הנשיא ג'ונסון הבטיח לחברי הקבינט שלו בישיבתם הראשונה ב-15 באפריל שהוא יבצע את תוכניותיו של קודמו לשיקום, תוכניות שהנשיא לינקולן המנוח דן בהם עם סטנטון באריכות. ב-29 במאי 1865 אישר ג'ונסון שני מנשרים: באחד הוא מינה את ויליאם וודס הולדן כמושל הזמני של קרוליינה הצפונית ובשני הוא העניק חנינה לכל אלו שהיו מעורבים במרד מדינות הדרום, עם כמה יוצאים מן הכלל, וזאת בתנאי שהם יסכימו להביע נאמנות ולקבל את החוקים והצווים שנגעו לעבדות. ג'ונסון גם הכיר בממשלתו של פרנסיס הריסון פיירפונט בווירג'יניה, וכן בממשלות של ארקנסו, לואיזיאנה וטנסי, שהוקמו על פי "תוכנית עשרת האחוזים" של לינקולן. בהמשך הציע ג'ונסון את יישומה של תוכנית זו בכמה מדינות דרומיות נוספות.
בנאום מצב האומה של 1865 טען ג'ונסון, שהיה חבר המפלגה הדמוקרטית, שההוכחה היחידה לנאמנות הנדרשת לכל אחת מהמדינות הייתה אשרור התיקון ה-13. הרפובליקנים בקונגרס חלקו עליו. סנאטור צ'ארלס סאמר וחבר בית הנבחרים תדיאוס סטיבנס סברו שמתן זכות בחירה לשחורים חיוני לביטחונה של האומה ולהמשך שליטתה של המפלגה הרפובליקנית. הרפובליקנים עשו שימוש בהליכים הפרלמנטרים כדי להבטיח שאף אחד מנציגי הדרום, שברובם היו מנהיגי הקונפדרציה לשעבר, לא יקבל מושב בקונגרס, והקימו ועדה משותפת שרוב חבריה היו רפובליקנים ושתחליט בסוגיות השיקום.
בנוגע לשיקום, הנשיא והקונגרס היו חלוקים ביניהם עמוקות. ג'ונסון, גם כאשר מדיניות החנינה שלו ספגה ביקורות קשות, המשיך ליישם אותה בעקשנות. בכל אופן, הרפובליקנים הרדיקלים בקונגרס העדיפו את הצעת הממשל הצבאי של סטנטון. התמיכה של הרפובליקנים המתונים בג'ונסון דעכה לאחר המהומות נגד השחורים שהתרחשו ב-1866 בממפיס ובניו אורלינס וגם נראה היה שהאהדה הציבורית כלפי ג'ונסון נחלשה. בבחירות לקונגרס שהתקיימו באותה שנה, נחלו הרפובליקנים ניצחונות סוחפים על יריביהם הדמוקרטים. הן בבית הנבחרים והן בסנאט השיגו הרפובליקנים שני שלישים מהמושבים. עם פרוש השנה החדשה, שקלו כמה מהרפובליקנים לעשות שימוש ברוב שלהם כדי להדיח את ג'ונסון. הם הגישו את הצעת "חוק הקביעות במשרה" , שנכתבה בעצה אחת עם סטנטון. הנשיא שקל זמן רב לפטר את סטנטון ולהחליפו בשרמן. על פי החוק המוצע, צעד כזה לא יכול היה להתקיים ללא "העצה והאישור" של הקונגרס, שסביר להניח שלא הייתה ניתנת לצעד כזה כלפי סטנטון, שזכה לתמיכה ולשיתוף פעולה עם הרפובליקנים הרדיקלים. כאשר הגיע החוק לשולחנו של הנשיא הוא הטיל עליו וטו, אך הקונגרס ביטל וטו זה עוד באותו היום.
בזכות ההגנה שהעניק לו החוק, הפכה יריבותו של סטנטון כלפי ג'ונסון לגלויה הרבה יותר. בחודשים הבאים התגבר כעסו של הנשיא יותר ויותר כלפי מזכיר המלחמה שלו. ג'ונסון אמר לגרנט שבכוונתו לפטר את סטנטון ולמנותו במקומו. גרנט התנגד לרעיון. הוא טען לטובתו של סטנטון ושחוק הקביעות במשרה מגן עליו. בהמשך, אמר גרנט, שהחוק יוכח כעקר ושדעת הקהל תופנה כנגד הממשלה. סיוארד, שעדיין רחש כבוד רב לסטנטון, חלק גם הוא על הצורך להדיחו. דבריהם של שני האישים הללו גרמו לג'ונסון להסס. אף על פי כן, הוא קיבל תמיכה ממזכיר הצי וולס ומסלמון צ'ייס, שהיה אז נשיא בית המשפט העליון. וולס תיאר קודם לכן את סטנטון כ"אנוכי, צבוע, מעמיד פנים ובוגדני", וצ'ייס חדל להיות ידידו של סטנטון מתוך שיקולים פוליטיים. ב-12 באוגוסט 1867 שלח ג'ונסון הודעה לסטנטון בה נאמר שהוא מושעה מתפקידו כמזכיר המלחמה ושעליו להעביר את ניהול המחלקה לידיו של גרנט. בהתאם לחוק הקביעות במשרה הוא גם הודיע על כך באי רצון לסנאט.
