לקראת סיום המנדט ובמהלך המלחמה הופעלו 30 אוניות לצורך השטת הרכש הצבאי. חלקן בבעלות מלאה של מערכת הרכש והשאר בחכירה או בנשיאת מטען כאוניית סוחר רגילה. הראשונה שבהן, אונית הרכש 'נורה', הגיעה ב-1 באפריל 1948 אוניות אלה ביצעו במהלך מלחמת העצמאות למעלה מחמישים הפלגות, שבהן הובאו לישראל כ-35,000 טון אמצעי לחימה: נשק קל ותחמושת, תותחים, טנקים ומטוסים.
הניסיון, התשתית והקשרים שנצברו על ידי המוסד לעלייה ב' סייעו לארגון התובלה הימית של הרכש. לצדם של רבי החובלים הזרים של האוניות, שהסתכנו בהפרת האמברגו, הוצבו ימאים וגדעונים יוצאי הפלי"ם וותיקי מפעל ההעפלה. הם הפליגו כנציגי בעלי המטען ועיקר תפקידם היה לוודא שרבי החובלים יפעלו בהתאם להנחיות מערכת הרכש. חלק מאנשי הפלי"ם הוצבו גם לליווי הרכש במטוסים.
אוניות חיל הים הופעלו להגנת הרכש ואוניות השייטת הגדולה הפליגו במגמה להמצא בנתיב אוניות הרכש וכן כאמצעי הצלה למקרה של צורך בנטישת המטוסים הנרכשים במעבר מעל הים. פעילות זו קיבלה את השם מבצע ולווטה. בכל מהלך המלחמה לא הייתה הפרעה משמעותית לאוניות הרכש הביטחוני בדרכן לישראל.
אוניית הנשק נורה.
האנייה "נורה" נרכשה בוונציה, בשמו של ראש הקהילה היהודית באיטליה רפאל קנטוני, על ידי איש העסקים אפרים אילין. הועמסה בנשק צ'כי בכמות רבה בנמל שיבניק ביוגוסלביה. טעינת האניה התעכבה מסיבות התארגנות באירופה. הפליגה תחת פיקודו של בנימין ("בן") ירושלמי. נקלעה בדרכה לסערה ועגנה בין משחתות בריטיות במפרץ לרנקה בקפריסין. שמרה כל הדרך על דממת אלחוט וכך הצליחה לפרוץ את הסגר הימי הבריטי והגיעה לנמל תל אביב ב-1 באפריל 1948.
המטען שכלל 4,500 רובים, 200 מקלעים ו-5 מיליון כדורים נפרק למרות ביקורת של הבריטים והנשק הועבר מיד לגזרות הלחימה. היה זה המשלוח הימי הראשון בעקבות הנשק שהביאה, זכה לראשונה כל חייל בחטיבות הלוחמות בנשק אישי ולא כפי שהיה נהוג קודם – לשייך את כלי הנשק לעמדה בה היה מצוי.
באמצעות הנשק שהגיע הצליחו כוחות "ההגנה" להתגבר על "משבר מרץ 1948" ולעבור למתקפה – פריצת המצור על ירושלים במבצע נחשון והניצחון בקרב משמר העמק. "נורה" הוחזרה לאיטליה למשימות המוסד ויחידת החבלה ומאוחר יותר נמכרה לרב חובל מריו קנדה בשליש ממחיר השוק כהערכה על פעילותו המסורה למען המוסד לעלייה ב'.
אוניית הנשק רקס.
יהודה ארזי, שריכז את העפלה וגם את קניות הרכש באירופה, הקדים ורכש שתי אוניות כדי שיהיו בכוננות להעברת נשק בעת שימצא. רקס – האונייה האיטלקית RESSURECTIO הוטענה במרסיי ב-25 תותחי נ"מ 20 מ"מ ותחמושת שנרכשו בשווייץ מסוחר נשק עבור ניקרגואה. משם עברה לסיציליה, והעמיסה מטען כיסוי שכלל פקעות בצל, תפוחי אדמה וארטישוק. נציג הבעלים בהפלגה היה אריה קפלן. צוות ההשטה כלל ימאים מקצועיים בני משפחה סיציליאנית, והאנייה הגיעה בערב פסח תש"ח, 23 אפריל 1948, לנמל תל אביב. עובדי הנמל בילו את ליל הסדר בפריקת מטען החימוש. אותה אניה בשמותיה השונים 'ריסורקצ'יו', 'ג'יגיולה' או 'דניאלה', ביצעה עוד 9 הפלגות רכש במהלך המלחמה.
אוניית הנשק ארז / בהירה.
