בעקבות בחירות 1999 בהן הפסיד, הודיע בנימין נתניהו על פרישתו מהחיים הפוליטיים, התפטר מראשות מפלגת הליכוד, ופינה את מקומו בכנסת ליובל שטייניץ.
בעקבות התפטרות נתניהו מונה אריאל שרון לראש התנועה באופן זמני ונקבעו בחירות מקדימות לראשות התנועה. הפריימריז נערכו ב-2 בספטמבר 1999 ושרון זכה בהם (לאחר שגבר על ראש עיריית ירושלים אהוד אולמרט), לא מעט בזכות הבטחתו לערוך בחירות נוספות למועמדות לראשות הממשלה לפני הבחירות הבאות (אף על פי שחוקת הליכוד קובעת את יו"ר התנועה כמועמדה לראשות הממשלה).
במהלך פריימריז אלו הוצאו כספים רבים על ידי המועמדים, דבר שהביא לפתיחת חקירה נגד שרון לאחר הגשת דו"ח מבקר המדינה לשנת 2001.
התפוררות הקואליציה.
מיד לאחר בחירות 1999 הצליח אהוד ברק להקים ממשלה רחבה יחסית עם מפלגות רבות: מפלגת המרכז, יהדות התורה, מרצ, ש"ס, ישראל בעלייה והמפד"ל. בתחילה הבעיה העיקרית הייתה מעמדו של שמעון פרס, שמונה לאחר ויכוחים רבים לשר לפיתוח אזורי. עם זאת, עד מהרה התגלעו קשיים ניכרים בקואליציה: ב-9 בספטמבר 1999 פרשה ממנה יהדות התורה וזאת בשל פרשת העברת משחן (חלק מטורבינה של חברת החשמל) בשבת. בעיה משמעותית יותר החלה במרץ 2000, כאשר הקואליציה התפוררה למעשה, תוך שרבים מחבריה הפורמליים מצביעים בניגוד למשמעת הקואליציונית.
סגן ראש הממשלה, יצחק מרדכי, הסתבך מתחילת 2000 בפרשה של הטרדות מיניות ונאלץ לפרוש בסוף מאי 2000, מה שהאיץ את התפוררות מפלגת המרכז, אחת השותפות הבכירות בקואליציה. בנוסף, שורה של סכסוכים חמורים בנוגע לסמכויות המוענקות לסגן שר החינוך מש"ס, משולם נהרי, על ידי יוסי שריד הביאו לפרישה של מרצ בסוף יוני.
יציאתו של ברק לוועידת קמפ דייוויד ביולי 2000 מוטטה למעשה את הקואליציה: המפד"ל וישראל בעלייה פרשו ממנה ונותרו בה רק ישראל אחת (שגשר פרשה ממנה לאחר השיחות), ש"ס ושארית מפלגת המרכז. ויכוח בין שר העבודה והרווחה אלי ישי, יו"ר ש"ס, לברק הוביל להצבעה של חברי הכנסת מש"ס נגד הקואליציה. באותו היום פיטר ברק את שרי ש"ס, שהתכוונו ממילא להתפטר מהממשלה.
הנסיגה מלבנון.
הנסיגה מלבנון שבוצעה בסוף מאי 2000 הייתה מימוש הבטחת הבחירות של ברק מסוף 1999.
עם זאת, הנסיגה לא התנהלה כמתוכנן: בעוד שבתוכנית שהוצגה לפני הבחירות אמור היה צה"ל לסגת בעקבות הסכם שלום עם לבנון, הרי שבפועל בוצעה הנסיגה באופן חד-צדדי, בשל כישלון המשא ומתן עם סוריה. על מנת למנוע סיכון חיי אדם, החליט ברק לפעול באופן חד צדדי ולהוציא את כוחות צה"ל מהשטח. מבצע "דמדומי בוקר" בוצע במהלך מהיר, שתוכנן לפרטיו בחודשים שקדמו לנסיגה, והוקדם בכמה שבועות ממועדו המקורי על מנת להפתיע את חזבאללה ולהימנע מיציאה תחת אש.
בשבועות שלאחר יציאת כוחות צה"ל מהשטח, התפרק צד"ל, וחזבאללה השתלט על השטח שפונה מיד לאחר הנסיגה. לאחר תקופת שקט בת מספר חודשים החל ארגון הטרור להטריד את חיילי צה"ל לאורך הגבול, בעיקר באזור הר דב וחוות שבעא שלבנון טוענת כי הם חלק משטחיה (בניגוד לקביעת האו"ם). שיאן של פעולות אלו היה חטיפת שלושת חיילי צה"ל בהר דב ב-7 באוקטובר 2000.
ועידת קמפ דייוויד.
