משימת STS-86 הייתה משימת העגינה השביעית במיר, והאחרונה ל-1997. בעת שהייתה של האטלנטיס בתחנה ביצעו הקוסמונאוט ולדימיר טיטוב והאסטרונאוט סקוט פרזינסקי (שניהם מצוות המעבורת) את הליכת החלל המשותפת הראשונה לארצות הברית וריסיה במהלך משימת מעבורת, והראשונה במהלכה לבש קוסמונאוט רובי חליפת חלל אמריקאית. במהלך הליכת החלל, שנשכה 5 שעות, הם התקינו כיסוי במשקל 55 ק"ג ללוח הסולארי של מודול העגינה, לכל ניסיון עתידי לתיקון הדליפה ב"ספקטר". המשימה החזירה לכדור הארץ את פואייל יחד עם ניסויים ורכיבים שונים, והביאה במקומו את דייוויד וולף. וולף יועד במקור להיות האסטרונאוט האמריקאי האחרון שישהה במיר, אך נבחר להחליף את האסטרונאוטית וונדי לורנס, שלא התאימה לדרישות המשימה החדשות, שהשתנו לאחר התאונה שעברה התחנה. הכללים החדשים דרשו שכל איש צוות בתחנה יהיה כשיר לצאת להליכת חלל מהתחנה, ומכיוון שלא היו חליפות חלל שהתאימו ללורנס, היא הוחלפה בוולף (לורנס בכל זאת טסה במשימת STS-86 כמומחית משימה).
סיום "שלב מספר אחת" (1998).
השנה האחרונה ב"שלב מספר אחת" החלה עם שיגור האנדוור למשימת STS-89 ב-22 בינואר 1998. המעבורת הביאה את הקוסמונאוט סאליזן שאפירוב למיר והחליפה את האסטרונאוט וולף, שסיים משימה בת 19 יום, באנדי תומאס.
במהלך שהייתו בתחנה, שהייתה השהייה הממושכת האמריקאית האחרונה בה, עבר תומאס על 27 ניסויים מדעיים בתחומים שונים. שהייתו במיר, הנחשבת לשהייה החלקה בתוכנית (בהתחשב בתקלות ובתאונות שעברו האסטרונאוטים הקודמים), הביאה את ארצות הברית לשהייה ממושכת רציפה של 815 יום במיר, ו-907 יום סך הכל אם סופרים את שהייתו של ת'אגרד בתחנה ב-1995 (מעזיבתו של ת'אגרד ועד לבואה של לוסיד עברו כ-8 חודשים).
תומאס חזר לכדור הארץ במעבורת דיסקברי, ששוגרה למיר ב-2 ביוני 1998 במשימת STS-91 - משימת העגינה האחרונה במיר והמשימה האחרונה בתוכנית מיר והמעבורות. המעבורת נשאה גם אספקה למיר, ואל המעבורת הועברו ניסויים שונים שיועדו לחזור לכדור הארץ. צוהר המעבורת נסגר ב-8 ביוני 1998, 14:07 UTC, והמעבורת ניתקה ממיר בשעה 17:01 UTC באותו היום. דיסקברי נחתה במרכז החלל קנדי ב-12 ביוני 1998.
"שלבים שתיים ושלוש" (1998–2020).
עם נחיתת המעבורת דיסקברי ב-12 ביוני 1998 הסתיים "שלב מספר אחת" של התוכנית, ומיד החל השלב הבא - בניית תחנת החלל הבינלאומית. ב-20 בנובמבר 1998, 5 חודשים בלבד לאחר נחיתת הדיסקברי, שוגר הרכיב "זאריה" של ה-ISS על גבי משגר פרוטון, ושבועיים לאחר מכן שוגרה אליה המעבורת אנדוור כשבתוכה היחידה השנייה של התחנה - "יוניטי". פחות משנה אחר כך, ולאחר ששוגרו מספר יחידות ורכיבים נוספים, ב-31 באוקטובר 2000 שוגרה משימת סויוז TM-31 ובתוכה המשלחת הראשונה אל ה-ISS. החללית עגנה בתחנה ב-2 בנובמבר ומאז תחנת החלל הבינלאומית מאוישת ברציפות. הגעתה של יחידת המעבדה האמריקאית "דסטיני" ב-2001 סימלה את סיומו של השלב השני ותחילתו של השלב השלישי בתוכנית - סיום בניית התחנה.
