מקור נוסף לנפט לישראל היה שדה הנפט באבו רודס, במפרץ סואץ. בפריצת המלחמה נמצאה במקום האניה "פטריה" של חברת "צים". רב החובל יהודה נוימן לא חיכה להוראות, הורה לנתק את החבלים והצינורות ויצא בכל המהירות לכיוון אילת.
המכלית "סירניה" שהייתה במשימה של העברת נפט גולמי מראס סודר לאבו רודס עברה לעגינה מדרום לאבו זניימה בצמוד לחוף, שם עגנה בלא להציג אורות. המכלית הפעילה מכ"ם ועקבה אחרי הפעילות בקרבתה. בלילה הראשון כמעט הותקפה על ידי דבורים שלא ידעו על נוכחותה במקום (הדבורים לא ידעו כלל שפרצה מלחמה).
עם הגעתן עלה מספר האוניות שנמצאו בצפון מפרץ אילת לשבע. ארבע מהן מכליות ושלוש אוניות סוחר. האניות נדרשו להימנע מעגינה כדי להתגונן מקומנדו ימי מצרי ושטו בתנועה מתמדת ובהאפלה גמורה. לצוותי האוניות הועברה הודעה שהם מגויסים לתקופת המלחמה.
כדי לפגוע בהעברת הנפט לישראל מאבו רודס הניחו המצרים מוקשים ימיים במספר מקומות במפרץ סואץ. לאורך הנתיב שבו עברו מכליות הנפט בדרכן לאילת. ההישג המצרי נבע מכך שהצליחו לשמור את עובדת המיקוש בחשאיות. ייתכן שפעולת המיקוש נעשתה בתחילת המלחמה כאשר תחנת המכ"ם "צפרא" (יב"א 528), שכיסתה את האזור, הייתה מושבתת לאחר פגיעת טיל אוויר-קרקע מדגם "קלט", ולכן לא התגלתה.
טביעת המכלית סיריס.
העברת הדלק הגולמי ממפרץ סואץ הייתה אינטרס לאומי חשוב. מייד אחרי הפסקת האש נעשה ניסיון לחידוש תנועת המכליות. המכלית הראשונה "סיריס", רב חובל דני נקדימון, יצאה מנמל אילת ב-25 באוקטובר בשעה 23:00 באישור מפקדת חיל הים והגיעה לפתח מפרץ סואץ. יציאתה דווחה בשני מברקים למפקדת חיל הים ומפקדת זירת ים סוף. המברקים התקבלו אך הדבר לא עורר תשומת לב. מפקדת הזירה יצאה מבסיס הקבע במפרץ שלמה ונפרשה בין עדביה לראס סודר. היציאה יצרה קשיי תקשורת. הערכת קצין המודיעין של הזירה שהיו מגלים התנגדות לחידוש השיט מתוך הרגשה כללית ולא על סמך מידע.
בשעות הבוקר של 26 באוקטובר, יומיים לאחר הפסקת האש הרשמית, בהיותה באתר בדרכה למסוף אבו רודס, נפגעה המכלית סיריס ממוקש. מכלי האונייה היו ריקים מדלק, ומולאו במי ים לפי תחושת בטן של רב החובל, לכן האונייה לא התפוצצה. חדר המכונות הוצף במים, והאנייה החלה לשקוע, הצוות חולץ במסוקים. האונייה שקעה בחלקה האחורי, נסחפה מעט דרומה והטילה עוגן. במהלך הניסיונות לחילוץ טבעה במקום עגינתה.
מיקוש המכלית סירניה.
המכלית SIRENIA - בדגל ליבריה, עסקה בהעברת דלק גולמי בקו קצר מראס סודר לאבו רודס. ב-6 באוקטובר בלילה הייתה מואפלת דרומית לאבו רודס ונחשדה כנחתת מצרית. זוג דבורים בפיקוד צבי שחק נשלח להתקיפה. באור הזרקור זוהתה והתקיפה בוטלה. ב-10 באוקטובר בלילה ניסתה לעבור במצרי מילאן ועוכבה עד הבוקר. ב-14 באוקטובר נמצאה בצפון מפרץ אילת ואושר לה לעגון בקצה הצפוני-מערבי של הנמל. רב החובל יעקב הרצוג שמע מחברו ר/ח דני נקדימון על היפגעות הסיריס מהמיקוש ונקט באמצעי זהירות. עם חידוש השיט לאחר הקרבות תוכננה להפליג במפרץ סואץ. צוות האונייה סירב להפליג ודרש תוספות כספיות. בעל האוניה יצחק (אייק) אהרונוביץ' הגיע ושכנע את הצוות בתשלום נכבד.
