כשהם ניצבו בפני קיצוצים תקציביים בהיקף רחב כזה, התחרות בין הזרועות השונות של הכוחות המזוינים על יתרת התקציב הנותרת גדלה בהדרגה. ביטול מיזם ה"ארצות הברית" גרם להאצת מחלוקת מרה בין הצי לבין חיל האוויר שכונה גם "מרד האדמירלים". בשימוע בקונגרס ובאירועים ציבוריים אחרים, הגיבו נציגי הצי בכעס על צעדיו של ג'ונסון על ידי הצגת שאלות בנוגע ליכולותיו של המפציץ האסטרטגי האחרון של חיל האוויר, ה"קונבאייר B-36 פיסמייקר", לחדור למרחב האווירי של ברית המועצות. מנגד הציגו נציגי חיל האוויר נתונים שתמכו ביכולותיו של ה-B-36 והפחיתו בחשיבות תפקידן של ספינות השטח של הצי בעימותים צבאיים עתידיים.
לאחר מכן, הוכיחו מסמכים שנחשפו שבזמן מרד האדמירלים חיל האוויר צדק מבחינה טכנית בנוגע להערכתו המידית על יכולותיו של ה-B-36. באותה עת הוא אכן היה בלתי פגיע ובלתי ניתן ליירוט בזכות הגובה הרב בו הוא טס. עם זאת, ה-B-36 היה מטוס מעיצוב של התקופה שקדמה למלחמת העולם השנייה ועד שהוא הפך למבצעי והועסק באופן מלא בכנפות ובטייסות של החיל, הוא הפך לפגיע למטוסי הסילון הסובייטים המודרניים, המיג-15 המיירטים, מטוס שמאוחר יותר הפתיע את האמריקאים כאשר הוא הופיע בשמי קוריאה הצפונית. מרגע שהם הועסקו בקרבות בקוריאה, שהתגלגלו להיות מלחמת קוריאה, תפקידם של מפציצי חיל האוויר של ארצות הברית הורחב בהשוואה לזה של מלחמת העולם השנייה לסיוע טקטי בשדה הקרב לכוחות הקרקע. המפציצים הכבדים של החיל באותה עת היו מטוסי ה-בואינג B-29 סופרפורטרס, ששירתו עוד במלחמת העולם בעוד שה-B-36 לא לקחו חלק בקרבות בקוריאה.
בסופו של דבר, הטיעונים של הצי לטובת נושאות המטוסים דוגמת "ארצות הברית" צלחו, אף על פי שלא מהסיבות המקוריות. אף על פי שהיו כישלון יחסי כגורם הרתעה גרעיני אסטרטגי, נושאות המטוסים העצומות הוכחו כמרכיב שלא יסולא בפז ככוח אווירי טקטי שמסוגל להגיע במהירות לשדות הקרב, שלא זקוק לאישורים לעבור בשמיהם של מדינות שונות או לצורך להתארח בבסיסי טיסה במדינות זרות. באופן אירוני, יורשיה של נושאת המטוסים שבנייתה בוטלה, נושאות המטוסים מדגם "פורסטל", ודגמים אחרים שבאו אחריהן, המשיכו לשרת בצי ארצות הברית גם במהלך המאה ה-21, והן מהוות את גרעין התקיפה שלו.
עם זאת, התפתחות מאיימת יותר, אם כי ידועה פחות בהשוואה לוויכוח על נושאות המטוסים, היה הצמצום המשמעותי שהוביל ג'ונסון בכוחן של ספינות הצי, בספינות הנחיתה ובציוד שנדרש למוכנותם של הכוחות הקונבנציונליים. ספינה אחר ספינה נגרעו ממצבת הצי בשל מחסור בתקציבים. הצי וחיל הנחתים, שבעבר היו הכוחות האמפיביים הבולטים בעולם, איבדו את רוב היכולות האמפיביים ואת ספינות הנחיתה שלהם שנגרטו או נמכרו כעודפים.
חקירת הקונגרס.
