שעות ספורות לאחר הכרזת המלחמה של בריטניה על גרמניה ב-3 בספטמבר 1939, הודיע רוברט מנזייס שאוסטרליה נמצאת גם היא במצב מלחמה עם גרמניה. בחירתו של וינסטון צ'רצ'יל לתפקיד ראש ממשלת בריטניה במאי 1940, הובילה את ברוס לעימותים תכופים עם ממשלת בריטניה. צ'רצ'יל ראה עדיין בדומיניונים מושבות עצמאיות-למחצה של בריטניה הכפופות להוראות מלונדון, בעוד שברוס ראה באימפריה סוג של שותפות בינלאומית ובדומיניונים כבעלי זכויות שוות בקבלת החלטות. עיסוקה של בריטניה ב הדאיג את המדינאים האוסטרלים, עקב תשומת הלב הנמוכה למושבות במזרח הרחוק והסכנה של פלישה יפנית. לאחר שורה של תבוסות בזירת האוקיינוס השקט, במיוחד נפילתה של סינגפור, הצליחה ממשלת אוסטרליה לבסוף להכניס את ברוס לקבינט המלחמה ולמועצת המלחמה באוקיינוס השקט כנציג אוסטרליה והדומיניונים. עם זאת, היה ברוס מעורב עד מהרה בעימותים עם סגנון המנהיגות של צ'רצ'יל על רקע נטייתו של זה האחרון לקבל החלטות מבלי להיוועץ בקבינט. למורת רוחו, לא קיבל ברוס בדרך כלל את התכתובות של קבינט המלחמה ולא הוזמן לישיבות. עם החשש מפלישה יפנית לאוסטרליה במהלך 1942, התעמת ברוס מספר פעמים ישירות מול צ'רצ'יל בנוגע לענייני המזרח הרחוק ועל רקע חוסר השיתוף של ממשלות אוסטרליה ובריטניה בתהליכי קבלת ההחלטות. צ'רצ'יל הגיב לעימותים אלה עם ברוס בהדיפתו ובאי שיתופו בפעילות הממשלתית. אף על פי שכלפי חוץ נכנע צ'רצ'יל ללחץ שהופעל על ידי הדומיניונים לשיתופם בהחלטות, הוא דחק אותם לשוליים או התעלם מהם לחלוטין. ברוס המשיך להשלים עם מצב עניינים זה עד למאי 1944 כאשר גברה אכזבתו והוא התפטר מחברותו בקבינט המלחמה והמשיך לייצג את אוסטרליה בפורמים אחרים בלונדון. למרות מערכת היחסים הסוערת שלו עם צ'רצ'יל, זכה ברוס להתייחסות רצינית ביותר מצדם של חברי ממשלה אחרים, במיוחד מי שלימים היו ראשי ממשלה, קלמנט אטלי ואנתוני אידן ונחישותו לקדם את האינטרסים של הדומיניונים במהלך שנות המלחמה, זכתה לשבחים מצדו של ג'ון קרטין וראשי הממשלות של הדומיניונים האחרים.
ארגון המזון והחקלאות.
עם סיומה של המלחמה ב-1945 עייף ברוס מתפקידו כנציב העליון של אוסטרליה בבריטניה ורמז ליורשו של קרטין, בן צ'יפלי, שהוא לא יתנגד לסיים את תפקידו. בשלבים האחרונים של המלחמה חזה ברוס סדר עולמי המבוסס על ברית המשך של ארבע המעצמות: ארצות הברית, האימפריה הבריטית, ברית המועצות וסין, שתהווה את הבסיס לארגון בינלאומי חדש עם תפקידים דומים לאלה של חבר הלאומים, אך עם סמכות גבוהה יותר ומעורבות גדולה יותר בסוגיות בינלאומיות. ברוס הצטרף מחדש לפרנק מק'דוגל וג'ון בויד אור כדי להגיש מחדש את הצעתם לשיתוף פעולה בינלאומי בתחום החקלאות והמזון. הוא הציג את הנושא בכל הרמות ונעשה ליוזם הראשי להקמתו של גוף בינלאומי שיעסוק בסוגיות כלכליות וחברתיות, כפי שעשה בשנותיו בחבר הלאומים. מאמציהם של ברוס, מקדוגל ובויד אור, השתלמו לבסוף כאשר עבודתם זכתה לתשומת לבה של אלינור רוזוולט ובסופו של דבר של ממשלת ארצות הברית, והצעותיהם מצאו ביטוי בוועידת המזון והחקלאות שכינס נשיא ארצות הברית, פרנקלין דלאנו רוזוולט בהוט ספרינגס, וירג'יניה במאי 1943. ועידה זו החליטה על הקמתו של ארגון המזון והחקלאות (FAO), שנעשה לסוכנות של האומות המאוחדות כאשר הוקם רשמית באוקטובר 1945.
