בליל 17/18 בחודש הופגזה העיר צור בלבנון מהים על ידי אח"י אילת (א-16) ואח"י וג'ווד במטרה להרתיע את ממשלת לבנון ממעורבות לבנונית במלחמה בארץ ישראל.
בחופי דרום ארץ ישראל, חיל הים הישראלי פעל בצורה אינטנסיבית החל מתחילת הפלישה המצרית לשטח ארץ ישראל ועד לחתימת הסכם שביתת הנשק עם מצרים, במטרה לסייע לכוחות היבשה הישראליים בלחימה נגד חיל המשלוח המצרי, ולהפגיז מטרות בעורף האויב.
תפיסת נשק סורי בים.
ב-10 באפריל 1948 הוטבעה הספינה לינו בנמל בארי. ב-14 באפריל 1948 הודיעה ממשלת סוריה שהנשק שנמצא באוניה לינו הוא בבעלותה ונרכש כחוק. רב-סרן פואד מרדם ביי נשלח מסוריה לנהל את חילוץ הנשק והעברתו.
מרדם ביי תכנן להעבירם במשאיות לנמל גנואה ולהעמיס באוניה מצרית הכדיב איסמאיל. היחידה לחבלה התארגנה לתפוש את המשאיות בדרך או להעלות את המטען באש. ממשלת איטליה לא הרשתה להעביר את הנשק ביבשה. לכן הועלתה אפשרות להעברת הנשק מבארי למסינה ושם התכוון להעמיסו על אונייה ערבית בקו לביירות. איש יחידת החבלה קיים קשר עם סוכן האניות וסוכם גובה הפיצוי שיקבל אם האונייה לא תוחזר לו. למפקד הפעולה נקבע דוד בן-חורין, שהתמקם בבארי (עיר), איטליה, ועקב אחרי ההכנות.
ב-20 באוגוסט 1948 יצאה 'ארג'ירו' בכוונה להפלגה לאלכסנדריה ותעודת המשלוח ציינה שיעד הנשק הוא לביירות. שני לוחמים עקבו אחריה בסירת דיג וב-21 באוגוסט השתלטו כשהם בתחפושת קציני מכס איטלקיים, העומדים בקשר עם בעלי המטען. בשלב זה החלו דיבורים במערכת הישראלית שלא כדאי להפר את תנאי האמברגו וכדאי למסור את הנשק לאו"ם. הדבר נודע לשאול אביגור שישב באבל על בנו בקבוצת כנרת. אביגור הפסיק את ה"שבעה", עלה לירושלים לשיחה עם דוד בן-גוריון דרש והציע לסיים את המלאכה בכך שהנשק יגיע ליחידות צה"ל. בן-גוריון אישר זאת ואביגור התמקם במפקדת חיל הים בחיפה ועמד בקשר עם מפקד השייטת שמואל ינאי. המבצע שנקרא בתחילה שלל 3 ושמו שונה למבצע גור על שם מקבוצת כנרת שנפל בקרב על סג'רה.
הגיע מידע שקורבטה מצרית תצא ב-25 באוגוסט 1948 לפגוש את ארג'ירו בטווח 150 מיל ימי מאלכסנדריה. תואם מפגש עם השייטת הישראלית וב-26 באוגוסט הועבר הנשק בלב ים לקורבטות. הספינה 'ארג'ירו' הוטבעה בנגיחת חרטום הקורבטה. ב-30 באוגוסט 1948 נכנסו הקורבטות לנמל חיפה והנשק נמסר לאנשי החימוש של צה"ל.
התייחסות למעורבים.
פואד מרדם ביי, שארגן את המשלוח, ביטח את המטען ב'לינו' אך לא חידש אותו כאשר הועבר ל'ארג'ירו' ולכן לא הצליח לגבות את דמי הביטוח עבור ממשלת סוריה. הוא הועמד למשפט בסוריה בחשד שמכר את הנשק ונידון למיתה. ממשלת ישראל העבירה דרך האו"ם הודעה לסורים שלמרדם ביי לא הייתה מעורבות בהחרמת הנשק וכך ניצל ממוות.
הצוות האיטלקי הושם בהבראה תחת שמירה, בקיבוץ בית אורן. מספר חודשים מאוחר יותר חלה רב החובל בשחפת והוא הועבר לבית החולים האיטלקי (חיפה). המאמצים להצילו לא צלחו והוא נפטר בדצמבר 1948. באמצעות סגל בית החולים הצליחו המלחים להבריח מכתב אל משרד הצי האיטלקי ובו סיפור המעשה. בעקבות דרישה מאיטליה התבקשה משטרת ישראל לחקור והצליחה למצוא אותם נופשים בקיבוץ. ב-29 במרץ 1949 הועברו הימאים לאחריות הקונסול האיטלקי בחיפה.
