אוכלוסייה קטנה של קולעי סלים נותרה באזור קניון צ'אקו והתפתחה באמצעות מספר שלבי מעבר תרבותיים עד לשנת 800 בקירוב, כאשר הם בנו מתחמים בצורת סהר של מכלול מבני אבן, שכל אחד מהם הורכב מארבע או חמש יחידות דיור כשהן נסמכות על מבנה של אולם תת־קרקעי מקורה גדול הקרוי קיווה, שמטרתו המקורית אינה ידועה, אבל בתקופה מאוחרת יותר שימש למטרות טקסים ופולחנים דתיים. המבנים הללו זוהו כמאפיין של אנשי הפואבלו הקדומים. באמצע המאה ה־9 גדלה אוכלוסיית הפואבלו העתיקה הידועים גם כ"אנסאזי" (מונח משפת שבט היוט שאומץ על ידי הנאוואחו ופירושו "העתיקים" או "האבות הקדומים של האויב") במהירות, והתושבים התגוררו במתחמים גדולים וצפופים יותר. קיימות עדויות ברורות לפעילות עיבוד ומסחר ענפים בטורקיז בקניון, המתוארכים למאה ה־10. באותה תקופה נבנה החלק הראשון של מתחם פואבלו בוניטו הגדול, תחילה נבנו 50 חדרים בשורה בצורת קשת בסמוך לחומה הצפונית הנוכחית.
המערכת המלוכדת שאפיינה את החברה הצ'אקואנית החלה להתפורר בסביבות 1140, ככל הנראה בתגובה לבצורת בת חמישים שנים שהחלה ב־1130; בין 1250 ל־1450 האזור סבל שוב מאקלים בלתי יציב, כולל תקופות אחדות של בצורת חמורה בין השנים 1250 ל־1450. גורמים נוספים היו ניהול משק מים שגוי ובירוא יערות. לדוגמה, עץ למטרות בנייה הובא מרכסי ההרים הסמוכים, כדוגמת רכס הרי צ'וסקה, למעלה מ־80 קילומטרים מערבית לקניון. הקהילות החיצוניות החלו להיעלם ובשלהי אותה מאה הבניינים שבמרכז הקניון נחתמו בקפדנות וננטשו. על סמך עדויות ארכאולוגיות ותרבותיות סוברים מדענים כי תושבי המקום היגרו דרומה, מזרחה ומערבה, אל העמקים ואגני הניקוז של נהר קולורדו הקטן, של ריו פוארקו ושל ריו גראנדה.
היורשים האתבסקנים.
מתחילת המאה ה־12 הופיעו ברמת קולורדו מספר קבוצות שבטיות דוברות שפות נומיות, כדוגמת היוט והשושוני. עד המאה ה־15 ירשו קבוצות שבטים אחרים דוברי שפות דרום אתבסקיות, כגון האפאצ'י והנאוואחו, את מקומם של אנשי הפואבלו. תוך כדי כך הם סיגלו לעצמם מספר מנהגים וכישורי חקלאות צ'אקואנים. קבוצות שבטיות של היוטה ביקרו לעיתים קרובות באזור, בעיקר במסגרת מסעות ציד ושוד. אומת נאוואחו המודרנית שוכנת כיום מערבית לקניון צ'אקו, ובני נאוואחו רבים מתגוררים באזורים שמסביב לקניון. הגעתם של הספרדים במאה ה־17 הייתה הסימן לפתיחת עידן של שיעבוד ומרידות, כאשר קניון צ'אקו שימש מקלט לאנשי הפואבלו ונאוואחו שנמלטו מפני שלטון הספרדים. תושבי המקום נאלצו להתמודד עם צבאות נוספים כאשר תחילה מקסיקו ואחר כך ארצות הברית זכו בריבונות על הקניון, מסעות צבאיים נערכו כנגד שוכני האזור שנותרו.
חפירות ושימור.
