ב-4 ביוני 1944, אחרי תשעה חודשים של רדיפות והשמדה, נתפסה רומא בידי הארמייה החמישית של צבא ארצות-הברית, והיהודים הנמלטים יצאו ממקומות מחבואם. מיהודי רומא נספו בשנות השואה יותר מאלפיים נפש. שמותיהם מצוינים על קיר בית הכנסת הגדול של רומא.
יהדות מילאנו.
יהדות מילאנו, שקמה רשמית ב-1866, היא הקהילה היהודית הצעירה ביותר באיטליה. מילאנו היא עיר התעשייתית וצומת תחבורה חשוב בצפון איטליה, הייתה מוקד להפצצות בעלות הברית משנת 1942. חלק מתושבי העיר ברחו לכפרי הסביבה. וכך ב-1 בדצמבר 1943 גם חלק מיהדות מילאנו לא היו בבתיהם שבעיר. במצוד אחרי היהודים נתפסו חלק מהם ומ-2,000 יהודי העיר נעצרו פחות מאלף. ולאחר מיון כנדרש על ידי הכנסייה הקתולית לבירור דתם של הנתפסים בני "הגזע היהודי", נשלחו להשמדה 877 יהודים.
יהדות טוסקנה.
יהדות פירנצה קמה במאה ה-15. הקהילה ספגה מכה קשה עם פיטורי היהודים מהאוניברסיטאות. ספרו הביוגרפי של הסופר פאולו צ'אמפי, אשר פורסם בשנת 2006,"שם אחד" מתאר את התלאות, הרגשות וגורלם המר של יהודי איטליה בימי השואה. הספר מספר על אנריקה קלברזי, חוקרת ומרצה מצטיינת לביולוגיה באוניברסיטאות פיזה ובפירנצה, שסולקה מעבודתה משום יהדותה. היא סירבה להסתתר בימי ציד היהודים על ידי המשטרה הפשיסטית והס.ס., נאסרה בביתה, נכלאה בבית הסוהר לנשים "מורטה" והרעילה את עצמה כדי לא להישלח לאושוויץ.
הצבא הגרמני הגיע לפירנצה ושהה בה, ואף החרים את בית הכנסת הגדול לשימושו, אך היא לא נכללה בתחומי שלטון ממשלת סאלו. יהודי פירנצה חוו תקופה קשה של השפלות והורעו מאוד תנאי חייהם, אולם רובם לא נשלחו להשמדה כיהודי צפון איטליה. מתוך יהודי פירנצה נשלחו למחנות כ-250 איש. רוב המשולחים נספו, ביניהם רב הקהילה נתן קאסוטו. בית הכנסת הראשון של פירנצה, שנבנה במאה ה-15, פוצץ על ידי הגרמנים ב-5 באוגוסט 1944. הוא ניזוק קשה כאשר הצבא הגרמני פיצץ בניינים ממערב ל"פונטה וקיו" במטרה להקשות על בעלות הברית לכבוש את פירנצה בשלהי מלחמת העולם השנייה. שער הכניסה לבית הכנסת שוקם והוצב במקום שלט הנצחה.
רב הקהילה ד"ר נתן קאסוטו ארגן את רשת ההצלה בפירנצה, שפעלה עם אנשי הכנסייה, ובראשם הקרדינל אליה דלה קוסטה, להצלת יהודי פירנצה. ראשי רשת ההצלה פתחו בפני היהודים את המנזרים וחלק מיהודי העיר מצאו מסתורין במקומות אלה.
הפרנס ג'וזפה פארדו רוקס (Giuseppe Pardo Roques), מיהדות פיזה, בהיותו אישיות מוכרת בעיר ובעל אמצעים הרשה לעצמו להתעלם מהצו המורה להגיע לתחנת המשטרה. גם כאשר אנשי האס אס חיפשו יהודים ברחובות פיזה הוא נשאר בביתו. ב-1 באוגוסט 1944, חודש לפני שחרור פיזה מהכיבוש הגרמני בידי בעלות הברית, הגיעו החיילים לביתו ורצחו אותו, שישה זקנים אשר היו עמו ומשרתת נוצרייה.
מקרב יהדות ליבורנו נשלחו 90 יהודים למחנות השמדה, אחרים נרצחו בהרים הסובבים את העיר על ידי חיילי הוורמאכט שהיו פעילים בסביבה. בתום השואה נותרו בליבורנו כ-1,000 יהודים. בית הכנסת של ליבורנו, אשר נפתח ב-1962, נבנה על המגרש שבו עמד בית הכנסת המפואר של העיר שנהרס במלחמת העולם השנייה.
