בוגרה נחשב במידה רבה כמי שאחראי על הובלת תלותה של פקיסטן בארצות הברית הוא לקח חלק פעיל בלובי הפקיסטני בוושינגטון די. סי., בהקשר של חיזוק הסיוע הצבאי והכלכלי לפקיסטן. הוא סייע לנסח את המדיניות "מדינות חזית" (front-line state) במאבק מול ברית המועצות. לאחר שהיה עד לבחירות לנשיאות ארצות הברית ב-1952 הוא שכנע בהצלחה גורמים במפלגה הרפובליקנית ואת הנשיא דווייט אייזנהאואר בגישתה האנטי-קומוניסטית של פקיסטן. הוא גם הציג את הרעיון שעל פיו כוחותיה הצבאיים של פקיסטן הם היחידים באזור שילחמו נגד התפשטותה של ברית המועצות, אף על פי שאיום רלוונטי לא נלקח בחשבון באותה תקופה על ידי קובעי המדיניות האמריקאים. בחוגים הפוליטיים בפקיסטן הוא נתפש כבעל דעות פרו-אמריקאיות קיצוניות וכמי שרחש חיבה לארצות הברית. בוגרה אף דחף לשליחת משלחת ייעוץ צבאית אמריקאית לפקיסטן על פי הסדר שנחתם בין שתי המדינות ב-1952.
בשירות החוץ של פקיסטן זכה בוגרה במוניטין של "אדם שהיה ידוע בשל השבחים המופרזים שהעניק לכל דבר שהוא אמריקאי". הוא כיהן כשגריר בוושינגטון עד 1953, אך החל להיות מוטרד מהמצב בארצו כאשר השפעתה של ברית המועצות בה החלה לבלוט יותר ויותר. היסטוריונים פקיסטנים רואים בו כמי שהיה אחד האחראים הראשיים לברית שכרתה פקיסטן עם ארצות הברית נגד ברית המועצות.
ראש ממשלת פקיסטן.
סוגיית "תנועת השפה" במזרח בנגל, עליית כוחה של המפלגה הסוציאליסטית, המהומות האלימות שהתרחשו ב-1953 בלאהור כנגד המיעוט האחמדים וההפסד בבחירות במזרח ב-1954, היו הגורמים שהובילו לפיטוריו של ראש הממשלה חוואג'ה נזימודין על ידי המושל הכללי של פקיסטן, מאליק ע'ולאם מוחמד ב-17 באפריל 1954.
בוגרה נקרא אז על ידי המושל הכללי לשוב מוושינגטון לקראצ'י (אז בירת פקיסטן) להתייעצויות, אך הוא ביקש למנות אותו לתפקיד ראש הממשלה החדש ובהסכמת הליגה המוסלמית למנות אותו כמנהיג המפלגה. תחת לחץ ותוך כדי רתיעה, קיבל בוגרה על עצמו את הצעתו של המושל הכללי, אך הוא בלט יותר כדיפלומט מאשר כפוליטיקאי ולא היה מוכר לציבור. בתחילה, עד למינויו של קבינט חדש, הוא שמר בידיו את תיקי החוץ וההגנה. עם תחילת כהונתו הוא פיטר ב-30 במאי 1954 את ממשלת מזרח פקיסטן בראשותו של פזול חאק ויצא נגדו בהאשמות על בגידה. לתפקיד מושל מזרח בנגל הוא מינה את שר ההגנה איסכנדר מירזא, אך זה החזיק במינוי זה למספר חודשים בלבד.
הממשלה שהרכיב בוגרה זכתה לכינוי "ממשלת הכישרונות". נמנו עליה לוטננט גנרל איוב ח'אן בתפקיד שר ההגנה ואיסכנדר מירזא כשר הפנים.
מדיניות החוץ.
מינויו כראש הממשלה זכה לתגובות חיוביות בארצות הברית. מזכיר המדינה ג'ון פוסטר דאלס תיאר את פקיסטן כ"חומת המגן של החירות באסיה" ומנהיג הרוב הרפובליקני בסנאט, ויליאם נוולנד, הביע את שביעות רצונו ממינויו של בוגרה. באותה תקופה הורה הנשיא אייזנהאואר על משלוח מיידי של אלפי טונות של חיטה לפקיסטן. בוגרה היה להוט לחזק את הקשרים הצבאיים עם ארצות הברית, אך האמריקאים פעלו בזהירות כדי לא לגרום נזק ליחסיהם הקרובים עם הודו ותחת זאת ניסו לשכנע, ובהמשך לכפות, על בוגרה לקיים שיחות דו-צדדיות עם הודו בשורה של נושאים. בתקופת כהונתו של בוגרה נחתם הסכם SEATO שקירב את שתי המדינות עוד יותר.