ביוני 1949 החלה ועדת הכוחות המזוינים של בית הנבחרים של ארצות הברית לחקור בנוגע להאשמות שהגיעו באופן בלתי רשמי ממקורות בצי, על רשלנות במילוי תפקידם כנגד ג'ונסון וכנגד מזכיר חיל האוויר, סטיוארט סימינגטון. דיוני הוועדה עסקו גם ביכולותיו של ה-B-36, ביטול מיזם בניית נושאת המטוסים "ארצות הברית" ונוהלי מטות הכוחות המזוינים בנוגע לפיתוח כלי נשק ובסופו של דבר גם בתהליכי ההאחדה של הזרועות. בנוסף לזלזול ביכולותיו של ה-B-36, פקפקו נציגי הצי בתוכנית הצבאית האמריקאית לשימוש מיידי בנשק גרעיני כנגד אזורים עירוניים רחבים עם פרוץ מלחמה אפשרית. אנשי הצי טענו שגישה כזאת לא תסב נזקים למטרות צבאיות בעוד שכוחות טקטיים אוויריים, כוחות קרקעיים וכוחות ימיים הם אלמנטים הנחוצים להגנתן של ארצות הברית ושל אירופה כנגד מתקפה חיצונית. מנגד טענו נציגי חיל האוויר שנשק גרעיני ומפציצים אסטרטגיים ארוכי טווח יהוו גורם הרתעה כנגד פרוץ מלחמה, אך בכל מקרה של פרוץ מלחמה, מתקפה אטומית מידית כנגד האויב תתרום להצלחת הפעולות הקרקעיות ותצמצם את אבדותיה של ארצות הברית. הם טענו שהפצצה אסטרטגית תהיה איזון לעליונות המשמעותית של ברית המועצות בכוחות קרקעיים.
בדוח הסופי שלה לא מצאה הוועדה שום ראיות שתמכו בהאשמות כנגד חלקם של ג'ונסון וסימינגטון ברכש המטוסים. בדוח נכתב שהערכת יכולותיו של ה-B-36 הייתה בתחום אחריותה של "קבוצת ההערכה למערכות נשק" (Weapons Systems Evaluation Group), ושאל לראשי הזרועות השונות להיות שיפוטיים בנוגע לבקשות לשימוש בכלי נשק שונים של עמיתיהם מהזרועות האחרות. בנוגע לביטול מיזם נושאת המטוסים, הטילה הוועדה ספק בנוגע ליכולותיהם של מפקדי חיל האוויר והצבא, שהעידו בסוגיה בוועדה לטובתו של ג'ונסון, להגדיר את סוגי כלי השיט המתאימים לשימושו של הצי. הוועדה התייחסה בשלילה לאופן בו קיבל ג'ונסון את ההחלטה על ביטול המיזם ועל כך שלא נועץ בוועדות הקונגרס לפני שעשה כן. בדוח הוועדה נכתב ש"מחלקת ההגנה היא לא סתם מחלקה שניתן לנהל באופן רגיל. בניהולה לא שותף רק הקונגרס, אלא העם האמריקאי בכללו באמצעות נציגיו בקונגרס. הוועדה לא יכולה לעבור לסדר היום על אופן זה של קבלת החלטות".
הוועדה הביעה את תמיכתה בתהליך האחדה אפקטיבי, אך ציינה ש"אין אפשרות לשאוף ליותר מדי תהליכי האחדה בזמן כה קצר" והעירה ש"היה חוסר רצון מצד הצי לתהליך ההאחדה, דרך התלהבות של הצבא ועד להתלהבות יתרה של חיל האוויר. ...יש לציין שהוועדה לא מצאה בפנטגון ולו איש אחד שתמך בהאחדה".
לבסוף, הוועדה גינתה את פיטוריו של אדמירל לואיס דנפילד, ראש המבצעים הימיים, שהסכים להחלטה לבטל את מיזם נושאת המטוסים, אך העיד בביקורתיות בנוגע לתכנון ההגנה וניהול תהליכי ההאחדה. מזכיר הצי, פרנסיס מתיוס, פיטר את דנפילד ב-24 באוקטובר 1949 בהסבירו שהוא ודנפילד חלוקים בדעותיהם בנוגע למדיניות האסטרטגית ובנוגע לתהליכי ההאחדה. הוועדה הגיעה למסקנה שפיטוריו של דנפילד נבעו משיקולים נקמניים, שכן עדותו של דנפילד הייתה אתגר לממשלה. למתיוס היו רגשות נקמה כלפי לובשי המדים הבכירים בצי במהלך כהונתו שהשפיעו על התחושה, הן של הציבור והן של הקונגרס, בנוגע לבעיות שניצבו בפני ההנהגה האזרחית של הצי, תחושה שגם לא חמקה מעיניהם של אנשי התקשורת באותה תקופה. כפי שדיווח העיתון The Washington Daily News באותה עת, "... למזכיר הצי מתיוס אין שום אמון בצי והוא לא יכול להביס אותו... יותר מכך, מר מתיוס איבד את אמון הקונגרס כאשר החליט לפטר את אדמירל דנפילד". ביולי 1951 התפטר מתיוס מתפקידו כמזכיר הצי ומונה לשגריר באירלנד.
