ב-27 במרץ 1941 מוזג לתוך אגד שירות תחבורה "שירות עמק הירדן" שמנה 5 נהגים והפעיל קווים מעמק הירדן לטבריה ולחיפה.
ב-1942 מוזג לתוך אגד שירות התחבורה של יוסף רשל שהפעיל קווים מטבריה ליבנאל ולאל חמה.
ב-1 ביולי 1947 מוזג לתוך אגד "שירות החולה" שהפעיל קווי תחבורה בין מטולה, צפת וטבריה.
מיד לאחר קום המדינה הציע שר התחבורה הראשון דוד רמז לאחד את כל מפעילי התחבורה הציבורית בארץ לקואופרטיב אחד. פרט לאגד פעלו בארץ עוד מספר קואופרטיבים. הגדולים בהם קואופרטיב דרום יהודה, שנוסד בשנת 1931 מאיחוד של קואופרטיב "דרום" וקואופרטיב "יהודה", ושח"ר (שירותי חיפה רבתי), תאגיד שנוצר בדצמבר 1947 מאיחוד של קואופרטיב "חבר" וקואופרטיב "משמר המפרץ" שפעלו באזור חיפה.
לאחר דיונים רבים וישיבות סוערות של הממשלה הוחלט ב-1 בנובמבר 1951 לאחד את הקואופרטיבים לתחבורה "שחר" (צפון הארץ), אגד (מרכז הארץ) ו-"דרום יהודה" (דרום הארץ) לקואופרטיב בשם א.ש.ד. (א – אגד, ש – שחר, ד – דרום יהודה). מספר חודשים לאחר האיחוד החליטה ההנהלה של אש"ד לשוב לשם המקורי אותו הציע ביאליק, הלא הוא אגד.
בינואר 1967 אוחד אל תוך אגד גם קואופרטיב התחבורה הירושלמי – המקשר. לאחר מיזוג זה היו לאגד באותה עת 2,200 אוטובוסים ו-7,000 נהגים.
בשנות ה-90 החליטה הממשלה להגביר את התחרות בתחבורה הציבורית, ולשם כך הוציאה למכרז רבים מקווי התחבורה הציבורית, ובמכרזים זכו חברות שונות, בהן כאלה שקודם לכן לא פעלו בישראל.
עקב כך הצטמצמה הפעילות של אגד, והיא נאלצה לפטר נהגים ועובדים נוספים ולצמצם הוצאות בדרכים שונות.
מאז עוסקת אגד בהסעות הפרטיות, וכן בתחומים משיקים כגון: שירותי מוסך לאוטובוסים, הפעלת תחנות מרכזיות, הוראת נהיגה באוטובוסים ועוד. כך משמשת אגד קבלן משנה של חלק מחברות האוטובוסים האחרות המתחרות בה במכרזים ובהסעות פרטיות.
בשנת 2006 רכש הקואופרטיב 51 אחוזים ממניות חברת התחבורה הבולגרית "טראנסטריומף", והפך לבעל השליטה בחברה.
מקואופרטיב לחברה בע"מ.
בשנת 2019 הפך אגד מקואופרטיב לחברה בערבון מוגבל עקב הסכמה גורפת של חברי הקואופרטיב על מהלך זה לשם התאמה לעידן המכרזים ושם הקואופרטיב שונה ל"אגד חברה לתחבורה בע"מ".
שתי חברות רכב החלו להתמודד על רכישת נתח מחברת אגד בשנת 2021: קרסו מוטורס (יחד עם קרן אלומה וקבוצת מגדל) וקבוצת כלמוביל (יחד עם קרן פורטיסימו קפיטל); שתיהן עלו לשלב הסופי ברכישה בתחילת 2022. בעלי מניות אגד העלו תלונות נגד יו"ר אגד על שינויים בתנאי הרכישה "בניגוד מוחלט לאינטרס של אגד" לטענתם: זכות הכרעה בדירקטוריון, ביטול סעיף אי-תחרות באגד, ובשנתיים הראשונות קבלת זכאות לקבל 100% מהדיבידנד (במקום 20% למשקיע ו-80% שיושקעו חזרה באגד), העלאת אחוז הבעלות מ-50% ל-60%, ואפשרות הנפקה בבורסה באישור של 51% מבעלי המניות.
ייבוא אוטובוסים.
