ב-25 ביוני 1942 התכנסה ועדת S-1 של המשרד למחקר ופיתוח מדעי (OSRD), כדי לקדם את המאמץ לאיתור שטחים לבניית מפעלי הייצור וההעשרה. בריגדיר גנרל וילהלם סטייר המליץ לבנות את כל מתקני הייצור באתר יחיד, על מנת לפשט ולהוזיל את האבטחה ואת הבנייה. הקריטריונים לבחירת האתר כללו: קרבה למקורות כוח אדם, נגישות באמצעות כבישים ורכבות, אקלים מתון שיאפשר בנייה לאורך כל השנה, שטח מופרד על ידי רכסי הרים שיקטינו את הסכנה מפיצוצים עקב תקלה, אך גם לא תלולים מדי כדי לא להקשות על הבנייה, הקרקע צריכה להיות יציבה מספיק כדי לאפשר יציקת יסודות טובים למבנים, אך לא סלעית מדי שלא תקשה על עבודות חפירה.
ההערכה הייתה כי המפעלים יזדקקו לכוח חשמלי של כ-150,000 קילוואט, ולכ-1,400,000 ליטר מים לדקה. מדיניות מחלקת המלחמה קבעה גם, כי ככלל, אסור למקם מתקני תחמושת ממערב לסיירה נבדה או לרכס קסקייד במערב ארצות הברית, או ממזרח להרי האפלצ'ים במזרח, או בטווח של 320 ק"מ (200 מייל) מגבול קנדה או מקסיקו.
מספר שטחים פוטנציאליים שעמדו בקריטריונים אותרו בעמק הנהר טנסי, שניים באזור שיקגו, אחד ליד סכר שסטה שעל נהר סקרמנטו שבקליפורניה, וכן במדינת וושינגטון, שם הוקם בהמשך אתר הנפורד לייצור פלוטוניום. צוות OSRD בחר לבסוף את אזור נוקסוויל שבטנסי באפריל 1942, ובחודש מאי נפגש ארתור קומפטון, מנהל המעבדה המטלורגית של אוניברסיטת שיקגו, עם גורדון קלפ, המנהל הכללי של רשות עמק טנסי. מהנדס 'מחוז מנהטן' (שהוא גם תוארו של ראש פרויקט מנהטן בחיל ההנדסה), קולונל ג'יימס מרשל, ביקש מקולונל לסלי גרובס לבצע בדיקה של המקום מטעם המהנדס הראשי של חיל ההנדסה. גרובס הגיע גם הוא למסקנה כי השטח המוצע באזור נוקסוויל, שבגבולו הדרומי זורם נהר קלינץ', מתאים. הוא גם קיבל הבטחות מרשות עמק הטנסי שהכוח החשמלי הדרוש למפעלים יסופק אם תינתן עדיפות לרכישת הציוד הנדרש. ההתנגדות היחידה הייתה של ארנסט לורנס, שרצה שמפעל ההפרדה האלקטרומגנטית יהיה קרוב יותר למעבדת הקרינה שלו בקליפורניה, אך גם הוא הסיר את התנגדותו בספטמבר.
ב-1 ביולי 1942 סקרו מרשל וסגנו, קנת ניקולס, אתרים באזור נוקסוויל יחד עם נציגי רשות עמק הטנסי וחברת סטון אנד ובסטר, קבלן הבנייה המיועד. לטעמו של מרשל לא נמצא אתר מתאים לחלוטין, והוא אף הורה על סקר נוסף באזור ספוקיין שבוושינגטון. באותה עת, כמעט כל טכנולוגיות העשרת האורניום והכור הגרעיני היו עדיין בשלב מחקרי, ולוחות הזמנים המתוכננים, שנקבו בסוף 1942 כמועד גמר בניית המפעלים, היו לפיכך בלתי מציאותיים. למרות זאת ניתן היה להתחיל מיד לבנות בנייני מגורים ומינהל, וחברת הבנייה סטון אנד ובסטר מסרה דו"ח מפורט על השטח המועדף לאתר, כ-19 ק"מ מערבית לנוקסוויל.
