בעונת 1999/2000 התקשה לואיס אנריקה להבקיע בליגה, אך בשלב הבתים של ליגת האלופות הבקיע 6 שערים, כולל צמד במשחק בו הביסה ברצלונה את ספרטה פראג 5:0 ב-8 בדצמבר 1999. הידרדרות במערכת היחסים בין לואיס אנריקה למאמן לואי ואן חאל הביאה לכך שהמאמן הותיר את השחקן מחוץ לסגל הקבוצה למספר משחקים באוגוסט ובספטמבר, לפני שהשניים ישרו את ההדורים ביניהם. ב-10 בפברואר 2000, במשחק הראשון של רבע גמר גביע המלך, הבקיע לואיס אנריקה צמד לרשתה של אוסאסונה, והוא עזר לברצלונה להעפיל לחצי הגמר עם ניצחון בתוצאה מצטברת 6:0. במשחק ליגת האלופות נגד פורטו ב-1 במרץ נפצע לואיס אנריקה בסחוס בברכו השמאלית. בעקבותיו עבר ניתוח, שמשך ההחלמה שלו היה 3 חודשים, ולכן הוא נעדר ממשחק בשארית העונה. בלעדיו הודחה ברצלונה בחצי גמר גביע המלך על ידי אתלטיקו מדריד וחצי גמר ליגת האלופות על ידי ולנסיה, וכמו כן הגיעה למקום ה-2 בליגה, אחרי דפורטיבו לה קורוניה. עד פציעתו הבקיע לואיס אנריקה בכל המסגרות 12 שערים ב-36 הופעות, מתוכם 3 שערי ליגה ב-19 משחקים וכן 3 נוספים בגביע המלך.
שלהי הקריירה.
מנקודה זו הידרדר מצבה הספורטיבי של המועדון. נשיא המועדון התחלף, ואן חאל פוטר והוחלף על ידי לורנס סרה פרר, וחוסר היציבות במועדון ניכר בהישגי הקבוצה. ב-21 באוקטובר הבקיע לואיס אנריקה שער פעם נוספת לרשתה של קבוצתו הקודמת ריאל מדריד, במשחק בו ניצחה ברצלונה 2:0. ב-8 בנובמבר הבקיע לואיס אנריקה צמד במחזור האחרון לשלב הבתים נגד בשיקטש, ברצלונה ניצחה 5:0, שלא עזר לקבוצה להעפיל לשלב הבתים השני, ולכן היא עברה לגביע אופ"א. ב-3 בפברואר 2001 הבקיע לואיס אנריקה שלושער במשחק בו הביסה ברצלונה את אתלטיק בילבאו 7:0. בשמינית גמר גביע אופ"א נגד א.א.ק. אתונה כבש לואיס אנריקה את השער את היחיד במשחק הראשון ושלושער בגומלין, ובכך עזר לקבוצתו להעפיל לרבע הגמר עם 0–6 בסיכום שני המשחקים. ברצלונה הגיעה עד חצי גמר המפעל, שם הודחה על ידי ליברפול בתוצאה המצטברת 1:0. זמן קצר לאחר ההדחה פוטר סרה פרר והחליפו קרלס רשאק. ב-13 במאי, במשחק נגד ראיו וייקאנו, הבקיע צמד ועזר לקבוצתו לנצח 5:1. היו אלו שעריו האחרונים לעונה זו, בה סך הכול כבש 9 שערי ליגה, שער אחד בגביע המלך, 2 שערים בליגת האלופות ו-4 בגביע אופ"א. ב-27 במאי, במשחק החוץ נגד ריאל אוביידו, תקף לואיס אנריקה את אחד משחקני היריבה, על כך קיבל כרטיס אדום על ידי השופט והשעיה ל-4 משחקים על ידי ועדת המשמעת של התאחדות הכדורגל הספרדית. בעקבות כך נעדר לואיס אנריקה משני מחזוריה האחרונים של הליגה, בהם הצליחה ברצלונה לעלות מהמקום ה-5 ל-4 ברגעים האחרונים של העונה, ומשני משחקי חצי גמר גביע המלך, בהם עלתה סלטה ויגו לגמר על חשבונה של ברצלונה.
