מוקשי מגע היו המוקשים המוקדמים ביותר, אך גם כיום נעשה בהם שימוש בשל מחירם הנמוך מאוד בהשוואה לכל חימוש אחר נגד אוניות, ובשל יעילותם הרבה, הן כאמצעי לחימה והן על ידי ארגוני טרור. מוקשי מגע מופעלים כאשר כלי שיט נוגע בהם. המגע מפעיל את המוקש, ולפיכך הנזק ייגרם בדרך כלל רק לאונייה שפגעה במוקש, ויצטמצם לנזק הישיר מן הפיצוץ (ראו הסבר בהמשך על סוגי הנזקים הנגרמים על ידי מוקשים ימיים). מוקשים ימיים מוקדמים היו מסוכנים לטיפול. המרעום שלהם הופעל בטלטול, והם היו מועדים להפעלה מוקדמת מדי. כמה אוניות מניחות מוקשים הושמדו בשל תאונות כאלו.
מוקשים מוקדמים הופעלו על ידי מנגנונים מכניים, אך בשנות ה-70 של המאה ה-19 נכנסו לשימוש מנגנונים כימיים, שנקראו "קרן הרץ" (על שם ממציאם) או "קרן כימית". על המוקש הותקנו בליטות ממתכת, מעיין קרניים, שבתוכן הייתה מבחנה מזכוכית ובה חומצה גופרתית. כאשר אונייה פוגעת באחת מן הקרניים הללו, המבחנה נשברת, החומצה זורמת וממלאת סוללה חשמלית. עם מילוי הסוללה בחומצה נוצר זרם חשמלי, המפעיל את חומר הנפץ. מנגנונים מוקדמים היו מורכבים ממבחנה שהייתה בתוך מכל שהכיל אשלגן על כלורי וסוכר. כאשר נשברה המבחנה הצית החומצה הגופרתית את תערובת הכלור והסוכר, והלהבה הפעילה את מטען חומר הנפץ.
סוג נוסף של מוקש מגע הוא מוקש אנטנה. מוקש זה מופעל על ידי תיל נחושת ארוך, שקצהו האחד מחובר למצוף, והשני מחובר למוקש עצמו. המוקש נמצא מתחת למים, ומעוגן לקרקעית הים בעזרת כבל ברזל. כאשר נוגעת צוללת בכבל הנחושת שמעל המוקש נוצר שינוי קל במתח החשמלי, בשל ההבדל בין המתכות השונות. שינוי המתח מוגבר מאוד בתוך המוקש ויוזם את הפיצוץ.
מוקשים מגנטיים.
מוקשים מגנטיים מופעלים על ידי השינוי בשדה המגנטי שיוצרת אונייה. תנועתו של גוף מתכתי גדול יוצרת הפרעה בשדה המגנטי של כדור הארץ, הפרעה הנקלטת על ידי חיישנים המותקנים במוקש ומפעילים אותו. המוקשים המגנטיים הראשונים הופעלו על ידי חיישנים פשוטים יחסית. כיום מותקנים במוקשים מגנטיים מגנטומטרים משוכללים ורגישים בהרבה. מגנטומטר יכול לזהות מטרה גם כאשר כלי השיט עבר תהליכים של ביטול ההשפעה המגנטית שלו (ראו להלן).
מוקשים אקוסטיים.
מוקשים אקוסטיים מכילים הידרופונים, מיקרופונים מיוחדים לקליטת אותות קול מתחת למים. הידרופונים אלו יכולים לקלוט את הקולות שיוצרים מדחפי האונייה, או קולות אחרים כמו רעשי מנוע וכדומה. ניתן לתכנת מראש את עוצמת הרעש שיגרום להפעלת המוקש, ואת תכיפותו. ניתן אף לתכנת את החיישנים במוקש כדי שיגיבו רק לסוג מסוים של מנוע ולא לסוג אחר. מוקשים אקוסטיים מתקדמים יכולים לפעול כמו סונאר: הם מתוכנתים לשגר אותות ולהיות מופעלים כאשר האותות מוחזרים מאונייה מתקרבת. גם בתחום המוקשים האקוסטיים חלה התקדמות רבה עם השנים: רגישותם עלתה מאוד, וניתן לתכנת את החיישנים כך שיפעילו את המוקש רק כאשר תיקלט חתימת קול מסוימת, כמו סוג מסוים של מנועים או סוג מסוים של מערכת הנעה.
מוקשים המופעלים בלחץ.
מוקשים המופעלים בלחץ מגיבים לתת הלחץ הנוצר בעת מעברה של אונייה או צוללת. ניתן לתכנת מוקשים אלו כך שיפעלו רק לאחר מעברן של כמה אוניות, וכך לפגוע ביותר מטרות ולהכביד על גילויים.
