אמו של הנרי לא הצליחה למצוא לעצמה מקום במועצת העוצרות ושבה לצרפת ב-1217, שם נישאה ליו דה ליזיניאן (Hugh de Lusignan), אציל מקומי רב עוצמה. ויליאם מרשל נפל למשכב ומת באפריל 1219. הממשלה החלופית התגבשה סביב שלושה שרים בכירים: פנדולף (Pandulf) שהיה הנציג האפיפיורי, פיטר דה רושה ויוברט דה בורג. השלושה מונו על ידי המועצה הגדולה של האצילים באוקספורד והממשלה בראשותם נסמכה על החלטת המועצה. יוברט ודה רושה היו יריבים פוליטיים, כשיוברט נתמך על ידי קבוצה רחבה של ברונים אנגלים ובסיס הכוח של דה רושה היה קבוצה של אצילים מהנחלות ביבשת. יוברט נאבק בנחישות כנגד לה רושה ב-1221, האשים אותו בבגידה והדיח אותו מתפקיד האפוטרופוס המלכותי. הבישוף עזב את אנגליה לטובת השתתפות במסעי הצלב. פנדולף נקרא לרומא באותה שנה ובכך נותר יוברט הדמות המרכזית בממשלתו של הנרי.
בראשית ימיה נחלה הממשלה החדשה הצלחה מועטה, אך ב-1220 החל מזלה להשתפר. האפיפיור התיר להנרי לקיים טקס הכתרה שני, והפעם תוך שימוש במערכת חדשה של כתרים. טקס ההכתרה היה אמור לאשר את סמכותו של המלך. הנרי הבטיח לשקם את כוחו של הכתר והברונים נשבעו שהם ישיבו לו את המצודות המלכותיות וישלמו את חובותיהם למלך, תחת איום של נידוי. יוברט, מלווה בהנרי, פלש לוויילס כדי לדכא את ל'ואלין ב-1223 ובאנגליה הוא הצליח לקבל מחדש את מצודותיו. המאבק כנגד הברונים הסרבנים שנותרו הגיע לשיא ב-1224 עם המצור על טירת בדפורד, כשהנרי ויוברט מנהלים את המצור במשך שמונה שבועות. כאשר נפלה הטירה לבסוף הוצאו להורג רוב אנשי חיל המצב במקום.
בינתיים כרת לואי השמיני, מלך צרפת, שעלה אז לכס המלוכה, ברית עם דה ליזיניאן ופלש לפוואטו ולאחר מכן לגסקוניה. לצבאו של הנרי בפוואטו חסרו תגבורות והוא לא קיבל סיוע מהברונים המקומיים שרבים מהם חשו שהם ננטשו במהלך שנות ממשל העוצרות של הנרי. כתוצאה מכך נפלה הפרובינציה במהירות. בשלב זה היה ברור שגם גסקוניה תיפול ללא תגבורות שיישלחו מאנגליה. בראשית 1225 אישרה המועצה הגדולה גביית מס של 40,000 ליש"ט לטובת מימון הצבא שיכבוש מחדש את גסקוניה. בתמורה להסכמתם לתמוך בהנרי, דרשו הברונים מהמלך לפרסם מחדש את המגנה כרטה ואת חוק היער. כעת הכריז המלך שהחוקים יפורסמו בתוקף רצונו האישי ואישר אותם עם החותם המלכותי ובכך נתן לנוסח החדש של המגנה כרטה ולחוק היער תוקף חזק יותר משהיה לכל גרסה קודמת של המסמכים הללו. הברונים ציפו שהמלך יפעל בהתאם לחוקים הללו.
ראשית תקופת מלכותו (1227 - 1234).
הפלישה לצרפת.
הנרי נטל את השליטה הפורמלית על ממשלתו בינואר 1227, אף על פי שהיו באותה עת כאלה שטענו שמבחינה חוקית הוא נחשב עדיין קטין, מאחר שרק בשנה שלאחר מכן מלאו לו 21 שנים. המלך גמל בנדיבות ליוברט דה בורג על שירותו במהלך שנות העוצרות, והעניק לו את התואר רוזן קנט יחד עם שטחי קרקע רבים ברחבי אנגליה וויילס. אף על פי שכבר היה בגיר, היה הנרי מושפע על ידי יועציו במהלך השנים הראשונות לאחר שנטל את השלטון ויוברט נשאר בתפקידו כשר הבכיר בממשלה.
