לוק מייעץ להורים לטפח בזהירות את הרגליהם הפיזיים של ילדיהם בטרם יפתחו בחינוכם האקדמי. עמדה זו אינה מפתיעה, כפי שהעירו חוקרים רבים, לאור העובדה כי לוק היה רופא במקצועו. משכך, הוא פותח את ספרו "מחשבות אחדות" בדיון על צורכיהם הפיזיולוגיים של ילדים, אולם חידוש זה, הנראה על פניו פשוט ומתבקש לכאורה, הפך לחלק בולט ממורשתו החינוכית של לוק. ספרים בתרבות המערב העוסקים בגידול עוללים מתמקדים עד היום בנושאי התזונה והשינה. כדי לשכנע הורים שעליהם להיות קשורים בראש ובראשונה לבריאות ילדיהם, לוק מצטט את המשורר הסאטירי הרומי יובנליס אשר כתב: "נפש בריאה בגוף בריא". לוק האמין בתוקף כי ילדים חייבים להיחשף לתנאים קשים כדי לחסנם. לדוגמה, כדי להיות חסינים לתנאי קור כאשר יתבגרו, הוא המליץ: "אין לכסות ילדים בשכבות לבוש חמות מדי, בחורף או בקיץ" זאת כיוון ש"הגוף יפתח סיבולת לתנאים שהורגל אליהם מן ההתחלה." בנוסף, כדי שהילד לא יפתח התקררויות, לוק הציע כי "יש לרחוץ את רגליו בכל יום במים קרים, ולנעול לו נעליים דקות דיין כדי שמים יחדרו לתוכן כל אימת שיתקרב למים". לוק טען כי אם ילדים יתרגלו לרגליים לחות, מקלחת שבה יתרטבו רגליהם לא תגרום להם לחלות בהתקררות. עצות כאלה (בין אם צייתו להן ובין אם לאו) נעשו מקובלות מאוד באנגליה. לוק אף נותן להורים עצות מפורטות בנושאים מגוונים, החל ממצעי המיטה, דרך תזונת הילד וכלה בהרגלי השינה.
המידה הטובה והיגיון.
לוק הקדיש את רוב ספרו "מחשבות אחדות" כדי להסביר כיצד ניתן להנחיל מידות טובות בילדים. הוא מגדיר מידה טובה כצירוף של שליטה עצמית והיגיון: "זהו אדם המסוגל למנוע מעצמו את תשוקותיו, לבטל את נטיותיו וללכת רק בעקבות מה שההיגיון מכתיב כדבר הטוב ביותר, אף שהתשוקה מושכת לכיוון נגדי".Locke, Some אנשים שיהיו בעתיד בעלי מידות טובות חייבים לא רק לנהוג בשליטה עצמית אלא אף לראות את דרך ההיגיון. לוק היה משוכנע כי ילדים יכולים לנהוג בהיגיון כבר בשלבים מוקדמים בילדותם וכי על הוריהם לנהוג בהם כיצורים בעלי תבונה. יותר מכך, הוא טען כי הורים חייבים, מעל הכל, לנסות וליצור "הרגל" של מחשבה רציונלית בילדיהם. לוק הדגיש באופן עקבי את היתרון שבהרגל על פני כלל – ילדים צריכים להפנים את ההרגל של מחשבה רציונלית תחת לשנן מערכת מורכבת של איסורים. להתמקדות זו של לוק בהיגיון ובהרגל יש מקבילות בחיבורו "מסה על שכל האדם". לאורך "המסה" מבכה לוק את חוסר ההיגיון של הרוב ואת חוסר היכולת, בגלל כוחו של המנהג, לשנות או לנטוש אמונות ותיקות. ניסיונו לפתור בעיה זו איננו רק כדי להתייחס לילדים כיצורים רציונליים, אלא אף כדי ליצור מערכת משמעת המבוססת על הערכה וחוסר הערכה לעומת תגמול וענישה. על פי לוק, תגמולים כגון ממתקים ועונשים כגון הכאה, הופכים ילדים לאנשים המתמקדים בתחושות תחת להתמקד בהיגיון; תחושות אלה מעוררות תשוקות ולא היגיון. לוק טוען כי "סוג כזה של משמעת עבדותית יוצרת מזג של עבד" (הדגשה של לוק).
