בשלהי המאה ה-19 התחולל עימות גלוי על השליטה בקהילה, בין הצעירים חברי שכבת האינטליגנציה החדשה על זרמיהם הפוליטיים השונים ובין עשירי הקהילה שכונו "נוֹטָאבִּילִים", אשר שלטו במוסדות הקהילה ובכלל זה בהנהלות בתי הספר ובתי הכנסת והתנגדו לשינויים ובעיקר לניצני הציונות. ב-1898 לאחר יסוד התנועה הציונית הוסלם המאבק ובסופו נושלו הנוטאבילים מהנהגת הקהילה. בתקופה זו התחולל עימות גם בין חברי תא בני ברית בסופיה ולבין חברי הוועד הציוני המרכזי, על רקע האשמות מצד חברי התנועה הציונית על כך שחברי "בני ברית" תומכים בנוטאבילים. ראשית הפעילות הציונית בסופיה כרוכה בשני אירועים עיקריים. הראשון היה הגעתם לסופיה בשלהי המאה ה-19 של אקדמאים יהודים מהאימפריה הרוסית, רובם בהזמנת הממשלה הבולגרים. לאישים כדוגמת ראובן בירר, צבי בלקובסקי, בוריס שץ, הירש רימלובסקי וקרל הרבסט שהיו חברי או תומכי תנועת חובבי ציון, נודעה השפעה על ארגונה ומיסודה של התנועה הציונית בבולגריה בראשית דרכה. האירוע השני קשור לבואו של יוסף מרקו ברוך לבולגריה. מרקו ברוך הגיע במסע רגלי מבלגרד לסופיה בשלהי מרץ 1895 ולאחר הגעתו נפגש עם הרב הראשי ד"ר מרדכי גרינוואלד ועם ראובן בירר באוניברסיטת סופיה, וביקש סיוע להפצת רעיונותיו באמצעות כתב עת בצרפתית. למרות סיוע ראשוני נקלע מרקו ברוך לעימות מול ראשי הקהילה וביולי 1895 לאחר הפצת עותק ראשון מכתב העת שלו, עבר לפלובדיב ושם המשיך בפעילותו שהובילה להקמתה של ההסתדרות הציונית בבולגריה. ב-1897 הגיעה הזמנתו של בנימין זאב הרצל לקונגרס הציוני הראשון ולאחר אספה בבית הכנסת האשכנזי בסופיה, הוחלט לשלוח לקונגרס את קרל הרבסט, צבי בלקובסקי ויהושע כלב.
בממלכת בולגריה.
בראשית המאה ה-20 החלו חלק מבני הקהילה לאמץ תפישת עולם סוציאליסטית וסוציאל-דמוקרטית, הם הצטרפו למפלגות השונות בבולגריה והתרחקו מהגישה הלאומית שהופגנה על ידי התנועה הציונית. לימים, עברו רבים מגרעין אידאולוגי זה לתנועה הקומוניסטית בממלכה. העניין הוביל לעימות רעיוני חריף מול התנועה הציונית. בהמשך, הוקם בעיר סניף של מפלגת פועלי ציון, אשר חבריו ניסו ליצור סינתזה בין שתי הגישות. עם התחזקות התנועה הקומוניסטית בבולגריה והקצנתה ההדרגתית, התקרבה תנועת פועלי ציון לתנועה הציונית וחיזקה את מעמדה.
בינואר 1915 נערכו בחירות לוועד הקהילה בסופיה אשר מנה 5 חברים. הרשימה הציונית זכתה ב-3 מושבים, הלא ציונים והנוטאבילים ב-2 והסוציאליסטים לא זכו באף מושב. ד"ר יהושע כלב נבחר לראש הקהילה. במהלך מלחמת העולם הראשונה נפלו מאות מבני הקהילה והמשבר הכלכלי, הפוליטי והחברתי שפקד את הממלכה לא פסח גם עליה. התנועה הציונית נחלשה וקמה לה אופוזיציה פנימית. במאי 1926 הוקמה בסופיה האגודה הרוויזיוניסטית. ב-16 בנובמבר 1926, ביקר בסופיה זאב ז'בוטינסקי ונאם בפני קהל המונים. בבחירות לקראת הקונגרס הציוני ה-15 שנערך בבזל ב-1927, זכו הרוויזיוניסטים ב-28.3 אחוזים מהקולות. שנתיים מאוחר יותר בבחירות לקראת הקונגרס ה-16 ירד כוחם של הרוויזיוניסטים ל-21 אחוזים מכלל הקולות, הציונים הכלליים זכו ב-49 אחוזים ורשימת "השמאל הציוני" ב-22.7 אחוזים.
