פרופסור יהושע בן אריה, בספרו "ירושלים בראי התקופה", מציין כי המרחק הרב שבו נבנה בית החולים מהעיר העתיקה וממרכזי היישוב היהודי בירושלים באותה תקופה, עורר את החשש כי החולים לא יגיעו למוסד, ואף התהלכה אמירה בציבור היהודי כי ד"ר ואלאך יצטרך לשלם לכל חולה שיגיע למוסד את דמי הנסיעה.
בניית בית החולים.
את האחריות על בניית בית החולים, קיבל על עצמו הקבלן רבי יעקב מן. לפי דוד ילין הנחת אבני היסוד של בית החולים הייתה ביום החמישה עשר באב תרנ"ז, 13 באוגוסט 1897. עיתוני ירושלים של התקופה ובעיקר דוד ילין דיווחו על הבניה:
וכך ממשיך דוד ילין לדווח על התקדמות הבנייה מפעם לפעם:
אברהם משה לונץ מציין בחוברתו לוח ארץ ישראל:
למראה הבניין הגמור כתב אליעזר בן-יהודה בעיתונו, כי בית החולים שערי צדק הוא הבית היפה ביותר בירושלים.
בית החולים בפעולתו.
בית החולים נחנך ביום 27 בינואר 1902 לכבוד יום הולדתו של הקיסר וילהלם. בטקס חנוכת הבית השתתפו כל נכבדי העיר ירושלים: יהודים, מוסלמים ונוצרים. ד"ר ואלאך התמנה למנהל בית החולים ולרופא הראשי. בית החולים היה אותה עת בית החולים המודרני ביותר במזרח התיכון, ואף על פי שהיה מוגדר כבית חולים יהודי, בפועל היו שעריו פתוחים בפני כל תושבי העיר והארץ, יהודים וגויים.
בעשור הראשון לקיומו טופלו ב"שערי צדק" מעל 4,500 חולים, והוא זכה למוניטין בזכות דמותו של ד"ר ואלאך, עד כי בית החולים נודע במשך שנים בפי כול בירושלים בשם 'בית החולים ואלאך'. ד"ר ואלאך היה יהודי שומר מצוות, וניהל את בית החולים ברוח מסורת ישראל. אופי המוסד לא השתנה גם כיום, במבנה החדש בשכונת בית וגן.
בהשגחתו הקפדנית של ד"ר ואלאך התנהל בית החולים על פי חוקי ההיגיינה האירופאיים, במכבסה של הבניין עבדו 4 כובסות ובבניין הועסקו פועלי ניקיון. לבית החולים היה בית מרקחת פרטי משלו.
החלטה נוספת של ד"ר ואלאך הייתה להעמיד את המוסד על תשתית כלכלית עצמאית ככל הניתן, כך נחפרו בורות מים לאספקה עצמאית של מים, נרכשו 15 פרות מהמושבה הטמפלרית ווילהלמה, אשר רעו בשדה סמוך לבית החולים, על מנת להבטיח לבית החולים אספקת חלב טרייה ואף גבינות שהוכנו על ידי צוותו של ד"ר ואלאך.
תחילה היה ד"ר ואלאך הרופא היחיד בבית החולים ושימש גם כמנהלו הפיננסי. הוא ראיין כל מועמד לעבודה ובחר בעצמו את הצוות הרפואי הסיעודי והמנהלתי. ד"ר שרגא פביוס פופלס היה רופא הילדים וממלא מקום מנהל בית החולים. אחיות שהתקבלו לעבודה היו רווקות, על מנת שיוכלו להקדיש עצמן לעבודה בבית החולים במשך כל שעות היממה. אחת לחודש קיבלו האחיות חופשה של 24 שעות.
ד"ר ואלאך היה ידוע באדיקותו הדתית, במקרה שארעה בשבת, 16 באוגוסט 1913, אב הביא את בנו שחלה בגרונו לטיפול ברכבת מיפו. ואלאך צא מתוך בית החולים ולא אפשר להם להיכנס עד לצאת השבת, בטענה שלא מדובר במקרה חירום. לאחר צאת השבת הוכנס הנער הצעיר לאשפוז, אך למחרת מת ממחלתו. מותו עורר מהומה ועד מהרה נשמעו האשמות קשות נגד ד"ר ואלאך על כך שהקריב את הילד על מזבח אדיקותו.
