נעשו ניסיונות רבים לשפר את יחסי שתי המדינות, בעיקר הסכמי שימלה, פסגת אגרה והצהרת לאהור. מאז ראשית שנות ה-80 של המאה ה-20, נעשו היחסים בין שתי המדינות מתוחים יותר בעיקר לאחר סכסוך סיאצ'ן, הסלמתו של סכסוך קשמיר ב-1989, הניסויים בנשק גרעיני שבוצעו ב-1989 ומלחמת קרגיל שהתחוללה ב-1999. צעדים מסוימים לבניית אמון, כמו ההסכם להפסקת האש משנת 2003 ופתיחתו של קו האוטובוסים דלהי-לאהור, נחלו הצלחה בעצירת ההסלמה של המתחים בין המדינות. עם זאת, על המאמצים הללו העיבו מתקפות טרור שאירעו מעת לעת. מתקפת הטרור על הפרלמנט ההודי שאירעה ב-2001 כמעט והובילה את שתי המדינות לסף מלחמה גרעינית. מתקפת הטרור על קו הרכבת סמיגהאוטה אקספרס ב-2007, שבה נהרגו 68 אזרחים, רובם פקיסטניים, הייתה גם היא נקודה מכרעת ביחסי שתי המדינות. בנוסף מתקפת הטרור במומבאי, שבוצעה על ידי מחבלים פקיסטניים, גרמה לנזק רציני לשיחות השלום שהתנהלו בין שתי המדינות.
לאחר הפשרה קצרה במתיחות בין שתי המדינות שארעה בעקבות בחירתן של ממשלות חדשות בשתי המדינות, הופסקו השיחות לאחר מתקפת הטרור על בסיס חיל האוויר ההודי בפטנקוט ב-2016. במתקפת טרור על בסיס צבאי הודי בחלק ההודי של קשמיר שאירעה בספטמבר אותה שנה נהרגו 19 חיילים הודים, מתקפת הטרור הרצחנית ביותר מזה שנים. טענתה של הודו שהמתקפה בוצעה על ידי קבוצה ג'יהאדיסטית שנתמכת על ידי פקיסטן, הוכחשה על ידי זו האחרונה, שטענה שהמתקפה הייתה תגובה מקומית לאי-השקט באזור בשל נוכחות היתר, לטענתם, של כוחות הביטחון ההודים באזור. מתקפה זו הציתה עימות צבאי לאורך הגבול בין שתי המדינות וגרמה להתרבות מקרי הפרת הפסקת האש ולהתקפות נוספות על מתקני צבא הודים. החל מדצמבר 2016 גרמו העימות המתמשך וההסלמה בהתבטאויות הלאומניות בשני הצדדים לקריסת היחסים הדו-צדדיים בין הודו לפקיסטן עם ציפייה נמוכה להתאוששותם.
עם בחירתן של ממשלות חדשות בשתי המדינות בראשית העשור השני של המאה ה-21, ננקטו כמה צעדים לשיפור היחסים, ובעיקר את הסחר בין המדינות. בנובמבר 2015 הסכימו ראש ממשלת הודו החדש, נרנדרה מודי וראש ממשלת פקיסטן, נוואז שריף, על חידוש השיחות בין שתי המדינות. בחודש שלאחר מכן קיים מודי ביקור קצר ובלתי מתוכנן לפקיסטן בדרכו להודו, ובכך היה לראש הממשלה ההודי הראשון שביקר בפקיסטן מאז 2004. על אף מאמצים אלו, יחסי המדינות נותרו קפואים, עקב שורת פיגועים לאורך הגבול. על פי סקר דעת קהל שנערך ב-2017 על ידי ה-BBC, רק 5% מההודים הביעו דעה חיובית על פקיסטן לעומת 85% שהביעו דעה שלילית ו-11% מהפקיסטנים שהביעו דעה חיובית על הודו מול 62% שהביעו דעה שלילית.
שורשי הסכסוך בתקופת קבלת העצמאות.
במהלך חלוקת הודו נהרגו כחצי מיליון מוסלמים והינדים במהומות. מיליוני מוסלמים תושבי הודו והינדים וסיקים תושבי פקיסטן היגרו באחד מאירועי חילופי האוכלוסין רחבי הממדים ביותר בעידן המודרני. שתי המדינות האשימו זו את זו על כך שלא סיפקו ביטחון למיעוטים שהיגרו משטחיהן. מצב זה גרם למתחים שהלכו והתגברו בין שתי המדינות שאך נוסדו.
