ישראל בר עלה לארץ ישראל מאוסטריה באוגוסט 1938, לאחר האנשלוס שבו השתלטו הנאצים על אוסטריה. לדבריו, נולד ב-1912 כ"גאורג בר" (Georg Beer) למשפחה יהודית מתבוללת מן המעמד הבינוני בווינה. בראשית שנת 1936 סיים, לטענתו, קורס קצינים באקדמיה הצבאית הטרזיאנית, האקדמיה הצבאית האוסטרית (יהודים ספורים סיימו את האקדמיה), ושירת כקצין בצבא האוסטרי. בנוסף להשכלתו הצבאית היה לבר תואר דוקטור בספרות מודרנית שהוענק לו באוניברסיטת וינה. בישראל החל ללמוד באוניברסיטה העברית בירושלים, ותוך זמן לא רב הצטרף לארגון "ההגנה". הוא הציג עצמו כמי שהשתתף במרד של המפלגה הסוציאל-דמוקרטית באוסטריה בשנת 1934, כלוחם בזרוע הצבאית שלה - ה"שוצבונד", מרד שדוכא על ידי הקנצלר האוסטרי אנגלברט דולפוס בכוח הנשק. כן הציג עצמו כמי שבסוף שנת 1936 יצא לספרד, ולחם לצד הכוחות הרפובליקנים במלחמת האזרחים הספרדית, כמפקד גדוד וקצין מבצעים של אוגדה וכינויו היה "קולונל חוזה גרגוריו". לדבריו, עלה לארץ ישראל לאחר שקרא את הביוגרפיה של בנימין זאב הרצל מאת אלכס ביין.
למרות הרקע הצבאי לו טען, גילה בר חוסר מוחלט של ידע והתמצאות באימוני השדה של "ההגנה". משה דיין ציין בלעג כי הבחין שבר אפילו לא ידע לאחוז ברובה והביע תמיהה כיצד זה יכול היה בר להיות לוחם וקולונל בספרד. חברי "ההגנה" נהגו לכנות את בר בשם "פיפקה", ספק כשם חיבה וספק בלעג. איש מאנשי היישוב שלחמו בספרד לא זיהה את בר כדמות מוכרת שפגש בה שם אי פעם. לעומת זאת סיפוריו ותיאוריו על הקרבות בספרד היו מפורטים ומדויקים.
בניגוד לחוסר ההתמצאות שגילה באימוני השדה, הפגין בר ידע רב בצד העיוני של ענייני צבא, מלחמה, היסטוריה צבאית ואסטרטגיה.
השתלבותו הראשונה במערכת הביטחונית.
ידיעותיו בהיסטוריה צבאית וניתוחיו המבריקים על קרבות ומערכות, עשו רושם עז על מנהיגי "ההגנה", וקירבו אותו לצמרת הפלמ"ח. הוא הפך לידידם של יצחק שדה, יגאל אלון, ישראל גלילי, שמעון אבידן ורבים אחרים.
בר צורף, כאיש "מנגנון הקבע" של "ההגנה", למחלקת התכנון במטה "ההגנה", בה עסק בכתיבת מאמרים בענייני צבא ומלחמה בביטאון ההגנה "מערכות" בעריכתו של גרשון ריבלין, החל מגיליונו הראשון. בנוסף, פרסם מאמרים בנושאי צבא בעיתונות העברית, ורכש לו יוקרה רבה כפרשן.
בראש מחלקת התכנון עמד איתן אבישר שהיה בן למשפחה יהודית שהעמידה קצינים בכירים בצבא האוסטרי, בוגר האקדמיה הצבאית האוסטרית, קצין בצבא האוסטרי במלחמת העולם הראשונה, ולימים אלוף בצה"ל. אבישר הטיל ספק באמיתות סיפורו בדבר לימודיו באקדמיה הצבאית האוסטרית, משום שבאקדמיה זו למד, לידיעתו של אבישר, חוץ ממנו עצמו, רק יהודי אחד, פריץ אייזנשטט (לימים אל"ם שלום עשת, יועצו הצבאי של דוד בן-גוריון במלחמת העצמאות), וכן משום התנהגותו המוזרה והתעקשותו לעבוד רק בלילות, תוך סירוב מוחלט לעבוד ביום. בעקבות מורת רוח זאת, דרש אבישר מיעקב דורי, רמטכ"ל "ההגנה", להעבירו ממחלקתו.
