ריזאל היה מעורב בפעילות המרד המתהווה וביולי 1892 גורש לדפיטן בחצי האי של מינדנאו. שם הוא בנה בית ספר, בית חולים ומערכת אספקת מים, לימד ועסק בחקלאות ובגננות. וכן בגידול אבאקה (צמח ממשפחת הבננות לייצור סיבים) שהיה אז חומר גלם חיוני לחבלים, ושריזאל ותלמידיו נטעו אלפי עצים.
בדפיטן, עשו הישועים מאמץ גדול כדי להבטיח את חזרתו של רזיאל לחיק המסדר שלהם. חברו הטוב ביותר, הפרופסור פרדיננד בלומנטריט, ששמר איתו על קשר יחד עם ידידים אירופאים ומדענים עמיתים שכתבו אליו מכתבים בשפות רבות - הולנדית, צרפתית, גרמנית ואנגלית, אשר הביכו את הצנזורים, שעכבו את העברתם. ארבע שנות גלותו עלו בקנה אחד עם התפתחות המהפכה הפיליפינית מראשיתה ועד התפרצותה, אשר, מנקודת המבט של בית המשפט הוא היה שותף בה. הוא גינה את ההתקוממות, אם כי כל חברי הקטיפונאן הפכו אותו לנשיא כבוד, והשתמשו בשמו לקריאה למלחמה, לאחדות ולחירות. אבל הוא היה ידוע באמונתו כי דרך השלום היא הטובה ביותר למנוע סבל נוסף במדינה וימנע אובדן חייהם של פיליפינים.
מעצר ומשפט.
ב־1896 היה המרד שחולל ארגון הקטיפונאן, ארגון מחתרתי מיליטנטית, שפעל למהפכה מלאה והוכיחה כי היא התקוממות ארצית. ריזאל התנדב קודם לכן לשירות כרופא בקובה וקיבל חופשה כדי לשרת את קורבנות הקדחת צהובה. ריזאל וג'וזפין עזבו את דפיטן ב־1 באוגוסט 1896, עם מכתב המלצה מהמושל בלנקו.
ריזאל נעצר בדרך לקובה ונכלא בברצלונה ב-6 באוקטובר 1896. הוא נשלח בחזרה באותו יום למנילה להעמידו לדין את מעורבותו במהפכה, באמצעות קשריו עם חברי הקטיפונאן. במשך כל המעבר, הוא לא היה משוחרר, שום ספרדי לא הניח עליו יד, והיו לו הזדמנויות רבות להימלט אבל הוא סירב לעשות זאת. בזמן שנכלא בפורט סנטיאגו, הוא הוציא מניפסט והתכחש למהפכה הנוכחית והכריז כי החינוך בפיליפינים והישגים של זהות לאומית הם תנאים מוקדמים לחופש.
ריזאל נשפט בפני בית דין צבאי באשמת הסתה וקנוניה, הורשע בשלוש סעיפים ונידון למוות. בלנקו, שהיה אוהד של ריזאל, נאלץ לעזוב את תפקידו. הארכיבישוף של מנילה מלא את מקומו, כמושל הכללי החדש של הפיליפינים, לאחר שלחץ על המלכה-ריג'נט מריה כריסטינה מספרד, ובכך נחתם גורלו של ריזאל.
ההוצאה להורג.
רגעים לפני הוצאתו להורג ב־30 בדצמבר 1896, על ידי חוליית חיילים פיליפינים של הצבא הספרדי, עמד כוח גיבוי של חיילים סדירים של הצבא הספרדי מוכן לירות בתליינים אם לא ימלאו את הפקודה. המילים האחרונות של ריזאל היו אלה של ישוע המשיח: "consummatum est", הוא סיים.
הוא נקבר בחשאי בבית הקברות פאקו במנילה ללא כל זיהוי על קברו. אחותו נרקיזה סיירה בכל הקברים האפשריים ומצאה את מקום הקבורה. בהנחה שזהו מקום הקבורה, היא שיחדה את השוער לסמן את המקום באותיות "RPJ", ראשי התיבות של ריזאל.
שירו הבלתי מתוארך "מי אולטימו אדיוס", שנכתב ימים ספורים לפני הוצאתו להורג, הוסתר בתוך תנור אלכוהול, ונמסר מאוחר יותר למשפחתו עם חפציו המעטים שנותרו, כולל המכתבים האחרונים שלו. במהלך ביקורם האחרון אמר ריזאל לאחיותיו באנגלית: "יש בו משהו" ובכך הדגיש את חשיבות השיר. הוצאת גופתו באוגוסט 1898, על ידי השלטון האמריקני, גילתה שהוא לא היה קבור בארון. הוא נקבר מחדש לרגלי האנדרטה הנקראת על שמו במנילה.
