ב-2003 אישרה הכנסת את חוק האזרחות והכניסה לישראל כחוק זמני שנועד למנוע כניסה והשתכנות של טרוריסטים מהגדה המערבית ומעזה. החוק אוסר מתן אזרחות על בסיס של איחוד משפחות לתושבים של הגדה המערבית, עזה, איראן, אפגניסטן, לבנון, לוב, סודאן, סוריה, עיראק, פקיסטן ותימן. החוק תקף כעיקרון באופן שווה על בני-הזוג הן של פלסטינים ישראלים והן של יהודים ישראלים, אולם לרוב משפיע רק על פלסטינים ישראלים ומהרשות הפלסטינית. החוק נועד להיות זמני, אולם מאז מחודש כל שנה.
שופט בית המשפט העליון מישאל חשין קבע כי "לאזרחים ישראלים אין את הזכות להביא אנשים מלאומים זרים לישראל... וזו הזכות, אפילו החובה, של המדינה, של כל מדינה, להגן על תושביה מאלו שרוצים להרע להם. מהחובה הזאת ניתן להסיק שהמדינה רשאית למנוע את ההגירה של אנשים ממדינות אויב אליה, אפילו אם הם בני הזוג של אזרחים ישראלים, בעודה נלחמת במדינותיהם מאבק מזוין".
החוק קיבל חיזוק לתוקפו לאחר שעמד במבחן בית המשפט העליון בהצבעה של שישה בעד וחמישה נגד. השופט העליון אהרון ברק, שהתנגד לחוק, הכריז כי "זו הפרת זכויות שמכוונת כלפי האזרחים הערבים של ישראל. כתוצאה מכך, החוק הוא הפרה של הזכות של האזרחים הערבים לשוויון". זהבה גלאון, ממקימות בצלם וחברת כנסת של מפלגת מרצ, אמרה כי "בית המשפט יכל להיות קצת יותר אמיץ ולא להוריד אותנו לרמה של מדינת אפרטהייד". החוק גם ספג ביקורת מאמנסטי וממשמר זכויות האדם. עד-2007 החוק חל רק על תושבי הגדה המערבית ועזה, ומ-2007 הורחב גם לאזרחי איראן, עיראק, סוריה ולבנון.
ב-2008, לאחר שהחוק הורחב לשנה נוספת, עמוס שוקן, מו"ל העיתון "הארץ", כתב במאמר עמדה כי החוק מפלה קשות ויוצר פער גדול בין הזכויות של ישראלים יהודים וישראלים ערבים, והקיום שלו הופך את ישראל למדינת אפרטהייד.
חינוך.
מערכות חינוך נפרדות ולא שוות היו חלק משמעותי מהאפרטהייד בדרום אפריקה, כחלק מתוכנית מכוונת להגביל את הילדים השחורים לעבודות פיזיות. קיום של הבדלים במערכת החינוך הישראלית בין זו הערבית לזו הממלכתית לא ניתן להכחשה, אף על פי שהבדלים אלו לא חמורים במידה שהיו ההבדלים בזו של דרום אפריקה, ולא ניתן בהכרח לייחס להם מגמה מכוונת מצד המדינה. הטענות העיקריות סבות סביב חוסר תקצובי לבתי-הספר הערביים, וטענה בדבר הפרדה שיוצרת סגרגציה ולא אוטונומיה, מאחר שבתי-הספר נשלטים בידי משרד החינוך ולא בידי רשות אוטונומית.
חוק זכויות התלמיד משנת 2000 אוסר על מחנכים לבסס אוסף זכויות וחובות שונה וכן סטנדרטים חינוכיים נפרדים לתלמידים על בסיס שיוך לדתות שונות. כמו כן, נאסר על מוסדות חינוכיים להפלות כנגד מיעוטים דתיים בקבלה למוסדות ובהדחה ממוסדות. כן נאסר על הפלייה בפיתוח תוכניות לימודים. בניגוד לדרום אפריקה תחת האפרטהייד, הלימודים בבית-הספר חינמיים וישנה חובה ללמוד עד סיום כיתה י"ב, וישנו שכר לימוד אוניברסלי לכל הסטודנטים בכל האוניברסיטאות.
