הבחירות התמקדו במדינות המתנדנדות: ניו יורק, ניו ג'רזי, קונטיקט ואינדיאנה של הריסון. הריסון הצליח לזכות בניו יורק ובמדינתו, אינדיאנה. אחוז ההצבעה היה 79.3%, גבוה יחסית. כמעט 11 מיליון קולות נספרו. אף על פי שהריסון השיג 90,000 קולות פחות מקליבלנד, הוא זכה ב-233 אלקטורים לעומת 168 וניצח. הייתה זאת הפעם השלישית בארצות הברית שבה המועמד המנצח השיג פחות קולות מיריבו (הנשיאים הקודמים שזכו בנשיאות למרות הפסד בהצבעה העממית היו ג'ון קווינסי אדמס ורתרפורד הייז). רבים במפלגה הדמוקרטית טענו כי הריסון ניצח בזכות קניית קולות דרך השערורייה שאירעתה במהלך קמפיין הבחירות. אף על פי שהריסון עצמו לא ביצע עסקאות פוליטיות, תומכיו ביצעו עסקאות רבות כדי להבטיח את היבחרו. הריסון הושבע לתפקידו מאה שנים לאחר שג'ורג' וושינגטון הושבע לתפקידו. בנוסף, הרפובליקנים זכו להישגים נאים בבחירות לקונגרס, כך שבפעם הראשונה מאז 1874, שלטה מפלגה אחת בקונגרס ובנשיאות. הניצחון אפשר להריסון להעביר חוקים רבים בקונגרס.
נשיאותו 1889-1893.
נשיאותו של הריסון החלה ב-4 במרץ 1889, כשהושבע לנשיאות, והסתיימה ב-4 במרץ 1893. הוא היה הנשיא ה-23. הוא הנשיא היחיד שקודמו ויורשו הם אותו אדם.
הריסון והקונגרס הרפובליקני ביצעו יוזמות חקיקה מקיפות. בתקופתו הועברו מיסוי מקינלי, שהעלה את שיעורי המכס, וחוק שרמן נגד מונופולים שחיזק את הממשלה מול המונופולים בכלכלה, ואפשר לה לחקור אותם. בגלל העודף התקציבי הגדול מהמכסים, תקציב הממשלה עבר את מיליארד הדולרים בתקופתו. הריסון הקים את מערכת היערות הלאומיים ב-1891 וחיזק את הצי. הוא הציע, לשווא, מימון לחינוך פדרלי ואכיפת זכויות ההצבעה לאוכלוסייה השחורה. במדיניות החוץ שלו, יזם הורדת מכסים באמריקה הלטינית והעלאת ההשפעה האמריקנית באוקיינוס השקט. הוא צירף במהלך נשיאותו עוד שש מדינות לאיחוד, יותר מכל נשיא אחר.
במדיניות הפנים השאפתנית שלו ומדיניות החוץ הבטוחה שלו, קבע הריסון תקדים לנשיאים העוצמתיים של המאה העשרים.
השבעתו.
הריסון הושבע לנשיאות ביום שני, ה-4 במרץ 1889, בידי מלוויל פולר, נשיא בית המשפט העליון. הוא היה אחד מהנשיאים הנמוכים ביותר, בגובה מטר ושישים ושבעה סנטימטרים, גבוה אך במעט מהנשיא ג'יימס מדיסון, אולם כבד הרבה יותר. הוא היה הנשיא הרביעי (והאחרון) בעל זקן. טקס הכניסה שלו לתפקיד התרחש ביום גשום, והנשיא היוצא קליבלנד הגן על הריסון במטרייתו כשזה נשבע אמונים. נאומו של הריסון היה קצר בחצי משל סבו, ויליאם הנרי הריסון, שנאם את נאום הכניסה הארוך ביותר.
בנאומו, טען הריסון שהמדינה צומחת בזכות החינוך והדת, ודרש ממדינות הכותנה והמכרות לעבור תיעוש בסגנון מדינות המזרח, כשהוא מתחייב לעקרונות מכסי המגן. הוא טען שלא יגביל את הסחר החופשי אם התאגידים יפעלו כראוי. הוא דרש רגולציה, חוקי בטיחות לעובדי הרכבות, מימון לחינוך ומימון לשיפורים פנימיים. הריסון גם דרש צירוף הטריטוריות לארצות הברית ותמך במתן קצבאות ליוצאי צבא, לתרועות הקהל. בנושאי חוץ, התחייב הריסון לדוקטרינת מונרו, ודרש שיפור הצי. הוא התחייב לשלום בין לאומי ולמדיניות בדלנית.
