כדי ליישם שיטה זו, הופקעו אחוזות רבות במזרח האי, ונעשו מאמצים לכפות את ייצורם של מוצרים הניתנים לייצוא. כן ניסה בואייה לכפות שירות צבאי, להגביל את השימוש בשפה הספרדית ולהכרית מנהגים עתיקי יומין כקרב התרנגולים. מאמצים אלו אך הובילו לביסוסה של זהות דומיניקנית נפרדת מזו של בני האיטי (ב"שפה, גזע, דת ומנהגים"). עם זאת, בתקופה זו נפסקה לחלוטין העבדות שזוהתה עד עתה עם חלקו המזרחי של האי.
חוקתה של האיטי אסרה על תושבים ממוצא אירופי להיות בעלים של מקרקעין, והמשפחות הוותיקות, בעלות האדמות, נושלו בכוח מרכושן. גם רכושה של הכנסייה הקתולית, שבני האיטי ראו בה חלק ממנגנון השיעבוד, הופקע. הממשלה הענייה לא הייתה מסוגלת לספק פרנסה לכוחות הכיבוש ששהו בחלקו המזרחי של האי, ואלו חיו ממה שהצליחו להחרים מהאוכלוסייה, לרוב בכוח. העבדים המשוחררים לא ראו בעין יפה את הניסיונות להכריחם לגדל יבולים לייצוא. בעיר סנטו דומינגו עצמה צמחה תנועה לאומית לעצמאות. האי כולו נשאר תחת שלטון האיטי עד 1844, כאשר במזרח קבוצה מקרה האוכלוסייה המקומית הובילה מרד שחילק את האי להאיטי במערב והרפובליקה הדומיניקנית במזרח.
רעידת האדמה ב-1842 הרסה את העיר ואת ארמון סאנס-סוצ'י, והרגה 10,000 בני אדם. זו הייתה רעידת האדמה הגדולה השלישית שפגעה במערב היספניולה בעקבות רעידות האדמה בפורט-או-פרינס בשנים 1751 ו-1770, והאחרונה עד רעידת האדמה ההרסנית של 2010.
מאבקים פוליטיים (1843–1915).
בשנת 1843, מרד, בראשותו של שארל ריבאייה-הרארד, הפיל את בואייה והקים שלטון פרלמנטרי קצר לפי חוקה חדשה. עד מהרה פרצו מרידות והמדינה הדרדרה לכאוס כמעט, עם סדרה של נשיאים חולפים עד למרץ 1847, כאשר הגנרל פאוסטין סולוק, עבד לשעבר שנלחם במרד של 1791, הפך לנשיא. במהלך תקופה זו, האיטי ניהלה מלחמה נגד הרפובליקה הדומיניקנית ללא הצלחה.
בשנת 1849, תוך ניצול הפופולריות שלו, הנשיא פאוסטין סולוק הכריז על עצמו כקיסר פאוסטין הראשון. שלטון הברזל שלו הצליח לאחד את האיטי לזמן מה, אך זה הגיע לסיומו בפתאומיות בשנת 1859 כאשר הודח על ידי הגנרל פאברה גפרארד.
הממשל הצבאי של גפרארד כיהן בתפקידו עד 1867, והוא עודד מדיניות מוצלחת של פיוס לאומי. בשנת 1860, הוא הגיע להסכם עם מדינת האפיפיור, והחזיר לאומה מוסדות רומא-קתוליים רשמיים, כולל בתי ספר. בשנת 1867 נעשה ניסיון להקים ממשלה חוקתית, אך הנשיאים סילבן סלנב וניסאז' סאג'ה הופלו ב-1869 וב-1874 בהתאמה. חוקה ישימה יותר הונהגה תחת מישל דומינג ב-1874, מה שהוביל לתקופה ארוכה של שלום ופיתוח דמוקרטיים בהאיטי. החוב לצרפת נפרע לבסוף ב-1879, וממשלתו של מישל דומינג העבירה את השלטון בדרכי שלום ליסיוס סלומון, אחד המנהיגים המוכשרים של האיטי. הוא הנהיג רפורמה מוניטרית, עם הקמת הבנק הלאומי של האיטי בשנים 1880-1881, ורנסאנס תרבותי החלה עם פריחה של אמנות האיטי.
שני העשורים האחרונים של המאה ה-19 התאפיינו גם בהתפתחותה של תרבות אינטלקטואלית מהאיטי. יצירות היסטוריה מרכזיות פורסמו בשנים 1847 ו-1865. אינטלקטואלים מהאיטי, בראשות לואי-ג'וזף ג'אנווייה ואנטנור פירמין, עסקו במלחמת מכתבים נגד גל של גזענות ודרוויניזם חברתי שהופיעו בתקופה זו.