אף על פי שג'ונסון צלח את מרד האדמירלים ללא רבב, המחלוקת החלישה את מעמדו בקרב זרועות הכוחות המזוינים וככל הנראה גם בעיניו של הנשיא. על אף הדגש שג'ונסון נתן לתהליך ההאחדה, מידת ההתקדמות של התהליך שנויה במחלוקת, לאור ההאשמות הנגדיות שהוחלפו בין חיל האוויר לבין הצי במהלך המחלוקת, שהרחיקה לכת הרבה מעבר לסוגיה הראשונית של מיזם נושאת המטוסים לסוגיות הרבה יותר בסיסיות שנגעו בדוקטרינה האסטרטגית, בתפקידיהם של הזרועות ובמשימותיהן ובסמכות מזכיר ההגנה. יותר מכך, הקיצוצים התקציביים הכושלים של ג'ונסון במוכנות של הכוחות המזוינים הניבו עד מהרה פירות מרים עם פרוץ מלחמת קוריאה. רוב ההיסטוריונים מייחסים את מאמציו של ג'ונסון לצמצם באופן משמעותי, אם לא לחסל את כוחו האווירייה של הצי ושל חיל הנחתים, כאחד הגורמים המשמעותיים ביותר שהביאו לפלישת קוריאה הצפונית לקוריאה הדרומית בתמיכתן של סין ושל ברית המועצות. לאחר הסתערותם של כוחות הצפון על הדרום, לא היה שום בסיס אווירי נגיש לחיל האוויר של ארצות הברית כדי שזה יוכל להשיב ממנו מלחמה שערה. כתוצאה מכך, כל הסיוע האווירי במהלך החודשים הרי האסון האלו, המריא מסיפונה של נושאת המטוסים "ואלי פורג'" שהייתה נושאת המטוסים היחידה שנותרה במרחב האוקיינוס השקט לאחר פלישתה של קוריאה הצפונית. עד מהרה הצטרפו ל"ואלי פורג'" שתי נושאות מטוסים נוספות.
המלחמה הקרה.
תקופת כהונתו של ג'ונסון כמזכיר ההגנה עמדה גם בסימן התרחשותם של אירועים בינלאומיים רבי חשיבות שהצריכו החלטות ביטחוניות לאומיות מורכבות. הסגר על ברלין הסתיים במאי 1949, כאשר הרוסים הסירו אותו. ג'ונסון הצביע על הרכבת האווירית לברלין כניצחון טכנולוגי חשוב לעתיד תעבורת המטענים האווירית וכדוגמה לפירות שהניב תהליך ההאחדה. שבוע לאחר שנכנס ג'ונסון לתפקידו, חתמו ארצות הברית ו-11 מדינות נוספות על הסכם ההקמה של נאט"ו, שיצר ארגון אזורי שהפך ללב מערכת ההגנה המקיפה הקולקטיבית. לאחר כמה הסתייגויות ראשוניות, הביע ג'ונסון את תמיכתו בברית החדשה ובתוכנית לסיוע צבאי הדדי בין ארצות הברית ובין שאר חברות הברית.
NSC 68.
באוגוסט 1949, מוקדם מהמועד שצפו מומחי המודיעין של ארצות הברית, ביצעה ברית המועצות את הניסוי הגרעיני הראשון שלה. אירוע זה והנסיגה של משטר הקוומינטנג מסין היבשתית כמעט בו-זמנית, האיצו את הוויכוח בקרב חוגי הממשלה בשאלה אם על ארצות הברית לפתח פצצת מימן. בתחילה חשד ג'ונסון, על אף דגימות אוויר שאישרו זאת, שהסובייטים למעשה לא ביצעו ניסוי גרעיני כלל וכלל. הוא העלה את ההשערה שככל הנראה אירע בכלל פיצוץ מקרי בשדה ניסויים ושלא נדרשת בכלל הערכה מחדש של יכולות ההגנה של ארצות הברית.