ארכיונו האישי של הרב קלישר, הכולל מסמכים, צילומים ותעודות שמור בארכיון הציוני המרכזי בירושלים. מרבית ארכיונו של קלישר, שכלל ארגזים רבים של כתבים, עלה באש במלחמת העולם הראשונה. חלק מהארכיון שרד כיוון שנמסר ב-1891 על ידי בנו, יהודה ליב קלישר, לחיים יוסף יפה, שהתכוון להוציא מהדורה חדשה של "דרישת ציון" בצירוף אגרות שטרם פורסמו. מהדורה זו לא יצאה לאור, אך הכתבים נותרו בידי יפה, אשר עזבונו נמסר על ידי נכדו ב-1933 לעמותת "ברית ראשונים" שהעבירה אותו לארכיון הציוני המרכזי.
שלמה קלישר הוא נכדו.
הגותו.
הרב קלישר ראה בתהליך האמנציפציה ובהתערותם של יהודים רבים בפוליטיקה ובבנקאות העולמיים אות מבשר ואפשרות לייסד מדינה יהודית. לדעתו, גאולת עם ישראל לא תבוא בבת אחת על ידי התערבות אלהית, אלא היא מורכבת מכמה שלבים ותלויה בשלביה הראשונים ברישיון האומות ובפעולה אקטיבית של עם ישראל לחזרתו לארץ ישראל.
על מנת לאפשר עלייה של ציבור רחב נדרש פיתוח חקלאי וכלכלי של הארץ, בשונה מהמצב הקיים בו ישנה הסתמכות בלעדית על כספי ה"חלוקה" שמקורם מחוץ לארץ. יתרון נוסף בפיתוח החקלאי היא האפשרות לקיום המצוות התלויות בארץ.
הרב קלישר סבר שלהקרבת קרבנות בהר הבית ישנה חשיבות גדולה בתהליך הגאולה, ולדעתו אין כל מניעה הלכתית מלהקריב קרבנות גם בזמננו. עם זאת, לאחר שראה כי רבים הם מתנגדיו בקרב גדולי ישראל בעניין חידוש עבודת הקרבנות, זנח רעיון זה, והתמקד בנושא של חשיבות מצוות יישוב ארץ ישראל.
השילוש הקדוש
השילוש הקדוש (ארמית: תְּלִיתִיוּתֶא קַדִישְׁתָּא, בכתיב סורי: ܬܠܝܬܝܘܬܐ ܩܕܝܫܬܐ; יוונית: Αγία Τριάδα, לטינית: Sancta Trinitas) הוא אמונת יסוד בנצרות אשר מתייחסת למהותו של האלוהים ולפיה, אף שקיים רק אל אחד, לאל שלוש פנים הזהות במהותן, אך כל אחת גם בעלת אישיות נבדלת ועומדת בפני עצמה – האב, האל הבן או הלוגוס האלוהי שהתגשם בבשר בישו, ורוח הקודש. השילוש הוא עקרון אמונה עליון כמעט בכל הכנסיות מאז המאה הרביעית, כשהחולקים על כך סומנו כמינים. יש כיום אך קומץ של קבוצות המגדירות את עצמן נוצריות ושוללות אותו, אם כי היתר בדרך כלל לא מקבלות אותן כלגיטימיות. השילוש מבוסס בין היתר על הכתוב בברית החדשה בספר מתי כ"ח:י"ט, . לפי הפרשנות הנוצרית האורתודוקסית, רעיון זה מופיע בבירור במקומות רבים בברית החדשה, בייחוד ברישומי ההטבלה של ישו בבשורה על פי לוקאס. עקרונות השילוש אושררו, בוררו ונוסחו על ידי הכנסייה במאה ה-4 ומאה ה-5 בתגובה לרעיונות כפירה שונים. העיסוק התאולוגי בשילוש הוסיף להעסיק את הזרמים הנוצריים השונים, בעצימות משתנה, מאז ועד ימינו.
כתבי הקודש והמסורת.
משמעותה המילולית של המלה הלטינית Trinitas היא "איחוד של שלושה". ביטוי זה איננו מופיע אפילו באחד מתוך 27 ספרים שונים של הברית החדשה ולמעשה, נראה שלא היה קיים כלל עד שטבע אותו טרטוליאנוס בתחילת המאה ה-3. אף כי טרטוליאנוס טבע אותו, הוא עצמו לא האמין ברעיון השילוש, ובעקבות כך בחרה הכנסייה שלא להעניק לו את התואר "אב הכנסייה" או קדוש. המאמינים בשילוש הקדוש מסכימים כי הניסוחים והביטויים המודרניים הם פיתוחים מאוחרים יחסית, אך הם עדיין מאמינים כי דוקטרינה זו מופיעה באופן שיטתי לאורך התנ"ך ובמקורותיה האחרים של הכנסייה הנוצרית. על-פי הנצרות, אפשר לראות זאת בפרק י"ח בבראשית, כששלושה זרים נראים אל אברהם כשהוא יושב בפתח האוהל.
