במסגרת מאמצי ההעפלה בזמן מלחמת העולם השנייה נרכשו על ידי גורמים פרטיים שלוש ספינות יווניות ישנות (ששימשו במקור להובלת בקר) שנשאו את השמות "פסיפיק", "מילוס" ו"אטלנטיק". הספינות שופצו במשך חודשים רבים במטרה להכשירן לשאת אלפי מעפילים מאירופה אל חופי ארץ ישראל. בסופו של דבר, עלו על שלוש האוניות כ-3,600 פליטים יהודים מגרמניה, צ'כוסלובקיה, אוסטריה, בולגריה ודנציג. הנאצים, שכבר שלטו במדינות אלו, סייעו ליוזמת העפלה זו על ידי ברטולד שטורפר, יהודי מתבולל, אשר מונה על ידי ראש האגף היהודי בגסטאפו, אדולף אייכמן, כאחראי ליציאת היהודים מארצות הרייך הגרמני אל ארץ ישראל.
שלוש האוניות הפליגו מנמל טולצ'אה שברומניה והגיעו לאחר מסע בתנאים קשים, במהלכה מתו מספר מעפילים, לנמל חיפה. ב-1 בנובמבר 1940 הגיעה ה"פסיפיק", ושלושה ימים מאוחר יותר הגיעה גם ה"מילוס", אל מפרץ חיפה, ושם נעצרו על ידי ספינות בריטיות.
פאטריה.
"פאטריה" הייתה במקור אוניית נוסעים צרפתית בעלת נפח של 12,000 טון שנבנתה בשנת 1913. היא פעלה בקו מרסיי-חיפה והוחרמה על ידי הבריטים לאחר כניעת הצרפתים לגרמנים והוחזקה בנמל חיפה. האונייה הייתה במצב טוב והבריטים החליטו להשתמש בה כאוניית גירוש ולהגלות את מעפילי שלוש הספינות למאוריציוס המרוחקת. צעד זה נעשה על מנת להבהיר את נחרצות המנדט הבריטי למאבק בעלייה הבלתי-לגאלית; זאת, לאחר שהמעפילים במספר ספינות שקדמו להגעת הספינות הללו הורשו להישאר בארץ ישראל אף על פי שלא החזיקו בסרטיפיקטים.
ב-4 בנובמבר הועלו 1,771 נוסעי ה"פסיפיק" וה"מילוס" על ה"פאטריה", ויחד איתם היו גם 230 שוטרים, חיילים ואנשי צוות בריטים, שהועלו על האונייה כדי למנוע התארגנות של המעפילים וקשר עם החוף.
בינתיים החלה פעילות מדינית נמרצת שנועדה להניא את הבריטים מתוכניתם לגרש את המעפילים למאוריציוס, והפלגת ה"פאטריה" התעכבה. לאחר שכל מאמצי ההנהגה הציונית נכשלו ולאחר שב-24 בנובמבר הגיעה ונעצרה גם האונייה השלישית – ה"אטלנטיק", ש-130 מנוסעיה הועלו גם הם על ה"פאטריה" – החליטו ראשי "ההגנה" לחבל באונייה על מנת לעכב את הגירוש.
טיבוע האונייה.
עם תחילת מלחמת העולם השנייה העדיפו המוסדות הציוניים לשתף פעולה עם הבריטים ולהמעיט בעלייה בלתי-לגאלית (על-פי נוסחתו של בן-גוריון, שאומצה: "מלחמה בהיטלר כאילו אין ספר לבן, ומלחמה בספר הלבן כאילו אין מלחמה בהיטלר"); זאת, כדי לא לפגוע במאמץ המלחמתי הבריטי, ומתוך מטרה לזכות בתמיכה בריטית במאבק שהתחולל מול הערבים על שטחי ארץ ישראל. פעולת חבלה באונייה בריטית נחשבה באותו זמן כצעד חריג. למרות זאת, קיבלה הפעולה את אישור המוסדות. בן-גוריון שהה בחוץ לארץ באותה עת, וראשי "ההגנה" קיבלו את אישורו של משה שרתוק לפעולה.
