סוגים אחדים של ג'ונקות מניפים מפרשים אורכיים מסוג אחר, הנקראים בטרמינולוגיה המערבית "מפרשי מוט" (sprit sail).
המבנה והגמישות של הם שעשו את הג'ונקה לכלי שיט מהיר ונוח. שלא כמו במַעֲטֶה הרָחְבִּי המערבי המסורתי, יכולים המפרשים של הג'ונקה להסתובב על גבי התורן פנימה בכיוון ציר האורך של הספינה, תצורה המאפשרת לג'ונקה שיט קרוב יותר לרוח בהשוואה למפרשים רוחביים. בספינות מערביות פתרו את הבעיה של שיט קרוב לרוח על ידי הוספה של מפרשים אורכיים ייעודיים למפרשים הרוחביים הייעודיים, והיתרון של מפרש הג'ונקה היה בהיותו דו-שימושי: הוא מסוגל לתפקד גם כמפרש רוחבי וגם כמפרש אורכי ביעילות סבירה.
קיים הרבה מן המשותף בין המפרשים של הג'ונקות לבין המפרשים, היעילים ביותר מבחינה אווירודינמית, בהם משתמשים בגלשני רוח או בקטמרנים.
בג'ונקה הוא פשוט או שאינו קיים כלל. תורן הג'ונקה הוא תורן מוצק וחזק העשוי מכלונס אחד. לתורן תמיכה חזקה במיוחד לגוף האונייה בחלקו התחתון, מה שמייתר את הצורך ברכסות – חבלים עבים לייצוב וחיזוק התורן בממד הרוחבי. לפעמים מצויד התורן בסָמוֹכוֹת, חבלים לייצובו וחיזוקו בממד האורכי. לשיטה זו יש יתרון גדול, משום שניתן להחליף מפנה על ידי העברת המפרש מצדו האחד של התורן לצדו השני בקלות רבה; החבלים אינם מפריעים.
המפרשים מפוזרים בין מספר תרנים, ומאפשרים בכך את הגדלת שטח המפרשים וחלוקה טובה של כוח הרוח המופעל על הספינה.
בראשי התרנים של הג'ונקה נתלו דגלים צבעוניים שמטרתם להבטיח מזל ונשים לספנים. אגדה סינית שהתהלכה בין הספנים בתור הזהב של הג'ונקות מספרת כי דרקון שוכן בינות לעננים. נאמר כי כאשר הדרקון נעשה זועף הוא יוצר טייפונים וסערות. דגלים בצבעים זוהרים שעליהם כיתוב בסינית נועדו להפיג את זעמו של הדרקון. הצבע הטוב היה האדום, משום שעל פי האגדה הוא משפיע על הדרקון לסייע למלחים.
גוף הספינה.
גוף הג'ונקה הקלאסית נבנה מעץ שמקורו בדרך כלל באחד העצים במחלקת המחטניים, דוגמת האורן, אם כי בגואנגדונג נהגו לבנות את גוף הג'ונקה מטיק, עץ השייך למחלקת הדו-פסיגיים. גוף הספינה חולק למדורים רבים, שהגישה לכל אחד מהם הייתה על ידי כַּוּוֹת וסולמות נפרדים, מבנה המזכיר את המבנה הפנימי של חזרן (במבוק). למבנה המסורתי היו ירכתיים בצורת פרסה המסתיימים בסִפּוּן בֵּית הָאַחְרָה מוגבה. תחתית הג'ונקה הייתה שטוחה ונטולת שדרית (בדומה לסמפאן), ולכן הספינה הייתה תלויה בחרב או בלוחות צד או בהגה כיוון גדול במיוחד על מנת למנוע מהספינה להחליק הצידה במים בהשפעת רוח צד. הג'ונקות הגדולות ביותר, אוניות האוצר בצי עליו פיקד ג'נג חה, נבנו במטרה לחקור את העולם במאה ה-15, ועל פי כמה כרוניקות סיניות עלה אורכן על 120 מטרים.
הגה הכיוון.
