לבסוף החליט גרייר להיענות לבקשת ביוקנן ולתמוך בפסק הדין. פשרת מיזורי הוכרזה כבלתי חוקתית. הרפובליקנים הפיצו שמועות על מעורבותו של ביוקנן, שהוצתה לאחר שהתלחש עם השופט רוג'ר טאני בהשבעתו, ואברהם לינקולן, בנאומו "בית מפולג", גינה את ביוקנן, השופטים, סטיבן דאגלס ופרנקלין פירס. הוא טען שהם תומכים במתן כוח לבעלי העבדים, ובאוליגרכיה שתסיר כל מגבלה חוקית על עבדות. ביוקנן לא הצליח לפגוע ברפובליקנים אלא רק ללכד אותם יותר נגדו, ותמיכתו בפסק הדין גרמה להתנגדות צפונית כלפיו.
בהלת 1857 ומדיניות כלכלית.
בהלת 1857 החלה בקיץ של אותה השנה, בעיקר בגלל יבוא יתר מאירופה שחיסל את יתרות המטבע של המדינה, בניית מסילות רכבת אגרסיבית, וספקולציות רבות לגבי קרקעות במערב. הבנקים במדינה נתנו יותר מדי אשראי, כשבעה דולרים על כל דולר מכסף או מזהב. הרפובליקנים טענו שהקונגרס אשם בכך כי הפחית את מכסי המגן. ארבע מאות בנקים וחמשת אלפים עסקים קרסו. הדרום, שהיה מבוסס על חקלאות, נפגע פחות מהצפון התעשייתי, שהוכה באבטלה. בהודעתו הראשונה לקונגרס, טען ביוקנן שיש לבצע רפורמה בכלכלה ולא צעדים להקלת המשבר. הממשלה תשלם את חובותיה ביתרות המטבע שלה, ולא תוסיף עוד מיזמי בנייה. הוא ביקש מהמדינות להגביל את הבנקים במתן אשראי עד פי שלושה לכל דולר, ואסר על שימוש באיגרות חוב של המדינה כביטחונות. הכלכלה התאוששה לבסוף ב-1859, אולם אמריקנים רבים נפגעו מהשפל, והצפון האשים את הדרום במשבר. הדרומיים וביוקנן האשימו את הספקולנטים מהצפון במשבר. כשביוקנן עזב את תפקידו, הגירעון של הממשלה היה 17 מיליון דולרים, יותר מאשר שהיה כשנכנס לתפקידו.
במהלך 1858 ו-1859, התווכח הקונגרס בנוגע למכסי מגן והשקעה בבניית תשתיות. הדרומיים והמערביים הצליחו לשמור על מכסים נמוכים במהלך כהונת ביוקנן. רבים בקונגרס דרשו סלילת מסילת רכבת טרנסקונטיננטלית, אולם הדרומיים וחברי הקונגרס מניו אינגלנד עצרו את החקיקה. בנוסף, הטיל ביוקנן וטו על חוק לחכירת אדמות, שהיה אמור להעניק 160 אקרים מאדמות הציבור למתיישבים שישהו בטריטוריות במשך חמש שנים, ולחוק להקמת אוניברסיטה על קרקע ציבורית. הוא הטיל וטו על חוקים להריסת שרטונים באזור אגם סנט קלייר, בטענה שכל הפעולות הללו אינן בסמכות הממשלה לפי החוקה. לאחר פרישת מדינות הדרום, העביר הקונגרס מכס במרץ 1861, והעלה את המחירים.
המרד ביוטה.
לפני שביוקנן נכנס לתפקידו, התיישבו מורמונים ביוטה. המורמונים התנגדו למעורבות ממשלתית בחייהם, ומנהיגם, בריגהם יאנג, מנע מאנשים מבחוץ להתיישב בסולט לייק סיטי. בספטמבר 1857, המיליציה של הטריטוריה השתתפה בטבח מאונטיין מדוז, מול אנשי ארקנסו שניסו להגיע לקליפורניה. ביוקנן גם התנגד לפוליגמיה של יאנג.