מנרה בעל הספינות 'לינו' ו'ארג'ירו' קיבל פיצוי על הטבעת ספינותיו. הוא הוחתם על מכתב קבלה שאין לו טענות. המכתב הוצג לשלטונות האיטלקים. כך התקרית המדינית עם איטליה נסגרה. מכתב הקבלה של בעל האוניות, והיעדר תביעות בקשר ללינו וארג'ירו סייע לשחרר את יוסף דרור מהכלא בוורזה, שבו היה עצור. תוכניתו של יוסף דרור לברוח מהכלא לא התממשה.
הפעילות בזירה הימית במהלך מבצע יואב (22-15 באוקטובר 1948).
הקרב ליד חוף אשקלון.
ב-15 באוקטובר 1948 פתח הצבא הישראלי במתקפה גדולה בצפון הנגב, במטרה לסלק את הצבא המצרי מדרום ארץ ישראל, כולל רצועת עזה. חיל הים המצרי נדרש לסייע ליחידות חיל המשלוח בארץ ישראל, באמצעות הנחתת דלק והספקה מהים. ב-18 באוקטובר העבירה אונית הסוחר החמושה מצר חיילים ואספקה מפורט סעיד לחוף מג'דל. ב-19 באוקטובר שוב פרקה הספינה מצר 185 חיילים, 60 ארגזי תחמושת ו-160 חביות דלק באשקלון. כדי להפסיק את ההספקה לכח המצרי מהים, נשלחה השייטת הגדולה שכללה את האוניות אח"י וג'ווד אח"י הגנה ואח"י נוגה (ק-26). לשייטת התגלתה אניית תובלה חמושה מצר, שהביאה אספקה לחוף מג'דל. במשך מספר שעות נוהל דו-קרב תותחים בין שני הצדדים עם פגיעות מעטות. למעשה הייתה זו הפעם הראשונה שאוניות חיל הים פגעו באוניית אויב.
הוזמן סיוע אוויר התקפי אשר לא בא לידי ביטוי מחוסר קשר. לקרב הצטרפו מטוסי ספיטפייר מצריים התקיפו את אניות הכח הישראלי. אחד מהמטוסים נפגע מאש נגד מטוסים שנורתה מאח"י הגנה. המטוס התפוצץ ונפל למים. בעת ההתפוצצות נתזו רסיסים שפגעו באנשי צוות האוניה. אחד מאנשי הצוות נהרג וארבעה נפצעו בתוכם סגן מפקד האוניה מרדכי לימון (שבדצמבר 1950 נעשה מפקד חיל הים).
סוללות תותחים בחוף אשקלון פתחו באש ופגעו באח"י וג'ווד. אחדים מהפגזים פגעו בדופן האוניה וגרמו נזק מועט. אח"י וג'ווד נאלצה לסגת כשהיא מתחמקת מהפצצות המטוסים. כעבור מספר שעות נסוגה מצר דרומה. לדברי המצרים לאחר שפרקה את מטענה על החוף – 58 קצינים ו-127 חיילים בעלי דרגות אחרות, וכן 60 ארגזי תחמושת, ו-160 חביות דלק.
על אף העדיפות המוחלטת של השייטת הישראלית, לא עלה בידה לטבע את האנייה המצרית. בקרבות ב-19 באוקטובר 1948 היה יתרון כמותי של הצד הישראלי. אף כי המאפיין את קרבות התותחים היה חוסר יעילות משני הצדדים הרי הצטברותם הראתה שליטה ימית של חיל הים הישראלי בזירה.
השימוש שעשו המצריים בכוחות הצי, כדי להעביר אספקה ותגבורות לכוחות החלוץ שלהם באזור אשקלון בדרך הים, יצר מטרה לתקיפות חוזרות ונשנות, שבוצעו על ידי שייטת חיל הים במהלך חודש אוקטובר 1948. אף כי הנזקים שנגרמו למצרים לא היו משמעותיים, תקיפות חיל הים הבהירו להם שהשליטה בים עברה לידי הצד הישראלי.
הטבעת 'אל-אמיר פארוק'.
לאחר שהתקבלה ידיעה על אניה מצרית העוגנת בקרבת החוף מדרום לעזה. נשלחה יחידת הצוללים בפיקודו של יוסף דרור לתקוף אותה. הצוללים יצאו בלילות 16–17 אוקטובר על סיפונה של אח"י פלמ"ח, אולם בשני הלילות לא מצאו את המטרה.
תצפית אווירית גילתה ב-22 באוקטובר שתי אוניות מלחמה מצריות עמוסות בציוד ובחיילים שעשו את דרכן לעבר חוף עזה. על אף שהפסקת האש, שכפתה מועצת הביטחון של האו"ם על ישראל, כבר נכנסה לתוקף, דוד בן-גוריון אישר את תקיפת הספינות המצריות, בנימוק שמדובר בהפרה מצרית של ההפוגה השלישית.
