אטווש הסכים לרעיון הכינוס הארצי. הוא הזמין שלושים ושישה נציגים יהודים לדיונים מקדימים שנועדו לקבוע את סדרי הקונגרס, ואלה נערכו בין 17 בפברואר ל-1 במרץ 1868. הרשימה נקבעה בידי הירשלר; בין המוזמנים היו שבעה שמרנים, והם הונהגו בידי שמעון (זיגמונד) קראוס. במהלך הדיונים, הציע קראוס לאטווש להכיר בכך שישנם שני זרמים נבדלים ביהדות הונגריה, ולהעניק עצמאות מלאה לכל קהילה בכל יישוב לנהל את ענייניה, ללא הנהלה ארצית. אטווש הבהיר לו כי החוק מכיר בדת ישראל אחת בלבד. בהצבעה שנערכה בסוף הכינוס התקבלו החלטות הרוב הפרוגרסיבי, ונקבע בין השאר כי כל היהודים הבוגרים יהיו רשאים להשתתף בבחירות לקונגרס. כמו כן, כדי להדגיש כי האספה לא תעסוק בנושאים דתיים, נמנע מרבנים להיבחר. החלטה זו בוטלה לבסוף בלחץ האורתודוקסים. מארגני הקונגרס, שהיו מזוהים עם הנאולוגים, הכריזו שוב ושוב כי לא יערך כל דיון במחלוקות הדתיות בין הצדדים וכי הוא יוקדש לפן המנהלי.
עמדתו הקיצונית של קראוס, שהיה ידוע כמשכיל ומעורה בחברה ואף פרסם מספר מאמרים ב'בן חנניה', לגבי הצורך בהיפרדות, נבעה מהזדהותו עם הרש"ר הירש, שפעל אז להבטחת עצמאות קהילתו מהרוב הנוטה לרפורמים בפרנקפורט דמיין. בניגוד להילדסהיימר, שעדיין היה מתון יחסית, קראוס נהה אחר גישתו של הירש – שכשלונו לתפקד כרב ראשי במוראביה הניע אותו להיוואש מכלל הציבור, ולהשתכנע כי עתידם של האדוקים היה בהסתגרות – שדגלה במודרניזציה מוחלטת מחד ובבדלנות אורתודוקסית מאידך. 'שומרי הדת' הזמינו את קראוס לסייע להם, וביוני 1868 התמנה לעורך ביטאונם. מיד עם כניסתו לתפקיד שינה את המוטו של העיתון, שהיה מעתה: "כשחלוקות הדעות, חייב הפירוד לפתור את המחלוקת." התביעה לפרישה מלאה שהתגבשה בהונגריה הרחיקה לכת מעבר לרעיונותיו של הירש, שהתמקד עדיין בהבטחת אי-תלותה של עדתו.
במהלך מערכת הבחירות לקונגרס, שנקבעו ל-18 בנובמבר, ניהלו 'שומרי הדת' מאמצים נואשים לשכנע את הציבור הגדול באונטרלנד לתמוך בהם. הם נאלצו לתרגם את חומר התעמולה שלהם מגרמנית ליידיש עבור תושבי החבל הצפון-מזרחי. האדמו"ר צבי הירש פרידמן מליסקא, מנהיג החסידים, התנה שיתוף פעולה עמם בייצוג בהנהגה, וביקש שיוצהר כי האגודה מתנגדת לחוק חינוך חובה החדש – זה עבר ב-23 ביוני 1868, וחייב לראשונה כל ילד במדינה לחינוך ציבורי שש-שנתי – ותומכת בשימור מוסד החדר באופן בלעדי. אף המוניטין של ירמיה לעוו כמתנגד קנאי האפילו על המגעים; פרידמן, במכתבו לכת"ס, דרש כי יינתן "לשמור... הדת כל איש ישראל כמנהגו, אשכנזים כמנהגם וספרדים כמנהגם."
הצורך לרצות את הקיצונים הניע את 'שומרי הדת' לפרסם בפומבי תמיכה באיסור על תפילה בבית-הכנסת החדש בקאשוי, שלא ענה על דרישות תקנות מיכאלוביץ. זמן קצר קודם לכן נענה אחד מהנאו-אורתודוקסים, הרב מרדכי עמרם הירש מאובודה, להזמנת הקהילה ושר הדתות, והתערב בסכסוך בכתבו שהתקנות אינן מחייבות. בתשובה למכתב תגובה חריף של הילדסהיימר, שעמד בהתנגדותו הפומבית לפסק מיכאלוביץ ומחה על הפגיעה בכבודו של אב"ד אובודה, כתב קראוס כי הוא עצמו תומך לחלוטין ברעיונות המודרניים של הרב, ורואה בהתפשטות החסידות סכנה שווה לנאולוגיה, אך אין מנוס "מלהתאחד, ולו למראית עין בלבד."
