ג'ייקוב מחליט לחקור את "סירופ ההרגעה" המסתורי והממכר שסטאריק הספיק להפיץ בכל רחבי לונדון ולהרעיל את העם. ג'ייקוב פוגש בצ'ארלס דרווין, שגם הוא חוקר את הסירופ המסתורי. יחד, הם הורסים את המפעל לייצור הסירופ וחוקרים את ריצ'רד אוון, שמספר להם כי אחראי לייצור הסירופ. ג'ייקוב ודרווין מפנים פעמיהם אל המוסד לחולי הנפש הנמצא בלמבת', שם, ג'ייקוב מתנקש באליוטסון. לאחר מכן, ג'ייקוב מחליט לסייע לפרל אתאווי, אחת ממתחרותיו של סטאריק בעסקי האומניבוס. ג'ייקוב מחבל בחברת האומניבוס של סטאריק ומתנקש במנהל החברה, מלקולם מילנר שמזהיר אותו כי סטאריק ואתאווי הם בני דודים וכי אתאווי היא טמפלרית. בתגובה, ג'ייקוב מתנקש באתאווי. אז, ג'ייקוב לומד על תוכניתו של בנקאי טמפלר בשם פיליפ טופני לשדוד את הבנק המרכזי של אנגליה ולגנוב מלאי הזהב שלה. בסיועו של , ג'ייקוב פורץ לבנק ומתנקש בטופני. לאחר מכן, ג'ייקוב פונה לפרלמנט למנוע את מזימתם של הטמפלרים לרצוח את ראש ממשלת בריטניה בנג'מין דיזראלי, אשר תומך להעביר את הצעת החוק למיגור העולם התחתון, ולאחר מכן, ג'ייקוב מתנקש במוח שמאוחרי המזימה, רוזן קרדיגן.
לאחר אירועים אלו, ג'ייקוב נפגש עם מקסוול רוט', מנהיג אחת הכנופיות שבשליטת הטמפלרים. רוט' מציע לג'ייקוב לבגוד בטמפלרים ולכרות ברית עם "העורבים", וג'ייקוב מקבל את ההצעה. לאחר שהוא מסייע לרוט' בכמה משימות נגד סטאריק, ג'ייקוב מפרק את הברית לאחר שהוא מגלה שהוא רומה על ידי רוט' לפוצץ בניין מלא בילדים. ג'ייקוב מסתנן אל "תיאטרון אלהמברה" שם נמצא מפקדתו של רוט', והוא מתנקש בו.
בינתיים, איווי מחפשת אחר פיסת עדן החבויה, ומצליחה לגנוב מת'ורן ספר עתיק. בעודה מנתחת את הספר, איווי מגלה שפיסות עדן מסוגלות לרפא כל פגיעה, לרבות זקנה, ולהפוך את הלובש אותן לבן אלמוות. בעזרת הנרי, איווי עוקבת אחר שובל הרמזים אל אחוזתו של , שם היא מוצאת מפה המפרטת את מיקומם של כל הכספות שבבעלות אחוות המתנקשים המוסתרים בלונדון. חיפושיה מובילים אותה דרך ציוני דרך מפורסמים כגון האנדרטה לשריפה הגדולה של לונדון וקתדרלת סנט פול, שם היא מוצאת את המפתח הדרוש על מנת לגשת לכספת של פיסות העדן, אך לאחר מאבק עם ת'ורן, ת'ורן מצליחה לגנוב את המפתח ולהימלט. או אז, איווי עוקבת אחריה אל מצודת לונדון, שם היא מאמינה כי הכספת נמצאת ומתנקשת בת'ורן. לפני מותה, ת'ורן חושפת בפני איווי כי הפיסות אינן מוחבאות במצודה, וטוענת כי למתנקשים אין מושג על כוחם האמיתי של הפיסות. הנרי מאמין הכספת האמיתית מוסתרת בארמון בקינגהאם, אך איווי מחליטה לגייס לעזרתה את המהראג'ה דיליפ סינג דיליפ על מנת למצוא את שרטוטים של הבניין. הטמפלרים מצליחים לתפוס את השרטוטים ראשונים. בנוסף לחיפושים אחר פיסת העדן, איווי גם עוזרת לתקן את ההשלכות ההרסניות והבלתי נמנעות שהותירו אחריהם החיסולים של ג'ייקוב, כגון מחסור בחומרי רפואה וגרימת אינפלציה.
