עמדת הכנסייה שואבת מאבות הכנסייה. המסמך הנוצרי הקדום ביותר מחוץ לברית החדשה, הדידאכה (Didache), שנכתב בסוף המאה הראשונה או תחילת המאה השנייה לספירה, פותח רשימה של חטאים חמורים עם המשפט: אריסטידסט איש אתונה (Aristides of Athens), בן המאה השנייה, אמר כי התיאורים של היוונים על האלים שלהם כי: תיאופילוס איש אנטיוכיה (Theophilus of Antioch) בן המאה השנייה כתב: קלמנס מאלכסנדריה, גם הוא בן המאה השנייה, כתב כי אלוהים: בזיליוס הגדול איש קיסריה בן המאה הרביעית כתב: בדרשה הרביעית על האיגרת אל הרומאים, טוען הבישוף יוחנן כריסוסטומוס במאה הרביעית כי מעשים הומוסקסואלים גרועים יותר מרצח והם כה מבזים שהם מהווים סוג של עונש בפני עצמו. בנוסף טען שהם מעליבים את הטבע עצמו. הנאה ממעשים שכאלו הופכת אותם לגרועים יותר הוא מוסיף אולם הוא מדגיש שפאולוס לא התייחס לשני גברים המאוהבים זה בזה, אלא לאלו שנשרפים בתאוותם האחד כלפי השני. הוא מסביר את ההתייחסות של פאולוס באיגרת אל הרומאים: עוד אמר כי:
ההיסטוריון ג'ון בוסוול טוען כי המנהג של אדלפופויסיס (Adelphopoiesis) המאחד שני אנשים מאותו המין כ"אחים/אחיות רוחנים/רוחניות", אפשר מוצא בהיתר לאהבה רומנטית ומינית בין זוגות חד מיניים. בוסוול הצביע גם על הקודשים סרגיוס ובאכוס (Sergius and Bacchus), שהאיקונה שלהם מציגה את שניהם עומדים ביחד עם ישו בניהם או מאחוריהם. ביקורת על טענה זו של בוסוול גורסת כי האיחוד שנוצר היה כמו אחוות דם, וכי אייקונה זו היא דוגמה טיפוסית לשני קדושים שמסרו את נפשם על קידוש האמונה יחד, עם דמותו הרגילה של ישו המופיעה על גבי איקונות דתיות רבות. לכן אין כאן כל אינדיקציה שאיקונת סרגיוס ובאכוס מייצגת חתונה. בוסוול מציין כי ההתייחסות לסרגיוס ולבאכוס הייתה כאל ארסטאי (erastai) בכתבי היד היווניים, מילה המקבילה למאהבים.
הקאנון ה-16 של מועצת הכנסייה (סינוד) אנקירה שהתקיימה במאה ה-4 לספירה קבעה עונש של לפחות 20 שנה למי "יבצע את הבלתי הגיוני". בזמן שבו עונש זה נכתב, הוא התייחס ליחסי מין עם בעלי חיים, לא להומוסקסואליות. אולם תרגומים לטינים מאוחרים תרגמו את המילה כך שהיא כוללת הן יחסי מין עם גברים והן יחסי מין עם בעלי חיים.
אוגוסטינוס, אבי הכנסייה, כתב בספרו "וידויים": המקורות הנוצריים הן שקישרו בין הומוסקסואליות לבין מה שהתרחש בסדום.
בתקופת קונסטנטינוס ב־342 לספירה נקבע במשפט הרומי כי גבר שייקח את התפקיד הפסיבי של כלה (במקום להתחתן כשווה עם גבר אחר) דינו עונש מוות. ב-390 לספירה הורה תאודוסיוס הראשון לשרוף זונות ממין זכר בפומבי. ב-544 לספירה הכליל יוסטיניאנוס הראשון את החוק על כל מי שיהיה מעורב ביחסי מין הומוסקסואליים ללא תלות בנסיבות.
ימי הביניים.
היסטוריה.
הומוסקסואליות לא נתפסה כדבר יוצא דופן בקרב בני השבטים הגרמאניים והקלטיים ולמעשה היא היוותה חלק מתרבות היחסים בין לוחמים. מבחינה חוקית, האיסור של הכנסייה לא קיבל תוקף באף אחד מספרי החוקים שנכתבו במערב אירופה בראשית ימי הביניים חוץ מהקודקס של הממלכה האוסטרו-גותית בספרד במאה השביעית. על פי גרגוריוס מטור מלך הפרנקים קלוביס, התוודה על חטא סדום בווידוי הראשון שלו ביום ההתנצרות שלו, ואף זכה במחילה. על פי סיפור אחר כאשר המלך איג קאפה הבחין בשני גברים בשעת מעשה בכנסייה, הוא כיסה אותם בגלימה שלו והעסיק את הכומר בשיחה על מנת שהם יוכלו להימלט.
