החל מהמאה ה-16 רוב ארצות צפון אפריקה נכנסו באופן הדרגתי תחת שלטונה של האימפריה העות'מאנית. יוצאת דופן לכך היא מרוקו ששמרה על מעמד עצמאי תחת השושלות השריפיות (השושלת הסעדית והשושלת העלאווית). שינוי נוסף שחל מהמאה ה-16 הייתה התערבות גוברת של ארצות אירופה בנעשה בצפון אפריקה, והתפתחות של מסחר בינלאומי בין אירופה לצפון אפריקה. היהודים נהגו לרוב לשמש בתפקיד של מתווכים וסוחרים בין שני האזורים. לעיתים קרובות ארצות צפון אפריקה סבלו מאי-יציבות, שלעיתים התבטאה בהתפרצויות אלימות נגד יהודים.
במהלך המאה ה-19 ההתערבות של אירופה בארצות צפון אפריקה התגברה, כעת מתוך עמדת עליונות מובהקת. אחת אחר השנייה ארצות צפון אפריקה נכנסו תחת שלטון קולוניאלי אירופאי. תחת שלטון אירופאי ישיר מעמדם של היהודים השתפר לרוב, וההגבלות והסנקציות המסורתיות כנגדם בוטלו.
הקהילות היהודיות השונות בצפון אפריקה שמרו על זיקה לארץ ישראל לאורך הדורות, כפי שמתבטא בממצאי גניזת קהיר ובעליות קדומות לארץ ישראל מהארצות השונות. לאחר הקמת מדינת ישראל רוב יהודי צפון אפריקה עלו למדינה הצעירה, ומיעוטם היגרו לארצות אירופה (במיוחד צרפת) וצפון אמריקה.
יהדות קרן אפריקה.
ישנם מספר מסורות על ההגעה של היהודים לאתיופיה דהיום:
יהודי ביתא ישראל הקימו ממלכה יהודית עצמאית בצפון-מערב אתיופיה, ממלכה זו השתרעה בתחילה באזורי דאמבייה וסאמיאן וקמה על פי הנוסע הסקוטי ג'יימס ברוס במאה ה-4. ממלכה זו הייתה תמיד בעימותים כנגד קיסרי אתיופיה הפעם היחידה שידם של יהודי אתיופיה הייתה על העליונה הייתה בשנת 858 כאשר קהילה זו התמרדה בראשות יהודית המלכה, מרד זה הוביל את הממלכה היהודית לתקופת זוהר (858–1270) וגרמה לנפילתה של קיסרות אקסום ועליית של שושלת זאגווה. ממלכה זו של היהודים שרדה עד מאורעות האינקוויזיציה האתיופית שהחלה ב-1624 ונמשכה עד 1627 - שנת סיפוחה של הממלכה לאימפריה האתיופית הנוצרית. היהודים תושבי ממלכה זו היוו לאחר מכן את האליטה השלטת באתיופיה עד לדעיכה בזמן תקופת השופטים האתיופית ולאחר מכן מאמצי המיסיון הנוצרי לנצר את הקהילה. לאתיופיה שבה נהרגו יהודים רבים. מלחמות אלו של היהודים כנגד הנוצרים הולידו קהילה חדשה של נוצרים חדשים, שנודעה בכינוי פרס מורה. בשלטונום של הקיסרים מנליק השני והיילה סלאסי היהודים זוכים לחופש פולחן. עלייתה של החונטה הצבאית האתיופית סיכנה את שלמות יהודי אתיופיה כקהילה בעקבות מדיניות היישוב מחדש שיישבה יהודים ונוצרים זה לצד זה. בהוראת מנחם בגין החל הסיוע החשאי לעליית יהדות אתיופיה, ולאחר שגבר החשש לחיי אלפי היהודים במחנות הפליטים בדרום סודאן יצא לדרך מבצע משה. בשנים 1989–1991 התחדשה העלייה הישירה מאתיופיה לישראל בתמורה לנשק ישראלי שסופק לחונטה הצבאית באתיופיה. בשנת 1991 מלחמת האזרחים האתיופית הגיעה לשיאה וישראל חתמה עם אתיופיה על ההסכם שהוביל למבצע שלמה.
יהדות מערב אפריקה.
לפי מקורות מוסלמיים מהמאות ה-16 וה- 17, מספר קהילות יהודיות התקיימו כחלק מאימפריות של גאנה, מאלי וסונגהאי. אחת מהקהילות הללו נוסדה על ידי יהודים ממצרים, אשר נדדו דרך הסאהל למאלי. קהילה נוספת מוזכרת במקורות אלו כקהילת 'בַּנִי ישראל' שהתקיימה בשנת 1402 בתינדירמה שלטו בה שבעה נסיכים בעלי צבא שהיו בבעלותם 333 בארות.
