לאייזקס, לטרנר ולממשל הוויקטוריאני היו הסתייגויות רבות לגבי טיוטת החוקה שעתידה להעלות על משאל עם; ואייזקס התחפר בהתנגדות מוחלטת. במהלך הועידה הפדרלית ב-15 במרץ 1898 אייזקס במהלך הסתננות פוליטית הוביל לעיכוב משאל העם לשיקול נוסף של טיוטת החוקה. לבסוף קידמה התמיכה הציבורית בפדרציה את משאל העם. משאל העם עבר באופן גורף בוויקטוריה אך הרוב בניו סאות' ויילס לא היה מספיק. אייזקס לא לקח חלק בולט בכנס הבכורה שלאחר מכן ששינה את הטיוטה של החוקה או במסע משאל העם השני. הוא ביקר בבריטניה בשנת 1900 על מנת להתייצב בפני המועצה המלכותית, אך אף על פי שדיקין המליץ ​​על ראש הממשלה מקלין כמועמד הוויקטוריאני המתאים ביותר למשלחת האוסטרלית להציג את החוקה דרך הפרלמנט הבריטי, מקלין התעקש שיהיה זה דיקין שילך ואייזקס לצידו. אייזקס היה אורח כבוד בארוחת ערב של החברה האנגלית-יהודית, אשתו הוצגה בפני ויקטוריה, מלכת הממלכה המאוחדת, והוא צפה בעניין רב בסיומו המוצלח של המשא ומתן על החוקה.
כשטרנר הצטרף לממשלת החבר הראשונה של אדמונד ברטון בתחילת 1901, אייזקס הפך לראש ממשלה של ויקטוריה ואף על פי שכבר הצהיר על כוונתו לעמוד בבית הנבחרים, הקבינט הוויקטוריאני עודד אותו להישאר כראש ממשלה. אולם הוא סירב להצעה ונבחר באופן נחרץ לבית הנבחרים האוסטרלי מטעם מחוז אינדי, המושב הצפון-מזרחי של ויקטוריה. אייזקס המשיך בברית רחבה עם דיקין כחבר המפלגה הפרוטקשיוניסטית ותמך בממשלת ברטון. הוא נבחר שוב כמעט ללא התנגדות בשנת 1903. אייזקס היה דוגל נלהב במדיניות אוסטרליה הלבנה ובביטול עבודות הפרך במלנזיה, הוא גם תמך מאוד ברעיון המוצע של דיקין על בית משפט עליון פדרלי שתתכנס שלוחה שלו בבירות המדינות, בניגוד לבית משפט זמני של נשיאי העליון בכל מדינה. הוא היה נלהב באותה מידה בהצעת החוק לגישור ובוררות של דיקין: "הצעת חוק זו פשוט מציעה לגל התשוקות, הדעות הקדומות והפלגנות להישאר דומם. הוא מפתח סדר עבור כאוס. זו הכרזת שלום לאומית. בקול שווה לכולם, הוא מצווה שאף אחד לא יניח את כלי העבודה וייקח את נשק המלחמה." אייזקס התנגד לממשל כריס ווטסון ב-1904, ובמהלך ממשל ג'ורג' רייד היה למנהיג בולט באופוזיציה בתמרונים של הזרוע הרדיקלית של תומכי דיקין שהגיעו לברית עם מפלגת הלייבור ומדיניותה. הוא לא היה תומך בסוציאליזם, אך ראה את סגולותיו של ארגון האיגודים המקצועיים, את הצדק שבדרישה לשכר הוגן וסביר ותנאי עבודה, והצורך בהתערבות המדינה כדי להביא אותם. הוא היה מודע במיוחד לאיום על המדיניות הפרוטקשיוניסטית ונודע בחריפות בהתקפותיו על רייד.
