ב-7 בינואר 2012 ביונסה ילדה את בתה הראשונה בלו אייבי קארטר בניו-יורק. חמישה חודשים מאוחר יותר ביונסה הופיעה ארבע הופעות בלבד באטלנטיק סיטי שבניו ג'רזי במסגרת "Revel Presents: Beyoncé Live" שנועד לסמן את החזרה שלה למוזיקה לאחר הלידה. באותו חודש הופיעה ביונסה בהשבעה של הנשיא האמריקאי ברק אובמה עם ההמנון האמריקאי. חודש לאחר מכן הופיעה ביונסה בהופעת המחצית של ה-Super Bowl XLVII שהתקיים בניו אורלינס, לואיזיאנה, במהלך ההופעה העלתה ביונסה את קלי רונלד ומישל ויליאמס וביצעה איתם כמה מספר שירים מתקופת "דסטיניז צ'יילד", ההופעה הייתה הרגע הכי "מצוייץ" בהיסטוריה של טוויטר כשלמעלה מ-268,000 ציוצים צויצו בדקה.
2013–2015: BEYONCÉ.
בשנת 2013 יצאה ביונסה למסע הופעות עולמי נוסף, "The Mrs. Carter Show World Tour", הכולל 132 הופעות ברחבי העולם. המסע הופעות נחשב למצליח ביותר של ביונסה ונכנס לרשימה של אחד ממסעי ההופעות המצליחים ביותר בעשור, ובזמנו גם אחד המצליחים ביותר בכל הזמנים ונכנס לרשימה של עשרים מסעי ההופעות המצליחים ביותר בכל הזמנים עם הכנסות של 229 מיליון דולר. בשנת 2014 בטקס פרסי הבילבורד ביונסה הייתה מועמדת לפרס בקטגוריית מסע ההופעות הטוב ביותר. המסע הופעות נמשך עד שנת 2014 ולאחר הוצאת האלבום החדש Beyoncé, נוספו מספר שירים מהאלבום למסע הופעות.
ב-13 בדצמבר 2013 יצא אלבום האולפן החמישי של ביונסה, Beyoncé. ביונסה הוציאה את האלבום ללא הודעה מוקדמת וללא שיווק, והוא מכונה "האלבום הוויזואלי" כשאר הוא כולל 14 שירים ו-17 וידאו-קליפים שפורסמו באותו זמן.
כבר ביומו הראשון של האלבום זכה להצלחה גדולה והגיע למקום הראשון בעשרות מצעדים ברחבי העולם ביניהם מצעד הבילבורד האמריקאי שם שהה במקום הראשון במשך 3 שבועות רצופים. ביונסה שברה שיא של כל הזמנים בכך שהייתה הזמרת הראשונה שהכניסה חמישה אלבומי סולו רצופים למקום הראשון של מצעד הבילבורד האמריקאי. האלבום מכר יותר מ-800 אלף עותקים דיגיטליים תוך שלושה ימים, וזכה לתואר האלבום הנמכר במהירות הגבוהה ביותר בהיסטורית iTunes. האלבום נמכר במיליון עותקים תוך שישה ימים, ועד כה נמכר ב-5 מיליון עותקים ברחבי העולם.
הסינגל הראשון שיצא מהאלבום "XO", יצא ב-16 בדצמבר 2013, והגיע למקום ה-45 במצעד הבילבורד האמריקאי. הסינגל השני מהאלבום "Drunk in Love" בשיתוף פעולה עם הראפר ג'יי זי, יצא ב-17 בדצמבר 2013, זכה להצלחה והגיע למקום השני במצעד הבילבורד בעקבות ההופעה בטקס פרסי גראמי ביחד עם ג'יי זי. שיר זה הוכרז לשיר הטוב ביותר לשנת 2014 על ידי המגזין "Rolling stone". שיר זה זיכה את ביונסה בפרס גראמי. הסינגל השלישי מהאלבום "Partition", יצא ב-25 בפברואר, והגיע למקום ה-23 במצעד הבילבורד האמריקאי. הסינגל הרביעי "Pretty Hurts", יצא ב-25 באפריל, הקליפ של השיר זכה בטקס פרסי ה VMA לשנת 2014 בקליפ עם המסר הטוב ביותר. הסינגל החמישי מהאלבום "Flawless", יצא ב-12 באוגוסט 2014, והגיע למקום ה-41 במצעד הבילבורד, ביונסה הוציאה רמיקס לשיר בשיתוף ניקי מינאז'. השיר הוכתר לשיר הטוב ביותר של השנה על ידי מגזין "TIME" האמריקאי הסינגל השישי מהאלבום "7/11", יצא ב-25 בנובמבר 2014, השיר הגיע הישר למקום ה-18 וקפץ למקום ה-13 שבוע לאחר מכן במצעד הבילבורד, קליפ השיר גרף 11 מיליון צפיות ביומו הראשון ביוטיוב. כמו כן, שיר זה הוא אחד מתוך שני השירים אשר התווספו אל האלבום כחלק ממהדורת הפלטינום של האלבום.
