בינואר 1884 הוחלף ד"ר ודל על ידי ד"ר ג'ון ה' אוגיליוויה (Ogilivie). חשיבותו של בית החולים הייתה קונצנזוס ירושלמי חוצה דתות ועדות. בשנת 1886 התקיימה בבית החולים קבלת פנים בה השתתפו, בין השאר, מושל ירושלים ראוף פאשא, הפטריארך היווני-האורתודוקסי, הפטריארך הארמני והחכם באשי, הרב רפאל מאיר פאניז'יל, שהביעו כולם את הוקרתם למפעל החשוב. לכך תרמה גם העובדה, שבניגוד למפעלי צדקה נוצריים אחרים, חברי המסדר לא עסקו כלל בהטפה מיסיונרית.
ד"ר ויליאם קאנט.
בשנת 1888 התמנה לרופא המנהל של בית החולים ד"ר ויליאם אדמונד קאנט (Cant), שישרת בו 23 שנים. הוא הכניס את המוסד לתנופת שינויים וחידושים. נוסף לו בור מים, בוצעה הרחבה ובמסגרתה נוספו אגף מפאת חוץ ובית הרופא ונקבעו החלונות בצורת תלתן (בהם ניתן להבחין אף היום במפלס הרחוב). בית הרופא נכלל כיום בשטח בית המלון ומכונה "הווילה".
בדו"ח מסוף שנת 1889 נמסר שמספר החולים שפנו לבית החולים עמד על 58,000, מתוכם 10,000 קיבלו טיפול ובוצעו 863 ניתוחים. בשל עומס העבודה דרש ד"ר קאנט אחות ועוזר. דוד ילין כתב על סדרי קבלת החולים המשונים:
במהלך מלחמת העולם הראשונה נסגר בית החולים, והצבא הטורקי השתמש במבנים כמחסני תחמושת. עם כיבוש ירושלים בידי הבריטים השתכנה במבנה, שהטורקים ניסו לפוצצו ללא הצלחה, מפקדתו של המייג'ור גנרל ג'וֹן שֵיי (Shea), מפקד הדיוויזיה הלונדונית ה-60.
תקופת המנדט הבריטי.
האגפים החדשים.
ב-26 בפברואר 1919 התקיים טקס חנוכתו מחדש של בית החולים, לאחר עבודות שיפוצים שארכו כשנה, במעמד אדמונד אלנבי ובכירי המסדר. כמנהל בית החולים מונה קולונל ג'ון סטרטהרן (Strathearn) שכיהן בתפקידו עד 1941. הוא התלונן בפני ראשי המסדר על כך שהמקום צר מלהכיל את המתרפאים הרבים ואינו ערוך לשרת מאושפזים וחולי חוץ. פתרון לבעיית המקום עלה כאשר הפטריארך היווני-אורתודוקסי הציע למסדר לחכור שטח אדמה ממול למבנה הראשי של בית החולים, ממערב לדרך חברון. על שטח זה הוקם בין 1922 ל-1930 האגף החדש של בית החולים (כיום בית אות המוצר הירושלמי). על תכנונו של האגף החדש, כמו על חידוש הבניין הקיים הופקד האדריכל קליפורד הולידיי שהסתייע גם באדריכל זולטן שמשון הרמט.
המבנים משני עברי הכביש קושרו ביניהם במנהרה תת-קרקעית, ששימשה הן כמעבר והן כחלל אחסון לחומרים הדורשים קירור.
סגנון הבנייה של המבנה הוא הסגנון האקלקטי, והוא משלב אלמנטים מזרחיים, ארצישראליים ואירופיים. המבנה בנוי סביב חצר פנימית פתוחה, במתכונת חאן, האופיינית לירושלים של המאה ה-19, כיוון שחולים כפריים הגיעו לטיפול יומי והיו שוהים במקום שעות רבות עם ילדיהם. החדרים שסביב החצר רבועים, והתקרות בנויות בצורת קמרונות צולבים. הסגנון המזרחי משולב עם סגנון ששורשיו באדריכלות ימי הביניים - וחלק מהמבנה בנוי בצורת טירה אנגלית. כמו המבנה הראשי, גם חזית המבנה החדש עוטרה בשלטי האצולה של האצילים שתרמו את הכסף שנדרש להקמת המבנה. אחד מחדרי המבנה המעניינים ביותר הוא "החדר הארמני" – חדר שבשנת 1925 עוטר באריחי קרמיקה ארמנית בידי האומן הארמני דוד אוהנסיאן, ומהווה כיום מוקד עלייה לרגל לחובבי אומנות זו.
