בשנת 1992, כיכבה בסרט הספורט ליגה משלהן כמיי מורדאביטו, שחקנית בייסבול בקבוצת נשים. ביציאתו הגיע למקום הראשון בקופות והפך לסרט העשירי בעל הכנסות השנה בארצות הברית עבורו הקליטה את שיר הנושא, "This Used to Be My Playground", שהפך ללהיטה העשירי במקום הראשון במצעד ההוט 100, שיא שירים אשר היה הרב ביותר בכול הזמנים באותה תקופה עבור אמן. באותה שנה, מדונה קיבלה חסות על הרטרוספקטיבה הראשונה של חברה לשעבר ז'אן-מישל בסקיה במוזיאון ויטני לאמנות אמריקאית. על מנת להיות מוגבלת פחות בהקלטת שיריה, הקימה חברת בידור משלה, מאבריק, המורכבת מחברת תקליטים (Maverick Records), חברת הפקת סרטים (Maverick Films), ומחלקות הוצאה לאור של מוזיקה, שידורי טלוויזיה, ספרים וסחר. עסקתה הייתה מיזם משותף עם וורנר מדיה ששילמה למדונה מקדמה של 60 מיליון דולר אשר העניקה לה 20% תמלוגים מהליכי המוזיקה, השיעור הגבוה ביותר בענף באותה תקופה שהיה שווה רק לשיעור התמלוגים של מייקל ג'קסון שהוקם שנה קודם לכן עם סוני. מאוחר יותר החברה שלה הפכה לאחת הלייבלים המצליחים ביותר בניהול אמנים בהיסטוריה, והפיקה אמנים כגון אלניס מוריסט, הפרודיג'י ומישל בראנץ'.
עם השגת שליטתה האמנותית המוחלטת עם מאבריק, הוציאה במקביל את אלבום האולפן החמישי שלה, "Erotica", ואת ספרה, סקס. הספר, המורכב מתמונות פרובוקטיביות מיניות מפורשות, שצולמו על ידי סטיבן מייזל, זכה לתגובה שלילית חזקה מצד התקשורת והציבור הרחב בטענה כי מדונה "הלכה רחוק מדי", אך זכה להצלחה רבה ומכר כ-150,000 עותקים ביומו הראשון ו-1.5 מיליון עותקים סך הכול ומוגדר כספר המתנה הנמכר ביותר בכול הזמנים. התגובה הנרחבת השלילית כלפי הספר האפילה על הצלחת האלבום, שהוביל לכך שהיה לאלבומה עם מספר המכירות הנמוך ביותר באותה תקופה (6 מיליון סך הכול) והיה לאלבום אולפנה הראשון שלא כבש את מצעד הבילבורד 200 למרות ביקורותיו החיוביות. מתוך ששת הסינגלים שהוציא, "Erotica" ו-"Deeper and Deeper" היו ליחידים שנכנסו אל עשרת המובילים בבילבורד הוט 100. מדונה המשיכה בדימויים הפרובוקטיביים שלה במותחן האירוטי משנת 1993, גוף הראיות, שהכיל סצנות של סדומאוזוכיזם ושעבוד, אשר זכה לביקורות שליליות, והיה מועמד ל-6 פרסי פטל הזהב, וכיכבה בנוסף בסרט הדרמה, משחק מסוכן"." הניו יורק טיימס תיאר את הסרט כ-"כעוס וכואב, והכאב מרגיש אמיתי".
בספטמבר 1993 יצאה מדונה לסיבוב ההופעות הרביעי שלה לקידום האלבום, "The Girlie Show World Tour", בו התלבשה כדומינטריקס בשימוש בשוטים מוקפת רקדניות טופלס. במופעה בפוארטו ריקו שפשפה את דגל האי בין רגליה על הבמה, מעשה אשר הוביל לזעם בקרב הקהל. במרץ 1994, הופיעה כאורחת בתוכנית האירוח של דייוויד לטרמן, הופעתה גררה תשומת לב תקשורתית רבה בסירובה לעזוב את הסט ובעודה משמיעה גסויות רבות בעלי משמעות כפולה אשר צנזורו מה שהפך את הפרק לתוכנית עם מספר הצנזורים הרב ביותר (14) נכון לשנת 2021 בטלוויזיה האמריקאית. בנוסף, נמנה עם הפרקים בעלי הרייטינג הגבוהים ביותר אי פעם בתוכנית. התנהגותה של מדונה באותן שנים בלטה בהערותיהם של מבקרים בטענה כי "הקריירה שלה נגמרה". בתקופה זו, יצאה עם שחקן הכדורסל דניס רודמן והראפר טופאק שאקור.
