בהיותו מרכז ההדרכה של "צבא המפלגה הלאומנית", הוא היה אמור לספק את הבסיס הצבאי שממנו יפתחו הלאומנים את מסעם כדי לאחד את סין, שחולקה לעשרות זירות צבאיות. מלכתחילה היה בית הספר ממומן, חמוש ומאויש חלקית בידי הסובייטים.
ג'ואו הרחיב את ההשפעה הקומוניסטית באקדמיה. עד מהרה הוא גייס שורה של קומוניסטים בולטים נוספים שיצטרפו למחלקה המדינית. כאשר הלאומנים, שהיו מודאגים ממספרם ההולך וגדל של חברים וארגונים קומוניסטים בוומפואה הקימו ארגון משלהם באקדמיה הצבאית, ניסה ג'ואו לטרפד אותו; הסכסוך בין קבוצות הסטודנטים הללו קבע את הרקע לסילוק ג'ואו מהאקדמיה.
פעילות פוליטית.
ג'ואו שמר על קשר עם חברתו דנג יינגצ'או, שאותה הכיר בזמן שהיה בטיאנג'ין; בינואר 1925 ביקש ג'ואו וקיבל רשות מהמפלגה הקומונסטית להתחתן עם דנג. השניים התחתנו בגואנגג'ואו ב-8 באוגוסט 1925.
בעקבות תקרית צבאית, הופסקה העסקתו של ג׳ואו וקומוניסטים נוספים באקדמיה הצבאית, בשנת 1926.
הזמן ג'ואו היה בוואמפואה היה תקופה משמעותית בקריירה שלו. עבודתו החלוצית כקצין פוליטי בצבא הפכה אותו למומחה חשוב של המפלגה הקומוניסטית בתחום מפתח זה. רוב הקריירה שלו המאוחרת התמקדה בצבא. באותו הזמן, עבודתו הפוליטית של ג'ואו התרחשה גם בקרב אגודים מקצועיים כמו באגודי עובדי מסילות הברזל או נתיבי המים. בהם ארגן תאים חשאיים של קומוניסטים, והכין אותם לזמן שבו הקומוניסטים יפרדו מהברית עם התנועה הלאומנית, מה שקרה ב-1927.
פיצול לאומני-קומוניסטי.
ביולי 1926 החלו הלאומנים את מבצע "המשלחת הצפונית", שהיה ניסיון צבאי מאסיבי לאחד את סין. המשלחת הובלה על ידי צ'יאנג קאי שק והצבא המהפכני הלאומי (NRA), שהיה תערובת של כוחות צבאיים קודמים עם הדרכה של יועצים צבאיים רוסיים וקומוניסטים כמפקדים ופוליטרוקים כאחד. עם ההצלחות הראשונות של המשלחת, נוצר במהרה מרוץ בין צ'יאנג קאי-שק המוביל את "הימין" של המפלגה הלאומנית והקומוניסטים, שפעלו בתוך "השמאל" של הלאומנים, לשליטה על החלק הדרומי כמו נאנג'ינג ושנחאי. הקומוניסטים, שמפקדתם הייתה ממוקמת בשנחאי, ערכו שלושה ניסיונות להשתלט על העיר בשנים 1926–1927.
פעילויות בשנחאי.
ג'ואו הועבר לשנחאי כדי לסייע בפעילויות אלה, כנראה בסוף 1926. הם ארגנו פעולות נרחבות שסחפו אלפים מהאגודים המקצועיים, והם תקפו תחנות כוח, דואר ומפקדות משטרה ותחבורה. במהלך המהומות האלה, היו הוראות שלא לפגוע בזרים. הקרע שנוצר בין הלאומנים והקומוניסטים בזמן המהומות בשנחאי הוביל גם לעירובם של חברי הכנופיה הירוקה במאבק על השליטה בעיר.
ג'ואו היה אז הקומוניסט הבכיר ביותר בשנחאי. מאמציו של צ'יאנג להשמיד את הקומוניסטים בשנחאי היו חשאיים מאוד באותה עת, והוצאתו להורג של ג׳ואו הייתה מתפרשת כהפרת הסכם שיתוף הפעולה בין הקומוניסטים לבין הקואומיטנג (שהייתה טכנית עדיין בתוקף).
ג׳ואו ברח משנחאי, ועשה את דרכו להנקו (חלק מווהאן), והשתתף בקונגרס הלאומי החמישי של המפלגה הקומוניסטית הסינית, שהתקיים בין 27 באפריל ל-9 במאי. בסוף הקונגרס נבחר ג'ואו לוועד המרכזי של המפלגה, ושוב פנה אל המחלקה הצבאית.
