ניסיונו האחרון של ממשל הובר לחלץ את הכלכלה ב-1932 התרחש בעזרת העברת חוק חירום לעזרה ובניין, שהכשיר משאבים לתוכניות לעבודות ציבוריות ויצר את ה"חברה למימון בנייה מחדש". מטרתה הראשונית הייתה להלוות בערבות ממשלתית למוסדות פיננסיים, מסילות רכבת ומוסדות מקומיים כדי שיוכלו להמשיך בתוכניות הרווחה. ה-RFC לא השפיע ב-33–1932, אולם רוזוולט הרחיב אותו כחלק מהניו דיל שלו.
מיסים, הכנסה וגירעון.
כדי לשלם על התוכניות הממשלתיות ולפצות על אובדן ההכנסות בעקבות השפל, בנוסף לחוק ההכנסה של 1932, הסכים הובר לבטל תוכניות קיצוץ מיסים שיזם ממשלו על בעלי הכנסה גבוהה. מס רכוש הוכפל, ומס חברות עלה בכמעט 15%. בנוסף, הוטל מס של שני סנטים (שווי ערך לכשלושים היום) על כל ההמחאות הבנקאיות. הכלכלנים טענו שהמס על ההמחאות הוביל להתכווצות כלכלית. הובר עודד את הקונגרס לחקור את הסחר במניות בניו יורק, והוביל לכמה רפורמות בנושא.
צבא הבונוס.
אלפי חיילים משוחררים ממלחמת העולם הראשונה ומשפחותיהם מחו בוושינגטון ביוני, 1932, ודרשו תשלום מיידי של הבונוס שהובטח להם בידי חוק חיילים משוחררים. החוק קבע שהבונוס ישולם רק ב-1945. לאחר שהקונגרס הציע להם כסף כדי שיחזרו הביתה, עדיין נותרו כמה חברי "צבא הבונוס" באזור. משטרת וושינגטון ניסתה לפנות אותם ללא הצלחה. המשטרה ירתה בניסיון להשיג סדר, ושני מוחים נהרגו, ושוטרים רבים נפצעו. הובר שלח כוחות צבא בהובלת הגנרל דאגלס מקארתור, שנעזר בדווייט אייזנהאואר כדי לעצור צעדה. מקארתור, שהאמין שלחם במהפכה קומוניסטית, בחר לפנות את המחנה בכוח צבאי. מאות אזרחים נפצעו. הובר שלח לצבא פקודות לא להתקדם אל המאהל, אולם מקארתור התעלם מהפקודה. הובר זעם, אולם סירב להחליף את מקארתור. הדבר פגע בהובר במהלך 1932. מושל ניו יורק, והמועמד הדמוקרטי, פרנקלין רוזוולט הכריז שהובר הוא רכרוכי.
מינויים לבית המשפט העליון.
הובר מינה לבית המשפט העליון שלושה שופטים: צ'ארלס אוונס יוז לתפקיד נשיא בית המשפט העליון, אוון רוברטס, ובנג'מין קרדוזו. קרדוזו מונה למרות היותו דמוקרט. הובר טען שהוא מאמין בכך שבית המשפט העליון צריך להכיל בתוכו מיעוט חזק ממפלגת האופוזיציה.
הבחירות ב-1932.
אף על פי שהובר לא חיבב את תפקידו כנשיא, הוא החליט לרוץ שוב ב-1932, לא רק מתוך גאווה, אלא גם מכיוון שחשש שמועמדים רפובליקניים אחרים יטפלו בשפל באמצעים רדיקליים מבחינתו.
הובר נבחר בידי הרפובליקנים להיות המועמד. הוא תכנן רק נאום אחד או שניים, ולהשאיר את שארית מסע הבחירות לאחרים, אולם הסקרים הלא מחמיאים גרמו לו להחליט להרחיב את הופעותיו. בתשעה נאומים ברדיו הגן על ממשלו ועל השקפת עולמו. הגישה המתנצלת לא סייעה מהובר להדוף את האשמותיו של המועמד הדמוקרטי, פרנקלין רוזוולט, על כך שהוא היה אחראי באופן אישי לשפל.
במסע הבחירות שלו ברחבי המדינה, ספג הובר את ההתנגדות העזה ביותר כלפי נשיא מכהן. חוץ מכך שמכוניותיו והרכבת שלו נרגמו בביצים ובפירות רקובים, היו קריאות גנאי רבות במהלך נאומיו, ובכמה מקרים, השירות החשאי של ארצות הברית נאלץ למנוע ניסיונות להתנקש בו מצד אזרחים כועסים, כולל מקרים בהם התקרב אליו אזרח עם מקלות דינמיט, ואזרח אחר שניסה לפגוע במסילת הרכבת בזמן שהנשיא נסע בה.
