שרידי הצבא הפרוטסטנטי, בהנהגתו של מנספלד, עוד ניסו לנוע מערבה במטרה לחבור עם הצבא ההולנדי. ואולם צבאו של טילי קטע את נתיב התקדמותם, וב-6 באוגוסט 1623, נפגשו הצבאות בסטדלון (Stadlohn). כשני שלישים מצבאו של מנספלד, אשר מנה קרוב ל-21,000 חיילים, אבדו בקרב. ללא אספקה, כח אדם והון זמין, פיזר מנספלד את צבאו בשנת 1624.
ההתערבות הדנית (1625–1629).
השלב הדני של המלחמה נפתח כאשר מלכה הלותרני של דנמרק, כריסטיאן הרביעי (1577–1648), שיגר חיל משלוח דני כדי לסייע לפרוטסטנטים המובסים בגרמניה נגד האימפריה הרומית הקדושה, כמכת נגד בטרם תנסה האחרונה לאיים על ריבונותה של דנמרק כממלכה פרוטסטנטית. תחת שרביטו של כריסטיאן נהנתה ממלכת דנמרק מיציבות רבה ומעושר כלכלי שאין שני לו באירופה כולה, דבר שסייע לה לבנות כוח צבאי איתן. בנוסף, הקרדינל רישלייה, השר הראשי בממשלתו של מלך צרפת, לואי השלושה עשר, היה נכון – מטעמיו הוא – לממן פלישה דנית לנסיכויות גרמניה. כוח הפלישה הדני שבראשו עמד כריסטיאן הורכב מכ-20,000 שכירי חרב, ומומן כמעט כולו מהונו הפרטי.
על מנת לבלום את המלך הדני, שכר הקיסר פרדיננד השני את שירותיו הצבאיים של אלברכט פון ולנשטיין, בנו הלא חוקי של אציל בוהמי עשיר שעלה לגדולה כ"קבלן צבאי". וולנשטיין הסכים להעמיד את צבאו, אשר מנה בין 30,000 ל-100,000 חיילים, לרשות הקיסר, בתמורה לזכות לבזוז את השטחים שיכבוש. כריסטיאן, שלא ידע כלל על קיומם של וולנשטיין וצבאו בעת הפלישה, נאלץ לסגת במהרה לפני שישמידו הוא וטילי את צבאו. מזלו של כריסטיאן אתרע בשנית כאשר כל בעלי בריתו הפוטנציאליים סירבו לעמוד לצדו: צרפת ואנגליה היו בעיצומן של מלחמות אזרחים, שוודיה לחמה לחיים ולמוות בפולין, ונסיכויות ברנדנבורג וסקסוניה לא הסכימו להפר את השקט במזרח גרמניה. בסופו של דבר השיג צבאו של טילי את הצבא הדני בשנת 1626, והכה בו בקרב לותר.
צבאו של ולנשטיין התקדם צפונה וכבש את נסיכויות מקלנבורג, פומרניה ובסופו של דבר גם את יוטלנד עצמה. עם זאת, היעדר צי מנע ממנו לכבוש את הבירה הדנית באי זילנד. הוא צר על שטרלזונד, נמל האויב היחיד לחופי הים הבלטי שבו ניתן היה להקים צי שיאפשר כיבוש האיים הדניים, אך נכשל במשימתו זו. הקיסר עצמו הבין כי מימון צבאו של וולנשטיין איננו נבון כלכלית, במיוחד לאור הרווחים שניתן היה להשיג מהמלחמה עם דנמרק. לכן, בשנת 1629 נחתם הסכם ליבק, שבו ויתר כריסטיאן הרביעי על תמיכתו בפרוטסטנטים בגרמניה על מנת לשמור על ריבונותה של דנמרק.
המלחמה יכולה הייתה להסתיים בשלב זה, אלמלא דחקה הליגה הקתולית בפרדיננד השני להשיב לחזקת הכנסייה נכסים לותרניים, שעל פי שלום אאוגסבורג בעליה החוקיים היה האפיפיור. מדובר היה בשתי ארכיבישופויות, שש-עשרה בישופויות ומאות מנזרים.
ההתערבות השוודית (1630–1635).