במכתב למשפחתו כתב: "תתייחסו להורינו הזקנים כפי שתרצו שיטפלו בכם ... אהבו אותם מאוד בשמי ... 30 בדצמבר 1896". הוא נתן למשפחתו הוראות קבורה: "קיברו אותי באדמה, הניחו אבן וצלב עליה, שמי, תאריך לידתי ומותי, אם אחר כך תרצו להקיף את קברי בגדר, אתם יכולים לעשות זאת. אל תערכו לזכרי ימי זיכרון״.
במכתבו האחרון, אל בלומנטריט כתב ריזאל: "מחר בשעה 7, יירו בי; אבל אני חף מפשע המרד. אני הולך למות במצפון שקט". ריזאל נחשב כמהפכן הפיליפיני הראשון, אשר מותו מיוחס כולו לעבודתו כסופר. כתיבתו גרמה להרוס בהצלחה את עליונותה המוסרית של ספרד.
מעמד גבור לאומי.
הבלבול לגבי עמדתו האמיתית של ריזאל לגבי המהפכה הפיליפינית הוביל לשאלה של הכרתו כגיבור לאומי של האומה. ריזאל נעשה גיבור לאומי בעזרת הכוחות האמריקאים שכבשו את הפיליפינים. ב-1901 הציע המושל האמריקאי ויליאם הווארד טאפט, כי ארצות הברית תיזום את הכרזתו של ריזאל כגיבור לאומי בפיליפינים. מאז מותו, ריזאל היה סמל אידיאלי המועדף על הכובשים האמריקאים. הוא דגל בהתנגדות לא-אלימה. רעיונות כאלה לא איימו על השלטון האמריקני ולא שינו את הסטטוס קוו שלהם ככובשים באיי הפיליפינים. ריזאל לא תמך במלחמה לעצמאות בפיליפינים. לאחר מכן, הוועדה בחסות ארצות הברית עבירה חוק מס '346 אשר קבע את יום השנה של מותו של ריזאל כיום זיכרון.
רנטו קונסטנטינו כתב כי ריזאל הוא "גיבור בחסות ארצות הברית" וסומן כגיבור הפיליפיני הגדול ביותר בתקופה הקולוניאלית האמריקאית של הפיליפינים - לאחר שאגינלדו הפסיד במלחמה הפיליפינית-אמריקאית. ארצות הברית קידמה את ריזאל, שייצג את הצד הפוליטי השקט (למעשה, הסתייגות מאמצעים אלימים בכלל) במקום הדמויות הרדיקאליות יותר, שרעיונותיהם יכלו לעורר התנגדות נגד השלטון האמריקני. ריזאל נבחר להנצחה על פני דמותו של אנדרס בוניפסיו, שנראתה "רדיקלית מדי".
מאידך גיסא, ישנם מקורות מצטטים כי אמיליו אגוינלדו, ולא הוועדה הפיליפינית השנייה, שהכירה לראשונה ב-30 בדצמבר את "יום האבל הלאומי לזכרו של ריזאל וקורבנות אחרים של עריצות ספרדית. האירוע הראשון של יום ריזאל התקיים במנילה ב-30 בדצמבר 1898. נראה ששתי הטענות מוצדקת ולכן קשה לקבוע חד משמעית מי יזם את הנצחה. עם זאת, ההיסטוריונים מסכימים כי רוב הפיליפינים לא היו מודעים למהלך חייו של ריזאל שהיה חלק מהעיליתה וחי שנים רבות מחוץ לפילפינים. כתב בעיקר בשפות האליטה על אידיאלים נעלים כמו חירות, בעוד ההמונים היו מודאגים מהפרנסה היומיומית.
תיאודורו אגונצ'ילו סבור שהגיבור הלאומי הפיליפיני, שלא כמו אלה של מדינות אחרות, אינו "מנהיג כוחות השחרור". הוא התכוון כי אנדרס בוניפסיו לא יכול להחליף את ריזאל כדמות של גיבור לאומי.
הערכה של קונסטנטינו ספגה ביקורת על הפולמוסיות שלה ועל אי דיוקים בנוגע לריזאל. ההיסטוריון רפאל פלמה טוען שהמהפכה של בוניפסיו היא תוצר של כתבי ריזאל, ו״על אף שהאקדח של בוניפסיו הניב תוצאה מיידית, העט של ריזאל יצר הישג מתמשך יותר״.
מורשת וזיכרון.
