אגודות פועלים יהודים ציוניים החלו להתארגן עוד ב-1898 בערים ועיירות ב"תחום המושב" היהודי של האימפריה הרוסית תחת השם היידי "ארביַיטער ציוניסטן"; זאת כתגובה להתארגנות מפלגת "הבונד", הלא-ציונית.
בשנת 1901 התכנסה ועידת אגודות פועלי ציון בעיר מינסק. למרות העקרונות הראשוניים, המחלוקות היו רבות והתרכזו במהות הזיקה לארץ ישראל, בסוג הקשר שאמור להיות למפלגה עם האינטרנציונל הסוציאליסטי ("אחדות המעמד", כלומר הקשר עם בני מעמד פועלים לא-יהודים) ובפרט בקשר עם המהפכנים הרוסים (חלק מחברי פועלי ציון היו "נרודניקים", מושפעים מתנועת נרודניה ווליה). בשנת 1905, בעקבות תוכנית אוגנדה שהוצגה בקונגרס הציוני השישי, פרשו מהמפלגה המתהווה ה"טריטוריאליסטים", שהקימו את "מפלגת הפועלים הציונית-סוציאליסטית" (ס. ס.) ופרשו מהתנועה הציונית. בעקבות מהפכת 1905 ברוסיה פרשו מ"פועלי ציון" ה"סיימיסטים", שביקשו להתארגן במסגרת המדינה הרוסית.
ועידת היסוד של המפלגה התקיימה בשנת 1906 בעיר פולטבה שבדרום-מזרח האימפריה הרוסית (רוסיה החדשה, כיום אוקראינה). הוגה הדעות המרכזי של המפלגה היה דב בר בורוכוב. סניפים של המפלגה נוסדו בנוסף לרוסיה גם באוסטריה, באמריקה, באנגליה ובארץ ישראל.
בשנת 1907, במקביל לקונגרס הציוני השמיני, נערכה ועידה עולמית של פועלי ציון בהאג, שבה הוקמה ברית הפועלים הסוציאליסטית העולמית של פועלי ציון, אשר איחדה את סניפי המפלגה ברחבי העולם על מנת לייצג אותה בקונגרס הציוני.
ב-24 - 26 באוקטובר 1910, התקיימה הוועידה החמישית של פועלי ציון בלבוב.
אידאולוגיה.
האידאולוגיה של המפלגה הייתה לרוב "סוציאליזם קונסטרוקטיבי"; לפיו עתידו של העם היהודי נתון בסכנה והדרך היחידה להצילו היא להקים אותו מחדש כעם בריא המושתת על המגזר היצרני של פועלים. מנהיג המפלגה דב בר בורוכוב סבר כי את מדינת הפועלים של העם היהודי ניתן להקים רק בארץ ישראל; מדינה עתידית זו אמורה להתנהל על פי עקרונות הסוציאליזם האוטופי, היא תכלול מוסדות שיתופיים, תתנהל בשוויון, אזרחיה יתפרנסו מעבודת כפיים וחקלאות בד בבד עם השכלה, תרבות ואמנות פתוחים לכל.
מפלגת פועלי ציון ראתה בעצמה מראשיתה את הכוח המניע של התארגנות השדרות הרחבות של המוני הפועלים היהודים במזרח אירופה. היא ראתה בעצמה מפלגת המון, גם כאשר מנתה מאות ספורות של חברים, ולפיכך קבעה קו מרכזי ממלכתי ולא קיצוני; היא ראתה עצמה מפלגה שאמורה להוביל את העם ולהנהיג אותו. מבחינה חברתית-כלכלית מפלגה שדגלה בסוציאליזם מהפכני, ומבחינה פוליטית-מדינית הניחה את הבסיס לתפיסה ה"אקטיביסטית" בציונות, המבקשת להתקדם לפתרון תוך עשייה ולא תוך דיונים מדיניים.
מול פועלי ציון, בהתמודדות על אותו קהל יעד, ניצבו מפלגת "הבונד" הלא-ציונית וכן מפלגת "הפועל הצעיר", שמורה הרוחני היה א. ד. גורדון, אשר העלתה על נס את השימוש בשפה העברית (שתי הראשונות ראו ביידיש את שפת החיים והתרבות של היהודי העמל), והייתה פחות סוציאליסטית-רדיקלית ויותר מתונה ונכונה לפשרות מבחינה מדינית.
