למרות קיומן של הוכחות מספיקות להכרזה על אל-חוסייני כפושע מלחמה, מדינות בעלות הברית לא ניסו להעמיד אותו לדין. יוקרתו בעולם הערבי עוררה חששות כבדים אצל הבריטים והצרפתים, שביקשו להגן על האינטרסים שלהן במזרח התיכון וצפון אפריקה, ואילו ארצות הברית וברית המועצות נמנעו מכך בגלל רצונן להשיג דריסת רגל באזור. נושא הסגרתו הוסר מסדר היום בפרלמנט הבריטי ובמשרד החוץ של ארצות הברית, בטענה שאל-חוסייני אינו יכול להיחשב לפושע מלחמה, משום שלא היה בעל אזרחות של מדינת אויב ולא היה מגויס בפועל בכוחות הלוחמים של מדינות הציר. ארצות ערב, ביניהן סוריה ומצרים, דרשו לשחררו. הם ראו בו גיבור לאומי והפלסטינים ראו בו מנהיג לאומי גדול. אולם הממשלה הבריטית דחתה את הלחצים לאפשר לו לתפוס שוב את הנהגת ערביי ארץ ישראל, וכפשרה, שחררה מהכלא בנובמבר 1945 את בן דודו ויד ימינו, ג'מאל אל-חוסייני. ב-20 בנובמבר 1945, הוקם הוועד הערבי העליון מחדש, כשהנשיאות שלו נותרת פנויה לאמין אל-חוסייני.
בריחתו מצרפת.
ב-9 ביוני 1946, נחטף אל-חוסייני ושוחרר באופן מסתורי ממעצרו בצרפת, וכעבור מספר ימים הגיע כאורח מכובד למצרים. מערוף א-דואליבי, פרופסור למשפטים באוניברסיטה הסורית ומנהיג בולט באחים המוסלמים בדמשק (ומאוחר יותר ראש ממשלת סוריה), היה האיש שחילץ את המופתי ממעצר הבית שלו בצרפת. ב-1948 סיפר כי ביקר את אמין אל-חוסייני פעמיים בגרמניה, ב-1942 וב-1943, והעיד כי בשני הביקורים מצא את המופתי בריא "וקורן מאושר על העבודה שעשה". לאחר המלחמה ביקר אותו מספר פעמים במקום כלאו בצרפת: "בתחילה היה מוחזק במעצר בית חמור ואיש לא הורשה לבוא איתו במגע, אולם בהדרגה הוחזר לו חופש התנועה. עד שלבסוף הורחקה המשטרה לגמרי מביתו ורק שלושה משרתים ניתנו לו, להשגיח עליו. בשלב זה היה המופתי מקבל מבקרים ללא כל הגבלה ואף הורשה לערוך טיולים. כאשר באתי אליו ביוני 1946, שלח המופתי שניים ממשרתיו לערוך קניות בעיר ואת השלישי הרחיק למרפסת... נסענו ישר לשדה התעופה, שם נעשו כבר כל הסידורים הדרושים". דואליבי הוסיף כי המופתי "השתמש בפספורט מיוחד. הוא היה מחופש, קיצץ את זקנו ואף כינה עצמו בשם אחר".
לפני המבצע עשה דואליבי את מסלול הבריחה בעצמו כדי לבדוק את השמירה. כדי להרחיק מהבית את שלושת המשרתים, טען אל-חוסייני כי חלה בשפעת והיה מרותק למיטתו. היחיד שנשאר בבית היה נהגו, משרת נאמן מדמשק. הדרכון שהשתמש בו היה דרכונו הדיפלומטי הסורי של דואליבי. המופתי, לעומת זאת, כתב בזיכרונותיו שנים אחדות לפני מותו, שיצא מפריז ב-28 במאי בטיסה דרך רומא ואתונה והגיע למחרת לקהיר.
ב-12 באוגוסט 1947 כתב אל-חוסייני לשר החוץ הצרפתי ז'ורז' בידו והודה לו על האירוח שקיבל בצרפת, והציע שצרפת תמשיך במדיניות זו, כדי להגדיל את היוקרה שלה בעיני כל המוסלמים.
במצרים 1946–1947.
