במאה ה-15 הוקמו משרד התחמושת ומשרד הנשקיה, והחליפו את המלתחה המלכותית במילוי החובות הכרוכות בטיפול בארסנל ובחפצי הערך של המונרך. מאחר שעד ל-1661 לא היה צבא סדיר באנגליה, חשיבותם של כלי הנשק המלכותיים במצודה הייתה היותם בסיס מקצועי לאספקת אמצעים וציוד בעיתות מלחמה. שני הגופים שכנו במצודה לכל הפחות מאז 1554, ועברו למיקום בתוך החלק הפנימי של המצודה. המתחים הפוליטיים בין צ'ארלס הראשון והפרלמנט ברבע השני של המאה ה-17 הובילו לניסיון של כוחות מלוכניים הנאמנים למלך להבטיח את השליטה במצודה ובחפצי הערך שבה, כולל הכסף וכלי הנשק. מיליציה לונדונית מאומנת הוצבה במצודה ב-1640. תוכניות להגנת המצודה הוכנו, ועמדות ירי נבנו על מנת להכין את המצודה למלחמה. הכנות אלה מעולם לא נבחנו במציאות. ב-1642 ניסה צ'ארלס הראשון לעצור חמישה חברי פרלמנט. כאשר הם נסו מלונדון הגיב הפרלמנט באמצעות הדחת סר ג'ון ביירון, מפקד המצודה. המיליציה החליפה צדדים, וכעת תמכה בפרלמנט; ביחד עם אזרחי לונדון הם חסמו את הגישה למצודה. לאחר שקיבל לכך היתר מהמלך ויתר ביירון על השליטה במצודה. הפרלמנט החליף את ביירון באחד מהפרלמנטרים, סיר ג'ון קוניירס. המצודה הייתה נתונה לשליטתו המלאה של הפרלמנט עם פריצת מלחמת האזרחים האנגלית בנובמבר 1642.
המלך האחרון שקיים את מסורת הצעידה מהמצודה למנזר וסטמינסטר בעת הכתרתו היה צ'ארלס השני ב-1660. באותה תקופה היו המגורים במצודה במצב כה גרוע עד כדי כך שהוא לא לן בה בלילה שלפני הכתרתו. בתקופת בית סטיוארט נבנו מחדש מבני המצודה, בעיקר תחת פיקוחו של משרד התחמושת. ב-1663 הוצאו למעלה מ-4,000 לירות שטרלינג על בניית מחסני אבן חדשים, הידועים כנשקיות החדשות, בחלק הפנימי. במאה ה-17 נהגו מספר תוכניות לחזק את ביצורי המצודה בסגנון מבצר כוכב, אך הן מעולם לא יצאו לפועל. אף על פי שמתקני חיל המצב שופרו עם הוספתם של המגורים הייעודיים הראשונים לחיילים ("הקסרקטין האירי") ב-1670, המגורים האחרים נותרו במצב גרוע.
כאשר עלתה שושלת הנובר לשלטון היה מצבה לא ידוע, והיה חשש ממרד של הסקוטים. לאור זאת תוקנו בעיות במצודה. עמדות התותחים שנבנו בתקופת בית סטיוארט התפוררו. מספר התותחים במצודה פחת מ-118 ל-45, ואף נטען כי המצודה לא תוכל להחזיק מעמד אפילו 24 שעות מול צבא שמוכן למצור. העבודות על הביצורים לאורך רוב המאה ה-18 היו ספורדיות ומקוטעות, אם כי ב-1774 נבנתה כניסה חדשה בקיר הדרומי, כך שניתן היה להגיע מהמזח אל החלק החיצוני. החפיר שהקיף את המצודה התמלא בסחף מאז שנחפר לראשונה, למרות ניסיונות לנקות אותו. היה זה חלק חשוב בהגנות המצודה, כך שב-1830 החליט מפקד המצודה, ארתור ולסלי, הדוכס הראשון מוולינגטון, על מבצע בקנה מידה גדול לניקוי מטרים אחדים של סחף. גם מבצע זה לא מנע את הפצת המחלות בקרב חיל המצב של המצודה ב-1841, שנגרמה על ידי מים באיכות נמוכה, והובילה אף למספר מקרי מוות. על מנת למנוע מהחפיר המתמלא לגרום לבעיות בריאות נוספות, נקבע כי החפיר ירוקן ממים וימולא באדמה. העבודות החלו ב-1843, והושלמו ברובן כעבור שנתיים. בניית קסרקטין ווטרלו בחלק הפנימי החלה ב-1845, כאשר הדוכס מוולינגטון הניח את אבן הפינה. הבניין היה בעל תכולה של 1,000 אנשים; באותה תקופה הוקמו מגורי קצינים צפונית-מזרחית למגדל הלבן. הבניין משמש כיום כמשכנו של רגימנט הרובאים המלכותיים. הפופולריות של התנועה הצ'ארטיסטית בין 1828 ל-1959 הובילה לחזק את המצודה פעם נוספת, וזאת במקרה של מתיחות עם האזרחים. הייתה זו התוכנית המשמעותית האחרונה לחיזוק המצודה. רוב המבנים והמתקנים הקשורים לשימוש בארטילריה ועדיין קיימים מתוארכים לתקופה זו.
