במאי 1943 גורשו כ-19,000 מיהודי סופיה לערי השדה ובהמשך מאות יהודים מערים נוספות. חלקם נשלחו לשלושה מחנות ריכוז שפעלו לתקופות מסוימות בממלכה. מאות מבני הקהילה הצטרפו לשורות הפרטיזנים, רובם השתייכו למפלגה הקומוניסטית ולפחות 130 מהם נהרגו בהיתקלויות עם המשטרה הבולגרית והצבא הגרמני. חלקם, כגון אנה ונטורה, מתי רובנובה ואמיל שקרג'יסקי הפכו לסמלי המאבק נגד המשטר. באוגוסט מת המלך בוריס השלישי ולאחר מותו, ובמקביל להרעת מצב הגרמנים בחזית המזרחית, החלה ממשלת בולגריה לשנות את מדיניותה הכללית ולהגמיש את המדיניות כלפי יהודי הממלכה. בשלהי אוגוסט 1944, בוטל החוק להגנת האומה וב-9 בספטמבר 1944 בוצעה הפיכה בבולגריה שהובלה על ידי חזית המולדת הבולגרית ונסמכה על תמיכתו של הצבא האדום. קימון גאורגייב מונה לראש הממשלה ואנטון יוגוב לשר הפנים, וליהודי בולגריה הותר לשוב לבתיהם. בולגריה הכריזה מלחמה על גרמניה ומקצת מבני הקהילה גויסו בהליך מהיר לצבא הבולגרי ונשלחו להילחם לצד הצבא האדום.
במקביל, השתלטו הקומוניסטים היהודים באלימות על מוסדות הקהילה היהודית והחל מאבק על השליטה "ברחוב היהודי" בינם לבין התנועה הציונית ותנועות הנוער מטעמה. מאבק זה חפף למאבק שהתחולל בכל המדינה, אך למרות כוחניותו, היה אלים במידה פחותה לאין שיעור לעומת מאבק השליטה הכללי בין הקומוניסטים לבין מתנגדיהם.
המסע לגירוש נתינים זרים-ספטמבר 1939.
לאחר תום מלחמות הבלקן, מלחמת העולם הראשונה, והסכם לוזאן אשר חתם את מלחמת טורקיה-יוון בוצע טרנספר אוכלוסיות ופליטים יהודים הגיעו לשטחי בולגריה ובכללם נתיני טורקיה, יוון ומחוסרי נתינות שהיו נתינים עות'מאניים לשעבר. במחצית השנייה של שנות ה-30 זרמו לבולגריה פליטים גם מצ'כוסלובקיה, ספרד, הונגריה, אוסטריה וגרמניה הנאצית. ב-1939 עמד מספר הנתינים הזרים בקרב יהודי בולגריה על 824 משפחות בנות כ-4,022 נפשות. בקיץ 1939 נודע לראשי הקהילות היהודיות על הכוונה לגרש את הנתינים הזרים מבולגריה והחלו ניסיונות להוצאתם מבולגריה על גבי ספינות מעפילים כגון הרודניצ'אר א' ו-ב' שארגן ברוך קונפינו, אך במספרים קטנים מאד.
ב-16 בספטמבר 1939, פרסם מפקד המשטרה הבולגרית הקולונל אטאנאס פאנטב הוראה, לפיה נגזר על הנתינים הזרים ומחוסרי הנתינות לצאת את גבולות המדינה. מרבית המגורשים התקבלו במדינות שונות בעיקר טורקיה ויוון. נתינים טורקיים ויווניים הורשו להישאר במדינות אלו ונתיני מדינות נוספות בעיקר מצ'כוסלובקיה, הונגריה, ספרד ואיטליה הורשו להיכנס לטורקיה ויוון, ומהן המשיכו למדינות השונות. כ-1,000 מהמגורשים שהיו מחוסרי אזרחות או בעלי דרכון ננסן שפג תוקפו, נותרו ללא יעד יציאה מבולגריה. עשרות משפחות יהודיות הובאו אל גבולות יוון וטורקיה ונצטוו לחצות את הגבול. אולם שומרי הגבולות לא אפשרו להן לעבור וכך הופקרו המשפחות בשטח המפורז ונפלו קרבן למעשי זוועה של משמרות הגבול. עדויות של ניצולי הגירוש, מספרות על ביזת רכוש היהודים על ידי השוטרים הבולגרים בפלובדיב, כולל פרטי לבוש ועדיים ועל התעללות ואף הרג של יהודים שביצעו משמרות הגבול, בעיקר הטורקיים.
