במהלך מלחמת האזרחים האנגלית פילמר לא השתתף באופן פעיל במלחמה, אך הוא סייע כספית לשחרור בערבות של חבר שנאסר על ידי תומכי הפרלמנט. ייתכן שכתוצאה מכך האחוזה והרכוש של פילמר היו יעד להטרדות וחבלות מצד צבא הפרלמנט ובסופו של דבר הוא נאסר למספר שנים ללא משפט. אשתו, אן היתון פילמר, ניהלה את ענייני האחוזה בזמן מאסרו ופעלה לשיפור תנאי כליאתו ולשחרורו. בתגובה פילמר כתב את הפמפלט "בשבח הרעיה אשת חיל". בנוסף הוא כתב בזמן מאסרו את החיבור "על דברי ניאוץ נגד רוח הקודש" שביקר את אנשי הסכולסטיקה ואת התאולוגיה הקלוויניסטית.
לאחר שחרורו מהמאסר פילמר המשיך לפרסם חיבורים שונים העוסקים בתאולוגיה ופוליטיקה. גישתו הפוליטית הושפעה מהפילוסוף בן המאה ה-16 ז'אן בודן. במרכז גישתו הייתה ההשקפה לפיה מלכים מושלים מתוקף זכות אלוהית וביקורת על שיטת הממשל הדמוקרטית. פילמר כתב גם ביקורות על הספר לוויתן של תומאס הובס, על ג'ון מילטון, על "על חוק המלחמה והשלום" של הוגו גרוטיוס, ועל הפוליטיקה של אריסטו.
פילמר מת בגיל 65 באחוזתו, שם נקבר.
הגות פוליטית.
רקע אינטלקטואלי.
במאות ה-16 וה-17 חוסר יציבות פוליטי בעקבות סכסוכים בין קתולים לפרוטסטנטים היוו את הרקע לדיונים אינטלקטואלים לגבי מהות הריבונות ומקורה. הוגים כגון רוברטו בלרמינו ופרנציסקו סוארז הצדיקו את העמדה לפיה מקור הריבונות של המלך הוא בהסכמה ראשונית של העם, אשר העביר למלך את הזכות והכוח לשלוט. משתמע מגישה זו שקיים הבדל מהותי בין השלטון במשפחה הפטריארכלית לבין השלטון המדיני. במשפחה הכוח ניתן בירושה ומהאל, בעוד שבמדינה הכוח ניתן מהעם. עוד משתמע מהגישה שהסמכות שהועברה למלך יכולה להיות מותנית ברצון העם ולכן תחת תנאים מסוימים ייתכן שהמלך יאבד את כוחו ואת הלגיטימציה שלו לשלטון. הוגים אחרים התנגדו נחרצות לגישה זו שיכלה להתפרש כהצדקה למרד. הבולט ביניהם היה ז'אן בודן שבספרו ששה ספרים על הרפובליקה טען שלצורך השמירה על השלום, בכל מדינה צריך להיות ריבון יחיד, אבסולוטי, ובלתי ניתן לחלוקה, שהוא מקור החוק ואינו כפוף לחוק, אלא לאל בלבד. ויכוח זה הוא הרקע לרעיונות הפוליטיים של פילמר. בכתביו פילמר תקף שוב ושוב את העמדה של בלרמינו וסוארז ואימץ את העמדה של בודן לגבי הריבונות.
למרות החוב של פילמר לבודן, בין התפיסות של ההוגים קיים הבדל משמעותי בנוגע ליחס בין המשפחה לבין המדינה, שכן פילמר סבר שהמשפחה הפטריארכלית היא המקור לשלטון המדיני ובודן לא. הרעיון הפטריארכלי היה נפוץ במאה ה-17, ופילמר היה יכול להיעזר בהוגים שונים, כגון התאולוג הדריאן א-סאראביה , לצורך ניסוחו.
פטריארכה.
ההנחה שעומדת בבסיס החיבור פטריארכה היא שכתבי הקודש, התנ"ך והברית החדשה הם דברי אמת, והם מהווים את ההתגלות המלאה ואת כל האמת אודות האדם והחברה. על פי רוב הוא העדיף קריאה ישירה בכתבי הקודש, שהיוו עבורו מקור למידע היסטורי, על פני קריאה במסורת של פרשנויות.
