באוגוסט 2007 הושק האתר WikiScanner אשר פותח על ידי וירג'יל גריפית, חוקר אורח במכון סנטה פה שבניו מקסיקו. האתר מסוגל לבדוק את כל כתובות ה-IP של העריכות שמבוצעות בוויקיפדיה האנגלית על ידי עורכים אנונימיים ולהשוותן לרשימות של כתובות IP שונות ידועות על מנת לבדוק מהן העריכות שמבוצעות על ידי ארגונים שונים ברחבי העולם. הבדיקות של WikiScanner חשפו שבוויקיפדיה האנגלית מבוצעים שינויים מקיפים מטעם ארגונים שונים - כגון סוכנות המודיעין המרכזית, ועדת הקונגרס של הקונגרס הדמוקרטי, דיבולד והממשל האוסטרלי - כאשר לעיתים רבות השינויים שמבוצעים אינם אמינים. יצוין כי WikiScanner רק מגלה ניגודי אינטרסים כאשר מדובר בעורך אנונימי שעורך מחוץ לחשבון קיים ובאופן זה חושף את כתובת ה-IP שלו. יותר קשה להוכיח מקרים של ניגוד אינטרסים כאשר העריכות מבוצעות על ידי עורכים הפועלים דרך חשבון משתמש משום שהמקור לעריכות הללו אינו מוצג לכל, זאת מפני שברוב הוויקיפדיות רק קומץ ממפעילי האתר מסוגלים לבדוק את כתובות ה-IP של משתמשים רשומים.
חשיפה להשפעה של אקטיביזם פוליטי.
על אף שמדיניותה של ויקיפדיה מחייבת שכל הערכים יהיו כתובים מנקודת מבט נייטרלית, ויקיפדיה איננה חסינה מפני ניסיונות של משתמשים קיימים או עורכים אנונימיים לנסות להטות את תוכן הערכים. בינואר 2006 התברר כי בוצעו בוויקיפדיה האנגלית עריכות מרובות על ידי אנשי צוות של חברי בית הנבחרים האמריקאי אשר עסקו ב"ניקוי" הביוגרפיות של המעסיקים שלהם והוספת הערות שליליות על יריביהם הפוליטיים. שינויים רבים נוספים בוצעו מכתובת IP שהייתה שייכת לבית הנבחרים. ג'ימי ויילס התייחס לכך בראיון בו הוא ציין כי לדעתו השינויים שבוצעו על ידם אינם הולמים.
באפריל 2008 הארגון "Committee for Accuracy in Middle East Reporting in America" ארגן דרך הדואר האלקטרוני קמפיין נרחב בהשתתפות של עורכים מרובים לתיקון עיוותים בערכי הוויקיפדיה האנגלית הנוגעים לישראל. קטעים מתוך כמה מהמיילים פורסמו בגיליון של המגזין הארפר שיצא ביולי 2008. הדיפלומט הישראלי דוד סרנגה ציין בעבר שוויקיפדיה האנגלית בדרך כלל מציגה את ישראל באופן הוגן. כאשר הועלתה בפניו העובדה שהערך על ישראל כלל בוויקיפדיה האנגלית את המילה "כיבוש" תשע פעמים, ואילו הערך על הפלסטינים בוויקיפדיה האנגלית כלל את המילה "טרור" רק פעם אחת הוא השיב בתגובה: "זה אומר רק דבר אחד - הישראלים צריכים להיות פעילים יותר בוויקיפדיה. במקום להאשים את האתר, הם צריכים לגשת לאתר הרבה יותר, ולנסות לשנות אותו".
ב-31 באוגוסט 2008 פרסם הניו יורק טיימס מאמר המפרט שינויים שונים שבוצעו בביוגרפיה של מושלת של מדינת אלסקה שרה פיילין בוויקיפדיה האנגלית בעקבות מינויה כמועמדת של הסנאטור ג'ון מקיין, שהיה מועמד המפלגה הרפובליקנית לתפקיד נשיא ארצות הברית, לתפקיד סגנית הנשיא לקראת הבחירות לנשיאות ארצות הברית 2008. במהלך 24 שעות לפני פרסום ההודעה על הבחירה בפיילין, בוצעו 30 שינוים מהותיים בערך של שרה פיילין בוויקיפדיה האנגלית, כאשר רובם כללו הוספת פרטים מחמיאים, על ידי משתמש עם שם המשתמש "Young Trigg" . בהמשך נודע שמשתמש זה גם עבד בקמפיין של ג'ון מקיין, וכי הוא החזיק חשבונות משתמש מרובים בוויקיפדיה.
