בניו של נמאניה, הנסיך סטפאן נמאניץ' והנזיר סאבה ניצלו את הבלבול שנוצר בעקבות השכנת האימפריה הלטינית בקונסטנטינופול כדי לארגן באוחריד ארכיבישופות עצמאית. סאבה פנה בשנת 1219 בניקאה אל הקיסר הביזנטי תאודורוס הראשון לסקריס והפטריארך מנואילוס הראשון סרנדינוס שעקרו לשם, וביקש את רשותם להקמת ארכיבישופות סרבית אוטוקפלית. בקשתו אושרה ובאותה שנה סאבה התמנה לארכיבישוף הראשון של הסרבים.
אחרי שובו קבע סאבה את המנזר ז'יצ'ה, מיסודו של אחיו סטפאן נמאניץ' כמושבו הארכיבישופי. אחר כך הקים עשר בישופויות, מתוכן שמונה ברשקה - סטארי ראס, טופליצה, מורביצה, דאבאר, בודימליה, חבוסנו, פריזרן וליפליאן, ועוד אחת בנסיכות זטה, על יד קוטור ואחת בזחלומיה, בסטון. במהלך התפשטות האימפריה הסרבית קמו זו אחר זו בישופויות נוספות בבלגרד, ברניצ'בו, ניש, באנסקה, ולבוז'ד, טטובו ודבאר.
סאבה דאג לקביעת נומוקנון וטיפיקון של המנזרים והקדיש עצמו לחינוך אנשי הכמורה. הוא אסף את דוגמות האמונה בסינדיקון אורתודוקסי. הוא קבע דרכו את תקפותן של תורת אבות הכנסייה ושל החלטות הוועידות האקומניות וגינה שורה של כפירות, לרבות הידועה שביניהן- זו של הבוגומילים
יחד עם סטפאן חיבר סאבה ספר על חיי האבות של הכנסייה ובנה פולחן סביב אישיותו של סטפאן נמאניה המנוח, שהורכז אחרי מותו, תחת שם הנזירות סימאון, לקדוש של הכנסייה.
יריבו המושבע של סאבה היה בזמנו ארכיבישוף אוחריד, דמטריוס כומאטנוס, שגינה את הקמת הבישופות הסרבית כ""בלתי קאנונית". אולם מחאתו של כומאטנוס לא מצא הד רב, במיוחד אחרי שהוא הכתיר את תאודורוס אנגלוס, על אפו וחמתו של פטריארך ניקאה. פרט לכך הפטריארכים האורתודוקסים בירושלים, אלכסנדריה ואנטיוכיה הכירו בארכיבישופות האוטוקפלית של סאבה.
בשנת 1253 נשדד המנזר ז'יצ'ה על ידי בולגרים וקומנים. משום כך עבר מושב הארכיבישוף משם למנזר סבטי ספאס בפץ'.
מנזר פץ' נשאר מושב הפטריארך הסרבי עד לביטול הסופי של הפטריארכיה בשנת 1766, עם הפסקה בשנים 1459-1382 כשבעקבות הסכנה העות'מאנית ישב ראש הכנסייה הסרבית בז'יצ'ה ובסמדרבו.
התפשטות האימפריה של בית נמאניה הביאה להידוק הקשר בין הכנסייה למדינה. כל אחד מבני השושלת הקים לפחות מנזר אחד, פרט לרדוסלב שבזמנו תוכננה בלבד בניית המנזר סטודניצה. המידוע במנזרי בית נמאניה היה הילנדר, על ההר אתוס. מצד שני לקחו מלכי סרביה תחת חסותם ותחת חסות הארכיבישופות הסרבית גם את נתיניהם הקתוליים. המלך אורוש למשל תקף את דוברובניק לאחר שבישופי העיר הזאת התגרו בסמכות הארכיבישופות בר.
פטריארכיית פץ'.
בימי שושלת נמאניה 1463- 1346.
בשלהי המאה ה-13 ובתחילת המאה ה-14 התחזקה המגמה האנטי-לטינית, במיוחד מול מדיניות ההתפשטות של מלכי הונגריה, בעיקר מבית אנג'ו. העימות החריף עוד יותר באמצע המאה ה-14. הארכיבישוף של בר התגלה כאויב מר של הכנסייה האורתודוקסית הסרבית, בעוד שספר החוקים של סטפאן דושאן אסר על המרת הדת ל"כפירה הלטינית".
