תחת השלטון הצלבני יהודים לא הורשו להחזיק קרקעות ובשל כך היו מעורבים במסחר בערי החוף. רוב היהודים בארץ ישראל באותה העת היו בעלי מלאכה. בשלב זה הקהילות היהודיות היו פזורות בכל רחבי ארץ ישראל, כולל בירושלים, בטבריה, ברמלה, באשקלון, בקיסריה, ובעזה.
בשנת 1165 הרמב"ם ביקר בירושלים והתפלל בהר הבית. בשנת 1141 המשורר הספרדי יהודה הלוי קרא ליהודים לעלות לארץ ישראל, והוא עשה זאת בעצמו.
השלטון הצלבני בארץ ישראל השפיע באופן ניכר על האוכלוסייה היהודית בארץ ישראל. המצב של היהודים בארץ ישראל השתפר לבסוף לאחר שב־1187 צבאותיו של הסולטאן המוסלמי צלאח א-דין הביסו את הצלבנים בקרב קרני חיטין, ובהמשך כבשו את ירושלים ואת רוב אזור ארץ ישראל. (מדינה צלבנית שהתרכזה באזור עכו שרדה בסביבות מאה שנה נוספות). צלאח א-דין הוציא בהמשך כרוז המזמין את כל היהודים לחזור ולהתיישב בירושלים, ולטענת יהודה אל-חריזי יהודים החלו בעקבות כך לחזור לארץ הקודש ולהתיישב בירושלים. אל-חריזי השווה את הצו של צלאח א-דין, אשר איפשר ליהודים לחזור ולגור בירושלים, לצו שהוציא כורש הגדול כ-1,600 שנים קודם לכן.
למרות המדיניות הרשמית של צלאח א-דין, בתקופות בהן שלטו הצלבנים על חלקים מארץ ישראל, הקרבה והמתח בין הנצרות לאסלאם גרמו לעלייתם של זרמים אסלאמים קיצוניים, והתעוררו בתקופה זו מספר גלים של אסלום בכפייה באזורי ארץ ישראל שהיו בשליטת המוסלמים. על יהודים שלא המירו את דתם הופעלו לחצים לעזוב ולהגר.
בשנת 1211 הגיעה לישראל עליית בעלי התוספות, שהייתה קבוצה של מעל ל-300 רבנים מצרפת ומאנגליה, אשר כללה את רבי שמשון משאנץ. יהודי אירופה אשר בחרו להגר לארץ הקודש במאה ה-13 עשו זאת לרוב בשל הרדיפות באירופה, או כתוצאה ממצוקה כלכלית. בכתביו של הצליין הספרדי יהודה אלחריזי משנת 1217 הוא ציין שהוא מצא את המראה של המבנים הלא-יהודיים בהר הבית מפריע מאוד: "איזה ייסורים לראות את בית המקדש שלנו הפך למקדש זר!".
בשנות ה-20 של המאה ה-13 הצליחו הצלבנים לכבוש מחדש את ירושלים, אולם איבדו אותה מחדש בקרב הירביה בשנת 1244, שעלה לצלבנים במרבית שטחם, והותיר אותם עם שטח מצומצם באזור עכו. בתקופה זו נשלטה רובה המוחלט של הארץ על ידי כוחות מוסלמים. בשנת 1291 נכבש גם החלק האחרון שהיה בשליטה צלבנית.
התקופה הממלוכית.
בשנת 1250 במהלך סכסוך פנימי בצמרת הסולטנות האיובית ששלטה על ישראל, מרדו מנהיגי הממלוכים - צבא של חיילים-עבדים ששרתו את הסולטנות - חיסלו את הסולטאן, והקימו במצרים את הסולטנות הממלוכית, ששלטה על ישראל קרוב ל-300 שנה.
בשנת 1267 הרמב"ן הגיע לירושלים ומצא רק שני תושבים יהודים. מתוך רצון להחיות את הקהילה היהודית בירושלים הרמב"ן הביא עימו לירושלים ספר תורה משכם והקים בירושלים בית כנסת. מאוחר יותר התיישב הרמב"ן בעכו, שם עמד בראש ישיבה יחד עם רבי יחיאל בר יוסף הלוי מפריז, אשר עלה לארץ ישראל בשנת 1260 יחד עם בנו ועם קבוצה גדולה של מאמינים. עם הגעתו הוא הקים את בית מדרש.
