בתגובה לגיוס הכריזו על פרישה ארבע מדינות הדרום העליון (טנסי, ארקנסו, צפון קרולינה, ווירג'יניה), שסירבו עד אותה העת לפרוש מהאיחוד, עקב סירובן לתקוף את שכנותיהן, והצטרפו אל הקונפדרציה. כדי לגמול לווירג'יניה על מעשיה העבירה הקונפדרציה את בירתה לריצ'מונד, וירג'יניה, והעיר הייתה לסמל הקונפדרציה. מיקומה של ריצ'מונד גרם להארכת קווי האספקה ארוכים; לכן על אף ביצורה הכבד, הדלדלה האספקה אל העיר לאחר שכוחותיו של שרמן כבשו את אטלנטה, ופסקה כמעט לחלוטין לאחר שגרנט הטיל מצור על פיטסבורג ומסילות הרכבת שלה, אשר הזינו את בירת הדרום.
תוכנית אנקונדה והסגר, 1861.
וינפילד סקוט, מפקד צבא ארצות הברית, הגה את תוכנית אנקונדה לניצחון במלחמה תוך שפיכות דמים מועטה ככל האפשר. התוכנית כללה הסגר ימי על הנמלים המרכזיים של הקונפדרציה, ובכך חניקת כלכלתה, המבוססת על יצוא כותנה ויבוא מוצרי תעשייה, ובשלב השני תפיסת נהר המיסיסיפי, על מנת לפצל את הדרום. לינקולן אימץ את ההסגר על נמלי הדרום, אך בעקבות דעת הקהל במדינות הצפון שדרשה פעולה צבאית מיידית, לא שעה לאזהרתו של סקוט שמגויסי האיחוד החדשים עדיין אינם בשלים לפעולות התקפיות.
בחודש אפריל 1861, הכריז לינקולן על הסגר ימי על כל נמלי הדרום; ספינות מסחריות לא יכלו עוד לקבל ביטוח וכמעט כל התנועה הימית פסקה. הדרום שגה בהטלת אמברגו על יצוא כותנה במהלך 1861, עוד לפני שהסגר נכנס לתוקף. כאשר הבינו את הנזק שנגרם להם מכך כבר היה מאוחר מדי, ומדינות אירופה מצאו מקורות חלופיים בעולם לייבוא כותנה. לאחר הטלת הסגר ירד ייצוא הכותנה בדרום לשיעור של 10% מהכותנה המיוצרת בלבד. משקיעים בריטים בנו ספינות מהירות שהצליחו לפרוץ באופן נקודתי את הסגר, וסחרו בנשק ומותרות מברמודה, קובה, והבהאמס תמורת כותנה, שמחירה האמיר מאוד, וטבק. במקרים בהם תפס צי האיחוד ספינה כזו מטענה הוחרם ונמכר, והתמורה ניתנה למלחי הצי; אנשי הצוות שנתפסו היו ברובם בריטים והם שוחררו מיידית. כלכלת הדרום כמעט וקרסה במהלך המלחמה, כתוצאה ממחסור במזון ואספקה, כישלון מערכת הרכבות, אובדן השליטה על הנהרות הגדולים, החרמת רכוש ויבולים על ידי צבאות הקונפדרציה, ולקראת סוף המלחמה גם על ידי צבאות הצפון הפולשים. רמת החיים ירדה, בעיקר לאחר הדפסה רחבת היקף של שטרות כסף שגרמה לעלייה באינפלציה ולחוסר אמון במטבע. עד לשנת 1864, התרסקה תוכנית אספקת המזון המקומית, הותירה את ערי הדרום ללא מזון מספיק והביאה למהומות לחם ברחבי הקונפדרציה.
