מקונל השתמש רבות בטקטיקות העיכוב גם בתחום אישור המינויים של הנשיא אובמה לשופטים פדרליים בבתי המשפט המחוזיים ובתי המשפט לערעורים. תחת הנהגתו הרפובליקנים סירבו, בניגוד למה שהיה מקובל, לדון ביחד בקבוצות של מינויים אלא דרשו דיון פרטני בכל מינוי, וקיימו פיליבסטרים גם על מינויים שלא היו שנויים במחלוקת ושלבסוף עברו ברוב גדול. כתוצאה מכך, הדמוקרטים, בראשות מנהיג הרוב הארי ריד, שינו ב-2013 את כללי הסנאט, כך שלהפסקת פיליבסטר על מינויים ברשות המבצעת ומינויי שופטים פדרליים בערכאות הנמוכות יספיק רוב רגיל, ורק במינויים לבית המשפט העליון ימשיך להיות צורך ברוב מיוחס של 60 סנאטורים. מקונול הבטיח לדמוקרטים שהם יתחרטו על כך, ועשויים להתחרט מוקדם ממה שהם צופים.
בעת השבתת הממשל באוקטובר 2013, מקונל היה דווקא זה שהוביל לפשרה עם ממשל אובמה והדמוקרטים בקונגרס. ההשבתה נבעה מיוזמה של הסנאטורים החדשים טד קרוז ומייק לי מאגף "מסיבת התה" שהובילו את חברי האגף בבית הנבחרים להתנגד להעברת חוקי תקציב, ואף להארכת תוקף חוקי תקציב קודמים, אלא אם כן הם יכללו פגיעה ברפורמת הבריאות ("אובמה-קר"). בתחילת המשבר מקונל לא נטל חלק בדיונים שהתנהלו בעיקר בין יושב ראש בית הנבחרים ג'ון ביינר לבית הלבן. אולם אחרי שביינר לא הצליח להביא לסיום המשבר, ולאור סקרים שהראו שהציבור מאשים את הרפובליקנים בהשבתה, נכנס מקונל לעובי הקורה, ולמרות יחסיו הקשים עם מנהיג הרוב הדמוקרטי הארי ריד, הם הצליחו להגיע להסכם שסיים את המשבר אחרי למעלה משבועיים, בלא הישגים ממשיים לרפבוליקנים.
מנהיג הרוב בסנאט (2015 - 2021).
בעקבות בחירות אמצע הקדנציה ב-2014, הרוב בסנאט עבר לידי הרפובליקנים, ומקונל הפך למנהיג הרוב. הוא החזיק בתפקיד בשנתיים האחרונות לממשל אובמה, ובמשך כל כהונתו של דונלד טראמפ כנשיא.
אישור מינויי שופטים.
כמנהיג הרוב בסנאט מקונל עצר כמעט לחלוטין את המינויים של אובמה לשופטים פדרליים.
מגמה זו הגיעה לשיא עם מותו של שופט בית המשפט העליון אנטונין סקאליה בפברואר 2016. עוד באותו יום החליט מקונל לא לאפשר לאובמה למנות שופט חדש והודיע כי "לעם האמריקני מגיע קול בבחירות השופט הבא בבית המשפט העליון שלהם. לכן אין למלא את המקום עד שייבחר נשיא חדש". כאשר אובמה החליט למנות את מריק גרלנד מקונל סירב לאפשר לדון במינוי, והמושב בבית המשפט נשאר ריק יותר משנה. מקונל התגאה כי החלטה זו הייתה החשובה ביותר אותה קיבל בקריירה שלו, וייחס לה גם השפעה מכרעת על ניצחונו של דונלד טראמפ בבחירות, משום שהשארת המינוי לנשיא שייבחר נתנה סיבה למצביעים שמרניים להצביע עבור טראמפ.
ניצחונו של דונלד טראמפ בבחירות לנשיאות ב-2016 אפשרה למקונל להיות הרוח החיה מאחורי מהפכה עמוקה בהרכב השופטים בבתי המשפט הפדרליים. בעת השבעתו של טראמפ לנשיאות מספר גדול של של מקומות בבתי המשפט נותרו בלתי מאוישים, לאור הסחבת שנקט מקונל בהעלאת המינויים של אובמה לאישור הסנאט. עוד לפני הבחירות לנשיאות החל מקונל לתכנן יחד דון מקגאן, חבר האגודה הפדרליסטית שהיה היועץ המשפטי של קמפיין טראמפ ואחר כך היועץ המשפטי של הבית הלבן, את האסטרטגיה לאיוש תפקידים אלה בגל של שופטים שמרנים שטראמפ ימנה ומקונל יידאג לאישור מינויים בסנאט.