לקראת סיומה של המלחמה באירופה ועם חתימתה של מגילת האומות המאוחדות ביוני 1945, עלה שמו של ברוס כאחד המועמדים להיות מזכ"ל האו"ם הראשון, בתמיכתם הפעילה של מזכיר המדינה של ארצות הברית, דין אצ'יסון ושל שר החוץ הבריטי, אנתוני אידן. עם זאת, היה אז ברוס בן 62 והוא רמז שהוא חש עצמו מבוגר מדי לקחת על עצמו את התפקיד, ושהוא מעדיף לקחת על עצמו תפקיד תובעני פחות בתחום החברה והכלכלה. ב-1946 הוא קיבל על עצמו להיות יושב ראש וועדת ההכנה של ארגון המזון והחקלאות שעליה הוטלה המשימה להקים את מועצת המזון והחקלאות שתתאם את מדיניות המזון הבינלאומית ולפתח מערכת למניעת מצבי מחסור בינלאומיים בתוצרת חקלאית. הוא הציע תוכניות בינלאומיות רבות כחלק מצעדיו, במיוחד הקמתו של "בנק מזון עולמי" ויצירתו של מנגנון תמחור מיוחד שיקצו מחדש ויעבירו אספקת מזון למקומות בו הוא נחוץ. הוועדה בראשותו של ברוס שמה דגש בממצאיה, שהוגשו ב-1947, על מודרניזציה של החקלאות, סיוע בינלאומי, הסכמי סחר, ויציבות מחירים, כדי לסייע למדינות מתפתחות הסובלות רעב. ההצעות לא אומצו מעולם, עקב האתגרים הפוליטיים שהם הציבו לריבונות הלאומית של המדינות.
מבלי להירתע מהקשיים, נבחר ברוס בנובמבר 1947 להיות יושב הראש של מועצת הארגון שאז הוקמה, כשהוא עובד בצמוד לבויד אור, שהיה למזכיר הכללי של ארגון המזון והחקלאות. מחסור חריף בדגנים ובמשק החי גרמו לבצורת קשה באירופה ומערכת אספקת המזון העולמית הייתה תחת לחץ רציני לאחר ההרס שחוללה המלחמה. המועצה בראשותו של ברוס פעלה באותן שנים להרחיב את השימוש בדשנים ובמיכון חקלאי, בנוסף לשיפור מצב התזונה, בעיקר במדינות מתפתחות. ב-1949 מעל שני שלישים של אוכלוסיית העולם סבלה מתת-תזונה וברוס חש שזוהי חובתה של המועצה להביא את המידע הזה לידיעתם של המדינות המפותחות. הסכם שהיווה ציון דרך, בנוגע לדרכי הסיוע הטכני בין ארגון המזון והחקלאות לבין האו"ם, הושג בנובמבר 1949 וארגון המזון והחקלאות קיבל מימון ועזרה לוגיסטית כדי שיוכל לטפל במצבים של מחסור במזון במדינות המתפתחות. הצלחתו של הארגון בראשותו של ברוס באותן שנים הביאה להתאוששות התפוקה החקלאית העולמית. ב-1951 הושוותה רמת התפוקה החקלאית העולמית לרמות שלפני המלחמה ורמת התזונה העולמית עלתה, אך בעת פרישתו של ברוס מהתפקיד באותה שנה, לא הצליחה ההתפתחות להדביק את קצב הגידול באוכלוסייה לאחר המלחמה (בייבי בום). המועצה התמודדה עם מכשולים רציניים בתמיכה ובשיפור התנאים במדינות המתפתחות, עקב הפניית המשאבים של ממשלותיהן של מדינות אלה לצרכים צבאיים, עם התרבות המלחמות הפוסט-קולוניאליות והמלחמה הקרה. עקב תסכולם מהמשך העימותים העולמיים וחוסר המחויבות של המדינות המפותחות לתמוך במטרות החשובות אך המורכבות של ארגון המזון והחקלאות, התפטרו ברוס ובויד אור מתפקידיהם.
