קולצ'ק קרא למדיניות התקפית של הצי, קריאות שהעניקו לו הערכה וכבוד מצד קצינים בכירים. היה זה מהלך המאבק שחזית המוקשים הוכיחה את חשיבותה יותר מקודם לכן. באוגוסט נתפסה בידי הצי הרוסי הסיירת הגרמנית 'מגדבורג' ליד האי אוסמוסר (לחופי אסטוניה המודרנית). בסיירת נמצא ספר קידודים גרמנים שחשף כי הצי הבלטי הרוסי למעשה פעל מול כוח משני של הצי הגרמני (רוב הצי הגרמני היה מרוכז בים הצפוני, היכן שהיה מרוכז במערכה ימית נגד בריטניה. גילוי זה העניק להנהגת הצי הבלטי את הביטחון לצאת באסטרטגיה התקפית נגד הגרמנים.
האדמירל אסן עצמו התנגד להישאר בעמדות מגננה והורה לקולצ'ק להכין תוכנית לתקיפת גישות בסיסי הים הגרמניים. קולצ'ק הכין דו"ח הצעה על אסטרטגיה ימית במערכה בים הבלטי והציג אותה בפני מטה הפיקוד העליון, איפה שניקולאי ניקולאייביץ', הנסיך הגדול של רוסיה, סירב לקבלה בטענה כי אין למערכה הימית חשיבות רבה על מהלך המלחמה הכולל. בסתיו 1914 קידם קולצ'ק תוכנית להטיל מצור של מוקשים ימיים מסביב לבסיסים ימיים גרמנים. בנובמבר הביאו המוקשים להטבעתה של הסיירת הגרמנית 'פרידריך קרל' ועוד באותו החודש פיקד קולצ'ק על מבצע הטלת מוקשים לחופי האי הדני בורנהולם, כדי למנוע מסיירות גרמניות להיעזר באי. במהלך הסתיו והחורף של שנת 1914–1915, ביצעו אניות המלחמה הרוסיות סדרה של פעולות לילה מסוכנות, והטילו מוקשים בגישות לקיל ודנציג.
על הצלחתו במבצעים הימיים, אסן קידם את קולצ'ק למטה פיקוד דיוויזיית המקשות של הצי הבלטי. קולצ'ק, חש כי האחראי לתכנון פעולות צריך לקחת חלק גם בביצועם, היה תמיד על הספינות שביצעו את הפעולות ולעיתים פיקח ישירות על שייטת המשחתות. בפברואר, ניווט קולצ'ק בים הבלטי הקפוא כאשר אחריו שיירת בת ארבע משחתות ופיקד על הטלת שדה מוקשים נרחב מסביב למפרץ דנציג שמנעה את כניסה ויציאה של אוניות למפרץ. בתגובה, מפקד הצי הבלטי הגרמני, היינריך, נסיך פרוסיה, הורה על איסור שייט באזורים החשודים במוקשים, ובכך הגביל באופן משמעותי את תחום הפעילות של הצי הבלטי הגרמני. בשיבתו מהמשימה לחופי דנציג, עוטר קולצ'ק בעיטור מסדר ולדימיר הקדוש, דרגה שלישית. באוגוסט 1915 תכנן הצי הגרמני לבצע מתקפה על בסיס הצי הרוסי במפרץ ריגה. התוכניות הגרמניות נבלמו עקב האבדות שנגרמו משדות המוקשים קודם לכן. עם ביטול המבצע הימי, בוטל גם המבצע היבשתי המיועד של צבא הקיסרות הגרמנית לריגה.
מפקד דיוויזיית המקשות.
בספטמבר 1915 מונה קולצ'ק למפקדה הזמני של דיוויזיית המקשות לאחר פציעת מפקדה הקודם. עם מינויו לתפקיד, החל קולצ'ק לפעול לתיאום נרחב יותר בין הצי לבין הצבא היבשתי, שכן הסכנה הגדולה ביותר שנשקפה לרוסיה נבעה מצבא היבשה הגרמני. קולצ'ק ומפקד הארמייה ה-12, רדקו דימיטרייב, סיכמו על תיאום מלא בין מטות הפיקוד שלהם כדי לבלום כל התקדמות גרמנית לאורך החוף הבלטי. קולצ'ק תכנן לבצע מתקפה אמפיבית על העורף של הצי הגרמני, ולאחר ויכוחים ממושכים עם המטה הכללי של הצי הותר לו להוציא לפועל את המבצע אך בקנה מידה קטן מזה שהוצע במקור. באוקטובר יחידה מיוחדת של כוחות יבשה וצי רוסים שטו לחופי דרום הארצות הבלטיות, בקירוב לקו האש, איפה שתקפו מהעורף פלוגת רגלים גרמנית והובילו לכניעתה. לאחר הצלחת המבצע הראשוני הורה קולצ'ק על קידום מבצעים דומים.