ב־1832 היה הסוחר ג'וסייה גרג (Josiah Gregg) לראשון שכתב על החורבות בקניון צ'אקו, והתייחס לפואבלו בוניטו בתור "מבנים שנבנו מאבן חול מסותתת היטב". חיל משלוח של צבא ארצות הברית עבר באזור ב־1849 וסקר את החורבות. אולם, המיקום היה כה מרוחק עד שבמהלך חמישים השנים הבאות כמעט ולא היו מבקרים בקניון. קבוצת מומחים מטעם הסמית'סוניאן ערכה סיור קצר באזור בשנות השבעים של המאה ה־19, וב־1896 החלה העבודה הארכאולוגית כאשר משלחת מטעם המוזיאון האמריקאי לתולדות הטבע (משלחת הייד - Hyde Exploring Expedition) החלה לחפור בפואבלו בוניטו. הם שהו במשך חמישה קיצים באזור, שלחו לניו יורק 60,000 חפצים, והפעילו מספר תחנות מסחר.
ב־1901 טען ריצ'רד ות'ריל (Richard Wetherill), אחד מחברי משלחת הייד המקורית, כי הוא הבעלים של חלקת קרקע בגודל 650 דונם שכללה את פואבלו בוניטו, פואבלו דל ארויו וצ'טרו קטל. תוך כדי חקירת טענותיו של ות'ריל בדבר הבעלות על הקרקע, דיווח סוכן הקרקעות הפדרלי, סמואל ג'יי. הולסינגר (Samuel J. Holsinger), על המאפיינים הפיזיים של הקניון והאתרים השונים הנמצאים בו, ציין את הדרכים הפרהיסטוריות וגרמי המדרגות מעל צ'טרו קטל, ותיעד את הסכרים ומערכות ההשקיה הקדומות. בדיווח שלו (שלא פורסם באותה תקופה) הוא המליץ להקים פארק לאומי שבו ישומרו האתרים הצ'אקואנים. בשנה שלאחר מכן מופו אתרים צ'אקואנים רבים על ידי אדגר לי יואיט (Edgar Lee Hewett), שהיה נשיא אוניברסיטה בניו מקסיקו (New Mexico Normal University כיום אוניברסיטת הרמות של ניו מקסיקו), שמיפה אתרים צ'אקואנים. יחד עם אנשים אחרים סייע יואיט לחקיקתו של חוק העתיקות הפדרלי של 1906, שהיה החוק הפדרלי הראשון בארצות הברית שהגן על עתיקות; למעשה, הייתה זו תוצאה ישירה של המחלוקת סביב פעילותו של ות'ריל. לפי החוק החדש היה הנשיא רשאי להכריז על מונומנטים לאומיים. הנשיא תאודור רוזוולט ניצל זאת והכריז על קניון צ'אקו כמונומנט לאומי ב־11 במרץ 1907; ות'ריל ויתר על תביעת הבעלות שלו על חלק מהקרקעות בקניון צ'אקו.
ב־1949 הורחב המונומנט הלאומי קניון צ'אקו, לאחר שצורפו אליו חלקות אדמה שנתרמו על ידי אוניברסיטת ניו מקסיקו. האוניברסיטה קיבלה בתמורה את זכויות המחקר באזור. עד ל־1959 הספיק שירות הפארקים הלאומיים להקים מרכז מבקרים, מגורי צוות ומתחמי מחנאות. המונומנט הוסף לרשימת האתרים ההיסטוריים הלאומית ב־15 באוקטובר 1966. החוקרים רוברט ליסטר (Robert Lister) וג'יימס ג'אדג' (James Judge) הקימו את מרכז צ'אקו ב־1971. מרכז זה היה גוף משותף בין האוניברסיטה ושירות הפארקים, שעסק במחקר במקום. באותה תקופה החלו מספר פרויקטי מחקר בין־דיסציפלינריים, סקרים ארכאולוגיים, ומשלחות מחקר קטנות. מרכז צ'אקו ערך סקרים מקיפים של הדרכים הצ'אקואניות, שהיו נתיבים בנויים היטב שהתפצלו ממרכז הקניון. התוצאות הללו גרמו לכמה שינויי תפיסה לגבי התרבות הצ'אקואנית ואזור ארבע הפינות של ארצות הברית.
הכמות הגדולה של שרידים תרבותיים באתרי הפארק השונים הובילה להרחבת המונומנט ולהפיכתו לפארק הלאומי ההיסטורי תרבות צ'אקו ב־19 בדצמבר 1980, כאשר לאזור המוגן הוסף שטח בגודל 53 קמ"ר. הפארק הוכרז על ידי אונסק"ו כאתר מורשת עולמית ב־1987. שירות הפארקים הלאומיים יזם תוכנית מיוחדת על מנת להגן על אתרים צ'אקואנים הנמצאים מחוץ לגבולות הפארק. היוזמות הללו כללו תיעוד מפורט של למעלה מ־2,400 אתרים ארכאולוגיים השוכנים בתוך גבולות הפארק, שמתוכם נחפרו אחוזים בודדים.
