מערכה בסוגדיאנה ומסע עונשין נגד הסקיתים (סוף 329 לפנה"ס).
לאחר הוצאתו להורג של בסוס קבע אלכסנדר את בסיסו במרקנדה (סמרקנד) ויצא לעבר נהר יאקסארטס (סיר דריה). היישוב המשמעותי היחיד באזור היה העיר קירופוליס. מיקומה הנוכחי איננו ידוע בוודאות אך ככל הנראה יש לזהות אותה עם איסטרוושן בטג'יקיסטן. אף שקירופוליס הייתה עיר גדולה יחסית, היא הייתה ממוקמת במרחק של כ-40 ק"מ מהנהר. אלכסנדר לא הסתפק בכיבושה, אלא החליט לבנות עיר נוספת, ממש על גדות הנהר וקרא לה אלכסנדריה אסכטה (אלכסנדריה הרחוקה ביותר). יש לזהות אותה ככל הנראה עם העיר חוג'נד.
המערכה בסוגדיאנה התבררה כקשה במיוחד. האוכלוסייה המקומית התנגדה לשינויים שביקש להנהיג אלכסנדר באזור ולפיכך פרץ מרד גדול נגד הצבא המוקדוני הפולש. אחד מהמנהיגים המקומיים, ספיטמנס, שמסר את בסוס לידי אלכסנדר, החליט לשנות שוב את נאמנותו וחבר לכוחות שלחמו נגד אלכסנדר. בזמן שהאחרון הטיל מצור על קירופוליס תקף ספיטמנס את מרקנדה. אלכסנדר לא הסיר את המצור על קירופוליס, אך שלח כוח חזק שמנה 2,360 חיילים לעזרת מרקנדה. לאחר כיבוש קירופוליס בעזרת תחבולה, יצא אלכסנדר לעבר נהר יאקסארטס. צבאו חצה את הנהר על אמצעי ציפה מאולתרים והתנגש עם כוח גדול של נוודים סקיתיים. במהלך הקרב הצליח אלכסנדר לכתר ולהביס את הצבא הסקיתי וגרם לו אבדות קשות.
אלכסנדר לא יכול היה לנצל את ניצחונו על הסקיתים, כי הצבא ששלח לעזרת מרקנדה נפל למארב שטמן לו ספיטמנס והושמד ברובו. הוא יצא עם כוחו העיקרי לעזרת חיל המצב שהותיר במרקנדה וספיטמנס בחר להימנע מקרב סדור מולו ונמלט עם כוחו לערבה רחבת הידיים. אלכסנדר יצא למרדף, אך איבד את עקבותיו ונאלץ לנטוש את המרדף אחריו. אירועים אלה נמשכו לאורך מרבית שנת 329 לפנה"ס. אלכסנדר הותיר 3,000 חיילים במרקנדה ופנה דרומה לעבר באקטריה. בשלב זה חברה אליו תגבורת גדולה מאוד שמנתה 16,000 שכירי חרב מיוון ומצפון הבלקן, כולל 2,500 פרשים.
מסעות עונשין בבאקטריה ובסוגדיאנה (תחילת 328 לפנה"ס).
למרות תפיסתו והוצאתו להורג של בסוס, ההתנגדות המקומית לפלישה המוקדונית לא פסקה, וראשי השבטים המקומיים הצטרפו לשורות הכוחות המתנגדים לאלכסנדר. כדי לנהל את המערכה נגד הכוחות המתנגדים לשלטונו בבאקטריה וסוגדיאנה ביתר יעילות, אלכסנדר פיצל את צבאו למספר שדרות ניידות קטנות יותר תחת פיקודם של כמה קצינים מוכשרים. חלק אחד של הצבא בראשות קרטרוס, שקודם מתפקיד מפקד חטיבת פלנקס למצביא בעל פיקוד עצמאי יצא לעבר באקטריה. תחת פיקודו של קרטרוס היו 4 יחידות משנה גדולות תחת פיקודם של פוליפרכון, אטאלוס, גורגיאס ומלאגרוס. אלכסנדר עצמו יצא צפונה לעבר סוגדיאנה בראש החלק השני של הצבא, שגם הוא חולק ל-5 יחידות משנה תחת פיקוד אלכסנדר עצמו והמצביאים הפסטיון, קוינוס, תלמי וארטבזוס.
הכוחות שהיו תחת פיקודו של אלכסנדר נשלחו לפעול במספר עמקי נהרות. הפסטיון פעל עם כוחו לאורך נהר פנג', תלמי נשלח לנהר וחש (Vakhsh), פרדיקס לקופרניהון (Kofarnihon) וקוינוס יחד עם ארטבזוס לסורחן דריה. אלכסנדר עצמו בראש השדרה האחרונה צעד לאורך נהר אוקסוס (אמו דריה) לעבר מרקנדה. כשחפרו בדרכם אחד מבארות השתייה נתקלו בנפט וראו בכך סימן חיובי.
