לאחר התמוטטות שחווה טוני בשל התקף חרדה שעבר, הוא מתחיל במסכת פגישות טיפוליות אצל הפסיכיאטרית ג'ניפר מלפי, שתימשך לאורך הסדרה כולה. במהלך הטיפול, נזכר טוני בפרטים רבים מימי ילדותו, הן מחוויותיו כילד שאביו הוא גנגסטר, והן מזכרונות על אימו ליביה, ויחסיה איתו ועם שאר בני המשפחה. אימו מצטיירת בעיניו כאישה נקמנית הנוטה לפסיכופתיה. יחסיו המורכבים של טוני עם אשתו כרמלה נחשפים גם הם, על רקע תחושותיה האמביוולנטיות ביחס ל"עבודתו" של טוני. בנוסף, נפרשת מערכת היחסים של טוני עם ילדיו - בתו מדו ובנו איי.ג'יי (אנטוני ג'וניור), שמגלים סקרנות רבה ומפתחים תובנות שונות בנוגע לעיסוקיו של אביהם.
בעקבות מותו של ראש הארגון ג'קי אפריל מסרטן, הופך דודו של טוני ("ג'וניור" סופרנו), להלכה, לבוס החדש. חרף מינויו, חש ג'וניור מרמור בשל תחושותיו (המוצדקות בעיקרן) כי טוני מנהל בפועל את פעילות המשפחה, בעוד שהוא אינו מודע כלל לכל מעשיו. טוני עשה זאת בעצת המטפלת שלו, ד"ר ג'ניפר מלפי, שיעצה לו לשים את האגו שלו בצד ולא להיות הבוס הרשמי. עקב כך נוצרת מתיחות רבה בין טוני לבין דודו, שבשיאה נעשה ניסיון התנקשות בטוני, לפי הוראתו של ג'וניור ובהסכמה שבשתיקה של ליביה אימו, שסלידתה מטוני גוברת בשל רצונו להעבירה לבית אבות. בסוף העונה נעצר ג'וניור, כאשר עצתה של ד"ר מלפי בעצם הצילה את טוני מלהיעצר במקום הדוד.
עונה שנייה.
בתחילת העונה, משתחרר מהכלא ריצ'י, אחיו של ג'קי אפריל, ראש הארגון שמת מסרטן. ריצ'י מנסה לחזור לעמדת השפעה בארגון, למורת רוחו של טוני שסולד מאופיו ומהתנהגותו הבלתי נשלטת. במקביל מתחיל ריצ'י לנהל מערכת יחסים רומנטית עם אחותו של טוני (ג'ניס) שחזרה לניו ג'רזי אחרי שהות ארוכה בסיאטל. חברו הקרוב של טוני ואיש הארגון, "ביג פוסי" בונפנסיירו, חוזר גם הוא לניו ג'רזי, לאחר היעדרות מסתורית ובלתי מוסברת. במהלך העונה, מתארס כריסטופר עם חברתו אדריאנה, אחרי שניצל מניסיון חיסול על ידי שון ג'יסמונטה ומתיו בבלנקה (חיילים זוטרים ומתוסכלים במשפחת הפשע) שמנסים בדרך זו להתבלט ולעשות שם לעצמם. במהלך הניסיון הכושל הורג כריסטופר את שון אך מתיו מצליח להימלט. טוני ו"ביג פוסי" מאתרים את מתיו ומחסלים אותו, ואולם עד לאירוע מזהה את טוני ומדווח על כך ל-FBI.
לאחר שנעצר בסוף העונה הקודמת, ומעמדו נחלש משמעותית עקב ניסיון החיסול של טוני, שוהה ג'וניור במעצר בית, כשהוא ממתין לתחילת משפטו. ריצ'י אפריל, שמאוכזב מיחסו המתנשא של טוני כלפיו, מנסה לשכנע את ג'וניור לחסל את טוני, שמעמיד פנים תחילה כי הוא מתעניין ברעיון אך בהמשך מודיע על כך לטוני. טוני שוקל את צעדיו באשר לדרך התגובה המתאימה. האיום מצד ריצ'י נעלם עם רציחתו על ידי ג'ניס, אחרי שזה סטר לה. ג'ניס חוזרת בעקבות האירוע לסיאטל. בסוף העונה, טוני מבין כי "ביג פוסי" חצה את הקווים והפך למודיע של ה-FBI, לאחר שנתפס על סחר בהרואין. ביחד עם סילביו ופולי, הם מעלים אותו על סירה, הורגים אותו ביריות אקדח ומשליכים אותו למים.
