מאידך, לגבי השאלה העקרונית של הקמת מדינה יהודית, הוכרז לאחר פולמוס ארוך, כי הכנסייה הגדולה ומועצת גדולי התורה אינם דוחים את רעיון הקמת מדינה יהודית, בתנאי שתקום על פי חוקת התורה ותתנהל לפי שלטון התורה. ההחלטה התקבלה בתמיכת כל האדמו"רים וכן הרבנים סורוצקין, כהנמן, בלוך, צירלסון, לוין ועוד. לעומת זאת היו רבנים בעיקר מליטא וצ'כוסלובקיה וביניהם הרבנים וסרמן, קוטלר ורוטנברג שטענו כי אסור להקים מדינה יהודית לפני ביאת המשיח.
בישראל.
בעבר שימשה המועצה כסמכות העליונה של מפלגת אגודת ישראל. החלטות המועצה התקבלו על פי רוב, וסדר היום נקבע על ידי יושב-הראש ומזכיר המועצה. המועצה קבעה את זהות חברי הכנסת של המפלגה ומינויים פוליטיים נוספים, ונדרשה להחלטות באשר לנושאים הנוגעים לסדר היום הציבורי והחרדי בישראל. המועצה הובילה בשנות ה-50 קו של התנגדות לשותפות בממשלה והתנגדות לשותפות עם המפלגות הדתיות לאומיות, והצליחה לכפות את דעתה בנושא. לקראת הבחירות בשנת 1965 הרב זלמן סורוצקין הוביל קו מתבדל יותר, שמנע ריצה משותפת עם פועלי אגודת ישראל, כנגד עמדת הרבי מגור, והרב יחזקאל סרנא שדרשו ריצה משותפת.
בראש מועצת גדולי התורה עמד הרב איסר זלמן מלצר ולאחר מכן הרב זלמן סורוצקין. לאחר פטירתו של הרב סורוצקין נבחר לתפקיד הרב משה יחיאל הלוי אפשטיין (הרבי מאוז'רוב). עם זאת, החברים הדומיננטיים בה היו הרבי ישראל אלתר מגור והרב שך. מחלה שפקדה את הרבי מגור צמצמה עוד יותר את פעילות המועצה. לאחר המהפך והצטרפות אגודת ישראל לקואליציה, ניהלה מועצת גדולי התורה ישיבות תכופות שבהן עקבו אחר קיום ההסכם הקואליציוני. באותה תקופה הובילו את המועצה האדמו"ר החדש מגור – הרב שמחה בונים אלתר והרב שך. הרבי מגור שימש כיו"ר המועצה עד שחלה בשנת תשמ"ה, אז נתמנה לצדו כנשיא המועצה האדמו"ר מוויזניץ הרב משה יהושע הגר, עד לפטירתו בה'תשע"ב. בשנות השמונים התגלע קרע בין חסידים וליטאים במועצה ופעילותה הצטמצמה מאוד.
בשנת תשמ"ט (1988), עם התפלגותה של אגודת ישראל והקמת מפלגת דגל התורה על ידי הפלג הליטאי, הוקמה מועצת גדולי תורה מקבילה, של מפלגת דגל התורה. באותה תקופה התרעננה גם פעילות מועצת גדולי התורה של אגודת ישראל.
בשנים שקודם הפיצול התנהלו במועצה דיונים בעיקר בין קבוצת האדמורי"ם בהנהגת האדמו"ר מגור לבין קבוצת ראשי הישיבות הליטאיים בהנהגת הרב שך, והכרעות המועצה התקבלו בדיונים בין הרבי מגור לרב שך. לאחר פרישת "קבוצת הרב שך" מהמועצה, בשנת 1984, והקמת מועצת דגל התורה בתשמ"ט, קיבל הרבי מגור את ההכרעות באגודת ישראל בהתייעצות עם חברי המועצה, והרב שך קיבל את ההכרעות בדגל התורה. לאחר היחלשות הרב שך, החל תהליך הדרגתי שבסופו מילא הרב שטינמן את מקומו כיושב ראש המועצה של דגל התורה וההכרעות התקבלו בעיקר על פי הרב אלישיב והרב שטינמן.
כינוס משותף נדיר של המועצות התקיים בכ"ח בתמוז תשס"ט (22 ביולי 2009), בעקבות מאבק השליטה על מוסדות החינוך העצמאי, במטרה לשנות את מעמדו החוקי של ארגון זה מאגודה עות'מאנית לעמותה. בכינוס השתתפו חברי מועצות גדולי התורה בישראל ובארצות הברית, מלבד החברים המזוהים עם חסידות גור.