רשאק המשיך באימון הקבוצה גם בעונה הבאה, ומצבה של הקבוצה לא השתפר. בגומלין פלייאוף ההעפלה לליגת האלופות נגד ויסלה קראקוב כבש לואיס אנריקה את השער היחיד במשחק, והודות לניצחון 4:3 במשחק הראשון, העפילה ברצלונה לשלב הבתים. בשלב זה כבש בשני המשחקים נגד באייר לברקוזן וסייע לברצלונה להעפיל לשלב הבא. ב-3 באוקטובר 2001 הבקיע לואיס אנריקה צמד לרשתה של ריאל מיורקה. בסוף אוקטובר נפצע לואיס אנריקה, נעדר ממשחק לשבועיים ולכן לא השתתף בקלאסיקו ב-4 בנובמבר. זמן קצר לאחר ששב מהפציעה, במשחק ליגת האלופות נגד ליברפול, מתח את שרירי מיתר הברך ברגלו הימנית. תחילה היה צפוי לחזור בתחילת ינואר 2002, אך הוא נפצע באופן דומה בשלב האחרון של ההחלמה ולכן הושבת ממשחק עד אמצע פברואר. לאחר חזרתו מהפציעה שב לואיס אנריקה להרכב הקבוצה. הוא כבש שערים משמעותיים עבור הקבוצה בליגת האלופות: בשלב הבתים השני כבש את השער היחיד בניצחון על גלאטסראיי ב-19 במרץ ועזר לקבוצתו להעפיל לרבע הגמר. ברצלונה הפסידה 1:0 במשחק הראשון של רבע הגמר נגד פנאתינאיקוס, ללא לואיס אנריקה שהושעה עקב צבירת כרטיסים צהובים. בגומלין הבקיעה פנאתינייקוס ראשונה והגדילה את יתרונה על פני ברצלונה. לואיס אנריקה כבש צמד, והודות לשער של חבייר סביולה ניצחה 3:1 והעפילה לחצי הגמר. בחצי הגמר הדיחה ריאל מדריד את ברצלונה בתוצאה המצטברת 3:1. בליגה, מעבר לצמד שכבש נגד מיורקה, הבקיע שערים בודדים נגד ויאריאל ולאס פאלמס, וברצלונה סיימה במקום ה-4 עונה שנייה ברציפות.
לואי ואן חאל שב לאמן את הקבוצה לקראת עונת 2002/2003, ועם עזיבתו של קפטן הקבוצה סרג'י ברז'ואן, מונה לואיס אנריקה לתפקיד במקומו. בספטמבר הבקיע לואיס אנריקה בחמישה משחקים רצופים, שהחל בצמד בתיקו 2:2 עם אתלטיקו מדריד ב-1 בספטמבר והסתיים במשחק ליגת האלופות נגד גלאטסראיי ב-24 בספטמבר, במשחק בו הגיע ל-100 שערים במדי ברצלונה. באוקטובר החל לסבול מבעיות בגיד האכילס ברגלו השמאלית. תחילה נותר מחוץ לסגל למשחק אחד, שב לשחק ואף הבקיע במשחק נגד אלאבס ב-26 באוקטובר, אך לאחריו הפסיק להתאמן כדי לטפל בבעיה. בזמן שהיה פצוע כשלה ברצלונה בליגה, עד שירדה למקום ה-15. ואן חאל פוטר ורדומיר אנטיץ' התמנה לתפקיד המאמן. לואיס אנריקה שב לשחק רק בפברואר 2003, כמחליף במספר משחקים, כשבמשחק נגד אוסאסונה ב-2 במרץ כבש שער שעזר לברצלונה להשיג תיקו. במשחק הבא, נגד ריאל ואיאדוליד, נכנס כמחליף פעם נוספת, אך לפני תום המשחק נפגע בשריר הירך הדו-ראשי ברגלו השמאלית והוחלף בעצמו. כעבור חודש התאושש לואיס אנריקה מהפציעה, נכנס כמחליף בשני משחקים, ובקלאסיקו בסנטיאגו ברנבאו ב-19 באפריל פתח בהרכב ברצלונה לראשונה מזה 6 חודשים. ברצלונה ניגשה למשחק בעמדת נחיתות, שכן ברצלונה הייתה במקום ה-12 בלבד, לעומת מדריד שעמדה במקום הראשון, 24 נקודות מעל ברצלונה. לואיס אנריקה כבש את שער השוויון במשחק ועזר לקבוצתו לסיים בתיקו 1:1. עד סוף העונה סייע לברצלונה לנצח ב-5 מ-7 המשחקים שנותרו בליגה, וכך קבוצתו סיימה במקום ה-6. בסך הכול כבש 8 שערים בליגה ב-18 הופעות, לצד 2 שערים ב-8 הופעות בליגת האלופות.
