ההיסטוריונים הרומאיים בני התקופה חלוקים בדעותיהם לגבי פרניס ומעשיו. קסיוס דיו מתאר אותו כאדם מסור שניסה לנהל כיאות ולהבטיח את הסדר באימפריה. לעומת זאת הרודיאנוס מתאר את פרניס באופן השלילי ביותר, כאדם תאב בצע וחסר מעצורים שהשתמש בכוחו לחסל יריבים ולצבור רכוש רב על ידי גזל וגניבה. לדברי הרודיאנוס פרניס תכנן לתפוס את כיסא הקיסר וקידם לצורך זה את בניו לתפקידי פיקוד על לגיונות באזור הדנובה. פרניס לא שרד זמן רב. הטעות הראשונה שעשה הייתה למנות קצינים מבין מעמד הפרשים למפקדי לגיונות - תפקיד שהיה שמור לבני משפחות הסנטורים. שלושה חברו כנגד פרניס - קלנדרוס, משרתו האישי החדש של קומודוס, שקרבתו לקיסר הגבירה את תאבונו לכוח.כ 1500 חיילים וקצינים מבריטניה שהגיעו לרומא ודרשו את הדחתו של פרניס ומספר קצינים באיליריה ששלחו שליחים לרומא עם פרטים על תוכניתו של פרניס לתפוס את השלטון. קלנדרוס שיכנע את קומודוס שפרניס קשר כנגדו והסנאט שמח לשפוט אותו למוות. המפקדים הפרטוריאניים שמונו לאחר מכן הוחלפו בתדירות גבוהה, כך שלא יכלו לצבור כוח.
בשנת 186 מונה קלנדרוס עצמו למפקד המשמר. זו הייתה הפעם הראשונה שעבד משוחרר מילא תפקיד זה. לקלנדרוס הוצמד השם "על הפגיון" (לטינית: pugione) על ידי אויביו, רוצה לומר "רב טבחים" ולפי חוקרים אחרים מדובר בשם הרשמי של תפקידו, וההשערה היא שתחתיו שירתו שני מפקדים זוטרים וה"דרגה החדשה" הצביעה על היותו מפקד-על של המשמר הפרטוריאני. קלנדרוס, שיכור מכוח, פרק כל עול ועסק במכירה סיטונית של משרות ציבוריות לכל המרבה במחיר. חלק מהכספים הלכו למימון ההוצאות על גחמות הקיסר שלא ידע שובע. בנוסף לכך נאספו כספים מהאצולה על ידי רציחתם של סנטורים עשירים והחרמת כספם. באביב 190 סבלה רומא ממחסור במזון. מושל העיר - יריבו של קלנדרוס, הצליח להסיט את האשמה ממנו ולההצביע על קלנדרוס כמי שאחראי למצוקה. באפריל 190, במהלך אירוע ציבורי החל ההמון לקרוא בגנות קלנדרוס, שפקד על חיילי המשמר הפרטוריאני לדכא את המחאות. תחילה נהדפו האזרחים אל תוך העיר אך שם התארגנה התנגדות שהצליחה לפגוע בפרשים בירי קלעים מהחלונות והגגות. החיילים הרגליים של המשמר שהיו עוינים ליחידת הפרשים על רקע מתיחות בתוך שורות המשמר החליטו שלא לפעול כנגד האזרחים. המהומות התפשטו בעיר והפכו לקרבות פנים אל פנים בין האזרחים לחיילי המשמר שסבלו מנחיתות מספרית ונאלצו לסגת תחת הלחץ. המוני האזרחים החלו לצבוא על דלתות הארמון. קומודוס החליט להציל את עורו ומסר את קלנדרוס לידי ההמון, שעשה בו שפטים.
שנת חמשת הקיסרים.
אחרי נפילתו של קלנדרוס עבר השלטון באימפריה אל משרתו האישי ופילגשו של קומודוס והמפקד החדש של המשמר הפרטוריאני קווינטוס אימיליוס לייטוס (Quintus Aemilius Laetus). השלושה המשיכו במדיניות קודמיהם ודאגו למלא את כל רצונותיו של קומודוסף שבשלב זה איבד כל קשר למציאות והגיע לשיאים של אכזריות וטירוף. הם שיתפו פעולה ביניהם וכאשר הוברר להם כי גורלם נחרץ הם קשרו לרצוח את קומודוס ביום 29 בדצמבר 192. מיד לאחר הרצח הוציאו הקושרים את הגופה מהארמון ופנו לפרייפקטוס העירוני של רומא פרטינקס שבתחילה סירב להצעה כיוון שסבר שמדובר במזימה מצד קומודוס לבחון את נאמנותו, אולם לאחר שהשתכנע שקומודוס אכן מת, הסכים לקבל את התפקיד.
