זמן קצר לאחר כניסתו לתפקיד קיים אספין דיון על הסכנות שצצו עם סיומה של המלחמה הקרה: חוסר הבהירות בנוגע להצלחתן של רפורמות בברית המועצות לשעבר; הגברת האפשרות שטרוריסטים או מדינות טרור עלולים לשים את ידיהם על נשק גרעיני; ריבוי סביר של סכסוכים אזוריים; והקושי לקבל מידע מדויק על השפעת מצב הכלכלה המקומית על האינטרסים הביטחוניים של ארצות הברית. על פי הנחות אלו ועל רקע סיום המלחמה הקרה, נראה היה ברור שפנטגון נכנס לתקופה של שינוי מעמיק אפשרי. אספין נראה כאיש הנכון לנהל את השינוי הזה.
כפי שהתברר, אספין ניצב בפני קשיים כבר מההתחלה. מחלת לב קשה אילצה אותו להתאשפז בבית חולים למספר ימים בפברואר 1993, בקושי חודש לאחר שנכנס לתפקידו. חודש לאחר מכן הוא שב לבית החולים לצורך השתלת קוצב לב. גם כך, היה עליו להתמודד עם השאלה הטעונה של שירות הלהט"בים בכוחות המזוינים, מחלוקת שהשאיר לו קודמו בתפקיד, דיק צ'ייני. סוגיה זו הפכה למרכזית במערכת הבחירות של 1992, כאשר קלינטון הבטיח לשים קץ לאפליה כנגד הלהט"בים. במהלך הדיון על אישור מינויו ציין אספין שהוא ינקוט בצעדים בסוגיה זו באופן מידי, ועם כניסתו לתפקיד הוא הציג לנשיא קלינטון תוכנית לדיון בקונגרס ובמטות המשולבים והציג לוח זמנים להוצאת פקודה שתתייחס לנושא. תוכנית זו עוררה מחאה רחבה בכל חלקי הקשת הפוליטית בנוגע לסוגיה זו.
שירות הלהט"בים בכוחות המזוינים.
המחלוקת על שירות הלהט"בים גרמה הן לנשיא קלינטון והן לאספין נזקים פוליטיים ונמשכה עד לדצמבר 1993, כאשר לאחר חודשים רבים של בלבול ומבוכה ומחלוקות נוספות, אספין הוציא את התקנות החדשות שנודעו כמדיניות שנקראה אל תשאל, אל תספר בנוגע להתנהלות הלהט"בים בשירות הצבאי: מועמדים לשירות לא נשאלו על נטייתם המינית ונטייה מינית להט"בית לא הייתה סיבה לפסול אף אחד מקבלה לשירות, "למעט במקרים בהם היא באה לידי ביטוי בהתנהלות להט"בית"; אנשי הכוחות המזוינים נשפטו בנוגע להתאמתם לשירות, לא על נטייתם המינית; הדחה מהשירות התבססה על מעשים להט"בים, נישואים חד-מיניים, או הצהרה של החייל שהוא או היא הוא בעל נטייה להט"בית, תוך שניתנת לו ההזדמנות להפריך את הטענה למעשים להט"בים שיוחסו לו; חקירות פליליות של מחלקת ההגנה או של גופי אכיפה לא התקיימו אך ורק כדי להגדיר את הנטייה המינית של איש הכוחות המזוינים, ושאלות בנוגע לנטייה המינית לא נכללו בשאלונים שמולאו לטובת קבלת סיווג ביטחוני; לבסוף, אנשי הכוחות המזוינים יודעו על מדיניות מחלקת ההגנה בנוגע להתנהלות להט"בית במהלך הכשרתם. מדיניות פשרה זו, שעליה הוחלט לאחר דיון ציבורי קשה ומפלג, לא השביעה באופן מלא את רצונותיהם של אף אחד מהצדדים.
שירות הנשים בכוחות המזוינים.
