האצילים ההונגרים, שסבלו קשה מהפלישה המונגולית לאירופה והוסתו על ידי פרידריך השני המתפלמס, ארכידוכס אוסטריה, האשימו את הקומנים שעשו יד אחת נגדם עם המונגולים והרגו את קותן, מלכם. כתוצאה מכך התקוממו הקומנים והתאחדו עם המונגולים. חלק מהקומנים נשאר בפוסטה, אך קומנים רבים עברו את הדנובה אל בולגריה ובדרכם חיסלו את כוחותיו של הבישוף מצ'נאד, שעמד לצאת לקרב נגד המונגולים ובכך החלישו את הכוח הצבאי של ההונגרים.
הכוחות המונגוליים, שנשלחו דרומה, נועדו לעקיף את הונגריה ולמנוע מהמלך ההונגרי סיוע צבאי מטרנסילבניה. הכוח המונגולי העיקרי, שעבר דרך מעבר מונקץ', התקדם בעמק הטיסה, כשאליו מצטרפים בני עמים שונים, שהוכנעו לפני כן על ידי המונגולים והיו מחויבים לסייע להם וגם הקומנים הזועמים על מות מלכם בידי ההונגרים.
החבלים הרומנים.
בעת בה באטו חאן הוביל את עיקר צבאו לאורך הנהר הטיסה, צבא מונגולי נוסף, בפיקודם של בורי וקאדאן, עבר מגליציה את הרי הקרפטים באזור בוקובינה ופנה אל העיר רודנה, הידועה במכרותיה וכבש אותה ב-1 באפריל. הכיבוש נעשה בשיטה המונגולית הקלאסית, התקפה, מאבק קצר ואז הימלטות מהירה, תוך העמדת פנים שמגיני המקום ניצחו. תושבי המקום, הסקסונים הטרנסילבנים, עלזו, פתחו בחגיגה עם אוכל ושתייה, כדי לחגוג את הניצחון, ואז שבו המונגולים והפתיעו את העולזים וכבשו את המקום בסערה והרגו 4,000 מהמקומיים. תושבים נוספים, כ-600, נחטפו ואולצו לשמש מורי דרך של הפולשים בדרכם דרומה. צבא זה גם כבש את אורדיה ושחט את אוכלוסייתה. גוף לוחם מונגולי נוסף, בפיקודו של בודז'ק (Budjek או Bücek או Bochetor), צלח את הסירט והרס את בישופות הקומאנים שהתקיימה ממזרח להרי הקרפטים. מדרום חבל מולדובה עבר בודז'ק, דרך מעבר אויטוז, לטרנסילבניה, שם כבש מבצרים וערים, כולל את בראשוב. בודז'ק הביס את פוסה (Pousa או Posa), הוויווד של טרנסילבניה וצבאו ופוסה מת בשדה הקרב ולא השאיר יורשים. ב-11 באפריל כבש את סיביו ובזז את כל המרכזים של הסקסונים הטרנסילבנים. בודז'ק עבר דרך מונטניה, הביס את צבא המקומיים, שיצא לקראתו בהנהגת מיסקלאב (Mischelav) וחדר לטרנסילבניה דרך עמק האולט.
חלק מתושבי החבלים הרומנים, שחיו בטרנסילבניה ובחבלים הסמוכים, שעתידים להיות נסיכות מולדובה ונסיכות ולאכיה, שיתפו פעולה עם החילות המונגוליים ואף התלוו אליהם למסעי מלחמה. הרומנים לקחו חלק, לצד המונגולים, במצור על אסיזי ועל מקומות נוספים. באזור הנהרות פרוט וסירט חי עם הברודניקים והברודניקים מוזכרים כמי שתחת הנהגת Ploscanea (פלוסקנאה) לחמו לצד המונגולים בקרב קלקה.
ב-1242, כשהמונגולים נסוגו ממרכז אירופה ודרומה, הם שוב פלשו לחבלים הרומנים ובזזו אותם. נפוצו ידיעות על מלך ולאכי שניצח את המונגולים במעברי ההרים, ידיעות ששמחו את הנפגעים מהפלישה המונגולית. ההשפעה המונגולית בחבלים אלה חיזקה את האוטונומיה של טרנסילבניה כלפי הונגריה, כמעט עד כדי הכרזתה למלוכה עצמאית. השליטה המונגולית על חבלי מולדובה ומונטניה עד האולט נמשכה עד להקמת הנסיכויות הרומניות ובתקופה זו הרומנים שילמו למונגולים מס בבהמות ובתבואות והשתתפו בפשיטות שיזמו המונגולים.
