עקב ריבוי קווי האוטובוס שעברו ברחוב יפו נוצר עומס תנועה ניכר באזור, בייחוד בחלק ממערב לשוק מחנה יהודה, כמו גם זיהום אוויר כבד במקום. לצד בעיות התחבורה, נחלשה עם השנים פעילות העסקים במרכז ירושלים, וכתחליף למרכז העיר התפתחו מרכזים עסקיים בשכונות גבעת שאול, תלפיות ומלחה. נכון לשנת 2007, כ־25% מהמועסקים בעיר עובדים באזור מרכז העיר (מרכז עסקים ראשי - מע"ר).
נכון לשנת 2016, אוכלוסיית ירושלים מונה כ־830,000 נפש ירושלים היא מרכז מסחרי ומנהלי גם עבור יותר מ-400,000 תושבי פרברי ירושלים (לדוגמה גבעת זאב, מבשרת ציון, גוש עציון, ביתר עילית, מעלה אדומים והתנחלויות בבנימין). העיר מתאפיינת גם בריבוי אוכלוסייה בעלת רקע סוציו־אקונומי נמוך, ורמת מינוע נמוכה יחסית של תושביה (206 כלי רכב לאלף איש נכון לשנת 2007, בהשוואה ל־286 בחיפה ו־431 בתל אביב), כמו גם אחוזי שימוש בתחבורה ציבורית גבוהים. העיר היא גם עיר תיירותית. מאפיינים אלו משפיעים על מערך התחבורה הציבורית בעיר.
המבנה הטופוגרפי של ירושלים משפיע גם הוא על מערך התחבורה הציבורית בעיר. בעוד אזור מרכז העיר נמצא על רמה מישורית ברובה, שכונות מרוחקות בנויות על גבעות פזורות המוקפות בגאיות (לדוגמה השכונות בית וגן, רמות אלון, רמת שלמה, הר חומה, גילה), דבר המכתיב את מערך צירי התנועה ממרכז העיר אל השכונות הרחוקות, ובין השכונות השונות, ומשפיע על האפשרות להעביר קווי תחבורה ציבורית בין אזורים שונים ובנתיבים שונים.
גם המבנה של ירושלים משפיע על מערך התחבורה הציבורית בה. העיר מתאפיינת בשכונות בהם אוכלוסיות שונות ולהם מרכזים שונים, לדוגמה אוכלוסיית חרדית ואוכלוסיית ערביי מזרח העיר, דבר הגורם לכך שלתושבי שכונות שונות ישנם יעדים תחבורתיים מרכזיים שונים.
תכנון והסכמים.
צוות תוכנית אב לתחבורה ירושלים, גוף הפועל באמצעות "העמותה לתכנון, פיתוח ושימור אורבני ירושלים", בראשה עומד ראש עיריית ירושלים, שקד על הכנת תוכנית תחבורתית חדשה לירושלים החל משנת 1994. ב־1996 החליט הצוות לבחור באפשרות של בניית קווי רכבת קלה כעמוד השדרה של התחבורה הציבורית בירושלים ובמהלך 1997 החל לגבש תוכניות להקמתה, וזאת לאחר פסילת פתרונות תחבורתיים אפשריים אחרים, כדוגמת סלילת נתיבי תחבורה ציבורית נוספים לקווי אוטובוסים, ושימוש באוטובוסים רבי קיבולת. מערך הרכבת הקלה שתוכנן על ידי הצוות הורכב משמונה קווים לאורכה ורוחבה של ירושלים, כאשר חמישה מתוכם הומלצו לביצוע עד 2020. מתוך הקווים המתוכננים הוחלט על בניית הקו האדום כקו הראשון עקב חשיבותו ומרכזיותו (מאוחר יותר צוינה עובדה זו כשגיאה, היות שבניית מסלול רכבת קלה ראשון בישראל הייתה צריכה להעשות בתוואי משני ולא בתוואי ראשי). מאוחר יותר הוחלט על המרת הקו הירוק (ששינה את צבעו לכחול מאוחר יותר) מרכבת קלה לקו אוטובוסים רבי קיבולת (BRT) הנעים בנתיבי תחבורה ציבורית (נת"צים) ייעודיים, עקב העלות הגבוהה והתמשכות העבודות לקו האדום. נכון לשנת 2012 פועלים 2 קווים, הקו האדום כקו רכבת קלה, והקו הכחול כקו BRT. כיום מתוכננים לביצוע קו כחול וקו ירוק, שיחברו בין שכונת גילה בדרום העיר לשכונות בצפון העיר בנתיבים שונים (ראה להלן - קווים מתוכננים נוספים).
