בשנת 1998 הוציאה את האלבום "Taming the Tiger", אשר קודם במסע הופעות בקנה מידה אשר שנים לא בוצע על ידי מיטשל. בסבב ההופעות זה, הופיעה לצד בוב דילן וואן מוריסון. בתקופה זו החלו המבקרים גם לשים לב לשינוי בקולה של מיטשל. מיטשל עצמה גם הודתה בהרגשה שבשינוי, ואף אמרה שמצאה עצמה לא מסוגלת לשיר כמו בשנים לפני. על אף שאפשר להצביע על הרגלי העישון הכבדים שלה בתור הגורם לכך, מיטשל טוענת כי מדובר גם בבעיות בריאותיות נוספות, כמו גושים בגרון וסימפטומים שנותרו והתפתחו משיתוק הילדים בו נדבקה בילדותה. כמו כן, לטענתה, זמרים לעיתים מאבדים את הטונים הגבוהים שלהם בעברם את גיל חמישים, וקול האלט החדש שלה אף מעניין יותר מזה שבצעירותה. כך או כך, הרגלי העישון שלה אינם בגדר גורם, לטענתה.
שנות ה-2000 - עבודות מאוחרות.
שני אלבומיה הבאים של מיטשל לא הציגו שירים חדשים משל עצמה, ולטענת מיטשל, הם נוצרו על מנת לסגור את חובות החוזה שלה. "Both Sides Now" יצא בשנת 2000, כלל בתוכו גרסאות כיסוי בסגנון ג'אזי יחד עם תזמורת בניצוחו של וינס מנדוזה. הוא זכה לביקורות משבחות ונמכר היטב. השירים היחידים באלבום שנכתבו בידי מיטשל היו להיטי העבר שלה, "A Case of You" ו-"Both Sides Now", אשר זכו גם הם לביצוע חדש.
בשנת 2001 זכתה בפרס הגראמי על מפעל חיים.
בשנת 2002 יצא האלבום "Travelogue", אוסף משיריה הידועים בליווי תזמורת, ומיטשל הודיעה שזה יהיה אלבומה האחרון. באותה שנה, בריאיון למגזין הרולינג סטון, דיברה מיטשל על כך שאינה מרוצה ממצב המוזיקה של התקופה, ותיארה אותו כ"בור שופכין". היא תיארה את סלידתה מהרודנות של תעשיית המוזיקה, ועל רצונה לשלוט במוזיקה של עצמה, ככל הנראה דרך שיווקה באינטרנט.
במהלך השנים הבאות, האלבומים שמיטשל הוציאה היו אוספים של יצירותיה הוותיקות. בשנת 2003 איגדה חברת "Geffen" את הקלטותיה תחת החברה במארז של ארבעה אלבומים בעריכת רימסטרד עם שלושה שירי בונוס, לצד הערות כתובות בידי מיטשל. שירי הבונוס כללו גרסת דמו קולית ללא מילים, ליווי הפסנתר בשיר "Good Friends" וגרסת כיסוי לשירו של בוב דילן, "It's All Over Now, Baby Blue". אלבומי אוסף נוספים בעלי נושא יצאו גם במהלך השנים הבאות: "The Beginning of Survival" ו- "Dreamland" בשנת 2004 ו-"Songs of a Prairie Girl" בשנת 2005. האחרון כלל מקבץ משירי ילדותה בקנדה, והוא יצא אחרי שמיטשל הוזמנה להופעה לחגיגות המאה של ססקצ'ואן, בקונצרט נכחה אף המלכה אליזבת, ונכללו בו מחוות לשיריה של מיטשל.
על אף הצהרתה של מיטשל שהיא לא מתכוונת להופיע עוד, היא עוד נהגה להופיע באירועים חברתיים הקשורים באיכות הסביבה. את חייה היא חלקה בין שני בתים. האחד הוא ביתה הישן בלוס אנג'לס, והשני הוא חווה בקולומביה הבריטית אשר ברשותה עוד משנות השבעים המוקדמות. כיום היא מתמקדת בעיקר באומנות ויזואלית, אשר אינה מיועדת למכירה, ומוצגת באירועים נדירים.
עבודות נוספות.
בשנות התשעים המוקדמות, חתמה מיטשל על חוזה עם חברת ההוצאה לאור "Random House" על פרסום אוטוביוגרפיה. הביוגרפיה עוד לא יצאה לאור, וכאשר נשאלה, סיפרה מיטשל בשנת 2005 כי היא מתעדת ברשמקול את כתביה, ושהפרויקט בתהליכי עבודה מתמשכים. לטענתה מדובר בפרויקט שיהיה מחולק לארבעה חלקים של אוטוביוגרפיה וששם הראשון יהיה "הייתי הגבר השחור היחיד במסיבה".
