באמצע תקופת הברונזה הקדומה מופיעות הערים המבוצרות (זאת למעט יריחו שהייתה ככל הנראה מבוצרת עוד בתקופה הנאוליתית) בערים כמו תענך, מגידו, ערד, תל אל פארעה ועוד, נתגלו ביצורים מרשימים. הביצורים עבים מאוד (עד 8 מטרים) באופן יחסי לאמצעי הפריצה שהיו אז בהישג ידם של כובשים פוטנציאליים. נראה כי לרוב לא נבנו הביצורים כיחידה אחת, אלא קטעים קטעים ושכבות שכבות. בתחילה לא נבנתה חומה בכל היקף העיר, וכן עוביה המקורי של החומה היה שלושה מטרים ולא שמונה מטרים כבזמן חורבנה.
במקורות מצרים קיימת עדות על ישוב חוטם האיילה.
ממצאים.
נתגלו כלי קרמיקה אשר אפשרו לחלק את התקופה לארבע תקופות משנה: כלי חרס צרופים באיכות גבוהה ביותר (900 מעלות במקום 700 – 500) כלי אבידוס וכלים מסוג קרמיקה אפורה ממורקת, מהממצאים הקרמיים הבולטים בתקופת הברונזה הקדומה הידועים גם כ"כלי יזרעאל", כלים מסוג זה נתגלו בעיקר בצפון הארץ, אזור עמק יזרעאל, הגליל התחתון, עמק החולה, עמק הירדן, הגליל המערבי, ואף דרומה עד יריחו ואשקלון. בנוסף נתגלו באתרים רבים מהתקופה גם חותמות גליל כלי אבן וכלים נוספים.
ברונזה ביניימית.
כרונולוגיה: 2400 - 2000 לפנה"ס.
תקופה זו היא תקופת מעבר בין הברונזה הקדומה לברונזה התיכונה. בתחילת הדרך, כשניסו לתָקֵף את הארכאולוגיה של ארץ ישראל חשבו לקרוא לה תקופת הנחושת. הארכאולוג פלינדרס פיטרי היה הראשון שזיהה צורת התיישבות חדשה זו בקברים שסביב תל אל-עג'ול, קרא לה תקופת הנחושת על שם כלי הנחושת הרבים שנמצאו בקברים. אולברייט היה הראשון שקרא לה ברונזה תיכונה 1 (MB1) כאשר ב-2000 מתחילה ברונזה תיכונה 2 (MB2). אולם ישנם חוקרים אשר המשיכו את התקופה קדומה 4 (EB4) עד 2000 (בעיקר ארכאולוגיים אמריקאים). קתלין קניון (הבריטית) חידשה את המושג של הברונזה הביניימית. וזה המושג המקובל היום על רוב הארכאולוגים הישראלים.
בסוף תקופת הברונזה הקדומה ננטשו הערים והאזור נכנס לתקופת נסיגה של כ-200 שנים, במהלכה לא הוקמו בארץ ישראל יישובים עירוניים (סברות שונות לסיבת תהליך זה הן שינויי אקלים, שינוי דמוגרפי של האוכלוסייה, בזיזה חוזרת ונשנית ממצרים ואף התעייפות הערים ממלחמה אחת בשנייה).
תקופת הברונזה הבייניימית מתאפיינת בכך שהאדם לא גר בערים מרכזיות אלא חי חיי נוודות. על רקע היישוב הדל בולטים בתי הקברות הרבים שנתגלו בהקשר לתקופה זו. (ראו קברים וקבורות בתקופת הברונזה הביניימית).
היישוב.
היישוב בארץ מפוזר ולרוב התפרסו היישובים אל תוך מקומות שטרם נתיישבו קודם. הבנייה צפופה ולרוב יישובים אלה לא הגיעו אף לעשרות דונמים. אורך קיום היישובים הללו היה כה קצר עד כי לא שרד כל סימן מהם ולכן אין הם ידועים כלל.
ממצאים.
כמה כלי עבודה נמצאו במטמונים בחברון וביריחו וכן מספר סיכות רכיסה ותכשיטים נמצאו בקברים בגולן ובגליל.
במגידו שבה נמצא ברונזה קדומה, נמצא מתחם מקודש ענק, אך אנו מוצאים שבברונזה הבניימית היא מולאה כולה בעפר והושאר תא קטן לפולחן. זו דוגמה לירידה יישובית דרסטית.
בהר הנגב המבנים הם סגלגלים (שבמרכזם עמוד תומך) ולא רבועים. הבתים צמודים זה לזה (למשל באר רסיסים).