ג'ונקות השתמשו בהגה כיוון המורכב על הירכתיים מאות שנים לפני שהטכנולוגיה אומצה במערב, אם כי המקור, הצורה ואופן ההרכבה של הגה הכיוון שונים לגמרי מאלו שהיו נהוגים במערב. הייתה זו המצאה שאפשרה לנווט ספינות גדולות בעלות בֹּלֶט גבוה, והתכנון המדוקדק שלו איפשר כוונון בהתאם לעומק המים. לג'ונקה שממדיה גדולים נדרשו שלושה אנשי צוות על מנת לשלוט בהגה הכיוון במזג אוויר סוער. התיאור העתיק ביותר של הגה כיוון המורכב בירכתי ספינה קיים כעיטור על דגם של ג'ונקה מקרמיקה המתוארכת לפני המאה הראשונה לספירה, אם כי יש חוקרים הטוענים שמדובר במשוט ניווט – טענה סבירה בהתחשב בכך שהמודל הוא של ספינת נהר שקרוב לוודאי נגררה על ידי אנשים או בעלי חיים, או שנדחפה בעזרת מוט שאיש צוות נעץ בתחתית נתיב השיט.
בתקופה כלשהי במאות ה-13 עד ה-15 החלו ג'ונקות רבות להתקין הגה כיוון בעל "חלונות" (כלומר שהיו בו חורים), קרוב לוודאי משום שהגה כיוון מסוג זה דורש פחות כוח כדי לסובב אותו.
הגה הכיוון היה החלק החזק ביותר בג'ונקה. באנציקלופדיה טְייֵנְגוֹנְג קָאיווּ (פין-יין Tiangong Kaiwu - "ניצול מפעלי הטבע"), שיצאה לאור ב-1637, כתב המחבר סוֹנְג יִינְגְשִׂינְג (Song Yingxing) "העמוד של הגה הכיוון עשוי מאולמוס או מ'לָאנְג מוּ' או מ'ג'וּ מוּ'". המחבר, בן תקופת שושלת מינג, שיבח את החוזק של העץ "לָאנְג מוּ" ומשווה אותו לאפשרות ש"אדם יוכל להרים אלף 'ג'וּן' בעזרת חוט בודד של משי או שיעמוד בפני המשקל של מפולת הרים".
מדורים נפרדים.
מאפיין נוסף של הג'ונקות היה חלוקה למדורים פנימיים שביניהם הותקנו מְחִיצוֹת הַפְרָדָה אטומות למים בחומר שאינו דליק. תפקיד המחיצות היה לחזק את מבנה הספינה ולהתמודד עם הצפה במקרה של חור בדופן הספינה (המים ממלאים רק מדור אחד, אינם גורמים לטביעת הספינה וסחורה המצויה במדורים האחרים אינה נפגעת). על ספינות הבנויות בצורה כזו כתב הסופר ג'וּ יוּ (朱彧 פין-יין Zhu Yu) מתקופת שושלת סונג, שאביו היה ממונה על הסחר הימי בנמל גואנגג'ואו, בספרו "שיחות שולחן בפִּינְגְג'וֹאוּ" (萍洲可談) שיצא לאור ב-1119. גם הנוסע הבֶּרְבֵּרִי אבן בטוטה (1377-1304) תיאר מבנה זה בפרוטרוט. אף כי יש היסטוריונים המטילים ספק בהיותן של המחיצות בג'ונקות אטומות למים, מרביתם מאמינים כי היו בג'ונקות הסיניות מדורים אטומים למים. ברטון, שכתב על הג'ונקות, העיר שחסרונה של שיטת המדורים האטומים הוא בכך שהיא מקשה על גילוי קיומו של חור בדופן הספינה, וכן שיש צורך להתקין מַשְׁאֵבַת שִׁפּוּלַיִם בכל אחד מהמדורים, מבלי לדעת שהסינים כבר פתרו בעיות אלו. בכל שרידי הג'ונקות הטרופות שנתגלו עד היום היו זְחִילִים. חורי ניקוז אלו היו שונים מחורי הניקוז שהותקנו בדרך כלל בחזית המדור הקדמי ולעיתים גם בירכתי המדור האחורי, שנועדו לספוג מים בכוונה (ראו בהמשך). הזחילים הותקנו בבסיס המחיצות ונועדו לנקז את המים למדור הנמוך ביותר וממנו להפעיל משאבת שיפוליים אחת בלבד. על פי העדויות מהספינות הטרופות, מאמינים כי ניתן היה לסתום את חורי הניקוז בצורה הרמטית על מנת לאחסן נוזלים או על מנת לבודד מדור שנתגלתה בו דליפה.
ב-1787 כתב בנג'מין פרנקלין מכתב בנושא מיזם משלוח חבילות דואר בין צרפת לארצות הברית: .