נכון למאי 2012 ה-ISS כוללת 15 יחידות מדוחסות ורכיבים נוספים, ביניהם לוחות סולאריים ענקיים המפיקים אנרגיה חשמלית לשימוש התחנה, אשר יחד הופכים את התחנה לרכב החלל הגדול ביותר שנבנה מעולם. עלות התחנה - הנאמדת בכ-100 מיליארד אירו - הופכת אותה למבנה היקר ביותר שנבנה מעולם.
בבניית ותפעול תחנת החלל הבינלאומית משתתפות שלוש סוכנויות חלל נוספות מלבד נאס"א ורוסקוסמוס - סוכנות החלל הקנדית, סוכנות החלל היפנית וסוכנות החלל האירופית. המידע המדעי הנאסף התחנה, ובמיוחד המידע הפיזיולוגי משהייתם הממושכת של האסטרונאוטים בחלל, עתידה לסייע רבות בעת תכנון משימות מאוישות ממושכות אל הירח ואל מאדים, אשר גם הן עשויות להתבצע בשיתוף פעולה בינלאומי.
מחקר.
בין מרץ 1995 למאי 1998 בוצעו בתחנת החלל מיר ניסויים שונים בשיתוף ברית המועצות וארצות הברית. מטרת הניסויים הייתה לבחון את התנהגותם של בני אדם, בעלי חיים וצמחים בתנאי חוסר המשקל בחלל, לחקור את מקורות והתפתחות מערכת השמש, ללמוד כיצד להשתמש בטכנולוגיות קיימות בעת שהייה בחלל ולפתח טכנולוגיות חדשות, וללמוד כיצד לבנות תחנות חלל עתידיות (או ליתר דיוק את תחנת החלל הבינלאומית) בצורה יעילה.
עלות התוכנית.
ההסכם עליו חתמה נאס"א עם סוכנות החלל הפדרלית של רוסיה כלל חוזה על סך 400 מיליון דולר (כ-560 מיליון בדולרים של 2010) עבור חומרה ושירותי שיגור. החומרה כללה את בניית היחידות "ספקטר", "פרירודה", יחידת העגינה ושני לוחות סולאריים. שירותי השיגור כללו את שיגור היחידות שנבנו ואת שיגורו של אסטרונאוט אמריקאי על גבי חללית סויוז. כמו כן נכלל בחוזה אימונם של האסטרונאוטים שיועדו לשהות בתחנה ושאר ההוצאות שנכרכו בשהייתם של האסטרונאוטים במיר.
אם מתעלמים משיגורי המעבורות, אשר על פי נאס"א היו משוגרות גם אילולא התוכנית (למשימות אחרות), ניתן לומר כי עלות התוכנית כולה הייתה כחצי מיליארד דולר. אך אם לא מתעלמים משיגורי המעבורות, אשר על פי הערכות נאס"א ב-1995 עלו 400 מיליון דולר למשימה (על כל הכלול בה), יוצא כי עלות התוכנית, על 11 משימות המעבורות שבה, עלתה לארצות הברית כ-5 מיליארד דולר. (כ-7 מיליארד בדולרים של 2010). על פי מומחים בתחום באותה תקופה, שלא עבדו בשביל נאס"א, עלות שיגורה של משימת מעבורת הייתה הרבה יותר, ואם מתבוננים על עלות תוכנית מעבורות החלל כולה עד ל-2011 (אז הסתיימה התוכנית), ומחלקים את סכום ההוצאות הכולל של התוכנית (כ-192 מיליארד דולר בדולרים של 2010) ל-135 משימות (תוכנית מעבורות החלל כללה 135 משימות), יוצא שכל משימה עלתה כ-1.5 מיליארד דולר. לכן יוצא שהתוכנית עלתה לארצות הברית כ-17 מיליארד דולר.
במהלך התוכנית שיגרה סוכנות החלל של רוסיה 7 חלליות סויוז מאוישות (כולל המשימה עם האסטרונאוט האמריקאי). אף על פי שהחלליות נשאו צוותים רוסיים לתחנה (וגם מספר אסטרונאוטים בשירות ESA), הטיסות לא נחשבות לחלק מן התוכנית. כמו כן שיגרה הסוכנות 13 חלליות פרוגרס לא מאוישות (וכן את היחידות "ספקטר" ו"פרירודה" שבנייתן ושיגורן מומנו על ידי ארצות הברית) שהביאו אספקה וניסויים לתחנה.