הביוגרף ג'יי רנדי טרבורלי תיאר את הבלדה שלה "I'll Remember" מ-1994 אשר הוקלטה לסרטו של אלק קשישיאן, עם כבוד, כ-"ניסיון להנמיך את דמותה הפרובוקטיבית". עם אלבום האולפן השישי שלה אשר הופץ ב-25 באוקטובר, "Bedtime Stories", מדונה הציגה תדמית רכה יותר ואימהית יותר במטרה לשפר את תפיסתה הציבורית. ביציאתו הגיע האלבום למקום השלישי בבילבורד 200 והוציא את הלהיטים "Secret" ו-"Take a Bow" אשר הגיע לראש הבילבורד הוט 100 בו שהה במשך 7 שבועות, התקופה הארוכה ביותר של שיריה של מדונה. אלבום אוסף הבלדות "Something to Remember" אשר הוציאה לאור בנובמבר שנה לאחר מכן כלל 4 שירים חדשים בהם: "Love Don't Live Here Anymore","You'll See","Oh Father","One More Chance".
בסרט המוזיקלי מבוסס המחזמר, אוויטה אשר יצא לאור בשנת 1996, מילאה מדונה את התפקיד הראשי בכיכובה של אווה פרון. במשך זמן רב, הצהירה כי רצתה לגלם את פרון וכתבה לבמאי אלן פארקר מדוע תהיה "מושלמת" עבור התפקיד. לאחר קבלתו, החלה מדונה באימוני קול ולמדה על ההיסטוריה של ארגנטינה ופרון שהייתה לרעייתו השנייה של נשיא ארגנטינה חואן פרון. במהלך צילומיו חלתה מספר פעמים, לאחר שגילתה שהיא בהריון, ומתוך המאמץ הרגשי העז שנדרשה לעבור עם צילומי הקטעים. עם שחרורו של הסרט בדצמבר 1996, הופעתה של מדונה הובילה לשבחים רבים ממבקרי הקולנוע, ועל תפקידה זכתה בפרס גלובוס הזהב בקטגוריית השחקנית הטובה ביותר בסרט מוזיקלי או קומדיה.
פסקול הסרט, המכיל שירים שבוצעו בעיקר על ידי מדונה, יצא כאלבום כפול, וכלל את השירים "You Must Love Me" אשר זיכה בהמשך בפרס גלובוס הזהב וכן בפרס אוסקר עבור השיר מקורי הטוב ביותר את המלחין אנדרו לויד ובר ו-"Don't Cry for Me Argentina" אשר הגיע לראש מצעדי מדינות באירופה בהן: צ'כיה, צרפת, אירופה, הונגריה וספרד. במהלך טקס פרסי המוזיקה של בילבורד לשנת 1996, זכתה מדונה בפרס "הישגי האמן" בהוקרתו על ידי טוני בנט. ב-14 באוקטובר אותה שנה ילדה את בתה, לורדס "לולה" מריה צ'יקון לאון עם מאמן הכושר קרלוס לאון אשר מערכת היחסים בינם הסתיימה במאי 1997 ומדונה הצהירה בתגובה כי הם, "טובים יותר כחברים הטובים ביותר".
1998–2002: "Music ,""Ray of Light," נישואים שניים וחזרה לסיבובי הופעות.
