snoRNA הן מולקולות הנמצאות בגרעינון ומשתתפות בתהליכים הקשורים בעיבוד ושינוי rRNA כך שיתאים ליצירת הריבוזום, וכן מבקרות את תהליך השחבור החליפי.
ישנה קבוצת גנים המכילים אינטרונים המסוגלת לבצע חיתוך עצמי של מקטעי האינטרונים המהוות ריבוזים (כלומר, בעלות פעילות קטליטית בדומה לאנזימים). קיימות שתי קבוצות עיקריות Group I introns, Group II intron, כאשר בשתיהן קיפולן המרחבי מאפשר למקטעי האינטרונים לזרז את חיתוכם העצמי מתעתיקי הרנ"א הראשוניים במגוון רחב של יצורים.
מודיפיקציות.
קיימות מעל 100 מודיפיקציות שונות המתבצעות על RNA ו-DNA, כאשר רובן המכריע מתווך על ידי RNA המגדיר לאנזים בעזרת זיווג בסיסים בין ה-RNA ל-DNA – היכן יש לבצע את המודיפיקציה.
scaRNA הן מולקולות המשמשות לעיבודן של מולקולות snRNA ו-snoRNA.
RNAse P הוא ריבוזים שאחראי על חיתוך קצה 5' של precursor-tRNA ומוביל ליצירת tRNA בוגר.
עריכת RNA.
במנגנון זה מבוצעת החלפה של בסיס בתעתיק ה-RNA שבו מתחלף בסיס ציטוזין (C) בבסיס יורידין (U), או בסיס אדנוזין (A) בבסיס אינוזין (I). שינויים אלו בקוד הגנטי ברמת ה-RNA עלולים לגרום לשינוי בחלבון שיתורגם לשינוי בפונקציה שלו.
הגן Apo-B היה הגן הראשון בו התגלה מנגנון זה, שבו תעתיק ה־pre-mRNA של הגן עבר החלפה של בסיס ציטוזין (C) לבסיס יורידין (U).
חלבון 5-HT2C receptor שהוא רצפטור לסרוטונין מסוג GPCR המתבטא במוח, עובר מודיפיקציה שבה בסיס אדנוזין (A) מוחלף בבסיס אינוזין (I) שמתורגם על ידי הריבוזום לגואנוזין (G) בשל זיווג הבסיסים הדומה שהוא יוצר. העריכה מבוצעת על ידי אנזימי (adenosine deaminases that act on RNA (ADARs הקשורים למולקולת ncRNA המקטלזת את תגובת ההידרו דה-אמינציה הכרוכה בהחלפת הבסיס. נכון להיום זה החלבון היחידי מסוג GPCR שידוע כי הוא עובר מודיפיקציה שלאחר תרגום על ידי מולקולת RNA.
בקרת גנים.
ביטויים של אלפי גנים מבוקר על ידי מולקולות ncRNA. רבות ממולקולות ה-ncRNA מצויות במקטעי האינטרונים, ואכן נראה כי מורכבות היצורים עולה ככל שעולה מספר האינטרונים.
יתרונות הבקרה על ידי ncRNA מצויות בכך ששעתוק הגן מוביל ליצירת בקרה ללא צורך ביצירת מולקולות חדשות, בזמן אמת עם יצירת התעתיק.
ncRNA הפועל ציס.
ישנן מולקולות ncRNA הנמצאות בחלק ה-5' UTR של mRNA המשפיעות על ביטוין במספר דרכים, למשל על ידי riboswitch המהווה מעין 'מתג' של מולקולת mRNA ואליו נקשרת מולקולה קטנה הגורמת לשינוי בכמות החלבון שנוצר מתעתיק ה־mRNA.
attenuator או מחליש ממלא תפקיד בבקרת גנים הלוקחים חלק בביוסינתזה של חומצות אמינו בפרוקריוטים, כך שבעת שעתוקו יוצר מבנה לולאתי העוצר את השעתוק כאשר תנאים מסוימים לא מולאו.
ncRNA הפועל טרנס.
microRNA הן מולקולות רנ"א חד-גדיליות קצרות באורך 21–23 נוקליאוטידים, המשמשות לבקרת התבטאות גנים בתאים אאוקריוטים. מנגנון הפעולה של מולקולת microRNA הוא התאמה חלקית למולקולות mRNA מסוימות בעיקר לקצה ה-3' UTR, ומפנות אותן לפירוק או עיכוב תרגום. בכך מולקולת ה־microRNA תשמש לבקרת ביטוי שלילית לחלבונים המתורגמים מאותם mRNA. מולקולת microRNA בודדת יכולה להתאים למגוון גדול של מולקולות mRNA כך שמולקולה בודדת יכולה לבקר מאות גנים. משוער כי כ-60% מהגנים היוצרים חלבונים מבוקרים על ידי microRNA.
