בתום העונה, בקיץ 1981, עבר פרננדס לקבוצה הבכירה באזור, ולנסיה. בחודשים הראשונים בקבוצה לא שיחק, וכשערך את הופעת הבכורה, עת נכנס כמחליף במשחק גביע אופ"א נגד בואבישטה ב-21 באוקטובר 1981, כבש את השער הראשון במשחק ועזר לקבוצתו לנצח 2-0. בהמשך, במשחק הליגה הראשון בו פתח בהרכב כשחקן ולנסיה, נגד לאס פאלמס ב-8 בנובמבר, הבקיע את שער הניצחון בבעיטת עונשין. ב-24 בינואר 1982 כבש צמד לראשונה בקריירה, בניצחון קבוצתו 4-1 על אוססונה. בסך הכול באותה עונה שותף פרננדס ב-28 משחקים, מתוכם פתח ב-18, וכבש 6 שערים, 5 מתוכם בליגה. ולנסיה סיימה את הליגה במקום ה-5 והגיעה לרבע גמר גביע אופ"א, שם הודחה על ידי גטבורג.
בעונת 1982/83 המשיך פרננדס בתהליך הצמיחה שלו, אם כי ולנסיה עצמה התמודדה עם קשיים רבים, החליפה מאמן פעמיים במהלך העונה וסיימה במקום ה-15 בלבד, בשוויון נקודות עם המקום ה-16 שמוביל לליגה השנייה אך עם הפרש שערים עדיף על לאס פאלמס. בליגה, כבש 9 שערים ב-34 משחקים בהם שותף, כולל צמדים לרשתן של ריאל סוסיאדד ב-30 בינואר 1983 ושל ריאל בטיס ב-10 באפריל. בגביע אופ"א, בו הגיעה ולנסיה לרבע הגמר פעם נוספת, הופיע פרננדס ב-8 משחקים והבקיע שער אחד, בניצחון 2-1 על מנצ'סטר יונייטד ב-29 בספטמבר 1982. בעונה שלאחר מכן התאוששה ולנסיה במידת מה, אך מצבה הידרדר לקראת סוף העונה והיא סיימה את הליגה במקום ה-12. פרננדס הבקיע 8 שערים, מתוכם שני צמדים בניצחונות על אספניול וריאל סרגוסה, ב-31 הופעות.
עונת 1984/85 הייתה עונת שיא ברמה האישית עבור פרננדס, שעזר לוולנסיה לסיים במקום ה-9 בליגה עם 11 שערי ליגה ב-30 משחקים בהם שותף. בין היתר כבש צמד בניצחון 2-0 על ריאל סוסיאדד ב-7 באוקטובר 1984 וכן שלושער ראשון בקריירה שלו, בניצחון 4-1 על ריאל סרגוסה ב-23 בדצמבר. דווקא העונה הבאה, עונת 1985/86, הייתה שפל הן עבור פרננדס והן עבור ולנסיה. פרננדס נפצע במחזור השלישי בליגה ונעדר במשך קרוב ל-4 חודשים. הוא כבש לראשונה בעונה זו רק ב-6 באפריל 1986, צמד בניצחון 3-1 על הרקולס אליקנטה. עד סוף העונה הוסיף שער בודד נוסף, שער ניצחון על קדיס במחזור האחרון, ניצחון שלא עזר לוולנסיה להישאר בליגה הראשונה, שכן היא סיימה את הליגה במקום ה-16.
ברצלונה.
בקיץ 1986 עזב פרננדס את ולנסיה וחתם בשורות ברצלונה, אחת הקבוצות הבכירות שבכדורגל הספרדי. פרננדס לא הצליח לכבוש במשחקיו הראשונים בקבוצה, ושערו הראשון הגיע רק במחזור ה-9, שער הניצחון בדרבי מול אספניול ב-12 באוקטובר 1986. בהמשך העונה הצליח לכבוש בקצב שאפיין אותו בתקופתו בוולנסיה, ואת עונתו הראשונה בברצלונה הוא סיים עם 10 שערי ליגה ב-40 הופעות. אחד משעריו היה בעיטת עונשין בקלאסיקו בו גברה ברצלונה 2-1 על ריאל מדריד ב-23 במאי 1987. פרננדס קיבל את הכרטיס האדום הראשון והיחיד שלו במדי ברצלונה בהפסד 4-0 לספורטינג חיחון ב-28 בפברואר. ברצלונה הגיעה למקום ה-2 בליגה ולרבע גמר גביע אופ"א, במסגרת זו כבש פרננדס פעמיים ב-7 הופעות. בעונת 1987/88 עזר פרננדס לקבוצתו לזכות בגביע המלך, אך בליגה סיימה הקבוצה במקום ה-5 בלבד. פרננדס מיעט לכבוש בעונה זו. בליגה ובגביע אופ"א הצליח להבקיע 5 פעמים ב-38 משחקים.
