בדצמבר 1989 נחתם הסכם היסטורי בין אל על ואיירופלוט לביצוע טיסות סדירות בין תל אביב ומוסקבה, אך יישום ההסכם נדחה לשנים 1990 ו-1991. עד סוף 1990 הפעילה החברה כ-20 טיסות עולים בשבוע מבוקרשט. העולים, שהגיעו לרומניה ברכבות מקישינייב בירת מולדובה וקייב בירת אוקראינה עברו בדרך כלל עוד ביום ההגעה את הרישום לטיסה והארגון והיו בדרכם לארץ. לקראת סוף 1991 הגיעה אל על להסכמה עם הממשלה הסובייטית ונציגתה איירופלוט לפיה מורשות שתי החברות לבצע טיסות שכר בין מוסקבה לתל אביב.
בשנת 2001, לאחר פיגועי 11 בספטמבר, הייתה אל על החברה הראשונה שהורשתה לטוס בארצות הברית, יומיים לפני שאר החברות.
בתחילת 2020 נקלעה החברה, בדומה לחברות תעופה רבות, למשבר עקב מגפת הקורונה, שגרמה לביטול מרבית טיסותיה. בתקופה זו ביצעו חברות תעופה ישראליות טיסות להבאת ישראלים ממדינות שונות ברחבי העולם. במסגרת זו הגיעו טיסות אל אל ליעדים שהחברה מעולם לא קיימה אליהם קו טיסה ישיר. אחת הטיסות, מישראל למלבורן באוסטרליה ובחזרה לישראל, נחשבת לפעילות הארוכה ביותר שביצעה החברה אי פעם, שארכה כ-40 שעות, בהן מטעמי בריאותם של אנשי הצוות, לא יצאו מהמטוס. כחלק מפעילות זאת, הטיסה ממלבורן לישראל אשר ארכה מעט פחות מ-18 שעות נחשבת לטיסה הרצופה הארוכה ביותר שביצעה החברה.
מבצעים מיוחדים.
במלחמת יום הכיפורים החל מבצע של רכבת חירום אווירית להטסת ציוד צבאי ומטענים חיוניים וזאת באמצעות פירוק הפנים של מטוסי בואינג 707 והפיכתם למטוסי מטען.
במלחמת המפרץ נותרה אל על החברה היחידה (למעט טאואר אייר) שטסה לארץ. על מנת לתת מענה להיקף היצוא הגדל, הסבה החברה מטוס נוסעים מדגם בואינג 747/200 ושני מטוסי נוסעים יסיבים (בתצורת נוסעים ומטען) לשלושה מטוסים בתצורת מטען בלבד.
בינואר 2010 שתי טיסות מיוחדות של אל על יצאו לפנות בוקר להאיטי על מנת לספק סיוע לתושבי האי לאחר רעידת האדמה שהתרחשה באי. מטוס מטען ראשון המריא בישראל בחצות ומטוס נוסעים נוסף שעל סיפונו מאות מאנשי כוחות הביטחון.
באפריל 2010 החזירה החברה אלפי ישראלים הביתה מאירופה בעת שחברות תעופה הפסיקו טיסותיהם עקב התפרצות הענן הוולקני באיסלנד.
ב-13 בנובמבר 2013, הטיס מטוס בואינג 747 של אל על משלחת חיילי צה"ל לסיוע הנפגעים בטייפון האיאן.
באפריל 2015 שני מטוסי בואינג 400–747 המריאו לנפאל, שספגה שני רעשי אדמה וכ-9,000 הרוגים, לשם החזרת ישראלים משם.
בעקבות מגפת הקורונה, שגרמה לסגירת גבולותיה של פרו, שלחה אל על ארבעה מטוסי "דרימליינר" לבירת פרו, לימה, לצורך חילוץ של כאלף ישראליים שהיו מצויים במדינה. הטיסה הלוך ארכה כ-16 שעות, מה שהפך אותה לטיסה הארוכה ביותר שביצעה החברה. ימים ספורים אחריה ביצעה אל על 2 טיסות חילוץ נוספות לאוסטרליה שנחתו בפרת' ובמלבורן והשיבו נוסעים לארץ. הטיסה חזור ממלבורן לישראל נמשכה כ-17 שעות והפכה לטיסה הארוכה ביותר שביצעה אל על. כמו כן בשל מגבלות הקורונה, הטיסה אל על 8 קברניטים במטוס על מנת לאפשר להם להתחלף במהלך הטיסות לצורכי מנוחה בלי שירדו מהמטוס באוסטרליה ובכך להתחייב לבידוד.
