קיצור מכילתא וקיצור תורת כהנים, בהם עיבד וקיצר הגר"א את המכילתא ותורת כהנים לפי סדר הפסוקים. נדפס בספר אדרת אליהו - על חלקים מחומש שמות וויקרא. קיצור תורת כהנים נדפס בשנת תקע"ט עם פירוש בשם "ביאור מהרי"ל".
מהדורה חדשה בשם "חומש הגר"א" הכוללת את הספר אדרת אליהו וליקוטים מתורת הגר"א, יצאה לאור בשנים האחרונות על חמשת חומשי התורה.
אדרת אליהו על נביאים וכתובים.
פירוש לחלקים מהנ"ך. בחלק מהמהדורות של מקראות גדולות מודפס בצמוד לפירוש רש"י ורד"ק. הספר כולל פירושים לספר יהושע, לתפילת חנה (שמואל א' ב'), לבנין הבית בספר מלכים, לחלקים מספרי ישעיהו ויחזקאל ועוד.
פירוש על מזמור ק"ד בתהלים על דרך הסוד.
פירוש על תהילים ק"ד נדפס בסוף ספר ברית יצחק לרבי יצחק אייזיק חבר עם ביאור באר יצחק.
פירוש על ספר משלי.
פירוש על ספר משלי חובר על ידי תלמידו של הגר"א רבי מנחם מנדל משקלוב, על פי שעורים ששמע מפיו. נחשב בין ספרי המוסר בעולם הישיבות. יצא לאור במהדורה מתוקנת על פי כתבי יד על ידי הרב משה פיליפ.
פירוש על ספר יונה.
פירוש על ספר יונה על דרך רמז ומשל לגוף ונשמה. בדרך זו פירש הגר"א גם את מגילת אסתר, מלבד פירושו על דרך הפשט, וכן חלק ממגילת איכה.
פירוש על שיר השירים.
פירוש מקיף על מגילת שיר השירים בדרך משל על הקב"ה ועם ישראל.
מהדורה חדשה יצאה לאור על ידי מכון הגר"א, וכן חלק א' על ידי מוסד הרב קוק עם הערות מראש ישיבת חברון הרב דוד כהן. כמו כן יצאה מהדורה מבוארת ומורחבת בארבעה כרכים על ידי הרב שלמה ברעוודה.
פירוש על מגילת אסתר.
הגר"א פירש את מגילת אסתר בשלשה פירושים אחד ארוך על דרך הפשט, השני על דרך הרמז, והשלישי על דרך הסוד. מהדורה חדשה של הפירושים יצאה לאור יחד עם פירוש "יוסף לקח", ומהדורה נוספת על ידי מוסד הרב קוק.
פירוש על מגילת רות.
פירוש מיוחס להגר"א על מגילת רות, אולם יצאו עוררין על יחוס הפירוש להגר"א, וכנראה משולבים בו גם פירושים מרבי חיים מוולוז'ין ובנו רבי יצחק מוולוז'ין. ליקוט מפירושי הגר"א ותלמידיו על מגילת רות כולל הפירוש המיוחס לו, יצא לאור על ידי מכון הגר"א.
פירוש על המשנה.
חידושי הגר"א על המשניות - נעתק מכתב ידו של הגר"א. החיבור יצא לאור על ידי הרב אבא קליינרמן, ובשנת תשנ"ט על ידי הרב דוד סופר עם הוספות. כחלק מסדרת "אור אליהו" הוציא לאור הרב אוריאל שלמוני פירוש על ביאורי הגר"א למשנה: כרך ראשון על סדרים זרעים, מועד, נשים, נזיקין, קדשים (תשס"א; מהדורה חדשה על מסכת שקלים נדפסה בשנת ה'תשפ"א, לצד הגהותיו על התלמוד הירושלמי של מסכת זו). כעבור כעשור נדפס הכרך במהדורה חדשה ומורחבת בהוצאת מכון הר ברכה, בה נוסף חלק מן הביאור על סדר טהרות (תשע"ב). כרך שני נדפס על מסכתות פרה ומקוואות (תשס"ז).
סדר זרעים.
שנות אליהו על סדר זרעים, נכתב על ידי תלמידיו. לחלק מהמסכתות יש שתי מהדורות.
מסכת שבת.
שנות אליהו על מסכת שבת נדפס לראשונה על ידי רבי נפתלי הערץ הלוי בתוך סידור הגר"א שהוציא לאור.
מסכת אבות.
פירוש הגר"א לפרקי אבות כולל מקורות מהתורה לדברי המשנה.
סדר קדשים.
ביאור הגר"א על מסכתות תמיד, מידות וקינים.
