תיאורים מאוחרים יותר חוזרים על ההסבר כי האונייה נטתה על צדה תוך כדי סיבוב ושקעה למצולות בשל אשנבי תותחיה הפתוחים. ביוגרפיה של פיטר קארוּ, אחיו של ג'ורג' קארו, שנכתבה על ידי ג'ון הוקר זמן מה אחרי 1575, מציינת את אותה הסיבה, אך מוסיפה כי יש לתלות אשם גם בחוסר המשמעת של הצוות. המחבר כותב, כי ג'ורג' קארו הבחין בסימני יציבות רעועה כבר כשהניפה "מרי רוז" את מפרשיה. דודו של ג'ורג', גֶּוֶון קארו, התקרב תוך כדי הלחימה אל "מרי רוז" באונייתו "מת'יו גונסון" כדי לברר את מצב האונייה בה נמצא אחיינו. התשובה שקיבל הייתה, כי "יש לו כאלה "אנשים" (knaves) שאינו יכול לשלוט בהם." שונה מכל האחרים הוא תיאורו של מרטין דה בֶּלֶה, קצין פרשים צרפתי שהיה נוכח בקרב, המציין כי הצרפתים הם שהטביעו בתותחיהם את "מרי רוז".
תאוריות מודרניות.
רוב ההיסטוריונים בני זמננו סבורים כי טביעת האונייה נגרמה כתוצאה מאובדן רגעי של יציבותה. לפי גרסה אחת, משב רוח פתאומי וחזק הכה במפרשים והיטה את האנייה על צדה כשאשנבי התותחים עדיין פתוחים, והיא התמלאה מים במהירות וטבעה. קוֹטְס מציע גרסה שונה מעט, המסבירה מדוע אונייה ששירתה כמה עשורים מבלי לטבוע ונלחמה אפילו במימי האוקיינוס הסוערים בחופי ברטאן ירדה למצולות באופן בלתי צפוי. לדעתו נוסף לאונייה במהלך שנות שירותה עוד ועוד משקל, עד שאיבדה לבסוף את כושר השיט שלה. מרסדן, שבדק את התותחים שנמשו מן האונייה במאה ה-19 ובמאה ה-20, גילה כי תותחי שני הצדדים נמצאו כשהם טעונים ולכן ספק אם אומנם טבעה האונייה תוך כדי סיבוב לאחר שירתה בכל תותחי צד אחד. המשמעות היא, כי דבר מה אחר השתבש, שכן ההנחה היא כי צוות מיומן לא היה משאיר את האשנבים פתוחים לפני ביצוע סיבוב שיש בו כדי לסכן את האונייה.
מבדיקת הטרופת עולה, כי בשלהי חייה של האונייה נעשו בה שינויים מבניים, והדבר מחזק את ההנחה כי השינויים היו רדיקליים מדי ופגעו בכשירות השיט שלה. אפשר שמשקל התותחים הכבדים שנוספו לאונייה הגדיל את השוקע שלה עד כדי כך שאשנבי התותחים של הסיפון התחתון נמצאו פחות ממטר אחד מעל קו המים.
טענתו של פיטר קארו בדבר חוסר הצייתנות של הצוות זוכה לתמיכתו של ג'יימס ואט, קצין הרפואה הראשי לשעבר של הצי המלכותי, המתבסס על עדויות להתפשטותה של דיזנטריה מידבקת בפורטסמות', וסבור כי אפשר שפגעה ביכולתו של הצוות לתפעל את האונייה כיאות. ההיסטוריון ריצ'רד בארקר, לעומת זאת, סבור כי הצוות ידע למעשה שטביעת האונייה היא שאלה של זמן ולכן נרתע וסירב לציית להוראות. מרסדן מוסיף ומציין, כי הביוגרפיה של קארו אינה תואמת בפרטים אחדים את סדר האירועים עליהם מספרים עדי ראייה אנגלים וצרפתים. נכתב בה גם כי באונייה היו 700 איש, מספר גבוה בצורה בלתי רגילה. אך מאחר שהביוגרפיה נכתבה זמן רב יחסית אחרי האירוע, אפשר שהמספר המופרז הוא תוספת של נופך דרמטי. את דברי מרטין דה בלה, כי הגליאות הצרפתיות הן שהטביעו את "מרי רוז", מסביר ההיסטוריון הימי מוריס דה ברוסאר כ"תיאור של איש חצר". דה בלה ושני אחיו היו קרובים לפרנסואה ה-1 מלך צרפת, ויכלו להפיק תועלת רבה מתיאור טביעת האונייה כניצחון צרפתי. למקורות אנגליים, גם אם היו מוטים, לא היה דבר להרוויח מתיאור הטביעה כתוצאה של התנהלות כושלת של הצוות במקום להעניק את הניצחון לתותחים האימתניים של הגליאות הצרפתיות.
