ב-1997 חודשו שיחות בדרג בכיר בין שתי המדינות לאחר הפסקה של שלוש שנים. ראשי הממשלות של שתי המדינות נפגשו פעמיים ושרי החוץ ניהלו שלושה סביבי שיחות. ביוני אותה שנה הגדירו שרי החוץ שמונה "סוגיות בולטות" שבהן יתמקד המשך השיחות. העימות סביב מעמדה של קשמיר, סוגיה שהייתה ליבת הסכסוך בין שתי המדינות מאז זכו בעצמאותן, נותרה אבן הנגף העיקרית בדיאלוג שלהן. הודו טוענת שכל שטח נסיכות קשמיר לשעבר הוא חלק בלתי נפרד מהפדרציה ההודית, בעוד שפקיסטן עומדת על כך שהחלטות האו"ם שקראו להגדרה עצמית של תושבי המחוז חייבות להילקח בחשבון. בכל אופן היא מסרבת לציית לחלק הקודם של ההחלטה הקורא לפנות השטחים הכבושים.
בספטמבר 1997 התפוצצו השיחות על רקע סוגיית קשמיר ועל רקע הבטחת השלום והביטחון. פקיסטן טענה שנושאים אלו חייבים להיות נדונים בקבוצות עבודה נפרדות. הודו השיבה ששתי הסוגיות צריכות להיות מטופלות במקביל יחד עם שש הסוגיות האחרות.
ניסיון לחידוש הדיאלוג קיבל דחיפה רצינית בפגישה של שני ראשי הממשלה בפברואר 1999 שהתקיימה בלאהור ובה נחתמו שלושה הסכמים. הפיכה צבאית שארעה בפקיסטן באותה שנה ובה הודחה ממשלתו של נוואז שריף גרמה להתרחקות מחודשת ביחסי שתי המדינות.
העשור הראשון של המאה ה-21.
ב-2001 בוטלה פסגה שנועדה להתכנס באגרה בהשתתפות נשיא פקיסטן, פרבז מושארף וראש ממשלת הודו, אטל ביהארי וג'פאיה.
ב-20 ביוני 2004, עם כינון ממשלת הודו החדשה, הסכימו שתי המדינות להרחיב את האיסור על עריכת ניסויים גרעיניים ועל התקנת קו טלפון אדום בין משרדי החוץ של המדינות שמטרתו למנוע מקרים של אי הבנה שעלולים להוביל לפרוץ מלחמה גרעינית.
לאחר בחירתו של מאנמוהאן סינג כראש ממשלת הודו במאי 2004 הכריזה ממשלת מחוז פנג'אב שבפקיסטן שהיא תפתח את הכפר גה, מקום הולדתו, ככפר לדוגמה לכבודו ותקרא בית ספר על שמו. בהודו קיים כפר בשם פקיסטן, על אף לחצים שמופעלים מעת לעת לשנות את שם הכפר, מתנגדים תושביו לכך.
ב-2004 חלה רגיעה במעשי האלימות בין שתי המדינות. שתי הסיבות העיקריות לכך היו חימום היחסים בין הממשלות שכתוצאה מכך הושגה הפסקת אש והשלמת גידור קו השליטה על ידי צבא הודו. יותר מכך, תחת לחץ בינלאומי כבד, נאלצה פקיסטן לנקוט בצעדים כנגד מחנות האימונים של המחבלים בתחומה. באותה שנה הסכימו גם שתי המדינות על דילול הכוחות סביב לגבול.
משמר הגבול ההודי האשים את צבא פקיסטן במתן גיבוי באש לטרוריסטים כאשר אלו פלשו לשטחי הודו. מנגד האשימה פקיסטן את הודו במתן תמיכה לארגוני טרו הפועלים בפקיסטן כמו "צבא השחרור של בלוצ'יסטן".
ב-2005 התעוררה מחלוקת בין המדינות בנוגע לסכר בגליהר. באותה שנה הואשם שר המידע הפקיסטני, שייח ראשיד, בכך שב-1990 ארגן מחנה אימונים לטרוריסטים במחוז ח'ייבר פח'טונח'ווה. ממשלת פקיסטן סגרה את תיק החקירה נגדו כניסיון לשים מכשול לתהליך השלום שהתנהל בין שתי המדינות.
הן הודו והן פקיסטן נקטו במספר צעדים בוני אמון כדי להרגיע את המתיחות בין שתיהן. אלה כללו שיחות נוספות בדרג בכיר, הקלות במתן אשרות וחידוש תחרויות הקריקט בין המדינות. שירות האוטובוסים החדש המקשר בין סרינגאר שבהודו לבין מוצפראבאד שבפקיסטן סייע גם הוא לקרב בין הצדדים. המדינות הסכימו גם לשתף פעולה בתחום הכלכלי. שיפורים ביחסים נראו גם עם הפתיחה מחדש של קווי רכבת ואוטובוסים החוצים את הגבול.