מותו של קומודוס פתח תקופה של מאבק על השלטון שמזכירה את אירועי שנת ארבעת הקיסרים אחרי מותו של נירון. קיסר חסר תמיכה הורד בכוח מהבימה מבלי שנקבע מועמד מקובל על הכוחות השונים שניהלו את האימפריה. לכאורה היה הסנאט מקור הכוח העיקרי ומקור הבסיס החוקי לשלטון הקיסר אך גורם זה איבד לחלוטין את מעמדו בתהליך שהחל עם שלטון הפרינקפס ובכוח עבר למוקדי הכוח הממשי: הצבא על יחידותיו ומפקדיו השונים . בראש הפירמידה עמד המשמר הפרטוריאני שהיה מוצב ברומא עצמה. ההיסטוריונים הרומאיים לא חוסכים את שבט לשונם מהמשמר הפרטוריאני ומתארים את מפקדיו ואת המשמר כחסרי משמעת ואדישם לגורל האימפריה. הרודיאנוס קובע כי מה שהנחה את המשמר הפרטוראני היו תאוות-בצע, אהבת הביזה ושחיתות מוסרית. קסיוס דיו קובע כי קרבתם של חיילי המשמר הפרטוריאני למנעמי החיים ברומא גרם לכך שהם איבדו את יכולתם כחיילים קרביים והפכו ל"חיילי שוקולד"
לאחר רצח קומודוס לקח מפקד המשמר לייטוס את פרטינקס אל מחנה המשמר הפרטוריאני על מנת להציג לחיילים את הקיסר החדש. החיילים, שהתרגלו למנעמי החיים תחת שלטון קומודוס, לא היו נלהבים לקבל את פרטינקס, שהיה ידוע כמפקד המקפיד על המשמעת, כקיסר, אך התרצו לאחר שלייטוס הבטיח להם סכום כסף גדול. מהר מאוד התברר ללייטוס שאין בסיס לתקוותו שפרטינקס יהיה שליט בובה כמו קומודוס והוא התחיל להסית את חיילי המשמר הפרטוריאני נגד הקיסר החדש. הקשר נתגלה בעקבות הלשנה של עבד, ומספר קצינים של המשמר הפרטוריאני הוצאו להורג. ביום 28 במרץ התפרצה לארמון קבוצת חיילים מהמשמר הפרטוריאני, פרטינקס ניסה לדבר על ליבם ודרוש מהם משמעת וסדר אך אחד החיילים דקר את הקיסר ורצח אותו. על פי קסיוס דיו, לצידו של הקיסר עמדו מספר חיילי משמר מיחידת הפרשים הקיסרית אך הוא העדיף שלא להפעיל אותם.
לאחר רצח פרטינקס ערך המשמר הפרטוריאני מכירה פומבית לתפקיד הקיסר. טיטוס פלאביוס סולפיקיאנוס, שתפקידו הפוליטי איפשר לו לדרוש את הכתר, פנה למשמר הפריטוריאני עם הצעה של 20,000 מטבעות לכל חייל אם יהפוך לקיסר. במקביל בא למחנה דידיוס יוליאנוס, קונסול בעל רכוש רב, מלווה בשני טריבונים, לבקש את תמיכת המשמר במינויו לקיסר. תחילה הוא לא הורשה להיכנס למחנה. הוא עלה על סולם ונשא נאום מעבר לחומה. שני המועמדים מטעם עצמם ניהלו מכירה פומבית על כס השלטון ובסופה זכה דידיוס בתואר. קציני המשמר ליוו את הקיסר החדש לסנאט ושם אושר מינויו, אזרחי רומא התנגדו למינוי והפגינו ברחובות העיר אך המשמר הפרטוריאני הגן על מועמד-המחמד שלהם
