ב-1 במרץ 1861 מינה דייוויס את גנרל פ.ג.ט. בורגארד לפקד על כוחות צבא הקונפדרציה בסביבת צ'ארלסטון, קרוליינה הדרומית, שם התכוננו בכירי המדינה להשתלט על פורט סאמטר. בורגארד היה אמור להכין את כוחותיו אך להמתין לפקודות לתקיפת המבצר. בתוך המבצר השאלה לא נסובה סביב שיקולים גאופוליטיים, אלא בשאלת ההישרדות. המזון שברשותם היה אמור לאזול ב-15 בחודש. חיל המצב של האיחוד כלל שישה קצינים ו-127 חיילים תחת פיקודו של מייג'ור רוברט אנדרסון. הנשיא החדש, אברהם לינקולן, שלא שאף ליזום מעשי אלימות, הודיע למושל קרוליינה הדרומית, פיקנס, שהוא משגר צי קטן של ספינות מבסיס הצי בניו יורק כדי לחדש את האספקה, אך לא כדי לתגבר את הכוחות בפורט פיקנס שבפלורידה ואת פורט סאמטר, אך הוא לא יידע על כוונתו זו את דייוויס. מבחינתו של לינקולן, דייוויס, כמנהיג התקוממות, היה חסר כל מעמד רשמי. ניהול מגעים איתו היה מעניק לגיטימיות למרד. העובדה שפורט סאמטר היה נחלה של ארצות הברית הריבונית, הייתה הסיבה להחזקתו של חיל המצב במבצר. הוא הודיע לפיקנס שכוח האספקה לא ינחית כוחות או כלי נשק, אלא אם כן הוא יותקף. בסופו של דבר, עם התקרבותם של ספינות האספקה לנמל צ'ארלסטון, החלה הפגזה וצוותי הספינות צפו במחזה במרחק של 16 ק"מ בים.
כעת ניצב דייוויס מול ההחלטה הגורלית ביותר בקריירה שלו: למנוע את תגבור פורט סאמטר או לאפשר אותו. יחד עם חברי הקבינט שלו הוא החליט לדרוש שחיל המצב הפדרלי ייכנע, ואם יסרב, להשתמש בכוח כדי למנוע תגבור לפני הגעת הצי. אנדרסון לא נכנע. באישורו של דייוויס, החל בורגארד את הרעשת המבצר עם עלות השחר ב-12 באפריל. כוחות הקונפדרציה המשיכו את הרעשת המבצר עד כניעתו יומיים לאחר מכן. איש לא נהרג בדו-קרב הארטילרי, אך משמעות התקפת בסיס אמריקאי הייתה שהלחימה החלה. הנשיא לינקולן הורה ל-75,000 אנשי מיליציה לצעוד דרומה כדי לתפוס מחדש את רכוש הממשלה. הן בצפון והן בדרום החלו להתקיים הפגנות בהן דרשו המפגינים לפתוח במלחמה. מלחמת האזרחים האמריקנית החלה.
תחילת המלחמה.
במאי 1861, עם הצטרפותה של וירג'יניה לקונפדרציה, העביר דייוויס את ממשלתו לריצ'מונד. בהמשך החודש הוא ומשפחתו השתכנו שם במה שנקרא הבית הלבן של הקונפדרציה. לאחר שכיהן כנשיא זמני מאז פברואר, נבחר דייוויס ב-6 בנובמבר לתקופת כהונה מלאה של שש שנים, וב-22 בפברואר 1862 הוא הושבע.
בפרוץ המלחמה, כמעט 21 מיליון חיו במדינות הצפון, בהשוואה ל-9 מיליון בדרום. בעוד שאוכלוסיית הצפון הייתה כמעט כולה לבנה, בדרום חיה אוכלוסייה עצומה של עבדים שחורים. הגיוס לצבא הייתה זכותם של גברים לבנים בלבד. דרומיים רבים היו אחוזי אימה מהאפשרות שגברים שחורים יאחזו בכלי נשק. למעט גברים זקנים ונערים, מספר הגברים הלבנים שיכלו לשרת בצבא היה פחות משני מיליון. מעמסה נוספת הייתה הצורך לפקח על כשלושה מיליון וחצי עבדים שחורים, שכן לא היה כל אמון ביניהם לבין בעליהם. לרשות הצפון עמדה יכולת תעשייתית רחבה בהשוואה לזו של הדרום. בצפון נבנו כמעט כל הקטרים, אניות הקיטור והמכונות התעשייתיות ורשת הרכבות שלו הייתה נרחבת ומפותחת יותר. כמעט כל מאגרי התחמושת היו בצפון, בעוד שמרכיבים קריטיים לייצור אבק שרפה היו במשורה בדרום.
