לאחר מותו של יהודה המכבי בקרב אלעשה (160 לפנה"ס), ירש את ההנהגה אחיו הצעיר, יונתן הוופסי. לאחר שכשל בניסיונו לחסל את יונתן, נסוג בקכידס אל החקרא בירושלים. בתקופה זו בנה בקכידס מבצרים בארץ יהודה ושם בהם חילות מצב כדי "להצר לישראל". בין מבצרים אלה הייתה גם החקרא, אותה חיזק, שם בה מחסני מזון, הכניס בה צבא וכלא בה את בניהם של "שרי הארץ" כבני-ערובה. מאוחר יותר, כאשר הציע דמטריוס הראשון ליונתן ברית כנגד אלכסנדר באלאס, העניק לו רישיון לאסוף צבא ונשק וציווה להשיב את בני הערובה הנמצאים בחקרא. כאשר הגיע יונתן לירושלים, השיבו לו אנשי החקרא את הבנים והוא מסר אותם להוריהם. יונתן התיישב בירושלים והחל להתבצר בה, מה שגרם לבריחת הנוכרים שישבו במבצרים לארצותיהם, מלבד אלה שבבית צור ולדעת יוספוס גם מלבד אלה שבחקרא של ירושלים, מאחר שרובם היו יהודים מתיוונים.
במאמצו להתחרות בהצעת הברית הנגדית של אלכסנדר, שכללה גם את מינויו של יונתן לכהן גדול, בין התחייבויותיו של דמטריוס ליונתן הייתה גם נסיגה מן החקרא ומסירתה ליונתן.
אולם ההבטחה לא קוימה. בשנת 153 לפנה"ס צר יונתן על החקרא, ומספר יהודים הודיעו על כך למלך דמטריוס השני, שכעס על כך וזימן את יונתן אליו לשיחה. יונתן נסע לפגוש אותו בעכו וציווה על אנשיו להמשיך בינתיים במצור. אלא שהפגישה הייתה מוצלחת ודמטריוס אשרר את הכהונה הגדולה של יונתן. יונתן ביקש מדמטריוס שיוציא את האנשים מן החקרא ומשאר המבצרים, "כי היו נלחמים בישראל", ודמטריוס הבטיח לעשות זאת "בזמן הנכון", לא לפני שיונתן ישלח לו כוח עזר נגד טריפון.
בזמן המלחמה נגד דמטריוס, החליט יונתן לפתור את בעיית החקרא על ידי הפרדה: "להגביה את חומות ירושלים ולהקים רמה גדולה בין החקרא ובין העיר להבדילה מן העיר להיותה בודדה ולא יקנו ולא ימכרו". על פי יוספוס, יונתן בנה חומה "באמצעה של העיר", כדי "לסגור את העיר בפני המשמרות שבחקרא ולמנוע מהם בכך את שפע מזונותיהם".
שמעון (143–134 לפנה"ס).
לאחר ששבה את יונתן, פלש טריפון ליהודה, ושמעון התרסי, אחיו הגדול של יונתן ויורשו, אסף צבא לקראת עימות איתו. האנשים הנצורים בחקרא שלחו שליחים אל טריפון וביקשו שישלח אליהם מזון ויבוא אליהם במהרה דרך המדבר, אולם בשל שלג כבד באותו הלילה נבצר ממנו להתקדם והוא נאלץ לפנות אל הגלעד, אז גם הוציא להורג את יונתן (בשנת 143 לפנה"ס).
לאחר כיבוש גזר, נכנעו גם המתבצרים במובלעת בירושלים: "והאנשים בחקרא בירושלים רעבו מאד, כי לא יכלו לצאת ולבוא אל הארץ לקנות ולמכור, ורבים מהם מתו ברעב". הנותרים במקום ביקשו להיכנע ושמעון הסכים לכך וגרש אותם מהמקום: "ויטהר את החקרא מן השיקוצים". ביום כ"ג באייר שנת 141 לפנה"ס בא אליה שמעון "בהלל ובכפות תמרים ובכנורות ובתופים ובנבלים ובזמירות ובשירים, כי הושמד אויב גדול מישראל". שמעון "קבע לעשות בכל שנה ושנה" את היום הזה יום חג. הוא ביצר את הר הבית "אשר ליד החקרא" וישב שם עם אנשיו. הוא שלט בחקרא ו"ביער את הטומאה ממנה".
