הוא נשוי ללאונטין פרמן, עיתונאית ועורכת, ולהם ארבעה ילדים: יהודה ומיכל (מנישואים ראשונים), ונתן וראובן.
מחקריו.
נושאי מחקריו.
מחקריו של קפלן מתמקדים בתולדות היהודים בשלהי ימי הביניים ובראשית העת החדשה. הוא כתב ספרים ומאמרים על יהדות ספרד, על הפזורה הספרדית המערבית, על תולדות האנוסים בחצי האי האיברי, על ההיסטוריה החברתית והאינטלקטואלית של יהדות מערב אירופה, על תולדות יהדות הולנד ועל תהליכי החילון והמודרניזציה המוקדמים בקהילות ישראל בעולם המערבי.
יצחק קארדוזו, מעלות העברים.
זהו ספרו הראשון של יוסף קפלן שראה אור בהוצאת מוסד ביאליק בשנת תשל"ב. קפלן תרגם מספרדית לעברית פרקים נבחרים מחיבורו האפולוגטי הקלאסי של יצחק קארדוזו, שהיה אנוס שברח מספרד באמצע המאה ה-17 וחזר ליהדות אחרי שהשתקע בוורונה שבאיטליה. קארדוזו נולד בפורטוגל, למד רפואה ופילוסופיה בספרד וקנה לעצמו מעמד מכובד בתור רופא המקורב לחוגי חצר המלך. הוא היה בן חסותו של הקונדה הדוכס דה אוליווארס, האיש החזק בימי מלכותו של פיליפ הרביעי וברח מספרד לאחר נפילת פטרונו. בוונציה פרסם אנציקלופדיה מדעית-פילוסופית בלטינית, ואת ספרו "מעלות העברים" הדפיס באמסטרדם ב-1679. הספר מחולק לשני חלקים: בחלק הראשון מתאר המחבר את עשר המעלות המאפיינות לדעתו את העם היהודי ובחלק השני הוא מתמקד בתיאור העלילות שטופלו על היהודים לאורך תולדותיהם. תרגומו של קפלן כולל את כל החלק השני של הספר ומבחר מתוך החלק הראשון. קפלן הוסיף מבוא על תולדות חייו של קארדוזו ועל יצירתו והערות והסברים לטקסט. ספרו של קארדוזו הוא חיבור אפולוגטי שנועד לְהָזֵם את ההאשמות שהוטחו נגד היהודים בעולם הנוצרי ובו בזמן לספק לאנוסים שחזרו ליהדות נימוקים לגיבוש זהותם היהודית החדשה.
מנצרות ליהדות: חייו ופעלו של האנוס יצחק אורוביו די קאסטרו.
ספר זה הוא עיבוד עבודת הדוקטורט וראה אור בהוצאת מאגנס בשנת תשמ"ג. תרגומים לאנגלית ולפורטוגזית ראו אור ב-1989 וב-2000. דמותו של יצחק אורוביו די קאסטרו מקבילה במובנים רבים לזו של יצחק קארדוזו. הוא נולד בברגנסה שבפורטוגל למשפחה של אנוסים, וגדל בספרד. תחילה התגורר במלגה ולמד רפואה, פילוסופיה ותאולוגיה באוניברסיטת אלקלע דה הנארס, אך הקריירה שלו נקטעה בעקבות מאסרו בידי האינקוויזיציה. זמן קצר לאחר שחרורו עבר לדרום צרפת ושימש שנתיים כפרופסור בפקולטה לרפואה שבאוניברסיטת טולוז. ב-1662 הגיע לאמסטרדם, נקלט מהר מאוד בקהילה היהודית הספרדית וביסס את מעמדו כרופא בעל שם בינלאומי. הוא היה פעיל מאוד בקהילה הספרדית, אך הצטיין בעיקר כמחבר פורה ושנון שיצא להגנת היהדות בפולמוסים שניהל עם הוגים ותאולוגים נוצרים, קתולים ופרוטסטנטים כאחד. חיבוריו, שנכתבו בעיקר בספרדית, לא נדפסו עקב האיסור לפרסם דברים שיכלו להתפרש כדברי נאצה נגד הנצרות. אף על פי כן הם נפוצו בעשרות כתבי יד וזכו לפרסום רב. לעומת זאת הוויכוח בינו לבין ההוגה הרמונסטראנטי פיליפ ואן לימבורך (מחשובי התאולוגים הפרוטסטנטים ההולנדים באותם זמנים) נדפס ביוזמת לימבורך ב-1686.
