אירועים נוספים כאלו ודומים בחומרתם התווספו לסדר היום הקפדני בכלא הצבאי. באותה התקופה מסדרי הסדר ברחבת הפלוגה, בהם עומדים החבושים בדום מתוח יכלו להימשך כ-3–4 שעות של עמידה ממושכת תוך איסור מוחלט לזוז, לדבר, להוריד את הראש או להסיט את המבט, לעיתים אף נמנעה מהכלואים גישה לשירותים במהלך עמידה במסדר. מקרה של חבוש שהיה זז במהלך המסדר יכול היה להתגלגל לתוך אירוע אלים של נטרול ואזיקה מצדם של הסוהרים מבלי אזהרה מוקדמת.
נוסף לכך, מדריכי הכלואים הם חיילי סדיר, שלא עברו הכשרה מקצועית כמו בבתי סוהר אזרחיים. על כך אמרה ועדת הרמטכ"ל שרמתם האישית של המד"כים אינה מספיקה להתמודדות עם הלחץ הגועש בתוך פלוגות הכלא.
את מרבית היום היו מעבירים הכלואים בתוך תאים אטומים הלוקים בתחזוקה, בנובמבר 1996 אף הורה קצין בריאות הציבור, רס"ן ראובן קימור על סגירה לאלתר של פלוגות ב' וג' המשוכנות במבנה ישן ורעוע מימי המנדט הבריטי, בהמשך עלתה הטענה כלפי גורמי הרפואה בכלא בנושא הצפיפות בתאים, שבשילוב עם העובש ומערכת ביוב רעועה עלולה להוביל להתפרצות מחלות.
גורמים אלו, בהכללה, ובהיעדרה של עזרה מקצועית בפרט, גרמו לתחושות סבל ודיכאון קשים של האסירים.
במהלך החודשים שקדמו למרד, נוצרה קבוצה של כלואים המוגדרים "אסירים קשים" בכלא הצבאי, שמצאו עניין משותף יחדיו והרגשת "רדיפה" מצד סגל הכליאה. אלו ביחד, מתחת לאפם של השוטרים הצבאיים רקמו את תוכנית ההשתלטות על הפלוגה, עד אשר זאת יצאה לפועל. לדבריו של מנהיג המרד גדעון מרטין, החבורה היוותה "קבינט ביטחוני" במהלך המרד - כזאת שגם מדברת בשם דעת כלל הכלואים.
יומן האירועים.
ביום שבת ה-9 באוגוסט 1997 בפלוגה ג' של כלא שש שהו 108 אסירים (40 מעל התקן המותר). בשעה 10:30 בבוקר אותו היום פרץ מרד אסירים גדול בן 25 שעות ובהיקף של 18 מורדים לפחות שהחזיקו 9 מדריכי כלואים כבני ערובה. טיעונם להתקוממות המרד היה בשל תנאי כליאה נוקשים ומחפירים, השפלה ואלימות חוזרת מצד סגל הפלוגה. את המרד תכננו והובילו 'הגרעין הקשה' של הפלוגה - חבורה סגורה ואנטי ממסדית של חיילים בודדים (מרביתם יוצאי ברית המועצות) שבמרוצת זמן כליאתם ספגו אלימות קשה בכלא מצד הסגל הזוטר ועד הסגל הבכיר. מנהיגם הבולט היה גדעון טדי מרטין שכונה "טדי", יליד סיירה לאון שנשפט באשמת אונס ל־4 וחצי שנים. אליו חברו ויקטור רבייב - שנשפט באשמת שימוש בסמים. רומן קוגן - שנשפט באשמת סחר בהרואין. וסרגיי קאופמן - שהורשע בהריגה בתאונת דרכים.
ביחד, ובעזרת אסירים נוספים השתלטו במהלך מתוכנן ומוקפד על חדר האוכל שבפלוגה, תוך שימוש באלימות כלפי מספר מפקדים, לכדו וכפתו יחדיו באזיקים את כל הסגל הנוכח, ואף 'משכו' בהדרגה חברי סגל נוספים מהפלוגה אל תוך חדר האוכל מבלי שאלו יודעים דבר על המתרחש. בערך כשעה לקחה ההשתלטות על הפלוגה. לאחר אזיקת הסגל בחדר האוכל, חסימת שער הכניסה לפלוגה בעזרת מיטות, כיסאות, ומזרנים, ופריצה לארון הכוננות (שהכיל גז מדמיע, אלות ברזל וגרזנים, מיגון, וכלי עבודה). לאחר מכן השתלטו על אגף הבודדים, ושחררו את חבריהם מן תאי הבידוד. כחלק מיחס הכוחות החדש שנוצר - החבושים הפגינו וונדליזם רב, הרסו את משרדי הסגל, קירות בפלוגה רוססו בגרפיטי, מוזיקת טראנס הושמעה ברחבת הפלוגה דרך רדיו-טייפ שמצאו המורדים.
