בשנת 1516 פלשו העות'מאנים לאזור הלבנט מן הצפון. באזור שלט אז האמיר פח'ר אל דין הראשון מבית הנכבדים הדרוזי בית מען. תמיכתו של האמיר בעות'מאנים השתלמה והאימפריה החדשה העניקה לו את הזכות לשלוט באזור הרי השוף והסביבה.
המערכת הפיאודלית בלבנון היא מערכת פיאודלית מיוחדת אשר אינה מתבטאת בכפיפות והתחייבות לאדון, כמו באירופה, אלא בעיקר על חכירה. מרבית האיכרים בלבנון היו במעמד של "חוכרים", אך בכל זאת היו מספר עובדי כפייה. כמו בראש המערכת הפיאודלית האירופית גם בלבנון עמד בראש האדונים שליט-על. בלבנון היה תוארו "אמיר", שנתכנה "אמיר ההר". כאמור, אמיר ההר היה דרוזי מ"בית שהאב" החל מן המאה ה-17, או בן ל"בית מען" לפני כן. במקרה של בעיה או ויכוח על בחירת האמיר התכנסו המשפחות החזקות בעדה ובחרו את האמיר מבין המשפחות הדרוזיות שבקרבן.
על פי השיטה הפיאודלית בלבנון (מוקאטעה), אדמת הר-הלבנון מחולקת ל-24 מוקאטעאת (אזורים). בראש כל מוקאטעה עומד שליט האזור - המוקטעג'י, אשר הוא ראש משפחת נכבדים המחויבת להעביר מס אל אמיר ההר, שהוא בתורו מחויב להפריש מס לואלי של צידון. המוקטעג'י החכיר את אדמתו לאיכר (מוסאקאה) בחוזה (חז'ה) אחת לשנה, או כאשר האדון או השותף (שריכּ) מתו.
בני המעמד השולט, בעלי הקרקעות, ביצעו את העבודה האדמיניסטרטיבית. בראש ובראשונה היה עליהם לשמור על הסדר הציבורי, לדאוג לפירעון חובות ולשפוט בעניינים פליליים. לשם יישום צרכים אלו נהגו ראשי המוקאטעג'י להחזיק חיל פרשים. בעת מלחמה כל מוקאטעג'י היה יוצא בראש חיל הפרשים הפרטי שלו לעזור למלחמתו של אמיר ההר.
שלטון בשיר השני בחסות מצרים (1832–1840).
בעקבות הקרב (שלימים זוהה בכינוי "טבח עין-דארה"), שבו גברו הדרוזים הקייסים על הדרוזים הימנים, היגרו רוב הדרוזים הימנים לאזור הר חוראן בסוריה, אשר חיו בו מעט דרוזים גם לפני כן. ההגירה הפכה את הר חוראן לאזור שבו רוב דרוזי מוחלט. מכאן שמו של האזור עד היום "ג'בל דרוז" (הר הדרוזים, בערבית).
טבח עין דארה (1711) הביא בהדרגה לדלדול האוכלוסייה הדרוזית באזור דרום הר-הלבנון. השטח שהתפנה מאיכרים התמלא עד מהרה בעקבות הגירה של שתי קבוצות אוכלוסייה שונות:
למרות היותם בני דת שונה הפכו הנוצרים-המארונים לאיכריהם של המשפחות הדרוזיות החזקות. הנוצרים-המארונים קיבלו על עצמם, בלית ברירה, את היחסים הקיימים באזור הר-הלבנון של יחסי "אדון-צמית".
היחסים הבין-עדתיים בימיו של בשיר ה-II התחלקו לאפיזודות שונות, בהתאם למצב הכולל. אך המגמה הסופית הייתה מגמה של העמקת הקרע הבין-עדתי שנבע ממדיניותו של בשיר ה-II: "הפרד ומשול". בשיר ה-II, שכיהן תקופה ארוכה מאוד כאמיר ההר, נהג כך לפני שקיבל את חסות שליטי מצרים (עקרון שאומץ בהמשך גם על ידי הטורקים והצרפתים בבואם לשלוט באזור באופן ישיר).
בשיר ה-II, אמנם הוריד את מעמדו של בית ח'זאן המארוני, בית הנכבדים ששלט במחוז כסרואן (מקום מושבו גם של בשיר ה-II), והפכו לצינור הוצאה לפועל של פסקי הדין שנתן.
המפנה הגדול היה בשנות השלטון המצרי של מוחמד עלי ובנו אבראהים פאשא (1832–1840) בלבנון. המצרים אשר רחשו אהדה לצד המארוני, ביטלו את האפליה המקובלת כלפי המארונים ובכך העלו עליהם את רוגזם של הדרוזים.
