ספר התנ"ך המקורי שעליו סומנו ההעתקות מהכתר נעלם, ורק בשנת ה'תשמ"ז (1987), התגלה עותק כמעט-שלם של התנ"ך האבוד עם רשימותיו של הרב ילין. תנ"ך זה שהה שנים רבות בעליית גג ביתו של יצחק יעקב ילין, ללא ידיעתו, בשכונת קריית משה בירושלים, וכמעט הועבר לגניזה כאשר עמד הבית להיהרס. הוא ניצל על ידי שמואל לורנץ, באותה עת תלמיד ישיבת הר עציון, שהעבירו לידי יוסף עופר.
הרב דוד יצחקי והרב יעקב יששכר טשינגל פרסמו לפי תנ"ך זה רשימת פרשיות פתוחות וסתומות, וכן את כתבי השליחות שמסרו חכמי ירושלים לרבי שלום שכנא.
החוקר משה דוד קאסוטו.
בשנות ה־40 של המאה ה־20 הוקם באוניברסיטה העברית בירושלים "מפעל המקרא", שמטרתו הייתה להוציא לאור מהדורת תנ"ך מדויקת ומושלמת. חוקרי "מפעל המקרא" חיפשו כתב יד מוסמך, עליו יוכלו לבסס את הנוסח המדויק ביותר, ובחרו בכתר ארם צובא העתיק והמהימן. לביצוע המשימה הוחלט לשלוח לחלב שני חוקרים חשובים – משה דוד קָאסוּטוֹ ויצחק שָמוֹש (יליד חלב, ואחיו של הסופר אמנון שמוש) – במטרה לצלם את דפי הכתר. בשנת 1943 יצאו קאסוטו ושמוש לסוריה, אך נתקלו בסירוב מוחלט לבקשה לצלם את הספר, ובוודאי להוציאו מתחום בית הכנסת. הקהילה הסכימה לתת לקאסוטו לבדו לעיין בכתר, בהשגחת אדם מהקהילה. בחוסר ברירה הסכים קאסוטו, ובמשך כשבוע ימים עיין בכתר ורשם לעצמו רשימות. בינתיים החריפו היחסים בין המוסלמים ליהודים, ובמהרה נסגרו שערי סוריה בפני מבקרים יהודים. יוסף עופר פרסם מאמר על הכתר לאור רשימות קאסוטו.
הפּרעות בחלב.
היחס כלפי יהודי סוריה החל להסלים, כאשר בשנת 1925 הותקף הרובע היהודי בדמשק; בשנת 1936, במקביל לפרוץ המרד הערבי הגדול בארץ ישראל, התחוללו מהומות נגד יהודי סוריה, שהואשמו בציונות. במלחמת העולם השנייה הפכה סוריה לבסיס תעמולה נאצית, ובמשך כל שנות ה־40 ידעו יהודי סוריה פרעות הולכות ונשנות. בשנת 1945 חלה הרעה גדולה בתנאי החיים של יהודי סוריה: מעמדם הושפל, נאסר עליהם להגר וראשי הקהילות חויבו לגנות בפומבי את הציונות.
יומיים לאחר ההכרזה על תוכנית החלוקה בכ"ט בנובמבר 1947 התחוללו פרעות נגד היהודים בחלב. אספסוף ערבי נהר לרובע היהודי והרס, שדד ושרף בתים רבים ואת רוב בתי הכנסת. הקונסול הבריטי בחלב, שראה את הדברים במו עיניו, דיווח לשגרירות בדמשק כי "קבוצות פורעים פגעו במוסדות, בבתים ובחנויות של יהודים. המשטרה והצבא לא עשו דבר, ומספר שוטרים אף נטלו חלק בביזה. הפרות הסדר נמשכו כל היום, ורק למחרת שלח המושל כוחות על מנת להשיב את הסדר על כנו ולהגן על רכוש יהודי".
הרב הראשי לקהילת חלב, חכם משה טוויל, שגר מול בית הכנסת העתיק, סיפר כי בצהריים התאספו גויים רבים ליד בית הכנסת, והכריזו: 'פלסטין בִּלָאדְנָא ויָאהוּד כִּלָאבְּנָא' (פלסטין היא ארצנו והיהודים כלבינו). אחרי הצהריים התנפל ההמון בסיוע צבא סוריה על בית הכנסת, החריב אותו והבעיר את המקום. בנוסף, הוצאו כארבעים ספרי תורה ושרפו אותם בחוץ בנפט ובשמן. במשך שלושה ימים הסתגרו יהודי חלב הנפחדים בבתיהם, ורק לאחר מכן העזו לצאת. לא היו אמנם נפגעים בנפש, אך החיפושים בין החורבות המפויחות של בית הכנסת העתיק העלו כי כתר ארם צובא נעלם.
