לאחר אישור הדו"ח של ועדת אגרנט עמד זמיר בראש ועדה שהתבקשה להציע לממשלה שינויים במבנה קהילת המודיעין הישראלית לאור לקחי מלחמת יום הכיפורים. חברים נוספים בוועדה היו ראש אמ"ן, שלמה גזית, ראש השב"כ ומנכ"לי משרד ראש הממשלה ומשרד החוץ.
בשנת 2004 יצא זמיר בהאשמה חמורה לפיה חשף זעירא את זהותו של המקור הבכיר ביותר של ישראל במצרים, ובכך גרם נזק חמור ליכולתה של ישראל לגייס סוכנים (זמיר לא נקב בשם הסוכן, אך היה ברור שהוא רומז למרואן). את תלונתו העביר זמיר לטיפולו של היועץ המשפטי לממשלה, על מנת שיפתח בחקירה בעניין זה. יחד איתו חתמו על התלונה שני קצינים בכירים, ששירתו באמ"ן תחת פיקודו של זעירא: עמוס גלבוע ויוסף לנגוצקי. את החקירה ביקשו "לצורך הפקת לקחים ומסקנות למניעת גילויים מעין אלה בעתיד". בתגובה, הגיש ב-19 באפריל 2005 זעירא תביעת דיבה לבית המשפט בתל אביב נגד זמיר. השופט בדימוס תיאודור אור, שמונה לבורר בסוגיה זו, קיבל בשנת 2007 את גרסתו של זמיר ביולי 2012 החליט היועץ המשפטי לממשלה לסגור את התיק נגד זעירא, וזמיר מתח ביקורת פומבית על החלטה זו.
פעילות אזרחית.
בסוף שנת 1974 התמנה זמיר ליו"ר מועצת המנהלים של סולל בונה. בינואר 1975 קיבל לידיו את סמכויות מנכ"ל "סולל בונה", לאחר שהמנכ"ל, צבי רכטר, יצא לחופשה בעקבות העלאת חשדות נגדו. באוגוסט 1975 ביקש להשתחרר מתפקיד המנכ"ל אך הדבר נסחב עד דצמבר 1975, משום שלמרות שהיועץ המשפטי לממשלה החליט שרכטר לא יועמד לדין, רכטר התפטר. במהלך כהונתו ב"סולל בונה" ניסה זמיר להתאים את החברה לתנאי תחרות אל מול ההאטה בענף הבנייה וסיכם את 1975 כשנה טובה מבחינה כלכלית ל"סולל בונה". באותה תקופה היה לזמיר ויכוח עם מנכ"ל בנק הפועלים, יעקב לוינסון, שממנו דרש לתת יותר אשראי ל"סולל בונה". בינואר 1976 התפטר מתפקיד יו"ר מועצת המנהלים של "סולל בונה" תוך שהוא משמיע דברי ביקורת חריפים על סדרי המינהל במשק ההסתדרותי ועל כפיפות של החברות ההסתדרותיות לבנק הפועלים.
בשנים 1976–1990 שימש זמיר מנכ"ל בתי זיקוק לנפט. בנוסף מונה במרץ 1977 ליו"ר מועצת המנהלים של המכון למחקרי נפט וגיאופיזיקה. בשנים 1991–2000 היה יו"ר המכון הישראלי לנפט ואנרגיה.
משמש כדירקטור במספר חברות פרטיות וציבוריות.
פעילות ציבורית.
ביולי 1977 נתמנה לחבר במועצת העיתונות. ב-1987 היה חבר בוועדה לברור שיטת העבודה של השב"כ. ב-1990, בעקבות אירועי אוקטובר בהר הבית, מונה זמיר על ידי ראש הממשלה יצחק שמיר לראשות "ועדת זמיר". תפקיד הוועדה היה לבדוק את השתלשלות האירועים בהר הבית, את הגורמים להם ואת פעילות כוחות הביטחון. מסקנותיה העיקריות של הוועדה מתחו ביקורת חריפה על הפיקוד הבכיר של המשטרה, והטילו את האחריות לאירועים על הצד הערבי ומנהיגיו. ב-1995 מונה זמיר כחבר בוועדת שמגר, ועדת החקירה הממלכתית לרצח ראש הממשלה יצחק רבין.
פעילות פוליטית.
ביוני 1976 הצטרף למועצה הציבורית לגביית מס אמת. בשנת 1977 חבר לקבוצה בהנהגתו של האלוף במילואים מאיר עמית שהצטרפה לתנועה הדמוקרטית לשינוי (ד"ש) והיה לבעל עמדות יחסית ניציות בקבוצה. זמיר נבחר למועצה בת 120 החברים של ד"ש, אולם לאחר שנה לא הצליח להיבחר מחדש בסניף תל אביב. בתחילת 1980 תמך בשיבת הקבוצה למפלגת העבודה.