סדר טהרות.
ביאור הגר"א ו אליהו רבא על סדר טהרות. פירושים אלו נכתבו על ידי תלמידים. יש המייחסים את כתיבת החיבור לרבי יעקב כהנא.
כמו כן יצאו ספרי ליקוטים לביאור הגר"א על סדר הש"ס כשהבולט שבהם הוא הספר שדה אליהו מהרב שמואל דוד מובשביץ.
תלמוד בבלי.
הגהות הגר"א על התלמוד הבבלי.
הגהות הגר"א על התלמוד הבבלי שנדפסו בכל מהדורות הש"ס, בהן תיקוני נוסח וביאורי שיטות הראשונים. ההגהות נדפסו מחדש בסדרת "אור אליהו" בעריכת הרב אוריאל שלמוני, בתוספת פירוש, הערות ותיקונים. כרך ראשון - תחת השם "יד אליהו" - על מסכת ערכין (תשנ"ח). כרך שני - על מסכת בבא מציעא (תשע"ו). כרך שלישי - על מסכתות ראש השנה, ביצה, תענית, מגילה, מועד קטן וחגיגה (תשע"ז). כרך רביעי - על מסכתות ברכות, שבת, עירובין, פסחים, יומא וסוכה (תשע"ט). כרך חמישי - סדרי נשים (מלבד מסכת סוטה), נזיקין, קודשים (מלבד מנחות, חולין, מעילה ותמיד) וטהרות (תשפ"א). הפירוש על מסכת ערכין נדפס בשנית בכרך זה. החל מכרך השני יוצאת הסדרה לאור במכון הר ברכה.
אמרי נועם.
פירוש על מסכת ברכות וחלקים נוספים מהתלמוד הבבלי.
ביאורי אגדות.
ביאורי אגדות למסכת ברכות ובבא קמא ועוד.
יד אליהו.
ביאור הגר"א על גמ' מסכת ערכין. נדפס בש"ס וילנא (בחלק מהמהדורות בסוף מסכת נדה ובמהדורות היותר מאוחרות אחרי המסכת). בשנת תשנ"ח יצא לאור במהדורה חדשה עם פירוש אור אליהו על ידי הרב אוריאל שלמוני.
תלמוד ירושלמי.
פירוש על סדר זרעים.
הגר"א כתב ביאור מקיף לסדר זרעים בתלמוד הירושלמי, ובו פירושים מקוריים המתאימים לפשט התלמוד, ומבוסס גם על הגהות ותיקונים בטקסט.
הגהות.
הגר"א כתב הגהות על מסכתות ברכות, שביעית (בהוצאת רבי דוד לוריא) ושקלים. מהדורה חדשה, מוערת מוגהת ומפורשת על הגהותיו על מסכת שקלים מאת הרב אוריאל שלמוני, יצאה לאור בשנת ה'תשפ"א במסגרת סדרת "אור אליהו" של מכון הר ברכה.
בנוסף, בשנת ה'תשס"ז יצאו לאור לראשונה הגהותיו על מסכת ביכורים, בידי הרב ידידיה הלוי פרנקל וצוות תלמידי חכמים, מתוך טופס הירושלמי המקורי, דפוס אמשטרדם, שנחשף בידי הרב פרנקל, עליו רשם הגאון את הערותיו. הספר כולל, בין השאר, פקסימילים צבעוניים של המקור, מבוא והערות מאת המו"ל.
ספרי הלכה.
הביאור על השו"ע.
מטרתו.
הגר"א כתב ביאור על כל ארבעת חלקי השולחן ערוך. באופן כללי, תפקיד הפירוש הוא למצוא את מקורות הדינים של השולחן ערוך, אולם בניגוד לבאר הגולה (שקדם לו) המציין לדברי הפוסקים הראשונים מהם שאב השולחן ערוך את דבריו, הגר"א בביאורו מציין להסבר סוגיית התלמוד לפירושים אלו, או למקורות נוספים (גמרא במקום אחר, תוספתא, תלמוד ירושלמי וכדומה). פעמים רבות רומז הגר"א לפרשנות חדשה בסוגיית הגמרא, לדעות אלו. הראי"ה קוק בהרצאת הרב הגדיר את פעולתו של הגר"א בחיבור זה - כפעולה לחיבור הלימוד התלמודי עם זה ההלכתי, בניגוד להיפרדות שחלה ביניהם במרוצת הדורות.
סגנונו והפירושים עליו.