עם הקמת המדינה וכינון צה"ל, נתמנה בר לעוזרו של יגאל ידין, קצין המבצעים של צה"ל, ומי שניהל בפועל את המערכה במלחמת העצמאות. לבר הוענקה דרגת סגן-אלוף. לקראת תום המלחמה מונה בר לראש מחלקת התכנון והמבצעים במטכ"ל. במסגרת תפקידו גיבש את התוכנית להרס טבריה העתיקה. לבר הייתה שאיפה להתמנות לסגן הרמטכ"ל, אך הוא פרש מצה"ל בשנת 1950, כששאיפתו זו לא נתגשמה. בין היתר, לא זכה בר במינוי הנכסף בשל קרבתו לראשי מפ"ם ולמפקדי הפלמ"ח שהיו מקורבים רעיונית למפלגה זו, בעוד שמפלגת השלטון הייתה מפא"י.
למפ"ם וממנה למפא"י.
לאחר שפרש מצה"ל מצא בר את מקומו הפוליטי במפ"ם - שאל אחד מהגורמים שהקימו אותה בינואר 1948,
הצטרף עוד בשנת 1944, ואף היה מועמד מטעמה בעודו במדים, במקום ה-63 הסמלי, במערכת הבחירות הראשונה לכנסת (25 בינואר 1949), וכן על רקע קרבתו הרעיונית למפקדי הפלמ"ח. הוא הפך לעובד במנגנון המפלגה ולראש מחלקת הביטחון, החל לכתוב מאמרי פרשנות בענייני צבא וביטחון ב"על המשמר", עיתונה של מפ"ם, ואף הרצה בנושאים אלה. בראשית שנות ה-50, בימי המלחמה הקרה, נמנה בר עם מנהיגי מפ"ם שצידדו במדיניות ברית המועצות במאבק הבין-גושי, ותמכו בקוריאה הצפונית במלחמת קוריאה.
במאמר שכתב לספר הפלמ"ח, תקף בר את דוד בן-גוריון על דרכו הביטחונית ועל פירוק הפלמ"ח. התקפתו הייתה כה חמורה עד שעורכי הספר, ישראל גלילי ויגאל אלון, פסלו את המאמר ולא כללו אותו בספר.
בר המשיך בדרכו שמאלה והיה באגף השמאלי ביותר של מפ"ם. משפטי פראג, שכללו מסע אנטישמי ואנטי ישראלי מתוקשר, ומשפט הרופאים, שבו הועמדו לדין בברית המועצות תשעה רופאים יהודים שתוארו כחברי "ארגון יהודי לאומי", גרמו לקרע במפ"ם. מועצת מפ"ם תבעה קו אחיד בגינוי משפטי פראג וסילקה מרוב התפקידים הבכירים במפלגה את משה סנה ואנשיו אשר הביעו אמון במשפטי פראג. בסוף ינואר 1953, פרשו סנה וכמה מאנשי קבוצתו ממפ"ם, והקימו את סיעת שמאל, וישראל בר היה מהפורשים. לקראת סוף שנת 1954 התפרקה סיעת שמאל וחבריה הצטרפו אל המפלגה הקומוניסטית הישראלית - מק"י. בתקופה זו עבר בר אל מפלגת השלטון מפא"י. בר נימק את הזיגזוג הפוליטי המפתיע באומרו שהיו קיימות שתי דרכים: דרכו של סנה כקבוצה נפרדת או דרכה של מפא"י ולאחר שניתח את המצב נוכח בצדקת דרכו של בן-גוריון.
בחזרה למערכת הביטחון.
עם שובו למפא"י עבר בר לעבוד כפרשן צבאי בעיתון "דבר", עיתונה של ההסתדרות הכללית. כמו כן פרסם מאמרים ב"מעריב" וב"ג'רוזלם פוסט", וכתב מאמרים ב"מערכות", הירחון המקצועי לענייני צבא של צה"ל, שבו היה לו גם טור קבוע בשם "עמדת תצפית". הוא גם החל לפרסם מאמרים בעיתונות הזרה. ביטחונו של בר גדל והוא החל להפגין את נוכחותו במעמדים ביטחוניים וצבאיים, ונתקבל כ"אחד מאתנו" בקרב הצמרת הביטחונית. הדברים הגיעו עד כדי כך שבהמלצתו של שאול אביגור, ממקימי משרד הביטחון, ראש המוסד לעלייה ב' וראש ארגון "נתיב", מינה אותו דוד בן-גוריון ב־1955, לאחר שובו משדה בוקר למשרד הביטחון, לכתוב את ההיסטוריה הרשמית של מלחמת העצמאות. לשם מילוי תפקידו זה ניתן לבר חדר במשרד הביטחון בקרבת לשכת השר. הדבר תרם לתדמיתו של בר כאיש סודם של ראשי מערכת הביטחון, בעל נגישות לסודות המדינה הכמוסים. אחד הבודדים בצמרת הביטחונית שלא התלהבו מבר היה הרמטכ"ל משה דיין. דיין דרש מעורכי "דבר" לפטר את בר, אסר עליו להופיע במדי צה"ל ענוד בדרגות סגן-אלוף, ואף פקד עליו לצאת ממפגש סגור של קצינים: כאשר נאספה במשרד הביטחון המשלחת בראשות דוד בן-גוריון, לשם יציאה בחשאי לפריז לחתימת הסכם הברית הסודית עם צרפת לקראת פתיחת מבצע סיני, הבחין דיין בישראל בר שהיה בקרבת מקום ושאל בסגנונו האופייני: "מה המרגל הזה עושה כאן?".
