ההשקעה הרבה השתלמה ובעונת זכתה הקבוצה באליפות תחת הדרכתו של המאמן יוסי מזרחי, אשר החליף את אוסבלדו ארדילס כבר בתחילת העונה. על אף הזכייה באליפות, לא הוארך חוזהו של מזרחי. בתחילת מונו יצחק שום כמאמן וגיורא שפיגל כמנג'ר ויועץ מקצועי. בנוסף מונה למנכ"ל המועדון השוער איציק קורנפיין, שפרש ממשחק פעיל. התוצאה הייתה מוצלחת למדי ולראשונה בעידן גאידמק לא הוחלף המאמן במשך כל העונה. אמנם בתחילתה כשלה בית"ר להעפיל מהסיבובים המוקדמים של ליגת האלופות כשהפסידה לפ.צ. קופנהגן בשלב המוקדמות הראשון, אך בהמשך התבססה שליטתה בליגת העל. בסיומה של העונה לאחר משחק גמר גביע דרמטי במיוחד בו ניצחה את היריבה המרה הפועל תל אביב בדו-קרב בעיטות עונשין לאחר 0-0 בסיום 120 דק', הצליחה הקבוצה לזכות בדאבל היסטורי למועדון ולבסס את מעמדה בתור הקבוצה החזקה בישראל בשנים אלו.
לקראת עונת המשחקים נכשלה הקבוצה במוקדמות ליגת האלופות כאשר הובסה על ידי קבוצת ויסלה קרקוב הפולנית בתוצאה היוצאת הדופן 0–5, לאחר ניצחון של בית"ר בטדי, בתוצאה 1–2 מצמד של אבירם ברוכיאן. דבר שגרר ביקורת רבה מהתקשורת והאוהדים סביב המועדון, ערער את מעמד הקבוצה וגרם לפיטורי המאמן יצחק שום, אשר הוחלף על ידי ראובן עטר. כמו כן, הוחלפה הנהלת הקבוצה, ולתפקיד יושב ראש הקבוצה מונה איציק קורנפיין. בסיום אותה עונה, זכתה בית"ר בגביע המדינה, בפעם השנייה ברציפות ופעם שביעית בתולדותיה, לאחר שניצחה במשחק הגמר את מכבי חיפה בתוצאה 1–2, ובכך מנעה ממנה לזכות בדאבל. למרות הזכייה בגביע מעמדה של הקבוצה נפגע עקב שלא הייתה פקטור במאבק האליפות הליגה מזה מספר עונות.
מצבה ותקציבה של בית"ר השתנה עוד יותר באופן דרסטי בקיץ 2009 לקראת עונת , כאשר ארקדי גאידמק הודיע כי הפסיק את תמיכתו בקבוצה והעניק ליו"ר איציק קורנפיין את הסמכויות המלאות לנהל את הקבוצה ולמצוא לה פתרונות מימון לבדו. לאחר שגאידמק סירב להזרים כספים לקבוצה כמו בשנים עברו, בית"ר הייתה על סף פירוק, ואז הגיע גומא אגייאר, איש עסקים אמריקאי יליד ברזיל, שעשה את הונו בעסקי הגז. אגייאר התעניין ברכישת הקבוצה אך עקב קשיי העברת בעלות וסירובו של גאידמק לשתף פעולה, הסכים לבסוף להיות רק הספונסר של הקבוצה ללא מסמכי בעלות, והעביר ערבות בסכום יוצאת דופן של כ-4 מיליון דולר, שמנעה מהקבוצה לפנות להליך של פירוק. בניגוד לשנים הקודמות בתקופתו של גאידמק כבעלים, עמד התקציב על כ-36 מיליון ש"ח בלבד. במהלך פגרת הקיץ, יצחק שום חזר לקדנציה שנייה בקבוצה עקב התחייבות הקבוצה לחוזה כלפיו עד סוף העונה ושחקן הקבוצה דוד אמסלם שפרש ממשחק פעיל באותה העונה, מונה לעוזר המאמן. בהמשך העונה, בעקבות חוסר הצלחתה של הקבוצה, פוטר שום, ודוד אמסלם מונה כמחליפו עד תום העונה. בעונה זו זכתה הקבוצה בגביע הטוטו לעונת 2009/2010 לאחר שניצחה את הפועל רעננה בתוצאה 0–1 בגמר המפעל. את העונה סיימה הקבוצה במקום החמישי בליגה.
