א. תפישת המלחמה המצרית (הקונספציה המצרית והקונספציה הישראלית): עד שמרואן החל להעביר את הפרוטוקולים של ישיבות הפורומים הביטחוניים המרכזיים במצרים, כולל ישיבות מטכ"ל והדיונים של סאדאת עם ראשי צבאו, היה ברור כי מצרים תתקשה לצאת למלחמה מבלי שהשיגה ציוד מסוים שיאפשר לה לחצות את תעלת סואץ ולהתקדם לעומק סיני. מהמסמכים שמסר, כמו גם מהפרוטוקולים של השיחות החשאיות בין הצמרת המצרית למנהיגי ברית המועצות, היה ברור מה נדרש בראיית המצרים כדי לצאת למלחמה: בראש ובראשונה ציוד גישור רב וציוד אחר כולל ציוד אלקטרוני, מטוסי תקיפה ארוכי טווח שיוכלו לתקוף את בסיסי חיל האוויר בישראל (כפי שישראל תקפה את המצרים ב-1967), וטילי קרקע-קרקע שירתיעו את ישראל מתקיפת מטרות בעומק מצרים, כפי שעשתה במהלך מלחמת ההתשה. לאחר מינויו של אלי זעירא לתפקיד ראש אמ"ן התקבעה באמ"ן "הקונספציה" לפיה מצרים לא תצא למלחמה לפני שתשיג מטוסי תקיפה ארוכי-טווח וטילי "סקאד". בתחילת יוני 1973 הבהיר מרואן כי המצרים נואשו מהשגת המטוסים ולא רואים עוד בהשגתם משום תנאי ליציאה למלחמה. זמן קצר לפני כן הוא מסר כי ברית המועצות הסכימה למכור טילי "סקאד" למצרים. מסיבות שאינן ברורות עד היום אמ"ן לא קיים דיונים על מידע חדש וקריטי זה שהצביע על כך ש"הקונספציה" כבר אינה רלוונטית. זעירא כמו גם ראש ענף 6 האחראי על מצרים באמ"ן/מחקר המשיכו לדבוק בה ממש עד שהחלה המלחמה.
ב. תוכניות המלחמה המצריות: אמ"ן התכונן ללחימה המצרית על פי התוכנית הדו-שלבית. אמ"ן הוציא מסמך ראשון על התוכנית החד שלבית רק רבע שעה לפני פרוץ המלחמה. בימים הראשונים של המלחמה אמ"ן התעלם מהתוכנית החד שלבית והעריך את מהלכי צבא מצרים לפי התוכניות הישנות. המתקפה המצרית של 14 באוקטובר, שבו הוכה השריון המצרי קשות פורש כתואם את התוכנית הדו-שלבית.
למעט כמה שינויים קטנים, התוכנית שמסר מרואן באפריל 1973 בוצעה במדויק ב-6 באוקטובר 1973.
הערכת תוכנית המתקפה בסיני.
אמ"ן עקב אחרי תרגילי המלחמה המצריים לכיבוש סיני (תרגילי "תחריר") מאז 1969. על בסיס מעקב זה גיבשו אנשי המחקר באמ"ן הערכה מפורטת של תוכנית ההתקפה המצרית בסיני. מאז הוחל בהפעלתו העביר מרואן למפעיליו את תוכנית המלחמה המצרית הבסיסית ("גרניט") על גלגוליה השונים וזו תאמה גם את מתווה המלחמה שגובש באמ"ן. על פי מתווה זה, המתקפה המצרית הורכבה משני שלבים: חציית התעלה וכיבוש השטח ממזרח לה עד עומק של כעשרה קילומטר באמצעות חמש דיוויזיות חי"ר, וצליחת התעלה ומתקפה לעומק סיני באמצעות דיוויזיות השריון 4 ו-21 וכוחות נוספים. ב-16 באפריל 1972 הוציא אמ"ן מסמך של 40 עמוד בתוספת מפות שתיאר את התוכנית המצרית.
