בשרשרת הגבוהה קיימים לפחות 150 ביצות ומשקעי כבול שהחלו להתפתח כמה אלפי שנים לאחר נסיגת הקרחונים. אזורים אלה הם שקעים המתאפיינים בניקוז גרוע, שהתמלאו במי הפשרת הקרחונים. הכבול – וכן הטחבים שצמחו בהם – מתעדים את השינויים האקלימיים שהתרחשו מאז עידן הקרח האחרון, בין היתר באמצעות השתמרות אבקנים.
סחף.
במהלך הרביעון הושקעו בהרי היורה משקעי סחף המורכבים מחול, חצץ וטין. אלה הורבדו באמצעות נהרות, מפולות ושיטפונות, חלקם על מדרונות ההרים עד 60 מטרים מגובה האגנים. הבדלים בין תקופות חמות וקרות ניכרים במעין טרסות שנוצרו ממחזורים של הרבדה וסחיפה.
משקעי מדרונות.
ביורה קיימים מדרונות רבים שנוצרו מסחיפה, אך גם ממפולות – שחלקן אירעו כתוצאה של כבידה ואחרות אירעו בעקבות רעידות אדמה. על מדרונות אלה מורבדים משקעים שעוביים 1–3 מטרים. משקעים אלה נחלקים לשלושה סוגים: חוואר הנוצר ממפולות ושיטפונות, חלוקי נחל המוסעים על ידי נחלים ושברי סלעים בגדלים שונים הנוצרים בתהליכי קפיאה והפשרה.
ההיסטוריה הגאולוגית של היורה.
רכס היורה שוכן בין שני מבנים גדולים: אזור ההתנגשות האלפיני בדרום-מזרח הרכס והגראבנים של אגני הריין והברסה בצפונו ובמערבו. מיקום זה חשוב להבנת האירועים הטקטוניים שעיצבו את הרכס, ובעיקר סדרה של אורוגנזות, אירועי מתיחה באוליגוקן שגרמו לסדיקת התשתית והכיסוי המשקעי, וכן אירועי התקצרות בגבול מיוקן-פליוקן שגרמו להתנתקות אלוכתונית של הכיסוי המשקעי מן התשתית.
אורוגנזות.
ההיסטוריה הגאולוגית של הרי היורה קשורה ישירות לארבעה אירועים אורוגניים שעיצבו את אירופה בשלבים שונים של התפתחותה:
מחזור היבשות.
בשלהי הפרקמבריון התרחשו כמה אירועים של התכנסות והתפרקות יבשות-על.
לפני 1,100–750 מיליון שנים, במעבר בין המזופרוטרוזואיקון והנאופרוטרוזואיקון, החלה התכנסות יבשות שיצרה את רודיניה. במהלך ההתכנסות אירעו כמה אורוגנזות, בהן אורוגנזת אורל שיצרה את רכס הרי אורל וחיברה את אסיה ואת אירופה לאירואסיה, אורוגנזת גרנוויל שפעלה בעיקר באמריקה הצפונית ואורוגנזת דלסלנדיה (Dalslandian Orogeny) שפעלה בתוך אירופה, בעיקר בסקנדינביה ושרידיה נחשפים בשוודיה ובנורווגיה. אירוע אורוגני נוסף שהתרחש באותה עת הוא האורוגנזה הקיבארית, שפעלה בלוח האפריקאי.
לאחר התפרקותה של רודינה התרחשה התכנסות נוספת, שכינסה כמה משרידיה ללאוראסיה. אחד מאירועים אלה התבטא באורוגנזה הקלדונית שהתרחשה לפני 390–490 מיליון שנים, מסוף הקמבריון ועד תחילת הדבון. שרידיה נחשפים בחלקים מצפון-מרכז אירופה, בסקנדינביה, בגרינלנד ובאיים הבריטיים.
הקימוט ההרציני.
בפלאוזואיקון החלה התכנסות יבשות שהביאה להיווצרה של יבשת-העל פנגיאה. התכנסות זו לוותה באורוגנזה שיצרה את הקימוט ההרציני – רצועת קמטים ארוכה שנמתחה לאורך המפגש בין לאוראסיה וגונדוונה. רכס זה הורכב מסלעים מותמרים ומסלעי יסוד, שנסחפו במהלך הזמן והושקעו בשקעים שבין ההרים.
