עלייתו של ג'ונסון לתפקיד הובילה לכך שדמוקרט דרומי לשעבר היה הנשיא בסוף מלחמת האזרחים, שהסיבה לה הייתה היבחרו של אברהם לינקולן, רפובליקני צפוני, לנשיאות. אף על פי שג'ונסון לא היה רפובליקני, כשהתמנה לתפקיד זכה לתמיכת הרפובליקנים הרדיקליים והרפובליקנים השמרנים. אולם מדיניות השיקום שלו הרחיקה ממנו רפובליקנים רבים, והמינויים הפוליטיים שלו ותמיכתו בסיוארד גרמו להתרחקות הדמוקרטים ממנו. במקום לנסות להתחבר למפלגות הקיימות, ביקש ג'ונסון להקים מפלגה חדשה עם שמרנים משתי המפלגות. באוגוסט 1866, כינס את תומכיו בפילדלפיה. הם הביעו תמיכה בתוכניתו. לקראת סוף כהונתו, ניסה להיבחר כמועמד דמוקרטי, אולם בריתו עם לינקולן הובילה לכך שהיו לו אויבים רבים במפלגה.
אישים.
ממשל וקבינט.
עם היכנסו לתפקיד, הבטיח ג'ונסון לשמור על מדיניות לינקולן, ושמר על הקבינט שלו. מזכיר המדינה ויליאם סיוארד היה מהחברים המשפיעים בקבינט, וג'ונסון אפשר לו לפעול להתרחבות המדינה. מזכיר המלחמה אדווין סטנטון היה ממובילי מדיניות השיקום בתחילת נשיאותו. ביוני 1866 התפטרו שר הדואר, התובע הכללי ומזכיר הפנים, לאחר הסכסוך של ג'ונסון עם הרפובליקנים. אחרים התפטרו בגלל משפט ההדחה של ג'ונסון. ג'ונסון השעה את סטנטון בגלל סכסוך בנוגע למדיניות השיקום שלו, והחליף אותו ביוליסס סימפסון גרנט. ההחלטה הובילה למשפט הדחה. ג'ונסון הציע את התפקיד לגנרל ויליאם שרמן שסירב. במהלך משפט ההדחה שלו, ניסה למנות רפובליקני מתון לתפקיד.
מינויים לבית המשפט.
ג'ונסון מינה תשעה שופטים לבתי המשפט המחוזיים במהלך כהונתו. כשניסה למנות מועמד לבית המשפט העליון, הקונגרס העביר חוק שהקטין את מספר השופטים בבית המשפט. בנוסף העביר עוד חוק שקבע שמספר השופטים בבית המשפט יקטן כשהשופט הבא יפרוש.
סופה של מלחמת האזרחים.
ג'ונסון נכנס לתפקיד לאחר שהגנרל רוברט לי נכנע, אולם צבאות הקונפדרציה נותרו בשדה הקרב. ב-21 באפריל 1865, ציווה ג'ונסון, בתמיכת הקבינט, לגנרל יוליסס סימפסון גרנט לסרב לחלוטין להסכם שביתת נשק. ההסכם קבע הכרה בממשלות המקומיות של הקונפדרציה. ב-2 במאי הטיל ג'ונסון פרס של מאה אלף דולר על ראשו של נשיא הקונפדרציה, ג'פרסון דייוויס, שרבים חשבו שהיה מעורב בהתנקשות בלינקולן. דייוויס נלכד ב-10 במאי. בסוף מאי, נכנע הכוח האחרון של הקונפדרציה, וג'ונסון ניהל מצעד צבאי בוושינגטון לצד חברי הקבינט והגנרלים. לאחר פחות מחודשיים, נחשב לאדם שיהיה נוקשה כלפי הקונפדרציה, והמשיך לזכות לתמיכה גבוהה בקרב הרפובליקנים.
השיקום.
עם סוף מלחמת האזרחים, נאלץ ג'ונסון להתמודד עם מדינות קונפדרציית המדינות של אמריקה לשעבר. לינקולן הסמיך הקמת ממשלות נאמנות לאיחוד בווירג'יניה, בארקנסו, בלואיזיאנה ובטנסי לאחר שהאיחוד השתלט על מדינות אלו, והציע תוכנית בה עשרה אחוזים מהבוחרים ישבעו נאמנות לארצות הברית, שלאחריה ייערכו בחירות במדינות הכבושות. הקונגרס טען שהתוכנית רכה מדי, ודרש שרוב הבוחרים ישבעו אמונים לאיחוד. לינקולן הטיל וטו על התוכנית הזאת.
