באותו זמן, הרחיב הארגון את פעילותיו והחל להתמקד יותר בזכויות נשים, ילדים, פליטים ועובדים זרים, תוך הכנסת נקודת מבט של זכויות אדם לתחומים כגון אלימות במשפחה, סחר בבני אדם, אונס כפשע מלחמה, ושימוש צבאי בילדים. הארגון מצא דרכים להיכנס לחברות סגורות כמו קוריאה הצפונית וערב הסעודית, והתמקד בדברים שבעבר נתקלו בהתעלמות, כמו זכויות הומוסקסואלים ולסביות. נוסף על כך, החל הארגון לחקור את תפקיד העולם העסקי בזכויות אדם, במיוחד במסחר נשק בינלאומי, ופרסם מחקרים פורצי דרך אודות הפרות זכויות בתעשיות הנפט, הזהב והבשר.
ב-1997 קיבל "משמר זכויות האדם" פרס נובל לשלום עקב חלקו המרכזי כאחד ממקימי המאמץ העולמי לאיסור על השימוש במוקשים. ב-2008 מילא הארגון תפקיד חשוב ביצירת האמנה נגד שימוש בפצצות מצרר.
במאה ה-21.
המאה ה-21 הביאה עמה אתגרים חדשים. פיגועי 11 בספטמבר 2001 יצרו צורך למצוא דרכים חדשות להפעיל לחץ על קבוצות טרור ותומכיהם, ולעקוב אחר חקיקה נגד טרוריסטים. נוסף על כך, התפשטות מחלת האיידס הובילה ליצירת מחלקה המוקדשת לבריאות וזכויות אדם.
הדו"חות האחרונים של הארגון כוללים התייחסות לזכויות פליטים ביוון, היעלמויות של עצירים בסין, הפרות זכויות אדם בסודאן, ליקויים חמורים במערכת הבריאות בהודו, מערכת המשפט ברוסיה והתייחסותה למקרים בצ'צ'ניה, הפליה נגד אזרחים שיעים בערב הסעודית רצח, עינויים ונטיות מיניות בעיראק, הרג של פלסטינים שהחזיקו דגלים לבנים בזמן מבצע עופרת יצוקה, עונש גופני של תלמידים עם נכויות בארצות הברית, ועוד רבים.
ב-27 באפריל 2021 הארגון פרסם דו"ח בשם "הסף נחצה: הרשויות הישראליות ופשעי האפרטהייד והרדיפה" שגורס שישראל מבצעת פשעי אפרטהייד ורדיפה, המהווים פשעים נגד האנושות, כלפי פלסטינים בישראל, בגדה המערבית, ברצועת עזה ובמזרח ירושלים. לפי הדו"ח בשלושת האזורים האחרונים מצטרף לכך דיכוי שיטתי כנגד הפלסטינים ונעשים מעשים לא אנושיים כנגדם, שבמצטבר מהווים את פשע האפרטהייד. הדו"ח טוען שרמת הדיכוי הכולל אכיפת משטר צבאי דרקוני על פלסטינים, שעה שאזרחים ישראלים זוכים למכלול הזכויות של החוק הישראלי, מגיע לכדי הדרגה הנדרשת להגדרתו כאפרטהייד. נוסף על כך, הדו"ח מפרט הגבלות על תנועת הפלסטינים, כגון סגר על רצועת עזה והנהגת משטר היתרים לפלסטינים, כדי לאפשר להם לעבור בין שטחי הגדה והרצועה, הפקעת יותר משליש מאדמות הגדה המערבית, כפיית תנאים קשים בחלקים של הגדה באופן שהוביל להעברה בכפייה של אלפי פלסטינים מבתיהם, ושלילת תושבות מפלסטינים.
פעילות.
הארגון מפרסם דו"חות תקופתיים על הפרות זכויות במספר רב של שפות במעל 80 מדינות ברחבי העולם, לרבות לעיתים גם בשפה העברית. עובדי הארגון הם עורכי דין, עיתונאים, אנשי אקדמיה ומומחים למדינות שונות, בני לאומים שונים ובעלי רקעים מגוונים. לעיתים קרובות הארגון משתף פעולה עם ארגונים לזכויות אדם במדינות אחרות על מנת לקדם מטרות משותפות.
