בדיעבד לדעת רוב הפוסקים אם לא התפלל עד השקיעה ניתן בדיעבד להתפלל בזמן "בין השמשות" שהוא הזמן בין השקיעה לצאת הכוכבים ואורכו שלוש עשרה וחצי דקות זמניות, שכן בהלכה זמן זה נחשב כ"ספק יום ספק לילה", ולכן בדברים שהם מדרבנן מקלים בו ("ספק דרבנן לקולא") ובדברים מן התורה מחמירים ("ספק דאורייתא לחומרא"). כיוון שתפילת מנחה היא מדרבנן, ניתן להקל בה ולהתפלל גם בזמן בין השמשות.
שמה של תפילת מנחה.
חכמי התוספות הסבירו שתפילת מנחה נקראת על שם מנחת החביתין שמחציתה הייתה קריבה בסמוך לתמיד של בין הערביים. בספר אבודרהם כתב שמנחה הוא זמן ביום, ודומה לזה תרגום אונקלוס לפסוק "וישמעו את קול ה' אלקים מתהלך בגן לרוח היום": "לרוח היום" - "למנח יומא".
סדר תפילת מנחה בימי חול.
קטעים הנאמרים לפני מזמור אשרי יושבי ביתך.
לפני אמירת המזמור אשרי יושבי ביתך נהוג בקהילות הספרדים, האיטלקים, נוסח פרובאנס ורוב התימנים, לומר את מזמור פ"ד בתהילים. חלק מיהודי תימן מוסיפים לפני כן את פרשת העקדה והתחינה שאחריה. לאחר מכן נוהגים רבים לומר את פרשת קורבן התמיד ויש נוהגים על פי הקבלה להוסיף גם את פיטום הקטורת. בחלק מהקהילות הספרדיות, נהוג לומר לפני מזמור פ"ד בתהילים קטע מהקדמת ספר תיקוני הזוהר המכונה "פתח אליהו", בשל המילים בהן פותח הקטע, ולאחריו קדיש על ישראל. בחלק מהקהילות הספרדיות במערב אירופה נהוג להשמיט את אמירת פיטום הקטורת (ויש נוהגים להשמיט רק בימים בהם אין אומרים תחנון), ואולם בכל שאר הקהילות הספרדיות לא נהוג כך.
לפי נוסח ספרד יש נוהגים לומר לפני אשרי יושבי ביתך את פרשת הכיור, פרשת התמיד, פיטום הקטורת והקטע אנא בכוח.
ברם, רוב יהודי אשכנז וחלק קטן מיהודי תימן לא נוהגים להוסיף קטעים לפני תפילת מנחה, אלא פותחים אותה במזמור אשרי יושבי ביתך בלבד, וכן נהגו בנוסח קטלוניה. בנוסח רומניא, יש נהגו לומר את פרשת התמיד אחרי אשרי.
אשרי יושבי ביתך.
לאחר אמירת המזמור אשרי יושבי ביתך אומרים בקהילות הספרדים את הפסוק "תיכון תפילתי קטורת לפניך משאת כפי מנחת ערב" וגם את הפסוק "הקשיבה לקול שוועי מלכי ואלוהי כי אליך אתפלל" – ויש שמשמיטים את הפסוק השני.
לאחר מכן אומר שליח הציבור חצי קדיש ולאחר מכן מתפללים תפילת שמונה עשרה.
סדר תפילת מנחה מקוצרת.
ברוב הקהילות (בפרט בארץ ישראל) נהוג להתפלל את תפילת שמונה עשרה בלחש, ולאחריה אומר שליח הציבור את חזרת הש"ץ.
ברם, בכמה קהילות נהוג שבתפילת מנחה אין אומרים חזרת הש"ץ (ובפרט אם הזמן קרוב לשקיעה), אלא מיד לאחר אמירת הקדיש אומר שליח הציבור בקול רם את שלוש הברכות הראשונות של תפילת שמונה עשרה, לרבות הקדושה, ולאחר מכן מתפללים את שאר תפילת שמונה עשרה בלחש. מנהג זה נפוץ גם בקרב ישיבות ליטאיות רבות, בטענה שהתפילה הארוכה גורמת לביטול תורה. יש נוהגים (למשל, הספרדים במערב אירופה) שגם את שלוש הברכות האחרונות של חזרת הש"ץ אומר שליח הציבור בקול רם. אצל יהודי תימן נהוג ששליח הציבור אומר בקול רם את כל הברכות.
