לאחר שקיבל בחזרה את ביברס הציע אותו סוחר העבדים לנסיך האיובי של חמה. אמו של הנסיך הצעיר שכנעה אותו שלא לרכוש את ביברס בשל הכתם בעינו, בטענה שהדבר משווה לו חזות מרושעת. לבסוף נמכר ביברס לעלאא א־דין אידכין א־צאלחי אל־בנדקדאר, שהיה אחד מאמיריו של א־צאלח איוב שהוגלה על ידי אדונו לחמה. זמן מה אחר כך, החזיר א־צאלח איוב את אידכין מגלותו אך כתוצאה מפרשה נוספת בה היה מעורב אמיר זה, שב אדונו הסולטאן והגלה אותו, ובשנת 1246 כלא אותו והחרים את כל רכושו. את ביברס צירף א־צאלח איוב לשורות הממלוכים שלו, והציב אותו בגדוד הממלוכים הבחריים.
קרב מנצורה.
בקרב מנצורה, ב־8 בפברואר 1250, היה ביברס אמון על הגנת העיר מנצורה כמפקד גדוד הממלוכים הבחריים. לאחר שמפקד הצבא הממלוכי פאח'ר א־דין נהרג בהתקפת פתע של הצלבנים, נטל ביברס את הפיקוד לידיו. הוא גרר את הצלבנים למלכודת בסמטאות העיר, שם נהרגו מרבית התוקפים, ומיד אחרי כן יצא להתקפת נגד על מוצבי הצלבנים מחוץ לעיר, כשבקושי רב עלה ביד הצלבנים להחזיק בעמדותיהם. הגם שהקרב נסתיים ב"ניצחון פירוס" צלבני, תוצאותיו נחשבות בין הגורמים לתבוסת הצבא הצלבני בקרב פארסכור כחודשיים אחר כך, קרב שגם בו מציינים חוקרים את חלקו של ביברס בלחימה. במערכה זו המלך הצרפתי נפל בשבי הממלוכים, ושוחרר רק לאחר תשלום כופר נפש גדול.
קץ שלטון השושלת האיובית במצרים.
הסולטאן אל־צאלח איוב מת ב־20 (או ב־21) בנובמבר 1249, ומותו נשמר בסוד על ידי אשתו שג'ר אל־דור ופאח'ר אל־דין, עד לבואו של בנו ויורשו תוראן שאה בסוף פברואר 1250, מעט לפני קרב פארסכור. תוראן שאה ניסה למנות את אנשיו לתפקידי מפתח, תוך כדי דחיקת רגלי הממלוכים של אביו מעמדותיהם. עקב כך פרץ מרד, במהלכו נרצח תוראן שאה ב־2 במאי. לפי אל מקריזי 'ביברס אל־בונדקדארי הכה בו ראשון עם חרב, הסולטאן הסיט את המכה עם ידו איבד את אצבעותיו וברח אל המגדל', מגדל שהועלה באש ובו תוראן שאה מצא מותו.
רצח תוראן שאה סימן את סוף עידן האיובים במצרים, ותחילת עידן השושלת הממלוכית. תחילה מינו הממלוכים את שג'ר אל־ דור לסולטאנית, אך לאחר זמן השיאו אותה הממלוכים לעז אל־דין אייבכ אל־תורכמני, ומינוהו לסולטאן (בניסיון להפיס את דעת האיובים אשר בסוריה, מינו הממלוכים בנוסף כשליט שותף גם את הילד אל־אשרף מוסא בן השש, צאצא למשפחת האיובים מתימן; בשנת 1254 הדיחוהו מכסאו).
ביברס היה באותה עת מקורבו של האמיר פארס אל־דין אקטאי, שמונה למפקד הצבא הממלוכי. אולם אייבכ ראה באקטאי כוח עולה העשוי לאיים על שלטונו, לכן הזמינו לארמונו ושם כרת את ראשו, אותו זרק אל שאר האמירים שהמתינו למטה. חבריו של אקטאי שהבינו לאן נוטה הרוח, נסו על נפשם. חלקם לסוריה, שם קיבלו מקלט אצל הסולטאן האיובי אל־נאצר יוסף. ביברס עצמו נמלט למבצר כרכ שתחת חסותו של הסולטאן אל־מוג'ית. באותו מקום נרקמו בריתות קונספירטיביות שונות על ידי איובים ביחד עם ממלוכים בחריים, בניסיון לבצע הפיכה ולהדיח את אייבכ מן הסולטנות, אך ללא הצלחה (לאחר שנים ישיב ביברס רעה תחת טובה למצילו!).