לקראת עונת , מונה שחקן העבר והסמל אורי מלמיליאן למאמן הקבוצה, אך לאחר המחזור ה-18 של הליגה עקב מיעוט בניצחונות, סכנת ירידה ויכולת רעה של הקבוצה, התפטר מלמיליאן מתפקידו ב-17 בינואר 2011. עוד באותו יום מונה רוני לוי למאמן הקבוצה החדש והצליח לייצב את הקבוצה ולהשאירה בליגה. הקבוצה סיימה במקום ה-11 בליגה, הנמוך ביותר מזה שנים רבות.
בהכנה לעונת עזב רוני לוי שקיבל הצעה לאמן בחו"ל, ובמקומו מונה דוד אמסלם למאמן, אך האחרון התפטר מתפקידו מספר ימים לפני פתיחת העונה עקב סיבות אישיות. ב-17 באוגוסט, מספר ימים לאחר התפטרותו של דוד אמסלם, חתם יובל נעים לעונה כמאמן הקבוצה. עקב יכולת חלשה של הקבוצה ולאחר הדחה מגביע המדינה עוד בסיבוב ח' כשהיא מפסידה לקבוצה מהליגה הלאומית, התפטר נעים מתפקידו כמאמן הקבוצה באמצע העונה. במקומו מונה אלי כהן "השריף" שחזר לקדנציה שלישית במועדון, וסייע לקבוצה להישאר בליגה (סיימה במקום התשיעי).
עונת "הצ'צ'נים" (2012/2013).
בקיץ לקראת עונת הקימו אוהדי הקבוצה עמותה ("עמותת אוהדי בית"ר ירושלים") שמטרתה איסוף כספים לשיפור מצבה הכלכלי של הקבוצה, וכן כדי לזכות בייצוג בהנהלת הקבוצה. בחצי העונה הראשונה בית"ר זכתה להצלחה רבה בליגה והציגה כדורגל אטרקטיבי יחסית ששלהב את האוהדים, בנוסף מה שתרם היא העובדה שכמות נכבדת מההרכב הראשון כלל שחקני בית שצמחו במחלקות הנוער של המועדון כגון: אבי ריקן, אריאל הרוש, שי חדד, עמית בן שושן, אלי דסה, טל כחילה ואופיר קריאף. בחלון ההעברות של ינואר בעונה זו, יצאה הקבוצה למשחק ידידות-ראווה בצ'צ'ניה נגד הקבוצה מהליגה הרוסית, טרק גרוזני שהסתיים ב-0-0, ואירח נשיא צ'צ'ניה - שהוא גם בעלי המועדון, רמזן קדירוב. בעקבות זאת חלק מהאוהדים התרעמו וביקורת תקשורתית נשמעה על כך שהקבוצה עוזבת את ישראל עוד במהלכה של עונת הכדורגל בישראל בשביל משחק ראווה שלפי מספר פרסומים זרים נערך בעיקר על מנת לחזק את קשריו של הבעלים גאידמק שסירב להשקיע במועדון במשך מספר עונות אך השתמש בקבוצה לטובתו האישית, וכשלמשחק אין ערך ספורטיבי אמיתי. כמו כן נודע כי הקבוצה חיפשה להתחזק בחלון העברות לקראת המשך הליגה ומעשה כזה היה יכול לשכנע את גאידמק שסירב להשקיע כבר מספר שנים בקבוצה, לחזור ולהשקיע בה.
מעט לאחר מכן כאשר חזרה הקבוצה לישראל, הודיעה הקבוצה בראשות היו"ר קורנפיין במהלך מפתיע, על צירוף שני שחקנים צ'צ'נים מוסלמים לשורותיה זאור סדאייב וג'יבריל קדאייב, שהגיעו בהשאלה מטרק גרוזני. עצם צירוף שחקנים שהם מוסלמים למועדון, גרר אחריו מחאה של אוהדי הקבוצה, ושלט פרובוקטיבי שנוי במחלוקת הונף על ידי מספר אוהדים במשחק הליגה נגד בני יהודה תל אביב מיד לאחר צירוף השחקנים, עם הכיתוב "בית"ר טהורה לעד". תמונת השלט ביציע שסוקר נרחבות רבות בכלי תקשורת - גרר תגובות רבות בארץ ובעולם בגלל אופיו הגזעני בהתייחס לקבוצה. מחאת האוהדים כללה בנוסף גם החרמת משחקים מצד חלק גדול מאוהדי הקבוצה שטענו שמהלך זה נעשה על ידי גאידמק על מנת לפגוע בקבוצה, כאשר במקביל אוהדים אחרים בירכו על המהלך שלטענתם נעשה על מנת לחזק את הקבוצה מקצועית, מה שגרם לפילוג ביציעים ומחוץ להם בין אוהדי בית"ר בעבר ובהווה. בתקופה זו הקבוצה עברה סיקור תקשורתי נרחב ביותר באופן כמעט יומיומי. מהלך זה ו"הרעש התקשורתי" סביב המועדון שאף החל להיות מסוקר על ידי מספר גורמים בינלאומיים, גרם בין היתר לירידה חדה ביכולת הקבוצה שנפגעה מקצועית וסיימה במקום העשירי בלבד (לאחר שהייתה בצמרת הטבלה לפני הפרשה), כאשר היא נשארת סופית בליגה רק במחזור האחרון.
