אורקיסה נמנע מלתקוף את בואנוס איירס, ובתיווכה של פרגוואי נחתם הסכם סן חוסה דה פלורס (San José de Flores) שהוביל להצטרפותה של בואנוס איירס לקונפדרציה ולשינויים של שנת 1860 בחוקה.
מושל בואנוס איירס.
ב-1860 מיטרה נבחר למושל בואנוס איירס לשם השלמת משימת ההצטרפות לקונפדרציה. הוא נהנה מיחסי קרבה עם הנשיא סנטיאגו דרקי שהתגמש ואיפשר לבואנוס איירס לחרוג מהסכם סן חוסה דה פלורס ולשמור לעצמה חלק גדול יותר מההכנסות מהמכס בנמל - אחד ממקורות העימותים המתמשכים בין בואנוס איירס לשאר הפרובינציות, לבחור את נציגיה לבתי הנבחרים שלא בהתאם לחוקה, צירף את נציגי בואנוס איירס לקבינט שלו, ואף העניק למיטרה דרגת גנרל.
ב-1861, הנשיא דרקי הורה על ההתערבות הפדרלית בסן חואן בעקבות רצח המושל שם, שהסתיימה בתבוסתו ובהוצאתו להורג של המורד אנטוניו אבראסטיין (Antonino Aberastain); צעד שגרר גינויים חריפים מצד בואנוס איירס שמיטרה עמד בראשה ואשר תמכה בהדחתו של המושל.
כתוצאה מכך התחולל משבר עמוק בין בואנוס איירס לקונפדרציה, השרים נציגי בואנוס איירס פרשו מממשלתו של דרקי, והושעו תשלומי המכס.
מנגד, נציגי בואנוס איירס לקונגרס נידחו מכיוון שלא נבחרו בהתאם לחוקה, וכך גם נעשה לנציגים לסנאט (בקונגרס יש נציגות שווה לכל פרובינציה ואילו בסנאט - הנציגות היא יחסית). מיטרה מצידו הודיע שלא יערוך בחירות חוזרות כדי להתאימן לדרישות החוקה.
קרב פאבון (Pavón).
דרקי התמקם בקורדובה כדי לארגן את צבאו לקראת העימות עם בואנוס איירס והעמיד בראשו את אורקיסה, ומיטרה נעמד בראש הכח הנגדי שנהנה הפעם מעדיפות (בניגוד לקרב ספדה): כלל שכירי חרב מאירופה ובעלי ברית אינדיאנים, והיה מצויד וממושמע יותר; אם כי עדיין היה קטן במעט מזה של הקונפדרציה (15,400 נגד 17,000).
ב-17 בספטמבר 1861 נערך קרב פאבון. מבחינה צבאית לא נפלה בו הכרעה, אך עוד בטרם הטיל למערכה את היחידות הנאמנות לו מאנטרה ריוס (הפרובינציה שלו) אורקיסה נטש את שדה המערכה, חצה את נהר הפרנה, ושב לביתו.
מיטרה שלא היה מודע לכך - נסוג לסן ניקולאס דה לוס ארוז'וס כפי שנהג בקרב ספדה, ורק כעבור מספר ימים הבין שלמעשה ניצח במערכה.
דרקי ניסה לארגן את כוחותין ברוסריו, ומשלא עלה בידיו- עזב הכל ונמלט למונטווידאו.
מיטרה השתלט על רוסריו שולח משם את יחידותיו לאזורי הפנים כדי לכפות את מרותו, וחיסל את כוחות הקונפדרציה הנותרים בקרב קנייאדה דה גומס (Cañada de Gómez) ב-22 בנובמבר 1861, ובדצמבר כוחותיו כבשו את סנטה פה ואת קורדובה.
מבואנוס איירס לחצו על מיטרה לבטל את החוקה של אורקיסה מ-1853 ולהקים מדינה אוניטרית, אולם מיטרה העדיף לא להרוס את המערכת הקיימת ולהתאימה לצרכיו; ושלח את הצבא להדיח את המושלים הפדרליים ולכונן בפרובינציות שלטונות הנאמנים לו. אורקיסה עצמו תרם בעקיפין את חלקו למהלכיו של מיטרה, כשצירף את העיר פרנה חזרה לאנטרה ריוס, לאחר ששימשה כבירת הקונפדרציה.
ממשלת הקונפדרציה התפטרה באיחור, כשלמעשה רוקנה מכל תוכן.
אחראי על הממשל הלאומי.
