זמן קצר לאחר חזרתו של וייד, נפטר סבו של שאקיל אוניל, אירוע זה גרם לאוניל להחסיר שני משחקים. בנוסף, יודוניס האסלם וגארי פייטון נעדרו בגלל פציעה. ההיט סיימו את העונה במאזן של 38–44 ופגשו את שיקגו בולס בסיבוב הראשון של הפלייאוף, בו הובסו 0–4 בסדרה של הטוב משבעה משחקים. מיאמי היט היו לאלופה המגנה על כתרה הראשונה מאז שנת 1957 שהובסה בסוויפ בסיבוב הראשון של הפלייאוף בעונה שבאה לאחר האליפות. הייתה זו גם סדרת הפלייאוף הראשונה בהיסטוריה של ההיט שבה הם הובסו 0–4.
2007-2008: בניה מחדש.
לאחר האכזבה בעונת , חיפשו ההיט להתקדם הלאה. ההיט הגרילו אתה מקומות ה-20 וה-39 בדראפט של שנת 2007. ב-28 ביוני 2007, בחרו ההיט את ג'ייסון סמית' מאוניברסיטת המדינה של קולורדו כבחירה ה-20 בדראפט ואז העבירו אותו לפילדלפיה 76' תמורת הזכויות לבחירה ה-21 בדראפט, הגארד דקואן קוק מאוניברסיטת המדינה של אוהיו, ופיצוי כספי. עפ הבחירה ה-39 בדראפט, בחרו ההיט את סטאנקו באראץ', סנטר מבוסניה, אך בשלב מאוחר יותר העבירו אותו לאינדיאנה פייסרס תמורת בחירה עתידית בסיבובה שני בדראפט. ההיט הפסידו את ג'ייסון קאפונו לטורונטו ראפטורס ואת ג'יימס פוזי לבוסטון סלטיקס. ההיט הצליחו לאייש את עמדת הרכז לה נזקקו כאשר החתימו את סמוש פארקר כשחקן חופשי על חוזה לשלוש שנים. כמו כן הם החתימו גם את הגארד הוותיק פני הארדוויי, מאחדים מחדש את הצמד שאק-פני מאמצע שנות ה-90 בהן שיחקו באורלנדו מג'יק. הארדוויי שוחרר מאוחר יותר במהלך חודש דצמבר. במהלך הפגרה של שנת 2007, ערכו ההיט טרייד לש חמישה שחקנים עם מינסוטה טימברוולבס כאשר הם מחזירים את ריקי דייוויס ומארק בלונט, תמורת אנטואן ווקר, ויין סימיאן, ומייקל דוליאק, ובנוסף העבירו ההיט לטימברוולבס בחירת דראפט עתידית לסיבוב הראשון. דייוויס שיחק במדי ההיט בחודש אוגוסט, 200, אך לא הצליח להרשים את המאמן ריילי. בזמן שנערך הטרייד הוא היה קלעי משופשף יותר והוא יועד לשמש כאופציה השלישית להשלמת הצמד דוויין וייד ושאקיל אוניל, אם הנסיבות של העונה היו מתפתחות אחרת.
ב-19 בדצמבר 2007, במהלך הרבע הראשון של המשחק מול אטלנטה הוקס בעודו חוזר מהתקפה מתפרצת, אלונזו מורנינג מעד ומאוחר יותר התברר כי קרע את גיד ברכו הימנית ונאלץ לעבור ניתוח שהביא לסיומה של העונה עבורו. ב-5 בפברואר 2008 דיווחה רשת הטלוויזיה ESPN כי ההיט מעוניינים לבצע טרייד בעבור שאקיל אוניל, בניגוד להודעתו של פט ריילי, חודש אחד לפני כן, כי ההיט אינם מעוניינים להעביר את אוניל. יום למחרת לעומת זאת, הסכימו ההיט להעביר את אוניל לפיניקס סאנס תמורת שון מריון ומרכוס בנקס, העברה שסיימה את תקופת וייד-אוניל.
ההיט הידרדרו למאזן הגרוע ביותר ב-NBA כשסיימו את העונה הסדירה במאזן 15–67 (18.3% הצלחה). בשלב מאוחר של העונה, כאשר היה כבר ברור כי ההיט לא יתמודדו על מקום ריאלי לפלייאוף, החמיץ המאמן ריילי שני משחקים עקב סקאוטינג בגמר אחת מליגות המכללות, כדי להתכונן לאפשרות הסבירה שההיט יקבלו את הבחירה הראשונה או השנייה בדראפט של שנת 2008.
