נוכחות הצבא באוק רידג' גברה בספטמבר 1943 כשלסלי גרובס החליף את ג'יימס מרשל כראש פרויקט מנהטן. קנת ניקולס, סגנו של גרובס, העביר את מטה המחוז ממנהטן לאוק רידג', אם כי שמו של המחוז, 'מחוז מנהטן', לא השתנה. בספטמבר 1943 הועבר ניהול המתקנים הקהילתיים באוק רידג' בקבלנות משנה לחברת 'טרנר בנייה' דרך חברת בת רואן-אנדרסון, שלקחה אחריות על המתקנים באופן מדורג: באוקטובר תפעול המכבסות, מיד אחר-כך הפעלת תחבורה ציבורית ואיסוף האשפה, בנובמבר מערכות המים והביוב, ובינואר 1944 רשת החשמל. מספר עובדי רואן-אנדרסון הגיע לשיא של כ-10,500 עובדים בפברואר 1945, כולל זכיינים וקבלני משנה. לאחר מכן ירד מספר העובדים, ובסיום פרויקט מנהטן ב-31 בדצמבר 1946 הם מנו כ-6,500.
באמצע 1943 התברר כי ההערכות הראשוניות לגבי גודל העיירה היו נמוכות מדי, ונדרש שלב בנייה נוסף. התוכניות עודכנו כעת לעיירה בת 42,000 תושבים. העבודות החלו בסתיו 1943 ונמשכו עד סוף קיץ 1944. הורחבו בתי החולים, המשטרה, שירותי הכבאות ומערכת הטלפונים. נבנו רק כ-4,800 מתוך 6,000 הבתים המשפחתיים שתוכננו, רובם במזרח העיר ובאזור הלא מפותח שלאורך כביש 61. כ-2,800 מהבתים המשפחתיים היו מבנייה טרומית. בתי הספר היסודיים הוגדלו ונוספו חדשים עד תכולה של 7,000 תלמידים, ובית הספר התיכון הורחב לתכולה של 1,000 תלמידים.
אף על פי שהיה נראה שהבנייה תספק את כל צורכי כוח העבודה עד סוף הפרויקט, ההרחבות שנדרשו במפעל ההעשרה האלקטרומגנטית Y-12 ובמפעל הדיפוזיה הגזית K-25 עד סוף שנת 1944 הביאו שוב להגדלת תחזית האוכלוסייה ל-62,000 נפש. יחידות המגורים והתשתיות הוגדלו בהתאם, בתי הספר הורחבו עד 1945 לתכולה של 9,000 תלמידים, ונוסף אגף עם עוד 50 מיטות לבית החולים. סוגיה מרכזית שהעסיקה את המדענים ואת העובדים המיומנים הייתה איכות מערכת החינוך. אף שעובדי בתי הספר היו באופן רשמי עובדי חינוך של מחוז אנדרסון המקומי בטנסי, התנהלה מערכת בתי הספר באופן אוטונומי, במימון פדרלי ובפיקוח מנהלים שמונו על ידי הצבא. המורים באוק רידג' נהנו ממשכורות שהיו גבוהות במידה ניכרת משכר המורים לבני האוכלוסייה הוותיקה במחוז אנדרסון. אוכלוסיית אוק רידג' הגיעה לשיא של 75,000 במאי 1945, כשאז הועסקו 82,000 איש באתר הגרעיני, ועוד 10,000 על ידי רואן-אנדרסון.
בנוסף לעיירה הוקמו מספר מחנות זמניים למגורי עובדי בנייה. מחנה הקרוואנים הגדול ביותר, בגמבל ואלי, כלל 4,000 יחידות, ואחר, בהאפי ואלי, שיכן 15,000 איש.
אזור הקניות הראשי בעיירה היה כיכר ג'קסון, עם כ-20 חנויות. הצבא ניסה להוריד את המחירים על ידי עידוד התחרות, אך בהצלחה מוגבלת בגלל היותה של האוכלוסייה "שבויה", ובשל דרישות הביטחון שמנעו מספקים ומסחורות לנוע באופן חופשי פנימה והחוצה. הצבא נמנע מהטלת פיקוח דרקוני על המחירים, אך הגביל את רמתם לאלה של מוצרים דומים בנוקסוויל הסמוכה. עד 1945 כללו מתקני הקהילה 6 אולמות בילוי, 36 אולמות באולינג, 23 מגרשי טניס, 18 מגרשי בייסבול, 12 גני שעשועים, בריכת שחייה, ספרייה עם 9,400 ספרים ועיתון.
העובדים ותנאי העבודה.