במלחמת העולם הראשונה שימש בית החולים מרכז למיון פצועים טורקים, ולפינוים לבתי חולים אחרים. תמונה שנמצאת באוסף בית החולים מתעדת את כניעת ירושלים ביום 9 בדצמבר 1917, בחצר בית החולים שערי צדק. בתום הטקס סרו ראש העיר חוסיין אל-חוסייני והגנרל צ'ארלז פרדריק ווטסון, מפקד הבריגדה מס' 180 של הדיוויזיה ה-60, לחדרו של ואלאך בבית החולים והתכבדו בכוס תה חם. החשיבות והסמליות שהצליח ואלאך להקנות לבית החולים היהודי היו כה גדולות, עד שפעם אחר פעם מצאו עצמם המדינאים הבריטים (כמו גם קונסולים ונציגים של מדינות אחרות) "עולים לרגל" ל"היכל הרפואה" של ואלאך, ואגב כך מצטלמים עמו.
בשנות ה-30 קלט בית החולים רופאים שעלו לארץ מגרמניה במסגרת העלייה החמישית. בית החולים נתקל בקשיי מימון במהלך מלחמת העולם השנייה משפסקו תרומות הכספים מיהדות גרמניה.
בית החולים היה מפעל חייו של ד"ר ואלאך, הוא מעולם לא התחתן ולא היו לו ילדים משלו. הוא התגורר בבניין הסמוך לבית החולים, ולפי הסיפורים התהלך תמיד עם צרור מפתחות של כל דלתות המבנה. דמות נוספת ידועה בירושלים, האחות הראשית זלמה מאיר, התגוררה גם היא בבניין בית החולים, וגידלה בתחומי בית החולים ילודים שננטשו על ידי הוריהם. הד"ר יעקב ישראל דה האן, ידיד קרוב של ד"ר ואלאך ומן הדמויות הבולטות בעדה החרדית בראשיתה, נרצח בשנת 1924 על סף בית החולים בדרכו חזרה מתפילת ערבית בבית הכנסת במקום.
במלחמת העצמאות מילא בית החולים תפקיד חשוב בהגשת עזרה לנפגעי הקרבות שהשתוללו בירושלים וסביבתה, חשיבות בית החולים הלכה והתעצמה משנותק הקשר עם בית החולים הדסה הר הצופים.
ד"ר ואלאך פרש מניהול בית החולים בשנת 1947, נפטר עשר שנים אחר כך בגיל תשעים ואחת ונקבר בבית הקברות הצמוד לבית החולים.
כבית הנהלת רשות השידור.
במהלך שנות פעילותו של בית החולים התרחבה העיר ירושלים, עד שקטן המקום בבית החולים מלהכיל את צורכי הפעילות של בית חולים בשלהי המאה ה-20. בית החולים עבר בשנת 1980 למשכן חדש, מתחת לשכונת בית וגן. עם זאת תהליך המעבר לא היה חלק, ובניית בית החולים החדש פערה חור בתקציב בית החולים שלא ניתן היה לכסות אותו, והמוסד עמד בפני פשיטת רגל וסגירה. כדי לאפשר לבית החולים להיחלץ מהמצוקה האמורה אושר סיוע כספי מהמדינה, אשר כלל ערבות להלוואות מבנקים מסחריים. כביטחון להלוואות אלו שועבד המתחם לטובת הבנקים.
במסגרת תוכנית הסיוע נדרש שערי צדק על ידי המדינה לערוך תוכנית הבראה, שכללה מימוש ומכירה של מתחם המבנה הישן. בשנת 1982, הנהלת בית החולים התקשרה בעסקת קומבינציה, עם חברת הבנייה אזורים של קונצרן "כלל", חברת "אור ים בינוי ופיתוח" מקבוצת שיכון עובדים, וחברת "קנית" של איש העסקים דוד עזריאלי, של ניצול שטח המגרש רחב ההיקף שסביב בניין בית החולים להקמת שכונת מגורים. לאחר משא ומתן של שנתיים נחתם הסכם הפיתוח לבניית 200 יחידות דיור ומרכז מסחרי, שבמסגרתו תקבל "אגודת שערי צדק" שליש מהכנסות ממכירת הדירות. בשנת 1988 הכריזה חברת "אזורים" גם על הקמת בניין משרדים במתחם.
