בשנת 1553 הוכתרה מרי הראשונה לבית טיודור כמלכת אנגליה. היא הייתה בת 37 בעלותה לכס המלוכה, ועדיין רווקה. מרי רצתה בילדים שיירשו את כיסאה בבוא העת, לכן חיפשה חתן. מבין מספר מועמדים שהוצעו לה היא בחרה בפליפה השני, מלך ספרד, לאחר שהתאהבה בתמונתו; הם נישאו בשנת 1554. שידוך זה היווה גורם משמעותי ביחסים הטובים שנוצרו בין ממלכות אנגליה וספרד – יחסים שנמשכו עד מותה של מרי, בשנת 1558. מרי שאפה להחזיר את אנגליה הפרוטסטנטית לחיק הנצרות הקתולית, כצעד נגד למהלכיו של אביה, הנרי השמיני. קשר הנישואין שלה עם מלך ספרד הקתולית, שהייתה אז המעצמה הגדולה והחזקה ביותר באירופה, עורר חששות כבדים באנגליה ורבים פחדו שהמדינה עומדת להפוך לחלק מספרד. מרי רדפה באכזריות את הפרוטסטנטים והעלתה 280 מהם על המוקד ("המארטירים מסמיתפילד"). לכן יובן למה כונתה בפי האנגלים "מרי העקובה מדם" (Bloody Mary), שפירושו גם "הארורה".
למלכה מרי לא היו צאצאים ועם מותה ירשה אותה אחותה למחצה אליזבת לבית טיודור, אשר עלתה לכס המלכות כאליזבת הראשונה. אליזבת הפרוטסטנטית התנגדה לצעדיה של אחותה מרי וביטלה אותם. פליפה תמך בעלייתה לשלטון של אליזבת, אך אליזבת התעלמה מתמיכתו ודחתה את הצעת הנישואין שלו. הקשר בין שתי הממלכות הלך והידרדר. פליפה היה שקוע במלחמות בארצות השפלה, וחשש שאנגליה מסייעת למורדים הפרוטסטנטיים שם. פליפה נרתע תחילה מפלישה לאנגליה, בשל כוחו של הצי הבריטי; הוא היה במלכוד: פלישה יעילה לאנגליה דרשה בסיס איתן בארצות השפלה, אך לא ניתן היה ליצור בסיס שכזה בשל המרד שם. פלישה שתצא מספרד דרשה הרכבת כוח עצום - ימי ויבשתי - להבטחת ניצחון, ופליפה היסס באשר למהלך זה. האנגלים התלבטו גם הם לגבי הסיוע למורדים; גם להם היה ברור שזוהי התגרות בספרד, אך היו מודעים לכך שהמרד ההולנדי מונע הקמת בסיס ספרדי לפלישה, ממנה חששו מאוד האנגלים.
ואולם, הנושא המרכזי שהעסיק את פליפה בשנות ה-80 של המאה ה-16 היה ניסיון לאחד את פורטוגל עם ספרד על ידי יצירת שושלת משותפת. לאחר שהצליח במשימה זו ב-1583, חשש פליפה מהאפשרות שכתר צרפת ייפול בידי אנרי השלישי, מלך נווארה הפרוטסטנטי (חששו זה אכן התממש ב-1589, אבל הוא קיבל עליו את הקתוליות לפני כן). ואולם, פליפה לא יכול היה להתעלם מהאיום האנגלי, שהגיע לשיאו בפשיטותיהם של שודדי הים האנגלים (פריבטיר, בוקאנירים) על המושבות הספרדיות באמריקה; מסעו של פרנסיס דרייק סביב העולם בשנים 1577–1580 המחיש סכנה זו.
במקביל למעורבות האנגלית בארצות השפלה - ובכיוון ההפוך, ניסו גולים קתוליים מאנגליה ונציגים של הוותיקן לגרום להפלתה של אליזבת, באמצעות תמיכה במרי לבית סטיוארט מלכת הסקוטים, הקתולית. ב-1570 נעשה ניסיון להפלת אליזבת מכסאה, ולהמלכת מרי מלכת הסקוטים במקומה, בקשר שנקרא קשר רידולפי. הקשר נכשל, והפרוטסטנטים בסקוטלנד מצאו בכך עילה לתבוע ממרי לוותר על כיסאה. במלחמה שהתפתחה נמלטה מרי אל דודניתה, אליזבת; זו ראתה בה איום וכלאה אותה במשך 19 שנים במצודת לונדון. גילוי הקשר, ביחד עם משבר במרד ההולנדים כנגד הספרדים, הוביל את אליזבת להתערב בגלוי במלחמה בארצות השפלה בחורף 1584–1585. אף על פי שמעולם לא הייתה הכרזת מלחמה רשמית, ראה בכך פליפה מצב של מלחמה בין שתי הארצות, והחל בהתארגנות לפלישה ימית לאנגליה.
