הנרי סיגמן, מנהל לשעבר של הקונגרס היהודי האמריקאי, אמר כי רשת ההתנחלויות בגדה המערבית יצרה מצב של פרויקט קולוניאלי בלתי-הפיך שמכוון למנוע את האפשרות של הקמת מדינה פלסטינית. סיגמן אמר כי בעשותה זאת, ישראל "עברה את הגבול של "הדמוקרטיה היחידה במזרח התיכון" והפכה "למשטר האפרטהייד היחיד בעולם המערבי"". הוא אמר כי ישראל שוללת מהפלסטינים הן את זכות ההגדרה העצמית והן אזרחות ישראלית, דבר שמהווה שלילה כפולה של זכויותיהם, ומאחר והוא מבוסס על אתניות, מהווה גזענות. סיכמן ממשיך ואומר כי יצירת דמוקרטיה לקבוצה פריווילגית בעוד מונעים מאחרים להשתתף בה ושומרים עליהם "מאחורי מחסומים וגדרות תיל" זה ההפך מדמוקרטיה. ג'ון דוגארד השווה את ההפקעה של קרקעות פלסטיניות בידי ישראל ואת ההרס של בתים פלסטינים למדיניות שהיו נהוגות בדרום אפריקה בתקופת האפרטהייד.
מחקר מקיף משנת 2002 של ארגון זכויות האדם הישראלי בצלם, סיכם באומרו: "ישראל יצרה בשטחים הכבושים משטר של הפרדה שמבוססת על אפליה, שמיישם שתי מערכות חוק נפרדות באותו השטח שחלות על אנשים על בסיס הלאום שלהם, ומחלקות לאותם האנשים זכויות או שוללות זכויות על בסיס הלאום שלהם. משטר זה הוא היחיד מסוגו בעולם, ומזכיר משטרים נוראים מהעבר, כמו משטר האפרטהייד בדרום אפריקה". בהקשר הזה, ניתן לציין את הפרקטיקה של אדמות מדינה: בעקבות בקשה שהוגשה מכוח חוק חופש המידע על ידי שלום עכשיו, נמצא כי 99.76% (כ-674,459 דונם) מסך כל אדמות המדינה שהוקצו לשימוש, הוקצו לטובת ההתנחלויות. מנגד, לפלסטינים הוקצו, לכל היותר, 0.24% בלבד (כ-1,625 דונם).
טענות לאפליה קיימות גם בהקשר של מתן היתרי בנייה לטובת בנייה לפלסטיניים, כאשר במזרח ירושלים, לא נעשה תכנון מגורים והתרחבות עבור פלסטינים במזרח ירושלים, וזאת בניגוד למדיניות התכנון כלפי מגורים ליהודים בשכונות היהודיות במזרח ירושלים וכן במערב העיר. נוסף על כך, 98.6% מבקשות להיתר בנייה בשטחי C שהוגשו על ידי פלסטינים נדחו על ידי המנהל האזרחי.
חוק פלילי.
בהתאם לסעיף 2 לתקנות שעת חירום (יהודה והשומרון – שיפוט בעבירות ועזרה משפטית) פלסטינים וישראלים כפופים ביהודה ושומרון למערכות משפט פלילי נפרדות. פלסטינים נשפטים בידי בבית משפט צבאי לפי החוק הירדני וצווי מפקד פיקוד המרכז, ואילו ישראלים נשפטים בבית משפט ישראלי לפי החוק הישראלי.
