קולצ'ק, בעוזבו ליפן, השאיר את כוחותיו המגויסים תחת פיקודו של לוטננט גנרל בוריס רוסטיסלבוביץ' חרשצ'אטיתסקי. נוסף על הסדר היחסים עם יפן נועד מסעו של קולצ'ק לחזק גם את קשריה של התנועה הלבנה עם מדינות ההסכמה. שגריר רוסיה ביפן, ואסילי ניקולאייביץ' קריפנסקי, ארגן עבור קולצ'ק פגישה עם ראש המטה הכללי של הצבא היפני הקיסרי, אוהרה יוסאקו. הפגישה לא העלתה תוצאות. היפנים היו משוכנעים שקולצ'ק אוחז ברגש אנטי-יפני ועל כן הם לא יוכלו להביא אותו תחת חסותם. על כן בהמשך ניסו הרשויות היפניות לעצור את קולצ'ק באשמת מעורבות בנושאי פנים של יפן. היפנים היו נתונים למאבק אינטרסים, שכן מחד לא רצו לשמר את ההשפעה הרוסית על מזרח אסיה ומאידך פעלו למנוע את עלייתם של הסובייטים באזור.
בסופו של יום לא הצליחו היפנים להרשיע את קולצ'ק, שנתמך בידי השגרירויות הרוסית והבריטית. קולצ'ק עקב כל אותו הזמן אחר אירועי מלחמת האזרחים ברוסיה תחת הודעות ממשרד המלחמה הבריטי. קולצ'ק התיידד עם אלפרד נוקס, ראש הלשכה הרוסית במשרד המלחמה הבריטי. נוקס אחת טען כי לקולצ'ק שני מאפייני אישיות המתאימים לתדמית החברתית הרוסית; אדם חם מזג וחוסר רצון לנהל שיחות חולין. בהצעתו של קריפנסקי, קולצ'ק ביקר בשגרירות הצרפתית ביפן כדי לחזק את היחסים של התנועה הלבנה עם צרפת. נוקס, קולצ'ק והשגריר הצרפתי רג'נו שטו לוולדיווסטוק ב-16 בספטמבר. משהבין כי היפנים לא יתמכו בו, קולצ'ק התכוון לנוע לדרום רוסיה כדי להילחם תחת צבאות המתנדבים של אלכסייב וקורנילוב (האחרון כבר נהרג בשדה הקרב אך נכון לאותה העת קולצ'ק לא ידע על כך).
מלחמת האזרחים הרוסית.
קולצ'ק הגיע לוולדיווסטוק בלילה בין ה-19 ל-20 בספטמבר 1918. עם הגעתו לעיר נודע לו על איחוד מספר ארגוני אופוזיציה לבולשביקים בהנהגת הסוציאל-רבולוציונרים לכדי הדירקטוריון המנהלי של המדינה הרוסית הלבנה שבירתה באופה, בשקורטוסטן. תחום הסמכות של הדירקטוריון השתרעה מגדות נהר הוולגה ועד לסיביר ונודע בכינוי 'הממשלה הזמנית הכל-רוסית'. הממשלה הזמנית הסיבירית (אשר שלטה בין לבין גם בוולדיווסטוק) שרוכזה באומסק, הייתה אחת מהממשלות המקומיות שהיו מעורבות בתוך הדירקטוריון המאוחד. רוב חבריה של הממשלה הסיבירית היו עם זאת מלוכנים ושמרנים ולא ליברלים, רפובליקנים ומהפכנים. עת נודע על הגעתו של קולצ'ק קצינים רבים ניסו להיפגש עמו והוא מצידו מיהר להכריז על תמיכתו בממשלה הזמנית הסיבירית (בעיקר עקב יכולתה לשמר סדר אזרחי ללא עירובם של גורמים חיצוניים). ב-21 בספטמבר פגש קולצ'ק בראש הממשלה הזמנית הסיבירית, פיוטר ואסילייביץ' וולוגודסקי. בהמשך פגש קולצ'ק בגנרל רודולה ג'יידה, אנטי-קומוניסט מוצהר שהיה מבין מנהיגי הלגיון הצ'כוסלובקי אשר שלט על מסילת הברזל הטרנס-סיבירית ופעל לצד התנועה הלבנה.
פעילות מוקדמת תחת הדירקטוריון.
