בהפעלת לינוטייפ בהקלדה ידנית, אפשר להפעיל את המכונה (כלומר להקליד את הטקסט, ולהפעיל את מחזור היציקה בכל שורה), באופן כזה שהמערכת פועלת ברצף: כשבורגי המיון מסתובבים, הם נושאים אתם מטריצה אחרי מטריצה - בכל חריץ של הבורג מטריצה חדשה.
שורת המטריצות הנוסעות ימינה תלויות מפס המיון הולכת ומידלדלת, כשעוד ועוד מטריצות נושרות להן לתאיהן במחסנית, אך בתחילת הפס, לפני הערוץ הראשון במחסנית, שורת המטריצות התלויות רציפה לחלוטין, בלי רווחים ובלי הפסקות. מעלל כזה מכונה "לתלות שורה" (to hang a line),
יותר גופנים, וריאציות על מחסניות.
מכונת הלינוטייפ מהירה ויעילה יותר מסדר ידני, אבל היא גם מוגבלת יותר. המגבלה העיקרית של המכונה היא המגבלה ל-90 תווים מוגדרים מראש, בעוד שבסדר ידני, אין מניעה לערב תווים מקופסאות שונות - כמעט כל גופן שמצוי בבית הדפוס, יכול לשמש בכל גלופה.
כדי להקל על "מצוקת הגופנים", נוצרו בלינוטייפ מספר פתרונות ומנגנונים לתמיכה בגופנים נוספים:
אות משנית במטריצה.
כפי שתואר בתיאור המטריצה, והזכר גם בתיאור מערכת הסדר, חרוטים במטריצה שני תווים, ולא אחד (אם כי יש גם מטריצות בהן חרוט תו יחיד). המשמעות היא שבמחסנית עם 90 ערוצים, יש למעשה 180 גופנים שונים. עבור האותיות הגדולות והקטנות הגופן השני הוא כמעט תמיד אותה אות עצמה בכתב נטוי או מודגש, ועבור 48 הערוצים שאינם אותיות, הדבר מאפשר כפליים סימנים.
תיבת הפאי.
התיבה מכילה מטריצות נוספות, שעליהם חרוטים תווים נוספים, מעבר לאלו שנמצאים ב-90 הערוצים במחסנית. השימוש במטריצה מתיבת הפאי שובר את רצף העבודה: הסדר צריך לעזוב את המקלדת, ולפשפש בתיבת הפאי למציאת המטריצה המתאימה (המטריצות בתיבה אינן ממוינות), ואז להשחילה על מעלית הסדר. התיבה מאפשרת להרחיב את סט המטריצות לצרכים ייחודיים, למשל כאשר מאמר בתחום מסוים דורש תווים שאינם בסט המטריצות הסטנדרטי, למשל סוגריים רבועים [, ליגטורות כמו Æ, æ, וכיוצא בזה. במטריצות הללו אין כל שן חסרה מהשיניים שמשמשות למיון, והן אינן נופלות לאחד מערוצי המחסנית, אלא נוסעות לכל אורך פס המיון, ובסופו מחליקות במגלשה העשויה צינור מתכת גמיש, עד תיבת הפאי, בה המטריצה שסיימה גלישתה מתייצבת בסוף השורה, וממנה ייטול אותה הסדר כשתידרש שוב.
החלפת מחסנית.
ניתן להחזיק בבית הדפוס מגוון מחסניות, עם גופנים בגודל או עיצוב שונים, או אפילו מערכות תווים שונות, כלומר שפות שונות, וכשמתעורר הצורך, להחליף את המחסנית המותקנת בלינוטייפ במחסנית אחרת. בבית דפוס שהפעיל מכונות לינוטייפ, היו ארונות ייעודיים להחזקת מחסניות, בהן נמצאות המחסניות שאינן מותקנות כרגע באחת המכונות. בארונות אלו יש בדרך כלל מסילות, בהן מחליקים את המחסנית פנימה, ושולפים אותה חזרה, כמו מגרה,
פעולת החלפת מחסנית במכונה יכולה להיות קלה ופשוטה, בדגמים מסוימים, או קשה ומסובכת, באחרים - לעיתים נדרשים מספר עובדים, וזמן רב, כדי להחליף מחסנית. גם במכונות בהן הפעולה קלה יחסית, היא עדיין אורכת זמן מה, ודורשת עצירת העבודה - יש לסיים את השורה הנוכחית, להמתין לחזרת כל המטריצות למחסנית, ואז "להבטיח" אותה: סדר ששכח להבטיח את המחסנית, ימצא מאות מטריצות שנשרו ממנה על רצפת בית הדפוס. אחרי הבטחת המחסנית, יש לשחרר אותה, להסירה מהמכונה, לשאת אותה לארון המטריצות, ולהשחילה למסילה פנויה, לאתר את המחסנית הרצויה (באותו ארון או בארון אחר), לשלוף אותה, לשאתה חזרה למכונה, להרכיבה, ולבסוף "לנעול" אותה במקומה - מספר דקות לכל הפחות.
