לאחר שקרל הגדול הגדיל באופן ניכר את שטח האימפריה הפרנקית עליה הוא שלט, הוא הוכתר ב-25 בדצמבר 800 כקיסר הרומאי.
לואי החסיד ירש את קרל הגדול בגיל 35 ושלט 26 שנה. הוא המשיך את השימוש בתואר הקיסרי-הרומאי והמלוכני-הפרנקי שזכה בהם אביו. לואי החסיד היה שליט שותף עם בנו, .
ירושת לואי התחלקה בין שלושה מבניו, לותאר, לודוויג וקרל. אחרי מאבקים הגיעו להסכם חלוקת האימפריה, חוזה ורדן, שהותיר ללותאר להמשיך לשאת את תואר קיסר הרומאים, אך חילק את הטריטוריות עליהן שלטו כל אחד מהמלכים. נחלות המזרח בידי לודוויג הגרמני, נחלות המרכז בידי לותאר הראשון והמערב בידי קרל הקירח.
בחוזה מרסן (870) סופחו מדינות חדשות אל שלוש המדינות החזקות, פרנקיה המזרחית, פרנקיה המערבית וממלכת איטליה. הכתר הקיסרי נשאר באיטליה ועבר בידי מספר קיסרים עד הגעתו לברנגאר הראשון בשנת 916.
היינריך הראשון בחר בבנו אוטו כיורש, ובשנת 936 הוכתר הלה למלוכה בעיר אאכן. בשנת 962 הוא הוכתר על ידי האפיפיור כקיסר (אוטו הראשון, בעתיד יכונה "אוטו הגדול"). רוב הכותבים רואים בהכתרה זאת את ייסוד האימפריה.
תחת שלטונו של אוטו האימפריה חוותה פריחה תרבותית, שלימים תזכה בשם "הרנסאנס האוטונאי" . באימפריה בתקופתו היה שגשוג ושפע רב.
מאבק האינווסטיטורה (המאות ה-11 וה-12).
מאבק האינווסטיטורה (מילולית: מסירת המשרה), היה מאבק בין האפיפיור לבין קיסר האימפריה הרומית הקדושה. המאבק הגיע לשיאו בזמן מלכותו של הקיסר היינריך הרביעי לבין גרגוריוס השביעי. עיקר המחלוקת הייתה על הסמכות למנות בישופים. היינריך הרביעי נדרש על ידי הכס הקדוש להפסיק למנות בישופים ולהותיר מינוי זה לכנסייה. הבישופים צידדו בקיסר. האפיפיור החרים את היינריך הרביעי וקרא להפרת שבועת האמונים של הנסיכים הבוחרים לקיסר. היינריך נאלץ לוותר והגיע אל טירת קנוסה, שם זכה להסרת החרם.
המאבק לא תם והחרם חזר אחרי כשלוש שנים. היינריך הרביעי כבש את רומא בשנת 1084, אולם לאחר מכן באותה שנה הובס על ידי הנורמנים מסיציליה שתמכו בכס הקדוש. בקונקורדט וורמס ויתר הקיסר על מינוי בישופים.
האימפריה מפרידריך ברברוסה ועד פרידריך השני (1152–1250).
פרידריך הראשון, הידוע בכינוי "ברברוסה" (באיטלקית אדום הזקן) הוכתר למלך הגרמני ב-4 במרץ 1152.
בנו, היינריך השישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, נודע במהלך כרונולוגיית האימפריה כמבסס הראשון של הכוח האמפריאלי באי הסיצילי. הוא עשה מהלך זה לאחר שהתחתן עם קונסטנץ הראשונה. הוא כרת שלום עם היינריך הארי.
באותה עת תושבי סיציליה סלדו מהרעיון שמלך זר-גרמני ימלוך עליהם ומינו אדם אחר, בן מחוץ לנישואים של האח רוג'ר. היינריך יצא למסע כיבושים לאיטליה, ב-25 בדצמבר 1194 הוכתר בפלרמו למלך סיציליה. מלך אנגליה הכלוא ריצ'רד הראשון הסכים להפוך את אנגליה לאחוזה פיאודלית של היינריך השישי.
אוטו הרביעי, הידוע בכינויו "אוטו מבראונשווייג", היה קיסר האימפריה הרומית הקדושה כנציג בית ולפן (Welf).
הקיסר האחרון לבית הוהנשטאופן, פרידריך השני (הידוע גם בכינויו "פלא העולם"), הוא שגרם להתפרקותה של האימפריה.
