לאחר "הסנדק 2", לקח על עצמו קופולה פרויקט אותו התחיל עוד בסוף שנות השישים, סרט על פי ספרו של ג'וזף קונרד, לב המאפליה, שייקרא "אפוקליפסה עכשיו". בשנים שלאחר ייסוד "אמריקן זואיטרופ" כתב מיליוס את התסריט לסרט, ונעשו פעולות ראשונות לאיתור אתרי הסרטה וליהוק. אף על פי שבתחילה דובר על כך שג'ורג' לוקאס יביים את הסרט, החליט קופולה לביים את הסרט בעצמו, כדי ליצור סרט "שיעניק לצופה את כל הכוח והיופי שהקולנוע מסוגל להעניק", ו"ייקח את הקהל לחוויה ללא תקדים של המלחמה, שיגרום לו להגיב כמו אלו שחוו את המלחמה".
במרץ 1976 יצאו קופולה ומשפחתו לצילומים בפיליפינים שאמורים היו להיות חמישה חודשים שלווים. תקציב הסרט הוערך ב-13 מיליון דולר והסתמך על רווחיו של קופולה מ"הסנדק", וקופולה סבר כי הדבר מעניק לו חופש אמנותי בלתי מוגבל. אך למעשה, הייתה זו תחילתו של סיוט, שאותו סיכם קופולה במשפט, שהבהיר כי לא היה מדובר ב"סרט על וייטנאם" אלא ב"וייטנאם" עצמה - "זו וייטנאם, והדרך שבה צילמנו את הסרט דומה מאוד לדרך שבה התנהגו האמריקנים בווייטנאם. היינו בג'ונגל, היה לנו יותר מדי כסף, יותר מדי ציוד, ולאט לאט יצאנו מדעתנו".
חמשת חודשי הצילומים תפחו לשמונה (עם הפסקות מרובות), במהלכם אירעו תקלות ותקריות רבות שהפכו את התהליך לסיוט עבור המעורבים בו, ובמיוחד עבור קופולה ומשפחתו. אתר הצילומים בפיליפינים נהרס בסופת הוריקן, השחקן הראשי מרטין שין לקה בהתקף לב, ותקציב הסרט התנפח ל-30 מיליון דולר, רובם התקבלו מחברת יונייטד ארטיסטס שחשה כי עליה לשמור על ההשקעה בסרט, לו רכשה מראש את זכויות ההפצה. קופולה סיים את ההסרטה כשהוא בחובות עצומים, אינו בטוח באשר לדרך שבה יערוך את הסרט וכיצד יסיים אותו. לקראת סיום הצילומים עמד קופולה בפני הרס חייו, בריאותו, והקריירה שלו.
לאחר סיום הצילומים, עמדו בפני קופולה מאות אלפי מטרים של סרט, שאורכם 230 שעות הקרנה. עריכת הסרט לוותה במגוון של בעיות, שהעיקרית ביניהן היא כי קופולה לא יכול היה להחליט על הנראטיב של הסרט ועל סיומו. הליך הפוסט-פרודקשן ארך כשנתיים. ביוני 1979 הוקרן הסרט, אגב חששות כבדים של כל המעורבים בהפקתו, בפסטיבל קאן. קופולה ידע כי הוא לוקח סיכון בפסטיבל קאן, אך זכר את הצלחת הסרט "השיחה" והאמין כי הוא יכול להפוך את הגלגל ולהפוך את הסרט להצלחה.
בסופו של דבר זכתה הגרסה המוקרנת להצלחה בקרב שופטי הפסטיבל, והסרט קיבל את פרס דקל הזהב בשיתוף עם סרטו של פולקר שלנדורף, "תוף הפח". עם תחילת ההפצה המסחרית, קיבל הסרט תשבחות וביקורות חיוביות, ואף היה מועמד לשמונה פרסי אוסקר באותה השנה, מהם זכה בשניים. בסופו של דבר כיסה הסרט את עלות הפקתו, ואף הביא רווחים ליוצריו. בארצות הברית בלבד הצליח הסרט להביא להכנסות בגובה של כ-79 מיליון דולר.
הקרנת גרסת הבמאי ב-2001 הביאה לרווח של ארבעה מיליוני דולרים נוספים. הסרט הוא סרט רב עוצמה, בעל אמירה פילוסופית על טבע האדם, וכולל סצינות בלתי נשכחות, כגון סצנת מתקפת המסוקים על הכפר הווייטנאמי לקול הקטע "דהירת הוולקירות" מתוך האופרה הוולקירות של ואגנר. הסרט נחשב לאבן פינה בתולדות הקולנוע, וליצירת מופת ייחודית, משיאי יצירתו של קופולה.
