בכפר העלה, נינג'ות מחולקות לצוותים של שלושה נינג'ות בדרג נמוך (גנין) ונינג'ה בדרג האמצעי (צ'ונין) או בדרג גבוה (ג'ונין) אשר אמור לחנך ולהדריך אותם. העלילה העיקרית של הסדרה עוקבת אחר ההתפתחות והצמיחה האישית של נארוטו וחבריו אשר מצוותים למספר צוותים בסיום לימודיהם באקדמיית הנינגות שבכפר. נארוטו מצטרף לצוות 7, אשר אליו משתייכים גם סאסקה אוצ'יהא, סאקורה הארונו, והג'ונין קאקאשי האטאקה. העלילה עוקבת בחלקה אחריהם בעת שהם יוצאים למשימות מטעם הכפר.
לאחר מכן, בני המחזור של נארוטו, יחד עם מספר נינג'ות מכפרים אחרים, משתתפים ב"בחינות הצ'ונין" שמטרתן לסנן ולבחור את הגנינים שיתקדמו לדרג האמצעי בסולם הדרגות (צ'ונין). בחלק הזה של העלילה נארוטו פוגש נינג'ה בשם ג'יראייה אשר מאמן אותו ומשמש כמחנך עבורו. בעת הבחינות, כפר העלה מותקף על ידי הנבל המרכזי של חלק זה בסדרה - אורוצ'ימרו, חבר צוותו הישן של ג'יראיה אשר ערק מהכפר לפני שנים רבות, המנסה להחריב את הכפר. התוכנית התבצעה בכך שאורוצ'ימארו רצח את הקאזקאגה, אביו של גאארה והתחזה אליו בכדי לשכנע את כפר החול לתקוף את קונוהא בזמן מבחני הצ'ונין.
אורוצ'ימארו נוחל תבוסה מוחצת וידיו נשרפות ונאכלות על ידי 'אל המוות' שזומן על ידי סארוטובי הירוזן, ההוקאגה השלישי (אשר הקריב את חייו לשם כך) באמצעות ג'וטסו "חתימתו של אל המוות". בעקבות הקרבתו של הירוזן, אורוצ'ימארו אינו יכול לבצע ג'וטסויים בעזרת ידיו. נארוטו יוצא עם ג'יראייה לחפש את חברת הצוות הנוספת של ג'יראיה ואורוצ'ימרו, טסונאדה, בכדי שתקבל על עצמה את הנהגת הכפר. לאחר שמצאו אותה ודיברו אליה, נקלעו לעימות אלים עם אורוצ'ימרו שהסתיים בהחזרת טסונאדה לכפר וכינונה כהוקאגה החמישית.
בזמן מבחני הצ'ונין, שם אורוצ'ימרו את עינו על סאסקה, חבר צוותו של נארוטו בעיקר בזכות יכולתיו הגבוהות והיותו השורד היחיד משבט הנינג'ות "אוצ'יהא" אשר נרצח כולו בידי אחיו של סאסקה, איטאצ'י. לכן, הוא שלח שליחים מטעמו כדי לשדל את סאסקה לערוק מהכפר ולהצטרף אליו, סאסקה מקבל את ההזמנה בכדי להתחזק ובכך להשלים את מסע הנקמה שלו נגד אחיו.
בכדי למנוע את עריקתו של סאסקה, יוצאים נארוטו ומספר בני מחזור שלו כדי להשיב את סאסקה, בדרכם הם נלחמים בשליחיו של אורוצ'ימרו ומנצחים, אך הם נכשלים במשימתם הראשית וסאסקה בוחר להצטרף לאורוצ'ימרו.
מכאן והלאה, מטרתו של נארוטו היא להחזיר את סאסקה לכפר העלה ולכן הוא יוצא למסע אימונים עם ג'יראייה.
חלק ב' - נארוטו שיפודן.
זהו החלק השני של הסדרה, בינו לבין החלק הראשון מפרידות שנתיים וחצי.
נארוטו חוזר לכפר לאחר מסע אימונים עם ג'יראייה, וחוזר לצוות המקורי שלו יחד עם קאקאשי וסאקורה. ארגון האקאטסקי חוטף את המנהיג של "הכפר הנסתר בחול" (ביפנית: "סונה". לעיתים נקרא בעברית גם "כפר החול הנסתר" או בקיצור "כפר החול"), "גאארה", שגם בו חתום שד הזנב היחיד. משלחת מקונוהא הכוללת את נארוטו יוצאת לכפר החול הנסתר על מנת להציל את גאארה. בתהליך סאקורה מגלה מידע על מקום הימצאו של אורוצ'ימרו. דיידרה וסאסורי מגיעים לכפר החול ומעלפים את שומרי הגבול וסאסורי קורא לשומר מן הכפר שהוא שטף לו את המוח שייתן לו דוח מצב. דיידרה עף מעל כפר החול בעזרת ציפור חימר שיצר ומטיל עכבישי חימר מתפוצצים על שומרי הכפר, אחרי זמן מה גאארה הקאזהקאגה החדש יוצא להתקיף אותו אבל מפסיד לדיידרה למרות רצונו העז לשמור על כפרו, בקרב בו דיידרה היה בעמדת נחיתות עם כמות זעומה של חימר.
