את הסידור חיבר משום ש:בארצות האלה שבהן עברתי ראיתי משלושה אלה [-ההזנחה, ההוספה וההשמטה בנוסח התפילה] דברים, שהניעוני וקראוני להשתדל לסלקם. וזה לפי שישנם דברים ממסורות אומתנו בתפילותיה ובברכותיה, שהוזנח שימושם, עד שנשכחו ונמחקו לחלוטין, חוץ מאצל יחידי סגולה, ומהם דברים שנוספו בהן ונשמטו מהן, עד שנשתנו ונפסדו העניינים שלמענם נתקנו מלכתחילה. מסיבה זו חיבר גם את שתי ה"בקשות" בסידורו: "ומפני שראיתי את מיעוט הבינה בכך [-בתפילות הרשות], וחששתי שהמתפלל, אשר רוצה להתקרב לאלהיו, מתרחק ממנו בדברי טעות, חיברתי בקשה בשתי נוסחאות".
סידורו של רס"ג שונה מהסידור שקדם לו, שחובר על ידי רב עמרם גאון. אף על פי שנוסחי התפילות היו ידועים ומסודרים לכל עדה ועדה עוד לפני כן, היו כל הזמן שינויים שהוכנסו בספרי התפילות. רס"ג, שידע את השינויים וסדרי התפילות, רצה להנהיג נוסח תפילה קבוע לכל היהודים בכל התפוצות. הוא כתב בספר התפילות שלו נוסח תפילה, אשר היווה מעין "סיכום" או פשרה בין כל הנוסחים והמנהגים אשר היו מקובלים בימיו. כמו כן שאף רס"ג בסידורו לשחזר את נוסח התפילה המקורי. במבוא לסידורו הוא מתאר "והיו להם (לאבותינו) שני סדרים אחד לזמן המלוכה ואחד לזמן הגלות... ולא היו זקוקים אבותינו לומר מקבץ נדחי עמו מפני שהיו מקובצים" דבר המסביר כמה הבדלים בין נוסח ארץ ישראל לבין נוסחאות הגלות.
מכון בית אהרן וישראל פועל להתקנת מהדורה חדשה של הסידור, שתתבסס על נוסח קטעי הגניזה ותשתמש בעדכונים הרבים שחלו במחקר נוסח רס"ג.
ספר האמונות – הנבחר באמונות ודעות.
חיבורו המפורסם של רס"ג, העוסק ביסודות האמונה והמסורת, ובו עשרה מאמרים. רס"ג כתבו בשנת ד'תרצ"ג, כאמור בסוף המאמר הראשון. התרגום הנפוץ במאות השנים האחרונות הוא של רבי יהודה אבן תיבון, וקדם לו בכמאתיים שנה תרגום נוסף, על ידי חכם מהאימפריה הביזנטית, ותרגומו הוא שהשפיע השפעה רבה על הראשונים באשכנז ובצרפת, הן מחוגי חסידי אשכנז והן מחוגי בעלי התוספות. תרגומו של הרב יוסף קאפח לספר פורסם לראשונה בשנת ה'תש"ל, ומאז במהדורות נוספות.
לחיבור זה, בתרגומו של אבן תיבון, נכתבו פירושים שונים. פירוש שביל האמונה לר' ישראל הלוי קיטובר פורסם בשנת תרמ"ה.
חיבורים הלכתיים.
רס"ג פיתח סוגה ספרותית חדשה, של כתיבת ספרי הלכה מונוגרפיים המקיפים נושא ספציפי. בסוגה זו מצויים חיבוריו אלו:
ספר העדויות והשטרות (כתאב אלשהאדאת ואלות֒איק).
מטרת חיבור זה לדברי רס"ג בהקדמה, להגיע לדיוק בניסוח מילות העדים בעדותם בדיבור ובכתב. החיבור כולל שמונה שערים ובו מפורטים נוסחאות השטרות והעדויות. החיבור התפרסם כמעט במלואו בידי מנחם בן-ששון וירחמיאל ברודי.
