במהלך קיץ 1875 קיבל בלקנאפ לחקור את הפארק הלאומי ילוסטון, הפארק הלאומי הראשון של ארצות הברית, שהוקם בעקבות חוק שנחתם ב-2 במרץ 1872 על ידי הנשיא גרנט. במסעו זה התלוו לבלקנאפ קולונל רנדולף ב. מרסי, לוטננט קולונל ג'יימס ו. פורסיית ואיש העסקים משיקגו, ויליאם סטרונג. את המשלחת הוביל לוטננט גוסטבוס צ'. דואן, שהוביל את משלחת וושבורן-לנגפורד-דואן ב-1870, משלחת הסקר הפדרלית הנרחבת הראשונה לאזור, שהייתה בין אלו שהובילו להחלטה על הקמת הפארק. דואן יצא מפורט אליס, שם הוא היה מוצב, ועסק בהכנות להגעת הפמליה של בלקנאפ למעיינות החמים מאמות'. ב-26 ביולי הגיעה הפמליה לפורט אליס והמשיכה משם למאמות' כדי לחבור לדואן. בהובלתו הם ניסו ללכת בעקבות נתיבה של המשלחת המקורית של 1870, בנוסף לפעילויות ציד שנקרו בדרכם. הפמליה כללה 24 חיילים ושני אמבולנסים. המסע שארך שבועיים היה בעייתי, שכן לא עלה בידו של דואן לאתר מטרות רציניות לציד ולאחר תצפית קצרה על הקניון הגדול של ילוסטון, המתינה החבורה מספר שעות לאחר שדואן איתר בסופו של דבר את המסלול.
מערכת בלק הילס.
בסוף יולי 1874 גילתה משלחת צבאית אמריקאית בפיקודו של קולונל ג'ורג' ארמסטרונג קסטר זהב בגבעות השחורות. עד מהרה פלשו מחפשי זהב רבים לאדמות שהוענקו לאינדיאנים על פי הסכם פורט לרמי מ-1868. ביוני 1875 ניסה הנשיא גרנט לפתור את הבעיה באמצעות הצעת הסכם חכירה לאינדיאנים על אדמותיהם בסכום של 100,000 דולר לשנה או רכישתו בסכום של 6 מיליון דולר. שבט הלקוטה בהנהגתו של ראש השבט ענן אדום, סירב להצעה, בשל העובדה שההצעה כללה את העברתם של בני השבט אל הטריטוריה האינדיאנית באוקלהומה. ב-3 בנובמבר 1875, עם הסלמת המשבר, קיים הנשיא גרנט פגישה סודית בבית הלבן בהשתתפות בלקנאפ ומזכיר הפנים זכריה צ'נדלר. השלושה הסכימו לביצוע תוכנית שבמסגרתה ייסוגו כוחות ארצות הברית מהגבעות השחורות, וכך יתאפשר למחפשי הזהב לכרות בטריטוריה. מטרת נסיגת הכוחות הייתה לגרום לפריצת מלחמה עם האינדיאנים. ב-3 בדצמבר הורה צ'נדלר לכל האינדיאנים לשוב לשמורותיהם, אך אינדיאנים מיליטנטים בהנהגתם של פר רובץ וסוס משוגע סירבו לעשות כן. עד ינואר 1876 התיישבו 4,000 כורים באדמות האינדיאניות באופן בלתי חוקי. כאשר האינדיאנים העוינים סירבו לפנות את שטחי הציד שלהם עד המועד האחרון של ה-31 בינואר, העביר צ'נדלר את הטיפול באינדיאנים למחלקת המלחמה בראשותו של בלקנאפ בציינו, "הטיפול באינדיאנים האמורים מועברת בזאת לידי מחלקת המלחמה כדי שתינקט נגדם פעולה על ידי הצבא כפי שאתה [בלקנאפ] תראה לנכון לנקוט לאור הנסיבות". ב-8 בפברואר קיבלו הגנרלים קרוק וטרי פקודות להתחיל בתמרוני חורף נגד האינדיאנים העוינים ומערכת בלק הילס החלה. ב-1 במרץ, צעד קרוק בחורף המקפיא צפונה מפורט פטרמן שליד דגלאס, ויומינג, כדי לתקוף את פר רובץ ואת סוס משוגע ואת תומכיהם מקרב האינדיאנים על נהר פאודר. ביום המחרת, ה-2 במרץ, התפטר בלקנאפ בפתאומיות על רקע שערוריית פורט סיל. מה-3 במרץ ועד ה-7 במרץ נוהלה מחלקת המלחמה באופן זמני על ידי מזכיר הצי ג'ורג' רובסון. ב-8 במרץ מינה גרנט את אלפונזו טאפט למזכיר המלחמה החדש. מערכת בלאק הילס הסתיימה באפריל 1877, כבר בתקפות כהונתו של הנשיא הבא רתרפורד הייז.
