ב־1996 החליטה התנועה להתמודד בבחירות לכנסת לאחר 3 דחיות קודמות של ההחלטה. ההחלטה גרמה לפילוג מוחלט בין הפלג הצפוני בראשות ראאד סלאח לבין הפלג הדרומי שהונהג על ידי השייח אברהים צרצור. ההתמודדות נעשתה באמצעות מפלגה ערבית בשם הרשימה הערבית המאוחדת (רע"מ). המפלגה רצה לאורך השנים במשותף עם מפלגת מד"ע ותע"ל, ולעיתים גם בל"ד וחד"ש, ונקראה בשמות שונים - רע"מ, מד"ע-רע"ם, ורע"מ-תע"ל, רע"מ-תע"ל-מד"ע, רע"ם-בל"ד והרשימה המשותפת.
במהלך שנים אלו המשיכה התנועה בפעילות הרווחה שלה ואף הגבירה אותה. למרות אי שביעות רצון מקיומה של מדינת ישראל, ראשי המועצות המקומיות מטעם התנועה נעזרו גם בכספי מדינה (נוסף על כספי תרומות) בשביל לשפר את המצב ביישוביהם.
ב־1996 החלה התנועה בשיפוץ "אורוות שלמה" שמתחת להר הבית, תוך הרס השרידים הארכאולוגיים במקום. אירועי מנהרת הכותל שהתרחשו בשנה זו גרמו לתנועה האסלאמית לערוך את העצרת ההמונית (מהרג'אן) הראשונה באום אל-פחם, תחת הכותרת "אל-אקצא בסכנה". עצרת זו הפכה בהמשך להפגנת כוח שנתית של התנועה.
ב־1997 החל סכסוך בנצרת שנגרם עקב ניסיון של התנועה האסלאמית להקים מסגד ליד כנסיית הבשורה. פרשה זו עברה מספר גלגולים ונכון לאמצע 2009, עדיין לא הסתיימה סופית.
לקראת סוף תקופה זו, התחילה התנועה במבצע נרחב לשיקום מסגדים נטושים, רובם משנת 1948, דבר שהוביל להתנגשויות רבות עם המשטרה ועם הציבור היהודי.
לקראת ביקורו של אריאל שרון, ראש האופוזיציה דאז, בהר הבית התסיסה התנועה האסלאמית את ערביי ישראל. לאחר הביקור התנועה, על שני פלגיה, המשיכה לקרוא קריאות לשימוש באלימות על מנת "להגן על ההר". על פי ועדת אור קריאות אלו תרמו תרומה ממשית להתהלטות הרוחות בציבור הערבי וגרמו להחמרה ניכרת של אירועי אוקטובר. בין מוזהרי הוועדה היו ח"כ עבד אל-מאלכ דהאמשה ושייח ראאד סאלח, אשר נמצאו על ידי הוועדה אשמים בהסתה, אולם לא ננקטו נגדם צעדים. אנשי התנועה מצידם, ובראשם השייח ראאד סלאח האשימו כי מהלך אירועי אוקטובר כלל טבח מתוכנן ביוזמת ובאישור ממשלת ישראל.
ב־2002 נסגר "ועד ההצלה ההומניטרי" ולאחר תקופת סגירה הוקם במקומו "הארגון של ועד ההצלה ההומניטרי". באותה שנה החליט, אלי ישי, שר הפנים לסגור את ביטאון הפלג הצפוני אולם ההחלטה לא מתבצעת לבסוף. ההחלטה באה בעקבות הסתה אנטי-יהודית בעיתון שקרא ליהודים "חיידקי כל הזמנים" ולישראל "כינה שמקננת בגוף העולם הערבי ומוצצת את דמו ומשאביו... והרשתה לרבנים הפרעושים לפגוע באל-אקצה" וכן פרסם דברי שבח למחבלים מתאבדים ומעשי הרצח שלהם.
ב־2003 נעצרו ראשי הפלג הצפוני של התנועה בחשד לסיוע לחמאס, שני שלישים מהם שוחררו כמעט מיד. שאר הנאשמים נשארו במעצר ורובם שוחררו במהלך 2005, לאחר חתימת עסקת טיעון. הן המעצר והן עסקת הטיעון עוררו התנגדות משמאל ומימין בהתאמה. העבירות העיקריות שיוחסו להם היו עבירות כלכליות (מעבר על החוק למניעת הלבנת הון) וכן מגע עם סוכן זר וחברות בארגון טרור ולבסוף הושארה על כנה רק העבירה הכלכלית.
