בעוד שמנילה נחשבת באופן מסורתי ל"מראה של המהפכה הפיליפינית", קוויט והעיריות הסובבות אותה נשאו את עיקר עול המערכה הצבאית הספרדית. המורדים באזור היו מעורבים בדרך כלל בלוחמת גרילה של פגע וברח נגד עמדות ספרדיות באזור מורונג, בוניפסיו שימש כטקטיקן של לוחמי הגרילה והוציא פקודות לאזורים אחרים בנוסף לגזרה שלו, אם כי המוניטין שלו נפגע כאשר הפסיד בקרבות שניהל בעצמו.
ב-7 בנובמבר 1896 הוביל בוניפסיו התקפה על סן מאטאו, מאריקינה ומונטלבן. הספרדים אולצו לסגת, והותירו את השטחים האלה למורדים, למעט מקום אחד בסן מאטאו, שבו התבצרו חיילים ספרדים. בעוד כוחותיו של בוניפסיו הטילו מצור על המקום, כוחות מורדים אחרים הקימו קווי הגנה לאורך הנהר נגנקה הסמוך, מפני תגבורות ספרדיות שהגיעו מכיוון מאריקינה. לאחר שלושה ימים התבצעו התקפות-הנגד הספרדיות דרך קווי ההגנה שעל נהר נאנגקה. הכוחות הספרדים כבשו מחדש את עמדות המורדים והפתיעו את בוניפסיו בסן מטאו, שהורה על נסיגה כללית לבלרה. המורדים הפכו לנרדפים, ובונפסיו כמעט נהרג מכדור בצווארו.
בונאפסיו בקוויט.
לאחר התבוסה הקשה של בוניפסיו במנילה, הוא חיפש מקלט בקוויט, שם ניצחו המהפכנים. היו שם שני פלגים של הארגון במחוז קוויט, שהפכו ליריבים: ה״מגדלו״, בראשותו של דודו של אמיליו אגינלדו, באלדומרו אגינלדו, ופלג ה״מגדיוונג״, בראשותו של מריאנו אלוארז, דוד של אשתו של בוניפסיו. מנהיגי שני הפלגים באו מהמעמד העליון, בניגוד לבוניפסיו, שבא מן המעמד הבינוני הנמוך. לאחר ההצלחות הראשונות, הוציא אמיליו אגינלדו מנשר בשם מועצת השלטון של פלג המגדלו, שהכריזה על ממשלה זמנית ומהפכנית - למרות קיומה של ממשלת הקטיפונאן. אמיליו אגינלדו זכה במיוחד לתהילה על ניצחונות במחוז. פלג המגדלו ופלג המגדיוונג התעמתו על סמכות ועל סמכות שיפוטית ולא סייעו זה לזה בקרב. בוניפסיו, כמנהיג הכללי המוכר של המהפכה, הוזמן על ידי מנהיגי קוויט לנסות לאחד בין הפלגים. בדצמבר 1896 הוא נסע לקוויט בליווי אשתו, אחיו פרוקופיו וקריאקו, וכמה חיילים, ביניהם אמיליו ג'סינטו, מזכירו של בוניפסיו ויד ימינו.
בקוויט, גדל החיכוך בין בוניפסיו לבין מנהיגי המגדלו. אפולינריו מאביני, ששימש מאוחר יותר כיועץ של אמיליו אגינלדו, כתב כי בשלב זה מנהיגי המגדלדו "כבר לא כיבדו את סמכותו ואת צוויו של בונפסיו". הם ראו את התנהגותו השחצנית ״כמלך״, ואת קרבתו לפלג השני המגדיווג. לאגינלדו היו חילוקי דעות עם בוניפסיו בעניינים אסטרטגיים והאשים אותו בכיבוש העיר סילנג. הספרדים, כתבו לאגינלדו על האפשרות של משא ומתן לשלום. כאשר גילה בוניפסיו את התכתובת הזאת, הוא ומועצת מאגדיוונג דחו את שיחות השלום המוצעות האלה. בוניפסיו כעס על כך שהספרדים ראו באגינלדו את "מפקד המרד" במקומו. עם זאת, אגינלדו המשיך לארגן משא ומתן שבפועל לא התקיים. בוניפסיו האמין שאגינלדו מוכן להיכנע לספרדים.