עידן חדש נפתח בברצלונה בקיץ 2003 עם מינויו של המאמן ההולנדי פרנק רייקארד וצירופו של הכוכב הברזילאי רונאלדיניו. מעמדו של לואיס אנריקה, שהיה בן 33 בפתיחת העונה, דעך. לאחר שפתח בכל 7 משחקי הליגה הראשונים, החל לשמש בעיקר שחקן מחליף. ב-4 בינואר, במשחק נגד ראסינג סנטנדר בו באופן חריג היה לואיס אנריקה בהרכב, שבר את עצם הלחי ונעדר ממשחק למשך חודש. לאחר שובו מהפציעה, השתתף לואיס אנריקה ב-10 משחקים כמחליף וב-3 נוספים כשחקן הרכב. לואיס אנריקה החליט לעזוב את ברצלונה בסוף העונה, ולכן משחק הבית האחרון לעונה זו, מול ראסינג סטנאנדר ב-16 במאי, היה משחק הפרידה ממנו. הוא פתח בהרכב, וכשהוחלף עמד והריע הקהל בקאמפ נואו לכבודו. בסך הכול בעונה זו פתח ב-10 משחקי ליגה, נכנס כמחליף ב-14 נוספים וכבש 3 שערים.
ב-10 באוגוסט 2004 החליט לפרוש באופן סופי מכדורגל, בגיל 34. בתקופתו בברצלונה השתתף ב-300 משחקים רשמיים, בהם כבש 109 פעמים. בכל הקריירה שלו בליגה הספרדית, כבש לואיס אנריקה 102 שערים ב-400 משחקים.
קריירת נבחרות.
תחילת הדרך.
לואיס אנריקה השתתף עם נבחרת ספרד הצעירה במוקדמות אליפות אירופה לנוער 1992. בסוף 1990 ובתחילת 1991 הוא שיחק ב-4 משחקים בשלב המוקדמות ובמשחק ידידות נוסף, ונבחרתו סיימה במקום ה-3 בביתה ולא העפילה לטורניר הגמר.
ב-17 באפריל 1991 ערך לואיס אנריקה את הופעת הבכורה בנבחרת ספרד הבוגרת במשחק ידידות נגד , כשנכנס כמחליף במחצית השנייה, תחת המאמן לואיס סוארס. לואיס אנריקה לא שותף באף משחק במוקדמות יורו 1992, ונבחרתו כשלה להעפיל לטורניר הגמר.
לואיס אנריקה היה בסגל הנבחרת האולימפית באולימפיאדת ברצלונה שנערכה בקיץ 1992. במשחק הראשון בשלב הבתים נגד כבש לואיס אנריקה את שערה הרביעי של נבחרתו, שניצחה 4:0. הוא פתח בהרכב הנבחרת גם ביתר חמשת משחקיה באולימפיאדה בדרכה לזכייה במדליית זהב, אחרי שניצחה במשחק הגמר את בתוצאה 3:2.
1994–1998: עם קלמנטה.
לואיס אנריקה החל להיות משמעותי במדי הנבחרת במהלך מוקדמות מונדיאל 1994, תחת המאמן חאבייר קלמנטה. המשחק הרשמי הראשון בו שותף היה במשחק המוקדמות נגד ב-13 באוקטובר 1993. הוא עלה כמחליף במשחק זה ובמחזור הבא במוקדמות, נגד , בשניהם ניצחה נבחרתו, והיא העפילה לטורניר הגמר, שנערך בארצות הברית. לואיס אנריקה נכלל בסגל הנבחרת ופתח בשני המשחקים הראשונים בשלב הבתים, נגד ו, שהסתיימו בתוצאות תיקו. במשחק השלישי לא שותף, נבחרתו ניצחה ועלה לשמינית הגמר. בשמינית הגמר נגד , ב-2 ביולי 1994, הבקיע לואיס אנריקה שער ראשון במדי הנבחרת. היה זה השני מבין שלושת שערי נבחרתו, שניצחה 3:0 ועלתה לרבע הגמר. גם ברבע הגמר נגד פתח בהרכב. במהלך המשחק פגע מאורו טאסוטי האיטלקי בפניו של לואיס אנריקה עם מרפקו ובכך שבר את אפו. השופט לא התייחס למאורע, כשלפי חוקי המשחק הייתה צריכה להיפסק בעיטת עונשין לזכות ספרד. אף על פי כן, לאחר המשחק הושעה טאסוטי על ידי פיפ"א לשמונה משחקים. איטליה ניצחה 2:1 במשחק והדיחה את ספרד מהמונדיאל.