כך שב-22 באוגוסט 1958 הכריז ציראנאנה על עצמו ראש הממשלה הרשמי של מדגסקר (יו"ר מועצת הממשל).
קידום הקהיליה הפרנקו-אפריקאית.
בשלב זה המנהיג המלגשי שאף יותר לאוטונומיה פנימית מחוזקת מאשר לעצמאות. לאומנותו הייתה אכן מתונה מאוד:
"אנו סבורים שמוטב שעצמאותנו תוכן כראוי, מפני ש עצמאות מדינית טרם העת תוביל אותנו לתלות הכי אכזרית שיכולה להיות, התלות הכלכלית. אנו ממשיכים לבטוח בצרפת וסומכים על התבונה הצרפתית שתמצא, בבוא הרגע המתאים, נוסחה בסגנון חבר העמים הבריטי. זאת מפני שאנחנו המלגשים, איינו רוצים להיפרד לעולם מצרפת. אנחנו בני תרבות צרפתית ונישאר צרפתים".
דה גול, הנשיא הצרפתי החדש, התכוון לספק את תביעות המושבות לחופש, שוויון ואוטונומיה, והחליט לשים קץ לאיחוד הצרפתי. על מנת להחליפו בארגון מסוג אחר, פנה ב-23 ביולי 1958 ולעד יועצים שבו נכללו כמה מהמנהיגים האפריקאים והמלגשים.
במסגרת ועד זה נידונו טבע היחסים שין צרפת ובין מושבותיה לשעבר. המנהיג מקוט ד'איבואר,
פליקס הופואה-בואני הציע "פדרציה", הסנגלי לאופולד סדאר סנגור היה בעד "קונפדרציה". לבסוף נבחר הפתרון של "קהיליה" שיזם ציראנאנה, בהשראת אחד ממחברי החוקה של הרפובליקה הצרפתית החמישית, רֶמון ז'אנו.
במשאל-העם מ-28 בספטמבר 1958 באופן טבעי ניהל ציראנאנה בצורה פעילה את המערכה למען ה"כן", לצידו של האיחוד של הדמוקרטים הסוציאליים של מדגסקר UDSM שבראשותו של הסנטור נורבר זאפימהובה, במטרת הצטרפות האי לקהיליה הצרפתית בהתאם לחוקת 1958 של צרפת.
המאבק הנגדי, למען "לא" נוהל בעיקר על ידי איחוד האוכלוסיות המלגשיות UPM. ה"כן" זכה ב-1,361,801 קולות לעומת 391,166 קולות "לא". תמורת מהלך זה, קיבל ציראנאנה מהגנרל דה גול את ההבטחה שיבוטל חוק הסיפוח משנת 1896 ומדגסקר תוכל להיות רפובליקה חופשית בהמסגרת הקהיליה.
אכן, ב-14 באוקטובר 1958 בקונגרס היועצים המחוזיים הוכרזה הרפובליקה האוטונומית המלגשית עם פיליבר ציראנאנה כראש ממשלה זמני. למחרת בוטל התוקף של חוק הסיפוח משנת 1896.
הקמת המוסדות האוטונומיים המלגשים.
התמרונים הפוליטיים נגד האופוזיציה.
ב-16 באוקטובר 1958 בחר הקונגרס, לפי מפתח רשימות מז'וריטריות בכל מחוז, אספה לאומית חוקתית המורכבת מ90 צירים. שיטת בחירות זו איפשרה למפלגה הסוציאל-דמוקרטית PSD ולבת בריתה UDSM למנוע כל נוכחות של מתנגדי ה"כן" באספה. נורבר זאפימהובה נבחר ליושב ראש האספה.
בתגובה להקרמת האספה, הארגונים האופוזיציוניים - UPM, FNM ואיגוד ידידי האיכרים התאחדו ב-19 באוקטובר והקימו את מפלגת הקונגרס למען עצמאות מדגסקר" (AKFM). בראש המפלגה החדשה, בעלת אוריינטציה מרקסיסטית, עמד הפסטור רישאר אנדריאמנג'אטו.
ציראנאנה מיהר להקים במחוזות ממסד שיאפשר בלימת האופוזיציה.
קודם כל מינה מזכירי מדינה בכל המחוזות. בהמשך, ב-27 בינואר 1959 פיזר את מועצת העיר דייגו סוארז שנשלט על ידי האופוזיציה המרקסיסטית. לאחר מכן, החוק מ-27 בפברואר 1959 הגדיר עבירה של פגיעה בכבוד המוסדות הלאומיים והקהיליתיים", מה שנתן לו כלים להעניש כלי תקשורת מסוימים.
הבחירות לנשיאות הרפובליקה המלגשית.
