תנאי העבודה בבירקבק היו קשים בהשוואה לאלה של קינגס קולג'. המחלקה לקריסטלוגרפיה שכנה בכיכר טורינגטון (Torrington Square), בבניין שנפגע בהפצצה בתקופת הבליץ על לונדון ולא שופץ בצורה יסודית. משרדה שכן בקומה הרביעית, אך ציוד הרנטגן היה במרתף. בנוסף לכך, ההתעבות מצנרת המים שבתקרת המרתף גרמה לטפטוף קבוע שאילץ אותה לעבוד עם המכשור תחת מטרייה. אבל בבירקבק הרגישה פרנקלין שכישוריה ויכולתה זוכים להכרה ולתמיכה. היא גם כיבדה והעריכה מאוד את מנהל המעבדה ברנל, שנחשב לאחד מהאבות המייסדים של הקריסטלוגרפיה, ובמיוחד היה הראשון שהבין את האפשרות ליישם אותה לתחום הביולוגיה. ברנל היה מרוצה מהצטרפותה של פרנקלין למעבדתו, והמליץ לה להתחיל לחקור את נגיף מוזאיקת הטבק (המכונה בקצרה TMV, ראשי תיבות השם באנגלית) ביחד עם נגיפים נוספים הנמצאים בצמחים. נגיף TMV היה סוג של "מודל" למחקר על המבנה והתפקוד של נגיפים בכלל עוד בסוף המאה ה-19.
פרנקלין יצרה לעצמה במעבדה צוות של חוקרים מיומנים, כאשר החוקר הקרוב אליה ביותר ולמעשה השותף העיקרי למחקרים שלה, היה אהרון קלוג, יהודי יליד ליטא שהתחנך בדרום אפריקה, שהיה חוקר עמית בשלב הפוסט-דוקטורט. יחסיהם של פרנקלין וקלוג היו קרובים ביותר, והם היו צוות מושלם הן מבחינת כישרונותיהם והן מבחינת מזגם, כאשר שניהם יכלו להיות מאוד אגרסיביים כאשר נושא מדעי עמד על הפרק. בין פרנקלין לבין משפחתו של קלוג (אשתו ובנו) נקשרו גם קשרים אישיים קרובים ביותר, היא נהגה לבלות בביתם בלונדון לא מעט, ובצוואתה הורישה לקלוג סכום כסף נכבד, ביודעה כי מצבו הכספי אינו מזהיר. בנוסף לקלוג היו עוד שני עוזרי מחקר - קנת הולמס וג'ון פינץ'. בתקופה מסוימת הצטרף אל הצוות גם חוקר אמריקאי בשם דונלד קספר.
זמן לא רב לאחר שהחלה בעבודתה על נגיף TMV היא הגיעה, בזכות צילומים בקרני רנטגן שלא נעשו לפניה, לתוצאות שסתרו את ההנחה המקובלת באותה תקופה על החוקרים של נגיף זה, ולפיה מקלוני ה-TMV הם כולם באותו אורך (כ-3000 אנגסטרם). למרות התנגדותו של הווירולוג נורמן פירי (Norman Wingate Pirie; 1997-1907), שנחשב למומחה העיקרי של נגיפים אלו, היא עמדה על דעתה (שהתבררה בסופו של דבר כנכונה) ופרסמה את מסקנותיה במאמר ב-Nature. בתגובה החליט פירי להפסיק לספק לה את הדגימות למחקרה, אך דבר זה לא מנע ממנה להמשיך במחקריה. כיוון שבזכות מחקר ה-TMV היו לפרנקלין קשרים עם המחלקות המקבילות באוניברסיטת טובינגן ובאוניברסיטת קליפורניה בברקלי, היא המשיכה לקבל דגימות של הנגיף, בעיקר מברקלי. ב-1956 פענחה פרנקלין ביחד עם צוות החוקרים שלה את המבנה של נגיף TMV. הם מצאו כי הנגיף בנוי מתת-יחידות חלבוניות המסודרות כמעין בורג מסביב לנקב שנמצא בליבת הנגיף, כאשר יחידות ה-RNA משוקעות בין תתי-היחידות של החלבון.
שכר והערכה מקצועית.