נוצרים רבים מוטבלים "בשם האב, הבן ורוח הקודש" (מתי 28:19). נוצרים אחרים מוטבלים "בשם ישו" (מעשי השליחים 2:38). כך, לרוב, מתחילים החיים הנוצריים, וההבנה הנוצרית את הגאולה: בהצהרה הנוגעת לשילוש הקדוש. בהטבלת ישו, מופיע השילוש:
למאמינים בעקרון השילוש, שלוש הישויות של השילוש התגלו בבת אחת, בהקשר של ההטבלה. "זאת האמונה של טבילתנו", הצהירה המועצה הראשונה של קונסטנטינופול, "זה מלמד אותנו להאמין בשם האב, הבן ורוח הקודש. לפי אמונה זו ישנה אלוהות אחת, כוח, וקיום האב, הבן ורוח הקודש".
האלוהים.
תורת ישראל מרוממת את האמונה באחדות האל מעל לאחרות, ומקיפתו באזהרות נוקשות נגד נטישתו, ונאמנות לברית. "שמע ישראל, ה' אלוהינו, ה' אחד" (דברים ו, 4), "לא יהיה לך אלוהים אחרים על פני" (דברים ה, 6), "ראו עתה כי אני אני הוא ואין אלוהים עמדי אני אמית ואחיה מחצתי ואני ארפא ואין מידי מציל" (דברים לב, 39), "ועתה ה' אלוהינו הושיענו מידו וידעו כל ממלכות הארץ כי אתה ה' לבדך" (ישעיהו לז, 20). כל ניסוח של סעיף באמונה שאינו מתאר את אלוהים כאחד ויחיד, שמחלק את הפולחן בין אלים רבים או כזה אשר המתאר את אלוהים בא לכדי צורה ממשית שאינה הישות המופשטת של אלוהים, אינו חלק מהאמונה המוצגת בברית הישנה - התנ"ך.
עקרון אחר נמצא בברית החדשה - "... אין אֱלִיל בָּעוֹלָם וְאֵין אֱלֹהִים בִּלְתִּי אֶחָד". המאמינים מוזהרים כי האלים האחרים מהם אינם אלים כלל, אלא תחליפים שאינם שווים לאלוהים המקורי. על פי הראיה של מאמיני השילוש, התפיסה הרווחת, רואה את האב ואת ישו כשתי ישויות הפועלות באופן נפרד. ההכרזה המרכזית והמכרעת של האמונה הנוצרית היא שיש מושיע אחד, אלוהים, וגאולה אחת - בישו הנוצרי. האלוהים הזה קיים בשלוש ישויות שונות. שלוש הישויות האלוהיות שוות ונצחיות, אמנם כל אחד מהם הוא אלוהים, הבן כפוף לאב ורוח הקודש מתחת לבן. שלוש הישויות של אלוהים מצויות בהרמוניה מושלמת ומתפקדות בשיתוף פעולה.
עם זאת, מאמינים הנוצרים הקתולים שהמילה "אחד" איננה שוות משמעות למילה "יחיד", שהרי לפי הלשון העברית "אחד" ניתן לפיצול, בעוד "יחיד" איננו ניתן לפיצול. כמו כן מסתמכים הנוצרים על פסוקים ותיאורים שונים בתנ"ך בהם מתואר אלוהים ברבים או במורכבות. אחת הדוגמאות הכי בולטות היא:
יש שהתנ"ך מביא את המילה אחד במשמעות "בלבד", כפי שמובא בדברי הימים כ"ט, א': "ויאמר דוד המלך לכל הקהל שלמה בני אחד בחר בו אלהים נער ורך".
השילוש הקדוש בקרב ההטרודוקסים.
בימיה המוקדמים של הנצרות היו גישות שונות לשילוש הקדוש ולסימטריה האפשרית בין שלושת מרכיביו. שלוש התנועות ההטרודוקסיות העיקריות הן האריאניות, המונופיזיטיזם והנסטוריאניזם, שהוכרזו כולן כמינות על ידי יתר הכנסייה מאות שנים טרם הקרע בין אורתודוקסים לקתולים.
התנועות המונארכיאניסטיות.
