כל אותה עת, סקוט האמין שהוריו נהרגו בתאונת המטוס. למעשה, הם נלכדו ונמכרו כעבדים לאימפריית השי'אר. כחבר האקס-מן, סקוט פגש את אביו, שידוע כעת כקורסאייר, מנהיג הסטארג'אמרס, קבוצת חוצנים שהתמרדו נגד השלטון הרודני של אימפריית השי'אר ומתפקדים כעת כפיראטי חלל. ג'ין למדה על זהותו של קורסאייר אך שמרה את המידע מסקוט, שמגלה את האמת רק מספר שנים לאחר מכן. כאשר ג'ין נהרגה באירועי "" לאחר שהטיסה מעבורת חלל לתוך התפרצות סולארית וחזרה לחיים בתור הפניקס, סקוט התחיל לפקפק במערכת יחסיו עמה, היות שג'ין היא לא אותה אחת שהכיר. הוא עזב את האקס-מן לאחר מותה, אך חזר לאחר כשנה בה הצטרף לצוות ספינת דייגים. בסופו של דבר, סקוט נישא למדלין פריור, שדמתה במראה החיצוני לג'ין. הוא נלחם בסטורם על מנהיגות הקבוצה, אך בסופו של דבר הובס ובחר לפרוש. מדלין ילדה לו בן בשם נייתן.
אקס פקטור ואינפרנו.
מיד לאחר היוולדו של נייתן מתברר שג'ין לא מתה. הפניקס התגלתה כישות קוסמית אשר דחקה את אישיותה של ג'ין והניחה את גופתה בתא ריפוי בתחתית מפרץ ג'מייקה. היא הוחייתה בידי האוונג'רס וארבעת המופלאים. סייקלופס עזב את אשתו ובנו וחזר לג'ין, ויחד עם חברי קבוצת אקס-מן המקורית הם ייסדו את קבוצת אקס פקטור. בינתיים, פריור הצטרפה לאקס-מן והקריבה את חייה במהלך אירועי "נפילת המוטאנטים".
במהלך אחת מהרפתקאות הקבוצה, חברו לקבוצה אנג'ל איבד את כנפיו. הוא הפך בעזרתו של נבל-העל אפוקליפס לאחד מפרשיו. אייסמן הצליח להחזיר את אנג'ל לקדמותו, וזה האחרון הפך לארכאנג'ל. מדלין פריור הפכה למלכת הגובלינים וחיפשה נקמה בסקוט על כך שעזב אותה. כאשר התברר לה כי היא תוצר של שיבוט פרי מלאכתו הזדונית של מיסטר סיניסטר לצורכי רבייה, היא איבדה את שפיות דעתה והתאבדה. נוסף על כך, סקוט גילה שסיניסטר היה זה שניהל את בית היתומים כשהיה נער, ונלחם בו. לאחר מכן, סקוט בחר לחיות לצד ג'ין יחד עם בנו.
מעט לאחר "אג'נדת ההכחדה", סייקלופס נתקל בשנית באפוקליפס, שהדביק את בנו התינוק בווירוס טכנו-אורגני. בעזרת חברי קבוצתו, סקוט הביס את אפוקליפס, אך לא הצליח להציל את בנו מהוירוס. הוא נאלץ לשלוח אותו לזמן העתיד, שם יירפא. לאחר שקבוצות האקס-מן ואקס פקטור מביסות את מלך הצללים, חברי קבוצת אקס פקטור שבו לקבוצת אקס-מן, אשר מתפצלת, וסקוט נבחר לשמש כמנהיגה של הקבוצה הכחולה.
חזרה לאקס-מן.
לאחר שסייקלופס חזר כמנהיג שטח לקבוצת אקס-מן, מרבית הקבוצה הכחולה נחטפה בידי אומגה רד והנינג'ות של ארגון היד. לאחר הצלתם, מיסטר סיניסטר שלח חבר אקס פקטור לשעבר בשם קאליבן לחטוף את סייקלופס ואת ג'ין בעבור מוטאנט מטורף בשם סטרייף, שיבוט של קייבל ויריבו מזמן העתיד. סטרייף אמר לשניים שהוא נייתן עצמו, שנשלח לעתיד וננטש. הוא וקייבל מתו לכאורה בקרב ביניהם. הקבוצה נלחמה באומגה רד בשנית, והמוטאנטית הטלפתית פסיילוק מפתה את סייקלופס מתוך תקווה שיעזוב את ג'ין לטובתה, אך לשווא. קייבל חזר, וגילה לסייקלופס שהוא נייתן כריסטופר סאמרס האמיתי.
