על פי המקרא קהילות יהודיות באזור שמעבר לכוש היו קיימות עוד במאה ה-8 לפנה"ס. בין חוקרי אתיופיה קיימת הסכמה כללית כי היהודים והיהדות היו קיימים באתיופיה הקדומה, אך מקורם ותולדותיהם אינם ידועים ועל כך קיימות השערות מגוונות. המחלוקת העיקרית במחקר הוא על טיב הקשר האתנו-דתי שבין אותם יהודים קדומים לבין היהודים שהופיעו לראשונה על הכתב במאה ה-9 אצל אלדד הדני ובמאה ה-14 במקורות האתיופים. בשאלה זו קיימות שתי אסכולות מרכזיות בקרב ציבור החוקרים - אסכולת 'הגולה הנידחת' ואסכולת 'הסיעה האתיופית'. אסכולת 'הגולה הנידחת' סבורה כי ביתא ישראל הם קבוצה יהודית שגלתה בעבר הרחוק לאתיופיה ושמרה על זהות יהודית מובחנת ומובדלת מסביבתה הנכרית במשך כל שנות קיומה. כך התייחסו הנוצרים האתיופים לביתא ישראל וכך סברו ראשוני השליחים והחוקרים שפגשו את בני העדה בכפריהם, לרבות יוסף הלוי, יעקב פייטלוביץ, קרלו אלברטו ויטרבו, וולף לסלאו, שמואל בארי, חזי עובדיה ומנחם ולדמן. הזיקות הרבות בין ההלכה היהודית הקדומה והלכות ביתא ישראל מחזקות סברה זו. בטיבן של הלכות ביתא ישראל ובזיקתן להלכה הקדומה המוכרת לנו מספרות בית שני עסקו בין היתר החוקרים אהרן זאב אשכולי, ג'יימס קווירין, מרדכי וורמברנד, דניאל שפרבר, יואל בן נון, מאיר בר-אילן, יוסי זיו ושרון שלום. בנוסף עמד יצחק גרינפלד על הזיקות הלשוניות בין לשונותיהן של ביתא ישראל למגוון שפות שמיות. מנגד, אסכולת 'הסיעה האתיופית' סבורה כי מוצאה של ביתא ישראל בכת שמרדה בשלטון השושלת הסולומונית וכפרה ביסודות האמונה הנוצרית במרוצת המאות ה-14, ה-15 וה-16. על פי סברה זו, ההלכות היהודיות שחלחלו מן היהדות לתוך הכנסייה האורתודוקסית האתיופית היוו בסיס לחומרות מהן התעצבה הלכת ביתא ישראל. כמו כן, הביטויים "יהודים", "ישראלים" ו"גולים" המתארים את ביתא ישראל בכתבים נוצריים אינם אלא כינויי גנאי ששימשו להצדקת רדיפתם. סברה זו מתיישבת עם העובדה כי כתבי הקודש של ביתא ישראל, המצהף קדוס, כתובים געז ובחלקם ניכר כי נוכשו מהם אזכורים של ישו. כהני ביתא ישראל העידו אמנם כי נאלצו לגייר את ספרי הקודש הנוצריים לאחר שספריהם העבריים הוסתרו או הושמדו בתקופת האינקוויזיציה האתיופית, אולם עד כה לא אותרו ספרים כאלה. על אסכולה זו נמנים החוקרים סטיבן קפלן, קיי קאופמן שלמיי והגר סלמון. בעוד חסידי 'הגולה הנידחת' בקיאים לרוב בהלכה היהודית לדורותיה וחסידי 'הסיעה האתיופית' בקיאים לרוב בתולדות אתיופיה, אין כיום (2019) חוקרים פעילים המשלבים בקיאות בתולדות ההלכה היהודית עם בקיאות בתולדות האמונה הנוצרית באתיופיה.
לביתא ישראל ישנן מספר מסורות על מוצאה, אשר ברובן מודגש כי היהודים הגיעו גלים גלים לאתיופיה, בעיקר דרך הנילוס ויובליו. חלק ממסורות אלו קושרות את הגעת היהודים לאתיופיה לסיפור פמליית מנליק המובא בכבר נגשת, בין היתר בכמה גרסאות יהודיות, כאשר חלקן מוסיפות לו הגירה מחצי האי ערב. מסורות אחרות, מורכבות יותר, מחזיקות כי גלי ההגירה של רבים משבטי ישראל, בעקבות כיבוש ארץ ישראל על ידי האשורים במאה ה-8 לפנה"ס ועל ידי הבבלים במאה ה-7 לפנה"ס, הם שיצרו את קהילת יהודי מצרים, שחלקים ממנה היגרו מאוחר יותר לאזור שמדרום לכוש.
