לואיס ג'ונסון נולד ברואנוק, וירג'יניה למרסלוס וקתרין (לבית ארתור) ג'ונסון. את התואר שלו במשפטים הוא קיבל מאוניברסיטת וירג'יניה. לאחר סיום לימודיו הוא עבד כעורך דין בקלארקסבורג, וירג'יניה המערבית. בסופו של דבר פתחה הפירמה שלו, "סטפטאו וג'ונסון" משרדים בצ'ארלסטון, וירג'יניה המערבית ובוושינגטון די. סי. ב-1916 הוא נבחר לבית הנבחרים של וירג'יניה המערבית ושימש כמנהיג הרוב וכיושב ראש ועדת המשפט. במהלך מלחמת העולם הראשונה הוא שירת בצבא ארצות הברית בדרגת קפטן בצרפת, שם הוא חיבר דו"ח מפורט שהוגש למחלקת המלחמה של ארצות הברית על ניהול הצבא ורכש חמרי הגלם. לאחר המלחמה הוא חזר לעבודתו כעורך דין, היה פעיל בארגוני הווטרנים ושימש כמפקד "הלגיון האמריקאי".
עוזר מזכיר המלחמה.
ג'ונסון שימש כתת-מזכיר המלחמה של ארצות הברית בין השנים 1937 – 1940 ובמסגרת תפקידו זה תמך באחידות מערכות ההדרכה והאמונים, בהתחמשות בחדש ובהרחבת פעילות ההתעופה הצבאית. הוא התעמת עם מזכיר המלחמה הבדלן, הארי היינס וודרינג בשאלת הסיוע הצבאי לממלכה המאוחדת. באמצע שנת 1940, לאחר שוודרינג התפטר ולאחר שנפילת צרפת חשפה את המצב הרעוע של ביטחונה של ארצות הברית, מינה הנשיא פרנקלין דלאנו רוזוולט את הנרי סטימסון לתפקיד מזכיר המלחמה במקום את ג'ונסון.
על רקע שאיפתו להתמנות לתפקיד מזכיר המלחמה, חש ג'ונסון שהוא נבגד על ידי הנשיא. במהלך המלחמה הוא לא החזיק בתחומי אחריות משמעותיים בתחום ההגנה, אם כי הוא הסכים עם מדיניותו של רוזוולט בנוגע לגיוס התעשייה למאמץ המלחמתי. מאוחר יותר הוא שימש כאפוטרופוס על נכסי זרים של פעילויותיה בארצות הברית של ענקית תעשיית הכימיה הגרמנית אי גה פארבן. ב-1942 שימש ג'ונסון לזמן קצר כנציגו האישי של הנשיא בהודו, עד שמחלת מעיים שלקה בה אילצה אותו להתפטר מתפקידו ולשוב לארצות הברית.
מזכיר ההגנה.
בבחירות לנשיאות ארצות הברית 1948 היה ג'ונסון מגייס הכספי הראשי של מסע הבחירות של הנשיא הארי טרומן. התברר שהכספים שגויסו היו חיוניים מאוד לניצחונו של הנשיא בבחירות שנערכו בנובמבר. כמי שיצא ובא באופן סדיר בשערי הבית הלבן, גונסון לא רק שהמשיך לגלות עניין בנושאי ההגנה, אלא גם התמודד באופן פעיל על משרת מזכיר ההגנה. הוא גם היה תומך נלהב בשאיפתו של טרומן למתן את ההוצאה התקציבית על ההגנה. לאחר סדרה של עימותים עם מזכיר ההגנה, ג'יימס פורסטל, על הקיצוצים בתקציב ההגנה, ביקש הנשיא טרומן מפורסטל לסיים את תפקידו ובראשית 1949 מונה ג'ונסון תחתיו.
הקיצוצים בתקציב ההגנה.
מזכיר ההגנה ג'ונסון נכנס לתפקידו כשהוא חולק את מחויבותו של הנשיא טרומן ליישם האחדה של הכוחות המזוינים של ארצות הברית ולצמצם בצורה דרסטית את תקציב ההגנה לטובת תוכניות ממשלתיות אחרות. כאחד מאוהדם הנלהבים ביותר של הנשיא טרומן, ראה אותו זה האחרון כמועמד האידיאלי לקדם את מדיניות החיסכון בתקציב ההגנה אל מול ההתנגדות המתמשכת של מחלקת ההגנה ושל הכוחות המזוינים.
