מכמן מנתח את ההיסטוריוגרפיה של נושא השואה לפי פרמטרים של בעיות חשיבה היסטורית, למשל כיצד בונים סיבתיות. הוא בודק את הסמנטיקה המשתנה של מושגים לאורך זמן, למשל: מה מבינים היסטוריונים שונים במילה 'שואה'. מכמן מצא, כי על אף השימוש באותה מילה, המשגתה משתנה מחוקר אחד למשנהו. ליאון פוליאקוב למשל, שכתב את הספר המקיף הראשון על השואה (1951), מבין אותה כ"רדיפות דתיות חילוניות כביכול, הבנויות סביב רעיון הגזע. הרצח הוא שיא אך איננו רעיון בלעדי" (- תמצית תפיסתו בניסוח של מכמן). ג'רלד רייטלינגר לעומתו, הציג ב-1953 תפיסה כי מדובר ב"רצח היחידים היהודים באירופה ובעיקר יהודי מזרח אירופה" וחוקרים נוספים שתופשים את המושג בצורות אחרות. כך טיפל מכמן במושגים רבים נוספים. בספרו "השואה וחקרה" (שיצא בתשנ"ח) בחן את המושגים יודנראט, התנגדות, דת יהודית, שואה ותקומה ועוד. הניתוחים ההיסטוריוגרפיים הובילו את מכמן להציע תזות חדשות לשאלות או בעיות היסטוריות שנראו פתורות, או שאיש לא התייחס אליהן קודם לכן, כגון: מה הסיבות ההיסטוריות לצמיחת רעיונות היודנראטים והגטאות
. ב-2004 ארגן מכמן (יחד עם פרופ' דוד בנקיר) כינוס של יד ושם על ההיסטוריוגרפיה של השואה בהקשריה; דברי הכינוס התפרסמו ב-2008 באנגלית כספר.
בימי שואה ופקודה.
בשנים 1980–1992 פיתח מכמן קורס מקיף על השואה באוניברסיטה הפתוחה, בימי שואה ופקודה, החובק כ-1400 עמודים ב-12 יחידות לימוד נושאיות ובנוסף לכך קלטות שמע ווידאו. הקורס יצא בשני תרגומים - לספרדית (1990-1986) וגרסה זאת מקוצרת במעט; ולרוסית (1995-1992), וזו גרסה שהותאמה במיוחד לקורא הרוסי, והיא משמשת עד היום ספר היסוד היחידי על השואה בשפה זו. קורס זה היה הספר הראשון בעברית ששילב בהבנת השואה את הגישה "הפונקציונליסטית" לתיאור המדיניות הנאצית האנטי-יהודית (גישה זו התפתחה בחקר הנאציזם והשואה, בעיקר בגרמניה ובעיקר בשנות ה-60 וה-70, וטוענת כי המשטר הנאצי בכלל והמדיניות האנטי-יהודית בפרט לא היו מכוונות מראש למטרה ברורה וכי גם היטלר לא היה שליט כל יכול המוביל את ההתפתחויות; במקום זאת הראו כי המדיניות הידרדרה והסלימה לכיוון הפתרון הסופי דווקא כתוצאה ממאבקי כוח בין החלקים השונים של המנגנון השלטוני - "הדרך העקלקלה לאושוויץ", כדברי ההיסטוריון האמריקאי קרל שלוינס [Karl Schleunes).
חקר היהדות הדתית והדת היהודית בשואה.
מכמן הוא מחלוצי המחקר האקדמי על תולדות היהדות הדתית לגווניה בשואה. עד למחקריו התמקדו במספר שאלות של שימור האמונה בתקופת השואה (וגם זאת נעשה באופן אפולוגטי) ושל מספר מוגבל של שאלות הלכתיות. מכמן כתב מחקרים ראשונים על סוגיה זאת בראשית שנות ה-80 של המאה העשרים, וב-1986 ערך כינוס בינלאומי גדול ראשון בתחום ("הדת היהודית והיהדות הדתית בשואה ולאחריה"; דיוניו לא פורסמו אך שמורים במכון לחקר השואה באוניברסיטת בר-אילן). במחקריו הראה שגרמניה הנאצית לא ניהלה מדיניות מתוכננת לגבי סוגיות דתיות ושלנאצים אף לא הייתה הבנה מעמיקה בחיי הדת היהודית, רק היוודעות לכמה תפישות אנטישמיות לגביה. עובדה זאת יצרה מספר מצבים שבהם המדיניות האנטי-יהודית סייעה-כביכול לגישות יהודיות דתיות, כגון חרם כלכלי בשבת (1 באפריל 1933) ואיסור נישואי תערובת בחוקי נירנברג (15 בספטמבר 1935). אחדים ממאמריו העקרוניים בנושא כונסו בספרו השואה וחקרה: המשגה, מינוח וסוגות יסוד (תשנ"ח).