בשלהי הפלאוזואיקון, בתור הפרם, כבר נעלם חלק גדול מן הקימוט ההרציני ונותרו ממנו מקטעים בודדים, כמה מהם מסיבים סמוכים לרכס היורה דוגמת הרי הווז' מצפון ליורה, מסיב סנטרל (מצרפתית: המסיב המרכזי) במרכז צרפת ומסיב סר בשוליים הצפון-מערביים של הרכס. בשלב זה הפך אזור היורה למשטח יבשתי בעל תבליט, שבאגניו הושקעו שרידי סחיפה מהקרבון ומהפרם. אגנים אלה תחומים בהעתקים וכיוונם מצפון-מזרח לדרום-מערב – כיוון התואם לכיוון עמק הביקוע שהחל להתפתח בין לאוראסיה וגונדוונה וציין את תחילת התפרקותה של פנגיאה.
"ים הקירטון".
התפרקותה של פנגיאה במזוזואיקון לוותה בהתפתחותו של ים טתיס, שבמהלך הטריאס התרחשה חדירה הדרגתית שלו לאזור הרי היורה מצפון וממזרח. בעקבות החדירה הימית הפך האזור לחוף נרחב, בו התפתחו לגונות שהוזנו באמצעות נחלים ונהרות. תנאי אקלים חם עודדו התאדות של מי הלגונות והשקעה של גבס, חוואר והליט – שכיסו את סלעי התשתית ההרצינית. באזור היורה נראות אי התאמות המציגות שלבי מעבר בין סחיפת סלעי התשתית לבין החדירות הימיות, בהם התרחשה השקעה נהרית של חול, חצץ וחלוקים.
במהלך היורה התגברה החדירה הימית, והאזור הפך למשטח קרבונטי מנוקד באיים טרופיים שבצבצו מן הים. גובה פני הים השתנה בהתאם לתנועה האנכית של האזור, והוביל לשתי תקופות של התרוממות כמעט מוחלטת מן הים הרדוד ולהגדלת שטחם של האיים. תקופות אלה ניכרות בשינויים במשקעים בתור היורה – משקעים חופיים, לגונריים ושוניתיים. משקעים אלה אינם נראים בהרי האלפים, שהיו מצויים באותה עת בעומק ים טתיס. סביבה טרופית זו אפשרה את קיומו של שפע מיקרואורגניזמים, צדפות, אלמוגים ושאר שוכני קרקעית רדודה שתרמו סידן פחמתי להיווצרות הסלעים, כמו גם של דינוזאורים שהותירו בשלהי המלם את טביעות רגליהם במשקעים הרכים.
לאחר שתי תקופות אלה של התרוממות חלה בתחילת הקרטיקון חדירה ימית נוספת, שהתגברה במעבר בין הקרטיקון התחתון לעליון – עת התרחש כיסוי ימי נרחב בכל האגן הפריזאי שכונה "ים הקירטון" (בצרפתית: la mer de la craie). "ימי קירטון" כאלה היו נפוצים ברחבי צפון-מערב אירופה בקרטיקון העליון, ושרידיהם נחשפים בעיקר בצוקי-חוף.
סגירת ים טתיס.
פתיחתו של האוקיינוס האטלנטי בין הלוח הדרום-אמריקאי לבין הלוח האפריקאי לוותה בתנועתו של האחרון צפונה בקצב של סנטימטר אחד בשנה, תוך כדי סיבוב נגד כיוון השעון. תנועה זו הובילה לסגירה הדרגתית של ים טתיס כאשר הקרום האוקייני של הלוח האפריקאי החל לנחות מתחת ללוח האירואסייתי. במהלך אירועים זה נוצר הלוח האדריאטי – שבר המורכב בעיקר מקרום יבשתי, שהתנתק מהלוח האפריקאי לאורך העתק חילוף ונע לצפון-מערב.
הקימוט האלפיני.
הרי היורה החלו להתרומם באופן משמעותי בתחילת השלישון, אם כי ההתרוממות החלה בסוף הקרטיקון כחלק בלתי-נפרד מהקימוט האלפיני. אורוגנזה זו יצרה את החגורה האלפידית – רצף אורוגני הכולל בין השאר את הרי האלפים, הרי היורה והפירנאים באירופה, את הרי האטלס בצפון-אפריקה, את הרי זגרוס, הרי אלבורז, הרי קופט והרי רוד באיראן, וכן את הרי ההימלאיה במרכז אסיה.
בשלהי הקרטיקון החל הלוח האירואסייתי לנוע מזרחה ביחס ללוח האפריקאי והאדריאטי שהחלו לנחות תחתיו. תנועתם של שני הלוחות האחרונים צפונה הובילה לסגירת ים טתיס, וכן לדחיסה ולקימוט של סלעי המשקע שהורבדו על קרקעית הים ולהפיכתם לטריז משקעים בשולי המפגש הבין-לוחי. דחיסה זו גרמה להתרוממות באזור היורה, שהתבטאה בגבול הקרטיקון והשלישון – לפני כ-65 מיליון שנים – ביצירת תבליט נמוך.
