ב-2011, ניצן אלון ביטל את ההפרדה בתחבורה הציבורית בגדה המערבית בין פלסטינים ליהודים. בתגובה למחאות של מתנחלים על צעד זה, משה יעלון ביטל את החלטתו של ניצן אלון, ואסר בשנית על נסיעה של פלסטינים בתחבורה ציבורית בה נוסעים יהודים בגדה המערבית. ב-2014 נאמר כי ההחלטה מיושמת בעקבות שיקולי ביטחון, אולם על-פי "הארץ", ישנם ציטוטים של קצינים אשר אומרים כי שימוש בתחבורה הציבורית בידי פלסטינים לא מציב שום איום ביטחוני. שרת המשפטים לשעבר ציפי לבני בקשה מיהודה ויינשטיין לבחון את החוקיות של האיסור וויינשטיין הגיב בדרישה מיידית ממשה יעלון לספק הסבר להחלטתו. מקורות במערכת הביטחון הישראלית מצוטטים כטוענים כי להחלטה לא היה דבר עם השימוש של פלסטינים בתחבורה הציבורית, אלא נועדה אך ורק לפקח על הכניסה והיציאה מישראל, ובכך להקטין את הסיכויים של כניסת אלו אשר מתכננים לבצע התקפות טרור בישראל. מבקרים של מדיניות זו טוענים כי היא זהה לאפרטהייד, ודבר שהופך את ישראל למדינה מנודה.
ב-20 בדצמבר 2009, בית המשפט העליון הישראלי קיבל את התביעה של האגודה לזכויות האזרח בישראל כנגד החלטתו של צה"ל לאסור על פלסטינים לנסוע על הכביש המהיר 443. ההחלטה נכנסה לתוקף חמישה חודשים לאחר מכן, אולם צה"ל המשיך להטיל מגבלות של הנסיעה של פלסטינים בכביש זה.
במרץ 2013, חברת האוטובוסים הישראלית אפיקים הכריזה כי החל מ-4 במרץ 2013, היא תפעיל קווי אוטובוס נפרדים ליהודים ופלסטינים בגדה המערבית.
תגובות של יחידים.
הארכיבישוף האנגליקני וחתן פרס נובל לשלום דזמונד טוטו הגיב על קווי הדמיון בין דרום אפריקה לפלסטין ועל החשיבות של לחץ בין לאומי על דרום אפריקה בסיום האפרטהייד. הוא השווה את התנועה לסיום הכיבוש הישראלי ללחץ הבין־לאומי שהופעל על דרום אפריקה ועזר בסיום האפרטהייד, ואמר כי "אם האפרטהייד נגמר, כך גם יכול להיגמר הכיבוש, אבל הכוח המוסרי והלחץ הבין־לאומי יהיו צריכים להיות חזקים באותה המידה". הווארד פריאל כותב כי "בעיני דזמונד טוטו, התנאים בשטחים הפלסטינים הכבושים דומים לאלו שהיו תחת משטר האפרטהייד בדרום אפריקה". ב-2012, ה-BBC דיווח כי "טוטו מאשים את ישראל בהפעלת מדיניות אפרטהייד כלפי הפלסטינים". הן פריאל והן הסופר הישראלי אורי דייוויס ציטטו את תגובתו של טוטו מ-2002 אשר פורסמה בגארדיאן בעבודותיהם שלהם: "הועקתי מאוד בביקורי בארץ הקודש; זה הזכיר לי מאוד את מה שקרה לנו השחורים בדרום אפריקה". דייוויס דן בציטוט של טוטו בספרו "אפרטהייד בישראל: אפשרויות למאבק מבפנים", בו הוא טוען כי "מבני הבסיס של האפרטהייד בישות המדינית הישראלית", בהתייחסו אל חוקי הירושה, הגישה לאדמות מדינה ומשאבי מים והגישה לשירותי הרווחה "מצדיקים לחלוטין את הקטלוג של ישראל כמדינת אפרטהייד".
פעילי אנטי-אפרטהייד דרום-אפריקאים בולטים אחרים גם כן השתמשו בהשוואה לאפרטהייד כדי לבקר את הכיבוש בגדה המערבית, ובמיוחד את הבנייה של חומת ההפרדה. אלו כוללים את פאריד אסק, רוני קאסרילס, ויני מנדלה, דניס גולדברג וארון גנדי.