החל מ-1 באפריל 1943 נשלטה הגישה למפעלי האתר הגרעיני בקפידה. הוא הוקף בגדרות תיל, עם שערים מוגנים, ושומרים סיירו סביבו כל העת. כל העובדים נאלצו לחתום על הצהרת ביטחון, שמטרתה הייתה להודיע להם על עונשים אפשריים על ריגול והפרת סודיות על פי חוק הריגול האמריקאי משנת 1917 . אנשי הביטחון של אוק רידג' ראו כל מסיבה פרטית עם יותר משבעה אנשים כחשודה, ותושבים, שהאמינו שסוכנים חשאיים של ממשלת ארצות הברית מסתובבים ביניהם, נמנעו מלהזמין לביתם את אותם אורחים שוב ושוב. אף שתושבי המקום המקוריים היו יכולים להיקבר בבתי הקברות המקומיים, כל ארון קבורה נפתח, ובוצעה בו בדיקה של אנשי ביטחון. כולם, כולל אפילו מפקדי צבא בכירים ומכוניותיהם, עברו חיפוש ונבדקו בעת הכניסה והיציאה ממתקני הפרויקט. דואר ומכתבים עברו צנזורה, ונעשה שימוש בפוליגרף בתהליך קבלת עובדים ובבדיקות ביטחוניות. לכל עובד הוענק תג מקודד-צבע שהגביל את המקומות אליהם הוא יכול להיכנס. העובדים, רובם ככולם, כלל לא ידעו במה הם עובדים. הם ראו כמויות עצומות של חומרי גלם נכנסים למפעלים, אך שום דבר לא יוצא מהם. הם משגיחים על "חוגות ומתגים כשמאחורי קירות בטון עבים מתבצעות ראקציות מסתוריות" בלי שהם יודעים כלל מה מטרת עבודתם. למרות אמצעי הביטחון, חדרו לאתר הגרעיני המרגלים ג'ורג' קובאל ודייוויד גרינגלאס, שהעבירו סודות לברית המועצות.
בריאות ובטיחות תעסוקתית הציבו אתגר, מכיוון שהעובדים באו במגע עם מגוון כימיקלים רעילים, השתמשו בנוזלים ובגזים מסוכנים בלחצים גבוהים, עבדו במתח גבוה, והתמודדו עם סכנות, שרובן לא נחקר כראוי, של רדיואקטיביות ושל טיפול באיזוטופים בקיעים. ריבוי התאונות גרם למספר גבוה ובלתי קביל לחלוטין של ימי עבודה שאבדו, והוכנה תוכנית נמרצת לשיפור הבטיחות. התוכנית עסקה במניעת תאונות בעבודה, וגם בבתים ובבתי הספר. החדרה של נורמות בטיחותיות נכללה בתהליכי ההכשרה לעבודה, ונערכו גם קורסים ממוקדים בנושאי בטיחות. הופצו גם כרזות בטיחות, מדריכים וסרטים בנושא. בדצמבר 1945 העניקה המועצה לבטיחות לאומית לפרויקט מנהטן את אות ההוקרה לשירות בטיחותי, מתוך הכרה ברמת הבטיחות הגבוהה שאליה הגיע הפרויקט. אוק רידג' גם קיבלה פרס הוקרה בתחרות הלאומית לבטיחות בתעבורה. עובדים רבים נאלצו לנסוע מרחקים ארוכים על כבישים משובשים ובלתי מתוחזקים כנדרש. 21 עובדים נהרגו מכלי רכב באוק רידג' בארבע השנים שבין 1943–1946, מספר שייצג בטיחות תעבורתית טובה יותר מאשר ערים אחרות בגודל דומה.
אזרחי אוק רידג' לא הורשו להיות להשתתף בשלטון מקומי כלשהו, אך מדינת טנסי, שהייתה מודאגת מהפסד פוטנציאלי של הכנסות ממיסים, לא מנעה מהם אפשרות לבעלות על קרקע. תושבי אוק רידג' לא חיו אפוא במעין "שמורה" פדרלית, והיו רשאים להצביע בבחירות הארציות ובבחירות למדינת טנסי. ולמרות זאת היו ניסיונות להקשות על הצבעתם של התושבים, כמו במשאל העם על השאלה אם מחוז אנדרסון יישאר "מחוז יבש" מאלכוהול; ביום המשאל נסגר לפתע לצורך תיקונים גשר אג'מור, שעליו עברה רוב התחבורה מאוק רידג' לכיוון נוקסוויל, ו"היובש" נותר על כנו. בהצבעה הבאה ב-1947 התהפכה ההחלטה, כשרוב התומכים בביטול היובש היו המצביעים מאוק רידג'.