אחרי בית הוהנשטאופן: עלייתן של הנסיכויות (1250 עד תחילת המאה ה-15).
לאחר מותו של פרידריך השני בשנת 1250 לא הצליחה אף אחת מהשושלות המתחרות לתפוס את הכתר, ולכן נבחרו מלכים מבתים שונים. התקופה שבין 1246 (שנת בחירתם של היינריך ראספ ווילם השני, רוזן הולנד) ועד שנת 1273, אז נבחר רודולף הראשון, מלך גרמניה, מכונה על פי רוב האינטררגנום הגדול (התקופה שבין הקיסרים).
הקשיים בבחירת המלך הביאו להופעת אספת הנסיכים הבוחרים, גוף פוליטי קבוע המונה שבעה נסיכים-בוחרים, אשר נוסד באופן רשמי בשנת 1356. אספה זו כללה את נסיך-הגמון מיינץ, נסיך-הגמון קלן, נסיך-הגמון טריר, מלך בוהמיה, דוכס סקסוניה, מרקיז ברנדנבורג, ורוזן פפאלץ.
השליטה הישירה באדמות הקיסריות לא שירתה עוד את צורכיהם של הקיסר או של הדוכסים. תחת זאת, מלכי האימפריה וקיסריה (החל מהמלך רודולף הראשון, מלך גרמניה) נשענו באופן הולך וגובר על האדמות שבשליטת משפחותיהם כאמצעי לביסוס כוחם. בניגוד לאדמות הקיסריות, שהיו מפוזרות ברחבי האימפריה ולכן קשות לניהול, השטחים המשפחתיים היו קומפקטיים יותר וקל היה לשלוט בהן. בשנת 1282 המלך רודולף הראשון החכיר את אדמות אוסטריה והשטיירמארק שבבעלותו - לבניו.
ב-1312, הוכתר הקיסר היינריך השביעי משושלת לוקסמבורג, כקיסר האימפריה הרומית הקדושה. כל הקיסרים והמלכים ששלטו אחריו נשענו על אחוזות משפחותיהם (Hausmacht): הקיסר לודוויג הרביעי לבית ויטלסבאך (מלך 1314, קיסר 1328–1347) התבסס על נחלות משפחתו בבוואריה; קרל הרביעי לבית לוקסמבורג, נכדו של היינריך השביעי, שאב את עיקר עוצמתו מאדמותיו שבבוהמיה. בין המאות ה-13 וה-15 חל השינוי בטריטוריות המרכיבות את האימפריה, שהלכו וקיבלו מאפיינים של מדינות קדם-מודרניות.
הרפורמה הקיסרית (המאה ה-15).
"חוקת" האימפריה עדיין לא הייתה מבוססת ברובה בראשית המאה ה-15. אף על פי שכמה ממוסדותיה ונהליה השלטוניים כבר נקבעו, הכללים שעל-פיהם התנהל שיתוף הפעולה בין הגורמים השונים באימפריה (המלך\קיסר, הנסיכים-הבוחרים והשליטים המקומיים האחרים) לא היו ממוסדים, והיו תלויים במידה רבה באישיותו של המלך\קיסר. וכך, קיסרים כדוגמת זיגיסמונד לבית לוקסמבורג (מלך 1410, קיסר 1433–1437) ופרידריך השלישי (מלך 1440, קיסר 1452–1493) יכולים היו לקבוע את מקום מושבם באדמותיהם הפרטיות ולהתעלם מאדמות הגרעין של האימפריה, במה שהחליש את המוסדות שאמורים היו לשתף עמם פעולה בניהול הממלכה. הרייכסטאג במובנו כגוף המחוקק של האימפריה לא היה קיים בשלב זה. בנוסף, הדוכסים השונים באימפריה הסתכסכו זה עם זה לעיתים תכופות, ועימותיהם אף התפתחו לכדי מלחמות מקומיות.
גם הכנסייה הייתה במשבר. הסכסוך שהתנהל בין מספר אפיפיורים מתחרים נפתר רק בועידת קונסטנץ (1414-1418); אחרי 1419, הושקע מאמץ רב בדיכוי מעשי הכפירה של ההוסיטים. התפיסה הימי ביניימית של Corpus Christianum, לפיה הכס הקדוש והאימפריה הרומית הקדושה יובילו יחדיו את העולם הנוצרי, החלה דועכת בתקופה זו.
