בדראפט 2001 זכו הוויזארדס בבחירה הראשונה, וניצלו אותה כדי לבחור את שחקן התיכונים קוואמי בראון. בספטמבר 2001 הודיע הג'נרל מנג'ר של הקבוצה, מייקל ג'ורדן, אשר גם החזיק בחלק מיעוט מהבעלות על המועדון, על חזרתו למשחק פעיל כשחקן הוויזארדס. עקב חוקי ה-NBA, נאלץ ג'ורדן לוותר על חלקו בבעלות המועדון לקראת חתימה על חוזהו בקבוצה. ב-54 המשחקים הראשונים של העונה הוביל ג'ורדן את הוויזארדס למאזן 27–27, עם ממוצעים מרשימים של 24.6 נקודות, 6.0 ריבאונדים ו-5.4 אסיסטים למשחק, אולם במשחק מול מיאמי היט ב-24 בפברואר 2002 נפצע בברכו, ונאלץ להחמיץ את מרבית המשך העונה. וושינגטון סיימה את אותה עונה עם מאזן שלילי 37–45; שיפור של 18 ניצחונות לעומת העונה הקודמת.
לקראת עונת החתימה הקבוצה את לארי יוז, וצירפה את ג'רי סטקהאוס בטרייד תמורת ריצ'רד המילטון. את העונה הסדירה סיימו הוויזארדס עם מאזן זהה לזה של העונה הקודמת (37–45), ובכך החמיצו את הפלייאוף בפעם השישית ברציפות. ג'ורדן עצמו סיים את העונה כשחקן היחיד של הוויזארדס ששיחק בכל 82 המשחקים, והשיג ממוצעים של 20.0 נקודות, 6.1 ריבאונדים ו-3.8 אסיסטים למשחק. באפריל 2003 הודיע ג'ורדן על פרישתו ממשחק, בפעם השלישית והאחרונה.
לאחר העונה הודח ג'ורדן מתפקיד נשיא הקבוצה, להפתעת רבים מהשחקנים, מההנהלה ומהציבור, על ידי אייב פולין, המחזיק ברוב הבעלות על המועדון. ג'ורדן חש נבגד, כשחשב שיקבל חזרה לידיו את חלקו בבעלות על המועדון לאחר שקריירת המשחק שלו תגיע לקיצה, אך פולין הצדיק את מהלך פיטוריו של ג'ורדן כשציין כי לג'ורדן הייתה השפעה מזיקה על הקבוצה.
תקופת גילברט ארינאס (2003–2010).
את מקומו של מייקל ג'ורדן בתפקיד הניהולי תפס הג'נרל מנג'ר ארני גרונפלד, בעוד אדי ג'ורדן (אין קשר משפחתי) מונה למאמן הקבוצה במקומו של דאג קולינס. ללא ג'ורדן, ולמרות החתמתו של מי שלעתיד יהפוך לשחקן אולסטאר, גילברט ארינאס, הקבוצה מעדה למאזן 25–57 בתום עונת .
לקראת עונת , ביצעה הקבוצה טרייד ושלחה את ג'רי סטקהאוס, כריסטיאן לייטנר, וזכויות הדראפט על דווין האריס לדאלאס מאבריקס, בעבור אנטואן ג'יימיסון. אותה עונה הייתה הטובה ביותר של הוויזארדס ב-26 השנים האחרונות, כאשר הם מסיימים עם במאזן 45–37 ומציינים את הפעם הראשונה בה המועדון מעפיל לפלייאוף תחת השם ויזארדס. במהלך העונה הסדירה, שחקני הקבוצה ארינאס, ג'יימיסון ולארי יוז היו שלישיית השחקנים בעלי ממוצע הנקודות הגבוה ביותר בליגה – עם ממוצע כולל של 67.1 נקודות למשחק. ארינאס וג'יימיסון נבחרו לייצג את נבחרת המזרח למשחק האולסטאר, ובכך נרשמה הפעם הראשונה בה ישנם לוויזארדס שני שחקנים במשחק האולסטאר מאז תקופתם של ג'ף מלון ומוזס מלון (1987). בסדרת הסיבוב הראשון בפלייאוף גברה וושינגטון על שיקגו בולס בתוצאה 4–2, והעפילו לחצי גמר המזרח לראשונה מזה 23 שנים. בסדרת חצי גמר המזרח נוצחו הוויזארדס בסוויפ (0–4) בידי מיאמי היט, המדורגת ראשונה במזרח.
