רד"צ הופמן בחר בדרך הקשה וה"מסוכנת" ביותר, דרך ההתמודדות החזיתית: קשה, משום שהיא מצריכה כישרון מדעי רב, היכרות מקיפה עם התאוריות המובילות וכושר מעוף להעלות טענות וטענות-שכנגד, תוך "שבירת החבית ושמירת יינה" - הקפדה בכל שלב על שמירה על מסורתו היהודית בדבר אלוהיותה ואחדותה של התורה שבכתב ושל התורה שבעל פה; מסוכנת, משום שהתמודדות חזיתית מעין זו מביאה את הקורא להיכרות כמעט בלתי אמצעית עם טענותיה של הביקורת, וכך יוצרת כמעט אוטומטית הזדהות מסוימת עם דרכי חשיבה אלו. מעבר לכך, היה זה משחק ב"מגרש הבית" של היריב, תוך התמודדות נגדו בכליו-הוא – ובכך, במובלע, גם הכרה בתקפות שיטותיו המדעיות. מכאן הדרך להכרה חלקית גם במסקנותיו, אינה ארוכה מאוד.
הנחות היסוד של פירושיו.
בהקדמתו לפירושו לויקרא, ובמקומות אחרים, מבהיר רד"צ את הנחות היסוד שלו בפירושיו, אשר למעשה מונעות ממנו מלהגיע למסקנה הכופרת באחד משלושה עשר עיקרים. הבהרה זו הייתה חשובה לו ביותר, לאור בחירתו ב"מגרש המשחקים" של ביקורת המקרא. וכך כתב:
המגמה האפולוגטית של פירושיו "מונחת על השולחן", כאשר הוא מבקש מקוראיו מבין היהודים שישפטו את פירושיו ברוח דבריו של גביהא בן פסיסא: "אם יניצחוני, אמרו הדיוט שבנו נצחתם; ואם אני אנצח אותם אמרו להם תורת משה נצחתכם". כך, כותב רד"צ,
רב צעיר כתב על ספרו של רד"צ "ראיות מכריעות", כי "הופמן ניגש אל מסקנותיו של ולהויזן כחוקר יבש... כאדם המבקש את האמת. דומה שאלמלי היה בא למסקנות אחרות, המסכימות לדעותיו של ולהויזן, היה מרכין לו בראשו. אלא לפי שההיגיון מתנגד לדעות הללו, לפיכך אין הוא יכול להסכים עמו". לאור דברי רד"צ, יש להדגיש בדבריו אלו את המילה "דומה". שכן רד"צ אכן הצליח לדבר בכליה של הביקורת, והתאמץ "להסתמך רק על נימוקים כאלה, שאפשר היה להכיר בצדקתם גם מתוך השקפה שונה" משלו, ואולם בסופו של דבר היו פירושיו מבוססים על ההנחה המוקדמת בדבר היותה של התורה תורת משה. את גישתו זו שיבח הרב קלמן כהנא, בציינו כי לכל אחד מן החוקרים ישנה הנחת יסוד בבואו לפרש, וטוב עשה רד"צ כשלא יצר מצג-שווא של אובייקטיביות מוחלטת, אשר למעשה איננה יכולה להיות קיימת. דברי הקדמה אלו לא יכלו לעזור לו בשיווק שיטתו בקרב החוקרים, אשר לרוב קטלגו את פירושיו מראש כאפולוגטיים, ומכאן ככאלו שאין צורך להתייחס אליהם יתר על המידה.
היחס בין התורה שבכתב לתורה שבעל פה.