שתי פרשיות אלה קיבעו את תדמיתה של התנועה האסלאמית בקרב חלק מהציבור היהודי כארגון טרור.
במהלך שנות האינתיפדה השנייה הצטמצמה פעילות התנועה במקצת (הן בשל הלחץ השלטוני והן בשל המיתון), אך היא נותרה גורם משמעותי בפוליטיקה של ערביי ישראל.
ב-2008 סיפרו נערים מאחד הכפרים הערביים בגליל המערבי לכתב העיתון "ישראל היום" כי פעילים מהפלג הצפוני של התנועה האסלאמית שילמו להם כדי שיידו אבנים בכלי רכב הנעים בכבישי האזור. בכיר בתנועה האסלאמית אישר לכתב העיתון כי "אנחנו עוזרים לילדים האלו בדמי כיס" והוסיף:
באפריל 2010 נבחר השייח' חמאד אבו דעאבס, תושב רהט, לראשות הפלג הדרומי של התנועה במקומו של חבר הכנסת אברהים צרצור.
ב-2014 חשף בכיר בחמאס, מחמוד טועמה, שלתנועה האסלאמית ובפרט לראאד סלאח יש קשרים סודיים עם החמאס ושהתנועה האסלאמית אף מעבירה כספים לפעילויות של החמאס. טועמה נעצר על ידי השב"כ וסיפק מידע על מקורות המימון של החמאס.
באוקטובר 2015, ארגן הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית הפגנות ומהומות אלימות של ערביי ישראל ביפו, לוד ונצרת, כחלק מגל הטרור של חודש תשרי.
ב-11 באוקטובר 2015 הורה ראש הממשלה בנימין נתניהו למשטרה לפעול על מנת להוציא את הפלג הצפוני של התנועה האסלאמית מחוץ לחוק. ב־17 בנובמבר, הכריז הקבינט המדיני-ביטחוני על הפלג הצפוני כ"התאחדות בלתי מותרת" והוציא אותה אל מחוץ לחוק בתמיכת המשטרה והסתייגות ראש השב"כ.
בינואר 2022 נבחר השייח' ספוואת פריג' לראשות הפלג הדרומי של התנועה במקומו של חבר הכנסת השייח' חמאד אבו דעאבס.
מטרות.
במהותן דומות מטרות התנועה האסלאמית למטרות של כל תנועה אסלאמית מודרנית והאידאולוגיה שלה דומה מאוד לזו של האחים המוסלמים שהיא תנועת האם שלה. ההבדלים באידיאלוגיה הם ברובם המוחלט תוצאה של קיומה של התנועה האסלאמית בתוך מדינה שרובה יהודית.
ההבדלים בין הפלגים הם בראש ובראשונה ביחס למדינת ישראל ואילו ההבדלים האחרים ביניהם הם זניחים יחסית להבדלים הפנימיים בתוכם.
המטרות הכלליות הן:
העמדות לגבי ישראל הן שונות לפי הפלגים:
פעילות התנועה.
פעילות התנועה מפוצלת ברובה לפי הפלגים, הפעילות אמנם זהה אולם מבוצעת בנפרד.
בין הפעולות המתבצעות:
מבנה ארגוני.
בדומה למרבית התנועות האסלאמיות אין לתנועה האסלאמית מבנה ארגוני רשמי. הפעילות מאורגנת על ידי מאות עמותות שעוסקות כל אחת מהן בעניין אחר ומקיימות קשרים, בעוצמה משתנה, ביניהן. מאז הפיצול בתנועה, רוב הפעילות מאורגנת בנפרד.
בנוסף על העמותות יש מספר אישים בולטים שמהווים את שכבת ההנהגה הלא רשמית של התנועה אולם הנהגתם נובעת מאישיותם ומקשריהם ולא ממערכת ארגונית כלשהי.
חברי כנסת.
מאז 1996, עת החליטה התנועה להתמודד בבחירות לכנסת והתרחש הפיצול בין הפלג הצפוני לדרומי, השתתפה התנועה האסלאמית בכל אחת מהבחירות לכנסת באמצעות מפלגת רע"מ. בסך הכל כיהנו מאז הכנסת ה-14 12 חברים שונים מהתנועה האסלאמית כחברי כנסת, ב-29 קדנציות שונות.
