החוקרים עמדו על הפלא של אי הכרעת מחלוקת זו דווקא, בעוד שאנו מוצאים שדווקא הנשיאים עצמם יצאו בכל כוחם שלא ירבו מחלוקות בישראל. במחלוקת בין רבי אליעזר לשאר החכמים בעניין תנור של עכנאי, כאשר רבן גמליאל שהיה באותה שעה בים מובא כי הוא "עמד על רגליו ואמר: ריבונו של עולם, גלוי וידוע לפניך שלא לכבודי עשיתי, ולא לכבוד בית אבא עשיתי, אלא לכבודך, שלא ירבו מחלוקות בישראל", ודווקא מחלוקת זו נשארה, וכמו שנאמר בירושלמי: בראשונה לא הייתה מחלוקת בישראל אלא על הסמיכה בלבד.
בית שמאי ובית הלל.
בראשית ימי התנאים נחלקו חכמי ישראל לשתי קבוצות. קבוצה אחת הם תלמידיו של שמאי הזקן שקיבלו ממנו את דרכו הלימודית, וקבוצה אחת היו תלמידיו של הלל הזקן שלמדו ממנו את דרכו הלימודית השונה, המקילה יותר (לרוב).
אחת מהמחלוקות הידועות בין שתי הקבוצות היו אודות הקרבת קרבנות בחג ואודות הסמיכה. מחלוקת זו נכתבה במסכת ביצה, בפרק השני: . במשנה זו אנו מוצאים חיבור לא מובן בין שני מחלוקות בין בית שמאי ובין בית הלל, האחת היא אילו קרבנות מותר להקריב בחג, והשנייה על אילו קרבנות מותר לסמוך בחג.
המחלוקת הראשונה.
השאלה הראשונה תלויה בשאלה האם התירה התורה רק צורכי אוכל נפש בחג, כאמור בפסוק ודרשו חזל - , כך שלפי זה יהיה מותר לשחוט בחג רק שלמי חגיגה שגם מביא הקרבן משתתף באכילה, או שמא התירה התורה אף צורכי גבוה - קרבנות, ואם כן מותר לשחוט גם עולת ראייה, ואולי גם קרבנות אחרים.
בתוך מחלוקת זו של בית שמאי ובית הלל, קיימת מחלוקת אחרת שנולדה בדורות האמוראים אודות גדרה המדויק של המחלוקת. לפי עולא ורב אדא בר אהבה אין ספק שגם לפי הדעה המקילה (בית הלל) מותר לשחוט רק קרבנות שהם לכבוד החג, ולא עולת נדבה רגילה, שאינה קשורה לכבוד החג. לפי רב יוסף, אף קביעה זו של עולא תלויה ועומדת במחלוקת, וקיימת דעה תנאית האומרת שגם נדרים ונדבות מותר לשחוט בחג. רב יוסף מצא ברייתא, שלפי פרשנותו, חלוקים בה הדעות שלפי תנא קמא ורבי שמעון אסור להקריב נדרים ונדבות בחג, ולפי רבי אלעזר ברבי שמעון מותר להקריב בחג נדרים ונדבות.
טעם המחלוקת.
לפי עולא טעמם של בית הלל הוא כפי שניתן ללמוד מהפסוק (לפי שיטת בית הלל) , - שמותר לשחוט בחג כל קרבן המוקרב לכבוד החג ולכבוד שמים בבית המקדש בברייתא מובא נימוק נוסף של בית הלל, על פי הכלל קל וחומר, ולפיו מכיוון שאנו מוצאים שקל יותר להקריב קרבנות לאלוקים מאשר צורכי אוכל נפש - בכל שבת שבה מותר לחלל שבת רק כדי להקריב קרבנות, אם כן יש להניח שבחג שבה מותר לעבור על המלאכות האסורות, לצורך אוכל נפש - ברור שאז יהיה מותר להקריב קרבנות לאלוקים. ביסוד המחלוקת עומדת השאלה האם ניתן להשוות קרבן עולה, שניתן להקריבו במשך שבעה ימים לקרבנות השבת שניתן להקריב אותם במשך יום אחד בלבד, ולקרוא לשניהם קרבנות שהוקבע זמנם, וממילא טענת ה"קל וחומר" נכונה שכן היא נעשית בין שתי דוגמאות דומות, או שמא קרבן שניתן להקריב במשך שבעה ימים לא נחשב ל"הוקבע זמנו".