ארז/בהירה הייתה אונייה איטלקית בשם סנטה צ'יארה, אשר העמיסה נשק בנמל מרסיי. העובדים הערבים בנמל חשפו את זהותה. לכן, לאחר הפלגתה מנמל נאפולי שונה שמה לבוריאה; היא נצבעה בצבע שונה והוקם מבנה בירכתיים של האונייה כדי לשנות את הצדודית שלה. האונייה המשיכה להעביר נשק ותחמושת מצרפת. הגיעה ב-13 במאי, ועגנה בתל אביב. אנשי המשחתת פליקן , שהופקדו על שמירה החופים, חשדו ב"בוריאה" ודרשו מאנשיה לעבור לנמל חיפה. רב החובל דה מרינו נהג בתבונה, והתנגד ככל יכולתו, ההתנגדות כללה את כיבוי המנועים של האונייה. כאשר האונייה נכנסה לעגינה בקרבת תל אביב, ופרקה את הנשק והתחמושת, נערכה הפצצה על העיר על ידי מטוסים מצריים. בהתקפה הראשונה נהרגו מספר פועלי נמל. למרות זאת אחרי טבילת האש הראשונה חזרו עובדי הנמל לפריקת האנייה, תוך כדי התקפות המטוסים. לבסוף האונייה נתפסה על ידי הבריטים, נגררה לחיפה, ונערך בה חיפוש. אבל הנשק שהיה מוסתר מתחת לערמות של פקעות בצל, לא התגלה והיא שוחררה. הגעת משלוחי הנשק ב"בוריאה", הוזכרה על ידי דוד בן-גוריון בעת הדיונים שלפני חתימת מגילת העצמאות, ב-14 במאי 1948 והקמת מדינת ישראל.
בהפלגתה השנייה הגיעה ארז / בוריאה לחופי מדינת ישראל ב-15 ביוני 1948, ועל סיפונה 10 טנקים מסוג רנו. למנופי האונייה לא היה די כושר לפרוק אותם מהאונייה, ולפריקת הטנקים הופעלה אוניית סוחר 'מרי ג'ו' שנשאה את דגל פנמה, שהתקרבה למקום עגינת האונייה מנמל חיפה. הטנקים נפרקו אל דוברות, והובאו לנמל תל אביב. מבצע הפריקה נערך בתקופת הפוגה תוך התחמקות מביקורת מפקחי האו"ם. האניה בשמותיה השונים: "ארז", "בוריאה", "בהירה", "סנטה צ'יארה" הביאה נשק שש פעמים במהלך מלחמת העצמאות.
אוניות נוספות.
האנייה Bunty בדגל פנמה העמיסה בגלבסטון, טקסס, 36 טנקים M5 היא נעצרה והטנקים הוחרמו.
האונייה בכינוי דרומית החלה בשם המקורי והעבירה דלק מטוסים וציוד ממקסיקו, אחר כך הותאמה להעברת עולים – לארנגה, פינזון וקפלוס. במאי 1953 פסקו מסעות העולים והיא הועברה לחברת צים ובשנת 1955 היא נמכרה לחברת "סחר וספנות" וקיבלה שם חמישי דבורה.
רשימת משלוחי הרכש.
הרכש הצבאי בתקופת מלחמת העצמאות
סיוע מדינות באירופה להעפלה ולרכש.
ההבנות בצרפת.
הממשל הצרפתי בתקופה שלאחר המלחמה היו אנשי מחתרת רבים. הזוועות שחוללו הנאצים ליהודים ובצרפת פעם רצון לסייע לקורבנות.. תנועת ההגירה הגדולה מהמזרח שהגיעה לצרפת הכבידה להיחלץ מהמשבר התעסוקתי. לצרפתים לא היה אמון בבריטים ולא שעו לתביעות לעצור את יציאת המעפילים. בנוסף לחוסר האמון הבסיסי היה לדה גול חשבון אישי עם הבריטים אשר זלזלו בכוחות צרפת החופשית ובו אישית, בעת מלחמת העולם השנייה. החל ממרץ 1946 יצאה מצרפת אוניית המעפילים הראשונה תל חי ועד אפריל 1948 יציאת אוניית המעפילים האחרונה – נחשון.
לעומת שר הפנים אדוארד דה פרה –סוציאליסט ולא יהודי - שהיה האדריכל העיקרי של נחישות ממשלת צרפת. פעל רבות למען היהודים. היו גם מדינאים כמו שר החוץ ז'ורז' בידו שסברו שיש להתחשב בערבים ולא לסייע להעפלה ולרכש של ישראל. בידו אף הבטיח לשר החוץ הבריטי ארנסט בוין למנוע הגירה בלתי חוקית של יהודים לפלשתינה, אך הרוב בממשלת צרפת היה אז פרו ישראלי. ראש השירותים החשאיים ויבו היה בארץ ישראל בעת מלחמת העולם והתרשם עמוקות מהפרחת השממה והרוח החלוצית שנשבה ביישוב באותה עת.
