לאחר מלחמת העולם הראשונה וכינון ממלכת הסרבים, הקרואטים והסלובנים היו רבים מיהודי זאגרב בעלי אזרחות זרה או חסרי היתרי שהות כגון אִינְקוֹלָאט או הֶיימָאטְרֶכְט ועלה חשש גדול בקרבם שיגורשו מחוץ לממלכה. החשש התבסס על תקנות החירום שהוציא הממשל הזמני ובמסגרתן במהלך 1919 גורשו נתינים "זרים" ובכללם יהודים רבים מוויבודינה ומבוסניה. לאחר ביסוס השלטון הוברר כי אין כוונה לגרש יהודים מזאגרב. במקביל הגישו יהודי זאגרב ואוסייק בקשה לפרלמנט הקרואטי בקשה להקמת איגוד קהילות יהודיות באזור קרואטיה. ביולי 1919 אישרה הממשלה הזמנית את הקמתו של "איגוד הקהילות היהודיות בממלכת הסרבים, הקרואטים והסלובנים" ובראשו הועמד ד"ר הוגו שפיצר.
בראשית שנות ה-20 של המאה ה-20 גברה מאוד פעילות התנועה הציונית בעיר. בינואר 1919 התקיימה בזאגרב הוועידה הראשונה של ההסתדרות הציונית בממלכה, באוגוסט הוקם ארגון הנוער הציוני שמנה כ-1,500 חברים. ב-1920 כבר מנתה התנועה ציונית 10,000 חברים. בראש ההסתדרות הציונית בזאגרב עמד עורך הדין ד"ר אלכסנדר ליכט, אשר לימים כיהן כיושב ראש ההסתדרות הציונית בממלכת יוגוסלביה. ליכט פעל להעמקת הפעילות הציונית בזאגרב ובתקופתו קמו ארגוני ומועדוני נוער כגון מכבי וארגוני נשים כגון ויצו. יצאו לאור ביטאונים וכתבי עת שונים ברוח התנועה. עוד נודע הפעיל הציוני איוואן יעקבי בנו של הרב הושע יעקבי. לליכט הייתה אופוזיציה בקרב ציוני בוסניה שהובלה על ידי ד"ר מוריץ לוי שטען כי הנהגת התנועה היא אשכנזית ברובה, מדירה את רגלי הספרדים ונוקטת בקו אידאולוגי נוקשה. בהמשך, גם דוד אלבלה מבלגרד מתח ביקורת על התנהלותו של ליכט על רקע זה. ב-28 ביוני 1921 עם כינונה הרשמי של "ממלכת הסרבים, הקרואטים והסלובנים" כמונרכיה חוקתית הצהיר השלטון על שוויון זכויות לכל אזרחי הממלכה.
ב-1929 פיזר המלך אלכסנדר הראשון את הפרלמנט ושלטונו הפך לאבסולוטי. החלה פעילות נרחבת נגד המפלגה הקומוניסטית ורבים מחבריה נעצרו. חלק מהעצורים היו יהודים ומהם מיהודי זאגרב. העצורים הועמדו למשפט, מקצתם הוצאו להורג ורובם נכלאו. המשטרה היוגוסלבית פשטה לא אחת על סניפי תנועות הנוער היהודיות, בוצעו חיפושים והוחרם רכוש. ב-1931 מנתה הקהילה 8,702 נפשות שנחלקו לשלושה קהלים: קהל נאולוגי, קהל ספרדי קטן שמנה 625 נפשות וקהל אורתודוקסי שמנה 160 נפשות.
בשלהי שנות ה-30 החלו לזרום פליטים יהודים מאוסטריה ובהמשך מצ'כוסלובקיה. בעת ההיא נתונה הייתה הקהילה על פרשת דרכים. מחד, גברה מאוד ההתבוללות בקרב יהודי העיר. 431 יהודים המירו את דתם לנצרות קתולית. מנגד, עלה מניינם של הקומוניסטים היהודים אשר פעלו באופן "חצי מחתרתי" והקימו גם תנועות נוער, בהן היו חברים צעירים אשר כמה עשרות מהם, כגון רוברט דומאני, הצטרפו לבריגדות הבינלאומיות ולחמו במלחמת האזרחים בספרד. לימים הצטרפו חברי תנועות הנוער הקומוניסטיות לשורות הפרטיזנים של טיטו. גם התנועה הציונית הייתה במשבר שהעמיק לאחר פרישת ברית הציונים הרוויזיוניסטים מהתנועה. ארגון הנוער המוביל בקרב צעיריה הציוניים של זאגרב היה השומר הצעיר.
