לאחר מכן הפליגו הספינות לנמל ההולנדי בטביה (ג'קרטה) באינדונזיה, שם עבר רוג'רס ניתוח להוצאת כדור רובה שפצה אותו. המשלחת נפטרה מרכוש חסר ערך, ולא חשוב מאוניות השלל הספרדיות. נראה היה כי רוג׳רס הפר שם הסכמים שהיו קיימים עם "חברת הסחר למזרח הודו". כאשר הספינות הגיעו ועגנו בנהר התמזה ב־14 באוקטובר 1711, התפתח קרב משפטי. המשקיעים שילמו ל"חברת הודו המזרחית" 6,000 ליש"ט (בערך 878,000 ליש"ט בערכים של היום) כהסדר עבור טענתם להפרת המונופול – כארבעה אחוז ממה שרוג'רס החזיר. המשקיעים הכפילו כמעט את כספם, ואילו רוג'רס הרוויח רק 1,600 ליש"ט (שווה כעת אולי 234,000 ליש"ט) מהפלגה שעלתה לו בחיי אחיו, שנהרג בקרב באוקיינוס השקט. הכסף היה פחות ממה שהיה יכול להרוויח אילו נשאר בבית. כל הכסף שהרוויח נבלע בחובות שמשפחתו הסתבכה בהם בזמן היעדרו.
המסע הארוך ותפיסת הספינה הספרדית הפכו את רוג'רס לגיבור לאומי. רוג'רס היה האנגלי הראשון, שעקף את כדור הארץ, וספינותיו המקוריות ורוב אנשי הצוות שלו שרדו.
לאחר מסעו הוא כתב את הספר "מסע שייט ברחבי העולם". אדוארד קוק, שהיה קצין על סיפונה של "הדוכסית", כתב גם הוא ספר, "מסע לים הדרומי וסביב העולם", והקדים את רוג'רס בהדפסה במספר חודשים. ספרו של רוג'רס זכה להצלחה רבה, כאשר קוראים רבים הוקסמו מסיפור הצלתו של סלקירק. בין המתעניינים בהרפתקה של סלקירק היה דניאל דפו, שכנראה, הנציח את דמותו בסיפור רובינסון קרוזו.
בעוד שספרו של רוג'רס נהנה מהצלחה כלכלית, הייתה לו גם מטרה מעשית - לעזור לנווטים בריטים ומתיישבים אפשריים. חלק גדול מהזכרונות בספר של רוג'רס מוקדש לים הדרומי. רוג'רס מציין כי לו הייתה מושבה בריטית שם, הוא לא היה צריך לדאוג לאספקת מזון לצוותו. שליש מספרו של רוג'רס מוקדש לתיאורים מפורטים של המקומות אותם חקר, בדגש מיוחד על "מקומות שעשויים להועיל ביותר להרחבת המסחר שלנו". הספר של רוג'רס עזר לניווט בדרום הפסיפיק לאדמירל ג'ורג אנסון ולאחרים.
רוג'רס כמושל.
הצעת איי בהאמה.
רוג'רס נתקל בבעיות כלכליות עם שובו. סר ויליאם ווטסטון נפטר, ורוג'רס, לאחר שלא הצליח להחזיר את הפסדיו העסקיים באמצעות הפלגה, נאלץ למכור את ביתו בבריסטול כדי לפרנס את משפחתו. הוא נתבע על ידי קבוצה של מעל 200 מאנשי הצוות שלו, שהצהירו כי הם לא קיבלו את חלקם ההוגן מרווחי המשלחת. הרווחים מהספר שלו לא הספיקו כדי להתגבר על הפסדים האלה, והוא נאלץ להכריז על פשיטת רגל. אשתו ילדה את ילדם הרביעי שנה לאחר שובו – ילד שמת בינקותו – וודס ושרה רוג'רס נפרדו עד מהרה לצמיתות.
רוג'רס החליט שהיציאה מהקשיים הכלכליים שלו יכולים להוביל למשלחת נוספת, הפעם נגד שודדי ים. בשנת 1713 הוביל רוג'רס את מה שהיה לכאורה משלחת לרכישת עבדים במדגסקר כדי למכרם להודו המזרחית ההולנדית, הפעם באישור "חברת המזרח הבריטית". מטרתו המשנית של רוג'רס הייתה לאסוף פרטים על שודדי מדגסקר, בתקווה להשמידם או לכבוש את מדגסקר במסע עתידי. רוג'רס אסף מידע על שודדי ים ועל כלי השיט שלהם ליד האי. הוא שכנע רבים מהם לחתום על אמנה לנאמנות למלכה אן ובקשה לחסד ממנה. בעוד המשלחת של רוג'רס הייתה רווחית, כשחזרה ללונדון בשנת 1715, החברה המזרחית של הודו הבריטית הטילה וטו על הרעיון של משלחת התיישבות למדגסקר, מתוך אמונה שמושבה תהווה איום גדול יותר על המונופול שלה.
