באזור האיים החיצוניים של הונג קונג התגלו חפצי דת השייכים ככל הנראה לאנשי הצ'ה שחיו באזור בתקופה הנאוליתית.
שלטון סין הקיסרית (221 לפנה"ס – המאה ה-18).
שטח האי הונג קונג הפך לחלק מקיסרות סין בתקופת שושלת צ'ין (221 לפנה"ס - 206 לפנה"ס). השליטה בפועל באי התגבשה תחת ממלכת נאיו (203 לפנה"ס - 111 לפנה"ס). עדויות ארכאולוגיות מעידות על כך שמספר התושבים גדל בהדרגה, וכאשר האזור הפך לחלק מהקיסרות בשליטת שושלת האן (111 לפנה"ס - 220 לספירה) מספר התושבים עלה.
בשנות ה-50 של המאה ה-20 התגלו בחפירות ארכאולוגיות קברים ובהם קבר ליי צ'נג אוק מתקופת האן, וכן התגלו ממצאים על מפעלי הפקת מלח בהיקף גדול המעידים על תושבים רבים באזור, על סחר, ועל מנהל אדמיניסטרטיבי מפותח.
החל מתקופת שושלת האן ועד תקופת שושלת מינג שימש האזור מרכז לחיפוש פנינים, כאשר חיפוש הפנינים באזור הגיע לשיאו בין השנים 917 עד 971.
בתקופת שושלת טאנג הפך אזור קנטון למרכז סחר אזורי גדול, ובאזור טואן מון (כיום בטריטוריות החדשות של הונג קונג) היה נמל מרכזי ששימש הן לסחר, הן כבסיס צי והן כמרכז ייצור מלח וייצוא מוצרים שונים ופנינים.
מפעלי ייצור מלח רבים מתקופת שושלת טאנג התגלו באי לנטאו.
בשנת 1276, בתקופת הפלישה המונגולית לסין, ברחה שושלת סונג לפוג'יין (תקופה זו מכונה שושלת סונג הדרומית), ובתקופה מסוימת משפחת המלוכה שהתה באי לנטאו וכן באזור קאולון של ימינו.
הקיסר בינג, אחרון קיסרי סונג, הוכתר ב-20 במאי 1278 באי לנטאו, בהיותו בן 8. אנדרטת סונג וונג טוי שבקאולון מתארת אירוע זה. בעקבות תבוסת הקיסר בקרב יאמן ב-19 במרץ 1279 התאבד הקיסר באזור העיר יאמן של ימינו בגואנגדונג.
עמק טונג צ'נג של ימינו נקרא על שם אחד מלוחמי הקיסר.
בתקופת השלטון המונגולי גדלה אוכלוסיית הונג קונג. פליטים רבים הגיעו לאזור בניסיונם להימלט מהמלחמות בצפון ומהבצורת שפגעה אז בצפונה של סין.
המהגרים הרבים התבססו על מסחר, דיג, הפקת מלח וחיפוש פנינים, לאור הטופוגרפיה ההררית של אזור הונג קונג והעדר אזורים חקלאיים פוריים.
בתקופה זו התגוררו באזור חמישה שבטים: שבט הואו (候), שבט טאנג (鄧), שבט פנג (彭), שבט ליאו (廖) ושבט ון (文). השבטים התגוררו בכפרים מוקפים חומות, במטרה להתגונן מפני השודדים הרבים (ביחוד שודדי הים, ובהם שודד הים צ'ונג פו צאי).
התקופה הקולוניאלית (המאה ה-19 – שנות ה-30 של המאה ה-20).
בראשית המאה ה-19 התבסס המסחר של האימפריה הבריטית על יבוא מוצרי צריכה ותה מסין. הבריטים ייצאו לסין מוצרי מותרות כגון שעונים, נוצר גירעון מסחרי גדול בשל העובדה שמוצרי מותרות אלה יובאו על ידי סין במידה מועטה, ודרישת סין לקבל כסף עבור מוצריה יצרה קשיים רבים על המסחר, בשל המחסור במתכת זו באימפריה הבריטית.
הפתרון הבריטי לגירעון זה היה יצוא בלתי חוקי של אופיום לסין.
האיסור על יבוא אופיום בסין, והחלטת מושל קנטון להשמיד את האופיום שנתפס בעיר הביאו לפרוץ מלחמת האופיום הראשונה. הפסדה של סין במלחמה הביא לכך שסין נאלצה לוותר על שליטתה באי הונג קונג, ולהחכירו "לצמיתות" לבריטניה.
