כאשר פיאנה פול שבה לשלטון לאחר הבחירות של 1997, קיבל קוואן את התפקיד החדש והמורחב של שר הבריאות והילדים. הוא תיאר את התקופה הזו כתקופה שבה נתקל במוקשים רבים. במהלך תקופת כהונתו, היה עליו להתמודד עם בעיות של מחסור במיטות אשפוז ושל צפיפות בבתי החולים ועם שביתת אחיות ארוכה ב-1999. בינואר 2000 הועבר קוואן להיות שר החוץ ומבחינתו הייתה העברה זו הקלה עבורו.
שר החוץ.
תקופת כהונתו של קוואן כשר החוץ עמדה בסימן משא ומתן אינטנסיבי להמשך תהליך השלום בצפון אירלנד ובסימן פעילות בינלאומית נוספת, במיוחד כאשר נבחרה אירלנד להיות חברה ב-מועצת הביטחון של האו"ם. ב-2003 היה קוואן קורבן של התקפה אישית מצדו של מנהיג המפלגה היוניוניסטית הדמוקרטית של צפון אירלנד, איאן פייזלי, לשעבר מבקר גלוי של ממשלת הרפובליקה של אירלנד. מול קהל של תומכי מפלגתו ובנוכחות מצלמות טלוויזיה וכתבי רדיו, השמיע פייזלי דברי נאצה על חזותו החיצונית של קוואן ואף העליב את אמו. ב-2004 לקח קוואן חלק חשוב במערכת הבחירות לתפקיד נשיא מועצת אירופה ובהרחבתו של האיחוד האירופי.
שר האוצר.
בעקבות מינויו של צ'ארלי מק'קריווי לתפקיד בנציבות האירופית בספטמבר 2004, מונה קוואן במקומו לתפקיד שר האוצר. ב-1 בדצמבר 2004 הוא הציג את התקציב הראשון שלו שבמסגרתו עלתה ההוצאה הממשלתית ב-9%.
התקציב השני של קוואן ב-2005 התמקד בחבילת סיוע חדשה לילדים ובאמצעים להשבת בעלי הון שהיו פטורים ממס בחזרה למעגל משלמי המס החל מ-2007. הצעדים היו אמורים להוציא 52,000 בעלי הכנסות נמוכות ממעגל משלמי המס ולהעביר 90,000 מבעלי ההכנסות הבינוניות ממעגל משלמי המס במדרגות המס הגבוהות.
התקציב השלישי של קוואן שהוצג ערב הבחירות של 2007 היה אחד התקציבים שבהם ההוצאה הממשלתית הייתה מהגדולות ביותר בהיסטוריה של אירלנד. חבילה של הוצאות על סך 3.7 מיליארד אירו, כללה גידול בקצבאות הגמלאים ובקצבאות הרווחה, הוצאה ניכרת בתחום איכות הסביבה והורדה של מדרגת המס העליונה מ-42% ל-41%. קוואן זכה לביקורת בשל השאננות שהפגין לכאורה בעת המשבר הכלכלי של 2008.
מנהיג פיאנה פול.
במהלך תקופת כהונתו כשר, זוהה קוואן לעיתים קרובות כמועמד המוביל לרשת את ברטי אהרן בתפקיד מנהיג מפלגת פיאנה פול. מעמדו של קוואן התחזק כאשר הוא ירש את מרי או'רורוק בתפקיד סגן מנהיג המפלגה ב-2002. בסופו של דבר, ב-2004, כאשר הוא מונה לתפקיד שר האוצר, נראה היה כי זה קרש קפיצה לשאיפתו להיות ראש ממשלה וב-2007 הוא מונה לתפקיד סגן ראש הממשלה.
ב-4 באפריל 2008, יומיים לאחר שברטי אהרן הודיע על כוונתו להתפטר מתפקידו כראש ממשלה וכמנהיג המפלגה, הוצגה מועמדותו של קוואן לתפקיד מנהיג המפלגה השביעי של פיאנה פול ויום לאחר מכן הוא נבחר כמועמד יחיד. ב-9 במאי, עם כניסת התפטרותו של אהרן לתוקפה, הוא החל לשמש בתפקידו. ב-7 במאי הוצגה מועמדותו של קוואן לתפקיד ראש הממשלה, הוא נבחר על ידי הפרלמנט ברוב של 88 תומכים מול 76 מתנגדים ומונה על ידי נשיאת אירלנד, מארי מקאליס.
ראש ממשלה.
