אולם בזמן שהמסורת המצרית-יוונית גרסה שהיהודים גורשו ממצרים, צייר סטראבון תמונה אוהדת מאוד של האדם שהנהיג אותם והשלטון שהקים על בסיס אמונתו הייחודית. הוא טוען שמשה היה כהן מצרי, שעזב את מצרים והגיע לארץ יהודה בלוויית אנשים רבים שעבדו את ה"ישות האלוהית", מפני שלטענתו (של משה) המצרים טעו בהציגם את הישות האלוהית על ידי תמונות של בהמות ובקר והיוונים גם הם טעו בעיצוב אלים בדמות אדם. משה הוביל את האנשים "למקום שבו נמצאת כיום ירושלים".
ההיסטוריון הרומאי פומפיוס טרוגוס (סוף המאה ה-1 לפנה"ס) מוסר גרסה מקוצרת ומלאה בשיבושים של הסיפור המקראי אודות מוצא היהודים, ומצייר תמונה אוהדת למדי של יוסף ושל משה. עם זאת, הוא מספר שלאחר שנחתו על המצרים גרדת וצרעת והם הוזהרו על ידי אורקל, גרשו את משה ממצרים יחד עם אלה שחלו במחלה, כדי שהמחלה לא תתפשט. מאחר שמשה הפך למנהיג הגולים, הוא לקח בגנבה את כלי הקודש של המצרים, ואלה ניסו להשיב אותם בכוח הנשק, אך סערות אילצו אותם לשוב לביתם. היהודים השתלטו על דמשק והר סיני, ולטענתו מאז מקפידים לא לבוא במגע עם זרים. תיאורו של פומפיוס כולל גם את האזכור היחיד לאהרן (Arruas) בספרות היוונית-רומית. ניתן להניח שאת הסיפור על מוצא היהודים לקח פומפיוס ממקור אוהד, או לכל הפחות נטרלי, בעוד את סיפור הגירוש לקח ממקור עוין בעליל. המדקדק אפיון, אשר נודע כשונא יהודים מושבע (יוסף בן מתתיהו כתב נגדו את הספר נגד אפיון), כתב ששמע "מפי זקני מצרים" שמשה היה מצרי יליד הליופוליס והוא הוציא את היהודים ממצרים בשנה הראשונה של האולימפיאדה ה-7 (שנת 752 לפנה"ס). גם גרסת אפיון כוללת את עלילת המצורעים, אולם הוא הוסיף לה נדבך משלו: מלבד מצורעים, כללו 110 אלף המגורשים גם עיוורים, פסחים ונגועים במחלות. היהודים הלכו 6 ימים ולאחר שכולם לקו בדלקת המפשעות, נחו ביום השביעי, כאשר הגיעו לארץ שנקראה אחר כך "יהודה".
גרסתו של כאירמון מאלכסנדריה לסיפור, דומה למדי לגרסתו של מנתון, אלא שעל פי גרסתו גורשו היהודים בשל זעמה של האלה איזיס. בשל אזכורה של איזיס, יש המחברים בין גרסת כאירמון לבין "נבואת הקדר". נבואה זו היא למעשה סדרת פפירוסים ביוונית הכוללים נבואות זעם על עתידה של מצרים. הנבואות מושמעות מפי קדר (ומכאן שמן), והן מיועדות אל המלך אמנופיס. על פי הנבואות: מצרים תיכבש בידי זרים, אולם הם יבואו על עונשם ועירם תהיה משטח דייגים. אז יקום מלך צדיק והחיים יתפללו שהמתים יקומו לתחייה. הנבואות נכתבו בערך ב לספירה, ומשקפות היטב את המצב הפוליטי והכלכלי העגום במצרים באותה תקופה. באחת הנבואות נזכר "צא נגד היהודים... המגורשים ממצרים על ידי זעמה של איזיס". הנבואה מקוטעת מאוד, ולא ניתן לדעת האם היו הקבלות נוספות בינה לבין סיפורו של מנתון. ההיסטוריון טקיטוס (המאה ה-1 לספירה) מביא מספר גרסאות בנוגע למוצא היהודים, אולם נוטה יותר לקבל את הגרסה על פיה היהודים היו מצרים אשר גורשו לאחר שהושחתו בנגע ממאיר, ולאחר שהתקבצו בהנהגת משה, חצו את המדבר "תפסו ארץ, ממנה גירשו את יושביה ובה יסדו עיר והקדישו מקדש." טקיטוס גם קושר את הגירוש לעלילת החמור, וטוען גם שהוא מסביר מנהגים חריגים רבים של היהודים. תיאורו כולל גם אזכור יחיד במינו למצה ושמיטה.
