בוויכוח על עקרונות הלאומיות ניצחה המפלגה העל-מצרית. בניצחונה התוותה דרך חדשה שהובילה לנאמנות דתית והקצנה בכל הנוגע לאסלאם. אורח החיים היהודי תחילה היה במצב טוב, שגשוג כלכלי, תרבותי וחברתי ויכולת השתלבות מספקת עם החברה המצרית. הקהילה היהודית במהלך השנים נקלעה למשבר זהות בין היהדות והרצון לשמור על המסורת לבין הרצון להשתייך ללאום המצרי. היו תקופות בהן מערכת היחסים בינם לבין החברה המצרית פרחה בכל התחומים ותקופות בהן הקהילה היהודית סבלה מפרעות ומדיכוי על ידי שכניהם המצרים. בסופו של יום מערכת היחסים בין הקהילה היהודית לבין המצרים כשלה וחוסר התיאום בין הלאומים בהשפעת הקמת מדינת ישראל הוביל להגירה של יהודים אל מחוץ גבולות מצרים עד שלאחר מלחמת יום הכיפורים נותרו במצרים מאות אחדות של יהודים. התנגשות האינטרסים בין השאיפה ללאומיות דתית של המצרים לבין הרצון הלאומי מצרי של היהודים היא שגרמה לכשל במערכת היחסים הזו. תהליך המודרניזציה השפיע גם הוא על הקהילה היהודית במצרים, על הפערים בתוכה, על התקשורת בינה לבין החברה המצרית, על הדמוגרפיה ועל כמות האוכלוסייה.
ניתן לראות כי היה ברצונם של היהודים להיות חלק מהלאום המצרי ועם זאת לשמור על המסורת ועל הדת היהודית. השפעתה של התנועה הלאומית המצרית על הקהילה היהודית היוותה בסופו של דבר כגורם מרכזי להתרחקות הקהילה היהודית מהלאום המצרי עד לניתוק כמעט מוחלט שלה.
ב-1924 התקיימו הבחירות החופשיות הראשונות לפרלמנט במצרים, והיהודים קיבלו ייצוג בבית הנבחרים ובסנאט.
העת החדשה.
תקופה זו מתחילה עם החדירה של מדינות אירופה, בעיקר צרפת ובריטניה, למצרים. ליהודים הייתה זו תקופת פריחה היות שהם יכלו לגשר בין שתי התרבויות: המערב-אירופאית והערבית-מצרית. הם הכירו את התרבויות השונות, היו להם קשרי משפחה ומסחר עם שתי התפוצות וידעו את השפות. בקהיר, עברו היהודים בהדרגה מהרובע העתיק לאזור אסמאעיליה הקרוב יותר למרכז קהיר המודרנית. חנויות ובתי מסחר שפתחו שם נהפכו לחלק משמעותי בחיי המסחר והתרבות של קהיר. באזור זה נבנה בשנת 1905 בית הכנסת שער השמים שנהפך לבית הכנסת הראשי של הקהילה.
אשר למספר היהודים במצרים קיימים אומדנים שונים: לפי אתר משרד החוץ בירושלים במאה ה-20 הגיע מספר היהודים ל-75,000 נפש ויש האומדים את מספרם ב-85,000. באנציקלופדיה אוצר ישראל מצוטטים מפקדי האוכלוסין שבוצעו על ידי השלטון הבריטי. לפיהם, מספר היהודים בשנת 1898 היה 25,000, מהם 9,946 באלכסנדריה, ובשנת 1907 - 38,000 נפש. ב"אוצר ישראל" נאמר כי הקהילה שגשגה יותר מכל הקהילות היהודיות בארצות ערב והיוותה גורם מרכזי בכלכלת מצרים.
בשנת 1917 מספר היהודים היה 60 אלף (0.5% מכלל אוכלוסיית מצרים). למעלה מ-95% מהם התגוררו בשתי הערים קהיר ואלכסנדריה. בשנות ה-20 כ-50%–60% מהם היו בעלי נתינות זרה – מעמד שהיקנה להם יתרון כלכלי ומשפטי על פני המקומיים, בצורת הקפיטולציות או חסות קונסולרית. רק כ-10%–15% היו בעלי אזרחות מצרית, והשאר היו חסרי נתינות.
