בשנת 1269 השתלטו בני גנואה על חופי אבחזיה וראשי השבטים שלטו בפנים הארץ, ובסוף המאה החמש עשרה גירשו הטורקים את בני גנואה. ומאז בהדרגה יחד עם התפרקותה של הממלכה הגאורגית המאוחדת, נכבשה אבחזיה על ידי האימפריה העות'מאנית. בסוף ימי הביניים ובתקופת השלטון העות'מאני באבחזיה היגרו אבחזים רבים כממלוכים למצרים. ההשתלטות העות'מאנית על שבטי ההר הייתה מוגבלת. במהלך שלטונה חלק גדול של תושבי אבחזיה המירו את דתם לאסלאם. נסיכות אבחזיה, שנשלטה על ידי שושלת שרוואשידזה (או שושלת צ'אצ'בה, כפי שמכנים אותה האבחזים), שמרה על האוטונומיה תחת השלטון העות'מאני.
אבחזיה בתקופת האימפריה הרוסית.
התפשטות האימפריה הרוסית, לתוך אזור הקווקז, שהחלה במאה השמונה-עשרה, הביאה לעימותים מתמשכים ברמות נמוכות בין המתיישבים הרוסים לבין השבטים הקווקזיים ילידי המקום. בסופו של דבר התפרצה מלחמת קווקז, שנסתיימה בכיבוש צפון הקווקז ומערב הקווקז על ידי רוסיה. רוב הנסיכויות הגאורגיות סופחו לאימפריה הרוסית בין השנים 1801–1864. גנרל ציציאנוב הביא את אבחזיה תחת חסות המנהל הרוסי, ובשנת 1810 הפכה אבחזיה למדינת חסות של האימפריה הרוסית. במהלך תקופה שנמשכה בין 1829 ועד 1842, היא סופחה לאימפריה הרוסית. אולם רק בשנת 1864, הצליחו הרוסים לבטל את הנסיכות המקומית, שהייתה עדיין תחת שליטה של שושלת שרוואשידזה, ואבחזיה הפכה רשמית לחלק מהאימפריה הרוסית. ב-17 באוגוסט 1866 הוקם "אוטדל סוחומי" (Сухумский отдел).
לאחר המלחמה הרוסית-צ'רקסית, שנסתיימה ב-21 במאי 1864, במשך 14 השנים הבאות, עד ל-1878, גורשו מספר לא ידוע של אבחזים מוסלמים, שהיוו על פי הערכה כ-60% מכלל האוכלוסייה באבחזיה, בתהליך המוג'היריזם, לאימפריה העות'מאנית, יחד עם אוכלוסיות מוסלמיות אחרות בקווקז. חלקים גדולים משטחה של אבחזיה נותרו בלתי מיושבים, ושלטונות רוסיה עודדו הגירה של האוכלוסייה הנוצרית לאבחזיה. במפקד שנערך בשנת 1886 נספרו בשטח אוקרוג סוחומי 67,846 איש. כתוצאה מכך הרבה ארמנים, יוונים ואסטונים (כולם נוצרים) היגרו לאבחזיה ויישבו מחדש חלק גדול מהאזורים שהתרוקנו. גרסה זו של האירועים אינה עומדת בקנה אחד עם גרסת ההיסטוריונים הגאורגים, שטוענים כי שבטים גאורגיים, מגרלים וסוואנים, אכלסו את אבחזיה מאז ימי ממלכת קולכיס. על פי מלומדים גאורגים, האבחזים הם צאצאי שבטים צפון קווקזיים, האדיגים והאפסווה, שהיגרו לאבחזיה מצפון הרי הקווקז והתמזגו באוכלוסייה הגאורגית המקומית. כך או אחרת, בתחילת המאה ה-20, בשנת 1911 נמנו בסוחומי 43,000 תושבים, שני שלישים של האוכלוסייה היו מגרלים ושליש אבחזים. ב-26 בפברואר 1905 הוצא צו על הקמת אוקרוג סוחומי (Сухумский округ).
