לאחר פטירת רבי אהרן ורבי אשר, הייתה החסידות במשבר. רבי אשר השאיר אחריו את רבי ישראל ה"ינוקא" מסטולין - שהיה בן ארבע וחצי בלבד. למרות גילו הצעיר שמו החסידים את עיניהם בו כמי שנועד להנהיג את החסידות בעקבות הוראת סבו רבי אהרן. כתבי הנשיאות נמסרו לו בטקס הבר מצווה שלו, בי' בכסלו ה'תרמ"ב (1881) על ידי זקני החסידים ובהם היו רבי דוד בידרמן מללוב ורבנים נוספים. בגלל גילו הצעיר נודע בשם 'הינוקא מסטולין'. הינוקא מסטולין כיהן כאדמו"ר במשך 50 שנה. מספר חסידיו הגיע לרבבות. הוא שינה את דרך אבותיו, והחל לנהוג בצניעות והסתר. הוא לא אמר דברי תורה בטיש, היה מתפלל במהירות ובשקט, החליף את לבושו ללבוש מודרני, היה בעל השכלה רחבה, ושלט במספר שפות כמו גם בתחומי עניין נרחבים והיה בעל השכלה מוזיקלית מיוחדת. עם זאת, היה בעל השקפת עולם שמרנית, ואת חסידיו המשיך לחנך בדרך אבותיו. הוא היה מהאדמו"רים והרבנים היחידים באזורו שלא השתתפו באגודת ישראל, הוא סירב להתערב בעניינים ציבוריים בדעה שהם גורמים למחלוקות ושקרים. על אף הנהגתו המודרנית וצניעותו, היה נערץ על ידי צדיקי דורו, אף הקנאים שבהם כמו רבי חיים אלעזר שפירא ממונקאטש, רבי שמחה ישכר בער הלברשטאם מצישינוב ורבי שמחה בונם קאליש מאוטבוצק, כמו גם על ידי רבנים ליטאיים כרבי דוד פרידמן מקרלין ורבי יצחק אלחנן ספקטור. רבי ישראל נפטר בשהותו לצורכי רפואה בעיירה שבגרמניה ביום השני של ראש השנה ה'תרפ"ב (1921) ונקבר בפרנקפורט.
רבי ישראל הותיר אחריו שישה בנים, שחלקם שימשו כאדמו"רים:
בשואה נספו ארבעה מהאחים: רבי אשר ורבי משה נספו בטבח שנערך ביהודי סטולין בערב ראש השנה. רבי אברהם אלימלך מקרלין נרצח, לפי המסורת המקובלת בין החסידים, בי"ד בחשוון תש"ג (1942). רבי אהרן נרצח בורשה, ככל הנראה בחודש אב. כמעט כל החסידים האירופאים נרצחו גם הם בשואה, ותקומתה של החסידות הייתה מהחסידים אשר עלו לפני השואה לארץ ישראל ואלה שהיגרו לארצות הברית.
השפעה.
בדור השלישי לחסידות, כיהן בליטא רבי חייקל מאמדור, שהנהיג עדה חסידית בדרך רבו רבי אהרן הגדול.
בדור הרביעי לחסידות, מספר תלמידים של רבי שלמה מקרלין, אדמו"רה השני של החסידות, הקימו חצרות משלהם. מהם היה רבי מרדכי מלעכוויטש, אבי חסידות לעכוויטש, ממנה הסתעפו גם חצרות קוברין, קוידנוב (ממנה יצאה גם חסידות נובומינסק) וסלונים. חסידות לעכוויטש הייתה בהמשך חסידות בת של חסידות קרלין, כשאדמו"רה, רבי מרדכי השני, היה אחיינו של רבי אהרן השני מקרלין, והיה נוסע אליו יחד עם חסידיו. חסידות נוספת של תלמידו של רבי שלמה מקרלין, הייתה חסידות סטרליסק מיסודו של רבי אורי מסטרליסק, ממנה יצאה גם חסידות סטרטין. בחצרות אלו ונוספות, בדומה לחסידות קרלין, היה נהוג לצעוק בתפילה.
בהמשך הדורות הושפעו חצרות חסידיות נוספות מחסידות קרלין. רבי דוד צבי שלמה בידרמן, בנו של רבי אלעזר מנדל בידרמן האדמו"ר מלעלוב, היה לחסידו של רבי אהרן השני מקרלין. הוא נסע אליו מארץ ישראל והקים את בתי הכנסת של חסידי קרלין בירושלים ובצפת. לאחר שמונה לאדמו"ר מלעלוב, בלחצה של אמו, עירב את מנהגי ודרך קרלין במנהגי לעלוב.
