קווירל מספר גם כי הוא משרתו של לורד וולדמורט, וכי לאחר שלא הצליח לגנוב את אבן החכמים מגרינגוטס החליט וולדמורט (שהיה בצורה דמוית רוח רפאים) להשתלט על גופו על מנת לשפר את סיכוייו. החפץ היחיד הנמצא בחדר עם הארי וקווירל הוא הראי של ינפתא, אך קווירל לא מצליח לראות בראי את האבן. לפי הוראתו של וולדמורט מתיר קווירל את החבלים של הארי, ומאלץ אותו לעמוד מול הראי. הארי מרגיש את האבן נופלת לתוך כיס מכנסיו ומנסה לעכב את קווירל. וולדמורט מורה לקווירל להסיר את הטורבן העוטף את ראשו, והארי מזדעזע לגלות שפניו של וולדמורט מכסים את הצד האחורי של ראשו של קווירל. וולדמורט/קווירל מנסה לקחת את האבן מהארי, אך כשהוא נוגע בו הבשר של גופו של קווירל מתחיל להישרף. לאחר שהם ממשיכים להיאבק הארי מאבד את הכרתו.
הארי מתעורר במרפאה של הוגוורטס, שם מספר לו פרופסור דמבלדור כי הוא שרד הודות לכך שאמו הקריבה את חייה על מנת להגן עליו, ובכך העניקה לו הגנה קסומה המונעת מוולדמורט, שאינו מסוגל להבין את כוחה של האהבה, לגעת בו. וולדמורט נטש את קווירל שמת, ולדברי דמבלדור הוא ינסה לשוב באמצעים אחרים. דמבלדור מסביר להארי, כי הסיבה שהצליח לקחת את האבן מהראי הייתה, שהוא רצה למצוא אותה אך לא להשתמש בה, וזאת בניגוד לקווירל/וולדמורט שרצה לנצל אותה לרעה. בעקבות כך החליטו דמבלדור ופלאמל כי עדיף להשמיד את האבן.
הארי זוכה למבקרים רבים במהלך אשפוזו, בהם רון והרמיוני המסרבים לעזוב אותו. לקראת סוף האשפוז מבקר אותו האגריד המלא ברגשות אשם על כך שגילה לקווירל את סודו של פלאפי, ומעניק להארי אלבום המכיל תמונות רבות של הוריו, לילי וג'יימס. הארי נרגש מאוד מהמתנה כיוון שמעולם לא זכה לראות תמונות של הוריו.
סוף הספר.
בעקבות דליפת מידע על מה שאירע סביב הניסיון לגנבת האבן הופך הארי לגיבור, דבר המתעצם לאחר שפרופסור דמבלדור מחליט להעניק לו, לרון, להרמיוני ולנוויל נקודות המסייעות לגריפינדור לזכות בטורניר הבתים לראשונה זה שבע שנים. בסוף השנה נאלץ הארי לחזור לבית משפחת דרסלי. עם זאת, הוא מספר לרון ולהרמיוני בשמחה רבה, כי הדרסלים אינם יודעים, שכקטין הוא אינו רשאי לבצע קסמים מחוץ להוגוורטס, וכי הדבר יגרום למצבים משעשעים רבים במהלך החופשה.
הדמויות בספר.
בהיותו הספר הראשון בסדרה מוזכרות בו כמעט כל הדמויות הראשיות. אחדות מן הדמויות הן:
בחלק מן המקרים ניתנים רמזים לדמויות שימלאו תפקיד כלשהו בהמשך הסדרה. דוגמאות לדמויות מהסוג השני הן הדודה מארג' (שמשתתפת באופן פעיל רק בספר השלישי), ג'יני ויזלי (קו העלילה הראשי של הספר השני עוסק בה), סיריוס בלק (גם כן מתחיל להופיע באופן סדיר מהספר השלישי), ארבלה פיג (מופיעה בעצמה החל מהספר החמישי), אברפורת' דמבלדור (מופיע ללא אזכור שמו בספר השישי ומופיע בשמו בספר השביעי).
תהליך כתיבת הספר.
לפני היציאה לאור.
