צ'ארלס ניסה להסדיר ספר תפילות נוצרי-פרוטסטנטי חדש כספר התפילות של הכנסייה הסקוטית. מהלך זה של המלך הוביל להתנגדות מצד האצולה כמו גם האוכלוסייה האזרחית הסקוטית שראו זאת כצעד להפוך את סקוטלנד לכמה שיותר אנגלית. נגד הרפורמות של המלך עלתה תנועת ה'ברית' (Covenanters) שקראה לביטול הרפורמות בכנסייה כמו גם לביטול משרת הבישופים. צ'ארלס החליט לפתור את המשבר בכוח סמכותו הצבאית, העלה צבאו על סקוטלנד והוביל לפריצתה של מלחמת הבישופים () ב-1639. צבא הסקוטים, שהורכב בין לבין משכירי חרב ששירתו במלחמת שלושים השנים, היה מוכן היטב למאבק. צ'ארלס סירב לביטול מוסד הכמורה של הבישופים מכיוון שרבים מהמעורבים בו היו ידידיו ומכיוון ששני הצבאות לא רצו במאבק התכתשויות צבאיות היו משניות בלבד. ב-1640 הסכים צ'ארלס ל'פיוס של בריק' שקבע כי ועידת הכנסייה הסקוטית תקבע את מעמדם העתידי של בישופים.
התסיסה האנטי מלוכנית.
ועידת הכנסייה התקיימה בגלאזגו וקבעה כי הכנסייה לא מוטלת תחת כל סמכות ריבונית מצד המונרך, מה שהוביל את צ'ארלס לכנס מחדש את הפרלמנט האנגלי כדי להטיל מיסים נוספים. כינוס הפרלמנט מחדש הוביל לסיום רודנות אחד-עשרה השנים ולסיום שלטונו האישי של המלך. אחת הסיבות לכינוס המחודש של הפרלמנט הייתה שבשנת 1640 גברה ההתנגדות העממית לצ'ארלס, והוא נאלץ לכנס את הפרלמנט כדי לקבל לגיטימציה להכבדת נטל המיסים. עם כינוסו המחודש של הפרלמנט ציפה צ'ארלס שיסלח לו על פיזור הפרלמנט הקודם ורודנותו וכי הפרלמנט יתיר לו העלאת מיסים חדשים. לא כך היה הדבר ובמהרה פרצו ויכוחים בין המלך לפרלמנט החדש. שלושה שבועות לאחר כינוסו של הפרלמנט הורה צ'ארלס על פיזורו המחודש ומכאן כינויו 'הפרלמנט הקצר' (The Short Parliament).
זמן קצר לאחר פיזור הפרלמנט הקצר חצו לוחמי ה'ברית' הסקוטים את הגבול האנגלי סקוטי וכבשו את נורת'מברלנד וטיין אנד ויר באנגליה. הרוזן מסטראפורד נשלח להנהיג את הצבא האנגלי במתקפת נגד אך צבא זה נחל מפלה מידי הסקוטים והתפזר בבהלה. בנקודה זאת הסכים צ'ארלס לוותר על דרישותיו בעניין רפורמה דתית שנגדו את קביעותיה של הכנסייה הסקוטית וכמו כן הבטיח לשלם לפרלמנט הסקוטי עבור הוצאת הכוחות מנורת'מברלנד וטיין אנד ויר. כדי לשלם לסקוטים נדרש מצ'ארלס להעלות מס חדש ועל כן הוא כינס פעם נוספת את הפרלמנט האנגלי. הפרלמנט החדש העביר מספר חקיקות שנגדו את מדיניותו של צ'ארלס אך עקב עמדתו החלשה של המלך לא פעל נגד הפרלמנט. ההתנגדות לצ'ארלס ולמדיניותו האבסולוטית הונהגה בידי ג'ון פים (), פוריטני שקרא בעד שימור סמכויותיו של הפרלמנט. ב-1641 העביר הפרלמנט את חוק שלוש השנים הראשון שקבע כי יש לכנס את הפרלמנט לפחות פעם אחת מדי שלוש שנים ובכך מנע את שלטונו האישי של צ'ארלס מלחזור על עצמו. נוסף על כך החקיקה גם קבעה כי הפרלמנט המכהן יפוזר רק בהחלטה עצמית.