האחריות לביצוע משימת החבלה באונייה הוטלה על שאול מאירוב, מפקד המוסד לעלייה ב'. את הפעולה ביצעה יחידה לפעולות מיוחדות של ההגנה בראשותו של יצחק שדה. מאיר (מוניה) מרדור, איש היחידה, עלה לאונייה בכיסוי של טכנאי שבא לתקן את תנור האפייה שהתקלקל, ומסר לאנשי תנועת "החלוץ" שהיו על ה"פאטריה" מטען חבלה במשקל של ק"ג אחד, שנועד לפעור חור קטן באחת מדפנות האונייה. "הנהגת" האונייה שקלה את הדבר והחליטה להפעיל את מטען החבלה מתוך אמונה כי לא נשקפת לנוסעים סכנה. לימים היו שהעידו שהזהירו שמסוכן להניח את הפצצה בדופן ולא ליד המכונות, אך לא שעו לאזהרותיהם.
בבוקר ה-25 בנובמבר הופעל מטען החבלה, כאשר חלק גדול מהמעפילים ידעו על כך והיו מוכנים לקפיצה לים. הדף המטען, שתוכנן ליצור חור קטן בדופן, קרע את כל לוח הפלדה של דופן האונייה. החור הגדול שנפער בספינה גרם לשקיעתה על צִדהּ בתוך כרבע שעה בלבד; חלק מהנוסעים נלכדו וטבעו בתאים שבספינה, וחלקם טבעו בעת שניסו להימלט מהאונייה הטובעת ולשחות אל החוף ואל הספינות והסירות שבאו לעזרת הניצולים.
בעיתון "הבקר" הובאה עדות של אחות ששהתה בפאטריה בעת הפיצוץ:
מאות פצועים הועברו לבית החולים רמב"ם – חלקם ישירות לשלושת חדרי הניתוח אשר פעלו ללא הרף במשך 24 שעות. באחד הבניינים שבמחנה המעצר בעתלית הוקמה שלוחה של בית החולים ובה טיפלו בפצועים הקלים. הניצולים מהאונייה הועברו למחנה המעצר בעתלית יחד עם שאר מעפילי ה"אטלנטיק".
הנספים.
מיד לאחר האסון הודיעה הממשלה הבריטית את ההודעה הבאה על מספר הנספים: על הפאטריה היו 1903 מעפילים, 1555 הגיעו למחנה הסגר, 34 נאסרו, 25 מאושפזים בבתי חולים, 13 ברחו מבית החולים, 22 נהרגו, ו-254 נעדרים. בנוסף לכך, שני שוטרים נעדרים. בתחילה הייתה הנחה ותקווה שרבים מהנעדרים עלו לחוף וברחו לתוך היישוב היהודי כדי לא להכלא על ידי שלטונות המנדט. אולם השלטונות שלחו צוללנים לסרוק את הפאטריה ועם התמשכות עבודתם נמצא שרובם הגדול של הנעדרים נספו. מלאכת משיית הגופות נמשכה בהפסקות במשך חודשים רבים וכותרות העיתונים דווחו מדי יום על מספר הגוויות שנמשו מהאנייה. הנספים נקברו כל פעם בהלוויה סמוך למשייתם מהמים, לעיתים בהלוויה קטנה בה השתתפו רק אנשי החברה קדישא. 19 מהנספים נקברו כאלמונים.
בעת כתיבת הדו"ח של ועדת החקירה, בסוף ינואר 1941, עמד מספר הנספים על 156 ומספר הנעדרים היה 112. ב-28 במאי 1941 הגיע מספר הנספים ל-200 ובאוקטובר 1941 הגיע מספר הנספים שנמשו מהאנייה ל-208. בנוסף אליהם נפטרו 14 ניצולים במחנה המעצר בעתלית. 221 מהנספים הובאו לקבורה בבית הקברות חוף הכרמל בחיפה. בסיכום שפורסם ב-17 באוגוסט נכתב שנותרו 52 נעדרים.
מספרים שונים נתנו לגבי הסך הכולל של הנספים באסון. בדו"ח לוועדת החקירה של האו"ם ציינה ממשלת המנדט את המספר 252. בעשור לאסון ציין חרות את מספר הנספים כ-276. ב"אלבום העולים" שהוצאה על ידי הסוכנות היהודית ניתן מספר הנספים כ-257 מן המעפילים. תום שגב כותב שהאסון "עלה בחייהם של קרוב ל-300 מהעולים". בכתבה במעריב במלאת 45 שנים לאסון נכתב שנספו כ-250 מעפילים אך המספר המדויק לא ידוע.
בנוסף למעפילים, מתו שני שוטרים באסון. בעיתונות הובא שאנשי הצוות "הצליחו להציל את עצמם בעוד מועד" למעט איש צוות ערבי אחד שנפצע.
