מרבית האוכלוסייה בערים הגדולות, כולל בעיר הבירה קאבול, תמכו או שהיו אמביוולנטיים ביחס למדיניות הקומוניסטית החדשה. עם זאת מירב האוכלוסייה האפגנית אינה עירונית, ובקרבם המדיניות האנטי-דתית והמרקסיסטית של השלטון הקומוניסטי, כמו גם התלות הכבדה בברית המועצות, עוררו התנגדות רבה. באזורים הכפריים והשבטיים של אפגניסטן התפתח מרד גלוי נגד השלטון הקומוניסטי. עד אביב 1979 המרד התפשט בעוצמה מסוימת ל-24 מתוך 28 המחוזות של אפגניסטן, והגיע אף לאזורים אורבניים מרכזיים. למעלה ממחצית מהחיילים של הצבא האפגני ערקו ורבים הצטרפו לכוחות המורדים. רוב הרפורמות שהממשל הקומוניסטי הנהיג היו מנוגדות למסורות האסלאמיות של אפגניסטן, ובכך הם גרמו אפילו לאוכלוסייה האפגנית השבטית והמפוצלת להתאחד תחת דגל אחד, האסלאם, וגרמו לאסלאמיסטים לקחת חלק בפוליטיקה האפגנית, דבר שלא היה נהוג עד אותה תקופה.
לאור המהפכה האיראנית, ארצות הברית בחנה מחדש את המדיניות שלה בנוגע לארצות מרכז אסיה, וניסתה להתקרב לאפגניסטן ולפתח את קשריה עמה. לכך הסובייטים התנגדו חריפות מכיוון שהם חששו שהדבר יגרום לירידה בתלות האפגנית בברית המועצות וליציאתה של אפגניסטן מהגוש הקומוניסטי. בפברואר 1979 השגריר האמריקאי באפגניסטן אדולף דאבס נרצח בקאבול לאחר שכוחות הביטחון האפגנים ערכו ניסיון כושל לחלץ אותו מחוטפיו. לאחר התקרית, ארצות הברית קיררה את יחסיה עם אפגניסטן וביטלה תוכנית אימונים עבור הצבא האפגני שנערך בשיתוף עם צבא ארצות הברית. כל שאר התוכניות האמריקאיות-אפגניות המשותפות בוטלו לאחר הפלישה הסובייטית לאפגניסטן. עם זאת ארצות הברית המשיכה להעביר סיוע אזרחי לפליטים האפגנים שנמלטו לפקיסטן בעקבות המלחמה.
הפלישה הסובייטית לאפגניסטן ב-24 בדצמבר 1979 הייתה חלק מהמאמץ הסובייטי לחזק את הפלג "פּרצ'ם" במפלגה הקומוניסטית האפגנית. למעלה מ-100,000 מחיילי הצבא האדום לקחו חלק בפלישה, שנתמכה גם על ידי כ-100,000 חיילים אפגנים מקומיים נוספים מצבא אפגניסטן ותומכים של הפלג הקומוניסטי פרצ'ם. חפיזאוללה אמין, שהיה ראש הפלג הקומוניסטי המתחרה, נהרג במהלך הפלישה והוחלף על ידי בברק כאמל, ראש פלג פרצ'ם שנתמך על ידי הסובייטים. בתגובה לפלישה הסובייטית לאפגניסטן, ארצות הברית בראשות ג'ימי קרטר ולאחריו גם בראשות רונלד רייגן החלו לסייע צבאית למוג'אהדין, הלוחמים האסלאמיסטים שנלחמו בצבא הסובייטי. חבר בית הנבחרים האמריקאי צ'ארלי וילסון ידוע כאחד האישים המרכזיים שעודדו שליחה של סיוע צבאי למוג'אהדין האפגני. מיליארדי דולרים נשלחו כסיוע צבאי על ידי ארצות הברית וסעודיה למוג'אהדין האפגני, דיווחים עכשוויים טוענים שעלותו של סך כל הסיוע שהועבר למוג'אהדין, בכספים ובנשק, היה קרוב אף ל-40 מיליארד דולר.הסיוע הצבאי למוג'אהדין כלל יותר מ-2000 טילי כתף נגד מטוסים מסוג FIM-92 סטינגר, שעשו שמות בחיל האוויר הסובייטי. ארצות הברית העבירה את מרבית הסיוע הצבאי באמצעות השירות החשאי הפקיסטני.