עם בחירתו, הרכיב קוואן קואליציה בשותפות עם מפלגת הירוקים, המפלגה הפרוגרסיבית-דמוקרטית ושלושה חברי פרלמנט עצמאיים. בחירתו במארי קאלהאן כסגנית ראש הממשלה ובבראין לניהן כשר האוצר, זכו לביקורת על כך שבחר בהם למרות חוסר ניסיונם.
אמנת ליסבון.
התנגדותו של ציבור הבוחרים האירי לאשרורה של אמנת ליסבון ב-12 ביוני 2008 נתפסה בתקשורת ועל ידי פרשנים פוליטיים כמחאה אישית כנגד קוואן וכנגד ממשלתו. קוואן עצמו הודה בראיון רדיו ב-12 במאי 2008 שהוא לא קרא את הנוסח המלא של אמנת ליסבון. האמנה אושרה לבסוף על ידי הבוחרים האירים במשאל העם המוצלח על תיקון החוקה באוקטובר 2009.
תקציב 2009.
קוואן הגיש את התקציב של 2009 באוקטובר 2008 והקדים אותו מהמועד הקבוע של חודש דצמבר עקב המשבר הכלכלי העולמי. התקציב, שכונה "הקשוח ביותר מזה שנים", כלל מספר צעדים שנויים במחלוקת, הטלת מיסים ונסיגה מהבטחה למימון חיסונים נגד נגיף הפפילומה האנושי לתלמידות בתי הספר. השלכות נוספות של התקציב כללו הטלת מס שיוטל על כל העובדים מעל רמת הכנסה מסוימת וסגירתם של מספר מתקני צבא על הגבול עם צפון אירלנד.
זעקה ציבורית עלתה נגד ההצעות לקיצוצים בבריאות ובחינוך. פרצו הפגנות של מורים וחקלאים. ב-25 באוקטובר 2008 התאספו מעל 25,000 גמלאים וסטודנטים לאות סולידריות מול משרדי הממשלה בדבלין. בחוגי הכנסייה של אירלנד (הפרוטסטנטית) הייתה אכזבה מהקיצוצים בתקציבי בתי הספר התיכוניים שלהם. דאגה דומה הובעה מצדם של ראשי הכנסייה הקתולית.
נטישה של הקואליציה התחוללה מצדם של חברים מאוכזבים. פרישתם של שלושה חברי פרלמנט מטעם פיאנה פול על רקע הקיצוצים במערכת הבריאות הקטינה את הרוב של הממשלה בפרלמנט ברבע. בנוסף הסיר את תמיכתו מהממשלה אחד מחברי הפרלמנט העצמאיים שהבטיח לתמוך בממשלה לאחר הבחירות של 2007. נאמר ש"התקציב היה תאונה שהייתה אמורה להתרחש בעיתוי כל שהוא".
על פי הסכם היציבות והצמיחה של האיחוד האירופי, נדרשו מדינות האיחוד לשמור על היחס בין הגירעון לבין התוצר המקומי הגולמי שלהן בשיעור של מתחת ל-3% ועל היחס שבין הלאומי לבין התוצר המקומי הגולמי בשיעור של מתחת ל-60%. באוקטובר 2008 פתחה הנציבות האירופית בצעדים כנגד ממשלות שחרגו מהמגבלות. הציפייה הייתה שגרעון של אירלנד יהיה 5.5% ב-2008 ו-6.5% ב-2009. צעדים אלו אילצו את הממשלה לבטל כמה מהשינויים שהוצעו במסגרת התקציב והצביעו על חולשה של הממשלה.
משבר בשר החזיר.
ב-6 בדצמבר 2008, הורתה הרשות לפיקוח על המזון על איסופם והשמדתם של כל מוצרי בשר החזיר שיוצרו החל מ-1 בספטמבר עקב גילוי רמות רעילות של דיאוקסין באחוזים קטנים בבשר חזיר. קוואן אישר בנוסף את הוצאתו המוחלטת של בשר החזיר מהשוק ובתוך ימים היו אלפי מקומות עבודה תחת סכנה עקב הפסקת שחיטתם של חזירים עד להחלטה על פיצוי כספי למגדלים. המשבר עלה למשלמי המיסים האירים כ-180 מיליון אירו. ממשלתו קוואן ספגה ביקורת קשה על תגובתה המוגזמת בטיפול במשבר ומנהיג מפלגת פינה גייל, אינדה קני, הגדיר את תגובתה של הממשלה כ"אסון מוחלט".
הבנק האנגלו-אירי.