גולת הכותרת היו המינויים לבית המשפט העליון. כאשר טראמפ מינה את ניל גורסץ' לכיסא של סקליה, הדמוקרטים ניסו להפעיל פיליבסטר כנגד המינוי, כמחאה על מניעת הדיון באישור מינוי גרלנד לכיסא זה על ידי אובמה. בתגובה מקונל הוביל את הורדת הרף לעצירת פיליבסטרים לרוב רגיל גם במינויים לשופטי בית המשפט העליון. בעזרת הורדת רף זה הצליח מקונל להוביל את האישור של שני שופטים נוספים לבית המשפט העליון, בצורה ששינתה את פניו: ברט קוואנו, שמינויו היה שנוי במחלוקת עקב טענות שצצו כנגדו על הטרדות מיניות, ואיימי קוני בארט, שמונתה אחרי פטירתה של רות ביידר גינסבורג' בספטמבר 2020. מקונל הצדיק את כך שהוביל למינוי למושב בבית המשפט העליון שהתפנה פחות מחודשיים לפני בחירות לנשיאות, למרות שהוא מנע מאובמה למלא מושב שהתפנה 8 חודשים לפני הבחירות הקודמות לנשיאות, בכך שבחירות אמצע הקדנציה בהן הרפובליקנים הגבירו את כוחם בסנאט נתנו לכך מנדט.
גם בערכאות הפדרליות היותר נמוכות הצליח מקונל להשאיר חותם על ידי אישור מינויים של שופטים שמרניים צעירים, שיישארו במערכת שנים רבות. מעבר לשימוש בהורדת הרף לעצירת פיליבסטרים, שעבור מינויים אלה הורד על ידי הדמוקרטים לאור העיכובים שהוא יצר בימי אובמה, מקונל יזם עוד שינויים פרוצדורליים שהקלו על אישור המינויים, וכך טראמפ מינה לבתי המשפט לערעורים 54 שופטים בקדנציה יחידה, לעומת 55 שופטים אותם מינה אובמה בשתי קדנציות, ולראשונה מזה 40 שנה כל המקומות בבתי משפט אלה התמלאו.
חקיקה.
בניגוד למנהיגים רבים של הרוב בסנאט במהלך ההיסטוריה, מקונל שם דגש פחות על העברת חקיקה. במשך 6 שנותיו בתפקיד, רק במשך השנתיים הראשונות של נשיאות טראמפ שני בתי הקונגרס והנשיאות היו בידי הרפובליקאים,
היוזמה החקיקתית הגדולה הראשונה של הרפובליקנים בשנתיים אלו הייתה הניסיון "לבטל ולהחליף" את רפורמת הבריאות של אובמה ("אובמה-קר"), ובה הם נחלו כישלון צורב. כבר בשבוע השני של הקונגרס החדש, עוד לפני השבעתו של טראמפ, הסנאט העביר החלטה לאפשר לבטל את "אובמה-קר" ברוב רגיל של 51 סנאטורים (אולם בשביל להעביר חוק חליפי עדיין היה צורך ב-60 קולות בשביל להתגבר על פיליבסטר). במאי הרפובליקנים הצליחו להעביר בבית הנבחרים הצעת חוק לביטול אובמה-קר, אולם הסנאטורים הרפובליקנים לא הסכימו לאמץ אותה, וניסו לגבש חוק מהתחלה. המאמצים הגיעו לשיאם ביולי, כאשר כמה מהצעות אלה עלו להצבעה ולא הצליחו אפילו להתקרב לרוב רגיל. ההצבעה על ההצעה האחרונה, שהציעה רק ביטול חלקי של רפורמת הבריאות של אובמה, הייתה הקרובה ביותר לזכות לרוב (ובכך להתחיל הליך של מיזוג בין ההצעות שהתקבלו בשני בתי הקונגרס). רק שתי הסנאטוריות הרפובליקניות המתונות סוזאן קולינס וליסה מרקאוסקי הודיעו שהתנגדו לה. סגן הנשיא הוזעק להכריע את ההצבעה במקרה של תיקו, וגורל ההצבעה היה תלוי בקולו של ג'ון מקיין, עליו הופעלו לחצים רבים מכל הכיוונים. לבסוף הוא נכנס לאולם הסנאט להצביע הצבעה השמית, נעמד מול מקונל, סימן באגודלו מטה והפיל את החוק. כישלון זה הביא לשורת מתקפות של הנשיא טראמפ כנגד מקונל.