לפי מסורת אלו היהודים שהיגרו ממצרים מהאי יב שעל גבול סודאן והקריבו קורבנות פסח התיישבו באזור סנאר שבאי של מרואה שנמצא בכוש היא סודאן והמליכו על עצמם שושלת מלכים יהודים שהחזיקו בתואר אבתרה. לאחר מכן, בעקבות מלחמות תכופות ופלישות של העמים המקומיים דוברי השפות נילו-סהריות , היהודים היגרו דרומה לעבר חבש בשני נתיבים מרכזיים, נתיב אחד דרך התכזה לאדיבו ואקסום ונתיב שני דרך יובלי הנילוס הכחול לקווארה ואגם טאנה. לפי החוקר מרקוס לואיס המזהה את אבות ביתא ישראל עם הגדוד המצרי, אסמח שמם של היהודים מ יב ב מצרית עתיקה. ההתפשטות החלה לפני אמצע המאה ה-4 לפנה"ס. חבש עצמה הייתה מיושבת במקור בקבוצות אגאו פגניים. חלק מאוכלוסייה זו קיבל במרוצת הדורות, אחר הגירת היהודים, את דת ישראל, ואילו אחרים, כגון הכמנתים, ספגו מנהגים יהודים, אך סירבו לקבל את היהדות.
לאחר ההתפשטות, אזורי ההתיישבות חולקו בין שליטים מקומיים. את האזורים סנאר, קסלה, קווארה, אצ'פר והחוף הדרומי של אגם טאנה קיבל השליט "הת" . את אדיבו, ולקאית, סגדה, סמין, וגרה, ארמצ'הו, צ'ילגה, סקלט, דמביה ובגמדיר קיבל השליט "גדעון"; והשליט עדאל קיבל את האזורים וג, לסתה, יג'ו והאיק. במקביל לכך חיו בצפון חבש, בעיקר באריתריאה וצפון תיגראי, החבשים, שעם הזמן החלו להתפשט עם תרבותם דרומה לאזורי האגאו וביתא ישראל. אוכלוסיות אלו היו לבסיס שעליו הושתתה האימפריה החבשית.
הגדעונים.
במאה ה-4 ממלכת אקסום המירה את דתה לנצרות ובעקבות כך פרץ סכסוך בין השלטון לבין מורדים יהודים שכונו "ביתא ישראל". בראש המורדים עמד פינחס, מצאצאי גדעון ויורשו. פינחס והמורדים היהודים נמלטו להרי סימן ושם כוננו מחדש את ממלכתם. כתובת מתקופה זו מתארת כניעה והעלת מס של סמין לאקסום.
בשטחי גדעון ותחת שלטון צאצאיו ("הגדעונים") החלו להתגבש אוכלוסיות שבטי היהודים. על פי תפיסת הקהילה שושלת הגדעונים היא השושלת הסולומונית האמיתית מכיוון שלא בגדה ביהדות, בניגוד לשושלת החבשית שקיבלה על עצמה את עול הנצרות ולכן אינה לגיטימית. בשל תפיסה זו יהודי ביתא ישראל נתפסו בעיני החבשים כמורדי מלכות.
במאה ה-6 התרחשה נקודת שבר נוספת בין הנוצרים ליהודים שבסופה הופרדו שתי הקהילות. בשלהי המאה ה-9 ביקר באזור הנוסע היהודי אלדד הדני ותיאר ממלכה יהודית עצמאית הנלחמת כנגד שכנותיה הנוכריות. במאה ה-10 הדפו היהודים תחת שלטון יהודית פלישה חבשית, כבשו את אקסום בסיוע בעלי בריתם הפגנים מבני האגאו והשליטו את שלטונם למשך כ-40 שנה. במחצית המאה ה-12 עלתה לשלטון בחבש שושלת זאגווה, ובתקופתם החלה חדירה אתיופית לשטחי גדעון. ההתפשטות הייתה לאזור בגמדיר על חופה המזרחי של אגם טאנה. בשלהי אותה המאה דיווח בנימין מטודלה על יהודי האזור הנלחמים כנגד ממלכת , ובשלהי המאה ה-13 דיווח גם מרקו פולו על הימצאות יהודים באזור.
