החלה להתפתח חרושת של שמועות. כאשר הגיעה הצוללת אח"י "דולפין" לארץ בתום מבצע החיפושים אחרי "דקר", פשטה בכל הארץ שמועה ש"דקר" נמצאה והגיעה לנמל. נפוצו גם שמועות נוספות, ספקולציות ואף חזיונות מיסטיים ועל טבעיים. חיל הים נאלץ לבדוק כל שמועה, לתייקה ולהפריכה, והתעלומה הלכה והתעצמה. ההימנעות מקביעת עמדת חיל הים לנושא, יצרה עוגמת נפש רבה אצל משפחות הצוות והעיקה על הפעלת שייטת הצוללות.
שמועות עיקריות על הגורמים לאובדנה של הצוללת, מפורטות להלן:
שלילת פגיעה על ידי הצי הסובייטי.
ברית המועצות הייתה ספקית הנשק העיקרית לצבאות ערב באותה תקופה. ביוני 1967, לאחר תבוסת צבאות מדינות ערב במלחמת ששת הימים, ניתקה ברית המועצות את קשריה הדיפלומטיים עם ישראל. ב-10 ביולי 1967 אף נכנסו כוחות הצי הסובייטי לנמלי מצרים וסוריה כדי להרתיע את ישראל מתקיפה. חיל הים נקט זהירות והתרחק מכל מגע עם כוחות סובייטיים בים. שנה מאוחר יותר, נענו הסובייטים לבקשת נאצר ובמסגרת מבצע קווקז, קיבל חיל האוויר הסובייטי אחריות להגנה אווירית בגזרות החיכוך, אך לא היה מקרה של פעילות צבאית סובייטית יזומה נגד כלי שיט ישראלי.
בדו"ח מודיעין מיום ניתוק הקשר עם "דקר", שהועבר גם ל"דקר", לא נרשמה פעילות מיוחדת באזור הנתיב. כדי להציב מארב לצוללת בים הפתוח יש צורך בהתארגנות של מספר כלי שיט ומטוסי סיור, פעילות שקשה לבצעה מבלי שתתגלה על ידי אמצעי מודיעין של מדינות אחרות. קהילת המודיעין האמריקאית, שעקבה באופן שוטף אחר הסובייטים, דיווחה לישראל שלא הייתה פעילות כזאת.
אף על פי שהשמועה על הטבעת "דקר" בידי הצי הסובייטי נדחתה עוד בסוף שנות ה-60 של המאה ה-20, עם חידוש היחסים עם ברית המועצות בדצמבר 1991 והעלייה הגדולה ממנה, נפוצו שוב שמועות על פגיעה כביכול של "דקר" בידי הצי הסובייטי. גם שמועות אלו נבדקו ונמצאו לא אמינות, ומקורן היה בעיקר בנטייתם של העולים לייחס למשטר הסובייטי כוונות זדון ויכולת למזימות חשאיות.
שלילת פגיעה על ידי חיל הים המצרי.
אפשרות שהועלתה כסיבת לאובדנה של "דקר" הייתה הטבעתה על ידי חיל הים המצרי. כלי השיט המצרים הוכיחו יכולת נמוכה בלוחמה בצוללות כאשר ב-6 ביוני 1967 לא הצליחו לפגוע באח"י תנין גם אחרי שירתה טורפדו בקרבת אלכסנדריה. הבדיקה העלתה כי הצי המצרי לא פעל בגזרת נתיב השיט של הצוללת. ב-28 בינואר 1968 הודיעה ממשלת מצרים, ביוזמתה, כי לכוחות הים שלה אין קשר להיעלמות. לו היה הצי המצרי מטביע את "דקר" לא הייתה למצרים סיבה להסתיר ניצחון ימי כזה ובוודאי היו אף מתגאים בו. למרות הכרזת ממשלת מצרים, פורסמו בעיתונות המצרית סיפורים שונים על הטבעתה כביכול של הצוללת בידי הצי המצרי באזור אלכסנדריה. המועדים של הסיפורים לא התאימו ואופן הפגיעה לא היה ברור, אך בעקבות המסקנה השגויה של חקירת מצוף הצוללת שהתגלה ב-1969 קיבלה הסברה תימוכין.
שלילת טביעה בשל כשל מבני.
סיבה נוספת שהועלתה הייתה כשל מבני בצוללת. על פי טענה שהועלתה בידי אנשי מספנת הצי בפורטסמות', שיפוץ הצוללת היה בעייתי, והוספת מכלי פיצוי גרמה להחלשת מבנה הצוללת. מכלים אלה נועדו עבור צוללני שייטת 13, והוספתם החלישה את גוף הצוללת. בנוסף, הועלתה גם הדעה שהדקר הייתה כבר זקנה וסבלה מעייפות החומר.
