במאי 2006 נחשפה על ידי המשטרה האיטלקית מעורבות של קבוצות משתי הליגות הבכירות, סרייה א' וסרייה ב', בשיבוצי שופטים למשחקיהן. בין הקבוצות שהיו מעורבות נמצאו מילאן, פיורנטינה, יובנטוס, לאציו ורג'ינה. יובנטוס שזכתה באליפות באותה עונה, הורדה לליגת המשנה ונשללו ממנה שתי האליפויות שבהן זכתה ב-2004/05 וב-2005/06. אינטר מילאנו שסיימה שלישית קיבלה את האליפות של עונת 2005/06, מכיוון שגם מילאן שסיימה שנייה הייתה מעורבת בפרשה. מיובנטוס ומשאר הקבוצות הופחתו נקודות בעונת הכדורגל בשנה לאחר מכן. בנוסף להפחתת נקודות, קנסות רבים הוטלו על הקבוצות ומארגני השוחד הגדול, וכתוצאה מכך שחקנים רבים עזבו לטובת ליגות אחרות באירופה, בעיקר לליגה הספרדית ולפרמייר ליג באנגליה. בעקבות חשיפת הפרשה הזו, ירדו מילאן ויובנטוס ביכולותיהן והחלה "שליטה" של אינטר על הכדורגל האיטלקי. בחמש העונות החולפות זכתה אינטר ב-5 אליפויות איטליה רצופות (כולל זו שנשללה מיובנטוס ב-2005/06), 2 גביעים איטלקיים וסופר קאפ איטלקי אחד.
בשנת 2007, "נקמה" מילאן בליברפול כשניצחה אותה בגמר ליגת האלופות 2-1. באותה שנה זכתה גם באליפות העולם לקבוצות לאחר ניצחון בגמר על הקבוצה הארגנטינאית בוקה ג'וניורס 4-2, בגמר שנערך ביפן באצטדיון יוקוהמה.
בכך הייתה מילאן לקבוצה האירופאית הראשונה שזוכה במפעל.
ב-8 ביוני עבר קאקה, הכוכב המבטיח של מילאן שהוביל את מילאן להישגים ותארים רבים במשך שש שנים, וקאקה חתם על חוזה בריאל מדריד לשש שנים. למשך ימים אחדים נחשבה ההעברה לשנייה בשוויה בהיסטוריה של הכדורגל, אך עם מעברו של כריסטיאנו רונאלדו ממנצ'סטר יונייטד לריאל מדריד תמורת 94 מיליון אירו היא דורגה מחדש במקום השלישי.
בעונת החליטה מילאן למנות את מסימיליאנו אלגרי לתפקיד המאמן, לאחד שבעונה לפני כן כשל לאונרדו כשלא זכה בתואר. בנוסף החליטה מילאן להשקיע כספים רבים בניסיון לקנות שחקנים מהטופ העולמי ולזכות שוב באליפות המיוחלת.
בקיץ 2010 סיכמו ברצלונה ומילאן על השאלתו של זלאטן איברהימוביץ' לקבוצה האיטלקית כשבקיץ לאחר מכן, מילאן תרכוש את כרטיסו תמורת 24 מיליון יורו. בנוסף חתם רוביניו במילאן ל - 4 שנים תמורת 15 מיליון אירו. שתי ההחתמות הגדולות הוכיחו את עצמן, ובתום העונה מילאן זכתה לבסוף באליפות ה-18 שלה לאחר משחק חוץ נגד רומא שהסתיים בתוצאה 0-0.
ירידה אחרי האליפות.
מילאן ניסתה לשמור על תואר האליפות גם בעונת . באותה עונה יובנטוס ומילאן נאבקו בצמרת כשיובנטוס שסיימה את העונה ללא הפסד ליגה, הובילה את הטבלה ברוב שלבי העונה ולבסוף זכתה באליפות במחזור ה-37 (מחזור אחד לסיום), כשניצחה את קליארי 2-0 במשחק חוץ, ובמקביל מילאן הפסידה בדרבי 2–4 לאינטר. באותה עונה מילאן אף הודחה מהגביע על ידי יובנטוס בשלב חצי הגמר, לאחר שהפסידה 1–2 במפגש הראשון שנערך בסן סירו, והצליחה לכפות הארכה במשחק הגומלין כשניצחה 1–2, אך נכנעה לאחר שספגה שער מרגלי מירקו ווצ'יניץ' והמשחק הסתיים בתוצאה 2-2 (4-3 ליובנטוס במפגש הכפול). באותה עונה, הצליחה מילאן לראשונה מזה חמש שנים להעפיל לרבע גמר ליגת האלופות. מילאן הוגרלה לשחק נגד ברצלונה, אותה פגשה גם בשלב הבתים של אותה עונה. המפגש הראשון בסן סירו הסתיים בתוצאה 0-0, ובגומלין ניצחה ברצלונה 1–3 והדיחה את מילאן.
