בקיץ 2001 צירפו הקליפרס את שחקן השנה השלישית אלטון ברנד, בתמורה לבחירה השנייה בדראפט 2001 – בה נבחר טייסון צ'נדלר – אשר הועברה לשיקגו בולס. במהלך אותה עונה נבחר ברנד להשתתף במשחק האולסטאר, ובכך היה הנציג הראשון של הקליפרס במשחק הראווה מזה 8 שנים. הקליפרס התחרו על מקום בפלייאוף במשך רוב שלבי העונה, אך ניצחו רק ב-3 מתוך 13 המשחקים האחרונים של העונה, וסיימו אותה במקום התשיעי במערב עם מאזן שלילי 39–43. פגרת 2002 הביאה עימה שינויים נוספים, כאשר מיילס הועבר לקליבלנד קאבלירס תמורת הרכז אנדרה מילר, אשר הוביל את הליגה באסיסטים בעונה הקודמת עם 11 אסיסטים בממוצע למשחק. על אף צירופו של מילר ופריצתו של קורי מגטי (16.8 נקודות למשחק), סיימו הקליפרס במאזן מאכזב בסיומה של העונה הסדירה, 27–55, בין היתר בשל פציעות של שחקני מפתח רבים. לקראת עונת מונה מייק דאנליבי למאמן הקבוצה, אך עזבו אותה שחקני החמישייה מילר, אודום ואולוקוונדי, והיא סיימה את העונה במאזן 28–54. בעונת שוב הובילו את הקבוצה ברנד ומגטי, לצד בובי סימונס אשר קלע 16.4 נקודות בממוצע למשחק וזכה בפרס השחקן המשתפר של העונה.
בקיץ 2005 עזב סימונס למילווקי באקס, ובמקומו החתימו הקליפרס את הקלע קטינו מובלי וצירפו בטרייד את הרכז הוותיק סם קאסל. בעונת נבחר ברנד בשנית להשתתף במשחק האולסטאר, לאחר שהציג יכולת שיא עם ממוצעים של 24.7 נקודות ו-10.0 ריבאונדים למשחק, והקליפרס הגיעו למאזן חיובי לראשונה מזה 13 עונות – 47–35. כמו כן העפילה הקבוצה לשלב הפלייאוף לראשונה מאז עונת . על אף שסיימו במקום השישי במערב החזיקו הקליפרס ביתרון ביתיות בסיבוב הראשון מול המדורגת שלישית דנוור נאגטס, בשל זכייתם באליפות הבית הפאסיפי (בעוד דנוור שיחקה בבית הצפון-מערבי). הקליפרס ניצחו את שני המשחקים הראשונים בסדרה, לראשונה בהיסטוריה של המועדון, ובסופו של דבר גברו על הנאגטס בתוצאה 4–1. בכך העפילה הקבוצה לשלב השני של הפלייאוף לראשונה מאז עונת , אז שיחקה כ"באפלו ברייבס". בחצי גמר המערב התמודדו הקליפרס מול פיניקס סאנס, והפסידו לאחר סדרה ארוכה שנגררה ל-7 משחקים, אף על יכולת מצוינת של ברנד שלאורך הסדרה קלע 30.9 נקודות למשחק. בסיום העונה זכה הג'נרל מנג'ר של הקליפרס, אלג'ין ביילור, בתואר מנהל השנה ב-NBA, וברנד נבחר לחמישייה השנייה של העונה.
בעונת חזרה הקבוצה בסגל דומה לעונה דאשתקד, אך התקשתה לשחזר את הישגיה. במהלך העונה סבל הרכז המבטיח שון ליווינגסטון מפציעה קשה בברכו לאחר שהיא יצאה ממקומה וקרעה את כל רצועות הברך. הייתה זו פציעה הרסנית ביותר אשר הותירה אותו כשחקן שלעולם לא ישוב ליכולתו הקודמת. רופא המועדון העריך את מועד חזרו של ליווינגסטון למגרשים בין 8 חודשים לשנה שלמה. לאורך העונה היו ברנד ומגטי שני הקלעים המובילים של הקבוצה, בפעם השביעית ברציפות, אך הקליפרס סיימו אותה עם מאזן שלילי 40–42, אשר הציב אותם במקום התשיעי בלבד באזור המערבי.
תקופה של מאבקים (2007–2009).