רבי אשר השני מסטולין, נישא לאלמנתו של רבי יחיאל יעקב מקוז'ניץ. בנה, רבי ירחמיאל משה הופשטיין, גדל בסטולין, אצלו ואצל אביו רבי אהרן. לימים, כשמונה לאדמו"ר מקוז'ניץ, הוא נהג במנהגי קרלין ובדרכיה. הוא השפיע ברוח זו גם על דודו וחתנו, רבי קלונימוס קלמיש מפיאסצנא, שהתייתם וגדל אצלו.
בדור הנוכחי ניכרת השפעה של חסידות קרלין על "חבורת אמונת ישראל" של הרב משה וולפסון.
חסידות קרלין בארץ ישראל.
חסידות קרלין הייתה פעילה מראשיתה ביישוב הישן בארץ ישראל. רבי יעקב (נפטר ב-ה'תקמ"ז 1787), בנו של רבי אהרן הגדול, עלה לארץ ישראל בסביבות שנת ה'תק"ל (1770) והקים את הגרעין החסידי הראשון בארץ, שבע שנים לפני עליית תלמידי הבעל שם טוב. כל אדמו"רי קרלין עודדו עלייה לארץ. מקומה המרכזי של חסידות קרלין בקהילת החסידים בטבריה ובירושלים הביא חסידים רבים להצטרף לחסידות זו בארץ ללא שביקרו אצל האדמו"ר. בדור האחרון לפני השואה ביקרו שלושת האדמו"רים בארץ, בפרט רבי אברהם אלימלך שביקר בה ארבע פעמים. כתוצאה מכך הייתה חסידות קרלין בין החצרות החסידיות הגדולות בארץ ישראל.
הגרעין הראשון של חסידי קרלין התיישב בטבריה, כשמרכזו בבית הכנסת של רבי מנחם מנדל מוויטבסק על שפת ים כנרת. בית הכנסת שופץ בסיוע האדמו"ר בעל הבית אהרן מקארלין. חלק מן החסידים עברו לירושלים ובשנות השבעים של המאה ה-19 הקימו בעיר העתיקה בית כנסת.
בתקופת רבי ישראל מסטולין הוקמו בתי כנסת בשכונת בית ישראל בירושלים, בצפת ובחיפה.
בתקופת בניו של רבי ישראל נוסדו עוד קהילות ובתי כנסת של חסידי קרלין ובנותיה ובתל אביב היו שלושה בתי כנסת (של חסידי שלושת האדמו"רים). חסידי קרלין שבירושלים היו כפופים בעיקר למרותו של רבי אברהם אלימלך מקרלין, ואלו שבתל אביב סרו ברובם למרותו של רבי משה מסטולין. שניהם הקימו ישיבות בישראל. בישיבת "בית אהרן" בירושלים כיהן הרב יהושע השיל הלטובסקי כראש ישיבה. בשנת ה'ת"ש (1940) הוקמה ישיבה נוספת בירושלים בשם "פאר ישראל" שבה כיהן הרב משה הולצברג כראש ישיבה. בתל אביב הוקמה ישיבת "בית ישראל" בנשיאותו של רבי משה מסטולין.
לאחר מלחמת השחרור, שבה נכבשה העיר העתיקה על ידי הירדנים, הקימו פליטי העיר העתיקה בית כנסת בשכונת קטמון. בית כנסת זה היה פעיל עד אמצע שנות ה-80, אז נפטרו או עזבו החסידים שהתגוררו שם. בשנות ה-40 הוקם בית כנסת של חסידי קרלין בגבעתיים. בית כנסת זה פעיל עד היום, אך אין בו חסידי קרלין.
חסידות קרלין בארצות הברית.
חסידות קרלין החלה להתבסס בארצות הברית החל משנת ה'תר"ם (1880) לאחר שיהודים רבים נמלטו מהפוגרומים והרדיפות ברוסיה. בהמשך, עודד רבי ישראל מסטולין את חסידיו לנסוע לארצות הברית באומרו שעתיד היהדות נמצא באמריקה. בתי כנסת של החסידות הוקמו בלואר איסט סייד ובבראונזוויל שבניו יורק. בשנת ה'תרפ"ד (1924) היגר לארצות הברית בנו של רבי ישראל, רבי יעקב חיים פרלוב. הוא הקים בית כנסת נוסף בניו יורק, בוויליאמסבורג. בתי כנסת הוקמו גם בשיקגו (בשיתוף עם חסידות קוברין) ובדטרויט. בתקופה זו מנו חסידי קרלין בארצות הברית מאות חסידים. עקב הקשיים בשמירת הדת בתקופה זו רוב הדור הצעיר עזב את הדת.