ממלכתו של סטפאן דושאן סיפחה את כל השטח שהשתטייך לארכיבישופות של אוחריד. רק את זלחומיה הפסידה לטובת הבוסנים. חצי האי פליישאץ והעיר סטון אולצו לשלם מס שנתי למלך הסרבי לטובת המנזר הסרבי "הארכנגל הקדוש" בירושלים. דושאן תכנן להכתיר את עצמו לקיסר (צאר) והיה צריך להקים בממלכתו מוסד כנסייתי שישמש משקל נגד מול הפטריארך של קונסטנטינופול. המסורת תמכה באיחוד הישות הטריטוריאלית עם ישות כנסייתית. בשנת 1346 מינה המלך את הארכיבישוף של פץ' יואניקיה השני בתפקיד פטריארך של פץ'. כעבור 7 ימים בלבד כבר הכתיר הפטריארך החדש בסקופיה את סטפן אורוש הרביעי דושאן ל"קיסר הסרבים והיוונים" (היוונים נקראו "רומיים", כלומר "ביזנטים"). כל זה בתאום עם הפטריארך הבולגרי בטרנובו, עם הארכיבישוף של אוחריד ועם נזירי אתוס אך בלי אישור הפטריארך קליקסטוס של קונסטנטינופול.
הקמת הפטריארכיה בפץ' לא שינתה בהרבה את המצב בכנסייה. האוטוקפליה של ארכיבישוף אוחריד נותרה על כנה, גם מנזרי אתוס שמרו את הפריבילגיות שלהם. הבישופים בסקופיה, פריזרן, זטה וברשקה הועלו למעמד של מטירופוליטיים. מנזר לסנובו הפך למושב של בישופות חדשה בחסות המטרופוליה של סקופיה. בראש האפרכיות היווניות המסופחות בדרום התמנו בישופים נאמנים למלך הסרבי. זכויות הכמורה לא נפגעו.
בשנים 1349 ו-1354 הוצא ספר החוקים של סטפאן דושאן - זקוניק דושאנוב" שכלל הוראות חשובות בנוגע לפטריארכיה. כמו בקושטא, הפטריארך של פץ' נבחר על ידי מועצה מורכבת מנציגי הכנסייה ומן הקהילה, בעצה אחת עם המלך. הבישופים נבחרו על ידי סינוד.
התואר המלא של הפטריארך של פץ' היה:
.לפטריארך הייתה קנצלריה ובראשה מזכירים הקרויים "לוגותטים".
בעקבות התחזקות הפטריארכיה הפכה הכנסייה האורתודוקסית הסרבית לאחד מעמודי התווך של החברה הפאודלית. בבעלותה היו אדמות רבות - אחוזות של מנזרים, שנקראו "מטוכיה" (מיוונית) ובהם הועסקו איכרים רבים. עד לכיבוש העות'מאני נכסיה היו פטורים ממסים והיא נהנתה מפריבילגיות נוספות. הכנסייה הייתה אחראית לעבודות רבות שבוצעו באחוזותיה כמו כריתת יערות, הקמת יישובים כפריים, ובניית דרכים ובניינים, העושר המופלג גרם לתופעות שחיתות, כמו מכירת משרות ולפעימים אפילו שימוש באלימות לשם השגת עמדות מפתח מכניסות רווחים.
בנוסף להכנסות שנבעו מן המנזרים ונכסי הכנסיות הבישופים גבו מס נוסף מאנשים שלומם, שמילאו תפקידים של אקסרכים. האקרכים נדרשו לפקח על שמירת מצוות הדת והמוסר באפרכיה. האפרכיות התחלקו לפרוכיות. מאוחר יותר הוקם מוסד הפרוטופופיאט. בראש כל פרוכיה התמנה כומר (פופ) על ידי הבישוף בהתיעצות עם ראש נכבדי המקום. לכל כומר הוקצו שלושה שדות אדמה אותם היה אמור לעבד. הותר לכומר גם לצבור רכוש שיוכל להוריש, אולם היה חייב לשלם עמלות לבישוף הממונה עליו. בנוסף לעיסוקיהם הדתיים, החקלאות היוותה תעסוקה מרכזית של הכמרים הפשוטים.
תפקיד חשוב בחיי הקהילות שיחק בית הדין הכנסייתי שהיה עורך, בין השאר, משפטים פליליים ואזרחיים שנגעו בתושבים שבשטח השיפוט של הכנסייה. חלק מהכמרים והנזירים, שנבחרו בקפידה, היו עוסקים בעבודת ריפוי פסטורלית ובווידוי.
