מערכת המים של כל דרום פלורידה תלויה בפארק המזין מחדש במים טריים את אקוויפר ביסקיין (Biscayne). הפארק הוא בית הגידול החשוב ביותר באמריקה הצפונית עבור מינים טרופיים של עופות מסדרת החופמאים, והוא כולל בתוכו את המערכת האקולוגית המנגרובית הגדולה ביותר בחצי הכדור המערבי. בתוך הפארק חיים 350 מינים של עופות, 300 מינים של דגי מים מתוקים ומים מלוחים, 40 מיני יונקים ו-50 מיני זוחלים.
אזור האוורגליידס הוא מערכת של נהרות איטיים, הזורמים בכיוון דרום-מערב במהירות של כחצי קילומטר ביום אל מפרץ פלורידה, המוזנת על ידי הנהר קיסימי (Kissimmee) ואגם אוקיצ'ובי (Okeechobee). אף על פי שבני אדם חיו באוורגליידס במשך אלפי שנים, רק החל מ-1882 הם ניסו לייבש את האוורגליידס למטרות חקלאיות או למטרות מגורים, ולפקח על זרימת המים מאגם אוקיצ'ובי כך שניתן יהיה להסיטה לאזורים המטרופוליניים במחוזות מיאמי-דייד, בראוורד ופאלם ביץ'. המערכות האקולוגיות בפארק ספגו נזקים משמעותיים בעקבות פעילות האדם, והתיקון והשימור הוא נושא טעון מבחינה פוליטית בדרום פלורידה.
גאוגרפיה.
שטח הפארק כ-6,110 קמ"ר, והוא משתרע על פני שלושה ממחוזות פלורידה: דייד, מונרו, וקולייר. הפארק שוכן בגובה שבין 0 ל-2.4 מטרים מעל גובה פני הים, אך גובהו של תל צדפים שהוקם על ידי האינדיאנים בני שבט הקלוסה (Calusa) הוא 6 מטרים מעל גובה פני הים.
אקלים.
האקלים בפארק הלאומי אוורגליידס הוא אקלים סוואנה טרופית (סימול "Aw" בשיטת קפן) ואקלים מונסון טרופי (סימול "Am" בשיטת קפן) כתלות במיקום. האקלים במרבית האזור המרכזי הוא סוואנה טרופית בעוד שבאזורים הקרובים לחוף, בייחוד ברביע המזרחי של הפארק האקלים הוא מונסוני. שני סוגי האקלים מתאפיינים בשתי עונות, גשומה ויבשה. העונה היבשה היא בין דצמבר לאפריל כאשר טווח הטמפרטורה הוא בין 12°C ל-25°C מעלות צלזיוס עם לחות נמוכה. כיוון שכמות המשקעים בתקופה זו נמוכה, נוטים בעלי החיים להתקבץ באזור מקווי המים הגדולים וניתן לצפות בהם בצורה הטובה ביותר. העונה הגשומה היא בין מאי לנובמבר כאשר הטמפרטורה בדרך כלל גבוהה מ-33°C מעלות והלחות היא מעל 90%. סופות גשמים יכולות להוריד 250 עד 300 מ"מ של גשם בכל פעם, כך שבתוך חודשיים יכולה לרדת מחצית מכמות המשקעים השנתית הממוצעת (1,200 מילימטרים).
גאולוגיה.
