כפי שנצטווה על ידי אב מסדר הישועים, הוא הקדיש את מאמציו לטפח כמרים יפנים. הוא אילץ את האב פרנסיסקו קברל (Francisco Cabral 1609-1529) להתפטר ממשרתו כאחראי על המיסיון הישועי ביפן משום שקברל התנגד לתוכניותיו. אבל קברל לא היה היחיד שחלק על ואליניאנו. למעשה, ואליניאנו היה בדעת מיעוט בין הישועים ביפן. הוא היה אופטימי לגבי הכשרת כמרים ילידים, אך ישועים רבים פקפקו בכנותם של המומרים היפנים. וגם ואליניאנו עצמו אימץ השקפה שלילית לאחר ביקורו השני ביפן, אם כי הוא לא איבד תקווה. לאחר מותו של ואליניאנו, השתקפו הדוחות השליליים מיפן במדיניות מרכז מסדר הישועים ברומא בעשור השני של המאה ה-17 והארגון הגביל בצורה משמעותית את התנצרותם והסמכתם לכמורה של קתולים יפנים. באופן אירוני דווקא רדיפות המשטר של שוגונות טוקוגאווה אילצו את הישועים להסתמך יותר ויותר על המאמינים היפנים. למרות מדיניות המרכז, הסמיך הקולג' הישועי במקאו שנוסד בידי ואליניאנו כתריסר כמרים יפנים בלא שקיבלו הדרכה מספקת.
בביקורו הראשון ביפן נחרד ואליניאנו ממנהגים של אנשי המיסיון אותם חשב לרשלניים במקרים הקלים או לפוגעניים ובלתי נוצריים במקרים החמורים יותר.
מאוחר יותר כתב ואליניאנו, שעל אף שהמיסיון זכה לכמה הצלחות ניכרות בתקופתו של פרנסיסקו קברל, השיטות הכלליות בהם עשה האחראי על המיסיון לקו מאוד בחסר. בנוסף לבעיות שיצרו קשיי לימוד השפה היפנית והגזענות של האירופאים, נהגו חלק מהישועים ובמיוחד קברל "להתייחס בלא יוצא מהכלל למנהגים היפניים כאל סטיות ודיברו בזלזול עליהם. כשבאתי ליפן לראשונה אנשינו (ההמון בדרך כלל מחקה את המנהיג) הראו חוסר רצון ללמוד את המנהגים של היפנים, אך בעת נופש ובהזדמנויות אחרות נהגו להתלונן עליהם, להתווכח נגדם, ולהביע את דעתם שדרכינו עדיפות ובכך להכעיס מאוד את היפנים ולגרום להם לשאט נפש."
מכתביו של ואליניאנו משתמעת האמונה בהשפעה שיש למנהיגים ולכן באחריותם להתנהגותם של אלו הסרים למרותם. לפי כך, כל משגה בהתנהגות המיסיון כלפי היפנים הוא בהכרח כתוצאה ישירה של היד הקשה בה נקט קברל. ואליניאנו החל מיד לבצע רפורמה בהיבטים רבים של עבודת המיסיון, וכשהתאפשר הוא חתר תחת סמכותו של קברל כאחראי על המיסיון הישועי ליפן.
לימוד השפה.
לימוד השפה היפנית היווה את אחת הבעיות המרכזיות בהתנהלות המיסיון. לפני שה"מבקר" הגיע ליפן, כתבו לו שבע עשרה מהמיסיונרים שמינה בעצמו והתלוננו שכמעט ולא קיימת הדרכה בלימוד השפה. קברל מחה וטען כי אירופאים אינם מסוגלים ללמוד יפנית ואפילו אחרי חמש עשרה שנות לימוד ה"אבות" מסוגלים בקושי רב להטיף, אפילו למומרים.
פעולתו הראשונה של ואליניאנו בהגיעו ליפן הייתה לחייב את כל המיסיונרים החדשים המגיעים ליפן להקדיש שנתיים ללימוד השפה. מיסיונרים חדשים אלו ידעו את השפה ברמה אחרת לגמרי ממאמציו הנלהבים אך היהירים של המיסיונר הראשון ליפן, פרנסיסקו חאווייר. ב-1595 יכול היה ואליניאנו להתרברב במכתב כי הישועים לא רק שהדפיסו מילון וספר על הדקדוק היפני אלא גם כמה ספרים נוספים (בעיקר על חייהם של הקדושים והקדושים המעונים) ביפנית בלבד. רוב החומר על הדקדוק והמילון נאסף בשנים 1603-1590, וכשהושלם היה כרך מקיף כשהמילון עצמו כלל כ-32,798 ערכים.
