מפעלי ים המלח של כימיקלים לישראל היו מאז ומעולם גולת הכותרת של החברה. מפעל רווחי ביותר המעסיק אלפי עובדים מכל אזור הדרום: באר שבע, ירוחם, דימונה, מצפה רמון וערד. אלה מגיעים לים המלח בהסעות הלוך ושוב לשלוש משמרות במשך כל ימות השבוע. לכן קואופרטיב אגד היה מונופול במשך שנים באזור, כי רק לו הייתה היכולת לעמוד בביצוע מערך ההסעות הנדרש.
המפנה חל בשנת 1988, עת פורסם מכרז חדש להסעת עובדים למפעלי ים המלח. דני אלה מחברת מרגלית, חברה שהוקמה בתחילת שנות ה-80 והיו בבעלותה שני אוטובוסים לא ממוזגים, הגיע לפגישה עם וועד עובדי המפעלים שהיה אחראי על ההסעות וביקש מהם להוסיף תנאי למכרז - על האוטובוסים שיסיעו את העובדים חייבים להיות מכשירי וידאו וטלוויזיה.
לחברת אגד לא היה כדאי לצייד את מערך האוטובוסים הבין עירוני שלה במכשירי וידאו וטלוויזיה לצורך ביצוע ההסעות. חברת מרגלית, לעומת זאת, התחייבה לכך וזכתה במכרז. לבסוף בעלי החברה הגיעו לידי הסכם עם יצרן רכבי מרצדס בבלגיה על רכישת שישה עשר אוטובוסים, בכפוף לתנאי המכרז.
בשנים הבאות זכו חברות נוספות מאזור הדרום במכרזי הסעה של מפעלים נוספים בקונצרן כימיקלים לישראל ובהם: תרכובות ברום, רותם אמפרט, פוספטים בנגב ופריקלאס. חברות מטיילי אירוס ירוחם, הסעות בירת הנגב, המוביל הדרומי צביקה, מטיילי אבי בר לב הלכו בעקבות חברת מרגלית, קנו אוטובוסים חדשים וזכו במכרזי ההסעה.
חברת מרגלית זכתה בהמשך במערך התחבורה הציבורית למודיעין שזה מקרוב נוסדה.
מאז, ועד ראשית שנות ה־2000 היוו הקואופרטיבים "אגד" ו"דן" מונופול בתחום האוטובוסים הציבוריים באזורי זיכיון קבועים אשר חולקו ביניהם. לאורך המאה ה-20 צורת התשלום המועדפת לנסיעה באמצעי התחבורה הציבורית השונים הייתה במזומן ובאוטובוס עצמו (Manual fare collection), אם כי ניתן היה לרכוש כרטיסי נסיעה גם בתחנות מרכזיות. שיטה זו יצרה עיכוב רב בזמן הנסיעה עקב עמידה ארוכה של האוטובוס בתחנות, בעת שנוסעים המתינו לתורם לשלם לנהג והנהג טיפל בקבלת התשלום וניפוק כרטיס לנוסע. על מנת לקצר את משך זמן העצירה בתחנות, הכניסו לשימוש כרטיסיות נייר אשר הפחיתו את מספר הפעמים שנוסע צריך לשלם על נסיעה. לרוב כרטיסייה כללה נסיעה אחת או יותר בחינם ובכך הייתה משתלמת יותר. הסדר תשלום נוסף שהונהג היה "חופשי חודשי".
לקראת סוף שנות ה-90 של המאה ה-20, בממשלת נתניהו הראשונה, החל משרד התחבורה בהכוונת ראש הממשלה בתהליך של פתיחת שוק התחבורה הציבורית לחברות נוספות באמצעות מכרזים אזוריים, במטרה להוריד את המחירים ולהרחיב את שעות הפעילות ומגוון הקווים. צעד שנתקל בהתנגדות עזה מחברת אגד
בשנת 2002 הבשיל התהליך להוצאת אשכולות של קווי שירות מידי אגד ודן לחברות נוספות באמצעות מכרזים. החברות התחרו במכרז על התעריף הנמוך ביותר שיגבו לדמי נסיעה, או על דמי הסבסוד הממשלתי הנמוכים ביותר שיזדקקו לו, או על העלות הכוללת של תפעול השירות. מחקר שנערך בשנת 2006 עבור משרד התחבורה על ידי הפרופסורים יורם שיפטן וניר שראבי, הראה כי ברוב האשכולות שעברו את המכרזים של הרפורמה עלו מצד אחד היקף השירות והיקף הנסועה, ומצד שני ירדו מחירי הכרטיסים.
