עונת הייתה מקוצרת עקב שביתת השחקנים, אף על פי שההיט זכו באליפות הבית והיו בעלי המאזן בטוב ביותר בליגה, לראשונה בתולדותיהם, עם מאזן של 17–33. למרות דירוגם הראשון בפלייאוף, ההיט הפסידו שוב לניו יורק ניקס בהובלתו של פטריק יואינג, לאחר שאלן יוסטון ניצח בזריקת ניצחון במשחק החמישי והמכריע. הניקס שהפכו ל"סינדרלה" של העונה המשיכו וזכו באליפות המזרח והפסידו בגמר ה-NBA של שנת 1999 לסן אנטוניו ספרס.
כתוצאה מהצלחתם במגרש, עברו ההיט לאולם חדש, אמריקן איירליינס ארנה בשנת 2000, המכיל 20,500 מושבים. ההיט הפסידו שוב לניקס בפלייאוף בשבעה משחקים כאשר המשחק המכריע מסתיים בהפרש של נקודה בלבד.
במהלך הקיץ של שנת 2000, הרגישו ההיט כי הם זקוקים לשינוי. לאחר שהפסידו לאורלנדו מג'יק בתחרות על טרייסי מקגריידי מטורונטו ראפטורס, החליטה הנהלת המועדון להעביר את פי. ג'יי. בראון וג'מאל משבורן לשארלוט הורנטס (עם שחקנים נוספים) בתמורה לאדי ג'ונס, אנתוני מייסון, וריקי דייוויס. ההיט גם בחרו את בריאן גרנט, שחקנים אלה הצטרפו לבסיס הסגל שכלל את: מורנינג, הארדוויי, מארלי, בואן, וקרטר. ההיט נחשבו לפייבוריטים באזור המזרחי של הליגה עד אשר הודיע כוכב המועדון אלונזו מורנינג, עם חזרתו מהמשחקים האולימפיים של שנת 2000, כי הוא יחמיץ את כל העונה עקב בעיה בכליות.
ההיט חסרו את מורנינג למשך 69 משחקים בעונת , אך הצליחו עם אנתוני מייסון שנבחר למשחק האולסטאר הראשון שלו, כשחקן מחליף. בראיין גרנט, אדי ג'ונס, וטים הארדוויי גם שיחקו היטב באותה עונה עבור ההיט. אלונזו מורנינג חזר ל-13 המשחקים הנותרים של העונה. אך הוא היה רק צל של יכולתו מלפני הפציעה, ההיט הובסו על ידי שארלוט הורנטס בסיבוב הראשון של הפלייאוף. ההורנטס היו אלה מהם נרכשו אדי ג'ונס, ואנתוני מייסון בקיץ הקודם, אלונזו מורנינג באותה השנה.
בשתי העונות הבאות היו שתיים מהשחורות בהיסטוריה של המועדון. פט ריילי החמיץ את הפלייאוף לראשונה בקריירת האימון שלו, ורוב בסיס בשחקנים של הייט איתו זכו באליפויות הבית האטלנטי התפרק והלך לדרכו (טים הארדווי, דן מארלי, וברוס בואן)
ההיט שינו את סגל השחקנים לקראת עונת , והביאו שחקנים שהיו הרבה מעבר לשיאם כמו: רוד סטריקלנד, כריס גאטלינג, ג'ים ג'קסון, לפונזו אליס, וקנדל גיל יחד עם מורנינג, ג'ונס גרנט, וקרטר, אותו החתימו ההיט על חוזה שנוי במחלוקת לשלוש שנים שרבים טענו כי היה הרבה יותר מידי לגארד הצעיר. כדי להביא את כריס גאטלינג, העבירו ריילי וההיט את ריקי דייוויס הצעיר, שהיה שחקן מבטיח. הטרייד גרר אחריו ביקורות רבות באותה התקופה. ההיט גם החתימו שני שחקנים, שלא הגיעו באמצעות הדראפט, מליק אלן, ומייק ג'יימס וזאת כדי לפצות על כך שלא הייתה למועדון בחירת סיבוב ראשון בדראפט של אותה השנה. ההיט החתימו גם את ולדימיר סטפניה כדי לגבו את אלונזו מורנינג בעמדת הסנטר. הקבוצה המזדקנת, החמיצה את הפלייאוף, למרות בסיומה של העונה הסדירה השיגה מאזן שלילי, 36-46.
