בצהרי יום שישי ה-28 בנובמבר 1941 נתקבל אמין אל-חוסייני לפגישה אצל שר החוץ הגרמני יואכים פון ריבנטרופ, שיחה שארכה כשלושת רבעי שעה. לדברי אל-חוסייני, ריבנטרופ התאמץ ודיבר איתו צרפתית, הסכים עם דבריו שהאנגלים, היהודים והקומוניסטים הם אויביהם המשותפים, והבטיח לו שגרמניה מתייחסת אל הנושא הערבי באהדה, אולם טען שמוקדם מדי לפרסם את ההצהרה.
באותו יום אחר הצהריים התקבל המופתי לשיחה אצל היטלר. חוסייני נכנס לפגישה בהצדעה במועל יד והיטלר לחץ את ידו. השיחה נמשכה שעה וחצי ונכחו בה רק ריבנטרופ, גרובה ושני מתורגמנים - פאול שמידט ויוהאן אפלר (Eppler), מתורגמנו של המופתי, גרמני שנולד במצרים. המופתי דיבר בצרפתית. בפגישתו עם היטלר, כמו בפגישתו עם מוסוליני, טען אל-חוסייני לייצוג העולם הערבי והמוסלמי. הוא הודה לו בשם האומה הערבית על האהדה שביטא תמיד כלפי הערבים, ובמיוחד לעניין הפלסטיני, וטען כי ארצות ערב משוכנעות שגרמניה תנצח במלחמה ושהדבר יהיה לתועלת העניין הערבי. הוא טען כי הערבים הם ידידים טבעיים של גרמניה, וגם בפגישה זו אמר כי יש להם אויבים משותפים - הבריטים, היהודים והקומוניסטים, והציע להקים ולהעמיד לשירות גרמניה לגיונות של מתנדבים ערבים. הוא ביקש מהיטלר לפרסם הצהרה פומבית, לפיה גרמניה מצדדת בביטול ההחלטה על בית לאומי ליהודים בפלשתינה, וטען כי הצהרה כזו תעשה רושם תעמולתי אדיר על עמי ערב ואלה יתעוררו מהפסיביות שלהם.
היטלר סירב למסור את ההצהרה שהציע לו המופתי, שכללה גם תמיכה בעצמאות ובאחדותן של פלשתינה, סוריה ועיראק, באומרו שהדבר יחזק את תומכי שארל דה גול בצרפת כנגד משטר וישי, משום שהדבר יתפרש בעיני הצרפתים כאילו הסכים לבטל את הכוח הקולוניאלי הצרפתי, מה שעלול לדחוף אותו לצד הבריטים והדבר יאלץ את גרמניה לשלוח מערבה גייסות שנחוצים מאוד במזרח. לאחר מכן ציין היטלר כמה דברים שביקש מהמופתי "לשמור עמוק בלבו": בקרוב יגיע הצבא הגרמני לגבולות הדרומיים של הקווקז, אז יכריז לעולם הערבי כי הגיעה שעת שחרורו ויצהיר את ההצהרה שהמופתי מצפה לה. אל-חוסייני דרש לחתום על חוזה חשאי, אולם היטלר ענה שמספיקה הצהרתו בעל פה. לסיום הוסיף כי עם השלמת הכיבושים בדרום הקווקז, יהיה מוכן להכריז על המופתי כמנהיג העולם הערבי.
פריץ גרובה, שעד זמן קצר לפני כן היה שגריר גרמניה בעיראק וקודם לכן שירת בקונסוליה הגרמנית בירושלים, תיעד את הפגישה בראשי פרקים. גרסתו לדברים שאמר היטלר: "כשתבוא שעת שחרור הערבים, לגרמניה אין עוד אינטרס שם, מלבד הרס הכוח המגן על היהדות".
