שלב ראשון של הכשרת ארגון הנזירים-הלוחמים חל בוועידת ניאפוליס. בוועידה זו התכנסו אנשי כנסייה בשנת 1120 והתלוננו על תמותת הצליינים במדבר יהודה. בשנת 1129 נערך כינוס מועצה של בישופים ואנשי דרג נוספים בעיר טרואה שבצרפת. בהחלטותיה הכירה הוועידה הכנסייתית הזו באגודה החדשה ואשררה את התקנון שחיבר ברנרד מקלרבו. בכינוס זה גם נקבע שחברי המסדר יתלבשו בלבוש מיוחד, בגדי דת (ולא בגדים סקולריים, כפי שלבשו עד שנה זו): גלימות לבנות נושאות צלב אדום בולט על חזהו של האביר. אל תשעת האבירים המקוריים (אם אכן היו אלו רק תשעה כל אותן שנים ראשונות) הצטרפו אבירים רבים והאחווה הצעירה הפכה לארגון גדול ורשמי. בשנת 1139 קיבלו הטמפלרים את הזכות למנות כוהני דת לעצמם וכך הפכו לבלתי תלויים במוסדות כנסייה אלא כפופים ישירות לאפיפיור עצמו.
תקנון המסדר.
לתקנון המסדר סעיפים רבים. מטרתו, כמו קאנונים של מנזרים ומסדרים אחרים, להגדיר מסגרת לאורח חיי החבר במסדר: למן השכמתו בבוקר ועד עלייתו על יצועו. בתקנון ניכר שילובם הן של אורחות חיי הנזיר והן של אורחות חיי האביר הלוחם. התאמות רבות נעשו כדי לאפשר לנזיר לתפקד כלוחם יעיל: תזונה ראויה ומלאה (סעיף 8), הימנעות מסיגוף גופני מוגזם (סעיף 19), מסגרת אימונים וכדומה. מנגד ישנן הגבלות נזיריות רבות: הגבלת הרכוש (סעיפים 30–31, 37) (זה אף היה לסמל המסדר: שני אבירים רוכבים יחדיו על סוס, מפאת ענווה ועוני, אף כי למסדר לא חסר ממון), הימנעות מאורח החיים האצילי, כגון ציד (סעיף 47), הימנעות מקשרי אהבה עם נשים (סעיף 72), ושאר הגדרות הקשורות לאורח החיים הנזירי: אכילה משותפת (סעיף 8), לבוש דתי (סעיף 20), נאמנות למאסטר המסדר (סעיף 33) ועוד, אולם גם את ההיתר להחזיק רכוש, להינשא וללדת ילדים בניגוד לנוהג הנזירי הרגיל (סעיף 51). סעיף זה אפשר לאבירים בעלי אחוזות בארצות מוצאם להצטרף אל המסדר. בתקנון עדות לקיומם של אריות בארץ ישראל באותם ימים (סעיף 48) - האריות נכחדו מארץ ישראל כמה מאות שנים לאחר פרסום התקנון, והטמפלרים ושכמותם הם ככל הנראה לפחות אחת מהסיבות לכך.
סעיף 1. אתם הזונחים את שאיפותיכם הפרטיות, וכן האחרים אשר לוחמים אתכם, למען ישועת נשמותיהם, למשך זמן קצוב (ad terminum), בסוסים ובנשק למען אל עליון, השתדלו לשמוע תמיד, לפי התקנה הקאנונית (canonica institutio) ולפי נוהג מורי העיר הקדושה את תפילת הבוקר (Matutinae)...
סעיף 2. וכן אם אח כלשהו, עקב ענייני נצרות המזרח, אולי יהיה מרוחק (ואיננו מפקפקים שדבר זה עשוי לקרות לעיתים קרובות), ובגלל היעדרות כזאת לא ישמע את עבודת האדון (servitium Dei) – אנו מאשרים כי עליו לומר במקום תפילת הבוקר שלש-עשרה תפלות האדון (orations dominicae)... ובמקום תפלת הערב (pro Vesperis) – תשע...
סעיף 8. אנו סבורים כי עליכם לקבל את מזונכם במשותף (communiter) בחדר אוכל (refectorium) אחד; ואם יחסר לכם דבר, ראוי לבקש בנועם ובפרטיות; בכל זמן בקשו אל השולחן את שחסר לכם בכל הענווה...
