בהסכם הזיכיון הובטח לסיטיפס מענק בגובה 1.4 מיליארד ש"ח שישולם בסוף תקופת הבנייה. בהסכם הובטחה גם זכות קדימה בצמתים, כך שהרכבת הקלה תוכל לחלוף על פני הצמתים במסלולה בלי צורך להתעכב בהם. קביעת תעריפי הנסיעה נותרה בסמכות משרד התחבורה. סעיף נוסף הבטיח מונופול לרכבת בשירות תחבורה ציבורית באזורה, דבר שמשמעותו ביטול כל קווי האוטובוס שיכולים להתחרות בה, ונוסעים במסלולים חופפים אליה. רשת ביטחון הובטחה ליזם במקרה של מספר נוסעים נמוך מהצפוי, במקרה של השבתה עקב אירוע ביטחוני, ובמקרה של נזק לתשתית עקב אירוע כזה.
על פי החוזה על היזם היה להתחיל בעבודות ההקמה באוגוסט 2003, ועל העבודות היה להסתיים עד סוף 2006. על קבוצת סיטיפס הוטל להשיג תוך 9 חודשים הלוואות מימון בגובה 280–300 מיליון דולר (הלוואה שתינתן באירו) לטווח קצר (עד לסיום עבודות ההקמה), ו־100 מיליון דולר לטווח ארוך, וזאת עד לאוגוסט 2003.
בפועל התקשתה הקבוצה להגיע לסגירה פיננסית, השגת המימון לתחילת העבודות בתאריך היעד, על רקע חששות שהועלו על ידי גופים שהיו אמורים לספק את המימון למיזם בדבר מספר נוסעים נמוך מהצפוי, על רקע ריבוי פיגועי הטירור בירושלים במהלך האינתיפאדה השנייה, ופקפוק ברווחיות הצפויה של המיזם בעקבות בדיקות עצמאיות מטעמם, כמו גם מצבה הפיננסי הרעוע של אלסטום, אחת השותפות בקבוצה. המדינה בחרה לסייע לקבוצה בהשגת המימון באמצעות מתן הקלות מעבר לחוזה שנחתם עם הקבוצה. באוגוסט 2003, סוכם בין המדינה לקבוצת סיטיפס כי 50% מהמענק שתוכנן להינתן בסוף העבודות, כ־132 מיליון אירו, יינתן ליזם במספר מענקים על פי עמידה ב'אבני דרך' - שלבים בהתקדמות העבודות. גם הקלות אלו לא סייעו להשגת המימון, ועל כן בספטמבר 2004 ניתנו לסיטיפס הקלות נוספות, שכללו את הרחבת רשת הביטחון כך שתכלול גם את השתתפות המדינה בעלות חידוש הציוד כעבור 10 שנים (במקרה של מספר נוסעים נמוך מהצפוי), הקלות במפרטים הטכניים וההנדסיים, שינויים בהתחייבויות המדינה והקלות בערבויות שהיו צריכות להינתן למדינה. רק בתחילת 2005 הצליחה הקבוצה להגיע להסכם מימון עם בנק לאומי ובנק הפועלים, ובקיץ 2005 נחתם ההסכם הכלכלי עם המדינה. העיכוב בהשגת המימון הוביל לעיכוב של כשנתיים במועד תחילת העבודות על ידי היזם.
מבקר המדינה מתח ביקורת חריפה על הגופים הממשלתיים שהיו מעורבים בשינויים שנעשו בחוזה, בשל אי־בדיקה של השלכות השינויים שנעשו בחוזה. ההקלות הגדילו את הסיכון שנטלה על עצמה המדינה במיזם, בהשוואה לסיכון מופחת שנטל על עצמו היזם הפרטי.
יתרונות וחסרונות.
תומכי הרכבת הקלה הצביעו על יתרונות שונים בהעדפת רכבת קלה כעמוד השדרה התחבורתי של ירושלים, ביניהם: השתלבות רכבת קלה במדרחוב המתוכנן של רחוב יפו, דבר שיתרום לחיזוק מרכז העיר והעלאת מחירי הנכסים בו, הפעלה של הרכבת באמצעות חשמל, דבר שיפחית את זיהום האוויר והרעש במרכז העיר (אך יגדיל את הזיהום בתחנת הכוח), תדמיתה היוקרתית של הרכבת הקלה, שתגרום לבעלי רכב פרטי להעדיף את הנסיעה בה, בהשוואה לתדמית הנמוכה של קווי אוטובוסים, הקיבולת הגדולה של רכבת קלה בודדת בהשוואה לאוטובוס בודד, והעדיפות שאמורה להיות מוקנית לרכבת קלה בצמתים. הרכבת גם מסוגלת לפעול במקרה של היערמות שלג בגובה של סנטימטרים בודדים.
