באוגוסט 1998 פלשו רואנדה ואוגנדה שוב לקונגו והחלה מלחמת קונגו השנייה, במטרה להפיל את קבילה, שהיה בן ברית לשעבר של מוסווני ונשיא רואנדה, פול קגאמה. מוסווני וכמה יועצים צבאיים קרובים קיבלו את ההחלטה לשלוח את כוח ההגנה של העם האוגנדי (UPDF) לתוך הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו. מספר מקורות מקומיים מצביעים על כך שהפרלמנט האוגנדי והיועצים האזרחיים לא התייעצו על העניין כפי שהוא נדרש על ידי החוקה 1995. ככל הנראה שכנע מוסווני את הפיקוד העליון הסרבן לשתף פעולה עם היוזמה בתחילה. "הרגשנו שהרואנדים פתחו במלחמה, וחובתם להמשיך ולסיים את העבודה, אבל הנשיא שלנו לקח זמן ושכנע אותנו שיש לנו עניין במה שקורה בקונגו", דיווח אחד הקצינים הבכירים. הסיבות הרשמיות שאוגנדה נתנה על התערבות היה לעצור את "רצח העם" נגד בני הבניאמולנג' (Banyamulenge) ברפובליקה הדמוקרטית של קונגו בתיאום עם כוחות רואנדיים, וכי קבילה נכשל בסיפוק ביטחון לאורך הגבול כשאפשר לכוחות הדמוקרטיים של בעלת הברית (ADF) לתקוף את אוגנדה מבסיסים בשטח קונגו. במציאות, חדר כוח ההגנה של העם האוגנדי עמוק בתוך שטח הרפובליקה הדמוקרטית של קונגו, יותר מ-1,000 ק"מ (620 מייל) ממערב לגבול עם אוגנדה.
כוחות רואנדיים ואוגנדיים בזזו את מרבצי המינרלים העשירים והעצים של המדינה. ארצות הברית הגיבה לפלישה על ידי השעיית כל סיוע הצבאי לאוגנדה, אכזבה מממשלת קלינטון, אשר קיוותה להפוך את אוגנדה למוקד היוזמה האפריקאית לשיקום המשבר. בשנת 2000, התעמתו רואנדים ואוגנדים בשלוש הזדמנויות בעיר קיסנגאני שברפובליקה הדמוקרטית של קונגו, דבר שהוביל למתיחות ולהידרדרות ביחסים בין קגמה למוסווני. גם ממשלת אוגנדה ספגה ביקורת על החרפת הסכסוך באיטורי, תת-סכסוך של מלחמת הקונגו השנייה. בדצמבר 2005 קבע בית הדין הבינלאומי כי על אוגנדה לשלם פיצויים לרפובליקה הדמוקרטית של קונגו בגין הפרות זכויות אדם במהלך מלחמת קונגו השנייה.
כהונה שנייה 2001–2006.
בחירות 2001.
בשנת 2001 זכה מוסווני בבחירות לנשיאות ברוב משמעותי, כשחברו לשעבר הרופא קיזה בסיגיה היה המתמודד האמיתי היחיד. במסגרת תרגיל פרסומי פופוליסטי נסע מוסווני בבודבודה (מונית-אופנוע) כדי להגיש את מועמדותו לבחירות. בודבודה היא שיטה זולה ומסוכנת במקצת (על פי סטודנטים מערביים) של הובלת נוסעים סביב ערים וכפרים במזרח אפריקה.
היו הרבה התנצחויות ומרירות במהלך מסע הבחירות לנשיאות ב-2001, וכן היו מקרי אלימות שהתרחשו בעקבות ההודעה על ניצחונו של מוסווני. בסיגיה עירער על תוצאות הבחירות בבית המשפט העליון של אוגנדה. שניים מתוך חמשת השופטים הגיעו למסקנה כי הבחירות התנהלו באופן לא חוקי, ושיש לדחות את התוצאות. לעומתם, שלושת השופטים האחרים החליטו כי העבירות לא השפיעו על תוצאות הבחירות באופן משמעותי, אך ציינו כי ״יש ראיות לכך שבמספר ניכר של קלפיות יש רמאות״ וכי באזורים מסוימים במדינה ״עקרון הבחירות החופשיות והוגנות נפגע״.
פלורליזם פוליטי ושינוי חוקתי.
אחרי הבחירות, כוחות פוליטיים בברית עם מוסווני החלו בקמפיין לשחרור מגבלות חוקתיות על הכהונה הנשיאותית, אשר אפשרו לו לעמוד לבחירות שוב ב-2006. חוקת אוגנדה שנחתמה ב-1995 הגבילה את כהונת הנשיא לשתי קדנציות.