במהלך הפלישה המונגולית בשנים 1241–1242 הובאו לארצות הרומניות לראשונה הצוענים. לאחר נסיגת המונגולים הצוענים נשארו וקיבלו מעמד של עבדים ממנו השתחררו רק באמצע המאה ה-19.
קרב מוהי.
פרידריך השני, קיסר האימפריה הרומית הקדושה נמנע מהושטת סיוע לממלכה ההונגרית ופרידריך השני המתפלמס, ארכידוכס אוסטריה, לאחר שהשתתף בלחימה בצורה שולית, העדיף לנצל את מצבו העגום של שכנו.
קרב מוהי, שהתרחש ביום 11 באפריל 1241, היה הקרב המרכזי שנערך בין הממלכה ההונגרית ובין הצבאות המונגוליים. מפגש הצבאות היה במוהי, בקרבת התחברות הנחל סלאנה עם הטיסה. הצבא ההונגרי התרכז לשולי גבעה וליד זרם המים שנבע מהפשרת מי נחל סלאנה. המונגולים השתמשו בצורה יעילה מאוד בקשתות ובחצים שלהם ולצבא ההונגרי לא הייתה תשובה. בקרב הזה הובסו ההונגרים, חמישים אלף מלוחמיהם איבדו את חייהם ומלכם, בלה הרביעי, מלך הונגריה, שניצל ממותו על ידי הרוזן ארנה משאלגאדיור (בהונגרית: Salgagyör), נמלט. טבח הצבא ההונגרי נמשך יומיים שלמים וגופות התגוללו על פני הארץ, סוסים ללא רוכבים התרוצצו מבלי דעת וחפצי ערך יקרים, בגדי משי, כלים מכסף ומזהב הושלכו על ידי נמלטים, שניסו להקל על עצמם. במנוסתו איבד המלך ההונגרי את החותם שלו, חותם שנמצא על ידי המונגולים, שעשו בו שימוש בחתימת צווים שלטוניים במהלך שלוש שנות שלטונם בהונגריה וטרנסילבניה.
השבי, קניית השחרור והימלטות מלך הונגריה.
לאחר התבוסה בקרב מוהי נמלט בלה הרביעי, מלך הונגריה עם משפחתו ואוצרותיו אל שכנו ובן בריתו, פרידריך השני, דוכס אוסטריה. פרידריך שמח לנצל את ההזדמנות, שבה את המלך ההונגרי והציג בפניו את תביעותיו על מחוזות מחלוקת בגבולם. כדי להשתחרר משביו נאלץ בלה הרביעי, מלך הונגריה, לחתום על ויתור על שלושת מחוזות המחלוקת ולהשאיר בידי פרידריך את אוצרותיו.
בלה נמלט לדלמטיה, אך צבא מונגולי נשלח בעקבותיו והוא נאלץ לברוח ממבצר למבצר, עד שהפליג בספינה לאי צ'יובו.
הניהול המונגולי של הונגריה.
במקומו של המלך ההונגרי הנמלט הקימו המונגולים מועצה מלכותית ובראשה קאדאן, מבניו של אוגדיי חאן. השלטון המונגולי הכתיב לתושבים את השימוש בכסף מונגולי, לצד הכסף הביזנטיני וערך חלוקה שלטונית של הממלכה, תוך מינוי מנהלים שנשאו את השם canesius. מנהל כזה, שתואר בכתביו של בן התקופה, ניהל אלף משקי בית ומעריכים שהיו כמאה מנהלים כאלה.
הפלישה לבלקנים.
בינואר 1242, כשמי הדנובה קפאו ואפשרו מעבר מעליהם, שלח באטו חאן חיילים לקרואטיה בפיקודו של קאדאן, כדי שילכדו את בלה הרביעי, מלך הונגריה, שנמלט לשם. בלה נמלט בעזרת ספינה לאי צ'יובו, בקרבת טרוגיר. המונגולים, שחיפשו את בלה במבצר וינודול נהדפו משם במרץ 1242 והמשיכו לכיוון טרוגיר, אך לא הצליחו ללכוד את בלה. הם שטפו את זגרב ואת החבלים ליקה ודלמטיה. צבא קרואטי הנחיל להם תבוסה בקרב שדה גרובניק ומשם המשיכו לספליט ושם הגיעה אליהם ההודעה על מותו של החאן הגדול, אוגדיי חאן.