קולצ'ק טייל ברחבי סיביר כגורם פרטי ונשא עמו מדים אזרחיים. ב-13 באוקטובר הגיע לאומסק ומשם תכנן להתקדם לצבא הקוזאקים הלבנים בנהר דון. צבא המתנדבים בדון והדירקטוריון היו ליריבים פוליטיים, וקולצ'ק פגש בנציגים של שניהם. בהמשך כתב קולצ'ק לגנרל אלכסייב על רצונו לשרת בחזית תחתיו. קולצ'ק פגש בנציגים סוציאל-רבולוציונים מהדירקטוריון, בנציגי צבא המתנדבים בדון ובקצינים קוזאקים שונים, בהם גם מפקד מוצב אומסק, ויאצ'סלב איוואנוביץ' בולקוב. גורמים בדירקטוריון ניסו לגייס את קולצ'ק לשירותם, בהם גם יו"ר הממשלה הזמנית, ניקולאי דימיטרייביץ' אבקסנטייב. מחד רצה הדירקטוריון בשירותיו של קולצ'ק אך מאידך חשש מכך שהוא עלול לקדם הפיכה צבאית. בעת הגיע לסיביר, נשא קולצ'ק את ההנחה כי רק משטר סמכותני יוכל למוטט את הבולשביקים. באותה העת שלחה תנועת המרכז הלאומי האנטי-קומוניסטית את חסידו של קולצ'ק, ויקטור ניקולאייביץ' פפליאייב, לפקח מטעם הארגון הפוליטי על המזרח הרחוק הרוסי ומנצ'וריה. פפליאייב פגש בקולצ'ק והעריך אותו כמועמד לדיקטטורה לבנה אפשרית שחברי תנועת המרכז קראו להקים במקום הדירקטוריון.
ב-16 באוקטובר, גנרל ומפקד בשירות הדירקטוריון, ואסילי גאורגוביץ' בולדירב, הציע לקולצ'ק את משרת שר המלחמה והצי במועצת השרים של הממשלה הכל-רוסית, שפעלה ביחד עם הדירקטוריון. קולצ'ק תחילה סירב מכיוון שלא רצה להיקשר עם הדירקטוריון, אז בהמשך הסכים להצעה כאשר הובהרו לו הפרטים על כמות החיילים שישרתו תחתיו. קולצ'ק קבע עם העסקתו כי בכל פעולה של הממשלה שימצא אותה כמחדל הוא יוכל להתפטר ממשרתו. מכיוון שהיה קולצ'ק נכס לדירקטוריון עקב יכולותיו הצבאיות, הוא יכול היה השתמש בקביעה כקלף מיקוח פוליטי. רק שלושה חברים מתוך כלל הממשלה הזמנית הסיבירית באומסק התנגדו להחלטתו של קולצ'ק להתמנות לשירות הדירקטוריון. בתחילת נובמבר לפתע הממשלה הזמנית באומסק והדירקטוריון באופה שמו בצד את מאבקיהם והתאחדו בהתנגדותם לשר הפנים בדירקטוריון, שנחשד בארגון מיליציה עצמאית הנתונה אך ורק לפיקודו האישי. בסופו של יום, כאשר התמנה קולצ'ק לשר המלחמה והצי של הדירקטוריון ב-5 בנובמבר, הוא נתמך גם בידי אומסק וגם בידי אופה. סמכויות המשרה בפועל הועברו לידי קולצ'ק ב-7 בנובמבר, והוראתו הראשונה הייתה להקים גופי פיקוד על משרד המלחמה ועל המטה הכללי של הצבא הלבן בסיביר. למחרת יצא קולצ'ק לחזית באופן אישי כדי להעריך את המצב.
המנהיג העליון של רוסיה: המערכה המנהלית.
הפיכת ה-18 בנובמבר 1918.
לנוכח סדרת מפלות צבאיות בחזית נגד הבולשביקים, נסוג מושב הדירקטוריון מאופה לאומסק עקב החשש מכיבושה של אופה בידי הצבא האדום. הגעתו של קולצ'ק לאומסק נעשתה במקביל לשפל יחסים בין הדירקטוריון הסוציאל-רבולוציונרי לבין הזרועה המבצעית של הממשלה הכל-רוסית, קבינט השרים בראשותו של וולוגודסקי. סיומה של מלחמת העולם הראשונה בכניעת מעצמות המרכז הוביל לשינוי ביחס של הלגיון הצ'כוסלובקי ומדינות ההסכמה לתנועה הלבנה. מפקדיו של הלגיון הצ'כוסלובקי בפרט מצאו את השיבה לארץ מולדתם הנלחמת על עצמאותה כל אותה העת כמטרתם העיקרית ולא השירות במלחמת האזרחים של רוסיה. לנוכח סיומה של המלחמה הסתיים הצורך של מדינות ההסכמה בהשבת רוסיה למלחמה נגד גרמניה, אל מדינות ההסכמה המשיכו לתמוך בתנועה הלבנה כדי למנוע את עלייתה של מעצמה בולשביקית. המפלות הצבאיות הובילו לתשאול מעמדו של הדירקטוריון מצד קצינים בשורות הצבא הלבן ולעלייה בתמיכה בקריאה הגוברת להקמת ממשל שמרני סמכותני. מצב זה הוביל להתבודדות הדירקטוריון, שהיה לזרוע המחוקקת של הממשלה הכל-רוסית, מן הצבא הלבן, שהיה לכוח בפועל של התנועה הלבנה במאבקה נגד הבולשביקים. לנוכח המצב פרץ משבר ממשלתי.