לדבריו של ההיסטוריון וולטר להפבר, היה הנשיא טרומן ידוע כמי שהתייחס לבקשות התקציביות הביטחוניות באופן מופשט, מבלי להתייחס לצרכים הנדרשים לאור העימותים הצפויים עם אויבים בפוטנציה. טרומן התחיל את התהליך בהפחתת סך כל התקבולים מהסכום הדרוש לצורכי פנים ומהוצאות תפעול חוזרות ונשנות, וכל ייתרה שנוצרה כתוצאה מכך הועבר מדי שנה לטובת תקציב ההגנה. מלכתחילה יצאו טרומן וג'ונסון מנקודת ההנחה שהמונופול של ארצות הברית על תחום הנשק הגרעיני מהווה הגנה מספקת כנגד כל איום חיצוני. חוסר רצונו של ג'ונסון לתקצב מוכנות קונבנציונלית לצבא, לצי ולחיל הנחתים, גרמו עד מהרה למחלוקות עזות עם בעלי הדרגות הבכירות בכוחות המזוינים. החל משנת התקציב 1948 והלאה התבסס תקציב מחלקת ההגנה על סכום שנקבע בשנת 1947 של 14.4 מיליארד דולר ובהדרגה קוצץ בשנים הבאות, עד ינואר 1950, אז הוא הופחת שוב ל-13.5 מיליארד דולר.
ג'ונסון היה גם תומך בהאחדה של הכוחות המזוינים, שאותה הוא ראה כאמצעי נוסף לצמצום ההוצאה התקציבית. במסיבת עיתונאים שהתקיימה למחרת כניסתו לתפקיד, הוא הבטיח קיצוץ משמעותי במספרן של הוועדות במחלקת ההגנה והוסיף, "במגבלות המתאפשרות על פי החוק, אני מבטיח לכם שתתבצע האחדה באופן היעיל ביותר האפשרי". מאוחר יותר, באחד מנאומיו התכופים בנוגע להאחדה, הצהיר ג'ונסון ש"אומה זו לא יכולה עוד לסבול את ההתנהלות האוטונומית של כל אחד מזרועות הכוחות המזוינים... בזבוז משאביה של אמריקה על מערכת הגנה בזבנית הוא מתכון לאסון עבור אמריקה".
כדי להבטיח את אישור הקונגרס לבקשות התקציביות המוצעות של מחלקת ההגנה, הן הנשיא טרומן והן המזכיר ג'ונסון דרשו הסכמה כללית, אם לא תמיכה מוחלטת, של ראשי המטות המשולבים ושל מפקדי המחלקות הצבאיות האחרים כאשר אלו הגיעו למסור עדות לפני הקונגרס. ב-1948 הצהיר יושב ראש המטות המשולבים, גנרל עומר בראדלי ש"הצבא של 1948 לא יכול לפלס את דרכו מתוך שקית נייר". ועדיין בשנה שלאחר מכן, כאשר שימש בתפקידו תחת ג'ונסון, ביצע בראדלי תפנית בעמדתו ותמך בהחלטותיו של ג'ונסון, ודיווח לקונגרס שהוא יבצע "שירות דוב לאומה" אם הוא יבקש להגדיל את ממדיהם של הכוחות המזוינים. גנרל ג'וזף לוטון קולינס הרחיק לכת אף יותר כאשר העיד בפני ועדת ההקצבות של הסנאט, וציין שהצמצומים של ממשלת טרומן בכוחות המזוינים עשו אותם יעילים יותר.
