עם חלוף השנים ביקש המלך ז'ואאו השני לאשש מידע, המבוסס על שמועות, ועל דיווחים של שליחים (ובכללם פרו דה קוויליאן), שחזרו ממסעות בדרך היבשה, תוך חציית אדמות האסלאם. הוא החל ביוזמה להפוך את פורטוגל לאחת המעצמות העולמיות, תוך הוצאתו אל הפועל של מיזם לגילוי הנתיב הימי להודו. בימי מלכותו של מנואל הראשון הקיף ואסקו דה גמה את כף התקווה הטובה והגיע לחופי הודו ובכך בישר לארצות המזרח על עידן חדש של נוכחות פורטוגזית הגמונית בכל אגן האוקיינוס ההודי. באותם ימים נפוצו מספרד ידיעות על כך שכריסטופר קולומבוס גילה אדמות במערב האוקיינוס האטלנטי, בשליחות המלכים הקתולים בספרד, שמאוחר יותר כונו בשם איי הודו המערביים (מספר שנים קודם לכן, ויתר מלך פורטוגל ז'ואאו השני על שירותיו של קולומבוס, בהמלצת יועציו המדעיים). בשנת 1500 גילה האדמירל פדרו אלוורז קברל את ברזיל, במהלך מסע ארמדה שבפיקודו להודו, אשר כללה 13 ספינות. ברבות הימים, במהלך המאה ה-16, ביססה פורטוגל את נוכחותה הקולוניאלית ברחבי הגלובוס והפכה ל"באזאר" של אירופה. בכך, במאה ה-16 שכנו בחצי האי האיברי המעצמות הימיות האירופיות הדומיננטית באותה התקופה - ספרד ופורטוגל.
האימפריה הפורטוגזית.
האימפריה הפורטוגזית הייתה לחלוצת האימפריות הקולוניאליות שנוצרו בימי עידן התגליות, כאשר כבשה ב-1415 את סאוטה שלחופי צפון אפריקה והחלה לשגר מסעות חקר, תגלית ומיפוי באוקיינוס האטלנטי. לאחר שמיפו הפורטוגזים את חופי יבשת אפריקה וגילו את הדרך הימית להודו, החלו אלה ומדינות אירופיות נוספות לחקור את פנים היבשת, וחיפשו אחר נתיבים ימיים נוספים למקורות התבלינים במזרח, בנוסף לנתיב העובר דרך כף התקווה הטובה (לדוגמה, נתיבים מערביים המקיפים את צפון אמריקה או דרומה). חיפושים קדחתניים אלה, שערכו מספר מדינות אירופיות, ביניהן פורטוגל, עתידים היו להביא ליסודן של מושבות רחבות היקף, הפזורות בכל כדור הארץ. מברזיל ועד אסיה, הפיצה פורטוגל את שפתה, הפורטוגזית, ואת מנהגיה, בה בעת שהביאה למטרופולין ליסבון עושר וממון רבים, תוך הזנחת המושבות והשקעה מועטה בפיתוחן.
לאחר המאה ה-16, החלה פורטוגל לאבד בהדרגה את נכסיה הקולוניאליים. ב-1580 עבר הכתר הפורטוגזי לידי המלכים הספרדים ונשאר בידיהם עד ל-1640 (עם זאת, נהנתה פורטוגל ממידה מסוימת של אוטונומיה). עקב כך, החלו מושבות פורטוגל ברחבי העולם לספוג מתקפות מאויבי ספרד - מההולנדים ומהאנגלים.
במאה ה-17 היגרו פורטוגזים במספרים גדולים לברזיל. ב-1709 אסר ז'ואאו החמישי, מלך פורטוגל, על המשך הגירה זו, שצמצמה באחוזים ניכרים את מספר תושבי פורטוגל, בניסיון לבלום את הידלדלות האוכלוסין בפורטוגל הקונטיננטלית. ברזיל הועלתה למעמד של ממלכת משנה והאינדיאנים שוחררו לחופשי. עם זאת, איבדה פורטוגל חלק גדול מאחיזותיה במזרח, להוציא את ברזיל ביבשת אמריקה ומושבות קטנות או זעירות נוספות ביבשות אסיה ואפריקה. במאה ה-19 איבדה גם את ברזיל.
