מהשוואת שיטתו הדטרמיניסטית של אבנר עם מקורותיו הנוצריים, היהודיים והמוסלמיים עולה מסקנה מעט פרדוקסלית. שיטה דטרמיניסטית מעין זו, שבמוקדה דטרמיניזם סיבתי ומדעי חמור ביותר, ולפיה האדם מתפקד באורח דטרמיניסטי לחלוטין, והוא דומה לבעל חיים – שיטה כזו לא הייתה קיימת ביהדות, שבה התחנך אבנר והתבגר, ואף לא בנצרות (לפחות לא בגלוי ובבירור), שאליה הצטרף. אבנר אמנם מפרש את מקורותיו היהודיים (בעיקר את הרמב"ם, וכן את רבנו בחיי) כמחזיקים בדטרמיניזם, אך פירוש זה רחוק מאוד מכוונתם של אותם הוגים ומן הדרך שתפסו את הגותם שאר היהודים בימי הביניים ולכן הסבירות שמהם שאב את גישתו הדטרמיניסטית אינה גבוהה. אשר לנצרות, ריחוקו מן המקורות הנוצריים בנושא הבחירה ברור עוד יותר מריחוקו מהם בנושא השילוש. אבנר איננו מנסה לפרש שום הוגה נוצרי על פי דרכו, אלא רק מזכיר בסוף ספרו שהגישה שתיאר היא מה שהנוצרים מכנים ידיעה מראש (פרדסטינציה). הוא גם לא דן במסגרת זו בחטא הקדמון, שהיה אחד המוקדים של ההגות הנוצרית בשאלת הבחירה, ולא ברור אם ראה קשר כלשהו בין הסוגיות. כמו בנושא השילוש, ואף ביתר בהירות, ניכר כי המקורות העיקריים לדטרמיניזם של אבנר הם מוסלמיים. המקור העיקרי להגדרת שיטתו הדטרמיניסטית הוא הפילוסופיה של אבן-רושד, המצדד אף הוא בדטרמיניזם סיבתי ופסיכולוגי. באמצעות שיטה זו פירש אבנר את התורה, את חז"ל, את הרמב"ם ואת רבנו בחיי. הנה כי כן, באמצעות גישה שמצאהּ אצל פילוסוף מוסלמי דגול, הגדיר המומר היהודי את הדוֹגמה הנוצרית של ידיעה מראש בדרך שסותרת את פירושה הרשמי בזמנו.
שילוש והתגלמות.
לדעתו של אבנר, העולם נוצר בירידה של האור האלוהי אל תוך החומר. גישה נאו-אפלטונית זו עומדת ביסוד נימוקיו והסבריו לכל האמונות הנוצריות. לדעתו, השילוש מחויב המציאות, כי ללא חלוקה כלשהי ב, האור האלוהי הטהור חזק מכדי שיוכל העולם לסבול אותו. לכן העצמות הגבוהה של האל מתחלקת לאב ולבן העליון, שבאמצעותו האור האלוהי מותאם למהות העולם ומתחלק לבריאות השונות שבו. גם את יסוד התגלמות האל בבשר מסביר המומר מבורגוס על פי הדגם הנאו-אפלטוני של זרימת האור האלוהי. לשיטתו, האל לא התגלם בישו המשיח בלבד, אלא בכל העולם. הרובד של האלוהות המצוי בעולם הנברא נקרא בן האל או הבן תחתון. רמתו האונטולוגית של בן תחתון זה נמוכה מרמתו של הבן העליון, הקיים בעצמות האלוהית בטהרתה ואינו בא במגע כלשהו עם החומר. לשיטתו של אבנר, התגלמות הבן בישו היא שיא חד-פעמי בהיסטוריה של זרימת האור אל החומר (הנובע מאיכות החומר של ישו), אך מכל מקום, היא שיא של תופעה כללית, ולא תופעה ממין אחר לחלוטין.