ב-1990 רצתה ג'ו רולינג (כפי שהייתה ידועה אז) לעבור עם החבר שלה לדירה במנצ'סטר, ולדבריה "שבוע אחד לאחר שחיפשנו דירה, עליתי לבדי על הרכבת ללונדון והרעיון להארי פוטר צנח לתוך ראשי... ילד כחוש, קטן, שחור שיער, וממושקף הפך ליותר מוחשי כקוסם עבורי... התחלתי לכתוב את אבן החכמים באותו ערב. עם זאת, שני העמודים הראשונים לא נראו כמו תוצר מוגמר". זמן מה לאחר מכן מתה אמה של רולינג מטרשת נפוצה, ועל מנת להתמודד עם אובדנה היא ביטאה את אבלה בדמותו של הארי היתום. היא עבדה על הספר במשך שש שנים, וב-1996 הצליחה להשיג מענק בסך 4,000 לירות שטרלינג ממועצת האמנויות הסקוטית, שבזכותו הצליחה לסיים את הספר ולהתחיל לתכנן בפרוטרוט את הספרים הבאים. היא שלחה את הספר לסוכן ספרותי ולמוציא לאור, והסוכן השני שאליו פנתה ניסה למכור את הספר למו"לים במשך שנה, אך רובם חשבו שבשל אורכו (90,000 מילים) הוא לא יזכה להצלחה. בארי קנינגהם, שהכין תיק עבודות מאת סופרי פנטזיה מתחילים עבור הוצאת בלומסברי, המליץ לקבל את ספרה של רולינג.
המהדורה הבריטית.
בלומסברי שילמה לרולינג 2,500 לירות שטרלינג כמקדמה, וקנינגהם שלח עותקים ראשוניים למספר סופרים, מבקרים ומוכרי ספרים, על מנת לקבל מהם הערות שאותן ניתן יהיה לצטט על כריכת הספר עם פרסומו. הוא לא היה מודאג מאורך הספר, אך כן חשש מהשם של רולינג כיוון שהאמין כי בנים לא יתעניינו בו אם ידעו שהספר נכתב על ידי אישה. בעקבות כך אימצה רולינג את שם העט "ג'יי קיי רולינג". ביוני 1997 פרסמה בלומסברי מהדורה ראשונה שכללה 500 עותקים בכריכה קשה, ומתוכם הפיצה 300 לספריות ברחבי המדינה. מספר זה היה אופייני לספרים של סופרים מתחילים, וקנינגהם קיווה שמוכרי הספרים יקראו את הספר וימליצו עליו לקונים שלהם.
לינדזי פרייזר, שכתבה את אחת ההערות על הכריכה האחורית, כתבה ב-28 ביוני 1997 ב"סקוטסמן" את אחת הביקורות הראשונות על הספר. היא תיארה את הספר כ"מותחן מבדר מאוד", ואת רולינג כ"סופרת ילדים ממדרגה ראשונה". בביקורת נוספת, שהתפרסמה בגלאזגו הראלד, נאמר "טרם מצאתי ילד שיצליח להניח את הספר". מספר עיתונים אנגליים, בהם הגרדיאן והסאנדיי טיימס, פרסמו גם כן ביקורות אוהדות לספר. ב-1997 זכתה המהדורה הבריטית בפרס הספר הלאומי ובמדליית זהב בפרס הספרים של נסטלה-סמארטיז. הספר זכה במספר פרסי ספרות ילדים בשנה שלאחר מכן, היה מועמד למספר פרסי ספרות שאינה ספרות ילדים, וזכה בשני פרסים מטעם תעשיית הוצאות הספרים בממלכה המאוחדת. עד מרץ 1999 נמכרו למעלה מ-300,000 עותקים של הספר, והוא היה הספר הנמכר ביותר גם בדצמבר 2001. המהדורה בכתב ברייל יצאה לאור במאי 1998.
רציף תשע ושלושה רבעים, ממנו יוצאת בספר רכבת האקספרס להוגוורטס, הונצח במציאות בתחנת קינגס קרוס עם שלט הנמצא בין רציף תשע לרציף עשר, ועם עגלת מטען שחלקה נמצא בתוך הקיר.
המהדורה האמריקנית.
באפריל 1997 רכשה הוצאת סקולסטיק את זכויות ההפצה בארצות הברית תמורת 105,000 דולר, שהיה סכום גבוה יחסית עבור ספר ילדים. בהוצאה חששו, כי ילדים לא ירצו לקרוא ספר ששמו כולל את המילה "Philosopher", ובאוקטובר 1998 יצאה המהדורה האמריקנית, שנקראה "Harry Potter and the Sorcerer's Stone" לפי הצעתה של רולינג. מאוחר יותר טענה רולינג, כי היא מתחרטת על כך שנתנה את הסכמתה לשינוי, ואם הייתה בעמדה טובה יותר במשא ומתן שהתנהל אז, הייתה עומדת על דעתה ביתר תקיפות. פרופסור פיליפ נל מאוניברסיטת המדינה של קנזס ציין כי שינוי השם גרם לאיבוד הקשר עם האלכימיה, והמשמעות של חלק מהמונחים האחרים השתנתה בתהליך התאמת הספר לאנגלית אמריקאית. רולינג הסכימה לבצע מספר שינויים במהדורה האמריקנית, אך הטילה על כך וטו בספרים הבאים. נל טען גם שהתיקונים של סקולסטיק היו סבירים באופן כללי, וכי ניתן להתייחס אליהם כהגהה מועילה.
