ביוני 1961 ביקרה קבוצת סנטוס הברזילאית עם כוכבה פלה בישראל, ופגשה בקבוצה אשר הורכבה מכוכבי מכבי תל אביב ומכבי פתח תקווה למשחק ידידות שנגמר בתוצאה 1–3 לברזילאים. ביוני 1963 צפה בית הלוי בצמד משחקי גמר גביע המדינה לנוער בין מכבי תל אביב למכבי נתניה, ולאחריהם החליט לצרף לקבוצה הבוגרת מספר רב משחקני קבוצת הנוער, ובניהם גיורא שפיגל, צבי רוזן, מיקו בלו ואורי קדמי, אשר לימים יקראו "תינוקות ג'רי".
בעונת 1963/1964, לאחר חמש שנים ללא תואר, שיחקה מכבי תל אביב נגד הפועל חיפה בגמר גביע המדינה. שיטת הפנדלים טרם הונהגה, וכשמשחק הסתיים ללא הכרעה אחרי 120 דקות, היה נקבע משחק חוזר. הקבוצות נפגשו למשחק חוזר שני (שלישי בסך הכל) לאחר שלא הייתה הכרעה בשני המשחקים הראשונים, ובו זכתה מכבי בגביע המדינה ה-11 של המועדון לאחר 360 דקות. בעונת 1964/1965 זכתה מכבי בגביע מדינה נוסף.
תוצאות עונת 1966/1967 הוקפאו על ידי ההתאחדות לכדורגל, שהחליטה להאריך את הליגה לשנתיים. באותה עונה זכתה מכבי בגביע המדינה ה-13 של המועדון. הקפאת הליגה שנקבעה בעקבות מלחמת ששת הימים, הובילה את מכבי לזכייה נוספת באליפות העשירית בתולדותיה בעונה הכפולה של 1966/1968, והראשונה לאחר עשר שנים.
בקיץ 1967 חזר ג'רי בית הלוי למכבי תל אביב, הפעם כיושב ראש הקבוצה, כדי להוציא את המועדון מהמשבר הכלכלי החמור בתולדותיו. כצעד ראשון החליט בית הלוי כי מכבי חייבת לעזוב את אצטדיון המכביה, ולעבור לשחק באצטדיון בלומפילד.
בעקבות ההצלחה והזכייה באליפות ב-1968, ערכה מכבי תל אביב את הופעת הבכורה שלה באליפות אסיה לקבוצות בעונת 1969/1970, ובסיומה זכתה בטורניר. מכבי ניצחה 3–2 את אלופת יפן, סיימה בתיקו אפס מול אלופת איראן, ניצחה את אלופת הונג קונג 0-5, ואת אלופת הודו 1-6. במשחק הגמר פגשה מכבי את אלופת קוריאה הדרומית, יאנגז'י, וניצחה בתוצאה 2–1.
שנות ה-70.
ב-24 בינואר 1970, במסגרת המחזור ה-15 בעונת 1969/1970 גברה מכבי תל אביב 5–0 על הפועל תל אביב בדרבי. בסיום אותה עונה, זכתה מכבי תל אביב בדאבל הרביעי בתולדותיה, שבעקבותיו השתתפה שוב באליפות אסיה לקבוצות. בטורניר זה, שנערך בעונת 1971/1972, זכתה מכבי בתואר בפעם השנייה, אחרי שסיימה את הטורניר ללא הפסד, כשניצחה את אלופת מלזיה 1–0, את אלופת הודו 4–1, ואת אלופת קוריאה הדרומית 2–0. עצם ההעפלה למשחק הגמר הבטיחה למכבי את הגביע, זאת הודות להיעדרות אלופת עיראק, קבוצת משטרת בגדאד, ממשחק הגמר, בשל סיבות פוליטיות. בעונת עונת 1971/1972 זכתה מכבי באליפות ה-12 של המועדון.
בעונת 1975/1976 נקלעה מכבי בפעם הראשונה למאבקי הירידה, כשבערב המחזור האחרון של העונה נאבקו תשע קבוצות על הזכות להישאר בליגה הראשונה, וביניהן מכבי. בזכות ניצחון במחזור האחרון, נשארה מכבי בליגה הראשונה. באפריל אותה שנה הגיעה קווינס פארק ריינג'רס, מוליכת ליגה האנגלית, למשחק ידידות בבלומפילד מול מכבי תל אביב, אשר תוגברה בשלושת כוכבי הליגה, מוטל'ה שפיגלר, עודד מכנס ואורי מלמיליאן. מכבי ניצחה 2–1 משערים של מלמיליאן ושפיגלר.