בקיץ 1988 התמנה יוהאן קרויף ההולנדי לתפקיד מאמן הקבוצה. בעונתו הראשונה בתפקיד, שיתף קרויף את פרננדס בכל משחקי הליגה וגביע מחזיקות הגביע למעט אחד. פרננדס כבש שערים בקצב גבוה - 11 בליגה ו-5 בגביע המחזיקות, כולל צמד לרשתה של פרם האיסלנדית. בסוף העונה זכתה ברצלונה בגביע המחזיקות, הודות לניצחון 2-0 על סמפדוריה בגמר. בליגה הגיעה למקום ה-2, אחרי ריאל מדריד, שגם גברה על ברצלונה בתחילת העונה בסופר קאפ. בעונה הבאה, עונת 1989/90, הבקיע פרננדס 9 שערי ליגה, בהם שלושער שני בקריירה, במשחק בו הביסה ברצלונה את סלטה ויגו 6-0 ב-13 במרץ 1990. פרננדס היה שותף בפעם השנייה בקריירה שלו לזכייה בגביע המלך. בעונה זו הגיעה ברצלונה למקום ה-3 בליגה והודחה בשמינית גמר גביע המחזיקות על ידי אנדרלכט.
השיבה לוולנסיה.
בקיץ 1990 החליט פרננדס לשוב לקבוצתו הקודמת ולנסיה, שסיימה את העונה הקודמת במקום ה-2, מעל ברצלונה. פרננדס שב להיות שחקן קבוע בהרכב הקבוצה. ב-17 בנובמבר 1990 הבקיע שער בניצחון ולנסיה על ריאל מדריד בתוצאה 2-1. ב-2 בפברואר 1991 כבש נגד קבוצתו לשעבר, ברצלונה, במשחק שהסתיים בתוצאה 2-2. בסך הכול בעונה זו הבקיע 4 שערי ליגה ב-29 הופעות, וכן שער נוסף בגביע אופ"א ב-3 משחקים. ולנסיה סיימה במקום ה-7 בלבד והודחה מוקדם מגביע אופ"א, על ידי פורטו. בעונת 1991/92, עם המאמן החדש חוס הידינק, עזר פרננדס לוולנסיה להגיע למקום ה-4 בליגה, עם 8 שערים שכבש ב-31 משחקים. ביניהם היה צמד בניצחון 4-0 על קדיס ב-25 באפריל 1992 וכן בעיטת עונשין מוצלחת בהפסד 2-1 לריאל מדריד ב-31 במאי. גם בעונת 1992/93 היה פרננדס משמעותי בהגעתה של ולנסיה למקום ה-4 בליגה. בעונה זו כבש בליגה 6 פעמים ב-29 משחקים בהם שותף, וכן שער בודד בגביע אופ"א, במשחק הראשון של הסיבוב הראשון, בו הובסה ולנסיה 5-1 על ידי נאפולי. בגומלין הפסידה ולנסיה 1-0 והודחה מהטורניר. כמו כן, הורחק פרננדס פעמיים בכרטיס אדום, בשני משחקים רצופים בהם שותף: בהפסד 2-0 לריאל מדריד ב-8 באוקטובר 1992 ובניצחון 2-0 על אלבסטה ב-22 בנובמבר.
אחרי שפתח בארבעת משחקיה הראשונים של ולנסיה לעונת 1993/94, נפצע פרננדס באופן חמור במשחק מול ראסינג סנטאנדר ב-19 בספטמבר 1993. לאחר הפציעה שותף כמחליף ב-3 משחקים ולא פתח באף משחק עד תום העונה. הייתה זו עונה קשה גם עבור ולנסיה, שפיטרה את הידינק במחזור ה-11, החליפה את עמדת המאמן פעמיים נוספות ואף החזירה את הידינק לקראת סיום העונה, אותה סיימה הקבוצה במקום ה-7. בעונת 1994/95 התאושש פרננדס מפציעתו וחזר להופיע בהרכב הקבוצה, אם כי לא באופן עקבי. בליגה הבקיע 4 שערים ב-28 משחקים בהם שותף, וולנסיה סיימה את הליגה במקום ה-10. בגביע המלך עזר פרננדס לוולנסיה להגיע לגמר, עם שער בגומלין חצי הגמר מול אלבסטה. בגמר, שנערך ב-24 ביוני 1995, הפסידה ולנסיה את התואר לדפורטיבו לה קורוניה, שניצחה 2-1.
ויאריאל וסוף הקריירה.