ב-1630 נחלץ מלך שוודיה, גוסטבוס אדולפוס, לעזרת הפרוטסטנטים בגרמניה. כמו כריסטיאן הרביעי, אדולפוס ביקש למגר את התוקפנות הקתולית נגד אדמותיהם וכן לזכות בהשפעה כלכלית בנסיכויות הגרמניות השוכנות על חופי הים הבלטי. בנוסף, בדומה למלך הדני, זכה אדולפוס למימונו הנדיב של הקרדינל רישלייה הצרפתי, ואף של גורמים בחצר ההולנדית. פרדיננד, שפיטר באותה שנה את אלברכט פון ולנשטיין מטעמים פוליטיים (חשד כי וולנשטיין מנסה לנגוס בעוצמתו הפוליטית), נאלץ להזעיקו בשנית שנתיים אחר כך. בין השנים 1630 ו-1634 נחלו השוודים שורת ניצחונות נגד האימפריה הרומית הקדושה, דחקו את רגלי הקתולים והשיבו שטחים רבים לחזקה פרוטסטנטית.
ללא צבאו של וולנשטיין, נשען הקיסר בעיקר על תמיכת צבא הליגה הקתולית בפיקודו של טילי. ואולם בקרב ברייטנפלד, שנערך ב-17 בספטמבר 1631, הביס אדולפוס את הצבא הקתולי. שנה אחר כך נפגשו הניצים בשנית, והפעם נהרג הגנרל טילי בקרב (1632). עם מותו של טילי, נדרש פרדיננד השני לפנות בלית ברירה לוולנשטיין ולצבאו הגדול. וולנשטיין ואדולפוס נפגשו בקרב ליצן (1632), שהסתיים בניצחון השוודים, אם כי המלך השוודי עצמו נהרג באותו קרב. שנתיים אחר כך נוצחו הפרוטסטנטים בקרב נורדלינגן (1634).
חשדותיו של פרדיננד השני בכוונותיו של וולנשטיין שבו ועלו בשנת 1633, כאשר וולנשטיין ניסה לתווך בין הקתולים והפרוטסטנטים הלוחמים. פרדיננד חשש, ככל הנראה, כי וולנשטיין מתכוון לערוק לטובת הצד הפרוטסטנטי, ולפיכך הדיחו מהפיקוד וציווה לעוצרו בחשד לבגידה. בסופו של דבר נרצח וולנשטיין ב-25 בפברואר 1634, על ידי אחד מחייליו, סרן דברה (Devereux), בעודו מנסה ליצור קשר עם השוודים בעיירה הגרמנית אגר (Eger).
משא ומתן בין השוודים לקתולים נפתח כעבור מספר חודשים. השלב השוודי של המלחמה הגיע לקיצו הרשמי עם החתימה על שלום פראג (1635), אשר
מוצלח ככל שיהיה, חוזה השלום לא היה לשביעות רצונם של הצרפתים, כיוון שההבסבורגים נותרו חזקים מאוד. הדבר הוביל לשלב האחרון של מלחמת שלושים השנים, השלב הצרפתי.
ההתערבות הצרפתית (1635–1648).
אף שהייתה ממלכה קתולית, רחשה צרפת יריבות היסטורית עזה כלפי האימפריה הרומית הקדושה וספרד, ועתה נכנסה למלחמה כבעלת בריתם של הפרוטסטנטים. הקרדינל רישלייה, השר הראשי בממשלתו של לואי השלושה עשר, הניח כי ההבסבורגים עודם חזקים יתר על המידה, כיוון שהחזיקו במספר שטחים בגבולה המזרחי של צרפת ונהנו מהשפעה רבה בארצות השפלה.
לפיכך, הכריזו הצרפתים מלחמה על האימפריה הרומית הקדושה, והתייצבו לצד שוודיה וההולנדים. בתגובה, פלשה ספרד למחוזות הצרפתיים שמפיין ובורגונדי, ואף איימה על פריז בשנת 1636. הצבאות ההבסבורגיים, בפיקודם של הגנרל יוהאן פון וורת (Johan von Werth) והמפקד הספרדי הקרדינל פרדיננד הבסבורג, נחלו הצלחות ראשוניות, ואולם בסופו של דבר ספגו תבוסה משמעותית בקרב קומפיין מידי הגנרל הצרפתי ברנרד דה סקס-ויימר, אשר איים לדחוק רגליהם מצרפת. קרבות רבים נערכו בין הצדדים במהלך השנים הבאות, ואולם עד מהרה הדרדרה החזית למצב קיפאון, כשלאף צד אין יתרון ברור על האחר.
בשנת 1642 מת הקרדינל רישלייה. שנה לאחר מכן מת לואי השלושה עשר, ויורשו, לואי הארבעה עשר, עלה לשלטון בגיל חמש בלבד. העוצר, הקרדינל מזראן, יורשו של רישלייה בתפקיד השר הראשי בממלכה, החל לפעול לטובת קידום השלום וסיום המלחמה.
