לאחר התאבדותו של קלארק נבחרה סוזנה לוצ'נקו מהאיגוד הרוסי לנשיאות, וכהוראה ראשונה קראה לתבוע את אלה אשר פעלו תחת משטר האימים של קלארק. אולם, עקב תנועת המרד הרחבה שהנהיג שרידן, היא קראה לו להתפטר מתפקידו, תוך מתן חנינה מלאה לצוותו ולאלה שפעלו בהוראתו. חברי התקשורת אשר הושמו במעצר שוחררו. מיד לאחר שהתפטר, נבחר שרידן לנשיא הברית הבין-כוכבית החדשה.
מלחמת האזרחים של המינברים.
הרקע.
עוד מימי מלחמת ארץ-מינברים, החלו חיכוכים בין כת הלוחמים לבין הכת הדתית, אשר דלן היא מנהיגתם. בעקבות הגילוי כי בבני האדם שכנו נשמות מינברים, מה שהוביל לכניעתם המפתיעה של המינברים והפסקת הלחימה, נוצר קרע בין הכת הדתית שהובילה את המהלך לבין כת הלוחמים הגאוותנית והמיליטנטית, שחשבה כי יש להעניש את בני האדם על העוולות שנוצרו. זאת ועוד, קולה של דלן היה המכריע ביציאה למלחמה על בני האדם, וזוהי דלן אשר הפסיקה את הלחימה.
לאחר המלחמה, דלן הכירה בכך שדוקאט, מנהיג המינברים, פעל בחשאי עם הוורלונים ליצירת מפגש עם בני האדם מתוך הכרה כי שיתוף פעולה ביניהם הוא הכרחי במלחמת הצללים המתקרבת. עצם העובדה שבהתקף זעם היא גזרה את דין גזע בני האדם לכיליון גרם לה לנסות ולכפר על מעשיה בפיתוח יחסים דיפלומטיים עם בני האדם. היא בחרה לשמש כשגרירת המינברים בתחנת בבילון 5, חרף מעמדה במועצה האפורה. יתר על כן, בסוף 2259 היא השתמשה ב"שילוש האור" כדי לשנות את צורתה לחצי מינברית-חצי אנושית במאמץ לגשר טוב יותר בין בני האדם למינברים. בנוסף, היא החלה לפתח קשר רומנטי עם ג'ון שרידן, "הורג הכוכב", ששמו נזכר בשנאה ותיעוב בקרב כת הלוחמים בעקבותיו פעולותיו במלחמת ארץ-מינברים. סיבות אלו הם שהעמיקו את הקרע בין שני הפלגים.
התפלגות הכוחות.
אלף שנים של שיתוף פעולה בין שתי הכתות מופסקים בחטף. נרון, אחד מבכירי החברים בכת הלוחמים, מגיע לטקס הכתרתה של דלן לאנתיל-זא (מנהיג הסיירים), מתוך כוונה להחליפה בתואנה כי חבר מכת הלוחמים צריך להנהיג את הסיירים במלחמה הקרבה. זאת ועוד, הוא מודיע על כוונתו להרוג את דלן, מה שמניע את מרקוס, סייר בן אנוש, לשמש כשומר ראשה בצטטו את אמונת הסיירים "אנו מוכנים למות בשביל האחד". כאשר הוא עד לכך שהסיירים מוכנים למות בשבילה, נרון חוזר בו מהחלטתו וכבוד הדדי נרקם בין השניים.
בימי מלחמת הצללים הראשונה, ויילן הקים את המועצה האפורה בחלוקה שווה בין שלוש הכתות כדי להפסיק את מלחמת האזרחים שפרצה ביניהם וכדי לאחד אותם במלחמה נגד הצללים. כעת, כת הלוחמים משתלטת על אופן קבלת ההחלטות בחברה המינברית. מספר החברים של כת הלוחמים במועצה האפורה מונה ארבעה, בכך מעניקים למועצה את הקול המכריע. לאחר שהתערבה במלחמת הצללים, ובעקבות אי רצונה של המועצה האפורה להתערב במלחמה, לדלן לא נותרת ברירה והיא מפרקת את המועצה האפורה. הכת הדתית וכת העובדים ניצבים לצד בבילון 5, בעוד כת הלוחמים ניצבת לבדה. ללא גוף מרכזי שישליט סדר, ועם החרפת הפלגים בחברה המינברית, פורצת מלחמת האזרחים המינברית בשנית.