כאשר פרסמה ההנהגה החוסיינית הודעה על בריחתו של המופתי, פרצה שמחה בקרב הפלסטינים. דובר בה על הגעת "אישיות חשובה", בשל איסור הצנזורה לפרסם את שמו. הוכרז על שלושה ימי חגיגות, קושטו בתי עסק ונערכו תהלוכות. הנהגת היישוב היהודי הייתה משוכנעת כי בריחת אל-חוסייני נעשתה בידיעת הבריטים, שאף סייעו לו להגיע למצרים, והגיבה עליה בחריפות שהצליחה לעורר זעם בבריטניה. בריטניה אסרה על כניסתו לארץ ישראל, ואל-חוסייני לא ניסה להיכנס. וינסטון צ'רצ'יל תבע בפרלמנט ללכוד אותו במצרים.
במצרים ערכה לו הליגה הערבית קבלת פנים מלכותית. על פי תיאורו של אל-חוסייני בזיכרונותיו, כאשר הגיע לקהיר, השתכן במלון "מטרופוליטן" במרכז העיר ובערב יצא להליופוליס. הוא נסע למספר ימים לאלכסנדריה, ולאחר מכן עבר להתגורר בדירה ששכר בהליופוליס. ב-19 ביוני ביקר בארמון עאבדין ונפגש עם פארוק, מלך מצרים, שהציע לארחו בארמון אנשאץ. לאחר 19 יום בארמון, הוא הועבר לארמון הקיץ אל-מעמורה, בו שוב נפגש עם המלך. למרות האירוח המלכותי, עבר להתגורר בבית באלכסנדריה, שהפך למרכז הפעילות של ההנהגה הפלסטינית.
באלכסנדריה הועמדה לרשותו חוילה מפוארת - וילה עיידה (Villa Aida), אליה היו עולים לרגל מנהיגים מכל העולם הערבי. הליגה הערבית הגישה בקשה לבריטניה, שתאפשר לו לחזור לארץ ישראל.
ביוני 1946 מינתה הליגה הערבית ועד עליון לערביי פלסטין. חאג' אמין אל-חוסייני מונה לנשיאו, אף שאסור היה להזכיר את שמו בגלוי ורשמית נאמר כי "מקום הנשיאות פנוי". לקראת ועידת לונדון בינואר 1947, התעקש הוועד הערבי העליון על השתתפותו של חאג' אמין, אולם שר החוץ הבריטי, ארנסט בווין, לא רצה בהשתתפותו, מחשש שהופעתו תעורר זעם בעולם ושהדבר יגרום לסוכנות היהודית לא להגיע לשיחות. בווין ביקש משליטי מדינות ערב שיניאו את חוסייני מכוונתו להגיע, והוועד הערבי העליון הסכים לכך. בתמורה לאי הגעתו, שוחררו 25 עצורים ערבים, ובווין הבטיח שהממשלה לא תתמוך בחלוקה והסכים לכך שהמשלחת הערבית לא תשב פנים אל פנים עם המשלחת היהודית.
ביולי 1947 הופיעה עיישה, רעייתו של אל-חוסייני, כיושבת ראש אספת הנשים הפלסטיניות בירושלים. שבוע לאחר מכן הייתה נואמת ראשית באספת-ענק בעיר, בה דרשה מהנשים הפלסטיניות להתגרש מבעליהן אם יעזו למכור אדמות ליהודים.
ב-21 בספטמבר 1947 נפגשו בחשאי שני קציני משטרה בריטיים בכירים מארץ ישראל עם אל-חוסייני בקהיר בניסיון לברר אם קיים סיכוי להגיע להסכם עם הוועד הערבי העליון ולמנוע מלחמה. אל-חוסייני דחה כל אפשרות של חלוקת הארץ והבהיר כי הבסיס היחיד שעליו ניתן להגיע להבנה הוא הסתלקות בריטית מוחלטת מתמיכה בציונות. הקצינים התרשמו כי הוא משוכנע לגמרי בכוחו לגבור על הכוח הצבאי היהודי.
באוקטובר 1947 התכנסה מועצת הליגה הערבית בצופר שבלבנון. אמין אל-חוסייני לא הוזמן ולא השתתף בני המושבים הראשונים, אולם ב-8 באוקטובר הגיע פתאום לביירות בלוויית שלושה מחברי הוועד הערבי העליון ופמלייה שכללה בין היתר את דואליבי ואת עבד אל-קאדר אל-חוסייני. חאג' אמין התקבל בלבנון בכבוד רב, הן מצד המנהיגים והן על ידי המוני העם, והעיתונות הערבית פרסמה את האירוע בהרחבה. ב-10 באוקטובר החל לקיים שורת ישיבות של הוועד הערבי העליון בהרכב מלא, ונפגש עם מנהיגי סוריה ולבנון, עם מדינאים ערבים ואף עם פאוזי אל-קאוקג'י. אל-חוסייני שהה בלבנון בעאליי, שם התקיים המושב השלישי של הוועדה המדינית של הליגה הערבית.
