אזורי מחייתו הם בסביבת משקים ושטחים חקלאיים, פרדסים, מטעים, חורשות וליד מקורות מים גדולים כגון אגמים טבעיים ומלאכותיים, שם ימצא לחות, שאותה הוא מעדיף, ומיני מכרסמים המהווים את עיקר מזונו. ככל הנראה מקום מחייתו המקורי הוא בחורש ים-תיכוני ובעיקר באזור החורש והיערות המאפיינים את הגליל התחתון; כושר הטיפוס שלו והעובדה שלעיתים תכופות יימצא בין ענפי עץ או בגזע חלול, מעידים על מוצא זה. בשעות היום עשוי הצפע להימצא בפינות קרירות שונות: בין שיחים, עשבייה ועצים, בסלעים וכוכים, בקפלי קרקע שונים, בין פסולת חצר, בגדרות אבן, בביצות וכדומה.
מחקר של ד"ר בעז שחם והאקולוג רועי טלבי שהתפרסם במרץ 2018 והתבסס על נתוני סקרי זוחלים שנערכו בישראל ב־10-15 שנים שקדמו למחקר, מצא כי הצפע המצוי הפך לנדיר בשטחי הבר של הטבע הישראלי והוא מהווה שם בין שליש אחוז עד לחצי אחוז מאוכלוסיית הזוחלים לעומת האזורים הסמוכים ליישובים מאוכלסים, בעיקר כפריים ובשטחי חקלאות, שם מהווה הצפע המצוי כ-10 אחוז מאוכלוסיית הזוחלים. המחקר טוען כי הצפע הוא מין נדיר במרחק של ק"מ אחד ומעלה מאזורים מיושבים. ההסבר לכך הוא שישובי האדם מספקים הגנה ומחסה לצפע מפני עופות דורסים, כמו גם זמינות למזון.
דמיון לזעמן המטבעות.
זעמן מטבעות דומה במראהו ובצבעיו לצפע המצוי. הסימנים העיקריים המבדילים בין השניים הם צורת מטבעות כהים המופרדים אחד מהשני על גבו של זעמן המטבעות, וזאת בניגוד למעוינים המחוברים זה לזה אצל הצפע המצוי, שגופו דק יותר וזנבו ארוך ומחודד יותר. קיימת סברה שהדמיון נובע מתופעת החקיינות בטבע, ושצבעי הזעמן התפתחו עקב היתרון שמעניק לו דמיון לצפע המצוי בהרחקת טורפים (חקיינות בטסיאנית), וכך גם תנועותיו וזקיפת גופו כאשר הוא מאוים, מציגה כאילו הוא נכון להכיש. פעמים רבות הורג האדם את זעמן המטבעות בשל זיהוי מוטעה בין השניים, על אף שזעמן מטבעות אינו ארסי, וניזון בין השאר מצפעים צעירים.
רבייה.
תקופת החיזור של הצפע המצוי חלה בסוף עונת האביב, בעיקר בחודש מאי. מפגש שני זכרים בעונה זו, ובמיוחד בקרבת נקבה, מסתיים במה שמכונה "ריקוד מלחמה", שבמהלכו יתלפפו הזכרים האחד בשני וינסו לרתק האחד את ראשו של האחר לקרקע. במהלך מאבק זה לא יהיו הכשות, אלא מפגן כוח בלבד, שבסיומו יימלט הזכר שהפסיד במאבק. הזכר המנצח יבדוק את הנקבה באמצעות חוש הריח שלו וידע אם היא מוכנה להזדווגות; אם כן, הוא יכרוך את זנבו בשלה וההזדווגות תתרחש במשך כמה שעות. לצפע המצוי תכונה ייחודית בין כל בני משפחת הצפעיים: זהו כמעט הצפע היחיד המביא צאצאים לעולם באמצעות הטלת ביצים (רבייה אוֹוִיפָּרית, oviparous ), ולא בהשרצת ולדות חיים, המאפיינת את רוב מיני הצפעים (צפע נוסף המטיל ביצים הוא הצפע המזרחי, שהיה מצוי בעבר בצפון הארץ אך נכחד). תכונה זו התגלתה לראשונה ב-1955 בשני מכונים ביולוגיים בישראל. העוברים בתוך הביצים המוטלות הם מפותחים יחסית. הטלת הביצים מתרחשת בעיקר בחודשי הקיץ, בין יולי לאוגוסט. הנקבה, בהתאם לגודלה, מטילה בין 10 ל-30 ביצים באדמה לחה, שממנה סופגות הביצים לחות החיונית להתפתחות העוברים. לאחר ההטלה עוזבת הנקבה את הקן מבלי לשוב אליו. הביצים בוקעות לאחר שישה שבועות, והאֶבְקוֹעים מגיחים מהביצה בגודל של כ-20 ס"מ, כשהם מצוידים במערכת ארס קטלנית כשל הוריהם. האבקועים הצעירים צדים לטאות וצפרדעים קטנות. בשנתם הראשונה הם מכפילים את גודלם, והם ימשיכו לגדול כל ימי חייהם, אם כי הגדילה העיקרית מתרחשת עד הבגרות המינית. בדומה לנחשים אחרים, לצורך הגדילה משיל הצפע את השכבה החיצונית של עורו הישן (השכבה הקרנית של הקשקשים) כמה פעמים בכל אביב וקיץ.