דוד בן-גוריון סיכם ב-1931 את אופייהּ המיוחד של "פועלי ציון":
ייסוד מפלגת פועלי ציון בארץ ישראל.
דוד בן-גוריון, ישראל שוחט, יעקב זרובבל ויצחק בן-צבי, מן המנהיגים הצעירים הבולטים של פועלי ציון עלו לארץ ישראל בעלייה השנייה ועמדו בראש סניף המפלגה שנוסד בארץ ישראל. הסניפים המרכזיים היו בירושלים, בראשותו של בוריס שץ, וביפו.
בסוכות תרס"ז (6–7 באוקטובר 1906) התקיימה ביפו ועידת היסוד של מפלגת פועלי ציון בארץ ישראל. עיקר הבעיה שעִמה התמודדו מפלגות הפועלים הייתה צעירים וצעירות מאנשי העלייה השנייה שהתקשו למצוא עבודה וסבלו ממצוקה כלכלית, כאשר אנשי העלייה הראשונה, המבוססים יחסית, העדיפו ברובם להעסיק עובדים ערבים מיומנים וזולים יותר ולא את אנשי העלייה השנייה. עם זאת, הוועידה הציפה את חוסר ההסכמה בין חברי המפלגה השונים בארץ ישראל, שהגיעו מסניפים שונים של פועלי ציון. לפיכך הוחלט על גיבוש מצע על ידי נציגות שתתכנס ברמלה – "פלטפורמת רמלה".
פלטפורמת רמלה ואחריה.
בחוץ לארץ התמודדה המפלגה עם השאלה לגבי אחדות המעמד עם הפועל הלא-יהודי; בארץ הפועל הלא-יהודי היה הפועל הערבי שמולו התנהל "כיבוש העבודה", שהציב סוגיה סוציאליסטית סבוכה לפתחה של המפלגה. פתרון שאלה זו עמד במרכז הדיונים ברמלה. המצע של פועלי ציון נוסח כמניפסט, ברוח המניפסט הקומוניסטי. לפי מנסחי המצע, ארץ ישראל כמעט ריקה והפועלים שבה (הערבים) אינם מסוגלים לנהל מלחמת מעמדות מול הקפיטליזם. הפועלים היהודים יהיו חייבים, מתוך מצב היסטורי מחויב המציאות (סטיכי) לעלות לארץ ישראל, באין כל מקום אחר בו יוכלו לחיות חיים יצרניים. הם אלו שינהלו מלחמת מעמדות, תוך בנייה של חברה צודקת ושוויונית.
הפתרון שניתן על ידי אחדים (בהם בן-גוריון) היה שהפועל הערבי הפשוט הוא חבר-למעמד, והאויב האמיתי – הן המעמדי והן הלאומי – הוא ה"אפנדי", בעל האדמות הערבי העשיר. כן הגדירו בן-גוריון ובן-צבי שמטרת המפלגה במגעיה עם הערבים היא לקומם אותם כנגד האפנדים הקפיטליסטים.
המצע לא נתן מענה לכל השאלות שפילגו את פועלי ציון, אך עד מהרה התברר שעל המפלגה בארץ ישראל להתמודד מול שאלות שונות מאלו שמולן עמדה בחוץ לארץ. ראשית, "הבונד" – הגורם המרכזי שמולו ניהלה המפלגה את תעמולתה – לא היה גורם בארץ ישראל, ואילו מפלגת הפועלים בת הפלוגתא הראשית בארץ ישראל הייתה "הפועל הצעיר". שאלת העברית מול יידיש הלכה עד מהרה ונפתרה לטובת שימוש בעברית כדרך חיים. הביטאון הראשון של פועלי ציון, "דער אנפאנג", יצא אמנם ביידיש, אך לאחר שני גליונות הוחלף בביטאון העברי "האחדות".
שאלה נוספת הייתה שאלה ההתעת'מנות, כלומר הוויתור על הנתינות הרוסית או האירופית לטובת קבלת נתינות מקומית עות'מאנית, שיש בה כדי לסייע בחיי היום-יום ולאפשר השתלבות במערך הפוליטי של האימפריה. בן-גוריון ובן צבי אף התעת'מנו ויצאו ללימודי משפטים בקושטא, אך למפלגה לא הייתה דרישה ברורה בנושא במצעה.
