במכתבים טען כי מאחורי רעיון "מדינת יהודים" בפלשתינה "עומדת תקוותם המתמידה של היהודים להשתלט על כל העולם". הוא טען כי בשל "אחריותם של היהודים" לפריצת המלחמה, ובשל "כוונתם המרושעת כלפי אותן המדינות אשר הגנו עליהם...יש להציבם תחת השגחה כה דרוכה, שתשים סופית קץ להגירתם לפלשתינה או למקום אחר". אל-חוסייני הודיע לשר החוץ ההונגרי כי נודע לו על מאמצים מצד היהודים והבריטים להעניק אישור ליהודים במדינתו לצאת ממנה דרך בולגריה וטורקיה. הוא ציין כי הסוכנות היהודית הודיעה כי קיבלה אשרות הגירה ל-900 ילדים יהודים בליווי 100 מבוגרים, והזהיר אותו שבדרך זו לא יפתור את "הבעיה היהודית" ולא ישמור את ארצו "נגד השפעתם ההרסנית", משום שבריחתם של היהודים "תאפשר להם לתכנן ולתקשר באופן חופשי עם אחיהם לגזע במדינות אויב...כיצד להפעיל את השפעתם המסוכנת ביותר לתוצאות המלחמה", ובשל שהותם הארוכה בארצו, "הם בהכרח יודעים רבים מסודותיה". אל-חוסייני ביקש ממנו למנוע מהיהודים לעזוב את ארצו לפלשתינה, ורק אם בכל זאת זה הכרחי לסלקם, "עדיף לאין-שיעור לשלוח אותם לארצות אחרות, שם הם ימצאו את עצמם תחת פיקוח פעיל - לדוגמה בפולין", והסביר: "כך תגנו על עצמכם בפני איומם ותמנעו את הנזק המשתמע".
במרץ 1943 ביקר המופתי בגרמניה, ובמהלך הביקור קיבל במתנה ממפקד האס אס היינריך הימלר חרב נושאת הקדשה אישית, צלבי קרס וסמל האס אס. אל-חוסייני מספר בזיכרונותיו, כי בקיץ 1943, בזמן שהימלר סיפר לו כמה סודות מלחמה גרמניים, הוא גם חשף בפניו את השמדתם המתמשכת של היהודים וסיפר לו שהגרמנים כבר השמידו מעל שלושה מיליון יהודים. לטענת אל-חוסייני הוא הופתע: "נדהמתי מהמספר הזה, מאחר שלא ידעתי דבר על העניין הזה עד אז". לדבריו, הימלר שאל אותו כיצד הוא מציע ליישב את הבעיה היהודית בארצו והוא השיב לו: "כל מה שאנו רוצים מהם, הוא שהם יחזרו לארצות מוצאם". על כך ענה לו הימלר: "לעולם לא נרשה את חזרתם לגרמניה". עם זאת, ההיסטוריון וולפגנג שווניץ מפקפק בכנות הפתעתו של המופתי, מאחר שחוסייני הצהיר באופן פומבי שמוסלמים צריכים לקחת דוגמה מהגרמנים ל"פתרון סופי לבעיה היהודית".
בספטמבר 1943 התמוטט משא ומתן רציני להצלת 500 ילדים יהודים ממחנה הריכוז ראב, עקב התנגדותו של אל-חוסייני שהכשיל את יציאתם של הילדים לטורקיה, כדי למנוע את הגעתם לארץ ישראל. בנובמבר 1943 הצהיר המופתי: "זוהי חובתם של המוחמדים [מוסלמים] בכלל וערבים בפרט...לגרש את כל היהודים מארצות ערביות ומוחמדיות... גרמניה נאבקת גם היא נגד האויב המשותף שדיכא ערבים ומוחמדים בארצותיהם השונות. היא זיהתה באופן ברור מאוד את היהודים עבור מי שהם והחליטה למצוא פתרון סופי (endgültige Lösung) לסכנה היהודית שתבטל את מקור הפורענות שהיהודים מייצגים בעולם".
לכבוד יום השנה להצהרת בלפור, 2 בנובמבר 1943 (על פי השערה), שלח הרייכספיהרר-אס.אס. היינריך הימלר מברק אל המופתי, בו כתב לו כי "התנועה הנציונל-סוציאליסטית של גרמניה הגדולה חרתה על דגלה מראשית דרכה את מאבקה ביהדות העולם" ו"מסיבה זו היא עוקבת מקרוב אחר מאבקם של הערבים... במיוחד בפלשתינה, כנגד הפולשים היהודים" וכי "ההכרה המשותפת באויב והמאבק המשותף נגדו הם שיוצרים את הבסיס האיתן בין גרמניה למוסלמים". הימלר איחל איחולים חמים להמשך מאבק הערבים "עד הניצחון הגדול".