11 אנשים (לרבות קרל הנס לודי) שהורשעו בעבירות ריגול נשפטו במצודה והוצאו בה להורג באמצעות כיתת יורים במהלך מלחמת העולם הראשונה. במהלך מלחמת העולם השנייה חזרה המצודה למלא את התפקיד של בית כלא לשבויים. אחד מהאסירים הידועים ביותר שהוחזק במצודה בתקופה זו היה רודולף הס, סגנו של אדולף היטלר, ששהה במצודה למשך כארבעה ימים ב-1941. הוא היה האסיר האחרון של המדינה שהוחזק במצודה. האדם האחרון שהוצא להורג במצודה היה המרגל הגרמני יוזף יאקובס, שהוצא להורג באמצעות כיתת יורים ב-14 באוגוסט 1941. ההוצאות להורג באשמת ריגול בזמן המלחמות נערכו במטווח טרומי שניצב בחלק החיצוני של המצודה ונהרס ב-1969.
שיקום ותיירות.
במהלך המאה ה-18 והמאה ה-19 הותאמו המבנים המלכותיים לשימושים שונים, ובהדרגה נהרסו. רק מגדל וייקפילד ומגדל סנט תומאס שרדו. במאה ה-18 התגברה ההתעניינות בהיסטוריה האנגלית של ימי הביניים. אחת מהתוצאות של מגמה זו הייתה התפתחותו של סגנון האדריכלות "התחייה הגותית". דבר זה בא לידי ביטוי באדריכלות המצודה עם בנייתה של נשקיית "ניו הורס" (New Horse) ב-1825, שהוקמה בחזית הדרומית של המגדל הלבן. הנשקייה הייתה מאופיינת באלמנטים מסגנון התחייה הגותית כגון שיני חומה. מבנים אחרים עוצבו מחדש על מנת להתאים את הסגנון האדריכלי שבו הם נבנו. בין 1845 ל-1885 הוצאו מהמצודה מוסדות כגון המטבעה המלכותית, ועברו לאתרים אחרים; חלק ניכר מהמבנים שהוקמו לאחר ימי הביניים ונותרו ריקים נהרסו. ב-1855 החל משרד המלחמה הבריטי לטפל בנושא ייצור ואחסנת כלי נשק, וירש את משרד התחמושת שבהדרגה הלך והתפנה מהמצודה. באותה תקופה החלה גם התעניינות גדולה יותר בהיסטוריה של המצודה.
ההתעניינות הציבורית הוזנה על ידי כותבים בני אותה תקופה, כגון ויליאם הריסון איינסוורת' שכתב את הרומן "מצודת לונדון" ובו תיאור מפורט של חדרי עינויים תת-קרקעיים ומכשירים להוצאת הודאות. להריסון היה תפקיד נוסף בהיסטוריה של המגדל, כיוון שהוא היה זה שהציע לפתוח את מגדל בושאמפ לציבור כך שניתן יהיה להתבונן בכתובות שהותירו בו אסירים מהמאה ה-16 והמאה ה-17. לאור הצעתו של הריסון שיפץ האדריכל אנתוני סאלווין את המצודה, ולבקשתו של הנסיך אלברט (בעלה של המלכה ויקטוריה) עמד בראש תוכנית לשחזור מקיף של המצודה. את מקומו של סאלווין ירש האדריכל ג'ון טיילור. כאשר טיילור לא היה מרוצה מהשחזור לסגנון הימי-ביניימי הוא הסיר את החלק המדובר; כתוצאה מכך נהרסו חלק מהמבנים החשובים בתוך המצודה, וחלק מהקישוטים שנוצרו לאחר ימי הביניים הוסרו.
