בתגובה לכך דמטריוס פנה אף הוא אל יונתן באיגרת ידידות לכרות עמו ברית, בתמורה להסכמתו של יונתן דמטריוס הציע ליונתן ביטול מיסים, הרחבת גבולות יהודה, הענקת הטבות לתושבי ירושלים, שחרור שבויים, הכרה בחגי היהודים, גיוס יהודים בשכר לצבא המלך, תרומות לעבודת המקדש ועוד. אף שהבטחותיו של דמטריוס היו מופלגות, יונתן בחר לעמוד לצידו של באלאס מסיבות שונות.
בשנת 150 לפנה"ס לאחר שבאלאס הביס את דמטריוס באופן סופי והרגו, הלה אשרר את מינויו של יונתן לכהן גדול ואף מינה אותו להיות מושל ונציב (סטרטגוס ומרידרכס) רשמי של הממלכה ביהודה. יונתן אף התמנה, ל"רע המלך", ומינוי זה הקנה ליונתן מעמד גבוה בהיררכיה השלטונית הסלאוקית. השנים הבאות היו שנות פריחה לממלכת החשמונאים וליונתן. כאשר הגיע אלכסנדר באלאס לעכו (שלא נחשבה לחלק מממלכת יהודה ולא היו בה כמעט תושבים יהודים) על מנת להיוועד שם עם מלך מצרים - תלמי השישי פילומטור, הוזמן אף יונתן להיוועד עם שני המלכים.
כעבור שנתיים תבע ממנו באלאס לפרוע את חובו למלך ולסייע לבאלאס במאבקו מול דמטריוס השני, בנו של דמטריוס הראשון ולהילחם מול אפולוניוס, ששירת לפני כן כנציב קוילה-סוריה ופויניקיה, ועבר לצידו של דמטריוס השני. יונתן הזדרז להגיש את הסיוע הצבאי כמתחייב מן ההסכם בינו לבין באלאס, אך גם משום שחלק מן המערכות התנהלו בסמוך ליהודה, כגון ביפו, באשדוד ובאשקלון, אותן רצה יונתן להכניע ולהפוך לחלק מהטריטוריה היהודית.
יונתן לא איכזב את באלאס, במסע שעבר דרך כיבוש יפו, הצליח להכות את המצביא אפולוניוס - מפקד חילת סוריה ונאמנו של דמטריוס השני, באזור השפלה בין יבנה ואשדוד. ומשם אף עלה על אשדוד וכבשה. יונתן המשיך את יוזמתו של אחיו הבכור יהודה המכבי לביעור עבודת האלילים, כאשר שרף את מקדש דגון באשדוד. ואילו אשקלון, שהייתה במחנה של באלאס ותלמי, פתחה את שעריה בפניו וקיבלה אותו בכבוד רב. הייתה זו הפעם הראשונה שצבא חשמונאי נלחם מחוץ לאזור ההררי. לאחר ניצחון זה הפך לכוח הצבאי החזק ביותר בכל תחומה של ארץ ישראל. כגמול על עזרתו העניק באלאס ליונתן את העיר עקרון וסביבתה, ובכך נסללה הדרך להתפשטות טריטוריאלית של יהודה מעבר לגבולותיה המסורתיים. גם העובדה שיונתן הציב חיל מצב ביפו, שימשה גשר לקראת השתלטות על נמל כלכלי ועל בסיס ימי חשוב כעיר יפו.
לאחר הניצחון במלחמה זו יצא תלמי הששי למסע בראש צבא גדול, והותיר חילות מצב בערי החוף. יונתן קיבל את פניו ביפו וליווה אותו עד לגבול של קוילה סוריה, עד נהר האלותרוס. בדרך באו בני ערים שסבלו מיונתן והתאוננו בפניו, אך תלמי לא שעה לדבריהם. תמיכתו ביונתן הייתה חזקה מדי מכדי שיקשיב להם, וגם מלחמתו של יונתן חסכה ממנו מלחמה בשפלת החוף.
הברית עם דמטריוס השני והפטור ממסים.
