מעורבותה של ארצות הברית בסודאן כללה מספר יוזמות, בין היתר יוזמתו של ג'ימי קרטר, נשיא ארצות הברית בשנים 1977–1981, לחידוש המגעים בין הדרום לצפון בפסגת השלום ניירובי שבקניה ב-1989. עם נפילתו של הגוש הקומוניסטי הרבו מדינות המערב בהתעניינות ביבשת השחורה ואחת החששות של ארצות הברית הייתה לגבי התחזקותו של המשטר האסלאמי בסודאן, הם חששו מפגיעה של משטר זה במדינות המזרח התיכון, עם זאת היא חידשה את מעורבותה בסכסוך הסודאני ב-1993 אך לא הצליחה להשיג דבר. דבר נוסף שהעיב על היחסים בין שתי המדינות היה תמיכתה של סודאן בסדאם חוסיין במלחמת המפרץ הראשונה.
בשנת 1998 התרחשו פיגועי התאבדות בשגרירויות ארצות הברית בקניה ובטנזניה, ארצות הברית מצאה את ארגון אל-קאעידה כאשם בביצוע פיגועים אילו ובתגובה לכך יירטה מחנות אימונים ומתקנים של בן לאדן באפגניסטן ובמפעל ב"אל שיפה" סמוך לעיר ח'רטום. לטענת הממשל הסודאני, מפעל זה היה מפעל לייצור תרופות ולא שימש לייצור חומרי לחימה כימיים כפי שטענו האמריקאים. לטענת ארצות הברית יירוט המפעל נעשה עקב כך שנמצאו הוכחות מודיעיניות להימצאות חלקי ייצור לגז עצבים, לשיתוף פעולה בין ראשי המפעל לבן לאדן ולנוכחות צבא במפעל- מה שלא מאפיין פעילות תמימה לכאורה.
בנוסף, טענו האמריקאים כי בן לאדן קיים תשתית ענפה של חברות סודאניות וזאת על מנת ליצור שיתוף פעולה צבאי בין עיראק לסודאן.
בעקבות פיגועי 11 בספטמבר, החליט אל-בשיר לשנות את מדיניותה של סודאן ולהתייצב לצד המערב וארצות הברית במלחמה בטרור. אחת הסיבות העיקריות לשינוי במדיניות היה רצונו לביטול הסנקציות שהטיל האו"ם בשנת 1993 בשל היותה מדינה תומכת טרור. שינוי המדינות הביא להתפייסות עם ארצות הברית וסודאן אף תרמה במידע מודיעיני ועצירת גורמי טרור.
היחסים בין ארצות הברית וסודאן נותרו מתוחים עד הדחתו, וארצות הברית תובעת העמדתו לדין של עומר אל בשיר באשמת רצח עם. לאחר הדחתו ועלייתו של עבד אל-פתאח אל-בורהאן, החלה התקרבות בין המדינות.
יחסי חוץ עם ישראל.
מעורבותה של מדינת ישראל בסודאן החלה בשנות ה-70 של המאה ה-20, עם הבאתם של אלפי יהודים מאתיופיה למדינת ישראל דרך גבול סודאן. בשנת 1984, עם התגברות החשש לחיי היהודים השוהים במחנות בסודאן, הושגה הסכמה עם ג'אפר אל נימיירי במסגרתה תופעל רכבת אווירית שתטיס את אלפי העולים משטח סודאן, מבצע זה ידוע בשם מבצע משה. לאחר חשיפת מעורבותו של נימיירי במבצע זה הופעל עליו מכבש לחצים מצד מנהיגים בעולם הערבי מה שגרם להפסקת מעורבותו בנושא.
במאי 1998 הגיע לביקור בסודאן השייח אחמד יאסין, ראש ארגון החמאס, על מנת לגייס תמיכה במאבקו נגד ישראל. בפגישה עם השייח הצהיר עומר אל בשיר על תמיכתו במאבק כנגד ישראל ובעקבות הפגישה החליטה ממשלת סודאן לאפשר לארגון לפתוח משרדים על אדמת סודאן כתרומה למאבק.