נשלחת הודעה לקונוהא לעזרה לגאארה ונארוטו, סאקורה וקאקשי לוקחים את המשימה ומצטרפים אליהם גאי וקבוצתו,לי נג'י וטנטן, איטאצ'י וקיסאמה מקבלים מסר ממנהיגם המסתורי שהנינג'ות מקונוהא מתקרבים למקום בו הם מוציאים את השוקאקו מגאארה (הביג'ו החתום בו) כפילים של קבוצתו של גאי נוצרים בגלל ניסיון כניסה למקום המחבוא וקיסאמה נלחם בהם במקביל. וגם נארוטו קאקאשי וסאקורה פוגשים באיטאצ'י שמבלבל אותם עם השארינגאן שלו והם מצליחים להערים עליו אחרי זמן מה. בכניסתם למחבוא נארוטו רואה את דיידרה יושב בזלזול על גאארה המת ונארוטו רותם מעצבים לראות את זה ומתחילה לצאת צ'אקרה רעה של הקיובי ממנו, קאקאשי מרגיע את נארוטו, שמסרב להקשיב ויוצא לרדוף אחרי דיידרה שבסוף מפוצץ את עצמו ובקרב אחרי סאסורי מובס על ידי סאקורה וצ'יו באסאמה, לנוכח גאארה המת צ'יו מחליטה להקריב את עצמה כדי להחיות את גאארה עם עזרה מנארוטו וגאארה חוזר לחיים וצ'יו מתה.
נארוטו וסאקורה יוצאים יחד עם חברי צוות חדשים כדי לנסות להיתקל באורוצ'ימרו וסאסקה ולהחזיר אותו לכפר. הם מצליחים לפגוש לראשונה מזה שנים את סאסקה, אז זה לא חוזר איתם. ארגון האקאטסוקי שם למטרה את נארוטו, לכן שני חברים בארגון הידאן וקאקוזו שמים פעמיהם אל קונוהא, בדרך הם נתקלים בצוות מקונוהא ומתפתח ביניהם עימות שבמהלכו מנהיג צוות 10 סארוטובי אסומה נהרג. כנקמה יוצאים שלושת חניכיו יחד עם צוותו של נארוטו כדי להרוג את שני חברי הארגון.
הרחק משם, סאסקה בוגד באורוצ'ימרו והורג אותו. הוא אוסף חברי צוות מארגונו של אורוצ'ימרו ויוצא להרוג את אחיו איטאצ'י. סאסקה מצליח לאתר את איטאצ'י והורג אותו. במסעו סאסקה גם נתקל בשני חברי ארגון אקאטסקי דיידרה וטובי המסתורי והורג את דיידרה.
ג'יראייה נשלח מטעם טסונאדה לרגל אחרי מנהיג ארגון האקאטסקי "פיין" אשר מתגורר ב"כפר הגשם הנסתר", שם מאבד את חייו. בזמן שסאסקה נלחם מול איטצ'י ומצליח להרוג אותו אך טובי מגלה לסאסקה את האמת על איטצ'י ושהוא בעצם הגן על כפר קונוהא כל הזמן ידיעה זאת גורמת לסאסקה לרצות לנקום בשם איטצ'י ולהרוס את קונוהא ולשתף פעולה עם האקטוסקי וללכוד את הג'ינג'וריקי קילר בי ואחיו הצעיר של הראיקאגה הלכידה נכשלת וקילר בי בורח מכפר הענן הנסתר קצת לאחר מכן, כדי ללכוד את נארוטו, פיין ושותפתו "קונאן" מתקיפים את כפר העלה ומחריבים אותו עד היסוד. לאחר קרב ודו-שיח עם נארוטו, מחליט פיין להקריב את חייו כדי להחזיר את חיי הנינג'ות והאזרחים הרבים שנהרגו בתקיפה.