קשריו של רוג'רס כללו גם עם יועציו של המלך החדש, ג'ורג' הראשון, שהחליף את המלכה אן בשנת 1714. רוג'רס הצליח ליצור קשר עם החברה לניהול איי בהאמה, שהיו מלאים בפיראטים, בתמורה למניות מרווחי המושבה.
באותה תקופה, לדברי מושל ברמודה, איי בהאמה היו ללא ממשל תקין, ומלאה בפושעים ידועים לשמצה. עד שרוג'רס קיבל את משרת הנציב, האיים נוהלו באופן נומינלי על ידי מושל חסר אונים. על פי ההסכם שעמד בבסיס העמלה של רוג'רס, הם חכרו את זכויותיהם תמורת סכום שהעניקו לחברת של רוג'רס למשך עשרים ואחת שנים.
רוג'רס מונה רשמית ל"מפקד הכללי והנגיד הראשי" על ידי ג'ורג' הראשון ב־6 בינואר 1718. הוא בילה מספר חודשים בהכנת המשלחת, שכללה שבע אוניות, 100 חיילים, 130 מתיישבים וציוד שכלל אוכל לחברי המשלחת וצוותי הספינות וכלה בחוברות דתיות לעבור הפיראטים, שלדעת רוג'רס יחפצו בהם. ב־22 באפריל 1718 הפליגה מהתמזה המשלחת, מלווה בשלוש ספינות חיל הים המלכותי.
קדנציה הראשונה.
המשלחת הגיעה ב־22 ביולי 1718, ולאחר קרב עם אחד משודדי הים צ'ארלס ויין, שהצליח להתחמק מהאוניות הבריטיות נסאו והאי ניו פרובידנס היו בידי רוג'רס.
באותה תקופה אוכלוסיית האי כללה כמאתיים שודדי ים לשעבר וכמה מאות נמלטים שברחו מהמושבות הספרדיות הסמוכות. רוג'רס ארגן ממשלה, העניק את חנינת המלך לאותם שודדי ים לשעבר באי שעדיין לא קיבלו אותה, והחל לבנות מחדש את ביצורי האי, שהיה תחת שליטת הפיראטים. פחות מחודש עבר לבית מגוריו בניו פרובידנס. רוג'רס התמודד עם איום כפול: צ'ארלס ויין איים להצטרף עם לשודד הים "שחור הזקן" כדי לכבוש מחדש את האי, וכן היה איום שהספרדים מתכננים לזרוק את הבריטים מחוץ לאיי בהאמה.
המסע של רוג'רס סבל מכישלונות נוספים. מחלה לא מזוהה הרגה כמעט מאה מחברי המשלחת שלו, תוך שהותירה את התושבים הוותיקים בריאים. שתיים משלוש ספינות חיל הים, היו ללא פקודות להישאר באי, יצאו לניו יורק. אוניות שנשלחו להוואנה כדי לפייס את מושל ספרד לא הגיעו מעולם, וצוותיהן התמרדו והפכו לפיראטים באמצע הפלגה. לבסוף, הספינה השלישית יצאה באמצע ספטמבר, מפקדה הבטיח לחזור לאחר שלושה שבועות - הבטחה שלא התכוון לקיים. העבודות בשיקום ביצורי האי נמשכו לאט לאט, רק כאשר המקומיים הראו נטייה לעבודה.
ב־14 בספטמבר 1718 קיבל רוג'רס הודעה כי צ'ארלס ויין נמצא במפרץ כמאתיים קילומטר צפונית לנסאו. כמה מהפיראטים שהיו בניו פרובידנס לקחו סירות כדי להצטרף לוויין, ורוג'רס החליט לשלוח שני קברניטים לשעבר של שודדי הים, בנג'מין הורניגולד וג'ון קוקראם, עם צוות לאיסוף מודיעין. כמו כן הם היו אמורים להביא את ויין לעימות צבאי גלוי. ככל שחלפו השבועות, והתקוות לחזרתם התעמעמו, הכריז רוג'רס מצב חירום, וקבע שכל התושבים חייבים לעבוד על שיקום ביצורי האי.
לבסוף, הפיראטים לשעבר חזרו. הם לא הצליחו למצוא הזדמנות להרוג את ויין או להביאו לידי קרב, אך תפסו ספינה אחת ומספר שבויים. קפטן הורניגולד נשלח לתפוס מחדש את הספינות והצוותים שיצאו בדרך להוואנה. הוא שב עם עשרה אסירים, ביניהם הקפטן ג'ון אוגר, ושלוש גוויות.