אייבכ נרצח בסופו של דבר בידי אשתו, שג'ר אל־ דור ובמקומו התמנה קוטוז (שהיה ממלוכ של אייבכ) לעוצר של בן הסולטאן המנוח. כיון שהחשש מפני האיום מונגולי הפך לממשי, בעיקר לאחר כיבוש סוריה ודמשק בסוף 1259/תחילת 1260, נתמנה קוטוז לסולטאן. צעדו הראשון היה להתפייס עם הממלוכים הבחרים הגולים ולהזמינם לשוב למצרים. ביברס יצא לעזה, כמפקד חיל החלוץ של צבא הסולטנות. בקרב עין ג'אלות, שנערך ליד מעיין חרוד, הביסו הממלוכים בראשות ביברס את חיל החלוץ המונגולי, ועצרו בכך את התפשטותם.
קרב עין ג'אלות מציין את תחילת שלטון הממלוכים בסוריה ובארץ ישראל. ביברס, כאחד מגבורי הניצחון, דרש לקבל לידיו את העיר חלב שבסוריה. תחילה נטה קוטוז להסכים – אך חזר בו, כנראה מחשש שמא ביברס ישתמש בחלב כקרש קפיצה להפיכה עתידית נגדו. חשש זה הגביר מאוד את האיבה שהייתה קיימת בין קוטוז לביברס, על רקע רצח אקטאי שנים קודם לכן. ב־24 באוקטובר 1260, במהלך מסע ציד, רצח ביברס את קוטוז (הדעות חלוקות אם ביברס היה שותף פעיל ברצח, או רק תכננו), ועלה על כס הסולטאן.
שלטונו של ביברס.
ביברס ראה עצמו כממשיך דרכו של צלאח א־דין, ושאף לסלק את הצלבנים מהמרחב. לשם כך שיקם את המצודות בסוריה, ובהן את קלעת נמרוד, והקים צבא גדול. הוא איחד את מצרים וסוריה (שכללה את ארץ ישראל) למדינה אחת, ולחם בהצלחה נגד המונגולים (בשטחי עיראק/איראן של ימינו) ובמקביל נגד הצלבנים. ב־1261 מינה ביברס צאצא של הח'ליפים משושלת בית עבאס לח'ליף בקהיר. אולם הח'ליף היה שליט רק לפי התואר, וכל הכוח השלטוני היה בידי הסולטאן ביברס.
במשך כל ימי שלטונו נלחם ביברס במדינות הצלבנים, וזכה בניצחונות רבים. ב־1263 צר על עכו שהייתה אז בירת שרידי ממלכת ירושלים אך לא יכול לה. ב־1265 נלחם ביברס בממלכת ארמניה וכבש ערים רבות (בהן הבירה סיס) ולקח 40,000 שבויים. באותה שנה כבש ביברס גם את אפולוניה מידי האבירים ההוספיטלרים, ואף את הערים הנוצריות עתלית וחיפה. ב־1266 כבש צבאו של ביברס את מצודת צפת מידי האבירים הטמפלרים. ב־1268 כבש את יפו ללא התנגדות ואת העיר אנטיוכיה שבסוריה, בירת הנסיכות באותו שם, שאותה הרס והרג או הגלה את רוב תושביה. ב־1270 הוא כבש את אשקלון ואף אותה החריב. גם את קלעת ג'דין כבש והחריב. ב־1271 כבש ביברס את קסטל אימברט, מבצר צלבני שנמצא באכזיב. באותה שנה כבש גם את מבצר קראק דה שבלייה במערב סוריה, שבו השתמש בהמשך מלחמתו בצלבנים. בעקבות כיבוש אנטיוכיה התארגן באירופה מסע הצלב התשיעי בראשות אדוארד הראשון מלך אנגליה. ביברס חתם על שביתת נשק עם אדוארד, אך בד בבד ניסה לרצחו באמצעות כת החשישיון. בין השנים 1271 ו־1273 לכד ביברס את רוב מעוזיה של כת החשישיון והרג רבים מהם. ב־1265 כבש ביברס והחריב את קיסריה, חורבן שקיסריה לא השתקמה ממנו יותר. בהמשך נלחם ביברבס בסלג'וקים על אדמת אנטוליה. הוא ניהל במשך רוב שנות שלטונו מלחמה קרה מול המונגולים, שהסלימה לעיתים לקרבות מוגבלים בהיקפם. הקרב החשוב ביותר שנערך בתקופת שלטונו היה קרב אבולוסטיין, שנסתיים בניצחונם המכריע של הממלוכים.
