לאחר שכוחות ההגנה הצליחו לבלום תקיפה זו וסיימוה ללא נפגעים, ניסו הכוחות הערביים לבצע תקיפה נוספת – ביום ראשון, בשעה 18:00. גם את תקיפה זו סיימו כוחות ההגנה כשידם על העליונה, כאשר הם מסיבים אבדות רבות לצד הערבי. גם את ההתקפות שבוצעו לאחר מכן הצליחו כוחות ההגנה לבלום, כאשר ההסלמה מגיעה לשיא ב-19 במרץ, בעקבות חטיפת אחד ממנהיגי הערבים על ידי כוחות ההגנה לצורך איסוף מידע מודיעיני.
ב-16 באפריל, עם עזיבת הבריטים את העיר במפתיע, החל הקרב הגדול ביותר כלפי יושבי הרובע היהודי. ערביי האזור שקיבלו את כלל העמדות החשובות בהם החזיקו הבריטים בטקס רשמי אשר ערכו הבריטים בחצר בית הסראייה, החלו בהתקפה שנמשכה כ-14 שעות ולוותה בארטילריה כבדה, במטרה לפרוץ לרובע ולחסל את כל יושביו. עם-זאת, גם במקרה זה הצליחו כוחות ההגנה להדוף את הכוחות הערביים. שעות לפני עזיבתם את העיר, העמידו הבריטים משאית עליה דגל לבן בחצר המשטרה העירונית וקראו ליהודים לפנות את העיר מיוזמתם, ע"מ שלא ייטבחו. יהודי העיר ובראשם הרב משה פדהצור – מראשי היישוב היהודי, דחו בתוקף את ההצעה.
ב-17 באפריל, בעקבות בקשה שהעביר מיבר, הגיע תגבור לכוחות ההגנה ששהו בעיר בדמות גדוד פלמ"ח בפיקודו של אלעד פלד. מיד עם הגעתו של פלד וגדוד הפלמ"ח, העביר מיבר את האחריות על פיקוד הכוחות לידיו של פלד ושת"פ בין 2 הכוחות בהגנת היישוב בשבועות שלאחר מכן היה מלא, כאשר פלד שכינויו המחתרתי היה 'הכנעני' מכריז יום לאחר הגעתו על כינון משטר צבאי בעיר. יומיים לאחר הגעתו על צו גיוס כללי בעיר של כל הגברים מגיל חמש עשרה ועד גיל חמישים ושל כל הנשים מגיל חמש עשרה ועד גיל שלושים וחמש. הקרב הקשה ביותר עבור כוחות ההגנה היה קרב בלימת ההתקפה על הרובע היהודי מכיוון השוק והמסגד אשר עמדו בפתח הרובע הערבי (וכיום חלק מקרית האומנים).
על מנת למנוע את המתקפות מאזור זה הוקמו בו מספר עמדות, הבולטות מבניהם - עמדת אשת"ם ועמדת בלויגרונד, כאשר במפלס העליון יותר של הרובע היהודי הוקמה עמדת שרף (ע"ש ליפא שרף, בעל הבית שבמרתפו הוקמה העמדה), בה עמדו אנשי האצ"ל בצפת לאחר הסכם שותפות שחתמו עם כוחות ההגנה. בהתקפה, אשר בוצעה ב-28 באפריל, הצליחו הערבים בעזרת מבצע מתוחכם של הסחת-דעתם של כוחות ההגנה לפרוץ את עמדת בית אשתם והחלו להיכנס לתוככי המרכז המסחרי מלווים בצעקות ”עליהום גדם או איטבח". באותם פורצים את דלת החנות האחרונה במרכז כשכוונתם לפנות הלאה - לפרוץ את המחסום האחרון שעמד בפתח הרובע היהודי ולהתחיל ולטבוח ביהודי הרובע, פתחו לעברם באש מתוככי המחסום קבוצת חיילי ההגנה שהוזעקה למקום ובראשם מפקד רובע ד' בנימין גייגר. הטווח הקצר, איכות הביצוע ואפקט ההפתעה עשו את עבודתם והניסו את התוקפים.
מאוחר יותר, מחשש שהתקיפה תחודש על ידי הכוחות הערביים, עלה גדעון אילון, אחד מחיילי ההגנה, לעמדת בלוינגרונד לתצפת על הרובע הערבי. ירי שביצע לעבר הרובע הערבי חשף אותו לירי הצלפים והוא נורה ונהרג. גם הדיפת-תקיפה זו לא שינתה את מצב אי-הודאות וחוסר ההכרעה נמשך.
