מלחמת הודו-פקיסטן השנייה הייתה השיא של שורה של התנגשויות אלימות שהתרחשו מאפריל ועד ספטמבר 1965 בין שתי המדינות. העימות החל בעקבות "מבצע גיברלטר" של פקיסטן (הפקיסטנים בחרו בשם זה כדי ליצור הקבלה בין מטרותיהם לבין הכיבוש המוסלמי של ספרד שהחל מגיברלטר) שמטרתו הייתה להחדיר כוחות לג'אמו וקשמיר שייקחו חלק בהתקוממות כנגד השלטון ההודי. הודו הגיבה במתקפה בהיקף רחב על מערב פקיסטן. במלחמה, שהתמשכה על פני 17 ימים, נהרגו אלפים משני הצדדים, היה מעורב בה המספר הגדול ביותר של כלי רכב משוריינים והתנהלו בה קרבות השריון הגדולים ביותר מאז מלחמת העולם השנייה. פעולות האיבה הסתיימו לאחר שהוכרזה הפסקת אש בחסות האו"ם בעקבות התערבות דיפלומטית של ארצות הברית וברית המועצות וחתימתה של הכרזת טשקנט. רוב הקרבות התנהלו באמצעות כוחות הקרקע של הצבאות בקשמיר ולאורך הגבול המשותף של שתי המדינות. המלחמה עמדה בסימן של ההתכנסות הגדולה ביותר של כוחות צבאיים בקשמיר מאז חלוקת הודו ב-1947, שיא שנשבר רק במהלך הכוננות שהוכרזה בשנים 2001 – 2002. רוב הקרבות היו קרבות של שריון מול שריון ורגלים מול רגלים, שנעזרו בסיוע אווירי משמעותי וכן קרבות ימיים. רוב הפרטים על מלחמה זו, כמו שאר המלחמות שהתנהלו בין שתי המדינות נותרו עמומים.
במלחמה זו הייתה ידה של הודו על העליונה ואף על פי שהמצב נראה שקול בין שני הצדדים, מבחינה אסטרטגית ופוליטית נחלה פקיסטן תבוסה, שכן לא עלה בידה להשיג את השליטה על קשמיר וכן לא עלה בידה לקבל תמיכה משמעותית ברמה הבינלאומית. מבחינה בינלאומית הייתה מלחמה זו חלק מהמלחמה הקרה וכתוצאה ממנה התחולל שינוי גאופוליטי משמעותי בתת-היבשת ההודית. לפני המלחמה היו ארצות הברית והממלכה המאוחדת ספקיות הנשק העיקריות הן של הודו והן של פקיסטן. במהלך המלחמה ואחריה חשו הן הודו והן פקיסטן נבגדות בשל העדר התמיכה מצד מעצמות המערב בעמדותיהן. תחושות בגידה אלו הסלימו עם הטלת האמברגו על ידי ארצות הברית והממלכה המאוחדת על משלוחי נשק לשני הצדדים הלוחמים. כתוצאה מכך, פיתחו הודו ופקיסטן קשרים הדוקים יותר עם ברית המועצות ועם סין, בהתאמה. עמדתן השלילית המורגשת של מעצמות המערב במהלך המלחמה ובמהלך מלחמת הודו-פקיסטן השלישית ב-1971 המשיכה להשפיע על יחסי המערב עם מדינות תת-היבשת. על אף היחסים עם ארצות הברית ובריטניה שהשתפרו מאז תום המלחמה הקרה, עוררה מלחמת 1965 חוסר אמון עמוק בשתי המדינות, שבמידה מסוימת קיים עד היום.
מלחמת הודו-פקיסטן השלישית.
מלחמת הודו-פקיסטן השלישית הייתה עימות צבאי בין שתי המדינות שהתרחש במהלך מלחמת העצמאות של בנגלדש מ-3 בדצמבר 1971 ועד לנפילת דאקה ב-16 בדצמבר אותה שנה. המלחמה החלה במכה מקדימה של חיל האוויר הפקיסטני על 11 בסיסים של חיל האוויר ההודי, שהובילו להמשך מעשי האיבה ולמעורבותה של הודו מלחמת העצמאות של בנגלדש לצדם של הכוחות הלאומיים הבנגליים. כמלחמה שנמשכה 13 ימים בלבד, היה הייתה אחת הקצרות בהיסטוריה.
