ההישג הגדול ביותר של דינמו באירופה היה בגביע אירופה למחזיקות גביע ב-1972. היא העפילה למשחק הגמר בקאמפ נואו שבברצלונה והפסידה לקבוצה הסקוטית, ריינג'רס, 3-2, בהמשך העפילה לשלבי חצי גמר הטורניר בעונות 1978 ו-1985 ולא הצליחה לשחזר הישג זה שוב, אך היה זה ההישג הגדול ביותר של קבוצה רוסית בטורנירים האירופיים, עד שצסק"א מוסקבה זכתה בגביע אופ"א בשנת 2005.
לאחר התפרקות ברית המועצות.
בעונת 1993 ובעונת 1992 סיימה במקום השלישי בטבלת האליפות. בעונת 1994 בליגת העל הרוסית בכדורגל סיימה כסגנית האלופה ושנה אחר כך, בעונת 1995 זכתה בגביע הרוסי בכדורגל והיה זה התואר הלאומי הראשון שלה מאז פירוק ברית המועצות. בעונת 1997 סיימה במקום השלישי בליגה ובעונת 1998 העפילה עד לשלב חצי גמר גביע אינטרטוטו.
דינמו העפילה לגמר הגביע הרוסי בכדורגל בעונות 1996/1997, 1998/1999.
תחילת המאה ה־21.
בסוף שנות ה־90 שוב הפכה דינמו לקבוצת מרכז טבלה - כשההישגים הגבוהים ביותר היו מקום 5 בשנים 1999 ו־2000 (בהנהגתו של ואלרי גזבייב). הסיבה לכך הייתה המימון הלא יציב של המועדון וחילוף המאמנים המתמיד (10 מאמנים הוחלפו תוך 7 שנים, כולל מאמנים רוסים מפורסמים כמו אולג רומנצב ויורי סיומין), שהסתיים לאחר שבנק VTB השתלט על הקבוצה וניהול המועדון עבר לידי איש העסקים אלכסיי פיודורצ'וב. בחורף 2005 נחתה במוסקבה קבוצת שחקנים פורטוגזים כמו דרלי, דני, ננו פרצ'ו, ז'ורז'ה לואיס, לואיס לוריירו, סיקרו וטיאגו סילבה. בקיץ 2005 דינמו החתימה הרכב פורטוגזי שני: מאניצ'ה, קושטיניה, יורקאס סייטרידיס, ז'וזף אנקארקייר ונאנו. ב-24 באוגוסט 2008 נרכש שחקן דינמו, דני, על ידי זניט סנקט פטרבורג תמורת 30 מיליון אירו, במה, שהייתה להעברה היקרה ביותר בתולדות הכדורגל הרוסי.
בשנת 2006, מונה אנדריי קובלב למאמן למשך 4 שנים (בשנת 2005, הוא שימש כמאמן הקבוצה ב-10 משחקים). באותה שנה, הקבוצה סיימה במקום הנמוך ביותר בהיסטוריה הרוסית שלה, אך נמנעה מירידת ליגה (מקום 14). דינמו פתחה את עונת 2007 במשחק מול ספרטק. אך הפסידה ליריבתה המושבעת בתוצאה 1:0. הם סיימו בתיקו עם צסק"א. ואז עוד תיקו. הפעם עם אמקר. אחר כך הגיעו שני ניצחונות רצופים על לוקומוטיב — בגביע 1:0 ובאליפות 2:1. אבל אז הם ספגו שלושה שערים במשחק מול זניט. ואז לוקומוטיב נקמה במשחק הגומלין בגביע — 4:0. דינמו שיחקה טוב מאוד בקיץ. התבוסות של קובאן ורוסטוב, ניצחון על צסק"א וזניט, תיקו מול לוקומוטיב וסיימה את העונה עם 41 נקודות. לוקומוטיב ואמקר היו עם מספר נקודות זהה. אבל בגלל הפרש השערים טוב יותר, דינמו תפסה את המקום השישי.
