היה זה במהלך סדרת גמר המזרח של שנת 1994 שהפייסרס – ובמיוחד רג'י מילר – הפכו לשם דבר במזרח. כאשר הסדרה הייתה בשוויון 2:2 יצאו הפייסרס למשחק חמישי בניו יורק, מילר הציג את אחד ממשחקיו הרבים שהפכו לאגדה בליגת ה-NBA. כאשר הפייסרס נקלעים לפיגור של 15 נקודות נגד הניקס במהלך הרבע הרביעי, קלע מילר 25 נקודות, כולל חמש שלשות. באופן שזכה לפרסום רב, סימן מילר סימן של חניקה, לעברו של האוהד המפורסם ביותר של הניקס, ספייק לי, כאשר הוא מוביל את הפייסרס לניצחון. בסופו של דבר התאוששו הניקס וניצחו בסדרה בשבעה משחקים, אך רג'י מילר הפך לכוכב ה-NBA בין לילה. מילר היה לאחד הקפטנים והקלע המוביל של נבחרת ארצות הברית, לאליפות העולם בכדורסל בשנת 1994.
מארק ג'קסון הצטרף אל המועדון בטרייד עם לוס אנג'לס קליפרס, נותן לפייסרס יציבות בעמדת הרכז, שהייתה חסרה לקבוצה בשנים הקודמות. הפייסרס נהנו ממאזן של בעונת 1994/95, 52:30 שנתן למועדון את אליפות הבית המרכזי לראשונה בתולדותיהם ואת עונת 50+ הניצחונות לראשונה מאז ימי ליגת ה-ABA. הקבוצה הביסה את אטלנטה הוקס בסיבוב הראשון של הפלייאוף, לפני שנפגשו שוב עם יריבתם הגדולה, ניו יורק ניקס, בחצי גמר המזרח. שוב, סיפק רג'י מילר את הזיקוקים לסדרה. הפעם נקלעו הפייסרס לפיגור של 6 נקודות כאשר נותרו 16.4 שניות לסיום המשחק הראשון, מילר קלע 8 נקודות ב-8.9 שניות והבטיח ניצחון בשתי נקודות. הפייסרס הצליחו לגבור על הניקס בשבעה משחקים ולעלות לגמר המזרח, שם פגשו את אורלנדו מג'יק אותה הצליחו למשוך לשבעה משחקים לפני שנפלו.
בעונת 1997/98 בחרו הפייסרס את לארי בירד כמאמן הקבוצה, תחת הדרכתו הם שברו את שיא הניצחונות של המועדון כאשר סיימו את העונה במאזן של 58:24 – שיפור דרמטי של 19 ניצחונות מעונת 1996/97. כריס מאלין הצטרף למועדון במהלך הפגרה ומייד הפך לבורג מרכזי בקבוצה ולסמול פרוורד הפותח. עוזר המאמן ריק קרלייל, שהיה אחראי על ההתקפה, ודרק הארטר שאימן את ההגנה, היו המפתחות להוצאת המיטב מסגל שחקני הקבוצה, דוגמת דייל דייוויס, אנטוניו דייוויס ודריק מקי. רג'י מילר וריק סמיתס הגיעו לסגל נבחרת האולסטאר של המזרח באותה עונה, ובפלייאוף, גברו הפייסרס על קליבלנד קאבלירס ועל ניו יורק ניקס לפני שנפלו בפני שיקגו בולס בגמר המזרח, בסדרה של שבעה משחקים.
עונת 1998/99, שהייתה מקוצרת עקב שביתת השחקנים, זכו הפייסר שוב באליפות הבית המרכזי עם מאזן של 33:17 וגברו על מילווקי באקס ופילדלפיה 76' לפני שנפלו בפני ניו יורק ניקס בגמר המזרח, בשישה משחקים. בעונת 1999/2000, הפייסרס העבירו את הפאוור פורוורד הפופולרי אנטוניו דייוויס לטורונטו ראפטורס בתמורה לבחירת הסיבוב הראשון ג'ונתן בנדר, שנשאר עד להיום כטרייד שנוי במחלוקת בקרב אוהדי הפייסרס. אך בפלייאוף, לאחר מאזן של 56:26 במהלך העונה הרגילה, שרדו הפייסרס את הסדרה מול מילווקי באקס העקשניים, גברו על פילדלפיה 76' בסיבוב השני ולבסוף הצליחו לשבור את מחסור גמר ה-NBA, לאחר שגברו על ניו יורק ניקס בשישה משחקים בגמר המזרח.
