כחלק מתוכנית הקו האדום, נאלצו המתכננים למצוא פתרון למעבר התוואי בין רחוב יפו לשדרות הרצל בצומת הכניסה לירושלים, צומת בעל עומס תחבורתי רב. פתרון הגשר נבחר על פני פתרונות חלופיים כגון מסילה קרקעית בשל המרכזיות של הצומת המדובר וההבנה שבניית מסילה קרקעית תיצור עומסי תנועה בלתי מתקבלים על הדעת, ומעבר תת-קרקעי במנהרה אינו אפשרי בשל תוואי דרך בגין העובר כבר מתחת לאדמה במקום זה. לבסוף הוחלט, לאחר התנגדויות רבות של תושבי האזור, על בניית גשר. הגשר עוצב כגשר התלוי על מיתרים על ידי סנטיאגו קלטרווה הספרדי, הידוע בעיצוב גשרים בכל רחבי העולם (גשר הולכי-רגל דומה, אך קטן יותר, שתוכנן על-ידו, נמצא בפתח תקווה). במרכז גשר המיתרים ניצב עמוד פלדה מוטה ומכופף המתנשא לגובה של מעל ל־130 מטרים, וממנו מתוחים 66 מיתרים הנושאים את המיסעה של הגשר. הגשר הוא היחיד והראשון בעולם מסוגו - גשר מעוקל התלוי לכל אורכו. הגשר נחנך ביוני 2008 למעבר הולכי רגל.
מנהרת הצנחנים.
כחלק מתוכנית הקו האדום, נחפרה מנהרה לכלי רכב מתחת לכיכר צה"ל על מנת לאפשר זרימת חלק מכלי הרכב בנפרד מהרכבת הקלה, שהתוואי שלה הצריך שימוש בשני נתיבים בכביש הקיים. המנהרה היא דו-נתיבית באורך של 500 מטר ומקשרת בין רחוב חטיבת הצנחנים לסוף רחוב יפו. עלות הקמתה הייתה כ-50 מיליון שקל והיא בוצעה עלי ידי חברת חפירה וחציבה בע"מ, בשותפות עם החברה האיטלקית סי.אי.סי.
ליקויים בתכנון ובביצוע.
חריגות תקציב במיזם.
כבר בשלבים הראשונים של בניית המיזם הסתבר כי ההוצאות הציבוריות עולות בהרבה על ההערכות שניתנו לפני תחילת המיזם. ב־2002 הוערכה ההוצאה הצפויה למגזר הציבורי בכ־1.24 מיליארד ש"ח, סכום הגדול פי 2.5 מההערכה שניתנה על ידי היועץ החיצוני השני בשלב התכנון (כ־500 מיליון ש"ח), כאשר הגידול המשמעותי היה בסעיף תכנון ניהול ופיקוח, ובסעיף עבודות התשתית, בין השאר על רקע אי הכנסת עלויות ידועות לתוך התכנון הראשוני. דו"ח מבקר המדינה מתח ביקורת על משרד התחבורה בשל חוסר בקרה מספקת על ההוצאות.
דוח מבקרת עיריית ירושלים.
ב־2003 פרסמה מבקרת עיריית ירושלים דו"ח חריף אודות תהליך התכנון והביצוע של הרכבת הקלה עד אז. הדו"ח הצביע על חריגות מהותיות מהתקציב המתוכנן (גידול של פי 4 תוך שנתיים), העסקת יועצים בעלי קשרים עסקיים אישיים עם משה הירש, מנהל מיזם הרכבת הקלה וצוות אב לתחבורה ירושלים, תוך ניגוד אינטרסים, וללא גילוי ושקיפות, התנהלות כושלת במהלך תכנון ובניית גשר המיתרים, עבודות בנייה בלתי חוקיות במהלך המיזם, שהובילו גם לתביעות נזיקין, וענייני מנהל בלתי תקינים נוספים. המבקרת גם המליצה לשקול מחדש את הכדאיות הכלכלית של המיזם בשל העלייה העצומה בהיקף ההשקעה הציבורית הנצרכת.
בעקבות הדו"ח פרש משה הירש מתפקידו.
דוח המבקר 2008.