כמו כן הורחב בית החולים דרומה לאחר שניזוק ברעידת האדמה בארץ ישראל (1927). האגף הדרומי שימש עבור מתרפאים פרטיים, פקידי ממשל בריטים, אזרחים זרים ואנשי כנסייה. השלמת האגף הסתיימה רק ב-1941 והוא נפתח לציבור רק לאחר מלחמת העולם השנייה.
בית החולים זכה לתמיכה של שלטונות המנדט ותרומות עבורו נאספו באירועים רשמיים כמו יום הולדת המלך.
רכישת השטח במוריסטן.
כיוון שחלק מרכזי באתוס של המסדר היה הזיקה שלו למסדר ההוספיטלרים הקדום, ניסו חברי המסדר מאז ומתמיד לרכוש חלקה במוריסטן, באתר ברובע הנוצרי בו ניצב בית החולים של ההוספיטלרים. בין השנים 1926–1930 ניהלו אנשי המסדר משא ומתן עם נציגי המשלחת הגרמנית (לה היה שייך חלק מהשטח שמדרום לכנסיית הגואל, מאז מסע וילהלם השני לארץ ישראל, 1898) והכנסייה היוונית אורתודוקסית. לבסוף נרכשה עבור המסדר חלקה מאורכת, בצמוד לרחוב דוד (השוק). לגברת ווטסון, אלמנתו של ד"ר צ'ארלס ווטסון מהאוניברסיטה האמריקאית בקהיר, שכיהן גם כיו"ר הנהלת בית החולים, היה בית מצידו השני של רחוב דוד, שנתרם עבור המסדר.
הטיפול בחולים והדרכתם.
לפי דוחות בית החולים הייתה בירושלים עלייה ניכרת במקרים בשנים 1919 - 1920 כתוצאה מהרעב, הצפיפות, העוני והמגפות שנגרמו עקב התנאים הירודים ומלחמת העולם הראשונה. פעילות המנדט הבריטי, שיפור התשתיות והמודעות ההיגיינית הצליחה להוריד את מקרי התחלואה באמצע שנות ה-20, אך ב-1927 עלה שוב באופן חד מספר הפונים לבית החולים. לפי הדו"ח השנתי לאותה שנה, טיפל בית החולים בשנה זו ב-85,564 חולים. רוב התחלואה נגרמה בשל סיבוכים של דלקת הלחמית, שנגרמו בשנות הבצורת בשנים אלה.
סטרטהרן דיווח כי עיקר הבעיה היא המחסור במודעות להיגיינה בכפרים הערבים-המוסלמים. במושבות היהודים והנוצרים בעיות העיניים מסוג זה נדירות. מחלקת הבריאות המנדטורית אימצה את המלצתו להקמת בתי ספר כפריים בהם ילמדו וידריכו את האוכלוסייה הכפרית בעיקרי ההיגיינה, בטיפול ביתי ראשוני ובסניטציה. בית הספר הראשון, בשותפות בית החולים נפתח בבית סטרטהרן בעיר העתיקה, בסמוך לבית ווטסון.
לאחר הקמת מדינת ישראל.
בית החולים בעיר העתיקה.
לאחר הקמת מדינת ישראל, נותק למעשה בית החולים ממתרפאיו העיקריים, הערבים-המוסלמים מן העיר ומן הכפרים. לפיכך עבר בית החולים לאזור המוריסטן, תוך שימוש בבית ווטסון ובית סטרטהרן הסמוכים ששימשו כמרפאה ומחלקת אשפוז בת 19 מיטות ובית סמוך לשער שכם, שנתרם על ידי ברטה ספפורד-וסטר, מן המושבה האמריקאית ששימש כמחלקת אשפוז נוסף (15 מיטות) ובו בוצעו גם ניתוחים.
המבנה בדרך חברון.