הנפילה.
בתחילת שנות ה-80 המשיך קופולה בעשיית סרטים ב"אמריקן זואיטרופ". בין היתר שם לו למטרה לעודד קולנוע איכותי מרחבי העולם. במסגרת זו הפיק את סרטו של אקירה קורוסאווה "קגמושה" (1980), ועסק בשחזור סרטו של אבל גאנס "נפוליאון" משנת 1927, והפצתו בציבור, בלוויית פסקול שהלחין אביו, קרמיין קופולה. כישלון צורב נחל עת הזמין את הבמאי הגרמני העולה וים ונדרס לביים את הסרט "האמט" שהיה אמור להיות מחווה לסרטי הפילם נואר משנות הארבעים. חילוקי דעות בין קופולה וונדרס פוצצו את ההפקה, והמוצר הסופי יצא, לבסוף, בניגוד לדעתו של ונדרס, כשרוב הסצינות המצולמות הן של קופולה ולא של ונדרס. הסרט היה כישלון אומנותי ומסחרי.
חמור מכישלונו של "האמט" היה כישלון הדרמה הרומנטית המוזיקלית "אחד מהלב". מה שאמור היה להיות סרט מוזיקלי צנוע, צמח בממדיו ובתקציבו ככל שנמשכה ההפקה. קופולה התעקש על צילומים בתפאורה מסובכת ומורכבת שכללה בנייה של שדה תעופה שלם. תקציבו של הסרט תפח משני מיליון דולר ל-25 מיליון. הסרט היה לכישלון קופתי חרוץ, ובמהלך הזמן הקצר בו הוקרן הכניס כ-637,000 דולר.
לאחר כישלון "האמט" ו"אחד מהלב", היה קופולה במשבר פיננסי חמור, ממנו לא הצליח להיחלץ במשך תקופה ארוכה. את שארית שנות ה-80 בילה קופולה בעשייה קולנועית שנועדה להחזיר את חובותיו הנובעים מכישלון "אחד מהלב".
שנות ה-80.
קופולה בילה את שנות ה-80 בעשייה קולנועית שלא הגיעה לרמה של יצירות המופת שלו משנות ה-70, הן כתוצאה מאילוצים כלכליים, והן בשל אובדן החירות המוחלטת שהייתה לו כבמאי. כישלון נוסף נוסח "אחד מהלב" נחל ביצירת "מועדון הכותנה" (1984), סרט שעסק במועדון ג'אז בשנות ה-20. קופולה עבד כבמאי שכיר, שהוזמן על ידי מפיק העל רוברט אוואנס, ולא היה מושקע אישית ביצירת הסרט (שמומן על ידי גורמים פרטיים, ברובם מחוץ לתעשיית הסרטים ההוליוודית), אך שוב תפח תקציבו של הסרט ל-48 מיליון דולר, כאשר ההפקה נקלעת לכאוס של תפאורות גרנדיוזיות, תסריטים המתחלפים מדי יום ומאבקים בין גורמי הכוח שמאחורי הקלעים, והתוצאה, כישלון ביקורתי וקופתי, הייתה רחוקה מלהחזיר את ההשקעה.
שני סרטי נעורים שיצר קופולה בשנת 1983, על פי ספריה של הסופרת ס. א. הינטון, "ראסטי ג'יימס" ו"נערי הכרך", זכו להצלחה צנועה, והצליחו לחשוף דור של שחקנים צעירים כמאט דילון, ראלף מאצ'יו, פטריק סווייזי, רוב לאו, אמיליו אסטבז, דיאן ליין וטום קרוז. "ראסטי ג'יימס" הציג אף את ניקולאס קייג', אחיינו של קופולה, ואת מיקי רורק. "ראסטי ג'יימס" שימש לקופולה כר לניסויים צורניים, והוא זכור במיוחד בשל הצילום בשחור ולבן, כאשר האובייקט היחיד הנראה בצבע הוא זוג דגי קרב סיאמיים, המופיעים במספר סצינות.
שני סרטים נוספים שזכו להצלחה בתקופה זו היו הסרט "" (1988), שעסק באיש תעשיית המכוניות האמריקני, פרסטון טאקר, בכיכובו של ג'ף ברידג'ס, ו"גן השיש", (1987) דרמה על מלחמת וייטנאם. צילומי "גן השיש" היו מלווים בטרגדיה אישית קשה, כאשר כוכב הסרט גריפין או'ניל הרג את ג'אנקרלו קופולה, בנו של קופולה, בתאונת שיט.