יהדות פיימונטה.
היהודים הראשונים הגיעו למחוז פיימונטה במאה ה-14 מצרפת ומספרד. טורינו היא העיר הרביעית בגודלה באיטליה. בעת מפקד היהודים באיטליה בשנת 1938 מנתה יהדות טורינו כ-6,000 יהודים. לאחר פרסום חוקי הגזע באיטליה ב-1938, פיתחו רוב יהודי פיימונטה עמדה אנטי-פאשיסטית חזקה. בתקופה זו היו בטורינו רק כ-4,060 יהודים. מספרם של היהודים ירד, הן בשל עזיבתם של פליטים יהודים זרים רבים והן מחמת הגירתם של יהודים איטלקים.
יהודי טורינו סבלו מגילויי אנטישמיות רבים, שרק הלכו והחריפו. גרפיטי אנטישמי החל להופיע על קירות בעיר, במיוחד בקרבת בית הכנסת של טורינו. בליל 14 באוקטובר 1941, היה ניסיון שלא צלח, להצית את בית הכנסת. בשלושת הימים שלאחר המקרה, החלו להופיע פוסטרים ומודעות ברחבי העיר שקראו לרצוח יהודים, ועליו הופיעו רשימת שמות של יהודים מקומיים וכתובותיהם. אך על פי דברים שכתב הפרטיזן היהודי אמנואלה הרטום ביומנו, כתובות אלה כלל לא היו מדויקות, וסוכנים גרמנים הם אלה שביצעו את הפעולות. משפחות יהודיות רבות נאלצו לעזוב את בתיהם בין השנים 1941 ל-1943, והן עברו להתגורר באזורים כפריים או בהרים עד לשחרור צפון איטליה בסוף אפריל 1945.
בתחילת אוקטובר 1943, פרצו כוחות פאשיסטיים לספרייה של הקהילה היהודית, לקחו את כל הספרים, ושרפו אותם בשריפות ענק בפיאצה קרלינה. בעקבות האירוע, מרבית יהודי טורינו ברחו באופן מיידי מהעיר או מצאו מקומות מסתור. כך, מרבית יהדות טורינו ניצלה מהגורל של קהילות יהודיות אחרות באיטליה. כאשר החלו מבצעי הנאצים להשמדת יהודי איטליה, עם המבצע לאיסוף יהודי רומא להשמדה ב-16 באוקטובר, לא יכול היה להתקיים מבצע דומה בטורינו באותו ההיקף, משום שלא היו בבתיהם. איסוף היהודים התבצע בעזרת המשטרה האיטלקית, על פי כתובות היהודים במפקד האוכלוסין משנת 1938, שעודכנו במחציתה של 1943. פקידי הממשל של רפובליקת סאלו המריצו את עובדיהם ואת תחנות המשטרה לפעול בחריצות מרבית לאיסוף וגירוש יהודים. כאשר ביצעו הכוחות הגרמניים חיפושים בבתי היהודים, הם מצאו רק שתי נשים מבוגרות בביתן. בנוסף, הכוחות הנאצים החרימו רכוש יהודי, ובניינים של הקהילה היהודית הושחתו ונבזזו.
יהודים שעדיין נמצאו בעיר שמרו על זהירות בצעדיהם, והסתמכו על אמונם במכרים איטלקים. יהודים רבים ניצלו הודות לעזרה של איטלקים שהכירו, אך היו כאלה שנתפסו בשל עזרה של איטלקים לכוחות הגרמנים. כך לדוגמה, ב-27 באוקטובר, נעצרו 11 מיהודי טורינו בעקבות הלשנות. חלקם פותו להיכנס לחנויות, שבהן חיכו להם חיילי אס אס. אחרים נתפסו במקום עבודתם. משפחה אחת נתפסה, משום שחזרה לחנות בבעלותה בעיר.
בסך הכל גירשו הנאצים 875 יהודים מטורינו וסביבותיה, מתוכם נותרו בחיים רק 31. כ-400 יהודים מטורינו וסביבותיה נרצחו בזמן השואה. רדיפת יהודים נמשכה עד היום האחרון של המלחמה, ואפילו ב-25 באפריל 1945, יום כניעת הכוחות הגרמנים, נהרגו שישה יהודים בקרבת קונאו.