ב-5 ביוני 1944 שלח אל-חוסייני איגרת לפון ריבנטרופ, בה התריע לגבי תוכנית להחלפת נתינים מצרים בגרמניה תמורת גרמנים מארץ ישראל, וביקש להוציא מהעסקה הזאת את היהודים. ב-25 ביולי 1944 פנה לפון ריבנטרופ וביקש ממנו למנוע את "הניסיונות הממושכים של היהודים להגר מאירופה למען להגיע לפלשתינה". הוא ציין כי נודע לו שבכל זאת מספר יהודים עזבו את גרמניה ב-2 ביולי, והביע את חששו שקבוצות נוספות של יהודים מגרמניה ומצרפת יוחלפו בנתיני גרמניה החיים בפלשתינה, ושהדבר אף עלול לעודד את ארצות הבלקן לנהוג באופן דומה. יומיים לאחר מכן פנה גם להימלר באותו עניין. הוא ביקש ממנו "לנקוט בכל האמצעים למנוע מהיהודים ללכת" והזהיר כי צעד כזה יגרום אצל הערבים והמוסלמים "רגשות של אכזבה נוקבת". כתוצאה מכך הפסיקו הגרמנים את החילופים. אל-חוסייני כתב בזיכרונותיו על מאמציו להשפיע על מדינות הציר למנוע הגירת יהודים ממזרח אירופה לארץ ישראל: "נאבקנו ביוזמה הזו על ידי כתיבה לריבנטרופ, הימלר והיטלר, ולאחר מכן לממשלות איטליה, הונגריה, רומניה, בולגריה, טורקיה ומדינות אחרות. הצלחנו לסכל את היוזמה הזו, עובדה שהביאה את היהודים להעלות האשמות נוראיות כנגדי, שבהן הם האשימו אותי באחריות להשמדת 400 אלף יהודים שלא יכלו להגר לפלשתינה בתקופה זו. הם הוסיפו שאני צריך להישפט כפושע מלחמה בנירנברג".
ב-20 בספטמבר 1944 פנה המופתי אל מאזיניו בשידור רדיו ברלין בערבית ושאל: "האם אין בכוחותיכם, הו ערבים, להדוף את היהודים, שמספרם לא עולה על 11 מיליון?". מכיוון שמספר הנספים היהודים בשואה עדיין לא היה ידוע אז, והיה ידוע כי מספר היהודים בעולם הוא כ-17 מיליון, התייחסותו של אל-חוסייני למספר הזה נחשבה מתמיהה. נראה כי אל-חוסייני כבר ידע אז את מספר הנרצחים היהודים, 6 מיליון, שפורסם לראשונה באופן רשמי רק במשפטי נירנברג, החל ב-1945.
ביומנו של אל-חוסייני, כפי שהוצג במשפט אייכמן, כינה המופתי ב-9 בנובמבר 1944 את אדולף אייכמן: "יהלום נדיר מאוד והמציל הטוב ביותר לערבים". אייכמן טען במשפטו כי פגש את המופתי פעם אחת בלבד, במהלך קבלת פנים שנערכה עבור המופתי במעונו על ידי האס דה, בה הוצגו בפניו ראשי המחלקות במשרד הראשי לביטחון הרייך ואייכמן בתוכם.
לאחר מלחמת העולם השנייה 1945–1947.
בצרפת 1945–1946.
בריחתו מגרמניה ומעצרו בצרפת.
בתום מלחמת העולם השנייה, היה אל-חוסייני בברלין. הגרמנים הציעו להעביר אותו בצוללת לארץ ערבית והוא היה מוכן לכך, אולם באפריל 1945 נודע לו באמצעות שידור רדיו, כי שווייץ החליטה להעניק מקלט לפליטים מדיניים. הוא רכש מכונית קטנה ופח בנזין במאה דולר וב-4 במאי יצא מבאד גשטיין לגבול שווייץ. בשל השלג שנערם, לא יכול היה להמשיך בדרכו, אז פנה למשרד החוץ הגרמני, שהטיס אותו ואת מלוויו במטוס צבאי לברן. אל-חוסייני ניסה לקבל מקלט בשווייץ, אולם בקשתו נדחתה, משום ששמו נמצא ברשימה שכללה 32 אישים שכניסתם לשווייץ נאסרה. הוא חזר לגבול גרמניה והגיע לעיר קונסטנץ, שכבר הייתה בשליטת כוחות הכיבוש הצרפתיים. לאחר טלטולים, הובא ב-19 במאי לבית סוהר בפריז.
