את ספרו "האתיקה של זיכרון" פותח מרגלית בהבחנה בין פילוסופיה של "כלומר" לפילוסופיה של "למשל" ("i.e. philosophy," vs. "e.g. philosophy"). הכוונה היא להבחנה בין פילוסופיה מבארת, המבוססת על ניתוח מופשט והנהרה (אקספליקציה) מושגית, לבין פילוסופיה מדגימה, היוצאת מדוגמאות חיות מהספרות או מאירועים היסטוריים. בלי לשפוט מי הראויה משתיהן, מרגלית מאמץ את השנייה. רוב עבודתו החל משנות התשעים משקפת גישה זו לניתוח שאלות פילוסופיות.
בניגוד לתפיסה המסורתית של פילוסופים, הנוהגים ללוות את הטיעון הפילוסופי המופשט שלהם בדוגמאות שהן במכוון מלאכותיות או טריוויאליות, נוהג מרגלית לצאת מדוגמאות היסטוריות שמורכבותן ועושרן קודמים להמשגה התאורטית שלהן. דרך הניתוח של דוגמאות אלה הוא בונה בהדרגה מושגים והבחנות עיוניות המהוות כלי פילוסופי להבנת התופעה אותה הוא חוקר.
כך למשל בספרו "האתיקה של הזיכרון" הוא מתאר את הקצין ששוכח את שמו של אחד מפיקודיו שנהרג בקרב גבורה, וזאת כמקרה-דגם בדיון על האחריות המוסרית שבזיכרון, מצד אחד, ועל מרכזיות השם בכינון זיכרון, מצד שני. הוא גם מעמיד את הדילמה: מה היינו מעדיפים שייזכר שנים רבות לאחר מותנו, לו למשל היינו ציירים – התמונות שציירנו אך ללא שמנו, או שמנו כציירים דגולים, ללא שנשמרה ולו אחת מיצירותינו. דרך התפלספותו של מרגלית משקפת הבחנות ותובנות היסטוריות, תרבותיות וספרותיות שאינן בדרך כלל נחלתם של פילוסופים.
עבודה זרה.
ספר זה (Idolatry) נכתב בשיתוף עם תלמידו לשעבר, הפרופסור לפילוסופיה ומחשבת ישראל משה הלברטל מהאוניברסיטה העברית ואוניברסיטת ניו יורק והוא התפרסם בהוצאת אוניברסיטת הרווארד בשנת 1992. הספר פורש את תולדות מושג האלילות ומשמעויותיו האידאולוגיות והדתיות. הספר מציע רקע פילוסופי, בעיקר בהסתמך על הפילוסופיה של הלשון ועל הפילוסופיה של ויטגנשטיין (בו עסק מרגלית שנים רבות).
הרעיון המרכזי בספר הוא שביקורת האידאולוגיה מוצאת את ביטויה הראשון בביקורת האלילות. האלילות אינה טעות בעלמא אלא טעות חוטאת, וככזאת היא גורמת לנו להחטיא את מטרות חיינו. ביקורת אלילי-השבט של בייקון, וביקורת האידאולוגיה הפוליטית (במובן השלילי שבו השתמש בביטוי הזה מרקס), הן המשך לאותו מהלך של היחס לטעות חוטאת ומחטיאה.
החברה ההגונה.
ספרו זה של מרגלית (The Decent Society) ראה אור בהוצאת אוניברסיטת הרווארד, בשנת 1996, ותורגם לעשר שפות. החל מאפלטון עסקה הפילוסופיה הפוליטית בשאלה של החברה הצודקת (just society), אך לא בשאלת החברה ההגונה (decent society). בספרו זה מעמיד מרגלית את מושג ההגינות, המבטא היעדר השפלה, כמושג הקודם לחיפוש אחרי אידיאל הצדק.
חברה הגונה, לתפיסתו, היא חברה שמוסדותיה אינם משפילים. הוא מציג את הטעמים הלוגיים, המוסריים והקוגניטיביים להיפוך המתודולוגי של הבחירה ב"פילוסופיה נגטיבה". בניגוד לחמקמקות של המושג המופשט כבוד האדם, תופעת ההשפלה היא מוכרת ומזוהה בקלות, כמו גם הרוע או העוול הכרוכים בה.
