אחד המחקרים המתפרסמים בספר זה עוסק באסטרטגיות לבחירת בני זוג שהיו נהוגות בפזורה הספרדית ובשינויים שהתרחשו בהן במהלך המאה ה-18. קפלן מנתח את השיח המשתנה בתקנות הקהילות של אמסטרדם, המבורג, לונדון, בורדו וקוראסאו נגד קידושי סתר וכחש ומראה כיצד ניתן להבחין בשינוי ערכים שהתחולל בחברה הספרדית בכל הנוגע ליחס כלפי מעורבות ההורים בבחירת בני הזוג של בניהם ובנותיהם (עמ' 107–138). הפרק האחרון של הספר מוקדש לפרשת החרם נגד הקראים בקהילת אמסטרדם בשנת 1712. פרשה זו לא הייתה ידועה במחקר וקפלן, שחשף אותה מתוך חומר תעודי שגילה בארכיוני אמסטרדם, עמד על משמעות הזיקה לקראות אצל אנוסים לשעבר שביקשו לדבוק ביהדות "מטוהרת" מהשפעות רבניות (עמ' 139–191).
מנוצרים חדשים ליהודים חדשים.
על ספר זה, שראה אור בתשס"ג בהוצאת מרכז זלמן שזר, זכה קפלן בפרס בן-צבי לשנת 2003. בנימוקי השופטים נכתב: .
הספר הוא גרסה מורחבת ומתוקנת של חיבור שיצא לאור בשפה האנגלית בהוצאת בריל בשנת 2000
The Alternative Path to Modernity, The Western Sephardi Diaspora in the Seventeenth Century
(הדרך האלטרנטיבית למודרנה, הפזורה הספרדית המערבית במאה ה-17). הספר כולל 12 פרקים הדנים בסוגיות שונות בתולדות האנוסים שחזרו ליהדות. הפרק הראשון (עמ' 13–38) מתמקד במתח בין מסורת ושינוי, שטבע את אותותיו על מהלך ההיסטוריה של הקהילות הספרדיות במערב לאורך כל העת החדשה המוקדמת. הוא כולל גם דיון מקיף בדימוין של קהילות אלה בהיסטוריוגרפיה היהודית. בפרק השני (עמ' 39–64) מנתח קפלן את הדרך בה השתקפה הקהילה הספרדית בעיני אומנים הולנדים של המאה ה-17. במרכז הפרק עומדות שלוש התמונות של בית הכנסת הגדול באמסטרדם שצייר עמנואל דה וויטה. במקביל דן המחבר במאמצים שהשקיעה האליטה החברתית של הקהילה הספרדית כדי להציג בעיני הסביבה הלא-יהודית דימוי מכובד ומעודן של הפולחן והמסורת הדתית היהודיים. בפרק הרביעי (עמ' 65–94) פרש קפלן ביריעה רחבה את ההשקפות הבדלניות שטיפחו היהודים הספרדים במערב כלפי יהודים בני עדות אחרות. השקפות אלה תורגמו לחיי היום יום בשורה של אמצעים מעשיים שננקטו כדי להיבדל מהיהודים האשכנזים. הפרק הרביעי (עמ' 95–133) הוא מחקר מפורט על הדרך בה הקהילה הספרדית באמסטרדם התייחסה אל הפליטים האשכנזים שהגיעו לעיר ממרכז אירופה בימי מלחמת שלושים השנים ובימי המלחמות שפקדו את פולין בין השנים 1660-1648. הפרק החמישי מנתח את התפקידים החברתיים של החרם בקהילה באמסטרדם לאורך כל המאה ה-17, כשהפרנסים הרבו להשתמש בעונש זה ולהפעילו על מגוון רחב של עבירות. בין היתר מתואר בו היחס של השלטון העירוני אשר במספר הזדמנויות כפה על הפרנסים לבטל חרמות מסוימים ודרש מהם לנהוג באיפוק בשימוש בחרם. הפרק השישי (עמ' 167–178) עומד על ההתפתחויות בקהילת הספרדים באמסטרדם ביחס אל הסטייה ואל עונש החרם במאה ה-18 ובפרק השביעי (עמ' 179–191) הוא דן באפיוניה של היהדות הספרדית בלונדון בתחילת דרכה. הפרק השמיני (עמ' 192–215) סוקר את מקומו של החרם בקהילה הספרדית בהמבורג ומנתח שורה של עונשים חלופיים שנהגו להשתמש בהם שם נגד עבריינים וסוררים. בפרק התשיעי (עמ' 216–231) קרע קפלן אשנב אל עולמם של הסטודנטים היהודיים באוניברסיטת ליידן במאה ה-17. על סמך עיון במסמכי הארכיון של האוניברסיטה חשף את מסלול