במחקריו השפיע על חוקרים אחרים, ביניהם תלמידים שכתבו דוקטורטים בהדרכתו, וסוגיית היהדות הדתית בשואה מהווה היום תחום מחקר מוכר.
היודנראטים.
נושא זה נחקר על ידי מכמן מאז המחצית השנייה של שנות ה-80. הוא פרסם תריסר מאמרים בתחום (מאמר פרוגרמתי בספר השואה וחקרה, מאמר מקיף,
והוא עמל על מחקר מקיף בן שני כרכים בנושא. מחקרו בודק את נסיבות צמיחת רעיון ה"ראשויות היהודית" (מושג סוציולוגי המקיף גם יודנראטים וגם "איחודי יהודים" בימי השלטון הנאצי) וכיצד הוא יושם, בו הוא מערער על תפישות קיימות. הטענה החוזרת ונשנית במחקר על היודנראטים היא כי "הגרמנים" (בהכללה) הקימו את היודנראטים מאז הפלישה לפולין וזה היה חלק מתוכניתם הכללית ביחס ליהודים. מכמן טוען כי זוהי הכללה ובודק באילו גרמנים מדובר. אמנם, נכתבו מחקרים רבים בנושא היודנראטים, אולם הם עוסקים בהיסטוריה מקומית או אזורית; לעומת זאת, מכמן מבקש להציג במחקרו תמונה כללית, מקיפה ומשלבת של תופעת היודנראטים והגופים הדומים להם. מכמן סובר שעל מנת להבין מה שקורה בארץ אחת, יש להבין מה קרה בארץ אחרת ובמרכז בברלין. אנשי הממשל הגרמני היו ניידים ועברו ממקום למקום: כך היה דיטר ויסליצני (מעוזריו של אייכמן), בגרמניה, בסלובקיה, ובסלוניקי; תיאודור דנקר (עוזר אחר) היה בצרפת, בולגריה והונגריה; ולטר ראוף, שהיה אחראי על מכוניות גז לרצח יהודים באזור ברית המועצות הגיע בהמשך לתוניס. מכאן שאם החוקר מתעסק באזור אחד בלבד, הוא מפסיד חלק מהותי מן התמונה. לקשרים הללו הייתה משמעות מיוחדת להנהגת שיטת היודנראטים. מאז ראשית שנות ה-90 התפרסמו מאמרים פרי עטו בסוגיית היודנראטים בלשונות רבות: הולנדית, אנגלית, צרפתית, עברית, הונגרית, פולנית, איטלקית, רוסית וגרמנית. כתוצאה נלווית ממחקר זה הציע מכמן ב-2004 הסבר מדוע נכתב אחד המסמכים הידועים ביותר מתקופת השואה, "איגרת הבזק" (ה- Schnellbrief) של ריינהרד היידריך מיום 21 בספטמבר 1939; ההסבר שופך אור על הדינמיקה הפנימית של המדיניות האנטי-יהודית בשלהי שנות השלושים
הקמת הגטאות.
לאחרונה עסק מכמן במתן הסבר חדש להקמת הגטאות בימי המשטר הנאצי. עניין זה מוצג ברוב הספרות המחקרית כאמצעי של הגרמנים לבודד את היהודים, כשלב לקראת הפתרון הסופי; אם היו מקומות בהם לא הקימו גטו ממש, אז - לפי הטענה הרווחת במחקר – בכל זאת ננקטו הליכים של "גטואיזציה" (שמשמעותה בידוד חוקי וחברתי ללא חומות). לפי מחקריו של מכמן הסבר זה אינו נכון. אין בנמצא הוראה מרכזית מטעם הגרמנים להקים את הגטאות, וזו למעשה תופעה הצומחת כתגובה למפגש עם ה"אוסטיודן" (יהודי מזרח אירופה) לאחר הפלישה לפולין. לדעת מכמן הייתה זו תוצאה של הפנמת ראייה אנטישמית של הנאצים. הם פחדו פחד אובססיבי מיהודי מזרח אירופה המרוכזים בשכונות צפופות (שנקראו עוד לפני השואה, גם בידי יהודים, גטאות) שאי אפשר להשתלט עליהן והן מקור למחלות, שבהם מתחשלות התכונות היהודיות ומהם היהודים יוצאים ומשתלטים על העולם. לאחר הפלישה הגרמנית לפולין ב-1939 היה צורך להתמודד עם קיומם של גטאות בערים רבות במזרח אירופה, ובפועל נקטו מפקדים מקומיים צעדי "הכלה" ו"דחיקה בחזרה" של יהודים מרחבי הערים ומהסביבה אל תוך הגטאות הקיימים זה מכבר. זה היה צעד לא רציונלי - שגרם לבעיות רבות בתחום המוניציפלי והתברואתי - שבוצע בכלים רציונליים.
