ב-19 באוגוסט של אותה שנה שארל השמיני, מלך צרפת אסר על היהודים להתגורר בארל. ב-1486 מועצת העיר ארל הורתה לנציגיה באספת המעמדות הצרפתית לדרוש את גירושם של יהודי עירם. צעדים דומים ננקטו גם במרסיי. הרגשות האנטישמיים התחזקו באופן מיוחד אחרי שיהודי פרובאנס ניסו לבוא לעזרתם של אחיהם שגורשו מספרד ב-1492. שארל השמיני נכנע ללחץ ההמון ובסוף יולי 1493 הוא ציווה על יהודי ארל ומרסיי לעזוב ערים אלה תוך שלושה חודשים או להתנצר. היהודים הצליחו להשיג מספר דחיות של צו זה, אך ב-31 ביולי 1501 לואי השנים עשר, מלך צרפת הוציא צו גירוש על כל יהודי פרובאנס, למעט הערים אביניון, איל-סור-לה-סורג, קרפנטרה וקאוויון שבהן נשארו יהודים, כיוון שהיו תחת שלטון האפיפיור שלא גרש את היהודים מנחלותיו.
המנהגים ונוסח התפילה של יהודי פרובאנס השתמרו בארבע ערים אלו עד לדור האחרון. רבים ממגורשי ספרד היגרו לפרובאנס (למשל משפחתו של ההיסטוריון היהודי ר' יוסף הכהן הרופא) דבר שהפר את האיזון בין ההשפעה הספרדית והצרפתית על המנהגים של היהודים שנשארו וקרב אותם יותר למנהגים הספרדיים. אף על פי כן, מנהגים עתיקים רבים נשתמרו בקרב יהודים אלו.
תקופת הרנסאנס.
כחלק מהרנסאנס הכללי, השתפר גם מצבם של היהודים והם ניצלו את הפריחה התרבותית והכלכלית לשיפור מצבם. בתקופה זו הצליחו היהודים להשתלב בתחומים ומקצועות שהיו חסומים בפניהם עד אותה עת. היהודים נהנו גם מירידת מרכזיותה של הדת ומחילון שעבר על צרפת, אם כי מנהיגי היהדות המסורתית חששו מתוצאות שבירת המחסומים. מהרנסאנס ועד למהפכה צמחו בצרפת משכילים, סופרים, מוזיקאים, אנשי רוח, ואף מנהיגים פוליטיים יהודים.
המהפכה הצרפתית.
המהפכה התעשייתית אשר התחוללה בטרם המהפכה הצרפתית העניקה ליהודים רבים הצלחה בתחום המשקי וסיפקה להם את ההזדמנות להיכנס למקצועות שהיו חסומים בפניהם לפניה. ברמה הפוליטית, עיקרון הסובלנות התקדם בתקופת לואי ה-16. בעיר מץ, האקדמיה המלכותית לאמנויות ומדעים תרמה להתקדמות על ידי נושא שאלת הדסרטציה שהציגה לתחרותה השנתית ב-1787 : "האם יש דרכים להפוך יהודים למאושרים יותר ויעילים יותר בצרפת". "אפולגיאת היהודים" מאת זלקינד הורוויץ הייתה אחת משלוש התרומות עטורת הפרסים. ברחבי צרפת התפתחה אווירה אנטי-דתית שסנוורה את ההמון באידיליה של שוויון חברתי ודתי כאחד. המהפכה הצרפתית אשר פרצה ב-14 ביולי 1789 שינתה את מעמד היהודים בצרפת מהקצה אל הקצה. בזכות החוקים החדשים לחירות, שוויון ואחווה אשר חוקקה האספה הלאומית של המהפכנים, זכו היהודים לשוויון זכויות מלא והוכרו כאזרחיה של הרפובליקה החדשה. ביטול סמכויותיהם של אנשי כמורה והוצאתם להורג של מסיתים דתיים תרמו אף הם לירידת האנטישמיות.
עם פרוץ המהפכה הצרפתית התגוררו בצרפת 40,000 יהודים, 35,000 מהם אשכנזים אשר התגוררו ברובם במחוז אלזס-לורן שבצפון מזרח צרפת, ו-5,000 בדרום צרפת ובעיר בורדו, רובם ככולם ספרדים מצאצאי האנוסים. לא היה שום קשר בין שתי הקהילות וסופר המסעות היהודי יצחק דה פינטו כתב באותה התקופה ביומנו: "יהודי פורטוגלי מבורדו ויהודי גרמני ממץ נראים כשני בני אנוש שונים לגמרי".
