מעבר לגבולות המצודה החדשים נחפר חפיר חדש ברוחב 50 מטרים; בעת חפירתו הוא היה עמוק יותר ב-4.5 מטרים באמצעו בהשוואה למצבו הנוכחי. עם הוספת חומת הווילון החדש הפכה הכניסה הראשית הישנה למצודה לפחות בולטת, ובמשך השנים התדרדר מצבה; בפינה הדרום-מערבית של החומה ההיקפית החיצונית הוקמה כניסה חדשה. המתחם הורכב מבית שער פנימי וחיצוני ומברביקן, ולימים הוא נודע כמגדל האריה כיוון שהיה קשור לבעלי החיים כחלק מגן החיות המלכותי מאז שנות ה-30 של המאה ה-14 בקירוב. מגדל האריה עצמו אינו קיים עוד.
אדוארד הרחיב את הצד הדרומי של המצודה לתוך חלקת אדמה שקודם לכן הייתה מתחת לפני התמזה. בקטע זה של החומה הוא הקים בין 1275 ל-1279 את מגדל סנט תומאס; לימים נודע המבנה כ"שער הבוגדים", והוא החליף את מגדל הדמים בתור שער המים של המצודה. מבנה זה הוא ייחודי באנגליה, והמבנה המקביל הדומה ביותר הוא שער המים של מוזיאון הלובר בפריז, שאינו קיים עוד. המזח היה נתון לטווח האש של חרכי ירי במקרה של מתקפה על הטירה מכיוון התמזה; בכניסה היה גם שער מתרומם על מנת למנוע ממי שאינו רצוי להיכנס למצודה. בקומה הראשונה היו חדרי מגורים יוקרתיים. אדוארד החליט להעביר את המטבעה המלכותית למצודה; מיקומה במצודה בתקופה שלאחר המעבר אינו ידוע, אם כי הוא ככל הנראה היה בחלק החיצוני או במגדל האריה. בשנות ה-60 של המאה ה-16 שכנה המטבעה במבנה בחלק החיצוני, ליד מגדל סולט. בין 1348 ל-1355 נבנה מגדל קריידל מזרחית למגדל סנט תומאס, והיה זה שער מים שני שנועד לשימושו האישי של המלך.
קפלת פטרוס הקדוש בשלשלאות.
הקפלה המלכותית של פטרוס הקדוש בשלשלאות היא הכנסייה הקהילתית של המצודה. הקפלה שוכנת בחלק הפנימי של המצודה, ומתוארכת לרבע הראשון של המאה ה-16. הקפלה נמצאת תחת סמכותו של המונרך הבריטי, ולא תחת סמכותו של הבישוף המקומי. שמה של הקפלה נובע ממאסרו של פטרוס הקדוש בירושלים על ידי אגריפס הראשון.
המבנה הנוכחי של הקפלה נבנה עבור הנרי השמיני על ידי סר ריצ'רד קולמונדלי בין השנים 1519 ו-1520, וקפלה קדומה יותר ניצבה באותו מיקום עוד לפני הכיבוש של אנגליה על ידי ויליאם הראשון. בקצה המערבי של הקפלה שוכן מגדל קטן שבראשו בית פעמון, ובתוך הכנסייה יש ספינה ראשית וספינה משנית צפונית קצרה, המוארת על ידי חלונות בצורת חצי סהר וללא קישוטים, עיצוב שהיה אופייני בתקופת בית טיודור.
הקפלה מכילה מונומנטים רבים. בפינה הצפון-מערבית שוכנת מצבה לג'ון הולנד, הדוכס מאקסטר, שכיהן כמפקד המצודה ומת ב-1447. מתחת לארקדה המרכזית שוכן התבליט של סר ריצ'רד קולמונדלי, סגן מפקד המצודה שמת ב-1521. במקלט יש מונומנט לזכרם של סר ריצ'רד בלאונט (מת ב-1564) ובנו סר מייקל בלאונט (מת ב-1610), שכיהנו בתפקיד סגן שומר המצודה בתקופת טיודור וחזו בהוצאות להורג רבות. העוגב של הקפלה מתוארך למאה ה-17, והוא מקושט בתגליפים של גרינלינג גיבונס.