על בוניפסיו נפוצו שמועות שונות: שהוא גנב כספים של הקטיפונאן; שאחותו הייתה פילגשו של כומר, והוא היה פרובוקטור ששילם לנזירים כדי שיגרמו לתסיסה. כמו כן הופצו מכתבים אנונימיים שאמרו לאנשי קוויט לא להלל את בוניפסיו משום שהוא היה אתאיסט, ולא משכיל. על פי מכתבים אלה, בוניפסיו לא היה ראוי לתואר סופרימו כי רק אלוהים היה בתואר ״העליון״. טענה אחרונה זו נעשתה על אף העובדה כי סופרימו נועד לשמש כתואר עם התפקיד נשיא המדינה, כדי להבדיל בין נשיא המועצה העליונה של קטיפונאן לבין נשיאי הפלגים השונים כמו המגדלו והמגדיוונג. בוניפסיו חשד כי השמועות מקורן במנהיג "מגדלדו", דניאל טירונה, והוא התעמת עמו.
ב-31 בדצמבר קיימו בוניפסיו וראשי ה״מגדלו״ וה״מגדיוונג״ מפגש באימוס, לכאורה כדי לקבוע את השליטה על קוויט על מנת לשים קץ ליריבות בין שני הפלגים. השאלה האם הקטיפונאן צריך להיות מוחלף על ידי ממשלה מהפכנית הועלה על ידי המגדלו, והנושא האפיל על סוגיית היריבות. המגדלו טען כי הקטיפונאן, כארגון סודי, היה צריך להפסיק להתקיים לאחר שהמהפכה החלה. הם גם טענו כי השליטה בקוויט לא צריכה להיות מחולקת. בוניפסיו והמגדיוונג טענו כי הקטיפונאן שימשה כממשלתם המהפכנית, שכן הייתה לה חוקה משלה, נוהלים וממשלות פרובינציאליות ועיריות. עם ארגון מחדש, בוניפסיו קיבל יד חופשית למנות ועדה להקמת הממשלה החדשה. הוא הטיל על אמיליו אגינלדו לתעד את הפרוטוקולים של הפגישה אך אלה מעולם לא נעשו.
כנס טיחרוס.
בוניפסיו, אף על פי שהיה מודע לחלוטין למתקפה הספרדית בפרז דסמריאנה, לא הציע שום עזרה לפלג מגדלו. ב־22 במרץ 1897 קיימו המנהיגים המהפכניים מפגש חשוב במעוז של הנזירים בטיחרוס כדי לחדש את הדיונים על המתח המתגבר בין המגדלו למגדיוונג. וגם ליישב אחת ולתמיד את נושא הממשל בתוך קטיפונאן באמצעות בחירות. וכן לדון בעניין האם על הנהגת "קטיפונאן" להקים מדינה מלוכנית או רפובליקה. בוניפסיו הגן על כך שיש לשמור עליה כעל רפובליקה. לדבריו, כל חבריה ישרתו לפי עקרונות החירות, השוויון והאחווה, שעליהם הוקמה הרפובליקה. למרות החששות של בוניפסיו על היעדר נציגים ממחוזות אחרים, הוא היה חייב להמשיך בבחירות.
לפני הבחירות, הוא ביקש שהתוצאות תכובדנה על ידי כולם. פלג המגדלו הצביע בעד אמיליו אגינלדו למרות העדרו, כי היה מעורב בקרב פרז דסמריאס המתמשך. הממשלה המהפכנית, הידועה כיום בשם הרפובליקה של ביאק- בטו נאן, הגדירה עצמה כרפובליקה הפיליפינית. מצב זה נמשך יותר מחודש. לאחר מכן הוקמה ממשלה מהפכנית נוספת, הידועה כיום כ"רפובליקה הפיליפינית הראשונה", עם אגינלדו כנשיא, נוסדה ב-23 בינואר 1899.
בוניפסיו קיבל את המקום השני בבחירה לנשיאות. הוצע לו לקבל את תפקיד סגן הנשיא באופן אוטומטי, הוא דחה את ההצעה והבחירות נמשכו. מריאנו טריאס מהמגדיוונג נבחר לסגן הנשיא. בוניפסיו היה האחרון שנבחר, כשר הפנים. מזועזע ונרגז מתוצאות הבחירות, לא קיבל בוניפסיו את התוצאות, והכריז כמי שכינס את הבחירות, וכמי שהוא יושב המועצה - הוא מבטל את הבחירות.
