כבר בתחילת 1956 העלה פנחס לבון תוכנית להקמת מועצה לביטחון לאומי, לה קרא "מועצת הגנה עליונה". אולם התוכנית נתקלה בהתנגדות ונזנחה. בימי ההמתנה שלפני מלחמת ששת הימים הועלתה שוב ההצעה להקים מועצה לביטחון לאומי, הפעם על ידי שמואל תמיר מהמרכז החופשי, שראה את המועצה כגוף של בכירים במערכת הביטחון כמו רמטכ"לים לשעבר ובוגרי המחתרות. בדבריו כתב תמיר: "היא צריכה לקום ליד שר הביטחון והרמטכ"ל וצריכים להשתתף בה אישים בעלי ידע וניסיון צבאי ובשטחים הקרובים להם". בשנת 1971 קרא מירון מדזיני להקמת מועצה לביטחון לאומי, שהוא ראה כחבר עוזרים שיסייע במידע לקבינט ביטחוני. לאחר מלחמת יום הכיפורים, עלתה במלוא עוזה הדרישה להקמת מועצה לביטחון לאומי. לקראת הבחירות לכנסת השמינית, דרשה מפלגת ליברלים עצמאיים להקים מיד מועצה לביטחון לאומי. הליברלים העצמאיים המשיכו בהעלאת הדרישה להקמת המועצה, שראו כמועצה של בכירים לשעבר במערכת הביטחון, במהלך השיחות להקמת קואליציה. שמואל שורש, איש מפלגת העבודה, דרש הקמת מועצה לביטחון לאומי במתכונת של "5-7 אנשים, בעלי ניסיון צבאי, מודיעני ומדיני, שלרשותם יעמוד החומר המודיעיני ... מועצה זאת תהיה עצמאית ואחראית בפני ראש הממשלה או הממשלה, לא תהיה כפופה בהחלטותיה לפיקוד של הצבא.". שמעון פרס דחה את הרעיון של מועצה לביטחון לאומי וטען שוועדת החוץ והביטחון של הכנסת מספקת. פרופ' יחזקאל דרור הזהיר מהקמת גוף בירוקרטי נוסף ללא תכנון ברור של חלוקת סמכויות, שעלול לסרבל את קבלת ההחלטות. ראש הממשלה, יצחק רבין, שלל הקמת מועצה לביטחון לאומי וטען שמועצה כזאת מתאימה רק למשטר נשיאותי.
לקראת הבחירות לכנסת השביעית דרש אריאל שרון הקמת מועצה לביטחון לאומי. יהודה בן מאיר דרש הקמת המועצה במתכונת של מטה ליד הקבינט הביטחוני. על פי הצעתו, "המועצה לביטחון לאומי תהיה ועדת שרים לענייני ביטחון ולידה יכהן מטה מצומצם, מורכב מאנשי צה"ל, מומחים לענייני חוץ, אנשים ממערכת הביטחון ומשרותי הביטחון ואקדמאים."
הדרישה להקים מועצה לביטחון לאומי קיבלה דחיפה לאחר מלחמת לבנון הראשונה. ועדת כהן המליצה על הקמת המועצה במתכונת של צוות מומחים ליד ועדת השרים לענייני ביטחון ושר הביטחון, משה ארנס, קרא להקמת המועצה. אולם המועצה נתקלה בהתנגדות משרים שונים ומתוך הצבא.
הקמת המועצה.
בשנת 1992 תוקן , ונקבע בו כי "לממשלה יהיה צוות, שיקים ויפעיל ראש הממשלה, לייעוץ מקצועי קבוע בתחומי הביטחון הלאומי; ראש הממשלה רשאי להטיל על הצוות תחומי ייעוץ נוספים". ראש הצוות שבמקור נקרא צוב"ל (צוות ביטחון לאומי) היה יועצו לביטחון לאומי של ראש הממשלה יצחק רבין, דוקטור חיים אסא.
