ההתיישבות במקום החלה מיד לאחר מלחמת ששת הימים, ביוזמת יהורם בן-מאיר (פיצ'י). בן מאיר (שנקרא אז בשם יורם למברג-להב) הקים וניהל שנים ספורות קודם בית ספר שדה במושב בר גיורא, והחליט להעביר אותו להר גילה, תוך ניצול המבנים הנטושים של המחנה הצבאי שהיו במקום. הוא עבר לגור באחד המבנים ללא אישור והחל לפעול למען הקמת בית ספר שדה במקום. אלוף פיקוד המרכז רחבעם זאבי הורה לו לפנות את המקום, אך בן-מאיר פנה ישירות לשר הביטחון משה דיין וקיבל אישור להישאר. הוא גם קיבל תמיכה מראש עיריית ירושלים טדי קולק. בן-מאיר גם השתדל לייצור יחסי שכנות טובה עם תושבי בית ג'אלא, מאחר שכביש הגישה להר, עבר במרכז העיירה, ובתיה צמודים לצידו המזרחי של המחנה הצבאי הנוטש. הוא אף קיבל אישור מעיריית בית ג'אלא להתחבר למערכת המים שלה ולהשתמש במים שהיו במאגר העירוני בראש ההר. בינואר 1969, החלה הקמת "בית ספר שדה הרי יהודה וירושלים" באופן רשמי, בתמיכת עזריה אלון והחברה להגנת הטבע, כמרכז הדרכה המחנך, מטייל, מדריך ושומר על ערכי הטבע באזור הרי יהודה והרי ירושלים. להקמת בית ספר השדה סייעו מתנדבים, בני נוער וסטודנטים. ראש עיריית ירושלים, טדי קולק, סייע בפריסת קו חשמל מירושלים למקום וגם מועצת פועלי ירושלים סייע בעבודות הפיתוח. בית הספר נפתח בחנוכה 1969. בן-מאיר ומשפחתו היו תושבי הקבע היחידים במקום, הם התגוררו במבנה שהקימה במקור הכנסייה הרוסית. בבית הספר התארחו בקביעות קבוצות של תלמידים ומדריכים. בשנת 1972 החלה הקמתם מבני מגורים עבור החניכים, כאשר ראש עיריית בית ג'אלה, שהיה קבלן בנייה, הוזמן לעסוק במלאכת הבנייה. במקום התקיימו גם מחנות קיץ של "נוער שוחר מדע".
הקמת התנחלות הר גילה.
בן-מאיר הגה תוכנית להקמת יישוב קבע במקום לעובדי החברה להגנת הטבע, אנשי רשות שמורות הטבע ואנשי כוחות הביטחון, שבמרכזו שני מוסדות מוסד אזרחי, בית ספר שדה, ומוסד חינוכי צבאי. הרעיון יצא לפעול בשנת 1975 כחלק מתוכנית לעיבוי היישובים סביב ירושלים. בפברואר 1976 הציג שר השיכון את תוכנית פיתוח ירושלים רבתי, שכללה את הקמת היישוב בהר גילה ותוכנית לכביש גישה חדש לאזור - כביש המנהרות (עוקף בית לחם). במרץ 1977 החלה הקמתו של המוסד החינוכי הצבאי, ותחילה שכנה בו המכללה לביטחון לאומי ואחר כך המדרשה הצבאית לחינוך וידיעת הארץ. לצורך הקמת ההתנחלות הופקעו אדמות מתושבי בית ג'אלא. התושבים פנו לממשל הצבאי בבקשה לבטל את ההפקעה, ועתרו גם לבג"ץ, אך כל פניותיהם נדחו. נאסר עליהם גם לקיים כנס מחאה נגד ההפקעה. בנוסף לשטחים שהופקעו, רכשה חברת הימנותא (חברה בת של הקרן הקיימת לישראל) באופן חשאי כ-25 דונם, תמורת רבע מיליון דולר. בשנת 1979, הוקם ועד היישוב כאגודה עות'מאנית, כמזכיר היישוב מונה בן-מאיר.
בשנת 1984, גרו ביישוב 60 משפחות, בית ספר שדה במקום היה הגדול בארץ, ונוהל על ידי ספי בן-יוסף. החברה להגנת הטבע הקימה במקום גם מרכז לחקר עופות דורסים, שיזם האורניתולוג יוסי לשם ומרכז לחקר בוטנאי. והוחל בתכנון שכונת בנה ביתך. באותה עת עבד במקום חוקר צמחי הבר של ארץ ישראל נסים קריספיל. קריספיל ביקר בכפרים הפלסטיניים שבאזור, ומהם למד וערך מחקר מקיף אודות צמחי הרפואה והתועלת של ארץ ישראל. פרי מחקרו ראה אור באנציקלופדיה ילקוט הצמחים.
