לאחר מכן, הקימו האיטלקים מחדש את המדינה האלבנית והפכו אותה לשטח חסות של ממלכת איטליה. מאוחר יותר הם הקימו משטר מקומי בראשות בעל הקרקע הגדול ביותר באלבניה ששיתף איתם פעולה, שפקט ורלצ'י . הוקמה "האספה הלאומית" האלבנית, אשר הצביעה במהרה על איחוד כלכלי ופוליטי מלא של אלבניה עם ממלכת איטליה, תחת ויטוריו אמנואלה השלישי, מלך איטליה. תחת הנהגתו של המשנה למלך, פרנצ'סקו יאקומוני, חוקק הממשל האיטלקי חוקים שאסרו על הגירת יהודים לאלבניה, והורו על גירוש כל היהודים הזרים במדינה. כחודש לאחר תחילת הכיבוש האיטלקי, הוקמה המפלגה הפשיסטית האלבנית. המפלגה חוקקה חוקים שמנעו מן היהודים להצטרף אליה, ואסרה עליהם לעסוק במקצועות כגון חינוך. המפלגה הייתה שלוחה של המפלגה הפשיסטית האיטלקית, וחבריה נדרשו להישבע שבועת נאמנות למוסוליני. כל האלבנים שעבדו בממשל נדרשו להצטרף, והמפלגה הפכה למפלגה החוקית היחידה במדינה.
לאלבניה סופחו רוב קוסובו וחלק ממקדוניה המערבית, שהופרדה מיוגוסלביה לאחר פלישת הכוחות הגרמנים ב-1941. האלבנים בקוסובו קידמו בברכה את הכיבוש האיטלקי. באופן רשמי שלטה איטליה בקוסובו, אך בפועל ניהלו אלבנים את האזור. הם עודדו את פתיחתם של בתי ספר אלבניים, שהיו אסורים תחת שלטון יוגוסלביה. כמו כן, הם קיבלו אזרחות אלבנית על ידי השלטונות האיטלקים, והורשו להניף את הדגל האלבני. איטליה החזיקה בקוסובו ומקדוניה האלבניות עשרות אלפי חיילים ושוטרים.
לאחר הפלישה ליוגוסלביה, באפריל 1941, גדלה הקהילה היהודית באלבניה. בשל מצבם הטוב יחסית של יהודים שחיו תחת שלטון איטלקי, יהודי הארצות השכנות תחת כיבוש גרמני ראו באלבניה מקום מקלט. כ-2,000 יהודים נמלטו לאלבניה ומצאו בה מקלט במהלך שנות המלחמה. יהודים ממקדוניה ומצפון סרביה, וכן פליטים יהודים מגרמניה, מאוסטריה ומפולין, הגיעו לקוסובו שבשליטת איטליה, והתיישבו בעיקר בעיירות פרישטינה, פריזרן ואורושביץ'. כ-1,000 פליטים יהודים הצליחו להימלט לאלבניה. פליטים אלה לא חוו רדיפות, כפי שחוו יהודים בשטחים שבשליטה גרמנית, בין היתר, משום שהאיטלקים הכירו בחשיבות הכלכלית של יהודים אלה. עם זאת, האיטלקים עצרו כ-150 פליטים יהודים והעבירו אותם לעיירה בראט באלבניה, שם ניתנה להם הזדמנות לעבוד כדי להרוויח כסף. כמו כן, נעצרו 192 יהודים ממפרץ קוטור במונטנגרו, שהיה מסופח לאיטליה, והועברו למחנות ריכוז נאציים. האוכלוסייה המקומית של אלבניה גוננה מאוד על הפליטים היהודים. רבים מהם הועברו לנמל על הים האדריאטי, שממנו יכלו להגיע לאיטליה. יהודים אחרים התחבאו בכפרים הרריים נידחים וחלקם הצטרפו לתנועות התנגדות ברחבי הארץ.
