קראוטהאמר נולד בעיר ניו יורק להורים יהודים בעלי אזרחות צרפתית, שהקפידו שיזכה לחינוך יהודי מקיף. אביו היה ממוצא אוקראיני ואמו הגיעה מבלגיה. בגיל חמש עקרה משפחתו למונטריאול שבקנדה, לדבריו משום שאביו רצה לחיות במקום שבו "צרפתית מדוברת", שם גדל קראוטהאמר ובשנת 1970 השלים את לימודי התואר הראשון שלו במדע המדינה ובכלכלה באוניברסיטת מקגיל. בשנים 71–1970 המשיך בלימודי פוליטיקה בבייליול קולג' שבאוניברסיטת אוקספורד ומשם המשיך ללימודי רפואה באוניברסיטת הרווארד. בנעוריו תמך קראוטהאמר בשמאל הפוליטי.
בשנת לימודיו הראשונה נפצע קשה בעת שחייה בבריכה כשראשו נחבט בקרקעית הבריכה. בשל הפציעה הפך להיות משותק לצמיתות מצווארו ומטה. למרות פציעתו ונכותו החמורה, השלים את לימודיו ב-1975 בהצטיינות והחל בהתמחותו כפסיכיאטר בבית החולים הכללי של מסצ'וסטס. במקביל ללימודיו כמתמחה פרסם מאמרים בכתבי־עת מקצועיים בתחום, שכללו גם אבחון של סוג חדש של הפרעה דו-קוטבית, שעדיין זוכה לאזכורים בספרות המקצועית.
קראוטהאמר פרש מעיסוק ברפואה ב-1978 ופנה לעסוק בסיוע להכוונת המחקר הפסיכיאטרי תחת ממשל ג'ימי קרטר. בשנת 1980 שימש כותב נאומים עבור סגן הנשיא וולטר מונדייל.
בשנת 1981, אחרי תבוסתם של קרטר ומונדייל בבחירות, פנה לעיסוק בעיתונות, כשהצטרף למגזין "ניו ריפבליק" ככותב וכעורך. מאמריו במגזין זיכו אותו בפרס נשיונל-מגזין לשנת 1984. ב-1983 החל לכתוב מאמרים עבור "טיים מגזין" ומ-1985 ואילך החל כותב טור שבועי עבור "וושינגטון פוסט". בשנים אלו עזב את המפלגה הדמוקרטית, ונהיה רפובליקני עם בחירתו המחודשת של רייגן ב-1985, אך אימץ דעות שמרניות לחלוטין, בפרט במדיניות הפנים, רק מספר שנים לאחר מכן.
עמדותיו.
המלחמה הקרה.
קראוטהאמר נחשב כמי שניסח את ההשקפה שמאחורי מדיניותו של רונלד רייגן ב-1985, אותה כינה בטורו ב"טיים מגזין" "דוקטרינת רייגן", בהתייחס למדיניות החוץ שאימץ ממשל רייגן בהשפעת "קרן הריטג'" וגורמים שמרניים אחרים. הדוקטרינה החדשה דגלה במעבר ממדיניות בלימה מול ברית המועצות לתמיכה בכוחות אנטי-קומוניסטיים ברחבי העולם, במטרה להסיג את הסובייטים ממוקדי השפעה שלהם בעולם השלישי.
במאמר "עוניו של הריאליזם" הציב קראוטהאמר יסודות למדיניות חוץ אמריקאית חדשה של "ריאליזם דמוקרטי", המשלב את הריאליזם הנקוט בתחום מדע המדינה עם השאיפות האוניברסליות לקידום החירות והדמוקרטיה. הריאליזם לבדו, גרס קראוטהאמר, נכשל שכן הוא אינו מאפשר לקובעי המדיניות להחליט אם להתערב או להימנע מהתערבות.
