המהפכה הצרפתית, אשר פרצה ב-14 ביולי 1789, שינתה את מעמד היהודים בצרפת מהקצה אל הקצה. בזכות החוקים החדשים לחירות, שוויון ואחווה אשר חוקקה האספה הלאומית של המהפכנים, זכו היהודים לשוויון זכויות מלא והוכרו כאזרחיה של הרפובליקה החדשה. ביטול סמכויותיהם של אנשי כמורה והוצאתם להורג של מסיתים דתיים תרמו אף הם לירידה באנטישמיות.
לעניין קבלת זכויות אזרח שוות, היה מצבם של יהודי אלזס שונה ממצבם של יהודי דרום צרפת. על אף שיהודי דרום צרפת כבר נהנו משוויון הזכויות, ההחלטה להעניק שוויון זכויות גם ליהודים האשכנזים של אלזס, התקבלה לאחר דיונים שנמשכו כשנתיים.
בחלקי אלזס השונים מונו מפקחים שתפקידם היה לפקח על הקהילות היהודיות באזור ולגבות את המיסים. רבני אלזס קיבלו אישור מבעלי האדמות לנהל את ענייני הפנים של הקהילה והם ייצגו את היהודים כלפי השלטונות ביחד עם השתדלנים.
הענקת שוויון הזכויות הביאה גם לביטול החוקים המפלים כלפי היהודים. כעת, יכלו היהודים לעסוק בכל המקצועות, לקנות בתים, לגור בכל מקום שחפצו ולהתחתן עם מי ומתי שרצו. בזכות ביטול חוקי האפליה נגד היהודים, החלו היהודים לשגשג מבחינה כלכלית. חלקם עסקו בתעשייה ובמסחר אך רבים עדיין עסקו במלאכות המסורתיות של האזור כגון סחר בבהמות. יהודי אלזס עסקו גם בנדל"ן, במכירת קרקעות וכמתווכים בין האיכרים לבין השלטונות, הסוחרים והלקוחות.
השינויים במעמד היהודים הביא ליצירת קהילות יהודיות חדשות בשטרסבורג ובקולמר. הקהילות הללו משכו אליהם את יהודי הכפרים שבסביבה. עם המעבר מהקהילות הכפריות הסגורות השתנה האופי של הקהילות והם החלו להיות מושפעים מהלך הרוח המודרני שבערים. עם זאת, עדיין היו יהודי אלזס מסורתיים יותר מאשר אחיהם בשאר אזורי צרפת. אף על פי כן, כאשר גל פטריוטיזם שטף את יהודי צרפת, גם היהודים האשכנזים מאלזס רצו להיות מזוהים כצרפתים פטריוטים.
בעת שלטון הטרור של היעקובינים, בשנים שלאחר המהפכה, סבלו בני כל הדתות מהאנרכיה ומהאכזריות של השליטים. בתקופה הזאת יהודים סבלו מוונדליזם, מהחרמות תשמישי קדושה, מיסים מיוחדים והצקות בגלל לבושם ומראם השונה של היהודים.
בשנים שלאחר מכן, שוב השתפר מצב היהודים. לאט לאט הם תפסו עמדות של כוח והשפעה בתחומים רבים כגון הוראה, משפט ומדעים. תנועת ההשכלה היהודית החלה להשפיע על יהודי צרפת אולם יהודי אלזס הייתה עדיין קרועה בעניין הזה. הקהילות הכפריות נותרו נאמנות יותר למסורת ומרדו פחות כנגד אורח החיים היהודי המסורתי ואילו היהודים האלזסיים העירוניים היו פתוחים יותר לרוחות השינוי.
המאה ה-19 - עידן של תמורות עבור יהדות אלזס.
המאה ה-19 הייתה תקופת פריחה ליהדות צרפת בכלל וליהודי אלזס בפרט. בתקופה הזאת גדלה מאוד יהדות אלזס. צפיפות האוכלוסייה בכפרים, והמחסור בפרנסה בהם הביאה להגירת יהודים לעיירות ולערים הגדולות שבמחוז. חלק מן היהודים אף עזבו את האזור והגרו לשאר חלקי צרפת, לשווייץ או לארצות הברית.
תהליך המודרניזציה של יהודי אלזס פיגר במידת מה אחרי התהליך שעבר על שאר יהודי צרפת. הסיבות כוללות את העובדה שהיהדות הכפרית של אלזס הייתה פתוחה פחות לרעיונות המודרניות מאשר היהודים העירוניים בשאר המדינה.