רבי יעקב חיים נפטר בשנת ה'תש"ו ללא ילדים. שנתיים לאחר פטירתו הגיע לארצות הברית אחיו רבי יוחנן, שהתיישב בוויליאמסבורג ופתח ישיבה ומוסדות חינוך. בסוף ימיו הוא העביר את מרכז החסידות לבורו פארק. הוא נפטר בשנת ה'תשט"ז (1955).
נכדו, האדמו"ר הנוכחי מקרלין-סטולין, התגורר בבורו פארק, עד עלייתו לישראל בתחילת שנות ה-90.
חסידות קרלין לאחר השואה.
רבי יוחנן פרלוב מלוצק (ז' באב ה'תר"ס, 1900 – כ"א בכסלו ה'תשט"ז, 1955), בנו השישי של רבי ישראל מסטולין, התגורר לפני השואה בלוצק והנהיג את חסידי קרלין באזור וואהלין. לאחר המלחמה נשאר רבי יוחנן יחידי מבין אחיו והפך לאדמו"ר המרכזי של חסידות קרלין. בשנת ה'תש"ו (1946) עלה לארץ ישראל וכעבור שנתיים עבר לארצות הברית. רבי יוחנן פיתח את החצר והקים מרכזים חדשים וגדולים בארצות הברית ובארץ ישראל. נפטר בארצות הברית בכ"א בכסלו ה'תשט"ז (1955) ונקבר שם. כעבור שנה הועלתה גופתו והובאה לקבורה בבית הקברות בטבריה.
בתו פייגא (נפטרה ט' בכסלו ה'תש"ע) נישאה לעזרא שוחט ולהם נולדו שני בנים ובת: האדמו"רים רבי ברוך מאיר יעקב שוחט ורבי יוחנן שוחט, ובתם רבקה הנשואה לרב יעקב ברוך לעדרייך, רב בית הכנסת של חסידי קרלין בארצות הברית.
הפילוג בחסידות.
לאחר פטירתו של רבי יוחנן מלוצק קיבלו עליהם רוב חסידי קרלין, ובפרט הצעירים שבהם, לאדמו"ר את רבי ברוך, שהיה אז ילד צעיר. רוב זקני העדה העדיפו לקבל את הנהגת רבי משה מרדכי בידרמן מלעלוב. לאחר האיחוד נקראה חסידות זו 'קרלין לעלוב'. לאחר פטירתו של רבי משה מרדכי הנהיג במשך תקופה קצרה בנו, רבי שמעון, גם את חסידי קרלין, אך בעקבות רצונו שלא ליטול חלק במחלוקת - הוא החליט לפרוש מתפקיד זה והחסידות בראשותו שבה להיקרא לעלוב בלבד. בעקבות זאת קיימו 'זקני קרלין' בחירות פנימיות שבסופן נבחר רבי אהרן רוזנפלד לכהן כאדמו"ר.
בהסכם בוררות בין שני הפלגים הוחלט כי החסידות בראשות רבי ברוך שוחט תיקרא קרלין-סטולין ואילו זו של 'זקני קרלין' בראשות רבי אהרן רוזנפלד תיקרא פינסק-קרלין. במסגרת ההסכם נדחתה התביעה של קרלין-סטולין על בית המדרש של קרלין שבשכונת 'בית ישראל' בירושלים, משום שרוב המתפללים בבית הכנסת נמנו על חסידי 'פינסק קרלין'.
בהמשך פרשה מחסידות קרלין-סטולין קבוצה נוספת בראשות הרב יוסף צינווירט, ונקראה בשם קהל חסידי ירושלים. מרכז קהילה זו בשכונת הבוכרים. פלג זה בתחילה לא מינה לעצמו אדמו"ר. בשנת ה'תשס"א מינה חלק מן הקהילה את הרב אברהם חנון כמנהיג, על אף התנגדותו של הרב צינווירט, ובחודש אדר ה'תשס"ז הוא נבחר לאדמו"ר. חלק קטן מהקהילה פרש וקיבל על עצמו את האדמו"ר מלוצק, רבי יוחנן שוחט, אחיו של האדמו"ר מקרלין-סטולין.
החסידות כיום.
בחסידות קרלין כאלפיים בתי אב, רובם בישראל. בית המדרש המרכזי של החסידות, "היכל רבנו יוחנן", שוכן בשכונת הבוכרים בירושלים. מרכז נוסף של החסידות הוא בגבעת זאב ליד ירושלים, שם גר האדמו"ר מאז 1996. במרכז זה קרסה בשנת 2021 טריבונה וגרמה למותם של שלושה אנשים ולפציעת כ־220. מרכזים נוספים של החסידים בישראל ישנם בבני ברק, ביתר עלית, מודיעין עילית וטבריה.