לאחר שסיים את לימודיו בפרסינטון, המשיך אליטו ללימודי משפט באוניברסיטת ייל. הוא קיבל תואר J.D. ב-1975 ותפקד במהלך לימודיו כעורך בכתב העת Yale Law Journal. הוא פרסם בכתב העת הערת מחקר שעוסקת בהחלטות בית המשפט לגבי החוקתיות של לימודי דת בבתי ספר ציבוריים במהלך הזמן הפנוי של התלמידים, ובאופן שבו האינטראקציה בין השופטים בתיקים הנוגעים לשאלה זו הביאה לפרשנויות מוטעות של הדין. המאמר זכה בפרס על התרומה הטובה ביותר של סטודנט לכתב העת ב-1974.
קריירה לפני מינויו כשופט.
בשנים 1976–1977 שימש אליטו כעוזר משפטי של השופט לאונרד גארת בבית המשפט הפדרלי השלישי לערעורים. לאחר מכן הוא שימש כעורך דין מטעם מחלקת המשפט של ארצות הברית , בבית המשפט הפדרלי המחוזי בניו ג'רזי. בשנים 1981–1985 הוא שימש כעוזר פרקליט המדינה של ארצות הברית, ובמסגרת תפקיד זה הוא ייצג את עמדת הממשל הפדרלי בפני בית המשפט העליון ב-12 תיקים.
בשנים 1987–1990 הוא שימש כפרקליט הראשי של ארצות הברית במחוז ניו ג'רזי. מייקל צ'רטוף כיהן כסגנו. המשפט המתוקשר ביותר שניהל אליטו בתקופה זו, הוא נגד 20 נאשמים, שהואשמו בחברות בארגון הפשע לוצ'זה, אחת מ"חמש המשפחות". בתום המשפט, אחרי כיומיים שבהם הדיינו המושבעים, כל ה-20 זוכו.
בשנים 1990–2004, במקביל לכהונתו כשופט, לימד אליטו משפט חוקתי וקורסים על משפט וטרור ועל זכויות האזרח בבית הספר למשפט של אוניברסיטת סיטון הול הקתולית בניו ג'רזי.
שופט בבית המשפט הפדרלי השלישי לערעורים.
בפברואר 1990 הכריז הנשיא ג'ורג' ה. וו. בוש שאליטו הוא מועמדו לתפקיד שופט בבית המשפט הפדרלי השלישי לערעורים של ארצות הברית. מינויו אושר פה אחד בסנאט ב-27 באפריל באותה השנה. הוא כיהן בתפקיד עד 2006, עת התמנה לבית המשפט העליון.
בשנת 1992 אליטו היה אחד משלושה שופטים בבית המשפט לערעורים, שהחליטו בעתירה הורות מתוכננת נגד קייסי. הארגון העותר (מוסד להורות מתוכננת) ערער על חוק מפנסילבניה שקבע חמש מגבלות שונות על הזכות להפלה, בטענה שהמגבלות אסורות על פי פסק דין רו נגד וייד. השופטים אישרו את החוק, מלבד הוראת חוק אחת, לפיה על נשים שמבקשות לעשות הפלה ליידע את האב. אליטו כתב דעת מיעוט שבה הסביר שהוא היה מקבל את החוק בכללותו, כולל ההוראה שבית המשפט פסל. בית המשפט העליון הפך מאוחר יותר את ההחלטה, בפסק דין חשוב ששימר ופירש מחדש את הפסיקה ברו נגד וייד.
שופט בבית המשפט העליון.
מינוי.
ב-1 ביולי 2005 הודיעה סנדרה דיי אוקונור על כוונתה לפרוש מבית המשפט. בתחילה רצה הנשיא ג'ורג' וו. בוש למנות במקומה את ג'ון רוברטס. אולם, לפני שהספיק לעשות זאת, נפטר נשיא בית המשפט העליון ויליאם רנקוויסט, ורוברטס מונה כנשיא בית המשפט במקומו. לאחר שמונה רוברטס, הכריז בוש שמועמדתו להחליף את אוקונור היא הארייט מאיירס, עורכת דין ששימשה כיועצת משפטית של בוש ופרקליטתו האישית. מינוי זה ספג ביקורת רבה, שכן למאיירס לא היה ניסיון רב, ולבסוף מאיירס הודיעה שהיא מוותרת על המינוי. ב-31 באוקטובר הכריז בוש שאליטו הוא מועמדו החדש להחליף את אוקונור.