במרץ 1857, נמסרו לביוקנן דיווחים משופטים בטריטורית יוטה שהמורמונים מתכננים מרד. הוא ידע שממשל פירס סירב לצרף את יוטה כמדינה ושהמורמונים חששו בנוגע לאובדן זכות הקניין שלהם. ביוקנן האמין לשמועות ושלח את הצבא בנובמבר כדי להחליף את יאנג. רבים פקפקו בפעולותיו של ביוקנן נוכח הדיווחים העמומים. בנוסף, ממשל פירס ניתק את הדואר ליוטה, וכך יאנג לא ידע שעומדים להחליף אותו. יאנג השמיד רכוש צבאי, וביוקנן החליט לשלוח שליח כדי להרגיע את המצב. המרד הסתיים במהירות. לאחר מכן העניק ביוקנן חנינה לכל מי שהבטיח לכבד את סמכות הממשלה והוציא את הצבא משם. אף על פי שיאנג המשיך להטיף לפוליגמיה, הוא קיבל את הסמכות הממשלתית.
קנזס המדממת.
לאחר העברת חוק קנזס נברסקה ב-1854, נוצרו שתי ממשלות מתחרות בטריטוריית קנזס. המתיישבים מתנגדי העבדות ארגנו ממשלה בטופיקה, ואילו המתיישבים שתמכו בעבדות קבעו את מקום ממשלתם בלקומפטון. כדי שקנזס תתקבל כמדינה, היה צורך להגיש חוקה לקונגרס, שרוב תושביה יאשרו. תחת הנשיא פירס, סדרת עימותים אלימים, בשם "קנזס המדממת", התרחשו כשתומכי שתי הממשלות נלחמו. המצב בקנזס גרם לחרדה במדינה, והיו אנשים בג'ורג'יה ובמיסיסיפי שתמכו בפרישה מהאיחוד אם קנזס תצורף כמדינה חופשית. לביוקנן לא היה אכפת בנוגע למעמד העבדות במדינה, אולם הוא רצה שקנזס תצטרף לאיחוד במהירות האפשרית, כיוון שסבר שהיא תתמוך בדמוקרטים. במקום לנסות להקים ממשלה מאוחדת אחת, בחר ביוקנן לתמוך בממשלה בלקומפטון.
עם כניסתו לתפקיד, החליט ביוקנן למנות את רוברט ווקר לתפקיד מושל הטריטוריה במקום ג'ון גרי, כדי להרגיע את המצב ולאשר את החוקה. ווקר, שהיה ממיסיסיפי שתמכה בעבדות, נחשב לאדם שיוכל לעזור למתיישבים תומכי העבדות להשיג אישור לחוקה החדשה. ביוקנן הבטיח לווקר שהצלחה בקנזס תאפשר לו להיבחר לנשיאות ב-1860. ביוקנן הבטיח שמשאל העם על החוקה יהיה הוגן וחופשי. מעט לאחר שהגיע לקנזס, טען ווקר שהאקלים בקנזס גורם לכך שלא תתאים לעבדות, והכעיס את תומכי העבדות. באוקטובר 1857, ארגנה הממשלה בלקומפטון בחירות בטריטוריה, שהובילו לחוקה שתמכה בעבדות, אף על פי שווקר גילה שהיו זיופים בכמה מחוזות.
הוועידה ניסחה חוקה שתמכה בעבדות, ובמקום להסתכן במשאל עם, שלחה אותה ישירות לביוקנן. אף על פי שרצה לצרף את קנזס לאיחוד, אפילו ביוקנן לא יכול היה לאשר את כניסתה ללא משאל עם בנוגע לחוקה. ממשלת לקומפטון הבטיחה לערוך משאל עם מוגבל שבו השאלה לא תהיה בנוגע לחוקה, אלא בנוגע לשאלת העבדות במדינה החדשה. הממשלה מטופיקה החרימה את משאל העם בדצמבר 1857, ואלו שכן הצביעו תמכו בעבדות. כעבור חודש, ממשלת טופיקה ערכה משאל עם משלה, בו נדחתה חוקת לקומפטון.