באמצעות אותה תמונת עולם אבנר מסביר גם את החטא הקדמון. האדם (בעצתה הגרועה של חוה) לא הבין שהשכל הפועל שבתוכו הוא חלק מאותו אור אלוהי. משום כך חשב אדם את עצמו לאלוה, ובא לאמונה בריבוי אלים. התרופה לאמונה זו היא תורת משה, הדוגלת במונותאיזם קיצוני מדי. לפי תורה זו, אין באל חלוקה כלל ואין זרימה של אור אלוהי לעולם – מה שמבטל, לדעת אבנר, כל אפשרות לקיום הנפש ולשכר ועונש לאחר המוות, וגורם לשחיתות מוסרית. האדם לא היה יכול לצאת בכוחות עצמו מן המצב המסובך הזה: האמונה הנכונה על הזרימה האלוהית הייתה מחזיר אותו לעבודה זרה, ואילו תורת משה הרחיקה אותו מן האמת ומן החיים המוסריים. כדי לתקן מצב זה באה ההתגלמות הייחודית בישו. בגלל עוצמת האור האלוהי שבו, בזכות נסיו הרבים, ובעיקר בזכות סקרמנט המיסה, הייתה האנושות מסוגלת להבין את עובדת ההתגלמות (על רבדיה השונים) של האל בעולם הנברא. כתוצאה מהבנה זו האדם מסוגל להבין את האמת, לחיות חיים מוסריים ולקנות את חלקו בעולם הבא. על פי אותו דגם הסביר אבנר גם את מהות ההתגלמות. בשרו ודמו של ישו אינם נכנסים לבשר וליין של סקרמנט המיסה. האל קיים ברובד הקיום הבסיסי ביותר של כל העולם, והשינוי בשעת המיסה אינו כניסתו לבשר וליין, אלא התגלות הרובד האלוהי שבהם על ידי טיהורם מן המקרים החומריים.
כאשר בוחנים את ההגדרות של אבנר בפריזמה הקתולית המקובלת, מתגלה תמונה יוצאת דופן. בקווים כלליים אבנר מקבל את הדוֹגמה הנוצרית הקתולית של זמנו: הוא מאמין ב, בהתגלמות חד-פעמית של האל בישו המשיח, בחטא הקדמון שהביא אסון על האדם, באי-יכולתו של המין האנושי להיגאל מאותו חטא ללא עזרה חיצונית וכו'. ואולם, כשבוחנים את תוכנן של אמונותיו ניכר מיד ההבדל הגדול שבינו לבין מקורותיו הנוצריים (והדוֹגמה של הכנסייה). הדבר בולט במיוחד בנושא השילוש וההתגלמות. אין ספק שההשקפה שהאור האלוהי זורם לתוך העולם לא הייתה זרה לתאולוגיה הנוצרית, אך ההסבר הבלעדי של השילוש ושל ההתגלמות באמצעותם נדחה בכנסייה הקתולית הרשמית. לפי הדוֹגמה הזאת (כפי שנתפסה בזמנו של אבנר), השילוש איננו רק מכשיר להעברת האור האלוהי לעולם הגשמי, וההתגלמות איננה רק שיאה של הזרימה האלוהית הזאת; מדובר בירידה של חלק מן ה אל תוך העולם החומרי כדי לגאול את המין האנושי. אבנר אמנם קיבל את הגדרה זו, אך מהותה בהגותו שונה ממהותה בדוֹגמה הנוצרית. לפי שיטתו הנאו-אפלטונית, הבן העליון איננו יכול לרדת אל העולם החומרי, כי הדבר סותר את מהותו כטהור מכל חומר. לדידו, התגלמות האל בישו הוא שיאה של התגלמות האל בכל העולם הגשמי, ולא ירידה חד-פעמית של העצמות האלוהית אל תוך אותו עולם. גם הגדרת החטא הקדמון כאי-הבנה של השילוש ושל ההתגלמות זרה לפרשנות הנוצרית בימי הביניים – כמוה כהגדרת סקרמנט המיסה כגילוי האלוהות הנמצאת בלאו הכי בכל העולם (ובכלל זה בבשר וביין), הסותרת לגמרי את הדוֹגמה הנוצרית הבסיסית, הרואה בטקס זה כניסה מחודשת של ישו לעולם החומרי.
את ההבדלים הללו ניתן להסביר בשני כיוונים שונים ומשלימים: מטרת הכתיבה של אבנר והסיבות להמרת דתו.
מרבית ההוגים הנוצרים בני זמנו של אבנר סברו כי אין בכוחו של אדם לגלות בעצמו את סודות השילוש וההתגלמות, אלא רק להבינם משנתגלו לו מן האמונה. גישה זו עמדה בניגוד לאמונתו של אבנר. ראשית, הוא עצמו לא האמין בשילוש ובהתגלמות מינקות, אלא הגיע אליהם בעיונו (ובחזיונות שראה לאחר שהתעוררו לבטיו הפילוסופיים). כמו כן, קוראיו היהודים לא קיבלו את האמונות הללו; אדרבה, הם כפרו בהן מלכתחילה, וכדי לשכנעם היה על אבנר להסביר להם למה הכרח גמור הוא לחשוב שהאל מתחלק לשלושה ומתגלם בעולם. המומר מבורגוס נאלץ אפוא ליצוק תוכן חדש לקביעותיה הפורמליות של הדוֹגמה הנוצרית.
