לאחר פטירת הרב קוק בשנת תרצ"ה, היה הרב חרל"פ לראש ישיבת מרכז הרב, והחל למסור בה את השיעור כללי. שיעוריו הצטיינו בעמקותם ובעמלו עליהם, אותו תיאר אחד התלמידים, שבתי דון-יחייא: "היה יושב ער כל הלילה ועוסק בסוגייא. פעמים כרך את ראשו במגבת רטובה כדי לצנן את רוב מתחו. מפרק לפרק שיתף את בחירי תלמידיו בהכנת השיעור… משעבר שיעורו מבחן אש והתקבל על ידי תלמידיו, נחה דעתו ופניו הזדהרו בזוהר של שעת תפילה".
במהלך שנים אלו - מפני כמה גורמים כגון עיסוקו של הרצי"ה בעריכת כתבי אביו, השפעת השואה ועוד - הישיבה הידלדלה יחסית בכמות תלמידיה. אך רבים הגיעו מישיבת "חברון" לשמוע שיעורים בישיבה. וכן הרב בן ציון אבא שאול מישיבת פורת יוסף. בשנת ה'תש"ד צורף לצוות הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא שמסר שיעור יומי בנוסף לשיעור הכללי של הרב חרל"פ.
במהלך מלחמת העצמאות התנגד לגיוסם של בני הישיבה לצבא, אך רבים מהם התגייסו בעקבות עמדת הרב צבי יהודה קוק שתמך בכך. היעדרות התלמידים בתקופה זו ונפילתם של מספר תלמידים גרמה שוב לירידה במצב הישיבה.
בשנת ה'תשי"א נחלש, וביקש מהרב שפירא שעד אז מסר אך שיעור קצר שימלא את מקומו ויחל במסירת השיעור כללי, וכך נעשה. לאחר פטירתו הפך הרצי"ה קוק לראש הישיבה, ואת הרב שפירא מינה לראש ישיבה מתחתיו.
סוף ימיו.
בשנת ה'תש"ה (1945) נשא את דבורה, אלמנתו של שמואל צבי כהן. בשנת ה'תשי"א (1950) זכה בפרס הרב קוק לספרות תורנית.
הרב חרל"פ נפטר ביום ז' בכסלו תשי"ב (6 בדצמבר 1951). בלווייתו השתתפו אלפי בני אדם, רבים מהם שהגיעו מחוץ לירושלים. נטמן בבית הקברות סנהדריה בירושלים.
הנהגותיו.
בהשפעת רבו הרב יהושע צבי מיכל שפירא וכחלק מחבורת התלמידים-הפרושים שהתגבשה סביבו, נהג גם הרב חרל"פ במנהגי חומרות וחסידות יתירה, כגון שלא להביט כמעט מעבר לד' אמותיו ועוד.
תפילתו התייחדה בדבקות והתלהבות בולטת, בפרט בשעת קריאת שמע. בירושלים היה מקובל לומר ששמיעת קריאת שמע של הרב חרל"פ יכולה לגרום לאדם לחזור בתשובה.
נודע בין היתר בניגונו לשירת הים, שרבים היו מגיעים לשמוע במעמד שהתקיים בביתו מדי שנה בליל שביעי של פסח.
נודע בהקפדתו שלא לצאת משטחי ארץ ישראל, וכך כתב: "גם בעד כל כסף וזהב לא אפרד מחיי רוחי, ולא אצא מארץ ישראל". על מצבתו נכתב . במסע הרבנים שערך עם הרב קוק הוחלט בשלב מסוים להגיע מחיפה ליפו באניה, ומפני מנהגו זה - נפרד מהם הרב חרל"פ בחוששו שהספינה תרחיק מקו החוף ונסע ביבשה. כשהתרחשה סערה בהפלגה, אמר הרב קוק שבוודאות ינצלו בזכות הקפדתו של הרב חרל"פ.
נהג שלא לצאת כלל מן הסוכה כל ימי חג הסוכות (כשאף מניינים לתפילה וכדומה - התקיימו בתוך סוכתו) מלבד לשתי יציאות: הליכתו לכותל המערבי להקביל פני שכינה, והליכתו אל הראי"ה קוק להקביל פני רבו.
הגותו ומחשבתו.
ארץ ישראל.
חשיבותה ובניינה.
הרב חרל"פ החשיב מאוד את ארץ ישראל ואת יישובה וראה בהפרחתה את הנקודה העיקרית של התקופה הנוכחית כתקופת הגאולה: .
