כמה שנים אחרי שנמלט מההוספיס, וילסון ביקש לפצות את עצמו על הפציעות שנגרמו לו בידי ד"ר קילברו. הוא חוזר לממשלה הקנדית ומטופל בידי דוקטור וולטר לאנגקובסקי, הידוע בזהותו כסאסקואץ' החייתי מקבוצת גיבורי-העל הקנדית אלפא פלייט. הוא גם רוכש מתקן טלפורטציה אישי בזמן זה. דדפול מבין שעבודה עבור הממשלה לא מתאימה לאופיו קצר הרוח, לכן הוא נוטש את העיסוקים הללו. הוא נשכר בידי הגאון הפלילי מכשף, אך טועה בכתובת אליה נשלח ומקבל עבודה להתחזות לארכי-נבל בשם הובגובלין. כאשר הוא יוצר שוב קשר עם מכשף, הוא מצטרף אליו ואל טאסקמאסטר וקונסטריקטור לקבוצת ארבעת המפחידים, שלא החזיקה הרבה זמן.
כאשר גם תוכנית זו נכשלת, דדפול מבקש להשיב את מעמדו כמתנקש של הקינגפין, אך מקבל קריאת תיגר מצד שכיר החרב בולזאיי. הוא מתעמת ללא הרף עם מכשף וודו שאינו חביב עליו במיוחד בשם טי-ריי, הטוען שהוא וייד וילסון בכבודו ובעצמו. הוא מוצא עבודה אצל סוחר הנשק טוליבר הנוסע בזמן, ומתאחד עם קופיקאט בשנית. ללא ידיעתו של דדפול, טוליבר שולח את קופיקאט להתחזות לשכירת חרב בשם דומינו. בנוסף, דדפול מגייס את ג'ק האמר - אדם הזוכה בידי דדפול לכינוי סמור - לפעול כספק הנשק שלו, ושניהם התחברו במהירות, למרות מעשים רבים של אלימות כלפי האמר. אחרי כמה זמן בשירותו של טוליבר, דדפול נשלח להרוג את קייבל, מוטאנט מהעתיד שהיה למעשה אביו של טוליבר ואשר בחברתו קופיקאט התחזתה לדומינו. דדפול מובס בעזרתם של קייבל וקבוצת טיפוחיו, המוטנטים החדשים. כאשר קייבל מארגן מחדש את קבוצת המוטנטים החדשים כקבוצת אקס פורס המיליטנטית, טוליבר מוצא לכאורה את מותו בקרב עימם, ושאר שכירי החרב מחפשים אחר הטכנולוגיה העתידנית אותה השאיר מאחור. במהלך הקרב, קופיקאט נפצעת אנושות, ודדפול מקריב חלק מכוחות הריפוי שלו למענה.
דדפול עוזר לחברת אקס פורס סיירין להביס את ג'אגרנוט ואת דודה, טום קאסידי השחור, שאילץ את ד"ר קילברו לעבוד עבורם. דדפול פיתח קשר חזק לסיירין, שלא ענתה לחיזוריו. בהמשך, דדפול נשכר כדי ללכוד את סילבר סייבל. במהלך משימה זו הוא נקלע לעימות עם דרדוויל, כשזה האחרון משכנע אותו למסור לו מידע על המשימה בתמורה להכפלת שכרו. לאחר מכן, דדפול מפקפק בעצמו ומחפש אחר קופיקאט, אך מוצא אותה בזרועותיו של קיין. הוא נחטף בידי סוכנים המחפשים תרופה לוירוס הירושה אך ניצל בידי וולברין ושכיר החרב המוטאנט מאווריק.
עם קייבל.
