ארדואן וממשלתו גם קידמו מגעים להסדר היחסים עם ארמניה, ולתקופה מסוימת נדמה היה כי טורקיה פועלת לקראת הכרה ברצח העם הארמני. בסופו של יום, הצבא, שעדיין אחז בסמכות של מעורבות חלקית בתוך הפוליטיקה, מנע מהלך שכזה. הממשלה הטורקית ביטלה את דרישות הוויזה לאזרחים ארמנים המעוניינים לנסוע לטורקיה. מהלך זה פתח את הדרך לאזרחים ארמנים להיכנס לשוק העבודה הבלתי פורמלי בטורקיה, במיוחד במשק העבודות הביתיות. ממשלת טורקיה הבליגה מספר שנים על ההסדר הזה ובשנת 2014 אימצה חקיקה המאפשרת לעובדים חסרי תעודות להסדיר את מעמדם בתוך טורקיה. המגעים והפעולות להסדר בתחום הארמני ובתחום הכורדי היו חלק מקידום מצע של קבלת התרבויות השונות שבתוך טורקיה, מצע שארדואן קידם בשנים הראשונות להנהגתו. ארדואן אף השתמש בדמותו האישית לקידום המצע, מתוקף היותו בן לאם ממוצא קווקזי שברחה לטורקיה בעקבות מלחמות בקווקז ומתוקף היותו נשוי לאישה ממוצא ערבי.
בבחינת מדיניות הפנים, ארדואן קידם חקיקות שונות שהיו ליברליות בהרבה מאלו שביצעו קודמיו בממשלות החילוניות והליברליות. ב-2005 לדוגמה, הוא קידם חוק שנתן לגליזציה לקיום מצעדי גאווה בטורקיה, מהלך יוצא דופן.
בתחילת 2007 נרצח העיתונאי הטורקי-ארמני הנודע הראנט דינק, שתמך בשיתוף הפעולה בין טורקיה לארמניה וקרא להכרה תרבותית וגישור מעל פשעי רצח העם הארמני. בהלווייתו יצאו 200,000 אבלים לצעדה במחאה על ההתנקשות בקריאות "כולנו ארמנים" ו"כולנו הראנט דינק" בכורדית, טורקית וארמנית. הביקורת על סעיף 301 (בו נאסרת השמצת המדינה, מוסדותיה ואנשיה; חקיקה שהועתקה מילה במילה מאיטליה הפשיסטית) גברה לאחר הירצחו, דבר שהוביל להצעה פרלמנטרית שדרשה את ביטול הסעיף.
קדנציה שנייה כראש ממשלה (2007–2011).
פער כלכלי ושחיקה.
בבחירות 2007 ניצחה מפלגתו של ארדואן את האופוזיציה המפולגת עם 16,327,291 קולות (46.58%). מפלגות האופוזיציה הגדולות שהתמודדו מול מפלגת הצדק והפיתוח היו מפלגת העם הרפובליקאית הסוציאל-דמוקרטית ומפלגת התנועה הלאומית - מפלגה לאומנית קיצונית גזענית וחילונית בעלת מאפיינים פשיסטים. בבחירות ירדה מפלגת הצדק והפיתוח ב-22 מושבים באספה הלאומית הגדולה אך נשארה בעלת רוב מוחלט עם 341 מושבים וארדואן התמנה לקדנציה שנייה בראשות הממשלה. באותה השנה קידמה מפלגת הצד והפיתוח של עבדוללה גול בתור המועמד מטעמה לתפקיד הייצוגי והסמלי בעיקרו של נשיא טורקיה. לאחר התמודדות מול מועמד מפלגת התנועה הלאומית, גול נבחר לנשיא בהצבעה של האספה הלאומית הגדולה.
לאורך שנות שלטונו בטורקיה, ארדואן הוביל להחמרה של האי-שוויון הכלכלי. ב-2002 העשירון העליון במדינה החזיק ב-67% מכל האוצר הלאומי, בעוד לשם השוואה ב-2020 עלה אחוז זה ל-81%. במקביל, שאר 90% מתושבי המדינה מחזיקים ב-19% מכלל האוצר הלאומי. בעשור הראשון להנהגתו של ארדואן על טורקיה, בין 2002 ל-2012, ידעה המדינה פריחה כלכלית יוצאת דופן, אך בפועל עיקר העלייה באוצר הלאומי הגיעה לידיים מועטות, בעוד עשירון עליון של מקורבים לממשל הפך לעשיר יותר ויותר. ארדואן קידם תשתיות לאומיות רבות, ממרכזי קניות ועד לגשרים רחבי היקף מעל הבוספורוס. את המענק לבניית אותן תשתיות הממשלה הטורקית בראשותו לרוב נתנה לחברות שבראשם עמדו מקורבים לשורות מפלגת הצדק והפיתוח. כך קרה, שמתוך העשירון העליון, היו אלו בנקאים ומנהלי חברות בנייה ונדל"ן שזכו בפלך ההכנסות הגבוהה ביותר. עוד ב-2007 נערכו סדרת חקירות משפטיות רחבות מטעם הממשלה של קצינים בשורות הצבא ועיתונאים. בעוד קצינים רבים שהיו מעורבים בהפיכות הורשעו בפגיעה בדמוקרטיה, הורשעו לצידם גם מספר רב של עיתונאים באשמת תאוריות קשר או קנוניות, עיקרם עיתונאים שבאופן סדרתי הפיצו תוכן נגד התנהלותו של ארדואן ונגד ממשלו.