הופעתם הראשונה בגמר ליגת ה-NBA הפגישה את אינדיאנה פייסרס עם לוס אנג'לס לייקרס. הלייקרס ניפצו את תקוות האליפות של הפייסרס לאחר שגברו עליהם בשישה משחקים. אך, הפייסרס הצליחו לגרום לתבוסת הפלייאוף הגדולה ביותר בתולדות לוס אנג'לס לייקרס, לאחר שגברו עליהם בפער של 33 נקודות במשחק החמישי בסדרה.
בעונת 2001/02 ערכו הפייסר טרייד ענק עם שיקגו בולס ששלח את ג'יילן רוז וטרוויס בסט לשיקגו בתמורה לבראד מילר, רון ארטסט, קווין אולי ורון מרסר. בראד מילר ורון ארטסט הפכו בשנים הבאות לשחקני אולסטאר בעבור הפייסרס. הטרייד הפיח רוח חיים חדשה בפייסרס המדשדשים, והקבוצה הצליחה לחזור אל משחקי הפלייאוף, שם גררו את המדורגת ראשונה, ניו ג'רזי נטס לחמישה משחקים, לפני שהפסידו במשחק החמישי והמכריע בהארכה כפולה. באותה העונה ערך ג'רמיין אוניל הופעה ראשונה מיני רבות במשחק האולסטאר, מוחק את הספקות שליוו את הטרייד שהעביר אותו לאינדיאנה מפורטלנד, תמורת סוס העבודה הוותיק, דייל דייוויס.
2003–2010: התגרה וההתדרדרות.
ב-19 בנובמבר 2004 נערך משחק בין אינדיאנה פייסרס לדטרויט פיסטונס באולם הפאלאס של אובורן הילס שבדטרויט. לקראת סיום המשחק כאשר הפייסרס היו בדרכם לניצחון, ביצע שחקן פייסרס, רון ארטסט, עברה קשה על בן וולאס. וולאס הגיב במכה חזקה לעברו של ארטסט והדבר התדרדר לתגרה מלאה בין שחקני שתי הקבוצות, כאשר גם כמה אוהדים ומספר שחקני אינדיאנה נוטלים חלק. בעוד ארטסט שוכב על שולחן המזכירות השליך אוהד הפיסטונס, ג'ון גרין, ספל בירה לעברו, פעולה שגרמה לארטסט להסתער אל עבר היציעים. סטיבן ג'קסון התלווה אל ארטסט בפריצה אל היציעים בעוד ג'רמיין אוניל חבט באוהד שהתפרץ אל הפרקט. המשחק הופסק כאשר נותרו 46 שניות לסיום ושחקני הפייסרס ירדו מהפרקט כאשר הם זוכים למקלחת של בירה ושאר משקאות קלים שהומטרו לפרקט מהיציעים.
כמה מהשחקנים המעורבים ספגו עונשי השעיה מקומישינר הליגה, דייוויד סטרן. ארטסט הושעה עד לסוף העונה הרגילה וממשחקי הפלייאוף, ובסך הכל 73 משחקים – ההשעיה הארוכה ביותר שספג שחקן לתקרית שהתרחשה בתחומי המגרש בהיסטוריה של הליגה. השעיות אחרות כללו את סטיבן ג'קסון שהושעה מ-30 משחקים, ג'רמיין אוניל שהושעה מ-25 משחקים, בן וולאס שהושעה מ-6 משחקים ושחקן הפייסרס אנתוני ג'ונסון שהושעה מ-5 משחקים. השעייתו של אוניל קוצרה לאחר מכן ל-15 משחקים על ידי הבורר רוג'ר קפלן, החלטה שהושארה על כנה על ידי השופט המחוזי ג'ורג' דניאלס. נגד אוניל הוגשו שני כתבי אישום בגין תקיפה והכאה, בעוד נגד ארטסט, ג'קסון, ג'ונסון, ודייוויד האריסון הוגש כתב אישום אחד.
