במרץ 1994 הוציא מוריסי את אלבומו הרביעי, "Vauxhall and I", שהפך לאלבום הסולו השני שלו שהגיע למקום הראשון במצעד האלבומים הבריטי. האלבום זכה להצלחה גם בארצות הברית, והגיע שם למקום ה-18 במצעד האלבומים. שנים לאחר צאת האלבום התבטא מוריסי כי בעיניו זהו אלבומו הטוב ביותר. הסינגל הראשון מתוך האלבום, "The More You Ignore Me, the Closer I Get", הגיע למקום השמיני במצעד הבריטי. באותה שנה יצא כסינגל שלא מתוך אלבום דואט של מוריסי עם הזמרת הבריטית סוזי סו, סולנית להקת "סוזי והבנשיז". הסינגל, "Interlude", הגיע למקום ה-25 במצעד הסינגלים בבריטניה. באוגוסט 1995 יצא האלבום "Southpaw Grammar", שהצליח אף הוא והגיע למקום הרביעי במצעד הבריטי. עם זאת, שני הסינגלים שיצאו מתוכו לא זכו להצלחה רבה. האלבום היה שונה באופיו מאלבומיו הקודמים של מוריסי. מבחינה מוזיקלית, נכללו בו שני שירים שאורכם עלה על 10 דקות, שיר עם סולו תופים באורך של שתיים וחצי דקות, וסימפול של סימפוניה של שוסטקוביץ'. חלק ממבקרי המוזיקה אהבו את ניסיונו של מוריסי להשתנות ולחדש, בעוד שאחרים התלהבו פחות.
ב-1996 הגיש מייק ג'ויס תביעה לבית המשפט נגד מוריסי ומאר, חבריו לשעבר ללהקת "הסמית'ס", בטענה שהם קיפחו אותו בחלוקת התמלוגים על ההקלטות וההופעות של "הסמית'ס". עד להגשת התביעה קיבלו מוריסי ומאר 40% כל אחד מהתמלוגים על ההקלטות וההופעות, בעוד ששני חברי הלהקה האחרים, ג'ויס ורורק, הסתפקו ב-10% כל אחד. בית המשפט קיבל את תביעתו של ג'ויס, פסק לו פיצויים של מעל מיליון לירות שטרלינג, וקבע שמעתה והלאה כל אחד מארבעת חברי הלהקה יקבל 25% מהתמלוגים העתידיים. מוריסי ערער על פסק הדין, אך ערעורו נדחה.
אלבום האולפן השישי של מוריסי, "Maladjusted", יצא באוגוסט 1997 בחברת תקליטים חדשה, "מרקורי רקורדס". האלבום הגיע למקום השמיני במצעד הבריטי, והסינגל הראשון מתוכו, "Alma Matters", הגיע למקום ה-16 במצעד הסינגלים הבריטי.
ההפסקה והקאמבק בשנת 2004.
ביוני 2003 הכריזה חברת התקליטים "סנקצ'וארי רקורדס" על עסקה שנעשתה עם מוריסי, שבמסגרתה היא העניקה לו את לייבל הרגאיי לשעבר "אטאק רקורדס" ("Attack Records"), כפלטפורמה להקלטת חומרים חדשים ולהחתמת אמנים חדשים.
לאחר הפסקה של קרוב לשבע שנים, שבמהלכן לא הקליט ולא הוציא שירים חדשים, הוציא מוריסי ב-17 במאי 2004 את אלבום האולפן השביעי שלו, "You Are the Quarry". הגיטריסט אלן וייט, שניגן באלבום ואף היה אחראי לכתיבת חלק גדול משיריו, תיאר את האלבום כשילוב בין "Your Arsenal" ו-"Vauxhall and I". האלבום קיבל ביקורות מצוינות ממבקרי המוזיקה, וזכה להצלחה מסחרית רבה. הוא הגיע למקום השני במצעד הבריטי, הפך למצליח ביותר מכל אלבומיו של מוריסי עד היום, כולל אלבומיו עם הסמית'ס; מכר מעל מיליון עותקים והיה לאלבומו היחיד שהגיע למעמד של אלבום פלטינה. גם בארצות הברית היה זה אלבומו המצליח ביותר עד היום, שם הגיע למקום ה-11 במצעד האלבומים. ארבעת הסינגלים שיצאו מתוך האלבום זכו אף הם להצלחה רבה, והגיעו כולם ל"עשרת הגדולים" במצעד הסינגלים הבריטי. הסינגל הראשון מהאלבום, "Irish Blood, English Heart", הגיע למקום השלישי במצעד בשבוע הראשון לצאתו. זהו המקום הגבוה ביותר שבו דורג שיר של מוריסי במצעד הסינגלים בכל הקריירה שלו, הן כזמר סולו והן כסולן של הסמית'ס. עם יציאת הסינגל "I Have Forgiven Jesus" בדצמבר 2004, הפך מוריסי לאמן היחיד באותה שנה שהצליח להכניס ארבעה סינגלים שונים ל"עשרת הגדולים" של המצעד הבריטי. ב-22 במאי 2004, הופיע מוריסי לראשונה לאחר 10 שנים במנצ'סטר ארנה, בעיר הולדתו. ההופעה יצא אחר כך כ-DVD בשם: "מי שם את ה- M במנצ'סטר?".