דרך עיסוקו במושג ההשפלה, הפך ספרו של מרגלית למקור חשוב לעיסוק בהבהרת מושג הכבוד, שהוא אבן יסוד באתיקה, בפוליטיקה ובתורת המשפט המודרנית. הוא ערך ניתוח מעמיק במובניו השונים של המושג כמו הוקרה, יושרה, הערכה וכבוד עצמי (respect, dignity, honor, self-respect). מרגלית מציע פתרון "ספקני" לשאלה מהו כבוד האדם. במקום לנסות לקשרו לתכונה מהותית מסוימת שיש לכל אדם ושבגינה הוא ראוי לכבוד (ניסיון שלדעתו לא צלח בתולדות הפילוסופיה), מציע מרגלית להפוך את אופן ההסבר: הפרקטיקה של מתן כבוד לבני-אדם קודמת לכבוד האדם (כתכונה). מכאן שכבוד הוא מה שיש באדם שאליו מתייחסים בכבוד. אין זו התחמקות מהשאלה של כבוד האדם, אלא חילוצה מן הדיון העקר והבלתי-פתיר בתחום המטפיסי.
הרעיון העומד בבסיסו של הספר הוא שאחד הגורמים הפוליטיים והמוסריים החשובים שמניעים אותנו הוא ההימנעות מהשפלה. לא הצדק הוא שמביא אותנו לפוליטיקה אלא אי-הצדק – ההימנעות מרע, ולא עשיית הטוב. לפיכך לא מתחיל מרגלית בבירור השאלה על כבוד האדם, אלא בודק כיצד אפשר להימנע מהשפלה. הוא מציג את הביטויים הפוליטיים המובהקים של החברה ההגונה: הימנעות מחדירה לפרטיות, שיתוף מלא באזרחות, מלחמה באבטלה, והמודעות לסכנה שבהמרת מנגנוני חלוקה צודקת במוסדות של סעד וצדקה. חלקו השני של הספר נותן דין וחשבון על המוסדות העלולים להביא לכך שחברה תהיה לא הגונה בהיותם מייצרי השפלה, ובהם בתי סוהר, צבא, תרבות ומדיה. לצדו של האידיאל המרכזי שלנו, שהוא חברה צודקת, טוען מרגלית אפוא בזכות אידיאל החברה ההגונה, החברה שאינה משפילה. לפי דעתו זהו אידיאל פוליטי שהוא יותר בר-השגה ומימוש מהאידיאל של חברה צודקת.
האתיקה של הזיכרון.
ספר זה (The Ethics of Memory) יצא לאור בשנת 2002 בהוצאת אוניברסיטת הרווארד. הספר עוסק בבעיית חובות הזיכרון, בעיה שכמעט לא נדונה בפילוסופיה אף כי במסורת היהודית הציווי "זכור" היה תמיד בעל משמעות מכוננת. בדרך כלל זיכרון לא נתפש כעניין מוסרי: בני אדם זוכרים או שוכחים כעניין של עובדה, ומאחר שאין הם שולטים באופן רצוני בזיכרון הרי שתורות מוסר אינן רואות בזיכרון עניין של חובה. מרגלית חושף בספרו את הממד האתי-ערכי של זיכרון, הן בתחום הפרטי והן בתחום הקולקטיבי.
מרגלית מעלה בספר את השאלה האם מוטלות עלינו חובות לזכור (או לשכוח), ודיונו מתבסס על הבחנה מרכזית שהוא מנהיג – בין אתיקה לבין מוסר (ethics ו-morality בהתאמה). חובת זיכרון יש לדעתו בכל הכרוך במיסוד היחסים האתיים, שהם יחסינו ה"מְעוּבּים", או ה"דחוסים" ("thick relations"): אלה היוצרים שבט, משפחה ואומה, והמתבטאים ביחס להורים, לחברים, ולכל אלה שיש לנו איתם היסטוריה משותפת. בלא זיכרון אין לקהילה קיום. הזיכרון הוא מרכיב מכונן באכפתיות של בני אותה קבוצה או קהילה.
יחסינו המוסריים, לעומת זאת, הם יחסים "רזים": היחס אל ה"אחר" שאין לנו עמו כל קורים משותפים או היסטוריה משותפת. כלומר, המוסר משתית את אותם היחסים בין בני אדם שהם מתוקף אנושיותם בלבד, מתוקף היותם בני אדם, ותו לא. בכל הנוגע ליחסים המוסריים אין לדעתו של מרגלית חובות זיכרון. זאת בניגוד לקיומה של חובת זיכרון בין בני אדם הקשורים זה לזה במערכת של יחסים אתיים מעובים.
