בראשית שנות ה-70 של המאה ה-20 חלו שינויים רבים במדיניותה הידידותית של הפיליפינים כלפי ישראל. היו לכך שתי סיבות מהותיות: הראשונה הייתה כלכלית - הפיליפינים הייתה תלויה בייבוא נפט גולמי מארצות המזרח התיכון ומספר רב של עובדים אזרחי הפיליפינים, כמאה אלף במספרם, עבדו בארצות אלו. בתחילת שנות ה-80 של המאה ה-20 הגיעו לפיליפינים העברות הכספים של עובדים אלו, הכנסות שנאמדו ביותר ממיליארד דולר בשנה. הכנסה זו הייתה חשובה לפיליפינים, שסבלה ממחסור במטבע חוץ. התלות הכלכלית של הפיליפינים הידקה את יחסי הפיליפינים עם ארצות ערב והובילה למניעת איבתן כלפי הפיליפינים, שתמכה באופן מובהק בישראל. הסיבה השנייה הייתה פוליטית ופנימית: מרידת המיעוט המוסלמי באיים בדרום המדינה שנמשכה עוד משלהי שנות ה-60 של המאה ה-20 הלכה והתעצמה בסוף שנות ה-60 והגיעה לשיאה בשנות ה-70, בתקופת נשיאותו של פרדיננד מרקוס.
המורדים המוסלמים קיבלו נשק ותמיכה כלכלית מלוב, הכשרה ואימונים במלזיה ובסוריה, וגם הארגון לשחרור פלסטין תמך בהם. ערב הסעודית ואיראן תמכו במורדים מבחינה מדינית והפעילו לחצים על ממשלת הפיליפינים. עניין המרד נדון בקביעות בפגישות השנתיות של הארגון לשיתוף פעולה אסלאמי. המדינות החברות בארגון גינו את ממשלת הפיליפינים על יחסה למיעוט המוסלמי, והופעלו עליה איומים באמברגו מצדן.
הנשיא מרקוס ניסה שלא להרגיז את העולם הערבי והמוסלמי ופעל לריכוך הביקורת נגדו בארצות אלו. הוא חתר להידוק קשרי מדינתו עם המדינות המוסלמיות במטרה למתן את תמיכתן במורדים המוסלמים. בין הפיליפינים והמדינות המוסלמיות כוננו יחסים דיפלומטיים ובחלקן אף נפתחו שגרירויות תושבות של הפיליפינים במדינות המוסלמיות. מרקוס ניסה להיעזר במדינות מוסלמיות (במיוחד בלוב ובערב הסעודית) כמתווכות בינו לבין המורדים. היחסים עם ישראל נשארו תקינים ומלאים אך הם התקררו במידה רבה. הנשיא מרקוס נקט מחוות פרו-ערביות ואנטי-ישראליות באומות המאוחדות בכלל ובארגונים בין-לאומיים בפרט כפי שנהגו ממשלות אחרות שהזדקקו לתמיכה ערבית. למרקוס היה חשוב גם לְהָזֵם ולהפריך את ההאשמות כי הפיליפינים היא מדינת חסות של ארצות הברית.
במלחמת יום הכיפורים בשנת 1973 מיהרה ממשלת הפיליפינים לצדד בעמדות הערבים נגד ישראל. ב-8 בנובמבר 1973 נערך טקס הגשת כתב ההאמנה של השגריר המצרי במנילה. במהלך הטקס דיבר מרקוס בגנותה של ישראל וקרא לה לסגת מן "האדמות הערביות" שכבשה מידי מצרים וסוריה חודש לפני כן. שבועיים לאחר הטקס פרסמה ממשלת הפיליפינים הצהרה אנטי-ישראלית נוספת ובה התבטא הנשיא מרקוס בדבר זכותם של הפלסטינים להגדרה עצמית. עוד הוסיף ש"הכיבוש הישראלי" המתמשך הוא "פגיעה חמורה בעקרונות המרכזיים של מגילת האומות המאוחדות". ב-22 בנובמבר מסר שר החוץ הפיליפיני קרלוס רומולו איגרת לפייסל, מלך ערב הסעודית שכללה את הצהרתו של הנשיא מרקוס. בחודש דצמבר, בזמן ביקורו בפיליפינים של עבד אל-חלים ח'דאם, שר החוץ וסגן ראש ממשלת סוריה, חזר מרקוס והצהיר על תמיכת הפיליפינים בהחלטה 339 של מועצת הביטחון של האו"ם הקוראת לנסיגה ישראלית משטחים ערביים. הפיליפינים הכירה בארגון שחרור פלסטין כנציג הלגיטימי של הרשות הפלסטינית בפיליפינים.