עם נפילת ברית המועצות פרסם קראוטהאמר מאמר ראשי במגזין "Foreign Affairs" בשם "הרגע החד־קטבי". במאמר גרס כי נפילתה של המעצמה הסובייטית לא תיצור עולם רב־קטבי כי אם עולם חד־קטבי בו תהיה ארצות־הברית הכוח המרכזי ל"רגע" היסטורי שמשכו - עשור אחד או כמה עשורים - תלוי במידה בה תדע אמריקה לשמר את כוחה הכלכלי. הסכנה החריפה ביותר לדומיננטיות האמריקנית, חזה קראוטהאמר, היא מ"מדינות נשק" - מעצמות אזוריות שיחזיקו בכלי נשק שיאיימו על שלום העולם כולו. לתפישתו, מניעת הופעתן והתפתחותן של "מדינות נשק" כאלו היא המשימה הלגיטימית העיקרית של מדיניותה של ארצות־הברית בעולם.
פיגועי 11 בספטמבר, עיראק והמלחמה העולמית בטרור.
קראוטהאמר פרש עקרון יסוד בדבר הצורך האסטרטגי לריסון האידיאל הדמוקרטי, בזמן שנתן את נאומו, השנוי במחלוקת, בטקס קבלת "פרס קריסטול", למחקר בנושא מדיניות חוץ, בשנת 2004:
קראוטהאמר כתב בטור שלו שפיגועי 11 בספטמבר, הבהירו את האיום הקיומי החדש ואת הצורך למדיניות התערבות חדשה. ב-12 בספטמבר 2001, יום לאחר הפיגועים, כתב כי אם יתבהר כי החשד שאל-קאעידה עמדו מאחורי המתקפות האלה הוא נכון, הרי שלארצות הברית אין ברירה אלא להיכנס למלחמה באפגניסטן. הוא תמך במבצע חופש לעיראק, על בסיס "ריאליסטי" בשל האיום האסטרטגי שמהווה המשטר של סדאם חוסיין כלפי האזור, בשל הסנקציות של האו"ם שהתפוררו ובשל הנשק להשמדה המונית שבידי סדאם חוסיין; ועל בסיס "אידיאליסטי", בשל העובדה כי דמוקרטיה בת-קיימא בעיראק תהווה צעד ראשון בכיוון שינוי התרבות הפוליטית המורעלת של רודנות, חוסר סובלנות ופנאטיות דתית בעולם הערבי, אשר דוגלת בקיצוניות אנטי-אמריקנית ממנה צמחו, לטענתו, אירועי ה-11 בספטמבר.
באוקטובר 2002, הציג, כמה שהוא מאמין, את הטיעונים המרכזיים בעד ונגד המלחמה, כשהוא כותב בטור שלו, "הניצים הם בעד המלחמה, על בסיס העובדה כי סדאם חוסיין הוא חסר רסן, רודני ואגרסיבי באופן אינסטינקטיבי, וכי אם הוא ישים את ידו על רכישת נשק גרעיני בנוסף לנשק להשמדה המונית, שכבר קיים אצלו, קרוב לוודאי שהוא ישתמש בהם או יחלוק אותם עם טרוריסטים. האיום של מוות המוני בדרגה שלא נראתה קודם לכן, השוכנת בידי גברת בלתי יציבה, הוא בלתי סביל - וחייב שתהיה לו מכה מקדימה". לגבי הצד השני של המפה הפוליטית כתב, "היונים מתנגדים למלחמה על בסיס הסיכונים שעולים על הרווחים. מלחמה עם עיראק יכולה להיות יקרה, ייתכן שתדרדר לכדי לוחמה בשטח בנוי", וסיכם את דעתו בנושא, "אני במקרה חושב כי גישת 'מכה מקדימה' היא הנכונה, שהסיכונים של לאפשר לסדאם חוסיין לרכוש את הנשקים רק יעלו עם הזמן. למרות זאת, אני יכול גם להבין ולכבד את הדמוקרטים המעטים אשר יוצרים את הטיעונים העקרוניים כנגד מלחמה עם עיראק על בסיס התדרדרות, כאשר הם מאמינים כי ביטחון נובע מהישענות על מאזן (אם הוא מסוכן) מוכח של טרור יותר מאשר חדשנות מסוכנת של פירוק נשק בכוח על ידי מכה מקדימה".
