ב-2004, לאחר שחרורו של מרדכי ואנונו מהכלא, עתרה האגודה בשמו לבג"ץ בניסיון לבטל את הגבלות התנועה הקשות שהוטלו עליו. ב-2005 הסכימה האגודה לייצג את יגאל עמיר, רוצח ראש הממשלה יצחק רבין, בתביעתו לאפשר לו להינשא ללריסה טרימבובלר. האגודה הסבירה כי עונש המאסר פוגע בחופש תנועתו של האסיר, אך עדיין שמורות לו שאר זכויות האדם, ובהן הזכות לחיי משפחה.
ב-2006 עתרה האגודה לבג"ץ בעניינם של מספר זוגות גברים שהתחתנו בקנדה לפי החוק המאפשר שם נישואים חד-מיניים. בבג"ץ יוסי בן-ארי נגד מנהל מינהל האוכלוסין במשרד הפנים ביקשו הזוגות לרשום את הנישואין הללו בישראל. עמדת המדינה הייתה כי בעוד שיש לתת לזוגות הומו-לסביים שוויון זכויות מלא בכל הנוגע לזכויות כלכליות, בית המשפט אינו רשאי להכיר בתבנית משפטית חדשה למיסוד הזוגיות, אלא עליו להשאיר עניין זה למחוקק. בג"ץ קיבל את העתירה וחייב את המדינה לרשום כנשואים את הזוגות שנישאו בקנדה, בין השאר בהסתמך על הלכת פונק שלזינגר, שבה חויבה המדינה לרשום נישואים אזרחיים שנערכו מחוץ לישראל.
עקב התרחבות ניכרת של העסקת עובדי קבלן בישראל, יזמה האגודה ב-2006 מהלך ציבורי נרחב נגד ניצולם של עובדי הקבלן בידי חברות כוח האדם ומי שמזמין שירותים של חברות אלה. לצד פעילות משפטית קיימה האגודה קמפיין ציבורי בתקשורת ("עושק מורשה") ובקרב המעסיקים תוך הבהרת חובותיהם כלפי עובדי הקבלן ודרישה למימושן המלא. האגודה פרסמה דו"ח על זכויות העובדים בישראל. שבו נטען כי עובדי הקבלן אינם נהנים בדרך כלל מתשלום עבור תנאי עבודה נלווים, וזכויותיהם מופרות כדבר שבשגרה, בניגוד לחוק.
ב-2008 החלה האגודה לעסוק באופן אינטנסיבי בזכות לדיור. היא פועלת לקידום דיור ציבורי, דיור בר השגה, זכויות שוכרים ועוד. האגודה גם נאבקת נגד אפליה והדרה בדיור. בתחום הבריאות הייתה האגודה פעלה בעשור הראשון של המאה ה-21 בקואליציית ארגונים שנאבקה לצמצום פערים בשירותי הבריאות בין המרכז לפריפריה ובין אוכלוסיות שונות, ובקואליציה שפעלה להכנסת רפואת השיניים לילדים לסל הבריאות. בעשור השני מתמקדת פעילות האגודה בזכות לאשפוז סיעודי.
עם ההתרחבות הניכרת של השימוש ברשתות תקשורת ממוחשבות, באינטרנט, בטכנולוגיות תקשורת חדישות, גבר הלחץ מצד גורמי שלטון לגישה קלה למידע הפרטי הרב המועבר באפיקים אלה, ובמקביל להטיל פיקוח על גישת הציבור לתכנים באינטרנט ובטלפון. בתחילת 2008 יצאה האגודה למערכה ציבורית נגד הצעת החוק סינון תכנים באינטרנט - הצעה ראשונה מסוגה בישראל לצנזורה באינטרנט - בטענה כי הדבר יביא להקמת מנגנוני צנזורה כנהוג במשטרים אפלים. ב-2008 עתרה האגודה לבג"ץ נגד חוק נתוני תקשורת, שזכה לכינוי "חוק האח הגדול". בעתירה נטען, בין היתר, כי החוק עומד בסתירה לזכות החוקתית לפרטיות וכי אינו מספק הגנה לבעלי מקצועות הנהנים מחיסיון, דוגמת עיתונאים, עורכי דין, רופאים או פסיכולוגים. פעילות האגודה בתחום הזכות לפרטיות מתמקדת גם במאבק להגביל גישה ושימושים מסחריים בנתונים אישיים הנמצאים במאגרי מידע ובמאבק בחוק המידע הביומטרי.