לאחר מלחמת העולם השנייה, כשהחל תהליך הדה-קולוניזציה, איבדה פורטוגל את מושבותיה האחרונות. ב-1961, פלשו צבאות הודו למושבה הפורטוגזית גואה. באותה השנה פרצו עימותים מזוינים במושבות פורטוגל באפריקה, ביניהן אנגולה ובהמשך אף במוזמביק. במלחמות אלה, שכונו המלחמות הקולוניאליות, נערכו קרבות בעצימות גבוהה ביותר. ברבע האחרון של המאה ה-20 איבדו הפורטוגזים גם את מזרח טימור, את סאו טומה ופרינסיפה, את כף ורדה ואת גינאה ביסאו. מקאו, האחרונה מבין מושבות פורטוגל מעבר לים, נמסרה חזרה לסין ב-1999.
האיחוד האיברי.
ב-1578 יצאו הפורטוגזים למסע צלב במרוקו, והובסו על ידי המוסלמים בקרב אל-קסר אל-כביר. המלך סבשטיאו הראשון הוצא ככל הנראה להורג או נהרג בקרב. קרב זה בלם את המשך ההתפשטות הגלובלית של הפורטוגזים.
בית המלוכה בפורטוגל נאלץ להתמודד עם ניסיון מורכב לפתור את משבר הירושה שפקד אותו. על אף מאמציו של אנטוניו הראשון לשמר את כתר פורטוגל בידי הפורטוגזים, עבר כס המלוכה של פורטוגל לידי מלך ספרד פליפה השני, בנה של בתו הבכורה של מנואל הראשון והמועמד הראוי ביותר באותה עת, על פי ייחוסו השושלתי ודיני הירושה. בתי הדין של טומאר, שהתכנסו ב-1581 הכריזו סופית על מלך ספרד פליפה השני כמלך גם על פורטוגל. עתה היו ספרד ופורטוגל כרוכות יחד באוניה פרסונלית.
איחוד בין אימפריות.
אנטוניו הראשון, שלא שבע נחת מהמלכתו של מלך ספרד על פורטוגל, הכריז על עצמו כמלך פורטוגל וקבע את מושב ממשלתו באחד האיים האזוריים, האי טרסיירה (ilha terceira), בזמן שהשלטון על יתר הממלכה עבר לידי מלך ספרד ההבסבורגית. "מלכותו" של אנטוניו הראשון ממקום מושבו באיים האזורים לא ארכה ימים ובמהרה הוא נכנע לכוחותיו של המלך הספרדי. כך אוחדו כתרי ספרד ופורטוגל תחת ידיו של מלך אחד, ותקופה היסטורית זו זכתה לכינוי "תקופת האיחוד האיברי". בתקופה זו לא חלה כל תמורה בזרועות המבצעות והשופטות ובמוסדות השלטון של ממלכותיו של פליפה השני. לכאורה, כל ממלכה שמרה על אוטונומיה בנושאים אלה. תחת פליפה השני (עבור פורטוגל "פיליפה הראשון") הפכה ספרד לאימפריה הקולוניאלית הגלובלית הגדולה בהיסטוריה, כיוון שלנכסיה הטריטוריאליים רחבי ההיקף של ספרד ביבשת אמריקה נוספו עתה הזירות הפורטוגזיות החשובות בברזיל, באפריקה ובאסיה.
ימי מלכותם של פליפה השני ושל פליפה השלישי התנהלו, באופן יחסי, על מי מנוחות, בעיקר מכיוון שספרד המעיטה להתערב בענייניה של פורטוגל, שבה משלו ממשלים פורטוגזים. מלכים אלה אפשרו לחיים בפורטוגל להתנהל ברוגע ובשלווה, וכן כיבדו את מעמדה של פורטוגל כממלכה, ומינו אצילים פורטוגזים למשרות נחשקות וטובות בחצר המלוכה הספרדית, בה בעת שהותירו על כנם החוקים, המטבע והממשל הפורטוגזי. אף הועלתה הצעה להעביר את בירת האימפריה הספרדית לליסבון.
החל מ-1630, כבר בימי מלכותו של פליפה הרביעי, הסתמנה נטייה ספרדית להתערב בענייניה של פורטוגל, כך שגבר אי השקט של הפורטוגזים. האצילים הפורטוגזים חששו מפגיעה במעמדם. ספרד הייתה מעורבת באותה העת במלחמות רבות, לדוגמה, המלחמה נגד ארצות השפלה (מלחמת שמונים השנים) או המלחמה נגד אנגליה. במלחמות אלה קיפדו פורטוגזים רבים את חייהם. בשנים 1634 ו-1637 פרצו בפורטוגל שתי מרידות, אשר בהן לא היה די כדי לערער את שלטון ספרד בפורטוגל. עם זאת, עד שנת 1640, הצטמצמה מאוד עוצמתה הצבאית של ספרד, עקב מלחמתה עם צרפת והמרד שפרץ בקטלוניה באותה השנה.
