בפלורידה, מדינה בה לא היו מועדוני NBA, התחרו קבוצות משקיעים מאורלנדו, טמפה/סיינט פיטרסברג, ומיאמי על הזכות לארח מועדון החבר בליגת ה-NBA. לבסוף רשות הספורט של מיאמי לאגד קבוצת משקיעים בהובלת שחקן היכל התהילה, בילי קנינגהם וסוכן הספורט לשעבר (וחבר ילדות של קנינגהם), לואיס שאפל, שקיבלו את התמיכה הכלכלית מחברת קרניבל קרוז ליינס שבבעלותו של תד אריסון, שיהיה בעל הרוב במניות המועדון. את הפעילות היומיומית של המועדון ניהלו בעל מניות המיעוט מועדון, קנינגהם ושאפל.
בחודש אפריל 1987, החליטה הוועדה להרחבת ליגת ה-NBA על קבלת הצעותיהן של שארלוט ומיניאפוליס. אך הוועדה נחלקה בדעתה בין קבלת הצעתה של העיר אורלנדו להצעתה של העיר מיאמי לגבי הזיכיון השלישי. לבסוף, הוחלט כי ליגת ה-NBA תורחב בארבע קבוצות (ולא שלוש כפי שהוחלט במקור), כאשר שארלוט הורנטס ומיאמי היט יצטרפו בעונת ואילו מינסוטה טימברוולבס ואורלנדו מג'יק יצטרפו בעונה שלאחר מכן, 1989-90. בתחרות שנערכה לבחירת שם המועדון, גבר השם מיאמי היט על השם מיאמי וייס, כשמה של סדרת טלוויזיה מפורסמת מאותו שנים.
השנה הראשונה של המועדון בליגת ה-NBA לא הייתה מוצלחת, עם סגל שחקנים צעיר וצוות מקצועי צעיר. בין השחקנים בעונת הפתיחה ניתן למנות את בחירות הסיבוב הראשון של הדראפט: רוני סייקלי, קווין אדוארדס; את בחירות הסיבוב השני של הדראפט: גרנט לונג וסילבסטר גריי, יחד עם שחקנים ותיקים כרורי ספארו, ג'ון סאנדוולד, פט קמינגס, סקוט הסטינג, דווין וושינגטון ובילי תומפסון. הקבוצה החלה את העונה עם 17 הפסדים רצופים, כולל תבוסה 91–138 ללוס אנג'לס לייקרס של מג'יק ג'ונסון, שהייתה באותו הזמן לתבוסה הגדולה ביותר בתולדות ה-NBA. מיקומם של ההיט בבית המערב-תיכוני של האזור המערבי, למרות מיקומם הגאוגרפי, בחוף המזרחי של ארצות הברית. מיקום זה אילץ את הקבוצה לבצע את מסעות משחקי החוץ הארוכים ביותר בתולדות ליגת ה-NBA; יריבתם הקרובה ביותר בבית המערב-תיכוני הייתה יוסטון רוקטס, הממוקמת יותר מ-1450 קילומטר (כ-900 מייל) מהעיר מיאמי. לבסוף סיימה הקבוצה את העונה הסדירה במאזן 15–67 שיא שלילי של המועדון.
כדי לסייע להיט עם ייצור הנקודות הנמוך שלהם, בחרו ההיט את גלן רייס מאוניברסיטת מישיגן בסיבוב הראשון של הדראפט של שנת 1989, ואת שרמן דאגלס מאוניברסיטת סירקיוז בסיבוב השני. כמו כן עברה הקבוצה לבית האטלנטי באזור המזרח לעונת , שם נשארו למשך 15 עונות. אך ההיט המשיכו להשתרך מאחור ולא הצליחו לנצח יותר משני משחקים ברציפות, שהביא אותם לסיום עגום של העונה הסדירה שלהם במאזן 18–64.
בעונת 1989/1990 הצליחה מיאמי לזכות בבחירה השלישית בדראפט, רק כדי להחליף באמצעות שני טריידים (הראשון עם דנוור נאגטס ובשלב מאוחר יותר גם עם יוסטון רוקטס) כדי לזכות בבחירות התשיעית וה-12, בהן הם בחרו את וילי ברטון ואלק קסלר, בהתאמה. שתי הבחירות התבררו ככישלון חרוץ, כאשר ההיט ניסו להפוך את ברטון, ששיחק במכללות בתפקיד סמול פורוורד, לתפקיד קלע ללא הצלחה יתרה וקסלר הוטרד על ידי בעיית פציעות ולא היה מסוגל פיזית להפוך לפאוור פורוורד איכותי ב-NBA.