בחלון ההעברות של עונת התגלו ההשלכות של העונה החולפת. מילאן נקלעה לקשיים כלכליים, ולכן החליטה למכור שניים מהכוכבים הגדולים ביותר שלה - זלאטן איברהימוביץ' וטיאגו סילבה לפריס סן-ז'רמן. כמו כן, עזבו גם פיליפו אינזאגי, ג'נארו גאטוסו, ג'יאנלוקה זמברוטה, אלסנדרו נסטה וקלרנס סיידורף. החלוץ אנטוניו קסאנו לא אהב את התנהלות המועדון, שמכר את זלאטן וסילבה מתחת לאפם של האוהדים וזאת אף על פי שהשניים רצו להישאר במועדון, וביקש לעזוב. מילאן ביצעה טרייד עם אינטר כשקסאנו עבר ליריבה העירונית וממנה הגיע החלוץ ג'אמפאולו פאציני. בחלון ההעברות של חודש ינואר, מילאן רכשה ממנצ'סטר סיטי את החלוץ האיטלקי מריו באלוטלי, וכנגד כל הציפיות והפרשנויות, הצליחה הקבוצה להתאושש מפתיחת העונה הרעה והתברגה בצמרת הטבלה, כשבסיבוב השני של הליגה היא צוברת את מרב הנקודות וסופגת הפסד אחד בלבד, 0-1 ליובנטוס במשחק חוץ. את טבלת כובשי השערים בקבוצה באותה עונה הוביל החלוץ האיטלקי ממוצא מצרי סטפן אל שעראווי. בישורת האחרונה של העונה, מילאן נאבקה עם פיורנטינה על המקום השלישי, שמקנה כרטיס לשלב הפלייאוף של ליגת האלופות. מילאן הצליחה לסיים את העונה במקום השלישי בצורה דרמטית, כשבמחזור הנעילה התארחה אצל סיינה. המארחים עלו ליתרון מוקדם והובילו ברוב שלבי המשחק, אבל בדקות הסיום נשרקה בעיטת עונשין לזכות מילאן. באלוטלי כבש והשווה את התוצאה. שתי דקות לאחר מכן פיליפ מקסס הצליח להכניע את שוער סיינה והשלים את המהפך.
באותה עונה פגשה מילאן ברבע גמר הגביע את יובנטוס, למשחק שנערך באצטדיון יובנטוס בטורינו. מילאן עלתה ליתרון מוקדם, אך יובה השוותה וכפתה הארכה בה כבש מירקו ווצ'יניץ' כמו בשנה שלפני כן, והדיחה את מילאן מהגביע.
בשמינית גמר ליגת האלופות, פגשה מילאן את ברצלונה בשחזור מהמפגש בעונה הקודמת. מילאן ניצחה 0–2 בסן סירו, אך לא הצליחה לשמור על היתרון כשהובסה 0–4 במשחק הגומלין ושוב הודחה על ידי ברצלונה.
עונת , הייתה אחת העונות הגרועות בתולדות הקבוצה. מילאן הציגה יכולת ירודה ואנמית ולא הצליחה לייצר המשכיות לרצף הניצחונות מהעונה הקודמת. סבלנות המועדון כלפי אלגרי נגמרה לאחר שהקבוצה ספגה הפסד מביך 3–4 לסאסואולו, אחת הקבוצות החלשות בליגה, במחזור ה-19 שנעל את מחצית העונה. אלגרי פוטר מתפקיד המאמן ובמקומו מונה קלארנס סיידורף. סיידורף הצליח לייצב את הקבוצה, כשהוא שם דגש על הגנה ומשחק יעיל, אך למרות זאת מילאן סיימה את העונה במקום השביעי ולא העפילה לשום מפעל אירופי, כשבמקביל היא מודחת מהגביע ברבע הגמר על ידי אודינזה לאחר הפסד ביתי 1–2, ומליגת האלופות בשמינית הגמר על ידי אתלטיקו מדריד לאחר הפסד 0–1 במשחק הראשון שהתקיים בסן סירו, והפסד 1–4 במשחק הגומלין. על אף שהקבוצה הציגה שיפור ביכולת, סידורף פוטר מתפקיד המאמן בתום העונה ובמקומו מונה פיליפו אינזאגי, שאימן לפני כן את קבוצת הנוער. על פי כתבה בעיתון הספורט האיטלקי "Gazzetta Dello Sport", פיטוריו של סיידורף לאחר תקופה כה קצרה כמאמן לא היו קשורים כלל לכישלון הקבוצה להעפיל לאירופה, אלא מכיוון שהוא הדליף לתקשורת מידע על תוכניותיו המקצועיות לעונה הבאה ללא אישור המועדון.