השוואת תורת הלחימה.
טכנולוגיית הלחימה הימית במאה ה-16 הייתה בעיצומו של תהליך שינוי. קרב לפנטו 1571 היה קרב אחרון שנוהל בין גליאות מונעות במשוטים. בקרב זה נלחמו הספינות זו בזו על ידי הצמדת דפנות הספינות אחת לשנייה, והשתלטות על אוניית האויב על ידי נחתים רגליים, כלומר למעשה מעין לחימה יבשתית - על כלי שיט. 55 מתוך 212 הגליאות שהשתתפו בקרב היו ספרדיות. השינוי בדוקטרינת הלחימה הימית בא לידי ביטוי בטווחי התקיפה באמצעות תותחים. בעקבות שינוי זה לא היה עוד צורך בביצורים מאסיביים שעד אז נבנו על גבי הספינות; הסרת ביצורים אלו הקלה על משקל הספינה, שנהייתה מהירה יותר וקלה יותר להיגוי מאשר קודם לכן. שינוי זה היה קריטי לצורת הקרב החדשה. ברם, המלך הספרדי התעקש להמשיך ולבצר את ספינות הארמדה בביצורים גבוהים וחזקים ככל האפשר, בעוד המפקדים האנגלים, סר פרנסיס דרייק וסר ג'ון הוקינס, יישמו את השינוי במבנה הספינות, באישורה של המלכה אליזבת.
הבדל נוסף בין הכוחות הבריטים לכוחות הספרדים בא לידי ביטוי בקציני הפיקוד בספינות: על האוניות הספרדיות פיקדו אנשי אצולה, שזכו למעמדם הודות לייחוסם, ללא קשר ליכולותיהם, על פי הנוהג מתקופת האבירים של ימי הביניים. בספינות האנגליות הייתה היררכיה מקצועית ופיקודית מוגדרת, שבראשה עמד רב חובל שנבחר לתפקידו על פי ניסיונו ומיומנותו, ללא קשר למוצאו וייחוסו המעמדי.
גם בסוג כלי הנשק ניכר הבדל בין שני הכוחות: ספינות הארמדה הכילו תותחים גדולים וכבדים, שירו פגזים במשקל של כ-23 ק"ג בכל ירייה, והיו בנויים להסבת נזק רב לאוניות האויב בפגז כבד אחד, כאשר הופעלו מטווח קרוב. בניגוד לספרדים, הצי האנגלי התבסס על תותחים ארוכי טווח שירו פגזים שמשקלם היה כשליש - שמונה ק"ג בלבד. האנגלים שאפו ליירט את ספינות הצי הספרדי מחוץ לטווח הפגיעה של תותחיהם, כשהיה ברור להם שעימות חזיתי וקרוב עם הצי הגדול והחזק בעולם, באותה עת, יסתיים בתבוסתם המלאה; יכולת הלחימה של החיילים הספרדיים נחשבה למעולה, ולו היו האנגלים מאפשרים לאוניות הספרדיות להתקרב אל אוניותיהם, להתחבר אליהן באמצעות חבלים, ולהנחית עליהן את הלוחמים - לא היה להם כל סיכוי נגדם. האנגלים בחרו להילחם בתנאים שלהם: שמירה על טווח רחוק, וניצול יכולת התמרון הזריזה של ספינותיהם הקטנות יותר.
תוכנית הקרב הספרדית.
ע"פ תוכניתו של מלך ספרד הייתה הארמדה אמורה להפליג במעלה תעלת למאנש, תוך כדי השמדת הכוחות הימיים הבריטיים שיעמדו בדרכה. הארמדה הייתה אמורה לטהר את התעלה עד מארגייט (בקצה הדרום מזרחי של אנגליה, מול קאלה), ולהשיג שליטה ימית שתאפשר את העברת הכוח היבשתי שהמתין בארצות השפלה, לאנגליה. בהולנד המתין צבא בן 30,000 לוחמים בפיקודו של הדוכס מפרמה, אלכסנדר פארנסה (Alexander Farnese), להגעתה של הארמדה. תוכניתו של פליפה השני הייתה להעביר ללונדון צבא זה על גבי דוברות. יחד עם הלוחמים שיגיעו עם הארמדה היה אמור צבאו של פליפה למנות 55,000 חיילים.