באשר לנסיבות המרתו של אבנר עצמו – מקורותיו הנוצריים היו דלים למדי. אבנר ציטט בעיקר ממאמרים אחדים של ההוגים הבולטים ביותר בכנסייה המערבית (אוגוסטינוס ותומאס), ומסתבר ביותר שידיעותיו על הנצרות בעת המרת דתו – שעה שהשתכנע בנכונות השילוש, ההתגלמות ויתר האמונות הנוצריות – הייתה דלה עוד יותר. בנוסף לכך יש לזכור שהוא חי כיהודי עוד שנים אחדות לאחר שהשתכנע באמיתות הדת הנוצריות. לעומת זאת, המומר מבורגוס מוכיח בקיאות גדולה בספרות היהודית והערבית לגווניה, ובפרט בספרות הפילוסופית. נראה אפוא שלפחות בעת המרתו הכיר אבנר את התוכן התאולוגי של הדוֹגמה הנוצרית באורח סכמטי בלבד, ויש לשער שגם אחר כך לא השתנו דעותיו. לפי הסבר זה, אבנר – המנהל ברבים מכתביו דו-שיח סמוי עם הרמב"ם – מצא בעיות בסיסיות בתמונת העולם האריסטוטלית, שבה החזיק כנראה בחלק מן התקופה היהודית של חייו. אחת הבעיות המרכזיות שהטרידו את אבנר כיהודי הייתה כנראה כיצד נברא העולם: כיצד נבע מן האל השלם והמאוחד עולם כה רבגוני ורחוק משלמות? אבנר ביקש להשיב על שאלה זו בתשובה הנאו-אפלטונית שהכיר מכתביהם של ראב"ע ואבן-טפיל, ותשובה זו תאמה, לדעתו, את הדוֹגמה הנוצרית (שאת תוכנה הגדיר באמצעות אותה תשובה). מממצאים אלו נובע שהסיבה העיקרית לכך שאבנר הגדיר את האמונות הנוצריות בצורה שונה מן הדוֹגמה המקובלת בנצרות הייתה שהוא יצק תוכן נאו-אפלטוני יהודי-ערבי למונחים נוצרים שהיו ידועים לו, אך הוא לא הכיר כלל את תוכנם התאולוגי המקובל.
שני ההסברים הללו שונים במידה מסוימת. על פי ההסבר הראשון, אבנר לא אימץ את התאולוגיה הנוצרית המקובלת משום שסבר כי סטייה ממנה תקל עליו את מלאכת שכנוע היהודים להתנצר. על פי ההסבר השני, הוא לא ידע את התאולוגיה הזאת או שחלק עליה. עם זאת, שני ההסברים גם משלימים זה את זה. לדעתו של החוקר שלום צדיק, ההסבר המכריע הוא ההסבר השני: אין בכתביו של אבנר ולוּ רמז שהבין את התאולוגיה הנוצרית המקובלת, וסביר מאוד שבזמן המרתו אפילו לא שם לב שחלק עליה. עם זאת, ההסבר הראשון יכול לעזור להבין מדוע לאחר המרתו, בתקופת חייו כנוצרי, לא התאמץ אבנר להפנים את התאולוגיה הזאת. הנצרות שיצר ויצק למילות הדוֹגמה הנוצרית הועילה לצרכיו הפולמוסיים יותר מן התאולוגיה הנוצרית המקובלת בזמנו.
אמנם אבנר לא היה הנוצרי הראשון שהסביר את הדוֹגמה הנוצרית על פי דגם נאו-אפלטוני קיצוני, אך אין כל רמז שאבנר הכיר את ההוגים הללו או שהושפע בדרך כלשהי מכתביהם. לפיכך, ככל הנראה אבנר הכיר את הדוֹגמה הנוצרית היכרות שטחית, ויצק לתוכה דגם נאו-אפלטוני שהכיר לא ממקורות נוצריים שקדמו לו, כי אם ממקורות יהודיים ומוסלמיים. כתוצאה מכך מופיעה תוצאה יוצאת דופן: אבנר השתמש במקורות יהודיים ופילוסופיים (בעיקר מוסלמיים) לא רק כדי לשכנע יהודים להמיר את דתם; הוא עצמו הבין את הנצרות כמתואר בכתביו, ומכיוון שלא הכיר את הדוֹגמה הרשמית, לא היה יכול לדעת שהוא מנסה לשכנע יהודים לעבור לדת שאיננה זהה לנצרות, כפי שהתאולוגיה הרשמית של הכנסייה הגדירה אותה.
תפיסתו המדעית.