גם רבנים מתנגדים חשובים נקטו בעמדה דומה. ירמיה לעוו התרחק מ'שומרי הדת' עם תום הקונגרס, וכתב לעמיתיו שלא יוכל לגייס די תומכים בקהילתו לעמדתם. הוא החל להתנגד לרעיון הפילוג, שנראה לו עתה שגוי ובלתי-הולם את המציאות. למרות לחץ כבד, נמנע מלספח את אויהל לארגון עד יומו האחרון. כמוהו עשה גם הרב מאיר פרלס מקראלי. מהר"ם שיק קבע בתשובה מאפריל 1872 כי בהתחשב בנסיבות הפילוג, כל מי שמסרב להיות חבר בוועדה עובר על איסור "לא תעמוד על דם רעך". תשובה זו הפכה בדיעבד למסמך מכונן של האורתודוקסיה בהונגריה, והעניקה כדברי כ"ץ "סנקציה הלכתית" לוועד, בהשוותה בין כל מי שסירב להצטרף אליו לחברי הארגון הנגדי. מקרה נוסף אירע ב-1881 בהעדיעס, עוד קהילה שנותרה לא משויכת, בה ביקש מיעוט להצטרף לאורתודוקסים. האב"ד המקומי ר' אליהו מנחם גויטיין שלח לרש"ר הירש שאלה והבהיר לו כי לדעתו פסק הדין הנזכר התייחס רק למקרים בהם לא התחייבה קהילת-האם לשמור על השולחן ערוך, תנאי שהתקיים בעירו. הירש הצדיק את טענותיו אך ביקשו לגנוז את התשובה כדי לא לפגוע בכבודו של מהר"ם שיק המנוח. עם חלוף השנים, רוב העדות שנותרו במעמד סטטוס קוו הלכו ונסחפו הרחק מהתנהלות מסורתית. הממסד האורתודוקסי ראה בדפוס זה אישור לצדקת דרכו.
השפעות לטווח הארוך.
קיומם של שני הארגונים הארציים הביא לחלוקה בתוך כלל הציבור. אמנם היו אזורים שאחד הצדדים היווה בהם רוב מובהק והקהילות היהודיות המשיכו להתקיים כחטיבה אחת: כך, לדוגמה, בסגד נותר המיעוט השמרני הקטן במסגרת הקהילה הוותיקה, תחת הרב לאופולד לעף. אך ביישובים רבים אירעו פרישות והוקמו קהילות נבדלות. בפשט, מעוז המתחדשים, היו האורתודוקסים המקומיים – כ-10% מהאוכלוסייה היהודית בעיר – מהראשונים בארץ להתפלג. באופן דומה, באונגוואר שבאונטרלנד פרשה עדה של פרוגרסיביים מהציבור שהונהג על ידי הרב מנחם אייזנשטטר, והצטרפה ללשכה הנאולוגית. עם מותו של הכתב סופר ב-1872, נוסדה עדה נאולוגית גם בפרשבורג.
היו מקרים בהם קהילות החליפו צדדים, התפצלו והתאחדו חליפות: במישקולץ הצטרף בתחילה הרוב לנאולוגים; ב-1875 הושגה פשרה עם המיעוט האורתודוקסי והכלל חבר לוועדת הביצוע, אך עוד באותה שנה התפלגו החסידים המקומיים ויצרו עדת סטטוס קוו משלהם. בטמשוואר, התפלג הציבור לשלושה קהלים כבר ב-1871. באויהל פרשו דווקא החסידים, שהיו מסוכסכים עם אב"ד העיר החדש אליעזר לעוו, והקימו קהילה אורתודוקסית. ב-1886 פילג גם לעוו הבן את הציבור שהותיר אביו וצירף את תומכיו לוועדת הביצוע. בעיר התקיימו מאז שתי עדות אורתודוקסיות נפרדות, ועוד אחת במעמד סטטוס קוו. תהליכים דומים, רבים מהם תוצאת סכסוכים מקומיים ואקראיים שיכלו עתה להתבטא באופן ממוסד, זעזעו קהילות רבות בהונגריה. באובודה ניסה מרדכי עמרם הירש לקדם את עמדת הסטטוס קוו, אך הקהילה הצטרפה כמעט מיד לקונגרסאים; הוא נותר לכהן עד 1880 כרב אורתודוקסי התומך בסטטוס קוו בתוך קהילה נאולוגית. הרב יואל אונגר מפקש, מבכירי המחנה היראי, שימש עד מותו גם כאב"ד סקסארד הנאולוגית.