באוקטובר 2006, סיפרה מיטשל בראיון כי היא עובדת על מקבץ שירים חדשים, לראשונה מזה עשור. מספר חודשים לאחר מכן, בראיון נוסף ל"ניו יורק טיימס", פרסמה מיטשל שהאלבום, ששמו הוא "Shine", בא בהשראה מהמלחמה בעיראק. הביקורות טענו כי האלבום כולל רגש מינימלי שחוזר אל עבודתה הישנה של מיטשל ומתמקד בעיקר על נושאים פוליטיים וסביבתיים.
בפברואר 2007, חזרה מיטשל אל קנדה להופעת הבכורה של הבלט "הכינור והתוף", המבוסס על שיריה. מיטשל אף תיעדה בצילומים את החזרות לבלט בשביל סרט דוקומנטרי עליו היא מתכוננת לעבוד. על אף חוסר העיסוק במוזיקה, טענה מיטשל כי מעולם לא הייתה כה עסוקה.
בקיץ של אותה שנה, הדליף מנהל אתר המעריצים של מיטשל כי קיימות השערות כי היא חתמה על חוזה של שני אלבומים עם חברת בתי הקפה "סטארבאקס"., תחת חברת "Hear Music". אלבומה האחרון "Shine" שוחרר בספטמבר תחת אותה החברה, ובאותו יום יצא גם אלבום מחווה למיטשל, "River: The Joni Letters", בידי הרבי הנקוק, חבר ותיק של מיטשל. בין המוזיקאים שחברו ליצירת האלבום: נורה ג'ונס, לאונרד כהן וטינה טרנר.
בפברואר 2008, זכה האלבום בפרס גראמי לאלבום השנה. בפעם הראשונה מזה ארבעים ושבע שנים זכה מוזיקאי ג'אז בקטגוריה זו.
בעיות בריאות והתאוששות.
מיטשל אמרה כי היא סובלת מ"תסמונת מורגולונס" , ובשנת 2010 אמרה כי היא מתכננת לעזוב את תעשיית המוזיקה על מנת להעניק אמינות רבה יותר לאנשים שאובחנו כחולים כמוה.
בשנת 2015, מיטשל לקתה במפרצת מוחית, אשר דרשה ממנה לעבור פיזיותרפיה, ולקחת חלק בשיקום יומיומי. מיטשל הופיעה בפומבי הראשון בעקבות המפרצת כאשר השתתפה בקונצרט של צ'יק קוריאה בלוס אנג'לס באוגוסט 2016. היא הופיעה עוד כמה הופעות, ובנובמבר 2018 דייוויד קרוסבי אמר שהיא לומדת ללכת שוב.
מאז 2018 מיטשל עבדה על מספר פרויקטים ארכיוניים. בספטמבר 2018 הוציאה חברת Eagle Rock Entertainment את הסרט הדוקומנטרי של הבמאי מוריי לרנר, Both Sides Now: Live at the Isle of Wight Festival 1970, שכלל צילומי וידאו משוחזרים וראיונות שלא נראו בעבר עם מיטשל, בתוספת תוכנית נפרדת הכוללת את הקונצרט השלם ללא הפרעה. ב-2 בנובמבר 2018, הוציא מיטשל מהדורת ויניל מחודשת של Love Has Many Faces: A Quartet, A Ballet, Waiting to Be Danced. מהדורת ויניל במהדורה מוגבלת של "כחול" יצא לאור בינואר 2019.
ב-7 בנובמבר 2018 מיטשל השתתפה בקונצרט "ג'וני 75: חגיגת יום הולדת בלוס אנג'לס". כדי לחגוג את יום הולדתה ה-75 עם קבוצה נבחרת של אמנים, ביניהם ג'יימס טיילור, גרהאם נאש, סיל וקריס קריסטופרסון. הההופעה יצא לאור כ-DVD ומהדורת ויניל יצא לחנויות התקליטים באפריל 2019. מאוחר יותר השתתפה מיצ'ל בקונצרט מחווה נוסף, Songs Are Like Tattoos.
בספטמבר 2020 הוכרז כי מיטשל וחברת התקליטים Mitchell and Rhino יפיקו את "ארכיוני ג'וני מיטשל", סדרת מהדורות קטלוגיות המכילות חומר מהארכיון האישי שלה. המהדורה הראשונה של הפרויקט, אוסף בן חמישה דיסקים שכותרתו ארכיוני ג'וני מיטשל - כרך א': השנים הראשונות (1963–1967), יצא לאור ב-30 באוקטובר 2020.
