הגותו של אבנר מבורגוס השפיעה על רב חסדאי קרשקש, שהתלבט בנוגע לקיומה של הבחירה החופשית, משיקולים דומים לשל אבנר. חוקרים מצאו בספרו של קרשקש, "אור השם", שתי חטיבות שונות העוסקות בשאלת הבחירה החופשית. באחת מהן מוצגת תפיסה המכירה בחופשיותו של האדם לבחור מה יעשה, ובאיזו דרך יקבל את המאורעות שיבואו עליו. ואילו בחטיבה השנייה, שלדברי פרופסור אביעזר רביצקי היא מאוחרת יותר, טוען קרשקש לדטרמיניזם מוחלט. בנוסח הסופי קרשקש מציג את שתי האפשרויות כמסקנות אפשריות, ולא מכריע באופן חד ביניהן. עם זאת, לדעתו של פרופסור אליעזר שביד יש לפרש את דברי קרשקש ברוח אחרת, שאינה סותרת לעקרון הבחירה החופשית.
אף בעת החדשה דגלו רובם של ההוגים היהודיים בעקרון הבחירה החופשית. רבים מהם פירשו שיכולת הבחירה החופשית של האדם נגזרת מצלמו האלוהי. המהר"ל מפראג כותב זאת בפירוש:
אף המשך חכמה בפרשנותו למקרא, סובר בדומה כי אלוהים צמצם את שליטתו בעולם ונתן לאדם אוטונומיה לעשות כרצונו:
המלבי"ם משליך את יכולת הבריאה ושינוי סדרי הטבע של אלוהים אל האדם, וסובר שכמו שאלוהים הבורא משנה את סדרי הטבע לפי רצונו הבחירי, כך האדם יכול לשנות את "טבעי גוייתה", "ולברוא את עצמו בריאה חדשה להיות כבני אלהים" (תהילים ל"ט ז').
הרב יהודה לייב הלוי אשלג, מקובל מהמאה העשרים מוסיף ומסביר כי טבעו של האדם הוא רצון לקבל הנאה ותענוג לעצמו (אגו). ובעל כורחו הוא מנוהל בטבע זה על ידי שתי מוסרות: המשיכה לתענוגים והבריחה מכאב. לדבריהם, מתוך טבעו האגואיסטי האדם מצוי תמיד בחישוב של רווח מול הפסד לתועלתו עצמו, ואין באפשרותו לבחור בייסורים אלא אם כן מתראה אליו התועלת העתידית או שמצבו הנוכחי מורגש אצלו כרע במיעוטו. גם קביעת סוגי התענוגים ותועלתם תלויים בגורמים כגון קניינים תורשתיים או מוסכמות שקבעה החברה שממנה הוא מושפע. "אני יושב, אני מתלבש, אני שח, אני אוכל... אלא מכוון שאחרים רוצים שאשב ואתלבש ואדבר ואוכל בצורה זו. כל זה לפי רצונם וטעמם של החברה – ולא רצוני החופשי".
על פי תפיסתם של המקובלים, הבחירה החופשית מתאפשרת כאשר האדם מתחיל לזהות בתוכו את המניע האגואיסטי בכל מעשיו, ומתוך תובנה זו הוא רואה וקובע את הנזק שגורם האגו לו ולסובבים אותו. לאדם זה ניתנת הבחירה להכניס את עצמו לחברה שתתמוך ותעזור לו לרצות להתעלות מעל האגו ולשאוף לרכוש טבע שני – אהבת הזולת (אלטרואיזם). כאשר מצויים באדם שני הכוחות הללו, קבלה (אגואיזם) ונתינה (אלטרואיזם), רק אז הוא יכול להתחיל לבצע בחירה בכוח שבו הוא ישתמש בכל מעשה ומעשה, עד שישיג את תכונת הנתינה במלואה.
"אולם יש חירות לרצון לבחור מלכתחילה בסביבה כזו, בספרים ומדריכים כאלו שמשפיעים לו שכליות טובות" (בעל הסולם, מאמר החרות).
לדעת כמה חוקרים, גם בין ההוגים היהודיים של העת החדשה נמצאו הוגים שמפאת פרשנותם לשליטתו המוחלטת של האלהים בכל דבר, צמצמו את עקרון הבחירה החופשית במעשיו של אדם והציגו אותו כאשליה אנושית הכרחית, אך בלתי נכונה, יחד עם כל שאר מציאות העולם והאדם אל מול מציאות האל. בדומה במקצת לפתרונו של ר' חסדאי קרשקש, אף אלה תלו, לדעת אותם חוקרים, את מרחב הבחירה האמיתי למישור הכוונה והמחשבה בלבד. ביניהם נמנים רבי מרדכי יוסף ליינר, רבי צדוק הכהן מלובלין, יש הטוענים שכך הייתה גם דעתו של הרב קוק ואף של הרב אליהו אליעזר דסלר משך תקופה מסוימת.
