עוד לפני הגעתם של מטוסי הספיטפייר, נעשו ניסיונות נוספים להפחית את האבדות. בפברואר 1942 הגיע סטן טרנר (Stan Turner) כדי לקבל את הפיקוד על טייסת 249. לויד ביקש שישלח אליו מפקד בעל ניסיון קרבי וניסיונו של טרנר בטיסה עם דאגלס באדר בשמי אירופה הכשיר אותו לתפקיד. הוא החל לאמץ את השימוש במבנה ארבע האצבעות בניסיון לצמצם את האבדות של חיל האוויר המלכותי על ידי שימוש בטקטיקות גמישות יותר שיפצו על הנחיתות הטכנית. מטוסי ההוריקן המיושנים עדיין נאבקו כנגד מטוסי המסרשמיט הגרמנים החדישים ביותר ומטוסי המאקי (Macchi C.202) שפעלו אז בשמי מלטה. מפציצי היונקרס היוו גם הם איום משמעותי.
כדי ליצור מחדש שוויון באיכות, טסו למלטה ב-7 במרץ 1942 16 מטוסי ספיטפייר מסיפונה של נושאת המטוסים "איגל" (HMS Eagle) כחלק ממבצע ספוטר (Operation Spotter). סבב נוסף של ה"איגל" הוסיף 9 מטוסים נוספים. שיטת התגבור של מלטה באמצעות נושאות מטוסים (Club Run) המשיכה להתבצע בתדירות גבוהה יותר במהלך שנת 1942. ב-13 באפריל הובאו 47 מטוסים נוספים. כל המטוסים פרט לאחד הצליחו להגיע לאי. אף על פי שמטוסי הספיטפייר היוו גורם שקול מול מטוסי הציר, רבים מאלה שהגיעו במרץ ובאפריל הושמדו על הקרקע ובאוויר, כאשר הם היו בנחיתות מספרית. לדוגמה, במשך חמישה ימים באפריל היה רק מטוס ספיטפייר אחד זמין להגנת האי ובמשך יומיים לא היה אפילו אחד. הגרמנים ידעו על המשלוחים והפעילו התקפות כבדות. בבוקרו של ה-21 באפריל היו רק 27 מטוסי ספיטפייר שמישים. בערוב היום ירד המספר ל-17.
ההפצצות הכבדות של כוחות הציר שחקו את יכולות ההתקפה של כוחות הצי והאוויר שהיו במלטה. בחודשים אפריל-מאי 1942 היה ברור שהלופטוואפה השיג מידה רבה של עליונות אווירית. חיל האוויר האיטלקי ביצע גם הוא הפצצות בנחישות. לעיתים, שלושה עד חמישה מפציצים איטלקים היו טסים בגובה נמוך מאוד מעל המטרות כדי להטיל את הפצצות בדיוק רב, וזאת מבלי לשים לב לתקיפות של מטוסי חיל האוויר הבריטי ולאש נגד המטוסים שנורתה מהקרקע.
לצד העליונות האווירית שהושגה, גילו הגרמנים שהצוללות הבריטיות פעלו מתוך הבסיס באי מנואל ולא מתוך הנמל הגדול וניצלו את העליונות האווירית שלהם כדי לחסל את האיום הזה. עד מהרה היה הבסיס תחת התקפות בלתי פוסקות. הצוללות נאלצו לבלות את רוב זמנן מתחת למים ומבני המגורים, בהם הצוותים יכלו לנוח מדי פעם, ננטשו. הנחת המוקשים על ידי מטוסי הציר גרמה גם היא לעליה משמעותית באובדן הצוללות. עד לסוף מרץ 1942 אבדו 19 צוללות. היעילות של תקיפות האוויר כנגד בסיסי הצי נרשמה לזכות הצי האיטלקי. בחודש אפריל הגיעו 150,389 טונות מטען לצפון אפריקה מתוך 150,578 טונות שנשלחו. האסטרטגיה של היטלר שהתבססה על שיתוקה של מלטה על ידי מצור נראתה בשלב זה מוצלחת. קסלרינג דיווח לפיקוד העליון הגרמני ש"לא נותרו פצצות להטיל". המאמצים הנחושים של כוחות הציר כנגד מלטה השתקפו בגיחות ההפצצה. מה-20 במרץ ועד ה-28 באפריל 1942 הוציאו הגרמנים 11,819 גיחות כנגד האי והטילו 6,557 טונות של פצצות (3,150 טונות על ולטה). הגרמנים איבדו 173 מטוסים במהלך הפעולות.