במקביל, המאה ה-15 ידעה דיונים רבים על מהותה של האימפריה עצמה. חוקי העבר לא התאימו עוד למבנה הנוכחי, והיה צורך דחוף בשלום פנימי (Landfrieden) נוסף על זה שכונן פרידריך ברברוסה מאות שנים לפני כן. הדיונים הללו הולידו את רעיון ה"רפורמה" במובנו המקורי של הפועל הלטיני, היינו, להשיב את הדברים לתבניתם העתיקה.
בשנת 1486, כשפרידריך השלישי היה זקוק לתמיכתם של הדוכסים המקומיים על מנת לממן את מלחמתו בהונגרים, ניצב בפני דרישתם המאוחדת של הדוכסים להשתתף לראשונה בחצר הקיסרית ובענייני ניהול האימפריה. לראשונה, אוחדה אספת הבוחרים יחד עם השליטים המקומיים האחרים ברחבי האימפריה במה שהביא ליצירתו של הרייכסטאג (אליו יצטרפו בעתיד הערים הקיסריות). פרידריך סירב לתביעתם זו, ואולם בנו, הקיסר מקסימיליאן הראשון, היה פרגמטי יותר, וכינס בסופו של דבר את הרייכסטאג בעיר וורמס (ורמייזא) בשנת 1495, שנתיים לאחר מות אביו. ברייכסטאג הסכימו הקיסר והדוכסים על ארבעה צווים, שיחד זכו לכינוי רייכסרפורם (הרפורמה הקיסרית): הייתה זו סדרה של פעולות משפטיות שהעניקו לאימפריה המתפוררת מעט יציבות מבנית.
השינוי המשמעותי ביותר כלל את יצירתן של אחוזות המעגלים הקיסריים (Reichskreise): טריטוריות בחלקים שונים של האימפריה אוחדו ב"מעגלים", שתכליתם הייתה לספק הגנה ויציבות אזורית כוללת. אחוזות המעגלים הקיסריים היו במוקד, ושם ישבה האספה הקבועה של כל מעגל. תחילה הוקמו שישה מעגלים, המספר הועלה לעשרה בשנת 1512. על המעגלים הקיסריים נמנו המעגל האוסטרי, הבווארי, הבורגונדי, הפרנקוני, הרייני, הווסטפלי, הסקסוני התחתון, הרייני העליון, הסקסוני העליון והשוואבי. מערכת זו, בדומה לשינויים מבניים ומשפטיים נוספים של הרייכסרפורם, שרדה במידה רבה עד לקריסתה של האימפריה בראשית המאה ה-19.
המשבר שלאחר הרפורמציה (המאות ה-16 וה-17).
כשיזם מרטין לותר בשנת 1517 את ה"רפורמציה", שטחי האימפריה חולקו בהתאם לאמונה דתית, כשצפונה, מזרחה וערים מרכזיות רבות בתחומה (לרבות שטרסבורג, פרנקפורט ונירנברג), הופכים פרוטסטנטים, ואילו הדרום והמערב נותרים קתולים ברובם. לאחר מאה שנות מאבק, היה הסכסוך הפנים-גרמני מהגורמים המרכזיים שהובילו לפרוץ מלחמת שלושים השנים (1618-1648), שהחריבה חלקים ניכרים מהאימפריה. מעצמות זרות, כדוגמת צרפת ושוודיה, התערבו בסכסוך לטובתם של הכוחות הפרוטסטנטיים שנלחמו בקיסר הקתולי, וקרעו נתחים עבים משטח האימפריה.
אחרי שלום וסטפליה (המאות ה-17 וה-18).
סופה הממשי של האימפריה בא במספר שלבים. לאחר החתימה על הסכמי וסטפליה ב-1648, אשר העניקו לטריטוריות השונות ריבונות כמעט מוחלטת, ואף התירו להן לכרות בריתות נפרדות עם מדינות אחרות, האימפריה הרומית הקדושה הייתה לאוסף רופף של ישויות מדיניות שהיו במידה רבה עצמאיות.
סוף האימפריה (המאה ה-19).
האימפריה הרומית הקדושה קרסה באופן רשמי ב-6 באוגוסט 1806, שעה שקיסרה האחרון, פרנץ השני, התפטר מתפקידו. צאצאיו של פרנץ הוסיפו להחזיק בתואר "קיסרי אוסטריה" עד שנת 1918. בין השנים 1804 ועד 1867 צאצאיו שלטו על האימפריה האוסטרית ובין השנים 1867 ועד 1918 שלטו על האימפריה האוסטרו-הונגרית.
מדינות נבחרות.
טבלת מדינות נבחרות מכל תקופות האימפריה, לא כולן התקיימו במקביל:
באמנות אירופה.