בסוף העונה, בגיל 33, חזר פרננדס לקבוצת נעוריו, ויאריאל, ששיחקה אז בליגה השנייה. הוא היה שחקן קבוע בהרכב הקבוצה ושותף ברוב המוחלט של משחקיה. בשתי עונותיו הראשונות בקבוצה דשדשה ויאריאל במרכז טבלת הליגה, אך בעונתו השלישית שם, עונת 1997/98, הצליח פרננדס להוביל את הקבוצה למקום ה-4, ממנו הגיעה ויאריאל לפלייאוף ההעפלה לליגה הראשונה. בפלייאוף גברה ויאריאל על קומפסטלה בתוצאה המצטברת 1-1, הודות לחוק שערי חוץ, והעפילה לליגה הראשונה לראשונה בתולדותיה. גם בעונת 1998/99, כשהוא בן 36, המשיך פרננדס לשחק בעקביות בהרכב הקבוצה. הוא הבקיע פעמיים ב-39 הופעות בחזרתו לליגה הראשונה, אך לא הצליח למנוע את ירידתה חזרה לליגה השנייה.
פרננדס עזב את ויאריאל והצטרף לקבוצה אחרת מליגת המשנה, קורדובה. בעונתו הראשונה שם, עונת 1999/2000, הופיע ב-40 מתוך 42 משחקי הליגה, וקורדובה סיימה במקום ה-12. בעונת 2000/01 המשיך פרננדס להיות שחקן קבוע בקבוצה, והוא פתח ב-26 משחקים עד המחזור ה-30, לאחריו לא שותף באף משחק, למעט משחק הבית האחרון של הקבוצה, ב-10 ביוני 2001 נגד אלבסטה, אז נכנס כמחליף על מנת להיפרד מהקהל הביתי. פרננדס פרש ממשחק בסוף העונה, בגיל 38. בסך הכול השתתף פרננדס ב-439 משחקים בליגה הבכירה בספרד, בהם כבש 95 פעמים. בליגה השנייה השתתף ב-235 משחקים והבקיע 14 שערים.
קריירת נבחרות.
פרננדס שיחק במשך תקופה ארוכה במדי נבחרת ספרד הצעירה. דרכו החלה באליפות אירופה לנוער 1982, שם הגיעה הנבחרת לשמינית הגמר. פרננדס כבש את שערו הראשון במדי הנבחרת הצעירה בניצחון 1-0 על ב-24 בפברואר 1982, במשחק הראשון של שמינית הגמר, אך בגומלין הודחה ספרד לאחר הפסד 2-0. באליפות אירופה לנוער הבאה ב-1984 הצליחו פרננדס והנבחרת להגיע לגמר הטורניר, שם הפסידו ל בתוצאה מצטברת 3-0 במהלך מאי 1984. פרננדס תרם להישג זה שלושה שערים, אחד מהם בחצי הגמר נגד .
פרננדס המשיך והשתתף עם הנבחרת הצעירה גם בטורניר הבא. פרננדס כבש בחצי הגמר נגד ועזר לנבחרתו להעפיל לגמר בתוצאה המצטברת 5-4. בגמר, בו פגשה ספרד את באוקטובר 1986, הפסידה ספרד במשחק הראשון 2-1. בגומלין כבש פרננדס שער, עזר לנבחרתו לנצח 2-1, מה שהביא את המשחק להארכה בתקום 90 הדקות ולדו-קרב בעיטות עונשין בתום ההארכה. ספרד ניצחה בדו-קרב וזכתה בתואר. בסך הכול שותף פרננדס ב-21 משחקים עם הנבחרת הצעירה, בהם הבקיע 7 פעמים.
דרכו של פרננדס במדי נבחרת ספרד הבוגרת החלה עוד לפני שהסתיימה דרכו בנבחרת הצעירה. הופעת הבכורה שלו במדיה הייתה כשפתח בהרכב במשחק מוקדמות יורו 1984 נגד , ב-27 באוקטובר 1982, אז ניצחה ספרד את איסלנד 1-0. בהמשך נכנס כמחליף בתיקו 3-3 עם ב-17 בנובמבר. ספרד העפילה לטורניר הגמר ופרננדס נכלל בסגל הנבחרת. הנבחרת הגיעה לגמר, שנערך ב-27 ביוני 1984, והיא הפסידה בו ל 2-0. פרננדס, שלא שותף באף משחק לפני כן בטורניר, נכנס כמחליף 6 דקות לסיום המשחק ולא הצליח לעזור לנבחרתו למחוק את הפיגור.
בהמשך, לקח פרננדס חלק מצומצם במוקדמות מונדיאל 1986, כשנכנס כמחליף בשני משחקי מוקדמות, וכן פתח בשני משחקי ידידות ב-1985. פרננדס לא זומן לסגל הנבחרת למונדיאל עצמו. גם לאחר המונדיאל, לקראת יורו 1988, שותף פרננדס במשחק ידידות אחד ובמשחק מוקדמות אחד, ולא נכלל בסגל הנבחרת לטורניר.