ב-2007, מועצה של האו"ם לביטול האפליה הגזענית דיווחה כי הפלסטינים והמתנחלים הישראלים בשטחים הכבושים נמצאים תחת מערכות חוק פלילי נפרדות, דבר שמוביל לכך שפלסטינים, יקבלו עונשים חמורים יותר, ביחס ליהודים, על אותן העבירות באותם התנאים. אמנסטי דיווחה כי בגדה המערבית, מתנחלים וחיילים שלוקחים חלק בפגיעה הפלסטינים, כולל הרג לא חוקי, זוכים לחסינות מעונש ומובאים לידי משפט רק לעיתים נדירות. בניגוד לכך, פלסטינים שנעצרים בידי הצבא הישראלי או השב"כ מוחזקים במעצר לתקופות ארוכות; במסגרת מעצר מנהלי שמבוצע בידי השב"כ בעיקר כנגד פלסטינים וכמעט לעולם שלא כנגד יהודים, לא ניתנות לעצורים זכויות להליך משפטי הוגן, כגון ידוע על העבירה אשר בגינה המעצר וזכות להבאה בפני בית-משפט. מעבר לכך, ישנם דיווחים על מעשי עינויים והזנחה של העצורים הפלסטינים, אולם דיווחים אלו נחקרים אך לעיתים רחוקות. ג'ון דוגארד השווה את הכליאה של הפלסטינים בידי ישראל למדיניות הכליאה באפרטהייד בדרום אפריקה באומרו: "מדיניות הביטחון של האפרטהייד בדרום אפריקה הובילה לעינויים בקנה מידה גדול. כך עושים גם כוחות הביטחון הישראליים. היו אסירים פוליטיים רבים באי רובן, אבל יש יותר אסירים פלסטינים בבתי-כלא ישראלים".
גישה למים.
הבנק העולמי מצא ב-2009 כי אף על פי שמתנחלים יהודים בגדה המערבית מהווים רק 15% מהאוכלוסייה באזור זה, 80% ממי השתייה משמשים אותם. עובדה זו מתווספת לכך שבהסכמי אוסלו הוסכם על ניהול משותף של הרשות הפלסטינית וישראל את משאבי המים. על-פי הרשות הפלסטינית, מצב זה יוצר חסרים חמורים במים בקרב הפלסטינים. בינואר 2012, מועצת ענייני החוץ של הפרלמנט הצרפתי פרסמה דו"ח אשר מתאר את מדיניות המים של ישראל בגדה המערבית כ"נשק שמשרת אפרטהייד חדש". הדו"ח טוען כי 450,000 המתנחלים בגדה המערבית משתמשים ביותר מים מאשר 2.3 מיליון הפלסטינים. נוסף על כך, הדו"ח טוען כי ישראל מפרה את החוק הבין־לאומי בכך שנאסר על הפלסטינים להשתמש באקוויפרים, ובכך שהיא הורסת בארות ומתקני טיהור מים. יגאל פלמור, דובר משרד החוץ הישראלי, אמר כי "הדו"ח רווי שפת פרופגנדה ארסית, והוא רחוק מאוד מביקורת מקצועית שאפשר להתווכח איתה". דו"ח שהופק בידי "מרכז בגין-סאדאת למחקרים אסטרטגיים" הסיק כי ישראל הגשימה את חלקה בהסכמי המים ושהמצב הוא "בדיוק ההפך מאפרטהייד" מאחר שישראל מספקת תשתית מים למעל ל-700 כפרים פלסטינים. האגודה לזכויות האזרח בישראל סיכמה ב-2008 כי מערכת הכבישים המופרדת בגדה המערבית, התפשטות ההתנחלויות, הגבלת הצמיחה של היישובים הפלסטינים, מענקים ונתינת שירותים שמבוססות על אפליה, וגישה לא שווה למשאבי טבע "מהווים הפרה בוטה של עקרון השוויון ודומים בדרכים רבות למשטר האפרטהייד בדרום אפריקה". ארגון זה חזר בו מהימנעותו להשתמש במילה אפרטהייד ביחס לישראל מאחר ש"המצב הולך ומחמיר במקום להשתפר".
חופש התנועה.
לפלסטינים החיים בגדה המערבית אין אזרחות או זכויות הצבעה בישראל (מלבד פלסטינים החיים במזרח ירושלים, אשר רשאים להצביע בבחירות המקומיות, אולם לא בארציות), ולמרות זאת כפופים להגבלות תנועה מצד הרשויות הישראליות. ישראל יצרה כבישים, דרכים ומחסומים בגדה המערבית עם מטרה המוצהרת של מניעת התנועה החופשית של האוכלוסייה הפלסטינית, במטרה למנוע את יכולת ההתניידות של טרוריסטים ומיליטנטים אחרים באזור. ארגון זכויות האדם בצלם טוען כי קווי מדיניות שכאלו מבודדים קהילות פלסטיניות ומשטר הדרכים של ישראל "שמבוסס על עקרון של הפרדה על בסיס אפליה, נושא קווי דמיון מובהקים למשטר האפרטהייד הגזעני שהתקיים בדרום אפריקה עד 1994".