אנשי הארגון עורכים חקירות לבירור העובדות בנוגע לפגיעות בזכויות האדם בכל רחבי העולם. מדי שנה מפרסם Human Rights Watch את ממצאי החקירות הללו בעשרות ספרים ודוחות, ומביא לסיקור נרחב בתקשורת המקומית והבינלאומית. הפרסום מסייע לבייש ממשלות המפרות את זכויות האדם בפני אזרחיהן ובפני העולם. אנשי Human Rights Watch נפגשים לאחר הפרסום עם נציגי ממשלות – באומות המאוחדות, באיחוד האירופי, בוושינגטון ובבירות ברחבי העולם – על מנת לשדלם לערוך שינויים במדיניות ובהתנהלות בפועל. במצבים קיצוניים, Human Rights Watch דוחף להסרת התמיכה הצבאית והכלכלית בממשלות המפרות את זכויות תושביהן באורח מחפיר. ברגעי משבר Human Rights Watch מספק מידע עדכני בנוגע לעימותים בשעת התרחשותם. דיווחים שנמסרו על ידי פליטים, ואשר נאספו, הוצלבו ואומתו זה מול זה על ידי חוקרי הארגון, תרמו לעיצוב תגובתה של הקהילה הבינלאומית למלחמות שהתנהלו בקוסובו ובצ'צ'ניה.
Human Rights Watch מאמין כי הסטנדרטים הבינלאומיים של זכויות האדם חלים על כל בני האדם באורח שווה, וכי באמצעות פיקוח עיקש ומחאה המושמעת בעתה ניתן למנוע את הישנות הטרגדיות של המאה העשרים. הארגון מחויב לעקרונות ההכרזה לכל באי עולם בדבר זכויות האדם משנת 1948.
מושב הנהלת הארגון הוא בניו יורק, ולארגון משרדים גם בברלין, בבריסל, בשיקגו, בז'נבה, ביוהנסבורג, בלונדון, בלוס אנג'לס, במוסקבה, בפריז, בסן פרנסיסקו, בטוקיו, בטורונטו ובוושינגטון. במקרים רבים מקים הארגון משרדים זמניים באזורים שבהם מתנהלות חקירות מאומצות, וחוקרי הארגון מרבים לבקר במדינות אותן הם סוקרים, אלא אם כן נמנע הדבר משיקולי ביטחון.
כל גוף שהוא צד לעימות, יהא אשר יהא, עשוי למצוא עצמו מושא לפעילותו של Human Rights Watch. במסגרת עבודתו חשף הארגון הפרות שביצעו ממשלות ומורדים; שבט ההוטו ושבט הטוטסי; סרבים, קרואטים, מוסלמים בבוסניה ואלבנים מקוסובו; ישראלים ופלסטינים; נוצרים ומוסלמים באיי אינדונזיה ובמדבריות סודאן, ועוד רבים. הארגון מרבה לקרוא לארצות הברית לתמוך בזכויות האדם במדיניות החוץ שלה – אך גם מדווח על הפרות של זכויות אדם בתוך ארצות הברית, בין היתר בכל הנוגע לתנאי כליאה, לאלימות משטרתית, למעצר של מהגרים ולעונש המוות.
כל שנה מגיש "משמר זכויות האדם" את "פרס מגיני זכויות האדם" לפעילי זכויות אדם ברחבי העולם לכבוד אלו המוכיחים יכולות הנהגה ואומץ בהגנתם על זכויות אדם.
הנושאים העיקריים בהם עוסק הארגון, על פי מצעו הם:
ב"משמר זכויות האדם" מועסקים למעלה מ-270 עובדים. ראש הארגון, קנת רות, עומד בראשו מאז 1993. רות בוגר אוניברסיטת ייל ואוניברסיטת בראון. אביו ברח מפני הנאצים ב-1938, דבר שעורר את עניינו של רות בזכויות אדם.
תקציב.
"משמר זכויות האדם" מתגאה בהיעדר משוא פנים ובדיווחים מדויקים, ועל מנת לשמור על עצמאותו, מסרב לקבל תמיכה כספית מאף ממשלה ומאף סוכנות הממומנת בכסף ממשלתי. הארגון נתמך אך ורק על ידי תרומות מקרנות פרטיות ומאנשים פרטיים. בשנת 2008 גייס הארגון קרוב ל-44 מיליון דולר. ב-2008 קיבל הארגון 75% מתמיכתו מגורמים בצפון אמריקה, 25% מגורמים במערב אירופה, ופחות מאחוז מתורמים במקומות אחרים בעולם.
