אף על פי שלכוח העבודה הערבי ישנה גישה חופשית לשוק התעסוקה היהודי בירושלים, הרי שבעיר מתקיימים בפועל שני שוקי תעסוקה סקטוריאליים בשני חלקי העיר. מבחינת אבטלה ישנו פער של 3% באחוזי האבטלה בין מזרח ירושלים למערבהּ, כשהפער הוא לטובת מערב ירושלים. בנוסף, 70% מתושבי מזרח העיר חיים מתחת לקו העוני, בשעה שבציבור היהודי בירושלים רק כ-22.7% חיים מתחת לקו זה. אולם, למרות טענות שונות על אפליה לאומית המובילה לעוני רב בציבור הערבי-ישראלי הרי שהעדפות דתיות ותרבותיות שונות בקרב הציבור המוסלמי המובילות לריבוי ילדים, הימנעות יציאת האישה לעבודה ויחס תלות (היחס בין המפרנסים באוכלוסייה לתלויים בהם כלכלית) גבוה הם גורמים מרכזיים לתחולת העוני הגבוהה בקרב ערביי-ישראל ובכללם גם תושבי מזרח ירושלים.
חינוך.
לאחר החלת ריבונותה של ישראל על מזרח ירושלים דרשה ישראל לאכוף בבתי הספר את תוכנית הלימודים הנהוגה בבתי הספר הערביים בישראל. בעקבות התנגדות חזקה מצד התושבים וויתרה ישראל ונסוגה מכוונה זו. משרד החינוך ברשות הפלסטינית הוא זה שאחראי על תוכנית הלימוד במזרח ירושלים כך שהתלמידים, לדוגמה, נבחנים בסוף לימודיהם במבחן הבגרות הפלסטיני (תוג'יהי) ולא במבחן הישראלי, אף על פי שממשלת ישראל היא זו שמממנת את מערכת החינוך שם. במאה ה-21 הרשות הפלסטינית, באמצעות האחראי מטעמה עדנאן חוסייני, מזרימה כספים למאבק נגד הכנסת תוכנית הלימודים הישראלית לבתי הספר.
עם זאת, חלק מהתלמידים הערביים לומדים בבתי ספר עירוניים לפי תוכנית הלימוד הישראלית (המותאמת לערבים) ובעשור השני של המאה ה-21 חל זינוק מ-300 תלמידים במערכת החינוך העירונית לכ-5,000 תלמידים וכ-40% מכלל התלמידים במגזר הערבי בירושלים הביעו רצון לעבור למערכת החינוך העירונית.
עוטף ירושלים.
עוטף ירושלים הוא קטע בגדר ההפרדה באזור ירושלים, שמשאיר אזורים מסוימים בעלי אוכלוסייה פלסטינית מופרדים מהעיר. גם האזורים שנמצאים מעבר לעוטף ירושלים שייכים לעיריית ירושלים, זכאים לשירותיה ותושביהם משלמים ארנונה.
ההחלטה על בניית גדר ההפרדה התקבלה בתחילת הקדנציה של אריאל שרון כראש הממשלה, שנתיים לאחר פרוץ האינתיפאדה השנייה, ב-2000. בניית הגדר הייתה חלק מהמאבק בטרור הבא מהגדה המערבית ותפקידה הוא למנוע ולעכב כניסה בלתי מבוקרת של פלסטינים תושבי הגדה המערבית לתוך תחומי ישראל.
עוטף ירושלים הוא למעשה חלק בן 202 ק"מ שרובו חומת בטון. תוואי גדר ההפרדה הותיר מחוצה לו מספר שכונות ירושלמיות בעלות אוכלוסייה ערבית כמו כפר עקב או חלק מאל-ולג'ה. תושבים אשר נמצאים בצד הפלסטיני של הגדר צריכים לעבור מחסומים כדי להיכנס לירושלים. ישנם 13 מחסומים פעילים, אולם פלסטינים בעלי תעודות זהות של הגדה המערבית רשאים לחצות בשלושה מחסומים בלבד: קלנדיה שבצפון, בית לחם שבדרום ומעבר הזיתים שבמזרח.
