פגיעות הסובייטים ביהודים.
הרוסים נכנסו לעיר רק שבוע לאחר מכן, בעת חג הסוכות. יהודים רבים חזרו לצד הרוסי עם כניסתם של אלו, אך כל המוסדות היהודיים הוצאו מחוץ לחוק, והציוד בהן הוחרם. בין היתר בית החולים היהודי, בית היתומים ובית הספר שבו למדו ביידיש, הועברו לרשויות והפסיקו לפעול תחת זהות לאומית. רוב הפעילים הציונים עזבו את העיר מפחד לחקירת נ.ק.ו.ד. המשטרה החשאית הסובייטית. כל המפעלים, ש-90% מהם היו בבעלות יהודית, הולאמו. המשרות הממשלתיות שניתנו ליהודים לא שילמו מספיק למחיה, ויהודים רבים נאלצו למכור את חפציהם האישיים. פעילים ציוניים נעצרו ונשפטו במשפטי בזק, לעונשים של 10 ו-15 שנה בכלא. בבית הכלא שנועד ל-300 איש לכל היותר, הוחזקו באופן קבוע כ-1500 איש, שהואשמו בריגול או בגידה.
בסביבות חג הפסח (מאי 1940) כ-7000 מהפליטים היהודים השוהים בצד הרוסי, בעיקר יהודים מאזור שלזיה, גרמניה ואוסטריה, הוגלו לרוסיה האסייתית.
הממשל הצבאי הגרמני בפשמישל, גירוש היהודים בחזרה למזרח העיר.
ב-27 ביוני 1940 הגרמנים הקימו מנהלת אזורית בפשמישל, במסגרת מדינת הגנרל גוברנמן (השלטון הכללי - השלטון הגרמני האזרחי במזרח אירופה). יחד עם הקמת המנהלת, יהודי הצד המערבי (הגרמני) של העיר גורשו למזרחה, חלקם בכח הזרוע ובשחייה מעבר לנהר, תוך שוד רכושם. קבוצת זקנים ונשים שנותרו בעיר הועברו לשני בניינים בצידה המערבי של העיר. שנתיים לאחר מכן בניינים אלו יהיו יסוד לגטו העתידי.
הגיטו בפשמישל, מסירת ה'צעירים' למחנה ההשמדה ינובסקה וגירוש היהודים למזרח העיר.
הגרמנים החלו בשכנוע היהודים בכדאיות המעבר שלהם לשכונה בת 10 בניינים, שבהמשך ב-15 ביולי הפכה לגטו סגור.
הגרמנים מינו יודנראט לגטו בראשות ד"ר איגנץ דולדיג, שהרחיב את היקפה ל-20 איש, רבנים, רופאים ופוליטיקאים. וגם הקימו יחידת משטרה יהודית.
כמו כן הגרמנים הקימו לשכת עבודה בראשות פקיד אוקראיני, לשכה שחייבה את רוב היהודים בעבודות פרך משפילות, בהנחיית תושבי האזור ממוצא גרמני. שחרור ניתן רק לבעלי נכות קשה באישורו של ד"ר שמחה טננבוים.
שמועות על מהומות ופגיעות של נוצרים אוקראינים ופולנים ביהודים בטורניוו ובריישא הגיעו לידיעת המשטרה היהודית, והשלטונות הגרמניים הבטיחו להנהגה היהודית את "הגנתם" אם היהודים יתנהגו כראוי, וימסרו 1000 צעירים לעבודה במחנה ליד לבוב. ועדה הוקמה בראשות מספר ממנהיגי היהודים שבחרה את "הצעירים", בעיקר פליטים, ללא קשר לגיל ואלו נשלחו ב-18 ביוני 1942 למחנה השמדה ינובסקה בלבוב. שמועות שמעולם לא אומתו נסבו בעניין שוחד ורשימות כפולות שניהל ד"ר טננבוים. הנועדים לגירוש נשמרו על ידי המשטרה היהודית, ונלקחו בידי הגסטפו ושוטרי שופו אל הקרונות. בעת הגירוש, קרובי משפחה שבאו להיפרד או למסור חבילות נורו בידי הגרמנים ברחוב ובסביבות התחנה, בתואנה שהם מהפועלים במשלוח המנסים לברוח.
כיבוש פשמישל המזרחית ורצח 45 הזקנים והנשים.
ב-28 ביוני 1941 נכבשה פשמישל כולה בידי הגרמנים במתקפת פתע לילית, שישה ימים אחרי תחילת מבצע ברברוסה. הגרמנים קראו ליהודים לצאת ולגלות עצמם, לצורך עבודה, ואכן עמדו בכך מספר ימים, בהובילם את היהודים לעבודה והחזרתם בשלום לביתם עם ערב.
