היחסים בין נטורליזם מטאפיזי לזה המתודולוגי אינם חד-ממדיים והם משתנים בין איש למשנהו. על מנת להבין יחסים אלה, צריך להבחין בין שתי גרסאות של נטורליזם מתודולוגי. נטורליזם מתודולוגי אבסולוטי הוא ההשקפה לפיה שום שיטה אמפירית לא יכולה לגלות עובדות על-טבעיות, גם אם קיימות כאלה; השקפה זו הולמת (אבל לא גוררת) השקפה שמשהו אחר חוץ משיטות אמפיריות יכול לגלות עובדות על-טבעיות. נטורליזם מתודולוגי מקרי גורס שמבחינת ההיסטוריה של המחקר האמפירי, לשיטות אמפיריות יש הצלחה בלתי מבוטלת לגילוי עובדות טבעיות על פני אמונות על-טבעיות, לכן רצוי לא לבזבז משאבים יקרים על היפותזות על-טבעיות, אך לא ניתן לאשר היפותזות אלה בשיטות אמפיריות גם אם הן קיימות. כשכל זה מובן, כל נטורליסט מטאפיזי הוא או נטורליסט מתודולוגי מקרי או נטורליסט מתודולוגי אבסולוטי, אבל לא כל נטורליסט מתודולוגי הוא נטורליסט מטאפיזי.
היסטוריה.
ככל הנראה מקור הנטורליזם המטאפיזי בפילוסופיה היוונית הקדומה. הפילוסופים הקדם-סוקרטיים הקדומים כמו למשל תאלס, אנכסגורס ובייחוד דמוקריטוס, סווגו בידי עמיתיהם וממשיכי דרכם כ"הפילוסופים הטבעיים", משום שהם שאפו להסביר הכול בהקשר לסיבות טבעיות בלבד, ושללו כל תפקיד מהאלים, רוחות וכשפים בבריאת או תפקוד העולם. כך התפתחה מערכת אמונות שלמה כגון האפיקורסות, שביקשה להסביר את המציאות בתור תוצר של אטומים הנעים במרחב, או האריסטוטליאיניזם המתקדם של סטרטון מלמפסקוס, שחיפש להסביר את כל מה שקיים כתוצאה בלתי נמנעת של כוחות טבע או מגמות שלא נבראו.
בהגדרתם את הטבע, הפילוסופים היוונים הקדומים הבדילו בין "טבעי" לבין "מלאכותי". כל דבר שנבע מהתכונות הטבועות בעצם נחשב כסיבה טבעית, בלי קשר אם אותן תכונות עצמן היו מסודרות באופן טבעי או לא, בעוד שכל דבר שנבע מפעולה תבונית נחשב כבעל סיבה מלאכותית, בלי קשר אם הפעולה התבונית הייתה תוצר של סיבות טבעיות. לפיכך, סיבות טבעיות הובחנו חלקית מסיבות מלאכותיות. ההנחה הרווחת הייתה שכמה מן הסיבות המלאכותיות היו סיבות יסודיות ולא רק תוצר של מאפיינים טבעיים, אבל לא כולם הסכימו. בין ה"פילוסופים הטבעיים" ותלמידיהם, היו אינטלקטואלים קדומים ששללו את קיומם של גורמים תבוניים שלא היו לגמרי תוצר של סיבות טבעיות (לכן כל הגורמים התבוניים נחשבו כגורמים טבעיים), אלה ייצגו את הנטורליסטים המטאפיזיים הראשונים. ואולם רק קומץ מהאיטלקטואלים היווניים והרומאיים אימצו גישה כזו, ובכל זאת בין הקומץ הזה נמנו אפיקורוס וסטרטון מלמפסקוס שנודעו ברבים.
נטורליזם מטאפיזי הוא ברובו רעיון מערבי, אך רעיון מקביל קיים זה זמן רב במזרח. אף על פי שלא קיבל שם ולעולם לא התפתח למערכת פילוסופית קוהרנטית, זרם של הפילוסופיה הקונפוציאנית אימץ תפיסה שאפשר לכנותה נטורליזם מטאפיזי, עוד בימיו של הפילוסוף הסיני שחי בזמן שושלת האן (במאה ה-1 לפני הספירה אם לא מוקדם יותר) – וואנג צ'ונג. תפיסה זו צמחה בנפרד לפילוסופיה המערבית ולכן הייתה לה השפעה מועטה על הפילוסופיה הנטורליסטית המודרנית או על התרבות המזרחית או המערבית.