בעוד שקברל פעל למנוע מיפנים להתקדם מעבר לדרגת אחים במסדר הישועים, התעקש ואליניאנו שיש להתייחס אליהם בשוויון מוחלט כמו לכל אירופאי, ובעוד שפרחי הכמורה היפנים היו חייבים ללמוד לטינית לשימוש בסקרמנטים, העיר המבקר שהאירופאים הם שצריכים ללמוד את מנהגי היפנים, ולא ההפך. דעה, זו הייתה הפוכה לחלוטין לדעתו המוצהרת של קברל שהיפנים חייבים להסתגל לרעיונות ודרכי המחשבה המערביים.
הקמת הסמינרים.
הצורך בכמורה מקומית היה ברור לוואליניאנו, ולכן ב-1580 שונה ייעודו של מנזר בודהיסטי שהתפנה זמן קצר לפני כן במחוז ארימה לסמינר חדש לכמרים. שם החלו עשרים ושניים מומרים יפנים צעירים את תהליך ההדרכה לקראת קבלת ההסמכה לכמורה. התהליך החל שוב שנתיים אחר כך באוזצי, שם למדו שלושים ושניים חניכים.
הנושא הראשון על סדר יומם של הסמינרים היה הדרכת השפה. ואליניאנו הבהיר שכל החניכים בסמינר, בלא תלות ברקעם, חייבים לקבל השכלה הן בלטינית והן ביפנית. לאחר שהונחו היסודות למדו הסטודנטים תאולוגיה, פילוסופיה ודוקטרינה נוצרית. הייתה זו תוכנית חינוך ישועית טיפוסית, ששיקפה את ההשכלה הישועית באירופה. אבל היו כמה הבדלים משמעותיים. למשל, כיוון שהסמינר בארימה היה מנזר בודהיסטי מוסב, ומכיוון שוואליניאנו הדגיש את הצורך בהסתגלות תרבותית, הושארה התפאורה המקורית כמעט בלא שינוי. תבנית זו חזרה על עצמה בסמינרים אחרים באתרים אחרים. ב-1580 הוא ציין ב"עקרונות לניהול סמינרים יפנים", חוברת הדרכה המדקדקת בפרטים על שיטות הסמינר, כי "יש להחליף את שטיחי הטטמי מדי שנה" וכי בתוך הסמינר חייבים הסטודנטים ללבוש "קטבירה" (בגדי קיץ) או קימונו מכותנה כחולה" ומחוץ לסמינר יש ללבוש "דוֹבּוּקוּ" (מעיל שחור). התלמידים נצטוו לאכול אורז לבן עם רוטב ותוספת של דג.
מטרתו של ואליניאנו הייתה ברורה. הסמינרים היו מוסדות ישועים טיפוסיים שבהם החינוך היה הומניסטי וסקר נושאים תאלוגיים, אבל אורח החיים בהם היה יפני לחלוטין. הם תוכננו בקפדנות למזג, ככל שניתן, בין הרגישויות של היפנים יחד עם אידאולוגיה אירופית. בקצרה, הם היו המקום המושלם לאמן מטיפים יפנים, אנשים שיוכלו לפנות גם למשפחותיהם ולידידיהם וגם לחברה היפנית. ישנם חוקרים הסוברים שוואליניאנו פעל לשכפל את המוסד היפני של "דוֹג'וּקוּ", או נזירים מתלמדים. זוהי כנראה פרשנות הולמת, שכן נראה שהסמינרים הקתולים משכו אליהם רבים מבני המשפחות האצילות העשירות שנהגו באופן מסורתי לחיות כנזירים בודהיסטים מתלמדים, אם כי על פי המסורת הישועית הטיפוסית לא הייתה הגבלה לקבל לסמינרים רק את בני קבוצת אוכלוסייה זו.
המחשבה השיטתית והמאורגנת של ואליניאנו הייתה נוכחת בכל היבט של ארגון המיסיון. בנספח ל"עקרונות לניהול סמינרים יפנים" היה לוח זמנים יומי מדוקדק עבור התלמיד בסמינר. בהתאם לרוח הדברים הכללי, כללו הפעילויות המתוכננות הן לימודי לטינית והן לימודי יפנית יחד עם שעורי מקהלה ומוזיקה.
ההצלחה של הרפורמות בסמינרים.
