בנוסף טענו מתנגדי התוכנית להקבלה בין טרנספר של פלסטינים מהשטחים לבין פינוי הישראלים מעזה, וגרסו כי אלו הרואים בראשון מעשה לא מוסרי חייבים למחות גם נגד השני, המבזה את כבוד האדם וחירויותיו הבסיסיות ביותר. כמעט כל המפונים התנגדו להתנתקות וסירבו לעזוב את הבית, הקהילה והעסקים (בעיקר חקלאות) שהקימו שם.
טענות נגד דרך קבלת התוכנית.
בנוסף, לדעת מתנגדי התוכנית, דרך קבלת התוכנית, בניגוד להתחייבויותיו של ראש הממשלה דאז אריאל שרון ערב הבחירות ובניגוד להחלטת מתפקדי הליכוד, אינה דמוקרטית. לטענתם, גם דרך העברת התוכנית בממשלה ובכנסת הייתה לא דמוקרטית כאשר הוא פיטר את מתנגדי התוכנית כדי ליצור רוב בהצבעה וחילק תפקידים לחברי כנסת תמורת תמיכה בתוכנית בהצבעות בכנסת.
יתרה מכך, חלק מהמתנגדים להתנתקות טענו שמניעי שרון להתנתקות היו אישיים ופסולים - להתחמק מהחקירות הפליליות שנפתחו נגדו.
פעילויות המחאה.
תחילת המחאה המאורגנת.
בעקבות החלטת הממשלה על התחלת החקיקה ליישום תוכנית ההתנתקות יצאו אנשי גוש קטיף בקמפיין ציבורי בשורה של פעילויות נגד ההחלטה.
אחת מהפעילויות הייתה ליצור שרשרת אנושית לאורך 90 הקילומטרים מגוש קטיף לירושלים, ביום 25 ביולי 2004, בסמוך לתשעה באב. על פי דיווחי המשטרה הגיעו לשרשרת האנושית כ-130 אלף איש שעמדו בצידי הכבישים בין גוש קטיף לירושלים, במפגן שקט של הזדהות עם תושבי גוש קטיף.
לעומת המפגן השקט הזה, היו מתנחלים שהתראיינו לטלוויזיה והודיעו שלא יוציאו אותם חיים משם. ראש השב"כ אבי דיכטר התריע בישיבת ממשלה שגברו הסיכונים שאיש ימין קיצוני ינסה לפגוע באריאל שרון ועורר סערת רוחות.
ב-13 בספטמבר 2004 הפגינו 40 אלף מפגינים בכיכר ציון בירושלים.
המחאה בעקבות ההצבעה בכנסת.
ב-26 באוקטובר 2004, אושרה תוכנית ההתנתקות המתוקנת בהצבעה בכנסת ברוב של 67 נגד 45 ו-7 נמנעים. בהחלטה לא אושר פינוי בפועל של התנחלויות אלא רק הכנת המסגרת ליישום תוכנית ההתנתקות. בעקבות ההתקדמות לעבר תהליך ההתנתקות וההסכמה על הצטרפות מפלגת העבודה והחרדים לממשלת שרון, החריפו מתנגדי ההתנתקות את מאבקם.
בתחילת ינואר 2005, דניאלה וייס, ראש המועצה המקומית קדומים, קראה לחיילי צה"ל לסרב לפקודת פינוי ונחקרה במשטרה. קציני צה"ל דתיים הוכנסו לרשימת הטרדה שהופצה בהתנחלויות ובוצעו נגדם התנכלויות שונות. 34 קציני מילואים מחטיבת בנימין ובהם שלושה מג"דים, כתבו במה שכונה "מכתב קציני הימין", שדגל שחור מתנוסס על פקודת פינוי, ושהם יסרבו ללבוש מדים ביום הפינוי. הקצינים, שסירבו לחזור בהם מתוכן המכתב, הודחו מהצבא בידי אלוף פיקוד המרכז משה קפלינסקי.
אוהל מחאה הוקם ליד הכנסת, ומאות מתנחלים ישבו להפגין בו. אוהל המחאה (שנפתח ב-2 בינואר) הכיל דוכני מידע ופעילות של אנשי גוש קטיף. באזור האוהל נערכו מספר הפגנות ותפילות. בין הבולטות שבהן:
מלחמת הסרטים.
החל מתחילת אפריל 2005 עברו מתנגדי ההתנתקות להדגשת הבעיות ההומניות שייגרמו על ידי התוכנית (ניתוק ילדים מבתי הספר, פירוק קהילות) והטכניות (מקום למגורים, המשך חקלאות) במקום הנימוקים הביטחוניים שהיו במוקד קודם לכן.