בפגרה שלפני עונת עזב יוז את הקבוצה, אולם הוויזארדס צירפו במקומו את קארון באטלר, אשר הגיע בטרייד מלוס אנג'לס לייקרס תמורת הסנטר המאכזב קוואמי בראון. במהלך העונה הרגילה, היו בסגל של הוויזארדס שוב שלושת הקלעים הפוריים בליגה – ארינאס, ג'יימיסון ובאטלר – אשר קלעו 67.4 נקודות משותפות בממוצע למשחק. הוויזארדס קלעו 101.7 נקודות בממוצע למשחק, ממוצע הנקודות הגבוה ביותר במזרח, וסיימו את העונה במאזן 42–40 אשר הקנה להם את המקום החמישי בפלייאוף המזרח. בסיבוב הראשון התמודדו הוויזארדס מול קליבלנד קאבלירס, והפסידו מולם בתוצאה 2–4.
במשחק מול לוס אנג'לס לייקרס ב-17 בדצמבר 2006 קלע ארינאס שיא מועדון של 60 נקודות, בניצחון וושינגטון בתוצאה 147–141. בפברואר 2007 הפך המאמן הראשי של הוויזארדס, אדי ג'ורדן, למאמן הקבוצה הראשון מאז דיק מוטה () המאמן את נבחרת המזרח באולסטאר. ארינאס הופיע בפעם השלישית במשחק האולסטאר ואילו באטלר ערך את הופעת הבכורה שלו. במרץ סיים באטלר את העונה בגין פציעה בכף ידו, וכחודש לאחר מכן סיים את העונה גם ארינאס, אשר נפצע במניסקוס בברכו. למרות מאבקם בשלהי העונה בהיעדרם של ארינאס ובאטלר, הצליחו הוויזארדס להגיע אל פלייאוף המזרח, כשהשיגו את המקום השביעי במזרח עם מאזן של 41–41. בסיבוב הראשון שוב פגשו הוויזארדס את הקאבלירס במפגש חוזר מהעונה שעברה, כשהפעם נוצחו הוויזארדס בסוויפ (0–4).
הוויזארדס הצליחו לשמור על רוב סגל השחקנים בעונת , וצירפו את הבחירה הבחירה ה-16 של דראפט 2007 – ניק יאנג. לאחר 8 משחקים, נאלץ ארינאס לעבור שני ניתוחים בברכו הפצועה, שהשביתו אותו ל-68 המשחקים הבאים. באמצע העונה, נאלץ באטלר להיעדר מ-20 משחקים עקב פציעה. חרף כל הפציעות, הצליחו הוויזארדס להשיג מאזן של 43–39 בתום העונה הסדירה, שהספיק למקום החמישי במזרח ומפגש שלישי ברציפות עם קליבלנד קאבלירס בסיבוב הראשון של הפלייאוף. הקאבלירס גברו על הוויזארדס בפעם השלישית ברציפות, 4–2, וסיימו את שאיפות הפלייאוף של הוויזארדס.
הוויזארדס יצאו מפגרת המשחקים של 2008 כשהם מצליחים להשאיר בסגל את שני השחקנים המובילים של הקבוצה: ארינאס וג'יימיסון; ארינאס חתם על חוזה לשש שנים במועדון תמורת 111 מיליון דולר, בעוד ג'יימיסון חתם על חוזה לארבע עונות, תמורת 50 מיליון דולר. כמו כן צירפה הקבוצה בדראפט 2008 את ג'בייל מגי, בבחירה ה-18. בחודש ספטמבר 2008, עבר ארינאס ניתוח שלישי כדי לנקות נוזלים ושאריות מהניתוח הקודם, והיה צפוי להיעדר לפחות מהחודש הראשון של העונה. התחזית התבררה כקצרה מהמציאות, כאשר ארינאס נעדר במשך חמישה חודשים עקב התמשכות הבעיות בברכו השמאלית, ושיחק בשני משחקים בלבד. כמו כן הסנטר ברנדן הייווד עבר ניתוח במרפקו הימני, ושיחק בשישה משחקים בלבד. ב-24 בנובמבר 2008 פוטר המאמן אדי ג'ורדן, לאחר התחלה של ניצחון אחד מ-11 משחקים, והוחלף בידי עוזר המאמן אד טאפסקוט. כהמשך לפתיחה הגרועה המשיכו הוויזארדס וניצחו רק 18 מתוך 61 המשחקים הבאים, וסיימו את העונה הסדירה במאזן הגרוע בתולדות המועדון; 19–63.