בתקופת שלטונם של המצרים הושלם המהפך הדמוגרפי באוכלוסיית ההר מבחינת הרכב העדות: המארונים אשר היו מיעוט נהפכו לרוב גדול.
עם התחלת ההתקוממות נגד השלטון המצרי, החליט השליט המצרי, אבראהים פאשא, לבצע גיוס חובה בהר-הלבנון. הדרוזים אשר סירבו להיענות לגיוס החובה, נכנעו לאחר שאבראהים פאשא ו-18,000 מחייליו פרקו אותם מנשקם. 1,500 איש מהדרוזים המורדים התגייסו.
לאחר מכן, עם התעוררות המרד הדרוזי הראשון בג'בל דרוז, התנדבו המארונים לעזור לאבראהים פאשא בדיכוי המרד, וחיילים מארונים נשלחו לאזור.
הקאימקאמיות (1840–1861).
עם הסתלקות אבראהים פאשא מהאזור והגלייתו של אמיר ההר, בשיר השני (1840) בעקבות לחץ חמש מעצמות אירופה, חזר לשלוט שלטון ישיר השולטאן העות’מאני. אך היה ברור לכל כי הסדר הקודם לא ישוב. פירמאנים (כתבי זכויות באימפריה העות'מאנית) שונים פורסמו והכריזו כי הנוצרים בלבנון שווי זכויות לכל תושב אחר.
ברור היה כי הדרוזים (ושאר משפחות השייח'ים) אשר שלטו עד לאותו הזמן ירצו לחזור ולשלוט, אך המארונים התנגדו. הם חשו בהתעצמותם הן מבחינה מספרית והן מבחינת הפוליטיקה הבין-עדתית (במיוחד בזכות תמיכת צרפת ואוסטריה בהם).
פתרונות ביניים רבים נמצאו לכאורה מתאימים לסיפוק המאווים של כל הצדדים, אך רק מעטים יצאו לפועל. במציאות, רוב הפתרונות - שנוסו אחד לאחד - היו בעייתיים, כל פתרון ביקש לצאת מנקודת המוצא של הפתרון הקודם, להרחיבו ולשפרו. כך התגבשה בשלבים, צורת שלטון מיוחדת המסמלת את השינויים והתמורות המהותיים ביחסי העוצמה הדמוגרפית בהר-הלבנון, באותה עת.
בשנים 1840–1843, מעט לאחר נסיגתו של אבראהים פאשא מאזור הר הלבנון חלה תמורה גדולה ביחסים בין הדרוזים והמארונים בהר הלבנון ונוצר מתח רב בשטח. על מנת להפיג מתח זה ולהסדיר שלטון בהר ניסח הנסיך האוסטרי, מטרניך, בשנת 1843, במסגרת מאמציה של אוסטריה להשיג שליטה בלבנון, הסדר ייחודי. מטרניך ביקש למנות שני קַאִימַקַאמים (שליטי נפה) שיהיו כפופים לואלי של צידון:
אחד מארוני, האמיר חיידר אבו למע, מבית אבו אל-למע (משפחת נכבדים שהתגוררה בלבנון מאז תחילת האלף השני והתנצרה), שישלוט בקאימקאמיה נוצרית. והשני דרוזי, האמיר אחמד ארסלאן, מבית ארסלאן (בית ארסאלאן, בית נכבדים, הוא צאצא לבית תנוך, השליטים הראשונים בלבנון. למעשה הם הגלגול הנוכחי לפלג היזבקי), שישלוט בקאימקאמיה דרוזית.
"המשפחות הנכבדות", משפחות מארוניות אשר היוו את המרכז השלטוני בלבנון, הביעו אי-שביעות רצון מהמצב החדש, וזאת כיוון שנאלצו לעמוד מול מעמד שליטים חדש אשר עמד מעליהם ולא הייתה להם יכולת לתמרן אותו. אצל הדרוזים המצב היה עוד יותר מורכב בגלל הפילוג בעם והעדיפו שליט מחוץ ללבנון אשר יהיו נטול פניות לגבי הפלגים השונים.
הסדר זה לא נתן מענה לאחת מהקשות שבבעיות הר-הלבנון: היישובים המעורבים בקאימקאמיה הדרוזית. בנוסף לבעיות הפנימיות בהר-הלבנון הוסיפו המעצמות האירופאיות שמן למדורה, הן הוסיפו את הסכסוכים והתחרות שהיו ביניהן, לסכסוך שכבר היה קיים בלבנון ובכך שיתקו למעשה לחלוטין את יכולת התפקוד של הקאימקאמיות.