שבוע אחר כך הגיעו יחידות ס.ס. לעיר, הפיצו את חוקי הגזע הכוללים איסור על רופאים יהודים לטפל בלא יהודים, לבישת מגן דוד צהוב על הבגד, ושילוט המתאר את מגורי היהודים כנגועים בכינים וכמגפה, והקורא לאוכלוסייה להתרחק מהם.
קבוצת הזקנים והנשים היהודיות שהיו אסורות בשני בניינים, רובן בעלות השכלה גבוהה, ששוכנו בשני בניינים בשכונת זסאני - בצד המזרחי של הנהר, נרצחו, בתקופה זו. הקבוצה מנתה כ-45 נשים וזקנים.
בראש חודש אב ה'תש"ב (15 ביולי 1942) נחתם הגטו בפשמישל, ונאסר על יהודים לגור מחוץ לאזור המתוחם. באותה עת היו בה לפי ההערכות כ-22,000 יהודים. למרות הצפיפות הגדולה, יהודים חשו מאוימים פחות בגטו הסגור מאשר בעיר הפתוחה, בלא הגנה כלשהי.
האקציה הראשונה.
ב-24 ביולי (י' באב ה'תש"ב) הגרמנים הודיעו שבעוד שלושה ימים ישולחו כל היהודים שאינם עובדים מהעיר, ויושארו רק בעלי כרטיסי עבודה חתומים בידי הגסטאפו. כמעט כל יהודי העיר נרשמו לעבודה כלשהי. יום לפני האקציה נאספו כל כרטיסי העובד. קהל גדול נאסף בפתח משרדי המשטרה היהודית אך ד"ר דולדיג החזיר רק 5000 כרטיסים. זעקות התושבים הרקיעו שחקים, ולילה מלא ייסורים עבר על תושבי הגטו.
החל מה-27 ביולי ועד ה-3 באוגוסט במסגרת "האקציה הראשונה" של הגטו, נשלחו כ-12,500 יהודים למחנה בלזץ. על היהודים היה להתייצב בכיכר, בשבע בבוקר ה-27 ביולי, עם חבילה של 10 ק"ג לכל היותר, וכל העובר על ההוראות יירה. ואכן, אחד הרופאים הביע מחאה על יחסם של הגרמנים, נלקח הצידה ונורה.
מפקד הוורמאכט בפשמישל מקס לידטקה שהוכר מאוחר יותר בידי יד ושם כחסיד אומות העולם, הורה לחייליו למנוע את מעבר אנשי הס.ס. על הגשר המוביל לגטו. הקצין אלברט בטל שהוכר אף הוא כחסיד אומות העולם אכן עצר את אנשי הס.ס. במשך זמן מה, ואף משך כ-100 יהודים מתוך הקבוצה הבלתי מורשית, והעבירם אל תוך מחנה הצבא, תוך קביעה שהוא זקוק לעבודתם, ובכך הציל את חייהם. לאחר משא ומתן ארוך הסכימו הס.ס. לוותר על "העובדים שלו".
חולים וזקנים שלא יכלו ללכת הובלו אל כיכר נפרדת ומשם הוסעו במשאיות לגרושובצה ושם נורו. לאחר שהחולים יצאו את הגטו במשאיות אל עבר מותם, הגרמנים אספו את המשפחות של החולים בכיכר ושם ירו בהם. אשה חולה שהגיעה עם בנה הקטן, נורתה בראשה בידי קצין ס.ס. ולאחר מכן אחז את הילד ברגלו והטיח את ראשו אל הקיר. בצהרי היום ד"ר דולדיג ועוזרו מר רכטר נלקחו למטה המשטרה ושם נרצחו.
לאחר יציאת הרכבת הראשונה בשעות הצהריים, ובה כ-7000 נוסעים, נערכו חיפושים אחר בורחים ומסתתרים והם נורו. הגטו כולו היה זרוע גופות של נשים זקנים וילדים. המשטרה היהודית צוותה "לנקות" את המקום, ועדיין היו מתושבי הגטו שהאמינו שלוקחים אותם ל"מחנה עבודה במזרח".
שלשה ימי הפסקה עברו, וב-31 ביולי, בבת אחת, תושבי שתי שכונות בגטו נצטוו לפנות את בתיהם בתוך שעה. מכיוון שהמעברים בין הבתים היו צרים, תושבים אלו יצאו עם חפצים בעלי נפח קטן בלבד, והשאירו אחריהם את רוב רכושם. קבוצות גדולות של פולנים המעוניינים בשלל עטו על בתי היהודים, אך הגרמנים מנעו את הגישה מהם, ואף ירו בהם לשם כך. ההגעה לאזור האיסוף הפעם היה מסודר ושקט. לא היו יריות ולא בורחים. 3000 יהודים נשלחו ביום זה לבלזץ. את הבתים "ניקו" היהודים והעבירו את מה שמצאו לגרמנים.
