כמעט כל בתי הכנסת מאותה תקופה חרבו במהלך שתי רעידות האדמה שפקדו את צפת ב-1759 ו-1873 ושוחזרו לאחר מכן, מלבד קירו הדרומי של בית הכנסת אבוהב בו נמצאים ספרי התורה, אשר באורח נס שרד והמשיך ולעמוד על תילו. בית כנסת האלשיך הוא היחיד מאותה תקופה בצפת וסביבותיה ששרד בשלמותו את רעשי האדמה, אם-כי יש הטוענים כי גם בית הכנסת של עולי סלוניקי (כיום בית המדרש האר"י האשכנזי) נשאר שלם ולא נפגע ברעש. חיזוק לטענה זו ניתן למצוא בכתביו של רבי שמחה בן יהושוע מזאלאזיץ שביקר בצפת בשנת תקכ"ד (1764), כחמש שנים לאחר הרעש וכך כתב: "ואחר הרעש נמנו וגמרו לטלטל ספר התורה שלו (של ר' יצחק אבוהב) לבית הכנסת הגדולה, כי לא נשאר מי"ז בתי כנסיות רק זאת ועוד אחרת הנקרא גריקיש (בית הכנסת של עולי יוון)". על-אף שבכתביו לא הזכיר ר' שמחה את בית כנסת האלשיך, ההערכה הרווחת היא שאף הוא נשאר שלם ולא נפגע ברעש.
המאה ה-17 עד למלחמת העצמאות.
לאחר שנות השגשוג ותקפות 'תור הזהב' במאה ה-16, בתחילת המאה ה-17 החלה צפת לדעוך, זאת בעקבות פטירתם של גדולי הדור שהגיעו מספרד ומארצות מזרח לעיר, לצד מסי ח'ראג' חדשים אשר הוטלו על יהודי העיר על ידי האמיר הדרוזי פח'ר א-דין, אשר כבש את צפת ב-1602. במחצית המאה ה-17 נראה שהיה בצפת אירוע רב רושם, המופיע במקורות היהודים כחורבן צפת בשנת שצ"ז, זאת ככל הנראה בעקבות המלחמות שלאחר נפילתו של א-דין. ב-1747, בעקבות מגפה שהתפשטה בעיר, התחזקה דעיכתה של העיר משמעותית וב-1759, בעקבות רעידת אדמה חזקה אשר קיפחה את חייהם של כ-300 מתושבי העיר, הגיע גל הנטישה לשיאו. אירועים אלו הובילו לגל עזיבה המוני של תושביה הוותיקים של העיר ודעיכה כמעט מוחלטת של היישוב היהודי בה. ב-1778 החל גל עלייה חדש של חסידים מארצות אשכנז לעבר ארץ ישראל ורבים מהם החליטו לקבוע את מושבם בצפת, מה ששיפר במעט את מצב הקהילה היהודית בעיר והפיח בה רוח חדשה. לימים תיזכר עליית חסידים זו כראשיתו של 'היישוב הישן' האשכנזי בעיר צפת. ב-1799, לאחר נסיגתו של נפוליאון בונפרטה בארץ ישראל, בוצע טבח ביהודי העיר על ידי ערביי האזור שאף הרסו כליל את הרובע היהודי בעיר העתיקה והחזירו את העיר שוב לימי הכאוס. ב-1808 עלו לעיר שניים מגדולי תלמידי הגאון מווילנא: ר' מנחם מנדל משקלוב ואחיו ר' ישראל משקלוב. השניים הפיצו את תורתם ברבים, חיזקו 'היישוב הישן האשכנזי' בעיר והחלו להפיח חיים בחיי הרוח בעיר. אלא שמגמת הפריחה שהחלה לתת את אותותיה בעיר לא החזיקה זמן רב, זאת בעקבות רעידת אדמה שהתרחשה בעיר ב-1823, הותירה חללים רבים ובעקבותיה בוצעה הביזה הגדולה בצפת – שורה של מעשי טבח ושוד שבוצעו על ידי תושבי האזור הערביים והובילו לקריסה כמעט מוחלטת של היישוב היהודי. ב-1831 עלה לארץ ישראל מאוברוץ' האדמו"ר מאבריטש – רבי אברהם דב מאבריטש, מונה לרב היישוב היהודי האשכנזי והחל לפעול לשיקומה של הקהילה היהודית בעיר. אלא שרעידת אדמה נוספת שהתרחשה בעיר ב-1837 והרסה כמעט כליל את מרבית היישוב היהודי ומגפה שפרצה בעיר שנה לאחר מכן, ב-1838, הובילה למנוסה-רבתית של תושבי העיר היהודיים והימחקות