על תפסיר רס"ג נכתבו כמה פירושים, החשוב שבהם הוא נוה שלום לרב עמרם קורח, אחרון רבני תימן. כמו כן נכתבו הערות על ידי יוסף דרנבורג מהדירו, וכן על ידי הרב חיים כסאר. הרב יוסף קאפח ליקט מתרגום זה תרגומים רבים בעלי משמעות, ופרסמם בשם "פירושי רבינו סעדיה גאון על התורה". הרב משה פתיחי פרסם את התפסיר במסגרת חומש "דרך הקדמונים" (ירושלים, ה'תשע"ח) והוסיף לו פירוש נרחב. יהושע בלאו פרסם לקראת היותו בן מאה כרך ראשון מתוך סדרת פירושים על התפסיר, בשם "עיונים בתפסיר רב סעדיה גאון לתורה", כרך א: בראשית (האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים, ירושלים, ה'תשע"ט).
במסגרת 'פרויקט סעדיה גאון' של הרב יום טוב גינדי ראו אור שני כרכים המכילים את התפסיר לחומשים בראשית ושמות, בשלושה מדורים: בערבית בגופן ערבי תקני, בערבית יהודית מנוקדת, ובתרגום לעברית. לתפסיר נלווה ליקוט ביאורים.
שרח בראשית.
הפירוש הארוך לספר בראשית מוזכר ברבים מחיבורי רס"ג האחרים וכן בחיבורי הבאים אחריו. לפי דברי בניו הוא נכתב רק על חציו הראשון של ספר בראשית, עד פרשת ויצא, ועל השאר לא כתב פירוש ארוך (אלא 'ספר הפרחים' שהוא קצר יותר, אותו כתב, לעדות בניו, על כל חמישה חומשי תורה, ומהותו טרם הובררה).
את פירושו הארוך לתורה ראה רס"ג כחיבורו העיקרי, וכלל בו נושאים רבים בהלכה ובאגדה, שמקומם נקבע על פי זיקתם לפסוקי המקרא, וחלקם ארוכים כחיבורים העומדים בזכות עצמם.
חלק גדול משרח בראשית פורסם על ידי משה צוקר, בשם "פירושי רב סעדיה גאון לבראשית", בצירוף מבוא תרגום והערות. החיבור מיוסד על קטעי הגניזה שזיהה עם הפירוש. נכון לשנת 2016, עוסק נביה בשיר בהתקנת מהדורה חדשה של הפירוש
שרח שמות.
הפירוש הארוך לספר שמות דומה לפירוש לספר בראשית. חלקים גדולים ממנו פורסמו על ידי יהודה רצהבי בשם "פירושי רב סעדיה גאון לספר שמות". חגי בן-שמאי עוסק, נכון לשנת 2019, בהתקנת מהדורה מתוקנת של חציו הראשון של הספר. רס"ג כלל בחיבורו גם נספחים, ובהם הרחיב עניין מסוים. בין הנספחים לספר שמות הוא פירוש עשר שירות הנספח לפרשת בשלח, ופירוש עשרת הדיברות הנספח לפרשת יתרו.
שרח ויקרא.
גם לספר ויקרא כתב רס"ג שרח, והוא כולל הלכות רבות בכל חלקי התורה, בתורת הקרבנות, דיני טומאה וטהרה, איסור והיתר ועוד. קטעי גניזה שונים מפירוש רס"ג לויקרא הוהדרו במהלך השנים במספר כתבי עת.
פירושי במדבר-דברים.
רס"ג מציין בכמה מקומות בחיבוריו לפירושיו לספר במדבר. בפירושיו לבראשית ולשמות הוא כותב 'כמו שאבאר' בספר במדבר, ובפירושיו למשלי ולאיכה הוא מתייחס אליהם כחיבורים שנכתבו. ברשימת ספרים מן הגניזה נאמר שהפירוש לפרשת בהעלותך הקיף כרך שלם. לפי עדותו של ר' שמעון צאלח, עותק מפירוש רס"ג לספר במדבר היה מצוי בתימן עד הדור האחרון, והוא עצמו החזיק ברשותו את כתה"י והגה בו. בידינו לא נמצא כתב יד שלם.
כך גם ביחס לספר דברים. רס"ג כותב בפירושיו למקרא שהוא עתיד לפרש את ספר דברים, ובפירושיו למשלי ולאסתר הוא מתייחס אליהם כפירושים שכבר נכתבו. קטע שפורסם על דברים א-ב על שמו של רס"ג, נטען אחר כך שאינו אלא לרב שמואל בן חפני גאון, וכשהתגלה פירוש רס"ג לאיכה הוכרע שאכן כך הוא.