במאי 2008 הוציא מבקר המדינה דוח המבקר בחריפות את התנהלות משרדי האוצר והתחבורה במיזם הקמת הרכבת הקלה בירושלים. בדוח הוא מפרט רשימה ארוכה של כשלים שנמצאו בתכנון וביצוע המיזם. חריגה גדולה מאוד ממסגרת התקציב, ליקויים טכניים ובטיחותיים בביצוע, תהליך קבלת החלטות בעייתי וליקויים בבניה. עלות העבודה במגזר הציבורי שהוערכה ב-500 מיליון שקלים בעת תכנון המיזם קפצה ב-2003 ל-1.14 מיליארד שקלים, בשל אי לקיחה בחשבון של מיזמים נלווים כמו גשר המיתרים, מנהרה בכיכר צה"ל, חניוני "חנה וסע" ופיתוח מרכז העיר - מיזמים שעלותם הסתכמה ב-474 מיליוני ש"ח. עוד מוצא המבקר ליקויים טכניים, איכותיים ובטיחותיים בביצוע העבודות, ליקויים שהצריכו ביצוע מחודש של עבודות, שגרם לשיבושי תנועה והפרעות חוזרות ונשנות באורח החיים שנגרמו לאזרחי העיר. כמו כן, מעריך משרד המבקר כי הנזק שנגרם למשק עקב התארכות המיזם שהיה אמור להסתיים ב-2007 נאמד במאות מיליוני שקלים לשנה.
קנס ממשרד התחבורה.
באוגוסט 2013 הטיל משרד התחבורה על חברת "סיטיפס" קנס בסך מיליון ש"ח עקב אי עמידה בתנאי הזיכיון.
הפעלה.
תקופת הרצה.
באביב 2011 החלו נסיעות הרצה של הרכבת הקלה לאורך התוואי ללא נוסעים. החל מאמצע אוגוסט 2011 החלה הרכבת לשרת את ציבור הנוסעים ללא תשלום, כאשר התדירות נמוכה וזמני הפעילות מצומצמים. במהלך תקופה זו התגלה ליקוי בטיחות במערך הקשר והאיתור של הרכבות שהוביל להעלמות רכבות ממסך הבקרה של הפיקוח. בעקבות ליקוי זה הורה ISA, הגוף האחראי על בטיחות רכבות קלות באירופה, על הפעלת הרכבת בתדירות מופחתת (14 מערכים בו זמנית), עם מרווחי ביטחון בין רכבת לרכבת. ליקוי נוסף התגלה במערך הכרטוס ברכבת, ליקוי שהוביל גם הוא להתארכות תקופת ההרצה של הרכבת ללא תשלום, תקופה שתוכננה במקורה להמשך כשבועיים.
הפעלה מסחרית.
בדצמבר 2011 החלה הרכבת לפעול בתשלום ובתדירות גבוהה יותר (18 מערכים בו זמנית, מתוך 21). בשלב זה עלו ליקויים שונים בפעילות הרכבת: אי עמידה בלוחות זמנים ואיחורים, הפסקת פעילות רכבות למשך פרקי זמן ארוכים עקב קשיים תפעולים שונים (כדוגמת טיפול בחפצים שנשכחו על ידי הנוסעים ברכבת ונחשדו כמטעני חבלה, או תאונות דרכים קלות). בתקופה זו גם עלו תלונות של משתמשי הרכבת על יחס עוין מצד פקחי הרכבת (שהם עובדי קבלן) שהופעלו על מנת למנוע מקרים של נסיעה ללא תשלום. תלונות רבות עלו לגבי מתן קנסות שרירותי ללא הפעלת שיקול דעת במקרים שונים, לדוגמה במקרים נוסעים רכשו מנוי חודשי לנסיעה, אך שכחו לתקף אותו בתחילת נסיעה, ובמקרים דומים בהם שולם התשלום, אך חלו ליקויים אחרים. במקרים שתועדו העדיפו פקחים לרשום קנסות לנוסעים שביקשו את עזרתם בתהליך התשלום והתיקוף, במקום לסייע להם. תלונות נוספות עלו לגבי פעילות הפקחים ללא זיהוי, דבר המונע הגשת תלונה אפקטיבית כנגדם במקרה הצורך.
זמן קצר לאחר תחילת ההפעלה המסחרית שונה מסלולם של קווי אוטובוס רבים בשכונות דרום־מערב העיר כך שתחנתם הסופית תהיה תחנת הרכבת בהר הרצל, במקום מסלולם הישן שהגיע למרכז העיר. דבר זה הוא תולדה של הסכם הזיכיון שהבטיח לרכבת מונופול על שירות תחבורה ציבורית במסלולה, אך גרם תרעומת רבה לתושבים שנאלצו להחליף מספר אמצעי תחבורה על מנת להגיע ליעדם, כאשר לטענות נוסעים רבים זמן הנסיעה הכללי התארך עקב הצורך בהחלפה אמצעי תחבורה, משך ההמתנה להחלפה והתקלות בתפעול הרכבת הקלה.
מספר הנוסעים.