ב-31 באוגוסט 2020, במסגרת נרמול היחסים עם איחוד האמירויות הערביות, המריא מטוס בואינג 737-900 של אל על מנתב"ג בטיסה ישירה לאבו דאבי, ועליו משלחות מישראל ומארצות הברית. טיסה זו נרשמה כהיסטוריה כפולה עבור החברה ואף עבור מדינת ישראל - זו הטיסה הראשונה של מטוס ישראלי לאמירויות, המבוצעת באופן רשמי, וכן הטיסה הראשונה של חברת תעופה ישראלית העוברת מעל שמי ערב הסעודית, לאחר קבלת אישור חריג מהממשל הסעודי. המטוס המריא מאבו דאבי חזרה ארצה למחרת. המטוס שביצע את טיסות אלו, אף עוטר לקראתן במילה "שלום" ב-3 שפות - עברית, אנגלית וערבית.
היחס לשבת ויום טוב.
בשנותיה הראשונות, הייתה מדיניות החברה שלא לטוס בשבת.
בשנת 1977 ובעקבות עליית מפלגת הליכוד לשלטון, נחתם הסכם קואליציוני לפיו תחדל אל על מלטוס בשבת ויום טוב. למעט מספר מקרים, לא חרגה החברה מהתחייבות זו, גם לאחר הפרטתה. בעקבות שביתה כללית במשק בסוף חודש נובמבר 2006 וסגירתו של נמל התעופה בן-גוריון, שותקה פעילותה של אל על למשך מספר ימים. עם סיום השביתה החליטה החברה לקיים מספר טיסות בשבת במטרה לאפשר את חזרת נוסעיהן לארץ. מהלך זה של אל על הביא לחרם צרכנים שהוטל עליה על ידי ציבור הנוסעים החרדי. לאחר מגעים ממושכים, הושג, ב-5 בינואר 2007, הסדר פשרה בין החברה לבין נציגי הציבור החרדי, ולפיו תמשיך אל על להימנע מטיסות בשבת, ומקרים חריגים שבהם תיאלץ החברה לבצע טיסות בשבת, ייבדקו לגופם על ידי רב מיוחד שימונה לנושא. את הימנעותה מלטוס בשבת מנמקת החברה בכך שעל פי ההערכות, נוסעים דתיים וחרדים מהווים כ-20% מנוסעי אל על, והחברה קשובה לדרישות לקוחותיה.
עם זאת, אל על ערכה בעקיפין טיסות בשבת באמצעות המותג סאן דור וביצעה חכירה רטובה בשבת לחברות תעופה ישראליות. מטוס המטען של אל על (שכבר אינו פעיל), שלא מוטבע עליו לוגו החברה, גם הוא היה טס בשבת.
מאבקים משפטיים.
בשנת 1989 הגיש יונתן דנילוביץ', דייל בחברה, תביעה נגד אל על בבית הדין האזורי לעבודה, בגין אפלייתו בזכות לכרטיסי טיסה חינם לבן זוגו, לעומת בני זוג הטרוסקסואלים. בית הדין פסק לטובת דנילוביץ', וקבע שהמדובר באפליה אסורה על פי חוק שוויון ההזדמנויות בעבודה. החברה ערערה בבית הדין הארצי לעבודה, והפסידה גם שם. החברה לא השלימה עם תוצאה זו, ועתרה לבג"ץ. בשנת 1994 דחה בג"ץ את עתירתה של חברת אל על, ואישר את פסק הדין של בית הדין הארצי לעבודה.
ב-1998 נתבעה החברה בבית הדין לעבודה, על כך שאינה מקבלת לשורותיה נשים כטייסות. אל על טענה להגנתה שהיא מקבלת רק בוגרי קורס טיס של חיל האוויר, על אף שקיבלה לשירותיה גם מספר טייסים שאינם בוגרי קורס טיס ישראלי. בסופו של דבר ביטלה אל על את התנאי המפלה. בשנת 2000 קלטה אל על כטייסת את מרב שוורץ, שהיא האישה הראשונה בתפקיד זה באל על. מרב טסה כ-13 שנים על מטוס בואינג 400–747 והייתה האשה היחידה שהטיסה מטוס זה באל על. הטייסת השנייה שהתקבלה לחברה היא סמדר שכטר. סמדר היא הקברניט הראשונה של אל על. היא משמשת בתפקיד זה וכמו כן כמדריכה במטוס בואינג 737. החל משנת 2014 נקלטו נשים נוספות כטייסות בחברה.
