אגדה מספרת כי בעת שהיה פליט בביצות של אתלני ליד צפון פתרטון בסאמרסט, מצא אלפרד מחסה בביתה של אשת איכר שלא ידעה את זהותו. היא השאירה אותו לשמור על כמה עוגות על האש, אך בעיות הממלכה הטרידו אותו והסיחו את דעתו. העוגות נשרפו בעת שלא שם לב לכך, והאשה כעסה עליו בשובה. כאשר הבינה כי הוא המלך ביקשה האשה את סליחתו, אך אלפרד התעקש כי הוא זה שעליו להתנצל. הרעיון שאלפרד, שלאחר שנמלט מצ'יפנהאם היה פליט חסר כל נשען על אגדה זו, אך למעשה התארגן להמשך הקרבות. אגדה נוספת מספרת כי אלפרד התחפש לנגן נבל על מנת להיכנס למחנהו של גותרום ולגלות את תוכניותיו.
באמצע מאי השלים אלפרד את הכנותיו והוא יצא מאתנלי, ובדרך הצטרפו אליו תגבורות מסאמרסט, וילטשייר והמפשייר. הצבא הוויקינגי הגדול יצאו מצ'יפנהאם, ושני הצבאות נפגשו בקרב אדינגטון בווילטשייר, שהוכרע בניצחון מרשים לאלפרד. הצבא הוויקינגי נכנע, וגותרום הוטבל לנצרות עם עשרים ותשעה מאנשיו. כתוצאה מכך נחלקה אנגליה לשניים, כאשר החלק הדרום מערבי נותר בידי הסקסונים והחלק הצפון מזרחי היה לאזור שיפוט ויקינגי. בשנה שלאחר מכן (879), שוחררו וסקס וחלקים ממרסיה מידי הפולשים. חלוקה זו ידועה אצל ההיסטוריונים כ"הסכם וודמור" (878), אף כי אין כל מסמך המעיד על הסכם זה.
אף כי במשך זמן מה היה חלקה הצפון-מזרחי של אנגליה, כולל לונדון, בידי הצבא הוויקינגי הגדול, הגלגל התהפך. בשנים שלאחר מכן שרר שלום, במהלכו נלחם הצבא הוויקינגי הגדול באירופה. בשנת 884 (או 885) הייתה נחיתה דנית בקנט, שגרמה לדנים המזרח-אנגלים להתמרד. אך אלפרד נלחם בהם וכבש את לונדון ב-885 (או 886), והסכם הידוע בתור "השלום של אלפרד וגותרום", שינה את גבולות ההסכם הקודם לטובת הסקסונים.
שוב הייתה הפוגה; אך בסתיו של 892 (או 893) פרצה הסערה האחרונה. שרידי הצבא הוויקינגי הגדול, שהבין כי מעמדם באירופה נעשה בטוח פחות ופחות, הפליגו לאנגליה בצי שמנה כ-330 ספינות, והתבצרו שם, החלק הגדול יותר באפלדור, והקטן יותר תחת האסטן, במילטון שבקנט. העובדה שהפולשים החדשים הביאו עימם את נשיהם וילדיהם הראתה כי לא הייתה זו פלישה רגילה, אלא ניסיון משמעותי, בעצה אחת עם שאר הכוחות הוויקינגים באי, לכבוש את אנגליה. אלפרד התייצב בעמדה בה הייתה לו תצפית על שני הכוחות. בשעה שעסק במשא ומתן עם האסטן, פרץ הצבא הוויקינגי הגדול שבאפלדור לצפון-מערב, אך בנו של אלפרד, אדוארד, הביס אותם בקרב בפרנהם, ואילץ אותם למצוא מחסה באי תורני, שם הוצבו תחת מצור ולבסוף נאלצו להיכנע. בשלב זה נסוג הצבא הוויקינגי הגדול לאסקס, ולאחר הפסד נוסף בבנפליט הצטרפו לכוחות הדניים של האסטן בשוברי.
