רבות מאוד הן בספר הערות וקושיות, שהמחבר משאיר אותן פתוחות או ב"צריך עיון" (צ"ע), דבר הגורם למעיין בספר לרצות להעמיק יותר בנושא, וללבנו עד שיגיע לפתרון. למעשה מתברר כי זו הייתה באמת כוונתו המקורית של המחבר. אחד מקרוביו שלח לו מכתב, בו דן בכמה מקושיותיו וניסה ליישבן, והוא השיב לו כי מתוך עיקרון אינו דן בדבריו ומביע את דעתו עליהם, מכיוון שמטרתו בספרו היא לעורר את לב הקורא להביע דעה שונה, ושבעים פנים לתורה. ניתן לומר כי הדבר אכן עלה בידו, דורות של תלמידי חכמים ממשיכים לדון בדבריו, ועניין נפוץ הוא בישיבות שהחפץ לפתח נושא מסוים - פונה לספר מנחת חינוך, שם באפשרותו למצוא נקודות רבות בהן יוכל להרחיב.
מהדורות.
ההדפסה הראשונה.
בשל סגנונו של הספר, המורכב מהערות קצרות יחסית, סבר המחבר עצמו שהוא אינו ראוי להדפסה, והעדיף להפיץ קודם לכן את חידושיו התלמודיים, שהיו בנויים כנראה בסגנון הפלפול שהיה נהוג באותה תקופה בגליציה, אזור מגוריו של המחבר (כלשון המו"ל: "כי אמר מה אתן להם, ומה זה לפני איש, פלח דבילה ושני צימוקים, והדברים עתיקים, תשורה אין להביא..."). הפצרותיהם של תלמידיו שראו את החיבור בכתב יד לא נשאו פרי, עד שבאחד הימים נגנבו כתביו של המחבר, שאותם הועיד ככל הנראה להדפסה. הרב באב"ד ראה בכך אצבע אלוהים ונתן את כתב היד של "מנחת חינוך" להדפסה. למעשה, דווקא סגנון כתיבה זה שעמד בעוכריו של הספר לדעת מחברו, גרם לתפוצתו הנרחבת בקרב הלומדים בסגנון המקובל בישיבות הליטאיות, אשר העדיפו את הרוחב העיוני על פני הפלפול הסבוך והמעמיק.
הרב באב"ד מסר את כתב היד לידי הרב ראובן הכהן רפופורט, אחד מתלמידיו ודיין בבית דינו בטרנופול, שמסרו לדפוס סאלאט בלבוב בתרכ"ט. המו"ל לקח על עצמו את הוצאת ההדפסה, כיוון שידע שהמחבר אינו יכול לעמוד בכך. הוא הוסיף הקדמה מליצית ארוכה לספר וקונטרס משלו בשם "מנחת עני" בסופו. כיוון שהמחבר כתב חלקים מספרו מן הזיכרון, נותרו חלק ממראי המקומות בלתי גמורים, והרב רפופורט השלים את המלאכה. לדעת מהדירי מכון ירושלים, השמיט המוציא לאור קטעים מתוך הספר, במקומות שבהם מסתיימים קטעים במילה וכו'.
בסוף הספר נוסף מדור "קומץ המנחה", שבו חידושים שנתחדשו למחבר תוך כדי ההדפסה, בעניינים הנידונים בספר. כמו כן הוסיפו מעט חידושים משלהם הרב שמעון באב"ד, בן המחבר, והרב ישראל פרנס, מו"ץ בטרנופול שסייע בהדפסה. הספר מודפס עם ספר החינוך עצמו במבנה של דף גמרא, המקור במרכז הדף והפירוש סביב לו.
במהדורה הראשונה נדפס הספר בעילום שם מחברו. בשער הספר כתוב: "חיברו חד מגאונים המובהקים שבזמנינו, הקדוש והטהור נ"י, ומרוב ענוותנותו העלים את שמו, ה' יגן עליו ויבלה שנותיו בנעימים.". המוציא לאור כותב בהערה בסוף הספר שהמחבר מביא בספר מדבריו שלו בשם "חכם אחד", כדי שלא יהיה ניתן לזהות מתוך כך מיהו המחבר. עם זאת, שמו של המו"ל נזכר בספר כמו גם עובדת היותו תלמיד המחבר ופרטים נוספים המזהים את המחבר, כגון שמות הוריו הנזכרים בהקדמה, שם בנו בציון היותו בן המחבר, הקהילה שבה מכהן המחבר, ושם המחבר אף נרמז בהקדמתו של המו"ל ("...הן כל אלה יולדו על ברכי יוסף, אדמו"ר הגאון החסיד מאור הגולה נ"י...").