בהמשך התברר כי במהלך הפרעות יהודי בשם אשר בגדאדי חמק לבית הכנסת והבריח ממנו את כתר ארם צובא שנשרף בחלקו, אל ביתו של הרב סלים זעפראני - רב בית הכנסת הגדול וראש ישיבת דגל תורה. מחשש שמא הערביים יחפשו את הכתר ויזיקו לו, אספו הרב סלים והרב משה טוויל את הגווילים השרופים למחצה, גנזום בכד ופרסמו כי הכתר נשרף כליל.
הצלת הכתר.
כמה חודשים לאחר הפרעות גילו עולים יהודים מחלב ליצחק בן-צבי, כי בניגוד לשמועות, חלק מהכתר שרד והוא לא נשרף כליל, אלא שראשי הקהילה הפיצו את השמועה כדי להגן על הכתר. ברור היה כי הכתר לא יוכל להישאר בחלב, שם קיים חשש לגורלו.
יצחק בן-צבי פנה בקריאה לעולים מחלב לסייע לו בהבאת הכתר למקום בטוח. שרה חָבֵר, אחת העולות, הסכימה להסתכן ולחזור לסוריה כדי להציל את הכתר, אך כל ניסיונותיה להסתנן לארץ הנעולה עלו בתוהו. בתחילת שנות ה־50 ביקש יצחק בן־צבי משגרירי מדינת ישראל ברחבי העולם לעורר את היהודים יוצאי חלב בארצותיהם להצלת הכתר והבאתו לישראל. הרב בן-ציון מאיר חי עוזיאל, שהיה אז הראשון לציון, כתב לראשי הקהילה בחלב:
בב' בשבט ה'תשי"ח (1958), יותר מעשר שנים לאחר שנעלם ואחרי מסע סודי שארך כחצי שנה, הגיע הכתר לירושלים. גואלו של הכתר היה מרדכי בן עזרא פחאם, יהודי תושב חלב בעל נתינות איראנית שגורש מסוריה. לפני שיצא, קיבל פחאם בסתר את הספר היקר מראשי הקהילה, כדי שיבריח אותו ארצה. משפחת פחאם יצאה מחלב לאיסטנבול בדרכה לישראל, כשבין חפציה, בתוך מכונת כביסה ישנה, מוחבא הכתר. סרינה פחאם, אשתו של מרדכי, סיפרה על האירועים:
הספר נמסר בתחילה לידיו של "איש ירא שמים מהימן" (כדברי המבריחים), שלמה זלמן שרגאי, לשעבר ראש עיריית ירושלים. לאחר ששכן לילה אחד בביתו של שרגאי, ובקביעתו כי הכתר שייך לכלל ישראל, העבירו לידי הנשיא יצחק בן-צבי. ה"כתר" הושאל למוזיאון ישראל והוא מוצג בהיכל הספר.
עותק של הספר מוצג בבית הכנסת עדס בשכונת נחלת ציון בירושלים, אשר נבנה על ידי משפחת עדס מחלב.
חלקי הכתר החסרים.
לא כל "הכתר" שרד: רק 294 דפים מתוך 491 הדפים המקוריים שהיו בו הגיעו לישראל. ארבעה מתוך חמשת חומשי התורה חסרים כמעט לגמרי, והספר החמישי – ספר דברים – מתחיל רק ב. גם חמשת הספרים האחרונים בקובץ – קהלת, איכה, אסתר, דניאל ועזרא – נעלמו.
החלקים שנשתמרו מן התורה הם:
החלקים החסרים בנביאים ובכתובים:
בסך הכול נותרו בחלקים הקיימים כ־65 אחוזים מכל המקרא.
לא ברור כיצד נעלמו הדפים החסרים. חוקרים העריכו כי בעת שנשרף בית הכנסת בשנת 1947 לקחו יהודים מן הקהילה חלקים ממנו, ופרסמו קריאה ליוצאי חלב להעביר חלקים כאלה הנמצאים ברשותם. בשנת 1982 מסרה אישה מברוקלין דף מדברי הימים לספרייה הלאומית. בשנת 2007 הועבר ליד בן צבי קטע מספר שמות שקודם לכן שימש כקמע בידי יהודי מחלב, שהאמין שניצל בזכותו מן הפרעות בעיר.
