סוהארטו נולד בתקופת השלטון ההולנדי באינדונזיה בכפר קמוסוק הנמצא במרחק 15 ק"מ מערבית ליוגיאקארטה, במרכז האי ג'אווה. הוא עזב את כפרו והתגייס כחייל לבית ספר של הצבא ההולנדי בתקופה שאיי הודו המזרחית היו המוקד של מספר עימותים אלימים, כולל מלחמת העולם השנייה והמהפכה האינדונזית. נאמנותו של סוהארטו השתנתה כמה פעמים, ועברה מההולנדים אל היפנים ומהם אל הלאומנים האינדונזים, להם הוא סייע באמצעות הכשרתו.
לאורך תקופות ארוכות סוהארטו לא שהה קרוב להוריו, כיוון שהועבר מספר פעמים בין בתים שונים בתחילת חייו. נישואיה של דודתו מצד אביו לפקיד ג'וואי נמוך-דרגה בשם פראווירוויהאריו, שלקח על עצמו לגדל את סוהארטו כאילו היה בנו, נחשבים על ידי הביוגרף רוברט אלסון כנקודה שבה סוהארטו החל להתייחס אל אדם כלשהו בחייו כאל דמות אבהית, וכן כנקודת הזמן שבה הוא הפסיק לעבור בין בתי מגורים שונים והתיישב במקום בשם ווריאנטורו שבו קיבל את רוב חינוכו היסודי. סוהארטו התיידד עם גורו למיסטיקה ג'וואית וריפוי באמצעות דת, דבר שהשפיע עליו במידה רבה לאחר שהתמנה לנשיא אינדונזיה.
המחסור במקורות רשמיים על תחילת חייו של סוהארטו, וכן היבטים שונים שאינם מתאימים למעמד הנמוך בג'אווה (לדוגמה, סוהארטו זכה לקבל חינוך בגיל מוקדם יחסית), הובילו לשמועות על כך שסוהארטו הוא בנו הלא-חוקי של נדבן עשיר, ונטען כי היה זה ככל הנראה אריסטוקרט מיוגיאקארטה או סוחר אינדונזי ממוצא סיני. הביוגרף רוברט אלסון מאמין כי לא ניתן לשלול את הטענות הללו מכל וכל, כיוון שמידע רב שסוהארטו מסר על מוצאו נגוע במשמעות פוליטית. הטענה שסוהארטו היה בנו של סוחר אמיד נזכרה גם במקור אחר, ונתמכת בעובדה שסוהארטו כנה עצמו גם "ראדן" שהוא תואר אצולה ג'אווהני.
כפי שנאמר על ידי אלסון ואחרים, חינוכו של סוהארטו עמד בניגוד לזה של לאומנים אינדונזיים בולטים כגון סוקרנו, מאחר שהוא נחשב כמי שהביע עניין מועט בהתנגדות לקולוניאליזם או דאגות בעניינים פוליטיים הנוגעים לתחום שמעבר לסביבתו הקרובה. סוהארטו לא ידע לדבר הולנדית או שפות אירופיות אחרות, בניגוד לסוקרנו והמעגל שהקיף אותו. אולם, מאוחר יותר הוא למד הולנדית כיוון שהצטרף לצבא הולנד בשנת 1940.
קריירה צבאית.
מלחמת העולם השנייה והכיבוש היפני.
הצבא ההולנדי בהודו המזרחית ההולנדית נקרא בשם KNIL ומנה לפי מקור אחד 98,000 איש ולפי הוויקיפדיה בגרסה האנגלית מנה בדצמבר 1941 כ 85,000 איש כולל אינדונזים רבים ומגויסים בני לאומים שונים. ציודו כלל 389 מטוסים. סוהארטו הגיע לדרגת סמל בצבא זה.