המהדורות הבאות.
בשנת ה'תרמ"ט, לאחר פטירת המחבר, פנה הרב אורי זאב סאלאט, המדפיס הראשון, (שהיה מדייני העיר לבוב) אל בני המחבר, לקבל את רשותם לשוב ולהדפיס את הספר, לאחר שאזל מן השוק ורבים מבקשים לקנותו. הספר נדפס באותה שנה, כששמו המלא של המחבר מתנוסס בשער, בצירוף הרשאה החתומה על ידי בניו, בה הם כותבים שאביהם נהנה מאוד מעבודתו של המדפיס בהוצאה הראשונה. הספר חזר ונדפס בפיעטרקוב בה'תרס"ב, ובוילנא בה'תרע"ב, ושוב בשנים ה'תרפ"ב - ה'תרפ"ד, שם נדפסו כנספחים קונטרסי הערות על המנ"ח מאת כמה מחברים. בה'תשי"ב הדפיסו האחים שלזינגר בניו יורק מהדורה חדשה, בשני כרכים כקודמותיה, וצירפו אליה כרך שלישי "ספר ההשלמה" ובו כ"ד הוספות, רובן קונטרסי הערות של גדולי ישראל, חלקם על ספר החינוך וחלקם על המנחת חינוך, וכמו כן כתבים נוספים של בעל מנחת חינוך. הרב שמואל אליעזר רולניק הוציא לאור ספר "שיטה מקובצת על המנחת חינוך", בה סידר את הוספות מהדורת שלזינגר יחד, לפי סדר תרי"ג המצוות, והוסיף בדפוס - צילום קטעים מעשרות רבות של ספרים נוספים.
בגלל עוניו הכבד של רבי יוסף באב"ד הוא קיצר את הספר בעזרת ראשי תיבות לא מקובלים רבים, כדי שעלות הדפסתו תהיה קטנה יותר, אם כי גם עם קיצורים אלו הספר אינו קצר. עובדה זו הקשתה על הלומדים, וגם הביאה לידי "תיקונים" כאלה שמביאים לידי גיחוך. כמו כן היו הקטעים בספר ארוכים מאוד כך שההתמצאות בדבריו הייתה מסובכת. בה'תשמ"ח (1988) יצאה לאור על ידי מכון ירושלים מהדורתו של הרב אברהם קבלקין בשלושה כרכים בה ראשי התיבות נכתבו במלואם, הטקסט פוסק לקטעים קצרים ממוספרים, וניתנו ראשי פרקים מן הצד לדברי ה"מנחת חינוך", דבר שהקל על לימוד הספר.
גם על ספר החינוך עצמו מופיע פירוש, ובו הערות והשוואות למקבילות, וכן הערותיהם של מספר מחברים על ספר החינוך, וביניהם בעל מנחת חינוך עצמו, שכתב הערות בנפרד מפירושו הגדול. כמו כן נוסף פירוש על המנחת חינוך בשם "בשולי המנחה", ובו הערות קצרות על דבריו, וציונים לספרים הדנים בהם. לפי הודעת המכון בהקדמה, אמור היה לצאת חיבור נוסף בשם "בשולי המנחה", בו ירוכזו דבריהם של אלפי ספרים העוסקים בדברי המנחת חינוך, בקטעים שאין נחיצות להביאם בפירוש שבשולי הספר גופא, למעשה החיבור נדפס על שולי מהדורה חדשה של ה"מנחת חינוך" עצמו, ושני כרכים ממנו כבר ראו אור, החיבור המלא עתיד להשתרע על פני כרכים נוספים.
הבדל נוסף הקיים בין המהדורות הוא בסדר הפנימי של דברי המחבר בתוך כל מצווה. פעמים רבות, לאחר שסיים המחבר לדון בנושא אחד, וכבר החל לדון בעניין אחר, הוא חוזר לפתע לנושא הקודם ומוסיף בו דברים חדשים. הדבר נובע ככל הנראה מהעובדה שהספר לא נערך על ידי מחברו להדפסה, ולכן הוא נשתמר לפנינו בצורה הראשונית בה נכתב, לפי זרימת מחשבותיו של המחבר. במהדורת מכון ירושלים סדרו מחדש את דברי המחבר בצורה הגיונית יותר, בה נידון כל נושא בשלמות לעצמו. (זאת, על אף הנטייה הקיימת בדרך כלל בקרב מהדירי ספרים בציבור החרדי, שלא לערוך שינויים בתוך הדברים בספרים שיצאו מתחת ידי גדולי תורה.)