שלא כמו בעונת 02–2001, מיאמי החלה לבנות מחדש את סגל השחקנים בעונת . ההיט בחרו את קארון באטלר בסיבוב הראשון של הדראפט של שנת 2002 ואת רסול באטלר בסבוב השני. מיאמי החמיצה מרחק כדור אחד (אמצעי ההגרלה למיקום בחירת הדראפט של הקבוצות) מלקבל את האפשרות לבחור, כביכול, את יאו מינג. אלונזו מורנינג החמיץ את כל העונה עקב החמרה במחלת הכליות ממנה סבל ואדי ג'ונס החמיץ גם כן חלק ניכר מהעונה עם פציעה בקרסול. ההיט החתימו את טרוויס בסט כדי שישמש כרכז הפותח של ההיט. את ההיט הוביל קארון באטלר ורבים מהשחקנים הצעירים שמילאו את סגל השחקנים של ההיט מאז שנת 2000 וכללו את אדי האוס, קרטר, באטלר, סטפניה, אלן, וג'יימס. ההיט סיימו את העונה הסדירה, 2002-03, במאזן של 25–57, כאשר ריילי עזב את תפקיד המאמן הראשי והקבוצה סיימה במקום השביעי בבית האטלנטי.
2003-2004: הגעתו של דוויין וייד.
חוזהו הענק של אלונזו מורנינג אשר פג בקיץ שלאחר מכן, נתן להיט מקום, לו הזדקקו, מתחת לתקרת השכר של הליגה כדי להבנות מחדש. אך, למיאמי עדיין חסרו כמה מיליונים כדי שתוכל להחתים שחקן על חוזה מקסימלי. ב-1 ביולי 2003, ציפתה הנהלת המועדון להודעת סוכנו של אנתוני קרטר, ביל דאפי, שהיה צפוי להרוויח 4.1 מיליון דולר בעונה הבאה בתנאי שיממש את האופציה שיש לו על החוזה עם מיאמי. הסוכנות של דאפי מעולם לא הודיע על כוונותיו של השחקן והמועדון היה חופשי מהחוזה. בנוסף, עונה קודם לכן, ביטל, בצורה מעוררת כבוד, את תוקפו של סעיף בחוזהו עם ההיט שחייב את הקבוצה לשלם לאליס את שכרו גם בעונה הבאה, עול אותו לא יכלו ההיט להרשות לעצמם במהלך תהליך הבניה מחדש.
עם מקום מתחת לתקרת השכר, החתימה מיאמי את הפורוורד, למאר אודום ואת הגארד רייפר אלסטון. ריילי וההיט ביכרו להחתים את דוויין וייד מאוניברסיטת מרקט כבחירה החמישית בדראפט של שנת 2003 במקום להחתים כוכב ידוע כשחקן חופשי כגילברט ארינאס. הבחירה הייתה מפתיעה משהו באותה התקופה, כי הציפיות היו שההיט יבחרו ברכז אמיתי במקום קלע כוייד. מיאמי החתימה גם את יודוניס האסלם מאוניברסיטת פלורידה, שיצא מהמכללה שנה קודם לכן ולא השתתף בדראפט ושיחק עונה אחת מעבר לים בצרפת. אודום, אלסטון, האסלם ווייד חברו לגרנט, ג'ונס, אלן ושני הבאטלרים ויצרו את אחת הקבוצות המפתיעות של העונה.