אחרי הדיכוי של צ'יאנג קאי-שק את הקומוניסטים, והתפרקות הממשלה, באמצע יולי נאלץ ג'ואו לרדת למחתרת. אז החליטו הקומוניסטים לפתוח בשורה של מרידות צבאיות. הראשון שבהם היה התקוממות נאנצ'אנג. ג'ואו נשלח לפקח על האירוע, מבחינה צבאית, המרד היה אסון, כשכוחות הקומוניסטים התמוטטו והתפזרו. ג'ואו עצמו סבל ממלריה במהלך המבצע, ונשלח בחשאי להונג קונג לטיפול רפואי. בפגישה הבאה של הוועד המרכזי של המפלגה הקומוניסטית הסינית, ג'ואו הואשם בכישלון המבצע של נאנצ'אנג והורד זמנית כחבר בכיר בפוליטביורו.
פעילויות במהלך מלחמת האזרחים הסינית.
לאחר כישלון התקוממות נאנצ'אנג, ג'ואו עזב את סין לברית המועצות כדי להשתתף בקונגרס הלאומי השישי של המפלגה הקומוניסטית הסינית במוסקבה, ביוני-יולי 1928. הקונגרס השישי היה צריך להיות במוסקבה כי התנאים בסין נחשבו מסוכנים.
בקונגרס השישי נשא ג'ואו נאום ארוך וטען כי התנאים בסין אינם נוחים למהפכה מיידית, וכי המשימה העיקרית צריכה להיות לפתח מומנטום מהפכני על ידי זכייה בתמיכת ההמונים באזורים הכפריים והקמת המשטר הסובייטי בדרום סין, בדומה לזה שמאו דזה-דונג וז'ו דה כבר הקימו סביב ג'יאנגשי. ג'ואו הפך למנהיג דה פקטו של המפלגה הקומניסטית הסינית כשהוא בן שלושים בלבד.
לאחר שהגיע בחזרה לשנחאי בשנת 1929, החל ג'ואו לעבוד במחתרת, להקים ולפקח על רשת של תאים קומוניסטיים עצמאיים. הסכנה הגדולה ביותר של ג'ואו בעבודתו המחתרתית הייתה האיום שהתגלה על ידי המשטרה החשאית של הקואומינטאנג שנוסדה ב־1928 עם המשימה הספציפית של זיהוי וחיסול הקומוניסטים. כדי למנוע זיהוי, ג'ואו ואשתו שינו מגורים לפחות פעם בחודש, והשתמשו במגוון כינויים. ג'ואו הסתיר את עצמו לעיתים קרובות כאיש עסקים, ולעיתים לבש זקן. ג'ואו נזהר שרק שניים או שלושה אנשים ידעו כל פעם היכן הוא נמצא ונמנע מלהיראות במקומות ציבוריים. ג׳ואו פעל להקמת רשת של מודיעין בתוך המטה של צאינג קאי צ׳ק והמידע שהם העבירו סייע לקומוניסטים להימלט מכיתור והשמדה.
עם זאת ג׳ואו פעל בתקיפות נגד בוגדים מצד המפלגה הקומוניסטית, כולל הוצאתם להורג של בני משפחתם, והוא שוב נאלץ לברוח מפני סוכניו של צ'יאנג קאי שק.
המצעד הארוך.
לאחר שהוכרז על ההחלטה לנטוש את ג'יאנגשי, מונה ג'ואו לאחראי על הארגון והפיקוח של הלוגיסטיקה בנסיגה הקומוניסטית. הוא הכין את תוכניותיו בסודיות מוחלטת והמתין עד לרגע האחרון כדי להודיע ​​על כך למנהיגים בכירים. מטרתו של ג'ואו הייתה לפרוץ את כיתור האויב עם כמה שפחות נפגעים, ולפני שיצליחו כוחותיו של צ'יאנג לכבוש את כל הבסיסים הקומוניסטיים. לא ידוע אילו קריטריונים שימשו כדי לקבוע מי יישאר ומי ילך, אבל 16,000 חיילים וכמה מפקדי קומוניסטים בולטים באותה תקופה נותרו להקים משמר אחורי כדי להסיט את הכוח העיקרי של הכוחות הלאומיים מלהבחין בנסיגה הכללית של הקומוניסטים.
הנסיגה של 84,000 חיילים ואזרחים החלה בתחילת אוקטובר 1934. סוכני המודיעין של ג'ואו הצליחו לזהות חלק גדול מקווי הכיתור של צ'יאנג שאוישו על ידי גנרל צ'ן ג'יטנג. לאחר שעבר שלושה מתוך ארבעת קווי הביצורים הדרושים כדי להימלט מהכיתור של צ'יאנג, הצבא האדום נתפס לבסוף על ידי כוחות לאומיים סדירים, וסבל אבדות כבדות. מתוך 86,000 הקומוניסטים שניסו לפרוץ מג'יאנגשי, נמלטו 36,000 בלבד. הפסד זה גרם לדכדוך של כמה מהמנהיגים הקומוניסטיים, אבל ג'ואו נשאר רגוע ושמר על קור רוח.