לא ברור מה הייתה מידת הצלחתן של הרפורמות של ואליניאנו, למרות האידיאליזם הצרוף שבבסיסן. הן בוודאי עודדו מומרים יפנים להצטרף למסדר. בעשור שלאחר ביקורו הראשון של ואליניאנו הצטרפו כשישים יפנים לישועים כפרחי כמורה. אך היו גם בעיות. רק מעט נזירים בודהיסטים נאלצו לחיות תחת חוקי העוני כפי שנכפו על ידי הישועים, ומכיוון שנתינת מתנות היא חלק חשוב מאוד בקשרים החברתיים של היפנים, גרם האיסור על פרחי הכמורה על קבלתן לניכור בינם לבין משפחותיהם.
בנוסף, התלמידים חשו נפגעים בשל התרגילים הרוחניים שהמציא מייסד מסדר הישועים איגנטיוס מלויולה ובמיוחד הדגש על הוידוי ועל בחינת המצפון שהתקבלו על ידי חניכי התרבות היפנית כבלתי נאותים ביותר. ואליניאנו, קברל ואחרים דיווחו לעיתים קרובות כיצד התרבות היפנית הדגישה את הצורך בהדחקת הרגש ובהסתרתו. בעיה זו הוחמרה בשל חוסר יכולתם של רוב הישועים לדבר יפנית שוטפת או להבין את השפה. חשיפת המחשבות הנסתרות של היחיד לאחר באמצעות מתורגמן, נראתה כהפרה בוטה של המנהגים החברתיים.
ודבר אחרון, ויסודי אף יותר, התרבות היפנית לא ראתה ואינה רואה גם כיום בחיי דת כנפרדים לחלוטין מהחיים החילוניים כפי שהישועים הבינו זאת. בתוך רוב הקהילות הבודהיסטיות מקובל, ואף מצופה מאנשים ונשים צעירים לשהות בבידוד כמה חודשים או שנים כנזירים או כנזירות. אבל בעוד שבתרבות היפנית מקובל מצב בו נזיר נודר למשך תקופה מוגבלת ואז חוזר לעיסוקיו הקודמים, הרי שהכנסייה הקתולית של תקופת הקונטרה רפורמציה, עם הדגשים ששמה על ייעוד בחיים ועל כמורה נצחית, לא הייתה מוכנה בכלל להסכין עם מצב בו נזיר או כומר חוזר לחייו כחילוני.
מרקנטיליזם ונמל נגסאקי.
ככל שהמיסיון הישועי ביפן הלך והתרחב במהירות החלו להצטבר קשיים כלכליים. כסף נדרש על מנת לממן את כל המוסדות הישועים: הסמינרים, בתי הספר, בתי הדפוס והמיסיונים. הקונפליקט הנצחי "בין אלוהים וממון" כפי שתיאר זאת ואליניאנו התחולל ברוב ההיסטוריה של המיסיון.
בתחילה ניסו השליטים המקומיים היפנים, הדאימו, להתחבב על ראשי הישועים במטרה להבטיח שספינות הסוחר הפורטוגזיות יערכו ביקורים בנמל המקומי שלהם בתדירות גדולה יותר. כל זה השתנה ב-1580 כאשר האב ויללה (Vilela) הצליח לשכנע את הדאימו ששלט על נמל נגסאקי, אומורה סומיטאדה (大村純忠), להתנצר. בתור שי הועבר הנמל, שאז היה כפר דייגים קטן בלבד, לחסות המסדר, כמו גם המצודה שבנמל.
ראש מסדר הישועים ברומא, הזדעזע למשמע החדשות על צבירת רכוש בוטה זו והורה בתקיפות כי השליטה הישועית בנגסאקי תהיה זמנית בלבד. אך קברל וואליניאנו העדיפו להתעלם בצורה מנומסת מהוראה זו, כפי שהתעלמו מרוב ההצעות שהגיעו מאירופה, בייחוד משום, כפי שהסביר ואליניאנו אחר כך, העיירה הפכה עיר מקלט לנוצרים שנרדפו ונעקרו ממקומות מגוריהם.
תחת שליטתם של הישועים גדלה נגסאקי מעיירה שבה רחוב אחד לנמל בינלאומי שהתחרה בגואה ובמקאו. הבעלות של הישועים על נמל נגסאקי נתנה להם מונופול על מיסוי הסחורות המיובאות ליפן. המסדר היה פעיל במיוחד בסחר הכסף היפני, בו נשלחו כמויות גדולות של כסף יפני לנמל קנטון בסין תמורת משי סיני, אבל ראשי המיסיון היו מודעים לפגם הבסיסי בעצם המעורבות של המסדר בעסקאות המרקנטיליסטיות והיו נחושים לצמצם את המסחר למינימום.
עימותים עם רומא.