ההצטלבויות במישורים הרבים בהם התרחש הפילוג הובילו לעוד סתירות בולטות: בין היתר, לבית-הכנסת האורתודוקסי הגדול של השבט סופר בפרשבורג ולבית-הכנסת הנאולוגי באובודה היו לבסוף אותם סדרים וטקס בדיוק, פרט שהקונגרסאים ציינו בפני הממשלה במענה לטענת יריביהם שהם מהווים דתות נפרדות. התוהו ובוהו הוסיף להשתרר, עד שב-1888 קבע שר הדתות אגוסטון טרפורט בצו כי הפורש מעדה יוסיף להיות מחויב לשלם לה מיסים במשך חמש שנים לאחר עזיבתו. באותו מסמך הוסדרו היחסים בין קהילות-אם שהיה בהן רב מכהן לקהילות-משנה בסביבתן הכפרית. ההכרה השלטונית בשלושת סוגי הקהילות נותרה על עומדה, ואפשרה פרישה, עד לאחר מלחמת העולם השנייה. אפילו ב-1927, כשקילל האדמו"ר חיים אלעזר שפירא ממונקאטש את הצדיק מבעלז, התפלגו חסידיו של האחרון מעדתו והם נאלצו לרשום עצמם כנאולוגים.
רבני הוועידה האורתודוקסית הטילו איסור גורף על כל בעלי התפקידים הדתיים בקהילות הנאולוגיות, ובהתאמה גם על אלה של הסטטוס קוו. לשוחטים, רבנים ודיינים הובהר כי עליהם להפסיק לשרת אצל אלה שלא הצטרפו לוועדה או שלא יתקבלו עוד בקרב הנמנים עליה. עם זאת, החלוקה לא התבצעה בכל התחומים, בעיקר לא בנושא הקבורה; גם עשורים לאחר הפילוג, נמנעו בקהילות רבות מלפצל את החברא קדישא. רבני הסטטוס קוו, בעיקר, לא הוחרמו כליל. מאחר שכמעט כל נושאי המשרות הדתיות היו יוצאי הישיבות, צמצום אפשרויות התעסוקה יצר תחרות עזה ביניהם. בפועל, רבים מהם התעלמו מהאיסור ושירתו בקהילות שאינן אורתודוקסיות.
באביב 1872 פנה הרב חיים סופר, שנקט בעמדה נוקשה ביותר כלפי הפרוגרסיבים בעירו מונקאטש, אל שיק בהצעה להקיא את הקונגרסאים מכלל ישראל על ידי איסור להינשא עמם, למול את בניהם וכיוצא בזה. גאב"ד חוסט – שהמריץ באותה שעה, ללא הצלחה, את רבני גרמניה לנקוט בצעדים דומים כלפי בני הקהילות שקיבלו את החלטות ועידת הרפורמים באוגסבורג מיולי 1871 – ענה לו בשלילה. הוא נימק זאת בין היתר בכך שהדבר יאסר על ידי הממשלה ובנוסף, שהציבור היהודי יתפוש איסור מילת הבנים בגלל מעשי אבותיהם כ"דבר זר ואכזרי לפי שכלם... וזה גורם שמדברים עוד תועה יותר על הרבנים בדור הזה." בפועל, קשרי החיתון בין הזרמים לא פסקו מעולם, אם כי לא היו מרובים. הפער בין הרטוריקה האורתודוקסית על פרישה והתבדלות לבין המדיניות המעשית היה בולט. איש לא נמנע מלסדר קידושין לזוגות כאלו. יחס הפוסקים שנדרשו לכך לגבי חברי הקהילות (בניגוד להנהגה) הנאולוגיות, הוסיף להיות פרטני ונמדד לפי אדיקותם האישית של הנוגעים בדבר; הוא לא היה שונה מהיחס למחללי השבת הרבים וכדומה בקרב האורתודוקסים.
רק קהילות אורתודוקסיות מעטות, כמעט תמיד אלה שהיו באזורים נאולוגיים מובהקים, אכפו למעשה שמירת מצוות. במקביל נותרו רבים שהקפידו על אורח חיים מסורתי בתוך מסגרות שנעשו קונגרסאיות. הרב יוסף אלימלך כהנא העיר שנים רבות לאחר חלוקת הקהילות: עם זאת, ככל שחלף זמן מהפילוג ולאורך עשורים, הלכו והתקבעו הפערים בין הקהילות בכל ההיבטים. הנאולוגים היו מעורים יותר בחברה ההונגרית ועסקו בטווח רחב יותר של מקצועות, והקשרים בינם ליראים היו על פי רוב מועטים.