דדפול וקייבל היו מעורבים בפרשיית טרור שמטרתה לשחרר "וירוס התחזות" משנה צורה על העולם. שניהם נדבקים בווירוס זה, והדרך היחידה לצורך הישרדותם היא מיזוג תאי ה-DNA שלהם. כתוצאה מכך, לכל אחד היה מרצף ה-DNA של השני. מעתה ואילך, בכל פעם שקייבל השתמש במתקן הטלפורטציה, הוא השתגר יחד עם דדפול, ולעיתים שניהם התמזגו לגוף אחד, מה שהצריך הפרדה מסובכת. תוצאת לוואי של וירוס ההתחזות הייתה שדדפול נרפא באופן זמני מהצלקות המחרידות שעל גופו. תוצאה זו תוקנה כשקייבל הצליח לבטל את השפעות הווירוס בכל העולם. קייבל מגיע לשיא יכולותיו, והוא מבקש להפוך למנהיג העולם ולהביא לעידן חדש של שלום. סייקלופס דאג לבנו ושלח את וייד להרכיב מכשיר טלפורטציה שנועד לעצור את קייבל אם יהיה בכך צורך. במאמץ לאחד את העולם, קייבל מפנה בכוונה תחילה את מנהיגי העולם נגדו לאחר שאיים כי ישלח את הטילים שבאחזקתם לכיוון השמש. דדפול וקבוצת האקס-מן החלו במתקפתם באי פרובידנס, שם דדפול בגד באקס-מן ועבר לצדו של קייבל. זה האחרון הודה בכך שרצה להפוך לקדוש מעונה כדי להוכיח לעולם שאפשר לעבוד יחדיו למען מטרה משותפת.
בהתקפה של הגולש הכסוף, קייבל השתמש בשארית כוחותיו וכמעט נמלט ממלתעות המוות כשדדפול הסיר את החלקים הטלפתיים והטלקינטיים ממוחו בעזרת משגר קטן. קייבל נותר פצוע קשה, ודדפול יצא להשיג חומר טכנו-אורגני כדי לתקן את הנזק. הוא נתקל בסוכן אקס ובפיקסר במהלך המשימה, שהוכתרה כהצלחה, אך גם הותירה אותו מובטל מעבודה. קייבל חש אשמה על מצבו של דדפול כמתנקש עריק אשר הושחת כתוצאה ממעשה הגבורה שלו, והחל להעסיק אותו בחשאי למשימות שונות בלי ידיעתו. בהמשך, דדפול הציל את קייבל פעם נוספת והשתגר דרך מספר עולמות חלופיים כדי להשיבו לאחר שהלך לאיבוד. קייבל החזיר לו טובה על ידי כך שתיקן את הנזק המוחי של דדפול, בטרם כוחותיו התכלו בפעם השנייה. אולם, אישיותו וכוחותיו נותרו ללא שינוי.
במהלך מלחמת האזרחים של מארוול, שבה נכנס לתוקפו חוק רישום העל-אנושיים, דדפול ניסה להתקבל כצייד ראשים מטעם סוכנות S.H.I.E.L.D במטרה לרדוף אחר על-אנושיים ולאלץ אותם להירשם בסוכנות. ניסיונותיו הראשונים עלו בתוהו, אך הוא נשכר בכל זאת וקיבל הוראה מנשיא ארצות הברית לעצור את קייבל, אם כי ללא הצלחה.
בניסיון לתקן את הנזק שנגרם למוניטין שלו, דדפול חטף את טאסקמאסטר והכריח אותו להילחם בו כדי לשכנע את הבכירים הממשלתיים לשכור אותו שוב. דדפול ניצח בדו-קרב, אך לא נשכר משום שנחשב כחסר בגרות מנטלית. מספר ימים לאחר מכן, דדפול התעורר וגילה כי כווץ לממדים מזעריים בידי סמור, שניסה להשתמש בחלקיקי פים עליו בשביל שיילחם בריינו. וייד ניסה להתעמת מול ריינו, אך הפך למחזיק מפתחות וזכה להשפלה. לאחר שנשטף באסלה, וייד הצליח לחזור והתנקם בתוקפיו, עדיין בגודל מיניאטורי.
לאחר שהוכרז כגיבור בעקבות מלחמתו בסימביוטים, דדפול חזר בקלות לדרכיו הישנות וניסה להרוג את וולברין. לשם שינוי, דדפול תכנן את כל שלבי ההתקפה על המוטאנט הזועם, וניצח על סדרת התנקשויות שכמעט והרגה את שניהם. בדיוק לפני שוולברין הוטבע, בנו דאקן התערב וכרת את שתי ידיו של דדפול כדי שיוכל להרוג את אביו בעצמו. דאקן נורה מכדור קרבונדיום בידי ג'יימס ברנס, ששכר במקור את דדפול. מתגלה כי כל ההתנקשות תוכננה בידי וולברין כדי ללכוד את בנו, כך שבסופו של דבר דדפול לא הרוויח דבר.
פלישה סודית.
