ב-4 בפברואר 2012 תקפו כוחות סוריה וחזבאללה את העיר חומס, וכ-337 איש נהרגו בתקיפה ואלפים נפצעו. במשך יותר משלושה שבועות ניטשו בחומס קרבות עזים בין כוחות אסד לבין המורדים, שבמהלכם הפגיז צבא סוריה את העיר באמצעות שריון וארטילריה. לאחר מכן נכנסו כוחות קרקעיים של צבא סוריה והשתלטו על מרבית שטחי העיר. משוער כי בחודש פברואר נהרגו בחומס כ-700 בני אדם. נפילתה של חומס אשר היוותה את גרעין השליטה על הצבא הסורי החופשי, אשר ייצג את הגורם החילוני והיותר מתון במרד הקל על השתלטות הגורמים הג'יהאדיסטים על המאבק כנגד כוחות אסד. בקיץ 2012 שחרר אסד מהכלא אלפי אסירים ג'יהדיסטים, אשר נתפסו על ידי אנשי המודיעין הסורי או הוסגרו לסוריה מאחת המדינות השכנות מאז ראשית שנות ה-2000, בטענה של 'בניית אמון' עם האופוזיציה בגלות. ככל הנראה מטרתו הייתה לאפשר לג'יהדיסטים להשתלט על כוחות המורדים, במטרה לצבוע את המרד כנגדו כמרד ג'יהדיסטי ולרכוש טווח פעולה רחב יותר מדעת הקהל העולמית.
בחודשים מאי ויוני 2012 אירעו מעשי טבח בחאמה, בדרעא ובמקומות נוספים בסוריה, שגררו גל גינויים בעולם.
בפיצוץ 18 ביולי 2012 בדמשק, שהתרחש במטה הראשי של הלשכה לביטחון לאומי, נהרגו או נפצעו מספר בכירים במשטר אסד. ההרוגים בפיצוץ הם:
ב-24 ביולי 2012 פתח צבא סוריה במתקפה כבדה נגד עיירה בפרברי דמשק שנכבשה לפני כן בידי המורדים, ונגד העיר חלב, המאוכלסת ביותר בסוריה. במהלך הלחימה בחלב טענו המורדים כי כבשו יותר מ-60% משטח העיר. כמו כן היו קרבות עזים בשכונות הדרומיות והמזרחיות של דמשק במשך כמה שבועות.
ב-1 באוקטובר 2012 נהרג מפקד כוח המשימה של חזבאללה בסוריה, אבו עבאס, על ידי המורדים. בדצמבר 2012 ירה צבא סוריה לראשונה טילי סקאד וטילי M-600 לעבר המורדים.
בפברואר 2013 נהרג מפקד המשלחת של משמרות המהפכה האיראניים ללבנון, הגנרל חסן שאטרי, הידוע גם בשם "המהנדס חוסאם ח'וש נויס". קיימים דיווחים סותרים באשר לדרך בה נהרג; דיווח אחד מצביע על כך שהוא נהרג בדרכו מדמשק לביירות על ידי מארב של המורדים, ואילו דיווח אחר מציין כי נהרג בתקיפת חיל האוויר על משלוח הנשק לחזבאללה.
ב-21 בפברואר נערכה מתקפת מתאבדים על מוסדות השלטון בדמשק.
בחודש יוני 2013 הצליח צבא סוריה, תוך הסתייעות בכוחות חזבאללה, להשתלט מחדש על העיר קוסייר, שעל הדרך שבין הבירה דמשק לחוף הים התיכון ובסמוך לגבול סוריה-לבנון, מיקום המקנה לה חשיבות אסטרטגית.
ב-16 בנובמבר 2013 נהרג מפקד המבצעים של ארגון החזבאללה בסוריה, עלי שביב, בקרבות עם המורדים.
ב-12 בדצמבר 2013 נמלט מפקד צבא סוריה החופשי סלים אידריס מסוריה לקטר לאחר שלוחמי ג'יהאד השתלטו על בסיסו בגבול עם טורקיה. בעקבות התקרית הפסיקו ארצות הברית ובריטניה את משלוחי הנשק אל המורדים מחשש שיזלגו לכוחות המוג'אהדין בסוריה.
לחימה פנימית בין המורדים (ינואר).
