ב-1945 שכנע את מפקדי הבריגדה להקים את "ועדת הסעד" של הבריגדה בראשותו לשם פעילות בקרב פליטי השואה. לפי טענותו של חטר-ישי בעדותו במשפט אייכמן ובספרו "הבריגדה ושארית הפליטה", יוזמה זו ננקטה בעקבות ביקורו של שליח המוסד לעלייה ב', יהודה ארזי, שהציג דרישה דחופה מצד המוסד למצוא 5,000 יהודים על מנת להעבירם ארצה ללא כל דחייה, עם סרטיפיקטים או בלעדיהם, כמלחמה בספר הלבן. עם זאת, ההיסטוריון יואב גלבר הטיל ספק בטענה שלמוסד לעלייה ב' היה קשר לפעילותו של חטר-ישי בקרב פליטי השואה או ליוזמה לנקיטתה.
חטר-ישי הסתובב ברחבי אירופה כדי לאתר את היהודים, ומצא רבבות פליטי השואה במחנות הריכוז, התברר לו כי מצבם של היהודים נורא וכי רבים אשר חזרו לארץ מוצאם כלל לא נותרו בחיים בשל שנאת התושבים המקומיים. בעקבות זאת, דרש להפסיק לאלתר את הרפטריאציה של היהודים לארצותיהם ולהיטיב את תנאי המחיה שלהם. הוא התמודד מול אנשי פיקוד, בריגדירים ומפקדי צבאות אמריקאיים ובזכות כל זאת ועוד הציל את חייהם של אנשי שארית הפליטה.
הצלחה זו לא זקף חטר-ישי לעצמו, בספרו "הבריגאדה ושארית הפליטה", כתב:
חטר-ישי הפעיל לחץ על דוד בן-גוריון, שלא לשוב מהוועידה בלונדון באוקטובר 1945, בלי לבקר קודם במחנות ובלי להיפגש עם פיקוד הצבא האמריקאי, כדי להבטיח מחדש ובאופן רשמי את מצבם וזכויותיהם של העקורים היהודיים, גם לאחר שהרפטריאציה נפסקה והם היו היחידים שנשארו בתוך המחנות.
כמו כן, טיפל בארגון כנס החיילים היהודים מכל צבאות בעלות הברית, שהתקיים בפריז, בבית הכנסת של רוטשילד, שמשתתפיו תמכו בדרישת היישוב למתן 100,000 סרטיפיקטים.
לאחר תום המלחמה ועד מלחמת השחרור.
עם סיום המלחמה מונה לרכז את הפעולות הכרוכות בהחזרת החיילים לחיים האזרחיים. במסגרת זו טיפל בהקמת קורסים לימאים בהולנד, קורסים ליהלומנים באמסטרדם, חוות חקלאיות למועמדים לחברות בקיבוצים ובמושבים ועוד.
חטר-ישי ריכז ראיות ועדויות למשפטי נירנברג, וריכז חומר על הרכוש היהודי שנשדד על ידי הנאצים ומשתפי הפעולה. במסגרת זו גם עלה על עקבותיו של אדולף אייכמן והיה הראשון שמסר ידיעות עליו ל"צייד הנאצים" שמעון ויזנטל ולאחר מכן, לסגירת המעגל, היה העד האחרון במשפטו של אייכמן בירושלים.
השתתף בריכוז כספים לעזרה למשפחות השכולות או הנמצאות בקשיים, וקופות אלה, אשר כיהן כחבר במועצות הנאמנים שלהן, היוו בסיס לייסוד "בנק אוצר החייל".
בינואר 1946, עם שובו לארץ ישראל, שימש כסניגורם של שני קצינים בצבא הבריטי שהואשמו בהשמעת נאומים פוליטיים. במרץ 1946 הוא ייצג את הנאשמים שנעצרו בעלייה לביריה. כן ייצג את בעלי אניית המעפילים "מקס נורדאו" במשפט החרמתה. באותם חודשים היה פעיל במגבית ההתגייסות שאספה כספים לסיוע לשארית הפליטה במחנות העקורים. יוסף שפרינצק הציע לו לעבוד בוועד הפועל של ההסתדרות. משה שרת הציע לו למלא את מקומו של קולונל פרדריק קיש שנפל במלחמה, ולעבוד כמקשר בין השלטונות האזרחיים והצבאיים. הוועדה המרכזת של ההסתדרות ביקשה שישמש כיועץ המשפטי שלה.
חטר-ישי עסק בקליטתם של החיילים המשוחררים ובין היתר יזם והשתתף בהקמת שכונות מגורים בחיפה, בחדרה, בתל אביב (אפקה, צהלה), לחיילי החי"ל וקציניה.
