בשנת 1851 הצטרף רד"צ לבית מדרש לרבנים שהקים הרב עזריאל הילדסהיימר שהגיע מגרמניה לכהן כרבה של אייזנשטט. בית המדרש, אשר שילב לימודי תורה ומדעים, עורר את זעם הקנאים ההונגרים ויצר פילוגים ומאבקים קשים בין הנאולוגים מחד והאורתודוקסים מאידך. הילדסהיימר עזב עם בית מדרשו לגרמניה מחשש ממלחמת הקנאים נגדו, ועוד יותר חשש פן ייאלץ להילחם נגד אחיו האורתודוקסים. כאשר עזב הרב הילדסהיימר את אייזנשטט, עזב גם רד"צ תלמידו את העיר, והצטרף לישיבת פרשבורג, שהייתה הישיבה המרכזית בהונגריה. בראשה עמד אז הכתב סופר, בנו של החת"ם סופר מקים הישיבה.
לאחר לימודיו בפרשבורג, המשיך רד"צ את לימודיו באוניברסיטת וינה ולאחר מכן באוניברסיטת פרידריך וילהלם בברלין, שם למד פילוסופיה, היסטוריה, ולשונות המזרח. ב-1871 קיבל תואר דוקטור מאוניברסיטת טיבינגן, על החיבור "מר שמואל ראש הישיבה בבבל". הוא קיבל משרת מורה במכינה של בית המדרש למורים בהוכברג (הסמוכה לווירצבורג). שם התיידד עם הרב יצחק דב במברגר, מרבותיהם של האורתודוקסים בגרמניה. הרב במברגר היה מהמתנגדים לרש"ר הירש בפולמוס הפרדת הקהילות, פולמוס שהסעיר את יהודי גרמניה של אותה תקופה, לאור עלייתם של הרפורמים כזרם מרכזי ביהדות שם.
בתשרי ה'תרל"ג (1872) התחתן רד"צ עם צרלינה בתו של הרב יונה רוזנבוים, בנו של מנדל רוזנבאום. הוא קיבל הזמנה מרש"ר הירש להיות מורה בבית הספר שייסד אז בפרנקפורט. היה זה בית הספר המודרני הראשון לחרדים, שבו למדו תורה ומדעים, כשיטתו של רש"ר, שעשה רבות כדי לבלום את הסחף של יהדות גרמניה לכיוון הרפורמה. סברתו של רש"ר הייתה שדווקא באמצעות לימודי המדעים המודרניים, ניתן יהיה לתעל את ההשכלה לכיוון אורתודוקסי. בניגוד לרב במברגר, רש"ר תמך בהפרדת הקהילות כמלחמה נגד התגברות הסחף לאי-שמירת מצוות. הופמן שימש כמה שנים כמורה בבית ספרו של הירש, והתיידד גם עמו.
כך התקרב הרב הופמן בתוך זמן קצר לשלושת המנהיגים המרכזיים של יהדות גרמניה: הרב עזריאל הילדסהיימר, הרב יצחק דב במברגר והרש"ר הירש. שלושת אלה היו בעלי תפיסות שונות איש מרעהו באשר לשאלות הנהגת האורתודוקסיה הגרמנית בימים הטרופים שעברה אז; בעוד הרב במברגר נטה לשמור על איחוד הקהילות ושאף לשימור התמימות היהודית בתוך הזרמים החדשים, נטה הרב הירש להילחם בכל עוז ברפורמים ובפוזיטיבים-היסטוריים, ולבנות שיטה של יהדות רציונלית ומחושבת. הרב הילדסהיימר, לעומתם, ראה בראש ובראשונה את מטרתו להעמקה מדעית של היהדות והעמדת התורה לבל תישכח מישראל. הרב הופמן היה מקורב לשלושתם והושפע משלוש הגישות, אך בעיקר דבק בשיטתו של מורו משכבר, עזריאל הילדסהיימר.
כשייסד הרב הילדסהיימר את בית המדרש לרבנים בברלין ב-1873, הצטרף רד"צ לצוות המורים שם, ולימד תלמוד ופוסקים. לאחר פטירת הרב הילדסהיימר ב-1899, התמנה הרב הופמן לראשות המוסד, ושימש בה עד יום מותו. בשנת 1918 קיבל הרב הופמן תואר פרופסור מטעם המלכות והאוניברסיטה. עד זקנתו המשיך רד"צ להורות תלמוד ומקרא, ופירושיו על התורה מהווים למעשה תוצאה של הרצאותיו. רד"צ לימד גם מחוץ לבית המדרש, והעביר שיעורי תלמוד לבעלי בתים.