בסרטון המתאר את ה-blue streak בסעיף "קישורים חיצוניים", מודגמת החלפת מחסניות. ברבים מהדגמים האחרים, הפעולה מורכבת ומסובכת יותר מאשר בדגם זה.
רוב הדגמים מתאימים לעבודה עם "מחסנית סטנדרטית", שהופיעה עם דגם 5, אבל לא כולם, ודגמים מסוימים עובדים עם מחסנית ייחודית.
ריבוי מחסניות.
בדגמים שונים של לינוטייפ, ניתן להתקין מספר מחסניות (כשבכל מחסנית סט מטריצות, כלומר גופן שונה או בגודל אחר) באותו הזמן. המחסניות מונחות ב"שכבות", אחת מעל השנייה. יש דגמים בהם ניתן להתקין שתי מחסניות, ואחרים בהם ניתן להתקין שלוש וארבע.
בכמה דגמים, המחסנית התחתונה שונה מהעליונה, כאשר המחסנית התחתונה "קצרה" יותר, ויש בה מקום לפחות מטריצות.
מכונות עם ריבוי מחסניות מתחלקות למכונות שנקראות "מיקסר", ואלו שלא. במכונות שהן "מיקסר", יש מספר פסי מיון, וניתן לערב (מיקס) מטריצות ממחסניות שונות בשורה אחת. במכונות שאינן מיקסר, יש פס מיון יחיד, וכל המטריצות בשורה אחת הן מאותה מחסנית, כלומר מאותו גופן.
המיקסר הראשון היה דגם 2, מ-1903 (שהופיע שנה אחרי דגם 3, מ-1903), עם 2 מחסניות. דגם 9, מ-1911, היה המיקסר הראשון עם 4 מחסניות.
בלי מיקסר.
במכונה עם מספר מחסניות שאינן מיקסר, כדי לעבור לעבוד עם מחסנית אחרת, יש לסיים את השורה האחרונה עם הגופן הנוכחי, ולהמתין עד שכל המטריצות סיימו להתמיין, וחזרו למחסנית. כעת מחליפים מחסנית, בדרך כלל על ידי סיבוב ארכובה, שמעלה ומורידה את כל ה"פשטידה" העשויה מהמחסניות המונחות אחת בשכבות, זו מעל זו, עד שהמחסנית עם הגופן הרצוי נמצאת ב"גובה העבודה". בגובה זה, הקשות המקלדת יגרמו לשחרור מטריצה מהמחסנית שנבחרה, ופס המיון ישמוט את המטריצות חזרה לאותה מחסנית. פעולת המעבר ממחסנית למחסנית אינה מידית, אבל היא קצרה ללא שיעור מהזמן שדרוש להחלפה במחסנית מהארון.
מערכת מיון אחת משרתת את כל המחסניות, או נכון יותר, את המחסנית שכרגע בעמדה ה"פעילה".
גם כשמפעילים מכונה עם ריבוי מחסניות, עדיין נחוץ לפעמים להחליף את אחת המחסניות המותקנות, אך העובדה שעל המכונה מותקנים שניים, שלושה, או ארבעה (לפי הדגם) מהגופנים שנמצאים בשימוש בבית דפוס מסוים, הופכת את הצורך הזה מאירוע תדיר, לפעולה נדירה יחסית.
עם מיקסר.
במכונות עם מיקסר, יש מספר פסי מיון. ניתן לערב מטריצות ממספר מחסניות באותה שורה. במכונה כזו מותקנים מספר פסי מיון. המעבר ממחסנית למחסנית נעשה על ידי בורר, במקלדת או סמוך לה. בספרי התיעוד של כמה מדגמי המיקסר, נאמר שהסדר יכול לעבור מגופן לגופן (כלומר ממחסנית למחסנית) בלי להאט את ההקלדה.