כשג'ונסון מונה לתפקידו, יצרו הרפובליקנים כמה פלגים. הרדיקלים דרשו מתן זכות הצבעה וזכויות אזרח לשחורים. הם האמינו שהשחורים יתמכו ברפובליקנים וישמרו עליהם בשלטון, כשהדמוקרטים הדרומיים והמורדים יאבדו השפעה. בנוסף, הם תמכו בהענשת תומכי הקונפדרציה. המתונים יותר דרשו שהדמוקרטים לא ישיגו עמדות השפעה ברמה הלאומית, והענשת המורדים. הם פחות התלהבו בנוגע למתן זכויות הצבעה לשחורים. הדמוקרטים הצפוניים העדיפו שיקום ללא תנאי של הדרום, ולא תמכו במתן זכויות הצבעה לשחורים, דבר שהיה פוגע במעמדם של הדמוקרטים בדרום.
בתוכנית השיקום, היו לג'ונסון שלוש מטרות. הוא רצה שהמדינות ישוקמו באופן מהיר, כיוון שלדעתו פרישתן לא הייתה חוקית, ולכן עליהן להתארגן מחדש עם ממשלות חדשות. עבור ג'ונסון, מתן זכויות הצבעה לשחורים היה הסחת דעת, ועניין למדינות עצמן. שנית, לדעתו הכוח הפוליטי במדינות היה צריך לעבור מבעלי המטעים אל פשוטי העם, מתוך חשש שהעבדים המשוחררים יתמכו באדוניהם לשעבר. מטרתו השלישית הייתה להיבחר ב-1868, הישג שאף סגן נשיא לא הצליח לעשות, ולכן ניסה להשיג את תמיכת הדמוקרטים בדרום.
השיקום הנשיאותי.
לבסוף, החליט ג'ונסון לתכנן מדיניות שיקום משלו ללא אישור הקונגרס, לאחר שזה יצא לפגרה עד דצמבר 1865. הרדיקלים טענו שהדרום נמצא במצב כלכלי רע, ושעליו לנצל זאת לצורך מתן זכויות לעבדים המשוחררים כתנאי לחזרה לאיחוד. הקבינט היה מפולג בנוגע לעניין. בנוסף טען שמדינות הדרום מעולם לא פרשו, ושלאחר סיום המרד, על הדרום לחזור להיות שותף שווה לצפון תחת החוקה. למרות רצון השחורים והרפובליקנים בקונגרס, הכריז ג'ונסון שזכות ההצבעה היא עניין למדינות ולא לממשל, ושלא רצה להשתמש בכוחו כדי לגרום לרפורמות בדרום המובס.
ג'ונסון החליט לארגן את הממשלות בדרום, עם כמה תנאים. ב-9 במאי הכיר בממשלת וירג'יניה. ב-29 במאי, מינה מושל לקרוליינה הצפונית. הוא מינה מושלים שתמכו באיחוד לשאר המדינות. הוא בחר מושלים ללא קשר לאידאולוגיה שלהם, אלא רק לפי נאמנותם לאיחוד. הוא ביקש מהמושלים לאשרר את התיקון ה-13 לחוקת ארצות הברית, לבטל תקנות מזמן פרישתן ולבטל את חובות הקונפדרציה. המנהיגים הרפובליקנים חששו שכוונתו של ג'ונסון היא לבטל את השיקום לפני ההתכנסות מחדש של הקונגרס.
בנוסף להקמת הממשלות המהירה, תמך ג'ונסון בהחזרת זכויות האזרח והקניין לדרומיים הלבנים. ב-29 במאי העניק חנינה לכל המורדים לשעבר, מלבד בכירי הקונפדרציה, פושעי המלחמה, ואלו שהחזיקו ברכוש ששוויו עלה על 20,000 דולרים. למרות זאת, הוא העניק כמה חנינות לאנשי קונפדרציה בכירים. בספטמבר 1865, הטיל וטו על פקודה של לשכת העבדים משוחררים, שהעניקה אדמה נטושה לעבדים משוחררים. ג'ונסון ציווה על החזרת האדמה לבעליה מלפני המלחמה. המושלים הדרומיים שמינה ג'ונסון ארגנו ממשלות חדשות וערכו בחירות חדשות, בהם ניצחו רבים שתמכו בפרישה. הדרום העביר חוקים שכבלו את העובדים השחורים לחקלאים בחוזים נוקשים, שנחשבו לטובים במעט מהעבדות. ג'ונסון סירב להתערב, באמונה שהנושאים הללו היו שייכים למדינה, ולא לממשלה. עם החזרה המהירה של מדינות הדרום, נמוגו התקוות לאכיפת זכויות ההצבעה לשחורים, והדרומיים הלבנים שהשתלטו על הדרום לא היו מוכנים לשנות את מצבם מלפני המלחמה.
