נפילתו המשיכה ב, המשלימה את החלל בין הסרט השני לשלישי, שם אנאקין נלחם במתנקשת סית' בשם אסאג' וונטרס, בזעמו הוא מכה אותה בעוד היא מגינה על עצמה עם חרב האור שלה, עד שהצוק שעליהם עמדו נשבר ואסאג' נופלת אל מותה. אנאקין ניצח בקרב הודות לזעם שלו, אך לאביר ג'דיי אסור להיכנע לכעסו.
הסרט מתאר את נפילתו של אנאקין לצד האפל ובמקביל את קריסתם של הרפובליקה הישנה ומסדר הג'דיי.
כאשר הקאנצלר פלפטין נחטף על ידי גנרל גריווס, הגנרל העליון של קונפדרציית המערכות העצמאיות, אובי ואן ואנאקין מובילים מבצע חילוץ מסוכן שבו אנאקין מציל את הקנצלר ואת מורו מאסון. הוא מגרד מספינתו של אובי ואן רובוטי חבלה, מביס את הרוזן דוקו בקרב חרבות והורג אותו. אחר כך הוא מצליח להנחית חצי סיירת-חלל בשלום. כאשר אנאקין נלחם ברוזן דוקו, הוא מצליח להביסו ומצמיד את חרבו לגרונו. פלפטין מורה לאנאקין להרוג את דוקו, ואף שאנאקין מסתייג מלהרוג שבוי לא חמוש הוא מבצע את הפקודה, ועורף את ראשו של דוקו. אחר כך אנאקין מתייסר על כך וזה משפיע עליו בהמשך.
בלילות, אנאקין רואה חיזיון של אשתו מתה בייסורים תוך כדי לידה והוא נשבע למנוע מכך לקרות. מועצת הג'דיי ואפילו יודה, מגלים אטימות למצוקותיו. יתרה מכך, הם אף מתחילים לחשוד בו ולהתנכר כלפיו כאשר הוא זוכה לשבחים וכיבודים מצד פלפטין, שאף ממנה אותו לנציגו האישי במועצת הג'דיי.
בשיחות פרטיות מספר פלפטין לאנאקין ש"הצד האפל" של "הכוח" יכול לברוא חיים ואף להציל אנשים ממוות. מאוחר יותר פלפטין חושף בפני אנאקין את עובדת היותו אדון סית' (דארת' סידיוס) ומציע לו להצטרף לצד האפל כדי להציל את אשתו ממוות בטוח. אנאקין מסרב ומסגיר את פלפטין למועצת הג'דיי. מאחר שיודה ואובי ואן קנובי היו הרחק במשימות, מאסטר מייס ווינדו לוקח את הפיקוד לידיו ומורה לאנאקין להישאר בבניין המועצה בעוד הוא ומספר מאסטרים אחרים יוצאים לעצור את פלפטין, ולהביאו למשפט בסנאט הגלקטי. בין פלפטין ומייס וינדו מתפתח קרב חרבות-אור שבסיומו מנסה פלפטין לחשמל את וינדו אך הג'דיי משתמש בחרבו כדי להפנות את מתקפת הברקים של פלפטין כנגדו. מייס וינדו מחליט להוציא להורג את פלפטין ללא משפט ובדיוק אז אנאקין מגיע. מושפע מהטראומה של הריגת דוקו, הוא מונע ממייס וינדו להרוג את פלפטין וכורת את ידו. פלפטין מנצל זאת והורג את וינדו במכת ברק.
אנאקין מזדעזע עמוקות ממה שעשה ומתחיל להשתכנע שאין על מעשיו כפרה ושמסדר הג'דיי מושחת. אחרי שהוא הבין שבעקבות מה שקרה הסיפור שלו עם מסדר הג'דיי כנראה הסתיים הוא מחליט שכל מה שנותר לו זו אשתו האהובה פאדמה ועליו להצילה בכל מחיר. לכן, הוא בסופו של דבר מחליט לחבור לפלפטין, בתנאי שזה ילמדו כיצד להשתמש בצד האפל של הכוח כדי שיוכל להציל את אשתו. אנאקין נשבע אמונים לדארת' סידיוס והאחרון מכתיר את אנאקין בתור דארת' ויידר.
