בספטמבר 1812 תקפה האוגדה בראשות ג'ונסון את פורט ויין. לאחר הצלחת הקרב שבה האוגדה לקנטקי ופורקה. בשובו לקונגרס הגה ג'ונסון תוכנית פעולה לנטרול כוחות הגרילה החמושים של האינדיאנים. במרכז תוכניתו היו תקיפות מהירות בתקופת החורף על נקודות יישוב אינדיאניות, כך שלמותקפים לא יינתן זמן תגובה מספק ועונת החורף תמנע מהם יכולת הצטיידות מחודשת. תוכניתו אושרה עקרונית על ידי הנשיא ג'יימס מדיסון והמזכיר לענייני מלחמה ג'ון ארמסטרונג, אך ביצועה נדחה לקיץ 1813 עקב התנגדותו של הריסון לניהול קרבות בעונת החורף.
ג'ונסון עזב את וושינגטון הבירה בסמוך לסיום מושב הקונגרס. הוא גייס כאלף איש ודאג לאמנם ולציידם בנשק, כמו גם דאגתו להמצאות נפחים, כלי נשק, ורופאים בין אנשיו. במהלך תקופה זו שונתה תוכניתו וקבעה שבכל עת שחברי המיליציה ייתקלו באויב, עליהם לבצרו במקום ולתפוס מחסה, בעת שחבריהם יצטרפו אליהם לשמע קולות המלחמה והיריות. בין החודשים מאי לספטמבר הוא עבר עם אנשיו ברחבי צפון מערב המדינה כשהם שורפים מקומות יישוב אינדיאנים, מפרקים קבוצות לוחמים מנשקן והורגים בלוחמיהם.
בספטמבר הוביל אוליבר פרי לניצחון על הצי הבריטי שהיה מצוי בימת אירי. הצבא הבריטי, בהנהגת הגנרל הנרי פרוקטר, היה נתון בסכנת ניתוק משטח קנדה ואספקתו אזלה במהלך הקרבות. עקב כך החל הצבא הבריטי לנוע בכיוון צפון מזרח, כאשר אחריו דולקים כוחות בהנהגת הריסון. כוחותיו של ג'ונסון נותרו במקומם על מנת להשגיח על פעולות האינדיאנים שנמצאו תחת מצור, בעוד אינדיאנים בהנהגת טקומסה עסקו באזור על מנת לעכב את התקדמות הצבא האמריקני.
בעת שג'ונסון נקרא לקיים פשיטה על שטחי קקסקיה, כוחותיו נתקלו בקבוצת אינדיאנים מטעמו של טקומסה וניהלו עמם קרבות. אלו הסתיימו בניצחון ב-29 בספטמבר והאספקה שנבזזה על ידי ג'ונסון בקקסקיה הגיעה אל הכוחות בהנהגת פרוקטר ב-3 באוקטובר. כעבור יומיים התנהל הקרב על התמזה בין הכוחות האמריקנים לבין טקומסה ואנשיו. הקרב החל בהתקפה של ג'ונסון ואנשיו, בעוד כוח של 500 איש בהנהגת אחיו ג'יימס עיכבו את הכוחות הבריטיים (כ-800 איש) מלהגיב. הכוחות הנותרים, מצומצמים בגודלם, הם שתקפו את הכוח האינדיאני (כ-1,500 איש) בראשות טקומסה. באותה עת, בקרבות שניהל אחיו, נהרגו כשלושה רבעים מהכוחות הבריטיים. הלחימה מול האינדיאנים הצריכה קרבות קשים יותר, כאשר ג'ונסון הורה על משלוח כ-20 איש מטעמו למשוך את האש לכיוונם ולאפשר התקפה מטעם כוחותיו בעת שהאינדיאנים מצטיידים להמשך המתקפה.
מיקום הקרבות בסמוך לאדמת ביצות לא אפשרה את קיום תוכניתו של ג'ונסון והקרב עוכב בהוראתו עד להגעת תגבורת. בהיעדר זמן המתנה נוסף הוא הורה לבסוף על קיום המתקפה למרות תנאי השטח הקשים. טקומסה נהרג בקרבות ומותו יוחס מאוחר יותר כמעשה ידיו של ג'ונסון עצמו (ייחוס שנתמך על ידי עדויות מטעם האינדיאנים, בהיותו בין הבודדים הרכובים על סוס, כהגדרתם את האחראי למותו של טקומסה). תיאורים נוספים מהקרב מטיבים עם ג'ונסון באמרם, לאחר שבמהלך הקרבות הוא ספג ארבע פגיעות שונות, שצ'יף אינדיאני שהסתער לכיוונו וירה בכתפו נהרג על ידיו ביריית אקדח יחידה. עדויות כתובות מאותה עת אישרו שגופתו של טקומסה נמצאה לצד כובעו של ג'ונסון ומותו נגרם מסוג תחמושת זהה לזו שבה עשה ג'ונסון שימוש, כמו גם זווית היריות שהביאו למותו שנגרמו ככל הנראה על ידי לוחם רכוב על סוס.