לחימה פנימית בין ארגוני המורדים החלה בתחילת שנת 2014 ושני הצדדים רשמו הישגים טריטוריאליים במקביל. צבא סוריה החופשי, צבא המוג'אהדין והחזית האסלאמית לחמו לחימה עזה במדינה האסלאמית בעיראק ובלבנט (דאעש) בצפון המדינה. ארגוני המורדים תקפו עמדות של דאעש במחוזות אידליב וחלב ועד ה-5 בינואר 2014 המורדים השתלטו על 80% מהשטחים שהיו בידי דאעש בפאתי אדליב ועל 65% משטחיו בעיר חלב ובסביבתה.
ב-13 בינואר 2014 דווח כי דאעש הצליחו להשתלט על מרבית מחוז א-רקה ולכבוש את הערים אל-באב ובזעא במחוז חלב, בזמן שהמורדים השתלטו על ג'רבלוס, השוכנת ליד הגבול עם טורקיה. ב-14 בינואר דווח כי המורדים השתלטו על שלוש עיירות במחוז חלב, בזמן שארגון המדינה האסלאמית ביסס את אחיזתו בעיר א-רקה לאחר שכיסי ההתנגדות האחרונים של המורדים נסוגו. באותו זמן השתלטו המורדים גם על בית הסוהר בג'רבלוס, ושחררו 70 אסירים שנפלו בשבי דאעש.
ב-1 בפברואר 2014 תקפו לוחמי דאעש את מפקדות ארגון לוא אל-תוחיד בחלב והרגו את מפקדו עדנאן בקור ו-15 מורדים נוספים. ביום למחרת הודיע ארגון אל-קאעידה שהוא מתנער מהמדינה האסלאמית ומפעולותיו בסוריה.
ב-8 בפברואר 2014 תקפו ארגון ג'בהת א-נוסרה וארגוני מורדים נוספים עמדות של המדינה האסלאמית במחוז דיר א-זור. כמו כן, דווח כי מפקד האזור מטעם המדינה האסלאמית, אבו דג'אנה, נהרג בעימותים. בין 10 בפברואר ל-12 בפברואר נסוגו לוחמי המדינה האסלאמית מהמחוז ועיר בירתו דיר א-זור כמעט לחלוטין.
המשך המתקפה של צבא סוריה וחזבאללה (ינואר-מרץ).
ב-4 במרץ צבא סוריה השתלט על העיירה סאהל באזור הרי קלמון. ב-8 במרץ כוחות המשטר כבשו את זרה שבמחוז חומס וחסמו עוד יותר את נתיבי האספקה של המורדים מלבנון. ב-11 במרץ הצבא וחזבאללה טיהרו את אזור חוות רימה בדרכם למתקפה על יברוד. ב-16 במרץ הם נכנסו ליברוד, אחרי שלוחמי צבא סוריה החופשי נסוגו במפתיע והשאירו את לוחמי ג'בהת א-נוסרה להילחם לבדם.
ב-19 במרץ השתלט צבא סוריה על ראס אל-עין שליד יברוד, לאחר יומיים של לחימה, ועל אל-חוסן שבמחוז חומס, בזמן שהמורדים במחוז דרעא השתלטו על בית הסוהר המרכזי ושחררו מאות אסירים. ב-20 במרץ שחרר צבא סוריה את מבצר קראק דה שבלייה. ב-20 במרץ השתלט הצבא מחדש על הכפרים פליטה וראס מערה שליד הגבול עם לבנון.
המשך הלחימה (אפריל-מאי).
ב-22 במרץ כבשו המורדים את מעבר הגבול קסאב שבמחוז לטקיה. במהלך הקרבות נהרג חילאל אל-אסד, מפקד כוחות המשמר הלאומי בלטקיה ובן דודו של בשאר אל-אסד. ב-4 באפריל השתלטו המורדים על העיירה בבולין במחוז אידליב. ב-9 באפריל, צבא סוריה כבש את העיירה רנכוס שבאזור הקלמון. ב-12 באפריל המורדים בחלב הסתערו על אזור התעשייה שבשליטת המשטר במטרה לנתק את קווי האספקה של הצבא באזור. ב-26 באפריל צבא סוריה השתלט מחדש על העיר זבדאני. המורדים כבשו את הבסיס של חטיבה 61 בדרעא.
ב-7 במאי החלה הפסקת אש בעיר חומס. ארגוני המורדים התפנו מהעיר, שחזרה לשליטת הממשלה, בתמורה לשחרור אסירים ופתיחת מעבר חופשי לסיוע הומניטרי לנובול וזהרה, שתי מובלעות שיעיות שכותרו על ידי המורדים.
ב-18 במאי מת מפצעיו מפקד מערך הנ"מ של צבא סוריה, גנרל חוסיין איסחאק, שנפגע קודם לכן במהלך מתקפה של המורדים על בסיס נ"מ באזור מליחה, פרבר דרום-מזרחי של דמשק. המורדים השתלטו על העיירה תל מלח, שבמחוז חמאת, והרגו 34 חיילים.
