רצף הגנום של אוכלוסיות אדם מודרניות משקף את האבולוציה שלהן ואת מיקומן הגאוגרפי. זאת משום שאנשים נוטים יותר להעמיד צאצאים עם אנשים שגרים סמוך אליהם, כך שבמשך הדורות נוצר מתאם בין אזור המוצא לרצף הגנום. מחקרים מהשנים האחרונות שמודדים מספר גדול מאוד (כמה אלפים לפחות) של סמנים גנטיים מסוגלים לעיתים קרובות לזהות את אזור מוצאם של נבדקים שאינם בני תערובת. עם זאת, מרבית הגנטיקאים כיום אינם משתמשים עוד במונח "גזע" לתיאור מתאם זה, משום שהמתאם הוא רציף ואיננו מתחלק באופן בדיד לקטגוריות מסורתיות כמו שחורים, לבנים וכדומה. המינוח המסורתי של גזעים גם איננו מקביל בהכרח לתת-מינים המשמשים במינוח הזואולוגי בשביל מיני בעלי חיים אחרים. זאת משום שהאנושות המודרנית צעירה בהשוואה למרבית המינים, כך שהשונות הגנטית בה נמוכה יחסית למרות תפוצתה הכלל-עולמית. גם הגירות ונדידות עמים תכופות לאורך הפרהיסטוריה וההיסטוריה, המלוות לרוב בנישואי תערובת, תרמו להקטנת ההבדלים הגנטיים בין אזורים גאוגרפיים ואוכלוסיות אתניות. לשם השוואה, מחקרים גנטיים במין השימפנזה המצוי מצאו שמספר תת-מינים שלו באפריקה לבדה התפצלו לפני מאה אלף עד מיליון שנים, בעוד שזמני ההתפצלות בין "גזעי" אדם על פני כדור הארץ כולו נמדדים באותן שיטות בעשרות אלפי שנים לכל היותר.
אבולוציה של האדם בימינו.
סברה שגויה הרווחת בציבור היא שאבולוציה איננה מתרחשת עוד בקרב בני אדם כיום, אם משום שאין רואים אותה בפעולה ואם משום שחידושי הטכנולוגיה, על פי סברה זו, מבטלים את הברירה הטבעית. אך למעשה, כל שינוי בשכיחויות אללים באוכלוסייה מוגדר כאבולוציה, ושינויים כאלו אכן מתרחשים, אלא שהם אורכים אלפי שנים לכל הפחות, כך שקשה להבחין בהם. גנטיקאים העלו את ההשערה שקצב האבולוציה האנושית אף הואץ בעשרות אלפי השנים האחרונות, כתוצאה מהגידול במספר הנפשות שגורם לגידול במספר המוטציות החדשות המופיעות בכלל האוכלוסייה.
דוגמה נחקרת היטב לאבולוציה מודרנית היא התפתחות הסבילות לסוכר הלקטוז במבוגרים, המאפשרת להם לעכל חלב של בהמות שונות (במצב הטבעי רק תינוקות מסוגלים לעכל את סוכר החלב). מחקר גנטי הראה שאבולוציה זו היא תוצאה של מוטציות בגורם שעתוק המדכא את ייצור אנזים הלקטאז, מוטציות שהופיעו לראשונה לפני כמה אלפי שנים, בראשיתה של המהפכה החקלאית. בתרבויות אנושיות המגדלות בהמות חלב, מוטציות אלו כבר התפשטו למרבית האוכלוסייה כתוצאה מברירה טבעית, אך בתרבויות שאינן צורכות מוצרי חלב אין למוטציות אלו יתרון כלשהו, ולכן הן נדירות. במחקר פלאוגנטי של 230 גנומים משלדי בני-אדם עתיקים באירואסיה נמצאו סימנים רבים לפעולתה של ברירה טבעית, החזק שבהם במוטציה הגורמת סבילות ללקטוז.
מחלוקות, כשלים ותפיסות מוטעות.
ההתנגדות לרעיון האבולוציה של האדם.
רעיונות האבולוציה, ובמיוחד משמעותם לגבי האבולוציה של האדם, עוררו מאז פרסומם ועדיין מעוררים פולמוס חריף. על עצם התפתחותם של בני אדם מקופי אדם קדומים יש כיום קונצנזוס מדעי מוחלט. מזה עשרות רבות של שנים לא פורסם מאמר מדעי כלשהו שעבר ביקורת עמיתים שחולק על כך, או אף מטיל בכך ספק משמעותי כלשהו. עם זאת, פרטים רבים בהתפתחות זו אינם ידועים, אינם מובנים כל צורכם או שנויים במחלוקת.
