בעשור האחרון נדרש האגף להתמודד עם שידורי טלוויזיה "נמרצים" במיוחד, המעבירים שידורים בזמן אמת לכל בית ברחבי העולם. תופעה זו של הכפר הגלובלי מצריכה מיומנות דינאמית של האגף שכן המידע מתחדש ומשתנה חדשות לבקרים, ובמיוחד עם הופעות תדירות של תמונות ופרשנויות בלתי מאוזנות ואף עוינות של אירועים בתחום הפעילות הצבאית הישראלית.
מדיניותה של ישראל מהווה לעיתים מכשול גדול עבור עבודת ההסברה של המשרד. סוגיית הפעילות של צה"ל בשטחים ובמעבריהם, סוגיות המאחזים ביהודה ושומרון וגדר ההפרדה המתועדות יום יום מתקבלות כולן בגינוי ובדה לגיטימציה על ידי מדינות וארגונים בעולם (ארגוני זכויות אדם כאמנסטי ועדאלה מדווחים על הפרת זכויות אדם בשטחים, בית הדין הבינלאומי לצדק פסק שעל ישראל לפנות מאחזים ולהפסיק את בניית הגדר, אי פינוי המאחזים הבלתי חוקיים מהווה אי קיום של הסכמים עם ארצות הברית). במקרה של הפצצת הכור בעיראק וקודם לה, התקשה המשרד עד מאוד להסביר על הצורך במניעת נשק בלתי קונבנציונלי מעיראק, שעה שמדינת ישראל איננה חתומה בעצמה על אמנת אי הפצת נשק גרעיני NPT.
משה שרת טען ש"דעת קהל אוהדת לישראל היא תנאי הכרחי לשמירת ביטחונה של המדינה" ו"כל מבצע צבאי רציני... מחייב הכנה יסודית של דעת קהל". שרת היה מן המצדדים בהכנסת שיקולים הסברתיים לדרך קביעת פעולות צבאיות, מטעמים אלה התנגד לפעולות התגמול בשנות ה-50, פעולות שלדעתו הובילו לנזק הסברתי.
יש הטוענים שכתוצאה ממספרם הדל של העובדים במשרד החוץ, מספר האנשים מצומצם בהתאמה בקרב העוסקים בעבודת ההסברה במשרד הראשי ובנציגויות מחוץ לישראל, מה שמקשה על האגף לתת מענה הולם לצרכיו. בנוסף, תקציב ההסברה של משרד החוץ קטן בהשוואה למשימותיו של האגף.
האגף סובל גם מבעיית תיאום עם גורמי הביטחון ועליו להתמודד שוב ושוב עם שיקולי ביטחון שדה וסודיות בשחרור חומר מול שיקולי תועלת והסברה. כך קורה שבמצב של משבר, לעיתים אין למשרד החוץ שליטה על מקורות המידע, עליו להיות ניזון ממערכת הביטחון, בעוד לאלה יש עדיפות של חיסיון על פני שיקולי הסברה.
חטיבת התפוצות.
היחידה היא חלק ממערך דיפלומטיה ציבורית במשרד החוץ והיא מקיימת את הקשר בין המשרד לקהילות היהודיות בעולם. משה שרת טען ש" שדיפלומט ישראלי ממלא תפקיד כפול: נציגה הרשמי של ישראל כלפי הממשלה שהוא מואמן אליה, ושליח לקהילה היהודית החיה בארץ שירותו". בפעולותיה, החטיבה מנסה לגבש הסכמה על נושאים שבסדר היום המדיני, ולשלב בהם את הקהילות. החטיבה מבקשת בדרך זו להשיג גם סיוע ותמיכה בישראל מן הקהילות. חלקן של הקהילות עשירות ובעלות השפעה, והן יכולות לסייע במישור הכלכלי ובמישור המדיני מול הממשלות במדינותיהן. מסיבות אלו הלכה הלך והתחזק הקשר, ובמיוחד עם היהודים בצפון אמריקה. תוך קיום הקשר, מעדכנת החטיבה את הקהילות בהתפתחויות המדיניות והביטחוניות ובהשלכות לכך מבחינת מעמדה של מדינת ישראל. מאידך, המשרד מזהה ועוזר לקהילות שזקוקות הן לסיוע. התיאום והעבודה נעשים באמצעות הנציגויות באותן המדינות ופגישתם של בכירים ישראלים עם הקהילות ועם מנהיגיהם. נושא בו החטיבה מעורבת מאוד הוא המלחמה באנטישמיות, לה היא מקנה עדיפות גבוהה בפעילות המדינית. החטיבה מקיימת מעקב אחר גילויי האנטישמיות ומנחה את הנציגויות לפי התפתחויות בתחום זה.
