בתקופה הנאטופית חלה עלייה מרשימה בשכיחות "בעלי החיים הקטנים" אשר הגיעו לשיא של כ־60 אחוזים מהמכלול באתרים אחדים. חלוקה פנימית של הקבוצה המדוברת נערכה על ידי מונרו לפי יחס ההשקעה/רווח. אי לכך, הם חולקו לאיטיים (צבים) וקלי התנועה (ארנבות וציפורים). בתקופה הנאטופית המוקדמת מהווים קלי התנועה כ־65 אחוזים מהכלל, בעוד שבנאטופית המאוחרת הצבים מגיעים לכ־75 אחוזים. הסבר אפשרי לשינוי זה הוא, כבמקרה הצבאים, אינטנסיביות ציד משתנה הנובעת מאוכלוסייה אנושית גדלה ומתכווצת לסירוגין. כך, ציידים–לקטים יושבי קבע ייאלצו לנצל יותר חיות קטנות, ואף יותר חיות קטנות קשות לתפישה, מאשר ציידים ניידים יותר.
רוב העצמות הארוכות של צבאים ואולי ארנבות שוברו במכוון על מנת להפיק את מח-העצם.
יצורים אחרים שקרוב לוודאי התגוררו בדו־קיום עם הנאטופים היו המכרסמים. וייסברוד מבחין בטראסת מערת הנחל בשלוש קבוצות גיל מבוגרות בקרב העכבריים אשר לא נוכחים בקינֵי דורסי לילה באזור. דורסי הלילה נחשבים לסוכני הצטברות משמעותיים של שרידי יונקים קטנים במערות ובמחסות-סלע, והיעדרות קבוצות הגיל המבוגרות בקיניהם מוכיחה כי המכרסמים שנמצאו באתר חיו לצד הנאטופים, זכו להגנה מפני טורפים והגיעו, בחלקם, לגיל מבוגר. שכיחותם של בעלי החיים מלווי האדם באתרים הנאטופיים, שנחקרה לראשונה על ידי איתן צ'רנוב, מהווה את אחד הסמנים החשובים ליישוב קבע בתקופה זאת, שכן רק יישוב המתקיים לזמן ארוך יחסית ייצור דפוס שכזה, לא מחנה ארעי.
ליקוט וממצאי צמחים.
הכלכלה הנאטופית התבססה על ציד אינטנסיבי ומגוּון ביותר. עצמות ויתר השרידים הגרמיים של בעלי החיים (שיניים, קרניים) שרדו עד ימינו במצב טוב מאוד, אך שרידי הצמחים שלוקטו בידי הנאטופים מצומצמים ביותר. אדמת הטרה רוסה האופיינית ליישובים נאטופיים רבים אחראית ככל הנראה לאי-שימור הממצאים הבוטניים.
מהתקופה הנאטופית ידוע לנו רק על מצבור אחד של ממצאים מאקרו-בוטניים משמעותיים ששרדו עד ימינו (להבדיל משרידים מיקרוסקופיים של צמחים, המתגלים לעיתים בדגימות קרקע מאתרים). מצבור זה אותר בתל אבו הוריירה הסורי, אתר נאטופי במקורו אך גם מרכז של ישות חברתית פנים־נאטופית. השרידים מהאתר לא מרובים, ובולטים בו העשב, השיפון וחיטת הבר (Triticum boeoticum; Triticum dicoccoides). עשב, על אף שכיחותו הגבוהה, דורש מאמץ רב לקצירתו ועיבודו והרווח הקלורי המופק ממנו מועט. דגניים, מאידך, הם קלים יותר לקצירה ועיבוד ומספקים רווח קלורי גבוה יותר. השכיחות הגוברת של כלי כתישה מאבן, והמצאת המגל מסייעים בביסוס הטענה כי הנאטופים הרחיבו את העיסוק בלקט, ועניין זה משתלב יפה עם המגמה הכללית המסתמנת בתקופה הנאטופית.
כסלו הציג מודל ליקוט אפיפלאוליתי שונה. לטענתו, קצירה במגל ואיסוף גרעיני דגנים בסלים עלולים להביא לפגימה בלקט, בתנאים מסוימים. אמצעי שימושי ורווחי יותר לליקוט, בעיני כסלו, הוא איסוף מהאדמה של חומר בשל. ניסוייםוהפניות בתוכו העידו כי ליקוט לפי מודל זה יכול להניב בשעתיים את הצורך הקלורי היומי של אדם בוגר, ובתומה של עונת ליקוט (מאי–אוקטובר) היו נותרים המלקטים עם עודפים ניכרים. באוקטובר הבשילו מקורות צמחיים אחרים עליהם יכלו הנאטופים להסתמך, וכסלו מאמין כי בעודפים נעשה שימוש חקלאי מכוון.