חאג' אמין אל חוסיניי
פרי הדר
דמוקרטיה ייצוגית
דמוקרטיה ייצוגית היא שיטת ממשל דמוקרטית בה מפעיל העם את ריבונותו באמצעות נציגים הפועלים בשמו. הנציגים פועלים על מנת לייצג את בוחריהם, ולממש את רצון הבוחרים ודעתם, אך הם אמורים לעשות זאת תוך הפעלה של שיקול דעת. לצורך זה הנציגים מקבלים את הסמכות לפעול על פי הבנתם וראות עיניהם, לנוכח נסיבות משתנות. שיטה זו לעיתים מעומתת עם שיטת הדמוקרטיה הישירה, בה אין נציגים, או שהנציגים חייבים לפעול על פי הוראות בוחריהם הניתנות להם באופן ישיר ללא אפשרות לסטות מהן.
בחירת הנציגים נעשית לרוב על ידי הבוחרים בבחירות רב מפלגתיות חשאיות וחופשיות.
קיומה של הדמוקרטיה הייצוגית אינו סותר אמצעים "ישירים" כמשאל עם, עם זאת, אמצעים אלו מופעלים באופן שאינו תכוף, ולרוב דורשים את הסכמתם של הנציגים על מנת ליזום אותם או לאשררם.
כוחם של הנציגים בדמוקרטיה ייצוגית לרוב מוגבל על ידי חוקה או אמצעים אחרים, כגון רשות שופטת עצמאית וחופשייה, שבידה הכוח לקבוע כי חוקים מסוימים שהתקבלו על ידי הנציגים הם בלתי חוקתיים ולכן בטלים.
לעיתים פועלת הדמוקרטיה הייצוגית ב"שני בתים" ("בית" במשמעות של "בית מחוקקים"): "בית תחתון" שחבריו נבחרים על ידי הציבור הרחב, ו"בית עליון" שחבריו אינם נציגים ישירים של הציבור הרחב אלא נציגי מדינות (כמו הסנאט בארצות הברית או הסנאט באוסטרליה), או אנשים שנבחרו על ידי בעל תפקיד אחר במדינה (כדוגמת הסנאט בקנדה, או בית הלורדים בבריטניה).
בשביל קיום ממשל דמוקרטי ייצוגי נדרשים: בחירות חופשיות, הכרעת הרוב, שלטון החוק ושוויון בפני החוק והפרדת רשויות. בשביל בחירות חופשיות נדרשת זכות החירות, שבכללה חופש: ההתאגדות, העיתונות הביטוי והאספה.
היסטוריה של הרעיון.
המשטרים הדמוקרטיים המוקדמים, באתונה העתיקה, פעלו בדרך של דמוקרטיה ישירה בה מתכנסת אספת עם לקבל את ההחלטות. אספת העם התכנסה באופן תכוף ותדיר, וכללה את כל גוף האזרחים הרשאים להשתתפות פוליטית (גוף שהיה מצומצם יחסית לנהוג כיום, ולא כלל נשים, עבדים ורבים אחרים). שיטה זו של דמוקרטיה ישירה בטהרתה נראתה כארכאית ובלתי ניתנת ליישום, משחלף עידן עיר המדינה היוונית מן העולם. בעיות של גודל האוכלוסייה, ומורכבות הממשל המודרני, והבעיות שעמדו מול המדינה האירופאית במאה ה-18 נראו כבלתי ניתנות לפתרון בשיטה זו של דמוקרטיה ישירה.
פילוסוף כז'אן-ז'אק רוסו בספרו על האמנה החברתית יכול לכתוב כי השיטה הדמוקרטית מובילה אך למהומות ומלחמות אזרחים, טענה שלא נראתה בעיניו כסותרת את הרעיון המובא בספרו כי העם הוא הריבון, וכי מקור הסמכות הפוליטית הלגיטימי היחיד הוא ברצונו הכללי של העם. רוסו התנגד נחרצות למינויים של נציגים שיבטאו את רצון העם (להבדיל מקיומו של גוף מצומצם שישמש כרשות מבצעת). המדינה על פי רוסו צריכה הייתה לכלול גוף רחב של אספת עם המתכנסת תדירות, שמטרתו לחוקק את החוקים, ולעומתו רשות מבצעת שיכולה להיות אף מונרכיה, הפועלת על פי חוקי האספה.