גורלם של השטחים בצרפת בבעלות משפחתו של הנרי נותר לא ברור. תביעת הבעלות על שטחים אלה הייתה חשובה להנרי. למלכי צרפת, לעומת זאת, היה יתרון כלכלי, וכתוצאה מכך יתרון צבאי על הנרי. גם בתקופתו של המלך ג'ון עמדו לרשות הכתר הצרפתי משאבים בלתי נדלים, אך מאז השתנה מאזן הכוחות לטובתם עוד יותר והכנסתם השנתית של מלכי צרפת הוכפלה בין השנים 1204 ל-1221.
ב-1226 מת לואי השמיני בהותירו את בנו בן ה-12 לואי התשיעי, מלך צרפת לרשת את כס המלוכה, כשמועצת עוצרות מנהלת את המדינה. המלך הצרפתי הצעיר היה בעמדת חולשה יחסית לאביו והתמודד עם אופוזיציה בקרב האצולה הצרפתית שעדיין שמרה על קשריה עם אנגליה וכתוצאה מכך התחולל רצף של מרידות ברחבי המדינה. על רקע זה, קראה קבוצה של מורדים פוטנציאליים מנורמנדיה ומאנגווין בסוף שנת 1228 להנרי לפלוש לצרפת ולדרוש את נחלותיו. פייר הראשון, דוכס ברטאן מרד כנגד לואי התשיעי ונשבע אמונים להנרי.
הכנותיו של הנרי לפלישה התקדמו באיטיות וכאשר הוא הגיע לבסוף לברטאן בראש צבאו במאי 1230, התנהלה המערכה באופן גרוע מבחינתו. על פי עצתו של יוברט, ככל הנראה, החליט המלך להימנע מקרב ישיר עם הצרפתים ולא לפלוש לנורמנדיה. תחת זאת הוא צעד דרומה לפוואטו, שם הוא ניהל מערכה בלתי יעילה במהלך הקיץ, לפני שהוא התקדם בבטחה לתוך גסקוניה. הוא הסכים עם לואי על שביתת נשק עד ל-1234 ושב לאנגליה כשאין באמתחתו כל הישג. המערכה מתוארת על ידי ההיסטוריון יו רידג'ווי כ"כישלון יקר".
המרד של ריצ'רד מרשל.
השר הראשי בממשלתו של הנרי, יוברט דה בורג, איבד את כוחו ב-1232. יריבו הוותיק, פיטר דה רושה, שב לאנגליה ממסעות הצלב באוגוסט 1231 וכרת ברית עם מתנגדיו הפוליטיים של יוברט שמספרם הלך וגדל. הוא העלה בפני הנרי את ההאשמה שיוברט בזבז את כספי הכתר ואת קרקעותיו ושהוא אחראי לסדרה של מרידות כנגד אנשי דת זרים. יוברט ביקש מקלט בקפלה באוקספורד, אך הנרי הורה על מעצרו והוא נכלא במצודת לונדון. דה רושה השתלט על הממשלה כשהוא זוכה לגיבויים של הברונים מפוואטו שהיו באנגליה ושראו זאת כהזדמנות להשיב לעצמם את האדמות שהם איבדו לטובתם של תומכיו של יוברט בעשורים הקודמים.
דה רושה ניצל את סמכותו כדי לנשל את מתנגדיו מרכושם, כשהוא עוקף את בתי המשפט. תלונות מצידם של ברונים רבי עוצמה כמו בנו של ויליאם מרשל, ריצ'רד, החלו להישמע והם טענו שהנרי נכשל בתפקידו להגן על זכויותיהם המשפטיות כפי שנכתב בהצהרה משנת 1225. מלחמת אזרחים חדשה פרצה בין תומכיהם של דה רושה ושל ריצ'רד מרשל. דה רושה שלח כוחות צבא שפלשו לאדמותיו של מרשל באירלנד ובדרום ויילס. בתגובה, כרת מרשל ברית עם הנסיך ל'ואלין ותומכיו שלו פתחו במרד באנגליה. הנרי לא היה מסוגל להשיג יתרון צבאי והחל להיות מודאג מהאפשרות שלואי התשיעי עלול לנצל את ההזדמנות כדי לפלוש לברטאן, שם עמדה שביתת הנשק לפוג, בעוד הוא טרוד בבעיות מבית.