את בניין הארץ ראה לא רק כאקט של גאולה גשמית מבורכת ככל שתהא, אלא גם כתחילת פריחת כוחותיה הרוחניים של האומה באמרו "כשם ששיבת ישראל לארץ קדושתו ראשית צמיחת ישועתו היא, כך היא גם ראשית תשובתו"
מדינת ישראל.
שמח מאוד על הקמת מדינת ישראל וראה בה שלב מרכזי בגאולה. עם זאת, ראה באופן קשה מאוד את חלוקת הארץ. וכפי שסיפר הרב צבי יהודה הכהן קוק: "לפני י"ט שנה, באותו לילה מפורסם, בהגיע ארצה החלטתם החיובית של מושלי אומות-העולם לתקומת מדינת ישראל, כשכל העם נהר לחוצות לחוג ברבים את רגשי שמחתו לא יכולתי לצאת ולהצטרף לשמחה. ישבתי בדד ואדום כי נטל עלי. באותן שעות ראשונות לא יכולתי להשלים עם הנעשה, עם אותה בשורה נוראה, כי אכן נתקיים דבר ד' בנבואה בתרי-עשר – "ואת ארצי חילקו"! למחרת בא אל ביתנו איש ברית קדשנו, הגאון רבי יעקב משה חרל"פ זצ"ל – היה לו צורך לבוא וכלום ייתכן שלא היה בא?! התייחדנו אז שנינו, רגעים אחדים, באותו חדר קטן ומקודש שב"בית הרב" – ולאן יבוא אז אם לא לשם?! מזועזעים ישבנו ודמומים. לבסוף התאוששנו ואמרנו שנינו כאחד: "מאת ד' הייתה זאת, היא נפלאת בעינינו".
איסור מסירת שטחים.
הרב חרל"פ התנגד נחרצות לכל אפשרות של ויתור על חלקים מארץ ישראל ומסירתם לידי זרים, ואסר כל שיתוף פעולה עם תוכנית כזו. תחת הכותרת "בל נוותר על זכות מזכויותינו בארץ ישראל" כתב: "אם יגיעו הדברים ויצטרכו חלילה לחתום על כתב חוזה בינלאומי שמשמעו ויתור איזה שהוא מכל זכותנו על ארץ ישראל, נוח יותר לחותמים לקצץ בהונות ידיהם ולא יקצצו בנטיעות גן רווה"
עם ישראל.
קדושתו המהותית.
הרב חרל"פ הדגיש שכל אדם מעם ישראל, גם החוטאים והרשעים, קשור לקדושה ביסודו, ועל אף שמבחוץ נראית עליו "הקליפה הרעה" - עם זאת בפנימיותו של כל אדם מישראל הוא קודש, בקדושה עצמית שבלתי ניתן לבטל אותה, זאת מאחר שהקדושה הזו נובעת מעצמיותו של עם ישראל כולו, ו"עם ישראל" מעולם לא חטא ולא יחטא, אף אם אדם פרטי חוטא, וממילא - קדושת כלל ישראל בעינה עומדת לעולם, וכל אדם ואדם מישראל הוא קדוש בקדושה שיונק מן הכלל. ולכן יש להרבות בסנוגריה על עם ישראל ולעסוק בזכותם, ולא לקטרג עליהם.
החוטאים בדורות האחרונים.
הוא הסביר את ריבוי החוטאים בדורות האחרונים על פי רוחו של הרב קוק, ותלה את מציאותם בכך שהנשמות הן נשמות של דור עקבתא דמשיחא אשר "נשמתם גדולה מאוד", ודווקא משום כך הרשעה מתגברת בהם, בהסבירו כי "העביות והגסות חופפים עליהם" משום ש"הצללים הולכים בעקבות האורות".
ספריו.
שתי סדרות ספריו העיקריות "מי מרום" ו"בית זבול" מנציחות את זכר הוריו: הרב זבולון ומרים.
מי מרום.
סדרת ספרים באמונה ומחשבה:
ספרים נוספים.
ליקוטי מי מרום.
הרב חיים זק"ש מצאצאיו הקים יחד עם בניו ניסן אריה ורפאל שאול את "מכון איי הים" המוציא לאור ספרים מתורתו לפי נושאים. הספרים כוללים הן ליקוט מסודר מדבריו שכבר הופיעו והן דברים חדשים שנתגלו וליקוטים מן העיתונות. נכון לה'תשפ"ב הוציא המכון שישה כרכים:
ניידת טיפול נמרץ
משכן הכנסת
משכן הכנסת הוא מקום פעילותה העיקרי של הכנסת. המבנה שוכן בקריית הממשלה שבגבעת רם בירושלים. בנייתו נמשכה חמש שנים והסתיימה ב־1966, ותקציב הבנייה היה 22 מיליון לירות ישראליות.
