באוגוסט 1942 בוצעה אקציה נוספת בזאגרב ובה נעצרו 1,300 יהודים שנמלטו מהאקציה הראשונה ומצאו מחבוא בדירות מסתור ובכפרים סביב זאגרב. תמורת כל יהודי שילמו שלטונות האוסטאשה לגרמנים 30 רייכסמארק. בתקופה זו נעשה ניסיון על ידי הסוכנות היהודית להציל ילדים יהודים מאירופה ולהעלותם לארץ ישראל. לילדי זאגרב הוקצו 50 סרטיפיקטים. במועד זה כבר היו מרבית ילדי הקהילה במחנות ריכוז. רב הקהילה שלום פרייברגר, לו היו קשרים עם ראשי הכנסייה הקתולית בזאגרב ועם ראשי קהילות יהודיות מחוץ ליוגוסלביה ובכלל זה ועדת העזרה וההצלה בבודפשט, פעל להצלת ילדים מהקהילה. לאחר מאמצים קדחתניים אותרו 11 ילדים ובני נוער ובכללם בנו יחידו של הרב, רובן פרייברגר, והועברו להונגריה ולטורקיה ומשם עלו חלקם לארץ ישראל המנדטורית. הפיקוד הישיר על מעצר וגירוש יהודי זאגרב הוטל על האופטשטורמפיהרר פרנץ אברומייט. הטרנספורטים יצאו מזאגרב ב-13 באוגוסט והגיעו לאושוויץ ב-16 באוגוסט.
בזאגרב נותרו עדיין יהודים אשר זכו להגנת שלטונות האוסטאשה, בשל סיבות כלכליות, קרבה אישית, נשואים בנישואי תערובת או מומרים. בראשית 1943 התנהל משא ומתן בין ראשי האוסטאשה לגרמנים על השלמת גירוש היהודים. על פרנץ אברומייט הוטל להשלים את מבצע הגירוש. החשמן אלויזיה סטפינאץ הארכיבישוף של זאגרב ניסה להתערב ולהציל יהודים מומרים ובני נישואי תערובת ואף כתב מכתב חריף לאנטה פאבליץ' ובו הוא דורש שלא לגרש את היהודים. שלטונות האוסטאשה השתהו בביצוע האקציות אך לבסוף נכנעו ללחץ הגרמני. ב-3 במאי 1943 לפנות בוקר החלה האקציה האחרונה בזאגרב ובמהלכה נעצרו כ-1,400 יהודים. ב-5 במאי הגיע לזאגרב היינריך הימלר כדי לעמוד מקרוב על השלמת הגירושים ולהיפגש עם ראשי האוסטאשה. הימלר עזב את זאגרב בשעות אחר הצהריים ועם עזיבתו החלו הטרנספורטים לאושוויץ. בראשית 1944 לחצו הגרמנים שוב על ראשי האוסטאשה לפעול לחיפוש, מעצר וגירוש מלא של כל היהודים שעדיין מצויים בשטחי מדינת קרואטיה העצמאית. ראשי השלטון השהו את פעולתם ולבסוף סירבו. תבוסת גרמניה בחזית המזרחית ושחרור איטליה על ידי בעלות הברית הובילו את ראשי האוסטאשה למסקנה, שתבוסת גרמניה במלחמה היא ודאית ועליהם למקסם רווחים לקראת ההסכמים העתידיים שיבואו בעקבותיה.
לאורך כל תקופת הגירושים במדינת קרואטיה העצמאית עלה בידי מקצת מיהודי זאגרב להימלט לשטחי הכיבוש האיטלקיים. באזורים אלו, סירב הצבא האיטלקי למסור יהודים המצויים בחזקתו לגרמנים, וזאת למרות לחץ כבד חוזר ונשנה שהופעל על ראשיו. לאחר כניעת איטליה החלו הגרמנים במצוד אחרי היהודים שהיו תחת חסותם. עם זאת, התקדמות כוחות הפרטיזנים של טיטו גרמה לשחרור מחנות ריכוז והשמדה בשטחים השונים. כך גם שחרור השטחים האיטלקיים על ידי בעלות הברית. אלפי פליטים יהודים גדשו את האזורים שבשליטת טיטו ואת שטחי איטליה אשר בשליטת בעלות הברית ומספרם נאמד בקרוב ל-4,000 נפשות. רבים היו במצב גופני ונפשי קשים מאוד. באזורים האיטלקיים סייע לפליטים ארגון דלאסם ובאזורים היוגוסלביים נותרו אלפים בשטחים פתוחים, חלקם עדיין באזורי קרבות. רובם ניסו לעשות את דרכם לאזורים שבשליטת בעלות הברית באיטליה. הפיקוד העליון של הפרטיזנים מינה את ד"ר הינקו גוטליב לטיפול בבעיית הפליטים היהודים וביולי 1944 הוא הגיע למפקדת בעלות הברית בבארי במטרה להסדיר את פינוי הפליטים מאזורי הקרבות לארץ ישראל המנדטורית או לשטחים הנתונים בשליטת בעלות הברית. נציגי בעלות הברית לא גילו עניין רב בבקשות ובפועל לא פונו פליטים יהודים מאזורי הקרבות ומאות מהם נהרגו תוך כדי הלחימה או שנתפסו על ידי הגרמנים והוצאו להורג.