ביולי 2005 ארעה התנגשות קשה בין כוחות הביטחון ההודיים לבין מיליטנטים פקיסטנים כאשר אלו ניסו להסתנן מפקיסטן לקשמיר. באותו חודש בוצעו מתקפות של מיליטנטים קשמירים על איודהיה ועל סרינגאר, אך לאלו לא הייתה השפעה של ממש על תהליך השלום.
ב-2006 התארגנה תוכנית "ידידים ללא גבולות" בסיועם של שני תיירים בריטים. הרעיון בבסיס התוכנית היה שילדים הודים ופקיסטנים יתכתבו אלו עם אלה כחברים לעט. הרעיון קצר הצלחה בשתי המדינות.
כדי לקדם שיפור נוסף ביחסי המדינות שוחרר במרץ 2008 אזרח הודי שהוחזק בשבי הפקיסטני מאז 1975 באשמת ריגול.
העשור השני של המאה ה-21.
בדצמבר 2010 פרסמו מספר עיתונים פקיסטניים כתבות אודות מנהיגים הודים ויחסיהם עם גורמים מיליטנטים בפקיסטן שעל פי האשמת העיתונים נמצאו במסמכים שדלפו במסגרת פרשת קייבלגייט. העיתון הבריטי הגרדיאן, שהחזיק את המסמכים ברשותו, הגיע למסקנה שטענות הפקיסטנים היו בלתי מדויקות ושנעשה שימוש במברקים המודלפים לצורכי תעמולה.
ב-10 בפברואר 2011 הסכימה הודו לחדש את השיחות עם פקיסטן שהושעו לאחר המתקפות במומבאי. במהלך תקופה זו השעתה הודו את כל הקשרים הדיפלומטיים עם פקיסטן עד שזו תפעל כנגד האחראים למתקפות במומבאי. ב-13 באפריל 2012, לאחר הפשרת היחסים, כאשר הודו השיגה מעמד של מדינה מועדפת בפקיסטן, היא הכריזה על הסרת המגבלות על השקעות חוץ ישירות פקיסטניות בהודו. ב-11 ביולי אותה שנה הצהיר שר החוץ הפקיסטני בפנום פן שארצו שואפת לפתור כמה מחלוקות, כמו המחלוקות על מפרץ סיר ועל קרחון סיצ'אן, על בסיס ההסכמות שהושגו בעבר. ב-7 בספטמבר קיים שר החוץ ההודי ביקור של שלושה ימים בפקיסטן כדי לעמוד על ההתקדמות בדיאלוג ההדדי עם עמיתיו הפקיסטנים.
ב 18 בספטמבר 2016 נהרגו 17 חיילים הודים בהתקפה של מורדים על בסיס צבאי בחבל קשמיר ההודי, בכירי השלטון ישר הפנו אצבע מאשימה כלפי אויביהם הפקיסטנים, מה שגרר מאוחר יותר מבצע צבאי כירוגי מסובך שניהל צבא הודו עמוק בתוך חבל קשמיר הפקיסטני ובו חיסלו הכוחות המיוחדים של צבא הודו עשרות טרוריסטים חמושים.
שיתוף פעולה בטיפול באסונות טבע.
רעידת האדמה בגוג'ארט.
כתגובה לרעידת האדמה בגוג'ארט ב-2001 שלח נשיא פקיסטן, פרבז מושארף מטוס עם ציוד לסיוע לנפגעי רעידת האדמה. המטוס, שהמריא מאסלאמאבאד לאחמדאבאד, נשא 200 אוהלים ויותר מ-2,000 שמיכות. בנוסף, התקשר הנשיא לראש ממשלת הודו כדי להביע את תנחומיו על ההרוגים ברעש האדמה.
רעידת האדמה בפקיסטן.