אף על פי שמטרת הגדר הרשמית היא ביטחונית הרי שגורמים שונים טוענים ששיקולים נוספים כמו התרחבות טריטוריאלית ושיקולים דמוגרפיים היו קווים מנחים בשרטוט התוואי. ראש עיריית ירושלים לשעבר אהוד אולמרט התבטא בנושא זה כי השארת מחנה הפליטים שועפאט ואזור כפר עקב, מעברה השני של הגדר, נועדה לשפר את המאזן הדמוגרפי בעיר. גדר ההפרדה הוכיחה את יעילותה לאחר סיום בנייתה בירושלים, ובאזוריה האחרים. באזור השומרון, לדוגמה, צנח מספר הפיגועים והנפגעים ביותר מ-80%. צניחה ניכרת חלה גם בירושלים.
טענות שונות באשר לאופי הענקת השירותים המונציפיאלים שעיריית ירושלים חייבת לספק לאזורים שמחוץ לעוטף ירושלים עולות פעמים רבות. יקיר שגב, מחזיק תיק מזרח ירושלים הודה בעבר כי "לעיריית ירושלים אין כל תפקיד בניהול אותן שכונות שמעבר לגדר ההפרדה". דהיינו, אף על פי שתושבי שכונות אלו משלמים את סכומי הארנונה עיריית ירושלים מקצה תקציב זניח לטיפול בשכונותיהם ובכך נמנעים מהם שירותים עירוניים כמו תברואה, רפואה דחופה וחינוך.
עיריית ירושלים מצידה טוענת שקשיים ביטחוניים הם שמקשים על העירייה להעניק שירותים עירוניים לאזורים אלו. על פי ראש מנהל התפעול של ירושלים ארז לזובר, חוסר משאבים לליווי נציגי העירייה לא מאפשר נוכחות שוטפת של גורמי אכיפה מה שמקשה על האכיפה. מתוך מטרה לפתור בעיה ביטחונית זו הפריטה עיריית ירושלים את שירותי הניקיון עקב חששם של עובדי העירייה לעבוד בשכונות הערביות שמעבר לגדר ההפרדה. בתגובה להאשמות כי היא אינה מספקת שירותים בסיסיים הגיבה העירייה כי "העירייה מספקת שירות לשכונות עוטף ירושלים בתחומי הניקיון, התשתיות, החינוך והתברואה כבכל שכונות העיר" וכי נבחן תהליך שיאפשר מענה שוטף יעיל יותר באמצעות המנהל הקהילתי עוטף ירושלים.
יחסי יהודים-ערבים בעיר.
מרבית היהודים והערבים בירושלים חיים בשכונות הומוגניות, יהודיות וערביות בהתאמה. עם זאת, גידול האוכלוסייה מוביל להתרחבות השכונות, מה שלעיתים גורם להיווצרות "שכנות גאוגרפית" חדשה בין שכונה יהודית לשכונה הערבית. בשנת 2017 התגוררו כ-2,500 יהודים באזורים שבהם התיישבות ערבית צפופה, ובמקביל כ-3,500 ערבים התגוררו באזורים צפופי אוכלוסייה יהודית. בעיר דוד-סילואן, לצד פיגועים ואירועים אלימים, התפתחו לאורך השנים יחסי שכנות בין יהודים לערבים.
קיימים נקודות ממשק ליהודים וערבים בירושלים: בבתי החולים ובבתי המרקחת בירושלים עובדים יחד רופאים ואחיות יהודים וערבים שמטפלים בחולים יהודים וערבים. גם בתחומי הבנקאות, המסחר והתעסוקה, במרכזי הבילוי וההסעדה, בבתי קפה, בקניונים ואף בגני שעשועים באזורי התפר קיימת מציאות של "ערבוב" בין יהודים לערבים. בעיר העתיקה קיים שיתוף פעולה בין סוחרים וגורמים תיירותיים יהודים וערבים. קבלנים יהודים רוכשים ציוד וחומרי בניין בשכונות ערביות, ויהודים ירושלמים מגיעים לשכונות הערביות לקבלת שירותי מוסך ואף לקניות במרכז המסחרי ברחוב צלאח א-דין. ערבים מהווים 66% מפועלי בענף הבנייה ברחבי העיר, 52% מועסקים בענף התחבורה, 38% מועסקים שירותי אירוח ואוכל, 32% בענף התעשייה, וכ-20% בענפי הבריאות והרווחה. לפי החוקר מריק שטרן ממכון ירושלים למחקרי מדיניות, שיעורם הגבוה של עובדי מזרח העיר בענפי תעסוקה שונים ברחבי ירושלים, הפך אותם לכוח עבודה מכריע בגודלו ובחשיבותו למערכת הכלכלית של ירושלים.
