ב-26 בינואר 1863 החליף מייג'ור גנרל ג'וזף הוקר את ברנסייד. סטנטון לא גילה עניין רב בהוקר, שבפומבי מתח ביקורת על ממשל לינקולן ובעת שפיקד תחת ברנסייד, היה בלתי צייתן. הוא העדיף את מייג'ור גנרל ויליאם רוסקרנס. לינקולן חלק על דעתו של סטנטון. לינקולן בחר בהוקר בשל המוניטין שיצא לו כלוחם שזכה לאהדה באותה עת יותר מאשר כל גנרל אחר בזירה המזרחית. הוקר הקדיש זמן רב לחיזוק ארמיית הפוטומק, בייחוד בשיפור המוראל שלה. הפעולה הקרבית הראשונה שניהל הוקר מול ארמיית וירג'יניה הצפונית של לי הייתה בקרב צ'נסלורסוויל בראשית מאי 1863. לי שלח את תומאס ג'ונתן ג'קסון להתעמת עם המשמר האחורי של הוקר בפעולת איגוף פזיזה. התמרון של ג'קסון בוצע במיומנות וכתוצאה ממנו נחלה הקונפדרציה ניצחון בקרב שהסתיים ב-6 במאי ובו איבדו את חייהם 17,000 איש.
נסיונותיו של סטנטון להעלות את המוראל לאחר תבוסה זו כשלו עם הגיע הידיעות על ירידת משמעת חדה בארמיית הפוטומק תחת פיקודו של הוקר. אכן, המחנות של הארמייה תוארו כ"שילוב של בר ובית בושת". סטנטון דרש שתאסר הכנסת משקאות חריפים ונשים אל המחנות. בינתיים, שוב התקדם לי צפונה. תמרוניו של לי מרטו עצבים רבים בוושינגטון באמצע יוני, ויותר מכך, כאשר דיווחים מטרידים הגיעו מפקודיו של הוקר, כמו זה של בריגדיר גנרל מרסנה פטריק: "[הוקר] פועל כמו אדם ללא תוכניות והוא אובד עצות לחלוטין, או שאין לו מושג כיצד להתמודד עם האויב או כיצד להגיב על פעולותיו". בהמשך, כמו מקללן, המשיך הוקר להעריך יתר על המידה את סדרי הגודל של כוחותיו של לי וטען שלממשל לינקולן אין אמון מלא בו. ב-27 ביוני התפטר הוקר וסטנטון ולינקולן החליטו להחליפו במייג'ור גנרל ג'ורג' מיד שנכנס לתפקידו ביום המחרת.
ההתנגשות הראשונה בין לי לבין מיד התרחשה בקרב גטיסברג ב-1 ביולי. החדשות על הניצחון ועל הנסיגה רבתי של צבא הקונפדרציה הגיעו ב-4 ביולי. זמן קצר לאחר מכן, הגיעה הידיעה על ניצחונו של מייג'ור גנרל יוליסס סימפסון גרנט במצור על ויקסבורג. בצפון הייתה אווירה של התרוממות רוח. סטנטון אף נשא נאום נדיר בפני קהל רב בחזית משרדי מחלקת המלחמה. עד מהרה תמו החגיגות, כאשר סירב מיד לשגר מתקפה כנגד לי כאשר ארמיית וירג'יניה הצפונית שלו נתקעה על גדות נהר הפוטומק. ב-14 ביולי, כאשר חצה לי את הנהר ללא הפרעה, היו סטנטון ולינקולן מודאגים. במכתב ששלח לידיד, אישר סטנטון שהוא יעניק את תמיכתו למיד ללא סייג, אך "מאחר שמאז נוצר העולם לא החמיץ אף אדם הזדמנות כה גדולה לשרת את ארצו כפי שהוא איבד את ההזדמנות להכות ביריבו". אף על פי כן, סטנטון ידע שמיד סירב בעצתם של מפקדי הדיוויזיות שלו שדרגותיהם היו גבוהות משלו.
