בשלב זה הורשו ורינה ובתם הצעירה ויני להצטרף לדייוויס ובסופו של דבר שוכנה המשפחה במגורי הקצינים. בעת מאסרו הואשם דייוויס בבגידה. אחד מעורכי דינו היה מושל מרילנד לשעבר, תומאס פראט. ב-1865 התנהל דיון ער בנוגע לעריכתם של משפטי בגידה, בעיקר נגד דייוויס. בעוד שלא היה על כך קונצנזוס בקבינט של הנשיא אנדרו ג'ונסון, ב-11 ביוני 1866 הצביע בית הנבחרים של ארצות הברית על העמדתו של דייוויס למשפט ברוב של 105 תומכים ו-19 מתנגדים. אף על פי שדייוויס עצמו היה מעוניין בקיומו של משפט כזה, לא נערכו שום משפטי בגידה כנגד אף אחד, שכן התחושה הייתה שלא תופק מהם שום תועלת והם רק יזיקו למאמצי הפיוס. היה גם חשש באותה תקופה שמשפטים כאלו עשויים להוביל להחלטה שיפוטית שתיתן תוקף לחוקתיות של זכות הפרישה (בהמשך בוטלה זכות זו על ידי בית המשפט העליון בפסק דין "טקסס נגד וייט" משנת 1869 שהכריז שזכות הפרישה נוגדת את חוקת ארצות הברית).
בשלב הראשון זומן חבר מושבעים של 12 שחורים ו-12 לבנים למשפט בניהולו של השופט ג'ון קרטיס אנדרווד.
לאחר שנתיים של מאסר, שוחרר דייוויס בערבות של 100,000 דולר ששולמה על ידי שורה של אזרחים נכבדים כמו הוראס גרילי, קורנליוס ואנדרבילט וגריט סמית' (סמית' היה חבר בקבוצת "השישייה הסודית" שתמכה כספית במתנגד העבדות ג'ון בראון). דייוויס יצא למונטריאול כדי להצטרף למשפחתו שנמלטה לשם קודם לכן וחי בלנוקסוויל שבקוויבק עד 1868. הוא גם נסע לקובה ולאירופה בחיפוש אחר עבודה. בשלב מסוים הוא התארח אצל ג'יימס סמית', בעליו של בית יציקה בגלאזגו שהתיידד איתו עוד כאשר ביקר במדינות הדרום לצורך קידום עסקיו. האישום נגד דייוויס נותר על כנו עד אשר בחג המולד 1868 הוציא הנשיא ג'ונסון כתב חנינה נשיאותי על כל עבירת בגידה שבוצעה על ידי "כל אדם שהשתתף באופן ישיר או עקיף בהתקוממות או במרידה האחרונה" וב-15 בפברואר 1869 סגר בית המשפט הפדרלי את התיק כנגד דייוויס לאחר שנציג התביעה הודיע לבית המשפט שהוא לא ימשיך יותר בהליכים נגד דייוויס.
שנותיו האחרונות.
לאחר שחרורו מהכלא ולאחר שהוענקה לו חנינה, ניצב דייוויס בפני קשיים כלכליים מתמשכים, לצד חיי משפחה בלתי יציבים. ג'וזף, אחיו הבכור, מת ב-1870, בנו ויליאם האוול דייוויס מת ב-1872 ובנו השני, ג'פרסון דייוויס הבן מת ב-1878. רעייתו ורינה הייתה חולה לעיתים קרובות או שהתה מעבר לים ולמשך תקופה מסוימת היא סירבה להתגורר עמו בממפיס. דייוויס סלד מהאפשרות של הזדקקות לצדקה והיה מוכן לקבל רק משרות שהיו יאות לאדם במעמדו שכיהן כסנאטור וכנשיא הקונפדרציה. כמה ממשרות כאלו שהוא לקח על עצמו הוכחו ככישלונות פיננסיים. באחת מנסיעותיו הרבות לאנגליה הוא תר אחר משרה בתחום המסחר בעיר ליברפול. החברות הבריטיות, בכל אופן, היו חשדניות, הן בשל חוסר העניין שלהם במכרות בקנדה, והן בשל חדלות הפירעון של מיסיסיפי בשנות ה-40 של המאה ה-19. דייוויס גם סירב מסיבות כלכליות לקבל משרות כמו מנהל אקדמיית רנדולף-מקון בוירג'יניה ובאוניברסיטת הדרום בסווני, טנסי.