ב-2010 אימץ שר התחבורה את מסקנות ועדת הבדיקה בנושא הפרדה מגדרית בקווי מהדרין והוחלט לאפשר את ההפרדה באופן התנדבותי ומנגד על הנהגים הוטלה האחריות לוודא שלא מטרידים נוסע.
בתחילת העשור השני של המאה ה-21 הוכנס לשימוש כרטיס הרב-קו שנועד ליישם בישראל כרטוס משותף והשימוש בו מבוסס על שיטות הקיימות במדינות שונות בעולם. בשלב ראשון של הכנסת המערכת, היא החליפה את כרטיסי הנייר-כל ההסדרים, כולל כרטיסיות, הוטענו באופן אלקטרוני לכרטיס.
עד 2015 הונהגה בגוש דן ובחלק הקווים הבין-עירוניים לגוש דן שיטת "ערך צבור", בה הנוסע מטעין סכום עגול (מ-30 עד 200 ש"ח) בכרטיס שברשותו ומקבל תוספת של 25% לסכום שהטעין, בהתאם להנחה של פרופיל הנוסע. הטענת סכום עגול לכרטיס מפשטת את התשלום (נמנע הצורך להתעסק בעודף) וכך מקצרת את זמן העמידה בתחנה. בשיטה הזו, התשלום באמצעות הכרטיס לטובת נסיעה בגוש דן, היה מזכה את הנוסע למעבר חופשי בין הקווים, במהלך ה-90 דקות שעברו מהעלייה לאוטובוס הראשון. בפרק זמן זה, הטענת ערך צבור בתל אביב לא הייתה שימושית בחיפה, גם אם היה מדובר באותו סכום נסיעה ואותה חברה. באותן שנים לכל חברה היה כרטיס רב קו משלה ולעיתים היו תקלות שונות בתפעול ורכישת הסדרי נסיעה מחברות שונות. לדוגמה, בחלק מהאוטובוסים לא היה ניתן להטעין הסדר ערך צבור באוטובוסים, אלא רק לנצל סכום שהוטען. כמו כן, הטענת ערך צבור בגוש דן לא הייתה שמישה לרכישת נסיעות בערים אחרות, גם במקרים בהם העלות הייתה זהה. ב-1 בינואר 2016 הורחב ההסדר למטרופולינים נוספים (רפורמת התעריפים) וערים נוספות בסביבתן כך שהטענת סכום בגוש דן הייתה ניתנת לשימוש גם בחיפה, ירושלים, באר שבע ובפריפריה של אותם מטרופולינים. בנוסף, בערים שונות בוטלו הכרטיסיות והוחלפו בשיטת הערך הצבור.
סוגים.
אוטובוס נגיש לנכים.
אנשים כבדי תנועה, ובכלל זה משתמשי כיסאות גלגלים, מתקשים להשתמש באוטובוסים מהעיצוב שהיה נהוג בעולם במהלך מרבית המאה ה-20. הם עשויים גם להתקשות בהגעה מביתם אל תחנת האוטובוס. כמו כן אנשים עם לקות ראייה ובכלל זה עיוורים מתקשים לדעת מתי לרדת מהאוטובוס, על איזה אוטובוס לעלות וכיוצא בזה. עבור אנשים אלה ובהתאם לדרישות החוק, שונה עיצוב האוטובוסים.
כלל, יש בעולם שני סוגים של אוטובוסים הנגישים לאנשים עם לקות - אוטובוסים לאוכלוסייה הכללית שמכילים התאמות לאנשים עם לקויות שונות ואוטובוסים שנועדו רק לאנשים עם לקויות. הסוג האחרון נועד עבור מי שלקותו כה קשה עד שהאוטובוסים מהסוג הראשון לא מצליחים לשרת אותו.
אוטובוס נמוך רצפה.
אוטובוס נמוך רצפה הוא סוג של אוטובוס נגיש. אוטובוסים אלה הם בעלי רצפה נמוכה ולכן הם נגישים לקשישים, לאנשים המתקשים בטיפוס במדרגות בגלל לקות ולהורים עם עגלות ילדים. לאוטובוסים מדגם זה יש לרוב רמפה בדלת האחורית, שנועדה להעלות נכים בכיסאות גלגלים ישירות מהמדרכה.