ב-24 בנובמבר 2014 הוציאה ביונסה מהדורת פלטיניום לאלבומה האחרון Beyoncé. המהדורה כוללת דיסק עם שני שירים חדשים "Ring Off" ו- "7/11" שיצא כסינגל והגיע למקום ה 18 במצעד הבילבורד האמריקאי. בסוף כללה המהדורה עשרה רמיקסים עם בשיתוף פעולה עם קניה וסט, פארל ויליאמס, ניקי מינאז'. דיסק DVD הכולל עשרה שירים ממסע ההופעות של ביונסה "The Mrs. Carter Show World Tour", ואף כולל גם מיני לוח שנה רשמי של ביונסה שנת 2015. מהדורה זו הגיע למקום ה-8 המצעד הבילבורד 200. כאשר יצאה מהדורת הפלטיניום הוציאה ביונסה את כל הווידאו-קליפים של האלבום אל ערוץ ה-vevo שלה.
בשנת 2014 יצאה ביונסה ביחד עם בעלה ג'יי זי למסע הופעות משותף, "On the Run Tour", שכלל 21 הופעות בארצות הברית וצרפת. המסע הופעות הצליח רבות בשל הביקורות הנלהבות של המבקרים והמעריצים, ומבחינה מסחרית גם הצליח עם הכנסות של יותר מ-100 מיליון דולר. המסע הופעות כלל שירים מכל חמשת אלבומי הסולו של ביונסה, ובהופעה האחרונה בפריז נכללה הופעת אורח של ניקי מינאז' בביצוע הרימקס לשיר "Flawless", בספיישל HBO בהקרנת בכורה למסע הופעות.
בטקס פרסי ה-VMA 2014 לשנת 2014, ביונסה הופיעה עם מחרוזת שירים המורכבים מאלבום הסולו החמישי שלה "Beyoncé", ההופעה נמשכה יותר מרבע שעה ובסיומה עלו לבמה בעלה ג'יי זי וביתה בלו אייבי והעניקו לה את פרס מפעל החיים על שם מייקל ג'קסון. באותו ערב ביונסה הייתה מועמדת לשמונה פרסי VMA בקטגוריות שונות ביניהם פרס קליפ השנה על השיר "Drunk in Love", וזכתה בשלושה מהם.
ב-21 במאי 2014 הוציאה הרפארית והזמרת ניקי מינאג' את אלבומה השלישי "The Pinkprint" הכולל שיר בשיתוף ביונסה בשם "Feeling Myself". אף שלא יצא כסינגל הצליח השיר להיכנס אל מצעד הבילבורד 100 והתמקם במקום ה-39. ב-18 ביוני 2014 הוציאה הזמרת מישל ויליאמס את הסינגל "Say Yes" בשיתוף ביונסה וקלי רולנד.
ביונסה שברה שיא כל הזמנים בכך שמספר מועמדויותיה עומד על 73 פרסי גראמי, מספר המועמדויות הגדול ביותר לזמרת בהיסטוריה. בנוסף הייתה מועמדת ל-6 פרסים בטקס פרסי גראמי שנערך בפברואר 2015, מספר המועמדויות הגדול ביותר לאותו ערב, מתוכם קטפה 3 פרסים, Best R&amp;B Song ו-Best R&amp;B Performance על "Drunk in Love". בנוסף זכתה בפרס ה-Best Surround Sound Album על האלבום, ואף הייתה מועמדת לפרס הנחשק של הטקס, אלבום השנה על "Beyoncé". לרגל שנה להוצאת האלבום, הוציאה הזמרת סרט בן 11 דקות "Yours And Mind" המספר על הפרספקטיבות בחייה האישיים שהאלבום מבוסס עליהם.
בחודש אוגוסט 2015, פורסם שער הגיליון של ווג ספטמבר באינטרנט, בו מככבת ביונסה. ביונסה היא האמן השחור הראשון, ואף האישה השחורה השלישית לככב במהדורה זו.
