בסוף שנת 1994 הוציא בשן את הדיסק "כאן באמצע החיים", בו כתב את כל מילות השירים. מתוך הדיסק בלטו שיר הנושא (לחן: יגאל בשן) ו"איתך" (לחן: יורם צדוק). את שירי האלבום עיבד הגיטריסט אבי סינגולדה אשר מאז נהפך לאחד מהנגנים הקבועים של בשן.
בסוף 1995 השתתף בפסטיגל עם השיר "לא נוותר" (מילים: חמוטל בן זאב עפרון, לחן ועיבוד: יורם צדוק).
בתחילת 1996 יצא בשן בסיבוב הופעות למבוגרים, לאחר הפסקה של שבע שנים. לכבוד צאת המופע הקליט שיר חדש בשם "ילדי לבנון". בנוסף לרגל צאת המופע חידש בשן שניים מלהיטיו הישנים "מתוק מתוק" שזכה לגרסת רוקנ'רול עדכנית, ו"לקראת שבת" שבוצע במקצב רגאיי.
בשנת 1997 הקליט בשן שיר חדש בשם "לדבר אהבה", ובשידור של תוכנית האירוח "בשידור חי" עם דן שילון, בו התארח בשן, הייתה גם הזמרת זהבה בן, והשניים ביצעו את השיר בדואט. כמה ימים לאחר השידור הקליטו השניים את השיר שיצא לרדיו.
בספטמבר 1998 החל בשן להגיש את תוכנית הרדיו "בין שישי לבשן" ברשת ב', תוכנית אישית בה דיבר על השבוע החולף והשמיע שירים. התוכנית שודרה במשך 15 שנה בימי שישי בצהריים וזכתה לאחוזי האזנה גבוהים.
בשנת 1999 הוציא בשן את האלבום "תלוי רק בך", הכולל את השירים "תל אביב בוכה בלילה", שיר הנושא, הדואט עם סי היימן "תמיד ביחד" וחידוש ל"אין לי יותר מה לומר". על האלבום עבד בשן עם דודי רוזנטל וז'אן פול זימבריס. במקביל ליציאת האלבום יצא בשן בסיבוב הופעות בשם "כל השירים", מופע אקוסטי אינטימי עם הגיטריסט אבי סינגולדה, שזכה להצלחה ורץ כשלוש שנים.
שנות ה-2000.
בשנת 2000 הפיק רדיו נטקינג פרודיה על השיר "Stan" של אמינם. בגרסה העברית בביצועם של אסי וגורי הפך סטן ל"חן", והשיר עסק במעריץ מטורף של בשן. השיר זכה להצלחה גדולה, וליותר מ-250 אלף כניסות לאתר האינטרנט להורדת השיר. בשן לקח את הפארודיה ברוח ספורטיבית ובהמשך אף שיתף פעולה עם אסי וגורי כשהתארח בתוכניתם שידורי המהפכה.
בשנת 2001 הוציא בשן את "ציפור קטנה בלב", אלבום אוסף כפול ובו 40 מלהיטיו הגדולים. האוסף כלל גרסת רמיקס ל"יש לי ציפור קטנה בלב", ושיר חדש שכתב והלחין בשם "ואת יפה נשארת יפה" (עיבוד: ירון בכר). השיר זכה להצלחה, ובשן יצא בעקבותיו לסיבוב הופעות.
במרץ 2003 הוציא בשן את האלבום "שמים תחייכו", בו כתב והלחין את כל השירים. באלבום נכללו השירים "אוי אהובתי", "זה רק הלב" ושיר הנושא. את שירי האלבום עיבד הגיטריסט שמוליק בודגוב, אשר עבד עם בשן שני עשורים קודם לכן במסגרת להקת "ברוש". עוד באותה שנה סיפור אישי של בחור בשם סידני איפרגן צרפתי שעלה לארץ במיוחד כדי להתגייס לצה"ל נגע לליבו של בשן, מה שהביא להקלטת שיר חדש "חייל בודד", בהזמנה מיוחדת של גלי צה"ל. שנה מאוחר יותר הקליט בשן עם רותי נבון את השיר "תיגע בי".
בשנת 2005 נפגש בשן עם פיטר רוט במסגרת תוכנית הטלוויזיה "מפגשיר" בערוץ 24. במסגרת התוכנית הקליטו השניים את השיר "רק רוצה להתחתן", אשר יצא כסינגל וצולם בקליפ מיוחד מטעם הערוץ. השיר זכה להצלחה ולפופולריות ובשיאו צעד במקום הראשון במצעד השבועי ברדיו ירושלים.
