גנומיקה חישובית (לעיתים נקראת גנטיקה חישובית) היא שימוש בניתוחים סטטיסטיים וחישוביים על מנת להסיק מסקנות ביולוגיות מהרצף הגנומי וממידע רלוונטי נוסף, הכולל רצפי דנ"א ורנ"א יחד עם מידע "פוסט-גנומי" (מידע ניסויי שהושג על ידי טכנולוגיות הדורשות ריצוף של הגנום, לדוגמה מערך דנ"א גנומי). מידע זה, בשילוב עם גישות חישוביות וסטטיסטיות, משמש להבנת תפקוד גנים וניתוח אסוציאציות סטטיסטיות. תחום זה נקרא גם גנטיקה חישובית וסטטיסטית או גנומיקה חישובית וסטטיסטית. גנומיקה חישובית נחשבת לתת-תחום של הביואינפורמטיקה, אולם היא ממוקדת יותר בכך שהיא משתמשת בגנומים שלמים (לעומת שימוש בגנים בודדים) על מנת להבין את עקרונות הדרך בה דנ"א של מין מסוים שולט על הביולוגיה שלו ברמה המולקולרית ואף מעבר לה. כיום, כאשר ישנו שפע של מאגרי מידע ביולוגיים גדולים, מחקרים חישוביים הפכו לאחת הדרכים החשובות לגילויים ביולוגיים.
היסטוריה.
שורשי הגנומיקה החישובית משותפים לאלו של הביואינפורמטיקה. במהלך שנות השישים של המאה העשרים, מרגרט דייהוף וחברים נוספים ב-National Biomedical Research Foundation יצרו מאגר מידע של רצפי חלבונים הומולוגיים לשם מחקרים אבולוציוניים. המחקר שלהם פיתח עץ פילוגנטי, שבהסתמך על רצף חומצות האמינו, קבע את השינויים האבולוציוניים הנדרשים לחלבון מסוים על מנת להפוך לחלבון אחר. תוצאות אלו הביאו אותם ליצור טבלת ציונים שהעריכה את הסבירות של חלבון מסוים להיות קשור לחלבון אחר.
החל משנות ה-80 הופיעו מאגרי מידע של רצפים גנומיים, אולם אלו הציגו אתגר חדש - חיפוש במאגרים אלו והשוואת מידע על גנים בין מאגרי מידע שונים. שלא כמו באלגוריתמים לחיפוש-טקסט שבהם משתמשים באתרים כמו גוגל או ויקיפדיה, חיפוש מקטעים בעלי דמיון גנטי דורשים מציאת מחרוזת שאינה זהה לחלוטין, אלא דומה. בעיה זו הובילה לפיתוח אלגוריתמים לעימוד רצפים כמו אלגוריתם נידלמן-וונש, שהוא אלגוריתם תכנות דינמי המשווה בין רצפי חומצות אמינו תוך שימוש בטבלאות ציונים שנגזרו ממחקרה המקורי של דייהוף. בהמשך, פותח אלגוריתם BLAST לשם ביצוע חיפושים מהירים במאגרי מידע של רצפי גנים. BLAST ונגזרותיו הם ככל הנראה האלגוריתמים הנפוצים ביותר לפתרון בעיה זו.
צמיחתו של המונח "גנומיקה חישובית" עולה בקנה אחד עם הזמינות של רצפים גנומיים מלאים לקראת אמצע-סוף שנות ה-90. הפגישה הראשונה של הכנס השנתי בנושא גנומיקה חישובית אורגנה על ידי מדענים מהמכון למחקר גנומי (TIGR) בשנת 1998 וסיפקה במה להתמחות זו לצד הפרדת תחום מחקר זה מתחומים כלליים יותר של גנומיקה וביולוגיה חישובית. השימוש הראשון במונח זה בספרות המדעית לפי התקצירים המפורסמים בMEDINE היה רק כשנה לפני, בכתב העת המדעי Nucleic Acids Research. כנס הגנומיקה החישובית האחרון התקיים ב-2006, כאשר הנואם הראשי היה זוכה פרס נובל בארי מרשל, אחד ממגלי הקשר בין ההליקובקטר פילורי וכיבי קיבה. החל משנת 2010, הכנסים המובילים בתחום כוללים את הכנסים Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), RECOMB, והכנסים "Biology of Genomes" ו-"Genome Informatics".