בתאריכים 9–13 בינואר 2006 ערכה ועדת המשפט של הסנאט שימוע לאליטו לקראת ההצבעה בסנאט. הסנאטורים הדמוקרטים הביעו ביקורת על המינוי וטענו שעמדותיו השמרניות יטו את החלטות בית המשפט. אליטו אמר שגישתו המשפטית היא אוריג'ינליסטית (פרשנות החוקה על פי הכוונות המקוריות של כותביה), בדומה לגישה של אנטונין סקאליה וקלארנס תומאס השמרנים. הוא סירב להגיד כיצד יכריע בשאלות הקשורות להפלות. בסיכום השימוע הצביעו חברי הוועדה בהתאם להשתייכותם המפלגתית, כאשר 10 חברי ועדה רפובליקנים תמכו במועמדותו ו-8 חברי ועדה דמוקרטים התנגדו לה. ב-31 בינואר הצביעה מליאת הסנאט בעד אישור המינוי, ברוב של 58 תומכים מול 42 מתנגדים.
פסיקות בולטות.
הפסיקות של אליטו מאז מינויו לבית המשפט העליון נטו לכיוון שמרני, ימני וליברטריאני.
הזכות לבחור בהפלה.
עוד לפני מינויו לבית המשפט העליון, כשהיה שופט בבית המשפט לערעורים, כתב אליטו את דעת המיעוט היחידה בתיק "הורות מתוכננת נגד קייסי", לפיה חוק ממדינת פנסילבניה שהציב מגבלות שונות על הפלות, הוא חוקתי, כולל הוראת החוק שנפסלה על ידי חברי המותב האחרים, לפיה על נשים שמבקשות לעשות הפלה לקבל את הסכמת בן זוגם. בית המשפט העליון ביטל את פסיקת בית המשפט לערעורים ופסל את החוק בכללותו.
בשנת 2007, אליטו תמך בדעת הרוב בפסק דין גונזלס נגד קרהארט (Gonzales v. Carhart), שקבע שחוק פדרלי שאוסר על "הפלה חלקית" (שיטת "הרחבה ופינוי", או D&amp;E) הוא חוקתי. שבע שנים קודם לכן, פסק דין שכתב סטיבן ברייר ונתמך על ידי סנדרה דיי אוקונור פסל חוק דומה. הפסיקה מ-2007 עברה בזכות קולו של אליטו, שהחליף את אוקונור. פרשנים הסיקו מכך שמינויו של אליטו במקום אוקונור שינה את היחס של בית המשפט להפלות.
במאי 2022 הודלפה לאתר החדשות פוליטיקו טיוטת החלטה מאת אליטו בתיק דובס נגד הארגון לבריאות נשים בג'קסון, שבה נקבע שפסק דין רו נגד וייד ופסק דין הורות מתוכננת נגד קייסי מוטעים ובטלים.
זכויות עובדים ואיגודי עובדים.
בשנת 2007 כתב אליטו את דעת הרוב בתיק "", בו הקבע שעובדים לא יכולים לתבוע מעסיקים בגין אפליה על רקע של גזע או מגדר, אם טענותיהם מתבססות על פעולות שעשה המעסיק לפני יותר מ-180 יום. ההחלטה התבססה על פרשנות של חוק שחוקק הקונגרס (ולא של החוקה). בתגובה, הקונגרס העביר בשנת 2009 את "חוק תשלום הוגן על שם לילי לדבטר", שנקרא על שם העותרת בתיק.