בשנת 2006 יצא בשן במופע "בואו נעשה לנו חג" - קונצרט אוסף בליווי 14 נגנים ו-3 זמרות ליווי. במופע חגג בשן 40 שנות קריירה עם שירים מכל הזמנים. עוד באותה שנה הוציא לתחנות הרדיו שיר חדש הנקרא "כבר לא גיבורים" שכתב אילן גולדהירש והלחין בשן.
בינואר 2008 הוציא בשן את הסינגל "ויש אישה אחת" שכתבו טל שגב ויעקב למאי, לו גם צולם קליפ.
בפברואר 2008 החל בשן להגיש תוכנית אישית חדשה בערוץ הראשון, שנקראה "60 אישי". בתוכנית נפגש בשן עם אמנים, יוצרים ואנשי ציבור ושוחח עימם על הפסקול המוזיקלי הישראלי שלהם. דרך השירים חזרו המרואיינים לאירועים אישיים ומכוננים בתולדות מדינת ישראל.
בדצמבר 2008 הקליט בשן סינגל חדש, במה שאמור היה להיות סינגל ראשון מתוך אלבום חדש שבדרך, העונה לשם "כל פעם", אותו כתב והלחין, לעיבוד מוזיקלי של אסף תלמודי. עוד שיתף פעולה בשן לראשונה בשיר עם שלומי שבן, שניגן על הפסנתר.
בפברואר 2009 הוציא בשן סינגל נוסף מאלבומו הבא, "ימים טובים עלינו". בנו, אורי בשן, היה שותף ללחן, לעיבוד ולהפקה המוזיקלית בשיר. את האלבום המיועד עם חומרים חדשים החליט בשן בשלב זה להקפיא, זאת מאחר שהחליט להגשים חלום אישי להוציא אלבום גרסאות כיסוי לשירים עליהם גדל. בשן הכיר את הגיטריסט הצעיר בן ה-26 דורון מזרחי, בוגר תואר שני באקדמיה למוזיקה קלאסית, אשר עיבד והפיק מוזיקלית את האלבום.
באוקטובר 2009 יצא לרדיו סינגל בכורה מתוך האלבום המדובר "פגישה לאין קץ" (מילים: נתן אלתרמן; לחן: נעמי שמר) אשר זכה להשמעות רבות בתחנות הרדיו. כחודש לאחר מכן, בנובמבר 2009, הוציא בשן את הסינגל השני מתוך האלבום, "בית הערבה" (מילים: חיים חפר ועמוס קינן; לחן: שמוליק קראוס) אותו גם ביצע בעבר במסגרת ההרכב הופה היי. בדצמבר 2009 יצא האלבום המלא לחנויות הכולל בתוכו חידושים לשירים: "הימים הארוכים העצובים", "תלבשי לבן", "פרח הלילך", "עין גדי" ו"דבר אלי בפרחים" (דואט עם הזמרת שירלי צפרי). בהקלטות נעשה שימוש בכלים בכלי נגינה כמו: קונטרבאס, ויברפון, וכלי מיתר. במקביל יצא בשן, יחד עם המוזיקאים איתם הקליט את האלבום, בסיבוב הופעות חדש בו ביצע את שירי האלבום לצד להיטיו מכל הזמנים.
שנותיו האחרונות.
באפריל 2011 הוציא לאור בשן את הסינגל "הודות לך" אותו ביצע בדואט עם יהודה פוליקר.
באפריל 2012 הלחין את שיר האודישנים של כוכב נולד - "זה הזמן" למילותיו של דוד לביא. באוקטובר אותה שנה, לרגל צאת המופע החדש שלו, "המיטב פלוס", בליווי להקת לייב, הוציא בשן סינגל חדש בשם "שמים". השיר זכה להצלחה גדולה ואף החזיר את יגאל מחדש לתודעה הציבורית ("עדנה" לדבריו ולא "קאמבק"), ובשיאו צעד בראש מצעד הפזמונים השבועי של רשת ג', ואף נכנס לרשימת הפלייליסט של גלגלצ, המקנה השמעות יומיות בתחנה הצה"לית. השיר זכה לביצוע מחודש בגמר העונה השנייה של תוכנית המציאות "בית הספר למוזיקה", בו הילדים שרו ביחד עם בשן, וכן לביצוע מיוחד של להקת חיל המודיעין. בדצמבר 2012, במסגרת פרויקט מיוחד של גלגלצ לרגל המצעד הלועזי השנתי, בו מבצעים זמרים ישראלים חידושים לשירים המתמודדים במצעד השנתי, הקליט בשן את השיר "Home again" (במקור בוצע על ידי מייקל קיוואנוקה).
