ב-21 באוקטובר 1994 חתמו ארצות הברית וקוריאה הצפונית על הסכם לאחר שיחות ממושכות שהתקיימו בז'נבה שבשווייץ, ושוב בסיועו של הנשיא לשעבר קרטר. ארצות הברית, יפן, קוריאה הדרומית ובעלות ברית אזוריות נוספות הבטיחו לספק לקוריאה הצפונית שני כורים מבוססי מים קלים, בעלות כוללת של 4 מיליארד דולר, לצורך החלפתם במתקנים קיימים או מתקנים שנמצאים בבניה שניתן להפיק מהם פלוטוניום עבור כלי נשק גרעיני. קוריאה הצפונית הסכימה אז לפתוח את מתקניה הגרעיניים לפיקוח בינלאומי וארצות הברית התחייבה להסיר את המגבלות המסחריות ולספק לקוריאה הצפונית דלק לתחנות כוח חשמליות. פרי ראה בהסכם זה כאפשרות טובה יותר בהשוואה לסיכון של מלחמה חצי האי הקוריאני והמשך התוכנית הגרעינית הצפון קוריאנית. הוא הבטיח שהוא יבקש מהקונגרס מימון לבניית הכוחות הצבאיים של ארצות הברית בקוריאה הדרומית אם ההסכם ייכשל. שוב מצב קריטי הגיע לידי רגיעה, אך יישום ההסכם הוכח כקשה. עד סוף כהונתו של פרי בתפקידו נותרו עוד כמה נושאים פתוחים והמתח בין שתי הקוריאות התלקח מעת לעת.
המזרח התיכון.
באזור המפרץ הפרסי המשיכה עיראק לחולל בעיות, כשסדאם חוסיין מבצע מעת לעת צעדים פרובוקטיביים שגרמו לפעולות צבאיות של ארצות הברית. לאחר מלחמת המפרץ של 1991, כשהיא פועלת על פי החלטות האו"ם, ארגנה ארצות הברית קואליציה שתאכוף את האזור האסור לטיסה בין קווי רוחב 36 עד 32 צפון. בתאונה טראגית שהתרחשה באפריל 1994, הפילו שני מטוסי F-15 איגל של חיל האוויר של ארצות הברית, שפעלו באזור האסור לטיסה מצפון לקו הרוחב 36, שני מסוקים של צבא ארצות הברית, לאחר שזיהו אותם בטעות כמסוקים עיראקים. תקרית זו, עם מחיר הדמים הגבוה שהיא גבתה, הבליטה באופן דרמטי את המורכבות של הטיפול בעיראק בשנים שלאחר מלחמת המפרץ. בהמשך, באוקטובר 1994, כאשר החלו כמה יחידות עילית של צבא עיראק לנוע לכיוון הגבול עם כווית, גייסה ארצות הברית כוחות אוויר, יבשה וים באזור כדי לקדם את פני המתקפה. פרי הזהיר את עיראק שכוחות ארצות הברית ינקטו בצעדים אם היא לא תזיז את כוחות המשמר הרפובליקני שלה אל מצפון לקו רוחב 35. כתוצאה מכך, העבירה מועצת הביטחון החלטה הקוראת לעיראק להסיג את כוחותיה למרחק של לפחות 240 ק"מ מהגבול עם כווית.
גם איראן פעלה באופן אגרסיבי ובמרץ 1995 היא מיקמה לפחות 6,000 חיילים על שלושה איים על חוף המפרץ הפרסי שהן איראן והן איחוד האמירויות הערביות טענו לריבונות עליהם. פרי ציין שצעדיה של איראן איימו על תנועת הספנות במצר הורמוז, נתיב מים שדרכו עובר חלק משמעותי של ייצור הנפט העולמי. ארצות הברית פעלה יחד עם בעלות בריתה במפרץ הפרסי כדי לחזק את יכולותיהן להגן על עצמן ולעשות שימוש בכוחן המשותף במועצת שיתוף הפעולה של מדינות המפרץ. יתרה מכך, על פי שיקול דעתו של פרי, הייתה ארצות הברית נחושה להחזיק יכולות הגנה אזורית חזקה עם מטוסים וספינות, ציוד מוכן מראש, תוכניות מבצעיות לעת הצורך והסכמי נגישות עם שותפיה במפרץ הפרסי.
