מלבד ריצתו לראשות הליכוד, התמודד פייגלין בבחירות המקדימות במרכז הליכוד לקראת הבחירות לכנסת השש עשרה בשנת 2003, והגיע למקום ה-39 ברשימת המועמדים. עקב הרשעתו הפלילית, היה פייגלין מחויב על פי חוק להצהיר על הרשעתו ולבקש כי יושב ראש ועדת הבחירות המרכזית יחליט, לפני הגשת רשימת המועמדים, אם זו עבירה שיש עמה קלון. פייגלין לא פנה מיוזמתו, וגם הליכוד לא יזם פנייה כזו. יושב ראש הוועדה החליט לפסול את הכללתו של פייגלין ברשימת הליכוד גם משום שלא יזם את הפנייה וקבע גם שיש בעבירה קלון. בעתירה של פייגלין לבג"ץ, קיבל בית המשפט את הטיעון הטכני (שפייגלין לא יזם את הפנייה ליושב ראש) ואישר את הוצאתו מהרשימה. בג"ץ החזיר את הדיון בשאלת הקלון לוועדת הבחירות. השופט יעקב טירקל, שמונה ליו"ר ועדת הבחירות המרכזית, קבע כי בעבירה אין קלון. היועץ המשפטי עתר בשל כך לבג"ץ, אך העתירה נדחתה בשל חוסר רלוונטיות (העתירה הוגשה מספר חודשים לפני תום 7 שנים ממועד ריצוי העונש ולא נראו בחירות מוקדמות באופק).
הבחירות לראשות הליכוד ב-2005–2007.
ב-19 בדצמבר 2005 זכה פייגלין בכ-7,000 קולות, שהם 12.4% מהמצביעים של מתפקדי הליכוד, בבחירות המקדימות לראשות התנועה ובמקום השלישי, לאחר בנימין נתניהו וסילבן שלום. במקביל, החלו ניסיונות של מקורבי נתניהו להדיחו מהליכוד ולמנוע את התמודדותו לכנסת ה-17. בעקבות הלחצים, ועל אף שיו"ר ועדת הבחירות של הליכוד קבע כי במעשיו של פייגלין אין קלון ושהוא כשיר להיבחר לכנסת, הסיר פייגלין את מועמדותו לכנסת. הוא נימק את הצעד הזה בכך שבמתכונתה הנוכחית של הכנסת הוא מעדיף לפעול מחוצה לה, ושאינו רוצה להיות שותף למצג השווא של הדמוקרטיה בישראל; או כלשונו: "חושש להיכנס לבקבוק שבכיסו הקטן של אהרן ברק".
בעקבות החלטת מרכז הליכוד לקיים בחירות מקדימות ב-14 באוגוסט 2007, הודיע פייגלין כי יתמודד במירוץ לראשות הליכוד. לפני הבחירות הוגשה בקשה לוועדת הבחירות של הליכוד למנוע את התמודדותו, בנימוק שמשנתו נוגדת את ערכי הליכוד. מנגד טען פייגלין כי ערכיו הם הקרובים יותר לערכי הליכוד. בקשה זו נדחתה. סיסמתו של פייגלין בהתמודדות זו הייתה: "משה פייגלין – כי יש לו א-לוהים" לבסוף הגיע פייגלין שני מבין שלושת המועמדים (השלישי היה דני דנון), עם קרוב ל-9,000 קולות שהיוו 23.4% מקולות הבוחרים (לעומת 72.8% לנתניהו).
הבחירות לכנסת השמונה עשרה.
לקראת הבחירות לכנסת השמונה עשרה פתח פייגלין בקמפיין תחת הסיסמה "פייגלין, אפשר להאמין". על אף שנתניהו פעל בדרכים שונות להקטנת כוחו, נבחר פייגלין למקום ה-20 ברשימת מועמדי הליכוד לכנסת, מקום הנחשב ריאלי ברשימה, בקבלו 12,270 קולות שהם כ-25.3% מקולות המצביעים. ב-11 בדצמבר 2008 התקבלה עתירה לוועדת הבחירות של הליכוד שהגיש אופיר אקוניס, שבעקבותיה נדחק פייגלין למקום ה-36. בבחירות עצמן זכה הליכוד ב-27 מנדטים, נתניהו נבחר בשנית לראשות הממשלה, ופייגלין נותר מחוץ לכנסת.
הבחירות לראשות הליכוד 2012 ולכנסת התשע עשרה.
בבחירות לראשות הליכוד בינואר 2012, התמודד שוב פייגלין מול נתניהו, וזכה לכ-23.2% מקולות הבוחרים.
