ב-1994 ירדה הקבוצה פעם נוספת ליגה וחזרה לליגה הראשונה שנה לאחר מכן. בשנים שלאחר החזרה לליגה החלו לככב בקבוצה שחקנים כמו חואן סבסטיאן ורון, מרטין פלרמו, לוסיאנו גאלטי, ארנסטו פאריאס ומריאנו פאבונה.
ב-18 במאי 2006 מונה דייגו סימאונה, מגדולי שחקני ארגנטינה בכל הזמנים, כמאמנה של הקבוצה. סימאונה ביסס את הקבוצה סביב ורון שחזר מאירופה לקבוצה והנחיל את אופיו הווינרי לשחקנים, כך שתחת הדרכתו השיגה הקבוצה ניצחונות רבים שהוכרעו בדקות האחרונות של המשחק. ב-15 באוקטובר 2006, במסגרת אפרטורה 2006, השיגה הקבוצה את אחד מניצחונותיה הגדולים כשהביסה בדרבי את חימנסיה 0:7, הקבוצה ניצחה במהלך הטורניר 10 משחקים רצופים וסיימה את הליגה במקום הראשון יחד עם בוקה ג'וניורס. שתי הקבוצות התמודדו במשחק אליפות ב-13 בדצמבר ואסטודיאנטס ניצחה 1:2 לאחר שחזרה מפיגור.
בסגל שזכה באליפות כיכבו בין היתר השוער מריאנו אנדוחאר, הקשר חוסה סוסה, החלוץ מריאנו פאבונה וחואן סבסטיאן ורון.
אחרי טורניר האפרטורה לשנת 2007 התפטר סימאונה מתפקידו לטובת אימון ריבר פלייט ובמקומו מונה רוברטו סנסיני, מגדולי שחקני ההגנה של ארגנטינה בשנות ה-90. בשנת 2009, תחת המאמן אלחנדרו סאבלה וכשבסגל שלה חואן סבסטיאן ורון ואנסו פרס, זכתה אסטודיאנטס בגביע ליברטדורס הרביעי שלה. במשחקי הגמר היא גברה על קרוזיירו הברזילאית (0-0 בארגנטינה ו-2-1 בברזיל, משערים של גסטון פרננדס ומאורו בוסלי - מלך השערים בטורניר). באליפות העולם לקבוצות שנערכה באבו דאבי הגיעה הקבוצה לגמר, שם הפסידה בהארכה לברצלונה בתוצאה 2-1. בשנת 2010 זכתה הקבוצה בטורניר האפרטורה, כשלסגל זוכי הליברטדורס מצטרפים מרקוס רוחו וגבריאל מרקאדו.
ביוני 2017 הודחה ממפעל הגביע על ידי פסיפיקו מהליגה הרביעית מה שהוביל לפיטוריו של המאמן נלסון ויוואס.
אצטדיון הקבוצה.
הקבוצה שיחקה באצטדיון חורחה לואיס הירשי שנחנך ב-25 בדצמבר 1907. האצטדיון נקרא על שמו של יושב ראש הקבוצה בשנים 1927-1932. האצטדיון ידוע בכינויו "1 אי 57" (1 פינת 57) וזאת בשל מיקומו בין הרחובות 55 ו-57 לאורך השדרה הראשונה בעיר.
ב-1937 הותקנה מערכת תאורה באצטדיון, וכך הייתה אסטודיאנטס לאחת הקבוצות הראשונות ששיחקו בשעות החשכה.
תכולת האצטדיון היא 23,000 מקומות בלבד ולכן הקבוצה מקיימת את משחקיה הבינלאומיים באצטדיונה של בוקה ג'וניורס.
בספטמבר 2005 נסגר האצטדיון בשל תקנות בטיחות שאסרו הכנסת קהל ליציעי עץ, ובנוסף, ראש עיריית לה פלאטה ביקש להצדיק את בניית האצטדיון העירוני, אצטדיון סיודד דה לה פלאטה, וניסה לאכוף על שתי הקבוצות בעיר לשחק באצטדיון החדש שבנה. באוגוסט 2006 הציגה הקבוצה תוכניות לבניית אצטדיון חדש כשחואן ורון, שחקן הקבוצה, מבטיח לתרום סכום נכבד שיכסה חלק ממימון הבנייה. ביולי 2007 נהרס האצטדיון ובניית האצטדיון נתקלה בהתנגדות מצד ארגונים שונים, ביניהם ארגוני איכות הסביבה. מכירתם של כוכבי הקבוצה מריאנו פאבונה וחוסה סוסה תסייע במימון הבנייה ביחד עם תרומותיו של ורון. עד לחנוכתו של האצטדיון הביתי הקבוצה מארחת באצטדיון העירוני.
