ביקורת נוספת שהועלתה לאורך השנים מצד מבקרים שונים היא שישנה הטיה פוליטית ליברלית בערכי ויקיפדיה. ג'ימי ויילס התייחס בעבר לטענה זו באומרו כי "קהילת ויקיפדיה מאוד מגוונת, וכוללת ליברלים, שמרנים, ליברטריאנים וכדומה'" אך מנגד ציין גם ש"קהילת ויקיפדיה היא מעט יותר ליברלית מאוכלוסיית ארצות הברית משום שאנו קהילה גלובלית, וקהילת דוברי האנגלית הבינלאומית מעט יותר ליברלית מאוכלוסיית ארצות הברית, אף על פי שאין נתונים או מחקרים רשמיים שמאמתים זאת". בעבר, בשל התפישה הרווחת בקרב אנשים מסוימים שלערכי ויקיפדיה יש הטיה ליברלית, יצר אנדרו שלאפלי בתגובה את האתר קונסרבפדיה המכיל רשימה של דוגמאות להטיה ליברלית לכאורה בוויקיפדיה. לורנס סולומון מה-National Review התייחס בעבר לערכים בוויקיפדיה כמו התחממות כדור הארץ, תכנון תבוני, ופסק דין רו נגד וייד, על מנת להדגים כיצד ערכים אלו מוטים לטובת הדעות הליברליות אודות הנושאים הללו.
בשנת 2012 ניתחו שיין גרינשטיין ופנג ג'ו את הערכים בוויקיפדיה העוסקים בפוליטיקה האמריקנית. ממחקרם עלה כי ככל שלאותם ערכים תרמו יותר עורכים, כך הם הפכו לפחות מוטים, וכי פחות ערכים מבין הערכים החדשים בוויקיפדיה - אשר ביצירתם היו מעורבים יותר עורכים - היו בעלי "הטיה לצד של המפלגה הדמוקרטית" בהשוואה למה שהיה נפוץ יותר בשנים הראשונות של ויקיפדיה.
הטיה על בסיס גזע / דעות קדומות.
הספרות המחקרית מצביעה על כך שבוויקיפדיה ישנה הטיה אירופוצנטרית והטיה גזעית לפיהן, קיימת עדיפות לפרספקטיבה ולתחומי העניין של האדם הלבן המערבי, לכאורה כתוצאה מכך שמרבית העורכים בוויקיפדיה הם לבנים וחיים במדינות מערביות. נשיא קרן ויקימדיה ג'יימס הייר ציין בעבר שחלק ניכר מההיסטוריה השחורה לא קיימת בוויקיפדיה, משום שערכי ויקיפדיה נכתבים בעיקר על ידי עורכים לבנים. הערכים שקיימים בוויקיפדיה האנגלית על נושאים שקשורים לאפריקה, נערכים בעיקר על ידי עורכים באירופה ובאמריקה הצפונית, ולכן משקפים את הידע שיש להם בנושא ושאותו הם צרכו בעיר מהתקשורת אשר "נוטה להנציח דימוי שלילי" בכל הקשור לאפריקה. מאירה ליריאנו, ממרכז שומבורג לחקר התרבות השחורה טענה בעבר שהמחסור במידע בוויקיפדיה על ההיסטוריה השחורה יוצר את הרושם שלא מדובר בנושא חשוב.
המשורר ההיספני אלחנדרו מרגויה הדגיש בעבר כמה חשוב עבור היספנים להיות עורכים בוויקיפדיה משום ש"זה מקור מידע חשוב ממנו אנשים רבים צורכים מידע".
הזמר הישראלי חנן בן ארי מחה והעביר ביקורת בשירו "ויקיפדיה" על כך שויקיפדיה העברית מכלילה אנשים השייכים למגזרים שונים בישראל, תוך הנצחת דעות קדומות.
הטיה מגדרית וסקסיזם.
ישנה מחלוקת מתמשכת אודות מידת ההטיה המגדרית והסקסיזם בוויקיפדיה. הטענות בדבר הטיה מגדרית בוויקיפדיה מתבססות בעיקר על העובדה שבין 84 ל -91 אחוזים מעורכי ויקיפדיה הם גברים, וכי נתונים אלו לכאורה מובילים להטיה מערכתית. לאורך השנים הועלתה ביקורת על כך מצד כמה עיתונאים ואנשי אקדמיה שטענו שלא רק שחסרות עורכות בוויקיפדיה, אלא גם שהנושאים שזוכים לכיסוי בוויקיפדיה מושפעים רבות מהדומיננטיות הגברית בקרב העורכים.