החוקה שאושרה בשנת 1867 איפשרה מעברים שלווים ומתקדמים בממשלה שעשו רבות לשיפור הכלכלה והיציבות של האיטי ומצב תושביה. הממשלה החוקתית החזירה את האמון של העם האיטי במוסדות משפטיים. התפתחות תעשיות הסוכר והרום התעשייתיות ליד פורט-או-פרינס הפכה את האיטי, לזמן מה, למודל לצמיחה כלכלית במדינות אמריקה הלטינית. תקופה זו של יציבות ושגשוג יחסיים הסתיימה ב-1911, כאשר פרצה מהפכה והמדינה גלשה שוב לאי-סדר ולחובות.
מ-1911 עד 1915, היו שישה נשיאים שונים, שכל אחד מהם נהרג או נאלץ לגלות.  ​​הצבאות המהפכניים נוצרו על ידי "קאקוס", שודדי איכרים מהרי הצפון, לאורך הגבול הדומיניקני, שגויסו על ידי פלגים פוליטיים יריבים עם הבטחות לכסף שישולם לאחר מהפכה מוצלחת והזדמנות לבזוז.
ארצות הברית חששה במיוחד מתפקידה של הקהילה הגרמנית בהאיטי (כ-200 ב-1910), שהחזיקה בכוח כלכלי לא פרופורציונלי. הגרמנים שלטו בכ-80% מהמסחר הבינלאומי במדינה; הם גם החזיקו והפעילו שירותים, כמו הרציף הראשי וחשמלית בבירה. הקהילה הגרמנית הוכיחה נכונות להשתלב בחברה בהאיטי יותר מכל קבוצה אחרת של זרים לבנים, כולל הצרפתים. חלקם נישאו למשפחות המולטות הבולטות ביותר במדינה, עוקפים את האיסור החוקתי על בעלות על קרקע זרה. הם גם שימשו כמממנים העיקריים של אין ספור המהפכות של האומה, וביפקו אינספור הלוואות - בריבית גבוהה - לפלגים פוליטיים מתחרים.
במאמץ להגביל את ההשפעה הגרמנית, בשנים 1910–1911, מחלקת המדינה של ארצות הברית תמכה בקונסורציום של משקיעים אמריקאים, שהורכב על ידי הבנק הלאומי של ניו יורק, בהבטחת הזיכיון להנפקת מטבעות באמצעות הבנק הלאומי של הרפובליקה של האיטי. שהחליף את הבנק הלאומי הקודם של האיטי כבנק המסחרי היחיד של המדינה ואפוטרופוס של האוצר הממשלתי. בשנת 1914, הנשיא וודרו וילסון השתלט על הבנק הלאומי של האיטי על ידי שליחת נחתים, שהוציאו 500,000 דולר מהעתודות שלו "לשמירה" בניו יורק.
בפברואר 1915 הקים וילברון גיום סם דיקטטורה, אך ביולי, מול מרד חדש, הוא טבח ב-167 אסירים פוליטיים, כולם ממשפחות מובחרות, ונעשה לינץ' על ידי המון בפורט-או-פרינס
שלטון ארצות הברית (1915–1934).
ב-1915 כבשה ארצות הברית את המדינה, בתגובה לתלונות לנשיא וודרו וילסון מבנקים בארצות הברית שהאיטי הייתה בחובות עמוקים אליהם. הם הסבירו את הפלישה בכך שאיטי תיפול בידי האירופים, במיוחד הקיסרות הגרמנית. "אם ארצות הברית לא הייתה לוקחת על עצמה את האחריות, כוח אחר היה עושה זאת", אמר מאוחר יותר מזכיר המדינה רוברט לנסינג, שהחל את כהונתו חודש לפני הכיבוש. השלטון הזר נמשך עד 1934. תושבי האיטי תפסו את הכיבוש כאובדן ריבונות והיו מרידות נגד כוחות ארצות הברית. למרות זאת בוצעו רפורמות.
תחת פיקוחם של מארינס, האספה הלאומית של האיטי בחרה בנשיא פיליפ סודרה דרטיגונאווה. הוא חתם על אמנה שהפכה את האיטי למדינת חסות של ארצות הברית "דה יורה", כאשר פקידים אמריקאים נטלו על עצמם את השליטה על הייעוץ הפיננסי, גביית המכס, השוטרים, שירות העבודה הציבורי ושירות הבריאות הציבורי לתקופה של עשר שנים. הכלי העיקרי של הסמכות האמריקנית היה "ז'נדרמריה ד'היטי" שזה עתה נוצרה, בפיקודו של קצינים מארצות הברית.
