בשנת 1836 (ה'תקצ"ו), חמש שנים לאחר החלפת חברי מועצת קהילת מיינץ, הוחזרו חברי המועצה הישנים לתפקידם, אך החזירו רק מקצת מהמנהגים. הם התירו לבני הקהילה לשמש כחזנים ושינו את נוסח התפילה לשלום הדוכס האזורי, כך שלא תהיה בה כפירה בביאת המשיח.
ב-11 ביולי 1840 (י' בתמוז ה'ת"ר) ביצע ד"ר אליאס בנדיקט קאהן בעיר מיינץ טקס קונפירמציה.
בדצמבר 1849 (ה'תר"י) ניסו חברי מועצת הקהילה הרפורמים לבצע שנויים בקהילה, להכניס עוגב לבית הכנסת, לשנות את עזרת הנשים ולהוציא את הבימה. אולם כאשר שבעים ואחד חברי קהילה חתמו על עצומה המוחאת על כך בוטלו שינויים אלו.
בשנת 1850 היו בעיר 2,125 יהודים מתוך אוכלוסייה כוללת של 37,000.
במחצית השנייה של המה התשע עשרה הצטרפו יהודים רבים אל האגודות הכלליות לתרבות, ספורט, שייט, זמר וחברה. בשנות השישים של המאה התשע עשרה שירתו יהודים ממיינץ בצבא והקהילה אף סיפקה להם אוכל כשר. בשנת 1863 הקימה הקהילה ועד לשבויי מלחמה יהודים.
התפצלות הקהילה.
באמצע המאה ה-19 התפצלה הקהילה כאשר בשנת 1853 מונה הרב ד"ר יוסף אוב הרפורמי לרב הקהילה. הרב הציג רפורמות דת, כמו שימוש בעוגב בבית כנסת שנבנה ב-1856, עריכת שינויים בנוסח התפילה וביטול ההפרדה המגדרית בבית הכנסת.
היהודים השמרנים הקימו מניין משלהם בשם "קהל עדת ישורון" והזמינו ב-1854 את הרב מרקוס (מאיר) להמן, עורך העיתון דער איזראעליט ומי שלימים התפרסם בעולם הדתי כמחברם של רומנים היסטוריים כשרים רבים, לכהן כרבם.
הרב מרקוס להמן ייסד בית ספר תיכון שההוראה בו הייתה בשפות זרות בשנת 1859. עד שחוקק החוק הפרוסי משנת 1876, שהסדיר פרישת חברים מקהילות דתיות, נותרו האורתודוקסים בתוך הקהילה הכללית, ונפרדו ממנה רק מאוחר יותר.
יהודים אורתודוקסים, שהתנגדו לשיטות הרפורמיות ופרשו מהקהילה, ייסדו לעצמם בית כנסת ארעי בפינת הרחובות פלכמרקט ומרגרטנסטראסה. לאחר מכן נבנה במקום בית כנסת בשנת 1879, והוא הורחב לכ-300 מתפללים. יהודי מזרח אירופה ערכו את תפילותיהם תפילה ב-13 מרגרטנשטיין, שהוקם בשנות ה-80 של המאה ה-19. הקהילה חנכה בשנת 1913 בית כנסת חדש בהינדנבורגשטראסה, עם 580 מושבים לגברים ו -482 נשים. בשנת 1929, הקהילה האורתודוקסית הקימה בית כנסת חדש. בראש הקהיה האורטודוכסית עמד הרב ד"ר מאיר (מרקוס) להמן.
תקופת הפריחה שלאחר ההתפצלות.
למרות הפיצול, ניתן לראות את התקופה מהמחצית השנייה של המאה ה-19 ועד 1933 כתקופת הזוהר השנייה של הקהילה היהודית במיינץ. מבני בית הכנסת החדשים, בעיקר בניית בית הכנסת הראשי המפואר בשנת 1912, הקהילה המשגשגת, העידו על כך חיי מועדונים תוססים וצדקה נדיבה לכל מיני מוסדות בעיר, כמו התיאטרון העירוני ומועדוני ספורט שונים, כולל מיינץ 05. המפלגות האנטישמיות שהיו קיימות כבר במאה ה -19 לא זכו להצלחות בולטות במיינץ. גרוע יותר מבחינה חומרית, במיוחד אחרי מלחמת העולם הראשונהיהודים עולים מהמזרח שהקימו את "האגודה ההומניטארית הישראלית" כבר בשנת 1908 כתת-הקבוצה השלישית של יהודי מיינץ. זרם הקבוצה, שהרחיק את המנטליות של יהודי הריין, העצים את ההבדלים בין ליברלים לאורתודוקסים בקהילה.