בתחילת מבצע עופרת יצוקה הביעה האגודה מחאה נגד הפגיעה באוכלוסייה אזרחית ברצועת עזה, וציינה: "ההתקפות הפסולות על אוכלוסייה אזרחית בישראל אינן יכולות לספק הצדקה כלשהי, מוסרית או חוקית, לפגיעה חסרת הבחנה באזרחים פלסטינים חפים מפשע". בהמשך המבצע הביעה האגודה מחאה על הפגיעה בבית חולים בעזה. עוד פרסמה האגודה מודעת מחאה בעיתון "הארץ" שיצאה נגד הרג ילדים.
בשנים 2009–2012 קיימה האגודה בתחילת דצמבר מצעד זכויות אדם לציון יום זכויות האדם. בכל אחד מארבעת המצעדים השתתפו למעלה ממאה ארגונים ואלפי צועדים.
בשנת 2011 קיבלה האגודה את פרס גורני למשפט ציבורי.
בשנת 2011 פרסמה האגודה דוח ובו טענה כי ישראל מקיימת ביהודה ושומרון שתי מערכות חוק נפרדות: האחת, ישראלית-אזרחית, לאזרחים ישראלים, והשנייה, צבאית, לתושבים הפלסטינים. בדוח נטען כי התוצאה היא אפליה ממוסדת של הפלסטינים, שאינה מסתכמת בעניינים ביטחוניים ופליליים אלא נוגעת כמעט לכל תחומי החיים. בשנת 2013 הביעה האגודה התנגדות להצעת החוק להחיל את חוק עבודת נשים ביהודה שומרון.
בשנת 2012 עתרה האגודה עם עמותות נוספות בבג"ץ נגד ההיתר להפעיל בבית החולים אסותא אשדוד שירותי רפואה פרטית בתשלום. העתירה נדחתה והעותרים חויבו בהוצאות משפט בסך של 45,000 ש"ח. מאוחר יותר הגיעה המדינה להסכם על ביטול שירותי הרפואה הפרטית בתשלום בבית החולים שם.
בשנת 2012 החלה האגודה במעקב אחרי יוזמות חקיקה אנטי-דמוקרטיות לטעמה: יוזמות המאיימות לצמצם את המרחב הדמוקרטי בישראל, לפגוע בחופש הביטוי ובחופש האמנות, בזכויות מיעוטים, בהפרדת הרשויות ועוד. האגודה מעדכנת את רשימת היוזמות מעת לעת.
בשנים 2013–2015 נאבקה האגודה עם ארגונים עמיתים בתיקונים ל"חוק למניעת הסתננות" על גלגוליו השונים, והצליחה לצמצם משמעותית את מדיניות הכליאה של מבקשי מקלט. בהמשך הגישו הארגונים שורת עתירות שהביאו לשיפור תנאי השהייה של מבקשי המקלט במתקן חולות.
תחום עיסוק בולט של האגודה במשך השנים הוא חופש הביטוי והזכות להפגין. האגודה ניהלה הליכים משפטיים רבים שביססו את הזכות להפגין ואת זכויות המפגינים, ומפעילה עם ארגונים עמיתים את פרויקט "דוקורייטס" המסייע למפגינות ולמפגינים בייעוץ, במידע ובהשאלת ציוד צילום.
מבנה האגודה ופעילותה.
האגודה לזכויות האזרח פועלת באמצעות צוות קבוע בשכר וכן מתנדבים, בהם אישים העוסקים במשפטים, בחינוך, בעיתונות וחברי אקדמיה. רוב תקציב האגודה מגיע מממשלות זרות, תורמים זרים והקרן החדשה לישראל ומיעוטו מדמי חבר ומתרומות מישראל. בשנת 2018 הסתכם תקציב האגודה ב-8.5 מיליון ש"ח, שמתוכם 2.5 מיליון ש"ח התקבלו מהקרן (נכון לשנת 2016). כמו כן, היא נתמכת בידי מקורות ממשלתיים באופן זניח (כ-30,000 ש"ח ב-2018).
לאגודה משרדים בירושלים, בתל אביב-יפו ובנצרת. למן היווסדה בשנת 1972, היה מקום מושב מרכז האגודה בירושלים. בשנת 2009 הוחלט על העברת מקום מושב מרכז האגודה לתל אביב, לצד השארת משרד משמעותי בירושלים.