ב-29 באפריל 1959 האספה החוקתית אישרה את החוקה שחוברה על ידי הממשלה. היא קיבלה השראה מחוקת הרפובליקה החמישית בצרפת, אך שמרה על כמה אפיונים עצמאיים.
ראש המדינה היה גם ראש הממשלה ובידיו כל הכוח המבצע. לסגן ראש הממשלה היה תפקיד שולי. הפרלמנט הורכב משני בתים, חידוש לעומת מדינות אחרות באפריקה הפרנקופונית.
בנוסף, המחוזות, שבכל אחד מהם הייתה קיימת מועצה מחוזית, נהנו מאוטונומיה מסוימת. בסופו של דבר, ניתן היה להגדיר את המשטר כנשיאותי מתון.
ב-1 במאי 1959 במסגרת קולגיום שכלל את היועצים המחוזיים ונציגי היישובים, הפרלמנט בחר בנשיא הרפובליקה המלגשית. היו ארבעה מועמדים: פיליבר ציראנאנה, בזיל ראזאפינדראקוטו, פרוספר רג'ולסון ומוריס קירמר. בסוף -נבחר ציראנאנה בפה אחד - 113 קולות בעד וקול אחד נמנע.
ב-24 ביולי 1959 הגנרל דה גול מינה ארבה מנהיגים אפריקאים, וציראנאנה ביניהם, לשרים-יועצים של הממשלה הצרפתית בעיניני הקהיליה הצרפתית. ציראנאנה ניצל את התפקיד החדש כדי לבקש את הגשמת העצמאות המלאה בשביל ארצו. דה גול נתן את הסכמתו ובפברואר 1960 משלחת מלגשית בראשות אנדרה רזאמפה נסעה לפריז כדי לשאת ולתת על העברת הסמכויות.
ציראנאנה עמד על כך שכל הארגונים המלגשים יהיו מיוצגים במשלחת, פרט ל-AKFM.
ב-2 באפריל 1960 בהוטל מטיניון ההסכמים הצרפתיים-מלגשים נחתמו על ידי הנשיא ציראנאנה וראש הממשלה הצרפתי מישל דברה. הפרלמנט המלגשי אישר פה אחד את ההסכמים ב-14 ביוני וב-26 ביוני 1960 מדגסקר זכתה בעצמאותה.
בראש הרפובליקה המלגשית העצמאית.
שבע "שנות החסד".
כנשיא, שאף ציראנאנה להגיש את האחדות הלאומית באמצעות מדיניות מבוססת על יציבות ומתינות.
כדי לחזק את הלגיטימציה של מעמדו כ"אבי העצמאות", ב-20 ביולי 1960 החזיר למדינה את שלושת המנהיגים שהוגלו לצרפת בעקבות המרד ב-1947:ז'וזף ראוואהנדזי, ז'וזף ראזטה וז'אק רבמנאנג'רה (Jacques Rabemananjara). החלטה זו עוררה הדים גדולים באי ברמה עממית ופוליטית.
ציראנאנה הציע ל"גיבורי שנת 1947" האלה להיכנס לממשלתו השנייה ב-10 באוקטובר 1960.
ז'וזף ראוואהנז'י קיבל את משרד הבריאות וז'אק ראבמנאנג'ארה - את משרד הכלכלה.
לעומת זאת ז'וזף ראזטה דחה את ההצעה והצטרף לAKFM.
חסיד של דמוקרטיה מוגבלת.
ציראנאנה נהג להכריז תכופות את דבקותו לגוש המערבי:
"אנחנו משתלבים בהחלט בעולם המערבי, מפני שהוא העולם החופשי, ומפני ששאיפתנו העזה ביותר היא לחירות האדם ולחירות העמים".
ואכן לרפובליקה של ציראנאנה היו אפיונים רבים ההולמים דמוקרטיות, כגון עיתונות חופשית שעוררה באופן מתמיד דיונים על ענייני דיומא, מערכת משפט עצמאית ושמירת זכויות האדם.
החוקה משנת 1959 קידשה את הפלורליזם ואת העקרונות הגדולים של הדמוקרטיה הליברלית.
ציראנאנה התנגד לכל אורך נשיאותו להנהגת משטר חד-מפלגתי, להבדיל ממנהיגי רוב הארצות האפריקאיות האחרות.
"מפלגה יחידה מובילה תמיד לדיקטטורה" טען. "אנחנו, PSD, כפי שמציין שם מפלגתנו, הננו סוציאל-דמוקרטים ומתנגדים למפלגה כזאת. יכולנו בנקל לכונן אותה בארצנו, אך אנו מעדיפים שתתקיים אופוזיציה".
מוסדות רבים במדינה מילאו גם תפקיד אופוזיציוני. לדוגמה, הכנסיות הפרוטסטנטיות והכנסייה הקתולית שהשפעתן בקרב האוכלוסייה הייתה רבה. כמו כן האיגודים המקצועיים, איגודי הנשים והאגודות של הסטודנטים היו פעילות מאוד המרכזים העירוניים ויכלו להתבטא בחופשיות.
