על פי מובסס חורנאצי, המחבר המשמעותי ביותר של "ההיסטוריה של ארמניה בימי הביניים", מוצאה של שושלת המלוכה הבגרטית, שהעמידה מלכים בגאורגיה ובארמניה, היה מאחד משועי יהודה, שנשבה על ידי נבוכדנצר. סמל המלך דוד אף מופיע בשלט האצולה של השושלת. גם משפחות אחרות מן האצולה הגאורגית היו, לפי מקור זה, ממוצא יהודי. מכאן נובע לכאורה כי היהודים נמצאו בגאורגיה באותה תקופה, אלא שחוקרים מתקופות מאוחרות יותר מפריכים דעה זו.
טענה נוספת שקנתה לה אחיזה בתקופת העצמאות הגאורגית המוקדמת, תקופת הרפובליקה הדמוקרטית של גאורגיה, הייתה כי היהודים הם גאורגים במוצאם, שקיבלו עליהם את היהדות (בדומה לכוזרים). ביטוי לטענה זו אף נמצא במסמכי הצבא הנאצי, שהגיע לפאתי גאורגיה והתחבט בשאלה האם יהודי גאורגיה הם ממוצא יהודי או גאורגי. המקור לטענה זו היו שני סטודנטים, יוסף ומיכאל חננאשווילי, שטענו כי יהודי גאורגיה הם גאורגים בני דת משה, ולפיכך אין הצדקה להתארגנות על בסיס לאומי-תרבותי. עמדה זו מצאה אוזן קשבת בקרב ראשי המפלגה המנשביקית. דעה זו התאימה גם ליהודים אמידים מאותה התקופה שסברו כי עדיף לקשור את גורלם עם גורל התנועה הלאומית הגאורגית.
ספר דברי הימים של גאורגיה "כארתליס צחוברבה" מייחס את בואם של היהודים לגאורגיה לתקופת חורבן הבית הראשון:
במקום אחר, מספר הכארתליס צחוברבה על פליטים יהודים שהגיעו לגאורגיה לאחר שהוגלו על ידי אספסיאנוס והתיישבו במצחתה ליד אחיהם שישבו שם זה מכבר.
האמור בכארתליס צחוברבה קושר את יהודי גאורגיה עם סיפור צליבתו של ישו. מסופר בה כי שליחים מירושלים התייצבו בפני יהודי גאורגיה ממצחתה, וביקשו נציגים שייקחו חלק במשפטו של ישו. שניים מראשי היהודים יצאו לירושלים. הם נכחו בעת צליבת ישו וקנו את כותנתו של ישו מחייל רומאי מגבעת הגולגולתא שבירושלים, מקום קבורתו של ישו. בשובם למצחתה, יצאה צידוניה לקבל את פניהם, חיבקה את הכותונת, ונפלה ומתה מצער על מותו של ישו. את גלימתה לא ניתן היה להסיר ממנה, ולכן היא נקברה כשהכותונת בזרועותיה, ובמקום קבורתה הוקמה כנסיית סווטיצחובלי. ייתכן כי האמור רומז לכך שבקרב היהודים שהתגוררו בגאורגיה היו "יהודים נוצרים" עוד לפני שנינו הקדושה ניצרה את הגאורגים.
סיפורי האגדה על הקדושה נינו מספרים כי היא התקבלה בסבר פנים יפות על ידי יהודי מצחתה ודיברה בשפה העברית. בין תלמידיה היו אביתר הכהן, וצידוניה. אביתר נקרא על פי האגדה "אוּריאע'וֹפּילי" ("יהודי לשעבר"); צידוניה, שהלכה אחר נינו ועמה שש אמהות יהודיות, הייתה עדה למעשי הנפלאות שלה. המתנצרים גרמו לפילוג בקהילה היהודית. היו כאלה שביקשו לסקול את אביתר באבנים, ורק התערבותו של המלך מיריאן השלישי הצילה אותו מידם. אף שיהודי מצחתה היו יעד ראשון להפצת הנצרות, הוטבלו רק חמישים משפחות מצאצאי בר-אבא (הגנב שניצל מן הצליבה לצדו של ישו, והגיע על פי האגדה למצחתה), בעוד רוב תושבי כארתלי הוטבלו על ידי נינו ובראשם המלך מיריאן השלישי ואשתו ננה.
