במהלך תקופה זו היה העולם הערבי, תחת השושלות האומיית, העבאסית והפאטימית, למרכז הפעילות התרבותית והכלכלית בחלקה המערבי של יבשת אסיה. בעוד שאירופה סבלה מפשיטות וממלחמות חוזרות ונשנות וחוותה הידרדרות כלכלית ודמוגרפית חדה ביחס לעבר הרומי, בערים הערביות הגדולות (קהיר, אלכסנדריה, בצרה, דמשק ומעל לכל המטרופולין האדיר של בגדאד) נרשם גידול אוכלוסין מרשים, כלכלת מסחר משגשגת וחיים תרבותיים עשירים. הספרות, האדריכלות, הרפואה והמדע שפיתחו הערבים היו מתקדמים לאין שעור ביחס לקיים במערב אירופה בימי הביניים המוקדמים. בכל העולם הנוצרי, רק קונסטנטינופול הדועכת יכולה הייתה להתחרות בעולם הערבי.
טורקים, צלבנים ומונגולים.
באמצע המאה ה-11 הגיעה הדומיננטיות הערבית לקִצה הפתאומי עם הגעתם של הסלג'וקים הטורקים למזרח התיכון, לאחר שהיגרו דרומה ממולדתם שבמרכז אסיה. הסלג'וקים כבשו את פרס, עיראק (בגדאד נכבשה ב-1055 מידי הבויהים), סוריה, ארץ ישראל והחג'אז, ואף הביסו את הביזנטים בקרב מנזיקרת וכבשו את אנטוליה. מצרים החזיקה מעמד תחת הח'ליפים הפאטימים עד 1169, אז נפלה לידי הטורקים. הסלג'וקים שלטו באזור במאתיים השנים הבאות, אף שעד מהרה התפרקה האימפריה הסלג'וקית לכדי מספר סולטאנויות קטן יותר.
פיצול זה איפשר למערב הנוצרי, שחווה התאוששות כלכלית ודמוגרפית מדהימה למן נקודת השפל אליו הגיע במאה השביעית, לשוב ולפעול במזרח התיכון. ב-1095 קרא האפיפיור אורבנוס השני לאריסטוקרטיה האירופית לכבוש מחדש את ארץ הקודש ולהשיבה לידי הנצרות, וכעבור ארבע שנים אבירי מסע הצלב הראשון כבשו את ירושלים. הם ייסדו בה ממלכה שהתקיימה עד 1187, או אז נכבשה על ידי צלאח א-דין המוסלמי. ממלכות צלבניות קטנות יותר שרדו עד 1291. הצלבנים כשלו בניסיונם ליצור נוכחות נוצרית קבועה בארץ הקודש, בעיקר משום שלא הצליחו למשוך די מהגרים אירופים לאזור במהלך מסעותיהם ולאחריהם.
בראשית המאה ה-13 שבו הסולטאנים הערבים לבית איוב והשתלטו על מצרים וסוריה בגרשם את הטורקים. ואולם התחייה הערבית לא ארכה זמן רב. פולשים חדשים, הפרשים המונגולים, הסתערו על המזרח התיכון, כבשו את בגדאד ב-1258, את דמשק ב-1260 והתקדמו דרומה עד לגבולה של מצרים. ישנן עדויות (בעיקר ברשמים של היסטוריונים מוסלמים בני התקופה, אבל גם במכתבו של רמב"ן שביקר בירושלים בשנת 1267 - כמה שנים אחרי האירועים) על כך שיחידות כיבוש מונגוליות הגיעו לצפת, לירושלים ולחברון. יחד עם זאת, המונגולים לא עשו מאמצים מיוחדים לכונן ישות פוליטית באדמות שכבשו ומדובר היה יותר בפשיטות קצרות מועד על ידי כוח צבאי מוגבל שמטרותן הייתה לקיחת שלל, הפחדה ואיסוף מודיעין. הדבר, כנראה, נבע מהעובדה שמפקד העליון של צבא הכיבוש המונגולי הולגו (Hülegü) עזב את האזור עם רוב צבאו בתחילת 1260 אחרי שהגיעה אליו הידיעה על מותו של מונגקה חאן () - שליטה דאז של האימפריה המונגולית. את דילול הכוחות הזה ניצל הסולטאן הממלוכי של מצרים קוטוז (בערבית: الملك المظفر سيف الدين قطز) שעלה צפונה עם צבאו והביס את הכוח המונגולי בקרב עין ג'אלות בסוף שנת 1260. בהמשך להתפתחות הזאת המונגולים הסיגו את כוחותיהם ממזרח התיכון. גל חדש של הפשיטות המונגוליות באזור התרחש בשנות 1299–1300. הם שוב כבשו את דמשק וירדו גם דרומה, אבל שוב לא נשארו זמן רב ופינו את האזור מיוזמתם. אחרי נסיגתם הכוחות הממלוכיים החזירו לעצמם את השליטה בארץ ישראל ובסוריה. רק באמצע המאה ה-14 המונגולים הפסיקו סופית לאיים על האזור. לאור זאת, סולטאניה הממלוכים של מצרים כבשו את ארץ ישראל וסוריה, ואילו סולטאנים טורקים אחרים שלטו בעיראק ובאנטוליה. רק בחצי האי ערב קיימו הערבים שלטון עצמי.