חיישנים מודרניים ושילוב חיישנים.
במוקשים מודרניים משולבים גם סוגים אחרים של חיישנים, כמו חיישנים המגיבים לשינוי באור הנגרם עקב מעבר כלי שיט. מוקשים מודרניים משלבים בתוכם כמה סוגי חיישנים - מגנטיים, אקוסטיים, וחיישני לחץ - וכן מחשבים המאפשרים להפעיל את המוקש רק כאשר חולפת מטרה מסוימת מסוג מסוים שנקבע מראש; כך למשל, ניתן לתכנת את המוקש כך שיתעלם ממטרות קטנות, כמו שולת מוקשים, ויפעל רק כאשר מתגלה מטרה גדולה במיוחד בעלת שוקע גדול, כמו נושאת מטוסים או מכלית. באותה מידה ניתן לתכנת את המוקש כך שיתעלם מאוניות שטח ויופעל רק נגד צוללות. אפשרות נוספת, שהייתה קיימת כבר במלחמת העולם השנייה, היא לתכנת את המוקש כך שיתעלם משתי האוניות הראשונות ויופעל רק כנגד האונייה השלישית; בדרך זו לא יופעל המוקש כנגד אוניות ליווי אלא כנגד האונייה העיקרית, שהיא מטרה חשובה יותר.
ריבוי החיישנים במוקש מקשה על גילויו; חלק משיטות הלוחמה נגד מוקשים ימיים (ראו להלן) נועדו להביא לפיצוץ מוקדם של המוקש ללא שיגרום נזק, אך ריבוי החיישנים מביא לכך שהמוקש יופעל רק כאשר יתקבלו אותות מכמה חיישנים יחד, ולא על סמך אות מטעה בודד.
במוקשים מודרניים מותקנת סוללת ליתיום, בעלת אורך חיים רב. יחד עם זאת, כדי לאפשר למוקש משך פעילות רב ככל האפשר מתוכננים מוקשים מודרניים כך שיהיו במצב "רדום", ויופעלו רק כאשר חיישן שאינו דורש כח חשמלי יגלה פעילות כלשהי. ניתן לתכנת מוקשים לפעילות במשכי זמן מסוימים, כלומר שיופעלו לאחר זמן מסוים או יכבו לאחר פרק זמן מוגדר. רוב המוקשים המודרניים בנויים עם מתקני מלכוד, שנועדו להכשיל ניסיונות לנטרול המוקשים על ידי צוללנים.
מוקשים אחרים.
בנוסף למוקשים שהוזכרו, פותחו במשך השנים כמה סוגי מוקשים ייחודיים.
מוקשי טורפדו הם מוקשים בעלי יכולת לשגר טורפדו. מוקש כזה נזרע על ידי אוניות או מטוסים, וצולל לקרקעית האוקיינוס. כאשר מתגלה צוללת אויב, מזהה אותה המוקש על פי חתימת הקול שלה, ומשגר לעברה טורפדו. סוג אחר של מוקש כזה הוא מוקש בעל יכולת תנועה עצמית. מוקש כזה יכול להתקדם כ-15 קילומטרים אל תוך נהרות או נמלים שהחדירה אליהן על ידי אמצעים אחרים להנחת מוקשים היא בלתי אפשרית. משהגיע למטרתו, שוקע המוקש ומופעל ככל מוקש אחר.
מוקש גרעיני הוא מוקש ימי שבו הותקנה פצצה גרעינית טקטית. במהלך המלחמה הקרה נעשו ניסויים בכלי נשק מסוג זה, אך הם מעולם לא הוכנסו לשימוש סדיר.
מוקשים מחוברים הם זוג מוקשים המחוברים ביניהם בשרשרת או בחבל. כאשר כלי השיט פוגע בכבל המחבר, נמשכים שני המוקשים אל שני צידי האונייה ומתפוצצים, וכך נגרם לאונייה נזק כפול. חיבור המוקשים בכבל יוצר מצב שבו כלי השיט אינו יכול לחמוק בין מוקשים בודדים.
מוקשי דמה הם מכלים מפלסטיק הנראים כמוקשים אמיתיים, אך הם ממולאים בבטון או חול. מוקשים אלה מוטלים באוניות ומדמים שדה מוקשים; כך נוצרות מטרות דמה רבות המעכבות את תהליך שליית המוקשים ומאלצות את האויב לבזבז זמן רב ויקר.
הנחת מוקשים.
