בשעה 02:00 לאחר חצות ליל 1 בינואר 1949 החלו שתי האניות המצריות נצר ומצר (מצרים) בהפגזת נמל תל אביב. מקור מצרי מציג את הפעולה כנקמה על טיבוע אל-אמיר פארוק. ההפגזה נמשכה 13 דקות, נורו 92 פגזים. בתל אביב לא הורגש נזק. השייטת הישראלית איתרה את האוניות המצריות בנסיגתן והתפתח קרב תותחים. לא נגרמו נזקים בשני הצדדים אך האוניות המצריות הוברחו.
בקרב הימי שהתפתח ב-1 בינואר 1949 בין "השייטת הגדולה" נגד שתי האניות המצרית שהפגיזו את תל אביב מהים השתתפו גם מפציצים של חיל האוויר הישראלי מדגם B-17 מבצר מעופף, שהגיע מבסיס תל נוף. הפצצות של המטוס מגובה רב החטיאו את מטרתן.
יזמה התקפית ישראלית.
מבצע כתריאל לתפישת גשרי הליטני – שבוטל.
מבצע כתריאל נועד להיות מבצע משולב של כוחות קרקע שיונחתו בחוף לבנון על ידי הכוח הימי.
מטרת המבצע הייתה לנתק את עורק ההספקה של האויב כדי להקל על חטיבת כרמלי לשחרר את הגליל המערבי. לשם כך תוכנן פיצוץ גשרי הכביש והרכבת שעל נהר הליטני 8 קילומטר מצפון לצור.
אליעזר טל הופקד על הצד הימי. האחריות על הצד הקרקעי הוטלה על חיים בן-דוד ממפקדת חטיבת כרמלי.
הוקם בסיס אימונים בחוף נווה ים ונערכו תרגילי נחיתה מהים ואימונים על גשרים.
מבצע בן עמי לשחרור הגליל המערבי הסתיים ונראה שלא היה טעם בקיום המבצע. אך כשב-31 במאי 1948, פתחה חטיבת כרמלי בפעולה בשומרון הצפוני, קיבל מבצע כתריאל תוקף מחודש מכדי למנוע תגבורת ערבית מהצפון.
מתכנני המבצע קבעו את 9 ביוני 1948 כיום ה"ע" והחיילים הועמדו בכוננות. המבצע נדחה ביממה עקב ים גבוה. בשעות אחר הצהריים עלו הלוחמים לאונייה והתיישבו בבטנה למען לא ייראו על הסיפון מן החוף או למטוס חולף. קרוב לחופי לבנון התקבלה פקודת ביטול. ההחלטה של דוד בן-גוריון לביטול המבצע נבעה משתי סיבות:
החשש לסיבוך מדיני עקב אזור הפעולה במרחק רב מעבר לגבול הבינלאומי. וההפוגה שעמדה להיכנס לתוקף.
מבצע דוד – חבלה ב"איגריס" בנמל ביירות.
מודיעין שאספה המחלקה הערבית של הפלמ"ח שפעלה בבירות. כי האנייה "איגריס" העוגנת בנמל ביירות מיועדת לצי המצרי. הייתה זו אנית הטיול של אדולף היטלר ששימשה בצי הגרמני, בשמשה כאנית אימונים בשיתוף פעולה עם סיירות וצוללות ולאימוני בית הספר לקשר. איגריס הייתה בעלת מהירות של 20 קשר, גודל של 2,560 טון. לאחר המלחמה פורקה מנשקה ונרכשה ב-1947 על ידי ג'ורג' ערידה, סוחר עשיר ממוצא לבנוני. ה"איגריס" הייתה כלי שיט מהיר ובעלת יכולת נשיאה של נשק כבד, וכן היו עליה מערכות קשר מתוחכמות שלא פורקו מתקופת שירותה בצי הגרמני. הועלה חשש סביר כי האונייה תוכשר ככלי מלחמתי עבור הצי המלכותי המצרי.
תוכנית הפעולה שהתגבשה הייתה לטבע את הספינה באמצעות חבלן שחיין יחיד בסיוע קבוצת מסתערבים בחוף. יונחת בסירה, יועבר ברכב, ישחה וידביק את המוקשים לאונייה. ב-29 בנובמבר 1948, סמוך לשעה 15.00, הפליגה האונייה "פלמ"ח" מנמל חיפה בפיקודו של שלמה אראל, ועליה חבלן יחיד מסתערב ואיש יחידת הצוללים אליהו ריקה מצויד בשני מוקשי עלוקה שיוצרו ביחידת הצוללים.
