התנגדותו של פוקסמן לפארק 51.
מספר מבקרים מתחו ביקורת על התנגדותו של פוקסמן להקמתו של מרכז הקהילה האסלאמית המתוכנן "פארק 51" (Park51) בסמוך לגראונד זירו בניו יורק. הם ייחסו לו צביעות, מאחר שהצהרת המשימה של הליגה נגד השמצה אומרת שהיא מעוניינת "לשים קץ לתמיד לאפליה הבלתי צודקת והלא הוגנת של כל כת או גוף של אזרחיים." פאריד זכריה, שהליגה נגד השמצה העניקה לו את פרס החירות של התיקון הראשון על-שם יוברט המפרי, החזיר לה את הפרס והתשלום הכספי שבצדו בסך 10,000 דולר, באומרו שהוא לא יכול להחזיק בהם במצפון נקי. זכריה הפציר בליגה נגד השמצה לשנות את דעתה.
מחלוקות.
תמיכתו בזכויות הלהט"ב.
תמיכתו של פוקסמן בזכויות להט"ב באמריקה עוררה עליו את חמתם של יהודים אורתודוקסים רבים. בשנים 2001-2000 הוא מחה על החלטת בית המשפט העליון במשפט "צופי אמריקה ואחרים נגד דייל" שבה נקבע, שצופי אמריקה יוכלו לגרש צופה להט"ב בגלל נטייתו המינית. נמסר ש"עבור קבוצות יהודיות רבות שעובדות עם תנועות הצופים - בעיקר בתי-כנסת רפורמיים ומרכזי קהילה יהודית - השנה שבאה אחר-כך גרמה לחשבון נפש, משום שהם התחבטו בשאלה האם הם צריכים לסיים את קשריהם עם הארגון בגלל עמדתו לגבי להט"בים," וש"בתוך הקהילה היהודית, קבוצות אורתודוקסיות תמכו בהחלטה, באומרן שארגונים אזרחיים צריכים להיות רשאים לקבוע את המסר שהם מעבירים - אולם רוב הארגונים היהודיים מגנים אותה כמפלה." ב-2001, יצאו פוקסמן ויושב ראש הלאומי של הליגה, הווארד ברקוביץ, בהצהרה כי "אנחנו המומים שבשנת 2000 קיבל בית המשפט העליון החלטה שכזאת... ההחלטה מצהירה שכל זמן שהארגון תומך בעמדה אנטי-להט"בית, הוא חופשי להפלות נגד גאים ולסביות אמריקאים."
ביקורתו על ג'ימי קרטר.
באוקטובר 2006, ביצגו את הליגה נגד השמצה, מתח פוקסמן ביקורת על ספרו של הנשיא לשעבר ג'ימי קרטר "פלסטין: שלום לא אפרטהייד" (Palestine: Peace Not Apartheid), באומרו שבספרו קרטר "מציג גישה אנטישמית." חודש לאחר-מכן, לפי דברים שציטט ג'יימס טראוב במאמר שפורסם בהניו יורק טיימס, אמר פוקסמן שאף-על-פי-כן הוא אינו מכנה את הנשיא לשעבר "אנטישמי".
עמדתו בנושא הלובי הישראלי.
פוקסמן כתב ספר בשם "השקרים הקטלניים: השדולה הישראלית ומיתוס השליטה היהודית" (The Deadliest Lies: The Israel Lobby and the Myth of Jewish Control). הוא כתב אותו בתגובה לספרם של ג'ון מירשהיימר וסטפן וולט, "השדולה הישראלית ומדיניות החוץ האמריקנית" (The Israel Lobby and U.S. Foreign Policy),
ביקורתו על מל גיבסון.
פוקסמן ספג ביקורת מיהודים ולא-יהודים בשל גישתו העוינת לסרטו של מל גיבסון "הפסיון של ישו" משנת 2004.
בספטמבר 2003, לפני שיצא הסרט לאקרנים כינה פוקסמן את גיבסון "דיוקן של אנטישמי". ביום המחרת הוא הוסיף ש"אני לא מוכן לאמר שהוא אנטישמי" אלא שגיבסון "מציג דעות שלא ניתן שלא לראותן כאנטישמיות."
בנובמבר 2003 אמר פוקסמן על גיבסון כי "אני חושב שהוא נגוע, מאוד נגוע, בהשקפות אנטישמיות חמורות מאוד."