מסילת איילון
מסילת האיילון היא מסילת רכבת של רכבת ישראל, הנמתחת לאורך נחל איילון ותעלת איילון, בין הנתיבים של נתיבי איילון ומחברת בין מסילת החוף בתחנת הרכבת תל אביב מרכז ובין מסילת הרכבת יפו–ירושלים בתחנת הרכבת תל אביב דרום - תפעולית (מקטע תל אביב-לוד). אורכה כ-5 ק"מ והיא מהווה חלק מהקו הראשי של רכבת ישראל. זאת המסילה הראשונה בישראל שנבנתה מלכתחילה כמסילה כפולה, ומשמשת את כל קווי הנוסעים הבינעירוניים ואת הקווים הפרבריים של גוש דן. כיום היא המסילה העמוסה ביותר ברשת המסילות של רכבת ישראל, מנקזת אליה כ־75% מהשירות הרכבתי בישראל ובשל כך היא חסם מסילתי. נעים עליה קטרים מונעי דיזל וחשמל.
היסטוריה.
כבר בימי המנדט עלה הרעיון לסלול מסילה לאורך נחל איילון לצורך שיפור רשת המסילות בארץ ישראל.
תכנון המסילה החל בשנת 1956.
ב־1970 הוקמה "חברת נתיבי איילון" בבעלות שווה של ממשלת ישראל ועיריית תל אביב. שב-1973, הציגה את תוכנית נתיבי איילון לכביש מהיר, רב־נתיבים שיחצה את האזור המטרופוליטני של תל אביב רבתי מצפון לדרום לאורך נחל איילון, ויחבר את רשתות הכבישים הבין־עירוניים לירושלים, לחיפה ולאשדוד. במסגרת הפרויקט הציגה החברה גם תוכנית לבניית מסילות רכבת במקביל לכביש. מסילות אשר מיועדות לקשר את רשת המסילות הצפונית בישראל עם רשת המסילות הדרומית (עד בניית מסילת איילון, תחנת הרכבת תל אביב מרכז הייתה זו תחנת קצה של מסילת החוף לכיוון חיפה, ותחנת הרכבת תל אביב דרום לרכבות מירושלים, רחובות ובאר שבע). כמו כן תכננו המסילות לשמש כמערכת תעבורה להסעת המונים לכל האזור המטרופוליטני של תל אביב עם שלוחות בין-עירוניות. בתכנון מ-1973 נלקחה גם בחשבון האפשרות שבעתיד יוסטו מי האיילון לים התיכון, דרך יפו, ועל ידי כך יפונה תוואי התעלה לשירותים תחבורתיים נוספים.
העבודות בפועל החלו רק ב-1988 עם העתקת רציפי תחנת הרכבת תל אביב מרכז ממקומם המקורי, בצמוד לצידו הצפוני של אולם הנוסעים, אל ערוץ נחל איילון והמשכת המסילות ממנה דרומה (עד אז זו הייתה תחנת הקצה של מסילת החוף). המסילה נפתחה ב-1993 כמסילה כפולה, ושירתה את הקווים מתל אביב לרחובות, אשדוד, וירושלים. לאורך המסילה הוכנה תשתית לשלוש תחנות רכבת עתידיות מתחת לגשרי הרחובות השלום, יצחק שדה וההגנה. נכון לעכשיו אין תוכניות להקים את תחנת הרכבת תל אביב יצחק שדה.
במרץ 1996 נפתחה תחנת הרכבת תל אביב השלום וב-22 ביוני 2002 נפתחה תחנת הרכבת תל אביב ההגנה.
עם פתיחת הקו הפרברי לראש העין בשנת 2000 (שהוארך מאוחר יותר אל כפר סבא) החל להיווצר עומס על המסילה הכפולה שהגיע בשעות השיא ל-8 רכבות בכל כיוון בשעה. על מנת להוסיף רכבות נוספות וקווי שירות נוספים היה צורך במסילות נוספות. ב-2001 הוחלט להוסיף מסילה נוספת ולהרחיב את כל התחנות לאורכו. העבודות החלו ב-2002 וכללו הוספת רציף אחד בתחנת הרכבת תל אביב השלום ושני רציפים בתחנת הרכבת תל אביב מרכז ובתחנת הרכבת תל אביב ההגנה. לשם הרחבת תחנת הרכבת תל אביב השלום הוסטה התעלה בה זורם נחל איילון מזרחה כך שחלקה עובר מתחת לנתיבים של נתיבי איילון צפון. המסילה השלישית והרציפים הסמוכים לה נכנסו לשימוש ב-2 בספטמבר 2006 וכיום פועלות במסילה המשולשת עד 14 רכבות בשעה בכל כיוון.