כמה עשרות מהמגורשים נעצרו על ידי משמר הגבול הטורקי ונכלאו באדירנה. נציגי הקהילות היהודיות בעיקר בסופיה ופלובדיב, בסיוע כספי מארגון הג'וינט, שילמו שוחד לראשי המשטרה הבולגרית, ורק אז פנו נציגים בולגריים רשמיים לשלטונות הטורקיים, בבקשה להחזיר את היהודים הכלואים לשטח בולגריה. לאחר שהוחזרו לשטח בולגריה, גורשו שוב לשטח ההפקר ונעצרו שוב על ידי הטורקים וחוזר חלילה. נציגי הקונסיסטוריה היהודית פנו לשר הפנים הבולגרי בבקשה לסייע למגורשים והוא דחה על הסף את בקשתם בטענה שהמגורשים אינם אזרחים בולגרים. גם פנייה למחלקת העלייה של הסוכנות היהודית להקצות סרטיפיקטים למגורשים נדחתה. מצבם הקשה של הפליטים עורר הד תקשורתי מסוים, וסירובה של טורקיה לקבלם על רקע היותם חסרי נתינות, העמיד במבוכה את השלטונות הבולגריים.
משהבין הקולונל פאנטב שאינו מצליח ל"היפטר" מהיהודים, הורה לשלחם רגלית לעיר הנמל וארנה במגמה להעלותם על אחת מספינות המעפילים המפליגות מהנמל עם פליטים מהונגריה לארץ ישראל. הפליטים הגיעו בהדרגה לעיר במספר מועדים. מהעיר וארנה הגיעו ניצולי הגירוש ברובם לארץ ישראל באמצעות העפלה מאורגנת וגם על גבי אניות פרטיות, כשהבולט בקרב מארגני ההעפלה הפרטית היה הד"ר ברוך קונפינו, אשר הפעיל בסבבים את הספינות אגיוס ניקולאוס, רודניצ'אר, ליברטאד ומאוחר יותר, היה אחראי לרכישת הסלבדור שהפלגתה הסתיימה בטביעתה ובמותם של 238 מהמעפילים. גם גופים אחרים ניסו לעסוק בהעפלה. סוכן אוניות פרטי בשיתוף התנועה הרוויזיוניסטית וקבוצת "בעלי בתים" רכשו ספינה בשם "טריפולי" שעשתה הפלגה אחת כשעל סיפונה כ-700 מעפילים. באפריל 1941, לאחר פלישת הגרמנים לממלכת יוגוסלביה נעצרו בבולגריה כ-100 פליטים יהודים שאיבדו את נתינותם היוגוסלבית וביחד עם 200 פליטים יהודים נתיני מדינות שונות נכלאו למשך מספר חודשים בעיירה איגנטייבו. מרבית פליטי המסע לגירוש נתינים זרים אזרחי יוון שנקלטו בה, מצאו את מותם במחנות ההשמדה לאחר שגורשו אליהם על ידי הבולגרים והגרמנים.
החוק להגנת האומה והחבירה למדינות הציר.
ב-23 בינואר 1941 נחתם ופורסם החוק להגנת האומה, אשר דמה במתכונתו לחוקי נירנברג, פגע בזכויותיהם האזרחיות של יהודי בולגריה והגביל את פעולותיהם החברתיות והכלכליות. חשבונות בנק של האזרחים היהודים נחסמו, נמנעה מהם זכות הצבעה, נחסמו תפקידים ציבוריים, נאסרו נשואי תערובת, והוטלה מכסה על מספר הלומדים במוסדות להשכלה גבוהה. על היהודים נאסר להעתיק את מקום מגוריהם.