בנו של דמטריוס, דמטריוס השני המכונה "ניקנור", החליט לנקום בבאלאס את מות אביו, גייס צבא, וניסה להשתלט מחדש על הממלכה הסלאוקית. יונתן היה נאמן לבריתו עם באלאס, וזאת אף לאחר ששאר בני בריתו של השליט, המצרים, והרומאים, העבירו את תמיכתם אל דמטריוס השני. עם זאת, יונתן ניצל את מלחמת האזרחים שנפתחה בין באלאס ודמטריוס השני כדי לכבוש את יפו, אשדוד ועקרון, ולצור על מעוזם של המתייוונים - מצודת החקרא.
בשנת 145 לפנה"ס בקרב מצפון לאנטיוכיה, השתלט דמטריוס השני על הממלכה, והרג את אלכסנדר באלאס בסיועו של תלמי השישי שחש לעזרתו. לאחר ששמע שיונתן צר על החקרא, עלה לעכו, תבע ממנו להפסיק זאת וקרא אליו להגיע בדחיפות לעכו. יונתן הפסיק את המצור על החקרא, והעביר את נאמנותו לדמטריוס השני, שבתמורה פטר את יהודה מתשלום מיסים. כמו כן, קיבל יונתן מידי הסלאוקים שלשה פלכים נוספים - עפריים, לוד ורמתיים, וגבולות יהודה התרחבו איפוא על חשבון נציבות שומרון.
ובכך זכתה יהודה בצעד נוסף לקראת ריבונותה. בתמורה לכך הבטיח יונתן שקט באזור הזה, והתחייב לסייע לדמטריוס כאשר הדבר יידרש ממנו. כאשר דמטריוס הושם במצור על ידי מורדים והמון העם בבירתו אנטיוכיה, בעקבות תסיסה פנימית בממלכה הסלאוקית, שלח יונתן בעקבות בקשת דמטריוס השני, גיס בן 3,000 חיילים לסייע לו להסיר את המצור.
הברית עם אנטיוכוס השישי.
דיודוטוס טריפון קצין צבא בכיר הצליח לבצע הפיכה בממלכה, כאשר בשנת 144/145 לפנה"ס הכריז על אנטיוכוס השישי, בנו הצעיר של אלכסנדר באלאס, שהיה עדיין ילד, כמלך, והצליח להשתלט על חלק ניכר מהממלכה, כאשר הוא מושל בה בפועל. לאחר השתלטות טריפון על עכו-פטולמאיס, הוא שלח איגרת אל יונתן מטעם אנטיוכוס השישי.
במסמך זה הוא אישר מחדש את תפקידו של יונתן כתפקיד הכהן הגדול, כמו גם את השינויים הטריטוריאליים שהתרחשו בתקופת אלכסנדר באלאס ודמטריוס השני. בנוסף, ובמישור אישי, כיבד דיודוטוס את יונתן בזכויות השייכות לגינוני המלכות הסלאוקית:.
בעקבות התרחשויות אלו, וסירובו התקיף של דמטריוס לפנות את מצודת החקרא שבירושלים, על אף הבטחתו לעשות זאת, תמורת סיועו הצבאי של יונתן באנטיוכיה, העביר יונתן את נאמנותו לטריפון. טריפון מינה את אחיו של יונתן, שמעון התרסי, לשמש סטרטגוס (מושל) של רצועת החוף מסולמה של צור עד נחל מצרים. למעשה מינוי זה היה עבור שטח שהיה נתון בשליטתו של דמטריוס השני. על יונתן ושמעון הוטל לכבוש שטח זה על מנת לממש את מינויו של טריפון. בכך יצר טריפון מצב בו יונתן ושמעון נלחמים כנגד אויביו. עם זאת מינוי זה סימל את ראשית צמיחתה של מלכות בית חשמונאי.
יונתן אסף אליו לוחמים מעבר הירדן, והוא ושמעון החלו במלחמות כנגד תומכיו של דמטריוס בארץ, והישגיהם במלחמות אלו היו רבים. יונתן כבש את עזה ולקח ממנה בני ערובה. בסוף מסע הכיבושים יונתן הצליח לצאת ממארב, ולנצח בגליל העליון שרי צבא מתומכי דמטריוס, לאחר שחלק ניכר מחייליו ברח, והוא נותר עם קציניו, מתתיהו בן אבשלום ויהודה בן כלבי ואנשיהם. במקביל שמעון הצליח לגרום לחיל המצב בבית צור להתפנות מהמקום. בתגובה של ניסיון כיבוש בידי קציני דמטריוס הוא יצא כנגדם, וגרם להם לסגת ללא קרב. במקביל שמעון כבש את יפו ושם בה חיל מצב. בהמשך יונתן חיזק את חומות ירושלים עוד.
