אך הסכסוך עם הממשל בארצות הברית נמשך, וב-1857 הגיעו אל וושינגטון שמועות על מרידה מורמונית. בתגובה החליט הממשל לשלוח כוח צבאי לדכא את "המרד". במתיחות שהשתררה בטריטוריה בתקופה זו אירע מקרה חמור הידוע כ"טבח מאונטיין מדוז". כוח של מורמונים מוסווים כאינדיאנים, בשיתוף פעולה עם מקומיים בני שבט הפאיוט, תקף וניסה לשדוד קבוצת מהגרים מארקנסו שמנתה כ-120 איש ושעברה באזור בדרכה לקליפורניה. המהגרים הפתיעו את התוקפים בהתנגדותם העזה. המורמונים, שחששו שזהותם האמיתית התגלתה במשך הקרבות שאירעו על פני מספר ימים, החליטו להרוג את כל חברי קבוצת המהגרים. הם שכנעו את הקבוצה להסדיר הסכם הפסקת אש, ולאחר שקנו את אמונם, טבחו המורמונים במהגרים, למעט 17 ילדים קטנים אותם אימצו המורמונים לחיקם עד שנדרשו לשחררם כעבור מספר חודשים לקרובי משפחותיהם. חלקה של המנהיגות המורמונית בטבח אינו ברור. מחד, יאנג התסיס את האווירה כנגד זרים בתקופה שקדמה לטבח, ולא הביע התנגדות למעשי ביזה כלפי אלו שראה כאויבי המורמונים. אך ככל הנראה יאנג סלד מהטבח עצמו, והוא שלח איגרת לכוח בבקשה שירפו מהמהגרים, אבל זו איחרה להגיע. לאחר הטבח, הכנסייה בהנהגתו של יאנג ניסתה להסתיר את מעורבותם של מאמינים מורמונים בטבח, וטענה שהוא נעשה אך ורק על ידי האינדיאנים. גם אחרי שנרגעו הרוחות כנגד הממשל האמריקאי, הטבח העיב על היחסים בין הממשל והכנסייה המורמונית, וכמעט עשרים שנה לאחר הטבח הובא למשפט ג'ון דויל לי, אחד ממנהיגי המורמונים שהשתתפו בטבח, הורשע והוצא להורג ביריה באתר הטבח. הכנסייה המורמונית המשיכה לטעון שהוא פעל על דעת עצמו ואף נידתה אותו משורותיה, ורק כעבור שנים הודתה הכנסייה שאכן היו אלו מורמונים שיזמו את הטבח.
עם הגעת צבא ארצות הברית לשטח הטריטוריה, נכנע יאנג ואיפשר את מינויו של אלפרד קמינגס כמושל מטעם נשיא ארצות הברית. בשנים הבאות משלו ביוטה מושלים רבים לתקופות קצרות, וכולם התלוננו על חוסר שיתוף פעולה מטעם האוכלוסייה, וכי הכוח האמיתי בטריטוריה נותר בידי יאנג. יאנג לא ויתר על רצונו בהקמת מדינת דזרט, אך התפתחות מסילות הברזל הביאה לאזור זרם של מהגרים שאינם מורמונים, והרעיון נזנח לבסוף.
המורמונים המשיכו לחיות את חייהם לפי דרכם, אך מנהג הפוליגמיה הביא לסכסוכים בלתי פוסקים עם הממשלה, למאסרים, ולשלילת זכויות על פי חוק ממי שלא ידחה את הפוליגמיה, עד שב-1890 הוציא נשיא הכנסייה וודרוף מניפסט המורה למאמיניו שלא לקיים את המנהג אם חוקי מדינתם אוסרים על כך. ב-1896 קיבלה יוטה מעמד של מדינה בארצות הברית.
המורמונים במאה העשרים.
במאה העשרים הייתה התרחבות ניכרת של המורמונים והתבססותם. לאחר ביטול מנהג הפוליגמיה הם הפכו לקהילה מוכרת ומוערכת. הנהגת ה"מעשרות" (תרומה של מעשר מהון המאמינים לכנסייה) הביאה לכנסייה עושר וביססה אותה מבחינה כלכלית. ה"מעשר" הונהג על ידי סמית', אך הפך למנהג עליו מקפידים חברי הקהילה רק בתקופת כהונתו של לורנצו סנואו בשנות ה-90 של המאה ה-19.
כיום מונהגת הכנסייה על ידי הנשיא ראסל מ. נלסון הנעזר בידי שני יועצים ושנים עשר שליחים.
נביאי הכנסייה ומבשריה הקדומים; ישו באמריקה.