נפילת החקרא סימנה את סופו של השלטון הסלאוקי בארץ, ואת סופם של המתייוונים. יום כ"ג באייר נקבע כיום חג. גירוש אנשי החקרא מוזכר במגילת תענית:
לאחר גירוש אנשי החקרא, הרס שמעון את מגדליה ואת ביצוריה והותיר את החצרות הפנימיים ואת החומות, וזאת על מנת לקיים את הכתוב בישעיהו, "והיה באחרית הימים נכון יהיה הר בית-ה' בראש ההרים ונישא מגבעות", אשר פורש על ידי שמעון פשוטו כמשמעו כי חל איסור דתי לבנות בסמוך לבית המקדש בניין הגבוה ממנו.
על פי יוסף בן מתתיהו, הרס שמעון את החקרא "עד היסוד", כדי שלא תוכל "לשמש מעוז לאויבים שיכבשוה" ולהרע ליהודים כמו בעבר.
הארכאולוג מאיר בן דב טוען, כי שמעון "אמנם יכול היה לשמר את המצודה בידו ולנצלה לצרכיו בתחומי בירתו, אבל הוא בחר בדרך ההרס והחריבה עד היסוד, מפני שחש בחולשת השלטון הסורי-יווני באותו זמן. בעתיד, זאת ידע, עלולים הסורים-יוונים להתגבר על חולשותיהם ולתבוע בעלות על המצודה, ובמקרה כזה לא יהיה מנוס מלהחזירה להם. כדי למנוע אפשרות זו הרס את המצודה כליל".
על פי יוסף, לאחר שהרס את החקרא, החליט שמעון "לפרק גם את ההר שעליו עמדה החקרא", כדי שבית המקדש יהיה גבוה ממנו. הוא שכנע את העם להירתם למיזם ובכך החלה פעולת הרס שארכה שלוש שנים ובסופה הגיעו עד "המישור החלק" ו"מאותו זמן ואילך התנשא בית המקדש מעל לכול". ההורסים הגיעו לסלע היסוד, כך שבימיו של יוסף בן מתתיהו לא נותר מהחקרא שריד. יוסף מספר שממול גבעת החקרא הייתה גבעה נוספת, נמוכה ממנה, "ועמק רחב הפריד בין שתיהן", אולם החשמונאים סתמו את העמק כדי "לחבר את העיר אל בית המקדש ועדרו את ראש חקרא והשפילו את קומתה, למען אשר יתרומם בית המקדש עליה".
בשנת 140 לפנה"ס, השנה השלישית לשלטונו של שמעון כנשיא וכהן גדול, נקבעו על עמודים בהר ציון לוחות נחושת ובהם מוזכרים כיבושי שמעון, הכוללים גם את גירוש יושבי החקרא:
בשנת 134 לפנה"ס, כאשר ערך אנטיוכוס השביעי מסע-עונשין בארץ יהודה, סירב לקבל משמעון כסף ועזרה צבאית כנגד טריפון ושלח אליו מסר על ידי מקורבו: "אתם שולטים ביפו ובגזר ובחקרא אשר בירושלים, ערי מלכותי, את גבולותיהן הפכתם לשממה... ועתה החזירו את הערים אשר תפשתם... ואם לא, נבוא להלחם בכם". על כך השיב לו שמעון: "לא ארץ נכריה לקחנו ולא על נכרים השתררנו, אלא על נחלת אבותינו אשר נכבשה בידי אויבינו באחת העתים בלי צדק. ואנחנו, כאשר הייתה לנו שעת כושר, השיבונו אלינו את נחלת אבותינו".
זיהוי מקום החקרא.
מיקומה של החקרא לא התפרש במקורות, אולם ברור שהיא הייתה סמוכה מאוד לבית המקדש. ההנחה המקובלת במחקר היא שהחקרא הייתה ממוקמת מדרום לבית המקדש, אך יש החולקים על כך, וכן רבו הדעות באשר למיקומה המדויק. לאורך השנים הועלו הצעות שונות על ידי ארכאולוגים שונים:
מלכות בית דוד
גנאיוס פומפיוס מגנוס
גנאיוס פּוֹמפֶּיוּס מגנוס (בלטינית: Gnaeus Pompeius Magnus, 29 בספטמבר 106 לפנה"ס - 29 בספטמבר 48 לפנה"ס) היה מדינאי רומי, מצביא ואיש ציבור אשר היה מתחרהו הגדול של יוליוס קיסר, עמו ניהל מלחמת אזרחים בסופה קיבל קיסר את השלטון המוחלט ברומא. בתולדות עם ישראל זכור פומפיוס ככובש ירושלים בשנת 63 לפנה"ס.
קריירה מוקדמת.
