אדווארד בנש אשר עמד בראש הממשלה הצ'כוסלובקית הגולה בלונדון בתקופת מלחמת העולם השנייה יזם את תחילת ההכנות למרד אפשרי בשנת 1943, כאשר יצר קשר עם יחידות של מתנגדים למשטר בקרב הצבא הסלובקי. בדצמבר 1943 החלו קבוצות שונות - בהן הממשלה הגולה, דמוקרטים צ'כוסלובקים, קומוניסטים ויחידות בצבא הסלובקי - לגבש את המחתרת הסלובקית וחתמו על הסכם המכונה "הסכם חג המולד", בו הכריזו על הכרה בסמכותו של בנש ועל כוונה לייסד מחדש את צ'כוסלובקיה לאחר תום המלחמה. מועצה שהורכבה מנציגי הגורמים השונים הייתה אחראית להכנות למרד.
בחודש מרץ 1944 הופקד ניהול ההכנות בידי לויטננט קולונל יאן גוליאן מן הצבא הסלובקי. כחלק מן ההכנות נאגרו כסף, תחמושת ואספקה במחנות צבאיים במרכז ובמזרח סלובקיה. הכוחות המורדים כינו עצמם בשמות "הכוחות הצ'כוסלובקים של פנים המדינה" ו"הצבא הצ'כוסלובקי הראשון". כ-3,200 חיילים סלובקים ערקו לשורות הכוחות המורדים, או לשורות הצבא האדום. בחודש אפריל 1944 נמלטו היהודים הסלובקים רודולף ורבה ואלפרד וצלר מאושוויץ וסיפרו על הנעשה במחנה ההשמדה.
בקיץ 1944 הגבירו הפרטיזנים הסלובקים את פעולותיהם נגד הצבא הגרמני, במיוחד בהרים שבצפון-מרכז המדינה. ביולי החלה התקדמות של כוחות הצבא האדום בברית המועצות ובפולין לעבר סלובקיה. באוגוסט הגיעו כוחות הצבא האדום לעיר קרוסנו בפולין, הנמצאת במרחק של 40 ק"מ מן הגבול הסלובקי.
בקיץ 1944 הועברו שתי דיוויזיות משוריינות של הצבא הסלובקי וכן כל חיל האוויר הסלובקי לאזור פרשוב, בפינה הצפון-מזרחית של המדינה, זאת במטרה לאפשר את ביצוע אחת משתי התוכניות האפשריות למרד:
מפקדן של שתי הדיוויזיות, קולונל וילם טלסקי, קיבל עליו את סמכות מנהיגות המרד והסכים לביצוע אחת משתי התוכניות, בהתאם לנסיבות שיתפתחו. ב-23 באוגוסט 1944 התבצעה ברומניה הפיכה בראשות המלך מיכאי הראשון בה הודח יון אנטונסקו ורומניה התייצבה לצד בנות הברית. ב-27 באוגוסט 1944 הרגה קבוצת פרטיזנים קומוניסטים, אשר פעלו על פי פקודות ממפקדה בקייב, 30 חיילים גרמנים אשר עשו דרכם מרומניה, סמוך לעיר מרטין. למחרת פלשו כוחות גרמנים לסלובקיה במטרה לדכא את אותות המרי. הכנות לפלישה הזו נעשו במשך שבועות קודם לאירוע.
ב-29 באוגוסט 1944, בשעה 19:00 הכריז שר ההגנה הסלובקי, פרדיננד צ'טלוש, בשידור רדיו כי גרמניה פלשה לסלובקיה ונטלה שליטה במדינה. בשעה 20:00 שלח גוליאן שדרי רדיו מוצפנים לכל היחידות במחתרת לפתוח במרד. במקום לדבוק בתוכנית שהוסכמה מראש, ב-30 באוגוסט אסף קולונל טלסקי את כל חיל האוויר הסלובקי, נטש את שתי הדיוויזיות ללא פיקוד, וטס לאזור נחיתה בפולין והצטרף לצבא האדום. שתי הדיוויזיות שנותרו ללא מפקד, פורקו מנשקן על ידי הצבא הגרמני עוד ביום ה-30 באוגוסט, מבלי שנורתה ירייה אחת. משכך, המרד נפתח באובדן אחד מן הכוחות העיקריים בו ובניגוד לתוכניות שהוסכמו מראש.
סדר הכוחות.
