לאחר התדהמה הראשונית מנסה גרגור להתעלם ממה שקרה ולברוח אל השינה, אלא שאז מתעוררת לו בעיית נתוניו הפיזיים החדשים - ובהם שריון מעוגל, רגלי חרק וחיספוס דוחה - והם מונעים ממנו לחזור אל השינה ומחייבים אותו להתמודד עם התמורה המביכה שבמצבו.
בתחילה נראה שהוא מקבל את מצבו כמצב זמני, עד שמגיע סגן המנהל במפעל בו הוא עובד. האחות שקוראת לגרגור בראשונה לצאת מחדרו בשל הגעת המנהל נענית בלא כלום. גם נסיונותיהם של האב והאם מבוזבזים לריק ושאר השאלות נענות ב"כן" או "לא" בקול ענות חלושה, משום שהברות פיו נשמעות כזמזום כקשות להבנה. תוך כדי דיבור המשפחה עם המנהל נבנה סיפור בהסכמה פנימית בין הנפשות הפועלות כי גרגור חולה ולכן הוא לא התעורר לעבודה. הרי גרגור היה מן המתמידים בעבודתו ולא תיתכן סיבה אחרת שתגרום להיעדרותו ממנה.
גרגור שבכל הזמן זה שוכב על גבו במיטה ואינו מצליח להתהפך מנסה שוב לצאת מהמיטה ונופל ארצה בקול רעש גדול. סגן המנהל, ששמע קול זה, ממהר להודיע לכל המשפחה על שהתרחש ובעקבות כך המשפחה נלחצת ומפצירה בגרגור לפתוח את הדלת שעד כה הייתה נעולה ומנעה קשר ישיר בין המשפחה והמנהל ובין גרגור.
בעוד הדלת נעולה, החליט גרגור לענות לסגן המנהל והחל מתחנן לפניו שהוא מצטער על כך שלא התעורר ומבקש הזדמנות נוספת לתקן את שנעשה, על אף העובדה שהוא יודע כי כעת הוא חרק. המשפחה וסגן המנהל לא נוטים להבין את דבריו מפאת דיבורו המחוספס והחרקי. סגן המנהל מתחיל לחשוד בגרגור שמא הוא משטה בו, אך דברים אלו נהדפים על ידי האם במחי יד.
לאחר שמיעת מספר שיעולים מוזרים מתוך חדרו של גרגור מחליטה המשפחה לקרוא לרופא ולמסגר כדי לפרוץ את הדלת ולטפל בגרגור. אך מיד כששומע גרגור על כך הוא מנסה לפתוח את הדלת תוך כדי דרבוניה של אחותו לא להפסיק לנסות עד ההצלחה.
לבסוף, מצליח גרגור לפתוח את הדלת. אך תגובת המשפחה וסגן המנהל שכה רצתה לראות אותו עברה שינוי חד:
תגובות המשפחה לא התבררו לגרגור כראוי ועל כן הוא מתחיל לחשב לו חשבונות כיצד הוא חוזר לעבודה וכיצד הוא מסדר חיש מהר את חייו מחדש על אף הפיכתו לחרק. האם והאב, הרואים אותו פותח את לסתותיו בניסיון לפנות אליהם, מתחלחלים. סגן המנהל נס על נפשו, האם מתעלפת בשנית ואילו האב לוקח את מקל ההליכה שהשאיר סגן המנהל ומנסה לחבוט בגרגור כדי להניסו אל חדרו. גרגור מנסה לעבור מבעד לדלת ולהיכנס לחדרו, אך בשל אי התאמתו ותפישׂתו את גופו ואת אופן ההילוך בו, הוא לא מצליח לחדור מבעד לדלת. האב שהמשיך להפציר בגרגור להיכנס לחדרו תוך כדי צעקות והנפת המקל, מכניס ללחץ ולשכרון חושים כללי את גרגור שדוחק את עצמו דרך הדלת בחזקה ומצליח לבסוף להיכנס לחדר לאחר פציעות רציניות של גופו החרקי החדש.
חלק שני.
גרגור מתעורר משנתו ומיד מריח "ריחו של דבר מאכל", אך המאכלים לא ערבים לחכו. אחותו שזיהתה את ההבדל המהותי שעבר חוש הטעם של גרגור עם הפיכותו לחרק פרסה לפניו מאכלים שונים (ובהם פסולת מאכל וירקות רקובים) אותם גרגור אהב.