גרסתו של אל-חוסייני לנקודה זו, כפי שתועדה ביומנו שנמצא על ידי חיל המודיעין של בעלות הברית, דומה מאוד לגרסת גרובה. לדבריו, היטלר אמר לו קודם לכן: "זה ברור כי היהודים לא השיגו דבר בפלשתינה וטענותיהם שקריות. כל דבר שהושג בפלשתינה הושג בזכות הערבים ולא היהודים. אני החלטתי למצוא פתרון לבעיה היהודית, ולגשת אליה צעד אחר צעד, מבלי להסס. בנוגע לכך, אני עומד לבצע פנייה צודקת והכרחית, קודם כל לכל הארצות האירופיות ולאחר מכן לארצות מחוץ לאירופה". המופתי ציטט ביומנו את היטלר כמבטיח לו: "אנו נגיע לקווקז הדרומי...ואז תבוא גם שעתם של הערבים לשחרור... תגיע השעה כאשר אתה תהיה ראש המדברים בעולם הערבי ולא רק המעביר אליו את הצהרותינו. אתה תהיה האיש אשר יעמוד בראש הכוח הערבי וברגע זה יקשה לי אפילו להעלות בדמיוני מה יהיה בגורלם של עמי המערב". אל-חוסייני טען ביומנו שקיבל הבטחה מהיטלר כי עם כיבוש המזרח התיכון, "מטרתה היחידה של גרמניה תהיה אז להשמיד את היסוד היהודי המתגורר במרחב הערבי בחסות הבריטים".
לאחר הפגישה העיר היטלר למרטין בורמן: "המופתי הגדול נראה כמלאך שליו - אך מתחת לגלימתו מסתתר פר של ממש...הוא איש שנון מאד". יומן החדשות הגרמני הציג תיעוד מצולם של הפגישה ודיווח: "הפיהרר מקבל את פני המופתי הגדול מירושלים".
תעמולה וגיוס למען מדינות הציר.
מתחילת 1942 שהה אל-חוסייני ברומא. יחד עם רשיד עאלי, נפגש בפברואר אותה שנה עם מלך איטליה, ויטוריו אמנואלה השלישי, שהעניק להם הצהרה פומבית על תמיכת איטליה באומה הערבית. ברומא החל המופתי להיאבק ברשיד עאלי על ייצוג העולם הערבי בפני מדינות הציר. הוא שהה ברומא עד מאי אותה שנה. לאחר מכן שהה חודשיים בברלין, ואז חזר לרומא. בקיץ אותה שנה נפגש עם הרוזן צ'יאנו, חתנו של מוסוליני ושר החוץ שלו. בעקבות הצעתו של צ'יאנו להכין את תושבי צפון אפריקה לניצחון מעצמות הציר, פרסם המופתי בעניין זה אגרת גלויה לתושבי מצרים. אל-חוסייני שהה ברומא עד 5 בדצמבר 1942. ברלין הייתה בסיסו עד סוף המלחמה, אולם ברוב ימי המלחמה הוא שהה בבארי שבאיטליה.
המופתי ביקר מדי פעם בברלין ושידר ברדיו הגרמני בערבית תעמולה אנטי-בריטית. מיולי 1942 ועד סוף 1944 הוא שידר ברדיו ברלין דברי תעמולה נאצית שהופנתה למזרח התיכון, צפון אפריקה והודו.
לאחר סילוקו של יונס בחרי, שעמד בראש התעמולה הערבית הפרו-נאצית כמנהל השידורים הערביים ברדיו ברלין, הקים אל-חוסייני מפקדה שעסקה בשידורי תעמולה בתוכניות הערביות של 6 תחנות שידור בעולם: ברלין, רומא, טוקיו, בארי, צייסן ואתונה.
לרשותו של המופתי הוקם בגרמניה משרד מיוחד: "המשרד הערבי: המופתי הגדול" (Das Arabische Büro: der Grossmufti), בו עסק אל-חוסייני בתעמולה. הוא הקים שורה של תחנות שידור בגלים קצרים וערך שידורים לארצות ערב ולתושבים המוסלמיים של האיים באוקיינוס השקט. בשידוריו לארצות הברית הזהיר את המהגרים הערבים לאמריקה "כי כל מאמציהם יהיו לריק אם חס ושלום ינצחו אמריקה ובעלות בריתה במלחמה" והפציר בהם להימנע מהשתתפות בה. אל ארצות ערב זרמה תעמולה בכתב וסוכניו של המופתי העבירו מדי יום ידיעות ריגול לשליחים גרמנים בגבולות סוריה-טורקיה. הוקם גם בית ספר מיוחד לצניחה וחבלה, שבו אומנו חבלנים ערבים למשימות מאחורי הקווים של בעלות הברית.
ב-22 באוגוסט 1942 שידר ברדיו בארי מסר לעמי הודו, בו קרא להם לאחד כוחות עם הערבים ובעזרת מעצמות הציר לגרש את הבריטים מהודו. המופתי סייע להקים בגרמניה את "לגיון המתנדבים ההודי" (Freiwillige Indische Legion), וכאשר נשלח הלגיון בסוף קיץ 1943 ללאקאנו שליד בורדו בצרפת, ביקר אצלם אל-חוסייני כדי לרומם את רוח הקרב שלהם.
