לפי תורת המונאדות, העולם כולו בנוי מאינסוף חלקיקים קטנים לאין שיעור, לא מוחשיים, שמרכיבים את הכול. המהות האונטולוגית של המונאדה היא הפשטות הבלתי ניתנת לרדוקציה שלה. שלא כמו חומר, מונאדות אינן בעלות שום סממן חומרי או מרחבי. ההוכחה המרכזית שלו לתפיסה זו, היא ניסוי מחשבתי שבו מפרקים בכל-פעם עצם לעוד ועוד חלקים. לייבניץ טען שנהייה חייבים, בסופו של דבר, להגיע למרכיבים הבסיסיים ביותר של העצם, אחרת לא ניתן להסביר ממה הוא בנוי (אם חלקיקים מהם הוא בנוי גם הם בנויים ממשהו), שזו הרי טענה אבסורדית. החלקיקים אליהם נגיע בסוף לא יכולים להיות חומריים, ובכלל לא להימצא במרחב, שהרי המרחב תמיד ניתן לחלוקה (אם נמצא אובייקט כלשהו התופס חלק במרחב, נוכל להסתכל כעת על חצי מהאובייקט, ולאחר-מכן על חצי מהחצי של האובייקט, וכך הלאה) וכך הגיע למסקנה שהעולם מורכב מאינסוף ישויות קטנות ו"רוחניות" (לא חומריות), להן קרא "מונאדות", וכל אובייקט בנוי מאינסוף מונאדות שכאלו. הוא הבהיר שלא כל המונאדות יכולות להיות מודעות לעולם החיצוני או לעצמן.
בכך פתר את הבעיה הפסיכופיזית שהעלה דקארט, המנסה לברר איך העולם החומרי משפיע על העולם הרוחני (למשל: אם אני יודע על מקרה שקרה, המקרה החומרי משפיע על התודעה שלי, שהיא, לפי תפיסתו של דקארט, רוחנית). לייבניץ טוען שמכיוון שהכול בנוי ממונאדות שכאלה, למעשה כל העולם רוחני, והימצאות העולם החומרי אינו אלא אשליה, וכך מראש לא קיימת בעיה של קשר בין העולם הרוחני לעולם החומרי.
אך בפתרון זה מתעוררת בעיה חדשה: אם כל העולם הוא רוחני, גם התהליכים הנצפים של סיבה-ותוצאה הם למעשה רוחניים, וכך לייבניץ נצרך להסביר איך הישים הרוחניים משפיעים זה על זה. את הבעיה הזו הוא פתר בעזרת רעיון האלוהים: הוא טען, למעשה, שגופים לא משפיעים זה על זה, אלא חיים מראש בהרמוניה. הוא טוען שמה שאנו תופסים כסיבתיות, למעשה מקרה יחיד אותו כל גוף תופס מזווית אחרת באופן הרמוני תואם, שהאחראי להרמוניה זו הוא אלוהים. נראה שהרמוניה זו היא אחת מכוונותיו של לייבניץ בטענה "זה הטוב שבעולמות האפשריים".
מונאדות שונות מאטומים גם בעצמאותן ההדדית המוחלטת, כך שאינטראקציות בין מונאדות הן רק למראית עין. למעשה, מכורח העקרון של ההרמוניה שניטעה מראש, כל מונאדה מתנהגת בהתאם לאוסף מתוכנת של "הוראות" (לכל מונאדה תוכנית משלה), כך שמונאדה "יודעת" מה לעשות בכל רגע. כלומר, לפי תורה זו, לכל מונאדה יש זהות שלמה משלה, המכילה בתוכה את כל התכונות של המונאדה, ובהן את כל מה שהמונאדה חוותה או תחווה. אלוהים משתיל במונאדות מראש תכונות תואמות. למשל: אם מונאדה A מכילה בתוכה את התכונה שבזמן X תהיה מתחת למונאדה B, אז מונאדה B מכילה בתוכה את התכונה שבזמן X תהיה מעל מונאדה A. וכן, אם מונאדה A מיועדת להתנגש במונאדה B, אז מונאדה B גם מיועדת לזוז ברגע שלאחר ההתנגשות (מה שאנחנו תופסים כסיבתיות). מכוח ההוראות המובנות האלו נובע כדבריו של לייבניץ כי: "כל מונאדה היא כמו מראה קטנה של היקום כולו". מונאדות לא חייבות להיות "קטנות"; כל בן אנוש מרכיב מונאדה.
