בראשית המגמה, בשנות ה-1990', השתמשו משקי האלתית בדגי נקאי מובהקים (שניזונים בלעדית מ"ניקוי" טפילים ועור מת מיצורים אחרים) ממשפחת השפתוניים. אולם דגים אלה הם דגים טרופיים, ובקווי הרוחב הגבוהים בהם חי ומגודל הסלמון - הם מתו או חדלו לתפקד בחורף. גם הזמן הרב שנדרש להם להגיע לבגרות היווה מחסום לשימוש מסחרי המוני בהם. הביקוש לדגים כ"נקאים" בחקלאות האלתית החל לזנק עם תחילת השימוש במין אחר: הדג הצפון-אטלנטי לאמפפיש (Lumpfish (Cyclopterus lumpus ממשפחת הדביקוניים. בעוד שבשנת 2010 צרכה חקלאות האלתית העולמית אלפים בודדים של דגי לאמפפיש - ב-2016 כבר זינק הביקוש אליהם למעל 30 מיליון. כיום ממליצה התעשייה לכלוא דג לאמפפיש אחד על כל 25 דגי אלתית בכלובים, לריסון הטפילים. אספקת דגי הנקאי (מכל המינים) עדיין נסמכת על חטיפת דגי בר מהטבע: כל "דגי הנקאי" בתעשייה מקורם בטבע או שהם צאצאים להורים שנחטפו מהטבע. דגי נקאי חיוניים לקיומם של בעלי חיים רבים עמם הם חיים בסימביוזה, ומחקרים הראו שהרחקתם מביאה לצמצום חד במגוון הביולוגי. דגי לאמפפיש נמצאו כמין המצוי בפגיעות גבוהה. צניחה משמעותית באוכלוסיות המין הזה בקנדה ובאיסלנד בעשורים האחרונים מעוררת חשש שהמין כבר סובל מדיג-יתר.תעשיית הלוואי של "דגי הנקאי" יצרה שורה ארוכה של בעיות חדשות, ובראשן העברה של מחוללי מחלות בין מיני הדגים. זיהוי המחלות נמצא עוד בראשית דרכו, והן מטופלות בעיקר באמצעות אנטיביוטיקה. פטריות מכמה מינים נוטות במיוחד לתקוף דגי לאמפפיש בשבי (כ-45% מהתמותה במדגרות המין בסקוטלנד) ומגבירות את התמריץ לשימוש לא חוקי בפורמלין. גם דגי האלתית החלו להדביק את הנקאים משתי המשפחות במחלות זימים הגורמות לתמותה המונית של דגי הנקאי בבריטניה ונורווגיה, ומאז 2012 - כבר במדגרות אליהן התפשטה. הטיפול הנהוג, בעזרת מי חמצן, גורם לדגים לסבול מפגיעות מוגברת למחלות אחרות, ולסבל ניכר. הנקאים נוטים לסבול מאותן בעיות כמו דגי האלתית (צפיפות, זיהום, מחסור בחמצן, וכו') אבל גם מגורמי מצוקה ייחודיים; למשל, רעב. דגי לאמפפיש לא יכולים להתקיים על טפילים ועור מת בלבד, והם נאלצים להתחרות עם דגי האלתית (החזקים מהם) על הגישה לכופתיות המזון. כשליש מדגי הלאמפפיש מתים מרעב בשבועות הראשונים לאחר הכנסתם לכלובי האלתית. בנוסף, אף על פי שבטבע נפוצות סיטואציות בהן דגים רודפים אחרי נקאי שנשך את המוקוס שלהם (שכבת ריר המגנה על גופם) - מעולם לא נצפה בטבע דג הורג נקאי. בכלובי הסלמון הורגים הסלמונים לעיתים את דגי הנקאי הכלואים עמם. מנגד, גם "נקאים" בכלובים גורמים נזקים חמורים לדגי האלתית שלא נצפו כמותם בטבע, כולל נזקים לעיניים ופציעות שהובילו לדימום עד מוות. ה"נקאים" גם מגלים תוקפנות רבה גם זה כלפי זה בכלובים, עד כדי קניבליזם, והם עצמם סובלים מעומס טפילים קיצוני שמונע מהם לעיתים קרובות לתפקד כ"נקאים". רוב דגיגי הנקאים מתים במדגרות, וגם מבין אלה שמגיעים לכלובי האלתית, מעטים מאוד, אם בכלל, שורדים לאורך מחזור פיטום שלם. הטיפול הידני בהם (למשל להזרקת חיסונים) גורם להם רמות סטרס גבוהות וממושכות במיוחד, שמגבירות את פגיעותם למחלות, שלאחר מכן מועברות גם לדגי האלתית.