אחת הטענות בספר היא ש"קהילת זיכרון" היא מושג פוליטי מרכזי יותר מאשר מושג הלאום. הזיכרון מהווה חלק גדול ממה שיוצר את היחסים שלנו, והפגיעה באיכות הזיכרון פוגעת בטיבם או בחוזקם של יחסינו המעובים. כללית, הספר עוסק בשאלה האתית של החובה לזכור, וכן בשאלות כמו מהו עד מוסרי, מהי קהילת זיכרון, איך זוכרים רגשות (בהבדל מזיכרון של הלכי רוח), מהו היחס בין לזכור ולסלוח, האם הזיכרון מסייע לסליחה או עומד לה לרועץ, ועוד. מרגלית סבור שהזיכרון הוא מושג מפתח ליחסים האתיים שלנו עם הזולת, ושקהילות זיכרון בנויות על רשתות של חלוקת עבודה לייצוגים השונים של הזיכרון. הרשת הזאת מושתתת, בחלקה, על אנשים מסוימים שזוכרים את העבר ועוסקים בו, כמו היסטוריונים, ארכיברים ועיתונאים, ועל כך שהרשת החברתית מחברת את כולנו לאנשים אלה.
מערבנות: המערב בעיני אויביו.
ספר זה (Occidentalism: The West in the Eyes of its Enemies), יצא לאור בהוצאת פנגווין, ניו יורק, בשנת 2004. הוא נכתב בשיתוף עם איאן בורומה (Ian Buruma), שהוא סופר ועיתונאי, ופרופסור בבארד קולג' (Bard College). הגרעין שבבסיס הספר הופיע בתחילה כמאמר ב-New York Review of Books. הספר תורגם לשש עשרה שפות.
מערבנות היא השקפת עולם בעלת השפעה על תפיסות אידאולוגיות רבות ולעיתים סותרות. זוהי השקפה על המערב ועל האדם המערבי, שיש בה יסוד חזק של דה-הומניזציה: איש המערב לפי השקפה זו הוא יצור דמוי מכונה. הוא אמנם יעיל, אך הוא אטום רגשית כמו מכונה, חסר נשמה, בעל עולם ערכים מעוות בתכלית – עיוות אשר מתבטא בכך שהאדם המערבי איננו אדם-לכל-דבר, אדם במלוא מובן המילה.
החידוש שבספר הוא הטענה שתמונת העולם המערבנית מקורה במערב עצמו. יסודה נטוע ברומנטיקה, בעיקר בזו הגרמנית, כאשר ממנה היא הועתקה לתנועה הסלאבופילית. במאה העשרים ניתן למצוא אותה בפשיזם, למשל בפשיזם הגרמני והיפני, מצד אחד, ובמאואיזם הקומוניסטי מן הצד השני. בימינו האסלאם הפוליטי רווי בתפיסת מערבנות חריפה, כאשר מתווסף לו הרעיון שהמערב, באמצעות נציגיו השולטים במדינות המוסלמיות, הוא הנַשָׂא של ג'היליה חדשה – דהיינו בערות וברבריות מן הסוג ששלט בעולם בטרם שליחות של הנביא מוחמד.
פשרה ופשרות רקובות.
ספרו של מרגלית על פשרה ופשרות רקובות יצא לאור בסוף 2009 בהוצאת אוניברסיטת פרינסטון. עניינו של הספר הוא פשרות פוליטיות: אלו פשרות קבילות מבחינה מוסרית ואלו פשרות יש לדחות כבלתי קבילות ("רקובות"). הספר מייחס מעלה גדולה לרוח של פשרה בפוליטיקה, תוך שהוא בא להתריע בפני פשרות רקובות. פשרה רקובה היא פשרה עם משטר המפעיל מדיניות לא אנושית, כלומר התנהגות שיטתית שהיא תערובות של אכזריות והשפלה – התנהגות כלפי בני אדם כאילו היו לא בני אדם.
הספר בוחן דוגמאות היסטוריות מרכזיות של פשרות, כדוגמת הפשרה שאפשרה את החוקה האמריקאית ושהייתה כרוכה בקבלת מוסד העבדות כגילוי בוטה של התנהגות לא אנושית אכזרית ומשפילה. מקרי בוחן נוספים הם הסכם מינכן והסכם יאלטה, וזאת מתוך הנחה שמלחמת העולם השנייה מהווה מעין מעבדה לבחון בה את מושגינו הפוליטיים-מוסריים. החזרתם בכפייה של אסירי מלחמה רוסיים לידי סטלין בידי מעצמות המערב משמשת בספר כדגם לפשרה רקובה.