המשפחה מתחילה לערוך סידור חשבונות פנימיים. גרגור עובד זה שנים בעבודה השנואה עליו מתוך מחויבות כלפי משפחתו, לאחר שאביו פשט את הרגל ונשאר חייב סכומים נכבדים למעבידו של גרגור. עכשיו מתברר לגרגור שלאביו נותרו חסכונות, אותם הסתיר מגרגור. לו ידע על חסכונות אלה ייתכן שלא היה צריך לעמול כעבד שנים כה רבות.
כעבור כחודש, שבו המשפחה לא ראתה את גרגור באופן ישיר, החלה האם לרצות לראות את הבן אך שאר המשפחה מנעה ממנה מלעשות כן על אף צווחותיה קורעות הלב "תנו לי כבר להיכנס אל גרגור, הרי הוא בני האומלל! אתם לא מבינים שאני מוכרחה להיכנס אליו?"
בעקבות כך, גרגור מתחיל לשנות את כיוון החשיבה של ההסתגרות ומצפה לראות את משפחתו ולצאת ביום מן הימים מחדרו. אך עם זאת, גרגור לא משנה את כיוון תפישׁתו את עצמו בתור חרק.
לאחר זמן מה, החליטה האחות - שכעת משמשת כמנקה והאחראית בבית כולו - להתיר לאם להיכנס עמה לחדרו של גרגור, אך גרגור מעדיף לכסות את פניו בסדין ואף לא מציץ כדי לראות אותן.
בעקבות הביקור מתפתח שיג-ושיח בין האם לאחות בעניין השינוי המהותי שצריך לעבור בחדרו של גרגור כאשר האם תומכת בהוצאת הארון הגדול וסידור הרהיטים בצורה אחרת, אך האחות מתנגדת בעיקר בגלל שהאם נוקטת עמדה כלפי גרגור ובעצם פולשת למרחב שהיה עד כה ברשותה הבלעדית.
גרגור גילה שהוא מסוגל, ואף אוהב, ללכת על הקירות ועל התקרה. הוא מוצא עצמו משתוקק לסילוק החפצים הכבדים מחדרו, ומצד שני – הוא חש קשור לחפצים אלה. הוא מסרב להכיר ברצונן של הנשים לסלק את כל החפצים ובמיוחד – תמונת האישה בפרווה התלויה על הקיר. בחלק הראשון הוזכר שגרגור עצמו בנה את מסגרת התמונה. הוא יוצא ממקום מחבואו, מתחת למיטתו, מטפס על התמונה ומסרב לאפשר לנשים לסלקה. האם והאחות, שנבהלו למראה זה נרתעו אחורה והאם אף התעלפה בעקבות כך בקריאות "אלהים! אלהים אדירים!"
בעקבות ההתעלפות, רצים גרגור ואחותו לחדר הסמוך, שבו נמצאת התמצית המעוררת למצבים שכאלו. אך בדיוק באותו הזמן פורץ האב מבעד לדלת ורואה את גרגור רץ אחרי הנשים. למרות העובדה שגרגור לא מנסה לפגוע בנשים, "דעתו של האב לא הייתה פנויה להבחין בדקויות שכאלה" ועל כן הוא מנסה להכות את גרגור ולהבריחו את תוך חדרו. משלא הצליחה שיטה זו, החל האב להפגיז את גרגור בתפוחים שהיו מונחים על השולחן. אך הם לא גרמו לנזק מהותי. "ואולם זה שעף מיד אחריו נתקע ממש בתוך גבו". גרגור המתפתל מכאבים רואה מסביבו את הכל מסתובב ועם יציאתה של האם מהחדר על ידי האחות הוא נכנס לחדר.
חלק שלישי.
החלק נפתח בתיאור פציעתו הקשה של גרגור - שבה אף אחד לא בא לטפל. ובמילות המספר המתארות את כל החלק האחרון כולו:
הפרק כולו מאופיין במחשבותיו של גרגור על הוריו, על אחותו ועל העתיד המוזיקלי הצפון לה, עליו עצמו ועל מה שהפסיד בחיים הקצרים שנותרו לו עם פציעתו וזיהומה הפושטים בו מיום ליום. אך עם כל זאת, לא מעלה גרגור אף לא לרגע תהייה קטנה ככל שתהיה על עצם העובדה שהוא עבר שינוי כה דרסטי בגופו.
