כשנה וחצי לאחר תחילת פעולות האיבה הדרומיות, בחודש ספטמבר 1862, הפכה הצהרת האמנציפציה של הנשיא אברהם לינקולן, אשר הורתה על סיום העבדות במדינות הדרום, לאחת ממטרות המלחמה, והניאה את הבריטים מלהתערב בנעשה, על אף האינטרסים הכלכליים שהיו להם באזור. המפקד הצבאי של הקונפדרציה, רוברט לי, ניצח בקרבות בווירג'יניה, אך בשנת 1863, לאחר קרב גטיסברג, נעצרה התקדמותו צפונה והוא החל לסגת דרומה, תוך כדי אבדות כבדות. במערב השיג האיחוד שליטה על נהר המיסיסיפי, לאחר תפיסתה של ויקסבורג, ובכך חילק את הקונפדרציה לשניים. בשנת 1864 הצליח האיחוד בהובלת יוליסס סימפסון גרנט לממש את יתרונו בציוד ובכוח אדם, מול הקונפדרציה בהובלת הגנרל רוברט לי. גנרל ויליאם שרמן מצבא האיחוד כבש את העיר אטלנטה וצעד אל הים. התנגדותה הצבאית של הקונפדרציה פסקה לאחר כניעתו של לי בפני גרנט בקרב אפומטוקס ב-9 באפריל 1865.
מלחמת האזרחים האמריקנית הייתה אחת ה"מלחמות הטכנולוגיות" הראשונות. מסילות רכבת, טלגרף, ספינות קיטור ונשק בייצור המוני, היו בשימוש נרחב במהלכה. התרגול במלחמה כוללת, שפותח על ידי שרמן בג'ורג'יה, ומלחמת החפירות שנערכה סביב פטרסבורג בווירג'יניה, בישרו את אופייה של מלחמת העולם הראשונה ביבשת אירופה כחצי מאה לאחר מכן. מלחמת האזרחים האמריקנית נותרה המלחמה הקטלנית ביותר בתולדות ארצות הברית. נהרגו בה כ-620,000 חיילים ומספר לא ידוע של אזרחים. 10% מקרב הגברים בטווח הגילים 20–45 במדינות הצפון נהרגו או נפצעו, וכ-30% מכלל הגברים הלבנים בטווח הגילים 18–40 במדינות הדרום. ניצחונו של הצפון הביא לקיצה של הקונפדרציה ושל העבדות בארצות הברית, וחיזק את כוחו של הממשל הפדרלי. ההיבטים החברתיים, הפוליטיים, והכלכליים של המלחמה עיצבו את תקופת השיקום שנמשכה עד שנת 1877.
הסיבות לפרישה.
שורשיה של התנועה לביטול העבדות בארצות הברית טמונים בהצהרת העצמאות של ארצות הברית. האבות המייסדים של ארצות הברית, במטרה למנוע מכך שחלק מבין שלוש עשרה המושבות לא יצטרפו לאיחוד, נמנעו מלקבוע הסדר בדבר העבדות עם הקמתה של ארצות הברית. במאה ה-18 המאוחרת הייתה הערכה כי עם הזמן העבדות תיעלם מעצמה כיוון שעם הזמן הפכה פחות ופחות רווחית, במיוחד ביחס לבתי החרושת שהחלו לצמוח בערים הגדולות, בעיקר בצפון, וסימנו את בואה של המהפכה התעשייתית. שינוי בגל כלכלי זה הגיע בדמותם של כלים לייצור המוני של כותנה, שלצד צמיחה אקספוננציאלית בביקוש אפשרו למספר רב של בעלי עבדים ובעלי אדמות בדרום להתעשר במהירות ולהפוך לאליטה כלכלית דרך השימוש שלהם בעבדים. ייצור הכותנה הגיע לכמויות כאלו שארצות הברית הפכה לספקית הכותנה הגדולה ביותר לאירופה, ובכך היא עקפה את שוקי הכותנה במזרח התיכון של האימפריה העות'מאנית.