לאחר התגרה וההשעיות שבעקבותיה, נפלו הפייסרס במאזנם. הם הפכו מקבוצה המועמדת לאליפות לקבוצה לסביב ה-50% ההצלחה. הפיסטונס הפכו בסופו של דבר לאלופי הבית המרכזי. למרות הקשיים מההשעיות ומכמה פציעות, השיגו הפייסרס את הכרטיס השיש לפלייאוף המזרח עם מאזן של 4:38. סיבה מוצקה לסיום החזק של העונה הייתה חזרתו לקבוצה של דייל דייוויס ששוחר על ידי ניו אורלינס הורנטס לאחר שהועבר לשם מגולדן סטייט ווריורס. הוא השתתף ב-25 המשחקים האחרונים של העונה הרגילה ובכל משחקי הפלייאוף, תורם נוכחות חזקה בעמדת הסנטר. חתימתו המחודש של דייוויס בקבוצה חפפה את פציעתו של ג'רמיין אוניל שהותירה אותו מחוץ למגרש למשך כל העונה הרגילה, המשחק הראשון ממנו נעדר אוניל היה גם המשחק הראשון בו הופיע מחדש דייוויס במדי הקבוצה.
למרותה צרות אותן עבר המועדון, הצליחו הפייסרס להגיע אל הפלייאוף בפעם השלוש עשרה בארבע עשרה השנים האחרונות. בסיבוב הראשון, גברה אינדיאנה על אלופת הבית האטלנטי, בוסטון סלטיקס, בשבעה משחקים, כאשר הם מנצחים במשחק השביעי בבוסטון בהפרש ניכר 97:70. הפייסרס התקדמו לסיבוב השני בו פגשו את דטרויט פיסטונס, בשחזור של גמר אזור המזרח שנה אחת קודם לכן, הסדרה החזירה את הקבוצות לאולם הפאלאס של אובורן הילס בדטרויט, שהיה זירת ההתרחשות לתגרה שרבים העריכו כי סיימה את העונה עבור הפייסרס. לאחר שהפסידו במשחק הראשון, חזרו הפייסרס ונצחו את שני המשחקים הבאים בסדרה ועלו ליתרון 2:1. אך, הפייסרס לא הצליחו לשמור על היתרון והפסידו בשלושת המשחקים הבאים, ומפסידים בסדרה 2:4. המשחק האחרון בסדרה (משחק מספר 6) נערך ב-19 במאי 2005; רג'י מילר, בהופעתו האחרונה בקריירה, סיים את המשחק עם 27 נקודות וקיבל מחיאות כפיים סוערות כאשר הקהל עומד על רגליו. למרות מאמצו של מילר, הפייסרס הפסידו, שולחים את מילר לפרישה מבלי שזכה בתואר אליפות במהלך 18 שנות הקריירה שלו במדי הפייסרס. חולצתה של מילר ועליה המספר 31 הוצאה לגמלאות על ידי הפייסרס ב-30 במרץ 2006 כאשר הפייסרס שיחקו נגד פיניקס סאנס.
למרות אובדנו של מילר, הסגה של ארטסט, ופציעות מפתח מרובות הצליחו הפייסרס להגיע אל הפלייאוף בשנת 2004 בפעם ה-14 ב-15 עונות. הפייסרס גם היו לקבוצת החוץ היחידה שנצחה את משחק מספר 1 בסיבוב הראשון. אך ניו ג'רזי ניצחה במשחק השני ואזנה את הסדרה לפני שהקבוצות נפגשו באינדיאנה. במשחק מספר 3 בסדרה קלע ג'רמיין אוניל 37 נקודות כאשר הפייסרס חזרו להוביל 2:1 בסדרה. אך, הנטס נצחו את משחקים 3 ו-4 ועלו ליתרון 3:2 בסדרה. במשחק השיש שנערך בניו ג'רזי קלע אנתוני ג'ונסון 40 נקודות, אך תצוגה זו הייתה ללא הועיל כי העונה של הפייסרס הגיעה לסיומה לאחר שניו ג'רזי ניצחה במשחק 96:90.
את עונת 2006/07 סיימו הפייסרס כאחת העונות הגרועות ביותר בתולדות המועדון. לפייסרס, שסיימו את העונה הרגילה במאזן 35:47, כמעט לא הצליחו בדבר. נקודת המפנה של העונה היו 11 הפסדים רצופים שהחלו בסביבות פגרת האולסטאר. פציעות של ג'רמיין אוניל ומרקיז דניאלס, חסרונו של פויינט גארד שיגבה את הפציעות, טרייד שנערך במחצית העונה ושינה את הכימיה בתוך הקבוצה, יכולות הגנתיות ירודות, והיות קבוצת ההתקפה הגרועה ביותר בליגה היו לסיבות העיקריות להחלשותה של הקבוצה. ההפסד ב-15 באפריל לניו ג'רזי נטס חיסל את סיכויי העפלה לפלייאוף של הפייסרס לראשונה מאז עונת 1996/97.