אף על פי שהנושא הזה נמצא במחלוקת, חוקרים רבים טוענים שהמוצ'ה לא היו מאורגנים פוליטית כאימפריה או כמדינה, אלא התנהלו כקבוצה של שלטונות אוטונומיים מבחינה פוליטית, אשר חולקים סממני תרבות משותפת, כמו איקונוגרפיה עשירה, מערכות השקיה מורכבות, וארכיטקטורה מונומנטלית ששרדה עד היום. נראה ששיתוף פעולה פוליטי בין הקבוצות השונות התקיים במקרים שונים, למשל, בארגון משותף של טקסים דתיים, בהתמודדות מול יריב חיצוני משותף, ובניסיון לנצל הזדמנויות שונות בצורה אפקטיבית יותר באמצעות שיתוף פעולה הדוק יותר. תרחישים אלו גרמו לכך שבהדרגה הלכו והתהדקו הקשרים החברתיים והכלכליים בין הקבוצות השונות, מה שגרם לעיתים לטשטוש הגבולות הפוליטיים בין הקבוצות האוטונומיות השונות.
ישנן מספר תאוריות באשר למה שגרם להתמוטטותו של המבנה הפוליטי של בני המוצ'ה, כאשר אחת הדעות המקובלות היא שההתמוטטות נגרמה בעקבות סדרה של תופעות טבע, כמו רעידות אדמה, בצורת, הצפות והצטברת חול. חוקרים מסוימים הדגישו את התפקיד המכריע של השינוי הסביבתי במפלתם. מחקרים על ליבות קרח שנקדחו מקרחונים באנדים חושפים אירועים אקלימיים בטווח השנים 536–594 לספירה - ייתכן שאל ניניו עוצמתי במיוחד - שהביאו ל-30 שנות גשם עז ואחריהן 30 שנות בצורת. אירועים אקלימים שכאלו היו עלולים לשבש את אורח החיים של המוּצ'ה ואף לנפץ את אמונתם בדתם, שהבטיחה מזג אוויר יציב באמצעות קורבנות.
עדויות אחרות מוכיחות כי אירועים אלה לא גרמו למותם הסופי של בני המוצ'ה, אשר השאירו אחריהם עדויות לפעילות פוליטית-תרבותית גם אחרי שנת 650 לספירה. התיישבויות מאוחרות אלו מאופיינות בביצורי הגנה. אמנם אין הוכחות לפלישה זרה (למשל, של בני הווארי), אך בניית הביצורים מעלה את האפשרות שבני המוצ'ה סבלו מתסיסה חברתית, אולי כתוצאה מהשינויים האקלימיים, שייתכן וגרמו לפלגים השונים להילחם ביניהם על השליטה במשאבים קיומיים שהפכו לנדירים יותר ויותר. חוקרים מסוימים מעלים את האפשרות שהתהפוכות הפוליטיות בקרב בני המוצ'ה היו כל כך משמעותיות לאורך המאה ה-8, עד שלמעשה הפכו, עם הדורות, בפועל, לתרבות שונה.
תקופת האופק האמצעית.
תקופה זו מאופיינת בשינויים אקלימיים וסביבתיים באזור האנדים, הנובעים ממחזורי הבצורת ותופעת אל ניניו. בתום ימי הביניים הראשונים התרבויות ששלטו באזור זה עברו תהליך התמוטטות קיצוני שהוביל לנדידת תרבויות. תהליכים אלו פינו מבחינה תרבותית ופוליטית את הבמה עבור תרבויות שעד אותו שלב היו בשוליים, וזו הייתה ההזדמנות שלהן לתפוס את מרכז הבמה. תקופה זו לרוב מתוארכת לשנים 600–1000 לספירה.
טיוואנאקו.
טיוואנאקו הוא אתר ארכאולוגי חשוב במערב בוליביה, שבדרום אמריקה. העיר שימשה במהלך מרבית האלף הראשון לספירה בתור בירתה של מעצמה אזורית בלתי ידועה שקדמה לאינקה. תושבי האזור הקדומים התפרנסו מחקלאות בעל, והמקום התרחב לעיר גדולה בין המאה ה-3 והמאה ה-5 בזכות היכולת לעבד נחושת. החברה בעיר הייתה למעמדית, הופיע מעמד של בעלי מלאכה, והתושבים החלו לבנות מערכות השקיה ולעסוק בחקלאות שלחין.
