מ-1886 עד 1890 שימש פישר כמנהל אגף החימוש הימי במטה הצי. הוא היה אחראי לפיתוח תותחים בעלי קצב אש גבוה, שנועדו לשימוש נגד האיום ההולך וגדל של ספינות הטורפדו המהירות. אחד הנושאים שבהם טיפל הייתה הוצאתם משירות של אלות, שנועדו לשימוש בקרבות פנים אל פנים בין אוניות, כפי שהיו נהוגים בין אוניות מלחמה מונעות במפרשים. אחד מאמצעי ההכרעה בקרבות בין אוניות כאלה היה ההשתלטות הפיזית על אוניית האויב, על ידי נחתים ומלחים שעלו על סיפונה (boarding). מובן שבעידן של אוניות מונעות בקיטור ובעלות תותחים שונים לגמרי עבר אמצעי זה מן העולם.
הצי לא היה אחראי על ייצור ואספקת נשק ותחמושת - האחריות לכך הייתה בידי משרד המלחמה. פישר החל במאבק ארוך, שנועד להחזיר את האחריות לתחום זה לידי האדמירליות; הוא הצליח בכך רק שנים מאוחר יותר, כאשר היה לורד הים הראשון.
ב-1887 מונה כשליש אישי למלכה, ובאוגוסט 1890 קודם לדרגת אדמירל משנה (Rear admiral).
אדמירל (1890 – 1902).
פישר שימש כממונה על המספנה בפורטסמות' למשך כמה חודשים (מאי 1891 - פברואר 1892), ואז מונה כלורד הים השלישי (Third Sea Lord). במסגרת תפקידו היה אחראי על האספקה והציוד לצי. כחלק מתפקידו ניהל את פיתוח דגם חדש של אונייה, שנקראה משחתת ספינות טורפדו, ומאוחר יותר משחתת. ספינות הטורפדו הפכו לאיום חמור על אוניות השטח הגדולות, עקב מחירן הזול והיכולת לייצר רבות מהן, מחד, והטורפדו שנשאו, מאידך, שיכול היה לגרום נזק חמור ואף להטביע את האוניות העיקריות בצי. המשחתות נועדו להתמודד עם איום זה, באמצעות מהירות גבוהה ותותחים בעלי קליבר קטן וקצב אש גבוה.
פישר זכה לתואר אבירות ביום הולדתה של המלכה ב-1894, והוענק לו תואר אביר מפקד מסדר האמבטיה (Knight Commander). בשנת 1896 קודם לדרגת תת-אדמירל (Vice Admiral), ובתפקיד זה פיקד על הצי הבריטי בצפון האוקיינוס האטלנטי ובים הקריבי. תקרית פשודה, ב-1898, הביאה את בריטניה וצרפת אל סף מלחמה. פישר תכנן לתקוף את האיים הקריביים שבשליטת צרפת, ביניהם את אי השדים, שם היה כלוא באותה תקופה אלפרד דרייפוס. פישר תכנן להחזיר את דרייפוס לצרפת כדי להביך את הצבא הצרפתי ולהביא לתסיסה בתוכו. פישר ציפה מפקודיו לטוב ביותר, ונהג להתיידד עם קצינים זוטרים כדי שלא יחששו להביע בפניו רעיונות, או לא להסכים עמו בעת הצורך.
פישר נבחר על ידי ראש ממשלת בריטניה דאז, לורד סולסברי, לעמוד בראש המשלחת הבריטית לוועידת האג הראשונה בשנת 1899. הוועידה הייתה יוזמה של האימפריה הרוסית שנועדה להביא לבלימת מרוץ החימוש שהיה בשיאו באירופה באותה תקופה, ולהסכמה על הטלת מגבלות נשק, ואולם המשלחת הבריטית הגיעה במטרה לבלום כל יוזמה שתטיל מגבלות על כוחו של הצי. פישר נהג לומר מעט בישיבות הרשמיות, אך ב"שיחות מסדרון" לא פורמליות קידם בהחלטיות את מטרתו. הוא הרשים רבים באדיבותו ובנוהגו, אך גם ברצינותו ובנחישותו לקדם את האינטרס הבריטי. בוועידה הוסכם על הטלת מגבלות על סוגי נשק שונים, כמו כדורי דום-דום, גז רעיל והפצצה מן האוויר (מכדורים פורחים). פישר השיג את מטרתו, ולא הוטלו מגבלות על הצי. כהערכה להישג זה מונה פישר למפקד הצי הבריטי בים התיכון.
