ספרד בוששה להגיב על כך, ותגובתה באה רק שנים לאחר מכן. הסיבות לכך היו המלחמה בה הייתה שקועה ספרד בחזית הגרמנית (מלחמת שלושים השנים, ובה בעת מלחמתה עם צרפת, ובנוסף גם ההתקוממויות בקטלוניה, בנאפולי ובסיציליה, וגם הקנוניה באנדלוסיה, מרידות בהם התגלו צבאות ספרד כבלתי כשירים. הייתה זו תקופה קריטית ומורכבת, המוכרת כתקופת "משבר שנת 1640". ב-1644 נערך קרב בעצימות נמוכה במונטיחו. פורטוגל חידשה את בריתה עם אנגליה, ודמויות המפתח שבלטו כשנערך ההסכם החדש היו מלך אנגליה צ'ארלס הראשון, אוליבר קרומוול וצ'ארלס השני, בעלה של קתרינה מברגנסה. פורטוגל מסרה לאנגליה את טנג'יר שבמרוקו ואת בומביי שבהודו. ז'ואאו הרביעי התכוון לכבוש מחדש טריטוריות שהשתייכו בעבר לאימפריה הפורטוגזית. ארצות השפלה הצליחו לכבוש ולהחזיק בציילון ובמלאקה, אך עם זאת הצליחו הפורטוגזים לכבוש מחדש את לואנדה ואת סאו טומה ופרינסיפה, וגם הצליחו לגרש את ההולנדים מברזיל. בגלל אובדן מושבותיה במזרח, הפכו הזהב, הסוכר והיהלומים של ברזיל למקורות ההכנסה העיקריים של פורטוגל. עקב העימות עם ספרד, פעל מלך פורטוגל לחיזוק מוסדות השלטון והמנהל במדינה. לאור גישה חדשה זו, הוקמה ועדת קבע לענייני מלחמה, וכמו כן גם ועדה לענייני משמר הגבולות, תוך סיועה של החברה הכללית למסחר של ברזיל, וכך גם הובטח הנתיב הימי בין המטרופולין בפורטוגל לבין מושבתה החשובה ביותר באותה עת - ברזיל. תחת מלכותו של ז'ואאו הרביעי, שבה פורטוגל להיות מעצמה עולמית ובעלת מעמד רם באירופה.
ב-1656 מת ז'ואאו הרביעי. בנו הבכור, אפונסו השישי, עלה לכס המלוכה. מפאת היותו בן 13, נאלצה אמו, לואיסה דה גוסמן, לשמש בתפקיד עוצרת. ב-1662 החל אפונסו השישי לשמש רשמית כמלך פורטוגל. בשנת 1659, עם תום מלחמתה של ספרד עם צרפת, תקפו הספרדים את פורטוגל, כדי להחזיר את כס מלכות פורטוגל למלכי בית הבסבורג (מלחמת השבת הכתר הפורטוגזי). הספרדים כבשו את אלוואס (Elvas). בתגובה, תקפו כוחות אנגליים ופורטוגזים את חילות ספרד. ב-1665 מת מלך ספרד, פליפה הרביעי, המונרך האחרון מבין מלכי בית הבסבורג שהחזיקו גם בתואר מלך פורטוגל. עקב הפגיעה המשמעותית בכוחות הספרדיים, נאלצו אלה לחתום ולאשרר את הסכם ליסבון, לפיו על ספרד להכיר בעצמאותה של פורטוגל. סאוטה נשארה בידיים ספרדיות. לאחר הניצחון על ספרד צורף לשמו של אפונסו השישי הכינוי "המנצח" (פורטוגזית: "O vitorioso").
אט אט איבד אפונסו השישי את כושר השפעתו על אחיו הצעיר, הנסיך פדרו. בהמשך באו השניים לידי עימות. בקרב העם והן בחצר סברו כי המלך אינו מתאים לכהן בתפקידו.
ב-1667 אילץ פדרו את המלך, בהמלצת יועצי הכתר, לחתום על מסמך בו הועברו לו סמכויות השלטון. בחצר נתגלעה הסתייגות מהמשך כהונתו של אפונסו השישי כמלך. ב-1668 מונה הנסיך פדרו כעוצר. נוסף על כן, אף התארס למלכה. עד יום מותו ב-1683 חי אפונסו השישי כעציר בסינטרה ובאיים האזורים. עם מותו, הומלך תחתיו אחיו בשם פדרו השני.
אבסולוטיזם - העידן הפומבליני.