ברודי כתב על חיבור זה: ספר העדויות והשטרות גדול בהרבה מכל חיבור הלכתי אחר של רס"ג הידוע לנו, והוא בנוי באופן מורכב ומרשים, הוא מחולק לשמונה פרקים. ארבעת הראשונים עוסקים בדיני עדות באופן כללי וארבעת האחרונים בדיני השטרות. הפרקים החמישי השביעי דנים בסעיפים החוזרים בכל השטרות או ברובם, והפרק השמיני עוסק בסעיפים המיוחדים לכל שטר ושטר. פרק זה מחולק לחמישים וארבעה פרקי משנה כמניין השטרות הנידונים בו, ואלה מאורגנים בשלוש קבוצות של שמונה עשר פרקי משנה לפי שכיחותם היחסית של השטרות השונים. בסוף הפרק בא נספח קצר הרושם עשרה סוגי שטרות שנועדו לשימושם של הראשים בלבד ולכן לא נכללו בחיבור. ספר העדויות והשטרות הוא גם היחיד מבין חיבוריו ההלכתיים של רס"ג שזמן חיבורו ידוע. מן האופן שבו הדגים את דרך התארוך של שטרות שונים עולה שהוא נתחבר בשנת ד'תרפ"ו כאשר רב סעדיה כבר היה בבבל וכשנתיים לפני שמונה לראש ישיבת סורא. בפתח החיבור הזה נאמר: "זהו חלק מחלקי כתאב אלפקה (-ספר ההלכה) אשר אני מתכונן לחברו, אולם ראיתי לנכון להקדים את החלק הזה משום שנוכחתי בנחיצותו הרבה לאומה וידעתי את גודל התועלת שתפיק ממנו". היו חוקרים שהבינו מכך שזה הוא חיבורו הראשון של רס"ג בתחום ההלכה, ואולם מתברר שזהו טופוס ספרותי שכיח ואין רצונו לומר שזה חיבורו הראשון של המחבר אלא שהוא ראה לנכון לחבר אותו בפרק זמן מסוים ולהקדים אותו לחיבורים אחרים שהתכוון לכתוב. ומאחר שהראיה המדומה לראשוניותו של ספר העדויות והשטרות נדחתה, סביר להניח שההפך הוא הנכון והיקפו ומבנהו המרשימים של חיבור זה בהשוואה ליתר החיבורים ההלכתיים של רס"ג מלמדים שהוא היה חיבורו האחרון בתחום ההלכה. רמז אפשרי נוסף לאיחורו של חיבור זה נמצא באזכורי ספר ההלכה הבאים במספר מקומות בחיבור. נראה שהרעיון לחבר ספר הלכה מקיף התפתח אצל רס"ג בשלב מאוחר בכתיבתו ההלכתית, ומשום כך הוא אינו מזכיר תוכנית זו שככל הנראה לא הספיק להגשים אותה בכתביו האחרים.
ספר השטרות השפיע על רב האי גאון בספר המקח ועל רבי יהודה אלברצלוני בספר השטרות שלו, כפי שהם מציינים בפירוש, וכן על חיבורים הלכתיים נוספים הבנויים במתכונת זו.
ספר הפקדונות (אחכאם אלודיעה).
החיבור עוסק בדיני ארבעה שומרים ושבועותיהם. רב האי גאון במשפטי שבועות כותב שאינו צריך להאריך בדיני שבועת השומרים משום שהדברים מבוארים בספר שחיבר רס"ג בדינים על הפקדונות. בפתיחת רבי מנחם המאירי לאבות כתב: . החיבור פורסם על ידי ירחמיאל ברודי.
ספר הירושות (כתאב אלמוארית).
החיבור עוסק בדיני ירושה. הוא פותח בעיקרי דיני הירושה, מסודרים לפי יחסי הקרבה בין המורישים ובין היורשים, וממשיך בשאר דיני הירושה. החיבור תורגם בימי הביניים לעברית. מקורו הערבי פורסם ב-1897 על ידי יוסף דרנבורג, ושוב על ידי ירחמיאל ברודי.
פירוש ספר יצירה (כתאב אלמבאדי).
בפירושו לספר יצירה מבאר רס"ג את כל הספר בדרך מקורית שאינה נסמכת על תורת הקבלה. רבי יהודה אלברצלוני בפירושו לספר יצירה מרבה להביא ממנו. רס"ג כתבו בשנת ד'תרצ"א. הספר תורגם מספר פעמים לעברית, אחד מהם לפני שנת ד'ת"ת, ומתרגום זה מרבה ר"י אלברצלוני להביא אף שהוא כותב עליו: "ומי שהעתיקו ללשון הקדש לא היה לשונו מצוחצח ואף על פי כן אנו כותבים תורף דבריו". הרב יוסף קאפח פרסמו עם תרגום מעודכן לעברית בשנת ה'תשל"ב.
ספר המצוות (כתאב אלשראיע).
ספר המצוות של רס"ג, נבדל מאזהרותיו הקצרות עליהן כתב הרב ירוחם פישל פרלא חיבור בן שלושה כרכים. בספר המצוות, ששרד רק בגניזה הקהירית, מפרט רס"ג את כל תרי"ג המצוות כשהן מחולקות לשערים לפי עניינם, ובתוספת ביאורים קצרים. חלקים ממנו פורסמו בעבר, ומהדורה שלמה שלו ראתה אור על ידי נסים סבתו, בתוספת ביאור מאת הרב חיים סבתו, ירושלים תשע"ט.