הביאור מתאפיין בקצרנות רבה ולפעמים הוא רק מציין מראה מקום. משום כך קשה לעיתים לפענח את כוונתו. ומפני כן נכתבו עליו פירושים רבים. בין הפירושים שנכתבו על ביאור הגר"א לשו"ע קיימים דמשק אליעזר על כל אורח חיים, מאת הרב אליעזר לנדא (וילנה תרכ"ח), באר אליהו על תחילת חושן משפט (שני כרכים) מאת הרב קוק, ברכת אליהו על אבן העזר, אורח חיים, וחלק מחושן משפט, מאת הרב ברוך רקובר, וכן עדות ביהוסף על הלכות עדות ונחפה בכסף על הלכות אבדה ומציאה, שניהם מאת הרב יונה פודור, ועוד.
על בעיה זו בלימוד ביאור הגר"א והצורך בפתרונה, עמד בהרחבה הראי"ה קוק בהרצאת הרב וקרא לעשות כן:
חיבורו של הראי"ה קוק עצמו - באר אליהו, כרוך הוא עם קריאתו זו. וכן גם החיבור "ברכת אליהו" שבא בעקבותיו והמשיך את מפעלו.
כמו כן יצא לאור ספר פסקי הגר"א להוציא את ההוראות למעשה מתוך ביאור הגר"א.
מעשה רב.
חיבור שנכתב בידי רבי סעדיה תלמיד הגר"א, ונערך על ידי רבי יששכר בר בן תנחום, מגדולי המו"צים בווילנה, ובו הוא מספר את מנהגיו ההלכתיים של הגר"א בפועל. ספר זה נחשב, לצד הביאור על השולחן ערוך, כעדות האותנטית ביותר על דעתו ההלכתית של הגר"א, ופסקיו מצוטטים במשנה ברורה כדעת הגר"א הלכה למעשה. תלמידו המובהק של הגר"א ר' חיים מוולוז'ין מעיד בהסכמה לספר כי הרבה מן הנאמר בו הוא לא ראה, אולם מה שראה הוא מכוון (לבד שני דברים אשר ייתכן כי הגר"א שינה את דעתו).
השמטות מספר מעשה רב.
נדפסו בסוף ספר זכר לחיים וכן בסוף ספר צוואת יחזקאל (לא אותם השמטות) השמטות מספר מעשה רב, מקורם הראשון ככל הנראה הוא מכ"י הנהגות וחידושים.
ליקוטים על הרמב"ם.
ליקוט על משנה תורה לרמב"ם על הלכות שבת, נזקי ממון, גנבה ועוד, נדפס בסוף ספר הפרנס למהר"ם מרוטנבורג.
ספרי קבלה.
פירוש לספרא דצניעותא.
ספרא דצניעותא הוא חיבור קטן הכלול בתוך ספר הזוהר, והזוהר נוהג להסתמך עליו במספר מקומות. ביאור הגר"א לספרא דצניעותא הוא פירוש ארוך וייחודי, שנחשב לאחת מאבני היסוד של שיטת הגר"א בקבלה, לצד הפירוש לתיקוני הזוהר. בתוך פירוש הספרא דצניעותא דן הגר"א במקום אחד בגילוי הקץ ומשביע את מי שיודע את הסוד שלא יגלהו. לספר נספח הקדמה מתלמיד הגר"א רבי חיים מוולוז'ין, ומרביתה עוסקת בסיפור שבחי הגר"א וגדלותו העצומה.
פירוש לספר יצירה.
ספר יצירה - עם פירוש הגר"א
הגאון ר' חיים מולאוזין מספר בהקדמה, שכבר קודם לי"ג שנה הגר"א ידע את ספר היצירה והתחיל לברוא גולם, עיי"ש מדוע לא עשה בסוף.
פירוש תיקוני זוהר.
ביאור ארוך על ספר "תיקוני הזוהר" ועל "תיקוני זוהר חדש".
יהל אור.
פירוש על ספר הזוהר
ליקוטי הגר"א.
חיבור בנושאים כלליים בקבלה, יש הסוברים כי חיבור זה הוא חלק מפירוש הגר"א לספר משנת חסידים.
ביאור על היכלות.
פירוש על ההיכלות שבספר הזוהר מפרשת בראשית ופקודי.
הדרת קודש.
על מדרש הנעלם למגילת רות.
ספר קול התור.
צאצאי רבי הלל ריבלין משקלוב, טוענים שסבם חיבר ספר זה על פי תורת רבו הגר"א בנושא תהליכי הגאולה על פי הקבלה. פרסומו הראשון של הספר היה בשנות העשרים של המאה ה-20, אף על פי שרעיונות רבים בספר מופיעים כבר בפזמוניו של רבי יושעה ריבלין.