ב-8 במרץ 1862, ניסה צי הקונפדרציה לשבור את הסגר הימי באמצעות האונייה מחופת השריון וירג'יניה, אשר תקפה את אוניות העץ של צי האיחוד. ביום הראשון של המתקפה דומה היה כי וירג'יניה בלתי-ניתנת לעצירה, אך ביום המחרת היא נאלצה ללחום באונייה מחופת שריון חדשה של האיחוד, מוניטור, בקרב המפטון רודס. הקרב ביניהן הסתיים ללא הכרעה, אך סימן את המעבר העולמי לאוניות מחופות שריון. הקונפדרציה נאלצה לבסוף להטביע את וירג'יניה כדי להימנע מלכידתה. לאחר קרב זה בנה האיחוד ספינות רבות נוספות מדגם המוניטור, בעוד הקונפדרציה חסרה את הטכנולוגיה לבניית ספינות מלחמה יעילות, וניסתה להשיג ספינות מבריטניה. ניצחון האיחוד בקרב פורט פישר השני בחודש ינואר, 1865, סגר את הנמל הראשי האחרון של הקונפדרציה וסיים באופן מעשי את ניסיונותיה לשבור את הסגר הימי.
גיוס ועריקה.
בשנה הראשונה למלחמה, היו לשני הצדדים מתנדבים רבים יותר משיכלו לאמן ולצייד. לאחר דעיכת ההתלהבות הראשונית, לא הספיקה כמות המתנדבים שהגיעו לגיל הגיוס, ונחקקו חוקי גיוס חובה בשני הצדדים כדי לכפות גיוס גם על התושבים שלא היו מעוניינים בו. בפועל, רק מעטים גויסו. הקונפדרציה העבירה את חוק הגיוס באפריל 1862 עבור גברים בגילאים 18–35, והעניקה פטור למשגיחי עבדים, פקידי ממשלה וכמרים. הקונגרס של ארצות הברית העביר חוק ביולי, המאפשר גיוס מיליציה במדינות בהן לא עמדו במכסת המתנדבים.
עם כניסת הצהרת שחרור העבדים לתוקף בינואר 1863, גויסו עבדים לשעבר באופן נמרץ על ידי המדינות, ושימשו לעמידה במכסות. מדינות וקהילות מקומיות הציעו סכומי כסף הולכים וגדלים עבור מתנדבים לבנים. הקונגרס הידק את החוק במרץ 1863: גברים שנבחרו לגיוס יכלו לספק מחליפים במקומם, או לחילופן עד לאמצע שנת 1864, לשלם כופר במקום זאת. הוקמו קרנות ביטוח רבות במדינות אלה בהן השתתפו גברים כשירים לגיוס, אשר צרפו את כספם כדי לכסות את עלות הכופר של מי מביניהם שגויס. משפחות ניצלו את האופציה החליפית כדי לקבוע מי מביניהם ילך לצבא ומי יישאר בבית. הייתה התחמקות והתנגדות רבה לגיוס, במיוחד באזורים הקתוליים. בחודש יולי 1863 פרצו מהומות גיוס גדולות בניו יורק בהשתתפותם של מהגרים אירים שהוחתמו כאזרחים כדי לנפח את מכונת ההצבעות לבחירות, וגילו כי בכך שנרשמו כאזרחים חשפו עצמם לגיוס חובה. מתוך 168,649 החיילים שהשיג האיחוד באמצעות הגיוס, הוחלפו 117,986 ונותרו רק 50,663 שגויסו בכפייה וביצעו שירות צבאי בפועל כתוצאה מכך.
הן בצפון והן בדרום לא היו חוקי הגיוס פופולריים. מוערך כי 120,000 גברים השתמטו מגיוס בצפון כשרבים מהם נמלטו לקנדה, ועוד 280,000 חיילים מהצפון שערקו במהלך המלחמה. בנוסף ל-100,000 דרומיים לפחות, ובסך הכל כ-10% מהיקף הצבאות הלוחמים. בכל אופן, עריקה הייתה נפוצה מאוד במאה ה-19; כ-15% מהחיילים ערקו בכל שנה. בדרום ערקו גברים רבים באופן זמני כדי לטפל במשפחותיהם, ולאחר שהסדירו את ענייניהם חזרו ליחידותיהם. בצפון היו כאלה שניצלו את הבונוס הנדיב שקיבלו בעת הגיוס, ערקו מהצבא, והתגייסו שנית בלשכת גיוס אחרת תחת שם בדוי. מבין עשרות אלפי עריקים, רק 141 נתפסו והוצאו להורג.
הזירה המזרחית: 1861–1863.
