חברי שתי המפלגות התנגדו לעליית כוחות המונופולים, והעבירו את חוק שרמן נגד מונופולים, של הסנאטור ג'ון שרמן, ברוב גדול. הריסון חתם על החוק, שנתן לממשלה כוח חסר תקדים. ממשל הריסון לא אכף את החוק יתר על המידה. למחלקת המשפטים היה חסר כוח אדם להגשת תביעות כנגד מונופולים, והערפול שבחוק והפרשנות המצמצמת של השופטים מנעה ממנו להרחיב אותו. אולם הממשלה כן הצליחה לפרק מונופול פחם בטנסי במהלך תקופתו של הריסון והצליחה להגיש מספר תביעות כנגד מונופולים.
אחת הסוגיות הכלכליות החשובות באותה תקופה הייתה הצמדת הדולר לזהב בלבד או לזהב ולכסף. הרפובליקנים המערביים והדמוקרטים הדרומיים קראו להטבעה חופשית של כסף, ואילו צירים מצפון-מזרח המדינה תמכו בתקן הזהב. הכסף היה שווה פחות מסכום ההמרה שלו בזהב, ולכן חשבונות מקומיים שולמו בכסף, בעוד שמלווים בין לאומיים גבו חובות בזהב, שרוקנו את אספקת הזהב במדינה. הדפלציה העולמית גרמה לכך שתקן הזהב הוביל להפחתת ההכנסה ללא הפחתת החובות, והוביל לדרישה מצד בעלי החוב לקרוא להטבעת כסף חופשית שתגרום לאינפלציה.
נושא המטבע לא היה חלק ממסע הבחירות, ונאמר שהריסון עצמו תמך בדו מתכתיות. ויליאם וינדום, מזכיר האוצר, תמך בכסף חופשי. הריסון הציע הטבעה חופשית של כסף לפי ערך השוק, אולם לא הצליח. ביולי 1890, העביר הסנאטור ג'ון שרמן חוק שדרש רכישת כסף, אולם החוק רק הגביר את הידלדלות מאגרי הזהב, שנפתרה לאחר מכן בתקופתו של קליבלנד. החוק פילג את המפלגה הרפובליקנית והוביל לעליית "רפובליקני הכסף", חברי הקונגרס מהמערב שדרשו הטבעת כסף חופשית ועברו לתמוך בדמוקרטים.
זכויות האזרח.
בניגוד לתיקון החמישה עשר לחוקת ארצות הברית, מנעו מדינות דרומיות רבות משחורים את זכותם להצביע. התובע הכללי של הריסון, ויליאם מילר, ציווה לאכוף את זכויות ההצבעה בדרום. אולם מושבעים לבנים לא הרשיעו או הגישו כתב אישום כנגד מפרי חוק. הריסון היה משוכנע שהמדיניות ה"לבנה" של הרפובליקנים בניסיון למשוך לבנים דרומיים אל המפלגה נכשלה, וכי שלילת זכויות ההצבעה מהשחורים אינה מוסרית, לכן דרש פיקוח ממשלתי על הבחירות בדרום. הרפובליקנים, בהנהגת הריסון וחבר הקונגרס הנרי קבוט לודג', ניסו להעביר חוק שיגן על זכויות האזרח של האוכלוסייה השחורה. החוק דרש עונשים על הפרת זכויות האזרח. הדרום טען שהחוק יאפשר לצבא לאכוף זכויות הצבעה, אף על פי שהחוק לא קבע קביעה כזאת. הריסון תמך בחוק, שעבר בבית הנבחרים הרפובליקני, אולם לא עבר בסנאט כיוון שהרפובליקנים התמקדו בעיקר במכסי המגן. בינואר 1891 שלושים וחמישה חברי סנאט תמכו בהשעיית החוק לעומת שלושים וארבעה מתנגדים. החוק זכה גם להתנגדות בקרב מנהיגי המפלגה בערים שחששו למעמדם, והרפובליקנים היו מוכנים להקרבת החוק. החוק היה הניסיון הממשלתי המשמעותי האחרון להגן על זכויות האזרח של השחורים עד לשנות השלושים. עם כישלון החוק, העבירו מדינות הדרום את חוקי ג'ים קרו, ששללו באופן כמעט מוחלט את זכויות ההצבעה מהשחורים.
