בשנת 1483 עשה מגלה הארצות דיוגו קאו עשה את דרכו מגאנה לשפך הנהר של קונגו. בכך היה לא רק הפורטוגלי הראשון, אלא אף האירופאי הראשון, שכף רגלו דרכה במקום אי פעם (בנושא זה, ראו עידן התגליות האירופי). מן ההיתקלות הראשונה שלו עם אנשי שבט הסויו, הבין קאו שהוא נמצא בשוליה של אימפריה. לאחר שנתיים ביקר במבנזה קונגו והחל את המסחר בין הפורטוגלים לאנשי הבקונגו. מלך קונגו, נזינגה קוו, גילה עניין רב בזרים החדשים, וכאשר דיוגו קאו הפליג בחזרה לפורטוגל התלוו אליו כמה שליחים מטעם המניקונגו במטרה לצפות ולדווח עם שובם. השליחים אכן חזרו ב-1491 מלווים במיסיונרים פורטוגלים ובחיילים אשר הציגו מגוון סחורות אירופאיות. נזינגה קוו התרשם עמוקות וכבר באותה שנה התנצר יחד עם בנו נזינגה מבמבה (שלאחר מכן שינה את שמו לאפונסו הראשון).
בעקבות המפגש שלו ושל אביו עם הפורטוגלים, הפך אפונסו לחסיד נלהב של התרבות האירופית, וכאשר עלה לשלטון לאחר מות אביו דאג לעשות צעדים נוספים כדי לחזק את הקשר בין שתי הממלכות. למשל, אימוץ מנהגיו של בית המלוכה הפורטוגלי על ידיו ועל ידי אליטת הבקונגו, פתיחת שערי הממלכה ליבוא מוצרים מאירופה ומהאמריקות ואפילו שליחת בנו הנריקה להתחנך בפורטוגל. אפונסו האמין שבזכות יחסיו עם אירופה ואימוץ תרבותה הוא יקדם ויחזק את ממלכתו, אולם המציאות הוכיחה אחרת. אף על פי שצעדים אלה השפיעו פחות על אזורי הפנים של הממלכה, הרי שבאופן כללי אימוץ תרבותה של אירופה, כמו גם הסחורות שהביאה, גרמו למחלוקות וסכסוכים פנימיים, שבסופו של דבר גרמו להתפוררות הממלכה. יותר מכך, הרעב הבלתי מתכלה של הפורטוגלים לעבדים החליש את כוחו ומעמדו של אפונסו בקרב נתיניו. בשנת 1526 שלח אפונסו איגרת בהולה למלך פורטוגל ז'ואו השלישי ובה ביקש ממנו להשליט סדר בנתיניו. מכתבים אלה זכו להתעלמות מצד ז'ואו.
לאחר מותו של אפונסו ב-1540 נאלצה קונגו להתמודד עם פלישות חוזרות ונשנות מצד עם לא ידוע שמופיע במקורות הפורטוגזיים בשם ג'אגה. יש הטוענים שאותם ג'אגה היו למעשה רק זרים שסייעו למרידות הפנימיות של הבקונגו. המרד או הפלישה הגיעו עד לעיר הבירה וסביבותיה מה שהוביל לבריחתו של המלך אלוורו הראשון לגלות.
בעקבות המצב ביקש אלוורו הראשון עזרה מהמושל של סאו טומה שנענה לבקשתו. בעזרת הסיוע הדף אלוורו את המורדים וכבש מחדש את האזור עד אמצע שנת 1570.
בחסות שלטונם של אלוורו הראשון ויורשו אלוורו השני ידעה הממלכה תקופה של שקט יחסי. אלוורו הראשון והשני אפילו הצליחו לחזק את שליטתם במעט ולהגן על ממלכתם מפני חדירה פורטוגזית. דבר שהצליח בעיקר הודות לעובדה שתשומת הלב הפורטוגזית הייתה מרוכזת באותו זמן בעיקר באזורים שמדרום לקונגו, אך אחרי מותו של אלוורו השני ב-1614 התעוררו מחלוקות בנוגע לבעלות על ארצות מסוימות בין ממלכת קונגו למושל הפורטוגזי של אנגולה. מחלוקת זו נוצרה כיוון שהמושל הפורטוגזי החדש של אנגולה, לואיס מנדס דה ואסקונסלוס, השתמש בשכירי חרב אפריקנים אשר נקראו אימבנגאלה כדי להתחיל מלחמה עם נדונגו (ממלכה אפריקנית שהייתה עצמאית לפני בואם של האירופים), כדי לבזוז פרובינציות מסוימות של ממלכת קונגו וכדי לעשוק לחלוטין וללכוד עבדים מלואנדה. אך סכסוך זה לא הסתיים גם כאשר התחלף המושל.