באופן אירוני, המוקדים המעטים שנותרו לחיים הומוסקסואליים היו דווקא המנזרים. קיים תיעוד על יחסי מין בין נזירים, וקיים תיעוד אף על ספרות רומנטית המופנית לגברים, שנכתבה במהלך המאות ה-10 וה-12. שינוי משמעותי חל עם התעצמות הכנסייה במהלך מסעות הצלב. בתקופה זו הוחמר האיסור, לאחר שהומוסקסואליות זוהתה עם מנהגי המוסלמים והאשמה בפעילות זו הפכה להאשמה בכפירה. גרגוריוס התשיעי ייסד את האינקוויזיציה הקתולית שחקרה טענות של מעשה סדום ב-1232. ב-1451 התיר האפיפיור ניקולאס החמישי לתבוע גברים שביצעו מעשה סדום בצו אפיפיורי. אלו נמסרו לרשויות האזרחיות ומי מהם שהורשע נשרף בהתאם לחוק האזרחי. אך נימת הגינוי לרוב מציינת יותר מדאגה תאולוגית. הרשויות האזרחיות יישרו קו עם זה של הכנסייה, כאשר התירו להעמיד לדין אנשים שהואשמו בפשע הסדומאות בבתי המשפט החילונים. ב-1478, נעתר האפיפיור סיקסטוס הרביעי לבקשת פרדיננד השני מלך ארגון ואיזבלה הראשונה מלכת קסטיליה, והעניק להם סמכות אקסקלוסיבית למנות אינקוויזיטורים בממלכות שלהם. כך האינקוויזציה הספרדית הפכה לחוקית ותחת שליטה אזרחית, והיא החליפה את האינקוויזיציה של ימי הביניים, שהייתה תחת שליטת האפיפיור עד אז. ב-1482, כתגובה לתלונות על ידי קרובים של הקורבנות, כתב סיקסטוס הרביעי שלא הייתה בכוונתו לאפשר ניצול נרחב להיתר שלו. אולם לחץ חזק הביא לכך שהוא לא מנע את השימוש הזה. סדומאים נסקלו, סורסו ונשרפו. בין 1540 ל-1700, יותר מ-1,600 איש הואשמו בסדומאות.
בתקופה זו הוגברה גם אכיפה של חוקים נגד מעשי סדום על ידי השלטונות החילוניים. באנגליה, למשל, הונהג בימי אדוארד הראשון עונש שרפה על מוקד להומוסקסואלים. בממלכת קסטיליה כלל העונש סירוס ותלייה. עם זאת, בשכבות הבוהמה והאריסטוקרטיה היה היחס להומוסקסואליות מתון הרבה יותר. אמנים רבים בני תקופת הרנסאנס היו מוכרים כחובבי בני מינם, אף אם לא אמרו זאת במפורש, וקיומם של פטרונים רבי עוצמה הגן עליהם מפני רדיפות האינקוויזיציה.
ההיסטוריון ג'ון בוסוול (John Boswell), מייחס את הגינוי של הנצרות להומוסקסואליות לעלייה לכאורה בחוסר הסובלנות באירופה במהלך המאה ה-12, שהוא טוען שהתפתחה בדרכים אחרות. הנחת היסוד שלו היא שכאשר מעשה סדום לא גונתה במפורש ובאופן רשמי, היא הייתה "נסבלת". ההיסטוריון סאת'רן (R. W. Southern) חלק על טענותיו של בוסוול וכתב ב-1990 שהכללה הרלוונטית היחידה העולה מקודי הענישה עד למאה ה-11 היא כי מעשה סדום זכתה ליחס דומה לזה של הזדווגות עם בעלי חיים. סאת'רן טוען כי בוסוול חושב כי ההשמטה של מעשה סדום מהקודקס החדש והמחמיר על נזירות הכמורה שיצא על ידי המועצה הקתולית ב-1059 טומן בחובו מידת מה של סובלנות. סאת'רן מסביר כי למועצה היו עניינים יותר דחופים לעסוק בהם, ובכל מקרה, מעשה סדום גונו על ידי האפיפיור לאו התשיעי בריימס ב-1049. פייר פאיר (Pierre Payer) הוסיף ב-1984 כי בוסוול התעלם מהעושר שיצרו הגינויים שנמצאו בספרות העונשים לפני המאה ה-12. ההיסטורון אלן טולצ'ין (Allan Tulchin) כתב ב-2007 שזה בלתי אפשרי להוכיח וככל הנראה לא רלוונטי להבנה של אופן החשיבה של הכמורה במאה ה-12, בה גברים אהבו אחד את השני, והקהילה קיבלה את זה.