הפיקוד על צי הים התיכון.
הים התיכון היה אזור חיוני עבור האימפריה הבריטית. הצי הבריטי, שבסיסיו היו במלטה ובגיברלטר, הגן על נתיב הספנות הקריטי שעבר בים התיכון, והוביל להודו דרך תעלת סואץ, ושהיה באורח קבע תחת איום צרפתי. צרפת גם היא ראתה בים התיכון ציר תנועה חיוני, מצפון לדרום, אל מושבותיה בצפון אפריקה. פישר המשיך לפקד מאוניית הדגל שלו, אה"מ רינאון (Renown), שהייתה אוניית הדגל שלו גם בפיקוד על הצי האטלנטי. הוא העדיף אונייה זו על פני אוניות חזקות אך איטיות יותר, וזכה על כך לביקורתם של קצינים שונים.
פישר הדגיש את הצורך בהנחתת המכה הראשונה במלחמה, יחד עם ההכרה שקשה מאוד למצוא תחליף לאוניות שהוטבעו. הוא והרצה בפני כל קציניו על אסטרטגיה ימית, והדיח כל קצין שלא עמד בסטנדרטים שקבע. גם בפיקוד זה הוא עודד קצינים להעלות בפניו רעיונות חדשים, ונתן פרסים על חיבורים בנושאי טקטיקה ימית. במשרדו שכנה דרך קבע מפה גדולה ועליה דגמים של כל אוניות הצי, וקצינים הוזמנו לבוא ולתרגל על הדגם טקטיקות שונות. פישר חשש במיוחד מאיום הטורפדות, שבהן הצטיידה גרמניה תוך התרברבות שבהן תטביע את הצי הבריטי, ומספינות הטורפדו הרבות שבנתה צרפת. רבות מהטקטיקות שפיתח נועדו להתמודד עם איום זה. לא כל חידושיו של פישר זכו לאהדה כללית, וכמה קצינים בכירים הסתייגו מהקשר שיצר עם הקצינים הזוטרים, או מהלחץ הקבוע שהפעיל על כל הדרגים כדי להגביר את היעילות.
פישר יזם תוכנית מקיפה של אימונים, שדימו פשיטות צרפתיות, תמרונים הגנתיים, התקפות לילה והטלת הסגר ימי, כל אלה במהירויות גבוהות. הוא יצר מסורת של הענקת גביע זהב לאונייה המצטיינת בתותחנות, ועמד על ביצוע ירי לטווח גדל והולך, וגם מתוך מבנה של אוניות. פישר העיד על עצמו שגילה את המורכבות והקשיים שבניהול צי גדול בים, ונהנה מכך מאוד. אחד מהקצינים ששירת תחתיו העיד, שפישר יצר שינוי עצום בצי. עד הגעתו דנו הקצינים בעיקר בשמירת הניקיון והמראה של האוניות; לאחר שהגיע השתנו נושאי הדיון לדיונים בלתי פוסקים על טקטיקה, אסטרטגיה, תותחנות, לוחמת טורפדו, הסגר ימי וכדומה. אחד מיריביו העיקריים בשנים הבאות, לורד ברספורד, דחה תוכנית לסיים את שירותו ולחזור לבריטניה כדי להיבחר לפרלמנט, משום שכדבריו "בשבוע האחרון למדתי יותר ממה שלמדתי במשך ארבעים שנה".
בתפקידו כמפקד הצי בים התיכון השקיע פישר גם בקשרים דיפלומטיים, וערך נשפים וקבלות פנים לאישים חשובים. הצי ביקר בקונסטנטינופול, שם פגש פישר את הסולטאן, שהעניק לו את עיטור אוסמניה.
ב-1901 קודם פישר לדרגת אדמירל.
ב-1902 חזר פישר לבריטניה ומונה ללורד הים השני (Second Sea Lord), האחראי על נושאי כוח אדם בצי. ב-1902 זכה לתואר האבירות אביר מפואר של מסדר האמבטיה (Knight Grand Cross).
לורד הים הראשון (1904 – 1910).
ב-21 באוקטובר 1904, יום השנה לקרב טרפלגר, לאחר שאכל ארוחת בוקר עם מלך בריטניה אדוארד השביעי בארמון בקינגהאם, הושבע פישר כלורד הים הראשון (First Sea Lord), המפקד העליון על כל הפעילות בצי המלכותי. באותו יום מונה גם כשליש הראשי למלך. ביוני 1905 צורף פישר למסדר ההצטיינות (Order of Merit); בדצמבר זכה לדרגת אדמירל הצי (admiral of the Fleet).