פרנקלין רוזוולט האשים את הובר בכך שבזבז יותר מדי והעלה מיסים יותר מדי, העלה את החוב הלאומי, את מכסי המגן וחסם את הסחר, וגם שגרם למיליונים להיזקק לתמיכה ממשלתית. הוא תקף את הובר על הבזבוז ה"פזיז והמוגזם" שלו, ועל כך שחשב ש"עלינו לרכז את השליטה בכל בוושינגטון בהקדם האפשרי". סגנו של רוזוולט, ג'ון גארנר, האשים את הרפובליקנים ב"הובלת המדינה בדרך הסוציאליזם".
למרות מאמציו, ספג הובר תבוסה גדולה בבחירות, והשיג רק 39.7% מהקולות לעומת 57.4% לרוזוולט. הובר השיג 26% פחות ממה שהשיג ב-1928. בחבר האלקטורים, הוא ניצח רק בפנסילבניה, דלאוור, ובעוד ארבע מדינות בצפון-מזרח המדינה, והשיג רק 59 אלקטורים לעומת 472 לרוזוולט. הדמוקרטים הגדילו את הרוב שלהם בבית הנבחרים והשיגו רוב בסנאט.
לאחר מערכת הבחירות, ביקש הובר שרוזוולט ישמור על תקן הזהב כבסיס למטבע של ארצות הברית ושימשיך את המדיניות הכלכלית שלו. רוזוולט סירב.
לאחר הנשיאות.
ניו דיל.
הובר עזב את וושינגטון במרץ 1933, מריר ומאוכזב מחוסר שביעות רצונם של הבוחרים. בתחילה נסע לניו יורק עם אשתו, ובאביב חזר הזוג לסטנפורד.
הובר אהב נסיעה במכוניות, יחד עם אשתו וחבריו (הנשיאים לשעבר לא קיבלו הגנה מהשירות החשאי עד לשנות השישים), ונסע למסעות למכרות, להרים, ליערות ולדיג. כשנה לפני מותו פרסם את האחרון מבין שישה עשר ספרים שהוציא, על דיג.
אף על פי שרוב חבריו ותומכיו הפצירו בו להתנגד לניו דיל של רוזוולט ולהיות קולה של האופוזיציה, עד סוף 1934 נמנע הובר מאור הזרקורים. הדמוקרטים האשימו אותו בבעיות הכלכליות.
מערכת היחסים בין הובר ורוזוולט הייתה מהמתוחות בהיסטוריה. הובר לא אמר דברים טובים על יורשו. רוזוולט, בתורו, ביצע כמה פעולות כנגד קודמו, החל ממחיקת שמו מתפוצת כרטיסי הברכה של הבית הלבן, ועד למחיקת שמו מסכר הובר, שנקרא "סכר בולדר" בשנים הבאות.
מתנגד לניו דיל.
כמו רוב הפרוגרסיבים שעדיין היו פעילים, התנגד הובר לרעיונות הממשלה הגדולה של הניו דיל, בטענה שלא קידמו יעילות, היו עוינים לעסקים, ופגעו באינדיבידואליזם. הוא שיתף פעולה עם השמרנים המסורתיים בנושא זה.
בנוגע לחירות, טען הובר שהניו דיל ירחיב את כוחה של הממשלה עד שזאת תפגע בזכויותיהם של האמריקנים. הוא חשש שהביורוקרטיה שנוצרה מהניו דיל תנהל את חייהם של אנשים.
בנוסף, נאם כנגד המדיניות העסקית של הניו דיל. הוא הרגיש שהממשלה הפכה למתחרה מול העסקים הקטנים והבינוניים, ונקשרה לאינטרסים של העסקים הגדולים. הוא טען שדבר זה פוגע בכוחה של הכלכלה.
הובר התנגד גם לחוב שהניו דיל הוביל אליו. הוא התייחס למדיניות האנטי-מחזורית, שמטרתה הייתה להעלות את הביקוש המצרפי ולהתניע את הכלכלה. הובר חשש שהעלייה בהשקעה הממשלתית תגרום לכך שהממשלה תגדיל את הגירעון שלה, תעלה את האינפלציה ותעלה את החוב הלאומי לרמה מסוכנת, מה שיפגע בהתאוששות כלכלית.