התקופה העות'מאנית.
בראשית המאה ה-15 התחזקו האמירים העות'מאנים שבאנטוליה המערבית, אשר הלכו והסתמנו כשליטיו הבאים של האזור. אישוש לדבר ניתן בשנת 1453, כאשר העות'מאנים כבשו את קונסטנטינופול והכריזו על עצמם סולטאנים. הממלוכים הצליחו להגן על אדמותיהם מפני העות'מאנים במשך קרוב למאה שנים, אולם ב-1514 הסולטאן העות'מאני סלים הראשון פתח במסע כיבושים שיטתי ברחבי האזור. עיראק נכבשה ב-1515, סוריה ב-1516 ומצרים ב-1517, במה ששם קץ לשושלת הממלוכית. העות'מאנים איחדו את האזור כולו תחת שליט אחד, לראשונה מאז האימפריה העבאסית מהמאה העשירית, והוסיפו לשלוט בו ב-400 השנים הבאות.
בהדרגה, העות'מאנים כבשו גם את יוון, חבל הבלקן ואת מרבית הונגריה, ובכך הרחיקו את הגבול החדש בין מזרח למערב עד לצפון נהר הדנובה. אולם במערב, אירופה התפשטה במהירות, דמוגרפית, כלכלית ותרבותית, כאשר השפע המגיע מהקולוניות האמריקניות מניח את היסודות לצמיחת הקפיטליזם והמהפכה התעשייתית. עד המאה ה-17 אירופה עקפה את העולם המוסלמי במונחי עושר, אוכלוסייה וחשוב מכל - טכנולוגיה. אף שהנצרות והאסלאם התנגדו על בסיס דומה לרכושניות ולחומרנות הנודפת מהקפיטליזם, הרפורמציה הפרוטסטנטית פגעה בכוחה של הכנסייה הקתולית והתירה לאינדיבידואליזם לשגשג בצפון אירופה.
עד שנת 1700 סולקו העות'מאנים מהונגריה, במה ששינה את מאזן הכוחות בגבול לטובת המערב. אף שתושביהם של מספר אזורים באירופה העות'מאנית (כגון אלבניה ובוסניה) המירו דתם לאסלאם, אירופה מעולם לא השתלבה תרבותית בעולם המוסלמי. בין השנים 1700 ו-1918 חוו העות'מאנים נסיגה מתמדת, והמזרח התיכון שקע מאחורי השגשוג האירופי. במאה ה-19 החלו יוון, סרביה, רומניה ובולגריה לגבש תפיסות לאומיות מהפכניות, ובמלחמות הבלקן (1912–1913) סולקו העות'מאנים מאירופה כולה, מלבד העיר קונסטנטינופול (איסטנבול) וסביבותיה.
במאה ה-19 כינויה המקובל של האימפריה העות'מאנית, שמצאה עצמה תלויה יותר ויותר בכלכלות האירופיות, היה "האדם החולה של אירופה". השליטה הכלכלית האירופית הלכה וקיבלה ביטויים מוחשיים יותר כאשר ב-1830 כבשה צרפת את אלג'יריה, ו-48 שנים אחר כך את תוניסיה. בריטניה כבשה את מצרים בשנת 1882, אף שהיא נותרה תחת ריבונות עות'מאנית נומינלית. הבריטים אף שלטו בפועל במפרץ הפרסי, ואילו הצרפתים נהנו מהשפעה רבה על לבנון וסוריה. ב-1912 האיטלקים כבשו את לוב ואת האיים הדודקנזיים, הסמוכים לחוף אנטוליה העות'מאנית. העות'מאנים פנו לגרמניה כדי שזו תגן עליהם מפני מעצמות המערב, ואולם כתוצאה מכך נעשו תלויים יותר ויותר בכלכלה ובצבא של הרייך השני.
