רק ביהדות מזרח אירופה קמה הגדרה חדשה, חילונית ופוזיטיבית לזהות היהודית. עד שנות ה-1870, עסקו משכילי רוסיה בפנייה אל הרבנים המקומיים להתאים את ההלכה לצורכי התקופה המשתנה, אך מובילי מאמץ זה, במיוחד משה לייב ליליינבלום, התייאשו ממנו. יהודי המזרח היו קבוצה אתנית מובחנת שלא עברה כמעט שום תהליך תירבות: ב-1897, 97% מהיהודים ברוסיה ובפולין הכריזו על יידיש כשפת אמם, ורק מעט ידעו רוסית היטב. העברית נותרה לשון השכלה חשובה, והתחוללה בה תחייה ספרותית גדולה. תהליכי החילון בקרב יהודי המזרח היו משמעותיים אך מהוססים – עשורים רבים לאחר שבמערב הטרידה סמכות ההלכה רק את קומץ האורתודוקסים, עדיין נצרך רדיקל כמיכה יוסף ברדיצ'בסקי להיאבק ולהתפלמס כדי לנסות לשבור את תוקפה בקרב ההמון בארצו – והווייתם הנפרדת כיהודים הייתה מובנת-מאליה בעיניהם; שלא כבארצות האמנציפציה, השאלה מדוע בכלל להישאר יהודים כמעט לא הייתה קיימת. התגברות הלחץ החיצוני והרדיפות הביאו לעליית התנועות הלאומיות (חיבת ציון, האוטונומיזם וכו') בקרבם משנות ה-80. תנאים אלה סיפקו מצע איתן עליו יכלה להיבנות תפישה לא-אמונית בקרב האינטליגנציה הצעירה. היה זה אשר צבי גינצבורג, "אחד העם", ההוגה החשוב ביותר של הזהות היהודית החילונית, שביקש לשמר רצף מלא עם העבר בלי להדחיק את סוגיות השעה ותוך התמודדות מלאה עמן.
כפי שציין לורנס זילברשטיין, אחד העם היה מודע לכך שהשיח התאולוגי בו השתמשו היהודים להגדיר את עצמם לא היה תקף לצעירים משכילים כמותו, ועמד לאבד רלוונטיות לגבי מרבית החברה. בעוד שאחרים התעלמו מכך ולא התעמתו עם הנושא, הפתרון שגיבש היה מהפכני. הוא ייתר לחלוטין את כל הוויכוח על תוכן ההתגלות וזנח את מושג הבחירה בידי האל. בהשקפתו החילונית האגנוסטית, העם קם לבדו ופיתח את נהגיו ומסורותיו לגמרי בעצמו; הכוח המפרה והמניע בהיסטוריה לא היה שלשלת מסירת התורה לאורך הדורות, אלא "רוח לאומית" שאיחדה את כל היהודים, אותה תיאר במושגים ביולוגיים-גזעיים ששאל מעולם המושגים האירופאי של ימיו, מרעיונות של הוגים כמו הרברט ספנסר. הוא החיל את תפישתו לאחור על כל תולדות ישראל, שבהן ראה ביטוי לדחף הישרדות זה. כפי שכתב ב-1898:
הוא לא היה היחיד או הקיצוני בין מגבשי התפישה החילונית-תרבותית החדשה שראתה את היהדות כתרבות, אך היה החשוב והשיטתי שבהם. מבקרו החריף, הרדיקל מיכה יוסף ברדיצ'בסקי, תיעב את ההווה היהודי במזרח אירופה וקרא לניתוק הרצף עם העבר, ל"שינוי ערכין" מוחלט בהוויה המסורתית ולפנייה מודעת לעיצוב מודל חדש ומנוגד, שיקיים סינתזה עם תרבות העולם. ברדיצ'בסקי העמיד במרכז את החופש של בני ההווה לעצב לעצמם תודעה לטעמם, והתריע כי כל ניסיון להעדיף את שימור העבר יוביל בהכרח להתנגשות פנימית ולקרע בנפש. הוא שאב מהגותו של ניטשה, ועסק רבות באיתור והשבה לשיח של דמויות ומאורעות נשכחים בספרות ובהיסטוריה היהודיות, שיכלו להתאים למושגיו אודות אומץ לב וחיוניות. היה זה ברדיצ'בסקי שהחל את העיסוק בהתאבדות הקנאים במצדה. גינצבורג לעומתו רחש הערכה רבה למסורת, לא כגוף של ציוויים אלוהיים אלא כאוסף מנהגים שתכליתם לגבש את הקבוצה וניתן היה להתאימם ולבחור מביניהם לפי שיקול זה. אחד העם אף ניסה לטעון שחוקי ההלכה נוצרו לא לתכלית עצמם, אלא כדי לשמר את העם בגלות ולהבטיח את המשכיותו – מיתוס שהתקבע כעובדתי בעיני אידאולוגים חילוניים רבים.