טענות אלו נמצאו חסרות בסיס. בחוגים טכניים מקובל להניח שהצוללת מסוגלת לבצע ללא קושי עשרת אלפים צלילות לעומק מקסימלי. מעבר לכך, חולשת מבנה קשורה ללחץ הידרוסטטי גבוה הנוצר בצלילה לעומק רב. צוללות בסיור מבצעי צוללות מדי פעם לעומק מרבי אך ספק אם הדבר נעשה בהפלגתה של "דקר", בה נוצל כל רגע להתקדמות מהירה לחיפה. גם הוספת מכלי הפיצוי כסיבה לטביעה נדחתה; הוספת מכלים כזאת בוצעה גם בצוללת אח"י "לווייתן", ששירתה בחיל הים עד סוף 1973 ללא תקלה. בבדיקות שנערכו לא נמצאה ראיה לתלות בה את אובדנה של "דקר" בהוספת המכלים. השמועות על פגמים באיכות הצוללת נדחו, לאור העובדה כי הצוללת עברה שיפוץ ארוך בנוכחות הצוות, קיימה אימונים רבים בפיקוח מקצועי, ועשתה דרך ארוכה מבלי שיתגלו בה תקלות משמעותיות.
סיבות על-טבעיות.
בנוסף לניסיונות להציע סיבות רציונליות לטביעתה של הצוללת, הוצעו גם סיבות מהתחום המיסטי. אחד מההסברים המיסטיים שהוצעו היה קשור לשמה המקורי של הצוללת, אה"מ "טוטם". בעת שירותה של הצוללת בצי הבריטי, נשאה הצוללת טוטם מתוצרת האינדיאנים משבט Cowichan ממערב קנדה, שהיה מעין קמע שלה. הצוללת הייתה מציגה אותו בקדמת הגשר בעת הימצאה בנמלים. אנשי הצוות הבריטי ייחסו חשיבות רבה לקמע, עד כדי כך שכאשר נגנב הטוטם בעת ביקור בנמל הליפקס בשנות ה-50, הצוות הבריטי לא הסתפק בציור של "המגן הרשמי". ההפלגה נדחתה עד שנרכש טוטם חדש אצל האינדיאנים. לקראת מכירת הצוללת לחיל הים הישראלי הוסר הטוטם מן הצוללת. על-פי ההסבר המיסטי, הסרת הטוטם מהצוללת הייתה הסיבה להיעלמותה, בהיותו הקמע ש"שמר" על הצוללת.
חיל הים התייחס אל הצוללת בשמה החדש ועם קבלתה לשירות חיל הים, יחד עם הדגל והמגן הבריטי לא נותר זכר גם לטוטם. ספרו של ערן שורר, שתיאר את הלך הרוח בצוות הצוללת, אינו מזכיר כלל את נושא הטוטם ולא נראה ששלוות נפשם של אנשי הצוות, או אופי תפקודם, הוטרדו בשל חסרונו של הטוטם.
טענה אחרת בישראל הייתה כי צוות הדקר לא שמר את דיני ישראל ולכן נענש. למרות זאת, הכתב ערן שורר מספר על רס"ל , טבח הצוללת, שהוגדר על ידי מפקד השייטת, הדר קמחי, כ"אחד מל"ו צדיקים" כי הצליח לשמור על כשרות מלאה במטבח הצוללת הקטן.
שמועות פנימיות.
אנשי חיל הים לא היו בקיאים בנושא "דקר" והיעלמותה. פיקוד חיל הים רצה להתמקד בתפקוד השוטף ולמנוע עיסוק שיסיח את הדעת. ואולם, התוצאה הייתה הפוכה: קציני החיל לא ידעו לְהָזֵם את השמועות החיצוניות, ואף החלו להוות בעצמם כר נוח לשמועות. גם קצינים בתפקידים בכירים לא הכירו את דו"ח אראל ולעומת זה נחשפו לדו"ח חקירות המצוף ומסקנתו השגויה, וכאשר החלו החיפושים במצרים בתחילת שנות השמונים החלו להתפתח שמועות ותאוריות בהתאם.
תקלות בצוללות אחרות.
היעלמותה של "דקר" הביאה לבחינת תאונות של צוללות בציים אחרים; המקרים שהיו ידועים עד האירוע תוארו בדו"ח אראל. מן הדו"ח עולה כי גם ציים בעלי וותק רב בהפעלת צוללות לא היו חסינים מתאונות ותקלות. ציי העולם שומרים על סודיות רבה בנושאי הפעלת צוללות בכלל ולגבי תקלות מבצעיות בפרט, אך מהתפלגות הסיבות לתקלות הידועות ניתן להעריך את ההסתברות לסיבות שהיו עלולות לגרום לטביעת "דקר".