גם מרבית המדענים הדתיים בתחומים הרלוונטיים אינם מערערים כיום על האבולוציה של האדם. המדענים הדתיים בארצות הברית המצהירים כי אין כיום מקום לספק בדבר מוצאו של האדם מקופי אדם קדומים הם למשל פרנסיס קולינס, גנטיקאי נוצרי אוונגליסטי שעמד בראש פרויקט גנום האדם הבינלאומי וכיום עומד בראש המכונים הלאומיים לבריאות; קן מילר, ביולוג קתולי המוביל מאבק ציבורי נגד בריאתנות; ומייקל ביהי, ביוכימאי קתולי הידוע בתמיכתו בתכנון תבוני. גם בישראל, רוב המדענים הדתיים נוקטים בגישות שונות ליישוב אמונתם עם האבולוציה, ושר המדע, הרב דניאל הרשקוביץ, שהוא פרופסור למתמטיקה בטכניון, הביע את דעתו כי אין לשלול שמוצא האדם הוא מקופי אדם, ואף הציע מקורות ביהדות התומכים בכך.
למרות זאת ציבורים נרחבים בעולם, בעיקר מפלגים שמרניים של הדתות המונותאיסטיות, עדיין דוחים לחלוטין את רעיון האבולוציה של האדם. בסקר שנערך בשנת 2005, במרבית מדינות מערב אירופה למעלה מ-60% מהמבוגרים קיבלו כאמת את ההצהרה "בני אדם התפתחו ממינים קודמים של בעלי חיים", אך בארצות הברית רק כ-40% ובטורקיה רק כ-25%. סקר זה לא נערך בישראל, אך בסקר אחר של מרכז המחקר פיו שנערך בישראל בשנת 2016 הסכימו 53% מהיהודים ו-37% מהערבים כי "בני אדם ויצורים חיים אחרים התפתחו באבולוציה במשך הזמן". בארצות הברית המתנגדים הם בעיקר נוצרים מהזרמים האוונגליסטים, בעוד האפיפיור מצהיר כי אין סתירה בין הנצרות הקתולית והאבולוציה של האדם. גם בציבור הדתי והמסורתי בישראל רבים דוחים את רעיון האבולוציה של האדם, ולעומתם אחרים כמו הרב אורי שרקי סבורים שאין כל מניעה שהגוף הפיזי בו נפח הבורא רוח חיים היה קוף או אדם קדמון.
בישראל, האבולוציה של האדם איננה נכללת בתוכנית לימודי החובה של משרד החינוך, אף כי אין מדיניות רשמית נגד מורים המלמדים אותה ביוזמתם. בשנת 2014 פורסם שקיימת תוכנית במשרד החינוך לכלול אבולוציה בלימודי מדעים בחטיבות הביניים, אך נושא האבולוציה של האדם לא נזכר בה. חבר ועדת משרד החינוך למקצוע המדעים חגי נצר צוטט כי "אין התייחסות ישירה לנושא הזה מפני שמדובר בנושא רגיש מאוד במדינת ישראל". מיעוט זעיר של תלמידי תיכון בישראל לומדים אבולוציה של האדם כחלק מפרק רשות על אבולוציה במסגרת ההקבצה הגבוהה ביותר של בחינות הבגרות בביולוגיה.
רבים בתחומי המדע והדת כאחת אינם שוללים את רעיון האבולוציה של בני אדם, אך סוברים שאין די בו על מנת להסביר את "מותר האדם", היינו ייחודו הנפשי או המוסרי של האדם. תורת האבולוציה אינה מתיימרת לספק הסבר מלא ומוחלט לכל תכונותיו של האדם.
תפיסת האבולוציה כ"סולם" וכ"שיח".
