פעולות נוספות שביצעה אלון לשם הסתרת המעילה: שינוי פרטי הדואר של הלקוחות על מנת שלא יקבלו דואר מהבנק, שינוי או מחיקת מספר הטלפון של הלקוח על מנת שלא ניתן יהיה ליצור עמו קשר ומשלוח מכתבים פיקטיביים ללקוחות הבנק אשר לכאורה מפרטים את מצב חשבונותיהם. במהלך החקירה אותרו אסמכתאות פיקטיביות שהפיקה אלון ללקוחות אשר מחשבונם גנבה כספים במסגרת המעילה ועליהן חתמו מנהלים בבנק.
על מנת למנוע מלקוחות הבנק למשוך את כספם, הציעה להם אלון ריבית גבוהה מן הממוצע עבור פיקדונותיהם. גם על רבות מההלוואות הפיקטיביות זקפה אלון ל"לקוחות" ריבית הטבה, היא עשתה זאת, ככל הנראה, על מנת לתמוך בהיגיון הכלכלי שבנטילת הלוואות גב אל גב אלו.
השימוש בכספים שנגנבו.
עופר מקסימוב, אחיה של אלון היה מכור להימורים שנוצל בידי מפעילי הימורים בלתי-חוקיים. תחילה העביר מקסימוב ישירות כספים שקיבל מאחותו לבעלי חובו. מאוחר יותר נפתח למקסימוב קו אשראי באמצעות בני רביזדה, שהלווה למקסימוב כספים בריבית, שנפרעו על ידי אתי אלון, והועברו על ידי רביזדה למפעילי ההימורים.
מקסימוב הימר בבתי הימורים רבים בארץ (באזור ירושלים, בספינות באילת ובמקומות נוספים) וברומניה.
החקירה.
ב-25 באפריל 2002 התייצבה אלון, בליווי עורך דינה, במשרדי מחלק ההונאה של מחוז תל אביב והתוודתה על מעילת הענק שביצעה בבנק, זאת בעקבות חקירה של בנק ישראל בבנק למסחר שנכנסה ליומה השלישי.
עם היוודע דבר המעילה, הגיש היועץ המשפטי לממשלה לבית המשפט המחוזי בתל אביב בקשה לפירוק הבנק. השופטת ורדה אלשיך מינתה למפרק הבנק את שלמה שחר, כונס הנכסים הרשמי וכמנהלים מיוחדים מונו עו"ד אורי ברגמן ורו"ח יהודה ברלב.
במשך שנתיים התנהלה בבנק, על ידי משרד ברלב ושות', רואי חשבון, ביקורת חקירתית לאיתור נסיבות קריסתו של הבנק ולשם איתור פעולות המעילה ושחזור ספרי הבנק. על בסיס הבדיקות והשחזור כאמור, שילם בנק ישראל ללקוחות הבנק את פיקדונותיהם, זאת מכוח ערבות וולונטרית שהנפיק בנק ישראל עם היוודע דבר קריסת הבנק.
ממצאי הביקורת החקירתית ומסקנותיה סוכמו לדו"ח חקירה ששימש כתשתית הראייתית להגשת תביעה אזרחית בסכום של כ־254 מיליון ש"ח כנגד 36 גורמים, בהם אלון, אחיה ואביה, אנשי השוק האפור שקיבלו כספי המעילה, מנהלי הבנק, הדירקטורים ורואה החשבון החיצוני של הבנק בתקופת המעילה (ת.א. (ת"א) 1803/05).
נתיבי העברת הכספים.
במסגרת החקירה נעשה ניסיון לעקוב אחרי נתיבי העברות הכספים על מנת להשיב כמה שיותר מסכום הגנבה. על פי ממצאים שעלו בחקירה והערכות מודיעיניות, עם פתיחת החקירה נמלטו מהארץ גבי בן הרוש (ראש 'הכנופיה הירושלמית', שבשטח שליטתה היו רבים ממקומות ההימורים בהם הפסיד מקסימוב כספים) וששון בראשי, שהשתייכו לארגונם של מאיר ויצחק אברג'יל. בן הרוש שנחשב למנצל העיקרי של מקסימוב הצליח להבריח מחוץ לישראל חלקים ניכרים מהכספים שנגנבו, ואלו שימשו לצרכיו של ארגון הברחת סמים של משפחת אברג'יל. כספים אלו הפכו את ארגון זה לאחד מארגוני הברחות הסמים הגדולים בעולם. לצורך הלבנת הכספים, שהצטברו מפעילות הסמים והגנבה מהבנק למסחר, נעשתה באמצעות הלוואות בריבית שניתנו לאנשי עסקים. הכספים הגנובים שימשו גם את ארגונו של אברג'יל בארץ להרחבת פעילותו, תוך כניסה לתחומי פשע חדשים ועימותים אלימים עם ארגוני פשע אחרים.
