בזירת ים סוף הוחלט ביום רביעי להוציא מחצית מחיילי וקציני הזירה לחופש. פעילות זו נפסקה ביום ששי בבוקר, ואז הונחו מפקדי היחידות להחזיר את אנשיהם - פעילות שנמשכה עד שבת בערב.
המלחמה בזירת הים התיכון.
מפקדת חיל הים הפעילה את הכוחות ביוזמה התקפית ותכננה את הקרבות לשעות הלילה לניצול הפתעה והטעיה. נקיטת היוזמה ההתקפית הייתה שונה מהדוקטרינה שהייתה מקובלת עד אז וגרמה לכך שבקרבות הייתה לחיל הים גם עדיפות כמותית. בלילה הראשון חולק הכוח הישראלי לשתי הגזרות: מצרים וסוריה, ואולם בלילות הבאים נעשה ריכוז מאמץ: בלילה השלישי רוכזו 10 ספינות בזירה המצרית, ובלילה הרביעי רוכזו 7 ספינות מול החוף הסורי. בהמשך המלחמה, כאשר השליטה הישראלית בים הייתה ברורה, הופעלו כוחות קטנים יותר להפגנת שליטה ושמירת הלחץ. חיל הים היה מודע למאמצים בזירות הלחימה האחרות, ולפיכך, פרט ללילה הראשון בקרב פורט סעיד מול חוף סיני, לא דרש סיוע אווירי.
קרבות ימיים בגזרה הסורית.
קרב לטקיה - בלילה הראשון של המלחמה (בין 6 ל-7 באוקטובר) התחולל קרב לטקיה, קרב טילי ים-ים הראשון בהיסטוריה. היה זה אחד הקרבות החשובים בזירה הימית במלחמה, ובו נחל חיל הים הצלחה מלאה בהפעלת לוחמה אלקטרונית כנגד טילי הסטיקס של הצי סורי. הקרב הסתיים בניצחון מוחלט של חיל הים הישראלי: שתי ספינות טילים מדגם קומאר, ספינת טילים דגם אוסה, מקשת וטרפדת - סה"כ חמש ספינות סוריות הוטבעו, בלא פגיעה לחיל הים הישראלי.
קרב לטקיה השני - לאחר שהסורים החלו לירות טילי קרקע-קרקע לעבר ישראל, הוטל על חיל הים לפגוע במטרות תשתית. בליל 10/11 באוקטובר הותקפו הנמל ומסופי הדלק בנמל לטקיה. במקביל הובערו מכלי הדלק במסוף (טרמינל) הדלק לייצוא באזור נמל עיירת החוף בניאס באש תותח אוטו מלרה 76 מ"מ. כלי שיט סוריים ירו טילים וסוללות תותחי החוף פתחו באש לעבר הכוח הישראלי שלא נפגע. האונייה היפנית Yamashiro Maru שנמצאה בקרבת הנמל ספגה נזקים, כנראה מהאש הסורית ופינתה את עצמה לטורקיה.
קרב טרטוס - נודע כי הכוחות הסוריים רואים בתקיפות הישראליות הכנה לנחיתה. חטיבת שריון סורית הוחזקה באזור החוף. מיד עם חזרת הכוח מקרב לטקיה השני יצאו שש ספינות סער, בפיקוד מפקד השייטת מיכאל ברקאי, לכיוון נמל טרטוס, במגמה להדליק את מכלי הדלק בקרבתו. בליל 11/12 באוקטובר התפתח קרב שבו ספינות טילים סוריות, שהסתתרו מאחורי אוניות סוחר אזרחיות שעגנו מחוץ לנמל, ירו טילי סטיקס שלא פגעו. אחת מספינות הטילים הסוריות שמיהרה לברוח עלתה על שובר הגלים וניזוקה. מהירי הישראלי נפגעה אוניית הסוחר הרוסית "איליה מצ'ניקוב" שהייתה טעונה בחומרים לבניית תחנת כוח. האונייה נפגעה, נמשכה לחוף ושקעה, לא היו נפגעים בנפש. האירוע יצר כעס על ישראל בברית המועצות ואפשרות לתגובה חריפה. מפקד חיל הים בנימין תלם נקרא לבירור לשר הביטחון משה דיין אך כשהגיע כבר היה דיין מרוצה מהישגי חיל הים וביקשו להמשיך כך. בעוד הסובייטים שוקלים את תגובתם מאוחר יותר התקבל בפיקוד הרוסי דיווח שמקשת רוסית בקרבת לטקיה הפילה מטוס פנטום ישראלי. בנתוני חיל האוויר הישראלי לא נרשם אירוע כזה אך הוא התקבל כתגובה רוסית הולמת.
