ב-14 ביוני 1690 הגיע ויליאם באופן אישי לאדמת אירלנד, בראשן של שלוש מאות ספינות עמוסות חיילים. צבאו של ויליאם היה מיקרוקוסמוס של אירופה הפרוטסטנטית של אותה התקופה - 36,000 חיילים אנגלים, גרמנים, הולנדים, דנים והוגנוטים. הצבא צעד מבלפסט לדבלין. לאחר התכתשויות מצאו הצדדים עצמם, ב-1 ביולי 1690 כאשר היעקוביטים (אנשיו של ג'יימס) בגדה הדרומית של הנהר בוין, ואילו אנשיו של ויליאם בגדה הצפונית. בקרב שהתפתח נאלץ הצבא היעקוביטי לסגת, וג'יימס נמלט לצרפת. ג'יימס היה המלך הקתולי האחרון של אנגליה. צאצאיו לבית סטיוארט ניסו עוד פעמים מספר לחזור לכס המלוכה (כאשר הניסיון האחרון היה בשנת 1745 בקרב קלודן) אך מויליאם השלישי ואילך היו כל מלכי אנגליה פרוטסטנטים. חוק מיוחד שקיבל הפרלמנט קבע כי אסור למלך להיות קתולי או נשוי לבן הדת הקתולית.
הסכם לימריק.
הקתולים האירים, כשגבם אל הקיר, המשיכו בלחימה, עד שהוכנעו על ידי הגנרל ההולנדי גינקל, לאחר שהסתיים המצור על העיר לימריק ב-3 באוקטובר 1691.
עם כניעתה של העיר נוהל משא ומתן בין נציגיו של ויליאם ובין המפקדים הקתולים של צבאו של ג'יימס בעיר לימריק. התוצאה הייתה הסכם אשר התיימר להסדיר שני עניינים: עניינים צבאיים דחופים, והסדר שיאפשר לקתולים להמשיך ולחיות באירלנד תחת מלכותו של ויליאם השלישי.
הצבא הקתולי, אשר היה עדיין צבאו של ג'יימס, החליט להמשיך ולהילחם את מלחמות הקתולים מחוץ לגבולותיה של אירלנד. על פי ההסכם, כל איש צבא שרצה בכך, יכל להפליג אל צרפת ולהמשיך שם בלחימה. 12,000 אנשים (אנשי צבא, משפחותיהם וקרוביהם) ניצלו אפשרות זו. הגירה המונית זו כונתה "מעוף אווזי הבר" Flight of the wild geese. היוצאים המשיכו מסורת של הגירה וגלות, ושירותם של שכירי חרב אירים, שכונו "אווזי הבר" בצבאות זרים.
על הסעיפים האזרחיים בהסכם נאמר כי האנגלים החלו בהפרתם עוד בטרם יבשה הדיו על ההסכם, והם שהקנו ללימריק את כינויה עד היום "עיר ההסכם המופר". הסעיפים הבטיחו את חופש הפולחן הקתולי "במידה שחופש זה ניתן במהלך כהונת המלך צ'ארלס השני", וכן חנינה כללית והחזרת הזכויות בקרקע לתושבים בלימריק ובאירלנד שיסכימו להישבע אמונים למלך ויליאם. ויליאם, הדחוק להמשיך את מלחמותיו ביבשת אשרר את ההסכם, אך הפרלמנט האירי הפרוטסטנטי אישר את ההסכם רק ב-1697 וגם אז רק בשינויים אשר עיקרו אותו מכל תוכן. לרשימת הקובלנות של הקתולים באירלנד נוספה עתה קובלנה נוספת "בגידת לימריק".
המאה השמונה עשרה.
אירלנד לאחר קרב בוין.
שלטונו של ויליאם השלישי התחלף עד מהרה בבית הנובר הפרוטסטנטי הגרמני (לאחר תקופת ביניים קצרה של שלטון המלכה אן ידועת החולי). בתקופה זו, בעשורים הראשונים של המאה השמונה עשרה ידעה אירלנד מספר מגמות עיקריות:
הפרלמנט של גרטן.
המגבלות על הסחר, העוני, והשחיתות השלטונית, היו לרעתה של כל האוכלוסייה, קתולים ופרוטסטנטים כאחד. מתוך מעמד בעלי האחוזות הפרוטסטנטים ממחוז אלסטר, עלה עתה מנהיג לאומי בשם הנרי גרטן, אשר יוביל את אירלנד, באופן מתון וללא עימות צבאי, להקמת תנועה לאומית לעצמאות, ולהתקרבות בפועל אל העצמאות ככל שניתן, במידה הגדולה ביותר מאי פעם, ולמשך מאה וארבעים השנה שלאחר מכן.
