עוד בתחילת 1919 הוקם ביפו ארגון מחתרתי בשם "אל-כף אל-סודא" ("היד השחורה"), שבמאי אותה שנה החליף את שמו ל"אל-פדאאיה" ("המקריבים עצמם"). באותה שנה הקים הארגון סניפים בערים נוספות ברחבי הארץ והיה קשור עם "המועדון הערבי" ו"המועדון הספרותי". תפקידו היה, ככל הנראה, להיות הזרוע המבצעת של התנועה הלאומית במרד פרו-פייסלי אפשרי בארץ ישראל. הארגון התקיים עד 1923 לפחות והיה נתון להשפעתו המלאה של אל-חוסייני.
כנשיא המועצה המוסלמית העליונה, נזקק אל-חוסייני להשלמת הממשלה עם מעמדו ופועלו, ולכן שינה לחלוטין את עמדתו לגבי הפעילות האלימה ומאז ואילך פעל עם תומכיו למניעת התפרצויות אלימות.
על פי דרכונו של אמין אל-חוסייני מ-8 בינואר 1921, בתאריך זה היה עדיין רווק. אולם בטופס מ-5 בפברואר 1923 כבר נכתב שהוא נשוי. רעייתו עיישה (1902–1968) הייתה קרובת משפחתו.
מלבד מפעל ההתרמה לשיפוץ המסגדים, עשה המופתי בשנות ה-20 מאמצים נוספים כדי להפוך עצמו לאישיות מוסלמית כלל-עולמית: טרם תבוסתו של המלך חוסיין בן עלי ב-1924, ניסה לתווך בינו לבין אבן סעוד, בשנת 1926 השתתף בוועידת הח'ליפות במצרים, ובשנים 1926–1927 ניסה לתווך בין הפלגים במחנה הגולים הסוריים במצרים.
בניית מלון פאלאס.
בשנת 1927 פרסם המופתי מכרז להקמת מלון פאלאס על אדמת הווקף מול בית הקברות המוסלמי באזור ממילא בירושלים. גיוס כספי המוסלמים בעולם הותיר בידיו הון שהיה בו די כדי לבנות את המלון. הקבלן היהודי ברוך קטינקא ניגש למכרז, אולם העריך שיהודי לא יזכה בעבודה ולכן הקים שותפות עם קבלן ערבי. שותף נוסף היה טוביה דוניה, גיסו של חיים ויצמן. החברה "אלבינה, דוניה וקטינקא" זכתה במכרז וחתמה על חוזה עם המועצה המוסלמית העליונה. המופתי דרש שתינתן עדיפות לפועלים ערבים, ושככל שייקבע יום מנוחה, יהיה זה יום שישי. זמן מה לאחר חפירת בור המים, נחשפו כמה שלדים. המופתי הורה לקטינקא לסלק את השלדים ולשמור על העניין בסוד, כדי שהדבר לא יתגלה לראש העירייה, יריבו ראע'ב נשאשיבי, שעלול היה לנצל את ההזדמנות ולהורות על הפסקת הבנייה. המלון נחנך בסוף 1929. לאחר שהמלון לא הצליח להתחרות במלון המלך דוד, יריביו של אל-חוסייני האשימו אותו בבזבוז ובמעילה. קטינקא ודוניה בנו גם את ביתו הפרטי של המופתי בשכונת שיח' ג'ראח, בית שהשכיר לידידו ההיסטוריון ג'ורג' אנטוניוס ולימים נודע כמלון שפרד.
בעקבות תקרית הכותל 1928.
בערב יום כיפור ה'תרפ"ט, 23 בספטמבר 1928, הקימו יהודים מחיצה ליד הכותל המערבי, לצורך חציצה בין הגברים והנשים. אנשי המועצה המוסלמית העליונה הזעיקו למחרת את אנשי השלטון הבריטי ואלה פירקו את המחיצה בכוח.
בעקבות האירוע, כינס המופתי אספות ברחבי הארץ בהן שולהבו ההמונים, ויזם משלחות מחאה שטענו בדבר מזימה של היהודים להשתלט על הארץ ועל המקומות הקדושים. המופתי אף טען כי קדושת הכותל ליהודים היא המצאה ("בדעה") של מנהיגיהם כדי לקשור את כל היהודים בעולם למרכז אחד, "במטרה לחזור ולבנות את ההיכל במקום מסגד אל-אקצא". לדברי יהושע פורת, פרשת הכותל אפשרה לו לספק ממד דתי למאבק הלאומי נגד היהודים ובדרך זו לגייס את תמיכת השכבות העממיות, שהסיסמאות הלאומיות לא דיברו אל לבם עד אז. ב-1 בנובמבר 1928, ערך המופתי כנס בשם "הקונגרס האסלאמי" בהשתתפות כ-700 נציגים מכל רחבי הארץ, וכן משקיפים מן הארצות השכנות. חאג' אמין ניהל את הכנס ועמד בראש "האגודה להגנה על אל-אקצא והמקומות הקדושים לאסלאם", שהוקמה במהלכו.