הקפלה זכתה לפרסום רב כיוון שהיא שימשה כמקום קבורתם של רבים מאסירי המצודה, כולל שלוש מלכות של אנגליה: אן בולין וקתרין הווארד, הנשים מספר שתיים וחמש של הנרי השמיני, וליידי ג'יין גריי, שמלכה באנגליה למשך תשעה ימים ב-1553 לאחר מותו של אדוארד השישי. ג'ורג' בוליין, אחיה של אן, נקבר בקפלה לאחר הוצאתו להורג ב-1536, כפי שקרה ב-1510 עם אדמונד דאדלי וסר ריצ'רד אמפסון (גובי מס בתקופת הנרי השביעי), וב-1554 עם גילדפורד דאדלי (בעלה של ליידי ג'יין גריי), שהוצאו להורג במתחם טאוור גרין. תומאס מור וג'ון פישר, שעוררו את זעמו של הנרי השמיני, הוצאו להורג ונקברו בקפלה. לאחר מותם הוכרו כמרטירים על ידי הכנסייה הרומית-קתולית. פיליפ הווארד, מרטיר נוסף מתקופת טיודור, היה קבור גם הוא בקפלה לפני שגופתו הועברה לעיירה ארונדל.
על הקיר המערבי יש רשימה של אישים ידועים שנקברו בקפלה בין 1534 ל-1747. תומאס בבינגטון מקאולי תיאר בספרו "היסטוריה של אנגליה" (1848) את האישים שנקברו בקפלה, במילים הבאות: .
בית תכשיטי הכתר.
המסורת של אחסון תכשיטי הכתר במצודה החלה ככל הנראה בתקופתו של הנרי השלישי. בית התכשיטים נבנה במיוחד על מנת לאחסן את המחלצות המלכותיות, כולל התכשיטים וסמלי מלוכה אחרים כגון כתרים, שרביטים וחרבות. כאשר היה צורך בגיוס כספים המונרך היה ניגש על חדר האוצר. האוצר אפשר למונרך להיות עצמאי מהאריסטוקרטיה, ובעקבות כך נשמר בקפדנות. נוצר תפקיד חדש בשם "שומר התכשיטים, כלי הנשק וחפצים אחרים", שהיה בעל שכר רב; בתקופת שלטונו של אדוארד השלישי (1312 - 1377) זכה מי שכיהן בתפקיד לשכר יומי של 12 פני. סמכויות התפקיד הורחבו וככלו רכישת תכשיטים מלכותיים, זהב, וכסף, ומינוי התכשיטנים וחרשי הזהב המלכותיים.
ב-1649, במהלך מלחמת האזרחים האנגלית, נזרקה תכולתו של בית התכשיטים ביחד עם רכוש מלכותי אחר. חפצי מתכת הועברו למטבעה המלכותית להתכה ולשימוש חוזר, והכתרים נשברו והושחתו. עם השבת המלוכה על כנה ב-1660 שרדו רק כף אחת ושלוש חרבות טקסיות מבין חפצי ההכתרה שנוצרו במהלך המאה ה-12. שאר תכשיטי הכתר נוצרו מחדש. ב-1669 נהרס בית התכשיטים, ותכשיטי הכתר הועברו למגדל מרטין, שבו הם הוצבו בתצוגה פתוחה לציבור הרחב. תצוגה זו נוצלה שנתיים לאחר מכן כאשר קולונל תומאס בלאד ניסה לגנוב אותם. בלאד ושותפיו כפתו וסתמו את פיו של שומר בית התכשיטים. אף על פי שהצליחו להניח את ידיהם על כתר אדוארד הקדוש, שרביט אדוארד הקדוש, וגלובוס הריבון, הם הופתעו כאשר בנו של השומר הופיע בפתאומיות והפעיל את האזעקה. לאחר מכן אוחסנו התכשיטים בקסרקטין ווטרלו.
הרכוש המלכותי מוצא מבית התכשיטים רק באישורו של הלורד צ'מברלין, ראש משק הבית המלכותי, וההוצאה עצמה מבוצעת בפועל ידי סגנו - מפקד משרד הלורד צ'מברלין. הוא חותם על קבלה של הפריטים מסגן המושל לענייני אבטחה. רק תכשיטן הכתר יכול לטפל בחפצים השונים, ובדרך כלל נהוג כי קבוצת שוטרים חמושים תנכח במקום. למפקד המצודה, למושל המגדל ולסגן שלו, יש סמכות מסוימת בבית התכשיטים, אם כי בלתי-מוגדרת. ב-1669 הועברו תכשיטי הכתר לחדר חדש במגדל מרטין, ונותרו בו עד בניית מבנה חדש בסמוך למגדל זה ב-1842. בית התכשיטים החדש, שנבנה מתוך חשיבה על התיירים הרבים שיבקרו בו, לא היה מתאים, ולפיכך נבנה עוד חדר בקומה העליונה של מגדל וייקפילד ב-1869. למעט הוצאת התכשיטים באופן זמי במלחמות העולם, או למטרות טקסיות, הם נותרו במיקום זה עד 1967.