בשנת 2005, המליצה חברת ההנדסה האמריקאית PB (חברת הבקרה החיצונית של רכבת ישראל מטעם משרד האוצר) על הקמת מסילה רביעית באיילון, כדי שהרכבת תוכל לעמוד ברמות הביקוש הצפוי (לפי התחזיות אז, בשנת 2010 יסעו ברכבת כ-60 מיליון נוסעים וב-2020 - יותר מ-110 מיליון נוסעים). במרץ 2006, אושר תקציב של כ-2 מיליארד שקל. אך הביצוע התעכב עקב מחלוקת על הטיית תוואי נחל איילון.
ב-25 בספטמבר 2011 נפתח קו מסילת הרכבת תל אביב – פלשת שממשיך לאשדוד ולאשקלון, ומתפצל ממסילת איילון בתחנת הרכבת תל אביב ההגנה. במסגרת העבודות על הקו נבנה בתחנה רציף חמישי, שיחד עם רציף 4 משרת את הרכבות בקו.
ב-2019, החלה חברת SEMI הספרדית לחשמל את שלוש המסילות הפעילות, החל מתחנת ההגנה וצפונה. עבודות החשמול מבוצעות כחלק מחשמול קו הרכבת החשמלי המהיר אל נתב"ג וירושלים, ובעתיד ישמשו קווים נוספים של רכבת ישראל. ברבעון השני של 2020 הושלם חשמול המסילה.
תכנונים עתידיים - מסילה רביעית.
מסילת האיילון הנמתחת לצד תעלת האיילון, לתוכה הוסללו מימי נחל איילון במהלכו בתחומי תל אביב ורמת גן, יחד עם המסילה הכפולה מתחנת הרכבת תל אביב דרום תפעולית עד מחלף גנות מהווה חסם מסילתי ברשת המסילות הארצית - כ־75% מהשירות הרכבתי בישראל מתנקז כיום לציר איילון שקיבולתו שלוש מסילות בלבד, עבור רכבות מהירות ורכבות פרבריות. על מנת לשחרר את צוואר הבקבוק ולהגדיל את נפח התנועה יש צורך בהוספת מסילה רביעית. כדי למנוע את עליית מפלס מי התעלה, ששטחה יצומצם עם הוספת מסילה, והצפת גוש דן במי נגר עילי כתוצאה מגשמי חורף, יש להטות חלק או את כל מימי נחל איילון לנתיב אחר או לוסת את זרימתם טרם הגעתם לתעלת האיילון ולהשתמש בשטח התעלה להקמת המסילה הנוספת ורציפים נוספים. מספר חלופות ניקוז הוצגו למשרד התחבורה ורשות ניקוז ירקון (האחראית גם על האיילון) וחברת נתיבי ישראל:
מורכבות הפרויקט ועלותו הביאו לדחיית ההחלטה לשנים רבות.
ביוני 2018 אישרה הממשלה את תת"ל 33 אשר במסגרתה מתוכננת מסילה רביעית באיילון החל מקטע תחנת תל אביב מרכז ועד לוד (ביצוע בפועל עד גנות). הצפי להשלמתה הוא ב-2028–2029 ועלותה המשוערת כ-5.5 מיליארד ש"ח. מלבד המסילה הרביעית היא כוללת גם את עבודות הניקוז הנרחבות, רציף נוסעים נוסף בתחנות ההגנה והשלום ושני רציפים נוספים בת"א מרכז, מחלף מסילתי מדרום לההגנה, תוספת ושינוי תנוחת נתיבים בכביש 1 בין מחלף חיל השריון לגנות. עוד קודם לסיום הפרויקט מתוכנן עד 2023 להחליף את מערכת האיתות והבקרה של הרכבת מה שיאפשר להגדיל את נפח התנועה במסילות איילון עד כדי 17 רכבות בשעה.
בתוכנית הפיתוח העתידית אף נידונות תוכניות לשתי מסילות נוספות על אותו תוואי, אלא שהן מתוכננות להיחפר במנהרה תת-קרקעית באורך כולל של כ-50 ק"מ בין נתב"ג אל קיבוץ שפיים, שם מתוכנן מרכז תחבורה גדול.
בסוף מאי 2020 החלה חברת נתיבי ישראל בקידוחים והתקנת קלונסאות באפיק הנחל כדי לחזק את הקרקע ולהקים גשר שעליו תעבור המסילה במקטע ההגנה - סבידור.
בחודש אוקטובר 2021 הוכרזו הזוכות במכרז של נתיבי ישראל, להקמת מפעל ניקוז לטובת המסילה הרביעית באיילון.