בליל 22 באוקטובר 1948 הגיעו יוחאי בן-נון וצוותו על גבי אח"י מעוז (ק-24) עם שלוש סירות נפץ, וסירת איסוף אחת מול חופי עזה. הכוונה הייתה לתקוף בעזרת סירות הנפץ את האמיר פארוק, אוניית הדגל של חיל הים המצרי, ושולת מוקשים שאיבטחה אותה.
הסירה הראשונה עם זלמן אברמוב תקפה את האמיר פארוק. היות שהייתה בתנועה, תקף אותה גם יעקב ורדי עם סירתו. שתי הסירות פגעו והתפוצצו. מפקד הפעולה יוחאי בן-נון תקף את שולת המוקשים ופגע בה. סירת האיסוף עם יצחק ברוקמן ויעקב ריטוב נכנסה במהירות ואספה את יוחאי בן-נון אברמוב וורדי.
הפגיעות גרמו לטיבוע 'אל-אמיר פארוק' ונזק משמעותי לשולת המוקשים. היה זה ההישג הגדול ביותר בקרב ימי במלחמת העצמאות.
חמשת המבצעים הומלצו על ידי חיל הים -
שר הביטחון דוד בן-גוריון קבע שעל חיל הים להסתפק בעיטור אחד. ב-17 ביולי 1949 היה יוחאי בן-נון אחד משנים עשר לוחמי מלחמת העצמאות שעוטרו באות גיבור ישראל.
השליטה הישראלית בחוף הים התיכון.
במהלך חודש דצמבר נעשו הפגזות על הכוח המצרי ברצועת עזה. לא נגרמו נזקים רבים אך הובהר כי השליטה בים בגזרת החוף נמצאת בידי ישראל. השליטה נוצלה לביצוע פשיטות מהים. בחוף סיני בין רפיח לאל עריש נעשו שתי פשיטות במגמה לחבל בפסי הרכבת.
מבצע התחלה - ספינות המשמר אח"י סער (מ-23) ואח"י פלמ"ח (מ-19) ועליהן חבלנים וכוח אבטחה יצאו ב-26 בדצמבר 1948 מנמל תל אביב והגיעו למקום הנחיתה. לקראת חצות הורדו הלוחמים והציוד בסירות גומי לאזור הנחיתה. לאחר כשעה הגיע הכוח למסילת הברזל והחבלנים הניחו את חומר הנפץ מתחת לפסי הרכבת. הכוח לא התגלה והנסיגה עברה ללא נפגעים. חומר הנפץ כוון לשעה 06.00 מתוך תקווה שעד אז תעבור במקום רכבת ותעלה על המוקשים אך הרכבת לא עברה. הפיצוץ גרם לנזק שתוקן תוך זמן קצר.
ניסיון חוזר לפגיעה במסילת הרכבת באותה גזרה - מבצע עוז, בוצע ב-2 בינואר 1949 באותו הרכב כוח. בדרך ליעד נפלטו כדורים הכח התגלה ומפקד הכח החליט על נסיגה.
ניסיון מצרי למימוש הסגר ימי.
מצרים הכריזה באופן רשמי
הצי המצרי לא השיג הכרעה בקרב על חיל הים הישראלי וההסגר על תנועת כלי השיט לישראל לא מומש.
ב-31 דצמבר 1948 התקבל מברק SOS מאניית הסוחר "ריכרד בורכרד" של חברה לשירות ימי עתיד, המודיע שהיא נעצרה בדרכה לחיפה על ידי שתי אניות לא מזוהות שהניפו דגל כחול לא מוכר ופתחו באש באוויר כדי להפגין רצינות דרישותיהם. האנייה 'ריכרד בורכרד' הייתה רשומה במרשם צי הסוחר הבריטי והניפה דגל בהתאם. חולית השתלטות חמושה עלתה ל"ריכרד בורכרד", אנשיה בדקו את מסמכי האנייה ואחר כך ירדו ממנה. המצרים הסתפקו בבדיקת הניירות ואף לא הזדהו בפני רב החובל. ה"ריכרד בורכרד" המשיכה בדרכה ושידרה מברק הרגעה. באותו ערב התקבלה ידיעה על אונייה נוספת שנעצרה לתשאול בדרכה לנמל חיפה. אך התברר הייתה זאת הודעה חוזרת על אותו אירוע. מאוחר יותר התברר כי היו אלה אוניות הצי המצרי 'נצר' בפיקוד סולימאן עיזאת ו'מצר' בפיקוד מוחמד נאשד,
יזמה ימית מצרית.