בהר הנגב רוב הטומולים נמצאו ריקים. ישנם הרבה מגליתים (לית=אבן מגה=גדול) כלומר, מבני קבורה גדולים מאוד. כלי החרס דומים לכלים מתקופת הברונזה הקדומה, אך, יש גם שוני רב. הכלים בעיקר עשויים ביד, מעין קומקומים עם זרבובית.
ברונזה תיכונה.
גבולות התקופה: 2000 לפנה"ס - 1550 לפנה"ס, לאורך 450 שנים.
בתקופה זו חוזרים בארץ ישראל אל ישיבה ביישובי קבע ולבסוף חוזרים גם הביצורים. שינוי זה מתרחש בעקבות חדירת עמים מהצפון ומסוריה אל תוך הארץ, וחזרת כוחה של מצרים העתיקה עם עליית השושלות ה־12 וה־13 בתחילת התקופה.
היישוב.
תקופת העיור חוזרת לארץ ישראל. בין הערים המרכזיות נמנות שכם, חצור, רחוב וליש. בנוסף יש מעבר מהמערך השבטי של 3–4 שליטים בעיר לשלטון מלוכני של שליט יחיד, כפי שהתגלה בחקירת כתבי המארות. בכתבים אלו, המחולקים לשלוש תקופות, נראה כי יחס מספר השליטים למספר הערים נמצא במגמת מתאם שלילית, כך שככל שעולה מספר הערים - יורד מספר שמות המלכים המופיעים בכתבים. בעקבות זאת, לקראת סוף התקופה, ישנן עדויות לארמונות שליטים בחצור ובמגידו. לאחר מכן מתרחשת קריסת מערכות נוספת.
ממצאים.
לקראת סוף התקופה פורחת תעשיית התכשיטים בארץ ובהם פסלי אלות פריון שונות ותכשיטי זהב. הממצא החשוב ביותר בתקופה זו נמצא בישראל בתל אל-עג'ול שם נמצא מלאי עצום של תכשיטי זהב, העיר כנראה נחרבה לאחר מצור שארך שלוש שנים על ידי יעחמס הראשון.
בתקופה זו, ניתן למצוא מעט תעודות על מה שקורה בארץ, רובן ממצרים:
סיפורו של שנהאת- במגילה ישנו סיפור מהמאה ה-20 לפנה"ס. הסיפור מתאר אדם חשוב ממצרים שנאלץ לברוח ממצרים לארץ כנען ("גבל"-בין טריפולי לבירות בזמננו). עיר זו שימשה, לדבריו, כמרכז תרבותי-מצרי, דבר המחזק את ההשערה כי האזור שמדרום לגבל אכן היה נתון להשפעה מצרית מסוימת. הוא מתאר את ארץ כנען כארץ מאוד פורייה ופורחת. בעניין האנשים שהוא פוגש שם - הסברה המקובלת במחקר היא שאלו אנשים נוודים למחצה שנמצאים באיזשהו תהליך של התיישבות. אינטרפרטציה זו נשענת גם על ידיעות ממקומות אחרים ולא רק מהטקסט עצמו.
אולם יש המשערים שב"רתנו העילית" ששכנה בתוך כנען הרחק ממבוא הים פגש שנהאת במצרים שהעדיפו חיי קבע במקום זה ולא במולדתם - מצרים.
מקור נוסף הם שתי קבוצות של טקסטים הקרויים כתבי המארות (=קללות). הקבוצה הראשונה כתובה על גבי קעריות חרס והקבוצה השנייה על גבי צלמיות.
הראשונה בערך מ-1900 לפנה"ס והשנייה בערך מ-1800 לפנה"ס ובהן מוזכרים מקומות ושליטיהם בא"י, חלקם בפעם הראשונה. בין המקומות המוזכרים: ירושלים, אשקלון, צור, עכו, שכם, אפק, חצור, ליש.
הכתובות הללו ממחישות את הקשר בין ארץ ישראל למצרים. למצרים היה קשר לארץ ישראל וכן הייתה למצרים יומרה להשתלט ולהשפיע על ארץ ישראל.
מקור נוסף הוא כתובת חוּסֶבֶּכְ, כתובת קבר ממצרים. היא אינה אומרת הרבה חוץ מהזכרת מסע צבאי מצרי לאזור שכם, וכך מלמדת, שוב, על עניין מצרי בארץ ישראל.
מקור נוסף הוא מכתבים שנמצאו בארכיון של מָארִי. הם נמצאו במסופוטמיה בצפון סוריה מתוארכים למאה ה-18 לפנה"ס. בארכיון נמצאו, לוחות טין של כתב יתדות ובהן עשרות אלפי תעודות. חמש מהן מדברות על ארץ ישראל - בעיקר על חצור. הן מזכירות שיירות שנסעו לחצור חזרו מחצור נתפסו בדרך, מפני שחצור הייתה עיר מרכזית ונכללה בעולם התרבות של סוריה.