בתום הדו-קרב עם טקומסה איבד ג'ונסון את הכרתו וחולץ מהמקום. הוא עצמו סבל מחמש פציעות, בעוד עשרים קליעים נוספים פגעו בסוסו ובציודו האישי. קרב זה סימל את סיום הלחימה בצפון מזרח, לאחר שהריסון הורה על נסיגתו עקב מחסור בציוד. ג'ונסון החלים, למעט יד פגועה, והשתקם לאורך תקופה.
המשך פעילותו בבית הנבחרים.
באוגוסט 1814 תקפו כוחות בריטים את הבית הלבן. המפלגה הפדרליסטית הציעה בתגובה את העברת בירת המדינה מוושינגטון אל קולומביה שבקנטקי. על אף דחיית ההצעה, הוקמה בקונגרס ועדה לבחינת התכנות מצב חירום בבירה. ג'ונסון עמד בראש ועדה זו.
הלחימה בבריטים נמשכה באותה עת, אך הסתיימה עוד בטרם ג'ונסון מימש את כוונתו לשוב לקנטקי ולהקים כוח צבאי נוסף. כחבר בית הנבחרים הוקדשה עבודתו להבטחת תגמולים לאלמנות וליתומים ולשיפור תשתיות במערב.
ג'ונסון היה בין יוזמי חוק התגמולים שהונח בפני הקונגרס בשנת 1816. החוק הוצע במטרה לייעל את פעולות הרשות המחוקקת ולשנות את מערך התגמולים על בסיס ימי השתתפות בדיוני הקונגרס למערכת שכר בסיסית ($1500) שממנה יגרע שכר מחברי הקונגרס שיעדרו מדיוניו. בדברי ההסבר שלו לחוק טען ג'ונסון ששכרם של חברי הקונגרס לא עודכן ב-27 השנים שקדמו לו והסכום המוצע אינו גבוה מהסכומים המקובלים בשירות המדינה. הצעת החוק אושרה במהירות בבית הנבחרים ובסנאט ונחקקה ב-19 במרץ 1816. כניסתו המיידית לתוקף הביאה לתרעומת ציבורית בארצות הברית, ואכן החוק בוטל לאחר שנבחר קונגרס חדש ובמקומו אושרה העלאה במשכורת החברים.
בשנת 1817 עמד ג'ונסון בראש ועדת בית הנבחרים לחקירת הוצאתם להורג של שני חיילים בריטים על ידי אנדרו ג'קסון, במהלך המלחמה הסמינולית הראשונה. בתפקידו זה הוא ניסח את מסקנות הוועדה באופן שיטיב עם ג'קסון, שהוא נמנה בין תומכיו, ופעל נגד דעת הרוב בוועדה. באותה שנה שקל הנשיא ג'יימס מונרו למנותו לתפקיד המזכיר לענייני מלחמה, אך לבסוף מונה ג'ון קלהון לתפקיד. ג'ונסון נותר בתפקידו בבית הנבחרים ושימש יו"ר הוועדה לתקציב מחלקת המלחמה. בין פעולותיו בתפקיד זה היה אישור תקציב בנייתו של מוצב צבאי בדקוטה הצפונית על גדות נהר ילוסטון. בנייה זו בוצעה על ידי אחיו, ג'יימס, והמוצב שימש את המשלחת לחקר האזור שכשלה במשימותיה, אך ג'ונסון לא נפגע מהחלטתו זו.
כהונתו בסנאט.
בשנת 1818 הוצע ג'ונסון על ידי בית הנבחרים של קנטקי כמועמד לכהונה בסנאט של ארצות הברית. ג'ונסון עצמו לא הכריז על מועמדותו, אך בבחירות שערך בית הנבחרים הועלה שמו להצבעה והוא הפסיד ב-12 קולות למועמד ויליאם לוגאן. בשנת 1820 הועלו שמועות על התמודדותו למשרת מושל קנטקי.
כהונתו של ג'ונסון בבית הנבחרים של ארצות הברית הסתיימה במרץ 1819. בחודש אוגוסט הוא החל לכהן פעם נוספת כחבר בית הנבחרים של קנטקי, אך התפטר בדצמבר בעקבות מינויו לסנאט כמחליף של הסנאטור המתפטר ג'ון קריטנדן. כהונתו בסנאט נמשכה עד ל-1829, בעקבות התמודדולתו המוצלחת לכהונה נוספת במערכת הבחירות של 1823.