פלורידה הייתה פעם חלק נפרד מיבשת אמריקה הצפונית, והייתה חלק מיבשת-העל גונדוונה, שהכילה את היבשות לעתיד של אפריקה, אמריקה הדרומית, אנטארקטיקה, אוסטרליה ותת-היבשת ההודית. פלורידה של ימינו הייתה אז פיסת יבשה ששכנה בין הבליטה של מערב אפריקה לבין צפון-מזרח אמריקה הדרומית. לפני כ-300 מיליון שנים התנגשה אמריקה הצפונית בגונדוונה ונוצרה יבשת-העל פנגיאה. בתור הטריאס, לפני 225 מיליון שנים, התפתחה נקודה חמה עמוק בקרום כדור הארץ בסמוך למזרח פלורידה של ימינו. עקב כך החלה הפעילות הגעשית שגרמה להצטברות שכבה עבה של סלעי יסוד על גבי סלעי המשקע של פלורידה של ימינו. לפני 180 מיליון שנים בתור היורה החלה אמריקה הצפונית להיפרד מפנגיאה תוך יצירת צפון האוקיינוס האטלנטי, הים הקריבי ומפרץ מקסיקו. בתהליך זה הצטרפו פיסות היבשה של פלורידה וחלקים מדרום ג'ורג'יה ואלבמה לאמריקה הצפונית. פנגיאה המשיכה להתפרק, ולפני 125 מיליון שנים נפרדו אפריקה ואמריקה הדרומית, שהתחברה לבסוף ליבשת אמריקה הצפונית לפני כ-2.5 מיליון שנים כשנוצר הגשר היבשתי של אמריקה המרכזית.
בתחילה היה האזור המכונה "בימת פלורידה" (Florida Platform) שטח שבלט מעל פני הים משום שקרום כדור הארץ היה אז לוהט וקל. בשלהי תור היורה הקרום התקרר והחלק הדרומי של פלורידה שקע מתחת לפני הים ונוצרה סביבה ימית טרופית רדודה. בתחילת תור הקרטיקון שקעה כל בימת פלורידה מתחת לפני הים כשהחלק הדרומי שוקע עוד יותר. התנאים אפשרו לסביבה ימית רדודה להשקיע סידן פחמתי בחול, בקונכיות, ובאלמוגים שהפכו לאבן גיר שהצטברה במהירות על פני שכבת סלעי היסוד. דוגמה אחת לאירוע זה היא תצורת סאנילנד (Sunniland Formation), שנוצרה לפני כ-135 מיליוני שנים. התצורה שוכנת בעומק של כ-3.2 ק"מ מתחת לביצת הברוש הגדולה והאוורגליידס המערבי, ויש בה כמות רבה של נפט. חלקיקים של קונכיות, חול וחיטחבים נדחסו על פני שכבות רבות תוך יצירת מבנים באבן הגיר המכונים אואואידים שיצרו תנאים לחלחול ששומר על מים. קצב יצירת אבן הגיר תאם לקצב השקיעה האיטי שנמשך ככל שהקרום הלך והתקרר. בשל כך מרבית הבימה הייתה שקועה מתחת למים רדודים, ומדי פעם עם השינויים בגובה פני הים היא נחשפה מעל פני הים לתקופות קצרות.
חצי האי פלורידה צץ מעל פני הים לפני 150,000 עד 100,000 שנים. כשפני הים עלו בסוף היה גובה פני מי התהום קרוב לפני השטח. האקלים הפך טרופי וכמות המשקעים התגברה. אגם אוקיצ'ובי התמלא ועלה על גדותיו. משקעי כבול דרומית לאגם אוקיצ'ובי מעידים שהצפות קבועות אירעו לפני 5,000 שנים. צמחים החלו להגר לאזור. צמחים סובטרופיים מהחלק הצפוני של פלורידה וצמחים טרופיים נישאו כזרעים על ידי עופות מהאיים הקריביים.
בניגוד לחלק הצפוני של פלורידה, אין בפארק מעיינות תת-קרקעיים המזרימים מים לתוך מערכת האוורגליידס. מאגר מים תת-קרקעי המכונה אקוויפר פלורידה שוכן בעומק 300 מטרים בקירוב מתחת לפני השטח של דרום פלורידה. אולם, באוורגליידס יש תכולת מים גבוהה מאוד. רוב המים בפארק הם תוצאה מירידת גשמים, אך כמות המים באקוויפר עדיין גדולה מאוד. המים זורמים לפארק גם מאגם אוקיצ'ובי ונהר קיסימי. כאשר הגשם יורד באזורים הללו, הוא מגיע לאוורגליידס כמה ימים לאחר מכן.