בשנת 1898 הוחכרו לבריטניה גם הטריטוריות החדשות לתקופה של 99 שנים, ולמורת רוח תושבי טריטוריות אלה. באפריל 1899 מרדו תושבי קאם טין (錦田) כנגד השלטון הבריטי והתבצרו בכפרם מוקף החומה. הכוחות הבריטים ניסו לכבוש את החומות ואף שמספר מתקפות נכשלו, הצליחו הכוחות הבריטים לפוצץ את שער הכפר ולכבשו.
השליטה הבריטית במושבה הביאה לפיתוח המסחר ולהפכה לעיר מערבית מודרנית. נבנו מסילות ברזל ונמל ויקטוריה הפך לנמל מסחרי מרכזי. בהונג קונג הותקנה מערכת תחבורה מודרנית הכוללת קווי אוטובוסים, מעבורות ואף פוניקולר (רכבל הפסגה).
הקמת תאגיד הבנקאות הונגקונג ושנגחאי החל את פיתוח התעשייה הפיננסית בהונג קונג.
תושביה הסינים של הונג קונג לא הורשו להתגורר בשכונות המערביות של העיר (ובהם סנטרל וצים שא צוי. ההנמקה שניתנה לכך הייתה מגפת הדבר שפגעה במושבה בשלהי המאה ה-19 וראשית המאה ה-20. בתקופה זו הוקם בית החולים טונג וה - בית החולים הראשון במושבה.
בשל פרוץ מלחמת העולם הראשונה בשנת 1914, ומחשש כי המושבה תותקף, ברחו ממנה 60,000 תושבים סינים.
לאחר תום המלחמה פרחה המושבה כלכלית ומספר תושביה גדל מ-530,000 בשנת 1916 ל-725,000 תושבים בשנת 1925.
בשנת 1941 התגוררו במושבה 1.6 מיליון תושבים.
הכיבוש היפני.
על המושבה הגנו כוחות צבאיים מבריטניה, קנדה והודו אולם הם לא עמדו בפני מתקפת צבא יפן בראשות סאקאי טאקאשי שהחלה ב-8 בדצמבר 1941 - שמונה שעות לאחר המתקפה על פרל הארבור. ביום הקרבות הראשון השיגה יפן שליטה אווירית, והכוחות הבריטיים נסוגו מקו שותי הג'ין ובהמשך גם מקו ההגנה בצים שא צוי שבקאולון בשל המתקפות האוויריות הכבדות. הקרבות נמשכו גם כאשר היפנים חצו את המצר הימי של נמל ויקטוריה ופלשו לאי הונג קונג וכאשר חצו את האי וכבשו את מאגרי המים שלו נאלצה המושבה להיכנע.
ב-25 בדצמבר 1941, יום חג המולד שמכונה מאז, בהונג קונג, "חג המולד השחור" נאלץ מושל הונג קונג מארק אייצ'יסון יאנג להיכנע בפני המפקד היפני. טקס הכניעה נערך בקומה השלישית של מלון פנינסולה שבצים שא צוי. לאחר הכניעה הפך איסוגאיי רנסוקה למושל המושבה.
בין ה-25 בדצמבר 1941 וה-15 באוגוסט 1945 שלטה יפן בהונג קונג. תקופה זו כונתה "שלוש השנים ושמונה החודשים" ובה למעשה נעצרה כלכלת המושבה אשר התבססה על סחר. בשל עצירת הסחר, ובהיעדר מקורות מזון טבעיים סבלה המושבה מהיפר-אינפלציה. השלטונות היפנים הנהיגו קיצוב מזון. מטבע המושבה הדולר ההונג קונגי בוטל, והוחלף בין צבאי יפני - מטבע בלא רזרבות שתומכות בו אשר הודפס על ידי השלטונות האדמיניסטרטיביים וערכו ירד בלא הפסקה.
תושבי המושבה המערביים נכלאו, ותושבים סינים רבים נאנסו ונרצחו. בשל הקיצוב והמחסור במזון רבים מתושבי המושבה סבלו רעב כבד, שהביאו אותם להימלט לסין (הכבושה אף היא על ידי יפן).
בתקופת הכיבוש אוכלוסיית המושבה קטנה ל-600,000 תושבים (פחות ממחצית התושבים בשנת 1941), מבני המושבה היו הרוסים ברובם, כמו גם כלכלתה.
בשנת 1945 שוחררה המושבה על ידי כוחות בריטיים וסינים.
השלטון הבריטי (שנות ה-50 של המאה ה-20 – 1997).
שנות ה-50.