על אף ניסיונות התיאום בין חילות היבשה לים, קולצ'ק התקשה להעביר תמיכה לידי כוחות היבשה בעיתות משבר, בעיקר עקב ירי ארטילריה ממושך על האוניות מכיוון הכוחות הגרמנים לאורך החוף. באוקטובר 1915, עם תחילת השלג, הורה קולצ'ק על עצירת דיוויזיית המקשות בארכיפלג אסטוניה המערבית. היה זה באותה העת שנודע לו על הצורך לתגבר את כוחות הרגימנט הפיני ה-20 בפיקודו של ניקולאי לבנוביץ' מליקוב בחזית היבשתית. קולצ'ק החל במבצע יוצא דופן להניע את כוחותיו בתוך סופת שלגים. רוב אוניות הדיוויזיה החלו בהפצצת המוצבים הגרמנים לאורך החוף בעוד קולצ'ק הורה למשחתת נפרדת לנוע אל מטהו של מליקוב עבור תיאום. בתוך מספר ימים נפתחה מתקפת נגד של הרגימנט הפיני ה-20 ביבשה והדיוויזיה של קולצ'ק בים לשחרור הכוחות הרוסים המכותרים בידי הגרמנים. בסיום המבצע, ניקולאי השני העניק לקולצ'ק את עיטור מסדר גאורגיוס הקדוש, דרגה רביעית.
קולצ'ק שב למטה הכללי של הצי הבלטי באופן זמני לפנישיבתו לכוחות דיווזית המקשות במפרץ ריגה. ניתן לו מינוי של מפקד ראשי של הדיוויזיה ולא זמני. קולצ'ק תכנן להטיל שדה מוקשים מסביב לחופי ונטספילס לפני קיפאון הים לגמרי, אך תוכניות אלו בוטלו לנוכח הטבעתה של המשחתת הרוסית 'זביקא' בידי הכוחות הגרמנים. בנוסף להטלת מוקשים היה קולצ'ק אחראי למשימות ציד ספינות אויב וסיור שונות. בסוף 1915 הסתכמה המערכה הבלטית בהטבעת 3 אוניות מלחמה רוסיות לעומת 4 גרמניות, 2 ספינות סוחר רוסיות לעומת 5 גרמניות. במהלך אותה השנה החל קולצ'ק בקשר רומנטי מחוץ לנישואים עם אנה ואסיליבנה טימירבה, רעייתו של קצין צי שהייתה צעירה מקולצ'ק בכמעט עשרים שנה. טימירבה וקולצ'ק נפגשו לראשונה בהלסינקי.
במערכת האביב של 1916, עם המתקפה הגרמנית על מפרץ ריגה, שלח קולצ'ק שלוש סיירות להפציץ עמדות אויב והחל בשימוש במוקשים עמוקים כדי למנוע מהגרמנים להיעזר בצוללות במערכה. ב-23 באוגוסט 1915 לקח הצאר ניקולאי השני פיקוד ישיר על הכוחות המזוינים והשתנתה המדיניות בסנקט פטרבורג לגבי עמדת הצי במאבק הכולל. קולצ'ק קודם לדרגת תת-אדמירל בגיל בלבד. קולצ'ק קידם התקפות על קווי הלוגיסטיקה והמודיעין הגרמנים, כחלק מלמידת הטעויות שהיו במלחמה מול יפן עשור שנים קודם לכן. אחת המטרות המרכזיות שהיו לניתוק קשרי המודיעין הגרמנים הייתה לנתק את אספקת הפחם המסחרית מממלכת שוודיה הנייטרלית לידי גרמניה. הפשיטה הימית הראשונה על משלוח פחם נכשלה, אך השנייה, שעירבה 3 משחתות, נחלה הצלחה ב-31 במאי 1916. בסיומו של המבצע לקחו המשחתות בפיקודו של קולצ'ק מחסה במים הטריטוריאליים של שוודיה הנייטרלית ושטו צפונה למפרץ הבוטני על שהגיעו למיה הטריטוריאליים של רוסיה.
הפעולה האחרונה של קולצ'ק במסגרת פיקוד דיווזית המקשות בצי הבלטי הייתה עגינה בקרבת החוף והתקפה רגלית של העורף הגרמני לחופי מפרץ ריגה. לפי צו קיסרי קולצ'ק הועלה לדרגת סגן-אדמירל ב-28 ביוני 1916, הצעיר ביותר בצי הרוסי שנשא בדרגה ההיא, והופקד למפקד צי הים השחור, במקומו של אדמירל אברהרדט. המטה העליון הצדיק מינוי זה בטענה כי עלתה החשיבות של המערכה בים השחור, איפה שיריבתה העיקרית של רוסיה הייתה האימפריה העות'מאנית. המעבר דרומה והניתוק ממשפחתו הובילו לכך שקולצ'ק לא קיבל את המינוי בשמחה.