אייזקס מונה ליועץ המשפטי לממשלה החל מ-5 ביולי 1905 בממשלתו השנייה של דיקין וכמו במשל כל חייו, הפגין מעורבות ופעלתנות יוצאת דופן בתפקיד. הפוליטיקאי סמואל מאוגר התלהב ממנו במדיניות הפרוטקשיוניסטית החדשה אותה אייזקס ניסח ונשא לכדי חקיקה שמטרתה למלא את יישומה, יחד עם ניסיונות להדחיק מונופולים ולהציג את ההשפעה של האיגודים המקצועיים. חלק ניכר מחקיקה זו נתון בסופו של דבר לאתגר חוקתי מוצלח בבית המשפט העליון. סר רוברט גאראן, מזכיר המחלקה ליועץ המשפטי לממשלה, נזכר כי לאייזקס היה ראש נלהב להפליא, אך הוא היה עשוי להיות לפעמים עדין מדי בפניות משפטיות. בעודו מכהן בתפקיד היועץ המשפטי לממשלה, אייזקס שמר על מנהג פרטי גדול; כאשר ספג ביקורת בפרלמנט הוא הגן על התנהלותו בחריפות אופיינית. לדברי גאראן, יכולת העבודה של אייזקס הייתה מפליאה. ביום הוא ניהל את התיקים המשפטיים שהיה מעורב בהם במסגרת היותו עורך דין וויקטוריאני; בעוד בלילה עשה צדק מלא בחובותיו של היועץ המשפטי לממשלה. בין 1901 ל-1906 הופיע אייזקס יותר ממאה פעמים בפני בית המשפט העליון של ויקטוריה ויותר מ-25 פעמים בפני בית המשפט העליון הפדרלי. הטווח של פעילותו היה רחב מאוד, כולל תיקים בעלי חשיבות חוקתית; הוא גם דן בענייני צוואה, אמון וניהול, חובות במס מקרקעין, דיני כרייה, ודיני בנייה.
בית המשפט העליון ומושל כללי.
שופט ונשיא בבית המשפט העליון הפדרלי.
אייזקס מונה לבית המשפט העליון הפדרלי של אוסטרליה ב-12 באוקטובר 1906 בידי דיקין ונשאר בעליון כמעט עשרים וחמש שנים. נשיא העליון הפדרלי, סר סמואל גריפית' והשופט אדמונד ברטון שניהם התנגדו לו בעמדות פוליטיות שונות והתנגדו נחרצות למגמת הפרשנויות החוקתיות שלו. במשך שנים רבות מצאו עצמם השופטים אייזקס והנרי בורנס היגינס לעיתים קרובות במיעוט משפטי מתנגד. אייזקס היה אחד השופטים הפדרליים האוסטרליים הראשונים שנתנו הכרה מפורשת בהשלכות החברתיות של קבלת החלטות והוא קבע מדיניות חברתית (ובעתות המתאימות, גם כלכלית), לעיתים קרובות בפירוט, בשיפוטיו. דיני משפחה וגירושין, חקיקת מפעלים וחקיקה שנועדה להגן על עובדים הם דוגמאות לכך. הוא דיבר על הצורך שבתי המשפט יהיו 'איברים חיים של קהילה מתקדמת'. בצעירותו הובאו אליו למשרדו הפרטי ליקויי דיני החברות הוויקטוריאניות בתקופת השפע הכלכלי וההתפרצות; הוא חווה את השפל של שנות ה-90 שלאחר מכן עם האבטלה וניצול העבודה; הוא ראה בהימורים רוע שפגע בעיקר ברווחתו של האיש העובד ומשפחתו. הוא קרא רבות בספרות חברתית וכלכלית שאסף, כמו גם הסדרים משפטיים שופעים, שעליהם ביסס את עמדותיו. בתחום השיפוט הפלילי הוא הדגיש את ההגנה שהחוק צריך להבטיח לנאשמים. אולם במשפט המנהלי הוא גילה לפעמים אהדה חסרת פרופורציות לאינטרס של הסמכות הציבורית במחיר הפרט.
בנושאים חוקתיים הוא עבר בהתמדה לעמדה של תמיכה חזקה וכמעט בלתי מעורערת בהפעלת סמכות לאומית, ריכוזית. במקרה שנגע בכוח הבוררות הפדרלי, הוא אמר כי השאלה היא האם חבר העמים יכול להתמודד עם הבעיות החברתיות החשובות ביותר שלה, ללא הפרעה מסעיפי המדיניות של מדינות מסוימות. במשך כמעט עשור וחצי מצא את עצמו מתנגד בתיקים מרכזיים שנגעו לעניינים חוקתיים, אך עם עזיבתו של גריפית', יתרת חברי העליון התהפכו ותיק המהנדסים משנת 1920 הפך לסמל מרכזי להישגיו של אייזקס. ניתן היה להכריע בסוגיה המדויקת של סמכות הבוררות הפדרלית במקרה זה, אך הרוב בבית המשפט, בפסק דין שחושף את עמדתו של אייזקס ללא עוררין, לא נקט בעמדה יחידה לכל התיקים. במגוון נושאים הוא הצהיר טווח רחב לשלטון הפדרלי, במיוחד במהלך מלחמת העולם הראשונה ולגבי הגירה לאוסטרליה. ב-1920 הוא ביסס עמדה שאף על פי שסעיף 92 לחוקה יש היקף רחב הוא מחייב רק את המדינות, ומשאיר את חבר העמים חופשי ממגבלותיו הרחוקות. לאחר שהגיע לעמדה זו הוא טען כי מסקנה אחרת אינה אמינה. כאשר, לאחר פרישתו מבית המשפט, קבעה המועצה המלכותית כי סעיף 92 מחייב הן את חבר העמים והן את מדינותיו, הוא גינה את ההחלטה כטעות חריפה. אייזקס ייצג את הקול הלאומי ביותר בבית המשפט העליון הפדרלי.
