היה מתח כלשהו בשלב המוקדם של מערכת היחסים, במהלך מלחמת העולם השנייה, ובשל השליטה הכלכלית הרחבה של יפן בשנות השמונים ובתחילת שנות התשעים. עם זאת, ממשלת אוסטרליה ומנהיגים עסקיים אוסטרלים רואים ביפן שוק יצוא חיוני וכרכיב חיוני בצמיחתה ושגשוגה של אוסטרליה בעתיד באזור אסיה-פסיפיק. יפן מצידה מתייחסת לאוסטרליה כשותפה חשובה, מקור אמין לאנרגיה, מינרלים ומוצרים ראשוניים אחרים, יעד תיירותי פופולרי, צינור שימושי למערב וכוח כלכלי מדרגה בינונית בדרום אסיה-פסיפיק. ראש ממשלת אוסטרליה לשעבר, טוני אבוט, כינה ב-2013 את יפן כחברתה הקרובה של אוסטרליה באסיה והמשיך ביצירת הסכם סחר חופשי בין שתי המדינות בשנה שלאחר מכן. אוסטרליה ויפן מכירות זו בזו כשותפות אסטרטגיות מרכזיות באסיה-פסיפיק. שתיהן דמוקרטיות ליברליות משגשגות ובעלות ברית מפתח של ארצות הברית. שרת הביטחון האוסטרלית לשעבר, מאריס פיין, תיארה את יפן כ"שותפה מרכזית" באזור, שר החוץ היפני לשעבר, פומיו קישידה, תיאר את היחסים כנושא הביטחון באסיה-פסיפיק.
יחסי המושבות האוסטרליות ואיחוד אוסטרליה–האימפריה של יפן.
היבוא הראשון שנרשם של פחם אוסטרלי על ידי יפן התרחש בשנת 1865, והיבוא היפני הראשון של צמר אוסטרלי נרשם בשנת 1888. האדם היפני הראשון שנודע כי התיישב באוסטרליה היה סוחר שהיגר לקווינסלנד בשנת 1871. עם הקמת איחוד אוסטרליה בשנת 1901, העריכו כי באוסטרליה היו 4,000 מהגרים יפנים, רובם התבססו סביב טאונסוויל, שם הקימה ממשלת יפן את הקונסוליה הראשונה שלה בשנת 1896. המהגרים עבדו ברובם בענפי קנה הסוכר והתעשייה הימית כולל צבים, מלפפון ים וקצירת פנינים. הגירה יפנית נוספת לאוסטרליה הופסקה למעשה באמצעות חוק הגבלת ההגירה האוסטרלית משנת 1901, עם הטלת "מבחן הכתיבה" בשפה אירופית על מהגרים פוטנציאליים, ובשל מדיניות אוסטרליה הלבנה. בשל כך נסגרה הקונסוליה של טאונסוויל בשנת 1908.
בשנים 1930–1931 הייתה יפן "שותפת הסחר השלישית בחשיבותה של אוסטרליה". היחסים הכלכליים המשיכו לפרוח, ובאמצע שנות השלושים של המאה העשרים הפכה יפן לשוק הייצוא השני בגודלו של אוסטרליה אחרי בריטניה. עם זאת, בשנת 1936 הפעילה בריטניה לחץ פוליטי על אוסטרליה לבלום את יבוא הטקסטיל היפני, שפגע בשוק הטקסטיל הבריטי באוסטרליה. יפן הגיבה לתעריפים החדשים עם חסמי סחר משלה. לאחר ששני הצדדים הבינו שמלחמת הסחר אינה פרודוקטיבית, הושג הסכם בשנת 1937 להרפיית ההגבלות.
מתוך הכרה בחשיבותם של הקשרים היפנים, טוקיו הייתה הבירה השנייה (אחרי וושינגטון הבירה בארצות הברית) שם הקימה אוסטרליה צירות שנפרדה מהשגרירות הבריטית.
מלחמת העולם השנייה וכיבוש יפן.
במהלך מלחמת העולם השנייה, אוסטרליה אוימה ישירות על ידי פלישה יפנית, וכוחות יפניים תקפו את דרווין בצפון אוסטרליה ואת נמל סידני. בשנת 1941 נכלאה האוכלוסייה היפנית האתנית באוסטרליה, ורובם גורשו ליפן בתום המלחמה. הכוחות האוסטרלים מילאו תפקיד קרבי פעיל בקרבות ברחבי הזירה הדרום-מזרח אסייתית והמערכה בדרום מערב האוקיינוס השקט, ותפקיד משמעותי בכיבוש יפן שלאחר המלחמה.