לעומת זאת הרפובליקנים זכו לניצחון חקיקתי גדול בדצמבר 2017 באישור רפורמת מס ("Tax Cuts and Jobs Act of 2017") שהביאה לקיצוץ מיסים לחברות וליחידים, חלקם רק למשך עשר שנים, לביטול החזרי מס מסוימים, וגם לביטול למעשה של הקנס שנקבע ב"אובמה-קר" על מי שלא רכש ביטוח בריאות. לפי כללי הסנאט, לפיהן אפשר למנוע פיליבסטר על חקיקה הקשורה לתקציב ברוב רגיל, מקונל היה זקוק לתמיכה של 50 מתוך 52 הסנאטורים הרפובליקנים, והוא הצליח להשיג את תמיכתם של כולם למעט בוב קורקר שהתנגד לתוספת לגירעון שהחוק יצר.
השבתות הממשל.
במהלך נשיאותו של טראמפ, בה מקונל היה מנהיג הרוב בסנאט, היו שתי השבתות של הממשל בשל אי העברה בקונגרס של חוקי תקציב, ולו זמניים (continuing resolutions). שתי ההשבתות התרחשו בשל מחלוקות בנושא ההגירה הבלתי חוקית
הראשונה התרחשה בינואר 2018 ביוזמת הדמוקרטים בסנאט, שהפעילו פיליבסטר בניסיון לדרוש תמורת הפסקתו חקיקה שתעגן את ההגנה מפני גירוש של מהגרים בלתי חוקיים שהובאו לארצות הברית כילדים, הגנה שניתנה על ידי הנשיא אובמה בצו נשיאותי (DACA - Deferred Action for Childhood Arrivals) ושטראמפ החליט לא להאריך. מקונל הסכים רק להצהיר שהוא מתכוון לאפשר להעלות הצעת חוק בנושא. בתחילה הדמוקרטים לא הסתפקו בכך, אולם אחרי פחות משלושה ימים של השבתה הם תקפלו בלי שמקונל זז מעמדתו.
ההשבתה השנייה, בדצמבר 2018 וינואר 2019, ארכה זמן שיא של 35 יום. באופן חריג מי שיזם אותה היה הנשיא, דונלד טראמפ, שהודיע שלא יחתום על אף חוק תקציב שלא יכלול הקצאה של 5.7 מיליאד דולר לטובת החומה שהוא רצה לבנות כנגד הסתננות מהגרים על גבול ארצות הברית–מקסיקו. הדמוקרטים מנעו קבלת חקיקה כזו - בתחילה בזכות הפיליבסטר בסנאט, והחל מתחילת ינואר גם בזכות הרוב שעבר לידיהם בבית הנבחרים. מקונל הודיע שהוא לא ייתן לערוך הצבעה בסנאט על חקיקה שהנשיא לא יצהיר שהוא מוכן לחתום עליה, וטען שרק הסכמה בין הנשיא לבין ההנהגה הדמוקרטית בקונגרס תוכל להביא לסיום המשבר.
ההשבתה הסתיימה כאשר טראמפ הסכים לחתום על חוק שיקצה תקציב למשך שלושה שבועות. במהלך זמן זה הגיעו הרפובליקנים והדמוקרטים בקונגרס לפשרה בנושא התקציב, שכללה מימון לאמצעים למניעת הגירה בלתי לוקית בגבול עם מקסיקו, אך בסכום קטן בהרבה ממה שהנשיא דרש. טראמפ הסכים לחתום על החוק, אולם הכריז על מצב חירום בגבול שנתן לו סמכות להעביר תקציבים ממטרות אחרות לצורך בניית החומה. מקונל, שהתנגד לצעד זה וניסה לשכנע את הנשיא שלא לנקוט בו, נאלץ להודיע על תמיכתו בהכרזה על מצב החירום תמורת חתימתו של טראמפ על החוק ומניעת השבתה נוספת.
משפט ההדחה הראשון של טראמפ.
בסוף 2019 החל הליך ההדחה הראשון כנגד דונלד טראמפ, בו הואשם טראמפ בניצול כוחו לרעה, ובשיבוש הליכי הקונגרס בפרשת טראמפ–אוקראינה. שני סעיפי האישום עליהן החליט בית הנבחרים בדצמבר 2019 הונחו על שולחן הסנאט בתחילת 2020.