בשל התנגדות משלחות עיראק ועבר הירדן, הוא לא הורשה להשתתף בדיוני מועצת הליגה ונאלץ להעלות את תביעותיו בפגישות לא רשמיות עם המשלחות השונות. הוא דרש תמיכה בהקמת ממשלה פלסטינית זמנית בהנהגתו, שתנהל את המאבק הצבאי; סיוע משמעותי מן הממשלות הערביות בכספים ונשק, תוך שימוש בצבאות הערביים בתפקיד מסייע בלבד לכוח הפלסטיני המזוין; ותמיכה בפעולות מזוינות בארץ ישראל מוקדם ככל האפשר, בשל התחזקות הכוח הלוחם היהודי. מועצת הליגה החליטה לדחות את הדרישות להקים ממשלה זמנית ולפתוח מיד בהתקוממות מזוינת. הממשלות הערביות הסכימו לסייע ברכישת נשק ובהקמת כוחות צבאיים, אולם לא הסכימו להסתפק בתפקיד של עורף מסייע בלבד.
בסתיו 1947 ניסה אל-חוסייני לחזור לארץ ישראל. הוא שוחח על כך עם פקידים בריטים, אך ללא הצלחה.
ב-8 בדצמבר 1947 התכנסה הוועדה המדינית של הליגה הערבית בקהיר וגם הפעם נמנעה השתתפותו בדיונים בשל התנגדותם של ראשי ממשלות עיראק ועבר הירדן.
בעצם ישיבתו מחוץ לארץ ישראל לצד שאיפתו למנוע התגבשות מרכז כוח פוליטי מתחרה בה, יצר אל-חוסייני בכוח ריכוזיות שלטונו נתק בין המרכז הפוליטי בהנהגתו לבין מרכזי המשנה בארץ, וכן חלל סמכותי ומוסדי בקרב האוכלוסייה הפלסטינית.
הנכבה וקום מדינת ישראל 1947–1959.
המלחמה 1947–1948.
בתחילת פברואר 1948 התאכסן אל-חוסייני יחד עם עוזריו הבכירים בקומה שלמה של מלון "אוריינט פאלאס" בדמשק, כשהוא מלווה בשישה שומרי ראש ולבוש אפוד מגן שקיבל במתנה אישית מהיטלר. הוא בא לדמשק כדי להשיג שני דברים: להפוך את הוועד הערבי העליון לממשלה זמנית של ארץ ישראל, כמתחרה לסוכנות היהודית, ולסכל את התכנית שנרקמה בקהיר לגייס צבא הצלה של מתנדבים, ואם לא למנוע את הקמתו, לפחות לדאוג לכך שמפקדו יהיה אחד מאנשיו הנאמנים. בפגישה שנערכה בדמשק ב-5 בפברואר, ארגן אל-חוסייני את הפיקוד הפלסטיני ואת מפקדי המיליציה "צבא הג'יהאד הקדוש" ("ג'יהאד אל מוקאדס"): קרובו, עבד אל-קאדר אל-חוסייני, היה מפקד של כ-400 לוחמים באזור ירושלים, ואילו חסן סלאמה היה מפקד אזור לוד. החלטה זו סללה את הדרך לערעור מעמדו בין מדינות ערב.
ב-7 בפברואר 1948 השתתף לראשונה בישיבה של הוועדה המדינית של הליגה הערבית בקהיר, ונחל מפלה כאשר נדחו כל חמש דרישותיו של "המוסד הערבי העליון" (שמו החדש של הוועד הערבי העליון, שמשרדו היה בירושלים והיה נתון למרותו של אל-חוסייני): הקמת ממשלה פלסטינית זמנית; העברת השלטון באזורים שפונו על ידי הבריטים לידי "הוועדות הלאומיות" המקומיות; מינוי נציג פלסטיני ליד המפקדה הכללית של הנהלת הליגה; מתן מלווה כספי עבור הקמת מינהל ערבי בפלסטין; והקצאת מענקים גדולים עבורו לפיצוי הפלסטינים נפגעי המלחמה.