מעשה נוסף אירע בזקנותו של רב יהודה, באחד מבני הישיבה, תלמיד חכם מכובד, שיצאו עליו שמועות רעות שאינו מתנהג כשורה. רב יהודה התלבט: צעד של נידוי (שמתא) קשה במקרה זה, שכן חכמי הישיבה היו זקוקים לאותו תלמיד חכם; ומצד שני השמועות הרעות על מעשיו גורמות לחילול השם. רב יהודה התייעץ עם רבה בר בר חנה, אשר בפיו היה מאמר ששמע מפי רבי יוחנן: "כי שפתי כהן ישמרו דעת ותורה יבקשו מפיהו כי מלאך ה' צבאות הוא", כלומר, אם דומה הרב למלאך ה' – יבקשו תורה מפיו, ואם לאו – אל יבקשו תורה מפיו". רב יהודה נידהו. לאחר זמן חלה רב יהודה, ובאו החכמים לבקרו. ביניהם נכנס אותו תלמיד מנודה. כשראהו רב יהודה – חייך. לתהייתו של התלמיד, ענה: אינני לועג לך, אלא – לקראת הליכתי לעולם האמת דעתי נוחה מכך שלא התחנפתי ולא נשאתי פנים לאיש, אפילו לאדם חשוב כמותך. לאחר פטירתו של רב יהודה הלך אותו תלמיד לבית המדרש וביקש שיתירו לו את הנידוי. בני הישיבה שלחו אותו לארץ ישראל, באמרם שאין בבבל אדם גדול דיו שיוכל להתיר נידוי של רב יהודה. גם בארץ ישראל נתקל בסירוב, שכן רבי אמי ורבי זירא שעו לדבריו של רבי שמואל בר נחמני, שבסימן מיוחד משמים (כפרשנותו של רבי זירא) שהה באותה עת בבית מדרשם לאחר שבמשך מספר שנים הוא לא הגיע לשם: "עמד רבי שמואל בר נחמני על רגליו ואמר: ומה שפחה של בית רבי לא נהגו חכמים קלות ראש בנידויה שלש שנים - יהודה חברינו על אחת כמה וכמה!". מעשה זה מופיע בתלמוד כדוגמה להתנהגות הראויה כלפי תלמיד חכם שסרח.
משפחתו.
רב יחזקאל, אביו של רב יהודה, היה "בעל מעשים", כלומר – אדם שמפורסם במעשיו הטובים, וגם שמואל היה נוהג לעמוד מפניו לאות כבוד. מסופר, שפעם אחת היה רב יחזקאל מלמד את בנו, רמי, משנה במסכת סנהדרין, ורב יהודה תיקן את אביו באחד מטעמי המשנה, באומרו: "אבא, אל תשנה לו (=תלַמד אותו) כך". שמואל העיר לרב יהודה על כך והורה לו שלא להתבטא בלשון כזו כלפי אביו, גם כאשר עליו לתקן את דבריו, משום מצוות כיבוד הורים; אלא בנוסח עדין יותר.
אחיו הצעיר של רב יהודה היה גם הוא מן האמוראים, ונזכר בשם רמי בר יחזקאל. לפעמים היה חולק על רב יהודה בדברי הלכה, ואומר לבני בית המדרש: אל תקשיבו לכללים הללו שכולל יהודה אחי בשמו של שמואל (או רב). לפי גרסה מסוימת בתלמוד היה לו אח נוסף בשם רב כהנא אחוה דרב יהודה.
רב יהודה התייחס אל רעייתו ברגשות מעורבים. מצד אחד, אמר שהיא משמשת כדוגמה לאשה שבעלה מוצא בה קורת רוח, וכאשר לימד רב יהודה לרב יצחק בריה דרב יהודה בנו: . ושאל אותו רב יצחק: "כגון מי?" ענה לו רב יהודה: כגון אימך. מצד שני, כאשר רצה רב יהודה להביא לבנו דוגמה לאשה שעליה נאמר: – הביא כדוגמה את אשתו, אמו של רב יצחק. בתלמוד מוסבר כי היא הייתה כועסת (ועל כך הוזכרה לגנאי), אך הייתה מתפייסת מהר ומעבירה על מידותיה.
כפי הנראה סבר, שגם נשים חייבות במצוות ציצית, שכן מוזכר שהיה מטיל חוטי ציצית גם בבגדיה של רעייתו.
