שנותיה הראשונות של המדינה החדשה היו נגועות באלימות, במיוחד בבלפסט. ארגון ה-IRA, הצבא האירי הרפובליקני, שם לו למטרה למנוע את חלוקתה של אירלנד בכל מחיר, והשלטונות הבריטיים יצרו כוחות מקומיים מעין צבאיים, והשתמשו בחקיקת חירום דרקונית, על מנת לדכא את הארגון. מאות רבות של אנשים מתו, עד לחתימת האמנה האנגלו-אירית בשנת 1922 ואף במהלך שנת 1923.
תחת שלטון ראשי הממשלה היוניוניסטים, מסר ג'יימס קרייג ואילך, אימץ הממשל באלסטר מדיניות של אפליה כנגד המיעוט הקתולי. מחוזות הבחירה בבחירות למוסדות המוניציפליים ולפרלמנט שונו כך שיובטחו בחירת נציגים פרוטסטנטים ושליטה במגזר הממשלתי, ובענפים מסוימים של הכלכלה הצפון אירית, כמו בניית האוניות והתעשייה הכבדה.
גם היוניוניסטים האדוקים מודים בכך שבמהלך השנים 1922 עד 1972 הייתה צפון אירלנד, כפי שהתבטא המנהיג היוניוניסטי, זוכה פרס נובל לשלום, דייוויד טרימבל "מקום קר לקתולים לחיות בו".
למרות כל זאת נותרה צפון אירלנד מקום שליו במהלך חמשת העשורים שלאחר הפיכתה למדינה נפרדת. פרט לפעילות ספורדית של ה-IRA במהלך מלחמת העולם השנייה ובין השנים 1956 ו-1962, שלא זכתה לתמיכה של ממש ממרבית האוכלוסייה הקתולית. עם כל זאת, הקתולים חשו מנוכרים מן המדינה שהוקמה ללא הסכמתם. בתקופה זו הייתה חפיפה כמעט מלאה בין המפלגות היוניוניסטיות ובין "מסדר אוראנז'" הפרוטסטנטי, כך שקתולים יוניוניסטים נדחקו מכל עמדה פוליטית.
שנות השישים ואילך.
בשנות השישים החלו ראשי ממשלה יוניוניסטים מתונים כטרנס או'ניל, לנסות ולשנות את המערכת אך נתקלו בהתנגדות עזה מצד פרוטסטנטים קיצוניים כאיאן פייזלי. הלחצים המנוגדים לרפורמה מחד, ול"אף שעל" מאידך גרמו ליצירתה של תנועה לזכויות אזרח בראשות דמויות כג'ון יום ואוסטין קרי. בתחילתה של התנועה היו לה תומכים פרוטסטנטים מועטים בלבד, ומרבית תומכיה היו סטודנטים שנסחפו בגל העולמי של תרבות הנגד במהפכת הסטודנטים של 1968. התנגשויות בין צועדים וכוח השיטור המלכותי של אלסטר הובילו למתח בין קהילתי רב, בו אלמנטים במשטרה ובמנהיגות הסטודנטים הרדיקלים ניסו ביודעין לחמם את האווירה. מהומות בקנה מידה נרחב התפרצו לאחר מצעד בעיר דרי ב-12 באוגוסט 1969. הצבא הבריטי נשלח לצפון אירלנד בידי שר הפנים הבריטי ג'יימס קלהאן, כביכול על מנת להגן על הלאומנים האירים הקתולים. בתחילה אכן התקבל הצבא בברכה על ידי הקתולים, אך לאחר מכן הידרדרו היחסים.
לאחר הנהגתו של מעצר מנהלי לחשודים בשותפות במיליציות ב-9 באוגוסט 1971, הסירו את תמיכתם במדינה אף המתונים שבלאומנים הקתולים. מנהיגי מפלגת העבודה הסוציאל-דמוקרטית, מפלגה קתולית מתונה, פרשו מן הפרלמנט הצפון אירי ב-15 באוגוסט והחל מסע של התנגדות פאסיבית ומרי אזרחי. המתחים הגיעו לרמה גבוהה לאחר הריגתם של ארבעה עשר אזרחים בלתי חמושים בידי צנחנים בריטים בעיר דרי, באירוע שכונה "יום ראשון העקוב מדם" ב-30 בינואר 1972.
במהלך תקופה זו החל להתארגן המערך הקיים של ארגונים צבאיים. לאחר "יום ראשון העקוב מדם" החלו ארגונים אלו להראות את מלוא נחת זרועם. בשנת 1969 הופיע ארגון "ה-IRA הזמני" וארגונים פרוטסטנטים כאגודת אלסטר להגנה עצמית שטפו את צפון אירלנד בגל של אלימות, על סיפה של מלחמת אזרחים. ב-30 במרץ באותה שנה, הממשלה הבריטית, ששוכנעה בחוסר יכולתה של ממשלת צפון אירלנד לפתור את בעיותיה, פיזרה את הפרלמנט הצפון אירי והכריזה על שלטון בריטי ישיר.