מתוך הכתבים שיש בידינו לא מתקבל שום מושג לגבי צורתם החיצונית וצבעם של היהודים, וזאת בניגוד לתיאור של אנשים "ברברים" בספרות היוונית והרומית.
משה.
בסיפור המקראי, משה היה מנהיגם של העברים ביציאת מצרים, והוא שהובילם דרך המדבר אל ארץ ישראל. היחס אל משה בספרות הפגנית משתנה מסופר לסופר. מנתון כותב שהוא היה כהן דת מהעיר הליופוליס, וששמו המקורי היה "אוסרסיף". גם על פי סטראבון היה משה כהן מצרי, אשר עזב את מצרים בשל אכזבה מדתה. גם על פי אפיון הוא היה מצרי יליד הליופוליס. ההיסטוריון היהודי-מצרי-הלניסטי ארתפנוס (סביבות 200 לפנה"ס), שדבריו הגיעו לימינו דרך ציטוטים בכתביהם של היסטוריונים מאוחרים יותר מאבות הכנסייה, סיפר בספרו "על היהודים" שמשה גדל כנסיך מצרי, וזיהה אותו עם הדמות המיתולוגית מוסאוס מאתונה. על ידי זיהוי זה, ייחס למשה אגדות רבות המשלבות מיתולוגיה מצרית ויוונית. כמו כן, הושם דגש על הקשר שלו עם דמות ידועה אחרת מהתנ"ך אשר פעלה במצרים – יוסף. על פי פומפיוס טרוגוס, משה היה בנו של יוסף וירש ממנו את יופיו וחכמתו. אצל אפולוניוס מולון לעומת זאת, הפך משה לנכדו של יוסף, ואצל כאירמון מאלכסנדריה הם מוזכרים כבני אותו הדור.
שנויה במחלוקת לא פחות היא הדת שהנחיל משה לעמו. מרבית התיאורים של הסופרים היווניים והרומיים עוינים למדי. דיודורוס מונה את משה כאחרון המחוקקים שטענו כי קבלו את חוקיהם מאלוהות, כאשר משה ייחס את חוקיו לאל הנקרא "יהו" (Iao). בהזדמנות אחרת הוא מכנה את משה "האיש שבנוסף לכך ציווה על היהודים את מנהגיהם המיזנתרופיים והמופקרים", וטוען שבבית המקדש השני הועמד פסל שלו ישוב על חמור. יוסף בן מתתיהו מציין את הסופרים אפולוניוס מולון וליסימכוס, בראש הדוברים נגד משה וחוקי התורה, שטענו כי משה היה מכשף ורמאי והחוקים שנתן מלמדים את היהודים "לעשות כל רעה ולעזוב כל מידה טובה". במקום אחר הוא מביא את דברי ליסימכוס על פיהם משה הורה לבני עמו שלא לדבר שלום "לשום בן אדם" ולא לייעץ לו טובה "רק עצת-רשע ולהרוס את כל מקדשי האלים והמזבחות אשר ימצאו בדרכם". גם טקיטוס כותב שמשה "הזהירם לבלתי צַפּוֹת לעזרה מיד אלים או בני־אדם, שהרי אלה ואלה נטשוּם". יובנאליס (בן דורו של טקיטוס) כתב שהגרים נשמעים ל"כל שצִוָם משה במגילת ספרו הנסתרת, לא להראות את הדרך...לא להוליך בלתי נימולים לבאר שבִּקשוּה". קווינטיליאנוס מכנה אותו "מייסד האמונה הטפלה היהודית". הרופא הנודע גלנוס (המאה ה-2 לספירה) מזכיר את משה מספר פעמים כדוגמה לצורת מחשבה שלדעתו אינה תואמת לזו של המדען והפילוסוף האמיתי.
עם זאת, ישנם גם תיאורים חיוביים על משה. סטראבון כותב בנימה חיובית שמשה ייסד "פולחן שלא יכביד על מי שיאמץ אותו, בין אם בהוצאות או באובססיות אלוהיות או בצרות אבסורדיות אחרות". המחבר האלמוני של החיבור "על הנעלה" מהמחצית הראשונה של המאה ה-1 לספירה, ציטט מתוך הפרק הראשון של ספר בראשית כדוגמה לספרות המייצגת את הטבע האלוהי כפי שהוא באמת – טהור ונפלא ולא-מחולל. הסופר לא נזכר בשמו אלא רק כ"המחוקק של היהודים", ומכונה "גאון" וזאת "כי הוא הבין וגם נתן ביטוי לכוחה של האלוהות כפי שהגיע לה". הפילוסוף הסורי נומניוס מאפאמיאה ציטט את משה בקטעים רבים בכתביו, והתייחס לדמיון בין תורתו של משה לזו של אפלטון, כשכתב: "מהו אפלטון, אם לא משה דובר יוונית אטית?".
