בצריף שהוכשר למגוריהם, הוכנו לבן-גוריון ורעייתו חדרי שינה נפרדים וחדר עבודה גדול ובו ספרייה המכילה מקום לאלף ספרים. בן-גוריון סיכם עם חברי הקיבוץ שיעבוד 4 שעות ביום ויוכל להקדיש את שאר זמנו לקריאה וכתיבה. העבודה הפיזית הייתה קשה לו ולכן הוחלט לשבץ אותו לעבודה בדיר עם הטלאים. הוא נהג לצעוד פעמיים ביום למרחק 4 קילומטרים בכל פעם, ואכל פעמיים ביום "קוץ'-מוץ'" - תערובת בריאות חסרת טעם שהכינה לו פולה.
בן-גוריון שהה בשדה בוקר כ-14 חודשים עד ששב לתפקיד שר הביטחון ומאוחר יותר לראשות הממשלה. בקיבוץ עבד מספר שעות ביום ואת שאר היום הקדיש לכתיבה. למרות שלא נשא בתפקיד רשמי, שימש ביתו מקום עלייה לרגל למדינאים ואנשי ציבור רבים. כמו כן ניסה בן-גוריון לרתום את העם למשימות הלאומיות שלא במסגרת ממשלתית. הוא פעל להקמת תנועת נוער ממלכתית, "חזית הנוער", שתכוון את הנוער לקליטת עלייה ולהתיישבות בנגב במסגרת הגדנ"ע והנח"ל. בן-גוריון יצא לכנסי נוער במקומות שונים בארץ, שהמפורסם שבהם התקיים בשייח מוניס (כיום אוניברסיטת תל אביב) ב-1954, ובו השתתפו תלמידי כיתות י"א וי"ב מכל הארץ. בן-גוריון קרא לנוער להירתם למשימות הלאומיות של התקופה: קליטת עליה והתיישבות, בעיקר בנגב. ברם, תגובתו של הנוער, ושל העם כולו, הייתה אדישה, ולא הייתה היענות לקריאותיו אל העם לבוא אל הנגב בהמוניו.
החזרה לראשות הממשלה והפרישה השנייה.
ב-1955 שב בן-גוריון לכהן כשר ביטחון ולאחר מספר חודשים נבחר שוב כראש ממשלה ושימש בתפקיד זה עד 1963. בכל התקופה בן-גוריון אמנם התגורר בשדה בוקר אך בילה את רוב זמנו בביתו שבתל אביב. רק בשנת 1963 לאחר שפרש מתפקידיו בממשלה הוא עבר לגור כדרך קבע בקיבוץ.
בשנת 1968 נפטרה פולה ובן-גוריון נותר לבדו בצריף. הוא חי בקיבוץ עד פטירתו בשנת 1973.
צריף בן-גוריון היום.
לפני מותו כתב בן-גוריון בצוואתו:
חוק דוד בן-גוריון, התשל"ז 1976, קבע כי יוקם מכון למורשת בן-גוריון והוא:
כיום משמש הצריף כמוזיאון. המבקר בצריף נחשף אל דמותו של בן-גוריון כאדם וכמנהיג ואל התקופה שבה הוא חי.
באתר מיצג אנימציה המתאר את אבני הדרך המרכזיות בחייו של בן-גוריון ובו מוצג חזונו לפיתוח הנגב. המוזיאון עוצב על ידי אורי דה בר ועל עבודה זו הוענק לו פרס בן-גוריון.
לצד צריף המגורים, נפתחו לקהל תערוכות אינטראקטיביות במבנים המשומרים שבהם הוקם קיבוץ שדה בוקר, בהן:
בכל שנה מבקרים בצריף אלפי חיילים, תלמידים, מבוגרים ותיירים. בשנת 2010 שופצו הצריף והתערוכה כחלק ממיזם ציוני דרך של משרד ראש הממשלה. בשנת 2020 בעת התפרצות נגיף הקורונה בישראל היה צריף בן-גוריון לאחד מאתרי המורשת הראשונים בישראל שערכו סיורים וירטואליים באמצעות אפליקציית זום.
בינואר 2022, פורסם על עבודות שימור בצריף ותיעוד החפצים בו, כחלק ממיזם "ארץ חפץ" של יד בן-צבי, ובשיתוף משרד ירושלים ומורשת. במסגרת זו, מתעדים את ספרייתו של בן-גוריון בצריף, המכילה כ-5000 ספרים, שירשמו בפורטל, ויונגשו לקהל הרחב.