פלפטין מאשים את מסדר הג'דיי בניסיון לבצע הפיכה ברפובליקה ומורה לצבאות המשובטים להשמיד את כל אבירי הג'דיי ברחבי הגלקסיה, באמצעות פרוטוקול חירום "פקודה 66". אובי ואן קנובי ויודה מצליחים לשרוד ולברוח. הוא מורה לאנאקין ללכת למקדש הג'דיי ולהשמיד את כל מי שמתחבא שם, כולל את הילדים. הוא מסביר לאנאקין שרק כך יתחזק הצד האפל שבו והוא יקבל מספיק כוח כדי להציל את פאדמה. אנאקין מבצע את הפקודה ללא היסוס וטובח את כל הג'דיי, בסיוע לגיון המשובטים מס' 501. אחרי ביצוע המשימה הוא מורה לאנאקין לטוס לכוכב הלבה הגעשי של מוסטאפר ולהשמיד את מנהיגי הבדלנים (אותם פלפטין ניצל בשביל לעורר את מלחמת המשובטים). אנאקין מבקר בדרך אצל פאדמה להרגיעה ומבטיח לה שהוא לא ייתן לה למות בלידה.
אובי ואן ויודה מגיעים לשרידי מקדש הג'דיי ושומעים שאנאקין פנה לצד האפל וטבח את כל הילדים שם. יודה מחליט כי עליו ועל אובי ואן להשמיד את הסית'. אובי ואן, שהבין מה מהות ההחלטה, מתחנן בפני יודה לא להעמידו שמצב כזה, אלא לשלוח אותו להרוג את הקיסר, הוא לא מסוגל להילחם ולהרוג את אנאקין, שכן הוא כמו אח עבורו. יודה קובע כי אובי ואן לא חזק מספיק על מנת לגבור על סידיוס ומורה לו להשתמש ברגשותיו על מנת למצוא את תלמידו לשעבר ולבצע את המוטל עליו. אובי ואן נאלץ להסכים למשימה בעל כורחו. אובי ואן מגיע אל פאדמה, אשתו בסתר של אנאקין כדי לברר אצלה היכן אנאקין נמצא. הוא מספר לה על בגידתו של אנאקין בג'דיי ומעבר לצד האפל, לצד העובדה כי הקיסר הוא אדון סית'. פאדמה שמתקשה להאמין לא מסוגלת להסגיר את מיקומו של אנאקין. לקראת סוף השיחה אובי ואן גם מבין כי פאדמה בהריון ושאל אותה "אנאקין האב, הלא כן?". כדי למצוא אותו, הוא מתגנב על ספינתה של פאדמה, שטסה למוסטאפר כי היא חשה שאנאקין בסכנה. היא נוחתת שם ומגלה שאנאקין אכן פנה לצד האפל. אנאקין מנסה לפתות אותה לצד האפל ומסביר לה שבאמצעות טבח הבדלנים הוא הביא "שלום וצדק לאימפריה שלי" ומציע לה להצטרף אליו ולשלוט ביחד בגלקסיה אחרי שיפילו את פלפטין. פאדמה המומה ומזועזעת, מסרבת להיענות להצעותיו של אנאקין ואומרת: "בחרת בדרך שבה לא אוכל ללכת אחריך". כאשר הוא רואה את אובי ואן יוצא מהספינה הוא בטוח שהיא בגדה בו וכמעט חונק אותה למוות באמצעות הכוח. הוא משחרר אותה ברגע האחרון כאשר הוא מבין ׳שהוא כמעט הרג אותה בגלל זעמו. אובי ואן מנסה לדבר אל אנאקין ולגרום להתעשת ומוכיח אותו על מעשיו. משזה לא עזר בינו לבין אובי ואן מתפתח קרב חרבות-אור לחיים ולמוות. אנאקין ביהירותו מנסה תמרון נועז אך נכשל. אובי ואן כורת את רגליו וידו השמאלית ומשאיר אותו להתגלגל אל תוך הלבה הרותחת. אחרי הקרב מחלץ אובי ואן את פאדמה ומביא אותה לבית חולים, אך היא גוססת בגלל חוסר רצון לחיות. היא יולדת תאומים לפני מותה וקוראת להם לוק וליאה. הללו מוסתרים מפני אביהם ומותם מבוים בהלוויה לזכר פאדמה אמידאלה וזוג התאומים שבבטנה. מילותיה האחרונות של פאדמה היו לאובי ואן ובהן היא אמרה לו שבאנאקין יש עדיין טוב.
לידתו של דארת' ויידר.
אנאקין עולה באש אך מצליח לשרוד הודות ליד הרובוטית שלו, זעמו הרב ושנאתו לג'דיי שבגדו בו. הנשיא פלפטין, דארת' סדיוס, שבינתיים ביצע את ההפיכה והכריז על עצמו כקיסר, מגיע לכוכב הלבה, מגלה את הפציעה החמורה שלו ומציל את אנאקין. בחדר ניתוחים סודי, גפיו הקטועות של אנאקין מוחלפות בחלפים ביוניים ועל גופו החרוך מותקנות מערכות החייאה, בעיקר באזור על הריאות. מערכות אלו כוסו בחליפת שריון שחורה ומאיימת שנועדה לספק לו הגנה ולהפיל פחד על אויביו. על ראשו מותקנת קסדה בעלת מכונת הנשמה ואמצעי ראייה ביוניים. בסיום הניתוח, כ-19 שנה לפני הקרב ביאבין 4, נולד הסייבורג המאיים דארת' ויידר.