השבת עצמאות פורטוגל וגיבוש תוכניות לשיקום האימפריה הפורטוגזית.
מה שגדש את הסאה היה כוונתו של הדוכס דה אוליוורס ב-1640 להשתמש בכוחות פורטוגזיים נגד הקטלאנים, שהכריזו על עצמם כנתינים של מלך צרפת. הקרדינל רישלייה איתר בליסבון, בתיווך סוכנים מטעמו, יורש פורטוגזי ראוי לכתר פורטוגל - דוכס ברגנסה, נכדה של קתרינה מפורטוגל. מנהיגי הפלגים הפורטוגזים שלחמו למען עצמאות מספרד הנהיגו ב-1 בדצמבר 1640 קנוניה לאומנית, תוך ניצול השפל בפופולריות של מושלת פורטוגל, מרגריטה מסבויה, דוכסית מנטובה, ושל מזכיר המדינה הכפוף לה, מיגל דה ואסקונסלוש. היחיד שקיפח את חייו באותו מרד היה ואסקונסלוש, שהושלך מחלון. באותו היום, הכריזו הפורטוגזים, בנצלם את המרד בקטלוניה, על דוכס ברגנסה כמלך פורטוגל, בשם ז'ואאו הרביעי ובכך באו לקיצם 60 שנות שלטון ספרד בפורטוגל.
פרצה בין פורטוגל וספרד מלחמת השבת הכתר הפורטוגזי, ניסיון של ספרד להשיב את כתר פורטוגל לחיקה. חיל המשמר של סאוטה לא קיבל על עצמו את מרותו של מלך פורטוגל, שאך לא מכבר הוכתר, ושמר על נאמנותו למלך ספרד, פליפה הרביעי. שררה מתיחות עד לחתימה על הסכם ליסבון (1668), בו הכירה ספרד בריבונותה של פורטוגל. בתמורה הכירה פורטוגל בריבונותה של ספרד במובלעת סאוטה שבמרוקו, כפי שתבעו תושבי המובלעת.
לאחר 1640 מינה הכתר הפורטוגזי מועצה לענייני פורטוגל מעבר לים. תפקידה היה לגבש מדיניות קולוניאלית חדשה ולהתגבר על קשייה הכלכליים של פורטוגל. בהקשר זה, ייעדו את ברזיל, הגדולה והעשירה מבין מושבותיה, לעבור סדרה של רפורמות מנהלתיות וכלכליות, ולהגביר בתחומה את החיפושים אחר זהב ואבנים יקרות. בנוסף, שאף הכתר לחזק את השלטון המרכזי, תוך צמצום סמכויות של מועצות מחוזיות.
בית ברגנסה.
עצמאות.
בשנים 1634–1637 התרחשו בעיר אבורה מספר התקוממויות. ב-1640 פרץ בקטלוניה מרד והדוכס דה אוליווארס, ראש הממשלה הכל-יכול של המלך פליפה הרביעי, תכנן לשגר כוחות פורטוגזים במטרה לשים קץ להתקוממות זו. צרפת, אויבתה הגדולה של ספרד ההבסבורגית, זיהתה כאן הזדמנות להטיל בספרד "מום". הקרדינל רישלייה תמך בדוכס ברגאנסה, כדי שזה יוביל מרד נגד ספרד. כוחות ספרד, מותשים מקרבות אינספור, לא יכלו להשיב את המצב לקדמותו. הדוכסית ממנטואה, נציגת המלך הספרדי בליסבון הורחקה מתפקידה. דוכס ברגנסה הומלך על פורטוגל תחת השם ז'ואאו הרביעי.
הארכיבישוף של בראגה התקומם על ההכתרה, וכך גם מספר אצילים אשר השיאו למלך החדש עצה לוותר על הכתר ולמוסרו למלך ספרד. לאצילים ולאנשי כמורה אלה לא היה רגע של נחת ונשפטו בידי המונרך החדש ללא כל חסד או מחילה. עם המלכתו של ז'ואאו הרביעי, עלתה לכס המלוכה הפורטוגזי שושלת ברגנסה.