תחילה נראה היה כי מפקדי הצבא שבפרובינציות משלימים עם רציחתו של קומודוס ועם מינויו של פרטינקס אך משהגעו הידיעות על התוהו ובוהו השלטוני ברומא, רציחתו של פרטינקס ועלייתו לשלטון של דידיוס יוליאנוס, ראה עצמו כל אחד ממפקדי הגושים העיקריים של הצבא חופשי מחובתו לקיסר ומועמד ראוי לכס השלטון. ספטימיוס סוורוס מפקד הלגיונות בפנוניה כינס את חייליו ותיאר בפניהם את השתלשלות האירועים ברומא, תיאר את רציחתו של פרטינקס, אותו הוא תיאר כמשרת נאמן של האימפריה, וגינה את התנהגות המשמר הפרטוריאני "המפונקים" שבגדו באזרחי האימפריה ובקיסר וקרא לצאת ולהעניש אותם. הוא הוכרז כקיסר על ידי הלגיונות והחל במסע לרומא תוך שהוא אוסף תומכים ומחסל מתנגדים מקרב מפקדי הצבא. שליחיו, שהקדימו את הצבא, נשאו מכתבים ובהם המסר שספטימיוס סוורוס עושה דרכו לרומא לנקום את מותו של הקיסר ולהעניש את הפרטוריאנים שבגדו בו ואת דידיוס יוליוס שתפס את הכסא. מהלכיו המהירים של סוורוס הביאו אותו אל תוך איטליה ומול חומות רומא מבלי שיהיה לקיסר אפשרות לארגן התנגדות יעילה. יוליוס הכריז על סוורוס כאויב רומא- באישור הסנאט מינה מפקדים חדשים לצבא והוציא להורג את לייטוס ומרקיה באשמת רצח קומודוס. יוליוס איבד שליטה על העיר ועל הסנאט. סוורוס הורה לפרטוריאנים, עוד בטרם כניסתו לרומא, לאסור את יוליוס ואחד החיילים רצח אותו.
תקופת השושלת הסוורית.
תחת שלטון ספטימיוס סוורוס.
מיד עם עלייתו לשלטון נקט סוורוס סדרת צעדים כנגד המשמר הפרטוריאני: הוא מינה מפקדים חדשים למשמר וציווה על חיילי המשמר להתכנס מחוץ לעיר, לכאורה על מנת להישבע אמונים לקיסר ,אך באותו זמן יחידה מחייליו פשטה על מחנה המשמר ותפסה את כל הנשק שאוכסן שם. חיילים אחרים מלגיונות הדנובה תפסו את חיילי המשמר הפרטוריאני שחיכו לבואו של הקיסר. ספטימיוס סוורוס עלה על במה ופתח בנאום מאשים ותקיף כנגד המשמר והפרטוריאניים- הוא האשים אותם ברצח פרטינקס, תמיכה ברוצחי הקיסר ושיתוף פעולה עם בוגדים. הוא הכריז על פירוק המשמר, פיטורי חייליו ומפקדיו והודיע כי הם מגורשים מרומא ומנועים מלהתקרב לעיר. צעדים היו הלכה למעשה פירוק המשמר הפרטוריאני, ששימש במשך 200 שנים רצופות כיחידת שומרי הראש הקיסרית ויחידת עילית שכל שאר חיילי הצבא קינאו בחייליה.יחד עם זאת, ספטימיוס סוורוס לא שינה את שם היחידה ולא את המסגרת הצבאית. הוא שינה את הרכב המשמר ובמקום טירונים שגויסו רק באיטליה הוא מילא את שורות המשמר ב 1500 חיילים ותיקים נאמנים ומצטיינים מקרב לגיונות הצבא שעל גבול הדנובה, שרובם היו יוצאי הפרובינציה איליריה. צעד נוסף להחלשת השפעת כוחו של המשמר הפרטוריאני היה הצבת לגיון של הצבא בעיר אלבה הסמוכה לרומא, זאת בניגוד להסדר של אוגוסטוס שקבע כי הקוהורטות של המשמר הפרטוריאני יהיו הכוח הצבאי היחיד שבסיסם הקבוע באיטליה, עובדה שממנה נגזר בדיעבד כוחו הרב של המשמר במשחקי הכוח ברומא. השירות במשמר הפרטוריאני הפך חלק ממערך הצבא הרגיל של האימפריה הרומית, החיילים קיבלו קידום על פי שיטת הקידום והתגמול של שאר הלגיונרים וחיילים מכל קצוות האימפריה יכלו להיות מגויסים לשורות המשמר. מאידך גיסא המשמר נשלח למשימות צבאיות רגילות ברחבי האימפריה ושהה פחות ופחות במחנה המשמר ברומא. למעשה, המשמר דמה יותר ליחידות המשמר של תקופת סוף הרפובליקה.