"אלוהים יודע" מסופר ישירות, כביכול, מפיו של דוד מלך ישראל, הגיבור המספר. דוד הבדיוני של הלר סוקר את תולדותיו תוך כדי שהוא נעזר באנכרוניזם ספרותי שמאפשר לו לדבר מתוך פרספקטיבה מאוחרת בת ימינו. הסקירה משלבת את הטקסט התנכ"י עם נקודת המבט של גיבור בן המאה העשרים, שמכיר את מיכלאנג'לו, שייקספיר ופרויד, בין השאר. השילוב הזה יוצר מבט שבחלקו הוא היסטורי-סיפורי, בחלקו פסיכולוגי-אנליטי, וברובו הומוריסטי.
דוד המלך.
דמותו של דוד מופיעה בספרי שמואל, מלכים ודברי הימים, אלא שבדברי הימים, בניגוד למסופר ב"שמואל" זוהי דמות מופת חיובית לחלוטין שלא דבק בה רבב. אין לה פגמים מוסריים ואין לה בעיות במשפחה. לדעת ג'וזף הלר ולדעת גיבורו,  זוהי דמות שטוחה, לא אנושית.
בספרו משתדל הלר ל"האניש" את דמותו המורכבת של דוד, כפי שהיא משתקפת במעלותיו ובחסרונותיו בספרי שמואל ומלכים ולמלא את הפערים שהתנ"ך לא מספק לקורא. "יצירה ספרותית עשויה קרעים קרעים, שיש לקשרם ולאחותם במהלכה, והיא בונה מערכת פערים שיש למלאם" אומרים החוקרים פרי ושטרנברג במאמרם הידוע שמנתח את סיפור דוד ובת-שבע.
הלר אינו מנסה לעמעם את גדולתו של דוד המלך, אלא להפוך אותו למלך בשר ודם, דמות אנושית, שהקורא בן המאה עשרים יוכל להזדהות איתה. נקודת המוצא שלו שונה מזו של הפרשנים המסורתיים; הטקסט איננו מקודש בעיניו (ועל כך הוא זכה לגינויים ממספר מבקרים) הטקסט המקראי מספק להלר סיפור נהדר והיסטוריה מרתקת, לא רק על דוד, אלא גם על אברהם ושרה, משה ואהרון, יוסף ואחיו ושאר דמויות המופת שממלאות את דפי המקרא. דוד של הלר מקדיש לא מעט שורות לכל אחת מהדמויות הללו, ומציג אותן לפנינו בלבוש אנושי, מודרני והומוריסטי.
דוד ובת-שבע.
גיבורת הספר "אלוהים יודע" המככבת לצדו של המספר דוד המלך, היא בת-שבע, ובכך כאילו מפצה אותה הלר על התפקיד הסביל שאותו היא מגלמת בסיפור המקראי. בתנ"ך מסופר שהמלך ראה אותה, חקר אודותיה, הביא אותה לארמונו, שכב עמה, וכו'. אין לדעת אם שתפה פעולה במעשה האהבה, בתכנון הרצח של בעלה, ואפילו באפשרות הפיתוי של המלך. בכך, היא הופכת במקרא לדמות שמשחקת רק תפקיד משני בכל האירוע המשמעותי הזה שמתרחש בחייו של דוד המלך, השוכב עם אשת אוריה החתי, ושולח אותו אל מותו לאחר מכן כדי להעלים את התוצאות של מעשיו. גם במשל של נתן הנביא היא מגלמת את הכבשה התמימה.
דוד של ג'וזף הלר מקדיש לבת-שבע עשרות עמודים ב"אוטוביוגרפיה" שלו, והוא מאוהב בה עד כלות גם לעת זקנתו, גם אם הוא מציג אותה באור תחמני ואינטרסנטי.
הלר מתרשם ש"שיר השירים" נכתב על ידי דוד, המלך הרומנטי והייצרי שהיה גם נעים זמירות ישראל, מחבר שירי קינה ומזמורי תהילים, ולא על ידי שלמה בעל אלף הנשים. ניתן לשער שלא רק על שיר השירים מסתמך הלר ברשמי אהבת דוד המתמשכת לבת-שבע, אלא גם על המדרש. התלמוד מספר על ניסיונה הכושל של אבישג להינשא לדוד, לעומת תיאור פלסטי של מעשה האהבה שלו עם בת-שבע באותו המעמד.  במילים אחרות, אהבתו ותאוותו המתמשכות של דוד אל בת-שבע אינן רק מרכיבי אגדה שנרקמה במוחו הקודח של סופר יהודי אמריקני – היא הייתה נוכחת גם בקרב חכמי התלמוד.