ב־9 בדצמבר 1718 הביא רוג'רס למשפט את עשרת הגברים שנלכדו על ידי הורניגולד. תשעה הורשעו, שמונה מהם נתלו. זמן קצר לאחר חג המולד, כמה תושבים זממו להפיל את רוג'רס ולהשיב את האי לפיראטיות, אך הקושרים זכו למעט תמיכה.
ב־16 במרץ 1719 נודע לרוג'רס כי ספרד ובריטניה שוב נמצאות במצב מלחמה. הוא הכפיל את מאמציו לתקן את ביצורי האי, קנה אספקה ​​חיונית באשראי בתקווה להחזר מאוחר יותר על ידי משקיעי המשלחת. הספרדים שלחו צי פלישה נגד נסאו בחודש מאי, אך כאשר נודע למפקד הצי, כי הצרפתים כבשו את פנסקולה, הוא כיוון את אוניותיו לשם. כך קיבל רוג'רס זמן נוסף להתקנת הביצורים ולהכין הספקה בניו פרובידנס. רק ב-24 בפברואר 1720 הגיע הצי הספרדי לאי. החיילים הספרדים נחתו על האי פרדייס, אך הם גורשו על ידי כוחותיו של רוג'רס.
שנת 1720 הביאה סוף לאיומים החיצוניים על שלטונו של רוג'רס. כשספרד ובריטניה שוב כרתו ברית שלום. הספרדים לא עשו שום צעד נוסף נגד איי הבהאמה. צ׳ארלס ויין מעולם לא חזר - לאחר מרדף הוא נלכד ושנה לאחר מכן הוא נתלה בג'מייקה.
עדיין לא הסתיימו הבעיות של רוג'רס כמושל. חוץ ממימון ההגנה של ניו פרובידנס, הוא לא קיבל עזרה מבריטניה, וסוחרים סירבו לתת לו קרדיט נוסף. מצבו הבריאותי התדרדר והוא בילה שישה שבועות בצ'ארלסטון בדרום קרוליינה בתקווה להחלים. באותה העת הוא נפצע בדו-קרב עם סרן ג'ון הילדסלי מאונית צי בריטית אחרת – פלמבורו – דו-קרב שנגרם בגלל סכסוכים בין השניים בניו פרובידנס. רוג'רס, מוטרד מחוסר התמיכה והתקשורת מלונדון, הפליג לבריטניה במרץ 1721. הוא הגיע כעבור שלושה חודשים וגילה כי מונה מושל חדש לאיים, והחברה שלו חוסלה. כאחראי באופן אישי להתחייבויות שקיבל בנסאו, הוא נכלא בגין חובותיו.
פעילויות באנגליה, קדנציה שנייה ומוות.
כשהממשלה וגם שותפיו לשעבר סירבו לכבד את חובותיו, שוחרר רוג'רס מהכלא, רק כשנושיו ריחמו עליו ופטרו אותו מחובותיו. בשנת 1722 או 1723, פנה לרוג'רס אדם שכתב את ההיסטוריה של פיראטיות, וסיפק לו מידע. היצירה שהתקבלה הייתה ״היסטוריה כללית של השוד ורציחות הפיראטות הידועות לשמצה ביותר״, שפורסם תחת שם העט קפטן צ'ארלס ג'ונסון, הייתה להיט עצום משני צידי האוקיינוס האטלנטי, והכתירה את רוג'רס בפעם השנייה למעמד של לאומי גיבור. כאשר תשומת הלב הציבורית שוב התמקדה בו, רוג'רס הצליח בשנת 1726 בעתירה למלך לפיצוי כספי. לא רק שהמלך ג'ורג' הראשון העניק לו פנסיה, רטרואקטיבית לשנת 1721, אלא שבנו של המלך ויורשו, ג'ורג' השני, מינה אותו מחדש כמושל ב־22 באוקטובר 1728.
איי בהאמה לא היו תחת איום חיצוני במהלך הקדנציה השנייה של רוג'רס, אך כמושל שמונה מחדש היו לו קשיים. רוג'רס עדיין ביקש לחזק את הגנת האי וביקש להטיל מס מקומי. האספה, שהוקמה בהיעדרו של רוג'רס, התנגדה, ורוג'רס הגיב בפירוקה. הקרב השלטוני חיסל את רוג'רס. הוא שב שוב לצ'ארלסטון בראשית 1731 בניסיון לשפר את בריאותו. הוא חזר ביולי 1731, אך מעולם לא חזר לבריאותו הטובה, ומת בנסאו ב־15 ביולי 1732.