ביולי 2022 לאחר 22 שנים, הופיעה בהופעה מלאה בפסטיבל הפולק של ניופורט, כשלצידה הזמרת האמריקאית ברנדי קרליל
מורשת מוזיקלית.
סגנון גיטרה ייחודי.
כמעט ולא קיים שיר אחד של מיטשל שלא דרש כוון מיתרי הגיטרה. היא כתבה שירים בכוונונים רבים ושונים, אשר אליהם שייכה את השם "האקורדים המוזרים של ג'וני". השימוש הלא שגרתי הזה אפשר לה ליצור שירים בעלי הרמוניות מסובכות ומגוונות, ללא התלות באקורדים מורכבים לאצבוע, ואכן, רוב שיריה בנויים על אקורדים פשוטים למדי לנגינה. אמנם, כיוון גיטרה מסוג זה יצר צליל עשיר וקצבי במיוחד אשר מיוחס כיום בעיקר למיטשל.
בשנת 2003 דירג אותה מגזין "הרולינג סטון" במקום השבעים ושניים ברשימת "הגיטריסטים של כל הזמנים". היא האישה שדורגה במקום הגבוה ביותר במצעד.
השפעות על אמנים אחרים.
במקרים רבים, מתוארת מיטשל בתור "מוזיקאית של המוזיקאים". עבודתה היא בעלת השפעה אדירה על קשת רחבה של אמנים השונים זה מזה, כמו אנני לנוקס, ג'ף באקלי, אלביס קוסטלו, טורי איימוס, מדונה, פרינס, ביורק, ג'ורג' מייקל ומוריסיי.
מספר אמנים אף יצרו להיטים מגרסאות כיסוי לשיריה של מיטשל, כמו למשל שרה מקלכלן שביצעה את השיר "River" באלבומה "Windstorm". להקת Counting Crows ביצעה גרסת כיסוי רוקיסטית ומצליחה ל- "Big Yellow Taxi" בשנת 2002, וג'נט ג'קסון לקחה את החלק המרכזי בשיר לסינגל שלה משנת 1997, "Got 'Til It's Gone". בשנת 2004, ביצע ג'ורג' מייקל כיסוי לשירה "Edith And The Kingpin" בתוכנית רדיו. השיר "וודסטוק" קיבל גרסאות כיסוי מצד קרוסבי, סטילס, נאש ויאנג באלבום "Déjà Vu " ובידי איווה קסידי והשיר "A Case of You" בוצע בידי טורי איימוס, ג'יין מונהייט, פרינס ודיאנה קראל. על אף שמיטשל נמנעת מלהעיר על אמנים אחרים, במיוחד אלה המושפעים ממנה, היא גילתה סיפוק רב מעבודתן של שתי מוזיקאיות הג'אז, קסנדרה ווילסון ודיאנה קראל, על גרסאות לשיריה. שמאזינים רבים נוהגים לזכור בעיקר את יצירותיה המוקדמות, מוזיקאים רבים מצאו השראה במוזיקה הניסיונית והמאוחרת יותר שלה.
אחת מהמחוות הידועות ביותר למיטשל, הוא השיר "Going to California" של לד זפלין, אשר נכתב על התאהבותם של ג'ימי פייג' ורוברט פלאנט במיטשל, מה שמקבל תימוכין בהופעותיהם, כאשר פלאנט נהג לומר ג'וני לאחר השורה "למצוא מלכה ללא מלך, נאמר שהיא מנגנת בגיטרה ובוכה ושרה".
מדונה טוענת כי מיטשל היא המוזיקאית הנשית הראשונה שבאמת הצליחה לרגש אותה בצעירותה. לטענתה, "מכל הזמרות להן הקשבתי, יש לה את ההשפעה הגדולה ביותר עליי, מהבחינה הלירית".
ת'רסטון מור ולי רנאלדו, ממייסדי להקת הרוק האלטרנטיבי סוניק יות', הביעו במספר ראיונות את הערכתם ואהבתם למוזיקה של מיטשל. מור אמר "ג'וני מיטשל! השתמשתי ביסודות מכתיבת השירים שלה ומכיווני הגיטרה שלה ואף אחד אפילו לא יודע מכך". רנאלדו כלל את Ladies of the Canyon ברשימת 13 האלבומים האהובים עליו. כיווני הגיטרה של סוניק יות' הושפעו רבות מאלה של מיטשל ואף יש ללהקה שיר בשם "Hey Joni".