כוח משימה ג', פלוגת חי"ר מחטיבת גבעתי, בפיקוד שמואל גולדברג, נבחרה להשתתף במבצע כדי לתת לחייליה ומפקדיה ניסיון קרבי וכדי להעלות את המורל בחטיבה. הכוח יצא בשעה 19:00 מעין גב לעבר מוצב נוקייב. הכוח טיפס על הרכס עליו נמצא המוצב. בעת שהתקרב אל המוצב נפלט לחייל ישראלי כדור והכוח התוקף נאלץ להתחיל בהסתערות לפני המועד המתוכנן. בהסתערות ובפריצת הגדרות נפצע חייל בחוליית הפריצה ונהרג מפקד חוליה נוספת. מפקד הכוח שינה את כיוון ההסתערות ותוך העזרות בחיפוי של כוח נוסף, כבש את המוצב. כוח זה היה האחרון שהתפנה מאזור הפעולה, בשעה 04:00, תוך שאבטח נתיב נסיגה חלופי לכוח שפעל בכורסי ופונה דרך הים.
כוח משימה ה', מחלקה בפיקוד אריה בירו, יצא רגלית מעין-גב בשעה 17:00 כשמטרתו הצבת חסימה באזור הכפר סקופיה, הנמצא במחצית הדרך שעלתה לרמת הגולן בתוואי ואדי סמק (נחל סמך). החסימה התמקמה 200 מטר צפונית לכפר והצליחה לבלום כוח סורי רגלי שחש לאזור הלחימה. 7 חיילים סורים נהרגו ו-6 נפצעו במטח האש הראשון מהמארב הישראלי. הקצין הסורי שנפצע במטח פצע חייל ישראלי ונורה ונהרג. הכוח הישראלי שינה עמדה ועבר מערבה אך נתגלה והחל לסגת תוך שמיקם חסימה חדשה במורד הדרך לכורסי. בשעה 01:30 החל בנסיגה אל חוף הכנרת אך נתגלה ונפתחה עליו אש. הכוח הצליח להיחלץ ופונה דרך הים בשעה 03:30.
כוח משימה ו', בפיקוד יאיר תל-צור, נתקל בקושי מכיוון בלתי צפוי כשנפתחה עליו אש ממוצב קטן של אנשי המשמר הלאומי הסורי בכפר נוקייב. מהאש נהרג חייל צה"ל, אולם הכוח הצליח להשתלט במהירות על הכפר הקטן. עם התפתחות המבצע מילא הכוח את משימתו כשפינה פצועים, חלק מהשבויים ונשק שלל אל עין-גב. בזמן נסיגת הכוח דרומה נפתחה עליו אש סורית ממוצבים שעל מורדות הגולן. בעת שהתקרבו לעין-גב נפתחה על הכוח ועל הקיבוץ אש מרגמות 81 מ"מ מכיוון ביר שקום שמצפון לסוסיתא. מאש זו לא היו נפגעים ישראלים. בתגובה לאש המרגמות הסורית פתחה יחידת מרגמות 120 מ"מ של צה"ל באש על מקורות הירי הסוריים. האש הישראלית הייתה יעילה אך במהלכה התפוצצה פצצת מרגמה באחד הקנים וכתוצאה מכך נהרג חייל צה"ל.
שני לוחמים בצה"ל עוטרו על פעולותיהם במבצע "עלי-זית": מאיר הר-ציון קיבל צל"ש, שהומר בשנת 1973 בעיטור העוז, ועובד לדיז'ינסקי עוטר אף הוא בצל"ש שהומר ב-1973 לעיטור העוז.
הסורים הוכו במבצע מכה קשה. אבדותיהם הסתכמו ביותר מחמישים הרוגים ובשלושים שבויים (אחת ממטרות הפעולה הייתה לקיחת שבויים על-מנת לפדות את חיילי צה"ל שהוחזקו בירדן ובסוריה). אבדות צה"ל היו שישה הרוגים וארבעה-עשר פצועים. הפעולה הייתה כה מוצלחת עד כי ראש הממשלה דוד בן-גוריון טען כי "הפעולה הייתה יותר מדי טובה". זאת בשל הגינוי שספגה ישראל באו"ם בשל מה שנחשב להפעלת כוח מוגזמת. חילופי השבויים התקיימו ב-29 במרץ 1956.
התגובות למבצע.
פעולת כנרת גררה בעולם תגובות נגד קשות. העיתונות גינתה אותו בכל תוקף ומבחינות רבות היא ציירה את ישראל כמדינה שוחרת מלחמה ואלימות. בעולם לא נתפס ההקשר הישיר בין תקריות הירי על דייגי הכנרת לבין הפעולה. פעולותיה של המדינה גרמו לזעם רב גם בקרב הממשלות השונות שביקשו למחות על חימום הגבול הצפוני.