מבחינה כלכלית, חש הובר שהכלכלה תהיה במצב יותר טוב ללא הניו דיל. הוא טען שזאת הדרך הטובה ביותר לצמיחה כלכלית, ושאת החולשה הכלכלית אפשר לתקן ללא תוכניות כאלו.
ב-1936, קיווה הובר שהרפובליקנים יבחרו בו להיות המועמד הנשיאותי, כדי שיתמודד מול רוזוולט. אף על פי שכמה צירים תמכו בו, לא הייתה לו תמיכה משמעותית. הוא תמך במושל קנזס אלף לנדון, ונאם כנגד הניו דיל. הוא הרגיש שרוזוולט מתקרב לפאשיזם האירופאי בעזרת הניו דיל. אף על פי שהובר לא היה המועמד, הדמוקרטים התעלמו מלנדון ותקפו את הובר, תוך כדי שהם מזהירים שניצחון של לנדון יהפוך את הובר לכוח המניע מאחורי הנשיא. רוזוולט ניצח ב-46 מתוך 48 מדינות, וקבר את לנדון בחבר האלקטורים, ואת המפלגה הרפובליקנית בקונגרס.
אף על פי שהובר היה במצב פוליטי קשה, הנסיבות החלו לשקם את שמו. רוזוולט ניסה להעביר חוק שנוי במחלוקת למינוי שופטים נאמנים, ומיתון בשנת 1937 ו-1938 פגע בתדמיתו.
ב-1939, מונה הובר לנשיא הכבוד של איגוד טולסטוי, שמטרתו לעזור לפליטים רוסים. הוא שירת בתפקיד עד מותו.
ב-1940, הובר שוב נחשב למועמד אפשרי במהלך הבחירות. אף על פי שהשתרך בסקרים מאחורי תומאס דיואי, ארתור ונדנברג ותלמידו לשעבר, רוברט טאפט, עדיין היה לו כוח משמעותי בסיבוב הראשון, ורבים חשבו שיוכל להיבחר כמועמד פשרה. אולם הוועידה החליטה לבחור דווקא בוונדל ווילקי, שתמך ברוזוולט ב-1932 אולם התנגד לו לאחר שיצירת רשות עמק טנסי הכריחה אותו למכור את התאגיד שלו. הובר תמך בווילקי, אף על פי שטען שהמועמד תמך במצע שלא היה שונה במיוחד מהניו דיל.
הדרך למלחמת העולם השנייה.
הובר ביקר בעשר מדינות אירופאיות במרץ 1938, החודש בו התרחש האנשלוס, וגרמניה הנאצית סיפחה את אוסטריה. הוא טען שהוא לא חושב שמלחמה תתרחש בעתיד הקרוב, כיוון שהאנשים מבינים שהחברה לא תשרוד עוד מלחמה גדולה. כמו רבים, הוא האמין שבעלות הברית האירופאיות יוכלו להכיל את גרמניה, ושהאימפריה היפנית לא תתקוף רכוש אמריקני באוקיינוס השקט.
בניגוד לממשל רוזוולט, תמך הובר בפעולות סיוע במדינות הכבושות. הוא סייע לפולין ולפינלנד.
כשהגרמנים פלשו לצרפת ואיימו על בריטניה, אמריקנים רבים חשו שבריטניה עומדת בפני קריסה. הובר הכריז שאסור לארצות הברית להכריז מלחמה על גרמניה ולהציל את הממלכה המאוחדת. הוא טען שהמדינה צריכה להתגונן בעצמה, ולא להתערב באירופה. הוא טען שארצות הברית, שתוגן במזרח ובמערב בידי האוקיינוס, ותישמר בידי הצי וחיל האוויר שלה, תוכל לעצור כל התקפה.
בשידור רדיו ב-29 ביוני 1941, כשבוע לאחר הפלישה הנאצית לברית המועצות, התנגד הובר לכל ברית בין ארצות הברית לברית המועצות, בטענה שניצחון משותף במלחמה רק יחזק את מעמדו של סטלין, ויאפשר לו להפיץ את הקומוניזם באירופה.
כשארצות הברית נכנסה למלחמה לאחר המתקפה על פרל הארבור, ב-7 בדצמבר 1941, קרא הובר לתמיכה מלאה במדינה, ולניצחון על יפן. הוא הציע את עצמו לממשלה, אולם ממשל רוזוולט לא נעזר בשירותיו.
לאחר המלחמה.