דה לה רוחה החל לעבוד על אלבום סולו בשיתוף עם אמנים שונים, אך נטש את הפרויקט לטובת עבודה עם סולן להקת "ניין אינץ' ניילז", טרנט רזנור. ההקלטה של האלבום המשותף הסתיימה, אך האלבום ככל הנראה לעולם לא ישוחרר להפצה. שיתוף פעולה בין דה לה רוחה לדי.ג'יי שאדואו הוביל ליצירת השיר "March of Death", שהופץ בחינם ברשת בשנת 2003] במחאה נגד המלחמה בעיראק, ממש לפני היציאה למלחמה. האלבום "שירים ואמנים שנתנו השראה לפרנהייט 9/11" כלל את אחד מהשירים שנכתבו בעבודה המשותפת של דה לה רוחה עם טרנט רזנור.
בנוסף לכך, בשנת 2008 החליטו להתאחד דה לה רוחה וג'ון טיאודור, שהיה מתופף לשעבר בלהקת Mars Volta. השניים התאחדו והקימו להקה בשם One Day As A Lion כדי ליצור מוזיקה שכביכול מושפעת מסגנון המוזיקה של רייג' אגיינסט דה מאשין, השניים אף הוציאו מיני-אלבום ובו חמישה שירים מלאים, בלהקה, דה לה רוחה הוא הסולן וקלידן, וטיאודור המתופף. הלהקה פועלת עד היום.
דה נייטוואטשמאן (שומר הלילה).
מורלו החל את קריירת הסולו שלו ב-2003, בניגון מוזיקת פולק פוליטית אקוסטית בערבים של במה פתוחה ומועדונים שונים תחת הכינוי "The Nightwatchman". גם מורלו כתב שיר לאלבום "שירים ואמנים שנתנו השראה לפרנהייט 9/11". בפברואר 2007, הוא הכריז על אלבום סולו בשם "One Man Revolution", שיצא באפריל באותה השנה. לאחר מכן חבר ללהקת "Axis of Justice".
איחוד (2007).
לחברי הלהקה הוצעו במהלך השנים סכומי כסף גדולים כדי שיתאחדו לסיבובי הופעות נוספים, אך הם סירבו. בעקבות זאת, נפוצו שמועות שדה לה רוחה ושאר חברי הלהקה הסתכסכו, אך קומרפורד אמר שהוא ודה לה רוחה נפגשים לעיתים קרובות ואף נוהגים ללכת לגלוש יחד, ומורלו אמר שהוא בקשר טלפוני עם דה לה רוחה, ושהם נפגשו בספטמבר 2005 בהפגנת מחאה נגד פינוי של חווה חקלאית ומרכז קהילתי בלוס אנג'לס. מורלו ודה לה רוחה צולמו יחדיו באותה הפגנה, בתמונה הראשונה של השניים יחד מאז התפרקות הלהקה.
בינואר 2007, נפוצה שמועה ש"רייג' אגיינסט דה מאשין" יתאחדו בפסטיבל המוזיקה והאמנות בעמק קואצ'לה (Coachella Valley Music and Arts Festival), והשמועה אכן אושרה ב-22 בינואר. בהודעה נמסר שהלהקה תופיע ביום האחרון של פסטיבל קואצ'לה. מורלו תיאר את האיחוד בעיקר ככלי במטרה להשמיע את מחאתה של הלהקה על ההתדרדרות לימין, כדבריו, שארצות הברית נפלה אליה תחת שלטונו של ג'ורג' בוש, מאז פירוק הלהקה. אף שבתחילה חשבו שההופעה תהיה הופעה חד פעמית, התברר לבסוף שהלהקה תמשיך להופיע.
ב-14 בפברואר 2007, מורלו ודה לה רוחה הופיעו יחד בהופעה אקוסטית בשיקגו באספה של קואליציית עובדי אימוקאלי למען הגינות בתעשיית המזון המהיר. מורלו תיאר את האירוע כ"מרגש מאוד בשביל כל הנוכחים בחדר, כולל עצמי". לאחר הופעה זו, הלהקה הופיעה בקואצ'לה כמתוכנן, ב-29 באפריל. הלהקה הופיעה לרקע תפאורה של ארגון ה-EZLN, לפני הקהל הגדול ביותר בפסטיבל. הופעתם נחשבה עבור רבים כהופעה שיצרה הכי הרבה ציפיות בפסטיבל.