על פי התוכנית הבריטית לחלוקת הודו, הותר לכל אחת מ-680 הנסיכויות להחליט לאיזו משתי המדינות היא תשתייך. להוציא מעטות, רוב הנסיכויות שאוכלוסייתן הייתה מוסלמית ברובה, הצטרפו לפקיסטן ורוב הנסיכויות בעלות רוב הינדי הצטרפו להודו. עם זאת, ההחלטות שהתקבלו על ידי כמה מהנסיכויות עיצבו את יחסי הודו-פקיסטן באופן משמעותי בשנים הבאות.
בעיית ג'ונגד.
ג'ונגד הייתה נסיכות ששכנה בקצה הדרום-מערבי של גוג'ראט, יחד עם נסיכויות מנדבר, מנגרול וברביאוואד. לא היה לה גבול משותף עם פקיסטן ושאר הנסיכויות היוו חיץ בינה לבין פקיסטן. בנסיכות זו היה רוב של 80% תושבים הינדים בעוד שהשליט שלה, מהבט ח'אן, היה מוסלמי. ב-15 באוגוסט 1947 בחר מהבט ח'אן להסתפח לפקיסטן וחודש לאחר מכן אישרה פקיסטן את הסיפוח.
הודו לא קיבלה את הסיפוח של ג'ונגד כלגיטימי. הטיעונים ההודים התבססו על אי הרציפות הטריטוריאלית בין הנסיכות לבין שטחה של פקיסטן, על רצונו של הרוב ההינדי להיות חלק מהודו ועל כך ששטח הנסיכות היה מוקף בטריטוריה הודית מכל שלושת עבריו.
הטענה הפקיסטנית התבססה על העובדה ששליט הנסיכות בחר להסתפח לפקיסטן ויש לאפשר לו זאת. בנוסף, טענה פקיסטן שמאחר שלנסיכות יש מוצא לים, היא תוכל לקיים קשר ימי עם פקיסטן, אף על פי שהיא תהיה מובלעת בתוך שטחה של הודו.
אף לא אחת משתי המדינות לא הייתה מסוגלת לפתור את שאלת ג'ונגד בדרכי שלום והיא רק הוסיפה שמן על מדורת היחסים הטעונים בין שתי המדינות גם כך. שר הפנים של הודו, ואלאבאי פאטל, חש שאם יותר לג'ונגד להסתפח לפקיסטן, ישתרר אי-שקט ברחבי גוג'ראט. ממשלת הודו הקציבה לפקיסטן זמן לבטל את הסיפוח ולקיים משאל עם בנסיכות כדי למנוע את מעשי האלימות. סמלדס גנדי, אחיינו של מהאטמה גנדי, הקים ממשלה גולה לתושבי ג'ונגד. פאטל הורה לספח את שלוש הנסיכויות.
הודו הטילה הסגר על ג'ונגד, ניתקה אותה מהספקת דלקים, ניתקה את קשרי האוויר והדואר אליה, שלחה כוחות צבא לגבול עם הנסיכות וכבשה את נסיכויות מנגרול וברביאוואד שבחרו להסתפח להודו. ב-26 באוקטובר נמלטו מהבט ח'אן ובני משפחתו לפקיסטן בעקבות ההתנגשויות עם הכוחות ההודים. ב-7 בנובמבר, לנוכח קריסת השליטה בנסיכות, ביקשה חצר הנסיכות מממשלת הודו לקחת על עצמה את ניהול הנסיכות. ראש ממשלת ג'ונגד, סר שאה נוואז בהוטו (אביו של זולפיקר עלי בהוטו), כתב למפקח על האזור מטעם ממשלת הודו והזמינו לקבל את השליטה על הנסיכות. ממשלת פקיסטן הביעה את מחאתה שנדחתה על ידי ממשלת הודו וזו קיבלה את הזמנת ממשלת הנסיכות. ב-9 בנובמבר 1947 כבשו כוחות הודים את ג'ונגד. בפברואר 1948 נערך בנסיכות משאל עם ורוב מוחלט של המצביעים הביע את רצונו להסתפח להודו.
סכסוך קשמיר.
קשמיר הייתה נסיכות בעלת רוב מוסלמי שנשלטה על ידי נסיך הודי, המהרג'ה הארי סינג. בזמן חלוקת הודו העדיף סינג שקשמיר תישאר מדינה עצמאית ולא היה מוכן להסתפח לא להודו ולא לפקיסטן ורצה ששתי המדינות יכירו בקשמיר ככזו.