הארכיבישוף ראלף מטור (Ralph of Tours) דאג שהמאהב שלו ג'ון ימונה כבישוף של אורליאן בהסכמת מלך צרפת והאפיפיור אורבנוס השני. ב-1395 ידוע על זונֵה הומוסקסואל וטרנסבסטיט שנעצר בלונדון והותיר אחריו יומנים ששרדו. 12 המסקנות של הלולרדים (Lollardism), שקראו לרפורמה בנצרות המערבית במאה ה-14, כללו גינוי של נזירות הכמורה כגורם לסדומאות.
אוטו השלישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, ניהל יחסים אינטימיים עם גברים רבים עימם חלק את המיטה והאמבטיה שלו. הוא נמשח על ידי האפיפיור להיות קיסר האימפריה הרומית הקדושה. אחת מהדמויות השלטוניות הבולטות בעולם הנוצרי שהיה הומוסקסואל הוא אדוארד השני שנרצח באופן אכזרי, רצח שככל הנראה היה קשור לנטייתו ההומוסקסואלית. אדוארד היה מלך אנגליה משנת 1307 ועד להדחתו בשנת 1327. אדוארד היה הומוסקסואל עוד בצעירותו, ואביו, אדוארד הראשון ייחס את תכונותיו "הרעות" להשפעתו השלילית של מאהבו של המלך, פירס גווסטון. באופן אירוני היה זה האב שמצא את גווסטון חבר ראוי לבנו. המלך הגלה את גווסטון ב-1298, לאחר שאדוארד העניק לו תואר אצולה מלכותי. עם מותו של אדוארד הראשון, עלה בנו על כס המלכות. כאשר אחת מהפעולות הראשונות שלו הייתה החזרתו של גווסטון. אדוארד שאף כל ימיו להגביל את כוחה של האצולה ובילה את כל זמנו בחברת ידידיו, שהיו שותפים להשקפותיו ואיתם חלק את השלטון. הדבר עורר את הטענה שהוא מקדיש את כל זמנו לידידיו ממין זכר, מה שגרם להאשמתו בהומוסקסואליות, טענה שרוב ההיסטוריונים מסכימים לה. חברי האצולה (הבארונים) רצחו ב-1312 את גווסטון, אך המלך החלש לא יכול היה לנקום את מות רעו האהוב. מספר חודשים לאחר הדחתו, בזמן שהיה כלוא, נרצח בסתר ביום 11 באוקטובר 1327. שיטת הרצח הייתה אכזרית ביותר - הרוצחים החדירו מוט ברזל מלובן אל פי הטבעת של אדוארד ושרפו את אבריו הפנימיים. הם ראו בשיטת הרצח עונש מתאים להומוסקסואליות שלו, וגם קיוו כי סיבת המוות לא תתגלה בבדיקה חיצונית. הדיווח הרשמי היה כי המלך נפטר מסיבות טבעיות והוא נקבר בטקס חגיגי בקתדרלה על שם פטרוס הקדוש בגלוסטר.
תאולוגיה.
מורה כנסייה בשם פטרוס דמיאנוס, כתב את "ספר עמורה" (בלטינית Liber Gomorrhianus), שבו ערך מתקפה נרחבת על הומוסקסואליות ואוננות. הוא צייר את ההומוסקסואליות ככוח אנטי דתי המערער את המוסר, הדת והחברה עצמה, ושצריך לדכאו באופן חזק פן הוא יתפשט בעם ובמיוחד בקרב הכמורה. לכן יש להטיל עונשים על כמרים שחוטאים נגד הטבע.
הילדגרד מבינגן, שנולדה שבע שנים לאחר מותו של פטרוס דמיאנוס, כתבה כי ראתה חזיונות ותיעדה אותם בספרו "סקיביאס" (Scivias), שפירושו "דע את הדרכים לאל". בחיזיון השישי בספר השני, היא ציטטה את האל כזה שמגנה מין חד-מיני, כולל לסביוּת: