ב-1880 פרסם ראש הממשלה ושר החוץ והדתות דראגן צאנקוב את ה"תקנון הזמני לניהול הקהילות הדתיות של הנוצרים, המוסלמים והיהודים", ובמסגרתו נקבע, כי קהל מתפללים בבית כנסת מסוים יוגדר יחידה דתית, בראשו יעמוד רב שימונה על ידי הנהלה שתיבחר על ידי קהל המתפללים ומקרבם. ההנהלה תורכב מ-3 עד 5 שליחי ציבור ותפוקח על ידי משרד הדתות הבולגרי. עוד הותר לנבחרי הקהילה לגבות מס קהילה ונקבע כי הרב הראשי של סופיה יהיה הרב הראשי ליהודי הנסיכות ויקבל משכורת שנתית מהמדינה בסך 1,000 לבות. נכבדי הקהילות מינו ועדת איתור ולאחר בקשות חוזרות ונשנות אושרה בקשתם למנות רב מחוץ לבולגריה. בהמשך אישר משרד הפנים את בקשת נציגי הקהילות לנהל את ענייניהן באמצעות קונסיסטוריה. ב-1886 נבחר הרב סימון דנקוביץ' לתפקיד הרב הראשי והיה הראשון בשורת רבנים אשכנזים שכיהנו בתפקיד רב ראשי לקהילה שרובה המוחלט היה ספרדי. ב-1891 הוא הוחלף על ידי ד"ר מוריץ גרינוולד וב-1900 מונה מרדכי אהרנפרייז. עם זאת יצוין, כי בשלהי המאה ה-19 היגרו לבולגריה יהודים אשכנזים מאזור מולדובה, אוקראינה ופולין והקימו קהילות עצמאיות. תהליך זה הואץ לאחר הסופות בנגב ולצד הקהילה הספרדית הגדולה, קמה קהילה אשכנזית שמנתה כ-10 אחוזים מאוכלוסיית יהודי בולגריה.
מיד לאחר תום המלחמה, גרם המשבר הכלכלי לסוחרים הנוצרים, לראות בסוחרים היהודים כמתחריהם על אותו מקור פרנסה ובמקביל לא נפקד מקומה של האנטישמיות הדתית המסורתית שהוחדרה על ידי הרוסים. החל רצף של פרסומים אנטישמיים ועלילות דם, ב-1890 בווראצה, ב-1898 בקיוסטנדיל וב-1903 בלום. ממשלת בולגריה ניסתה להכיל את האירועים ואף נקטה פעולות מסוימות כדי לטפל בהם. ב-1890 בעת עלילת הדם בווראצה במסגרתה הואשמו שני יהודים בשימוש בדם של נוצרים למטרות פולחן, הורתה הממשלה הבולגרית להעביר את המשפט לגורנה אוריאחוביצה כדי להשקיט את הרוחות ושלחה את קונסטנטין סטואילוב כדי שיכהן כתובע הכללי במשפט. סטואילוב הוכיח את חפותם של היהודים והם זוכו. לימים, התמנה סטואילוב לראש ממשלת בולגריה וב-1897 נפגש עם משלחת של יהודי בולגריה לדון באנטישמיות בממלכה. לפגישה הוזמנו ראשי הסינוד ובעקבותיה הם יצאו בהצהרה שאין יסוד להאשמות כנגד יהודי בולגריה והורו לכמרים להפיץ את ההודעה לכל המאמינים.
המשטר הליבראלי של פרדיננד הראשון אפשר את קבלתם של צעירים יהודים לבתי הספר הצבאיים ורבים מהם המשיכו לדרגות קצונה בכירות. בין הבולטים היו הקולונלים מושונוב רחמים, גרציאני מוראנו ואברהם תג'ר, אשר בהמשך הפכו לפעילים וממנהיגי הקהילה היהודית בבולגריה. במהלך מלחמת בולגריה–סרביה (1885) גויסו בני הקהילה לצבא הבולגרי. במקביל, מימנו וציידו קהילות רוסצ'וק, וידין ווארנה שתי חטיבות של לוחמים יהודים אשר מנו 800 איש, ועשרות נשים התנדבו כדי לשמש אחיות. אלכסנדר בטנברג, נסיך בולגריה התפעל מתעוזתם בקרב וציין, כי "הם צאצאיהם האמיתיים של אבותיהם החשמונאים". במלחמות הבלקן נהרגו 277 מבני הקהילה היהודית ומתוכם 3 קצינים. הקרבתם זכתה להערכה רבה בקרב אזרחי בולגריה ושאלת נאמנותם לא הועמדה עוד בספק. במהלך הקרבות, צר הצבא הבולגרי במשך מספר חודשים על העיר אדירנה ואף הצליח לכובשה לזמן מה. מאות רבות מיהודי העיר נמלטו מהעיר לבולגריה והשתכנו בעיקר בפלובדיב וסופיה, שבהן נקטה הקהילה הוותיקה בפעולות להקלת מצב הפליטים. לפלובדיב הגיעו תושבים גם מחבל תראקיה היווני אשר איבדו את נתינותם, חלקם זכו בהמשך לקבל דרכון ננסן אשר ברבות הזמן איבד את תוקפו. מקצת מן היהודים הצליחו לרכוש בכסף אזרחות בולגרית, אך לחלקם שאיבדו את רכושם במלחמת הבלקן לא היו אמצעים לכך והם נותרו מחוסרי אזרחות.
ב-1900, נכללו 34 קהילות ברשימת הקהילות המאורגנות בנסיכות: בסופיה, קיוסטנדיל, דופניצה, גורנה ג'ומאיה, נברקופ, וידין, לום, פרדיננד, ברקוביצה, פלבן, ניקופול, סומוביט, רוסה, ראזגרד, דובריץ', סיליסטרה, וארנה, שומן, פרובאדיה, בורגס, קרנובט, סליבן, נובה זאגורה, סטארה זאגורה, קאזאנלק, פלובדיב, סטאנימאקה, חאסקובו, קרדז'אלי, אייטוס, צ'ירפאן, סאמוקוב, פאזארדז'יק וימבול.
מלחמת העולם הראשונה ולאחריה.
באוקטובר 1915 נכנסה בולגריה למלחמת העולם הראשונה כשותפה לגוש מעצמות המרכז והייתה שותפתן גם לתבוסה הקשה. יהודי בולגריה התגייסו בהמוניהם לצבא ובפועל שותקו כל חיי הציבור של הקהילה. זמן קצר לאחר כניסת בולגריה למלחמה פלשו כוחותיה לסרביה. מנהיגי הקהילה היהודית בבולגריה הורשו להגיע לשטחים הכבושים ולסייע לבני הקהילות היהודיות. הקולונל היהודי אברהם תג'ר, מונה למפקד חיל המצב בעיר הסרבית הכבושה וראניה. תג'ר סירב להוראת מפקדיו להוציא להורג אזרחים תושבי וראניה, הודח מתפקידו והועמד לדין. הוא זוכה בערכאה עליונה. בהמשך שמע ראש הממשלה אלכסנדר סטמבוליסקי על נסיבות המקרה ומינה את תג'ר לאחד מנציגי צבא בולגריה לוועידת השלום בפריז. עוד מונה כנציג המיעוט היהודי בממלכה הד"ר ישועה כלב ממנהיגי יהדות בולגריה.
במלחמה נהרגו 714 מבני הקהילה היהודית בבולגריה, מתוכם 28 קצינים חלקם בכירים. אחוז הנופלים מבני הקהילה היה גדול מאחוז הנופלים בקרב כלל האוכלוסייה הבולגרית, ורבים מהם היו מעמודי התווך של הקהילה. הקהילה היהודית ככל בני העם הבולגרי יצאה מן המלחמה מוכה וחבולה. תקופת אי השקט שלאחר המלחמה הביאה על היהודים צרות נוספות. אחד מחברי מנגנון הטרור ששילח את המפגעים אשר ביצעו את הפיגוע בכנסיית סווטה נדליה באפריל 1925, בו נהרגו 160 בני אדם, היה חיים מרקו פרידמן בן הקהילה היהודית והעניין הוביל לפרץ אנטישמי שהתמקד בבירה סופיה. בתגובת הנגד של משטרו של אלכסנדר צאנקוב, נרצחו מאות אנשי שמאל, בהם גם יהודים. מבין הנרצחים ניתן לציין את העיתונאי יוסיף הרבסט, אשר "נעלם" במהלך מעצרו וגופתו מעולם לא נמצאה. יוסיף הרבסט היה אחיו של קרל הרבסט.
במרץ 1927 נערכו בבולגריה הפגנות יהודים לאות של סולידריות עם יהדות רומניה בעקבות המהומות האנטישמיות הסטודנטיאליות ברומניה וזיכויו של רוצח היהודי דוד פאליק.
ב-1928, אירעה רעידת אדמה בבולגריה אשר גרמה נזקים כבדים בערים פאזארג'יק, סטארה זאגורה, חאסקובו ופלובדיב. הנזקים היו הן למבני מגורים והן למבני ציבור, כך שגם הפעילות הכלכלית שותקה. היהודים חיו שבועות ארוכים במחנות אוהלים ארעיים מחוץ לעירם וזאת בשל תקופת השיקום הארוכה של נזקי הרעידה. המשבר הכלכלי החריף שפרץ באירופה מתחילת שנות ה-30 לא פסח גם על בולגריה. סוחרים יהודים רבים פשטו את הרגל, בתי ספר ומוסדות ציבור סגרו את שעריהם. דווקא בעת הזו חל פילוג בתנועה הציונית בבולגריה נושא שלא הועיל להתמודדות עם גל הפאשיזם הגואה. משבר זה הוביל לגל הגירה פנימית בתוך בולגריה בעיקר לבירה סופיה שריכזה אליה מחצית מיהדות בולגריה, חלקם פליטים במצב כלכלי קשה במיוחד.
החל מאמצע שנות ה-30, החלה בולגריה להתקרב במדיניותה לגרמניה הנאצית מסיבות כלכליות וכן בשל רצונה להחזיר אליה את השטחים שאיבדה לאחר תבוסת מלחמת העולם הראשונה. ב-1935, הותר רשמית קיומם של ארגונים אנטישמיים בבולגריה ובחודש מאי של אותה שנה הושלכה פצצה לתוך בית הכנסת בעיר קיוסטנדיל. ב-1936 הוקם ארגון אנטישמי בשם ראטניק ומאוחר יותר גם ארגון נוער פאשיסטי בשם בראניק. הופצו ספרים ומאמרי שטנה כנגד הקהילה היהודית, אך הם לא זכו לתהודה רחבה בקרב מרבית שכבות האוכלוסייה.
יהדות בולגריה במלחמת העולם השנייה.
תקופת מלחמת העולם השנייה הייתה מכוננת וגורלית בתולדותיה של יהדות בולגריה ובמהלכה נרדפו בני הקהילה וניצלו מגירוש אל מחנות ההשמדה, שעות ספורות לפני שיצא לפועל. התחיקה האנטי-יהודית אשר פגעה בכל היבטי חייה של יהדות בולגריה, הובילה לחיזוק הזיקה הלאומית ציונית והגברת המוטיבציה לעלייה לישראל. בפרוץ מלחמת העולם השנייה הכריזה בולגריה על נייטרליות ועם זאת המשיכה להדק את קשריה עם גרמניה הנאצית. ב-15 בספטמבר 1939 פורסם צו גירוש ל-4,000 נתינים זרים, רובם ככולם יהודים והוא בוצע בקשיחות רבה על ידי המשטרה הבולגרית. בפברואר 1940 התמנה בוגדאן פילוב, דמות אנטישמית ידועה לראש ממשלת בולגריה והוא מינה את פטר גברובסקי ראש הארגון האנטישמי ראטניק לתפקיד שר הפנים של הממלכה. בינואר 1941, אושר בפרלמנט הבולגרי החוק להגנת האומה אשר דמה במתכונתו לחוקי נירנברג וחודשיים מאוחר יותר הצטרפה בולגריה להסכם התלת-צדדי והפכה לבעלת בריתן של מדינות הציר. כ-9,000 מיהודי בולגריה נשלחו לעבודות כפייה. הוורמאכט נכנס ללא קרב לשטחי בולגריה והשתמש באדמתה כדי לפלוש ליוון ויוגוסלביה. שטחי תראקיה ומקדוניה הווארדארית הועברו לבולגרים כפיקדון והם החילו את האזרחות הבולגרית על תושביהם, להוציא את יהודי החבלים מהם נמנעו האזרחות וזכויותיה הנלוות. במרץ 1943 גירשו הבולגרים למחנות ההשמדה את 11,343 יהודי תראקיה, מקדוניה ופירוט, ובמקביל, נכשל ניסיון גירושם של לפחות 6,365 מיהודי בולגריה הישנה בזכות מאבק עיקש שניהלו ראשי הקהילות תוך שהם נעזרים בקומץ פוליטיקאים וראשי הכנסייה.