השיפור במצבם החוקתי של היהודים הביאה גם לשיפור במצבם הכלכלי. בין יהודי אלזס אפשר היה למצוא רופאים, עורכי דין, בעלי מפעלי חרושת, בנקאים ושאר המקצועות החופשיים.
בשנת 1808 החליט נפוליאון לארגן את הקהילות היהודיות כמו הקהילות הקתוליות והפרוטוסטנטיות. משנת 1807 חולקה יהדות אלזס לשתי מועצות רבניות שהיו תחת הנהגת מועצה רבנית צרפתית מרכזית. המועצה הרבנית והרב הראשי של צרפת היו אלה שמינו את הרבנים, המוהלים, השוחטים ובעלי התפקידים הדתיים אשר קיבלו את משכורתם מהמדינה.
בשנת 1808 הוכרחו יהודי אלזס לאמץ לעצמם שם משפחה (עד לתקופה הזו לא היו ליהודי צרפת שמות קבועים). רבים מהיהודים לקח לעצמם שם על פי שם הכפר שבו הם גרו, שם המקצוע או שם אבותיהם.
על אף תהליכי השינוי שעברו על החברה הצרפתית (ואולי בגללן) המשיכה התעמולה האנטישמית במסע ההכפשות נגד היהודים. עיקר ההכפשות היו מופנות כלפי העיסוק של היהודים בהלוואת כספים.
שר המשפטים הצרפתי אמר בשנת 1805 "האנשים האלה [יהודי אלזס] לא הפכו לצרפתים טובים יותר בזכות קבלתם אזרחות צרפתית והם ממשיכים ללוות כספים בתעריפים גבוהים".
בעקבות הטענות הללו נחקקו חוקים כדי להגן על האוכלוסייה הכללית בעסקאות כלכליות עם יהודים, למשל:
חוקים מפלים נוספים נחקקו כנגד היהודים כגון האיסור ליהודי להמיר את חובת השירות הצבאי ולשלם לאחר לשרת במקומו (דבר שהיה מותר לאזרחים הנוצרים).
גם בעניינים האלה הייתה העדפה בולטת של השלטון כלפי היהודים הספרדים של דרום צרפת למרות שרוב יהודי צרפת בתקופה הזו חיו באלזס.
סוף המאה ה-19 – סיפוח אלזס וצפון לוריין לגרמניה.
חבל אלזס ולוריין היו מאז ומתמיד מוקד למאבק טריטוריאלי בין צרפת לגרמניה. בשנים שבין 1871–1918 סופחה אלזס לגרמניה. האלזסים נאלצו לבחור בין האזרחות הגרמנית לזו הצרפתית. רבים מיהודי אלזס בחרו באזרחות הצרפתית ונאלצו לעבור לצרפת, לשווייץ או לארצות הברית. רבים מהיהודים העירוניים הגרו על מנת להימנע מאורח החיים הפרוסי ומשירות חובה בצבא הגרמני. כדי לא לאבד את אדמותיהם, משפחות יהודיות רבות התפצלו כאשר חלק נותר באלזס כדי לשמור על הנכסים המשפחתיים והחלק האחר היגר לארצות אחרות. במגמה הפוכה להגירת יהודי אלזס ממנה, היו גם יהודים מגרמניה וממזרח אירופה שהיגרו אליה.
בתקופת הסיפוח קטנה הקהילה היהודית באזורים מסוימים של אלזס ב-20%. הקהילות היהודיות העירוניות ב-שטרסבורג, קולמר ומולהוז גדלו בחשיבותן ובקהילות הכפריות של המחוז התקשו למצוא מועמדים לכהונת רבנות ולתפקידים דתיים אחרים. זרמי ההשכלה והשאיפה להצטרף לתרבות הצרפתית הכללית השפיעה רבות על הקהילה היהודית של צרפת. גם בקרב יהודי אלזס הייתה מורגשת התרחקות מסוימת מהמסורת, אם כי, במידה פחותה משאר צרפת בגלל שמרנותם של בני הקהילה. לצד רוחות השינוי, נותרו באזור אלזס מרכזים אורתודוקסים חזקים.
בשנת 1918 חזרה צרפת ושלטה באזור.
יהודי אלזס בימי מלחמת העולם השנייה.
בשנת 1939 חיו באלזס ובמחוז השכן, לוריין 20,000 יהודים. הקהילה הגדולה ביותר הייתה בשטרסבורג והשנייה במץ (העיר הגדולה של לוריין).