פישר הובא לאדמירליות כדי להפחית את תקציבי הצי וכדי להביא לרפורמה בצי, רפורמה שתכין את הצי למלחמה מודרנית. הוא לא נרתע מצעדים לא קלים; למרות סערה ציבורית גדולה מכר פישר 90 אוניות קטנות ומיושנות, והעביר עוד 64 לאחסנה כעתודה, באומרו שאוניות אלה "חלשות מכדי להילחם ואיטיות מכדי לברוח"; הוא כינה אותן "עדר של זבל חסר תועלת השייך לקמצן". הוצאת אוניות אלה משירות שחרר צוותים רבים וכסף, שבו ניתן היה להגדיל את מספרן של האוניות הגדולות והמודרניות במי בריטניה.
פישר היה הכוח המניע בפיתוח אוניית המערכה המודרנית, ועמד בראש הוועדה שתכננה את האונייה הראשונה שנבנתה על פי העקרונות הללו, אה"מ דרדנוט; על שמה נקראו כל האוניות הבאות אחריה שנבנו על פי אותו עיקרון "דרדנוט". ייחודה של אונייה זו היה בכך שכל חימושה הורכב מתותחים בעלי קוטר גדול, לעומת אוניות המערכה המוקדמות (שנקראו, במבט לאחור, פרה-דרדנוט). הוועדה שבראשותו יצרה גם טיפוס חדש של סיירת, בעלת תותחים בקוטר גדול, כאלה של אוניית מערכה, אך מהירה ממנה ובעלת שריון קל יותר. טיפוס זה נקרא סיירת מערכה (Battlecruiser). פישר היה מן הראשונים שהבינו את ערכם של הטורפדו, המוקשים הימיים והצוללת הנושאת אותם, והיה בין הראשונים שהבין את פגיעותן של אוניות המלחמה הגדולות מול אמצעים אלה. פישר השקיע רבות בהסבת הצי למנועים המונעים בנפט, לעומת מנועי הפחם שהניעו את האוניות במאה ה-19. הוא גם עודד הכנסת צוללות לשירות בצי המלכותי, והיה בין הראשונים שחזה את לוחמת הצוללות הבלתי מוגבלת; עמיתיו סירבו לקבל את תחזיתו הקודרת, שהתממשה במלואה בשתי מלחמות העולם.
ב-7 בדצמבר 1909 זכה לתואר אצולה, ונקרא ברון פישר מקילברסטון. כמוטו לשלט האצולה שלו בחר את המשפט "ירא מהאל ואל תיחת", באנגלית: "Fear God and dread nought", משחק מילים שרמז לאוניה "דרדנוט" שהייתה מזוהה עמו.
לפני המלחמה ובמהלכה (1911 – 1915).
ביום הולדתו השבעים, 25 בינואר 1911, פרש פישר מתפקידו, ואולם גם לאחר מכן נקרא להיות חבר בוועדות שונות באדמירליות. עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה היה פישר בקשר קרוב עם וינסטון צ'רצ'יל, שהיה אז הלורד הראשון של הימיה.
באוקטובר 1914 נקרא פישר למלא שוב את תפקיד לורד הים הראשון. זאת, לאחר שלורד הים הראשון המכהן, הנסיך לואי מבטנברג, אולץ לפרוש בשל חשד לקשרים עם גרמניה (אביו של הנסיך היה אחד מבני משפחת המלוכה הגרמנית). הטיימס של לונדון דיווח ש"פישר נכנס כעת לשנתו ה-74, אך מעולם לא היה צעיר יותר או נמרץ יותר". ואולם, שמונה חודשים מאוחר יותר התפטר פישר מתפקידו, תוך כדי חילוקי דעות חריפים עם הלורד הראשון של הימיה, צ'רצ'יל, סביב קרב גליפולי. פישר התלבט לגבי התוכנית, ובסופו של דבר התנגד למשלוח יחידות גדולות של הצי למערכה המרוחקת, וראה בכך החלשה של הצי; הוא טען שצ'רצ'יל מהווה סכנה גדולה יותר מהגרמנים, עקב יוזמתו לפתוח במערכה זו והתמדתו בה. צ'רצ'יל עצמו נאלץ לפרוש מתפקידו עקב הכישלון במערכה. פישר סבר שהיעד הנכון למתקפה הוא חוף הים הבלטי של גרמניה, ולמטרה זו אף תכנן סיירות מערכה בעלות שוקע רדוד, שתוכלנה להתקרב לחוף.