עוד ב-2007 חלה עלייה בהתנהלות הסמכותנית של ממשלת ארדואן, עם ניצול סמכויות להשתקת פעילי אופוזיציה, הטלת צנזורה על התקשורת ועוד. בנוסף, החלה פנייה לעבר עמדה אסלאמיסטית קיצונית יותר מצידו. לדוגמה הוטל מס 300% על צריכת משקאות חריפים, בנאומים פומביים שלו הוסדרה הפרדה מגדרית ועלו הצעות לחדש את ההוצאה להורג בקוד העונשין המשפטי, כפי שהחוק קיים בחוקי השריעה.
מדיניות חוץ.
ב-2010, נפגש עם נשיא ברזיל לואיז אינסיו דה סילבה המכונה "לולה" פעמיים, אחת בביקור שלו בברזיל ושנית בביקור של לולה בטורקיה. שתי המדינות פעלו לקדם את היחסים ביניהן ודרך כך ארדואן ניסה לשתף פעולה עם לולה בכדי שזה יעזור לו לקדם את יחסי ארצו עם איראן. על אף היחסים הרעועים, ארדואן פעל בניסיון לקדם את יחסי איראן–טורקיה. במאי 2010, ארדואן ערך ביקור לא מתוכנן בטהראן, בתיאום עם לולה, כדי להסכים למיקור חוץ של העשרת האורניום האיראני לארצו כדי למנוע סנקציות נוספות על איראן. אחרי לחץ גובר של בריטניה וארצות הברית לתמוך בסנקציות נגד איראן, אמר ארדואן: "למעשה, אין כיום נשק גרעיני באיראן, אבל לישראל, שגם היא ממוקמת באזורנו, יש נשק גרעיני. טורקיה היא אותו מרחק משתיהן. מה אמרה הקהילה הבינלאומית נגד ישראל עד כה? זה עליונות החוק או חוק הממונים?". ארדואן הוביל קו מדיניות אנטי-ישראלי שהחריף לאורך כהונתו והוביל אף לקיפאון ביחסי טורקיה–ישראל לאחר שהגיע לשיאו ב-2010 במשט לעזה (ראו בפרק יחסו לישראל).
עם בחירתו של ברק אובמה לנשיא ארצות הברית, הוא קיים ביקור ממלכתי בטורקיה שהיה למסעו הראשון מעבר לאוקיינוס האטלנטי מאז בחירתו לנשיא. ארדואן גם פעל לחזק את יחסי ארצו עם פקיסטן ועם קטר, כאשר דרך השפעה על השנייה טורקיה יכולה להשיג ראש חץ למפרץ הפרסי.
קדנציה שלישית כראש ממשלה (2011–2014).
ביוני 2011 זכתה מפלגתו בכ-50% מהמושבים באספה הלאומית הגדולה וארדואן התמנה לכהונה שלישית בראשות הממשלה.
האביב הערבי.
המדיניות הטורקית של התערבות בממשלות וגופים פוליטיים שונים בעולם הערבי השפיעה על התנהלות הפוליטיקה של המזרח התיכון. מדינאים טורקים הצהירו בהזדמנויות שונות ששינוי בעולם הערבי הוא בלתי נמנע וחייב לשקף את הדרישות הלגיטימיות של אנשים לצדק, חופש ושגשוג. יתרה מכך, השינוי חייב להתרחש ללא אלימות, ויש להבטיח מעבר שליו לדמוקרטיה פלורליסטית. בפועל, ממשלות ארדואן פעלו לחזק את ההשפעה הטורקית על מדינות העולם הערבי דרך הבטחה לכך ששיתוף פעולה עם טורקיה יאפשר לתושבים שגשוג וצדק. ההתנגדות של אזרחים ברחבי העולם הערבי למשטרים הרודניים והעריצים שנכפו עליהם הובילה ב-2011 להתפרצות של האביב הערבי, שהחל עם המהפכה בתוניסיה.