במצעד הארוך שלאחר מכן, היו סכסוכים רבים על הכיוון שהקומוניסטים צריכים ללכת, ועל הסיבות לתבוסת הצבא האדום. במהלך מאבקי הכוח שהתעוררו, ג'ואו תמך בעקביות במאו זדונג נגד האינטרסים של בו גו ואוטו בראון. בו ובראון הואשמו אחר כך בתבוסת הצבא האדום, והוסרו בסופו של דבר מעמדות המנהיגות שלהם. הקומוניסטים הצליחו בסופו של דבר להקים מחדש בסיס בצפון שאאנשי ב-20 באוקטובר 1935, והגיעו עם 8,000-9,000 חברים בלבד.
תקרית שיאן.
במהלך הקונגרס השביעי של הקומינטרן, שנערך באוגוסט 1936, הוחלפה המדיניות של לחימה בלאומנים וביפנים באותו הזמן, במדיניות של שיתוף פעולה עם הלאומנים כנגד יפן. ג'ואו שיחק תפקיד חשוב במדיניות חדשה זו. ג'ואו יצר קשר עם אחד המפקדים הבכירים ביותר של הקואומיטאנג בצפון-מערב, ג'אנג צ'ו-ליאנג. ב-1935 היה ג'אנג ידוע בשל עמדותיו האנטי-יפניים וספקותיו בנוגע לנכונותו של צ'יאנג להתנגד ליפנים.
המפגש הראשון בין ג'ואו וג'אנג התרחש ב-7 באפריל 1936. ג'אנג גילה עניין רב בסיום מלחמת האזרחים, איחוד הארץ, והלחימה ביפנים, אך הזהיר כי צ'יאנג שולט היטב בממשלה הלאומנית, כי להגיע להגשמת מטרות אלה יהיה קשה בלי שיתוף הפעולה של צ'יאנג. שני הצדדים סיימו את פגישתם בהסכם למצוא דרך לעבוד יחד בחשאי. בו בזמן שג'ואו יצר קשרים חשאיים עם ג'אנג, צ'יאנג החל לחשוד בג'אנג. כדי להונות את צ'יאנג, ג'ואו וג'אנג פרשו יחידות צבאיות מזויפות כדי ליצור את הרושם כי הצבא הצפון-מזרחי והצבא האדום היו נתונים בתנאי קרב.
בדצמבר 1936 טס צ'יאנג קאי-שק למפקדה הלאומנית בשיאן כדי לבחון את נאמנותם של הכוחות הצבאיים המקומיים של המארשאל ג'אנג צ'ואליאנג, ולהוביל באופן אישי את הכוחות הללו בהתקפה סופית על הבסיסים הקומוניסטיים בעיר שאאנשי, אשר ג'אנג נצטווה להרוס. נחוש לאלץ את צ'יאנג לכוון את כוחותיה של סין נגד היפנים (שנטלו את שטח מנצ'וריה של ג'אנג והיו בהכנות לפלישה רחבה יותר), ב־12 בדצמבר הסתערו ג'אנג וחסידיו על מפקדתו של צ'יאנג, הרגו את רוב שומרי ראשו ותפסו את הגנרליסימו במה נודע בשם תקרית שיאן.
התגובות לחטיפתו של צ'יאנג היו מעורבות. כמה מהם, כולל מאו דזה-דונג וז'ו דה, ראו בה הזדמנות להרוג את צ'יאנג. אחרים, כולל ג'ואו אנלאי וג'אנג וונטיאן, ראו בה הזדמנות להשיג מדיניות מאוחדת נגד היפנים, שתחזק את מעמדה הכולל של הקומוניסטים. הוויכוח הסתיים כאשר הגיע מברק ארוך מיוסיף סטלין, שקרא לקומוניסטים לשחרר את צ'יאנג, והסביר כי חזית מאוחדת היא העמדה הטובה ביותר להתנגד ליפנים, וכי רק צ'יאנג זכה ליוקרה ולסמכות כדי לבצע תוכנית כזו.
לאחר תקשורת ראשונית עם ג'אנג על גורלו של צ'יאנג, ג'ואו אנלאי הגיע לשיאן ב-16 בדצמבר, במטוס שנשלח במיוחד עבורו על ידי ג'אנג צ'ואליאנג, כמנהל המשא ומתן הקומוניסטי הראשי. תחילה התנגד צ'יאנג למשא ומתן עם נציג המפלגה הקומוניסטית הסינית, אך משך את התנגדותו כאשר התברר כי חייו וחירותו תלויים במידה רבה ברצונו הטוב של הקומוניזם כלפיו.