קיימים נתונים סותרים באשר למספר הלוחמים במרד הסלובקי. בתחילת המרד כוחות הפרטיזנים הסלובקים היו מורכבים מכ-18,000 לוחמים. לאחר גיוס שנערך ב-9 בספטמבר 1944 גדל הכוח לכ-47,000 לוחמים, ומאוחר יותר הגיע עד ל-60,000 לוחמים ובתוספת של כ-18,000 לוחמי מחתרת מכ-30 מדינות אחרות שהצטרפו ללחימה. לחיל האוויר של כוחות המרד היה מספר קטן של מטוסים מיושנים.
בנוסף לכוחות הסלובקים, בשורות המורדים לחמו אף שבויי מלחמה צרפתים שנמלטו ממחנות שבויים, פרטיזנים סובייטים, לוחמי מנהלת המבצעים המיוחדים הבריטית ומשרד השירותים האסטרטגיים האמריקאי. הכוחות המורדים קיבלו סיוע צבאי מן הצבא הסובייטי וב-7 באוקטובר 1944 נחתו בשדה תעופה בסילאץ', סמוך לבאנסקה ביסטריצה, מטוסי B-17 אמריקאים שהביאו אספקה ויועצים צבאיים. בטרם עזיבתם אספו המטוסים 25 טייסים מבנות הברית ו-5 פרטיזנים צרפתים.
מהלך המרד.
פתיחת המרד.
ב-29 באוגוסט 1944, בשעה 20:00, פרץ המרד הסלובקי תחת פיקודו של יאן גוליאן. ב-30 באוגוסט נכנסו כוחות הפרטיזנים לבאנסקה ביסטריצה וקבעו שם את מפקדתם. באותה עת פירקו הגרמנים את שתי הדיוויזיות הסלובקיות המשוריינות, במזרח המדינה, מנשקן. חלק מן החיילים נאסרו ונשלחו למחנות בגרמניה, אחרים נמלטו, הצטרפו לכוחות הפרטיזנים הקומוניסטים, או שבו לביתם. ב-5 בספטמבר הפך יאן גוליאן למפקד כל כוחות המרד בסלובקיה והועלה לדרגת גנרל. בגיוס כוחות שהוכרז במרכז סלובקיה הצטרפו לכוחות המרד 47,000 לוחמים. בניתוח ראשון של מאזן הכוחות סבר גוליאן כי כוחותיו יוכלו להחזיק מעמד מול הצבא הגרמני במשך כשבועיים.
עד ה-10 בספטמבר השתלטו כוחות המרד על שטחים גדולים במרכז ובמזרח סלובקיה, כולל שני שדות תעופה, שבהם נעשה שימוש כדי להטיס לכוחות אספקה וציוד על ידי חיל האוויר הסובייטי.
אובדן התנופה.
למרות המרד, ממשלת הבובות של טיסו נותרה בשלטון בעיר הבירה ברטיסלאבה. גרמניה העבירה 40,000 חיילי אס אס לסלובקיה, בפיקודו של אובר-גרופנפיהרר גוטלוב ברגר, כדי לדכא את המרד. בשלב ראשון פורקו שתי דוויזיות סלובקיות, בהן כ-20,000 חיילים, מנשקן. בחודש דצמבר 1943 נפגש בנש עם סטלין במוסקבה כדי לגייס את תמיכתו למרד המתוכנן, אולם סטלין והסטאבקה לא ספקו את התמיכה הנדרשת לכוחות המרד ואפילו מנעו הצעות סיוע של כוחות הברית ממערב, באופן דומה לגישתם בעת מרד ורשה, רק שבועות ספורים קודם לכן. מרשל קונייב ומפקדת הפרטיזנים בקייב, המשיכו לחבל בפעולות כוחות המרד בכך שציוו על כוחות פרטיזנים סובייטים שלחמו בחזית לבצע פעולות באופן עצמאי, וללא תאום עם מפקדת המרד. הפרטיזנים הסובייטים אף דרשו וקיבלו נשק ותחמושת שנדרשה לכוחות המרד הסלובקי. באופן דומה, הרוב המוחלט של הציוד והאספקה שהוצנחה על ידי חיל האוויר הסובייטי מעל אזורי השליטה של המורדים הוחרמה על ידי הפרטיזנים הסובייטים וכמעט שלא הגיעה לידי החיילים המיומנים של הצבא הסלובקי שלחמו בשורות המורדים באמצעים דלים.
ב-8 בספטמבר החל הצבא האדום מתקפה על מעבר דוקלה, בגבול פולין-סלובקיה, וניסה לפרוץ דרכו דרך הקרפטים כדי לחדור לתחום סלובקיה. המתקפה תוכננה ברשלנות, הניבה מספר עצום של נפגעים לשני הצדדים, ועד מהרה עצרה והפכה לקרב נייח כמעט למשך חודשיים. במתקפה זו היו לסובייטים 85,000 נפגעים, מהם 21,000 הרוגים.
