בת זמנה הצעירה ממנה אלן דה ליל (Alain de Lille) האנישה את הנושא של חטא מיני כמנוגד לטבע בחיבור "תלונה של הטבע" בהביאה את הטבע עצמו לגנות חוסר מוסריות מינית ובמיוחד הומוסקסואליות כמרד נגדו, מרד נגד הטבע. הטבע בחיזיון שלה מוגדר כבלבול בין הגברי לנשי ובין נושא ומושא. התלונה כוללת גם את התיאור המדהים הבא הנוגע להזנחת הנשיות:
התאולוג המשפיע ביותר של עולם ימי הביניים היה תומאס אקווינס, שנתפס על ידי הקתולים כמורה של הכנסייה. התאולוגיה המוסרית שלו מכילה אלמנט חזק של חוק טבעי דיאונטולוגי הקשור לחובות המוסריים ולמצוות. לפי השקפתו, לא כל היצרים שאדם חש הם "טבעיים" במובן המוסרי. רק היצר המביע בצורה הראויה והמלאה ביותר את הטבע האנושי, והיצרים שמתיישרים עם יצר זה, הם טבעיים. זאת בניגוד ליצרים שהם סטיות מהטבעי במובן שהם מחפשים אחר הטוב, אך בדרך שהיא הרסנית לטוב.
השקפה זאת מדגישה את המעבר מהטבעי לאלוהי, מפני שעל פי אקווינס כל האנשים מחפשים אחר אושר, אך ניתן להשיג אושר זה במלואו רק דרך חזון השמחה (דרגה של תקשורת אישית הישירה של האינדיבידואל עם האל). לכן כל החטאים הם נגד החוק הטבעי. אך החוק הטבעי של הבטים רבים בחיים ידועים, חוץ ממה שנגלה באופן מיוחד מבחנית הצורות והמטרות של הבטים אלו. בהקשר זה תפס אקווינס את ההומוסקסואליות כבלתי טבעית, כיוון שמעורב בה פרטנר מסוים השונה ממה שמטרת המיניות מכתיבה (כלומר גבר תחת אישה פורייה). אקווינס לכן תפס את ההומוסקסואליות כשווה למין הטרוסקסולי לשם הנאה, שאינו משמש לפרייה ולרבייה.
ב-1424 ברנרדינו מסיינה הטיף במשך שלושה ימים בפירנצה נגד הומוסקסואליות וצורות אחרות של תאווה, וקרא לנדות את הסדומאים. דרשות אלו לצד אמצעים אחרים בהם נקטה הכמורה בת הזמן חיזקה את הדעה נגד הומוסקסואלים ועודדה את הרשויות להגביר את אמצעי ההרשעה האזרחיים.
אומנות.
הצגת ההומוסקסואליות באומנות חוותה עלייה בימי הביניים המאוחרים, החל ברנסאנס של המאה ה-12, דרך השפעות לטיניות ויווניות שזכו לתחיה מחודשת באירופה. בהשפעת הצגה רומאית של אהבה רומנטית, משוררים "נאו-לטיניים" הציגו אהבת גברים באור חיובי, בעודם מתעלמים בציון מפורש של המילה הומוסקסואליות, שעדיין נחשבה לטאבו. דוגמה לכך הוא המשורר מרבודיוס מרן (Marbodius of Rennes) שכתב אודות יופי גברי ותשוקה גברית:
שירה אודות מעשים הומוסקסואלים באירופה של ימי הביניים לא הייתה נפוצה ביותר. שיר אחד שאכן תיאר מעשים הומוסקסואלים היה זה של "לה ליבר דה מאנייר" (Le Livre de Manieres) שנכתב על ידי אטין דה פוז'ר (Etinne de Fougeres) בין 1173 ל־1178. שיריו הנגידו את ה"יופי" של מין הטרוסקסולי ל"כיעור" של אהבה הומוסקסואלית בלתי טבעית. אולם אחד משיריו מתייחס באופן ספציפי למעשים מיניים לסבים. הוא כותב:
שיר זה מסביר את האופן שבו פעילות מינית לסבית לא מזקיקה פין עבור יחסי המין. דה פוז'ר גם ממחיש את הידע שלו על כן שלסביות לא חיקו מין הטרוסקסואלי אינטימי, וכי הן עשו שימוש בשיטות מיניות חלופיות.