בשנת ה'תשע"ב חודשה פעילות המועצה של דגל התורה בראשות הרב שטינמן ובצירוף חברים חדשים. בשנת ה'תשע"ג הוקמה מחדש גם המועצה של אגודת ישראל.
מועצת גדולי התורה באמריקה.
מלבד המועצות הישראליות, קיימת גם מועצת גדולי התורה באמריקה, שבה חברים הן חסידים והן ליטאים. למועצה בארצות הברית הייתה פחות השפעה בציבור החרדי האמריקאי, עקב כך שרוב החסידויות שם אינן משתייכות לאגודת ישראל (כגון חסידות סאטמר ונספחיה, חסידות באבוב, חסידות צאנז-קלויזנבורג וחסידות חב"ד), וכיום גם משום שרבים מרבני הציבור הליטאי בארצות הברית הם תלמידי בית בריסק המתנגדים לאגודת ישראל.
בנשיאות מועצת גדולי התורה בארצות הברית עמד הרב ראובן גרוזובסקי, ולאחריו הרב אהרן קוטלר, הרב משה פיינשטיין, הרב אליהו שווי ורבי יעקב פרלוב, האדמו"ר מנובומינסק.
חברי מועצת גדולי התורה.
עד מלחמת העולם השנייה.
בקטוביץ מונו לחברי המועצה האדמו"ר מגור בעל ה"אמרי אמת", רבי שלום דובער שניאורסון האדמו"ר מחב"ד, הרב חיים סולובייצ'יק, הרב יצחק אייזיק הלוי, הרב מאיר שמחה מדווינסק, רבי חיים עוזר גרודזנסקי, רבי איצלה מפוניבז', הרב שלמה זלמן ברויאר, הרב זאב פיילכנפלד מפוזן, הרב דוד צבי הופמן והרב קופל רייך מבודפשט.
בכנסייה הגדולה בווינה בשנת תרפ"ג (1923) נכללו במועצה: החפץ חיים, האדמו"ר מגור, האדמו"ר מצ'ורטקוב, רבי חיים עוזר גרודזנסקי, רבי מאיר אריק, האדמו"ר מסוקולוב, האדמו"ר מראדזין, הרב מאיר דן פלוצקי, הרב משה מרדכי אפשטיין, הרב מאיר שפירא מלובלין, הרב אברהם מנדל שטיינברג מברוד, הרב קלמן ובר מפישטיאן והרב שלמה זלמן ברויאר.
בשנת ה'תרצ"ז היו חברי המועצה: רבי אברהם מרדכי אלתר, רבי יצחק מנחם מנדל דנציגר מאלכסנדר, רבי דוד בורנשטיין מסוכטשוב, רבי אברהם יעקב פרידמן מסדיגורה ואחיינו רבי מרדכי שלום יוסף פרידמן מסדיגורה, הרב אלחנן וסרמן, הרב אהרן לוין, הרב אהרן קוטלר, הרב בן ציון יועזר (רבה של טורדה ונשיא לשכת התאחדות קהילות החרדים ברומניה), הרב דב בר אב"ד אוז'רקוב, הרב משה בלום אב"ד זמושץ', הרב זלמן סורוצקין, הרב יהודה לייב צירלסון, הרב יוסף צבי דושינסקי, הרב מנחם זמבה, הרב מרדכי רוטנברג רבה של אנטוורפן, הרב עקיבא סופר והרב שמואל דוד אונגר. נשיא המועצה היה הרב חיים עוזר גרודז'נסקי.
בעיצומה של מלחמת העולם השנייה בשנת תש"ג, במהלך ועידת אגודת ישראל באנגליה, נבחרה מועצת רבנים שתמלא את מקומה של מועצת גדולי התורה, אך ככל הנראה היא לא תפקדה.
בישראל.
בכ"ד בסיוון ה'תש"ד התכנסה הוועידה הארצית של אגודת ישראל, והוכרז על הקמת מועצת גדולי תורה כסמכות העליונה של אגודת ישראל בארץ ישראל. אל המועצה זומנו רבי אברהם מרדכי אלתר (האדמו"ר מגור), רבי יוסף צבי דושינסקי (שני אלו נמנו בראש הרשימה, שלא כפי סדר הא' ב'), רבי אברהם ישעיהו קרליץ, הרב אברהם יצחק קליין, רבי אברהם יעקב פרידמן (האדמו"ר מסדיגורה), רבי אליעזר הגר (האדמו"ר מוויז'ניץ), רבי אהרן רוקח (האדמו"ר מבעלז), הרב איסר זלמן מלצר, הרב אליעזר יהודה פינקל, הרב אשר זאב ורנר, הרב זליג ראובן בנגיס, רבי זלמן סורוצקין, הרב יוסף שלמה כהנמן, הרב יעקב חי זריהן, הרב יצחק זאב סולובייצ'יק, הרב מאיר קרליץ, הרב נחום מרדכי פרידמן (האדמו"ר מצ'ורטקוב), הרב עקיבא סופר, הרב עזרא עטייה.