ב-23 בספטמבר מונה לסלי גרובס למנהל פרויקט מנהטן בדרגת בריגדיר גנרל, וכבר באותו יום נסע ברכבת לנוקסוויל. לאחר סיור באתר, הגיע גרובס למסקנה כי האתר "היה בחירה טובה אפילו יותר ממה שציפיתי". הוא התקשר לקולונל ג'ון או'בריאן מאגף הרכישות בחיל ההנדסה, והורה לו להמשיך ברכישת הקרקע. בינואר 1943 נקרא האתר באופן רשמי "קלינטון עבודות הנדסיות", עם שם הקוד "אתר X". לאחר שהוקמה עיירת המגורים באמצע 1943, נבחר "אוק רידג'" לשמה של העיירה מבין מספר הצעות שהעלו עובדים. השם התאים מכיוון ש"הקונוטציה הכפרית שלו הקטינה את הסקרנות בו למינימום". אך רק לאחר המלחמה, ב-1947, נקבע שם המקום "אוק רידג'" באופן רשמי, ורק אז הותר לסמנו במפות ארצות הברית בשם זה.
רכישת הקרקעות.
אף שמדיניות מחלקת המלחמה קבעה כי יש לרכוש קרקעות באמצעות קנייה ישירה, הוחלט שבשל הזמן הקצר ולוחות הזמנים הקצרים תיעשה ההתקדמות באופן מיידי באמצעות הפקעת קרקעות. באופן זה התאפשרה גישה מהירה לאתר לצוותי הבנייה, התאפשר פיצוי מהיר יותר לבעלי הקרקע, והואץ הטיפול ברכוש שניירת הבעלות עליו אינה שלמה ולעיתים פגומה. הממשל התארגן במהירות למבצע רכישת הקרקעות, וכבר ב-28 בספטמבר 1942 פתח הצבא, בניהולו של "אגף נהר אוהיו" של חיל ההנדסה, משרד רכישה פדרלי בעיירה הרימן הסמוכה, עם צוות של 54 מודדים, שמאים, עורכי דין ועובדי משרד. למחרת אישר תת-מזכיר המלחמה, רוברט פטרסון, לרכוש 56,000 אקר (כ-227 קמ"ר) בעלות מוערכת של 3.5 מיליון דולר. לבקשת עורכי הדין של משרד הרכישה, הוציא בית המשפט של מחוז מזרח טנסי צו-בעלות על הקרקעות החל מיום 7 באוקטובר. מתוך הכרה בקשיים שייגרמו לבעלי הקרקעות, הגביל בית המשפט את החזקה הבלעדית המיידית רק לקרקעות "חיוניות לפיתוח מלא ושלם של הפרויקט".
על אף היותו דליל אוכלוסייה, עדיין התגוררו באתר מעל 1,000 משפחות בחוות ובכפרים. רוב המשפחות שמעו על רכישת אדמתם וביתם מנציג מטעם המשרד שביקר אצלם, אך רבים מצאו להפתעתם הודעות פינוי ממוסמרות לדלתם או לעץ בחצר ביתם כשחזרו מהעבודה.
לרוב המשפחות ניתנו שישה שבועות לפנות את ביתם, אך חלקם קיבלו שבועיים בלבד. ב-20 בנובמבר 1942 החזיק הממשל ב-13 קטעי שטח שבהם היה צורך לבצע עבודות בנייה דחופות ומיידיות. לרוב התושבים נאמר להיערך לעזיבה בין 1 בדצמבר 1942 ל-15 בינואר 1943. במקרים בהם היה חשש שהפינוי יגרום לקשיים גדולים מדי, אפשרו לתושבים להישאר מעבר למועד זה. עבור חלקם הייתה זו הפעם השלישית שהם פונו מביתם על ידי הממשל, לאחר שפונו בשנות ה-20 משטחי הפארק הלאומי גרייט סמוקי מאונטיינז, ופונו אחר-כך בשנות ה-30 בידי רשות עמק טנסי מאזור סכר נוריס . רבים ציפו שבדומה לאופן פעולתה של רשות עמק הטנסי, יעניק להם הצבא סיוע שיקל עליהם לעבור למקום חדש; אך בשונה מהפינוי לצורך בניית הסכר, לא הוטלה על הצבא משימה לשפר את השטח או את החלקה שיקבלו התושבים המפונים, וכלל לא הוקצו כספים למטרה זו. חלק מהתושבים אף נאלצו להותיר אחריהם רכוש שלא היו מסוגלים לקחת עימם, בין היתר בשל המחסור בצמיגים ששרר באמריקה בזמן המלחמה, והמספר הקטן של כלי רכב שנעו בדרכים.