כאשר פלישת הסקרול החלה, דדפול נלקח בשבי בידי הסקרול, ואימן את גזע הסקרול כדי לאמץ את הטירוף וכדי לשלוט יותר טוב ביכולותיו. הוא נמלט כאשר חברי הסקרול הפנו עורף אחד לשני, ושידר מידע גנוב אל ראש סוכנות S.H.I.E.L.D, ניק פיורי. מידע זה יורט על ידי נורמן אוסבורן, שהנהיג את האוונג'רס ואת סוכנות H.A.M.M.E.R החתרנית שלו. היות שפיורי לא קיבל את המידע, דדפול לא קיבל תשלום על מאמציו.
אחרי חודשים של אבטלה, קולונל זיק שוכר אותו על מנת להרוג את דוקטור דרוק לובוסנו, שחטף את אשתו. דדפול גילה כי לובוסנו גילה דרך לשמר את הנעורים ואת היופי ללא מגבלת זמן, אבל למטרה זו הם צריכים לאכול בשר אדם באופן קבוע. דדפול נתפס במטרה לשמש כמקור אוכל לזומבים הצעירים. אך התברר כי טעמו נורא, לכן הוא שוחרר לאחר שהבטיח להם את בשרו של זיק ושכיריו במקום. במהלך הקרב המתחולל, דדפול מפוצץ את הטירה של הדוקטור.
שלטון אפל.
לאחר שנותר ללא כסף בעקבות עבודה נוספת עליה לא קיבל תשלום, דדפול גונב אוניית משא שעושה את דרכה לארצות הברית. באמצע מסעה באוקיינוס האטלנטי הספינה מוטבעת בידי כריש נמר, אויבו של נאמור, ודדפול נסחף לחופי מקסיקו. בזמן שהוא מתאושש, כריש נמר מופיע בשנית ומתקיף אותו, אך סוכן H.Y.D.R.A עריק בשם בוב מופיע באקדחים שלופים ומבריח אותו חזרה למים. בוב מגלה לדדפול שהוא וכריש נמר נשלחו להרוג אותו. דדפול מצליח לדלות ממנו את שם מעסיקו, נורמן אוסבורן. אוסבורן היה מודע לכך שהמידע שדדפול סיפק לו היה הסיבה היחידה שהוא נמצא בעמדת כוח, ולכן דרש את חיסולו כדי להבטיח את עמדתו.
דדפול מגיע לניו יורק מתוך מחשבה שאוסבורן מוכרח לשלם לו בתמורה להעברת הקבצים במהלך פלישת הסקרול. הוא מנסה לפרוץ למגדל האוונג'רס, אך אוסבורן טומן לו מלכודת ושולח את קבוצת ת'נדרבולטס אחריו על מנת ליירט אותו. דדפול מביס את כל חברי הקבוצה פרט לאלמנה השחורה בה הוא מתאהב. הוא מתוודה בפניה על אהבתו אליה, אך נורה בידי פלדין ונמלט לבסיסו של טאסקמאסטר. חברי ת'נדרבולטס מתחקים אחר מקום מחבואו של וייד, והקבוצה כמעט מרצה את אוסבורן כשהאלמנה השחורה יורה לו בלב, ונותנת להדסמן הזדמנות לערוף את ראשו. אולם, דדפול מתעורר כשראשו מחובר, וכשטאסקמאסטר מספר לו שהוא אינו זה שחיבר את ראשו הוא מאמין שזוהי דרכה של האלמנה השחורה להגיד שגם היא מאוהבת בו.
מחוץ למעגל העבודה, דדפול מקבל כמה עבודות מזדמנות, וצופה במשדר חדשות בו נטען שהוא בגד בגזע האנושי לטובת גזע הסקרול החייזרי. הוא מותקף בידי בולזאיי, המתחזה להוקאיי, ולאחר עימות שבמהלכו בולזאיי לא העריך נכונה את יכולתו של דדפול להחלים מפצעיו, דדפול מביס אותו. בשל המוניטין הרב אותו רכש בולזאיי כשכיר חרב, הוא משלם לדדפול על מנת לא לספר על תבוסתו בקרב. וייד משתמש בכספו החדש על מנת לרכוש ספינת פיראטים, ולאחר קריירה קצרה ולא מוצלחת כפיראט הוא מחליט להיות גיבור במקום. הוא עושה את דרכו אל האי , מקום מושבם של חברי האקס-מן, אך הם דוחים אותו מעליהם. אולם, מכיוון שהם אינם מסוגלים לשחררו סתם כך, הם מציעים לו חברות מבחן תחת השגחתה של דומינו.
חיל דדפול.