בנו של רב יהודה, רב יצחק בר רב יהודה, נמנה גם עם תלמידיו ואף מסר שמועות בשמו. רב יצחק למד גם אצל רב הונא ואצל רבה בתלמוד מוזכר אמורא בשם רב הונא בר יהודה, תלמידם של רב נחמן ורב ששת, שלמד אצל אביי, ואצל רבא, ויש מן החוקרים שסבורים שהיה בנו של רב יהודה. אחד מבניו של רב יהודה התחתן עם בתו של רב יהודה בר חביבא. עוד מבניו הוא רמי בר רב יהודה.
במקורות מוזכרת נינתו של רב יהודה, חומא, בתו של איסי בנו של רב יצחק בנו של רב יהודה, אשר נישאה לתלמידו של רב יהודה, רחבא. סדר הזמנים מחייב שהדבר היה לעת זקנתו של רחבא. אחר פטירתו של רחבא נישאה חומה לרב יצחק בנו של רבה בר בר חנה, ולאחר שגם הוא נפטר נשא אותה אביי. לאחר פטירתו באה חומא לבית דינו של רבא כדי שיקצוב לה מזונות מנכסיו של אביי.
חבריו ותלמידיו.
מחבריו הגדולים של רב יהודה היה רב הונא, ראש ישיבת סורא. ממקורות שונים בתלמוד הבבלי משתמע שרב יהודה היה תלמיד חבר של רב הונא, ואף הלך אליו להתייעץ עמו. פעמים מספר בתלמוד חולקים רב הונא ורב יהודה ביניהם, לעיתים על מה ששמעו מרבותיהם. רב יהודה היה גדול יותר בחכמה מאשר רב הונא, אבל מכיוון שהוא היה מקורב לבית הנשיא גברה ישיבת סורא שבראשה עמד, ולאחר פטירת רב יהודה עברה גם ישיבת נהרדעא לעמוד בראשותו של רב הונא.
רב יהודה נשא ונתן בהלכה עם חבריו, גדולי דורו, הדור השני של האמוראים. ביניהם מוזכר רב נחמן, רב עינא, רבה בר אבוה, רב מתנה, רב שמואל בר יהודה, עולא ועוד. הכינוי "סבי דפומבדיתא" (זקני פומבדיתא) מכוון לרב יהודה ולרב עינא. לאחר פטירת שמואל שלח רב יהודה שאלות לארץ ישראל, אל רבי אלעזר.
תלמידיו היו גדולי הדור השלישי של האמוראים ומסרו הלכות בשמו. המפורסמים שבהם – רבה ורב יוסף, שכיהנו אחריו כראשי ישיבת פומבדיתא; רבי זירא, רבי אבא, חייא בר רב, רב המנונא, אשיאן בר נדבך (שהיה חתנו של ייבא חמוה דאשיין בר נדבך), רב כהנא, רבין בריה דרב נחמן, ועוד. האמורא רחבא דפומבדיתא היה גם הוא מתלמידיו המובהקים של רב יהודה. הוא מסר בשמו דברי הלכה ואגדה, ואמוראי הדורות הבאים שיבחוהו על שהיה מדייק בלשון רבו ומוסר את הדברים כלשונם בדיוק.
שמשיו של רב יהודה היו אדא דיילא ורב כהנא בר נחוניא.
תורתו והנהגותיו.
מתורתו של רב יהודה מובאים בתלמוד מאמרים רבים, שמספרם מגיע למאות, והם עוסקים בהלכה ובאגדה, ובתחומי משנֶה רבים הנוגעים אליהם; ואף בענייני הטבע והוויות העולם. ברוב מאמריו ציין רב יהודה ממי מרבותיו למד אותם.
לשמה ושלא לשמה.
אחד ממאמריו המפורסמים, המופיע שבע פעמים בתלמוד הבבלי ושלוש פעמים חוּצה לו, הוא "מתוך שלא לשמה בא לשמה". המאמר המלא מופיע במסכת סוטה:
נאמר בתלמוד שרב יהודה היה אדם צנוע, שלא הסיר את גלימתו, עם חוטי הציצית המוטלים בה, במשך כל היום.
רב יהודה גרס ש"לא נברא הלילה אלא לשינה", בניגוד לשיטתו של ריש לקיש, ש"לא נברא הלילה אלא לגרסה (=לימוד)". הוא חיבב את לשון הקודש, מקורה של השפה העברית, ואף בבית המרחץ דיבר בלשון הקודש, ובשיחה עם רב נחמן הוכיח אותו על שאינו מדבר בלשון הקודש אלא בניב הארמי שהיה מקובל במקומו. כמו כן שלל רב יהודה תפילה בשפה הארמית.
