אייל זיסר חוקר את ההיסטוריה המודרנית של סוריה ולבנון. מחקריו עניינם ההיסטוריה של שלהי המאה ה-19 ומחצית המאה ה-20. פרסם מחקרים רבים שעניינם ההיסטוריה בת זמננו, כולל משטר, מדינה וחברה בסוריה ולבנון של ימינו אלה. הוא עוסק בהיסטוריה פוליטית של מערכות ממשל, שלטון, תהליכי קבלת החלטות, ממשק ממשל ויחסי ביטחון, אבל גם עוסק בהיסטוריה חברתית ותרבותית, למשל לאומיות בסוריה ולבנון, אסלאם, חברה וכלכלה וכדומה.
שלטון אסד בסוריה.
הרבה ממחקרו של אייל זיסר הוקדש לשלטונו של חאפז אל-אסד ובמיוחד לשלהי שלטונו, עליהם כתב את הספר בעברית סוריה של אסד - על פרשת דרכים שראה אור ב-1999 ויצא לאור גם באנגלית בשנת 2000 לאחר שאסד הלך לעולמו בשם: Asad's Legacy: Syria in Transition. ספרו השני על סוריה עסק בתקופת בשאר אל-אסד ושמו: בשם האב: בשאר אל-אסד: שנים ראשונות בשלטון. והתפרסם ב-2004. מהדורה מעודכנת באנגלית ראתה אור ב-2007 בשם Commanding Syria: Bashar al-Asad and the First Years in Power. פרט לשני ספרים אלה פרסם זיסר שורת מאמרים וכתבות על שלטונה של שושלת אסד, אישיות המנהיגים, מערכות כלכלה וביטחון, חברה וכן הלאה. לצד תולדותיה של סוריה תחת משטר אסד כתב ספר רחב יותר: "פניה של סוריה: חברה, משטר ומדינה", שראה אור בשנת 2003, ושעוסק בהיסטוריית ליבה של סוריה במאה השנים האחרונות, חברה וכלכלה, צבא ומדינה, לאורך מאה שנה. לספר קדמה שורת מאמרים בנושא.
סוריה.
התמקדותו של זיסר בסוריה היא התמקדות בתופעה ההיסטורית של שלטונה של משפחת אסד, שהביא למפנה בתולדותיה של מדינה זו. הוא מתאר את סוריה שהפכה ממדינה חסרת יציבות שהפגינה חולשה כלפי חוץ ופנים, למדינה יציבה. אייל זיסר העמיק את ההבנה לגבי הגורמים להצלחת שושלת אסד מעבר ליד הברזל והברוטליות שזוהו תמיד כמאפייניו הבולטים של משטרו של חאפז אל-אסד. הוא הצביע על שורשים חברתיים והיסטוריים, מוקדי תמיכה במשטר, אופן התנהלותו של השליט ואישיותו, כמו גם התפתחות זהות מדינתית וביסוס מוסד המדינה. כל אלו נותנים הסברים עמוקים יותר להתנהלות סוריה.
זיסר מתמקד במחקריו באחת התופעות המרכזיות שהתרחשו בסוריה וענינה המהפך החברתי במסגרתו השתלטו הפריפריה והכפר על המרכז הסורי. תופעה זו אינה ייחודית לסוריה אלא התרחשה גם במדינות נוספות במזרח התיכון. זיסר מסביר זאת בכך שמפלגת הבעת' השכילה לקנות אחיזה באוכלוסייה הזו, להפוך למייצגת האולטימטיבית שלה, לגייסה למנגנוני המפלגה ולמערכות הביטחון וכוחות הצבא, ואף לפתוח בפניה נגישות למערכות ההשכלה במדינה. בכך יש כדי להסביר את התמיכה של אוכלוסייה זו במשטר וממילא, את היציבות שהצליח המשטר להקנות לסוריה. זיסר התמקד במחקריו במיוחד במורכבות שלטונו של חאפז אל-אסד בסוריה. על פי זיסר, אף על פי שבישראל נתפס אסד האב כמנהיג מוכשר ומוצלח הרי שהצלחתו לשרוד שנים כה רבות על כס השלטון נבעה במידה רבה מכישלון יריביו, ובכל מקרה את מחיר הישרדות המשטר שילמו תושביה של סוריה אשר נותרה מדינה מפגרת ונחשלת.