ב-2008, משלחת של המועצה האפריקאית הלאומית ביקרה בישראל ובשטחים הכבושים ואמרה כי במובנים מסוימים, המצב חמור מאפרטהייד. במאי 2018, המועצה האפריקאית הלאומית פרסמה הודעה אשר משווה את הפעולות של הפלסטינים "למאבק שלנו כנגד האפרטהייד". הודעה זו גם האשימה את צה"ל ב"אותה האכזריות כמו של היטלר" וקבעה כי "על כל הדרום אפריקאים להתקומם ולהתייחס אל ישראל כמו המדינה המנודה שהיא". באותו הזמן, דרום אפריקה החזירה את שגרירה בישראל ללא הגבלת זמן, על מנת למחות על "ההתקפה הישראלית משוללת הרסן והחמורה האחרונה".
עורכת הדין העוסקת בזכויות אדם, פאטימה חסן, חברת המשלחת של המועצה הלאומית האפריקאית מ-2008, מתייחסת אל הכבישים הנפרדים, הרישום הנפרד של כלי-הרכב, ההשפלה שבצורך להפיק היתר מעבר והתורים הארוכים במחסומים כגרועים יותר ממה שחוו השחורים במשטר האפרטהייד בדרום אפריקה. אולם, היא גם אמרה כי ההשוואה לאפרטהייד יכולה להוות "הרינג אדום" :
גדעון שמעוני, פרופסור אמריטוס של האוניברסיטה העברית בירושלים, טען כי ההשוואה משמיצה ומצביעה על סטנדרט כפול כאשר מיישמים אותה ביחס לישראל, ולא בייחס למדינות ערב האחרות, אשר בהן ישנן מדיניויות מפלות כלפי האוכלוסייה הפלסטינית בהן. הוא טען כי בעוד שבדרום אפריקה האפרטהייד אופיין באי-שוויון חוקי על בסיס גזעי וניול של השחורים בידי הלבנים בחברה משותפת, הקונפליקט הישראלי פלסטיני משקף תנועות לאומיות נפרדות. לדבריו, ישראל מסרבת לנצל את הפלסטינים, ובמקום זה שואפת להיפרד מהם במטרה להגן על עצמה באופן לגיטימי.
אף על פי שנישואים של יהודים עם מי שאינם יהודים אינם חוקיים בישראל, סשה סוראנסקי טען כי החוקים בישראל שונים למדי מאלו שהיו תחת משטר האפרטהייד בדרום אפריקה, ושישראל מעולם לא אסרה על יחסי זוגיות בין בני גזעים שונים, ושתנועות השחרור של דרום אפריקה ופלסטינים מאופיינות בשאיפות ואסטרטגיות שונות. למרות זאת, הוא טוען כי ההשוואה לאפרטהייד ככל הנראה תצבור תאוצה בשנים הבאות, אם ישראל לא תפרק את ההתנחלויות בגדה המערבית ותיצור מדינה פלסטינית. הוא גם כותב כי התגובה של מגני ישראל להשוואה לאפרטהייד הייתה אינסטנקטיבית ומבוססת על פרופגנדה ממוחזרת במקום על ניתוח כנה של המצב.
ארוין קוטלר, שהיה שר משפטים של קנדה, יועץ של נלסון מנדלה למאבק באפרטהייד ומראשי המכון לחקר אנטישמיות גלובלית ומדיניות, אמר כי הכינוי "מדינת אפרטהייד" הוא אנטישמי מכיוון שהוא קורא לדה-לגיטימציה של המדינה היהודית.
חוקרת מדעי המדינה הבריטית אן בייפסקי, כתבה שהמדינות הערביות בכנס העולמי בדרבן על גזענות עשו שימוש בקטלוג של ישראל כמדינת אפרטהייד כדי לשלול את הלגיטימיות של ישראל ולבסס לגיטימיות לאלימות כלפי ישראלים.
תגובות של ממשלות.
מספר ראשי ממשלה ישראלים הזהירו כי ישראל יכולה להפוך לדומה לדרום אפריקה בתקופת האפרטהייד. ראש הממשלה לשעבר יצחק רבין הזהיר ב-1976 כי אילו ישראל תספח את הגדה המערבית ותאזרח את האוכלוסייה הפלסטינית שלה, היא מסתכנת בלהפוך למדינת אפרטהייד. ראש הממשלה לשעבר אהוד אולמרט הזהיר ב-2007 כי "אילו פתרון שתי המדינות יקרוס, ישראל תתמודד מול תנועה לזכויות הצבעה שוות בסגנון הדרום-אפריקאי, ובמהרה מדינת ישראל תגיע לסיומה".