בשעה שהפעילות בזירה המזרחית דעכה, הפעילות בזירה המערבית התחממה. לאחר שני ימי קרב צ'יקמאוגה בסוף ספטמבר, נותר מייג'ור גנרל רוסקרנס, מפקד ארמיית קמברלנד, לכוד בצ'טנוגה, טנסי ומותקף מכל הצדדים על ידי כוחותיו של גנרל ברקסטון בראג מצבא הקונפדרציה. רוסקרנס שלח מברק לוושינגטון: " נתקלנו באסון כבד, בהיקף שטרם הוברר". המצב בצ'טנוגה היה נואש. הצפון היה זקוק לעיירה. על פי העיתונאי צ'ארלס אנדרסון דנה, שהיה עוזרו של סטנטון מאז מרץ 1863, רוסקרנס היה מסוגל להילחם עוד 15–20 ימים בלבד ומבלי שיעמדו לרשותו 20,000 עד 25,000 איש, צ'טנוגה תאבד. סטנטון ארגן את העברתם באמצעות רכבת של אלפי חיילים של צבא האיחוד. לינקולן וסטנטון הסכימו למנות את הגנרל גרנט כמפקד של רוב הכוחות במערב, ולשחרר את רוסקרנס מהפיקוד על ארמיית קמברלנד ולהחליפו במייג'ור גנרל ג'ורג' הנרי תומאס. בסוף נובמבר פרצו גרנט ומייג'ור גנרל ויליאם שרמן את המצור על צ'טנוגה. לוטננט גנרל ג'יימס לונגסטריט מצבא הקונפדרציה ניסה לצור על הארמייה של הגנרל ברנסייד בנוקסוויל, אך שרמן תקף את כוחות הקונפדרציה וגרם להם לסגת.
סוף המלחמה.
גרנט, שהועלה לדרגת לוטננט גנרל וקודם לתפקיד הגנרל המפקד של צבא ארצות הברית, חצה ב-4 במאי 1864 את נהר רפידן. ביום המחרת הוא וצבאותיו של לי התנגשו בקרב השממה. תוצאת הקרב לא הייתה חד משמעית, אך גרנט, שלא כמו קודמיו בתפקיד, סירב לעצור את התקדמותו. "לא תהיה שום נסיגה", הוא אמר לנשיא לינקולן. גרנט נלחם שוב מול לי בקרב בית המשפט של ספוטסילבניה, בו הוא ניצח. כמה ימים לאחר מכן, נלחמו השניים שוב בקרב קולד הרבור, שם שיגר גרנט אין ספור מתקפות בשדה הפתוח וגרם לאויב אבדות כבדות. גרנט המשיך הלאה, והעביר את צבאו לשטח שמדרום לריצ'מונד, ליד פיטרסבורג. כך החל המצור על העיר. "קווים ארוכים של חפירות מקבילות התעקלו דרומה ומזרחה מריצ'מונד ושני הצבאות החלו להתחפר. גרנט תקף את הביצורים של לי ותמיד הקפיד לקיים לחץ מתמיד ובה בעת הביט מזרחה כדי לבחון את הרכבות שהביאו את האספקה של לי.
בבחירות לנשיאות של 1864 נחלו לינקולן וסגנו אנדרו ג'ונסון ניצחון בהתמודדות מול יריביהם הדמוקרטים, ג'ורג' מקללן וג'ורג' פנדלטון. הרפובליקנים נחלו ניצחונות חשובים בקונגרס ובבחירות למושלי המדינות באוהיו, אינדיאנה, קנטקי וניו יורק. לסטנטון היה חלק לא מבוטל בניצחונו של לינקולן. ימים ספורים לפני הבחירות, הוא הורה לחיילים ממדינות המפתח, כמו אילינוי, מדינת הבית של לינקולן, לשוב לבתיהם כדי להצביע. הוא גם עשה שימוש בסמכויותיו במחלקת המלחמה להבטיח שהמצביעים לרפובליקנים לא יוטרדו או יאוימו בקלפיות. ניתן לזקוף את הניצחון הרפובליקני בבחירות לחופשות שהעניק סטנטון לחיילים ולצעדים נוספים שהוא נקט.
