בסיבוב השני פגשה בורדו את רוטור וולגוגרד הרוסית. בורדו אירחה את המשחק הראשון, ונקלעה לפיגור בהפסקה משער של ולדימיר נידרגראוס חמש דקות לתום המחצית. פרנק היסטיולס איזן לזכות בורדו שתי דקות מפתיחת המחצית השנייה, ובדקה האחרונה קבע ריצ'רד ויטסחה מהפך וניצחון 1–2 לבורדו בפנדל. בגומלין בחוץ הייתה זקוקה וולגוגרד לשער אחד כדי לעלות, אך לאחר דקות ארוכות ללא שער היה זה דווקא בנקארל שכבש מהעבר השני. ניצחון כפול לבורדו, 3-1 בסיכום.
בשמינית הגמר הוגרלה בורדו למפגש מול נציגת ספרד, ריאל בטיס. הצרפתים אירחו את המשחק הראשון והשיגו מקדמה בדמות שער של דניאל דוטואל במחצית הראשונה ושל לורן קרוסי כשבע דקות לסיום, 2-0 לבורדו. בגומלין בחוץ העלה זינדין זידאן את בורדו ליתרון לאחר שלוש דקות בלבד. אלכסיס טרוחייו איזן בדקה השלושים, ובדקת הסיום של המחצית קבע ולאדה סטושיץ' 2-1 לבטיס, תוצאה שנשמרה עד לסיום. עם 2–3 בסיכום, העפילה בורדו לרבע הגמר.
העונה האירופית הארוכה של בורדו המשיכה בדו-קרב קשה מול מילאן האיטלקית. מילאן של המאמן פאביו קאפלו המשיכה בעונה זו לזכייה באליפות איטליה וזכתה רק שנתיים קודם לכן בליגת האלופות, ונחשבה לפייבוריטית מול הצרפתים. במשחק הראשון בסן סירו היה נראה כי הגיע סוף דרכה של בורדו במפעל, לאחר שנכנעה 0–2 משערים של סטפנו אראניו ורוברטו באג'ו. אלא שבגומלין הצליחה בורדו להפוך את התוצאה בתצוגה מרשימה. דידייה טולו קבע 0–1 לאחר כרבע שעה, כריסטוף דוגארי איזן את הדו-קרב בדקה ה-63, ובדקה ה-69 השלים צמד וקבע 0–3 מרשים לבורדו, שמדיחה את אחת הפייבוריטיות לזכייה במפעל.
בחצי הגמר הוגרלה בורדו למפגש מול סלביה פראג. הצ'כים אירחו את המשחק הראשון, וכבר בדקה התשיעית קבע דוגארי את תוצאת הסיום, 1-0 לבורדו. בגומלין שחזרה בורדו את התוצאה, הפעם משער של טולו בדקה הראשונה של המחצית השנייה, ועם 0–2 בסיכום המפגשים עלתה לגמר גביע אופ"א, בסיומה של עונה אירופית ארוכה במיוחד.
סיכום המשחק.
המשחק הראשון.
ארבעה ימים בלבד לפני המשחק הראשון באצטדיון האולימפי במינכן, פוטר אוטו ריהאגל, המאמן שהוביל את באיירן לגמר, בעקבות יכולת חלשה של באיירן במאבק האליפות. במקומו מונה פרנץ בקנבאואר למאמן זמני, שהדריך את הקבוצה בצמד משחקי הגמר. בקנבאואר פתח במערך התקפי של שלושה בלמים, ובמרכזו הקפטן לותר מתאוס. מרקוס באבל וכריסטיאן ציגה שימשו כשחקני כנף, ובמרכז ההתקפה פתחו יורגן קלינסמן, מלך השערים של הטורניר עם 14 כיבושים עד לגמר, וז'אן-פייר פאפן. מהמט שול פתח כקשר התקפי מאחורי החלוצים. מנגד הגיעו הצרפתים תחת המאמן הגרמני גרנוט רוהר, שעברו עונה ארוכה באירופה וקשה במיוחד בליגה הצרפתית, כשאת העונה הם מסיימים במקום ה-16 בלבד. נוסף על כך, חסר רוהר את זינדין זידאן ואת כריסטוף דוגארי המושעים במשחק הראשון, ועלה בהרכב חסר. בורדו פתחה במערך של 4-4-2, כאשר את ההתקפה מובילים דידייה טולו ואנתוני בנקארל.
