חברת צים וחברת עתיד הפעילו כל אחת שתי אוניות בדגל ממשלת המנדט. הספנות המסחרית לארץ ישראל נעשתה רובה באוניות של חברות זרות. בעת סיום המנדט נטשו כל האוניות הזרות את נמלי הארץ, ואפילו לא המתינו להכרזה המצרית שניתנה בספטמבר 1948 וכוונה רק נגד העברת נשק ועולים. עשרות אוניות שהיו בדרכן לנמלי הארץ קיבלו הוראות לפנות חזרה. את הסחורות שנשארו בבטן האניות פרקו בנמלי הים התיכון. סחורות חיוניות נמצאו במחסני הנמלים בים התיכון. למנוסת בעלי האניות הצטרפו גם חברות הביטוח - נוצר חרם של מובילים ומבטחים שפגע בישראל. החרם נשבר על ידי שותפיה של צים, חברת הריס את דיקסון מלונדון, שהחליטו לבטח סחורות בתנועה לישראל ושכנעו גם אחרים לעשות כך.
כאשר הוכרזה מדינת ישראל עגנה האונייה "קדמה" בפיקודו של רב חובל אנריקו לוי בנמל מרסיי. בטקס חגיגי הורידה את הדגל המנדטורי והניפה במקומו את דגל צי הסוחר הישראלי. ב-17 במאי יצאה "קדמה" מהנמל עם עולים כשדגל ישראל מתנוסס בתורן החרטום.
דגל צי הסוחר הישראלי אושר רשמית שבוע מאוחר יותר, ב-21 במאי 1948. על פי צבי הרמן, הלקח החשוב היה היות שאין צורך בפעילות רבה של ציי האויב, טבעי שבעלי אניות לא ירצו לסכן את רכושם וצוות זר לא מעוניין בסכנות.
בשנת 1949 תוך כדי המלחמה התרחבה חברת צים והפעילה 10 אוניות. הכנסות החברה התקבלו בעיקר מממשלת ישראל ששילמה בעבור השטת העלייה ההמונית.
העברת הרכש הצבאי לישראל בדרך הים במהלך המלחמה.
הצורך בהשגת חימוש לכוח הצבאי העברי והקשיים בהעברתו לארץ ישראל.
הפעילות החשובה ביותר, מבחינת היישוב היהודי בארץ ישראל ולאחר מכן מדינת ישראל, שהתרחשה בזירה הימית במהלך מלחמת העצמאות, הייתה העברת הרכש הביטחוני לארץ ישראל. בן-גוריון, הממונה על ענייני הביטחון בהנהלת הסוכנות היהודית, היה משוכנע, שלאחר תום המנדט הבריטי בארץ ישראל יתרחש עימות מזוין עם המדינות הערביות השכנות, שהקימו צבאות מקצועיים בסיוע ובהדרכה
של הבריטים. הוא הבין שהשגת כמויות גדולות של נשק וחימוש לכוח הצבאי של היישוב היהודי, והעברתו לידיו, יהיו גורם קריטי בהשגת הניצחון במלחמה הצפויה. כל עוד נמצא הצבא הבריטי בארץ ישראל, היה קשה מאוד להעביר כמויות משמעותיות של נשק לידי כוחות ההגנה. הנשק שנצבר על ידי הארגונים הצבאיים השונים ביישוב היהודי בארץ ישראל, בתקופה שקדמה לפרוץ מלחמת העצמאות היה בלתי לגאלי, ולכן כמות הציוד הצבאי שעמד לרשותם הייתה קטנה יחסית, ורובו המכריע היה נשק קל מסוגים שונים.
בשלבי הפתיחה של המלחמה לא האמין בן-גוריון לפיקוד ההגנה, שניתן יהיה להעביר לארץ ישראל כמויות משמעותיות של נשק וציוד צבאי, מבלי שיוחרם על ידי הבריטים, ולכן ניתנה הנחיה לרכוש נשק ולאגור אותו מחוץ לארץ ישראל, כדי להעבירו לארץ ישראל מיד לאחר תום המנדט ויציאת הצבא הבריטי. לאחר שהצבא הבריטי החל להתפנות בהדרגה מדרום ארץ ישראל לאזור חיפה, לקראת הפינוי הסופי מארץ ישראל, העריך דוד בן-גוריון שאזור ת"א יהיה נקי מצבא בריטי בפברואר 1948 והורה לתכנן הגעת אוניות למעגן בתל אביב ולפרוק את המטענים בלילות. הצי הבריטי המשיך בסגר הימי עד לסיום המנדט ב-15 במאי 1948. בנמל חיפה לא ניתן היה לפרוק נשק עד עזיבתם ב-30 ביוני 1948.