האגף לעניינים אסטרטגיים.
האגף לעניינים אסטרטגיים כולל חמש מחלקות ביניהן:
המחלקה לבקרת נשק אחראית לטיפול בכל העניינים הנוגעים לאמנות בינלאומיות ולמסגרות מולטילטרליות בתחום הנשק הקונבנציונלי והבלתי קונבנציונלי (גרעיני, כימי ביולוגי וטילי קרקע קרקע). כמו כן היא מטפלת במנגנונים לשיתוף פעולה בין המדינות המפותחות, מנגנונים המיועדים להסדיר ולהגביל נגישות של מדינות בעייתיות לציוד ידע וטכנולוגיות בתחומים צבאיים ודו-שימושיים. המחלקה עוסקת בנורמות חדשות בפורומים בינלאומיים בנושאי נשק קל ומוקשים. המחלקה מרכזת את הטיפול הבינמשרדי בהקשר ליוזמות בתחום הטילי, כגון: קוד ההתנהגות בתחום טילי קרקע קרקע. המחלקה אחראית לייצוג ישראל בפורומים או"מיים, כגון הוועדה הראשונה, ועדת פירוק הנשק בז'נבה, כמו כן היא שותפה מטעם משרד החוץ לפעילות מול הסוכנות הבינלאומית לאנרגיה אטומית בווינה.
המחלקה למניעת טרור ונשק בלתי קונבנציונלי אחראית לכל הטיפול במניעת פרולפרציה למדינות יעד במזרח התיכון, כגון: איראן, עיראק, לוב, סוריה וכו', וכן לטיפול באותן מדינות המסייעות לתוכניות נשק בלתי קונבנציונלי באזור. בנוסף, המחלקה אחראית לטיפול במכלול הסוגיות הקשורות בטרור.
כן מטפלת המחלקה, תוך שימוש בכלים דיפלומטיים, בכל האיומים האסטרטגיים האזוריים הבלתי-קונבנציונליים הקיימים מצידן של אותן מדינות מחוץ לאזור המייצאות למדינות במזרח התיכון נשק להשמדה המונית ואמצעי שיגורו.
המחלקה לביטחון אזורי עוסקת ב-3 מכלולים עיקריים כלהלן:
האגף לעניינים קונסולריים.
האגף לעניינים קונסולרים מעניק מענה לאזרחים ישראלים השוהים מחוץ לישראל וכן לאזרחי מדינות העולם המבקשים להגיע למדינת ישראל, באמצעות קונסוליות הפזורות מחוץ לישראל והמטה בישראל.
השירות הקונסולרי החל לפעול מיד לאחר הקמת המדינה. בשנותיו הראשונות הוא טיפל בעיקר בשארית הפליטה ובמעפילים במחנות הגירוש בקפריסין. מאז משמשת החטיבה כמרכז תיאום בין המדורים הקונסולריים מחוץ לישראל בביצוע חוקי האזרחות, השבות, הדרכונים, הכניסה לישראל ומרשם האוכלוסין, שירות הביטחון ונוטריונים, כל זה תוך קיום קשר קבוע עם משרדי הממשלה השונים. בשנת 2011 הפך מחטיבה לאגף במשרד החוץ.
עיקר הפעילות הקונסולרית מתבססת על אמנת וינה בדבר יחסים קונסולריים משנת 1963, שעיקרה: "הגנה על האינטרסים של המדינה השולחת ושל נתיניה, אזרחים וגופים תאגידיים, בתחומי המדינה המקבלת במגבלות החוק הבינלאומי". בנוסף לנאמר באמנה, החטיבה אחראית בין היתר גם על הנושאים הבאים: העברת גופות לקבורה בישראל,
העברת אסירים לריצוי עונשם בישראל, הנפקת אשרה לאימוץ ילדים, טיפול בעזבונות וירושות, החזרת מהגרים מישראל דרך שיתוף עם משרד הקליטה, מרכז מידע בנושא תיירות, מיסוי וייבוא.
חטיבת ההדרכה.
