בהמשך יצא אוחנה למבחנים בפ.צ. קייזרסלאוטרן, שהייתה קבוצת אמצע טבלה בבונדסליגה המערב גרמנית, בתיווך סוכנו דאז מרדכי שפיגלר.
אוחנה לא עבר לבסוף לקבוצה המערב-גרמנית, בשל פערים כספיים בין בית"ר ירושלים לקייזרסלאוטרן אודות סכום ההעברה שלו, כשבית"ר תבעה מקייזרלסאוטרן 200–250 אלף דולר, בעוד היא מצידה הייתה מוכנה לשלם בעדו רק 80 אלף דולר.
לאחר שנואש מהניסיון להיאבק ברוע הגזרה של נפילת העסקה, שב אוחנה לבית"ר ירושלים.
במהלך עונת 1985/1986 הציג אוחנה יכולת פושרת בליגה, הן בשל כך שראשו עדיין היה עסוק ברצונו העיקש לשחק עוד באותה עונה בחו"ל, והן בשל פציעות שתקפו אותו. אוחנה הבקיע רק 7 שערים, והקבוצה סיימה במקום הרביעי.
כמו כן, במהלך העונה, הסתבך אוחנה בנבחרת, כאשר במשחק של נבחרת ישראל מול נבחרת אוסטרליה במלבורן, במסגרת מוקדמות מונדיאל 1986, ביצע תנועה מגונה לעבר הקוון והקהל האוסטרלי, הורחק בדקה ה-64 של המשחק וכמעט גרם להפסקת המשחק. ההתנהגות של אוחנה ספגה ביקורת חריפה מצד ראשי ההתאחדות לכדורגל בישראל, מצד המאמן הלאומי, מצד האוהדים, ואף מצד חבר הכנסת בני שליטא שקרא לסלקו מהנבחרת. בעקבות התקרית, ספג מפיפ"א עונש של השעיה לשני משחקים, נקנס ב-150 אלף שקלים על ידי יו"ר המשלחת, מנחם אריאב, לאחר תקרית שבה רב עם אחד ממנהלי המשלחת, צבי וייצנר. כמו כן, בשל התנהגותו, הועמד לדין בפני ועדת המשמעת של ההתאחדות, והורחק למשך שנה מהנבחרת הלאומית. אוחנה ערער על העונש וטען כי העונש הכבד אינו חוקי, הן בשל כך שעונש זה מתווסף על הרחקה קודמת שהוטלה על החלוץ על ידי פיפ"א, והן בשל כך שבתקנון ההתאחדות לא מצוין מה דינו של שחקן נבחרת המוענש בחו"ל בגין התנהגות בלתי הולמת. הדיינים שמנגד נאלצו לקבל את חציו השני של הטיעון, ולבטל את העונש הכבד.
בסוף העונה הבקיעו אוחנה ומלמיליאן את שני השערים מול שמשון תל אביב בגמר גביע המדינה, שנגמר בתוצאה 2–1, והביאו לבית"ר את גביע המדינה הרביעי בתולדותיה, והשני ברציפות.
בעונת 1986/1987 היה אוחנה שותף לזכייה הראשונה של בית"ר ירושלים באליפות המדינה, ובסופה חתם בקבוצת מכלן הבלגית והוביל אותה לזכייה בגביע אירופה למחזיקות גביע ב-1988, לאחר שכבש בחצי הגמר ובישל את שער הניצחון במשחק הגמר מול קבוצת אייאקס אמסטרדם מהולנד. בשנת 1988 זכה גם בסופר-קאפ האירופי. בתום העונה זכה בפרס בראבו המוענק לשחקן הצעיר המצטיין באירופה. שנה מאוחר יותר היה שותף לזכייתה של מכלן באליפות ראשונה אחרי 41 שנה, וכן זכה בגביע ז'ואן גאמפר במדי מכלן בטורניר שנערך בברצלונה. אוחנה גם הוזמן לשחק במדי נבחרת "שאר העולם" במשחק ראווה. עונה לאחר מכן עבר לספורטינג בראגה הפורטוגלית, שם לא זכה להצלחה.
לאחר ששיחק 4 שנים באירופה, חזר אוחנה לישראל וחתם שוב בבית"ר ירושלים, לאחר שירדה לליגה הארצית (בעבר הליגה השנייה). בעונת 1991/1992 סייע לקבוצה להעפיל בחזרה לליגה הבכירה כאשר כבש 17 שערים בליגה הארצית, כולל שתי רביעיות מול מכבי יפו ובית"ר נתניה. בעונת 1992/1993 היה שותף מרכזי בזכייתה של הקבוצה באליפות, עונה אחת לאחר שעלתה לליגה הבכירה, כשלזכותו 14 שערים. בעונת 1996/1997 זכה באליפות שלישית במדי הקבוצה, ונבחר בפעם השנייה לכדורגלן העונה בישראל.