בשנים 1994–1995 היה ממקימי תנועת הדרך השלישית, אך פרש ממנה עם הפיכתה למפלגה. נמנה עם החותמים על מכתב האלופים בעד תוכנית ההתנתקות ב-2004.
ב-28 במרץ 2018 היה אחד מששת ראשי המוסד שהופיעו במוסף 7 ימים בידיעות אחרונות לרגל חגיגות ה-70 לישראל והביעו התנגדות פומבית לממשלת ישראל ה-34.
פעילות אחרת.
חבר בוועד הציבורי למניעת הרס העתיקות בהר הבית, והשתתף בעתירה של הוועד לבג"ץ להפסיק מיד את עבודות הווקף במקום. כיהן גם בתפקיד יו"ר המועצה הציבורית של תיאטרון גשר וחבר הנהלתה.
ב-2011 ראה אור ספרו האוטוביוגרפי, שנכתב יחד עם אפרת מס, "בעיניים פקוחות: ראש המוסד מתריע: האם ישראל מקשיבה?", בהוצאת כנרת זמורה-ביתן דביר.
חיים אישיים.
זמיר גר בתל אביב, היה נשוי לרינה (לבית סדובסקי), אותה הכיר בעת שירותם בפלמ"ח, עד למותה ב-2019, ואב לשלושה.
בתו היא הסופרת מיכל זמיר. בנו דני זמיר (הקרוי על שם דני מס, מפקד מחלקת הל"ה), הוא פרופסור אמריטוס בפקולטה לחקלאות ברחובות וחתן פרס ישראל לחקלאות לשנת תש"ף.
אב&quot;א אחימאיר
אַבָּ"א אֲחִימֵאִיר (אַבָּא שָׁאוּל גֶיְסִינוֹבִיץ'; ז' בחשוון תרנ"ח, 2 בנובמבר 1897 – ה' בסיוון תשכ"ב, 6 ביוני 1962) היה ממנהיגיה הרוחניים של התנועה הרוויזיוניסטית, תנועת הנוער בית"ר וברית הציונים הרוויזיוניסטים, עיתונאי, פובליציסט, היסטוריוסוף ד"ר לפילוסופיה וסופר ישראלי. נודע גם בשמותיו הספרותיים, בהם: א. שמאי, א. גיא, א. מערבי, א' מדיני, אבא סיקרא, אבישי, אבא אריכא, א. אסיר-ציון וסתם מקשן. פירוש ראשי התיבות של שמו הפרטי אב״א הוא אבא בן אייזק. זוכה פרס ז'בוטינסקי לספרות ולמחקר.
תולדותיו.
אבא שאול גייסינוביץ' נולד לשרה (לבית גלפנד) וליצחק (איזק) גייסינוביץ בכפר דולגי, במרחק 60 ק"מ מבוברויסק, בגוברניית מינסק שבתחום המושב של האימפריה הרוסית (כיום בבלארוס). היה הרביעי מבין שבעה ילדים. למד אצל מורה פרטי, ר' אברהם בר בסקין, שהיה תלמיד חכם ומשכיל ציוני, ואצל דוד שמעונוביץ, אז בן 18 ולימים המשורר דוד שמעוני. המשפחה עברה להתגורר בבוברויסק וגייסינוביץ' למד בחדר מתוקן, בין השאר אצל אברהם פרידלנד ואייזיק סברדלוב. בשנים 1907–1912 למד בגימנסיה רוסית פרטית, ובמקביל למד עברית ותלמוד אצל בן דוד אביו יצחק אייזיק גורפינקל. בשנת 1912 פרסם לראשונה מפרי עטו בעיתון הצפירה מילות הספד לזכרו של הסופר ישראל ברנשטיין.
בהיותו כבן 14, בסתיו 1912, ערב סוכות תרע"ג, הגיע לארץ ישראל. ולמד שנתיים בגימנסיה "הרצליה" בתל אביב.
בגיל הנעורים נמשך אל הציונות הסוציאליסטית, התקרב אל מנהיגיה, אהרן דוד גורדון וברל כצנלסון, העריץ אותם, וכמו רבים אחרים, נהה אחרי תורתו של לב טולסטוי.