בתחילה התנגדה המפלגה להתיישבות פועלים בסגנון עין גנים, כיוון שראתה בכך ניסיון להפוך לאיכרים-בורגנים ("בעלבתים"), אולם מאוחר יותר תמכה ואף הובילה ניסיונות התיישבותיים שיתופיים.
החוקר אלקנה מרגלית מציין שבעיקר בגלות (בעיקר בפולין וברוסיה) הייתה למהפכת אוקטובר השפעה אדירה על המפלגה. המפלגה נאלצה להצדיק ולקיים את אידיאל הלאומיות הציונית בסביבה רעיונית ששללה לאומיות. היא ביקשה דרכים להטמיע את הרעיונות החדשים של המהפכה במפלגה ולקיים את הגופים העממיים בתנאים החדשים. ואולם בארץ ישראל עמדה התנועה מול משבר העלייה השנייה, האכזבה מהניסיונות ליצירת "עם עובד" בארץ ישראל והפסימיזם מן הציונות העובדת כפי שנוסח למשל על ידי אחד העם. פערים אלה בנושאים העיקריים ובחוויות החיים השונות בין הארץ לחו"ל תרמו ליצירת מצע רעיוני ופרוגרמטי עצמאי נפרד של פועלי ציון בארץ ישראל.
המצע המעודכן של פועלי ציון דיבר על כינון אומה עובדת תוך אימוץ קואופרציה בכל תחומי העשייה וההתיישבות, לשם בניית מדינה על בסיס הון לאומי-ציבורי, שיועמד לרשותה ויתוכנן על ידיה לטובת כלל המתפרנסים מבלי לנצל את עמל חבריהם (ולא בדרך של מלחמת מעמדות מול יצירה קפיטליסטית "מקרית", "ספקולטיבית" ו"פראית").
פעולות עיקריות.
אחת מהפעולות העיקריות של פועלי ציון הייתה ארגון ההגנה העצמית היהודית, בתחילה במסגרת ארגון "בר גיורא" ולאחריו ארגון "השומר". המפלגה אף ניסתה לגבש "ארגון התעמלות" (כלומר ארגון ספורטיבי בעל זיקה להכשרה צבאית) בשם "שמשון פועלי ציון".
פעילות מרכזית נוספת הייתה הקמת ארגונים לעזרה הדדית לפועלים, שירותי סיוע במציאת עבודה, שירותי סיוע רפואי וערבות הדדית במקרה של אבטלה או חוסר יכולת של פועל לעבוד. המפלגה תמכה בהסתדרויות הפועלים שנוצרו (הסתדרות פועלי יהודה, הסתדרות פועלי השומרון והסתדרות פועלי הגליל), וניסתה להשיג בהן מוֹבִילוּת.
המפלגה פעלה בחוץ לארץ לארגון קבוצות לעלייה לארץ ישראל; היא פתחה חוות להכשרה חקלאית ולימוד עברית, פעילות שמאוחר יותר אוחדה במסגרת תנועת "החלוץ". פעילות ההתארגנות של פועלי ציון התקיימה במקביל לפעילות דומה של הפועל הצעיר, תוך תחרות על הצעירים היהודים. עולים שהגיעו ליפו ללא מסגרת ארגונית נתקלו על הרציף ב"משכנעים" מטעם שתי המפלגות, שמשכו אותם בשולי בגדם לסניף משרד העבודה או "לשכת המודיעין" של המפלגה ה"נכונה".
זרוע ביצועית חשובה של המפלגה הייתה הקמת קפא"י, קופת פועלי ארץ ישראל, מוסד פיננסי למימון פעילות המפלגה ומפעליה.
בד בבד עם התעצמות המפלגה בארץ ישראל, ניתַּק מרכזה הרעיוני והמעשי מהמרכזים בחוץ לארץ. דבר זה הביא להתקרבות אישית ורעיונית בין ראשי פועלי ציון בארץ ובין מנהיגי הסתדרויות הפועלים הארץ-ישראליות "הבלתי מפלגתיים", ובראש ובראשונה בין דוד בן-גוריון מזה ובין ברל כצנלסון מזה. התרקמות הקשרים האישיים בין נציגי שתי התנועות החלו במסגרת הגדודים העבריים במלחמת העולם הראשונה והבשילו לאחר תומה בהקמת אחדות העבודה.
הקמת מפלגת אחדות העבודה.