מעמד הכנסייה התחזק גם באמצעות פסיקות כנסייתיות נגד עבודת האלילים, האמונות הטפלות והכישופים.
הכרזת הפטריארך בפץ' לא עוררה תגובה מידית מהפטריארך בקונסטנטינופול. רק ב-1352, אחרי לחצים מצד הקיסר יואנס השישי קטנטקוזינו, הטיל הפטריארך קליקסטוס הראשון אנתמה, כלומר נידוי נגד הצאר סטפאן דושאן והפטריארך יואניקיה השני.
אולם בקורת חריפה נגד המהלך בא מתוך סרביה עצמה. סרבים רבים התנגדו להפרדת הפטריארכיה וראו בה סטייה מדרכו של סבא הקדוש. הביזנטים חידשו בינתיים את חסותם על מנזרים באתוס ורבים מנזירי אתוס סירבו לשתף פעולה עם הסרבים לאחר שראשי הכנסייה הסרבית נודו.
עם הזמן, תוך התמודדות עם התקדמות הצבאות העות'מאנים, נעשו מספר פעמים ניסיונות לקרב את קונסטנטינופול ופץ'. קודם כל בשנת 1368 הושג איחוד חלקי בין שלטונו של יובאן אוגליישה ובין הפטריארך מקונסטנטינופול. אוגליישה, אחיו השל המלך הסרבי ווקאשין שלט כדספוט על סרס ועל אזור דרמה. הוא העביר את הכנסיות שבשטח שיפוטו אל חסותו של הפטריארך בקונסטנטינופול ומינה את מטרופוליט בדראמה לאקסארך.
אחרי תבוסתם של בית מרניאווצ'ביץ' על ידי הקיסר יוחנן החמישי פלאולוגוס, חידשו לזר הרבליאנוביץ' והנזיר איסאיה הסרבי מאתוס את המאמצים להתפייסות. לבסוף הכיר הפטריארך פילותאוס בפטריארכיה סרבית בשנת 1375 והסיר את צו הנידוי. הסרבים נתבקשו בתמורה שלא להפריע לחיזוק נוכחותה של הכנסייה הביזנטית בבלקן.
תחת השלטון העות'מאני.
בשנת 1459 השלימה האימפריה העות'מאנית את כיבוש סרביה והפכה אותה לפאשליק. אף על פי שהיו מספר סרבים שהתאסלמו, רוב רובם המשיכו להישאר נאמנים לכנסייה הסרבית האורתודוקסית.
במאות השנים של כיבוש עות'מאני מילאה כנסייה זו תפקיד מוביל בשמירת הזהות והמסורת התרבותית הלאומית. בהתחלה העות'מאנים לא הרשו פעולתם של פטריארך סרבי ואף של ארכיבישוף בסרביה. אחרי מות הפטריארך ארסניה השני בשנת 1463 לא נבחר לו יורש. הפטריארכיה בוטלה בפועל והכנסייה הועמדה תחת חסות הפטריארך האקומני בקונסטנטינופול, שהיה ראש קהילת הנוצרים האורתודוקסים בכל האימפריה העות'מאנית במסגרת חקיקת ה"מילט".
בשנת 1557 הודות להתערבות המצביא והווזיר מוצא סרבי מהמט סוקולו (סוקולייביץ') הסכים הסולטאן הטורקי סולימאן המפואר להתחדשות מוסד הפטריארכיה הסרבית בפץ'. הפטריארך שנבחר היה מקאריה סוקולוייביץ',אח או בן דוד שלמהמט סוקולו. הפטריארך הפך בהמשך לעיתים קרובות לדובר האוכלוסייה הסרבית בפני השער העליון. סמכויות הפטריארכיה בפץ' בתחום הדת הופעלו כלפי מאמינים בסרביה, מונטנגרו, בוסניה-הרצגובינה, קרואטיה, צפון מקדוניה ודרום-מזרח בולגריה, וכן כלפי הכנסיות הסרביות בשטחי הונגריה וטרנסילבניה. פטריארכים רבים פעלו למען השגת השחרור מתחת העול העות'מאני. המרידות הראשונות של הסרבים נגד העות'מאנים הונהגו על ידי בישופים: הבישוף טודור בווייבודינה בשנים 1606-1593, הבישוף ויסריון בהרצגובינה בשנים 1597-1609, הפטריארך ארסניה השלישי בשנים 1689-1688 ואחרים. מונטנגרו, ששמרה על אוטונומיה, הונהגה בעצמה על ידי נסיכים-בישופים.