בין הגיבורים הנכללים בקבוצה נמצאים האוונג'רס (קפטן אמריקה, קפטן מארוול השנייה, הוקאיי, איירון מן השני, הענקית הירוקה, תור והצרעה), ארבעת המופלאים ללא האשה הבלתי נראית, גיבורי-על עצמאיים כספיידרמן, ספיידרוומן והענק הירוק, וכן קבוצת המוטאנטים אקס-מן (סייקלופס, פרופסור אקס, סטורם, רוג, קולוסוס, וולברין ונייטקרולר). מגנטו מופיע בתחילה כגיבור, אך הוא בוחר שלא להשתייך לאף קבוצה מאחר שהאוונג'רס מפקפקים בנוכחותו.
בין הנבלים נכללים האיש הסופג, דוקטור דום, דוקטור אוקטופוס, מכשפת, קאנג הכובש, קלו, הלטאה, אולטרון, טיטניה, איש המולקולות, וולקנה וצוות ההריסה. גלקטוס גם הוא מופיע בתחילה כנבל, אך כמעט מיידית אינו משייך את עצמו לאף קבוצה.
שני הצדדים מנהלים מספר קרבות ביניהם, כאשר לאורכה של הסדרה מתרחשות מספר התפתחויות כמו יצירתן של וולקנה וטיטניה; הצגתה לראשונה של ספיידרוומן השנייה, ג'וליה קרפנטר; ספיידרמן מוצא ולובש את החליפה השחורה בפעם הראשונה, כשהוא אינו מודע שמדובר בסימביוט חייזרי - סימביוט שיתאחד בסופו של דבר עם העיתונאי אדי ברוק ויהפוך לונום; דוקטור דום גונב את כוחותיו של הביונדר באופן זמני; המוטאנט קולוסוס מסיים את מערכת היחסים שלו עם קיטי פרייד, וזאת לאחר שהתאהב במרפאה חייזרית שמקריבה את חייה כדי להציל את הגיבורים; והדבר מחליט להישאר מאחור ולחקור את הגלקסיה, בעוד הענקית הירוקה מחליפה אותו בקבוצת ארבעת המופלאים.
שנים רבות לאחר מכן התברר שחברתו של הדבר, אלישיה מסטרס, הוחלפה בידי מתחזה מגזע הסקרול בשם לייג'ה. כשארבעת המופלאים חזרו לכדור הארץ ללא הדבר, היא החלה במערכת יחסים עם הלפיד האנושי. השניים נישאו בסופו של דבר וחיו חיי נישואים מאושרים עד שהדבר חשף את זהותה האמיתית יחד עם אדון הבובות.
מלחמות סודיות 2 (1985–1986).
הישות אשר יזמה את המלחמות הסודיות ואשר נודעה בשם הביונדר מבקרת בכדור הארץ בחיפוש אחר הארה רוחנית תחת זהות סודית אותה הרכיבה מהגיבורים והנבלים בהם נתקלה ב"עולם המלחמה". ביקור זה מביא לעימות בינה לבין גיבורי הארץ והישויות הקוסמיות השונות ביקום מארוול.
בתחילה, הביונדר מנסה להבין את משמעותן של מטלות היומיום שאותן עושים בני האדם בכל יום ויומו כמו אכילה, שינה וכיוצא בזה. בהמשך, הוא מועסק על ידי גנגסטר ונעשה רב-עוצמה ואובססיבי לגאדג'טים. גיבורי הארץ חושדים בו ומאלצים אותו לסגת לחופיו של אי שומם.
השד מפיסטו מגייס צבא של נבלי-על שכוחותיהם שודרגו, אך הדבר הודף את התקדמותם עד אשר הוא מקבל גם לעצמו כוח רב כמוהם. הביונדר מתאהב בדאזלר ומנסה לפתח מערכת יחסים עם בום-בום, אך שתיהן מסרבות לחיזוריו. כמו כן, מוסבר כיצד דוקטור דום הופיע במלחות הסודיות הקודמות, לאחר שהוא נהרג בקו הזמן הרגיל - הביונדר יוצר מחדש את גופו של דום בעזרת חלקיקים מגופתו ושולח אותו חזרה בזמן לתחילת המלחמות הסודיות, מה שגורם לדום לחיות אותן בסדר הפוך.