ב-1869 החל דייוויס לעבוד כנשיא חברת ביטוח החיים קרוליינה בממפיס במשכורת שנתית של 12,000 דולר בתוספת הוצאות נסיעה והוא התגורר במלון פיבודי המקומי. הוא גייס לעבודה קציני צבא הקונפדרציה לשעבר כסוכנים וב-1870 אישרה מועצת המנהלים של החברה את מינויו. ב-1873 הוא הציע שהחברה תקים מועצות נאמנים בסניפיה השונים ושהתנאי לכניסה לחבר נאמנים כזה תהיה רכישת פוליסה בשווי של לפחות 5,000 דולר או רכישת מניות של החברה בשווי של לפחות 1,000 דולר. באמצע אותה שנה השפיע המשבר הפיננסי של 1873 על החברה ודייוויס התפטר כאשר החברה התמזגה עם חברה אחרת על אף התנגדותו לכך. הוא גם תכנן את הקמתה של "חברת דייוויס לנד" שבה יוכלו משקיעים לשלם עשרה דולרים למנייה בשטח של 5,700 אקר של אדמה שהייתה בבעלותו בארקנסו. הוא ניסח תשקיף שבו הוא ציין שהוא בעל הון של יותר מ-40,000 דולר והכנסתו לא הגיעה ל-200 דולר.
במותו של הגנרל לי, נעתר דייוויס ב-3 בנובמבר 1870 לבקשה לנהל את טקס הזיכרון הפרסביטריאני בריצ'מונד. הנאום שהוא נשא קידם יוזמות עתידיות, אף על פי שהוא דחה אותם עד יולי 1871, כאשר הוא נשא את נאום הפתיחה באוניברסיטת הדרום. שנתיים לאחר מכן נאם דייוויס בפני החברה ההיסטורית של וירג'ינה בווייט סולפר ספרינגס, שם הוא הכריז שהדרומיים "רומו ולא נכבשו" ושהם מעולם לא היו נכנעים אם הם היו חוזים את תקופת השיקום. בקיץ 1871 הסכים דייוויס לנאום ב-17 ירידים חקלאיים במערב התיכון. הוא ספג ביקורת שהוטחה כלפיו בעיתון שיקגו טריביון ובאינדיאנה הושמעו איומים על חייו, אך הקהל בקנזס סיטי ובפיירוויו שבקנטקי קיבל אותו יפה. במהלך השנתיים הבאות החל דייוויס לכתוב את ספריו אודות הקונפדרציה ונאם רק בפני חברים לנשק לשעבר, ותיקי מלחמת ארצות הברית–מקסיקו (שבפניהם הוא תקף את תוכנית השיקום) ובפני ותיקי צבא הקונפדרציה (שבפניהם הוא קידם את הפיוס).
בשלבים הראשונים של תקופת השיקום שמר דייוויס על שתיקה ולא הביע את דעותיו, אך בחוגים סגורים הוא גינה את המשטר הצבאי הפדרלי והוא האמין ששלטונם של הרפובליקנים על מדינות הקונפדרציה לשעבר בלתי מוצדק. ב-1870 נבחר במיסיסיפי הירם רודס רבלס, האפרו-אמריקאי הראשון שכיהן כחבר בסנאט ארצות הברית, במקומו של אלברט ג. בראון. יותר מכך, במהלך המלחמה, לאחר שג'וזף דייוויס נטש את מטעיו בדייוויס בנד ולאחר כיבוש ויקסבורג והסביבה, המשיך הגנרל גרנט את הניסיון האוטופי של ג'וזף דייוויס והורה שהקרקעות הללו יוחכרו לעבדים משוחררים שהורשו להתיישב באזור. אף על פי שג'וזף דייוויס קיבל את האדמות באופן מידי, מנהיגים שחורים רבים שהגיעו מהמטעים נבחרו כשופטים וכשריפים. לאחר שבשיטפונות של 1867 השתנה נתיבו של נהר המיסיסיפי, מכר ג'וזף דייוויס את המטע לעבד לשעבר שניהל חנות, בן מונטגומרי. בנו של מונטגומרי, אייזיאה תורנטון מונטגומרי, היה השחור הראשון ששימש במשרה רשמית לאחר שהגנרל אדוארד אורד מינה אותו כמנהל הדואר של דייוויס בנד. בן מונטגומרי עצמו נבחר כשופט שלום. אישי ציבור שחורים נוספים במהלך תקופת השיקום במיסיסיפי היו ישראל שד, שנבחר כיושב ראש בית הנבחרים של המדינה והמחוקק אלברט ג'ונסון.