כבר בתחילה הציע ג'ונסון לאחסן או לגרוט את רוב כלי השייט הקונבנציונליים של הצי ושל הנחתים. זמן קצר לאחר מינויו, קיים ג'ונסון שיחה עם אדמירל ריצ'רד ל. קונולי, וחשף בפניו את גישתו בנוגע לצי ולנחתים ועל הצורך בכוחות לא-גרעיניים:
הן טרומן והן ג'ונסון הדגישו את התנגדותם לקיומו של הצי במסגרת טיפולם בנחתים. לטרומן הייתה סלידה ידועה לחיל הנחתים שהחלה עוד בימי שירותו בצבא בימי מלחמת העולם הראשונה ובאוגוסט 1950 הוא אמר, "חיל הנחתים הוא הכוח המשטרתי של הצי וכל עוד אני מכהן כנשיא הוא ימשיך להיות כזה. יש להם מכונת תעמולה שכמעט זהה לזו של סטלין". ג'ונסון ניצל את גישתו זו של הנשיא כדי לצמצם או לדחות רבות מהבקשות התקציביות של חיל הנחתים. הוא ניסה לפרק את הכוח האווירי של הנחתים על ידי העברת נכסיו לזרועות אחרות והציע את פירוקו ההדרגתי של החיל כולו בסדרה של קיצוצים תקציביים והעברת האחריות הפיקודית של יחידות שונות. ג'ונסון הורה שמפקד חיל הנחתים לא יקבל יותר את אותו סוג של רכב שקיבלו ראשי המטה האחרים ולא יירו לכבודו מטחי כבוד באירועים טקסיים. הוא המשיך והגדיר שבעתיד לא תהיה הכרה רשמית בחגיגות "יום ההולדת של חיל הנחתים". יותר מכך, הוא אסר על מפקד חיל הנחתים להשתתף בישיבות ראשי המטות המשולבים כראש זרוע (כולל ישיבות שעסקו במשימות החיל ומוכנותו).
ג'ונסון קידם בברכה את קבלת התיקונים בחוק ההגנה הלאומי של 1947 ובכינוס של הלגיון האמריקאי הוא "שמח לדווח... ש-80 מהבעיות שהיוו מכשול להאחדה נעלמו מיד כלא היו כאשר הנשיא חתם על החוק שהגדיל את הסמכות ואת האחריות של מזכיר ההגנה". בהאמינו שהתיקונים יסייעו לו להשיג הסכמה לקיצוצים תקציביים נוספים, העריך ג'ונסון ששנה לאחר קבלתם, מחלקת ההגנה תוכל לרשום חיסכון תקציבי של מיליארד דולר לשנה (מאוחר יותר הוא טען שמטרה זו הושגה). אחת מסיסמאותיו הייתה שמשלם המיסים יקבל "שווי של דולר של הגנה על כל דולר שיוצא" על ידי הפנטגון, גישה שזכתה לגיבוי מצדו של הנשיא טרומן.
ג'ונסון לא הגביל את הקיצוצים רק לצי ולחיל הנחתים. הוא הורה לגרוט או למכור לארצות אחרות את כל עודפי הטנקים, ציוד הקשר, נושאי הגיסות וכלי הנשק הקלים שנותרו ממלחמת העולם השנייה, במקום לשלוח אותם לנקודות אחסון. הוא אף התנגד לבקשות התקציביות למאגרי עתודה של קלי נשק קלים ותחמושת אנטי-טנקית או לאימוני רגלים אמפיביים בציוד הנחיתה שהועבר אז מהצי לצבא, וכתוצאה מכך מצבו התחזוקתי של ציוד זה החל להתדרדר. אף על פי שחיל האוויר התמודד באופן יחסי עם מעט יותר ביטולי מיזמים וקיצוצים, סירב ג'ונסון לאשר את דרישותיו של החיל להכפלת מספרם של היחידות המבצעיות עד לפרוץ מלחמת קוריאה והעדיף את צמצום המוכנות האווירית הטקטית על פני קיומם של כוחות מפציצים אסטרטגיים גרעיניים.
מרד האדמירלים.
הקיצוצים בתקציב ההגנה שהוביל ג'ונסון, שהחלו ב-23 באפריל 1949, הואצו לאחר שהוכרז על ביטול של בנייתה של נושאת העל בהדחק של 65,000 טונות והייתה אמורה להיקרא ארצות הברית. צי ארצות הברית תכנן את האונייה במשך כמה שנים ועבודות הבניה כבר החלו. ג'ונסון, בתמיכת רוב דחוק של חברי צוות המטות המשולבים ובתמיכתו של הנשיא טרומן, הדגיש את הצורך בקיצוץ תקציבי. לפחות ברמיזה, ג'ונסון הפיג את תקוות הצי להשתתף במבצעים אוויריים גרעיניים באמצעות שימוש בנושאת המטוסים. הן מחלקת הצי והן הקונגרס לא היו שותפים להתייעצויות בנוגע לביטול מיזם ה"ארצות הברית". התפטרותו הפתאומית של מזכיר הצי, ג'ון סאליבן, המחישה את הדאגה בנוגע לעתידם של חיל הנחתים ושל כוחות האווירייה הימית ונחישותו של ג'ונסון לחסל את השירותים הללו באמצעות תוכנית קיצוצים הדרגתית.