צעדי התגרות נוספים מצדה של עיראק אילצו את ארצות הברית לנקוט שוב בפעולה. כאשר סדאם חוסין התערב באופן חד צדדי בספטמבר 1996 על ידי שליחת 40,000 חיילים לסיוע לאחד הצדדים בסכסוך הפנימי של הכורדים בצפון עיראק, הוא הראה שאין הוא נרתע מאזהרותיה של ארצות הברית שלא להפעיל כוח צבאי. פרי הבהיר שבעוד שלא נפגעו שום אינטרסים אמריקאים משמעותיים בעימות זה, שמירה על היציבות באזור ככלל הייתה חיונית לביטחונה של ארצות הברית והיא תגיב על כך. ב-2 וב-3 בספטמבר תקפו מטוסים אמריקאים שתי עמדות קבועות של טילי קרקע־אוויר ומתקני פיקוד אנטי אוויריים בדרום, זאת, על פי הסבריו של פרי, בשל העובדה שארצות הברית ראתה את האיום שבהם על כווית.
אירוע טראגי נוסף שאירע ב-25 ביוני 1996, חשף את המתיחות התמידית במזרח התיכון ואת הסכנות הנשקפות לנוכחות הצבאית האמריקאית. טרוריסטים פוצצו מכונית תופת במתחם חיילי ארצות הברית בח'ובאר שבדהראן, ערב הסעודית, והרגו 19 ופצעו 500. בספטמבר 1996 המליץ צוות חקירה שהוקם על ידי פרי לנקוט בצעדים נמרצים להרתיע, למנוע או להקל על תוצאות אירועי טרור עתידיים נגד כוחות ארצות הברית המוצבים מעבר לים. הצוות הגיע למסקנה שהיחידה שהותקפה בדהראן לא נקטה בשום אמצעי זהירות להגנתה. בסופו של דבר העבירה מחלקת ההגנה יחידות מדהראן לאזורים מרוחקים יותר בערב הסעודית כדי לספק להן הגנה טובה יותר.
סומליה.
מעורבותה של ארצות הברית בסומליה, בעיה רצינית במהלך כהונתו של אספין, הסתיימה ב-1994. בחיפוים של כוחות חיל הנחתים על ספינות שעגנו מול החוף, עזבו כוחות ארצות הברית האחרונים את סומליה עד סוף מרץ אותה שנה, זאת על פי לוח הזמנים שהנשיא קלינטון החליט עליו מוקדם יותר. בהמשך, בפברואר 1995, יותר מ-7,000 חיילים אמריקאים סייעו לפינויים של שאר כוחות שמירת השלום של האו"ם על כלי נשקם מסומליה במבצע מוצלח.
רואנדה.
בפעילות אחרת באפריקה ב-1994, החלה ארצות הברית להיות מעורבת במאמצים ההומניטריים ברואנדה. מלחמת האזרחים בין שתי הקבוצות האתניות היריבות, ההוטו והטוטסי, הובילה למעשי טבח וחורבן נרחבים ולמנוסתם של מאות אלפי פליטים מרואנדה אל המדינות השכנות, כולל זאיר. אף על פי שלא לקחה חלק במבצע שמירת השלם של האו"ם ברואנדה, הגישה ארצות הברית סיוע הומניטרי בצורת מים מטוהרים, תרופות, תברואה ואמצעים נוספים. ביולי שלח הפנטגון במטוסים כוח של כ-3,000 חיילים, רובם לזאיר. כוחות ארצות הברית לקחו על עצמם את הפיקוח על בנייתו מחדש של נמל התעופה הבין-לאומי קיגאלי, בירת רואנדה, כדי שתתאפשר הטסת אספקת מזון, תרופות וסוגי אספקה נוספים אליו. אי התגובה של ארצות הברית לרצח העם ברואנדה נראתה מאוחר יותר ככשל משמעותי במדיניות החוץ של ממשל קלינטון והוא נבע עקב חששות מהישנות המקרה של קרב מוגדישו.
הישגיו ופרישתו.