בשנת ה'תש"ו הוחלט להקים מועצות נפרדות בישראל, אירופה וארצות הברית. החברים הראשונים במועצה בישראל היו רבי אברהם יעקב פרידמן מסדיגורה, הרב אברהם יצחק קליין, רבי ברוך הגר האדמו"ר מסרט ויז'ניץ, רבי דב בריש וידנפלד, הרב זלמן סורוצקין, הרב יוסף כהנמן והרב מאיר קרליץ, והם התכנסו שוב בשנת תש"ט. לקראת הכנסייה הגדולה של אגודת ישראל בשנת 1950 אורגנה מחדש מועצת גדולי התורה בראשות הרב איסר זלמן מלצר.
בשנת 1954 כיהנו במועצה: הרב אברהם יעקב פרידמן מסדיגורה, הרב אברהם יצחק קליין, הרב אליעזר יהודה פינקל, הרב אשר זאב ורנר, הרב ברוך הגר מסערט ויזניץ, הרב דב בריש וידנפלד, הרב יחזקאל אברמסקי הרב ישראל אלתר מגור, הרב יוסף אדלר, הרב יחזקאל סרנא, הרב מאיר קרליץ, הרב משה יחיאל הלוי אפשטיין מאוז'רוב, הרב מרדכי שלום יוסף פרידמן מסדיגורה, הרב עקיבא סופר, הרב שבתי יגל, הרב חיים מאיר הגר מוויז'ניץ, הרב יעקב חנוך סנקביץ', והרב זלמן סורוצקין שכיהן כנשיא המועצה.
לאחר פטירת הרב סופר בשנת ה'תש"ך, מילא את מקומו בנו, הרב אברהם שמואל בנימין, למשך שנתיים, עד לפטירתו.
בשנת 1960 היו חברים במועצה בין השאר: הרב זלמן סורוצקין, הרב ישראל אלתר, הרב דב בריש וידנפלד, הרב אליעזר יהודה פינקל, הרב יחזקאל סרנא, רבי אברהם יעקב פרידמן, הרב יחיאל מרדכי גורדון, הרב משה יחיאל הלוי אפשטיין, הרב מרדכי שלום יוסף פרידמן מסדיגורה-פשמישל, הרב אלעזר מנחם מן שך והרב משה חברוני. לאחר פטירתו של הרב סורוצקין כיהנו בתפקיד נשיא המועצה ברוטציה הרב שך ורבי ישראל אלתר מגור.
בשנת 1981 היו חברים במועצה: הרב אלעזר מנחם מן שך, הרב שמחה בונים אלתר מגור, הרב משה יהושע הגר מוויז'ניץ, הרב שלום נח ברזובסקי מסלונים, הרב שמואל אליהו טאוב ממודז'יץ, הרב אברהם יעקב פרידמן מסדיגורה, הרב יחיאל יהושע רבינוביץ' מביאלא, הרב פנחס מנחם אלתר, הרב משה שמואל שפירא, הרב שמחה זיסל ברוידא, הרב אברהם יעקב זלזניק, הרב ברוך שמעון שניאורסון, הרב יוחנן סופר מערלוי, הרב נסים קרליץ, והרב ישכר דב רוקח מבעלז.
לאחר פרישת הליטאים בתשמ"ט.
לאחר פרישת הליטאים מאגודת ישראל בשנת תשמ"ט והקמת דגל התורה שימשו כנשיאי המועצה הרבי מגור, רבי שמחה בונים אלתר, והרבי מוויז'ניץ, רבי משה יהושע הגר. כחברי הנשיאות שימשו הרב פנחס מנחם אלתר (אז ראש ישיבת שפת אמת), הרב יוחנן סופר מערלוי והאדמו"ר הרב אברהם יעקב פרידמן מסדיגורה. כחברי מועצה נוספים שימשו האדמו"רים רבי אברהם מנחם דנציגר מאלכסנדר, רבי ישראל דן טאוב ממודז'יץ ורבי לוי יצחק הורוביץ מבוסטון, והרבנים: הרב פישל רבינוביץ ראש ישיבת בויאן, הרב יצחק פלקסר ראש ישיבת שפת אמת, הרב אהרן ברנשטיין ראש ישיבת חיי עולם, הרב מרדכי יפה שלזינגר אב"ד חוג חת"ם סופר, הרב בנימין יהושע זילבר מחבר הספר "אז נדברו".