משמעות העובדה שהבנק האנגלו-אירי היה חשוף בעיקר להלוואות נדל"ן, בעיקר לקבלנים וליזמים, הייתה שהוא הושפע באופן קשה מההאטה בשוק הנדל"ן באירלנד ב-2008. ב-15 בינואר 2009, לאחר ניסיון להציל את הבנק על ידי הזרמת 1.5 מיליארד אירו, הכריזה הממשלה שהיא תנקוט בצעדים שיאפשרו להעביר את הבנק לבעלות המדינה. חוק הבנק האנגלו-אירי אפשר את העברתן של המניות של הבנק לבעלותו של שר האוצר. המשקיפים טענו שתגובתה של הממשלה הייתה איטית מדי.
תקציב החירום.
תקציב החירום שהוגש באפריל 2009 התייחס לגירעון של 10.75% בתוצר הגולמי המקומי. היוזמות שתוכננו במסגרת התקציב כללו את הכפלתו של מס ההכנסה, את הגדלת המיסוי על סיגריות ועל סולר, את הקמתה של הסוכנות לניהול נכסים שתפקידה היה לפקח על הלוואות שנתנו הבנקים, את חיסולו ההדרגתי עד 2010 של התשלום עבור טיפול בתינוקות, שהיה אמור להיות מוחלף בסיבסוד גני ילדים לילדים בנים 3 ו-4 ואת הפסקת התוספות לתקציב הרווחה למשך שנתיים.
הצבעת אי האמון הראשונה.
התגובות של התקשורת האירית והבינלאומית על התקציב היו חיוביות בעיקרן. העורך הכללי של ה-BBC העיר שממשלת בריטניה צריכה ללמוד מצעדי החירום של ממשלת אירלנד והנציבות האירופית ברכה על התקציב שהיה מבחינתה "פעולה החלטית". יחד עם זאת, התקציב הצליח רק במעט לשפר את מעמדה הפוליטי של ממשלתו של קוואן. לאור הישגיה הגרועים של פיאנה פול בבחירות לפרלמנט האירופי של יוני 2009, בהן היא איבדה מחצית מהמושבים שלה, הגישה מפלגת פינה גייל הצעת אי-אמון כנגד ממשלתו של קוואן. הממשלה שרדה את ההצבעה ברוב דחוק. התמיכה בממשלה המשיכה לרדת. ב-3 בספטמבר פורסם סקר דעת קהל על פיו אחוז שביעות הרצון של הציבור מתפקודו של קוואן יחד ל-15% כש-77% מהציבור אמרו שהם לא מרוצים מתפקודו.
תקציב 2010.
התקציב השלישי של ממשלתו של קוואן בתוך 14 חודשים, שהוגש ב-9 בדצמבר 2009, עמד בסימן התמודדות עם האפשרות שאירלנד תהייה על סף פשיטת רגל. התקציב של 2010 תואר על ידי הפרשנים באירלנד וברחבי העולם במונחים צורמים, שכן 4 מיליארד אירו נמחקו מהגרעון הלאומי. העיתון "אייריש טיימס" הגדיר אותו "כתקציב החמור ביותר בתולדות המדינה". התקציב התאפיין בקיצוצים בתשלומי השכר הציבורי ובתקציבי הרווחה. על פי ה-BBC, הקיצוצים ברווחה לא יושמו באירלנד מאז 1924. הקיצוצים גרמו לסערה בפרלמנט.
בפברואר 2010, הגן קוואן על טענתו שהסוכנות הלאומית לניהול נכסים (NAMA), תרחיב את היקף האשראי שיינתן לכלכלה אף על פי שקרן המטבע הבינלאומית טענה שצעד כזה לא יוביל לשיפור במצב. קודם לכן הוא אמר שהיעד של הממשלה לארגן מחדש את הבנקים בסיועה של NAMA, יזרים יותר אשראי למגזר העסקי. בספטמבר 2009 הביע שר האוצר בריאן לניהן השקפה דומה באומרו כי צעד כזה יקל על העסקים ועל משקי הבית.
הצבעת אי האמון השנייה.
בריאיון לרשת הטלוויזיה RTÉ ב-15 במאי 2010, אמר קוואן שבדיעבד הוא היה צריך להציע את הנהגתו של מס רכוש כדי לצמצם את ממדיה של הגאות בנדל"ן. בתגובה לדברי ההגנה של ראש הממשלה על מעשיו כשר אוצר, האשים אותו מנהיג מפלגת פינה גייל, אינדה קני, שהוא מחפה על חלקו ביצירת המשבר הכלכלי הלאומי. בפגישה עם חברי הפרלמנט הבכירים במפלגתו בקורק, אמר קני שפיאנה פול זורעת פחד בציבור על ידי כך שהיא מעלה את האפשרות של קיצוצים בקצבאות הזקנה. קני טען שהדבר היחידי שקוואן צריך לעשות זה ללכת לבחירות.