בעונת 1976/1977 מכבי זכתה בדאבל החמישי בתולדות המועדון, כשאת כובשי השערים הוליך ויקי פרץ, שסיים את העונה כמלך השערים עם 17 כיבושים. בעונת 1977/1978 אירחה מכבי את אלופת אירופה, אנדרלכט הבלגית, למשחק ראווה בבלומפילד. מכבי השיגה ניצחון 2–1 לעיני 20 אלף צופים בבלומפילד.
עונת 1978/1979 חתמה את שנות ה-70 עם האליפות ה-14 במספר, והאחרונה לתקופה ארוכה.
שלוש-עשרה השנים השחונות (1979-1992).
מאז עונת 1978/1979 לא הצליחה מכבי תל אביב לזכות בתואר האליפות במשך 13 שנים ולו פעם אחת. זוהי התקופה הארוכה ביותר ללא אליפות בהיסטוריה של המועדון, מאז הוקמה ליגת העל ב-1931. במהלך שנות השמונים החליפה מכבי מספר רב של מאמנים בניסיון להחזיר לקבוצה את תואר האליפות, וביניהם מאמנים אשר זכו עם הקבוצה להצלחה כשחקנים וכמאמנים, כמו זאב זלצר, יעקב גרונדמן, דוד שווייצר, יצחק שניאור וגיורא שפיגל.
בעונת 1981/1982 במהלך משחק נגד בית"ר ירושלים באצטדיון ימק"א פסל השופט אברהם קליין שער של הירושלמים, אך שחקני הקבוצה המארחת המשיכו לחגוג מכיוון שלא הבחינו בזאת. מיקו בלו חידש את המשחק בזריזות ומסר למוטי איוניר שכבש מול יוסי מזרחי (לימים מאמן מכבי) את שער הניצחון. בסוף המשחק נאלצו שחקני מכבי להתבצר בחדר ההלבשה במשך שעות בזמן שאוהדי בית"ר שהו מחוץ לחדר ההלבשה בניסיון לתקוף אותם.
בעשור זה חוותה מכבי את העונה החלשה ביותר שלה בליגה הראשונה כשסיימה בעונת 1987/1988 במקום ה-12, הנמוך ביותר בתולדות המועדון. באותה עונה ספגה מכבי את התבוסה הגדולה ביותר של המועדון כשהפסידה 0–10 למכבי חיפה באצטדיון קריית אליעזר.
למרות היותו העשור השחור של הקבוצה, זכתה מכבי תל אביב פעמיים בגביע המדינה בעונות 1986/1987 ו-1987/1988.
תחילת שנות ה-90: חזרה לקדמת הבמה (1992-1996).
בעונת 1991/1992 שברה מכבי תל אביב את הבצורת ארוכה ללא אליפות, כשזכתה בתואר בהדרכתו של המאמן אברהם גרנט. בעונה זו לקחו חלק באופן משמעותי כוכבי הנוער של הקבוצה, אבי נמני ואיציק זוהר. לימים נמני הפך לאחד מכוכביה הגדולים של מכבי תל אביב מאז ומעולם ומלך השערים של הקבוצה בכל הזמנים עם 194 כיבושים בליגה. הקבוצה של גרנט הציגה יכולת מרשימה לכל אורך העונה, ואף רשמה מספר תוצאות בולטות במיוחד: ניצחון 5–1 כפול בליגה על מכבי חיפה בתוך חודש אחד בלבד, ניצחון 8–1 על הפועל ירושלים, וניצחון 4–0 בדרבי נגד הפועל תל אביב אשר פצח בשורת ניצחונות ארוכה במשחקי הדרבי לאורך השנים. עונה זו הייתה עונה מכוננת במיוחד לקראת המשך העשור, כאשר בקבוצה של גרנט שיחקו מספר שחקני מפתח אשר יובילו את המועדון להישגים בעונות הבאות, ביניהם אבי נמני, איציק זוהר, גדי ברומר, אלי דריקס, ניר קלינגר ואלכסנדר אובארוב.
בעונת 1992/1993 זכתה מכבי בגביע הטוטו, הראשון של המועדון. באוגוסט 1992 הפכה מכבי לקבוצה הראשונה ששיחקה משחק רשמי נגד קבוצה אירופאית, כשפגשה באלופה המלטזית, ולטה. בעונת 1993/1994 רשמה מכבי שיא של 11 ניצחונות ברציפות מפתיחת העונה, שיא שהושווה רק בעונת 2005/2006 על ידי מכבי חיפה, אך לא הצליחה לזכות באליפות. מכבי התנחמה בגביע המדינה, ה-18 של המועדון, כשניצחה בגמר את היריבה העירונית הפועל תל אביב בתוצאה 2–0, משחק שזכור בעיקר בשל השער הראשון שנכבש על ידי כוכב הקבוצה, איציק זוהר, בבעיטה חופשית מ-35 מטר. בעונת 1994/1995 ניהלה הקבוצה מרוץ צמוד על תואר האליפות, והצליחה להבטיח את האליפות ה-16 בתולדות המועדון במחזור הסיום במשחק דרמטי בבאר שבע מול הקבוצה המקומית שלא נוצחה באותה עונה בביתה עד לאותו מחזור. משחק זה הסתיים בתוצאה 1–0 לזכות מכבי תל אביב משער של אלון ברומר עם סיום המחצית הראשונה.