לפי השיטה הפילוסופית הזו, לא תיתכן בחירה חופשית (שהרי המעשים אותם תבצע כבר כלולים בתכונות שאלוהים השתיל בך מראש), אלא רק "בחירה מתוך עצמך", בה דגל לייבניץ ואפילו ראה בה סוג של בחירה חופשית: אמנם לא "תבחר" איך לפעול, אבל תפעל לפי התכונות שנקבעו לך מראש, כלומר שלפי התכונות שלך, לפי עצמך בלבד, שום גורם חיצוני לא ישפיע עליך (הרי לייבניץ לא האמין בסיבתיות).
בחירה חופשית.
כמו שפינוזה ופילוסופים נוספים רבים בתקופתו, לייבניץ הציע פתרון משלו לשאלת הבחירה החופשית. למעשה, תורת המונאדות שלו העירה מחדש את הבעיה כאשר נטען כי כל מונאדה מקיימת את כל התכונות, ובניהן כל רצף-ההתרחשות, שאלוהים ייעד לה. משתמע מכך שלא קיימת בחירה חופשית, שהרי אלוהים קבע מראש את גורלו של כל אשר קיים, ומצד שני לייבניץ, כמו רוב ההוגים הנוצריים בתקופתו, טען לקיומה של בחירה חופשית.
לפי לייבניץ, בכלל לא קיים שום מושג שנוכל לומר שהוא עונה על תואר הבחירה החופשית, מלבד פעולה אשר נעשית ללא השפעה חיצונית. כך, למעשה, טען שכל מונאדה פועלת באופן חופשי מעצם העובדה ששום מונאדה אחרת לא יכולה להשפיע עליה, אלא היא מקיימת את הקיום ורצף ההתרחשויות שאלוהים ייעד לה מראש. זה, לדעתו של לייבניץ, מהות הבחירה החופשית: פעולה מתוך ייעודך האלוהי הפנימי ללא כל השפעה חיצונית. לא נוכל למצוא שום הגדרה אחרת לבחירה חופשית שתהיה בעלת משמעות.
זמן.
לייבניץ הוא מדוגלי הגישה הסובייקטיבית למושג הזמן. על פי גישה זו, הזמן הוא נגזרת של התודעה ולא להפך, כלומר - הזמן הוא ביטוי של יכולת התודעה להבחין בשינויים ולחוות אותם, ואין לו משמעות בזכות עצמו. כאשר הכל קפוא ואין שום שינוי - הזמן אינו עובר. לכן גם אין משמעות לתאוריות אודות מסע לאחור בזמן.
גישה זו מבטלת את מושג הזמן כמושג מוחלט, ורואה בזמן עיקרון יחסי ליכולת התפיסה האנושית. יחידות הזמן, על-פי גישה זו, אינן קבועות בפועל (אף על פי שהגדרתן קבועה).
דוגמה: פרק הזמן הכלול ביממה הוא תחושת הזמן הסובייקטיבית של כל אדם, בה הוא חש כי כדור הארץ השלים מחזור שלם. אם האדם חש כי עבר זמן רב (דוגמה: בעקבות יום מלא בהתרחשויות נפשיות), אזי היממה הייתה ארוכה יותר מאשר אילו חלף זמן מועט יותר.
תאודיציה ואופטימליות.
ה"תאודיציה" מנסה להצדיק את חוסר השלמות-לכאורה של העולם, כשהיא טוענת כי העולם הוא הטוב והאופטימלי מבין כל העולמות האפשריים. העולם חייב להיות העולם הטוב ביותר והמאוזן ביותר שבאפשר, מכיוון שהוא נוצר על ידי אל כל יכול ויודע כל, אשר לא היה בוחר ליצור עולם לא מושלם אם עולם טוב יותר בר-קיום היה ידוע לו. למעשה, פגמים הניתנים לזיהוי בעולם היו חייבים להתקיים בכל עולם אפשרי אחר, שאחרת האל היה בוחר ליצור את העולם ללא פגמים אלו. הקטע הבא, הלקוח מתוך חיבור משנת 1714 של לייבניץ, מתאר היטב את השקפתו האופטימית:
הקביעה "אנחנו חיים בעולם המושלם ביותר" נחשבה כמגוחכת אצל בני זמנו של לייבניץ, ובמיוחד אצל וולטר שמצא את הקביעה כה אבסורדית עד שהוא כתב עליה פרודיה בספרו הסאטירי "קנדיד", שם לייבניץ מופיע כ"ד"ר פנגלוס". פרודיה זו היא המקור למונח "פנגלוסיאניזם", שמתייחס לאנשים שחושבים כי אנו חיים בעולם הטוב ביותר האפשרי. עם זאת, אין להבין את אמירתו של לייבניץ כי אנו חיים בטוב בכל העולמות האפשריים בצורה פשטנית, שכן קריאה מעמיקה יותר בכתביו מגלה שלייבניץ לא טען כך במובן הפשטני.