במחצית השנייה של המאה ה-13 הפכה ארץ ישראל נתונה לתקיפות מונגוליות מרובות. העימותים עם המונגולים גרמו לכך שרבים מתושבי ארץ ישראל, והיהודים בפרט, מצאו את מותם במהלך אותה התקופה. צבאות הסולטאן קוטוז ממצרים ניצחו בסופו של דבר את המונגולים בקרב עין ג'לוט (סמוך למקום בו הוקם היישוב עין חרוד המורדני).
בשנת 1266 הפך הסולטן הממלוכי ביברס את מערת המכפלה בחברון למקדש מוסלמי, ואסר על כניסתם של נוצרים ויהודים למקום, אשר קודם לכן הורשו להיכנס למקום תמורת תשלום. האיסור נשאר בתוקף עד שנת 1967 כאשר ישראל כבשה את אזור יהודה ושומרון והשתלטה על מבנה מערת המכפלה. בשנת 1286 המנהיג היהודי מאיר מרוטנבורג נכלא על שניסה לארגן קבוצה גדולה של יהודים מגרמניה שתעלה לארץ ישראל. שני המקובלים הספרדים חננאל אבן אסקארה ושם טוב אבן גאון היגרו לצפת בתקופה זו. בימי שלטונו הסובלני של הסולטן הממלוכי מוחמד בן קלאון הורשו עולי רגל יהודים ממצרים ומסוריה לחגוג חגים יהודיים בירושלים. רבים מיהודי ירושלים עסקו בלימוד קבלה. אחרים היו אומנים, סוחרים, קליגרפים או רופאים. הקהילה היהודית התוססת בחברון עסקה בין היתר באריגה, צביעה וייצור כלי זכוכית.
לניסיון של יהודים מגרמניה לרכוש בשנת 1428 מבנים בהר ציון, במקום בו היה קבר דוד המלך, היו תוצאות חמורות. הפרנציסקנים ששהו באתר מאז 1335 עתרו לאפיפיור, מרטינוס החמישי, אשר הוציא בתגובה את צו גזירת הים האוסר על העברת יהודים מאירופה (בעיקר מערי המסחר של איטליה כוונציה וג'נובה) לארץ ישראל.
בשנת 1455 נעצרה קבוצה גדולה של יהודים מסיציליה שניסתה להפליג לארץ ישראל. מאחר שלא רצו להפסיד את ההכנסות מהמסים המיוחדים שנלקחו מהיהודיים השלטונות התנגדו להגירה המונית של יהודים מתחומם והאשימו את הקבוצה בכך שניסו להבריח זהב שלא כדין מסיציליה. לאחר ששהו במאסר במשך תשעה חודשים, 24 היהודים שנכלאו שוחררו לאחר ששילמו כופר ובעקבות כן קיבלו אישור לנסוע לארץ ישראל כל עוד ישאירו מאחוריהם את כל רכושם.
היסטוריה מודרנית (1517 ואילך).
השלטון העות'מאני (1517–1917).
ארץ ישראל נכבשה על ידי צבאות הסולטן הטורקי סלים השני בשנים 17–1516, והפכה למחוז של סוריה העות'מאנית במשך ארבעת מאות השנים הבאות.
בשנת 1534 הפליט הספרדי יעקב בירב התיישב בצפת. בירב, אשר נחשב לאחד מגדולי חכמי ארץ ישראל במחצית הראשונה של המאה ה-16, ניסה ליזום ב-1539 את חידוש הסמיכה, אשר הייתה אמורה לגרום לכך שתהיה רשות מרכזית מוכרת אחת לכל היהודים ברחבי העולם. בשנת 1538 אספת רבנים בצפת שכללה 25 רבנים ואת בירב, ניסו להוביל מהלך שיגרום להקמה מחדש של הסנהדרין. אף על פי כן תוכניתם נעצרה בעקבות מחאה חזקה מצד הרב הראשי של ירושלים לוי בן חביב. נוסף על כך, העות'מאנים אשר חששו שהתוכנית של בירב תהווה צעד ראשון לקראת הקמתה של מדינה יהודית, גירשו את בירב מארץ ישראל. במאה-16 בכל זאת חלה צמיחה בקרב הקהילה היהודית בארץ ישראל. הרבנים בארץ ישראל לקחו חלק ביצירת מדריך העוסק בהלכה היהודית וכמה מהשירים הליטורגיים היפים ביותר. חלק גדול מהפעילות הזו התרחשה בצפת שהפכה למרכז רוחני מרכזי ליהודים. כמה מן המזמורים המפורסמים ביותר נכתבו בצפת על ידי משוררים כמו ישראל נג'ארה ושלמה אלקבץ. צפת הפכה גם למרכז למיסטיקה יהודית, כאשר מקובלים בולטים בצפת באותה העת כללו את משה קורדוברו ונפתלי הרץ בן יעקב אלחנן. שיטה חדשה להבנת הקבלה פותחה על ידי המיסטיקן יצחק לוריא, ואומצה על ידי תלמידו חיים ויטאל. בצפת פיתחו היהודים מספר ענפי מסחר, בעיקר גידולי דגנים, תבלינים, ובדים. בשנת 1577 הוקם בצפת בית דפוס עברי. בשנת 1555 מנתה הקהילה היהודית בצפת בסביבות 8,000 עד 10,000 יהודים. עד סוף המאה ה-16 תגדל הקהילה היהודית בצפת פי שניים לערך.