במהלך המלחמה התנהלו קרבות בו-זמנית בחזית המערבית ובחזית המזרחית. המלחמה הסתיימה עם חתימת הפיקוד המזרחי של הכוחות המזוינים של פקיסטן על מסמך כניעה ב-16 בדצמבר 1971 בדאקה, שציין את הפיכתה של מזרח בנגל למדינה העצמאית החדשה, בנגלדש. רשמית הודיעה מזרח פקיסטן על פרישתה מהאיחוד הפקיסטני עוד קודם לכן, ב-26 במרץ. בין 90,000 ל-93,000 אנשי צבא פקיסטניים נלקחו בשבי על ידי צבא הודו, כולל כ-80,000 איש שלא לבשו מדים, וכולל מספר קטן של חיילים בנגלים שנותרו נאמנים לפקיסטן. שאר השבויים, 10,000 עד 12,500, היו אזרחים, בני משפחות של אנשי צבא פקיסטן ומשתפי פעולה.
היקף האבדות בנפש באירועים שקרויים רצח העם הבנגלי לא ידוע בשום רמה של דיוק. ממשלת בנגלדש טענה ש-3 מיליון איש נהרגו, בעוד שוועדת חקירה רשמית של ממשלת פקיסטן העמידה את המספר על 26,000 הרוגים בקרב האוכלוסייה האזרחית. על פי דוח שחובר על ידי העיתונאית האמריקאית ממוצא הודי, סרמילה בוס, בין 50,000 ל-100,000 משתתפים פעילים בלחימה ואזרחים משני הצדדים איבדו את חייהם. מחקר שפורסם ב-2008 ב-British Medical Journal על ידי זיאד אוברמייר, כריסטופר ג'. ל. מוראיי ועימנואלה גקידו מעריך שכ-269,000 נהרגו כתוצאה מהעימות. מפרסמי המחקר ציינו שמספר זה גבוה בהרבה מההערכה הקודמת של אוניברסיטת אופסלה ושל מכון המחקר לשלום באוסלו, שעמדה על 58,000. על פי סרג'ור רחמן, ההערכה הרשמית של ממשלת בנגלדש שעמדה למעשה על 300,000 הרוגים (בבנגלית: "3 lahks"), תורגמה בטעות לאנגלית ל-3 מיליון. כתוצאה מעימות זה נמלטו בין שמונה לעשרה מיליון איש והפכו לפליטים בהודו.
מלחמת קרגיל.
מלחמת קרגיל (לעיתים מכונה גם "משבר קרגיל") היא מלחמה שהתנהלה בין הודו לבין פקיסטן בין מאי ליולי 1999, במחוז קרגיל שבחבל קשמיר. המלחמה החלה כאשר חמושים קשמיריים הנתמכים על ידי פקיסטן חצו את קו השליטה (LOC), המהווה גבול דה-פקטו בין הודו לפקיסטן בחבל קשמיר, והשתלטו על העמדות ההודיות בקרחון סיאצ'ן. בתגובה יצאה הודו למלחמה שנמשכה עד יולי, ובקרבות קשים הצליחו להשתלט על רוב השטחים שנתפסו על ידי הפקיסטנים. בסופו של דבר נאלצו הפקיסטנים לסגת גם משאר השטחים בלחץ אמריקאי. ההפסד הפקיסטני במלחמת קרגיל היה גורם משמעותי להפיכה הצבאית שהתרחשה בפקיסטן באוקטובר 1999, ובה תפס פרבז מושארף את השלטון.
קרחון סיאצ'ן, בו התנהלה עיקר המלחמה הוא שדה הקרב הגבוה ביותר בו התנהלו קרבות מעולם, ובהתאם לכך, מלחמת קרגיל היא המלחמה שהתנהלה במקום הגבוה ביותר מכל המלחמות, כ-5,000 מטר מעל פני הים. מלחמה זו חשובה גם בשל הממד הגרעיני שבה, זו המלחמה הראשונה שהתנהלה בין הודו לפקיסטן כאשר שתי המדינות היו חמושות בפצצות אטום. במהלך המלחמה הושמעו על ידי שני הצדדים 13 פעמים איומים לשימוש בנשק גרעיני. זו המלחמה הראשונה בהיסטוריה בה נלחמו שתי מדינות גרעיניות, שאף אחת מהן לא מעצמת על, באופן קונבנציונלי, ולפיכך הבנתה חשובה גם לתחום ההרתעה הגרעינית.
נושאי מחלוקת נוספים.
משבר הפליטים הבנגלי (1949).