רבים מצעירי הקהילה הצטרפו לכוחות הפרטיזנים של טיטו, חלקם כגון: רוברט דומאני, אדולף שטיינברגר ופאבלה פאפ נהרגו בקרבות וזכו לעיטור גיבור יוגוסלביה לאחר המלחמה. חלקם השתלבו בהמשך בעיקר במערך הרפואה של צבא יוגוסלביה וכן התערו בחוגי השלטון ומהם ניתן לציין את הגנרלים סטייפן שטיינר והרברט קראוס ואת פרופסור ליאון גרשקוביץ'.
לאחר השואה.
לאחר תום המלחמה וכינון הרפובליקה הפדרלית הסוציאליסטית של יוגוסלביה שבו מאות הפליטים ואנשי כוחות הפרטיזנים בחזרה לעיר וחידשו את הפעילות הקהילתית. ב-1946 מונה הרב ד"ר הינקו אורבך לרב הראשי של הקהילה, ונעשה ניסיון שלא צלח לחדש את חיי הדת. ב-1948 עלה הרב לישראל יחד עם מאות רבות מיהודי העיר. עד 1952 עלו מחצית מיהודי זאגרב לישראל או היגרו לארצות הברית. ב-1986 ציינה הקהילה 180 שנים להיווסדה והאירוע צוין בישראל וביוגוסלביה וזכה להדים תקשורתיים. ב-1988 ערך המוזיאון של זאגרב תערוכה בשיתוף קהילת זאגרב שנשאה את השם "יהודי יוגוסלביה" והוצגה גם בבלגרד, בסרייבו, בנובי-סאד ובניו יורק. בראשית שנות ה-90 של המאה ה-20 לאחר התפרקות יוגוסלביה וכינון קרואטיה הפכה קהילת זאגרב למרכז החיים היהודיים במדינה. מ-1986 ועד 1993 כיהן סלאבקו גולדשטיין כיושב ראש הקהילה. במהלך מלחמת העצמאות של קרואטיה נפגעו משרדי הקהילה היהודית מפצצה שהוטמנה במקום. לאחר המלחמה וכינון קרואטיה תחת נשיאותו של פרניו טוג'מן, דבקה במדינה תדמית לאומנית. פקידי הממשל החדש בנסותם לְהָזֵם תדמית זו בעיני העולם ככלל וארצות הברית בפרט, נקטו במדיניות של פתיחות יתרה מול יהודי קרואטיה. וכך, העניק הממשל סיוע כספי נרחב לשיקום בית הקהילה היהודית. הנשיא טוג'מן אף עידן התבטאויות שהופיעו בכתביו ונתפשו כאנטישמיות. למרות קו פייסני זה, מאמצע שנות ה-90 של המאה ה-20, החל גל הגירה מזאגרב למדינות שכנות ולישראל. החל מ-1993 מכהן ד"ר אוגניין קראוס כנשיא הקהילה היהודית בזאגרב. בפקולטה למדעי החברה של אוניברסיטת זאגרב פועלת מחלקה ללימודי יהדות. ב-2008 חל פיצול בקהילה והיא נחלקה לשני קהלים. קהל שכונה "בית ישראל" בראשות סלאבקו גולדשטיין ובנו איבו גולדשטיין והקהילה הכללית בראשות אוגניין קראוס.
דמוגרפיה.
