מצבו הבריאותי של סטארק נודע לנחלת הכלל, והוא עובר השתלת לב בעקבות בעיותיו. הוא מרחיב את עיצובי חליפות השריון שלו כדי שיתאימו למשימות חמקנות וחקר בחלל. אולם, סטארק מפתח תלות רצינית ביותר באלכוהול. הפעם הראשונה שדבר זה יוצר בעיה היא כאשר סטארק מגלה שהסוכנות לביטחון לאומי הבדיונית S.H.I.E.L.D קונה את שליטתה על "תעשיות סטארק" כדי להבטיח את המשך שיתוף הפעולה ביניהם ביצור נשק. באותה עת, יריבו העסקי ג'סטין האמר שוכר את שירותם של כמה נבלי-על על מנת לתקוף את סטארק. נוסף על כך, השריון של סטארק נגנב ובעזרתו נרצח דיפלומט, מה שמאלץ את סטארק למסור את השריון לידי הרשויות. לבסוף, סטארק וחברו רודי מוצאים את האשמים, אף על פי שהאמר חוזר להתעמר בסטארק בהמשך. בעזרת חברתו, בטאני קייב, וחבריו לעבודה, סטארק מתגבר על בעיות האלכוהוליזם במה שיהפוך מאוחר יותר לאנתולוגיית הסיפורים "".
מעט לאחר מכן, אובדיה סטיין - יריבו חסר הרחמים של סטארק - מתמרן אותו באופן רגשי וגורם לו להתדרדרות במצבו הנפשי - סטארק מאבד את שליטתו בחברה, הופך לחסר בית ולאלכוהוליסט, ומוסר את חליפת השריון לידיו של רודי רודס. בסופו של דבר, סטארק מתפכח ומעצב עיצובים טכנולוגיים חדשים בחברת סטארט אפ בשם "סירקטס מקסימוס" כחלק מהתרפיה שלו. כאשר רודס - הפועל כעת כאיירון מן - מתחיל לפתח אגרסיות ופאניקה בעקבות אי-תאימותו לחליפה, הוא יוצא למסע הרס. סטארק לובש העתק של חליפתו המקורית ויוצא לעצור את חברו. נוסף על כך, סטיין זורע הרס בחליפת ה'איירון מונגר' שלו, וסטארק מתעמת איתו. במקום לתת לסטארק את העונג שבלקיחתו למשפט, סטיין מתאבד.
מלחמות השריון.
סטארק לומד שתעשיין הקורא לעצמו בשם "הספיימאסטר" גנב את התוכניות לכמה מההמצאות הטכנולוגיות הסודיות ביותר הנמצאות בחליפת השריון של איירון מן. הספיימאסטר מסר את אותן תוכניות ליריבו העסקי של סטארק, ג'סטין האמר, שהפך אותן זמינות לפושעים. או אז, אותם פושעים שילבו את ההמצאות הללו בחליפות קרב משוריינות משלהם. סטארק זעם על כך שהמצאותיו נמצאות בידיים לא נכונות, והוא מחליט למנוע מאותם פושעים את גילוי סודותיו. הוא שותל וירוס מחשבים במערכות המיחשוב של האמר כדי למחוק כל עקבות לטכנולוגיה של סטארק, וכאיירון מן הוא רודף אחר אלה המשתמשים בחליפות השריון הסורחות. הוא שותל מתקן המנטרל את המעגלים האלקטרוניים בחליפות השריון והופך אותן לבלתי שמישות. במאמץ לעצור את אלה אשר משתמשים לרעה בטכנולוגיה שלו, סטארק פוגע במוניטין שלו שלא במכוון, כאשר הוא תוקף סוכן ממשלתי בשם סטינגריי, אשר לכאורה השתמש בטכנולוגיה שלו. בנוסף, במהלך אותן "מלחמות שריון", איירון מן הורג בטעות את איש הטיטניום השני.
ממשלת ארצות הברית מכריזה על סטארק כפורע חוק בעקבות מעשיו כמי שלקח את החוק לידיו, וחברו לצוות האוונג'רס, קפטן אמריקה, היה בין מתנגדיו. סטארק הכריז בפומבי כי הוא "פיטר" את איירון מן לאחר שנודעו לו פעולותיו הבלתי חוקיות. מעט לאחר מכן, חליפת איירון מן הושמדה בקרב נגד כוחות ממשלתיים. אולם, סטארק שרד, והוא המציא חליפת שריון מתוחכמת הרבה יותר בה השתמש כאיירון מן, עם מערכות טכנולוגיות משוכללות יותר מאלה שגנב הספיימאסטר. סטארק המשיך לתפקד כאיירון מן, אך הכריז כי עובד נוסף שלו לבש כעת את החליפה.