בכל אותו הזמן ניהלה הממשלה הבריטית שיחות עם הגורמים השונים המעורבים בלחימה, לרבות ה-IRA. ב-9 בדצמבר 1973 הגיעו הצדדים השונים להסכם סנינגדייל ליצירת ממשלה לצפון אירלנד שבה תהיינה מיוצגות הקהילות השונות. ה-IRA לא היה חלק להסכם, והגביר את האלימות. היוניוניסטים התנגדו להצטרפות הלאומנים האירים לממשלה, והשיבו באלימות משלהם. למרות שההסכם זכה לתמיכה מוצקה של רוב המפלגות המיוצגות בפרלמנט הצפון אירי, לא הצליחו המפלגות השונות לתאם ביניהן את מאמציהן בבחירות שהתקיימו ב-29 בפברואר 1974 ובהן זכו מתנגדי ההסכם לרוב. הבחירות לוו בשביתה כללית של קואליציה של מתנגדי ההסכם משני הצדדים. ראש ממשלת בריטניה הרולד וילסון סירב לשלוח כוחות צבא לשבור את השביתה, וההסכם קרס בחודש מאי 1974.
שנות השבעים והשמונים הביאו מעשי טרור ברוטליים, רציחות המונים, ומוות של אזרחים תמימים. כמה פוליטיקאים בריטים תמכו בנסיגה בריטית מצפון אירלנד אך רבים התנגדו למדיניות זו וטענו כי התוצאה תהיה התפרצות של אלימות כללית בקנה מידה נרחב. החשש היה שמלחמת האזרחים תגלוש מצפון אירלנד לרפובליקה של אירלנד (אייר) בדרום, ולסקוטלנד בצפון, שכן לשתי מדינות אלו קשרים אתניים לצדדים הניצים בצפון אירלנד.
האלימות ירדה בהדרגה משיאה בשנת 1976 והגיעה למצב שבו היו בין 50 ל-100 קורבנות לשנה. ה-IRA התמחה בפיגועי ראווה, במיוחד בבריטניה וכנגד מטרות בריטיות באירופה, אך לא הזניח את הטרור בצפון אירלנד. הלויליסטים הפרוטסטנטים נהגו לירות בקתולים שעברו באזורים פרוטסטנטים ולפגע בפאבים שבהם נהגו הקתולים לשבת, במה שכונה "עבודות ריסוס" באש אוטומטית.
ניסיונות להגיע להבנה בין הצדדים נמשכו עד תחילת שנות התשעים. שני אירועים בעלי חשיבות היו שביתות הרעב בשנת 1981 וההסכם האנגלו אירי משנת 1985.
במהלך שביתות הרעב החלה התנועה הרפובליקנית לצבור אהדה שהתבטאה בהישגים אלקטורליים משני צידי הגבול, דבר שתרם להפיכתה של ה-IRA לתנועה פוליטית. החוזה האנגלו אירי, שנועד כפי הנראה על ידי ממשלת בריטניה וממשלת אייר להביא לתמיכה בתנועת העבודה הסוציאל-דמוקרטית הקתולית המתונה אל מול מפלגת שין פיין שזוהתה עם ה-IRA, סייע לשכנע את הקיצונים בשני הצדדים שהשגה מלאה ומיידית של מטרותיהם היא בלתי אפשרית.
בשנות התשעים החל להיות ברור גם לאנשי ה-IRA כי מאבקם לקבלת תמיכה המונית ולהשגה מיידית של נסיגת הכוחות הבריטיים אינו צפוי להצלחה מיידית. ההנהגה הקיצונית הישנה של מפלגת שין פיין בראשות רורי או'בריידי הוחלפה בהנהגה חדשה בראשות ג'רי אדמס, הנהגה שראתה כי הפתרון הוא בראש ובראשונה פתרון פוליטי. שינוי זה פתרון צבאי לפתרון פוליטי הוביל ליצירת תהליך שלום בצפון אירלנד, כאשר את התהליך החלו להוביל ראשי המדינות החדשים - ג'ון מייג'ור אשר החליף את מרגרט תאצ'ר הנוקשה בבריטניה, ואלברט ריינולדס באייר.