ב-29 במאי 1948 הוטל אמברגו על הספקת אמצעי לחימה וסיוע צבאי אחר לצדדים היריבים במלחמה בארץ ישראל לפי החלטת מועצת הביטחון של האו"ם. במהלך המלחמה, כאשר הוסכם על הפוגה בלחימה, נעשתה פריקת הרכש מהאוניות המובילות בהטעיה ובהסתר מביקורת של משקיפי האו"ם. ככלל פיקוח האו"ם על האמברגו לא היווה מכשול להבאת הרכש. הציוד הכבד נמצא בתחתית המחסנים ומעליו שכבת צובר של בצל או תפוחי אדמה ולפעמים גם ארטישוק. ב-24 ביוני שלח הצי השישי של ארצות הברית שתי משחתות לצורך סיורי הפיקוח והצי הצרפתי הקצה קורבטה אחת לאותה מטרה. משטר האמברגו נשאר על כנו עד לחתימת הסכמי שביתת הנשק ובוטל על ידי האו"ם רשמית ב-11 אוגוסט 1949.
שיטות הפעולה.
התשתית שהוקמה לצורכי ההעפלה התאימה לארגון הברחות נשק בדרך הים. המוסד לעלייה ב' נעשה מוסד לרכש. המטה הראשי עבר מפריז לז'נבה שבשווייץ. ב-1 אפריל 1948 מונה שאול מאירוב למרכז הבאת הנשק מאירופה. ההנחיה שנתן דוד בן-גוריון הייתה: פעילות הרכש נעשתה יותר ביזמה אישית לפי ההזדמנויות שנתגלו לרוכשים מאשר בשליטה מרכזית. העדיפות ניתנה להשגת נשק קל ובינוני לציוד יחידות הרגלים, הקמת חיל האוויר, ארטילריה ושריון, ציוד ותחמושת. מערכת הרכש הוכנה כדי להעביר לארץ ישראל במהירות נשק שנאגר באירופה מיד לאחר תום המנדט הבריטי.
ברית המועצות נתנה הסכמה בשתיקה לעסקאות הנשק של ישראל עם צ'כוסלובקיה, שמכרה במקביל נשק גם למדינות ערב. התמיכה הסובייטית בעסקות הנשק הצ'כיות נבעה ממספר שיקולים עיקריים, ובהן: תחרות ופגיעה באינטרסים של בריטניה, תקיעת טריז בין ישראל לארצות הברית, וקבלת מטבע זר (דולרים) לשיקום כלכלות ארצות הגוש המזרחי. עיקר הרכש של חימוש צה"ל ואספקה חיונית הועברו בדרך הים. מקורות הרכש היו צ'כיה דרך נמלי יוגוסלביה. רכש במערב אירופה עבר דרך מרסיי עד אמצע יוני 1948 ואז עקב האמברגו של האו"ם הועבר דרך איטליה, שלא הייתה חברה באו"ם ולא מחויבת להחלטותיו.
מקורות משמעותיים נוספים לחימוש הנחוץ לישראל נמצאו באיטליה, צרפת, שווייץ, בריטניה מאמץ הרכש הסתייע ביוגוסלביה שהעמידה את נמל שיבניק ושני שדות תעופה בשטחה כתחנות ביניים בהעברת הנשק מצ'כוסלובקיה לישראל. כדי למנוע חיכוכים על אדמתם הפנו את הרכש המיועד לסוריה דרך נמל רייקה.
רכש מארצות הברית.
בתוכניות היישוב היהודי היה לרכוש נשק בארצות הברית שם נמצאו גם מקורות המימון. לאחר מלחמת העולם השנייה מכרה ארצות הברית את עודפי הנשק העצומים שלה מהמלחמה, כולל נשק כבד, למדינות רבות בעולם. קובעי המדיניות בארצות הברית ובעיקר מחלקת המדינה הגיעו למסקנה שמדינה יהודית היא בניגוד לאינטרסים של ארצות הברית. ב-14 בדצמבר 1947 הטילה ארצות הברית איסור על ייצוא נשק וחומרי לחימה לארצות המעורבות בסכסוך בארץ ישראל. היוזמה לכך באה ממחלקת המדינה ובמטרה למנוע כינון המדינה היהודית, או אף לחסל את היישוב. בכך נמנעה גישה לרכישה חוקית של נשק בשוק האמריקאי. הקהילה היהודית בארצות הברית התגייסה במלוא כוחה נגד המגמה הזאת. התארגנות של מועצת החירום הציונית הביאה לניצול מושכל של אמצעי התקשורת ולאור תנאי הבחירות הפנימיות שימשו משקל נגד לעוינות של מחלקת המדינה.