במהלך העשור המשיך קופולה בעשייה קולנועית ברמה לא אחידה. בין היתר צילם את "להתחתן שנית" (1986), דרמה תקופתית על שנות ה-50 בכיכובה של קת'לין טרנר, המגלמת אישה בשנות הארבעים לחייה השבה לפתע לגיל בית הספר התיכון, פרק בסרט "סיפורי ניו יורק", סרט המורכב משלושה פרקים שביימו לצד קופולה וודי אלן ומרטין סקורסזה, ו"קפטן איו", סרט מדע בדיוני בן 12 דקות בכיכוב מייקל ג'קסון, המוקרן רק בגני השעשועים של וולט דיסני ברחבי העולם.
שנות ה-90 ולאחריהן.
על אף אמירות נחרצות כי "לעולם לא יהיה חלק ג'", החל קופולה בשנת 1989 בצילומי "הסנדק 3" לאחר שהגיע להסכמה עם חברת סרטי פרמאונט. ההפקה הייתה יקרה ומסובכת. קופולה הצליח לשכור את שירותיהם של שחקני סרטי "הסנדק" הקודמים, אל פצ'ינו ודיאן קיטון, לצד שחקנים שעלו לתהילה בשנות השמונים כאנדי גרסיה וג'ו מנטניה. לצידו עבד הצלם המפורסם גורדון ויליס שעבד עמו על סרטי "הסנדק" הקודמים. תפקיד ראשי בסרט, תפקידה של "מרי קורליאון" ניתן בתחילה לוינונה ריידר, אך זו פרשה בשל "בעיות בריאות". בהחלטה שנויה במחלוקת ליהק קופולה לסרט את בתו, סופיה קופולה, צעד שהביא לביקורת רבה הן לבמאי והן לשחקנית.
הסרט הצליח בקופות, וגרף סכום של 136,000,000 דולר ברחבי העולם. הוא היה מועמד לשבעה פרסי אוסקר, אך לא זכה באף אחד מהם. הדעה הרווחת הייתה כי המדובר בסרט טוב, אך סרט שאינו מגיע לגדולתם של שני קודמיו בסדרה. הצלחת הסרט שיקמה את מצבו הפיננסי של קופולה, ואת מעמדו בתעשיית הקולנוע.
סרטו הבא של קופולה היה אף הוא להיט ענק בקופות, וזכה גם לשבחי הביקורת. דרקולה, שיצא בשנת 1992, והיה מבוסס על ספרו המקורי של ברם סטוקר, היה פנטזיה גותית נוגעת ללב, ומעוצבת בקפדנות, שבוצעה על ידי הכוכבים ההוליוודיים הפופולריים ביותר באותו הזמן - גארי אולדמן בתפקיד דראקולה, ולצידו צוות שכלל את וינונה ריידר, אנתוני הופקינס וקיאנו ריבס. הסרט זכה בשלושה פרסי אוסקר (לתלבושות, עריכת הקול, והאיפור), וגרף סכום של 215,000,000 דולר ברחבי העולם.
הצלחה זו איפשרה לקופולה להמשיך בעשיית סרטים באופן חופשי ומשוחרר, אך במהלך שנות התשעים ביים רק עוד שני סרטים. ג'ק דרמה בכיכוב רובין ויליאמס על ילד בן 10 הלוקה במחלה הגורמת לו להראות כבן 40, ו"מוריד הגשם" על פי ספרו של ג'ון גרישם. כן היה מעורב בעריכת סרטים כפרנקנשטיין שביים קנת בראנה. משנת 1997 לא עסק בבימוי במשך עשור.
בשנת 1998 היה קופולה מעורב בהליך משפטי כנגד חברת האחים וורנר. במהלך שנות ה-90 תכנן קופולה בשיתוף פעולה עם ג'ים הנסון, יוצר "החבובות", הפקת סרט על פי היצירה הקלאסית "פינוקיו". בשנת 1995 עלתה ההפקה על שרטון, וקופולה תבע את אולפני האחים וורנר בשל כך שפגעו בפרויקט, ולא איפשרו את העברת הפרויקט לאולפן אחר. בערכאה הראשונה זכה קופולה בפיצויים בסכום עתק של שמונים מיליון דולר, אך בשנת 2001 זכו האולפנים בערעור, ונקבע כי קופולה אינו זכאי לפיצויים.