בסמכות זו לא נעשה שימוש של ממש עד החלטה 4889 של ממשלת ישראל העשרים ושבע ב-מרץ 1999. באותה החלטה הוקמה המועצה לביטחון לאומי, בראשותו של דוד עברי, שלקח את המושכות מידי חיים אסא ושינה את השם צוב"ל למל"ל, ונקבע כי היא זו שתהווה את הצוות שעל הממשלה היה להקים לפי חוק היסוד. בהחלטה נקבעו גם תפקידי המועצה כגוף המטה של ראש הממשלה והממשלה כולה לענייני הביטחון הלאומי. בין היתר, נקבע כי המועצה תכין את דיוני הממשלה והקבינט המדיני-ביטחוני בכל היבטי הביטחון הלאומי, תתכנן בראייה ארוכת-טווח את מרכיבי הביטחון הלאומי, תמליץ לממשלה על המדיניות, ותקיים קשרים עם גופים מקבילים בעולם.
הקשיים במילוי תפקיד המועצה.
חרף עיגון תפקידיה ב-1999, לא הצליחה המועצה בתחילת דרכה להתקבע כגוף משפיע על החלטות הממשלה. סמכויות תפקידיה היו מעורפלות, וראש הממשלה לא היה מחויב לקבלן, כמו במקרה של היועץ המשפטי לממשלה. בעיות אמון בין ראשי ממשלה לבין ראשי מועצה שונים גרמו לכך שכמה מהם, לרבות שלושת הראשונים, סיימו את תקופת כהונתם בטרם עת. בעדותו בפני ועדת וינוגרד בנובמבר 2006 אמר ראש אמ"ן לשעבר, האלוף עמוס מלכא על המועצה "לדעתי היא לא קיימת, אפקטיבית היא לא קיימת עד היום... אין מועצה לביטחון לאומי, הלוואי והייתה".
אף מבקר המדינה, שבחן את פעילות המועצה בדו"ח שפרסם ספטמבר 2006, קבע כי "מן הראוי, לעגן את קיומו של גוף המטה של ראש הממשלה והממשלה על בסיס נורמטיבי מוצק, בין בהחלטת ממשלה ובין בחקיקה, אשר יגדיר ברורות את תפקידיו, סמכויותיו ויחסי הגומלין שבינו לבין הגופים האחרים, על מנת לחזק את יציבותו ותפקודו. בכך תהיה תרומה ניכרת לקידום עבודת המטה ותהליכי קבלת ההחלטות בנושאי הביטחון הלאומי עבור הממשלה ועבור העומד בראשה".
גם דו"ח הביניים של ועדת וינוגרד קרא לחיזוק המועצה, כדי לשפר את תהליך קבלת ההחלטות של הממשלה. באוקטובר 2007, כלקח מההתנהלות במלחמת לבנון השנייה, ובעקבות הדו"ח החלקי של ועדת וינוגרד והמלצות הוועדה ליישום הדו"ח בראשות אמנון ליפקין-שחק, קיבלה הממשלה החלטה שנועדה לחזק את מעמדה של המועצה. בין היתר הוחלט כי ראש המל"ל יהיה היועץ לביטחון לאומי של ראש הממשלה, והמועצה תכין את עבודת המטה כהכנה לדיונים על תקציב גופי הביטחון השונים.
חוק המטה לביטחון לאומי, התשס"ח-2008.
זמן קצר לאחר קבלת החלטת הממשלה הונחה על שולחן הכנסת הצעת חוק ממשלתית שנועדה ליישם את החלטות הממשלה. עוד קודם לכן, יזמו גם מספר חברי כנסת, ובראשם עמירה דותן וצחי הנגבי, הצעת חוק שנועדה לחזק את מעמדה של המועצה. הצעות החוק נדונו במשולב, וביולי 2008 אישרה אותן הכנסת.
חוק המטה לביטחון לאומי, התשס"ח-2008 שינה את שמה של המועצה למטה לביטחון לאומי. הוא מפרט את תפקידי המטה בדומה להחלטת הממשלה, אך מרחיב וקובע תפקידים נוספים, ובהם ריכוז עבודת המטה של הממשלה, של ועדת השרים לענייני ביטחון לאומי (הקבינט) ושל כל ועדת שרים אחרת בענייני החוץ והביטחון של מדינת ישראל, מעקב אחר ביצוע החלטות הממשלה וועדותיה בענייני החוץ והביטחון ודיווח על יישומן לראש הממשלה, הכנת הערכות מצב שנתיות ורב-שנתיות של המצב הביטחוני ומדיני של מדינת ישראל, הכנת עבודת המטה בעבור ראש הממשלה לקראת הדיונים בתקציב הביטחון, וכן כל סעיף תקציב אחר ששר הביטחון ממונה עליו, תקציב ששר החוץ ממונה עליו ותקציב הגופים הביטחוניים שראש הממשלה ממונה עליהם, הפעלת המרכז לניהול משברים לאומיים (המנ"ל), בחינת תפיסת הביטחון של מדינת ישראל והצעת עדכונים לה ובחינת מיזמים ביטחוניים.