בציבור הרחב עדיין נפוצה תפיסה שגויה שרווחה בקהילה המדעית בתחילת המאה ה-20, לפיה האבולוציה מתנהלת באופן סדרתי מצורות פשוטות יותר למורכבות יותר, התפיסה שסטיבן גולד כינה "הסולם". בהקשר של האבולוציה של האדם, תפיסה פשטנית זו מתבטאת בתמונת "מצעד הקדמה", אחד הסמלים הגרפיים המוכרים ביותר בתרבות המערבית, שרבים בציבור נוטים לזהותו כמעט אוטומטית עם רעיון האבולוציה. במציאות, כל הקבוצות המוכרות היטב מרשומות המאובנים, כגון סוסיים או דינוזאורים, מפגינות אבולוציה מסועפת מאוד שאיננה בהכרח "מתקדמת" ליצורים מורכבים יותר או מותאמים יותר לסביבתם – התפיסה שגולד כינה "השיח". האבולוציה של האדם אינה יוצאת דופן מבחינה זו: היא מאוד מסועפת ורבים מהמינים הכלולים בה התקיימו במקביל במשך זמן רב. מי שאינו מבין עניין זה עלול להסיק, למשל, שהכחדתו של האדם הניאנדרטלי מעידה בהכרח על כך שהוא היה פחות מפותח מהאדם המודרני, או שהוא היה אביו הקדמון של האדם המודרני, אך מסקנות מעין אלו נחשבות כיום שגויות.
"החוליה החסרה".
בסוף המאה ה-19 ובתחילת המאה ה-20 התנהלו ויכוחים סוערים בתחום הפלאואנתרופולוגיה מיהו המאובן שזכאי לתואר "החוליה החסרה" בין קוף האדם לאדם. בין הממצאים שטענו בשעתם לתואר זה היו האדם הניאנדרטלי, פיתקאנתרופוס ארקטוס (כיום מסווג כהומו ארקטוס מג'אווה), אדם פקין (כיום מסווג כהומו ארקטוס מסין), איש פילטדאון (שהסתבר כזיוף) ואוסטרלופיתקוס אפריקנוס (מאובן ה"ילד מטאונג" שגילה ריימונד דארט). בוויכוחים אלו היו מעורבים ככל הנראה גם שיקולים בלתי מדעיים, למשל מדענים בריטים נטו לתמוך באיש פילטדאון הבריטי, בעוד מדענים גרמנים נטו לתמוך באדם הניאנדרטלי שהתגלה בגרמניה, והאירופים בכללם נטו להתעלם ממועמדים אסייתיים ואפריקניים. מושג החוליה החסרה גם זכה לחשיפה רבה בתקשורת, ונעשה בו שימוש מוגזם ומוטעה על ידי עיתונאים ושרלטנים, שלעיתים אף המציאו "חוליות חסרות" משל עצמם, למשל במקרה של "איש נברסקה".
בספרות המדעית פסק לחלוטין השימוש במונח "החוליה החסרה" בעשרות השנים האחרונות. סיבה אחת לכך היא ריבוי מיני ההומינידים המאובנים שהתגלו. משמעות הריבוי היא שלא מין אחד אלא מספר מינים (על פי מרבית הסיווגים וההשערות לפחות חמישה וקרוב לוודאי יותר) מהווים מאובני מעבר בין האדם המודרני לבין האב הקדמון המשותף לאדם ולשימפנזה, וממילא לא קיים מין יחידי שניתן לכנותו "החוליה החסרה" בה"א הידיעה. סיבה נוספת היא המבנה המסועף ("דמוי שיח" ולא "דמוי סולם") של האבולוציה האנושית, כך שכמעט בלתי אפשרי לקבוע בוודאות איזה מאובן נמצא בדיוק על השושלת המפותלת המובילה לאדם המודרני ואיזה מאובן נמצא על הסתעפות צדדית מעט. למרות זאת, בתקשורת ובציבור עדיין רווח שימוש מוטעה במונח "החוליה החסרה", בעיקר ב"סקופים" עיתונאיים המדווחים באופן שגוי על גילוי מאובנים חדשים של הומינידים. בעיני הקהילה המדעית בתחום, מי שעושה שימוש במונח לרוב מתייג את עצמו כחובבן במקרה הטוב וכשרלטן במקרה הגרוע.
"האם מוצא האדם הוא מן הקוף?".
שאלה זו, הנפוצה בציבור הרחב, יוצאת לפעמים מנקודת הנחה שגויה שעל פי תורת האבולוציה המודרנית מוצא האדם הוא ממין קוף הקיים כיום. ניסוח יותר מדויק יהיה "מוצא האדם המודרני וקופי האדם המודרניים הוא מאב קדמון משותף". עם זאת, יש לזכור שאותו אב קדמון היה אף הוא קוף אדם, אם כי לא ממין החי כיום. לכן מדויק גם לומר כי "מוצא האדם הוא ממיני קופים קדומים".