למרות האיסלמיזציה בתקופה, שאבחזיה הייתה בשליטה של האימפריה העות'מאנית, חלק ניכר מהאוכלוסייה לא המיר את דתו הנוצרית ובקרב האבחזים, שהפכו למוסלמים, האסלאם לא השתרש עמוק והאנשים המשיכו לקיים חלק ממצוות הנצרות לצד מצוות-האסלאם. כל זה הקל מאוד על המסיונרים הנוצרים, שהגיעו אחרי השתלטות האימפריה הרוסית על אבחזיה, להחזיר את האבחזים-המוסלמים לחיק הנצרות האורתודוקסית. מספר לא מבוטל של אבחזים נשארו נאמנים לאמונות הפגניות ולאורך כל ההיסטוריה קיימו את פולחנם במקדשים וממשיכים לקיים ב-5 המקדשים, שפועלים לצד 2 המסגדים פעילים והכנסיות הרבות גם בימינו.
אבחזיה בתקופת השלטון הסובייטי.
המהפכה הרוסית של 1917 הביאה לייסודה של רפובליקה גאורגית עצמאית, הרפובליקה הדמוקרטית של גאורגיה, שהתקיימה עד לשנת 1921. במהלך קיומה של הרפובליקה סבלה המפלגה המנשביקית השלטת בגאורגיה מאי שקט באזור אבחזיה, אף על פי שהייתה לאבחזיה אוטונומיה מוגבלת. בסכסוך סוצ'י (1918-1919) נקבע הגבול המערבי של גאורגיה עם רוסיה, שהוא גם קו הגבול בין אבחזיה לפדרציה הרוסית כיום. בפברואר 1921 פלש הצבא האדום לגאורגיה והביא לקיצה את העצמאות קצרת הימים של הרפובליקה. בעקבות זאת הפכה אבחזיה בתקופה שבין 1921–1931, לרפובליקה סובייטית בשם הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית של אבחזיה (אבחזיה סס"ר). אף על פי שהייתה לאבחזיה אוטונומיה להלכה, היא הייתה כפופה לשלטון הסובייטי המרכזי החזק בגאורגיה. הגאורגית הפכה לשפה הרשמית באוטונומיה. לברנטי בריה עודד את הגירת גאורגים לאבחזיה, ורבים עברו להתיישב בה כולל רוסים.
דיכוי האבחזים הסתיים רק לאחר מותו של סטלין והוצאתו להורג של בריה, וחלקם של האבחזים בממשל הרפובליקה גדל. כמו בכל הרפובליקות האוטונומיות הקטנות בברית המועצות, עודדו הסובייטים את התפתחות התרבות המקומית ובמיוחד הספרות. הוטלו מכסות על בסיס אתני לתפקידים פוליטיים מסוימים, שנתנו לאבחזים מידה של כוח פוליטי שלא היה פרופורציונלי לחלקם היחסי באוכלוסייה. השלטונות הסובייטים פעלו בשיטת "הפרד ומשול", בה קיבלו אליטות מקומיות חלק בשלטון בתמורה לתמיכה בשלטון הסובייטי. באבחזיה, כמו במקומות אחרים בהם הונהגה השיטה, הדבר גרם להתמרמרות, במקרה זה של הרוב הגאורגי.
התפוררות ברית המועצות ועצמאות גאורגיה.
עם תחילת התפוררותה של ברית המועצות בסוף שנות השמונים, צצה מתיחות אתנית בין הגאורגים והאבחזים עקב התקדמותה של גאורגיה לכיוון עצמאות. האבחזים שהתנגדו למהלך חששו כי הכרזה על עצמאות גאורגיה תוביל לחיסול האוטונומיה האבחזית, וטענו כי אבחזיה התבססה כרפובליקה סובייטית נפרדת. הוויכוח הוביל, ב-16 ביולי 1989, למאורעות אלימים בסוחומי.
ב-17 במרץ 1991, הטילה הרפובליקה הגאורגית חרם על משאל עם בשאלה האם לחדש את הקשר בין הרפובליקות הסובייטיות במסגרת ברית המועצות, שהוזמן על ידי מיכאיל גורבצ'וב. אולם 52.3% מאוכלוסיית אבחזיה, המהווים למעשה את כל הלא-גאורגים באוטונומיה, השתתפו במשאל העם, והצביעו ברוב מכריע של 98.6% על שימור מסגרת ברית המועצות. מאוחר יותר, ב-31 במרץ של אותה שנה, החרימו רוב הלא-גאורגים משאל העם על עצמאות גאורגיה, שזכה לתמיכה גורפת של רוב אוכלוסיית גאורגיה. מספר שבועות לאחר מכן, ב-9 באפריל, הכריזה גאורגיה על עצמאותה, בהנהגת הדיסידנט האנטי-סובייטי, זוויאד גמסחורדיה. תחת שלטונו של גמסחורדיה נרגעו הרוחות באבחזיה באופן יחסי, ונחתם הסכם לשיתוף השלטון בין האבחזים והגאורגים, תוך הבטחת ייצוג יתר לאבחזים בבית המחוקקים האבחזי.