השפעות סביבתיות.
תעשיית כלובי האלתית מעוררת דאגה רבה בשל השפעותיה על הסביבה הימית ובפרט על 8 מיני אלתית הבר, הנחשבים למינים בעלי חשיבות רבה למערכת האקולוגית (מעצים ועד לווייתנים ודובים). בכתב-העת PLoS Biology פורסמה ב-2008 סקירת אוכלוסיות של חמישה מיני אלתית בסקוטלנד, באירלנד, בקנדה האטלנטית ובקנדה הפסיפית, על רקע הירידה הדרמטית בשכיחות מינים אלה מסוף שנות ה-80. החוקרים השוו בין אוכלוסיות האלתית שעוברות בנדידתן ליד חוות כלובים לאוכלוסיות שנמצאות הרחק מחוות כאלה, והתוצאות חד-משמעיות: רמת ההישרדות של האוכלוסיות שבאזור הכלובים נמוכה יותר, ובמקרים רבים היא נופלת מ-50%. בסביבת חוות גדולות, צמצום האוכלוסייה גדול יותר.
בשנת 2019 שוב נרשם שיא שלילי במספר דגי האלתית שהגיעו לחופי קנדה הפסיפית. ההשפעות על חיות הבר שתלויות בהן ניכרו במהרה ופורסמו בכלי תקשורת רבים ברחבי העולם. לפרסום רב במיוחד זוכים דובי הגריזלי המורעבים ולווייתני אורקה, שני מינים שתלויים באכילת אלתית בעונת הקיץ. לפי המרכז לחקר הלווייתנים בארצות הברית, ב-20 השנים האחרונות הצליחו רק שליש מגורי האורקה לשרוד - ובשלוש השנים האחרונות - אף לא אחד. הנתונים זכו להמחשה שעוררה תשומת לב עולמית כשביולי-אוגוסט 2018 תועדה לווייתנית אורקה נושאת את הגור המת שלה על גבה במשך 17 ימים.
אולם, גם תעשיית דיג האלתית אינה נבדלת בהכרח מבחינת השפעותיה הסביבתיות באופן חותך מהחקלאות הימית, משום שגם היא מסתמכת מזה זמן רב על הדגרה מלאכותית של דגיגי סלמון ואכלוסם במקווי מים טבעיים. גם פעילויות אלה מעוררות דאגה בשל השינויים הגנטיים הבלתי מכוונים שנגרמים לאוכלוסיות אלתית הבר (אחידות גנטית, כישורי הישרדות פחותים) כתוצאה מכך.
ואלה ההשפעות הסביבתיות המדאיגות ביותר של חקלאות דגי האלתית:
הפצת טפילים.
הטפילים המתרבים בכלובי התעשייה לא נותרים רק בהם. מכיוון שהכלובים שקועים במי הים ומסתמכים על תחלופה תמידית שלהם - חוות כלובי אלתית צפופות נוטות להפוך למפיצות של טפילים (למשל, באמצעות דגים נמלטים) ובמיוחד של סרטנים טפיליים זעירים (L. salmonis) המכונים "כיני ים". "כיני" L. salmonis נישאות עם המים או על גבי דגים נמלטים אל מחוץ לכלובים ומדביקות גם את אלתית הבר (ודגים נוספים, כגון זהבונים). בשפכי נהרות בהם קיימים כלובי אלתית נתפסים דגי בר שעל גופם מאות טפילים שמקורם בכלובי הדגים, ותמותות המוניות כתוצאה מכך הפכו לתופעה שכיחה. העברת הטפילים זוהתה כבר במאמרים מדעיים משנות ה-90' וה-2000'. סלמונים בוגרים מצליחים לעיתים קרובות לשרוד את המתקפה, אבל שיעורי השרידה בקרב דגיגי סלמון צעירים הם נמוכים מאוד. בחוף המערבי של קנדה מגיעה באזורים רבים תמותת הדגיגים מכיני ים שמקורן בכלובים ל-80% בממוצע. גם באזורים אחרים תמותת דגיגי הסלמוניים מטפילי הכלובים נעה בין 9 ל-95 אחוזים.
