יובל נוטה לעסוק גם בהיסטוריה סובייקטיבית ובצד הנסתר של המאורעות ההיסטוריים הגדולים, וזאת גם כאשר המדובר בתקוות או בחששות שנמוגו. מקרה כזה אירע בעשור השלישי של המאה הט"ו. היהודים הגיבו בשמחה גלויה על הרפורמה של יאן הוס ושל חסידיו, וראו בהם שותפים לאמונת הייחוד היהודית. כמו כן חשו היהודים סיפוק לנוכח הפילוג בעולם הנוצרי בין הקתולים להוסיטים. ואולם תקוות אלה התחלפו במהירות בחששות גדולים, זאת לאחר שיאן הוס הועלה על המוקד בקונסטנץ בשנת 1415 וצבאות הקיסר הרומי הקדוש התארגנו למסע צלב נגד המינות ההוסיטית. זכר מסע הצלב הראשון משנת 1096 היה עדיין חזק, והיהודים חששו שהלוחמים נגד המינים יזרזו להרוג קודם כל את היהודים. דאגות אלה עוררו גל שלם של תגובות, פוליטיות ואף ריטואליות. בסופו של דבר לא נפלה שערה מראשיהם של היהודים והחששות התבדו. יובל מפרסם ודן בכרוניקה עברית בת הזמן המתארת את ההתרחשויות, ועוקב אחר גלגוליה הספרותיים המאוחרים, גם לאחר שהתברר שהמדובר ב-non-event. היא התגלגלה לידיהם של מהגרים אשכנזים שהגיעו במחצית השנייה של המאה הט"ו לאיטליה, ושימשה אותם כדי לפאר ולרומם את עברם האשכנזי.
ראשונים ואחרונים.
במאמר זה משנת 1992 ביקש יובל לבדוק את תודעת התיקוף של הספרות ההלכתית, המפרידה בין "ראשונים" ל"אחרונים" וקובעת סמכותם העדיפה של הראשונים על פני האחרונים. הוא מזהה את המשבר ההיסטורי של יהדות אשכנז במחצית הראשונה של המאה הי"ד כתקופת מעבר אשר יצרה בתודעת בני התקופה הבאה את התודעה המבחינה בינם – "האחרונים" לבין קודמיהם, ה"ראשונים" – הלוא הם הפוסקים שחיו לפני המשבר. יובל בוחן את יישומו של הכלל ההלכתי "הלכתא כבתראי" (הלכה כאחרונים), אשר התפרש על ידי חוקרים מודרניים כהוכחה לקיומה של תפיסה הלכתית המעניקה עדיפות דווקא לפסיקה המאוחרת על פני זו הקודמת לה. יובל מצביע על הסתירה בין הבנה זו לבין התודעה התקופתית בהלכה המעניקה עדיפות לפוסקים שחיו בתקופה היררכית קודמת. לטענתו, הכלל "הלכתא כבתראי" אינו בא להעניק שום יתרון לפוסקים המאוחרים אלא להפך, להעדיף את הפוסקים המאוחרים השייכים לתקופה קודמת. הכלל מצמצם את יכולתו של פוסק בן התקופה המאוחרת להסתמך על פוסק מוקדם גם אם הוא שייך לתקופה מוקדמת, אלא אם כן פסיקתו של זה התקבלה על אחרוני הפוסקים מבני התקופה המוקדמת. הכלל "הלכתא כבתראי" הוא אפוא כלל שמרני, לא כלל מחדש.
הנקם והקללה, הדם והעלילה: מעלילות קדושים לעלילות הדם.
מאמרו זה של ישראל יעקב יובל התפרסם בשנת תשנ"ג 1993 בכתב העת ציון. המאמר מהווה קו פרשת מים בהתפתחות חשיבתו ההיסטורית.
יובל ביקש במאמר זה לבדוק את מקומו של השקר והדמיון בהיסטוריה. הוא עוסק בעלילות הדם, האשמה שלפיה יהודים זקוקים לדם נוצרי לצורך פולחנם הדתי ולשם השגתו הם רוצחים ילדים נוצרים. יובל מבקש להבין כיצד נולדה הבדותה וכיצד עשתה לעצמה רגליים.