ריזאל היה בן זמנם של גנדי, וסאן יאט סן, וגם הוא דגל בחירות באמצעים של שלום ולא כתוצר מהפיכה אלימה. בד בבד עם הופעתם של אותם מנהיגים, ריזאל החל להביע דעותיו בשירים, בקטעי מחזות. היו אלה רעיונות על הלאומיות המודרנית כאפשרות מעשית באסיה. אין כל ראיות לכך שגנדי או נהרו התכתבו עם ריזאל, וגם לא הזכירו אותו בזיכרונותיהם או מכתביהם.
כדמות פוליטית, ריזאל היה מייסד "La Liga Filipina", ארגון אזרחי שהוליד את הקטיפונאן בראשות אנדרס בוניפסיו, ארגון מחתרתי שהתחיל את המהפכה הפיליפינית נגד ספרד, והניח בסופו של דבר את היסוד לרפובליקה הפיליפינית הראשונה בראשות אמיליו אגינלדו. ריזאל תמך בהשגת הממשל העצמי הפיליפיני בדרכי שלום באמצעות רפורמה מוסדית, ולא באמצעות מהפכה אלימה, ותמך רק ב"אמצעים אלימים כאפשרות אחרונה. ריזאל האמין כי ההצדקה היחידה לשחרור לאומי ולשלטון עצמי היא השבת כבודו של העם: "מדוע לקבל עצמאות, אם העבדים של היום יהיו עריצים של מחר?" באמצעות בחינה מדוקדקת של יצירותיו והצהרותיו, מתגלה ריזאל עצמו כמהפכן. הדימוי שלו כמו ישו הגביר את הערצה המוקדמת אליו.
בכתביו הוא הראה את הפער בין הקולוניאליסטים הראשונים לבין אלה של ימיו, עם העוולות של האחרונים שהולידו את מהפכת הפיליפינים של 1896. הביוגרף האנגלי, אוסטין קואטס והסופר, בנדיקט אנדרסון, מאמינים שריזאל נתן למהפכה הפיליפינית אופי לאומי מובהק; וכי הפטריוטיות של ריזאל ומעמדו כאחד האינטלקטואלים הראשונים של אסיה עוררו השראה לאחרים על חשיבותה של זהות לאומית לבניית האומה.
אנדרסון מציין את שירו האחרון של ריזאל, "Mi último adiós" ("השלום האחרון") כאחת היצירות הלאומיות הפטריוטיות החשובות ביותר שנכתבו בתנועות השחרור באסיה.
השיר הפך ליצירת חובה בבתי הספר בפיליפינים ונלמד כבר יותר ממאה שנה.
כמה שורות מהשיר מוכיחות את עוצמתו:
אבדוקציה
אַבְּדּוּקְצִיָּה (נקראת גם חשיבה אבדוקטיבית, הסקה אבדוקטיבית או רטרודוקציה, ובעברית: אִסְלוּק) היא סוג של הסקה לוגית המתחילה עם תצפית או קבוצת תצפיות ומבקשת למצוא את ההסבר הפשוט והסביר ביותר להן. תהליך זה, שלא כמו דדוקציה, מניב מסקנה סבירה, אך אינו מאמת אותה בוודאות. מסקנות אבדוקטיביות הן, אם כך, מתוארות כבעלות שריד של אי ודאות או ספק, המתבטא בהסתייגויות כגון "הטובה ביותר הזמינה" או "הסבירה ביותר". ניתן להבין את האבדוקציה כהסקה להסבר הטוב ביותר, אם כי לא כל השימושים של המונחים "אבדוקציה" ו-"הסקה להסבר הטוב ביותר" זהים.
בשנות ה-90 של המאה ה-20 כאשר כוח המחשוב גדל, תחומי המשפט, מדעי המחשב, וכן חקר בינה מלאכותית עוררו עניין מחודש באבדוקציה. מערכות המתמחות באבחון משתמשות באבדוקציה לעיתים קרובות.
דדוקציה, אינדוקציה ואבדוקציה.
חשיבה דדוקטיבית (דדוקציה).
חשיבה דדוקטיבית מאפשרת גזירה של formula_1 מ-formula_2 רק כאשר formula_1 הוא תוצאה לוגית פורמלית של formula_2. במילים אחרות, דדוקציה גוזרת את התוצאות של ההנחות. בהינתן שההנחות נכונות, דדוקציה תקפה תבטיח את נכונות המסקנה. לדוגמה, בהינתן ש-"כל אחד יכול לערוך אתרי ויקי" (formula_5) ו-"ויקיפדיה היא אתר ויקי" (formula_6), נובע כי "כל אחד יכול לערוך את ויקיפדיה" (formula_1).