לקראת עונת 2018/2019 אופ"א אסרה על הקבוצה להתמודד במפעלים האירופיים למשך שנה בשל הפרת תקנות אופ"א לתחרות כלכלית הוגנת, אך העירעור של מילאן התקבל ובסופו של דבר הוחלט כי הקבוצה כן תשתף בליגה האירופית. ברם, הקבוצה כשלה בהעפלה לשלבי ההכרעה ולראשונה במאה העשרים ואחת, לא הצליחה להעפיל לשלבי ההכרעה במפעלים האירופיים.
חזרה לגדולה.
בעונת 2020/2021 תחת שרביטו של סטפאנו פיולי סיימה מילאן במקום השני ושבה לליגת האלופות לאחר עשור שלא השתתפה במפעל.
בליגת האלופות של עונת 2021/2022, איכזבה הקבוצה וסיימה במקום האחרון בבית אחד עם פורטו, ליברפול ואתלטיקו מדריד. בליגה האיטלקית, לאחר שעונה קודם לכן איבדה את האליפות במחזורים האחרונים, זכתה מילאן באליפות בעונת 2021/2022 בפעם ה-19 בתולדותיה והראשונה מאז עונת 2010/2011 כשהיא מקדימה את היריבה העירונית אינטר מילאנו ב-2 נקודות. לאחר סיום העונה ב-1 ביוני 2022, הודיע המועדון כי הושלם תהליך מכירתו והקבוצה עברה לידי חברת "Red Bird" בעבור 1.2 מיליארד אירו שיועברו לחברת "אליוט" שהחזיקה בו עד עתה, עבור ההשתלטות על המועדון.
צבעי הקבוצה, הסמל והבעלים.
הצבעים.
לכל אורך ההיסטוריה של מילאן, צבעיה היו אדום ושחור. צבעים אלה נבחרו, כפי שאמר הרברט קילפין, כדי לייצג את האש של השטן (אדום), וכדי להפחיד את היריבות במשחקים נגדה (שחור).
שחקניה של מילאן לובשים חולצת פסים בצבעים אדום ושחור, ולכן הם קיבלו את הכינוי הרוסונרי (האדומים-שחורים), מכנס לבן וגרביים שחורים. תלבושת המזל של מילאן היא תלבושת החוץ הלבנה. תלבושת זו נחשבת על ידי אוהדי מילאן רבים כסוג של קמע בגמר ליגת האלופות, לאחר שמילאן ניצחה שש מתוך שמונה פעמים בגמר ליגת האלופות בו שיחקה עם המדים הלבנים (הפסדים רק לאייאקס אמסטרדם ב-1995 ולליברפול ב-2005), ורק זכייה אחת מתוך שלוש עם מדי הבית האדומים שחורים. התלבושת השלישית עם זאת, השתנתה במהלך השנים בתדירות מסוימת, והיא משמשת במקרים נדירים יותר. בעונת 2012–2013 התלבושת השלישית היא בצבע שחור. את תלבושות הקבוצה מייצרת ענקית הספורט הגרמנית פומה. חברת פומה מספקת לקבוצה את כל הציוד הספורטיבי הדרוש לה.
הסמל.
סמל הקבוצה מציג את שנת ייסוד הקבוצה (1899), צבעי הקבוצה (אדום ושחור), ראשי התיבות של מילאן (ACM) והדגל של עיריית מילאנו (צלב אדום על רקע לבן).
במשך מספר שנים היה הסמל של מילאן פשוט הדגל של העיר מילאנו. כינוי נוסף שקיבלה מילאן מצבעיה האדומים-שחורים הוא השטן, שב-16 בפברואר 2006 הפך לקמע ולסמל של המילאנלו, מתקן האימונים של מילאן.
מעל הסמל ישנו כוכב אחד המסמל 10 זכיות באליפות איטליה, שכן כל 10 אליפויות באיטליה משמעותם כוכב נוסף מעל הסמל.
הבעלים והספונסרים.
בעלי הקבוצה היא קבוצת "אליוט" שהיא קרן גידור אמריקאית אשר השתלטה על מילאן עקב חובות של בעלי מילאן הקודם (יונגהונג). החל מקיץ 2010 הספונסר של הקבוצה "Fly Emirates", חברת התעופה מאיחוד האמירויות.
אצטדיון.