בפברואר 1984 העלה חברת הכנסת יעקב צור (שטיינברג) הצעה דחופה לסדר היום של הכנסת, למנוע מעשי הרס וונדליזם בבניין, שעמד נטוש בזמן שהתנהל משא ומתן על עתידו.
אישור תוכנית בניין עיר של התוכנית להקמת השכונה התעכב, ומאחר שבית החולים לא הצליח לעמוד בתשלומי ההחזר להלוואות שלקח כנגד שיעבוד המתחם, פתחו הבנקים בראשית שנות ה-90 בהליכי כינוס נכסים למתחם. בשנת 1992, מאחר שהמתחם המשיך להיות נטוש, יזמה הרשות לפיתוח ירושלים תוכנית להקמת קריית תקשורת במתחם עבור רשות השידור. התוכנית, בעלות של כ-38 מיליון דולר, כללה את שימור המבנה ההיסטורי.
באפריל 1993 חתמו משרד האוצר, הרשות לפיתוח ירושלים ורשות השידור על הסכם להקמת "קריית רשות השידור" במתחם שערי צדק. בשטח שבין רחוב אגריפס, רחוב יפו ורחוב שערי צדק. זאת לאחר שמשרד האוצר הסיר את התנגדותו לפרויקט לאחר שהתברר, כי הממשלה לא תצטרך לממנו. על פי התכנון "קריית רשות השידור" הייתה אמורה לכלול משרדים ואולפנים חדשים בשטח של 26 אלף מ״ר, ומרכז מסחרי בשטח של 6,000 מ״ר. ולהחליף את כל משרדי ואולפני רשות השידור האחרים בירושלים. התוכנית כללה את שימור ושיפוץ בניין בית החולים לטובת משרדי הנהלת הרשות בשטח של 3,000 מ"ר. הוחלט כי הפרויקט לא ימומן מכספי האגרה או תקציב המדינה, אלא מהלוואות מבנקים שהרשות הייתה אמורה להחזיר אותן על ידי מכירה או פיתוח של נכסיה השונים בעיר, דוגמת בניין הטלוויזיה הישראלית בשכונת רוממה.
בשנת 1996, בהתאם להסכם, לקחה רשות השידור מהבנק הבינלאומי ומבנק דיסקונט הלוואה של כ-135 מיליון שקל, לצורך רכישת מתחם בית החולים. שיפוץ המבנה הסתיים בתחילת 1999. אולם קידום הקמת קריית התקשורת סביב המבנה ההיסטורי התקדמה בעצלתיים. בנוסף מנכ"ל הרשות אורי פורת שהתמנה בשנת 1998 התנגד לתוכנית.
במרץ 2001, דו"ח פנימי של מבקר רשות השידור הצביע על אי סדרים רבים בניהול פרויקט. על פי הדו"ח, בעקבות כשלים וליקויים כספיים לא הצליחה רשות השידור לממש את תוכניתה להעביר למתחם שערי צדק את כל מוקדי הפעילות של הרשות, שנשארו פזורים במספר רב של אתרים בירושלים, ולא הצליחה למכור את בניין המשרדים והאולפנים הנמצאים בשכונת רוממה. הדו"ח ממשיך ומציין כי מאחר שהפרויקט לא הושלם, הוא גורר הוצאות כבדות עד ליום עריכת הדו"ח, וכי ניהול הפרויקט לא עמד בסטנדרטים ההכרחיים לניהול פרויקט בהיקף וברמת מורכבות מסוג זה. וכי הפרויקט למעשה מוקפא משנת 1998. בנוסף קובע הדו"ח כי יועצים, מתכננים ומבצעים שעבדו בפרויקט שולמו תשלומים גבוהים מאלה שסוכמו. כך למשל, שכרה הרשות את משרד עורכי הדין יהודה רוה כדי שיכין את הנכסים שלה למכירה או להפעלה מסחרית. לצורך כך קיבל עד נובמבר 1999 1.3 מיליון שקלים. אך לא סיים את רישום הנכסים והכנתם למכירה כמוסכם. ואחר כך קיבל תשלומים נוספים. הקיפאון במימוש הנכסים גם יצר בעיה כספית במימון המשך הפרויקט. גם בתקופתו של מנכ"ל הרשות יוסף בראל, שהתמנה בשנת 2002, הפרויקט לא קודם ונשקלה מכירת המתחם לטובת החזר חוב הפרויקט לבנקים. באפריל 2004 ביקשה הרשות אישור מוועדת הכספים למכור את המתחם.