עם הפסקת המגעים עם השלטונות הבריטיים, האזרחיים והצבאיים, בעקבות השבת השחורה ומעצר מנהיגי היישוב, נבחר, יחד עם עו"ד יעקב שמשון שפירא ועו"ד יעקב סלומון, לוועדת המצב, לטיפול בקשרים עם מוסדות השלטון האזרחיים והצבא הבריטי.
שפירא יצא לירושלים למלא את מקומו של דב יוסף, מנהל המחלקה המדינית של הסוכנות היהודית, שנעצר בלטרון. יעקב סלומון טיפל ביחסים עם הקצונה הגבוהה, וחטר-ישי טיפל ב-2,000 עצורי הקיבוצים במחנה המעצר בעתלית.
במלחמת השחרור ועם קום המדינה.
לאחר שבן-גוריון קיבל את תיק הביטחון יצא חטר-ישי עם גרשון אגרון, עורך הפלסטיין פוסט, לדרום אפריקה לגיוס כספים לרכש.
בנוסף, הבריח בארגז מכוניתו יהודים מלבנון לארץ.
באוקטובר 1947 נתפסו חמישה חברי פלמ"ח שסיירו בגבול לבנון ליד חניתה על ידי הז'נדרמיה הלבנונית. הם והועמדו לדין בלבנון וההאשמה הייתה ריגול עם נשק, כשהעונש היה עלול להיות מוות. חטר-ישי נשלח לסיע בהגנתם. הוא גייס להגנתם את שר התחבורה של לבנון, פיליפ תקלה, לימים נציג לבנון באו"ם, יחד עם בנו של נשיא לבנון, עורכי דין שניהם. הם עצמם חששו להופיע באולם המשפט, אבל חטר-ישי נכח שם אישית, מחופש לעורך דין יוגוסלבי. לאחר מכן ביקר את הנדונים בבית הכלא ודאג להסדיר את מזונם לכל תקופת מאסרם, והמשיך וטיפל בהם עד לשחרורם במרץ 1949, לאחר הסכמי שביתת הנשק עם לבנון.
ב-1947 הממשלה הזמנית החליטה על גיוס כללי של אנשים מבני 17 ומעלה.
חטר-ישי התמנה לגייס של חיפה והמחוז. סיסמתו לקריאה להתנדבות הייתה: "נוער! עמך וארצך קוראים לך! התגייס!" והיא הוקרנה בכל בתי הקולנוע ופורסמה ברבים.
בערב פסח תש"ח שוחררה חיפה. כדי למנוע שוד וביזה כפי שקרה בירושלים, בטבריה וביפו, התמנה חטר-ישי למרכז הוועדה לענייני ערבים, שתחת רשותה וסמכותה הועמדה כל חיפה התחתית הערבית שתושביה עזבוה. חטר-ישי גייס 80 מורים, כשומרים על הרכוש, מחסנים וחנויות שבעיר, דרש וקיבל ממפקד ההגנה בחיפה, יעקב לובליני, צו של "מחוץ לתחום" לחיפה הערבית, עם התראה שכל מי שיימצא בשטח ללא רישיון יירה.
בערב ליל הסדר התברר לו שכ-500 עד 600 ערבים נעצרו תוך הקרבות, והם עצורים בחורבה ערבית עזובה על הכרמל. הוא ריכז צוות ונסע לשם ועסק כל הלילה ולמחרתו במיון העצורים ושחרורם.
לאחר שבן-גוריון הטיל על שלמה שמיר להקים את חטיבה 7, חטיבה משוריינת שתפרוץ את הדרך לירושלים ביקש שמיר מחטר-ישי, עמו שירת בגדוד השני של הבריגדה, שיתמנה כקצין מנהלה לגיוס החטיבה. חטר-ישי נענה, ועזר לגייס את חטיבה 7 ולהכינה לקרב.
חטר-ישי ארגן את מבנה המערכת השיפוטית בחטיבה 7 במתכונת של הצבא הבריטי, ששימשה דוגמה ליחידות צה"ל האחרות, ששלחו לחטיבה 7 את התובעים הכלליים שלהן, ללמוד את השיטה וליישם אותם אצלן.
כעבור זמן מה, השתתף בהכנות של חטיבה 7 למתקפה של כרמלי לשחרור הגליל.
ביוני 1948 השביע בטקס חגיגי את חטיבה 7 לצה"ל.
