חוקרים מודרניים העלו גם ספקות על עצם זיהויה של הסנהדרין שבפניה נשפט ישו, עם בית הדין הגדול, המכונה בשם זה. לפי המתואר באוונגליונים עמד בראש הסנהדרין הכהן הגדול, והיא התאספה בביתו. זאת בניגוד לבית הדין הגדול, שבראשו עמד חכם פרושי וישב בלשכת הגזית שמקדש. בנוסף, ישו לא הושם בבית מעצר אלא הובא ישירות לבית הכהן הגדול ושם נכחו גם ראשי הכוהנים והזקנים והסופרים וכל הסנהדרין הגדולה לפני פסח (כשכולם טרודים לחג), נשפט בלילה או בבוקר יום טוב, בניגוד מפורש להלכה הפרושית שאין דנים בלילה ואין דנים ביום טוב או בערב יום טוב. אפשרות שהוצעה במחקר היא שמדובר היה במועצה המדינית של הכהן הגדול הצדוקי, שייצגה את היהודים בפני השלטון הרומי, ומונתה כולה על ידי הרומאים.
גם אם היהודים לא יזמו את הריגת ישו, אפשר להניח כי ההנהגה היהודית, על שני פלגיה – הצדוקים והפרושים, לא מצאה לנכון להגן על ישו מפני הוצאה להורג, כיוון שראתה בו משיח שקר ומורד המתסיס את העם ומסכן את היציבות החברתית והדתית. הוראתו המפורשת להרוס את בית המקדש לפני המוני היהודים שנקהלו בחג במקדש, גירוש השולחנים ומוכרי היונים בהיכל, מניעת העברת כלים דרך בית המקדש, עריכת קבלת פנים ממלכתית לישו בכניסתו לירושלים על ידי המוני העם והפצת תורתו בבתי כנסיות ובבית המקדש סיכנו את סדרי ההיכל והשרו אווירה של מרד בסמכות השלטת. חשש זה נראה בדברי הכהן הגדול קיפא לחברי הסנהדרין: "כי טוב לנו מות איש אחד בעד האומה מאבוד העם כולו", וכן בדבריו לפונטיוס פילטוס: "את זה מצאנו מסית את העם ומונע אותו מתת מס אל הקיסר באמרו כי הוא מלך המשיח".
ייתכן שגם פונטיוס פילטוס ראה בישו סיכון ליציבות השלטון ביהודה ומורד פוטנציאלי, כפי שסוברים החוקרים ברנדון וחיים דב מנטל, ולפיכך הוציאו להורג. ייתכן שישו נתפס בעיני הנציב הרומי כמי שעבר על החוק lex majestatis, חוק רומי שנועד לשמור על כבוד הקיסרים. כיוון שלא ענה בשלילה על השאלה האם הוא מלך היהודים, פגע ישו לכאורה בכבוד הקיסרים שראו עצמם "אלוהיים". ראיה אפשרית לכך היא הלוח שהושם על הצלב, ועליו נכתב 'ישוע הנוצרי מלך היהודים' כמנהגם של הרומאים לשים על הנידון לוח בו נכתב שמו ומהות פשעו. עם זאת, באוונגליונים מסופר שפילטוס לא רצה להרוג את ישו, ופעל כך רק כדי למנוע מהומה, או מכיוון שהיהודים אמרו שאין הוא ידיד של קיסר אם הוא לא יסכים לצלוב מי שמרמז שהוא מלך.
מותו ותחייתו.
ישו הוצא להורג בצליבה בירושלים בהוראת הנציב הרומי על יהודה, פונטיוס פילטוס. עניין שנוי במחלוקת הוא מעורבות ההנהגה היהודית של אותה תקופה בהוצאתו להורג. האוונגליונים מטילים את האחריות למותו של ישו על הסנהדרין ועל המוני העם בירושלים באותם ימים, תחת הסתת המנהיגים. זאת בסיפור המופיע בגרסאות שונות: מתי 27, 1-25; מרקוס 15, 1-15; לוקס 23, 4-5; יוחנן 18, 28-40. סיפור זה ופיתוחיו התאולוגיים שימשו בסיס לפוגרומים ומעשי רצח של נוצרים ביהודים. רוב הכנסיות הנוצריות בימינו מתייחסות לסיפור זה בזהירות רבה, ואינן מנסות להשליך ממנו ליחסי נוצרים-יהודים בדורנו. מבחינה היסטורית קשה לאמת את פרטי סיפור צליבתו של ישו, כשם שקשה לאמת את כלל הסיפורים באוונגליונים. צליבה הייתה שיטה מקובלת להוצאה להורג באימפריה הרומית באותה תקופה, ונראה כי השלטונות הרומיים לא ייחסו לאירוע כזה משמעות מיוחדת.