מרבית בתי-הספר בישראל נפרדים לדוברי ערבית ועברית, וקיימים מספר בתי-ספר דו לשוניים. מערכת זו היא שארית מתקופת הממשל הצבאי, בה באמצעות איסור על האזרחים הפלסטינים של ישראל לצאת מתחומים מוגדרים, ובתוספת שיטת אזורי הרישום שהייתה נהוגה, נוצרה הפרדה בחינוך בין ערבים ליהודים. כל שמונה האוניברסיטאות של ישראל מלמדות בעברית, ואין אף אוניברסיטה ישראלית ערבית. דו"ח מדיני מ-1992 דיווח על כך שמושקע תקציב כפול לכל תלמיד יהודי לעומת תלמיד ערבי. כמו כן, דו"ח של משמר זכויות האדם מ-2004 דיווח על שיעור זכאות לבגרות של 66% בקרב תלמידים ערבים לעומת מקביליהם היהודים. ב-2007 החלה תוכנית של משרד החינוך הישראלי להשוואת גובה התקציב של בתי-הספר הממלכתיים והערבים.
חוק מרשם האוכלוסין.
כריס מקגריל השווה את חוק מרשם האוכלוסין הישראלי מ-1965 שמחייב את כל תושבי ישראל לדווח על לאומם, לחוק מרשם האוכלוסין מתקופת האפרטהייד בדרום אפריקה, שחילק את הדרום אפריקאים על פי הגדרות גזעיות במטרה לקבוע מי יגור היכן. על-פי מקגריל, הרישום בתעודת הזהות משפיע על היכן אנשים מורשים לגור, גישתם לתוכניות עזרה של משרד הרווחה ומשפיע על היחס של פקידים ושוטרים אליהם.
חוק הלאום.
שעבר ביולי 2018, מגביל את זכות ההגדרה העצמית ליהודים בלבד. החוק גם מרשה את ההקמה של סגרגציה בערים ויישובים על בסיס דתי ולאומי, דבר שהושווה לחוק "אזורי הקבוצות" מ-1950 שעבר בדרום אפריקה. חברי אופוזיציה ממספר מפלגות וכן פרשנים פוליטיים הזהירו שחוק זה יבסס או יחזק משטר אפרטהייד.
סוגיות בגדה המערבית וברצועת עזה.
בשנת 2003 , פרפסורית למדעי המדינה באוניברסיטת מסצ'וסטס, פרסמה מאמר בירחון בה הציגה היפותזה שיש להגדיר את מדיניות ישראל בשטחים הכבושים כאפרטהייד. היא טענה ש-"המשטר הצבאי בגדה המערבית וברצועת עזה מפקיע ומגדר אדמות פלסטיניות ומרשה לישראלים להתנחל בשטחים כבושים" היא הצביעה על כך שהמתנחלים ממשיכים להישלט בידי החוק הישראלי, וששיטה שונה של חוק צבאי הוקמה כדי להסדיר את העניינים האזרחיים, כלכליים וחוקיים ביחס לתושבים הפלסטינים. היא אמרה כי "רבים רואים במדיניות הישראלית של סיפוח קרקע אבל הפרדה חברתית, אפרטהייד, אף על פי שלא כך זה נקרא בחוק הישראלי".
תחת הרשות הפלסטינית.
פלסטינים החיים בגדה המערבית וברצועת עזה, אזורים שנכבשו בידי ישראל במלחמת ששת הימים ב-1967, ונחשבים לשטחים כבושים מבחינת החוק הישראלי ומבחינת החוק הבין־לאומי, נמצאים בחלקם תחת השלטון של הרשות הפלסטינית, החמאס והשלטון הצבאי הישראלי, ואינם אזרחים ישראלים.
הנשיא האמריקאי לשעבר ג'ימי קרטר הוציא ב-2006 ספר בשם "". קרטר הבהיר כי הוא מתכוון לקיומו של האפרטהייד בישראל אך ורק בהקשר לגדה המערבית ועזה, ולא בישראל עצמה ביחס לאזרחיה הערבים.