בסופו של יום היו אלו גורמים מתוך הצבא שארגנו קשר להפלת הדירקטוריון מכוחו. ב-18 בנובמבר 30 קוזאקים וקצינים סדירים שהיו חלק מהמוצב של הצבא הלבן באומסק, החלו במעצרים המוניים של פעילים סוציאל-רבולוציונרים. רגימנט המיליציה העצמאית הסוציאל-רבולוציונרית שפעלה בשירות הדירקטוריון פוזרה מנשקה ומלבדה לא הייתה כל יחידה צבאית בתוך אומסק שהמשיכה לתמוך בדירקטוריון. קולצ'ק לא היה מעורב באופן אישי באירוע ההפיכה אך נודע לו על התרחשותה ממארגניה והוא הסכים לקחת על עצמו סמכויות דיקטטוריות "בשעת הכושר". הציר הבריטי באומסק היה מיודע על ההפיכה אך לא התערב בה. לאחר מעצר פעילי הדירקטוריון, מועצת השרים הכירה רשמית בביטול מוסד הדירקטוריון והכריזה על הסדר כלל הסמכויות השלטוניות בידיו של גורם אחד לכדי אוטוקרטיה. עבור ריכוז סמכויות זה נוסדה משרת 'המנהיג העליון של רוסיה' (Верховный правитель России). נקבע כי המנהיג העליון יישא בסמכויות החוק העליון במדינה, אך יפעל דרך העברת סמכויות למועצת השרים הכפופה לו. מסמך 'ההוראה על המבנה הזמני של סמכויות המדינה הרוסית', הנודע בכינוי "חוקת ה-18 בנובמבר", קבע את חלוקת סמכויות זאת.
היו שלושה מועמדים ראשיים למשרת הדיקטטורה: ראש מטה כוחות הדירקטוריון לשעבר, ואסילי גאורגוביץ' בולדירב, מפקדה העליון ומנהלה של מסילת הברזל המזרח-סינית, הגנרל חורבט, והאדמירל אלכסנדר קולצ'ק, שר המלחמה והצי בממשלה הכל-רוסית. קולצ'ק תמך במועמדותו של בולדירב למשרה, שהיה אהוד על החיילים ובעל ניסיון בחזית הרגלית לנוכח שירותו בעמדות פיקוד במערכה נגד הגרמנים במלחמת העולם הראשונה. בסופו של דבר, הצבעה חשאית של מועצת השרים לבחירת המנהיג העליון של רוסיה הסתיימה בבחירתו של קולצ'ק למשרה. הנחלות הלבנות של קולצ'ק השתרעו על פני 13,000,000 ק"מ ומנו כ-7 מיליון תושבים.מועצת השרים במקביל גם מינתה את קולצ'ק לאדמירל מלא, הועברו אליו סמכויות מנהל המדינה העליונות, משמע שהייתה לו המילה האחרונה בכל חקיקה שהיא, וניתן לו הכינוי של שליט עליון. כלל כוחות הצבא הלבן המפוזרים הוטלו תחת פיקודו הישיר והועברו לידיו גם סמכויות של מצב חירום מדיני. קולצ'ק, לאחר לחץ מצד גורמים מדיניים, קיבל את המשרה אחרי שהתנגד לקבלתה קודם לכן. קולצ'ק במקור ראה בגנרל אלכסייב המועמד המוצלח ביותר למשרה, אך אלכסייב נפטר עקב דלקת ריאות בסוף אוקטובר. לאחר מותו של אלכסייב הועברו הכוחות הלבנים בדרום רוסיה לידי פיקודו של הגנרל אנטון דניקין, שעבורו רכש קולצ'ק הערכה רבה. דניקין בסופו של דבר הכיר בעליונותו של קולצ'ק כמנהיג העליון של כלל הצבאות הלבנים רק במהלך יוני 1919.
צעדים ראשונים במשרה ויחסי הממשל והציבור.