הכיבוש הסובייטי של אפגניסטן ארך כ-10 שנים ובמהלכו נהרגו בין 850,000 ל-1,250,000 אזרחים אפגנים. קרוב ל-6 מיליון אפגנים נהפכו לפליטים כתוצאה מהמלחמה, ונמלטו לפקיסטן ואיראן השכנות. לקראת סוף שנות ה-80 גבר הלחץ הבינלאומי על ברית המועצות לסיים את המלחמה, וביחד עם מספר הקורבנות הגבוה שהמלחמה גבתה מהסובייטים, החליטה ברית המועצות לסגת מאפגניסטן בשנת 1989. הנסיגה הסובייטית מאפגניסטן נתפסה כניצחון אידאולוגי על ברית המועצות בארצות הברית שתמכה בכוחות המוג'אהדין שהתנגדו לצבא הסובייטי, בין השאר בניסיון להרחיק את הסובייטים מהמפרץ הפרסי העשיר בנפט. גם לאחר נסיגתם מאפגניסטן, המשיכו הסובייטים לתמוך בנשיא האפגני מוחמד נג'יבוללה עד שנת 1992.
מלחמת אזרחים והתערבות זרה 1992–1996.
לאחר נפילת משטרו של מוחמד נג'יבוללה ב-1992 חתמו המפלגות הפוליטיות באפגניסטן על הסכם פשאוור, שהפך את אפגניסטן למדינה אסלאמית ומינו ממשלה זמנית שהורכבה מהמפלגות הפוליטיות השונות. לפי הארגון משמר זכויות האדם:
גולבודין חכמתיאר ומפלגתו היו במידה רבה שלוחה של הצבא הפקיסטני והשירות החשאי הפקיסטני. המומחה האפגני למדע המדינה אמין סייקל כתב בספרו "אפגניסטן המודרנית: היסטוריה של מאבק והישרדות":
לממשלת המעבר האפגנית לא היה זמן להקים כוחות משטרה, ליצור משרדי ממשלה מתפקדים, או מערכת משפטית ולשקם את אפגניסטן משנות המלחמה הסובייטית, וכבר אפגניסטן נקלעה למלחמת אזרחים. מעורבות חיצונית במלחמת האזרחים הייתה לא רק מצד פקיסטן אלא גם איראן וסעודיה חימשו מיליציות שונות. כוחות זרים ראו את חוסר היציבות באפגניסטן כהזדמנות לקדם את האינטרסים הביטחוניים והפוליטיים שלהם.
מספר רב של סוכנים איראנים נשלחו כדי לסייע למפלגת חיזב א-ווחדת השיעית, ואיראן ניסתה למקסם את ההשפעה הפוליטית והצבאית של המפלגה. סעודיה לעומת זאת ניסתה לחזק את מפלגת "האיחוד האסלאמי" הווהאבית. זוועות ופשעי מלחמה בוצעו על ידי אינדיבידואלים ומיליציות שונות, בעוד שקאבול נהפכה לעיר שנמצאת באנרכיה בעקבות מלחמת האזרחים המדממת. לפי דו"ח של משמר זכויות האדם, הפסקות אש שהושגו לעיתים על ידי נציגי המיליציות השונות או בתיווך של הצלב האדום, קרסו בדרך כלל תוך מספר ימים.
המיליציות והכוחות המרכזיים שהיו מעורבים באותה תקופה בלחימה בקאבול ובצפון ומזרח אפגניסטן היו המפלגה האסלאמית ("חיזב א-אסלאמי") של גולבודין חכמתיאר שקיבלה סיוע מפקיסטן, "חיזב א-ווחדת" בראשות עבדול מזארי שקיבלה סיוע מאיראן, "אתיחאד א-אסלאמי" (האיחוד האסלאמי) בראשות עבדול רסול סיאף שקיבלה סיוע מסעודיה, ו"גונבּיש א-מילי" בראשות עבדול רשיד דוסתום שקיבלה סיוע מאוזבקיסטן. שני ארגונים גם נלחמו בשם ממשלת אפגניסטן, כחלק מכוחות הביטחון האפגנים שהונהגו על ידי שר ההגנה אחמד שאה מסעוד. ארגונים אלו היו התנועה האסלאמית ("חרכּאת א-אסלאמי") בראשות חוסיין אנווארי והארגון "שורא א-נזאר".