התייחסות מעניינת לנוהג לדלג על חזרת הש"ץ נמצאת אצל ר' יוסף קארו בספרו בית יוסף. הוא מציין שבזמנו הנוהג המקובל אצל הספרדים היה לדלג על חזרת הש"ץ, אלא שלפי דעתו מנהג זה אינו נכון לפי ההלכה ושרבני העיר צפת גזרו נידוי על מי שיתפלל תפילת מנחה ללא חזרת הש"ץ.
ברכת כהנים.
בתפילת מנחה, בניגוד לתפילת שחרית, אין הכהנים מברכים ברכת כהנים, בשל החשש שהם שתו יין - דבר הפוסל אותם מלברך. להלכה, נפסק שגם בתפילת מנחה בימי תענית אין נושאים כפים במנחה שגוזרים אטו מנחה בשאר הימים, אולם בנעילה (שהיא תפילה המיוחדת לתענית) כן נושאים כפים, וכן ב"מנחה במקום נעילה". לפי המנהג בירושלים, היינו רק במנחה שמתפללים אחרי פלג המנחה (שהוא זמן נעילה), ואילו לפי דעת החזון איש "במקום נעילה" היינו שהיא התפילה האחרונה של היום, ולכן בשאר תעניות אפשר לישא כפים אפילו במנחה גדולה.
תחנון.
לאחר חזרת הש"ץ, אומרים קטעי תחנון. לפי מנהג רוב הספרדים ולפי נוסח ספרד, וכן בנוסח פרובאנס, מוסיפים לפני נפילת אפיים קטעי וידוי ושלוש עשרה מידות. לפי נוסח אשכנז, איטליה, נוסח רומניא, נוסח קטלוניה, נוסח תימן והספרדים במערב אירופה, לא אומרים וידוי ושלוש עשרה מידות בתפילת מנחה, אלא נפילת אפיים בלבד. בכמה קהילות איטלקיות הונהג לומר את הקטע אל מלך יושב על כיסא רחמים, שלוש עשרה מידות, וידוי והקטע מה נאמר לפני נפילת אפים, אך זו תוספת מאוחרת שאינה בנוסח האיטלקי המקורי, וככל הנראה נעשה בהשפעה ספרדית-קבלית.
כאשר תפילת מנחה נאמרת סמוך לשקיעה, יש נוהגים להשמיט את אמירת התחנון כולו (נוהג מקובל אצל המתפללים בנוסח ספרד וברוב קהילות יהודי תימן).
בקהילות ספרדיות רבות בחוץ לארץ נהוג במצב כזה לומר רק את הווידוי ושלוש עשרה מידות ולהשמיט את הקטע של נפילת אפיים בלבד. בארץ ישראל נוהג זה אינו מקובל אצל הספרדים אלא אומרים את כל סדר התחנון גם כאשר התפילה נערכת סמוך לשקיעה.
יום שאין אומרים בו תחנון בשחרית, אין אומרים תחנון לא במנחה שבו, ואף לא בתפילת מנחה שלפניו. בשל כך אין אומרים תחנון בתפילת מנחה בכל יום שישי, כיוון שבשבת לא אומרים תחנון. לכלל זה שני חריגים והם: תפילת מנחה שלפני ערב ראש השנה (כלומר תפילת מנחה של כ"ח באלול), ותפילת מנחה שלפני ערב יום הכיפורים (כלומר תפילת מנחה של ח' בתשרי), אף על פי שבערב ראש השנה ובערב יום הכיפורים לא אומרים תחנון. הסיבה לכך היא או משום שבערב ראש השנה ובערב יום הכיפורים אומרים סליחות לפני תפילת שחרית ובהם גם קטעי תחנון ואם בקטעים הסמוכים לתפילת שחרית אומרים תחנון - כל שכן שניתן לאומרו במנחה שלפני אותם ימים, או משום שקדושת ראש השנה ויום כיפור "ממשיכה אחורה" עד היום שלפניו אבל לא מעבר לזה. יש נוהגים לומר תחנון גם במנחה שלפני פסח שני.
אם לא אומרים תחנון, נוהגים הספרדים לקרוא את הפסוקים "יהי שם","ממזרח שמש", "רם על כל גויים",
"ה' אדוננו" קודם הקדיש.
קדיש תתקבל.
לאחר התחנון אומרים קדיש שלם (המכונה גם "קדיש תתקבל"). לאחריו נהוג בקהילות הספרדיות וחלק מהאיטלקיות לומר את מזמור ס"ז בתהילים (וביום שישי את המזמור "ה' מלך" (תהילים צג)). יהודי תימן אומרים את מזמורים קמ"א וקמ"ב, ובנוסח קטלוניה אמרו מזמור פ"ג. חלק מיהודי איטליה נוהגים לומר שיר של יום. לאחר מכן אומרים האבלים קדיש יתום או קדיש דרבנן (אם אין אבלים השליח ציבור אומר את הקדיש או שמשמיטים אותו). לפי נוסח ספרד ונוסח אשכנז לאחר קדיש תתקבל אומרים מיד עלינו לשבח.
