לי נכנע עם צבא צפון וירג'יניה ב-9 באפריל 1865, בבית מקלין בכפר אפומטוקס קורט האוס. במחווה שאינה מסורתית וכסימן לכבוד אותו רחש גרנט ללי ובציפייה לחזרתן השלווה של מדינות הקונפדרציה אל האיחוד, הורשה לי לשמור על חרבו ועל סוסו טרוולר. תנאי הכניעה שהכתיב גרנט גם כלפי צבאו של לי היו נדיבים, במטרה למנוע לחימת גרילה מצד אנשי הדרום. ב-14 באפריל 1865 נרצח הנשיא לינקולן בידי ג'ון וילקס בות', אוהד הדרום, שתכנן לרצוח שורה של אנשי ממשל בכירים. לינקולן נפטר למחרת בשעות הבוקר המוקדמות, ואנדרו ג'ונסון הפך לנשיא, בינתיים, נכנעו כוחות הקונפדרציה לאורך הדרום עם הגעת החדשות על כניעתו של לי.
שחרור העבדות במהלך המלחמה.
בתחילתה של המלחמה, חשבו חלק ממפקדי האיחוד כי עליהם להחזיר עבדים נמלטים לבעליהם. בשנת 1862, כשהתברר כי המלחמה תארך זמן רב, הפכה השאלה לגבי גורלה של העבדות לכללית יותר. צבא וכלכלת הדרום היו תלויים בכוח העבדים. נדמה היה כי בלתי סביר להגן על העבדות בשעה שמוטל סגר על המסחר עם מדינות הדרום ותוצרתן נהרסת. כפי שציין חבר קונגרס, העבדים "...אינם יכולים להיות נייטרליים. כפועלים, אם לא כחיילים. הם יהיו בני ברית למורדים או לאיחוד." אותו חבר קונגרס, יחד עם חבריו הרפובליקנים הרדיקלים – לחצו על לינקולן – בעוד שרפובליקנים מתונים החלו להסכים לשחרור, פיצוי, ויישוב הדרגתי. כמה מחסידי המפלגה הדמוקרטית שנקראו בפי הרפובליקנים קופרהדס (Copperheads-סוג של נחש ארסי) ודמוקרטים של המלחמה התנגדו לאמנציפציה, אף על פי שמאוחר יותר הם קיבלו אותה כחלק מהצורך במלחמה כוללת כדי להציל את האיחוד. הקתולים האיריים התנגדו באופן כללי לאמנציפציה, וכאשר החל הגיוס בשנת 1863, הם עוררו מהומות עזות בעיר ניו יורק שדוכאו בידי הצבא, כמו גם מהומות בקנה מידה קטן יותר בערים אחרות. קתולים רבים התנדבו להילחם בשנת 1861, שלחו אלפי חיילים אל החזית וספגו אבדות כבדות, במיוחד בקרב פריקסבורג; כמות המתנדבים פחתה לאחר שנת 1862.
בשנת 1861, חשש לינקולן כי יחלו ניסיונות נמהרים לאמנציפציה אם תוכניתו ההדרגתית המבוססת על פיצויים והתיישבות התנדבותית תדחה. רק מחוז קולומביה קיבל את תוכניתו ההדרגתית של לינקולן שחוקקה בידי הקונגרס. כאשר לינקולן הודיע לקבינט על תוכניתו להצהרת האמנציפציה, מזכיר המדינה ויליאם הנרי סיוורד ייעץ לנשיא להמתין לסיומה של המלחמה לפני שיצא עם ההצהרה, כי התנהלות אחרת תיתפש כ"צווחה אחרונה בנסיגה". בחודש ספטמבר 1862 סיפק קרב אנטיטאם את ההזדמנות, וועידת המלחמה של המושלים סיפקה תמיכה להצהרה. לינקולן כבר פרסם מכתב המעודד במיוחד את מדינות הגבול לקבל את האמנציפציה כצורך להציל את האיחוד. לינקולן אמר מאוחר יותר כי העבדות הייתה "בדרך כלשהי הסיבה למלחמה". לינקולן הגיש את הצהרת האמנציפציה המקדמית ב-22 בספטמבר 1862, ואת הצהרת האמנציפציה הסופית ב-1 בינואר 1863. במכתבו להודג'ס, מסביר לינקולן את אמונתו כי "אם העבדות אינה שגויה, שום דבר אינו שגוי... אך עדיין מעולם לא הבנתי כי הנשיאות הקנתה לי זכות בלתי מוגבלת לפעול רשמית לפי שיפוט ותחושות אלה... אינני מתיימר לשליטה בהתרחשויות, אך מתוודה מפורשות כי האירועים שלטו בי."