מדיניות החוץ שלו עמדה בסימן של רגשות אנטי-סובייטיים חזקים והוא ראה ברוסים כאימפריאליסטים, אך בגישה זו הוא לא נקט כלפי סין, אף על פי ששתי המדינות היו קרובות זו לזו מבחינה אידאולוגית. ב-1955 יזם בוגרה את השתתפותה של פקיסטן בוועידת באנדונג והיה זה המפגש הראשון בדרג גבוה בין סין לבין פקיסטן.
הסתמכותו היתרה של בוגרה על תמיכתה של ארצות הברית והשקפתו האישית האנטי-קומוניסטית פגעו קשות ביחסי פקיסטן-ברית המועצות בשנות ה-50 ומדיניות החוץ של פקיסטן התנהלה תחת תכתיבי ארצות הברית, בניגוד לדעת הקהל הפקיסטנית.
בסופו של דבר, תחת הלחץ האמריקאי, יזם בוגרה את חיזוק הקשרים עם הודו באמצעות ניסיון לפתרון בעיית קשמיר. ב-1953 קיים בוגרה פגישה עם ראש ממשלת הודו ג'ווהרלל נהרו כאשר הגיעו השניים לבריטניה לטקס ההכתרה של המלכה אליזבת השנייה. הוא קיבל בסבר פנים יפות את נהרו כאשר זה הגיע לביקור ממלכתי בקראצ'י וזמן קצר לאחר מכן גמל לו בביקור גומלין בניו דלהי. לשניים היו יחסי קרב חמים, שכן הם הסכימו בסופו של דבר על קיום משאל עם על שאלת קשמיר, אך מטרה זו לא הושגה בשל אובדן התמיכה בבוגרה מצד האגף השמאלי בפקיסטן.
במסגרת גישתו כלפי הודו דחף בוגרה לקיומו של צבא חזק לטובת השגת שלום בתת-היבשת ההודית וטען: "כאשר קיים שוויון במאזן הכוחות, אז אני סמוך ובטוח שיהיה סיכוי טוב יותר להגעה להסדר".
"נוסחת בוגרה".
"נוסחת בוגרה הייתה פשרה פוליטית שהוצעה על ידו ב07 באוקטובר 1953 לפני האספה המכוננת של פקיסטן. עם קבלת תפקיד ראש הממשלה הכריז בוגרה שכינון חוקה היא מטרתו העיקרית תותוך שישה חודשים הוא הגיש הצעה לניסוח חוקה כתובה.
בנוסחה זו הציע בוגרה את הקמתו של פרלמנט דו-בתי יעיל יותר שיכלול את האספה הלאומית של פקיסטן ואת הסנאט של פקיסטן, עם ייצוג שווה לחמשת חלוקה מנהלית של פקיסטן: פנג'אב, ח'ייבר פח'טונח'ווה, בלוצ'יסטן, סינד ובנגל. מספר חברי האספה הלאומית אמור היה לעמוד על 300 בייצוג יחסי ומספר חברי הסנאט על 50 בייצוג שווה בין כל חמשת המחוזות.
בנוסחה זו מספר גדול של מחוזות בחירה הוקצה לבנגל שמספר נציגיה באספה הלאומית עמד על 165, בניגוד ל-75 של פנג'אב, 24 של ח'ייבר פח'טונח'ווה, 19 של סינד ו-17 של בלוצ'יסטן. שטחיהם של אזורים שבטיים, נסיכויות וטריטוריית הבירה הפדרלית קראצ'י, יוצגו על ידי 24 מושבים. בצורה זו קיבלה בנגל ייצוג רחב יותר בשל ההומוגניות של אוכלוסייתה, זאת בהשוואה לשאר ארבעת המחוזות ומחוז הבירה הפדרלי שאוכלוסייתן הייתה הטרוגנית ומגוונת מבחינה דמוגרפית. בניגוד לכך, סך כל המושבים שייצגו את ארבעת מחוזות המערב בסנאט, שכאמור, הייצוג בו היה שווה בין כל המחוזות ללא קשר לגודל אוכלוסייתן, עלה על מספר המושבים שייצגו את בנגל. באופן זה נוצר למעשה איזון בין מספר הנציגים של בנגל בשני בתי הפרלמנט גם יחד לבין מספר הנציגים של המחוזות המערביים. לשני בתי הפרלמנט היה מעמד שווה ובמקרה של חילוקי דעות בין שניהם הוצגה הסוגיה בישיבה משותפת של שני הבתים. במסגרת נוסחת בוגרה הוצע לבטל את משרת המושל הכללי של פקיסטן שייצג את המלוכה הבריטית ולהחליפו בראש מדינה נבחר, נשיא פקיסטן.