משפט ההדחה.
ב-13 בינואר 1868 הצביע הסנאט באופן גורף על השבתו של סטנטון לתפקידו כמזכיר המלחמה. גרנט, מתוך חששו מהעונש שנקבע בחוק של קנס בן 10,000 דולר וחמש שנות מאסר – ומתוך הסבירות שהוא יהיה מועמד המפלגה הרפובליקנית בבחירות הבאות לנשיאות – ויתר על מינויו כמזכיר המלחמה באופן מידי. סטנטון שב למחלקת המלחמה מיד לאחר מכן. שובו למשרתו לווה במבול של מסרי ברכה, שבהם הוא זכה לתודות על התנגדותו לג'ונסון. בינתיים הנשיא החל לתור אחר מועמד מוסכם שייקח את המושכות במחלקת המלחמה, אך כעבור שבועות אחדים דומה היה שהוא מקבל את חזרתו של סטנטון לתפקיד. הוא ניסה לצמצם את סמכויותיו של סטנטון ולמדרו מקבלת ההחלטות. בכל אופן, עם יכולתו לחתום על מסמכים כספיים ועם גיבויו של הקונגרס, עדיין הייתה בידיו של סטנטון סמכות רחבה.
ג'ונסון התמקד אך ורק בדרכים להפלתו של סטנטון. "הוא לא היה יכול יותר לשאת את העלבון של הקונגרס שכפה עליו יריב בסביבתו הקרובה... ג'ונסון החל לשקול את הדחתו של סטנטון והחלפתו באדם שהוא יצליח לקבל את אישורו של הסנאט למינויו". ג'ונסון ביקש למנות כמחליפו של סטנטון, את לורנצו תומאס, השליש הראשי של הצבא, שהביע את הסכמתו לכך. ב-21 בפברואר הודיע ג'ונסון לקונגרס שהוא מפטר את סטנטון וממנה במקומו את תומאס כממלא מקום מזכיר המלחמה. סטנטון, בתמיכתם של הסנאטורים הרפובליקנים, סירב לוותר על תפקידו. באותו לילה קיבלו הרפובליקנים בסנאט, מול התנגדותם של הדמוקרטים, החלטה המכריזה על הדחתו של סטנטון כבלתי חוקית. בבית הנבחרים הוגשה הצעה להדחתו של ג'ונסון. ב-24 בפברואר אושרה ההדחה ברוב של 126 תומכים ו-47 מתנגדים.
משפט ההדחה של ג'ונסון החל בסוף מרץ. עם הרוב הרפובליקני בסנאט, נראה לרבים שאישור ההדחה היא עובדה מוגמרת. אף על פי כן, במשך כל התהליך החלו כמה סנטורים להסס בהחלטתם להדיח את הנשיא. בינתיים לא יצא סטנטון מתחומי משרדי מחלקת המלחמה במשך שבועות ורק מדי פעם חמק לביתו. כאשר הוא הבין שהנשיא לא יוציא אותו ממשרדו בכוח, הוא החל לבלות זמנים ממושכים יותר בביתו. סטנטון עקב בעניין רב אחר משפט ההדחה, שהוא היה סמוך ובטוח שהוא יסתיים בהדחתו של הנשיא ושנמשך כמה חודשים. כאשר הגיע זמן ההצבעה תמכו בהדחה 35 סנאטורים והתנגדו לה 19, כאשר היה צורך ברוב מיוחס של 36 תומכים. שאר שלבי ההליך עוכבו לכמה ימים בשל ועידת המפלגה הרפובליקנית. ב-26 במאי, לאחר שג'ונסון זוכה בכל שאר עשרת הסעיפים, הגיש סטנטון את התפטרותו לנשיא.
שנותיו האחרונות.
בחירות 1868.
