חוזה השלום עם ירדן ב-26.10.94 כלל, בין השאר, הוראות בדבר הכרה הדדית, כינון יחסים פורמליים בדרג שגרירויות תושבות, הסדרי ביטחון ישירים ללא רכיב בינלאומי כמו שהיה בהסדר עם מצרים, יחסים דו-צדדיים. רכיבים חיוניים בולטים היו קביעת הגבול בין שתי המדינות והסדרי מים. הגבול עם ירדן נקבע בבסיסו על סמך הגדרה מילולית מראשית המנדט הבריטי ב-1922, הקובעת כי "דבר המלך במועצתו על פלשתינה (א"י) 1922 לא יחול על השטח הנמצא מזרחה מקו היוצא מנקודה אחת הנמצאת שני מילין מערבה לעיר עקבה במפרץ עקבה (עציון גבר) ועולה דרך מרכז ואדי ערבה, ים המלח ונהר הירדן, עד הגיעו למקום ההצטלבות בין ירדן ונהר הירמוך; משם, דרך מרכז הנהר ירמוך עד הגבול הסורי".
גבול זה לא סומן פרט ל-4 ק"מ בדרום ב-1946, וכן הייתה הגדרת-משנה מנדטורית נוספת שקבעה את "קו הנקודות הנמוכות". במשא-ומתן היו בראש וראשונה שאלות מורכבות הקשורות בהגדרת "אמצע ואדי ערבה" – מהו ואדי זה, האם פירושו נחל כלשהו – אך בפועל אין נחל אחד, גם לא נחל אכזב, המחבר בין חוף מפרץ אילת-עקבה לים המלח; או שמא עמק הערבה, במשמעות רחבה יותר, של השבר הסורי-אפריקאי. ריחפה מאוד על פני המשא ומתן שאלת אדמות העיבוד של יישובי הערבה, שמאז שנות השבעים היו חלקן, באישור ממשלות ישראל, ממזרח לקו שביתת הנשק, אשר הירדנים ראו בו מימוש ההגדרה מ-1922. ערב הסכם השלום היו 50% מאדמות העיבוד של היישובים בצד המזרחי של קו שביתת הנשק. לאחר משא ומתן מורכב, שקבוצה מקצועית של ישראלים – וגם ירדנים – השתתפה בו. הוסכם, ראשית, על חילופי שטחים של כ-40 קמ"ר באופן שכל אדמות העיבוד של יישובי הערבה, למעט צופר, יעברו לריבונות מדינת ישראל, בעוד הירדנים יקבלו שטחי טרשים זהים בגב הערבה. באופן זה יכלו הירדנים לקבל חזרה בזיקה לקו שביתת הנשק 300 קמ"ר, בפריסה לאורך קו הגבול הארוך (דרישתם הייתה ל-380 קמ"ר) ואילו ישובי הערבה שמרו על אדמות העיבוד בריבונותנו. שנית, לגבי צופר הושג הסכם למשטר מיוחד של 25 שנה, הניתן להארכה בהסכמה הדדית כתום התקופה. זאת, בדומה להסדר כזה לגבי נהריים שבצפון. בענייני המים הושג הסכם מורכב שכלל אספקת מים מדודה לירדן, בעיקר בצפון, תוך "קיזוז" בדרום. בענייני ביטחון מוסדרים היחסים, כאמור, באורח ישיר בין שתי מערכות הביטחון ללא "תיווך" בינלאומי מסוג כלשהו.
בנאומיו בכנסת לאישור חוזה השלום ובחתימת החוזה בערבה ציין ראש הממשלה רבין, מתוך אנשי השירות הציבורי את רובינשטיין ואת אפרים הלוי, שהיה השליח המיוחד למלך חוסין.
קמפ דייוויד 2000.
ביולי 2000 השתתף רובינשטיין, לפי הזמנת ראש הממשלה אהוד ברק, בועידת קמפ דייוויד עם הפלסטינים, אשר נשיא ארצות הברית ביל קלינטון החליט לכנס לשם ניסיון להסכם בין ישראל לפלסטינים, בהשתתפות אהוד ברק, ראש ממשלת ישראל, ויאסר ערפאת המנהיג הפלסטיני. הוועידה נמשכה כ-15 יום, ולא הוכתרה בהצלחה. רובינשטיין הוזמן לשם כיועץ המשפטי לממשלה, והוטל עליו על אתר לעסוק בנושא הפליטים, שלגביו הועלתה אפשרות למתווה מפורט, "חבילה" בינלאומית וישראלית שאינה כוללת את זכות השיבה לפלסטינים, אך יש בה פתרונות כספיים בעיקר; ונכללו בה גם זכויות היהודים ממדינות ערב, נושא שרובינשטיין היה בין מקדמיו. הפלסטינים לא הסכימו לכל הסכם.