ב-10 במרץ 2008, נודע כי דוויין וייד יעדר למשך שארית העונה כדי לעזור לו להשתקם מהפגיעה בברכו ופציעת כתף שהחמירה, מתוך תקווה להיות כשיר למשחקים האולימפיים שנערכו באותה השנה. ב-10 במרץ נודע כי ההיט ניפו מהסגל את סמוש פרקר, פותחים הזדמנות להחתים שחקן על חוזה קצר מועד ל-10 ימים. ב-12 במרץ 2008, החתימו ההיט את בובי ג'ונס על חוזה ל-10 ימים, כדי לתמוך בעמדות הקלע והסמול פורוורד. בסוף חודש מרץ, 2008, קלעו ההיט את סך הנקודות השלישי הנמוך ביותר בתולדות ה-NBA כאשר נוצחו 54–96 בידי טורונטו ראפטורס, לאחר מכן שברו ההיט שיא שלילי נוסף, הפעם למיעוט סלי השדה (17) במשחק נגד בוסטון סלטיקס שנערך ב-30 במרץ. ההיט סיימו את העונה עם צלילים חיוביים כאשר ב-16 באפריל ניצחו את אטלנטה הוקס 113-99. ב-28 באפריל 2008, עזב פט ריילי את תפקידו כמאמן הראשי של ההיט אך נשאר בתפקיד נשיא המועדון. הוא החליף את עצמו במי שהיה עוזר המאמן במשך תקופה ארוכה אריק ספולסטרה, שבגיל 37, הפך למאמן הראשי הצעיר ביותר בליגת ה-NBA. ריילי סיים את קריירת האימון שלו עם 1,210 ניצחונות, ודורג במקום השלישי לאחר לני וילקינס ודון נלסון.
ב-20 במאי 2008, זכו ההיט במקום השני בהגרלת הדראפט של שנת 2008. היה צפוי כי הם יבחרו את הפאוור פורוורד מייקל ביזלי או את הגארד או. ג'יי. מאיו. מיד לאחר תוצאות הגרלת הדראפט, רמז פט ריילי תשמע כל הצעת טרייד בעבור בחירת הדראפט השנייה. אך, הוא גם ציין כי על ההצעה להיות מתאימה כדי שההיט בכלל ישקלו את הנושא (כגון הטרייד שהביא את קווין גארנט לבוסטון סלטיקס ממינסוטה טימברוולבס).
ב-26 ביוני 2008, בחרו השיקגו בולס את דריק רוז והשאירו להיט את מייקל ביזלי. בסיבוב השני, עם הבחירה ה-59, בחרו ההיט את הפורוורד של אוניברסיטת קנזס, דרנל ג'קסון. באופן בלתי צפוי, נודע כי ההיט הסכימו לבצע טרייד על שתי בחירות נמוכות שלהם מהסיבוב השני של הדראפט של שנת 2009, מתוך השלוש שהיו בידם, למינסוטה טימברוולבס תמורת זכויות הדראפט על שחקנה המוכשר של אוניברסיטת קנזס, מריו צ'למרס, שעזר להוביל את קנזס לאליפות ה-NCAA, כולל זריקת שלוש מכריעה במשחק הגמר, ששלחה את המשחק להארכה. מאוחר יותר גם נודע כי זכויות הדראפט על דארנל ג'קסון הועברו לקליבלנד קאבלירס תמורת שתי בחירות דראפט נמוכות מהסיבוב השני בדראפט של שנת 2009.
בראשית חודש יולי, החלה תקופה של שחקנים חופשיים ועם מקום מועט מתחת לתקרת השכר החתימו ההיט את ג'יימס ג'ונס המקומי כמומחה לשלוש נקודות. כמו גם עם רכישתו של יקובה דיאווארה ואת ג'מאל מגלור הוסיפו ההיט עומק וניסיון לסגל הקבוצה. ב-29 בדצמבר 2008, רנדי פאנד עזב את תפקיד הג'נרל מנג'ר, ופינה את המקום לפט ריילי. ארבעה ימים לאחר מכן, החתימו ההיט את הרכז שון ליווינגסטון, שחקנה לשעבר של לוס אנג'לס קליפרס. ב-5 בנובמבר 2008, קבע מריו צ'למרס שיא חטיפות חדש למשחק כאשר חטף 9 פעמים במשחק נגד פילדלפיה 76'. שיא זה שיפר את שיאו של טים הארדוויי לחטיפות בידי רוקי ב-21 שנות פעילות המועדון.