המופתי החל להגביר את הלחץ על השלטונות לכפות את הסטטוס-קוו. הוא יזם מחאות בפני משרד המושבות בלונדון ובפני חבר הלאומים, וכן עצרות מחאה תדירות במסגד אל-אקצא. בנוסף לאלה, יצר גם פרובוקציות בסמוך לכותל, כדי לאלץ את הממשלה לפעול, שעיקרן הפרעה לתפילת היהודים. אל-חוסייני ניסה לנצל את המחלוקת סביב הזכויות בכותל כדי לחזק את ההזדהות בעולם המוסלמי עם המאבק על פלסטין, וכן לחזק את מעמדו שלו.
ב-9 בנובמבר 1928, נפגש עם המופתי במשרדי המועצה המוסלמית העליונה אליהו ששון. לדברי ששון, המופתי הבחין בין היהודים שנולדו בארץ ישראל ובארצות ערב השכנות לה, שלהם מגיעות כל הזכויות, לבין "אלה שבאו מהמערב וקראו לעצמם ציונים", שיצטרכו לעזוב את הארץ: "אם לא יצאו מרצון - נוציאם בכוח". בהתייחסו אל זכויות היהודים על הארץ והכרת העולם בהן, אמר: "בעולם של היום, לא ההיסטוריה קובעת את פני הדברים, אלא העובדות. פלשתינה מאוכלסת כיום כולה על ידי ערבים והיא תישאר בידי הערבים לנצח". לגבי אזכור זכויות היהודים בארץ הקודש בקוראן, אמר: "הקוראן מתיר למוסלמים להתנחל בכל המקומות שנכבשו על ידם ולהשמיד בכוח החרב כל מי שינסה להתנגד להם". המופתי טען כי הוא באמת מאמין שהיהודים זוממים להשתלט על המקומות הקדושים לאסלאם וביקש להוכיח זאת על ידי ניסיון לצטט פסוקים מהתפילות היהודיות. ששון הצביע בפניו על הסתירה בדבריו, שהרי גם יהודים שנולדו בארץ ישראל ושכנותיה אומרים את הפסוקים הללו, ועל כך השיב: "המדינאי...משחק לעיתים בקלף אחד, ולעיתים - בכל הקלפים שברשותו. לעיתים המטרה מקדשת את האמצעים". לדבריו, במלחמתו נגד הציונים מותר לו "להשתמש בכל הטענות שיש להן ושאין להן אחיזה במציאות, ואף - בעת הצורך - להטיף לשפיכת דמם של הציונים". לטענתו, המועצה המוסלמית העליונה תהיה מוכנה להעניק ליהודים שנולדו בארץ ישראל ובארצות ערב והאסלאם "תעודות-מעבר", ואם לא יסכימו לכך, יהיה דינם כדין "הציונים". לגבי הכותל המערבי, הדגיש כי "המועצה המוסלמית העליונה לא תנוח ולא תשקוט עד שתצליח לאסור לחלוטין על הציונים את הגישה אליו ואת התפילה לידו". לגבי שיחות ישירות עם היהודים, קבע המופתי כי "כל שיחה עם הציונים...היא בבחינת הכרה בקיומם ובזכויותיהם בפלשתינה", ומכיוון ש"הערבים מתכוונים לגרש בכוח את הציונים האלה, לא רק מהכותל המערבי, אלא מפלשתינה כולה, לא ייתכן שיקיימו איתם שיחות כלשהם. ככתוב בספר הקוראן, רק החרב תכריע בינינו ובינם".
מאורעות תרפ"ט עד למרד הערבי 1929–1936.
מאורעות תרפ"ט.
אל-חוסייני יצא בחריפות נגד הקמת הבית הלאומי לעם היהודי בארץ ישראל. תפקידו במאורעות תרפ"ט - 1929 שנוי במחלוקת. לפני המהומות נשלחו כרוזים מירושלים אל כפרי סביבתה, ובהם הוראות לעלות לעיר הקדושה ולפגוע ביהודים. אלה נשאו את חתימתו של אל-חוסייני, אולם היא הייתה מזויפת, ככל הנראה במתכוון. הוא רצה לעורר את הרושם באוכלוסייה הערבית שהוא העומד מאחורי ההוראות הללו, אך גם להישמר מתגובת השלטונות במקרה שייחקר.