ב-2007, בזמן פרסומו של דו"ח מועצות זכויות האדם של האו"ם, פרופסור , שהיה ראש משלחת של מועצת האומות המאוחדות לזכויות אדם, אמר כי "החוקים הישראליים והפרקטיקה הישראלית בשטחים הפלסטינים הכבושים בהחלט דומים למאפיינים של אפרטהייד". דוגארד שאל "האם אפשר ברצינות להכחיש את הכוונה לבסס ולשמר שליטה של קבוצה גזעית אחת (יהודים ישראלים) על קבוצה גזעית אחרת (ערבים פלסטינים), ולדכא אותם באופן שיטתי?".
באוקטובר 2010, ריצ'רד פאלק דיווח לאספה הכללית של האו"ם כי "האופי של הכיבוש ב-2010 מצדיק את ההאשמות הקודמות בדבר קולוניאליזם ואפרטהייד יותר מאשר בעבר". פאלק המשיך ואמר כי זה הוא תהליך מתמשך, וככל שהזמן חולף, הפרת זכויות האדם של הפלסטינים הולכת ונהיית חמורה יותר ויותר.
אהוד ברק אמר ב-2010 (בעת ששימש כשר הביטחון, השר האחראי על מדיניות ישראל ביש"ע): "כל עוד בטריטוריה אשר מערבית לירדן יש ישות מדינית אחת שנקראת ישראל, היא תהיה או לא יהודית או לא דמוקרטית. אם למיליוני הפלסטינים האלו אין זכות הצבעה, זו מדינת אפרטהייד".
תחת הרשות הפלסטינית ושלטון החמאס בעזה.
בנובמבר 2014, היועץ המשפטי לממשלה לשעבר מיכאל בן יאיר ביקש מהאיגוד הכלכלי האירופי לתמוך בהקמה של מדינה פלסטינית, וטען שישראל ביססה משטר אפרטהייד בגדה המערבית. הוא הכריז כי הקשר ההיסטורי-לאומי של היהודים לארץ-ישראל לא צריך לבוא על חשבון לאום אחר, ותמך בדו-קיום. ב-2015, ראש המוסד לשעבר, מאיר דגן, טען שהמדיניות של ראש ממשלת ישראל בנימין נתניהו מובילה להפיכה של ישראל או למדינה דו-לאומית או למדינת אפרטהייד. דגן טען ספציפית כי מבצע עופרת יצוקה נכשל.
גדר ההפרדה בגדה המערבית.
ב-2003, שנה לאחר מבצע חומת מגן, בעקבות האינתיפדה השנייה ופיגועי ההתאבדות ממשלת ישראל הכריזה על פרויקט של הקמת "גדרות ומכשולים פיזיים אחרים" במטרה למנוע מתושבי הגדה המערבית להיכנס אל ישראל. מספר אישים, ביניהם מוחמד סארוואר, ג'ון פילגר ומוסטפא ברגותי, תיארו את החומה שהוקמה כתוצאה מהחלטה זו כ"חומת אפרטהייד".
תומכי הקמת גדר ההפרדה טוענים שהיא אחראית על ירידה של 90% במקרי הטרור בין 2002 ו-2005. מספר ישראלים השוו את תוכנית ההתנתקות למשטר האפרטהייד בדרום אפריקה. מירון בנבנשתי כתב כי ההתנתקות מעזה יצרה מודל של בנטוסטן לעזה. לדבריו של בנבנשתי, הכוונה של אריאל שרון להתנתק מעזה רק לאחר סיום בניית גדר ההפרדה מסביבה, וכן שמירה על כל גושי ההתנחלויות (בהתאם לדרישה של נתניהו), מתאימה לרעיון הבנטוסטנים. חומת ההפרדה יצרה שלושה גושי בנטוסטנים בגדה המערבית: ג'נין–שכם, בית-לחם–חברון ורמאללה.
בית המשפט הבין־לאומי לצדק פסק ב-2004 כי החומה אינה חוקית במקומות בהם היא נבנית מעבר לקו הירוק. הממשלה הישראלית לא הסכימה עם פסיקה זו והמשיכה לבנות את החומה גם מעבר לקו הירוק. למרות זאת, בית-המשפט העליון הישראלי פסק מספר פעמים לשינוי תוואי החומה, גם בעקבות לחץ של הפגנות בכפרים פלסטינים, כמו בלעין. למרות זאת, בית המשפט העליון פסק כי אכן החומה נועדה למטרות הגנה והתוואי שלה מבוסס על שיקולי ביטחון.
קרקע.