במכונות אלו יש לפתור מספר בעיות: בצד הסדר, האופן בו הבורר קובע איזו מחסנית פעילה, והמסלול מהמחסניות השונות לרצועת ההסעה. בצד המיון, יש לדאוג שכל מטריצה תחזור למחסנית אליה היא שייכת וממנה יצאה.
בעיית הסדר אינה טריביאלית, והפתרון לא תמיד מושלם: יש דגמים בהם התזמון של המחסניות השונות אינו זהה - למטריצות ששוחררו מהמחסנית התחתונה, לוקח יותר (או פחות) זמן להגיע לשורת הסדר, מאשר לאלו מהמחסנית העליונה. כפי שהוסבר למעלה, תזמון שווה במדויק של התווים השונים, כלומר הערוצים השונים, חשוב, ובלעדיו נוצר לעיתים קרובות מצב של "שיכול אותיות", כלומר זוג אותיות שהגיעו למעלית הסדר בסדר הפוך מהסדר בו הוקלדו, משום שהתזמון של התו שהוקלד שני, מהיר יותר מהתזמון של הראשון, והוא מצליח להתייצב לפני הראשון בשורת הסדר.
לכאורה, לא נורא אם התזמון במחסנית אחת שונה מהתזמון של השנייה, כל עוד התזמן שווה בין ערוצים שונים באותה מחסנית, משום שכדי להחליף גופן, הסדר צריך להסיט את הבורר, וזמן זה ארוך דיו כדי לחפות על הבדלים קטנים בתזמון בין המחסניות. הבעיה היא, שבנוסף לתווים מהמחסנית, יש בכל שורה גם מספר פסי רווח, שהגיעו מקופסת הרווחים, שגם היא מתוזמנת בקפידה. כאשר יש הבדל בתזמון בין המחסנית העליונה והתחתונה, התזמון של תיבת הרווחים יכול להיות שווה לזו, או לשנייה, אבל לא לשתיהן, דבר שמקשה על השימוש לפחות באחד הגופנים. לא כל דגמי ה"מיקסר" פתרו בהצלחה את הבעיה הזו.
במערכת המיון, במכונת מיקסר יש למיין את המטריצות בשני שלבים: בשלב הראשון יש לשלוח כל מטריצה לפס המיון המתאים, ובשלב השני, פסי המיון ממיינים את המטריצות לערוצים, כמו במכונה בלי מיקסר.
המיון הראשוני מתבצע בעזרת קידוד נוסף, הפעם בתחתית המטריצה. קידוד זה פשוט יותר מהקידוד לערוץ המתאים, והוא מתבצע בעזרת שמונה "אתרים" בתחתית המטריצה, בכל אחד מהם יכול להיות חריץ.
בערכות מטריצות המתאימות למכונות מיקסר, בשניים או שלושה מהאתרים הללו יש חריץ, ורשימת האתרים החרוצים היא ה"קוד" של אותה ערכה. כל המטריצות באותה ערכה חרוצים באותו אופן. במכונה כזו, המטריצות לא עוברות מהמעלית השנייה ישירות לפס המיון, אלא ל"קופסת מיון", שממוקמת מעל פסי ההפרדה, בה המטריצות מופרדות בעזרת הקידוד בתחתיתן, וממנה הן גולשות במגלשת המתאימה, לפס המיון המתאים. פסי המיון ממוקמים במדורג, מעל ומאחרי המחסניות, כשהאחורי ביותר, שהוא גם העליון, ממיין את המטריצות של המחסנית התחתונה, והפס הקדמי והתחתון, ממיין למחסנית העליונה. כל התנועה הנוספת מתבצעת בעזרת גרביטציה - המטריצות גולשות מקופסת ההפרדה לפסי המיון בכובד משקלן, ובדומה מסלול הגלישה הארוך מפס המיון האחורי עליון, כל הדרך למחסנית התחתונה. לצורך כך, המעלית השנייה מניפה את המטריצות גבוה יותר, ובכך מספקת את הכוח המניע לחציו הראשון של המיון הכפול.
במכונות מיקסר, מספר פסי המיון יכול להיות כמספר המחסניות, כך שהסדר יכול לערב מטריצות מכל המחסניות בשורה אחת, אך יש גם דגמים בהם מותקנות ארבע מחסניות, אך רק שני פסי מיון. במכונות כאלו,