ערב הפלישה לעיראק כתב כי "רפורמציה ושיקום מחדש של תרבות זרה הם משימה מבהילה, מסוכנת, וכן, יהירה". בפברואר 2004, הזהיר כי "ייתכן שזה ייכשל. אבל אנחנו לא יכולים להרשות לעצמנו שלא לנסות. אין אף אסטרטגיה אלטרנטיבית אחת שמתקבלת על הדעת, להתקפה על המפלצת שעומדת מאחורי 11 בספטמבר. זה לא אוסאמה בן לאדן; זה הקלחת של הדיכוי הפוליטי, חוסר הסובלנות הדתית וההרס החברתי בעולם הערבי-אסלאמי-דיכויי ששינה צורה וסטה עם משטרים, ללא כל לגיטימיות, לתוך אנטי-אמריקניות מדבקת ורצחנית". ב-2003 כתב כי השיקום מחדש של עיראק יספק רווחים עבור העם העיראקי, ברגע שהתשתיות הפוליטיות והכלכליות שנהרסו בידי סדאם חוסיין יושבו על כנם: "עם הנפט שלה, מעמד הביניים העירוני שלה, האוכלוסייה המשכילה שלה, המודרניות החיונית שלה, לעיראק יש עתיד. בשני עשורים סדאם חוסיין הוריד את התמ"ג ב-75 אחוז. ברגע שהתשתיות הפוליטיות והתעשייתיות שלה יוקמו מחדש, הפוטנציאל של עיראק לשוב מחדש לעצמה, אכן לגידול שיא, היא בלתי מוגבלת".
בנאום בכנס של "תאגיד מדיניות החוץ" (FPA) בפילדלפיה, הוא טען כי "הגאות הדמוקרטית" בעולם הערבי הסתיימה ב-2006 יחד עם "מתקפת נגד פרועה" מידי כוחות אסלאמיים רדיקליים בלבנון, הרשות הפלסטינית ובמיוחד עיראק, אשר העידו על העצמה מרכזית במלחמה הסקטוריאלית. הוא המשיך לטעון כי למרות ההצלחה הראשונית באפגניסטן ועיראק וההתדרדרות שבאה אחריה בשתי החזיתות, כל האזור נתון לשינוי וכי התוצאה תהיה תלויה ביכולת האמריקנית לסבול את אורך הקונפליקט".
אידאולוגיה.
קראוטהאמר נחשב לשמרן בדרך כלל. למרות זאת, בנושאי פנים הוא נוטה יותר למרכז-שמאל; כאשר הוא תומך בהפיכת הפלות לחוקיות (הנושא המרכזי ששמרנים בארצות הברית מתנגדים לו), מתנגד לגזר דין מוות, מבקר את התפיסה של התכנון התבוני וחסיד של קונצנזוס מדעי בנושא האבולוציה, כאשר הוא קורא למחלוקת שבין המדע והדת "קונפליקט שגוי"; הוא תומך במחקר בתאי גזע עובריים (כולל ניסוי בעוברים שהופרדו בהפריה), וכן חסיד רב שנים של מסי אנרגיה גבוהים במטרה להשפיע על שימור אנרגטי. מג גרינפלד, עורכת עמוד מאמרי המערכת של העיתון "וושינגטון פוסט", אשר ערכה את הטורים של קראוטהאמר במשך 15 שנה, כינתה את הטור השבועי שלו כ"עצמאי וקשה לסווגו פוליטית. זה טור מאוד קשה. אין בו שום 'טרנדיות'. אתה לעולם לא יודע מה הדבר הבא שיקרה".