גיבושו של קונצנזוס מדעי אינו מחייב הסכמה פה אחד של כל המדענים בתחום, ולמעשה ידועים מן ההיסטוריה של המדע מקרים של גיבוש קונצנזוס חדש על אף התנגדותם של כמה מן החוקרים המכובדים ביותר בתחום. למשל, לאחר כנס סולווה החמישי ב-1925, אשר בו יישב נילס בוהר מספר התנגדויות של אלברט איינשטיין לטבעה ההסתברותי של מכניקת הקוונטים, טבע זה הפך במידה רבה לקונצנזוס מדעי בפיזיקת החלקיקים על אף המשך התנגדותו של איינשטיין, הפיזיקאי התאורטי המכובד ביותר באותו זמן, ובעצמו אחד מאבותיה של מכניקת הקוונטים. המשך התנגדותו של איינשטיין לקונצנזוס בא לידי ביטוי באמירתו המפורסמת כי "אלוהים לא משחק בקוביות", ובהצגתו בשנת 1935 את הפרדוקס של איינשטיין-פודולסקי-רוזן, שנועד להצביע על קשיים נוספים במכניקת הקוונטים (אף כי בסופו של דבר הסתבר שאיננו פרדוקס, ושיש לו תרומה חשובה בהבנתה). זוהי דוגמה לתופעה נפוצה בהיסטוריה של המדע, שבה מדענים מסוימים, מהם וותיקים וידועי שם מאוד, אינם משתכנעים בקונצנזוס המדעי החדש עד סוף חייהם. תומאס קון סבר שפרדיגמה המודחת מן הקונצנזוס המדעי נעלמת לחלוטין רק כאשר אחרון המדענים הדוגלים בה עובר מן העולם. הוא ציטט את הפיזיקאי מקס פלאנק באוטוביוגרפיה שלו כי "אמת מדעית חדשה אינה מנצחת באמצעות שכנוע מתנגדיה עד שיראו את האור, אלא משום שמתנגדיה מתים לבסוף, ודור חדש גדל להכיר אותה". רעיון זה בוטא לפעמים באמרה פופולרית כי "המדע מתקדם מלוויה ללוויה".
בקהילה המדעית מתייחסים לפעמים אל מדענים וחובבים המתעקשים בניגוד לכל הגיון על דעה המנוגדת לקונצנזוס המדעי, למשל טענה להוכחה קצרה של משפט פרמה או בניית פרפטאום מובילה, כאל טרחנים כפייתיים (בסלנג אנגלי crackpot ,crank, או kook).
מחלוקות בציבור עם הקונצנזוס המדעי.
מכיוון שהקונצנזוס המדעי איננו ממלא תפקיד רשמי בעצם המחקר המדעי, חשיבותו העיקרית היא חינוכית וציבורית. לעיתים גורמים מסוימים בציבור מתנגדים לקונצנזוס מדעי בתחום כלשהו מסיבות שאינן מדעיות, למשל מסיבות אידאולוגיות, דתיות, פוליטיות או כלכליות, ומנסים להפחית מחשיבותו ואף להכחיש את קיומו. חוקרים מסוימים תיארו תופעה זו כ"הכחשתיות" (denializm), בעוד המתנגדים עצמם מעדיפים לרוב להשתמש במונח "חולקים" (dissenting) או "ספקנים" (skeptic). התנגדות חזקה לקונצנזוס מדעי בציבור בדרך כלל מתאפיינת בלפחות חלק מהתופעות הבאות:
להלן כמה דוגמאות מפורסמות של מחלוקות ציבוריות עם הקונצנזוס המדעי, שבהן התגלו חלק מתופעות אלו.
נגיף ה-HIV כגורם לאיידס.
