בעקבות פוסידוניוס ודיודורוס סיקולוס, וכדי לפתור את תעלומת הפולחן המסתורי, טען אפיון שבמקדש בירושלים היה מוצב פסל זהב של ראש חמור, שהיהודים סגדו לו (עלילת החמור), אך נעלם משם כשאוצרות המקדש נלקחו על ידי אנטיוכוס אפיפנס.
בעקבות פוסידוניוס ואפולוניוס מולון, ניסה גם אפיון ללמד סנגוריה על שוד המקדש של אנטיוכוס והאשים את היהודים בקרבן אדם. הוא סיפר שאנטיוכוס מצא במקדש אדם שוכב על מיטה ולידו שולחן מלא במאכלי בשר. האיש נפל לרגלי המלך והתחנן שישחררו, כי נותרו לו רק מספר ימים לחיות. הוא בכה וסיפר שהוא יווני שעבר בארץ יהודה לחפש פרנסה, נחטף ונכלא בבית המקדש, תוך שהוא מפוטם במזון. האנשים המגישים לו מזון סיפרו לו שליהודים יש חוק סודי די חדש לפיו הם תופסים איש יווני זר, מפטמים אותו במשך שנה שלמה ואז מוציאים אותו לאחת החורשות, מעלים אותו לקרבן ואוכלים ממעיו, ונשבעים לשנוא יוונים תמיד.
אפיון הוא הסופר היווני היחיד הידוע לנו, מלבד היסטוריון בן המאה ה-1 לספירה בשם דמוקריטוס, שטען שהיהודים נהגו לבצע רצח פולחני של נוכרים. אולם אצל דמוקריטוס (שהכיר גם הוא את האגדה על הפולחן של ראש החמור מזהב) הקורבן הוא נוכרי באופן כללי והטקס מתרחש בכל 7 שנים. הדבר רומז שלא הייתה תלות הדדית קרובה בין שני הסופרים.
אפיון הוסיף סיפור נוסף לעלילה על פסל החמור, שאותו ייחס למנסיאס: איש בשם זַבּידוס מהעיר דורא (אדוריים) שבאדום העובד את אפולו אלוהי האור (כפילו היווני של קוס, האל הלאומי של האדומים), בא אל היהודים והבטיח להם שימסור לידיהם את אפולו - האל של אנשי דורא, אם כולם יורחקו ממנו, כי האל הזה יבוא אל בית המקדש בירושלים, והמון היהודים האמין לדבריו. זבידוס בנה מכונת עץ עם 3 שורות של נרות ונכנס לתוכה. וכך נכנס ויצא, עד שנראה בעיני העומדים מרחוק כמו כוכב שנע על הארץ. היהודים ראו את המראה הזה ונבהלו מאוד, וכך זבידוס נכנס ללא הפרעה לתוך ההיכל, הסיר את ראש הזהב של "החמור הגדול" ונמלט איתו במהירות לדורא.
הבדיה מבוססת על הרעיון שעיר שאיבדה את האל שלה, שהוא פטרונה, נחרץ גורלה. השימוש במונח "מכונה" (machina) רומז למוטיב הספרותי של "אל מתוך מכונה". כוונת המחבר הייתה גם להציג את היהודים כשוטים ופתאים, דבר המשתלב עם ספרות השטנה ההלניסטית – היהודים מאמינים בהבל, באמונות טפלות.
מנהגי היהודים
אפיון הוסיף וקבע, כי היהודים נשבעים להרע לנוכרים ובמיוחד ליוונים. הוא לעג ליהודים על כך שהם מלים את עורלתם ותקף אותם על שאינם אוכלים חזיר, אך לעומת זאת טען כי מנהגם לשחוט את בהמות הבית למאכל עלול להביא להכחדת בהמות המרעה. הוא הסביר כי אין ליהודים חוקים ישרים וזאת הסיבה לכך שאין להם שלטון עצמי, הם תמיד נתינים של עמים אחרים ואסונות תכופים פוקדים את בירתם. מלבד זאת, אפיון טוען (בעקבות אפולוניוס מולון) כי לא יצאו מתוכם אנשים חשובים, אנשי מדע, אמנים או פילוסופים.
תגובת יוסף בן מתתיהו.
יוסף בן מתתיהו מתמודד עם הכפשותיו של אפיון על ידי טיעונים נגדיים, תקיפת האיש עצמו ותקיפת המצרים בכלל.