בתקופה זו, הן המיליציות שהוזכרו לעיל והן כוחות הממשלה האפגנית לא היה יד במה שקרה בדרום אפגניסטן. דרום אפגניסטן הייתה תחת שלטונו הרופף של גוּל אע'א שיראזי, שלא הצליח לספק יציבות לאזור. העיר קנדהר הדרומית הייתה במצב של אנרכיה, קרועה בין שבטים פשטונים יריבים שנלחמו אחד בשני. בשנת 1994 הטליבאן, שבסיס התומכים שלה היה מבתי הספר האסלאמיים שחינכו פליטים אפגנים בפקיסטן, החלה להתפתח ככוח פוליטי-דתי שעיקר פעילותו הראשונית הייתה כנגד גוּל אע'א שיראזי ששלט על דרום אפגניסטן באופן רודני. המולא מוחמד עומאר החל את תנועתו עם פחות מ-50 תלמידי מדרסה חמושים בעירו קנדהר. פקיסטן העבירה באופן גובר את תמיכתה לטליבאן לאחר שהמיליציה הקודמת שבה היא תמכה, זו של גולבודין חכמתיאר, הפגינה את חולשתה ואת אי יכולתה להשתלט בהצלחה על קאבול. חוקרים רבים, כולל אמין סייקל, מתארים את הטליבאן כארגון שהתפתח לשלוחה של פקיסטן שפעל למימוש האינטרסים שלה באזור, דבר שהטליבאן מכחיש. בשנת 1994 הטליבאן השתלט על מספר מחוזות בדרום ומרכז אפגניסטן.
בשנת 1995 הצליחה הממשלה האפגנית בראשות אחמד שאה מסעוד לנצח בקרב על קאבול את שלוש המיליציות האחרות (המפלגה האסלאמית, חיזב א-ווחדת, וגונבּיש א-מילי), וכתוצאה מכך ממשלת המעבר ניסתה להתחיל בתהליך כלל ארצי שיכלול פיוס לאומי בין הפלגים השונים שנלחמו במלחמת האזרחים. הממשלה הזמינה גם את הטליבאן להצטרף לתהליך הפיוס הלאומי, שמטרתו הסופית הייתה אמורה להיות בחירות דמוקרטיות. עם זאת, הטליבאן השיב בסירוב.
הטליבאן והחזית המאוחדת 1996–2001.
הטליבאן החל להפגיז את קאבול בתחילת שנת 1995 אך במהלך הלחימה הובס על ידי כוחות הממשלה האסלאמית של אחמד שאה מסעוד. לדברי דו"ח של אמנסטי אינטרנשיונל מאותה שנה, מתקפות הטליבאן היו הפעם הראשונה מזה כמה חודשים שתושבי קאבול נמצאו תחת מתקפות ארטילריות.
הטליבאן הכין את עצמו למתקפה נוספת על קאבול בעזרת סיוע צבאי מפקיסטן וסיוע כספי מצד ערב הסעודית. ער להכנות המשמעותיות שהטליבאן עורך, אחמד שאה מסעוד החליט ב-26 בספטמבר 1996 לסגת עם כוחותיו מהעיר. יום למחרת כוחות הטליבאן השתלטו על קאבול והכריזו על הפיכת אפגניסטן לאמירות אסלאמית. הם כפו את פרשנותם המשפטית והפוליטית לאסלאם על כלל תושבי האזורים שעליהם הם שלטו, ובין השאר הוציאו צווים שלנשים אסור לעבוד מחוץ לביתם, ללמוד בבית הספר, או לצאת מבית ללא גבר קרוב משפחה שמלווה אותן. לפי הצהרה של הארגון רופאים לזכויות אדם מהתקופה, הטליבאן הוא המשטר היחידי בעולם שהכניס בצורה כה שיטתית ואלימה מחצית מהאוכלוסייה (נשים) למה שהוא למעשה מעצר בית, תוך איום בעונשים פיזיים למפירים את הצווים.
לאחר שאחמד שאה מסעוד וכחותיו הפסידו את עיר הבירה קאבול והטליבאן צבר דומיננטיות רבה, מסעוד ומנהיג המיליציה היריבה עבדול ראשיד דוסטום החליטו לאחד כוחות כנגד הטליבאן והכריזו על הקמת "החזית המאוחדת" (הידועה גם בשמה "הברית הצפונית"). הטליבאן באותה עת תכנן מבצע התקפי נוסף כדי לכבוש את שארית השטחים שנותרו בשליטת מסעוד ודוסטום. החזית המאוחדת הורכבה בעיקר מהכוחות הטג'יקים של מסעוד והכוחות האוזבקים של דוסטום אך גם מפלגים הזארים וכוחות פשטונים שונים שהונהגו על ידי שלל מנהיגים ומפקדים אפגנים אחרים. בין סוף 1996 ל-2001 "החזית המאוחדת" שלטה על כ-30 אחוז מאוכלוסיית אפגניסטן, בעוד שהטליבאן שלט על רובה.