שגריר ישראל בפיליפינים דניאל לאור נפגש לשיחה עם שר החוץ קרלוס רומולו בניסיון לעצור את גילויי העוינות במדיניותה של הפיליפינים כלפי ישראל. רומולו הודה שהוא עצמו המליץ על תמיכה גלויה יותר בכל הנוגע לעניין הערבי וכי הנשיא מרקוס קיבל את עמדתו בנידון. מכאן הגיעו הצהרות חוזרות ונשנות מצד הממשלה, שר החוץ והנשיא על תמיכת הפיליפינים בדרישה שישראל שתיסוג מכל השטחים הכבושים ותכיר בזכויותיהם של הפלסטינים. השגריר לאור התלונן על ההצהרות הפיליפיניות באומות המאוחדות, על הצבעותיה נגד ישראל ועל שהתגלו קשיים בשיגור משתלמים מישראל לפיליפינים. שר החוץ רומולו הצדיק את התנהגות ממשלתו בקשיים שהנשיא מרקוס ניצב בפניהם, בייחוד המרד המוסלמי בדרום המדינה, לחץ מדינות ערב והאיום בחרם נפט.
חזרה ליחסים חמים.
פעילות הסיוע של ישראל בפיליפינים פחתה בתקופת כהונתו של הנשיא פרדיננד מרקוס, אך היו גם פעולות שנמשכו גם בימי נשיאותו האנטי-ישראלית. אחת החשובות שבהן הייתה סיוע של מומחים מישראל בהקמת כפר חקלאי שיתופי של ישראל בפיליפינים בשם "ריו קירקטה", שתוכנן על ידי המועצה הפיליפינית הלאומית לכוח אדם ונוער ונוסד בשנת 1971 באי לוזון. בדיעבד הסתבר כי הניסיון להקמת יישוב ישראלי על כל מאפייניו לא צלח בסביבה הפיליפינית מחמת הרקע הכלכלי, החברתי והמנטלי השונה מהסביבה הישראלית וגם עקב ביצוע לקוי של הממסד הפיליפיני. הפעילויות השונות של ישראל בפיליפינים חזרו לחיים בימי נשיאותה של יורשתו, קורסון אקינו.
מאז החתימה על הסכם הסיוע הישראלי ב-1964 ועד סוף שנות ה-80 של המאה ה-20 השתלמו בישראל כ-350 פיליפינים בתחומי החקלאות, הרפואה, ארגוני נשים וכיוצא בזה. בפיליפינים פעלו במרוצת אותן שנים אלו עשרות של מומחי חברת תכנון המים לישראל ומדריכים חקלאים. אותם מומחים ערכו סקרים, ארגנו שיעורי סמינר וקורסים ועסקו בהדרכה בתחומי עניין שונים. אישים פיליפינים רבים, ביניהם פוליטיקאים, שרים, חברי הקונגרס הפיליפיני וקציני צבא ביקרו בישראל בעוד ששרים ישראלים, חברי כנסת, קצינים ואמנים שונים ביקרו בפיליפינים. בסוף שנת 1972 הגיע נפח המסחר בין שתי המדינות לכמיליון ושלוש מאות אלף דולר אמריקני בסך הכל, מזה מיליון דולר ייצוא ישראלי.
תקרית הרצוג.
בסוף שנת 1986 אירעה תקרית שהעיבה למדי על יחסי הפיליפינים-ישראל. נשיא מדינת ישראל חיים הרצוג ערך ביקורים שונים בכמה ממדינות אסיה. הרצוג תכנן לבקר גם בפיליפינים, והתכוון לשהות בה כיומיים בחודש נובמבר של אותה השנה. תוכנית הביקור נדונה בין שגריר ישראל במנילה לבין סגן נשיא הפיליפינים, שכיהן גם כשר החוץ, ועם כמה מאנשי הסגל הדיפלומטי של הנשיאה קורסון אקינו. הביקור אושר, ברם כשהתקרב מועד הביקור נתגלו היסוסים מהצד הפיליפיני. פקידים במשרד החוץ במנילה חששו מתגובות שליליות של המדינות המוסלמיות השכנות, בייחוד מלזיה, והזהירו כי הביקור עלול להיות כרוך בקשיים ובאי-נוחות. באותם הימים התנהל משא ומתן בין הנשיאה אקינו לבין מנהיג המורדים המוסלמים בדרום, כך שהרשויות הדיפלומטיות בפיליפינים לא היו יכולות להרשות לעצמן ביקור של נשיא המדינה היהודית, שעלול היה להפריע למשא ומתן עם המורדים המוסלמים, שהושפעו מעמדות מלזיה ומדינות מוסלמיות אחרות. בפיליפינים הציעו לבטל את הביקור ולהודיע כי "הנשיא חולה", ולכן לא יגיע לביקור.