תוך זמן קצר נאלץ גמסחורדיה להתמודד מול אופוזיציה חמושה תחת הנהגתו של תנגיז קיטובאני, שהכריחה אותו להימלט מגאורגיה, בינואר 1992, לאחר הפיכה. שר החוץ הסובייטי לשעבר, אדוארד שוורדנדזה, הוזמן לעמוד בראש המדינה. ההפיכה הביאה להתחזקותם של דוגלי הקו הנוקשה בממשלת גאורגיה, שהפכו לבעלי השפעה גדולה אף מזו של שוורדנדזה.
ב-21 בפברואר 1992 הודיעה המועצה הצבאית השלטת בגאורגיה, על ביטול החוקה הסובייטית והחזרת חוקת הרפובליקה הדמוקרטית של גאורגיה משנת 1921. אף על פי שהחוקה החדשה לא אמרה זאת, פירשו אבחזים רבים את ההודעה כביטול מעמד האוטונומיה. ב-23 ביולי של אותה שנה, הכריזה הסיעה האבחזית במועצה העליונה של הרפובליקה הכריז על עצמאות מגאורגיה. הישיבה בה הוכרזה העצמאות הוחרמה על ידי הנציגים שהיו אתנית גאורגים, וההכרזה לא הוכרה על ידי אף מדינה בעולם. ההנהגה האבחזית נקטה במדיניות של נישול הפקידים הגאורגים ממעמדם, תהליך שלווה באלימות. בינתיים חיזק המנהיג האבחזי, ולדיסלב ארדזינבה, את הקשרים שלו עם חסידי הקו הנוקשה בפוליטיקה הרוסית והאליטה הצבאית של רוסיה והכריז כי הוא מוכן למלחמה כנגד גאורגיה.
מלחמת אבחזיה.
בתחילת אוגוסט 1992 השתלטו תומכי גמסחורדיה על מקטע של קו מסילת הברזל העובר בסמגרלו ובאבחזיה והמחבר את טביליסי לרוסיה. בנוסף לכך הם לקחו בשבי מספר פקידים בכירים של הממשל הגאורגי בנפת גאלי, ובכללם שר הפנים הגאורגי, רומן גוונצדזה (რომან გვენცაძე). ההנהגה הגאורגית החליטה על פעולה צבאית לשחרור החטופים וכיבוש המסילה. מאוחר יותר טען שוורדנדזה כי השיג את הסכמת ראש הפרלמנט האבחזי, ולדיסלב ארדזינבה, לפעולה. ארדזינבה מצידו התכחש לדברים.
כתוצאה מההחלטה נכנסו, בלילה של ה-13 באוגוסט 1992, כוחות המשמר הלאומי בפיקוד קיטובאני לאבחזיה, במטרה להשתלט על מסילות הברזל והכבישים הראשיים בנפה. הפעולה הצליחה והשבויים שוחררו. אולם גם לאחר שהושגו מטרות הפעולה המשיך קיטובאני במתקפה, והתקדם לכיוון סוחומי. כוחותיו של קיטובאני נתקלו בהתנגדות עזה ונעצרו. לאחר הפוגה קצרה, ב-18 באוגוסט 1992, חזר קיטובאני עם המשמר הלאומי ותקף את סוחומי. ממשלתו של ארדזינבה נאלצה להימלט צפונה אל העיר גודאותה. שוורדנדזה טען כי קיטובאני פעל על דעת עצמו, ובניגוד להוראותיו. קיטובאני טען כי הססנותו של שוורדנדזה מנעה ממנו להמשיך במתקפה ולכבוש את גודאותה, דבר שהיה עשוי להביא לסיומה של המלחמה בניצחון גאורגי. ישנה גרסה לפיה הרוסים הם שעודדו את קיטובאני במעשיו, על מנת ליצור עימות מזוין בגאורגיה, שיחליש את גאורגיה, ויסייע לאבחזים בהם תמכו. בשלב זה השתלטו כוחות הממשלה הגאורגית על חלקים נרחבים מאבחזיה, אך לא הצליחו לדכא את הבדלנים, והלחימה ברחבי החבל נמשכה.
הממשל דה יורה של אבחזיה.