בעשור השלישי של המאה ה-19, בשלהי תקופת כהונתו של מהמוט השני, שוב איבד השלטון המרכזי העות'מאני את אחיזתו במחוזות בולגריה. העות'מאנים נאלצו להקצות כוחות רבים להתמודדות עם מלחמת העצמאות היוונית ובהמשך נאלצו להתמודד עם פלישת צרפת לאלג'יריה ועם מסעו של אבראהים פאשא לכיבוש ארץ ישראל ואזור סוריה. מחוזות בולגריה נשלטו על ידי הוואלים המקומיים, שנקטו במדיניות פנים עצמאית, שלא אחת התבססה על קבלת שוחד. ב-1830 ערכו חברי המיליציה העות'מאנית החצי צבאית, בָּאשִי בּוֹזוּק, פרעות ביהודי סופיה. חברי המיליציה, שהורכבה מטטרים וצ'רקסים, שדדו והעלו באש בתי עסק ודירות מגורים של בני הקהילה ללא התערבות מצד המושל העות'מאני. ב-1839 עם עלייתו לכס הסולטנות של אבדילמג'יט הראשון חלה רגיעה מסוימת במצב ביטחון הפנים והשלטון המרכזי נקט בשורת צעדים כדי להחזיר לידיו את האחיזה במחוזות השונים. תקופת רגיעה זו הביאה להתאוששות מסוימת בקרב יהדות סופיה ומקרבה התבלטו הרבנים פריסיאדו באקיש ומשה שמואל תאג'ר שכיהנו גם כאבות בית הדין הרבני.
באפריל 1877 פרצה המלחמה העות'מאנית-רוסית (1877–1878) ומתועדות התקפות על יהודי סופיה מצד החיילים העות'מאנים הנסוגים, שאיבדו כל רסן. מפקד הצבא העות'מאני הורה על נסיגה בטקטיקת אדמה חרוכה והחיילים העות'מאנים העלו באש את כל מחסני המזון בעיר. בני הקהילה התגייסו בהמוניהם לפעולות הכיבוי ומנעו מהאש להתפשט לעבר רובעי המגורים. עם כניסת הצבא הרוסי לעיר עלה חשש לפגיעה ביהודי העיר. משלחת נכבדי הקהילה בראשות הרב גבריאל אלמושנינו שלוותה בקונסולים הזרים נפגשה עם מפקד הצבא הרוסי באזור אשר הבטיח שלבני הקהילה לא יאונה כל רע. לאחר עצמאות בולגריה ולאות הוקרה על פעילות יהודי סופיה, הורכבה יחידת כיבוי האש הראשונה של העיר על טהרת בני הקהילה.
לאחר עצמאות בולגריה.
במסגרת ההסכם שנחתם בקונגרס ברלין, נקבע כי יינתן שוויון זכויות מלא לכל אזרחי בולגריה ללא הבדל דת, גזע ולאום וב-1879 פורסמה חוקת טרנובו של הנסיכות הבולגרית החדשה ובמסגרתה הבטיחו סעיפים 40 ו-42 את זכויות האזרח וחופש הפולחן של יהודי בולגריה. ב-1900 נכללה קהילת סופיה ברשימת 34 הקהילות המאורגנות בבולגריה. עם זאת שנותיה הראשונות של הנסיכות הבולגרית לוו בפרץ אנטישמיות שלא פסח גם על קהילת סופיה. ב-15 באוקטובר 1893 יצא בסופיה לאור העיתון "בולגריה ללא יהודים" ובהמשך פורסמה באחד מגיליונותיו עלילת דם בדבר חטיפתו של נער נוצרי ושימוש בדמו. הנהגת הקהילה הגישה מחאות רמות, הממשלה הבולגרית החליטה לפעול וב-15 ביוני 1894 הועמד עורך העיתון מיטאקוב לדין. הוא נדון ל-4 חודשי מאסר, אך מערכת העיתון לא נסגרה. בינואר 1897 נפגשה נציגות מקרב יהודי בולגריה ובכללם ליאון פרחי ואברהם דודיצ'ון לוי מסופיה, עם ראש הממשלה הבולגרית קונסטנטין סטואילוב וראש הסינוד הבולגרי בבקשה לפעול להפסקת עלילות הדם בממלכה. האישים הבטיחו לפעול בנושא. במהלך מלחמת הבלקן הראשונה והשנייה, התגייסו 1,421 מבני הקהילה לצבא הבולגרי ובהמשך התגייסו רבים ולחמו במלחמת העולם הראשונה. הקהילה הקימה בית חולים ובית יתומים.