בפריימריס לקראת הכנסת התשע עשרה ב-26 בנובמבר 2012, זכה פייגלין בהישג השיא שלו ונבחר במקום ה-15 ברשימה, לאחר שקיבל 26,472 קולות. ברשימה המאוחדת עם מפלגת ישראל ביתנו הוצב פייגלין במקום ה-23, ובעקבות זאת נבחר כחבר הכנסת, ומעט לאחר מכן מונה לסגן יושב ראש הכנסת.
פייגלין היה חבר בוועדת החוץ והביטחון, בוועדת הפנים והגנת הסביבה, בוועדת הכנסת, בוועדת הכלכלה, בוועדת החינוך, התרבות והספורט, בוועדה מיוחדת לפניות הציבור, בוועדת המשנה למאבק בתאונות דרכים, בוועדה לענייני ביקורת המדינה ובוועדת המדע והטכנולוגיה.
בנוסף לכך שימש כיו"ר קבוצת הידידות הפרלמנטרית ישראל-אוסטרליה (יחד עם ח"כ נחמן שי) וכיו"ר השדולה להעלאת המודעות למחלת פרקינסון. בין הצעות החוק שהעלה: הפיכת יום ירושלים ליום שבתון מלא (יחד עם חברי הכנסת מוטי יוגב ונסים זאב) וכן חוק שמטרתו תהיה חיוב רשויות ציבוריות להשתמש בתאריך עברי בכל מכתב רשמי.
בתחילת כהונתו בכנסת ביקר בהר הבית וביקש להיכנס לכיפת הסלע תוך הסתמכות על חסינותו כחבר כנסת. במקום התפתחה מהומה והמשטרה הוציאה אותו מהמקום ועצרה את ביקורי הלא מוסלמים בהר בעקבות כך הנחה ראש הממשלה נתניהו את המשטרה למנוע את כניסתו להר. במחאה על ההנחיה שלדבריו שיקפה ויתור על הריבונות בהר, הצהיר פייגלין שאינו רואה עצמו מחויב למשמעת הקואליציונית, והצביע נגד הצעת "חוק המשילות", שבאותה גרסה כללה דרישה של רוב של שישים ואחד חברי כנסת להגשת הצעת אי אמון נגד הממשלה. בעקבות כך הורחק מחברותו בועדת החינוך. בפברואר 2014 הותרה מחדש כניסתו להר.
ב־30 באוקטובר 2014, לאחר ההתנקשות הכושלת ביהודה גליק, הורה יו"ר הכנסת על הצמדת אבטחה לפייגלין עקב איומים על חייו מצד גורמים מוסלמיים בשל פעילותו הציבורית למען הר הבית והמקדש.
פרישה מהליכוד.
בבחירות המקדימות לרשימת הליכוד בדצמבר 2014, החליט פייגלין לא להתמודד על ראשות הליכוד כדי לא לפגוע בסיכוייו להיכנס לרשימה. למרות זאת הוא נבחר למקום ה-17 ברשימה הארצית, ושובץ במקום ה-36, הבלתי ריאלי, ברשימה לכנסת. בעקבות זאת הודיע על פרישה מהליכוד, תוך טענות על סיכול ממוקד של מועמדותו מצד ראש הממשלה.
מפלגת זהות.
במרץ 2015 הודיע פייגלין על הקמת מפלגת "זהות - תנועה ישראלית יהודית". יעדיה של המפלגה הם מדינה יהודית המשיבה את מרב החירות לאזרח, מבצרת את ערכי המשפחה והקהילה, מקיימת כלכלה חופשית, מממשת את ריבונותה בכל חלקי ארץ ישראל שבשליטתה, ובראשם בהר הבית, וחותרת לסיום מצב הלוחמה ושפיכות הדמים באמצעות ניצחון על אויביה.
המשבר הפוליטי בישראל.