בן-גוריון הטיל על אהרן חטר-ישי ונחום חת, היועץ המשפטי של משרד הביטחון, לכתוב חוק צבאי לצה"ל. הם ניסחו את תקנות שעת חרום (חוקת השיפוט), התש"ח-1948, שהסדירו את המשפט הצבאי בצה"ל. התקנות התבססו על תקנון "ההגנה", והיוו את התשתית לחוק השיפוט הצבאי, שנחקק ב-1955. חטר-ישי הופיע בישיבות של ועדת חוק ומשפט, ועדת החוץ והביטחון ואחר-כך גם במליאת הכנסת, כדי לקבל אישור לחוקה ולתיקונים המוצעים של ידו מדי פעם.
הקמת המערכת השיפוטית של צה"ל וניהולה.
עם הקמת צה"ל היה תפקיד בשם התובע הכללי של צה"ל, אותו מילא אברהם גורלי. בסוף דצמבר 1948 החליף אותו חטר-ישי שהחליף את התביעה הצבאית לפרקליטות הצבאית, והיה לפרקליט הצבאי הראשי הראשון בתחילת 1949.
עם הקמת המערכת השיפוטית של צה"ל הוא אייש את כל התפקידים במערכת: שופטים, פרקליטים, תובעים וסנגורים.
בתפקידו כפצ"ר מילא גם את התפקיד של יועץ משפטי לשר הביטחון.
הוא יזם וכינס ישיבה מיוחדת עם דוד בן-גוריון כשר הביטחון, שר המשפטים פנחס רוזן, היועץ המשפטי יעקב שמשון שפירא והרמטכ"ל יעקב דורי, שקבעה את השוואת דרגתם ומשכורותיהם של השופטים הצבאיים לזו של השופטים במערכת השיפוט האזרחית, בדרגה אחת נמוכה בלבד, וכן את זכות השופטים הצבאיים להיקלט כשופטים במערכת השיפוט האזרחית, בצד חובת השופטים האזרחיים לכהן במילואים כשופטים צבאיים, מה שהבטיח להערכתו את רמת השיפוט הצבאי. כן שריין את מעמדו של הפרקליט הצבאי הראשי כחבר קבוע במועצה השיפוטית של המדינה.
בהמשך ביטל את בתי הכלא הפרטיים במסגרת הש"י ויזם את מינויה של הוועדה הממונה על מאסרים מנהליים שבהרכבה היו שופט בית המשפט העליון מנחם דונקלבלום, והרב שמחה אסף ואורי מנהלן.
חטר-ישי הקים את כל מוסדות השירות המשפטי בצה"ל ואייש את כל התפקידים. הוא ניהל מאבק חריף עם הרמטכ"ל השני, יגאל ידין, על עצמאות המערכת המשפטית.
לפי בקשת שר המשטרה טיפל בשכנוע קצינים במשטרת המנדט להישאר לשרת במשטרת ישראל.
אלמנתו של סרן מאיר טוביאנסקי, שנשפט למוות כבוגד והוצא להורג על ידי כיתת יורים, פנתה לבן-גוריון באמצעות עו"ד אשר לויצקי, ותבעה חקירה מחדש. היא כפרה בגרסה הצבאית של בית דין השדה וטענה לחפותו של בעלה. חטר-ישי, שנדרש על ידי שר הביטחון לבדוק את הפרשה מחדש, מצא כי טוביאנסקי היה חף מפשע, פסק דינו וגזר דינו היו משגה חמור ומצער, והמליץ לפרסם עובדה זו לניקוי שמו, לערוך לו הלוויה צבאית, להחזיר לו את דרגתו ולהחשיב את אלמנתו ואת בנו כשאירים של חייל צה"ל, הזכאים לתשלומים ממשרד הביטחון. הממשלה אימצה את כל המלצותיו.
התמנה על ידי בן-גוריון, יחד עם השופט בנימין זהר ואבא חושי, כחבר ועדת חקירה לטבח כפר קאסם וכן כחבר בוועדות אחרות.
לאחר שחרורו מצה"ל.
בין השנים 1952–1954 השתחרר חטר-ישי מתפקידו כפרקליט הצבאי הראשי בדרגת אלוף-משנה וחזר למשרדו בחיפה.
"שורת המתנדבים" ביקשה שינהל אותה. המשמרת הצעירה של מפא"י ביקשה שיבוא לרכז אותה ואבא חושי, ראש עיריית חיפה, הציע לו לעבוד עמו.
חטר-ישי נענה לבקשת המגבית היהודית המאוחדת ויצא בשנית לשלושה חודשים למגבית בקנדה.
בהמשך פתח משרד לייעוץ חינם בשפרעם לבני העדה הדרוזית, לבקשתו וכתמיכה בח"כ סאלח-חסן ח'ניפס, שלדעתו קופח על ידי מפא"י, אף על פי שנבחר לכנסת מטעמה.