הרופאה הד"ר שולמית פרגר הנשואה ליוסף פרגר (לבית בדט) התנדבה לטהר את הגופות ולהביאן לקבורה חרף הקושי הפיסי והנפשי.
ועדת חקירה.
ב-8 בדצמבר 1940 מינה הנציב העליון ועדת חקירה בהשתתפות השופט אלן רוז, הבריגדיר-גנרל א. ג. מק-נייל וקצין הצי ג. ל. אדוארדס, לבירור הסיבות לטביעת פאטריה, לבדיקת האמצעים לשמירה על הפאטריה לפני האסון והמאמצים שנעשו להצלת הנמצאים באונייה. הוועדה התכנסה לישיבתה הראשונה ב-11 בדצמבר 1940 בבניין מיקאטי ברחוב המלכים בחיפה. ישיבות הוועדה היו סגורות לקהל. הוועדה שמעה עדויות של 56 עדים עד 27 בינואר 1941 וב-31 בינואר 1941 הגישה את מסקנותיה לנציב העליון. המסקנות שפורסמו באמצע מרץ 1941 קבעו שהפאטריה טובעה בגלל מעשה חבלה וכי האמצעים שנקטו השלטונות לפני ואחרי האסון היו ראויים. הוועדה הגיעה למסקנה שמדובר בחבלה של מתנגדי גירוש העולים לאור עדות של צוללן שבחן את הנזק ולאור היקף הנזק. כן קיבלה הוועדה עדויות שהנמצאים על האנייה קיבלו הוראות להתכונן לקפוץ למים זמן קצר לפני הפיצוץ. הוועדה סיימה את דבריה בהבעת התמרמרות על המעשה שגרם למותם של לפחות 156 אנשים (שהיה מספר הגופות שנמצאו עד כתיבת דו"ח הוועדה) ולאובדן ספינה חשובה לבריטניה.
תגובות.
פרשת הפאטריה יצרה הד גדול ביישוב העברי. בתחילה נפלה האשמה על האצ"ל, וכן נפוצו שמועות על התאבדות מתוך יאוש או על סוכנים נאציים שביצעו פעולת חבלה; אולם עד מהרה התברר שהפעולה נעשתה על ידי הנהגת היישוב כצעד של מחאה נגד כל ניסיון לעצור את העלייה, ונציגים בולטים, בהם כצנלסון הכריזו על המעפילים כעל "קורבנות המאבק לעלייה" ועל המעשה כמעשה ציוני גדול.
רבים הבינו כי איום רב נשקף ליהדות אירופה מגרמניה הנאצית, והזדהו עם מאבקם של המעפילים להגיע אל חופי הארץ ולהתיישב בה. אולם הציבור היהודי הזדעזע ממספר הקורבנות הרב שטבעו ממש מול חופי הארץ, והפרשה פגעה מוראלית בתנועת ההעפלה.
דמויות מרכזיות בהנהגת היישוב טענו לחוסר אחריות של הנהגת "ההגנה", שלא התייעצה עם ההסתדרות הציונית ועם הסוכנות לפני ביצוע הפעולה. בהמשך, הסבירו אנשי ההגנה שהפאטריה הייתה חלשה מן המצופה ועל כן נפגעה באופן חמור בהרבה מהמצופה. אולם היו שטענו שמדובר באגדה, ושלהגנה לא היה כל אפשרות לדעת את מצבה של הפאטריה אחרי הפיצוץ.
בימין האשימו את ההגנה ב"חוסר אחריות נפשעת". היה אף מי שטען שהוא שמע על הכוונה לבצע את הפיצוץ מספר ימים לפני האירוע והזהיר את בן שיחו מהתוצאות. יחד עם זאת, היו בימין שהאשימו את השלטונות הבריטיים באסון.
ב-2 בדצמבר 1940 התפרסם בעיתון "הפועל הצעיר" מאמר בשם "קבר האחים החדש", שהתייחס באופן עוין מאוד לפעולת פאטריה.
במועצת ההסתדרות שנערכה ב-9 בדצמבר בכפר סבא, אמר ברל כצנלסון כי ייתכן שהאירוע היה נמנע, אילו ההתנגדות לגירוש הייתה מתבצעת מוקדם יותר, וטען: "הנכונות להסתכן, יש שהיא מצילה מסכנות!".