אספן היודאיקה שלמה מוסאיוף העיד במהלך ראיון טלוויזיוני כי בשנות השמונים של המאה הקודמת הגיעו אליו שני סוחרי יודאיקה ובידם מזוודה. הם הציעו לו את חלקי הכתר החסרים תמורת סכום של מיליון דולר. מוסאיוף טען בראיון כי באותה העת לא היה בידו סכום כסף גדול כל כך, ולכן העִסקה לא התקיימה.
לטענת העיתונאי מתי פרידמן בספרו "תעלומת הכתר", החלקים החסרים – או לפחות רובם – נשדדו בישראל. לדבריו הכתר לא נמסר לנשיא בן־צבי מיד עם הגעתו לישראל, אלא קרוב לשלושה שבועות לאחר מכן. דרור שׂטרשון יעקב חלק על כך, לאור התכתבויות של הנשיא בן צבי בשנת 1953, כארבע שנים לפני שהכתר הגיע ארצה, וממנה עולה שכרבע מדפיו של הכתר אבדו כבר אז.
נזקים נוספים.
מלבד החלקים החסרים, ניזוק הכתר בצורות נוספות ובשנת 1986 הוחל בעבודת שימור ושחזור שנמשכה שש שנים. הצד השעיר של הקלף, המכוסה בפרוות בקר היה חסין יותר מהצד הפנימי של העור החשוף לנזקים ובמקומות מסוימים הדיו החומצתי כרסם בקלף במשך השנים וגרם להיעלמן של אותיות. הכתמים הסגלגלים בפינות התחתונות הפגומות של הדפים, שנחשבו עד אז כסימני השרפה משנת 1947, התגלו בבדיקות מעבדה מעמיקות כפטרייה שכרסמה את הדפים, אולי תוצאת מגען של אצבעות מדפדפות מלוחלחות ברוק. בכתר נמצאו גם סימנים מלבניים של דבק, ככל הנראה סלוטייפ שהודבק בניסיון לתקן אותו, בנוסף לכריכה גסה שחוברה אליו, לאחר הגעתו לישראל.
הכתר במחקר.
חוקרים רבים בדקו את הכתר מאז שהגיע לישראל, והוא שימש יסוד לכמה מהדורות של התנ"ך, ובהן המהדורות שהגיה הרב מרדכי ברויאר (להלן) ומהדורת 'מקראות גדולות הכתר' שההדיר וערך מדעית פרופ' מנחם כהן מאוניברסיטת בר־אילן.
המחקר היסודי והמקיף העוסק בחלקים שנשתיירו מן הכתר הוא ספרו של פרופ' ישראל ייבין, כתר ארם צובה ניקודו וטעמיו, ובו תיאור מדוקדק של מסורת הניקוד, הטעמים והגעיות (=מתגים, הטעמות משנה) בכתר ובכתבי-יד קרובים לו. כמה מחוקי הטעמים והגעיות נתגלו ותוארו לראשונה במחקר זה.
כיום מקובל על רוב החוקרים שזהו אכן הספר הידוע במצרים, עליו כתב הרמב"ם שהוא ספרו של בן־אשר, ועל פיו כתב את הלכות כתיבת ספר תורה.
מיעוט החוקרים סבורים עדיין כי הכתר שנשתמר בחלב אינו הספר המקורי של בן־אשר, שעליו העיד הרמב"ם. אהרן דותן סבור שכתב יד לנינגרד הוא כתרו של בן אשר, ועל פיו הוציא את מהדורת התנ"ך שלו (מהדורת עדי; ידוע גם בכינוי "התנ"ך הצה"לי"). גם משה דוד קאסוטו סבר כך. הוא כתב זאת במברק מחלב לירושלים, עוד לפני עיון מעמיק בכתר, שעתיים לאחר שראה לראשונה אותו בבית הכנסת בחלב, היא ארם צובא, וזמן קצר לפני חורבנו בפרעות שנערכו ביהודי העיר במקביל לקרבות הראשונים של מלחמת הקוממיות בתש"ז (1947). לפי רשימותיו נראה כי עמדתו של קאסוטו נבעה מנוסח שגוי של ספר היד החזקה לרמב"ם שהייתה בידיו, ועל פיה צורתה הגרפית של שירת האזינו הייתה אמורה להיראות אחרת.
השפעתו של כתר ארם צובא.
מאז נודע הכתר ברחבי העולם היהודי, בעיקר בזכות הזכרתו על ידי הרמב"ם ב"משנה תורה", הפך לסמל לדיוק של נוסח המסורה ומהדורות תנ"ך רבות הושפעו ממנו, מי ברב ומי במעט.