בעלות הברית פעלו להגדיל את מספר מטוסי הספיטפייר על האי. ב-9 במאי הועברו על גבי סיפוניהן של שתי נושאות מטוסים 64 מטוסים נוספים. כעת היו במלטה חמש טייסות מלאות של מטוסי ספיטפייר. (טייסות 126, 185, 249, 601, ו-603). ההשפעה של מטוסי הספיטפייר נראתה מאוד לעין. ב-9 במאי הודיעו האיטלקים על 37 אבדות. ב-10 במאי איבדו כוחות הציר 65 מטוסים שהתרסקו או ניזוקו בקרבות אוויר בשמי האי. מטוסי ההוריקן היו מסוגלים להתמקד במפציצים של הציר ובמפציצי הצלילה בגבהים הנמוכים, כשבמקביל, הספיטפיירים, שהיו בעלי יכולת לטפס לגבהים, העסיקו את מטוסי האויב שטסו בגובה רב יותר. בין ה-18 במאי ועד ה-9 ביוני הצליחה ה"איגל" להוביל 76 מטוסי ספיטפיירים נוספים בשלושה סבבים. עם כוח כזה, היה מסוגל חיל האוויר המלכותי להתמודד עם כל התקפה של הציר.
באביב 1942, חילות האוויר של הציר שפעלו נגד מלטה היו בשיא כוחם. היריבים הרציניים ביותר של מגיני האי היו 137 מטוסי המסרשמיט, ו-80 מטוסי המאקי 202. המפציצים של הציר היו 199 מטוסי יונקרס 88 ו-32–40 מטוסי יונקרס 87. עם זאת, השיפורים הטכניים והגדלת כמות המטוסים של מערך ההגנה של חיל האוויר הבריטי, זיכו אותו בעליונות האווירית. בסוף מאי 1942 עמד סדר הכוחות של קסלרינג על 13 מטוסי סיור שמישים בלבד, 6 מטוסי מסרשמיט Bf 110, 30 מטוסי מסרשמיט Bf 109 ו-34 מפציצים. בסך הכול 83 מטוסים בהשוואה לכמה מאות חודשיים קודם לכן.
ביולי 1942 הופצצה כנסיית עליית מרים אך היא לא נפגעה עקב חבלה בפצצות בזמן הייצור.
כוחות הציר תוקפים את השיירות.
לאחר הקרבות של חודשים מאי ויוני, הצטמצמו באופן משמעותי תקיפות האוויר באוגוסט ובספטמבר. למרות העליונות האווירית שעברה לצדו של חיל האוויר המלכותי, הלחץ הגרמני אפשר לכוחות הציר לחדש את שיירות האספקה לכוחותיו של רומל ובשלב זה נראה לכוחות הציר שמלטה מנוטרלת בתור איום על השיירות שלהם. עתה יכול היה רומל להתכונן למבצעים ההתקפיים בסיועו של הלופטוואפה בצפון אפריקה. בקרב גזאלה הוא זכה בניצחון משמעותי בעוד שבקרב ביר חכים הצלחתו הייתה פחותה. אף על פי כן, עד מהרה הוא התקדם לכוון מצרים בקרב אל-עלמיין הראשון. למרות הירידה בכמות ההתקפות האוויריות הישירות על מלטה עצמה, המצב באי היה קשה מאוד. המחסור במוצרים חיוניים כמו מזון ומים היה חמור, עקב הנזק שנגרם למשאבות המים ולצינורות ההולכה בהפצצות. כמו כן הורגש מחסור בביגוד. כל משק החי נטבח ומשמעות המחסור בעור היה שהתושבים נאלצו להשתמש בווילונות ובצמיגים משומשים כדי למצוא תחליפים לבגדים ולסוליות נעליים. אף על פי שהאוכלוסייה האזרחית החזיקה מעמד, סכנת הרעב הייתה ממשית. תנאי התזונה והתברואה הגרועים גרמו להתפשטותן של מחלות. מנות המזון של החיילים גם הן הופחתו מ-4,000 ל-2,000 קלוריות ליום. מלטה עמדה על סף רעב. הבריטים החלו להתכונן להעברת אספקה לאי בשני מבצעים גדולים.