עם עלייתה של הנצרות וירידת הפילוסופיה החילונית במערב, נטורליזם מטאפיזי הפך לשם נרדף לכפירה ולבסוף ללא חוקי, לכן תיעוד ההיסטוריה של הנטורליזם המטאפיזי בימי הביניים קפא על שמריו. עד שהרנסאנס התפתח אבדו רבים מהכתבים של הפילוסופים הטבעיים היוונים והרומאים הקדומים. רבים מן הרעיונות והקונספטים של הנטורליזם נוצרו מחדש, ואלה תרמו למהפכה המדעית שהביאה ללימוד והבנה חסרות תקדים של הטבע. אבל עוינות חברתית וחוקית המשיכה למנוע תמיכה בנטורליזם מטאפיזי, אם בכלל הייתה כזו, עד להתפתחות הפוליטית של תקופת ההשכלה שאיפשרה חופש ביטוי מלא ואמיתי. ואז כמה אינטלקטואלים כמו הברון ד'אולבאק במאה ה-18, חידשו פומבית את העניין בנטורליזם מטאפיזי.
בתקופתנו, נטורליזם מטאפיזי קיבל את השם מטריאליזם, שהפך לקטגוריה היחידה של מטריאליזם מטאפיזי שהוכר ונתמך ברבים עד המאה ה-20, כשהתקדמות בפיזיקה כמו גם בפילוסופיה הפכו את הנחת היסוד של המטריאליזם לכזו שלא ניתן להגן עליה. בפיזיקה, נמצא שחומר הוא צורה של אנרגיה ולכן החומר אינו המרכיב היסודי של המציאות כפי שמטריאליסטים שיערו. בפילוסופיה, יחס מחודש לבעיית הכוללים ומציאויות לא חומריות אחרות שלא ניתן להתכחש אליהן הציבו את המטריאליזם בסימן שאלה. התפתחויות האלה ליטשו את הנטורליזם לשתי צורותיו הנוכחיות (פיזיקליזם ונטורליזם פלורליסטי), שתיהן מתאימות למערכת שהיסטוריונים מאמינים שהתפתחה על ידי סטרטון, בניגוד לדעה שהן התפתחו ממערכת האמונות של אפיקורס.
נכון לעכשיו, נטורליזם מטאפיזי נפוץ יותר מאי פעם, במיוחד אבל לא אקסקלוסיבית בקהילה המדעית, שבה התוודעות עם העובדות של הטבע היא מקיפה ובטוחה יותר, עם זאת נטורליזם מטאפיזי היא תפיסת עולם בעמדת מיעוט. רוב האוכלוסייה בעולם עדיין מחויבת לאמונות על-טבעיות. למרות זאת סביר שרוב מהמיעוט הזה או אולי אפילו רוב באוכלוסייה של ארצות אירופיות ספציפיות וארצות מפותחות אחרות יכול לאמץ את הנטורליזם המטאפיזי בקווים בסיסיים, ובמובן מסוים. נכון להיום, שום דבר שהוא לא חומרי לא התגלה, ולכן נטורליזם מטאפיזי נותר בר תוקף בהתחשב במה שידוע לנו. כיום, חסידים בולטים רבים מספור אך מגינים בולטים על הנטורליזם המטאפיזי כתפיסת עולם שלמה כוללים את מריו בונג', ריצ'רד קרייר, ריצ'רד דוקינס, דניאל דנט, סם האריס ודייוויד מילס.
ציון אחרון של ההיסטוריה של הנטורליזם המטאפיזי, סוגים קיצוניים של נטורליזם שקיבל אופי פוליטי פרחו במערב, במיוחד מרקסיזם במאה ה-19, אובייקטיביזם במאה ה-20. מרקסיזם הוא ביטוי לאידיאלים הקומוניסטיים-סוציאליסטיים במסגרת הנטורליזם. בכל אופן, כיום רוב החסידים של הנטורליזם המטאפיזי במדינות המפותחות מתנגדים לצורות הקיצוניות הללו ומאמצים את הרעיונות הפוליטיים המתונים של ההומניזם החילוני.
אמונות נפוצות.