מתנגדי הרכבת הקלה הצביעו על הנזק שיגרם למרכז העיר ולרחובות בהם עובר התוואי במהלך עבודות התשתית והבנייה הארוכות הנדרשות לצורך סלילת מסילת רכבת קלה, כמו גם העלות הגבוהה של עבודות אלו, עלות התפעול והתחזוקה הגבוהה של הרכבת הקלה בהשוואה לקווי אוטובוסים (היזם נדרש לתחזק מסילת ברזל, אמצעי איתות, רשת חשמל, מערכת שליטה ובקרה ומוסך), הבלעדיות של הרכבת הקלה בנתיבה (רכבים מנועיים אינם מורשים לנסוע על גבי המסילה), ואי התאמת מסלולי הרכבת למרכזי האוכלוסין והעסקים של ירושלים שהתפתחו מחוץ למרכז העיר (מרכזי העסקים של גבעת שאול, תלפיות והר חוצבים), פגיעה בקישור בין שכונות שאינם בסמוך לתוואי הרכבת למרכז העיר (שכונות שהיו מחוברות בעבר באמצעות קו אוטובוס, שנע בתוואי הרכבת הקלה) חוסר הגמישות של הרכבת הקלה (לא ניתן לשנות תוואי באופן קל, ובמקרה של חסימת מסילה בנקודה מסוימת עקב תאונה, חפץ חשוד או תקלה לא ניתן לעקוף את החסימה), הצורך במערך תחבורתי משלים רחב היקף לרכבת הקלה, על מנת לקשר בין שכונות מרוחקות לתחנות הרכבת הקלה ביעילות וכמות תחנות מופחתת בהשוואה לקווי אוטובוסים, דבר המקשה על קשישים ומוגבלי תנועה.
ביקורת נוספת הועלתה גם כנגד תנאים מפליגים שהובטחו ליזם, כדוגמת רשת ביטחון למספר נוסעים מינימלי, כפיית הציבור לשימוש ברכבת הקלה באמצעות ביטול קווי האוטובוס המתחרים בה, והערכות מוגזמות למספר הנוסעים העתיד להשתמש בה. ביקורת נוספת הושמעה על תכנון וביצוע של שני קווים בלבד (אחד קו רכבת קלה ואחד קו BRT) מתוך שמונת הקווים, דבר שיוצר שני קווים פועלים במקום רשת קווים, עקרון יסוד בתכנון תחבורה ציבורית.
בנוסף, דו"חות מבקר המדינה ומבקרת העירייה הצביעו על תקלות רבות ומהותיות בתהליך קבלת ההחלטות שהביא לבחירת האופציה של רכבת קלה.
תהליך הבנייה.
בשנת 2000 החלה עיריית ירושלים באמצעות חברת מוריה בעבודות תשתית נרחבות בתוואי הקו האדום והקו הכחול, כהכנה לסלילת המסילה על ידי היזם. עבודות אלו כללו הסטת תשתיות שעברו מתחת לתוואי המיועד של הרכבת הקלה (על מנת שלא יהיה צורך להשביתה במהלך עבודות תשתית עתידיות), הכנת מסלול מופרד לרכבת, הרחבת צירי תנועה קיימים (לדוגמה, רחוב יפו בחלק שבין שוק מחנה יהודה לרחוב שרי ישראל. בחלק זה נהרסו מספר בניינים וחנויות), וחפירת מנהרה למכוניות מתחת לכיכר צה"ל (כתחליף למנהרה שהייתה מיועדת לרכבת, לפי התכנון הראשוני). במהלך העבודה בוצע שדרוג תשתיות ישנות באופן נרחב, בהמשך לעבודות הסטת התשתיות מנתיב הרכבת. בדצמבר 2002 אישרה הועדה המחוזית לתכנון ולבנייה בירושלים את התוכניות להקמת הרכבת.