משותק.
בריאותו של סטארק ממשיכה להיחלש, והוא מגלה שהקיברנטיקה של חליפת השריון גורמת לנזק בלתי הפיך למערכת העצבים שלו. מצבו מחמיר כאשר נעשה ניסיון על חייו וחוט השדרה שלו נפגע, מה שמותיר אותו משותק. בגבו מושתל שבב עצבי אשר משיב לו את יכולת התנועה, אך מערכת העצבים שלו כושלת. הוא מתכנן מוליכים עצביים המובנים בתוך עור מלאכותי, אשר עוזרים לו. כמו כן, הוא מעצב חליפת שריון חדשה ומאסיבית, הכוללת כלי נשק רבים, לה הוא קורא "וור משין" (War Machine, "מכונת מלחמה"). פגיעתו העצבית נעשית כה חמורה, עד שסטארק נאלץ להכניס את עצמו להקפאה עמוקה כדי להחלים, ורודי לוקח על עצמו את ניהול "סטארק אינטרנשיונל" ואת זהות איירון מן בחליפת השריון של וור משין. סטארק מחלים ומתכנן שבב אשר מתכנת את עצמו מחדש. הוא נוטל מחדש את זהותו כאיירון מן. רודס מגלה כי סטארק תמרן את חבריו הקרובים ביותר כאשר ביים את מותו, ודבר זה תוקע טריז בחברות של השניים. רודס ממשיך בקריירת סולו כוור משין.
שריון בעל בינה.
לאחר קרב עם בלאקלאש במהלך סופת רעמים, שריונו של סטארק מפתח בינה מלאכותית משל עצמו. בתחילה, סטארק מקבל בברכה שינוי זה, אשר גורם ליעילות טקטית רבה יותר, אך עם הזמן, השריון נעשה תוקפני יותר ויותר, הורג ללא הבחנה ומחפש להחליף את סטארק. בעימות בין החליפה לבין סטארק באי מדברי, סטארק סובל התקף לב חמור נוסף, מה שגורם לחליפה להקריב עצמה עבורו, לוותר על מערכות עיקריות ולשתול לו לב מלאכותי חדש. לב זה פותר לסטארק את בעיות הבריאות הרבות, וסטארק חוזר להשתמש בחליפות השריון הישנות מתוך דאגה כי תקרית זו (של חליפה הקמה על יוצרה) תחזור בשנית. לאחר מכן, סטארק מסתנן לקבוצת ת'נדרבולטס תחת זהות "איש הקובלט".
אקסטרמיס.
סטארק מגלה לעולם את זהותו הסודית כאיירון מן. אך בעושו זאת, הוא הפר ללא מתכוון את ההסכמים בין "תעשיות סטארק" לבין הממשלה, הקובעים כי רק עובד של סטארק יכול לעשות שימוש בחליפה ולא סטארק עצמו. כשהוא מגלה שצבא ארצות הברית משתמש שוב בטכנולוגיה שלו, הוא מקבל על עצמו את תפקיד מזכיר ההגנה של ארצות הברית כדי לפקח מקרוב על עיצוביו. באירועי "האוונג'רס מתפרקים", סטארק מתפטר מתפקידו לאחר שהטיף מוסר לשגריר לטבריה הבדיונית באומות המאוחדות. השגריר נשלט באותה עת בידי מכשפת השני שיצאה מכלל שליטה, שמשמידה את אחוזת האוונג'רס והורגת כמה מחבריה. סטארק יורד מתפקידו כאיירון מן בפומבי, אך למעשה ממשיך לתפקד בזהות זו ומשנה את מיקום בסיסם של האוונג'רס למגדל סטארק.
מאורעות "אילומינטי" מגלים כי בזמן "מלחמת קרי-סקרול", סטארק יזם מפגש בין פרופסור אקס, דוקטור סטריינג', נאמור, ריד ריצ'רדס, הפנתר השחור וחזיז שחור, מתוך מטרה לאחד כוחות ולסכל איומים שונים. מטרתו האולטימטיבית של סטארק היא להקים גוף מפקח על כל גיבורי-העל ברחבי העולם.
מלחמת אזרחים.