בצי הים השחור.
הכנות מקדימות לקבלת הפיקוד.
ב-8 ביולי 1916 הגיע קולצ'ק לעיר סבסטופול, בסיס צי הים השחור הממוקמת בחצי האי קרים. ביום שלמחרת הועברו אליו סמכויות הפיקוד בפועל. באמצע הדרך עצר במטה הכללי הקיסרי שם פגש בצאר ניקולאי השני, הייתה זאת פגישתם האחרונה של השניים. השניים דנו על המצב הפוליטי-צבאי במלחמה לנוכח הצטרפותה של ממלכת רומניה למלחמה לצד מדינות ההסכמה, והצאר התלהב כאשר החל קול'צק לדון עמו על האפשרות שיתקיים מבצע נחיתה במצרי הבוספורוס. קולצ'ק טען כי מוכנות הצי למבצע מעורפלת כמו גם פרטיו של המבצע, שכן לא נקבע נכון לאותה העת עם תהיה נחיתה ישירה של חיילים במצרים מהים השחור או צעידה לעברם דרך חבל הבלקן. באותה העת פגש קולצ'ק לראשונה גם במפקד המשלחת הצבאית הצרפתית לאימפריה הרוסית, מוריס ז'נין. לקראת סיום שהותו במטה עוטר קולצ'ק במסדר סטניסלב הקדוש, מדרגה ראשונה.
לתפקיד מפקד אוניית הדגל שלו בצי הים השחור מינה קולצ'ק את הקפטן מיכאיל סמירנוב, ששירת תחתיו במטה הכללי וחקר את מערכת גליפולי בשביל ללמוד מהטעויות לפני המתקפה הרוסית המיועדת אל עבר כיבושה של קונסטנטינופול. פקודתו הראשונה של קול'צק לצי הים השחור הייתה למנוע ככל הניתן כל תנועה של כוחות אויב בתוך הים השחור. עבור משימה זאת נדרשה חסימת הבוספורוס כמו גם ערי הנמל של ממלכת בולגריה (שהייתה חברה במעצמות המרכז). קולצ'ק קידם את התוכניות לקראת מבצע הכיבוש המיוחד של מצרי הבוספורוס כמו גם שימוש גדול יותר במוקשים עמוקים כדי למנוע מהגרמנים, העות'מאנים והבולגרים מלהשתמש בצוללות במערכה.
פעילות צבאית.
שיחת חפיפה בין קולצ'ק לקודמו בפיקוד על צי הים השחור, האדמירל אברהרדט, הופרעה לנוכח הגעת ידיעה ראשונית על תנועת הסיירת הגרמנית-עות'מאנית 'ברסלאו' בתוך הים השחור. הסיירת נעלמה במהרה מטווח המעקב של הכוחות הרוסיים וקולצ'ק קבע כי הטבעתה נמצאת בראש סדר העדיפויות של הצי. התכתשות עם הדרדנוט אימפרטריצה ​​מריה (הקיסרית מריה) הובילה לנסיגת ה'ברסלאו' משיט באזור חופי הקווקז אך לא הובילה להטבעתה. לאחר מרדף ממושך הצליח צי הים השחור הרוסי להניס את רוב הסיירות והמשחתות של מעצמות המרכז שהתגלו בתוך הים השחור וקולצ'ק החל לקדם מבצעי הטלת מוקשים רחבי היקף. ראשית היה המבצע המרכזי להטלת המוקשים מסביב לבוספורוס, שהיו לנתיב השיט היחיד לתוך ומחוץ לים השחור.
עם הטלת המוקשים לחופי הבוספורוס ובלימת התנועה העות'מאנית בים השחור, הפכה רוסיה ליוזכת הראשית במערכה. המשימה העיקרית של קולצ'ק הייתה לתמוך בגנרל ניקולאי יודניץ' במבצעיו נגד האימפריה העות'מאנית. בהמשך 1916, בתקיפה משולבת של חיל הים, צי הים השחור הרוסי סייע ללכידת הצבא הרוסי את העיר העות'מאנית טרביזון (טרבזון המודרנית). מכיוון שלא הייתה מסילת ברזל המקשרת בין מכרות הפחם של מזרח טורקיה עם קונסטנטינופול, התקפות הצי הרוסי על ספינות הפחם הטורקיות הללו גרמו לקשיים רבים לממשלה העות'מאנית.