מחלוקות רבות צצו סביב אי-ההסכמה על דרך השליטה במקומות המעורבים עדתית בקאימקאמיה הדרוזית.
לבסוף, החליטו הטורקים לשלוח בשנת 1844 את אחד מנציגיהם, הקפודאן ח'ליל פאשה, לאזור. משימתו הייתה לגבש פתרון אפשרי ליישום, ביחד עם הואלי ועם הקונסולים הזרים.
הפתרון שגיבש ח'ליל פאשה היה: מינוי שני וכילים בכל מקום יישוב מעורב, אחד דרוזי והשני מארוני. הווכילים ייצגו את האיכרים בני עדתם, בפני השייח'ים מן העדה השנייה. הוכילים הם אשר יגבו בשם המשפחות החזקות (המקאטעג'ים), מיסים.
לאחר שנתברר כי בהצעות אלו לא היה כדי לפתור את הבעיה, החריפה המתיחות הקיימת ממילא בהר ובין שתי העדות פרצו מאורעות דמים – מאורעות חמורים בהרבה מקודמיהם בעבר. גם משום שבעידוד תככנים פנימיים בהר, היו מי שליבו את האש.
השייח'ים הדרוזים שלטו רק במרכז ובדרום הר-הלבנון ולכן רק שם מונו וכילים. בצפון הר-הלבנון לקחה הכמורה את תפקיד התיווך.
מרד הר הלבנון (1860–1861).
האיכרים המארונים אשר ישבו במרכז הר-הלבנון ודוכאו, בצורה אכזרית, דרשו שוויון זכויות לאיכרים בשם ה"ח'ט-י הומאיון" (או: "ח'ט'י שריף של גילח'אנה" - מסמך מטעם האימפריה המבטיח את שוויון כל האזרחים בממלכה), ופתחו במרד, בשנת 1858. לאחר זמן מה עמד בראש המרד איש בשם טאניוס שאהין, נפח ואחד ממנהיגי המארונים, יוסֻף כַּרַם.
טאניוס שאהין היה, למעשה, הגורם שליבה, התסיס והוביל את המרד. הוא התחיל את המרד במוקטעת כסרואן, ולאחר מכן השתלט (לעיתים מזומנות גם בדרכים דיפלומטיות) על אזור הצפון. לאחר שהשתלט על צפון הר-הלבנון שלח טאניוס שליחים מטעמו לכיוון מרכז הר-הלבנון, במטרה לגייס כפרים נוספים למרד. אולם בגלל היות אוכלוסיית הכפרים מעורבת מבחינה אתנית, כאשר השליטים דרוזים והאיכרים מארונים, הפכה המרידה באזור זה ממרד מעמדי למלחמה עדתית-דתית (1860). במהירות עוצבו שני המחנות בלבוש "חדש": השייח'ים הדרוזים מול האיכרים המארונים.
בתחילה צלחה ידיהם של המארונים בהנהגתו של טאניוס שאהין. המארונים צעדו ממחוז כסרואן אל מחוז אל-מתן המעורב וביחד עם תושבי האזור הבריחו את הדרוזים הלא מאורגנים מבתיהם והציתו אותם באש.
אך הדרוזים בעלי המסורת הצבאית המפוארת - עברו לשלב הבא של הלחימה:
עם הצטרפות דרוזים מאזור החוראן, מתואלים, בדואים ומוסלמים אחרים הם התחילו לטבוח בזה אחר זה בתושבי הכפרים המארונים באזורים המעורבים שנפגעו. לעיתים קרובות אף הצטרפו אליהם כוחות צבאיים עות'מאניים ששהו בשטח, או נשלחו "להפריד בין הצדדים היריבים".
סנג'ק לבנון (1861–1915).
בשנת 1861, עם שוך המרד (שלמעשה היווה את מלחמת האזרחים ה-II של הר-הלבנון), נקבע הסדר שלטוני חדש בהר הלבנון. היה זה הסדר שנכפה על טורקיה העות'מאנית על ידי המעצמות (תקופה קצרה מאוד היה עדיין בתוקף מבנה השלטון על פי ההסכם הישן. בראש כל אחת מהקאימקאמיות עמד שליט חדש. כאמור, השליט של הקאימקמאיה הנוצרית, יוסף כרם, סילק את טאניוס שאהין מהר-הלבנון, לאחר שניסיונות להשגת הסדר עמו כשלו).