שאלת החקלאות.
פולמוס החקלאות מעסיק את חוקרי התרבות הנאטופית כבר מראשית המאה ה-20. דורותי גארוד, שחשפה את התרבות הנאטופית, הייתה הראשונה שהעלתה את הסברה כי הנאטופים עסקו בחקלאות, אך לתאוריה נמצאו מבקרים. מספר שנים מאוחר יותר, ויר גורדון צ'ילד תמך בסברה לפיה קבוצה נוודית נדחקה לפיתוח החקלאות בגין קושי אקלימי, ונקב בנאטופים כחברה אפשרית. עבודתו הארוכה של ר"ג בריידווד ביררה את אמיתות הסברה של צ'ילד אחר עידונה והרחבתה, אך לבסוף שללה את הטענה. מוּר הפיח בתאוריה החקלאית רוח חיים ואונגר–המילטון מצאה סימוכין לחקלאות נאטופית בסימני הקציר שנותרו על מגלי הצור.
תומכי החקלאות, או העסוק הפרוטו־חקלאי בקרב הנאטופים, רואים בתקופה הנאטופית המאוחרת את המועד להולדת החקלאות. התקופה הנאטופית המאוחרת מקבילה בחלקה לדריאס הצעיר, אירוע אקלימי של קור ויובש אשר נמשך מאות שנים וייתכן שהביא לפגיעה במשאבי המזון הנאטופיים. פיתוח החקלאות כאמצעי הסתגלות ושליטה על מקורות המזון נראה כפתרון הגיוני עבור חברה כה מפותחת אשר בלאו הכי הסתמכה מאוד על ליקוט דגניים והייתה נייחת למדי בהשוואה לחברות לקטים–ציידים אחרות. אף על פי כן, הממצא הארכאולוגי אינו תומך ישירות בסברה זאת.
פרישת האתרים הנאטופית בתקופה המאוחרת רחבה יותר מאשר בתקופה המוקדמת. אם כי היישובים הם כנראה אתרי חנייה בשל גודלם הקטן יחסית ופשטותם הארכיטקטונית. אחוז הצבים הגבוה בתזונה הנאטופית בתקופה המאוחרת מלמד, בהתאם למדד ההשקעה/רווח, על השקעת אנרגיה מופחתת בציד. דבר זה מעיד על פיחות בכמות הפיות שיש להאכיל, או על שהייה קצרה יותר באתרים. אי לכך, ניתן להסיק כי חזרה לדפוסי נוודות מהווה הסתגלות נאטופית למציאות האקלימית החדשה. חברה ניידת מתקשה לעבד ולטפח תבואה, ועל כן קשה להאמין כי הנאטופים אכן עסקו בחקלאות.
ברם, ניתן להבחין בְחזרה למסורת הנאטופית המוקדמת והצטמצמות לגבולות אזור הגרעין לקראת תום התקופה הנאטופית. נוהל הסרת הגולגולת החל להופיע בתקופה המדוברת, ויש חוקרים שרואים קשר בינו לבין מנהג אבות וטריטוריאליזם. נוהל זה נעשה שכיח בתקופה הנאוליתית שבאה ישירות אחרי השלב הנאטופי הסופי. הנאוליתים בארץ ישראל התפתחו מהנאטופים, ועם שיפור התנאים האקלימיים הם אימצו את החקלאות. אפשרי, אם כן, שמסורת חקלאית כלשהי שהתקיימה בנאטופית הסופית עברה לנאוליתים. נוסף לכך, אפשרי שהליקוט הרב של הדגניים הביא לביות בלתי־רצוני שלהם.
איסוף לקט מהאדמה מסוגל ללמד, לטענת כסלו, את העקרונות הבסיסיים של זריעה וחקלאות. את העודפים הנותרים מהליקוט ניתן היה לזרוע ולברוא בכך חקלאות פרימיטיבית. ידוע לנו כי הדגניים שימשו חלק חשוב בתזונה אלפי שנים לפני התקופה הנאטופית, וממצאי אבו הוריירה הוצעו כמעידים על טיפוח השיפון. אולם הדעות עדיין חלוקות בנושא, ויש צורך בממצא בוטני באיכות שימור טובה יותר ובכמות משמעותית יותר כדי להגיע לקביעה בשאלת החקלאות.