יהודי פריז עשו רבות למען השגת שוויון זכויות עבור הקהילה היהודית. טיעוניהם היו כדלהלן:
ב-27 בספטמבר 1791 הכריזה האספה הלאומית הצרפתית על הענקת שוויון זכויות מוחלט ליהודים – האמנציפציה. היה זה החוק הליברלי ביותר ביחסו ליהודים לא רק על אדמת אירופה, אלא בעולם כולו. מציע הצעת החוק, הרוזן דה קלרמון-טונר, אמר בנאומו לפני האספה: "אין להעניק ליהודים שום דבר כאומה, ויש להעניק להם הכול כפרטים". תפיסה זו, הרואה ביהודים צרפתים בני דת משה (Français de confession mosaïque), מאפיינת עד היום את יחס הממשל הצרפתי ליהודים (וגם למיעוטים אחרים). לאחר שהיו הראשונים מבין הקהילות היהודיות באירופה שזכו לשוויון זכויות מלא, חלה פריחה תרבותית ואישית אצל יהודי צרפת. יהודים השתלבו בצבא (גם כקצינים), בבירוקרטיה, באוניברסיטאות, בעיתונות ובספרות.
המאה ה-19.
בשנת 1806, תחת שלטונו של נפוליאון, הועלתה מחדש השאלה בקשר למעמדם של היהודים. לנוכח שאלה זו, כינס נפוליאון אספה שנקראה "אספת הנכבדים" או בשמה המלא "אספת נכבדי היהודים". נפוליאון שאל את משתתפי האספה 12 שאלות שהועלו כדי לבחון את יחסם של היהודים לאומה הצרפתית, ולבדוק האם האמונה הדתית סותרת את החוק הצרפתי. הנכבדים השיבו לשאלותיו של נפוליאון תשובות שהניחו את דעתו, אך נפוליאון החליט לתת לתשובותיהם של הנכבדים תוקף ולכנס בשנת 1807 את מועצת חכמי הדור (הסנהדרין). לפתיחת הסנהדרין הגיעו נציגים יהודים מצרפת, ממערב גרמניה ומצפון איטליה. החלטותיה של אספת נכבדי היהודים עברו לסנהדרין, שאישרה אותם.
במרץ 1808 התפרסמו שתי פקודות של נפוליאון. הראשונה הסדירה את המבנה הקהילתי היהודי בצרפת וקבעה כי בכל עיר המונה 2,000 יהודים לפחות, יוקם ועד שנקרא קונסיסטוריה (מועצה דתית קהילתית). על כל הקונסיסטוריות פיקחה הקונסיסטוריה המרכזית של יהודי צרפת, קונסיסטוריה מרכזית שישבה בפריז. בדרך זו, השלטון הצליח לפקח כמעט על כל היהודים. שנית, "הפקודה המחפירה" קבעה מגבלות ברורות לפעילות יהודית בתחומים רבים. יהודי שרצה לעסוק במסחר, למשל, צריך היה לקבל אישור שתוקפו שנה אחת בלבד. יהודים חויבו, כשאר האזרחים, לשרת בצבא, אך נאסר עליהם לגור בכל מקום שירצו. תוקפה של "הפקודה המחפירה" נקבע לכ–10 שנים.
הארגון היהודי העולמי הראשון, כל ישראל חברים (בצרפתית: אליאנס), הוקם בפריז ב-1860 כדי להגן על זכויות היהודים ומעמדם, בעיקר בנושאי החינוך. באותה תקופה החלו לגבור בצרפת מגמות לאומניות, אליהן נלוותה אנטישמיות הולכת וגוברת בשורות הימין הקתולי. פריחת האנטישמיות מוסברת בגל הלאומני שהתעורר בצרפת בעקבות תבוסת האוסטרים בקרב קניגגרץ ועליית כוחה של פרוסיה השכנה השנואה, וכן אובדן מחוזות אלזס ולורן באמנת פרנקפורט שסיימה את מלחמת צרפת–פרוסיה. לכך נוספו האשמות כי יהודים התעשרו כתוצאה ממתן הלוואות לממשלת צרפת, הלוואות שנועדו לממן את תשלום הפיצויים לגרמנים, לו התחייבו הצרפתים בהסכם פרנקפורט. אחרי אובדן שטחי אלזס-לורן (מזרח צרפת) לגרמניה, הקהילה היהודית ששכנה שם במשך מאות שנים ופיתחה חיי תרבות וחברה משגשגים, נאלצה להגר מערבה מתוך נאמנות כלפי צרפת וזאת כדי שלא להיראות כבוגדים. היהודים מטבעם היו שותפים לאווירת האחדות הלאומית, ואף שנאתם לגרמניה תרמה להם לקבל החלטה על פיה לא היה טעם להישאר בביתם במזרח כאשר הוא תחת שלטון פרוסי כובש.