האוניה יצאה לדרך שבועיים אחרי מקרה ה'סיריס'. ביום שבת 10 בנובמבר בשעה 11:00 הופעלו בקרבת האונייה שני מוקשים ימיים. מקום האונייה בעת הפעלת המיקוש היה 28:10:43.2 צפון 33:27:22 מזרח. המוקשים היו מונחים על הקרקעית והופעלו בהשפעה מגנטית או אקוסטית. המרחק מהאונייה השפיע לטובתה ולגוף המכלית לא נגרם נזק. בחדר המכונות התנתקו מדרכי הרצפה, נשפך דלק ופרצה שרפה. אמצעי הכיבוי בחדר המכונות הופעלו אוטומטית וצוות הספינה השתלט על השרפה. לפי הוראות מוקדמות של הקברניט לא נמצאו אנשים בחדר המכונות ולא היו נפגעים. האונייה הטילה עוגן במפרץ א-טור. לאחר בדיקות אנשי חיל הים המשיכה לאילת. בדרכה בלילה כשעברה במצרי יובל עברו מטוסי חיל האוויר וביצעו מעליה הנרה שסיכנה אותה. למחרת הגיעה המכלית לאילת בלא בעיות נוספות.
הכנת נתיב חילופי למעבר מכליות.
המכלית "פטריה" יצאה מאילת לאבו רודס מספר שעות אחרי ה"סיריס". לאור הפגיעה במכלית "סיריס" ולאחר שרב החובל דני נקדימון שכנע את מפקד חיל הים שהפגיעה נגרמה ממוקשים ימיים, החליט מפקד חיל הים להחזיר את המכלית "פטריה" לאילת. פתיחת הדרך הימית משדות הנפט במפרץ סואץ למעבר מכליות, קיבלה עדיפות ראשונה אצל מפקד חיל הים.
מזרחית למעבר יובל קיים מעבר צר המתפתל בין שוניות אלמוגים שנקרא "מעבר מילאן". נתיב זה הוכן למעבר כלי שיט של חיל הים לפני המלחמה כדי להתרחק מתצפיות מהצד המצרי. כדי לא למשוך את תשומת לב המצרים סומן המעבר בצורה מינימלית. רק כלי השיט של חיל הים השתמשו בו.
סגן ראש מחלקת ים, אל"ם משה טבק, נשלח לזירה עם שתי משימות לארגן את המעבר ולבצע פעילות הנצלה במכלית "סיריס". עוד באותו יום הוטס יחד עם שמונה נתבים במסוק אל הנחתת אח"י בת שבע ויחד עברו ולמדו את המעבר. לאחר מכן עשו את הנתיב פעם נוספת על גבי ספינת דבור.
למחרת, ב-27 באוקטובר, נשלח רב-חובל יעקב בן ארי, מנהל חברת "מריקו" שהפעילה את המכליות, כדי לבדוק אישית את המעבר. בן ארי הפליג עם דבור והשתכנע שהמעבר בטוח. לאחר שקיים שיחה אישית עם מפקד חיל הים אישר בנימין תלם ב-28 באוקטובר 1973 למכליות לעבור. המכליות יצאו מנמל אילת עם נתב שלמד את המעבר. המכליות "סירינה" ו"פטריה" עברו ב-29 בחודש וכך חודשה תנועת הנפט במפרץ סואץ שהופסקה בתחילת המלחמה. בעת המעבר במעבר מילאן הפליגו המכליות בעקבות גוררת שהוגדרה כדורסת מוקשים, "אח"י מיכל", וקיבלו ליווי של דבורים.
מצור על הארמייה השלישית.
מהפסקת האש ועד להתקדמות במשא ומתן נמצאה הארמייה השלישית של הצבא המצרי מזרחית לתעלת סואץ מנותקת ממצרים. העברות מזון נעשו באישור ישראלי. ספינות דבור של חיל הים אכפו את הסגר בצפון מפרץ סואץ כך שלא ייווצר קשר ואספקה בדרך הים. עמי אילון כמפקד פלגת הדבורים 915 קיבל אחריות על הפעילות והספינות ביצעו סיורים לאורך כל שעות היממה. בחלק מהסיורים נפתחה אש על הדבורים מהמוצב המצרי באי גרין בפתח תעלת סואץ. נגרמו נזקים קלים לספינות ואף פציעות קלות לאנשי הצוות.