כמעט מוחלטת של הקהילה היהודית בעיר, מה שהתבטא במפקד שערך משה מונטיפיורי שנה לאחר מכן – ב-1839 בעיר ובו נמצאו בעיר כ-1,338 יהודים בלבד. סיפור ידוע ביישוב היהודי בעיר סביב רעידת האדמה הוא נס ההצלה של האדמו"ר מאבריטש ותלמידיו ששהו בבית הכנסת שייסד האדמו"ר בשעת הרעש, כאשר האדמו"ר הורה לתלמידיו להתאסף סביבו. אף-על שרוב בתי הכנסת קרס ונהרס כליל, הכיפה תחתיה שהו האדמו"ר ותלמידיו נשארה לעמוד על תילה וחייהם ניצלו. לאחר פטירתו, מונה לרב היישוב האשכנזי בעיר הרב שמואל הלר, אשר שימש בתפקיד זה כ-40 שנה. החל מ-1860, החל גל חדש של עליית יהודים מארצות מזרח ואשכנז לעיר והיישוב היהודי בה החל להיבנות בחדש. במפקד שנערך בעיר ערב מלחמת העולם הראשונה מנה היישוב היהודי כ-7,500 יהודים – יותר מחצי מאוכלוסיית צפת באותה תקופה. בתקופה זו, הייתה העיר מחולקת לשני רבעים: הרובע היהודי והרובע הערבי. הרובע היהודי השתרע על פני כ-1,000 מטרים, אורכו היה ממבנה המשטרה הבריטית ועד למדרגות החיץ שבנו הבריטים ורוחבו נמשך עד לבית הקברות העתיק. הרובע הערבי לעומתו, החל מצדן השני של המדרגות ונפרש על פני שטחים נרחבים בעיר, בניהם גם מצודת צפת. בפיהם של תושבי העיר, הרובע היהודי עצמו גם-כן היה מחולק לשני רבעים: הרובע החסידי אשר נמשך מחלקו העליון של הרובע ועד לסמטת אלקבץ ובו גרו רוב הקהילות החסידיות בעיר ורובע המקובלים - הרובע הספרדי, אשר נמשך מסמטת אלקבץ ועד לבית הקברות העתיק.
תקופת המנדט הבריטי.
ב-1920, עם תחילתו של המנדט הבריטי, השתנה מאזנה הדמוגרפי של העיר והערבים הפכו בה לרוב, מה שהקנה להם את השליטה בעיר. ב-1929, עם תחילת מאורעות תרפ"ט, פרצו פורעים ערבים לרובע היהודי והחלו לטבוח ולבוז את תושבי הרובע. ההתקפה נבלמה רק לאחר התערבות משטרת המנדט שהניסה את הפורעים וקורבנותיה היו כ-18 יהודים שנהרגו ו-50 שנפצעו. משטרת המנדט כלל לא ניסתה למנוע מהפורעים לבוז את בתי תושבי העיר וכל אשר עשתה היה להוציא כרוז בהוראת הקצין הבריטי פאראדי ובו היא קוראת לכל יהודי הרובע לפנות את בתיהם ולהגיע לבית הסארייה, שם תוצב שמירה להגנתם. מאורעות תרפ"ט הוו קריאת השכמה עבור תושבי העיר. מיד לאחר הפרעות פנו הם במכתבים לראשי המוסדות הלאומיים והלינו על התעלמות מהם ומצורכיהם מצד המוסדות. כמו כן, החלו-הם בקידום יוזמת בניית שכונות מסביב לרובע היהודי, שכונות שהן היום חלק מרכזי מהעיר צפת. את הלך-הרוח בעיר לאחר הפרעות ניתן לראות בכתבה שפרסם עיתון 'דבר' באותם ימים ובה קרא למוסדות הלאומיים לסייע במימוש יוזמת בניית השכונות החדשות: "עסקני צפת רואים בדבר הקמת שכונה ליד העיר את ישועתם של התושבים השרויים במצב של דיכאון ורפיון ידיים. זהו לדידם המוצא היחיד לאמצם להתנער מהעפר. אולם לרגל מצבה החומרי הירוד של העיר, שחלקה היהודי עלה כמעט באש, לא יעלה בידם לבצע את הדבר בכוחות עצמיים. על המוסדות הלאומיים-ציבוריים מוטלת החובה לסייע ביד היישוב הצפתי בהגשמת הרעיון". במרד הערבי הגדול (מאורעות תרצ"ו, 1936) הותקפו יהודי צפת בשנית על ידי ערביי העיר והאזור, אך בניגוד