החטיבה הוקמה עם פירוקה של המחלקה המדינית, היא אחראית על מיון ובחירה של צוערים לתפקידים מדיניים ומנהליים, הכשרתם ומעקב לשם קביעת התאמתם לשירות במשרד החוץ, החטיבה מקיימת גם קורסי הכנה למשרתים מחוץ לישראל: ראשי נציגויות, קציני מנהלה וקונסולים, וכן היא עורכת השתלמויות וקורסים מגוונים בתחומים רבים. שיטת המיון והבחירה החלה כבר בשנת 1946, אז היא אורגנה בידי המוסד להשתלמות, אם כי בשיטה זו השתמשו רק בתחום החטיבה המדינית. משנות ה-80 אומצה השיטה כדרך הבלעדית של המשרד לקבלת עובדים חדשים. כל עובד שיוצא לשליחות בחו"ל עובר הכשרה בהתאם לניסיונו, ולתפקידו החדש. קורסי ההכשרה אורכים חודשים רבים ועוסקים בתחומים שונים.
קורס הצוערים.
לשירות המדיני במשרד מתקבלים עובדים חדשים לאחר הכשרתם בקורס הצוערים. נציבות שירות המדינה מודיעה בתקשורת על פתיחתו של קורס צוערים ועל תנאי הסף לקבלה לקורס. מיון המועמדים ובחינתם נעשים בתאום בין הנציבות והמשרד. ההכשרה נמשכת חמש שנים וכוללת לימודים במשך ארבעה חודשים וחצי בקורס בסיסי שמארגנת החטיבה. לאחר מכן, עוברים הצוערים התמחות הכרוכה בעבודה ביחידות המשרד בישראל ובנציגויות מחוץ לישראל. הנציגויות הראשונות שאליהם נשלחים צוערים הם בדרך כלל מדינות קשות שירות. עם זאת, בשל ההימנעות המשרד, מסיבות שונות, מפתיחת קורס צוערים חדש כל שנה, נוצרה מציאות בה קורס הצוערים כבר אינו משמש דלת כניסה יחידה לשירות המדיני. כיום מקיימת הנהלת המשרד תהליך מיון פנימי של עובדים, שהחלו את דרכם בתפקידי מנהלה, מזכירות וכדומה ומעבירה אותם למסלול השירות המדיני. התנהלות זו גררה ביקורת נוקבת מצידם של בוגרי קורסי הצוערים ואנשי ועד העובדים המדיני, כשבמרכזה הבעת הדאגה לאיכות הסגל הדיפלומטי הישראלי, בהיעדר תהליך המיון הקפדני הנהוג בקורס הצוערים. מספר רב של ראשי נציגויות שכיהנו בתפקידיהם נכון לשנת 2005 לא השתתפו בקורס, בהם עובדים ותיקים שהחלו את עבודתם בתפקידים מנהליים זוטרים, ועובדים אשר נקלטו ואף קודמו לתפקידים בכירים מבלי שהשתתפו בקורס צוערים. לדברי המשרד, חלק גדול מן העובדים במשרד נקלטו בו לפני 30 שנה או יותר, כאשר לא התקיים בו קורס צוערים, הגם שעובדים אשר נקלטו בשירות המדיני בלא להשתתף בקורס עשו זאת דרך מבצע להעדפה מתקנת של בני מיעוטים בישראל במסגרת פתיחתן של נציגויות בחבר המדינות וקליטת עולים מברית המועצות לשעבר.
אגף ארגונים בינלאומיים (ארב"ל).
האגף אחראי על הקשר מול הגופים הבינלאומיים בעולם. הוא כולל 3 מחלקות ויחידה אחת. יעדיו המרכזיים של האגף הם גיוס תמיכה בינלאומית רחבה במהלכים המדיניים של ישראל, בלימתם של מהלכים נגד ישראל בזירה האו"ם, הפחתת העוינות ביחס לישראל באו"ם וקידום פעילות ישראלית לא-פוליטית במסגרות האו"ם. הגשמת יעדים אלו כרוכה בדיאלוג עם הממשלות זרות, עם גופי, ארגוני ומטות האו"ם בישראל, בשטחים וברחבי העולם ועם ארגונים בלתי ממשלתיים, בשל חשיבותם הגדלה בעיצוב סדר היום העולמי. בדרך זו מקדם האגף גם את השתלבותה של החברה האזרחית הישראלית בעולם. בנוסף, האגף מקדם בקשר זה נושאים גלובליים חשובים, כזכויות אדם, מניעת רעב וזיהום הסביבה.
חברות באו"ם.