המשבר הכלכלי והחברתי שפקד את בולגריה לאחר מלחמת העולם הראשונה, לווה בתהליך הגירה פנימית ומספר בני הקהילה עלה באחוזים ניכרים. הסוגיה הובילה ליחסים מתוחים בין בני הקהילה הוותיקים לבין המהגרים החדשים, שהיו בדרך כלל בעלי מעמד כלכלי נמוך ורבים מהם התרכזו ברובע העוני יוצ'בונאר. בבחירות לוועדי בתי הספר שנערכו ב-1932 ניגשו 4 רשימות. רשימה ציונית מאוחדת, סוציאליסטים, קומוניסטים, ורשימה בלתי תלויה שנקראה "התושבים" והורכבה מתושבים ותיקים בדרך כלל בני מעמד כלכלי בינוני וגבוה (חלק מהנוטאבילים). רשימת "התושבים" הביאה להחלשות משמעותית במעמד התנועה הציונית. הרשימה הציונית המאוחדת זכתה ב-40.5 אחוזים, רשימת "התושבים" ב-38.3 אחוזים, הקומוניסטים ב-14.2 אחוזים והסוציאליסטים ב-7 אחוזים. ב-1934, לאחר הפיכת הליגה הצבאית בממלכה בוטלו כל סוגי הבחירות למוסדות נבחרים בבולגריה והן חודשו רק בראשית 1937 על ידי ראש הממשלה גאורגי קיוסאיבנוב.
עם החלת החוק להגנת האומה נאסרה הפעילות הפוליטית ופורקה ההסתדרות הציונית. ב-6 באוקטובר 1944 לאחר שחרור בולגריה על ידי הצבא האדום, נערכה בסופיה ועידת היסוד המחודשת של ארגון פועלי ציון וב-7 באוקטובר, יוסדה מחדש ההסתדרות הציונית המאוחדת ולנשיאה נבחר ויטלי חיימוב. באפריל 1947 הוקם ארגון הנוער החלוצי של פועלי ציון שנקרא "בונה ומגן" ובהמשך היו יוצאיו מבין מתיישבי קיבוץ אורים. ב-5 באוקטובר 1944 הוקמה חזית המולדת היהודית בראשות פרופסור ז'ק נתן ובחסות השלטונות ותפקידה הוגדר כמתן תמיכה למשטר החדש בקרב בני הקהילה היהודית ולשמש כמוסד מפקח על פעילות המוסדות היהודיים בבולגריה. יחסי ההסתדרות הציונית עם חזית המולדת נעו בין עימות שלפרקים נשא אופי אלים לבין שיתוף פעולה מתוך הסכם עקרונות שנחתם בין הגופים. ככל שהתחזק מעמדה בשלטון של המפלגה הקומוניסטית הבולגרית, כך הוחרפו המתחים הפוליטיים בקהילה. באוגוסט 1946 נעצר ונכלא ויטלי חיימוב יושב ראש ההסתדרות הציונית בבולגריה. הוא שוחרר לאחר מספר חודשים ללא העמדה לדין. מנקודה זו והלאה פעלה חזית המולדת היהודית בכל האמצעים כדי להשתלט על מוסדות הקהילה.
תחת השלטון הקומוניסטי.