פומפיוס היה בנו של גנאיוס פומפיוס סטראבו, אזרח רומאי עשיר, מן הפריפריה הרומית. סטראבו היה נובוס הומו, הראשון מן המשפחה אשר הגיע לדרגת סנאטור, ואף נבחר לקונסול בשנת 89 לפנה"ס, לאחר הצלחתו הגדולה בדיכוי המרד האיטלקי. פומפיוס גדל לצד אביו במחנות הצבא, ולמד את תורת המלחמה והמדיניות. על פי פלוטרכוס היה פומפיוס צעיר פופולרי, ודמה במראהו לאלכסנדר הגדול. בצעירותו היה פומפיוס ידידו של מרקוס טוליוס קיקרו.
סטראבו מצא את מותו במאבק בין גאיוס מריוס ולוקיוס קורנליוס סולה, והותיר את פומפיוס הצעיר כיורש להונו ולכוחו הפוליטי. פומפיוס הצעיר היה לאחד מגדולי התומכים בסולה, לאחר שובו מן המלחמה במיתרידטס בשנת 83 לפנה"ס. שלושת הלגיונות בהם שלט פומפיוס בן ה-23, כירושה מאביו היו כלי עזר חשוב להשתלטותו של סולה על רומא. משהפך לוקיוס קורנליוס סולה לדיקטטור, השיא את אמיליה סקאורה, בתו החורגת, לפומפיוס, זאת לאחר שהכריח אותה להתגרש מבעלה, והיא הרה ללדת. פומפיוס, מצידו, התגרש מאנטיסטיה, אישה כפרית לה נישא בצעירותו, כדי להנשא לאמיליה בתו של השליט.
סיציליה ואפריקה.
פומפיוס היה לאיש עשיר ורב השפעה, אם כי לא החזיק בכל משרה רשמית. בסוף שנת 82 לפנה"ס שלח סולה את פומפיוס ואת לגיונותיו להיאבק בתומכיו האחרונים של מריוס בסיציליה ובאפריקה הרומית.
סיציליה הייתה מקור התבואה העיקרי של רומא בעת ההיא, ובלעדיה צפויה הייתה האוכלוסייה הרומית לרעב ולמרידות. פומפיוס פעל כנגד אנשי מריוס באי ביד חזקה. באפריקה נחל סדרת ניצחונות, וביקש מן הסנאט מצעד ניצחון, על אף שלא נשא במשרה קונסולרית ולכאורה לא היה זכאי לכך. משסירב הסנאט לכבדו במצעד, העלה את לגיונותיו על רומא ועמד עמם מחוץ לחומותיה. לאחר התערבותו של סולה, ניתן לפומפיוס מצעד ניצחון וגם הכינוי "מגנוס" שפירושו "הגדול".
בתחילה התנגד סולה לדרישת פומפיוס לערוך מצעד ניצחון, ולדעת ישראל שצמן, קרא לו סולה בשם "מגנוס", "ספק ברצינות ספק בלגלוג".
היספניה וספרטקוס.
לאחר ניצחונותיו הצבאיים והפוליטיים, שבוצעו ללא כל משרה רשמית, קיבל פומפיוס מינוי חריג למגיסטראט של פרוקונסול, על מנת להצטרף למטלוס פיוס שנלחם בסרטוריוס, אחרון תומכי מריוס שהחזיק עדיין בהיספניה (כיום ספרד). פומפיוס למעשה לא רצה לפזר את צבאו. הבקשה נענתה, ופומפיוס יצא לספרד, שם נאבק בסרטוריוס, שניהל מלחמת גרילה במשך חמש שנים בין שנת 76 לפנה"ס ושנת 71 לפנה"ס. המלחמה לא הוכרעה אלא לאחר רציחתו של סרטוריוס.
פומפיוס שב לאיטליה בשנת 71 לפנה"ס על מנת לסייע למרקוס ליקיניוס קראסוס במלחמתו במרד העבדים של ספרטקוס והספיק לחסום את בריחתם של חלק מן העבדים. מששב לרומא נערך לו טריומף נוסף, על ניצחונותיו בהיספניה.
בשנת 70 לפנה"ס חשק פומפיוס להיבחר למשרת הקונסול והשיג אישור מיוחד לכך מהסנאט שנדרש לו משום מכיוון שלא היה בגיל המתאים לכהונה כקונסול ולא כיהן במגיסטראטורות הנדרשות לפי הקורסוס הונורום. פומפיוס רץ יחד עם קראסוס שסייע לו בעזרת קשריו הפוליטיים המרובים.