ש&quot;י
ש"י (שירות ידיעות), שירות המודיעין של ארגון "ההגנה" שעל בסיסו קמו שירותי הביטחון והמודיעין של מדינת ישראל. הש"י נוסד בשנת 1940, אך שורשיו בתקופה מוקדמת יותר. בשנת 1942 הוא אוחד עם ה"ר"ן" (ריגול נגדי). הארגון פעל בשלושה מישורים של איסוף מודיעין - המישור הבריטי, המישור הערבי, והמישור הפנים-יהודי, כנגד גורמי פנים שלא קיבלו את מרות הנהגת היישוב המאורגנת, בעיקר קומוניסטים ואנשי אצ"ל ולח"י. לאחר קום המדינה שימש הש"י כבסיס להקמת ארגוני המודיעין של מדינת ישראל. רבים מאנשי הש"י, ביניהם איסר הראל, איסר בארי ובנימין גיבלי, התקדמו לתפקידים בכירים במסגרת שירותי המודיעין של המדינה, בשב"כ, במוסד, באמ"ן ובשאר זרועות המודיעין.
טרום הש"י.
ש"י הוקם בשנת 1940 כשירות מודיעין ארצי של ההגנה, אולם יסודותיו נוצרו בראשית העלייה הציונית לארץ ישראל. כבר בימי השלטון העות'מאני שאפו מנהיגי "היישוב" (השם שבו כינו עצמם יהודי ארץ ישראל בתקופה שקדמה להקמת המדינה) להשיג מידע מודיעיני כדי שיוכלו לסכל את גזירות השלטון הטורקי נגד היישוב. אנשי ארגון "השומר" ידעו שהצלחתם לשמור ולהגן על הרכוש והנפש טמונה ביכולתם לגלות שודדים ורוצחים, וביצעו פעולות מודיעין, כשם שביצעו פעולות מגן, עוד לפני שנוסד ארגון ההגנה.
בשנת 1918 הוקם ביוזמתם של זאב ז'בוטינסקי ואחרים שירות ידיעות של ועד הצירים (משלחת ציונית בראשותו של ד"ר חיים ויצמן שהגיעה לארץ לאחר הכיבוש הבריטי), שנקרא בשם "משרד מודיעין" (Information Bureau), ותפקידו היה איסוף ידיעות על הנעשה בקרב הערבים ומעקב אחרי אגודותיהם הלאומיות. המשרד אסף חומר רב על הכנות הערבים לפרעות ביהודים ולמרידות בבריטים. כן ארגן המשרד את השמירה על מנהיגי הציונות. הקמת המשרד עוררה ביקורת מצד אחדים ממנהיגי היישוב ובראשם מנחם אוסישקין, אשר לאחר בואו של הנציב העליון הבריטי הראשון, היהודי הרברט סמואל, נדמה היה להם כי ביטחונו של היישוב נמצא בידיים נאמנות, והמשרד פורק ב-1920.
עם הקמת ארגון ההגנה בשנת 1920, היה איסוף מידע מודיעיני חלק מפעולותיו של הארגון. בימי הבראשית של הארגון עסקו אחדים ממפקדיו באיסוף ידיעות בין הערבים. איש ירושלים בשם אהרן חיים כהן חדר לאסיפות הערבים בערי וכפרי הארץ והגיע גם אל עבר הירדן, כשהוא לבוש ומתנהג כערבי.
בראשית שנות ה-30 החלו בארגון פעולות איסוף ידיעות מודיעין אליהו אילת (אז אפשטיין ולימים שגריר ישראל הראשון בארצות הברית ולאחר מכן שגריר ישראל בבריטניה ונשיא האוניברסיטה העברית) ולאחריו ראובן שילוח (אז זסלני ולימים ראש המוסד הראשון).
בשנת 1933 נוסד בסוכנות היהודית מדור ערבי שעסק במודיעין ופעולתו רוכזה בידי אליהו ששון (לימים ציר ישראל בטורקיה, שגריר ברומא ושר בממשלות ישראל).
לסניפי ההגנה בערים היו מחלקות לא מאורגנות לאיסוף ידיעות, אשר המידע שאספו הועבר למרכז ההגנה. בתל אביב הוקמה לראשונה מחלקת ידיעות קבועה בשנת 1933 ובראשה הועמד אפרים קרסנר (לימים דקל, מי שיכתוב את ספר הזיכרונות "עלילות ש"י"). בשנת 1940 עם הקמת הש"י הארצי השתלבה בו מחלקת הידיעות של תל אביב.