את עונת 2008 דינמו פתחה בתיקו ללא שערים עם טום. לאחר מכן ארבעה ניצחונות. אחד מהם היה על ספרטק. אלא שאז הגיע רצף הפסדים של ארבעה משחקים. אז המשחק השתפר, ודינמו הייתה בשלושת המקומות ראשונים. בסיום העונה דינמו סיימה שלישית לראשונה מאז 1997, מה שהבטיח לה את ההשתתפות בסיבוב השלישי של מוקדמות ליגת האלופות לעונת . זו הייתה הפעם הראשונה שהקבוצה לקחה חלק בתחרות, לראשונה מאז שינוי מתכונתה מ"גביע אירופה" ב־1992.
בשנה שלאחר מכן, אצטדיון דינמו נסגר לקראת הריסה ובניית ארנה חדשה ואצטדיון חימקי הפך למגרש הביתי החדש. את אליפות רוסיה דינמו החלה בניצחונות על פ.צ. מוסקבה וחימקי. אחר כך ניצחה את ספרטק בגביע הרוסי - 3:0. הצלחה זו באה בעקבות שני הפסדים לרובין בקאזאן 0:3 ובבית 0:1 ולקריליה 0:1. אחר כך הגיעו שני ניצחונות - על ספרטק וזניט. לפני פגרת החורף באליפות שמרה דינמו על סיכוי לאחד משלושת המקומות הראשונים.
2009—2016: הגעת VTB עד לירידה לליגה הלאומית.
בשנה שבה בנק VTB הפך למעורב יותר בניהול ומימון הקבוצה, בשנת 2009, שיחקה דינמו בסיבוב המוקדמות של ליגת האלופות 2009/10. הקבוצה ניצחה 1-0 מול סלטיק על הכביש, אך הפסידה 0-2 בבית. לאחר שהודחה בדרך זו מליגת האלופות, קיבלה הקבוצה את הזכות לשחק ב בסיבוב המוקדמות הרביעי, שם הפסידה לצסק"א סופיה, לאחר ששיחקה איתה בתיקו (0:0) בחוץ והפסידה בית (1:2); בליגה, הקבוצה סיימה במקום השמיני.
את העונה הבאה "דינמו" החלה במשחק מול "ספרטק", דינמו ניצחה במפגש ההוא. את השער היחיד הבקיע איגור סמשוב. לאחר מכן באו סדרה של משחקים לא מוצלחים: תבוסות מול זניט ולוקומוטיב, תיקו מול טום טומסק, וניצחון אחד בלבד על סאטורן. אנדריי קובלב הודח. מחליפו היה מיאודרג בוז'וביץ' המונטנגרי. הוא ניצח בניצחונו הראשון במשחק הרביעי עם אלניה ולדיקווקז. בשנת 2010 עבר חלוץ שאלקה 04 קווין קוראני לדינמו, הוא הוכתר על ידי אוהדי דינמו כשחקן הטוב ביותר בקבוצה בסוף העונה (לאחר ששיחק 16 משחקים בלבד וכבש בהם 9 שערים). בסיום העונה דינמו סיימה במקום 7. לאחר שעבד בקבוצה במשך שנה אחת, בוז'וביץ' לא מילא את המטרות שהציבו הנהלת המועדון (מקום בשלוש הראשונות) ופוטר. סרגיי סילקין הגיע למלא את תפקידו. בהתחלה הוא מונה לממלא מקום (כך היה גם בשנת 2003, כששימש ממלא מקום ב-2 משחקי האליפות האחרונים), אך עד מהרה נכנס לתפקיד המאמן הראשי במינוי קבוע. תחת המאמן החדש, דינמו החלה לנצח סדרת משחקים בעונת 2011/12. באביב 2012, אך סיימה לבסוף במקום לרביעי. בעונה הבאה המשחק של דינמו לא השתפר והמועדון פתח את העונה עם שלוש תבוסות רצופות באליפות ותפס את המקום האחרון בטבלה. סילקין פוטר ולמאמן הראשי מונה דמיטרי חוחלוב עד שהוחלף תוך זמן קצר על ידי דן פטרסקו הרומני.