היקום נוצר בתהליך טבעי ללא התערבות אלוהית, או שהוא נצחי: נטורליסטים מייחסים לטבע (ולא לאלוהים או ישות על-טבעית אחרת) את האחריות לכל מופעי הקיום. תאוריית המפץ הגדול היא כיום מבוססת היטב ולפי התצפיות האסטרונומיות ליקום הייתה התחלה, והוא התפתח בכפוף לחוקי הטבע. אולם אין התאוריה רומזת למה שקרה לפני, כי ממדי מרחב-זמן ארבע-ממדי נוצרו במפץ הגדול, וכך אינה פותרת את השאלה אם כל מה שקיים החל להתקיים או שהיה קיים מאז ומתמיד. כך שרוב הנטורליסטים פתוחים לשתי ההיפותזות. אף על פי שהיא לא נחוצה ולא אומצה ברוב הקהילה המדעית, תאוריית היקום המקביל פופולרית בימינו בזמן שממצאי המדע המודרני קידמו באופן משמעותי את האפשרות שהיקום הנצפה הוא חלק משלם הרבה יותר גדול, וההסברים והפשטות של הקוסמולוגים הדוגלים בתאוריית היקום המקביל קוסמת למדי. עוד רעיון שנטורליסטים מעלים כאפשרות סבירה הוא שהחומר תמיד התקיים, כשהחוק הראשון של התרמודינמיקה תומך בכך. נטורליסטים שמאמינים בכך מדגישים שהחומר, ולא היקום במצבו הנוכחי, הוא נצחי.
בריאה טבעית וספונטנית לחיים שאינה בהכוונה אלוהיתה: חיים הם תוצר לא מתוכנן של ברירה טבעית עיוורת. במקרה שלנו, זה אומר צירוף של מולקולות כימיות המכונות חומצות אמינו לתבנית שהייתה יכולה להשתכפל (אולי כ-RNA אוטוקטליטי או פנ"א), בסביבה מוגנת אך עשירה באנרגיה. האי סבירות הרבה של צירוף כזה מעידה על כך שהחיים הם מאוד נדירים. מכל מקום, אף על פי שהחיים אולי נדירים, היקום הנצפה הוא כה גדול ועתיק שאפילו אירועים מאוד בלתי סבירים מובטחים להתרחש כמה פעמים במסגרת הזמן שהיקום קיים, והחיים עלי אדמות הוא אחת מהתוצאות הבלתי נמנעות הללו. קיומנו אם כן נראה כתולדה של מזל ולא כתכנון או כוונה, ורוב הנטורליסטים ממליצים להעריך ולנצל את המזל שנפל בחלקנו במקום להפחית מערכו או לבזבז אותו לחינם. כמה מהתאוריות המדעיות החשובות בנוגע למוצא החיים תומכות בבריאה ספונטנית ובפנספרמיה.
אבולוציה באמצעות ברירה טבעית: האבולוציה נתפסת כהסבר מדעי מבוסס היטב להיווצרות וגיוון החיים בכדור הארץ, שהתפתחו לאיטם בחוסר מושלמות לאורך תקופת זמן ארוכה ביותר. אם כך, קיומנו אנו כיצורים בעלי תודעה, אינטליגנציה גבוהה ותבונה, מוסבר לא על ידי תולדה של תכנון תבוני ולא כסתם צירוף אקראי של כימיקלים (שמהם נוצרו החיים) אלא כתוצר של מערכת דינמית שיוצרת סדר ומורכבות גבוהה מתוך עצמה, ללא שום הדרכה. מאחר שהדבר מצריך שהתכונות של אורגניזמים כמונו נבררו לא ע"פ תשוקותיו או נחישותו של מהנדס כלשהו, אלא בידי רבייה מוצלחת של מגוון גנטי, נטורליסטים מתייחסים לתאים, איברים ומינים כבעלי "מטרה" או "תפקיד" במונחים של יכולתם להגדיל מגוון גנטי בהצלחה, אך לא רואים בכך כל מטרה מוסרית שעלינו לאמץ לחיקנו, מפני שהטבע הוא הסיבה, ואין לו תוכנית או רצון מודע. עם זאת אין הדבר מוציא מפני אפשרות את קיומם של ערכים מוסריים אמיתיים שנגזרים מעובדות שהתפתחו בשטח (יצורים חברתיים וחברה אנושית מורכבת שמצריכה שיתוף פעולה וכללים מוסריים במסגרת החברה).