קרן ויקימדיה מודעת לפער המגדרי ולהשלכותיו והציבה בראש סדר עדיפויותיה את הצורך לצמצם אותו. ב-2011, ויקימדיה שמה לה למטרה להגדיל את שיעור הנשים העורכות בוויקיפדיה בעולם לכ-25% אחוז עד שנת 2015, אולם באוגוסט 2014 הודה מייסד ויקיפדיה, ג'ימי ויילס, כי ויקימדיה נכשלה בכך וכי בכוונתה להכפיל את מאמציה לצמצום הפער. באפריל 2015 החליטה ויקימדיה להשקיע 250,000 דולר במיזם שנועד לצמצם את הפער המגדרי. במאמצים לצמצום הפער נכללים סדנאות עריכה לנשים, במסגרת מיזם ובמסגרת שיתופי פעולה עם מוסדות לימוד ותרבות, תחרויות כתיבה ייעודיות, כינון כנסים והרצאות והעלאת מודעות לנושא בקרב הציבור. בשנת 2014 השקיעה הקרן הלאומית למדע בארצות הברית 200,000 דולר במחקר הפער המגדרי בוויקיפדיה. באותה שנה, בוויקיפדיה העברית החל להשגת מטרות אלו.
סקר העורכים הראשון של ויקימדיה ישראל שבחן את הפער המגדרי בוויקיפדיה העברית נערך במאי 2013 בקרב 320 עורכי ויקיפדיה העברית. הסקר מצא כי שיעור הנשים עומד על 23% ושיעור הגברים על 76%. החוקרת שלומית ליר, שחקרה את הפער המגדרי בוויקיפדיה העברית במסגרת עבודת הדוקטורט שלה, טוענת כי ויקיפדיה העברית משעתקת את ההיררכיה של השפה ושל הערכים הגבריים ומאמצת אותם לתוכה, וכי דיונים בין העורכים הופכים לעיתים לזירות התגוששות. ליר טוענת כי השיח בוויקיפדיה מאוד כוחני ואינו מסביר פנים, והדבר יוצר תחושה לא נעימה בעיקר בקרב עורכות חדשות שמבקשות לתרום אולם נתקלות בתוקפנות. לדבריה, ויקיפדיה העברית, בניגוד לזירות אינטרנט אחרות כמו פייסבוק, יוצרת תחושות ניכור, דחייה ופחד שגורמות לנשים להימנע מתרומה לוויקיפדיה. ב-2011 טען יו"ר עמותת ויקימדיה ישראל, תומר אשור, כי הדומיננטיות הגברית בוויקיפדיה אינה נובעת ממדיניות מפלה אלא מהתרבות הארגונית בוויקיפדיה. לדבריו, תרבות העריכה הלוחמנית והאגרסיבית שקיימת בוויקיפדיה מרחיקה עורכים חדשים, ועוד יותר – עורכות.
סוגיית הפער המגדרי בוויקיפדיה העברית קיבלה חשיפה תקשורתית רבה בספטמבר 2016, לאחר שההיסטוריונית, שרון גבע, טענה לאפליה מגדרית בוויקיפדיה, הפוגעת בערכים שנוצרו במסגרת מיזם שהובילה בשם "מעלים ערך", שנועד ליצור ולהרחיב ערכים על נשים בוויקיפדיה העברית. במסגרת הפרויקט, נוצרו והורחבו כ-80 ערכים על נשים. על חלק מהערכים האחרים התנהל דיון לגבי חשיבותם האנציקלופדית, על חלקם הועלתה הצבעה בה השתתפו העורכים, והוחלט למחוק שני ערכים בטענה כי אין להם חשיבות אנציקלופדיית. חלק מכלי התקשורת הביעו ביקורת כלפי צעד זה וטענו כי ויקיפדיה העברית מוחקת ערכים של נשים וכי היא אינה מכירה בחשיבות האנציקלופדית של נשים. גבע טוענת כי היחס לאותם ערכים משקף את מקומן של נשים בהיסטוריה בכלל ובוויקיפדיה בפרט, ובספטמבר 2016, החליטה להפסיק את הפרויקט לאחר שמאסה לדבריה מהיחס הכוחני, המשפיל והמבזה שהיא וחברי הפרויקט נאלצו להתמודד איתו במשך השנים מצד עורכי ויקיפדיה. מנגד, עורכים ותיקים בוויקיפדיה העברית טענו כי לוויקיפדיה, מעצם היותה אנציקלופדיה, ישנם גבולות וכי לא כל תוכן ראוי להימצא באנציקלופדיה. לדבריו, יצירת ערכים על נשים חסרות חשיבות אנציקלופדיית (עליהן נכתב ערך רק משום שהן נשים) מהווה מעילה באמון הקוראים ופוגעת בנשים שכן זכו לערך בוויקיפדיה בזכות עצמן, ולא רק משום שהן נשים. גרשוני איילהו ביצע ניתוח בוויקיפדיה העברית ומצא כי בממוצע - אורך ערכים על ביוגרפיות של נשים וגברים זהה, וכי שיעור המחיקות של ביוגרפיות של נשים ושל גברים דומה גם כן. בעקבות הסיקור התקשורתי, פורסם בדצמבר 2016 סרטון קצר של הבמאי אלון לוי העוסק בסוגיית הפער המגדרי בוויקיפדיה העברית.
