לאחר סיום מלחמת העולם השנייה נרשמו במצרים כ־65 אלף יהודים, אך חלקם לא היו רשומים. רובם היו בני המעמד הבינוני ועסקו במקצועות חופשיים דוגמת מסחר ובנקאות. רק 20%-15% מיהודי מצרים היו בעלי אזרחות מצרית בשנת 1947, כאשר השאר היו חסרי נתינות או בעלי דרכונים זרים, בעיקר איטלקים, צרפתים ואנגלים.
המתיחות שהייתה בארץ לאחר מלחמת העולם השנייה והרצון להקים מדינה יהודית בארץ ישראל, כמו כן כתב המנדט שקיבלו הבריטים מחבר הלאומים על ארץ ישראל גרם להרעה ביחסים בין היהודים למצרים. המצרים הטילו חוקים המגבילים את היהודים במשלח ידם ובחופש שלהם במדינה, והחוקים החמירו עם פרוץ מלחמת העצמאות וקום המדינה. הממשלה המצרית נקטה באמצעים חמורים בכל אזרח אשר נחשד כפעיל ציוני ואף כלאו אותם במחנות ריכוז. המצרים החרימו רכוש יהודי של יהודים בקהיר ובאלכסנדריה, בתים וחנויות של יהודים עלו באש ונבזזו. מאות יהודים נפגעו, אלפים נכלאו ותנועתם הוגבלה. יהודים אשר השפיעו על הכלכלה המצרית ועסקו במקצועות חופשיים כגון ניהול, שיווק, מכירות, משפטים, רפואה וכיוצא בזה איבדו את מעמדם הגבוה ואת נכסיהם. חשבונות בנק של יהודים הוקפאו ורכוש פרטי וציבורי של יהודים הוחרם. בתחילת מלחמת העצמאות התנפלו קבוצות של מצרים על הרובע היהודי בקהיר והרגו, פצעו ובזזו מאות יהודים. מרבית יהודי מצרים עזבו את מצרים בין השנים 1948–1956 בעיקר לאחר מהפכת הקצינים החופשיים שהתרחשה. רוב רובם של היהודים עלה לארץ ישראל והיתר גלו לתפוצות העולם.
מלחמת העצמאות.
בליל הכרזת המדינה ופלישת צבאות ערב לשטחה של מדינת ישראל עצרה המשטרה המצרית גברים ונשים יהודים בטווח הגילאים 16–67. העצורים נכלאו בארבעה מחנות מעצר ברחבי מצרים: 'בית הסוהר לזרים' במרכז קהיר, מחנה 'האקסטפ' בהליופוליס, מחנה א-טור ומחנה באבוקיר. העצורים הוחזקו במחנות אלו עד שנה וחצי מבלי שנמסר לבני משפחותיהם היכן הם. בתום התקופה שוחררו בלא שהוגשו נגדם כתבי אישום.
כתוצאה ממלחמת העצמאות הוצאו נגד היהודים איסורים, תחילה השלטון גזר מכל המבקשים לעזוב את אדמת מצרים להצטייד באשרה מיוחדת המאשרת זאת, באופן שיטתי את האשרה הזו מנעו מהיהודים. אחר כך קבעו כי כל הנכסים של אנשים שנמצאים במעצר או כל אגודה או מוסד שמנוהל על ידי אדם שיושב במעצר יעברו לחסותו של מנכ"ל מטעם הממשלה והוא האחראי לעשות ככל העולה על רוחו בנוגע לאותם נכסים. פורסמו עוד המון איסורים דבר שערער את המבנה הכלכלי של הקהילה היהודית במצרים, רכושם הוחרם, העובדים בקהילה גורשו ובאופן כללי היה ניסיון לנדות את הקהילה מהחברה ולשבור את רוחה באופן חוקי שכן רוב רובם של האסירים היו יהודים ולכן הטענה שמה כל הסנקציות הן אנטישמיות התבטלה.
ב-30 במאי 1948 הודיעה הממשלה שתפקיע את רכושו של כל מצרי אם מעשיו מסכנים את ביטחון המדינה. בדרך כלל החוק כוון נגד יהודים שהואשמו באופן גורף בתמיכה בציונות. מאות חברות ובתי מסחר של יהודים הופקעו וחברות אחרות הושמו תחת פיקוח. בנוסף נאסר על יהודים להתאסף וארגונים יהודיים חויבו למסור את שמותיהם וכתובותיהם של חבריהם. יהודים שנודעו בפעילותם למען הציונות סבלו מהתנכלויות, מאסרים, וגירוש. ביניהם הרב ד"ר משה ונטורה, הרב הראשי של יהודי אלכסנדריה, שגורש ממצרים בשנת 1948.
