גיוס החובה היה בתוקף עוד מאז שנחקק חוק ההגנה של 1910, אך הוא הוגדר רק לטובת פעולות להגנתה הישירה של אוסטרליה. יוז שאף לשנות זאת באמצעות משאל עם כדי שיוגדר גם שגיוס החובה יהיה בתוקף גם לפעולות מלחמתיות מעבר לים. על פי החוק לא היה נחוץ משאל עם, אך יוז חש שלאור חומרת המצב, הצבעת "כן" מצדו של העם, תיתן לו מנדט לעקוף את ההתנגדות של הסנאט. בנוסף, בעוד שממשלת בריטניה בראשותו של לויד ג'ורג', שחיבבה את יוז, עלתה לשלטון רק כמה חודשים לאחר משאל העם הראשון על גיוס החובה באוסטרליה, הממשלה שקדמה לה, ממשלתו של אסקווית', סלדה מיוז.
ב-15 בספטמבר 1916 הורחק יוז, יחד עם 24 חברי פרלמנט אחרים, ממפלגת הלייבור. על קבוצה זו נמנו כל חברי הפרלמנט הכישרוניים של המפלגה ובכך הסתיים הפרק הראשון בהיסטוריה שלה. שנים לאחר מכן אמר יוז: "לא עזבתי את מפלגת הלייבור, המפלגה עזבה אותי". משמעות העיתוי של הרחקתו של יוז מהמפלגה היה שהוא למעשה היה מנהיג המפלגה הראשון של הלייבור שאף פעם לא הנהיג אותה במערכת בחירות.
ראש ממשלת מפלגת הלייבור הלאומית.
יוז וחסידיו, שביניהם היו רבים ממנהיגי הלייבור בראשית דרכה, קראו לעצמם מפלגת הלייבור הלאומית (National Labor Party) והחלו להניח את היסודות ליצירת מפלגה שהם חשו שהיא צריכה להיות באופן מוצהר גם לאומית וגם רדיקלית מבחינה חברתית. יוז נאלץ לחתום על הסכם קואליציוני עם יריבתו לשעבר מהאופוזיציה, המפלגה הליברלית, כדי להישאר בתפקידו.
כמה חודשים לאחר מכן, החליטו יוז ומנהיג המפלגה הליברלית, ג'וזף קוק (בעצמו איש לייבור לשעבר) להפוך את השותפות שלהם בזמן המלחמה למפלגה מאוחדת חדשה, המפלגה הלאומנית (Nationalist Party of Australia). אף על פי שהליברלים היו הרוב במפלגה החדשה, יוז עלה כמנהיג שלה, כשקוק נהיה לסגנו. נוכחותו של איש מעמד הפועלים כמו יוז המוביל מפלגה שהיא בבסיסה מפלגה של אנשי המעמד העליון ומעמד הביניים, אפשרה לאנשי המפלגה להציג תדמית של מפלגה לאומית במלוא מובן המילה. במקביל הוא הוקע מאותה עת במשך שנים כבוגד בעיניהם של אנשי הלייבור.
בבחירות הכלליות של 1917 זכתה המפלגה בראשותו של יוז בניצחון סוחף. בבחירות אלו ויתר יוז על האפשרות לרוץ מטעם מחוז הבחירה של סידני, שהיה בעל זיקה פועלית, ונבחר מטעם מחוז הבחירה של בנדיגו, ויקטוריה ובכך היה ראשון מבין רבים מחברי הפרלמנט האוסטרלי שנבחרו בהזדמנויות שונות מטעם מחוזות בחירה של יותר ממדינה אחת. יוז הכריז שאם משאל עם נוסף על גיוס החובה לא יעבור, הוא יתפטר. משאל עם כזה נערך בדצמבר 1917, אך נכשל שוב, הפעם בהפרש גדול יותר. יוז, לאחר שהמפלגה הצביעה הצבעת אי אמון בו, התפטר מתפקידו כראש ממשלה, אך מאחר שלא היה מועמד חלופי לתפקיד, מינה אותו המושל הכללי, סר רונדל מונרו פרגוסון, מחדש.
ועידת השלום בפריז.
ב-1919 נסעו יוז וראש הממשלה לשעבר, ג'וזף קוק לפריז כדי להשתתף בועידת השלום בורסאי. יוז נשאר שם 16 חודשים וחתם על חוזה ורסאי בשמה של אוסטרליה, החוזה הבינלאומי הראשון עליו חתמה אוסטרליה. "אני מדבר בשמם של 60,000 אוסטרלים הרוגים" אמר יוז בנאומו בוועידה, "בשם כמה הרוגים אתה מדבר"? שאל את נשיא ארצות הברית, וודרו וילסון, כאשר זה כשל בהשגת דרישותיו. יוז, שלא כמו וילסון או כמו ראש ממשלת דרום אפריקה, יאן סמאטס, דרש תשלום פיצויים כבד מגרמניה בדברו על סכום עצום של 24 מיליארד ליש"ט שממנו תדרוש אוסטרליה מיליונים רבים כדי לכסות את הוצאות המלחמה שלה. יוז התעמת לעיתים קרובות עם הנשיא וילסון, שכינה אותו "מזיק נושא מחלות".
