המלחמה החלה במכה מקדימה ישראלית על חיל האוויר המצרי, לאחר תקופת המתנה מתוחה, שבה נעשו ניסיונות להימנע מהמלחמה. במהלך המלחמה כבשה מדינת ישראל שטחים נרחבים בסיני, רצועת עזה, רמת הגולן, יהודה ושומרון ומזרח ירושלים. השטח הכולל שנכבש גדול פי שלושה מגודל שטחה של מדינת ישראל שלפני המלחמה.
המתיחות בטרם המלחמה, נוצרה כאשר מצרים ושותפותיה הערביות נקטו צעדים רבים שאיימו על ביטחונה וכלכלתה של ישראל. השלכות המלחמה בתחומי הפוליטיקה הפנימית של המדינות שהשתתפו בה, הגאוגרפיה המדינית והכלכלה האזורית ומהלך המלחמה הקרה הגלובלית היו מרחיקות לכת וממושכות.
הרקע למלחמה.
בשנה שקדמה למלחמת ששת הימים התקיימו שלושה מוקדי מתיחות בין ישראל ובין סוריה: הסכסוך על הטיית מקורות הירדן, הסכסוך על הקרקעות של האזור המפורז והתמיכה הסורית בפעילויות חבלה של הפת"ח נגד ישראל. סביב מוקדים אלה עלתה המתיחות בהתמדה, תוך סכנה של הידרדרות למלחמה. בעקבות המתיחות הגוברת בין ישראל ובין סוריה, נקטה מצרים צעדים שנועדו להביע תמיכה בסוריה. ב-4 בנובמבר 1966 נחתם הסכם הגנה בין מצרים ובין סוריה. הסכם זה היווה מעין המשך להסכם ישן יותר בין שתי המדינות, מ-20 באוקטובר 1955. על פי הסכם זה הוקמו "מועצת הגנה משותפת" ו"מפקדה צבאית משותפת" ונקבע שבעת מלחמה יקבל הרמטכ״ל המצרי את הפיקוד על צבאות שתי המדינות. במקביל לאירועים אלה, ברית המועצות הזהירה ושבה והזהירה את ישראל מפגיעה בסוריה. בישראל גברו החששות בעקבות ההסכם הזה והיא הודיעה, ב-6 בנובמבר 1966, על הארכת שירות החובה בצה"ל בחצי שנה.
גם בין ישראל לירדן התקיימה מתיחות, ששיאה בפעולת סמוע: פעולת מיקוש בדרום הר חברון, בנובמבר 1966, בסמוך לקו הירוק, גרמה למותם של שלושה חיילים ישראלים ופציעתם של שישה נוספים. בתגובה יצאה ישראל לפעולת סמוע, שחרגה מעבר לתכנון המקורי ובמהלכה היו נפגעים רבים, מרביתם חיילים ירדניים.
תקופת ההמתנה.
ב-15 במאי 1967, בעיצומו של יום העצמאות תשכ"ז, צלחו כוחות יבשה מצריים את תעלת סואץ ונכנסו למרחבי סיני. בכך הכניס נשיא מצרים את ישראל למצב חירום, שכונה "תקופת ההמתנה", והסתיים ביציאתה של ישראל למלחמה.
תגובת ישראל לכניסת הכוחות המצרים לחצי האי סיני הייתה מתונה והתבטאה בעיקר בעליית הכוננות של צה"ל, אך ככל שגדל הכוח המצרי, שזרם לתוך סיני, התחיל צה"ל לגייס כוחות מילואים, כדי להציב אותם מול הגבול המצרי, למקרה שהמצב יתדרדר למלחמה.
ב־17 במאי דרש נשיא מצרים ממפקד כוח החירום של האו"ם בסיני וברצועת עזה שכוחותיו יעזבו את קווי הגבול ויתרכזו במחנותיהם. כוחות האו"ם חיכו להוראה ממזכיר האו"ם ונאצר פנה למזכיר האו"ם, או תאנט, בבקשה שיורה על פינוי כללי של כוח החירום של האומות המאוחדות מאדמת מצרים. ב-22 במאי נענתה דרישתו של נאצר בחיוב. 4,000 חיילי כוח החירום של האו"ם, שחצצו בין הצבא המצרי ובין הגבול הישראלי התפנו ללא דיחוי, ואז הצהיר נאצר שלמחרת היום ייסגרו מצרי טיראן בפני כלי שיט ישראליים, ושהוא מוכן ליציאת ישראל למלחמה נגדו. בו זמנית כמעט, ב-20 במאי, מצרים התחילה להוציא יחידות של צבאה מהזירה התימנית, כדי להעביר אותן לחצי האי סיני. בתגובה לכך ערך צה"ל גיוס כללי של כוחות המילואים, גיוס ששיתק חלק גדול מהמשק הישראלי.
