כאמור, בשעה שסיפוח הגדה המערבית לירדן הושלם, ניתנו לכלל האוכלוסייה הפלסטינית אזרחות ירדנית וזכות הצבעה בבחירות לפרלמנט. עם זאת, מראשיתה שיטה זו הפלתה למעשה את אוכלוסיית הגדה המערבית מבחינה פוליטית. בעוד שמספר התושבים בגדה המערבית היה גדול בהרבה ממספר התושבים בגדה המזרחית (על כל שני תושבים בגדה המזרחית היו שלושה בגדה המערבית), הרי שהפרלמנט הירדני נבחר ביחס של 50-50 משתי הגדות. משמעות הדבר הייתה שיתרונם המספרי של תושבי הגדה המערבית לא התבטא בכוח פוליטי תואם. יתרה מזאת, מעמדו העליון של בית המלוכה ביחס לפרלמנט התבטא בהגבלות נוקשות על מספרם ומעמדם של השרים הפלסטינים בממשלות ירדן, אשר נפל בהרבה ממעמדם היחסי באוכלוסייה, וכן נמנע מינויים של אלו לתפקידים אשר נחשבו בעלי השפעה גדולה במיוחד. למעשה, בעוד לאוכלוסיית עבר הירדן המזרחי הייתה השפעה פוליטית ניכרת גם ברחבי הגדה המערבית, בה רבים מנציבי המחוזות מונו מקרבם, הרי שנדירים מאוד המקרים בהם מונו נציבים מקרב תושבי הגדה המערבית לתפקידים מנהלתיים בגדה המזרחית, וגם במקרים שאלו מונו, היו אלו בעיקר חברים באליטות בגדה המערבית אשר קיימו קשרים עם השלטונות הירדנים, ונחשבו כאמינים במיוחד מבחינה פוליטית.
האפליה כנגד הפלסטינים בממלכה באה לידי ביטוי גם מבחינה כלכלית. בעוד שבתקופה שלאחר סיפוח הגדה המערבית לירדן הניגוד בין האוכלוסייה העירונית והמשכילה של הגדה המערבית, אשר נהנתה מתנאים כלכליים משופרים ותשתית תחבורתית מפותחת, לבין האוכלוסייה השבטית והמסורתית ברובה בגדה המזרחית בלט ביותר, במהלך השנים שלאחר מכן השקיעה הממשלה הירדנית משאבים ניכרים בפיתוח התשתית הכלכלית והתחבורתית בגדה המזרחית, בעוד חלקה של הגדה המערבית קופח במידה רבה. עובדה זו, בצירוף מדיניות ממשלתית לעידוד הגירה מהגדה המערבית, הובילה בתורה להגירה רחבת היקף של פלסטינים מהגדה המערבית לגדה המזרחית, ובעיקר לערים המפותחות בצפון המדינה, אשר קרצו בעיקר למגזר העירוני המשכיל מהגדה המערבית. הגירה איכותית זו תרמה אמנם לפיתוחן הכלכלי של הערים, ולצמיחתו של מעמד הביניים הירדני, אשר חווה פריחה משמעותית בין השנים 1953–1967, אך מצד שני הובילה לחיכוך ישיר עם תושבי הגדה המזרחית. אמנם היו פלסטינים מקרב הגדה המערבית אשר בחרו לאמץ את הזהות הירדנית, כהשלמה לזהותם הפלסטינית ובמסגרת חברותם המשותפת בלאום הערבי הכולל, אך היו רבים שבחרו לשמור על זהותם הנפרדת כנגד מה שהם ראו כניסיון לגזול מהם את זהותם.