לפני תחילת עונת נפצע ברנד בגיד אכילס ונאלץ להחמיץ את 74 המשחקים הראשונים של העונה, בעוד ליווינגסטון הושבת לכל אורך העונה בשל פציעתו בברך. בהיעדרם בלטו מגטי (22.1 נקודות למשחק) וכריס קיימן (15.7 נקודות ו-12.7 ריבאונדים למשחק), אך הקליפרס סיימו את העונה במקום ה-12 במערב עם מאזן 23–59. בקיץ 2008 עזבו את הקבוצה השחקנים החופשיים ברנד ומגטי, והוחתם הרכז בארון דייוויס, יליד לוס אנג'לס, על חוזה ל-5 שנים תמורת 65 מיליון דולר. כמו כן צירפו הקליפרס בדראפט 2008 את הקלע אריק גורדון (בחירה שביעית) ואת הסנטר דיאנדרה ג'ורדן (בחירה 35).
ב-7 באוקטובר סיים ביילור את תפקידו, לאחר 22 שנה, כסגן נשיא המועדון לפעולות הכדורסל וכג'נרל מנג'ר. הייתה זו אחת מתקופות הכהונה הארוכות ביותר בהיסטוריה של הספורט המקצועני. במקומו של ביילור מונה המאמן הראשי, מייק דאנליבי, לג'נרל מנג'ר.
ב-21 בנובמבר 2008 השלימו הקליפרס טרייד בו שלחו את מובלי וטים תומאס לניו יורק ניקס, בתמורה לזאק רנדולף ומרדי קולינס. עד לסיום עונת היה רנדולף הקלעי הבולט של הקבוצה, עם 20.9 נקודות למשחק, והקליפרס שוב סיימו במאזן מאכזב, 19–63, אשר הציב אותם במקום ה-14 במערב.
תקופת ה"לוב סיטי" (2009–2017).
ב-29 במאי 2009, זכו הקליפרס בבחירה הראשונה של דראפט 2009, וניצלו אותה כדי לבחור את בלייק גריפין מאוניברסיטת אוקלהומה. כדי לפנות מקום בחמישייה הפותחת לגריפין, העבירו הקליפרס את רנדולף לממפיס גריזליס תמורת קוונטין ריצ'רדסון, אשר הועבר בהמשך למינסוטה טימברוולבס. אף על פי שגריפין הותיר רושם מיידי במחנה האימונים ובמשחקי טרום העונה, עונת הרוקי שלו הייתה קצרת ימים; ב-23 באוקטובר נפצע גריפין בפיקת הברך במשחק הטרום עונה האחרון של הקליפרס מול ניו אורלינס הורנטס. בתחילה הצהירו הקליפרס כי גריפין סובל מ"ברך שמאלית פגועה", אך לאחר מכן התברר שמדובר בשבר, אשר השבית את גריפין לכל העונה.
ב-4 בפברואר 2010 התפטר מתפקידו המאמן הראשי מייק דאנליבי, וקים הוג'ס מונה כמאמן זמני. דאנליבי המשיך להחזיק בתפקיד הג'נרל מנג'ר למשך עוד יותר מחודש, אך ב-10 במרץ 2010 הוא פוטר מהתפקיד והוחלף בידי ניל אולשיי. על אף שהקליפרס ראו שיפור קל, כשהם מסיימים את העונה הסדירה במאזן 29–53, בסופה של העונה פוטר הוג'ס מתפקיד המאמן הראשי.
ב-6 ביולי 2010 מונה מאמנה לשעבר של שיקגו בולס, ויני דל נגרו, כמאמן הראשי החדש של הקליפרס. עם כוכבי הקבוצה – אריק גורדון, כריס קיימן, דיאנדרה ג'ורדן, בארון דייוויס ובלייק גריפין – היו לקליפרס תקוות גדולות לעונה הקרבה, אך הקליפרס פתחו את העונה בצורה חלשה, כשהפסידו ב-10 מתוך 11 המשחקים הראשונים של העונה. גריפין הציג יכולת מצוינת, וסחף אחריו התעניינות הולכת וגוברת של התקשורת במשחקי הקליפרס ובכך העלה את הרייטינג בשידורי משחקי הקבוצה. גריפין נבחר לשמש מחליף במשחק האולסטאר 2011, כבוד נדיר לשחקן רוקי; הוא היה הרוקי הראשון שנבחר בידי המאמנים כמחליף מאז טים דאנקן בשנת 1997. כמו כן זכה גריפין בתחרות ההטבעות. לקראת סיום מועד ההעברות ב-NBA שלחו הקליפרס את בארון דייוויס יחד עם בחירת דראפט עתידית לקליבלנד קאבלירס, בתמורה למו ויליאמס וג'מריו מון. בחירת הסיבוב הראשון שניתנה לקאבלירס התבררה כבחירה הראשונה בדראפט 2011, בה בחרה קליבלנד את קיירי אירווינג.