בסביבות שנת 1560 העניק סולימאן המפואר הכרה רשמית בזכות היהודים להתפלל בכותל המערבי.
בסביבות שנת 1563 קיבל יוסף הנשיא אישור מהסולטן סלים השני לרכוש את טבריה ושבעה כפרים סמוכים על מנת להקים במקום עיר יהודית. יוסף הנשיא קיווה שמספר גדול של פליטים יהודים ישתקעו שם. ואכן, פליטים יהודים מהעיר קורי שבאיטליה, המונה כ־200 נפשות, החליטו להגר לטבריה. יוסף הנשיא הוביל בנייה מחדש של חומות העיר בשנת 1564 וניסה להפוך את טבריה למרכז לייצור טקסטיל, על ידי שתילת עצי תות בתחומי העיר בתקווה להפיק מהם משי. עם זאת, בשנים שלאחר מכן מספר גורמים תרמו לכך שהתוכנית כשלה לבסוף. דודתו של יוסף הנשיא, דונה גרציה נשיא, תמכה בישיבה בעיר במשך שנים רבות עד מותה בשנת 1569.
בשנת 1576 החליטו העות'מאנים לגרש 1,000 משפחות משגשגות מהקהילה היהודית בצפת לקפריסין "לטובת האי", וכי 500 אנשים נוספים יגורשו לקפריסין בשנה שלאחר מכן. הצו בוטל מאוחר יותר. ב־1586 הסכימו יהודי איסטנבול להקים חאן מבוצר על מנת לספק מקלט ליהודי צפת מפני "שודדי לילה וגנבים חמושים".
בשנת 1569 עבר הרדב"ז לירושלים, אך עד מהרה בחר לעבור לצפת על מנת להימלט מהמיסים הגבוהים שהטילו העות'מאנים על היהודים.
בשנת 1610 הושלם בית הכנסת יוחנן בן זכאי בירושלים. בית הכנסת הפך בעקבות כך לבית הכנסת הראשי של היהודים הספרדים, והמקום שבו פעל הרב הראשי של יהודי ספרד. אולם הלימוד הסמוך שנוסף ב-1625 הפך מאוחר יותר לבית הכנסת של אליהו הנביא.
במרד חמלניצקי שאירע באוקראינה בשנים 1648–1654 נרצחו קרוב ל-100,000 יהודים. בעקבות כך חלה הגירה גדולה של יהודים לארץ ישראל. ב-1660 היישוב צפת וטבריה בהם היה רוב יהודי נחרבו על ידי דרוזים בעקבות מאבקי כוחות שהתקיימו באותה העת בגליל. בשנת 1665 האירועים סביב הגעתו של שבתי צבי לירושלים הובילו לכך שבוצע טבח ביהודים בירושלים. רעידת האדמה של 1759 גרמה להחרבה של חלק ניכר מהעיר צפת וטבריה ולמותם של כאלפיים אנשים, כאשר מתוכם מתו כ-190 יהודים.
תלמידיו של הגאון מווילנה התיישבו בארץ ישראל כמעט עשור לאחר בואם של שניים מתלמידיו, הרב חיים מווילנה והרב ישראל בן שמואל משקלוב. בסך הכל שלוש קבוצות של תלמידי הגאון מווילנה היגרו לארץ ישראל. הם היוו את הבסיס לקהילות האשכנזיות של ירושלים ושל צפת, שהקימו את מה שהיה ידוע כ"כולל פרושים". הגעתם עודדה התעוררות של הקהילה האשכנזית בירושלים, שעד אז הייתה בעיקר ספרדית. רבים מהצאצאים של תלמידי הגאון מווילנה הפכו לדמויות מובילות בחברה הישראלית המודרנית.
במהלך המצור על עכו ב-1799 נפוליאון פרסם כרוז ליהודי אסיה ואפריקה שיסייעו לו לכבוש את ירושלים. אך לבסוף המצור הסתיים והתוכנית מעולם לא בוצעה.