מחקר חדש מציע כי פעולת השעתוק של מולקולת ה־ncRNA לבדה משפיעה על התבטאות גנים. כאשר משועתקים גנים מסוימים של ncRNA על ידי RNA פולימראז II הגורמים לשינוי דחיסות הכרומטין ופתיחתו מובילה לשעתוק גנים נוספים.
הגנה על ה־DNA.
piRNA ו-rasiRNA הן מולקולות ncRNA המעורבות בהגנה מפני טרנספוזונים.
תפקידים מבניים.
לצורך הארכת הטלומרים המהווים אזורי הקצוות של הכרומוזומים באיקריוטים, מבוטאת מולקולת lncRNA בשם (TERRAs (telomeric repeat-containing RNAs מאזור הטלומר. TERRAs מבקרת את פעילות הטלומראז ובכך עוזרת לשמור על שלמות הטלומר.
לצורך השתקה של כרומוזום X, מולקולת lncRNA בשם XIST מגייסת את קומפלקס ה־polycomb לצורך השתקת כרומוזום ה-X ממנו היא שועתקה. TSIX המשועתקת מהגדיל הנגדי לגן XIST מבקרת את רמות ביטויו של XIST בזמן ההשתקה.
חישת טמפרטורה בפרוקריוטים.
תהליכים רבים בפרוקריוטים מושפעים מטמפרטורה, החל מיעילות תהליכים תאיים, התבטאות גנים (בתגובה לשוק חום/קור) וביטוי גנים וירולנטיים (הנחוצים לפתוגניות). RNA thermometers (RNATs) הן מולקולות RNA בעלות מבנה שניוני לולאתי המכיל אזור קישור לריבוזום (RBS) ואזור קישור ל־5' UTR של mRNA אותו הן מבקרות. מולקולת RNATs עוברת בתגובה לשינוי טמפרטורה שינוי קונפורמציה (סידור המרחבי) שיכול לחשוף או להסתיר את אזור הקישור לריבוזום (RBS) ובכך לאפשר או למנוע תרגום של התעתיק ולאפשר תגובה מתאימה לשינוי הטמפרטורה.
שיטות לגילוי ncRNA, אפיונם והבנת תפקידם.
לאחר תום ריצוף ה-DNA בפרויקט הגנום האנושי, התברר כי רק כ-2% מהגנום האנושי מקודד לחלבון, אך רוב החומר התורשתי אכן עובר שעתוק. מחקרים עדכניים ופרויקטים ביואינפורמטיים מגלים עוד ועוד גנים המקודדים למולקולות ncRNA, אך רק לאחוז קטן יחסית ידועה פעילותם הביולוגית. התעורר דיון בשאלה האם אותם מקטעים הם אכן בעלי פעילות או שהם תוצר לוואי, רעש, לתהליך התבטאות גנים. לצורך כך התפתחו מספר שיטות לבדיקת אזורים פונקציונליים ב-DNA.
כיום קיים קושי לאתר גני ncRNA בגנום בשל אורך החיים הקצר שלהם, רמת ביטוי נמוכה וחוסר מאפיין מוכר כמו קודון התחלה/סיום המאפיין את הרנ"א המקודד לחלבון.
על כן התפתחו שיטות לניבוי מבנים שניוניים למולקולות ncRNA המעידים על פונקציה. הניבוי נעשה על ידי שימוש בשיטות הבאות:
ncRNA ומחלות.
מוטציות המתרחשות בגנום עלולות לגרום להופעה של מגוון מחלות, הכוללות סרטן, מחלות נוירולוגיות כמו ALS ואלצהיימר ומחלות קרדיוואסקולריות.
במגוון מחלות סרטן נמצא כי פרופיל הביטוי של מולקולות microRNA השתנה. מולקולות אלו יכולות למשמש כאונקוגניות (מעוררות סרטן) או כגן מדכא סרטן ולחלקן תפקיד מפתח ביצירת הגידול.
