בשנת 1909 היא קיבלה לידיה את הנהלת בית הספר היסודי לבנות אל-מוחמדייה (المحمدية الابتدائية) בפיום. בית ספר זה הוקם על ידי הרשות המקומית של פיום. היא הייתה המנהלת הראשונה של בית ספר יסודי במצרים. מוסא הצליחה בהרחבת חינוך לבנות בפיום בהפצת חינוך הבנות בפיום: תוך ארבעה חודשים מספר התלמידות הכפיל את עצמו. והיא דאגה להנגיש את החינוך לבנות. כמו כן ובמהלך אותה תקופה היא חיברה ספר לימוד שכותרתו פרות של החיים בחינוך הנערה (ثمرة الحياة في تعليم الفتاة), שנבחר ידי משרד החינוך כספר לימוד הקריאה בערבית לנערות בכיתה השלישית והרביעית 1909.
אולם במהלך שמונת חודשי עבודתה, היא נאלצה לסבול מהטרדות וקשיים, שהציבו בפניה מתנגדיה הגברים, שחשבו שאישה משכילה היא נחותה מגברים משכילים..בעקבות הטרדות אלו מינה אותה בשנת 1910 שר החינוך דאז אחמד לוטפי אל-סייד, למנהלת בית הספר למורות של אל-מנצורה (المنصورة). באותה תקופה קיבל בית ספר זה את המקום הראשון בבחינת המעבר הראשונית למורות. למרות הצלחתה, מתנגדי מוסא הצליחו לשכנע את האנגליים שהיא לאומנית ועוסקת בפוליטיקה. לכן היא הועברה לקהיר ובדצמבר 1914 חודש מינויה במשרד החינוך במשרה מלאה כמפקחת על המורות של בית הספר למורות בבולאק (بولاق).
בשנת 1916 קודמה לתפקיד של מנהלת בית הספר למורות אל-ורדיאן (الورديان) באלכסנדריה. היא נשארה בתפקיד זה עד שנת 1920. ד"ר מוחמד אבו אל-אסעד כתב בספרו "נבוויה מוסא ותפקידה בחיים המצריים"
סיום הקריירה בחינוך הממשלתי.
במהלך עבודתה מוסא מתחה ביקורת חריפה על משרד החינוך ושר החינוך: היא דרשה שיערך תיקון תוכניות הלימוד, שהפיקוח בבתי הספר לבנות יעשה על ידי נשים בלבד ולא על ידי הגברים, וגם לא על ידי נשים זרות (מערביות). את ביקורתה היא הביעה באמצעות שליחת תזכירים ותלונות האל שר החינוך שבהם בנוסף התלוננה על רדיפתה על ידי בעלי תפקידים בכירים במשרד, גזילת סמכויותיה והעדפת הגבר עליה.
שתי פרשיות בהן הייתה מעורבת הובילו להתנגשות בינה לבין משרד החינוך. הראשונה קשורה למכתב שהגישה מוסא לשר החינוך שבו התלוננה על העבירות המוסריות שבהן מעורבים מספר פקידים בכירים במשרד. הואיל והתלונה לשר החינוך לא הועילה, היא החליטה להסלים את מאבקה נגד הפקידים המושחתים באמצעות פנייה לדעת הקהל המצרית באמצעות פרסום הפרשה על דפי העיתונים. כך ביום שלישי 8 בדצמבר 1925 בעיתון ה"פוליטיקה היומית (السياسة اليومية), (שהוציאה לאור מפלגת החופשיים החוקתיים), פרסם מאמר פרי עטה תחת הכותרת מערכת חינוך הבנות באנגליה ובמצרים (نظام تعليم البنات في إنجلتراومصر). בתגובה למאמר עלי מאהר שר החינוך דאז הפנה ב-9 בפברואר 1925 אזהרה למוסא משום שהביעה הערות אישיות על חינוך הבנות בעיתון ובכך היא עברה על החוק האוסר על עובדי הממשלה להעיר הערות ולמתוח בקורת באמצעות העיתונים.