לאחר השתלטות הקומוניסטים על הנהגת הקהילה, הם פעלו לפירוק כל מוסדות התנועה הציונית, אשר בפועל לא הייתה פעילה עקב גל העלייה ההמוני. בראשית דצמבר 1948 הופקעו "בית הציונים הכלליים", "בית העם" ו"בית מכבי". בפברואר 1949 הופקע "בית השומר הצעיר". ב-12 בפברואר 1949 הודיעה תנועת פועלי ציון בבולגריה על פירוקה בשל חוסר בחברים ובהמשך, ב-29 במרץ 1949 הודיעה בסופיה המועצה העליונה של ההסתדרות הציונית על פירוק ההסתדרות בשל חוסר בחברים. ביוני 1949 נערך כינוס של 27 ועדי הקהילות היהודיות בבולגריה שהיו נתונים כולם לשליטת הקומוניסטים. הוחלט להפסיק את החברות בקונגרס היהודי העולמי ולסגור סופית כל מוסד חינוך בעל אוריינטציה "עברית". ב-20 באפריל 1952 נערך בסופיה כינוס נוסף, אליו הגיעו נציגים מ-13 קהילות בלבד. דוד ירוחם יושב ראש הקונסיסטוריון, תקף את מדיניותו "האנטי עממית" של דוד בן-גוריון וכינה את ההנהגה הישראלית "משרתי האימפריאליזם האמריקני". הוחלט לסגור את ועדי הקהילה בכל יישוב בו מספר היהודים היה קטן מ-50 נפשות. כאמור, בראשית 1957 פורקה הקונסיסטוריה והוחלפה במועצה ממונה.
אישים.
בסופיה הייתה פעילות ציונית ענפה ובהדרגה הפכה קהילתה למרכז הפעילות הציונית בבולגריה ובכלל זה תנועות הנוער והארגונים הנלווים.
תרבות ואמנות.
ב-9 בספטמבר 1909 הופיעו בחנוכת בית הכנסת המרכזי בסופיה 35 מתלמידי בית הספר העברי במסגרת מקהלת חובבים. ב-22 בספטמבר 1909 הוקמה רשמית אגודת המקהלה שנקראה מאוחר יותר מקהלת צדיקוב על שם משה צדיקוב, אשר ב-1910 מונה למנצח המקהלה. השילוב בין שירת קודש לחול לא היה לרוחם של ותיקי הקהילה והמקהלה הפסיקה את פעילותה בבית הכנסת ועברה להופעות בפורומים חילוניים. לאחר מלחמת העולם הראשונה מנתה המקהלה 120 זמרים וזמרות, היא הופיעה ברחבי בולגריה וזכתה להערכה רבה בציבור הבולגרי.
עוד נוסדו בעיר מספר אגודות חובבי מוזיקה ובכללן תזמורת כלי הנשיפה של אגודת מכבי אשר הופיעה ברחבי בולגריה וכן במכביה הראשונה. מסגרות אלו העמידו יוצרים ואמנים אשר נודעו בהמשך גם מחוץ לבולגריה כגון זמר האופרה ובמאי התיאטרון ביטוש דוידוב. בעיר הוקמה להקת תיאטרון בהדרכת אליעזר אנסקי ובכיכובם של גיזלה אנסקי וליאון נאימוב קונפורטוב. בנובמבר 1935 העלה התיאטרון את ההצגה "הקרבן" מאת אלברט מיכאל והיא הוצגה ברחבי בולגריה ובבלגרד בירת ממלכת יוגוסלביה. מבין עולי סופיה שבלטו ביצירתם בישראל, ניתן למנות את השחקנים אבנר חזקיהו ואלברט כהן, המשורר ישראל פנקס, המלחין יצחק סדאי, הסופרים סבינה מסג, משה גיורא אלימלך ושלמה קאלו, הצייר שמואל לוי והפסלים אהרן אשכנזי ויוסף תגר.
לאחר מלחמת העולם השנייה חודשה הפעילות התרבותית והיא עמדה בסימן השתלטות הקומוניסטים על בולגריה והחלת משטר טוטליטרי, אשר קבע גם את התכנים האמנותיים המותרים לפרסום. יחד עם ההגבלות המשיכו להתבלט ביצירתם מספר אמנים ואנשי תרבות כגון הסופר והמחזאי ולרי פטרוב, שחקן התיאטרון והקולנוע יצחק פינצי, הסופר, העיתונאי ומבקר הספרות אמיל בסט (נולד ב-1949) ובימינו בולטת הזמרת מירה ארויו.
עיתונות.