ב-30 באוגוסט חיבר הרב אברהם שאג-צוובנר מכתב הזמנה לרבני המדינה להתכנס להתייעצות כדי לסכל את תוכניות המתחדשים. הוא מחה על יומרת 'שומרי הדת' לייצג את כלל האורתודוקסים. הללו מיהרו לקבל את הרעיון. האספה, בנשיאות הכתב סופר, נערכה בפשט בין 24 בנובמבר ל-3 בדצמבר. הכת"ס הצהיר בפני הנוכחים כי ייתכן והממשלה תדרוש לימודי חול בישיבות, ויש להיערך לכך. מאוחר יותר הבהיר לעיתונות כי דבריו לא שיקפו הסכמה מראש, אלא רק בדיעבד, אם השלטון היה כופה זאת. בתגובה, קם האדמו"ר מליסקא, שכיהן כסגן-נשיא, והכריז כי די והותר בכך שמורה הלכה ידע לחתום את שמו באותיות לועזיות, ותו לאו.
הנוכחים נחלקו בשאלת הסמינר, בו תמך הילדסהיימר. העניין הועבר להצבעה ישירות ונדחה, ללא שניתנה לו הזדמנות לשטוח את דבריו. הוא פרש יחד עם כמה מתומכיו במחאה על דרך ניהול האספה; בזכרונותיו התמרמר נגדה, וטען שמחצית מחבריה נאלצו להסכים לקו המוכתב מן השפה ולחוץ. הוא ראה בכך הוכחה לצדקת אזהרתו ל'שומרי הדת', כי יומרתם לאחד את האורתודוקסים מ"אייזנשטט ועד אונגוואר" תותיר אותם עם הקנאים האונטרלנדים בלבד. הוועידה קבעה לבסוף שלא רק שהסמינר אסור, אלא אסרה על כל שינוי בתוכנית הלימודים בישיבות. במקביל להתאספות נערכה גם פגישת מחאה מצומצמת באובודה, בה השתתפו רבנים אורתודוקסים מתונים עם כמה מעמיתיהם הנאולוגים. הנוכחים התקוממו על כנס 'שומרי הדת' והשוו אותו בנימה שלילית לוועידת מיכאלוביץ, שהונחתה אף היא על הציבור הרחב מבלי שום ניסיון להגיע לקונצנזוס.
בראשית דצמבר נתקבלו תוצאות הבחירות: במקומות רבים ניצחו המתקדמים. נבחרו 126 צירים שנחשבו לתומכים בקו של יוזמי הקונגרס, ו-94 שמרנים. ניתן היה לזהות בוודאות כאורתודוקסים רק כ-80. לאחר פרישת הילדסהיימר עלה החשש כי רבים מהמתונים לא יתמכו בקו אחיד בקונגרס; למול אובדן הסיכויים להגיע לרוב, החליטה האספה הגדולה להודיע לאטווש שהאורתודוקסים לא יכירו בהחלטות הכנס הארצי, אם אלה לא יעמדו בדרישות הדת כפי שרבניהם מפרשים אותן.
אספת הרבנים ציינה את התגבשות השמרנים לקראת הקונגרס. מהר"ם שיק, שלא נשא בתפקיד רשמי באספה, נעשה למנהיגם בפועל. בעת שרוב המתכנסים היססו מלצאת נגד השר, הכריע כי יש לשלוח את התזכיר באומרו ש. מעתה פעל בשיתוף פעולה הדוק עם קראוס, שאף הוא טרם נשא תפקיד רשמי ב'שומרי הדת'. השניים ניהלו את מדיניות השמרנים.
המליאה.
ב-10 בדצמבר 1868 התקיים המושב המקדים הראשון של הכינוס – רשמית, "הקונגרס הארצי של יהודי הונגריה וטרנסילבניה" – אם כי טקס הפתיחה נערך ב-14 לחודש. הירשלר, שנבחר לנהל את הדיונים, הצליח לארגן במהירות את "סיעת המתקדמים" (Fortschrittspartei). הילדסהיימר טען לאחר מעשה כי 30–40 מחבריה היו עשויים לתמוך בקו דומה לזה שייצג בעצמו, אך הנשיא דאג לספח אליו כל מי שנראה לו מודרני דיו והקפיד שיישבו בקבוצה בצדו הימני של האולם כדי ליצור אחידות ביניהם. הסיעה המקבילה, בראשות הרב ירמיה לעוו, מנתה לבסוף 98 מתוך 220 הצירים. כמעט כל נציגי הציבור בה שלא היו רבנים תמכו בהילדסהיימר המתון. מפלגתו, שניסתה להוביל קו פשרני, מנתה 35 חברים. מטרות הקונגרס הוגדרו כקביעת תקנות לקהילות, בין היתר לאכיפת חוק חינוך חובה, הקמת ארגון ארצי מייצג וחקיקת תקנון לקונגרסים הבאים.
