עם כניסתו לתפקיד עמד גמסחורדיה בפני בעיות כלכליות ופוליטיות חמורות, במיוחד במישור יחסיה של גאורגיה עם ברית המועצות. הבעיה החשובה הייתה בעיית המיעוטים הלאומיים המהווים 30% מאוכלוסייתה של גאורגיה. על אף שבני מיעוטים אלו נתנו ידם לתנועה הלאומית הגאורגית וסייעו בהשגת עצמאות המדינה, הם סבלו מתת ייצוג בפרלמנט הגאורגי, ונציגים בני המיעוטים איישו 9 מתוך 245 המושבים בפרלמנט הגאורגי. גם לפני קבלת העצמאות היה מתח אתני רב בגאורגיה, ובאבחזיה פרצו מהומות על רקע זה בשנת 1989. כמה לאומנים גאורגים פתחו במסע תעמולה בכותרת "גאורגיה לגאורגים". התנועה הלאומית הגאורגית הביאה עמה לא רק את סוף מסע הרוסיפיקציה והקשר עם ברית המועצות, אלא גם את הסכנה לאובדן מעמדם המיוחד של המיעוטים הלאומיים, והאוטונומיה שניתנה להם.
מנהיגי המיעוטים האתניים בגאורגיה דרשו איחוד עם הרפובליקות בהן היו עמיהם רוב, בצידו הרוסי של הגבול, או פרישה ועצמאות. רפובליקות חדשות אחרות במרחב הפוסט-סובייטי עמדו בפני דרישות דומות, כדרישת המיעוט הרוסי במולדובה או המיעוט הארמני באזרבייג'ן, דרישות שהובילו למלחמת אזרחים. רבים האמינו כי מוסקבה עומדת מאחרי מנהיגי המיעוטים על מנת לפגוע בעצמאות המדינות החדשות שנפרדו מברית המועצות.
ב-1989 פרצו מהומות בדרום אוסטיה בין האוכלוסייה הגאורגית ובין אוסטים הנאמנים למוסקבה. הסובייט האזורי של דרום אוסטיה הכריז על ניתוק החבל מגאורגיה על מנת ליצור "רפובליקה סובייטית". בתגובה ביטל הסובייט העליון של גאורגיה את האוטונומיה של החבל במרץ 1990. באזור פרץ מאבק תלת צדדי בין הגאורגים, האוסטים, והצבא הסובייטי, ובמרץ 1991 נהרגו בו 51 אנשים, ו-25,000 הפכו לפליטים. לאחר בחירתו לנשיא המועצה העליונה, גינה גמסחורדיה את פעולות האוסטים כחלק ממזימה רוסית לפגוע בעצמאות גאורגיה, וטען כי הבדלנים האוסטים הם סוכני הקרמלין. בפברואר 1991 שלח מכתב לגורבצ'וב ובו דרש את נסיגת כוחות הצבא הסובייטיים מדרום אוסטיה.
מרכיב שנוי במחלוקת נוסף של התנהגותו של גמסחורדיה הייתה הכרתו במשטר הבדלני בצ'צ'ניה. ממשלתו של גמסחורדיה הייתה היחידה בעולם שהכירה במה שכונה על ידי הבדלנים הצ'צ'נים "הרפובליקה הצ'צ'נית של איצ'קריה", המדינה העצמאית שהקמתה הייתה הרקע לפרוץ מלחמת צ'צ'ניה הראשונה, מספר שנים לאחר מכן.
מתחילת נשיאותו של גמסחורדיה צבר גמסחורדיה מתנגדים, שהצביעו על התנהגות דיקטטורית, ששורשיה עוד בתקופה בטרם נבחר לנשיא. ראש הממשלה הגאורגי תנגיז סיגואה ושני שרים אחרים, פרשו ב-19 באוגוסט 1991 במחאה כנגד מדיניותו. שלושת השרים הצטרפו לאופוזיציה וכינו את גמסחורדיה "דמגוג וטוטליטרי", כשהם מתלוננים כנגד הקצב האיטי של הרפורמות הדמוקרטיות. בשידור רגשני בטלוויזיה טען גמסחורדיה כי אויביו הם חבלנים ובוגדים.