החל משנות ה-50 וה-60 של המאה ה-20, ייבאה חברת אגד אוטובוסים מחברת ליילנד הבריטית, רובם מדגמי טייגר השונים, שהורכבו בישראל על ידי חברות הארגז ומרכבים בגרסאות שונות. החל משנת 1963 הורכבו גם שלדות האוטובוסים בישראל, במפעל "ליילנד אשדוד":
לקראת אמצע שנות ה-60 הובאו לישראל אוטובוסי ליילנד בגרסה התיירותית הכוללים מושבים בעלי יכולת הטיה, תא מטען בעל 2 דלתות העמסה מאחור, לצד מנשא גג ומזגן עילי אחורי מתוצרת יוונית. ייבוא נוסף של אוטובוסים לתיירות נערך לקראת סוף שנות ה-60 עת הובאו לראשונה אוטובוסים מתוצרת ליילנד בהרכבה של מפעל ואן הול הבלגי. האוטובוסים היו בעלי מרכב גבוה, חלונות גדולים במיוחד, מושבי תיירות ללא אפשרות הטיה, מיזוג אוויר תחתי אחורי, תא מטען אחורי לצד מנשא גג וכיסא מדריך. אוטובוסים אלו הובאו גם עבור החברות הפרטיות: יונייטד טורס (חלק מדן של היום) ותור נוף מתל אביב. אוטובוסים אלו שימשו לתיירות עד ייבוא האוטובוסים מדגמי סקאניה השוודית, בהמשך עברו לשרת בקווי הדרום וסיני, בסוף שנות ה-70 פעלו בנסיעות מקומיות, חלקם באזור חיפה והצפון ולקראת אמצע שנות ה-80 הוצאו מהשירות. בחברות הפרטיות הייתה לדלת האמצעית של האוטובוס סגירה ידנית, בניגוד לדלת הקדמית ולכל דלתות האוטובוסים של אגד שפתיחתן וסגירתן הייתה ועודנה על ידי אוויר דחוס. יבוא קטן של מידיבוסים היה מחברת פיאט האיטלקית. מידיבוסים אלו נבחרו לשרת בירושלים בקו העובר בסמטאות העיר העתיקה ברחובותיה הצרים.
בשנת 1973 ביוזמת יוסק'ה הררי חתמה חברת אגד עם חברת סקאניה על ייבוא שלדות אוטובוסים מתוצרתה להרכבה מקומית בישראל. סה"כ יובאו כמה מאות מרכבים רובם למערך הבינעירוני והתיירותי. סה"כ הורכבו בישראל 3 דגמי אוטובוסים מתוצרת סקאניה:
מנועי האוטובוסים סבלו קשות מבעיית התחממות וכתוצאה מכך, נאלצו בחברת אגד להחליף חלק ניכר מהם למנועי דאף מהולנד שהובאו לישראל ובמיוחד באוטובוסים הבינעירוניים הציבוריים.
במהלך שנות ה-70 יובאו לישראל מנועים מתוצרת חברת דאף ההולנדית שהורכבו בארץ על דגם חדש של אוטובוס בהרכבה מקומית של מפעל הארגז (דומה לאוטובוסים של חברת ליילנד מאותה התקופה) שבדומה לסקאניה כלל מערכת אוורור מאולץ ושימש בעיקר בנסיעות הבינעירוניות הקצרות ובמיוחד בקווי חיפה. בשנות ה-70 החלה חברת אגד את התקשרותה עם חברת מרצדס-בנץ הגרמנית.
בתחילה הובאו 3 דגמי אוטובוסים:
ב-1978 ייבאה אגד אוטובוס מרצדס מדגם 303 לניסיון. האוטובוס היה מדגם תיירותי, בעל 50 מקומות וכיסא מדריך, 2 דלתות: האחת מקדימה והשנייה מאחור וכלל מושבי נוסעים רחבים במיוחד בעלי יכולת הטיה לאחור וכן יכולת הרחקה של מושב ממשנהו. כתוצאה מכך, שורת המושבים האחרונה של האוטובוס הכילה 4 מושבים בלבד לרוחב, במקום ה-5 המקובלים. האוטובוס צויד במזגן עילי אחורי ותאי מטען בתחתית האוטובוס. האוטובוס שימש בעיקר בנסיעות בינעירוניות משך כל שנות ה-80 ועד לאמצע שנות ה-90. במהלך שנים אלו פורקו המושבים המיוחדים של האוטובוס והורכבו עליו מושבים מקומיים.