בקיץ 1914, עת נסע לחופשה לבית הוריו ברוסיה. פרצה מלחמת העולם הראשונה ונבצר ממנו לחזור לארץ ישראל. במשך המלחמה המשיך וסיים את לימודיו בגימנסיה בעיר פריץ שליד בוברויסק. כאשר נכבשה העיר על ידי הבולשביקים הוא נאסר לראשונה לאחר שביקש להגן על חנווני יהודי מעושק. ב-1918 החל בלימודיו באוניברסיטת קייב ועבד כעיתונאי של הביטאון הסובייטי "איזבסטיה". בשלהי מלחמת העולם הראשונה אף התרשם מהאידאולגיה הקומוניסטית, אך אירועי הדמים במהפכת אוקטובר ברוסיה ומלחמת האזרחים גרמו לו לשנות את דעתו מהקצה אל הקצה, ומאז סלד מהמשטר הבולשביקי ברוסיה הסובייטית, וראה בקומוניזם הפוליטי בכללו סכנה לעולם החופשי הדמוקרטי. ב-19 באפריל 1919 נהרג אחיו האהוב מאיר, ששירת כקצין בצבא האדום בקרב בפולין. לימים שינה את שם משפחתו על שם אחיו – אחימאיר.
הוא נמלט מרוסיה טרם הסתיימה מלחמת האזרחים בה בשנת 1921, הגיע לוורשה ומשם לאוניברסיטת לייז' בבלגיה. ב-1920 עבר לווינה, ובה נפגש לראשונה עם המנהיג הציוני זאב ז'בוטינסקי. בשנת 1922 פרסם את מאמרו הראשון בעברית בכתב העת התורן על הגותו של משה הס. הוא הגיש עבודת דוקטורט על ספרו של ההיסטוריון והפילוסוף אוסוואלד שפנגלר, "שקיעת המערב", לאוניברסיטת וינה, שהעניקה לו תואר דוקטור בפילוסופיה (Ph.D) בשנת 1924.
בשנת 1924 חזר לארץ ישראל. גם אחותו בלומה עלתה לארץ והצטרפה לקבוצת דגניה ב'. היה חבר במפלגת "הפועל הצעיר". בשנים 1924–1928 עבד כספרן, כפועל וכמורה בזכרון יעקב, קבוצת גבע ומושב נהלל. הוא הצטרף אל התנועה הרוויזיוניסטית בשנת 1928 עם חבריו, המשורר אורי צבי גרינברג ויהושע השל ייבין. השלושה הקימו את "גוש העבודה הרוויזיוניסטי" בכנס בנחלת יהודה. החל לפרסם מאמרים על ענייני השעה בעיתון דֹאר היום והיה פעיל בקרב צעירי התנועה ומרצה בבית הספר למפקדי בית"ר.
בשנת 1928 נשא את חברתו חסיה (חסידה גרצ'קוב), וב-1930 נולדה להם בתם, זאבה, שנקראה על שמו של זאב ז'בוטינסקי. בתה של זאבה, עדה, היא רבה ולשעבר יושבת ראש מועצת הרבנים של התנועה ליהדות מתקדמת בישראל. חסיה חלתה עם הלידה במחלה קשה, אושפזה ונפטרה ב-1938. היא נטמנה בבית הקברות בהר הזיתים. הבת זאבה אומצה על ידי דודיה, בלומה ואליעזר ורדימון בדגניה ב'.
בשנת 1930 הקים את ארגון "ברית הבריונים", שהיה ראשון למחות ולהפגין נגד שלטונות המנדט הבריטי, אשר אותו כינה "השלטון הזר". ביוני 1933, לאחר רצח ארלוזורוב, נעצר אחימאיר לתקופה ארוכה בחשד למעורבות ברצח והועמד לדין ביחד עם אברהם סטבסקי וצבי רוזנבלט. ב-29 במאי 1934, עם סיום שמיעת עדויותיהם של עדי התביעה, הוא זוכה מאשמה זו, אך נעצר בשנית והועמד לדין כמקים הארגון "ברית הבריונים". יחד איתו הועמדו לדין חברים נוספים בארגון. המשפט קיבל את הכינוי "משפט ברית הבריונים". סנגורו במשפט זה היה צבי אליהו כהן. ב-18 ביוני 1934 הורשע אחימאיר ונדון ל-21 חודשי מאסר בפועל.
בכלא המרכזי בירושלים שבו ישב עד אוגוסט 1935, כתב מדי יום את יומן המשפט והסוהר, שפרקים ממנו התפרסמו בעיתון "הירדן" בחתימת א. אסיר ציון. ב-1946 פורסם בחלקו בספר: "רפורטאז'ה של בחור ישיבה", שבמרכזו תיאור האסירים הערביים בכלא.
ב-4 באוקטובר 1935 נשא לאשה את סוניה (לבית אסטרחן) בטקס שערך הרב אריה לוין. נולדו להם שני בנים: יעקב שלמה, עיתונאי ברשות השידור וזוכה פרס ישראל ויוסי (יוסף דב), עיתונאי אף הוא, חבר הכנסת לשעבר מטעם הליכוד ויו"ר מכון ז'בוטינסקי.