בעוד רייס, סייקלי ודאגלס הראו כולם שיפור מהעונה הקודמת, הגיעה מיאמי רק למאזן של 24–58 בתום העונה הסדירה ונשארה בתחתית הבית האטלנטי. רות'סטין התפטר מתפקיד המאמן הראשי בסוף העונה, אך בשלב מאוחר יותר חזר אל המועדון לפני עונת כעוזר מאמן.
1991-1995: שנות הבינוניות.
לאחר התפטרותו של רות'סטין, שכרו מיאמי במהלך פגרת עונת את קווין לוגרי, שהיו לו 29 שנות ניסיון בליגת ה-NBA גם כמאמן וגם כשחקן, כדי שישמש כמאמן הראשי החדש של המועדון.
בדראפט של שנת 1991, בחרה הקבוצה את סטיב סמית' מאוניברסיטת המדינה של מישיגן, גארד זריז, כדי שיסדר את משחקם של ההיט שעתה נכנסו לתקופה של קבוצה בעלת סגל בוגר יותר. עם עזרתו של הרוקי סמית', רוני סייקלי, וגלן רייס המנוסה, הצליחו ההיט לסיים מקום הרביעי בבית האטלנטי עם מאזן של 38–44 בתום העונה הסדירה (למרות תבוסה קשה לקליבלנד קאבלירס 148-80), והצליחו להעפיל למשחקי הפלייאוף לראשונה בתולדות המועדון, ובכך הפכו לראשונים מבין ארבע קבוצות ההרחבה שנכנסו לליגת ה-NBA בסוף שנות ה-80 שעשו זאת. בסיבוב הראשון של הפלייאוף נפגשו ההיט עם הקבוצה בעלת המאזן הטוב ביותר בליגה, שיקגו בולס, בסדרה הובסו ההיט בשלושה משחקים וסיימו את דרכם בפלייאוף. סטיב סמית' נבחר לחמישיית הרוקי של העונה וגלן רייס סיים במקום העשירי בטבלת הקלעים של העונה.
בעונת בחרו ההיט את הרולד מיינר מאוניברסיטת דרום קליפורניה, והחליפו בחירת סיבוב ראשון (שהתבררה כבחירה העשירית בדראפט של השנה לאחר מכן) עם דטרויט פיסטונס תמורת הפורוורד/סנטר ג'ון סאלי.
הגעתו של סאלי לוותה בתקוות גדולות, וזאת בעקבות יכולתו בשתי האליפויות הרצופות של הפיסטונס, אך התברר במהרה כי סאלי היה שחקן טוב לקבוצה טובה ומבוססת, אך לא איכותי מספיק כדי לסחוף אחריו קבוצה בינונית כמיאמי היט של אותה התקופה. בסופו של דבר קוצצו דקות המשחק של סאלי, שגרמו לכך שבסופו שלדבר הוא נבחר בידי טורונטו ראפטורס בדראפט ההרחבה של שנת 1995. העונה עצמה החלה בצורה עלובה, כשסמית' מחמיץ משחקים עקב פציעה בברך ובארטון נעדר למשך רוב העונה עקב פציעה בפרק כף היד. עם חזרתו של סמית', הצליחה מיאמי להשיג מאזן חיובי במהלך החודשים פברואר ומרץ, אך לא מספיק כדי להוציא את עצמם מהבור אליו נכנסו בתחילת העונה, מאזן של 13–27. את העונה הסדירה סיימו ההיט במאזן של 36–46 ולא חזרו אל משחקי הפלייאוף.
סגל שחקנים בריא יותר הצליח יותר בעונת , כשההיט הצליחו להשיג את המאזן החיובי הראשון בתולדות המועדון בסופה של העונה הסדירה 40–42 וחזרו אל הפלייאוף כשדורגו במקום השמיני שהוביל אותם למפגש מול אטלנטה הוקס. לאחר שההיט עלו ליתרון 1–2 לאחר שלושה משחקים, הצליחה אטלנטה להתאושש ולנצח את הסדרה בחמישה משחקים. לאחר עונה זו, סטיב סמית' נבחר כחבר בנבחרת החלומות השנייה, אוסף של כוכבי ליגת ה-NBA שנבחרו לייצג את ארצות הברית באליפות העולם בכדורסל 1994, שנערכה בטורונטו, קנדה. נבחרת החלומות השנייה הורכבה בין היתר משחקנים שלעתיד יהפכו לשחקני מיאמי היט - שאקיל אוניל, אלונזו מורנינג, דן מארלי, וטים הארדוויי. הנבחרת המשיכה וזכתה בטורניר.