במחזור השביעי של עונת 1997/1998, במשחק החוץ נגד הפועל פתח תקווה בו כבש שער, נפצע אוחנה כאשר סובב את ברכו וקרע את רצועות הברך. בעקבות הפציעה הושבת אוחנה לתקופה ארוכה. באותה עונה רשם אוחנה אליפות שנייה ברציפות עם המועדון.
אוחנה חזר לפעילות בעונת 1998/1999, ואף כבש שער בפנדל במשחק מול גלאזגו ריינג'רס הסקוטית במסגרת מוקדמות גביע אופ"א, אך לא הצליח להתגבר לגמרי על הפציעה, ובמקביל נפצע שוב במשחק מול הפועל צפרירים חולון במחזור השישי של העונה. לאחר הפציעה הזו שיחק אוחנה עוד משחק אחד, האחרון בקריירה שלו, ב-21 בנובמבר 1998 מול הפועל בית שאן במחזור העשירי של העונה. לאחר פגרת אמצע העונה (הפגרה התקיימה בין המחזור ה-15 למחזור ה-16) חדל אוחנה להתאמן עם הקבוצה, ולמעשה פרש ממשחק פעיל. פרישתו הרשמית הגיעה בטקס קצר שנערך לכבודו לפני משחק מול מכבי תל אביב במסגרת המחזור ה-28. אוחנה פרש לאחר ששיחק חמישה משחקי ליגה בלבד וארבעה משחקים במסגרות אירופיות בעונתו האחרונה, בה כבש שער אחד בלבד בכל המסגרות. לזכותו של אוחנה 345 הופעות ליגה, בהן הבקיע 142 שערים, והוא מחזיק בתואר מלך השערים של בית"ר ירושלים במסגרת הליגה בפרט ובכל המסגרות בכלל.
נבחרת ישראל.
אוחנה שיחק 51 משחקים במדי נבחרת ישראל במשך 13 שנה והבקיע 17 שערים. לשיאו הוא הגיע במוקדמות מונדיאל 1990. במשחק הביתי נגד נבחרת אוסטרליה העלה אוחנה את ישראל ליתרון. במשחק הגומלין בסידני סיימה ישראל בתיקו 1:1, לאחר שער יתרון מרהיב של אוחנה, שעקף את השוער וגילגל את הכדור לרשת, והבטיח בכך את העפלת הנבחרת למשחק הפלייאוף מול קולומביה.
ב-20 במאי 2009 הוא נבחר כאחד מחמשת הכדורגלנים הישראלים הגדולים בכל הזמנים וכחבר ב"היכל התהילה של הכדורגל הישראלי", ושערו במשחק מול נבחרת אוסטרליה במוקדמות מונדיאל 1990 נבחר כשער הישראלי החשוב ביותר בכל הזמנים.
לאחר הפרישה.
קריירת אימון וניהול כדורגל.
לקראת עונת 1999/2000 מונה אוחנה למאמן בית"ר ירושלים, תפקיד שהובטח לו במסגרת חוזה שחתם בקיץ של שנת 1997. באותה עונה הוביל אוחנה את בית"ר למקום החמישי בליגה ולגמר גביע המדינה בו הפסידה להפועל תל אביב בפנדלים. בתום העונה עזב אוחנה לקבוצת בני יהודה איתה ירד לליגה הלאומית. אוחנה המשיך עונה נוספת בקבוצה איתה העפיל לליגת העל. עונה לאחר מכן שב וקיבל את תפקיד המאמן של בית"ר ירושלים, ואותה הצעיד להופעה בזירה האירופית בפעם הראשונה מאז עשה זאת בשנת 2000.
בקיץ 2005 נרכשה קבוצת בית"ר ירושלים על ידי המיליארדר היהודי-רוסי ארקדי גאידמק, כתוצאה מכך חל פיחות במעמדו של אוחנה בקבוצה, עד שב-10 בספטמבר 2005 (בעקבות ריאיון למוסף "7 ימים" בו אמר גאידמק על אוחנה כי הוא "לא מנהיג" וכי לא ייתן לו להמשיך בקבוצה למשך זמן) הודיע אוחנה על התפטרותו מאימון הקבוצה. במסיבת עיתונאים בה הודיע על התפטרותו, אמר אוחנה כי "בית"ר ירושלים היא הקבוצה שלי ותישאר שלי לנצח". לאחר כחודשיים מהתפטרותו, הצטרף אוחנה לצוות הפרשנים של ערוץ 10 בתוכנית סיכום המחזור "דאבל-פס".