הפגזת גשר אל-אברש בחוף הסורי - כוח של שני סטי"לים, אח"י חנית ואח"י געש, בפיקוד סא"ל אלי רהב יצא, בליל 19/20 באוקטובר 1973, להפגיז גשר בדרך החוף מדרום לנמל טרטוס, על מנת להטריד ולשבש תנועות אויב. בדרכו ליעד הופגז הכוח על ידי תותחי חוף 130 מ"מ, הוא יצא מהטווח והמשיך וביצע את ההפגזה.
קרב בניאס השני - לקראת תום המלחמה הוחלט לפגוע שוב במסוף הדלק בבניאס שהסורים הצליחו לכבות את הדליקה בו. בליל 23/24 באוקטובר נכנס כוח של ארבע ספינות סער לאזור מרכז החוף הסורי. ספינת טילים אוסה שיצאה מטרטוס וספינת טילים קומאר שיצאה מלטקיה ירו טילים על הכוח הישראלי משני כיוונים בו זמנית. הטילים עברו קרוב מאוד אך לא פגעו.
מנקודת המבט הסורית היו התקפות אלה בכוח רב והסתייעו במטוסים ובמסוקים. לדעתם נמנעה החרבת הנמלים ומסופי הדלק פרט לבניאס. הצי הסורי הגן בגבורה על החוף וספג אבדות.
קרבות ימיים בגזרה המצרית.
קרב פורט סעיד - במקביל לקרב לטקיה התנהל בליל 6/7 באוקטובר קרב בין שש ספינות סער של חיל הים הישראלי לכוח ימי מצרי. ספינת רקטות הפגיזה את בסיס דפנה, לא גרמה נזק והצליחה להתחמק. שתי ספינות טילים מדגם אוסה נתפסו במארב ישראלי, לא הצליחו לירות טילים וברחו. נורו עליהן טילים אך בשל תקלות טכניות לא פגעו טילי הגבריאל בכלי השיט המצריים. מטוס פנטום של חיל האוויר הישראלי שהוזנק לסיוע הטביע ספינת טילים אחת מדגם אוסה.
קרב דמיאט - בלילה שבין 8 ל-9 באוקטובר הביס חיל הים הישראלי את הצי המצרי בקרב בקרבת החוף המצרי. כוח שייטת ספינות הטילים שכלל שש ספינות בפיקוד מפקד השייטת אל"ם מיכאל ברקאי, פגש בארבע ספינות טילים מדגם אוסה, שפתחו בירי טילי סטיקס אך לא פגעו. הכוח הישראלי השמיד שלוש ספינות טילים מצריות בטילי גבריאל, בתותח אוטו מלרה 76 מ"מ ותותח בופורס 40 מ"מ. לאחר קרב זה פסקה היוזמה הימית המצרית לחלוטין.
מבצע ליידי - תקיפת נמל פורט סעיד - בלילה שבין 16 ל-17 באוקטובר ערכה שייטת 13 פשיטה על נמל פורט סעיד שבה הוטבעו ארבעה כלי שיט מצרים: נחתת טנקים מדגם "וידרה", ספינת תקיפה נושאת מטולי רקטות, טרפדת מדגם P-138 וספינת טילים מדגם אוסה. שני לוחמים של שייטת 13 הוכרזו כחללים שמקום קבורתם לא נודע.
הפגזות בחופי מצרים - חיל הים הישראלי תקף בתותחים אתרים שונים בחוף המצרי מספר פעמים. בין המטרות שהופגזו היו מוצבים, תחנות מכ"ם, בסיסים שונים. ב-17 באוקטובר נערכה התקפה על רצועת החוף ממזרח לפורט סעיד כדי למנוע פשיטה מצרית על מעוז בודפשט. סוללות תותחי החוף המצריים היו מכוונות מכ"ם ופתחו באש יעילה על הכוח הישראלי המתקרב. ההפגזה הישראלית הופסקה אחרי זמן קצר עקב האש היעילה מתותחי החוף אך הפשיטה המצרית לא התקיימה.
הגנת החוף הישראלי.