הנוסחה גם התייחסה לנושא הפרדת הרשויות כדי למנוע שליטה קבועה של כל אחד מהמחוזות והותנה שאם הנשיא הנבחר יהיה מארבעת מחוזות המערב, אזי ראש הממשלה הנבחר יצטרך להיות מבנגל ולהפך. תקופת כהונתו של הנשיא עמדה על חמש שנים והוא נבחר בבחירות בלתי ישירות על ידי הגוף הבוחר שהורכב מחברי שני בתי הפרלמנט.
לבית המשפט העליון של פקיסטן ניתנה יותר סמכות ועצמאות שיפוטית והוא היה אמור להחליף את אנשי הדת המוסלמיים בהחלטה אם חוק מסוים תואם את הוראות הקוראן אם לאו.
נוסחת בוגרה זכתה לאהדה ציבורית רחבה והתקבלה בברכה כניגוד ל"וועדת העקרונות הבסיסים" שהוביל בזמנו ראשה הממשלה חוואג'ה נזימודין. המוני העם ראו בנוסחה כאמצעי לגישור הפערים בין שני חלקיה של פקיסטן וכמקור לאחדות האומה.
הפשרה שבבסיס נוסחת בוגרה לא יושמה במלואה, שכן המושל הכללי, מאליק ע'ולאם מוחמד, מתוך חשש לאובדן סמכויותיו, פיזר ב-1954 את האספה המכוננת בתמיכת חוגי הצבא והפקידות האזרחית.
"היחידה האחת".
על רקע הכישלון בהגעה להסכמה על נוסחת בוגרה, הוא החל לפעול לכינון שיטת "היחידה האחת", על פיה אוחדו ארבעת המחוזות המערביים ליחידה מנהלית אחת והוא דחף ליישום רעיון זה באומרו:
ב-1954 הוביל בוגרה את מדיניות היחידה האחת לחקיקת חוק בתמיכת המושל הכללי מאליק ע'ולאם מוחמד.
פיטוריו והחזרה לתפקיד השגריר.
ב-7 באוגוסט 1955 אישר בוגרה את מינויו של שר הפנים בממשלתו, איסכנדר מירזא, למחליפו של מאליק ע'ולאם מוחמד בתפקיד המושל הכללי, לאחר שזה יצא לברטניה לטובת טיפולים רפואיים עקב מצבו הבריאותי המתדרדר.
זמן קצר לאחר מינוי זה החלו עימותים בין המושל הכללי בפועל מירזא לבין ראש הממשלה בוגרה, אף על פי ששניהם היו בנגלים במוצאם ובוגרה נאלץ להתפטר מתפקידו. מירזא אף הדיח את מאליק ע'ולאם ושיגר לו מכתב לבריטניה לעדכנו בהתפתחויות. לאחר פיטוריו נשלח בוגרה שוב לארצות הברית לכהונה שנייה כשגריר ומחליפו שם, אמג'ד עלי, מונה כשר האוצר.
שר החוץ.
ב-1959 סיים בוגרה את כהונתו השנייה כשגריר בוושינגטון, זאת לאחר שמנהיג המשטר הצבאי, איוב ח'אן תפש את השליטה בממשלה ב-1958 והדיח את הנשיא איסכנדר מירזא. בוגרה הצטרף לממשלתו של איוב ח'אן ומונה כשר החוץ.
זמן קצר לאחר כניסתו לתפקיד, קיים בוגרה ביקור בסין שם הוא החל שיחות עם ההנהגה הסינית שבסופו של דבר הובילו להסדר היסטורי בדרכי שלום בנוגע למחוזות הגבול של פקיסטן בצפון. כשר החוץ הוא הוביל מדיניות פרו-מערבית, אך גם עשה מאמצים לשפר את היחסים עם ברית המועצות לאחר שהיה עד לתמיכת המערב וארצות הברית בהודו במהלך מלחמת הודו–סין ב-1962. לאחר שביקר בברית המועצות יחד עם הנשיא איוב ח'אן, אמר בוגרה: "אין מושג כמו ידידות נצחית או יריבות נצחית - רק האינטרסים של המדינות הם בעלי חשיבות".
באותה תקופה החל בוגרה לסבול מבעיות בריאותיות והדבר גרם לו להיעדר מפגישה בנושא קשמיר שנערכה בארצות הברית ב-26 בדצמבר 1962, אך סגנו, זולפיקר עלי בהוטו, מילא את מקומו. ב-1963 הלך מוחמד עלי בוגרה לעולמו כאשר היה בדאקה והוא נקבר באחוזת הקבר של משפחתו.
חיים אישיים.