בשנות ה-80 רכשה חברת אגד אוטובוסים מסוג NEOPLAN N122. האוטובוס הוצג במסיבת עיתונאים ואף כונה "קוטג' טורס". אוטובוס זה ארוך יותר מאוטובוס רגיל ובעל 2 סרנים מאחור, כשהשני משמש לעזרה בסיבוב. האוטובוס הופעל בעיקר בקו תל אביב-אילת. בשלהי שנות ה-80 הוחזר האוטובוס לגרמניה ובמקומו נרכשו כ-50 אוטובוסים בשתי רכישות שונות החל מ-1990. זהו אוטובוס בעל שתי קומות, הכולל 87 מקומות ישיבה. בתחילה הוא נרכש לצורך שירות בקווים הנוסעים לאילת ולנסיעות בין ירושלים ותל אביב, אך בעקבות בעיות שונות עבר לשרת במישור ושימש לנסיעות בין ערי מישור החוף לתל אביב. באגד שירתו כ-50 אוטובוסים שכאלו.
באפריל 2005 הוחלט לחדש את קו התיירות סובב ירושלים, תוך שימוש באוטובוסים מדגם זה. שלושה אוטובוסים מדגם זה שנותרו בשירות אגד נשלחו למוסך אגד בירושלים ושם שופצו והותאמו לשירות בקו. האוטובוס שופץ ונבנה בשתי גרסאות: אוטובוס "חורף" סגור ורגיל וגרסת "קיץ" שבה נוסר הגג של הקומה השנייה ונוצר "אוטובוס ספארי". האוטובוס עבד על קו 99 - סובב ירושלים.
ביולי 2021 רכשה אגד אוטובוס דו-קומתי לשימוש בקו 190 בין ראשון לציון לתל אביב. האוטובוס מבוסס על שלדה של מאן ומרכב של חברת UNVI הספרדית, יכול להסיע כ-90 נוסעים (73 בישיבה) וגם מונגש ברמפה לנכים. אגד רכשה 4 אוטובוסים מסוג זה.
אוטובוס תיירותי.
זהו אוטובוס הכולל מושבי בד מוגבהים (צריך לעלות מספר מדרגות בשביל להגיע אל תא הנוסעים) ותוספות כגון מיזוג אוויר אישי וטלוויזיה. בחלק התחתון של האוטובוס נמצא תא המטען שבו נישאים התיקים והמזוודות של הנוסעים. אוטובוסים מסוג זה נחלקים לשני סוגים עיקריים: אוטובוס בין-עירוני לשירות בתחבורה ציבורית ואוטובוס תיירותי מובהק. אין הרבה הבדלים ממשיים בין שני הסוגים פרט להבדלי תקינה מסוימים (מיקום הדלת האחורית, גובה הנהג ביחס לנוסעים). אוטובוסים בין-עירוניים ותיירותיים הם עיקר האוטובוסים הפועלים בישראל.
אוטובוסים העונים על צרכים ביטחוניים.
אוטובוס ממוגן ירי.
נפוץ בעיקר ביהודה ושומרון. זהו אוטובוס שנוספה לו ערכת מיגון כדי להגן על הנוסעים מפני ירי, בקבוקי תבערה ויידוי אבנים. המיגון כולל שלדה ממוגנת, חלונות מזכוכית משוריינת ולעיתים אף כיסויי פלסטיק וסורגי מתכת נגד אבנים ומטענים. את האוטובוס הממוגן מייצרים בישראל חברות "מרכבים" ו"הארגז".
בשנים 1995–2001 הרכיבה "הארגז" את האוטובוס ממוגן הירי שלה על שלדת DAF sb3000 עם מרכב שפותח על ידה בשיתוף עם תע"ש. המרכב הזה משמש להסעות תלמידים בעיקר ולא לתחבורה ציבורית.
בשנים 2001–2003 עברה "הארגז" לשלדת MAN 18-350, תוך הסבה של מרכב ה"ברק" למרכב ממוגן ירי שניתן למצוא בתחבורה הציבורית ואף בגרסה תיירותית.
בשנת 2017 פיתחה "הארגז" דגם ממוגן ירי בשם "רעם" על שלדת מרצדס OC500 עם סרן אחורי כפול.
"מרכבים" בחרה להרכיב בין השנים 1996–2003 את הדגם ממוגן הירי שלה על שלדת Volvo b10b תוך הסבת המרכב העממי שלה למרכב ממוגן ירי. בהמשך פיתחה "מרכבים" את ה"מארס דיפנדר" על שלדת Volvo b12b עם שני סרנים מאחור, מיגון מקיף והספק של 420 כוח סוס, כיום המארס דיפנדר מורכב על שלדת VOLVO B11R בעלת הספק של 430 כ"ס.
במלחמת העצמאות אוטובוסים משוריינים, שלוחות פלדה הגנו עליהם מפני אש קליעית ורסיסים, ניסו לשבור את המצור על ירושלים, אך נפלו בקסטל.
אוטובוס עם שירותים.
עם חתימת הסכם השלום עם מצרים ופתיחת קו התחבורה תל אביב-קהיר, קיבלה חברת אגד בשנת 1982 את הזיכיון ממשרד התחבורה להפעלת הקו. לצורך כך רכשה אגד מחברת מרצדס אוטובוס דגם 303 בעל מרכב גבוה הכולל תא שירותים לצד הדלת האחורית ובמקום צמד המושבים הקרוב לדלת זו. הכניסה לתא השירותים הייתה מתחתית המדרגות דרך דלת קטנה. האוטובוס פעל בקו משך שנות ה-80. בכל נסיעה היו שני נהגים שהתחלפו ביניהם במהלך הדרך, בדומה להסדר שהיה קיים באותה תקופה בקו תל אביב-אילת. עם ירידת כמות הנוסעים בקו, הוחלט בשיתוף חברה מצרית מקבילה, לבצע החלפה במעבר הגבול, כלומר: חברת אגד הסיעה עד מעבר הגבול הישראלי, הנוסעים חצו ברגל את הגבול והועברו לאוטובוס מצרי שלקח אותם עד קהיר. האוטובוס נמצא כיום במוזיאון אגד.
אוטובוס מפואר.
אוטובוס המוסיף להסעות נופך יוקרתי. המרווח בין כל שתי שורות מושבים גדול במיוחד והמושבים ניתנים להטיה מלאה כולל הדום לרגליים, כדוגמת מושבי מטוס במחלקת העסקים. לכל נוסע פתח מיזוג, תאורה, מסך LCD בגב המושב שלפניו, ומספר שקעי חיבור לאוזניות, מחשב נישא וערוצי מוזיקה. רוב האוטובוסים התיירותיים בישראל עונים גם לקטגוריה זאת.
ביוני 2021 רכשה אגד, אוטובוס מפואר שהורכב על ידי חברת הארגז על שלדת מרצדס-בנץ OC500. האוטובוס, אשר מכיל 42 מושבים, נועד לשמש בקווים הנוסעים לאילת.
אוטובוס היברידי.
אוטובוס היברידי הוכנס לשירות פעיל על ידי חברת מטרופולין בקווים 29,39 בין כפר סבא להרצליה. האוטובוס, מתוצרת וולוו, דגם 7700, כולל מנוע דיזל אחורי ומנוע חשמלי המוזן ממערכת מצברים עילית הממוקמת על הגג בקדמת האוטובוס. מבנהו כשל אוטובוס רגיל, למעט בליטה בחלק הקדמי של הגג לצורך כיסוי המצברים.
כל עוד נסיעתו של האוטובוס איטית, בתנועה צפופה ואינה עולה על 20 קמ"ש פועל המנוע החשמלי בלבד. עם הגברת המהירות, מונע אוטומטית מנוע הדיזל המספק את הכוח הדרוש להאצה.
בטיחות ואבטחה באוטובוסים.
מאבטחים.
בתחילת האינתיפאדה השנייה, בעקבות פיגועי ההתאבדות והירי, משרד התחבורה הקים מחדש את היחידה לאבטחת התחבורה הציבורית וגייס מאבטחים לאבטחת אוטובוסים ותחנות. צעד זה חזר על עצמו גם בדצמבר 2015, עם העלייה במעשי הטרור.
גילוי אש.
בעקבות אירועים שונים בהם אוטובוסים עלו באש, שר התחבורה ישראל כ"ץ הצהיר ב-2013 על כוונה לחייב התקנת מערכות גילוי אש והידוק הפיקוח על מוסכי אוטובוסים וב-2016 חתם על תקנות המחייבות התקנת מערכת אוטומטית לכיבוי אש באוטובוסים חדשים. בשנת 2015 דיווחו במכבי האש על מאות מקרי שריפות של אוטובוסים ברחבי הארץ.
חגורות בטיחות באוטובוסים.