ב־23 במאי סגרה מצרים את מצרי טיראן למעבר ספינות ישראליות על ידי הצבת תותח ארוך טווח שאמור היה להטביע אוניות ישראליות שינסו לעבור. סגירת מצרי טיראן הייתה עילה למלחמה.
בעקבות חסימת המיצרים אמר ראש אמ"ן דאז אהרון יריב :
בעולם הערבי פעולתו של נאצר בסגירת המיצרים זכתה לאהדה רבה. במדינות ערב החלו הפגנות המוניות שקראו למלחמה בישראל וחיסולה.
במקביל לסילוק כוחות האו"ם וריכוז הצבא המצרי בסיני, סוריה הגבירה את הכוננות בצבאה ושתי חטיבות שריון ירדניות התחילו לנוע מערבה אל בקעת הירדן. במחצית השנייה של חודש מאי 1967 מנו הכוחות המצריים בסיני כ-130,000 חיילים בשבע דיוויזיות, חלקן משוריינות.
ב-25 במאי קיבלה ישראל מידע מודיעיני שמצרים עומדת לתקוף אותה ב-27 במאי. לאחר פניית הנשיא לינדון ג'ונסון לברית המועצות בנושא, ביטלה מצרים את תוכנית התקיפה. ב-27 במאי לא הושגה הסכמה בדיון בממשלת ישראל על יציאה מידית למלחמה.
המצב הבינלאומי והניסיונות למנוע את המלחמה.
בסיום מבצע סיני ארצות הברית דרשה מישראל לסגת מסיני והתחייבה בתמורה לדאוג להבטחת חופש המעבר של ישראל במיצרי טיראן. אך עם סגירת המיצרים בידי מצרים והיווצרות המתיחות בין מצרים לישראל, ארצות הברית, שרצתה לשמור על הסטטוס קוו אנטה ולמנוע מלחמה, הזהירה את שתי המדינות שתתקוף את המדינה שתפתח במלחמה, ולשם כך גם הוכנו תוכניות תקיפה אמריקאיות.
ברית המועצות פרסמה הצהרה שבה הצדיקה את כניסת הצבא המצרי לתוך סיני ואת גירוש חיילי כוח החירום של האו"ם. בהצהרה הסובייטית התעלמו לחלוטין מחסימת המיצרים לשיט ישראלי.
צרפת, שהייתה הספקית העיקרית של מערכות הנשק שהיו בידי צה"ל ובת בריתה של ישראל מאז שנות ה-50, החלה לשנות את עמדותיה מאז הסתיימה המלחמה באלג'יריה. שארל דה גול, נשיא צרפת, הזהיר את ישראל מיציאה למלחמה ואף הטיל אמברגו נשק למזרח התיכון. האמברגו פגע רק בישראל כי ארצות ערב התבססו על ספקי נשק אחרים.
משט הים האדום.
לאחר מלחמת סיני, בעת הדיונים באו"ם על נסיגת ישראל מהשטחים שכבשה, תבעה ישראל שיובטח חופש השיט במצרי טיראן. החלטה בנושא זה הוכשלה על ידי ברית המועצות, בנימוק שאין לתת לתוקפן (ישראל) שום טובת הנאה מתוקפנותו. ארצות הברית הצהירה מחויבות לחופש השיט במצרי טיראן ומספר מדינות ימיות פרסמו הצהרות דומות.
לאחר חסימת מצרי טיראן על ידי המצרים, פנתה ישראל לארצות הברית וביקשה את מימוש מחויבותה. במגעים אלה התברר שארצות הברית וישראל תפסו את ההצהרה בצורה שונה - ארצות הברית הצהירה רק על מחויבות להבטחת השיט האמריקאי במצרי טיראן. הוסכם שארצות הברית תנסה לארגן את פריצת המצור על נמל אילת על ידי שיירת ספינות של מדינות ימיות שונות, אך במגעים של האמריקאים עם המדינות המועמדות למשלוח ספינות, רק הממלכה המאוחדת והולנד הסכימו להשתתף, לכן ארצות הברית זנחה את הרעיון ונתנה לישראל הסכמה שבשתיקה לפעול כראות עיניה.
ההסכם הירדני-מצרי.
