בפער שבין העונה הראשונה והשנייה של הסדרה, בסרט המקבץ "Beast Wars II", הפרא-ניקים מגלים מכשיר מסתורי לעיוות מרחב הזמן. גלבטרון משתמש במכשיר זה כדי לזמן את מגהטרון ולגייס אותו לעזרתו. אין זה ברור אם מדובר במגהטרון המקורי או בדמות הפראניק שנטלה את שמו. אולם, אחיו של גלבטרון ג'יגהסטורם התבלבל בחישובים וזימן במקומו את מג'ין-זאראק האימתני, שאותו הכריז גלבטרון כנעלה יותר ממגהטרון.
מארוול קומיקס.
ביקום מארוול של חברת מארוול קומיקס, מגהטרון עולה לכוח מרגע הפיכתו לגלדיאטור בעיר-מדינה בשם טארן. לפי הקומיקס, היו אלה מגהטרון והשקרניקים אשר פיתחו ראשונים את יכולת שינוי הצורה, והשתמשו בו כדי להתחיל את המלחמה עם הרובוטריקים - שנלחמו חזרה בכך שחיקו את אותה טכנולוגיה. לבסוף, סייברטרון סטה ממסלולו ונפל בדרכו של מטר מטאורים. הדבר הוביל להסטתה מהמסלול של חללית "התיבה" והתרסקותה על כדור הארץ הפרהיסטורי. ארבע מיליוני שנים לאחר מכן, בשנת 1984, הרובוטים התעוררו מחדש ומגהטרון הובס בשנית על ידי אופטימוס פריים.
דמותו של מגהטרון הופיעה גם בסיפור "Alignment" של הכותב סיימון פורמן, שעסק בקורות הרובוטריקים לאחר הדור השני. בסיפור זה, מגהטרון איבד את מנהיגותו על השקרניקים בידי גלבטרון 2 ונותר למות, אך סאונד-וייב הנאמן החיה את אדונו. מגהטרון לקח צי של עולמות מלחמה שאיתם התעמת עם ליג' מקסימו. אולם, הוא הושמד על ידי תותח הזרוע של מקסימו, לא לפני שירה עליו פרץ אנרג'ון שהשמיד את היצור האימתני. רצף האירועים הוביל לפקס סייברטרוניה ולהתפתחות הרובוטריקים והשקרניקים לכדי המקסימלים והפראניקים. הדעות חלוקות לגבי היותו של הסיפור קאנוני.
דרימווייב הפקות.
בעיבוד המחודש של המאה ה-21 ליקום הדור הראשון בידי Dreamwave Productions, מגהטרון תואר כלוחם גלדיאטור עתיק ממעמקי העולם התחתון של סייברטרון. עם כל ניצחון שלו בקרב, הוא החל להבין שהמשחקים הם לא יותר מאשר ניסיון מורכב של הבכירים הסייברטרונים להסתיר את האמת מההמון הסייברטרוני. כשמגהטרון ניסה לקבל גישה למידע הזה באמצעות מחקר, הבכירים הסייברטרונים ניסו להתנקש בחייו - תוכנית שגרמה רק לאי סדר בקרב הסייברטרונים ולכך שמגהטרון החל לגייס חברים לתנועת השקרניקים. נודע שבשלב מסוים, מגהטרון ניסה לגייס את גרימלוק הדינוטריק כאחד מחברי המעגל הפנימי שלו, אך חברו לזירת הגלדיאטורים סירב להצעה והצטרף בסופו של דבר לרובוטריקים.
מגהטרון הופיע גם בקרוסאובר של החברה עם דמויות כוח המחץ. שלא כמו שאר הרובוטים (שניתנו להם מצבי שינוי צורה מתקופת מלחמת העולם השנייה), מגהטרון שמר על תצורת האקדח וולתר P-38 המקורית שלו, שהיה אקדח גרמני אותנטי. הוא כרת ברית עם מפקד קוברה לנוכח טבעם המשותף, אם כי הייתה ביניהם יריבות אישית ומרה. יריבות זו הביאה את מגהטרון לכך שהרג רבים מחייליו של מפקד קוברה, שנאלץ להשתמש במטריקס המנהיגות כדי לנצל את מגהטרון. מגהטרון סירב לעזור למפקד קוברה כשברוטיקוס ניסה לרסק אותו, ואיפשר לברונית להשתמש בו בצורת אקדח כדי לירות במפקד קוברה חסר האונים. אחרי שנלחם נגד אופטימוס פריים, הוא הוצא מכלל פעולה כשעיני נחש פתח את המטריקס והוציא מכלל פעולה את כל הרובוטים.