מדברי בני רס"ג נראה שלספרים אלו לא כתב רס"ג פירוש ארוך הכולל גם ביאור עניינים, אלא פרחי הגנים בלבד, שלפי המובא ממנו הוא כולל יותר מתרגום גרידא, אך ככל הנראה אין בו הרחבה כל כך אלא פירוש עניינים בפשט המקרא בדרך קצרה.
פירוש ישעיה (וחצי ירמיה) – כתאב אלאסתצלאח ללטאעה (ספר בקשת התיקון של עבודת ה').
תפסיר רס"ג לספר ישעיהו נדפס בפריז בשנת ה'תרנ"ג, ובסופו ליקוטים מהפירוש הארוך. ליקוטים רבים נוספים פרסם יהודה רצהבי, עם תרגום לעברית. את ההקדמה פרסם חגי בן שמאי.
תפסיר רס"ג לספר ירמיהו נזכר בדברי הריב"ש. רבי יששכר בן סוסן העיד, שראה את פירושו הארוך של רס"ג על ישעיה ולחצי ירמיה. בגניזה שרדו עשרות קטעים ובהם פירוש ארוך לחציו הראשון של ירמיה, והם טעונים זיהוי.
פירוש תרי עשר.
לפי דברי בני רס"ג, חיבר רס"ג 'פירוש מילות ועניינים נבחרים מן תרי עשר'. רס"ג מפנה לחיבורו זה במהדורה השנייה של פירושו לאיכה (א, ג – ההפניה למיכה פרק א), בפירושו לישעיה (פרק נה – ההפניה להושע פרק יד), ובפירושו לדניאל (ז, יט-כב – ההפניה ליואל פרק ד), ומכאן שחיבור זה קדם לחיבור הפירוש לישעיה ולדניאל ולמהדו"ב של איכה.
מדברי הבנים למדנו גם שפירוש רס"ג לתרי עשר שונה משאר פירושיו. בשאר פירושים יש תרגום לערבית לכל הפסוקים, ועליהם נוסף ביאור ארוך המבאר עניינים שונים. בפירוש לתרי עשר אין תרגום, אלא ביאור מילות שונות ועניינים נבחרים.
פירושי רס"ג לתרי עשר הובאו על ידי הקדמונים. רד"ק מביאו 14 פעמים בפירוש להושע, וכן בפירושיו ליואל, עמוס וזכריה (אחד בכל א' מהם). רבי אברהם בן שלמה מחכמי תימן, מביא מובאות רבות בשם רס"ג שנראה שמקורן בפירושו לתרי עשר. גם רבי תנחום הירושלמי, מחכמי מצרים, מביא בפירושו לתרי עשר את רס"ג בכינויו 'אלמפסר' 4 פעמים. פורסם עיבוד של הפירוש למיכה וליונה.
פירוש תהלים – כתאב אלתסביח (ספר התהלות).
השרח לספר תהלים, עם התפסיר ושתי הקדמות, ראו אור על ידי הרב יוסף קאפח. ההקדמות פורסמו ע"פ כתב יד מינכן, שהוא כתב יד קדום מזמן הראשונים וכולל גם את שתי ההקדמות. התפסיר פורסם ע"פ מספר כתבי יד תימניים. הפירוש הארוך פורסם ע"פ העתקה שנעשתה בתימן בשנת ה'תרפ"ט, מכתב יד תימני שהוצע למכירה לשני סוחרים אשכנזים שהגיעו לתימן כדי לרכוש כתבי יד עתיקים. ההקדמה הגדולה, הנזכרת בפני עצמה על ידי בני רס"ג וכאמור, אינה מצויה בכתבי יד תימניים, וכפי הנראה כתב אותה רס"ג אחרי שפירוש תהלים הועתק על ידי שליחי חכמי תימן.
פירוש איוב – כתאב אלתעדיל (ספר הצידוק).
תרגום רס"ג לספר איוב פורסם מספר פעמים, אולם התרגום עם הפירוש הארוך פורסמו לראשונה על ידי הרב יוסף קאפח על פי כתב יד תימני משנת ה'קט"ז וכתבי יד נוספים. ידועים למעלה משמונים כתבי יד הכוללים חלקים שונים של פירוש זה.
