תוצר לוואי של הופעתו של סטנטון בתיק "פנסילבניה נגד וילינג ובלמונט" הייתה שאיפתו להופיע לאחר מכן בתיקים משמעותיים נוספים, כמו זה של הממציא סיירוס מק'קומריק. ב-1831 יצר מק'קומריק הצעיר מקצרה. המתקן היה שימושי במיוחד בשדות החיטה של מערב ארצות הברית. הדרישה להמצאתו של מק'קומריק גדלה במהירות וגרמה לתחרות עזה, במיוחד מעמיתו הממציא ואיש העסקים, ג'ון הנרי מאני. ב-1854 הגישו מק'קומריק ושני עורכי הדין שלו, רברדי ג'ונסון ואדוארד מ. דיקינסון, תביעה כנגד מאני בטענה שהוא הפר את הפטנטים של מק'קומריק. מק'קומריק דרש הטלת צו מניעה על המכונה של מאני. זה האחרון יוצג גם הוא על ידי שני עורכי דין מוערכים, ג'ורג' הרדינג ופיטר ה. ווטסון. בתחילה היה אמור התיק "מק'קומריק נגד מאני" להתדיין בשיקגו, ושני עורכי הדין חיפשו עורך דין מקומי שיצטרף אליהם. הבחירה המומלצת הייתה אברהם לינקולן. כאשר פגש ווטסון את לינקולן בספרינגפילד, אילינוי, לא היה לו רושם ברור בנוגע אליו, אך לאחר שיחה עמו, הבין ווטסטון שתהיה זו בחירה טובה. אף על פי כן, כאשר הועבר מקום הדיון משיקגו לסינסינטי, והצורך בלינקולן התייתר, בחרו הרדינג ווטסון בסטנטון. לינקולן לא היה מודע לכך שהוא הוחלף, ועדיין הופיע לדיונים בסינסינטי עם טיעונים מוכנים. חששו של סטנטון מפני לינקולן היה מידי וחזק והוא עשה כמיטב יכולתו להבהיר ללינקולן שעליו לפרוש מהייצוג בתיק. הדיונים נמשכו עם הרדינג, ווטסון וסטנטון. לינקולן לא השתתף בדיונים, אך נשאר בסינסינטי כדי לצפות בהם.
תפקידו של סטנטון בשלישייה שייצגה את מאני היה ביצוע עבודת המחקר המכינה. אף על פי שהרדינג, עורך-דין פטנטים מבוסס, היה מיומן יותר בהיבטים המדעיים של התיק, עסק סטנטון בסיכום החומר הרלוונטי. כדי להשיג ניצחון למאני, היה על שלושת עורכי הדין לשכנע את בית המשפט שלמק'קומריק לא הייתה שום טענה לבלעדיות על השימוש במחיצה שהייתה במקצרה שלו, מנגנון שניצב על הקצה של קוצר השיבולים שהפריד את הגרעינים. המקצרה לא הייתה פועלת כיאות ללא המחיצה וצוות ההגנה של מאני ידע זאת. עם זאת, כדי להבטיח את ניצחונם, בחר ווטסון להשתמש בתחבולה – הוא העסיק בונה דגמים בשם ויליאם פ. וודס ששחזר דגם ישן של המקצרה של מק'קומריק שיוצג בבית המשפט. וודס מצא בווירג'יניה מקצרה שיוצרה ב-1844, שנה לפני קבלת הפטנט של מק'קומריק. הוא נתן לנפח ליישר את המחיצה המעוקלת, ביודעו שהמחיצה המעוקלת במקצרה של מאני לא תעמוד בסתירה עם המחיצה הישרה במקצרה של מק'קומריק. לאחר פעולת טשטוש עבודתו של הנפח באמצעות מלח וחומץ כדי להבטיח את אי הטלת הספק בעתיקותה של המכונה, שלח וודס את המקצרה לסינסינטי. סטנטון התמלא שמחה כאשר הוא בחן את המקצרה המוסבת וידע שהניצחון בתיק מונח בידיהם. הטיעונים בתיק החלו להישמע בספטמבר 1855. במרץ 1856 פסקו השופטים ג'ון מקלין ותומאס דארמונד לטובת מאני. מק'קומריק עתר לבית המשפט העליון ועד מהרה הפך התיק לסוגיה פוליטית והעניינים שנגעו אליו מצאו את דרכם לאולם הקונגרס.