על פי הערכות מודיעיניות, נתיב אחר של הכספים שנגנבו עבר לחברת ב. יאיר, שבראשה עמד יאיר ביטון, שהיה מכר של בן הרוש, ונקלע לחובות. באמצעות כספים אלו רכש בן הרוש מביטון באופן סמוי חלק מהחברה (שהפכה מאוחר יותר לחברה ציבורית), ונחשבה בהמשך למצליחה. מאוחר יותר הושקעו בחברה כספים נוספים מארגונו של אברג'יל, כדרך של הלבנת הון.
יעדם של כספים אחרים שנגנבו משוער בבתי הימורים ברומניה שהקימו האחים יוסי ואלי מוסלי, שהיו חברים אז בארגונו של אברג'יל.
כספים אחרים התגלגלו לבני רביזדה, באמצעות בתי הימורים שהפעיל מחוץ לישראל ובעמלות שקיבל מבעלי חובו של מקסימוב תמורת העברת הכספים מאתי אלון אליהם, וכן לריקו שירזי, שהפעיל בתי הימורים והלווה כספים בריבית למקסימוב. כספים נוספים הגיעו למשפחת אבוטבול מנתניה, ולזאב רוזנשטיין.
על פי הערכה משטרתית, נותר חוב משמעותי של מקסימוב לנושים רבים, דבר שהוליד בהמשך מלחמת כנופיות בין עבריינים באשר לחלוקת הסכומים שנגנבו.
המשפט כנגד המעורבים.
כנגד אלון ואביה הוגש כתב אישום חמור והם הורשעו בעבירות של קשירת קשר לביצוע פשע גנבה בידי מורשה, קבלת דבר במרמה בנסיבות מחמירות, זיוף מסמך בכוונה לקבל באמצעותו דבר ועשיית שימוש במסמך מזויף. אלון הורשעה גם בעבירות של גנבה בידי עובד, רישום כוזב במסמכי תאגיד, מרמה והפרת אמונים בתאגיד, פגיעה ביכולתו של תאגיד לקיים התחייבויותיו, אחסון מידע כוזב והפקת פלטים כוזבים. השניים נשפטו לתקופות מאסר ארוכות: אלון נדונה ל-17 שנות מאסר, 3 שנות מאסר על תנאי וקנס של 5 מיליון ש"ח ואביה נדון ל-6 שנות מאסר, מאסר על תנאי וקנס של מיליון ש"ח. נגד אחיה של אלון, עופר מקסימוב, הוגש כתב אישום נפרד, והוא הורשע בעבירות של קשירת קשר לביצוע פשע, גנבה, קבלת דבר במרמה, זיוף מסמך בכוונה לקבל באמצעותו דבר, עשיית שימוש במסמך מזויף ועשיית פעולה ברכוש אסור, ונדון ל-15 שנות מאסר, שנתיים מאסר על תנאי וקנס בסך שלושה מיליון ש"ח. המדינה והנאשמים ערערו על גובה העונשים, ובית המשפט העליון פסק שיש להחמיר את עונשו של עופר מקסימוב ל-18 שנות מאסר, ולהותיר את יתר העונשים על כנם.
כתב אישום הוגש גם נגד בני רביזדה על חלקו בפרשה. עשור לאחר מכן, ב-2012, נידון רביזדה לשבע שנות מאסר בפועל.
הדירקטורים של הבנק למסחר נמצאו אחראים למעילה שביצעה אתי אלון. כתב התביעה של כונס הנכסים מפרט כיצד גרמו הדירקטורים לקריסת הבנק, וכיצד התקבלו סכומים גנובים על ידי צדדים שלישיים בידיעה כי מקור הכספים הוא בכספי הבנק שנגנבו. נטען כי הדירקטורים נושאים באחריות וכי אפשרו למעשי הגנבה להתרחש. התביעה נגד הדירקטורים הסתיימה בפשרה, לפיה חברת הביטוח של הבנק תשלם כ-2.5 מיליון דולר, ובנוסף לכך כל דירקטור ישלם כ-250 אלף ש"ח באופן אישי.
קסלמן וקסלמן, משרד רואי החשבון של הבנק, הגיע להסכם פשרה עם כונס הנכסים הרשמי לפיו ישלמו 23 מיליון ש"ח לקופת הכונס בגין אחריותם לאי גילוי המעילה. נדחתה בקשה לאשר תובענה ייצוגית נגד המשרד.