באמצע חודש אפריל 2009 מינתה וושינגטון את פליפ סונדרס לתפקיד המאמן הראשי של הקבוצה. ביוני 2009 העבירו הוויזארדס את הבחירה החמישית בדראפט 2009 (ריקי רוביו), יחד עם אית'ן תומאס, דריוס סונגאילה ואולכסיי פצ'רוב, בטרייד למינסוטה טימברוולבס בתמורה לרנדי פוי ומייק מילר. במהלך חודש נובמבר נפטר בעל הרוב במועדון, אייב פולין, בגיל 85. בעת פטירתו, היה פולין הבעלים של מועדון כדורסל לתקופה הארוכה ביותר בהיסטוריה של ה-NBA. השליטה במועדון עברה לאלמנתו איירין, אף על פי שידוע היה כי בעל המיעוט במועדון, טד לאונסיס, תכנן השתלטות על המועדון.
ב-24 בדצמבר 2009, נחשף כי גילברט ארינאס החזיק נשק לא טעון בארונית חדר ההלבשה של הוויזארדס באולם ורייזון סנטר. בעשותו כן, הפר ארינאס את חוקי ה-NBA נגד הבאת כלי נשק לתוך אולמות הכדורסל, וכן את חוקי העיר וושינגטון. ב-1 בינואר 2010, דווח כי אריאנס וחברו לקבוצה ג'באריס קריטנטון החזיקו באקדחים בחדר ההלבשה של הוויזארדס בשל ויכוח ביניהם על חובות הימורים בערב חג המולד. בתגובה, השעתה הנהלת הליגה את ארינאס ללא הגבלת זמן וללא שכר בעודם מנהלים חקירה על התקרית. הקומישינר של הליגה דייוויד סטרן אמר בהצהרה שמסר כי קרוב לוודאי שארינאס יספוג עונש השעיה ממושך, "כי מעשיו הממושכים הביאו אותי למסקנה כי כרגע אינו נמצא מתאים לעלות על הפרקט במשחקי ה-NBA". הנהלת הוויזארדס הוציאה הודעה בה היא מְגַנָה את התנהגות השחקנים בציינה כי זה "בלתי מקובל".
ב-13 בפברואר 2010, לאחר שעמד מאזן הקבוצה בעונת על 17–33, ביצעו הוויזארדס טרייד על באטלר, הייווד וד'שון סטיבנסון, שנשלחו לדאלאס מאבריקס תמורת ג'וש הווארד, דרו גודן, קווינטון רוס וג'יימס סינגלטון. שלושה ימים מאוחר יותר, צירפו הוויזארדס את אל ת'ורנטון וז'ידרונאס אילגאוסקאס (ששוחרר מידית), כחלק מטרייד משולש במסגרתו העבירו את ג'יימיסון (לקליבלנד) ואת גודן (לקליפרס). ללא שלושת שחקניה המובילים בשנים האחרונות – ארינאס, ג'יימיסון ובאטלר – סיימו הוויזארדס את העונה במאזן שלילי 26–56.
תקופת ג'ון וול (2010–2019).
טד לאונסיס השלים את השתלטותו על המועדון במהלך חודש יוני, כאשר רכש ממשפחת פולין את הוויזארדס, יחד עם מועדוני וושינגטון קפיטלס ו-וושינגטון מיסטיקס. אף על פי שלוויזארדס היה רק הסיכוי החמישי בטיבו לזכות במקום הראשון בהגרלת דראפט 2010 (10.3%), זכו בו הוויזארדס ובחרו את הרכז ג'ון וול מאוניברסיטת קנטקי. ב-18 בדצמבר 2010, לאחר 24 משחקים בעונת , שלחו הוויזארדס את גילברט ארינאס בטרייד לאורלנדו מג'יק, תמורת רשארד לואיס. הוויזארדס סיימו את העונה במאזן 23–59, אשר הציב אותם במקום ה-13 באזור המזרחי.
אחרי שהוויזארדס פתחו את עונת עם מאזן שלילי 2–15, המאמן הראשי פליפ סונדרס פוטר והוחלף על ידי עוזרו רנדי ויטמן. במרץ של אותה עונה לקחו הוויזארדס חלק בטרייד בין שלוש קבוצות שבו הם שלחו את ג'בייל מקגי ורוני טוריאף לדנוור נאגטס ואת ניק יאנג ללוס אנג'לס קליפרס, ובתמורה קיבלו את ננה ובריאן קוק. הוויזארדס סיימו את העונה עם 20 ניצחונות ו-46 הפסדים, במקום ה-29 בליגה (בעונה זו התקיימו 66 משחקים בלבד בשל שביתת שחקנים).