בעולם, "צי סוחר של מדינה ריבונית", מכיל כלי שיט שנמל הבית שלו באותה המדינה, והוא מחויב להקרא באות זיהוי ובדגל, על פי רישום זה. במדינת ישראל, כיום, מקובל על אנשי ענף הספנות הוותיקים ובכלל, לראות גם בכלי שיט "בבעלות ופיקוד ישראלי" כלי שיט של "צי הסוחר הישראלי", גם אם הוא רשום בנמל בית זר ומניף דגל זר מטעמים שונים.
תחילת פעילותו של צי סוחר ישראלי, הייתה עם הכרזת העצמאות של מדינת ישראל ביום ה' באייר ה'תש"ח, 14 במאי 1948. לפני כן נקראו ביישוב כל כלי השיט הקיימים בו, צי עברי. 'צי הסוחר הישראלי' נבנה על מסד רעוע של צבר אניות וספינות מיושנות, כגרוטאות שנקנו כ'מכל הבא ליד' להצלת שארית הפליטה וחילוצה מאירופה הדוויה. אניות צי הצללים שמצבן היה סביר, הושמשו על ידי חברת "אוניות וספינות" למטרות הקמת 'זרוע ימית' ושילובה בצה"ל בימיו הראשונים והקמת חיל הים ו'משמר החופים הישראלי'. חלקן שימש שנים רבות בחיל הים וכשנמכרו היו בשימוש אזרחי. אחרי מלחמת העולם השנייה, לא נותר בעולם מגוון סביר של כלי שיט תקינים. הטכנולוגיה שפותחה בשנות המלחמה, הפכה את הגרוטאות הישנות מראשית המאה, לחסרות ערך ממשי, ואלה שימשו בעיקר לשרותי נמל וחוף.
חברת צים נוסדה בשנת 1945 והצליחה לרכוש במאמץ רב את אנייתה הראשונה רק בנובמבר שנת 1947, על ידי שותפות עם חברת ביטוח בריטית. צים מוזגה עם חברת "אוניות וספינות" ששיקמה וניהלה את אניות 'צי הצללים', ואלה הועברו לצים עם סיום המנדט הבריטי. חששן של מדינות וצי כלי השיט שלהן, להגיע לאזור המלחמה במימי ישראל, הכתיב כורח מציאות להקמת צי סוחר ישראלי. 'הסכם השילומים' מול ממשלת גרמניה, איפשר הזרמת כספים גם למימון הקמת צי סוחר.
בתחילה, נוצרו בעיות הנובעות מהעסקת מאות ואף אלפי יהודים מארצות דוברות שפות שונות, תחת פיקודם של קציני ים דוברי שפות שונות, שבאו מאסכולות אקדמיות ימיות שונות. כל אלה, יצרו היתוך מהיר שאיפשר משאבי אנוש צמיחת צי מסחרי. הימאים, קציני-ים וחובלים בכל הרמות, שירתו כמילואים על כלי שיט שהוסבו לצבאיים עבור חיל הים הצעיר. מאות זרמו להכשרה ימית, ובית הספר הימי בעכו החל בשיתוף פעולה עם מערכת הביטחון הישראלית לחנך ולייצר קציני-ים לצי הסוחר, ומשנת 1958 גם הכין קורס חובלים של קציני שיט ומכונה לחיל הים.
תחרות עולמית גוברת, ודרישות שכר סבירות של צוותי ימאים ישראלים, יצרו מבוכה, והוחלט במשרד התחבורה בין היתר, לחקור כל רובד ופלח בתחום הספנות, להקיש ולהתאים את צורכי הספנות הישראלית בהווה ובעתיד ליכולתיה, בשימוש בצי סוחר על כל רבדיו, ובעקר, פיתוח ושמירה על מאגר אנושי מיומן. אחרי 25 שנה, בשנות ה-70 הוקם על ידי ד"ר נפתלי וידרה מכון מחקר, ומשרד התחבורה החל להזמין מחקרים. עם מותו של וידרה, הפך המכון חלק מאוניברסיטת חיפה.
עם הזמן, ממשלת ישראל החליטה על הפרטה של חברותיה, ובמסגרת זו נמכרה צים בשנת 2004, ובכך הסתיים פרק אחד ארוך ומפואר בהיסטוריה של עם ישראל בעת החדשה, אך גם של חיכוכים בלתי פוסקים, בין הממשלה כבעלים מחד ומאידך כמעסיק של סווריו בנמלים.