בסופו של דבר, גיבורי הארץ מטפלים באיומו של הביונדר ומונעים את השמדת העולם כתוצאה מהשלכות מעשיו. הוא, מצידו, מנסה להפוך לבן אנוש ולשמור על כוחותיו תוך כדי. מפיסטו מנסה להשמידו בצורתו האנושית מאחר שהוא "רק בן תמותה".
בגיליון בודד שנחשב להמשך עלילתי נחשף שהביונדר היה למעשה קובייה קוסמית שהתפתחה ושודרגה עד להפיכתה לישות קוסמית בשם קוסמוס באמצעות מיזוג עם איש המולקולות.
מלחמה סודית (2004–2005).
בשנת 2003, מנהל סוכנות הביון הבינלאומית S.H.I.E.L.D ניק פיורי חושף מזימה סודית של ראש ממשלת לטבריה, לוצ'יה פון בארדאס, לממן קבוצה של נבלי-על שוליים ולספק להם טכנולוגיה מתקדמת להשלטת טרור על אדמת אמריקה. אותה טכנולוגיה שייכת ככל הנראה לדיקטטור הלטברי הקודם דוקטור דום, שהיה כלוא בממד הגיהנום באותה עת. פיורי לוקח את ממצאיו לנשיא ארצות הברית, אך נשללת ממנו הסמכות להפיל את הממשל הלטברי משום שממשלת ארצות הברית לקחה עליו חסות. פיורי זועם על אותה שאננות ביטחונית שאפיינה את אירועי 11 בספטמבר ואשר מזמינה אסון.
פיורי מגייס את קפטן אמריקה, ספיידרמן, דרדוויל, האלמנה השחורה, לוק קייג', וולברין ואת סוכנת S.H.I.E.L.D דייזי ג'ונסון בניסיון עצמאי להפיל את השלטון הלטברי.
כשנה לאחר מכן, תגובת תגמול הרסנית על העיר ניו יורק מותירה את קייג' בתרדמת. פיורי וגיבורי הארץ נאלצים להתמודד עם פון בארדס הקיבורגית ועם צבאה המתקדם-טכנולוגית. אותה תגובת תגמול מתבררת כמלכודת עבור גיבורי הארץ כשפון בארדאס מחמשת פצצה טכנולוגית המקושרת לטכנולוגיה אותה נושא צבא נבלי-העל שלה.
פון בארדאס הקיבורגית מושמדת בידי דייזי ג'ונסון, הפצצה מנוטרלת וצבא נבלי-העל מובס ונאסר. קפטן אמריקה דורש מניק פיורי תשובות לגבי מה שאירע. מצטרפים אל השניים קבוצת האקס-מן ווולברין, שמתקיף את פיורי עד אשר ג'ונסון מודיעה לו שהאדם שניצב מולו הוא מודל חיקוי אנושי, וכי פיורי האמיתי כבר עזב. באמצעות מודל החיקוי האנושי, פיורי מגלה אודות פלישת לטבריה ושגיבורי הארץ פרט לאלמנה השחורה ולדייזי ג'ונסון עברו שטיפת מוח. הוא מבהיר לגיבורי הארץ שזוהי הפעם האחרונה שהם יראו אותו, ושזוהי תקוותו שאלה שהיו מעורבים במזימתו יבינו שמה שהוא עשה היה נחוץ.
בסיפור המסגרת, מחליפתו של פיורי בסוכנות S.H.I.E.L.D, מריה היל, מגלה את פרטי הפרטים של הסיפור דרך חקירתה של הסוכנת דייזי ג'ונסון.
מלחמות סודיות (2015).
בשנים האחרונות, קבוצת אילומינטי חקרה תקריות אשר התרחשו במספר יקומים מקבילים. אין הדבר ידוע מה הגורם לכך, אך אין זה מן הנמנע שהתנגשות בין היקומים והשמדתם אכן תתרחש ואין אפשרות לעצור אותה. הקבוצה מבינה שגם יקום מארוול המרכזי יסבול מאותו גורל, והיא מנסה לגרום לאותם אירועים ביקומים אחרים כדי להרוויח מספיק זמן ולעצור את מה שמגיע. אולם למרות הכל, הזמן הולך ואוזל.