פילמר הסיק מכתבי הקודש שאדם היה בן האנוש הראשון על פני האדמה ושלפיכך אלוהים נתן לו זכות ראשונים ושכל בני האדם שנוצרו ממנו כפופים לו. חוה נוצרה אחרי אדם ולכן גם היא הייתה כפופה לו. הקשר בין כל בני האדם הוא קשר טבעי הנובע מהעובדה שכל בני האדם הם זרעו של אדם אחד. פילמר הסיק מכך שהחברה היא למעשה משפחה פטריארכלית, ושהמשפחה היא הגרעין של כל צורות השלטון הפוליטי הלגיטימיות.
נובע מתוך גישה זו, שבניגוד למה שטוענים תומכי הפרלמנט, החברה וממשלתה אינן מבוססות על הסכמה של העם, אלא על זכות טבעית שעוברת בירושה. טענה זו כנגד רעיון ההסכמה של העם נמצאת בבסיס הטיעון הפוליטי של פילמר והיא מבדילה את גישתו גם מהגישה של הוגים פרו-מלוכניים אחרים, כגון תומאס הובס.
פילמר גזר מתוך הנחות יסוד אלה את הטענה שקיים אי-שוויון מהותי בין בני האדם. כל בני האדם לא נולדו בני חורין ולא שווים וכך הם נשארים. אלוהים נתן לאדם את הזכות לשלוט בכל מי שבא אחריו או ממנו וזכות שלטון זו עוברת מדור לדור. הקדימות נקבעת לא רק מכורח הקשר המשפחתי - העובדה שהבן נוצר כתוצאה מרצון האב והאל - אלא גם מכורח הקדימות בזמן, כפי שברור שגם אם חוה לא נוצרה מאדם היא כפופה לו היות שהגיעה אחריו. מכך נגזרת גם זכותו של האח הבכור לרשת את אביו ואת שלטונו. אחים צעירים כפופים לשלטון של האח הבכור. אחיות, צעירות או בוגרות, כפופות גם הן לאח (הגבר) הבכור ביותר.
לפי פילמר גם נתינים שהם עצמם אבות משפחה כפופים לריבון, אף על פי שהוא חשב שלא יהיה זה חכם להטיל מגבלות משמעותיות על יכולתם לשלוט במשפחתם. כמו בודן, פילמר חשב שבמצב אידיאלי לאבות משפחה יש את הסמכות לדון את בניהם ובנותיהם לחיים ולמוות.
לפי פילמר רכוש הוא תמיד רכוש פרטי. העולם כולו ניתן לאדם הראשון על ידי אלוהים כרכושו הפרטי והוא העביר את הרכוש הפרטי לבנו וכן הלאה. אחים צעירים מקבלים רכוש על פי הרצון של האב או של האח הבכור.
הצורה הנוכחית של העולם, בו קיימים מדינות רבות ושליטים רבים, נובעת מההחלטה שקיבל נוח. לאחר המבול נוח ירש את העולם כולו, אך הוא החליט לא לשמור לעצמו את כל הנחלה שברשותו, אלא לחלקה בין בניו. כל אחת מהנחלות שנוצרו הפכה למדינה, שהיא גם משפחה הנשלטת על ידי האב.
פילמר מגבה את הטיעונים שלו בשתי דרכים. ראשית, באמצעות טיעון היסטורי כביכול. אף על פי שהוא מודה שלא ניתן היום לשחזר את האופן שבו המלוכות עברו בירושה מאב לאב מאז ימי נוח, הוא מנסה להוכיח היסטורית ובאמצעות התנ"ך שהמדינות הקיימות כיום הן מדינות פטריארכליות שקיימות מתוקף ירושה מאב לבן. שנית, באמצעות שלילה של צורות ממשל אחרות. לפי פילמר צורות הממשל המתקראות אריסטוקרטיה ודמוקרטיה אינן צורות ממשל כלל שכן הן מובילות לאנרכיה. אין דבר כזה רצון משותף או מוסכם. החוק, עבור פילמר, הוא ביטוי של רצון, והדרך היחידה לשלוט היא באמצעות רצון אחד המהווה את הסמכות היחידה במדינה. פסילת שתי צורות ממשל אלה משאירה רק את האלטרנטיבה של מונרכיה, ופילמר טוען שכל מונרכיה היא אבסולוטית. כשאנחנו מקווים להישלט על ידי רצון שאינו שרירותי אנחנו משלים את עצמנו וטועים. במקום לשאול האם יש כוח שרירותי, יש לשאול מי מחזיק בו. תפיסה זו היא תמצית הגישה של פילמר כלפי מושג הריבונות. פילמר טען גם שאין דבר כזה טיראניה, שכן המלך תמיד נוהג כאב ובזכות שנתן לו האל.