הבחירות לנשיאות (יוני).
ב-3 ביוני 2014 התקיימו בחירות לנשיאות סוריה באזורים שבשליטת ממשלת סוריה. בפעם הראשונה בהיסטוריה של סוריה יותר מאדם אחד הורשה להיות מועמד לנשיאות. יותר מ-9,000 תחנות הצבעה הוקמו באזורים אלו. על פי בית המשפט החוקתי העליון של סוריה, 11.63 מיליון סורים הצביעו (אחוז ההצבעה עמד על 73.42%). הנשיא בשאר אל-אסד זכה בבחירות עם 88.7% מקולות הבוחרים. חסן א-נורי הגיע למקום השני עם 4.3% מקולות הבוחרים ומהאר חג'אר הגיע למקום האחרון עם 3.2% מהקולות.
ארצות הברית, האיחוד האירופי ומועצת שיתוף הפעולה של מדינות המפרץ טענו כי הבחירות היו לא לגיטימיות ו"הצגה".
בשל שליטת המורדים, הכורדים והמדינה האסלאמית על שטחים מהמדינה, ב-60% מחלקי סוריה לא התקיימו בחירות.
מתקפת המדינה האסלאמית והמשך הלחימה (יוני - אוגוסט).
ב-5 ביוני החל דאעש לכבוש שטחים נרחבים בעיראק בנוסף לכלי נשק כבדים ולציוד שבזז מצבא עיראק, שחלק ממנו העביר לתוך שטחי סוריה. ב-14 ביוני כוחות המשטר כבשו מחדש את העיירה כסב שבמחוז לטקיה, בזמן שהמורדים השתלטו על תל אל-ע'ומו שליד העיר נווה שבמחוז דרעא ונכנסו מחדש לשטחי הרי קלמון.
ב-7 באוגוסט השתלטו לוחמי המדינה האסלאמית על בסיס אוגדה 93 בא-רקה, כשהם השתמשו בכלי הנשק שהשיגו במהלך המתקפה בעיראק. ב-13 באוגוסט כבשה המדינה האסלאמית כמה עיירות מידי המורדים במחוז חלב.
ב-19 באוגוסט הוצא להורג העיתונאי האמריקני ג'יימס פולי בידי המדינה האסלאמית, שאנשיו טענו כי מדובר בנקמה על המתקפה האווירית של ארצות הברית בעיראק נגד יעדי הארגון. באותו סרטון הוצג גם סטיבן סוטלוף, אמריקני יהודי שנחטף בגבול בין סוריה לטורקיה באוגוסט 2013.
ב-24 באוגוסט השתלטו כוחות המדינה האסלאמית על בסיס חיל האוויר של צבא סוריה בטבקה אחרי כשבועיים של קרבות עזים. שבויים מקרב כוחות הממשלה הוצאו להורג ותיעוד של ההוצאה ההמונית להורג פורסם ביוטיוב. מספר ההרוגים בתקרית נע בין 120 ל-250.
ב-27 באוגוסט השתלטו כמה ארגוני מורדים, בהם ג'בהת א-נוסרה, על מעבר הגבול בקוניטרה בתום קרבות עזים עם צבא אסד. במהלך חילופי האש נפצע גם קצין צה"ל באורח בינוני ובתגובה תקף צה"ל כמה יעדים בסוריה.
המצור על כובאני ומתקפת הקואליציה נגד המדינה האסלאמית (ספטמבר - דצמבר).
ב-2 בספטמבר פרסם ארגון המדינה האסלאמית סרטון שבו תועדה הוצאתו של סטיבן סוטלוף היהודי להורג. ב-11 בספטמבר אישר נשיא ארצות הברית ברק אובמה לתקוף יעדים של המדינה האסלאמית בסוריה ושלושה ימים מאוחר יותר פרסם הארגון תיעוד חדש, שבו נראית הוצאתו של הבריטי דייוויד היינס להורג.
ב-19 בספטמבר כבשו לוחמי המדינה האסלאמית 16 כפרים כורדיים בצפון סוריה כחלק ממתקפה נרחבת לכיבוש העיר כובאני.
ב-22 בספטמבר תקפו כלי טיס של ארצות הברית ושל בעלות בריתה הערביות - ירדן, סעודיה, קטר, ירדן ואיחוד האמירויות הערביות - מטרות של המדינה האסלאמית ושל קבוצת ח'וראסאן.