אלבום האולפן השמיני של מוריסי נקרא "Ringleader of the Tormentors". האלבום, שהוקלט ברומא, יצא ב-3 באפריל 2006, והיה לאלבומו השלישי שהצליח להגיע למקום הראשון במצעד האלבומים הבריטי. בארצות הברית הגיע האלבום למקום ה-27. האלבום זכה להצלחה גם במספר מדינות באירופה, והגיע למקום הראשון בשוודיה. את האלבום הפיק טוני ויסקונטי, שעבד בעבר עם טי רקס ועם דייוויד בואי. הסינגל הראשון שיצא מהאלבום, "You Have Killed Me", הגיע למקום השלישי במצעד הבריטי, ושלושת הסינגלים שיצאו אחריו הגיעו כולם ל-"20 הגדולים" במצעד.
לאורך מעל 20 שנות פעילותו כסולן, בין השנים 1988–2009, הוציא מוריסי רק תשעה אלבומי אולפן, לעומת אחד-עשר אלבומי אוסף והופעות חיות. ב-11 בפברואר 2008 יצא אלבום האוסף "Greatest Hits", שהתרכז בעיקר בשיריו של מוריסי מהמאה ה-21: מתוך 15 השירים באלבום, רק ארבעה הם מתקופה מוקדמת יותר. באוסף הופיעו גם שני שירים חדשים: "All You Need Is Me" ו-"That's How People Grow Up", שאף יצא כסינגל, וכן גרסת כיסוי בהופעה חיה ל-"Redondo Beach" של פטי סמית'. האלבום הגיע למקום החמישי במצעד הבריטי. בחוברת האוסף שצורפה לדיסק הופיע תצלום עירום של מוריסי, כשעל ישבנו הכיתוב "Your Arse An' All" - מחווה עצמית לצילום העטיפה חשופת-החזה של האלבום "Your Arsenal".
לאחר מספר ניסיונות שכשלו להביאו להופעה בישראל, הופיע מוריסי ב-29 ביולי 2008 בגני התערוכה בתל אביב, במופע שחתם את סיבוב ההופעות העולמי שלו. בהופעה נכחו כ-6,000 צופים.
"Years of Refusal", אלבום האולפן התשיעי של מוריסי, יצא ב-16 בפברואר 2009, לאחר מספר דחיות, שנבעו בין היתר ממותו הפתאומי של מפיק האלבום, ג'רי פין. האלבום הגיע למקום השלישי במצעד הבריטי ולמקום ה-11 במצעד האמריקאי, וזכה לתשבחות רבות מצד מבקרי המוזיקה. הסינגל הראשון מתוך האלבום היה "I'm Throwing My Arms Around Paris", שהגיע למקום ה-21 במצעד הבריטי. בעקבות האלבום יצא מוריסי לסיבוב הופעות עולמי נרחב, שנקרא "Tour of Refusal", במסגרתו הופיע ברחבי ארצות הברית וגם, לראשונה בקריירה שלו, ברוסיה.
ב-21 ביולי 2012 הופיע שנית בישראל, גם הפעם בביתן 1 בגני התערוכה בתל אביב.
ב-16 במרץ 2013 נאלץ מוריסי לבטל סיבוב הופעות שלם בצפון אמריקה, שכלל 20 הופעות, וזאת בשל בעיות בריאות. רופאיו המליצו לו לפרוש לצמיתות מהופעות חיות.
באוקטובר 2013 יצאה האוטוביוגרפיה של מוריסי בהוצאת פנגווין שנקראת בפשטות "מוריסי - אוטוביוגרפיה". האוטוביוגפיה בת 457 העמודים, שחשפה לראשונה ממנו מערכת יחסים הומוסקסואלית וגם הטרדה מינית בבית הספר בגיל 14, זכתה לביקורות מעורבות, אך הפכה לרב-מכר.