במקביל לשניהם פעל גם שמעון דובנוב, אבי ההיסטוריוגרפיה החילונית היהודית, שביטא את התזה הלאומית-תרבותית בכרוניקה רחבת-היריעה שלו "דברי ימי עם עולם". ההיסטוריונים הגדולים של חכמת ישראל בגרמניה, כמו היינריך גרץ, אמנם החליפו את הפרשנות הרבנית המסורתית לתולדות היהודים, אך הוסיפו להתייחס אל הדת כליבתה של ההיסטוריה שלהם. תפישותיו של דובנוב, לעומתם, תיארו את עם ישראל כ"אורגניזם פסיכולוגי" שכל היחידים היו רק "תאים בתוכו", ושיצר לעצמו מוסדות קהילתיים חזקים כדי לשמר את הווייתו הלאומית הקמאית. הוא ואוהדיו שאפו לאוטונומיזם יהודי ברוסיה.
פתרון שהתמקד בגלוי יותר ביהודי המזרח לבדם (הגם שאחד העם ורבים כמותו היו משוכנעים שיהודי המערב היו כבר על סף התבוללות גמורה ממילא) נהגה על ידי חיים ז'יטלובסקי, אבי היידישיזם הרדיקלי. בעיניו, שפת היידיש הייתה מוקד ההוויה של היהודים בסביבתו, התשתית לתרבותם וזהותם, והאמצעי היחיד שיכל להחליף את הדת כערובה להמשכיות. האידאולוגיה ששרטט התמקדה בפיתוח היצירה בלשון, במקביל לאימוץ השקפה חילונית-נטורליסטית מובהקת והפיכת המסורות הישנות לפולקלור, שיהווה אוצר מורשת אך ניתן יהיה לבחור מתוכו בחופשיות. ז'יטלובסקי מעולם לא דן בגורלן של קבוצות אתניות יהודיות אחרות, ותלמידיו חיקוהו על פי רוב.
אחד העם, ברדיצ'בסקי, דובנוב וז'יטלובסקי היו רק בין הבולטים מקרב עשרות אינטלקטואלים יהודים מזרח-אירופאים שנטו להשקפות דומות, מיוסף חיים ברנר ועד לש"י איש הורוויץ, שכתביהם פשטו במהרה בקרב הדור הצעיר. מן הרמה האינטלקטואלית-עיונית הגבוהה, פשטה האידאולוגיה אל חיי היום-יום, שם התחברה היטב למגמות שהתרחשו בפועל; שאיפת הוגיה הייתה לא רק לסלק מן הבמה את הערכים האמוניים הישנים, שתהליכי החילון הכלליים שחקו עד דק ממילא, אלא להחליפם בתוכן פרי יצירתם. מפלגות ותנועות פוליטיות, מהבונד הסוציאליסטי הרדיקלי עבור בפאלקספארטיי הבורגנית וכלה בזרם המרכזי בציונות, הכריזו על מחויבותן ליהדות כתרבות ולהצבת אלטרנטיבה לדת השוקעת. בקרב הציונים, הובילה מחויבות זו אף ל"פולמוס הקולטורה" בתחילת ה-20, שהביא לפרישת גורמים דתיים מן התנועה במחאה על הדרישה להפיץ תרבות חילונית. בתחום ההיסטוריוגרפיה, דובנוב וממשיכי דרכו עקרו את דימוי העבר היהודי סופית מההקשר האמוני שלו ומהצבת הדת במרכזו. אישים ומאורעות שנשכחו או טושטשו בראיית העבר המסורתית, הוצבו בהבלטה במרכז, כדי ליצור היסטוריה חילונית שתהווה מצע ללאומיות. ספרות, תיאטרון ויצירה אחרת