משה דיין היה היחיד ממנהיגי המדינה ובכירי צה"ל שכהונתם נפסקה בעקבות מלחמת יום הכיפורים (בין שהודחו או פרשו), אשר הצליח לשקם את מעמדו ולמלא תפקיד בכיר בממשלת ישראל. דיין זכה בסוף הקריירה שלו להתמנות לתפקיד שר החוץ ולהיות אחד מקברניטי הסכם השלום עם מצרים. היה זה לאחר המהפך שהתחולל בבחירות לכנסת התשיעית, בשנת 1977, כאשר מנחם בגין, שלאחר ניצחון הליכוד בבחירות הוטל עליו להרכיב את הממשלה ולעמוד בראשה, קרא לדיין, איש מפלגת העבודה היריבה, להצטרף כשר החוץ בממשלתו. בגין היה זקוק לדיין, שעדיין שמר על הילה של מדינאי בכיר ואדם המקובל במדינות העולם, על מנת למתן את התדמית הקיצונית שהייתה לבגין, וכן בשל התדמית של השועל הערמומי שהייתה לדיין, בעל הרעיונות הנועזים והמקוריים. לצורך קבלת המינוי פרש דיין מסיעת העבודה בכנסת והקים סיעה עצמאית. דיין נטל חלק מכריע בגישושי השלום עם מצרים, לרבות ביקורו החשאי במרוקו, כדי להוועד עם נציגו של נשיא מצרים, חסן תוהאמי, ובהמשך בכל המשא ומתן לשלום שהסתיים בכריתת הסכם השלום עם מצרים ב-26 במרץ 1979. דיין פרש ממשלת בגין ב-23 באוקטובר 1979 בשל חילוקי דעות בינו לבין ראש הממשלה ביחס ליישום הסכם השלום. שנתיים לאחר מכן ב-1981 נפטר דיין.
דוד אלעזר.
מכל אנשי הצמרת ששקיעתם נגרמה כתוצאה ממלחמת יום הכיפורים היה מקרהו של רב-אלוף דוד אלעזר הטרגי ביותר. אלעזר היה פופולרי בציבור. תהילתו הייתה על תפקודו כאלוף פיקוד הצפון במלחמת ששת הימים, האחראי לכיבוש רמת הגולן מידי הסורים. כינויו, דדו, היה ידוע לכל. לאחר המלחמה, בשנת 1968, הופק על ידי "שירות הסרטים הישראלי" (יחידה במשרד החינוך והתרבות שהוקמה במטרה לתת שירותי הפקה עבור משרדי הממשלה) סרט קולנוע תיעודי רשמי על המלחמה בשם "ששת הימים" שבויים על ידי אלפרד שטיינהרדט. הסרט כלל יומני קולנוע ישראלים וזרים וגם ראיונות עם אלופי הניצחון יצחק רבין, ישראל טל, עוזי נרקיס ודוד אלעזר. כל אחד מהם תיאר בלשונו את המערכה בגזרתו. כן כלל הסרט קטעי מלחמה משוחזרים ובהם השתתפו חיילי צה"ל שנטלו חלק בלחימה המקורית. קהל צופי הקולנוע בישראל התרשם עמוקות מהקטע בו תיאר דדו את המלחמה בצפון, ומבקרי הקולנוע ציינו כי הוא היה הפוטוגני והמרשים מבין האלופים שהשתתפו בסרט. הדבר הוסיף לתדמיתו וכאשר מונה לרמטכ"ל ב-1 בינואר 1972 הייתה יוקרתו בציבור בשיאה.
גם כשפרצה המלחמה ותושבי ישראל למדו אט אט על המצב הקשה בחזיתות לא נפגעה תדמיתו של אלעזר. לעומת ארשת פניו של דיין שלא נראו כבעבר, המשיך אלעזר להפגין עצמה וביטחון עצמי. ב-8 באוקטובר, לאחר כישלון מתקפת הנגד בסיני, הופיע הרמטכ"ל במסיבת עיתונאים בבית סוקולוב ששודרה ברדיו ובטלוויזיה. מדבריו לא ניתן היה ללמוד על המצב הקשה בחזיתות ועל האבדות הרבות. באומרו: "אנחנו נמשיך להכות ונשבור להם את העצמות. אני עוד לא רוצה להתחייב כמה זמן זה ייקח לנו", מחאו לו שומעיו כפיים. רק בהמשך, כשהמלחמה התארכה וסופה טרם נראה באופק, ולאחר שב-14 באוקטובר ניתן הפרסום הראשון על מספר ההרוגים עד אותו יום, 656 חללים, הפך המשפט על שבירת העצמות לסמל של התפארות שווא ויוקרת הרמטכ"ל נפגעה.