אין ספק שעומס רב היה על כתפיו של פרי במהלך כהונתו כמזכיר ההגנה בין השנים 1994–1997. כוונון עדין של התקציב, צמצום כוחם של הכוחות המזוינים וניהול מבצעים צבאיים, הומניטריים ומבצעי שמירת שלום, גרמו לסדר יומו להיות מלא. בינואר 1996 הוא דיבר על חוויותיו במשך השנים הקודמות שלא עלה בדעתו שהן עשויות להיות מנת חלקו של מזכיר ההגנה. בראש הרשימה הייתה השתתפותה של בריגדה רוסית במסגרת הדיוויזיה האמריקאית במבצע שמירת השלום בבוסניה. החוויות האחרות, ועידת דייטון, שהפכה לשם נרדף לשלום בבלקן; סיוע לשר ההגנה הרוסי לפוצץ סילו של טלי LGM-30 מיניטמן במיזורי; צפייה בחיילים אמריקאים ורוסים מתאמנים יחדיו בקנזס; קבלת פני כוחות לשעבר של ברית ורשה בלואיזיאנה; הפעלת בית ספר בגרמיש, גרמניה ללימוד קצינים לשעבר של צבאות ברית המועצות ומדינות מזרח אירופה על דמוקרטיה, תקצוב ומתן עדות לפני הפרלמנט; חיסול מערכת המפרטים הצבאיים לרכש; חיתוך אזנו של חזיר בקזחסטן; ואכילת שומן קרפד מנצ'ורי שהוגש לו בסין. חוויות אלו, אמר פרי, מדגימות "עד כמה העולם משתנה, כיצד הביטחון שלנו משתנה, כיצד מחלקת ההגנה משתנה וכיצד תפקידי השתנה".
זמן קצר לאחר בחירתו מחדש של הנשיא קלינטון לנשיאות ב-1996 ביקש פרי להודיע על החלטתו לסיים את תפקידו. הוא דיבר על התסכול ההולך וגבר שלו מעבודתו עם הקונגרס שהייתה פוליטית באופייה והזיקה לממסד הצבאי ואמר שהוא לא העלה בדעתו שתוצאות הבחירות לקונגרס באותה שנה יפגעו בשיתוף הפעולה אתו. מאוחר יותר הוא הסביר שהחלטתו לפרוש הייתה "בעיקר בשל המתח המתמיד של שליחת כוחות צבאיים אמריקאים למשימות מסכנות חיים".
עם עזיבתו את הפנטגון פירט פרי את מה שהוא ראה כהישגיו הגדולים ביותר: מיסוד מערכת יחסים יעילה עם מפקדי הכוחות המזוינים; שיפור ייעודם של הכוחות המזוינים, בעיקר הגברים והנשים המגויסים; ניהול תהליכי צמצום סדר הכוחות; הנהגת רפורמות חשובות בתהליכי הרכש; פיתוח יחסי קרבה עם שרי הגנה זרים רבים; העסקה יעילה של כוחות ומשאבים צבאיים בבוסניה, האיטי, קוריאה והמפרץ הפרסי; צמצום דרמטי של הירושה הגרעינית מימי המלחמה הקרה; וקידום השותפות לשלום בנאט"ו. הוא פרט גם את אכזבותיו שכללו כישלון בהשגת אשרור של הרוסים להסכם START II; התהליכים האיטיים בהבטחת הגדלת התקציב למערכות נשק חדישות; והתפיסות הלקויות של תסמונת החוליים של מלחמת המפרץ כפי שהוחזקו על ידי כמה אנשי תקשורת ועל ידי חלק ניכר של הציבור. בטקס הפרידה מפרי בינואר 1997 ציין גנרל שאליקשווילי את מערכת היחסים של המזכיר הפורש עם הכוחות המזוינים. "ברור" אמר שאליקשווילי, "שביל פרי היה מזכיר ההגנה של החיילים. כשנשאל על הישגו הגדול ביותר כמזכיר ההגנה לא ציין ביל פרי מבצע כלשהו או מערכת נשק כלשהי. הוא אמר שהישגו הגדול ביותר היה הקשר ההדוק שלו עם הגברים והנשים שלנו במדים".
הקריירה של פרי במחלקת ההגנה התמשכה על פני שמונה שנים של שינוים מעמיקים – ארבע שנים כתת-המזכיר למחקר והנדסה בין השנים 1977–1981, שנה כסגן המזכיר בין השנים 1993–1994 ושלוש שנים כמזכיר ההגנה.
לאחר הפרישה.
לאחר שעזב את הפנטגון שב פרי לסן פרנסיסקו כדי להצטרף למועצת המנהלים של בנק ההשקעות Hambrecht &amp; Quist כיועץ בכיר. הוא גם שב לסגל אוניברסיטת סטנפורד כפרופסור במוסד פרימן ספוגלי ללימודים בינלאומיים של אוניברסיטת סטנפורד, כמנהל שותף של "מיזם ההגנה המונעת" במרכז לביטחון ושיתוף פעולה בינלאומי של אוניברסיטת סטנפורד וכחבר במועצה המייעצת של מוסד רוזוולט.