חשוב להבין למה בדיוק התכוון לוק כאשר הוא יעץ להורים לנהוג בילדיהם כיצורים חושבים. לוק מדגיש תחילה כי ילדים "אוהבים שינהגו בהם כיצורים חושבים" לכן הורים צריכים לנהוג בהם כך. טרקוב טוען כי כוונתו של לוק הייתה כי יש לנהוג בילדים כיצורים חושבים אך ורק כיוון שהם מגיבים לתשוקה לקבל יחס כאל יצורים חושבים והם "מונעים רק על ידי תגמול ועונש" כדי להשיג מטרה זו.
בסופו של יום, לוק רוצה כי ילדים יהפכו למבוגרים מהר ככל שניתן. כפי שהוא טוען ב"מחשבות אחדות": "ההגנה היחידה כנגד העולם היא באמצעות ידע עליו, אליו יש להכניס את הגברים הצעירים בהדרגה ככל שהם מסוגלים, ככל שיקדם כך ייטב. בחלקו השני של חיבורו "על הממשל" (1689) לוק טוען כי זוהי חובת ההורים לחנך את ילדיהם ולפעול עבורם, כיוון שילדים, אף שהם בעלי היכולת לחשוב בהיגיון כבר בהיותם צעירים, אינם עושים זאת באופן עקבי ולכן בדרך כלל אינם נוהגים בהיגיון. זוהי חובת ההורים ללמד את ילדיהם לגדול להיות מבוגרים רציונליים כך שלא יהיו תלויים תמיד בקשרי הורות.
מערכת הלימודים.
לוק אינו מקדיש מקום רב בספרו "מחשבות אחדות" לפירוט מערכת לימודים מסוימת. תחת זאת הוא מתמקד יותר בשכנוע קוראיו כי חינוך משמעותו הנחלת מידות טובות, בשפת ימינו היינו מכנים זאת חינוך למיומנויות מחשבה ביקורתית. לגישתו של לוק הורים ומורים חייבים קודם כל ללמד ילדים כיצד ללמוד וליהנות מלימודים. כפי שהוא כותב, המורה "חייב לזכור כי עיסוקו כי לא כל כך בלימוד הילד כל מה שניתן לדעת, אלא לעורר בו את האהבה וההערכה לידע, להעלותו על הנתיב הנכון לרכישת ידע ולשיפור עצמי". לוק אף מציע מספר רמזים אשר למה שלדעתו מהווה חלק ממערכת לימודים בת-ערך. הוא יוצא נגד שעות הלימוד הרבות המבוזבזות על שינון לטינית וטוען כי יש קודם כל ללמד ילדים לדבר ולכתוב בשפת אימם. רוב המלצותיו של לוק מבוססות באופן דומה על עקרון תועלתני. כך לדוגמה הוא טוען כי יש ללמד ילדים לצייר כיוון שהדבר עשוי להועיל להם במסעות לארצות זרות (כדי לתעד את מקומות ביקוריהם), אולם הוראת שירה ומוזיקה הם לדעתו בזבוז זמן. לוק אף ניצב בחזית המהפכה המדעית ותמך בהוראת גאוגרפיה, אסטרונומיה, ואנטומיה. המלצותיו של לוק בתחום מערכת הלימודים עומדות בניגוד למסורת הסכולסטית ההומניסטית ומסמלות את תחילתו של עידן חדש בחינוך - עידן המדגיש לא רק את המדע אלא אף רכישת מיומנות מקצועית מועילה. לוק אף המליץ לדוגמה כי כל ילד (זכר) ילמד מקצוע. הצעותיו הפדגוגיות של לוק מסמנות את תחילתו של אתוס בורגני חדש אשר יאפיין את בריטניה במאות ה-18 וה-19.
היבטים מעמדיים.
כאשר לוק החל בכתיבת מכתביו, אשר היוו את הבסיס ל"מחשבות אחדות", הוא פנה לחבר אריסטוקרט, אולם הספר שהתפרסם פנה לקהל רחב הרבה יותר. לדוגמה, לוק כותב: "אני מציב את המידה הטובה כראשונה והנחוצה ביותר מבין אותן כישרונות, השייכות לאדם או לג'נטלמן". כפי שכתב ג'יימס אקסטל, אשר ערך את המהדורה המקיפה ביותר של כתביו החינוכיים של לוק: "אף על פי שהוא הפנה דבריו למעמד מצומצם, אין זה מוציא מכלל אפשרות שרבים מן הדברים שאמר על חינוך, במיוחד עקרונותיו המרכזיים, ניתנים ליישום במידה שווה על כל הילדים" (דגש במקור). כך גם ראו את דברי לוק כותבים בני זמנו. פייר קוסטה, במבוא למהדורה הצרפתית הראשונה בשנת 1695, כתב: "עבודה זו לבטח יועדה לחינוכם של ג'נטלמנים (בני המעמד הגבוה): אולם אין זה מונע שימוש בה לחינוכם של כל סוגי הילדים, יהא מעמדם אשר יהא."