עבודות הבנייה של סיטיפס היו אמורות להתחיל באוגוסט 2003 לאחר השגת מימון לעבודות, אולם בשל הקושי של סיטיפס להגיע לסגירה פיננסית עם גורמי מימון, הם נדחו שוב ושוב. העבודות החלו בפועל רק בקיץ 2005, באיחור של שנתיים, בשל הקושי להשגת הסכם מימון. בספטמבר 2005 החלה הקמת גשר המיתרים בצומת הכניסה לירושלים, המחבר את מסלול הרכבת ברחוב יפו לשדרות הרצל. במרץ 2006 החלו העבודות להקמת הדיפו של הרכבת, ובסוף 2006 החלה חברת סיטיפס בהנחת המסילות, עבודות שהחלו בשדרות הרצל.
על פי החוזה עמו היה היזם אמור לסיים את העבודות תוך 3 שנים, עד 2008, בפועל נמשכו העבודות זמן כפול של 6 שנים, והסתיימו רק ב־2011. התמשכות העבודות ועומסי התנועה הניכרים שנגרמו בעקבותיהם גרמו סבל רב לתושבי ירושלים ולסוחרי מרכז העיר. במהלך תקופות זו עלו תלונות רבות מצד תושבי ירושלים, סוחרים במרכז העיר ואנשי עיריית ירושלים אודות איטיות העבודות, וכמות הפועלים המועטה העוסקת בה. גורמי עירייה אף האשימו את היזם כי הוא מאט את העבודות בכוונה, על מנת לסחוט כספים מהמדינה. אנשי סיטיפס טענו להגנתם כי העבודות מתעכבות בשל עיכוב באישורים שצריכים להינתן מעיריית ירושלים, ובשל עיכובים בעבודות של גורמים ממשלתיים שונים.
ב-24 בפברואר 2010 התקיים טקס לתחילת הנסיעה הניסיונית של הרכבת מהדפו ועד רחוב הנביאים. שלב ההרצה הסופי תוכנן להתקיים במשך כ-45 יום אך על מנת לקצר את הזמן בו רחוב יפו ייסגר לתנועה נודע כי שלב זה יארך כחודש בלבד, בתקופת מרץ 2011.
בינואר 2011 השלימה חברת סיטיפס סופית את כל הקו. במוצאי שבת, 15 בינואר 2011, נסגר רחוב יפו לתנועת כל כלי רכב, לרבות אוטובוסים ומוניות, לכל אורכו - מכיכר ספרא ועד צומת הרחובות נורדאו ושרי ישראל (למעט קטע הרחוב המערבי מרחוב הטורים עד התחנה המרכזית). רחוב אגריפס המקביל הפך כמעט כולו למסלול לתחבורה ציבורית בלבד וכל האוטובוסים והמוניות הופנו אל רחוב זה, דבר שגרם פקקים ואי-נוחות. לעומת זאת, ברחוב יפו הסמוך שהפך בן-רגע למדרחוב שקט, החלו להתבצע נסיעות מבחן של הרכבת הקלה.
תאריך התחלת הפעלת הקו הראשון של הרכבת נדחה מספר פעמים. תאריך היעד הראשוני היה יוני 2006, אך למעשה נפתח הקו לתנועת נוסעים באיחור של 5 שנים, ב־19 באוגוסט 2011.
בשל בעיות בטיחות ומחלוקות לגבי הרמזורים בקווי הרכבת החלה הפעלת הרכבת ללא מתן עדיפות ברמזורים, דבר שהוביל לעיכוב בנסיעות במעבר צמתים. עקב בעיות הבטיחות שהובילו לתדירות נסיעות נמוכה ואי הענקת העדיפות בצמתים הונהגה נסיעה ללא תשלום החל מתחילת פתיחת הקו לציבור ועד לסוף נובמבר 2011.
אתגרים הנדסיים.
מול מתכנני הרכבת הקלה, עמדו מספר אתגרים הנדסיים. בעיקר משום שמיזם רכבת קלה טרם בוצע בישראל, וכן התקינה הישראלית אינה מקיפה את כל העבודות הנדרשות לביצועו. אתגר אחד, הוא גשר המיתרים בכניסה לירושלים, אתגר נוסף היה ריצוף רחוב יפו באבן טבעית מסוג גרניט ובזלת. ריצוף מהסוג הזה טרם בוצע בישראל בהיקפים גדולים.
גשר המיתרים.