לאחר מותו של לותאר השני ללא יורשים ב-869, היה אחיו לואי טרוד במסע צבאי כנגד אמירות בארי בדרום איטליה, ולכן חולקה לותרינגיה בין דודיו, לודוויג הגרמני מפרנקיה המזרחית, שקיבל בעיקר את החלק הצפוני של ממלכתו של לותאר, וקרל הקירח מפרנקיה המערבית, שקיבל בעיקר את החלק הדרומי של ממלכתו של לותאר. חלוקה זו הוסדרה בחוזה מרסן של שנת 870.
קרל השמן עד אוטו הראשון.
ב-876, עם מות אביו, לודוויג הגרמני, ירש קרל השמן את כתר ממלכת פרנקיה המזרחית. ב-879 הפך קרל למלך איטליה, לאחר שאחיו הבכור, קרל מבוואריה לקה בשיתוק והתפטר. ב-881 חלה אחיו, לודוויג הצעיר , וקרל הוכתר לקיסר האימפריה הרומית הקדושה. ב-884, לאחר מותו של קרלומן מלך פרנקיה המערבית, שלא היו לו יורשים, החליטו אנשי הכנסייה והאצילים למסור את כתר הממלכה לקרל, שמלך בשם קרל השלישי.
בשנת 891 הוכתר גאודיו השלישי מפוסלטו לקיסר (למרות אי-שיוכו למשפחה הקרולינגית). אחריו עלה ארנולף מקרינתיה, בן לא חוקי למשפחה הקרולינגית שהוכתר כמלך איטליה בשנת 894 ולקיסר האימפריה הרומית הקדושה בשנת 896 בתחומי העיר רומא. בנו, לודוויג הילד לא ירש את תואר קיסר האימפריה הרומית וגם יורשו, קונראד הראשון, מלך גרמניה לא הוכתר כקיסר.
היינריך הראשון היה סקסוני שנבחר ברייכסטאג של פריצלאר בשנת 919 כיורשו של קונראד, אף הוא לא הוכתר כקיסר האימפריה הרומית הקדושה.
בשנת 921 השיג היינריך את הסכמת שליטיו הקרולינגים של החלק המערבי לכינון אימפריה נפרדת בשם פרנקיה המזרחית, וכינה עצמו Rex Francorum Orientalum (מלך הפרנקים המזרחיים) בעוד שחלק המערבי יוסד בתור פרנקיה המערבית. היינריך בחר בבנו אוטו כיורש, ובשנת 936 הוכתר הלה למלוכה בעיר אאכן. בשנת 962 הוכתר על ידי האפיפיור כקיסר אוטו הראשון (בעתיד יכונה "אוטו הגדול") והמאחרים את ייסוד האימפריה הרומית הקדושה רואים בהכתרה זאת את ייסוד האימפריה.
מאוטו הגדול ועד המוות השחור וסוף ימי הביניים.
האימפריה תחת שלטונו של אוטו הגדול, מייסד האימפריה הרומית הקדושה.
ב-2 בפברואר 962, הוכתר אוטו הראשון לקיסר בבזיליקת פטרוס הקדוש הישנה שברומא על ידי האפיפיור יוחנן השביעי. בהכתרה הוכרז כי גם לותרניגיה היא תחת שלטונו של אוטו. אחד עשר יום מאוחר יותר נחתם מסמך ההסכמות.
אוטו הביא לפריחה תרבותית בכל האימפריה, שלימים תזכה בשם "הרנסאנס האוטונאי". באימפריה בהנהגתו נחשבה כאחת האימפריות הגדולות ששלטו באדמת אירופה. בתקופה זו נחלה האימפריה ניצחונות מול שבטים סלאבים ומדיארים. ייתכן (למרות חילוקי הדעות המרובים בין ההיסטוריונים של התקופה) שלאוטו היה אף הכח להדיח את האפיפיור מתפקידו ואוטו הפעיל את כובד משקלו כנגד האפיפיור, יוחנן השנים עשר, עד להדחתו והחלפתו על ידי לאו השמיני.