כיוון שהצהרת האמנציפציה התבססה על זכויותיו המלחמתיות של הנשיא, היא כללה רק את הטריטוריות שהיו בידי הקונפדרציה באותו הזמן. בכל אופן, ההצהרה הפכה לסמל למחויבותו הגוברת של האיחוד להוסיף את האמנציפציה להגדרת החירות של האיחוד. לינקולן שיחק גם תפקיד מרכזי בהצבעת הקונגרס על התיקון ה-13 לחוקת ארצות הברית, שהפכה את ההצהרה לכללית ותמידית.
עבדים אפרו-אמריקאים משועבדים לא המתינו לפעולתו של לינקולן לפני שברחו וחיפשו חופש מעבר לקווי האיחוד. משנותיה המוקדמות של המלחמה, נמלטו מאות אלפי אפרו-אמריקאים לקווי האיחוד, במיוחד באזורים כבושים כנאשוויל, נורפוק, ובאזור הפטון רודס בשנת 1862, טנסי משנת 1862 והלאה, קווי צעדתו של שרמן, וכדומה. אפרו-אמריקאים רבים כל כך ברחו לקווי האיחוד עד כי מפקדים יצרו מחנות ובתי ספר למענם, בהם למדו מבוגרים וילדים לקרוא ולכתוב. אגודת המיסיונרים האמריקנית נכנסה למאמץ המלחמתי באמצעות שליחת מורים דרומה למחנות הברחה שכאלה: לדוגמה נוצרו בתי ספר בנופולק ובמטעים שסביבה. בנוסף, קרוב ל-180,000 או יותר גברים אפרו-אמריקאים שירתו כחיילים ומלחים עם גייסות האיחוד, רובם עבדים נמלטים. קרוב לוודאי שיחידת החיילים האפרו-אמריקאים החשובה ביותר היא גדוד המתנדבים הרגלים ה-54.
הקונפדרציה שיעבדה חיילים שבויים שחורים, וחיילים שחורים נורו באופן מיוחד כאשר ניסו להיכנע בטבח בפורט פילו. מקרה זה הוביל להפסקת התוכנית לחילופי שבויים ודואר ולהרחבת מחנות שבויים כדוגמת אנדרסונוויל בג'ורג'יה, בו מתו כמעט 13,000 שבויי מלחמה מצבא האיחוד עקב רעב ומחלות.
למרות מחסור בחיילים בדרום, התנגדו רוב מנהיגי הדרום עד ל-1865 לגיוס עבדים בהם השתמשו כעובדים לתמיכה במאמץ המלחמתי. הוול קומב צוטט באומרו "אם עבדים יהפכו לחיילים טובים כל התאוריה שלנו לגבי העבדות שגויה." גנרלים של הקונפדרציה פטריק קלייבורן ורוברט לי טענו בזכות גיוסם של השחורים בשלב מאוחר של המלחמה, והנשיא ג'פרסון דייוויס שוכנע לבסוף לתמוך בחימוש עבדים בתקווה למנוע תבוסה צבאית, אך הקונפדרציה נכנעה באפומטוקס לפני שהתוכנית יצאה אל הפועל.
ההיסטוריון ג'ון וינטרס, בספרו מלחמת האזרחים בלואיזיאנה (1963), מתייחס לחדוות העבדים כאשר צבא האיחוד עבר דרך לואיזיאנה: "כאשר החיילים עברו לאלכסנדריה, השחורים התאספו בצידי הדרכים כדי לצפות בצבא החולף. הם כולם היו מטורפים מאושר, חלקם בכו, חלקם ברכו, וחלקם רקדו עם שפע רגשותיהם. כולם נמשכו בהתרגשות אל המחזה מרהיב העין של הצבא. אחרים הריעו כי הם ציפו לחופש לבזוז ולעשות כרצונם עתה כאשר החיילים הפדרליים היו במקום.