חוקרים אחדים כדוגמת היידן יוצאים ככלל נגד המודל האקלימי וגורסים כי הניידות של התקופה המאוחרת נובעת מניסיון ליצור עודפי פלורה. בלחץ הציד המוגבר בנאטופית לעומת קודמותיה, אך הלא משתנה בין התקופות הנאטופיות, רואה היידן עדות לכך שהשפעת הדריאס הצעיר הייתה משנית. את המעבר לחקלאות הוא מייחס למודל טכנולוגי–חברתי מתקדם שהתחדד בתקופה הנאטופית.
קבורה.
מנהגי הקבורה בתרבות הנאטופית חדשניים ומאופיינים בגיוון רב ובהיעדר תקן אחיד. הקבורה הנאטופית אינה הראשונה בארץ ישראל, אך היא עוברת במורכבותה ומספריה את כל התרבויות שקדמו לה. הקבורות של התרבויות הקדם־נאטופיות נמנות בעשרות, בעוד שהנאטופית לבדה הניבה עד כה למעלה מ־400 קבורות. בתי־הקברות הנאטופיים אופייניים ליישובי בסיס בכרמל ובגליל דוגמת עינן, נחל אורן, מערת הנחל, מערת היונים, מערת כבארה ומערת שוקבא. בנטופית המאוחרת היו קיימים אתרי קבורה ייעודיים, כמערת רקפת ומערת חלזון תחתית. באתרים עינן ומערת הנחל לבדם נתגלו עד כה כמאה קבורות, לעיתים תוך הפרדה ברורה מאזור המגורים.
הקבורות הונחו בבורות מחוץ לבתים או במבנים שיצאו משימוש. עומק הבורות נע בין רדוד לעמוק, ולעיתים אבנים דיפּנו אותם, בעיקר באזור הגולגולת. הקבר נסתם בחומר המצוי באתר: עפר, אבני גוויל, תוצרי לוואי של התעשייה הנאטופית, כלים הרוסים ועצם. צינורות אבן, מעין מכתשים שחוררו עד בסיסם, ומכתשים שחוררו לתוך גושי סלע העידו לעיתים על מיקומו של קבר. מסמני קברים אחרים היו מעגלי אבנים שנבנו סביב לקברים. הכיסוי באבנים נערך אולי כדי למנוע פגיעה בגופה מצד אוכלי נבלות, או כדי שלא תשתנה תנוחת הנקבר. ייתכן כי סימון הקבורה נעשה לטובת הוספה עתידית של גוויות לחלקה מסוימת. מוקדי אש רחבים נמצאו בסמוך למספר אזורי הקבורה ולהם אולי קשר טקסי לקברים.
קבורה קבוצתית בבתי הקברות שכיחה בתקופה המוקדמת, אבל קבורה מפוזרת של גוויות (ולעיתים של חלקי גוף שונים) נעשתה נפוצה יותר בנאטופית המאוחרת. הקבורות נחלקות לראשונית ומשנית, דהיינו קבורה של הגופה כפי שהיא, או איסוף העצמות לאחר הקבירה הראשונית וקבירתן המחודשת. קבורות משניות נעשות נפוצות בתקופה המאוחרת, אך אינן ייחודיות לה. בתקופה המאוחרת החל מנהג הסרת ראש הנקבר שהפך נפוץ בתקופה הנאוליתית. לעיתים נמצאו עד שש גופות בקבר אחד.
בקרב תנוחות הנקברים רווחות התנוחה המכווצת והמכווצת למחצה. בחלק מהאתרים אפשר להצביע על מעבר מתנוחה בלתי מכווצת או מכווצת למחצה מהתקופה המוקדמת לתנוחה המכווצת בתקופה המאוחרת, אך נבצר מאיתנו לקובע מגמה ברורה בנדון. כיוון הנחת קבורה שליט לא נחשף, ומצויות מספר וריאציות של כיוון הראש. אין מגמה בולטת באופן קיבוע הגוויות, היינו על הגב או על אחד הצדדים. חוסר אחידות זה תקף גם למיקום הידיים של הנקבר. ילדים ונשים מהווים כל אחד בין כ־25 לכ־30 אחוז מכלל הקבורות.