בישראל התנהל ויכוח שנסב בעיקר סביב עיתוי הפעולה. משה שרת, שר החוץ זעם על עיתוי המבצע שהתרחש בעת שהוא שהה בארצות הברית בניסיון לשכנע את השלטונות האמריקניים לספק לישראל נשק. הוא טען שפעולה שנעשתה ללא התגרות ערבית קודם לה מציגה את ישראל כמדינה מחרחרת מלחמה ומסכנת אותה באי-תמיכת המעצמות במקרה של מלחמה. דוד בן-גוריון, ראש הממשלה, דחה את טענותיו של שרת ושל אחרים וטען כי "אם נירתע מקושי זה ־ מסופקני אם נוכל לקיים המדינה, ליישב הדרום, ולשמור על הגבולות ולהבטיח חיי אזרחינו." כמו כן, ענה בסרקזם לביקורתו של עיתון "הארץ": ״אני יודע שיש הבדל בין בעלי עיתון חשוב וסופריו - ובין דייגים בכנרת [...] אבל ממשלת ישראל חייבת להגן גם על חיי דייג פשוט." עם זאת, גם בן-גוריון הודה לבסוף, במכתב שכתב לאבא אבן, שבחירת עיתוי והיקף הפעולה היו שגויים.
מרדכי בר-און מונה שלוש השפעות חיוביות למבצע מבחינת האינטרסים הביטחוניים של ישראל:
טליראן
אפיטופ
אפיטופ, הידוע גם כקובע אנטיגני, הוא החלק באנטיגן המוכר על ידי מערכת החיסון, במיוחד על ידי נוגדנים, תאי B או תאי T. לדוגמה, האפיטופ הוא החלק הספציפי של האנטיגן שאליו נקשר נוגדן. החלק של הנוגדן הנקשר לאפיטופ נקרא פאראטופ (paratope) . אפיטופים הם בדרך כלל אנטיגנים, אך לעיתים הם גם רצפים הנגזרים מהמארח, שניתן לזהותם (כמו במקרה של מחלות אוטואימוניות).
האפיטופים של אנטיגנים חלבונים מחולקים לשתי קטגוריות, אפיטופים קונפורמציים ואפיטופים ליניאריים, בהתבסס על המבנה שלהם ועל האינטראקציה עם הפאראטופים. אפיטופים קונפורמציים וליניאריים מקיימים אינטראקציה עם הפאראטופים בהתבסס על הקונפורמציה התלת-ממדית שאומצה על ידי האפיטופ, אשר נקבעת על ידי תכונות פני השטח של שאריות האפיטופ המעורבות והצורה או המבנה השלישוני של מקטעים אחרים של האנטיגן. אפיטופ קונפורמציה נוצר על ידי קונפורמציה תלת-ממדית שאומצה על ידי אינטראקציה של שאריות חומצות אמינו לא סמוכות. לעומת זאת, אפיטופ ליניארי נוצר על ידי הקונפורמציה התלת-ממדית שאומצה על ידי האינטראקציה של שאריות חומצות אמינו רציפות. אפיטופ ליניארי אינו נקבע רק על ידי המבנה העיקרי של חומצות האמינו המעורבות. שאריות המאגדות שאריות חומצות אמיניות מסוג זה, כמו גם שאריות חומצות אמיניות רחוקות יותר של האנטיגן, משפיעות על יכולתן של שאריות המבנה הראשוני לאמץ את הקונפורמציה התלת ממדית של האפיטופ. שיעור האפיטופים שהם קונפורמציה אינו ידוע.
תפקוד.
אפיטופים של תאי T.
אפיטופים של תאי T מוצגים על פני השטח של תא המציג אנטיגן, שם הם קשורים למולקולות שמקודדות על ידי קבוצת הגנים MHC. בבני אדם, תאים המתמחים בהצגת אנטיגן מתמחים בהצגת פפטידים מסוג MHC II, ואילו רוב התאים הסומטיים הגרעיניים מציגים פפטידים מסוג MHC Class I. אפיטופים של תאי T המוצגים על ידי מולקולות MHC Class I הם בדרך כלל פפטידים באורך של 8 עד 11 חומצות אמינו, ואילו מולקולות MHC Class II מציגות פפטידים ארוכים יותר, 13–17 חומצות אמינו באורך, ומולקולות MHC שאינן קלאסיות מציגות גם אפיטופים שאינם פפטידים, כגון גליקוליפידים.
אפיטופים של תאי B.