ב-9 בדצמבר 2011, הקליפרס החתימו את קארון באטלר על חוזה בסך 24 מיליון דולר, וכן את צ'אנסי בילאפס הוותיק אשר שוחרר מניו יורק ניקס. ב-14 בדצמבר 2011 העבירו הקליפרס את אריק גורדון, כריס קיימן, אל-פארוק אמינו ובחירת דראפט עתידית לניו אורלינס הורנטס, תמורת הכוכב כריס פול ושתי בחירות עתידיות בסיבוב שני. פול וגריפין נבחרו לפתוח בחמישיית נבחרת המערב של משחק האולסטאר . ב-6 בפברואר 2012, במהלך משחק מול אורלנדו מג'יק, קרע בילאפס את גיד האכילס והחמיץ את המשכה של עונת .
באפריל 2014 הרחיקה הנהלת הליגה את בעלי הקבוצה, דונלד סטרלינג, לכל חייו, בעקבות התבטאויות גזעניות שלו. סטרלינג אמר לחברתו שישבה במשחק עם מג'יק ג'ונסון שעדיף שלא תראה לכולם שהיא עם כושי. הקלטת השיחה פורסמה ברחבי רשת האינטרנט, ובעקבות כך נאלץ סטרלינג למכור את החזקתו בקבוצה. ביולי 2014 מכר סטרלינג את הבעלות בקבוצה לסטיב באלמר, תמורת שני מיליארד דולר.
בנייה מחדש (2017–2019).
לקראת עונת העבירו הקליפרס את כריס פול ליוסטון רוקטס בתמורה לפטריק בוורלי, לו ויליאמס, מונטרז הארל, ארבעה שחקנים נוספים ובחירת דראפט עתידית. במהלך אותה עונה נפרדה הקבוצה גם מגריפין, כאשר שלחה אותו לדטרויט פיסטונס בתמורה לטוביאס האריס, אייברי בראדלי, בובאן מריאנוביץ' ושתי בחירות דראפט עתידיות. הקליפרס סיימו את העונה עם מאזן 42–40, והחמיצו את הפלייאוף לראשונה מזה 6 שנים. ביולי 2018 עזב את הקבוצה גם דיאנדרה ג'ורדן, אשר שיחק בקליפרס במשך 10 עונות, כאשר חתם על חוזה בדאלאס מאבריקס. בעונת חזרה הקבוצה במפתיע למעמד הפלייאוף, הודות למאזן 48–34, אך בסיבוב הפלייאוף הראשון נכנעה לגולדן סטייט ווריורס, בתוצאה 2–4.
פול ג'ורג' וקוואי לנארד (2019-הווה).
ביולי 2019 צירפו הקליפרס שניים מהכוכבים הגדולים ביותר ב-NBA: קוואי לאונרד ופול ג'ורג'. לאונרד, אשר זכה בעונה הקודמת בפרס ה-MVP של סדרת הגמר, חתם בקבוצה כשחקן חופשי, בעוד ג'ורג' הועבר אליה בטרייד מאוקלהומה סיטי ת'אנדר בתמורה לשיי גילג'ס-אלכסנדר, דנילו גלינארי ו-5 בחירות דראפט עתידיות. בעקבות צירוף שני הכוכבים היו ציפיות גבוהות מהקבוצה והחשיבו אותה כמועמדת לאליפות. את העונה הקליפרס סיימו עם 49 ניצחונות (מתוך 72 משחקים, העונה התקצרה בעקבות נגיף הקורונה), וסיימו במקום השני במערב אחרי לוס אנג'לס לייקרס. בסיבוב הראשון בפלייאוף הם ניצחו את דאלאס מאבריקס 4–2 והעפילו לחצי גמר המערב. בחצי גמר המערב הם פגשו את דנוור נאגטס והובילו עליהם 3–1, אבל הנאגטס ניצחו את שלושת המשחקים הבאים וניצחו את הסדרה. בעקבות הכישלון, דוק ריברס פוטר מתפקיד המאמן הראשי.
לקראת עונת 2020/21 מונה טיירון לו כמאמן ראשי. הקליפרס סיימו במקום הרביעי בטבלה ופגשו פעם נוספת את דאלאס בסיבוב הראשון. לאחר שפיגרו בסדרה 2-0 הקליפרס עשו קאמבק וניצחו 4-3.בחצי גמר המערב הקבוצה ניצחה את יוטה ג'אז 4-2 לאחר שפיגרה שוב 2-0, ועלתה לגמר המערב לראשונה בתולדותיה.
בתחילת עונת 2024/2025 יעברו הקליפרס לאולם חדש "אינטואיט דום".
מאמני הקבוצה.
הנתונים מעודכנים לסוף עונת :
הישגים ופרסים.
שיאים למשחק בודד.
נקודות: 52, בוב מקאדו פעמיים (1974 ו-1976), וצ'ארלס סמית' (1990).