אורוביו די קאסטרו ניהל פולמוס נוקב עם חואן דה פראדו, אותו הכיר בספרד בימים ששניהם למדו באוניברסיטה. פראדו חזר ליהדות באמסטרדם והיה מקורב לשפינוזה. כמו שפינוזה הוחרם על ידי הקהילה היהודית. כשאורוביו די קאסטרו הגיע לאמסטרדם ושמע על החרמתו ועל דברי הביקורת החריפים שהשמיע נגד התורה שבעל פה יצא נגדו בשורה של חיבורים, בהם הוקיע את השקפותיו ההטרודוקסיות. מהפולמוס ביניהם נותרו רק החיבורים של אורוביו, שלושה במספרם, אך מתוך מה שנאמר בהם ניתן לשחזר חלק ניכר מרעיונותיו של פראדו, שהיו בעלי גוון דאיסטי מובהק.
אורוביו די קאסטרו הוא היהודי היחיד מבני זמנו של שפינוזה שכתב חיבור נגד הפילוסופיה שלו. החיבור מנוסח כתשובה נגד יוהנס ברדנבורג, הוגה הולנדי שביקש לסתור את הגותו של שפינוזה אך הפך בסופו של דבר לשפינוזיסט בעל כורחו. חיבורו זה של אורוביו נכתב בלטינית והקנה לו פרסום ומעמד בקרב האינטלקטואלים ההולנדים של שלהי המאה ה-17.
ספרו זה של קפלן הוא מונוגרפיה מפורטת על חייו ופעלו של אורוביו די קאסטרו. קפלן מתאר בו בהרחבה ובפירוט רב את מסלול חייו מהנצרות ליהדות, את חינוכו בספרד, את מקורותיו האינטלקטואליים, את זיקתו המוקדמת ליהדות, את הרקע התרבותי של משפחתו ואת תהליך היקלטותו בקהילה היהודית באמסטרדם. באמצעות דמותו של אורוביו די קאסטרו פורש קפלן ביריעה רחבה את הפרופיל החברתי והתרבותי של אנוסים משכילים רבים אחרים שחזרו ליהדות בעת החדשה המוקדמת ומנתח את המניעים הרעיוניים שעמדו מאחורי החלטתם להצטרף לכלל היהודי. חלק ניכר בספר מוקדש לליבון התסיסה הרעיונית שהתחוללה בפזורה הספרדית המערבית במאה ה-17.
על ספרו זה קיבל קפלן את הפרס ע"ש וישניצר בשנת 1983.
הפזורה הספרדית המערבית.
חיבור זה יצא לאור בשנת 1994 בהוצאת משרד הביטחון במסגרת סדרת האוניברסיטה המשודרת. הספר מציג בי"ג פרקיו את ההיסטוריה של מרכזי הפזורה הספרדית במערב אירופה ובאמריקה, שהוקמו על ידי אנוסים שחזרו ליהדות לאחר ניתוק של דורות מהעולם היהודי. בפרק הראשון (עמ' 9–20) בחן קפלן את הפרופיל הדתי ואת ההשקפות הרעיוניות המגוונות שאפיינו את ציבור האנוסים בספרד ובפורטוגל בשלהי ימי הביניים, הן של אלה ששמרו על הזיקה ליהדות והן של אלה שראו עצמם נוצרים לכל דבר. בפרק השני (עמ' 21–30) הוא תיאר את הקרע הנפשי והרוחני שפקד את אנוסי איבריה לאחר גירוש ספרד ולאחר גזירת השמד בפורטוגל, משנותקו לגמרי מהעולם היהודי. בפרק השלישי (עמ' 31–41) הוא עמד על התפקיד המיוחד שמילאה איטליה בראשית התפתחותה של הפזורה הספרדית המערבית, כארץ מעבר של מגורשים מהמערב אל האימפריה העות'מאנית. באיטליה נפגשו מסורות מהמזרח ומהמערב, וקפלן עומד על אופיין של הקהילות הספרדיות שנוסדו בה. את הפרק הרביעי (עמ' 42–48) הקדיש לתיאור הקמתם של מרכזי האנוסים בארצות השפלה הדרומיות, ובמיוחד באנטוורפן, ובערים שונות בצרפת. האנוסים לא חשו במקומות האלה את איום האינקוויזיציה, אך עם זאת, נמנע מהם שם לחיות כיהודים