ג'פרסון דייוויס ראה בשלטון ה"כושי והיאנקי" בדרום כמדכא, ואת דעתו זו הוא הביע כבר ב-1871 ובעיקר לאחר 1873. כמו רבים מבני זמנו, הוא האמין שהשחורים נחותים בהשוואה ללבנים. אחד מהביוגרפים המודרניים שלו מאמין שדייוויס העדיף את קיומו של הסדר החברתי הדרומי שכלל "מדינה לבנה דמוקרטית המבוססת על שליטה בבני הגזע השחור הממודרים".
ג'וזף דייוויס מכר את שני המטעים שלו לבן מונטגומרי ולבניו. מתוך הבנה שהוא לא יוכל לנהל את מטעיו באופן יעיל בלי 375 העבדים שהיו בבעלותו לפני המלחמה, הוא ציפה שבני מונטגומרי יכלו לנהל את כוח האדם בעבודה באופן יעיל יותר ואכן ב-1865 הם הפיקו כ-2,000 חבילות כותנה והרוויחו 160,000 דולר. אך כאשר באביב 1867 עלה נהר המיסיסיפי על גדותיו ושינה את נתיבו, הוחרבו שטחים רבים ב"אי דייוויס". לאחר מותו של ג'וזף דייוויס שנתיים מאוחר יותר, הוא הותיר בצוואתו שנכתבה ב-1869 את רכושו לשני נכדיו היתומים ולילדיו של אחיו ומינה את ג'פרסון דייוויס כאחד משלושת האפוטרופוסים. לאחר שהוא הפסיד כספים במשבר הפיננסי של 1873, החליט ג'פרסון דייוויס שהשחורים לא יוכלו לעולם לקיים את תנאי הסכם הרכישה וב־15 ביוני 1874 הוא הגיש תביעה כנגד האפוטרופוסים האחרים. הוא טען שלאחיו המנוח היה הסכם שבעל פה עם בן מונטגומרי שאפשר לג'פרסון דייוויס לבטל את העסקה וש-70,000 דולר מסכום המכירה ייצגו את ערכה של אחוזת בריירפילד. בינואר 1876 דחה בית המשפט המקומי את התביעה בנימוק של השתק, בשל העובדה שדייוויס פעל כאפוטרופוס במשך ארבע שנים אף על פי שתביעתו התבססה על מעשים שלכאורה בוצעו בשנות ה-40 של המאה ה-19. באפריל 1878, מספר חודשים לאחר מותו של בן מונטגומרי, הפך בית המשפט העליון של מיסיסיפי את פסק הדין של בית המשפט המקומי והורה שדייוויס החזיק כדין את אחוזת בריירפילד, שכן הוא בירא את השטח והחזיק בו מאז שנות ה-40 ועד לפרוץ המלחמה (יותר מעשר השנים שהחוק דרש לקבלת חזקה על הקרקע). בדצמבר 1881 קיבל דייוויס סופית את החזקה על האחוזה.
תוך כדי התנהלות משפטית זו, קיים דייוויס נסיעה עסקית נוספת לליברפול. הפעם הוא שאף לקבל משרה בחברת הביטוח המלכותית, אך זו דחתה את פניו. חברות ביטוח נוספות דחו אותו אף הן. לאחר מכן הוא ערך ביקור אצל הנציג לשעבר של הקונפדרציה בפריז, ג'ון סלידל. הוא ניסה לקיים שיתוף פעולה עם חברת קרקעות כדי לסייע לאנשי הדרום או כדי לעודד הגירה לדרום. בשובו לארצות הברית הוא האשים את הרפובליקנים שהעניקו זכויות פוליטיות לשחורים שגרמו להם להיות "יותר עצלים ובלתי ניתנים לשליטה". הוא בדק אפשרות להשקעה במכרות בארקנסו ותמך במיזם למכונה לייצור קרח שכשל. ב-1876 הוא הוזמן לטקסס, אך דחה את ההצעה להתמנות כנשיא הראשון של "הקולג' לחקלאות ולמכניקה של טקסס" (כיום אוניברסיטת A&amp;M) בשל השכר הנמוך שהוצע לו. חברת עמק המיסיסיפי, שבסיסה היה באנגליה, ביקשה לעודד הגירה אירופאית והשקעות מאנגליה, אך דייוויס דחה את ההצעה להתמנות כנשיא החברה עד להסדרת תנאי שכרו, אף על פי שהוא קיים סיור באזור כדי לגייס את תמיכת הציבור.
כתיבת זכרונותיו.