פרשת דרייפוס שהתחוללה בשנת 1894 סימלה יותר מכל את הפער והבעייתיות שבין השתלבות מלאה של היהודים בחיי האומה הצרפתית, לבין האנטישמיות העמוקה שפעפעה. הפרשה נתנה לעיתונות האנטישמית את הלגיטימציה לפרוח ולהפיץ קריאות כי היהדות היא מחלה שמתפתחת על בסיס "מצע גידול" אותו מהווה צרפת עצמה. משפטו של דרייפוס לא נוהל באורח תקין, ולא הוצגו בו ראיות של ממש לאשמתו של דרייפוס (שכן לא היו כאלה), אולם גורמים אנטישמיים בצבא ובציבור הרחב הסיתו את דעת הקהל נגדו. הקהילה היהודית ניסתה לשכנע את עצמה כי הסיבה להפללתו של דרייפוס נובעת מחוסר מזל. למרות זאת, השכבה המשכילה של הקהילה ובראשה סופרים מהציבור היהודי, בין היתר ברנר לזר, הרימו את לפיד המאבק וקראו בקול מחאה כי הסיבה להפללתו של דרייפוס היא על רקע היותו בן הדת היהודית.
גם הסופר והפובליציסט אמיל זולא נרתם למאבק זה בעקבות החומר שאסף לזר בנושא.
עד מהרה התפלגה האוכלוסייה הצרפתית כולה לזרם של תומכי דרייפוס שהתנגדו לענישתו, ולזרם מתנגדיו של הקצין היהודי שהביאו תמיכה בעונשו. לפני שגורש לכליאה באי, דרגותיו של דרייפוס הורדו ממנו בטקס משפיל, בפני המון צרפתי משתולל שקרא: "מוות ליהודים".
המאה ה-20.
המאה ה-20 נפתחה בסימן טיהור שמו של אלפרד דרייפוס והכרה חלקית של החברה הצרפתית והממסד בעוול שנגרם ליהודים. לצרפת החלו להגר יהודים ממזרח אירופה שביקשו להיחלץ מקשיי הקיום שם.
בראשית המאה חיו בצרפת 90,000 יהודים. לאחר מלחמת העולם הראשונה והתמוטטות האימפריה העות'מאנית הגיעו לצרפת גלים גדולים של מהגרים יהודים מאגן הים התיכון. גל מהגרים נוסף הגיע ממרכז אירופה לאחר עלייתו של היטלר לשלטון ב-1933, וב-1935 הגיע מספרם ל-260,000. מנהיגי יהדות צרפת לרבות ישראל ויליאם ואליד פעלו לקליטת מהגרים אלו.
היהודים הזרים נתפשו כמקור לצרות וכבר ביוני 1933 הכריז ז'ק אלברונר, נשיא ה"קונסיסטואר" (הגוף המייצג הראשי של יהודי צרפת): "צרפת... יש לה מובטלים משלה, ולא כל הפליטים היהודים מגרמניה ראויים להישאר כאן. ... 7, 8, או אולי 10,000 היהודים שיבואו לצרפת, האם באמת מענייננו להשאירם כאן?". עמדת ה"קונסיסטואר" גרמה לכך שהחל משנת 1934 פסקה העזרה החומרית לפליטים. אלברונר דבק בדעתו גם בשנים הבאות וב-1936 הביע צער על מדיניות ההגירה הליברלית של צרפת ב-1933 וכינה את הפליטים היהודים "ערב־רב, פסולת החברה, האלמנטים שלא יכלו להביא כל תועלת לארצם שלהם".
יהודים השתתפו בחיי המדינה בכל התחומים, והיו גם מיוצגים בפרלמנט ובסנאט הצרפתיים. צרפת הייתה המדינה הראשונה באירופה בעת החדשה שבה כיהן ראש ממשלה יהודי (לאון בלום).