דוד אלעזר המשיך לנהל את המלחמה על כל תפניותיה, הניצחון על הצבא הסורי ברמת הגולן, צליחת תעלת סואץ על שלביה הקשים ועד להפסקת האש והפרדת הכוחות. בדו"ח הביניים שפרסמה ועדת אגרנט ב-1 באפריל 1974, המליצה הוועדה על הפסקת כהונתו של דוד אלעזר כרמטכ"ל. בדו"ח נכתב כי הוא "נושא באחריות אישית גם בעניין הערכת המצב וגם בעניין מוכנותו של צה"ל". בעקבות המלצת הוועדה הגיש אלעזר את התפטרותו לממשלה יומיים לאחר מכן, ב-3 באפריל 1974, וזאת תוך שהוא טוען כי נגרם לו עוול, בעיקר על רקע העובדה כי הוועדה לא המליצה על סנקציות כלשהן נגד הדרג המדיני, וכי לא נלקחו בחשבון תפקודו במהלך המלחמה, והעובדה כי בסופו של דבר הסתיימה המלחמה בניצחון. בציבור הרחב בישראל היה צער רב על פרישת הרמטכ"ל הפופולרי והתמרמרות על כך שהוועדה הטילה את כל כובד המשקל על אנשי הצבא ובראשם דוד אלעזר, בעוד שפטרה מאחריות את ראש הממשלה גולדה מאיר ואת שר הביטחון משה דיין, בשל כך כי אחריותם היא מיניסטריאלית בלבד.
במקומו של אלעזר נתמנה כרמטכ"ל האלוף מרדכי (מוטה) גור, שבזמן המלחמה שימש כנספח צה"ל בארצות הברית ולא היה מעורב במהלכי המלחמה וב"מלחמות הגנרלים".
לאחר הדחתו מתפקיד הרמטכ"ל היה אלעזר נתון במשבר אישי קשה, שממנו לא התאושש עד ליומו האחרון. לאחר שעזב פגוע את הצבא כתב דו"ח תשובה לוועדת אגרנט, אך ידידו הקרוב, ראש הממשלה יצחק רבין, שכנע אותו שאין מקום לדון מחדש במסקנות הוועדה. אלעזר השיב במכתב אישי לראש הממשלה כי נעשה לו עוול אישי והצביע על סתירות בנימוקי הוועדה. הוא החליט לכתוב ספר המבוסס על גרסתו. רבין רצה למנותו לשגריר ישראל בארצות הברית, אך כתיבת הספר והמינוי לשגריר לא התגשמו. ב-15 באפריל 1976, שלוש שנים לאחר סיום המלחמה, נפטר דוד אלעזר מהתקף לב כשהיה בבריכת שחיה ליד ביתו. בן 51 היה במותו.
אלי זעירא.
האלוף אלי זעירא, שהיה ראש אגף המודיעין ערב פרוץ המלחמה ובמהלכה, נחשב כאחראי העיקרי להפתעה שפקדה את צה"ל עם פרוץ המלחמה, מאחר שהוא היה המתריע הלאומי שתפקידו להזהיר מפני מלחמה, והוא כשל במתן ההתרעה.
מכל אנשי הצמרת הצבאית והמדינית שנחשבו כאחראים לכשלי צה"ל במלחמה, היה הוא הפחות מוכר לציבור, מאחר שרוב הקריירה הצבאית שלו הייתה של קצין מטה. הוא היה ראש לשכתו של הרמטכ"ל משה דיין במלחמת סיני. שימש כראש ענף מבצעים במטכ"ל, בראשית שנות ה-60 היה במשך שנתיים מפקד חטיבת הצנחנים, (אך היה זה בתקופת רגיעה יחסית) ולאחר מכן שב למלא תפקידי מטה ומונה לראש מחלקת מבצעים במטכ"ל. בשנת 1963 עבר לאגף המודיעין, בו עמד בראש מערך האיסוף. בשנת 1970 מונה לנספח צה"ל בארצות הברית ובקנדה, והועלה לדרגת אלוף. בספטמבר 1972 מונה לראש אמ"ן.