נפילתו בשבי ומותו.
התקדמותה המדינית והצבאית של יהודה החשמונאית, ערערה את שלטונו של טריפון בארץ-ישראל, ולפיכך יצא עד מהרה למסע כדי להשתלט על יהודה. הוא התקדם עם צבאו לעבר בית שאן אולם העימות הצבאי נמנע. דיודוטוס טריפון, באמתלא של פיוס והרחבת סמכויות וויתורים, שכנע בדברי חלקות את יונתן, להחזיר את צבאו הגדול ליהודה, והצליח למשוך אותו לעכו, שם בעזרתם הפעילה של תושבי עכו שבה אותו, וטבח את אלף מלויו. את מקומו של יונתן תפס אחיו שמעון שפתח במלחמה כנגד טריפון.
כליאתו של המנהיג הכריזמטי והפופולרי אשר הנהיג את העם לעצמאות מאז מותו של יהודה המכבי, הייתה נקודת שפל, ופחד נפל על רבים מפני אובדן העצמאות וחידוש הגזירות, אך אחיו שמעון התרסי לקח על עצמו את ההנהגה באופן מיידי. טריפון הצעיד את צבאו ליהודה כשהוא מוביל את יונתן בשרשראות, ועבור שחרורו, דרש משמעון כופר של מאה כיכר כסף ואת שני בניו כבני ערובה בשביל להבטיח את נאמנותו. שמעון מילא את דרישותיו, "אף כי ידע כי בנבלה ידבר, ויעש כן לבל ילונו עליו העם". טריפון אכן לא עמד בדיבורו, אלא המשיך לתקוף את יהודה. צבאו של שמעון עמד מולו, וטריפון נסוג לגלעד, ובדרך הרג את יונתן בבית שקמה. שמעון שנותר להנהיג את יהודה, חסם את ניסיונו של טריפון לכבוש את יהודה, וכרת מחדש ברית עם דמטריוס השני מול טריפון. כך למעשה בוטלה האחיזה של הממלכה הסלאוקית בהנהגתו של טריפון ביהודה (142 לפנה"ס).
שמעון לקח את עצמות יונתן וקבר אותו במודיעין, בקבר המשפחתי. וכל ישראל ספדו לו במה שמתואר כהלוויה ממלכתית גדולה. לאחר מכן שמעון בנה במקום אחוזת קבר גדולה הכלולה משבע פירמידות, להוריו ולארבעת אחיו. וכן עמודים גדולים שעליהם חקוקים פיתוחים בצורת אניות, שניתן לראות מהים. ספר מקבים א' עוד מספר שכאשר הגיעה הידיעה על הירצחו לרומי וספרטה, התעצבו השליטים שם על מותו (מקבים א' י"ד 13). מה שהעיד על כך שיונתן עורר אהדה והערכה שחרגו מגבולות עמו.
פעילות מדינית.
יונתן היה אחד המנהיגים החשמונאים הפעילים ביותר בתחום המדיני. יונתן טיפח ופיתח קשרי חוץ חשובים, לחיזוק מעמדה הבינלאומי של יהודה, ולנקיטת צעדים לקראת ריבונותה.
הוא חידש את הברית עם רומא, אותה כרת לראשונה אחיו יהודה, חיזק את ידידותו עם תלמי השישי המצרי, דבר שהועיל לו רבות במהלך כיבושיו, ואף רקם קשרים עם בני ספרטה שבדרום יוון, שהיו בעלי ברית של רומא. למהלך זה הסתמן, כך דומה, מאפיין פרו-הלני מובהק.
מהלכים אלה תאמו את תפישתו המדינית של יונתן: ניצול מלחמות האזרחים בסוריה, שימוש בתפקיד בכיר ("רע המלך") בחצר הסלאוקית, ושיגור כוח יהודי צבאי עד לאנטיוכיה הרחוקה.
הערכה.