בהיקף גדול, ביידיש ובעברית, סיפקו ליהודי מזרח אירופה תוכן תרבותי מחולן, שהתחרה בתוצרת בשפות הארצות המקומיות. לבסוף, התבטאה המגמה בשדות החינוך ותרבות הילדים והנוער. נוסדו בתי-ספר ותנועות נוער שהורו לצעירים את ההיסטוריה ותפישת העולם החדשה. מעגל השנה גויס אף הוא; מסורות החגים, שהיו מקובעות בתודעת הציבור ובעלות חשיבות משפחתית-קהילתית, שומרו במידה רבה אך משמעותן עברה פירוש-מחדש רדיקלי לעיתים. משוררים וסופרים ממרדכי ריווסמן ועד לוין קיפניס התגייסו ליצור תוכן חדש, חילוני, לחגים ולמסורות אחרות.
בהשלכה מהגדרתם-מחדש את העם, ההוגים החילוניים המובילים שאפו גם לשנות את תבחיני ההשתייכות אליו לסממנים אתניים-לאומיים. אחד העם לא הכיר כלל בתוקפו של הגיור וראה בו הליך חסר משמעות, ברדיצ'בסקי תמך בהטמעה של הערבים בארץ ישראל באמצעות נישואין וללא המרת דת, ויעקב קלצקין ראה בסירוב להזדהות עם הציונות "שמד לאומי", שהיה צריך לדעתו להוציא מכלל היהדות. האידאולוג הבונדיסטי א. ליטוואק תבע שהצהרה על יידיש כשפת אם תשמש כקריטריון הבסיסי להימנות על הקהילה היהודית.
הניסוח-מחדש של הזהות וההכרה היהודיות סחף אחריו את רוב יהודי מזרח אירופה כשעברו תהליכי מודרניזציה וחילון, הן במקומות מושבם והן בתפוצה, בקרב המהגרים באמריקה, ארץ ישראל ויתר העולם. שלהי המאה ה-19 והמחצית הראשונה של המאה ה-20 היו ימים של שגשוג והתפשטות לחילוניות היהודית, בתקופה שבה תושבי או יוצאי מזרח אירופה היו רוב מוחלט, לפחות חמש שישיות, מקרב יהודי תבל. רשתות בתי-ספר שהורו ביידיש או בעברית צמחו בפולין, במדינות הבלטיות ובברית המועצות, והיהודים הוכרו בכולן כמיעוט לאומי בין מלחמות העולם. בשנות ה-30 מנו האדוקים דתית בפולין עצמה, מעוזם האחרון בעולם, לא יותר מ-20%–33% מכלל האוכלוסייה היהודית.
בקרב המהגרים בארצות הברית הייתה תרבות חילונית עשירה, בעיקר ביידיש, ורובם התנכרו לדת. ברמה האינטלקטואלית הגבוהה התרכזו הוגים סביב כתב-העת "מנורה" , שקם ב-1915 והטיף ליצירת "עבריות חילונית" תוך גינוי הדת והרבנות. איגודים כמו הארבעטער רינג, לדוגמה, חילנו את המסורת הישנה ובין היתר הנהיגו סדרי פסח בדגש סוציאליסטי, עם הגדות מתוקנות בהתאם ביידיש ואנגלית שהרעיונות הדתיים נערכו החוצה מתוכן. התנועה הרקונסטרוקטיבית הקטנה אך המשפיעה של מרדכי קפלן, שהושפע מאוד מאחד העם, נותרה קרובה אמנם לסמלי הדת אך עקרה את משמעותם. גם קפלן שלל אל פרסונלי ואת מושג ההתגלות, הגדיר את היהדות כציווילזציה, וכתב ש