לאחר מלחמת הצללים, דלן חוזרת למינבר, עולם הבית של המינברים, ועדה להרס ולחורבן אשר מלחמת האזרחים עוררה. אמונתם של המינברים היא כי אינם הורגים מינברים, אך בעקבות הרס הערים נאבדו חיים. דלן והכת הדתית נכנעים לכת הלוחמים. במעמד "מעגל האש", מאבק כוחות בינה לבין מנהיג כת הלוחמים החדש, הנועד לטהר את שמה בשם הכת הדתית, נרון מתערב ומציל את חייה במחיר מותו. לפני מותו הוא מכריז כי שינה את אמונתו, וכי כעת אמונתו משתייכת לזו של הכת הדתית. עצם הכרזה זו משיב את האיזון על כנו. או אז, דלן מקימה מחדש את המועצה האפורה, ונותנת לכת העובדים את הכוח השליט (המועצה האפורה הייתה מורכבת מתשעה חברים, שלושה מכל כת. כעת, כת העובדים כללה חמישה נציגים, בעוד שתי הכתות האחרות כללו שני נציגים בלבד).
מלחמת הטלפתים.
הרקע.
עלילות מלחמת הטלפתים לא סופרו בסדרה, אם כי מספר רמזים לעתיד לבוא התרחשו בעונה החמישית, כאשר מושבת טלפתיים הוקמה על התחנה. ביירון, ששירת בעברו תחת אלפרד בסטר, ראש חיל הטלפתים, מנהיג מרד של טלפתים עריקים אשר ברחו משליטת חיל הטלפתים הנוקשה, ובסופו של דבר בוחר להתאבד מאשר להיתפס. ליטה אלכסנדר, שבמהלך האירועים התקרבה למטרתו של ביירון, בחרה להמשיך את פועלו לשיחרור הטלפתים העריקים מעולו של חיל הטלפתים העריץ.
העימות.
המלחמה מציבה בני אדם שאינם טלפתיים וכן טלפתים עריקים נגד חיל הטלפתים, המנסה להשתלט על ממשלת כדור הארץ. עדות לכך באה כאשר הנשיא קלארק המושחת הציב מספר טלפתים בתפקידי מפתח בזמן תקופת כהונתו. חיל הטלפתים מפעיל גם כמה מחנות ריכוז על-מנת לחנך מחדש טלפתים שנלכדו, ולהרוג בני אדם אשר העניקו מקלט לטלפתים עריקים. ג'ון שרידן והברית הבין-כוכבית מתערבים בקונפליקט, וידם של בני האדם והטלפתים העריקים יוצאת על העליונה, אם כי במחיר של מספר נפגעים, ביניהם ליטה אלכסנדר ולניר.
השלכות.
בעקבות המלחמה, חיל הטלפתים מפורק, וועדה חדשה לפיקוח על טלפתיה מוקמת במקום. מספר מחברי החיל מואשמים בפשעי מלחמה. חלקם מושמים במעצר, חלקם הופכים לפושעים נמלטים. אלפרד בסטר הוא אחד מאותם פושעים נמלטים, אשר נרדף בידי מייקל גריבלדי (בעלילת הספרים טרילוגיית חיל הטלפתים).
מלחמת הדילגארים.
הרקע.
מלחמת הדילגארים היא אחת מסיפורי הרקע של הסדרה. עד לתחילת המאה ה-23, האימפריה הסנטאורית שלטה ברוב הגלקסיה. כאשר הסנטאורים הפכו למושחתים, אחיזתם בשטחי הכיבוש נחלשה והדבר הביא לתפיסת שטחי הכיבוש בידי הדילגארים, גזע חוצני שונא זרים. עליונותם הטכנולוגית והמלחמתית אינה כשל המינברים או הסנטאורים, אך מספיק דיה כדי להשתלט על שאר הגזעים החלשים. כאשר הסנטאורים אט אט נסוגו משטחי כיבושם, הדילגארים הגדילו את האימפריה שלהם בכך שפלשו לעולמות הסמוכים להם.
בשנות העשרים של המאה ה-23, הדילגארים גילו כי השמש במערכת הכוכבים שלהם נכנסת לשלב בו תהפוך לסופרנובה, ולכן הגבירו ביתר שאת את התרחבותם הטריטוריאלית מתוך דאגה להישרדותם. אף על פי שכבר הוכיחו את עצמם כאויבים אכזריים, האיום אותו גילו גרם להם לאבד כל רגש של הגינות ומוסר. באמונתם כי כל שאר הגזעים נחותים לרמתם, הם החלו לפלוש לשטחם ולתקוף את מאחזיהם.