העבדות נאסרה בטריטוריות הצפון-מערביות באמצעות תקנות צפון-מערב של שנת 1787. עד שנת 1804 פרסמו כל המדינות הצפון-מערביות חוקים האוסרים עבדות. אולם מרבית הכלכלה במדינות שבדרום ארצות הברית נשענה על חקלאות, שהצריכה כמות רבה של ידיים עובדות, ולכן באזור זה נותר מוסד העבדות על כנו. כאמור, במיוחד בלט ענף גידול הכותנה שהתרחב באופן משמעותי לאחר המצאת המנפטה ונהיה למוצר הייצוא העיקרי של מדינות הדרום. הקונגרס האמריקאי הטיל בשנת 1808 איסור על ייבוא עבדים לארצות הברית. עם זאת, תודות לסחר פנימי בשילוב עם גידול טבעי של אוכלוסיית העבדים, העבדות המשיכה לצמוח במדינות החדשות שהוקמו עמוק בדרומה של ארצות הברית. האיחוד נחלק לאורך קו מייסון-דיקסון למדינות הצפון החופשיות מעבדות, ולמדינות הדרום בהן נותרה העבדות חוקית. אף על פי שהושגו פשרות בנושא העבדות, כגון פשרת מיזורי מ-1820 ופשרת 1850, חל משבר בנושא בשנות ה-50 של המאה ה-19. לינקולן לא הציע חוקים פדרליים נגד העבדות במקומות שבהם התקיימה, אך בנאום הבית המחולק שנשא בספרינגפילד שבאילינוי עם קבלתו את מינוי המפלגה הרפובליקנית כסנאטור המדינה, הביע את רצונו ש"המתנגדים לעבדות יאסרו התפשטות נוספת שלה, ויגבילו אותה למקומות בהם הדעה הציבורית תנוח בשל האמונה כי העבדות נמצאת במסלול של הכחדה מוחלטת". רובו של המאבק הפוליטי בשנות ה-50 של המאה ה-19 התמקד בשאלת הרחבתה של העבדות אל הטריטוריות החדשות שנוצרו. גם הדרום וגם הצפון הניחו כי אם לא תורחב העבדות היא תדעך ותיפסק.
בין 1846 ל-1848 נערכה מלחמת ארצות הברית–מקסיקו, ועל אף הכיבוש של כל צפון מקסיקו ונתחים גדולים במרכזה ואפילו בירתה ניו מקסיקו, הסכם גואדלופה אידלגו שסיים את המלחמה קבע את קו גבול ארצות הברית–מקסיקו עם נסיגה אמריקאית משמעותית משטח הכיבוש הכולל במקסיקו. תוצאות ההסכם ותוואי הגבול נקבעו לאחר מאבק מריר בין תומכי ומתנגדי העבדות בקונגרס, כאשר התומכים רצו לספח כמה שיותר שטח ממקסיקו, שלפיהם היה עתיד להפוך למדינות שבהן תותר העבדות, בדומה לטקסס. נגד חזון זה של תומכי העבדות בדרום עמדו מתנגדי עבדות בקונגרס כמו גם מתיישבים אמריקאים בחלק מהטריטוריות שסופחו, כגון קליפורניה. עיקר המתיישבים בקליפורניה התנגדו לעבדות, ומעמדה הוסיף להתערער בעקבות בהלה לזהב שתרמה ליישוב המוני באזור ומכאן גם לפיתוח התעשייתי שלו על חשבון המשק החקלאי. מעבר לכך, עיקר דרום-מערב ארצות הברית מדבריות ורכסי הרים תלולים, שאינם פוריים עבור חקלאות ומכאן שאינם רווחיים עבור טיפוח משק עבדים חקלאי בדומה לזה הקיים בדרום-מזרח.
חששו של הדרום מאיסור עבדות בידי הממשל הפדרלי, והתרעומת שהועלתה בצפון על השפעתו של כוח העבדות, אותו החזיק בממשל, הביאה את המשבר לנקודת רתיחה בסוף שנות ה-50 של המאה ה-19. חילוקי דעות בין התנועה לביטול העבדות ואחרים לגבי מוסריותה של העבדות, היקפה של הדמוקרטיה וערכה הכלכלי של עבודה חופשית לעומת עבדות המטעים, גרמה להתמוטטותן של המפלגה הוויגית ושל מפלגות תנועת "שאינם יודעים דבר", ומפלגות חדשות תפסו את מקומן (מפלגת האדמה החופשית בשנת 1848, המפלגה הרפובליקנית בשנת 1854, מפלגת האיחוד החוקתי בשנת 1860). בשנת 1860 גם המפלגה הדמוקרטית, שהייתה המפלגה הארצית האחרונה שנותרה, התפצלה לאורך קווים מקומיים. צפוניים, שדעותיהם התפרסו בין תומכים בביטול העבדות כוויליאם גאריסון ועד רפובליקנים מתונים כאברהם לינקולן הדגישו את הצהרתו של תומאס ג'פרסון כי "כל האנשים נבראו שווים". לינקולן הזכיר הצהרה זו פעמים רבות, בהן בנאום גטיסבורג בשנת 1863.
