המוסדות שהיו אחראים להיאחזויות היו: מחלקת ההתיישבות, המרכז החקלאי, המטכ"ל, פיקוד הנח"ל, אגף הנוער והנח"ל במשרד הביטחון, הזרמים ההתיישבותיים ותנועות הנוער. שתי בעיות עמדו במוקד הקשרים בין הגופים השונים. האחת, הייתה ניגודים שהיו קיימים בין סדרי העדיפויות של המוסדות השונים והשנייה הייתה הקושי בתיאום המנהלי ביניהם. בעיה נוספת שעמדה במוקד החיכוך הייתה עצם יוזמת הקמת ההיאחזות. נשאלה השאלה מי אחראי לקבלת ההחלטה על הקמת היאחזות חדשה. היוזמה הגיעה לעיתים מצד מחלקת ההתיישבות, כאשר תוכנן להקים יישוב ישראלי בנקודה מסוימת אך לא היו לכך תנאים אזרחיים. גם המטכ"ל היה יכול ליזום הקמת היאחזות כמענה לפרצה ביטחונית באזורי גבולות וגם הממשלה יכולה הייתה לדרוש זאת בהתאם לצרכיה המדיניים. בפועל, מאחר שהחיילים שאיישו את ההיאחזויות היו במהלך שירותם הצבאי הסדיר, התנועה ההתיישבותית כמעט ולא לקחה חלק בקבלת ההחלטות על הקמת היאחזויות בשלב ראשון. במהלך השנים, ועד למלחמת ששת הימים, הוחלט על הקמת היאחזויות במטכ"ל, זאת בדיון משותף עם שאר הגופים הרלוונטיים. לאחר כיבוש יהודה והשומרון וחבל עזה במלחמת ששת הימים, הוקמה ועדת שרים בעניין ההיאחזויות והיא שהייתה בעלת סמכות ההחלטה בעניין.
עוד בעיה שעמדה על הפרק הייתה שאלת מיקומה של ההיאחזות החדשה שתקום. ההחלטה על המיקום התקבלה בשיתוף פעולה של המטכ"ל והגופים ההתיישבותיים, אך גם כאן נתגלו מחלוקות עם הזמן. דוגמה טובה לכך היא ההיאחזות גרופית שנקבעה, משיקולים צבאיים, בראש גבעה ולא במישור החקלאי שנשתרע תחתיה.
כאשר המחלוקות היו עמוקות מידי היה עולה הדיון להכרעה אצל הרמטכ"ל ושר הביטחון.
היאחזויות ראשונות על המפה.
חיילים בודדים בלבד הקימו במסגרת הנח"ל את שלוש היאחזויות הנח"ל הראשונות: ב-27 ביולי 1950 הוקם ה"פיילוט" הוא קיבוץ ניר אליהו. ב־25 ביולי 1951 הוקמה "נחלאים א" מול העיר עזה (לימים תקרא "נחל עוז") ב־13 באוגוסט 1951 הוקמו "נחלאים ב", היא גונן, ו"נחלאים ג" היא יטבתה.
על עוצמת התפקיד הביטחוני-התיישבותי החשוב שנסכו ההיאחזויות הראשונות במדינה אמר יצחק רבין: החיילים הבודדים ששירתו בהיאחזויות אלו הוחלפו בהמשך בידי גרעיני תנועות הנוער. אזרחים החלו מופיעים בהיאחזויות ימים ספורים לאחר הקמתן, כתמיכה מצד היישוב. הקשר של ההיאחזות אל מפקדת הגדוד נעשה באמצעות ישיבות שבועיות. לא פעם התעוררו ניגודים בין צורכי המשק לצורכי הצבא ובעיות מסוג זה הובאו לדיון ב"וועדה לתיאום המפעלים החקלאיים של פיקוד הנח"ל".
עד 1954 הוצבו בחיל הנח"ל אלפי חיילים "בודדים" שהקימו היאחזויות או שקיבלו בהן את ההכשרה החקלאית לה נדרשו לפי חוק והחלה מגמה הרואה בהיאחזויות כמכשיר ממלכתי לביצוע ההתיישבות הביטחונית הלאומית באזורים מיוחדים.