באזור האגם המר ביצעו את החסימה כוחות חיל הים שהתבססו בפנארה. כוח משייטת 13 בפיקוד יצחק שמיר וכוח מיחידה 707 בפיקוד יוסי רם. החסימה בוצעה בצורה של סיורים אלימים ומארבים. הכוח המצרי הנצור ספג אבדות.
פינוי המוקשים.
בשיחות הפסקת האש לא מסרו המצרים הודעה על כך שמצרי יובל ממוקשים ואין לעבור בהם. הם שמחו לראות מכלית בשירות ישראל טובעת וחילקו מדליות על כך. יתרת המוקשים בשדה מנעו את השיט למצרים דרך מפרץ סואץ. שליית המוקשים היוותה חלק מפעילות חידוש התנועה בתעלה לאחר הסכם השלום. הסריקה והפינוי נעשו על ידי הצי הסובייטי בפעילות שנמשכה כחצי שנה.
תוצאות המלחמה בזירה הימית.
הזירה הימית במלחמת יום הכיפורים הייתה הזירה בה השיגה ישראל ניצחון ברור, זאת בשונה מהקרבות הקשים שהתנהלו ביבשה ובאוויר. חילות הים של סוריה ושל מצרים ספגו אבדות כבדות: בקרבות לטקיה ודמיאט הוטבעו שישה סטי"לים, שניים נוספים הוטבעו בפורט סעיד ועוד שניים בע'רדקה. בנוסף, הוטבעו ספינות טורפדו, ספינות משמר וספינות קטנות שונות. כבר בימים הראשונים של המלחמה הסתגרו ציי מצרים וסוריה בנמליהם, ולחיל הים הישראלי היה חופש פעולה מלא. בזמן המלחמה הייתה הערכה כי הפעילות הרצופה מול החוף הסורי מרתקת כוחות שיכלו להגיע לרמת הגולן.
חיל הים המצרי הצליח לחסום את מצרי יובל ובאב אל מנדב, אך נכשל בניסיון לחסום את נתיבי השיט בים התיכון. הפעילות ההתקפית הרצופה בים סוף מנעה מהמצרים את כיבוש דרום סיני ויצרה אופציה להנחתת כוחות בצד המערבי של מפרץ סואץ.
השליטה בים שהושגה על ידי חיל הים לא תורגמה לחסימת שיט אל נמלי האויב בים התיכון. השייטת הסובייטית בים התיכון איבטחה שיירות אספקה לנמלי מצרים וסוריה וחיל הים נדרש להימנע מחיכוך עם הסובייטים. מחוסר כוחות ימיים בזירת ים סוף לא הוסר ההסגר הימי שהטילו המצרים. פעולות מאולתרות שתוכננו נגדו לא אושרו לביצוע. לאחר ימיה הראשונים של המלחמה לא התקיים שיט מצרי במפרץ סואץ. ב-22 באוקטובר, בעקבות מבצעי מגבית במעגן ע'רדקה, פינו המצרים את כלי השיט שלהם דרומה. החל מ-22 באוקטובר חסם חיל הים הישראלי את השיט בצפון מפרץ סואץ ומנע בכך קשר בין הארמייה השלישית לעיקר צבא מצריים. תוצאה שאפשרה לישראל להתנות את הסרת המצור על הארמייה השלישת בהסרת המצור בים סוף.
הניצחונות של חיל הים הישראלי תרמו למוראל הלאומי בתקופה בה האווירה הייתה שפופה. המצב ההתחלתי הקשה אליו נקלע צה"ל ביבשה איפשר את הפעלת ספינות הסער לפי התפישה ההתקפית שהייתה בבסיס בניין הכוח. לצורך משימת הגנת החוף נקט חיל הים ביזמה התקפית וניצח בה.
לניצחונות בקרבות הימיים בים התיכון לא הייתה השפעה ישירה על ההתרחשויות בזירות היבשה. אך בהיבט המקצועי, בחוגי הלוחמה הימית העולמית, הייתה הפעילות בזירה הימית במלחמת יום הכיפורים מהפכנית. בפעם הראשונה הפך הטיל למערכת הנשק העיקרית בעימות הימי. מעבר לכך, חיל הים הישראלי עשה שימוש פורץ דרך בלוחמה אלקטרונית, הישג שנלמד על ידי ציים רבים ברחבי העולם. לפעולות חיל הים במפרץ סואץ הייתה השפעה מכרעת במניעת כיבוש דרום סיני בידי המצרים.