לאחר מספר שנים בהן ניסו האוהדים, ללא הצלחה, למצוא משקיע חדש שירכוש את הקבוצה מידי יונה וסאסי, לקראת סוף עונת נוהלה הקבוצה על ידי קבוצת ניהול שבין אנשיה נמנו בני סיוון, סימו טובול ורמי לוי. כוונותיהם של המשקיעים לטווח הארוך לא היו ברורות ובסוף העונה הופסקה השקעתם במועדון.
בחודש מאי 2007 ניסתה חברה שהוקמה על ידי אוהדים לרכוש את הקבוצה בעצמה, בדומה לקבוצות אחרות בבעלות אוהדים. עם זאת הדבר לא יצא לפועל. יוסי סאסי סירב למכור את חלקו ונציגי האוהדים סירבו לקבל לרשותם את הקבוצה כל עוד לוויקטור יונה או ליוסי סאסי יש יד בנעשה בקבוצה, וחובותיה אינם מכוסים, שכן חובות כאלו לא איפשרו תכנון ארוך טווח. כך לטענתם, לא ניתן לקדם את הקבוצה. לבסוף הוחלט על הקמת קבוצה בבעלות האוהדים ששיחקה בשם "הפועל קטמון ירושלים".
בעונת עזב ויקטור יונה את הפועל ירושלים, וניהולה עבר לקבוצת ניהול חיצונית, בראשות רביב צחי. מלבד ההצלחה בפן המקצועי (עליית הקבוצה לליגה הלאומית), בעונה זו דיווחה קבוצת הניהול על צמצום חובות מהעבר בכ-2.5 מיליון שקלים. עם זאת בתום העונה הודיע רביב צחי על התפטרותו מהקבוצה והוחלף בידי קבוצת ניהול בראשות צחי בזיז ואופיר קורץ.
בעונת 2009/2010 סיימה ירושלים במקום הלפני האחרון וירדה פעם נוספת לליגה השלישית (שבעקבות שינוי מבנה הליגות הפכה לליגה א').
שנות ה-2010: מאבק בין הקבוצות, ופירוק הפועל ירושלים.
בעונת 2010/2011 העפילה הקבוצה מליגה א' בחזרה לליגה הלאומית. בעונת העפילה הפועל קטמון ירושלים לראשונה בתולדותיה לליגה הלאומית. בעונה זו התקיימו שלושה משחקי "דרבי" בהשתתפות שתי הקבוצות. המשחק הראשון הסתיים בניצחון של הפועל קטמון ירושלים, השני בתוצאת תיקו והשלישי הסתיים בניצחון להפועל ירושלים. בעונת שוב נפגשו הקבוצות. המשחק הראשון בגביע הטוטו הסתיים בניצחון הפועל קטמון ירושלים, כמו גם המשחק הראשון בליגה. במשחק השני בליגה ניצחה הפועל ירושלים. בעונת הסתיים המשחק הראשון בתוצאה 0:0, והמשחק השני הסתיים בניצחון הפועל קטמון ירושלים 2:1. בסך הכל ניצחה הפועל קטמון ירושלים את הפועל ירושלים 4 פעמים, הפועל ירושלים ניצחה פעמיים ופעמיים הסתיימו המשחקים בתוצאת תיקו. בסיום עונת ירדה הפועל ירושלים לליגה א' (אחרי 6 שנים רצופות בלאומית) ולראשונה ירדה לליגה נמוכה יותר מהליגה בה משחקת הפועל קטמון ירושלים.
במהלך נתקלה הפועל ירושלים בסכנת הפסקת פעילות בגלל חוב של 70 אלף שקל שלא שולם על ידי סאסי בתחילת העונה. בסיום העונה רשמה הפועל ירושלים את הרגע השפל הגדול בתולדותיה, כאשר ירדה לליגה ב' (הליגה הרביעית) לאחר הפסד ביתי להפועל מגדל העמק במחזור הלפני האחרון. הקבוצה לא נרשמה לעונת המשחקים 2019/2020 בליגה ב' ובשל אי עמידה בתנאי ההתאחדות לכדורגל פעילותה הושהתה, והמועדון למעשה חדל מלהתקיים בתור מועדון כדורגל בוגרים. ב-26 בפברואר 2020 החליט בית המשפט המחוזי בירושלים על פירוק העמותה אשר ניהלה את הפועל ירושלים.
2007–2020: הפועל קטמון ירושלים.