הוא תוקף את אפיון על "עזות מצחו" ועל השימוש שלו בטענות הדומות לדברי סופרים אחרים, להן הוא מוסיף טענות נוספות ב"חסרון-טעם". יוסף טוען שרוב דבריו הם "הבל הבלים" ו"נבערים מכל חכמה" ושלא קל לקרוא את דבריו ולרדת לסוף דעתו, בגלל המהומה הרבה וגיבוב השקרים השולטים בכתביו.
הוא מכנה את ספרו של אפיון "כתב שטנה"
יוסף בן מתתיהו מסיים את ספרו תוך שלילה מוחלטת של דברי השנאה של אפיון ודומיו: "האפיונים והמולונים למיניהם וכל השמחים לדבר שקר וחרפות הם בטלים ומבוטלים".
יציאת מצרים.
יוסף תוקף בסרקזם את "נפלאות" דברי אפיון על משה וקובע שמדובר בשקרים שבדה מלבו. הוא יוצק לעג אירוני-סרקסטי בתוארו של אפיון "המדקדק" תוך לגלוג על דקדקנותו ההיסטורית לצד זו הלשונית, כאשר בפירושו למקור המילה "שבת" הוא נשען על אסוציאציה אטימולוגית חסרת יסוד לשוני. יוסף מדגיש את ההבדל הלשוני בין שתי המילים כדי לחשוף את בורותו של אפיון ובכך קורא תיגר על מומחיותו כבלשן בנימוק בלשני מובהק.
מוצאו של משה - אפיון קבע שמשה היה יליד מצרים כי האמין לדברי אותם "זקני מצרים" כאילו הכירו את משה והיו בני אותו הזמן, אבל משום מה לא העז לציין את מולדתו של הומרוס, שהוא עצמו ניתח את שירתו, וגם לא חשב לציין זאת לגבי פיתאגורס, ורק את מולדת משה, שקדם לשני אלה שנים רבות, ידע בקלות לפי שמועת הזקנים.
הזמן שבו התרחשה היציאה ממצרים - כמו הסופרים הקודמים לו, שכל אחד מהם נתן תאריך כטוב בעיניו, גם "המבאר המדקדק הזה" דייק מאוד ובהיותו "הרודף אמת יותר מכולם" קבע שהתרחשה הרבה יותר מאוחר והוסיף כי באותה שנה יסדו הפיניקים את קרתגו, במחשבה שזה יחזק את אמינות דבריו. אבל בכך סתר את כל אשר אמר, כי על פי ספרי הפיניקים, המלך חירם חי מעל 150 שנה לפני יסוד קרתגו, וחירם היה ידידו של שלמה ועזר לו בבנין בית המקדש בירושלים מעל 600 שנה אחרי יציאת היהודים ממצרים.
דלקת המפשעות - לא ברור אם צריך לצחוק או להתרגז על "הנבלה" במה שכתב אפיון. הרי ברור מדבריו, כי כל האנשים האלה לקו בדלקת המפשעות. אבל אם היו עיוורים, פסחים ונגועים במחלות, כמו שהעיד עליהם, הרי לא היה להם כח ללכת אפילו יום אחד, ואם בכל זאת יכלו ללכת דרך המדבר וגם לנצח במלחמה את כל היוצאים לקראתם – איך לקו כולם בדלקת הזאת כעבור 6 ימים? הרי אין המחלה הזאת מנת חלקם של כל מי שהולך בדרכים, כי רבבות חיילים עברו בכל הדורות דרכים כמו אלה והלכו ימים רבים ולא ניזוקו, וגם לא ייתכן שהדבר הזה קרה לפתע פתאום.
הזמן שארכה היציאה ממצרים - אחרי שהודיע אפיון, "איש הפלאות הזה", שאבות היהודים הגיעו כעבור 7 ימים לארץ יהודה, סיפר עוד פעם, שמשה עלה אל הר סיני, שנמצא בין מצרים ובין ערב ונשאר שם 40 יום. ואיך יכול להיות שהיהודים התמהמהו 40 יום במדבר ובכל זאת הגיעו לארץ יהודה כעבור 6 ימים?
שבת - אפיון נתן פירוש "נפלא ונאמן מאד" לַשם "שבת" והראה שלא הייתה בו בושה וגם לא בינה, כי המילים "סבּוֹ" (Sabbo) ו"שבת" (sabbaton) רחוקות מאוד זו מזו, כי "שבת" בלשון היהודים משמעותה מנוחה מכל מלאכה.