התמקדות הממשלה הבריטית בבעיות צפון אירלנד הובילה בשנת 1993 להסכמה של שני ראשי הממשלה על הצהרה משותפת שכונתה "הצהרת רח' דאונינג" (משכנו של רה"מ הבריטי). במקביל קיימו ראש שין פיין, ג'רי אדמס, ומנהיג מפלגת העבודה הסוציאל-דמוקרטית ג'ון יום, שיחות. מנהיג חדש למפלגה היוניוניסטית הפרוטסטנטית, דייוויד טרימבל, נראה בהתחלה כאיש הקו הקיצוני, אך הוא הביא את מפלגתו אל המגעים הרב-מפלגתיים בשנת 1998 שהסתיימו בחתימת הסכם יום שישי הטוב ב-10 באפריל 1998. רוב מקרב אזרחי צפון אירלנד אישר את ההסכם במשאל עם. ההסכם איפשר יצירת גופים בהם יוצגו כל הזרמים באירלנד הצפונית לפי מפתח מפלגתי, וכן כלל הוראות בדבר זכויות האזרח, שחרור אסירים ופירוק מנשק.
לאחר חתימת הסכם יום שישי הטוב.
לפי ההסכם, בחרו המצביעים מועצה לצפון אירלנד, שתהפוך לפרלמנט של צפון אירלנד. כל מפלגה שהגיעה לאחוזים מסוימים של תמיכה קיבלה את הזכות למנות אחד מחבריה לגוף המבצע, ולקבל משרד ממשלתי. דייוויד טרימבל נבחר להיות ראש הממשלה הראשון. רוב המפלגות, ובהן שין פיין קיבלו ייצוג בממשלה החדשה.
המועצה המחוקקת והמועצה המבצעת נתקלו מלכתחילה בבעיות שנגעו במיוחד לעובדה שה-IRA לא התפרק מנשקו בלוח הזמנים שהוכתב על ידי ההסכם, דבר שמנע את שיתוף הפעולה בין היוניוניסטים ובין השין פיין. כן הועלו האשמות בדבר רשת ריגול של ה-IRA בתוך המנגנון הממשלתי שנוצר. מאוקטובר 2002 הושעתה פעילתם של גופים אלו, ובצפון אירלנד מושל פול מרפי, השר הבריטי לענייני צפון אירלנד.
שינוי האקלים הפוליטי בצפון אירלנד איפשר את ביקורה של המלכה אליזבת השנייה בבניין הפרלמנט בסטורמונט, ושם נפגשו עמה גם שרים קתולים, ודנו עמה ועם הפרוטסטנטים במצב זכויות האזרח. באופן דומה ביקרה נשיאת אייר, מארי מקאליס בצפון אירלנד ונפגשה עם נציגים יוניוניסטים.
הבחירות למועצה המחוקקת (על אף שפעילותה הושעתה) התקיימו ב-30 בנובמבר 2003 ובהן זכו שין פיין, והמפלגה הקיצונית "המפלגה הדמוקרטית של אלסטר" לעלייה בכוחן, דבר שהופך את חידוש פעילות המוסדות שנוצרו בהסכם יום השישי הטוב לבעייתי ביותר.
בדצמבר 2004 הסתבר כי מזה חודשים מקיימים הצדדים מגעים חשאיים הכוללים אף את אנשי ה-IRA. ב-8 בדצמבר 2004 נפגשו ראש ממשלת בריטניה טוני בלייר וראש ממשלת אירלנד ברטי אהרן בבלפסט והודיעו כי המשא ומתן קרוב להבשיל לכדי הסכם. נראה כי המניעה העיקרית ליישום ההבנה שהושגה על פירוק ה-IRA מנשקו היא דרישת הפרוטסטנטים כי פירוק הנשק יתועד בתמונות, דרישה אשר אנשי ה-IRA מסרבים לה.
בשנת 2007 הושלם תהליך פירוקו מנשק של ה-IRA באופן רשמי. ב-2009, בעקבות פירוק ה-IRA, התפרק מנשקו גם ה-UVF, צבא הגרילה היוניוניסטי. כיום קיימים מספר ארגוני גרילה הטוענים להיות ממשיכיהם של הגופים שפורקו, אך פעילותם אינה משמעותית ואין כל עדות לכך שהם אכן קשורים לגופים המקוריים, מלבד הצהרתם.
במרץ 2007 נבחרה מועצה מכהנת חדשה לצפון אירלנד, וסמכויותיה הושבו. כיום המפלגות הגדולות הן מפלגת ה-DUP המזוהה עם היוניוניסטים וממפלגת שין פיין המזוהה עם הנשיונליסטים. שתי המפלגות, שבעבר נחשבו לקיצוניות ואף סירבו לשאת ולתת האחת עם השנייה נוהגות לקיים שיתוף פעולה.