ועידת קמפ דייוויד שנערכה ב-27-12 ביולי 2000 הייתה הניסיון המשמעותי האחרון להביא לפתרון הסכסוך הישראלי-פלסטיני בתקופה שלפני האינתיפאדה השנייה. יאסר ערפאת התנגד לכינוס הוועידה בשל חששו כי יופעל עליו לחץ, אולם הסכים להגיע לוועידה לאחר שביל קלינטון, נשיא ארצות הברית, הבטיח לו כי לא יואשם בכישלון הוועידה. בישראל, היציאה לוועידה נעשתה שלא על דעת מרבית חברות הקואליציה, שפרשו ממנה בעקבות כך, אולם בתמיכת סיעות האופוזיציה מרצ, חד"ש, בל"ד ורע"ם.
בוועידה זו הסכים אהוד ברק לתנאים רבים של הפלסטינים, אולם הוועידה התפוצצה לבסוף על רקע שתי דרישות אולטימטיביות של ישראל: ויתור של הפלסטינים על זכות השיבה והכרזה על סיום הסכסוך. ישראל וארצות הברית האשימו את הפלסטינים באי-נכונות מוחלטת להציג גמישות הדומה לזו שהפגין ברק. למרות ניסיונות שנערכו בהמשך, לפני פרוץ האינתיפאדה, סימנה ועידה זו את המעבר ממצב של רגיעה יחסית למצב של התכוננות אקטיבית למלחמה.
האינתיפאדה השנייה.
האינתיפאדה השנייה פרצה ב-29 בספטמבר 2000 והיוותה מכה קשה לישראל בכלל ולממשלת ברק בפרט. פריצת האינתיפאדה נחשבה על ידי הציבור ככישלון מוחלט של הממשלה, כאשר הממשלה והעומד בראשה הואשמו באי-יכולת להגן על אזרחי המדינה. העובדה שברק הטיל את האשמה לפריצת האירועים על הרשות הפלסטינית ובפרט על יאסר ערפאת לא סייעה לו בקרב הציבור הישראלי. האינתיפאדה גרמה להקצנה ניכרת בעמדות הפוליטיות במחנה השמאל המתון שהיה קהל היעד הטבעי של ברק והיווה את בסיס התמיכה בממשלתו. מחנה זה החל להאשים גם את הממשלה על ויתוריה כלפי הפלסטינים שנתפשו כעת כהפגנת חולשה מול האויב. מצד שני, ההאשמות כלפי הפלסטינים והעימות עמם גרמו לירידה בתמיכה בברק בקרב ערביי ישראל והשמאל הרדיקלי.
התעקשותו של ברק להמשיך בתהליך המדיני במהלך הלחימה הביאה להחמרה נוספת במצבו הפוליטי. התחושה הייתה שצה"ל איננו מורשה להפעיל את מלוא כוחותיו ונאלץ לבצע "תקיפות נדל"ן" שבהן מופצצים בניינים ריקים של המשטרה הפלסטינית בתחמושת יקרה. אירועים חמורים כמו תקרית קבר יוסף והלינץ' ברמאללה תרמו גם הם לתחושה כי הממשלה מאבדת שליטה על האירועים. ניסיונותיה הרבים של הממשלה להביא להפסקת אש נכשלו ברובם, וגם כאשר הצליחו (במהלך ועידת טאבה) נחשבו כהוכחה לאוזלת ידה של הממשלה שמנהלת משא ומתן עם האחראים למתקפה.
התרומה היחידה של האירועים לשיפור מצבו הפוליטי של ברק הייתה בנכונות הליכוד להיכנס לדיונים על ממשלת אחדות לאומית שנערכו במהלך חודש אוקטובר. דיונים אלו נכשלו מסיבות שונות, ובעיקר עקב סכסוכים על הדרך הנכונה לטפל באינתיפאדה ועל המשך התהליך המדיני.
אירועי אוקטובר.
אירועי אוקטובר היו סדרה גדולה של מהומות שפרצו במגזר הערבי בעקבות פריצתה של האינתיפאדה השנייה. אירועים אלו הוצגו בתחילתם כתגובה לעלייתו של אריאל שרון להר הבית, ולכך הצטרפו עד מהרה טענות על קיפוח חמור של ערביי ישראל. במהלך מהומות אלו נהרגו 12 ישראלים ערבים, ישראלי יהודי אחד ופלסטיני אחד. רוב הערבים נהרגו בוודאות כתוצאה מפעילות משטרתית, דבר שהביא למעשה להיעלמותה של תמיכת ערביי ישראל בברק. הערבים עברו ממצב שבו הם מקווים כי ברק ישפר את מצבם למצב בו הם מיואשים ממנו ונייטרלים ביחס לבחירה בינו לבין שרון. מנהיגי הציבור הערבי קראו במהלך מערכת הבחירות להצבעת מחאה בפתק לבן ובציבור הערבי אף נשמעו קולות בודדים שקראו לתמיכה בשרון במטרה להעניש את ברק. כמו כן, סירבו חברי הכנסת הערבים להמשיך לתמוך בממשלה, החלטה שהאיצה את נפילתה הסופית.