סייקלופס וג'ין גריי נישאו לבסוף. במהלך ירח הדבש שלהם, הם נשלחו לעתיד, שם הם גידלו את קייבל למשך 12 שנים. לאחר שהם עזרו לקייבל להביס את הגרסה העתידית של אפוקליפס, הם נשלחו חזרה לעבר. לבקשתה של רייצ'ל סאמרס, ג'ין נטלה שוב את זהותה של הפניקס. מיסטר סיניסטר גילה לסייקלופס אודות אח שלישי לבית משפחת סאמרס, והותיר אותו מלא תהיות. בנוסף, סקוט חייב להכיר בעובדה שבנו נייתן הוא כעת בגיל מבוגר יותר ויכול להיות אביו.
קבוצת האקס-מן נאלצה להילחם במורה הרוחני שלה, צ'ארלס אקסבייר, אשר הפך לישות העוצמתית אונסלוט לאחר שמחק את זכרונו של מגנטו. אף על פי שהאקס-מן הביסו את הישות המרושעת ושחררו את אקסבייר, רבים מגיבורי-העל נאבדו לתקופת זמן. אקסבייר - שנחלש בעקבות הבסתו של אונסלוט - נעצר בשל מעשיו, וסקוט וג'ין נשארו כדי להחליפו כמנהלי אחוזת אקסבייר. אולם, השניים הודיעו על פרישתם לאחר שבמהלך אירועי "מבצע אפס סובלנות" סייקלופס נפצע אנושות מפצצה שהונחה בחזהו.
סקוט וג'ין חזרו לקבוצה לאחר תקופה מסוימת לבקשתה של סטורם, וזאת משום שמצבו המנטלי של צ'ארלס אקסבייר לא היה כשורה. עם שובם החלו אירועי "התריסר" ("The Twelve"), לפיהם קבוצת האקס-מן גילתה מיומניה של דסטיני על אודותיהם של תריסר מוטאנטים רבי עוצמה, הכוללים את סייקלופס, צ'ארלס אקסבייר, מגנטו, פניקס, אייסמן, פולאריס, סטורם, קייבל, בישופ, סאנפייר, מיקאיל רספוטין (אחיהם של פיוטר ואיליאנה) והמונולית האנושי. עוד התגלה כי פרשי אפוקליפס חטפו את המוטאנטים הללו מכל רחבי העולם כדי להפוך את כוחו של אדוניהם לאומניפוטנטי. קבוצת האקס-מן אספה את שאר חברי "התריסר" והגיעה למצרים, שם היא התעמתה מול אפוקליפס וגזע הסקרול משנה הצורה. אפוקליפס וכוחותיו לכדו את כל חברי "התריסר" במהלך הקרב, והוא השתמש בכוחותיהם המשולבים כדי לקבל גוף חדש ועוצמה בל תתואר. הריטואל לכך כלל יצירת שני קטבים מגנטיים מנוגדים בידי מגנטו ופולאריס; שינוי אקלים קיצוני בידי סטורם, אייסמן וסאנפייר; חיבור משפחתי בידי סייקלופס, ג'ין גריי וקייבל; קישור מחשבתי בידי אקסבייר; קישור מרחב-זמן בידי בישופ ומיקאיל; וחיבור כל האנרגיות יחדיו בידי המונולית האנושי. נייט גריי התעתד לשמש כגופו החדש של אפוקליפס, כלי קיבול רב עוצמה שמסוגל לאגור את כל הכוחות גם יחד. התריסר הצליחו לשחרר את עצמם מאחיזתו של אפוקליפס, וסייקלופס הקריב את גופו ואת כוח החיים שלו כדי למנוע מאפוקליפס להשתלט על נייט. אף על פי שאפוקליפס הובס, נראה שסייקלופס אבד לנצח. כולם האמינו כי הוא מת עד אשר ג'ין וקייבל איתרו אותו במצרים והפרידו בינו לבין אפוקליפס. כתוצאה מכך, נשמתו של אפוקליפס נהרגה.
האקס-מן החדשים.
בעקבות מיזוגו של סייקלופס עם אפוקליפס, אישיותו השתנתה והדבר גרם לקרע במערכת היחסים בינו לבין ג'ין. טענתו של סקוט הייתה, שאפוקליפס גרם לו לפקפק לא רק במערכת היחסים אלא גם בחייו באופן כללי. הוא איפשר את גיוסו של המוטאנט קסורן לתוך האקס-מן לאחר שזה ניסה להתאבד, ובין השניים התפתחו יחסי ידידות. בדומה, משימות תכופות עם וולברין גרמו לשני חברי האקס-מן הוותיקים להתיידד.