אגף המודיעין בראשות זעירא פיתח סברה, שקיבלה לאחר מכן את הכינוי "הקונספציה", כי תנאים מסוימים הכרחיים לתקיפה על ידי סוריה ומצרים והם רחוקים מלהתקיים. בהופעה בפני ועדת החוץ והביטחון, של הכנסת באוגוסט 1973 אמר: "אין בלבה של מצרים שום ספק שיחסי הכוחות והמצב הפוליטי העולמי, אינם מאפשרים מהלך הגיוני של פתיחה באש". בהתקרב המלחמה התעלם זעירא מהסימנים המעידים עליה ובאחד הדוחות ערב המלחמה הופיע הביטוי כי יש "סבירות נמוכה" לפרוץ מלחמה.
הציבור הרחב לא ידע על הקונספציה, על המהלכים שקדמו למלחמה, על ההתעלמות מהתראותיהם של תת-אלוף יואל בן-פורת וסגן סימן טוב בנימין ועל פרשת "האמצעים המיוחדים", אך עצם ההפתעה והתוצאות החמורות שנבעו ממנה בימים הראשונים של המלחמה, הדגישו בעיני הציבור את אחריותו של זעירא כמי שעמד בראש מערך המודיעין של צה"ל.
בשל טעויותיו בשיקול הדעת, בשל כישלונו בהערכת המודיעין שהגיש לדרגים העליונים ערב המלחמה, בהאמינו כי מדינות ערב אינן מוכנות עדיין לצאת למלחמה כוללת נגד ישראל, וכי התכונה מעבר לתעלה קשורה לתמרון צבאי נרחב, ובשל הטעיית הרמטכ"ל ושר הביטחון בפרשת "האמצעים המיוחדים", המליצה ועדת אגרנט להדיחו מראשות אמ"ן. הוועדה לא המליצה לשחררו מצה"ל, והוצע לו להמשיך כאלוף בתפקיד אחר, אולם זעירא יצא לשנת לימודים מוץ לישראל ולאחריה סיים את שירותו בצה"ל.
מאז סיום שירותו היה זעירא עסוק באפולוגטיקה על חלקו במלחמה. את גרסתו למאורעות, שקדמו לתחילתה של המלחמה פרסם בספר "מלחמת יום כיפור - מיתוס מול מציאות" שראה אור בשנת 1993. מהדורה שנייה של הספר יצאה לאור בשנת 2004, ונקראה "מיתוס מול מציאות - מלחמת יום הכיפורים: כישלונות ולקחים". במהדורה זו עשה זעירא מאמצים ניכרים לטיהור שמו, והאשים אחרים באחריות למחדל. בין השאר טען זעירא שאשרף מרואן, מי שכבר היה ידוע אז ממקורות שונים כ"מקור הבכיר" שהביא את ההתרעה הסופית על פרוץ המלחמה, היה סוכן כפול, שהוליך שולל את ישראל. כמו כן תקף הספר את התנהלותה של ועדת אגרנט. עוד טען זעירא כי ראש הממשלה, גולדה מאיר, הסתירה מידע מוועדת אגרנט.
בשנת 2004 יצא ראש "המוסד" בתקופת מלחמת יום הכיפורים, צבי זמיר, בהאשמה לפיה חשף זעירא, שנים לאחר תום המלחמה, את זהותו של "המקור הבכיר" ובכך גרם נזק חמור ליכולתה של ישראל לגייס סוכנים. את תלונתו העביר זמיר לטיפולו של היועץ המשפטי לממשלה, יצחק זמיר, על מנת שיפתח בחקירה בעניין. השופט בדימוס תיאודור אור, שמונה לבורר בסוגיה זו, קבע בשנת 2007 כי זעירא הדליף מידע לארבעה עיתונים וחשף את זהותו של אשרף מרואן. כמו כן חייב את זעירא לפצות את זמיר ולשאת בעלויות הבוררות. זמיר ושני קצינים מאגף המודיעין, עמוס גלבוע ויוסי לנגוצקי, התלוננו נגד זעירא ליועץ המשפטי לממשלה. ב-9 ביולי 2012 החליט יהודה וינשטיין לגנוז את התיק נגד זעירא לאחר שמצא כי מכלול נסיבות העניין אינו מצדיק הגשת כתב אישום.
שמואל גונן - גורודיש.
שקיעתו של האלוף שמואל גונן (שהיה ידוע יותר בציבור הרחב בשם משפחתו הקודם – גורודיש) הייתה המוקדמת ביותר מבין אלו של אנשי ההנהגה המדינית והפיקוד הצבאי. היא החלה עוד בימיה הראשונים של המלחמה.