מספר הנוסעים בפועל ביום ברכבת עמד במהלך המחצית הראשונה של 2012 על 70,000 נוסעים ליום, כמחצית מההערכה אותה חזה היועץ החיצוני השני במהלך תכנון המיזם. דבר זה הוביל להפעלת רשת הביטחון שהובטחה ליזם מטעם המדינה בחוזה, ולתשלום של כ־80 מיליון ש"ח מהמדינה ליזם בסוף מאי 2012. שיא במספר הנוסעים ליום ברכבת הקלה הושג בחג הסוכות 2012 כ-140 אלף נוסעים ליום. שנתיים לאחר ההפעלה היקף הנוסעים הממוצע ברכבת הקלה עומד על 130 אלף נוסעים ביום, משנת 2015 ועד שנת 2017 עלו נסיעות הנוסע ביום ב־22%, מכ־36,400 ל־42,400. בשנת 2018 הגיע מספר הנוסעים ל־162 אלף איש בממוצע ליום.
תפעול טכני.
הקרונות ותפעולם.
ברכבת הקלה מופעלים קרונות מסוג "Citadis 302" מתוצרת חברת אלסטום (אחת השותפות בזכיינית סיטיפס). הקרונות החלו להגיע לישראל בקיץ 2007, זמן רב קודם ההפעלה בפועל, בעקבות העיכובים המשמעותיים במיזם.
אורכו של כל קרון 32.52 מטר, רוחבו 2.65 מטר, והוא מחולק לחמש יחידות, כולן בעלות רצפה נמוכה. קיבולת כל קרון היא עד 248 נוסעים, מהם 64 בישיבה והשאר בעמידה. הקרונות תוכננו במיוחד לרכבת הקלה של ירושלים, ועל כן נעשו בהם התאמות שונות, כדוגמת דלתות רבות יותר לכל קרון, חלונות שאינם ניתנים לפתיחה והעדר פחי אשפה מסיבות ביטחון. הקרונות מתוכננים לנסיעה במערך כפול של שני קרונות מחוברים, כך שבכל רכבת יוכלו לנסוע כ-500 נוסעים. אורכה של כל הרכבת, כאשר היא בנויה במערך הקרונות הכפול, הוא כ-70 מטרים ומשקלה 160 טון. הקרונות מסוגלים להתמודד עם נסיעה בשיפוע של עד תשע מעלות. קטעי מסילת הרכבת התלולים ביותר נמצאים בהר הרצל, ברחוב הצנחנים, בסמוך לכיכר ספרא ובסמוך לדפו בצומת הגבעה הצרפתית. מסיבות בטיחות, לא מתאפשרת נסיעה בו זמנית של שתי רכבות בכיוונים מנוגדים, בקטעים תלולים אלה. נוסף לכך, תוך כדי תנועת הרכבת בעת ירידות תלולות, מפוזר חול על גבי המסילה, על מנת להגביר את חיכוך גלגלי הרכבת. החול נאסף מדי ערב באמצעות רכב ייעודי.
מערכת החשמל.
הרכבת הקלה פועלת באמצעות הזנה חשמלית. קווי חשמל עיליים שנפרסו לכל אורך המסילה, הם שמספקים לה הזנה זו, במתח של 750 וולט זרם ישר. לכל קרון ישנן פנטוגרף המתחבר לקווי החשמל ומספק מקור חשמל למנוע הקרון. ללא אספקת חשמל הרכבת אינה יכולה לנוע, אך קיים בה מצבר לצורך תאורה ופתיחת הדלתות גם במקרה של הפסקת חשמל. החשמל במערכת מתחלק באופן שווה לרכבות באזור סמוך, ועל כן ריבוי רכבות באזור אחד גורם לזרם נמוך יותר המסופק לכל אחת.
בקטעים בהם נוסעת הרכבת בירידה מומרת אנרגיית התנועה לאנרגיה חשמלית הנקלטת בחזרה במערכת החשמל העילית של הרכבת.
קיומם של קווי חשמל עיליים לכל אורך התוואי יוצר בעיה אסתטית, כמו גם בעיה תפעולית, במקרה של צורך בהעברת מטען גבוה בסמוך אליהם.
מערך המסילות.
מסילות הרכבת נבנו ברוחב תקני של 1.435 מטר, תוך תכנון מיוחד שמונע היתקעות גלגל אופניים בתוך המסילה. במספר נקודות נבנו מסוטים המאפשרים מעבר בין מסילות במקרה תקלה או לפי צורך תפעולי. למרות רוחבן המשותף של מסילות הרכבת הקלה ושל מסילות הברזל בשימושה של רכבת ישראל, אין רכבות כבדות יכולות לנוע על מסילות הרכבת הקלה, ואין הרכבת הקלה יכולה לנוע על מסילות רכבת ישראל. עובדה זו נובעת משיקולים אחרים הנוגעים לאופי סלילת המסילות.