בית המשפט הבין־לאומי לצדק קבע כי זכויותיה הבסיסיות של האוכלוסייה הפלסטיניות מובטחות בידי האמנה הבין לאומית לזכויות פוליטיות ואזרחיות, וכי נאסר על ישראל למנוע זכויות על משיקולי ביטחון. מארווה בישארה, מרצה ליחסים בין־לאומיים באוניברסיטה האמריקאית בפריז, טען כי ההגבלות על העברת סחורות בגדה המערבית ובין הגדה המערבית לישראל הן "דה פקטו שיטת אפרטהייד". אף על פי שנאסר על פלסטינים, הן בשטחי B והן בשטחי A לגור בהתנחלויות היהודיות, מיכאל אורן טוען כי "שום דבר מזה אפילו לא מזכיר אפרטהייד, מאחר שהרוב המוחלט של המתנחלים והפלסטינים בוחרים לגור בנפרד כתוצאה מהבדלים תרבותיים והיסטוריים, ולא כתוצאה מסגרגציה, וכל זאת אף על פי שאלפים מהם גרים צד לצד. הכבישים הנפרדים נבנו בתגובה להתקפות טרור – לא כדי ליצור סגרגציה. הם נבנו כדי להציל חיי יהודים. וכבישים בישראל משמשים הן יהודים ישראלים והן ערבים".
מערכת של היתרים, מחסומים ומתקני שליטה אחרים (כמו פילובוקסים) הוקמה ב-1990. ליילה פארסח טוענת כי שיטה זו "מציבה על הפלסטינים תנאים דומים לאלו שהוצבו על השחורים תחת חוקי האפרטהייד. כמו חוקי האפרטהייד, שיטת ההיתרים שולטת על התנועה של האוכלוסייה בהתאם לרצונות של המתנחלים". בתגובה לאינתיפאדת אל-אקצה, ישראל הרחיבה את הגבלות התנועה והפרידה למעשה בין הגדה המערבית לרצועת עזה. "באפריל 2002 ישראל הכריזה על החלוקה של הגדה המערבית ועזה לשמונה חלקים נפרדים, שמחוץ אליהם פלסטינים לא יוכלו לחיות ללא היתר".
ג'ון דוגארד אמר כי "חוקים אלו מזכירים את שיטת ההיתרים של דרום אפריקה בתקופת האפרטהייד, אבל למעשה מאפילים עליה בחומרתם". כמו כן, חבר הכנסת ג'מאל זחאלקה, גם כן אמר כי שיטת ההיתרים היא מאפיין של אפרטהייד. חבר הכנסת לשעבר עזמי בשארה, טען כי המצב הפלסטיני נוצר בעקבות "אפרטהייד קולוניאליסטי".
ארגון זכויות האדם בצלם אמר ב-2004 כי "הגישה של פלסטינים לכבישים באורך של 450 מיילים נחסמת לחלוטין או באופן חלקי" וכי לשיטה זו יש קווי דמיון ברורים למשטר האפרטהייד בדרום אפריקה.
באוקטובר 2005, צה"ל מנע מפלסטינים את הגישה לכביש 60, כחלק מהתוכנית להקים רשת כבישים נפרדת לפלסטינים וליהודים בגדה המערבית, בשל ריבוי הפיגועים שנעשו מצד פלסטינים כלפי יהודים בכבישים משותפים. כך למשל בין השנים 2001 - 2018 נרצחו בכביש 60 לבדו 49 אזרחים ישראלים בעשרות פיגועי טרור. הכביש נחסם לחלוטין לאחר ירי בשלושה מתנחלים בצמוד לבית-לחם. נכון ל-2005, נאסר המעבר של כלי רכב פלסטינים פרטיים, אולם הורשה המעבר של תחבורה ציבורית.