בינואר ופברואר 2009 הגיעו דיווחים על כך שמטוסי חיל האוויר הישראלי תקפו שיירות משאיות בסודאן, משרד החוץ ומשרד ההגנה הסודאני מאשימים את ישראל בתקיפה. בתקיפה זו נהרגו קרוב ל-119 איש על פי הדיווחים של כלי התקשורת והממשל בסודאן. בשיר מאשים את ישראל במעורבותה במלחמת האזרחים ובחבל דרפור.
לאחר תקיפת מפעל התחמושת "ירמוך" בסודאן ב-23 באוקטובר 2012, אמר עומר אל-בשיר כי הפעולה היא "תגובה היסטרית של ישראל לשינויים באזור". בסוף 2018 ובתחילת 2019 דווח על דיונים על אפשרות של נרמול היחסים הדיפלומטיים בין ישראל לסודאן.
יחסי חוץ עם סין.
סודאן היא אחת המדינות העניות בעולם. אמנם בשטחה מצבורי נפט גדולים אך אין בידה ההון והידע הטכנולוגי להפקת נפט זה. בתחילת 1996 נוצרו קשרים כלכליים בין החברה הסינית China National Petroleum Corp המנוהלת על ידי הממשלה הסינית ובבעלותה, למשרד האנרגיה הסודאני על מנת לבנות את בית הזיקוק הגדול במדינה. כיום סודאן היא ספקית הנפט הגדולה ביותר של סין ואילו סין היא ספקית הנשק העיקרית של סודאן. במקרה של סודאן, שותפות זו היא רווחית: כאשר ארצות הברית האשימה את ממשלת סודאן ברצח העם בדרפור, אי שמירה על זכויות אדם ונשילת אדמות של אזרחים שבשטחן יש נפט, סין העניקה לסודאן תמיכה דיפלומטית ואיימה בהטלת ווטו בעת ההצבעה במועצת הביטחון של האו"ם.
יחסי חוץ עם גורמי טרור.
סודאן היוותה "חממה" לתנועות קיצוניות אסלאמיות ביניהן אל-קאעידה ומנהיגה אוסאמה בן לאדן. בשנת 1991 לנוכח התגברות המתיחות בין ערב הסעודית לאוסמה וארגונו, החלו בן לאדן לתכנן להעתיק את ביתו מערב הסעודית לבית פשוט בן שלוש קומות בבירה הסודאנית, ח'רטום. השנים הידועות בהן שהה אוסאמה בן לאדן בסודאן הן 1991–1993, באותן שנים החל אוסמה להקים מערך כלכלי נרחב בסודאן שכלל בין היתר הקמת חברות סחר בינלאומיות, חברות חקלאיות, בנייה וכו'. במקביל באותן שנים התגבש צביונה האיסלמי של סודאן. הממשל בסודאן הרבה לבצע עסקאות וחוזים עם בן לאדן בעקבות דעותיו ורעיונותיו איתם הזדהה הממשל. לממשלה הסודאנית היו קשיים בתשלומי החוזים והפרויקטים שחתמו עליהם עם בן לאדן והוא נאלץ לספוג הפסדים רבים. לגבי מידת מעורבותו של בן לאדן באותן שנים הדעות הן חלוקות- ממשלת סודאן טוענת מחד כי בן לאדן לא עסק בטרור בזמן שהותו בסודאן ומאידך גורמים שונים בארגון אל-קאעידה טוענים כי ההפך הוא הדבר. בשנת 1996 בעקבות לחץ אמריקאי, מצרי וסעודי על הממשלה, נאלץ אוסמה לעזוב את סודאן ולהגר לאפגניסטן. בעקבות הגירוש נגרמו לבן לאדן הפסדים כלכליים רבים.
הסכסוך בין הצפון לדרום בזמן שלטונו.
שורשי הסכסוך והצעדים בהם נקט אל בשיר לגבי הסכסוך.