בעת שבית המשפט העליון והקונגרס דנו בתיק, עסק סטנטון בכמה עניינים אישיים. בפברואר 1856 הוא התארס עם אלן הטצ'ינסון, שהייתה צעירה ממנו ב-16 שנים. השניים הכירו בכנסייה בפיטסבורג. אלן הגיעה ממשפחה מכובדת בעיר. אביה, לואיס הטצ'ינסון, היה סוחר ובעל מחסנים אמיד וצאצא של מריווד'ר לואיס. על אף חששותיה של אמה של אלן שבתה בת ה-26 עומדת להינשא לסטנטון שהיה אז בן 41, התקיימה חתונתם של השניים ב-25 ביוני 1856 בבית אביה של הכלה. את ירח הדבש הם בילו במפלי ניאגרה, במונטריאול, בהרי ווייט שבניו המפשייר ובנהנט שבמסצ'וסטס. במערכת היחסים שלו עם אלן השיב סטנטון לעצמו את מה שהוא היה סבור שהוא איבד לנצח עם מותה של מרי, "אהבה נצחית". לאחר נישואיהם עברו בני הזוג להתגורר בוושינגטון די. סי.. חלק מהשיקולים להחלטה זו נבעו מהאמונה של סטנטון שחלק ניכר מעבודתו כעורך דין תהיה בבית המשפט העליון. הם שכרו בית ברחוב C בבירה.
עליית כוחו בוושינגטון.
בפנסילבניה הכיר סטנטון בהיכרות אישית את ג'רמיה בלאק, נשיא בית המשפט העליון של המדינה. ידידות זו הועילה לסטנטון כאשר במרץ 1857 מינה הנשיא הנבחר ג'יימס ביוקנן את בלאק לתפקיד התובע הכללי. עד מהרה היה בלאק עסוק בסוגיית תביעת אדמות בקליפורניה. בהסכם גואדלופה אידלגו ששם קץ למלחמת ארצות הברית–מקסיקו והעביר את קליפורניה לידי ארצות הברית, הסכימה ארצות הברית להכיר במענקי קרקעות שניתנו על ידי הממשלה המקסיקנית. אחת מתביעות קרקע אלו הייתה של ז'וזף איב לימנטור, סוחר יליד צרפת שתבע בעלות על שטחי קרקע כולל חלקים חשובים של קליפורניה, למשל חלק ניכר משטחה של סן פרנסיסקו. כאשר הוכרה תביעת הבעלות שלו על ידי נציבי הקרקעות ערערה על כך ממשלת ארצות הברית. בינתיים, ניהל בלאק תכתובת עם אדם בשם אוגוסט חואן שטען שתביעותיו של לימנטור חסרות כל תוקף, ושהוא, כמי שהועסק על ידי לימנטור, זייף את התאריך שהיה רשום על אחד ממסמכי הענקת הקרקע. בלאק היה זקוק לאדם הנאמן למפלגה הדמוקרטית ולממשל ביוקנן שיוכל לייצג בנאמנות את האינטרסים של הממשל בקליפורניה והוא בחר בסטנטון.
אלן סטנטון לא הייתה מרוצה כלל מרעיון זה. בקליפורניה יהיה בעלה במרחק של אלפי קילומטרים ממנה למשך זמן של חודשים ויותיר אותה לבדה בוושינגטון, שם היו לה ידידים מעטים. יותר מכך, ב-9 במאי 1857 ילדה אלן ילדה שנקראה אלינור אדמס. לאחר הלידה חלתה אלן במחלה שהפחידה את אדווין סטנטון ועכבה את החלטתו לצאת לקליפורניה. באוקטובר נפלה לבסוף החלטתו לייצג את האינטרסים של הממשל בקליפורניה. לאחר שהוסכם על שכר של 25,000 דולר, הפליג סטנטון מניו יורק ב-19 בפברואר 1858 על סיפון הספינה Star of the West יחד עם בנו אדי, הנשיא ביוקנן, אחינו של הנשיא ולוטננט ה. נ. הריסון שמונה על ידי צי ארצות הברית כמאבטחו של סטנטון. לאחר מסע לא קל עגנה החבורה בקינגסטון, ג'מייקה, שם הייתה העבדות אסורה. מזג האוויר באי היה נוח מאוד לסטנטון וכשהשתתף בתפילה בכנסייה שם הוא הופתע לראות שחורים ולבנים יושבים בצוותא. לאחר מכן הגיעה החבורה לפנמה ושם עלו על ספינה גדולה פי שלושה מזו שהגיעו אתה לשם, ה-Sonora. ב-19 במרץ הם עגנו סוף סוף בסן פרנסיסקו והתאכסנו במלון אינטרנשיונל.
