במקביל לעיסוקיו אלה המשיך בלימודיו האקדמיים באוניברסיטה העברית בירושלים. ב-1949 קיבל קיסטר תואר מוסמך. נושא עבודת המאסטר היה הספר "אדאב אלצוחבה" (آداب الصحبة) מאת אלסולמי (السلمي), מן המאה ה-10, שעניינו "זוהד" (زهد - פרישות), יחסי חברה ומידות טובות. בעבודה זו הראה קיסטר כי כל החדית'ים שבספר הובאו על ידי מחברים מוסלמים מוקדמים ואינם זיופים של המחבר כפי שנטען; וכי מכאן שהזוהד (פרישות) הוא תופעה קדומה וחשובה באסלאם. עבודת הדוקטור שלו עסקה בשבט תמים בתקופת הג'אהליה. לצורך הכנתה התבסס קיסטר על הספר "אנסאב אל-אשראף" (أنساب الأشراف) של אחמד בן יחיה אל-בלאד'רי מהמאה ה-9, העוסק באילנות היוחסין של שבטי ערב ושופך אור על ההיסטוריה מן התקופה הקדם-אסלאמית ועד לתקופה האסלאמית הקדומה. ב-1953 יצא לשנת מחקר באנגליה לצורך עבודת הדוקטור, ושם התוודע לפרופסורים א.ה.ר. גיב ושמואל מיקלוש שטרן באוניברסיטת אוקספורד, שאותם ראה כמוריו. קיבל תואר דוקטור ב-1964, בהיותו בן חמישים, ובאותה שנה קיבל דרגת מרצה בכיר. ב-1970 קיבל דרגת פרופסור מן המניין ב-1970. כבר בשנת 1960 החל קיסטר ללמד בחוג לערבית באוניברסיטה העברית בירושלים, ולימד ערבית מודרנית, קוראן, ספרות ערבית קדומה, שירה ערבית קלאסית, קריאה בכתבי יד ובעיקר נושאים בספרות החדית'. בשנת 1969 ייסד את החוג לשפה ולספרות ערבית באוניברסיטת תל אביב ביחד עם פרופ' גדעון גולדנברג, ולימד בו מספר שנים. כן היה ממקימי החוג לערבית באוניברסיטת חיפה. ב-1983 פרש כפרופסור אמריטוס של האוניברסיטה העברית בירושלים.
קיסטר עמד במשך מספר שנים בראש מפעל הקונקורדנציה לשירה ערבית. הוא ייסד את כתב העת "Israel Oriental Studies" של אוניברסיטת תל אביב.
יזם והקים את הכנס "From Jahiliyya to Islam", המתקיים בירושלים אחת לשנתיים-שלוש. ייסד וערך את כתב העת "Jerusalem Studies in Arabic and Islam" (JSAI) של האוניברסיטה העברית בירושלים. חלק מהמאמרים שהתפרסמו בו מתבססים על הרצאות מהכנס.
ב-1971 סיים את ההדרת הכרך הרביעי של "אנסאב אל-אשראף", שבה החל פרופ' מקס שלזינגר בשנות הארבעים.
כשמונה עשר מן הפרופסורים לערבית באוניברסיטאות במדינת ישראל הם תלמידיו הישירים, מהם שישה שלמדו אצלו בבית הספר הריאלי בחיפה ובהשפעתו עברו ללמוד ואחר כך ללמד.
קיסטר היה חבר המועצה המדעית של הוצאת מאגנס והמועצה המדעית של יד יצחק בן-צבי. בשנת 1975 נבחר כחבר האקדמיה הלאומית הישראלית למדעים, וב-1984 נבחר כחבר חוץ של האקדמיה הבווארית למדעים. זכה בפרס ישראל לבלשנות ערבית ומזרחנות בשנת 1981, בפרס רוטשילד למדעי הרוח ב-1988, ובפרס סולומון בובליק של האוניברסיטה העברית בשנת 1992.
מאיר יעקב קיסטר היה נשוי לזהבה קיסטר לבית פיר, שהייתה מורה לערבית. בנו מנחם קיסטר הוא פרופסור למדעי היהדות באוניברסיטה העברית.
אחיו, יצחק קיסטר, היה שופט בבית המשפט העליון.
מחקריו.
נושאי מחקריו ודרכי עבודתו.