בנובמבר 2007 התווסף מידע שגוי שכלל האשמות קשות בערכי הביוגרפיות של שני פוליטיקאים מדרום-מערב צרפת בוויקיפדיה הצרפתית - ז'אן-פייר גרנד והלן מנדרו-קולאס. גראנד קרא לנשיא האספה הלאומית הצרפתית ולראש ממשלת צרפת לאכוף את החקיקה על האחריות הפלילית של אתרי אינטרנט ועורכים המפיצים מידע כוזב במטרה להסב נזק. הסנאטור ג'ין לואי מסון ביקש משר המשפטים של צרפת לציין האם ניתן יהיה להרחיב את האחריות הפלילית על ספקי אינטרנט, בעלי אתרי האינטרנט, והאנשים שהפיצו את התוכן משמיץ. שר המשפטים הצרפתי סירב לעשות זאת.
שכתוב של ערכים המציגים עובדות לא מחמיאות ובעלות על ערכים.
ערכים בעלי עניין מיוחד בקרב עורך או קבוצת עורכים עשויים להשתנות לעיתים רבות כך שישקפו בסופו של התהליך את הדעות אותם עורכים. בעבר עלה כי חברות וארגונים שונים, כמו סוני, מיקרוסופט, נינטנדו, דל, ה-CIA וכנסיית הסיינטולוגיה, כמו גם אנשי צוות בקונגרס האמריקאי, שינו ערכים בוויקיפדיה בעצמם כך שיתוארו באור חיובי. ייתכן שישנם משתמשים הפועלים בוויקיפדיה מטעם ארגונים מסוימים, במעטה האנונימיות, על מנת לנטרל תיאורים שליליים שמתווספים לערכים העוסקים בארגונים מסוימים מידע לאחר שהשינויים הללו מבוצעים.
במאמר של העיתונאי אדווין בלאק "Wikipedia—The Dumbing Down of World Knowledge" משנת 2010, טען בלאק כי התוכן של ערכי ויקיפדיה כולל תערובת של "אמת, חצאי אמת, ומספר שקרים".
עריכה בתשלום.
בינואר 2007 ריק ג'ליפה מ-CBS ציין שמיקרוסופט הציעה פיצוי תמורת שירותי עריכה עתידיים בערכים בוויקיפדיה העוסקים ב-Office Open XML (OOXML) בתגובה ג'ימי ויילס הביע את התנגדותו למעורבותה של מיקרוסופט בכתיבת האנציקלופדיה: "התאכזבנו מאוד לשמוע שמיקרוסופט נוקטת פעולה זו".
באפריל 2014 קבעה ויקיפדיה העברית את , במסגרתה נקבע כי ויקיפדיה העברית בעקרון מסתייגת מעריכה בתשלום אך מסכימה אליו בהגבלות מסוימות כגון גילוי נאות ביחס לכל עריכה וכן אובדן זכות הצבעה.
איכות התוכן.
בגיליון של הוול סטריט ג'ורנל שיצא ב-12 בספטמבר 2006 נערך דיון בין ג'ימי ויילס לדייל הויברג העורך הראשי של האנציקלופדיה בריטניקה. הויברג התמקד בצורך בשילוב של מומחים באנציקלופדיה. ויילס הדגיש את ההבדלים בין בריטניקה לוויקיפדיה, ואמר כי פתיחות ושקיפות מובילים לאיכות. הויברג טען מנגד שהוא יכול "לרשום מספר רב של קישורים למאמרים המספקים מידע על שגיאות בוויקיפדיה", כאשר ויילס השיב לו בתגובה "אין בעיה! תציל את וויקיפדיה עם ערך טוב" והוסיף קישור לערך העוסק בביקורת על ויקיפדיה שנמצא בוויקיפדיה.