לפי טעמו של רב יוסף, שהם חלוקים בשאלה האם ניתן להקריב נדרים ונדבות בחג, והשאלה אינה מוגבלת לקרבנות חובה בלבד אלא גם לקרבנות נדבה, מובא בברייתא טעם אחר, ולפיו בית הלל טוענים , ולפיו לא ייתכן שתותר שחיטה בחג לצורך אוכל נפש - שהיא צורך אנוש, ולא לצורך הקרבת קרבנות הנחשבת לצורך גבוה.
המחלוקת השנייה.
המחלוקת השנייה היא האם מותר לסמוך על קרבן שלמים המוקרב בחג. השאלה היא האם הדבר אסור מכיוון שהסמיכה אסורה מדברי חכמים, שכן היא נעשית כשהסומך - בעל הקרבן - נשען על בעל החיים בכל כוחו, דבר המנוגד לתקנת החכמים לא להשתמש בבעלי חיים - , בית שמאי אוסרים מסיבה זו ובית הלל מתירים שכן הם סוברים שהסמיכה היא חובה גמורה מהתורה, הן העשייה והן שתהיה סמוך לשחיטה (כך שלא ניתן לעשותה לפני החג).
בדורות המאוחרים יותר, נחלקו התנאים בגדר המחלוקת.
הרחבת המחלוקת ופסיקת ההלכה.
מחלוקת זו נמשכה משך זמן רב, והיו חיכוכים בין שתי הישיבות. אך בעוד שתלמידי בית שמאי עמדו על דעתם וניסו לשכנע את בני הישיבה השנייה בצדקתם, דגלה הישיבה השנייה בהנהגה פשטנית, וסברה כי עליה להימנע מוויכוחים ומחלוקות מיותרות. כך למשל, כאשר הגיע הלל הזקן בחג עם קרבן העולה, שלפי בית הלל מותר בהקרבה ולפי בית שמאי אסור, חברו עליו בית שמאי בטענה , במטרה להיכנס עמו לדיון תלמודי. הלל הזקן שהיה ידוע במידה הענווה, השתמט מהם כשהוא מכשכש לבעל החיים בזנבו, ובכך הוכיח להם כביכול שמדובר בבעל חיים ממין נקבה, הכשר רק לקרבן שלמים המותר להקרבה אף לפי שיטת בית שמאי.
במעמד זה, שהה במקום אחד מזקני ישיבת בית שמאי ושמו בבא בן בוטא, שידע שההלכה בשמים נתקבלה כבית הלל על פי בת קול שיצאה משמים, והוא החליט להוכיח קבל עם ועדה שההלכה נפסקה כבית הלל. הוא ציווה להביא להר הבית את כל בעלי החיים המשובחים שהיו בירושלים, העמידם בהר הבית, ואמר: . בעקבות מעשה זה, שנעשה על ידי אחד מזקני ישיבת בית שמאי שהוא עצמו הודה לבית הלל שההלכה כמותן, נשתתקה ידם של צעירי תלמידי בית שמאי, וכולם הודו שכך היא ההלכה, אף אחד לא ערער עליה.
מסורת אחרת קיימת בירושלמי אודות השתלשלות האירועים:
אחרי פסיקת ההלכה.
לאחר פסיקת ההלכה, עדיין היו יחידים מתלמידי בית שמאי שלא נכנעו לפסק. בין אלו לתלמידי בית הלל היו התנגשויות. כך למשל, הביא אחד מתלמידי בית הלל את עולתו לעזרה, ומצאו תלמיד אחד מתלמידי בית שמאי. אותו תלמיד לא יכול היה לסבול את חילול החג שנעשה (לפי שיטת בית שמאי) ואמר לו בחריפות: , כלומר מה פשר הסמיכה הזו שאתם עושים, שהיא כרוכה באיסור חמור לפי שיטת בית שמאי? אותו תלמיד של בית הלל, יצא מגדרו, ואף על פי ששיטת בית הלל היה להבליג על חרפתם, הוא הבין כי כאן, לאחר שכבר נפסקה ההלכה כבית הלל עליו למחות על ביזוי הפסק, והוא השיב לו: כלומר - עליך לשתוק ולא לערער על הלכה זו שכבר נפסקה ההלכה כמותה.