ממשל.
קבינט.
הריסון מינה את הקבינט שלו באופן עצמאי ולא מינה רפובליקנים חשובים לתפקידים רמי דרג. הוא דחה את מינוי בליין למזכיר המדינה כדי להגביל את מעורבות בליין בהרכבת הקבינט שלו, כפי שעשה במהלך תקופתו של הנשיא ג'יימס גרפילד. בליין והריסון חלקו השקפות מדיניות חוץ, ובליין היה מרכזי בממשלו של הריסון, עד שהתפטר בשל בריאות לקויה מתפקידו ב-1892 והוחלף בג'ון פוסטר, דיפלומט מנוסה. קודם לפיטוריו של בליין, המחלה שלו הביאה לכך שפעמים רבות היה על הריסון לכפות על תפקידו ולמלא את מקומו ואת סמכויותיו של מזכיר המדינה בפועל. לתפקיד מזכיר האוצר מונה ויליאם וינדום, שהיה מזכיר האוצר של גרפילד, במקום אחד ממנהיגי הפלג העוצמתי של הרפובליקנים בניו יורק. בנג'מין טרייסי, מהפלג הניו יורקי, קיבל את תפקיד מזכיר הצי. צ'ארלס פוסטר מאוהיו החליף את וינדום ב-1891 עם מותו של האחרון. המנהל הכללי של הדואר ג'ון ואנאמייקר ייצג את הרפובליקנים של פילדלפיה, שכעסו על התפקיד השולי שניתן להם. לתפקיד מזכיר החקלאות, תפקיד שנוצר בסוף תקופת קליבלנד, מונה מושל ויסקונסין ג'רמייה ראסק. ג'ון נובל, עורך דין ישר, מונה לראש מחלקת הפנים בניסיון לנקות אותה. מלבד בליין, המנהיג הרפובליקני היחיד שנבחר לתפקיד חשוב היה רדפילד פרוקטור, מזכיר המלחמה, שמונה לתפקידו בשל תמיכתו בהריסון בוועידה הלאומית. חברו הטוב ושותפו לשעבר, ויליאם מילר, מונה לתובע הכללי. הריסון מינה את חבריו ממלחמת האזרחים, מאינדיאנה ומהכנסייה, ובכך עורר את זעמם של הרפובליקנים. הריסון נפגש עם הקבינט שלו פעמיים בשבוע, ובנוסף פעם בשבוע עם כל שר ביחידות.
מינויים לבית המשפט.
הריסון מינה ארבעה שופטים לבית המשפט העליון של ארצות הברית. הראשון היה דייוויד ברוור, שופט בבית המשפט לערעורים. מעט לאחר מכן, מת השופט סטנלי מתיוז, ואילץ את הריסון למנות את השופט הנרי בראון ממישיגן לתפקיד. ב-1892, הציע הריסון למנות לבית המשפט את ג'ורג' שיראס. שיראס היה בן שישים, וגם עורר התנגדות בשל שיוכו לפלג מסוים במפלגה הרפובליקנית, אולם לבסוף אושר. לבסוף, עם תום כהונתו, דרש שהשופט האוול ג'קסון ימונה לבית המשפט. הריסון ידע שהסנאט יישלט בידי הדמוקרטים, ולכן בחר בג'קסון, דמוקרט מטנסי. ג'קסון אכן אושר, אולם מת כעבור שנתיים. השאר נשארו בבית המשפט עד למאה הבאה, וברוור, שעזב ב-1910, היה השופט האחרון מביניהם שעזב.
הריסון חתם על חוק בית המשפט ב-1891, שהחליף את בתי משפט השלום בבתי משפט לערעורים. החוק נועד להקטין את העומס בבית המשפט העליון. הריסון מינה עשרה שופטים לבית המשפט לערעורים, שניים לבתי משפט השלום, ועשרים ושישה שופטים לבתי המשפט המחוזיים. מאחר שהיה בתפקידו כאשר הקונגרס ביטל את בתי משפט השלום לטובת בתי המשפט לערעורים, הוא וקליבלנד הם הנשיאים היחידים שמינו שופטים לשני הגופים.
מדיניות פנים.
רפורמה בשירות הציבורי וקצבאות.