אייזקס הושבע לחברות במועצה המלכותית בנובמבר 1921 בעודו בחופשה ממושכת בבריטניה והחל לפעול כחבר בוועדת השיפוט שלה רק שלוש שנים מאוחר יותר. הוא עוטר במסדר מיכאל הקדוש וג'ורג' הקדוש בשנת 1928. הוא ירש את סר אדריאן נוקס כנשיא בית המשפט העליון הפדרלי של אוסטרליה ב-5 באפריל 1930, לפני מינויו של ראש הממשלה ג'יימס סקאלין, אך כיהן בתפקיד במשך פחות מעשרה חודשים. בתחילת דצמבר הוכרז על מינויו למשרת המושל הכללי של אוסטרליה. ב-22 בינואר 1931 הוא הושבע בשבועת הכהונה, והיה לאוסטרלי הראשון להיות יליד אוסטרליה לכהן במשרה זאת.
המושל הכללי של אוסטרליה.
במשך חודשים הייתה מחלוקת גדולה בהקשר של מינויו של אייזקס למשרת המושל הכללי. בתחילת 1930 הודיע ​​המושל הכללי הפורש, ג'ון ביירד, ויקונט סטונהייבן הראשון, לראש ממשלת אוסטרליה מטעם מפלגת הלייבור, ג'יימס סקאלין, כי ממשלת בריטניה תקבל בברכה אינדיקציה ליורש מתאים לפני התייעצות עם המלך. לדברי גאראן, הממשלה בפברואר או במרץ, לאחר ששקלה את המינוי להיות בין אייזקס וסר ג'ון מונש, החליטה להמליץ ​​על אייזקס והודיעה זאת לראש ממשלת הממלכה המאוחדת רמזי מקדונלד. בחודש אפריל הכרזת המינוי עוררה התנגדות אלימה, המבוססת בעיקר על נימוקים פוליטיים-מפלגתיים, בטענה כי אייזקס הועדף מעצם היותו אוסטרלי. נטען כי לאדם מקומי יהיו בהכרח אינטרסים אישיים וכי אזרח מכובד של הממלכה המאוחדת יבטיח טוב יותר את קשרי האימפריה; אייזקס, יתר על כן, היה באמצע שנות השבעים לחייו. העמדה החוקתית לא הייתה בטוחה בכך שלא נקבע בבירור מאין צריכה לנבוע העצה החוקתית למינוי מושל כללי. בעוד שהוועידה הקיסרית של 1926 מנעה את הצעת הייעוץ של ממשלת בריטניה, היא לא ציינה אז שמקור הייעוץ למינוי הוא ראש ממשלת הדומיניון הרלוונטי. ג'ורג' החמישי, מלך הממלכה המאוחדת, לפי עצת יועציו, התנגד בתוקף למינוי אייזקס מכיוון שהוא "תושב מקומי", לא הייתה התייעצות מוקדמת עם המלך ולא נודע לו על המינוי באופן אישי. אולם הוועידה הקיסרית אישרה בתחילת נובמבר 1930 כי יש למנות מושל כללי על פי עצת ממשלת דומיניון הנוגעת בדבר, אם כי רק לאחר התייעצות לא רשמית. בסוף נובמבר, בקהל עם המלך, סקאלין עמד איתן ולא נס מעמדתו, המלך אישר בעל כורחו, וההודעה על מינויו של אייזקס נמסרה תוך הבהרה ברורה של מורת רוחו של המלך.