כתגובה להרס הכבד בכפר העלה ולעובדה שחברי האקאטסקי חטפו כמעט את כל האנשים בהם חתומים תשעת השדים בעלי הזנבות, מנהיגי חמשת כפרי הנינג'ות הגדולים (עלה, חול, ענן, אבן וערפל) עורכים אספה. בזמן זה, סאסקה עובר לחסות מנהיג האקאטסוקי החדש טובי, ומחליט שמטרתו החדשה היא התנקשות בחיי ההוקאגה החדש (דאנזו-מנהיג האנבו) כעונש על מעורבותו ברצח השבט של סאסקה. סאסקה מתפרץ לאספה וההוקאגה ומלוויו נמלטים מהמקום וסאסקה רודף אחריו ורק אחרי קרב בינו לבין סאסקה, ההוקאגה מפסיד וההוקאגה מתאבד בניסיון להרוג את סאסקה. בינתיים, הכריז מנהיג האקאטסקי על מלחמה נגד חמשת הכפרים כדי לתפוס את שני האנשים הנותרים שחתומים בהם הקיובי ושמונה הזנבות, ביניהם נארוטו, כשמטרתו הסופית היא להכניס את כל תושבי העולם לאשליה דמוית חלום (מוגן טסקיומי ביפנית 無限の月の目の錯覚) ראשי הכפרים מקימים את צבא השינובים (נינג'ות) המאוחד ומתכוננים למלחמה.
נארוטו יוצא להתאמן עם קילר-בי, שבו חתום השד שלו שמונה זנבות. באותו הזמן מתחילה מלחמת הנינג'ות הרביעית. בצד אחד נמצאים חמשת כפרי הנינג'ות הגדולים יחד עם צבא ארץ הברזל. ובצד השני נמצאים שלושת חברי האקאטסוקי הנותרים, וקאבוטו, שהיה תלמידו של אורוצ'ימרו, אשר מחזקים את שורותיהם בשיטות שונות.
המלחמה מתקדמת ובשלב מסוים נארוטו וקילר-בי מצטרפים ללחימה לצדם של הכפרים, הם נלחמים במנהיג האקאטסוקי בעת שמנהיגי הכפרים נלחמים ב"אוצ'יהא מאדארה", נינג'ה ממקימי כפר העלה אשר הוחזר לחיים על ידי קאבוטו כדי לסייע בלחימה. מאדרה מביס את מנהיגי הכפרים ומצטרף אל מנהיג האקאטסוקי שכעת נחשפה זהותו כאוביטו, חבר צוותו הישן של קאקאשי שנחשב כמת מאז שהיו בני 12. אוביטו ומאדרה משתמשים בשדים שתפסו כדי להחיות את השד ממנו נוצרו, השד בעל עשרת הזנבות (ג'ובי). בו הם מתכננים להשתמש כדי להכניס את העולם לאשליה באמצעות "הטסקויומי הנצחי". לאחר זמן קצר סאסקה מגיע לשדה הקרב.
לאחר לחימה ממושכת, בה הג'ובי נחתם באוביטו ואז במאדרה ובכך מסייע להם בקרב נגד נארוטו, סאסקה ומעטים אחרים שנותרו בשדה הקרב, מאדרה מצליח לעטוף את העולם באשליה. אך מתברר שזהו היה מסווה לתחיית אוטסוטקי קאגויה, חייזרית שהביאה את הצ'אקרה (האנרגיה בה משתמשים הנינג'ות) לעולם. מתגלה שבעזרת שליח שהשאירה אחרי מותה שהוא זטסו השחור, הצליחה קאגויה לשטות בצאצאיה ובשבט האוצ'יהא כדי שיפעילו את המוגן טסקויומי כדי שתוכל לחזור לחיים יום אחד ולשאוב את כל הצ'אקרה בעולם חזרה אליה. נארוטו, סאסקה, סאקורה, קאקאשי, ואוביטו, נלחמים בקאגויה ולבסוף מצליחים לחתום אותה.
בבוקר העולה לאחר הקרב, סאסקה מחליט לבצע מהפך וכולא את כל הביג'ויים בכלא אבן גדול שיצר בעזרת עין הרינגאן, נארוטו וסאסקה נלחמים זה בזה עד הסוף, באקט הסופי נארוטו עבר למצב הקיובי הזוהר בו הוא עומד במרכז קוראמה צהוב גדול וסאסקה עומד במרכז סוסאנו שנראה כמו טנגו, נארוטו טוען שני ראסנגן ענקיים וסאסקה יורה עליו חץ אימתני, בסוף שניהם מאבדים יד ושניהם מבטלים את המוגן טסוקויומי, הכל חוזר לשגרה ונארוטו נהיה גיבור אדיר פעם נוספת וסאסקה נלקח לכלא בקונוהא.קאקאשי הופך להוקאגה השישי ונותן חנינה לסאסקה שהולך לעשות מסע שיכפר על חטאיו,בפרק האחרון הינאטה מתחתנת עם נארוטו
חלק שלישי - בורוטו.