לתפקוד מערכת העצבים באופן תקין נדרשות מולקולות microRNA הרבות ביותר מבין הרקמות ההומניות, כאשר 70% מכלל מולקולות ה-microRNA מבוטאות במוח ורבות מהן ספציפיות לנוירונים. הן מעורבות בהתפתחות הנוירונים, יצירת spine דנדריטי והפרת הבקרה שלהן נמצאה בכל המחלות הנוירולוגיות שנחקרו, אטקסיה בתאי פורקנייה, טרשת נפוצה בתאים אוליגודנדרוציטים, מחלת פרקינסון בנוירונים הדופמינרגים, ומחלת אלצהיימר בנוירונים המבטאים alpha-CaMKII.
תסמונת האיקס השביר (FXS) עלולה להתרחש בעקבות מוטציה במרכיב בקומפלקס ה-RISC.
הגן miR-1 קשור בהתפתחות אריתמיה כיוון שהוא מדכא גנים היוצרים תעלות יונים לאחר ביטויים. בנוסף, יצירת אתריאומה (הצטברות מאקרופאג'ים בדופן העורק) וכן הפנוטיפ הפיזיולוגי של תאי שריר חלק ואסקולאריים, תלויים בהתבטאות גניםmicroRNA.
Game Cache File
Game Cache File (בקיצור: GCF; בשמו הקודם: Grid Cache File) הוא פורמט קבצים היסטורי ששימש כקובץ ארכיון שנמצא בשימוש בתוכנת הסטים שבו מאוחסנים קובצי משחקי Steam רשמיים. קובצי GCF יכולים להיות משותפים בין משחקים (לדוגמה: הקובץ half-life.gcf משמש בכל משחקי המנוע GoldSrc) ומאוחסנים בתיקייה Steam\SteamApps (ספריית ברירת המחל למשחקי Steam).
כאשר קובץ GCF נוצר או מתעדכן, שטח האחסון שנדרש נשמר באופן מיידי, וזאת כדי למנוע פיצול חלקים של הקובץ בכונני HDD. תהליך זה יכול להיות איטי, ואפילו לגרום לקיפאת תוכנת הקליינט של סטים במחשבים ישנים וחלשים.
קובצי GCF אינם יכולים להשתנות, ואם כן, תוכנת ה-Steam מתקנת זאת באופן מיידי על ידי סנכרון הקובץ מול השרתים של Steam. אף על פי כן, ניתן לראות את תוכנם. אדם המכנה את עצמו "Nemesis" פיתח ספרייה בשם HLLib, שבין השאר יכולה לקרוא קובצי GCF ואף לחץ את תוכנם וכן פיתח את התוכנה GCFSpace אשר משתמש בספרייה זו. VTFEdit היא תוכנה נוספת אשר יכולה לקרוא קובצי GCF גם כאשר תוכנת ה-Steam רצה, אך כוללת מספר מגבלות. קיימת גם תוכנה בשם VTF Explorer אשר יכולה לקרוא קבצים אלו, לחלץ את תוכנם ואף לאסוף מידע טכני על קובצי GCF שהורדתם לא הושלמה.
פורמט קבצים זה מאפשר הזזת משחקים ממקום למקום בקלות רבה ומוודא שהמערכת ההפעלה לא תבזבז זמן באינדוקס מחדש של קובצי המשחק המועברים וכן מפריד בין קובצי המשחק המקוריים לקבצים מותאמים אישית של המשתמש אשר מאוחסנים בתיקייה "/&lt;שם המשתמש&gt;/&lt;שם המשחק&gt;/".
ב-2013, בעקבות עדכון המכונה "SteamPipe", הפורמט נזנח לטובת פורמט קבצים חדש בשם Valve Package (VPK).
גבעת הרב&quot;טים
גבעת הרב"טים היא אתר הנצחה לזכרם של שבעה לוחמים מהפלוגה המסייעת של גדוד 202 בחטיבת הצנחנים, שנהרגו בלבנון במהלך מבצע שלום הגליל: ממושב תלמי אלעזר, מקיבוץ גדות, מבית שמש, מחיפה, מירושלים, מקיבוץ נצר סירני ו מאשקלון.
האתר.
אתר ההנצחה נמצא בסמוך לגבול הצפון, ליד שער הכניסה למושב שתולה. הוא הוקם על ידי יוצאי "פלוגת הרב"טים", בסיוע של קרן קיימת לישראל. מיקום האתר, על גבעה הצופה ללבנון, נועד להפכו למקום מפגש והתייחדות עם זכר הלוחמים שנהרגו בלבנון, כמו גם תחליף לביקור במקום בו מצאו את מותם. במקום הוקם גלעד ועליו לוח זיכרון.