הרפורמציה וקונטרה-רפורמציה.
עם זאת, היחס הכללי כלפי הומוסקסואליות בעולם הנוצרי לא השתנה גם לאחר הרפורמציה. הנצרות הפרוטסטנטית שנוסדה בתחילת המאה ה-16, והעלתה את חשיבות כתבי הקודש הנוצריים, הקפידה על נושא מעשי סדום אף יותר מהנצרות הקתולית. רק במהלך תקופת ההשכלה וקידום הליברליזם במדינות הנוצריות, חל שינוי מסוים בהיבט של ירידה בחומרת העונשים ובהיקף האכיפה. ואילו ביטול החוקים כנגד משכב זכר הוא תהליך שהתרחש במרבית מדינות אירופה רק בעשרות השנים האחרונות.
עמדתו של מרטין לותר ביחס להומוסקסואליות,:
התפתחות המחשבה המודרנית.
באופן היסטורי כנסיות נוצריות ראו במין הומוסקסואלי כמעשה חטא, בהתבססם על ההבנה הקתולית של החוק הטבעי והפרשנויות המסורתיות למספר פסוקים בכתבי הקודש. עמדות אלו קיימות גם היום בקרב קבוצות הכוללות את רוב הנוצרים, ביניהם הכנסייה הקתולית, הכנסייה האורותודוקסית וחלק מהזרמים הפרוטסטנטים, במיוחד הכנסיות האוונגליסטיות. אך השינוי בפרשנות והטענה כי ניתן לקבל הומוסקסואליות כמקובלת מבחינה מוסרית הוא מנת חלקם של מיעוט הזרמים בעולם הנוצרי.
העמדה הביקורתית.
במאה ה-20, תאולוגים כמו יירגן מולטמן, הנס קאנג (Hans Küng), ג'ין רובינסון (John Robinson), דייוויד ג'נקינס (David Jenkins), דון קאפיט (Don Cupitt), ג'ק ספונג (Jack Spong) ומתיו ויינס (Matthew Vines) אתגרו את העמדות התאולוגיות וההבנות של כתבי הקודש. בעקבות התפתחויות אלו הציעו חלק מהם כי הפסוקים תורגמו בצורה משובשת או שהם לא מתייחסים לאופן שבו האדם המודרני תופס את ההומוסקסואליות. קליי ויט (Clay Witt), כומר בכנסיית הקהילה המטרופוליטנית, מסביר כיצד תאולוגים ופרשנים כמו ג'ון שלבי (John Shelby), ספונג, ג'ורג' אדוורדס (George Edwards) ומייקל אינגלנד (Michael England) מפרשים איסורים נגד מעשים מיניים כאילו כוונתם המקורית הייתה אמצעי להבחין בין הפולחן הנוצרי המונותאיסטי לבין האמונות הפגניות מסביב, שבהם האקטים ההומוסקסואלים היו חלק מהפרקטיקות הדתיות של עבודת האלילים,:
עוד נטען כי השימוש במילה "תועבה" קשורה ברופן ישיר לעבודת אלילים ולפרקטיקות פגאניות לכל אורך כתבי הקודש העבריים. בדומה אדוורדס מציע כי ההקשר שבו נכתב האיסור בוויקרא מתייחס שמה שמנוגד לכך היא לא פעילות חד-מינית מחוץ לפולחן, כמו בהבנה המודרנית החילונית, אלא בתוך הפולחן המזוהה ככנעני.