סוריה.
רובינשטיין השתתף גם במשא ומתן עם סוריה במפגשי וושינגטון (1999) ושפרדסטאון (2000) בראשות ראש הממשלה אהוד ברק, וזוכר מפגשים אלה כחויה עצובה. בדרך כלל, בעבודה עם גורמים ערביים בתקופות השונות היה הבסיס לשיח עמהם המגע האישי, שכלל את רכיב הכבוד, החשוב כל כך בכלל ובמיוחד באזורנו. למשלחת הסורית ניתנה, כנראה הנחיה מגבוה שלא לדבר עם הישראלים אלא באמצעות האמריקנים. לגופם של דברים תבעו הם, בין השאר, נתח מן הכנרת בהיצמדם לא לקו הבינלאומי אלא לקוי 4 ביוני 1967, שהיו נוחים להם. זה היה קו אדום מבחינת ראש הממשלה ברק – ולדעת רובינשטיין בצדק.
עמדותיו כשופט.
התנהלות המדינה.
רובינשטיין ישב רבות כשופט בהרכבים שדנו בהתנהלות המדינה, התריע על קלקולים ודרש את תיקונם. במקרה אחד כתב כלפי פרקליטות המדינה:
הוא הביע דעתו ש:"לטעמי, יש להעלות על נס את חובתה המוגברת של המדינה, אולי יותר מכל בעל דין אחר, להגינות כלפי הזולת, כלפי כולי עלמא, ובוודאי כלפי המתקשר עמה בהסכם. אין היא ככל "שחקן" במגרשי המשפט הפרטי; גם בעודה בחצרי המשפט הפרטי, חלות עליה חובות הגוף הציבורי" ו"חובת המדינה להגינות יתרה בהתנהגותה בכל דרכיה ברורה לדידי כשמש בצהרי היום, עד כי אינה טעונה אסמכתאות". בהתאם לכך הוא הביע דעת מיעוט, שלא נתקבלה, בעד קבלת רשות ערעור ותיקון פסק בורר בהתאם לתקנת הציבור כיוון שהמדינה התרשלה ביידוע חברה שנגשה למכרז על הבעייתיות בהצעתה מבחינת עמידה בדרישות התכנון.
על חוסר שביעות רצונו מאי תיקון דברים מסוימים ניתן ללמוד מדבריו:
במקרה אחר כתב:
במקרה נוסף כתב:
למרות זאת, הוא הביע עמדות בעד הרחבת פעילותה של המדינה בתחומי חיים רבים. למשל, הוא הביע עמדה בעד חוק איסור על זנות והביע הסתייגות ממה שנראה לו כצעד של הפרטתו של מוביל המים הארצי, בביטוי "את אמא אין מוכרים". הוא הביע התנגדות לחינוך פרטי וייחודי וביכה את "הפרטת היתר ו[ה]אטומיזציה, המכרסמת קשה בין השאר בממלכתיות בחינוך". במקרה אחר כתב: "כשלעצמי סברתי מזה זמן איפוא, כי אפשר שהמדינה הרחיקה לכת יתר על המידה בהפרטות למיניהן, וכאותה מטוטלת שנעה מקצה לקצה, ראוי לה שתנוח במקומה הראוי, באמצע".
העדפה מתקנת.
על חוקי מגן כתב: "כשלעצמי, בעקבות ניסיון מצטבר במערכת הממשל, סבורני כי בהחלט ראויה חקיקת חוקים הבאים למנוע אפליה וגם ליצירת העדפה מתקנת. מלכתחילה ניתן היה לסבור, שניתן להשיג תיקונים ראויים על ידי מערכות הממשל והציבור גם ברצון טוב; אך השנים לימדוני, שאף אם לא בכל עניין, חלילה, "יצר לב האדם רע מנעוריו" (בראשית, ט', כ"א), מכל מקום המציאות האנושית מתירה לשיקולים כלכליים ושיקולי נוחות אחרים לגבור, ועל כן יש צורך בחתירה חקיקתית לשויון וגם בהעדפה מתקנת"
משפט מנהלי.