רב יהודה עסק גם בהלכות ניחום אבלים ואף קיים בעצמו הלכות אלו בפומבי. הוא פסק, שמת שאין לו מנחמין (פירוש רש"י: שאין מי שיתאבל עליו) - הולכין עשרה בני אדם ויושבין במקומו. כאשר בשכונתו של רב יהודה נפטר אדם, ולא היו לו קרובים שיתאבלו עליו, אסף רב יהודה עשרה אנשים למניין, והם ישבו במקומו של המת. לאחר שבעה ימים נראה המת לרב יהודה בחלום ואמר לו: "תנוח דעתך שהנחת את דעתי". תלמידו של רב יהודה, רחבה (בעל נינתו חומא) מסר בשמו: "כל הרואה המת ואינו מלווהו - עובר משום לועג לרש חרף עושהו".
תפילה וברכות.
רב יהודה התייחס בכובד ראש לתפילה, והיה מכין את עצמו אליה. הוא נהג להתקשט בבגדים נאים לכבוד התפילה, והיה מתפלל בכוונה. היה מכין עצמו לפני תפילתו בחזרה על נוסח התפילה, מפני שהיה מתפלל אחת לשלושים יום בשל טרדתו בתלמודו.
לדעתו, אין לאדם להתפלל בשפה הארמית, ואכן, התפילות והברכות שחיבר רב יהודה כולן נאמרו בלשון הקודש. את טעם הדבר הסביר לפי מאמר של רבי יוחנן:
רב יהודה חיבר את נוסח ברכת הלבנה, שלפי ההלכה יש לברך פעם בחודש:
חיבר גם את הנוסח של ברכת האילנות, הנאמרת בימי האביב של חודש ניסן:
הנוסח של ברכת האירוסין, וכן נוסח שבע הברכות הנאמרות לחתן ולכלה בשבעת ימי שמחת הנישואין, חוברו גם הם על ידי רב יהודה, אשר הוסיף ששבע הברכות נאמרות רק כאשר משתתפים בסעודה "פנים חדשות", כלומר - אנשים שלא היו נוכחים במעמד החופה.
רב יהודה לימד גם את הלכותיה של ברכת הגומל, ואמר בשם רבו רב: . רב יהודה עצמו הרחיב ולימד את נוסח הברכה - "ברוך גומל חסדים טובים".
בתלמוד מסופר על בצורת שהייתה בימיו. כשיצא רב יהודה לשוק וראה אנשים מזלזלים בלחם וזורקים אותו זה לזה, הקפיד ואמר: כנראה יש שובע בעולם (יותר מדי)! בא רעב. חכמי העיר דיברו עם שמשו, רב כהנא בר רב נחוניא, שיוציא אותו לשוק, כדי שיראה את הרעב שבא לעולם. כשראה רב יהודה את הצער, ביקש משמשו שיחלוץ לו נעליו לאות צער. כשחלץ נעל אחת בא גשם. כשבא לחלוץ את השנייה בא אליהו ואמר: "אמר הקדוש ברוך הוא, אם תחלוץ את הנעל השנייה – אחריב את העולם!" סיפר רב מרי נכד שמואל, שעמד ליד הנהר וראה מלאכים שנדמו כמלחים ממלאים ספינות בחול ונעשה קמח סולת. רב יהודה הורה שלא להשתמש בקמח הזה, מפני שהוא "של מעשה נסים". למחרת הגיע משלוח תבואה גדול ממקום בשם פרזינא, וממנו קנו אנשי פומבדיתא.
יחסו לארץ ישראל ולבבל.
חיבתו של רב יהודה לארץ ישראל הייתה מפורסמת בקרב האמוראים. על כך ניתן ללמוד מדברי רב חסדא בדו-שיח שמצוטט בתלמוד:
באחד ממאמריו באגדה עסק רב יהודה במעלתם המיוחדת של עצי ההסקה של ירושלים לפני החורבן. תלמידו רחבה מסר משמו שאמר: (- ונמצא באוצר המלכה ששמה צימצמאי).
למרות חיבתו של רב יהודה לארץ ישראל, התנגד לעלייה אליה מבבל. הוא פסק כי "כל העולה מבבל לארץ ישראל - עובר בעשה, שנאמר: בבלה יובאו ושמה יהיו עד יום פקדי אותם נאם ה'". מסופר על שניים מתלמידיו המובהקים, רבי אבא ורבי זירא, שהשתמטו ממנו ועלו לארץ ישראל בלי להודיע לו ולהיפרד ממנו, מחשש שימנע מהם לעלות.