במהלך ההופעה, דה לה רוחה נאם בעת ששרו את השיר "Wake Up" וציטט בנאומו הצהרה של נועם חומסקי בנוגע למשפטי נירנברג:
הנאום הוליד סערה תקשורתית. קטע וידאו עם הנאום של דה לה רוחה מצא את דרכו לתוכנית חדשות של ערוץ חדשות פוקס. על המסך הוקרנה הכותרת "להקת הרוק "רייג' אגיינסט דה מאשין" אומרת שצריך לירות בשלטונו של בוש". אורחת בתוכנית הגיבה על הדברים ואמרה ש"הם מפסידנים, המעריצים שלהם מפסידנים, ויש הרבה אלימות שמגיעה מהשמאל".
בהופעה מאוחרת יותר, ב-28 ביולי, דה לה רוחה נאם שוב במהלך השיר "Wake Up", והתייחס לתוכנית בחדשות פוקס וטען שהם עיוותו את מה שאמר בנאום בקואצ'לה:
ב-26 באוקטובר, רייג' הופיעו בפסטיבל חוויית מוזיקת וודו בניו אורלינס (New Orleans's Voodoo Music Experience). במהלך השיר "Wake Up" דה לה רוחה נאם ואמר שהוא ביקר בקהילות בניו אורלינס, כולל ברובע התשיעי (שנפגע קשות במהלך הוריקן קתרינה). הוא טען שממשלו של בוש פתח במלחמה בשתי חזיתות: הוא הורס את הקהילות בתוך ומסביב לבגדד והוא הורס את הקהילה והתרבות, שהיא בעיקרה אפרו-אמריקאית, בתוך ניו אורלינס. הוא גם ביקש מהקהל שיחזירו לעצמם את הקהילה שלהם, על ידי מאבק בממשלה.
לאחר מכן, ב-28 באוקטובר, הופיעו בפסטיבל וגוס (Vegoose festival), וביצעו גרסה דומה להופעה שדה לה רוחה ומורלו נתנו בשיקגו באפריל.
נכון לחודש יוני 2010, הלהקה ממשיכה להופיע בסיבוב הופעות המתקיים באירופה. ב-2011 התפרקה הלהקה באופן סופי.
סיבוב הופעות נוסף התקיים באוגוסט 2014.
עמדה פוליטית.
כחלק מהותי מזהות הלהקה, "רייג' אגיינסט דה מאשין" מעבירה מסרים מהפכניים וביקורתיים מאוד כלפי מדיניות הפנים והחוץ של ארצות הברית, והיא אחת הלהקות המזוהות ביותר פוליטית בהיסטוריה של הרוק. לאורך כל שנות קיומה, הלהקה וחברי הלהקה כיחידים לקחו חלק במחאות פוליטיות ופעולות אחרות במטרה לקדם את תפיסת העולם שלהם. הלהקה רואה את המוזיקה שלה ככלי של אקטיביזם חברתי. דה לה רוחה הסביר ש"אני מעוניין להפיץ את הרעיונות הללו דרך האמנות, מאחר שלמוזיקה יש את הכוח לחצות גבולות, לשבור מצורים צבאיים וליצור דיאלוג אמיתי." מורלו אמר בנוגע לעבדות השכר בארצות הברית:
מבקרי הלהקה הצביעו על המתח בין העברת מסר שמחויב למטרות שמאלניות, בעוד הלהקה חתומה בחברת התקליטים "אפיק רקורדס", שהיא חברת בת של חברת התקליטים "סוני רקורדס" ששייכת לתאגיד "סוני". בתגובה לביקורת זו, מורלו אמר:
הצבא הזפטיסטי לשחרור לאומי.
הלהקה היא תומכת נלהבת של הצבא הזפטיסטי לשחרור לאומי (EZLN), ובייחוד דה לה רוחה, שביקר מספר פעמים במחוז צ'יאפס במקסיקו, במטרה לעזור למטרתם. דגלם של ה-EZLN משמש פעמים רבות כחלק מהתפאורה של הלהקה בהופעות. מורלו תיאר את ה-EZLN כ"צבא גרילה שמייצג את הקהילות העניות הילידיות בדרום מקסיקו, שבמשך מאות שנים הוזנחו והושלכו הצידה, ושהם באמת ברמה הכי נמוכה בסולם הכלכלי במקסיקו. ב-1994, בראש השנה האזרחית, התרחשה שם התקוממות והם הונהגו בידי סאבקומנדנטה מרקוס, וזוהי קבוצה שתומכת בצורה עצומה בעניים ביותר מבחינה אובייקטיבית וממשיכה ללחום עבור כבודם, למען כל האנשים במקסיקו." דה לה רוחה אמר פעם ש"המטרה שלנו בהזדהות עם הזאפאטיסטאס היא לעזור ליצור דיאלוג אמיתי."