על פי האמונה המורמונית הגיעו לאמריקה בני ישראל קדומים בראשות אדם בשם נפי עוד בתקופת הנביא ירמיהו, בערך בשנת 600 לפנה"ס. ה"ישראלים" התרבו באמריקה והתחלקו לשני שבטים - בני נפי ובני למן. ישו הנוצרי, לאחר צליבתו ותחייתו, הגיע לאמריקה, ביקר את השבטים, צאצאי בני ישראל, והטיף להם את תורתו, בתוכן דומה לזה של הברית החדשה. הנביא מורמון, תיעד את כל המתרחש, במאה החמישית לספירה. בנו, הנביא מורוני מספר על ציוויליזציה קדומה בהרבה שהגיעה לאמריקה בתקופה שקדמה לסיפור מגדל בבל. על פי האמונה המורמונית עד להגעתו של ישו לאמריקה ראו בני נפי חזיונות על חייו וצליבתו של ישו.
שם הכנסייה.
במקור כונתה הכנסייה "כנסיית המשיח" כי מאמיניה האמינו שהם ממשיכים את דרכו המחודשת של ישו. ארבע שנים לאחר מכן, בשנת 1834 התייחסו לכנסייה כ"כנסיית קדושי אחרית הימים", כדי להבדילה מהכנסיות שהאמינו בברית החדשה בלבד. באפריל 1838 התקבע השם "כנסיית ישו המשיח של קדושי אחרית הימים". ב-1851, כאשר התאגדה הכנסייה בארצות הברית שונה השם הרשמי ל"הכנסייה של ישו המשיח של קדושי אחרית הימים".
הכנסייה ידועה גם כ-"Latter day saints" (בראשי תיבות - LDS), וכן בכינוי "הכנסייה המורמונית", אך שם זה שייך למספר זרמים נוספים שהתפלגו מהזרם המורמוני העיקרי. ב-2001 ביקשה הכנסייה ממאמיניה להתייחס אליה בשם "הכנסייה של ישו הנוצרי של קדושי אחרית הימים" משום ששם זה נמסר לסמית מן האל בשנת 1838. הכינוי "מורמונים" משמש כשם לכל הכנסיות הטוענות שמקור תורתן בתורתו של סמית. הכנסייה אינה מייחסת את הביטוי "קדוש" רק לחברים בעלי תכונות נעלות אשר זכו להשראה אלוהית, כפי שמייחסות אותו הכנסיות האחרות, אלא לכלל חבריה. התייחסות זו משקפת את האמונה שכל מי שנטבל לכנסייה הוא קדוש, כפי שהאמינו, לטענת אנשי הכנסייה, הנוצרים הראשונים.
העקרונות הראשיים וצווי האל.
ארבעת עקרונות האמונה הם: אמונה באל ובישו הנוצרי, "חזרה בתשובה", "טבילה", ו"מתנת רוח הקודש".
אמונה.
חברי הכנסייה מאמינים כי אמונה בישו היא הדרישה המרכזית לגאולה. לפי הנביא סמית "העיקרים הבסיסיים של דתנו הם עדות השליחים והנביאים כי ישו מת, נקבר, קם לתחייה ביום השלישי, ועלה לשמיים. כל שאר מרכיבי דתנו הם אך ספיח לאמונה זו".
חברי הכנסייה מפרשים את האמונה בישו כאמונה שהוא היה בנו של האל, ומשיח. אמונה זו כוללת שני חלקים: ראשית כי כל החיים עלי אדמות נושעו ממותו ומכפרתו של ישו. ושנית שהישועה מהחטא מושגת דרך חזרה בתשובה כנה המובילה לכפרת חטאים באמצעות החסד האלוהי, ובאמצעות שמירת דרכו המקורית של ישו ומצוותיו. חברי הכנסייה מצווים לפתח את אמונתם באמצעות למידת כתבי הקודש, תפילה, טקסים וציות למצוות האל. האמונה נחשבת כמעצבת את האופי. חברי הכנסייה מתייחסים לאמונתם האישית כ"עדות".
חזרה בתשובה.
חברי הכנסייה מאמינים בעקרון החזרה בתשובה, הכולל חרטה כנה או "צער אלוהי", כפרה במידת האפשר, והימנעות מחטא. המפתח לתהליך החזרה בתשובה הוא הווידוי של האדם בפני אלוהיו, בו הוא מבקש סליחה על חטאיו ומתחייב שלא לחזור על שגיאותיו. על חטאים כבדים מתוודים בפני בישוף, המציע דרכים לכפרה ועידוד רוחני.
טבילה.