שנות שלטונו הראשונות של המלך חוסיין, בין השנים 1953–1967, היוו שנות פרשת מים בשאלת זהותה של המדינה הירדנית, והיחס לאזרחיה ממוצא פלסטיני. השלטונות הירדנים עצמם הרבו להכריז על הקשר הישיר והחזק שקיים בין תושבי שתי גדות הירדן, ועל מחויבותה של ירדן לכלל אזרחיה, החולקים זהות לאומית משותפת. שלטונות ירדן ניסו למעשה ליצור זהות לאומית חדשה – ירדנית אמנם, אבל בעלת גוון פלסטיני, המתבסס על מוצאם המשותף של שני העמים כחלק מהלאום הערבי. עם זאת, בעבור הפלסטיני מהשורה, ובמיוחד תושב הגדה המערבית, אשר נשארה במידה רבה חבל ארץ נפרד מבחינה תרבותית מהגדה המזרחית, לא היו לניסיונות אלו הצלחה רבה, והגדה המערבית נשארה כעצם בגרונו של המשטר הירדני, כאשר מחד לא היה באפשרותו לבלוע אותו, מחשש לעתידה של הגדה המזרחית, ומאידך לא היה לו רצון לירוק אותו, ובכך לוותר על המקומות הקדושים ועל מעמדה הבינלאומי הרם של ירדן. בסופו של דבר, חרף ניסיונותיה של ירדן להציע לתושבי הגדה המערבית זהות לאומית שונה, בחרו מרביתם להישאר ולאמץ את זהותם הישנה, גם במחיר אפלייתם הפוליטית והחברתית לעומת תושבי הגדה המזרחית.
בו זמנית בגדה המזרחית, אחת ההשפעות של ההגירה הניכרת אליה בשנים אלו, אשר בשנת 1967 הביאה לראשונה לשוויון מספרי בין שתי הגדות, הייתה העתקתו של השסע הקיים בין שתי הגדות לתוך הגדה המזרחית, ושילובו בתוך השסע הישן בין המחוזות הדרומיים השבטיים, שאוכלסו בעיקר בבדואים ועובדי אדמה, לבין המחוזות הצפוניים המפותחים, אשר אוכלסו בעיקר בבעלי מלאכה ומקצועות חופשיים. כך הפך הסכסוך הישן מימיה הראשונים של ירדן לסכסוך הרי גורל, אשר לימים נדמה היה כי עתיד להביא לסופה של ממלכת ירדן. כמו כן, מבחינת תושבי הגדה המזרחית, ההגירה הנרחבת של תושבי הגדה המערבית הביאה לתחילתו של עימות חזיתי בין הזהות הלאומית הירדנית, כפי שהתגבשה בימי שלטונו של עבדאללה והתבססה על המאפיינים המשותפים לכלל תושבי ירדן, ובין הזהות הלאומית הפלסטינית, כפי שהתגבשה בימי המנדט הבריטי בארץ ישראל ובמלחמת 1948. לעימות זה הייתה חשיבות ראשונה במעלה להתפתחותה ולעיצובה של הזהות הירדנית, כפי שקיימת כיום. במצב בו תושבי הגדה המזרחית נאלצו להתמודד למול גורם זר, בעל תודעה לאומית נפרדת, הדרך לעשות זאת הייתה באמצעות אימוצה של תודעה לאומית משלהם, ובמקרה זה תודעה לאומית ירדנית, שהייתה מוכנה לאימוץ. אין פלא, לאור זאת, כי ההגירה הנרחבת מהגדה המערבית, נוסף על השפעותיה הכלכליות והפוליטיות, הביאה בשנים הבאות לצמיחתה המואצת של זהות לאומית ירדנית מופרדת, אשר, חרף שורשיה מימיו של עבדאללה, התבססה בעיקרה על ההבדלים בינה לבין הזהות הפלסטינית. עימות חזיתי זה, אשר עיצב ועודנו מעצב את הזהות הירדנית, עתיד להתפרץ במלוא עוזו במהלך השנים שלאחר מלחמת 1967, ולהתוות את גורלה של הממלכה הירדנית, לכאן או לכאן.