דה לה רוחה, שבדרך כלל נמנע מהופעות בתקשורת, משתדל לקדם את מטרות ה-EZLN בתקשורת בהזדמנויות שונות. הוא הסביר את חשיבות המטרה בשבילו אישית:
דה לה רוחה ביקר 4 פעמים במחוז צ'יאפס במטרה לעזור ל-EZLN. בתחילה הוא לקח חלק בצוות משקיפים שפיקח על המשא ומתן בין ה-EZLN לבין הממשלה המקסיקנית. בשלב מסוים דה לה רוחה ואחרים יצרו שרשרת אנושית במטרה להגן על ה-EZLN מאיומים פוטנציאלים.
הביקור השני שלו, ב-1996 היה למחנות של קמפיין לשלום בלה גרוחה. דה לה רוחה סיפר על החוויה:
בהמשך 1996, דה לה רוחה הדריך טיול חינוכי לסטודנטים, אמנים ואקטיביסטים מלוס אנג'לס לצ'יאפס.
ה-EZLN והחוויות של דה לה רוחה איתם היוו השראה לשירים "Wind Below" ו-"Without a Face" מהאלבום "Evil Empire" והשירים "Calm like a Bomb", "War Within a Breath" ו-"Maria" מהאלבום "Battle of Los Angeles".
מומיה אבו ג'אמאל.
הלהקה תומכת בשחרורו של חבר הפנתרים השחורים לשעבר, והנידון למוות מומיה אבו ג'אמאל. דה לה רוחה נאם בפני ועדת האו"ם לזכויות אדם, והביע תמיכה באבו ג'אמאל ב-12 באפריל 1999. הלהקה כתבה והקליטה את השיר "Voice of the Voiceless" בשביל האלבום "The Battle of Los Angeles" במטרה להראות תמיכה באבו ג'אמאל ובאלו שנאבקים למען שחרורו. הם הופיעו במופע שכל הכנסותיו נתרמו לארגון הבינלאומי "משפחה וחברים מודאגים של מומיה אבו ג'אמאל".
לאונרד פלטייר.
הלהקה אספה תרומות והעלתה את המודעות לפעיל הפוליטי והמורשע ברצח הנידון למאסר עולם, לאונרד פלטייר. בהופעות החיות של הלהקה, לפני השיר "Freedom" דה לה רוחה חזר לעיתים קרובות על המשפט "כבר 20 שנה, אין הוכחה והוא עדיין בכלא!". הוידאו קליפ של השיר מתעד את המקרה של פלטייר.
מחאה נגד ה-PMRC.
ה-PMRC) Parents Music Resource Center) הוא ארגון הורים אמריקאי המדרג שירים שלדעתו מעודדים אלימות, הפקרות מינית ושימוש בסמים ובאלכוהול. בפסטיבל המוזיקה "לולאפאלוזה" בפילדלפיה בשנת 1993, כל חברי הלהקה עלו לבמה כאשר הם ערומים כביום היוולדם, ועמדו במשך כ-15 דקות עם סרט בידוד מודבקת על פיותיהם, והאותיות PMRC מצוירות על חזם, במחאה על צנזורה, לטענתם, של ה-PMRC. הצליל היחידי שנשמע היה הקלטה של נגינה על גיטרות בידי מורלו וקומרפורד, ולאחר 15 דקות, הלהקה ירדה מהבמה מבלי להופיע. ווילק אמר על האירוע "בעשר דקות הראשונות הם השתגעו, אבל אחרי עוד 10 דקות הם כבר התעצבנו". הלהקה הופיעה לאחר מכן בחינם למען המעריצים המאוכזבים.
פעולות מחאה נוספות.
ביום ההשבעה של ביל קלינטון לנשיאות ארצות הברית, הלהקה הנחתה תוכנית רדיו בשם "Radio Free L.A", במהלכה שידרה שירים של להקות מחאה וראיונות עם אישים כגון מייקל מור, לאונרד פלטייר, מומיה אבו ג'אמאל, נועם חומסקי ואחרים. הלהקה ניסתה להעביר את המסר שאלו היו הבחירות עם שיעור ההצבעה הנמוך בהיסטוריה של ארצות הברית, ושהדבר מעיד על כך שהאמריקאים מבינים שהממשלה נמצאת בידיים של התאגידים הגדולים. השידור הועבר באתר האינטרנט של הלהקה ובמעלה מ-50 תחנות רדיו מסחריות.