על פי הסודא, הסופר היווני אלכסנדר פוליהיסטור (המאה ה-1 לפנה"ס) ציין בחיבורו על רומא, שהייתה בה "אישה עבריה בשם מוֹסוֹ (Μωσώ) שחיברה את חוקי העברים". הסופר הרומי פליניוס הזקן (המאה ה-1) ציין בהרצאתו על תולדות המאגיה, שבין האסכולות הקיימות יש גם פלג של מאגיה שמקורו במשה.
הרטוריקן הלטיני אפוליוס (המאה ה-2) ציין את משה בין המכשפים הידועים ביותר עד לזמנו.
נומניוס מאפאמיאה התייחס אל האגדה על המאבק בין משה לקוסמים המצרים יאנס ויאמברס, "שנבחרו על ידי תושבי מצרים כמתאימים לעמוד מול משה, שעמד בראש היהודים, איש שהיה בעל כוח רב בתפילה לאלוהים".
עלילות כנגד היהודים.
עלילת החמור.
עלילת החמור, הייתה עלילה אנטי-יהודית פופולרית אשר זיהתה את אלוהי היהודים עם החמור, וגרסה כי היהודים סגדו לפסל בדמות חמור שהיה מוצב בבית המקדש בירושלים. הן אצל המצרים, והן אצל היוונים והרומים, החמור נתפס כמטומטם ותאוותן (בניגוד להערצת בעלי חיים אחרים שרווחה במצרים). היהודים קושרו גם אל האל המצרי סת ואל מקבילו היווני טיפון, אשר שניהם זוהו עם החמור. קישור זה עשו מנתון, ופלוטרכוס.
דיודורוס מספר שבבית המקדש השני היה "פסל משיש של אדם עבדקן ישוב על גבי חמור וספר בידיו". אותו אדם היה משה. הפסל נמצא בידי אנטיוכוס הרביעי (אפיפנס), אשר היה "מזועזע משנאה שכזאת המופנית נגד כל האנושות". אפיון מתאר כי: "בחביון המקדש הזה הציגו היהודים ראש חמור והם נותנים לו כבוד אלהים ומרוממים אותו באמונה רבה". לטענת אפיון, הפסל נלקח בידי אנטיוכוס הרביעי יחד עם שאר אוצרות המקדש. ההיסטוריון דמוקריטוס ציין בחיבורו "על היהודים" (אותו כתב כנראה אחרי שנת 70 לספירה), שהיהודים "נהגו לסגוד לראש זהב דמוי-חמור". ייתכן ודמוקריטוס הסתמך על אפיון.
אפיון אף מצטט את הסופר מנסיאס (200 לפנה"ס בערך) כמקור קדום יותר לטענתו. מנסיאס מספר על כך שבתקופת המלחמה בין האדומים ליהודים, אדומי בשם זאבידוס גנב מבית המקדש את "ראש הזהב אשר לחמור המשא" אשר הוצג לכאורה בית המקדש. יוסף בן מתתיהו מבקר בחריפות את דברי אפיון וטוען כי "החמור הגדול היה הוא ולא אחר". ההיסטוריון הרומי טקיטוס (סוף המאה ה-1 ותחילת המאה ה-2 לספירה), ניסה למצוא הסבר אטיולוגי לכך שהיהודים סוגדים לחמור. לטענת טקיטוס, במהלך נדודי בני ישראל במדבר, הם לא מצאו מים, עד ש"עדר חמורי בר" הראה למשה "מקורות מים גדולים". לפיכך, כאשר בנו מקדש "בדביר הקדישו את צלמו של בעל־החיים אשר נחם והושיעם מנדודיהם ומצמאם". טענה זו נמצאת גם אצל פלוטרכוס. טקיטוס סותר את עצמו בהמשך, כאשר הוא מתאר את כיבוש בית המקדש השני בידי פומפיוס מגנוס בשנת 63 לפנה"ס: "מני אז נודע ברבים כי אין שם כל צלמי אלים וכי המקדש ריק ואינו צוֹפן כל סוד". בסתירה זו, החושפת את השקר, הבחין כבר טרטוליאנוס, מאבות הכנסייה (סביב 200 לספירה), שהכחיש את קיומו של פולחן חמור אצל היהודים וגם אצל הנוצרים.