הראשונה ב"הערות מוקדמות כלליות" בפירושו לספר ויקרא, היא אמונה באלוהיותה של התורה שבכתב, ובזו של התורה שבעל פה - דהיינו, הפירושים ההלכתיים של חז"ל לפסוקי התורה. לדידו, שני אלו שווי מעמד הם, וכך הוא מגיע לרעיון מבריק, בשאלה מה לעשות כאשר יש סתירות לכאורה בין פשט התורה שבכתב לבין התורה שבעל פה: כשם שבתוך התורה שבכתב יכולות להיות סתירות בין שני כתובים, ובמקרה כזה משתמשים חז"ל בכלל עד שיבוא הכתוב השלישי ויכריע ביניהם, כך יש לנהוג במקרה של סתירה בין הכתוב למסוּר, ולמצוא את המכריע, כאילו הפירוש המסוּר כבר כתוב ועומד. לדוגמה, בדין המלקות נאמר "ארבעים יכנו, לא יוסיף"; ואולם התורה שבעל פה פוסקת שאין להלקות יותר מ-39 מלקות. לפתירת סתירה זו יש לפרש, שהכתוב לפני כן "והיה אם בן הכות הרשע", מתייחס בהכרח לחוק קדום הידוע לקורא התורה. ואם כן יש לנו לצייר במחשבתנו שהחוק הזה אמר, למשל "העובר על לא תעשה לוקה ארבעים חסר אחת". ואם כן הפסוק שלנו, המדבר על ארבעים, אין הוא אלא עיגול של המספר המדויק. בדיוק כשם שאין "תספרו חמישים יום" סותר את "שבע שבתות תמימות" (=49), ואין "שש מאות אלף ושלושת אלפים וחמש מאות וחמישים" למניין בני ישראל סותר את "שש מאות אלף רגלי" המוזכר בדברי משה, שכן דרכה של התורה, לעגל מספרים.
פתרונות של סתירות בין שני כתובים מעין אלו, כותב רד"צ, "אין בהן כלל משום כפייה ומשום 'ויש ליישב בדוחק', הן טבעיות מאוד ונוהגות בכל מקצועות החוקים, ואין לך ספר חוקים שאינם נמצאים בו דינים המכחישים זה את זה ויש הכרח לתרצם על פי פירושים קבועים ומקובלים, ולא עלה על דעת איש להטיל בהם דופי". בתור דוגמה מביא רד"צ את שלושת ספריו של יוסטיניאנוס הראשון, שיש בהם סתירות רבות, והדרך הרגילה היא לפרשן על פי כללים קבועים וידועים; ואף יוסטיניאנוס עצמו רומז שאם יעיינו בדבריו ב"רוח נאמנה" (subtilianimo) ימצאו בדבריו כוונה נסתרת כדי להשוות בין הניגודים.
מתוך כך יוצא רד"צ לבאר את היחס שבין הפשט לדרש, בעיה שנתחבטו בה רבים וטובים. לדעתו, אין המדרש "מדרש יוצר", והיינו שחז"ל חקרו וחיפשו במקרא עד שהוציאו את הלכותיהם, אלא הוא "מדרש סומך", דהיינו שחז"ל קיבלו הלכות קבועות, ואותן ניסו לסמוך ברמזים שמצאו במקרא. רד"צ שולל גם השקפה (שבה תמך בספרים מוקדמים יותר) שגם ההלכות וגם דרך המדרש עברו במסורת. השקפתו של רד"צ פותחת פתח לבאר פסוקים על פי פשטם במקרים שבהם המסורת אינה עולה בקנה אחד עם הפשט, ואת המסורת להסביר כבלתי תלויה בפסוקים אלו.
מתוך כך עומד רד"צ על חובתו של "כל יהודי שבא לפרש את תורת משה", "לדעת היטב את ההלכות המבארות את הכתובים ומשלימות אותם. רק בקיאות גמורה במפתח הראשי הזה נותנת את האפשרות לתפוס היטב את התוכן האמיתי ופירוש המילים. וכל פירוש על התורה שאינו מיוסד על האקדמות האלו, הוא מנקודת ההשקפה היהודית חטא לאמת" (יש לשים לב למילים "כל יהודי", "מנקודת ההשקפה היהודית", המהווים מילות-מפתח בהבנת מטרת פירושו של רד"צ והנחות היסוד שלו). אין ספק כי רד"צ מילא את תביעתו זו באורח שלם ומקיף, ובכל פירושיו באה לידי ביטוי היטב שליטתו הבלתי-מעורערת בכל רחבי התורה שבעל פה.
רד"צ מדגיש כי ב"תורה שבעל פה" הוא מתכוון אך ורק לחלק ההלכתי של התורה. אשר לחלק של האגדה, יחסו אליו הוא כדבריו של שמואל הנגיד בהקדמתו לתלמוד, שאין ללמוד מהם אלא מה שמחייב השכל (השקפה זו הייתה רווחת גם בקרב נאו-אורתודוקסים אחרים, כדוגמת רש"ר הירש). אולם הרב יוסף אברהם וולף כתב בספרו שהשקפתו של הרד"צ הייתה כהשקפתו של החזו"א שיש לקבל את האגדה ככח נבואי, ואין לחלוק עליה.
יחסו ל"ביקורת הגבוהה".