לאחר שכל עוזריו מתים, סטאריק מחליט לרדוף אחרי פיסת העדן באופן אישי. במהלך כל החלק האחרון של המשחק, הדעות השונות של התאומים מגיעים לנקודת רתיחה כשג'ייקוב ואיווי נכנסים לוויכוח שנסוב על פזיזותו של ג'ייקוב ועל חוסר המעש לכאורה של איווי. הנרי מזהיר את התאומים כי סטאריק מתכנן לפרוץ לארמון בקינגהאם, לגנוב את פיסת העדן, ולהרוג את כל מנהיגי בריטניה. התאומים פריי מסכימים לעבוד יחד כדי לעצור את סטאריק לפני שיעזבו כל אחד לדרכו. התאומים חודרים אל הארמון, שם הם פוגשים במלכה ויקטוריה ובסטאריק עצמו. סטאריק נועל את התאומים בכספת ומשיג את פיסת העדן לעצמו, דבר המעניק לו כוח והחלמה על אנושית מפצעים. בעבודה משותפת, התאומים פריי וגרין מצליחים להביס ולהרוג את סטאריק. אחרי הקרב, ג'ייקוב ואיווי מחזירים את פיסת העדן לכספת, מיישבים את חילוקי הדעות ביניהם, ומסכימים להמשיך לעבוד יחד. לאות הוקרה על מעשיהם, המלכה ויקטוריה מעניקה לתאומים ולגרין תואר אבירות.
בהווה, כאשר המיקום של פיסת העדן מתגלה ומאושר, שון, רבקה, ומתנקשת רוסייה בשם גלינה וורונינה ממהרים אל הכספת. לרוע מזלם, אוטסו ברג, ויולט דה קוסטה ואיזבל ארדנט מגיעים למקום, שם קרב מתפתח. במהלך הקרב, ברג מאבד את הכרת על ידי גלינה, רבקה נורית ונפצעה על ידי ויולט, ואיזבל נהרגת על ידי שון, בזמן שוויולט נמלטת עם פיסת העדן. במהלך פריצה למחשב של איזבל, המתנקשים מגלים כי הטמפלרים מתכננים להשתמש בפיסת העדן על מנת לבנות "מבשר חיים" מחדש. בנוסף, במהלך הפריצה מתגלה הקלטה המראה כי ג'ונו הפעילה מניפולציות על עובדים חשאיים מסוימים בתוך "אבסטרגו", העובדים מאחורי הקלעים, על מנת לטרפד את החברה, וכי יש לה תוכניות משלה לכל פיסות העדן שהתגלו במהלך סדרת המשחקים. ג'ונו יוזמת מגע עם השחקן דרך הסימולציה, דבר המוביל אותו לתוך מקטע זיכרון חדש, הפעם של לידיה פריי - נכדתו של ג'ייקוב - הנמצאת בלונדון שסועת הקרבות במלחמת העולם הראשונה.
חבילות הרחבה.
הפשעים הנוראיים.
התאומים פריי מתיידדים עם סופר בשם הנרי ריימונד, שכתב את הספר פני דרידפול, ועם מעריצו, ארתור קונאן דויל הצעיר. ביחד, הקבוצה חוברת על מנת לחקור סדרה של רציחות מזעזעות ברחבי לונדון. בעודם חוקרים את הרציחות, הקבוצה מבקרת בזירות הפשע, אוספת ראיות, מראיינת עדים וחשודים, ובסופו של דבר פותרת את הפשעים על ידי האשמת העבריינים האמיתיים.
בסופו של דבר, התאומים נקראים אל ארמון בקינגהאם על ידי המלכה ויקטוריה, על מנת לפתור את הרצח של אחד משומריה. בעוד התאומים חוקרים את המקרה, מתברר להם שריימונד הוא זה אשר התחזה לשומר וזייף את מותו, על מנת לגנוב את השרביט של המלכה על ידי חדירה פנימה לארמון וגילוי הקוד של הכספת שמכילה את השרביט. בנוסף, התאומים מגלים כי ריימונד השאיר שורה של רמזי שווא המצביעים על איום פיצוץ הארמון על מנת לחפות על בריחתו. עם זאת, דויל כבר חשף את תוכניתו ויצא לעצור בעדו, אך נכשל והוחזק כבן ערובה על גג הארמון. אחד מהתאומים מצליח להסיח את דעתו של ריימונד בזמן שהשני מתגנב והורג אותו, ומציל את דויל ואת השרביט. בעקבות האירועים, התאומים מעודדים את דויל להתנסות בכתיבת ספרות בלשית.