במסגרת הכספים שהושבו והקנסות שנגזרו הוחזר מלוא סכום החוב לנושים הראשוניים (עובדי הבנק ורשויות המס), וכ־60% מהסכום שבנק ישראל השיב ללקוחות הבנק מכספו.
תוצאות והשלכות.
הנושא קיבל הד תקשורתי נרחב בישראל, אף ברמה של דיונים על יציבות המערכת הבנקאית בישראל ונערכו דיונים ברמות הבכירות בבנק ישראל ומשרד האוצר ואף הוקדשה ישיבת ממשלה לנושא.
רוב הלקוחות קיבלו את כספם מכוח ערבות וולונטרית שהעמיד בנק ישראל. למעשה בנק ישראל "קנה" את החוב של הבנק כלפי הלקוחות בכך ששילם ללקוחות את שווי הפיקדונות שהיו להם בבנק והגיש לבנק תביעת חוב בגין תשלום זה. התשלומים החלו בספטמבר 2002. נכון לינואר 2008 שולם על ידי בנק ישראל בסה"כ סך של כ־600 מיליון ש"ח ללקוחות הבנק.
בעקבות הפרשה הידק בנק ישראל את הפיקוח על בנקים בארץ וחייב את הבנקים בשינוי ועדכון מספר נהלים אשר היוו, בין היתר, לדעת בנק ישראל, הפרצות אשר אפשרו את המעילה בבנק למסחר. למשל עודכן נוהל המיחשוב בקובץ הנהלים "הוראות ניהול בנקאי תקין" ונקבעו כללים לגבי מערכת המחשב אשר מצויה בשימוש בנקים ולגבי הרשאות וסיסמאות. כל הבנקים בישראל חויבו למקם בסניפים עמדות מידע ממוחשבות אשר יאפשרו לכל לקוח לקבל מידע על חשבונו באופן בלתי תלוי ומבלי להזדקק למי מפקידי הבנק.
המפקח על הבנקים הוציא הנחיה בדבר רוטציה וחופשה רציפה מחויבת לעובדי הבנק ובפרט לעובדים בתפקידים רגישים, מדיניות שתסייע לבקרה הפנימית בתאגיד בנקאי, ועשויה להקשות על טכניקות מסוימות לביצוע מעילות והונאות או לסייע בגילוין המוקדם.
אחת מההשלכות הבולטות של הפרשה היא היעלמות הבנקים הזעירים בישראל (כגון בנק הספנות ובנק יורו טרייד). אמנם מדובר בתהליך אשר החל עוד לפני חשיפת הפרשה והתרחש ממגוון סיבות, אך הפרשה האיצה אותו בשל שני גורמים מרכזיים:
ריצוי העונשים.
בשנת 2015 החליטה ועדת השחרורים של שירות בתי הסוהר על שחרור מוקדם של אתי אלון, לאחר שריצתה שני שלישים מתקופת מאסרה, שעמדה על 17 שנה, זאת לאור התנהגות טובה במהלך המאסר. פרקליטות המדינה ערערה על ההחלטה וטענה כי הכספים שאלון גנבה מימנו ארגוני פשיעה, ואלון אף לא עדכנה את ועדת השחרורים שלא שילמה את הקנס שהוטל עליה בסך 5 מיליון ש"ח. בית משפט לעניינים מנהליים בלוד קיבל את ערעור המדינה, וקבע כי אלון תישאר למילוי עונשה הפסוק.
בפברואר 2016 דחתה ועדת השחרורים את בקשת השחרור של אלון. הוועדה הודיעה כי ייערך דיון נוסף בעוד חצי שנה, ובהסכמת הפרקליטות היא תשוחרר אז, אם תימשך התנהגותה הטובה.
ב-4 באוגוסט 2016 החליטה ועדת השחרורים לשחרר בתנאים מגבילים את אלון לאחר שישבה במעצר ובמאסר במצטבר יותר מ-14 שנים, מיום מעצרה ב-25 באפריל 2002.
עד שנת 2017 כל בקשותיו של עופר מקסימוב לשחרור מוקדם נדחו. ב-6 בנובמבר 2019 אישרה לבסוף ועדת השחרורים של הנהלת בתי המשפט את בקשת השחרור המוקדם של עופר מקסימוב שריצה קרוב ל-17 שנות מאסר מתוך 18 שנגזרו עליו והוא שוחרר מהכלא ב-13 בנובמבר 2019.