בעונת , ביצע המועדון שינויים מרחיקי לכת בסגל הקבוצה כאשר החליפו את סייקלי, סמית', וגרנט לונג. ובתמורה הביאו את קווין ויליס ובילי אוונס. כמו כן, באותה התקופה הגיע גם שינוי בבעלות על המועדון. ב-13 בפברואר 1995 קנתה משפחת אריסון, דרך החברה שבבעלותם, קרניבל קרואיז ליינס, את חלקם של קנינגהאם ושאפל. אריסון שעד לאותו השלב היה השותף השקט בפעולות היומיומיות של המועדון. בנו של תד אריסון, מיקי אריסון, מונה לשותף מנהל. הוא מיידית פיטר את המאמן הראשי, קווין לוגרי, והחליפו באלווין ג'נטרי בניסיון לנער את הקבוצה מהמאזן המדשדש של 17–29, איתו פתחה את העונה. ג'נטרי המשיך והשיג מאזן של 15–21 ב-36 המשחקים הנותרים לעונה, שאותה סיימה הקבוצה במאזן של 23–50 בתום העונה הסדירה, 10 ניצחונות פחות מאשר בעונה הקודמת, באותה עונה השיגו ההיט את ניצחונם הגדול בהיסטוריה של המועדון, 126-83 על לוס אנג'לס קליפרס.
1995-2002: הגעתו של פט ריילי.
במהלך הפגרה של שנת 1995, שכרו ההיט את פט ריילי, מי שהיה מאמנם של לוס אנג'לס לייקרס במהלך שנות ה-80, ומאמנם של ניו יורק ניקס בחלק הראשון של שנות ה-90, כדי שישמש נשיא המועדון ומאמן ראשי לאחר שהתפטר מידית לאחר עונת . ריילי הטיל פצצה יום לפני פתיחת העונה, כאשר החליט לשלוח את גלן רייס ומאט גייגר (ועוד אחרים) לשארלוט הורנטס, תמורת הסנטר אלונזו מורנינג. בסערת עסקאות אמצע העונה, רכש ריילי כמה שחקנים נוספים כולל: טים הארדוויי, כריס גאטלינג, ו-וולט ויליאמס. ההיט סיימו את העונה במאזן חיובי כאשר מורנינג נמצא בין השחקנים המובילים בנקודות ובריבאונדים, אך הובסו בידי שיקגו בולס שסיימו את העונה עם המאזן הטוב ביותר בליגה, 72-10, בשלושה משחקים.
עונה לאחר מכן, היו ההיט להפתעת העונה, ולקבוצה המשתפרת ביותר בליגה, כאשר הם הצליחו להשתפר ב-19 ניצחונות לעומת העונה הקודמת, כאשר הם זוכים בתואר הראשון שלהם בבית האטלנטי עם מאזן של 21–61. תפקיד מרכזי בהצלחה נטלו השחקנים החדשים שהצטרפו לסגל הקבוצה: דן מארלי, פי. ג'יי. בראון, ג'מאל משבורן, ו-וושון לנארד. הם הצליחו לגבור על קבוצתו לשעבר של פט ריילי, ניו יורק ניקס, בשבעה משחקים, לאחר שכבר פיגרו 1–3 בסדרה. הניצחון בסדרה הושג בחלקו בשל השעייתם של כמה משחקני הניקס, זאת לאחר שקמו מספסל הקבוצה בשעה שפרצה תגרה בין פי. ג'יי. בראון מההיט לצ'ארלי וורד מהניקס. התגרה פרצה לאחר שבראון, שחקן הוגן בדרך כלל, ביצע עברה קשה על וורד והטיח אותו לפרקט, דבר שהוביל לתגרה בין השניים. למרות זאת, הודחו ההיט מהפלייאוף לאחר שהפסידו לשיקגו בולס בהובלתו של מייקל ג'ורדן, בפעם השנייה ברציפות, לאחר חמישה משחקים, וזאת לאחר שנקלעו לפיגור של 0–3 בתחילת הסדרה, הפעם היה זה בגמר המזרח.
מיאמי היט ציינו עשור להקמת המועדון בעונת וזכו בתואר הבית האטלנטי השני ברציפות שלהם. אך, במה שיהפוך ליריבות מרה, הפסידו ההיט בסיבוב הראשון לקבוצתו לשעבר של מאמנם ריילי, הניו יורק ניקס, וזאת לאחר שמורנינג הפסיד במשחק החמישי והמכריע לאחר שהושעה בעקבות מריבה עם לארי ג'ונסון ומאמן הניקס ג'ף ואן גנדי שנתלה על רגלו של מורנינג בניסיון להתערב במריבה.