לאחר תבוסת הצבא המצרי במלחמת העצמאות ונסיגתו גברו ההתנכלויות ליהודים. ב-19 ביוני 1948 אירע פיצוץ ברובע היהודי קראי בקהיר. עשרות נהרגו ונפצעו. מספר הנפגעים בחודש יולי היה כ-250. לאחר הפסקה קצרה חודשו הפעולות האלימות בספטמבר 1948 ונמשכו גם באוקטובר. לאורך כל שנת 1948 התרחשו פיגועים, הפגנות, מקרי הרג וחטיפות כנגד יהודים. חוסר הביטחון הניע רבים מיהודי מצרים לעזוב את המדינה.
לאחר עליית נאצר לשלטון החריפה ההתנכלות של השלטון ליהודים, המוסדות היהודים הרשמיים ובהם בתי ספר יהודים, בתי חולים, ארגוני רווחה ותנועות נוער הולאמו או הוצאו מחוץ לחוק. בנובמבר 1956 חתם נאצר על צו המורה על הפקעת רכושם של אזרחים שנעצרו או על מי שמוגדרים כ"נתון תחת פיקוח", או על כל חברה או תאגיד שנמצאים בשליטה של אדם שנכלל בקטגוריה זו. הגדרות אלו היו המשך והרחבה של ההגדרות שנקבעו ב-1948 ואפשרו אז הפקעות נרחבות של רכוש ופיטורים המוניים של יהודים.
בעקבות הרדיפות נאלצו רבים מיהודי מצרים (כ-30,000) לעזוב את מצרים. רבים עזבו בספינות אל אתונה, נאפולי ומרסיי. הממשלה החרימה את כל רכושם של היהודים שיצאו ממצרים, והם אולצו לחתום על הצהרה שאין להם תביעות ממצרים ולא יחזרו אליה לעולם.
לאחר התבוסה שחוו המדינות הערביות והטענה כי שביתת הנשק נכפתה עליהן בכוח על ידי מעצמות אירופה, השנאה במצרים ליהודים הגיעה לנקודת שיא והאחים המוסלמים חסידי האלימות הגבירו את ההתנקשויות ואת מסע הטרור נגד היהודים.
מאז 1948 היו יהודי מצרים שרויים בבידוד, הם היו מנותקים מהעולם היהודי שמחוץ למצרים.
עסק הביש ומלחמת סיני.
הרעה חלה במצבם של יהדות מצרים לאחר פרשת העסק הביש. הרקע לאירועים היו השיחות שהתנהלו בין מצרים לבריטניה, בתחילת שנות ה-50, על פינוי הצבא הבריטי מתעלת סואץ. אלו גרמו לדאגה בישראל. מודיעין צה"ל העלה רעיון לחבל בחשאי במתקנים מערביים במצרים, כך שהפעולה תיראה כאילו נעשתה על ידי מחתרת לאומנית מצרית, ובכך לפגוע ביחסים שבין מדינות המערב למצרים. לביצוע פעולות החבלה הפעיל המודיעין הישראלי חוליה מקומית של יהודים מצרים. אנשי החוליה הטמינו פצצות בבתי קולנוע, במשרד דואר ובמרכזי מידע של ארצות הברית בקהיר ובאלכסנדריה.
ביולי 1954 נלכדו רוב חברי החוליה והועמדו לדין. שניים מחברי החוליה, ד"ר משה מרזוק ושמואל עזר, נידונו למוות, והוצאו להורג ב-31 בינואר 1955. חלקם שוחררו במסגרת עסקת חילופי שבויים.