בנו של חאפז אל-אסד, בשאר אל-אסד, עלה לשלטון תוך שסימן שאלה מלווה את סיכויו לשרוד בשלטון לאורך זמן. חרף זאת הוא מחזיק מעמד. לדעת זיסר הישרדותו של בשאר היא הודות לדיבידנדים שנצטברו מתקופת שלטונו הממושכת של אביו, כמו הודות לטעויות של יריבו המרכזי של בשאר, ג'ורג' בוש. זיסר סובר כי במזרח התיכון מבקשים התושבים יציבות פוליטית-כלכלית ומפחדים משינוי. הכישלון של ארצות הברית בעיראק, האנרכיה וחוסר היציבות השוררים במדינה זו, כל אלו מביאים את האזרח הסורי להעדיף לדבוק במשטרו של בשאר מאשר להתמודד עם הבלתי נודע, עליה של גורמי אסלאם קיצוני לשלטון או כאוס דוגמת עיראק.
יחסי ישראל-סוריה.
זיסר טוען כי כל אחת מהמדינות: ישראל וסוריה, רואה את רעותה בתמונת מראה, היינו באופן בו המדינה האחרת רואה אותה עצמה. לדעתו הסורים תופסים את ישראל כתוקפנית ובאופן כזה הם זוכרים ומנתחים את אירועי 1967, 1973 ואת 1982.
באשר לתהליך השלום מסביר זיסר כי סוריה נכונה אמנם להגיע להסכם שלום עם ישראל אך אין בה הנחישות והרצון לעשות מעשה, דוגמת מעשהו של נשיא מצרים, אנור אל-סאדאת. דבר זה מסביר לדעתו את הקושי בקידום תהליך מדיני עם הסורים.
פניה של סוריה: חברה, משטר ומדינה.
ספרו זה של אייל זיסר הוא ניסיון לתת מענה לחידה הסורית, לחדור לעומקם של שורשיה של החברה ושל המדינה הסורית ולבדוק את מהלך התפתחותה. הספר עוסק בהצלחתה של המדינה הטריטוריאלית הסורית לשרוד ואף לבסס עצמה במרחב אשר סביב לה וקודם לכל בלב תושביה. שהרי, בעשורים הראשונים לקיומה הייתה מדינה זו נתונה במאבק על השליטה בה, על דרכה ומדיניותה בזירה האזורית והבינלאומית אך קודם לכל, על עצם קיומה. זיסר סובר כי מאבק זה, אותו הוא מכנה "המאבק על סוריה", נבע לא במעט בשל היותה של סוריה מדינה נטולת שורשים, מדינה אשר הוקמה בידי שלטונות המנדט הצרפתי בניגוד גמור לרצונם של תושביה, בדיוק, אגב, כמו עיראק או עבר הירדן, ובמידה מסוימת אף לבנון. ואולם, בדומה לשכנותיה שרדה גם הישות הסורית את האיומים והאתגרים שבפניהם ניצבה, וכיום, למעלה מחמישים שנה לאחר שזכתה בעצמאותה, נעלמו רבים מן הספקות שקיננו בעבר באשר ליכולתה להוסיף ולהתקיים כישות מדינית עצמאית. הספר מבקש להציע תובנות חדשות להצלחה זו, מעבר להסבר המקובל הרואה בה מעשה ידיו של משטרו של הנשיא אסד. כך למשל, מועלה בספר טיעון כי המפתח להצלחתה של המדינה הסורית לשרוד - נעוץ בתהליכים - פוליטיים, חברתיים וכלכליים - ארוכי טווח שעברו על מדינה זו לאורך חמישים שנות עצמאותה ובאופן ממוקד יותר, באובדן המרכזיות - מרכזיותה של סוריה בעולם הערבי - ובניצחון המרכז - מרכז שלטוני שכמוהו נעדרה סוריה בעברה. שהרי, בעברה הייתה סוריה מרכזית מידי - גאוגרפית ופוליטית - במרחב שסביב לה, מרכזיות, אשר הייתה לה לרועץ, ובה בעת היא נעדרה מרכז שלטוני המקיים שליטה אפקטיבית ברחבי המדינה. עם חלוף השנים פחתה מאוד מרכזיותה של סוריה במרחב שסביב לה, אך בה בעת