בשנת 2007, לאחר מספר שנים בהן ניסו אוהדי הפועל ירושלים ללא הצלחה, למצוא משקיע חדש שירכוש את הקבוצה מידי יונה וסאסי, החליטו חלק מהאוהדים בראשות העיתונאי אורי שרצקי לקנות חלק מהבעלות על הקבוצה, זאת באמצעות חברה בע"מ שהוקמה לשם כך. לאחר שזו לא הגיעה להסכם עם יוסי סאסי, הוחלט על הקמת קבוצה חדשה אלטרנטיבית. האוהדים פנו להנהלת הפועל מבשרת ציון/אבו גוש מליגה א', שעמדה על סף פירוק, ולאחר קבלת הסכמתה, מיזגו אותה עם החברה שהקימו ושינו את שם הקבוצה ל"הפועל קטמון".
בהפועל ירושלים עצמה מתחו ביקורת על המהלך, וחלק מאוהדיה טענו שאוהדים אמיתיים לא נוטשים קבוצה, גם כשמצבה בכי רע. עד לתחילת עונת הבכורה של הקבוצה, עונת , נמכרו כ-1,000 מנויים. למאמן הקבוצה מונה מירו בן שמעון. למשחק הבכורה של הקבוצה, שנערך ב-19 באוקטובר 2007 באצטדיון בגבעת רם, הגיעו כ-3,000 אוהדים, והוא הסתיים בניצחון 2–1 על הפועל נחלת יהודה. בתחילת העונה נתקלה הקבוצה בבעיות מנהליות אחדות שמנעו ממנה לערוך את משחקי הבית שלה בירושלים והיא נאלצה לשחק במגרשים אחרים, אך לאחר מכן התאפשר לה לקיים את משחקיה באצטדיון טדי העירוני. הקבוצה העפילה לסיבוב ז' של גביע המדינה, הודחה בו על ידי מכבי עירוני קריית אתא מהליגה הארצית, וסיימה את העונה במקום השני, במרחק נקודה מהמקום הראשון המוביל לליגה הארצית.
במהלך עונת הוחלף בן שמעון על ידי מאיר כהן, לאחר שגם במהלך עונה זו לא יצרו שותפות בבעלות על הפועל ירושלים עם יוסי סאסי ובשל מחלוקות עם אנשי מבשרת בהנהלת המועדון המאוחד, החליטו האוהדים להקים קבוצה חדשה בליגה ג' בשם "הפועל קטמון ירושלים" ובכך לפרק את השותפות עם הפועל מבשרת ציון ואת חברת "קטמון ייזום מפעלים בע"מ" ולהקים קבוצה חדשה בבעלות עמותה שהקימו בשם "קטמון מועדון אוהדים". ליאור זדה מונה למאמן, שהוביל את הקבוצה להעפלה לליגה ב' בסיום עונת .
הקבוצה זכתה להצלחה גם בעונת , והבטיחה את העפלתה לליגה א' מחזורים אחדים לפני סיום העונה. בעונת סיימה הקבוצה במקום הרביעי בליגה א'. לקראת עונת נבחרה, כבכל שנה, הנהלה חדשה בהליך בחירות דמוקרטי, וזו החליטה למנות את עופר טסלפפה למאמן במקום ליאור זדה. בסוף העונה העפילה הקבוצה לליגה הלאומית, לאחר שניצחה את קבוצת אורתודוקסים לוד בתוצאה 1–9, לעיני 5,500 צופים באצטדיון טדי, והפכה לקבוצת האוהדים הראשונה שמשחקת בליגת כדורגל מקצוענית בישראל.
ב-15 בנובמבר 2013, במסגרת הסיבוב הראשון של עונת 2013/2014 בליגה הלאומית, שיחקה הקבוצה לראשונה נגד הפועל ירושלים באצטדיון טדי, וניצחה בתוצאה 2–1. בתום עונה זו ירדה הקבוצה בחזרה לליגה א', לאחר שהפסידה לעירוני טבריה במשחקי המבחן. בעונת מינתה הקבוצה לתפקיד המאמן את אסף נימני ובסיום עונה אחת בליגה א' צפון עלתה הקבוצה בחזרה בפעם השנייה לליגה הלאומית. במהלך עונת 2015/2016 עזב נמני את המועדון בשל חוסר הצלחה מקצועית ובמקומו מונה פרדי דוד, אשר תחת הדרכתו העפילה הקבוצה לפלייאוף העליון של הליגה הלאומית וסיימה במקום הרביעי. בדצמבר 2016 התפטר דוד מתפקידו כמאמן הקבוצה ובמקומו מונה בני בן זקן, איתו העפילה שוב הקבוצה לפלייאוף העליון וסיימה במקום החמישי.