למלך ספרד היו כמה מטרות במבצע: ראשית, הוא ניסה לדכא ולמנוע את התמיכה הבריטית בארצות השפלה הדרומיות, (החלק הדרומי של הרפובליקה ההולנדית), שהיה בשליטת מורדים הולנדים; בנוסף, רצה המלך להביא להפסקת המתקפות האנגליות על הקולוניות הספרדיות שממוקמות בחופי יבשת אמריקה ועל ספינות המסחר שהובילו את העושר העצום מן העולם החדש לספרד. בדרך זו רצה המלך הספרדי לבסס ולחזק את מעמדה של האימפריה הספרדית בעולם מבחינה כלכלית ופוליטית. בנוסף, רצה פליפה לכפות את האמונה הקתולית על האנגלים, שקיבלו את הדת הפרוטסטנטית רק עשורים ספורים קודם לכן. מעבר לכל אלה, יש הטוענים כי פליפה השני רצה להשיג את כתר המלוכה האנגלי, ובדרך זו להשיג גם את כל המטרות הנ"ל.
על אף זאת, פליפה לא התכוון לכבוש את אנגליה. מוקד פעילותו של פליפה היה בארצות השפלה, ואנגליה מבחינתו הייתה מטרד בלבד. הוא רצה לנתק את הסיוע האנגלי למורדים בארצות השפלה, ולהפסיק את המתקפות של שודדי הים הבריטיים על מושבותיו באמריקה. כיבוש אנגליה לא היה אפשרי מבחינתו של פליפה באותן נסיבות; צבאו של פליפה לא הצליח לדכא את המרידה בארצות השפלה, אף על פי שלרשותו עמדו כ-30,000 חיילים, ולמרות שארצות השפלה היו חלק מסורתי מן האימפריה הספרדית, ולשם ניתן היה להזרים כוחות דרך היבשה ולהסתייע בבעלי בריתו של פליפה ביבשת. השתלטות על אי עוין, בעל אוכלוסייה גדולה בהרבה, דרשה מבצע מסובך, ולא על כך חשב פליפה. הוא רצה, כנראה, להכות את האנגלים כדי להנחיל תבוסה לשאיפות הפרוטסטנטיות באירופה כולה, ואולי להביא להמלכת מלך קתולי, על אף שלא היה מועמד מתאים לכך.
תוכנית הפלישה של הספרדים הייתה מבצע מורכב מאוד, שגם במאה ה-21 היה קשה לבצעה, לא כל שכן במאה ה-16. פליפה תכנן את המבצע לבדו בלא לאפשר למפקדיו הבכירים – אלונסו פרס דה גוסמאן אי סוטומאיור, הדוכס השביעי ממדינה-סידוניה שהוביל את הארמדה, והדוכס מפרמה, מפקד הצבא בארצות השפלה – לדון עמו, או ביניהם, בפרטי התוכנית. כאשר קיבלו הללו את הפקודות ברגע האחרון, הבינו שניהם שהתוכנית כושלת ואין כל סיכוי שתצליח כמתוכנן, אך היה זה מאוחר מכדי להתריע.
הארמדה יוצאת.
הכנת הארמדה למבצע החלה ב-1586 ונמשכה כשנתיים, בין השאר בשל פשיטה של פרנסיס דרייק על נמל קדיס ב-1587, אך גם בשל בעיות טכניות שונות, וכן בגלל העובדה שהספרדים המשיכו להתלבט בשאלה - אם ניתן לנחות באנגליה ללא דיכוי המרד בארצות השפלה לפני כן.
אנשיה של המלכה אליזבת קיבלו דיווחים שוטפים על מהלך ההכנות למבצע, באמצעות סוכניו של פרנסיס וולסינגהם בחצרות מלכי אירופה ובקהילות סוחרים זרים.
ב-28 במאי 1588 יצאה לבסוף הארמדה מליסבון לכיוון תעלת למאנש. לפני ההפלגה העניק האפיפיור סיקסטוס החמישי כתבי מחילה (אינדולגנציות) לכל החיילים והמלחים, כנהוג לפני יציאה למסע צלב.