לאחר מלחמת העולם הראשונה התחולל בבולגריה משבר כלכלי, חברתי ופוליטי שהוביל להגירת בני הקהילות היהודיות לערים המרכזיות בממלכה כגון סופיה ופלובדיב. כך, התרכזו בהדרגה כמחצית מיהודי בולגריה בסופיה והיא הפכה למרכז הפעילות של יהדות בולגריה. ב-29 באוגוסט 1920 נערך בסופיה כנס נציגי כל קהילות בולגריה ואת קהילת סופיה ייצגו 11 נציגים, 8 ספרדים ו-3 אשכנזים. תקופה זו לוותה גם באירועים אנטישמיים, אם כי הם לא זכו לתמיכת הממסד הפוליטי ובמקרים מסוימים אף בוצעו פעולות להפסקתם. גל אנטישמיות חריף התפרץ בבירה בעקבות הפיגוע בכנסיית סווטה נדליה. ב-16 באפריל 1925 בעת שנערכה בכנסייה תפילת אשכבה לגנרל קונסטנטין גאורגייב אשר נרצח יומיים קודם לכן בידי קומוניסטים, התפוצצה במקום פצצה רבת עוצמה שנועדה לחסל את המלך בוריס השלישי. המלך איחר לאירוע וניצל, אך 160 בני אדם נהרגו ועוד 320 נפצעו. אחד ממפקדי השטח של מנגנון הטרור, חיים מרקו פרידמן (1925-1892), היה יהודי יליד סטארה זאגורה, חבר המפלגה הקומוניסטית הבולגרית ובוגר הפקולטה למשפטים באוניברסיטת סופיה. הוא נתפס, נשפט ונתלה. העיתונות האנטישמית בבולגריה בכלל ובסופיה בפרט, בחלק מהמקרים גם עיתונות שלא נודעה ככזו, הפיצה מאמרי שטנה כנגד הקהילה וכן הופץ בתרגום לבולגרית הספר הפרוטוקולים של זקני ציון. ראשי הקונסיסטוריון של יהדות בולגריה גינו בתוקף את הפיגוע, התנערו מפרידמן וביקשו מהשלטונות לפעול להרגעת התעמולה האנטישמית. השלטונות השיבו בחיוב, אך פעולתם הייתה מצומצמת.
בדצמבר 1929 התקיימה בעיר ועידת הארגון הפרו-פאשיסטי רודנה זאשטיטה (הגנת המולדת) ועם סיומה נערך מצעד "חולצות שחורות" של אלפים מחברי הארגון ברחבי סופיה. בגבור האנטישמיות הממוסדת בגרמניה הנאצית, החליטו ראשי הקונסיסטוריון של יהדות בולגריה להקים ועד פעולה ומחאה נגד רדיפות היהודים בגרמניה, בשיתוף אנשי ציבור ואקדמיה בולטים בבולגריה כגון פטקו סטאינוב ואקתרינה קרבלובה. ביוני 1933 תוכנן לערוך הפגנת מחאה בסופיה. המשטרה הבולגרית אסרה על קיום ההפגנה בתואנה שתפגע ביחסי הממלכה עם גרמניה.
מלחמת העולם השנייה.
רקע.
החל מאמצע שנות ה-30 החלה בולגריה לנקוט מדיניות התקרבות לגרמניה הנאצית, אשר בנתה מחדש את מעמדה כמעצמה אירופית מובילה. יריבותיה הבלקניות של בולגריה נסמכו על מעצמות אירופיות מובילות, ממלכת יוון על הבריטים וממלכת יוגוסלביה על הצרפתים, ובמאבק על שיקומה הכלכלי והמדיני, תוך סיכוי להשבת השטחים שאיבדו הבולגרים במלחמת העולם הראשונה, הם פנו לבעלת בריתם הוותיקה. תהליך זה לווה בהתגברות האנטישמיות הממוסדת במדינה ולב האירועים היה בבירה סופיה.
רדיפות ראשונות.