ב-1 במאי 1948, לאחר שכבשו את המושבים ביריה ועין-זיתון הסמוכים לצפת ופתחו גישה לרובע היהודי הנצור בצפת, הגיעו לעיר לוחמי 'הגדוד השלישי' של הפלמ"ח בפיקודו של משה קלמן, קיבלו את הפיקוד על כלל הכוחות בעיר והחלו בקרב לכיבושה המוחלט בו המטרה היא השגת הכרעה והנסת כוחות ההצלה הערביים. עם-זאת, ניסיונם הראשון של כוחות הפלמ"ח לכבוש את הנכס האסטרטגי ביותר בעיר - הר 'המצודה' במתקפת מרגמות דוידקה נחל כישלון חרוץ, זאת בעקבות מוכנותם של הערבים למתקפה והעמדת ביצורים אותם לא הצליחו הכוחות לפרוץ.
ב-9 במאי, קרוב לשעה 22:00 בלילה, לאחר הסקת מסקנות של מפקד החטיבה יגאל אלון, החל הניסיון שני לכיבוש העיר - כאשר הפעם בוצעה התקפה משולשת בו זמנית על שלושת היעדים החשובים ביותר עליהם שלטו הערבים: בניין המשטרה שהיה נמצא בסמיכות גדולה לרובע היהודי ובו התנהל הקרב הקשה-מכולן בשל חומת האבן שהקיפה אותו ותקלה מבצעית שארעה בזמן הפעולה בדמות גשמים שהרטיבו את חומרי הנפץ והוציאו אותן מכלל שימוש, הר המצודה שהיה נחשב לנכס האסטרטגי ביותר בעיר, ובית שלווה, מבנה בסמיכות למצודת צפת אשר שימש שימש במקור כבית משפט מנדטורי ממנו נשלחו לוחמים לכלא עכו ולאפריקה. עדות מוחשית לתקיפות ולקרב-העיקש לכל אורך אותה תקופה ניתן לראות עד היום בחורי הקליעים הרבים המעטרים את עמדות ההגנה השונות ואת בניין המשטרה הבריטית בעקבות ירי הצלפים. למחרת יום התקיפה, בבוקר 10 במאי היו כל היעדים בשליטת כוחות ההגנה ומשימת כיבוש העיר הושלמה בהצלחה.
בספרו 'אחד מזקני צפת', מתאר בנימין גייגר, ממפקדי הרבעים בעיר את המצב והתחושות בעיר בבוקר בו הושלם המבצע בהצלחה:
בדיעבד, התברר לש"י - שירות הידיעות בהגנה, שהתקפת הפלמ"ח הקדימה ביום אחד את ההתקפה המתוכננת של צבא ההצלה בפיקודו של אדיב שישכלי לכיבוש הרובע היהודי ושיבשה את תוכניותיו של המופתי אמין אל-חוסייני להכריז על צפת כבירתו הזמנית.
העיר העתיקה לאחר שחרור צפת.
גם בעשרים השנים שלאחר שחרור העיר, על-אף שהחלה בנייתן של השכונות החדשות, המשיכה העיר העתיקה של צפת להוות המקטע המרכזי בעיר. הוקמו בה קריית האומנים, בתי המלון, החנויות המרכזיות ומקומות הבילוי, מקומות אשר בחלקם הגדול נהרסו ברבות השנים לצורך הרחבת העיר ועליהן יפורט בהמשך. כיום מהווה העיר העתיקה את אחד ממוקדי התיירות הגדולים בישראל, כאשר 32 בתי הכנסת הסמוכים אחד-לשני מרחק מטרים בודדים ונמצאים בה, היקנו לה גם את השם רובע בתי הכנסת. מרב בתי הכנסת במקום פתוחים לתיירים במהלך שעות היום והצבע הבולט בה הוא צבע התכלת, הצבע שמעטר גם את מרב בתי הכנסת העתיקים בעיר. מדי שבוע נערכים במקום סיורים רבים ועשרות אירועי עלייה לתורה ושמחות.
שימור העיר העתיקה בצפת מאז מלחמת השחרור.