בפברואר 2017 התקיימה הוועידה הראשונה של המפלגה ובה נבחר פייגלין למקום הראשון. כעבור כשנתיים המפלגה רצה במסגרת הבחירות לכנסת ה-21. פייגלין הודיע כחלק מהמירוץ שאם מפלגתו תיכנס לכנסת היא תתמוך במועמד לראשות הממשלה שיעזור לה לקדם את עקרונותיה. בסופו של דבר המפלגה קיבלה 2.73% מסך הקולות ולא עברה את אחוז החסימה, שעמד על 3.25%. לאחר הקדמת הבחירות לכנסת ה-22, הודיע פייגלין שזהות תתמודד בהן, ושלא ייתן את קולו להקמת ממשלת שמאל. ב-12 ביולי 2019 דווח שפייגלין התפטר מתפקידו כיו"ר זהות בעקבות סכסוך מול הוועד המנהל של המפלגה, לאחר שזה לא אישר את בקשתו לשריין את מנכ"ל המפלגה, שי מלכה, במקום השלישי ברשימת המפלגה לכנסת. הוא חזר בו לאחר שעות אחדות. ב-29 באוגוסט 2019 הגיע פייגלין להסכם עם ראש הממשלה בנימין נתניהו שלפיו פרשה זהות מהמירוץ ובתמורה הובטח לפייגלין תפקיד שר במקרה שנתניהו ירכיב את הממשלה הבאה וכן קידום חקיקה ברוח מצע מפלגת זהות. לקראת הבחירות לכנסת העשרים ושלוש, הודיע פייגלין כי מפלגתו לא תתמודד בבחירות אלה. לדבריו, "במרחב הפוליטי אין כיום קשב לבשורתה והיא ותשוב להתמודד כשהחברה הישראלית תבשיל לשינוי". אותם דברים אמר לפני הבחירות לכנסת העשרים וארבע.
ב-8 ביולי 2021 משה פייגלין הכריז כי התפקד לליכוד ועל תחילת תקופת הכשרתו להתמודדות מטעם המפלגה. כמו כן קרא לתומכיו להתפקד לליכוד.
לקראת הבחירות לכנסת ה-25 הודיע פייגלין שיתמודד על מקום בפריימריז של הליכוד, בהן הוא הגיע למקום ה-54.
השקפותיו.
עמדות מדיניות.
לפייגלין תפיסות מדיניות ימניות מובהקות. הוא מצדד בהשתלטות מחדש על השטחים שנמסרו לרשות הפלסטינית ובהחלה חד-צדדית של החוק הישראלי על כל שטחי יהודה ושומרון וכן על רצועת עזה. הוא שולל את השימוש במושג "פלסטיני" ורואה בנוכחות הערבית בארץ ישראל "כיבוש שהחל לפני 1,370 שנים", אשר יש לסיימו בהקדם, בדגש על סיום השלטון הערבי בהר הבית והעברת השליטה בו לרבנות הראשית. לפיו, סיום "הכיבוש הערבי" בארץ ישראל יביא לקץ הטרור ולשלום באזור. לאור זאת, הוא ביקר בחריפות את הסכמי אוסלו ואת ההתנתקות מרצועת עזה. הוא מצדד בעידוד הגירתה מרצון של האוכלוסייה הערבית למדינות ערב. כל עוד לא ניטשת מלחמה שיזם האויב יש להתנגד לטרנספר כפוי, של יהודים או של ערבים. תושבים שלא ירצו להגר ושלא פעלו נגד ישראל יוכלו להישאר בבתיהם ויקבלו מעמד של תושבים, ולאחר שיקבלו באופן מלא את מדינת ישראל ודרך חייה, כולל שירות צבאי, יוכלו להתאזרח בה.
ביטחון וצבא.
בשנת 2014 פרסם תוכנית שלפיה תקרא ישראל לחמאס שייכנע ללא תנאי ולאוכלוסייה ברצועת עזה שתברח לסיני. אם יסרב חמאס, תתקוף ישראל באופן מדויק את כל בנק המטרות שלה. אזורים שמהם יירו רקטות יותקפו, ללא התחשבות בגורל התושבים בסביבה.
בנו של פייגלין, אבי, הודח ביולי 2018 מתפקיד לוחם בכפיר ונידון למאסר על תנאי לאחר שפרסם פוסט בפייסבוק שבו כתב שצה"ל מסכן את חיי לוחמיו כדי להכיל הפרות סדר פלסטיניות, והודיע שיסרב פקודה אם יידרש לעשות זאת. אביו שיבח את הצעד ואמר ש"רוב חיילי צה"ל שנהרגו בשנים האחרונות, נהרגו בשל העדפת שלומה של אוכלוסייה עוינת על חייהם של בנינו".
פייגלין היה יו"ר "השדולה לצבא מקצועי" בכנסת. לגישתו גיוס החובה נוגד את ערך החירות שצריך להיות מרכזי במדינה יהודית. לכן, לפי השקפתו, יש לגייס רק את מי שבוחר בכך ושלצבא יש צורך בו. כל צעיר שיתגייס יקבל משכורת מעל הממוצע במשק, לימודים אקדמיים והכשרה מקצועית. כתוצאה מכך החיילים יהיו מקצועיים יותר, יקטן תקציב הביטחון, ויימנעו החיכוכים בנושא "השוויון בנטל".
כלכלה וחברה.