בשנת 1980 נחתם הסכם בין חברת אגד לחברת מרצדס הגרמנית לייבוא אוטובוסים מתוצרתה ובהמשך על אספקת מרכבים מתוצרתה להרכבה בישראל. להלן דגמי האוטובוסים שיובאו:
בשנת 1981 הובאו שלדות של דגם זה להרכבה מקומית ולקראת סוף שנות ה-80 קיבלו מיזוג אוויר על בסיס תשתית האוורור המאולץ שהייתה קיימת בהם.
משנת 1982 הובאו שלדות של דגם זה להרכבה מקומית. בהרכבה מקומית עמד מספר המושבים על 51 בלבד. המזגנים היו בעלי הספק חלשים ופתחיהם לא הותאמו לשורת המושבים הקרובה למעבר, המושבים לא נוחים ואיכות הגימור ירודה.
שלדות של מרצדס יובאו עד שנת 1985 ואחר כך הופסק היבוא לחברת אגד.
טענתה המרכזית של אגד כלפי חברות ההרכבה המקומיות, הארגז ומרכבים, הייתה איכות ההרכבה הירודה שלהן.
החל משנת 1988 החל ייבוא חדש של שלדות מדגם 303, הפעם ברמת גימור גבוהה בהרבה, עם מזגנים חדשים וחזקים במיוחד וכן נעילה חשמלית של תאי המטען התחתיים נשלטת על ידי נהג האוטובוס.
בשנת 1990 הובאו מספר אוטובוסים מדגם 303 מתוצרת גרמנית לתיירות.
באותה שנה נרכש מחברת מרצדס דגם 404 ניסיוני שפעל בעיקר בקווים הבינעירוניים ובהמשך בקו תל אביב–רמלה.
אוטובוס זה שירת באגד 15 שנה ונמכר לבסוף לחברה פרטית – אסיה טורס מפרדס חנה.
על בסיס אוטובוס זה, נרכשו מחברת מרצדס שלדות גבוהות של דגם 404 להרכבה בישראל.
בשנת 1999 רכשה לראשונה אוטובוסים מחברת איריזר הספרדית (דגם חללית) עם מנוע מתוצרת מאן הגרמנית, הנפוץ בחברות ההסעה הפרטיות ובדן-יונייטד. לאוטובוס 51 מושבים וכיסא מדריך מתקפל. סה"כ נרכשו כ-50 אוטובוסים ב-2 רכישות בעלי מרכב גבוה ובשונה מהחברות הפרטיות, היו לאוטובוסים דלת ירידה מרכזית ולא מאחור ומושבים בהרכבה מקומית של חברת פלטכניקה, המספקת כיום מושבים לחברות ההרכבה המקומיות: הארגז, מרכבים ורכבת ישראל. נכון לשנת 2019, אוטובוסים אלו יצאו מהשירות.
בשנים 2000–2016 נכנסו לשימוש באגד בעיקר אוטובוסים המורכבים בארץ על שלדות ומנועים שהובאו מאירופה.
בשנת 2017 החלה אגד לייבא אוטובוסים מסין, לאחר שקלטה מספר אוטובוסים לבחינות וניסיון, ובמקביל נקלטו מאות אוטובוסים מסין בחברות התחבורה הציבורית הפרטיות. בסוף אותה שנה, הופעלו בשירות אגד כ-280 אוטובוסים מתוצרת סין. הייבוא מתבצע משלוש חברות – יוטונג, גולדן דרגון ו-BYD. משתי האחרונות מיובאים מספר אוטובוסים חשמליים, שנכון ל-2018 מופעלים בחיפה והקריות. ב-2019 אוטובוסים חשמליים אלה החלו להיות מופעלים גם בקווים מסוימים בירושלים. מחיר כל אוטובוס המיובא מסין נמוך בכ-30% מאוטובוס המיוצר באירופה/מורכב בישראל על מנוע אירופאי. במקביל נרכשים אוטובוסים חדשים גם ממפעלי מרכבים והארגז הישראלים. כמו כן מייבאת אגד אוטובוסים עירוניים ממפעל סולאריס בפולין.
היסטוריה של פיגועים.
אוטובוסי אגד ונוסעיהם היו פעמים לא מעטות קורבנות של מעשי טרור, ובהם:
חברות בנות.
לאגד מספר חברות בנות:
קווים מיוחדים.
קווי מהדרין.
בשנים 2000–2011 הפעילה אגד קווים מיוחדים בשם המסחרי "קווים ייעודיים" המכונים "קווי מהדרין", לשירות הציבור החרדי אשר נסעו במסלולים עירוניים ובינעירוניים. בקווים הייתה נהוגה הפרדה מגדרית במקומות הישיבה, כאשר הנשים יושבות באחורי האוטובוס.