סר סמואל בנתם (Samuel Bentham; 1831-1757), המפקח על המספנות של הצי המלכותי הבריטי, תכנן ובנה ב-1795 שש ספינות מפרש חדשות, שבהן בנה "מחיצות שיתרמו לחוזק הספינה ויבטיחו אותה מפני טביעה, כפי שנוהגים הסינים בימינו". בנתם הודה כי קיבל את הרעיון של מדורים חסינים למים מהתבוננות בג'ונקות של הסינים כאשר שהה בסין ב-1782. בנתם היה ידידו של איזמבארד קינגדום ברונל, ולכן קיימת טענה שייתכן כי הייתה לו השפעת מה על ההחלטה של ברונל לאמץ מחיצות חיזוק אורכיות בסיפון התחתון של הספינה בריטניה הגדולה. בתקופה זו בנתם כבר תכנן ובנה אסדה המחולקת לתאים לשימוש על הנהר וולגה, כך שהרעיון של חלוקה רוחבית של גוף הספינה כבר נבט ככל הנראה במוחו. עם זאת, יש הבדל גדול בין המחיצות הרוחביות בבנייה הסינית, שאינן מהוות חיזוק אורכי, והמדורים האורכיים בתוכנית של ברונל, שמקור ההשראה לתכנונם היה כמעט בוודאות הנדסת הגשרים שהוא ועמיתיו להמצאה של בניית אוניות מברזל הכירו כה טוב.
בספרו מתייחס נידהם לנושא הזחילים לעומת חורי הניקוז במדור הקדמי והאחורי.
המצאות ואביזרים.
בין ההמצאות שנועדו לשיפור ושכלול יכולת השיט של הג'ונקות:
היסטוריה.
הרישומים הראשונים בנושא הג'ונקות מצויים במקורות המתוארכים לתקופת שושלת האן (220 לפנה"ס - 200 לספירה).
ג'ונקות מהמאה השנייה (שושלת האן).
בספר "נפלאות הדרום" (南州異物志) מתאר וָאן גֶ'ן (萬震) ג'ונקות המסוגלות לשאת 700 נוסעים ו-260 טון מטען. הוא מתאר את מבנה הספינה כדלקמן: "ארבעת המפרשים אינם פרושים כשפניהם קדימה (לרוחב האונייה), אלא באלכסון, והם קבועים כולם באותה זווית, כדי שיוכלו לקלוט את הרוח ולפלוט אותה. אלו שמאחורי המפרש הקרוב ביותר לרוח, זה הקולט (ראשון) את לחצה, מעבירים את נשיבתה זה לזה, כך שכולם מנצלים את כוחה. אם נושבת רוח סערה, מקטינים (המלחים) או מגדילים בהתאם את שטח המפרשים. המערך האלכסוני, המאפשר למפרשים לקלוט זה מזה את נשיבת הרוח, פוטר מן החשש הכרוך בשימוש בתרנים גבוהים. לכן אוניות אלה אינן מהססות להפליג גם ברוחות חזקות ובגלים סוערים, ובעזרתן מסוגלות הן להגיע למהירות רבה."
בספר משנת 260 לספירה מתאר קָאנְג טָאי (康泰) ספינות בעלות שבעה תרנים, שהרחיקו שוט עד סוריה.
ג'ונקות מהמאה ה-10 עד המאה ה-13 (שושלת סונג).
בתקופת שושלת סונג, שבה היה הסחר מפותח, נעשה שימוש נרחב בג'ונקות. הכוח הימי של סונג, הן המסחרי והן הצבאי, היוו את עמוד השדרה של הכוח הימי של שושלת יואן שקמה אחרי שושלת סונג, במיוחד בפלישות המונגוליות ליפן (1284-1274), כמו גם בפלישות המונגוליות לג'אווה.
ג'ונקות מהמאה ה-14 (שושלת יואן).
הממדים העצומים של הספינות הסיניות מימי הביניים מתוארים במקורות הסיניים, ומאומתים על ידי נוסעים מערביים שהגיעו למזרח, דוגמת מרקו פולו, אבן בטוטה וניקולו דה קונטי (Niccolò da Conti; 1469-1385). לדבריו של אבן בטוטה, שביקר בסין ב-1437:
ג'ונקות של המאות ה-15 עד ה-17 (שושלת מינג).
בתקופת שושלת מינג שימשו ג'ונקות למסחר עם מדינות אחרות באסיה, כאמצעי להרחיב את ההשפעה המדינית של הקיסרות, כספינות ששימשו פירטים לתקוף ערי נמל, ובסוף התקופה גם כאמצעי להובלת גייסות שכבשו את טאיוואן מידי הולנדים.