במקביל להקמת ההיאחזויות הוקמו בידי נח"לאים בשירות חובה, בתמיכת הסוכנות היהודית, שלושה יישובים אזרחיים: שעלבים (בידי גרעיני תנועת 'עזרא'), קיבוץ כפר עזה (על ידי גרעיני עולים ממצרים וטנג'יר) ומושב ניצני עוז (על ידי גרעין מושבי מכפר ויתקין). עוד טרם הוחלט רשמית על הקמת ההיאחזויות ב־1951, הקימו גרעיני הנח"ל במהלך 1950-1949 את היישובים תל קציר והאון, את ראש הנקרה, את צור מעון שבנגב, ואת קיבוץ צאלים. משלב זה ואילך מקיים הנח"ל התיישבות ביטחונית דואלית על ידי היאחזויות צבאיות ויישובים אזרחיים.
שיטה זו שירתה משימות יישוב לאומיות, בשטחים בהם האוכלוסייה היהודית דלילה ואשר נחשבו ליעד התיישבות מועדף (בעיקר בנגב, בגליל ובערבה, ואחרי מלחמת ששת הימים בשטחים שעברו לידי ישראל במהלך המלחמה). הניסיון הראשון ליישב חיילים בנקודת קבע נעשה בקיבוץ ניר אליהו: ב-27 ביולי 1950 עלו לקרקע חברי קבוצת "אל ניר" (איחוד של כמה גרעיני עולים מטורקיה, מרומניה ומפולין שעברו הכשרה בקיבוצים: גלעד, עין חרוד, כפר גלעדי ואשדות יעקב) והקימו קיבוץ מול מובלעת קלקיליה ועל מנת ליצור רצף התיישבות עברי בין המושבה דאז כפר סבא לקיבוץ רמת הכובש, ובסמוך למכללת בית ברל. הצלחת ה"פיילוט" בניר אליהו הביאה לאימוץ שיטה זו, כשבאופן רשמי נחשבת "נחלאים א'" (כיום קיבוץ נח"ל עוז) להיאחזות הנח"ל הראשונה, מול עזה ובה נמצא עד היום מוזיאון הנח"ל.
החיים בהיאחזות.
האחריות על ההיאחזויות הוטלה הן על אגף הנוער והנח"ל במשרד הביטחון והן על פיקוד הנח"ל וכבר בראשית הדרך הקימו הגופים ועדה משותפת שקבעה תפקידים ונוהלי עבודה בהיאחזויות. בנוסף נקבע כי על הוועדה יוטלו תפקידים כדוגמת ביקורים בהיאחזויות ותיאומי תוכניות הפעולה של המשק. צורת העבודה שקבעה הוועדה נותרה בתוקף במהלך השנים והיא הייתה הגוף המנהל את החיים השוטפים בהיאחזויות הנח"ל.
כל המדריכים האזרחיים בהיאחזות היו חברי המשק וכך גם באשר לרוב המפקדים הצבאיים בה והסוגיה העיקרית שעמדה על הפרק בחפיפה בין בעלי התפקידים בהיאחזות הייתה בעניין הסמכות. אחת השאלות שנשאלו פעמים רבות בעניין זה עסקה בסוגיה היכן עובר הגבול בין בעיות משקיות לצבאיות, ולצורך העניין, למשל, האם עבודה חקלאית מבטלת חופשה צבאית?
ההליך שנקבע הגדיר כי בידי מפקד ההיאחזות יינתנו סמכויות בעלות היקף חריג והוא שיהיה בעל המילה והפוסק הסופי בשאלות פנימיות של היישוב. על מנת ליצור תקנון מסוים גובש קובץ של פקודות קבע להיאחזויות, תקנון המגדיר היטב את סמכויות הצוות האזרחי והצבאי. בין ההוראות בקובץ הייתה ההנחיה שקבעה כי הוראות הצוות האזרחי משולות לפקודה צבאית ובנוסף נקבעו נהלים לדיונים משותפים, פגישות שבועיות של כלל הצוות בהיאחזות ומפגשים חייליים.
על מנת לספק הכשרה חברתית-התיישבותית הוחלט לשתף את חברי הגרעין בניהול היישוב, לצד מעמדו כמתקן צבאי, כאשר מידת העצמאות שהוענקה לחיילים תלויה הייתה באופיו של המפקד. לצד כל אלו נקבעו ונבחרו בהיאחזויות ועדות תרבותיות וחברתיות שונות ומזכירות היאחזות שריכזה את הפעילות האזרחית הכוללת בה ונוצר הווי חברתי שהיה לשם דבר.
היאחזויות הנח"ל עד מלחמת ששת הימים.