כבר בשנת 1938 נערכו פרעות ביהודי האזור אשר גרמו לפגיעה בחנויות וברכוש יהודי. שטרסבורג הייתה למרכז של הפצת תעמולה אנטישמית שהוברחה אל העיר על ידי חברי המפלגה הנאצית מגרמניה השכנה. בתגובה הקימו חברי תנועות הנוער היהודיות של האזור ועדה שפעלה כנגד הפצת האנטישמיות. באותו הזמן, הוקמו בשטרסבורג ארגוני סיוע לפליטים יהודיים שברחו אל צרפת מגרמניה וממרכז אירופה.
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה, פינתה ממשלת צרפת תושבים שחיו לאורך הגבולות עם גרמניה. בין המפונים היו 14,000 יהודים מאלזס ומלוריין שהועברו למרכז ולמערב צרפת. עם הכיבוש הגרמני של צרפת ברחו כ-5,000 יהודים נוספים מהאזור לדרום צרפת ולשווייץ השכנה.
עם זאת, מספר גדול של יהודי החבל נלכדו באלזס, נתפסו בידי הגרמנים ונשלחו למחנות ההשמדה.
ב-13 ביולי 1940, גירש מפקד האזור הגרמני, רוברט היינריך וגנר, את שארית יהודי אלזס מהאזור. הוא הכריז על האזור "יודן-ריין" והחרים את כל רכושם. ב-15 ביולי 1940 סופחה אלזס רשמית לרייך הגרמני.
ב-12 בספטמבר הועלה בית הכנסת הגדול של שטרסבורג, ה-Quai Kléber, באש.
בתחומי אלזס הוקם מחנה הריכוז נאצוויילר-שטרוטהוף (Natzweiler-Struthof) והוא מחנה הריכוז היחיד שהוקם על אדמת צרפת. במחנה הזה נרצחו יותר מ-12,000 בני אדם, רובם יהודים.
במהלך המלחמה, הקים פרופסור גרמני, אוגוסט הירט אוסף מחקרי של גולגולות ושלדים של יהודים במטרה לבסס "מדעית" את תורת הגזע. האוסף נשמר באוניברסיטה של שטרסבורג. ביוני 1943 נשלחו כ-100 יהודים מאושוויץ אל מחנה הריכוז נאצוויילר-שטרוטהוף, שם הם הומתו בגזים וגופותיהם נשלחו לפרופ' הירט כדי לקדם את האוסף שלו.
כ-2,000 מיהודי אלזס-לוריין נרצחו בשואה. רבים מהיהודים שהצליחו להימלט או שפונו לאזורים אחרים במדינה היו לחברים פעילים בתנועת ההתנגדות הצרפתית.
יהדות אלזס לאחר השואה ועד ימינו.
רוב יהדות אלזס שרדה את השואה.
בשטרסבורג, למשל, חיו לפני המלחמה 10,000 יהודים, מתוכם כ-1,000 נרצחו בשואה.
הקהילות היהודיות הכפריות של אלזס נעלמו. הקהילה היהודית של ימינו מתרכזת בערי אלזס. כתוצאה מכך, בתי כנסת ובתי העלמין של הקהילות הכפריות ננטשו, נהרסו או הוסבו לשימוש אחר.
השנים שלאחר המלחמה היו שנים של שיקום הקהילה היהודית של אלזס. בשנים שלאחר המלחמה הוקם בשטרסבורג בית הכנסת המרכזי מחדש, בית ספר יהודי, בית ספר עקיבא, ובהמשך עוד מוסדות יהודיים רבים.
כיום הקהילה היהודית האלזסית היא גדולה ומבוססת. בשטרסבורג חיים היום יותר מ-15,000 יהודים. על אף שבעשורים האחרונים היגרו לאלזס יהודים רבים מצפון אפריקה (כמו לשאר אזורי צרפת), הקהילה היהודית בשטרסבורג היא בעיקרה אשכנזית. כיום בשטרסבורג, למשל, 60% מהיהודים הם אשכנזים ו-40% ממוצא צפון אפריקאי, וזאת בניגוד לשאר ערי צרפת בהן קיים רוב של יהודים ממוצא מזרחי.
אף על פי שהתרבות היהודית המסורתית האלזסית הולכת ונעלמת נעשה מאמץ להחיות אותה בשנים האחרונות. נערכים בחבל סיורים בעקבות המורשת היהודית באלזס, נכתבים מחקרים ונפתחים מרכזים תרבותיים שבהם מסעדות כשרות, קונצרטים ותערוכות.