רד"צ מבהיר במפורש כי על הפרשן היהודי להניח מראש כי כל התורה כולה היא מן השמים, וכי דברי הנביאים והכתובים נאמרו ברוח הקודש או על ידי בעלי רוח הקודש, כפי מסורת חז"ל וכפי שמעיד יוסף בן מתתיהו. "מי שפוגע בספרים האלה ושולל מהם את קדושתם או את מקורם האלוהי, הרי יצא על ידי זה מכלל היהדות. ולכן מוכרח מפרש עברי לדחות בשתי ידיו כל ביאור שאינו מתאים אל האמונה באמיתותה של התורה, באלוהותה ובקדושתה".
יחסו ל"ביקורת הנמוכה".
רד"צ שולל שימוש בהצעות תיקון לטקסט התורה ("הביקורת הנמוכה"). רד"צ מטעים, כי הספרים הקאנוניים נשמרו מזיופים "בשמירה מעולה ובזהירות נמרצה". הוא מודה אמנם כי נפלו לעיתים שיבושים שונים במהלך ההעתקה (כפי שכבר מעידים חז"ל), אך הנוסח נקבע על פי רוב הספרים, ולא על פי השערות בלבד. כל תיקון שעל פי השערה אינו יכול להכריח אותנו להאמין כי הדברים נאמרו במקורם דווקא בצורה שמציע לנו המתקן. רד"צ מציין טעם פרקטי, מדוע אסור אפילו להציע תיקון נוסח ולרשום אותו בצד הגיליון בלבד, ומי שימצאנו מוטעה, ימחק אותו:
"ראיות מכריעות נגד ולהויזן".
הספר "ראיות מכריעות נגד ולהויזן" ("Die wichtigsten Instanzen gegen die Graf-Wellhausensche Hypothese", "ראיות מכריעות נגד היפותזת גראף-ולהאוזן"), שיצא לאור ב-1904, משקף יותר מכול את שיטת התמודדותו הישירה של רד"צ. בשפה הגרמנית, שפתם של המבקרים ושפת המדע החדש, ובכליו המדעיים, יוצא רד"צ לסתור את השיטה, שכבר קנתה לה שם בעולם.
ראשיתו של הספר במאמרים שונים שפרסם רד"צ בשנים 1879–1880 במגזין לחכמת ישראל (Magazin für Wissen des Judenthums), לאחר צאתו לאור של ספרו של ולהאוזן "תולדות עם ישראל".
הספר מתייחס ישירות להיפותיזה של ולהאוזן, אשר אחד מחידושיה העיקריים היה שספר ויקרא (או, למעשה, מקור P, או PC - תורת כהנים, הכולל את רוב ספר ויקרא, אך גם חלק מספרים אחרים) הוא מאוחר יותר מכל ספרי התורה (בניגוד למה שהיה מקובל עד אליו במחקר המקרא), ונכתב בתקופת בית שני, על ידי הנהגת הכהנים. פועל יוצא בולט של טענה זו, הוא גם הטענה שיחזקאל לא הכיר את ספר ויקרא.
הספר דן בשורה של סוגיות שמעלה רד"צ כדי לסתור את טענותיה של הביקורת. לדוגמה, לפי ולהאוזן המקור P חידש את נושא המשכן כמקום פולחן יחיד קדום, כדי לקדם את אחדות הפולחן ולשלול הקרבות בבמות למיניהן. רד"צ מביא את קורבן פסח, המובא גם במקור P לשיטת הביקורת, כראיה נגדית - הקורבן מובא דווקא במקור זה כמוקרב בבתים ולא במקום מרכזי.
בספר זה אין הקדמה על אודות ההנחות המוקדמות של המחבר, וזאת מסיבה פשוטה: כאן מטרתו של רד"צ אינה פירוש אלא ביקורת הביקורת כשלעצמה; את זאת אין לעשות על ידי הנחות מוקדמות הסותרות את הנחותיה של הביקורת. למעשה, רד"צ מראה כאן את כוחו הגדול בסתירת דברי הביקורת על ידי שימוש בטענות הביקורת עצמה; כך, יכול הוא לסתור טענה המדברת על אופיו של מקור מסוים (מבין מקורות התורה לדברי הביקורת), בהביאו פסוק נגדי אשר לדברי המבקרים עצמם שייך לאותו מקור. שיטה נפוצה אחרת שבה משתמש רד"צ היא ציטוט מדברי אחד המבקרים החולק על שיטת רוב המבקרים, והבאתו כ"תנא דמסייע" לדעתו.