משבר אקסודוס שהתחולל בנמל צרפתי השפיע על דעת הקהל בעולם. ממשלת צרפת, למרות לחץ כבד מצד הממשלה הבריטית, סירבה ללחוץ על נוסעי האוניה אקסודוס לרדת ולהישאר על אדמת צרפת. לבקשת הבריטים שצרפת תקלוט את היהודים אחרי שיורדו מהאוניות בגרמניה השיב שר הפנים הצרפתי כי אך הפרסום פגע ביכולת העבודה השקטה.
שלטונות צרפת ראו אינטרס בסיסי לפנות כמה שיותר מהר את העקורים והפליטים ולא פעלו כנגד העפלה בשום צורה. משטרת הגבולות העלימה עין מזיופי אשרות וכדומה. כאשר פעילות הביון הבריטי בצרפת נהייתה מקיפה פעל שירות הביון הנגדי הצרפתי לסלק את מנהל הרשת הבריטית מצרפת. פורסמה הודעה ש
מרכז השליטה של המוסד לעלייה ב' היה בפריז. ונמל היציאה היה מרסיי ונמלים אחרים. לאחר הכרזת העצמאות שימשה מרסיי כנמל מועדף להובלת עולים. כחברה ראשית באו"ם נאלצה צרפת למלא אחר הוראות האמברגו. משלוחי נשק שיצאו מנמלי דרום צרפת הופסקו. לצרפתים לא הייתה בעיה עם מעבר רכש ישראלי לעבר איטליה ומשם יצאו לישראל.
התמיכה ביוגוסלביה.
השלטון של יוסיפ ברוז טיטו ביוגוסלביה היה פתוח להעברת יהודים מארצות אחרות וגם ליציאת יהודים מארצם. ניצול נמלי יוגוסלביה לפינוי מעפילים והעברת נשק היה מקובל על השלטון היוגוסלבי. לטיטו היה טינה נגד הבריטים אשר במהלך המלחמה לא הכירו בו כמפקד הראשי של צבא הפרטיזנים ונהלו מגעים עם דראגו מיכאלוביץ והצ'טניקים אשר שיתפו פעולה עם הגרמנים.
פעילות העלייה הבלתי לגלית נראו כאחד מגילויי המאבק נגד האימפריאליסטים. הפרטיזנים לשעבר חשו קרבה עם עם הנאבק באויב העלוה לעין שיעור בעצמתו. חבורת אנשי המוסד לעלייה ב' ביוגוסלביה טיפחה ויצרה קשרים אישיים טובים. היוגוסלבים יעדו את נמל באקאר לפעילות העלייה ולאחר הקמת המדינה את נמל שיבניק לפעילות הרכש.
היחס האוהד באיטליה.
הסיוע שניתן במעשה, בעזרה ובמחדל מכוון על ידי גורמי ממשל ואנשי העם באיטליה היה חיוני להצלחת ישראל בזירה הימית. למצבה של איטליה באותה תקופה הייתה השפעה מכרעת על פעילות ההעפלה והעברת הרכש הצבאי לישראל. מיקומה של איטליה במרכז הים התיכון וחופיה הארוכים עושים אותה מדינת מפתח בשליטה על המתרחש בים התיכון. היהודים באיטליה דיברו איטלקית והיו מעורים בחברה. בעם האיטלקי לא הייתה עוינות בסיסית מוקדמת נגד היהודים. השיתוף עם הגרמנים במלחמת העולם השנייה הוכח כטעות. הפעילות המפלה שננקטה כנגד היהודים נראתה למרבית האיטלקים כמבישה.
הבריטים גרמו לאיטלקים אבדות רבות. מתקני התשתית ובנייני המגורים ההרוסים היוו הוכחה מתמדת. אנשי הממשל המשטרה הצבא והצי זכרו את הלחימה בבריטים ולא נטו לסייע להם. לאיטליה לא היו אינטרסים במזרח התיכון ולא הייתה מחויבות למדינות ערב. איטליה לא הייתה חברה באו"ם ולא ראתה עצמה מחויבת לאמברגו שהוטל. לאחר שמלחמת העולם השנייה הסתיימה הייתה איטליה מוצפת בפליטים ועקורים וראתה אינטרס ביציאתם לארצות אחרות כחלק מאמצי שיקום הכלכלה. פעילות ההעפלה לארץ ישראל עלתה בקנה אחד עם שאיפתם זו.