חקירה על שחיתות והתפטרותו.
ב-29 בפברואר 1876 הגיעו שמועות על הרווחים של בלקנאפ מתחנת הסחר בפורט סיל לאוזניו של חבר בית הנבחרים היסטר קלימר, יושב ראש ועדת ההוצאות של מחלקת המלחמה. בתגובה פתח קלימר בחקירה במחלקת המלחמה. אף על פי שקלימר ובלקנאפ היו ידידים ואף שותפים במעונות בתקופת לימודיהם בקולג', היה קלימר מתנגד נחרץ לשיקום שהובילה המפלגה הרפובליקנית בדרום. במהלך תקופת כהונתו של בלקנאפ כמזכיר המלחמה, נעשה שימוש בצבא בשילוב עם מחלקת המשפטים כדי להעמיד לדין את חברי הקו קלוקס קלאן, מדיניות שרוב הדמוקרטים התנגדו לה. קיילב פ. מארש העיד בפני ועדת קלימר שבלקנאפ קיבל באופן אישי את הרווחים מפורט סיל כחלק מהסכם שותפות ביינו לבין ג'ון ס. אוונס. ב-1 במרץ הופיעו בלקנאפ ופרקליטו בפני הוועדה, אך בלקנאפ סירב להעיד. בבוקרו של ה-2 במרץ הודיע מזכיר האוצר בנג'מין בריסטו לנשיא גרנט שבלקנאפ עומד בפני תהליך של הדחה. בפגישה שהתקיימה בבית הלבן זמן קצר לאחר מכן, ביקש הנשיא גרנט מבלקנאפ להגיש את התפטרותו. היה ברור שצעד זה היה מיועד למנוע את תהליך ההדחה. באמצעות הגשת התפטרות מקדימה יכול היה בלקנאפ לטעון שלקונגרס אין עוד סמכות כלפיו, שכן הוא כבר לא כיהן בתפקידו. בשעה 10:20 בבוקר קיבל הנשיא גרנט את התפטרותו של בלקנאפ. בשעה 11:00 קיבלה ועדת קלימר הודעה על כך. אף על פי שההתפטרות גרמה לרגשות סוערים בקרב חברי הבית, היא לא מנעה את נקיטת הפעולה של ועדת קלימר. הוועדה העבירה החלטה פה אחד להדיח את בלקנאפ וניסחה חמישה סעיפי הדחה לשליחה לסנאט. בלקנאפ, אז כבר אזרח פרטי, הודח בהצבעה פה אחד של בית הנבחרים. יושב ראש הבית, מייקל קר, כתב לסנאט שבלקנאפ התפטר "מתוך כוונה להימנע מתהליכי ההדחה נגדו". המקרה של בלקנאפ היה חסר תקדים מבחינה חוקתית וישמש כתקדים לתשע התפטרויות של פקידי ממשל לפני משפט הדחה, כולל זו של הנשיא ריצ'רד ניקסון.