בזמן שהיה אלפרד בדרכו לסייע לבנו, שמע כי הצבא הוויקינגי הגדול בנורת'מבריה ובמזרח אנגליה צרים על אקסטר ועל מבצר נוסף בחוף הצפון-דבוני. אלפרד מיהר מערבה ושבר את המצור על שני המבצרים. בינתיים החל הכוח תחת פיקודו של האסטן לנוע במעלה עמק התמזה, אולי בניסיון לעזור לאחיהם שבמערב, אך הם פגשו בכוח גדול של שלושת המנהיגים הגדולים של סאמרסט, וילטשייר ומרסיה, ופנו לצפון-מערב, ובסופו של דבר הושגו בבוטינגטון. ניסיונם לפרוץ את הקווים האנגליים נכשל, והשורדים נמלטו לשוברי. לאחר שאספו כוחות תגבור, חצה הצבא הוויקינגי הגדול לפתע את אנגליה והגיעו לעיר הרומית החרבה צ'סטר, על מנת לחסות בחומותיה. האנגלים לא נלחמו בהם, אלא השמידו את כל היבול באזור. הרעב גרם לוויקינגים ב-894 לסגת שוב לאסקס.
בתחילת 895 השיט הצבא הוויקינגי הגדול את ספינותיו במעלה התמזה והלי, והתבצרו 30 קילומטר מעל ללונדון. התקפה ישירה על הקווים הוויקינגים נכשלה, אך בשנה שלאחר מכן חסם אלפרד את הנהר על מנת למנוע מהצבא הוויקינגי הגדול לנוע. אנשי הצבא הוויקינגי הגדול הבינו כי נוצח בתחבולה, עברו לצפון-מערב והעבירו את החורף בבריג'נורת'. שנה אחרי כן הם נכנעו וחדלו ממאבקם. חלקם נסוגו לנורת'מבריה, וחלקם לאנגליה המזרחית; אלה שלא היו להם קשרים באנגליה חזרו ליבשת. המלחמה הארוכה נסתיימה.
תוצאותיה של המלחמה מעידות על הביטחון שהשרו אופיו ומנהיגותו של אלפרד, וליעילותן של הרפורמות הקרביות שהנהיג. אלה היו:
התארגנות מחדש.
לאחר פיזורם של הפולשים מהצבא הוויקינגי הגדול, הפנה אלפרד את תשומת לבו להגדלת הצי המלכותי, וספינות נבנו לפי התוכניות שלו, חלקן על מנת להביס את התקפות הצבא הוויקינגי הגדול מאנגליה המזרחית ומנורת'מבריה על וסקס בדרך הים, וכן על מנת למנוע פלישות נוספות. לא הייתה זו תחילתו של הצי האנגלי, שכן כבר נעשו תחת אלפרד פעולות ימיות קודמות. בכרוניקה האנגלו-סקסונית נכתב כי אלפרד בנה סוג חדש של ספינות, "מהירות, יציבות וגבוהות יותר מהאחרות", אך יעילותן הייתה מועטה, שכן ידוע כי רבות מהן קורקעו בלחימה או טבעו בסערות. אף על פי כן רואים הצי המלכותי הבריטי והצי האמריקני באלפרד את מייסד המסורת שלהם.
הכוח העיקרי של אלפרד חולק לשניים, כך שתמיד "הייתה מחצית בבית ומחצית בחוץ" (על פי הכרוניקה האנגלו-סקסונית). הזנה של מחצית מהצבא על ידי המחצית השנייה דרשה ככל הנראה רמת ארגון גבוהה. על מורכבותה של המערכת של אלפרד ניתן ללמוד מצ'רטר, שרשימת העדים עליו כוללת אוצר, אפסנאי וראש משרתים. למרות כישלונות אחדים של השיטה – לדוגמה, כשמחצית מצבאו חדלה לצור על הצבא הוויקינגי הגדול כאשר תם תורה – במרבית המקרים היא פעלה כיאות.
אחת מחולשותיה של מערכת ההגנה שהייתה נהוגה לפני הרפורמות של אלפרד הייתה, שבהיעדר צבא קבוע, המבצרים בדרך כלל לא היו מאוישים, ולכן כוח ויקינגי יכול היה לכבוש בקלות עמדה אסטרטגית משמעותית. אלפרד שיפר בצורה משמעותית רבים מהמבצרים של וסקס (באנגלית עתיקה: בורג), כפי שהודגם בחפירות השיטתיות של ארבע ערים סקסוניות (בוורהם, קריקלייד, לילפורד ו-וולינגפורד), ש"מכל מקום החומה שהחופרים ייחסו לתקופה האלפרדית הייתה ההגנה העיקרית של המקום". ידוע כי מערכות הגנה אלה לא נבנו בידי הפולשים הצבא הוויקינגי הגדול, הודות למסמך אדמיניסטרטיבי מהמאה ה-11, הידוע כ"בורגל הידג'". מסמך זה הוא העתק של מסמך מתקופת חייו של אלפרד או מזמן קצר לאחר מכן, וכנראה משקף את המדיניות שלו. המסמך מציין את מיקומן של ארבע ערים אלו, לצד אחרות, ומציין כי הן ערי מבצר קבועות. השוואה בין התוכניות של וולינגפורד ווורהם ושל וינצ'סטר, מראה שהן נבנו על פי אותה התוכנית. עובדה זו תומכת בהצעה כי ערים חדשות אלה תוכננו כמרכזי מגורים ומסחר, וכן כמקלטים בעת סכנה.