בסוף שנת 1956 עזב בר את "דבר" והתקבל כפרשן צבאי בעיתון "הארץ". בינואר 1959 נפתחה הקתדרה להיסטוריה צבאית באוניברסיטת תל אביב, ובר התמנה לעמוד בראשה. במעמד הפתיחה המתוקשר נכחו ראש הממשלה דוד בן-גוריון, הרמטכ"ל חיים לסקוב, ורבים מראשי צמרת הביטחון. הדבר נתן עידוד להערכה בציבור כי בר הוא "איש סודו של דוד בן-גוריון". שמו של הפרשן הנודע הגיע אף לחו"ל, ובר הוזמן להרצאות ופגישות בעיקר בגרמניה, שבשפתה דיבר ברהיטות. בר פרסם ספר בגרמנית בהוצאת ספרים במינכן. כן ביקר ונשא הרצאות בפני קצינים גבוהים בשוודיה, בנורווגיה ובצרפת.
בגרמניה הפך לאורח רצוי לקציני הצבא המערב גרמני, ה"בונדסוור". בר החל לקשור קשרים עם הגנרלים של הצבא הגרמני, ובפרט עם ראש שירות הביון המערב-גרמני (BND), הגנרל ריינהרד גהלן, שהסדיר לבר פגישות עם ראשי האגפים בארגונו, לרבות עם האחראי על הפעלת סוכנים בגוש המזרחי.
כשהיה בר בברלין המערבית, עבר פעמים אחדות לברלין המזרחית. בשובו לישראל סיפר לעורך "הארץ" כי בהיותו בברלין המזרחית נכנס לשגרירות הפולנית, וממנה התקשר לשר הביטחון הפולני אשר לצדו "לחם בספרד", לדבריו, ושר הביטחון הפולני שיגר אליו מטוס מיוחד שהביאו לוורשה.
חשדו של איסר הראל מתעורר.
אישיותו של בר, עברו המעורפל, תהפוכותיו הפוליטיות והאופן שבו פילס את דרכו לצמרת, משכו את התעניינותם של שירותי הביטחון באיש. עוד בשלב מוקדם התעורר חשדו של איסר הראל בבר. הראל היה אז "הממונה על שירותי הביטחון" - ראש "המוסד" ובה בעת בעל אחריות עליונה על השב"כ. הראל ראה בבר "סיכון ביטחוני", כאיש שמאל קיצוני פרו-סובייטי ואנטי מערבי, אם כי עדיין לא היה ברור לו כי בר עוסק בריגול. הוא התנגד להעסקתו במשרד הביטחון ותבע להפסיק את נסיעותיו לחו"ל.
כ"סיכון ביטחוני", קרא הראל את בר לשיחות אחדות, ניסה לתהות על קנקנו ולהחליט האם הוא אופורטוניסט שהצטרף למפלגה השלטת, או שחבר לחוגי השלטון כסוכן סובייטי. הפגישה הראשונה ביניהם נערכה בסוף שנת 1955. תשובותיו של בר לשאלותיו הגלויות והישירות של הראל, שהיו משום הודאה בעברו הפרו-סובייטי, שממנו השתחרר מסיבות אידאולוגיות, לא הפיגו את חשדותיו של הראל. ערב מבצע סיני, כצעד של נקיטת אמצעי ביטחון למניעת דליפת ידיעות על המבצע, קרא הראל לפגישה עשרה אנשי שמאל ובר ביניהם. בר הודה בשיחה כי נפגש עם מזכיר משגרירות ברית המועצות, אך טען כי עשה זאת כדי לסקור בפניו באופן אובייקטיבי את בעיותיה של ישראל. את השיחה הממושכת ביותר עם בר ניהל איסר הראל בשנת 1960, וזאת לנוכח פגישותיו של בר עם הגנרל גהלן. בשובו לישראל הפיץ בר את השמועה כי הביא שדר מגהלן לבן-גוריון. הראל נזף בבר, הטיח בו דברים קשים, והודיע לו כי הוא אוסר עליו לנסוע יותר לחו"ל. בר הגיב בזעם ויצא נסער מהחדר.