ב-1949 תיעדה הודו מספר של כמיליון פליטים הינדים שנמלטו ממזרח בנגל (כיום בנגלדש) למערב בנגל ולמדינות נוספות של הודו, בשל מעשי אלימות, פחד ודיכוי מצד השלטונות. מצבם של הפליטים גרם לזעמם של לאומנים הינדים ואוכלוסיית הפליטים גרמה לצמצום המשאבים של מדינות הודו שלא היו מסוגלות לקלוט אותם. במקביל לאי פסילת רעיון המלחמה על הסף, הזמינו ראש ממשלת הודו, נהרו ושר הפנים פאטל את ראש ממשלת פקיסטן ליקאת עלי ח'אן לשיחות בדלהי. אף על פי שהודים רבים תיארו צעד זה כפיוס, חתם נהרו על הסכם עם ח'אן שעל פיו התחייבו שתי המדינות להגן על המיעוטים ולהקים גופים שיטפלו בהם. השניים גם חתמו על הסכם סחר והתחייבו לפתור את העימותים ביניהם בדרכי שלום. בהדרגה, שבו מאות אלפי הינדים למזרח פקיסטן, אך הפשרת היחסים ארכה זמן רב, בעיקר בשל סכסוך קשמיר.
אפגניסטן.
בין פקיסטן לבין אפגניסטן קיימת יריבות רבת שנים על הגבול ביניהן, "קו דורנד", שאין ספור ממשלות אפגניות סירבו להכיר בו כקו גבול רשמי. מצב זה הוביל למתחים קשים בין שתי המדינות ואף להתנגשויות צבאיות שבהן הייתה ידה של פקיסטן על העליונה. פקיסטן האשימה עוד בשנות ה-50 של המאה ה-20 את אפגניסטן במתן חסות למורדים הבדלנים הבלוצ'ים ובניסיון לתת חסות לנטיות בדלניות בקרב האוכלוסיות הפשטוניות והבלוצ'יות. מקובל להאמין שבמהלך שנות ה-70 של המאה ה-20 החלה פקיסטן, אז בהנהגתו של זולפיקר עלי בהוטו, לתמוך בפלגים האסלאמיים באפגניסטן. פלגים אלו אכן התמרדו נגד ממשלת אפגניסטן, שהיו לה יחסי ידידות עם ברית המועצות ועם בעלת בריתה בדרום אסיה, הודו.
מעורבותה של ברית המועצות באפגניסטן כדי למנוע הסלמה נוספת ותפיסת השלטון על ידי הגורמים האסלאמיים הוכחה כאסון. ארצות הברית ובעלות בריתה חששו מפני מעורבות זו והחלו להגיש סיוע לפקיסטן שתמכה במוג'אהדין האפגניים, בתקווה לשבש את מהלכיה של ברית המועצות. מלחמת אפגניסטן נכנסה למבוי סתום עם אבדות כבדות שנגרמו לשני הצדדים ועלתה לסובייטים בממון רב. בסופו של דבר נסוגו הרוסים תחת לחץ בינלאומי, אך כמה פלגים אפגניים המשיכו להילחם אלו באלו, ותומכיהם מבחוץ, כולל ברית המועצות, איראן, פקיסטן ואחרים, לא הצליחו להגיע להסכמה מי צריך להחזיק בהגה השלטון באפגניסטן.
המשך התמיכה במורדים הובילה למלחמת אזרחים שבה תמכה פקיסטן בטליבאן, מתוך רצון להבטיח את האינטרסים שלה באפגניסטן, בעוד שהודו ושכנותיה האחרות של אפגניסטן העניקו את תמיכתם לברית הצפונית. לאחר שהטליבאן הביס את הברית הצפונית ברוב שטחי אפגניסטן במהלך מלחמת האזרחים באפגניסטן, שהתנהלה בין השנים 1996 – 2001, המשיך משטר הטליבאן לקבל סיוע מפקיסטן, אחת משלוש המדינות שעשו כן עד פיגועי 11 בספטמבר. הודו התנגדה בתקיפות לשלטון הטליבאן ועל רקע זה מתחה ביקורת קשה על פקיסטן. מתוקף ההכרה שלה בשלטון הברית הצפונית, העניקה לה הודו את תמיכתה, יחד עם תמיכת האו"ם. יחסי אפגניסטן-הודו, שכנתה של פקיסטן, ונוכחותה ההולכת וגוברת שם, הטרידו את פקיסטן.
ב-7 ביולי 2008 אירע פיגוע התאבדות בשגרירות הודו בקאבול. מטעם ה-CIA נרמז שסוכנות הביון הבין-זרועית של פקיסטן עמדה מאחורי הפיגוע. פקיסטן ניסתה להתנער מאחריות לפיגוע, אך נשיא ארצות הברית, ג'ורג' ווקר בוש עימת את ראש ממשלת פקיסטן, יוסוף רזא גילאני עם העדויות והתרה בו שאם תתרחש מתקפה דומה נוספת, הוא ינקוט בצעדים רציניים.