במלחמת העולם הראשונה נהרגו 68 מיהודי קהילת מיינץ. בהם: עורך דין ד"ר י' קאהן ממנהיגי המפלגה הלאומית ליברלית, וד"ר הוגו מאסט. הרב זאלפלד, מבני הקהילה, שימש כרב צבאי וקיבל מספר אותות כבוד. בנו, אף הוא רב צבאי, נהרג במלחמה. במהלך המלחמה פתחה הרבנית בונדי מעון יום לאימהות עובדות, ובית תמחוי ליוצאי יהדות מזרח אירופה. בשנת 1921 הציבה הקהילה לוח זיכרון לחללי המלחמה.
קורות הקהילה בשואה.
לפני ליל הבדולח נמנו על בני הקהילה כ-2,700 יהודים. בעיר פעלו סניפים של הכח וינה, בלאו וייס. עם השתלטות הנאצים על גרמניה החל תהליך של התעללות הזחילה של היהדות גם במיינץ. פיטורים מהשירות הציבורי, חרם על עסקים יהודיים, גירוש מבתי ספר, הפקעה ונטילת זכויות. אחד המפוטרים הראשונים היה חבר מועצת העיר היהודי לודוויג אפשטיין. פוטרו גם ד"ר היינריך רוזנהאופט, מנהל שירותי הבריאות העירוניים. פרופסור הנס גאל, מנהל האקדמיה העירונית למוזיקה. ריכארד קוך, היועץ המשפטי הערוני וד"ר קורט מארקארד, אחראי על שירותי הרווחה העירוניים.
ב-23 ביני 1933 נערך במיינץ טקס שרפת ספרים יהודיים, מלווה במוזיקה, חגיגות וקרנבל.
במהלך ליל הבדולח נשרפו בתי הכנסת שבעיר, בית הכנסת הראשי ובית הכנסת ברחוב פלאכסמארקשטראסה. בלילה זה לא היו הרוגים במיינץ, כמו כן בתי הקברות, בית החולים ובית הזקנים לא ניזוקו אך נקלעו לקשיים. חלק מספריות בית הכנסת ניצלו אף הם.
כך מספר צבי כהן יליד מיינץ, בן 15 בליל הבדולח:
אביו שהיה רופא הגיע לבית החולים כדי לסייע בטיפול, אספסוף אשר פרץ לבית וגילה שהאב בבית החולים הודיע לו שהם מגיעים כדי לעצור אותו, הילדים והאם הובלו למשטרה (שלאחר מכן שחררה אותם). כאשר חזרו גילו שהבית נבזז, לאחר הרגיעה שב האב לבית וגילה שכולם בריאים מבלבד הבית שניזוק. יהודי שניסה להתנגד לפרעות נרצח על ידי ההמון ונשאר זמן רב מוטל על אבני הרחוב.
לאחר ליל הבדולח התפללו היהודים במתחם בית החולים היהודי.
בעקבות ליל הבדולח החלו היהודים לעזוב את מיינץ, במאי נשארו בעיר כ-1452 יהודים, בפרוץ המלחמה נשארו בעיר יהודים מעטים.
בתחילת שנת 1939 הוצא צו שלפיו על כל הארגונים היהודיים להיסגר, בכל עיר תוכר רק קהילה אחת הקשורה להנהלה המרכזית בברלין. מכאן ואילך הקהילה נוהלה על ידי הגסטפו. את הקשר עם הגסטפו ניהל מישל אופנהיים, שהיה בן לאב יהודי ואם קתולית ומנהל מחלקת התרבות בעיריית מיינץ. אופנהיים תיעד את קורות הזמן ביומן סודי שניהל.
בחודשים מארס-ספטמבר 1942, שולחו רוב היהודים והפליטים לגטו טרזיינשטט, ב־30 במרץ 1942 הובאו לפיאאסקי שליד לובלין 450 יהודים וב־27 בספטמבר הובאו לטרזינשטאט 450 יהודים נוספים. שלושה ימים לאחר מכן גורשו 117 יהודים לשלטון הכללי בפולין. במהלך התחבורה האחרונה ב -10 בפברואר 1943 גורשו מיינץ 15 יהודים, בסך הכל 1092 איש. בפברואר 1943 גורשו היהודים האחרונים ממיינץ.
בין 1,300 ל-1,400 יהודים ממיינץ נספו בשואה.
כאשר צבא ארצות הברית כבש את העיר ב־22 במרץ 1945, עדיין חיו בעיר 61 יהודים. אלה היו יהודים שחיו בנישואי תערובת שמהם נולדו ילדים. ב-10 ביולי 1945 חזרו שני ניצולים מטרזינשטט למיינץ. עם זאת, רובם כבר לא התגוררו בעיר.