יוז תבע שאוסטרליה תקבל ייצוג עצמאי בחבר הלאומים החדש. אף על פי שהצעת החוק שלו לגיוס חובה נכשלה, יוז שמר על האהדה הציבורית כלפיו ובדצמבר 1919 נבחרה ממשלתו מחדש במערכת בחירות קלה. בדיונים בורסאי היה יוז המתנגד הראשי לדרישתה של יפן לשוויון על רקע גזעי, הצעה שכתוצאה מדרישתו ומדרישתם של אחרים לא נכנסה לנוסח הסופי של ההסכם. עמדתו בנושא זה שיקפה את המחשבה על "סיווג גזעי" שהייתה מקובלת באותה תקופה. יפן נפגעה באופן בולט מעמדתו זו של יוז.
כמו יאן סמאטס היה יוז מודאג מעליית כוחה של יפן. תוך חודשים מפרוץ המלחמה באירופה ב-1914, השתלטו יפן, אוסטרליה וניו זילנד על כל הנכסים הגרמנים באוקיינוס השקט. אף על פי שיפן השתלטה על שטחים אלה בברכתה של בריטניה, יוז היה מוטרד ממדיניות זו. בוועידת השלום דרשו מנהיגי הדומיניונים, אוסטרליה, ניו זילנד ודרום אפריקה שהשטחים שהם כבשו מגרמניה, כמו סמואה הגרמנית, דרום מערב אפריקה הגרמנית וגינאה החדשה הגרמנית, יישארו בשליטתם ושטחים אלה קיבלו מעמד של מנדט מסוג C. במסגרת אותו הסכם קיבלה יפן שליטה על כל השטחים הגרמניים לשעבר שמצפון לקו המשווה.
שקיעה פוליטית.
לאחר 1920 שקע מעמדו הפוליטי של יוז. רבים מהגורמים השמרנים של מפלגתו לא בטחו בו מעולם בשל העובדה שהם סברו שעמוק בליבו הוא עדיין נותר סוציאליסט, כשהם מצטטים את התבטאויותיו בנוגע להעברת הבעלות על קווי הספנות וחברת האלחוט לרשות הממשלה. עם זאת, הם המשיכו לתמוך בו לזמן מה לאחר המלחמה, רק כדי להרחיק את הלייבור מהשלטון.
מפלגה חדשה, "מפלגת הכפר", הוקמה, כשהיא מייצגת את החוואים שהיו מנותקים מהמדיניות הכפרית של המפלגה הלאומנית, במיוחד גישתו של יוז בנוגע לפיקוח על המחירים. בבחירות של 1922 ויתר יוז על מחוז הבחירה של בנדיגו ורץ מטעם מחוז הבחירה של צפון סידני, שבוחריו נמנו על המעמד העליון, ובכך ניתק עצמו סופית משורשיו כאיש מעמד העובדים. עם זאת, איבדה המפלגה הלאומנית את הרוב המוחלט שלה. מפלגת הכפר, למרות התנגדותה למדיניותו החקלאית של יוז, הייתה השותפה הקואליציונית היחידה האפשרית עבורו. אף על פי כן, מנהיג המפלגה, ארל פייג', הודיע שהוא ומפלגתו לא יכהנו בממשלה בראשותו של יוז. עקב לחץ מאנשי האגף הימני של מפלגתו, התפטר יוז בפברואר 1923 והוחלף על ידי שר האוצר שלו סטנלי ברוס. תקופת כהונתו כראש ממשלה הייתה הארוכה ביותר עד אותו זמן. שיא זה נשבר על ידי רוברט מנזייס ועד ל-1983, כאשר סיים את תפקידו מלקולם פרייזר, הייתה תקופת כהונתו של יוז השנייה באורכה.
יוז זעם על בגידתה של מפלגתו בו ועד ל-1929 בילה את זמנו על הספסלים האחוריים של הפרלמנט, אז הוביל קבוצה של מורדים יושבי הספסלים האחוריים שחצו את הקווים כדי להפיל את ממשלתו של ברוס. יוז הורחק מהמפלגה הלאומנית והקים מפלגה משל עצמו, "המפלגה האוסטרלית" (Australian Party). לאחר שהמפלגה הלאומנית נחלה מפלה בבחירות של 1929, תמך בתחילה יוז בממשלת הלייבור בראשותו של ג'יימס סקאלין, אף על פי שהיו לו חילוקי דעות עם סקאלין בסוגיות כלכליות. ב-1931 התפייס יוז עם עמיתיו לשעבר והצטרף לאנשי המפלגה הלאומנית ולכמה מאנשי האגף הימני של הלייבור בהנהגתו של ג'וזף ליונס כדי להקים את מפלגת אוסטרליה המאוחדת (United Australia Party). יחד עם כל חברי מפלגה זו הוא הצביע בעת הפלת ממשלתו של סקאלין.
עלייה מחדש.
בבחירות של 1931 נחלה מפלגת אוסטרליה המאוחדת ניצחון סוחף. ליונס שלח את יוז לייצג את אוסטרליה בעצרת חבר הלאומים בז'נבה וב-1934 מונה יוז להיות שר הבריאות והשר לענייני הוטרנים. מאוחר יותר מינה אותה ליונס כשר החוץ, אך ב-1935 הוא אולץ להתפטר לאחר שפרסם את הספר "אוסטרליה והמלחמה כיום" בו חשף את חוסר המוכנות של אוסטרליה למלחמה הבאה. זמן קצר לאחר מכן הגדילה ממשלת ליונס את תקציב ההגנה פי שלושה.
ב-1937 הוחזר יוז לממשלה על ידי ליונס ושימש שוב כשר החוץ. עד למותו של ליונס ב-1939 הוא כיהן גם כתובע הכללי וכשר התעשייה. בממשלתו של יורשו של ליונס, רוברט מנזייס, הוא כיהן בתקופות שונות כשר הצי, שר התעשייה וכתובע הכללי.