על אף חתימת הסכם הקפאת המצב שנחתם עם פקיסטן, נשלחו כוחות פקיסטניים לקשמיר בתגובה לניסיונותיו של המהרג'ה לבצע רצח עם במוסלמים. המהרג'ה ניסה לשנות את הדמוגרפיה של קשמיר שהייתה בעלת רוב מוסלמי תוך שהוא מבצע טיהור אתני בחבל ג'אמו שבמדינתו וכוחותיו טבחו באלפי מוסלמים וגירשו אלפים מבתיהם, כל זאת כדי ליצור בקשמיר רוב הינדי. אירועים אלו הובילו לפרוץ מרד במחוז פונץ'. בגיבוי כוחות צבאיים-למחצה, פלשו שבטים פשטונים לקשמיר באוקטובר 1947 כדי לכבוש אותה. ב-25 באוקטובר הם הגיעו לעיר בארמולה שבצפון-מערב הנסיכות וכבשו אותה. במקום להתקדם לסרינגאר, השוכנת במרחק של 50 ק"מ משם ולכבוש את שדה התעופה הבלתי מוגן שלה, הם נשארו בבארמולה למשך כמה ימים. כוחות הביטחון של קשמיר התגלו כחלשים מדי ומצוידים בצורה לקויה כדי שיוכלו להילחם כנגד פקיסטן. מתוך חשש שהפלישה תוביל לסיפוח לפקיסטן, פנה כעת המהרג'ה להודו וביקש שכוחות הודים יאבטחו את קשמיר. ראש ממשלת הודו, ג'ווהרלל נהרו, היה מוכן לשלוח לשם כוחות, אך מי ששימש בתפקיד המושל הכללי של הודו, לואי מאונטבאטן, יעץ למהרג'ה להסתפח להודו לפני שזו תשלח אליו את הכוחות. לפיכך, כשהוא שוקל את מצב החירום, חתם המהרג'ה על מסמך הסיפוח להודו ב-26 באוקטובר 1947.
בספרו "סיירי הגבול" משנת 1985 כתב צ'ארלס צ'נוויקס טרנץ':
לדבריו של הגנרל הפקיסטני, מוחמד אכבר ח'אן, הפולשים "התעכבו בבארמולה למשך יומיים מסיבה בלתי ידועה".
בעוד הפולשים הפקיסטניים התפרסו ברחבי הנסיכות ובזזו את בארמולה, חתם כאמור המהרג'ה על מסמך הסיפוח להודו. שייך מוחמד עבדוללה כבר הגיע לדלהי יום קודם לכן, ב-25 באוקטובר, כדי לשכנע את נהרו לשלוח את הכוחות. הוא הבין את הסכנה הנשקפת לקשמיר והאיץ בנהרו לא לאבד זמן ולמהר לקבל את כתב הסיפוח ולהבטיח את שליחת הכוחות המהירה לקשמיר. ב-27 באוקטובר קיבל הלורד מאונטבאטן את כתב הסיפוח ועם חתימתו וחתימת המהרג'ה על המסמך הפכה מדינת ג'אמו וקשמיר לחלק מהודו.
באותו יום, כשהפולשים הפקיסטניים היו קרובים לסרינגאר, הוטסו כוחות הודים מדלהי ונחתו בשדה התעופה המקומי, אבטחו אותו ופנו להניס את הפולשים מעמק קשמיר, אך עונת הגשמים הפכה את רוב שטחי קשמיר לבלתי עבירים. לאחר שבועות של לחימה אינטנסיבית בין הודו לבין פקיסטן, הכריזו מנהיגי המדינות על הפסקת אש ופנו לאו"ם שיתווך תוך שהם מבטיחים לקיים משאל עם. ב-1957 סופחה צפון-מערב קשמיר באופן מלא לפקיסטן והפכה לאזאד קשמיר. ב-1962 כבשה סין את אקסאי צ'ין, האזור הצפון-מזרחי הגובל בלדאק. ב-1984 כבשה הודו יותר מ-80% משטח קרחון סיאצ'ן.
כיום טוענת פקיסטן לזכותם של הקשמירים להגדרה עצמית באמצעות קיום משאל עם. מאידך טוענת הודו שעם חתימתו של המהרג'ה על מסמך הסיפוח, הפכה קשמיר לחלק בלתי נפרד מהודו. על רקע חילוקי הדעות על קשמיר, התחוללו המלחמות בין הודו לבין פקיסטן בשנים 1947 ו-1965 והעימות המוגבל ב-1999. מדינת ג'אמו וקשמיר נותרה מחולקת בין שתי המדינות באמצעות קו השליטה, שמתחם את קו הפסקת האש שעליה הוסכם ב-1947 ותוקנה ב-1972 בהסכמי שימלה.
המשך הסכסוכים האלימים.
בעשורים שלאחר מלחמת הודו-פקיסטן הראשונה התנהלו שורה של מלחמות, ב-1965, 1971 ומלחמה אחת בלתי רשמית ב-1999.
מלחמת הודו-פקיסטן השנייה.