שילוב תוכן ויזואלי שנוי במחלוקת.
לאורך השנים הועלתה ביקורת על כך שבמקרים רבים משולבים בערכי ויקיפדיה תמונות בעייתיות. בוויקיפדיה האנגלית, ובמספר מהדורות אחרות של ויקיפדיה ערכים העוסקים בנושאים כגון צואה, גופה, פין, פות ועירום מוצגות תמונות פוגעניות אשר זמינות לכל מי שיש לו גישה לאינטרנט, כולל ילדים.
בשרתי ויקיפדיה מאוחסנים גם תמונות וקטעי וידאו בעלי תוכן מיני, כגון תמונות וקטעי וידאו של אוננות ושפיכה, איורים של זואופיליה, ותמונות מסרטים פורנוגרפיים. בנוסף לכך ישנם מספר ערכים בוויקיפדיה האנגלית בהם מוצגות תמונות לא מיניות של ילדים עירומים.
בערך בוויקיפדיה האנגלית העוסק באלבום של להקת הרוק הגרמנית סקורפיונס Virgin Killer מוצגת העטיפה המקורית של האלבום, המציג ילדה ערומה. העטיפה המקורית של האלבום הייתה שנויה במחלוקת ולכן לא נעשה בה שימוש במספר מדינות בהן יצא האלבום לשווקים. בדצמבר 2008 הגישה לערך של האלבום Virgin Killer בוויקיפדיה האנגלית נחסמה במשך ארבעה ימים על ידי רוב ספקי האינטרנט בבריטניה לאחר שהארגון Watch Watch Foundation החליט שעטיפת האלבום עלולה להיות בלתי חוקית ועל כן הוסיף את כתובת הערך ל"רשימה שחורה" שהוא מספק לספקי האינטרנט הבריטים.
באפריל 2010 לארי סנגר, מהמייסדים המקוריים של ויקיפדיה, כתב מכתב ל-FBI ובו תיאר את חששותיו מכך שישנם בשרתי ויקיפדיה תמונות של פורנוגרפית ילדים, בניגוד לחוק הפדרלי בארצות הברית. סנגר הבהיר מאוחר יותר כי התמונות לא היו של ילדים אמיתיים, אך אמר כי הם מהווים "ייצוג ויזואלי של התעללות מינית בילדים". סנגר גם הביע חששות לגבי גישה לתמונות הללו בשרתי ויקיפדיה מבתי הספר. דובר קרן ויקימדיה ג'יי וולש דחה בתוקף את ההאשמה של סנגר, ואמר שלוויקיפדיה אין "חומר שנראה לנו בלתי חוקי. אם היה לנו, היינו פועלים להסיר אותו". בעקבות התלונה של סנגר, ג'יימי ויילס מחק תמונות שונות משרתי ויקיפדיה מבלי להתייעץ על כך קודם עם הקהילה. לאחר שהועלתה הטענה כי התמונות נמחקו בחופזה, ווילס ויתר מרצון על כמה מהסמכויות בהן הוא החזיק עד אז כחלק מהסטטוס שלו כמייסד של ויקיפדיה. הוא כתב בהודעה ברשימת הדיוור של קרן ויקימדיה כי הוא החליט לוותר על הסמכויות המסוימות אשר בהן הוא החזיק "כדי לעודד דיון זה על נושאים פילוסופיים / תוכן אמיתי, במקום שהדיון יתמקד בי ועל כך שפעלתי בחופזה". חלק מהתמונות שנמחקו בתקרית זו במהלך 2010 הועלו מאז שוב לשרתי ויקיפדיה.