אוטובוס נמוך רצפה ראשון בישראל, שפעל בקווים עירוניים, היה של חברת דן מדגם MAN NL 202 בשנת 1994. הוא נוסה בקווים שונים בתל אביב ולאחר מכן הורד משירות סדיר בקווי אוטובוס. האוטובוס שימש לאחר מכן להסעות תלמידים בגוש דן ובתחילת 2006 נגרט ופורק. האוטובוס היה היחיד מסוגו בארץ.
בשנת 1999 רכשה חברת דן אוטובוס נמוך רצפה מדגם חדיש יותר לניסיון – MAN NL 263. רכב זה זכה להצלחה רבה, ועל סמך הניסיון הוחלט ב"דן" להחליף את צי האוטובוסים הישן באוטובוסים מדגם MAN NL 263. בחברת אגד התקבלה החלטה דומה והוחלט להצטייד ברכבי MAN NL 313.
אוטובוס ייעודי לנכים.
אוטובוס שהותאם במלואו להסעת נכים. האוטובוס הוא בין-עירוני או תיירותי בעל מרכב גבוה. באוטובוס זה קיימת דלת שלישית נוספת הנמצאת במרכז האוטובוס ולפעמים בצדו השני (צד הנהג). דלת זו מסתירה מעלון נכים. המנגנון ממוקם על חשבון חלק מתא המטען של האוטובוס וכולל משטח עמידה היורד עד גובה הכביש. דבר זה מאפשר להכניס את העגלה למעלון וזה מעלה אותו לתוך האוטובוס, שם הוא נוסע ממשטח המעלון לתוך האוטובוס ומתמקם ליד אחד החלונות. כן קיימת רצועת עיגון שמקבעת את הכיסא לדופן האוטובוס, וכך מונעת תזוזה בסיבובים, בעת האטה ובבלימה. בשעת נסיעת האוטובוס המנגנון מקופל בתוך תא המטען. בקדמת האוטובוס יש מספר שורות של מושבים רגילים למלווים של הנכים.
אוטובוס מדגם זה נמצא בחברת "Nazareth Tours" וזו החברה היחידה בישראל שבמשך שנים רכשה את האוטובוס עבור נסיעות תיירות של צליינים.
בשנים האחרונות החלה חברת מרכבים לייצר גרסה מונגשת לנכים של האוטובוס הבינעירוני מארס.
אוטובוסים בממדים לא מקובלים.
אוטובוס מפרקי.
אוטובוס מפרקי או אוטובוס אקורדיון הוא אוטובוס ארוך במיוחד שנועד לקווים עמוסים ביותר. אורך האוטובוס הוא כ-18 מטרים, כאשר חלקו האחורי מחובר לקדמי באמצעות מפרק מסתובב (נקרא ה"עיגול"), ומעיל גומי קשיח דמוי אקורדיון מבטיח שלא יהיה רווח בין החלקים. באמצעות המפרק, החלק האחורי של האוטובוס מסתובב בהתאם לפניות שמבצע החלק הקדמי וכך יכול האוטובוס הארוך לתמרן גם ברחובות יחסית צרים ופניות מורכבות. האוטובוס הארוך נפוץ בישראל.
אוטובוסים מסוג זה משרתים בעיקר את מרכז מדינת ישראל באזורים וערים שבהם השימוש בתחבורה ציבורית גבוה מהרגיל. יתרונם הוא תעבורת נוסעים בכמות הגדולה פי שניים מאוטובוס רגיל, היות שהם גם מכילים מקומות עמידה ולא רק מושבים.
אוטובוס גדול.
אוטובוס גדל ממדים המשמש שדות תעופה להובלת נוסעים מבית הנתיבות למטוסים החונים. אוטובוס זה רחב, בדרך כלל בשני מטרים, מאוטובוס רגיל בעל מספר מצומצם של מקומות ישיבה ומספר רב של מקומות עמידה לצורך הסעת נוסעים אל המטוס וממנו למרחקים קצרים. האוטובוס נמוך, ללא מדרגות עלייה, ללא תאי מטען, בעל דלתות כניסה ויציאה משני צדדיו. תא הנהג ממוקם לפני הסרן הקדמי ונפרד לחלוטין מתא הנוסעים המתפרס בין שני הסרנים עד לאחורי הסרן השני. אוטובוסים אלו, מתוצרת החברה הגרמנית "Neoplan", נמצאים בשימוש בישראל.
אוטובוס דו-קומתי.
מספר קטן של אוטובוסים דו-קומתיים פעלו בישראל עוד משנות ה-30 של המאה ה-20. עם השנים, אמנם, רובם הוצאו משירות.