במדע הרפואה קיים קונצנזוס שמחלת האיידס נגרמת על ידי נגיף ה-HIV. הנגיף זוהה לראשונה בשנת 1981, ומגליו זכו בפרס נובל לפיזיולוגיה או לרפואה לשנת 2008. עם זאת, מיעוט זעיר של מדענים מחוץ לקונצנזוס העלו השערות שונות לפיהן איידס אינו נגרם על ידי HIV, או אף שמחלת האיידס אינה קיימת והחולים למעשה נפגעים ומתים מן התרופות לטיפול באיידס. מספר אנשי ממשל בכירים באפריקה, בראשם ראש ממשלת דרום אפריקה בשנים 1999–2008, תאבו מבקי, העדיפו טענות אלו על עמדת הקונצנזוס המדעי. מבקי סירב במשך שנים להתיר משלוחי תרופות נגד איידס לארצו, שבה כ-12% מהאוכלוסייה נגועה ב-HIV. שרת הבריאות של מבקי, מנטו צ'באללה מיסמנג, אף ניסתה לטפל במגפת האיידס בעזרת ירקות, כמו סלק ושום. רק לאחר מחאות חריפות הוקלו ההגבלות על ייבוא התרופות, ובשנת 2002 הכיר הפרלמנט הדרום אפריקני באופן רשמי בנגיף ה-HIV כגורם לתסמונת האיידס. עד אז, אלפי אמהות בדרום-אפריקה העבירו את המחלה לילדיהן משום שלא קיבלו תרופות, ומומחים שונים העריכו את מספר הדרום-אפריקנים שמתו בגלל מדיניות הכחשת האיידס בלמעלה מ-300,000.
ההשפעות הבריאותיות של עישון טבק.
החל משנות ה-50 התגבש קונצנזוס במדע הרפואה באשר לנזקים הבריאותיים כתוצאה מעישון טבק, בעיקר החמרת הסיכון לסרטן הריאות. ארגון הבריאות העולמי מעריך שעישון טבק הורג כל שנה למעלה מ-8 מיליון אנשים ברחבי העולם, מתוכם כ-1.2 מיליון אנשים שאינם מעשנים בעצמם, ונחשפים לעישון של אנשים אחרים ("עישון פסיבי"). ואולם תעשיית הטבק ניסתה במשך שנים להכחיש קונצנזוס זה, גם בציבור וגם בתוך הקהילה המדעית. למשל, חברות הטבק מימנו בסכומים גבוהים מכוני מחקר שבדקו גורמים אפשריים אחרים לסרטן הריאות מלבד עישון, מהם הגיוניים כמו זיהום אוויר ואזבסט ומהם מופרכים כמו גידול ציפורי מחמד, והעסיקו "מומחים" שדעותיהם היו מנוגדות לקונצנזוס. גם כאשר הקשר בין עישון וסרטן כבר היה מבוסס היטב במדע, חברות הטבק דרשו מחקר נוסף בנושא כטקטיקת השהיה. בשנות ה-80, כאשר נזקיו הישירים של העישון כבר היו מוסכמים על הציבור, תעשיית הטבק השתמשה בשיטות דומות על-מנת ללחום נגד הראיות לנזקים כתוצאה מעישון פסיבי. במדינות מסוימות כמו גרמניה, חברות הטבק הצליחו לעכב חקיקה להגבלת עישון למשך שנים רבות. בשנות ה-90 פעולות אלו עמדו במרכזן של תביעות נזיקין נרחבות נגד חברות הטבק.
תורת האבולוציה, בריאתנות ותכנון תבוני.
תורת האבולוציה היא קונצנזוס מדעי בתחום הביולוגיה לפחות מאז שנות ה-40 של המאה ה-20, עם הצגתה של הסינתזה האבולוציונית המודרנית. למרות זאת עד היום ציבורים נרחבים בעולם מתנגדים לה, בעיקר משום שהיא יוצרת קשיים עם נוסח כתבי הקודש של הדתות המונותאיסטיות. מוסדות וסופרים בריאתנים לעיתים קרובות משתמשים באופן מאורגן בטקטיקות הנזכרות למעלה על מנת לערער על הקונצנזוס המדעי בנוגע לתורת האבולוציה. למשל, הם מציגים תאוריות חלופיות כמדעיות – מדע הבריאה ותכנון תבוני – ומנסים לבסס אותם כחומר לימוד במדעים בבתי ספר, אף שבפסקי-דין תקדימיים בארצות הברית נקבע שתאוריות אלו אינן מדע, והן למעשה דת במסווה. בפסק דין אדוארדס נגד אגילארד כתב שופט בית המשפט העליון של ארצות הברית ויליאם ברנן, שהניסיון להציג חוק המחייב יחס מאוזן בין "מדע הבריאה" ומדע האבולוציה