ב-15 ביולי 2014 יצא, לאחר הפסקה של כחמש שנים, האלבום העשירי של מוריסי, "World Peace is None of Your Business". באוגוסט 2015 הודיע כי יפרסם רומן ראשון, "List of the Lost", בהוצאת פנגווין.
באוגוסט 2016 חזר להופיע בישראל בפעם השלישית, ב-23 באוגוסט בהיכל התרבות בתל אביב וב-24 באוגוסט בתיאטרון קיסריה.
בנובמבר 2020, פוטר מוריסי מחברת התקליטים BMG. הוא ייחס את הפיטורים לרצונה של BMG לגוון את אמניה, ולדבריו, אף לשלוט בהם. "איני רוצה להיות חלק מחברה שמכתיבה למוזיקאים איך להתנהג, אבל לא דורשת מהם כישרון", כתב באתר הבית שלו.
השפעה.
מוריסי נחשב כבר שנים רבות לאומן משפיע, השפעה שניכרה הן בקריירת הסולו שלו והן בשנותיו עם "הסמית'ס". ה-BBC כינה אותו "אחת הדמויות המשפיעות ביותר בהיסטוריה של הפופ הבריטי". מגזין המוזיקה הבריטי NME בחר ב-2002 בסמית'ס כלהקה הבריטית המשפיעה ביותר בכל הזמנים, לפני הביטלס, והגדיר את מוריסי כ"אחד האמנים המשפיעים ביותר של כל הזמנים". בעיתון הבריטי The Independent נכתב עליו: "רוב כוכבי הפופ צריכים למות לפני שהם זוכים לסטאטוס האייקוני שלו זכה מוריסי עוד בחייו". באוקטובר 2008 דורג מוריסי במקום ה-92 ברשימת "100 הזמרים הגדולים של כל הזמנים" שפרסם מגזין המוזיקה האמריקאי "רולינג סטון". הרשימה הורכבה על ידי פאנל של 179 מומחים בתחום.
חייו האישיים ועמדותיו.
בשנות ה-90 המאוחרות עזב מוריסי את ביתו באנגליה ועבר לגור בלוס אנג'לס, שם יצר קשרים חזקים עם הקהילה ההיספנית הגדולה, שרבים מחבריה הפכו למעריציו. נראה כי שיריו של מוריסי על התבודדות וניכור תירגמו עצמם מרחובות מנצ'סטר לפרוורים של לוס אנג'לס, עובדה שמוריסי עצמו הביע את הפתעתו והכרת תודתו עם גילויה.
מאז שנת 2006 מתגורר מוריסי ברומא.
באוקטובר 2014, בריאיון לעיתון ספרדי, חשף מוריסי כי הוא נאבק במחלת הסרטן ועובר טיפולים רבים בשל כך.
מיניותו.
מיניותו של מוריסי מעורפלת ונתונה במחלוקת. מוריסי עצמו מרבה להצהיר הצהרות מנוגדות ומסרב להתייחס בראיונות לחייו הפרטיים. בראיונות שונים בשנות ה-80 וה-90 הכריז על עצמו כרווק א-מיני המתנזר ממין, וטען שגם גברים וגם נשים משעממים אותו. רבים האמינו באותה תקופה כי הוא הומוסקסואל, מאחר שהמילים שכתב לשירים של הסמית'ס נטו תמיד למיניות מעורפלת. במסגרת ריאיון למגזין "רולינג סטון" בשנת 1984 אמר: "אני עליז? ובכן, אלה חדשות בשבילי". בראיון בשנת 1994 ציין: "האמת היא שסקס זה משהו שאינו חלק מהחיים שלי, ולכן אין לי מיניות". כאשר נדרש שוב לנושא בסרט תיעודי של ערוץ 4 הבריטי בשנת 2003, "The Importance of Being Morrissey", ענה: "לי לא באמת אכפת מה אנשים חושבים – זה לא משנה לי כלל, ואני לא מסתיר שום דבר". בריאיון למגזין המוזיקה הבריטי NME בשנת 2006 אמר, כי הוא כבר לא מתנזר יותר ממין אך סירב למסור פרטים נוספים על העדפותיו המיניות. בפוסט שפרסם באוקטובר 2013 באתר שלו כתב "למרבה הצער, אני לא הומו. אני נמשך לבני אדם. ובכן, לא לרבים מהם".
עמדותיו כלפי תעשיית המוזיקה.