ביקורת ביחס לעמדת הארגון למדינת ישראל.
כנגד "משמר זכויות האדם" נמתחה ביקורת על הטיה אנטי-ישראלית בדיווחיו, והוא אף הואשם בידי פרופסור ג'רלד שטיינברג, נשיא העמותה לאחריות ארגונים לא ממשלתיים ב"ניצול רטוריקת זכויות האדם כדי לבצע דה-לגיטימציה לישראל".
באוגוסט 2009 חשף העיתונאי בן-דרור ימיני שאחד מחברי הארגון, ג'ו סטורק, שחיבר חלק מדוחו"ת הארגון אודות ישראל, הוא פעיל שמאל רדיקלי אנטי-ישראלי שאף הביע תמיכה בעבר בטבח הספורטאים במינכן ובחיסול מדינת ישראל. בתגובה, פרסם סטורק מאמר בו אמר: "הציטוטים שהוא (ימיני) מייחס לי הם מלפני שלושים שנה. את רובם אינני מזהה, והם מנוגדים לדעות שאני מביע כבר עשורים. למשל, ציטוט סלקטיבי מתוך מאמר בלתי חתום מלפני 37 שנים, כאשר הייתי אחד משבעה מתנדבים שעמדו מאחורי הפרסום. כל עבודתי מאז מראה שמעולם לא תמכתי בהתקפה מעין זו. קרוב לארבעים שנה אני מתעד, כותב ומדבר נגד עוולות של ממשלות וארגונים לא מדינתיים חמושים במזרח התיכון... הקדשתי את חיי הבוגרים להגנת זכויות אדם לכל ולמאבק ברעיון שמותר לתקוף אזרחים מסיבות פוליטיות."
בספטמבר 2009 יצא מייסד הארגון רוברט ברנשטיין במאמר ביקורת ב"ניו יורק טיימס" ביחס למדיניותו של הארגון כלפי ישראל. ברנשטיין, שניהל את הארגון עד לשנת 1998, טען כי הארגון מתמקד יתר על המידה בישראל, הוא הוסיף כי הארגון איבד את ההתבוננות הביקורתית שלו להבדיל בין משטר דמוקרטי פתוח שיש בו תקשורת חופשית, לבין משטרים טוטליטריים סגורים, וכן את ההבחנה בין תוקף למגן. הארגון דחה את הביקורת וציין כי ברנשטיין עצמו הציג בדירקטוריון הארגון את עמדתו שעל הארגון לעסוק אך ורק בהפרות זכויות אדם על ידי מדינות שאינן דמוקרטיות, אך עמדתו נדחתה. נקבע במפורש כי גם דמוקרטיות (כמו ארצות הברית וישראל) מבצעות הפרות חמורות של דיני המלחמה, והארגון לא ימנע מלעסוק בהפרות אלה. קנת רות, ראש הארגון הגיב לטענות ברנשטיין על גבי עיתון הארץ.
ב-20 באפריל 2010, פרסם מגזין The New Republic כתבה בנוגע ל-HRW, ובאופן שבו HRW "מקדיש תשומת לב לא מידתית לעבירות שמבצעת ישראל."
בפברואר 2011 צירף HRW את שהואן ג'ברין, טרוריסט פלסטיני, לוועדה המייעצת למזרת התיכון של הארגון. ג'ברין, שכונה "דוקטור ג'קיל ומיסטר הייד" על ידי בית המשפט העליון של ישראל עקב פעילותו הכפולה כטרוריסט בארגון החזית העממית לשחרור פלסטין ובארגון זכויות האדם הפלסטיני אל-חאק, נחשב לדמות מעוררת מחלוקת. החלטה זו בוקרה על ידי רוברט ברנשטיין, מייסד הארגון, ארגון הלסינקי וואטץ' וכן פרופסור ג'רלד שטיינברג, מייסד ונשיא NGO Monitor.
בפברואר 2017 סירבה רשות האוכלוסין וההגירה להעניק אשרת עבודה לפעיל של "משמר זכויות האדם", בטענה שהארגון פועל בשירות התעמולה הפלסטינית.
שגריר ישראל באו"ם, גלעד ארדן, טען שהדו"ח שפרסם הארגון באפריל 2021 שבו נטען שישראל מבצעת פשעי אפרטהייד הוא "אסופה של שקרים ובדיות אנטישמיות".
הקארסט הסלובקי