ניסויים.
בשנת 2000 ניסתה תוכנית הטלוויזיה "What Sank the Mary Rose" של ערוץ 4 הבריטי לחקור את הסיבות לטביעת "מרי רוז" בעזרת ניסויים עם דגמים בקנה מידה של האונייה ומשקולות מתכת שדימו את החיילים שעל סיפוניה העליונים. הבדיקות הראשונות העלו כי האונייה יכלה לבצע את הסיבוב שתואר על ידי עדי ראייה מבלי להתהפך. בבדיקות מאוחרות יותר השתמשו במאוורר כדי ליצור רוח דומה לזו שדווח כי התעוררה לפתע ביום הטביעה כאשר "מרי רוז" עמדה להסתובב. תוך כדי הסיבוב הטתה הרוח את המבנים העיליים של דגם האונייה בזווית גדולה משבים רוגע, הורידה את אשנבי התותחים של הסיפון הראשי אל מתחת לקו המים והטביעה את הדגם בתוך דקות ספורות. סדר האירועים דמה מאוד לזה שתואר על ידי עדי ראייה, ובמיוחד הפתאומיות שבה טבעה האונייה.
קורותיה של טרופת האונייה.
ימים ספורים לאחר האסון הורה מזכיר המדינה ויליאם פג'ט לנסות ולמשות את האונייה, והפקיד את ניהול המבצע בידי צ'ארלס ברנדון, גיסו של המלך. המשייה נעשתה באמצעים ובדרכים המקובלות אז להרמת אוניות במים רדודים: חיברו חבלים עבים לאונייה הטבועה וקשרו אותם אל שתי אוניות ריקות, או גוות. בזמן השפל מתחו את החבלים בעזרת כננים, וכשהגיעה הגאות התרוממו הגוות ועמן האונייה הטרופה. אחר כך גררו אותן למים רדודים יותר וחזרו על התהליך עד שהאונייה התרוממה לגמרי.
רשימה של ציוד החילוץ הנחוץ הוכנה ב-1 באוגוסט, וכללה בין השאר חבלים חזקים, כננים, גלגלות ו-40 ליטראות של חֵלֶב לשימון. צוות המשייה המוצע מנה 30 ספנים ונציאניים, נגר ונציאני ו-60 מלחים אנגליים לסייע בידם. שתי האוניות שנועדו לשמש כגוות היו "Jesus of Lübeck" ו-"Samson", כל אחת בתפוסה של 700 טון ודומה בגודלה ל"מרי רוז". ברנדון היה בטוח כל כך בהצלחת המבצע, שהבטיח למלך כי משיית האונייה תושלם בתוך ימים ספורים. ברם, הסתבר כי לא היה בסיס לאופטימיות זו. מאחר שהאונייה נחה בזווית של 60 מעלות לצד ימין, חלק גדול ממנה היה תקוע עמוק בתוך קרקעית הטין. בשל כך לא ניתן היה להעביר חבלים מתחת לגוף האונייה, והכוח שנדרש להרמתה היה גדול לאין שיעור יותר מאשר לו ישבה על קרקעית מוצקה. ניסיון לחבר חבלים לתורן הראשי נכשל גם הוא לאחר שהחבלים נקרעו בשל העומס הרב.