על-פי המסופר באוונגליונים, ישו סעד עם תלמידיו בפעם האחרונה בירושלים בערב פסח, במה שנראה כצורה מוקדמת של טקס ליל הסדר. אירוע זה מכונה בנצרות הסעודה האחרונה, ותאריכו המשוער הוא בין שנת 30 לשנת 33 לספירה (כלומר כשישו היה בגיל 34–38).
ישו נקבר, כמקובל בקרב היהודים, מחוץ לחומות ירושלים לפני כניסת השבת.
ישו נצלב ביום שישי, במהלך חול המועד פסח, או, לפי הבשורה על-פי יוחנן, בערב פסח. הצליבה התקיימה על גבעת הגולגולתא בירושלים, והדרך המסורתית שעשה ישו עד למקום הצליבה נקראת הויה דולורוזה ("דרך הייסורים"). האוונגליונים מספרים כי היה חושך בצהריים למשך שלוש שעות לפני מות ישו, וסופרים נוצריים במאה השלישית ובמאה הרביעית מצטטים היסטוריונים אחרים המספרים על "חושך בצהריים" ורעידת אדמה, בין הקיץ של שנת 32 לקיץ של שנת 33 (). שניים מהאוונגליונים מדווחים כי במות ישו נקרעה פרוכת ההיכל בבית המקדש מלמעלה למטה, והבשורה על-פי מתי מספר שהייתה רעידת אדמה וכי "הקברים נפתחו וגופות רבות של הקדושים שהיו ישנים קמו ויצאו מן הקברים אחרי תחיתו ויבואו אל העיר הקדושה וייראו לרבים."
האוונגליונים מספרים עוד, כי כמה נשים, שבאו עם ישו מן הגליל לירושלים, בהן מרים המגדלית (מריה מגדלנה), פקדו את קברו של ישו ביום ראשון (הן לא הקדימו, כנראה כדי לא לחלל את השבת), וגילו כי הגולל הוסר והקבר נותר פתוח. מלאך התגלה אליהן והודיע להן כי ישו קם לתחייה. ישו התגלה לכמה משליחיו לאחר תחייתו בטרם עלה לשמים. סיפור זה הוא הבסיס לחג הפסחא הנוצרי, שחל תמיד בין יום שישי ליום ראשון המקבילים פחות או יותר לחג הפסח היהודי, ואשר מתאפיין באבל על מותו של ישו ביום שישי ושמחה על תחייתו ביום ראשון. בעדות נוצריות רבות מקובלים סממני אבל בכל יום שישי בשבוע, ואילו יום ראשון נחשב ברוב העדות הנוצריות כיום קדוש וכיום מנוחה.
על אתר צליבתו המשוער של ישו הוקמה לימים כנסיית הקבר הקדוש.
השם "ישו".
השם "ישו" הוא המקובל ביותר בקרב דוברי עברית, אם כי בתרגומי הברית החדשה לעברית, וכן בקרב קהילות נוצריות דוברות עברית, מקובל השם "יֵשׁוּעַ". נראה ש"ישו" הוא צורה מאוחרת של השם "ישוע", שבעצמו התפתח מהשם "יהושֻעַ" (למשל, יהושע בן-נון מכונה "ישוע בן-נון" בנחמיה ח, י"ז).
קיום השם ישו מתועד בקרב יהודים בתקופת המשנה והתלמוד. בתלמוד הירושלמי נזכר חכם יהודי בשם "רבי יֵשוּ דרומייא" (רבי ישו מהדרום), וחכם יהודי אחר בשם "רבי יושו בריה דרבי תנחום" (רבי יושו בנו של רבי תנחום). השמות הללו נמצאים בקטעי גניזה של התלמוד הירושלמי, אולם עם הזמן "תוקנו" לשם יהושע, כדי לנתק את הזיקה בין החכמים היהודיים לבין ישו הנוצרי, ולא נשתמרו בדפוסים. עדות קטעי הגניזה מוכיחה כי הגיית השם ישו היא מסורת עתיקה, וכי אין שחר לטענה כאילו השם ישו נוצר על ידי יהודים כראשי תיבות "ימח שמו וזכרו".