מדף אבן הגיר נראה שטוח, אבל יש בו התרוממויות קלות הקרויים באנגלית pinnacles (מגדלים) ושקעים שנגרמו על ידי סחיפה של אבן הגיר בשל האופי החומצי של מי הגשמים. משך הזמן במהלך השנה שבו המים נוכחים במקום מסוים באוורגליידס קובע את אחד משני סוגי הקרקע, כבול, הנוצר במשך שנים של ריקבון של חומר צמחי וחוואר, תוצאה של פעילות הפריפיטון (תערובת מורכבת של אצות, כחוליות, מיקרואורגניזם הטרוטרופיים ובלית הצמודים למשטחים תת-מימיים במרבית המערכות האקולוגיות המימיות). חלקים של האווגליידס המוצפים יותר מתשעה חודשים בשנה מכוסים בדרך כלל בכבול. אזורים המוצפים שישה חודשים או פחות מכוסים בחוואר. חבורות הצמחייה נקבעות על פי סוג הקרקע וכמות המים הזמינה.
אקולוגיה.
בתחילת המאה ה-20, כללו תמיד התפיסות המקובלות של מה צריך להיות מוגן בפארקים לאומיים אך ורק תכונות גאולוגיות בולטות כמו הרים, גייזרים או קניונים. ככל שאוכלוסיית פלורידה הלכה וגדלה באופן משמעותי והוקמו שכונות עירוניות ליד האוורגליידס, עמדו התומכים בהקמת הפארק בפני קושי לשכנע את הממשלה הפדרלית ואת תושבי פלורידה שהמערכות האקולוגיות המעודנות והמשתנות כל הזמן של האוורגליידס ראויות להגנה. כאשר הפארק הוקם בשנת 1947, הוא הפך לאזור הראשון בארצות הברית שבו ניתנה הגנה על הצומח ועל בעלי החיים המקומיים באזור לעומת הגנה על נוף גאולוגי. שירות הפארקים הלאומיים מזהה תשע מערכות אקולוגיות בלתי תלויות שונות בתוך הפארק, המשתנות ללא הרף בגלל הכמויות של המים וגורמים סביבתיים אחרים.
ביצות מים מתוקים וערבות החוואר.
ביצות המים המתוקים, מהסוג הקרוי באנגלית Slough, הן ככל הנראה המערכת האקולוגית הנפוצה ביותר בפארק. אלו בפועל תעלות ניקוז המאופיינות בשטחים הנמוכים מסביבתם המוצפים במים מתוקים, הזורמים במהירות כמעט בלתי מורגשת של 30 מטרים ליום. ביצת שארק ריוור (Shark River Slough) וביצת טיילור (Taylor Slough) הן מהביצות הבולטות ביותר בפארק. מכבד הביצות ("Cladium mariscus subsp. jamaicense"), עשב רב-שנתי המכונה באנגלית Sawgrass, גדל עד לגובה של כמעט 2 מטרים, יחד עם צמחי ביצה רחבי עלים. סוג זה של צמחייה הוא כה דומיננטי באזור עד שממנו נגזר הכינוי של האוורגליידס, "נהר העשב" (River of Grass), שהתקבע בציבור האמריקאי כשם ספרה של מרג'ורי סטונמן דאגלס (Marjory Stoneman Douglas; 1998-1890) מ-1947, שסיכם שנים של פעילותה לקידום ההבנה שהמערכת של האוורגליידס היא יותר מ"ביצה". הביצות באוורגליידס מהוות אתר הזנה מצוין לעופות, ומושכות אליהן מגוון רחב של עופות המתבוססים במים כגון אנפות, לבניות, מגלנים, שקנאי חום וכפן ורוד, כמו גם ארמוסים (ציפור גדולת הדומות לעגורים) ודיות חלזונות האוכלים חלזונות תפוח הניזונים בתורם ממכבד הביצות. זמינות הדגים, הדו-חיים והעופות הצעירים בביצות מושכת אליהם מגוון צבי מים מתוקים, אליגטורים, ונחשים מהמינים מוקסין כותנה ועכסן גב-יהלום מזרחי. פארק אוורגליידס הוא המקום היחיד בעולם שבו תנינים ואליגטורים מתקיימים זה לצד זה באופן טבעי.