המהראג'ה האחרון.
לאחר שיחה עם דיליפ סינג, שסבבה סביב חוסר יכולתו להתחייב לעמו, הנרי גרין מחליט לגייס את עזרתם של התאומים פריי בשכנוע המהראג'ה להשיב את שלטונו. התאומים מצליחים לשחזר מכתבים של סינג לאמו, אשר יורטו על ידי החברה ההודית-בריטית (B.I.C) על מנת לעצור את התכתובתם. שחזור המכתבים מצליח לשכנע סוף סוף את סינג שהוא צריך לפעול.
סינג מצווה על התאומים לאתר ולהציל את זהב פנג'אבי הגנוב, לפני שיסיימו את הסדרת המשלוחים בחזרה להודו. לאחר מכן, סינג מציע להשיג את יהלום קוהינור, יהלום אשר נמצא ברשותה של המלכה ויקטוריה. התאומים משיגים את היהלום על ידי חדירה לאירוע חגיגי שנערך במקום; אולם הנרי מגלה כי היהלום מזויף, ויהלום קוהינור האמיתי למעשה בטוח בידיהם של המתנקשים הבריטיים, בזכות ארב'אז מיר, אביו של הנרי; שמסר את היהלום לאית'ן פריי, אביהם של התאומים פריי.
התאומים חודרים אל מפעלם של "B.I.C" ושמים קץ להפקת הנשק הביולוגי. תוך כדי כך, הם גם מגלים כי ברינליי אלסוורת', חברו הקרוב של סינג, הוא זה שלמעשה עומד מאחורי המזימות נגד המהראג'ה. סינג מארגן פגישה, שם הוא מתעמת מול אלסוורת'. בעזרתה של איווי, אלסוורת' מוכנע, אך כשאיווי ניגשת להרוג אותו, סינג מבקש ממנה לרחם עליו. לאחר האירועים, סינג מודה לתאומים על עזרתם לפני שדרכיו עימם נפרדות, והוא ממשיך להילחם על המורשת שלו.
ג'ק המרטש.
הסיפור מתחיל בשנת 1888, 20 שנים לאחר העלילה הראשית. ג'ייקוב פריי נפגש עם מר ויברסברוק, שמוזהר שלא לפרסם את מכתביו של ג'ק, שמעוניין להפיץ פחד בלונדון. לאחר מכן, ג'ייקוב מקבל מידע על עוד רצח שהתרחש ויוצא לחקור אותו. ג'ייקוב עוקב אחרי המרטש, וזה האחרון עוקב אחריו בחזרה. כשהמרטש מתחיל לרדוף את ג'ייקוב, הוא מגלה לו שהוא מכיר אותו באופן אישי, וכן הוא בעל יכולות של מתנקשים. לאחר שנמלט, ג'ייקוב מגיע לדירתו, אבל המרטש מגיע ומתקיף שוב; הורג לכאורה את ג'ייקוב.
בעקבות התקרית, איווי פריי חוזרת מהודו, לאחר שקיבלה הזמנה מג'ייקוב זמן קצר לפני כן, שם היא מתקבלת על ידי מפקח המשטרה, פרדריק אברליין, שמודיע לה כי ג'ייקוב נעדר ונחשב מת. בנוסף, פרדריק אומר לה שהיא עלולה להיות המתנקשת האחרונה בלונדון, והיחידה שמסוגלת לעצור את המרטש. לאחר מציאת דירתו של ג'ייקוב, איווי לוקחת כלי נשק מהאחווה ההודית ומסיקה כי המרטש הוא למעשה זה שהתנקש בג'ייקוב. לאחר מכן, איווי הורגת את סגניו של המרטש שלקחו על עצמם את פשעיו ומשחררת מספר אסירים שהוא מחזיק כבני ערובה. כל אותו הזמן, המרטש עוקב אחר איווי.