תזונה.
הצפע המצוי ניזון בעיקר ממכרסמים כגון חולדות, עכברים ונברנים, קרפדות, זוחלים ובעלי חיים קטנים אחרים. הוא ניחן ביכולת טיפוס מרשימה למדי, המאפשרת לו לטרוף גם גוזלים וציפורים.
לרוב יארוב הצפע המצוי באופן פסיבי לטרף שיחלוף על פניו. בדומה לכל הנחשים, לצפע המצוי חוש ריח מפותח ביותר, והוא חושו המרכזי. הצפע מוציא את לשונו ואוסף את מולקולות הריח ומעביר אותן ל"איבר יעקובסון", הנמצא בחך העליון. איבר יעקובסון משדר את אותות הריח למוח. כך יודע הצפע לאתר מסלולים שמכרסמים נעים לאורכם בקביעות או ריכוזי אוכלוסיות שלהם, והוא אורב מוסתר ובחוסר תנועה מוחלט לאורך מסלולים אלו עד שחולף על פניו מכרסם. הכשת הטרף היא לרוב מהירה כברק, פחות מרבע שנייה, וזאת על מנת להימנע מפציעה מנשיכותיו של הטרף המותקף. המכרסם ימשיך לנוע בגסיסתו מרחק קצר עד שיוכרע וימות מהשפעת הארס; אז יידע הצפע לאתרו באמצעות שביל הריח שהותיר אחריו וריח ממולקולות ייחודיות המצויות בארס (ראו בפרק הבא). הצפע יבלע את טרפו לרוב מכיוון הראש, עם כיוון הפרווה של המכרסם ומבנה עצמותיו, כך יחליק הטרף ביתר קלות אל תוך קיבתו של הנחש. הצפע מסוגל לאתר את טרפו גם באופן פעיל ולעקוב אחר שבילי הריח של הטרף עד מקום הימצאו, כגון מחילות ומאורות של מכרסמים או אזורים המהווים את מוקד פעילותם. בעבר היה הצפע המצוי נפוץ פחות; התפשטות הערים וריבוי השדות החקלאיים יצרו סביבה מרובת מכרסמים, שאפשרה את צמיחת האוכלוסייה.
ידוע כי זוחלים רבים צורכים נוזלים חיוניים מגוף הטרף. בתנאי שבי הצפע המצוי שותה מים וסביר שכך הוא עושה גם בטבע. צפעים ששיני הארס שלהם נעקרו למדו בתנאי שבי לנשוך למוות עכברים ללא שימוש בארס. תצפיות לימדו כי הצפע המצוי מכיש את טרפו לעיתים פעמיים ברצף, וכאשר הטרף הוא ציפורים או צפרדעים, עשוי הצפע לא להרפות מטרפו. התנהגות זו זוהתה גם כאשר הנחש לא הוזן תקופה ממושכת.
ארס.
מנגנון העברת הארס והשפעתו.