הוא טוען שתי טענות: האחת, שליהודי אשכנז בימי הביניים הייתה תפישה משיחית של גאולה נוקמת, ולפיה בעידן המשיחי יעניש האל את כל שונאי ישראל וימיט עליהם כליה. בכך יתוקן אי-הצדק השורר בהיסטוריה העכשווית, שבה ישראל משועבד לאומות העולם. השנייה, שמקדשי השם באשכנז במסע הצלב הראשון היו שותפים לחזון המשיחי הזה והם ביקשו לעורר את חמת האל הנוקם והמעניש על ידי מותם, התאבדותם ואף הריגת היקרים להם ביותר. בכך יצרו פולחן של דם, שחרג מאוד ואף עמד בסתירה לדרישות ההלכתיות המסורתיות של מוות על קידוש השם. התנהגותם של היהודים, או לפחות הדימוי שנוצר למעשיהם בסביבה הנוצרית, השפיע על היווצרות עלילת הדם. עלילות הרצח הפולחני הראשונה בתולדות יהודי אירופה התחוללו כדור אחד אחרי מאורעות מסע הצלב הראשון, ובכך מתחזק הרושם שקיים קשר ולו רק נסיבתי בין שתי התופעות.
מאמר זה חולל סערה בקרב קהיליית החוקרים, בארץ ובעולם. מערכת ציון הקדישה בשנה שלאחר מכן חוברת כפולה כדי לדון בתזה של יובל. במיוחד זכה לפרסום רב מאמר התגובה החריף של הפרופסור לספרות ימי הביניים עזרא פליישר, שסיים את תגובתו במילים "הוא מסוג המאמרים שמוטב היה אלמלא נכתבו משנכתבו, ומשנכתבו – מוטב היה אילולא נדפסו, ומשנדפסו – מוטב שישתכחו מלב מוקדם ככל האפשר". יובל השיב למתנגדיו במאמר גדול שהתפרסם באותה חוברת.
הפוסחים על שתי הסעיפים: ההגדה של פסח והפסחא הנוצרי.
מאמר זה יצא בתרביץ בשנת 1995. ישראל יעקב יובל פיתח בו את התזה שלפיה יש בהגדה של פסח קטעים שניתן לראות בהם פולמוס מוסווה עם הפסחא. שני החגים – היהודי והנוצרי - מבוססים על חג הפסח המקראי ושניהם נחוגו בעת העתיקה באותה עת. בשניהם יש סיפור על יציאה "מאפילה לאורה", כלומר מעבר ממצב של גלות וחטא לעידן של חירות וגאולה. הדמיון הרב עורר את הצורך להדגיש את הייחוד של החג היהודי לעומת המשמעות שהנצרות ביקשה להעניק לו. כך, למשל, מציע יובל להבין את הקריאה הפותחת את ההגדה – "הא לחמא עניא" (זה לחם העוני וכו') כהסבר יהודי למשמעות המצה המבקש לסתור את הפירוש שנתן ישו בסעודה האחרונה – אף היא הייתה סעודת הפסח – כשהכריז על המצה: "זה הוא גופי". דוגמה אחרת היא זהותו של הבן "הרשע", שלדעת יובל מתאים בכל פרטיו ליהודי-נוצרי. גם ההכרזה "אני ולא מלאך" מתפרשת כמחלוקת עם הנצרות וככפירה בהשתתפותו של גואל זולת האל בכבודו ובעצמו. את תפילת ההודיה "דיינו" מפרש כהכחשת התפילה הנוצרית Improperia הנאמרת ביום שישי הטוב שלפני הפסחא והמגנה את היהודים על כפיות הטובה שלהם.
"שני גויים בבטנך".