בימי אוטו נעשה לראשונה שימוש בשם "האימפריה הרומית הקדושה". הקיסרות דמתה מאוד לקודמתה הקרולינגית, אם כי שטחן לא היה זהה. אוטו צירף שתי ערים מרכזיות לאימפריה והן רומא ואקס לה שפל. ב-951 איחד את רוב איטליה תחת שלטונו, ולקראת סוף שלטונו של אוטו בתחום המדיני ניסה (וכך גם ממשיכו אוטו השני) לטעון לבעלות על שטחיה של דרום איטליה של ימינו כדי להדוף את הפלישות הערביות מאזור האי סיציליה.
האימפריה האוטונואית נמצאה בתחרות עם האימפריה הביזנטית, אך גם הייתה בעלת זיקה וקשר היסטורי אליה כממשיכתה של האימפריה הרומית המערבית.
אוטו השני.
אוטו השני, מכונה לעיתים "האדום", היה בנו של אוטו הראשון וקיסר האימפריה הרומית הקדושה במשך כעשר שנים (973–983). בילדותו שלט אוטו השני יחד עם אביו, אוטו הראשון. התמודד בהצלחה במאבק ירושה. הוא השתלט על מרידות באזור לוריין וסיפח את פולין, בוהמיה ושטחים באיטליה לתחומי האימפריה. אוטו לא הצליח להדוף את הכוחות המוסלמיים בדרום איטליה, נחל תבוסה בהתמודדות עם המרד הסלאבי של שנת 983 ונהרג בדרום איטליה במסע צבאי כנגד האימפריה הביזנטית והנורמנים בסיציליה.
אוטו השלישי.
לאחר מותו של אוטו השני, היה בנו, אוטו השלישי, בן 3 בלבד, ואף שהתמנה כמלך הרומאים, נפתח מאבק על השליטה בקיסרות בפועל, בתומו שלטו מרבית הזמן אמו וסבתו, אדליידה מאיטליה.
בשנת 996, התמנה אוטו לקיסר במהלך ניסיון מרד שהונהג בידי האפיפיור קרסצנטיוס השני. אוטו דיכא את המרד, ומרד נוסף שפרץ בהמשך לכך, ובסופם הכתיר אוטו בתור האפיפיור את סילבסטר השני הנאמן לו, ובכך חיזק את כוחו ברחבי האימפריה.
בתקופתו המשיך להתמודד אוטו במאבקי כוח בין מנהיגי הנצרות, במסגרתם ייסד ארכיבישופיות חדשות והגדיל את הסמכויות של בישופים וראשי מנזרים.
מרידות חוזרות חוותה האימפריה הרומית הקדושה גם מכיוון מזרח, כאשר בכל ימיו של אוטו נאלץ להיאבק במרידותיהם של הסלבים שהתחדשו לאחר מות אביו. אוטו קשר קשרים טובים עם פולין, הונגריה ובוהמיה, ואף תמך בהכתרת אישטוון, מנהיג ההונגרים למלך הונגריה.
אוטו היה היוזם והמבצע של ה-Donation of Constantine, מסמך שלמעשה ביסס את הטענה כי הבעלות על מערב האימפריה הרומית (העתיקה) למעשה עבר הוא לתחת חסותו של האפיפיור על ידי הקיסר קונסטנטינוס כאשר אצלו נשארים החלקים המזרחיים שלה (מה שעתיד לאותה התקופה להיות האימפריה הביזנטית).
אף על פי שהפך אוטו את רומא למרכז האימפריה, הדבר לא הספיק כדי למנוע מהומות באזור. כאשר תושבי טיבולי הסמוכה מרדו בו בשנת 1001, העיר הוקפה תחת מצור, אך אוטו חס עליה ולא השמידה. ידיעות על כך, שהגיעו לרומא הקרובה - יריבה מרה של טיבולי באותם הימים, גרמו למרד על כך שאוטו לא השמיד את טיבולי והחריב אותה. המרד פגע מאוד בשלטונו של אוטו ואילץ אותו לבקש עזרה מבן דודו, היינריך, לימים היינריך השני, או הנריך הקדוש. היינריך נעתר לבקשה, כשאז היה לדוכס בוואריה, ושלח כוחות צבאיים אל רומא לעזרתו של אוטו. עם זאת הכוחות הגיעו מאוחר מדי, לאחר מותו של אוטו ב-23 בינואר 1002 מקדחת. לימים החליפו היינריך כקיסר וכמלך, לאחר מאבק ירושה קצר, וארדואינו, מלך איטליה מונה למלך איטליה.
האימפריה תחת היינריך הקדוש.