לאחר לידתה של לורדס, מדונה החלה להיות מעורבת במיסטיקה מזרחית ובלימודי קבלה שהציגה בפניה השחקנית סנדרה ברנרד. אלבום האולפן השביעי שלה, "Ray of Light" שיצא לאור ב-22 בפברואר 1998, שיקף את שינויה בתפיסתה ובדימוי שלה. ביציאתו, זכה לשבחים מהמבקרים בעוד המגזין "Slant" כינה אותו "אחת מיצירות המופת הגדולות של מוזיקת הפופ של שנות ה-90", ורולינג סטון רשם אותו בין "500 האלבומים הגדולים ביותר בכל הזמנים". מבחינה מסחרית, זכה להצלחה רבה והגיע למקום הראשון בכ-20 מדינות בעולם ומכר מעל 16 מיליון עותקים. הסינגל המוביל מתוכו, "Frozen", הפך לסינגל הראשון של מדונה שהגיע ביציאתו היישר לראש המצעד הרשמי בממלכה המאוחדת, בעוד שבארצות הברית לסינגל השישי שלה במקום השני במצעד הבילבורד הוט 100 ובכך, קבע שיא נוסף למדונה כאמנית עם מספר הלהיטים הרב ביותר במקום השני. הסינגל השני הנושא את כותרת האלבום, "Ray of Light", הופיע לראשונה במקום החמישי בהוט 100 לצד המקומות הראשונים ביוון, ספרד וקרואטיה. מהדורת ספר השיאים העולמי של גינס משנת 1998 הודיע כי "אף אמנית לא מכרה יותר תקליטים ממדונה ברחבי העולם". "Ray of Light" זכה בסך הכול ב-4 פרסי גראמי מתוך 6 מועמדויות (כולל אלבום השנה) בהן: אלבום הפופ הטוב ביותר, חבילת ההקלטות הטובה ביותר והסינגל השני זכה להקלטת הדאנס הטובה ביותר והווידאו קליפ הטוב ביותר.
באותה שנה הקימה מדונה את הקרן "Ray of Light Foundation" שהתמקדה בנשים, חינוך, פיתוח עולמי והומניטרי. עבור הסרט משנת 1999, הקליטה את השיר "Beautiful Stranger" שזיכה אותה בפרס הגראמי לשיר הטוב ביותר שנכתב עבור סרט קולנוע, טלוויזיה או מדיה חזותית אחרת. שנה לאחר מכן כיכבה בסרט הדרמה הקומית בבימויו של ג'ון שלזינגר, הדבר הטוב ביותר הבא. לפסקול הסרט תרמה מדונה שני השירים מטעמה, "American Pie" שהיה לגרסת כיסוי לשירו של דון מקלין משנת 1971 אשר הגיע ביציאתו למקום הראשון במעל ל-15 מצעדים בעולם, ושיר מקורי בשם "Time Stood Still".
בספטמבר 2000 הוציאה מדונה את אלבום האולפן השמיני שלה, "Music", בשיתוף פעולה עם המפיק הצרפתי מירווה אחמדזאי אשר לגביו הגיבה באומרה, "אני אוהבת לעבוד עם המוזרים שאף אחד לא מכיר, אנשים שיש להם כישרון גולמי ועושים מוזיקה שלא כמו כל אחד אחר שם. מוזיקה היא עתיד הסאונד" שזכה כקודמו לשבחים מצד המבקרים. ביציאתו, הגיע למקום הראשון ביותר מ-30 מדינות ברחבי העולם ומכר 4 מיליון עותקים בעשרת ימיו הראשונים ומעל 11 במשך השנים. בארצות הברית במצעד הבילברוד 200, "Music" הגיע ביציאתו היישר לראשו והיה לאלבומה הראשון של מדונה מזה 11 שנים לאחר "Like a Prayer" משנת 1989 בפסגה. לקידומו הוציאה כ-3 סינגלים מתוכו בהם: "Music" אשר הפך לשירה ה-12 בראש הבילבורד הוט 100 לצד שהותו כ-5 שבועות רצופים בראש מצעד שירי הדאנס קלאב - השיא הארוך בהיסטורית המצעד, "Don't Tell Me" ו-"What It Feels Like for a Girl". הווידאו קליפ אשר ליווה את הסינגל השלישי, תיאר את מדונה מבצעת פשעים ומעשי ונדליזם בהם ירייה בשוטרים, שריפת תחנת דלק, דריסות הולכי רגל על ידי רכבה ושוד כספים בעזרת שוקר חשמלי, מה שהוביל לאיסורו על ידי הערוצים MTV ו-VH1.