הפתיחה הייתה שייכת למארחת, ששלחה כדורים רבים לרחבה של בורדו, אך לא הצליחה לתרגם אותם לאיומים למסגרת או לכיבוש שער מוקדם. מי שהתקרב לכיבוש ראשון היה באבל, שהשתלט בראשו על כדור בצד ימין של רחבת בורדו, ובעט אותו בנגיעה מהאוויר אל הפינה הרחוקה, אך הכדור חמק סמוך לקורה והחוצה. מן העבר השני, רשם טולו החמצה גדולה, במצב ממנו היה חייב לכבוש. צ'יריאקו ספורצה, שהיה האחרון בדרך אל השער, איבד כדור לטולו על קו מחצית המגרש. טולו פרץ היטב עד לרחבה של באיירן, כשהוא משאיר את ספורצה מאחוריו, אך מול אוליבר קאן לקח צעד יותר מדי וגלגל את הכדור הישר לגופו של השוער. מן העבר השני, הענישה באיירן עם שער במצב נייח. כדור קרן של מתאוס מאגף ימין הוגבה היטב לפינה הקרובה של תיבת החמש. הבלם תומאס הלמר, הקדים את השומר שלו ונגח בעוצמה לרשת, 1-0 לבאיירן לאחר 34 דקות. היה זה שערו הראשון של הלמר בגביע אופ"א באותה העונה. בורדו ניסתה לחזור למשחק אך שוב החמצה גדולה ועצירה מרשימה של אוליבר קאן. המהלך החל שוב באיבוד כדור של הגרמנים במרכז השדה. הלמר, כובש השער, איבד את הכדור לריצ'רד ויטסחה, ששמר היטב על הכדור והטעה פעמיים את הלמר, לפני שהקשית היטב לאגף שמאל של הרחבה. טולו שהמתין לכדור, הוריד אותו היטב בנגיעה למרכז הרחבה. בנקארל הגיע ראשון לכדור של טולו ובעט בעוצמה למרכז השער, קאן בתגובה מהירה הדף לקרן. הזדמנות ודאית נוספת לכיבוש שלא נוצלה על ידי הצרפתים. המחצית הסתיימה ביתרון מינימלי למארחת, 1-0 בהפסקה.
בורדו המשיכה לנסות להשיג את השוויון עם פתיחת המחצית השנייה. כדור קרן שהוגבה משמאל מצא את הראש של דניאל דוטואל. הקשר הצרפתי נגח היטב לפינה וכבר הכניע את קאן, אך פאפן ששמר על הקורה הרחיק בגופו לקרן, על אף טענותיהם של שחקני בורדו על נגיעת יד של החלוץ. חלפו מספר דקות ובורדו שוב הגיעה לסף שוויון. ויטסחה, מהטובים בשורות בורדו, מצא בכדור עומק את הקפטן ביצ'נטה ליזארזו בצד שמאל הרחבה. ליזארזו ניסה לשלוח את הכדור לפינה הרחוקה של קאן, אך בעט חלש והשוער קלט. באיירן, שעסקה בעיקר בהתגוננות מפתיחת המחצית השנייה, התקרבה לשער שני לאחר שספורצה קיבל כדור כעשרים מטרים משערה של בורדו, הסתובב היטב כדי לנער מעליו את השומר שלו, ובעט מכ-18 מטרים שטוח לפינה. הכדור כבר הכניע את גאטאן הואר, אך חמק ליד העמוד. בדקה השישים הכפילה באיירן את היתרון ממהלך אישי מרשים של מהמט שול. הקשר קיבל כדור כ-25 מטרים אלכסונית מהשער, מצד ימין. שול עבר בין שני שחקני הגנה וחדר לרחבה, שם בעט שטוח וחזק בין רגליו של יאקוב פריס-האנסן ולפינה הרחוקה של הואר, 2-0 לבאיירן מינכן. בורדו חיפשה שער מצמק והייתה קרובה לאחר שפריס-האנסן שלח היטב את בנקארל באגף ימין. במקביל, פרץ טולו היטב ועקף את השומר שלו אוליבר קרויצר, שהושיט יד והוריד את טולו לקרקע בתוך הרחבה. השופט לא שרק ובעוד טולו שרוע על הדשא, התפנה בנקארל לבעיטה כשבעה מטרים אלכסונית, אך הכדור שלו לפינה הקרובה מצא את אוליבר קאן שוב מוכן, והכדור החוזר הורחק. לאחר דקות ארוכות של משחק דו-צדדי והזדמנויות לשתי הקבוצות, הגיעה באיירן להזדמנות כפולה להגדיל את היתרון בדקה ה-89. המחליף מרסל ויטצ'ק קיבל כדור בתוך הרחבה מבאבל, בעט היטב וסחט הדיפה מהואר. הכדור שהדף הואר פגע במשקוף וחזר למרכז הרחבה, קלינסמן שניצב מול שער ריק בעט בנגיעה אך שלח את הכדור מעל לשער. החמצה לא אופיינית למלך שערי הטורניר. 2-0 לבאיירן מינכן בסיום, מקדמה טובה לקראת הגומלין.