בהסכמי אוסלו התחייבה ישראל למסור את השליטה באזור בית לחם לידי הרשות הפלסטינית ב-20 בדצמבר 1995. כך שכביש הגישה הקיים ליישוב עבר לשליטת הרשות. כפתרון, באותה עת, נסלל כביש המנהרות, עוקף בית לחם. אולם מאחר שסלילתו לא עמדה להסתיים עד דצמבר 1995, הוחלט לסלול במהירות כביש נוסף (עוקף אל-ולג'ה), שחלקו הגדול עובר בערוץ נחל רפאים, וממשיך להר גילה מכיוון מערב.
בתקופת האינתיפאדה השנייה.
בתקופת האינתיפאדה השנייה סבל היישוב משורה של פיגועים. ב-6 במרץ 2001, הופעלו שני מטעני חבלה ליד הכניסה ליישוב, ושוב באוגוסט 2001. ב-15 בינואר 2002 נרצח אבי בועז, לאחר שנחטף ממכוניתו הפרטית ליד מלון "אוורסט" בכניסה ליישוב, בידי פעילי תנזים. בועז גר במלון שנים רבות וזמן קצר לפני שנרצח עבר לגור בהר גילה. באוגוסט 2003, אם ובתה נפצעו בפיגוע ירי, בעת שהיו ברכבם בדרך לכניסה המערבית להר גילה.
בינואר 2002, הורה ראש הממשלה אריאל שרון על הקמת גדר עוטף ירושלים כך שתכלול גם את הר גילה. הקמת גדר עוטף ירושלים נמשכה שנים רבות, ובאזור הר גילה היא הוקמה תחילה בקטע שבין היישוב לעיירה בית ג'אלא. בקטע זה נבנתה חומת בטון גבוהה שחוצצת בין בתי היישובים הנמצאים במרחק של מטרים ספורים. הקמת הגדר השאירה את הכפר אל-ולג'ה כמובלעת פלסטינית בין הר גילה לירושלים. לאחר מאבקים שנמשכו שנים רבות הוקף הכפר אל-ולג'ה בגדר ביטחון גבוהה, תוך פגיעה בשטחי הטרסות העתיקות שאותם עיבדו תושבי הכפר. באפריל 2006 דחה בג"ץ את עתירת בעלי מלון "אוורסט", שביקשו להזיז את תוואי גדר הביטחון שבין הר גילה לבית ג'אלא, כך שהמלון יישאר בצד הישראלי. העותרים טענו כי מרבית אורחיו של המלון והמסעדה הם ישראלים, ולכן יש להשאירו בצד הישראלי של הגדר. מערכת הביטחון, מנגד, טענה כי השארתו של המלון בתחומי ישראל תחייב גם את השארתם של מבנים אחרים של תושבי בית ג'אלא, שבסביבתו, בצידה הישראלי של הגדר.
הרחבת היישוב.
ביוני 2004, פרסמה לראשונה תוכנית להקמת שכונה חדשה, בין הר גילה לירושלים, בשטח של 2,000 דונם, ובהיקף של עשרות אלפי יחידות דיור. זאת במטרה לייצור רצף טריטוריאלי בין ירושלים לגוש עציון. התוכנית עוררה התנגדות רבה עקב הפגיעה הצפויה בשטחי היער והחורש הטבעי באזור, וצמצום השטח הפתוח באזור דרום ירושלים. את התוכנית, קידמו בין השאר יזמים שרכשו קרקעות בשטח ההרחבה. רוב התוכנית לא בוצעה למעט הרחבה של כ-300 יחידות דיור בהר גילה וכ-1,500 יחידות דיור כהרחבה של שכונת גילה בירושלים. ביוני 2018 הכריזה המועצה האזורית גוש עציון על תוכנית להכפלת היישוב הכוללת הקמת 330 יחידות דיור נוספות, מוסדות ציבור ותחנת דלק.
ב-23 בפברואר 2020 עתרו תושבי הר גילה לבג"ץ נגד העברת תיירים מדרום קוריאה החשודים כנשאים של נגיף הקורונה, לבידוד במדרשת הר גילה ביישוב, עד ליציאתם מישראל. בנוסף הפגינו, הבעירו צמיגים וחסמו את הכניסה ליישוב כדי למנוע את כניסת התיירים. זמן קצר אחר כך בוטלה ההחלטה.
אופי היישוב.