החיכוך בין הפלסטינים לתושבי ירדן הוחרף במהלך שנות ה-60 כתוצאה מהתערבותן של מדינות ערב, ובראשן מצרים בראשותו של גמאל עבד אל נאצר, כנגד המדיניות הירדנית כלפי הגדה המערבית. במסגרת ניסיונותיה של מצרים להוכיח את מחויבותה לפתרון בעיית פלסטין, פעל נשיא מצרים, גמאל עבד אל נאצר, להקמתו של ארגון פלסטיני חדש אשר נועד להוות ארגון גג לכלל הארגונים הפלסטינים הקיימים. במהלך חודש ינואר 1964, במהלך כינוס הליגה הערבית בקהיר, התקבלה החלטה בדבר הקמתו של הארגון הפלסטיני המדובר, אשר זכה לשם "הארגון לשחרור פלסטין" (אש"ף). כמנהיג הארגון נבחר אחמד שוקיירי, בעברו חבר בממשלת כל פלסטין, ומי שכיהן כנציג פלסטין בליגה הערבית. בעקבות החלטת הליגה הערבית על הקמתו של אש"ף, יזם שוקיירי כינוס של ועידה פלסטינית בשטח ירושלים המזרחית, אשר התקיימה בתאריך 28.5.1964 בירושלים. במהלך הכינוס אושר מסמך "האמנה הלאומית הפלסטינית", וכן תקנון היסוד של אש"ף. צעד זה, שסימן את הנתק והיריבות ההדדית בין מצרים וירדן, הוביל פלסטינים רבים לזנוח את הטענה הירדנית, ולאמץ את טענתו של אש"ף לפיה על העם הפלסטיני לפעול בכוחותיו למען השגת מטרותיו, ולא להשאיר זאת לידי מדינות ערב. במהלך התקופה, השימוש בביטוי "הישות הפלסטינית" הלך והתפשט בקרב האוכלוסייה הפלסטינית בירדן, ובמיוחד ברחבי הגדה המערבית, למורת רוחו של השלטון הירדני אשר תפס סיסמה זו כחתרנית, אך לא עלה בכוחו להכחידה לחלוטין.
ממלחמת 1967 ועד לעלייתו לשלטון של המלך עבדאללה השני.
מבחינת ממלכת ירדן, מלחמת 1967 היוותה לא פחות מאשר נקודת שבר היסטורית. לאורך המלחמה, אשר נמשכה שישה ימים, איבדה ממלכת ירדן חלק ניכר מציודה הצבאי, אשר בחלקו נפל בידיים ישראליות, וספגה פגיעה חמורה בכוחה הצבאי, לרבות אובדנו של כ-80% מחיל השריון הירדני. כמו כן, במהלך השנים שלאחר מכן נאלצה ירדן לקלוט בשטחה מספר רב של פליטים, שהטילו עול נוסף על כלכלתה הפגועה זה מכבר. עם זאת, אבדות אלו החווירו בהשוואה לאבדנה הגדול ביותר של ירדן במלחמה: הגדה המערבית, אשר בה ישבו כמחצית מתושבי הממלכה, והכניסה לירדן כ-90% מהכנסותיה הכוללות במטבע חוץ. גם העיר הקדושה ירושלים, התחליף הירדני לערי החג'אז הקדושות מכה ומדינה אשר נפלו לידי השושלת הסעודית, נפלה בידי ישראל. בעבור המלך חוסיין, נפילתה של ירושלים המזרחית, לרבות מסגד אל-אקצה ושאר המקומות הקדושים במסורת המוסלמית, היוותה מכה כואבת במיוחד, שכן במתחם זה נפל סבו עבדאללה מידי מרצחים פלסטינים, והשליטה במתחם זה העניקה לממשל הירדני, מאז 1948, את הילת השמירה על המקומות הקדושים, ואפשרה לו להתמודד למול המשטר הסעודי, האויב של המשטר הירדני, כשווה. כמו כן, נפילתה של הגדה המערבית, בה התגורר חלק גדול של העם הפלסטיני, ובו שכנו הערים ההיסטורית אשר נחשבו לסלע קיומו, שמטה את הקרקע מתחת לטענתה של ירדן בדבר היותה מולדתו האמיתית של העם הפלסטיני, שכן זו איבדה את שליטתה על אדמת המולדת הפלסטינית, ועל אחד משני הריכוזים הגדולים והמרכזיים של העם הפלסטיני, יחד עם שטח רצועת עזה שנפל אף הוא לידי ישראל.