רד"צ הופמן נפטר בי"ט בחשוון ה'תרפ"ב (20 בנובמבר 1921).
אישיותו.
אלו שהכירו את רד"צ, ידעו להצביע על תכונת הענווה והפשטות כתכונה המאפיינת אותו. ראוי להביא את דבריו של רא"ם ליפשיץ על אודותיו:
כן תיארו גם תלמידו, יוסף וולגמוטה:
עוד תיארוהו כאדם ההולך בשביל הזהב, לא מחמיר מדי, אך מדקדק ביותר בעיקר הדין, גם בשעת זקנתו כאשר דקדוקים קטנים תבעו ממנו מאמץ רב. מאפיין בולט נוסף הוא המיזוג של יראת שמים עם מחקר מדעי מעמיק ובלתי-פשרני, בהרמוניה שאינה שכיחה בדרך כלל; תכונה זו ניכרת לעין כל מעיין בכתביו השונים.
רד"צ היה נעים הליכות, בעל קול ערב וסגנון רהוט, אשר בו השתמש בטוב טעם גם בדרשותיו וגם בעלותו לדוכן לשמש כחזן בבית הכנסת. רא"ם ליפשיץ העיר על הבדל ניכר בין סגנון התבטאותו בגרמנית (שבה כתב את רוב כתביו) לבין צורת כתיבתו העברית (שבה כתב בעיקר את כתביו ההלכתיים). בעוד שסגנונו בגרמנית הוא בהיר ופשוט, סגנונו של איש מדע, הרי שסגנונו העברי הוא רבני, אינו מטובל במליצה אך "כבד תנועה; אין כנראה בכוחו לבטא רעיונות מודרניים", כאשר ההתפתחות הרבה של תחיית הלשון העברית לא הגיעה עדיו.
רד"צ היה בקי גדול, הן בתורה והן במדע. ושלט ביותר בכל תורת חז"ל, בעיקר בזו ההלכתית, כמו כן היה בעל חוש אבחנה חדה, ולצד זה היה בעל ידע כללי נרחב, כך היה בקי בלשונות הקלאסיות על בוריין, ועסק רבות בלשונות השמיות. בקיאותו הרבה לצד חוש ביקורת המפותח שלו, הועילו לו רבות במחקריו במקרא ובספרות חז"ל.
לוחם באנטישמיות.
נעים הליכות ככל שהיה, כאשר נגע הדבר להגנת עמו מפני התקפות אנטישמיות, גייס רד"צ את כל משאביו, הנפשיים והשכליים, ויצא חוצץ; לדברי תלמידו יוסף וולגמוטה, תכונה זו הושפעה מרבו,
הרב הילדסהיימר. תמיד היה נכון רד"צ לעמוד הכן בכל התקפה אנטישמית אשר צצה – והיו רבות כאלה.
מספר מאמרי הגנה רב פרסם רד"צ ב"יודישע פרעסע", שהיה אז מרכז ההגנה היהודי מפני ההתקפות האנטישמיות. כאשר פרסם מומר בשם יוסטוס ואקר ליקוט של הלכות מזויפות מתוך השולחן ערוך כדי להוכיח את גזענות של היהדות, נלחם נגדו רד"צ בעוז, כאשר כתוצאה ממלחמה זו נכתב ספרו "השולחן ערוך והרבנים על יחס היהודים אל בעלי דתות אחרות".
פעמים רבות נתבקש רד"צ לחוות דעה בפולמוסים שונים נגד היהדות, גם בבתי המשפט, והקדיש לכך את מלוא כוחותיו. כאשר נתבקש על ידי בית המשפט הגרמני, בהיותו כבר בן שבעים, לחוות דעת באחד המשפטים דאז, השקיע את ימיו ואת לילותיו בחיבור חוות דעת מקיפה ומדעית, שהייתה חיבור כשלעצמו, אשר קטעים ממנו התפרסמו לאחר מכן ב"ישורון" בברלין.