באביב 1929 הציע הנציב העליון למופתי עסקת חליפין: היהודים יקבלו את רחבת הכותל המערבי וסמטה צרה וקצרה המוליכה אליה, והערבים יקבלו בתמורה פיצוי בקרקע. אולם המופתי סירב להצעה. במלאת שבוע להפגנת צעירי בית"ר בכותל המערבי ב-15 באוגוסט, נשא אמין נאום ששלהב המונים לפרוץ לרחבת הכותל ומשם לרובע היהודי. ביום שישי 23 באוגוסט 1929, יום פרוץ גל האלימות הגדול, נהרו לירושלים אלפי כפריים מהסביבה, כדי להשתתף בתפילה על הר הבית. רבים מהם היו חמושים במקלות ובסכינים. הם טענו כי המופתי קרא להם לנקום ביהודים. כשהגיע אל-חוסייני עצמו אל רחבת הר הבית, שמע מרחוק את הקריאה "סיף אל-דין, אל-חאג' אמין" ("חרב הדת, היא חאג' אמין"), ויחד עם האימאם של התפילה, החליט שההטפה באותו יום תהיה מתונה, כדי להרגיע את הרוחות.
באותו יום זימן אלן סונדרס, סגן מפקד משטרת המנדט וממלא מקום מפקד משטרת ירושלים, את אמין בניסיון נפל לעצור את ההידרדרות. המופתי הסביר לסונדרס כי המתפללים נושאים מקלות וסכינים רק בשל חששם מניסיון לפרובוקציה מצד יהודים. אולם לאחר נאום לאומני של אחד הדרשנים במסגד, פרצו כמה מאות מהמתפללים אל השוק והחלו לתקוף יהודים, ולאחר מכן יצאו משער שכם. ממלא מקום הנציב, הארי צ'ארלס לוק, טילפן אל המופתי ודרש ממנו להרגיע את הרוחות. אל-חוסייני התייצב אמנם מול האספסוף, אולם לוק סבר כי נוכחותו רק מגבירה את התסיסה.
ביום שבת למחרת זומנו אמין ומוסא כאט'ם אל-חוסייני למושל העיר, אדוארד קית'-רוץ', ונדרש מהם לצנן את הרוחות. לאחר פגישה זו קרא אמין לערבים לתת אמון בממשלה, אלא שלקריאה זו לא הייתה בשלב זה כל השפעה. ידידו, ג'ורג' אנטוניוס, ראה כי נוכחותו של המופתי מול ההמונים לא מרגיעה אלא מעוררת אותם, ובעצתו הלך המופתי הביתה.
לאחר המאורעות הטיל הנציב העליון ג'ון צ'נסלור על אמין אחריות לאלימות, אולם המופתי מיהר להתנער ממעשי ההרג וטען שהם גרמו נזק לעניין הערבי.
ועדת שו, שתפקידה היה לחקור את הגורמים לפרוץ האלימות, ניקתה אותו מאחריות למאורעות בדו"ח שפרסמה במרץ 1930. בשל מעמדו של אמין אל-חוסייני כ"מופתי הגדול", הוא לא נדרש להופיע בפני ועדת החקירה. הוועדה באה אליו. המופתי העיד בפניה במשך 5 ישיבות, וטען לקיפוח הערבים והפרת הבטחות בריטיות. כאשר נשאל על חלקו באירועים של 1920 ו-1929, הכריז כי הוא חף מפשע. כאשר נשאל מדוע תבעו אותו למשפט, הקביל את עצמו לישו הנוצרי שנידון לצליבה, ואמר: "גם אז נקבע פסק הדין לפי דרישת היהודים".
לדעתו של יהושע פורת, התפרעויות הדמים היו תוצאה ישירה של האירועים מאז פרשת הכותל בספטמבר 1928 ושל ההכרה של אל-חוסייני, בכך שהסכסוך בכותל הוא בעל רגישות דתית ולכן עשוי ללכד את הציבור המוסלמי בכל הארץ, אך מאידך אינו עלול לגרום להרעת יחסיו עם הנציב העליון, שקיבל את עמדתו בנושא. חלקו המכריע של אל-חוסייני בסכסוך על הכותל הפך אותו למנהיג הפלסטיני החשוב ביותר.
המחצית הראשונה של שנות ה-30.
סכסוכים עם נשיא הוועד הפועל הערבי והאשמות במעילה.