התפתחות השילוב בין מתמטיקה לכלים חישוביים (תוך שימוש בכלים כמו Mathematica ו-MATLAB) עזרה למהנדסים, מתמטיקאים ומדעני מחשבים לפעול במרחב זה, וישנו גידול באוסף הציבורי של מחקרים והדגמות בתחום, החל מהשוואות של גנומים שלמים ועד לניתוח ביטוי גנים. מחקרים אלו הציגו רעיונות שונים, וכללו עקרונות של מערכות ובקרה, תורת המידע, תאוריית המיתרים וכריית מידע. ניתן לחזות ששיטות חישוביות ייהפכו לתחום סטנדרטי למחקר ולימוד, היוצר סטודנטים השולטים היטב בשני התחומים.
תרומתו של המחקר בתחום הגנומיקה החישובית לביולוגיה.
תרומתו של המחקר בתחום הגנומיקה החישובית כולל:
ההתפתחויות האחרונות (החל מ-2012).
המודל הממוחשב הראשון של אורגניזם.
מאמץ משותף של אוניברסיטת סטנפורד ומכון קרייג ונטר (JCVI) יצרו את תוכנת הסימולציה הראשונה של אורגניזם שלם. לאורגניזם החופשי הקטן ביותר, מיקופלסמה גניטליום, 525 גנים הממופים במלואם. עם מידע שמקורו ביותר מ-900 מאמרים מדעיים על החיידק, חוקרים פתחו את המודל תוך שימוש בגישת תכנות מונחית עצמים. הם יצרו סדרת מודלים המחקים תפקודים תאיים שונים שלאחר מכן שולבו ליצירת סימולציה של האורגניזם השלם. הסימולציה רצה על שילוב של 128 מחשבים ומשחזרת את תוחלת החיים המלאה של תא ברמה המולקולרית, מייצרת אינטראקציות של מולקולות בתהליכים תאיים כמו מטבוליזם וחלוקה תאית. צירוף מקרים מעניין הוא שזמן ריצת הסימולציה מתפרש על כ10 שעות, שהוא בערך זמן החיים של תא חי בסביבתו הטבעית.
'תא הסיליקון' יפעל כמעבדה ממוחשבת שתוכל לבצע ניסויים שקשה לבדוק על אורגניזם אמיתי, או שתוכל לבצע הליכים בצורה מהירה יותר. היישומים יכללו סריקה מהירה יותר של תרכובות חדשות והבנה של עקרונות והתנהגות תאית בסיסית.
סיריאקוס הקדוש
סיריאקוס הקדוש הוא קדוש נוצרי ומרטיר שעל פי המסורת הנוצרית נהרג בגלל אמונתו במהלך רדיפת הנוצרים של דיוקלטיאנוס. הוא אחד מ-27 קדושים שנקראים בשם זה, למרות שרק שבעה מהם מוזכרים במרטירולוגיה הקתולית.
חייו.
על פי המסורת, הוא היה אציל רומי שהמיר את דתו לנצרות כמבוגר ותרם את כל רכושו לעניים. הוא מונה לדיאקון ואת שארית חייו העביר בסיוע וטיפול בעניים ובעבדים שבנו את מרחצאות דיוקלטיאנוס. בשנת 303, הוא עונה, נערף ונקבר בויה סלאריה. איתו הוצאו להורג עוד עשרים ושניים נוצרים נוספים.
מסופר עליו שגירש שדים משתי נערות, אחת מהן הייתה בתו של דיוקלטיאנוס, וכתוצאה מכך היא ואמה התנצרו.
השנייה הייתה בתו של מלך פרס ובעקבות ריפויה, התנצרו כל בני בית המלך.
הוא אחד מארבעה-עשר הקדושים המסייעים. לזכרו הוקדשו כנסייה במרחצאות דיוקלטיאנוס, שלאחר מכן נקראה על שמות קדושים אחרים. כמו כן, נקראו על שמו שני מנזרים בארץ ישראל, האחד במג'דל יאבא והשני בכפר פסאיל שליד יריחו. המנזרים נהרסו ושרידיהם מתוארכים לתקופה הביזנטית.
פסטיבל הזיכרון
פסטיבל הזיכרון (באנגלית: Festival of Remembrance) הוא אירוע ממלכתי בריטי שנתי, הנערך בלונדון בערב יום הזיכרון הלאומי.
האירוע מתקיים באולם הרויאל אלברט הול בשבת שלפני יום הזיכרון במעמד המלכה, בני משפחת המלוכה, ראש ממשלת בריטניה ושרים בממשלתו. הוא מוקדש להעלאת זכרם של הנופלים במלחמות בריטניה לאורך השנים ולהצדעה לוותיקי הכוחות המזוינים שלה, למשרתים בפועל ולבני משפחותיהם ובפרט לחיילים שנפגעו במהלך שירותם. האירוע, שאורכו כשעתיים, מופק על ידי הלגיון הבריטי המלכותי.
