תחילה מילא משרות שונות בארגון הישועים, אבל כנראה שהתובנות שגילה בלימודיו כלפי הבשורה הנוצרית שכנעו את חברי הכנסייה שהוא האדם האידיאלי להוביל את בשורת הקונטרה-רפורמציה במזרח. באוגוסט 1573, בגיל 34 בלבד, שבע שנים לאחר שהצטרף למסדר, הוא מונה ל"מבקר הכללי של המיסיונים בהודו המזרחית" וקיבל על עצמו את הנדר הרביעי.
אחריותו של ואליניאנו בתפקיד ה"מבקר" (בלטינית: visitare) הייתה לבחון ובמקרה הצורך לבצע ארגון מחדש של המבנה הארגוני והשיטות של המיסיונים בכל רחבי הודו, סין ויפן. הוא קיבל חופש פעולה מלא לפעול על פי שיקול דעתו, מנדט יוצא דופן בהתחשב בגילו הצעיר, והוא היה כפוף אך ורק לראש המסדר של הישועים ברומא. לאווירת הסמכות שהקרין נוספה עובדת היותו גבוה במיוחד עד כדי כך שגרם "לאנשים באירופה לסובב את ראשם ולהתקהלויות ביפן".
ב-1573 עזב ואליניאנו את רומא לפורטוגל והפליג לגואה, המושבה הפורטוגזית בהודו (מרץ 1574). ואליניאנו ערך ביקורים בכל המיסיונים הישועים במזרח: בהודו, במלזיה, באיי מאלוקו ובמקאו שעל חופי סין. מקאו הפכה לבסיסו העיקרי של פעילותו והוא יסד בה קולג' ישועי, אבל בסופו של דבר ניתנה עיקר פעילותו ותשומת לבו ליפן.
הפעילות המיסיונרית בסין.
מיסיונרים נוצרים הגיעו לסין כבר במאה ה-5 כשהנסטוריאנים שכנסייתם נחשבה כמינות נדחקו למרכז אסיה ופעולת המיסיון שלהם הגיעה בסופו של דבר לבירת סין. המנזרים הראשונים נוסדו ב-635, אך בסוף שושלת טאנג (618-907) הורחקה הקהילה הנסטוריאנית מסין.
ניסיון נוסף לייבא את הנצרות לסין נעשה בימי הקיסר משושלת יואן, קובלאי חאן. האפיפיור שקיבל באמצעות מרקו פולו בקשה מקובלאי חאן לשלוח 100 מלומדים נוצריים שלח תחילה נזיר פרנציסקני ב-1294, וב-1342 נשלחו 32 מיסיונרים לסין, אלא שתוך פחות מ-25 שנה אסרה שושלת מינג שירשה את שושלת יואן על כניסת זרים לסין והנצרות נעלמה מסין בפעם השנייה.
הישועים ראו באוכלוסייה הענקית של סין כר נרחב להתנצרות ועשו ניסיונות חוזרים ונשנים להיכנס למדינה. המיסיונר פרנסיסקו חאווייר היה הראשון שניסה לקבל אישור להיכנס לסין ובסופו של דבר מת ב-2 בדצמבר 1552 באי הסיני שאנגצ'ואן, 14 קילומטר מהחוף הדרומי של סין בעודו ממתין לאישור המיוחל. הישועי מלכיור נונייז בארטו (Melchior Nuñez Barreto) היה הראשון שהורשה להיכנס לסין לתקופה קצרה (1555) ואחריו הורשו נזירים דומיניקנים, אוגוסטינים ופרנציסקנים לשהות בסין זמן קצר בטרם גורשו. ואליניאנו היה הראשון שהבין את סיבת הכישלונות הקודמים. הניסיונות הקודמים נעשו בצורה בלתי מתוכננת, כשהמיסיונרים, שלא הוכנו כראוי, ניסו לכפות מנהגים מערביים ואת השפה הלטינית בפולחן הדתי. ואליניאנו החליט שיש לבצע סינון קפדני של האנשים אותם ישלח לסין, ולהכין אותם היטב למשימה על ידי הכרות מעמיקה עם התרבות הסינית ולימוד השפה הסינית. כבסיס יציאה נבחרה מקאו, המושבה הפורטוגזית שהוקמה ב-1557 על חצי אי בחופה המזרחי של סין. מקאו הייתה מושבה משגשגת וסינים רבים חפשו בה עבודה. הישועים הקימו מיסיון במקאו כבר ב-1571, אם כי עיקר פעילותם הייתה דווקא ביפן.