ברונזה מאוחרת.
כרונולוגיה: 1550 לפנה"ס - 1200 לפנה"ס, לאורך 350 שנה.
תקופה זו, האחרונה בתקופות הברונזה, מסתמנת בעלייתה המחודשת של מצריים עם השושלות ה-18 וה-19 ושליטתן הברורה בארץ כנען עד לירידת כוחה בסוף התקופה. במהלך התקופה כבשה מצרים בראשות אמנחותפ את כנען, ואף נלחמה עם החיתים על השליטה בסוריה. למרות מספר מסעות מרשימים (כשהמצליח שבהם היה הראשון שבה כבש את צפון הארץ עם ניצחון מוחץ במגידו) ורשימות שלל ושבויים מפוארות, לא הצליחה מצרים לכבוש את סוריה אך ארץ כנען נשארה בשליטה מצרית עד סוף התקופה. לקראת סוף התקופה לא הצליחה מצרים לעצור התנחלות עמים בארץ, ביניהם "ישראל", עם הנזכר לראשונה בכתוב בתקופה זו, ו"גויי הים", שהגיעו כנראה מהאיים האגאיים ואיי הים התיכון והפלשתים היו הקבוצה העיקרית שבהם.
היישוב העירוני עבר דלדול, יחסית לתקופת הברונזה התיכונה. ערים מרכזיות ננטשו (אולי במהלך הכיבוש המצרי של הארץ), ותושבים רבים עברו לעיירות ספר קטנות ששטחן לא היה גדול מכמה דונמים (מעטים היישובים של התקופה שעלו על 50 דונם). לרוב היישובים לא היו ביצורים (הביצורים המרשימים מהברונזה התיכונה נהרסו או הפכו ללא יעילים בזמן שהיישוב נבנה על חורבות הקודם, ובכך היה גבוה מהביצורים. כמו כן נראה שביצורים חדשים לא נבנו כי נאסרו על ידי המצרים (הם נתפסו כהכנה למרד).
ערים מרכזיות: תל חצור, גזר, תל בית שמש, בית אל, שכם, מגידו, תענך, עפולה ובית שאן
תקופה זו מכונה בחלק ניכר מספרות המחקר התקופה הכנענית.
תקופת הברזל.
גבולות התקופה: 1200 לפנה"ס / 1150 (בקירוב) - 586 לפנה"ס (חורבן בית ראשון).
תקופה זו מתחלקת לשתיים:
תחילת התקופה עומדת בסימן משבר תקופת הברונזה המאוחרת, שהתאפיין בירידת קרנן של המעצמות הגדולות: המצרית, החתית והמיקנית, ובכניסתם של עמים חדשים, תרבויות חדשות וממלכות קטנות חדשות בתוך ארץ ישראל, בהם שבטי ישראל, והפלשתים (שהיו חלק מתוך גל נדידה שנקרא "גויי הים"). ארץ ישראל הייתה ללא שליט וחולקה רובה בין ישראל, הפלשתים והכנענים שישבו בה עוד קודם. שם נוסף בספרות המחקר לתקופה זו הוא "התקופה הישראלית". חלקה השני של התקופה עומד בסימן עלייתה של אשור, פחד מפני כיבוש, חורבן בית ראשון בידי בבל שהתחזקה והפכה לאימפריה של אותם זמנים וסופה בגלות בבל.
היישוב.
היישוב העירוני מתפתח והאוכלוסייה גדלה, יישובים מרכזיים מגיעים אף למאות דונמים, במקביל מתפתחים בארץ בין סוף המאה ה-13 למאה ה-11 מאות יישובם קטנים ופרוזים, שנמצאים ברובם בשלב מעבר הדרגתי מרעייה נוודית להתיישבות קבע חקלאית. ישנם הבדלים מהותיים בין היישוב היהודי ליישוב הפלשתי בתקופה זו.
על פי סקירת היישובים מתקופת ראשית ההתיישבות הרציפה באזור הרי יהודה, חלק מהממצאים שנמצאו מתאימים לתיאור המקראי שמתייחס למסע כיבוש הארץ בראשות יהושע בן נון, ואחרים עומדים בסתירה לכך, כך שחלק מהיישובים המוזכרים בסיפור הכיבוש, לדוגמה, חרבו בהפרש של מאות שנים.
מספר תושבי הארץ במאה ה-10 לפנה"ס היה על פי אומדנים שונים בין 150,000 למעל 400,000 נפש.