היוזמה לחוק החלה עוד ביולי 1940 והובילו אותה שר הפנים פטר גברובסקי וראש המחלקה המשפטית במשרדו אלכסנדר בלב. קדמה לפרסום החוק פעילות נרחבת של ראשי הקהילה היהודית שיצאו בצורה מאורגנת למסע שכנוע כנגד החוק הצפוי. הם הצליחו לגייס יהודים בעלי השפעה שנפגשו עם כל חברי הפרלמנט והשרים וניסו לשכנעם להתנגד לחוק. צעדים אלו נחלו הצלחה חלקית בכך שחלק מדעת קהל, בעיקר מקרב האינטליגנציה הבולגרית (כגון ארגון עורכי הדין וארגון הרופאים), התנגד בפומבי לחוק. מצד שני היו גופים וארגונים אחרים אשר תמכו בחוק ובסופו של דבר לאחר דיונים סוערים באספה הלאומית חתם המלך על החוק. ב-1 במאי 1941, גויסו כל הגברים היהודים בגילאים 20–42 לפלוגות עבודה ועסקו בסלילת כבישים בחלק המזרחי של המדינה. כפועל יוצא מהחוק, הורעו מאוד תנאי חייהם של יהודי בולגריה. הוטלו עליהם איסורים שונים שמנעו למעשה את השתתפותם בכל הפעילות הכלכלית, החברתית והתרבותית במדינה. לבני הקהילה הונפקו תעודות זהות מיוחדות בצבע ורוד והם חויבו לענוד כוכב צהוב.
ב-1 במרץ 1941 הצטרפה בולגריה אל ההסכם התלת-צדדי שבין גרמניה הנאצית, איטליה הפשיסטית והאימפריה היפנית, בדומה לרומניה, הונגריה וסלובקיה שהצטרפו לברית זאת בנובמבר 1940. ביום זה, נכנס הצבא הגרמני לבולגריה ללא קרב והתקבל בהתלהבות המונית. הצבא הגרמני לא נכנס ככובש, אלא כבעל ברית שהשתמש באדמת בולגריה כבסיס יציאה לכבוש את יוגוסלביה ויוון. בתמורה להצטרפותה הועברו לבולגריה כפיקדון, שטחי תראקיה ומקדוניה מיוון ומיוגוסלביה, שנכבשו על ידי הגרמנים. בתחילת 1942, בעקבות ועידת ואנזה הוחל במשרד הפנים בתכנון הטיפול ב"שאלה היהודית" בדומה לפתרון הסופי שתוכנן על ידי הנאצים לשאר אירופה. לשם כך הפכה המחלקה שבראשות בלב לקומיסריון לענייני יהודים והוחל בתכנון פעולות מסודרות ונרחבות לגירוש היהודים למחנות ההשמדה בפולין. ממשלת בולגריה הודיעה שהיא מוותרת על חזקתה לגבי יהודים בעלי אזרחות בולגרית שאינם על אדמת בולגריה. מאות יהודים אזרחי בולגריה, 178 מהם בצרפת, כ-500 בגרמניה ובצ'כוסלובקיה ועוד כמה עשרות ביוון ויוגוסלביה נשלחו למחנות ההשמדה. תחילה עמדו להיות מגורשים 11,343 יהודי מקדוניה ותראקיה שסופחו לבולגריה ולא נחשבו נתינים בולגרים משום שנמנעה מהם אזרחות בולגרית באמצעות תקנות מיוחדות.
גירוש יהודי תראקיה, מקדוניה ופירוט.
בתאריך 22 בפברואר 1943 חתם אלכסנדר בלב, בשם ממשלת בולגריה, על הסכם חשאי עם תיאודור דנקר, מטעם גרמניה הנאצית, על גירוש 20,000 יהודים המצויים בחזקת הבולגרים ל"אזורים הגרמניים במזרח" (ההסכם נחתם בברלין ולכן פולין מוגדרת "מזרח" בהתייחס למקום שבו הוא נחתם). בהסכם לקחה על עצמה ממשלת בולגריה את כל הנושא הלוגיסטי של הגירוש כולל ההוצאות הכרוכות בו וכולל תשלום לגרמניה על כל יהודי מגורש. את התשלום מימנה הממשלה הבולגרית ממכירת רכוש המגורשים. כוונתו של בלב הייתה להשלים את מספר היהודים שבהסכם על ידי משלוח של יהודים מבולגריה גופא.