החלק של האנטיגן שאימונוגלובולין או נוגדנים נקשרים אליו נקרא אפיטופ של תאי B. בדומה לאפיטופים של תאי T, ניתן לחלק את האפיטופים של תאי B לשתי קבוצות: קונפורמציים או ליניאריים. אפיטופים של תאי B הם בעיקר קונפורמציים. ישנם סוגים נוספים של אפיטופים כאשר לוקחים בחשבון את המבנה הרביעוני. אפיטופים שמוסווים כאשר יחידות יחידות חלבון מצטברות נקראים קריפטוטופים. ניאוטופים הם אפיטופים שמזוהים רק בעודם במבנה רביעוני ספציפי ושאריות האפיטופ יכולות להקיף מספר יחידות משנה של חלבונים. ניאוטופים אינם מזוהים ברגע שמתנתקות תת-היחידות.
פעילות צולבת.
לאפיטופים יש לפעמים פעילות צולבת. נכס זה מנוצל על ידי המערכת החיסונית לשם ויסות על ידי נוגדנים אנטי-אידיוטיפיים (תאוריה של חתן פרס נובל נילס קאי ירנה, ). אם נוגדן נקשר לאפיטופ של אנטיגן, הפאראטופ עלול להפוך לאפיטופ של נוגדן אחר שייקשר אליו. אם הנוגדן השני הזה הוא מסוג IgM, קשירתו יכולה לווסת את התגובה החיסונית; אם הנוגדן השני הוא מסוג IgG, קשירתו יכולה להפחית את הוויסות של התגובה החיסונית.
מיפוי אפיטופים.
אפיטופים של תאי T.
ניתן לחזות הופעתם של אפיטופים מסוג MHC I ו- II באופן אמין באמצעים חישוביים בלבד, אם כי לא כל אלגוריתמי החיזוי באין סיליקו של epitope בתאי T שווים בדיוק שלהם. ישנן שתי שיטות עיקריות לחיזוי קשירת פפטיד-MHC: חיזוי מונחה נתונים וחיזוי המבוסס על מבנה. שיטות מבוססות מבנה דוגמות את מבנה הפפטיד-MHC ודורשות כוח חישוב רב. לשיטות מבוססות נתונים יש ביצועי חיזוי גבוהים יותר מאשר לשיטות מבוססות מבנה. שיטות מבוססות נתונים מנבאות קשירת פפטיד-MHC על בסיס רצפי פפטיד הקושרים מולקולות MHC. על ידי זיהוי אפיטופים של תאי T, מדענים יכולים לעקוב אחר תאי T, לאפיין פנוטיפים שלהם ולעוררם.
אפיטופים של תאי B.
יש שתי שיטות עיקריות למיפוי אפיטופים: מחקרים מבניים או פונקציונליים. שיטות למיפוי מבני אפיטופים כוללים קריסטלוגרפיה בקרני רנטגן, תהודה מגנטית גרעינית ומיקרוסקופ אלקטרונים. קריסטלוגרפיה בקרני רנטגן של מבני Ag-Ab נחשבת לדרך מדויקת למיפוי מבני של אפיטופים. באמצעות תהודה מגנטית גרעינית ניתן למפות אפיטופים על ידי שימוש בנתונים אודות מבנה Ag-Ab. שיטה זו אינה דורשת היווצרות גבישים אך יכולה לעבוד רק על פפטידים וחלבונים קטנים. מיקרוסקופ אלקטרונים הוא שיטה ברזולוציה נמוכה שיכולה למקם אפיטופים על אנטיגנים גדולים יותר כמו חלקיקי נגיף.
שיטות למיפוי פונקציונלי של אפיטופים משמשות לעיתים במבחני קשירה כגון תספיג חלבון, נקודת כתם ו / או ELISA לקביעת קשירת נוגדנים. שיטות נוספות בוחנות אם שני נוגדנים חד-שבטיים (mAB) יכולים להיקשר לאנטיגן בו זמנית או להתחרות זה בזה כדי להיקשר באותו אתר. טכניקה נוספת כוללת מוטגנסיס בתפוקה גבוהה, אסטרטגיית מיפוי אפיטופים שפותחה כדי לשפר מיפוי מהיר של אפיטופים קונפורמציים על חלבונים מורכבים מבחינה מבנית. מוטגנסיס משתמשת במוטציות אקראיות / מוכוונות אתרים, בשאריות יחידות, לשם מיפוי אפיטופים. ניתן להשתמש במיפוי אפיטופים של תאי B לפיתוח תרופות נוגדניות, חיסונים מבוססי פפטיד וכלים אימונו-דיאגנוסטגיים.