אוסטרליה מילאה תפקיד קטן במערכה ביפן בחודשים האחרונים של המלחמה, והתכוננה להשתתף בפלישה ליפן בזמן סיום המלחמה. כמה ספינות מלחמה אוסטרליות פעלו עם צי האוקיינוס השקט הבריטי במהלך קרב אוקינאווה ומשחתות אוסטרליות ליוו בהמשך נושאות מטוסים וספינות קרב בריטיות במהלך התקפות על יעדים באיי יפן. למרות המרחק מיפן, אוסטרליה הייתה הבסיס העיקרי של הצי ומספר גדול של מתקנים הוקמו לתמיכה בצי.
השתתפותה של אוסטרליה בפלישה המתוכננת ליפן הייתה כוללת גורמים משלושת השירותים שלחמו כחלק מכוחות חבר העמים. אוסטרליה תכננה להקים דיוויזיה עשירית חדשה מאנשי הכוח האימפריאלי האוסטרלי השני קיימים אשר יהוו חלק מחיל חבר העמים עם יחידות בריטיות, קנדיות וניו זילנדיות. ארגון החיל היה אמור להיות זהה לזה של חיל הצבא האמריקני, והוא היה אמור להשתתף בפלישה לאי היפני הונשו, שתוכננה למרץ 1946. אוניות אוסטרליות היו אמורות לפעול עם הצי הבריטי וצי האוקיינוס השקט של ארצות הברית ושתי טייסות מפציצים כבדות של חיל האוויר המלכותי האוסטרלי וטייסת תובלה היו אמורות לעבור מבריטניה לאוקינאווה כדי להצטרף להפצצה האסטרטגית של יפן כחלק מכוח הנמר.
הגנרל תומאס בליימי חתם על הסכם הכניעה היפני מטעם אוסטרליה במהלך הטקס שנערך על סיפונה של USS מיזורי ב-2 בספטמבר 1945. כמה אוניות מלחמה של הצי המלכותי האוסטרלי היו בין ספינות בעלות הברית שעגנו במפרץ טוקיו במהלך ההליכים. לאחר הטקס המרכזי על סיפונה של המיזורי, נכנעו מפקדי שדה יפניים לכוחות בעלות הברית ברחבי הזירה הפסיפית. הכוחות האוסטרלים קיבלו את כניעת מתנגדיהם היפנים בטקסים שנערכו במורוטאי, בכמה מוקדים בבורנאו, בטימור, בווייווק, רבאול, בבוגנוויל ובנאורו.
הפעם הראשונה בה כמות גדולה של אוסטרלים היו ביפן הייתה במהלך הכיבוש של יפן שלאחר המלחמה. האוסטרלים היו חלק מכוח הכיבוש של חבר העמים הבריטי . בסביבות 16,000 אוסטרלים שירתו בכוח. לאורך כל תולדותיו היה לכוח קצין אוסטרלי. התרומה האוסטרלית לכוח הייתה 4,700 חיל רגלים, 5,300 אנשי בסיס, 2,200 מחיל האוויר המלכותי האוסטרלי, ו-130 מבית החולים הכללי האוסטרלי. הצי המלכותי האוסטרלי נכח גם כחלק מצי האוקיינוס השקט הבריטי . במשך שני שלישים מתקופת הכיבוש, חבר העמים הבריטי היה מיוצג אך ורק על ידי אוסטרלים.
יחסים דיפלומטיים לאחר המלחמה.
היחסים הדיפלומטיים בין אוסטרליה ליפן כוננו מחדש בשנת 1952, לאחר סיום הכיבוש של בעלות הברית, והרוהיקו נישי מונה לשגריר יפן באוסטרליה. בשנת 1957 ביקר ביפן ראש ממשלת אוסטרליה רוברט מנזיס במטרה לחזק את הקשרים הכלכליים והפוליטיים בין המדינות.
אוסטרליה ויפן חגגו את שנת השלושים לחוזה הידידות ושיתוף הפעולה של 1976 בשנת 2006. בהצהרה משותפת שפורסמה במרץ 2006, שר החוץ האוסטרלי אלכסנדר דאונר ושר החוץ היפני טארו אסו הכריזו על "השותפות" בין אוסטרליה ליפן, בהתבסס על "ערכים דמוקרטיים משותפים, כבוד הדדי, ידידות עמוקה ודעות אסטרטגיות משותפות", שתהיה "חזקה מתמיד".