המחלצים הצליחו למשות רק את חלקי המעטה, תותחים אחדים וחפצים נוספים. לפחות שני צוותי חילוץ אחרים, ב-1547 וב-1549, קיבלו שכר על משיית תותחים נוספים מן הטרופת. עד 1546, לכל הפחות, הוסיפו להאמין כי עדיין ניתן למשות את "מרי רוז", שכן באותה שנה היא מופיעה באינוונטר המאויר של אוניות מלחמה אנגליות הנקרא "מגילת אנתוני". איננו יודעים מתי אפסה לבסוף התקווה למשות את האונייה בשלמותה. אפשר שהדבר היה אחרי מותו של הנרי השמיני בינואר 1547 או אולי מאוחר יותר, ב-1549, הפעם האחרונה בה משו ממנה תותחים. ברם, "מרי רוז" הייתה זכורה היטב עוד בתקופת מלכותה של אליזבת הראשונה, ולדברי אחד מן האדמירלים שלה, ויליאם מונסון (1569-1643), עוד בשלהי המאה ה-16 ניתן היה לראות בשעות השפל את שרידי האונייה שאבדה.
הרס האונייה.
לאחר הטביעה יצרה הטרופת הקבורה חלקית בקרקעית מעין מחסום בניצב לכיוון הזרם. בכל אחד מצדדיה נוצרה גומת חתירה, בור תת-ימי גדול, והיא כוסתה בהדרגה בסחופת ובאצות. בור צר ועמוק נוצר בצדה השמאלי הנוטה מעלה של האונייה, ואילו בצדה הימני התהווה בור רחב ורדוד יותר. פעולת השחיקה של החול והסחופת שנִשאו עם הזרם, והפטריות, הבקטריות והרכיכות תוקפות העץ, כמו "תולעת האוניות" טרדו נאוואליס, פוררו ופירקו את גוף האונייה. מבנה העץ החשוף הלך ונחלש, ובסופו של דבר קרס. קורות העץ ותכולת צד שמאל שקעו לתוך גומת החתירה ואל שרידי המצלעת, ושאר חלקי הגוף נישאו עם הזרם. לאחר התמוטטות חלקיו החשופים של גוף האונייה התיישר האתר עם הקרקעית והתכסה בהדרגה בשכבות של צמדה, שהסתירו חלק ניכר ממנו. במהלך המאה ה-16 כוסתה האונייה בשכבה קשה של טיט הָדוּק ושברי קונכיות, שייצבו את צורת האתר ואטמו את המשקעים מתקופת בית טיודור. שכבות נוספות של טיט רך כיסו את האתר במהלך המאות ה-18 וה-19, אך שינויים תכופים בדפוסי הזרמים ומועדי הים במצר חשפו מדי פעם חלקים של הגוף, מה שהוביל לגילוי אקראי של הטרופת ב-1836 ולאיתורה ב-1971. לאחר המשייה נתברר, כי רק 40% בקירוב מגוף האונייה שרדו.
גילוי הטרופת במאה ה-19.
בקיץ 1836 נתפסה רשתם של חמישה דייגים בקורות עץ שהזדקרו מקרקעיתו של מצר סולנט. הם שכרו צולל בשם הנרי אֶבִּינֶט כדי שיסלק את המכשול, וב-10 ביוני הוא צלל אל הטרופת והיה לאדם הראשון שראה את "מרי רוז" לאחר קרוב ל-300 שנים. מאוחר יותר נשכרו שירותיהם של שני צוללים מקצועיים נוספים, ג'ון דין וויליאם אדוארדס. כשהם מצוידים בקסדה ובחליפת צלילה שהומצאו זה לא כבר, החלו דין ואדוארדס לסרוק את הטרופת ולמשות מתוכה חפצים. מלבד קורות וחפצים עשויים עץ אחדים, ביניהם כמה קשתות ארוכות, העלו הצוללים ממעמקי הים כמה תותחי ברזל וברונזה אחדים, אותם מכרו למנהלת הנשק של הצי בתמורה ליותר מ-220 ליש"ט. גילוי התותחים ומכירתם גרם בתחילה לריב בין דין (שצירף גם את אחיו צ'ארלס לפרויקט), אבינט והדייגים ששכרו אותם. המחלוקת יושבה בסופו של דבר על ידי שיתוף הדייגים ברווחים ממכירת התותחים, בעוד דין מקבל את זכויות החילוץ הבלעדיות על חשבונו של אבינט. זהותה של האונייה התבררה זמן קצר אחר כך מכתובות על אחד מתותחי הברונזה שיוצר ב-1537.