מבחינה אתנית ותרבותית מתחלקת סודאן לשני חלקים: הצפון הערבי, והדרום, האפריקאי-נוצרי-פגני. לאחר הכרזת העצמאות על סודאן בשנת 1956 התגלו הבדלים מהותיים בין הצפון לדרום שהובילו למאבקי כוח עם המחוזות הדרומיים שתבעו אוטונומיה והענקת חופש פוליטי ודתי לתושביו. בתקופת שלטונו אישר בשיר לחסן אל תארבי להקים מיליציה בשם כוחות ההגנה העממיים (PDF) שנועדה לפעול בשיתוף עם הצבא לדיכוי הדרום. מיליציה זו התבססה בעיקר על מתנדבים מוסלמים מהצפון. ב-1979 החלו חוקי ספטמבר (השריעה) על ידי גאפר אל נימיירי, בתגובה לצעדים אלו החליט הקולונל ג'ון גראנג להקים את צבא השחרור של העם הסודאני (SPLA) צבא זה אסף מפקדים וחיילים בני הדרום ששירתו בצבא סודאן ונלחמו בממשל הסודאני. בתחילת שנות ה-90 המשטר בסודאן החל בתהליך של קבלת האסלאם הקיצוני שגרמה להחרפת העימות ומשבר חריף בין הצפון לדרום. באביב 1993 פתחו כוחות הממשלה במתקפה כוללת בדרום והושגו הישגים שאילצו את המורדים מתנועת ה-SPLA בדרום להגיע לשיחות שלום. בסופן של השיחות לא הצליחו הצדדים להגיע להסכם קבע ואף לא להגיע להסכם על הפסקת אש.
בינואר 1994 התחדשה המתקפה של כוחות הממשלה נגד המורדים ובחודש יולי באותה שנה הצליחו כוחות הממשלה לכבוש ערי מחוז שהיו בשליטת המורדים. בעקבות מרידה בשורות הצבא בזמן הלחימה בדרום, שדוכאה על ידי כוחות צבא הנאמנים לממשלה, הנחה עומר אל בשיר את מושלי המחוזות להגדיל את היקף הציוד והכוחות במחוזותיהם לכוחות ההגנה העממיים.
במרץ 1995 ביקר בסודאן נשיא ארצות הברית לשעבר ג'ימי קרטר ולחץ על הצדדים להגיע להסכם על הפסקת אש ואלה נענו לו להפסקת אש של חודשיים. ביוני באותה שנה נעשה ניסיון התנקשות בנשיא מצרים באתיופיה, מה שהגביר את הלחץ על משטרו של אל בשיר ואת הסיוע של ממשלות אתיופיה וקניה, כמו גם גורמים אחרים בעולם המערבי למורדים בדרום.
בשנת 2002 הושג הסכם הפסקת אש ופתיחת שיחות שלום בין הצדדים בעקבות חששו של אל בשיר כי סודאן תהפוך ליעד של מתקפה אמריקנית למיגור הטרור. ביולי באותה שנה נפתח המשא ומתן בתיווך אמריקני ובנובמבר 2002 הסכימו הצדדים להאריך את הסכם הפסקת האש עד למרץ 2003. בינואר 2003 נשא אל בשיר נאום בו אמר כי סודאן מעוניינת בשלום כולל וחלוקה צודקת בין שני הצדדים.
ב-8 בינואר 2004, חתמו ממשלת סודאן וכוחות המורדים בדרום על חלוקת המשאבים במדינה כחלק ממשא ומתן מתמשך להסכם שלום, עליו חתמו הצדדים בינואר 2005.
ביולי 2005, נהרג מנהיג המורדים וסגנו של אל בשיר ג'ון גראנג בתאונת מסוק, לאחר שחזר ממפגש עם נשיא אוגנדה. הממשלה הכריזה על 3 ימי אבל ודיווחה כי התאונה נגרמה ככל הנראה בשל תנאי ראות לקויים. גרנג נהרג שלושה שבועות בלבד לאחר שהושבע לתפקיד סגן הנשיא.
משאל העם.
בינואר 2005, הוכרז הסכם שלום בין מפלגת הקונגרס הלאומי בראשותו של אל בשיר ובין התנועה העממית לשחרור סודאן (SPLM) המייצגת את הדרום. במסגרת אותו הסכם שלום הוחלט כי בתוך 6 שנים יתקיים משאל עם בו אזרחי סודאן יאלצו להתמודד עם השאלה: האם לאחד את הצפון עם הדרום. דחיית ההצעה מהווה הכרה ברצונה של דרום סודאן להקמה של מדינה ריבונית. משאל העם התקיים ב-9 בינואר 2011. ובעקבותה הוקמה דרום סודאן ב-9 ביולי 2011.
תפקידו ברצח העם בדרפור.
שורשי הסכסוך ותפקידו של אל בשיר בסכסוך.