במהלך התקדמותו צפונה נתקל אלכסנדר במבצר הסלע שעליו פיקד אציל סוגדי בשם אוקסיארטס, אבי אשתו לעתיד רוקסנה. אוקסיארטס בטח בחומותיו הגבוהות של המבצר, שעמד בראש סלע גבוה שמנע מהתוקפים גישה נוחה אליו, ולכן סירב להיכנע, אך אלכסנדר הצליח להכניע במהירות את המבצר באמצעות תחבולה. הוא שלח כמה מאות מתנדבים לטפס על הר סמוך, ששלט על המבצר, והם הקימו עליו במה ישרה והציבו עליה כלי מצור. כתוצאה מכך נפלה רוח המגנים והם נכנעו. לאחר כיבוש המבצר הוצאו להורג חלק ניכר מהאריסטוקרטים הסוגדים שהתבצרו בו, והמבצר עצמו נמסר לידי ארטבזוס.
לאחר דיכוי ההתנגדות המקומית במהלך חודשי הקיץ, פעולות שאין לגביהן תיעוד במקורות, נפגשו השדרות המוקדוניות השונות במרקנדה (סמרקנד). אלכסנדר שלח כוח חזק בפיקודו של קוינוס וארטבזוס צפונה לשטחי הסקיתים, כדי לרדוף אחרי ספיטמנס, בעוד הכוח שבפיקודו פלש לחלקים המערביים של סוגדיאנה. המעבר של אלכסנדר וצבאו באזור זה הונצח בשמות שניתנו לנהר ולהאגם השוכנים בו: איסקנדר דריה (נהר אלכסנדר) ואיסקנדר קול (אגם אלכסנדר). בנוסף לפעולות הצבאיות ייסד אלכסנדר מספר נקודות יישוב בצורות עם חיל מצב חזק, עקר חלק מהאוכלוסייה המקומית ויישב אותה מחדש ביישובים החדשים שהקים.
תבוסתו של ספיטמנס.
ספיטמנס, שהצליח לחמוק מהמצוד של הכוחות היוונים-מוקדונים, תקף את העיר באקטרה, ששימשה מרכז שלטוני ולוגיסטי לצבאו של אלכסנדר. ההתקפה נועדה לפגוע במצבורי האספקה ובמיוחד בעדרי הבקר שרוכזו באזור העיר, ונועדו להזנת צבאו הגדול של אלכסנדר. הכוח התוקף הצליח להשמיד את חילות המצב המוקדונים שהוצבו ליד באקטרה ולתפוס את עדרי הבקר, אך לא העז לתקוף את באקטרה עצמה, שהייתה עיר מבוצרת בעלת חומות חזקות. חיל המצב היווני-מוקדוני בבאקטרה ניסה לתקוף את כוחו של ספיטמנס, אך נפל למארב וכמה מאות מאנשיו נהרגו.
אלכסנדר ארגן מחדש את כוחותיו ומינה את קליטוס השחור למושל באקטריה, אולם לאחר שרצח את קליטוס בהתקף זעם זמן קצר לאחר מכן, מינה אלכסנדר לתפקיד את אמינטס בנו של ניקולאוס.
אמינטס נותר בסוגדיאנה עם כוח פרשים גדול ושתי חטיבות פלנקס ואילו אלכסנדר עם עיקר הצבא יצא למגורי חורף בבאקטריה הדרומית. הוא פיצל את כוחותיו כדי להקל על איסוף האספקה, וגם כדי לכסות שטח גדול ככל האפשר במטרה למנוע מספיטמנס בסיס פעולה זמין. ראשי שבטים מקומיים שהתנגדו לאלכסנדר נמלטו מפניו צפונה עם 2,500 פרשים, אך כוחותיו של אמינטס הצליחו ליירט ולהביס אותם, תוך שהם גורמים להם כ-700 אבדות.
ספיטמנס ניסה לתקוף עם כל כוחו חיל מצב יווני, אך קוינוס חש לעזרתו והצליח להביס את ספיטמנס בקרב גדול ליד גאבאי. האחרון ספג כ-800 הרוגים ועוד פצועים ושבויים רבים, אך הצליח להימלט בעצמו. בעקבות התבוסה, הסקיתים שקשרו את גורלם בזה של ספיטמנס, הבינו שהמערכה אבודה והחליטו לבגוד בו. הם הרגו את ספיטמנס ושלחו את ראשו לאלכסנדר בניסיון לפייס אותו וכהוכחה לנאמנותם.