עוד קודם לקרב פאבון התנהלה מלחמת אזרחים בסנטייגו דל אסטרו, טוקומן וקטמארקה; וניצחונו של מיטרה איפשרה למנואל טבואדה (Manuel Taboada), הקאודיז'ו הבולט בסנטייגו דל אסטרו ומתומכיו של מיטרה, להטיל את מרותו על כל הפרובינציות הצפוניות.
דיוויזיה שבין מפקדיה נמנה דומינגו פאוסטינו סרמיינטו הדיחה את המושלים בפרובינציות של קוז'ו, וסרמיינטו נבחר כמושל סן חואן בה נולד.
בלה ריוחה ניהל הקאודיז'ו אנחל ויסנטה פניילוסה (Ángel Vicente Peñaloza, El Chacho) מלחמה עיקשת שהסתיימה כעבור שלושה חודשים בהסכם בו פניילוסה קיבל את סמכותו של מיטרה.
במהלך המחצית הראשונה של 1862 נערכו בחירות לקונגרס ולסנט בכל רחבי המדינה, ובסוף מאי הקונגרס התכנס בבואנוס איירס. באוגוסט נערכו הבחירות לנשיאות ובהן מיטרה נבחר לנשיא ומרקוס פס (Marcos Paz) לסגן נשיא.
הנשיאות.
ברטולומה מיטרה היה הראשון מבין 3 נשיאים עוקבים שבמשך 18 שנים עצבו את דמותה של ארגנטינה כפי שהתנהלה מכאן ואילך, יחד עם דומינגו פאוסטינו סרמיינטו ( Domingo Faustino Sarmiento) וניקולאס אבז'אנדה (Nicolás Avellaneda). במהלך תקופה זו ארגנטינה הפכה מאוסף של פרובינציות השקועות במלחמות אזרחים לרפובליקה מאוחדת, עוצבה החוקה החדשה של ארגנטינה, והוגדרו יחסי הכוחות שבין המדינה לאזרחים.
מיטרה התמנה לנשיא ב-12 באוקטובר 1862, ומתוך 5 השרים שמינה - 3 היו מבואנוס איירס, וגם 2 האחרים - התגוררו בה למרות שנולדו בפרובינציות אחרות.
ארגון המדינה.
כשמיטרה כבר היה שליט בפועל אך בטרם התמנה לנשיא, הקונגרס קיבל חוק שהפך את הפרובינציה של בואנוס איירס לשטח פדרלי, פעולה פורמלית של הפקעת הפרובינציה לטובת המדינה מידי אזרחיה. בית הנבחרים הפרובינציאלי דחה את ההחלטה - בואנוס איירס נהנתה ממשאבים רבים בזכות המכס בנמל, זה היה מקור לקונפליקטים רבים במהלך מלחמות האזרחים נוכח אי נכונותה לוותר על מקור הכנסות זה או לחלוק אותו עם שאר הפרובינציות, והיא אף התנהלה כמדינה עצמאית בתקופות שלטונם של אורקיסה ודרקי.
משהפך מיטרה לנשיא הוא הוביל לפשרה לפיה ההכרעה בנושאים השנויים במחלוקת נדחתה ב-5 שנים, ובינתיים העיר בואנוס איירס תהפוך לבירה ולמקום משכנם של השלטונות, יובטח התקציב השנתי של הפרובינציה, והיא תוכל להחזיק במשמר לאומי כדי להגן על הגבול הדרומי מפני האינדיאנים.
המחלוקת על מעמדה של בואנוס איירס גרמה לפיצול במפלגה השלטת בפרובינציה בין המפלגה הלאומית (Partido Naciona) בראשות מיטרה שכונו "המבושלים" (cocidos) והמפלגה האוטונומית (Partido Autonomista) בראשות אדולפו אלסינה (Adolfo Alsina) שכונו "הנאים" (crudos).
האוטונומיסטית התנגדו להפיכתה של בואנוס איירס לאזור פדרלי - פעולה שקיבעה את מעמדה המועדף כבירה אך הכפיפה אותה למרוּת הרפובליקה ו"גזלה" ממנה את ההכנסות מהמכס - ויותר מאוחר הם יעמדו מאחורי בחירתו של אלסינה למשול בואנוס איירס ושל ניקולאס אבז'אנדה (Nicolás Avellaneda) לנשיא.
המחלוקת סביב המכס הובילה לחוק מ-1863 שהעניקה עדיפות למסחר עם אירופה ושהפחיתה את המכס, ולרפורמה החוקתית של 1866 שהלאימה לחלוטין את ההכנסות מהמכס.