גישה הפוכה מזו מופיעה בספר מכתב מאליהו, שם גישתו של הרב דסלר קובעת, כי המדע – מעצם מהותו – אינו מציב שום שאלה מול עקרון הבחירה החופשית, וגם אם הבחירה סותרת את חוקי הפיזיקה, אין בכך שום שאלה. הרב דסלר מבאר כי המדע בודק את הדברים לפי מה שנתפס אצלנו בחמשת החושים, מבט שהוא "חיצוני ביחס להווייתנו הפנימית". לעומת זו הבחירה שייכת אל רובד אחר: ההוויה הפנימית של האדם. כלומר, הבחירה החופשית קיימת ברובד שאותו המדע אינו יכול לבחון. את המדע המשיל הרב דסלר שהיא כמו "מכונת צילום ( - מצלמה) שאפשר לצלם בה רק את הדברים שחוץ ממנה". ומאידך - "אבל המבט הפנימי – היינו הרגשת אנוכיותנו – לא נמצא בשום אחד מהחושים, ולא בכולם יחד, אלא ידיעה תוכנית פנימית היא אשר נמצאת בעצמותנו". כלומר, הבחירה החופשית נבחנת ב"מבט פנימי" שאינו שייך להבחנות המדע הרואה רק את "הדברים שחוץ ממנו", ולאור זאת, בחינת הבחירה החופשית בכלים מדעיים היא בלתי רלוונטית. שהרי "הרגשת הבחירה... איננה על פי חוקי הפיזיקה, שאנו דנים בהם על העולם החיצון, אלא הרגשה זו היא יחסית אלינו, אשר באופן כזה נבחין הווייתנו; ואמת היא לפנימיותנו, אם גם לא תתאים לחוקים של מבט החיצוני..." דוגמה לדבר הביא הרב דסלר, מ"הרגשת "הווה" שבזמן" שהוא "מופרך על פי הפיזיקה". כלומר, כלי המדידה השונים יכולים למדוד את הזמן החולף ולא את הזמן ההווה. אולם כמובן שבתחושה חווה האדם את הזמן ההווה ולא את זה החולף. "וכמו ש"אנו אומרים שהרגשת ההווה איננה על פי חוקי הפיזיקה... ממש כן היא גם הבחירה, אשר נרגיש אותה בפנימיותנו, ביחס אל עצמותנו, אם גם לא תתאים למושגי הפיזיקה". לאור דבריו של הרב דסלר, התשובה לשאלת הבחירה החופשית והדטרמיניזם היא כך: חוקי הבריאה, ובכללם חוק סיבה ומסובב, מתייחסים אל הרובד החיצוני הטבעי של העולם. ברובד זה הדברים נראים בעלי חוקיות מוגדרת וניתנת לחיזוי. לאמיתו של דבר, קיימים בעולם רבדים רוחניים פנימיים, שאינם פועלים בחוקיות המוכרת של סיבה ומסובב. לאור זאת יש לומר, שרוחניות האדם הפנימית שייכת אל אותה פנימיות של הבריאה – בה אין חלות לכללי הטבע של הפיזיקה. באותה פנימיות רוחנית - שם נמצאת הבחירה החופשית, שממילא יכולה לפעול בצורה הנראית נוגדת את חוקי הטבע.
הוגים אקזיסטנציאלים כמו אברהם יהושע השל ואחרים, צמצמו את עקרון הבחירה החופשית ורוקנו אותו ממשמעותו הראשונה כחופש פעולה לפעול במצב של חוסר ודאות בלי מניע, ויצקו בו משמעות קיומית חדשה, והיא - היכולת להגיב על הייחודי והחדשני, ל"אחר", מתוך השתחררות נדירה מכבליו של ה"אגו" ותהליך של התעלות עצמית ויצירה.
בעת החדשה נוצרו מספר מחלוקות בין מדענים דתיים לגבי התפיסה האם קיימת במציאות בחירה חופשית. חיים סוֹמפּוֹלינסקי פיזיקאי וחוקר מדעי המוח, טוען שכיום לפי המחקרים העדכניים שמראים מכשירי הMRI הפעולה שהאדם מבצע נוצרה ונקבעה זמן קדום עוד לפני המחשבה על ביצוע הפעולה.