המונארכיאניזם הייתה תפיסה תאולוגית שקינאה למונותיאיזם בנצרות והדגישה את אחדותו של האל. מתוך המונארכיאניזם צמחו שתי תנועות שונות מאוד, האדופציאניסטים והמודליסטים. תנועת האדופציאניסטים טענה כי ניתן לראות בישו אל רק במובן שכוח או השפעה של האלוהים נחו על אישיותו האנושית, כלומר אימוץ של ישו על ידי האלוהים ומכאן נגזר שמה של התנועה. התנועה המודליסטית, אשר עיקר פעילותה במאה השלישית, דבקה באדיקות בתפיסה המונותאיסטית וראתה באל ובאב דמות אחת. המודליסטים שללו את התמידיות של שלוש הישויות שבשילוש וטענו כי ההבדלים באלוהות היו ארעיים בלבד. התנועה המודליסטית ראתה את ההבדלים בתוך השילוש כצורות הבעה של האלוהות ולא כפרסונות נפרדות והכירה רק בישות אלוהית אחת אשר פועלת בזה אחר זה כיוצרת, כגואלת וכמקדשת. לפי התפיסה המודליסטית מופיע האל האב בעולם הזה כבן ולכן טענו מתנגדיהם כי פירוש הדבר שאלוהים האב סבל ומת (ומכאן נגזר שמם במערב, פטריפסיאנים, "[הדוגלים] בסבל האב".). נציגיה הבולטים של התנועה המודליסטית היו נואטוס, פרקסייאס וסבליוס (ממנו נגזר שמם במזרח, סבליאנים). התנועה המודליסטית לא הצליחה מעולם להשיג הגמוניה בעולם הנוצרי ובקונסיל ניקאה ספגה מכה ניצחת.
המינות האריאנית.
האריאניזם קרויה על שם אריוס, אשר נולד בסוף המאה השלישית. אריוס היה לובי במוצאו, גדל באנטיוכיה והפך ברבות הימים לכומר באלכסנדריה. אריוס החזיק באמונה, אשר את ניצניה ניתן למצוא עוד בראשית המאה השלישית, כי בנו של האלוהים אינו נצחי וכי האל האב יצר אותו מהאין לפני כל הדורות ככלי לשם בריאת העולם. ישו, על-פי תפיסתו של אריוס, אינו אלוהים מטבעו אלא ברוא האל ולפיכך ניתן לשינוי, הגם שבצורה שונה מכל שאר היצורים. אליבא דאריוס קיימת בתוך השילוש הירארכיה, כאשר מבין שלוש הישויות רק האב חסר ראשית וסיבה ואילו שתי הישויות האחרות נחותות מן האב, באו לעולם אחריו כתוצאה מבחירתו החופשית והן כפופות לו. אריוס סבר כי כבודו של ישו הואצל עליו על ידי אביו בשל צדיקותו החזויה מראש. גישתו של אריוס סחפה אחריה תומכים רבים, אשר לאו דווקא קיבלו את מלוא דעותיו של אריוס על השילוש. יש חוקרים הרואים בתנועה זו השפעה של פילוסופיות פגאניות ואילו אחרים רואים בה מאמץ של חלק מבני התקופה למנוע הפחתה באלוהותו המוחלטת של האל האב.
אריוס אומנם גונה על ידי הבישוף של אלכסנדריה, אלכסנדר, אולם גישתו המשיכה לסחוף אחריה אוהדים רבים ולעורר מחלוקות, עד שהקיסר קונסטנטין כינס אספה כנסייתית בניקאה בשנת 325 כדי ליישב את הוויכוח התאולוגי. מתנגדי אריוס בהנהגתו הרוחנית של אתנאסיוס, דיאקון של אלכסנדר בישוף אלכסנדריה, שתפסו את שלוש הישויות בשילוש כבו-זמניות וכזהות במהותם, יצאו וידם על העליונה. ניסוח ההצהרה של ניקאה עוצב על ידי מתנגדיו של אריוס והאריאנים הוכרזו ככופרים. האריאניזם לא חוסל בקונסיל של ניקאה ואף הצליח לגבור על מתנגדיו והפך למשך זמן מה לתפיסה המקובלת של השילוש. ניצחונה המוחלט של דוגמת השילוש האורתודוקסית הושג בקונסיל של קונסטנטינופול בשנת 381 אולם האריאניזם מצא לו תומכים חדשים בקרב השבטים הגרמניים ורק לאחר התנצרותם של הפרנקים בשנת 496 החל נעלם בהדרגה.
המינות הנסטוריאנית.