מחקריו של מאיר קיסטר עוסקים בתקופת הג'אהליה ובצמיחת האסלאם ותהליך התגבשותו הרוחנית, הדתית, הכלכלית והחברתית. המחקרים נסמכים על עבודה טקסטואלית יסודית הכרוכה גם בקריאתם של כתבי יד שמצא בספריות בארצות שונות. מסקנותיו נבעו מקריאה חוזרת ונשנית במקורות הראשוניים, ולא משייכות לאסכולה או מהעדפה של תאוריה מדעית. עם זאת, ניתן לשייך את מחקרו של קיסטר לאסכולה השמרנית בחקר האסלאם, בכך שהוא סבור כי ניתן להגיע לדעה מוצקה על אודות ראשיתו של האסלאם הקדום באמצעות חשיפת סתירות בספרות החדית' וידיעות צדדיות, מסיחות לפי תומן, המופיעות בה. בכך הוא ממשיך את דרכו של יצחק יהודה גולדציהר.
עבודתו המדעית של קיסטר התנהלה בשני מישורים מקבילים: חקר כתבי-יד (כולל פפירוסים), ומחקר עיוני. כתבי היד שחקר ושאת חלקם הוציא לאור נמצאים בספריות בארצות שונות ובהן פרס, טורקיה, אירלנד, גרמניה והולנד. בשני המישורים התבסס קיסטר על מחקר פילולוגי פרטני של המקורות האסלאמיים הקדומים, כגון הביוגרפיה של הנביא מוחמד (סירה), המסורת (חדית'), ההיסטוריוגרפיה (תאריח'), פרשנות הקוראן (תפסיר), וכן ספרות לקסיקוגרפית וגאוגרפית, וזאת בנוסף לכל שאר המקורות האסלאמיים המתעדים טקסטים שחוברו במהלך המאה הראשונה לאסלאם. בין אם מקבלים את הטקסטים הללו כ"אותנטיים" ובין אם לאו (קיסטר עצמו מעולם לא היה חד-משמעי בעניין זה), עצם חשיפתם וניתוחם הפילולוגי הוא הישג מדעי בפני עצמו, התורם רבות להכרת עולמם הרוחני של המוסלמים שחיברו ושימרו את הטקסטים הללו.
פרסומיו העיוניים של קיסטר, הנשענים על כתבי יד ועל מקורות מודפסים גם יחד, משתרעים על פני התחומים שלהלן.
חצי האי ערב ערב הופעתו של הנביא מוחמד.
בתחום זה קיסטר הצליח לחשוף במקורות האסלאמיים עדויות שלא נחקרו לפניו בנוגע לרקע המדיני, החברתי והדתי של האסלאם כפי שהוא מתבטא בידיעות על שבטי ערב הקדם-אסלאמיים. באחד ממחקריו הראשונים הוא חושף את המערכת הכלכלית-פולחנית שבמרכזה עמד שבט קורייש, שבטו של הנביא מוחמד, ואת מערכת הקשרים הענפה שבין העיר מכה, שבה שלטו בני קורייש, לבין שאר שבטי ערב. מערכת זו היוותה בסיס להגמוניה של בני קורייש ערב הופעת מוחמד. קיסטר בדק גם ידיעות השופכות אור על המבנה החברתי של תושבי מכה לפני הופעת האסלאם, וכן האיר את הרקע להגעתן של קבוצות שונות (יהודים, נוצרים ובני שבטים ערביים שונים) מרחבי ערב אל העיר מכה.
בנוסף, עסק גם במערכת הקשרים החברתית והכלכלית שבין שבטי ערב לממלכות שמחוץ לערב.
כמו כן חקר קיסטר היבטים של הפולחן הערבי האלילי המאירים את שורשיו הערביים הקדם-אסלאמיים של המונותיאיזם האסלאמי.
מחקריו אלה של קיסטר מאפשרים הבנה טובה יותר של הזיקה בין האסלאם של מוחמד לבין הדת והחברה האלילית בתקופה הקדם-אסלאמית ומניחים את היסוד למחקרים נוספים בנוגע לשורשיו הערביים של הקוראן והאסלאם. חשיבותם של מחקרים אלה הולכת וגדלה ככל שמתרבים הקולות במחקר המזרחני בן ימינו המטילים ספק במקור הערבי-החיג'אזי של הקוראן והאסלאם.
אישיותו של מוחמד ודמותו הנבואית.