מדי שנתיים מתקיימות בחירות חשאיות בין חברי האגודה, שבהן נבחרים חברי ההנהלה הציבורית, ומתוכם נבחר יו"ר ההנהלה. לאורך השנים מילאו את תפקיד יו"ר ההנהלה בין היתר ארי שביט, יולי תמיר, רות גביזון, עדנה אולמן-מרגלית, איל בנבנישתי, דוד קרצמר, מרדכי קרמניצר, נעמה כרמי דורי ספיבק ופרופ' גילה שטופלר. ב-2018 ממלאת את התפקיד רחל ליאל. מנכ"לית האגודה החל מנובמבר 2021 היא נועה סתת, ויועצה המשפטי דן יקיר. נשיא האגודה הוא הסופר סמי מיכאל.
האגודה פועלת להגנה על זכויות האדם בישראל במישורים אחדים:
מדי שנה מציינת האגודה את יום זכויות האדם הבינלאומי, החל ב-10 בדצמבר, בקיום סדרה של אירועים, חלקם בשיתוף משרד החינוך וארגוני זכויות אדם עמיתים.
בעקבות האגודה, שהחלה דרכה כארגון היחיד בישראל לזכויות אדם, צמחו לאורך השנים ארגוני זכויות אדם לנושאים פרטניים (למשל: פלורליזם דתי, זכויות עובדים, הזכות לבריאות) או קבוצות אוכלוסייה מסוימות (למשל: ילדים, נשים, ערביי ישראל, עובדים זרים, אנשים עם מוגבלות, תושבי השטחים). רבים מהפעילים המרכזיים בארגונים הללו החלו את דרכם באגודה, ועזבו אותה כדי להקים ארגון נפרד או להצטרף לארגון כזה.
ביקורת על פעילות האגודה.
אף שלאורך כל השנים נמנעת האגודה מהזדהות פוליטית גלויה, הועלתה ביקורת על פעילויות שונות של האגודה, בטענה שהן סייעו לארגונים הפוגעים בביטחון ישראל. ביקורת כזו הושמעה מפי ראש הממשלה יצחק רבין, שבעקבות העתירה בעניין גירוש 400 פעילי החמאס ללבנון, כינה אותה "האגודה לזכויות החמאס". פעילים בימין כינו אותה "האגודה לזכויות האזרח הפלסטיני". כך גם השר זאב בוים, שאמר בתגובה לדו"ח שפרסמה האגודה: "האגודה לזכויות האזרח הפכה מזמן לאגודה לזכויות הערבים, ולא לזכויות האזרחים היהודים. הנטייה הפרו ערבית-פלסטינית שלה ראויה לבדיקה מעמיקה. האגודה לא שואלת למשל האם יהודים יכולים לגור ביישובים ערביים". טענות נוספות כנגד האגודה היו שהיא לא סברה שתוכנית ההתנתקות פגעה בזכויות אדם, וכי היא לא מוחה באופן מספק על הפרות זכויות אדם שמבצעים כלפי המתנחלים.
בתגובה שפרסם היישוב היהודי בחברון לדו"ח משותף של האגודה ו"בצלם", כונו הארגונים "אנטי לאומיים", והואשמו כי מימונם על ידי גורמי חוץ שבחלקם עוינים את ישראל משפיע על עמדותיהם, כמו גם זהות העובדים במחלקות השטחים של הארגונים, שרבים מהם ערבים. עוד נטען כי זה שנים שארגונים אלה מציגים נתונים שקריים וחצאי-אמיתות. אחד הנימוקים להקמת ארגון זכויות האדם ביש"ע היה טענה שהאגודה אינה נותנת הגנה מספקת למתנחלים שזכויות האדם שלהם נפגעות.
מן העבר השני של המתרס הפוליטי, הועלו במהלך השנים טענות מחוגי שמאל על היותה של האגודה "ממסדית" מדי, ושעקב כך היא מסייעת במידה רבה לשימור הסדר החברתי הקיים. כדוגמאות לכך הובא עיסוקה המועט מדי של האגודה, לדעת המבקרים, בהגנה על זכויות פלסטינים בשטחים. ביקורת דומה הופנתה על התנגדותה הנחרצת של האגודה למעצרים מנהליים של אנשי ימין, על תמיכתה בזכותו של יגאל עמיר להינשא, על מאבקה להגנה על חופש הביטוי של מתנגדי תוכנית ההתנתקות, ועל תמיכתה בזכותם של פעילי הימין הרדיקלי איתמר בן-גביר וברוך מרזל לצעוד באום אל-פחם.