במדינות השכנות, הוביל הכיבוש הגרמני לחיסול כמעט מוחלט של הקהילות היהודיות. באלבניה גורל היהודים היה שונה. רבים מאוד באלבניה התגייסו להצלת היהודים (על אף, כמובן, ששודדים מקומיים גם רצחו יהודים וגנבו את רכושם במספר מקרים). ה"בסה", קוד הכבוד המסורתי, הניע רבים לראות את מחויבותם לשלום שכניהם כנדר שלא ניתן להפר. "בֶסה", שפירושו "לקיים הבטחה", נחשב לקוד אתי כמעט מקודש, ויש בו מרכיב מרכזי של הכנסת אורחים ללא תנאי: "ביתו של האלבני שייך לאורח ולאלוהים". המשפחות האלבניות שהסתירו יהודים, תוך סיכון ניכר, פעלו בין היתר מתוך מחויבות לקוד וראיית ההצלה כפעולה הנדרשת מכבודם.
לכן, אלבנים רבים בחרו להסתיר יהודים בבתיהם, ולעיתים גם להנפיק להם תעודות זהות מזויפות עם שמות מוסלמיים. בשלב זה רוב היהודים שחיו במדינה היו פליטים ממדינות אחרות ולא יהודים ממוצא אלבני, ולכן המסתתרים אף קיבלו בגדים אלבניים מסורתיים כדי שישתלבו טוב יותר באוכלוסייה המקומית. ילדים יהודים המשיכו להגיע לבתי-הספר בשמות בדויים, בעוד שהמבוגרים הוחבאו. אלבניה הייתה המדינה היחידה שנמצאה תחת שלטון גרמני בתקופת המלחמה שמספר היהודים בה גדל.
בוועידת ואנזה, שהתקיימה ב-20 בינואר 1942, העריכו הנאצים כי באלבניה יש 200 יהודים. באותו חודש נכלאו היהודים על ידי האיטלקים במחנה פרישטינה. הם חששו שימסרו אותם לגרמנים, אך המפקד האיטלקי של המחנה הבטיח להם שזה לא יקרה. ב-14 במרץ 1942 הקיפו כוחות איטלקיים את המחנה ואסרו את היהודים ששהו בו. כ-51 יהודים (כולם פליטים ממדינות מרכז אירופה) הועברו לידי הגרמנים. חלקם נשלחו מחנה הריכוז סיימישטה, בו נרצחו בגז ובירי. אחרים, יחד עם שבויים סרבים, נלקחו למחנה בבראט, בו הם הוחזקו עד כניעת איטליה. לפי ההערכות, כ-500 יהודים נאסרו במחנות בבראט, בקרויה ובקוואייה (Kavajë) במהלך הכיבוש האיטלקי.
תחת הכיבוש הגרמני, בשנים 1943-1945.
מצב היהודים הורע עם כניעתה של איטליה הפשיסטית לבעלות הברית ופלישת גרמניה לאיטליה. גרמניה הקימה באיטליה שלטון בובות, בשם הרפובליקה הסוציאלית האיטלקית ומוסוליני בראשה. במקביל, הוורמאכט נכנס לכל השטחים והמדינות שהיו נתונות תחת שלטון איטלקי, והכפיפן ישירות לגרמניה.
בספטמבר 1943 כל מחנות הריכוז באלבניה הפסיקו את פעילותם. זמן קצר לאחר מכן, השתלטו הגרמנים על המדינה. קיומה של הממלכה האלבנית נשמר דה יורה, והפוליטיקאי הפרו-גרמני מהדי פראשרי מונה כעוצר וכראש הממשלה. החיילים האיטלקים במדינה נכנעו לגרמנים. לאחר מכן, החלו הכוחות הגרמניים לפעול להשמדתם של כל היהודים החיים באלבניה ובאזורים שסופחו אליה, כולל מערב מקדוניה. הקהילה היהודית במערב מקדוניה, שלא נפגעה תחת הכיבוש האיטלקי, סומנה כמטרה ומיד החלו להישלח קבוצות של יהודים למחנות השמדה, ורכושם נבזז.
