בסוף הספר חזרו הארי ודמבלדור מהחיפוש אחר אחד ההורקרוקסים של וולדמורט, ונחתו על מגדל האסטרונומיה של בית הספר. דמבלדור היה חלש מאוד כיוון ששתה את השיקוי המגן שוולדמורט הניח מסביב לחפץ, וביקש מהארי להזעיק את סנייפ. לפני שהארי הצליח לצאת לדרכו הגיע לראש המגדל דראקו מאלפוי, על מנת למלא את משימתו ולהתנקש בחייו של דמבלדור, אך לא הצליח להביא את עצמו לכדי ביצוע רצח. הם הופרעו על ידי הגעתם של אוכלי המוות וסנייפ, שהרג את דמבלדור בעצמו. הארי הזועם רדף אחרי סנייפ, מאלפוי ואוכלי המוות שברחו מהוגוורטס. סנייפ הצליח בקלות רבה לחסום את נסיונותיו של הארי לתקוף אותו עם קסמים, לעג לו על הטעויות שביצע, אך סירב לתקוף אותו בחזרה. במהלך העימות חשף סנייפ כי הוא "הנסיך חצוי-הדם" (כיוון שהיה בנו של המוגל טוביאס סנייפ והמכשפה טהורת הדם איילין פרינס). הארי לא הצליח לעצור את סנייפ לפני שזה יצא מגבולות הוגוורטס והתעתק (קסם בסדרה הדומה בפעולתו לטלפורטציה) למקום לא ידוע. הסיפור המלא על מערכת היחסים בין דמבלדור לבין סנייפ והסיבה האמיתית למותו של דמבלדור נחשפה רק בספר השביעי. רולינג אמרה בראיון שנערך לאחר יציאת הספר השישי כי בנקודה זו בסדרה מערכת היחסים בין הארי לבין סנייפ הפכה ל"אישית, אם לא יותר, מאשר מערכת היחסים בין הארי לבין וולדמורט".
הספר השביעי.
לאחר כיבוש משרד הקסמים על ידי אוכלי המוות בתחילת הספר התמנה סנייפ למנהל הוגוורטס במקום דמבלדור, ולצידו מונו אוכלי המוות אלקטו ואמיקוס קארו. לקראת סוף הספר התברר כי סנייפ השתמש בתפקידו כמנהל על מנת להגן על התלמידים ולהצר את צעדיהם של הקארואים. דוגמה לכך היא העונש הקל שהטיל על ג'יני ויזלי, נוויל לונגבוטום (בו נהג להתעמר לאורך כל הסדרה) ולונה לאבגוד, לאחר שתפס אותם בשעת ניסיון לגנוב ממשרד המנהל את החרב של גודריק גריפינדור, ושלח אותם למשימה ביער האפל ביחד עם רובאוס האגריד. במהלך הספר חיפשו הארי ורון את חרבו הקסומה של גודריק גריפינדור, היכולה להשמיד את ההורקרוקסים, והובלו אליה על ידי פטרונוס בצורת איילה. בפרק מאוחר יותר גילה הארי כי סנייפ היה זה שביצע את קסם הפטרונוס, וכי גם לאמו היה פטרונוס בצורת איילה. באותו קטע הוא גילה גם כי סנייפ עשה זאת לפי הוראותיו של דמבלדור.
לקראת סוף שנת הלימודים אולץ סנייפ להימלט מהוגוורטס על ידי המורים מינרווה מקגונגל, פיליוס פליטיק ופומונה ספראוט. לאחר מכן הוא זומן לצריף המצווח על ידי וולדמורט, שהאמין בטעות כי סנייפ היה האדון של שרביט הבכור (אחד מאוצרות המוות), בגד בסנייפ למרות היותו משרת נאמן וקוסם מוכשר, והורה לנחשית נגיני לנשוך את סנייפ בצווארו, כיוון שהאמין כי רק הריגת סנייפ תקנה לו את הבעלות על השרביט. נגיני פצעה את סנייפ באורח קטלני, ומעשהו האחרון היה לשחרר באמצעי קסם ענן של זיכרונות שהיה צורך לתת להארי (שצפה ברצח ממקום מסתור) לצפות בהם. הארי למד מהזיכרונות הללו על ילדותו של סנייפ, וכן על הנאמנות האמיתית שלו. הוא ראה כיצד סנייפ התיידד בילדותו עם לילי, שהייתה שכנתו. עם הגעתם להוגוורטס שובצו סנייפ ולילי לסלית'רין ולגריפינדור בהתאמה. הם נותרו חברים במשך מספר שנים עד שהתרחקו זה מזה בעקבות נטייתו של סנייפ לעיסוק באמנויות האופל, ועם נטייתו להתחבר עם תלמידי סלית'רין שלימים יהפכו לאוכלי-מוות (ביניהם אייברי ומאלסיבר); החברות הסתיימה סופית לאחר שסנייפ כינה את לילי "בוצדמית", בסצנה שתוארה בספר החמישי. למרות הפרידה ושנאתו לבעלה לעתיד ג'יימס (שהתאכזר אליו בבית הספר) הוא עדיין אהב את לילי אהבה עזה.