השפעה נוספת של חלוקת הקהילות התבטאה אצל האורתודוקסים פנימה, כשהזרם המרכזי גבר על שני אגפי הקצה. הילדסהיימר, שהתייאש סופית מחזון איחוד הציבור סביב גישתו, קיבל את רבנות "עדת ישראל" הקטנה והבדלנית בברלין, שם הקים את הסמינר שרצה בו. זמן קצר לפני שנסע קיבל מכתב מהרב שלמה גאנצפריד, דיין מאונגוואר שנמנה עם הקשים במבקריו בין הקיצונים. הלה ביקש ממנו לשכנע את הקבוצה הפורשת הקטנה בעיר לחזור בה ממינוי שוחט משלה, דבר שפגע בהכנסות הקהל: המתפלגים סירבו לשמוע לרבנים, כתב גאנצפריד, מאחר שהאמינו כי מניעם היחיד הוא עצירת הקדמה. הילדסהיימר הסכים וחיבר איגרת אליהם.
ליכטנשטיין התמנה לאב"ד קולומיאה בגליציה עוד ב-1867, והסתכסך במהרה עם חסידות זידיטשוב, כשניסה לשווא להתערב בסדרי השחיטה שלה. חתנו עקיבה יוסף שלזינגר נואש גם הוא מהונגריה ועלה לארץ ישראל ב-1870, שם הוחרם ונודה מקץ חמש שנים, לאחר שביקר את מערכת החלוקה ביישוב הישן. חיים סופר, דובר הקנאים הנותר, התנגד בעצמו לרעיון ההתארגנות בלשכה והטיף לביזור ועצמאות גמורים, אף כי לבסוף סיפח אליה את קהילתו במונקאטש. בשנים שלאחר מכן הוסיף להוות אופוזיציה פנימית לממסד של יוצאי 'שומרי הדת' בראשות איגנץ רייך, אותם גינה כעסקנים בעלי רמה דתית ירודה. הוא דרש שקיפות ופיקוח על תפקודו של יושב-הראש. בינתיים נקלע לעימות עם החסידים בעירו ועזב לכהן כרב האורתודוקסי של בודפשט, שם נהג לערוך ביקורי פתע בבתי הקהל כדי לוודא שהם שומרים שבת וכשרות. רק עם מותו של רייך ב-1896 והחלפתו על ידי אריה ליפשיץ, כונן לבסוף ארגון קבע אורתודוקסי במקום ועדת הביצוע הזמנית. ב-9 בינואר 1906 הכירה הממשלה ב"לשכה המרכזית של הקהילות האורתודוקסיות האוטונומיות בהונגריה" (Magyarországi Autonóm Orthodox Izraelita Hitfelekezet Központi Irodája).
כמו כן, הפילוג הרתיע את ראשי הארגון הקונגרסאי. החשש שהקרע יהפוך למוחלט, הניע אותם להקפיד על קו זהיר מאוד בענייני דת בהתנהלות עדותיהם. הם חששו מכך שעמדתם הרשמית של יריביהם, לפיה האורתודוקסים והנאולוגים מהווים שתי דתות נפרדות ממש כמו הקתולים והפרוטסטנטים, תתקבל על ידי הממשלה. הכרה כזו, שאמנם לא אומצה מעולם, הייתה מביאה לפרימת הקשרים האחרונים ביניהם וסותמת את הגולל על תקוותם של ראשי הלשכה הנאולוגית לייצג את כל יהודי הונגריה, אותה לא זנחו מעולם. משרד החינוך והדתות הכיר ב-1877 בחלוקת היהודים לשלושה "פלגים" (irányzat) ארגוניים, אך הממשל הוסיף לראות בכולם בנים ל"זרם דתי (vallásfelekez) אחד ויחיד", כפי שנקבע בהצהרות רשמיות ב-1888 וב-1905.
בטבלה להלן מצויה התפלגות האוכלוסייה היהודית בממלכת הונגריה לאורך השנים לפי חברות בקהילות שהשתייכו ללשכה היהודית המרכזית, ללשכה האורתודוקסית האוטונומית או לסטטוס קוו. מ-1920, עקב חוזה טריאנון, אבדו שטחים נרחבים שמרבית היהודים בהם היו אורתודוקסים: סלובקיה ורוס התת-קרפטית שנמסרו לצ'כוסלובקיה וטרנסילבניה הצפונית שעברה לרומניה. מפקד 1944 נערך באפריל, בשטחי הונגריה שלאחר טריאנון בלבד, לפני תחילת השילוחים למחנות; מפקד 1948 שיקף את אובדן החיים בשואה.