יהדות מצרים הייתה קהילה מגוונת ביותר בתחילת המאה ה-20. רוב יהודי מצרים היו ספרדים, חלקם הגיעו למצרים לאחר גירוש ספרד, ואחרים הגיעו בתקופות מאוחרות יותר מקהילות כגון ליבורנו באיטליה או מחלקים אחרים של האימפריה העות'מאנית. מתוך הספרדים יצאה האליטה של הקהילה, שעסקה בבנקאות ומסחר בינלאומי. השפות המדוברות הנפוצות בקרבם היו צרפתית, לדינו, איטלקית, ערבית, טורקית, יוונית (מהגרים מסלוניקי) ועוד. במצרים הייתה גם קהילה אשכנזית קטנה שהוקמה על ידי מהגרים יהודים שהגיעו אליה ממזרח אירופה, הגירה אשר התחזקה בעיקר לאחר פוגרום קישינב בשנת 1903. השפות הנפוצות בקרבם היו רוסית, יידיש ופולנית, אך בהדרגה גם הם אימצו את הצרפתית. העדה הקראית במצרים שימרה בעיקר את הערבית כשפת דיבור, וכך גם רוב בני המעמדות הנמוכים בחברה היהודית (חלק אחר מבני המעמדות הנמוכים היו המהגרים דוברי היידיש). ערבית הייתה גם שפתם של מספר קטן של מלומדים ואנשי רוח שהשתלבו בזירת התרבות המקומית, כגון דאוד חוסני, יעקב צנוע, ד"ר הלל בן יעקב פרחי ואחרים.
בערים החשובות של מצרים, קהיר ואלכסנדריה, היו בתי ספר יהודיים. היה גיוון רב בסוגי מוסדות הלימוד וזאת בהתאם למצב הכלכלי ולפי מבחר השפות והתרבות האירופית שהורי התלמידים בחרו. בשנת 1886 לערך ייסד הרב מימון בן עטר (לימים רבה של אלכסנדריה) ואחיו הרב יעקב תלמוד תורה מסורתי לילדים, שהכיל בשיאו כ-300 תלמידים, ולימד בין היתר בשפות ערבית, אנגלית וצרפתית. הקהילה היהודית הפעילה גם בתי חולים בקהיר ואלכסנדריה, בתי אבות, מוסדות צדקה ותרבות שונים (כולל תיאטרון קהילתי), בתי ספר מקצועיים, עיתונות יהודית ענפה ועוד. בקהיר לבדה פעלו עשרים ותשעה בתי כנסת. 12 נותרו עד המאה ה-21, ובית הכנסת שער השמים הוא היחידי שעודנו פעיל. כ-90 כתבי עת, ירחונים ועיתונים יצאו לאור על ידי יהודים במצרים מסוף המאה ה-19 עד שנות ה-60 של המאה ה-20. מתוכם 60 היו עיתונים יהודיים במוצהר ו-30 יועדו לקהל הכללי. רוב העיתונים היו בצרפתית, השפה העיקרית של בני הקהילה, בעוד חלקם בערבית, ערבית יהודית, עברית או שפות אירופאיות אחרות מלבד צרפתית.
השתתפות בציונות.
פעילות ציונית במובן המודרני החלה במצרים עוד בסוף המאה ה-19. אחד מראשוני הפעילים הציונים היה יוסף מרקו ברוך, שייסד במצרים את אגודת "בר כוכבא" בשנת 1897 שהפעילה בין היתר בית קפה, ספרייה ומועדון מפגש בקהיר. [10] מספר עיתונים ציונים יצאו לאור במצרים עוד בתחילת המאה ה-20, כולל העיתון "מצרים" בשפה ערבית יהודית ו-"Le Messager Sioniste" בצרפתית. ארגונים ציונים אחרים שהוקמו במצרים מתחילת המאה ה-20 היו "ההסתדרות הציונית של מצרים", שלוחה של ארגון מכבי, תנועת צופים עבריים ועוד. אנשי עסקים מהאליטה הוותיקה של יהודי מצרים כגון הברון פליקס דה מנשה, יעקב (ז'ק) מוצרי ואחרים תרמו ליוזמות בניין בארץ ישראל וכן להפצת הרעיון הלאומי היהודי במצרים. מספר יישובים בארץ ישראל (כגון כפר ידידיה) הוקמו בזכות כספים שגויסו על ידי יהודי מצרים בתקופה הזאת.