חלקים מסוימים בעיר העתיקה של היום, בפרט בחלקה העליון, אינם על אותו מפלס בו היה הרובע היהודי קודם רעידת האדמה של 1837. רעידת האדמה החריבה את רוב העיר ועל פי הערכות ההיסטוריונים רק המקטע שבין סמטות אלקבץ ואבוהב (בה מצויים בתי הכנסת 'האר"י האשכנזי', 'אבוהב' ו'אלשיך' – הראשון נחרב ברעש כליל, השני שרד בחלקו את הרעש והשלישי שרד לחלוטין) ועד לבית הכנסת האר"י הספרדי ובית הקברות העתיק בצפת הוא מקטע מקורי היושב על אותו מפלס בו הלכו גם במאה ה-16. בעקבות רעידת האדמה וההרס הרב שבא בעקבותיה, עבר הרובע היהודי במחצית המאה ה-19 שיפוץ מסיבי בסיועם של נדיבים מרחבי העולם, אלא ששיפוץ זה היה בסיסי לחלוטין ונועד לאפשר חיות במקום ולא להחזיר את המקום להדרו. רק עם סיומה של מלחמת העצמאות ושחרור צפת מידי הערבים לאחר הקרב על צפת, היו האפשרויות והאמצעים בידי תושבי צפת לשחזר ולשמר את בתי הכנסת והסמטאות.
בשנת ה'תשמ"ה (1985) החלו מתפללי בית הכנסת אבוהב לשפץ ולשחזר את בית הכנסת, שכאמור – מלבד כותלו הדרומי, נהרס כליל במהלך רעידת האדמה ושופץ לאחריה בצורה בסיסית בלבד. תחילה הרחיקו המתפללים את הריסות בית הכנסת, שיפצו את מושביו שהיו עשויים טיט והיו מלאי טחב ורטיבות, ובחלקו הצפוני של בית הכנסת בו היה מקווה שהתמוטט כליל ברעידת האדמה בנו מטבחון לשימוש המתפללים. בשנת תשנ"ג (1993) ביקרו בבית הכנסת נציגי הסוכנות היהודית, התרשמו ממצבו הקשה והעבירו תרומה מכובדת מהנדבן נסים גאון לשיפוץ בית הכנסת. שיפוץ זה היה המאסיבי והגודל ביותר שידע בית הכנסת, כאשר משרד האדריכלים מילוסלבסקי שהופקד עליו מתחייב לשפץ את בית הכנסת באופן שממצאיו ההיסטוריים, רוח המקום ואיכויותיו יישמרו. בין החלקים ששופצו היו כיפת בית הכנסת ובימתו, אשר העמודים עליה הוצבה התפוררו משמעותית והעץ הקטרני המקיף אותה דהה באופן משמעותי. אחד מהשאלות המשמעותיות של צוות האדריכלים היה האם להחליף את העץ הארז הלבנוני או לתקנו. לאחר בדיקה יסודית התברר שהעץ לא נפגם כלל והוחלט להשתמש בבימה ההיסטורית והמקורית, תוך שחזור חלקים חסרים בעץ, שהיה באותה תקופה יקר המציאות. חלקים מאבני בית הכנסת שנהרסו עבור השיפוץ הושמו לשימור בחצר בית הכנסת. מעל לעשור לאחר מכן, בשנת 2003, ביצעה רשות העתיקות את פרויקט שימור בית הכנסת האר"י האשכנזי, מקום שדה ה'חקל תפוחין קדישין' בו קיבל האר"י את השבת כמתואר לעיל. העבודות שנעשו בפיקוחו של הד"ר אמיר פרוינדליך עסקו בעיקר בחיזוק החזית המערבית של בית הכנסת. בשנת 2005, לאור החשש מקריסתו של בית הכנסת האר"י הספרדי, אישרה רשות העתיקה פרויקט שימור לבית הכנסת העתיק. אלא שפרויקט זה לא סייע באופן משמעותי לחיזוקו של בית הכנסת ובשנת 2007 בעקבות מפגעים סביבתיים נוצר סדק ענק בחזית בית הכנסת, סדק שהציב את בית הכנסת בסכנת קריסה. לאור הסכנה, אישר משרד הבינוי והשיכון 305 אלף ₪ לשיפוץ נוסף של בית הכנסת וייצוב חזיתו. בתחילה פרויקט השימור התעכב בעקבות אי-העברת הכספים מצד עיריית צפת, אך לאחר מכן בוצע, כאשר בעבודות השימור נכללו ייצוב חזית המבנה ושחזור מבואות הכניסה.