ביוני ניהל הצי המלכותי במקביל את מבצע רומח (Operation Harpoon) ואת מבצע נמרץ (Operation Vigorous) שהיו שני מבצעי הובלת שיירות למלטה. הראשון יצא מגיברלטר והשני יצא מחיפה ומפורט סעיד. המהלך נועד לפצל את הכוחות הימיים של הציר שניסה ליירט את השיירות. אם אחת מהשירות תלכד, השנייה תצליח לעבור, כך לפחות קיוו. לויד רצה להטיל על טייסת 601 לתת לשיירות חיפוי אווירי. אף על פי שהוא יכול היה להרשות לעצמו את הקצאת הכוחות, הוא היה מסוגל להפעיל רק ארבעה מטוסים בכל רגע נתון, מאחר ששאר המטוסים היו צריכים לבצע סבבים של נחיתה לצורך תדלוק. במקרה שמטוסי הציר תקפו בזמן שהם עמדו לשוב לנחיתת התדלוק, היה עליהם להישאר בגזרה ולהילחם בהם. נטישת המטוס במקרה שהדלק היה אוזל הייתה הברירה היחידה חוץ מלחזור למלטה. תקוותם של הטייסים הייתה שהספינות ימשו אותם מהמים. השיירה שהגיעה ממזרח נאלצה לשוב על עקבותיה בשל סדרה של תקיפות מהאוויר ומהים, אף על פי שמלאי התחמושת של ספינות הליווי שלה הגיע לרמה של 20% שלא הייתה מספיקה כדי להשלים את המשימה ולהביא את ספינות האספקה בשלום למלטה. לכוחות הגרמניים היה מודיעין מעולה על התוכנית הבריטית, שהושג בעקבות פענות התשדורות המוצפנות של בונר פרנק פלרס, ששירת כנספח הצבאי בשגרירות ארצות הברית במצרים. אבדותיהן של השיירות היו כבדות ובהן הייתה המשחתת "הרמיוני" (HMS Hermione). שלוש משחתות נוספות ו-11 ספינות סוחר גם הם טובעו. ממלטה נשלחו מפציצי טורפדו בריסטול בופורט שהעסיקו את הצי האיטלקי ואת הצוללות הגרמניות שתקפו את השיירה. הם הטביעו סיירת כבדה וגרמו נזק לספינת קרב. שתי ספינות מטען של השיירה המערבית הגיעו למלטה והעבירו את האספקה והיו לספינות היחידות מתוך 17 שהשתתפו בשני המבצעים והגיעו ליעדן. הספינות פרקו מטען של 25,000 טונות. 16 טייסים שיצאו ממלטה איבדו את חייהם בשני המבצעים.
באוגוסט הצליח הצי להביא אספקה חיונית למלטה הנצורה במסגרת מבצע פדסטל, אך במחיר כבד. השיירה הותקפה מהים ומהאוויר. 146 מטוסי יונקרס 88, 72 מטוסי מסרשמיט 109, 16 מטוסי יונקרס 87, 232 מטוסי קרב איטלקים ו-139 מפציצים איטלקים, לקחו חלק בהתקפות על השיירה. מתוך 14 ספינות סוחר שנשלחו למשימה, 9 הוטבעו. בנוסף לכך הוטבעו נושאת המטוסים "איגל", סיירת אחת ושלוש משחתות על ידי הצי האיטלקי, הצי הגרמני וחיל האוויר הגרמני. עם זאת, המבצע היה חשוב מאוד להבאת אספקה חיונית למלטה, בעיקר דלק. משחתות בריטיות משו מהים 950 ממלחי ה"איגל". הלופטוואפה שיחק תפקיד משמעותי בפעולה כנגד השיירות במחיר של 16 ממטוסיו שהופלו.
ספינות השטח לא היו היחידות שהובילו אספקה למלטה. צוללות בריטיות ביצעו גם הן תפקיד זה. הצוללת "קלייד" (HMS Clyde) הוסבה לספינת אספקה תת-מימית. היא לא יכלה לצלול למעמקים במהירות כמו הצוללות מסדרת U ו-T, אך עדיין הצליחה לבצע תשע הפלגות אספקה למלטה, יותר מכל צוללת אחרת מסוגה. היכולת של הצוללות לשאת מטען גדול אפשרו להן להיות בעלות ערך רב במאבק להסרת המצור על האי.
הגעתו של קית' פארק.
ביולי 1942 שוחרר יו לויד מתפקידו כמפקד ההגנה האווירית של מלטה. הייתה תחושה שיש צורך בטייס קרבות מנוסה כדי לנהל את המערכה. מסיבות שונות לא בחר פיקוד החיל לעשות זאת קודם לכן. מרשל אוויר משנה קית' פארק החליף את לויד בתפקידו והגיע למלטה ב-14 ביולי 1942 במטוס ימי. הוא נחת במלטה בעיצומה של הפצצה אווירית, אף על פי שלויד ביקש מהטייס שיחוג מעל הנמל עד לסיום ההפצצה.