הדבר הראשון שוויידר שואל הוא לשלומה של פאדמה, אשתו האהובה. הקיסר אומר לו ש"בזעמך, כנראה הרגת אותה", כאשר הוא מתייחס לחניקת הכוח שאנאקין הפעיל עליה בכוכב מוסטאפר, אך ויידר מתעקש שזה לא יכול להיות ושהוא הרגיש שהיא חיה. לבסוף, הוא מבין שפאדמה אכן מתה ומרוב כעס וכאב ליבו מתאבן. בתסכולו וזעמו הוא גורם להפרעה בכוח שהורסת את חדר הניתוח על ציודו. מאחר שפאדמה הייתה הדבר החשוב ביותר בחייו, מקדיש ויידר את מה שנותר מחייו להרס ונקמה על גורלו האומלל ולשירות הקיסר לו הוא נשבע אמונים.
משימתו הראשונה של ויידר בשירות הקיסר היא להשיג חרב אור חדשה, שלהבה אדום. לשם כך עליו לאתר מאסטר ג'דיי, להביס אותו, לקחת את חרבו ו"לגרום לגביש הקייבר [של החרב] לדמם". ויידר מאתר מאסטר ג'דיי בשם קילאק אינפילה ששרד את טיהור הג'דיי הגדול מאחר שנדר נדר פרישות וחי בסתר ויוצא להילחם בו. בקרב הראשון מצליח קילאק לגבור על ויידר ולפגוע קשה בתותבים הביוניים שלו, כולל הריסת רגלו השמאלית. ויידר משתמש ב"כוח" ובדרואיד שפירק על מנת לבצע תיקוני שדה ולתקן את גפיו הביוניות. הוא מתעמת שנית עם קילאק והפעם מביס אותו באמצעות חניקת כוח תוך שהוא מטביע עיר שלמה השוכנת מתחת לסכר. הוא לוקח את גביש הקייבר שלו וגורם לו לדמם, ובכך הופך אותו לגביש אדום ממנו הוא יוצר חרב אור של הסית'. אחרי שהוא מציג לקיסר את החרב החדשה ואת הצלחתו במשימה, הוא מתקן ומשדרג את השריון שלו, וכן טובל במיכל בקטה כדי לרפא את פצעיו. בהמשך ממונה ויידר לאחראי על האינקווזיטורים שתפקידם לצוד את אבירי הג'דיי שנותרו אחרי טיהור הג'דיי הגדול ומצוידים בחרבות אור ואימון סית' בסיסי לשם כך. הוא בונה טירה גדולה במוסטאפר על-מנת לתעל את הצד האפל של ה"כוח" בניסיון להשיב לחיים את פאדמה.
ויידר נהפך ליד ימינו של הקיסר בשליטה באימפריה הגלקטית. בקרב הסנאט (שהיה עדיין קיים אך נטול סמכויות) וקציני הצי, ויידר נחשב לאחד מהמפקדים האכזריים ביותר והמאיימים בצי הקיסרי. מלבד היותו לוחם מטיל אימה, ויידר המשיך לגלות נטייה להנדסה והוא מתכנן עבור האימפריה ספינות חלל, כולל את משחתות הכוכבים המפורסמות ואת משחתת הכוכבים הגדולה שמשמשת כספינת האם שלו.
הוא גם ממונה על ידי הקיסר פלפטין להשגיח על בנייתם של שני כוכבי המוות ולדאוג שצוותי הבנייה וההנדסה המרכיבים את כוכבי המוות יעמדו בלוח הזמנים.
המאבק בברית המורדים.
כעבור 19 שנה, בהם האימפריה הגלקטית הטילה את מרותה על רוב הגלקסיה והפכה את הסנאט למוסד סמלי בלבד, מתחיל להתארגן מרד כנגד האימפריה.
בתקופה זו דארת' ויידר נשלח על ידי הקיסר פלפטין למשימות מיוחדות, העיקריות שבהן הן לצוד את אבירי הג'דיי שהצליחו לשרוד את טיהור הג'דיי הגדול (פקודה 66) ולטפל בכוחות מורדים שצבא האימפריה הרגיל לא מצליח להביס. הוא פועל בחתימה נמוכה כמתנקש בפיקודו הישיר של הקיסר, ולעיתים כמפקד משחתת כוכבים הכפוף לצי הקיסרי, המסייע להם בעת הצורך.