מקורות נוספים טוענים שקהילות יהודיות נוספות באזור קמו על ידי מהגרים ממרוקו, מצריים, תימן ופורטוגל. חלק מהקהילות אוכלסו על ידי ברברים יהודים. קבוצות אחרות נדדו דרומה בעקבות יחס רע מצד חלק מהשליטים המוסלמים.
הלמבה.
הלמבה הם קבוצה אתנית באפריקה הדרומית. על אף שהם דוברים את שפות הבנטו בדומה לשכניהם, מקיימים בני הלמבה מנהגים דתיים הדומים ליהדות ולמסורות שמיות אחרות. בני הלמבה מאמינים כי הם צאצאיהם של שבטים נודדים שמקורם ביהדות תימן.
מחקרים תורשתיים שנערכו מסוף שנות התשעים של המאה ה-20 ועד היום מצאו בקרב מספר ניכר של גברים מקרב הלמבה רב-צורתיות של כרומוזום Y שכונה , אשר העיד לטענת המחברים על היותם צאצאים של אהרן הכהן. ככלל, שאלת הזיקה התורשתית בין תפוצות העם היהודי מעוררת עניין חריג בשיח הציבורי בישראל ובתפוצות. במקרה של בני שבט הלמבה וקהילת בני ישראל בהודו, השפיעה קיומה של אסמכתא מדעית לדמיון תורשתי בינם לבין עם ישראל על גיבוש זהותם והגדרתם העצמית למול שכניהם.
שושלת בובה בקרב בני הלמבה סומנה כשושלת כוהנית עיקרית לפי מחקרים אלה. מדגם מקרב השושלת הזו העלה כי 52% הם נשאי "גן הלוויים". ההשערה כי קיים בכלל "גן לוויים" הופרכה בשנת 2006. גם על המחקרים האחרים נמתחה ביקורת חריפה, בין היתר משום שלא הוכיחו כי יש מובהקות סטטיסטית לממצאיהם. בשנת 2006 נמצא כי דרוש מדגם של אלפי נבדקים מכל קבוצת אוכלוסייה כדי למצוא סמן תורשתי עקבי. לפיכך, הסמן התורשתי שכונה בתקשורת "גן הכוהנים" אינו אלא תולדה מקרית של עשרות הנבדקים שנבחרו למחקרם של פרופ' סורצקי ועמיתיו. בשנת 2008 הופרכו ההנחות הכמותיות שבבסיס מחקריהם, במקרה של בני אדם וזבובים.
בין אם מוצאם של הלמבה הוא מן היהדות ובין אם לאו, רוב בני הלמבה לא מקיימים חיים יהודים מאות רבות. על אף שרובם אינם רואים סתירה בין עברם היהודי לבין אמונתם בנצרות או באסלאם, לאחרונה מספר ניכר מהם עושה מאמץ להתקרב לזרמים המרכזיים ביהדות. ניסיונות אלו נתמכים על ידי גורמים חיצוניים.
קבוצות הטוענות למוצא יהודי.
כמו כן קיימות קהילות יהודיות נוספות וקהילות אחרות אשר טוענות לזיקה ליהדות. קהילות אלו כוללות את:
יהודי האיגבו.
יהודי האיגבו בניגריה הם חלק מהקבוצה האתנית איגבו. הם טוענים למוצא של יהדות צפון אפריקאית ומצרית, כמו גם כתוצאה מנדידות יהודים למערב אפריקה. על פי תורתם שבעל פה נדידת היהודים מערב החלה לפני כ־1500 שנים. לפי תורתן של משפחות ארי, נרי ואוזובולו, הקבוצה האתנית של האיגבו מוצאה משבטי גד, מנשה וזבולון.
מסורות איגבואיות טוענות שחלק ממשפחת נרי הוא נצר לכוהני משפחת לוי שהיגרו מצפון אפריקה. "גודאים" ו"עיבּרים" היו יהודים אשר החזיקו ברוב המסורות העבריות בקרב עמי האיגבו. קבוצות אלו שמרו על מסורות יהודיות היות שהיו מבודדות יותר משאר החברה הניגרית. זאת בעוד שמרבית הקבוצות האתניות היהודיות איבדו את מנהגיהם היהודיים.