בעקבות אותן תקריות ברחבי המולטי-יקום, שרידי המציאויות השונות התאחדו לכדי "עולם מלחמה" חדש. כל אותן מציאויות ידועות כמתחמים ויש באפשרותן לתקשר אחת עם השנייה, למעט שלוש מהן שנושאות בחובן סכנות שמאיימות על שלומן של שאר המציאויות. בין המתחמים נכללים בין היתר גרינלנד (כוכב הענק הירוק), דיסטופיה (הענק הירוק: עתיד לא מושלם), המתחם של אפוקליפס (), טכנופוליס (), אי העכביש (), אראכניה (), מארוויל (אוונג'רס נגד אקס-מן), אנגליה של ג'יימס הראשון (מארוול 1602, "אנג'לה ציידת המכשפות"), העין של אגאמוטו (דוקטור סטריינג'), אזור המלחמה (מלחמת אזרחים), שדה האלה (קפטן מארוול, "קפטן מארוול וחיל קרול"), מונרכיית אם (בית אם), טריטוריות הזקיפים (), ווסטצ'סטר (, "אקס-מן 92"), פרפקשן (עידן אולטרון) וזאנדאר החדשה (כפפת האינסוף).
סדרה ראשית.
בקצה השני של המולטי-יקום, דוקטור דום/ראבום אלאל, איש המולקולות ודוקטור סטריינג' מתעמתים עם הביונדרים. בהתנגשות היקומים בין ארץ-616 לארץ-1610, ניק פיורי מארץ-1610 תכנן את מערך ההתקפה נגד ארץ-616, ושלח את כל כוחות S.H.I.E.L.D לקרב. גיבורים רבים מארץ-616 החלו לנסות להדוף את המתקפה, ובבניין בקסטר, מיסטר פנטסטיק מארץ-616 סיים לתכנן "ספינת הצלה" שמטרתה להציל כמה שיותר בני-אדם. איירון מן מארץ-1610 שלח לקרב את נשק איירון מן-6, אך הקרב הלך לטובת ארץ-616 כאשר שומרי הגלקסיה וזקיפי הסנטינל של סייקלופס הגיעו. בעוד דוק גרין, הענקית הירוקה וקולוסוס מארץ-616 מוטטו את הטריסקליון של ארץ-1610, מיסטר פנטסטיק/הבורא מארץ-1610 תוקף יחד עם "ילדי המחר". במקום אחר, הקינגפין מכנס כמה וכמה נבלי-על לקראת הסוף, כשלפתע המעניש מופיע בכוונה להורגם. לאחר שצוות-העזר של ארץ-616 הושמד בידי ילדי המחר, מיסטר פנטסטיק מארץ-616 נאלץ להפעיל את ספינת-ההצלה, ומניפולד שיגר לתוכה כמה וכמה גיבורים - בין היתר סטאר לורד, ספיידרמן, תור החדשה, קפטן מארוול וסייקלופס, שזכה לכוחותיו של כוח הפניקס. הספינה שוגרה, אם כי תקלה גרמה למותם של בני משפחת ריצ'רדס ושאר ארבעת המופלאים מארץ-616, פרט למיסטר פנטסטיק. לאחר ששני היקומים מתנגשים וכל הגיבורים והנבלים נהרגים כתוצאה מכך, הספינה מתרסקת בכוכב-לכת סלעי.
ביקום אחר שנוצר בידי דוקטור דום, קבוצת גרסאות חלופיות של תור המשמשות ככוח שיטור בידי האל הקיסר דום התכנסו בדומסגארד לטקס בו תור מאבאלון העליונה הצטרף לכוחותיהם. בינתיים בממלכת אוטופוליס, הקרן גילו את אחת מספינות-ההצלה קבורה בחלקה. לאחר שלקחו את הברון סיניסטר מבר סיניסטר, חיל תור הביאו אותו למשפט בטירת דום. לאחר שנמצא אשם בכריתת ברית עם ברון היפריון מאוטופוליס, סיניסטר דרש להתמודד נגד מאשימו. הוא הביס את מאשימו - בריאן בראדוק מאבאלון העליונה - בקרב, אך לפני שהרגו, דום הפסיק את הקרב כדי להתעמת מול בראדוק בעצמו, בטענה שזמם עם ממלכת מנהטן מזימה להדיחו. ג'יימי בראדוק חשף את עצמו כבוגד, ונענש לגלות בארצות המתות. לאחר המשפט, ולריה וון דום יידעה את השריף סטריינג' בדבר הגילוי של הקרן, וכי הגיעו למסקנה כי היא "מלפני הזמן" - כלומר, לפני יצירת יקום זה. חיל תור הגיעו למקום, ומהספינה יצאו הקאבאל והרגו את קינג-תור מארץ-14412. כאשר תאנוס שאל את אחד מהמולוידים היכן הם, הוא ענה שהם ב"עולם-המלחמה".