בשגרירות ישראל במנילה הציעו פשרה, שלפיה הנשיא הרצוג יסתפק בחנייה בנמל התעופה הלאומי של מנילה ויאכל ארוחת צהריים עם הנשיאה ועם אנשי הסגל הדיפלומטי של הפיליפינים. ההתנגדות לביקור מצד משרד החוץ הפיליפיני גברה, וישראל נאלצה לבטל את הביקור.
משנות התשעים ואילך.
למרות תקרית הרצוג, יחסי הפיליפינים-ישראל נמשכו כתקנם ובאו לידי ביטוי בתחום פעולות הסיוע הטכני. עשרות משתלמים מהפיליפינים הגיעו לישראל במטרה להשתתף בקורסים שונים לחקלאות, פיתוח חקלאי, קהילתי, חברתי וכלכלי רפואה ציבורית ועוד. יחד איתם רבים אחרים למדו בקורסים שמומחים ישראלים במגוון תחומים העבירו בפיליפינים. ב-6 ביוני 1994 נחתם הסכם בין ישראל והפיליפינים הסכם לשיתוף פעולה טכני שנכנס לתוקפו ב-30 במאי 1996. הסכם נוסף נחתם בין שתי המדינות בנושא שיתוף פעולה בתחומי הדואר והתקשורת ב-27 בינואר 1998. אישים רשמיים, ביניהם שר החוץ של הפיליפינים ביקרו בישראל. בשנת 1999 ביקר בישראל נשיא הפיליפינים לשעבר, פידל ראמוס.
ב-4 ביולי 2017, ועדת המורשת של אונסק"ו אישרה ברוב קולות הצעה ביוזמת מדינות ערב הקובעת שישראל אינה הריבון בירושלים ומגנה את ישראל על החפירות הארכאולוגיות בעיר העתיקה. הפיליפינים הייתה מבין שלוש המדינות שהתנגדו להצעה (לצד ג'מייקה ובורקינה פאסו).
ב-2 בספטמבר 2018, הגיע נשיא הפיליפינים רודריגו דוטרטה לביקור של מספר ימים בישראל. בפעם הראשונה בה נשיא מכהן של הפיליפינים מגיע לביקור בישראל מאז נוסדו הקשרים הדיפלומטיים בין המדינות ב-1957. בעקבות ביקורו, חתם נשיא הפיליפינים דוטרטה ואשרר שני הסכמים חדשים בין שתי המדינות בתחומי הסיעוד והמלונאות. הסכם הסיעוד עליו חתם מעגן את זכויותיהם של מהגרי העבודה הפיליפינים בישראל ודרכי גיוסם, ההסכם בתחום המלונאות יאפשר, בתוך זמן יחסית קצר, הבאה של יותר מאלף מהגרי עבודה פיליפינים לעבודות שונות בבתי המלון בישראל.
הערכה.
ההצלחה בשימור היחסים הטובים בין ישראל לפיליפינים מיוחסת למספר גורמים, בהם, היותה של הפיליפינים מדינה נוצרית והקשר התנ"כי של אוכלוסייתה לישראל, היותה של הפיליפינים מקורבת לארצות הברית ולא לברית המועצות, והעובדה שהפיליפינים היא ארכיפלג המשוחרר מלחצים של מדינות שכנות.
יחסי תרבות.
לרגל חגיגות שנת ה-60 למדינת ישראל בשנת 2008, הוכן דגל ישראל עצום-ממדים שהיה אז הדגל הגדול בעולם, ביוזמתה ובמימונה של האחות גרייס גלינדס-גופאנה, אשת עסקים פרו-ישראלית מהפיליפינים.
ב-2009 הוקמה אנדרטה לכבוד הפיליפינים סמוך לאנדרטת השואה בראשון לציון. האנדרטה נועדה להוקיר תודה לבני העם הפיליפיני שפתחו את שעריהם ליהודים שברחו מתופת השואה לפיליפינים. האנדרטה נועדה לכבד את תפקידה של ממשלת חבר העמים הפיליפינית תחת שלטונו של מנואל קזון בהציעה מקלט בטוח ליהודים והענקת 10,000 אשרות לפליטים היהודים שנמלטו מן המשטר הנאצי.