חלק מהנוצרים מאמינים כי הפסוקים בכתבי הקודש לא תורגמו כהלכה, וכי פסוקים אלו לא מתייחסים לנטייה להט"בית כפי שמובן כיום. חוקרים נוצרים ליברליים, בדומה לחוקרים נוצרים שמרנים, מקבלים את הגרסאות הקדומות יותר של הטקסטים שנכתבו בעברית או ביוונית. אולם בתוך הטקסטקים הקדומים האלו ישנם מושגים רבים שהחוקירם המודרניים פירשו באופן שונה מהדורות הקודמים של החוקרים. יש חשש של טעויות העתקה, זיוף והטייה סובייקטיבית בקרב מתרגמי כתבי הקודש המאוחרים. החוקרים סוברים שחלק מהפסוקים כמו אלו התומכים בעבדות או ביחס נחות אל נשים לא תקפים כיום, והם כנגד רצון האל הנוכח בכתבי הקודש הם מצטטים נושאים אלו בבואם לדון בשינוי השקפות תאולוגיות על מערכת יחסים מינית מהעבר. הם מבדילים בין פרקטיקות מיניות שונות כמו אונס, זנות או מין פולחני הנחשבות לבלתי מוסריות, לבין כאלו פרקטיקות חיוביות המתקיימות בתוך מערכת יחסים עם מחויבות - בלי קשר לנטייה המינית של בני הזוג. הם תופסים מספר פסוקים המתייחסים לאונס הומוסקסואלי כבלתי רלוונטיים למערכות יחסים הומוסקסואליות בהסכמה.
חוקר אוניברסיטת ייל, ג'ון בוסוול, טוען שמספר נוצרים קדומים היו בתוך מערכות יחסים הומוסקסואליות, וכי חלק מהדמויות בתנ"ך היו חלק ממערכת יחסים הומוסקסואלית, כמו רות ונעמי, דניאל ואשפנז, מסריסי מלך בבל, דוד ויהונתן. בוסוול גם טען שאדלפופויסיס (Adelphopoiesis), טקס המחבר בין שני גברים, היה קרוב לטקס איחוד חד מיני בעל קדושה דתית. מי שלקח חלק בטקס כזה, נאסר עליו להתחתן או לקבל על עצמו את נדרי הנזורה, והכוריאוגרפיה של הטקס עצמו הייתה מקבילה מאוד לטקס הנישואים. השקפות אלו לא קיבלו הסכמה רחבה, והמתנגדים להן טענו שטקס זה קידש קשר אחווה אפלטוני, ולא איחוד הומוסקסואלי. בוסוול טוען גם כי הוקעת ההומוסקסוליות במושגים מוסריים החל רק במאה ה-12. מבקרים של בוסוול הצביעו על מקורות דוקטרינליים מוקדמים רבים המגנים הומוסקסואליות במונחים אתיים ללא ציון של עונש, וכי הציטוטים של בוסוול משקפים מגמה כללית של ענישה מחמירה יותר על הומוסקסואליות שהחלה מהמאה ה-12.
העמדה המסורתית.
התנגדויות נוצריות להתנגדות להתנהגות הומוסקסואלית מבוססות לעיתים קרובות על פרשנויות מסורתיות של כתבי הקודש. חלק מהנוצרים מאמינים כי ספר ויקרא מכיל איסורים כנגד מיניות של גבר עם גבר. חלק מחוקרי כתבי הקודש מפרשים את הפסוק מסיפור סדום ועמורה
כמתייחס לכך שפעילות הומוסקסואלית הביאה לחורבן הערים העתיקות של סדום ועמורה. פסוקים נוספים בכתבי הקודש שמפורשים כאוסרים על הומוסקסואליות הם אלו הנזכרים באיגרת הראשונה אל הרומאים א:53, האיגרת הראשונה אל הקורינתים, ו:8-10, איגרת יהודה, א: 7,49 ואחרים.
הכותב הנוצרי והיועץ ג'ו דאלאס (Joe Dallas) טוען כי פסוקי כתבי הקודש מתייחסים לכל האקטים ההומוסקסואלים באופן אחיד והם אוסרים התנהגות שכזאת. הארגון "אקסודוס" (Exodus) הבינלאומי, ארגון שסייע בעברו להומוסקסואלים לדכא את נטייתם המינית, וכן ארגונים אחרים, גורסים כי הפסוקים באיגרת הראשונה אל הקורינתיים ו:9-11 מציעים למאמינים הנוצרים "חירות מהומוסקסואליות". מאז שאקסודוס חדל מפעיליות ביוני 2013, הוא פרסם הצהרה המתנערת ממטרותיו אלו והתנצל על הנזק שנגרם ללהט"בים כתוצאה מפעיליותיו.