האירועים החמורים בהם נחסמו צירי תנועה ראשיים, הותקפו כלי רכב רבים, יישובים ומוסדות שלטון, הוטל מצור חלקי או מלא על מספר יישובים, נשרפו חנויות רבות ונפגעו שוטרים ויהודים לא מעטים, הביאו לנסיגה בתמיכה בממשלה גם בקרב המגזר היהודי. היהודים ראו בהתמשכות המצב דוגמה מובהקת לאי יכולתה של הממשלה להשתלט על המצב בתוך המדינה וקראו ברובם הגדול לנקיטת צעדים חמורים יותר מאלו שננקטו (מיעוט ניכר אף תמך בהפעלת הצבא נגד המתפרעים). המחשה לאי האמון במדיניותה של הממשלה ניתנה החל מ-7 באוקטובר כאשר התפשטו המהומות גם לציבור היהודי - ערבים בודדים וחנויות בבעלות ערבית הותקפו וכן היה קרב של ממש על גבול נצרת ונצרת עלית.
ניסיונה של הממשלה לפייס את המגזר הערבי על ידי הקמת ועדת אור בראשית נובמבר לא סייע לה כלל. הציבור הערבי לא ראה בהקמת הוועדה הישג משמעותי, במיוחד לנוכח ההערכות כי הוועדה תגיש את מסקנותיה בעוד זמן רב (בפועל הוגשו המסקנות רק במרץ 2003, שנתיים וחצי לאחר האירועים). לעומת זאת, רבים בציבור היהודי ראו בהקמת הוועדה כניעה של הממשלה ללחץ הערבים, דבר שהפחית עוד יותר את התמיכה בה.
החוק לפיזור הכנסת.
בעקבות כישלון השיחות על ממשלת אחדות שנערכו עד ראשית נובמבר 2000, התקבלו בקריאה טרומית מספר הצעות חוק פרטיות לפיזור הכנסת ב-28 בנובמבר 2000. ההצעות התקבלו לאחר שאהוד ברק הכריז כי אם חברי הכנסת מעוניינים בבחירות הרי הוא לא יתנגד להן. הצעות חוק אלו הועברו, כמקובל, לוועדת חוקה, חוק ומשפט מתוך מטרה להביא אותן לקריאה ראשונה במועד מאוחר יותר.
ב-9 בדצמבר הכריז ברק כי הוא מתכוון להתפטר מראשות הממשלה. ההתפטרות הוגשה למחרת לנשיא, והיא הובילה לבחירות מיוחדות - לראשות הממשלה בלבד ולא לכנסת. אף על פי שזה לא היה הנימוק הרשמי של ברק, מטרת ההתפטרות הייתה כנראה לחסום את דרכו של בנימין נתניהו, שהיה המועמד המוביל לתפקיד ראש הליכוד ולא יכול היה להתמודד בבחירות מיוחדות לראשות הממשלה בלבד (החוק חייב את המועמד להיות חבר כנסת ואילו נתניהו, שהתפטר מהכנסת מיד לאחר הפסדו בבחירות 1999, לא יכול היה להיות מועמד).
בנימין נתניהו הכריז על מועמדותו ב-10 בדצמבר, אולם התנה זאת בבחירות גם לכנסת ולא רק לראשות הממשלה. לחץ כבד הופעל על סיעת ש"ס, שעם 17 מנדטיה הייתה לשון המאזניים לפיזור הכנסת, שתצביע בעד פיזור הכנסת אך היא התנגדה. ב-18 בדצמבר חוקקה הכנסת חוק מיוחד שכונה "חוק נתניהו", שביטל את המגבלה על מועמדות אזרח שאיננו חבר כנסת, כך שנתניהו יוכל להתמודד. באותו יום דחתה הכנסת את הצעות החוק לפיזורה, שהחזירה ועדת חוקה, חוק ומשפט בקריאה שנייה ושלישית. בעקבות ההחלטה על אי פיזור הכנסת הודיע נתניהו כי הוא מסיר את מועמדותו, מה שהביא לביטול הבחירות המקדימות שתוכננו בליכוד ב-19 בדצמבר (בחירות שהיוו הבטחה של שרון כאשר נבחר לראשות הליכוד).