בסוף המאה ה-13 עלתה לשלטון השושלת הסולומונית והתחילה לבסס עצמה באמצעות מסעות כיבוש והפצת הנצרות בממלכות פגניות, מוסלמיות ויהודיות. במאה ה-14 התבצעה פעילות מיסיון נוצרי בקרב יהודי שאווה שמחוץ לשטחי גדעון והוקמו בקרבם כנסיות ומנזרים. באותה מאה פלשו האתיופים לאזורי היהודים אשר בשטחי גדעון וכבשו את הנותר מבגמדר, את וגרה ודמביה. כדי לבסס את הכיבוש הקימו האתיופים מוצבים צבאיים בסקלט וגונדר. בעקבות זאת, פרץ מרד יהודי אשר דוכא ביד קשה והוביל גם לפעילות מוגברת של המיסיון באזור. עד המאה ה-15 התרחשו באזור קרבות דומים. במאה זו התנהלה בווגרה אחת הלחימות העיקשות ביותר, שבסופה הוצאה גזרת הפלאשים והוקמו מרכזים נוצריים רבים. התנגשויות נוספות בין הצדדים המשיכו לסירוגין עד לפלישת גארן שבה היה שיתוף פעולה כנגד אויב משותף.
בשלהי המאה ה-16 התחילו האתיופים להעביר את בירתם הנודדת לאזורי גדעון, בתחילה לגוזרה שבאמפרז, לאחר מכן לגורגורה, ואז לגומנגה הממקומת אף היא בדמביה. העברת עיר הבירה הייתה כרוכה בתהליכי אמהריזציה והתנצרות היהודים והפגנים המקומיים. היהודים ובראשם המרכז היהודי העצמאי בסימן חשו מאוימים מהעברת המרכז האתיופי לאזורם והחלו במספר תגובות צבאיות. מערכות אלו, שחלקם צלחו, דוכאו באכזריות ודרבנו את האתיופים להעביר את בירתם ללב ההתיישבות היהודית. בתחילת המאה ה-17 התרחשה הלחימה היהודית האחרונה, שבה נכבשה סימן. עם הכיבוש הוגלה המלך היהודי לוונאצ'י, כאשר חלק ממשפחת המלוכה נס לקווארה. בנוסף לכך, הוצאו צווים להשמדת היהודים והיהדות.
תקופת גונדר.
בתקופת התחייה בוטלו הצווים והוקמה בלב האזור היהודי העיר גונדר, תוך הנהגת מדיניות סגרגציה בין הקבוצות האתנו-דתיות. מנקודה זו ואילך ביתא ישראל החלו להשתלב בחברה החבשית הודות לכישוריהם בבנאות, נפחות, קדרות, אומנות ואריגה, מקצועות שחלקם נחשבו בזויים בעיני החבשים. היהודים השתלבו במערכת הצבאית, הכלכלית והשלטונית, והפכו לקבוצה משפיעה שזכתה להגנת הקיסרות. במקביל לכך באזורי גדעון המסורתיים המשיכו תהליכי האמהריזציה, ובשלהי התקופה האזור היה כבר ל"אזור אמהרי מסורתי" וחלק בלתי נפרד מהאימפריה האתיופית. החל מסוף המאה ה-18 האימפריה נכנסה לתקופת השופטים שבה החלו מושלי המחוזות לצבור כוח על חשבון השלטון המרכזי, וההגנה לה זכתה הקהילה נעלמה. בהמשך התקופה היהודים החלו לרדת במעמדם והחבשים החלו לזהותם בשל עיסוקיהם העיקריים כבודה. התגובה היהודית לכך הייתה ניתוק כמעט כולל מחיי החברה החבשית והסתגרות בתוך עצמה.
מיסיון והתחדשות.
בראשית המאה ה-19 הגיע לאתיופיה המיסיונר סמואל גובאט, שנפגש עם ביתא ישראל ותיאר אותם בכתב. בעקבות המפגש ארגן גובאט משלחת מיסיון לקהילה. המשלחת המיסיונרית החלה לפעול ב-1860 ונוהלה בידי מיסיון הכנסייה ליהודים. ב-1862 שלחה גם הכנסייה הסקוטית מיסיון מטעמה. עמידת ביתא ישראל למול המיסיונרים הובילה לגירושם מכפריהם ולפולמוסים דתיים סביב מנהגי הקהילה, לרבות הקרבת הקרבנות. ב-1862, בעקבות משיחיות שאחזה בקהילה, הוביל הנזיר אבא מהרי ניסיון לעלות לארץ ישראל, אך הוא כשל. ב-1868, הגיע יוסף הלוי לביתא ישראל, בשליחות רבני יהדות התפוצות, כדי לבחון את מצבם נוכח המיסיון. במחצית השנייה של המאה התרחש הזמן הרע, שבע שנים רצופות של בצורת, מלחמות ומגיפות שבו נספו כשני שלישים מן היהודים.