אחרית ימיו.
ברוס מילא שורה של תפקידים בשנותיו האחרונות כשהוא מבלה את זמנו בין בריטניה לבין אוסטרליה. בין השנים 1946 – 1957 הוא היה יושב של התאגיד הפיננסי לתעשייה (Finance Corporation of Industry) בבריטניה. ב-1954 הוא סייע להקים גוף דומה באוסטרליה וב-1956 בכלל מדינות חבר העמים הבריטי. ב-1952 הוא מונה להיות נשיא האוניברסיטה הלאומית של אוסטרליה ולקח חלק פעיל בפיתוחה, במיוחד כמרכז מחקר ללימודי אסיה והפסיפיק. ברוס ציין שמעמדה העולמי של אוסטרליה השתנה כתוצאה ממלחמת העולם השנייה:
ברוס שימש כחבר דירקטוריון של גופים רבים לאחר פרישתו, במיוחד הבנק הלאומי של אוסטרליה וחברת הספנות P&amp;O.
ב-1947 הוא היה לאוסטרלי הראשון שנבחר לבית הלורדים של בריטניה. עם קבלת תואר אצולה בהמלצת חברו הוותיק קלמנט אטלי, הוא נהייה לחבר פעיל בבית הלורדים עד ליום מותו. ברוס ניצל את מעמדו זה להמשיך לקדם סוגיות חברתיות וכלכליות לאומיות ובינלאומיות ולחזק את הייצוג של אוסטרליה בחבר העמים הבריטי, אף על פי שבתקופה זו נעשו האינטרסים של בריטניה ושל אוסטרליה שונים אלה מאלה והאימפריה הבריטית נכנסה לתהליך של התפוררות. כמו כן המשיך ברוס באותן שנים לשדל את ממשלת בריטניה להגדיל את מחויבותה לפיתוחו של העולם השלישי ולארגון המזון והחקלאות. כשחקן גולף נלהב במשך כל חייו, נהיה ברוס ב-1954 הקפטן האוסטרלי הראשון של מועדון הגולף המלכותי העתיק של סנט אנדרוס (The Royal and Ancient Golf Club of St Andrews). הוא גם המשיך לאמן מדי פעם את נבחרת החתירה של אוניברסיטת קיימברידג' ולהופיע באירועים ציבוריים בן באוסטרליה והן בבריטניה.
מותו ומורשתו.
ברוס המשיך להיות פעיל ובבריאות טובה לאורך כל שנות פרישתו אף על פי ששמיעתו נפגמה בהדרגה, אך מותה של אשתו אתל במרץ 1967 שבר אותו. סטנלי ברוס מת ב-25 באוגוסט 1967 בגיל 84. טקס האשכבה שלו התקיים בכנסיית סנט מרטין בשדות בנוכחות קהל רב כולל נציגי בית המלוכה הבריטי. אפרו פוזר על מימי אגם בארלי גריפין שבקנברה. פרבר של קנברה ומחוז הבחירה של דרום-מזרח מלבורן, קרויים על שמו.
למרות הישגיו הרבים הן באוסטרליה והן מחוצה לה, הקריירה של ברוס לאחר כהונתו כראש ממשלה לא ידועה היטב באוסטרליה והוא עדיין זכור בשל מאבקו באיגודים המקצועיים ומפלתו בבחירות של 1929. תדמיתו הציבורית תמיד הייתה של איש מנוכר, בעל סגנון אנגלי מדי לאוסטרליה. עם מותו ב-1967 ציין עיתון מקומי בעיר הולדתו, מלבורן, ש"לרוב האוסטרלים, הוא לא יותר מצל חולף". ברוס בילה חלק ניכר מחייו ומהקריירה שלו בבריטניה, מדינה שהתייחסה אליו בכבוד, אך הוא מעולם לא שכח את שורשיו האוסטרלים ובמשך רוב הקריירה שלו הוא לא עייף מלקדם את האינטרסים של אוסטרליה. בניגוד לתדמיתו כחבר האליטה האריסטוקרטית הבריטית, הוא בילה חלק ניכר משנותיו האחרונות במציאת פתרונות לבעיות העוני בעולם.