דוד היה מלך בעת העתיקה, מסביר הלר. התנהגותו במעשה אוריה תאמה את המנהגים של התקופה. התנ"ך עצמו מזהיר את עם ישראל בהתנהגותם השרירותית של מלכים. אך דוד לא תכנן מלכתחילה לרצוח את אוריה. הוא ניסה בכל מאודו לפתות את החייל שחזר משדה הקרב ללכת לביתו ולשכב עם אשתו, כדי להימנע מהאשמות הניאוף, אך אוריה סירב. לא נותרה לדוד ברירה, אלא לשלוח אותו אל מותו, מסביר דוד של הלר, ומוסיף:  "הסכנה האורבת לך כמלך היא שכעבור זמן מה אתה מתחיל להאמין שאכן מלך אתה"
דוד ובניו.
ג'וזף הלר מעלה על נס את מסירותו הטוטאלית של דוד לבניו, והיא משרתת את מטרתו להציג בפני הקורא את הפן האנושי של דמות מופת. אב המסור למשפחתו, מפנק את בניו, אוהב אותם בהתמכרות עזה ומתעלם מפשעיהם - הוא דמות נוגעת ללב, אהודה, במיוחד כשהוא מכהן כאחד המלכים בעת העתיקה, שנהגו לא פעם באכזריות כלפי הבנים שסיכנו את מלכותם. מסירותו של דוד מובלטת יותר לנוכח האנלוגיה ההפוכה להתנהגותו של שאול, שניסה פעמיים להרוג את בנו יהונתן, עצמו ובשרו, ולזכר ההיענות המהירה של אברהם להקריב את בנו יחידו אשר אהב, ועם שניהם מתעמת הלר בספרו. דוד התווכח עם אלוהים והתחנן אליו לחוס על חיי התינוק החף מפשע, אולם אלוהים לא שעה לתפילתו.
ואשר לאבשלום, הבן המורד בו והמחלל את כבוד פילגשיו לעיני כל בית ישראל, הוא מפגיע ביואב: "לאט לי לנער לאבשלום", וגם - "התחננתי על נפשו של הנער המורד, ככל אב מסור שמתעלם ממעשי המשובה של בנו האהוב הסורר, כי אני אהבתי אותו, אך הוא לא אהב אותי, ובזה היה יתרונו הגדול עלי", אומר דוד ב"אלוהים יודע".
כך קורא דוד של הלר בלב שבור. עם כל זאת, הוא מכיר באחריותו להשתלשלות האירועים והידרדרותם; אהבתו היתירה של דוד לבניו הייתה בעוכריו – הימנעותו מלהעניש את אמנון גררה אחריה את תגובתו הקשה של אבשלום, אחיה של תמר ואת שנאתו. דוד ידע מה העונש המתבקש לאונס אחותו והחליט להתעלם מהפשע הנורא, כדי לא לאבד את אמנון. "האם עלי לנקום את נקמת בתי או להציל את חיי בני [אמנון]? אמור לי אתה, אם נדמה לך שזה כל כך קל," מטיח דוד של הלר באבשלום. אבשלום דרש עונש ודוד התחמק. "בסופו של דבר לא עשיתי מאומה", מתוודה דוד, "לעיתים זה הרבה יותר קל להפנות מבט הצידה מאשר לפעול, והוא לא סלח לי מעולם". במילים אלה חושף דוד בספר את הסיבה האמיתית לדעתו להתנהגותו האכזרית של בנו האהוב עליו.
קינתו של דוד על מותו של אבשלום היא מהקינות החזקות והזועקות שכתובות בתנ"ך או בספר כלשהו. במילים הפשוטות, שעליהן חזר המלך המשורר בצורות שונות, הוא ביטא את כאבו העצום שהשכיח ממנו את תוצאות הקרב:
דוד ואלוהים.
את החשבון הנוקב ביותר מנהל דוד, הגיבור המספר של ב"אלוהים יודע", עם אלוהיו. מערכת היחסים המורכבת בין דוד ואלוהים תופסת מקום נכבד בספרו של הלר ומהווה לדעתו את המקור לתחושות הדיכאון, הקור והאדישות שהולכים ומשתלטים על המלך הזקן. וזאת בניגוד מוחלט להתרשמות מהסיפור המקראי, שם יחסיו של דוד עם אלוהים הם מושלמים; אלוהים בחר בדוד ליורשו של שאול, דוד מצליח בכל דרכיו, לא מעט תודות לעצותיו המועילות של ה' שמתרכזות אפילו באסטרטגיה צבאית, ואלוהים אף סלח לו על חטאו עם בת שבע. אלא שאצל הלר, דוד הוא זה שלא סלח לאלוהיו.