בשלהי המאה ה-18 הגיעו לאזור מהגרים מבורגנלנד, מדרום הונגריה המודרנית ומדלמטיה. הם התיישבו בכפרים בסביבות העיר ובהדרגה עברו לתוך זאגרב. בראשית המאה ה-19 הגיעו מהגרים מאזור בוהמיה וסלובקיה המודרנית. כך קיים תיעוד להגירת משפחות ממחוז ויסוצ'ינה, מאזור מחוז הראדץ קראלובה אשר בצ'כיה המודרנית, מהעיר טרנצ'ין בסלובקיה המודרנית וכן מאזור מחוז ואש אשר בהונגריה המודרנית. ב-1806 נמנו בעיר 75 יהודים. תהליך מתן זכויות האזרח המלאות ליהודי זאגרב אשר הושלם בתקופה האוסטרו-הונגרית והתפתחותה של קהילה משגשגת ובעלת מעמד כלכלי איתן האיצו את ההגירה לעיר, הן מהכפרים והיישובים סביבה והן מרחבי השטחים האוסטרו-הונגריים. במקביל, הפכה העיר למטרופולין ולמרכז עסקים, מסחר ותרבות אזורי. ב-1890 התגוררו בזאגרב 1,924 יהודים שהיוו 5 אחוזים מכלל האוכלוסייה וב-1910 מנתה הקהילה 4,233 נפשות שהיוו 5.67 אחוזים מכלל האוכלוסייה. מלחמת העולם הראשונה הובילה לשינוי סדרי עולם. בשלהי המלחמה לקראת קריסת הצבא האוסטרו-הונגרי השתוללו עריקים מכוחות הקאדר הירוק, פגעו בקהילות יהודיות קטנות בעיירות ובכפרים והדבר הוביל להגירה פנימית לזאגרב. לאחר המלחמה התרחש תהליך עיור מואץ בממלכת יוגוסלביה והקהילה גדלה משמעותית. תהליך זה התרחש גם באוכלוסייה הכללית ובשיעורים גבוהים יותר. ב-1932 נמנו בזאגרב 8,702 יהודים שהיוו 4.69 אחוזים מכלל האוכלוסייה. דהיינו, מ-1910 ועד 1931 מספר בני הקהילה הוכפל, כאשר מספר האוכלוסין הכללי גדל פי שניים וחצי.
לאחר עליית הנאצים לשלטון בגרמניה החלה עזיבת יהודים את גרמניה. חלקם הגיעו לזאגרב והתיישבו בה. בהמשך, לאחר האנשלוס ובשל חלוקת צ'כוסלובקיה ערב מלחמת העולם השנייה גבר מאוד זרם הפליטים לעיר. לפליטים הייתה העדפה להגיע לקהילת זאגרב משום גודלה, המוסדות המאורגנים שפעלו בה וקרבתה לתרבות הגרמנית. עבור חלקם שימשה זאגרב כתחנת מעבר בדרכם לארץ ישראל המנדטורית. ב-1932 נמנו בממלכת יוגוסלביה 202 יהודים שהוגדרו כפליטים ועוד 4,400 פליטים שעברו דרכה. ב-1934 עברו דרך זאגרב 4,200 יהודים. הפליטים היוו נטל כלכלי לא מבוטל על הקהילה וגרמו לחיכוכים עם האוכלוסייה המקומית. קהילת זאגרב פתחה עבורם מוסדות הכשרה מקצועית ולבני הנוער חוות הכשרה לקראת העלייה. ב-1940 היו 3,200 פליטים יהודיים בקרואטיה והם שוכנו על חשבון קהילת זאגרב ביישובים שונים וכן בעיר עצמה. בפרוץ מלחמת העולם השנייה מנתה הקהילה היהודית בזאגרב 11,000 נפשות ועוד כ-1,000 פליטים התגוררו בעיר. לפי מקורות אחרים שכנו בעיר כ-2,000 פליטים יהודים. במועד זה היו רשומים 9,367 יהודים כחברי הקהילות המאורגנות השונות. השאר לא השתייכו לקהילות המאורגנות, או שסירבו להזדהות כיהודים במפקדי האוכלוסין או שהיו בני תערובת. בשל העובדה שמספר היהודים בקהילה עצמה היה 11,000 נחשבה קהילת זאגרב לשנייה בגודלה בממלכת יוגוסלביה לאחר בלגרד, שם חלקה של הקהילה האורגאנית היה גדול יותר.
ב-1947 נמנו בעיר 2,214 יהודים ועם הקמת מדינת ישראל עלו מאות אליה. כן היה גל הגירה לארצות הברית. במקביל, היגרה לעיר שארית הפליטה מרחבי קרואטיה וכן מבוסניה. בראשית המאה ה-21 התגוררו בזאגרב 1,000 יהודים וב-2016 מנתה הקהילה 1,200 נפשות.
כלכלה.