ניהול.
הפארק מנוהל על ידי שירות הפארקים הלאומיים, המשתייך למחלקת הפנים; הקרקעות הפדרליות הסמוכות, שבהן נמצאות הדרכים הצ'אקואניות, מנוהלות על ידי לשכת ניהול הקרקעות של ארצות הברית. בשנה הפיסקלית 2002/2003 תקציבו השנתי של הפארק היה 1,434,000 דולרים. לפני שנות ה־80 החפירות הארכאולוגיות שנערכו היו מקיפות וארוכות, וכללו פירוק חלקי או הרס של קירות המתחמים השונים בנוסף להוצאתם של אלפי חפצים. החל מ־1981 החל שינויי כיוון באופי הפעילות במקום, ואומצו שיטות בדיקה לא הורסות, כדוגמת חישה מרחוק, מחקר אנתרופולוגי על מסורת בעל פה, ותיארוך באמצעות טבעות עצים. ב־1991 הוקמה וועדת הייעוץ הצ'אקו־אמריקנית־אינדיאנית, על מנת לאפשר לבני הנאוואחו, הופי, פואבלו ושבטי אינדיאנים אחרים ליטול חלק בניהול הפארק.
המדיניות הנוכחית של הנהלת הפארק היא לשקם חלקית את האתרים שנחפרו. אחת השיטות היא מילוי חפירה ארכאולוגית באדמה, לאחר תום העבודה. יוזמות אחרות כוללות את תוכנית שמי הלילה של צ'אקו, שמטרתה להפחית את זיהום האור בשמי הפארק הנקיים בדרך כלל מעננים; במסגרת התוכנית משתמשים 14,000 מבקרים במצפה הכוכבים שבמקום (הוקם ב־1998), הטלסקופים ותוכניות בנושאי אסטרונומיה. אולם, השרידים הצ'אקואנים שמחוץ לגבולות הפארק נתונים לאיום בעקבות פיתוח האזור: אחת הדוגמאות לכך היא הצעה מ־1983 להחכרה תחרותית של אדמות פדרליות באגן סן חואן למטרות כריית פחם. כיוון שבסמוך לגבולות הפארק יש מרבצי פחם עשירים, שיטות הכרייה הפתוחה, בה נהוג להשתמש כשהפחם קרוב לפני השטח, הייתה עשויה לפגוע ברשת הדרכים הצ'אקואניות העתיקות. במשך שנה תועדו הדרכים הללו במסגרת פרויקט דרכי צ'אקו, ומאוחר יותר זכו להגנה מפני אפשרות שתבוצע כרייה שתפגע בהן.
אתרים.
במרכז התרבות הצ'אקואנית היו מכלולי מבנים גדולים המוכרים בשם "בתים גדולים", וניתן ללמוד מהם כיום על סגנונות האדריכלות והפולחן הדתי של הצ'אקואנים. צורת הבתים עברה שינויים במשך מאות שנים, ועם זאת נשמרו מספר מאפיינים בסיסיים של הבתים. אחד הבולטים שבהם הוא גודל המתחם; רוב המכלולים בקניון צ'אקו מכילים כ־200 חדרים כל אחד, ובחלקם יש 700 חדרים. גם גודל החדרים היה ניכר, כאשר תקרותיהם היו גבוהות בהשוואה לבניינים שנבנו בתקופות שקדמו לאנסאזי. הבניינים תוכננו בקפידה, כאשר קטעים או אגפים שלמים של מכלול הבנייה הוקמו בשלב בנייה אחד. הבתים בדרך כלל פונים דרומה, כאשר הכיכרות היו מוקפות על ידי חומות גבוהות או קירות בתים חסרי חלונות. המבנה היה בנוי בדרך כלל מארבע או חמש קומות, כאשר חדרי הקומה הראשונה פנו ישירות לכיכר; האבנים שהרכיבו את החדרים הוצבו כך שהחלקים הגבוהים יותר הרכיבו את הקיר האחורי של הפואבלו. במקרים מסוימים היו החדרים מאורגנים כדירה, כאשר החדרים הקדמיים גדולים מהחדרים האחוריים, מהחדרים הפנימיים ומחדרי או אזורי האחסון.