רוב המבקרים הבולטים לא התייחסו לספר בתקופה שלאחר יציאתו. עם זאת, הספר החל לקבל תשומת לב רבה יותר לאחר שנכתבה עליו ביקורת מטעם ה-Cooperative Children’s Book Center Choices, ובה נסקרו המורכבות, עומק ועקביות העולם שנבנה על ידי רולינג. בהבוסטון גלוב ובהניו יורק טיימס נכתב כי החוליה החלשה של הספר הייתה הפרקים האחרונים, אך טענו גם כי בסך הכול הספר ראוי ביותר. המהדורה האמריקנית זכתה גם כן במספר פרסים, שניתנו לה על ידי מספר גורמים כגון איגוד הספריות האמריקניות (פרס הספר הטוב למבוגרים צעירים) וספריית ניו יורק (ספר השנה של 1998).
באוגוסט 1999 דורג הספר במקום הראשון ברשימת רבי המכר של ניו יורק טיימס, ונותר בה לאורך רוב אותה שנה והשנה שלאחר מכן, אז הוחלט בשל לחצי המו"לים על העיתון לפצל את הרשימה לספרי מבוגרים ולספרי ילדים. בדצמבר 2001 פרסם המגזין Publishers Weekly דו"ח, שלפיו הספר ניצב במקום ה-19 ברשימת הספרים הבדיוניים לילדים בכריכה קשה (למעלה מ-5 מיליון עתקים), ובמקום ה-7 בספרים עם כריכה רכה (למעלה מ-6.6 מיליון עותקים).
במאי 2008 הודיעה סקולסטיק על הוצאת מהדורה מיוחדת לרגל עשור ליציאתה לאור של המהדורה האמריקנית המקורית.
עיבוד קולנועי.
ב-1999 מכרה רולינג את הזכויות להסרטת הסרטים על ארבעת הספרים הראשונים לחברה "האחים וורנר", תמורת סכום משוער של מיליון לירות שטרלינג. היא דרשה שצוות השחקנים יהיה מורכב ברובו המוחלט מבריטים, אך הסכימה לליהוקו של ריצ'רד האריס האירי לתפקיד דמבלדור, וכן לליהוקם של שחקנים זרים מאותם לאומים שהוזכרו בספרים הבאים. הצילומים החלו באוקטובר 2000 באולפני ליבסדן לאחר תהליך ממושך של מבחני בד, וההפקה כולה הסתיימה ביולי 2001. הסרט יצא לאקרנים ב-14 בנובמבר 2001, ונכון לשנת 2009 נחשב לאחד הסרטים המצליחים בהיסטוריה עם הכנסות של למעלה מ-930 מיליון דולרים.
משחק וידאו ומחשב.
מספר משחקי וידאו המבוססים על הספר יצאו לאור בין 2001 ל-2003, בדרך כלל תחת השם של המהדורה האמריקנית. רובם תוכנתו על ידי חברת אלקטרוניק ארטס, והיו מיועדים לפלטפורמות משחק שונות:
המחלוקת הדתית.
המחלוקת הדתית שעסקה בספר בפרט (ובסדרה בכלל) התמקדה בעיקר בטענות שבספר יש מסרים חבויים התומכים באוקולטיזם או בשטן. בארצות הברית הובעה תמיכה בהחרמת הספר בבתי ספר, שהתבססה בין השאר על הטענה שכישוף היא דת המוכרת על ידי הרשויות, ולפיכך הכנסת הספרים לבתי ספר מהווה הפרה של הפרדת הדת מהמדינה, שנקבעה בחוקה האמריקנית.
ההתנגדות הדתית לספר התבטאה גם במקומות אחרים. הכנסייה האורתודוקסית היוונית והבולגרית הקימו מחאה נגד הסדרה. באיחוד האמירויות נאסר להכניס את הספרים לבתי ספר פרטיים.