ה"בורגל הידג'" קובע כיצד יש לשמר את ההגנה של ערים אלו, ובצורה זו היגר חלק ניכר מהאוכלוסייה האנגלית לערים, שם היו בטוחים יותר מהאויב ובנוסף קל היה יותר לגבות מהם מיסים.
אלפרד היה אחראי, אם כן, למידה משמעותית של ארגון עירוני, במיוחד באזורים שנהרסו בידי הצבא הוויקינגי הגדול. למרות קיומן של טענות לפיהן ה"בורגל הידג'" אינו מזמנו של אלפרד, ברור כי בחלקים של מרסיה שאלפרד כבש מידי הצבא הוויקינגי הגדול הונהגה שיטת ה"פלך" לראשונה. אם כן, ישנו גרעין מסוים של אמת בטענה כי אלפרד הוא שייסד את ה"פלך", ה"מאות", וה"תית'ינג". הוא פעל גם בתחום הכלכלי, אך בנושא זה מקורות המידע מועטים, ולא ניתן לראות את תיאורו של אשר בנושא זה כיותר משרטוט כללי. עדויות לדאגתו של אלפרד לעשיית משפט מופיעה גם בהיסטוריה וגם באגדה, והתואר "מגן העניים" ניתן לו ללא ספק בזכות. אין עדויות רבות על פועלה של הוויטנגמוט תחת שלטונו של אלפרד. ברור כי היה חשוב לו להגן על זכויותיו, אך גם תנאי הזמן וגם אישיותו של המלך גרמו, בוודאי, להעברת סמכויות רבות לידיו. מרבית החקיקה של אלפרד נעשתה ככל הנראה בתקופת מלכותו המאוחרת, לאחר שכבר סר צלו של האיום הדני.
יחסים בינלאומיים.
אשר מדבר רבות על יחסיו של אלפרד עם מדינות אחרות, אך ישנו מעט מידע ודאי. ישנן עדויות להתעניינותו בארצות אחרות בתוספות שהכניס לתרגומו לפאולוס אורוסיוס. ידוע כי אלפרד התכתב עם אליאס השלישי, הפטריארך האורתודוקסי של ירושלים. כמו כן נוצר קשר עם הח'ליף של בגדאד, וככל הנראה נשלחה גם משלחת להודו. שליחים מרומא שהביאו כספים מאנגליה לאפיפיור היו מחזה שכיח. מגלה הארצות ווּלפסטן מֵהֶדְבִּי, שבסביבות 890 יצא מיוטלנד למסע לאורך חוף הים הבלטי עד לעיירה הפרוסית טרוסו, דיווח על מסעו לאלפרד הגדול.
על יחסיו של אלפרד הגדול עם הנסיכים הקלטיים בחציו הדרומי של האי ישנו מידע רב יותר. בשלב מוקדם יחסית בתקופת מלכותו הצטרפו אליו הנסיכים הדרום-ולשים, בשל לחץ ממרסיה ומצפון-ויילס. מאוחר יותר הצפון-ולשים הצטרפו גם כן, ושיתפו פעולה עם האנגלים בקרבות של שנת 893. אשר מספר כי אלפרד שלח כספים למנזרים באירלנד ובאירופה. אין ספק במהימנות הסיפור על ביקורם של שלושת עולי הרגל ה"סקוטים" (כלומר, האירים) אצל אלפרד בשנת 891. על אף היותו אגדה, הסיפור על כך שהוא עצמו נשלח לאירלנד בילדותו על מנת שמודוונה הקדושה (נזירה אירית, מייסדת מנזר בסטפורדשייר) תרפא אותו, מצביע על התעניינותו של אלפרד באי האירי.
נצרות וספרות.
ההיסטוריה של הכנסייה תחת שלטונו של אלפרד הגדול אינה ברורה כלל. הפלישות הדניות גרמו לכנסייה נזק רב, והמנזרים היוו מטרות להתקפה לעיתים קרובות. אלפרד אמנם ייסד שניים או שלושה מנזרים, והביא נזירים מארצות אחרות, אך לא הייתה תחייה של המנזרים בתקופת שלטונו.