סטנטון פעל בזריזות. לצורך סיוע בטיפול בתיק, בנוסף לכל הפמליה ושני פקידים, הוא ארגן תיקים שהיו באי-סדר ושנגעו לתקופה שקליפורניה הייתה תחת שלטון מקסיקו. "אינדקס ג'מינו" שאותו הוא חשף סיפק מידע על מענקי הקרקעות עד 1844 ובסיוע חוק של הקונגרס הוא חשף תיקים מכל רחבי המדינה הקשורים להענקות הקרקעות של מקסיקו. סטנטון וצוותו עמלו חודשים למיין את החומר שהיה מצוי בארכיונים. בינתיים, הגעתו לקליפורניה סיפקה חומר לרכילות וללעג מצד המקומיים, בעיקר מצד אלו שתביעות הקרקע שלהם עלולות היו להיות בסכנה אם עבודתו תנחל הצלחה. בהמשך נאבקו ביניהם הנשיא ביוקנן והסנאטור דאגלס על השליטה בקליפורניה וסטנטון נלכד בין הצדדים הנאבקים וכתוצאה מכך הוא הושמץ על ידי תומכיו של דאגלס. מסע ההשמצות ריפה את ידו אך לא הסיח את דעתו ממשימתו.
הטיעונים של למינטור היו מוצקים במיוחד. ברשותו היו הוכחות שלכאורה הקנו לו יתרון, כמו עדויות בעל פה, כתבי הענקת קרקעות חתומים על ידי מנואל מיצ'לטורנה המושל האחרון של קליפורניה מטעם מקסיקו ומסמך עם חותמת מיוחדת של ממשלת מקסיקו. עם זאת, המידע שהיה בידיו של אוגוסט חואן הועיל מאוד לסטנטון. על פי חואן, קיבל למינטור לידיו עשרות מסמכים ריקים החתומים על ידי המושל מיצלטורנה שאותם הוא יכול היה למלא כראות עיניו. בהמשך ניקב חואן חור באחד המסמכים כדי להסוות פרט כלשהו. סטנטון גם השיג מכתבים שהוכיחו במפורש את ההונאה וחותמות שהיו בשימוש של פקידי המכס, אחת מקורית והשנייה מזויפת. בזו המזויפת נעשה שימוש 11 פעמים, כולן על מסמכיו של למינטור. כאשר ערך סטנטון בירור במשרד החוץ במקסיקו סיטי, הם לא יכלו לאתר תיקים הקשורים למענקי הקרקעות של למינטור. בסוף 1858 נדחו תביעות הבעלות על הקרקע של למינטור והוא נעצר בחשד למרמה. הוא הפקיד ערבות של 35,000 דולר ועזב את המדינה.
באותה עת, כאשר התכונן סטנטון לשובו הביתה, חלה בנו אדי. כאשר התקדמו ההכנות לנסיעה החמיר מצבו עוד יותר. סטנטון כתב לאלן בתדירות הגבוהה ביותר האפשרית, שכן בדידותה בוושינגטון והדאגה ליקיריה במרחק הלכו וגברו. היא מתחה עליו ביקורת על כך שעזב אותה לבד עם אלינור הקטנה. ב-3 בינואר 1859 עזבה הפמליה את סן פרנסיסקו ובראשית פברואר הם שבו לוושינגטון. ענייניו של סטנטון בוושינגטון התגמדו בהשוואה לחוויות המסעירות שהיו מנת חלקו בחוף המערבי, לפחות עד אשר הוא מצא את עצמו במשימת הגנה על אדם שהיה מטרה לחיצי הרכילות בכל רחבי הארץ.
משפט דניאל סיקלס.