אל-חוסייני הצליח לשכנע את הנציבים העליונים בכך שהוא מתון, וככזה נהנה מתמיכתם המדינית והכספית, אולם במקביל, תגבר בחשאי את התעמולה הלאומנית, בין היתר באמצעות היומון שלו "אל-גא'מעה אל-ערבייה". ב-26 באפריל 1933 החל הביטאון שלו לגנות את יהודי מצרים על הצטרפותם לחרם שהכריזו הארגונים היהודיים נגד גרמניה לאחר עליית הנאצים לשלטון. הביטאון פרסם ידיעות על זרם ההגירה היהודית לפלסטין מכל העולם ולצדן סיפורים מפוקפקים על יהודים במצרים ובעיראק.
ב-28 באפריל 1933 נפגש וולף עם אל-חוסייני ומנהיגים נוספים בחגיגות נבי מוסא. אלה הביעו בפניו את הערצתם לגרמניה החדשה, ואת תמיכתם במדיניות האנטי-יהודית בגרמניה, אולם ביקשו ממנו שגרמניה לא תרשה ליהודים להגר לארץ ישראל. בשנת 1934 ביקר בארץ ישראל וילהלם פריק, ובעיתונות העברית פורסם שהעביר לאל-חוסייני 120,000 פונט לתעמולה נאצית.
בשנת 1935 קיבל אל-חוסייני מימון בשווי מיליוני דולרים משר החוץ בממשלת מוסוליני, גליאצו צ'אנו, על מנת להרעיל את בארות המים של תל אביב. הפעולה לא יצאה לפועל כמתוכנן, והסתכמה בנזק מינורי לצינורות, שתוקן במהרה.
המפלגה הערבית הפלסטינית וארגונים נוספים.
במרץ 1935 ייסד את המפלגה הערבית הפלסטינית, אך נמנע מלעמוד בראשה והעמיד במקומו את ג'מאל אל-חוסייני, קרובו ועוזרו.
במסגרת המפלגה, הופעלה תנועת נוער בשם "אל-פותווה", שדמתה ל"נוער ההיטלראי" בגרמניה ואף כונתה זמן מה באופן רשמי "הצופים הנאצים".
ב-1935 גם נטל לידיו את הפיקוח על אגודת "ג'יהאד אל-מוקדס" ("הג'יהאד הקדוש") בראשות עבד אל-קאדר אל-חוסייני.
באותה שנה היה אל-חוסייני בקשר הדוק עם תנועת "האחים המוסלמים". הוא נפגש עם עבד אלרחמן, אחיו של חסן אל-בנא, מייסד התנועה, התקרב לתנועה ולמד את דרכיה.
באותם ימים ניסה עז א-דין אל-קסאם לשכנע את המופתי לצאת בקריאה משותפת לג'יהאד ומרד המוני נגד הבריטים.
הוא הגיע לירושלים לשכנעו, אולם המופתי סירב משום שחשב שאין זה הזמן לכך ושיש לנקוט בדרך מדינית ולא צבאית. כעבור מספר ימים שלח אל-קסאם שני שליחים שהודיעו למופתי כי הוא עומד לפתוח במרד בצפון הארץ והציע שהמופתי יפיח מרד בדרומה. אולם הוא סירב. מיד לאחר ביקורו של אל-קסאם, יצא המופתי בראשות משלחות למסעות בעולם המוסלמי: לקהיר וממנה לחצי האי ערב, שם השתתף במשלחת פיוס בין המלך הסעודי עבד אל-עזיז והאימאם התימני יחיא, שנשלחה ב-1934 על ידי הוועד הפועל של הקונגרס האיסלאמי, כדי לסייע בהשגת הסכם בין הצדדים.
במשך כל שנות כהונתו, קשר קשרים עם ארצות ערב והאסלאם וניסה להשיג לעצמו מעמד וכבוד בעולם הערבי כולו.
במרד הערבי הגדול 1936–1939.
בארץ ישראל 1936–1937.
ב-1936 היה אל-חוסייני בין היוזמים והמנהיגים של המרד הערבי הגדול, והיה נשיא הוועד הערבי העליון. הוא השתלט עליו במהירות וארגן את ההתנגדות לבריטים וליהודים. הוא הוביל קו תקיף ביותר כנגד היישוב היהודי, ועודד רצח חפים מפשע. בזכות הכוח הרב שצבר עקב מינויו למופתי נמנעה בריטניה מלגרשו במשך תקופה ארוכה, מכיוון שחששה מתסיסה ערבית נוספת כמו בעיראק, עבר הירדן ומצרים בהן שלטה.