בחלקו הראשון של האירוע מתקיימות בעיקר הופעות של זמרים אזרחיים, להקות ומקהלות השרים שירים מסורתיים. חלקו השני, מעמד הזיכרון (Act of Remembrance), מוקדש לזיכרון הנופלים. הוא נפתח במצעד לתוך האולם של חיילים מזרועות הצי, הצבא וחיל האוויר של בריטניה ומתנדבים של הלגיון הבריטי המלכותי וארגונים אזרחיים נוספים, המתייצבים כולם במסדר. מושרים בו מזמורים ושירים פטריוטיים, נקראות תפילות ונישאת תרועת אבל שלאחריה שתי דקות דומיה. האירוע מסתיים בשירת ההמנון הלאומי הבריטי ובשלוש תרועות הידד למלכה.
האירוע משמש גם להצגת פעילות הסעד של הלגיון הבריטי המלכותי למען חיילי בריטניה וותיקי המלחמה שלה. בשנים האחרונות הוא מתמקד בחיילי בריטניה המשרתים בחזיתות עיראק ואפגניסטן ובבני משפחותיהם.
האירוע כולו מלווה בנגינת ובתהלוכת תזמורות צבאיות ושירי לכת. תכניו הם לרוב הם מאופקים ורציניים, אך לעיתים משולבים בהם רגעים קלילים יותר, המיועדים למשוך קהלים צעירים. סמלו הוא פרח הפרג, שהוא גם סמל הלגיון הבריטי המלכותי וסמל הזיכרון לנופלים בבריטניה כולה. כל הנוכחים באירוע עונדים אותו על דש בגדם ובשיאו, ברגעי הדומיה, נופלים עלי הפרג מתקרת האולם.
האירוע מתקיים פעמיים: המופע הראשון, בשעות אחר הצהריים, פתוח לקהל הרחב. המופע השני, היוקרתי יותר, מתקיים בשעות הערב בנוכחות האורחים רמי המעלה ופתוח רק לחברי הלגיון הבריטי המלכותי. מופע זה משודר בטלוויזיה על ידי רשת ה-BBC.
קוארטו סנט'אלנה
קוארטו סנט'אלנה (באיטלקית: Quartu Sant'Elena, בסרדו: Cuartu Sant'Aleni) היא עיר בנפת קליארי שבמחוז האוטונומי של סרדיניה שבאיטליה. קוארטו סנט'אלנה שוכנת במרחק של 6 ק"מ ממזרח לבירת המחוז קליארי על הדרך הרומית העתיקה. זוהי העיר השלישית במספר תושביה בסרדיניה.
היסטוריה.
שמה של קוארטו סנט'אלנה לקוח מהמרחק שלה מקליארי (קוארטו מילס, בלטינית: Quartum miles, ארבעה מילים) והתוספת סנט'אלנה היא על שם הלנה הקדושה, אמו של הקיסר קונסטנטינוס, שעברה במקום.
הנוכחות האנושית במקום החלה בתקופה הפיניקית, כפי שניתן לראות מממצאים ארכאולוגיים. כמו כן נתגלו באזור ממצאי קבורה מהתקופה הרומית.
במאה ה-4 לספירה הייתה סרדיניה מחולקת לארבע ממלכות (Giudicati). קוארטו, שבתקופה זו היו בנויים בה 14 בתים, השתייכה לממלכת קליארי. ב-1066 מונה לקוארטו ארכיבישוף משלה ואז חזרה להיות תחת שיפוטו של טורצ'יטוריו השני (Torchitorio II). בתקופת שלטון מלכי אראגון, סבלה קוארטו מרעב, מדבר, ממלריה ומפשיטות חוזרות ונשנות של הסרצנים, בעקבות התערערות המצב הכללי באי.
ב-1793 נחתו על חוף קוארטו חיילים מהצי הצרפתי, מתוך כוונה לכבוש את כל האי. תושבי העיר, בהנהגתו של אנטוניו פיסאנו (Antonio Pisanu), תקפו את הצרפתים וגרשו אותם לאחר קרב עקוב מדם.
משטר הפאודליזם הסתיים ב-1836. ב-1956 זכתה קוארטו סנט'אלנה למעמד של עיר.
אתרים חשובים.