הלימודים של קבוצת סטודנטים ספרדים באמסטרדם שלמדו רפואה בליידן לאחר שקיבלו הכשרה רפואית מסוימת אצל רופאים יהודים באמסטרדם. בפרק העשירי (עמ' 232–256) מציג קפלן מספר תעודות חדשות על ההשפעה של השבתאות על יהודי אמסטרדם. התעודות שופכות אור חדש על יחסה של הקהילה הספרדית כלפי שבתי צבי ותנועתו. אמנם רוב מכריע של חברי הקהילה קיבלו בהתלהבות את הבשורה של המשיח מאיזמיר, אך משנודע להם על התאסלמותו של שבתי צבי שינו את יחסם כלפיו. קומץ מאמינים שהושפעו מאוד ממשנתו של אברהם מיכאל קארדוזו, שהיה אף הוא אנוס שחזר ליהדות, נותר נאמן לשבתי צבי גם לאחר המרתו. בפרק האחד עשר (עמ' 257–299) הרחיב קפלן את הדיון באימפקט של הקראות על היהודים הספרדים במערב בעת בראשית העת החדשה. הפרק השנים עשר (עמ' 300–320) מוקדש לבהלת הניאוף שפקדה את הקהילה באמסטרדם בשלהי המאה ה-18. באותם ימים הוחרמו שם מספר גברים ונשים שנחשדו בעבירת ניאוף. הניסוחים בכתבי החרם ובהכרזות שהוקראו בבית הכנסת מלמדים על החמרת הגישה כלפי עבירות בתחום חיי האישות.
ציפיות שווא של היהודים כפי שהתגלו בדמותו של שבתי צבי – חיבור מאת תומאס קונן.
בשנת תשנ"ח יצא לאור במרכז דינור של האוניברסיטה העברית בירושלים תרגום עברי של הכרוניקה ההולנדית שחיבר הכומר הקלוויניסטי ההולנדי תומאס קונן על התנועה השבתאית. קפלן כתב את המבוא למהדורה זו והוסיף הערות רבות לטקסט. הכרוניקה נכתבה באיזמיר בימי השיא של ההתעוררות המשיחית הגדולה. קונן היה הכומר של העדה הקלוויניסטית ההולנדית במקום, שחבריה היו סוחרים הולנדיים שהתגוררו בלבנט. קפלן חשף פרטים על חייו ואישיותו של קונן ועל הנסיבות שבהן כתב את ספרו, שנחשב לאחד המקורות החשובים ביותר לחקר השבתאות בשנותיה הראשונות.
היחס ליהודים וליהדות אצל סמואל הארטליפ ובני חוגו.
בשנת 1998 הוזמן קפלן להשתתף בסמינר חוקרים באוקספורד, שהתקיים בקולג' "אול סואולס", על היבטים שונים בפעילותו הציבורית של ההוגה הפרוטסטנטי סמואל הארטליב, מילינריסט שפעל בלונדון בימי המהפכה הפוריטנית. הארטליב הותיר אחריו ארכיון עשיר ביותר, הנמצא כיום באוניברסיטת שפילד שבאנגליה. קפלן הרצה בסמינר על היחס של הארטליב ובני חוגו ליהודים וליהדות. הארטליב היה מקורב למילינריסטים אחרים וביניהם קומניוס, ג'ון דיורי, פטר סראריוס ואחרים. מתוך צפייה לבואו של המשיח הנוצרי בשנית, שאמור היה להתרחש ב-1656-1655, הם ביקשו לנקוט בשורה של צעדים כדי להכין את הנצרות לקראת העידן המשיחי. בין היתר הם ביקשו ללכד את השורות של הנצרות הפרוטסטנטית ולהכשיר את הלבבות של המאמינים הנוצרים על ידי פעילות חינוכית ענפה. פעילות זו כללה לא רק לימוד מעמיק של כתבי הקודש, לחשיפת סודות הגאולה המתממשת וקרבה, אלא גם חינוך מדעי מקיף, כדי שהמאמינים יוכלו לפענח גם את סוד הבריאה. המילינריסטים הועידו מקום חשוב ביותר ליהודים בתהליך הגאולה. העם הנבחר משכבר אמור היה לקבל סוף סוף את בשורתו של ישו ולהתנצר, ובו בזמן לחזור למעמדו הבכיר הקדום. הארטליב, שלא ידע עברית ולא הכיר יהודים, גייס את תמיכתם של כמה ממקורביו וניסה לקדם שורה מפעלים להכשרת לבבות היהודים. כמה מן המקורבים האלה נעזרו ברבנים יהודים ספרדים, דוגמת מנשה בן ישראל, שאמנם לא היו שותפים להשקפות של הארטליב אך ניסו להפיק תועלת מהיחס האוהד שגילה כלפי היהדות.
