ב-8 ביוני 2014 הסתיימה פעילות של סוכן סמוי בקרב קהילת המסתננים בדרום תל אביב שנמשכה 14 חודשים. בסופה נערכה פשיטה בה נעצרו 65 מסתננים בחשד לסחר בסמים ועבירות רכוש ואלימות.
לפני הגעת המסתננים מנתה תחנת שרת בדרום ת"א שוטרים מעטים. נכון לשנת 2017 משרתים בה כ-200 שוטרים. להערכת המשטרה ישנם בדרום ת"א כ-40,000 מסתננים שמספרם עולה במידה ניכרת בסופי שבוע. לדברי ניצב-משנה דוד פילו, מפקד מרחב יפתח, העבירות הבולטות בקרב המסתננים הן גניבת טלפונים, סחר בסמים, אלימות ומקרי שוד בינם לבין עצמם, אלימות כלפי נשים, אירועים של אלימות במשפחה וזנות. בדיון בוועדת הכנסת ביוני 2018 אמר מפקד תחנת שרת כי מאז שנסגרו מתקני סהרונים וחולות יש עלייה באלימות, בשוד ובתקיפות חמורות באזורו. דוח שפורסם בדצמבר 2018 מראה כי שיעור הפשיעה (התיקים שנפתחים ומדווחים) בקרב המסתננים בעבירות מין, רכוש ואלימות גבוה לפחות פי 3 משיעור הפשיעה באוכלוסייה הכללית. כמחצית מכתבי האישום כנגד מסתננים שהוגשו בת"א ב-2018 נמחקו, לאחר שהנאשמים שוחררו ללא ערבות ולא אותרו. רוב התיקים שנאלצה המשטרה למחוק הם בגין עבירות אלימות, רכוש וסמים.
בריאות.
בכמה בדיקות שנערכו בקרב מסתננים מאפריקה בעשור הראשון של המאה ה-21 נמצא כי שיעור הנשאות של מחלות בקרבם גבוה משיעור הנשאות באוכלוסייה הישראלית. בבדיקות אלו נמצא שיעור נשאות של כחצי אחוז לנגיף ה־HIV (מחולל מחלת האיידס), כחצי אחוז לעגבת רדומה, כ־0.6% לחיידקי שחפת, אחוז אחד לסלמונלה ואחוז אחד לשיגלה. להערכת משרד הבריאות היו בשנת 2013 בישראל כ-150 מסתננים נשאי HIV. עם זאת, שיעור הנשאות שזוהה נמוך משיעור הנשאות בארצות המוצא. הבדל זה הוסבר כתולדה של "ברירה טבעית", במסגרתה מתקשים יותר החולים לעמוד בתלאות המסע מאפריקה לישראל (אפקט המהגר הבריא).
בשנת 2010 אובחנו בבית החולים איכילוב כארבעים מסתננים חולי מלריה, לעומת ארבעה בשנת 2009. בשנת 2011 אובחנו שם עשרים מסתננים חולי שחפת ומדי שנה מאובחנים שם כחמישים מסתננים נשאי HIV. על פי משרד הבריאות, במחצית הראשונה של 2012 אובחנו 90 מסתננים כחולי שחפת באזור תל אביב, שהם כ־90% מכלל מאובחני השחפת בתקופה זו באזור זה.
בעקבות מקרה שבו אושפזה פעוטה בת למסתננים מאריתריאה שאובחנה מאוחר יותר כנשאית שחפת בסמוך לחולים ישראלים, הוחלט בבית החולים איכילוב כי מהגרי עבודה ומסתננים יאושפזו בבית החולים במחלקות נפרדות ויהיו מזוהים בתגיות מיוחדות, כדי למנוע הדבקה של שאר האוכלוסייה. מהגרי עבודה ומסתננים המבקרים בבית החולים נדרשו לעבור צילום חזה לשלילת שחפת ריאתית כתנאי לביקור במקום. משרד הבריאות ביטל את חובת הזיהוי בתגיות והפיץ הנחיות זמניות הנוגעות לזרים ולחסרי מעמד שמוצאם במדינות אפריקה ואסיה, התקפות בבתי החולים איכילוב ווולפסון. לפי ההנחיות נדרשים זרים ממדינות אלה לעבור צילום חזה לשלילת שחפת ריאתית וכן בדיקות דם לחצבת ולאבעבועות רוח. כמו כן הוחלו הגבלות על ביקורי זרים במחלקות רגישות לזיהומים, כגון מחלקות אונקולוגיות ופגיות.
