בשנותיו בפיליפינים, החל טאפט להתעניין במזרח הרחוק. הוא טען שהיחסים עם אירופה אינם חשובים, אולם בגלל הפוטנציאל לסחר והשקעה, ראה חשיבות במשרת השגריר לסין. נוקס לא הסכים, ודחה הצעה ללכת לפקינג. טאפט החליף את שגרירו של רוזוולט שם, והשגריר החדש התעמת עם נוקס רבות.
ב-1898, קיבל ארגון אמריקני זכויות להקמת מסילת רכבת בין האנקו וסצ'ואן, אולם הסינים ביטלו את ההסכם ב-1904 בטענה של הפרת ההסכם. הממשלה הסינית השיגה כסף מממשלת הונג קונג, בתמורה למתן עדיפות לבריטים בנושא הרכבת. נוקס דרש שותפות של בנקים אמריקנים, וטאפט פנה אל נסיך סין בעניין כדי לשכנע אותו להסכים לכך. הסכם נחתם במאי 1911. הסינים דרשו הלאמת מסילות הרכבת ולא שילמו הרבה לבעלי המניות. נושאים אלו היו בין הגורמים למהפכת שינהאי.
לאחר המהפכה, מנהיגי המרד בחרו בסון יאט-סן כנשיא הרפובליקה הסינית, כשהם מדיחים את שושלת צ'ינג, וטאפט סירב להכיר בממשלה החדשה למרות תמיכת הציבור בכך. בית הנבחרים העביר החלטה בפברואר 1912 שתמכה ברפובליקה הסינית, אולם טאפט ונוקס הגיעו למסקנה שיש לתאם זאת עם מעצמות אירופאיות. בהודעתו השנתית האחרונה לקונגרס בדצמבר 1912, טען שהוא מוכן להכיר ברפובליקה, אולם היה זה לאחר הפסדו בבחירות.
טאפט המשיך את המדיניות נגד ההגירה מסין ומיפן. הסכם ידידות בין ארצות הברית ויפן ב-1911 העניק זכויות הדדיות למהגרים יפנים בארצות הברית ולמהגרים אמריקנים ביפן, אולם הובטח להמשיך להפחית באשרות ההגירה. נוצרה התנגדות במערב להסכם, אולם טאפט טען שאין שינוי במדיניות ההגירה.
אירופה.
טאפט התנגד לשיטה המסורתית שהעניקה לתומכים עשירים תפקידי מפתח, והעדיף שדיפלומטים לא יחיו בפאר. טאפט פיטר את השגריר בצרפת, הנרי ווייט, ועורר חשש בקרב דיפלומטים. טאפט גם רצה להחליף את וויטלו ריד, השגריר בבריטניה, אולם ריד תמך בטאפט במסע הבחירות שלו. לבסוף ריד נותר בתפקידו עד למותו ב-1912.
טאפט תמך בבוררות כפתרון לסכסוכים בינלאומיים, והגיע להסכמים עם בריטניה וצרפת בנוגע לכך. ההסכמים נחתמו באוגוסט 1911. לא טאפט ולא נוקס התייעצו עם הסנאט על כך. באותה תקופה רפובליקנים רבים התנגדו לטאפט והנשיא הרגיש שלחץ להעברת ההסכם יגרום לתבוסתו. הוא נאם בזכות ההסכמים באוקטובר, אולם הסנאט הוסיף תיקונים שטאפט לא יכול היה לקבל, וחיסל את ההסכמים.
אף על פי שטאפט לא נכנס להסכם בוררות כללי, הוא הצליח ליישב סכסוכים עם בריטניה בבוררות, כולל עימות על גבולות עם קנדה, סכסוך על ציד כלבי ים עם בריטניה ויפן, וסכסוך על זכויות דיג בקנדה. ההסכמים נותרו בעינם עד שיפן הפרה אותם ב-1940.
מדיניות פנים ופוליטיקה.
מונופולים.
טאפט המשיך והרחיב את ניסיונותיו של רוזוולט לפרק מונופולים בעזרת חוק שרמן, ובארבע שנותיו בתפקיד הגיש 70 תביעות (רוזוולט הגיש 40 בשבע שנים). משפטים נגד סטנדרד אויל ואיגוד הטבק האמריקני, שהתחילו תחת רוזוולט, הוכרעו לטובת הממשלה בידי בית המשפט העליון ב-1911. ביוני 1911, בית הנבחרים שנשלט בידי הדמוקרטים ביקש חקירה נגד איגוד המתכות. האיגוד התרחב תחת רוזוולט, שתמך בשליטתו בתעשיות הפחם, הברזל ומסילות הרכבת כדי למנוע החמרה במיתון הכלכלי. טאפט, כמזכיר המלחמה, תמך בתביעה. היסטוריונים טענו שהאיגוד הטעה את רוזוולט.