במלחמת העצמאות היה המבנה במרכזה של זירת קרבות קשים. הוא שימש כעמדה של כוחות ההגנה, והותקן בו רכבל הר ציון. לאחר מלחמת העצמאות ננטש הבניין, שהיה סמוך מאוד לקו העירוני, מצדו הישראלי. קונסוליה של בריטניה השתכנה בכמה חדרים של הבניין אך רובו נותר ריק וגופים שונים בקשו להשתמש בו. בינתיים הבניין היה יעד לביזה והמקום היה לזירה לשני מקרי רצח בהם הורשעו אחים שנשכרו לשמור על הבניין. בשנת 1951 פעל בבניין מוסד חינוכי בשם "מדרשת סיני" של צעירי אגודת ישראל. אחד המדריכים במוסד, אליהו רפול הסתיר במוסד נשק של ברית הקנאים. המוסד נסגר זמן קצר לאחר מכן ובחלק מהבניין שוכן המכון הגיאולוגי לישראל. בשנת 1953 נוסדה בבניין בית החולים הישן ישיבת נתיב מאיר, אשר עברה לאחר מספר שנים למבניה הנוכחיים בשכונת בית וגן בירושלים. בשנת 1964 נרכש המבנה על ידי מינהל מקרקעי ישראל אשר מכר את הבניין בשנת 1972 ליזם שתכנן להרוס את המבנה ואף הרס את המבנה הדרומי והמרכזי. מאבק של ארגוני איכות הסביבה ותומכי שימור מבנים עתיקים הביא להצלת המבנה הצפוני ולשיקום המבנים כמלון בשנת 1986.
בית החולים בשייח' ג'ראח.
בית החולים נחנך במבנה מודרני ב-1960 וכולל 49 מיטות אשפוז, חדר ניתוח ומרפאות חוץ. הוא ממשיך להגיש טיפול חינם לתושבי מזרח ירושלים, יהודה ושומרון ורצועת עזה ונתמך על ידי ארגוני סיוע שונים. לפי אתר בית החולים, בשנת 2010 טופלו 102,382 חולים, 34,238 מהם קטינים. בבית החולים פועלת מחלקת הדרכה והוא מפעיל מרפאה ניידת לכפרים ומרפאות מסונפות בעזה, בחברון ובענבתא.
מש-אנה-פדה
מש-אנה-פדה - בשומרית: meš-an-ne-pad-da שפירושו איש (גיבור) שנבחר על ידי שמיים, היה הלוגאל (המלך) הראשון של השושלת הראשונה בעיר-מדינה אור (לפי רשימת המלכים השומרית). הוא שלט בה בין השנים 2563 לפנה"ס - 2524 לפנה"ס בערך.
ברשימה מצוין שהוא לקח את השליטה בעיר מלוגאל קילדו ששלט לפני כן בעיר. כנראה הוא כבש את העיר כיש, הוא הוסיף לעצמו תואר לוגאל כיש. התואר הזה שימש גם כמה מלכים שמלכו אחריו. לפי כתובת טומאל (Tummal Inscription) הוא ובנו מש-קי-אנג-ננה תחזקו אחרי גילגמש ובנו אור-נון-גל את המקדש הראשי לאנליל של ניפור, כתובת זאת מחזקת את מעמדם כשליטי שומר. חיזוק נוסף לעובדת היותם שליטי שומר הם אתרי הקבורה המפוארים שנמצאו באזור.
בנו האחר של מש-אנה-פדה, א-אנה-פדה, לא מופיע ברשימת המלכים השומרית, אך ממקורות אחרים ידוע כי בנה מקדש באזור תל אל-עובייד של היום.
העיר אור הגיעה בתקופתו לשיא עוצמתה. בין שאר התארים מש-אנה-פדה החזיק בתואר "נו-גי (ה)" (בעל הזונה (השמימית?), המופיעה גם תחת השם אינאנה (Inanna בשומרית) ועשתר באכדית. בתואר הזה הוא טען לבעלות על המקדש השייך לה, שהיה בין המקדשים החשובים. גם כן ידוע התואר של אשתו נין-בן-דה (Nin-ban-da בשומרית) - "נין" (בעלת הבית), דבר השולל את קשריה לתואר הראשון.
לפי כתובת שנמצאה על חרוז העשוי מלפיס לזולי הוא הביא מתנות למלכי מארי ואביו היה מש-קלמ-דוג. באטמים מקברות המלכים באור נמצאו שמות של מש-אנה-פדה וקודמיו (שלא מוזכרים ברשימה ונמצאו רק בממצאים ארכאולוגיים): מש-קלמ-דוג, א-קלמ-דוג ונין (מלכה או אשת דת בשומרית) שובד (shubad בשומרית) (פו-אבי (Puabi) באכדית).
בשנות ה-50 של המאה ה-20 העלה אדמונד גורדון השערה לפיה מש-אנה-פדה ומס-אלים (me-silim/salim בשומרית) שהיה "מלך כיש" היו דמות היסטורית אחת, המקור להשערתו היה החילוף בין שמותיהם בפתגמים מסוימים מבבליות מאוחרות. אין הוכחה חד משמעית להשערה זו. חוקרים מאוחרים יותר נטו להתייחס אליהם כאל שני אנשים, ולהשערתם מס-אלים קדם למש-אנה-פדה בכרונולוגיה.