שעתיים עד שלוש לאחר פרוץ המרד הגיעו מפקדי הכלא, וקציני משטרה נוספים אל הכלא בניסיון להבין לאן מתקדם המצב, עלו על גג הפלוגה ומשם דיברו ישירות אל גדעון מרטין שדרש לראות את הרמטכ"ל, קצין משטרה צבאית ראשי, ועוד קצינים בכירים אחרים. הדרישה נענתה והם הגיעו - אלופים ומפקדים בכירים, ראשי צוותי משא ומתן של משטרת ישראל, קציני מטה, וקציני בריאות הנפש. המשא ומתן עמד על כמה נושאים מרכזיים: שחרור בני הערובה מצד המורדים, ומנגד - דרש מרטין בראש ובראשונה שינוי בתנאי הכליאה והקלה ביחס הקשה כלפי האסירים. שנית דרש שלא יעבירו אותו ואת חבריו לכלא אזרחי, ובנוסף שלא יישפטו בעתיד על אירועי המרד, דבר אשר עלול לגרום להם לרצות שנים נוספות, תחת מעטה פלילי כבד יותר בכלא אזרחי.
בשעות הצהריים, שחררו בהדרגה המורדים ארבעה סוהרים בתמורה לאוכל. לאחר מכן, הוציא מרטין מסמך כתוב עם הדרישות של המורדים, במסמך זה נכתבה סדרת שינויים מפורטת שמרטין תבע מהקצינים הבכירים, חלק מהשינויים היו: החלפת הסיגריות המחולקות בכלא, הפסקת השימוש באלימות כלפי כלואים, שיפור התנאים הרעועים באגף הבודדים, הפסקת העמידות הממושכות והארוכות ברחבת הפלוגה תחת השמש ועוד.
בסביבות השעה 20:00 של אותו ערב הגיעו כוחות משטרה מיוחדים, כלבנים, וכוחות ימ"מ, והחלו בפריסה של אנשים וציוד פריצה אל חומות הכלא ההיקפיות על מנת לאבטח ולמנוע בריחה, במקביל כוחות הימ"מ כיתרו לגמרי את מתחם הפלוגה בעודם עומדים על הגגות, מחזיקים בנשקם ומוכנים לתרחיש של ירי חי בכלואים, במידה ואלו יהוו חשש לחיי בני הערובה. במקביל דרש מרטין להכניס אל תוך הפלוגה צלם טלוויזיה שישדר את המרד מבפנים במהדורה המרכזית של ערוץ 2, ובכך להשמיע קול זעקה של מצבם הקשה בכלא.
אל הפלוגה נכנס כתב ערוץ 2 יאיר כחל וצלמו אלי קרביץ, ואלו צילמו וראיינו את סרגי קאופמן בשידור חי, שסיפר כי הוא וחבריו ספגו אלימות ויחס משפיל, ובעקבות אותו יחס החליטו לעשות מעשה ולהתקומם.
על מנת לקדם את תהליכי המרד, לפנות בוקר של יום ראשון, קאופמן העביר במכשיר הקשר אל חבריו המורדים הוראה "לעלות הילוך" ולהוציא החוצה כרוז ובו מודגש כי לצד השני יש עד אחרי הצהריים להגיש את ההסכם של מרטין חתום ומוסכם. בנוסף כתבו המורדים שאם תיפרץ הפלוגה הכבושה, יתחילו המורדים במסע רציחות כלפי בני הערובה, ואף התאבדות המונית.
בבוקר יום ראשון הגיעו בכירי הפרקליטות הצבאית וכן הקמצ"ר על מנת לחתום על הסכם פיקטיבי שמקבל את כל תנאי המורדים. ההסכם נחתם וכפי שנקבע, המורדים מילאו את חלקם ושחררו את כל בני הערובה, פתחו את שערי הפלוגה, ומנהיגי המרד נכנסו עצמאית אל אגף הבודדים. על גגות הפלוגה עמדו כוחות הימ"מ ואיימו בנשקם על הכלואים להיכנס אל התאים עד להודעה חדשה. ובכך למעשה קיבלו השוטרים הצבאיים את השליטה מחדש בפלוגה.
לאחר המרד והשלכותיו.