בסוף המאה ה-19 ותחילת המאה ה-20 ניסו שליטי המזרח התיכון לבצע מודרניזציה של מדינותיהם על מנת שיוכלו להתחרות ביעילות רבה יותר במעצמות האירופיות. מובילי רפורמות כמו מוחמד עלי במצרים, הסולטאן העות'מאני עבדול חמיד השני ומחוללי ההפיכה באיראן בשנת 1906 ביקשו כולם ליישם גרסאות שונות של דגם השלטון החוקתי המערבי, משפט אזרחי, חינוך חילוני ופיתוח תעשייתי במדינותיהם. ברחבי האזור הונחו מסילות ברזל וקווי טלגרף, נוסדו בתי ספר ואוניברסיטאות ומעמד חדש של קציני צבא, משפטנים, מורים ופקידים החל להופיע, במה שאיים במידה מסוימת על ההנהגה המסורתית בדמותם של המלומדים המוסלמים.
ואולם מימון הרפורמות הללו היה כרוך בהלוואות עתק מהמערב. החובות התופחים הביאו לפשיטת רגל כלכלית, ואגב כך לשליטה מערבית גדולה יותר, באופן שפגע במובילי הרפורמות עצמם. מצרים, לדוגמה, נפלה לידי הבריטים במידה רבה כיוון שהמיזמים השאפתניים של מוחמד עלי ויורשיו הביאו לקריסה כלכלית של המדינה. ההתמערבות של העולם המוסלמי הביאה ליצירת צבאות מקצועיים יותר בראשותם של קצינים שנכונו לתפוס את השלטון בכוח - ואמנם הפיכות צבאיות עתידות היו להתרחש ברחבי המזרח התיכון המודרני. בעיה נוספת הייתה משותפת לכל מובילי הרפורמות באזור, שהיו בפועל שליטים אבסולוטיים: הם נכונו לבצע רפורמות מרחיקות לכת, אך התנגדו בתוקף לאבד מסמכותם הם. הסולטאן העות'מאני עבדול חמיד השני, לדוגמה, אימץ דפוסי שלטון אוטוקרטיים יותר ויותר במקביל לניסיונות הרפורמה הכושלים שלו. בפרס, הניסיונות לבצע מודרניזציה של המדינה נתקלו בהתנגדות ניכרת מצד האוכלוסייה המקומית.
מובילי הרפורמות השאפתניים ביותר היו הטורקים הצעירים (תחת מועצת האיחוד והקידמה), אשר תפסו את השלטון באימפריה העות'מאנית בשנת 1908. בהנהגתם של צמד קציני צבא שאפתניים, איסמעיל אנוור פאשה ואחמד ג'מאל פאשה והמשפטן הרדיקלי מהמט טלאט (טלאט פאשה), הטורקים הצעירים הצליחו תחילה לכונן מונרכיה חוקתית, אולם עד מהרה היו לחונטה צבאית אשר ניסתה לכפות מודרניזציה קיצונית על האימפריה כולה.
תוכניתם של הטורקים הצעירים סבלה ממספר פגמים. ראשית, היא כפתה ממשל ריכוזי כמו גם את השפה הטורקית על אימפריה, שהייתה מבוזרת מאוד ורב-לשונית. הדבר הביא לניכור הולך וגובר מצד תושביה הערביים של האימפריה וחולל עליה רבתי ברגש הלאומי הערבי. שנית, היא גרמה לאימפריה לשקוע עוד יותר בחובות ענק. לבסוף, כינון הברית עם גרמניה, שנתפסה על ידי המהפכנים כמעצמה הצבאית החזקה באירופה, הביא לסיום התמיכה הבריטית באימפריה, אשר הגנה על העות'מאנים מפני האימפריאליזם הרוסי לאורך המאה ה-19 כולה.
השלטון האירופי.