מפעליו הנוכחיים.
קפלן הוא חבר המערכת של האנתולוגיה ע"ש פליקס פוזן על התרבות היהודית שתצא לאור בעשרה כרכים בבית ההוצאה של אוניברסיטת ייל. הוא העורך של הכרך החמישי שעוסק בתרבות היהודית בעת החדשה המוקדמת בשנים 1500–1750.
ספרים שכתב.
1. יצחק קארדוזו, מעלות העברים. תרגם מספרדית והוסיף מבוא והערות יוסף קפלן. ספריית 'דורות', מוסד ביאליק, ירושלים, תשל"ב, 151 עמ'.
2. מנצרות ליהדות: חייו ופעלו של האנוס יצחק אורוביו די קאסטרו, הוצאת מאגנס, ירושלים, תשמ"ג, xi + 463 עמ'.
3. הפזורה הספרדית המערבית, משרד הביטחון – ההוצאה לאור, בית התפוצות, תל אביב 1994, 140 עמ'.
4. Judíos Nuevos en Amsterdam. Estudios sobre la historia social e intelectual del judaísmo sefardí en el siglo XVII, Gedisa, Barcelona 1996, 191 pp.
5. An Alternative Path to Modernity. The Western Sephardi Diaspora in the Seventeenth Century. E.J. Brill, Leiden 2000, ix + 309 pp.
ספרים שערך.
1. היהודים הפורטוגיזיים באמשטרדם במאה השבע-עשרה, תערוכה לציון מלאת שלוש מאות שנה לחנוכת בית-הכנסת הספרדי באמשטרדם, בית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי, ירושלים תשל"ה, 74 + 68 עמ' (עברית ואנגלית).
2. (עם ר' וייזר), מאוצרות ספריית עץ חיים / מונטזינוס ליד בית המדרש היהודי הפורטוגלי "עץ חיים", אמשטרדם. תערוכה, בית הספרים הלאומי והאוניברסיטאי, ירושלים תש"ם, 9 + 119 עמ' (עברית ואנגלית).
3. Jews and Conversos. Studies in Society and the Inquisition, Magnes Press, Jerusalem 1985, 236 pp.
4. (עם א' מירסקי וא' גרוסמן), גלות אחר גולה. מחקרים בתולדות עם ישראל מוגשים לפרופ' חיים ביינארט למלאות לו שבעים שנה. מכון בן צבי לחקר קהילות ישראל במזרח, יד יצחק בן-צבי והאוניברסיטה העברית בירושלים, ירושלים תשמ"ח, 598 עמ'.
5. (עם מ' שטרן), התבוללות וטמיעה: המשכיות ותמורה בתרבות העמים ובישראל והאומות, מרכז זלמן שזר, ירושלים תשמ"ט, 260 עמ'.
6. (with H. Méchoulan and R.H. Popkin), Menasseh ben Israel and His World, E.J. Brill, Leiden 1989, ix + 278 pp.
7. (with A. Mirsky and A. Grossman), Exile and Diaspora. Studies in the History of the Jewish People Presented to Professor Haim Beinart on the Occasion of his Seventieth Birthday, The Ben-Zvi Institute-Consejo Superior, Jerusalem and Madrid 1991, 270 pp.
8. (עם ד' כ"ץ), גירוש ושיבה: יהודי אנגליה בחילופי הזמנים, מרכז זלמן שזר, ירושלים תשנ"ד, 163 עמ'.
9. (עם י"ט עסיס), דור גירוש ספרד, מרכז זלמן שזר, ירושלים תשנ"ט (עברית ואנגלית), טו + 322 + 171 עמ'.
10. (with C. Brasz), Dutch Jews as Perceived by Themselves and by Others, E.J. Brill, Leiden 2001, xiv + 457 pp.