היסטוריה.
מבנים זמניים.
ב-18 באפריל 1948 הוקמה מועצת העם, ולצד מנהלת העם התכנסה בבית קק"ל שבתל אביב עד 14 במאי באותה שנה. עם הכרזת העצמאות בבית דיזנגוף, הפכה מועצת העם למועצת המדינה הזמנית ולגוף המחוקק של המדינה החדשה. הכנסת הראשונה קיימה את ארבע ישיבותיה הראשונות בבניין הסוכנות היהודית בירושלים (בין 14 בפברואר ל-17 בפברואר 1949), והחל מ-8 במרץ אותה שנה התכנסה בתל אביב. הישיבות שהתקיימו בתל אביב, הן ישיבות הכנסת הראשונה והן ישיבות מועצת המדינה הזמנית שקדמה לה, נערכו במספר מקומות בתל אביב: בבית העצמאות שבשדרות רוטשילד, ובבניין קולנוע קסם (שלימים נהרס ובמקומו נבנה מגדל האופרה) שבכיכר הכנסת.
ב-9 בדצמבר 1949 התקבלה החלטה 303 בעצרת האו"ם המאשרת את בינאום ירושלים. ב-13 בדצמבר 1949 בתגובה להחלטת האו"ם, ראש הממשלה דוד בן-גוריון הכריז על ירושלים כבירת ישראל. ב-14 בדצמבר 1949 הועבר לירושלים משרד ראש הממשלה. ב-26 בדצמבר 1949 עלתה הכנסת לירושלים. תחילה קיימה את ישיבותיה בבניין הסוכנות היהודית, והחל מ-13 במרץ 1950 ישבה בבית פרומין שבמרכז העיר.
שנים ראשונות.
כבר באפריל 1949 דובר על הקמת משכן הכנסת בגבעת רם. בתחילה הוצע להקימו לצד בנייני האומה, וזאת כדי ליצור קשר סמלי בין העם היושב בארץ לבין יהדות התפוצות (שנהגה לקיים קונגרסים וועידות בבנייני האומה).
מיקומו של המשכן בתוך מתחם קריית הממשלה השתנה בתוכניות השונות: באחת מהן תוכננה הכנסת בצדה הצפוני-מערבי של רחבה ייצוגית, בצד בית הנשיא ומשרד ראש הממשלה; ובאחרת היא ממוקמת באמצע קריית הממשלה ומוקפת במשרד ראש הממשלה, משרד החוץ ומשרד האוצר; בית הנשיא, בתוכנית זו, שוכן על גבעה בחלקה הדרומי-מזרחי של הקריה (עליה נבנתה בסופו של דבר הכנסת עצמה).
לבסוף הוחלט ב-1955 שמן הראוי שהמשכן יהיה לצד קריית הממשלה, במקומו הנוכחי, ולא בתוכה, וזאת כדי לסמל את הפרדת הרשויות ומשיקולים של סדרי תנועה, גישה של הציבור הרחב למבנה ושעות העבודה של הכנסת. ב-25 ביולי 1956 הוכרזה תחרות לתכנון המשכן, אבל בשל העובדה שלא היה מימון לבנייה רוב האדריכלים בישראל לא נגשו לתחרות. ב-24 ביולי 1957 פורסם שבתחרות זכתה תוכניתו של האדריכל יוסף קלארווין. תשעה ימים לפני כן נודע שהברון ג'יימס דה רוטשילד הוריש סכום של 1.25 מיליון לירות שטרלינג (6 מיליון לירות ישראליות) למימון הבנייה.
חבר השופטים נימק את החלטתו:
תוצאות התחרות עוררו סערה בקרב אדריכלים בישראל. העיתונאי אורי אבנרי פרסם בשבועון העולם הזה כתבה שטענה כי בפרסום תוצאות התחרות יש חשד לפרוטקציה ולשיפוט לקוי. בישיבה שערך הוועד הארצי של איגוד הארכיטקטים הוחלט לפעול כנגד הקמת משכן הכנסת לפי התוכנית שנבחרה. יושב ראש הכנסת יוסף שפרינצק הורה להקים ועדת מומחים, אשר פסקה לבסוף לטובת התוכנית הזוכה בתחרות.