בעוד שניתן ליישם את עקרונותיו החינוכיים הכלליים של לוק לכל הילדים, ובני זמנו כקוסטה אכן עשו זאת, לוק עצמו, למרות הצהרות שניתן לפרשן אחרת, האמין כי ספרו "מחשבות אחדות על החינוך" מתייחס לבני העשירים ולבני המעמד הבינוני בלבד. כפי שכותב פיטר גריי: "מעולם לא התברר לו כי כל ילד צריך להיות מחונך, או שכל אלה שיש לחנכם, הדבר צריך להיעשות באופן זהה. לוק האמין כי עד שתשתנה שיטת ההוראה בבתי הספר, על ג'נטלמן לחנך את ילדיו בבית על ידי מורה פרטי. באשר לעניים, הם אינם נוטלים כל חלק בספרו של לוק.". ב"חיבור על חוק העני" לוק מתייחס לשאלת חינוכם של בני העניים ומבכה את העובדה כי "הילדים של האנשים העובדים נופלים בדרך כלל כנטל על הקהילה ומוחזקים בדרך כלל בבטלה, כך שתפוקת עבודתם מבוזבזת עד הגיעם לגיל 12 או 14". לכן לוק מציע כי יוקמו "בתי ספר עובדים" בכל קהילה באנגליה לילדי העניים, כך "שהחל מגיל ינקות (בני שלוש) יורגלו לעבודה.". לוק ממשיך ומפרט את ההיבטים הכלכליים של הקמת בתי ספר כאלה וטוען כי יהוו מקור לרווח לקהילה ואף ינחילו בלב התלמידים מוסר עבודה.
היבטי מגדר.
בתקופתו של לוק התקיימו תאוריות חינוכיות אחרות אשר הציעו מערכת חינוכית נפרדת לחלוטין לבנות, גישתו של לוק בחיבורו "מחשבות אחדות" משווה בין בנים לבנות הרבה יותר.
"מחשבות אחדות" נכתב כתגובה לפניית חברו בשאלה כיצד לחנך את בנו ועל כן מטרתו העיקרית של הספר, כפי שניסחו לוק בפתיח הוא לענות על השאלה: "כיצד יש לחנך ג'נטלמן צעיר מעת ינקותו." לפ לוק, חינוך זה "לא יתאים באופן מדויק לחינוך בנות; עם זאת, במקומות שבהם הבדלי המין דורשים יחס שונה, לא יהא זה קשה להבחין בכך." (הדגש של לוק). מפיסקה זו ניתן ללמוד כי לוק סבר כי החינוך חייב בבסיסו להיות זהה לבנים ולבנות וכי צריכים להיות הבדלים בחינוך הבנות רק כאשר אלו ברורים מאליהם. פרשנות זו לגישתו של לוק מוצאת תימוכין במכתב שכתב לקלארק בשנת 1685 ובו קבע כי "לכן אני אינני מכיר בכל הבדל מגדר ביחס לשכל בכל הנוגע ל... אמת, מידה טובה וצייתנות, אינני חושב שיש דבר לשנות ממה שכתבתי בעבור בנך.".
מרטין סימונס טוען כי לוק "מציע, הן בעקיפין והן באופן ישיר, כי חינוכו של בן צריך להיות דומה לחינוך שניתן כבר לבנות מן המעמדות המשכילים.". תחת לשלוח בנים לבתי ספר אשר יתעלמו מצרכיהם האישיים וילמדו אותם רק מעט דברים בעלי ערך, לוק טוען כי יש לחנך בנים בבית כפי שנעשה באותה תקופה ביחס לבנות "כך ילמדו מיומנויות חיוניות לאחזקת הבית והאחוזה." לוק, בדומה לבת דורו הפרוטו-פמיניסטית מרי אסטל, האמין כי ניתן וצריך ללמד נשים להיות רציונליות ובעלות מידות טרומיות.