עונה שלישית.
ברקע "היעלמותו" של ריצ'י אפריל, חוזר לעיר ראלף סיפורטו, לאחר שהות ממושכת במיאמי. סיפורטו מתחיל לנהל מערכת יחסים עם אלמנתו של ג'קי אפריל רוזלי. לאור השמועה (השקרית) לפיה ריצ'י בגד במשפחה והצטרף לתוכנית להגנת עדים, לוקח סיפורטו פיקוד על צוותו של ריצ'י והופך לאחד מאנשי הארגון המרווחים והמצליחים ביותר. עם זאת, בשל מערכת יחסים עכורה עם טוני לאור אופיו המרדני של סיפורטו, ממנה טוני את ג'יג'י ססטונה (ג'ון פיורה) לתפקיד מחליפו של ריצ'י, למורת רוחו של סיפורטו. בהמשך, מתה אמו של טוני ליביה משבץ.
בין בנו של ג'קי אפריל, ג'קי ג'וניור (ג'ייסון קרבונה) ומדו, בתו של טוני, מתפתחת מערכת יחסים רומנטית אשר נהפכת עם הזמן לזוגיות בעייתית, המערבת סמים, אלכוהול ובגידות חוזרות ונשנות מצד ג'קי ג'וניור. בתחילת הקשר, טוני פורס את חסותו על ג'קי הצעיר, אך בהמשך העונה, סבלנותו של טוני פוקעת לאור התנהלותו הבעייתית. בהשראת סיפור שמספר סיפורטו לג'קי ג'וניור אודות הדרך שבה נהפכו טוני, סילביו דנטה וג'קי אפריל לחברים רשמיים בארגון, מחליט ג'קי ג'וניור יחד עם שניים מחבריו לחקות את המעשה, על ידי ביצוע מעשה שוד בזמן משחק קלפים אותו מנהל חבר הארגון יוג'ין פונטקורבו וזאת על מנת לזכות בכבוד מטעם אנשי הארגון ובכך להפוך לחברים רשמיים בו. ניסיון השוד נכשל, וג'קי ג'וניור מצליח להימלט מהמקום (לאחר ששני חבריו מתו במהלך השוד). טוני מאפשר לסיפורטו להחליט בנוגע לעונשו של ג'קי ג'וניור. על אף העובדה כי סיפורטו משמש בפועל כאביו החורג, הוא מחליט כי יש להרוג את ג'קי ג'וניור.
בעקבות התקף זעם, הורג סיפורטו במכות אגרוף את חברתו ההרה טרייסי (אריאל קיילי) מחוץ למועדון ה"באדה בינג". בתגובה, מכה טוני נמרצות את סיפורטו, על אף העובדה כי הדבר מנוגד לחוקי המאפיה, לפיהם אין להכות חבר ארגון בנוכחות שאר החברים. היחסים בין השניים מתדרדרים, אך לאחר מותו הפתאומי של מפקד צוותו של סיפורטו ג'יג'י כתוצאה ממפרצת, נאלץ טוני למנות את סיפורטו לקאפו החדש.
במהלך המתנה לפגישתו עם דוקטור מלפי, פוגש טוני את גלוריה טרילו (אנאבלה סקיורה) , אשת מכירות של מרצדס ומתחיל לנהל עימה רומן סוער. דוקטור מלפי, נאנסת באכזריות במהלך העונה בחדר המדרגות בבנין בו היא עובדת, ג'וניור מאובחן בסרטן, אך מצבו משתפר לאחר טיפולי כימותרפיה. כמו כן, בנו של טוני איי.ג'י, ממשיך להסתבך בבית הספר, הן בשל ציוניו הנמוכים והן בשל מעשי קונדס וונדליזם בהם הוא מעורב. מנגד, פעילותו במסגרת נבחרת הפוטבול מגינה עליו מפני סילוק מבית הספר.
עונה רביעית.
כריסטופר הורג את הבלש שהרג את אביו, לאחר שטוני מאתר את כתובת מגוריו. המתיחות בין המשפחות גוברת, לאחר שג'וני סאק מגלה כי ראלף סיפורטו צחק על משקלה העודף של אשתו ג'יני (דניס בורינו-קווין) . ג'וני מבקש רשות מראש המשפחה קרמיין לחסל את סיפורטו, אך זה מסרב. על אף זאת, מורה ג'וני להוציא את החיסול לדרך. לאחר שקרמיין מגלה זאת, הוא מורה לטוני לתכנן את חיסולו של ג'וני כעונש על סירוב הפקודה. לבסוף, מבטל ג'וני את תוכניתו והעניינים חוזרים לשגרה.