למרות זאת, ב־23 במרץ 1897, למחרת ועידת טיחרוס, הושבע אגינלדו את שבועת הנשיא בקפלה בהנהגתו של הכומר הקתולי קנון וילפרנקה, שהיה נתון לסמכותו של האפיפיור ברומא. שומרים הוצבו מחוץ לכנסייה עם הוראות קפדניות שלא לתת להיכנס למורדים לא רצויים מסיעת מאגדיוונג, בעוד שהשבעת הממשלה התקיימה.
בינתיים, בוניפסיו נפגש עם תומכיו הנותרים וטען כי הבחירות היו הונאה והאשים אגינלדו בבגידה משום שניהל משא ומתן עם ספרד. היו להם עדויות כי פתקי הצבעה הגיעו כבר מסומנים, והיו עוד שיטות זיוף נוספות בבחירות. העימות בין שני האישים נמשך והתעצם וכל צד מגייס תומכים, וחותם הסכמים עם קבוצות ומנהיגים מקומיים.
משפט ומוות.
באפריל 1897 הורה אגינלדו לעצור את בוניפסיו לאחר שקיבל מכתב ובו שנאמר בו כי בוניפסיו שרף כפר והורה על שריפת כנסייה, ושדד בהמות עבודה לאחר שאנשי העיירה סירבו לשמוע להוראותיו. ב-25 באפריל, קבוצה של אנשיו של אגונילדו בראשות קולונל בונזון ומייג'ור חוסה פאו תפסו את בוניפסיו במחנה שלו. בוניפסיו קיבל אותם בלבביות, אבל למחרת, תקפו את המחנה, בוניפסיו הופתע וסירב להיאבק נגד חיילים פילפינים, וציווה לאנשיו לנצור את האש. בוניפסיו נורה בזרועו על ידי בונזון, ופאו דקר אותו בצוואר. אחיו של אנדריס, סיריאקו, נורה למוות, בעוד אחיו השני רוקופיו הוכה, ואשתו גרגוריה נאנסה על ידי בונזון. מהמחנה שלו באינדאנג נילקח בוניפסיו מורעב למחצה ופצוע לנאייק, שהפכה למפקדה של הנשיא אגינלדו.
בנאייק, בונאפסיו ואחיו פרוקופיו הועמדו לדין באשמת המרדה ובגידה נגד ממשלתו של אגינלדו וקנוניה לרצוח את הנשיא. חבר המושבעים היה מורכב כולו מאנשיו של אגינלדו ואפילו סנגורו של בוניפסיו עצמו הכריז על אשמתו של מרשו. בוניפסיו נמנע מלהתעמת עם עד המדינה באשמת הקנוניה לרצח בטענה כי האחרון נהרג בקרב. עם זאת, לאחר המשפט העד נראה בחיים יחד עם התובעים.
האחים בוניפסיו נמצאו אשמים ונגזר עליהם עונש מוות. אגינלדו שינה את גזר-הדין לגירוש ב־8 במאי 1897, אבל פיו דל פילאר ומריאנו נוריאל שכנעו אותו לחזור בו, כדי לשמור על אחדות. האחים בוניפסיו הוצאו להורג ב-10 במאי 1897 בהרי מרגונדון. אפולינריו מאביני כתב כי מותו של בוניפסיו גרם למורדים רבים ממנילה, שבאו לעזור ללוחמים בקוויט לפרוש משדה המלחמה. באזורים אחרים, עמיתיו הקרובים של בוניפסיו, כמו אמיליו ג'סינטו ומאקריו סקאי, המשיכו את ארגון הקטיפונאן ולא הכירו מעולם בסמכותו של אגינלדו.
מחלוקת היסטורית והערכה.
ההערכה ההיסטורית של בונאפסיו כוללת כמה נקודות במחלוקת. מותו נתפס כהוצאה להורג מוצדקת עקב בגידה ורצח פוליטי. לעומת זאת כמה היסטוריונים רואים בו את הנשיא הראשון של הפיליפינים במקום את אגינלדו. כמה היסטוריונים גם סברו כי בונפסיו תפס את מקומו של חוסה ריזאל כגיבור הלאומי הפיליפיני.