באחד המאמרים בתחום זה קיסטר חושף מסורות המנסות להתמודד עם שאלת הזיקה בין האיש מוחמד לבין פולחן האלילים, עוד בטרם החל בשליחותו הנבואית. במאמר אחר מטפל קיסטר בסוגיה הקשורה לעיצוב דמותו של מוחמד בעיני המסורת האסלאמית כאדם כליל שלמות.
יש להזכיר גם את המאמר העוסק בהיבטים הקשורים במצבו הרוחני של הנביא בעת שהחל לחוות את חוויית ההתגלות האלוהית.
מאמר נוסף מאיר היבטים משפחתיים בחיי הנביא והוא מוקדש לחקר ידיעות על בניה של ח'דיג'ה, אשתו הראשונה של הנביא.
פעילותו הנבואית של מוחמד על רקע מאבקי כוח בין גורמים שונים בעיר אל-מדינה.
בתחום זה מאפשרים מחקריו של קיסטר להבין טוב יותר את הדינמיקה של מאבקו האידאולוגי, הכלכלי והצבאי של מוחמד מול הערבים עובדי האלילים מזה, ומול שבטי היהודים מזה. מאבק זה הגיע לשיאו לאחר ההג'רה של מוחמד ממכה למדינה (שנת 622). בחזית המאבק נגד עובדי האלילים חקר קיסטר מסורות העוסקות בחנק הכלכלי של בני קורייש בעיר מכה עקב פעולות מוחמד נגדם, וכן בהתנגשות הצבאית בין המוסלמים ועובדי האלילים בעלי בריתם של קורייש.
כמו כן חשף קיסטר היבטים חשובים במאמצי מוחמד לבסס את נוכחותו המדינית והכלכלית בעיר מדינה. וחקר (בשיתוף עם בנו מנחם קיסטר) גם את נטיותיהם הדתיות והתרבותיות של שבטי היהודים במדינה.
בנוסף חקר קיסטר את הידיעות על אודות מאבק הדמים של מוחמד נגד היהודים בעיר זו.
אירועים באסלאם שלאחר מוחמד.
קבוצה זו של מאמרים חושפת היבטים חשובים בתולדות המדינה והחברה האסלאמית במאה הראשונה לאסלאם: המרידות השבטיות נגד השליטים האסלאמיים שירשו את מוחמד בעיר אל-מדינה, ובמיוחד מעורבותו של נביא השקר מוסילמה במרידות אלה; ועימותים אלימים בין סיעות אסלאמיות שונות במהלך עשרות השנים שלאחר מות הנביא.
אמונות ודעות באסלאם שלאחר מוחמד.
במסגרת זו חקר קיסטר היבטים פוליטיים ותרבותיים שאפיינו את החברה האסלאמית הקדומה. בתחום הפוליטי הוא עסק ביחס המסורת לשליטים ולשלטון, ובתחום התרבותי חשף מגוון של נושאים שנדונו על ידי מנהיגי העדה הדתיים: יחסם למנהג המילה; המשמעות הסמלית שיוחסה לפרטי לבוש שונים; היחס לבידור ושעשועים; היחס לפאר ומותרות בבניית מסגדים; דיונים על דרכי הלימוד וההפצה של הידע הדתי (בעל-פה או בכתב); ניגודי אינטרסים חברתיים וכלכליים סביב רעיון הג'יהאד; דיונים והשקפות בנוגע לטהרה ולכללי שמירת ההיגיינה האישית ועוד.
האסלאם והיהדות במאות הראשונות לאסלאם.
בתחום זה חקר קיסטר את תולדות עיצוב הזהות העצמית האסלאמית מול שאר הדתות המונותיאיסטיות. לכאן שייכים המחקרים על מקומן של אגדות ממקור יהודי במסורת האסלאם, כגון אלה העוסקות באדם הראשון, יחס האסלאם למכלול האגדות השאובות מן היהודים, והאופן שבו התמודדו המנהיגים הדתיים עם השפעתם של מנהגים יהודיים על עדת המאמינים.
המקומות הקדושים באסלאם: המתח בין מקומות קדושים באזורים שונים של המדינה האסלאמית.
בכך עוסק מאמרו "anctity Joint and Divided: On Holy Places in the Islamic Tradition" ובמיוחד בין ארץ ישראל (ירושלים) וערב.
מועדים קדושים: תולדות קדושתם הקדם-אסלאמית והאסלאמית של חודשים בלוח השנה הערבי.
קיסטר עסק בחודש רג'ב ובחודש שעבאן.
אמה (ספר)