לקראת יום העצמאות פתחו המתנחלים ב"מבצע כתום" שבמסגרתו חולקו (במימון מועצת יש"ע) סרטים כתומים רבים שתחילה הוצמדו לדגלי ישראל ולאחר מכן לאנטנות של מכוניות. כתגובה לכך, פתחו תומכי ההתנתקות בתחילת יולי (במימון "המפקד הלאומי", של עמי אילון) במבצע נגדי של חלוקת סרטים כחולים-לבנים; זאת, בצד יוזמה פרטית של קשירת סרטים ירוקים ויוזמה של שלום עכשיו לסרטים כחולים בלבד. שתי היוזמות לא זכו להצלחה רבה כמו זו של הסרטים הכתומים.
התגברות גל המחאה.
בנוסף להפגנות ולמחאה השקטה, החלו פעילי ימין - בעיקר מתנועות הבית הלאומי, חב"ד, ועוד - לחסום כבישים ראשיים. בנוסף, קרא חבר הכנסת אריה אלדד מהאיחוד הלאומי לפתוח במרי אזרחי בלתי-אלים נגד תוכנית ההתנתקות.
פן נוסף של מחאה הופגן כאשר מספר ח"כים מהימין (כגון אפי איתם, אריה אלדד, אורי אריאל ויורי שטרן) אף העתיקו את מקום מגוריהם ליישובים שמיועדים לפינוי.
בתחילה יולי פתחו חברי הכנסת של הליכוד המתנגדים לתוכנית (בראשות עוזי לנדאו) בקמפיין, הכולל פרסום חוצות, המנסה לשכנע את הציבור להתנגד לתוכנית מטעמים ביטחוניים. בקמפיין צוטטו אישים ביטחוניים בכירים (כראש השב"כ, יובל דיסקין, וכרמטכ"ל לשעבר, משה יעלון), בדבר הסכנות שטומנת בחובה התוכנית.
המטה העולמי להצלת העם והארץ ערך כנס תחת הכותרת "מי לה' אלי", בהשתתפות אלפים בבנייני האומה. במסגרת הכנס נשאו נאומים בזכות סירוב פקודה והצדיעו לסרבנים, הרבנים תקעו בשופרות ולבשו שקים לאות אבל על קבלת התוכנית.
קבוצה גדולה מרבני הציבור הדתי-לאומי בראשות הרב אברהם שפירא קראו לסרב לפקודת הפינוי. הם הסתמכו על דברי הרמב"ם במשנה תורה הלכות מלכים: "אם גזר המלך לבטל מצווה אין שומעין לו" (ג' י'). הרב מרדכי אליהו הורה שאסור לבצע את התוכנית ויש לנסות בכל דרך להתחמק ממנה . בנוסף לכך הרב אליהו אמר בעצרת "היה לא תהיה" . לעומתם הרבנים שלמה אבינר ומרדכי אלון התנגדו לסירוב פקודה מטעמים שונים. הרב אלון אף גינה את חוסמי הכבישים וכינה אותם בריונים. הרב יואל בן נון, טען כי להחלטת הממשלה יש לא רק סמכות חילונית אלא תוקף הלכתי ברור אף מבחינה תורנית. אחד הטיעונים המרכזיים נגד סירוב פקודה הוא, שרק המדינה סוברנית לקבוע את הגבולות של מצוות יישוב ארץ ישראל לפי כוחה ורצונה, ובזה יש הבדל מהותי בין מצווה זו שהיא ממלכתית ביסודה, לבין מצוות פרטיות כמו שבת וכשרות. עידן, מדריך קרב מגע בגבעתי היה הראשון שסירב פקודה בצה"ל במסגרת ההכנות להתנתקות. עוד באותו שבוע שני חיילי גדוד "נצח יהודה" של הנח"ל החרדי, סירבו להיכנס לשיעורי הכנה להתנתקות אשר התקיימו במסגרת קורס מפקדי כיתות בביסלמ"ח. רב"ט אבי ביבר, לוחם חיל ההנדסה הקרבית מההתנחלות תקוע, היה החייל הראשון שסירב פקודה בפומבי (אל מול כלי תקשורת) בעת הריסת מבנים נטושים בשטח המואסי, ונידון על כך ל-56 ימי מחבוש. כשלושה שבועות לאחר מכן, סירבו עשרה חיילים מגדוד לביא לביצוע פקודה הקשורה לסגר. החיילים נשפטו והמחלקה פורקה בהוראת הרמטכ"ל, שהורה לגלות "אפס סובלנות לגילויי סרבנות". חייל בגבעתי נשלח לכלא ל-21 ימי מחבוש, על שסירב להסיר מעליו צמיד כתום, המביע הזדהות עם תושבי גוש קטיף.