באוגוסט 1991 אירעה במוסקבה הפיכת ינאייב, שהיוותה ניסיון מטעם גורמים שמרנים להשיב את גלגל הרפורמות בברית המועצות. התנהגותו של גמסחורדיה במהלך ההפיכה הייתה מקור לתמיהות נוספות. ב-19 באוגוסט פרסמו גמסחורדיה, הממשלה הגאורגית ונשיאות המועצה העליונה קריאה לאוכלוסייה הגאורגית להישאר שלווה ולהמשיך בעבודתה היום יומית. למחרת קרא גמסחורדיה לקהילה הבינלאומית להכיר ברפובליקות שפרשו מברית המועצות והכריזו על עצמאותן. ב-21 באוגוסט טען גמסחורדיה בפומבי כי גורבצ'וב עצמו עומד מאחורי ההפיכה על מנת להגביר את הפופולריות שלו לפני הבחירות לנשיאות ברית המועצות. נשיא ארצות הברית, ג'ורג' בוש, טען כי טענה זו היא "מגוחכת".
התפתחות שנויה במחלוקת נוספת הייתה הסכמתו של גמסחורדיה עם צבא ברית המועצות, עליה דיווחה סוכנות הידיעות הרוסית אינטרפקס כי המשמר הלאומי הגאורגי יפורק מנשקו, וכי משרת מפקד המשמר תבוטל, וכי הוא יהפוך לגורם פנימי הכפוף למשרד הפנים הגאורגי. מפקד המשמר המודח, תנגיז קיטובאני הוביל את כוחותיו אל מחוץ לטביליסי ב-24 באוגוסט. בתאריך זה היה ברור כי הפיכת יאנייב כשלה, וגמסחורדיה בירך באופן פומבי את נשיא רוסיה בוריס ילצין על הצלחתו. גאורגיה שרדה את האירועים ללא משבר אלים, אך מתנגדי גמסחורדיה טענו כי התנהגותו הייתה הפכפכה ולא החלטית.
גמסחורדיה הגיב לביקורת בזעם, והאשים כוחות אפלים במוסקבה הקושרים יחד עם אויביו מבית כנגד תנועת העצמאות הגאורגית. הוא סגר את עיתון האופוזיציה "מולודיוז' גרוזיי", שלטענתו פרסם קריאה למרוד כנגד משטרו. האופוזיציונר גיאורגי צ'נטוריה שמפלגתו "המפלגה הלאומית הדמוקרטית" הייתה אחת מקבוצות האופוזיציה הפעילות באותו הזמן, נעצר, והואשם בקשר עם מוסקבה להדיח את הממשלה החוקית. ערוץ 2, תחנת שידור פופולרית, נסגר לאחר שחלק מעובדי הערוץ השתתפו בהפגנות כנגד הממשלה.
פעולות הממשלה עוררו מחלוקת מבית וביקורת מבחוץ. משלחת של אנשי הקונגרס של ארצות הברית, אותה הנהיג סטני הוייר, דיווחה כי ישנן "בעיות זכויות אדם ניכרות בממשלה הנוכחית, והיא אינה מוכנה להכיר בהן או להודות כי יש לעשות בעניין זה דבר מה". משקיפים אמריקנים ציינו כי עניין זכויות האדם הוא אחת מהסיבות העיקריות לכשלונה של גאורגיה להשיג הכרה בינלאומית בעצמאותה. המדינה הוכרה כבר על ידי מספר מוגבל של מדינות (רומניה, טורקיה, קנדה, פינלנד, אוקראינה, המדינות הבלטיות, ואחרות), אך רק בחג המולד 1991, לאחר הדחת גמסחורדיה, הכירו בה ארצות הברית, צרפת, הודו ומדינות חשובות נוספות.
ב-2 בספטמבר הפך העימות הפנימי לאלים כאשר המשטרה פיזרה באלימות הפגנה בטביליסי. התוצאה של אלימות המשטרה הייתה כי המשמר הלאומי הגאורגי התפצל לסיעות בעד ונגד הממשלה, כאשר הסיעה שנגד הממשלה התרכזה במחנה חמוש מחוץ לבירה. עימותים אלימים בין שני הצדדים אירעו בטביליסי באוקטובר ונובמבר, וגבו מספר הרוגים. מיליציות צבאיות, הידועה מביניהן כונתה "מחדריוני" ("הפרשים", או "האבירים"), הציבו בריקדות מסביב לעיר.
הדחתו.
ב-22 בדצמבר 1991 ביצעו קבוצות אופוזיציה חמושות הפיכה אלימה והתקיפו מספר בניינים ממשלתיים לרבות בניין הפרלמנט הגאורגי בו ניסה גמסחורדיה עצמו למצוא מקלט. נטען, אך לא הוכח מעולם, כי לקרמלין הייתה יד בהדחתו. הלחימה נמשכה בטביליסי עד ל-6 בינואר 1992, וגבתה חייהם של לפחות 113 לוחמים משני הצדדים.