הגל הראשון של הקמת ההיאחזויות היה, בשנים 52–1950. הגל השני החל בינואר 1953 עם הקמתה של עין גדי, ובמשך פחות משנה עלו על הקרקע שמונה היאחזויות חדשות. באותה שנה הוקמו היאחזויות גם בגליל התחתון, במבצע "ייהוד הגליל". הגליל, שהיה דל מיישובים ותושבים יהודיים, היה לאחר מיעדי ההתיישבות של המדינה ומידי כמה שנים הוקמו בו היאחזויות חדשות, במטרה ליישב מובלעת זו או אחרת. חבל לכיש היה אף הוא יעד להתיישבות ביטחונית. ראש הממשלה, דוד בן-גוריון, הגה רעיון של התיישבות אזורית, במסגרתה יוקמו כעשרים יישובים, אוטונומיים אך קשורים זה לזה באופן מערכתי. חבל לכיש, שהיה בלתי מיושב ושימש כפירצה עבור מסתננים מירדן, נבחר כאזור ההתיישבות והוקמו בו שישה עשר יישובים בין השנים 55–1954, מהם כמה היאחזויות נח"ל שמוקמו ממש בסמוך לגבול הירדני. הסכמי שביתת הנשק ממלחמת העצמאות קבעו כי אזור ניצנה וגבול רצועת עזה יהיו מפורזים מכוחות צבא. ב־1955 השתלט צבא מצרים על השטח המפורז של ניצנה, גברו פעולות האיבה באזור ובישראל נתקבלה החלטה להקים יישובים בשטח זה. על הקרקע באזור המפורז של ניצנה עלו חמש היאחזויות חדשות. גם כיבוש חצי האי סיני ורצועת עזה במלחמת סיני הביאו לתוכניות יישוב חדשות. בסיני הוקמו היאחזויות נח"ל וכך גם ברצועת עזה עצמה. לאחר הנסיגה ב-1956 מחצי האי סיני, פונו ההיאחזויות שהוקמו בסיני וברצועת עזה.
החל מ־1961 הקים הנח"ל היאחזויות במסגרת תוכנית ההתיישבות של הקרן הקיימת לישראל והקרן היא שהייתה אחראית מעתה להקמת היאחזויות. מינהל פיתוח הקרקע בקק"ל הגה ב־1963 את תוכנית "מצודות הספר", תוכנית הקמת יישובים קטנים, מעין מצודות, לאורך הגבולות ואזורי הספר. התוכנית אושרה ועד 1966 הוקמו שש היאחזויות נח"ל חדשות, במימון הקק"ל ובטיפולה.
מ־1949 ועד מלחמת ששת הימים ביוני 1967 הקים הנח"ל שלושים וחמש היאחזויות חדשות, לצד שיקום ותגבור יישובים אזרחיים.
היאחזויות הנח"ל לאחר מלחמת ששת הימים.
בסוף מלחמת ששת הימים התווספו לישראל שטחים נרחבים בחצי האי סיני, רצועת עזה, בקעת הירדן, בגדה המערבית וברמת הגולן. התוכנית הראשונה להתיישבות, שהוקמה על ידי המחלקה להתיישבות לאחר המלחמה, התייחסה רק ליישובים בתוך הקו הירוק. על פי תוכנית זאת תוכנן ליישב את השטחים בתחומי ארץ ישראל המנדטורית שהיו מוחזקים עד למלחמה בידי הסורים, ובאוגוסט 1967 תוכנן להקים שתי היאחזויות נח"ל באזור זה: שניר באזור מצודות אוסישקין ו"מטה עוז" מדרום לגדות. אולם עוד לפני טקס ההקמה המתוכנן לסוף ספטמבר 1967 שונתה המדיניות והוחל בהקמת האחזויות בשטחים שנכבשו במלחמה. התוכנית להקים את היאחזות "מטה עוז", שנתקלה בקושי העדר קרקע ראויה לעיבוד, בוטלה והגרעינים שיועדו למקום נשלחו ליישב את קו שביתת הנשק החדש עם סוריה ברמת הגולן.
בתוכניתה ה-22 של להקת הנח"ל נכלל שירה של נעמי שמר "בהיאחזות הנח"ל בסיני" שתיאר את חיי הרוגע בהיאחזות. השיר עובד כקליפ שצולם לטלוויזיה. סולנית השיר היא מירי אלוני והשתתפו בו חברי האחזויות נח"ל ים ונח"ל סיני.