לייבניץ טען שהאמיתות של התאולוגיה (הדת) והפילוסופיה אינן יכולות לסתור אלו את אלו, מכיוון שהגיון ואמונה שניהם "מתנות אל", כך שקונפליקט ביניהן משול לאל הנאבק נגד עצמו. "תאודיציה" היא ניסיונו של לייבניץ ליישב את המערכת הפילוסופית האישית שלו עם הפרשנות שלו לעקרונות האמונה הנוצרית. הפרויקט הונע בחלקו מאמונתו של לייבניץ, שבה נקטו גם פילוסופים ותאולוגים שמרנים רבים בתקופת הנאורות, בטבעה הרציונלי וההגיוני של הדת הנוצרית בהשוואה לדתות הלא-מערביות הפחות מתקדמות לכאורה. הוא גם עוצב על ידי אמונתו של לייבניץ בשלמותו של הטבע האנושי (אם האנושות הייתה נסמכת על הפילוסופיה והדת הנכונה כמדריך), ועל ידי אמונתו שלהכרח מטאפיזי חייב להיות בסיס רציונלי או לוגי, גם אם הסיבתיות המטאפיזית נראית בלתי ניתנת להסבר במונחים של הכרח פיזי (כלומר של חוקי הטבע שהתגלו על ידי המדע).
כיוון שהיגיון ואמונה חייבים להיות מיושבים כליל ונטולי סתירות, כל עיקרון אמוני שלא יכול להיות מוסבר על ידי ההיגיון חייב להידחות. לאורך קו מחשבה זה הגיע לייבניץ לאחת הביקורות המרכזיות של התאיזם הנוצרי: אם אלוהים הוא טוב אינסופי, ידע אינסופי, וכוח אינסופי, כיצד בא הרוע לעולם? התשובה היא (לפי לייבניץ), שבעוד שהאל אינו מוגבל בחוכמתו ובכוחו, ברואיו האנושיים, יצירי כפיו, אינם מושלמים, והם מוגבלים הן במידת חוכמתם והן בכוח הרצון שלהם (כוחם לפעול). אי שלמות זאת היא שמטה מראש בני אדם לאמונות שגויות, להחלטות לא נכונות, ולעשיית פעולות לא אפקטיביות, כל זאת תוך שימוש בבחירה החופשית שלהם. האל אינו ממטיר כאב וסבל על בני האדם באופן שרירותי; אלא הוא מתיר הן רוע מוסרי (חטא) והן רוע פיזי (כאב וסבל) כתולדות הכרחיות של הרוע המטאפיזי (חוסר השלמות), וזאת כאמצעי שבעזרתו בני האדם יוכלו לזהות ולתקן את ההחלטות השגויות שלהם, וכניגוד לטוב האמיתי.
יתרה מכך, אף שפעולות בני האדם נובעות מסיבות ראשוניות שמקורן באל עצמו ולפיכך הן ידועות לאל, השימוש שהאדם עושה בבחירה חופשית במסגרת חוקי הטבע, שבהם רק לעיתים אכן נדרשת בחירה, ההחלטה לבחור מספקת לבני האדם סיכוי מסוים להימלט מגורלה הקשה של הגזירה הקדומה.
מחשבה סימבולית.
לייבניץ האמין כי את רבות מצורות החשיבה וההסקה האנושיות ניתן לצמצם לחישובים מסוג מסוים, ושכאלה חישובים יוכלו לגשר על הפערים בין דעות שונות:
"הדרך היחידה לתקן את דרכי המחשבה שלנו היא להפוך את צורות הכתיבה שלהן לגמישות כמו אלו של המתמטיקאים, כך שנוכל למצוא את השגיאות שלנו במבט חטוף, וכך שכאשר יש חילוקי דעות בין אנשים, נוכל פשוט לומר: בואו נחשב, מבלי לעשות שום דבר נוסף, כדי לראות מי צודק".