כמו כן העביר הפרלמנט גם את 'חקיקת הביאס קורפוס של 1640' שלפיה לא הותר לריבון להורות על מעצרו של כל אדם אשר מצא לנכון לעצור אותו. הפרלמנט הקצר שהתכנס בתחילה, ואחריו הפרלמנט הארוך (תוארו של הפרלמנט השני שכינס צ'ארלס ב-1640) התנגדו בחריפות למדיניותו של צ'ארלס, אך ביטאו זאת רק בתקיפת הארכיבישוף מקנטרברי וראש השרים, נציגיו של צ'ארלס. ויליאם לואוד הוטל תחת מעצר בהוראת הפרלמנט אשר בנוסף על כך גם הורה על הוצאתו להורג של הרוזן מסטראפורד על פעילותו באירלנד איפה שהכפיל את המיסים בעוד הפרלמנט לא פעל כלל. בסוף שנת 1641 פרץ באירלנד מרד. במקור היו אירים שחזו במהלכיו של הפרלמנט וציפו שדרך המרידה יינתנו להם זכויות פוליטיות גם כן מידי הפרלמנט. האירים הונהגו בידי פלים או'ניל () והשתלטו על מספר מעוזים צבאיים. במהרה החלה מרידה עממית נרחבת של תושבי אירלנד שמטרתה העיקרית הייתה לגרש את המתיישבים הסקוטים והאנגלים באירלנד ולא לחפש אחר זכויות שיינתנו להם מהמלוכה או מהפרלמנט האנגלים.
ב-1 בדצמבר 1641 פרסם הפרלמנט את 'המפגן הגדול' (The Grand Remonstrance) שהיה לרשימת גורמים להתנגדות הפרלמנט לצ'ארלס שכללו האשמות מדבר שחיתות; תמיכה בסתר בקתולים; שימור יועצים חלשים במשרותיהם והתעלמות מהוראות ומסמכויות הפרלמנט. גורמים בתוך הפרלמנט חששו כי הרפורמות הדתיות הקודמות של צ'ארלס, כמו גם המרידה המתמשכת באירלנד, היו יחדיו חלק מהתערבות קתולית בתוך אנגליה שמטרתה הייתה להשיב את הקתולים לשלטון. המחלוקת בסוגיה האם המלך או הפרלמנט צריכים לשלוט בצבא, הביאה להחמרת המצב המתוח ממילא ביניהם. ב-1642 מאס צ'ארלס מפעילות הפרלמנט, איגד מספר חיילים הנאמנים לו ופרץ לתוך הפרלמנט בעת התכנסות בית הנבחרים במטרה לעצור חמישה מחבריו, בהם ג'ון פים. תנועת המלך לעבר הפרלמנט הגיע לידיעת החברים המיועדים למאסר וכאשר צ'ארלס פרץ לתוך בניין הפרלמנט הם הספיקו להימלט. דרך מהלך הפריצה לפרלמנט הצליח צ'ארלס לשכנע את כל המעורבים בבית הנבחרים בהיותו רודן. בתגובה לכך הפרלמנט הקים את מועצת הביטחון שהשתלטה במהרה על העיר לונדון והשיגה את אמון המיליציה המקומית המוצבת בעיר. רוב כוחות הצבא נטו לצד הפרלמנט ולנוכח האירועים פרצה מלחמת האזרחים האנגלית הראשונה בין הפרלמנטרים לבין המלוכנים תומכי צ'ארלס.
מלחמת האזרחים האנגלית.
המהלך הראשון של צ'ארלס במלחמה היה כאשר ניסה להשתלט על מחסני הנשק בעיר הנמל קינגסטון על ההול שבמזרח יורקשייר. הפשיטה הצבאית של הכוחות המלוכניים על העיר נכשלה והמלוכנים נסוגו. צ'ארלס לחם בנחישות ובתבונה כנגד כוחות הפרלמנט, אך הפרלמנט הסית כנגדו את העם בתואנה שמוקד הלחימה דתי, וצ'ארלס מנסה להחזיר את הקתוליות לאנגליה. תעמולה זו הביאה לתמיכת אירלנד במלך, ותמיכת הסקוטים בפרלמנט. צ'ארלס מצידו הכריז בפני האריסטוקרטיה כי בסופו של יום הפרלמנט יפנה לתקוף אותה ולרושש אותה מכספיה. ב-22 באוגוסט 1642 העלה צ'ארלס את הנס המלכותי שלו מעל העיירה נוטינגהאם. רוב התמיכה בפרלמנט רוכזה בדרום ומזרח אנגליה, הפרלמנט אחז ברוב הכספים מהערים המאוכלסות ביותר בדרום אנגליה והייתה לו השליטה על הצי האנגלי ודרכו גם בסחר. לצ'ארלס הייתה תמיכה רבה מאירלנד כמו גם את תמיכתה של האצולה הסקוטית ובהנהגת צבאו עמדו מספר מצביאים מוכשרים, הנודע שבהם הנסיך רופרט מהריין, דוכס קמברלנד (), בנם של פרידריך החמישי, הנסיך הבוחר מפפאלץ ואליזבת סטיוארט, נסיכת אנגליה וסקוטלנד.