הבהלה באירופה והפרעות ביהודים.
הופעת המונגולים באירופה הפתיעה את האירופאים, שלא ידעו כלום אודותיהם ולא ידעו את שפתם. הניצחונות, האכזריות וגלי הפליטים הטילו מורא על תושבי מרכז ומערב אירופה, שציפו להמשך הפלישה. התהלכו סיפורי זוועה על מעשיהם, השמועה אמרה שהמונגולים הם קניבלים האוכלים את בשר אויביהם המנוצחים ובמיוחד חביב עליהם בשר הנשים הזקנות. סופר על המונגולים שחגגו את הניצחונות באונס קבוצתי של בתולות נוצריות עד שקורבנותיהם מתו מתשישות. לשיא נוסף של פחד תרם ליקוי חמה בכל רחבי אירופה, ביום ראשון (היום הקדוש לנוצרים) 6 באוקטובר 1241.
תאוריית תרשיש.
בניסיונותיהם של תושבי אירופה לחפש את סיבת הופעת המונגולים, היו שקשרו בין העיר תרשיש, המוזכרת בתנ"ך ובין השם "טרטרים", אחד השמות בו כונו המונגולים. מעבר לכך, האזכור של תרשיש בספר תהילים יוצר קישור עם שלושת מלכי המזרח, שלפי הברית החדשה הביאו מתנות ללידת ישו. מכאן חיברו בין המונגולים ובין מלכי המזרח. ב-1164 חזרו לגרמניה צלבנים גרמנים, שהביאו איתם עצמות מתים, לטענתם עצמות מלכי המזרח. העצמות הונחו בקתדרלה החדשה של קלן וכעת לאחר הקישור שנעשה בין טרטרים ובין תרשיש, בין תרשיש ובין מלכי המזרח, הגיעו החוששים למסקנה שהמונגולים (טרטרים) באו כדי להחזיר לעצמם את עצמות מלכי אבותיהם, שנגנבו מהם.
תאוריית השבטים היהודים האבודים.
לאחר שהמונגולים לא המשיכו לכיוון קלן, אלא פנו לכיוון הונגריה והבלקנים, התפוגגה תאוריית תרשיש וחיפשו תאוריה חדשה. בעולם הנוצרי נושא עשרת השבטים נמצא בתודעה, לכן נוצר קשר מתבקש בין שבטים (שבטי היהודים) שנעלמו לאי שם מסתורי ובין שבטים (המונגולים) שהופיעו לפתע מאי שם מסתורי. אנשי הכמורה המקשרים הגיעו למסקנה שהמונגולים הם צאצאי עשרת השבטים, שכנראה בלבלו את שפתם, בגלל חטאיהם, לכן אינם מדברים עברית. הם ציינו ששנת 1241 מקבילה לשנת 5000 לפי הלוח העברי, שנה בה ציפו היהודים לבוא המשיח. התאוריה הייתה תמוהה מאוד, אך בהיעדר הסבר אחר להופעת המונגולים, הקישור פעל והאירופאים המתוסכלים מחוסר יכולתם לנצח את המונגולים, הוציאו את תסכוליהם על "קרובי משפחתם", היהודים האירופאים. הפורעים שרפו שכונות יהודיות, את היהודים זרקו לבתי כלא או שחטו. הכנסייה הוציאה הוראות המחייבות את היהודים ללבוש בגדים המייחדים אותם, כדי שלא יוכלו להסתתר בין הנוצרים.
סוף העמקים ומות אוגדיי חאן.
מרעה עבור סוסי המונגולים.
הצבא המונגולי היה צבא פרשים וכל פרש מונגולי הוביל כחמישה סוסים. כמות גדולה כל כך של סוסים הצריכה מישורי מרעה מתאימים, לכן הכיבושים המונגולים נעו לאורך הערבות הגדולות. המונגולים היו מודעים היטב לצרכים שלהם, לכן, שנה לפני הפלישה לאירופה, יצאו קבוצות חלוץ בנתיבים שנועדו לשמש את צבאותיהם. קבוצות החלוץ בחנו את המסלולים ובמקומות בהם היו יישובים חקלאיים הם הרסו את היישובים והרגו את תושביהם. מטרת המונגולים הייתה להבריח את האוכלוסייה המקומית ולהשיג בכך שתי מטרות: השדות לא יחרשו ובמקום תצמח צמחיית בר מתאימה למרעה סוסים. תלמים חרושים הפריעו להתקדמות הסוסים וגידולים חקלאיים לא התאימו למרעה.