ב-29 במרץ וב-4 באפריל 1876 העיד ג'ורג' ארמסטרונג קסטר בפני ועדת קלימר, שהמשיכה לאסוף ראיות לקראת המשפט בסנאט. עדותו של קסטר גרמה לסנסציה בעיתונות הארצית, שכן הוא האשים הן את אחיו של הנשיא גרנט והן את בלקנאפ בשחיתות. אף על פי שבלקנאפ כבר התפטר, היו לו בעלי ברית פוליטיים רבים בוושינגטון, כולל הנשיא גרנט עצמו. קסטר עצר קודם לכן את בנו של הנשיא גרנט, פרד, קצין צבא, באשמת שכרות. כתוצאה מתקרית זו וכתוצאה מעדותו לפני הוועדה, סר חנו של קסטר בעיני גרנט. רק לאחר חודש עלה בידי קסטר ליישב ביניהם את ההדורים ולקבל את אישור הנשיא לשוב לתפקידו ולהוביל את המשימה שהגיעה לשיאה בקרב ליטל ביגהורן.
עם התפטרותו הפתאומית של בלקנאפ במרץ, היה על גרנט לבקש בחופזה ממזכיר הצי ג'ורג' רובסון למלא את מקומו במחלקת המלחמה למשך שבוע. לאחר מכן מינה גרנט את אלפונזו טאפט למזכיר המלחמה הקבוע. טאפט היה עורך דין ושופט לשעבר. כמי שלא היה מצוי בענייני הצבא, הוא הסכים בחוסר רצון לקבל על עצמו את התפקיד כדי להביא ליציבות במחלקת המלחמה וגרנט הבטיח לו למנותו בהמשך למשרה שתתאים לו יותר. במאי עמד הנשיא במילתו, כאשר התפנתה משרת התובע הכללי עם מינויו של אדוארדס פיירפונט לתפקיד השגריר בלונדון. בעקבות זאת הוא מינה את טאפט כתובע הכללי ואת ג'. דונלד קמרון כמזכיר המלחמה.
המשפט בסנאט וזיכויו.
ב-5 באפריל 1876 החל משפטו של בלקנאפ בסנאט. במשך כמה שבועות התדיינו הסנאטורים בשאלה אם רשאי הסנאט לדון בתביעה לאור העובדה שבלקנאפ כבר התפטר מתפקידו במרץ. צוות ניהול ההגנה של בלקנאפ טען שלסנאט אין כל סמכות שיפוטית. ברוב של 37 תומכים מול 29 מתנגדים החליט הסנאט כי הסמכות השיפוטית במקרה מוקנית לו. בלקנאפ הואשם בחמישה סעיפי הדחה והסנאט האזין ליותר מ-40 עדים. להרשעה היה דרוש רוב של 40 תומכים ובתוצאות הצבעה נמנו 35 תומכים מול 25 מתנגדים ונמנע אחד, וכך זוכה בלקנאפ בשל אי ההגעה לרוב מיוחס של שני שלישים. כל הסנאטורים הסכימו שבלקנאפ קיבל כספים ממארש, אך 23 מהסנאטורים שהצביעו בעד האמינו שלא הייתה לסנאט סמכות שיפוטית במקרה. המהירות בה הוגשה התפטרותו של בלקנאפ לנשיא גרנט ללא ספק הצילה אותו מהרשעה. לאחר המשפט נסעו בלקנאפ, רעייתו ובנותיהם לאירופה ונשארו שם. הסנאטור לשעבר מוויסקונסין, מתיו ה. קרפנטר, שייצג את בלקנאפ במשפט ההדחה, אמר שבלקנאפ זכאי לחלוטין ושאם הוא יאריך ימים הוא יטהר את שמו. ב-1879 נבחר קרפנטר מחדש לסנאט, אך מצב בריאותו היה רופף ובפברואר 1881 הוא נפטר ומעולם לא עלה בידו להציג עדויות נוספות.
המעצר בוושינגטון.