ספרי פולמוס נגד הקראים.
רס"ג הרבה להילחם ביהדות הקראית, שהשפעתה גדלה במצרים באותם הימים. רס"ג סבר שצפויה סכנה ליהדות הרבנית מהקראים, אשר נאבקו נגד התורה שבעל פה. כשראה רס"ג שאף אחד מבין סביבתו לא יכול לגבור על טענות הקראים, חרף גילו הצעיר בגיל 23 הוא החל במלחמה נגדם. הוא חיבר הרבה חיבורים פולמוסיים, בהם "ספר הכחשת ענן". חיבור זה קומם נגדו את חכמי הקראים, שראו בו איום על עמדתם; בתגובה לרס"ג נכתבו לא מעט חיבורים קראיים פולמוסיים, כגון ספר "מלחמות ה'" של סלמון בן ירוחם המתפלמס עם טענות הרס"ג.
רס"ג כתב מספר ספרי פולמוס נגד הקראים, חלקם נזכרים ברשימת הספרים של בניו.
ספר קובץ ההוכחה לחיוב הנר.
הקובץ המכונה על ידי בני רס"ג 'ההוכחה לחיוב הנר', הוא כפי הנראה הספר הכולל עשרה נושאים שבהם מתווכח רס"ג עם הקראים בכלל, ועם 'ספר הכלימות' של אבן סאקויה בפרט. והם: 1) יחוד השם, 2) הדלקת נר שבת, 3) דין אחר מדיני שבת (מתנות או השקאת הגנות), 4) קביעת ראש חודש לפי כללי הלוח העברי, 5) לא בד"ו פסח (חלק מכללי הלוח העברי), 6) שנה מעוברת (כנ"ל), 7) איסור אכילת חלב (ר"ל אליה), 8) איסור עריות, 9) נידה, 10) בעל קרי. הספר מכונה גם 'כתאב אלרד עלי אבן סאקויה' (-ספר הכחשת אבן סאקויה). בתשובה חוזרת לאבן סאקויה כתב רס"ג את 'כתאב אלרד עלי אלמתחמאל' (-ספר הכחשת המתנפל). שרידי החיבור השתמרו בקטעי גניזה, והוא לא פורסם. רבי אברהם אבן עזרא בפירושו לשמות (לה, ג) מזכיר חיבור זה וכותב: "והגאון רב סעדיה חבר ספר נכבד תשובות על החולקים על קדמונינו על נר שבת".
ספר ביטול ההיקש במצוות השמעיות.
ספר ביטול ההיקש במצוות השמעיות יסודו בוויכוח עם הקראים, בו פתח בכתאב אלרד עלי ענן, והוכיח שבמצוות התורה אין להסתמך על הוכחות לוגיות לבדן, אלא חובה להסתמך על המסורת, ואפשר להיעזר בהוכחות הלוגיות רק כשאינן סותרות את המסורת. רס"ג הרחיב בהמשך את חיבורו זה וחילקו לשנים, והם 'ביטול ההיקש במצוות השמעיות' הכולל את ההרחבה של החלק הראשון של 'כתאב אלרד עלי ענן', ו'הוכחת העיבור' הכולל את החלק השני של החיבור, כדלהלן בסעיף הבא.
קטעים מחיבור זה פורסמו על ידי משה צוקר.
הוכחת העיבור.
ספר 'הוכחת העיבור' הנסמך על ידי בני רס"ג ל'ביטול ההיקש במצוות השמעיות', הוא ככל הנראה הספר שהיה תחילה חלק אחד עמו ואחר כך הורחב והופרד על ידי רס"ג, והוא 'כתאב אלתמייז' – ספר ההבחנה. בספר זה מרחיב רס"ג בהוכחת צדקת עיבור השנה על פי התקופה והחשבון, ולא כדעת הקראים הקובעים אותו על פי ראיית האביב.
קטעים רבים מחיבור זה השתמרו בגניזה. משה צוקר פרסם את חלקם בנספח לפירוש רס"ג לבראשית, וחלקים אחרים פורסמו על ידי חוקרים אחרים.
אשא משלי.
אשא משלי הוא חיבור פולמוס בעברית מליצית, והוא מכוון נגד טענות הקראים. קטעים ממנו פורסמו לראשונה על ידי בנימין מנשה לוין, ובהמשך פורסמו השלמות על ידי חוקרים נוספים.
חיבורים בחכמת הלשון.
חיבורי רס"ג בדקדוק וחכמת הלשון העברית אינם נזכרים ברשימת החיבורים שכתבו בני רס"ג, אך הם ידועים ממקורות אחרים.
האגרון (כתאב אצול אלשער אלעבראני).