מדינת ישראל ירשה את מוסדות השלטון הבריטי שבמגרש הרוסים, ואף המשיכה להשתמש בחלק מהמבנים (וכך עד היום) למטרות דומות: אכסניית הגברים עודנה משמשת כתחנת משטרה וכבית מעצר; אכסניית המשלחת הדתית שימשה במשך שנים את בית המשפט העליון, ומשמשת את בית משפט השלום; וחצר סרגיי שימשה במשך שנים ארוכות את משרד החקלאות ואת משרדי החברה להגנת הטבע. אכסניית הנשים הפכה למוזיאון הנצחה לאסירי המחתרות, ומעון הקונסול הרוסי נותר ריק ועזוב למשך שנים ארוכות. מבנה קטן בחצר שימש עד שלהי שנות השבעים את כותבי הבקשות שניסחו תצהירים עבור קהל שביקש לפנות לבית המשפט.
בניגוד לבריטים, שהשתמשו בנכסים הרוסיים כבשלהם, מדינת ישראל נדרשה לשלם לברית המועצות עבור הנכסים שבמגרש הרוסים. לחץ רב הופעל על ישראל הצעירה, בעיקר לאחר שברית המועצות הצביעה בעד הקמתה בכ"ט בנובמבר 1947. ב-1964 נחתם לבסוף הסכם, על פיו ישראל תשלם סכום של ארבעה וחצי מיליון דולר אמריקני לברית המועצות בעבור נכסי מגרש הרוסים. ההסכם לא כלל את הכנסייה ואת האגף המזרחי של אכסניית המשלחת הדתית, שנותרו בידי רוסים מקומיים. מדינת ישראל התקשתה לגייס את הסכום העצום, ובמהרה הושגה פשרה: שלושה מיליון דולר ישולמו בכסף, ואילו מיליון וחצי נוספים ישולמו בתפוזים. ישראל הייתה אז אחת מיצואניות התפוזים הגדולות בעולם, ובעקבות ההסכם הוזרמו לברית המועצות אלפי טונות של תפוזי Jaffa תוצרת הארץ, עד שהחוב כוסה במלואו.
בשנת 1949 עבר המטה הארצי של משטרת ישראל מתחנת משטרה בתל אביב אל בית המעצר של מגרש הרוסים. המטה שכן שם עד 1973, אז עבר למשכנו החדש בקריית מנחם בגין במזרח ירושלים.
בראשית שנות ה-70, זמן קצר לאחר מימוש "הסכם התפוזים", נתבעה מדינת ישראל לשלם שוב את שווי הנכסים במגרש הרוסים, הפעם ל"כנסייה הלבנה", בה חברים יורשיו הרוחניים של הצאר. "יורשים" אלה, ברובם כמרים ואנשי דת שברחו מרוסיה לפני המהפכה ומתגוררים ברובם בארצות הברית, טענו כי לא ייתכן שהקומוניסטים יעשו מעשה "הרצחת וגם ירשת" על חשבון הצאר, ולכן דרשו מישראל להעביר את התשלום אליהם ולא לברית המועצות. ישראל סירבה לשלם פעמיים, בשנת 2007 התפרסם כי אנשי העסקים רומן אברמוביץ' וארקדי גאידמק יממנו את פינוי מתחם מגרש הרוסים כולו ויכסו את ההוצאות הכרוכות בהעברת בית המשפט, בית המעצר ומשרדי הממשלה במגרש. זאת במסגרת מהלך שיזם ולדימיר פוטין להסדרת הבעלות והעברת האזור כולו לחזקת הפדרציה הרוסית.
בראשית המאה ה-21.
לקראת סוף המאה ה-20 הפך מתחם מגרש הרוסים לאחד ממוקדי חיי הלילה של ירושלים, ונפתחו בו פאבים רבים (פאבים אלה נסגרו ב-2007, לקראת עבודות חידוש המתחם). ממזרח למגרש הרוסים הוקמה קריית עיריית ירושלים, דבר שהשפיע גם על מבני מגרש הרוסים. השער המזרחי של המתחם, למשל, "נדד" מערבה, כדי שלא יפריע את מהלכה הטבעי של הכיכר הגדולה, והחומה המזרחית כולה הוסרה. בעקבות השינויים שוכן בית החולים מחוץ לשער המקורי בתחום כיכר העירייה, והוא משמש את משרד הרישוי. הבית עבר שיפוץ מקיף ונפתח במתכונתו החדשה בשנת 2015.