המיסיונרים הראשונים בסין.
תחילה זימן ואליניאנו למקאו את האב מיקלה רוג'רי, אותו הכיר עוד מרומא שעה ששימש כחונך שלו בבית הספר הישועי. רוג'רי ומעט מלווים הפליגו למקאו והם הגיעו למושבת הסחר הפורטוגזית ב-20 ביולי 1579. המשימה הראשונה שהוטלה על רוג'רי הייתה לימוד מנדרינית, ניב השפה הסינית שבו דברו הפקידים והמשכילים בכל רחבי האימפריה של סין. תוך כדי כך, ובהיותו מודע לכך שיבואו אחרים בעקבותיו הוא הקים את "שֶׁנְגמָאֶרדִינְג גִ'ינְגְיְוֵּ'אן" (בית סט. מרטין), בית הספר הראשון ללימוד סינית על ידי זרים. אף על פי שהתקדמותו בקליטת השפה הייתה איטית, היא הספיקה ליצור תקשורת עם פקידי הממשל הסינים במהלך שני מסעות קצרים לסין (1580-1581), ולקבל מהם שיתוף פעולה בלתי צפוי. ב-1582 הורה ואליניאנו גם לאב מטאו ריצ'י, ששהה אז בהודו, להגיע למקאו על מנת להצטרף לניסיון להקים מיסיון בסין. לאחר מאמצים אישר מושל המחוזות גואנגדונג וגואנגסי, גְווֹ יִינְגפּינְג, לרוג'רי להיכנס לסין עם ריצ'י ולהתגורר באופן קבוע בבית בסמוך למגורי המשנה למלך בג'אוצ'ינג, אז עיר הבירה האדמיניסטרטיבית של גואנגדונג. השניים הגיעו לג'אוצ'ינג דרך גואנגג'ואו, בירת גואנדונג כיום, ב-10 בספטמבר 1583.
השניים היו צריכים להתגבר על האמונה המוצקה של הסינים בעליונותם התרבותית והמדעית על כל העמים הזרים שנחשבו על ידי הסינים כברבריים, והם עשו זאת באמצעות פניה לרגש הסקרנות של הסינים כשהם מראים למבקרים המלומדים בביתם חפצים שהביאו מאירופה כדוגמת שעונים בגדלים שונים, מכשירים מוזיקליים, מתמטיים ואסטרונומיים, מנסרות שהראו את צבעי הקשת, ציורי שמן, ספרים שהראו באמצעות שרטוטים עבודות ארכיטקטוניות מאירופה וציורים ומפות של ערי המערב. מבלי לומר זאת בצורה מפורשת הם הראו לסינים המשכילים כי אולי בכל זאת יש מה ללמוד מזרים אלו. השמועה על השניים התפשטה ורבים באו לבקרם ולהתעניין במקומות שמהם באו ולשמוע על המלומדים בארצם.
אף שרוג'רי וריצ'י הסכימו כי הדרך שהתווה ואליניאנו לשכנע את הסינים בצדקת הנצרות היא להראות כיצד האמונות הסיניות המסורתיות מתמזגות עם התאולוגיה הנוצרית, התפתחו ביניהם חילוקי דעות לגבי הדרך הנכונה. ריצ'י שהעדיף את חברת המשכילים הסינים דגל בשילוב עם הקונפוציאניזם, בעוד שרוג'רי שהתערה בחברתם של פשוטי העם דגל במסורות הנפוצות יותר של בודהיזם וטאואיזם.
ב-1584 השלים רוג'רי כתיבת קטכיזם (מדריך להלכות ולתפילות של הדת הנוצרית) בסינית, הספר הראשון בסינית שנכתב בידי אירופאי. הספר הודפס ורוג'רי וריצ'י נהגו לחלק אותו לידידיהם כמתנה. רוג'רי נהג לבקר בכפרים בסביבה והצליח להטביל לנצרות כמה משפחות שהיוו את הגרעין של הקהילות הנוצריות הראשוניות בסין.
ההצלחה.