פירוש משלי – כתאב טאלב אלחכמה (ספר בקשת החכמה).
תרגום רס"ג לספר משלי עם הפירוש הארוך פורסמו על ידי יוסף דרנבורג על פי שלושה כתבי יד. הרב יוסף קאפח פרסם שוב את הפירוש, במלואו, עם תרגום לעברית, על פי מהדורת דירנבורג בתוספת כתב יד שהועתק בשנת ה'תרפ"ט מכתב יד תימני עתיק שהוצע למכירה לשני הסוחרים האשכנזים הנזכרים לעיל. ידועים למעלה ממאה כתבי יד הכוללים חלקים שונים של פירוש זה.
פירוש דניאל – כתאב אלממאלך ואלמלאחם (ספר הממלכות וחזיון העתידות).
במהדורה הראשונה של מקראות גדולות נדפס פירוש מיוחס לרס"ג. אמנם בשנת תקפ"ט (1828) שלמה יהודה רפפורט כתב בספרו על תולדות רס"ג שייחוס הפירוש לרס"ג מוטעה. טענה זו התקבלה בהמשך על ידי רוב החוקרים.
תרגום רס"ג לספר דניאל ופירושו הארוך וחלק מההקדמה פורסמו לראשונה על ידי הרב יוסף קאפח. חלקים גדולים מההקדמה שחסרו במהדורה זו, פורסמו על ידי חגי בן-שמאי. השלמות נוספות לפירוש פורסמו על ידי הרב יוסף קאפח ויהודה רצהבי בשנים מאוחרות יותר.
פירוש איכה – כתאב אלכ'לק (ספר המידות).
תרגום רס"ג למגילת איכה פורסם מספר פעמים בנוסחו התימני בספרי תימן, אך הפירוש הארוך השתמר רק בקטעי גניזה, וחלקים ממנו ראו אור במהלך השנים במסגרת מאמרים שונים. יהודה זייבלד שחזר את רובו של הפירוש, והוא פורסם בתוספת תרגום לעברית, במסגרת "מפעל כתבי רס"ג" ב"מכון האוצר".
פירוש אסתר – כתאב אלאינס באלגלוה (ספר הליווי בגלות).
תרגום רס"ג למגילת אסתר פורסם אף הוא מספר פעמים בנוסחו התימני בספרי תימן, ואף פירושו הארוך השתמר רק בקטעי גניזה, מהם פורסמו חלקים שונים במהלך השנים. מיכאל וקסלר שחזר את רוב הפירוש, ופרסמו בתוספת תרגום לאנגלית. כמו כן פורסם החיבור בתוספת תרגום לעברית, במסגרת "מפעל כתבי רס"ג" ב"מכון האוצר".
תרגום מגילת בני חשמונאי עם הקדמה.
מגילת בני חשמונאי המכונה גם מגילת אנטיוכוס, הכתובה ארמית בסגנון המקרא, נערכה על ידי רס"ג שקבע את נוסחה הסופי והוסיף לה טעמים ותרגום לערבית, והקדים לה מבואות. רס"ג ראה חשיבות רבה בפרסום החיבור, כדי לקבע את חשיבותו של חג החנוכה, בניגוד לדעת הקראים שלא שמרו אותו. התרגום ורוב ההקדמה פורסמו על ידי הרב יוסף קאפח בסוף פירוש רס"ג לדניאל, וההקדמה בתוספת החלקים החסרים ממנה וחלק מהנוסח הקצר שלה, פורסמו על ידי יהודה זייבלד, ושוב בסוף פירוש רס"ג לאסתר.
סידור רס"ג – כתאב ג'אמע אלצלואת ואלתסאביח – ספר כלל התפילות והתשבחות.
סידור רס"ג כולל את נוסח כל התפילות, לימי החול ולשבתות, ליחידים ולציבור, הלכות הקשורות לסדר התפילה, ובקשות ופיוטים נוספים שחיבר רס"ג. הסידור השתמר בכתבי יד רבים, אחד מהם שלם ורבים חלקיים. על פי רבים מכתבי היד יצא לאור הסידור בשנת תש"א על ידי שמחה אסף, ישראל דוידזון ויששכר יואל. בכל כתבי היד אין נמצא פירוש על התפילות; רק לשתי ה"בקשות" שהוסיף רס"ג יש פירוש, הדומה לסגנון התפסיר של רס"ג לתורה: תרגום לשפה הערבית, הכולל גם ביאור למילים הטעונות ביאור ואינו מילולי.