כאשר כוח הפניקס התחיל להשתלט שוב על ג'ין, המרחק ביניהם התעצם. ג'ין התעמתה עם סקוט, אך הוא תירץ את העובדה בכך שאפוקליפס שינה אותו. בתסכולה הרב, ג'ין התנחמה בזרועותיו של לוגאן, אך הוא אמר לה להישאר עם סקוט. אקסבייר עזב את כדור הארץ כשהוא תחת שליטתה של אחותו המרושעת קסנדרה נובה, והוא העביר את ניהול בית הספר לג'ין. מילוי חובותיה החדשים בנוסף להתפתחות כוחותיה אילצו את ג'ין למקד את תשומת לבה בעניינים אחרים, ובשל כך היא התעלמה מסקוט. במקום להתפייס עמה, סקוט מצא נחמה וייעוץ באמה פרוסט. מערכת היחסים ביניהם התחילה כסדרת טיפולים מנטליים, אך פרוסט ניצלה זאת כדי להתקרב אליו. כשג'ין גילתה את דבר הרומן, סקוט טען שמדובר רק בשיתוף מחשבתי והם לא עשו כל דבר רע. גישתה השחצנית והמלגלגת של פרוסט גרמה לג'ין הפגועה להתקיף אותה מנטלית ו"לשרוף את שקריה" במלוא כוח הפניקס. היא אילצה את אמה להודות על רגשותיה האמיתיים לסקוט ולהתמודד מול כישלונותיה וחטאיה האישיים. סקוט התעמת מול ג'ין ודרש שהיא תקרא את מוחו. היא מגלה שבין השניים לא התרחש מגע גופני, אף על פי שאמה הציעה זאת. סקוט עזב את מכון אקסבייר, וזמן מה לאחר מכן, אמה פרוסט נמצאה כשהיא מנופצת בצורת היהלום שלה ונחשבה למתה. בהמשך, ג'ין השתמשה בכוחות הפניקס כדי לחבר את גופה המנופץ של פרוסט, בהגיעתה להכרה שמערכת היחסים ביניהם היא אמיתית.
עד מהרה, סקוט מצא את עצמו שותה לשוכרה במועדון הלפייר, כשהוא מנסה לברוח מהמחויבות והציפיות הרבות שנדרשות ממנו מתוקף תפקידו כמנהיג האקס-מן. בזמן שהוא העביר עם וולברין ופנטומאקס כאשר השלושה מגיעים למתקן פרויקט "נשק אקס", סקוט התוודה שמערכת היחסים בינו לבין ג'ין לא התקדמה מבחינה רומנטית מאז שהיו צעירים. בנוסף, ג'ין הייתה כה עסוקה עם כוחותיה החדשים ותפקידה החדש, שהשניים לא תיקשרו כבעבר, וכי הוא הרגיש שנשאר מאחור היות שג'ין מחוברת לכוח הפניקס. כשסקוט חזר לאקס-מן, חבר הקבוצה החדש קסורן התגלה כמגנטו ותקף את האקס-מן. רמות הכוח של ג'ין הגיעו למלוא עוצמתן, והיא התעמתה מול קסורן/מגנטו, אך נהרגה. בזמן גסיסתה, סקוט התנצל על כך שפגע בה, אך ג'ין אמרה לו שהיא מבינה ושמעולם לא ראתה אותו כל כך מלא חיות. היא ביקשה ממנו להמשיך הלאה בחייו ומתה.
אולם, סקוט נותר שבור ממותה של ג'ין, ושקל לעזוב את האקס-מן פעם נוספת. מתגלה שאם הוא היה עושה זאת, המעשה היה מוביל לעתיד חלופי אפוקליפטי. כדי למנוע זאת, גרסה עתידית של ג'ין תיקשרה עמו באופן טלפתי והשתמשה בכוחות הפניקס הלבנה כדי לדחוף אותו ואת אמה לקשר רציני. השניים בנו מחדש את מכון אקסבייר וניהלו אותו יחדיו. מערכת היחסים החדשה ביניהם הובילה לבעיות עם קבוצת האקס-מן, שראו בכך זילות בזכרה של ג'ין. רייצ'ל סאמרס פגועה במיוחד על חוסר החרטה שהפגין אביה בעקבות הרומן הטלפתי שפגע בג'ין לפני מותה, ועל חלקה של פרוסט בכך, וכמחאה שינתה את שם משפחתה לגריי במקום סאמרס. בסופו של דבר, חברי האקס-מן למדו להכיר בערכה של פרוסט, ורייצ'ל התפייסה עמם.
אקס-מן המדהימים.