עם זאת, הדמוקרטיה תחת נשיאותו של ציראנאנה ידעה גם מגבלות רבות, בעיקר רחוק מהערים הגדולות, שם היו נעשים מניפולציות וזיופים בבחירות.
מניפולציות פוליטיות ברמה מוניציפלית.
באוקטובר 1959 בבחירות המוניציפליות, מפלגת האופוזיציה העיקרית AKFM זכתב רק בעיר הבירה טננריבה, שבה נבחר לראש העיר הפסטור רישאר אנדריאמנז'אטו, בעיר דייגו-סוארז, שבה נבחר בפוליטיקאי יליד ראוניון, פרנסיס סוטרון.
MONIMA, התנועה הלאומית לעצמאות מדגסקר, זכתה גם היא בעיר טוליאר, שבה נבחר לראש העיר מונז'ה ז'אונה, ובעיריית אנציראבה, שבה נבחר אמיל ראסאקאיזה.
ממשלת ציראנאנה הצליחה באמצעות מניפולציות פוליטיות להשתלט זו אחר זו על כל העיריות הללו.
קודם כל, על ידי הצו מס. 60.085 מ 24 באוגוסט 1960 החליטה כי "מהיום הלאה ניהול העיר טננריבה יוטל על פקיד ממונה על ידי שר הפנים ושישא את השם "ממונה כללי" (Délégué général). כך הממשלה רוקנה מתוכן את תפקיד ראש העיר אנדריאמנג'אטו.
לאחר מכן, ב-1 במרץ 1961 הנשיא אילץ את מונג'ה ג'ואנה להתפטר מתפקידו כראש העיר טוליאר.
חוק נוסף מ-15 ביולי 1963 שאסר על אזרחים צרפתים למלא את התפקידים של ראש עיר וסגן ראש עיר, מנע מפרנסיס סוטרון להציג מחדש את מועמדותו לראשות העיר דייגו-סוארז בדצמבר 1964.
כשבעקבות אותן הבחירות מדצמבר 1964- באנציראבה מפלגות האופוזיציה AKFM ו Monima הצליחו להרכיב קואליציה עם רוב של 22 מושבים מתוך 36, המנהיג המקומי של AKFM בלז ראקוטומאבו נבחר לראש העיר. אולם כעבור חדשים ספורים, שר הפנים, אנדרה רזאמפה פיזר את המועצה בתירוץ שהעיר אינה ניתנת לניהול.
בשנת 1965 התקיימו בעיר בחירות חוזרות זבהן המפלגה הסוציאל-דמוקרטית זכתה ברוב.
תרגילים אלקטורליים גם בבחירות לפרלמנט.
כשב-4 בספטמבר 1960 המלגשים התייצבו לבחור בנציגיהם לפרלמנט, הממשלה קבעה שיטת בחירות על בסיס מז'וריטרי, מה שהבטיח ניצחון למפלגה הסוציאל-דמוקרטית השלטת בכל האזורים ובמיוחד במג'ונגה ובטוליאר.
לעומת זאת בעיר הבירה, טננריבה, מבצר של מפלגת AKFM, הבחירות התנהלו לפי השיטה הפרופורציונלית.
כך התאפשר ל-PSD עם 27,911 קולות בבירה, לשלוח לפרלמנט שני נציגים, בעוד מפלגת AKFM עם 36,271, שלחה רק שלושה נציגים, אחד מהם ז'וזף ראזטה.
בסוף הבירות הארציות PSD קיבלה 75 מושבים, בני בריתה - 29, בעוד AKFM - רק 3. רשימות של 13 המפלגות המקומיות הקטנות, המאוגדות ב"כוח השלישי" ושהשיגו 30% מהקולות, לא השיגו אף מושב בפרלמנט.
באוקטובר 1962 התקיים מה שנקרא "הקולוקוויום" באנציראבה, שבו המליץ ציראנאנה לצמצם את מספר המפלגות הפוליטיות, אז 33 במספרן. בהמשך מפלגתו יוצגה באספה הלאומית על ידי 104 חברים ובזירה הפוליטית במדגסקר התחוללה הקצנה של הקיטוב הבלתי שיוויני. מחד - המפלגה השלטת - PSD, ומאידך - מפלגת העצמאות AKFM בעלת אוריינטציה מרקסיסטית ופרו-סובייטית. שאר המפלגות - בהן MONIMA שבראשות המנהיג הלאומן השמאלני מונג'ה ג'אונה, שפעלה בתקיפות למען האינטרסים של הדרום העני, כמעט שלא זכו להדים בדעת הקהל.