למאורעות תרפ"ט, נהנו משמירה של אנשי ההגנה ולא אירע להם כל-נזק. ניסיונות התקיפה כלפי היישוב היהודי המשיכו כל העת וב-13 ב-13 באוגוסט 1936 פרצו ערבים חמושים בפצצות וברובים מכיוון בית הקברות העתיק לרובע היהודי, פרצו לאחד מבתי הרובע והרגו את סופר הסת"ם אלתר אונגר ושלושה מילדיו. אירוע זה זעזע עמוקות את הקהילות היהודית ברחבי העולם והביא פעילים יהודים ברחבי העולם לטעון כי השליטה בצפת נתונה בפועל בפועל בידי הוועד הערבי הלאומי וכי היהודים בעיר מסוגרים בגטו ולא יוכלו להיכנס ולצאת את העיר ללא אישור הערבים. הבית בו בוצע הטבח – בית אונגר, קיים עד היום. מקומו הוא בסמיכות לבית הכנסת אבוהב והוא מוכרז כמבנה לשימור. בשנות ה-40 שימש הבית את ארגון ההגנה כמקום תצוגה סודי לנדבני הקהילות בצפת, בו הוצגו להם כלי הנשק שנרכשו להגנת היישוב היהודי בכספי תרומותיהם. בשנת 1944 מינה פיקוד ההגנה את מאיר מיבר למפקד הרובע היהודי בצפת. תחת פיקודו החלה ההגנה להכין את הרובע לעמידה בתנאי לחימה ומצור אפשריים, הסתיר בו סליקי נשק ובנה בו עמודות צבאיות. הבריטים מצידם לא התערבו בנעשה בתוך שני הרבעים – היהודי והערבי, מלבד יצירת חיץ בין הצדדים ב-1936 על ידי הריסת שורת בתים שהיו בגבול בין הרובע היהודי לערבי ובמקומם, בניית שורת מדרגות רחבות וארוכות שהגיעו עד למבנה המשטרה. כיום נקראות מדרגות אלו 'מדרגות עולי הגרדום'. בתקופות מתוחות, היו מכריזים הבריטים על מדרגות אלו כשטח צבאי סגור וצלף שהיה עומד בראש בניין המשטרה היה נעזר בפרוז'קטור ומנטרל כל חיכוך בין הצדדים. לימים, עם תחילתו של הקרב על צפת ב-1948, הפנו אותו הכוחות הערביים לעבר עמדות ההגנה ובכך חשפו אותם לירי צלפים, מה שהסב עוגמת נפש רבה לכוחות ההגנה. בנימין גייגר, ממפקדי הרבעים בעיר החליט כי המצב לא יכול להימשך כך ובאישון ליל ניטרל את הפרוז'קטור בירייה חדה מתוך מדרגות 'עולי הגרדום'. פרוז'קטור זה קיים עד היום מעל המבנה ששימש את משטרת המנדט באותה תקופה וכיום משמש את מכללת צפת. ב-1946 הוכרז בצפת חרם ערבי כללי על כל עסקי היהודים ועל כל תוצרתם. את החרם הוביל הנג'אדה (ארגון הנוער הערבי) אשר חבריו סיירו עם אלות מדי יום לאורך הרובע היהודי ווידאו שהחרם נשמר. אין ספק כי החרם אשר בעקבותיו גם היהודים המעיטו את ביקוריהם בשוק הערבי גרם להתגברות המתח הביטחוני בין הערבים ליהודים בעיר והורגש בכל תחומי החיים של יהודי צפת. בעקבות הפרעות הרבים וניסיונות הפגיעה הבלתי פוסקים של ערביי האזור, הלכה אוכלוסיית היישוב היהודי והתמעטה מיום ליום. ערב החלטת החלוקה ב-1947 מנתה האוכלוסייה היהודית כ-1,500 איש בלבד, לעומת 11,000 איש שמנתה האוכלוסייה הערבית.
מלחמת העצמאות והקרב על שחרור צפת.
ב-29 בנובמבר 1947 אושרה תוכנית החלוקה באו"ם ובמסגרתה נקבע כי העיר צפת תהיה חלק מהמדינה היהודית על אף שרוב תושביה הם ערבים. כפי שקרה בכל רחבי הארץ - הדבר הוביל לגל תקיפות כלפי היישוב היהודי בעיר. ההתקפה הגדולה הראשונה של צבא ההצלה הערבי על כוחות ההגנה בפיקודו של מיבר בוצעה ביום שישי – 2 בינואר 1948 ונמשכה כעשר שעות.