ג'ונסון יזם בשנת 1821 את הצעת החוק להקמת אוניברסיטת ג'ורג' וושינגטון בוושינגטון הבירה. בעקבות האינפלציה שנגרמה לאחר המלחמה והשפל הכלכלי שאירע בעקבותיה ב-1819, היה ג'ונסון בין הדוחפים לחקיקה בנושא פיחות חובות ומתן הקלות לפושטי רגל. יוזמתו לאיסור מעצרם של בעלי חובות לוותה על ידיו במשך עשר שנים, לאחר שהנושא הוצג על ידיו לראשונה ב-1822 ונפל מסיבות שונות הן בפעם הראשונה להנחתו והן ב-1824 וב-1828, שנה טרם סיום כהונתו. יוזמתו זו צלחה רק בשנת 1832, במהלך כהונתו כחבר בית הנבחרים של ארצות הברית ובהיותו יו"ר ועדה שהוקמה לצורך בחינת הנושא, בתמיכת הנשיא אנדרו ג'קסון.
יוזמות נוספות מטעמו של ג'ונסון כללו מימון משלחת לחקר פנים כדור הארץ (זו הוצגה ב-1823 וכשלה), וכן הקמתה בשנת 1825 של אקדמיית צ'וקטאו לחינוך אינדיאנים. הקמת האקדמיה על שטחו הפרטי בקנטקי לוותה בביקורת אתית מצד חבריו לסנאט.
החל בשנת 1825 עמד ג'ונסון בראש ועדת הקונגרס לענייני דואר. דרישת הציבור למניעת הובלת דואר בימי ראשון בשבוע, שהוא יום המנוחה בנצרות, הובילו אותו לפרסום דו"ח ובו קביעה כי "הממשלה היא רשות אזרחית ואיננה מוסד דתי" ועל כן אינה יכולה לחוקק חקיקה דתית. פרסום הדו"ח זכה לתשבחות רבות, אך ג'ונסון עצמו לא חמק מביקורת על שקשריו עם אישים שעוסקים בחלוקת דואר השפיעו על החלטתו.
בשנת 1829 הפסיד ג'ונסון במועמדותו לכהונה נוספת בסנאט, בין היתר עקב מערכת יחסיו עם ג'וליה צ'ין שהייתה שפחתו.
כהונתו השנייה בבית הנבחרים.
בשנים 1829–1837 כיהן ג'ונסון פעם נוספת כנציג קנטקי בבית הנבחרים של ארצות הברית. כהונתו כיו"ר ועדת הקונגרס לענייני דואר נמשכה עד ל-1833 ובמהלך שנים אלו הוא נדרש שוב לשאלת חלוקת הדואר בימי ראשון, שהניבה בשנת 1830 דו"ח דומה בעיקרו למסמכו הראשון. נוסף לתפקיד זה הוא כיהן בין השנים 1831 - 1837 כיו"ר הוועדה לענייני הצבא ובשנים 1830–1832 בראשות ועדה לבחינת פיחות חובות.
ג'ונסון היה מועמד בעל תמיכה רחבה במפלגתו למשרת נשיא ארצות הברית בשנת 1832, אך לאחר שהנשיא ג'קסון הצהיר על כוונתו להתמודד לכהונה שנייה פרש ג'ונסון מהמרוץ. בעקבות החלטתו זו נעשו צעדים מטעמו להצטרף אל ג'קסון ולהתמודד עמו כמועמד למשרת סגן נשיא ארצות הברית, אך אלו לא נשאו פרי והוא היה השלישי במניין הקולות בבחירות לתפקיד שערכה המפלגה הדמוקרטית. לאחר מערכת בחירות זו הוא פעל לחזק את מעמדו כדי להתמודד בבחירות לנשיאות ב-1836. בכירים במפלגה הביעו בו תמיכה ובשנת 1833 הוצא לראשונה ספר המתאר את תולדות חייו, ובקנטקי נכתבו מחזה ושיר אודות גבורתו במלחמה. לאחר שנודעה ברבים תמיכתו של הנשיא ג'קסון במרטין ואן ביורן כיורשו בתפקיד, הביע ג'ונסון תמיכה בוון-ביורן ופעל לקדם את מועמדותו לסגנות. ג'קסון הביע תמיכה בצעד זה, בין היתר כגורם מאזן לוון-ביורן נטול הניסיון הצבאי.