ירמיהו ברנובר כתב לגבי הדטרמיניזם השולל את אפשרות הבחירה החופשית כי הוא "אינו מתיישב גם עם מושגי המדע המודרניים, ואילו אצל יהודי – אינו מתקבל לחלוטין. כי באמת הקדוש ברוך הוא מהווה את העולם בכל רגע, מחיה ומנהיג את העולם כולו ולפרטיו הקטנים ביותר, וברצונו תלוי הדבר אם תהיה נכונה מחר האקסטרפולציה [השערה על מה שנעשה מעבר לטווח ידוע, מתוך ניסיונות בתוך הטווח... של החוקים שהוסקו על-סמך תצפיות שנעשו אתמול והיום]". הוא כתב גם כי עיקרון אי הוודאות החדיר את "תפיסת האינדטרמיניזם – דהיינו, הפך הדטרמיניזם – לכל תחומי המדע, וביטלה לחלוטין את כל היסוד לטיעוניו של לפלס", אשר כתב, שאם רק יקבל תיאור מדויק ומושלם של מצבו ומיקומו של כל אטום ביקום כל רגע נתון, הוא יוכל, בעיקרון, לחשב את עתידם של היקום ושל כל עצם בו בכל רגע ורגע, בלי שום הגבלה. ברנובר כתב על הגישה החדשה כי "זוהי מהפכה מדעית אמיתית... שהביאה בעקבותיה ערעור ושלילה של כמה מיסודות המדע, ויש לה גם השלכות.. לגבי הבחירה החופשית...".
בעיית ידיעה ובחירה.
שאלה שהטרידה רבות את הפילוסופים בימי הביניים, הייתה שאלת "ידיעה ובחירה", המעמתת בין ההנחה שהאל יודע מראש את כל מה שיעשו בני האדם בעתיד, עם ההנחה שבחירתם של בני האדם היא חופשית. על שאלה זו כתב הרמב"ם:
בכוונתו של הרמב"ם פירש הרלב"ג, שהרמב"ם רומז לשיטתו אותה ביאר ב"מורה נבוכים" שידיעתו של האל אינה כלל מסוג הידיעה האנושית, ובאותה מידה של צדק אפשר לומר על האל שהוא אינו יודע כשם שאפשר לומר שהוא יודע, והמשמעות של שני ההיגדים תהיה שקולה. על ידיעה כזו, שאיננו יודעים על מהותה דבר מלבד זאת שהיא שונה מהותית מהידיעה שלנו, אי אפשר לגזור שהיא סותרת באופן מה את עקרון הבחירה החופשית.
דעת השל"ה (ב'בית הבחירה') היא שאין לאלוקים ידיעה וודאית על מעשיו העתידיים של האדם, אלא רק אומדנא לפי המצב הקיים, וכן ידיעת כל האפשרויות הקיימות, כך שלאדם נשארת בחירה חופשית מלאה. (הוא אומר שזו דעת הרמב"ם, ומתלבט האם זו גם שיטת הרמב"ן ובעל הפרדס).
בכתב העת "בד"ד", בגיליון השני (היוצא לאור על ידי אוניברסיטת בר-אילן) מובא מאמר הטוען שאולי אפשר לפרש כשיטת השל"ה את דברי הרד"ק, ושלכאורה גם מרש"י משמע שאין לאלוקים ידיעה על מעשי האדם העתידיים. חכם נוסף שתומך בדעת השל"ה הוא רבי רפאל בירדוגו בספרו "מי מנוחות".
הוגים רבים סברו שידיעת האל היא נגזרת מבחירתם של האנשים ומאוחרת להם סיבתית, אך אינה מאוחרת בזמן כיוון שהאל נמצא למעלה ממגבלות של זמן.
רבי מאיר שמחה הכהן כתב כי העובדה ש"ידיעתו יתברך אינה מכרעת הבחירה", היא מעל ההבנה "כי אין ביכולת בנו להבין איך היא...", אמנם "רק זאת אנו יודעים שלהבחירה החפשית הוא מצמצום האלקות שהשם יתברך מניח מקום לברואיו לעשות כפי מה שיבחרו ושלל ממפעליהם הגזירה וההחלטה בפרטיות". כלומר, סוד קיום הבחירה החופשית משקף את המושג הקבלי הנקרא 'צמצום'.
באסלאם.
האסלאם, בפרט השיעי, נתן מקום נרחב לגזרה העליונה, ובכל אופן ישנו מרכיב של אחריות האדם על מעשיו.
קישורים חיצוניים.
בחירה חופשית - כללי
בחירה חופשית ביהדות
רג'ו אמיליה