כמו כן משרד החינוך הטיל עליה את האחריות למרד של המורות המצריות נגד המנהלות הזרות. הסיפור של מרד המורות קרה במקרה, כאשר קבוצה של מורות מצריות התארגנה סביב הדרישה להחליף את מנהלות בתי הספר הזרות במנהלות מצריות. זאת מאחר שהמנהלות המצריות הוכיחו את יעילותן בעבודה וכדי שיהיה לעצמאות שקבלה המדינה באותו זמן תוכן אמיתי וביטוי בתחום החינוך. בעקבות זאת היועץ האנגלי של משרד החינוך העניק למוסא חופשה פתוחה בתשלום, שכן האנגליים האשימו אותה בעיסוק בפוליטיקה והתקפת אנשי השלטון, בגלל עמדתה סירובה להימצאות מפקחים גברים בבתי הספר של הבנות.
ששר החינוך עלי מאהר הוציא החלטה על הפסקת השירות של מוסא, והיא פוטרה בשנת 1926 מעבודתה בבתי הספר הממשלתיים. הרשות השופטת החליטה שמשרד החינוך ישלם לה כפיצוי סך של 5,500 לירות מצריות כפיצוי על החלטתו לפטר אותה מהשירות.
הקריירה בחינוך הפרטי של מוסא.
לאחר פיטוריה ממשרד החינוך הקימה מוסא בשנת 1926 את בית-הספר העצמאי לבנות, בשם מדרסת בנאת אל-אשראף, שהיו לו סניפים בקאהיר ובאלכסנדריה. היא הוציאה את כספי הפיצויים שקבלה ממשרד החינוך כדי לקדם אותו, והוא הפך לאחד מבתי הספר הטובים ביותר מבחינת המבנה, הציוד, ורמת הניהול והחינוך. במהלך השנים המשיכה מוסא בפיתוחו והרחבתו. בשנת 1946 היא נתנה את בניין בית הספר לבנות באלכסנדריה, כוואקף (צדקה) למשרד החינוך.
התקופה שבין 1937- 1943, הייתה אחת התקופות המשגשגות ביותר של מוסא, האנרגטית ביותר. לצד ניהול בתי הספר, שצברו מוניטין, היא הקימה בית דפוס וכתב-עת שמיועד לנשים בשם עיתון הנערה (مجلة الفتاة) (מערכת העיתון שכנה המבנה של בית הספר). הגיליון הראשון של "עיתון הנערה" ראה אור בשנת 1937 והוא המשיך לראות אור בחמש השנים הבאות שבמהלכן יצאו לאור 229 גיליונות. למוסא גם תרומה ניכרת להתפתחות מחשבת החינוך במצרים. תרומתה באה לידי ביטוי בהשתתפותה בכנסים חינוכיים רבים, שנערכו במהלך המחצית הראשונה של המאה ה-20, כדי לדון בסוגיות חינוכיות. כמו כן היא כתבה מספר יצירות ספרותיות שהתקבלו על ידי משרד החינוך כספרי לימוד. כמו כן כתבה אז רומן היסטורי בשם טופ חטפ' (توب حتب), בחזרה לעידן של אחמס הראשון (أحمس الأول), ופרסמה ספר שירים פרי עטה.
תמיכתה של מוסא, בין השנים 1937 ו-1942, בארמון ובמפלגת הליברלים החוקתיים (الأحرار الدستوريين) גרר עוינות גדולה מצדה של מפלגת אל-וופד (حزب الوفد). כאשר הגיעה מפלגת אל-וופד אל השלטון בפברואר 1942, מיהרה לנקום במוסא וסגרה את בתי הספר והעיתון שהקימה.
האוטוביוגרפיה של מוסא: תאריח'י בקלמי (تاريخي بقلمي, "ההיסטוריה שלי פרי עטי").
בין השנים 1938-1942 פרסמה מוסא את מסותיה האוטוביוגרפיות בטור שכותרתו זיכריאתי (ذكرياتي, "הזיכרונות שלי"), במגזין "אל-פתאה א-סאע'ירה" (الفتاة الصغيرة, [המגזין של] "האישה הצעירה") באופן סדיר. רשימות אלו היוו את הבסיס לספרה האוטוביוגרפי. בהקדמה לספר כותבת מוסא: כאשר מוסא החליטה לאסוף מסות אלה כספר, היא בחרה לפרסם אותם תחת הכותרת תאריח'י בקלמי (ההיסטוריה שלי בעטי). כותרת זו מבטאת את עמדתה לגבי יכולתה ויכולתן של נשים בכלל להניף ולהשתמש בכוחו של העט. נושא זה הוא משמעותי מאוד בספר הזיכרונות. הכותרת משקפת גם סוג מסוים של התנגדות ומרד: התנגדות להתעלמות של ההיסטוריה מסיפור חייהן של נשים בכלל ובפרט להתעלמות מחייה הקשים ודרכי ההתמודדות שלה עם המציאות כמו גם התנגדות לסילוף של קורות חייה. לפיכך היא רצתה לתעד את סיפור חייה בעצמה בעט שלה, ללא תיווכם של גברים ששלטו בתיעוד וכתיבת ההיסטוריה עד כה.