עם מכירת צים והפיכתה ל'צים שרותי ספנות משולבים בע"מ' , הצי המסחרי הישראלי התכווץ לצי כלי שיט, וכלי שיט לדיג בבעלות פרטיים וחברות רבים. בצי ספינות שרות לגרר, מנוף ושירותים ימיים, כמו תדלוק ואספקה. מעט כלי שיט לתחבורה ולתובלה ימית, רשומים בנמלי ישראל, בעיקר עקב מגבלות מעבר במדינות עוינות, ויתרונות שיש בארגונים ריכוזיים גדולים כקבוצות, ותקני חבויות מס נוחים במדינות אחרות.
כיום רשומים בנמליה של מדינת ישראל מאות כלי שיט, שרובם משמש לשרותי חוף, נמל ולדיג, ונחשבים לצי הסוחר. מעטים כלי השיט הרשומים בישראל מתחום אניות המכולה, המטען, הצובר ומיכליות הדלקים. אין אניות נוסעים ישראליות מאז מכירת האניה "מולדת" בשנת 1970.
הגנה ימית.
חיל הים הוא הזרוע הימית של צה"ל. בראש זרוע הים עומד קצין בדרגת אלוף. תפקיד חיל הים הוא להבטיח שיט בטוח לכלי שיט ישראלים, וכן לאבטח את חופי המדינה. חלק ניכר של הסחורות הנכנסות לישראל מגיעות בדרך הים (על פי אמדן - 98% בעיתות שלום), מאחר שמדינת ישראל מצויה באזור עוין, קיימת חשיבות רבה להבטחת הביטחון בנתיבי המסחר הימיים שלה. גם אבטחת החופי המדינה היא משימה ראשונה במעלה, מאחר שרוב אוכלוסיית ישראל מרוכזת באזור החוף וכן מרכזי הכלכלה שלה.
היחידות המבצעיות בחיל הים הישראלי הן: שייטת ספינות הטילים (שייטת 3), פלגות הדבורים, שייטת הצוללות (שייטת 7), הקומנדו הימי (שייטת 13), היחידה למשימות תת-מימיות (ילת"ם) ויחידת סנפיר. בעבר הייתה לחיל הים גם שייטת נחתות "שייטת 11" ו"השייטת הגדולה", שייטת 1.
מבחינה מספרית הצי הצבאי הישראלי גדול יחסית לרוב הציים באגן המזרחי של הים התיכון (הצי המצרי היה גדול יותר רוב השנים מאז 1948 וכן הצי הטורקי). במונחים גלובליים הצי הישראלי קטן מאוד, הן מבחינת גודלו הכללי והן מבחינת דחי (שמשמעותו משקל כלי השייט) ספינותיו - הספינות הגדולות ביותר בו הן בגודל קורבטה (ספינת טילים מדגם סער 5). רק כשלושה אחוזים מתקציב הביטחון של מדינת ישראל מוקצים לחיל הים.
עם מבצעי חיל הים נמנים: הטבעת "האמיר פארוק", הפשיטה על האי גרין, מבצע אסקורט, מבצע ליידי, מבצע אביב נעורים, תקיפת הצי הסורי בנמלי לט'קיה וטרטוס במלחמת יום הכיפורים, תקיפת מעגן ע'רדקה, הנחיתה בחוף האוואלי במבצע "שלום הגליל" (1982), לכידת ספינות הנשק קארין A ו"סנטוריני", ועוד רבים אחרים, שחלקם הגדול נותר חסוי עד היום. כמו כן עוסק חיל הים במשימות של ביטחון שוטף לאורך חופי ישראל, והיה שותף פעיל בכל מלחמות ישראל.
שיטור ימי.
משמר החופים הישראלי (1949-1977).
בשנת 1949 הוקמה במשטרת ישראל יחידת משמר החופים שפעלה בתאום ובשיתוף חיל הים של צה"ל. שמה היה 'משמר החופים הישראלי'.
בסיס הפיקוד היה בנמל חיפה ובסיסים בנמל אשדוד, אילת ובכנרת. הגבול הימי של מדינת ישראל היווה ב-1949 כ-80% מקו גבול ישראל עם שכנותיה. חלוקת התפקידים המבצעית הייתה ברורה. צה"ל עוסק בהגנה על קווי השיט המסחרי. משמר החופים עוסק בהגנה על המים טריטוריאליים (הריבוניים) של ישראל. אופי הפעילות המבצעית דרש כלי שיט גדולים באורך של כ 30 עד 50 מטר ולאלה נדרשו צוותים של כ 10 ימאי שיטור.