לאחר מכן נאם הריסון בפני הקונגרס וטען שהעבדים הובאו לארצות הברית בשרשראות ושעליהם לקבל זכות חופשית להצביע. הוא פקפק בזכות המדינות להחליט מי יצביע, וטען שדבר זה לא חוקתי. הוא תמך בהקמת בתי ספר מעורבים ובתיקון חוקתי שיאפשר שוויון גזעי.
בחירות אמצע הכהונה 1890.
עם סוף כהונת הקונגרס, העבירו הריסון והקונגרס הרפובליקני את החוקים המשמעותיים ביותר בתולדות ארצות הברית, אולם תוצאות בחירות אמצע הכהונה ב-1890 עצרו את יוזמותיהם. בבחירות, השתלטו הדמוקרטים על בית הנבחרים וחיסלו את הרוב הרפובליקני. הרפובליקנים איבדו כמעט מאה מושבים בבית הנבחרים. לעומת זאת הם שמרו על הרוב שלהם בסנאט. המפלגה הפופוליסטית התחזקה בקרב החקלאים בדרום ובמערב התיכון.
יערות לאומיים.
במרץ 1891 העבירו הקונגרס והריסון חוק שאפשר הקצאת קרקעות ציבוריות ליערות. החקיקה נבעה מרצון דו מפלגתי להשתמש באדמות העודפות שעד אז שימשו למגורים או למסילות רכבת. בתוך חודש מהעברת החוק, הקצה הריסון קרקע לשמורת הטבע הראשונה. הוא הקצה 22 מיליון אקרים בכהונתו למטרות אלו. הריסון היה גם הנשיא הראשון שהעניק הגנה ממשלתית לחורבה אינדיאנית פרה היסטורית.
מדיניות כלפי האינדיאנים.
במהלך כהונתו של הריסון, החל שבט הלקוטה, שהוגבל בעיקר לדרום דקוטה, תנועה רוחנית ודתית שנקראה "ריקוד הרוחות". רבים בוושינגטון חשבו שמדובר בתחילתו של מרד, והצבא התערב. התוצאה הייתה טבח המוני של נשים וילדים שנערך ב-29 בדצמבר 1890, וקבורתם בקבר המוני. הריסון דרש חקירה שתיערך בצבא ועצר את המהומות, בפעם האחרונה שהאמריקנים נלחמו באינדיאנים. הריסון דרש מהאינדיאנים להשתלב בחברה הלבנה, ולמרות הטבח, האמין שמדיניותו הייתה מוצלחת. המדיניות הייתה ליברלית, אולם גרמה למכירת רוב אדמות האינדיאנים במחירים נמוכים לספקולנטים לבנים.
טכנולוגיה והצי.
במהלך כהונתו של הריסון, חלו התפתחויות טכנולוגיות רבות; הריסון היה הנשיא הראשון שקולו הוקלט והוא אף התקין חשמל בבית הלבן, אם כי הוא ואשתו ישנו בדרך כלל עם אורות דולקים ולא נגעו במתגים, מחשש להתחשמלות.
במהלך תקופת כהונתו, דרש הריסון את הגברת כוחו של הצי. הצי היה במשבר לאחר מלחמת האזרחים אולם החל ברפורמה ובהתרחבות במהלך כהונתו של הנשיא צ'סטר ארתור. כאשר הריסון נכנס לתפקידו היו בצי רק שתי ספינות מלחמה והוא דרש להגדיל את מספרן. עמדתו זכתה לתמיכת הצי, בטענה שהצי יוכל להגן על הסחר האמריקני. ב-1890, פרסם הקפטן אלפרד תייר מהן את ספרו "השפעת העוצמה הימית על ההיסטוריה", וקרא להרחבת הצי. הריסון תמך בכך, ומהן חזר לתפקידו כנשיא מכללת המלחמה של הצי. מזכיר הצי של הריסון, בנג'מין טרייסי, החל בחידוש מהיר של הצי, ובתוך שנה אישר הקונגרס לבנות ארבע ספינות קרב. עד 1898, בעזרת תאגידים, בנתה ארצות הברית עוד עשר ספינות קרב, שבע מתוכן החלו להיבנות בתקופתו. הספינות המודרניות הפכו את ארצות הברית למעצמה ימית לגיטימית.