ארדואן שאף להשיג דריסת רגל טורקית בתוך לוב עוד טרם פרצה ההתקוממות נגד משטר מועמר קדאפי. הדיפלומטיה השקטה של ​​ארדואן מאחורי הקלעים פעלה לקדם הפיכה שקטה נגד קדאפי. במהלך העשור שקדם לפרוץ האביב הערבי, טורקיה פיתחה סוגים שונים של קשרים עם מדינות המזרח התיכון, במטרה לשפר את היחסים עם הממשלות ועם הציבור. מדיניות ההתקשרות הזו השתלמה בכמה דרכים, תוך כדי העלאת הפרופיל של טורקיה באזור. אינטלקטואלים ערבים, פעילים ומנהיגי נוער בעלי נטיות פוליטיות שונות גילו עניין רב במה שיש המתארים כ"מודל הטורקי". תדמית הדמוקרטיה היציבה של טורקיה, הכלכלה הפורחת מאותה העת ומדיניות החוץ הפעלתנית והעצמאית יצרו הערכה גוברת להישגי המדינה, מה שהגדיל את הכוח הרך שלה באזור.
בעוד האביב הערבי הוביל להתקוממויות ממדינה למדינה, טורקיה המשיכה להאיץ בממשלות ערב לבצע רפורמה בממשל שלהם ולחזק את שיתוף הפעולה עמה. בפרוץ ההתקוממויות, ארדואן פנה לתמוך במורדים בכדי לפתוח דף חדש עם הממשלות החדשות שנועדו להקים לאחר המהפכות שקידמו: האחים המוסלמים במצרים, תנועת נהדה בתוניסיה וחמאס ברשות הפלסטינית, הפועלת ללא הצלחה בניסיון למוטט את שלטון פת"ח לא רק ברצועת עזה אלא בכל רחבי הרשות. מתוך כך, ארדואן זעם על ההפיכה במצרים ב-2013, במהלכה הצבא, בהנהגתו של עבד אל-פתאח א-סיסי, הפיל את משטר מורסי הפרו-טורקי. ארדואן סירב תקופה להכיר בלגיטימציה של ממשל א-סיסי וגינה את ההפיכה, בטענה כי ישראל עמדה מאחוריה. בנוסף, מכיוון שהאביב הערבי הוביל בסוריה לפרוץ מלחמת אזרחים, ארדואן החל לקדם באופן הדרגתי מעורבות טורקית במלחמה בסוריה בין היתר מטרה להעמיק את ההשפעה הטורקית בעולם הערבי.
שערוריית השחיתות והמחאות.
במהלך קדנציה זו יזם חוק אשר אוסר הפלה מלאכותית בשטחי טורקיה מה שהוביל למחאה בת אלפי אזרחים באיסטנבול. ב-2012 קידם בדיקה שלאחר המוות של גופתו של הנשיא המנוח טורגוט אזאל, שמת באמצע כהונתו במפתיע ב-1993. חקירה גילתה כי רמת הדי-די-טי בגופו של אזאל הייתה גבוהה פי עשרה מהמצב התקני בריאותית וכי ההסבר לכך הוא שמת בעקבות הרעלה, ובכך אוששו חשדות לכך שלמעשה הוא נרצח. בעקבות מלחמת האזרחים בסוריה קלטה טורקיה מאות אלפי פליטים, שנמלטו מסוריה לטורקיה.
בדצמבר 2013 התגלו פרשיות שחיתות בממשל ומספר רב של מקורבים לארדואן, כולל שרים בממשלתו, נעצרו והועמדו למשפט. ארדואן הגיב בזעם רב על התנהלות רשויות האכיפה: הוא פיטר את מפקד משטרת איסטנבול כמו גם את כמעט כל הקצינים במשטרה שהיו מעורבים בפיצוח הפרשה. בהמשך אלפי שוטרים שופטים ותובעים שעסקו בחקירת הפרשיות הועברו מתפקידיהם בתואנה שהם משרתים גורמים בינלאומיים הרוצים בכישלונה של טורקיה. ארדואן הוסיף לטעון כי המשטרה מתנכלת לו ולבן בריתו פטהוללה גולן. בשנת 2014, נחשפו שיחות טלפון ומסמכים המעידים שקיבל ארדואן שתי וילות גדולות מפוארות שנבנו בשמורת טבע בניגוד לחוק. על פי השיחות והמסמכים קיבל ארדואן את הווילות בתמורה להקלות באישורי בניה.