באפריל 2010 חייב בית משפט השלום בחיפה את חברת אל על לשלם פיצויים לשני אחים ערבים מהכפר אכסאל. השופט קבע כי החברה השפילה אותם וחרגה מסמכותה כאשר הצמידה אליהם מאבטח לאחר שכבר הסתיים שלב הבידוק הביטחוני.
בנובמבר 2016 פסק בית משפט השלום חיפה פיצוי של 18,000 שקל לנוסעים ערבים-ישראלים (לכל אחד מהם) שהושפלו בבדיקה ביטחונית שנערכה לפני טיסתם בחברת אל על מקפריסין לישראל.
בדצמבר 2016 דיילת אוויר של אל על ביקשה מנוסעת לשנות את מקום מושבה במטוס לבקשתו של נוסע חרדי. הנוסעת תבעה את חברת אל על וקיבלה פיצוי כספי. כמו כן, הודיעה אל על כי נוהלי החברה בנושא הושבת חרדים בטיסות יחודדו בקרב עובדיה.
במאי 2019 הגישו 52 מנוסעי "טיסת השבת" תביעה נגד אל על ודרישה לפיצוי של 7,000 שקל לכל נוסע ובסך-הכול סכום של 364 אלף שקל.
משבר הקורונה.
במהלך משבר הקורונה רוב פעילות החברה הופסקה ומרביתם המכריע של עובדי החברה הוצאו לחל״ת.
במרץ 2020 אל על הפעילה טיסות "חילוץ" לישראלים שלא יכלו לטוס לישראל עקב צמצום התנועה האווירית העולמית. בין השאר יצאו טיסות חילוץ לפרו ולאוסטרליה, יעדים אליהם אל על לא טסה מעולם.
חברת אל על ביטלה מספר רב של טיסות, וההערכה כי הפסדיה יעמדו על 200 מיליון דולר. בעקבות כך החלה החברה בהליך פיטורים של 1,000 עובדים, וכן קיצצה את שכר העובדים הבכירים ב-20%. הנהלת אל על ניהלה משא ומתן לקבלת הלוואה של 400 מיליון דולר בערבות מדינה של 82.5%. משרד האוצר מצדו הציב לחברה מספר תנאים ובהם קיצוץ של כ-30% מפעילות החברה. ב-7 ביוני 2020 הודיע משרד האוצר כי בכוונתו להלאים את אל על ולפי המתווה של משרד האוצר החברה תקבל הלוואה בסך 250 מיליון דולר בלבד. בנוסף, הורה המשרד כי על החברה לבצע גיוס של 150 מיליון דולר בהנפקת מניות כאשר משרד האוצר מוכן לרכוש את כל המניות שלא יירכשו בהנפקה. מאחר שאל על נסחרת בשווי של 95 מיליון דולר, המשמעות של ההתחייבות היא שמשרד האוצר מוכן לרכוש את השליטה באל על ולהלאים אותה. במקביל, התפרסם כי איש העסקים היהודי אמריקאי קני רוזנברג מנהל משא ומתן לרכישת החברה, באמצעות בנו אלי רוזנברג.
אחרי חודש, דירקטוריון החברה אישר את המתווה לפיו חברת התעופה תנפיק מניות בהיקף 150 מיליון דולרים - שאותן תרכוש המדינה. נוסף לכך, המדינה תערוב להלוואה בסך 250 מיליון דולרים שהחברה תיקח מהבנקים, ותמנה נאמן שיפעל למכירת החברה. בספטמבר 2020 הסתיימה הנפקת המניות של החברה, ואלי רוזנברג, בנו של המיליונר האמריקאי קני רוזנברג, הוא בעל המניות הגדול בחברה ומחזיק 42.89% ממניות החברה, במקומה של משפחת בורוביץ וחברת כנפיים אחזקות.
יעדי אל על.
טיסות נוסעים.