בראשית שנות ה-2000 הועלתה הצעה כי דגם ירושלים בסוף ימי בית שני יועבר ממלון הולילנד למגרש הרוסים ויהווה אטרקציה תיירותית מרכזית, אך לבסוף הועתק הדגם למוזיאון ישראל.
על פי תוכניות הרשות לפיתוח ירושלים, עתיד מגרש הרוסים לעבור תהליך התחדשות כולל, שיגדיל את שטחו הבנוי לכ-130,000 מ"ר. על פי התוכנית, יוקמו במתחם בתי מלון, בנייני מגורים, מרכז מסחרי, משרדים וחניונים תת-קרקעיים. אופי הבנייה החדשה ישתלב בסגנון המבנים הקיימים, תוך שימוש בתצורות ובחומרים מודרניים. מטה מחוז ירושלים של משטרת ישראל ובית המעצר עתידים להתפנות, ומבניהם ישופצו. הכנסייה הרוסית תשופץ, ובחזיתה ייבנו טיילת ומרפסת נוף. בית המשלחת הדתית צפוי להפוך למלון ולמרכז תרבות. במרכז המתחם, על כל שטח החניון הגדול המקיף את הכנסייה, מתוכנן להיבנות הקמפוס החדש של בצלאל העתיד לעבור אליו מקמפוס הר הצופים, בו שוכנת האקדמיה לצד האוניברסיטה העברית, כחלק ממגמת חיזוק מרכז העיר. במרץ 2017 אושרה תוכנית הקמת קמפוס בצלאל במרכז מגרש הרוסים.
במשך שנים נשמעו שוב ושוב תביעות מצד השלטון בברית המועצות/רוסיה להשיב לידיה את הנכסים בירושלים, והחל מאוקטובר 2006 מקדם נשיא רוסיה ולדימיר פוטין מהלך ברור ותקיף, הדורש כי הנכסים יוחזרו לבעלות רוסית. הוא אף ביקר כמה וכמה פעמים במקום, ולכבודו אף נפתחו החלקים הסגורים, שהיו נתונים במשפט בינלאומי. לטענת פוטין, אריאל שרון הבטיח לו כי הנכסים יוחזרו, ובמהלך 2008 קיבלה ממשלת ישראל החלטה על העברת "חצר סרגיי" לידי הפדרציה הרוסית. ב-27 ביולי 2008 נענה בית המשפט המחוזי בירושלים לבקשת האפוטרופוס הכללי, להעברת בניין סרגיי לקניין המדינה בנוסף לכ-10.9 מיליון שקל, שהתקבלו במהלך השנים בעד השכירות בנכס. הבקשה הוגשה לאחר שהוועדה המיוחדת להעברת נכסים לקניין המדינה המליצה להעביר את הנכס לקניין המדינה ולהפסיק את ניהולו על ידי האפוטרופוס, וזאת לקראת העברת הנכס לבעלות הרוסים.
בשנת 2007, בעת ביקור ראש עיריית מוסקבה לשעבר, יורי לוז'קוב, נחנכה בצומת שמול הכנסייה בלב המתחם כיכר מוסקבה.
ב-4 בפברואר 2009, האגף בחצר סרגיי שהיה בשימוש ממשלת ברית המועצות לפני מלחמת ששת הימים, הועבר לבעלות ממשלת רוסיה. ב-21 במרץ 2011 נודע כי ממשלת רוסיה הציבה בפני ראש הממשלה, בנימין נתניהו, את פינוי משרד החקלאות מהמתחם כתנאי לביקורו במוסקבה ב-23 במרץ. נתניהו הורה על פינוי מיידי של המשרד עוד באותו היום. באוגוסט 2012 הושלם תהליך מסירת השטח לממשלת רוסיה. ב-18 ביולי 2017 נחנך המתחם מחדש לאחר שיפוץ.
הבעלות על המתחם.