סיום התפילה.
בסיום התפילה נהוג ברוב הקהילות לומר את תפילת עלינו לשבח. בנוסח תימן, נוסח איטליה, נוסח רומניא ונוסח פרובאנס, אין אומרים עלינו לשבח אחר מנחה. בכמה קהילות אשכנזיות נהוג שכשמתפללים ערבית מיד אחרי מנחה בלי שום הפסק, אין אומרים עלינו בסוף מנחה.
לפי נוסח ספרד ונוסח אשכנז אומרים קדיש יתום לאחר עלינו. אצל רוב הספרדים לא מקובל נוהג זה, אבל אצל יהודי מרוקו נהוג לומר חצי קדיש [למעט חלק מועט מתוכם (יהודי העיר מקנס)].כך גם בחלק מקהילות גאורגיה (למשל בטביליסי), וגם בסצ'חרה, נהוג לומר אחר "עלינו לשבח", חצי קדיש. אך בשאר קהילות גאורגיה, לא נהוג מנהג זה.
לפי מנהג חסידי חב"ד, לאחר עלינו לשבח אומרים קדיש יתום ואחר כך את הפסוקים: "אל תירא מפחד פתאם ומשאת רשעים כי תבא", "עוצו עצה ותופר דברו דבר ולא יקום כי עמנו א-ל", "ועד זקנה אני הוא ועד שיבה אני אסבל אני עשיתי ואני אשא ואני אסבל ואמלט" ו"אך צדיקים יודו לשמך ישבו ישרים את פניך".
סדר תפילת מנחה בימי תענית.
סדר תפלת מנחה שיתואר להלן הוא סדר תפילת מנחה באחת מארבע התעניות הבאות: צום גדליה, עשרה בטבת, תענית אסתר ושבעה עשר בתמוז. לפירוט סדר תפילת מנחה בתשעה באב ראו כאן וביום הכיפורים ראו כאן.
הנחת תפילין והפיוט שמע קולי.
בחלק מהקהילות הספרדיות והאשכנזיות נהוג להניח תפילין בתפילת מנחה זו, כדי להשלים מאה ברכות ביום התענית. יש אף המתעטפים בטלית. יש נוהגים לומר לפני התפילה את הפיוט שמע קולי (ראו הפיוט באתר הזמנה לפיוט) הלקוח מתפילת ליל יום הכיפורים.
קריאת התורה וההפטרה.
מתחילים את התפילה כמו בכל יום עד לאחר אמירת מזמור אשרי יושבי ביתך (במנהג איטליה מוסיפים לאחריו ובא לציון). לאחר מכן אומר החזן חצי קדיש. מוציאים ספר תורה מארון הקודש, וקוראים בתורה את פרשת "ויחל משה" שעוסקת בחטא העגל. מנהג האשכנזים, האיטלקים ויהודי גאורגיה לקרוא הפטרה מיוחדת לתענית "דרשו ה' בהימצאו". יהודי תימן וכמעט כל הספרדים לא נוהגים לקרוא הפטרה בתעניות. אמנם במספר קטן של קהילות צפון-אפריקאיות (במרוקו ובאלג'יריה) נהוג לקרוא הפטרה גם בתעניות, [מנהג אלג'יריה להפטיר בכל התעניות ומנהג מרוקו להפטיר רק בצום גדליה (וחלק מקהילות מרוקו לא נוהגים להפטיר כלל)]. בצום גדליה נוהגים המפטירים לקרוא את הפטרת "דרשו ה'" כמו האשכנזים, ואילו בשאר התעניות קוראים את הפטרת "שובה ישראל", שאותה נהוג לקרוא בתשעה באב גם בקהילות הספרדיות האחרות.
תפילת העמידה וחזרת הש"ץ.
לאחר קריאת התורה (או ההפטרה) מחזירים את ספר התורה לארון הקודש. החזן אומר חצי קדיש ומתפללים תפילת העמידה, שבמהלכה נאמרת תפילת עננו. לאחר מכן נאמרת חזרת הש"ץ, במהלכה נאמרת ברכת כהנים. ברוב המקומות נוהגים לעשות ברכת כהנים רק כשמתפללים סמוך לשקיעה, אבל נוהגים האשכנזים לומר על כל פנים או"א ברכנו בברכה המשולשת.
אבינו מלכנו, סליחות, תחנון וסיום התפילה.