לאחר שביידן פרש מהמירוץ, התגלה כי מטה הבחירות של מייקל דוקאקיס ערך בחשאי סרטון המדגיש את ההשוואה בין הנאום של ביידן וזה של קינוק והפיץ אותו לרשתות הטלוויזיה בארצות הברית. מאוחר יותר ב-1987, מועצת האחריות המקצועית בבית המשפט העליון של דלאוור דנה בתלונות לגבי מעמדו של ביידן כעורך דין לאור הגילויים על העתקה במהלך לימודיו. המועצה ניקתה את ביידן מאשמה וקבעה כי הוא לא הפר את הכללים.
בראשות ועדת המשפט.
ביידן היה חבר ותיק בוועדת המשפט של הסנאט של ארצות הברית. הוא ישב בראשה בשנים 1987–1995 והיה בה החבר הבכיר מטעם מפלגת המיעוט בשנים 1981–1987 ולאחר מכן בשנים 1995–1997.
בעת כהונתו כיושב ראש הוועדה, ניהל ביידן שניים מהדיונים הפולמוסיים ביותר לאישור מועמדים לבית המשפט העליון של ארצות הברית בהיסטוריה האמריקאית: רוברט בורק ב-1987 וקלרנס תומאס ב-1991. ביידן הצהיר על התנגדותו למינוי של בורק זמן קצר אחרי שהנשיא רונלד רייגן הודיע שבורק הוא מועמדו לבית המשפט העליון. בריאיון שנתן שנה לפני כן, התייחס ביידן למועמדות היפותטית של בורק לתפקיד והביע את תמיכתו. העובדה שביידן חזר בו הכעיסה חברי קונגרס שמרנים, שחשבו שאין ביכולתו לנהל את הדיונים באופן חסר פניות. למרות זאת, בגמר הדיונים זכה ביידן לשבחים על ניהול ההליכים בצורה הוגנת, בהומור טוב ובאומץ, תוך כדי שמסע הבחירות שלו לנשיאות ב-1988 קרס. ביידן דחה טיעונים נגד בורק שלא נראו לו ענייניים וניסח את התנגדותו למינוי כמחלוקת עקרונית על תפקידה של החוקה. הוא סבר שיש לפרש את חוקת ארצות הברית באופן רחב, שחורג מהנוסח המפורש ומהכוונות המקוריות של מנסחי החוקה, וכך לכלול בה זכויות לחירות ולפרטיות, בעוד שבורק הביע את תמיכתו בגישה הפוכה, אוריגינליסטית, החותרת לפרשנות החוקה על פי משמעותה המקורית. המינוי של בורק נדחה בוועדה ברוב של 5–9, ולאחר מכן נדחה בסנאט, שנשלט על ידי הדמוקרטים, ברוב של 58-42.
במהלך הדיונים על המועמדות של קלרנס תומאס, השאלות של ביידן על סוגיות חוקתיות היו לעיתים קרובות ארוכות ומסובכות מדי, עד שלעיתים שכח תומאס את השאלה שהופנתה כלפיו. היו מי שצפו בדיונים המתוקשרים על מועמדותו של תומאס והביעו תסכול מהסגנון של ביידן. תומאס כתב מאוחר יותר שלמרות הבטחותיו הקודמות של הסנאטור, השאלות של ביידן הרגישו לו יותר כמתקפה ופחות כתשאול. הוועדה סיימה את דיוניה לגבי המועמדות של תומאס ללא המלצה, עם התנגדותו של ביידן. במהלך הדיונים הסתייג ביידן מעיסוק בחייו הפרטיים של תומאס, בין השאר כיוון שזכר את ההשמצות האישיות שהוא עצמו ספג במהלך מסע הבחירות לנשיאות ב-1987. ביידן שיתף את הוועדה במידע אודות האישומים של אניטה היל בדבר מעשים מגונים נגדה מצדו של תומאס, אך הוא נמנע בתחילה מלשתף את הציבור בתואנה שהיא עדיין לא מוכנה להעיד. אחרי שהיל מסרה את עדותה, לא איפשר ביידן לעדים פוטנציאליים אחרים, כגון אנג'לה רייט (שהטיחה בתומאס האשמות דומות) ומומחים להטרדות מיניות, להעיד במטרה לחזק את העדות של היל. ביידן אמר כי הוא שואף לשמר את זכותו של תומאס לפרטיות ולהליך הוגן. בסופו של דבר, אושר המינוי של תומאס בסנאט ברוב של 48–52, בעוד ביידן נמנה בין המתנגדים. במהלך הדיונים ולאחריהם, היה ביידן נתון לביקורת חריפה מצד קבוצות משפטיות ליברליות וקבוצות נשים על כך שלא ניהל היטב את השימועים ולא עשה דיו כדי לתמוך בהיל. בעקבות הביקורת, חיפש ביידן נשים שישרתו בוועדת המשפט והדגיש סוגיות הנוגעות לנשים בסדר היום החקיקתי של הוועדה.