סוגיה חברתית נוספת שהיה על אספין להתמודד אתה, הייתה שאלת שירותן של נשים בתפקידים קרביים. באפריל 1993 הוא הכריז על מדיניות חדשה בנוגע להצבתן של נשים בכוחות המזוינים: הזרועות של הכוחות המזוינים אפשרו לנשים להציב את עצמן כמועמדות להכשרה כטייסות קרב; הצי אפשר את הצבתן של נשים בספינות נוספות וניסח הצעה שהוגשה לקונגרס להסיר את המחסומים החוקיים הקיימים להצבתן של נשים על ספינות קרב; והצבא וחיל הנחתים קיבלו הוראה לאתר אפשרויות לנשים לשרת בחילות כמו חיל התותחנים או ההגנה האווירית. (הייתה זו תגובה להמלצות שהוגשו על ידי ועדת אד הוק בראשותה של עוזרת מזכיר הצי לעניינים כוח אדם ועתודה, ברברה ס. פופ, שמונתה בעקבות שערורייה שבמסגרתה הואשמו מאה טייסים של הצי ושל חיל הנחתים בתקיפה מינית של 83 נשים ושבעה גברים במלון הילטון בלאס וגאס). בינתיים, מונתה שילה וידנל לתפקיד מזכירת חיל האוויר של ארצות הברית, האישה הראשונה שעמדה בראש אחת מהמחלקות האחראיות על זרועות הכוחות המזוינים.
תקציב ההגנה ו"הסקירה המקפת".
גלגולו של תקציב ההגנה לשנת הכספים 1994, החל מ-1 באוקטובר 1993, הייתה משימתו הגדולה ביותר של אספין. תהליך אישור התקציב הוכח כמורכב יותר מהרגיל, וזאת בשל הבטחת הבחירות של הנשיא קלינטון לצמצם את תקציב מחלקת ההגנה והוראתו של אספין מיד לאחר שנכנס לתפקידו לערוך "סקירה מקפת" ("bottom-up review") של מבנה הכוחות המזוינים. תום המלחמה הקרה וכתוצאה מכך ההזדמנות לקצץ בתקציב ההגנה היוו הצדקה להערכה מחדש של האמצעים שהסקירה המקפת המליצה עליהם. קבוצת היגוי מטעם הפנטגון בראשותו של תת-מזכיר ההגנה לרכש ולטכנולוגיה, ג'ון דויטש, ושכלל גם נציגים מלשכת מזכיר ההגנה, מהמטות המשולבים ומהזרועות השונות, ניהלה את הסקירה.
בשל האיום ההולך וגובר של העימותים האזוריים, ביקש אספין שתהיה יכולת חזקה לקיים מבצעים צבאיים מוגבלים, כולל משימות שמירת שלום, ושתתקיים "נוכחות של תקופת שלום של הכוחות המזוינים של ארצות הברית ברחבי העולם". דוח הסקירה המקפת, שאספין פרסם אותו בספטמבר 1993, לקח בחשבון את עיצוב האסטרטגיה, את מבנה הכוחות, את תהליכי המודרניזציה של מערכות הנשק, ואת תשתיות ההגנה. הדוח התווה תוכנית למבנה כוחות מוקטן, אך עדיין בעל יכולות להילחם ולנצח בו-זמנית בשני עימותים אזוריים ראשיים. הכוחות המזוינים היו אמורים לכלול 10 דיוויזיות סדירות, 11 קבוצות קרב של נושאות מטוסים, 45 עד 55 צוללות תקיפה וכ-345 ספינות, 5 בריגדות של חיל הנחתים ו-13 כנפות קרב סדירות ו-7 כנפות מילואים של חיל האוויר. הדוח גם קרא להוסיף ציוד בכמות קבועה מראש של רכבת אווירית או ספינות תובלה, תחמושת משופרת לאמצעי לחימה נגד טנקים ותחמושת מונחית מדויקת ולשפר את מוכנותן של הבריגדות הקרביות של המשמר הלאומי.
מסקנות הסקירה המקפת השפיעו על תהליך הכנתו של תקציב ההגנה של שנת הכספים 1994, אף על פי שעבודה מדוקדקת על התקציב החלה כבר עם כניסתו של אספין לתפקיד. במרץ 1993 הצעת התקציב לשנת 1994 שהיקפה עמד על 263.4 מיליארד דולר, כ-12 מיליארד דולר פחות בהשוואה לתקציב שקדם לו, ושיקף קיצוצים בזרועות הכוחות המזוינים שהיו זהים לאלו שבהמשך נכללו בסקירה המקפת. מנקודת מבטם של כמה ממותחי הביקורת על ההוצאה הביטחונית הגבוהה, תוכניתו התקציבית של אספין הייתה שונה רק במעט מזו שהוביל ממשל בוש.