המשבר עם הרפובליקנים.
עם חזרתו של הקונגרס בדצמבר 1865, סירב הקונגרס לאפשר לחברי הקונגרס הדרומיים של ג'ונסון לחזור אליו. בנושאים אחרים, לא רצה הקונגרס להתעמת מול הנשיא, וניסה רק להקשיח את מדיניותו כלפי הדרום. ג'ונסון יכול היה להגיע להסכם עם המתונים במפלגה. הנשיא עצמו לא היה שמח בנוגע לפעולות הדרום, ובנוגע להמשך שליטת האליטה באזור, אולם לא הצהיר שום הצהרה, והאמין שלדרום הייתה הזכות לפעול כך, אפילו אם לא הייתה זאת דרך פעולה חכמה. בסוף ינואר 1866, הוא היה משוכנע שהוא הביס את הרדיקלים בקונגרס ובדרך להיבחר מחדש. הוא העדיף ליצור מחלוקת בנוגע לניסיונות להעניק זכות הצבעה לשחורים במחוז קולומביה, הצעה שנפלה במשאל עם שרק לבנים השתתפו בו. בית הנבחרים העביר חוק בנושא, אולם החוק לא עבר בסנאט, לצערו של ג'ונסון, שרצה להטיל וטו על החוק.
הרפובליקנים המתונים ניסו להגיע להבנה עם הנשיא, וניסו להרחיב את חוק לשכת העבדים המשוחררים לפני שיפקע תוקפו. בנוסף, הם ניסו להעביר חוק שיעניק אזרחות לעבדים המשוחררים. ג'ונסון התנגד לשני החוקים וטען שהם פוגעים בריבונות המדינות. ג'ונסון לא רצה להכעיס את הדרום, וקיווה לתמיכתו בניסיונו להיבחר מחדש. הוא הטיל וטו על חוק לשכת העבדים המשוחררים ב-18 בפברואר 1866, לשמחת הדרום ולכעסם של הרפובליקנים. הרפובליקנים לא הצליחו לבטל את הוטו שלו בסנאט. עכשיו האמין ג'ונסון שניצח את הרדיקלים, ושהמתונים מאחוריו. הוא טעה לחלוטין.
ביום הולדתו של ג'ורג' וושינגטון ב-22 בפברואר 1866, נאם ג'ונסון בפני תומכיו בבית הלבן. בנאום בן שעה, התייחס בעיקר לעצמו, וטען שמתנגדי האיחוד הם אלו שלא הושיטו יד ידידות לדרום. ג'ונסון התייחס בעיקר לצ'ארלס סאמנר, סנאטור ממסצ'וסטס, ולתדיאוס סטיבנס, חבר הקונגרס מפנסילבניה, אותם האשים בתכנון ניסיון התנקשות בו. הרפובליקנים החשיבו זאת כהכרזת מלחמה. נטען ש-200,000 אזרחים סירבו לתמוך בדמוקרטים בבחירות לקונגרס בגלל הנאום.
אף על פי שהמתונים קיוו שיתמוך בחוק, הטיל ג'ונסון וטו על חוק זכויות האזרח של 1866 בטענה שהחוק העניק אזרחות לעבדים כשאחת עשרה מדינות מתוך שלושים ושש לא יוצגו בקונגרס, ושהחוק תמך בשחורים על פני הלבנים. לאחר הטלת הוטו ב-27 במרץ, היה ברור שג'ונסון נפרד מהרפובליקנים. בתוך שלושה שבועות, הקונגרס ביטל את הוטו, בפעם הראשונה שחוק מרכזי בוטל כך. המתונים פירקו את השותפות איתו, כשהיו משוכנעים שאי אפשר לעבוד עם ג'ונסון, ומעתה ואילך הקונגרס התחיל מאבק מולו. היסטוריונים טענו שמדובר בטעות הגדולה ביותר של ג'ונסון. הקונגרס אישר את חוק לשכת העבדים המשוחררים וג'ונסון הטיל עליו שוב וטו. הפעם, הוטו בוטל.