במאמר שפרסמו מומחים לבריאות הציבור במשרד הבריאות נאמר כי החשש להעברת שחפת ואיידס מן האפריקאים לישראלים הוא קטן לאור מנגנוני ההידבקות במחלות אלה (HIV באמצעות יחסי מין ושחפת באמצעות חשיפה ממושכת לאדם נשא המחלה), וכי מרבית ההדבקות מתרחשות בתוך אוכלוסיית המסתננים. כדי לאתר נשאי שחפת חדשים המגיעים לישראל, עוברים כל העצורים המובאים לבית סוהר סהרונים מגבול ישראל-מצרים צילום חזה לשלילת שחפת ריאתית חיסון נגד שחפת מוצע לכל הילדים בישראל עד גיל ארבע, גם לאלה שאינם זכאים לאזרחות.
בשל אי הפעלת תוכנית חיסונים מסודרת בארצות המוצא של המסתננים, ישנה בקרב המסתננים נשאות למספר מחלות זיהומיות שאינן שכיחות בעולם המערבי, דבר המעמיד בסכנת הדבקה אוכלוסייה ישראלית שלא התחסנה ואוכלוסייה בעלת מערכת חיסון חלשה. במאי 2012 התריעו פרופסור גבי ברבש, מנהל בית החולים איכילוב, וכן פרופ' פיני הלפרין, מנהל המחלקה לרפואה דחופה שם, מפני "פצצת זמן בריאותית" בגוש דן. זאת, בשל ריבוי מקרים בהם מסתננים מאפריקה מגיעים לבתי החולים באזור זה כשהם חולים בשחפת, חצבת, אבעבועות רוח ומחלות זיהומיות מדבקות אחרות שאינן שכיחות בעולם המערבי. לדבריהם, "רק מקצת מהמסתננים מתאשפזים בבידוד לתקופות זמן קצובות, הרוב נשלחים חזרה לרחוב לאחר טיפול ראשוני והסיכון להידבק מהם גבוה ביותר".
ב-2012 הוקמה מחלקת אשפוז ייעודית מוגנת ומסוגרת למסתננים חולי שחפת בבית החולים שמואל הרופא בבאר יעקב. המחלקה שייעודה המקורי היה לטפל בחולי ריאות כרוניים נחשבת לאחת ממחלקות האשפוז המסוכנות ביותר בישראל מחשש להידבקות הצוות. על גג המחלקה הותקנה מערכת סינון אוויר בעלות של יותר ממיליון שקלים במטרה לצמצם את סכנת ההידבקות בשחפת. במחלקה מאושפזים עשרות מסתננים, כאשר זמן האשפוז הוא לרוב בין חודש לחודשיים. חולים מדבקים שמעוניינים לסיים את האשפוז ולצאת מבית-החולים רשאים לעשות זאת על-פי חוק, והיו מקרים בהם מסתננים עזבו את בית-החולים על דעת עצמם כאשר הם נחשבים מדבקים.
המסתננים השוהים בישראל אינם זכאים לביטוח הבריאות הממלכתי החל על תושבי ישראל, אך על פי חוק עובדים זרים מחויבים מעסיקים לבטח עובדים זרים המועסקים על ידם בביטוח בריאות. חלק מהמסתננים נעזרים בארגוני בריאות וולונטריים. החוק בישראל מאפשר לחסרי ביטוח רפואי ממלכתי קבלת טיפול רפואי במצבי חירום, וזאת ללא התניה בתשלום מראש, ועל כן בתי החולים נאלצים לספוג את העלויות של טיפולי חירום באוכלוסייה זו. על פי דברי סגן שר הבריאות, יעקב ליצמן, מערכת הבריאות סופגת מעל 50 מיליון ש"ח כדי לממן את הטיפול הרפואי במסתננים.