בסתיו 1993 החל אספין לומר לבית הלבן שתקציב ההגנה החמש-שנתי, ששיקף את תוצאות הסקירה המקפת, יגיע ליותר מטריליון דולר על פי תחזית ממשל קלינטון. בדצמבר אותה שנה הוא דיבר על גירעון צפוי שלא יפחת מ-50 מיליארד דולר, תוצאה של ההערכות הבלתי מדויקות של האינפלציה, העלייה בהוצאות הביטחוניות והקושי לחשב את שאר הוצאות מחלקת ההגנה, כולל משימות שמירת שלום. גודל הכוח הנחוץ לפעולה בשתי זירות מלחמה אזוריות במקביל תרם לגרעון הצפוי בתקציב. יותר מכך, אספין העדיף את השימוש בכוחות המזוינים בעימותים אזוריים, בניגוד לדעותיהם של מקבלי החלטות אחרים, כולל הגנרל קולין פאוול, יושב ראש המטות המשולבים. סיום כהונתו של אספין כמזכיר ההגנה בראשית 1994 הותירה ליורשו בתפקיד לקבל שורה של החלטות נוספות בנוגע לתקציב ההגנה. תקציב ההגנה הסופי לשנת 1994 עמד על קצת פחות מ-252 מיליארד דולר.
כמו קודמיו, קרלוצ'י וצ'ייני, התמודד אספין עם הסוגיה המתמשכת של סגירת הבסיסים, שאף השפיעה על תקציב ההגנה. במרץ 1993 הוא פרסם תוכנית לסגירת 31 מתקנים צבאיים גדולים נוספים והקטנת או איחוד 134 מתקנים נוספים, מהלך שעל פי התחזיות אמור היה לחסוך יותר מ-3 מיליארד דולר לשנה החל משנת 2000. ועדה חדשה לסגירה והתאמה מחדש של בסיסים אישרה את ההצעה, שנכנסה לתוקף כאשר הקונגרס קיבל אותה כעסקת חבילה.
הקיצוצים השפיעו גם על יוזמת ההגנה האסטרטגית ("מלחמת הכוכבים"). במאי 1993 הכריז אספין על "תום עידן מלחמות הכוכבים", בהסבירו שהתפרקות ברית המועצות חרצה את גורלה של היוזמה. הוא שינה את שמה של היוזמה מ"ארגון יוזמת ההגנה האסטרטגית" (Strategic Defense Initiative Organization) ל"ארגון טילי ההגנה הבליסטיים" (Ballistic Missile Defense Organization – BMDO) ומיסד את סדרי העדיפויות שלה כאמצעי הגנה זירתי ולאומי באמצעות טילים ובאמצעות טכנולוגיות קשורות. ההכפפה שבוצעה על ידי אספין של ארגון זה לתת-מזכיר ההגנה לרכש וטכנולוגיות הצביעה על הורדת חשיבותה של התוכנית.
משברים ויוזמות עולמיות.
הרחבת ברית נאט"ו.
בעודו מחפש פתרונות לסוגיות המורכבות של התקציב ובניין הכוח, מצא אספין את עצמו מתמודד עם בעיות אזוריות קשות ועימותים שדרשו קבלת החלטות ונקיטת פעולות. בנאט"ו הוא דחף את התוכנית "שותפות לשלום" (Partnership for Peace) במימון ארצות הברית לשיתוף חברות הברית ומדינות לא חברות בפעילויות צבאיות, כולל תרגילי אימון, שיתוף בציוד, חיפוש והצלה, מאבק בטרור, מאבק בזיהומים סביבתיים, ומשימות שמירת שלום. בפגישה שהתקיימה בבריסל בדצמבר 1993, הסכימו שרי ההגנה של נאט"ו לשקול בעתיד לקבל לברית מדינות לא-חברות שהשתתפו בתוכנית. נשיא רוסיה, בוריס ילצין, הזהיר שהניסיונות לצרף מדינות מזרח אירופאיות לנאט"ו יהוו איום על האינטרסים האסטרטגיים של ארצו ויעמידו בסכנה את התקוות לפיוס של מדינות הגוש המזרחי לשעבר עם המערב. ילצין טען שהגדלתה של ברית נאט"ו תעורר מחדש את הדאגות הישנות של רוסיה בנוגע לכיתורה ועלולה להחליש את הרפורמה הדמוקרטית.
האיטי.