במרץ 2013 הקליט בשן סינגל חדש בשם "נחיתות והמראות" למילים ולחן שלו. השיר צורף כרצועת בונוס יחד עם "שמים" לאלבום שבשן הוציא שבו הקליט את מיטב שיריו שביצע במסגרת סיבוב ההופעות.
ביוני 2013 הוציא בשן לרדיו את הביצוע בהופעה חיה ללהיטו "קפה אצל ברטה" (מילים: אהוד מנור, לחן: נתן כהן), כסינגל ראשון מתוך אלבום המופע העתידי. עוד יצאו לרדיו באותה תקופה הסינגלים "אל תגעו באהבה" ו"כוכבים לא משקרים" בעיבודים מחודשים.
באוגוסט 2013 יצא לחנויות אלבום המופע המלא "יגאל בשן בהופעה חיה בזאפה", הכוללים 15 שירים מתוך המופע, וכן שתי רצועות בונוס בהקלטת אולפן שהוציא בשנה האחרונה "שמים" ו"נחיתות והמראות". בפברואר 2014 הוציא את מה שהתברר לימים כסינגל האחרון שלו בחייו, "לחיי השיגרה".
בחמש השנים האחרונות לחייו סבל בשן מכאבים עזים מתמשכים, ובעקבותיהם התפתח אצלו דיכאון. באוגוסט 2014 אושפז עקב פצעי דקירה. בתחילת יוני 2015 אושפז בשנית עקב פצעי דקירה, אולם כעבור כמה ימים הוא הופיע בערב מחווה של התזמורת הפילהרמונית הישראלית לזכר ידידו המנוח עוזי חיטמן, בהיכל התרבות בתל אביב. בשן התקבל על ידי הקהל בתשואות רבות, ובסיום הופעתו הקהל עמד והריע לו במשך דקות ארוכות.
באפריל 2016 זכה בפרס אקו"ם למפעל חיים. ב-17 ביוני 2016 שב יגאל בשן לבמה, במועדון הזאפה, לאחר שנתיים בהן לא הופיע בציבור (מלבד פעמיים: בערב המחווה לעוזי חיטמן ובחתונה של אחד מנגניו).
מותו.
ב-9 בדצמבר 2018, ערב נר שמיני של חג החנוכה, התאבד בשן בביתו שבתל אביב. צוות מד"א שהוזעק למקום קבע את מותו בגיל 68. אלמנתו מיקה סיפרה כי סבל מכאבים מתמשכים בחמש השנים שקדמו לכך ובעקבות זאת פיתח דיכאון קשה. כמו כן, היו שני ניסיונות התאבדות שנחשפו לאחר מותו, כשהראשון התרחש באוגוסט 2014, והשני התרחש ביוני 2015, בניסיונות התאבדות אלו התאשפז בשן בבית החולים ולא פורסם דבר על מצבו, דבר שנחשף רק לאחר מותו.
ארונו הוצב ברחבת התיאטרון הלאומי "הבימה" והתאפשר לציבור להגיע ולחלוק לו כבוד אחרון. יותר מאלף אנשים הגיעו לתיאטרון כדי להיפרד. ב-11 בדצמבר נטמן בבית העלמין קריית שאול בתל אביב. מאות בני אדם ליוו אותו בדרכו האחרונה, ביניהם חברים, בני משפחה וידוענים.
לאחר מותו.
ב-26 בנובמבר 2019, פורסם השיר "תביטי בי", שהקליט בשן חצי שנה לפני מותו.
בדצמבר 2019, כשנה לאחר מותו של בשן, יצא אלבום המחווה "אם הייתי שר לך - שרים יגאל בשן", בו אמנים שונים מבצעים את שיריו של בשן. באותו החודש נחנך פארק הנושא את שמו בשכונת "משכנות אמנים" שבקריית מוצקין.
ביוני 2021 הושלמה הקלטת שיר שכתב יאיר לפיד בשם "הגבירה מול האגם" שנכתב על סיפור חייה של המשוררת נעמי שמר לרגל יום הולדתה ה-90. השיר הולחן על ידי קובי אשרת ובוצע בידי מיקי גבריאלוב ויגאל בשן, אך בזמן ההקלטות המוקדמות של השיר, ולפני הקלטת הגרסה הסופית שלו, הודיע בשן כי לא יוכל לבצע את ההקלטה בשל מצבו הבריאותי. הוא נפטר זמן קצר לאחר מכן.
משפחתו.