בשנת 1645 הביס הגנרל השוודי לנארט תורסטנסון את הצבא הקיסרי בקרב ינקאו סמוך לפראג. גם הצבא הבווארי הקתולי נחל תבוסה בקרב נורדלינגן (1645). בקרב זה אף נהרג המפקד המוכשר האחרון של הכוחות הקתוליים, הרוזן פרנץ פון מרסי.
ב-14 במרץ 1647 חתמו בוואריה, צרפת ושוודיה על הסכם הפסקת האש באולם. שנה לאחר מכן הביסו השוודים והצרפתים את הצבא הקיסרי בקרב זוסמרשהאוזן ובקרב לאנס. רק אדמותיה הקיסריות של אוסטריה נותרו תחת שליטה הבסבורגית איתנה.
שלום וסטפליה.
התבוסה שהנחילו הצרפתים לספרדים בקרב רוקרואה (Rocroi) בשנת 1643 הביאה לפתיחת משא ומתן רשמי בין הכוחות הלוחמים. בדיונים נכחו פרדיננד השלישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, הצרפתים, הספרדים, ההולנדים, השווייצרים, השוודים, הפורטוגלים ונציגי האפיפיור. בסופם חתמו הצדדים על הסכם שלום וסטפליה ב-24 באוקטובר 1648.
השלכות.
ההרס שחוללה מלחמת שלושים השנים ביבשת היה במוקד מחלוקות רבות בקרב היסטוריונים. הערכות בדבר מותם של קרוב לשלושים אחוזים מכלל אזרחי הנסיכויות הגרמניות נתפסות היום כמוגזמות. המלחמה אמנם זעזעה את כלכלתה של מרכז אירופה, אף ייתכן כי עיקר השפעתה הייתה בהחרפת תהפוכות קיימות שהתרחשו במסחר האירופי מבלי שהיו קשורות קשר ישיר למלחמה.
התוצאה המיידית של המלחמה הייתה כינונה של האימפריה הרומית הקדושה כאוסף נסיכויות רבות, שחרף חברותן ארוכת השנים באימפריה עד לקריסתה הסופית ב-1806, נהנו מריבונות מלאה דה פקטו. היו שטענו כי חולשה מבנית זו הייתה בבחינת גורם מרכזי להיווצרות המיליטריזם הגרמני של המאות ה-19 וה-20.
מלחמת שלושים השנים עיצבה מחדש את הסדר הפוליטי באירופה, וחוללה שינויים חשובים בחלוקת העוצמה במערכת הבינלאומית. השינוי המשמעותי ביותר היה האצת דעיכתה של ספרד בעקבות המלחמה, קבל-עם ולעיני כל. ספרד הייתה מאז גילוי אמריקה המדינה העשירה באירופה, אך היא בזבזה את הונה הרב על מלחמות הדת שהחלו בסכסוך עם בריטניה בראשות הנרי השמיני ובתו אליזבת הראשונה, המשיכו במרד ההולנדי והסתיימו במלחמה הזאת. ב"שלב הצרפתי", בעוד שספרד נלחמת בצרפתים, הכריזה פורטוגל על עצמאותה (פורטוגל הייתה עד אז תחת כיבוש ספרדי מתקופת המלך פליפה השני, אשר ניצל את עובדת מותו של מלך פורטוגל ללא יורש כדי להשתלט על המדינה). ז'ואאו הרביעי מבית ברגנסה הוכתר למלך פורטוגל. לעומת שקיעתה של ספרד התחזק מעמדה של צרפת, והיא הלכה ונתפסה בעקבות המלחמה כמעצמה השולטת באירופה.
לקראת סופה של מלחמת שלושים השנה (1643–1645) התפתח עימות אלים בין שוודיה לדנמרק, המכונה מלחמת תורסטנסון. הניצחון השוודי במלחמה זו, כמו גם סיום המלחמה באירופה עם חתימת שלום וסטפליה בשנת 1648, הפכו את שוודיה למעצמה אירופית מן הדרג הראשון.
חתימת שלום וסטפליה הניחה את התשתית לערכי היסוד של מדינת הלאום הריבונית המודרנית. עם קביעת גבולותיהן הטריטוריאליים הקבועים של מדינות ונסיכויות רבות שנטלו חלק במלחמה (וגם של כאלה שהוקמו לאחריה), הוסכם כי אזרחיה של כל מדינה כפופים בראש ובראשונה לחוקיה ולנוהליה של ממשלתם הם, ולא לאלה של ממשלות שכנות, תהא דתם ומידת אדיקותם אשר תהא. קביעה מהפכנית זו הייתה מנוגדת ניגוד מוחלט לחפיפת הנאמנויות הדתיות והמדיניות, שהייתה מקובלת בעבר ובשלביה הראשונים של מלחמת שלושים השנים.
אלי סדן