כמה ימים לפני תחילת עונת , זעזע ריילי את הליגה כאשר ויתר על תפקיד המאמן הראשי של ההיט כדי להתמקד יותר בתפקידו כנשיא המועדון וכדי לקדם את מי שהיה עוזר המאמן תקופה ארוכה, סטן ואן גנדי לעמדת המאמן הראשי. הציפייה הייתה כי הקבוצה תהיה מבין הגרועות בליגה באותה העונה, אך לאחר שהתגברו על פציעות מוקדמות של אודום, וייד, ושני הבאטלרים, הצליחה הקבוצה להיחלץ ולגמור את מה שרוב שחקני הסגל הגדירו כעונה המהנה בקריירה שלהם. השחקנים החדשים והצעירים הזרימו נעורים ואנרגיה לסגל השחקנים. וייד שבר כמה שיאים לשחקן רוקי ושחקנים אחרים, כמו אודום, החיו מחדש את הקריירה שלהם. וייד החל לצוד את עיניהם של פרשנים וצופים ברחבי הליגה, במיוחד במשחקי הפלייאוף לאחר שוייד הצליח להוביל את ההיט לגבור על ניו אורלינס הורנטס (שעברו מהעיר שארלוט בסוף עונת 02–2001), אותה קבוצה שסחפה את הנהלת ההיט לעבר החלטה על בנייה מחדש רק שלוש עונות קודם לכן. ההיט המשיכו והפסידו לאינדיאנה פייסרס בחצי גמר המזרח, 2-4.
2004-2007: צמד וייד-שאק, חזרתו של ריילי.
לאחר עונת 2003/2004 המבטיחה, לקחו ההיט שוב צעד גדול קדימה והפכו למועדון היכול להתמודד על האליפות. ב-14 ביולי 2004, רכשו ההיט את כוכב לוס אנג'לס לייקרס שאקיל אוניל בטרייד ענק בו העבירה מיאמי את למאר אודום, קארון באטלר, ובריאן גרנט מערבה, ריילי ניסה גם להחתים את קארל מלון, אך האחרון החליט לפרוש ממשחק פעיל. דוויין וייד ושאקיל אוניל עבדו היטב ביחד וכל אחד מהם חיזק את מעמדו כאחד משחקני העלית של ליגת ה-NBA בעמדה בה שיחק, שניהם השיגו ממוצעים של יותר מ-20 נקודות למשחק. העונה איחדה מחדש כמה מחברי סגל מיאמי היט לשעבר. רון רות'סטין, המאמן הראשי הראשון של ההיט חזר לתפקיד מקצועי במועדון, הפעם כעוזר המאמן של ואן גנדי, סטיב סמית' חזר למועדון, ואלונזו מורנינג הוחתם מחדש לאחר ששוחרר מטורונטו ראפטורס בעקבות הטרייד של וינס קרטר בדצמבר.
בסיומה של העונה הסדירה השיגו ההיט את המאזן השני בטיבו בתולדות המועדון, 59-23. בעונה זו הם גם הצליחו לנצח 14 משחקים ברציפות, שיא ניצחונות רצופים המחזיק עד היום. ההיט דורגו ראשונים בפלייאוף, וניצחו בקלות בשני סיבובי הפלייאוף הראשונים, כשהם מנצחים שמונה משחקים ברציפות את ניו ג'רזי נטס ואת וושינגטון ויזארדס ומתקדמים לגמר המזרח כנגד האלופים המגנים על תארם, דטרויט פיסטונס. את הניצחונות בארבעת המשחקים הראשונים בסדרה חילקו הקבוצות ביניהן לפני שההיט הצליחו להביא את הפיסטונס לנקודת שבירה לפני הדחה עם ניצחון קל במשחק החמישי, 88-76, אך במהלכו איבדו ההיט את דוויין וייד בעקבות מתיחה בשריר הצלעות, לאחר ניסיון למשוך עברת תוקף מראשיד וולאס. ללא וייד, הובסו ההיט 66–91 במשחק השישי שנערך בדטרויט, שהביא את הסדרה למשחק השביעי והמכריע במיאמי. במשחק, חזר וייד, וההיט החזיקו ביתרון של 6 נקודות כאשר נותרו 3 דקות לסיומו של המשחק לפני שסדרה של החטאות ואיבודי כדור ברגעי ההכרעה שעלו להיט בסופו של דבר במשחק והופעה ראשונה בסדרת הגמר של ה-NBA לפני שהמותחן הסתיים בניצחונה של דטרויט 82–88. וייד נראה כנאבק לנשום לאורך המשחק עקב פציעת הצלעות ממנה סבל, שאילצה את השחקן לשחק מספר מועט יחסית של דקות, אף על פי שהצליח לקלוע 20 נקודות לאורכו.