כאשר הורה סאדאת לצאת למלחמה בלי להמתין לאמצעי לחימה, שונתה תוכנית המלחמה המצרית ויעדיה הטריטוריאליים הפכו לצנועים הרבה יותר. מי שהעביר את המידע החשוב ביותר על כך היה מרואן. אף כי אין סימן שהתוכנית החדשה נדונה באמ"ן/מחקר, ראש המוסד גורס כי על פי מידע שהתקבל מסוף 1972 ובאופן מלא יותר בפברואר 1973, הוא הסביר לגולדה מאיר, הממונה הישירה עליו, את מתווה המלחמה המצרי העדכני. במרכזו עמד "כיבוש הגדה המזרחית של תעלת סואץ עד כעשרה קילומטרים מהתעלה והתבססות בכוח גדול, שיכלול ... אמצעים ללוחמה נגד שריון, ובייחוד בטילי הסאגר שהיה ברשותם בכמויות גדולות מאוד... לבלימת התקפות הנגד של צה"ל בכלל וגרימת אבדות מרביות לכוחות הישראלים התוקפים בפרט." רק לאחר השגת יעדים אלה, היו המצרים מוכנים לשקול אפשרות של העברת דיוויזיות השריון מזרחה ופתוח מתקפה לעומק של 30 קילומטר בתוך סיני. אמ"ן התעלם לאורך כל הדרך ממתווה המלחמה החדש שהעביר מרואן. דקות לפני פרוץ המלחמה, הפיץ אמ"ן/מחקר לקט שקבע, על בסיס המידע שמרואן מסר בלילה לזמיר, כי יעד המלחמה המצרי הוא "כיבוש הגדה המזרחית של התעלה עד לעומק של כעשרה קילומטרים. לאור התוצאות ייקבע ההמשך. בכל אופן אין כוונה להגיע בשלב ראשון למְצרים [מצרי הגידי והמיתלה]."
למרות זאת, עם פתיחת המלחמה התעלמו אנשי אמ"ן ממידע עדכני זה וחזרו להעריך את מהלכי המצרים לפי מתווה תוכניות "גרניט" שאבד עליהן הכלח. בגלל הציפייה לחציית דיוויזיות השריון סמוך לפתיחת המלחמה, אמ"ן פרש כל סימן לאפשרות כזו כחציה בפועל והכנה למתקפה לעומק סיני. בפועל הן לא חצו ולא הייתה כוונה מצרית, לפחות בטווח הזמן המידי, לבצע את השלב השני בתוכנית המלחמה. רק לקראת סוף היום השני למלחמה החל אנשי אמ"ן להבין כי הערכתם לפיה דיוויזיות 4 ו-21 עומדות לחצות בהקדם את התעלה ולפתוח במתקפת שריון לעומק סיני היא מוטעית.
הערכת הקונספציה.
את שורשי התפישה הישראלית לפיה המצרים מבינים כי לא יוכלו לחצות את התעלה בלי לנטרל את עליונות חיל האוויר הישראלי, ניתן לאתר כבר בדיוני המטכ"ל על אפשרויות חידוש האש בסוף 1968. מרואן העביר פרוטוקולים של ישיבות שונות, כולל פגישות צמרת של סאדאת עם הנהגת ברית המועצות במוסקבה, דיונים בין שרי המלחמה והרמטכ"לים של שתי המדינות, ישיבות מטכ"ל מצריות ועוד, אשר איששו פעם אחר פעם את תקפותה של ההנחה הישראלית הבסיסית. מהחומר עלה כי בראיית המצרים הם לא יוכלו לצאת למלחמה לפני שישיגו מסה של מטוסי תקיפה שיוכלו לפגוע בשדות התעופה בישראל ו"נשק מרתיע", בעיקר טילי "סקאד" שיוכלו לפגוע בתל אביב ולהרתיע את ישראל מתקיפת מטרות בעומק מצרים. משה דיין העיד על תקפות הקונספציה בשיחה עם רמי טל שפורסמה בידיעות אחרונות (27 אפריל 1997):
לאחר שסאדאת החליט לצאת למלחמה בלי להמתין למערכות נשק אלה, מרואן דיווח על השינוי בתנאי הסף המצריים ליציאה למלחמה. ב-20 במאי הוא מסר דיווח ראשוני על נכונות סובייטית למכור טילי "סקאד" למצרים וב-3 ביוני 1973 הוא מסר כי הגנרלים המצריים אינם רואים עוד השגת מטוסי תקיפה ארוכי-טווח משום תנאי ליציאה למלחמה ותחת זאת הם בונים על מערך הנ"מ ממערב לתעלה שינטרל את עליונות חיל האוויר הישראלי.