סעיף 19. קראנו בכתבי הקודש (divina pagina): "ויחולק לכל איש ואיש די מחסורו" (). על כן אין אנו אומרים שאנשים מסוימים יזכו במשוא-פנים, אלא שהחולשה חייבת לזכות בהתחשבות... אבל זאת אנו אוסרים, כי יורשה למישהו לדבק בהינזרות מופרזת (abstinentia imoderata); אלא ייטול-נא על עצמו בדחיפות את דרך החיים המשותפים (vita communis).
סעיף 20. אנו מצווים שהבגדים יהיו תמיד בני צבע אחד, לבנים או שחורים, ואם לומר כך, עשויים מחומר צמרי גס. לכל האבירים היוצאים בחורף או בקיץ, אנו מתירים ללבוש בגדים לבנים, אם הדבר ניתן. כך שהמזניחים את החיים העגומים, ידעו שהם מפוייסים ליוצרם באמצעות הלבן והבהיר. וכי מה הוא הלובן אם לא הפרישות (castitas) השלמה?
סעיף 25. לסרז'נטים (servientes) נחוץ ביותר טוהר מוסרי (munditia) כלפי פנים וכלפי חוץ...
סעיף 30. לכל אחד מכם מותר להחזיק שלשה סוסים, כי העוני הקיצוני של בית האלוהים וארמון שלמה אינו מתיר במצב הנוכחי להרבות יותר, אלא על-פי היתר המאגיסטר (magister).
סעיף 31. מאותה סיבה מתירים אנו נושא-כלים (armiger) יחיד יהיה לכל אביר.
סעיף 33. בוודאי ראוי לאבירים אלה, שאינם חושבים דבר ליקר מן המשיח, כי ישמרו על ציות (obedientia) מתמיד כלפי המגיסטר, עקב השרות שלפיו יצאו, או עקב תהילת העושר העליון או פחד הגיהנום, ויש לשמור על הציות כך שמיד כאשר המגיסטר, או זה שהמגיסטר נתן לו הרשאה לכך, מצווה משהו, אל ישתהו האבירים בבצוע, כאילו צווה זאת המצווה בהשראה אלהית.
סעיף 37. רוצים אנו כי כל הזהב או הכסף, שהם קישוטים מיותרים, לא ייראה אי פעם ברסנים, או בשריונות החזה של הסוס, או בדרבנות...
סעיף 39. מותר למגיסטר לתת סוסים למי שירצה; או נשק או כל דבר שיעלה על ליבו, יוכל לתת למי שירצה.
סעיף 47. שאיש לא ינקב חיית-טרף בקשת (arcus) או בקשת אפקית (ballista).
סעיף 48. אריות יש להרוג תמיד.
סעיף 51. בהשגחה אלוהית, כך אנו מאמינים, הייתה בכם, במקומות הקדושים, התחלת סוג חדש זה של אמונה (religio); כך שאתם מצרפים את הכח הצבאי (militia) לאמונה, וכך מתקדמת האמונה באמצעות הכח הצבאי, וקוטלת את האויב ללא חטא. קובעים אנו איפה בצדק, שתחזיקו עקב זכויותיכם הבולטות והמעלות (probitas) המיוחדות, בית, אדמה ואנשים ואכרים ותשלטו בהם בצדק...
סעיף 55. אנו מרשים לכם כי יהיו ביניכם אחים נשואים, באופן כזה, שאם יבקשו את חסד אחוותכם, ואת ההשתתפות בה, עליהם להעניק אחר מותם את מחצית רכושם (לכם)... ובינתיים עליהם לנהל חיים הגונים (vita honesta), וישתדלו להיטיב לאחים; אולם בגד צחור ומעיל עליון (chlamys) לבן לא ישאו. אולם, חושבים אנו לבלתי צודק כי אחים מסוג זה יישארו בבית אחד עם אלה המבטיחים לאל פרישות.
סעיף 58. אם ירצה אביר... לבחור בחבורתכם ובחייכם, לא תנתן לו ההסכמה מיד, כי אם על פי דבר פאולוס "בחנו את הרוחות אם מאלוהים המה" (), וכך תורשה לו ההצטרפות. ייקרא-נא התקנון בנוכחותו; ואם הוא יציית בשקידה לצווי התקנון שנגלו לפניו, כי אז, אם ירצו המגיסטר והאחים לקבלו, יגלה-נא את בקשתו בנפש טהורה בפני כל האחים הנאספים. לאחר מכן יהיה נתון סוף זמן המבחן (probation) לשיקול דעתו והשגחתו של המגיסטר, על פי הגינות חייו של המבקש.