התמיכה במתנחלים ירדה בעקבות מעשי אלימות חמורים שנקשרו בהם: הכאת נער פלסטיני שנקלע לעימות בין תושבים פלסטינים מאזור המואסי למפגיני ימין, שהגיעו ברובם מחוץ לגוש קטיף והתבצרו בניגוד לחוק במלון ביישוב נווה דקלים.
חיילי צה"ל נאלצו לגונן על הנער בגופם מפני המתיישבים שתקפו אותו לאחר שאיבד את הכרתו מסיבה לא ברורה., פיזור מסמרים בכבישים (מאוחר יותר טענו גורמי ימין שהיו אלו מעשיהם של פרובוקטורים מהשב"כ), ואף חשד כי נרקמה תוכנית להצית מכוניות בכבישים. כל הארגונים המתנגדים להתנתקות הכחישו כל קשר לאירועים אלו ואף קראו למשטרה לעצור את המבצעים.
אירועים חמורים נוספים נשאו אופי פלילי והיוו עבירה חמורה על החוק. ב-17 ביולי הונח מטען דמה בתחנה המרכזית בירושלים. אל המטען הוצמד פתק "ההתנתקות תתפוצץ לכם בפנים". יומיים קודם לכן נמצאו מטענים דומים בשתי תחנות רכבת בתל אביב וב-14 ביולי גם בצומת סגולה. ב-30 ביולי הונח מטען דומה בבני-ברק. מניחי המטען בירושלים נתפסו והתחוור כי הם חיילי הנח"ל החרדי, שניצלו את הבדיקה הביטחונית הרופפת הנערכת לחיילים בכניסה לתחנה המרכזית לביצוע מעשה פלילי.
החודש האחרון לפני ביצוע התוכנית.
באמצע יולי צעדו עשרות אלפי מתנגדים להתנתקות מנתיבות לעבר מחסום כיסופים, בכוונה מוצהרת לצעוד לתוך גוש קטיף המסוגר ב"צעדת התחברות". אלפי שוטרים וחיילים חסמו את נתיב הצעדה לפני כפר מימון, עד שהוחלט לאפשר לצועדים ללון בתוך הכפר ולכתר אותו. המשטרה, שניסתה למנוע מאוטובוסים ברחבי הארץ להביא מפגינים, ספגה ביקורת חריפה על פגיעה בחופש הביטוי וחופש התנועה (למשל הסופר סמי מיכאל מהאגודה לזכויות האזרח). הצעדה התפזרה לבסוף בשלום, אך מועצת יש"ע הודיעה שתארגן הסתננויות של קבוצות קטנות לתוך גוש קטיף.
בתחילת אוגוסט התקיימה הפגנה בשדרות ובאופקים. המשטרה והצבא ריכזו כוחות שיא שנאמדו בעשרות אלפים. הערכות שלפיהן תסתיים בצעדה המונית לעבר גוש קטיף התבדו. לאחר שהמשטרה והצבא העבירו את כוחותיהם לצפון, בשל החשש מהתפרעויות בעקבות הרצח שביצע עדן נתן-זדה, התפזרה ההפגנה בקול דממה דקה.
בעיתון הארץ כתב גדעון סאמט: "ממדי המרד נגד ההתנתקות הם כאלה, שגם מבקריו החריפים ביותר מוכרחים להודות: לא היה עוד כדבר הזה בתולדות המחאה הישראלית".
מאידך, נותרה המחאה בעיקר נחלת הציבור הדתי-לאומי ולא סחפה ציבור נרחב מחוץ לו.
ב-4 באוגוסט רצח עדן נתן-זדה, חוזר בתשובה ששהה בחודשים האחרונים בכפר תפוח, ארבעה נוסעים ערבים בפיגוע באוטובוס 165 של אגד בשפרעם. על פי הצהרתו, הרצח בוצע במטרה לעכב את ביצוע ההתנתקות.
ב-7 באוגוסט הודיע שר האוצר, בנימין נתניהו, על התפטרותו מהממשלה, בעת הישיבה שאישרה את השלב הראשון של הפינוי. נתניהו אמר שאינו תומך בכך שישראל תשב בעתיד בעזה, אך יציאתה מהרצועה בעת הנוכחית תהפוך אותה לבסיס לטרור. הצעד גרר ביקורת מימין ומשמאל בטענה שהתפטר כדי לזכות בפריימריז בקולות "הימניים" בליכוד.