בשני צידי ראשו המשולש של הצפע המצוי נמצאות בלוטת הארס, מכל אחת מהן יוצאת צינורית אל אחת משתי שיניי ארס מעוקלות ארוכות וחלולות בקדמת הלסת העליונה (בדומה למזרק רפואי). כאשר הנחש פוער את לסתותיו, השיניים הקדמיות והארוכות נשלפות ומזדקרות קדימה, וכאשר הן ננעצות בבשר הקורבן השיניים החלולות מזריקות לתוך הבשר וכלי הדם ארס הישר מהבלוטות שבצידי הראש. אל בלוטות הארס קשור שריר הפועל רפלקסיבית בזמן ההכשה, ופעולתו לוחצת על הבלוטות ודוחפת מהן את נוזל הארס החוצה אל שיני הארס החלולות.
הארס התפתח בבעלי חיים רבים ומגוונים עד מאוד במהלך האבולוציה, ומורכבותו ושונותו גדולה עד מאוד בין המינים. השימוש הנפוץ בארס אצל בעלי החיים הוא למטרת ציד הטרף, הגנה עצמית מפני טורפים ואיומים אחרים, והתפתחותו במהלך האבולוציה אצל כל מין ומין היא בתלות ישירה בסוג הטרף אותו הוא צד. כך התפתח גם ארס הצפע המצוי בהתאם לסוג הטרף המצוי בסביבתו ושממנו הוא ניזון. הארס מסוכן לבני אדם וליונקים אחרים, וגורם להמסה של הרקמות, לא רק לצורך קטילת הקורבן, אלא גם כחלק מתהליך העיכול, שכן הוא הופך את הרקמות הרכות למעין "מרק" וכך כל מה שנותר לנחש לעשות הוא לבלוע את הטרף כאשר תהליך העיכול מתרחש גם כתוצאה ממיצי הקיבה של הנחש וגם בתוך גופו של הטרף כתוצאה מפעילות רעלני הארס והשפעתם. החלקים שאינם ניתנים לעיכול, כגון פרווה, ייפלטו מאוחר יותר בצואתו של הנחש.
ביוכימיה.
ארס מורכב ברובו ממים, והוא נוזל סמיך שצבעו צהבהב צלול ומכיל חלבונים שונים, מעט מלחים וחומרים אנאורגניים נוספים. ארס הצפע המצוי מכיל לפי הערכות כ-30 רכיבים שונים, כאשר 16 מהם זוהו ובודדו, בהם פרוטאזות, אנזימים מפרקי ממברנות של תאי אנדותל הנמצאים בדפנות כלי הדם, חלבונים המשפיעים על קרישת הדם ועוד. בשל ריכוז גבוה מאוד של חלבונים בארס הצפע, התפשטותו הראשונית בגוף הקורבן נעשית באמצעות מערכת הלימפה. מבין רכיבים אלו ישנו שילוב של שני חומרים, האחד אנזים פוספוליפאז חומצי והשני חלבון בסיסי, כל אחד מהם כשלעצמו אינו מזיק, אולם השילוב של השניים הופך לרעלן נוירוטוקסי קטלני. המכניזם המורכב משני רכיבים אלו עדיין אינו מובן וכך גם רבים מרכיבי ארס הצפע ומנגנון פעולתם שאינם ידועים או אינם מובנים עד תומם.
הרכיבים האקטיביים בארס הצפע המצוי נחלקים לארבע קטגוריות עיקריות:
ידוע כי נחשים מסוג צפע יצרו והתאימו מחדש במרוצת האבולוציה תרכובות מורכבות מאוד של חלבונים שבמקורן היו אחראיות לפעילותן התקינה של מערכת כלי הדם והלב ושל מערכת העצבים. חלבונים אלו הותאמו מחדש כדי לשבש פעילויות אלו. ארס הצפע המצוי אינו יוצא דופן ורכיביו דומים לנחשים מסוגו. על אף העובדה שארס נחשי הצפע השונים עשוי להכיל למעלה מ-100 תרכובות חלבונים, חלבונים אלו ניתנים למיון לכאלו בעלי פעילות אנזימטית ולחלבונים ללא פעילות אנזימטית. חלוקה זו עשויה לרמז על התפתחותם האבולוציונית של החלבונים הללו מקבוצת גנים מצומצמת האחראית על פונקציה של הפעילות הפיזיולוגית הנורמלית בגוף.
עוצמת הארס.