הטורנירים הקצרים, וכן גם לגמר גביע סודאמריקנה מול ריבר פלייט. לאחר 1-1 בקולומביה, הייתה זו ריבר שחגגה עם ניצחון 0–2 בגומלין בארגנטינה.
גביע הליברטדורס חוזר אחרי 27 שנים.
בינואר 2015 הקבוצה נאלצה להפרד מהמאמן אוסוריו, שקיבל הצעה להצטרף לסאו פאולו. מי שנכנס לנעליו הגדולות היה ריינלדו רואדה, שהרזומה שלו כולל בעיקר הצלחה ברמת הנבחרות. רואדה ועוזרו, ברנרדו רדין, המשיכו להתבסס על הבסיס שהשאיר אוסוריו בנסיונל למעט שינויים קטנים כמו הגעתו של ג'ימי צ'ארה ושילובו של הילד בן ה-19, מרלוס מורנו, שהתגלה כהצלחה גדולה. נסיונל הגיעה לגמר הפלייאוף מול ג'וניור, הפסידה בחוץ 1–2 וניצחה בבית 0–1 משער של מרלוס מורנו ולבסוף זכתה בתואר לאחר דו-קרב בעיטות הכרעה. זו הייתה האליפות ה-15 של הקבוצה, שבאופן רשמי הפכה לשיאנית הזכיות בקולומביה לפני מיונאריוס.
המטרה הבאה הייתה גביע הליברטדורס ולשם כך החזירו את ויקטור איברבו מאירופה במקומו של ג'פרסון דוקה שעזב למקסיקו ואת אנדרס איברגואן שהגיע במקום ג'ימי צ'ארה שעזב אף הוא. נסיונל שובצה מספר 4 עם הורקאן מארגנטינה, פניארול מאורוגוואי וספורטינג קריסטל מפרו. נסיונל שברה כמה שיאים בטורניר ואחד מהם היה שהיא הפכה לקבוצה הראשונה אי פעם שלא סופגת שער חובה בשלב הבתים. היא השיגה 16 נקודות מתוך 18 אפשריות, כאשר רק תיקו 0-0 ביתי מול הוראקן במשחק האחרון מונע ממנה לסיים במאזן מושלם. נסיונל כבשה 12 שערים וכאמור לא ספגה כלל.
בשמינית הגמר פגשה נסיונל שוב את הוראקן ולאחר תיקו מאופס בחוץ, ניצחה נסיונל במדיין 2-4 והעפילה לרבע הגמר. בשלב זה פגשה נסיונל יריבה ארגנטינאית נוספת, רוסאריו סנטראל. לאחר שלא נכנע במשך שמונה משחקים שלמים, נכנע לראשונה השוער פרנקו ארמני, שספג גול כבר בדקה החמישית. למרות השער, ארמני הצטיין לאורך כל המשחק והיה הגורם העיקרי לכך שהקבוצה הפסידה לבסוף רק על חודו של גול והשאירה לעצמה סיכוי לגומלין. אותו משחק גומלין במדיין היה מאוד דרמטי, כאשר כבר בפתיחה כבשה רוסאריו שער מפנדל והגדילה את היתרון הכולל ל-0–2. אוהדי נסיונל, שראו את החלום הגביע מתרחק, התעודדו כאשר מקנלי טורס צימק את התוצאה לקראת המחצית. עוד שער מהיר של אלחנדרו גרה ונסיונל העמיד את נסיונל מרחק שער אחד מעלייה. ואז, ממש בהתקפה האחרונה של המשחק, הצליח אורלנדו בריו לדחוק את הכדור האחרון מתוך הרחבה וקבע ניצחון 1–3, שנתן לנסיונל את הכרטיס לחצי הגמר.