גרטן היה מנהיג "המפלגה הלאומית" בפרלמנט האירי, אשר מטרתה העיקרית הייתה לשחרר את הפרלמנט האירי מן הכבלים החוקתיים שאסרו אותו. על פי "חוק פוינינגס" משנת 1494 אשר התקבל בימי המלך הנרי השמיני כל החקיקה של הפרלמנט האירי הייתה צריכה לקבל את אישור מועצת המלך בלונדון בטרם תידון בפרלמנט. יתרה מזאת, הפרלמנט האנגלי בוסטמינסטר ראה עצמו בעל סמכות חקיקה המשתרעת על תחומה של אירלנד, דבר שאיין, למעשה, את סמכותו של בית המחוקקים האירי, והפך אותו למועדון ויכוחים ללא תכלית של ממש.
לאחר שהממשלה בלונדון ראתה כי עיקשות לשמה עלולה להוביל למלחמה שתוצאתה אינה ברורה מראש, לאחר אובדן המושבות במלחמת העצמאות של ארצות הברית, הגיעה לאירלנד עת קצרה של מתינות ושיתוף פעולה בין הבריטים ובין הפרלמנט האירי, ובין הזרמים האירים ובין עצמם. תחת איום הפלישה מצד צרפת או ספרד בימי המלחמה בארצות הברית, החלו גדודי "מתנדבים" להתחמש ולהתאמן, על מנת למנוע את איום הפלישה. משהוסר איום הפלישה, הפכו גדודים אלו לכלי פוליטי הדורש יתר עצמאות לאירלנד. אל מול דרישות אלו החלה הממשלה הבריטית להסיר את המגבלות אט אט. בתחילה הוסרו (עוד בשנים 1778 ו-1779) המגבלות על הסחר. לאחר מכן בוטל "חוק ההכרזה" משנת 1720, ולבסוף, ב-16 באפריל 1782, מגובה בתמיכה עממית רחבה, הכריז גרטן על עצמאותו של הפרלמנט האירי. על פי ההסדר החוקתי החדש ישררו באירלנד רק חוקי הפרלמנט האירי ופסיקות בתי המשפט האיריים. "אירלנד היא עתה אומה!" הצהיר גרטן. לאחר חודש של משא ומתן קיבלו האנגלים את ההצהרה. תודתו של העם האירי הובעה בצורת מענק, שהפרלמנט העניק לגרטן, בסכום של מאה אלף לירות שטרלינג, אך גרטן הסכים לקבל רק חצי מסכום זה.
אחד מן החוקים הראשונים שהעביר הפרלמנט החדש היה כי על מנת להוכיח את הנאמנות לכתר הבריטי, יגויסו 20,000 מלחים אירים לצי הבריטי. גרטן הוביל קו נאמן לכתר, אך, על אף היותו שייך למיעוט הפרוטסטנטי, הייתה שאיפתו הגדולה מתן שוויון זכויות לקתולים, הרוב המדוכא והמושפל של תושבי אירלנד.
ללא רפורמה מקיפה, סבר גרטן, לא תוכל עצמאותו החדשה של בית המחוקקים לבוא לידי ביטוי. על אף שהפרלמנט היה עתה עצמאי לכאורה, עדיין היה נתון להשפעה בריטית חזקה, באמצעות מתן שוחד של הממשל הבריטי לבעלי אחוזות איריים, אשר שלטו, למעשה, במחוזות הבחירה, שהיוו את "אחוזתם הפרטית". יתרה מכך, הזרוע המבצעת הייתה נתונה לשליטתם הישירה של האנגלים, ולא סרה למשמעת הפרלמנט האירי. המשנה למלך, מושל אירלנד, ו"ראש ממשלתו", היו עדיין מינויים שמינתה הממשלה בלונדון, ואחיזתם במשרתם הייתה תלויה בפוליטיקה בווסטמינסטר ולא בדבלין, כאשר בפרלמנט בלונדון לא היה כל ייצוג לאירים. מחוזות הבחירה לפרלמנט האירי היו לעיתים מחוזות קטנים בשליטתם של יחידים שסרו למרות הבריטים, ושאת ציותם ניתן היה לקנות באמצעות מתן תארים וקצבות. והחמור ביותר, שני שלישים מן האוכלוסייה, הקתולים, היו מנועים על פי החוקים הקיימים מלהיבחר לפרלמנט.