אדמונד ריץ', הארכיבישוף מקנטרברי, התערב במצב ב-1234 וקיים כמה פגישות של המועצה הגדולה, בהם הוא ייעץ להנרי לקבל את הדחתו של דה רושה. הנרי הסכים לשלום, אך לפני שהושלמו הדיונים, מת ריצ'רד מפצעים שנפצע בהם בקרב, והותיר את אחיו הצעיר, גילברט, לרשת את אדמותיו. הנוסח הסופי של ההסדר סוכם במאי, והנרי זכה לשבחים על הענווה שגילה בדיוני השלום. בינתיים פג תוקף שביתת הנשק בצרפת ובן בריתו של הנרי, הדוכס פיטר, החל להתמודד עם לחצים צבאיים חדשים. הנרי היה יכול לשלוח לו רק כוח צבאי קטן לסיוע ובנובמבר נפלה ברטאן בידיו של לואי. במשך 24 השנים הבאות משל הנרי על ממלכתו בעצמו ולא באמצעות שרים בכירים.
הנרי כמלך.
מלוכה, ממשל וחוק.
במרכזו של הממשל המלכותי באנגליה עמדו כמה משרדים ממשלתיים, שבראשם עמדו ברונים חזקים ועצמאיים. הנרי שינה שיטה זו, הותיר את משרת השר הראשי בלתי מאוישת והפך את תפקיד הצ'נסלור לזוטר יותר. מועצה מלכותית קטנה הוקמה, אך תפקידה לא הוגדר כהלכה. ההחלטות על מינויים, על חסויות ועל צעדים מדיניים, נקבעו באופן אישי על ידי הנרי ויועציו הקרובים ולא על ידי המועצה הגדולה שהובילה את תהליכי קבלת ההחלטות בשנים הראשונות למלכותו. השינויים הללו הקשו על כל אלה שהיו במעגל הרחוק מהנרי להשפיע על המדיניות או להעלות בפניו תלונות לגיטימיות, במיוחד כנגד המקורבים למלך.
הנרי האמין שעל מלכי אנגליה למשול באופן מכובד, כשהם מוקפים בגינוני טקס ובפולחן כנסייתי. הוא סבר שקודמיו הניחו למעמד הכתר לשקוע ושאף לתקן מצב זה במהלך תקופת מלכותו. אירועי מלחמת האזרחים שהתנהלה בנעוריו השפיעו עליו מאוד והוא אימץ את אדוארד המודה כקדוש המגן שלו, בתקווה שהוא יצליח ללכת בדרכו של המלך האנגלו-סקסי שהביא שלום לאנגליה ואיחד את עמו. הנרי ניסה להשתמש בסמכות המלכותית באופן מתון, מתוך רצון לפייס את העוינים יותר מבין הברונים ולהשיב את השלום לארצו.
כתוצאה מכך, למרות הדגש על הכוח המלכותי, היה שלטונו של הנרי מוגבל וחוקתי באופן יחסי. הוא פעל בדרך כלל על פי התנאים של החוקים שחתם עליהם, שמנעו מהמלך לפעול ללא משפט כנגד הברונים, כולל הקנסות והפקעות הקרקע שהיו שכיחים בתקופתו של המלך ג'ון. בכל אופן, החוקים לא התייחסו לנושאים הרגישים של מינוי היועצים המלכותיים ושל נושא החסויות ולא הוזכרו בהם אמצעים לכפות על המלך לא להתעלם מהם. ממשלו של הנרי נעשה רופף ורשלן, ובכך חלו ירידה בסמכות המלכותית בפרובינציות וקריסה של מעמדו של המלך בחצר המלכות. חוסר העקביות באופן שבו הוא התייחס לחוקים במשך תקופת מלכותו גרמו לניכור כלפיו מצדם של ברונים רבים, כולל אלה מסביבתו הקרובה.
המונח "פרלמנט" מוזכר לראשונה בשנות השלושים והארבעים של המאה ה-13, כתיאור להתכנסויות גדולות של חצר המלכות שהתקיימו באופן תקופתי לכל אורך תקופת מלכותו של הנרי. התכנסויות אלו נועדו לתאם העלאת מיסים, שבתקופה זו היו היטלים חד-פעמיים על מיטלטלין, שנועדו להתווסף להכנסותיו הקבועות של המלך לצורך מיזמים מסוימים. במהלך תקופת מלכותו של הנרי, החלו המחוזות לשלוח נציגים קבועים להתכנסויות אלו, וכך החל להיות ייצוג חוצה מגזרים במקום ייצוג של הברונים הבכירים.