רובוטריקים: רובוטים במסווה.
גרסה זו של מגהטרון - שר מלחמה פראניק - חזקה דיה כדי לשנות צורה לחמש צורות נוספות מעבר לצורת הרובוט שלה - דרקון בעל שני ראשים, יצור עטלף-גרגויל, מכונית מרוץ, ספינת חלל וטופר ענק. לכל צורה יש יכולות מפחידות משלה, מה שהופך את מגהטרון ללוחם בלתי יציב ובלתי צפוי. לפני בואו לכדור הארץ, השמועות רווחו שמגהטרון כילה עולמות שלמים בחיפוש אחר מקורות אנרגיה. מגהטרון בסדרה זו נוהג להתחמק מעימות ושולח את נתיניו לעשות עבורו את העבודה השחורה. הוא יהיר כמוהם, אך תוכניותיו לרוב משתבשות או לא מתוכננות היטב. עם שדרוגו לגלבטרון, הוא מקבל שינויי צורה נוספים ומקבל את היכולת לספוג אנרגיה מצורות חיים אחרות.
טרילוגיית יוניקרון.
בסדרות ארמדה, אנרג'ון וסייברטרון, מגהטרון הוא מנהיגם האכזרי, חסר הרחמים והערמומי של השקרניקים. הוא אינטליגנטי ביותר וכוחו העצום משתווה רק לזה של אופטימוס פריים. הוא אינו בוחל בשום אמצעים להשתלט על המיניקונים ובאמצעותם בכל היקום.
עשר שנים לאחר מכן, תוכניתו של פרימוס ללכוד את הניצוץ של יוניקרון בלב השמש נכשלה, מה שהוביל להתמוטטות הכוכב וליצירתו של חור שחור שאיים על קיומם של סייברטרון ושל היקום כולו. מגהטרון נמלט ממקום כלאו בתוך השמש והעצים את כוחותיו על ידי התמזגות עם שרידיו המנופצים של יוניקרון. בצורתו החדשה, מגהטרון היה מסוגל לשנות צורה לשלושה מצבים - מצב רובוט, מכונית מרוץ מפלצתית ומטוס סילון סייברטרוני. מערכת נשקיו כללה צמד טילי כתף והיכולת לשחרר אנרגיה מידיו. בנוסף, הוא יכול לזמן את מפתח הסייבר כדי להפעיל מצערים במהירות גבוהה במצב מכונית המירוץ וכן טופר קרב במצב רובוט.
חברת IDW.
לאחר פשיטת הרגל של דרימווייב הפקות, זכויות הקומיקס של הרובוטריקים עברו לחברת ההוצאה לאור IDW Publishing, שניצלה את ההזדמנות כדי לאתחל מחדש את יקום הרובוטריקים, כולל סיפור מקור חדש למגהטרון והצגת עלייתו לכוח. בגרסה זו, מגהטרון היה כורה אנרג'ון פשוט, שערך שביתת נשק לא פשוטה עם סטארסקרים.
בהמשכיות יקום IDW, מגהטרון שומר על מקומו כמפקד העליון של צבא השקרניקים, אם כי הפעם סייברטרון אינו משמש כבסיסם, מאחר שת'נדרווינג הפך אותו לבלתי מיושב, והם נלחמים כדי לכבוש מספר עולמות במקביל. למעשה, הוא אינו מייחס חשיבות רבה לסייברטרון ואף היה מוכן להורות על השמדת הכוכב כדי לעצור את ת'נדרווינג. מגהטרון עיכל אנרג'ון מיוחד ובקלות יכול לשנות מסה לאקדח ארצי, כפי שנראה באירועי "רובוטריקים: הסלמה" ("Transformers: Escalation"). נראה שכוחו החדש משפיע על פעולותיו, מאחר שבאופן אישי יצא למשימה והתעמת מול אופטימוס פריים לעיניהם של עדי ראייה אנושיים. חוסר היציבות שלו גרמה לשאר השקרניקים להעיר מחדש את סטארסקרים שיתנגד לו באירועי "רובוטריקים: השמדה" ("Transformers: Devastation").