ב-29 באוקטובר 1956 פרצה מלחמת סיני ועמה גם בא גל נוסף של פרעות נגד היהודים, במשך ארבעה חודשים הוחרמו 500 בתי עסק יהודיים וכספיהם הוקפאו בבנקים, 800 יהודים נוספים הוכנסו לרשימה השחורה של השלטונות מצרים ללא סיבה והונם נחסם. בנובמבר 1956 חוקק חוק האזרחות החדש וקבע כי ציוניים אינם יכולים להשיג אזרחות מצרית, ואם כבר יש להם אזרחות היא תישלל מהם. מטרת המצרים הייתה לחסל את היהודים במהירות, ביעילות אך בשקט. המצרים הפעילו כמה שיטות במטרה לחסל את היהודים, תחילה היו מחלקים צווי גירוש ליהודים, לעיתים היו לוקחים אותם מביתם או ממקום עבודתם למקום מעצר לא ידוע או שחלק מהיהודים היו נתונים להשגחה ונאסר עליהם לעזוב את ביתם.
אחרים היו נתונים תחת מעקב משטרתי, קיבלו מכתבי איומים, פוטרו מעבודתם ולא קיבלו פיצויים, סבלו מעלבונות ברחובות ומאיומים רבים. תחושה זו של חשדנות מכל עבר גרמה לתחושה של פחד ואימה מה שהוביל לרצון העז של היהודים לעזוב את ארץ מולדתם מצרים שהייתה להם גיהנום.
המוני יהודים חיפשו דרך להימלט ממצרים, ומספר אלפים מתוכם עשו זאת על גבי ספינות שהושכרו על ידי הצלב האדום לשם מטרה זאת. תנאי היציאה ממצרים היו קשים מאוד ועל מנת להצליח לצאת היו צריכים היהודים להשיג תעודת מסע שניתנה תמורת סכום כסף ניכר, מלבד זאת על היהודי היה לוותר על כל רכושו ולהתחייב שלא לשוב לאדמת מצרים.
עד 1957 נותרו במצרים רק כ-3,000 יהודים, מקהילה שמנתה 80,000 קודם לכן.
בתחילת 1957 החלה התפוררות הקהילה היהודית במצרים, 4500 יהודים נטשו את פרנסתם, כל מוסדות הקהילה שותקו וכספיהם הוקפאו, בית החולים היהודי בקהיר שנתן טיפול ל-800 יהודים הוחרם על ידי הצבא המצרי, כל העובדים בו פוטרו. בתי ספר יהודים הוחרמו והפכו מחנות מעצר, ראשי הקהילה נאסרו, גורשו או הודרו מנכסיהם. שוב מצאו עצמם היהודים ניצבים במצב בו הם לא רצויים, הם עברו אפליה קשה וכן התעללות. באותה תקופה היו שמועות על מעשים אלו של המצרים כלפי היהודים בארצות שונות, בתגובה הגיב שר הפנים כי אין היהודים סובלים משום אפליות אלא שהממשל המצרי נוקט אמצעי זהירות נגד אנשים מסוכנים שאחדים מהם היו יהודים.
מלחמת ששת הימים וסופה של הקהילה.
ביום הראשון למלחמה נאסרו כמעט כל הגברים בקהילה בין 500 ל-600 גברים, הם הובאו לתחנות המשטרה ושם הוחזקו למשך כמה ימים ללא אוכל או מים. במהלך מלחמת ששת הימים, מרבית היהודים שנותרו במצרים עברו התעללות קשה מאוד, הוא נכלאו בתת-תנאים, הושפלו והוכו עד זוב דם. מתואר כי הקצינים המצרים אשר היו צמאים לדמם של היהודים התענגו להתעלל באותם יהודים. בסוף המלחמה זכו האסירים לשחרור ולגירוש מידי.
ביולי 1970 התיר נשיא מצריים ליהודים לצאת מארצו. בשנת 1971 כבר כמעט לא נותרו יהודים במצרים. נכון לשנת 2017 בקהילה היהודית במצרים חיים 18 יהודים.
תקופת א-סיסי.
תקופת שלטונו של א-סיסי הביאה להתחדשות באתרי הקהילה היהודית במצרים. בדצמבר 2018 הודיע שר העתיקות המצרי כי יוקצו 71 מיליון דולר לשיפוץ בתי כנסת ואתרי מורשת יהודים. כחלק מהרפורמה, בתי כנסת שהפסיקו לשמש כבתי תפילה יהפכו לאתרי מורשת הפתוחים לקהל הרחב. השיפוץ בוצע על ידי ממשלת מצרים ללא התערבות ממשלות זרות או ארגונים יהודים מחוץ לה.