המסתערבים המתינו עם רכב בחוף דרומית לבירות. ריקה הורד לחוף בסירה עם שני המוקשים במזוודה. משם הוסע על ידי אנשי היחידה לקרבת הנמל. ה"איגריס" עמדה מוארת כשהיא קשורה לשובר הגלים הקטן מבחוץ. ריקה נכנס בשחייה הצליח להצמיד את שני מוקשים לדופן ה"איגריס" במרחק 30 מטר ביניהם. המסתערבים החזירו את ריקה ברכב לנקודת המפגש וסירת הגומי החזירה את ריקה לאח"י פלמ"ח שהמתינה לו.
רק במוקש אחד נמצא מנגנון השהיה שתוכנן להפעיל אחרי כ-6 שעות. המוקש לא פעל אך המוקשים לא התגלו. ב-17 בדצמבר 1948 הופעל מנגנון אי–הורדה ואחד המוקשים התפוצץ. בדופן האונייה נפער חור גדול ומים החלו לחדור אליה. הספינה הייתה בנויה היטב ומחולקת למדורים. צוות האנייה הגרמני ביצע בקרת נזקים טובה והצליח לסתום את הפרצה ולהצילה מטביעה. הגיע מידע על התפוצצות שנייה.
הלבנונים לא קשרו את הפיצוץ לעבודה ישראלית. ובעיתונות נמסר כי קרוב לוודאי שהיה זה מעשה של כנופיה לבנונית, ששלחה מכתבי איום לבנו של ערידה שירחיק את העובדים הזרים מהאנייה ויעסיק לבנונים במקומם, אחרת ישלם בחייו והאונייה תפוצץ. "איגריס" לא שבה להיות אוניית מלחמה. בסוף מרץ 1949 לאחר שלושה חודשי שיפוצים היא הפליגה לאמריקה.
היזמה לתקיפת סחר ימי מצרי.
ערב מבצע חורב 8–22 ינואר 1949, הציע חיל הים ולבצע פעולות ימיות עצמאיות כנגד התחבורה הימית המצרית. הבקשה נענתה בשלילה על ידי הרמטכ"ל ושר הביטחון. כפי הנראה היו השיקולים של המטכ"ל קשורים בהערכת כוחו הימי של האויב. פגיעה בתחבורה הימית של המצרים הייתה מולידה בהכרח תגובה מצרית. סיבה נוספת הייתה אי רצון לגרום לסיבוכים עם מדינות הסוחרות עם מצריים והעלולות להיפגע מפעולה ישראלית. המטה הכללי דרש . ותפקידי חיל הים נשארו תפקידי סיוע בלבד.
ניסיון חבלה בטרפדות מצריות באיטליה.
בחודש ינואר 1949 התברר כי המצרים נמצאים בתהליך רכישת טרפדות באיטליה ונעשתה התארגנות לחבל בהן. הטרפדות נמצאו במספנה אזרחית בעיירה ואראזה קבוצת חבלנים בראשם יוסף דרור נשלחה מהארץ. בשגרירות ברומא נמצאה אז חפרפרת של שירותי הביטחון האיטלקיים. החבלה נמנעה ויוסף דרור נתפש והושם בכלא. ה"חפרפרת" הגיע לישראל, נחשף על ידי ראש שירות הביטחון איסר הראל, הועמד למשפט וישב בכלא.
פעילות משלימה בזירה ימית.
במהלך המלחמה ביקר נשיא המדינה חיים ויצמן בנמל חיפה והתקבל על ידי ראש השירות הימי גרשון זק על סיפון אח"י וג'ווד.
המודיעין הימי.
מערכת המודיעין הימי הייתה בשלבי התארגנות. המידע שנאסף על ידי אנשי הפלי"ם לאיתור חופי הבאת מעפילים שימשו את מתכנני הנחיתה בחופי הדרום.
המידע על כלי שיט אויב הגיע מפרסומים גלויים ובעיקר מהשנתון הבריטי Jane's Fighting Ships שנותן מידע בסיסי על כלי השיט בכל אחד מחילות הים ועל חימושם. מידע אקראי התקבל גם מאנשים שהיו במדינות ערב ולעיתים גם מפרסומים גלויים. הצי המצרי היה בגודל ובקרבה מיידית והיווה סיכון. יתר ציי מדינות ערב ובסיסיהם היוו גורם חסר חשיבות. הגנת החוף הייתה הבעיה העיקרית והוקמו 10 תצפיות בחופי הארץ לגילוי תנועת כלי שיט בקרבתם.
מדי פעם נעצרו סירות דיג מצריות ואנשיהן הועברו לחוקרי שבויים שניסו להוציא ידיעות על פעילות חיל הים המצרי. מידע התקבל גם באמצעות תחקור מלחים באוניות סוחר שפקדו נמלים ערביים ובאמצעות האזנה.