ספר זה ראה אור בעברית בשנת 2000, באנגלית בשנת 2006 ובגרמנית בשנת 2007, ובו מסכם יובל את מחקריו בתחום היחסים בין יהדות לנצרות ומציג את השקפתו ולפיה, הפולמוס עם הנצרות מילא תפקיד מכריע בגיבוש אמונותיה, הליכותיה וטקסיה של הדת היהודית מתקופת המשנה והתלמוד ועד שלהי ימי הביניים. יובל אינו מקבל את ההשקפה המקובלת במחקר, ולפיה היהדות היא "דם האם" של הנצרות. הוא רואה את שתי הדתות כ"דתות אחיות" המתפתחות במקביל. הוא אף מעניק יתרון מסוים לנצרות, ששלבי התגבשותה הראשוניים קדמו להופעת ספרות המשנה והתלמוד. טענתו העקרונית היא שיהדות חז"ל היא תגובה להופעת הנצרות, והיווצרות הקורפוסים הקאנוניים של התורה שבעל פה –המשנה והתלמודים – עומדת בהקבלה (מאוחרת) לקאנוניזציה של הברית החדשה. מתוך נקודת מוצא זו הוא ניגש גם להבנת מערכות היחסים בין שתי הדתות בימי הביניים, כאשר נטייתו הקבועה היא לראות ביהודים גורם שמגיב ונגרר אחרי החידושים הדתיים של הנצרות, ולא להפך. לשיאה מגיעה תגובה זו בימי מסעי הצלב, כאשר בקרב יהודי אשכנז התעוררה תפיסה המבקשת לטפח את תודעת הקורבן העולה על המזבח באמצעות מעשי קידוש השם. בכך ביקשו היהודים "לגרות" את האל הנוקם ולזרז את גאולתם. שאיפות אלה לא נסתרו מעיני הנוצרים, והדבר גרם להגברת החיכוך בין שתי הדתות. אחד מן השיאים הללו הייתה הציפייה היהודית לגאולה בשנת 1240, הלוא היא שנת 5000 לבריאת העולם לפי המניין היהודי. תום המילניום היהודי עורר תקוות עצומות בקרב היהודים, ובהקבלה חששות גדולים בקרב הנוצרים. יובל בוחן כיצד פעלו מערכות הפוכות אלה של ציפיות משיחיות.
ספר זה זיכה את המחבר בפרס ביאליק לחכמת ישראל בשנת 2002.
מיתוס ההגליה מן הארץ.
במאמר שהתפרסם בכתב העת אלפיים בשנת 2005 בוחן יובל את מקורותיה של הבדיה ההיסטורית, שלפיה גורש העם היהודי מארצו עם חורבן הבית השני בשנת 70 לספירה. הוא מצביע על כך שתפיסה "היסטורית" זו אינה המצאה של הציונות, אלא היא מושרשת עמוק בתודעה היהודית כבר בימי הביניים ואף בשלהי העת העתיקה. יובל תוהה מדוע אימצוה היהודים, והרי היא "משחקת" הישר לידי התעמולה הנוצרית. לנוצרים הראשונים היה נוח מאוד לראות את חורבן הבית השני כעונש על צליבת ישו, ולשם כך פיתחו את התמונה השגויה, כאילו הגלות היהודית נולדה בעקבות החורבן. היהודים אימצו את "הזמן הנוצרי" הזה במקום להכחישו, ואף בשבתם בגליל קוננו על הגלייתם "מן הארץ". יובל מצביע על המנגנונים שבאמצעותם התרחש האימוץ הזה של הזמן הנוצרי ועל הסיבות שבעטיין היה ליהודים אינטרס פנימי לראות את הגלות כמאורע שיש לו התחלה היסטורית מוגדרת. אימוץ הזמן ההיסטורי "הנוצרי" חיזק בקרב היהודים את תקוותם המשיחית, שכשם שהייתה לגלות התחלה ברורה, כי יהיה לה גם קץ ברור. באופן זה הפך הזמן הנוצרי להיות חלק מהזמן ההיסטורי היהודי.
משה redivivius: הרמב"ם – כ"עוזר למלך" המשיח.
במאמר זה שראה אור בציון בשנת 2007 מעלה יובל את הטענה שהרמב"ם ראה את עצמו כמשה שני ושחזון זה הינחה הן את יצירתו הספרותית הן את פעלו הציבורי. נקודת המוצא לטענתו היא התבטאות נדירה של אביו, ר' מימון, ולפיה משה רבנו עתיד לחזור באחרית הימים ולהיות "עוזר למשיח". יובל טוען שנתינת השם משה הביאה את בנו של ר' מימון לראות עצמו כמשה השני. הנחה זו מתקשרת היטב לאמונתו של הרמב"ם שלפיה עתידה הנבואה להתחדש בסמוך לימיו. אילו היה זוכה לכך, היה רמב"ם כבן שמונים במועד המצופה של חידוש הנבואה בשנת 1215, כגילו של משה בתחילת פעלו הציבורי.