בתחילת פברואר 1942 פנה אל-חוסייני ברומא ליושירו אנדו, יועץ שגרירות יפן באיטליה והציע לו שהרדיו היפני ישדר כמה מנאומיו אל המוסלמים בדרום מזרח אסיה ובהודו, כדי לעורר אותם למרד בשלטון הבריטי. ב-17 בפברואר הצעתו נענתה בחיוב. ב-1943 כתב אל-חוסייני לשר החוץ היפני והציע לו להקים את "צבא האסלאם", שיורכב ממתנדבים מוסלמים מאסיה וילחם לצד הצבא היפני. ביוני 1944 הציע אל-חוסייני לשר החוץ היפני תוכנית מפורטת יותר לשיתוף פעולה, שבמסגרתה יארגן "צבא שחרור אסלאמי".
בשידורי התעמולה הערבית שלהם מברלין ומרומא, אימצו חוסייני, קאוקג'י וכילאני מונחים נאציים, ועשו שימוש תכוף בדברי נאצה אנטישמיים.
ב-1942 ציפה אל-חוסייני כי הצבא הגרמני, שנחל הצלחות מרשימות במהלך המערכה בצפון אפריקה, יתקדם משם, לאחר ניצחונו, מזרחה אל מצרים וארץ ישראל. בנסיבות אלו הוא פעל להקמת צבא ערבי-מוסלמי שיסייע לגרמניה, שחייליו יהיו מתנדבים מהמזרח התיכון, עריקים ושבויים מהצבא הבריטי ומוסלמים מבוסניה ואלבניה. בעזרת אנטה פאבליץ' הקרואטי, הוא גייס מספר רב של לוחמים מוסלמים ביוגוסלביה, באלבניה ובבולגריה, שאורגנו ביחידות אס אס מיוחדות ובתנועת "אלבניה החופשית". הוא ביקר את היחידות הללו לעיתים קרובות, התפלל איתם ועודד אותם במלחמה למען אללה. הוא תרם להקמתה של יחידת אס אס מקרב המוסלמים באלבניה, שסייעה אחר כך להשמיד את יהודי הבלקן. הוא הצטרף ליחידת אס אס בבלקן, שם סייע בגיוס חיילים לדיוויזיה בוואפן אס אס מקרב המוסלמים בבוסניה - דיוויזיית אס אס הררית ה-13. הוא גם כתב פמפלט לחיילי הדיוויזיה הזו, בשם "אסלאם ויהדות". החוברת נפתחה במילים: "עבורנו המוסלמים, לא לכבודנו לבטא את המילה 'אסלאם' בנשימה אחת עם 'יהדות', כי האסלאם כה רם ונישא הוא מעל אויבו המושחת". החוברת מסתיימת בציטוט מ"בוכארי-מוסלים" מאת אבו הוריירה (أبو هريرة) , בן-לווייתו של הנביא מוחמד: "יום הדין יבוא רק אז, כשהמוסלמים יכניעו לחלוטין את היהודים; וכשכל אילן, שמאחוריו יסתתר יהודי, יאמר למוסלמי: 'מאחורי נמצא יהודי, רצח אותו!'".
באביב 1943 גייס וארגן במהירות יחידות מוסלמיות בוסניות בקרואטיה, שכונו "חאנג'אר" (Handjar; חרב). הן שובצו בוואפן אס אס ולחמו בפרטיזנים בבוסניה ומילאו משימות שיטור בהונגריה. הן השתתפו בטבח אזרחים בבוסניה, ואנשיהן התנדבו לסייע למרדף אחר היהודים בקרואטיה. החוברת "אסלאם ויהדות" חולקה לחיילי "חאנג'אר", לאחר שתורגמה באותה שנה מגרמנית לקרואטית (בשם "Islam i Zidovstvo"). על החוברת שיצאה לאור בזאגרב הופיעו שתי תמונות של המופתי, כשהוא נואם בטקס פתיחת המכון האסלאמי בברלין ב-18 בפברואר 1942, ולידו יוזף גבלס, שר התעמולה הנאצי. בוסנים רבים ששירתו בדיוויזיות המוסלמיות, חיפשו בסוף המלחמה מקלט במדינות מערביות ובארצות ערב. מאלה שהגיעו למזרח התיכון, רבים נלחמו לצד הערבים במלחמת העצמאות ב-1948.