למרות מחאות ווקר ושני מושלים לשעבר מקנזס, החליט ביוקנן לקבל את חוקת לקומפטון. בדצמבר 1857, הוא נפגש עם סטיבן דאגלס, ראש הוועידה בסנאט לענייני טריטוריות, ומנהיג הפלג הצפוני של המפלגה, ודרש שכל הדמוקרטים יתמכו בממשל ביוקנן ויתמכו בצירוף קנזס עם חוקת לקומפטון. דאגלס, שהיה צריך להיבחר מחדש לסנאט ב-1858 וכעס על הזיופים, התנגד לביוקנן ולחוקה. ב-2 בפברואר, העביר ביוקנן את החוקה לקונגרס. בנוסף התנגד ל"ממשלה המהפכנית" בטופיקה, והשווה ביניהם לבין המורמונים. במסגרת ניסיונות הפשרה שלו, הטיל ביוקנן את מלוא כובד משקלו בעד צירוף קנזס לאיחוד כ"מדינת עבדות". הוא הציע מינויים פוליטיים ואפילו כסף בתמורה לתמיכה בעניין. הסנאט אישר את החוקה במרץ, אולם שילוב בין תנועת "שאינם יודעים דבר", הרפובליקנים והדמוקרטים הצפוניים עצר את החוקה בבית הנבחרים. במקום לקבל את תבוסתו, הסכים ביוקנן לחקיקה שתעניק לקנזס אדמות ציבור רבות ומעמד מידי של מדינה בתמורה לקבלת החוקה. למרות התנגדותו של דאגלס, שני בתי הקונגרס אישרו את החוק. באוגוסט 1858, דחתה קנזס במשאל עם את חוקת לקומפטון. הדרומיים זעמו על כך, וטענו שדאגלס הוביל קונספירציה צפונית נגד החוקה, ואילו צפוניים רבים ראו בביוקנן כלי של הדרום.
הקרב על קנזס הפך לקרב על השליטה במפלגה הדמוקרטית. בצד אחד היו ביוקנן, הדרומיים, והצפוניים שתמכו בדרום. בצד השני היו דאגלס, רוב הדמוקרטים הצפוניים וכמה דרומיים. תומכי דאגלס תמכו בעיקרון ריבונות העם, ואילו ביוקנן התעקש שהדמוקרטים יכבדו את ההחלטה בפסק דין דרד סקוט, ולמנוע מעורבות ממשלתית בעבדות בטריטוריות. המאבק נמשך עד סוף נשיאותו של ביוקנן. ביוקנן פיטר את תומכי דאגלס ממשרות ציבוריות באילינוי ובוושינגטון, ומינה את נאמניו במקום.
בחירות אמצע הכהונה ב-1858.
כהונתו של דאגלס בסנאט הסתיימה ב-1859, והמועצה המחוקקת של אילינוי התכנסה ב-1858 כדי לבחור בו מחדש. הבחירות לסנאט הושפעו מתוצאות הבחירות למועצה המחוקקת, שהתפרסמו בזכות עימותי לינקולן-דאגלס. ביוקנן, שעבד קשה כדי לשלוט באילינוי, הריץ מועמדים למועצה כדי שיתחרו במועמדים מטעם הרפובליקנים ומטעם דאגלס. דבר זה יכול היה לעזור לרפובליקנים לנצח ולחסל את דאגלס. למרות הפיצול ונאומיו של אברהם לינקולן, שהתנגדו לעבדות (אבל לא קראו לביטולה), תומכי דאגלס ניצחו והוא נבחר שוב לסנאט. כחלק ממסע הבחירות שלו, קבע דאגלס את "דוקטרינת פריפורט", שאמרה שלטענתו, למועצות המחוקקות בטריטוריה יש את הזכות לאסור על עבדות בתחומן למרות פסק דין דרד סקוט, כיוון שהם יכולים לסרב להכיר בעבדות כקניין. תומכיו של דאגלס השתלטו על הצפון, מלבד פנסילבניה שנותרה נאמנה לביוקנן. כעת נותרו לביוקנן רק התומכים מהדרום. דוקטרינת פריפורט פגעה בדאגלס בדרום, והחמירה את מצבו לאחר שסירב לתמוך בחוקת לקומפטון.
המחלוקות בין הדמוקרטים הצפוניים לדרומיים הובילה לניצחון רפובליקני בבחירות לבית הנבחרים ב-1858. הסנאטור הרפובליקני ויליאם סיוארד טען שהמאבק בין הרפובליקנים והדמוקרטים הוא מאבק בלתי נמנע בין תומכי העבדות ותומכי החופש. אמנם סיוארד חזר בו מהר, ומעט צפוניים רצו לבטל את העבדות בכל הדרום, אולם הצהרתו והניצחון הרפובליקני גרם לרבים בדרום להאמין שבחירה בנשיא רפובליקני תגרום לביטול העבדות. ההפסדים סיפקו תחמושת למתנגדים הצפוניים לממשל ביוקנן, והרפובליקנים הצליחו לחסום את רוב החקיקה של ביוקנן בחצי השני של כהונתו.
המשך המתח בנוגע לעבדות.