יהודים רבים הצטרפו לכוחות הפרטיזנים שפעלו בעיקר באזורי ההרים של פיימונטה ועמק אאוסטה. פרימו לוי מספר על כך בספרו. המפורסם שבהם הוא אמנואלה הרטום. במבנה בית הכנסת מצויה ספרייה על שמו. גם בית הספר היהודי בטורינו נקרא על שמו. יהודים רבים ניצלו הודות לכך שמשפחות איטלקיות, פרטיזנים ואנשי כנסייה הסתירו אותם, תוך כדי סיכון רב לחייהם.
שלט לזכר יהודי טורינו שנרצחו בשואה הוצב בתחנת הרכבת של העיר.
יהדות אסטי, במחוז פיימונטה, הייתה קהילה יהודית שהתפתחה במהלך המאה ה-15. היו בה כמה עשרות יהודים. בעת הכיבוש הגרמני, בשנת 1943, נלקחו מהשכונה היהודית שלושים יהודים למחנות ההשמדה. רק שלושה מהם חזרו. מאז מספרם פחת, בעיר נשארו בודדים והקהילה לא הוקמה מחדש.
יהדות ונציה וטריאסטה.
לכידת היהודים בוונציה וטריאסטה החלה כאשר רוב היהודים כבר היו מודעים לגורלם. בוונציה היו 1,200 יהודים. בשנים 1943–1944 נלקחו להשמדה 200 תושבים, כולל זקנים וזקנות מבית האבות וחולים מבית החולים לחולי נפש באחד האיים. אליהם הצטרף הרב של הקהילה, הרב אדולף אוטולונגי - כולם הוגלו ונרצחו. בככר המרכזית של הגטו, ליד בית האבות, מצוי קיר ועליו תחריטי נחושת, המתארים את גורלם של יהודי ונציה בשואה.
בטריאסטה הייתה לפני המלחמה קהילה יהודית של 6,000 נפש. במהלך הכיבוש הגרמני נערכו שני מבצעים ללכידת יהודים: ב-19 באוקטובר 1943 וב-29 בינואר 1944. המבצע האחרון כלל את החולים והזקנים שהיו במוסדות היהודים. ב-4 באפריל 1944 הוקם מחנה הריכוז בריזיירה די סן סאבה (Risiera di San Sabba) הסמוכה לטריאסטה. במחנה זה, ששימש גם כמחנה השמדה, הוקמה משרפה, וממנו נשלחו להשמדה יהודים, פרטיזנים ומתנגדי השלטון. מספרם של יהודי טריאסטה שנספו בשואה נאמד ב-710.
יהדות נאפולי.
לפני מלחמת העולם השנייה חיו בנאפולי בדרום איטליה כאלף יהודים. נאפולי ספגה הפצצות יותר מכל עיר איטלקית אחרת במלחמת העולם השנייה, אף על פי שהעיר לא התמרדה בזמן השלטון הפאשיסטי. היא הייתה הראשונה להתנגד לשלטון הצבאי הגרמני. 14 יהודים נספו בשואה. 45 יהודים הסתתרו בכפרים ליד העיר בקזרטה שבמחוז קמפניה, היתר עזבו את העיר. העיר שוחררה לגמרי ב-1 באוקטובר 1943 על יד כוחות בריטיים ואמריקאים. בתום המלחמה 540 יהודים. בסוף העשור הראשון של המאה ה-21 מונה הקהילה היהודית כ-160 נפש.
יהודים תחת הכיבוש האיטלקי ביוון.
ב־28 באוקטובר 1940 תקפה איטליה הפאשיסטית את יוון והחלה מלחמת איטליה–יוון. הצבא היווני הדף את הפלישה למשך חצי שנה והסב לאיטלקים אבדות כבדות. ב־6 באפריל 1941 תקפה גרמניה הנאצית את יוון, וב-27 באפריל נכנסו כוחות גרמניים לאתונה והושלם כיבוש רוב יוון בידי גרמניה הנאצית. יוון חולקה בין גרמניה הנאצית, איטליה הפשיסטית ובולגריה. רוב היהודים בשטחים הבולגרים והגרמנים הושמדו בין מרץ לאוגוסט 1943. רוב יהודי סלוניקי שהיו בשטח גרמני נשלחו לאשוויץ ונרצחו שם.