באוקטובר 1911, מחלקת המשפטים תבעה את איגוד הברזל ודרשה ממנו להעניק עצמאות לספקים רבים. רוזוולט נפגע מכך, בטענה שהדבר היה אי אמון בממשלו, וטען שטאפט עצמו היה חלק מהממשל ולכן ידע על הכל.
טאפט הודיע לקונגרס על הצורך בחקיקה נגד מונופולים כשהקונגרס יתכנס מחדש, אולם הקונגרס לא פעל בנושא. תיק אחר היה כנגד ספק ציוד חקלאות בתחילת 1912. ממשל רוזוולט חקר את הנושא אולם לא פעל בנוגע לכך, נושא שהפך לחשוב כשרוזוולט ניסה להיבחר כמועמד הרפובליקני שוב. תומכי טאפט טענו שרוזוולט לא פעל כראוי. הנשיא לשעבר טען שטאפט חיכה שלוש וחצי שנים, עד שיאתגרו אותו, כדי להתנגד להחלטה שתמך בה.
באלינג'ר ופינצ'ו.
רוזוולט תמך בשימור הסביבה, ועוזריו בקבינט תמכו בו בכך. אחד מתומכיו היה גיפורד פינצ'ו, ראש שירות היערות של ארצות הברית. טאפט הסכים עם הצורך בשימור, אולם העדיף להשיג זאת בעזרת חקיקה ולא בעזרת צווים נשיאותיים. הוא מינה את ריצ'רד באלינג'ר לתפקיד מזכיר הפנים. רוזוולט הופתע מכך, כיוון שטאפט הבטיח לו לשמור על מזכיר הפנים מתקופתו. רוזוולט הבין שטאפט ינסה מדיניות שונה.
רוזוולט הוציא אדמות רבות מידי הציבור, כולל כאלו באלסקה שנחשבו לעשירות בפחם. ב-1902, התגלה פחם באלסקה, והממשלה חקרה את חוקיות הפקת הפחם במשך כל תקופת רוזוולט. דבר זה נמשך כשבאלינג'ר היה בתפקיד, והוא אישר את השתלטות המונופול על האדמה.
בספטמבר 1909, פורסמו ההאשמות, ונטען שבאלינג'ר עזר למקורביו בנושא. טאפט פיטר את המדליף, ופינצ'ו ניסה להתפטר מתפקידו, אולם טאפט מנע זאת מחשש לעימות עם רוזוולט (שהיה באירופה). הוא ביקש מאליהוא רוט (סנאטור) לטפל בעניין, ורוט דרש לפטר את פינצ'ו.
טאפט ביקש מאישי הממשל לא להגיב בנושא. בינואר 1910, פינצ'ו שלח מכתב שבו טען שטאפט אישר השתלטות על אדמות ציבור. פינצ'ו שוחרר מתפקידו, ונסע לאירופה כדי לדבר עם רוזוולט. חקירה בקונגרס ניקתה את באלינג'ר מכל חשד, אולם טאפט הבין שהפרוגרסיבים ותומכי רוזוולט מתרחקים ממנו במחשבה שפנה נגד רוזוולט.
זכויות האזרח.
טאפט הכריז עם כניסתו לתפקיד שלא ימנה שחורים למשרות פדרליות שיגרמו למתיחות גזעית. הייתה זאת סטייה ממדיניות רוזוולט, שלא פיטר שחורים שלא עבדו עם לבנים. המחאות בדרום כנגד עובדי ממשל שחורים הובילה לכך שטאפט פיטר את רוב אנשי הממשלה השחורים בדרום והחליפם בלבנים.
עם כניסתו של טאפט לתפקיד, נושא שוויון הזכויות היה במחלוקת בקרב מנהיגי השחורים. בוקר טי. וושינגטון הרגיש שרוב השחורים צריכים להתאמן בעבודה תעשייתית, ושמיעוטם ינסו ללמוד חינוך גבוה. ויליאם אדוארד בורגהרד דו בויז לחם למען שוויון זכויות. טאפט תמך בוושינגטון. הוא רצה לשמור על השחורים במקומם, והתוצאה הייתה שהשחורים התחילו לתמוך בדמוקרטים.
כתומך בהגירה חופשית, העביר טאפט חוק בקונגרס בתמיכת איגודי העובדים, שהגביל כניסת עובדים לא מוכשרים ודרש מבחני קרוא וכתוב.
מינויים לבית המשפט.