זו הייתה רק נקודת שוני אחת בין תושבי אוק רידג' לתושבי שאר מחוז אנדרסון. בעוד שרוב תושבי אוק רידג' היו בעלי תעודות בגרות, ורבים מהם בעלי תארים אקדמיים, רמת ההשכלה הממוצעת של מבוגרים במחוז אנדרסון הייתה 6.8 שנות לימוד בלבד. תושבי אוק רידג' דרשו, וגרובס התעקש עימם, שמורים משובחים ילמדו בבתי הספר ושמתקני הלימוד יהיו ברמה הגבוהה ביותר. כדי להשיג זאת שילם מחוז מנהטן למורים כמעט פי שניים מהנהוג בשאר מחוז אנדרסון. הדבר גרם להתרוקנות של מורים מוסמכים טובים מהאזורים הסובבים, מה שעורר תרעומת רבה.
מחוז מנהטן הסכים שהשכר באוק רידג' צריך להיות גבוה מספיק כדי לאפשר לקבלנים להעסיק ולהחזיק עובדים טובים. מדיניות זו אפשרה לקבלנים לשלם שכר כראות עיניהם, בכפוף למגבלות זמן מלחמה על השכר, ובקרת מחירים שנועדה להגביל את האינפלציה. פטרסון וגרובס היו צריכים לאשר שכר גבוה מ-9,000 דולר.
מועצת הייצור המלחמתית התבקשה להחזיק מלאי מספיק בחנויות באוק רידג' כדי להפחית בהיעדרויות מעבודה. כשהיה מחסור, תושבי אוק רידג', ששכרם היה גבוה יחסית, קנו מוצרים שהיה קשה להשיג באזורים הסמוכים. עובדים שהועסקו באתר לא שוחררו מגיוס תחת מערכת השירות הסלקטיבי. בקשות לדחיית שירות הוגשו רק עבור עובדים קריטיים, בעיקר מדענים וטכנאים צעירים שחויבו בגיוס.
סיום המלחמה.
ב-10 במאי 1945 החלו פקידות המטה הצבאי של מחוז מנהטן להכין ערכות עיתונות על פרויקט מנהטן, שיועדו לשימוש לאחר שיוטלו פצצות האטום. הוכנו ארבע-עשרה הודעות לעיתונות, ואלפי עותקים שוכפלו במכונת סטנסיל.
משלוח אחרון בזמן המלחמה של אורניום-235 עזב את אוק רידג' ב-25 ביולי. המשלוחים הגיעו לאי טיניאן במטוסי התובלה C-54 בתאריכים 28 ו-29 ביולי. הם שולבו בפצצה "ילד קטן" שהוטלה על הירושימה מהמטוס אנולה גיי שהמריא מהאי טיניאן ב-6 באוגוסט 1945. החדשות על הטלת הפצצה על הירושימה התקבלו באוק רידג' בחגיגות סוערות. תת-מזכיר המלחמה רוברט פטרסון הוציא מכתב לגברים ולנשים באוק רידג':
לאחר תום המלחמה.
החל מסוף 1945 ולאחר תום המלחמה פורקו באופן הדרגתי המנגנונים המיוחדים שהותאמו לעיר אוק רידג' ולעובדי האתר הגרעיני, והוחלפו בהדרגה בחברות ובמנגנונים אמריקניים רגילים. כך מערכת התחבורה, מערכת הטלפוניה, שירותי הבריאות, הביטוח הרפואי ומערכות אחרות.
למחרת סיומו המתוכנן של פרויקט מנהטן ב-31 בדצמבר 1946, עבר הפיקוח על האתר הגרעיני כולו ב-1 בינואר 1947 לוועדה לאנרגיה אטומית של ארצות הברית (AEC). המעבדה, שנוהלה במהלך פרויקט מנהטן בידי אוניברסיטת שיקגו, הפכה עצמאית, ומינואר 1948 היא המעבדה הלאומית אוק רידג' .
סיום המלחמה העלה את אוק רידג' לתשומת הלב הלאומית, ובתוך כך גם הובאו לידיעת הציבור האמריקאי התנאים המפלים שבהם התגוררו התושבים השחורים. רואן-אנדרסון תכננה עבורם כפר חדש, שנקרא סקרבורו, ותוכנן להיבנות בגמבל ואלי, במקום שבו עמד בעבר מחנה קרוונים לעובדי בנייה. הבנייה החלה בשנת 1948, והתושבים הראשונים עברו לגור בשנתיים שלאחר מכן. במקום זה שכנה כל הקהילה השחורה של אוק רידג' עד תחילת שנות השישים.