סביר כי רעיונות הנצרות מצאו הד בקרב יהודי מצחתה וגאורגיה בכלל, כיוון שראו בה סוג של התחדשות האמונה היהודית, וזאת עוד בטרם נתקבלו על ידי הגאורגים עצמם, שאמונתם הושפעה מן הדת הפרסית. מצד שני, ייתכן כי מסורת זו טופחה על ידי הכנסייה מתוך מטרה לחזק את מעמדה של הנצרות בגאורגיה בתחילת דרכה ולהעניק לה לגיטימציה. כך או אחרת, ניתן להסיק ממסורת זו על קיומו של יישוב יהודי גדול ומבוסס בגאורגיה בתחילת המאה ה-4, אם כי לא ניתן לדעת מה היה גודלו.
עדות נוספת לקיומה של קהילה יהודית במצחתה במאה ה-6 מצויה במקור גאורגי המספר על צעיר פרסי שברח מארצו למצחתה כדי לבחור בין הנצרות לבין היהדות. במקור זה מתואר מעמדו של בית התפילה היהודי כשווה ערך לבתי התפילה של הנוצרים.
היהודים כונו בשם "אוּריה" או "הוּריה", כינוי הרווח בכל המקורות הגאורגיים, הן המוקדמים והן מימי הביניים המאוחרים. במאה ה-19 תפס את מקומו הכינוי "איבּראילי", בעוד הכינוי "אוריה" הפך לכינוי גנאי ליהודים. ה"כארתליס צחוברבה" נערך רק במאה ה-11, לכן יש להתייחס בספקנות למובא בו, גם אם הדברים הכתובים בו נסמכים על מקורות קדומים מאוד, שכן ייתכן שמקורם ברצון לקשר את בואם של היהודים לגאורגיה למאורעות היסטוריים ידועים. עם זאת, יש להניח כי היישוב היהודי בגאורגיה קדם לספירה הנוצרית.
גאורגיה שכנה בטווח ההשפעה של האימפריות המזרחיות הגדולות של העת העתיקה - אשור, בבל ופרס - וקיימה עמן קשרי מסחר ותרבות. יהודים היו עשויים להגיע לגאורגיה כסוחרים, כמהגרים או כפליטים, מן המקומות השונים שבהם נפוצו במרחב גדול זה, בעיקר בתקופה שבה הייתה גאורגיה חלק מן האימפריה הפרסית. מכל מקום, בימי קדם ובימי הביניים קיימו יהודי גאורגיה קשרים הן עם יהודי ארץ ישראל והן עם יהודי בבל. למעשה, הם קיבלו הנחיות מראש הגולה בבגדאד בענייני דת. קשר זה הוא שעיצב את יהודי גאורגיה כעדה מזרחית, שכן על פי הנחיות אלה קבעו מנהיגי יהדות גאורגיה את מחזור החיים, את מחזור השנה ואת נוסח תפילותיהם. אך במשך הדורות, כבר בתקופה הקדומה, נוספו שלל מנהגים במסורת המקום, כך שעדה זו הפכה לעדה עצמאית בעלת מסורת ייחודית ומנהגים עתיקים, משל עצמה.
גם בארמניה, שכנתה הדרומית של גאורגיה, התקיים בין המאה הראשונה למאה הרביעית יישוב יהודי גדול. "כארתליס צחוברבה" מספר כי העברית הייתה בין הלשונות הנפוצות בגאורגיה: "וידברו בכארתלי שש שפות, ארמנית, גאורגית, כוזרית, ארמית, עברית ויוונית, וידעו את השפות האלה כל מלכי כארתלי אבות ואמהות." עובדה זו מלמדת אותנו עד כמה נפוצה הייתה המסורת בדבר קיום קהילה יהודית בגאורגיה. עניין נוסף המחזק טענה זו היא הימצאותה של כתובת ארמית באותיות עבריות בסביבות מצחתה על קברו של יהודה גורך.
ימי הביניים.
העדויות על קורות היהודים בגאורגיה בימי הביניים מועטות. עם זאת, מרקו פולו, שעבר בגאורגיה ב-1272, מציין כי יהודים יושבים בטיפליס אבל מספרם אינו גדול. ספר דברי ימי גאורגיה מספר על סוחר גדול ("דיד-ואצ'ארי"), זנכן זרובבל, שנשלח על ידי חצר המלוכה להביא את חתנה של המלכה תמר מרוסיה. הפלישה המונגולית לגאורגיה ששמה קץ לעצמאותה של גאורגיה והמיט עליה הרס וחורבן, פגעה גם ביהודים. עם זאת, רמז לקיומם של מרכז תורה ויצירה רוחנית בקרב יהודי גאורגיה במאה ה-14 ניתן למצוא בכתביו של רבי ישעיה מתבריז. במבוא לספרו הקבלי "ספר הכבוד" הוא מציג את עצמו כ"ישעיה המכונה בשם רב בן הרב רבנו יהוסף אלתפליסי ז"ל". בנוסף, קיימת עדות של רבי אברהם אבן דאוד המספר על נאמנותן של קהילות ישראל בגאורגיה ליהדות הרבנית.