המהפכה הקומוניסטית בשנת 1949 שהביאה להקמת סין העממית הביאה להגירה רבה להונג קונג מסין. עם זאת המהפכה הפכה את הונג קונג לנמל מרכזי של כניסת סחורות לסין, בייחוד לאחר האמברגו שהוטל עליה בתקופת מלחמת קוריאה. נסיבות אלה הביאו להתאוששות מהירה של כלכלת הונג קונג.
המהגרים הרבים הגיעו להונג קונג מסין בעקבות המהפכה הקומוניסטית הציבו לשלטונות המושבה אתגרים רבים מחד - היה צריך למצוא מגורים למהגרים אלה, ולדאוג למי שתייה ולחינוך לאותם מהגרים שהתגוררו בשכונות עוני ארעיות; ומאידך הביאו למושבה כוח עבודה זול ומיומן, אשר אפשר את שיקום כלכלתה של המושבה.
המהפכה הקומוניסטית בסין הביאה לכך שחברות זרות העבירו את משרדיהם משאנגחאי להונג קונג, ובכך השקיעו כספים רבים במושבה - הן במימון הקמת מבני משרדים ומבני מסחר והן בהבאת צרכנים מערביים אשר רכשו מוצרי צריכה רבים.
כוח האדם הזול והמיומן אפשר מעבר מכלכלה של סחר (נמל סחורות המיובאות למושבה על מנת שיועברו בדרך היבשה לסין) לכלכלה של ייצור - הקמת מפעלים רבים וייצוא סחורות המיוצרות בהונג קונג עצמה לרחבי העולם. התעשייה המקומית החדשה יצרה מוצרי צריכה רבים במפעלים קטנים - בין היתר יוצרו במושבה כפתורים, פרחים מלאכותיים, מטריות, מוצרי טקסטיל, מוצרי אמייל, נעלים ומוצרי פלסטיק.
מחנות המהגרים הרבים באי היו מפגע תברואתי וסכנה למתגוררים בהם. שריפת שק קיפ מיי הביאה לנפגעים רבים בנפש, ובעקבותיה יזם מושל הונג קונג אלכסנדר גרנתהאם מיזם של בניית גורדי שחקים ובהם דירות קטנות וזולות עבור המהגרים - כאשר המהגרים חלקו את חדרי המטבח והשירותים. יוזמה זה החלה את הבנייה הרבה שהביאה ליצירת קו הרקיע המפורסם של הונג קונג.
בתקופה זו החל להתפתח הקולנוע ההונג קונגי והתיירות להונג קונג.
שנות ה-60.
התיעוש המהיר ופיתוח תעשיית האלקטרוניקה, יצר מקומות עבודה רבים, והיווה נקודת מפנה בכלכלת הונג קונג. המותג "יוצר בהונג קונג" (Made in Hong Kong) הפך ממותג המתאר מוצרים זולים באיכות נמוכה, למוצרי אלקטרוניקה באיכות גבוהה.
מהפכת התרבות שנערכה בסין העממית הביאה לגל הגירה נוסף להונג קונג. מהגרים רבים היו אישי תרבות אשר נמלטו מסין ופיתחו את התרבות המסורתית בהונג קונג. מאידך - בתקופה זו התפתחה הפוליטיקה בהונג קונג, ואירעו מהומות הונג קונג בשנת 1967. המשטרה המקומית הביאה מומחים מאנגליה ואישי צבא ופורקו כ- 8,000 פצצות ביתיות.
הגידול באוכלוסייה והתיעוש הרב הביאו למחסור במי שתיה ולקיצוב מי השתייה.
שנות ה-70.
בשנות ה-70 של המאה ה-20 פותח החינוך בהונג קונג במימון ממשלתי, וחינוך החובה הורחב משש שנות לימוד לתשע שנות לימוד.
במקביל פעלה ממשלת הונג קונג בתחום שמירת הטבע, והוקמו בהונג קונג פארקים וגנים רבים.
בתקופה זו פתחה סין את שעריה בפני מפעלים זרים, ומפעלים הונג קונגים רבים עברו לסין במטרה להיעזר בכוח העבודה הזול שבה. מאידך הונג קונג בססה את מעמדה כמרכז מסחר ותיירות. העלייה ברמת החיים וביוקר המחיה הביאה לבניית מבני מגורים רבים עבור מעמד הביניים הגדל והולך. בשל המחסור במקום דירות אלה נבנו בגורדי שחקים אשר החלו ליצור את קו הרקיע המודרני של העיר.
שנות ה-80.