לתכונה זו קשורה בטבורה גם החלטתו לצאת נגד ביקורת המקרא, שאותה הוביל אז יוליוס ולהאוזן, אשר הוּנעה אז לא מעט גם ממניעים אנטישמיים . חיבורו "ראיות מכריעות נגד ולהויזן", שהתפרסם (כמו רוב כתביו) בגרמנית, היווה את "יריית הפתיחה" המשמעותית במאבק זה, כאשר לאחריו באו חיבוריו על התורה, הכוללים בתוכם דברי פולמוס רבים נגד מבקרי המקרא דאז.
דרכו בפרשנות המקרא.
עבודתו הידועה ביותר של רד"צ, וזו שעמה הוא מזוהה יותר מכול, היא סדרת פירושיו לתורה. פירושים אלו מבוססים על הרצאות שהעביר בבית המדרש לרבנים, ואשר לאחר מכן הוציא לאחר עשרות שנים, תוך עדכון החומר הרלוונטי לאור התקדמות המחקר. כתוצאה מצורת כתיבה "דיעבדית" זו, הפירושים אינם רצף על כל חומשי התורה; בראשונה יצא פירושו לספר ויקרא, ולאחר מכן פירושיו לספר דברים (אשר לא הושלם), ופירוש חלקי לספר בראשית. בשנת ה'תש"ע יצא גם פירושו החלקי לספר שמות.
הרקע לפירוש.
רד"צ לא כתב את פירושיו בחלל ריק. המניע להעברת ההרצאות, ולאחר מכן להעלאתן על מכבש הדפוס, הוא חד וברור: עלייתה ופריחתה של ביקורת המקרא הגרמנית, מבית היוצר של יוליוס ולהאוזן. טענותיו של ולהאוזן ושל חבריו על כך שהתורה חוברה מכמה תעודות בנות זמנים שונים, שספר ויקרא הוא בן תקופת בית שני, שספר דברים הוא פסאודואפיגרפיה מתקופת יאשיהו – טענה שאותה העלה לראשונה דה וטה – ועוד, עוררו גלי סערה ומבוכה בקרב היהודים המאמינים בקדושת התורה, באחדותה ובמהימנותה. בעיה אחרת הייתה ערעור מסורתם ההלכתית של חז"ל בפרשנות הכתובים בתורה שבעל פה, על ידי פירוש הכתובים ההלכתיים בצורה הנוגדת למסורת זו. ערעור זה בא גם מקרב הזרמים הלא-אורתודוקסיים ומהאקדמיה והתבטא מעשית בנטישת קיום ההלכה על ידי רבים. לצד אלו באו מתקפות אנטישמיות (או אנטי-רבניות) ישירות על חוסר ההיגיון נגדה.
קשה לתאר את המבוכה ששררה בקרב יהודי אירופה האורתודוקסים, ובפרט יהודי גרמניה שעמדו במרכז הסערה, לאור התפתחויות אלו. יהודי גרמניה היו אמונים בדרך כלל על הערכת המדע והמודרנה, ולא יכלו ולא רצו לנקוט דרך של הסתגרות והתעלמות, כדרך שנהגו רבים מיהודי מזרח אירופה; נדרשה תגובה ותשובה.
וזו אכן באה. סדרה של פירושים למקרא, ובפרט לתורה, צצו והופיעו. פירושים אלו התמודדו לרוב עם הבעיה בעקיפין: לא תקיפת טענות השיטה והבאת טענות-שכנגד, אלא פירוש רציף והגיוני של המקרא, המעמיד אלטרנטיבה סבירה לדעות החדשות. בין אלה ניתן למנות את פירושו ותרגומו של רש"ר הירש לתורה – פירוש שנכתב מנקודת מבט חינוכית, ואשר מנסה למצות את ההיגיון העומד מאחורי המצוות והיופי שבעקרונותיה המוסריים של התורה; את סדרת פירושיו של מלבי"ם לתנ"ך, כאשר בפירושו לתורה הוא משתדל להוכיח את היותה של התורה שבעל פה רמוזה בתוך הטקסט גופו, ובשאר התנ"ך לפרש את הטקסט בצורה רציפה, קוהרנטית ותואמת את גילויי המדע החדש; ואת פירושו לתורה של ר' יעקב צבי מֶקְלֶנְבּוּרג, "הכתב והקבלה", אשר משתדל אף הוא להוכיח את אמיתותה של תורה שבעל פה ואת היותה של התורה מדייקת בכל מילה ומילה (טענה שלה היה שותף גם מלבי"ם).