ב-3 באוגוסט, שלשה ימים אחר כך, נצטוו כל תושבי הגטו להתייצב בבוקר השכם, ולהציג את כרטיסיהם. הם עמדו מהבוקר עד הצהריים, עת הגיעו אנשי הס.ס. ובראשם יוליאן שרנר מפקד הוואפן ס.ס. בקרקוב, שעבר במסדר ורישום קפדני אחר הכרטיסים. הם ערכו חיפוש בבתים ושלחו במכות את מי שמצאו אל הכיכר. עם גמר המסדר כולם שוחררו לבתיהם, עם הוראה לקבוצה של 3000 מהנמצאים להתייצב בשלש אחה"צ שוב בכיכר. האנשים התייצבו בשקט ונלקחו אל הרכבת. בין היתר הרופאים הוותיקים הועלו לרכבת, אך ארבעה רופאים נתבקשו על ידי רופא המשטרה היהודית להישאר על מנת לטפל בניקיון המחנה, והגרמנים לא התנגדו לכך. בזמן שהאנשים הוצעדו אל תחנת הרכבת, קבוצת אנשי גסטפו וס.ס. נגשו אל בית החולים, ירו ברוב החולים, והובילו את הצוות הרפואי אל התחנה. ביום זה גורשו כ-3500 יהודים לבלזץ. בסך הכל גורשו כ-12,500 יהודים.
בגטו נותרו אנשי בית החולים, שארית אנשי המשטרה היהודית, והעובדים "המורשים".
כשישה שבועות לאחר האקציה הראשונה, הודיעו השלטונות הגרמניים שהם מוכנים "לחון" את המתחבאים בעת האקציה ולהנפיק להם תעודות, על מנת שיהיו "חוקיים" בגטו. כמאה יהודים הסכינו לכך, וקיבלו בול עגול בפנקסיהם. כמה ימים אחר כך נקראו להתייצב על מנת לנסוע לעבודה. הם הועלו על משאיות ונרצחו בבית הקברות של העיר.
באותה תקופה, למרות הבטחת ההגמון, כל היהודים המומרים לנצרות נתפסו ונרצחו.
פועל רכבת נוצרי סיפר ליהודים על הריגת היהודים בבלזץ, אך תושבי הגטו סירבו להאמין לו, וראו בכך סיפורי בדים שנועדו להפחיד אותם בלבד. אך לאחר שקיבלו איגרות אחידות ועליהם כמה מילים על מצבם הטוב של הנוסעים, הדבר חיזק את הבנתם שהמגורשים כבר אינם בין החיים.
כחודש לאחר האקציה הראשונה כבר היה ברור לכל תושבי הגטו שכל היוצאים באקציה הראשונה נהרגו, והם החלו בהכנות קדחתניות לקראת האקציה השנייה. נותרו 9500 יהודים בגטו מתוכם 1500 עובדים, אך הפעם היהודים הטעו את הגרמנים.
האקציה השנייה.
ב-18 בנובמבר 1942 החלה האקציה השנייה. הפעם רבו המתחבאים וניסיונות הבריחה, בדרך לכיכר ואף בכיכר עצמו. רבים נורו במקום. 80 ילדי בית היתומים נלקחו, כמו גם ילדי המיוחסים ובראשם בנו היחיד של ראש המשטרה היהודית החדש, ד"ר רבהן. ביום זה הגרמנים הצליחו לתפוס רק 3,500 יהודים, ו-4,500 יהודים חמקו מהם. ראש הס.ס. ניגש עם אנשיו וקרא למסדר את כל יהודי הגטו. הוא הקריא שמות, אותם שחרר, וכל הנותרים, ביניהם מי שנרשם לעבודה (בשוחד) רק לאחרונה הועברו לרכבת.
הגטו החדש ומחנות העבודה.
לאחר האקציה השנייה, הגרמנים חילקו את הגטו למחנה ב' - קדמת הגיטו הישן ובו 800 יהודים, ולמחנה א' - הרחבה באחת השכונות ממערב לעיר, שנועד להיות מחנה עבודה, ובו 4000 יהודים. חל איסור חמור על מעבר בין המחנות, או היציאה מהן. לאחר מספר ימי שקט בהם הגרמנים לא הראו את עצמם, היהודים יצאו מהמחבוא ועברו לגטו החדש. מחנה זה קיבל את תפקידו ה"רשמי" כמחנה עבודה של האס.אס עם הגעת מפקדו, אונטרשרפיהרר יוזף שוואמברגר.