מטרתם הסופית של רוג'רי וריצ'י הייתה להגיע אל קיסר סין בבייג'ינג. על פי הניסיון באירופה הדרך המהירה ביותר לנצר אומה הייתה לשכנע את העומד בראשה להתנצר. אלא שרוג'רי לא זכה לכך. בנובמבר 1588, בעודו יושב בג'אוצ'ינג, קיבל רוג'רי הוראה מוואליניאנו לחזור לרומא. ואליניאנו החליט לשלוח את רוג'רי בחזרה לרומא על מנת לשדל את האפיפיור לשלוח שגריר לקיסר סין, ואן-לי במטרה לקבל אישור לכך שהמיסיונרים יוכלו להתיישב באימפריה הסינית. אך בבואו לרומא נתקלה שליחותו זו בקשיים. מותם התכוף של כמה אפיפיורים ברצף מנע את האפשרות לדון בנושא. ראש מסדר הישועים, קלאודיו אקוּאַוויווה החליט שעדיף לחכות לנסיבות טובות יותר.
בינתיים עשה מטאו ריצ'י חיל. כשמטרתו הסופית היא בייג'ינג הוא עבר מג'אוצ'ינג לשאוגואן, עיר גדולה נוספת בגואנגדונג, משם לנאנצ'אנג, בירת מחוז ג'יאנגשי ואחר כך לנאנג'ינג בירת מחוז ג'יאנגסו ובירת סין בתחילת שלטון שושלת מינג, כשבכל מקום הוא דואג להקים מיסיון ישועי שאויש בדרך קבע. ב-1601 הצליח ריצ'י סוף סוף לקבל אישור לשהות בבירת סין, בייג'ינג, והתגורר בה עד מותו ב-1610. בתקופה זו הוא הצליח להמיר לנצרות כמה אלפי סינים שהיוו את הגרעין שממנו צמחה הקהילה הנוצרית קתולית בסין, ששרדה את הגזירות שבאו בשנים שאחר כך, ואת הטינה העזה שעוררו בשל קשריהם עם "הזרים" שבאה לידי ביטוי בפוגרומים שהתבצעו כלפיהם, בייחוד במרד הבוקסרים.
הפעילות המיסיונרית ביפן.
האסטרטגיה המיסיונרית של ואליניאנו.
ואליניאנו נסע ממקאו ליפן ושהה בה במשך שלוש תקופות: 1582-1579, 1592-1590, ו-1603-1598.
ביקורו הראשון של ואליניאנו ביפן נערך בין 1579 ל-1582 והוא עיצב אסטרטגיה בסיסית כיצד יש לגרום לאנשים לרצות להתנצר, המכונה בדרך כלל "סתגלנות". הוא שם דגש על הגברת השפעתם של הישועים יותר מאשר על דבקות בעיקרי האמונה. הוא השתדל להימנע מחיכוכים תרבותיים בכך שהתפשר עם מנהגים יפניים שעמדו בניגוד לערכי הקתוליות. אסטרטגיה זו עמדה בסתירה לזו שהייתה נהוגה על ידי חברי מסדרי הקבצנים (מנדיקנטים) כדוגמת הפרנציסקנים והדומיניקנים שוואליניאנו עמל קשה על מנת למנוע את כניסתם ליפן.
ב-1581 הוא כתב את "כללי הטקס של המיסיונרים ליפן" ("Il Cerimoniale per i Missionari del Giappone") ובו קבע קווים מנחים לישועים. בספר הוא מיפה בין ההיררכיה של הישועים לזו של זן בודהיסטים אף על פי שהוא תעב אותם. הוא טען שכדי למנוע מהיפנים לבוז להם, חייב כל ישועי להתנהג בהתאם למעמד אליו הוא שייך. עקב כך, נהגו האבות הישועים להגיש ארוחות פאר לדאימיו ולטייל ברחובות נגסאקי בלוויית משרתים יפנים חמושים. ביקורת על חיי פאר אלו ועל הגישה האדנותית שהפגינו הישועים ביפן הושמעה לא רק מיריביהם במסדרי הקבצנים, אלא אף על ידי כמה מהישועים עצמם. בנוסף, הוראותיו המפרטות את המנהגים והגינונים היפנים מעידות כי הבנתו את התרבות היפנית הייתה שטחית.