כבעל תכלית חילונית של קידום הוגנות וחופש אקדמי הוא התחזות ("a sham"), ושתכליתו האמיתית של חוק זה היא לקדם השקפה דתית. בית משפט מחוזי בפנסילבניה קבע במשפט שנודע כמשפט הפנדה של דובר, שפסק דין זה אוסר גם על לימוד של "תכנון תבוני" בבתי ספר ציבוריים. בריאתנים לעיתים קרובות מציגים את תורת האבולוציה כספקולטיבית וכבלתי-מדעית. מסיבה זו, בפסק הדין התקדימי נגד "מדע הבריאה", נקבע שתורת האבולוציה "איננה ספקולטיבית יותר מכל תחום אחר במדע הביולוגיה". בריאתנים ותומכי תכנון תבוני לעיתים קרובות מדגישים מספר קטן של מדענים החולקים על הקונצנזוס המדעי בנוגע לתורת האבולוציה, ולעומת זאת נמנעים ככל האפשר מלציין כי מדענים אלו לא הציגו את המחלוקת במאמרים מדעיים שעברו ביקורת עמיתים. על-מנת להציג מאמרים מדעיים העוסקים בתכנון תבוני, מוסדות בעלי אוריינטציה נוצרית בארצות הברית השקיעו במימון מדענים שחקרו תכנון תבוני, בייסוד מכוני מחקר פרטיים ואף בכתבי-עת משלהם, אך אלו אינם מצליחים לזכות בהכרה בקהילה המדעית. מוסדות כאלו גם לעיתים קרובות מאשימים את הקהילה המדעית בקשר (קונספירציה) נגד בריאתנות, למשל: בזיוף מאובנים וראיות אחרות לאבולוציה.
התחממות עולמית.
בעשור השלישי של המאה ה-21 ישנו קונצנזוס בקרב חוקרים מתחום מדעי האקלים, שפני השטח של כדור הארץ התחממו בעשרות השנים האחרונות בשיעור ממוצע של כ-1.1 מעלת צלזיוס, בעיקר כתוצאה מן העלייה באותו זמן של גזי חממה כמו פחמן דו-חמצני ומתאן באטמוספירה של כדור הארץ. כמו כן התגבש קונצנזוס שעלייה זו היא ברובה תוצאה של פעילות אנושית, בעיקר שרפה של דלקים מאובנים לצורך הפקת אנרגיה. למרות זאת, ציבורים נרחבים חולקים על תרומת האנושות להתחממות ולעיתים אפילו על עצם ההתחממות, בעיקר משום שהן מצביעות על צורך בהקצאת משאבים נרחבים מאוד לצמצום צריכת דלקים והפליטה מהם. מספר מחקרים מצאו כי אמצעי התקשורת במדינות המערב נותנים ייצוג בלתי-פרופורציונלי לאחוז הקטן של מדענים אשר חולקים על הקונצנזוס. נראה כי חברות פחם, גז ונפט, וחוגים שונים המקורבים אליהם, תורמים לאווירה זו. למשל, מכון הנפט האמריקני (American Petroleum Institute), שמאגד כ-400 חברות נפט אמריקניות, פיתח בשנת 1998 תוכנית משלו להתמודדות עם ההתחממות, שגייסה "מדענים המסכימים עם עמדות התעשייה במדעי האקלים ויכולים לסייע בשכנוע כתבי עיתונות, פוליטיקאים והציבור שהסיכון של התחממות עולמית אינו ממשי מספיק להצדיק בקרה על פליטת גזי חממה". במקביל הועלו תאוריות קשר לפיהן ההתחממות העולמית או היבטים שונים שלה אינם אלא הונאה פסאודו-מדעית של ארגונים סביבתנים וירוקים. למשל, ב-2009 נפרצו חשבונות דואר אלקטרוני של מוסדות מדעיים החוקרים את הנושא, והודלפו לתקשורת מסרים אשר נטען כי הם מראים על קשר להטות ולהעלים תוצאות מדעיות. הפרשה קיבלה בפי החולקים על הקונצנזוס את הכינוי אקלים-גייט (על משקל פרשת ווטרגייט), אף כי חקירות רשמיות לא העלו ראיות להונאה או אי-סדרים מדעיים כלשהם. נשיא ארצות הברית לשעבר דונלד טראמפ הצהיר מספר פעמים שאינו מאמין בתרומת האדם להתחממות העולמית, ובשנת 2017 הודיע על פרישת ארצות הברית מהסכם פריז לצמצום עולמי של פליטת גזי חממה והגבלת ההתחממות, החלטה שבוטלה על ידי הנשיא הנוכחי ג'ו ביידן.
...0.999=1.