כשסנייפ גילה לוולדמורט את תוכן הנבואה שניתנה על ידי סיביל טרלוני (ללא ידיעה, בהתחלה, כי היא מתייחסת ללילי ולמשפחתה), החליט האחרון לתקוף את משפחת פוטר על מנת למנוע את הגשמת הנבואה. הוא פנה לדמבלדור והתחנן בפניו שיגן על הפוטרים, כיוון שלא האמין כי וולדמורט יחוס על חייה של לילי אף על פי שביקש ממנו לעשות זאת. דמבלדור הסכים והבטיח כי הפוטרים יהיו מוגנים באמצעות כישוף בשם פידליוס. בתמורה לכך הפך סנייפ לסוכן כפול עבור מסדר עוף החול ונגד וולדמורט, והשתמש בכישוריו בתחום הלטת ההכרה על מנת להסתיר מוולדמורט את דבר בגידתו. וולדמורט אף הסכים שסנייפ יגיש מועמדות למשרת הוראה בהוגוורטס (באוגוסט 1981) כדי להיות קרוב לדמבלדור ולמסדר. סנייפ חש אחראי למותה של לילי כשקסם הפידליוס נשבר (בסרט אף רואים אותו מייבב על גופתה של לילי, קטע שלא מופיע בספרים). למרות דמיונו הרב של הארי לג'יימס החליט סנייפ להגן עליו פעמים רבות, וזאת בשל היותו בנה של לילי. הוא דרש מדמבלדור לשמור בסוד על אהבתו ללילי ועל הסיבה לכך שהחל לבגוד בוולדמורט. דמבלדור הסכים לכך ושמר זאת בסוד לאורך כל הסדרה, אך אמר "את מילתי, סוורוס, שלעולם לא אחשוף את הטוב שבך? אם אתה מתעקש...".
באמצעות זיכרונותיו של סנייפ גילה הארי כי דמבלדור נפגע מקללה רבת עוצמה שהוטלה על הטבעת של משפחת גונט, אחד מההורקרוקסים של וולדמורט, זמן קצר לפני תחילת שנת הלימודים השישית של הארי. ידיעותיו הרבות של סנייפ באמנויות האופל איפשרו לו להאט את התפשטות הקללה, אך הוא הודיע לדמבלדור כי הקללה תגרום למותו בתוך שנה. דמבלדור היה מודע למזימת ההתנקשות בחייו שוולדמורט רוקם סביבו, וביקש מסנייפ שיהרוג אותו על מנת למנוע את הנזק הנפשי שהיה נגרם למאלפוי, על מנת למנוע ממנו למות באיטיות, בכאב ובהשפלה על ידי אוכל-מוות אחר, ועל מנת להגן על מעמדו של סנייפ כאוכל מוות "נאמן" לוולדמורט. סנייפ היסס מאוד להיענות לבקשתו של דמבלדור, ואף תהה האם פעולה זאת לא תפגע בנשמתו שלו, ונענה על ידי דמבלדור כי פעולה זו של המתת חסד לפי בקשה מפורשת לא תגרום לאותו נזק כמו ביצוע רצח. סנייפ הסכים לבסוף לעשות את רצונו של דמבלדור תוך שהוא מאיים להתחרט. באמצעות זיכרונות נוספים שהכילו קטעי שיחות בין סנייפ לבין דמבלדור הצליח הארי להסיק כיצד ניתן להביס את וולדמורט.
רולינג אמרה בריאיון מקוון כי נכון לסוף הספר השביעי לא היה דיוקן של סנייפ במשרד המנהל כפי שהיה מקובל עם כל המנהלים הקודמים, כיוון שסנייפ נטש את משרתו לפני שמת או פרש ממנה באופן מסודר. אולם, היא אמרה כי הייתה רוצה לראות את הארי מספר על נאמנותו האמיתית של סנייפ ועל גבורתו לכל עולם הקוסמים, ומפעיל שדלנות עבור הוספת הדיוקן למשרד. בראיון אחר היא דנה בסיפור הרקע של סנייפ, ואמרה כי היא תכננה אותו עם כתיבת הספר הראשון, כיוון שכל הסדרה מתמקדת בין השאר בקו עלילה זה, וכן שהיא מחשיבה את סנייפ לאחת הדמויות החשובות ביותר בספר השביעי.