כאשר ממשלת ארצות הברית חוקקה את החוק לרישום מוטאנטים והעל-אנושיים, פרצה מלחמה בין גיבורי-העל, שנחלקו לשני מחנות - אלו התומכים בחוק ואלו המתנגדים לו. בעוד בתחילה סטארק התנגד לחוק בנחרצות, בסופו של דבר הוא החליט לתמוך בו והפך למנהיג מחנה התומכים כשמנגד לו עמד מחנה המתנגדים בראשותו של קפטן אמריקה.
מנהל S.H.I.E.L.D, פלישה סודית.
באירועי "הפלישה הסודית", סטארק שורד מפגש עם האנדרואיד החוצני אולטרון, שמשתלט על גופו. הוא נתקל בבית החולים בספיידרוומן, שמחזיקה בגופת מתחזה מגזע הסקרול לאלקטרה. סטארק מתוודע עקב כך לפלישת הגזע החוצני, מאגד את קבוצת האילומינטי ומראה להם את גופת הסקרול. לאחר שהבורג השחור מתגלה כמתחזה סקרול ונאמור הורג אותו, הסקרול מתקיפים וסטארק נאלץ לפנות את חברי האילומינטי ולהשמיד את המקום על פולשיו. חברי האילומינטי מגיעים להכרה כי הם אינם יכולים לסמוך אחד על השני, ולכן כל אחד נפרד לדרכו ומתכנן תוכנית משלו לפלישה הקרבה. שמו של סטארק מוכתם כמי שלא חזה את הגעתם והסתננותם של גזע הסקרול משנה הצורה לכדור הארץ, ומשום שהסקרול שיתקו את טכנולוגיית סטארק, ששלטה בהגנה הכלל-עולמית. לאחר הפלישה, ממשלת ארצות הברית מורידה אותו מתפקידו כמנהל סוכנות S.H.I.E.L.D, מפרקת את קבוצת האוונג'רס, ומעבירה את השליטה לידיו של נורמן אוסבורן, ארגון H.A.M.M.E.R החתרני שלו וקבוצת ת'נדרבולטס.
שלטון אפל.
כאשר כוחות האקסטרמיס שלו נכשלים, סטארק מתכנת וירוס כדי להשמיד כל זכר מחוק רישום העל-אנושיים ומונע מאוסבורן גישה לידע אודות חבריו לאוונג'רס ולטכנולוגיה אותה יוכל לבטח לנצל לטובתו. ההעתק היחיד למידע נמצא במוחו של סטארק, אותו הוא מוחק בהדרגה עם בריחתו בעזרת אחת מחליפות השריון שלו. כשאוסבורן מכריז עליו כנמלט ומנהל אחריו מצוד, סטארק עורך מסע ברחבי העולם כדי למחוק את שארית המידע על הטכנולוגיה שלו, עד למצב בו הוא יוצר נזק מוחי לעצמו כדי להבטיח את מחיקת מאגר המידע. כאשר אוסבורן מגלה את מיקום הימצאו של סטארק ומכה בו ללא רחמים תוך שימוש בשריון "איירון פטריוט", פפר פוטס משדרת את העימות בשידור חי, מה שמכתים את שמו של אוסבורן ומקנה לסטארק סימפתיה פומבית. מצבו של סטארק מוגדר כצמח, לא לפני שהוא מעניק לדונלד בלייק (האלטר אגו של גיבור-העל תור) מעמד של עורך דין. מסר הולוגרפי בחליפת השריון של פפר מגלה כי סטארק פיתח את האמצעים לאתחל מחדש את מוחו לתקופה שלפני השמדת המידע, וכי בלייק ובאקי מסוגלים לשחזר את גופו למצב אופטימלי. בינתיים, סטארק מנהל מאבק בתת-מודע שלו כאשר שרידים ממוחו מונעים ממנו לחזור לעולם החיים. כאשר התהליך נכשל, באקי קורא לדוקטור סטריינג', שמצליח להחזיר את סטארק להכרתו. אולם, הגיבוי אותו שמר סטארק למוחו היה לפני מאורעות מלחמת האזרחים, והוא אינו זוכר את מה שאירע לאחר מכן. כמו כן, הנזק המוחי שאירע לו גורם לו להיות שוב תלוי באנרגיית הכור הישנה שלו כדי לבצע מטלות פיזיות פשוטות שהוא כבר אינו יכול לבצע לבדו כנשימה, מיצמוץ ופעימות לב.
מצור, עידן הגיבורים.