במקביל לפעילויות התקיפה, שמרו ספינות השייטת את חופי המדינה והשיט אליה. בשני אירועים, ב-10 וב-19 באוקטובר 1973, הגיעו דיווחים על גילוי צוללות מצריות בקרבת חופי ישראל. (מול גבעת אולגה ומול חיפה). סטי"לים נצ"ל ( סער 1 וסער 2) הוזנקו למקום ובמקרה הראשון, באזור גבעת אולגה, נורו טורפדות נגד צוללות, אך בתום המלחמה הוברר כי לא פגעו בצוללת. הצוללות המצריות הוחזרו לקוי סיור מול החוף המצרי. לא ברור אם הדבר נעשה עקב פעולות ספינות הסער נגד צוללות, או בגלל ההתמדה ביוזמה ההתקפית של ספינות הסער בחופי מצרים או שילוב של שניהם.
סיכום קרבות טילים בגזרת הים התיכון.
למרות ההישגים הטקטיים, לא תורגמו הניצחונות בקרבות הימיים להישגים אסטרטגיים. זאת, בשל התמיכה הסובייטית במצרים ובסוריה. במהלך המלחמה הועברו מברית המועצות 65 אלף טונות של ציוד לחימה, 50 אלף טון מתוכם באמצעות תעבורה ימית. ישראל לא הכריזה מצור ימי על מצרים או סוריה, ולמעשה בכל משך המלחמה לא פעל חיל הים כנגד אוניות סוחר, ואף לא חסם את נמלי סוריה ומצרים לכניסת אוניות נושאות אמצעי לחימה, על מנת להימנע מעימות עם הסובייטים.
גזרת חוף סיני והתעלה.
במקביל לקרבות הטילים בים הפתוח, התנהלה פעילות ענפה גם במימי החופים של סיני. במרכז הגזרה פעל בסיס דפנה לגילוי וקישור. מול פורט סעיד הופעלה תחנת מכ"ם ימי כחלק ממעוז בודפשט. מטרת הפעילות הייתה למנוע חדירות לחוף סיני. מטרה נוספת הייתה איסוף טייסים שצנחו לים לאחר שמטוסיהם נפגעו. בפעילות לקחו חלק ספינות דבור, נחתות, ספינות יתוש. נחתת שימשה בסיס להעברת כוח שייטת 13 לצורך מבצע ליידי. הפעילות נוהלה על ידי בסיס אשדוד. חוליית המכ"ם במעוז בודפשט שולבה על ידי מוטי אשכנזי בהגנת המעוז ואף מינה את קצין חיל הים סג"ם גבי שילה לסגן מפקד המעוז.
בלילה השני ללחימה עלתה ספינת טילים אח"י חנית (סער 3) על שרטון בחוף שבין בסיס דפנה ומעוז בודפשט. הפעילות לחילוץ הספינה נמשכה יומיים וכללה הפעלת נחתת וגוררת.
נעשו מספר ניסיונות לחפש טייסים שנראו צונחים לים לאחר שמטוסיהם הופלו. ניסיונות אלה לא עלו יפה והצונחים אבדו.
בליל 15–16 באוקטובר ניסה כוח מצרי לתקוף את מעוז בודפשט עם כלי רכב אמפיביים. המעוז הדף את ההתקפה ונהרגו עשרות מהפושטים. כלי הרכב האמפיביים שקעו. על מנת למנוע פשיטות נוספות מהים, יצא כוח ספינות סער ב-17 באוקטובר, למשימת הפגזת החוף באזור פורט פואד. הספינות שהגיעו באור יום מלא, התקבלו באש מדויקת מסוללות תותחי החוף ונאלצו לסגת מבלי שפתחו באש. באותו לילה במבצע ליידי פגעו צוללים משייטת 13 בשתי הנחתות בנמל פורט סעיד.
בגזרת התעלה הופעלה יחידת הנצלה ימית לאיתור ומשיית חלקי גשר ששקעו. צוללים מיחידה 707 משו גופות מטנקים ששקעו לקרקעית התעלה. כמו כן, סייעו לוחמי היחידה להקמת גשר הצנע שהורכב מחלקי גשר ומדוברות שהיה צורך לחברם במים באמצעות מחברים מיוחדים.
ב-21 באוקטובר החלו הכנות לביצוע פשיטה מהים על השרטון המזרחי של פורט פואד. לוחמי שייטת 13 רוכזו בחוף רומני ונחתת הביאה סירות גומי מבסיס אשדוד. הגיעה הוראת דחייה והכוח נשאר בהמתנה עד שביום 23 באוקטובר בוטלה המשימה.
לאחר הקרבות הקים בסיס אשדוד נמל קדמי בפנארה שבאגם המר, שנועד למנוע העברת אספקה לארמייה השלישית הנצורה והמשך פיקוח על האוניות הזרות באגם.
אבטחת השיט בגזרת הים התיכון.