רק פצצה אחת פגעה במצודה במהלך מלחמת העולם הראשונה, ואף היא נחתה בחפיר ולא גרמה לנזק. בניגוד לכך, מלחמת העולם השנייה השפיעה בצורה יותר משמעותית על המצודה. ב-23 בספטמבר 1940, במהלך "הבליץ", פגעו במצודה פצצות אחדות, הרסו מספר מבנים ואך בקושי החטיאו את המגדל הלבן. לאחר המלחמה תוקנו הנזקים והמצודה נפתחה לציבור הרחב.
המצודה הפכה לאחת האטרקציות התיירותיות הבולטות ביותר של לונדון. היא הייתה יעד תיירותי לפחות מאז העידן האליזבתני, כאשר הייתה אחד מהאתרים הלונדוניים שעליהם כתבו תיירים זרים. בין האטרקציות הפופולריות ביותר של המצודה היו גן החיות המלכותי ותצוגות כלי הנשק והשריון של הנשקייה המלכותית. תכשיטי הכתר זכו גם כן להתעניינות רבה, ומאז 1669 הם מוצגים לציבור הרחב. המצודה צברה פופולריות רבה בקרב תיירים לאורך כל המאה ה-19, אף על פי שהדוכס מוולינגטון התנגד למבקרים. מספר התיירים גדל בהתמדה עד שב-1851 הוקם לראשונה משרד למכירת כרטיסים. לקראת סיום המאה כבר ביקרו במצודה כחצי מיליון תיירים בכל שנה.
במהלך המאה ה-20 היה תפקידה העיקרי של המצודה אתר תיירות, והפעילות הצבאית שנותרה בה הועברה למקומות אחרים במחצית השנייה של המאה. אולם, המצודה היא עדיין מקום משכנה של המפקדה הטקסית של רגימנט הרובאים המלכותי, וכן למוזיאון המוקדש לו ולגוף שקדם לו - הרובאים המלכותיים. כמו כן, חלק מהיחידה המרכיבה את משמר המלכה בארמון בקינגהאם עדיין עולה לשמירה במצודה, וביחד עם היאומן וורדרס היא נוטלת חלק בכל יום בטקס המפתחות. במועדים אחדים לאורך השנה נורים מטחי כבוד מהמצודה על ידי חברת הארטילריה המכובדת, המורכבים מ-62 יריות באירועים מלכותיים ומ-41 יריות במקרים אחרים. ב-1974 התפוצצה פצצה בחדר המרגמה שבמגדל הלבן, וכתוצאה מכך נהרג אדם אחד ו-35 נפצעו. אף גוף לא לקח את האחריות על הפיצוץ, אך המשטרה חשדה כי גורמים ב-IRA היו מעורבים בו.
כיום מנוהלת המצודה על ידי קרן צדקה עצמאית, "הארמונות המלכותיים ההיסטוריים", שאינה מקבלת מימון כלשהו מממשלת בריטניה או מהכתר. ב-1988 הוספה המצודה לרשימת אתרי המורשת העולמית, כהכרה בחשיבותה הבינלאומית ועל מנת לסייע בהגנה על האתר. אולם, עבודות אחרות באזור המצודה, כגון בנייתם של מספר גורדי שחקים, כמעט וגרמו להוספתה לרשימת אתרי המורשת העולמית שבסיכון. שרידי הארמון הימי-ביניימי פתוחים לציבור מאז 2006. המבקרים יכולים לבקר בחדרים ששוחזרו לימי הזוהר שלהם, בהם שימשו מלכים ומלכות. אף על פי שתפקידו של מפקד המצודה הוא עדיין הבכיר ביותר במצודה, האחריות על הניהול היומיומי הועברה לאדם שתפקידו מוגדר כ"המושל התושב של מצודת לונדון ושומר בית התכשיטים". עד 1996 שכנו הנשקייה המלכותית (הממלכה המאוחדת) ותצוגות הנשק והשריון שלה במצודת לונדון. תצוגת השריונות וכלי הנשק מימי הביניים רוכזה בעיקר במגדל הלבן. ב-1996 הועברו רוב כלי הנשק והשריונות למוזיאון הנשקייה המלכותית בלידס, והתותחים לפורט נלסון. כיום יש מספר שריונות וכלי נשק מימי הביניים במגדל הלבן, בעיקר כאלה שקשורים למשפחת המלוכה ולהיסטוריה של המצודה, וכן מוצגים אינטראקטיביים לילדים.