במהלך השנים נעשו מספר ניסיונות שלא צלחו לאיחוד בין הפועל קטמון ירושלים לבין הפועל ירושלים. בתום עונת 2016/2017 ירדה הפועל ירושלים לליגה א' ובכך הפכה הפועל קטמון ירושלים לקבוצת הפועל הבכירה בירושלים.
בתחילת עונת 2017/2018 מונה ליאור זדה לקדנציה שנייה כמאמן הקבוצה, והיא נאבקה על העלייה לליגת העל אך שוב סיימה במקום החמישי. בעונת 2018/2019 זכתה הקבוצה בגביע הטוטו של הליגה הלאומית, והפכה לקבוצת האוהדים הראשונה בישראל שזוכה בתואר כלשהו.
ב-17 בפברואר 2019, לאחר שני ניצחונות בלבד ב-12 המשחקים האחרונים, פוטר זדה מאימון הקבוצה. ב-19 בפברואר מונה במקומו יוסי מזרחי. את העונה סיימה קטמון במקום הרביעי בליגה ולא עלתה לליגת העל. בתום העונה הודיעה הקבוצה כי לא תאריך חוזה למזרחי ונפרדה ממנו. לאחר מכן ב-24 במאי 2019 מונה זיו אריה שהגיע מבית"ר תל אביב רמלה למאמן הקבוצה לעונת 2019/2020.
בעונת המשחקים 2019/20 הוחלט על ידי ההתאחדות לכדורגל כי הפועל ירושלים לא עמדה בתנאים לפתיחת העונה ופעילותה הושהתה וב-26 בפברואר 2020 החליט בית המשפט המחוזי בירושלים על פירוק העמותה אשר ניהלה את הפועל ירושלים. בכך, הפכה הפועל קטמון ירושלים למועדון "הפועל" היחיד הרשום בירושלים שקיים בה את פעילותו.
2020: איחוד תחת בעלות עמותת האוהדים.
ב-1 ביוני 2020 החליטו חברי עמותת "קטמון מועדון אוהדים" לאשר את קניית השם "הפועל ירושלים" ולהחליף את שם המועדון לשם זה.
ב-13 ביוני 2020 החלה העמותה ביישום ההחלטה והגישה למפרק הפועל ירושלים את הבקשה לרכישת השם. ב-2 באוגוסט 2020 זכתה ההצעה של קטמון במכרז על שם המועדון תמורת 225 אלף שקלים. מספר ימים לאחר מכן, ולאחר החלטת שופט בית המשפט העליון מני מזוז כי לא תינתן ליוסי סאסי זכות ערעור על ההחלטה, הודיע בית המשפט המחוזי כי הזכויות בשם "הפועל ירושלים", לרבות הזכות להירשם בשם זה בהתאחדות לכדורגל, שייכים לעמותת "קטמון מועדון אוהדים".
לקראת עונת 2020/2021 בלאומית הודיעה ההתאחדות לכדורגל, בהתאם להחלטת בית המשפט המחוזי בירושלים, כי עמותת "קטמון מועדון אוהדים" אשר החזיקה בבעלותה את מועדון הכדורגל "הפועל קטמון ירושלים" תקבל את מלוא הזכויות על השם והמוניטין של "הפועל ירושלים". בהתאם לכך הודיעה ההתאחדות לכדורגל כי היא מאשרת את שינוי שמה של "הפועל קטמון ירושלים" ל"הפועל ירושלים" לקראת פתיחת העונה ובכך, החל מעונת 2020/2021, נקראת הקבוצה "הפועל ירושלים". ב-15 בפברואר 2021 נערכה הצבעה על מיתוג וסמל הקבוצה שם התקבלו מספר החלטות: סמל המועדון החדש שבו ישתמש המועדון החל מעונת 2021/2022 בו ישתמשו כל מחלקות המועדון. עוד הוחלט כי כל קבוצות המועדון ייקראו רשמית "הפועל ירושלים", למעט הקבוצות במחלקת הנשים. עוד הוחלט כי הסלוגן "אני מקטמון ויש עליי פזמון" יופיע על מדי כל קבוצות המועדון, ושם העמותה הרשמי שמחזיקה בבעלות על המועדון יהיה "קטמון מועדון אוהדים - איחוד אוהדי הפועל ירושלים".
העפלה לליגת העל.