רוב מסילות הברזל בדרום היו מסילות מסוג פשוט שתוכנן לשאת את חבילות הכותנה הגדולות אל נמלי הנהרות בעונת הקטיף. רובן של מסילות אלו לא היו מקושרות למסילות אחרות, ובכך הפכה הובלת מטענים לקשה מאוד. בעוד שלרשות האיחוד עמד צי גדול, הצי החדש של הקונפדרציה החזיק רק בכמה ספינות שנלקחו בשבי או נבנו לאחרונה. אלו הועילו מאוד, אך בסופו של דבר הוטבעו או ננטשו ככל שהצי של האיחוד שלט על יותר נהרות ונמלים. פשיטות על ספינות של הצפון במימי האוקיינוס האטלנטי גרמו לנזק עצום ואילצו את ספינות האיחוד למצוא מקלט בנמלים בטוחים. עם זאת, הסגר הימי של הצפון על הדרום גרם להברחת הסחורות להיות מסובכת ויקרה. באופן אירוני, מבריחים אלו לא סיפקו כמויות משמעותיות של ציוד לחימה שצבא הדרום היה זקוק לו נואשות, אלא מוצרי מותרות מאירופה שהיוו הקלה מתנאי המלחמה הקשים.
ביוני 1862 מינה דייוויס את הגנרל רוברט אדוארד לי במקום ג'וזף א' ג'ונסטון הפצוע בפיקוד על ארמית וירג'יניה הצפונית, הכוח העיקרי של הקונפדרציה בזירה המזרחית. בדצמבר אותה שנה ערך דייוויס סיור בארמיות של הקונפדרציה בזירה המערבית. סביבו היה מעגל מצומצם מאוד של יועצים צבאיים. לרוב הוא קיבל את ההחלטות האסטרטגיות המרכזיות בעצמו, אף על פי שהוא התייחס בכבוד להשקפותיו של לי. על בסיס הנתונים של מצב האספקה המוגבלת של הדרום בהשוואה לזו של הצפון, החליט דייוויס שהלחימה של כוחות הקונפדרציה תתרכז בעיקר על הגנה אסטרטגית. הוא המשיך לנקוט בגישה זו לכל אורך המלחמה והקדיש תשומת לב מיוחדת להגנת בירתו ריצ'מונד. הוא אישר את המתקפות האסטרטגיות של לי כאשר הוא חש שהצלחתן תזעזע את הביטחון העצמי של הצפון ותגרום לשמירה על השקט באותה גזרה. עם זאת, המערכות המעטות שבהן פלשו כוחות הקונפדרציה אל הצפון נחלו תבוסה. קרב אנטיאטם העקוב מדם שהתנהל במרילנד והפלישה לקנטקי (שניהם ב-1862), סחטו את כוחותיהם של אנשים שלא היה להם תחליף ושל קצינים מוכשרים. המתקפה הסופית שהובילה למרחץ הדמים בן שלושת הימים בקרב גטיסברג ב-1863, פגעה בכוחו של הדרום עוד יותר.
הממשל והקבינט.
כנשיא הזמני של הקונפדרציה בשנת 1861 הרכיב דייוויס את הקבינט הראשון שלו. רוברט טומבס מג'ורג'יה היה מזכיר המדינה הראשון, וכריסטופר ממינגר מקרוליינה הדרומית היה מזכיר האוצר. ל'רוי פופ ווקר מאלבמה מונה למזכיר המלחמה, לאחר שהומלץ לתפקיד על ידי קלמנט קליי וויליאם יאנסי (שניהם דחו הצעות לשמש כחברי קבינט בעצמם). ג'ון רייגן מטקסס היה המנהל הכללי של דואר הקונפדרציה. יהודה פיליפ בנימין היה התובע הכללי. אף על פי שמינויו של סטיבן מלורי לא הוגש על ידי נציגות מדינתו, פלורידה, דייוויס עמד על כך שהוא האדם הטוב ביותר לתפקיד מזכיר הצי ובסופו של דבר אושר מינויו.