בתגובה לרעידת האדמה בקשמיר שהתחוללה ב-8 באוקטובר 2005, הציעה הודו סיוע לפקיסטן. הנציבים העליונים (שגרירים) בשתי המדינות התייעצו זה עם זה בנוגע לשיתוף הפעולה בפעולות הסיוע. הודו שלחה 25 טונות של ציוד לפקיסטן, כולל מזון, שמיכות ותרופות. חברות הודיות גדולות, כמו אינפוסיס, הציעו סיוע שערכו הגיע ל-226,000 דולר. ב-12 באוקטובר הטיס מטוס תובלה מדגם איליושין Il-76 82 טונות של ציוד סיוע, כולל תרופות, 15,000 שמיכות ו-50 אוהלים. קצין בכיר בחיל האוויר ההודי ציין שהם התבקשו על ידי ממשלת הודו להיות בכוננות לטיסות נוספות. ב-14 באוקטובר שיגרה הודו משלוח שני עם ציוד סיוע לפקיסטן שהגיע באמצעות רכבת דרך מעבר הגבול ואגה. משלוח זה כלל 5,000 שמיכות, 370 אוהלים, 5 טונות של יריעות פלסטיק ו-12 טונות תרופות. משלוח שלישי של תרופות וציוד סיוע נוסף נשלח זמן קצר לאחר מכן באמצעות רכבת. הודו גם התחייב להעניק סיוע לפקיסטן בשווי של 25 מיליון דולר. כמו כן פתחה הודו שלושה מעברי גבול לאורך קו השליטה. מחוות אלו סימלו עידן חדש של אמון, ידידות ושיתוף פעולה בין הודו לבין פקיסטן.
קשרים חברתיים.
קשרים תרבותיים.
הודו ופקיסטן, במיוחד צפון הודו ומזרח פקיסטן, חולקות במידה מסוימת תרבויות, מטבחים ולשונות משותפים, בזכות המורשת ההודו-ארית המשותפת שלהן שמשתרעת על פני שתי הארצות ועל פני חלק ניכר מצפון תת-היבשת ההודית ומחזקת את הקשרים ההיסטוריים בין שתיהן. זמרים, מוזיקאים, קומיקאים ובדרנים פקיסטניים נהנים מפופולריות רחבה בהודו וזוכים לתהילה בתעשיית הסרטים ההודית, בוליווד. באופן דומה, תעשיות המוזיקה והקולנוע ההודיות זוכות לפופולריות רחבה בפקיסטן. בהיותה ממוקמת בחלק הצפוני של דרום אסיה, תרבותה של פקיסטן דומה במידה זו או אחרת לזו של צפון הודו, במיוחד צפון-מערב הודו.
אזור פנג'אב פוצל בין מדינת פנג'אב שבהודו לבין מחוז פנג'אב שבפקיסטן בעקבות קבלת העצמאות וחלוקת הודו ב-1947. העם הפנג'אבי הוא כיום הקבוצה האתנית הגדולה ביותר בפקיסטן ובמקביל הוא מהווה קבוצה אתנית חשובה בצפון הודו. מייסד דת הסיקיזם נולד בחלק הפקיסטני של פנג'אב, בעיר ננקנה סהיב. מדי שנה חוצים מיליוני עולים לרגל סיקים את הגבול כדי לבקר את האתרים הקדושים שבעיר. הסינדהים הם הקבוצה האתנית המקורית המתגוררת במחוז סינד שבפקיסטן. סינדהים רבים בני דת ההינדו היגרו ב-1947 להודו. בנוסף, מיליוני מוסלמים שהיגרו מהודו אל פקיסטן שאך נוסדה הפכו לידועים בתור ה"מוהג'יר". הם התיישבו בעיקר בקראצ'י ועדיין שומרים על קשרים עם קרובי משפחותיהם בהודו.
קשרים גאוגרפיים.
גבול הודו-פקיסטן הוא הגבול הבינלאומי הרשמי המפריד בין המדינות ההודיות של פנג'אב, ראג'סטאן וגוג'ראט לבין המחוזות הפקיסטניים של פנג'אב וסינד. מעבר הגבול בואגה הוא מעבר הכביש היחיד הקיים בין שתי המדינות והוא שוכן על הדרך הראשית הגדולה המפורסמת המקשרת בין לאהור שבפקיסטן לבין אמריטסר שבהודו. מדי ערב מתקיים במעבר הגבול בואגה טקס סגירת הגבול בין הודו לפקיסטן ובו מורדים דגלי שתי המדינות ומשמרות מצבאות שתי המדינות מבצעים טקסים רבי רושם ולוחצים איש ידי זולתו.
קשרים לשוניים.
הינדוסטנית היא הלינגואה פרנקה של צפון הודו ושל פקיסטן, וכן שפה רשמית בהודו ובפקיסטן בכתב ההינדי וכתב האורדו, בהתאמה. האורדו הסטנדרטית ניתנת להבנה על ידי דוברי הינדית. הינדוסטנית מובנת ונעשה בה שימוש כלינגואה פרנקה בפי אוכלוסיות דרום אסיאתיות רבות כולל תושבי סרי לנקה, נפאל ובנגלדש והיא השפה שבשימוש בבוליווד.
קשרי נישואים.