לאחר הכיבוש, החלו הגרמנים לארגן מחדש את הממשל האלבני. ב-15 בספטמבר פעל הוועד הלאומי האלבני בחסות גרמנית. ב-3 בנובמבר הוקמה על ידי גרמניה מועצה מלכותית שהוכרה כממשלה הרשמית של המדינה. ג'עפר דווה , בעל ברית אלבני-קוסוברי של הגרמנים, מונה אז לשר הפנים של אלבניה. מאוחר יותר ייסד דווה את הליגה השנייה של פריזרן בקוסובו, תנועה שהכריזה על מלחמת קודש נגד סלאבים, צוענים ויהודים, ושאפה לטהר את אלבניה הגדולה מבחינה אתנית. הגרמנים דרשו מהשלטונות האלבנים לספק להם רשימות של יהודים לגירוש, אך הרשויות המקומיות התחמקו ואף מסרו למשפחות יהודיות מסמכים מזויפים. הגרמנים עשו מאמץ ניכר להפגין שאלבניה הייתה מדינה עצמאית, מסיבות של תעמולה ותועלתנות (כשמצבם הצבאי היה קשה והם נזקקו לשיתוף-פעולה כנה) גם יחד, ועקב כך נמנעו מלהפעיל כפייה נרחבת במדינה. בשל כך, באלבניה גופא הוסיפו היהודים להיות מוגנים מכוח מאמצי האוכלוסייה ועצימת העין המכוונת של הממשל. האס אס לא ערך כמעט מבצעי חיפוש וגירוש.
המצב בקוסובו היה שונה לגמרי. האלבנים בחבל, בשל העימותים ארוכי-השנים בינם לסרבים והרדיפות הקשות שאלו רדפו אותם, היו שונאי זרים ולאומניים יותר. רצונם בממשל עצמי ובפעולה נגד הסרבים, הביא אותם לתמוך בגרמנים באופן פעיל. בהתאמה, הם הגנו פחות על היהודים. דווה גייס אלבנים קוסוברים לדיוויזיית סקנדרבג של הוואפן אס אס שקמה ב-1 במאי 1944, וניהלה מערכת טרור נגד האוכלוסייה הסרבית במהלכה גורשו או נמלטו 10,000 משפחות סרביות לפחות. הטיהור האתני הנרחב נבלם בעקבות פעילות הפרטיזנים היוגוסלבים. ב-14 במאי פשטו אנשי דיוויזיית "סקנדרבג" על בתים יהודיים בפרישטינה, עצרו 281 יהודים ומסרו אותם לידי הגרמנים. ב-23 ביוני נלקחו 249 מהם למחנה הריכוז ברגן-בלזן, שם נרצחו רובם. לפי הערכתו של ההיסטוריון נואל מלקולם, מתוך 551 יהודים מקומיים (להבדיל מפליטים) שהתגוררו בקוסובו לפני הסיפוח באפריל 1941, נספו במהלך המלחמה 210. מספר גדול יותר, שכלל מאות פליטים, הסתתרו ושרדו בסיוע האוכלוסייה האלבנית-קוסוברית המקומית.
מאוקטובר עד נובמבר 1944, הפרטיזנים היוגוסלבים, הנתמכים על ידי בעלות הברית, ובסיועם של כוחות חזית המולדת הבולגרית ושתי חטיבות של הפרטיזנים האלבנים, חזרו אל אזור קוסובו עם נסיגת הגרמנים. הגרמניים עזרו למשתפי הפעולה האלבנים הקוסוברים לברוח עם התקרבות הקומוניסטים. רבים מהם לא הצליחו להימלט והוצאו להורג על ידי הקומוניסטים עם תפיסתם. ב-28 בנובמבר 1944, הכוחות הקומוניסטיים של אנוור הוג'ה השתלטו על אלבניה שבגבולותיה המקוריים. חבל קוסובו ושאר השטחים המסופחים ממקדוניה ומונטנגרו חזרו להיות חלק מיוגוסלביה, הפעם במסגרת פדרטיבית.