ראשית הותרה רשמית הקמתם של ארגונים אנטישמיים וב-1936 הוקם ארגון ראטניק, בראשו עמד פטר גברובסקי. בהמשך, הוקם ארגון הנוער בראניק שפעל במתכונת ההיטלר יוגנד. ב-16 בספטמבר פורסם צו גירוש ל-4,000 נתינים זרים, רובם יהודים פליטי המלחמות השונות בבלקן, שהתיישבו בבולגריה, בעיקר בשטחי החבל ההיסטורי רומליה המזרחית. ב-20 בספטמבר 1939 לאחר תקרית שאירעה בחנות צעצועים בבעלות יהודית בסופיה, יזם ארגון ראטניק פעולת נקמה ברחבי העיר, תוך הסכמה בשתיקה מצד הממשלה הבולגרית, המשטרה הבולגרית והעומד בראשה אטאנאס פאנטב. חברי הארגון ניפצו חלונות ראווה בבתי עסק בבעלות יהודית ברחבי העיר, ולפי חלק מהמקורות אף הציתו מקצת מהם. האירוע זכה לכינוי ליל הבדולח הבולגרי. מחאה נמרצת של הקונסיסטוריון של יהודי בולגריה הובילה להצהרה של מפקד המשטרה, אשר בה הוא ביקש מתושבי סופיה לשמור על הסדר. בהמשך, נפגשו ראשי הקונסיסטוריון עם שר המשפטים הבולגרי וסילי מיטאקוב (1891–1945) והשיחה עמו הייתה נסערת. והשר הצהיר שאין בכוונתו להקריב את בולגריה תמורת 50,000 יהודים. בפברואר 1940 התמנה בוגדאן פילוב לראשות הממשלה והוא מינה את פטר גברובסקי לשר הפנים.
באוקטובר 1940 הגיש שר הפנים גברובסקי לאישור הפרלמנט את הצעת החוק להגנת האומה, אשר דמה במתכונתו לחוקי נירנברג ולמרות מחאות רמות מקרב האליטה האינטלקטואלית הוא אושר בינואר 1941. ב-1 במרץ חתם בוגדאן פילוב על ההסכם התלת-צדדי וממלכת בולגריה הפכה לבעלת בריתן של מדינות הציר. ביום זה, נשלחו כל הגברים בני הקהילה בגילאי 20 עד 40 לעבודות כפייה. ב-29 בספטמבר 1941 שוחררו בני הקהילה מעבודת הכפייה, ובמאי 1942 נשלחו שוב, כשהפעם נקראו כל הגברים בגילאי 20 עד 42.
אירועי 9 ו-10 במרץ 1943.
ב-9 ביולי 1942 אישר הפרלמנט הבולגרי חוק המרחיב את סמכויות הממשלה לטיפול "בשאלה היהודית" ומסמיך אותה לאחוז בכל האמצעים הנדרשים לפתרונה. ב-29 באוגוסט אושרו התקנות לביצוע החוק, ובסעיף 29 שלהן נקבע כי על יהודי סופיה לגלות לערי השדה בבולגריה. על בני הקהילה הוטלה חובת ענידת כוכב צהוב ועל בתיהם חובת סימון מיוחד. עוד הוגבלה תנועת בני הקהילה לשעות היום בלבד. הוקם הקומיסריון לענייני יהודים בראשות אלכסנדר בלב וועד הקהילה הוכפף אליו. ב-22 בפברואר 1943 חתם אלכסנדר בלב הסכם בשם ממשלת בולגריה עם תיאודור דנקר בשם גרמניה הנאצית על מסירת 20,000 יהודים המצויים בשטחים שסופחו לבולגריה, תראקיה ומקדוניה, לצורך גירושם לפולין. באותה העת מצויים היו בשטחים אלו 11,343 יהודים. להבדיל מהנוסח הגרמני של ההסכם, בנוסח הבולגרי שהובא לאישור הממשלה הבולגרית נמחקו המילים "מהשטחים שסופחו לבולגריה תראקיה ומקדוניה" וכך ניתן הכשר חוקי להשלמת המכסה מקרב יהודי "בולגריה הישנה". משרד הפנים הבולגרי ערך רשימות ובהן מכסת מגורשים מכל קהילה ובה נמנו 2,500 יהודים מסופיה.