היפנים הקימו כמה מסגרות צבאיות מקרב האינדונזים: יחידה אחת נקראה בראשי תיבות HEIHO שנוסדה ב 2 בספטמבר 1942 ונועדה להיות יחידת סיוע לצבא היפני. היו בה 42,000 איש. שבוי יהודי מבעלות הברית בשם אברהם קיסין הזכירה בשם "היו" כשראה את אנשיה באי הרוקו כשעשו "תרגילי סדר מרושלים" עם רובים עשויים מעץ. מרכז הגיוס שנוסד ב-16 במרץ 1943 נקרא PUTERA ראשי תיבות של "פוסאת תנאגא ראקיאת" (קרי רא'יאת), שמשמעותו: "מרכז כוח העם", שהוחלף ב-1 במרץ 1944 בשם "ג'אווה הכוכאי". הכוחות נקראו PETA, ראשי תיבות של "פמבלא תאנאה איר", כש"פמבלא" פירושו "מגן" ו"תאנאה איר" הוא ביטוי במלאית שאין כוונתו כתרגומו המילולי: משמעות המילים "תאנאה איר" היא "ארץ מים" אבל כמושג משמעותו היא "מולדת". צבא מתנדבים זה לפי הקידומת לשמו: "סוכארלא", "מתנדב/התנדבות", נוסד ב-3 באוקטובר 1943. בשיאו הגיע הצבא ל 120,000 איש. סוהארטו התגייס לצבא זה, הוקפץ לדרגת סרן והגיע לפיקוד על מחלקה. מאוחר יותר פיקד על פלוגה. מאוחר יותר הגיע לדרגת letnan kolonel ופיקד על חטיבה.
פעילותו במהפכה האינדונזית הלאומית.
סילוק היפנים.
ב-15 באוגוסט 1945 בשעה 15:30 שודרה ברדיו היפני הודעת "הנחת הנשק" מפי הירוהיטו. ב-16 באוגוסט היו סוקרנו והאטא נתונים ללחץ להכריז על עצמאות. בשעה 10:00 בבוקר התכנס קומץ אנשים בביתו של סוקרנו בג'קרטה ושמע ממנו את הכרזת עצמאותה של אינדונזיה. ב-22 באוגוסט 1945 פירקו היפנים את PETA ואת HEIHO ופירקו את חייליהם מנשקם. רבים מהחיילים לא שמעו אודות הכרזת העצמאות. רק ביום ההוא הודיעו היפנים באינדונזיה על כניעתם.
היפנים הותירו נשק באינדונזיה, דבר שהאינדונזים מיהרו לנצל. בכלל הנשק היו כמה מטוסים. סוהארטו שהיה קצין הבין יותר מכל את חשיבות חיל האוויר. הנסיגה היפנית הייתה תהליך איטי, שכלל גם שחרור שבויים. סוקרנו נזהר שלא להרגיז את היפנים, אבל היו תקריות אש בין אינדונזים ליפנים.
לוחמת הגרילה והניצחון.
ב 1 בינואר 1947 היה סוהארטו חיל בגדוד XXII, חטיבה VIII, אוגדה III "דיפונגורו" בצבא אינדונסיה ובסיסה באי ג'אווה. משכורתו הועמדה על 45 רופיות אינדונזיות.
הקריירה הצבאית לאחר העצמאות.
מלחמת איריאן המערבית – מבצע "תריכורא".
לאחר למעלה מ-11 שנים עקרות מבחינה מדינית, וכושלות מבחינה צבאית בפשיטות שנכשלו בשנים 1954 ו-1955, שמטרתן הייתה מערב גינאה החדשה ותחת ה"איום" של מתן עצמאות למערב גינאה החדשה, על ידי ההולנדים, שתוכנן ל-1 בדצמבר 1961 ולא יצא אל הפועל, הוביל ממשל סוקרנו מערכה צבאית החל מ-19 בדצמבר 1961, באמצעות "3 הפקודות של העם", בראשי תיבות: TRIKORA, להעברת השליטה בטריטוריה לאינדונזיה. סוקרנו היה בור בענייני צבא, ולפני שניהל סוהארטו את הלחימה, ספג צבא אינדונזיה כישלונות ותבוסה. ניסיונות לפלוש לאי החל מ-19 בדצמבר 1961 נכשלו. ב-12 בינואר 1962 נחתו אינדונזים באי ויגאו בצפון מערב, אבל בין ה-14 בינואר ל-18 בינואר 1962 הצליחו ההולנדים להדוף אותם משם. כוח אחר נחת בפאקפאק וביצע מעשי חבלה במה שהוגדר "רכוש חיוני של ההולנדים". לאחר תבוסה מהדהדת במבצע ימי בדרך הים מדרום-מערב בלי סיוע אווירי ב-15 בינואר 1962, במה שנודע בשם קרב ים ארו, נגרם זעזוע בצבא אינדונזיה, מפקד חיל האוויר הועבר מתפקידו, משום ש-3 ספינותיו של יוס סודארסו