עם שחר נעצרו המורדים ונלקחו לחקירת מצ"ח, וב-8 בספטמבר 1997 הוגש נגדם כתב אישום בגין עבירות הסתה למרד, התקוממות והתבצרות במתקן כליאה, סחיטה באיומים, ואלימות כלפי ממלא תפקיד. כך התברר שלשלטונות הצבא מעולם לא הייתה כוונה לכבד את ההסכם שנחתם בצד אחד על ידי גדעון מרטין, ובצדו האחר על ידי מפקד הכלא סא"ל יצחק בן עמי.
בחודש שחלף אחרי המרד נערכו וועדות מטכ"ל לשם הסקת מסקנות, נפתחו הליכים משפטיים כלפי המורדים בהם הדגישו המורדים ששבועיים לפני פרוץ המרד הגישו למפקד הכלא רשימה של טענות ותלונות - זהה לזו שהוגשה במהלך המרד והוסיפו כי השתמשו בכל האמצעים הלגיטימיים על מנת לנסות לפתור את מצוקותיהם אך אלו לא נענו.
אי כיבוד ההסכם מצד הרשויות.
לאחר תקופה ממושכת בה התקיימה ועדת חקירה ובראשה הח"כ יוסי כץ (אשר דרש באופן חד משמעי לכבד את ההסכם עם המורדים) - הכריז באופן פורמלי הפרקליט הצבאי הראשי תא"ל אורי שוהם ב-2 בספטמבר 1997 על הסתייגות מההסכם באופן חד צדדי. עקב כך עתרו המורדים בעזרת סנגוריהם לבג"ץ, ובתאריך ה-29 באוקטובר 1997 דן בית המשפט בעתירה בפני הרכב השופטים: תיאודור אור, דליה דורנר ויעקב טירקל, אלו דחו את העתירה פה אחד.
בעתירה זו בלטה טענה מצד המשיבים, הטוענת כי "נציגי הרשויות רשאים לא לכבד את ההסכם (או את ההבטחה) שנחתם עם הכלואים-המורדים, גם בהנחה שמכירים בתקפם" (סעיפים 62/63 לתשובת המשיבים לבג"ץ). יש לציין כי עקרון העמידה בהסכם שנחתם מצד הרשויות התבטל (על פי הבג"ץ) על סמך הוראת סעיף 17 לחוק החוזים, התשל"ג 1973 -, הקובעת כי חוזה שנכרת עקב כפייה ניתן לביטול, ולפיכך ההסכם בטל (סעיף 30 לחוק החוזים). הנושא הועבר לטיפול גורמים אזרחיים ומדיניים ביניהם חברי הכנסת מרינה סולודקין ורומן ברונפמן שפעלו לפתרון המשבר וערבו בו את הרמטכ"ל אמנון ליפקין-שחק, שאמר לח"כ ברונפמן כי "היה לו ברור מראש שההסכם לא יקויים, וכי הוא עצמו אישר את הפרתו". - מאמציהם להקל בעונשם של המורדים עלה בתוהו.
ביקורת רבה נשמעה בדבר הפרת ההסכם, בישיבות וועדת החוץ והביטחון בכנסת ביקש ח"כ יוסי שריד מהרמטכ"ל למלא את ההתחייבות של צה"ל בהסכמו עם המורדים, גם העיתונאי דן מרגלית הביע תמיהה, וטען שההחלטה להפר את ההסכם תפגע באמינותו של צה"ל ושל הממשלה בתרחישים עתידיים.
בנוסף דנה הוועדה בעניין מוצאם של המורדים - רובם יוצאי ברית המועצות (83% מן המורדים), המשתייכים לקבוצות הפריפריאליות באוכלוסיית המתגייסים לצה"ל, שעברו את תקופת הנעורים וההתבגרות בצל ניכור ודיכוי מצד כוחות הביטחון בממשל הסובייטי בברית המועצות כמה שנים בודדות לפני המרד.
טענה מרכזית הייתה כי קיימים ליקויים ברעיון הכללי של קליטת אותו גל הגירה מברית המועצות בין השנים 1990–1993. כאשר נשאל, השיב לטענה זו הקמצ"ר דאז תא"ל גולדברום כי לשאלה אין כל קשר לנושא בו הוא מרואיין, ולא הביע עניין במוצאם של המורדים.
כחודש לאחר העתירה, נשפטו מרטין וחבריו לעוד שנתיים מאסר בפועל אשר נוספו לזמן מאסרם דאז והועברו לבתי סוהר אזרחיים. את המשך מאסרו העביר גדעון מרטין בכלא איילון.
ב-2009 התראיין לסרט "חומות של יאוש" בתוכנית עובדה עם אילנה דיין, שבו הוא מספר על המרד.
אירועי מרד האסירים היוו השראה לעלילת הסרט "הבודדים" משנת 2009 אותו ביים רנן שור.
הפקת הלקחים לאחר אירועי המרד.