ב-2012 נולדו בבית החולים איכילוב כ-700 תינוקות למסתננות אריתראיות וסודניות שמהווים כעשירית ממספר הלידות שם. שיעור הפגים בקרב לידות המסתננות גבוה פי 2 מזה באוכלוסייה הכללית. עלותן של לידות המסתננות לבית החולים מוערכת ב-28 מיליון ש"ח
משנת 1998 פועלת ביפו מרפאה מטעם "רופאים לזכויות אדם", המעניקה טיפול רפואי לחסרי מעמד אזרחי, שאינם זכאים לשירותי בריאות על פי חוק ביטוח בריאות ממלכתי ואינם מבוטחים בביטוח רפואי כלשהו. על פי נתוני העמותה, בשנת 2011 היו בה כ-8,000 ביקורים, וב-2012 היו בה 6,900 ביקורים.
בספטמבר 2008 נפתחה במתחם התחנה המרכזית החדשה של תל אביב מרפאת פליטים, שהוקמה ביוזמת ההסתדרות הרפואית בישראל ומשרד הבריאות. המרפאה משרתת למעלה מחמשת אלפים וחמש מאות מטופלים המגיעים באופן סדיר, מרביתם מסתננים מאפריקה, בעזרת רופאים מתנדבים וכוח עזר רפואי. התרופות המשמשות את המטופלים נתרמות על ידי חברות תרופות.
חינוך.
חוק לימוד חובה חל על כלל הילדים בישראל ובהם גם ילדי המסתננים, והם משולבים במערכת החינוך. באילת סירבה העירייה במשך 4 שנים לרשום את ילדי המסתננים למערכת החינוך, והם נאלצו ללמוד מחוץ לעיר. בעקבות עתירה של ארגוני הסיוע (עת"מ 29883-07-11 אטוש מאג'ד מאנג'אן ואח' נגד עיריית אילת ומשרד החינוך) פסק בית המשפט המחוזי בבאר שבע באוגוסט 2012, כי על עיריית אילת לשלב תלמידים אלה במערכת. העירייה, בתמיכת משרד החינוך, ערערה על ההחלטה. בית המשפט העליון מתח ביקורת חריפה על משרד החינוך והעירייה, ובעקבות כך שולבו ילדי המסתננים במסגרות החינוך בעיר.
פעולות מוסדות המדינה מול המסתננים.
גירוש מיידי למצרים.
מתחילת שנת 2006 החלו להגיע סודאנים לישראל, בעקבות פיזור הפגנות אלים שהתחולל במצרים במסגרתו נהרגו כמה סודאנים. ב-2008 הנחה ראש הממשלה אהוד אולמרט את הגורמים המקצועיים להחזיר את המסתננים מיד למצרים, בנוהל שכונה "החזרה חמה". מנגד, ארגונים רבים פעלו למען השארתם בישראל, בפרט על רקע רצח העם בדארפור. זאת אף על פי שהפליטים מדארפור לא היו חלק גדול מהמסתננים מסודאן (על פי הפורום לזכויות פליטים, בשנת 2008 נמצאו בישראל כ-4,000 איש מסודאן שמהם כ-1,200 מחבל דארפור והשאר מדרום סודאן).
בעקבות עתירה לבג"ץ של ארגוני זכויות אדם התחייבה המדינה בשנת 2008 לקיים "החזרה חמה" רק לאחר תשאול המסתננים, כדי לאפשר להם לבקש מקלט, בהתאם לעקרון אי ההחזרה. המדינה הודתה כי בעניין זה חלו תקלות ומסתננים הושבו ללא תשאול.
טיפול בבקשות מקלט.
כאמור, בשנת 2008 החליטה המדינה להעביר את בדיקת הזכאות למעמד פליטים מנציבות האו"ם לרשות האוכלוסין וההגירה. אלו מבין המסתננים שנתפסו באזור הגבול על ידי צה"ל הובאו לבית סוהר סהרונים, שם עברו רישום ושימוע לקביעת מעמדם. מי שזוהו כאריתראים או כסודאנים הוגדרו כזכאים להגנה קבוצתית הומניטרית ושוחררו לאחר בדיקות רפואיות. השאר עברו שימוע נוסף אצל יחידת בדיקת מעמד הפליט (Refugee Status Determination - RSD) של רשות האוכלוסין, שהחלה לפעול ביולי 2009. אלה שנקבע כי הם בני-הרחקה רשאים לערער על ההחלטה, בהליך שיכול לארוך תשעה חודשים. בשל חוסר מקום במתקן שוחררו גם אנשי קבוצה זו וניתן להם כתב הגנה. לעיתים הם נעלמו ועל פקחי יחידת עוז הוטל לאתרם. בין יולי 2009 למאי 2010 גורשו 863 מסתננים.