מקור מודיעיני חשוב היו השוטרים והקצינים היהודים ששירתו במשטרת המנדט, אשר מסרו מידע רב על הנעשה ביישוב היהודי ובקרב הבריטים והערבים, אותו שאבו מהידיעות הרבות שזרמו למשטרה. הם גם שימשו מקור התרעה על כוונות הבריטים לערוך חיפושי נשק ומאסרים. מידע רב נתקבל מפקידים יהודים בשירות המחלקות השונות של ממשלת המנדט.
הידיעות מן המקורות השונים הועברו למפקדת ההגנה ששכנה בבית הוועד הפועל של ההסתדרות בתל אביב, לידיהם של אליהו גולומב ודב הוז.
בשנת 1939, לאחר שלוש שנות המרד הערבי, שהיה ידוע ביישוב כמאורעות תרצ"ו, החליטו הבריטים לפתור את המצב על ידי הפיכת מדיניותם לפרו-ערבית שלמה. הם הוציאו את "הספר הלבן", שבו נקבעו הגבלות חמורות על העלייה היהודית ואיסור מכירת אדמות הערבים ליהודים.
הר"ן.
כשנתברר למרכז ההגנה כי הבריטים מתנכלים לעצם קיום ההגנה, הוחלט להקים מחלקת ריגול נגדי שכונתה ר"ן, שתסכל את כוונות הבריטים. המחלקה הוקמה על ידי שאול אביגור (אז מאירוב), אליו הצטרפו איש הרכש יהודה ארזי ודוד שאלתיאל, שהיה בעל ניסיון צבאי משירותו כקצין בלגיון הזרים הצרפתי. הר"ן עסק בבילוש אחר חשודים במסירת מידע לבריטים, נשים שקיימו יחסים עם שוטרים ופקידים בריטיים, אנשי העולם התחתון ואחרים.
הש"י.
בקיץ 1940 הגיע שאול אביגור למסקנה כי הגיעה העת לייסד שירות ידיעות כלל ארצי. הוא הציע למפקדה הארצית של ההגנה ולמשה שרת (אז שרתוק), ראש המחלקה המדינית של הסוכנות היהודית להקים את הש"י. בספטמבר 1940 הוקם הש"י רשמית, והר"ן שולב בשורותיו. כן שובצה בש"י המחלקה הסורית שנוסדה ביוני 1940 בראשותו של עזרא דנין.
אחת המשימות של הש"י עם היווסדו הייתה לברר את טענות הבריטים כי בין המעפילים שעלו ארצה ערב המלחמה הסתננו סוכנים נאצים. חקירת הש"י העלתה כי אין יסוד לחשדות.
תפקיד נוסף שהוטל על הש"י היה מעקב אחר ארגוני האצ"ל והלח"י שלא סרו למרות הנהגת היישוב. אנשים מהש"י השתתפו בסזון.
בכפיפות לראשותו של המייסד שאול אביגור, פיקדו על הש"י, עם היווסדו, דוד שאלתיאל שטיפל במודיעין הצבאי וזאב שרף שתחום טיפולו היה ארגוני האצ"ל והלח"י. ב-1942 החליף את שניהם כראש הש"י ישראל עמיר (אז זבלדובסקי). תחת פיקודו הושלם האיחוד המלא בין הר"ן לבין הש"י וכל מטה הש"י למחלקותיו השונות רוכז במשרד אחד בתל אביב תחת הכיסוי של "הוועד למען החייל".
אחת המחלקות החשובות בש"י הייתה המחלקה הבריטית, שמשימתה העיקרית הייתה לשאוב מידע ממשרדיה ומארכיונה של הבולשת הבריטית, שנקראה "מחלקת החקירות הפליליות של משטרת המנדט", ה-CID. לרשות המחלקה הבריטית עמדו מאות שוטרים ופקידי ממשל יהודים, שנאמנותם הראשונה הייתה לארגון ההגנה, והם השיגו עבור הש"י מידע רב ערך.
הש"י קיים שירות האזנה שיירט תשדורות סודיות של הבריטים ועסק בפענוח הצפנים הבריטיים. במשך תקופה מסוימת הצליח הש"י לשים ידו על "הצופן האימפריאלי" שבו נשלחו המברקים המדיניים החשובים ביותר ללונדון.
בשנת 1944 הצטרף למטה הש"י איסר הראל (אז הלפרין), איש משמר החופים ומשטרת היישובים העבריים, תחילה כמזכיר המחלקה היהודית ולאחר מכן כראש המחלקה, ומשנת 1947 ועד לקום המדינה היה מפקד מחוז תל אביב.
בשנות המאבק.