לאחר זיכויו של ג'ונסון במשפט ההדחה והתפטרותו של סטנטון, נאחז ממשל ג'ונסון בטענה שאלו שרצו בהדחתו היו אוהדי השחורים, במיוחד סטנטון עצמו. בכל אופן, סטנטון עזב את תפקידו כשהוא נהנה מתמיכה רחבה הן בציבור והן במפלגה הרפובליקנית. עם זאת, במובנים אחרים גורלו שפר עליו פחות. בריאותו החלה להתרופף, תוצאה של עבודתו הקשה במהלך המלחמה ולאחריה, ובנוסף הוא סבל מקשיים פיננסיים. לאחר התפטרותו נותר בידיו חלק קטן ממשכורתו. הוא דחה הצעות מעמיתיו למפלגה להתמודד על מושב בסנאט ותחת זאת בחר לשוב לעיסוקו בעריכת דין.
סטנטון קטע את עיסוקו המשפטי כאשר הוא נקרא לדגל באוגוסט 1868 על ידי רוברט שנק, שהיה מועמד המפלגה הרפובליקנית לאחד המושבים של אוהיו בבית הנבחרים. יריבו של שנק, הדמוקרט קלמנט ולנדיגהאם, היה ידוע בחוגי המפלגה הרפובליקנית כמתנגד למלחמת האזרחים וסטנטון סלד ממנו. בהאמינו שניצחון דמוקרטי בכל דרג יעמיד בסיכון את הישגי המלחמה, יצא סטנטון לסיור באוהיו לתמיכה בשנק, במועמדים רפובליקנים אחרים במדינה ובגרנט, שהיה מועמד המפלגה לנשיאות. בינתיים המשיכה בריאותו של סטנטון להתדרדר. רופאו הזהיר אותו שלא יישא נאומים ארוכים מדי, שכן מחלת האסתמה שהוא סבל ממנה הטרידה אותו יותר ויותר. מחלתו זירזה את שובו לוושינגטון בראשית נובמבר. בריאותו הלקויה התחלפה בהתרגשות כאשר התברר ששנק גבר על ולנדיגהאם ושגרנט נבחר לנשיאות.
החרפת מחלתו.
לאחר הבחירות לקח סטנטון על עצמו תיק משפטי בבית המשפט הפדרלי של פנסילבניה שנגע לאדמות של וירג'יניה המערבית ושהיו מעורבים בו סכומים של מיליוני דולרים בשל מרבצי הפחם של הקרקעות ושפע העצים שבהם. באותה עת מחלתו של סטנטון כבר השפיעה עליו מבחינה חיצונית. מצבו היה כה קשה עד כי המסמכים הקשורים לתיק זה הועברו אליו לביתו. בית המשפט פסק נגד הלקוח שלו, אך סטנטון זכה בערעור לבית המשפט העליון שהורה על החזרת התיק לבית המשפט קמא. בחג המולד של אותה שנה כבר לא היה סטנטון מסוגל לרדת במדרגות ביתו אל קומת הקרקע והמשפחה חגגה בחדרו.
רבים שיערו באותה עת שגרנט, שהתעלם מסטנטון במשך מספר חודשים, יגמול לו על הסיוע שהגיש לו במהלך מסע הבחירות. בכל אופן, סטנטון ציין שאם תוצע לו משרה בממשל גרנט, הוא יידחה את ההצעה. חבר הקונגרס מאוהיו, סמואל שלרברגר, כתב: "[סטנטון] אומר שלא נותר לו זמן רב לחיות ועליו להקדיש את זמנו למשפחתו...". בראשיתה של שנת 1869 עשה סטנטון הכנות למותו. עם זאת, בהגיע האביב השתפר מצבו. כאשר הוא הופיע בישיבת הקונגרס התחדשו הדיבורים על צעד גמול כלשהו של הנשיא גרנט כלפיו. היו שסברו שמצב בריאותו של סטנטון היה מספיק טוב כדי שהוא ימונה כשגריר בלונדון. תחת זאת הציע גרנט לסטנטון את משרת השגריר במקסיקו, הצעה שנדחתה על ידו.
מצבו הבריאותי של סטנטון עלה וירד במשך רוב שנת 1869. במחצית השנייה של השנה החליט סטנטון לנסות לשכנע את הנשיא גרנט למנותו כשופט בבית המשפט העליון לאחר שהגיעה לאוזניו הידיעה על כוונתו של רוברט גרייר לפרוש. סטנטון הפעיל את ידידו הקרוב של גרנט, הבישוף מתיו סימפסון כשליחו לדבר על ליבו של הנשיא על התאמתו לתפקיד. לצד מאמציו של סימפסון, תמכו חברי קונגרס וסנאטורים רבים במועמדותו של סטנטון בעצומה שהם הגישו לגרנט. ב-19 בדצמבר, יום הולדתו ה-55 של סטנטון, אושרה מועמדתו רשמית.
מותו.