בעשורים האחרונים נבנו על ידי יהודים מארצות הברית שני בתי כנסת לטובת יהודי האיגבו בניגריה. נוסף על שני אלו ישנם 24 בתי כנסת נוספים בניגריה וחוקרים מעריכים את גודל הקהילה שנוהגת על פי היהדות בכ־30000 בני איגבו.
אקווה איבום ויהודי עבר הנהר.
עמי האננג, אפיק ואיביביו של אקווה איבום ומדינות עבר הנהר של ניגריה היו בעלי מסורות דתיות שדמו מאוד למצוות ומסורות מן התורה. אלו כוללים את מנהג הכפרות ואת מנהגי העלאת הקורבנות.
מיסיונרים אירופאים שהגיעו לאזור בתחילת המאה ה-15 כינו את מנהגיהם "דת מסורתית". אף על פי כן, הם מזהים את מנהגיהם ומורשתם כיהודיים במוצאם. הם מזהים את עצמם כצאצאי בני ממלכת ישראל, אשר נדדו לפני גלות בבל לאזוריהם בניגריה דרך מצריים, אתיופיה וסודאן. הם מתפללים בבתי כנסת ומקיימים תפילות בשבת.
קמרון.
יש הטוענים כי בעבר הייתה נוכחית יהודית קיימת בקמרון כתוצאה מסוחרים יהודים שהגיעו ממצרים. קהילות אלו שמרו על הפרדה בין בשר וחלב והניחו תפילין. טענה אחרת גורסת כי יהודים הגיעו לקמרון לאחר שגורשו דרומה במהלך הכיבוש המוסלמיים בצפון אפריקה.
הטענות העיקריות לקיומה של נוכחות יהודית נובעת מרבי ישראל אוריאל בן משה. שם לידתו של אוריאל היה בודול נגימבוס והוא נולד בשבט הבאסה. לדבריו מקור המלה "באסה" נובעת מהמילה היהודית "במסע" ומשמעותה ברכה לנוסעים. רבי אוריאל טוען שהוא חלק ממשפחת הלויים צאצאי משה.
רבי אוריאל עלה לישראל בשנת 1988, הוסמך כרב על ידי הרב הראשי הספרדי ומונה כרב יהודי קמרון.
רבי אוריאל טוען כי בשנת 1920 היו בקמרון 400,000 'בני ישראל', אך עד שנת 1962 צנחו המספרים ל 167,000 בעקבות תהליכי התבוללות עם הנוצרים והמוסלמים. הוא הודה ששבטים אלו לא מוכרים על פי ההלכה על אף שקיבלו הכרה ממקורות רבניים בימי הביניים.
הורי השחקן האמריקאי יפת קוטו היו יהודים קמרונים וקוטו עצמו שמר על זהות יהודית.
הגירה בימי הביניים.
צפון אפריקה.
ההגירה הגדולה ביותר של יהודים לאפריקה הגיעה בעקבות פרעות שנת התקנ"א (1391) גירוש יהודי ספרד בשנת 1492 ולאחריהן בריחת יהודים אנוסים מן האינקוויזיציה הספרדית, כמו כן גלי הגירושים מפורטוגל וסיציליה שעקבו לו. רבים מיהודים ספרדים אלו התיישבו בצפון אפריקה.
סאו טומה ופרינסיפה.
ז'ואאו השני, מלך פורטוגל הגלה לסאו טומה ופרינסיפה בסוף המאה ה-15 כאלפיים ילדים יהודים בגילאי שנתיים עד עשר שנים. רובם מתו מרעב וממחלות או נפלו טרף לשיני תנינים, ולאחר כשנה רק כ-600 מהם נותרו בחיים. למרות זאת, בתחילת המאה ה-17, הבישוף המקומי ציין בגועל שעדיין קיימת שמירת מנהגים יהודיים באי ושב לפורטוגל בגלל תיסכולו מהם. על אף שהמנהגים היהודיים דעכו לאורך המאות, חלק מאזרחי סאו טומה ופרינסיפה מודעים למוצאם היהודי.
מאלי.
כמה אלפי אנשים החיים בטימבקטו, מאלי הם צאצאיהם של יהודים. במאה ה-15 מורים ויהודים רבים ברחו מהרדיפות בספרד והיגרו דרומה לטימבקטו, שהייתה חלק האימפריה הסונגאיית. ביניהם היו בני משפחת קהת (קע'תי), צאצאי ישמעאל ג'אן קות אל-יהודי משיידה, מרוקו. בני המשפחה הקימו שלושה כפרים שקיימים עד ימינו באזור טימבקטו.