לאחר מספר הופעות של Use Your Illusion, החליט איזי סטרדלין (גיטריסט הקצב) לעזוב את הלהקה כדי לפצוח בקריירת סולו והוא הוחלף במהרה על ידי גילבי גלארק. אף על פי שאת רוב תשומת הלב של הקהל קיבלו רוז וסלאש, סבורים חלק ממעריצי הלהקה כי עזיבתו של סטרדלין היא זו שהחלה בפירוק ההרכב. בנוסף להיות גיטריסט שני, כתב סטרדלין חלק נכבד משירי הלהקה (לא פחות מרוז). בין השירים אותם כתב מתבלט הלהיט "Patience".
המתחים העיקריים בלהקה התחילו למעשה בתקופה זאת. הלהקה הופיעה כמעט כל ערב, ועבודה כה רבה גרמה לחיכוכים בין חברי להקה. רוז וסלאש, שהיו בתחילת קריירת הלהקה חברים טובים, החלו לשנוא אחד את השני, ובעצם כל חברי הלהקה "לא חיבבו במיוחד את רוז".
בשנת 1991, במהלך הופעה בסנט לואיס קפץ רוז אל הקהל, והחל להרביץ לאחד המעריצים שצילם את ההופעה במצלמת וידאו. לאחר המכות לא הסכים רוז לחזור לבמה והלהקה ירדה ממנה. הקהל החל להתפרע ולזרוק כיסאות וחפצים על השוטרים שעלו על הבמה וניסו להרגיע את הקהל ולמצוא פשרה עם הלהקה. ידוע כי כ-60 אנשים נפצעו באירוע זה.
בשנת 1992 יצאה הלהקה לסיבוב הופעות עולמי, כולל הופעה בקונצרט המחווה לפרדי מרקורי, בו ביצעו את השיר Knockin' on Heaven's Door, שיצא כסינגל ונכנס ישר למקום השני במצעד הבריטי.
(1993).
בשנת 1993 הוציאה הלהקה אלבום אוסף של גרסאות כיסוי לשירי פאנק רוק בשם . האלבום לא זכה להצלחה כקודמיו, דבר שהרחיב את המתחים הפנימיים בלהקה. המופע בבואנוס איירס באותה השנה היה המופע האחרון של הלהקה במסגרת ה-"Use Your Illusion Tour" - סיבוב ההופעות הארוך ביותר בהיסטוריות הרוק, אשר נמשך כ-28 חודשים.
הדעיכה (1994 – 1998).
אקסל רוז החל לעבוד על אלבום חדש עם חומר מקורי ב-1993 אף על פי כן חומרים אלו מעולם לא יצאו לשווקים. ב-1994 גילבי קלארק עזב את הלהקה, והוחלף על ידי פאול טוביאס. באותה השנה, הלהקה הקליטה גרסה כיסוי לשיר "Sympathy for the Devil" של הרולינג סטונז עבור הסרט "ריאיון עם ערפד" אך חבריה כבר איבדו את הרצון לפעול במסגרתה והחלו פונים לפרויקטים עצמאיים. זו הייתה ההקלטה האחרונה של הלהקה המקורית.
בשנים 1996 ו-1997 סלאש עזב את הלהקה בעקבות חילוקי דעות עם רוז על דרכה של הלהקה, ולאחריו גם דאף ומאט, מה שהותיר את רוז כיחיד מההרכב המקורי. שלושת האחרים הקימו להקה מצליחה בשם "Velvet Revolver".
בשנת 1998 יצאה לשווקים גרסה מצונזרת של האלבום "Use Your Illusion" (בארצות הברית בלבד), בעיקר בשביל שהאלבום יוכל להימכר ברשתות וולמארט ו-Kmart.
בשנת 1998 אקסל הקים הרכב חדש ללהקה וחזר לאולפן ההקלטות. בגרסה הנוכחית של הלהקה, הופיעה והקליטה שירים מאז ועד היום. חברי הלהקה בהרכב המחודש השתנו לעיתים קרובות, אבל החברים העיקריים בה אשר כללו את הגיטריסט רובין פינק, הקלידן כריס פיטמן, והבסיסט טומי סטינסן, כמו גם פול טוביאס, המתופף ג'וש פריז והקלידן הוותיק של הלהקה דיזי ריד.
Chinese Democracy (1998 – 2008).