במשך שבעה ימים התחנן דוד על נפשו של הרך הילוד החף מפשע, על בנו העולל, שאלוהים העביר אליו את עונשו, אך לא הצליח לעורר את רחמי האל. הילד התענה בייסוריו ואני לא יכולתי להתבונן, מתלונן דוד, בדיוק כשם שהגר לא יכלה לצפות ביסורי בנה. אלא שאלוהים שעה להגר! ואילו אלי ואל תחינותיי הוא לא שעה. "שבעה ימים שכבתי ארצה כל הלילה וביקשתי על נפש הילד מאת אלוהים, אף כי ידעתי בלבי כי לשווא תפילותי וכי עם כל רגע עובר אני הולך ומאבד את תינוקי ואת אלוהי כאחד. וביום השביעי מת הילד." וכך למדים על תסכולו הגדול של דוד ביחסיו אל ה': מחד כעס גדול על הרג בנו ועל מותם של שני בניו האחרים, ומאידך, געגועיו העזים אל אלוהים.
אכן, מאז שיחת דוד עם נתן הנביא אין כל עדות בתנ"ך לתקשורת נוספת בין דוד ואלוהים, והרי האירועים הגדולים הלכו ותכפו; אך דוד, שרגיל היה להתייעץ עם אלוהים לפני כל צעד חשוב, לא מבקש את עזרתו בעניינים הקשים של אמנון ומרד אבשלום למשל. לג'וזף הלר תשובה ברורה לתעלומה זו: דוד "ברוגז" עם אלוהיו.
החיים של נבחרי ה' מעולם לא היו גן של ורדים, מסביר דוד. ראו אדם וחוה, משה, שאול, איוב. דוד מאמין שהיה שיתוף פעולה פורה בינו ובין אלוהיו. הוא לא קיבל שום דבר על מגש של כסף, אלא עבד קשה כדי להשיג את הכל. זו הייתה מעין מערכת יחסים דו סטרית. משמע, יש פה מעין ערבות הדדית, ולא רק תלות מוחלטת של האחד בשני. רק במערכת יחסים שכזו, יש אפשרות לאדם לדרוש את עלבונו, את התנצלותו של האל ולהביע את כעסו ואכזבתו.
שלושה אבות היו לדוד של הלר ושלושתם אכזבו אותו: ישי - אביו הביולוגי, מלכו שאול ואלוהיו. מזה שנים, הוא מעיד על עצמו, שהוא חי בלעדיהם וקרוב לוודאי, הוא צופה, שהוא גם ימות בלעדיהם, ובייחוד ללא אלוהיו. לא פלא, אם כך, שהקור לופת אותו ואין מרפא. אבל אין מחילה בלבו לחוסר הרחמים של אלוהים על הריגת תינוק חף מפשע. אין מחילה לאב שאינו מרחם על בניו, מאשים דוד, והוא חש שאפילו איוב זכה להתייחסות יותר גדולה מצדו של האל, כי אלוהים התייחס לזעקותיו והאשמותיו. ורק אליו הוא שותק. ועובדה זו פוגעת בו מאוד.
ניתן להתרשם שעל אף אכזבתו והטחותיו הקשות באלוהים – מילה אחת מצדו הייתה מרצה את המלך הפגוע והמיוסר, הייתה מסלקת את הקור הגדול שהתנחל בקרבו. זהו קור פנימי ולא כזה שנערה יפהפייה ובתולה יכולה לרפא. "אני רוצה שישיבו לי את אלוהי, והם שולחים לי נערה" מסיים דוד בתסכול את האוטוביוגרפיה שלו בספרו "אלוהים יודע".
הביקורת.
"אלוהים יודע" זכה אמנם להצלחה בקרב הקוראים, אך לא התקרב להצלחתו יוצאת הדופן של ספרו הראשון של הלר: "מלכוד 22" שתופס מקום מכובד ברשימת הספרים המצליחים של המאה העשרים.
הביקורות היו בדרך כלל משבחות, אך היו גם כאלו שהסתייגו מדרך ההתייחסות של הלר לטקסט המקודש, כאילו הוא טקסט ספרותי לכל דבר. ארל רוביט כתב על הלר, שהוא ניצל לרעה את הטקסט של ספרי שמואל והשתמש בו בטעם רע וקלוקל. גאלן סטראוסון טען שהספר אורג עלילה קלוקלת על נושא תנ"כי מרתק.