למרות מידע ברור זה אמ"ן דבק בקונספציה הבסיסית שלו, לפיה מצרים לא תצא למלחמה קודם שתשיג מטוסי תקיפה ארוכי טווח וטילי "סקאד", ממש עד היציאה למלחמה. ב-17 בספטמבר, פחות משלושה שבועות לפני פרוץ המלחמה, קבע זעירא בדיון מטכ"ל כי מצרים לא תוכל לצאת למלחמה עד 1975, כיוון שהיא לא תשיג את הכמות הנדרשת של מטוסי תקיפה לפני מועד זה. חמש שעות לפני פרוץ המלחמה קבעה הערכת אמ"ן כי "אנחנו מניחים כי הדרג האסטרטגי במצרים וסוריה מודע להיעדר הסיכוי להצליח במלחמה ולסיכונים בכך."
הפצת החומר הגולמי.
החומר ממרואן יצא במתכונתו הגולמית, (חומר "חותל") לתפוצה מצומצמת ביותר ("תפוצה גבוהה") שכללה את ראש הממשלה, גולדה מאיר, שר הביטחון, משה דיין, הרמטכ"ל (חיים בר-לב ואחריו דוד אלעזר) ראש אמ"ן (אהרן יריב ואחריו זעירא), ראש אמ"ן/מחקר, אריה שלו, וראש המוסד, צבי זמיר. קצינים אחרים, בעיקר באמ"ן/מחקר ובלהק מודיעין אוויר (למד"ן) קיבלו רק את המידע שנגע לתחומי אחריותם והופץ תחת כינויי מקור שונים מ"חותל". כך, למשל, ראש ענף 3 (מעצמות) באמ"ן/מחקר ראה חומר שהעביר מרואן ונגע ליחסי מצרים-ברית המועצות, אולם הוא לא קיבל חומר שנגע לתוכניות המלחמה המצריות. ראש למד"ן, רפי הר-לב וראש ענף מחקר בלמד"ן, יהודה פורת, ראו בעיקר חומר שהתייחס לתהליכי ההתעצמות של חיל האוויר המצרי. ראש ענף 6, יונה בנדמן, וראש המדור המדיני שלו, אלברט סודאי, נחשפו לרוב החומר שהעביר מרואן.
ראש המוסד, שהיה שותף פעיל בהפעלת המקור, החליט על מתכונת ה"תפוצה הגבוהה" בשל אמונתו בחשיבות המידע ומתוך רצון למנוע עיבוד של החומר בידי אמ"ן. זמיר היה מודע לכך ששיטת עבודה זו נותנת משקל יתר למקור אחד על פני מקורות אחרים, ואף הסכים, בשלב מסוים, לדרישת ראש אמ"ן, אהרן יריב, להפסיק מתכונת הפצה זו. אולם, אחרי לחץ תקיף של משה דיין, שלא היה מוכן לקבל את מידורו, חודש ההסדר תוך זמן קצר מאוד.
לקראת מלחמת יום הכיפורים.
כאמור, באוקטובר 1972 החליט סאדאת לצאת למלחמה בלי להמתין למטוסים וטילים. מרואן העביר כמה ימים אחר כך, בפגישה שקיים עם ראש המוסד, את פרוטוקול הישיבה בה הודיע סאדאת על החלטתו ומידע נוסף על כך שבכוונת מצרים לחדש את האש. מרואן גם הבהיר כי סילוק הסובייטים ממצרים ביולי 1972 נועד להרחיב את חופש הפעולה המצרי. מקורות מוסד אחרים מסרו אף הם על הכוונה המצרית וב-26 בנובמבר דיווח שר הביטחון דיין בישיבת ממשלה על כך שהגיעו ידיעות על "מגמה המסתמנת במצרים לחדש את האש." ההתרעות נדונו גם ב"מטבח" של גולדה ב-1 בדצמבר ואף כי ההערכה, על בסיס מצב המוכנות המצרית בקו החזית, הייתה שהסיכוי לכך אינו גדול, הרמטכ"ל, שחשש ממלחמה ב-1973, נקט בשורת אמצעים כולל דחיית הכוונה לקצר בחצי שנה את משך השרות של חיילי החובה.