בשנת 2017 שוחרר סרט דוקומנטרי הנקרא "טהורה לעד" (בהשראת אותו שלט שהונף על ידי האוהדים), המגולל את סיפורה של הקבוצה בעונה זו וכולל צילומים תיעודיים מתוך הנהלת הקבוצה וחדר ההלבשה בתקופה זו, שם נראים אנשי המועדון מתמודדים עם הפרשה תוך כדי העונה הסדירה. בנוסף בראיון שמעניק הבעלים גאידמק לסרט, הוא טוען כי עשה את המהלך על מנת להציב מראה בפני החברה הישראלית ולהראות את הגזענות שיש בה כלפי מיעוטים (כפי שלטענתו הוא הרגיש אותה בעת שהותו כאן), וכי ידע שהמהלך ייצור פרובוקציה ועשה אותו בכוונה.
לאחר עונה זו מאסו רוב אוהדי הקבוצה בהתנהלות הבעלים בפועל, גאידמק, וחיפשו אחר אדם בעל יכולות כלכליות (באמצעות גוף "עמותת אוהדי בית"ר"), במשך פגרת הקיץ, שיהיה מוכן לקחת את בית"ר ויוציא אותה לדרך חדשה. איש העסקים אלי טביב שסיים את דרכו עקב סכסוך עם האוהדים, דווקא ביריבה המרה הפועל תל אביב בעונה קודם לכן, החליט לקחת את הקבוצה בשיתוף עם האוהדים. תהליך העברת הבעלות לטביב התבצע בזכות סעיף של עמותת האוהדים בהסכם עם גאידמק (שנחתם בעונת 2012/2013) שבעצם אפשר לעמותה להביא רוכש חיצוני ללא הסכמתו של גאידמק שייקח את הקבוצה. הליך זה אושר על ידי בית משפט כשבועיים לאחר הודעה של העמותה על ניצול הסעיף. החלטת בית המשפט העבירה סופית את המועדון לידיו של טביב והעמותה (טביב מחזיק ב-75 אחוז והעמותה 25 אחוז), בכך הסתיים מעשית עידן גאידמק בבית"ר ירושלים.
עידן אלי טביב (2013–2018).
לקראת עונת , לאחר שהושלמה עסקת העברת הבעלות על הקבוצה מידיו של גאידמק לידיו של אלי טביב, מינה טביב את חיים רביבו לנציג הבעלים בקבוצה. אלי כהן מונה למאמן הקבוצה לעונה אחת בהחליפו את אלי כהן "השריף", שסיים את חוזהו. דוד אמסלם מונה לעוזר המאמן. ב-13 באוגוסט 2013 פיטר טביב את איציק קורנפיין מתפקיד יושב הראש של הקבוצה, לאחר כהונה בת שש שנים בתפקיד זה. בדצמבר 2013 פוטר אלי כהן מאימון בית"ר ירושלים. שלושה ימים לאחר מכן, מונה רוני לוי לתפקיד מאמן הקבוצה; הייתה זו הפעם השנייה של לוי - בה כיהן כמאמן הקבוצה. באפריל 2014, מונה עומר עצמוני לתפקיד מנכ"ל הקבוצה, לאחר שכיהן בעברו כמנכ"ל בקבוצת הפועל תל אביב וכמנהל מחלקת הנוער של בית"ר. בתום העונה, סיימה בית"ר במקום הראשון בפלייאוף התחתון.
בתחילת עונת , חתם במועדון המאמן מנחם קורצקי לעונה אחת. עוזרו היה אורי אוזן. ב-27 בינואר 2015 הודיע טביב על פיטוריו של קורצקי מאימון הקבוצה, זאת על רקע חילוקי דעות ביניהם, ככל הנראה בסוגיית רכש שחקנים. ב-28 בינואר 2015 מונה גיא לוי למאמן עד תום העונה. באותה עונה העפילה הקבוצה לפלייאוף העליון, לראשונה מזה חמש שנים. בסופה, סיימה הקבוצה במקום הרביעי בטבלה, והבטיחה את השתתפותה במוקדמות הליגה האירופית, לאחר שבע שנים בהן לא השתתפה במפעל אירופי כלשהו.