בתקופה זו נשכר יועץ חיצוני ראשון לבדוק את כדאיות ההשקעה בתחבורה מבוססת רכבת קלה בהשוואה לחלופות אחרות, אך עוד טרם הגשת חוות הדעת של היועצים, הונחו אנשי הצוות על ידי סמנכ"ל במשרד התחבורה ואנשי עיריית ירושלים לקדם את תכנון התוכנית המבוססת על הרכבת הקלה, בהתבסס על חוות דעת כללית חיובית על המיזם מ־1996. הדו"ח שהוגש על ידי היועץ החיצוני בקיץ 1997 המליץ על חלופת רכבת קלה, אך חוות דעת זו נדחתה על ידי אגף התקציבים במשרד האוצר היות שלא עמדה בכללים שנקבעו לצורך הכנת חוות דעת מסוג זה (נוהל בדיקת מיזמים תחבורתיים, נוהל פר"ת). יועץ זה חזה ביקוש של כ־57 מיליוני נסיעות בשנה ברכבת הקלה. במהלך תקופה זו הקצתה הממשלה סכום ניכר לפיתוח נתיבי תחבורה ציבורית בירושלים באזורים שחפפו למיזם הרכבת הקלה, כפתרון למצוקת התחבורה הציבורית בירושלים בטווח הקצר והבינוני, אך הצוות לא הכין תוכנית מפורטת לנושא, והתקציב לא נוצל למטרתו. באוגוסט הוצג מיזם הרכבת הקלה בירושלים בפני שר התחבורה, יצחק לוי, וראש עיריית ירושלים, אהוד אולמרט. החלופה שהוצעה על ידי חברות היועץ הסרות ושאושר לעבוד לפיה, כללה רשת מסילות רכבת קלה לאורך של כ-47 ק"מ, מהן כ-6.5 ק"מ במנהרות, ו-72 תחנות רכבת. על גבי התשתית הנרחבת הזו הוצע להפעיל 5 קווים שונים, בו שני קווים עיקריים המשמשים את לב הרשת. קו אחד שיחבר את שכונת רמות עם הקניון במלחה ויעבור דרך מרכז העיר, וקו אחר שיחבר את שכונת גילה בדרום דרך מרכז העיר עם נווה יעקב ופסגת זאב. העלות הוערכה אז בכמיליארד דולר.
ההחלטה על הקמת רכבת קלה.
חרף אי קיומה של חוות דעת מספקת שתמליץ על חלופת הרכבת הקלה, ביוני 1998 התקבלה החלטת ממשלה מס' 3913 בנושא 'חיזוקה של ירושלים', כאשר אחד מסעיפיה היה החלטה על תוכנית רב־שנתית למערך תחבורה ציבורי חדש בירושלים, שבמרכזו רכבת קלה במספר מסלולים. לאחר החלטת ממשלה זו נשכר יועץ חיצוני שני על מנת לבדוק את כדאיות המיזם. בספטמבר 1998 הסתיים שלב התכנון בעלות של 50 מיליון שקל, והוכרז על המכרז למיון ראשוני של המתמודדים על הקמת שלב א' של הקו הראשון, שעל פי התכנון היה אמור להיות מושלם עד שנת 2004.
ב־1999, עוד בטרם קבלת חוות הדעת מהיועץ השני, החלו ההכנות למכרז על ידי אגף החשב הכללי במשרד האוצר. באותו זמן החליטה הממשלה על ביצועי המיזם באמצעות שיתוף המגזר הציבורי והפרטי גם יחד (Public–Private Partnership - PPP), בשיטת BOT, שהוכחה כמוצלחת בסלילת כביש חוצה ישראל. במאי 1999 הכריז ראש העירייה אהוד אולמרט שמכרז בינלאומי להקמת הרכבת יפורסם עד סוף השנה. חוות הדעת של היועץ הוגשה באוגוסט 2000, ותוכנה היה העדפת בניית רכבת קלה על פני חלופת אוטובוסים מרובי קיבולת, למרות ההבדל המשמעותי בהשקעה הכספית הנדרשת (כ־324 מיליון שקלים לחלופת אוטובוסים, מול 2.14 מיליארד ש"ח לחלופת רכבת קלה, ללא עלות הקרונות), כאשר העלות למגזר הציבורי הוערכה בכ־500 מיליון ש"ח. בדיעבד מתח מבקר המדינה ביקורת על הליך הבדיקה של היועץ החיצוני השני, שלא כלל עלויות ידועות נוספות בחישוב העלות ולא פעל בהתאם לנוהל פר"ת. היועץ השני חזה ביקוש של כ־37 מיליוני נסיעות בשנה ברכבת הקלה, 35% פחות מההערכה של היועץ הראשון, וכ־133 אלף נסיעות ליום. בפועל הייתה ההשקעה הכספית כמעט כפולה מההערכה (כ־3.8 מיליארד ש"ח). תהליך הבנייה תוכנן להשלמה עד 2006.