רבי בנימין מטודלה מונה את יהודי גאורגיה ("ארץ גורון הנקראים גרגנין, היושבים על נהר גיחון, והם הגרגשי מתעסקים בדת הנוצרית") בין אלה אשר "ראש הגולה נותן להם רשות בכל הקהילות האלו לשום על כל קהל וקהל רב וחזן, כי הם באים אליו לקחת הסמיכה ורשות ומביאים לפניו דורונות ומתנות", דהיינו, בסוף המאה ה-12 כבר היו יהודי גאורגיה במעגל ההשפעה של ישיבות בבל. רבי פתחיה מרגנשבורג, עשר שנים לאחר מכן, מספר על מיעוט מספרם של היהודים בגאורגיה.
בשנת 1328 העניק המלך אלכסנדר הראשון למי שהיה קתוליקוס לשעבר, הפטריארך דמטריוס, גם 27 משפחות של יהודים, וזאת כנראה על פי הנוהג הפאודלי של עבדות האוצר. הקיסר אלכסנדר הראשון ידוע גם בשל רדיפתו את יהודי גאורגיה. בימי הביניים, באופן כללי, היו מוסדות השלטון, הכנסייה והפאודלים אדוני היהודים - שהיו למעשה צמיתים. ערכם של היהודים כצמיתים היה רב, כיוון שהם עסקו הן במסחר והן במלאכה, ולא רק בעבודת אדמה כיתר הצמיתים.
באותה תקופה התיישבו באזור טביליסי גם יהודים מכורדיסטן האיראנית, שדיברו להג של ארמית חדשה, ויהודי גאורגיה קראו להם "לחלוחים". כן הייתה הגירה של יהודי ההרים (התאתים), שנקראו על ידי יהודי גאורגיה "ק'ובלים", על שם קובה שבדאגסטן.
המאה ה-19.
סיפוח גאורגיה לאימפריה הרוסית ב-1801, בעקבות חוזה גאורגייבסק, גרם לשינויים בקהילה היהודית בגאורגיה. תחילה חל שיפור הדרגתי במצב הביטחון, דבר שהקל על הרוכלים שהסתובבו בדרכים, אך מצב הצמיתים לא השתנה. הפקידות הרוסית לרוב לא התערבה בענייני הנסיכים הגאורגים, ואלו המשיכו לעשות בצמיתיהם ככל העולה על רוחם. כאשר פנו יהודים לעזרת השלטונות כדי שיגנו עליהם מפני עריצות אדוניהם, פסקו אלו לטובת היהודים רק לעיתים רחוקות. היהודים, כשאר תושבי גאורגיה, נאלצו להתמודד עם אטימות לבה של הביורוקרטיה הרוסית, ולעיתים הוצבו בפניהם קשיים חדשים, כמו הגבלות על חופש המסחר.
המדיניות הרוסית כלפי היהודים נעה בין הגבלות מחמירות לניסיונות רפורמה נאורים יותר, שהוגשמו באופן מוגבל. השלטונות הרוסיים נהגו ביהודי גאורגיה בתחילה כבשאר הגאורגים בגאורגיה. חוקת 1804 התירה את התיישבותם של היהודים ה"אירופיים" בקווקז. אולם רק מספר מועט של בעלי מלאכה הגיעו לגאורגיה. פקודת הסנאט משנת 1825 אסרה על ההתיישבות היהודים בקווקז, ו"התקנות בדבר היהודים", בשנת 1827, שהוציא משרד הפנים הרוסי, היו צו גירוש ליהודים המקומיים וליהודים הזרים. התערבותם המהירה של השלטונות המקומיים מנעה את גירושם של היהודים המקומיים. משנת 1835 הוצאה גאורגיה מכלל השטחים המותרים להתיישבות יהודים. עלתה אף בעיית גירוש היהודים משם, אולם השלטונות המקומיים התנגדו לגירוש וטענו כי חלק ניכר מהיהודים עוסקים בחקלאות ומסחר וחלקם צמיתים.