קבוצת "מופת", בראשות אנשי העסקים רוני קליימן, מאיר שמיר, דייוויד פדרמן, יולי עופר, מוזי ורטהיים, עופר נמרודי, שלום זינגר ולוני הרציקוביץ', רכשה את השליטה במועדון ב-1995, וכצעד ראשון בחרה בדרור קשטן כמאמן הקבוצה. בתחילת עונת 1995/1996 יכלה מכבי להפוך לקבוצה הישראלית הראשונה שמשתתפת בליגת האלופות, אך במשחק המכריע בבלומפילד ניצחה קבוצת גראסהופרס השווייצרית ועלתה במקומה.
בתקופה זו ביססה מכבי תל אביב יריבות ספורטיבית עיקשת עם מכבי חיפה, לאחר ששני המועדונים נאבקו באופן ישיר על תואר האליפות לאורך מספר עונות. במספר מקרים אף התמודדו הקבוצות במשחקים טעונים במיוחד שהכריעו את גורל האליפות. כך למשל נפגשו שתי הקבוצות במחזור ה-26 של עונת 1995/1996 באצטדיון קריית אליעזר, במשחק שהוביל את הקבוצה בהמשך לזכייה באליפות. משחק זה הסתיים בניצחון 3–1 לטובת מכבי תל אביב, כשאת 3 השערים כובשים 3 מסמלי המועדון באותה תקופה: אלי דריקס, ניר קלינגר ואבי נמני, שהשלימו מהפך לאחר שקבוצתם פיגרה במחצית הראשונה. נמני גם כבש את השער שהבטיח את האליפות באותה עונה במשחק במחזור ה-29 מול בית"ר ירושלים, אשר הסתיים בניצחון 1–0.
התפרקות קבוצת מופת וירידת מעמד (1997–2009).
אף על פי שמכבי זכתה בדאבל השישי בתולדותיה באותה עונה, פוטר דרור קשטן ובמקומו מונה לקדנציה שנייה אברהם גרנט. מהלך זה החל קרע מתמשך בין לוני הרציקוביץ', שנשאר הבעלים היחידי של המועדון לאחר התפרקות קבוצת "מופת", ואוהדי הקבוצה. בעונת 1996/1997 אכזבה מכבי תל אביב כאשר לא הצליחה לשחזר את היכולת המצוינת שלה מעונת הדאבל, ונשארה הרחק ממאבק האליפות. אוהדי מכבי תל אביב לא אהבו את סגנון המשחק של הקבוצה והחלו בהפגנות נגד המאמן גרנט. עונת 1997/1998 הייתה חלשה אף יותר, כאשר הקבוצה פתחה את העונה עם רצף הפסדים ובמחזור השביעי אף הידרדרה למקום האחרון בליגה. לאחר מאבק קשה הצליחה הקבוצה להבטיח את הישארותה בליגה סמוך לסיום העונה.
עונת 1998/1999 התחילה גם היא עם שרשרת הפסדים, אך הקבוצה התאוששה במהירות והצליחה להגיע לחלק העליון של הטבלה, לסיים במקום השני ולזכות בגביע הטוטו. בסיומה של אותה עונה התפוצצה "פרשת האפדרין" - מאמן הכושר של הקבוצה, גיא עזורי, נתן לשחקן הקבוצה כפיר אדרי לפני אחד ממשחקי הקבוצה תוסף מזון המכיל את סם האפדרין האסור לשימוש בספורט. אדרי הורחק לשישה משחקים, ואילו הקבוצה קיבלה עונש כבד של הפחתת 4 נקודות וקנס כספי בסך 100 אלף ש"ח. הפרשה העיבה על ההכנות של הקבוצה לעונת 1999/2000 אשר בה סיימה הקבוצה במקום השישי בלבד. במהלך העונה הלכו וגברו הפגנות האוהדים נגד המאמן גרנט, ובסופה החליט לוני הרציקוביץ' לסיים את תפקידו כמאמן הקבוצה, ובמקומו למנות את שלמה שרף.