הטיה מערכתית בנושאים שזוכים לכיסוי.
ויקיפדיה הואשמה בהטיה מערכתית, דהיינו, לעיתים רבות עורכים בוויקיפדיה באופן בלתי מודע מפיצים באתר דעות קדומות שונות ומגוונות. אף על פי שהמאמרים בעיתונים שעוסקים בוויקיפדיה בדרך כלל מתמקדים במקרים של שגיאות עובדתיות קטנות בערכים מסוימים בוויקיפדיה, אשר לעיתים טריוויאליות, לאורך השנים עלו חששות מצד גורמים שונים לגבי השפעות רחבות היקף, אשר כנראה לא מכוונות, הנובעות מהשימוש הגובר בוויקיפדיה ככלי חיפוש מידע. במאמר שכתב ב-Times Higher Education האשים הפילוסוף מרטין כהן את ויקיפדיה בכך ש"הפכה למונופול" אשר כוללת את "כל הדעות הקדומות והבורות של יוצריה".
מחיקה של ערכים אשר נקבע כי אין להם חשיבות אנציקלופדיית.
בוויקיפדיה קיימים קווים מנחים שונים המשמשים את העורכים להחליט אם נושא מסוים מספיק חשוב על מנת שיוקדש לו ערך עצמאי. יישום הכללים הללו כפוף לביקורת רבה. בעבר הוסר מוויקיפדיה האנגלית ערך שעסק בדונה סטריקלנד לפני שהיא זכתה בפרס נובל בפיזיקה לשנת 2018. ההצדקה להסרה של הערך הייתה שהערך לא היה בעל חשיבות רבה מספיק המצדיקה את קיומו כערך עצמאי בוויקיפדיה האנגלית.
לאורך השנים עלתה גם ביקורת על הנטייה לכסות נושאים ברמת פירוט שאינה מידתית לחשיבות הנושאים. לדוגמה, סטיבן קולבר שיבח בעבר באופן אירוני את ויקיפדיה על כך שיש בה ערך ארוך יותר על חרב אור מאשר על עיתונות. בריאיון לגרדיאן דייל הויברג ציין ש"אנשים כותבים דברים שמעניינים אותם, ישנם נושאים רבים במיוחד שאין עליהם כיסוי, אך המידע החדשותי על האירועים האחרונים מכוסה בפירוט רב. הערך על ההוריקן פרנסס בויקי האנגלית גדול פי חמישה מאשר הערך על אמנות סינית, והערך על אופרת הסבון הבריטית קורוניישן סטריט גדול פי שניים מהערך על טוני בלייר. מנגד, המצדדים בקיומם של קריטריונים להכללה הפחות מחמירים בוויקיפדיה מציינים שהסיקור הנרחב לו זוכה תחום התרבות הפופולרית אינו מגביל בהכרח את מרחב הערכים שעוסקים בנושאים הרציניים יותר.
אתר משלים לוויקיפדיה האנגלית, Deletionpedia, הוקם במטרה לבצע גבויים לערכים שנמחקים מהוויקיפדיה האנגלית על מנת להנגיש את המידע לציבור. הערך על אתר זה אף עמד בפני הצבעת מחיקה בוויקיפדיה האנגלית, אך שרד את ההצבעה.
בעוד שבוויקיפדיה האנגלית נדרשת השגת הסכמה כללית למחיקת ערכים (ומכאן שהדיונים בדבר מחיקת ערכים בוויקיפדיה האנגלית אינם נחשבים להצבעות), בוויקיפדיה העברית התקבלה מדיניות לפיה נדרש רוב של 55% בהצבעות על מחיקת ערכים, כאשר לא נדרשת כמות מינימלית של מצביעים בהצבעות המחיקה. בהצבעות הללו רשאים להשתתף רק משתמשים רשומים עם ותק של חודש אחד לפחות ו-100 עריכות במרחב הערכים, הקבצים, הקטגוריות, או התבניות ב-90 הימים לפני פתיחת ההצבעה.
הטיה של ויקיפדיה על בסיס אידאולוגי.