מאז ייסוד הקונפדרציה, בין שאר השיקולים בנוגע לזכויות המדינות, אחד הגורמים לבחירותיו של דייוויס לחברי הקבינט היה ייצוג מגוון של אישים מהמדינות השונות. הוא היה תלוי בין השאר בהמלצותיהם של חברי קונגרס ואישים בולטים אחרים. גישה זו סייעה לשמור על יחסים טובים בין הזרוע המבצעת לזרוע המחוקקת. מאידך זה גרם גם לתלונות מיותר ויותר מדינות, שכן מדינות נוספות הצטרפו לקונפדרציה ומספר המדינות החברות עלה על מספר המושבים בקבינט.
עם התקדמות המלחמה גברה חוסר שביעות רצון זו ובוצעו חילופי גברי תכופים באיוש התפקידים בקבינט. טומבס, ששאף בעצמו לכס הנשיאות, היה מתוסכל וכמה חודשים לאחר מינויו הוא התפטר והתגייס לצבא. ב-25 ביולי 1861 הוא הוחלף בתפקיד מזכיר המדינה על ידי רוברט מ. ט. האנטר. ב-17 בספטמבר התפטר ווקר מתפקידו כמזכיר המלחמה על רקע עימות עם דייוויס, שפיקפק באופן ניהול המלחמה על ידו והציע לו לשקול קבלת משרה אחרת. ווקר ביקש וקיבל פיקוד על הכוחות באלבמה. בנימין עזב את משרת התובע הכללי כדי להחליפו ותומאס בראג מקרוליינה הצפונית (אחיו של הגנרל ברקסטון בראג) החליף את בנימין בתפקיד התובע הכללי.
בעקבות הבחירות לנשיאות הקונפדרציה שנערכו בנובמבר 1861, הכריז דייוויס על הקמתו של הקבינט הקבוע במרץ 1862. בנימין החליף תפקיד שוב ומונה למזכיר המדינה. ג'ורג' ו. רנדולף מוירג'יניה מונה כמזכיר המלחמה. מלורי המשיך כמזכיר הצי ורייגן המשיך כמנהל הכללי של דואר הקונפדרציה. שניהם המשיכו לשמש בתפקידיהם עד תום המלחמה. ממינגר נשאר מזכיר האוצר ותומאס ה. ווטס מאלבמה מונה כתובע הכללי.
ב-1862 התפטר רנדולף מתפקידו כמזכיר המלחמה וג'יימס סדון מוירג'יניה מונה להחליפו. בסוף 1863 התפטר ווטס מתפקידו כתובע הכללי כדי לקבל את תפקיד מושל אלבמה וג'ורג' דייוויס מקרוליינה הצפונית מונה להחליפו. ב-1864 פרש ממינגר מתפקידו כמזכיר האוצר בשל עימותים עם הקונגרס והוחלף בג'ורג' טרנהולם מקרוליינה הדרומית. ב-1865 גרמה שוב האופוזיציה בקונגרס לסדון להתפטר מתפקידו כמזכיר המלחמה והוא הוחלף בג'ון ברקינרידג' מקנטקי.
יבולי הכותנה היו ענף היצוא העיקרי של הדרום והבסיס לכלכלתה. ייצור הכותנה היה תלוי עבדות. עם פרוץ המלחמה הבין דייוויס שדרושה התערבות של מעצמות אירופה כדי שהקונפדרציה תצליח לעמוד איתנה מול האיחוד. ממשל הקונפדרציה שיגר משלחות למדינות אירופה, אך כמה גורמים מנעו את הצלחת הדרום בתחום הדיפלומטיה. הסגר שהטיל האיחוד על הקונפדרציה גרם למעצמות אירופה להישאר נייטרליות, בניגוד לאמונה של הדרום שהסגר ינתק את אספקת הכותנה לבריטניה ולמדינות אירופאיות נוספות ויניע אותן להתערב לטובת הדרום. מדינות רבות באירופה התנגדו לעבדות. בריטניה ביטלה את העבדות בתחומה בשנות ה-30 של המאה ה-19 והצהרת האמנציפציה של לינקולן ב-1863 צמצמה את התמיכה בדרום מצד מדינות אירופה עוד יותר. לבסוף, עם התקדמות המלחמה ועם ירידת הסיכויים לעמידתו של הדרום, היו המעצמות הזרות משוכנעות שכוחה של הקונפדרציה לא יעמוד לה. בסופו של דבר, הקונפדרציה לא זכתה להכרה מצידה של אף מדינה זרה.
כשלים אסטרטגים.