בשנת 1917, לדרישת פקידים אמריקאים, האספה הלאומית פוזרה, ופקידים יועדו לכתוב חוקה חדשה, שהוכתבה בעיקר על ידי פקידים במחלקת המדינה של ארצות הברית ומחלקת צי ארצות הברית. מסמך זה ביטל את האיסור על בעלות זרה על קרקע - המרכיב החיוני ביותר בחוק האיטי. כאשר האספה הלאומית החדשה שנבחרה סירבה להעביר את המסמך הזה וניסחה אחד משלה תוך שמירה על האיסור הזה, הוא פוזר בכוח על ידי מפקד "הז'נדרמריה" סמדלי באטלר. חוקה זו אושרה במשאל עם בשנת 1919, שבו הצביעו פחות מ-5% מהאוכלוסייה. משרד החוץ של ארצות הברית אישר את משאל העם הזה בהנחה ש"האנשים שיצביעו יהיו 97% אנאלפביתים, בורים ברוב המקרים למה הם מצביעים". עסקים מארצות הברית חכרו אלפי דונמים של קרקע למטעים, וחקלאים שימשו כוח עבודה זול במטענים.
ארצות הברית שלט בה במשך 19 שנים. גם לאחר עזיבתם של החיילים בשנת 1934, האיטי שילמה חובות שלה לבנקים בארצות הברית במשך 13 שנים נוספות.
המאבק על הדמוקרטיה (1986 והלאה).
משנת 1986 ועד תחילת 1988 שלטה בהאיטי ממשלה צבאית זמנית תחת הגנרל אנרי נמפי. הבחירות, שהיו אמורות להתרחש בנובמבר 1987, בוטלו, לאחר שנרצחו ביום הבחירות בין 30 ל־300 מצביעים. לאחר מספר חודשים, ב־1988, נערכו בחירות מחודשות, שהוחרמו על ידי רוב מוחלט של האוכלוסייה. אחוז ההצבעה עמד אז על 4%. בבחירות בשנת 1988 מונה פרופסור לסלי מניגט לנשיא, אך לאחר שלושה חודשים הודח על ידי הצבא.
בבחירות בשנת 1990 קיבל ז'אן-ברטראן אריסטיד 67% מהקולות, וכך מונה לנשיא האיטי החדש. המדיניות הקיצונית של אריסטיד ואלימות חבורות תומכיו הבהילו רבים מהאליטה במדינה, ובספטמבר 1991 הוא הופל בהפיכה. בהפיכה מתו מאות אנשים, ואריסטיד נאלץ לגלות, לאחר שחייו ניצלו על ידי התערבות בינלאומית. לאחר ההפיכה, מונה ראול סדרס לנשיא. אריסטיד האשים את ארצות הברית בתמיכה בהפיכה. בתגובה להפיכה, הטיל האו"ם סנקציות על האיטי.
על פי הערכות, 3,000–5,000 האיטים נהרגו בתקופת השלטון הצבאי בין השנים 1991–1994. עקב ההפיכה ועקב השלטון הצבאי, האיטים רבים ברחו לארצות הברית. משמר החופים של ארצות הברית עצר או הציל 41,342 האיטים בשנים 1991 ו־1992, רובם הוחזרו להאיטי. ב־16 בפברואר 1993 טבעה המעבורת ההאיטית נפטון, ואיתה כ־700 נוסעים. יוזמות שונות לסיום המשבר הפוליטי באמצעות שיקום שליו של הממשלה שנבחרה בחוקה נכשלו. בשנת 1994 נפל השלטון הצבאי, ואריסטיד נבחר לנשיא האיטי.
בבחירות הכלליות שנבחרו בשנת 1995 ניצח אריסטיד את רנה פרבאל. בשנת 1996 נגמרה כהונתו של אריסטיד ופרבאל מונה במקומו. תקופת כהונתו של פרבאל הייתה אמורה להיגמר בשנת 1999, אך הממשלה לא הצליחה לארגן בחירות, עד שנת 2000. בחודש מאי בשנת 2000 התקיימו בחירות כלליות בהאיטי. בבחירות הצביעו כ־60% מבעלי זכות ההצבעה בהאיטי. לאחר שבסבב הראשון אף מתמודד לא קיבל את רוב הקולות, נערך סבב שני, בין אריסטיד לפרבאל. בסבב השני, זכה אריסטיד במעל 90% מהקולות. לשכת הצירים סירבה לקבל את התוצאה או להכיר באריסטיד כנשיא.