אליטו כתב שורה של פסקי דין שהתפרשו כמפלה עבור ארגוני עובדים. בשנת 2018 כתב אליטו את דעת הרוב בפסק דין Janus v. AFSCME, לפיו לאיגודי עובדים במגזר הציבורי אסור לחייב עובדים שאינם חברים באיגוד לשלם אגרות לאיגוד, בנימוק שחיוב בתשלום פוגע בחופש הביטוי של העובדים, אשר מוגן על ידי התיקון הראשון לחוקה. ההחלטה ביטלה פסק דין אחר באותו נושא משנת 1977 (Abood v. Detroit Board of Education). היא פורשה כמפלה קשה עבור איגודי עובדים, ופסק הדין עצמו מציין שלהחלטה יהיו השלכות פיננסיות שליליות על איגודים במגזר הציבורי. דוחות שפורסמו לאחר מכן, הראו שמספר איגודי עובדים גדולים במגזר הציבורי איבדו אחוז ניכר מהכנסותיהם ובמקרים מסוימים איבדו יותר מ-90% ממשלמי האגרות.
הזכות לשאת נשק.
אליטו היה אחד משופטי הרוב בפסק דין מחוז קולומביה נגד הלר (District of Columbia v. Heller), שקבע שהתיקון השני לחוקה מגן על זכותם של אזרחים פרטיים לשאת נשק ואוסר על הממשל הפדרלי להגביל נשיאת נשק למטרות חוקיות, שבאופן היסטורי נחשבו ללגיטימיות, כגון למטרות של הגנה עצמית בבית האזרח. פסק הדין פסל חוק בוושינגטון די. סי. שאסר על נשיאת נשק בציבור וקבע שעל נשק המאוחסן בבית האזרח להיות פרוק, מפורק, ומוגן באמצעות מנעול על ההדק. פסק דין זה התייחס לממשל הפדרלי בלבד ולא למדינות, שכן ב-2008 עדיין לא קבע בית המשפט העליון שהתיקון השני חל על המדינות. בשנת 2010 כתב אליטו את דעת הרוב בפסק הדין מקדונלד נגד העיר שיקגו , שבו נקבע שהתיקון ה-14 החיל את המגבלות הקבועות בתיקון השני על המדינות. לפי פסיקה זו לכל האזרחים בכל המדינות קיימת הגנה חוקתית על זכותם לשאת נשק. עם זאת, שני פסקי הדין לא קבעו שהזכות לשאת נשק היא אבסולוטית. אסדרה של נשיאת נשק היא לגיטימית עד גבול מסוים, ואת גבולות הלגיטימיות של חוקים בנושא יש להבין על פי ההיסטוריה והמסורת של ארצות הברית. שני פסקי הדין נתפסו כמפלה עבור התומכים בהגבלות על נשיאת נשק.
חופש הדת.
בשנת 2014 כתב אליטו את דעת הרוב בפסק דין ברוול נגד הובי לובי (), שבו נקבע כי בהתאם ל"חוק שימור חופש הדת" (1993), חברות פרטיות פטורות מכללים רגולטוריים שלהם הן מתנגדות מטעמים דתיים, אם ישנה דרך מגבילה פחות לקדם את האינטרסים הקבועים בחוק. באופן ספציפי, חברות פרטיות פטורות מהחובה של מעסיקים לספק לעובדיהם ביטוח רפואי שכולל אמצעים למניעת היריון, חובה שנקבעה על ידי מחלקת הבריאות של ארצות הברית אחרי שעבר חוק הגנת החולה וטיפול בר השגה (אובמה-קייר). זו הייתה הפעם הראשונה שבית המשפט העליון הכיר בזכותן של חברות פרטיות להצהיר על אמונה דתית ולזכות בהגנה על אמונה זו.
אליטו הצטרף למסקנה של הרוב (אך לא לחוות הדעת של הרוב) בפסק דין "פולטון נגד העיר פילדלפיה" (Fulton v. City of Philadelphia), שקבע שהעיר פגעה בחופש הדת של סוכנות אימוץ ילדים קתולית כאשר היא מנעה מהסוכנות להשתתף בתוכנית האימוץ של העיר משום שהסוכנות לא הסכימה לעזור לבני זוג מאותו המין. בחוות דעת נפרדת, אליטו כתב שהוא היה הולך רחוק יותר מהרוב ומבטל פסיקה קודמת של בית המשפט (Employment Division v. Smith), שקבעה שמדינות יכולות אך לא מחויבות להתחשב בשיקולים של אמונה דתית בבואן לאכוף את החוק במדינה.
עונש מוות.