לקהילת זאגרב השתייכו יהודי העיירה וְרְבּוֹבֶץ . קהילה התקיימה שם החל מהמחצית השנייה של המאה ה-19. בשלהי המאה הוקם בית עלמין יהודי. ב-1931 התגוררו בוורבובץ 57 יהודים. הקהילה חרבה בשואה. נכון ל-2010 ניתן היה לאתר את בית העלמין היהודי. השטח היה לא מתוחזק ומגודל צמחייה עבותה. במקום אותרו 50 מצבות.
שואת יהודי זאגרב.
בפרוץ מלחמת העולם השנייה הכריזה ממלכת יוגוסלביה על נייטרליות מדינית. במקביל החלו מגעים בין שליחיו של הנסיך פאבלה לנציגי גרמניה הנאצית אודות הצטרפותה של יוגוסלביה למדינות הציר. ב-4 באוקטובר 1940 פורסמו תקנות רשמיות שהגבילו את הפעילות הכלכלית של יהודי יוגוסלביה וקבעו נומרוס קלאוזוס במוסדות להשכלה גבוהה. בהמשך, הוגבלו גיוסם של יהודים לצבא וקבלתם לקורסי קצינים. ב-25 במרץ 1941 חתמו בווינה דראגישה צבטקוביץ' ראש ממשלת יוגוסלביה ויואכים פון ריבנטרופ שר החוץ הגרמני על ההסכם התלת-צדדי. ב-27 במרץ פרצה בממלכה הפיכה צבאית בתמיכת מנהלת המבצעים המיוחדים הבריטית. הנסיך פאבלה, מועצת העוצרים וממשלת יוגוסלביה הודחו, ופטר השני הומלך למלך יוגוסלביה. ב-6 באפריל פלשה גרמניה הנאצית ליוגוסלביה וכבשה אותה תוך ימים אחדים. ב-10 באפריל 1941 נכנסו כוחות גרמניים לזאגרב ועימם עשרות רבות של גולים לאומניים קרואטים שנמלטו מהממלכה בתקופת שלטונה של ממלכת יוגוסלביה. עם הגעתם כוננה המדינה העצמאית של קרואטיה בראשות אנטה פאבליץ'.
ב-11 באפריל פוזרה הנהלת הקהילה והוחרמו משרדיה. לאחר חלוקת יוגוסלביה לאזורי כיבוש, נמלטו מקצת מיהודי זאגרב לאזור הכיבוש האיטלקי. אחרים הצטרפו למפלגה הקומוניסטית של יוגוסלביה ובהמשך לכוחות הפרטיזנים של טיטו. ב-14 באפריל התפרסמו תקנות "שמירת הרכוש הלאומי הקרואטי" ובמסגרתו בוטלו עסקאות שבוצעו עם יהודים. ב-17 באפריל כונן "הצו להגנת המדינה הקרואטית" ובעקבותיו הוקמה משטרת ביטחון הפנים של האוסטאשה בראשות אאוגן קווטרניק. ב-22 באפריל הכריז שר הפנים הקרואטי אנדריה ארטוקוביץ' כי קרואטיה תפתור את הבעיה היהודית בדרכה של גרמניה. עם זאת, מעדות במשפטו של מפקד משטרת זאגרב פְּרָאנְיוֹ טְרוּהָר (בקרואטית: Franjo Truhar), עולה כי ארטוקוביץ' הורה לטרוהר "לטבוח את היהודים והסרבים ללא הבחנה". עוד הצהיר: "קודם נחרים את רכושם ואחר כך נוציא להורג את כולם". ב-30 באפריל חוקקו חוקי הגזע הראשונים ובכללם ענידת סימון מיוחד ליהודים. ב-2 במאי הוצא צו "ההגנה על התרבות הלאומית והארית של הקרואטים" ובכללו איסור פעילות תרבותית של יהודים בקרב האוכלוסייה הכללית.