בהתאם להחלטת הממשלה הוקמה במרץ 2003 מנהלת למיזם, שכללה את נציגי משרד התחבורה, משרד האוצר ועיריית ירושלים. אחת מההחלטות הראשונות של המנהלת הייתה מינוי צוות תוכנית אב לתחבורה ירושלים לניהול בפועל של המיזם.
בשנת 2010, אברהם בייגה שוחט, ששימש בין השנים 1999 ל־2001 בתפקיד שר האוצר מונה לימים ליו"ר סיטיפס.
הוצאת המכרז.
באוגוסט 2001 פנה משרד האוצר אל 5 קבוצות (פסים (פס ירושלים), אדנים, סיטיפס, אריאל וסיטיליין) בבקשה לקבלת הצעות למכרז לשותפות ציבורית פרטית, אליו נגשו לבסוף שתי קבוצות. אחת הסיבות לפרישת חברות לאחר השלב המקדים היה לחצים של גורמים פלסטינים בעקבות מעבר חלק מהתוואי במזרח העיר. קבוצת סיטיפס (בבעלות החברות פולאר השקעות, קבוצת אשטרום, אלסטום וקונקס) וקבוצת פס-ירושלים (בבעלות החברות אפריקה ישראל, פויכטונגר תעשיות, AECON ו־UESTRA). תוכנו העיקרי של המכרז היה גובה המענק שיתקבל מהמדינה עבור בניית הרכבת הקלה במשך תקופה של 3 שנים (כאשר המענק ישולם בסוף תקופת הבנייה), ותפעולה למשך 27 שנים נוספות (כאשר ההכנסות ממכירת כרטיסים עוברות ליזם). חלק נוסף של המכרז עסק בנושאים טכניים.
הגרסה הראשונית של הסכם הזיכיון שהוצגה לחברות שהתמודדו במכרז לא כללה הבטחה לרשת ביטחון למספר נוסעים מינימלי, אך בעקבות חששות החברות שהתמודדו במכרז להפסדים עקב ירידה במספר הנוסעים בעקבות פיגועי טרור בירושלים, החליטה ועדת המכרזים בדצמבר 2001 על הענקת רשת ביטחון למספר נוסעים מינימלי ליזם. רשת הביטחון הבטיחה שבמקרה של כמות נוסעים נמוכה מהציפיות, המדינה תפצה את היזם ב־62% מההפרש, ובמקרה של גידול בכמות הנוסעים, יועברו 25% (מאוחר יותר שונה ל־33%) מההכנסות העודפות לקופת המדינה. על רקע גל פיגועי הטרור בירושלים בראשית האינתיפאדה השנייה החליטה ועדת המכרזים על הבטחת רשת ביטחון ליזם גם במקרה של השבתת הרכבת בעקבות אירוע ביטחוני, או במקרה של נזק לתשתית ולציוד עקב אירוע כזה.
בראשית קיץ 2002 הוגשו ההצעות למכרז של 2 הקבוצות, ובאוקטובר 2002 נבחרה חברת סיטיפס כחברה הפרטית שתבצע את המיזם, לאחר שדרשה מענק בגובה 1.36 מיליארד ש"ח עבור המיזם, בהשוואה ל־1.87 מיליארד ש"ח שדרשה קבוצת פס-ירושלים. בחלק הטכני הייתה עדיפות להצעתה של קבוצת פס-ירושלים, אך בשקלול הכללי הועדפה הצעתה של סיטיפס.
חתימת הסכם הזיכיון והשגת המימון.
בנובמבר 2002 נחתם חוזה בין קבוצת סיטיפס לבין המדינה. על פי החוזה, באחריות המגזר הציבורי היו תכנון העבודות, העתקת התשתיות, פינוי נכסים ופיצוי בעלי שטחים וסלילת המת"צ לרכבת, הקמת גשר המיתרים והחניונים לנוסעים. באחריות סיטיפס היו סלילת המסילות, התקנת קווי החשמל ואמצעי האיתות והתקשורת, רכישת הקרונות והפעלת הרכבת בשיטת BOT למשך 27 שנה, לאחר תקופת בנייה שמשכה הוערך בכ־3 שנים. עלויות העבודות שבוצעו על ידי המגזר הציבורי התחלקו בין משרד התחבורה לעיריית ירושלים ביחס של 80% / 20%.