ב-1967 נבנה בית התכשיטים החדש בקצה המערבי של קסרקטין ווטרלו. הוא הכיל אזור משולב של כספת ותצוגה במרתף, שהורחב עד לשביל ההליכה הרחב שבחזית הקסרקטין, ואזור תצוגה נוסף בקומה שמעל. הכניסה נבנתה בחזית המערבית של הקסרקטין, והכניסה לחדר המרתף הייתה דרך החדר הראשי של קומת הקרקע, במורד 49 מדרגות, מעבר על פני קירות בטון חשופים, ודרך דלת כספת עם מנעול צ'אב. הפריטים השונים הוצגו בסדרה של תיבות זכוכית במעגל, והמבקרים התקדמו בו מכיוון הכניסה ועם כיוון השעון, תחת פיקוחם של שומרי המצודה. גלריה גבוהה יותר נבנתה במרחק 2–3 יארדים מהתיבות, עבור אלה שרצו להתבונן בחפצים במבט יותר מעמיק.
בית התכשיטים נבנה ותוכנן עבור מיליון מבקרים בממוצע שנתי. אולם, בשנות ה-80 ביקרו בו באופן קבוע כשני מיליון איש לשנה, ולפיכך החל תכנונו של בית תכשיטים חדש. בית זה נבנה בין 1992 ל-1994, גם כן בקסרקטין ווטרלו, שהיה מספיק גדול, ותוכנן כך שיוכל להכיל בכל עת לפחות 1,000 אנשים. בית התכשיטים החדש הוא חד-קומתי ונמצא בקומת הקרקע של הקסרקטין. בנייתו מומנה מהכסף ששילמו המבקרים, ועלה כ-10 מיליון לירות שטרלינג. אזור התצוגה גדול פי שלושה בהשוואה לזה של בית התכשיטים הישן, ושיטות ניהול קהל יעילות יותר מאפשרים לו להכיל עד 2,500 מבקרים לשעה. מטרה זו הושגה בין היתר באמצעות רצפה נעה.
אמצעי אבטחה ושיטות תצוגה חדשות שולבו בבית התכשיטים החדש, ובהם סיבים אופטיים שמאירים את התצוגות וזכוכית בלתי שבירה בעובר 2 אינץ' שמגינה עליהן. התיבות עשויות מפליז ומכילות חומרים אינרטיים ואוויר מסונן. התכשיטים עצמם מונחים על קטיפה צרפתית. בקסרקטין נבנה גם חדר בקרה, שממנו החיילים מפקחים על בית התכשיטים ועל המצודה כולה. השיפורים במצודה נמשכו כשלוש שנים. בית התכשיטים וחדר הבקרה מאכלסים את כל קומת הקרקע של קסרקטין ווטרלו. התכשיטים הוכנסו לבית התכשיטים ב-9 בינואר 1994, וב-24 במרץ שלאחר מכן הוא נפתח בטקס חגיגי על ידי הוד מלכותה המלכה אליזבת השנייה.
גן החיות.
גן החיות המלכותי מוזכר לראשונה ביחס לתקופת שלטונו של הנרי השלישי. ב-1251 קיבלו השריפים לשלם ארבעה פני ליום לצורך השמירה על דוב הקוטב של המלך; הדוב זכה לתשומת לב רבה מתושבי לונדון כאשר הוא היה הולך לצוד בתמזה. ב-1254 קיבלו השריפים הוראה לסבסד את בניית בית פילים במצודה. המיקום המדויק של גן החיות בימי הביניים אינו ידוע, אך ידוע כי אריות שוכנו בברביקן הידוע כמגדל האריות. אוסף בעלי החיים המלכותי היה עמוס במתנות דיפלומטיות שכללו בין היתר שלושה נמרים שניתנו כמתנה על ידי קיסר האימפריה הרומית הקדושה.
גן החיות המלכותי היה פתוח לציבור הרחב במהלך המאה ה-18; מחיר הכניסה עמד שלושה פני וחצי, ולחלופין אספקה של חתול או כלב כמזון לאריות. אחרוני החיות הועברו מהמצודה לריג'נטס פארק ב-1835, לאחר שאחד האריות הואשם בכך שנשך חייל. שומר גן החיות המלכותי (Keeper of the Royal Menagerie) היה זכאי להשתמש במגדל האריות כבית למשך כל חייו. כתוצאה מכך, מגדל האריות לא נהרס עד מותו של השומר האחרון ב-1853, אף שהחיות האחרונות עזבו שנים רבות קודם לכן.
אגדות וייצוג בתרבות הפופולרית.