עם פטרסקו, לקבוצה היה רצף של 14 משחקים ללא הפסד, אך הצליחה לתפוס רק את המקום השביעי. בעונת 2011/2012 שוב העפילה לגמר הגביע הרוסי בכדורגל, אך לא הצליחה לשוב ולזכות בו.
לפני ההתחלה ובמהלך האליפות הבאה של עונת 2012/2013, דינמו התחזקה משמעותית עם שחקנים חדשים (בעיקר מאנז'י, משם הגיעו ולדימיר גבולוב, כריסטופר סמבה, אלכסיי איאונוב, איגור דניסוב, יורי ז'ירקוב ואלכסנדר קוקורין). ברם, פטרסקו לא הצדיק את הציפיות ממנו והוחלף על ידי סטניסלב צ'רצ'סוב, אולם גם הוא לא יכול היה לעזור לקבוצה להיצמד לשלוש הראשונות. בסיום האליפות פרצה שערורייה כאשר במשחק עם זניט במשחק חוץ, זניט הובילה 4:2 ובדקה ה-86, אוהדי זניט רצו לתוך הדשא והמשחק הופסק. מאוחר יותר, ועדת משמעת של התאחדות הכדורגל הרוסית העניק לזניט תבוסה טכנית (0:3), מה שאפשר לדינמו בסוף העונה להיות אחת משלוש הקבוצות הטובות ביותר שהשתתפו בליגה האירופית בעונה הבאה.
ב-17 ביולי 2013, הודיע וסילי טיטוב, סגן נשיא דינמו ויו"ר דירקטוריון VTB, כי בוריס רוטנברג, הבעלים והשותף בחבר הדירקטוריון של בנק SMP, מונה לנשיא דינמו מוסקבה. רוטנברג הזמין את גוראם אדג'וב, למשרת המנהל הספורטיבי. הקבוצה החתימה שחקנים איכותיים עם דרכונים אירופיים (אלכסנדר בוטנר, סטניסלב מנולב, תומאס גובוצ'אן, ויליאם וואנקר ומת'יו ולבואנה). המועדון נפרד ממספר שחקנים ותיקים של המועדון, כמו לאנדרו פרננדז, מרקו לומיץ', אנדריי וורונין, ולדימיר ריקוב ורבים אחרים. הקבוצה פתחה את העונה החדשה בביטחון עם ניצחון על רוסטוב במחזור הראשון (7:3) עם שלושער של קוקורין, ואחרי 17 מחזורים הקבוצה הייתה בין שלושת הראשונות. בעונת 2014/2015 בליגה האירופית, הקבוצה העפילה לשמינית גמר הטורניר, אך במרץ 2015 הפסידה לנאפולי במצטבר (3:1; 0:0). בליגה, ובשאר 14 משחקי העונה שנותרו, דינמו ניצחה ב 4 בלבד, ושוב סיימה במקום הרביעי וקיבלה מקום בליגה האירופית. עם זאת, עקב הפרות של כללי הפייר פליי הפיננסיי, אופ"א השעתה את דינמו לעונה אחת מתחרויות אירופאיות - המועדון החתים באופן פעיל שחקנים יקרים חדשים עם משכורות גבוהות, מבלי להרוויח כסף ממכירת שחקנים (מאז 2013 עזבו 23 שחקנים את המועדון בתום החוזים וללא פיצוי) ומכירת כרטיסים ומוצרים תחת המותג שלהם. הגירעון התקציבי הכולל של דינמו לשנים 2012-2014 הסתכם ב-257 מיליון יורו ויותר מ-70% מתקציב דינמו הופנה לשכר השחקנים. עד מהרה, הודיע בוריס רוטנברג כי הוא עוזב את תפקידו כנשיא המועדון על מנת להתמקד בפעילויות אחרות, כולל אלה הקשורות לספורט. ב־13 ביולי 2015 מונה אנדריי קובלב לתפקיד המאמן הראשי במקום צ'רצ'סוב שפוטר.