טוני וסיפורטו משקיעים יחדיו בסוס מרוץ בשם "Pie-O-My", אשר זוכה במרוצים רבים ומכניס לכיסם כסף רב מהימורים. עם זאת, לאחר שבנו של סיפורטו ג'סטין (דיין קרלי) נפצע קשה במהלך משחק עם אחיו בחצר ביתם, מתחיל טוני לחשוד כי סיפורטו יזם שרפה באורווה שהרגה את סוס המירוץ שלהם על מנת שיוכל להשתמש בכספי הביטוח לכיסוי הטיפול הרפואי בבנו. טוני מתעמת עם סיפורטו בנוגע לכך, אך הוא מכחיש כל מעורבות בשרפה. בין השניים מתפתח עימות אלים שבסופו חונק טוני את סיפורטו למוות.
לאחר דיון בבית המשפט בעניינו, מועד ג'וניור במדרגות ונחבל בראשו. בעצתו של טוני, מנצל ג'וניור את המצב ומעמיד פנים כי נגרם לו נזק מוחי בעקבות הנפילה ולכן אינו יכול להמשיך במשפט. בהמשך, יוג'ין פונטקורבו מאתר את אחד מהעדים במשפט ומאיים עליו כי לא יצביע להרשעתו של ג'וניור. העד המאוים פועל בדרך זאת ומביא לזיכויו של ג'וניור.
לאחר מות אשתו של בובי באקיליירי קארן בתאונת דרכים (כריסטין פדי), מתפתחת מערכת יחסים רומנטית בינו לבין ג'ניס. לאור התמכרותו של כריסטופר להרואין וחוסר תפקודו, מארגנת משפחתו וחבריו התערבות, שלאחריה נכנס כריסטופר למוסד גמילה. אשתו של כריסטופר אדריאנה מתחברת עם סוכנת FBI סמויה (לולה גלאודיני) אשר גויסה על מנת לדלות מידע על טוני וחברי הארגון דרכה. לאחר זמן מה, חושפת הסוכנת את זהותה ומכריחה את אדריאנה לשתף פעולה, שכן אם לא תואשם במספר עבירות פליליות ותרצה זמן ממושך בכלא.
יחסיהם של טוני וכרמלה עולים על שרטון, הן בשל חששותיה לגבי עתידה הכלכלי והן בשל בגידותיו החוזרות ונשנות של טוני. בעקבות כך, מתפתחת מערכת יחסים חמה (אך אפלטונית) בינה לבין שומר ראשו של טוני פיוריו. על אף משיכתו לכרמלה, פיוריו אינו מסוגל לבגוד באמונו של טוני ומחליט לחזור לאיטליה. בהמשך, טוני מסולק מהבית על ידי כרמלה, לאחר שפילגשו של טוני מתקשרת לביתו ומשוחחת עם כרמלה. בסוף העונה, מציע ג'וני סאק לטוני לפעול לחיסולו של קרמיין, אך טוני מסרב לכך.
עונה חמישית.
עם תחילת העונה, מצטרפות מספר דמויות חדשות לעלילת הסדרה, עם שיחרורן מהכלא ובניהם טוני בלנדטו (סטיב בושמי), בן דודו האהוב של טוני, וכן מישל "פיץ" למאנה (רוברט לוג'יה), עבריין מזדקן וחמום מוח ממשפחת הפשע של טוני וכן אנג'לו גראפה (ג'ו סנטוס) ופיל ליאוטרדו (פרנק וינסנט) ממשפחת הפשע הניו יורקית. טוני מציע לבלנדטו עבודה בארגון, אך הוא מסרב בשל רצונו לחזור למוטב לאחר שחרורו מהכלא. הוא מתחיל בלימודי עיסוי תוך כוונה לפתוח מכון משלו. בשל אופיו המרדני של "פיץ" למאנה מחליט טוני לפעול להוצאתו מהתמונה על ידי הטמנת סחורה גנובה בביתו כדי לגרום להפרת תנאי שחרורו ולהחזרתו לכלא.
לאחר מותו של קרמיין לופרטצי כתוצאה משבץ, מתחיל מאבק על ירושת התפקיד בין ג'וני סאק לבנו של קרמיין. כחלק ממאבק זה, מורה ג'וני על רציחתה של לוריין קלוזו (פטי דארבנוויל), המאהבת של קרמיין הבן וחברה במשפחת הפשע הניו יורקית.