שלב שלישי – סוף ההתנגדות המאורגנת בבאקטריה ובסוגדיאנה.
לאחר תבוסתו של ספיטמנס נחתם גורל המערכה. ראשי שבטים אחרים המשיכו, אמנם, בהתנגדות, אך חסרו את יכולת המנהיגות של ספיטמנס ואת הכריזמה שלו. הם מעולם לא הצליחו לאסוף תומכים רבים. כמה מהם התבצרו בעריהם שעמדו על הרים גבוהים, אך זה לא עזר, החומות נפרצו בעזרת כלי מצור מתוחכמים והם אולצו להיכנע. גם הפוליטיקה של אלכסנדר השתנתה במקום מסע טרור וטבח של האוכלוסייה המקומית, חזר אלכסנדר למדיניות מימי שהותו בפרס והציע תנאים נוחים לכניעה.
אחד מראשי השבטים סיסימתרס (Sisimithres) שעירו עמדה על הר תלול ונכבשה אך לפני זמן קצר והוא עצמו אולץ לוותר על כסאו, הוחזר לתפקידו הישן. אלכסנדר עצמו התחתן עם רוקסנה, בתו של אוקסיארטס. לא ברור אם נשא אותה לאישה בגלל אהבה או שיקולים פוליטיים, אך התוצאה הייתה טובה מבחינתו של אלכסנדר. תושבי האזור מנעו מחסה מכוחות הגרילה ואלה לא יכלו להמשיך בהתנגדות ללא בסיס אזרחי שיתמוך בהם.
התנגדות הכוחות שהתנגדו לאלכסנדר נשברה סופית בסתיו חורף 328 לפנה"ס - 327 לפנה"ס. קרטרוס שפיקד על שלוש חטיבות פלנקס ועוד פרשים רבים הצליח לתפוס את המתנגדים והפיל בהם 1,620 חללים, כולל מנהיגם קטאנס (Catanes). ראש שבט אחר אוסטנס (Austanes) נתפס ונמסר לאלכסנדר. פוליפרכון הצליח להביס את אלה שחמקו מידיו של קרטרוס.
למרות סיום ההתנגדות המאורגנת, האזור עדיין לא היה שקט. אלכסנדר המשיך אמנם מזרחה, להודו, אך הותיר בבאקטריה צבא חזק מאוד שכלל 10,000 רגלים ו-3,500 פרשים תחת פיקודו של אמינטס. גודלו של חיל המצב הבאקטרי חורג בהרבה מהממוצע המקובל אצל אלכסנדר. למעשה, המספר כולל כ-43% מחיל הרגלים וכ-95% מהפרשים שהוצבו כחילות מצב בכל האימפריה של אלכסנדר. חיל מצב כה חזק מלמד שהמאבק המזוין לא נגמר באופן סופי כאשר יצא אלכסנדר מבאקטריה.
מורשת ותוצאות הכיבוש.
בניגוד ללב האימפריה, שהוכנעה יחסית בקלות לאחר התבוסה בקרבות, הניצחון המוקדוני באסיה התיכונה היה חלקי. העדר מרכז סמכותי יחיד מוסכם על הכל שניתן להכניעו או לשלוט בו בדרך אחרת, גרם לכך שכאשר הסתלק אלכסנדר מהבמה הפוליטית והאימפריה שלו התפרקה למרכיבים קטנים, התנתקה אסיה התיכונה הלכה למעשה מהאימפריה הסלאוקית, שירשה את האימפריה של אלכסנדר באסיה. בשטחי הכיבוש הוקמה הממלכה היוונית של באקטריה והיא נותרה גורם משמעותי באזור במשך דורות רבים.
בדומה למקומות אחרים, גם כאן יסד אלכסנדר מספר אלכסנדריות. ידועות לפחות שש ערים כאלה. שנים ספורות לאחר שעבר באזור, נפטר אלכסנדר הגדול והאימפריה שלו התפרקה למרכיבים קטנים יותר. סדרה ארוכה של מלחמות הדיאדוכים שנמשכה בערך 40 שנים שטפה את העולם ההלניסטי. בסופו נפל האזור תחת שליטתה של האימפריה הסלאוקית. מרכז הכובד של האימפריה היה באזור הסהר הפורה והשפעתה על המזרח היה נמוך יחסית. גודלה העצום של האימפריה וגודלו הקטן של היסוד היווני-מוקדוני של האימפריה מנע ממנה שליטה אפקטיבית באסיה התיכונה. כתוצאה מכך, התנתק האזור הלכה למעשה מהשלטון הישיר של האימפריה הסלאוקית סביב שנת 250 לפנה"ס ונוסדה הממלכה היוונית של באקטריה.