חברי הכנסייה טובלים באמצעות שקיעה במים, כפי שהם מאמינים שטבל ישו. הטבילה היא סמל לקבורה ולידה מחדש. כנוצרים רבים מאמינים חברי הכנסייה כי אדם שחזר בתשובה וטבל, כיפר על כל חטאיו הקודמים.
את הטבילה מקיימים לאחר יום ההולדת השמיני. גיל שמונה נחשב לגיל בו ילד מתחיל להיות אחראי לחטאיו ויכול להבדיל בין טוב לרע. אם אדם אינו יכול להבדיל בין טוב לרע, מחמת ליקוי שכלי, אין להטבילו. את ההטבלה עורכים רק אלו שהוסמכו לכך.
טבילת המתים.
מנהג ייחודי ומעורר מחלוקת הוא "טבילת המתים". על פי הכנסייה אנשים שמתו ולא קיבלו (או לא הייתה להם הזדמנות לקבל) את הדת המורמונית בחייהם, יוכלו לקבל את הדת לאחר מותם, אך לשם כך עליהם לקבל את כל המצוות המוטלות על המאמין החי, לרבות הטבילה. לכן נוהגים חברי הכנסייה להיטבל בשמם של מתים המקבלים עליהם, כביכול, את הדת המורמונית (לא חייבת להיות הטבלה פיזית של הגופה עצמה). מנהג זה מסביר את עניינם הרב של בני הדת המורמונית בגנאלוגיה, כדי למצוא את פרטיהם של מתים רבים ככל האפשר ולהטבילם לדת המורמונית. הטבלה זו אין פירושה כי המת קיבל על עצמו את הדת המורמונית, אלא כי ניתנת לו ההזדמנות לעשות כן אם יחפוץ בכך. המחקר הגנאלוגי המורמוני משמש כיום בסיס מידע חשוב למחקר הגנאלוגי בעולם כולו, ובמיוחד ליהדות מזרח אירופה. רבים מהארכיונים של מדינות מזרח אירופיות כפולין מצאו את דרכם ל"מרכזי לימוד המשפחה" המורמונים, והרשומות הנשמרות שם קלות יותר לגישה ומצויות במצב טוב יותר מן הארכיונים המקוריים.
המחלוקת בדבר טבילת קורבנות השואה.
לאחר שהסתבר כי רבים מקורבנות השואה, וביניהם אנה פרנק הוטבלו לאחר מותם לדת המורמונית, התעוררה מחלוקת ומחאת הקהילות היהודיות הובילה להתחייבות המורמונים ב-1995 להפסיק לטבול קורבנות שואה, אלא אם כן יקבלו את רשותם המפורשת של קרוביהם שנותרו בחיים. ב-2002 התברר כי למרות הוראות ברורות שקיבלו ממנהיגות הכנסייה, לא חדלו חבריה מעיסוק זה. מרכז שמעון ויזנטל לחקר השואה הביע התנגדות לכך. מחקרים גילו כי רבים מאלו שהוטבלו בשנים שמאז 1995 עלולים להיות קורבנות שואה. המחלוקת בדבר השאלה האם אכן ממשיכים המורמונים בהטבלת קורבנות שואה עודנה עולה מדי לפעם.
מתנת רוח הקודש.
"מי שנטבל יקבל את מתנת רוח הקודש כשיניח עליו הכומר את ידיו." ברכה זו אמורה להעניק לחבר הכנסייה החדש את חברתה המתמדת של רוח הקודש כמדריכה רוחנית כל עוד מתמיד החבר בדרך החיים עליה מצווה הכנסייה. המורמונים מאמינים כי גם מי שלא הוטבל יכול לקבל את הדרכתה של רוח הקודש, אך לא את חברתה המתמדת.
תחיית המתים ויום הדין.
על פי סמית תתחולל ביום הדין תחיית המתים בה יקומו המתים לתחייה בצורה אנושית מושלמת, ויעמדו בפני האל כשהם זוכרים את חטאי העבר. תחייה זו תינתן לכל – לצדיקים ולרשעים, אשר יעמדו בפני האל שישפוט אותם על חטאיהם.
סיבולת מתמשכת.
חברי הכנסייה מאמינים כי החיים הם מבחן סיבולת מתמשך, ועבודת האל אינה חוויה דתית חד-פעמית. עבודת האל כוללת צדקה, התפתחות רוחנית באמצעות לימוד והליכה לכנסייה, התגברות על מכשולים אישיים, והמטרה היא להגיע לתכונות המיוחסות לאל - אהבה, חסד ואמת.
מנהיגות וכמורה.