שכרה של פרנקלין בבירקבק היה מבוסס על מלגות שנתיות שהצליח ברנל לגייס, בעיקר ממועצת המחקר החקלאי (ARC – Agricultural Research Council) בשל עבודתה על נגיפים המזיקים לחקלאות. מכיוון שברנל התקשה לחדש את המלגות פנתה פרנקלין לשירות הבריאות הציבורי בארצות הברית (Public Health Service כיום מחלקת הבריאות ושירותי האנוש של ארצות הברית) בבקשה לקבלת מימון למחקר נגיפים גורמי מחלות בבני אדם. סכום המימון השנתי שהצליחה לקבל, 10,000 ליש"ט, היה כה גדול שהנהלת האוניברסיטה הניחה כי נועד לממן מחקר במשך שלוש שנים, אחרת הייתה מסרבת לקבלו.
פרנקלין השתתפה במהלך עבודתה בבירקבק בכנסים מדעיים רבים. במרבית הכנסים הייתה האישה היחידה ברשימת המרצים. בקיץ 1956 יצאה (בפעם השנייה) לנסיעה ארוכה בארצות הברית, נסיעה ששילבה השתתפות בכנסים מדעיים ביחד עם טיולים רגליים וטיפוס הרים שכה אהבה לעשות בשעות הפנאי שלה במשך כל חייה. באותן הרצאות וכנסים (כמו בביקור הקודם שלה בשנת 1954) הרצתה פרנקלין, בין היתר, הן על התגליות שלה במחקר הפחם וגם על עבודתה הנוכחית על נגיפים. למרות גילה הצעיר היא התקבלה בכנסים אלו כאחת מהחוקרות הבולטות בתחום זה. באותה נסיעה שנייה לארצות הברית החל להירקם קשר אישי יותר בין פרנקלין, שככל הידוע לא ניהלה קשרים רומנטיים במהלך שנות חייה, ובין דונלד קספר, אשר חזר כבר לארצות הברית, קשר שלא היה לו המשך עקב מחלתה ופטירתה.
במהלך הנסיעה פגשה פרנקלין עמיתים מברקלי שהציעו לה דוגמאות של נגיף שיתוק ילדים אותן הצליחו לגבש. פרנקלין כתבה לברנל הצעה לחקור את מבנה הנגיף, ושנה אחר כך (ביולי 1957) הוא הצליח להשיג את הסכמת רקטור האוניברסיטה למחקר בנגיף המסוכן, לאחר שברנל טען בפניו כי החומר שייבדק לא היה פעיל.
במהלך שנות עבודתה בבירקבק שמרה פרנקלין על קשר מקצועי עם פרנסיס קריק ועם ג'ים ווטסון, ונהגה להיוועץ בהם (בכתב) לעיתים בנושאי המחקר שלה. קשר זה כלל מכתבים ידידותיים למדי, וכן מפגשים משותפים בכנסים מדעיים. מהמכתבים ששלחו אליה עולה כי זכתה להערכה רבה משניהם. השימוש שעשו השניים במידע שלה במהלך גילוי מבנה ה-DNA על ידם, לא הוזכר כלל על ידי אף אחד מהם. עובדה זו, של קיומם של קשרים מקצועיים קרובים בין פרנקלין לביניהם, מעלה תמיהה נוספת על הניסיונות של שניהם להסתיר בדיעבד - עם קבלת פרס נובל ולאחר פטירתה - את תרומתה החשובה לגילוי המבנה המרחבי של ה-DNA על ידם.
קבוצת המחקר שלה בבירקבק הפיקה מספר רב של מאמרים מדעיים בנושא המחקר שלה, בצירופים שונים של שמות המחברים כאשר שמה של פרנקלין הופיע בחלק גדול מהם.
מותה.
בחודש ספטמבר 1956, בסמוך לסיום שהותה בארצות הברית, החלה לסבול ממחושים בבטנה. כאשר חזרה לאנגליה הייתה האבחנה ברורה וחד משמעית – היא סובלת מסרטן השחלות. לאחר שני ניתוחים וסדרות ארוכות של טיפולים היא חזרה לעבודתה. במהלך תקופה זו אומנם החלה לחקור את מבנה הנגיף הגורם לשיתוק ילדים, אך לא הספיקה להשלים את מחקרה זה.
בסוף שנת 1957 החלה שוב לעבור טיפולים ותקופות ארוכות של אשפוז, אך ב-16 באפריל 1958 נפטרה ממחלתה.
בהספד שכתב ברנל לזכרה ב-Nature נכתב:
התעניינות מחודשת.
סיפור חייה של פרנקלין לא הסתיים עם מותה בטרם עת בשנת 1958. סיפורה עבר תהפוכות לא מעטות בשנים לאחר מכן, שהביאו למידע שלא היה ידוע קודם לכן, על תרומתה לגילוי המבנה המרחבי של ה-DNA. פרנקלין לא ידעה כלל במועד פטירתה כי למעשה עבודתה ומחקרה שימשו בסיס עיקרי לגילוי המבנה המרחבי של ה-DNA על ידי ווטסון וקריק.