בגלוי. בפרק החמישי (עמ' 49–61) הוא דן בשיבת האנוסים ליהדות בארצות הפרוטסטנטיות ובפרק השישי (עמ' 62–71) הציג את מקומה המרכזי של הקהילה באמסטרדם במאה ה-17 ואת השפעתה על כלל הפזורה הספרדית במערב. בפרק השביעי (עמ' 72–82) ניתח קפלן את הפרופיל היהודי של ראשוני הספרדים בלונדון, שרבים מהם לא מיהרו להצטרף אל הקהילה היהודית והמשיכו להציג עצמם כנוצרים קתוליים. בפרק השמיני (עמ' 83–93) עמד על חלקה של היהדות הספרדית בקולוניזציה האירופית של העולם החדש, במיוחד במושבות ההולנדיות והאנגליות. בחמשת הפרקים האחרונים של הספר בחן קפלן את היסוד האתני-תרבותי של הפזורה הספרדית (עמ' 94–99), את זיקתה לנאורות המוקדמת (עמ' 100–108), את העימותים שהתחוללו בה עם הטרודוקסים דוגמת אוריאל ד'אקוסטה וברוך שפינוזה (עמ' 109–118), את התסיסה הרעיונית בשלהי המאה ה-17 ובראשית המאה ה-18 (עמ' 119–129) ואת התחבטויותיהם של היהודים הספרדים בראשית העידן המודרני בין מסורת לשינוי (עמ' 130–134).
היהודים החדשים באמסטרדם.
ספרו זה של קפלן ראה אור בספרדית ב-1996 והופיע בתרגום לצרפתית ב-1999. הספר כולל מבוא מקיף על תולדות הקהילה הספרדית באמסטרדם בימי התגבשותה (עמ' 11–21) וחמישה מחקרים על היבטים שונים בהיסטוריה המוסדית, החברתית והתרבותית של היהודים הספרדים באמסטרדם. קפלן מכנה את האנוסים שחזרו ליהדות "יהודים חדשים", כינוי מטפורי המתייחס לעובדה שבספרד כונו האנוסים "נוצרים חדשים", ומשחזרו ליהדות לא זו בלבד שהיהדות הייתה עבורם בגדר חידוש אלא שהדרך שבה גיבשו את חייהם היהודיים הייתה בגדר חידוש בעולם היהודי. על אף העובדה שהקהילות שהקימו היו מבוססות על ציות להלכה ולסמכות הרבנים נתגלעו בפרופיל היהודי שלהם בקיעים לא מעטים. על אף העובדה שהם ביקשו לכאורה לשמור אמונים להלכה הם הפקיעו תחומי חיים שונים משליטתה. בראש וראשונה הורגש הדבר בפעילותם הכלכלית. הזיקה ליהדות באה לידי ביטוי בספירה הדתית המצומצמת והיהדות כשלעצמה חדלה מלשמש בתור אורח חיים מלא ומגובש. קפלן בחן את ניצני המודרניזציה והחילון בחברה הספרדית המערבית ואת מגמות ההתבוללות שהתחוללו בקרבה (עמ' 23–55). כמו כן ניתח את היסודות האידאולוגיים והתרבותיים של התודעה האתנית המיוחדת של הספרדים המערביים ואת ההשפעות שינקו מהשקפות בדלניות שהתפתחו בספרד ובפורטוגל בשלהי ימי הביניים (עמ' 56–77). יחסם של היהודים הספרדים באמסטרדם, המבורג ולונדון כלפי המהגרים היהודים האשכנזים שהגיעו ממקומות שונים במרכז אירופה ופולין ניזון מתפיסות בדלניות שצמחו באיבריה על רקע הפלייתם של הנוצרים החדשים שממוצא יהודי ומוסלמי על ידי הרוב הנוצרי הוותיק. קפלן עמד על ההבדלים החברתיים והתרבותיים שבין ספרדים ואשכנזים במערב אירופה ועל התפתחות היחסים בין הקהילות השונות לאורך כל העת החדשה המוקדמת. בספר זה העמיק קפלן בניתוח הזהות האתנית של הספרדים במערב אירופה ובדרך בה התייחסו אל היהודים האשכנזים שהגיעו אל מרכזי היישוב שלהם (106-78).