כאשר נשאל על ידי דיאן סויר בפברואר 2004 אם מל גיבסון הוא אנטישמי ואם הפסיון של ישו הוא סרט אנטישמי, השיב פוקסמן בשלילה על שתי השאלות.
ביקורת נמתחה על פוקסמן גם על תגובתו להתנצלותו של גיבסון על התנהגותו במהלך מעצרו בחשד לנהיגה בשיכרות ב-2008 (אז הוא השמיע אמירות אנטישמיות נגד השוטר שעצר אותו).
פוקסמן קיבל את התנצלותו השנייה של גיבסון, אם כי הוא המשיך למתוח ביקורת על גיבסון, ואמר ב-2008 כי "בימי השיא שלו הוא היה מספר 1 בהוליווד, הכוכב הכי מבוקש, בחירת העם, סמל. אז הוא התגלה כאנטישמי, וראו איפה הוא היום. זהו היופי באמריקה."
פוקסמן המשיך וגינה את גיבסון על סרטו "הפסיון של ישו", באומרו ב-2008 כי "מה שהוא עשה היה להקנות אמינות, באמצעות סרט מודרני, לסיפור רצח האל. היכן מל גיבסון היום ? הוא עשה סרט, ויום אחד הוא חושף את עצמו בפני העם האמריקני. הוא כבר אינו סמל."
השואה הארמנית.
התנגדותו של פוקסמן ביולי 2007 להחלטת הקונגרס שהכירה ברצח העם הארמני עוררה ביקורת רבה כלפיו. "איני סבור שפעולת הקונגרס תסייע להרגיע את המחלוקת בסוגיה זו. ההחלטה נוקטת עמדה; היא פסק דין" הצהיר פוקסמן. "הטורקים והארמנים צריכים לבחון מחדש את העבר שלהם. הקהילה היהודית לא צריכה להיות שופטת של ההיסטוריה הזו, וגם הקונגרס של ארצות הברית לא צריך לעשות זאת." שריסטאן מלקוניאן, יושבת הראש של הוועד הלאומי הארמני של מזרח מסצ'וסטס, האשימה את פוקסמן בריאיון עיתונאי בכך שהוא "מכחיש שואה".
בחודש שלאחר מכן הוסיף פוקסמן ואמר כי "אנו ממשיכים להאמין שהחלטת הקונגרס בעניינים כאלה היא הסחת דעת שאינה מועילה ושלא תגרום לפיוס בין הטורקים לארמנים. אנחנו לא נהסס להשתמש במונח "שואה" בעתיד." פוקסמן שלח בנוסף לכך מכתב לראש ממשלת טורקיה רג'פ טאיפ ארדואן והביע צער על הקושי שעמדתו גורמת לממשלת טורקיה: "אין לנו כל כוונה להעמיד את העם הטורקי או מנהיגיו במצב לא נעים."
ביקורתו על דונלד טראמפ.
במהלך הבחירות לנשיאות ארצות הברית בשנת 2020, תמך בג'ו ביידן לנשיאות ארצות הברית, וכינה את דונלד טראמפ סכנה לדמוקרטיה האמריקאית, וטען ש:"טראמפ לא אמין, לא רציונלי, ולא הגיוני","המילים שלו והמעשים שלו מחזקים אנטישמיים".
תקרית ולה
תקרית וֶלָה (באנגלית: Vela incident), המוכרת גם בשם ההבזק הדרום-אטלנטי (South Atlantic Flash), הייתה אירוע "הבזק כפול" של אור שזוהה על ידי הלוויין האמריקאי "ולה הוטל" ב-22 בספטמבר 1979.
מומחים שבחנו את המידע שיערו כי ייתכן שההבזק הכפול - מאפיין מוכר של פיצוץ גרעיני - היה תוצאה של ניסוי בנשק גרעיני: "המסקנות של הפאנל הנשיאותי היו מרגיעות, שכן הן הניחו כי ההסבר הסביר ביותר לזיהוי של ולה הוא פגיעת מטאורואיד בלוויין - בעיקר בגלל אי-ההתאמה בקריאות הבהאנגמטר. אחרים שניתחו את המידע, ביניהם סוכנות הביון של משרד ההגנה האמריקני, המעבדות הלאומיות וקבלנים של משרד ההגנה, הגיעו למסקנה שונה מאוד - לפיה המידע תמך באפשרות כי ב-22 בספטמבר 1979, לווין ולה 6911 זיהה פיצוץ גרעיני."