האם, שמחליטה יום אחד לסדר את חדרו של גרגור - ועושה זאת בהצלחה, נתקלת בזעיפותה של האחות על המעשה המחוצף של האם שבעצם חורגת מגבולות הסמכות שהקנתה לה האחות מתחילת הגלגול של גרגור. האם חדלה ממעשיה ומכאן כמעט שלא נוהגת בצורה אופרטיבית כלפי גרגור.
חיי השגרה של המשפחה משתנים בהדרגה. שלושת בני המשפחה מוצאים מקורות פרנסה: האב עובד כשומר בבנק, האחות כזבנית בחנות בגדים והאם – תופרת. אם בעבר הוצגו בני המשפחה כמי שאינם מסוגלים לעבוד, עכשיו מסתבר שהם מסוגלים לכך. שלושת בני המשפחה מתקרבים מאוד זה לזה וגרגור נשאר מחוץ לשלישייה המלוכדת.
כמקור פרנסה נוסף משכירה המשפחה חדר לשלושה אדונים. בני המשפחה משרתים אותם ומתרפסים בפניהם. באחד הערבים, בעת ארוחת הערב, מבקשים האדונים לשמוע את נגינתה של האחות, גרטה, בכינור. היא מוציאה את כינורה ומנגנת. האדונים אמנם מאבדים את סבלנותם במהירה אך גרגור, המוקסם מנגינת אחותו, מציץ מחדרו ומבלי משים זוחל לתוך חדר האוכל.
כאשר נוכחותו בחדר מתגלה לאדונים הם זועקים ומתלוננים ומודיעים מייד שיעזבו את הבית. האב מגרש את גרגור לחדרו, והאחות מבריחה עליו את הדלת.
האדונים מודיעים לאב שהם מסרבים לשלם שכר דירה שכן לא ידעו שגרגור השרץ הוא חלק מבני הבית, שלושת האדונים מגורשים על ידי האב מהבית.
לאחר אירוע זה מכריזה האחות: לא ייתכן שזהו גרגור. אילו היה זה גרגור היה יודע כי אין אנו יכולים לחיות איתו בבית אחד. זאת הפעם הראשונה שמישהו מפקפק בכך שהשרץ הוא גרגור. בזאת, בעצם, גוזרת האחות על גרגור את מותו.
בינתיים
גרגור, ששמע את הדברים, החל וחש בקהות חושיו ובהדלדלות גופו עד כדי רפיון מוחלט, עד הסוף המר:
בבוקרו של אותו היום מגלה המנקה את פגרו של גרגור ומודיעה על כך למשפחה. היא מצליחה לעצבן אותם ועוזבת את הדירה בכעס והאב מכריז שהיא תפוטר. כך נשארים האב, האם והאחות בודדים בביתם. במקום להצר על מה שקרה מחליטה המשפחה לצאת לטיול משפחתי - דבר שלא עשו מזה שנים. כשהם מגיעים אל מחוז חפצם ומתמקמים בנוחות בחיק הטבע. לראשונה מזה זמן רב שהם מתכננים תוכניות לעתיד: לעבור לדירה חדשה, ולמצוא בעל מתאים לגרטה.
הם חשים -
דמויות מרכזיות.
האב.
דמותו של האב מתאפיינת בניגוד בין תדמית חיצונית הגונה מנומסת ומאופקת ובין קוצר רוח ותוקפנות רגוזה. בנוכחותם של זרים מנסה האב להפגין את התדמית החיצונית שלו. הצד האחר שבו מגולם על ידי דחיפתו את גרגור לחדרו עם פריצתו מחוץ לחדרו לאחר הגלגול. למרות התנהגותו הנוקשה לבנו, קשה לראות באב אדם רע משום שמעצם מהותו מוטבעת חולשה והיא לובשת פנים רבות בהתאם לנסיבות המתגלמות באותו הרגע. גינוני הנימוס וההתרפסות הם צורה אחת של חולשה. התוקפנות והרגזנות הם תגובה המשקפת חוסר יכולת להתמודד עם מצבים חריגים וקיצוניים, שפלשו במפתיע לשגרת החיים.