ב-5 במאי הוטל עוצר ובמסגרתו נאסרה תנועת יהודים וסרבים. בנוסף נאסר עליהם להתגורר באזורים מסוימים בזאגרב והם נאלצו לעזוב את דירותיהם. ב-4 ביוני נאסר על יהודים לשנות שם משפחה ולהשתמש בשמות עם קונוטציה סלאבית. ב-5 ביוני התפרסם צו ובו נדרשו כל יהודי זאגרב להצהיר באופן מפורט על כל רכושם. ב-30 באוגוסט תוקנה תקנה ובמסגרת הופקע כל הרכוש היהודי ובכלל זה מבני מגורים, חוות חקלאיות, חברות ומפעלי תעשייה. אנשי האוסטאשה בזאגרב פעלו בשיטות של פשע מאורגן במטרה לסחוט כספים מהקהילה או לבצע מעשי שוד באמתלות של חיפוש בדירות מבוקשים. כך, במאי 1941 נעצרו ראשי הקהילה בזאגרב ושחרורם הותנה בתשלום כופר נפש בזהב, תכשיטים ומטבע חוץ. וכך במהירות שמטו אנשי האוסטאשה את הבסיס הכלכלי מבני הקהילה. מאפריל הוחל במעצרים בקרב בני הקהילה, אך לא באופן כולל. מיוני הוחל בשליחת העצורים למחנות הריכוז שהקים שלטון האוסטאשה.
ב-26 ביוני פרסם אנטה פטבליץ את "הצו המיוחד לענייני היהודים" ובו נכתב:
בעקבות הצו הוחל במצוד אחר יהודי זאגרב ובמקביל בהקמתם של מחנות ריכוז שיקלטו את העצורים. ביוני 1941 הוקם מחנה גוספיץ', קרושצ'יצה ולאחריו ידובנו. באי פג הוקמו שני מחנות ריכוז האחד לגברים: מחנה הריכוז סלאנה והשני לנשים וילדים: מחנה הריכוז מטאינה. באוגוסט הוקם מחנה ההשמדה יאסנובאץ ובהמשך סטארה גראדישקה. בספטמבר 1941, הוקם במימון כפוי של יהודי זאגרב מחנה הריכוז לובורגראד ועלות ההקמה הייתה 1.3 מיליון קונות. בדצמבר 1941 הוקמו מחנות הריכוז טניה וג'קובו. עד סוף יוני נאסרו כמה אלפים מיהודי זאגרב ושולחו לידובנו ולאי פאג. השוטרים שביצעו את המעצרים תוגמלו כספית בעבור כל יהודי שעצרו.
ב-23 בנובמבר 1941 פורסמה תקנה בדבר גרוש "אלמנטים לא רצויים" למחנות ריכוז". מיד לאחר פרסום התקנה נערכה אקציה בזאגרב ובה נעצרו מרבית בני הקהילה. בדצמבר 1941 עידכן אנטה פאבליץ' את שר החוץ האיטלקי גליאצו צ'אנו כי בשטח מדינת קרואטיה העצמאית נעצרו 35,000 יהודים. עצורי זאגרב הובלו למחנות מעצר זמניים בקרשקו, בסָמוֹבּוֹר ובדְרָאגָאנִיץ'. בהמשך נשלחו מאות למחנה מעצר ליד קופריבניצה וכ-300 נטבחו שם על ידי אנשי האוסטאשה בעיקר באמצעות נשק קר. חלקם הוכו למוות באלות. מאות נשלחו לידובנו וכ-100 נרצחו עם הגעתם. הנשים והילדים נשלחו ברובם למחנה הריכוז לובורגראד וקרושצ'יצה, אך גם פוזרו במחנות נוספים ומשם הובלו למחנה ההשמדה יאסנובאץ. מרבית הגברים נשלחו ישירות ליאסנובאץ. עד סוף שנת 1941 נרצחו מרבית יהודי זאגרב שנעצרו. חלק מהיהודים שלא גורשו היו מקורבים לראשי השלטון, ובמקביל הפעילה הכנסייה הקתולית של זאגרב לחץ על ראשי האוסטאשה לחדול מגירוש יהודים. מפקדי הגסטפו שלא היו מרוצים מקצב חיסול היהודים בקרואטיה הפעילו לחץ על ראשי האוסטאשה להאצת פעילותם, ולבסוף נטלו את הפיקוד על מבצעי הגירוש. בפברואר 1942 מונה שטורמבאנפיהרר הנס הלם (בגרמנית: Hans Helm) לנספח לעניינים משטרתיים בזאגרב ולאחראי על גירוש היהודים שנותרו באזור קרואטיה. הוא החל לנהל משא ומתן עם ראשי האוסטאשה על ביצוע הגירושים.