בחיבור "תובנות לגבי הפוליטיקה של אריסטו בנוגע לצורות של ממשל" (Observations Upon Aristotles Politiques, Touching Forms of Government) פילמר סיכם את הטיעון בספר בשישה משפטים:
התחייה מחדש של כתבי פילמר בסוף המאה ה-17.
מלבד חוג מכריו, מעטים באנגליה קראו את כתביו של פילמר או הכירו את שמו בימי חייו. אולם, בשני העשורים האחרונים של המאה ה-17 כתביו הפכו למוקד חשוב של השיח הפוליטי באנגליה. המלך צ'ארלס השני נאלץ להתמודד עם התנגדות חריפה של פרוטסטנטים שרצו למנוע מיורש העצר הקתולי, ג'יימס, את הכתר. ההתנגדות לג'יימס הובלה על ידי אנתוני אשלי קופר, רוזן שפטסברי הראשון, שהיה גם פטרונו של הפילוסוף ג'ון לוק, והיא היוותה את אחד הפרקים החשובים בהתגבשות המערכת המפלגתית באנגליה, כאשר המפלגה הוויגית תמכה בזכות הפרלמנט לאכוף את רצון העם ולמנוע את ההמלכה של ג'יימס, והמפלגה הטורית תמכה במלוכה. ב-1679 פרצו גם שמועות מוטעות בדבר המזימה האפיפיורית, תאוריית קונספירציה לפיה קיים קשר קתולי לרצח המלך, והן הביאו להוצאות להורג ולחוסר שקט בממלכה. החוק למניעת המלוכה מג'יימס עמד לעבור בפרלמנט ובתגובה המלך פיזר את הפרלמנט באותה שנה. הרוחות הסוערות באנגליה, שקיבלו את השם "פולמוס השלילה" או "משבר ההחרגה" ("exclusion crisis"), נתפסו כאיום ממשי על יציבות הממלכה ועל מוסד המלוכה.;
על רקע זה, כתביו של פילמר הפכו למוקד הפרופגנדה של שני המחנות היריבים באנגליה. הם יצאו במספר מהדורות, כולל הוצאה ראשונה לאור של פטריארכה ב-1680, והפכו למעין דוקטרינה רשמית של דוברי הסדר הקיים. לפי פיטר לאסלט, "שני העשורים האחרונים של המאה ה-17 היו השנים המעצבות של הליברליזם הבריטי והאמריקאי. על אף שהוא היה כבר מת במשך שלושים שנה, סר רוברט פילמר היה הסמכות החשובה ביותר כנגדם".
זמן קצר לאחר היציאה לאור של פטריארכה, שלושה הוגים וויגים חשובים כתבו ביקורות חריפות על רעיונותיו של פילמר: אלג'רנון סידני, ג'יימס טירל וג'ון לוק. סידני פרסם את הביקורת שלו על פילמר בפמפלט "Discourses Concerning Government". ב-1683 הוא הוצא להורג באשמה שתרם למזימת בית ריי, תוכנית להתנקש בחיי צ'ארלס השני, ועל הוצאת דיבה של המלך, אישום שנקבע על בסיס הביקורת שפרסם על פילמר. לוק כתב את הביקורת על פילמר במסגרת ספרו הפוליטי החשוב ביותר, "שתי מסכתות על ממשל מדיני", שהמסכת הראשונה בתוכו מוקדשת כולה לביקורת על פילמר.
השפעה במאות הבאות.