ביידן היה מעורב בעיצוב חוקים פדרליים רבים העוסקים בפשיעה ואכיפה. הוא הוביל את הליכי החקיקה של "חוק בקרת פשעי אלימות ואכיפת החוק" משנת 1994, הידוע גם בשם "חוק הפשע של ביידן". החוק כלל איסור הפדרלי על נשיאת נשק לחימה (AWB), שתוקפו פג ב-2004 לאחר תום תקופת שקיעה בת עשר שנים ואי-חידוש האיסור. החוק כלל גם את חוק האלימות נגד נשים (VAWA), אשר מכיל מגוון רחב של אמצעים למאבק באלימות במשפחה. ב-2000, בפסק הדין של בית המשפט העליון "ארצות הברית נגד מוריסון", נקבע כי סעיף בחוק האלימות נגד נשים המאפשר פתרון אזרחי-פדרלי עבור קורבנות של אלימות מגדרית חורג מסמכות הקונגרס של ארצות הברית ולכן אינו חוקתי. הקונגרס אישר מחדש את חוק ה-VAWA ב-2000 וב-2005. ביידן אמר: "אני רואה בחוק האלימות נגד נשים את החקיקה החשובה ביותר שהובלתי במהלך 35 שנות כהונתי בסנאט".
ביידן מתח ביקורת על הפעולות של התובע העצמאי קנת' סטאר בעת שחקר את פרשת מוניקה לווינסקי ואת פרשת וייטווטר. הוא הצביע בעד זיכוי של ביל קלינטון משתי ההאשמות שהוטחו בו במסגרת הליך ההדחה של הנשיא.
בראשות ועדת החוץ.
נוסף על חברותו בוועדת המשפט, היה ביידן חבר ותיק בוועדת החוץ של הסנאט של ארצות הברית. ב-1997 הוא היה לחבר הבכיר בוועדה מטעם מפלגת המיעוט, וישב בראשה מיוני 2001 עד ינואר 2003. ביידן שב לראשות הוועדה מינואר 2007 עד ינואר 2009 לאחר שהמפלגה הדמוקרטית נטלה את הרוב בסנאט מהמפלגה הרפובליקנית, בעקבות בחירות אמצע הכהונה ב-2006. באופן כללי, נקט ביידן עמדות אינטרנציונליסטיות-ליברליות בכל הנוגע למדיניות חוץ. עמדותיו תאמו לרוב את הזרם המרכזי במפלגה הדמוקרטית, אך הוא שיתף פעולה גם עם סנאטורים רפובליקנים, כגון ריצ'רד לוגאר וג'סי הלמס, ולעיתים נקט בעמדות שלא היו מקובלות על חלק מחברי מפלגתו. ביידן היה גם יו"ר-משותף של קבוצת המשקיפים על ארגון האמנה הצפון-אטלנטית בסנאט. רשימה חלקית מתקופתו בוועדה מראה כי ביידן נועד עם כ-150 מנהיגים מ-60 מדינות וארגונים בינלאומיים. ביידן ערך דיונים תכופים כיושב ראש הוועדה, וכן ניהל דיונים רבים בוועדות המשנה לענייני אירופה.