כאשר הכיר הרוב בבית המשפט ברישום נישואים חד מיניים שנערכו מחוץ לישראל, התנגד לכך רובינשטיין בדעת יחיד מול דעתם של שישה שופטים אחרים. הוא כתב שאין זה תפקידו של בית המשפט לתת "גושפנקה רשמית של הממלכה ליצירת תא משפחתי, המוכר רק במיעוט קטן ממדינות תבל". עם זאת, הוא ציין כי יש "הגינות אנושית ומשפטית" בהענקת זכויות כלכליות וחברתיות לזוגות הומוסקסואלים.
רובינשטיין הצטרף לעמדת הרוב שפסלה את "חוק טל" וקבעה שאינו חוקתי. הוא כתב כי חוק חדש שיסדיר את גיוס החרדים יצטרך לאמץ אמצעים משמעותיים בהרבה, והעלה את האפשרות של מכסות שיגבילו את מספר הפטורים מגיוס מטעמי לימוד תורה. בפסיקתו זו, כמו ברוב פסיקותיו האחרות, שילב נימוקים רבים מהמקורות המחזקים את עמדתו. הוא אף כתב כי חוויותיו האישיות כמתפלל בבית כנסת שבו רבים מקבצי הנדבות בני הציבור החרדי, מלמדות אותו על המצוקה שאליה מוביל הסדר הגיוס את הציבור הזה.
הוא נמנה עם השופטים שאישרו, על חודו של קול אחד, את חוק האזרחות והכניסה לישראל, המאפשר למנוע מאזרחים ישראלים להביא לארץ את בני זוגם הפלסטינים.
דין אזרחי.
באופן כללי, רובינשטיין סבר ש"יש מקום לשנות מן "הגישה המצמצמת בנוגע להתערבותם של בתי המשפט בפסקי בוררות" - ולנקוט בגישה המאפשרת לבתי המשפט לתקן טעויות מסוגים מסוימים בפסקי בוררות", עמדה הנמצאת במיעוט בבית המשפט העליון.
חופש הפרט.
שופט בית המשפט העליון סלים ג'ובראן נמנע מלשיר את "התקווה" בעת השבעת נשיא בית המשפט העליון אשר גרוניס בפברואר 2012. הדבר עורר ביקורת רבה, אך כעמיתו לבית המשפט העליון יצא רובינשטיין להגנתו, ובמכתב ששלח לכל השופטים בארץ כתב כי אין לחייב אזרחים ערבים בשירת ההמנון שאינו משקף את שורשיהם, גם אם יש לשבח בן מיעוטים שמחליט לשיר את ההמנון.
מחלוקות.
לקראת הבחירות לראשות הממשלה בין אהוד ברק לאריאל שרון בתחילת שנת 2001 קבע בחוות דעת כי אין זה מסמכותה של ממשלת מעבר לנהל משא ומתן מדיני. לאחר שחוות הדעת פורסמה, היא נתמכה על ידי שרון והימין וגונתה על ידי ברק ושריו.
במקרה אחר, ערב בחירות 2003 הודלפו לעיתון "הארץ" פרטים מחקירות כנגד שרון ובפרט על הלוואות שקיבל מסיריל קרן. רובינשטיין פעל בנחרצות, או לפי גרסת מבקריו ב"להיטות יתר" (ביטוי שרובינשטיין עצמו השתמש בו כדי לבקר את חקירותיו של משה מזרחי), כדי לחשוף את המדליף, שהתברר כאשת הפרקליטות ליאורה גלט-ברקוביץ'. רובינשטיין כלל במושאי חקירה גם את העיתונאי ברוך קרא שחשף את הפרשה והורה על חשיפת שיחות הטלפון שלו, צעד לא מקובל כנגד עיתונאי.
הוקרה.
חתן "פרס השלום" של קרן גבריאל שרובר על חלקו בשלום עם ירדן. קיבל תואר ד"ר לשם כבוד מישיבה יוניברסיטי בניו יורק, מהסמינר התאולוגי היהודי בניו יורק ומאוניברסיטת בר-אילן.
חתן פרס חיים הרצוג, אותו קיבל באוגוסט 2018. הפרס מוענק אחת לשנתיים על תרומה ייחודית למדינת ישראל.
זכה בתואר "אביר איכות השלטון" לשנת 2019 בקטגוריית הרשות השופטת.
בשנת 2021 יצא לאור בהוצאת נבו "ספר אליקים רובינשטיין", אסופת מאמרים של משפטנים ישראלים לכבודו של רובינשטיין, בעריכת אהרן ברק, מרים מרקוביץ-ביטון, איילה פרוקצ'יה ורינת סופר.
מכתבי הוקרה מאת משה דיין, מנחם בגין, יצחק רבין ויצחק שמיר:
משפחתו.