הבעלות על הנכסים והמגרשים במתחם התחלקה בין שלושה גורמים. נכסים שנרשמו בבעלות ישירה של הכנסייה האורתודוקסית הרוסית, נכסים שנרשמו על שם ממשלת הצאר הרוסי ונכסים שהיו בבעלות החברה הפרבוסלבית. ב-1920 התפצלה הכנסייה הרוסית והוקמה הכנסייה האורתודוקסית הרוסית הגולה (שכונתה "הכנסייה הרוסית הלבנה") ואילו בתוך ברית המועצות המשיכה לפעול הכנסייה האורתודוקסית הרוסית, בחסות המשטר הקומוניסטי (והיא כונתה "הכנסייה הרוסית האדומה"). הבריטים הכירו בכנסייה האורתודוקסית הרוסית הגולה והחכירו מהם חלק מהנכסים שהחזיקה. אך לא הכירה בבעלות ברית המועצות על נכסי ממשלת האימפריה הרוסית . ב"בניין סרגיי" השכור חלק מהמבנה עבור משרדי ממשלה וחלקו המשיך לשמש את החברה הפרבוסלבית.
בשנת 1949 הכירה ממשלת ישראל בברית המועצות כיורשת של רכוש ממשלת הצאר בארץ ישראל. תחנת המשטרה, בית המעצר ובית המשפט במגרש הרוסים החלו לשמש את מדינת ישראל, אך הקרקע הייתה חכורה. בבניין סרגיי התמקם משרד החקלאות, בחלקו של הבניין ששימש גם את ממשלת המנדט. גם נכסים שהיו בבירור בבעלות הכנסייה הרוסית, דוגמת כנסיות ומנזרים, הכירה מדינת ישראל בחזקתה של הכנסייה הרוסית הלבנה. בפברואר 1951, הגיעה לישראל נציג החברה הפרבוסלבית לדרוש את רישום והעברת נכסי החברה לרשותה. אך ב-1952 הוחלט להעביר את ניהול הנכסים שהיו בבעלות החברה הפרבוסלבית לידי האפוטרופוס הכללי, מאחר שהייתה מחלוקת על מיהם בעלי החזקה וממשכי דרכה של החברה. ממשלת המנדט הכירה בקבוצה של גולים רוסים בפריז כמנהלי החברה, אך ברית המועצות לחצה על ישראל להעביר לה את הרוכש והנציגות הסוביטית בישראל אף הגישה תביעה משפטית. עם זאת בניין הקונסלים בצידו המזרחי של מגרש הרוסים הושכר באופן רשמי לאוניברסיטה העברית ב-1954.
ביולי 1960 החלה מדינת ישראל במשא ומתן עם הממשלה הסוביטית להסדרת הבעלות על הרכוש, והוא נמשך לסירוגין במשך מספר שנים. הסכם נחתם לבסוף ב-7 אוקטובר 1964. על פי ההסכם ישראל תשלם 4.5 מיליון דולר, שליש במזומן והשאר בפרי הדר וסחורות, עבור מה שהוגדר "רכוש חילוני", כלומר קרקעות ומבנים שאינם בשימוש הכנסייה. יישום ההסכם נתקל בקשיים לאחר שקבוצה של יורשי הנסיך סרגיי הגישה תביעת בעלות על נכסי החברה הפרבוסלבית. בפועל הבעלות על נכסי החברה הפרבוסלבית מעולם לא הוסדרה וברית המועצות המשיכה לתבוע בעלות עד שנות ה-80 של המאה ה-20. והאפוטרופוס הכללי המשיך לנהל את הבניין.
לאחר התפרקות ברית המועצות המשיכה רוסיה לתבוע בעלות על נכסי החברה הפרבוסלבית בראשם בניין סרגיי. בתחילת שנות ה-90 הביעה ישראל הסכמה להעביר את המבנה לרוסיה, תוך התחייבות שלא לפגוע בזכויות הדיירים. בשנת 2007 התפרסם כי אנשי העסקים רומן אברמוביץ' וארקדי גאידמק יממנו את פינוי מתחם מגרש הרוסים כולו ויכסו את ההוצאות הכרוכות בהעברת בית המשפט, בית המעצר ומשרדי הממשלה במגרש. זאת במסגרת מהלך שיזם ולדימיר פוטין להסדרת הבעלות ועברת האזור כולו לחזקת הפדרציה הרוסית. ב-27 ביולי 2008 נענה בית המשפט המחוזי בירושלים לבקשת האפוטרופוס הכללי, להעברת בניין סרגיי לקניין המדינה בנוסף לכ-10.9 מיליון שקל, שהתקבלו במהלך השנים בעד השכירות בנכס. הבקשה הוגשה לאחר שהוועדה המיוחדת להעברת נכסים לקניין המדינה המליצה להעביר את הנכס לקניין המדינה ולהפסיק את ניהולו על ידי האפוטרופוס, וזאת לקראת העברת הנכס לבעלות הרוסים.
אתרי עניין במגרש הרוסים.