עקב ההתנגדות העזה של כמה כוחות ראשונים של הקונפדרציה במנסאס, וירג'יניה, ביולי 1861, נעצרה התקדמותם של חיילי האיחוד, תחת פיקודו של מייג'ור ג'נרל אירווין מק'דואל, בקרב בול ראן הראשון. כוחותיו של מקדואל נאלצו לסגת חזרה לוושינגטון די. סי., על יד כוחות הקונפדרציה תחת פיקודם של הגנרלים ג'וזף ג'ונסטון ופ.ג.ט. בורגארד. בקרב זה קיבל הגנרל תומאס ג'קסון את הכינוי "חומת אבן" עקב עמידתו האיתנה נגד כוחות האיחוד.
הקונגרס האמריקאי המודאג מההפסד, ובניסיון למנוע ממדינות עבדים נוספות לפרוש מהאיחוד, קיבל ב-25 ביולי אותה השנה את החלטת קריטנדן-ג'ונסון (Crittenden–Johnson Resolution), שקבעה כי המלחמה נועדה לשמור על איחוד ארצות הברית ולא לבטל את העבדות.
מייג'ור ג'נרל ג'ורג' מקללן לקח את הפיקוד על צבא האיחוד בפוטומק ב-26 ביולי (לזמן קצר הוא כיהן בתפקיד הגנרל המפקד של צבא האיחוד, אך לאחר מכן הוחלף בתפקיד לטובת מייג'ור ג'נרל הנרי האלק), והמלחמה החלה לצבור תאוצה בשנת 1862. לאחר שהנשיא לינקולן דרבן את הצבא לנקוט פעולות התקפיות, תקף מקללן את וירג'יניה דרך חצי האי וירג'יניה בין נהר יורק לנהר ג'יימס דרום מזרחית לריצ'מונד. אף על פי שצבאו של מקללן הגיע אל שערי ריצ'מונד מערכת חצי האי, עצר ג'ונסטון את התקדמותו בקרב שבעת האורנים, ולאחר מכן הובס בידי ג'נרל רוברט לי והכפופים לו ג'יימס לונגסטריט ותומס ג'ונסון בקרב שבעת הימים והכריחו אותו לסגת. מערכת צפון וירג'יניה שכללה את קרב בול ראן השני, הסתיימה בניצחון נוסף לדרום. מקללן התנגד לפקודת מחליפו, הגנרל האלק לשלוח תגבורת לצבאו של ג'ון פופ ארמיית וירג'יניה, דבר שהקל על כוחות הקונפדרציה בפיקודו של לי להביס פעמיים נוספות את צבא האיחוד.
מעודדים מקרב בול ראן השני, ביצעה הקונפדרציה את פלישתה הראשונה לצפון. ג'נרל לי הוביל, ב-5 בספטמבר, 45,000 חיילים של ארמיית צפון וירג'יניה לאורך נהר הפוטומק לתוך מרילנד. באותו הזמן השיב לינקולן למקללן את חייליו של פופ. מקללן ולי נפגשו בקרב אנטיאטם ליד שרפסבורג, מרילנד ב-17 בספטמבר 1862, קרב זה היה ליום העקוב מדם בהיסטוריה הצבאית של ארצות הברית. צבאו של לי נבלם סוף סוף, חזר לווירג'יניה לפני שמקללן יכול היה להשמידו. קרב אנטיאטם נחשב לניצחון של הצפון עקב כך שהצליח לעצור את פלישתו של לי לצפון ונתן ללינקולן את ההזדמנות להכריז על הצהרת האמנציפציה חמישה ימים לאחר מכן.
עקב זהירותו נמנע מקללן מרדיפה אחר צבאו של לי לאחר המערכה באנטיאטם, והוחלף בידי מייג'ור ג'נרל אמברוז ברנסייד. ברנסייד הובס במהרה בקרב פרדריקסברג ב-13 בדצמבר 1862, כאשר יותר מ-12,000 חיילי האיחוד נהרגו או נפצעו בניסיונות חסרי תועלת, חוזרים ונשנים, לתקוף חזיתית את חיילי הקונפדרציה המבוצרים בגבעות הסמוכות. לאחר הקרב (שהיה לאחד מהחד צדדיים במלחמה), הוחלף ברנסייד בידי מייג'ור ג'נרל ג'וזף הוקר.