ב-3 במרץ 1865, יום לפני השבעתו השנייה של לינקולן, שיגר גרנט מברק לוושינגטון בו הוא הודיע שלי שלח אליו שליחים עם בקשה לשלום. בתחילה אמר לינקולן לגרנט שעליו להגיע לשלום עם מדינות הדרום בכל דרך אפשרית. עם זאת, סטנטון הכריז שזו חובתו של הנשיא לבקש שלום, ואם לא הנשיא הוא חסר ערך וקצת יותר מבובה. זה הוביל לשינוי מידי בטונים מצדו של לינקולן. סטנטון, בדחיפתו של לינקולן, אמר לגרנט "שאל לו לקיים שום היוועדות עם הגנרל לי, למעט למטרת כניעה". בהמשך הוא הודיע שאל לגרנט ל"החליט, לדון או להיוועד בשום שאלה פוליטית. עניינים אלו היו בידיו של הנשיא והם לא יכולים להיות נדונים על ידי שום גוף צבאי". כמה ימים לאחר מכן, ביקר לינקולן את גרנט במפקדת המצור על פיטרסבורג (שעדיין נמשך). כאשר מייג'ור גנרל פיליפ שרידן הצטרף עם הארמייה שלו שהגיעה מעמק שננדואה, היה גרנט מוכן לבצע את המהלך האחרון שלו בדרך לריצ'מונד. ב-1 באפריל 1865 הביס שרידן את כוחותיו של לי בקרב פייב פורקס ואילץ אותו לסגת מפיטרסבורג. סטנטון, שבמשך ימים רבים היה צמוד למכשיר הטלגרף במשרדו, אמר לרעייתו בערב יום המחרת: "פיטרסבורג פונתה וככל הנראה גם ריצ'מונד. הניפי את הדגלים". סטנטון היה מודאג מכך שהנשיא לינקולן, שנשאר בסביבה כדי לצפות בגרנט מתקדם אל ריצ'מונד, היה בסכנת נפילה בשבי והזהיר אותו. לינקולן לא הסכים עמו, אך היה מרוצה מדאגתו של סטנטון. במכתב שהוא שלח אליו כתב לינקולן לסטנטון: "כעת ברור שריצ'מונד בידינו, ואני חושב שאגיע לשם מחר".
ב-3 באפריל הגיעו הידיעות על נפילתה של ריצ'מונד, וגרמו להתרגשות רבתי בכל רחבי הצפון. "החדשות התפשטו במהירות והאנשים זרמו במהירות מהחנויות ומהמשרדים ומילאו את הרחובות. התותחים החלו לרעום, המשרוקיות צפצפו, הצופרים רעמו, הכרכרות אולצו לעמוד וההמון הריע". סטנטון היה מאושר. בהוראתו, הודלקו נרות בחלונות של כל מבני המחלקה שלו, ותזמורות ניגנו את המנון ארצות הברית. בהמשך קושט מטה המחלקה בדגלי ארצות הברית, יחד עם דמות של עיטם לבן-ראש שאחז בטפריו מגילה שעליה נכתב "ריצ'מונד". בלילה בו נפלה ריצ'מונד, נשא סטנטון נאום מאולתר שדמעות בעיניו בפני הקהל שהתאסף מחוץ למשרדי מחלקת המלחמה.
לי וכוחותיו חמקו מריצ'מונד לפני נפילתה. גרנט צעד מערבה כדי לחסום את נסיגתו של לי, בעוד שלינקולן נשאר בריצ'מונד. החדשות על ניצחונותיו של גרנט על צבא הקונפדרציה הנסוג העסיקו את מכשירי הטלגרף בוושינגטון שוב ושוב. צבא האיחוד הפעיל לחץ על חיל המאסף של לי ושבה אלפים מחיילי צבא הקונפדרציה. ב-9 באפריל נכנע לי ובכך תמה המלחמה. ב-13 באפריל השעה סטנטון את גיוס החובה ואת מאמצי הרכש של הצבא.
רצח לינקולן.
ב-13 באפריל 1865 הזמין לינקולן את סטנטון וגרנט ואת נשותיהם להצטרף אליו לתיאטרון פורד בערב המחרת. לינקולן הזמין את סטנטון לתיאטרון כבר כמה פעמים קודם לכן, הזמנות שנדחו על ידיו. יתר על כן, אף אחת מנשות שני האישים לא הגיעה אלמלא בני הזוג השני היו מגיעים. בני הזוג גרנט תירצו את אי הגעתם בביקור אצל ילדיהם בניו ג'רזי. לבסוף, החליט לינקולן ללכת לתיאטרון יחד עם מייג'ור הנרי רת'בון ועם ארוסתו. סטנטון פרש לביתו באותו לילה לאחר שערך ביקור חולים אצל מזכיר המדינה סיוארד. הוא עלה למשכבו בשעה עשר בערב לערך. זמן קצר לאחר מכן הוא שמע את רעייתו אלן צועקת מן הקומה התחתונה: "מר סיוארד נרצח!". סטנטון מיהר למטה. כאשר שמע שייתכן שגם לינקולן מת, הוא התרגש מאוד. הוא רצה לצאת מביתו מיד והוזהר על ידי מי שבישר לו את החדשות: "אתה לא חייב לצאת... כאשר הגעתי הביתה ראיתי אדם מתחבא מאחורי תיבת עץ, אך הוא נמלט ולא עקבתי אחריו". סטנטון לא הקדיש תשומת לב רבה לאיש. הוא השיג כרכרה ומיהר לביתו של סיוארד.