המהלכים לשינוי החוקה ולניסיונות לכאורה לדכא כוחות פוליטיים של האופוזיציה עוררו ביקורת מצד הפרשנים מקומיים, הקהילה הבינלאומית ותורמי סיוע של אוגנדה. בהודעה לעיתונות, מפלגת האופוזיציה העיקרית, הפורום לשינוי דמוקרטי (FDC), האשימו את מוסווני כעוסק ב-״פרויקט חיי נשיאות״, ועל שוחד חברי הפרלמנט להצביע נגד תיקונים חוקתיים. מנהיגי FDC טען:
המדינה מקוטבת עם אוגנדים רבים המתנגדים לתיקונים חוקתיים. אם הפרלמנט ימשיך ויסיר את גבולותיו, הדבר עלול לגרום לתסיסה רצינית, סכסוכים פוליטיים שיכולים להוביל למהומה בתקופות המעבר ולאחר מכן... לכן היינו רוצים לפנות לנשיא מוסווני שיכבד את עצמו, את האנשים שהצביעו בעדו, את החוקה שבה הוא נבחר לנשיא בשנת 2001, כאשר הוא הבטיח למדינה ולעולם בכללותו למסור את השלטון בשקט ובצורה מסודרת בסוף כהונתו השנייה והאחרונה. אחרת, התעקשותו להתמודד שוב תחשוף אותו כשקרן מוצלח ובנוסף את המזימה הפוליטית הגדולה שהמדינה הכירה.
כמה פרשנים פוליטיים, ביניהם וואפלה אוגטו, סבורים שהצהרתו של מסווני כי הוא חושב להחזיק במשרת הנשיא במשך "15 שנים או יותר" אינה מומלצת. בוב גלדוף, פעיל האירי במלחמה בעוני, עורר מחאה מצד תומכי מוסווני מחוץ לנציבות הבריטית הגבוהה בקמפאלה: ״תתעשת מוסווני. זמנך ללכת משם״, אמר כוכב רוק לשעבר במרץ 2005, והוא הסביר שהמהלכים לשינוי החוקה פוגעים בהישגים של מוסווני נגד המאבק בעוני ובמחלת האיידס. במאמר דעה ב״הבוסטון גלוב״ ובמסגרת נאום שמוסווני נשא במרכז וילסון, שגריר ארצות הברית לשעבר באוגנדה ג׳וני קרסון החריף את הביקורת על מוסווני. על אף שהוא הכיר בנשיא כ-״רפורמיסט אמיתי״ ש-״הנהגתו הובילה ליציבות ולצמיחה״, אמר קרסון, ״ייתכן שאנו מביטים בעוד מוגבה וזימבבואה בהתהוות". ״משקיפים רבים רואים במאמציו של מוסווני לתקן את החוקה כחזרה של בעיה נפוצה, הפוגעת במנהיגים אפריקאים רבים- חוסר נכונות לאכוף נורמות חוקתיות ולוותר על עמדות כוח״.
ביולי 2005, נורווגיה הפכה למדינה האירופית השלישית מזה חודשים שמכריזה על קיצוצים סמליים בסיוע לאוגנדה בתגובה למנהיגות הפוליטית במדינה. בריטניה ואירלנד עשו גם מהלכים דומים בחודש מאי. ״משרד החוץ שלנו רצה להדגיש שתי סוגיות: שינוי החוקה להסרת הגבלת זמן הכהונה, בעיות בפתיחת המרחב הפוליטי, זכויות אדם ושחיתות״, אמר השגריר הנורווגי טורה גוס. אירוע בעל משמעות מיוחדת היה מעצרם של חברי הפרלמנט FDC. פעילי זכויות אדם טענו שהמעצרים נבעו ממניעים פוליטיים. הארגון משמר זכויות האדם הצהיר כי ״מעצרם של חברי הפרלמנט פוגע באופורטוניזם פוליטי״. דו״ח סודי של בנק העולמי שהודלף במאי הצביע על כך שהמלווה הבינלאומי עשוי לבטל את תמיכתו בתוכניות הלא הומניטריות באוגנדה. ״אנו מצטערים על כך שאיננו יכולים להיות בטוחים לגבי המצב הפוליטי הנוכחי באוגנדה, במיוחד לאור השיא המרשים של המדינה עד סוף שנות ה-90״, נכתב בעיתון. ״הממשלה נכשלה במידה רבה בנושא אינטגרציה של העמים השונים במדינה לתהליך מדיני אחד שהוא בר קיימא בטווח הארוך... אולי המשמעותי היותר, קווי המגמה הפוליטית, כתוצאה מהנחישות הנראית של הנשיא ללחוץ לקדנציה שלישית, מצביעות כלפי מטה״.