צמח בה מרכז שלטוני בעל עצמה שהצליח לפרוס את שלטונו על רחבי המדינה, וממילא, זו האחרונה החלה ממלאת תפקיד מרכזי ובולט יותר בחיי תושביה. בכך היה כדי לתרום להפיכתה של סוריה ממדינה חלשה וחסרת יציבות למדינה איתנה ואף למעצמה אזורית בעלת מעמד ומשקל. כן נדון בספר תהליך התגבשותה של זהות סורית ייחודית. זיסר סובר כי זהות זו שאבה במידה לא מעטה את השראתה מתפיסות שרווחו בעבר במרחב הסורי (בלאד אל-שאם) ואשר ראו בו מרחב גאוגרפי בעל ייחוד היסטורי, תרבותי ולעיתים אף ביקשו לראות בתושביו אומה העומדת בפני עצמה - האומה הסורית. אבל בעיקרה מבוססת זהות לאומית סורית זו על משקעי חמישים שנות העצמאות, או אף שבעים שנות קיומה של סוריה כישות מדינית - היינו, אותן חוויות מעצבות משותפות שחוו תושביה של מדינה זו, ולחלופין, גם אותו אינטרס משותף הולך ומתרחב, בקיומה של המדינה הסורית כמדינה עצמאית. משטרו של אסד ביקש מטעמיו הוא לקדם, הגם שבזהירות ובפרופיל נמוך, זהות ייחודית שכזו, תוך שהוא רואה בה נדבך נוסף על נדבך הזהות הכלל-ערבית, לה היה מחויב ושאותה אף נשא בגאון. ולבסוף, נידונות בספר שאלות כמו יחסי עדה ומדינה, קרי עלייתה של העדה העלווית, עדת משפחת אסד, לשלטון בסוריה, התגבשותו של הצבא הסורי ככוח משמעותי המצוי בשליטה של משפחת אסד, ולבסוף, יחסיה המורכבים של המדינה הסורית עם האסלאם.
לבנון.
זיסר רואה בלבנון מדינה שאינה מדינה. היינו, ישות מדינתית חלשה, שברירית, שבה שלטון מרכזי חלש ושכמעט ואינו מתפקד. המדובר במדינה ובחברה המצויים על סף תמידי של מלחמת אזרחים המתפרצת אכן במדינה זו מפעם לפעם. זיסר סבור כי כדי להבין את לבנון יש לחזור אחורה קרוב לאלף שנה אל המאה העשירית לערך בה נעוצים שורשיה של המערכת הפוליטית והחברתית בלבנון. זיסר גם סבור כי בניגוד להנחה המקובלת, תולדותיה של לבנון אינם עומדים בהכרח בצילו של מתח בין שני המחנות הדתיים העיקריים, ולמעשה, היריבים, החיים במדינה – נוצרים ומוסלמים. מחנות אלו לא היו מעולם מחנות מאוחדים ומלוכדים שהתייצבו כאיש אחד מאחורי רעיון או מטרה כלשהם, אלא לרוב היו מפוצלים בתוך עצמם על פי קווי חלוקה עדתית. בתוככי כל מחנה דתי התקיימה יריבות בין בני העדות השונות המרכיבות אותו: במחנה המוסלמי – סונים, שיעים ודרוזים; ואילו במחנה הנוצרי - מרונים, יוונים אורתודוקסיים, יוונים קתוליים, ארמנים לקהילותיהם הדתיות השונות ועוד. אלא שלדעתו של זיסר גם המפתח העדתי, היינו ההתבוננות בלבנון דרך הפריזמה העדתית אין בו די כדי להעניק תשובה מספקת לשאלת מהלך ההיסטוריה, או אף דרכה הייחודית של לבנון. שהרי, מסגרת ההזדהות הבסיסית בלבנון הייתה, ובמידה רבה נותרה עד היום, המסגרת המשפחתית. ואכן, כל אדם בלבנון, יהא מעמדו ותפקידו אשר יהיה, פעל בראש ובראשונה כמייצגה של המשפחה שאליה השתייך ושל האינטרסים המשפחתיים שלה. המשפחות בלבנון, ולא העדות הן שהיו ואף נותרו המפתח האמיתי להבנת מהלך ההיסטוריה הלבנונית.