בשנת 1785 תמך גרטן בצעדיו של ראש הממשלה האנגלי ויליאם פיט הבן שנועדו לשפר את הסחר עם אירלנד, ולתקופה מסוימת היה מתומכי הממשלה הבריטית, אך ככל שהזמן חלף ופיט לא סייע בידו לבצע את הרפורמה הדרושה במבנה הפרלמנט האירי, נסחף גרטן לאופוזיציה לממשלה הבריטית.
גרטן לא האמין במתן זכות בחירה כללית, ורצה לשמור את הכוח החקיקתי בידי מיעוט בעלי הרכוש, שכן האמין כי על אף שעל אירלנד להישלט בידי האירים, הדמוקרטיה בצורתה הטהורה עלולה להוביל לאנרכיה. הצעותיו של גרטן לרפורמה מתונה נדחו על ידי הפרלמנט, אשר החל להיות מושפע מן המהפכה הצרפתית וממלחמת העצמאות של ארצות הברית ודחף להצעות קיצוניות. הבעיה הקתולית הייתה הבעיה הדחופה ביותר על סדר היום. גוף חדש, אשר הוקם בשנת 1791 על ידי הלאומן וולף טון, בשם אגודת "האירים החופשים" החל במסע תעמולה כנגד גרטן. הגוף הושפע מאוד מן המהפכה הצרפתית ועקרונותיה, ותמך ברפובליקה דמוקרטית, ובהפרדה מידית מאנגליה שניתן להשיגה אף באמצעים אלימים. באלסטר החלו הפרוטסטנטים לייסד אגודה משלהם, "אגודת אוראנז'", על שמו של "המלך ביל", הוא ויליאם השלישי שזכה עתה למעמד אגדי בעיני הפרוטסטנטים. לעומתם, הפרסביטריאנים ראו את ההזדמנות לעצמאות, וחלקם רצו לעשות אגודה אחת עם הקתולים בדרום.
בשנת 1793 הכריזה צרפת מלחמה על אנגליה. היו אלו ימי הדירקטוריון, ימי הדמדומים של המהפכה הצרפתית. עתה נשאו "האירים המאוחדים" את עיניהם לפריז. סבורים היו שפלישה צרפתית תקדם את מטרת העצמאות האירית. עד מהרה מצא עצמו וולף טון בפריז, כשהוא לבוש בבגדי גנרל צרפתי, ומפקד על כוח המתאמן לקראת הפלישה לאירלנד.
בשנת 1794 בעצה אחת עם המושל הכללי החדש, לורד פיצויליאם, הציע גרטן לפרלמנט הצעה לאמנציפציה של הקתולים, שפירושה הסרת האיסורים הפליליים על הפולחן הקתולי, ומתן שוויון זכויות אזרחי מלא. הוסכם כי החוק יקבל את הסכמת הממשלה הבריטית. כפי הנראה הייתה אי הבנה בין הגורמים השונים המעורבים במשא ומתן העדין, החוק לא הובא בפני הפרלמנט, ופיצויליאם הוחזר ללונדון. האירוע גרם לאכזבה כללית באירלנד. במרירות הכללית שהתהוותה ניסה גרטן לפעול במתינות ובשיתוף פעולה עם הממשלה הבריטית, אך נראה כי ממשלה זו הייתה נחושה להתעלם מדרישותיהם של האירים הקתולים. הארץ הלכה והידרדרה לקראת מרידה נוספת.
פלישתו של טון, בראשות ארמדה של 43 ספינות צרפתיות, וארבעה עשר אלף לוחמים יצאה לדרכה בשנת 1796, אך נתקלה במזג אוויר סוער. רק סירה אחת הגיעה אל החוף במפרץ בנטרי, והלוחמים שהיו עליה נעצרו על ידי האזרחים שיצאו מן הכנסייה והזעיקו את הצבא באמצעות פעמוני הכנסייה.
לא הייתה זו העת למתינות. גרטן איבד את הרוב שהיה לו בפרלמנט, ועתה היה ללא כל השפעה. הוא פרש מן הפרלמנט במאי 1797, ובמכתב לתושבי דבלין חרג ממתינותו והתקיף את הממשלה הבריטית במילים חריפות.