על פי החלטת ממשלת ישראל משנת 1977 שונתה ההגדרה וחולקו תחומי אחריות מחדש. 'משמר החופים הישראלי' בוטל והאחריות הביטחונית במים הריבוניים של מדינת ישראל הוטלה גם היא על זרועו הימית של צה"ל, על חיל הים.
משטרת ישראל ממשיכה ופועלת על פי הגדרת תפקידה בפקודת המשטרה, בים כמו ביבשה, רק בתחומי הסדר הציבורי והפלילי. הוחלט על ביטול 'משמר החופים הישראלי' והקמת 'יחידת השיטור הימי'.
יחידת שיטור ימי, 1977.
מפרסום ההחלטה, הוקמה יחידת שיטור ימי במשטרת ישראל. משימתה "ביצוע תפקידי המשטרה ברצועת מימי החופים של ישראל ככלל, ואכיפת החוקים הנוגעים לכלי שיט בפרט". כוחות השיטור הימי משתמשים בכלי שיט מותאמים למשימות שיטור. סירות, המופעלות על ידי צוות שיטור של זוג עד שלושה 'ימאי משטרה' (זה השם המגדיר שוטרים ימיים). תפקידי היחידה: שמירת הסדר הציבורי ברצועת מימי החופים של מדינת ישראל. בעת הצורך, ביצוע פעולות הצלה בים (למעט בחופי רחצה ציבוריים) וסיוע לגורמים אחרים הפועלים בים לביצוע הצלה. אכיפת החוק בעניין שימוש בכלי שיט קטנים, הפועלים בחופי רחצה מורשים וחובת רישוי כלי השיט ומפעיליהם. מניעת כניסתם ויציאתם של אנשים לישראל וממנה, בכלי שיט (למעט אוניות) שלא דרך תחנות הגבול בנמלים. עריכת סיורים למניעת הברחות סמים, דברי ערך ואמצעי לחימה בכלי השיט הקטנים. יחידות השיטור הוצבו בשישה בסיסים:
בים כנרת, הוצב הבסיס המשטרתי בדרומו, בשפך אל נהר הירדן. בסיסי השיטור הימי פועלים פיקודית תחת מחוז משטרה או מרחב משטרתי בו הם נמצאים, בהתאם לנהלים והנחיות מקצועיים הנובעים מהחלטות המטה הארצי. מקצועית הבסיסים כפופים למדור שיטור ימי במטה הארצי. מדור העוסק בכתיבת והפצה של תורת הפעלה ונוהלי עבודה. עורך הדרכות לימאי המשטרה ומסמיך אותם לתפקידים השונים. בתחום אחריותו תיקון ותחזוקת כלי השיט תוך פיתוח ושיפור אמצעים.
נמלי ים בישראל.
לישראל שלושה נמלים מרכזיים:
נמלים נוספים:
בעקבות בקשת ישראל להלוואה מהבנק העולמי לטובת הקמתו של נמל אשדוד, נדרשה ישראל להקים את רשות הספנות והנמלים שתפקידיה העיקריים לדאוג ליעילותם של הנמלים ולהבטיח את פיתוחם התמידי, בהתאמה להיקף תנועת המטענים.
היסטוריה.
חלום וחזון.
ראשיתו בשלהי המאה העשרים עם חלומם של עברים ציוניים שהגיעו אל ארץ אבות לבנותה. חזונם מחד ועקשנותם מלאת התושייה הביאה להיווצרותו של צי עברי החל משנת 1920 עת הוקמה ביישוב חברת ספנות עברית למטרת ייצוא וייבוא מטען בדרך הים תוך הימנעות משימוש במקורות זרים, כפעילות כיבוש הים לבניית ספנות עברית ופיתוח כלכלי של היישוב. עם בואו של הקצין הימי היהודי, הראשון לארץ ישראל קפיטן ז' פרנקפורטר הוקמה בהתייעצות עמו, חברת המניות החברה לאסדות וספנות חופית בע"מ וזו קנתה אסדת משא, הסבה אותה לאונית משא שנקראה 'החלוץ' וזו החלה בעבודתה שנמשכה כשנה. אותה פעילות הגיעה לשיאה בתקופת במאורעות תר"פ (1920) ופרעות תרפ"א (1921) שהביאו את הנהגת היישוב לתובנה כי חובה על היישוב לפתח את הימאות והספנות העברית, לצורך קיום בארץ ישראל.
התהוות צי דיג ימיה ומחקר.