במרוצת סוף המאה ה-17 והמחצית הראשונה של המאה ה-18 גברה מאוד פעילות הכריה והניצול של משאביה המינרליים של ברזיל, לאחר שנתגלו בה מאגרי זהב ואבנים יקרות עשירים ביותר. המלך ז'ואאו החמישי הפך לאחד המונרכים העשירים באירופה.
בימי מלכותו של ז'וזה הראשון, לאורו של בוקר יום כל הקדושים, ה-1 בנובמבר 1755, הכתה בליסבון רעידת אדמה, שזרעה בעיר חורבן מוחלט ואיימה על יציבות האימפריה ועל עצם קיומה. לאחר שיקומה המהיר של העיר, תחת פיקוחו של המרקיז דה פומבל, נחנכה תקופת מודרניזציה בה בוצעו רפורמות משמעותיות במנהל, בכלכלה ובחינוך, לפי דוגמתן של רפורמות דומות באירופה באותה העת (ראו, לדוגמה, הרפורמות הבורבוניות), תחת הנהגתה של מונרכיה אבסולוטית, כשברקע השפעתו של מעמד האצולה.
המרקיז דה פומבל ניצל את ניסיון ההתנקשות במלך כדי להעניש את משפחות האצולה, על שלא שיתפו עמו פעולה בביצוע הרפורמות. הוא גם גירש את מסדר הישועים מפורטוגל, בהסכמת הוותיקן.
ב-1779 מת המלך, והוריש את כס המלוכה למריה הראשונה, כשלצידה בעלה פדרו השלישי, ואלה הדיחו את המרקיז דה פומבל ואילצו אותו לגלות, עם כל נכסיו, אל מחוץ לבירה.
האימפריה דעכה אט אט. המצור הקונטיננטלי שהטיל נפוליאון על אנגליה כוון גם נגד פורטוגל. היא המשיכה להיחלש תוך כדי השתלשלות המלחמות הנפוליאוניות, כשברקע פלישת נפוליאון לחצי האי האיברי, בריחת משפחת המלוכה לריו דה ז'ניירו בשנת 1807 ואובדן המושבה ברזיל ב-1822 (למן הגעת חצר המלוכה לריו דה ז'ניירו ועד אותה שנה, הפכה ברזיל לממלכה מאוחדת עם פורטוגל ושקולה לה במעמד).
משבר המאה ה-19.
ב-1807 סירבה פורטוגל למלא אחר דרישת נפוליאון לתמוך במצור קונטיננטלי על בריטניה, כחלק מאמברגו על הממלכה המאוחדת. כתוצאה מכך, כוחות צרפתיים, תחת פיקודו של הגנרל ז'ונו (Junot), פלשו לפורטוגל והשתלטו על הבירה ב-1 בדצמבר 1807. מעורבותם של הכוחות הבריטיים במלחמת העצמאות הספרדית השיבה למדינה את עצמאותה. ב-1812 גורשו אחרוני החיילים הצרפתים. פורטוגל איבדה במלחמה זו, שכונתה מלחמת התפוזים, את פרובינציית אוליבנזה, שעברה לידי הספרדים. משפחת המלוכה נמלטה לריו דה ז'ניירו וזו הפכה זמנית, במקום ליסבון, לבירת האימפריה הפורטוגזית (בשנים 1808-1821). ב-1820 פרצו התקוממויות בערים פורטו (24 באוגוסט) וליסבון (15 בדצמבר). כשהוכרזה עצמאותה של ברזיל ב-1822, חזרה ליסבון למעמדה כבירת פורטוגל.
עם מותו של המלך ז'ואאו השישי ב-1826 החלה בפורטוגל מלחמת ירושת הכתר. בנו בכורו, פדרו הראשון, אשר כיהן כקיסר ברזיל העצמאית, הוכרז גם כמלך על פורטוגל, תחת השם פדרו הרביעי. הן הפורטוגזים והן הברזילאים לא רצו באיחוד מונרכי בין שתי הממלכות; כתוצאה מכך, ויתר פדרו על כתר פורטוגל לטובת בתו מריה השנייה, תחת התניה שזו תינשא לאחיו, מיגל. שררה בממלכה אי-שביעות רצון מהרפורמות החוקתיות שביצע פדרו. עקב כך, ב-1828 הובילו האצילים והכנסייה להכתרתו של מיגל הראשון, ובכך פרצו המלחמות הליברליות שבהן כפה פדרו על אחיו מיגל, בסיוע האנגלים, לוותר על הכתר ולצאת לגלות (1834). בכך שמרה בתו מריה השנייה על כס המלוכה.