סעיף 67. אם אח כלשהו יעבור עברה קלה תוך דבור או תוך לחימה, או בדרך אחרת, יגלה נא את עברתו מרצונו הוא למגיסטר, העתיד להענישו. על עברות קלות, אם אין העבריין עובר אותן בדרך הרגל, תוטל עליו ענישה (poenitentia) קלה. אולם אם האשמה תתגלה על ידי משהו אחר, כשהוא (העבריין) שותק, יוטלו עליו משמעת ותקנון (disciplina et emendatio) גדולים ובולטים יותר. ואם הפשע יהיה כבד, יסולק ממגע-וממשא (familiaritas) עם האחים, ולא יאכל אתם אל שולחן אחד, כי אם לבדו יאכל את ארוחתו.
סעיף 72. יש להימנע מנשיקותיהן של הנשים כולן.
המבנה הארגוני של המסדר.
בראש המסדר עמד המאסטר או המגיסטר. הוא נבחר על ידי אספה כללית של המסדר. לצידו עומדים המרשל, מפקד הצבא של המסדר, והסנשל, יד ימינו של המגיסטר, ממלא מקומו או יועצו הבכיר.
מתחת לאלו ישנה שורה של מפקדים: ראש אגף אפסנאות וכיוצא באלו.
מתחת לאלו היו מצויים מנהלי מחוזות, כלומר פקידים בכירים של המסדר. מספרם השתנה לפי הצורך. הם היו אחראיים על כל הסניפים באותו מחוז.
כאשר אחד המפקדים מת הוזמנו כל הפקידים הבכירים ובחרו את הפקיד הבכיר ביותר להחליפו.
במסדר הטמפלרים היו ארבע מחלקות של אחוות:
נשים וילדים לא הורשו להיות חלק מהמסדר אולם הם יכלו להוות חלק מנדבך תומך, שכונה "פאמיליה" ("משפחה"): הם נתנו נאמנותם למסדר, תמכו בו כלכלית בתרומות שונות ומגוונות ולעיתים הבטיחו את עתיד בנם הצעיר כחבר במסדר. אחרים מסרו לאחר מותם את רכושם למסדר. כך נוצרו קשרים חברתיים חזקים בין המסדר לחברה באירופה. העובדה שלכל אביר במסדר הייתה משפחה של ממש – הורים, אחים ובני משפחותיהם, ושחלקם הבטיחו עצמם לסייע באופן פעיל למסדר, יצרה קשר עוצמתי בין החברה הפרנקית בצרפת, הן ממשפחות האצולה ששימשו כראשי ובאבירי המסדר, והן ממעמדות הבורגנים והאיכרים הנאמנים לאצולה, ושבניהם שרתו בו כמשרתים. המסדר ייצג, בזעיר אנפין, משהו מהמבנה החברתי של צרפת של ימי הביניים וניזון ממבנה זה.
הצעירים שהצטרפו למסדר עברו תקופת טירונות קשה מאוד וארוכה של לימוד תורות לחימה, לימודי דת ולימוד תקנון הנזירות.
התעצמותו הכלכלית של המסדר.
בשנים הראשונות לקיומו של הארגון המצומצם, עד ועידת טרואה, בשל הצורך בממון לתחזוקת אחוות האבירים החדשה: להוצאות המזון, הנשק, הסוסים, בניית אתרי חנייה מוגנים בדרכים וכדומה, קיבלו חבריו תמיכה כלכלית מהמלך בלדווין ה-2 בירושלים. הייתה זו חובת תשלום שנתית של 150 ביזנטים שהומרה שנים אחר כך (בשנות ה-60 של המאה ה-12) במתן בעלות על שלושה כפרים. אולם כעבור כמה שנים, עם התעצמותו הכלכלית של המסדר, לא נסמך עוד אוצרו על תשלום המלך שכן רכושו ועמידותו הכלכלית היה רב, לעיתים אף משל בתי המלוכה עצמם. החל מועידה טרואה החלו לזרום כספים ורכוש רב מאירופה לטובת המסדר. אנשים מאמינים שנבצר מהם להשתתף במסעות הצלב תרמו מרכושם בחייהם או לאחר מותם למסדר. באופן זה אלפי פריטי נדל"ן הועברו לאוצר המסדר: בעלות על חלקות שדה, טחנות קמח, גשרים, מבני מגורים וכדומה, זאת מלבד רכוש נייד. תרומות אלו היוו תשתית לרשת הסניפים הכלל אירופאית של המסדר.