מגהטרון מופיע גם במיני סדרה "רובוטריקים: התחדשות הדור הראשון" ("Transformers: Regeneration One") - המשך סדרת מארוול קומיקס בכתיבתו של סיימון פורמן, שלפיה הדור השני כלל לא התרחש. בעלילה זו, כוח החיים של מגהטרון עדיין מחובר לראטצ'ט. הוא מתעורר בכדור הארץ של שנת 1994 ובונה מזחלת קרב ממה שנשאר מראטצ'ט. הוא גם יוצר צבא זומבים מקורבנותיו המתים של סטארסקרים, ומתחיל בתהליך להשמדת כדור הארץ. הוא מפנה את הנשק הגרעיני של העולם נגד תושביו ומשמיד את פורטרס מקסימוס. צוות "ההורסים" (Wreckers) מגלים מה מגהטרון עשה בשנת 2012, ואופטימוס שולח צוות תקיפה מסייברטרון. מגהטרון מובס כאשר קאפ משמיד את ראטצ'ט ועוצר את מגהטרון מספיק זמן כדי שפריים ישמיד אותו אחת ולתמיד.
סרטי לייב אקשן.
בסרט הקולנוע משנת 2007, מצב שינוי הצורה של מגהטרון הוא מטוס סילון סייברטרוני. הוא משמש כאנטגוניסט ראשי בסרט הראשון וכאנטגוניסט משני בשלושת המשכיו. ההסבר האפשרי לביטול מצב ההפיכה שלו לאקדח היה רצונו של הבמאי מייקל ביי לא לערב שינויי מסה בשינוי הצורה, אותם תיארו התסריטאים כ"רמאות". בתוסף ה-DVD של הסרט, שינוי הצורה של מגהטרון מהדור הראשון יוחס להפיכתו של דארת' ויידר ממלחמת הכוכבים לחרב אור של עצמו כדי שמישהו אחר יוכל להשתמש בו. בנוסף, ביי ציין שנאלץ לשנות את עיצוב הפנים של מגהטרון כתוצאה מתגובה נזעמת של המעריצים שנחשפו לעיצובים בזמן תהליך ההפקה.
בסרט השני, מגהטרון מקבל מצב שינוי צורה שונה של טנק סייברטרוני, ואילו בסרט השלישי של משאית מכולה מסוג מאק (גרסה מעוותת לזו של אופטימוס פריים) הכוללת בד ברזנט שמשמש ככיסוי ראש כדי להסתיר את הנזקים הנרחבים שנגרמו לו מהסרט השני. אחרי מותו בסרט השלישי, הוא חוזר בסרט הרביעי כשתודעתו משתלטת על גלבטרון - רובוט מעשי ידי אדם. הוא הופך בסרט זה למשאית בעלת קבינה שטוחה מסוג ארגוסי. כמו כל שאר הרובוטים המוצגים בסרטים, מגהטרון מתואר בצורה ריאליסטית תוך התמקדות במוצאם החייזרי של הרובוטריקים והשקרניקים. אולם, הוא עדיין שומר על מספר מאפיינים מהדור הראשון כמו הזרוע הימנית שהופכת לתותח קנה ומיזוג זרועותיו ליצירת תותח ההיתוך המפורסם שלו.
לפי עלילת הסרט הראשון, גופתו הקפואה של מגהטרון מועברת מהחוג הארקטי לסכר הובר מספר שנים לאחר שנמצאה בידי קפטן ארצ'יבלד ויטוויקי, ונשמרת בידי סוכנות סודית בשם סקטור 7 אשר חוקרת חוצנים שאינם ביולוגים. הסוכן סימור סימונס מסביר שייתכן שהשדה המגנטי של כדור הארץ הפריע לטלמטריה של מגהטרון עם כניסתו לאטמוספירת הכוכב וגרמה לו להתרסק בתקופת עידן הקרח. הוא גם הסביר שהטכנולוגיה שלו הונדסה לכדי הטכנולוגיה של ימינו. מיקומו של מגהטרון נודע לקבוצת שקרניקים בהנהגתו של סטארסקרים. פרנזי מתחמק לסכר הובר ומפשיר את מגהטרון. מגהטרון לומד מסטארסקרים שבני האדם והרובוטריקים השיגו לידיהם את הניצוץ. הוא רודף אחרי הרובוטריקים ובני בריתם ללוס אנג'לס, שם הוא משמיד את ג'אז ונלחם באופטימוס פריים. הוא מביס את אופטימוס ורודף אחר סאם ויטוויקי במטרה להשיג ממנו את הניצוץ. אופטימוס מציל את סאם מנפילה מגג הבניין ונלחם בשנית עם מגהטרון. לקראת סופו של הקרב, בלאקאאוט מנסה לעזור למגהטרון אך מושמד בידי קפטן לנוקס וכוחותיו. מגהטרון מנסה להשיג שוב את הניצוץ, אותו סאם דוחף לתוכו ובכך משמיד אותו. גופתו חסרת החיים של מגהטרון מושלכת אל תוך המעמקים הלורנטיים (ר' נהר סנט לורנס) יחד עם שאר השקרניקים המתים.