היעלמות ה-ע בשם "ישו" תיתכן משתי סיבות:
בברית החדשה עצמה נדרש השם "ישוע" (כפי שתורגם לעברית) כך: "כי הוא יושיע את-עמו מחטאתיהם" (מתי א:21). יש בכך עדות כי מחבר האוונגליון של מתי דיבר עברית.
עדות נוספת לצד הצורה "ישוע" נמצאת בעובדה שבתרגומים המוקדמים של הברית החדשה לארמית ולערבית, מופיע רק השם "ישוע".
יש הדורשים את השם "ישו" כראשי תיבות בדיעבד של הביטוי "יימח שמו וזכרו". משום כך, וגם מתוך העדפתם לצורה הקדומה של השם המזכירה את מושג הישועה, נוצרים דוברי עברית מסתייגים מהשימוש בצורה "ישו" ומעדיפים את הצורה "ישוע".
יש יהודים דתיים המקפידים שלא להשתמש בשם ישו או ישוע, אלא בכינוי "אותו האיש", בגלל האיסור ההלכתי לומר שם של עבודה זרה (), כפי שמוגדר "השילוש" ביהדות. כינוי כזה הועדף במשך הדורות על ידי יהודים בארצות הנוצרים כאמצעי הסוואה ורמיזה בעת כתיבה או דיבור יהודי על אלוהי הנוצרים.
מחקר היסטורי.
החקר ההיסטורי על דמותו של ישו מורכב משני ענפים:
היחס לישו בדתות אחרות.
ביהדות.
ישו במקורות חז"ל.
על פי המסופר בתלמוד היה איש בשם ישו, תלמידו של רבי יהושע בן פרחיה (במאה השנייה לפני הספירה), שדחהו מעליו משום שבעת ביקור באכסניה העיר ש"עיניה (של בעלת הבית) טרוטות", הערה שגררה את תרעומת רבו שהחליט לנדותו. מדי יום בא ישו לפני רבו להביע חרטה על דבריו. יום אחד, כשבא לפניו, היה בדעתו של רבי יהושע לקבלו אלא שהיה עסוק בקריאת שמע וסימן לו להמתין. ישו פירש בטעות כאילו רבו מגרשו ובכעסו פנה לעבוד עבודה זרה. כשהתבקש ישו על ידי רבו לחזור בו ממעשה זה, השיב: "כך מקובלני ממך כל החוטא ומחטיא את הרבים אין מספיקין בידו לעשות תשובה" (). מתוך הסיפורים הנוספים והמעטים על ישו בתלמוד הבבלי, יוצא שראו בו תלמיד שיצא לתרבות רעה ("תלמיד שהקדיח תבשילו ברבים").
בקרב מפרשי התלמוד הועלתה הבעיה, שיהושע בן פרחיה לא חי סמוך לזמנו של ישו, אלא שנים רבות לפניו. לפיכך הוצע הפירוש שבתלמוד מדובר בדמות אחרת שנקראה בשם זה.
למרות הדעה המקובלת כי הרומאים הרגו את ישו, מצוין בתלמוד הבבלי במסכת סנהדרין (מג, ע"א) כי ישו הוצא להורג על ידי הסנהדרין בערב פסח "על שכישף והסית והדיח את ישראל". בקטע זה מסופר גם כי לישו היו חמישה תלמידים, כאשר לדעת החוקרים היו ל-"ישו" של הנצרות הרבה יותר, דבר המטיל ספק על זהות שתי הדמויות או על מהימנות הקטע. קטע זה צונזר מהתלמוד במשך שנים רבות לפי הוראת האפיפיור והוחזר רק במהדורות החדשות.
יש שטענו שלא סביר שישו נהרג בידי הסנהדרין לאור העובדה שבארץ שלט באותה תקופה השלטון הרומאי, וכפי שמוזכר בתלמוד עצמו, כבר לא הייתה בסמכותו להוציא להורג אנשים. אך סביר לפרש, שלפי דעת התלמוד הוא נשפט בידי הסנהדרין וגזר דינו בוצע בידי הרומאים.
כדי לפתור בעיות אלו ואחרות, היו מהפרשנים היהודים שניסו להסביר כי מדובר בישו אחר. לסוגיה זו ישנה גם משמעות אפולוגטית, משום שיהודים רבים חיו בעולם שבו שלטה הנצרות, שראתה ביהודים אחראים למותו של משיחם.