פירושים וחיבורים על הספר.
המחשה למידת תפוצתו של המנחת חינוך ניתן לראות בספרים הרבים שנכתבו עליו הדנים בדבריו ומרחיבים בהם. מן החשובים שבהם:
כמו כן נדפסו בספרים רבים קונטרסי הערות על המנחת חינוך, בין השאר אף בספריהם של גדולי ישראל מפורסמים. ביניהם: "הערות לספר מנחת חינוך" - הרב צבי פסח פרנק, "גליוני מנחת חינוך" - הרב אלעזר מנחם מן שך, ראש ישיבת פוניבז', ו"קונטרס המצוות" - הרב שמואל הלוי וואזנר.
בשנים האחרונות הורגש הקושי בעובדה שהספר אינו מסודר ע"פ הש"ס, דבר הגורם לכך שלומדי התלמוד אינם מודעים לדברי המנ"ח בעניין בו הם עוסקים. יצאו לאור מספר ספרים בהם מסודרים דברי המנ"ח בצורה בה הם קלים לגישה. לדוגמה "מנחת חינוך על סדר הש"ס" מסכתות יבמות וכתובות, הרב שמואל אביטן, בני ברק ה'תשמ"ח. נכון ל-2009 עוד אין סידור שכזה על כל הש"ס, וכל הספרים שיצאו - חלקיים.
יציאתו לאור של המנחת חינוך גרמה לביסוס ז'אנר חדש לגמרי של ספרים הנכתבים לפי סגנונו. בדרך כלל מסודרים ספרים אלו ע"פ סדר תרי"ג המצוות או סביב לספר החינוך, והם מרבים לדון בדבריו של המנחת חינוך. לדוגמה "חשבונות של מצווה" - הרב אליהו דוד רבינוביץ' תאומים (האדר"ת) אב"ד פוניבז' מיר וירושלים. הספר נחשב על ידי מחברו לנכבד והחשוב שבספריו (המונים למעלה ממאה ספרים). כתיבתו החלה בתמוז ה'תרנ"ב, אך כגורלם של שאר כתבי האדר"ת היה גם גורלו, והוא נותר בכתב יד במשך למעלה ממאה שנה. בשנת ה'תשס"ה נדפס בהוצאת מכון ירושלים, במהדורה מוערת על ידי הרב שמואל ברוך גנוט. (בספרו האוטוביוגרפי "סדר אליהו" כותב האדר"ת, כי הוא מצטער על כך שלא התחיל לחבר ספר זה כעשרים שנה קודם לכן, מיד כשקנה לעצמו את המנחת חינוך. "... כי עתה היה לי כפלים ממנו בכמותו, וביתר בקיאות ממנו, ב"ה...")
אסף יגורי
אסף יגורי (13 בפברואר 1931 - 18 במרץ 2000) היה מפקד גדוד שריון בצה"ל, בדרגת סגן-אלוף, שנפל בשבי המצרי במלחמת יום הכיפורים. לאחר מכן כיהן כחבר הכנסת מטעם התנועה הדמוקרטית לשינוי ולאחר מכן מטעם סיעת יעד.
חייו.
אסף פרובר נולד בקיבוץ יגור לנח ועדה פרובר, ממייסדי המשק. למד בבית-הספר היסודי והתיכון בקיבוצו. אחרי הקמת מדינת ישראל החליפה כל המשפחה את שם המשפחה ל"יגורי". התגייס לצה"ל ב-1950 והשתחרר בדרגת סגן-משנה. בשירות המילואים שירת כמפקד פלוגה, מפקד יחידת סיור, סמג"ד ומפקד גדוד. באזרחות עבד כגזבר קיבוץ יגור, ממונה על המסחר ברשות הנמלים, ממונה על פיתוח התיירות בסיני מטעם החברה הממשלתית לתיירות, מנהל החברות חפציבה והחברה לכפרי נופש ומלונאות של משפחת יונה.