לשם מילוי תפקידיו, רשאי ראש המטה לביטחון לאומי לקיים דיונים שאליהם יוזמנו נציגי הגופים הביטחוניים שראש הממשלה ממונה עליהם (המוסד, השב"כ, הוועדה לאנרגיה אטומית, וכו'), צה"ל, משטרת ישראל ומשרדי הממשלה הנוגעים בדבר, וכל אלה בדרג שעליו יחליט ראש המטה לביטחון לאומי. מי שהוזמן כאמור, חייב להתייצב לדיון, אלא אם שוכנע ראש המטה לביטחון לאומי כי הדבר אינו אפשרי בנסיבות העניין.
בנוסף, קובע חוק המטה לביטחון לאומי את הליכי המינוי לראש המטה לביטחון לאומי (על ידי הממשלה לפי המלצת ראש הממשלה) ולמשנה שלו, ותנאי כשירות למינויָם, וכן מחייב את זימונו של ראש המטה לכל ישיבה של הממשלה, ועדת השרים לענייני ביטחון לאומי (הקבינט) ושל ועדת שרים אחרת או הרכב שרים אחר בענייני החוץ והביטחון של מדינת ישראל, ודיוני ועדת ראשי השירותים החשאיים (ור"ש). עוד קובע החוק כי כל מידע בענייני החוץ והביטחון המועבר לעיונו של ראש הממשלה יועבר על ידי הגורם שהעביר את המידע גם לעיונו של ראש המטה לביטחון לאומי. בנוסף, מסדיר החוק את מסירת המידע גם לעובדי המטה לביטחון לאומי, ומעגנו כיחידת סמך במשרד ראש הממשלה. כן קובע החוק כי תקציב המטה ייקבע בסעיף תקציב נפרד בתקציב המדינה.
החוק אינו קוצב תקופת כהונה לראש המטה.
לאחר חקיקת החוק.
עם תחילת כהונתו השנייה של נתניהו כראש הממשלה, מונה איש אמונו, ד"ר עוזי ארד, לראש המטה לביטחון לאומי. הן האמון בין האישים והן חקיקת החוק החדש הביאו לכך שהמטה הפך מעורב במידה רבה יותר בהליך קבלת ההחלטות בממשלה. אנשי המטה מכינים כיום את דיוני הקבינט המדיני-ביטחוני, שותפים לכל הדיונים הביטחוניים, מכינים את ראש הממשלה לפגישות מדיניות ואף משתתפים בחלק מהן.
צוק איתן.
בדו"ח ביקורת המדינה למבצע צוק איתן שפורסם במרץ 2017, נכתב על המל"ל כי "הציג רק בחלק מהמקרים חלופות להצעות שהעלו נציגי מערכת הביטחון בכל הנוגע לתוכניות אופרטיביות ולהערכות מודיעין. זאת, אף על פי שאחד מתפקידיו של המל"ל הקבועים בחוק המל"ל הוא להציג חלופות, נוסף על הצגתן על ידי הגופים הנוגעים בדבר. כמו כן, נמצא שהמל"ל לא הציע לקיים דיונים בנושאים שבהם ראוי היה למקד את תשומת לבם של שרי הקבינט, דוגמת פערים בבנק המטרות והמצב ההומניטארי ברצועת עזה, השלכותיו האפשריות ודרכי הפעולה שניתן לנקוט בקשר לכך, על אף שהמידע היה מצוי בידיו... ראוי, כי המל"ל יתמקד בעיסוק בנושאים ברובד האסטרטגי ובכאלה שעשויה להיות להם השלכה על יחסי החוץ של מדינת ישראל".
בנוסף המבקר שיבח את הארגון ואת אג"ת על הכנת תוכנית "100 הימים", ש"כללה פרטי מידע חשובים לצורך הרחבת בסיס הידע של שרי הקבינט בתחומים שהם בליבת העשייה הביטחונית הלאומית".
מבנה המטה.
אגפים ותפקידם:
חבורת התמורות הזוגיות