ב־1 ביולי 1277 מת ביברס בדמשק ונקבר שם; נסיבות מותו אינן ברורות. רוב המקורות מסכימים כי ביברס לגם מכוס רעל שלא נועדה לו; יש הסבורים כי ביברס עצמו רקח את הרעל שבו תכנן להרעיל אחד מן הנסיכים הכפופים לו, לאחר שתחזית אסטרולוגית ניבאה את מותו של אחד מן השליטים, וביברס קיווה כי במות אחד הנסיכים תוסר הקללה מעליו. בטעות הוא שתה בעצמו מן הכוס. יש אחרים הסבורים כי ביברס מת בשל פציעה בקרב או ממחלה כלשהי.
מורשתו של ביברס.
ביברס היה שליט פופולרי בעולם המוסלמי, משום שהביס את הצלבנים בשלושה מסעי צלב, ובלם בהצלחה את המונגולים. הוא בנה מאגרי תחמושת, מבצרים, וציי מלחמה וסחר. הוא הקים גם מערכת קשר מהירה על גבי סוסים שאפשרה העברת הודעות מקהיר לדמשק תוך ארבעה ימים. הוא בנה גשרים, מפעלי השקיה, תעלות, נמלים ומסגדים. ביברס בנה מדרסות והרחיב את מסגרת לימודי האסלאם. סיראת אל סולטאן ביברס, ספר זיכרונותיו של ביברס, מתאר את ניצחונותיו ואת הישגיו. ליד קברו בדמשק נמצאת הספרייה אל־מכתבה אל־זאהיריה, המכילה כתבי יד חשובים.
מפעלי הבנייה של ביברס בארץ ישראל.
ביברס הרס מבצרים צלבניים וערים נוצריות רבות בארץ ישראל, אך גם בנה ושיקם, ומפעלותיו ניכרים עד עצם היום הזה במקומות שונים.
מבצרים.
בין היתר שיקם ביברס את מצודת נמרוד שבגולן. ביברס פיאר את המצודה, ביצר אותה והעניק אותה כארמון לסגנו ביליק. את מפעל הבנייה הגדול שלו הנציח ביברס בכתובת משנת 1275, הנמצאת במבצר גם כיום. ביברס העניק למבצר ולעיר שתחתיו מעמד של נציבות הכפופה לממלכת דמשק, אשר העומד בראשה מונה ישירות בידי הסולטאן בקהיר.
ביברס כבש ושיקם את מבצר קאקון שבשרון והקים בו מרכז מנהלי לאחר הריסתה של קיסריה. הוא בנה בו מוסדות רבים של ממלכתו, ביניהם תחנת איתות ודואר יונים.
במצודת צפת נמצאו בשנת 2001 שרידי מגדל עגול גדול, דמוי חילזון, שבנה ביברס.
גשרים.
גשר בנות יעקב – המקור לשם הגשר הוא לפי אחת הגרסאות בנות ממנזר סנט ג'ורג' שישבו בצפת. הם הוחזקו בכספי המס שנגבו בגשר. כאשר כבש ביברס את צפת הן נרצחו ומכאן השם לגשר. ביברס בנה במקום גשר חדש 250 מטר צפונה מהגשר של ימינו.
בכניסה הצפונית לעיר לוד, על נחל איילון, עובר גשר המכונה גשר ביברס (וגם גשר ג'ינדאס) שבנה ביברס. משני צידי הגשר יש כתובות ותבליטים שבהם מתואר אריה (סמלו של ביברס) המאיים למחוץ ברגלו חולדה (הצלבנים). בכתובת כתוב:
גשר שלישי שבנה ביברס נמצא ביבנה, צפונית־מזרחית לתל יבנה. הגשר, שהיה חלק מדרך הדואר, שימש את כביש 410 בין יבנה לרחובות עד שהוקם גשר חדש מדרום לו, והוא הפך לגשר להולכי רגל.
מבנים נוספים.
בירושלים יזם ביברס את הקמתה של אכסניה לעולי רגל מוסלמים ובנה בתוכה מצודה. שער האריות בעיר, הפתח היחיד בצידה המזרחי של החומה, מעוטר בפיתוחי אבן וגומחות משני צדדיו ומגדל מעליו, ובשני זוגות אריות – סמלו ההרלדי של הסולטאן ביברס (על סמל זה ראה להלן). כפי הנראה, נלקחו פיתוחי האבן ממבנה האכסניה והוצבו בשער כשימוש משני, לאחר שזו חרבה. ביברס תרם כספים לחידוש כיפת הסלע ולתמיכה בעולי רגל לירושלים ולמערת המכפלה.
בשמו של ביברס נבנה גם מסגד אל־עומרי, בשנת 667 לספירה המוסלמית – 1269.
על שמו של ביברס נקראה גם העיירה אל־ט'האריה שבדרום הר חברון. את הסקר הארכאולוגי ביישוב ערך הארכאולוג יובל ברוך ובו תועדה מצודה מימי הביניים.
הסמל ההרלדי של ביברס.