לאחר מותו של מלך קונגו אלוורו השלישי שלח המושל החדש קאו קורייאה דה סוסה את האימבנגאלה לתקוף את דרום קונגו. הסיבה לפעולה זו, כך טען קאו קורייאה דה סוסה, הייתה זכותו לבחור את המלך הבא של קונגו. קאו קורייאה דה סוסה המשיך את המתקפה כאשר שלח את אנשיו לתקוף את קאסאנזה משם המשיך לנאמבו א נגונגו ולאחר מכן התקדם למבמבה. הקרב שם ידוע כיום כקרב על מבומבי. אך רצף הצלחותיו של קורייאה דה סוסה נקטע כאן כיוון שמלך קונגו החדש פדרו השני שלח את הצבא הראשי של קונגו בצירוף כוחות מפרובניציית סויו כדי לעצור את הפולשים ואכן קוריאה דה סוסה וכוחותיו הפורטוגזים הובסו. דבר ששם קץ לסכסוך בין פרובינציית אנגולה וממלכת קונגו.
למרות ניצחונה המוחלט של קונגו במלחמה לא שכח המלך פדרו השני את פעולותיהם של הפורטוגזים. בתור נקמה ולמען עתיד בטוח לממלכתו החליט פדרו השני לסלק את הפורטוגזים אחת ולתמיד מהאזור. למטרה זו הציע פדרו השני ברית למעצמה אירופית אחרת שעד כה לא הייתה מעורבת בנעשה במדינות אלה של אפריקה, הולנד, אשר הסכימה.
הפלישה ההולנדית ויחסי קונגו-הולנד.
הצעת הברית להולנד הייתה כזו: המלך פדרו השני הציע לצרף את צבא קונגו לצי ההולנדי ולערוך מתקפה גדולה על אנגולה, בתמורה לעזרה זו הבטיח פדרו שישלם להולנדים בסכומים גדולים של כסף זהב ושנהב, ההולנדים הסכימו וב-1624 הגיע הצי ההולנדי ללואנדה תחת פיקודו של האדמירל הידוע פיית פייטרסזון היין (או בקיצור פיית היין) כדי להתחיל את המתקפה משם. אך תוכנית זו לא בוצעה בסופו של דבר שכן פדרו השני מת בטרם תוכנית זו יצאה לפועל. בנו הנבחר של פדרו גרסיה מוומבה א נקאנגה (או גרסיה הראשון) החזיק בדעות יותר מתונות כלפי הפורטוגזים וסירב לשתף פעולה עם ההולנדים בטענה שכקתולי הוא לא יוכל לשתף פעולה עם לא קתולים.
התגובה ההולנדית לא איחרה לבוא, ב-1641 פלשו ההולנדים לאנגולה לבד ושוב הציעו לקונגו ברית. בתגובה המלך גרסיה שלח כוח לדרום קונגו כדי לסייע בהתקפה על המחנה הפורטוגזי באנגולה. להולנדים היו בני ברית נוספים בדמות מלכת נדונגו נג'ינגה מבנדה אך לאחר שכוחה הובס על ידי הפורטוגזים ההולנדים התחייבו בפניה ובפני גרסיה לסייע יותר. ממלכת קונגו סייעה גם בקרב של קומבי אשר התרחש ב-1647 שבו ההולנדים וממלכת נדונגו הביסו את הפורטוגזים לאחר שההולנדים פלשו לאנגולה וכבשו את לואנדה. ממלכת קונגו מיד כרתה ברית רשמית איתם והבטיחה להם סיוע צבאי בשעות הצורך. אך בניגוד לבני בריתם נדונגו וקונגו מטרתם העיקרית של ההולנדים לא הייתה לסלק את הפורטוגזים מאנגולה אלא לנצל את האזור מסחרית.