הדיווחים האובייקטיביים של עיתוני מצרים על המצב בארץ ישראל הביאו את אל-חוסייני לשלוח בחודש מאי מכתבים לבעלי העיתונים, בהם תיאר את "הטרור היהודי" ו"אכזריות האנגלים". לאחר מכן הופצו במסגדים ובאוניברסיטאות כרוזים הכוללים סיפורים על חילול מסגדים וטבח של נשים וילדים ערבים.
אל-חוסייני, שמונה לתפקידיו על יד הממשלה ולכן רצה בכל מחיר למנוע החלטה על שביתת פקידי ממשלה, הלשין על מזכיר הוועד הערבי העליון, עווני עבד אל-האדי, כי הוא מסית את עובדי הממשלה לשבות, וב-7 ביוני עצרה אותו הממשלה. תפקידו הכפול של אל-חוסייני, כנשיא המועצה המוסלמית העליונה וכראש הוועד הערבי העליון, שם את המועצה המוסלמית במצב מביך, כאשר הוסיפה לפעול בזמן שמתקיימת שביתה כללית בהנהגת הוועד הערבי העליון. יריביו הפוליטיים של אל-חוסייני לחצו עליו להשבית גם את המועצה, כדוגמה לכלל עובדי הציבור הערבים, ובהשפעת הלחץ, סגר אל-חוסייני ב-11 ביוני את משרד המועצה, אולם הניח למוסדות שהיוו את עיקר פעולתה - בתי הדין השרעיים, הוואקאף, המסגדים ושירותי הסעד - להמשיך לפעול. לאחר ששר המושבות הדגיש בנאומו בפרלמנט ב-19 ביוני את המשך פעילותה של המועצה, שלח אל-חוסייני מכתב זועם אל הנציב העליון וב-15 ביולי הגישו הקאדים של בתי הדין השרעיים תזכיר לממשלה, שבו הם מביעים את הזדהותם עם מטרות השביתה. אולם אל-חוסייני לא השבית את מנגנון המועצה. סכומי הכסף של התרומות והסיוע מחוץ לארץ הופקדו בידי ועדת הסיוע המרכזית, שבראשה עמד אל-חוסייני, שהייתה בידו הסמכות להחליט על אופן הוצאתם. אף על פי שהם נועדו לספק עזרה לנזקקים, הוא השתמש בהם גם כדי לסייע לחבורות המורדים.
בחודשיים הראשונים של השביתה נמנע אל-חוסייני מצירוף המועצה המוסלמית העליונה לשביתה ומשימוש בסמכותו כנשיאה לצורכי תדלוק המרד בתעמולה דתית. הוא דאג שאנשי הדת לא ישמיעו קריאות דתיות ושימנעו מדרשות יום-שישי קיצוניות. אולם בחודש יוני החל מפנה בגישתו ובהוראת המועצה המוסלמית העליונה החלו אנשי הדת המוסלמים החלו לעורר את ההמונים וקראו להם בשם האסלאם להצטרף אל המורדים. ב-22 ביוני כתב אל-חוסייני מכתב אל הנציב העליון ובו טען: "המועצה מאמינה שהדחף הראשי שהניע את היהודים לחשוב על הפיכת פלסטין לבית לאומי בעבורם הוא דחף דתי. כיוון שכך, העניין הציוני הוא בראש-וראשונה עניין דתי". עוד טען, כי היהודים לא הסכימו להקים להם בית לאומי בארץ אחרת, טובה יותר, "רק בשל הרעיון הדתי המפעם בלבותיהם והחותר להקמתו מחדש של בית-המקדש היהודי של שלמה במקומו של מסגד אל-אקצא הקדוש". לאחר שלב ההטפה הדתית, החלו המועצה המוסלמית העליונה ומפלגת החוסיינים לקחת חלק גדול יותר במרד. נעשה שימוש בקאדים כדי לספק למורדים כסף, נשק ומידע. פעילות זו הודרכה על ידי אל-חוסייני ממקום מקלטו על הר הבית, שם קיים פגישות במחתרת, הסתיר נשק והעניק מקלט למורדים מבוקשים. כוחות הביטחון הבריטיים לא העזו להיכנס לשם.