קשרי המוסד לעלייה ב' ומערכת הרכש באירופה הביאו למידע על אונית לינו הטוענת ביוגוסלביה נשק צ'כי לסוריה. מידע שאפשר את הפגיעה בה כאשר הגיעה לנמל בארי באיטליה. מאוחר יותר את מבצע גור, ההשתלטות על אנית הנשק ארג'ירו.
אנשי המודיעין הימי יזמו מבצעי איסוף ואף גייסו סוכנים. אחד הראשונים היה קצין צי בריטי ששירת בקפריסין, שבאמצעותו הושג עותק של ה-Jane's Fighting Ships.
פעילות אווירית בזירה הימית.
בתקופת מלחמת העצמאות הפעילו שני הצדדים מטוסי בוכנה, שחומשו בפצצות או במקלעים. כלי שיט מלחמתי מתמרן בים היווה מטרה קשה לפגיעה. בנוסף, לצדדים היריבים לא הייתה למעשה יכולת להפעלת מטוסים בלילה מעל הים. החימוש נגד מטוסים של כלי השיט, שכלל תותחי 20 מ"מ ומקלעים, והפך אותם יריב מסוכן למטוס אויב בודד.
לרשות חיל האוויר המצרי עמדו כ-100 מטוסי קרב והוא נחשב ככוח האווירי החזק ביותר במדינות ערב. לא ידוע על שיתוף פעולה בין חיל האוויר וחיל הים המצרי בזירת הלחימה. בחיל הים הישראלי העריכו את יכולתו חיל האוויר המצרי הרבה מעבר למה שנוצלה בפועל. העדיפות המוחלטת של הכוח האווירי המצרי כמעט לא הגיעה לידי ביטוי בזירה הימית. פגיעות חיל האוויר המצרי בכלי שיט ישראלים היו מעטות. מנגד הופלו שני מטוסי ספיטפייר מצריים, מאש אניות חיל הים הישראלי.
לקראת סוף המלחמה הגיע כוחו של חיל האוויר הישראלי ל-50 מטוסי קרב, אך הוא התמקד בעיקר בהענקת סיוע אווירי לכוחות הקרקע. סיוע לאניות חיל הים לא תוכנן ולא הוקצה מראש, אלא ניתן אד הוק. אי היכולת לנצל ביעילות את הכוח האווירי לטובת הלחימה בזירה הימית היווה בעיה שהטרידה את מפקדת חיל הים במהלך הלחימה מול הצי המצרי. עזרת חיל האוויר הייתה חסרה בגילוי מוקדם של תנועות האויב בים.
גם כאשר היו דרישות לסיוע אווירי מאוניות חיל הים הישראלי, ההיענות הייתה מעטה והסיוע לא היה יעיל.
הסיבות לכך היו:
פינוי מחנות המעצר בקפריסין.
במחנות המעצר בקפריסין עברו כ-51,500 מעפילים, שגורשו מארץ ישראל על ידי הבריטים מאוגוסט 1946 עד אפריל 1948. חלקם שוחררו מעת לעת בהתאם למכסות הסרטיפיקטים. בהכרזת המדינה ב-14 במאי 1948 נוצר לישראלים ולבריטים אינטרס משותף לפנות את המחנות מהר ככל האפשר. אך לפי תוכנית פולקה ברנדוט נדרשו המעצמות לעכב את הכשרים לגיוס לצה"ל, שהגעתם תסייע לישראל במלחמה.
ביום הכרזת המדינה היו במחנות כ-40,000 בני אדם, מהם כ-30,000 הורשו לצאת, והועברו ארצה בחודש יולי 1948, באמצעות הפאנים בשמם העברי: קוממיות ועצמאות. כ-10,000 צעירים בגיל הגיוס ומשפחותיהם המשיכו להיות עצורים במחנות. הייתה זו החלטה של ממשלת בריטניה לפירוש מחמיר של החלטת האו"ם שהעניקה יתרון לערבים. אף כי המתווך מטעם האו"ם הרוזן פולקה ברנדוט שלח משקיף לטפל בעליה מהמחנות. הוראת ממשלת בריטניה הייתה לא לאפשר לאנשים בגיל צבא לצאת מהמחנות. המעפילים שהיו עולים בלתי לגליים הפכו לשבויי מלחמה של הבריטים במלחמה שבריטניה לא הייתה צד בה. לכן היה צורך בהמשך העברת עולים באופן דומה למה שנעשה לפני קום המדינה. ספינת הדיג כריש של קיבוץ שדות ים היוותה האמצעי העיקרי להעפלת עצורי המחנות לאחר הכרזת העצמאות.