מזכיר המדינה של ארצות הברית ג'ון קרי, הזהיר ב-2014 כי אילו ישראל לא תשיג שלום במהרה במסגרת פתרון שתי המדינות, היא יכולה להפוך למדינת אפרטהייד.
במרץ 2011, ראש העיר של טורונטו רוב פורד אמר כי הוא לא יאפשר לעירייה לממן את מצעד הגאווה של טורונטו ב-2011, אילו המארגנים יאפשרו לארגון "קווירים נגד האפרטהייד בישראל" לצעוד בו בשנית. פורד אמר כי "כספם של משלמי המיסים לא אמור ללכת למימון של דברי שנאה". למרות זאת, באפריל 2011 הובאה לידיעת רוב פורד העובדה כי הביטוי "אפרטהייד ישראלי" לא מפר את המדיניות כנגד אפליה של העיר, וגם לא מהווה אפליה על פי החוק הפלילי הקנדי או קוד זכויות האדם של אונטריו.
ביוני 2012, מועצת העיר של טורונטו הצביעה בעד לגנות את הביטוי "אפרטהייד ישראלי", כחלק מהחלטה להכיר במצעד הגאווה של טורונטו כ"אירוע תרבותי משמעותי שמקדם ערכים של סובלנות וגיוון". ההחלטה טוענת כי הביטוי "אפרטהייד ישראלי" חותר תחת הערכים של מצעד הגאווה ומזלזל בסבל שחוו אינדיבידואלים תחת משטר האפרטהייד בדרום אפריקה".
ב-1975 הועברה באספה הכללית של האו"ם החלטה אשר מכירה בציונות כצורה של גזענות. החלטה זו בוטלה ב-1991.
יאנובייץ
יאנובייץ (בפולנית: Janowiec) הוא כפר בפרובינציית לובלין, מזרח פולין. הוא שוכן כ-12 ק"מ דרומית מערבית לפולאווי. ו-49 ק"מ ממערב לבירה האזורית לובלין. הכפר מונה כ-1,000 תושבים כיום.
יאנובייץ נוסדה כישוב עירוני על בסיס זכויות מגדבורג בשנת 1537. במאה ה-16 היה הייתה בעלות משפחת האצולה הפולנית ליוארט ושלט בה אנדז'יי פירליי. הוא קיווה להפוך אותה לתחנת מעבר לסחורות מפולין קטן לשלזיה, אך תוכנית זו לא יצאה אל הפועל. במאה ה-17 נבנתה בעיר כנסייה ובתוכה בית חולים. במאה ה-19 ליאנובייץ סבלה משפל כלכלי ובשנת 1870 איבדה את מעמדה כעיר.
הקהילה היהודית.
היהודים הגיעו ככל הנראה ליאנובייץ במאה ה-14, הם הוזכרו לראשונה ברשומות היסטוריות משנת 1571 וככל הנראה הגיעו מקז'ימייז' דולני, הכפר הסמוך. במחצית השנייה של המאה ה-16 קיבלו היהודים אוטונומיה דתית שכללה שיפוט, חינוך ופולחן. בשנת 1580 ליהודים ניתנה הזכות לקנות קרקעות ומבנים בעיר, וגם ניתנה להם האפשרות לסחור, לבצע מלאכה וליצור משקאות אלכוהוליים. אך מנגד ליהודים לא הייתה אזרחות בעיר ולא ניתנה להם הזכות להצביע. במחצית הראשונה של המאה ה-17 השתתפו הסוחרים היהודים מיאנובייץ בסחר תבואה, שעווה ובד לגדנסק וייבאו עגבניות, תבלינים, יין וחומץ.
בשנת 1655 אישר לראשונה, יז'י סבסטיאן לובומירסקי , השליט החדש של העיר, להעניק זכויות נוספות ליהודי יאנובייץ והסדיר את מצבם המשפטי. הוא התיר ליהודים לסחור במגוון סחורות בחופשיות, כמו גם למכור יין ובירה. היהודים היו מחויבים לשלם מס זהה לנוצרים. לובומירסקי פטר את היהודים מהשתתפות חובה בתיקון כבישים ורחובות והדגיש כי היהודים החיים על אדמתו הם תחת חסותו המיוחדת. במידת הצורך, הוא חייב את הרשויות המקומיות ואת הפקידים המקומיים להעניק כל עזרה ליהודי יאנובייץ ולהגן עליהם.