בתקופת מלחמת העולם הראשונה מצרים הייתה מקלט ללמעלה מעשרת אלפים פליטים יהודים מהיישוב היהודי בארץ ישראל, שגורשו על ידי השלטון העות'מאני, מה שתרם להתבססות הציונות במדינה. בעקבות הצהרת בלפור נערכו אירועי שמחה המוניים מצד היהודים ברחובות קהיר ואלכסנדריה. במשך תקופה ארוכה לא היה נדמה שיש עימות אינטרסים בין התנועה הלאומית היהודית לבין התנועה הלאומית המצרית ומטרותיה, ועל כן פעילות ציונית לא נתקלה בהתנגדות רבה, אך אין לראות בזה אינדיקציה לפעילות ציונית ענפה; גם בשיא התרחבותה של התנועה הציונית עם בואם של המתנדבים של היישוב מארץ ישראל לצבא הבריטי במלחמת העולם השנייה, אז הקלו חיילי בעלות-הברית שהוצבו במצרים על הקמת קשר עם ארץ-ישראל, מרבית יהודי מצרים נותרו אדישים לה ולקסמיה. יתר על כן, היו כאלה שהבחינו בפוטנציאל של הפעילות הציונית - דלה ככל שתהיה - להביא פורענויות על יהודי מצרים, ועל כן, לצד מנהיגים שעודדו אותה בגלוי גם אחרי פרוץ המלחמה, נעמדו אלו שהפצירו על נאמנותם לאומה המצרית וביקשו להניא מהפגנות פומביות של ציונות.
יהודים מצרים אחדים כגון עו"ד ליאון קסטרו ועו"ד פליקס בן זקן אף היו פעילים במקביל הן בדרגים הבכירים של מפלגות לאומיות מצריות כגון מפלגת הופד והן בדרגים הבכירים של המוסדות הציונים במצרים. ארגון ציוני נוסף בשם "המועצה הפרו-פלשתינאית" הוקם באלכסנדריה בשנת 1918, ובין מייסדיו היה הסנטור יוסף דה פיצ'וטו ביי, החבר היהודי הראשון בפרלמנט המצרי. הקמת העיתון הציוני ישראל (Israël) על ידי בני הזוג מזל (מתילדה) ואלברט מוצרי בשנת 1920 הייתה גם כן בעלת חשיבות רבה לקידום הציונות במצרים.
התנכלויות כלפי הקהילה.
בשנות ה-30 של המאה ה-20 החלה להשתנות האווירה הציבורית במצרים לרעת היהודים ומיעוטים לא-מוסלמים אחרים כגון קופטים ויוונים. תעמולה פשיסטית איטלקית וגרמנית ענפה פעלה במצרים, ותנועות כגון האחים המוסלמים והמצרים הצעירים פסלו את היהודים אם מפני שאינם מוסלמים ואם מפני שלא ראו בהם כ"מצרים אמתיים". הסכסוך המתלהט בארץ ישראל והמרד הערבי הגדול שפרץ בשנת 1936 הוסיפו גם הם שמן למדורה. גורמים לאומניים ואסלאמיסטים במצרים השתמשו בטרמינולוגיה גזעית בהתייחסם לסכסוך בארץ ישראל, בהשפעת התעמולה הפשיסטית. פרסומים אנטישמים גברו בתקופה זאת כולל תרגומים לערבית של מיין קמפף והפרוטוקולים של זקני ציון. על רקע זה פרצו במאי 1938 מהומות כנגד תושבים יהודים בקהיר, אלכסנדריה וטנטא, אך אלו נעצרו על ידי המשטרה המקומית. בשנת 1945 פרצו בשנית מהומות כנגד היהודים בקהיר ואלכסנדריה, בהם נהרגו כעשרה יהודים. המהומות התגלגלו במהרה לתקיפות גם כנגד מיעוטים לא-מוסלמים אחרים.
התנכלויות רבות ליהודי קהילת מצרים באו בעקבות החלטת החלוקה של האו"ם. שיאן היה בפרעות ופליטות.
ב-28 בנובמבר 1947, הזהיר שגריר מצרים באו"ם, יוסף היכל פאשה: "מיליון יהודים חיים בשלום במצרים (וביתר ארצות האסלאם) ונהנים מכל זכויות האזרח. בהחלט אין הם רוצים להגר לפלשתינה. אולם אם מדינה יהודית תיווצר אף אחד לא יוכל למנוע צרות. פרעות תפרוצנה בפלשתינה, תתפשטנה על כל ארצות ערב ותובלנה אולי למלחמה בין הגזעים. ...אם יחליטו האומות המאוחדות על חלוקת פלשתינה הן תשאנה באחריות לצרות חמורות ביותר ולטבח של מספר רב של יהודים".
סוף הקהילה והעלייה לישראל.