גמסחורדיה וחברי ממשלתו הסתננו דרך קווי המורדים ומצאו את דרכם לאזרבייג'ן, שסירבה להעניק להם מקלט. ארמניה איפשרה לו לשהות בתחומה תקופה קצרה, וסירבה לדרישת הממשלה הגאורגית החדשה להסגירו לגאורגיה. על מנת שלא לסבך את יחסיהם עם גאורגיה הורו לו השלטונות הארמנים לצאת לצ'צ'ניה, היכן שקיבל מקלט מדיני ממנהיג ממשלת הבדלנים ג'וחר דודייב, שגמסחורדיה היה היחיד שהכיר בממשלתו.
גמסחורדיה הוחלף על ידי מועצה צבאית המורכבת ממתנגדיו, ראש הממשלה תנגיז סיגואה, מפקד המשמר הלאומי הגאורגי תנגיז קיטובאני ומפקד המיליציות ג'אבא יוסליאני. השלושה הקימו ממשלה זמנית והורו על הדחתו הרשמית מתפקיד הנשיא. הממשלה הזמנית הכריזה כי היא "מועצת המדינה" ומינתה את יריבו הוותיק אדוארד שוורדנדזה ליושב ראשה במרץ 1992. חילופי המשטר התבצעו ללא משאל עם או בחירות. שוורדנדזה שלט כנשיא דה פקטו עד לבחירות לנשיאות בנובמבר 1995. הדחתו של גמסחורדיה היוותה למעשה חלק ממלחמת האזרחים של גאורגיה, עימות אלים שנמשך עד לשנת 1993, וכלל, פרט לעימות בין הזוויאדיסטים, תומכי גמסחורדיה, ותומכי המשטר החדש, גם עימותים בין המשטר הגאורגי המרכזי ובין המיעוטים האתניים באבחזיה ובדרום אוסטיה שהביאו בסופו של דבר לפרישתם דה פקטו של שני המחוזות מגאורגיה.
גלות.
לאחר הדחתו המשיך גמסחורדיה לטעון כי הוא הנשיא הלגיטימי של גאורגיה, וכי נבחר לתפקידו ברוב מכריע של אזרחי גאורגיה, ולא הודח כדין מעולם, שלא כשוורדנדזה שמינה עצמו לנשיא. כמה ממשלות וארגונים ברחבי העולם תמכו בטענתו זו, על אף שממשלת המורדים התקבלה באופן פרגמטי כגוף המושל במדינה. בשנת 1992 ביקר בפינלנד בהזמנת קבוצת ידידי גאורגיה בפרלמנט הפיני, ובאוסטריה לשם הוזמן על ידי האגודה הבינלאומית לזכויות האדם. בשתי הארצות נפגש עם פקידי ממשלה בכירים וחברי פרלמנט.
בגאורגיה נמשך העימות המזוין בין תומכי גמסחורדיה ומתנגדיו גם בשנים 1992 ו-1993. ב-24 ביוני 1992 תפסו תומכי גמסחורדיה את בניין הטלוויזיה הממשלתי, ושידרו תשדיר רדיו המצהיר כי "הממשלה הלגיטימית חזרה למשול. החונטה האדומה קרבה לסופה". בתוך כמה שעות גורשו תומכי גמסחורדיה מהבניין על ידי המשמר הלאומי. מטרתם הייתה כפי הנראה לעורר התקוממות מזוינת כנגד ממשלת שוורדנדזה, אך מטרה זו כשלה.
ממשלת שוורדנדזה נקטה בצעדים קשים לדיכוי הזוויאדיסטים, וכוחות הביטחון בשיתוף עם מיליציית המחדריוני ביצעו מעצרים והטרדות של תומכי גמסחורדיה. למרות הביקורת הבינלאומית שהביאו עמם צעדים אלו, יוקרתו האישית של שוורדנדזה, שזוהה עם צעדיו האמיצים של גורבצ'וב בתקופת הגלזנוסט והפרסטרויקה, הביאה לתמיכה בינלאומית בממשלתו. בספטמבר 1992 נכנסו חיילים גאורגים לאבחזיה על מנת לדכא שם התארגנויות של תומכי גמסחורדיה בין האוכלוסייה הגאורגית בחבל, דבר שהביא להחרפת היחסים האתניים המתוחים ממילא באבחזיה. בספטמבר 1993, פרצה מלחמה בין הכוחות הגאורגים והבדלנים האבחזים. המלחמה הסתיימה בתבוסת הכוחות הגאורגים, שנאלצו לסגת מאבחזיה כשבעקבותיהם 300,000 פליטים גאורגים. מעריכים כי המלחמה גבתה את חייהם של 10,000 הרוגים.
מלחמת האזרחים של 1993.