משלחת של בעלי קרקעות הגישה עצומה למשרדי "אגף נהר אוהיו" ב-23 בנובמבר 1942 במחאה על תפיסת רכושם, ובאותו לילה קיימו למעלה מ-200 בעלי קרקעות ישיבה ובה הסכימו לשכור עורכי דין ושמאים כדי לתבוע את הממשל הפדרלי. העיתונות והפוליטיקאים המקומיים אהדו את עניינם וסייעו להם. בסוף מאי 1943 הושגו הסכמים על 416 חלקות קרקע בהיקף של 21,742 אקר (כ-88 קמ"ר), אך חלק ניכר מבעלי האדמות דחו את הצעות הממשל ולא הושג הסכם בעניין קרקעותיהם. בתגובה לביקורת הציבורית הגוברת, הזמין או'בריאן בדיקה נוספת של משרד החקלאות, שמצא שהערכות השמאים היו הוגנות וצודקות, וכי החקלאים העריכו יתר על המידה את גודל אדמתם ואת תפוקתה.
גם פנייה של בעלי הקרקעות לחבר הקונגרס המקומי שלהם ג'ון ג'נינגס, גם מספר ועדות שבדקו את הנושא, וגם חקירת קונגרס שהסתיימה בדצמבר 1943, לא הניבו הגדלה של הפיצוי הכספי למפונים.
ביולי 1943 הכין גרובס 'כרוז ציבורי' מס' 2, והכריז על האתר כשטח צבאי סגור. הוא ביקש להיפגש עם מושל טנסי, פרנטיס קופר . השניים לא נפגשו. קופר זעם על כך שלא הודיעו לו מה מטרת המפעלים ב-CEW, על כך שהצבא גירש את החקלאים מאדמתם, ועל כך שהממשל לא פיצה את המחוזות עבור הכבישים והגשרים שייסגרו כעת. בכעסו קרע המושל את הכרוז והשליך אותו לסל הפסולת, וכלל לא קרא אותו. גרובס שלח את קנת ניקולס, מהנדס 'מחוז מנהטן' החדש שהחליף את ג'יימס מרשל, כדי ליישר את ההדורים עם המושל. ניקולס וקופר נפגשו ב-31 ביולי, וניקולס הציע לו פיצוי בצורה של מימון פדרלי לשיפור דרכים וגשרים בטנסי. קופר קיבל לבסוף את חבילת הפיצוי והמימון, ואף נענה להצעתו של ניקולס לבקר במפעלי CEW ב-3 בנובמבר 1943.
שטחי אדמה נוספים נרכשו במהלך 1943 ו-1944 לבניית כבישי גישה, למסילת רכבת ולמטרות ביטחוניות, כך שהשטח הכולל שנרכש היה 58,900 אקר (שהם כ-238.4 קמ"ר, או כ-238,400 דונם). המשרד בהרימן נסגר ב-10 ביוני 1944, אך נפתח מחדש ב-1 בספטמבר כדי לטפל באדמות נוספות. הרכישה האחרונה הושלמה רק ב-1 במרץ 1945. העלות הכוללת של הקרקע שנרכשה הייתה בסביבות 2.6 מיליון דולר (שווה ערך לכ-30.2 מיליון דולר ב-2020), שהם בממוצע כ-11 דולר לדונם.
מפעלים ומתקנים.
כור הגרפיט X-10.
ב-2 בפברואר 1943 החלה דופונט בבניית מפעל הרצה קטן לייצור פלוטוניום באתר מבודד בשטח של 112 אקר (כ-0.5 קמ"ר) בעמק בית-אל, כ-16 ק"מ דרומית-מערבית לאוק רידג'. המפעל נועד להיות מתקן ניסוי והרצה למפעלי הייצור הגדולים שתוכננו להיבנות באתר הנפורד. הוא כלל כור גרפיט מקורר באוויר, ממתן נייטרונים העשוי גרפיט, וכונה בשם הקוד X-10. היו בו גם מפעל להפרדה כימית, מעבדות מחקר, שטח לאחסון פסולת, מתקן הדרכה לצוותים מהנפורד ומתקני שירות שכללו מכבסה, קפטריה, מרכז עזרה ראשונה ותחנת כיבוי אש. בגלל ההחלטה שהתקבלה לאחר מכן לבנות בהנפורד כורים מקוררים במים (ולא באוויר), רק מפעל ההפרדה הכימית פעל כמתקן ניסוי והרצה אמיתי. המתקן היה ידוע בשם "מעבדות קלינטון", והופעל על ידי אוניברסיטת שיקגו במסגרת המעבדה המטלורגית שלה.