הצהרת האמנציפציה הפחיתה באופן ניכר את תקוותיה של הקונפדרציה לקבל עזרה מבריטניה או צרפת. גישתו המתונה של לינקולן הצליחה לקבל את מדינות הגבול, קבוצה של נאמני המפלגה הדמוקרטית, ועבדים משוחררים להילחם באותו צד למען האיחוד. מדינות הגבול בהן שלט האיחוד (קנטקי, מיזורי, מרילנד, דלאוור, ומערב וירג'יניה) לא נכללו בהצהרת האמנציפציה. כולן ביטלו את העבדות בעצמן, למעט קנטקי ודלאוור. רוב גדול מ-4 מיליון העבדים שוחרר בהצהרת האמנציפציה כאשר צבאות הדרום עברו דרומה. התיקון ה-13 לחוקת ארצות הברית, אושרר ב-6 בדצמבר 1865, הפך סופית את העבדות לבלתי חוקית בכל רחבי ארצות הברית, ושיחרר את 65,000 העבדים הנותרים בקנטקי (החל מ-1865), 1,800 הנותרים בדלאוור, ו-18 הנותרים בניו ג'רזי החל משנת 1860.
ההיסטוריון סטפן אוטס אמר כי מיתוסים רבים אפפו את לינקולן: "איש העם", "נוצרי אמיתי", "נבל ראשי", וגזען. האמונה כי לינקולן היה גזען נגרמה עקב התמונה הבלתי שלמה של לינקולן, כמו התרכזות רק במספר סלקטיבי של הצהרות וציטוטים אותם נתן לינקולן כדי לזכות בתמיכת מדינות הגבול ודמוקרטים דרומיים, והתעלמות מדברים רבים אותם אמר נגד הגזענות, וההקשרים המדיניים והצבאיים בהם נאמרו הצהרות אלה. אוטס אמר כי המכתב ששלח לינקולן להוראס גרילי "לא הובנו ויוצגו שלא כהלכה באופן עקבי" לרעיונות אלה.
חסימת התערבות בינלאומית.
תקוותיה הטובות ביותר של הקונפדרציה היו התערבות צבאית במלחמה נגד האיחוד מצידן של בריטניה וצרפת. מזכיר המדינה של האיחוד בהנהגת לינקולן, ויליאם סיוארד, פעל כדי לעצור התערבות כזאת, ואיים במלחמה על כל מדינה שתכיר באופן רשמי בקונפדרציית המדינות של אמריקה. המהלך צלח, ואף מדינה לא הכירה בקונפדרציה. בשנת 1861 הטילו הדרומיים סגר ביוזמתם על משלוחי כותנה בתקווה לגרום למיתון כלכלי באירופה, שיאלץ את בריטניה להצטרף למלחמה כדי להשיג כותנה. דיפלומטיית הכותנה הובסה מאחר שלאירופה היו ייתרות רבות של כותנה, בעוד שכישלון תוצרת התבואה באירופה הביא לכך שייבוא התבואה מהאיחוד הפך לחשוב ביותר. נאמר על כך כי "מלך התירס היה חזק יותר ממלך הכותנה", כאשר תוצרת התבואה האמריקנית עלתה מרבע לחצי מסך הייבוא הבריטי.
כאשר ניצבה בריטניה בפני מחסור בכותנה, הוא היה זמני בלבד, והוחלף על ידי עיבוד אדמות במצרים והודו. בינתיים, יצרה המלחמה עבודה לייצרני נשק, פועלי ברזל, ולספינות בריטיות שהעבירו את אמצעי הלחימה. מסתבר שבריטניה לא רצתה לקרוא תיגר על הסגר. הקונפדרציה רכשה ספינות מלחמה ספורות מכמה בוני ספינות מסחריים בריטים. המפורסמת מכולן הייתה אלבמה (ספינת קונפדרציה), שגרמה לנזק רב והובילה לחילוקי דעות חריפים. למרות זאת, דעת הקהל נגד העבדות יצרה חופש מדיני למדינאים האירופאים, במיוחד בבריטניה (שביטלה בעצמה את העבדות במושבותיה בשנת 1834). המלחמה הפציעה (באופן מעורפל) בשלהי שנת 1861 בין ארצות הברית לבריטניה בעקבות פרשת טרנט, כאשר ספינת צי ארצות הברית עלתה על ספינת דואר בריטית כדי ללכוד שני דיפלומטים של הקונפדרציה. אך למרות זאת לונדון ווושינגטון הצליחו להחליק את הבעיה לאחר שלינקולן שחרר את השניים.