משחק הגומלין.
שבועיים לאחר המשחק הראשון, נפגשו הקבוצות למפגש הגומלין בפארק לסקור שבבורדו, אצטדיונה הביתי של בורדו. רוהר קיבל בחזרה את זידאן ודוגארי שהיו מושעים במשחק הראשון, והשניים פתחו בהרכב הפותח. זידאן הוצב במרכז השדה במקומו של דוטואל, בעוד דוגארי תפס את מקומו של בנקארל בחוד. על אף שתופקד בדרך כלל כחלוץ, פתח בנקארל בהרכב דווקא בעמדת המגן הימני, כאשר פריס-האנסן שפתח בעמדה זו במשחק הראשון הוסט לתפקיד הבלם, וגרנה ירד לספסל. גם בשורות באיירן נערכו שינויים מהמשחק הראשון. בקנבאואר ביצע שלושה שינויים בהרכב, כאשר תומאס שטרונץ חזר לסגל ופתח בכנף ימין, בעוד מרקוס באבל שפתח בעמדה זו במשחק הראשון הוסט לעמדת הבלם על חשבונו של קרויצר, שלא נכלל בסגל באיירן למשחק. דיטר פריי, שעלה מהספסל במשחק הראשון, פתח במרכז הקישור במקום דיטמר האמאן, שגם הוא לא נכלל בסגל. השינוי האחרון היה בעמדת החלוץ, כאשר פאפן נותר מחוץ לסגל אף הוא, ואמיל קוסטדינוב הבולגרי פתח לצדו של קלינסמן. למעט השינויים הפרסונליים, לא נרשמו שינויי מערך בשתי הקבוצות.
ההזדמנות הממשית הראשונה של בורדו הייתה בבעיטה חופשית, כאשר זידאן סובב כדור מכ-18 מטרים מעל לשערו של אוליבר קאן. מן העבר השני, ניסה קוסטדינוב את מזלו בבעיטה מכ-23 מטרים, שעלתה מעל למשקוף. גם דוגארי, חלוצה של בורדו, ניסה בבעיטה ממרחק, לאחר שעבר שחקן הגנה ונותר חופשי מכ-23 מטרים, הבעיטה שלו בחצי גובה הכניעה את קאן אך חמקה ליד העמוד. בדקה ה-31 איבדה בורדו את הקפטן שלה, ליזארזו. כניסה חזקה של קוסטדינוב ברגלו של ליזארזו הובילה לחתך עמוק ברגלו, והוא נאלץ לצאת מהמשחק. סדריק אנסלין עלה במקומו. על אף הפציעה, בורדו המשיכה לחפש את השער, כשבעיטה חלשה של דוגון ממרחק רב נעצרה אצל טולו על סף הרחבה, והחלוץ עצר את הכדור והמשיך בבעיטה לפינה תוך כדי נפילה, אוליבר קאן קלט. בסיומה של המחצית הראשונה ירדו הקבוצות להפסקה בשוויון 0-0. יתרונה של באיירן מהמשחק הראשון נותר ללא סכנה.