ב-10 בדצמבר 1962 קיבלו ווטסון, קריק וגם וילקינס את פרס נובל לפיזיולוגיה או לרפואה עבור גילוי המבנה המרחבי של ה-DNA. בנאום קצר שנשא ווטסון במעמד הענקת הפרס לא אוזכרה כלל פרנקלין. גם בהרצאות שנשא כל אחד מהם, כמקובל, יום לאחר הטקס, לא הזכירו ווטסון וקריק את פרנקלין. וילקינס אמנם טרח לציין את שמה בהרצאתו, אך עשה זאת רק במסגרת דברי תודה לקבוצת חוקרים שבשמותיהם נקב, על עבודתם המשותפת במעבדת קינגס קולג' שבה עבד. במועד קבלת פרס נובל, לא הייתה פרנקלין בין החיים זה ארבע שנים. קולה לא יכול היה עוד להישמע, והשאלה "מה הייתה תרומתה של פרנקלין לגילוי?" עדיין לא התעוררה כלל במועד זה. חלפו שש שנים נוספות עד שהשאלה החלה להעסיק את הקהילה המדעית, ולא רק אותה.
הסליל הכפול.
לאחר ששקד על כתיבתו במשך שנתיים, פרסם ווטסון בשנת 1968 את ספרו: "The Double Helix: A Personal Account of the Discovery of The Structure of DNA" ("הסליל הכפול"), שבו הוא מספר על הגילוי מנקודת מבטו, תוך שהוא מתייחס לשאר האנשים שהיו מעורבים בעניין, לרבות פרנקלין עצמה. באופן אירוני למדי, דווקא ספרו, שהמעיט בחשיבות עבודתה ואשר צייר אותה באופן דמיוני לגמרי ואף מסולף, כמעין "טכנאית", שלא הבינה את המשמעות של הנתונים שלה, הוא שהביא למחקר על תרומתה ולגילוי חלקה שהוסתר זמן כה רב.
ווטסון חשב בתחילה לקרוא לספרו "זוג בסיסים" ("Base Pairs"), שם שהוא בעל משמעות כפולה בהקשר זה. ואולם קריק התנגד לשם זה מפני שלא רצה שיחשבו שהוא (קריק) מוגדר כבסיס. לאחר מכן הציע ווטסון את השם "ג'ים ההגון" (Honest Jim) קריק דווקא לא התנגד לשם זה, ואולם הוא הביע התנגדות עזה לתוכנו של הספר והגדיר אותו באחד ממכתביו לווטסון בעניין כרכילות ברמה של מגזינים לנשים. קריק שלח מכתבי התנגדות להוצאה לאור של אוניברסיטת הרווארד וכתוצאה מכך, לאחר פניות הן של קריק והן של מדענים אחרים, ההוצאה סירבה להוציאו לאור, בין היתר עקב חשש ממשפטי דיבה. עותקים של כתב היד המקורי נשלחו לכמה מדענים. אחד מהם, ג'ון קנדרו, קריסטלוגרף זוכה פרס נובל באותה שנה של ווטסון וקריק, שלח עותק של הספר לג'ון דזמונד ברנל. והלה כתב לו בתגובה כי אומנם נהנה מאוד מקריאת הספר, אבל הוסיף כי ווטסון "בלתי הגון באופן מיוחד לגבי התרומה של רוזלינד פרנקלין ואינו מזכיר את ההיטל שלה של המבנה הסלילי של ה-DNA המראה את מיקומם החיצוני של קבוצות הפוספטים", אך ברנל לא נקט ככל הידוע בפעולה על מנת לתקן מצב זה.
לאחר שפורסם הספר "הסליל הכפול" החלו להיכתב על חלקה ותרומתה מאמרים רבים, בתחילה בשנת 1968, ולאחר מכן בשנת 1974 על ידי אהרון קלוג, שותפה למחקר בבירקבק, שהצביע באותם מאמרים, בין היתר בהתבסס על מחברות העבודה שלה עצמה, על התרומה הרבה שלה לגילוי ועל עד כמה הייתה קרובה להגיע לגילוי המבנה בעצמה.
ביוגרפיות.
בשנת 1975 פרסמה חברתה אן סייר (Sayre, A) ביוגרפיה בשם Rosalind Franklin And DNA, אשר אף על פי שלא נכתבה כביוגרפיה לפי הגדרתה של סייר עצמה, היוותה למעשה כתב הגנה חריף כנגד הטענות השקריות שהעלה ווטסון בספרו "הסליל הכפול".