מוסווני הגיב ללחץ העולמי על ידי האשמת תורמים להתערבות בפוליטיקה הפנימית ולהשתמש בסיוע בתמרון מדינות עניות. ״תנו לשותפים לייעץ ולהשאיר אותה למדינה להחליט... המדינות המפותחות צריכות לצאת מהרגל של לנסות להשתמש סיוע כדי להכתיב את הניהול של המדינות שלנו״. ״הבעיה עם האנשים האלה הוא לא המונח השלישי או המאבק בשחיתות או ברב-מפלגות״, הוסיף מוסווני בפגישה עם מנהיגים אפריקאים אחרים, ״הבעיה היא שהם רוצים להשאיר אותנו בלי גידול״.
ביולי 2005 משאל העם בנושא החוקה על הגבלת 19 שנים לפעילותן של מפלגות פוליטיות. במערכת התנועה ״הלא מפלגתית״, שהונהגה על ידי מוסווני ב-1986, המשיכו להתקיים מפלגות, אך המועמדים נדרשו לעמוד לבחירות כיחידים ולא לייצוג של מקבץ פוליטי. צעד זה נועד לכאורה לצמצם את המחלוקות האתניות, כי אם המשקיפים רבים טענו לאחר מכן שהמערכת הפכה יותר מאשר הגבלה על פעילות האופוזיציה. לפני ההצבעה הצהיר דובר ה-FDC ש״המגזרים המרכזיים במשק עומדים בראשם אנשים מאזור של הבית של הנשיא... יש לנו את המשטר העדתי ביותר בהיסטוריה של המדינה, אף על פי שאין מפלגות״. אוגנדים רבים ראו במוסווני את ההמרה לפלורליזם פוליטי כוויתור לתורמים- שמטרתו לרכך את המכה כאשר שהוא מודיע שהוא רוצה להמשיך לכהונה השלישית. חבר הפרלמנט בצד האופוזיציה, עומארה אטובו, אמר שהרצון של מוסווני לשינוי הוא רק ״חזית שמאחוריה הוא מנסה להסתיר את השאיפות לשלוט בחיים״.
מותו של בעל ברית.
ב-30 ביולי 2005, סגן הנשיא הסודני ג׳ון גרנג, נהרג כאשר המסוק הנשיאותי של אוגנדה התרסק בעת שנסע לסודאן. גרנג היה סגנו של נשיא סודאן רק 3 שבועות לפני מותו.
ב-10 באוגוסט, ספקולוציות נרחבות לסיבת התרסקותו של גרנג הובילו את מוסווני לאיים על סגירת כלי התקשורת שפרסמו את ״תאוריות קונספירציה״ על מותו של גרנג. בהצהרה טען מוסווני שהספקולוציות מאיימות על ביטחון הלאומי. ״אני לא אסבול עוד עיתון שהוא כמו נשר, כל עיתון שישחק על ביטחון אזורי, לא אסבול את זה- אני אסגור אותו״. למחרת, שודר דיון על מותו של גרנג. השדרן אנדרו מוואנדה נעצר בסופו של דבר על ההסתה בקשר להערות שנעשו על תוכנית השיחות ה-KFM שלו.
בחירות - פברואר 2006.
ב-17 בנובמבר 2005, מוסווני נבחר למועמד לנשיאות NRMs לקראת הבחירות שיתקיימו בפברואר 2006. זו עוררה ביקורת על מועמדותו לכהונה השלישית נוספת, כפי שהבטיח ב-2001 שיתמודד בפעם האחרונה.
מעצרו של מנהיג האופוזיציה הראשי, קיזה בסיגיה, ב-14 בנובמבר- הואשם בבגידה, הסתתרות בבגידה ואונס- הפגנות והפרות סדר בקמפלה ובערים אחרות. הצעתו של מוסווני לתקופת כהונה השלישית, מעצרו של בסיגיה והסיכון של בית המשפט העליון במהלך השימוע במקרה של בסיגיה (על ידי קבוצת מודיעין המכונה החמושים על ידי העיתונות כמו חוליה של ״Black Mambas״ העירונית) - הוביל את שוודיה, הולנד ובריטניה למנוע תמיכה כלכלית לממשלתו של מוסווני בשל חששותיהם לגבי התפתחות הדמוקרטית במדינה. ב-2 בינואר 2006 בסיגיה שוחרר לאחר שבית המשפט העליון הורה על שחרורו המידי.