התושבים הוותיקים חילוניים ברובם, אך בקרב התושבים החדשים קיימות משפחות מסורתיות רבות ומשפחות דתיות לאומיות. ביישוב 2 מעונות יום ו-4 גנים, שניים מהם ממלכתיים ושני האחרים גנים משולבים לדתיים וחילוניים בליווי של ארגון "צו פיוס", גנים אלו פועלים תחת זרם ממלכתי דתי.
נכון לשנת הלימודים תש"ף תלמידי בית הספר בחינוך הממלכתי מופנים ללימודים בירושלים, ובחינוך הממלכתי-דתי מופנים ללימודים במוסדות החינוך בירושלים ובישובי גוש-עציון הסמוכים.
במרכז היישוב מממוקמת "המדרשה הצבאית לחינוך בירושלים", בה מתקיימות הכשרות חינוך וערכים לחילי צה"ל, ו"המדרשה הצבאית לחינוך מפקדים הר גילה".
בשנת 2017 הוקם במקום סניף של תנועת הנוער בני עקיבא ובשנת 2018 הוקם שבט צופים.
חושן
חוֹשֶׁן, או בשמו המלא חוֹשֶׁן הַמִּשְׁפָּט, הוא אחד משמונת בגדי הכהן הגדול בעת ששירת בבית המקדש. שובצו בו 12 אבנים יקרות שונות כנגד 12 השבטים והוא הונח על חזהו של הכהן הגדול.
הציווי ליצירת החושן כתוב בספר שמות (פרשת תצוה). יצירת החושן עצמו מתוארת בספר שמות (פרשת פקודי).
מטרת החושן.
מטרתו של החושן, לפי שמות (), הייתה בכך שכל שבטי ישראל יהיו לזיכרון לפני ה', כאשר הכהן מסתובב במשכן או במקדש. בספר במדבר מוזכר טעם נוסף והוא התייעצות עם אלוהים האם לצאת למלחמה: , ולפי זה מובן מדוע שמו חושן משפט, על ששופט כיצד על ישראל לנהוג במלחמותיהם. אצל שאול המלך מסופר (שמואל א' ) שהלך לבעלת האוב כדי לקבל מידע על העתיד לפקוד אותו במלחמה בגלבוע, לאחר שלא קיבל תשובה לא דרך חלומות ולא דרך האורים או הנביאים.
תיאור החושן.
החושן היה בד רקום מחוטים יקרים של זהב, תכלת, ארגמן, שני ושש. צורתו הייתה ריבוע, וצלעותיו השוות היו באורך של המידה המקראית "זרת", שמשמעותה המרחק שבין קצה הזרת לאגודל (כ-25 ס"מ). שובצו בו, בתוך משבצות זהב, 12 אבנים יקרות שונות, כנגד 12 השבטים. על החושן או בתוכו היה מושם האורים והתומים, שמתואר אצל פרשני המקרא כעין מנגנון הפעלה של החושן, שגורם לאותיות החרוטות על גבי האבנים לנצנץ. החושן היה מונח על האפוד של הכהן הגדול, ומהודק אל טבעות האפוד באמצעות חוטים.
בספרות הרבנית.
על פי התלמוד הבבלי בסוף פרק שביעי של מסכת יומא, על החושן נחקקו, מלבד שמות השבטים, גם המילים הבאות: אברהם יצחק יעקב שבטי ישרון. המטרה בכך הייתה שכל האותיות תופענה על החושן, כדי שיוכל למלא את תפקידו כאורים ותומים.
המפרשים (רבינו בחיי, חזקוני, בעל הטורים) מלמדים שהייתה חלוקה שווה של האותיות ובכל אבן ואבן היו שש אותיות. לכן, באבנו של ראובן התווספה האות א', אצל שמעון ב', אצל לוי ר'ה'מ, וכך נוצרה המילה אברהם; באבנו של יהודה נוספה האות י' וכך הלאה עד להשלמת המילה יצחק, יעקב, שבטי, ישרון. ברמב"ם (הלכות כלי המקדש פרק ט הלכה ז) מוזכר ששמות האבות היו לפני שמות השבטים. מקורו במדרש רבה (סוף פרשת תצוה): "על אודם היה כתוב אברהם יצחק ויעקב ראובן, על פטדה היה כתוב שמעון... על ישפה היה כתוב בנימין שבטי ישורון". הרמב"ם גם מזכיר שבטי י-ה במקום שבטי ישורון.
אבני החושן.
רבנו בחיי, בפירושו לפרשת תצוה, פרק כ"ח, מציג את התכונות של אבני החושן ואומר: .
לוח מסכם.
הלוח הבא מציג את אבני החושן על פי הזיהוי של מכון המקדש.