מאוחר יותר, אופטימוס פריים רודף אחר מגהטרון לכדור הארץ בניסיון למנוע ממנו לבזוז את משאבי הטבע של העולם. צוות הרובוטריקים הנאמן של פריים מתעמת רבות עם הפראניקים של מגהטרון, ועוצרים את מזימותיו בעזרתו של קוג'י, בן אנוש שאביו נחטף בידי הפראניקים. פריים וקוג'י פיתחו יחסי חברות חזקים, למרות שפריים האשים את עצמו בחטיפת אביו של קוג'י. אופטימוס הוכיח את אומץ ליבו במקרים רבים כמו לחימה תת-ימית בסקיי-בייט והצלת סיידברן ממלכודת הפראניקים. מאוחר יותר, כשמגהטרון סרק מכלית למצב שינוי צורה, אופטימוס זינק והציל את הנהג. כתוצאה מכך, המכלית, פריים והנהג נסרקו שלושתם יחדיו. בעזרת אנרגיית הניצוץ של מגהטרון שתשלים את החיבור נולד סקורג', אחיו התיאום האפל של אופטימוס פריים. תחינותיו של אופטימוס כדי שסקורג' יזכור את נאמנותו המקורית לרובוטריקים נפלו על אזניים ערלות.
לאופטימוס היו דאגות אחרות כאשר בהמשך מגיע מגנוס מתוך כוונה לקחת לרשותו את המטריקס בכל מחיר, שהוא האמין ששייך לו. פריים סירב להילחם נגדו ונפצע אנושות. מגנוס עקב אחריו עד לאי מדברי, שם העמיד פנים שכוונתו טובה אך למעשה רצה לספוג את המטריקס לתוך עצמו. במהלך הקרב, שני האחים התמזגו לדמותו של אומגה פריים. באמצעות החיבור הזה ביניהם, מגנוס יכול היה לתעל את כוחו של המטריקס ולטעון את כוחם של השניים לתצורות רובוטים חדשות. למרות שמגנוס נותר עצמאי וסירב לקחת פקודות מאחיו, עם הזמן היריבות בין השניים התפוגגה והוא עזר לרובוטריקים על ידי התמזגות עם פריים בקרבות עם הפראניקים והשקרניקים. במהלך הקרב האחרון עם צורתו החדשה של מגהטרון, גלבטרון, שני האחים התפייסו לבסוף. יחדיו, הם התמודדו מול גלבטרון בגרעין הכוכב והביסו אותו אחת ולתמיד.
בגרסה היפנית של הסדרה לא קיים מטריקס מנהיגות יחיד אלא מספר רב, כאשר כל אחד משתייך לרובוטריק רם-דרג אחר. מגנוס מחזיק כבר במטריקס משלו ומבקש להעצים את כוחו.
טרילוגיית יוניקרון.
בסדרת "רובוטריקים ארמדה", אופטימוס פריים חולק בתפקיד הפרוטגוניסט יחד עם ראד, אלכסיס, קרלוס, סטארסקרים והוט שוט. לדמותו ישנם מספר קווי דמיון לגרסאות מיקומים החלופיים, ביניהם אצילות נפש ורצון חזק להגן על כל בני האדם בכדור הארץ. בגרסה זו, שני הצדדים הלוחמים אינם מחפשים אחר אנרג'ון אלא גזע קטן של רובוטים משדרגי כוחות בשם מיניקונים. אופטימוס מוביל את צבא הרובוטריקים שלו כדי לעצור את מגהטרון מלהשיג את הכוח שלהם לעצמו.
בהופעתו הראשונה בסדרה, אופטימוס נראה כמו אופטימוס פריים המקורי מהדור הראשון עד שהוא מעתיק את עצמו עם עיצוב סמי-טריילר. מעט לאחר מכן הוא משיג את שותפו המיניקון, מצת. הקבינה של המשאית מתנתקת כדי להפוך לאופטימוס עצמו, בעוד הטריילר הופך לעמדת קרב אותה מפעילים אופטימוס וכמה מהמיניקונים. אופטימוס יכול להתמזג גם עם עמדת הקרב שלו למצב סופר רובוט, כאשר יחד עם מצת הוא יכול לירות לייזרים חזקים. בנוסף, אופטימוס יכול להתמזג עם ג'טפייר ו/או אוברלוד לתוספת כוח.