בשנת 1999 הלהקה הוציאה שיר חדש אחד בשם ""Oh My God", אשר נכלל בפסקול של הסרט "סוף העולם". המטרה של הוצאת השיר הייתה לקדם את הוצאת האלבום הבא של הלהקה "Chinese Democracy". באותה התקופה גפן רקורדס הוציאו את האלבום "Live Era: '87-'93" אשר הכיל ביצועים שונים של הלהקה מתוך הופעות חיות שלהם אשר התקיימו במשך סיבוב ההופעות של האלבום "Appetite for Destruction" ושל האלבום "Use Your Illusion".
כמו כן בשנת 1999 הגיטריסט רובין פינק עזב את הלהקה כדי להצטרף לסיבוב ההופעות של הלהקה הקודמת שלו, "Nine Inch Nails". בשנת 2000 הגיטריסט באקטהד הצטרף ללהקה כמחליף של פינק. ג'וש פריז הוחלף על ידי ברייאן מאנטייה.
הלהקה בהרכב המחודש.
הלהקה בהרכב המחודש הופיעה לראשונה בינואר 2001 בלאס וגאס ובפסטיבל הרוק הגדול ביותר בברזיל "רוק בריו". הלהקה ניגנה בעיקר את הלהיטים הישנים של הלהקה כמו גם מספר שירים חדשים מהאלבום הקרב. ב-2002 הגיטריסט פול טוביאס עזב את הלהקה בעיקר משום שמאס מלהמשיך ולהיות חלק בסיבוב ההופעות הבלתי פוסק של הלהקה. הוא הוחלף על ידי ריצ'רד פורטוס.
ב-2002 החל סיבוב ההופעות של האלבום "Chinese Democracy" - סיבוב ההופעות הראשון של הלהקה בארצות הברית מאז סיבוב ההופעות של האלבום "Use Your Illusion" משנת 1993. סיבוב ההופעות זכה לקבלת פנים משתנה. חלק מההופעות לא הצליחו למכור הרבה כרטיסים, בעוד שבשווקים גדולים יותר כמו ניו יורק כל הכרטיסים להופעה נמכרו תוך דקות אחדות. הלהקה הודיעה גם השקת האלבום Chinese Democracy, אך הוא לא יצאה לאור לבסוף.
לאחר סיבוב ההופעות הלהקה לקחה פסק זמן עד אשר ההופעה הבאה שלהם בפסטיבל "רוק בריו" ב-4 במאי 2004. אף על פי כן, באקטהד עזב את הלהקה במרץ 2004 וגרם בכך ללהקה לבטל את המופע המיועד בריו. בנוסף לכך במרץ 2004 חברת גפן רקורדס הוציאה לשווקים אלבום אוסף אשר הכיל את הלהיטים הגדולים של הלהקה משום שרוז לא הצליח לספק להם אלבום אולפן חדש במהלך יותר מעשר שנים. רוז הביע את מורת רוחו מהאלבום בעיקר משום שהאלבום הופק ללא הסכמתו, ורוז אף תבע את חברת גפן רקורדס בניסיון לעצור את הפצתו של האלבום. ניסיון זה כשל.
בפברואר 2006 דמואים של השירים "Better", "Catcher in the Rye", "I.R.S" ו-"There Was a Time" הודלפו לרשת האינטרנט דרך אתר המעריצים של הלהקה. הנהלת הלהקה ביקשה שכל הקישורים לקובצי ה-MP3 וכל מילות השירים יוסרו מהפורומים ומאתרי האינטרנט. למרות זאת, תחנות הרדיו החלו להוסיף את "I.R.S" לרשימות הפלייליסט שלהם, והשיר הגיע אף למקום ה-49 לפי המדרג של "Radio &amp; Records" בשבוע האחרון של פברואר - הפעם הראשונה ששיר אשר הודלף אל רשת האינטרנט הגיע למדרג השירים.
ב-4 במאי 2007 שלושה עותקים נוספים מתוך האלבום "Chinese Democracy" הודלפו לאינטרנט - גרסה מעודכנת של "I.R.S.", "The Blues" ושיר הנושא של האלבום. כל שלושת השירים נוגנו בעבר בהופעות חיות של הלהקה. ביוני 2007 הלהקה החלה להופיע בסיבוב ההופעות העולמי של האלבום "Chinese Democracy" במקסיקו, אוסטרליה ויפן. השיר "Nice Boys" והשיר"Don't Cry" נוגנו בפעם הראשונה מאז סיבוב ההופעות Use Your Illusion.