לאחר כינונם של הרשות המחוקקת (הקונגרס) והמבצעת (הנשיא) נותר רק לארגן את הרשות השופטת; וזה נעשה למחרת השבעתו של מיטרה לנשיא. בית המשפט המשפט הגבוה לצדק (La Corte Suprema de Justicia de la Nación Argentina) החל לפעול ב-15 בינואר 1863, ולאחר מכן הוקמו בתי משפט פדרליים בכל הפרובינציות.
המדיניות החינוכית של מיטרה הייתה של יתר אחידות בבתי הספר התיכוניים, והפצתם של הרעיונות הליברליים בקרב התלמידים. הוקמו בתי ספר לאומיים בפרובינציות, והולאם בית הספר הלאומי של בואנוס איירס.
החלה סלילתם של מסילות הברזל מרוסריו לקורדובה, ומבואנוס איירס לדרום הפרובינציה.
תבוסתו ומותו של "צ'אצ'ו" פניילוסה (El Chacho" Peñaloza").
בראשית 1863, אנחל ביסנטה פניילוסה (Ángel Vicente Peñaloza) שהיה ידוע בכינויו אל צ'אצ'ו (El Chacho), הקאודיז'ו הבולט באזור קוז'ו, חידש את מאבקו, דבר שהוביל להתערבות צבאית מבואנוס איירס שנתמכה על ידי המושלים הליברליים הנאמנים לה, ושבאה לידי ביטוי ברדיפת הפדרליים באמצעות מעצרים, ביזות, וחיסולים.
לאחר מספר התקוממויות בסן לואיס וקטמארקה, הוביל פניילוסה להתקוממות חדשה במאי 1863.
הצבא הגיב באופן נחרץ ותקף את לה ריוחה מסן חואן בראשות סרמיינטו ומקטמארקה בפיקוד טבואדה (Taboada). מדיניותו של מיטרה הייתה להתייחס למורדים כאל כנופיית פושעים ולא כאל יריבים פוליטיים ולוחמים, ולחסלם.
לאחר מספר חודשי מלחמה ללא הכרעה, קיבלו הפדרליים תמיכה לא צפויה מסימון לואנגו (Simón Luengo) שהדיח את מושל קורדובה וקיבל את פניילוסה בבירת הפרובינציה. הדבר לא מנע את תבוסתם של הפדרליים בקרב לאס פלאז'אס (Las Playas) בקורדובה ב-28 ביוני 1863. פניילוסה שב ללה ריוחה והובס שוב ונותר ללא צבא לצידו. הוא ניסה למצוא מקלט באחד הכפרים, אך נכנע לבסוף ב-12 בנובמבר 1863, נרצח וראשו נערף כ"לקח" לפדרליים.
במהלך 1864-1865 הובסו כל שאר הקאודיז'וס בסן לואיס ולה ריוחה וההתנגדות באה אל קיצה.
יחסי החוץ.
מיטרה שם דגש על יחסי החוץ עם מדינות אירופה, ובראש ובראשונה עם ארצות הברית, והוא אף מינה את סרמיינטו לשגריר שם.
מבחינת היחסים עם ספרד - הוא דחה הסכם שנחתם עמה ב-1859 לגבי מתן אזרחות לבנים של ספרדים.
עמדתו בנוגע למדינות אמריקה הלטינית הייתה של התעלמות: כשהממשל שלו הוזמן להשתתף בקונגרס הפאן-אמריקני ב-1862 בלימה, בעקבות הפלישה הצרפתית למקסיקו וסיפוח סנטו דומינגו (הרפובליקה הדומיניקנית) על ידי ספרד - הוא לא מינה נציג רשמי, וטען שמדינות אמריקה הלטינית אינן ישות אחת ולכל אחת אינטרסים משלה.
לפני שנשלח לארצות הברית כשגריר, סרמיינטו נשלח בשליחות דיפלומטית לצ'ילה ולפרו, בין היתר כדי ליישב מחלוקות לגבי קו הגבול עם צ'ילה, ולתבוע פיצויים על הוצאותיה לשחרור צ'ילה ופרו בידי סן מרטין, למעלה מ-40 שנה לפני כן.
במהלך כהונתו של מיטרה צצו תביעות של צ'ילה בפטגוניה, אז השטח מדרום לבואנוס איירס שנשלט על ידי שבטי האינדיאנים, והוא הגיב בצעדים שנועדו לקבוע עובדות בשטח - בעיקר יצירת מספר מאחזים לאורך החוף, במצר מגלן ובקייפ הורן בדרום היבשת; וכן תמיכה בהתיישבות הוולש בצ'ובוט.
מלחמת פרגוואי (הברית המשולשת).
כשם שראה כחובתו להפיץ את הליברליזם בפרובינציות, כך מצא לנכון לעשות גם במדינות השכנות.