קורות הקהילה לאחר השואה.
לאחר המלחמה חזרו רק יהודים מועטים לעיר הולדתם מיינץ. 24 ניצולים ממחנה הריכוז טרזינשטאט חזרו למיינץ, ביניהם מקס וולדמן, ראש הקהילה היהודית. הם שוכנו במתחם בית החולים הערוני.
ב-17 באוקטובר 1945 פנתה יהודייה ממיינץ שנותרה בחיים, אחראית ענייני התרבות במיינץ, מישל אופנהיים, לממשלת הצבא הצרפתית בבקשה להקים מחדש את הקהילה היהודית של מיינץ. בקשתה נענתה.
לאחר המלחמה הוקמה הקהילה מחדש. ב-12 בספטמבר 1947 נחנך בית כנסת באולם התעמלות משופץ. הוא הורחב בשנת 1966.
בשנת 1948 היו בה 80 חברים. ב-1978 היו בקהילה 120 יהודים.
במרתף סמוך לספריה העירונית נמצאו לאחר המלחמה 5,500 ספרים אשר נאספו על ידי הנאצים והיו אמורים להישלח למקום ריכוז אך לבסוף לא נשלחו. האוסף נמסר לקהילה היהודית החדשה, אך משום שהיא לא הייתה מסוגלת לטפל בהם הם הופקדו לשמירה לאוונגליזם שבאוניברסיטה המקומית שם נשמרו בארגזים עד שנת 2005 כאשר מונה פרופסור לאהנהרדט לראש הפקולטה והתחיל למיין ולסדר את הספרים. כיום הספרים נגישים. היו שכעסו על מסירת הספרים ללא יהודים, אך כהן ורבים אחרים בירכו על כך כי אחרת הספרים היו קבורים באדמה.
בשנת 2010 נחנך במקום בית כנסת אולטרה מודרני מיוחד בארכיטקטורה ובסמלים שבו. בית כנסת נקרא "מאור הגולה", ומשמש את הקהילה, המונה כ-900 איש, רובה מיוצאי ברית המועצות. הוא נבנה על חורבות בית הכנסת הגדול, שהוצת ונהרס בליל הבדולח. בחצר בית הכנסת שולבו שרידים מבית הכנסת הישן.
בשנת 2015 נמנו על בני הקהילה כ-2000 חברים, כאשר רבים מהם הגיעו ממזרח אירופה.
בשנת 2021, הכריזה אונסק"ו על האתרים היהודיים במיינץ כאתר מורשת עולמית, בהכרזה משותפת לוורמס ושפייר – קהילות שו"ם – בשל היותן ערש התרבות היהודית באירופה.
מנהגי הקהילה.
בימי הביניים התייחד "מנהג מגנצא" כמנהג בפני עצמו בתוך נוסח אשכנז, והיו פרטים רבים המיוחדים לקהילה זו. ספרים רבים מתקופת הראשונים מביאים מנהגים מקהילת מיינץ. בין המרכזיים שבהם נמצאים: "מעשה הגאונים", הרוקח הגדול, "מנהגי מהרי"ק" ו"מנהגי מהרי"ל". גם ספר "שיבולי הלקט" מביא מספר מנהגים. ספר מהרי"ל ו"סידור מגנצא" מביאים אף הם את המנהגים.
ככלל, מנהג מגנצא היה קרוב יותר לנוסח איטליה משאר מנהגי אשכנז. בסוף ימי הביניים, עם הגירושים הרבים שפקדו את הקהילה, נעלמו רוב הפרטים שייחדו את מנהג מגנצא, וברובו הוא הפך דומה למנהג שאר קהילות אשכנז.
המנהגים המרכזיים.
לפי עדותו של רבי יהודה בן קלונימוס משפיירא, היו יהודי מגנצא נוהגים בנתינת זרוע, לחיים וקיבה לפני ההרג של גזירות תתנ"ו.
בעת החדשה השתמרו במיינץ מספר מנהגים שמקורם ביהדות אשכנז הקדומה:
בערב ראש השנה צמו רוב היהודים כדי להתכונן לימים נוראים. בראש השנה הלכו אנשי הקהילה לומר "תשליך" בטיילת ליד נהר ריין, באופן כללי זה היה מקום הבילוי המועדף על בני הקהילה בשבתות הקיץ.
בערב יום כיפור לאחר הסעודה המפסקת הלכו כולם אל בית הכנסת בבגדי לבן. בערב יום כיפור ולפני קריאת המגילה בפורים הניחו שתי קערות צדקה, וכל אדם היה תורם כיכולתו. קערה אחת יועדה לכולל הו"ד, והקערה השנייה חולקה לעניים שפנו לקהילה.