מרגוט בדראן (Margot Badran) היסטריונית של המזרח התיכון. מתארת את ספר האוטוביוגרפיה של מוסא כ: בדראן ומונה מיכאיל (1979) מצביעות על כך שאף על פי שמוסא אינה משתמשת במפורש במושג פמיניזם, היא מביעה עמדה פמיניסטית ביחס למאבקים שניהלה בחייה, פעולותיה והחלטותיה. כמו כן טוענת בדראן שעל אף שמספר מחקרים על זיכרונותיה של מוסא מספקים תובנות חשובות בטקסט, רובם התמקדו בהיבטים הפמיניסטיים, הלאומיים, והאנטי-קולוניאליים, מבלי לקחת בחשבון את התייחסותה לסוגיית הקריאה והכתיבה לנשים כפריבילגיה שהוחזקה עד לתקופתה בעיקר בידיהם של גברים. בדראן (1992) מזהה את הנושאים החוזרים ונשנים של ידיעת קרוא וכתוב ו "יצירה עצמית" כמוטיבים מרכזיים בזיכרונותיה של מוסא; עם זאת, מוסא אינה מתייחסת לקשרים בין האוריינות וסוגיות של מגדר וכוח חברתי ופוליטי.
מאוחר יותר, נערכו מחקרים המספקים את הניתוח הספרותי הראשון והסמליות של האוריינות, שמשחקת תפקיד חשוב בהגדרה העצמית של מוסא כאישה אינטלקטואלית, בתקופת החסות הבריטית והלאום המצרי המתהווה.
ספר האוטוביוגרפיה שלה לא היה זמין בספריות האקדמיות, מלבד (במוזיאון החינוך במכון למחקרים ולימודים חינוכיים-متحف التعليم في معهد البحوث والدراسات التربوية).
מוסא היא דמות מפתח בשתי ההיסטוריות של הפמיניזם הערבי והז'אנר בספרות הערבית האוטוביוגרפית. דרך הישגיה החינוכיים, הקריירה שלה כמורה, מנהלת ומייסדת של בתי הספר של בנות, פרסומיה. היא תרמה באופן ישיר לגישתן של נשים לחינוך, עבודה ותנאי עבודה הוגנים. לפיכך האוטוביוגרפיה שלה תורמת להעצמת נשים שרוצות ללכת בדרכה ובנוסף מאפשרת לנו ללמוד הרבה על איך ידעו הנשים קרוא וכתוב בימיה של מוסא, וכיצד הם ניהלו משא ומתן בינן לסביבה ובינן לבין העט על זכותן להשתתף בחיים האינטלקטואליים.
תרומתה לתנועה הפמיניסטית במצרים.
בשנת 1922 הקימה מוסא את ההתאחדות הנשית המוסרית (אל-אתחאד אל-נסאאי אל-תהד'יבי) ובשנת 1923 הייתה בין המייסדות של האיגוד הפמיניסטי המצרי (אל-אתחאד אל-נסאאי אל- מצרי) . באותה שנה 1923 מוסא הייתה חברה במשלחת המצרית הראשונה שהשתתפה בפורום פמיניסטי בינלאומי, כאשר נסעה לצדן של הודא שעראווי (هدى شعراوي) וסאיזה נבראוי (سيزا نبراوي) לוועידה של הברית הבינלאומית למען זכות הצבעה לנשים(international women suffrage alliance) ברומא. בכנסים הבינ-לאומיים אלו הפיצה מוסא את דעותיה הפמיניסטיות בכנות מלאה בנוסף לייסוד כתב-עת נשי מג'לת אל-פתאה ("הנערה") היא גם ערכה את מדור הנשים בכתב העת אל-בלאע' אל-אסבועי. כמו כן למוסא עצמה היה טור קבוע בעיתון - "טור הנשים" (צפחת אל-סידאת) - והיא הרבתה לעסוק בו בעניינים הקשורים לזכויות הנשים במצרים, אך גם בסוגיות לאומיות ותרבותיות כלליות.