שלושה מחיילי הבריגדה היהודית וביניהם דוד בן-דוד, תכננו להתנקש בחייו של אל-חוסייני. הכוח היה אמור לנוע עם רכב בריטי של הבריגדה לתוך בית הסוהר ושם להרוג אותו. בטרם ניגשו לביצוע הם קיימו התייעצות עם רבנים שהשתתפו בכנס של תנועות המזרחי והפועל המזרחי באירופה בבריסל שבבלגיה. הרבנים השיבו כי הם מעמידים בסכנת נפשות "רבבות יהודים בארצות ערב" וסברו כי ממילא יישפט המופתי בקרוב כפושע מלחמה.
לאחר מכן הועבר למקום בשם לה ווארין, כ-12 קילומטרים מפריז, שם התגורר בבית בודד תחת שמירה כבדה. השלטונות הצרפתיים דאגו לכל דבר שנזקק לו במשק הבית, ואף שלחו לו טבח תוניסאי. בצרפת הוא מצא מקלט למשך תקופה ארוכה, ספק כשבוי ספק כאורח כבוד. השלטונות הצרפתיים ציפו לשיפור במעמדה של צרפת בעולם הערבי בעזרת תיווכו, והעניקו לו תנאי מעצר מיוחדים, הטבות וזכויות. הועמדה לרשותו חוילה בפרבר המפואר של פריז, ראמבוייה. באוקטובר אפילו ניתנה לו הרשות לקנות מכונית על שמו של אחד ממזכיריו. הוא נסע במכונית חסינת כדורים, מלווה בשומרי ראש משלו. כך הוא נהנה מחופש תנועה מסוים ויכול היה להיפגש עם מי שרצה. הוא היה מרוצה ממצבו בצרפת ונשאר בה במשך שנה שלמה.
בקשת הסגרה ליוגוסלביה על פשעי מלחמה.
ב-10 ביולי 1945 קיבלה "הוועדה היוגוסלבית לקביעת פשעי המלחמה של הכובשים ועוזריהם" את החלטה 1892, שכללה את אמין אל-חוסייני ברשימת פושעי המלחמה, בעוון גיוס בכוח של האוכלוסייה בשטחים כבושים, לפי סעיף 23 באמנות האג. הוועדה נימקה: "כתוצאה מפעילותו...הוקמה הדיוויזיה המוסלמית של הס"ס... בכל מקום שם הופעלו ביצעו היחידות הללו פשעי מלחמה רבים, כגון טבח המוני, מעשי זוועה נתעבים, שריפת יישובים שלמים וביזה. בגלל פעילות זו...מצטרף המופתי הגדול אל-חוסייני לשורה של פושעים בינלאומיים...הוא נושא באחריות בגלל פיתוי המוני המוסלמים, כלומר בגלל כפייה כלפי אותם אנשים, שהוכרחו להתגייס לארגונים צבאיים פאשיסטיים, ובהתאם לכך הוא גם אשם בכל אותם פשעים". ב-17 באוגוסט נשלחו האשמות זהות מטעם "הוועדה לקביעת פשעי כובשים ועוזריהם של בוסניה והרצגובינה". אל-חוסייני נכלל ברשימה מספר 190 של פושעי מלחמה, יחד עם פושעים מקומיים ששיתפו איתו פעולה. שתי הרשימות הוגשו לוועדת האומות המאוחדות.
בסוף אוגוסט פרסם רדיו ביירות שממשלת מצרים דרשה מממשלת יוגוסלביה לבטל את בקשת ההסגרה, ושממשלת צרפת כלל לא קיבלה בקשה כזו. גם המזכיר הכללי של הליגה הערבית פנה לקונסוליה היוגוסלבית בקהיר ודרש שיוגוסלביה תבטל את דרישתה מוועדת האו"ם ומבעלות הברית להכליל את המופתי בין פושעי המלחמה. שמו של אמין אל-חוסייני נמחק בסופו של דבר מרשימת פושעי המלחמה של יוגוסלביה, אולם אין תיעוד לגבי נסיבות המחיקה. לדברי החוקרת ג'ני לבל, היה זה טיטו שהחליט להיענות לבקשת הערבים ולמחוק את שמו, ולדעתה היה זה משום שטיטו חשש מתגובת המוסלמים בעולם ומזעמם של המוסלמים ביוגוסלביה, שהיוו כשמינית מאוכלוסייתה, ובנוסף לכך חשש שמצרים תאפשר לממשלת המלך היוגוסלבי הגולה לפעול על אדמתה כתגמול לדרישת ההסגרה.