ירדן נתפסה על ידי רבים במרחב הערבי כמדינה מלאכותית, יציר האימפריאליזם הבריטי ובית המלוכה שלה כסוכני האימפריאליזם. חוסיין, מלך ירדן היה מודע לכך ועשה מאמצים לקבל לגיטימציה ערבית. קיום המשטר הירדני התאפשר במידה רבה גם הודות לאיום הישראלי לצאת למלחמה במקרה של כניסת כוחות עוינים לגדה המערבית, איום שהרתיע מדינות ערביות אחרות מניסיון לכבוש את ירדן.
חתימת הברית הצבאית בין מצרים ובין סוריה, סילוק חיילי האו"ם מסיני, הכנסת הצבא המצרי לתוך סיני ולבסוף סגירת מצרי טיראן לשיט ישראלי, היו צעדים שהלהיבו את ההמונים בארצות ערב ומולם ההססנות וחוסר תגובה צבאי תקיף של ישראל, בנוסף לדיווחים על חולשתה הכלכלית של ישראל בגלל המיתון, יצרו את הרושם שהנה, הנה, מתקרב סוף המדינה הציונית וישראל לא תוכל לעמוד בפני הקואליציה המנצחת של הנאצריזם. כמה פוליטיקאים ירדניים הזהירו את המלך שאי הצטרפות לנאצר עלול להביא לכך שייעשה ניסיון להפיכה ותהיה מלחמת אזרחים בירדן. חוסיין, אשר חשש גם מכך שהצבאות הערבים המנצחים עלולים להמשיך את מצעדם ולאחר חיסול ישראל, יחסלו גם את ממלכתו, החליט להצטרף לקואליציה זו, כדי לזכות בלגיטימציה של פטריוטיות ערבית.
המלך חוסיין ביקש להיפגש עם נאצר ולהזמנתו טס ב-30 במאי בבוקר למצרים יחד עם ראש ממשלתו, ראש המטה הכללי של צבאו ומפקד חיל האוויר הירדני. המלך חוסיין הציע לצרף את ארצו לפיקוד הצבאי המשותף של מצרים וסוריה, אך סוריה התנגדה לברית צבאית עם ירדן. מצרים הציעה לירדנים לחתום על הסכם הגנה, בדומה להסכם המצרי-סורי. המלך חוסיין ביקש לקרוא את ההסכם ולאחר שקרא אותו ביקש לחתום על הסכם זהה, שיוחלף בו שמה של סוריה בשמה של ירדן. בשעה 15:30 נקטעו שידורי הרדיו המצריים ופורסמה הודעה דרמטית על הקמת מפקדה צבאית משותפת למצרים, עיראק וירדן ובראשה סגן הרמטכ"ל המצרי.
ימים אחדים לאחר מכן הכוחות הירדנים היו תחת פיקודו של הגנרל המצרי עבד אל-מונעם ריאד. בעקבות חתימת ההסכם, המלך חוסיין הזמין את הכוחות העיראקיים להיכנס לממלכתו ושליט עיראק, עבד אל-רחמאן עארף, שסירב להזמנה דומה שבוע לפני כן, נענה הפעם בהתלהבות.
ב-4 ביוני נחתם הסכם הגנה מצרי-עיראקי ובכך הושלמה הקואליציה המלחמתית נגד ישראל - הכוחות העיראקים נועדו להגיע לגבול ישראל דרך ממלכת ירדן.
ספקולציות מסביב לנושא הגרעיני.
החוקר ד"ר אבנר כהן טוען כי בשלהי מאי 1967, בעיצומה של תקופת ההמתנה, הצליחה ישראל, לאחר פעילות קדחתנית, לבנות התקן גרעיני מאולתר. הפרשן הצבאי יוסי מלמן טען שאף הייתה היערכות להפעלתו.
במהלך תקופת ההמתנה טסו מטוסים מצריים מספר פעמים מעל הכור בדימונה ומכאן הועלו ספקולציות שאולי מצרים וברית המועצות יצרו את המשבר כדי שתהיה להם הזדמנות לתקוף את הכור בדימונה לפני שתהיה לישראל יכולת גרעינית. מאותו בסיס הועלתה גם השערה שישראל יצאה למתקפה, כדי למנוע אפשרות התקפה על הכור בדימונה. השערות אלה לא זכו לאישוש בעדויות או מסמכים שהתפרסמו, אך זכו לפופולריות מסוימת במדיה.
האווירה בישראל והקמת ממשלת הליכוד הלאומי.
תקופת ההמתנה הייתה תקופה של חרדה עצומה בציבור הישראלי מפני המלחמה המתקרבת.
החרדה של רבין.