מהצד השני של הברית ההולנדים סיפקו לקונגו סיוע צבאי תמורת עבדים. דוגמה לסיוע זה אפשר לראות בדיכויו של מרד נסאלה, מרד שנעשה על ידי אנשי המחוז הדרומי של פרובינציית דמבוס. ההולנדים שלחו כוח צבאי על מנת לעזור לגרסיה השני לדכא את המרד. פעולה זו חיזקה את הברית ההולנדית-קונגואית.
הברית בין שתי המדינות המשיכה לגדול מפאת אויב משותף, הפורטוגלים. שתי המדינות ובמיוחד ההולנדים המשיכו לתקוף ללא הפסקה את מעוזי הפורטוגלים באפריקה. ב-1643 הכוחות המשותפים של אנשי בקונגו נאמנים לגרסיה השני ושל ההולנדים תקפו מעוזים פורטוגליים על נהר הבנגו והכריחו את הפורטוגלים לסגת ממעוזיהם במוקסימה ומאסאנאגנו אשר שוכנים על נהר הקוונזה. לאחר הניצחון, כיבוש אנגולה הפסיק לעניין את ההולנדים, אשר תשומת לבם עברה למושבות הפורטוגזים בברזיל. ההולנדים רצו לחסוך בהוצאות מלחמה מיותרות ולהרוויח במקום זאת ממשלוחים ימיים של סחורות מאנגולה לקולוניות האחרות שלהם. מסיבה זו, למרות תבוסתם של הפורטוגזים הרשו להם ההולנדים להישאר באזור, למגינת לבו של גרסיה השני שראה את הפורטוגזים וההולנדים חותמים על הסכם שלום.
לאחר הסכם השלום ב-1643 התערבות הפורטוגלים וההולנדים בנעשה באזור פחתה. ללא האיום של אף מעצמה אירופית פנה גרסיה השני לטפל באיום חדש מבית, איום בדמותו של המנהיג של שבט הסויו.
מלחמת קונגו בסויו.
שבט הסויו ובמיוחד מנהיגיו היו ידועים כלוחמים נועזים מטעם בית נסונדי ולאחר מכן מטעם בית קינלאזה. אחד ממנהיגי הסויו, פאולו סייע לבית קינלאזה להשתלט על שבט הסויו. אך פאולו נפטר בערך בזמן שבו גרסיה עלה למלוך על קונגו ב-1641. ב-1641
לאחר מותו של פאולו מנהיג מורד בשם דניאל דה סילוה נצר לבית קווילו השתלט על מחוז הסויו כמנהיג החדש של השבט ושל בית קינלאזה. הוא טען שלסויו יש זכות לבחור את מנהיגיהם בעצמם. גרסיה סירב לקבל טענה זו והכריז מלחמה על המורדים.
על הכוחות שנשלחו לדכא את המרד פיקד בנו של גרסיה אפונסו. אך המבצע היה כישלון צורב כיוון שצבא קונגו לא הצליח לחדור את הביצורים של סויו. בנוסף אפונסו נפל בשבי מה שהכריח את גרסיה לנהל משא ומתן משפיל מבחינתו עם דניאל.
המתווכים במשא ומתן היו מסיונרים ממסדר קפוצ'ין. ב-1646 גרסיה ניסה שנית להכניע את הסויו אך נכשל שוב.
שובם של הפורטוגזים.
כיוון שהיה עסוק בניהול מלחמה כנגד הסויו לא היה גרסיה יכול לסייע להולנדים במלחמתם בפורטוגזים, שבינתיים אילצו את הראשונים לסגת מאנגולה בעוד המושל הפורטוגזי החדש סלוודור דה סה דרש מקונגו להעביר את השליטה על לואנדה (שהייתה ידועה כמקור הכסף, ההספקה, וקונכיות הנזימבו של קונגו) לפורטוגזים. על אף שקונגו מעולם לא חתמה על הסכם שכזה עברה השליטה בפועל לידי הפורטוגזים. בנוסף, היו הפורטוגזים מעוניינים להשתלט על מבווילה, מדינת חסות קטנה של קונגו שחתמה על הסכם חסות גם עם פורטוגל ב-1619. על אף שהפורטוגזים ניסו לכבוש אותה לעיתים קרובות, מדינת מבווילה נשארה מבחינה מעשית תחת שלטונה של קונגו.
מלחמת האזרחים של קונגו.