כמעט כל המשברים הפנים אזוריים הקשורים בעבדות החלו בדיונים על פשרת שלוש החמישיות והארכה בת עשרים השנים של הסחר בעבדים אפריקנים בוועידה החוקתית של שנת 1787. המצאת כלי עיבוד הכותנה, המנפטה, בשנת 1793 בידי אלי ויטני הגדילה פי חמישים את כמות הכותנה הניתנת לעיבוד מדי יום, וכך הגבירה משמעותית את הביקוש לעובדים בדרום. היו חילוקי דעות בנוגע להצטרפותה של מדינת מיזורי התומכת בעבדות לאיחוד, דבר שהוביל לפשרת מיזורי בשנת 1820. חוק מרסן מנע דיונים בקונגרס על עתירות המבקשות לסיים את העבדות בין השנים 1835–1844, בעוד הייעוד הגלוי הפך לוויכוח בכל הקשור להשגת טריטוריות חדשות, שבהן תוכל העבדות להתרחב. צירופה לארצות הברית של רפובליקת טקסס בשנת 1845, כמדינה בה מותרת העבדות, יחד עם טריטוריות נוספות בסיום מלחמת ארצות הברית–מקסיקו (1846–1848) הביאה לפשרת 1850. הפשרה קבעה שקליפורניה היא מדינה חופשית ושמלבדה כלל הטריטוריות המסופחות יאורגנו לכדי מדינות ואז יחליטו על דעת עצמן האם לאשר או לאסור עבדות בתחומן. בנוסף נקבע חוק העבד הנמלט: עבדים נמלטים הוכרזו פושעים פדרליים, ומי שמחביאם הוא פושע. לשם אכיפת החוק הוקמו יחידות מיוחדות של לוכדי עבדים בכל ארצות הברית. החוק העלה את חמת אפם של הצפוניים מתנגדי העבדות ופעל לייצג אינטרסים של דרומיים שרצו למנוע את בריחת עבדיהם. מאז חוק ביטול העבדות 1833, האימפריה הבריטית אסרה על קיום העבדות בכל מושבותיה ולכן עבדים נמלטים רבים ברחו מהדרום צפונה עד למושבות הבריטיות בקנדה. תושבים צפוניים הקימו על דעת עצמם את מסילת הרכבת המחתרתית להבריח עבדים נמלטים לקנדה.
הנשיא בעת הפשרה היה מילרד פילמור מהמפלגה הוויגית, שאמנם התנגד לעבדות אך העריך כי הפשרה היא המוצא היחיד לשימור האיחוד ובנוסף לכך העריך שלו, בהיותו נשיא, כמו גם לכלל הממשל הפדרלי, אין הסמכות או היכולת להביא לביטול העבדות. פילמור ניסה לקדם את הפשרה גם במטרה לקבל תמיכה בנושאי מדיניות שונים של המפלגה בקונגרס, אך בתמורה גרם לפיצולה בפועל ולפירוקה' על אף הערכתו כי דרך הפשרה יוכל לתרום לאיחוד המפלגה תחת מצע שנטה לעבר המרכז הפוליטי. בעקבות ההפסד המוחץ של הוויגים בבחירות לנשיאות ב-1852, המפלגה התמוססה וחלק רחב מבסיס תומכיה עבר למפלגה הרפובליקנית שרק קמה.
סעיף וילמוט בפשרת 1850 היה ניסיון של פוליטיקאים צפוניים לשלול את העבדות בשטחים שנכבשו ממקסיקו במלחמה ואחריה. ספרה הפופולרי של הארייט ביצ'ר סטואו "אוהל הדוד תום" (1852), הגביר את ההתנגדות בצפון לחוק העבד הנמלט 1850.