טאפט מינה שישה שופטים לבית המשפט העליון, יותר מכל נשיא פרט לג'ורג' וושינגטון ולפרנקלין דלאנו רוזוולט. מותו של שופט באוקטובר 1909 נתן לטאפט את ההזדמנות הראשונה שלו, והוא מינה את ידידו הוראס לורטון לבית המשפט העליון, אף על פי שהיה דמוקרט, חייל בקונפדרציה בעברו ובן 65.
מותו של עוד שופט במרץ 1910 הוביל את טאפט למנות את צ'ארלס אוונס יוז, מושל ניו יורק, למשרה. טאפט רמז ליוז שאם יצטרך למנות את נשיא בית המשפט העליון, יבחר ביוז. ביולי 1910 מת נשיא בית המשפט העליון. טאפט שקל במשך חמישה חודשים את מי למנות, ומינה את אדווארד דאגלס ווייט. לטענת רבים, טאפט מינה את ווייט לתפקיד כיוון שרצה מישהו פחות צעיר מיוז וממנו, כדי שטאפט יוכל להתמנות לנשיאות בית המשפט העליון בבוא היום. במקום ווייט, מינה טאפט את וויליס ואן דוונטר לבית המשפט העליון. עד אז, פרש עוד שופט בגלל מחלה. ג'וזף לאמאר מונה במקומו.
עם מותו של עוד שופט באוקטובר 1911, מינה טאפט את מינויו השישי בבית המשפט העליון. לאחר שנוקס סירב להתמנות לתפקיד, מינה טאפט את מאלון פיטני. הייתה התנגדות למינויו של פיטני בגלל יחסו לאיגודי עובדים, אולם גם הוא אושר בסנאט.
מסע הבחירות והבחירות ב-1912.
התרחקות מרוזוולט.
במהלך התקופה בה רוזוולט היה בחו"ל, הוא לא התכתב הרבה עם טאפט. כשרוזוולט חזר לארצות הברית, הציע לו טאפט להישאר בבית הלבן. רוזוולט סירב, ובמכתבים עם חבריו ביקר את ממשל טאפט. למרות זאת, הוא ציפה שטאפט יהיה המועמד הרפובליקני ב-1912.
טאפט ורוזוולט נפגשו פעמיים ב-1910. הפגישות לא היו לבביות כמו הפגישות הקודמות שלהם. רוזוולט נאם במערב ב-1910, ותקף את החלטות בית המשפט העליון בנושאי מונופולים כפוגעות בדמוקרטיה. הוא דרש לקחת מהם את זכותם לקבוע שחקיקה היא אינה חוקתית. טאפט חשש מכך. רוזוולט קרא לבטל את תרומות התאגידים לפוליטיקה, להלאים את איגודי הרכבת, לבצע רגולציה על התאגידים, ליצור ועדה בנוגע למכסים, להנהיג מס הכנסה, לפצות את מעמד הפועלים, לאסור עבודת נשים וילדים, ולהשלים את שקיפות התרומות למסע הבחירות. רוזוולט נטה שמאלה, וטאפט נטה ימינה.
במהלך הבחירות לקונגרס ב-1910, התערב רוזוולט בבחירות בניו יורק, כשטאפט ניסה להבטיח את בחירתו של וורן הרדינג לתפקיד מושל אוהיו. הדמוקרטים השתלטו על בית הנבחרים והקטינו את הרוב הרפובליקני בסנאט. בניו ג'רזי, נבחר דמוקרט (וודרו וילסון) לתפקיד המושל, והרדינג הפסיד באוהיו.
לאחר הבחירות, המשיך רוזוולט לקדם את מדיניותו הפרוגרסיבית. רוזוולט תקף את ממשל טאפט וטען שהוא לא מחויב לערכיו של אברהם לינקולן אלא לבעלי ההון. ב-1911, היריבות המשיכה. הסנאטור לה פולט הודיע על ניסיונו להיבחר כמועמד הרפובליקני בתמיכת הפרוגרסיבים. רוזוולט רצה גם הוא לרוץ לתפקיד, וכתב שהמסורת שנשיא לא רץ לכהונה שלישית תקפה רק לגבי כהונות רצופות.
רוזוולט קיבל מכתבים רבים מתומכים שדרשו ממנו לרוץ, וכמה רפובליקנים התארגנו למענו. הוא האמין שתמיכה ציבורית חזקה תכניס אותו לבית הלבן עם מנדט למדיניות פרוגרסיבית. בפברואר, הכריז רוזוולט שיהיה מוכן להיבחר כמועמד הרפובליקני. טאפט הרגיש שהפסד בנובמבר יפגע במפלגה, אבל שאובדן המועמדות יפגע בו. הוא לא רצה להתנגד לרוזוולט, שעזר לו להיות נשיא, אולם היה נחוש להישאר בתפקידו, ולא היה מוכן לאפשר לרוזוולט להיבחר עוד פעם.