בגלגול זה של הדמות, אופטימוס פריים מציג גישה כמעט קסנופובית לגבי תיקשור עם תרבויות אחרות, בהאמינו שקשר שכזה יכול לגרום ליותר נזק מאשר תועלת. כתוצאה מכך, הוא אוסר על הרובוטריקים להתערב בענייניהם של תושבי כדור הארץ, ולוסיטרון ועולם הג'ונגל במהלך חיפושיהם אחר מפתחות כוכב הסייבר. גישה זו השתנתה במידה רבה כשאופטימוס הבין שהדרך היחידה להשיג את מפתחות הסייבר מולוסיטרון ואנימטרוס הייתה ללכת לפי החוקים שלהם.
סרטי לייב אקשן.
בשלושת הסרטים הראשונים, אופטימוס פריים מסוגל לשנות צורה למשאית מסוג פיטרבילט 379 בעלת קבינה ארוכה, בניגוד לעיצוב המקורי מהדור הראשון. בסרט "", אופטימוס משיג טריילר בסגנון הדור הראשון לפני שמשנה צורה למשאית אבטיפוס מסוג וסטרן סטאר 5700. בתחילת הסרט הרביעי, הוא משנה צורה למשאית מסוג מארמון משנת 1973, ולאחר מכן למשאית וסטרן סטאר 4900 פנטום. סטייה נוספת מהדור הראשון היא עיטורי להבות אדומות על גוף קבינה כחול. למרות השוני בעיצובים, אופטימוס שמר על מספר מאפיינים מהדור הראשון, כמו רובוטים אחרים. מאפיינים אלה כללו בית חזה אדום, רגליים כחולות, לוחית הפנים והאזניים המחודדות המפורסמות. לוחית הפנים נסוגה לאחור ויכולה לחשוף פה.
לפי נרטיב הסיפור של הסרטים והקומיקס המבוסס עליהם, אופטימוס פריים עמד בראש מחלקת המדעים של סייברטרון אשר חקרה את הניצוץ לפני עידנים, וקיבלו הגנה מצבאו של המגן העליון מגהטרון. כשמגהטרון הושחת בידי "הנופל", אופטימוס גילה שהוא האחרון בשושלת פריים, שהוסתר כשהנופל השמיד את שושלת היוחסין שלהם. בתגובה לכך שמגהטרון ניסה להשיג ידו על הניצוץ ולכבוש עולמות אחרים, אופטימוס נטל את המנהיגות על הרובוטריקים ואסף אותם כדי להילחם בצבאו של מגהטרון, השקרניקים. באותה אובססיביות שמגהטרון מבקש להשיג את מטרתו, כך אופטימוס היה מסור למטרתו לעצור אותו, אפילו במחיר חייו, במחיר עולמו ואף במחיר אנשיו. בהוראתו, הניצוץ שוגר לחלל, ובכך גזר על סייברטרון מוות איטי ועל אנשיו חיי נוודות. הקורבנות שהוא עשה השפיעו רבות על הניצוץ שלו, אך היה צורך לעשותם בלית ברירה. הוא מכיר את השאיפות החבויות בניצוץ של מגהטרון, ואסור להן לעולם לראות את אור היום. חיים צריכים להישמר הרחק מאיום הרודנות של מגהטרון בכל מחיר. האובססיביות הזו להבסתו של מגהטרון גזלה מאופטימוס חלק מהאידיאליזם שלו, ואישיותו הכנה ואכפתית קיבלה פן כמעט חסר רחמים. פריים בגרסה זו אינו מאמין בהזדמנויות נוספות ומוכן לשקול כל פעולה שתוביל לניצחון, לרבות הקרבת הקרובים אליו.