צבא ארצות הברית גם הוזנח מאז מלחמת האזרחים, למרות הקרבות מול האינדיאנים. כאשר הריסון נכנס לתפקידו, היו 28,000 קצינים ומגויסים, ורוב ציודם היה נחות לעומת מקביליהם האירופאיים. מזכיר המלחמה פרוקטור ביקש לבצע רפורמות, כולל הענקת חופשות שחרור ותפריט משופר, שהורידו את שיעורי העריקות. הקצינים החלו להיות מקודמים לפי חילותיהם (חיל הרגלים או חיל הפרשים) ולא לפי הגדודים שלהם, ואלו שעמדו לקבל קידום נאלצו לעבור מבחנים. בנוסף, מונה סגן מזכיר מלחמה. הרפורמות של הריסון הקטינו בחצי את שיעורי העריקות, אך הצבא נותר באותו מצב עם תום כהונתו. על שמו של הריסון נבנה 'פורט בנג'מין הריסון' באינדיאנה.
מדיניות חוץ.
אמריקה הלטינית וסמואה.
הריסון ומזכיר המדינה בליין לא היו ידידים טובים, אולם תמכו במדיניות חוץ אגרסיבית ושיתוף פעולה כלכלי. בנוסף, שניהם דרשו את החלפת בריטניה ככוח הכלכלי השולט באמריקה הלטינית. הריסון נאלץ להתמודד עם ענייני החוץ בעקבות מחלתו של בליין. במהלך טיול ברחבי המדינה ב-1891, בסן פרנסיסקו, הכריז הריסון שהצי יגן על הספינות באוקיינוס ויעלה את יוקרת ארצות הברית ואת השפעתה. ב-1889, התכנסה ועידת המדינות האמריקנית בוושינגטון. הריסון רצה להגיע לאחידות מטבע ולהורדת מכסים עם המדינות. הוועידה לא השיגה פריצת דרך משמעותית, בשל חשדנות הדדית. היא כן הצליחה להקים מרכז מידע שהפך לארגון מדינות אמריקה. בתגובה, ניסו הריסון ובליין לבצע איחוד מכסים עם מדינות אמריקה הלטינית, וחתמו איתם על כמה הסכמים. הוא לא הצליח ליצור בסיס ימי בהאיטי.
ב-1889, ארצות הברית, הממלכה המאוחדת וגרמניה הסתכסכו על איי סמואה. הסכסוך החל ב-1887 כשהגרמנים ניסו להשתלט על האי והנשיא קליבלנד שלח שלוש ספינות להגן על הממשלה. הריסון שלח משלחת דו מפלגתית לברלין כדי לנסות ולפתור את המשבר, והגיע להסכם, שחילק את ההשפעה בסמואה, ב-1889. הריסון נקט קו תוקפני, בחר שליט מקומי וסירב לתת לגרמניה להתערב. מזכיר המדינה בליין, שהיה חולה, לא היה מעורב.
חרם אירופאי על בשר חזיר.
כמה מדינות אירופאיות הטילו חרם על בשר חזיר אמריקני מתוך חששות בריאותיים. הריסון שלח השגריריו לדרוש את חידוש היצוא למדינות. בנוסף העביר חוק לפיקוח על הבשר. כמו כן, החרימה ארצות הברית סוכר מגרמניה, שנאלצה לוותר על החרם בספטמבר 1891, ואחריה גם דנמרק, צרפת והאימפריה האוסטרו-הונגרית.
משברים באיים האלאוטיים ובצ'ילה.
המשבר הבין לאומי הראשון של הריסון היה סכסוך על זכויות דיג עם קנדה, שדרשה זכויות דיג וציד כלבי ים באיים האלאוטיים, בניגוד לחוק. הצי פשט על ספינות קנדיות והגיע להסכמים עם הבריטים, שכללו מתן פיצויים לארצות הברית.
ב-1891, התרחש משבר בצ'ילה. השגריר האמריקני, שהיה ממוצא אירי, העניק מקלט לצ'יליאנים שברחו לאחר מלחמת האזרחים, כדי לפגוע בהשפעה הבריטית שם. המתיחות בין צ'ילה וארצות הברית התגברה, והייתה מתוחה גם כך בשל העובדה שבליין בודד את צ'ילה במהלך מלחמת האוקיינוס השקט.
המשבר פרץ כשמלחים מספינת בולטימור עגנו בצ'ילה ובעקבות קטטה, שני מלחים נהרגו ואחרים נעצרו. הקפטן טען שהמשטרה הצ'יליאנית תקפה אותם ללא סיבה, וכשבליין היה חולה, דרש הריסון פיצויים. הצ'יליאנים התנגדו לכך וטענו שמדובר בעניין פלילי.