העניין המרכזי לאחר היבחרו של הריסון היה הרפורמה בשירות הציבורי. הריסון תמך במינוי אישים לפי כישוריהם ולא לפי שיוכם הפוליטי. נושא החלוקה בין המינויים המבוססים על כישורים לבין מינויים המבוססים על קשרים פוליטיים גרם לקרע ממושך בתוך המפלגה הרפובליקנית. אף על פי שחלק מהדרישות למשרות הוגדרו בחוקים, את רוב החודשים הראשונים בתפקידו הקדיש הריסון למינויים פוליטיים. הקונגרס היה מפולג בנושא והריסון לא רצה לפגוע במעמדו בשני הצדדים. הריסון לא רצה לפגוע במעמדו בעקבות הנושא, ומינה את תאודור רוזוולט לוועדה לרפורמה בשירות הציבורי, אולם לא קידם את הרפורמה. הריסון התעלם מרוזוולט, שדרש להרחיב את מינוי האנשים לפי כישוריהם והתלונן על המצב במחלקת הדואר.
הריסון העביר במהירות חוק קצבאות שהעניק קצבאות ליוצאי מלחמת האזרחים ב-1890, חוק שתמך בו עוד בקונגרס. בכך שהעניק קצבאות ליוצאי מלחמת האזרחים ללא קשר לגורם פציעותיהם, הפחית החוק את העודף התקציבי הבעייתי. 135 מיליון דולרים הוקדשו לקצבאות ליוצאי צבא, בעקבות פרשנות מקלה לחוק. חקירה גילתה קצבאות שנלקחו שלא כדין. הריסון פיטר את האחראים על כך ומינה אחרים, שגם הואשמו בשחיתות אולם זוכו בידי הרפובליקנים בקונגרס.
הריסון נאלץ לבטל את מינויו של ג'יימס קלרקסון לסגן שר הדואר, כיוון שקלרקסון דרש משרה מלאה בקבינט ועורר בעיות במחלקת הדואר עם פיטורין תכופים.
מכסי המגן.
יחד עם מטבע יציב, מכסי מגן גבוהים היו נדבך מרכזי במדיניותו הכלכלית של הריסון. הריסון ראה במכסים גבוהים מפתח לכלכלה יציבה והוגנת, מכיוון שטען שיגנו על משרות בייצור טובין מפני סחורות מיובאות וזולות. נושא מכסי המגן היה חשוב עוד לפני מלחמת האזרחים והיה הנושא המרכזי בבחירות. תעריפם הגבוה של מכסי המגן יצר עודף הכנסות בתקציב הממשלה, והיו שטענו שהדבר פוגע בעסקים ויש להוריד את התעריף. הרפובליקנים העדיפו להוריד מיסים פנימיים ולהשתמש בעודף למטרות של פיתוח תשתיות פנימיות במדינה. הניצחון בבחירות של 1888 נתפש בעיני הרפובליקנים כמנדט ציבורי להנהיג מכס נוסף, ולהתחיל בתוכנית חוקים שאפתנית.
הריסון לקח חלק פעיל בוויכוח על מכסי המגן וסעד עם כמה חברי קונגרס כדי שיתמכו בחוק החדש. ויליאם מקינלי ונלסון אולדריץ' הגישו את "מיסוי מקינלי", הצעה שהעלתה את המכסים באופן חד וחסמה ענפים מסוימים לייבוא. ג'יימס בליין לחץ על הריסון לרכך את המכסים, ולהוסיף סעיף שיאשר להריסון להפחית אותם בתמורה להפחתת מכסים על יצוא אמריקני בידי מדינות אחרות. הריסון קיווה שסעיף כזה יאפשר הגדלת היצוא האמריקני. המכס על סוכר מיובא בוטל, ומגדלי הסוכר המקומיים קיבלו שני סנט על כל פאונד שיצרו. למרות זאת, המכס היה הגבוה ביותר בתולדות ארצות הברית, וההוצאה של העודף התקציבי הובילה לכינוי "קונגרס מיליארד הדולר" לקונגרס. היכולת להפחית מכסים העניקה לנשיא כוח חריג במיוחד. הריסון ניסה להגיע להסכמים רבים עם מדינות אירופאיות ומדינות באמריקה הלטינית כדי להרחיב את הסחר האמריקני.
חוקים נגד מונופול ומדיניות מוניטרית.