במחזה הארי פוטר והילד המקולל.
לאחר הנסיעה השנייה בזמן של סקורפיוס ואלבוס, בניהם של הארי פוטר ודראקו מאלפוי, חוזר סקורפיוס לבדו ומגלה כי לאחר הנסיעה הזו בזמן, הצליחו להחזיר אדם חשוב לחייו, הודות לחבר כיתתו, נודע לו כי המורה לרקיחת שיקויים, הוא סוורוס סנייפ. את מפגשם פותח במילים: "סוורוס סנייפ. איזה כבוד", ולאחר שסופג ביקורת מהפרופסור, מבקש עזרה. הוא שואל אותו האם הוא עדיין עובד לטובת דמבלדור במחתרת ואילו סנייפ מכחיש כל פרט לגבי פעילותו אי פעם במחתרת של דמבלדור.
סקורפיוס מספר לו כי הגיע מעולם שבו וולדמורט אינו שליט אלא מובס בקרב על הוגוורטס (דבר שמהווה את שאיפתו הנוכחית של סנייפ) וכי ביצע שימוש במחולל זמן ובגללו הצליח לשנות דברים בעבר ולהביא את העולם למצב זה. לבסוף, לאחר מספר ניסיונות כושלים לגרום לפרופסור לשתף פעולה, שולף הוא את הקלף האחרון אשר בידו ומספר לו כי הוא יודע שהוא אהב את אימו של הארי, לילי. לבסוף, פרופסור סנייפ מאמין לו ולוקח אותו בדרך סודית אל תוך מרכז המחתרת, בתוך חדר סודי בערבה המפליקה. שם, מגן סוורוס סנייפ על סקורפיוס מפני שני חברי המחתרת האחרים, רון ויזלי והרמיוני גריינג'ר. לפתע, נשאלת שאלה בלתי צפויה מצדו של סנייפ, כאשר הוא שואל בידי מי ואיך נהרג, ללא אף שאלה מקדימה לגבי גורלו. סנייפ אומר כי ניחש כי גורלו היה למות מפני שסקורפיוס היה מופתע לראות אותו. גם תשובתו של הפרופסור מפתיעה דיין, כאשר עונה: "יש מחירים שעלינו לשלם", ומיד לאחר מילים אלו מציע את עזרתו. שניהם (סקורפיוס וסנייפ), משתמשים במחולל הזמן וחוזרים לעבר, שוב.
משימתם בעבר די קצרה, כאשר הדבר היחיד שהם עושים בו, הוא ביטול הלחש שאלבוס וסקורפיוס ביצעו בו בפעם האחרונה שהיו בו. מיד לאחר חזרתם להווה, נלחם סוורוס בדולורס אמברידג' וממשיך לאגם לאחר ניצחון. גם במשימה באגם מבטלים הם את כישופם של סקורפיוס ואלבוס וסנייפ אומר לסיכום, שימסור לאלבוס סוורוס, כי הוא גאה בו על כך שנושא את שמו.
בתום משימה זו, הפרופסור חוזר למשכבו במרומים.
הפרופסור מספיק ללמד את סקורפיוס מסר חשוב. הוא מלמד אותו כי חשיבה על אנשים אהובים, מביאה למצב של כח והגנה מפני כוחות הרוע וכך, מבין סקורפיוס את ערך החברות ואת ערכו של אלבוס.
בסרטים.
דמותו של סנייפ גולמה על ידי שחקן הקולנוע הבריטי אלן ריקמן בכל (שמונת) הסרטים של הסדרה. ריקמן היה בחירה אישית של רולינג לגילום הדמות. הוא שוחח עמה על דמותו של סנייפ, והיה אחד מחברי הצוות היחידים עמו שוחחה רולינג עוד לפני יציאתו לאור של הספר השביעי על מה שיקרה לדמות שאותה הוא מגלם. לדברי רולינג "הוא ידע מזה זמן רב שהוא היה מאוהב בלילי. הוא היה צריך להבין... מהיכן הגיעה המרירות כלפי הנער הזה שהוא העדות החיה לכך שהעדיפה גבר אחר".