בסביבות שנת 550 הייתה העיר לבירתה של אותה מעצמה בלתי ידועה. בשיא פריחתה, במאה ה-8, השתרעה העיר על פני שטח של 6 קמ"ר וכללה פירמידות, מקדשים ובתים מונומנטליים. המבנים נבנו מאבנים שחוברו ללא טיח. האבנים נחצבו, סותתו, קושטו והותאמו יחד ברמת דיוק ששום תרבות דרום אמריקאית אחרת, כולל האינקה שתחלוש על אזור זה בהמשך, לא השתוותה אליה. התגוררו בה בין 70,000 ל-125,000 תושבים, ובתחום השפעתה קמו ערים בנות ומושבות. האימפריה של תרבות הוארי החלה כמושבה של טיוואנאקו, ובהמשך הפכה לגורם פוליטי עצמאי.
טיוואנאקו ננטשה בערך בשנת 1000. הסיבה לנטישה אינה ידועה, אך רוב החוקרים סבורים כי גרמו לכך שנות בצורת אחדות. הבצורת גרמה לאגם טיטיקקה, שהיה אז גדול יותר, להתכווץ ולהתרחק מהעיר.
תרבות וארי.
תרבות וארי היא תרבות פרה-קולומביאנית חשובה שהתקיימה בין השנים 500–900 לספירה, וכנראה התרבות העירונית הראשונה באזור פרו של היום. בשיאה חלשה האימפריה של תרבות זו על רוב אזורי החוף והאזורים ההרריים של פרו.
מסקנות שונות עולות מין הממצאים שהותירו אחריהם בני התרבות, ביניהם סימנים למערכות שלטוניות-חברתיות-מעמדיות מורכבות וייחודיות, הפצת תרבותם במקומות אותם כבשו, והימצאות יתרונות טכנולוגיים של בני הוארי לעומת שכניהם, בעיקר בסלילת כבישים, בניית היישובים ובפיתוח החקלאות.
לאחר שקיעתם של המרכזים העירוניים של תרבות זו בין השנים 800–900 לספירה, תרבויות פרה-קולומביאניות מאוחרות יותר, ביניהן תרבות האינקה, הושפעו ממנה ושימרו את זכרה.
תרבות סיקן.
תרבות סיקן זהו כינויה של תרבות שאכלסה החוף הצפוני של אזור פרו בסביבות השנים 750–1375. תרבות זו ירשה את אזורם של תרבות המוצ'ה, וחולקת סממנים תרבותיים שונים עם תרבות המוצ'ה, וישנה מחלוקת בין ארכאולוגים ואנתרופולוגים בשאלה האם השתיים הן תרבויות נפרדות, או שסיקן היא תרבות ההמשך של המוצ'ה.
החברה הסיקנית הייתה היררכית, ומעמד צר של אליטה נהנה משפע של תכשיטים שהוכנו על ידי מתכות שונות דוגמת זהב וארד. נראה שהחברה הייתה תאוקרטית, ושמעמד האליטה שלט באופן מכריע במשאבי כוח האדם של החברה, אשר נוצלו, בין השאר, לבניית מבנים מונומנטליים עבור טקסים דתיים ועבור אנשי האליטה. התקדמות ביכולת הייצור של המזון, בזכות טכניקות חקלאות שונות, איפשרו את היווצרותו של מעמדות בעלי מלאכה ופועלים אשר עמדו לרשותם של בני האליטות.
הסיקנים הקימו רשת סחר רחבת היקף, אשר סיפקה להם סחורות ייחודיות מאזור קולומביה ואקוודור, וסייעה להם להפיץ את האמונות הדתיות שלהם והמבנה הפוליטי-חברתי שלהם. הסיקנים נעזרו בהרבעת הלמות ההמונית שבצעו המוצ'ה בימיהם באזור, כדי לארגן שיירות למות שהובילו את סחורותיהם למרחקים גדולים.
בצורת מהמאה ה-11 שנמשכה 30 שנים גרמה למהפכה פוליטית דרמטית בתרבות, מאחר שבני האליטה הבטיחו להמונים שזכות הנהגתם הדתית יובטח להם שפע, וכשזה לא קרה הוביל הדבר להתקוממות של המעמדות הנמוכים, אשר החריבו מקדשים רבים של תרבותם.
התרבות נכבשה במאה ה-14 על ידי ממלכת צ'ימור.
ימי הביניים המאוחרים.
תקופת הביניים המאוחרת לרוב מתוארכת לשנים 1476-1000 לספירה. תקופה זו היא בסימן פיזור פוליטי בו שולטות מדיניות עצמאית באזורים שונים. חלק מהישויות הפוליטיות הללו יהיו אלו שיעמדו בחזית ההתנגדות להתרחבות שליטתם של בני האינקה בתקופת האופק המאוחרת.