במהלך האאוקן חלה באזור התרוממות נוספת, ופני השטח הפכו מארכיפלג לרצף יבשתי. בסלעי אבן הגיר מהיורה ומהקרטיקון שהתרוממו מתוך הים החלו להתפתח תהליכים קרסטיים. בסוף האאוקן החלה שקיעה של הגראבנים מצפון וממערב להרי היורה, שנמשכה על לאמצע המיוקן. שקיעתם של האגנים התמשכה אל תוך רכס היורה כרשת של העתקים.
קמטי היורה.
ההפחתה של הלוח האפריקאי מתחת ללוח האירואסייתי, שהתעצמה בהדרגה במהלך האאוקן והאוליגוקן, החלה להיחלש במיוקן. בין פרקי האטה כאלה התרחשו שני קימוטים משמעותיים של הרי היורה בסוף המיוקן. התרוממות זו לוותה במתיחת הקרום ובסדיקת התשתית והכיסוי המשקעי לאורך רשת ההעתקים, הניכרת בעיקר ברמות היורה. בצוקים שנוצרו בשולי הסדקים חלה סחיפה, שתוצריה הושקעו באגנים הסמוכים.
תנועתם של הלוחות המעורבים בקימוט האלפיני עדיין נמשכת, וכך גם הקימוט האלפיני עצמו. הרי האלפים ממשיכים להתרומם בקצב של מילימטר אחד לשנה – קצב דומה לזה של הסחיפה המונעת את צמיחתם.
ניתוק מהחגורה האלפידית.
בסוף השלישון התנתקו הרי היורה מן החגורה האלפידית בעקבות שקיעת אגן מולאס, שהתרחשה כתוצאה מהתחדשות המעוות במבני התשתית ההרצינית.
קימוט היורה.
באמצע המיוקן, לפני כ-11 מיליון שנים, החלו לפעול תהליכי קימוט עצמאיים בהרי היורה, שנמשכו אל תוך הפליוקן, עד לפני כ-3 מיליון שנים. מעוות מקביל שהתרחש בהרי האלפים יצר לחץ על אגן מולאס, שהעביר אותו הלאה – אל הרי היורה. תהליכי הקימוט פעלו בעוצמות שונות על חלקים שונים של הרכס. צורתו הקשתית של הרכס מצביעה על לחץ רב יותר במרכזו, בעיקר סמוך לאגם ז'נבה. הקימוט השפיע במיוחד על השרשרת הגבוהה, שצירי קמטיה מקבילים להעתקים: מדרום-מערב לצפון-מזרח.
ביורה קיימים שני סוגי קמטים שהתפתחו במהלך המעוות של סוף המיוקן:
התנתקות סלעי הכיסוי.
השפעתו של קימוט זה על היורה יצרה את אחד המאפיינים הטקטוניים הייחודיים של הרי היורה: התנתקות סלעי הכיסוי מן התשתית וגלישתם לצפון-מערב על-גבי מישור התנתקות, תוך העתקה נרחבת. התנתקות זו בהרי היורה, שהתפתחה בגבול מיוקן-פליוקן, נבעה בחלקה מעוצמת תהליכי הקימוט, ובחלקה מהימצאותם של סלעי התאדות ושל חרסית בסלעי הפצלים במישור המגע עם סלעי התשתית. תופעה זו הייתה אחד מנושאי המחקר של הגאולוג הצרפתי מרסל אלכסנדר ברטראן במחקריו על גלישונים.
"כובע" ו"פטריה".
שניים מהקמטים הידועים של הרי היורה נוצרו בתהליכי הקימוט וההתנתקות:
כובעו של הז'נדרם.
קמט "כובעו של הז'נדרם" (Le Chapeau de gendarme) נחשף ביורה הגבוהה, סמוך לעיירה סנט-קלוד (Saint-Claude). ראשיתו בקימוט במהלך המיוקן שגרם להתרוממות והיווצרות העתקים. בהשפעת הכבידה החליקו סלעי הכיסוי מעל התשתית לאורך מורדות "הר אבן החול" (mont sur les grès) הסמוך לסנט-קלוד, ויצרו את צורתו הנוכחית של הקמט.
שלט הסבר בצדו של הקמט מסביר כי הקמט קיבל את שמו בתחילת המאה ה-19 מאחר שהוא דומה בצורתו לכובעיהם של הז'נדרמים בצרפת באותה עת, וכי היה מוכר עוד טרם התברר לגאולוגים אופן היווצרותו.
פטריית השמפיניון.