תאים חדשים יחסית בחריץ בקצות הגלימה מפרישות חומר המרחיב את ציפוי הקונכית. תאים אלו מועברים בהדרגה לחלק הפנימי של הגלימה על ידי תאים חדשים בחריץ, ואז מתחילים להפריש את החומר הביומינרלי של קשוות הקונכייה. במילים אחרות, בקצוות של הקשווה מורחב תחילה ציפוי הקונכית ואז הוא מחוזק באמצעות הרחבה של השכבות הביומינרליות שמתחת לציפוי הקונכית. במרבית המינים בולטים מקצה הגלימה גם זיפים נעים (chaeta או setae), העוזרים להגן על היצורים ויכולים לפעול כחיישנים. במספר מיני ברכיופודים עוזרות קבוצות של זיפים לתעל את זרימת המים לתוך חלל הגלימה או אל מחוץ לו.
במרבית הברכיופודים חודרים סעיפים (diverticulum – שלוחות חלולות) של הגלימה דרך השכבות הביומינרליות של הקשוות לתוך ציפוי הקונכית. תפקיד סעיפים אלו טרם נקבע וקיימות השערות שהם יכולים להיות תאי אחסון לחומרים כימיים כדוגמת גליקוגן, או שהם יכולים להפריש חומרים שידחו אורגניזמים שינסו להידבק לקונכייה או שמטרתם לעזור בנשימה. ניסיונות הראו שצריכת החמצן של הברכיופוד צנחה אם מרחו וזלין על הקונכייה תוך אטימת הסעיפים.
לופופור.
כמו למינים במערכות החיטחבים והפורונידה יש לברכיופודים לופופור, זר של משושים שהריסונים (cilia) שעליהן יוצרים זרם מים המאפשר להם לסנן חומרי מזון מתוך המים. עם זאת, הלופופור של החיטחבים והפורונידים הוא טבעת של משושים הרכובה על גבעול נשלף בודד בעוד שהמבנה הבסיסי של הלופופור של הברכיופודים הוא בצורת האות U היוצר את הזרועות (brachia) שנתנו למערכה את שמה. הלופופורים של הברכיופודים אינם נשלפים ותופסים כשני שלישים מהחלל הפנימי, בחלק הקדמי מול פתח הכניסה לברכיופוד. על מנת לספק קיבולת סינון מספיקה בחלל מצומצם זה, מקופלים הלופופורים של ברכיופודים גדולים בעדינות תוך יצירת מבנים מורכבים מאוד- לולאות וסלילים נפוצים למדי, ובכמה מינים דומים הלופופורים ליד עם אצבעות מפושקות. בכל המינים נתמך הלופופור בסחוס ובשלד הידרוסטטי (במילים אחרות בעזרת הלחץ של הנוזל הפנימי שבו), והנוזל מתפשט לכל המשושים. לכמה ממיני הברכיופודים בעל מפרק משוכלל יש גם ברכידיום (brachidium), תומך גירני בלופופור הצמוד לחלקה הפנימי של הקשווה הזרועית.
המשושים מכוסות בריסונים (cilia) בקצותיהן ולאורך המרכז. תנועת הריסונים החיצוניים יוצרת זרם מים מקצות המשושים לבסיסן, משם המים נפלטים החוצה. חלקיקי מזון המתנגשים במשושים נלכדות על ידי ריר, והריסונים במורד המרכז דוחפים תערובת זו לבסיס המשושים. סביב בסיס המשושים יש חריץ (brachial groove) שבו יש ריסונים המעבירים את המזון לאורך החריץ אל הפה. שיטת הזנה זו שבשימוש הברכיופודים מכונה "איסוף במעלה הזרם" ("upstream collecting"), שבו חלקיקי המזון נלכדים כשהם נכנסים לשדה הריסונים שיצר את זרם ההזנה. שיטה זו משמשת גם את המינים במערכות החיטחבים והפורונידה וכן גם את המינים במחלקה Pterobranchia שבמערכת מיתרני פה. המינים במערכת Entoprocta משתמשים בזר משושים דומה במראהו, אבל הוא מוצק וכיוון הזרם מהבסיס לקצות המשושים תוך יצירת מערכת "איסוף במורד הזרם" ("downstream collecting") שלוכדת חלקיקי מזון כשהם בדרכם ליציאה.
היצמדות למצע.
מרבית המינים המודרניים נצמדים למשטחים קשים באמצעות רגלית גלילית, שלוחה של גוף בעל החיים. לרגלית יש קוטיקולה ("עור" שאינו בנוי מתאים) כיטינית והיא נשלפת דרך פתח במפרק. עם זאת, לכמה סוגים כדוגמת ה-"Crania" בעלי המפרק הפשוט וה-'Lacazella"' בעלי המפרק המשוכלל אין רגלית, והם מדביקים את חלקה האחורי של הקשווה הרגלית למשטח, כך שחזית הברכיופוד מוטה מעט מעלה ומתרחקת מהמשטח. בכמה סוגים מועטים כדומת ה"Neothyris וה-"Anakinetica", הרגליות קמלות ככל שבעל החיים מתבגר ולבסוף מונחות רפויות על המשטח. בסוגים אלו הקשוות מתעבות ומעוצבות כך שהפתח בין הקשוות נשאר חופשי ממשקעים.
רגליות של מינים בעלי מפרק פשוט הן שלוחות של חלל הקרביים המרכזי, המאכסן את האיברים הפנימיים. שכבה של שרירים אורכיים מדפנת את האפידרמיס של הרגלית. לחברים בסדרה Lingulida יש רגליות ארוכות, שבהן הם משתמשים על מנת לחפור לתוך מצעים רכים, להרים את הקונכייה אל פתח המחילה על מנת להיזון, ולסגת בחזרה לתוך המחילה בעת סכנה. ברכיופודים מסדרה זו מניעים את גופם במעלה ובמורד שני שלישים מהמחילה, בעוד שהשליש הנותר תפוס על ידי הרגלית בלבד, שתפיחה בקצה שלה יוצרת מעין עוגן. לעומת זאת, הרגליות של הסדרה Discinida קצרות והן נצמדות למשטחים קשים.
רגליות של מינים בעלי מפרק משוכלל אינן חלק מחלל הקרביים, ונבנות מחלק אחר של גוף הפגית, כשליבת הרגלית בנויה מרקמת חיבור. שרירים בחלק הגוף האחורי יכולים ליישר, לכופף ואף לסובב את הרגלית. בקצה המרוחק של הרגלית יש בדרך כלל שלוחות דמויות שורשים או פטמות קצרות, הנצמדות למשטחים קשים. עם זאת, ברכיופודים בעלי מפרק משוכלל מהסוג "Chlidonophora" משתמשים ברגלית מתפצלת על מנת לעגון במשקעים. הרגלית מבצבצת מעד לפתח הרגלית, או בחריץ במפרק, או, במינים שבהם הקשווה הרגלית ארוכה מהקשווה הזרועית, מפתח בחלק שבו הקשווה הרגלית מתרחקת מאזור המגע עם הקשווה הזרועית. כמה מהמינים עומדים כך שהחלק הקדמי מוטה כלפי מעלה, בעוד שמינים אחרים שוכבים מאוזנים כשהקשווה הרגלית כלפי מעלה.
הזנה והפרשה.
זרם המים נכנס ללופופור מהצדדים של הפתח בין הקשוות ויוצא מהחזית של היצור. במינים בסדרה Lingulida נוצרות תעלות הכניסה והיציאה בעזרת קבוצות של זיפים הפועלות כמשפך. בברכיופודים אחרים מאורגנות תעלות היציאה והכניסה באמצעות צורת הלופופור. הלופופור לוכד חלקיקי מזון, בייחוד פיטופלנקטון (אורגניזמים זעירים המבצעים פוטוסינתזה) ומעביר אותם לפה בעזרת חריצים בקשווה הזרועית לאורך בסיסי המשושים. הפה נמצא בבסיס הלופופור. מזון עובר דרך הפה, לוע (pharynx) שרירי וושט, שכולם מכוסים בריסונים ובתאים המפרישים ריר ואנזימים מעכלים. בקיר הקיבה יש כיסים שבהם המזון נעכל, בעיקר בתוך התאים.
חומרי מזון משונעים בכל רחבי חלל הקרביים, כולל השלוחות של הגלימה, באמצעות ריסונים. הפסולת המיוצרת בתהליך המטבוליזם מתפרקת לאמוניה, שממנה נפטר בעל החיים בתהליך פעפוע בכל שטח הגלימה והלופופור. לברכיופודים, כמו לבעל חיים במערכות רבות אחרות, יש נפרידיום (Nephridium), אלא שבניגוד לבעלי חיים אחרים שבהם הנפרידיום משמש להפרשת אמוניה ופסולת מומסת אחרת, אין לברכיופודים תאים מאצבעים (podocytes) המבצעים את השלב הראשון בתהליך יצירת הפסולת ונראה כי הברכיופודים משתמשים בנפרידיום על מנת לפלט תאי זרע וביציות בלבד.
מרבית המזון הנצרך על ידי הברכיופודים נעכל בשלמותו תוך יצירת מעט מזון פסולת מוצקה. הריסונים של הלופופור יכולות לשנות כיוון על מנת לפלוט חלקיקים מבודדים של חומר שלא נעכל. אם בעל החיים נתקל בגושים גדולים של חומרים בלתי רצויים, הריסונים המעטרים את ערוצי הכניסה עוצרים והמשושים שבמגע עם הגושים זזים הצידה על מנת ליצור פתחים רחבים ואז משתמשים בריסונים שלהם על מנת להשליך את הגושים על ריפוד הגלימה. לגלימה יש ריסונים משל עצמה, הדוחקים את הגושים החוצה דרך הפתח בין הקשוות. אם הלופופור נסתם, השרירים המקרבים סוגרים את הקשוות בחדות, תוך יצירת "עיטוש" שמנקה את החסימות. בכמה ממיני הברכיופודים בעלי המפרק הפשוט יש למערכת העיכול צורת U המסתיימות בפי הטבעת הפולטת מוצקים בחזית בעל החיים. בכמה מינים אחרים של ברכיופודים בעלי מפרק פשוט ובכל מיני הברכיופודים בעלי המפרק המשוכלל יש מעיים מעוקלים המסתיימים בחטף בלא פי טבעת. ברכיופודים אלו מקבצים פסולת מוצקה עם ריר ומדי פעם "מתעטשים", תוך שימוש בהתכווצויות של שרירי המעיים, ופולטים אותה החוצה.
מחזור הדם ונשימה.
הלופופור והגלימה הם המשטחים היחידים הסופגים חמצן ופולטים פחמן דו-חמצני. החמצן מופץ באמצעות נוזל חלל הקרביים, הזורם בכל הגלימה ותנועתו נגרמת כתוצאה מהתכווצויות של החלק הפנימי של חלל הקרביים או בתנועת ריסונים. בכמה מינים החמצן נישא בחלקו באמצעות פיגמנט הנשימה המאריתרין (hemerythrin) המשונע בתאי ה-coelomocyte. צריכת החמצן המקסימלית של ברכיופודים נמוכה, והצריכה המינימלית שלהם אינה בת מדידה.
דם הברכיופודים חסר צבע. לב שרירי, השוכן בחלק העליון של הגוף מעל לקיבה, מניע את מחזור הדם. הדם עובר בצינורות המתפשטים לחזית ולעורף הגוף, ומסתעפים לאברים, כולל הלופופור בחזית והמעיים, השרירים, תאי הרבייה והנפרידיום בעורף. נראה כאילו מחזור הדם אינו שלם לגמרי, הנוזל של חלל הקרביים והדם מתערבבים במידה מסוימת. התפקיד הראשי של הדם הוא, ככל הנראה, לשנע חומרי מזון.
מערכת העצבים והחושים.
ה"מוח" של ברכיופודים בוגרים בעלי מפרק משוכלל מורכב משני גנגליונים, האחד מעל לוושט והשני מתחת. לברכיופודים בוגרים בעלי מפרק פשוט יש רק גנגליון תחתון. מהגנגליונים והמִשְׁלֶבֶת שבה הם מתחברים, יוצאים תאי עצב אל הלופופור, שלוחות הגלימה והשרירים המפעילים את הקשוות. בקצה הגלימה יש ככל הנראה הריכוז הגדול ביותר של חיישנים. אף על פי שהריסונים של הגלימה אינם מחוברים ישירות לעצבי החִישָׁה, הם ככל הנראה שולחים אותות מגע לקולטני החישה באפידרמיס של הגלימה. ברכיופודים רבים סוגרים את הקשוות אם מופיעים מעליהם צללים, אבל התאים האחראים לכך לא זוהו. לכמה מיני ברכיופודים יש כִּיסְתוֹת אִזּוּן (statocysts), המזהות שינויים במצב התנוחה של בעל החיים.
רבייה ומחזור החיים.