ביידן גילה עניין במלחמות יוגוסלביה לאחר ששמע על התעללויות מצד סרבים במהלך מלחמת העצמאות של קרואטיה ב-1991. באפריל 1993 ערך ביידן ביקור בן שבוע בחבל הבלקן וקיים פגישה מתוחה בת שלוש שעות עם מנהיג הסרבים סלובודן מילושביץ'. ביידן סיפר שאמר למילושביץ' "אני חושב שאתה פושע מלחמה ארור ואתה צריך להישפט ככזה". ביידן כתב תיקון חקיקתי ב-1992 כדי לאלץ את ממשל בוש לחמש את הבוסניאקים. הוא ריכך את עמדתו ב-1994 באופן שתאם לגישה של ממשל קלינטון, זאת לפני שחתם על צעד קשוח יותר שקודם על ידי הסנאטורים ג'ו ליברמן ובוב דול. החקיקה שקידמו ליברמן ודול סייעה למאמצי שמירת השלום של נאט"ו באזור. ביידן תיאר את תפקידו בהשפעה על המדיניות כלפי הבלקן באמצע שנות התשעים כ"רגע הגאווה בחיי הציבוריים". ב-1999, במהלך מלחמת קוסובו, צידד ביידן במסע ההפצצות של נאט"ו על סרביה ומונטנגרו. בשיתוף פעולה עם חברו ג'ון מקיין העביר את "החלטת קוסובו ביידן-מקיין", שהפצירה בשיא קלינטון להשתמש בכל הכוח המזוין הדרוש לריסון הלחימה בבלקן, כולל עימות עם מילושביץ' על התוקפנות הסרבית בקוסובו.
ב-1991 התנגד ביידן ליציאת הכוחות המזוינים של ארצות הברית למלחמת המפרץ, בצוותא עם 45 מתוך 55 הסנאטורים הדמוקרטים. הוא האמין שארצות הברית נושאת כמעט לבדה את מרבית הנטל בקואליציה האנטי-עיראקית. עם זאת, ביידן היה תומך נלהב במלחמת אפגניסטן ב-2001 ואמר כי "לא משנה במה זה כרוך, עלינו לעשות זאת". לגבי מלחמת עיראק, הצהיר ביידן ב-2002 כי סדאם חוסיין מהווה איום על הביטחון הלאומי, ואין ברירה אלא לחסל את האיום. באוקטובר 2002 הצביע ביידן בעד ההחלטה שהסמיכה את הנשיא להשתמש בכוח צבאי נגד עיראק והצדיקה את המלחמה. אולם, הוא הפך עד מהרה למבקר של המלחמה. הוא הגדיר את הצבעתו בעדה כ"טעות", אבל לא דרש נסיגה של הכוחות האמריקאים. הוא תמך בהקצבת כספים של הקונגרס לצורך מימון הכיבוש, אך טען כי יש להפוך את המלחמה ליותר בינלאומית, להגדיל את מספר החיילים המשתתפים, וכי על ממשל ג'ורג' ווקר בוש לשתף את העם האמריקאי במידע לגבי העלות הכלכלית של הסכסוך ואורכו.
בשלהי 2006, תפיסתו של ביידן את מלחמת עיראק השתנתה. הוא התנגד להגדלת מספר החיילים האמריקאים בעיראק ב-2007, ואמר שהגנרל דייוויד פטראוס טועה לחלוטין בהאמינו שהגדלת מספר החיילים תוכל להועיל. הוא תמך בחלוקת עיראק לאיחוד פדרלי של שלוש קבוצות אתניות.
במרץ 2004 הבטיח ביידן את שחרור האסיר הפוליטי והפעיל למען הדמוקרטיה בלוב, פתחי אלג'אהמי, לאחר שנפגש עם מנהיג לוב מועמר קדאפי בטריפולי. אולם, אלג'אהמי נאסר שוב זמן קצר לאחר שחרורו. במאי 2008 ביקר ביידן בחריפות את הנשיא ג'ורג' ווקר בוש על נאומו בכנסת שבירושלים, שבו הנשיא השווה בין קריאות הדמוקרטים לקיום משא ומתן עם נשיא איראן מחמוד אחמדינז'אד לניסיון לפייס את אדולף היטלר לפני מלחמת העולם השנייה. ביידן הגיב להשוואה של בוש באומרו "זה בולשיט. זה שטויות. זה שערורייתי. זה שערורייתי בשביל נשיא ארצות הברית ללכת למדינה זרה, לשבת בכנסת ... ולמסור את ההצהרה המגוחכת הזאת". מאוחר יותר התנצל ביידן על השימוש במילות הגידוף שהטיח בבוש.
ייצוג ענייני דלאוור.