עלותה של משימת סויוז בשנות ה-90 הייתה כ-80 מיליון דולר (בדולרים של 2010), אך מכיוון שרוסיה הייתה מוכרת מושבים בטיסות (כפי שהיא עדיין מוכרת), עלות המשימה הייתה יורדת באופן משמעותי. בכל אופן, אם משמיטים את מכירת הכיסאות, עלותם של 7 המשימות נאמדת בכחצי מיליארד דולר. שיגור ק"ג מטען בחללית פרוגרס נאמד בכ-25,000 דולר, ועל כן עלותה המקסימלית של משימת פרוגרס (מסדרת פרוגרס M), שכושר נשיאתה המקסימלי הוא 2,600 ק"ג, היא כ-65 מיליון דולר. אם מכפילים סכום זה במספר הטיסות, יוצא שרוסיה הוציאה על אספקת התחנה (בתקופת התוכנית) כ-850 מיליון דולר. סכום זה לא כולל את עלות האספקה עצמה. משכלול הסכומים יוצא שרוסיה הוציאה במהלך התוכנית, אך לא כחלק ממנה (משימות אלו, כמו משימות המעבורות, היו סביר להניח משוגרות גם אילולא הייתה התוכנית), כ-1.35 מיליארד דולר.
ביקורת.
בעיות בטיחות ותוצא מדעי.
הביקורת על התוכנית עסקו בעיקר בנושא הבטיחות בתחנה המתיישנת, ואלו התגברו לאחר פריצת השרפה בתחנה והתנגשות חללית פרוגרס בה ב-1997.
השרפה, שפרצה בעקבות תקלה במערכת ייצור חמצן, בערה בין 90 שניות (על פי הדיווחים הרשמיים) ל-14 דקות תמימות (על פי דיווחים לא רשמיים), והפיקה כמויות גדולות של עשן רעיל שהתפוגג לחלוטין רק כעבור 45 דקות, דבר שאילץ את הצוות לחבוש מסיכות גז ומשקפי מגן, שחלקם התגלו כפגומים. כמו כן התברר כי מטפי כיבוי האש היו בלתי ניתנים להזזה. השרפה פרצה בעת חילופי משלחות, כך שבתחנה שהו שישה אנשי צוות ולא שלושה, וכיוון שבעת השרפה פתחה של אחת מחלליות הסויוז (ששימשו כ"סירות הצלה") היה חסום, אם היה נדרש פינוי היה חצי מהצוות נתקע בתחנה. מצב דומה אירע במיר מספר משלחות קודם לכן, אך אז בערה השרפה רק שניות בודדות.
אירוע ה-"near-miss" והתנגשות חללית הפרוגרס בתחנה היוו בעיה בטיחותית חמורה בהרבה. שני אירועים אלו נגרמו שניהם מבעיה זהה במערכת העגינה הידנית של חללית הפרוגרס, שהייתה אז בהליכי ניסוי ופיתוח. מערכת העגינה הידנית עבור חללית הפרוגרס פותחה במטרה להחליף את מערכת העגינה האוטומטית שלה, שהייתה יקרה מידי עבור רוסקוסמוס.
אירועים בטיחותיים אלו הצטרפו לביקורות על אמינותה של התחנה המתיישנת. האסטרונאוט בליין האמונד טען כי נאס"א מתעלמת מבעיות הבטיחות במיר, וכי תיעוד פגישות בנושאי בטיחות "נעלמו מכספת נעולה". מיר תוכננה במקור לפעול 5 שנים בלבד, אך פעילות התארכה לפי שלוש. במהלך "שלב מספר אחת" וגם לאחריו, הראתה התחנה סימני הזדקנות. קריסת מערכות המיחשוב, איבוד הכוח החשמלי, רעידות לא מבוקרות ודליפות היו אירועים שכיחים בתחנה. גם מערכת ייצור החמצן חוותה בעיות, וצוות התחנה נאלץ לסמוך על מערכת הגיבוי שגרמה לשרפה ב-1997.
נקודת ביקורת נוספת על התוכנית הייתה רמת התוצא המדעי מן התחנה, במיוחדת לאחר איבוד יחידת המעבדה "ספקטר" לאחר התאונה. אסטרונאוטים, מנהלים בנאס"א ואנשים נוספים התלוננו על כך שיתרונות התוכנית זניחות לעומת התועלת המופקת ממנה, במיוחד בהתחשב בכך שרוב הניסויים המדעיים האמריקאיים היו לא נגישים בתוך "ספקטר". כלל בעיות אלו הביאו את נאס"א לדון בהמשך התוכנית מספר פעמים, אך בכולם החליטה נאס"א לבסוף להמשיך בה, דבר שהביא עליה ביקורת רבה מצד התקשורת.
גישות.