במהלך מלחמות העולם הונחו מוקשים על ידי צוללות ומטוסים; עם התקדמות מלחמת העולם השנייה עברה העדיפות במשימה זו למטוסים. כיום עוסקות במשימה זו בעיקר אוניות ייעודיות הנקראות מקשת. אוניות אלה יכולות לבצע את המשימה במהירות יחסית: הן יכולות לשאת אלפי מוקשים ולתמרן בדייקנות, תוך הנחת המוקשים במרווחים שנקבעו מראש. בדרך זו ניתן לדעת היכן הונחו המוקשים, כדי שניתן יהיה לפנות אותם בעתיד. התיעוד על הנחת המוקשים נשמר על היוקשת, אך העתק נשמר גם בבסיס החוף, למקרה שבו תוטבע היוקשת והרישומים יאבדו.
שיטות נוספות להנחת מוקשים:
מנגנון הפעלת המוקשים משתנה על פי דרך הנחתם; לעיתים יהיה במוקש מנגנון השהייה שיעכב את הפעלתו כדי לתת לכלי המניח את המוקש שהות לחמוק מן המקום. לאחר פרק זמן שנקבע מראש יידרך המוקש, ויהיה מוכן לפעולה.
אופני זריעה והנחה.
ניתן להניח מוקשים בדרכים שונות, המשתנות על פי עומק המים, סוג המוקש, ומשתנים אחרים.
מוקשים בקרקעית הים.
מוקשי קרקעית הם המוקשים הפשוטים ביותר. הם למעשה מטענים המונחים על קרקעית הים, ומופעלים על ידי סוג של מרעום. הם מונחים בדרך כלל בעומק של כ-60 מטרים או כ-200 מטרים, כאשר מטרתם לפגוע בצוללות, הנחות לעיתים על קרקעית הים כדי להקטין את חתימת הקול שלהן. שימוש נוסף למוקשים אלו הוא הנחתם בחופים שבהם עלולה להתבצע נחיתה של כוחות אויב, כדי למנוע מנחתות להגיע אל החוף. מוקשים אלו יכולים להיות מוקשי מגע או מוקשים המופעלים בעזרת חיישני לחץ. יתרונם של מוקשים אלו הוא במחירם הנמוך, ובכך שקשה יותר לשלות אותם מאשר מוקשים מעוגנים. יתרון נוסף הוא בגודלם; משקלם של מוקשים אלו הוא בין 150 ל-1,500 ק"ג, ומשקל חומר הנפץ בהם הוא בין 125 ל-1,400 ק"ג.
מוקשים מעוגנים.
מוקשים מעוגנים הם עמוד השדרה של מערכי המיקוש בעולם. במוקשים אלו נעשה שימוש כאשר קרקעית הים עמוקה מכדי שניתן יהיה להניח לעשות שימוש במוקשי קרקעית. מוקשים אלו מעוגנים בכבל לעוגן בקרקעית הים, כדי שלא ייסחפו. המוקשים מעוגנים כך שהמוקש עצמו יימצא בעומק מסוים מתחת לפני הים; קביעת העומק חשובה כדי למנוע את גילוי המוקש, למשל כאשר המוקש מונח סמוך לחוף, ועלול להיחשף בשל משטר הגאות והשפל בעת ירידת גובה המים. מוקשי מגע מונחים כך שיהיו בעומק שיפעיל אותם רק כנגד אוניות שהשוקע שלהן גדול, כמו נושאות מטוסים, אוניות מערכה ואוניות סוחר גדולות, כמו מכליות וכדומה. בדרך זו נמנע "בזבוז" של המוקש על מטרות קטנות יותר. כבר במלחמת העולם השנייה היו מוקשי מגע מעוגנים במים שעומקם 300 מטרים. משקלם של מוקשים כאלו הוא כ-200 ק"ג, מתוכם כ-80 ק"ג של חומר נפץ.
מוקשי מגע נסחפים.
מוקשי מגע נסחפים הם מוקשי מגע שאינם מעוגנים לקרקעית הים; מוקשים אלו נזרעים בים ונסחפים לפי משטר הגלים והרוח. במוקשים אלה נעשה שימוש מדי פעם במלחמות העולם, אך החשש מהם גדול מיעילותם. מוקשים ימיים נאסרו לשימוש לאחר מלחמת העולם הראשונה, אך נעשה בהם שימוש גם במלחמת העולם השנייה. באופן טבעי, קשה בהרבה לאתר אותם.
לעיתים הופכים מוקשים מעוגנים למוקשים נסחפים, כאשר הכבל שלהם מתנתק מעיגונו. מוקשים ימיים מודרניים מתוכננים להשמיד את עצמם במקרה כזה, אך לעיתים יוצא מנגנון ההשמדה העצמית מכלל פעולה לאחר כמה שנים בים.
מוקש עלוקה.