צ'ארלס החל לנוע בראש צבאו לעבר לונדון ופגש בכוחות הפרלמנטרים בהנהגתו של הרוזן מאסקס במהלך הקרב על אדג'היל שהיה למעשה לשוויון. צ'ארלס ארגן את צבאו מחדש לאחר הקרב והחל בתנועה מחודשת לעבר לונדון. הרוזן מאסקס ארגן מערך מגננה סדיר של כוחותיו שהוביל את צ'ארלס לשנות טקטיקה ולסגת צפונה. לאורכה של שנת 1643 השיגו המלוכנים את היד העליונה והשיגו שליטה מלאה על דרום-מערב אנגליה. הפרלמנטרים עם זאת הצליחו להשיג את תמיכת כוחות ה'ברית' הסקוטים דרך הבטחות כספיות עבורם והבטחה חסרת בסיס כי בסיומה של המלחמה תעבור הכנסייה האנגלית רפורמה כך שתבוסס על הכנסייה הסקוטית. ה'ברית' היו בעלי חשיבות צבאית עליונה עבור הפרלמנטרים והוכיחו זאת במהלך ניצחונם המכריע על המלוכנים ב-2 ביולי 1644 בקרב על מרסטון מור () שהתקיים בקרבת העיר יורק. לאחר ההפסד בקרב רוב הצפון נפל לשליטת הפרלמנטרים ולאחר מצור קצר יומין נפלה גם העיר יורק. בהנהגת מפקד הפרשים הפרלמנטרי, אוליבר קרומוול, קודמה רפורמה מרחיקת לכת במנהל ובארגון של הצבא הפרלמנטרי אשר הוביל להקמת 'צבא המודל החדש' מתוכו. ב-1645 התקיים הקרב על נייסבי במהלכו הפרלמנטרים בהנהגת תומאס פיירפקס ניצחו באופן מכריע את המלוכנים בהנהגתם של צ'ארלס והנסיך רופרט מהריין.
בסופו של דבר, במהלך השנים 1645 ו-1646 הובסו צבאות המלך. צ'ארלס נשבה באוקספורד בידי הסקוטים והוסגר על ידם ב-1647 לכוחות הפרלמנט. הפרלמנט כעת עדיין התקשה להעביר את הרפורמות שרצה לקדם עקב ערמומיותו של צ'ארלס והעובדה שלא ניתן היה לסמוך על מילתו שיגביל את סמכותו השלטונית. נוסף על כך פרעו מרידות ברחבי אנגליה נגד נטל המיסים שנדרשו עבור מימון 'צבא המודל החדש'. כאשר הפרלמנט ניסה לפזר את הצבא, מפקדו הראשי, תומאס פיירפקס, סירב להיענות לפרלמנט ועקב העובדה שהיה זה הצבא שאחז בפועל בכוח לכפות סמכות, לא היה דבר שהיה ברשות הפרלמנט לעשות. בעת היותו שבוי, צ'ארלס הגיע להסכם סודי עם הסקוטים הקרוי 'האירוסין' שבמסגרתו הסכימו הסקוטים להשיב את צ'ארלס לכתר ולהשיב לו את סמכויות השלטון.
זמן קצר לאחר מכן צ'ארלס חמק מהשבי, הצבא הסקוטי פלש לתוך אנגליה כדי להשיב לו את הכתר ומרידות עממיות נגד המיסים שהטיל הפרלמנט פרצו ברחבי אנגליה ובכך החלה מלחמת האזרחים האנגלית השנייה. מלחמת אזרחים זאת הייתה קצרה מקודמתה כאשר בתוך שנה 'צבא המודל החדש' מחץ את כל המרידות העממיות ומוטט את הצבא הסקוטי הפולש במהלך הקרב על פרסטון. צ'ארלס נשבה בשנית וניסה לשוב לשולחן המשא ומתן עם הפרלמנט אך ההנהגה הצבאית של 'צבא המודל החדש' התנגדה לכך. רבים בהנהגה הפרלמנטרית, כגון אוליבר קרומוול, ראו בצ'ארלס רודן שהוביל לשפיכת דמם של אלפים ללא הצורך ושלא תבוא כל פשרה כל עוד נותר במלוכה. ב-1648 מספר חיילים פרלמנטרים בפיקודו של הקולונל תומאס פרייד () פרצו לתוך הפרלמנט והדיחו בטיהור פוליטי המכונה 'טיהורו של פרייד' את כל חברי הפרלמנט שלא צידדו עם ההנהגה הצבאית. הפרלמנט הנותר המכונה "הפרלמנט המגושם" קרא להעמיד את המלך צ'ארלס למשפט בעוון בגידה.