התנגשות בכלי שיט אחר - דו"ח שהופק בהזמנת ארגון גרינפיס, שכותרתו "Peacetime Naval Accidents" מתאר מאות תקלות בכלי שיט צבאיים בתקופה שלאחר מלחמת העולם השנייה ועד 1989, תקלות שלא נבעו מפעילות קרבית. בסך הכל מתוארים 385 אירועים. 232 מן האירועים המתוארים לא היו יכולים להיות הסיבה לטביעת "דקר", מאחר שהם כוללים סיבות כמו תקלות בעת תיקונים במספנות או תמרונים בנמל, מקרים המופיעים בעומק רדוד (הסתבכויות ברשתות דייג, עליה על שרטון, או היתקלות בקרקעית), תקלות בהנעה גרעינית, ותקלות הקשורות לחימוש, כמו פיצוץ טורפדו וכדומה ("דקר" לא הייתה חמושה כלל בעת מסעה). מתוך 153 התקלות שייתכן ואירעו ב"דקר" התקלה הנפוצה ביותר היא התנגשויות עם כלי שיט אחר (107 אירועים, כ-70 אחוזים מן האירועים), שריפות (21 אירועים, 14 אחוזים), מקרי הצפה (18 פעמים, כ-12 אחוזים), ופיצוץ מצברים (7 פעמים, קצת פחות מ-5 אחוזים). בדיקת אזורי ההתנגשות מעלה שמרביתם קרו בקרבת מיצרים בהם מתקיימת צפיפות בתנועת כלי השייט. אזור תנועת הדקר בים הפתוח לא נחשב לצפוף וסבירות של 50 אחוזים נראית מתאימה יותר.
פרסום שראה אור שנים רבות מאוחר יותר מתאר שאוניית הקיבוץ א.מ דרור שהפליגה בדרכה לחיפה באותו אזור חוותה חבטת ברזל בתחתית. הנושא לא נבדק בקופה הרלוונטית.
תקלה תפעולית או טכנית - ניתוח הסטטיסטיקה מעלה כי אף צוללת לא נפגעה בשל טעות תפעולית. שמירת העומק בכל הצוללות נעשית על ידי צוות של שלושה אנשים לפחות, וב"דקר", כמו בשאר הצוללות מסדרת T, שמירת העומק נעשתה בהשגחתו המיידית של קצין המשמרת, כך שבקרת הטעויות הייתה מיידית. מכאן שבלי מידע ייחודי על האירוע, ניתן ליחס את טביעת הדקר בסבירות נמוכה להתנגשות. האפשרות שקרתה תקלה טכנית קיימת אף היא.
הסיכון ב - לפי הערכה בלתי רשמית של הצי הצרפתי שתי הצוללות מסדרת 'דפנה' שנעלמו: הצוללת "מינרב" בשנת 1968 והצוללת "אוורידיצה" בשנת 1970 שייטו במצב שינור כאשר טבעו. לאחר טביעות אלה עברה מערכת השינור בצוללות הצרפתיות שיפור משמעותי.
הסבירות הגבוהה ביותר לתקלה טמון בסיכון המובנה בשיטת ההפלגה במצב שינור בים סוער. בעת הפלגה בשינור, נעשית הזנת האוויר למנועים דרך חלל הצוללת באמצעות צינור שינור, שבראשו מצוף המונע כניסת מי הים. פתח יניקת האוויר נמצא בגובה מטר אחד מעל פני הים. בים גבה גלי פתח היניקה מתכסה מדי פעם על ידי הגלים. המצוף המונע כניסת מים חוסם גם את כניסת האוויר. יניקת המנועים שואבת את האוויר מחלל הצוללת. תנאים אלה ייצרו תת-לחץ וחוסר אוויר לנשימה, מה שיגרום לקשיי תפקוד של הצוות וכיבוי המנועים.
בעת הטביעה נרשם באזור שיוט הדקר ים גבה גלי 4.00-2.5 מטר, וכיוון תנועת הגלים ממערב למזרח ייצור זמני כיסוי ארוכים.
יישום לקחים.
חיל הים לא המתין למציאת השברים ואף לא לתחילת החיפושים. ההשערות לגבי גורלה של "דקר" אמנם לא פורסמו, אך המשך פעילותה של שייטת הצוללות חייב יישום מיידי של לקחים שנלמדו.