למרות זאת, מעולם לא יצא מכלל אפשרות שהאות של ההבזק הכפול היה אות אלקטרוני שגוי שנוצר על ידי חיישן מזדקן בלוויין הישן. מעולם לא זוהתה אף האמתה של הפיצוץ, כדוגמת נוכחותם של תוצרי-לוואי גרעיניים באוויר וזאת על אף גיחות רבות באזור של מטוסי חיל האוויר האמריקאי שהותאמו במיוחד לזהות נשורת רדיואקטיבית באוויר.
בנוסף, צוין כי מטאורואידים מסוימים יוצרים פרצי פיצוץ שנמדדים בין כמה קילוטונים של TNT (האירוע המזרח-תיכוני) ועד מגהטונים של TNT (אירוע טונגוסקה) בעודם נכנסים לאטמוספירה. במקרים כאלה הגילויים הפיזיקליים לרוב שונים מאוד מאלה שנצפו בתקרית, מכיוון שמטאורואידים בודדים אינם מפיקים את מאפיין ההבזק הכפול של פיצוץ גרעיני. עם זאת, עלו השערות נוספות, לפיהן הלוויין הבודד זיהה שילוב נדיר וחריג של תופעות טבעיות - כלומר החיישנים תפקדו כראוי, אך האירוע היה לא-גרעיני.
זיהוי.
"ההבזק הכפול" זוהה ב-22 בספטמבר 1979, ב-00:53 GMT, על ידי הלוויין האמריקאי ולה הוטל 6911, שנשא חיישנים שונים שעוצבו במיוחד על מנת לזהות פיצוצים גרעיניים. בנוסף להיותו מסוגל לזהות קרני גמא, קרני-X ונייטרונים, הלוויין הכיל גם שני בהאנגמטרים מסיליקון מוצק שמסוגלים להבחין בהבזק האור הכפול המקושר עם פיצוצים גרעיניים - הבזק אור עצמתי ומהיר ואחריו הבזק שני, ארוך יותר.
הלוויין דיווח על מאפייני ההבזק הכפול של פיצוץ גרעיני פנים-אטמוספירי בעוצמה של 2–3 קילוטונים באוקיינוס ההודי בין איי קרוזט (אי קטן ומיושב בדלילות בחזקה צרפתית) ואיי הנסיך אדוארד ששייכים לדרום אפריקה ב-.
למרות הזמן שחלף, עדיין קיים ספק רב לגבי אמיתות הדיווח של הלוויין. הלוויין ולה הוטל 6911 היה פרט מזוג לוויינים ששוגרו ב-23 במאי 1969 - למעלה מעשר שנים לפני תקרית ההבזק הכפול, ולווין זה כבר עמד יותר משנתיים אחרי "אורך החיים המתוכנן" שלו ביום התקרית. היה ידוע כי ללווין יש חיישן הבזק אלקטרו-מגנטי (EMP) תקול והוא פיתח פגם (ביולי 1972) בזיכרון ההקלטה שלו, אולם הפגם הזה פתר עצמו עד מרץ 1978.
בנוסף, הערכות טכניות מוקדמות בחנו את האפשרות לפיה ולה הקליט צירוף של תופעות טבעיות, דוגמת ברק בשילוב עם פגיעת מטאור. כתבות חדשות מוקדמות נוספות מאותה תקופה דנו באפשרות של פגיעת גוף חיצוני גדול, כדוגמת אסטרואיד, בלוויין. חיישני ההבזקים של ולה היו רגישים לברקי-על, דבר שהוביל לנסיעתם של שני מדענים, ג'ון וורן ורוברט פריימן מהמעבדה הלאומית לוס אלמוס, לחקור ברק-על נדיר שהתרחש מעל היבשה באי בל, ניופאונדלנד באפריל 1978. התצפיות שלהם מהאירוע, המוכר בשם 'הפיצוץ באי בל', דיברו על נזק מבני, חיות חווה מתות ומכשירי חשמל שהושמדו בנוסף לראיות נוספות (הרעם של ברק-העל נשמע בקייפ-ברויל, מרחק 55 קילומטרים ממקום האירוע). הפיצוץ באי בל הוא אחד מכ-600 פיצוצים מסתוריים שהתרחשו לאורך קו-החוף המזרחי של צפון אמריקה בין סוף 1977 לאמצע 1978.
טענות למעורבות ישראל באירוע.