לפי נדב שרגאי: "חמאס וגורמים קיצוניים אחרים רואים גם במרקמי החיים המשותפים בין יהודים לבין ערבים בירושלים איום קיומי כמעט על עתידו של "המאבק". הנורמליות וגילויי השכנות שהתקבעו בירושלים לאורך חמישים שנה הפכו גם הם לאויב שיש להילחם בו ולפגוע בו". לכן הרכבת הקלה, בהיותה סמל לשירות משותף עבור יהודים ורבבות ערביים, הפכה מטרה מרכזית לאלימות בתקופת "האינתיפאדה הירושלמית" (ב-2014).
מעמדה של ירושלים המאוחדת.
העמדה הישראלית.
מיד אחרי מלחמת ששת הימים הוסיפה הכנסת סעיף לפקודת סדרי השלטון והמשפט (סעיף 11ב), המסמיך את ממשלת ישראל להחיל בצו את החוק הישראלי על שטחים בתחומי ארץ ישראל (בגבולות המנדט הבריטי). הממשלה החליטה להחיל את החוק הישראלי גם על השטח המכונה מזרח ירושלים, כלומר - על שטח עיריית ירושלים הירדנית, ובנוסף על כפרים, עיירות ושטחים פתוחים שנמצאו מעבר לקו הירוק, מצפון, ממזרח ומדרום לירושלים. ישראל רואה בירושלים המאוחדת את "בירת הנצח של מדינת ישראל ושל העם היהודי". במילים אלה הגדירו בכירים ישראלים את ירושלים מספר רב של פעמים (כך, למשל, הגדיר יצחק רבין את מעמדה של ירושלים בנאום שנשא לרגל חתימת "הצהרת העקרונות" של הסכמי אוסלו בספטמבר 1993). משרד החוץ מחזק טענה זו באומרו: "יהודים ישבו בירושלים ברציפות משנת 1004 לפנה"ס, אז דוד המלך הכתיר את ירושלים כבירת ממלכתו. לעם היהודי יש קשר רוחני איתן לירושלים."
מרבית הקהילה הבינלאומית אינה מכירה בהחלת החוק הישראלי ורואה במזרח ירושלים חלק מהשטחים המוחזקים, ובשכונות היהודיות שהוקמו בה - התנחלויות. ממשלת ישראל טענה במספר פורומים בינלאומיים כי החלת החוק על השטח אינה סיפוח, אולם לפי פסיקת בית המשפט העליון, חוקי מדינת ישראל חלים במלואם גם על מזרח ירושלים, ולכן דינו כסיפוח.
ב-10 ביולי 1980 עבר בכנסת . חוק זה קבע כי ירושלים השלמה והמאוחדת היא בירת ישראל ומקום מושבם של הנשיא, הכנסת, הממשלה ובית המשפט העליון. על פי חוק היסוד יוענק לירושלים מענק מיוחד הנקרא מענק הבירה שיועבר לפיתוח העיר, תשתיותיה, רווחת תושביה ושמירת צביון העיר.
על פי סקר של המרכז הירושלמי לענייני ציבור ומדינה 75% מהציבור היהודי בישראל מתנגד להעברת השליטה בהר הבית לפלסטינים במסגרת הסכם שלום. סקר דעת קהל שפרסם מכון ירושלים קבע כי 63% מהיהודים בישראל מוכנים לוויתורים במסגרת שלום אמת. עם זאת, הרוב המכריע בקרב אלה שמוכנים לויתורים אינו מאמין שאפשר להגיע לשלום אמת עם הפלסטינים.
העמדה הפלסטינית.
עם איחוד ירושלים פוזרה מועצת העיר הירדנית והוצע לתושבים להשתלב במועצת עיריית ירושלים המורחבת, אולם הם הצהירו כי הם רואים בשלטון הישראלי שלטון כיבוש כמו בכל שאר השטחים שנכבשו לאחר 1967. במזכר מטעם ההנהגה המוסלמית נאמר כי "אין אנו מכירים באיחוד ירושלים".
באותה שנה, שלושה מנהיגים ערבים שהכריזו על אי הכרה באיחוד ירושלים הורשעו בעוון הסתה ופעילות חתרנית. השלושה גורשו מירושלים.