לא זכו לסיוע אווירי כמתוכנן, אבל לא פוטר אותו מפקד שהודח, כי היה פטריוט. ספינה אחת טובעה עם מפקדה, יוס סודארסו, השנייה עלתה באש על פני המים והשלישית נמלטה. ההולנדים משו 53 נצולים וכמה גופות. הפסקת אש נוצרה בין ב-20 בינואר 1962. סוהארטו שהיה המפקד האסטרטגי של כוחות היבשה בצבא אינדונזיה, ובראשי תיבות: "קוסתראד", קבל את הפיקוד על המבצעים והחל ללמוד את המצב בחזית. ניסיון של רוברט קנדי שטס אל אינדונזיה, לתווך בין אינדונזיה להולנד בפברואר 1962 בניסיון למנוע את חדוש הלחימה, נכשל. ב-26 במארס הורה סוקרנו לחדש את הלחימה. ב-30 במרץ החל סוהארטו בתקיפותיו. העיר אמבון הפכה לבסיס היציאה של מטוסים, והושג תיאום עם חיל הים בפקודו של אריו סודומו. סוהארטו הטיל למערכה את המאומנים ביותר בחייליו. ב-30 במרס 1962 הותקף האי "גאג" במערב ולא נודעו התוצאות. סוהארטו הבין שניתן להגיע אל האי "איריאן" כפי שקראו האינדונזים לגינאה החדשה, בשעות הלילה. ב-7 במאי כבשו האינדונזים את מפרץ כאימאנא ושדה התעופה שבחופו. בלילה 21 במאי צנחו 220 אינדונזים בתמינאבואן לא הרחק מן החוף המערבי. מטרתם של האינדונזים הייתה לכבוש את שדה התעופה שם. האינדונזים התקדמו 20 מיל מזרחה. בזמן הצניחה בתמינאבואן צנחו 200 צנחנים, ובמקביל נחתו כוחות שבאו מן הים בנמל קטן פאקפאק בחצי אי בחוף המערבי. התיאור האינדונזי של כיבוש תמינאבואן הוא אגדי, המתואר כאן אינו מבוסס עליו. לפי הוויקיפדיה בגרסה האינדונזית הונחתו 81 חיילים בתמינאבואן באמצעות מטוס הרקולס C-130 במשך זמן של "לא יותר מדקה". היום יש במקום אנדרטה לצנחנים. ב-23 במאי כבש הצי האינדונזי את נמל פאקפאק במערב. ב-24 במאי שלט צבא אינדונזיה בשלושה אזורים קטנים במערב ודרום-מערב. ב-31 ביולי, בלחץ ג'ון קנדי נשיא ארצות הברית, נפתח משא ומתן בין הולנד לאינדונזיה. בינתיים המשיכו האינדונזים לתקוף בסדרת צניחות בכמה יעדים בחוף הצפוני של מערב גינאה החדשה בימים 13 ו-14 באוגוסט. בליל 14 באוגוסט צנחו 400–500 אינדונזים ליד הולנדיה ונתקוה מאספקת החשמל שלה. ב-15 באוגוסט 1962 בשעה 12:01 נחתם הסכם בבניין האו"ם בניו יורק, ונכנסה לתוקף הפסקת אש מידית. מספר הרוגי המלחמה משני הצדדים אינו ידוע, חלק מההרוגים האינדונזיים קבורים בבית קברות במראוקה בדרום מערב. הסכימה הולנד במסגרת הסכם ניו יורק להעביר את השליטה בשטח לידי האו"ם, דבר שבוצע ב-1 באוקטובר 1962, לקראת מסירת המושבה למנהל אינדונזי, לפי ההסכם, דבר שבוצע ב-1 במאי 1963.
תוצאת הסכם ניו יורק נחשבת לכניעה כמעט מוחלטת לדרישות אינדונזיה. המלחמה נקראה למפרע בשם "ג'איאויג'איא", שמשמעו במלאית "ניצחון הניצחונות". לאחר מכן לא נזקק סוהארטו ליותר מדי פרסומת כדי להפוך לגבור לאומי. את רוב התהילה נטל סוקרנו לעצמו. בשנת 1979 האשים הולנדי בשם קיס לגרברג בספרו "איריאן ג'איא והאימפריאליזם של ג'קרטה", את ארצות הברית בהפקרת הולנד. שתיהן חברות בברית נאט"ו. הוא טען שארצות הברית מנעה מהולנד שימוש בבסיסי ארצות הברית באוקיינוס השקט. ההולנדים לא יכלו להקיף כחצי מכדור הארץ בלי תדלוק, ובלי סיוע אווירי הפך שדה התעופה הגדול באי ביאק לחסר תועלת עבור ההולנדים וכמוהו שאר שדות התעופה במחוז. המשא ומתן בניו יורק היה לטענתו בכפייה אמריקנית.
סוהארטו וה"עמות" עם מלזיה.