למרות התגובה החריפה יחסית של תלמיד בית הלל לבית שמאי, למדו חז"ל מהתגובה השקולה של תלמיד בית הלל, שעל אדם להזהר וגם כאשר מקניטים אותו ועליו לענות - לא להגביר את אש המחלוקת, אלא לענות באותו לשון שבו הקניטו אותו בלבד, ולא יותר, כמו אותו תלמיד בית הלל שנזהר לענות למחרפהו באותה לשון עצמה "מה זו" ולא הוסיף עליה.
פרשנות.
יש מהחוקרים שקשרו מחלוקות אלו זו בזו וסוברים שבטעמה של המחלוקת עמד השיקול שהסמיכה הייתה חשובה ביותר בעיני העם. על כך תעיד הברייתא: "אמר רבי יוסי: סח לי אבא אלעזר פעם אחת היה לנו עגל של זבחי שלמים והביאנוהו לעזרת נשים וסמכו עליו נשים לא מפני שסמיכה בנשים, אלא כדי לעשות נחת רוח לנשים". מכך אנו למדים שהסמיכה הייתה חשובה במיוחד וגרמה "נחת רוח" לנשים שיכלו לעשותה. כן ניתן להסיק מהכרעת המחלוקת שעל ידי בבא בן בוטא שמצא את העזרה שוממת, "מה עשה? שלח והביא שלשת אלפים צאן מצאן קדר, וביקרו ממומין (=בדק את כשרותם), והעמידן בהר הבית. אמר להן: שמעוני אחיי בית ישראל, כל מי שהוא רוצה יביא עולות, יביא ויסמוך, יביא שלמים יביא ויסמוך. בבא בן בוטא מדגיש פעמיים כי כל אחד יכול להקריב ולסמוך על הקרבן, בעוד שהעזרה הייתה שוממת מפני סיבה אחרת לכאורה - האסור להביא עולה ראייה לבית המקדש.
יש מהחוקרים שפירשו את המחלוקת ההיסטורית בכך שחלק גדול מהעם התגורר באותה שעה בארצות הרחוקות מארץ ישראל, ולא היו באים לבית המקדש ללא הסמיכה החביבה עליהם כל כך. כאן נחלקו החכמים בין שתי השיטות; האם כדאי להקל באיסור שבות של סמיכה כדי להרבות במצוות עלייה לרגל, שהעם יבואו בעצמם לבית המקדש ללא שליח כדי לסמוך בעצמם על הקרבן, או שמא מוטב להותיר את איסור שבות על כנו ולא להקל בו כדי להרבות מצוות אחרות.
אחרים התמקדו בעובדה שהמחלוקת החלה בימי יוסי בן יועזר, ופירשו את המחלוקת בימי יוסי בן יועזר שאסר לסמוך - דבר האסור באיסור שבות - במצב החמור של עם ישראל באותה שעה. אנו מוצאים כי בזמנו החלה הכפירה בתורה שבעל פה על ידי תלמידי אנטיגנוס איש סוכו שכפרו בתורה שבעל פה, אחיינו של יוסי (בן אחותו) היה יקום איש צרורות - אלקימוס, (שלבסוף חזר בתשובה וביצע בעצמו ארבע מיתות בית דין כדי לכפר על מעשיו, לאחר שהתעמת עם דודו שנלקח והוצא להורג על ידי היוונים), בנו של יוסף בן יועזר אינו נוהג כשורה עד שהוא מחפש דרכים לא להעביר אליו את ירושתו, במיוחד אנו מוצאים כי העם היה מקל באיסור שבות, ואנו מוצאים את החכמים מלקים אדם שרכב על סוס בשבת. עד שהוכרח יוסי בן יועזר לומר כי "יהי ביתך בית וועד לחכמים" שחיפשו מקום להתאסף בו, וכחלק מהמאמר "ויהיו עניים בני ביתך". במצב קשה התעוררה שאלה בין החכמים האם להחמיר באיסור שבות - בבית המקדש ששימש מקום ההתאספות המרכזי של העם ובכך לחזק את תקנות החכמים. יוסי בן יועזר שהיה מעורב במצב ביקש להחמיר, אך גם ברי הפלוגתא שחלקו עליו לא ביקשו להכריע את המחלוקת כליל מתוך הבנה למצב שאותו בא יוסי בן יועזר לתקן.