בין בנש, הפרטיזנים הסובייטים ופלגים אחרים בין כוחות המרד, פרץ ויכוח שבו כל אחד מן הכוחות ביקש שליטה ופיקוד. גנרל גוליאן לא הצליח, למרות מאמציו, לשכנע מי מהצדדים לתאם את פעולותיהם עם מפקדת המרד. ב-7 באוקטובר הוטס אל הכוחות גנרל רודולף ויסט, קצין סלובקי מנוסה שהיה בשטח ברית המועצות, והוא נטל את הפיקוד על המרד כאשר גנרל גוליאן היה לשני בשרשרת הפיקוד. אף ויסט לא הועיל בקידום התאום בין הכוחות.
ב-17 בספטמבר נחתו שני מטוסי B-17 בשדה תעופה בשליטת כוחות המרד והביאו עימם יועצים צבאיים אמריקאים. דיווח היועצים אישר את החששות כי כוחות המרד נקלעו למצוקה.
מתקפת הנגד.
ב-19 בספטמבר הועבר אובר-גרופנפיהרר גוטלוב ברגר מתפקידו ובמקומו מונה גנרל הרמן הפלה. באותו שלב כבר הוצבו בסלובקיה שמונה דיוויזיות גרמניות ובהן כ-48,000 חיילים, כולל ארבע דיוויזיות ואפן אס אס ויחידה אחת סלובקית פרו-נאצית.
ב-1 באוקטובר שונה שמם של הכוחות המורדים והם נקראו מאותה עת "הצבא הצ'כוסלובקי הראשון בסלובקיה", זאת כדי לסמל את תחילת האיחוד המחודש בין צ'כיה לסלובקיה שבו הכירו כוחות הברית.
ב-17–18 באוקטובר החלה מתקפה גדולה של כוח גרמני ובו 35,000 חיילים שנכנס לסלובקיה מהונגריה. בה בעת החליט סטלין להעביר את כובד משקלה של ההתקפה הסובייטית ממזרח סלובקיה לעבר הונגריה, אוסטריה ופולין, והתקדמות הכוחות הסובייטים לעבר סלובקיה נעצרה באחת. בסוף אוקטובר שש דוויזיות גרמניות ויחידה סלובקית פרו-נאצית השתלטו מחדש על רוב השטח שבו שלטו המורדים בשיא המרד, והטילו מצור על כוחות המרד הנותרים. בקרבות נפגעו לפחות 10,000 איש משני הצדדים.
ב-27 באוקטובר פינו כוחות המרד את באנסקה ביסטריצה זמן קצר בטרם הגיעו למקום הכוחות הגרמנים. היועצים הבריטים והאמריקאים נסוגו אל ההרים לצד אלפים שנמלטו מפני הגרמנים המתקדמים. בדעת כוחות המרד היה לשנות בשלב זה את טקטיקת הלחימה ולעבור למלחמת גרילה. ב-28 באוקטובר שלח ויסט מסר ללונדון ובו הודיע כי המרד המאורגן תם. ב-30 באוקטובר חגגו גנרל הופלה והנשיא יוזף טיסו בבאנסקה ביסטריצה והעניקו מדליות לחיילים הגרמנים על חלקם בדיכוי המרד.
לאחר המרד.
אף על פי שארגון המרד התפורר, הפרטיזנים ושרידי כוחות המרד המשיכו את פעולותיהם בהרים. בתגובה, כוחות איינזצגרופן הוציאו להורג סלובקים רבים ובהם יהודים רבים אשר לא נשלחו עד לאותה עת למחנות הריכוז וההשמדה. 93 כפרים סלובקים נהרסו לאחר שנחשדו בשיתוף פעולה עם המורדים. לאחר תום המלחמה התגלו 211 קברים המוניים בסלובקיה של הרוגי פעולות הנקם. הוצאות להורג המוניות בולטות היו בקרמניצקה, שם נרצחו 747 איש, רובם יהודים וצוענים, וכן בנמצקה שם נרצחו כ-900 איש. ב-3 בנובמבר נתפסו הגנרלים ויסט וגוליאן בכפר סמוך לבאנסקה ביסטריצה, הם נחקרו והוצאו להורג.
הכוחות האמריקאים והבריטים שנמלטו להרים התאחדו והעבירו שדר לכוחות הברית בו בקשו סיוע מיידי. כוחות גרמנים איתרו את מקומם ותפסו אותם ב-25 בדצמבר. חלקם נורו במקום ושאר האנשים נשלחו למחנה הריכוז מאוטהאוזן, שם עונו ונרצחו.