אחרי שהגיע לכדור הארץ וסרק צורה של משאית פיטרבילט, אופטימוס הציג את עצמו ואת חייליו לפני סאם ויטוויקי ומיקאלה ביינס והסביר את הסיבה לשמה הגיע לעולם שלהם. בסופו של הסרט, הוא שולח מסר לתוך החלל ומזמין את כל הרובוטריקים להצטרף אליהם. בסרט השני, אופטימוס מוביל את הרובוטריקים ברדיפה אחר שאר השקרניקים שנותרו ברחבי העולם, ומשתף פעולה עם צוות הלחימה האנושי NEST. הוא גורם נזק גדול למגהטרון ומשמיד את אדונו, "הנופל", שהיה למעשה מנהיג השקרניקים המקורי. הדבר מאלץ את מגהטרון ואת סטארסקרים לסגת. בסרט השלישי, אופטימוס מסייע ליחידת NEST בלחימתם נגד שוק-וייב בצ'רנוביל. הוא מגלה שבני האדם הסתירו את דבר גילויה של ספינת חלל סייברטרונית על הירח, בה נמצא קודמו בתפקיד, סנטינל פריים. אופטימוס מגן על סנטינל פריים ממנהיגי העולם, אך סנטינל פריים בוגד בו וכורת ברית עם השקרניקים. עם הבסתם של השקרניקים וסיומה של המלחמה, אופטימוס והרובוטריקים מקבלים את כדור הארץ בתור ביתם החדש. בסרט הרביעי, הרובוטריקים מוצאים את עצמם נרדפים אחרי שבני האדם לא סומכים עליהם יותר, ואופטימוס פריים צריך לאחד מחדש את כוחות הרובוטריקים הנותרים כשצייד הראשים הסייברטרוני לוקדאון מצטרף ליחידה ממשלתית שמטרתה ללוכדם ולהשמידם.
רובוטריקים אנימייטד.
בסדרת ההנפשה משנת 2008, אופטימוס פריים היה באקדמיית הרובוטריקים יחד עם סנטינל פריים ואליטה-1. כשאליטה-1 הולכת לאיבוד בכוכב שנשלט על ידי חייזרים דמויי עכביש, הוא מאשים את עצמו בכך שהשאיר אותה מאחור, והיא נהרגת לכאורה בהתפוצצות ספינת שקרניקים המלאה באנרג'ון. סנטינל לא סולח לאופטימוס על כך שאופטימוס איבד אותה. הדבר גורם לאופטימוס לנשור מהלימודים. אולם, סנטינל פריים מושך בכמה חוטים כדי שאופטימוס ישמש כקפטן בצוות הצלה של גשר חלל שכולל יוצא מלחמה ותיק בשם ראטצ'ט ושני חניכי אקדמיה בשם באמבלבי ובולקהד. ניתן לאופטימוס פיקוד על ספינת חלל, שהיא מצב שינוי הצורה של אומגה סופרים הענק.
הסדרה מתחילה כשאופטימוס וצוותו אוספים רובוט נינג'ה בשם פראול ונשלחים לאסוף פסולת מגשר חלל. הם נתקלים בניצוץ ומותקפים בידי ספינת הקרב של מגהטרון, "הנמסיס". באמצעות בוגדנותו של סטארסקרים, מגהטרון נפגע וספינת הרובוטריקים מתרסקת בכדור הארץ בתחילת המאה ה-21. לאחר ששהו בהקפאה למשך 50 שנים בימת אירי, הרובוטריקים מתעוררים בדטרויט בעתיד הקרוב. הם מוצאים בני אדם שזקוקים לעזרה והופכים לגיבורי העיר לאחר ניסוי שהשתבש של סאמדק טכנולוגיות. במהלך הקרב על מציאת הניצוץ, אופטימוס יוצא מכלל שימוש לאחר שהביס את סטארסקרים ומוחזר לחיים בידי סארי סאמדק ומפתח הניצוץ שלה.
בפרק הכפול "סוף משחק", ראטצ'ט בונה לאופטימוס מנשא סילון כדי לעזור לו בקרב עם השקרניקים. בנוסף ניתן לו הפטיש של מגנוס, אם כי בהתחלה אופטימוס לא רצה להשתמש בו בהתחשב בעבר שלו עם אולטרה מגנוס. הוא לומד להשתלט על כוחו של הפטיש במהלך הקרב עם מגהטרון, שעד כה המעיט בערכו ואפילו לא התייחס אליו בשמו. אופטימוס חס על חייו של מגהטרון ואומר שלא מגיעה לו הדרך הקלה למות. הוא חוזר לסייברטרון יחד עם הרובוטריקים בספינת החלל של אומגה סופרים ומוכרז כגיבור כשהוא נושא על חזהו את מטריקס המנהיגות.
רובוטריקים פריים.