פלישת הדילגארים.
לקראת 2228, השמועות אודות מלחמה מתקרבת גרמו להקמתה של ליגת העולמות הבלתי מאוחדים. ב-2230, הדילגארים החלו לתקוף עולמות של הליגה, ביניהם של הדראזים והנארנים. הליגה לחמה מלחמה אבודה בהם, ועולם אחר עולם נכנעו לשליטתם ולניסוייהם. הטקטיקות בהן השתמשו הדילגארים היו חסרות רחמים וכללו השמדת עולמות שלמים ושימושם של גזעים כבושים כנושאי מחקר ביולוגי ורפואי. גזעי הליגה ספגו אבדות קשות וביאושם פנו לכוחות גלקטיים אחרים לעזרה.
אפילו צי הספינות של הנארנים הלוחמנים לא היה מסוגל לכוחות הדילגארים, ומושבת הנארנים הגדולה האלקס 7 נכבשה. כאשר הגיעו כוחות הנארנים למושבה הכבושה, הם גילו כי שרת המלחמה הדילגארית ג'אדור ערכה ניסויים באוכלוסייה וזיהמה אותה בנשק ביולוגי, הורגת רבים מהם.
לאחר מתקפה זו, הנארנים שלחו משלחת לעולם הבית של הדילגארים כדי למנוע כל התגרות נוספת מצידם ובניסיון לפתוח בתהליך שלום. כתוצאה מכך, שני שגרירים נארנים עברו ניסויים. צי ספינות של חברי הליגה התעמת מול הדילגארים במערכת הכוכבים טיירי. אבדות הליגה היו קשות והם היו על סף תבוסה. ברגע האחרון, ספינות מלחמה של ברית הארץ קפצו מעל-חלל והצטרפו ללחימה, בכך משיגים יתרון עצום לטובת הליגה, במה שנקרא 'תקרית אומגה' – הניצחון הראשון על הדילגארים.
התערבות ברית הארץ.
בשנת 2231, ברית הארץ מחליטה להתערב במלחמת הדילגארים לצד ליגת העולמות הבלתי מאוחדים. ברית הארץ, שרק לאחרונה הפכה לכוח גלקטי משפיע אשר השיג את טכנולוגיית שערי הקפיצה מידי הסנטאורים, בחרה תחילה להעלות את המוניטין שלה כגורם עיקרי ביחסים הבין-גלקטיים, אך כאשר חיילי הארץ חזו במו עיניהם בזוועות אשר התרחשו בידי הדילגארים, היא החליטה להילחם מלחמת חורמה מוצדקת כנגד האויב אותו החשיבה כמקביל לנאצים מהמאה ה-20. כנקמה על התערבותם של בני האדם, הדילגארים שלחו כוח תקיפה של כ-180 ספינות למושבות אוריון של ברית הארץ. אולם, ספינות ברית הארץ עקבו אחר התקשורת שלהם ללא ידיעתם. כאשר ספינות הדילגארים יצאו מעל-חלל, הם מצאו עצמם ניצבים בפני מספר עצום של כ-600 ספינות ברית הארץ. אי לכך, הדילגארים אולצו לסגת.
גלי המלחמה התהפכו לטובת הליגה, שהצליחה להדוף את כוחות הדילגארים מהטריטוריות שבשליטתם בחזרה לעולם ביתם. בקרב באלוס של שנת 2232, הדילגארים נאלצו להיכנע. כל שרי המלחמה הדילגארים נלכדו ונשפטו על פשעי המלחמה שלהם, למעט אחת – ג'אדור, שנעלמה במהלך הקרב.
כחלק מתנאי הכניעה, הדילגארים הסכימו שברית הארץ תחסום את גישת שער הקפיצה לעולם ביתם, בכך לוכדים את הדילגארים במערכת הכוכבים שלהם. לאחר סיום המלחמה, השמש הפכה לסופרנובה והכחידה כליל את עולם הבית של הדילגארים ואת הגזע כולו. ללא ידיעת ברית הארץ וליגת העולמות הבלתי מאוחדים, שורדת יחידה הצליחה להימלט מגורל זה – שרת המלחמה ג'אדור, הידועה בכינוייה "מהלכת המוות" (Deathwalker).
השלכות המלחמה.