ב-29 בינואר 2006 הוא חזר לאמן כשחתם לעונה וחצי בהפועל כפר סבא מהתחתית, במצב של סיכוי כמעט קלוש להישאר בליגת העל. שורה של ניצחונות (יחד עם הפסדים רבים של היריבה לתחתית, הפועל נצרת עילית) השאירה במחזור האחרון את הקבוצה בליגת העל. בתום עונת 2007/2008 ירדה הקבוצה ליגה, ואוחנה עזב את המועדון.
ביוני 2008 מונה אוחנה למאמן נבחרת הנוער עד גיל 19 של ישראל, והוליך אותה לזכייה במדליית ארד במכביה השמונה-עשרה
ב-17 בפברואר 2010 מונה על ידי ההתאחדות לכדורגל בישראל למאמן זמני של נבחרת ישראל הבוגרת, עד אשר הוחלף על ידי המאמן הצרפתי, לואיס פרננדס.
במאי 2014 הוביל את נבחרת הנוער להעפיל לאליפות אירופה (היורו) עד גיל 19. ב-27 בינואר 2015 התפטר מתפקידו בעקבות רצונו לרוץ לכנסת, אך לאחר מספר ימים חזר בו מהחלטתו להצטרף לפוליטיקה, ולבסוף חזר לתפקידו כמאמן נבחרת הנוער.
במקביל לעבודתו כמאמן נבחרת הנוער, החל אוחנה לשמש כפרשן בערוץ הספורט וכחבר פאנל בתוכנית "יציע העיתונות" בה.
ב-13 ביולי 2016 הודיע על פרישה מתפקיד מאמן נבחרת הנוער עד גיל 19.
ב-28 במאי 2017 קיבל מאלי טביב את זכויות הניהול של בית"ר ירושלים, לאחר שנאסר על טביב לנהל את הקבוצה שנמצאת בבעלותו בעקבות הרשעתו בפלילים. באוגוסט 2018 מונה ליו"ר הקבוצה בעקבות מכירתה מטביב למשה חוגג. במאי 2021 הודיעה הנהלת בית"ר, כי בנוסף להיותו יו"ר, יורחבו סמכויותיו של אוחנה שיהיה גם המנהל המקצועי של המחלקה הבוגרת. ב-31 במאי 2022 סיים את תפקידו, ועזב את המועדון לאחר 5 שנים שבהם כיהן בתפקיד היו"ר. ב-27 באוגוסט 2022, חזר לערוץ הספורט כחבר פאנל בתכנית "שער השבת".
קריירה פוליטית.
ב-26 בינואר 2015, לקראת הבחירות לכנסת העשרים, הודיעה מפלגת הבית היהודי שאוחנה ישוריין ברשימתה לכנסת. השריון עורר ביקורת רבה וחסרת תקדים מתוך המפלגה על היו"ר נפתלי בנט, מפי פעילים דתיים וחילונים כאחד, מאחר שאוחנה נעדר ניסיון של פעילות ציבורית, ובעבר תמך בתוכנית ההתנתקות והתבטא: "ששרון יפנה את כל ההתנחלויות מצדי, יש לנו מספיק שטחים לחיות בהם". בנט מצידו אמר: "אוחנה הוא זה שפותח לנו את הדלת לציבור הרחב". ב-29 בינואר הודיע אוחנה כי החליט לפרוש מרשימת הבית היהודי לכנסת, עקב הסערה הציבורית, אותה לדבריו לא צפה.
ב-3 בספטמבר 2018 הודיע אוחנה על הצטרפותו באופן ייצוגי לרשימתו של זאב אלקין לקראת הבחירות לראשות עיריית ירושלים, אולם אלקין לא נבחר בבחירות אלו.
ב-20 באוקטובר 2021 פרסם אוחנה טור באתר הרשמי של מועדון בית"ר עם ביקורת נוקבת על לה פמיליה: "לה פמיליה" הפך לשם נרדף לגזענות, אלימות, עבריינות ורוע, משהו שמבריח כל אדם נורמטיבי מלהיות חלק מבית"ר. אני חייב לומר, לא תמיד התבטאתי מספיק באופן נחרץ בעניין הזה, אבל הגיעו מים עד נפש".
חיים אישיים.
אוחנה נולד למסעוד ורחל אוחנה, שעלו ממרוקו ב-1955, וגדל במעברת שכונת האסבסטונים בקריית היובל בירושלים, אליה הגיעה משפחת אוחנה לאחר שש שנים בקריית שמונה, ומספר שנים במעברת ואדי סאליב בחיפה. למסעוד ורחל אוחנה היו תשעה ילדים (שמונה בנים ובת), אלי הוא השלישי מבין אחיו. והוריו ניהלו מזנון במשרד הבריאות בירושלים. אחיו הצעיר ציון אוחנה היה כדורגלן בקבוצת הפועל ירושלים.