היינריך השני (שזכה לתואר "הקדוש") היה ליורשו לכתר הקיסרי והמלוכני של אוטו השלישי. הוא נודע בימיו ביכולתו לאחד בין ניהולה של המדינה האימפריאלית לבין יחסי החוץ הקתוליים ואף נקשרו סביבו, כמאה שנה לאחר מותו, מיתוסים המהללים אותו כשהכנסייה רואה בו אף כדמות קודש במידה מסוימת. היינריך היה למלך חשוב אך תחילת דרכו לוותה באי-ידיעה על העתיד לבוא תוך כדי קיומו של אינטררגנום באימפריה. הוא היה אמור לרשת את המלכות מצד אחד אך מצד אחר גורמים מנוגדים אליו החלו וצברו עוד כוח במיוחד כשהם תפשו את מקומו של אוטו השלישי מיד לאחר מותו (ואף בזמן הלווייתו). האדם שהסיט את מסלול הירושה בחזרה אל היינריך היה וויליגיס (Willigis) – ארכיבשוף מיינץ של אותה התקופה שהכיר בו כיורש העתידי. השאלה בדבר מינויו של היינריך עלתה על הפרק אומנם בתחילה אך נפתרה לאחר שנה כאשר נראה כי מוסכם למדי מצד כל הצדדים כי הוא הריבון היחיד. בנוסף לכל אלו הוא השיג מהלכים חשובים לטובתו כנגד הדוכסות של בני הפולאני (תחילה) אך הפסיד בהמשך מול בולסלאב הגדול, דוכס פולין, כחלק משרשרת המלחמות הפולניות-גרמניות שנחתמה והסתיימה בהמשך בעת חתימתו על חוזה והוא שלום באוטצזן. בהסכם זה הוא ויתר על שטחים נרחבים בהם חשוב יהיה מכדי לא לציין טריטוריות ממזרח לנהר האלבה לצד כל מוראביה. בין ההתחלה המוצלחת שלו כנגד הדוכסות הפולנית להמשך שהתדרדר קשות הוא הספיק אף לערוך מסע צבאי לאיטליה שם הוכתר כמלך בתחומי העיר פאביה בשנת 1004 (על ידי ארכיבישוף מילאנו) ואף הכניע קודם לכן תחת ידו את ארודין מאיברה-אחד מניצחונות החשובים. שנת 1013 נחשבה לשנה לחזקתו של היינריך כאשר עבר מצפון האלפים כל הדרך עד לרומא-שם הוכתר על ידי האפיפיור (בנדיקטוס השמיני) לקיסר האימפריה הרומית הקדושה (בבזיליקת פטרוס הקדוש הישנה). קשרו עם הכנסייה הקתולית רק הלך והטיב לאחר שהאפיפיור הגיע עד לתחומי גרמניה במיוחד כדי לבקש את עזרתו לעצירת הנסיכויות הלומברדיות בנוסף לאיום על מדינת האפיפיור מדרום איטליה. הקמת בישופות במברג הייתה להשיג חשוב נוסף שהיינריך השיג בזמן שנות מלוכתו ואולי אף גדול מכל הישגיו כקיסר ומלך-עיר שהפכה למוקד של פריחה תרבותית יוצאת דופן, במיוחד כשהיא מכילה קתדרלה גדולת ממדים במרכזה והיא קתדרלת במברג.
אל היינריך נלוו מספר סיפורי קדושה: הוא טען כי ראה את וולפגנג הקדוש מורה לו לקרוא כתובת על הקיר, כי ראה בחיזיון את ישוע בצעירותו. במהלך החיזיון מלאך נגע בירכו של היינריך מעשה שגרם להיינריך לצלוע עד סוף ימי חייו:
אנשיו של היינריך ראו בצליעה זו מעשה אלוהי בדומה לצליעתו של יעקב אחרי המאבק עם המלאך.
האימפריה תחת בית הוהנשטאופן.
קונראד השלישי עלה לכתר בשנת 1138 והיה לקיסר הראשון לבית הוהנשטאופן, שעתיד היה לשקם את תהילתה של האימפריה. היה זה פרידריך "ברברוסה" (מלך 1152, קיסר 1155–1190) שהעניק לאימפריה את הכינוי "קדושה", וברוח זו ניהל את ענייני החוק והחקיקה.
האימפריה תחת היינריך השלישי.