הפצת מחוללי מחלות.
כלובי האלתית יוצרים תנאים אידיאליים להתרבות מחוללי מחלות ולהפצתם. הצפיפות הגבוהה ורמות הסטרסט הגבוהות המאפיינות דגי אלתית בכלובים מסחריים הופכות את הלהקות לפגיעות מאוד למחוללי מחלות ומקלות על התרבותם, על אף התרופות והחיסונים הניתנים לדגים. בשנת 1984 התגלתה בנורווגיה אנמיית סלמון זיהומית (ISAv) במדגרת סלמון. כ-80% מהדגים מתו בהתפרצות. נגיף ISAv מהווה כיום איום משמעותי על רווחיות גידול הסלמון האטלנטי, והמחלה שהוא גורם מסווגת כראשונה בחשיבותה ברשימת האיומים על בריאות הדגים של הנציבות האירופית. לצד אמצעים אחרים, גילויה מחייב השמדה מוחלטת של כל הדגים בחווה הימית. ISAv משפיע משמעותית על חקלאות הסלמוניים בצ'ילה, נורווגיה, סקוטלנד וקנדה, וגורם להפסדים כלכליים עצומים לחוות נגועות. המחלה, ששיעורי התמותה של אוכלוסיות דגים הנחשפות אליה עלולים להתקרב ל-100%, מתפשטת באמצעות טפילים ודגים נמלטים אל דגי הבר. נגיף HSMI, הגורם לדלקת בשריר הלב של דגים, התגלה לראשונה בכלובי סלמון בנורווגיה ב-1999 ומאז הוא מתפשט דרך ערוצי האספקה של התעשייה לאזורים מרוחקים כמו איסלנד, קנדה וצ'ילה. כיום הוא מהווה את גורם התמותה ה-3 בחשיבותו של סלמוני בר בקנדה, שהכלובים הוקמו בה לאורך מסלול הנדידה הטבעי שלהם.
זיהום הים.
תעשיית כלובי האלתית מבוססת ברובה על הזרמת שפכיה לסביבה הימית הטבעית: הכלובים שקועים במים, שנכנסים ויוצאים מהם תמידית, ושוטפים מהם שלל מרכיבים ביולוגיים וכימיים. חווה קטנה, עם 200 אלף דגים, מייצרת הפרשות כמו עיר של 65 אלף איש. ב-2018 דווח כי חווה אחת מייצרת הפרשות כמו כל ערי החוף המערבי של סקוטלנד. הפרשות הדגים (ושאריות מזון שלא נאכל ונופל מבעד לרשת) מעלים את כמות החנקות ומורידים את רמות החמצן במים ובכך מאיימים על חיי הבר באזורי הכלובים. לצד הפסולת הביולוגית, הכלובים מזרימים למים גם כמויות גדולות של פסולת כימית: בעיקר חומרי הדברה, חומרי ניקוי ותרופות. מנתונים שפורסמו בינואר 2017 על כלובי הדגים שבאגמי ה'לוך' של סקוטלנד, עולה שבתוך עשור עלתה הכמות השנתית של הכימיקלים שנשפכים אליהם פי עשרה בערך; בעוד שגידול מתועש של הסלמונים עלה ב-35%, כמות הכימיקלים נגד טפילים בהם נעשה שימוש עלתה ב-932%. השימוש הנרחב באנטיביוטיקה ותרופות אחרות עלול גם הוא לגרום נזקים קשים לסביבה הימית.
צריכת דגי בר כמספוא.
כמו פיטום חיות משק יבשתיות ביבולים צמחיים, גם פיטום דגי אלתית בדגי בר (ש-90% מהם שייכים למינים הנצרכים גם על ידי בני אדם ישירות) הוא תהליך בזבזני במשאבים (ר' "הזנה" לעיל). כיום, סלמון מכלובים לא מהווה אלטרנטיבה לדיג של דגי בר, משום שייצורו כרוך דווקא בדיג רב יותר מאשר דגי ים. הביקורת על בזבזנות התהליך מוחרפת על רקע העובדה ש-75% מאזורי הדגה המנוטרים בעולם קרובים לניצול-יתר או עברו אותו.
בריחות המוניות.