ב-13 בפברואר 2008, העבירו ההיט את שון מריון ומרכוס בנקס לטורונטו ראפטורס תמורת הסנטר ג'רמיין אוניל והפורוורד ג'מאריו מון. נפוצו שמועות כי ההיט רודפים אחר אוניל, כמו גם אחר אמארה סטודמאייר וקרלוס בוזר. הטרייד היה אמור למלא את החלל שנותר בקו הקדמי עם עזיבתו של שאקיל אוניל. ב-3 באפריל 2009, הצליחו ההיט להתברג למשחקי הפלייאוף עם ניצחון על שארלוט בובקאטס. ההיט הפכו לקבוצה הראשונה מאז סן דייגו רוקטס של עונת שעברו מעונה של 15 ניצחונות להשתלבות בפלייאוף, עונה אחת לאחר מכן. את העונה הסדירה סיימו ההיט במאזן של 39–43. ההיט הודחו בשבעה משחקים בידי המדורגת רביעית במזרח, אטלנטה הוקס בסיבוב הראשון. מכל מקום, דוויין וייד הוביל את הליגה בנקודות, כאשר השיג ממוצע של 30.2 נקודות למשחק, הופך לשחקן הראשון בתולדות המועדון העושה זאת.
ההיט החלו את עונת עם מאזן של 1–7 בשמונת המשחקים הראשונים שלהם, אך שמרו על חוסר עקביות בהמשך הדרך, ולאחר 69 משחקים השיגו מאזן של 34–35. ב-5 בינואר 2010, העבירו ההיט את כריס קווין לניו ג'רזי נטס תמורת בחירת סיבוב שני בדראפט של שנת 2012 שאפשרה לקבוצה להחתים את הגארד ששוחרר לא מזמן, רייפר אלסטון. השלב האחרון של העונה נכנסו ההיט לקצב והשיגו מאזן של 1–12 ב-13 המשחקים האחרונים של העונה והצליחו להתברג למקום החמישי במזרח, כשהם מסיימים את העונה הסדירה במאזן של 35–47 ומציגים שיפור עונה שנייה ברציפות. ההיט הפסידו בחמישה משחקים בסיבוב הראשון של הפלייאוף לבוסטון סלטיקס. את עונת 2009/2010 סיימו ההיט במקום החמישי בכמות הצופים 726,935.
2010-2014: "שלושת הגדולים".
בקיץ שנת 2010 נוצר מצב בליגת ה-NBA שכמה שחקנים בכירים סיימו את חוזיהם בקבוצות והפכו לשחקנים חופשיים, לתקופה זו נכנסו ההיט עם מקום רב מתחת לתקרת השכר של הליגה, כמעט 46 מיליון דולר, עם היכולת להחתים את דוויין וייד, שהפך גם הוא לשחקן חופשי, ולהוסיף עוד שניים מבכירי השחקנים של ה-NBA. לברון ג'יימס וכריס בוש. ב-7 ביולי 2010, הסכימו וייד ובוש לחוזה שהוצע להם בידי ההיט. יום למחרת ב-8 ביולי 2010, ערך לברון ג'יימס ראיון בן שעה לרשת הטלוויזיה ESPN בו הודיע על נכונותו לשחק במיאמי היט. מאוחר יותר באותו הערב, הודיעו ההיט על העברתו של מייקל ביזלי למינסוטה טיברוולבס תמורת שתי בחירות סיבוב שני ופיצוי כספי. ב-8 ביולי 2010, הפכו הידיעות לרשמיות כאשר וייד, ג'יימס ובוש, שלושת חברי נבחרת ארצות הברית שזכתה במדליית הזהב במשחקים האולימפיים בבייג'ינג, ישחקו יחדיו במיאמי היט לאחר שחתמו על חוזי "חתום והעבר", ההיט שלחו לא פחות מארבע בחירות סיבוב ראשון עתידיות ושתי בחירות סיבוב שני לקאבלירס ולראפטורס תמורת ג'יימס ובוש (שחתמו על חוזים ל-6 שנים תמורת 110.1 מיליון דולר), ודוויין וייד (שחתם מחדש על חוזה ל-6 שנים תמורת 107.59 מיליון דולר). השלושה הוצגו בפני האוהדים ב-9 ביולי בחגיגה באולם אמריקן איירליינס ארנה. הווארד בק מהעיתון הניו יורק טיימס תיאר את תגובת האוהדים ברחבי הארץ לטקס הצגת השחקנים המפואר, "כולם ראו משהו: גדולה, שחצנות, סיפוק עצמי, עזות מצח, פחדנות, גאווה, חברות, קנוניה, שמחה, ציניות, גיבורים, שכירי חרב".