נושא חגורות הבטיחות התעורר בישראל בתחילת שנות ה-2000, לאחר תאונת דרכים בצומת כפר יונה תפסה כותרות. אוטובוס של המועצה האזורית עמק חפר, שהסיע את תלמידי בית הספר האזורי, נכנס לצומת ברמזור אדום ובמקביל נכנס לצומת רכב שטח צבאי שהתנגש באוטובוס וגרם להתהפכותו. הילדים, שלא היו חגורים, נזרקו בתוך האוטובוס וספגו חבלות קשות. שלושה מהילדים נהרגו והשאר נפצעו.
נקודת מפנה התרחשה כאשר שוהם הוציאה מכרז להסעות תלמידי בתי הספר. אחד מתנאי המכרז חייב חגורות בטיחות אישיות לכל תלמיד. חברת סופרבוס, שבעליה היו חברת כלמוביל, יבואנית מרצדס, זכתה בו לבסוף.
התקדמות נוספת חלה בשנים 2004–2005 בבית ספר ויצמן בהרצליה, עת יושב ראש ועד הורי בית הספר, אריאל גולן, הוציא מכרז לטיולים השנתיים של תלמידי בית הספר, ואחת מדרישותיו חייבה הסעת תלמידים בנסיעות בין-עירוניות בישיבה כשכל אחד מהם חגור בחגורת בטיחות אישית. האוטובוסים התקבלו מחברת מטרופולין ועל אף שהנסיעה בהם עלתה יותר, גבר השיקול הבטיחותי על השיקול הכלכלי. המהלך נחל הצלחה.
כשנתיים לאחר מכן חייב משרד החינוך בחוזר מנכ"ל חגירת חגורות בטיחות אישיות לכל תלמיד בטיולי בתי הספר ובכל נסיעה בין-עירונית. על פי הנחיות משרד התחבורה, כל האוטובוסים הבין-עירוניים החדשים שייצורם החל ב-2005, חויבו בחגורת בטיחות אישית לכל נוסע. בכל האוטובוסים הבין-עירוניים הקיימים הותקנו חגורות בטיחות במהלך אותה שנה.
חברות ההסעה הפרטיות ואוטובוסי תיירות.
חברות ההסעה הפרטיות הראשונות נוסדו בישראל במהלך שנות ה-60 של המאה ה-20. בין חברות ההסעה הראשונות ניתן לציין את יונייטד טורס (חלק מדן של היום) בעלת 3 סניפים: תל אביב, חיפה וירושלים שהתמחתה בהובלת תיירים ונסיעות מיוחדות באוטובוסים מדגם ליילנד מרכב ונהול ומידיבוסים מדגם M.A.N., חברת תור נוף מתל אביב עם אוטובוסי ליילנד - מרכב ונהול. בשנות ה-70 נוספו החברות הבאות: א.מ.ר. טורס מרמת גן שיבאה אוטובוסי פיאט וקרני קוך (חברת מטרופולין כיום) שיבאה מידיבוסים של וולוו לטיולי תנועת הצופים, חברת טיולי הגליל שפעלה מנצרת עם אוטובוסי ליילנד, חברת טיולי תפוז הירושלמית (נמכרה לאגד מאוחר יותר) שיבאה אוטובוסי מרצדס וחברת גת (חברה בת של אגד) שיבאה אוטובוסי מרצדס. לצידן פעלו עוד מספר חברות ערביות מנצרת: G.B.T. ושירותי אוטובוסים מאוחדים, ייבאו אוטובוסי וולוו והפעילו הסעות לתיירות לצד קווי תחבורה ציבוריים בין נצרת לחיפה במקביל לחברת אגד ובזיכיון משרד התחבורה. חברות נוספות פעלו ממזרח ירושלים וביניהן ניתן למנות את ג'אט, קוואסמי, בהלואן ומאונט אוליב שייבאו אוטובוסי מרצדס להסעת תיירים במיוחד מהאוניות הרבות שפקדו את נמל חיפה באותן שנים.
התחבורה הציבורית במגזר הערבי.
ראשית התחבורה הציבורית במגזר הערבי במהלך שנות ה-50, עת קיבלו שתי חברות ערביות מנצרת זיכיון ממשרד התחבורה הישראלי להפעלת קווי שירות ציבורי מנצרת לחיפה ומנצרת לכפרים הערבים בסביבה. שתי החברות היו:
החברות, שרכשו אוטובוסי "ליילנד", החלו מסיעות את תושבי נצרת ליישובים הערבים הסמוכים ולעיר התחתית בחיפה. החברות השתמשו בשני מסופי תחבורה: בעיר העתיקה של נצרת ובעיר התחתית של חיפה, בסמוך לתחנת הרכבת של חיפה מרכז. הן מיאנו מלהיעזר בתחנות ובמסופי התחבורה של חברת אגד.