צ'ימור.
ממלכת צ'ימור צברה חשיבות ועוצמה באזור פרו בהדרגה. עם דעיכתה של תרבות המוצ'ה בימי הביניים המוקדמים, נבנו בהדרגה שתי ישויות פוליטיות חדשות, והן תרבות סיקן שבצפון, ותרבות צ'ימור שבדרום. בערך בשנת 850 נבנתה העיר צ'אן צ'אן שתהפוך בהמשך לבירת ממלכת צ'ימור. בשיאה השתרעה העיר על פני 20 קמ"ר, ועל פי ההערכות התגוררו בה כ-30 אלף תושבים, והיא נחשבת לעיר הטרום-קולומביאנית הגדולה ביותר באמריקה הדרומית.
בסביבות שנת 1100 השתלטה צ'ימור על שטחה של תרבות הווארי הדועכת ובמאה ה-14 גם על שטחה של תרבות סיקן. בשיאה השתרעה הממלכה לאורך כ-1000 קילומטרים של קו החוף של האוקיינוס השקט, והייתה הישות הפוליטית הגדולה ביותר של האזור בימי הביניים המאוחרים.
עם התפשטות אימפריית האינקה, נכבשה צ'ימור ורבים מבני התרבות עבדו כדי לספק מותרות לבני האינקה.
איימרה.
תרבות איימרה התפתחה באזור בו החקלאות קשה, ובבסיס התרבות כלכלה של רעיית עדרי למה מצויה ואלפקה בכרי דשא גס, לצד דיג וגידולים בסיסיים של תפוחי אדמה, תירס, קינואה ועוד. בני איימרה התנהלו מבחינה פוליטית במתכונת של מספר מדינות שונות לעמים שונים שהשתייכו לתרבות זו, כשהמשמעותיות שבהן הן ממלכת קויה וממלכת לופאקה.
בשיאה שלטה התרבות על שטחים נרחבים בתפר שבין פרו, בוליביה, צ'ילה וארגנטינה, מסביבות שנת 1200. בסביבות שנת 1430 החלו בני האינקה בניסיונות השתלטות על שטחיהם של האיימרה, עד אשר בסביבות שנת 1500 הצליחה אימפריית האינקה לכבוש שטחיהם. תחת שלטון האינקה, ביצעו בני האיימרה ניסיונות מרד שונים כנגד האינקה.
תקופת האופק המאוחרת.
זוהי התקופה הפרה-קולומביאנית האחרונה, שנהוג להתייחס אליה בטווח השנים 1534-1476. תקופה זו מאופיינת בעיקר בהופעתה של אימפריית האינקה, ומתחילה עם הרחבת שליטתם מחוץ לאזור קוסקו, ועד בואם של האירופים שמסיים את התקופה הפרה-קולומביאנית.
אינקה.
בני האינקה התיישבו באזור קוסקו שבפרו בסביבות שנת 1200, ובמשך כ-200 שנים היו עסוקים בסכסוכים מקומיים עם עמים נוספים שגרו באותו האזור. בשנת 1438 עלה לשלטונם אינקה פאצ'אקוטי, שהחל מסע כיבושים, שבנו טופאק אינקה יופאנקי המשיך לאחר מותו. בתוך פחות מ-60 שנה הושלם מסע הכיבושים של תרבות האיימרה הסמוכה, ממלכת צ'ימור מצפון ושטחים רבים נוספים.
לתקופה קצרה בהיסטוריה שלטה אימפריית האינקה על שטח גדול באמריקה הדרומית, שכלל חלקים מהמדינות המודרניות פרו, בוליביה, אקוודור, צ'ילה וארגנטינה. באימפריה זו חיו כ-10 מיליון איש בני עמים שונים, שדיברו ביותר מ-700 שפות. בירתה של האימפריה הייתה העיר קוסקו הנמצאת בשטחה של פרו.
האימפריה התקיימה עד כיבושה על ידי הספרדים בשנת 1533. שנה לאחר מכן הוצא להורג קיסר האינקה האחרון בידי הקונקיסטאדורים הספרדים.
אמריקה הדרומית - אזורים נוספים.
מעבר לאזור פרו ולכמה אזורים סמוכים, במרבית החלקים הנוספים של אמריקה הדרומית התקיימו תרבויות אשר לא יצרו חברות פוליטיות מורכבות כמו באזור פרו.