התופעה התרחשה רק במזרח אירופה, היא התפתחה באופן לא שיטתי ואיטי-יחסית בתחילה, אך היא הגיעה לשיאה מאז 1941; בסך הכל הגיע מספר הגטאות בפולין, ברית המועצות, רומניה, הונגריה, טרזיינשטט וסלוניקי ליותר מ-1100.
יהדות צפון אפריקה והשואה.
מכמן עסק גם בשאלה, האם גורלם של יהודי צפון אפריקה בימי מלחמת העולם השנייה במדינות שהיו בשליטת ממשלת וישי הצרפתית ששיתפה פעולה עם גרמניה (אלג'יריה, מרוקו ותוניסיה), בשליטה זמנית של גרמניה הנאצית (תוניסיה ולוב) ובשליטת איטליה הפשיסטית (לוב ותוניסיה), ניתן להכללה במינוח "השואה". בהרצאה בשנת 2008, העומדת להתפרסם בקובץ מאמרים המבוסס על הרצאות כינוס על גורל יהודי צפון אפריקה במלחמת העולם השנייה (שנערך באפריל 2008 על ידי יד ושם ומכון בן צבי), טען מכמן כי יש לכלול את יהודי צפון אפריקה במסגרת הרחבה של מושג השואה, הכולל את רדיפות כלל היהודים בימי המשטר הנאצי ובהשפעתו הישירה או העקיפה. ואולם, הוא הוכיח כי הסברה שיהודי צפון אפריקה הצרפתית נכללו בהבלעה במספר הגבוה של יהודי צרפת הבלתי כבושה המצוין בפרוטוקול ועידת ואנזה (20 בינואר 1942) היא בלתי נכונה, וכי המספר הגבוה הוא תוצאה של טעות בהעתקת מסמכים על ידי המחלקה של אייכמן שהכינה את הנתונים לוועידה. הוא הוכיח זאת על סמך בחינת המסמכים ש"האיחוד הארצי של היהודים בגרמניה" נדרש להכין עבור אייכמן בחודשים אוגוסט ודצמבר 1941.
ערעור על הקשר הסיבתי בין השואה והקמת מדינת ישראל.
מכמן עסק בשאלת הקשר בין השואה להקמת המדינה, גם זה על ידי ניתוח בכלים היסטוריוגרפיים. המנטרה שלפיה מדינת ישראל קמה ככיפור עוונות של המעצמות על אוזלת ידן בתקופת השואה, שימשה למשל את אחמדינז'אד, מנהיג איראן לשעבר, לתקוף את ישראל, והדעה נפוצה גם בקרב רבים אחרים במערב, ובמיוחד בין הפלסטינים. לדעת מכמן טיעון זה הוא הכללה ובמובן מסוים ההפך הוא הנכון השואה כמעט שגדעה את הסיכוי להקים את המדינה. הגישות המדגישות את הקשר מבוססות על הנחות תאולוגיות-דתיות ותאולוגיות חילוניות המבקשות לראות קשר (מנחם ומקשר) בין אבדון לגאולה. מכמן סובר שאם הייתה השפעה לשואה ככוח מניע להקמת המדינה, הרי שהייתה זו השפעה בתוך העולם היהודי ובוודאי לא על המעצמות – אשר להן מייחסים בדרך כלל את הקישור הזה מסיבות של "נקיפות מצפון" של העולם; עובדתית מכמן סובר כי גורם זה היה זניח לאחר מלחמת העולם השנייה.
הפוסט ציונות והשואה.