יהודי אלכסנדריה.
מוצאו המצרי של אפיון - אפיון כתב שקרים על אבותינו ואמר שהיו ילידי מצרים, אולם על עצמו סיפר בשקריו את ההפך. הוא נולד באואסיס של מצרים וניתן לומר כי היה המצרי הראשון להתכחש למולדתו ועמו בכך ששיקר כי הוא אלכסנדרוני ובכך העיד בעצם על תועבת עמו, ונראה שקרא בשם "מצרים" לאנשים ששנא ורצה להשמיץ, כי לולא חשב שהמצרים הם השפלים מכל העמים, לא היה מתכחש למוצאו. וכשהמצרים אומרים שהיהודים ממוצא מצרי, או שהם רוצים להרים בכך את קרנם, או שהם מתכוונים להשפיל את כבודנו כשהם נותנים לנו חלק בשמם הרע. אולם בחרפות אשר שפך עלינו אפיון "הנכבד", רצה לגמול טובה לתושבי אלכסנדריה היוונים על האזרחות שהעניקו לו, כי היה מודע לשנאתם ליהודים היושבים בקרבם והחליט לחרף ולגדף אותם, וכלל בדברי החרפות גם את כל שאר היהודים ועל כולם הרבה שקרים.
אזרחות העיר אלכסנדריה - אלכסנדר הגדול הוא זה שנתן ליהודים להתיישב בה עם זכויות שוות ליוונים. ואם קרא אפיון את מכתביהם של אלכסנדר מוקדון, תלמי הראשון ומלכי מצרים אשר היו אחריו, וראה את העמוד שהוקם באלכסנדריה שעליו חקוקות הזכויות שנתן יוליוס קיסר ליהודים, ובכל זאת העז לכתוב את ההפך - הרי שהיה נבל, ואם לא ידע את כל אלה - הרי שהיה נבער מדעת. העובדה שהוא תמה על כך שהיהודים האלה נקראים בשם "אלכסנדרונים" גם היא בורות, כי כל האנשים שהוזמנו לקחת חלק ביסודו של ישוב, מקבלים את שמו, גם אם נבדלים זה מזה במוצאם. ואם אפיון שולל סוג כזה של אזרחות, איך הוא עצמו יכול להקרא "אלכסנדרוני"? הרי הוא נולד בלבה של ארץ מצרים, ואיך יכול היה להיות אזרח אלכסנדריה, אם הוא פוסל אזרחות הניתנת במתנה?
ולשאלת אפיון, אם היהודים הם אזרחי העיר – מדוע אינם עובדים את האלים של האלכסנדרונים, אני משיב: אם מצרים אתם – למה אתם נלחמים זה בזה כל כך הרבה ולא יכולים להסכים בעניין אמונתכם? האם בגלל זה לא תקראו כולכם "מצרים"? והאם בגלל שאתם מגדלים וסוגדים לחיות הרעות שצוררות את בני-האדם, לא תקראו בכלל "בני אדם"? גם אם היה שמץ של אמת בדבריו של אפיון על כך שיהודי אלכסנדריה מעוררי מהומות – מדוע הטיח את האשמה ביהודים כולם? משום שידוע שיש אחווה בקרבנו? קל לראות שמחוללי המהומות האמתיים הם אזרחי אלכסנדריה הדומים לאפיון. כי כל עוד אזרחי העיר היו יוונים בלבד, לא הייתה מריבה ביניהם ובין היהודים. אולם כאשר גדל בקרבם מספר המצרים, פשה בהם גם הנגע הזה, ורק בגללם נפתחה הרעה הזאת, כי לא היו להם את המידות הטובות ואת החכמה שיש ליוונים, אלא התמכרו לכל המנהגים הרעים של המצרים והמשיכו להפעיל נגדנו את שנאתם העתיקה. ובעוד שרבים מהם השיגו לעצמם את אזרחות העיר שלא כדין, הם כינו בשם "זרים" את יהודי אלכסנדריה, שידוע לכל שקיבלו כולם את הזכות הזאת מהשלטונות. לכן גם ניסה אפיון להטיל בנו דופי כשטען שאין אנו מציגים צלמים של הקיסרים, כאילו הקיסרים לא ידעו על כך או שהיו זקוקים להגנת אפיון על כבודם.