מספר פוליטיקאים אוסטרלים זכו לעיטור מסדר השמש העולה, העיטור הלאומי הראשון שהוענק על ידי ממשלת יפן. בין המקבלים נמנים ראשי ממשלות אוסטרליה לשעבר כמו אדמונד ברטון, רוברט מנזיס, ג'ון מקיואן, מלקולם פרייזר, בוב הוק וג'ון הווארד.
אוסטרליה ויפן הסכימו לפעול יחד למען הרפורמה באו"ם, כולל מימוש חברותה הקבועה של יפן למועצת הביטחון, ולחיזוק הפורומים האזוריים השונים, כולל השיתוף הכלכלי באסיה-פסיפיק (APEC), הפורום האזורי של איגוד מדינות דרום-מזרח אסיה (ARF) ופסגת מזרח אסיה (EAS).
במרץ 2007 חתמו אוסטרליה ויפן על חוזה ביטחון משותף. היקף שיתוף הפעולה הביטחוני כולל:
במהלך פריסת כוחות ההגנה של יפן למשימה הומניטרית ושיקום עיראק בשנים 2004–2006, יחידות אוסטרליות סייעו לכוחות המיוחדים היפנים בהגנה על בסיסים יפניים.
היחסים הדיפלומטיים נפגעו בגלל הבדלים אידאולוגיים ביחס לתוכנית ציד הלווייתנים המדעית של יפן. במאי 2010 אוסטרליה החלה בפעולה משפטית להפסקת ציד לווייתנים יפני, למרות שבכירים באוסטרליה הביעו את הדעה כי ככל הנראה הפעולה המשפטית תיכשל. בקשותיה החוזרות ונשנות של יפן כי אוסטרליה תפסיק את תמיכתה בהתקפות האלימות של ארגון השימור Sea Shepherd על צי הלווייתנים שלה נדחו. למרות שבשנת 2013, שרת החוץ ג'ולי בישופ הצהירה במהלך ביקור דיפלומטי ביפן כי ממשלת אוסטרליה אינה תומכת רשמית ב-Sea Shepherd ובפעילותם האלימה בהפסקת הלווייתנים.
זה התהפך בשנת 2013 כשממשלת אבוט החדשה כינתה את "הידידה הקרובה ביותר" של יפן אוסטרליה באסיה, כשראש ממשלת יפן שינזו אבה ביקר באוסטרליה כדי לסכם את הסכם השותפות הכלכלית בין יפן לאוסטרליה וכדי להתייחס לעתיד היחסים בין אוסטרליה ליפן, בהיותו ראש ממשלת יפן הראשון שנשא נאום בפני הפרלמנט האוסטרלי.
עם ממשלת טרנבול החדשה שהתחילה בשנת 2015, ראש הממשלה מלקולם טרנבול ביצע כמה שינויים ביחסים הדו-צדדיים בין אוסטרליה ליפן. זה כלל נסיגה קלה מבחינת ההצעה האחרונה לשדרוג צוללות הצי המלכותי האוסטרלי בשנת 2016, בכך שהממשלה החדשה החליטה בסופו של דבר על הצעה צרפתית, ולכן גרמה לזעקה קלה מצד ממשלת יפן; ראוי לציין שראש הממשלה האוסטרלי הקודם, טוני אבוט, רמז מקרוב לממשלתו לבחור את ההצעה היפנית לעומת ההצעות הצרפתיות והגרמניות כאחד.
עם זאת, טרנבול החליט לעורר ערכים מממשלת אבוט הקודמת לממשלתו על ידי שילוב נושאים כמו "החבר הכי קרוב" באסיה. זה נראה עם הגברת הקשרים הדו-צדדיים מבחינת שיתוף פעולה צבאי, סחר וידידות תרבותית. בסוף 2016 עצר טרנבול בטוקיו במהלך נסיעה שלו והחל לפתח מערכת יחסים קרובה עם ראש הממשלה שינזו אבה, בעקבות דוגמת קודמו. מאוחר יותר ביקר אבה בסידני בתחילת 2017 במהלך ביקור לדרום-מזרח אסיה, שם הגבירו שניהם קשרים צבאיים, מסחריים, תרבותיים וספורטיביים. שניהם דנו גם במשבר הים הדרומי בסין, קוריאה הצפונית, ובחרדתם לשתף פעולה עם בעל בריתם ההדדי, ממשל דונלד טראמפ החדש של ארצות הברית .
יחסי כלכלה, תיירות והגירה.
סחר.