בשנת 1936, עם פרוץ המאורעות, יזם אל-חוסייני מספר פיגועי התאבדות נגד מתנגדיו הפוליטיים. לאחר מספר התנקשויות הוא השיג את מטרתו: רוב מתנגדיו, שהחזיקו בעמדות מתונות, נרצחו או גלו מן הארץ לבלי שוב. בדו"ח שנמצא לאחר מלחמת העולם השנייה בתיקי המפקדה הגרמנית העליונה, נכתב: "רק באמצעות הכספים שניתנו על ידי גרמניה למופתי הגדול של ירושלים, ניתן היה לבצע את המרד בפלשתינה".
באוקטובר 1936 הסתיים השלב הראשון של המרד הערבי, כאשר לבקשתו הסודית של אל-חוסייני, קראו מלכי ערב לפלסטינים להניח את נשקם כדי להעניק סיכוי לדיפלומטיה, והמורדים "נשמעו" לקריאה. בתחילת נובמבר הגיעה לארץ ישראל ועדת פיל, ועד פרסום המלצותיה ביולי 1937, גבתה עדויות ברחבי הארץ. הוועד הערבי העליון החרים את וועדת החקירה, אולם סמוך לעזיבתה את הארץ, החליט אל-חוסייני להופיע בפניה. הוא תבע עצמאות וגינה את המדיניות הבריטית המסייעת לטענתו ליהודים לכבוש את הארץ ולפגוע בקודשי האסלאם. הוא הציג בפני הבריטים את מעשיהם של היהודים בארץ, והציג עדויות לפיהן היישוב היהודי אחראי להריסת מקומות קדושים למוסלמים. הוא טען כי אדמות הארץ שייכות למוסלמים ושלל כל פשרה שתכלול ריבונות יהודית בארץ. בתשובה על שאלה, הבהיר כי לדעתו אין מקום בארץ ליהודים הנמצאים בה. הוא טען כי היהודים שהגיעו לארץ אחרי "הכיבוש הציוני" ב-1917, יידרשו לעזוב אותה. בנוסף, דרש לקיים את הבטחות בריטניה מאיגרת מקמהון.
ב-15 ביולי 1937, ניסה לגייס את גרמניה הנאצית לעזרת המאבק הפלסטיני. בפגישתו עם הקונסול הגרמני החדש בירושלים, האנס דֶלה (Hans Döhle), הדגיש את אהדתו ל"גרמניה החדשה", והביע את ציפיית הערבים, שגרמניה תתנגד בתוקף למדינה יהודית. כמו כן, ביקש להפסיק את המדיניות הגרמנית שעודדה יהודים לצאת מגרמניה ולבוא לארץ ישראל, וביקש שגרמניה תלחץ על ממשלת פולין להפסיק את דרישתה מממשלת בריטניה להגדיל את השטח המיועד כביכול לקליטת פליטים יהודים מפולין. אל-חוסייני ביקש את תמיכת גרמניה, והמודיעין הצבאי הגרמני (אבווהר) הסכים להגיש לו סיוע מצומצם.
במחצית השנייה של יולי 1937 החליטה ממשלת בריטניה שיש לאסור את המופתי כשיימצא מחוץ לתחומי הר הבית ולהגלות אותו. ב-17 ביולי בבוקר, ניסתה המשטרה הבריטית לעצור אותו בזמן ישיבה של הוועד הערבי העליון במשרדו בשכונת שייח' ג'ראח. המשטרה כיתרה את משרדי הוועד, חסמה את הרחובות המובילים אליהם, ניתקה את קווי הטלפון וכיתרה את כל השכונה. אולם הקצין הממונה על המשימה לא שם לב שיש לבניין כניסה אחורית, שממנה הצליח אל-חוסייני לברוח, לאחר שהוזהר בטלפון על ידי הצופים שלו. החיילים פרצו למשרדים, אולם המופתי הצליח להימלט אל ביתו הישן בעיר העתיקה, שהיה צמוד למתחם הר הבית. הוא סגר את כל פתחי הבית, מלבד מנהרה שחיברה אותו עם המסגד. מאז ועד אמצע אוקטובר, התבצר המופתי במתחם ה"חרם א-שריף" בהר הבית ולא עזב אותו, והשלטונות הבריטיים לא העזו להיכנס אליו, מתוך חשש להשפעה שלילית על דעת הקהל המוסלמית בעולם. שוטרים הוצבו בכל שערי המתחם, אך אל-חוסייני לא ניסה לצאת.