פעילות הרכש מארצות הברית נוהלה על ידי יהודה ארזי שחשב בגדול ותכנן לרכוש נושאת מטוסים מעודפי הצי, ה-ATTU, ולהעמיסה בציוד צבאי. דרך זאת לא צלחה וארזי הוחלף בטדי קולק. גם כאן היוזמות המקומיות גברו על השליטה והתכנון. הרכש מארצות הברית הועבר דרך נמלים במקסיקו. שרות הביטחון ה-FBI הקדיש מאמצים רבים למנוע את הרכש. המידע שאסף נמסר לבריטים או לאו"ם. האנשים שעבדו בשירות הרכש בארצות הברית, כסוחרים או כאנשי צוות, נחשבו כעבריינים מבחינת החוק האמריקאי.
על אף פעילות הממסד נגד הרכש הישראלי הגיעו אמצעים חשובים מארצות הברית. רוב אמצעי הלחימה והציוד לתעשייה הצבאית שהוברח מארצות הברית עשה את דרכו לישראל מוסווה כמטען אזרחי תמים באוניות סוחר, כך לדוגמה חמישה מטוסי P-51 מוסטנג מפורקים הוברחו בארגזים, שתכולתם המוצהרת הייתה קומביינים חקלאיים; שניים מהם הופעלו מבצעית במלחמה. הוברח ציוד שנרכש לתעשיית הנשק שהייתה בהקמה. הציוד התעשייתי זרם כל המלחמה ו. רכישה חשובה הייתה העברת שני מיליון ליטר דלק מטוסים בחביות שהועברו ממקסיקו בשתי אוניות. הכמות הגיעה לפני מבצע יואב הספיקה לחיל האוויר למשך שישה חודשים.
השפעת האמברגו.
בריטניה הקפידה על האמברגו כלפי הערבים מתוך חשש שהפרתו תהווה סיבה לארצות הברית לחמש את ישראל או גם להתייצב מאחוריה. לנוכח העימות מול הסובייטים ראתה ממשלת בריטניה כאינטרס בריטי לשמור על לכידות עם ארצות הברית. החשש המשותף של ארצות הברית ובריטניה שידרדרו נגד רצונן לעימות בשאלת ארץ ישראל, בכך שבריטניה תגיש סיוע צבאי לצבאות הערביים שהוקמו על ידה וארצות הברית תסייע ליהודים. בשלהי המלחמה נתגבשה המסקנה כי האמברגו פגע יותר בצבאות מדינות ערב שסמכו על בריטניה לחמשם, מאשר בישראל שסמכה רק על עצמה. באוגוסט 1948 החלו גורמי ממשל בבריטניה להשתדל להפסקת האמברגו של האו"ם. ואילו גופי ממשל ישראליים פעלו בשקט בארצות הברית כדי להמשיכו.
גורמי הצבא הבריטי במזרח התיכון לא היו שלמים עם הצורך בשמירת האמברגו ושאפו לסייע למדינות ערב אף יותר מאשר ממשלת בריטניה. אירעו גנבות נשק ותחמושת ממחסנים בריטים על ידי צבא מצרים. 26 טנקי לוקוסט הגיעו לצבא מצרים והשתתפו בקרבות בנגב. הכחשה בריטית לכך עומתה מול הטנקים השרופים שהוצגו על ידי צה"ל.
צי הרכש הצבאי.
בתחילת 1947 נטל דוד בן-גוריון לידיו את תיק הביטחון ועד מהרה הוא הגיע למסקנה שמצבת הנשק שבידי ההגנה לא תספיק לעמוד בפני צבאות מדינות ערב. עוד לפני החלטת כ"ט בנובמבר 1947 הוא שיגר את יהודה ארזי, אהוד אבריאל ומוניה מרדור לעסוק בהשגת נשק והעברתו לארץ ישראל. משלוחי נשק שנרכשו על ידי חברות מדומות הוברחו לארץ ישראל כמטענים מוסווים באוניות סוחר רגילות שפקדו את נמלי חיפה ותל אביב.