מלחמת חצי האי.
כאשר הכתיר נפוליאון בונפרטה את עצמו כקיסר, הוא החל ביישום אסטרטגיה צבאית אגרסיבית באירופה, במטרה להשיג הגמוניה צרפתית ביבשת ולשים קץ למעמדה של הממלכה המאוחדת כמעצמה הכלכלית והצבאית העיקרית באותה התקופה. ארצות אירופה נדרשו על ידי נפוליאון לשתף פעולה בהטלת מצור יבשתי על אנגליה, כדי למנוע ממנה לסחור עם היבשת. ריבונים באירופה אשר סירבו לקחת חלק באכיפת המצור על אנגליה צפוים היו להשקיף על צבאות צרפתיים אימפריאליים פולשים לשטחם. פורטוגל, שהייתה חתומה על ברית עם אנגליה עוד מתקופת ימי הביניים (ברית ווינדזור, התקפה עד ימינו, הברית הדיפלומטית העתיקה בתבל) סרבה לשתף פעולה במצור על אנגליה. נפוליאון בא לידי ברית עם ספרד, בה הוסכם על סיפוח פורטוגל (הסכם פונטנבלו). הוא פלש לפורטוגל, ואילץ את בית המלוכה הפורטוגזי לגלות לברזיל. נכונות פורטוגל להסתייע באנגלים עתידה הייתה להתברר כחיונית לגירוש הפולשים מפורטוגל. הקרבות לא הוגבלו ליבשת אירופה בלבד, אלא גם חרגו ליבשת דרום אמריקה, בה כבשו הפורטוגזים את גיאנה הצרפתית.
המהפכה הליברלית בעיר פורטו (1820).
בתחילת המאה ה-19 שקעה פורטוגל במשבר, שהחל עם עזיבתה של משפחת המלוכה לברזיל. תוצאותיה ההרסניות של פלישת נפוליאון, יחד עם ההיבטים השליליים של התלות באנגלים ושל פתיחת הנמלים בברזיל לסחר הבינלאומי, הובילו סוחרים פורטוגזים רבים אל סף פשיטת רגל. באותה עת, החלה להשתרש גישה אידאולוגית ליברלית בקרב בני המעמד הבורגני.
ב-24 באוגוסט 1820 פרצה בעיר פורטו מהפכה ליברלית שייעדה המיידי למנות מליאה פרלמנטרית האמונה על ניסוחה של חוקה עבור פורטוגל.
לא היו גילויי התנגדות כלפי ההפיכה. להפיכה הצטרפה גם העיר ליסבון, ומונתה חונטה זמנית שמטרתה לארגן בחירות לפרלמנט (ה-cortes). נבחרו כחברים בפרלמנט הראשון בפורטוגל נציגים מכל קצוות האימפריה: מברזיל, מאיי מדיירה, מהאיים האזורים, ומהטריטוריות הפורטוגזיות באפריקה ובאסיה.
הפרלמנט דרש מהמלך ז'ואאו השישי לחזור מיד לפורטוגל. לפני חזרתו, מינה המלך את בנו פדרו כעוצר על ממלכת ברזיל. צעד זה לא נשא חן בעיני חברי הפרלמנט, אשר גרסו שאכיפת הריבונות על שטחי האימפריה צריכה להתבצע משטחי פורטוגל באירופה. בנוסף, נדרש פדרו לחזור לאירופה, על מנת להמשיך בה את תהליך הכשרתו למלוכה. 65 חברי הפרלמנט הברזילאים מחו כנגד דרישה זו ובתגובה נטשו את הפרלמנט בפורטוגל וחזרו לברזיל. ב-7 בספטמבר 1822, הגיעה לידיו של פדרו בברזיל הודעה נוספת בנושא מאת הפרלמנט. הדבר הוביל אותו להכריז על עצמאותה של ברזיל ועל עצמו כקיסר הראשון שלה, באירוע שנודע לימים כזעקת איפירנגה.
באותה שנה אושרה החוקה. היא נוסחה כרוחה של החוקה הצרפתית (1791), שקידשה הפרדה בין הזרוע המחוקקת, הזרוע המבצעת והזרוע השופטת, וייחסה למלך תפקיד סמלי בלבד. הגה השלטון עבר לידי פרלמנט חד-אגפי, שחבריו נבחרו בבחירות ישירות, ובידיו השליטה הבלעדית בחקיקה.
המלחמות הליברליות.