בטקס ה-VMA של MTV שנערך ב-30 באוגוסט, בהיכל מיקרוסופט שבלוס אנג'לס, הייתה ביונסה מועמדת לחמישה פרסים, ביניהם "קליפ השנה" ו"קליפ על ידי זמרת" על קליפ הסינגל שלה "7/11", מתוכם זכתה בפרס אחד על העריכה הטובה ביותר.
ב-18 בספטמבר 2015 הוציא ה-DJ נוות'י בוי סינגל בהשתתפות ביונסה וארואו בנג'מין בשם "(Runin' (Lose it All", לו יצא גם קליפ. השיר זכה להצלחה, בעיקר בבריטניה, שם הגיע למקום הרביעי במצעד הרשמי של המדינה. כמו כן השיר הגיע למקום ה-90 במצעד הבילבורד האמריקאי, ואף הגיע למקום ה-3 במצעד המדיה פורסט הישראלי. ב-4 בדצמבר 2015 הוציאו להקת הפופ רוק הבריטית קולד פליי אלבום בשם "A Head Full of Dream", הכולל שיר בשם "Hymn for the Weekend" בו ביונסה לוקחת חלק בקולות הרקע, ואף משתתפת בוידאו קליפ של השיר. השיר הגיע למקום הראשון במצעד המדיה פורסט הישראלי, שם נשאר במשך שישה שבועות רצופים.
2016–2017: Lemonade.
ב-7 בפברואר 2016 הופיעה ביונסה בהופעת המחצית של הסופרבול ה-50 כחלק מההופעה המרכזית של להקת הפופ רוק הבריטית קולדפליי. ב-6 בפברואר 2016 הוציאה ביונסה סינגל בשם "Formation", איתו הופיעה לראשונה בהופעת המחצית של הסופרבול ה-50, ההופעה והשיר עוררו שערורייה בעקבות המסר שעבר בהם בהשפעת תנועת "חיי שחורים חשובים". באותה הופעת מחצית הצטרפה ביונסה לקולדפליי ולברונו מארס להופעה. הרקדניות של ביונסה היו לבושות בבגדים בהשראת הפנתרים השחורים וביונסה עצמה הייתה לבושה בבגד בהשראת הבגד שלבש מייקל ג'קסון בהופעת הסופרבול שלו בשנת 1993. לאחר ההופעה בסופרבול הכריזה ביונסה על מסע הופעות עולמי חדש בשם "The Formation World Tour" ברחבי ארצות הברית ואירופה, סיבוב הופעות זה הפך לאחד מסיבובי ההופעות הכי מצליחים אי פעם בזכות העובדה שגרף סכום של למעלה מ-250 מיליון דולר מ49 הופעות בלבד.
ב-31 במרץ 2016 הציגה ביונסה לראשונה את קולקציית הספורט שלה בשיתוף מותג האופנה "טופשופ" בשם "IVY PARK".
ב-23 באפריל 2016 יצא אלבום אולפן השישי של ביונסה, "Lemonade". האלבום יצא על ידי סרט בן שעה, לו הוצא טריילר ב-16 באפריל 2016 ששודר בערוץ HBO. בסרט נראו כל הקליפים של האלבום, ולכן נחשב לאלבום הוויזואלי השני של ביונסה לאחר אלבומה הקודם, "Beyoncé". האלבום כולל 12 שירים בחלקם ביונסה משתפת פעולה עם אמנים שונים, ביניהם דה ויקנד וקנדריק לאמאר. תחילה, האלבום יצא באופן בלעדי לשירות ההזרמות "Tidal". האלבום הגיע ישירות למקום ה-1 במצעד הבילבורד 200 האמריקאי עם מכירות של 485,000 בשבוע אחד, וכתוצאה מכך שברה ביונסה שיא של כל הזמנים בכך שהייתה הזמרת הראשונה שהכניסה 6 אלבומי סולו רצופים למקום הראשון במצעד זה. כמו כן, האלבום הגיע לראש מצעדי האלבומים ברחבי העולם, ביניהם בריטניה עם מכירות של 73,000 בשבוע הראשון, אוסטרליה, עם מכירות של 20,499 עותקים דיגיטליים בשבוע הראשון, קנדה, אירלנד ונורווגיה. זאת ועוד, ביונסה שברה שיא נוסף בכך שהייתה לזמרת הראשונה שהכניסה 12 שירים (כל שירי האלבום) למצעד הבילבורד הוט 100 באותו הזמן, ובכך עקפה את השיא של טיילור סוויפט שהכניסה 11 שירים למצעד עם אלבומה ""Speak Now"."