הדיונים נפתחו במגמה של פשרנות מצד המיעוט, ובתחילה היה להם טון חיובי: אחת ההחלטות הראשונות הייתה הבעת מחאה משותפת על קיום ירידי מסחר בשבת, שאילצו את המוכרים היהודים לחללה. ב-28 בדצמבר אף קרא קראוס לאמץ את ההצעות למוסדות אורתודוקסיים נבדלים בתוך הקהילה הכללית, שדחה לחלוטין בפברואר. כ"ץ העריך שרוח זו נבעה מהחשש שאטווש יכפה את החלטות הקונגרס. היא נמוגה במהרה, והיראים פנו לניסיונות לשתק את האספה על ידי הצעות שונות. בין היתר, ביקשו לשווא להחתים את כל רבני הארץ על מכתב הסכמה מפורט, מהלך שהיה מצריך חודשים.
ב-30 בדצמבר נבחרו שלוש ועדות: לארגון הקהילתי, לענייני חינוך ולתקנון לקונגרסים הבאים. ב-28 בינואר 1869 הצעות הוועדות הועלו לדיון במליאה. בנושא ארגון הקהילות, תוכנית המתקדמים הגדירה עדה יהודית אחת בכל יישוב שחובה להשתייך אליה והתפקיד המוגדר היחיד בה יהיה זה של הרב, שסמכויותיו לא פורטו. הקהילה הייתה אמורה להיכלל בארגון מחוזי, שיהיה בתורו כפוף לארצי, וערכאות אלה ישמשו ליישוב סכסוכים. הקמת מוסדות חליפיים למיעוטים בקהילה אופשרה בתנאים מסוימים. סיעת לעוו, לעומת זאת, הגדירה שורת מוסדות מחויבים, כמו בית-ספר ואטליז כשר, והסכימו לארגון קהילות ברמה המחוזית אבל לא הארצית. תוכניתם אפשרה לכל מיעוט הרוצה בכך לפרוש ולהקים קהילה משלו. נקודת מחלוקת נוספת הייתה בשאלה ההצהרתית של הגדרת היהדות: מחנהו של הירשלר השתמש במינוח "דת משה הרבנית", בעוד שאנשיו של לעוו נקבו ב"נאמני התורה והתלמוד כפי שהם מפורשים בשולחן ערוך." הנשיא ניהל את הדיונים ביד רמה, תוך שהוא דוחק ביראים ומתעלם מהסתייגויותיהם.
למול המחלוקת הנמשכת, החליטו האורתודוקסים להגיש אולטימטום. הם תבעו כי יוכר בעקרון שהוראות התורה והתלמוד, כפי שהן מבוארות בשולחן ערוך, ישמשו בסיס לכל ההחלטות שיתקבלו בקונגרס. הילדסהיימר ואנשיו התנגדו ליוזמה, אף כי הסוגיה פילגה אותם: כשליש חתמו, בעוד שאורתודוקסים שלא נמנו על סיעתו סירבו לצרף את שלהן. המסמך, חתום בידי 88 צירים, הוגש ב-3 בפברואר 1869. בקרב רבים מהנציגים הנאולוגים הייתה נכונות להצהרה סמלית כזו, אך הירשלר דחה זאת בטענה כי זהו נושא דתי, ולא עניין ארגוני שבו האספה יכולה לדון. כ"ץ העריך שהמיעוט הגיש את ההצעה כנראה "כדי להוכיח לעיני הבריות שהקונגרס צועד לקראת מצב הכרוך בכפיית מצפון... שתכריח אותם לפרוש."
בדיווחו על הקונגרס כתב מהר"ם שיק לאחר מכן שהיראים היו בחזקת "אנוס לפי הדיבור" להשתתף באספה אחת עם הנאולוגים: ; על דחיית האולטימטום סיפר ש. עוד באותו יום הגיב הרב יעקב שטיינהרדט מאראד בנאום תקיף. הוא הכריז שאנשי המפלגה השנייה הם אלו הסוטים מהשולחן ערוך בכך שבדו חומרות מלבם, וציטט את דברי התלמוד על חסיד שוטה. 70 צירים עזבו את האולם במחאה.