ב-19 ביוני 2008 דווח כי תשעה שירים מתוך האלבום "Chinese Democracy" הודלפו לאתר באינטרנט והוסרו מיד לאחר מכן לאחר מכתב אזהרה שנשלח אל בעלי האתר.
ב-14 ביולי 2008 חברות משחקי הווידאו "Harmonix" ו"MTV Games" הודיעו רשמית כי המשחק Rock Band 2 אשר מיועד לצאת לשווקים ב-14 בספטמבר 2008 צפוי יהיה להכיל שיר חדש מהאלבום "Chinese Democracy" אשר נקרא "Shackler's Revenge".
ב-27 באוגוסט 2008, סוכני אף.בי.איי עצרו את קווין קוגיל בן ה-27 בטענה שביוני 2008 הפיץ קוגיל תשעה שירים של הלהקה להורדה דרך אתר הבלוג שלו "Antiquiet". הוא נשלח אחר כך לחודשיים מאסר.
ב-23 בנובמבר 2008, הוציא אקסל רוז ולהקתו את האלבום "Chinese Democracy". הלהקה העלתה את האלבום גם לרשת החברתית מייספייס והצליחה ליצור יותר מ-62 מיליון השמעות לשירי האלבום בסופשבוע הראשון לאחר שעלה.
במרץ 2010 אקסל רוז נתבע על ידי קבוצת הניהול Front Line Management Group ומנהלה Irving Azoff. החברה, שניהלה את הלהקה עד לאחרונה חתמה על חוזה ב-2008 במסגרתו מובטחים לה 15% מכל רווח שעושה הלהקה, שכעת טוענת החברה שלא שולמו לה כלל. בתביעה, שהוגשה בבית משפט בלוס אנג'לס, טוענת החברה כי הלהקה הרוויחה מעל 12,470,000 מיליון דולר מאז חתימת החוזה. אקסל רוז פרסם לאחרונה בעמוד הטוויטר שלו כי הלהקה מנוהלת כיום על ידי Doc Mcghee, שניהל בעבר הרכבים כמו ג'ון בון ג'ובי ו-Motley Crue בין השאר. Azoff פורסם בעיקר כמי שעזר ללהקה להוציא את אלבומה האחרון, "Chinese Democracy", זאת לאחר 15 שנה של ניסיונות כושלים.
בראיון ב-2007, ציין חברו של רוז סבסטיאן באך כי האלבום "Chinese Democracy" יהיה האלבום הראשון מתוך טרילוגיית אלבומים אותם הלהקה תוציא לשווקים. באך ציין גם כי רוז אמר לו כי האלבום השלישי של הלהקה, אשר עדיין ללא שם, מיועד לצאת לשווקים במהלך שנת 2012. נכון להיום אף אחד מחברי הלהקה לא אישרו את אמיתות טענותיו של סבסטיאן באך. אף על פי כן, במהלך השתתפותו במספר דיונים בפורומים באינטרנט, רוז נתן רמזים לכך שהלהקה מתכננת להוציא מספר אלבומים חדשים ושירים חדשים ושיתף מספר שמות כותרים אפשריים.
ב-2012 ריצ'רד פרטיס הודיע על סיבוב הופעות בסניף ההארד רוק קפה ומלון בלאס וגאס, הוא גם ציין שהסיבוב שיערך מסוף אוקטובר לסוף נובמבר יהיה בחגיגת 25 שנה לאלבום הראשון של הלהקה Appetite for Destruction ו-4 שנים לאלבום "Chinese Democracy" ויקרא "Appetite For Democracy". בנוסף צורפה הלהקה באותה שנה להיכל התהילה של הרוק אנד רול
2016 – הווה.
ב-1 באפריל 2016 חזרו ללהקה שניים ממייסדיה: סלאש כגיטריסט הראשי ודאף מק'אגן כבסיסט, וכך חזרה הלהקה להרכבה הקודם (חלקית, כיוון שסטיבן אדלר ואיזי סטראדלין לא הצטרפו אף הם מחדש אל הלהקה), אשר הביא להצלחתה הרבה בראשית דרכה (1985–1993). אף-על פי שסטיבן אדלר אינו נכלל בסגל הקבוע של הלהקה לסיבוב הופעותיה ב-2016, הוא הופיע עם הלהקה כאורח באוהיו, לוס אנג'לס ובואנוס איירס וניגן את השירים "Out Ta Get Me" ו-"My Michelle". סיבוב ההופעות של הלהקה, "Not In This Lifetime", הכניס עד כה 151.5 מיליון דולר בששת החודשים הראשונים של 2017.